系統学関連リンク集
系統学・系統解析に関するサイトへのリンク集。網羅的なのがお望みであれば PHYLIP のサイトにある Phylogeny Programs のページをご覧あれ。

ソフトウェア
PAUP*
定番の系統解析ソフトウェア。最尤法、最節約法、距離行列法で系統推定が可能。多くの塩基置換モデルに対応している。

PHYML
最尤法による高速な系統推定プログラム。フリーな系統推定ソフトの中では最も多くのモデルに対応している。最新版 3.0 でこれまでの NNI 樹形探索だけでなくより広範囲を探索する SPRにも正式に対応した。

Treefinder
最尤法に対応している系統推定ソフト。系統樹の描画と PostScript ファイルへの出力などの機能があり、便利。分岐年代の推定もできる。mixed model にも対応している。モデル選択や仮説検定にも対応しており、使い勝手と機能が両方とも秀でている。ただマルチスレッドやクラスタへの対応がなされておらず、大規模解析に使うには向かない。系統推定そのものはかなり高速。

GARLI
遺伝的アルゴリズムを用いた最尤系統推定ソフトウェア。MPI に対応しており、クラスタやスパコンで走らせることが可能。mixed model にも対応。

RAxML
現状最速の最尤系統推定ソフトウェア。MPI 対応。mixed model にも対応している。

FastTree
非常に高速な最尤系統推定ソフトウェア。並列化無しなら使える分子進化モデルは限られるものの最速。

Phase
RNA 遺伝子領域用の分子進化モデルによく対応している最尤・MCMC ベイジアン系統推定用ソフトウェア。mixed model にも対応している。

PHYLIP
系統推定ソフトウェアパッケージ。最節約法、近隣結合法、最尤法など、一通りのことはできるが、新しい塩基置換モデルを利用した最尤法は扱えない。

MOLPHY
最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。有用な Perl スクリプトも同梱されている。系統樹をPostScript に出力することもできる。

TREE-PUZZLE

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最尤法に特化した系統推定ソフトウェア。quartet puzzling algorithm を使い、最尤法を使うものの中では比較的高速。塩基置換の不均一性を Gamma 分布を用いて考慮することも可能。

BAli-Phy
アライメントを最適化しながらベイジアン系統推定するソフト。

ALIFRITZ
アライメントと系統推定を同時に行うソフト。

StatAlign
同上。

fastDNAml
PHYLIP の DNAml のアルゴリズムを改善して高速化したもの。

PAML
最尤法とベイズ法に特化した系統推定ソフトウェアパッケージ。機能は多いが樹形探索は弱
いため主に仮説検定や分岐年代推定に用いる。

MrBayes
MCMC( マルコフ連鎖モンテカルロ ) 法を用いてベイジアン系統推定するプログラム。MPI に対応しており、大規模解析が可能。mixed model にも対応している。

BEST
複数領域の配列データから各領域の Gene Trees を推定し、それらからさらに Species Tree を推定するベイズ系統推定ソフトウェア。

PhybaseGene Trees から Species Tree を推定したりできる R パッケージ。

AUGIST与えられた Gene Trees から Species Trees を推定する Mesquite の拡張パッケージ。

BEAST
MCMC 法を利用して系統樹・分岐年代の推定などを行う Java プログラム。

TNT
高速最節約系統推定ソフトウェア。Windows・MacOS X・Linux(32/64bit) に対応。MacOS X とLinux では PVM による並列化にも対応している。Willi Hennig Society の支援で個人用途無償化がなされました。

POY
アライメントと系統推定を反復改善していく動的最適化法に対応した最節約系統推定ソフト
ウェア。Windows・MacOS X・Linux 版の公式バイナリが配布されています。PVM による並列化にも対応。ソースコードも配布されていますので自前でコンパイルすれば大抵の環境で動作するでしょう。

SplitsTree42

系統ネットワーク推定用ソフトウェア。Java 製。

MEGA
Windows 用 の 系 統 推 定 ソ フ ト ウ ェ ア。近 隣 結 合 法 な ど の 距 離 行 列 法 に 対 応。同 梱 のTreeExplorer はカッチョイイ円形の系統樹を描ける。

TOPALi
アライメント編集・モデル選択・系統推定に対応したグラフィカルなソフトウェア。Java で書かれているためマルチプラットフォーム対応。

Bosque多重配列アライメント・モデル選択・系統推定に対応したグラフィカルソフトウェア。Java で書かれている。

EPoS
データや系統樹の可視化と系統推定を行うためのグラフィカルソフトウェア。

Unipro UGENE
データの編集・アライメント・系統推定を行うためのグラフィカルソフトウェア。

ModelTest
塩基置換モデル選択用ソフトウェア。PAUP* が必要。

ProtTest
アミノ酸置換モデル選択用ソフト。

ModelGenerator
塩基・アミノ酸置換モデル選択用ソフト。Java 上で走る。単体で動作。

MrAIC.pl
塩基置換モデル選択用 Perl スクリプト。MrBayes 用設定コマンドを出力する。PHYML が必要。

MrModeltest
塩基置換モデル選択用スクリプト。MrBayes 用設定コマンドを出力する。PAUP* が必要。

Kakusan
私が開発した塩基置換モデル選択スクリプト。PAUP* もしくは PAML 内の baseml を用いて尤
度 計 算 し、最 適 モ デ ル を 選 択 す る。複 数 領 域 が あ る 場 合 は 各 領 域 ご と に モ デ ル 選 択 可 能。
PAUP*、MrBayes、Treefinder 用の自動設定ファイルを出力する。

NJplot系統樹可視化プログラム。私の環境では不安定。

TreeView X
系統樹可視化プログラム。Windows、UNIX、MacOS X に対応。

MesquiteJava な系統解析ソフトウェア。ツリーやチャートの編集、祖先形質復元、多変量統計解析など。

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TREEME
Windows 用系統樹描画・編集ソフトウェア。有料。

TreeDyn
系統樹描画・編集ソフトウェア。Java 製。

FigTree
系統樹描画・編集ソフトウェア。Java 製。

MrEnt
系統樹描画・編集用ソフトウェア。簡易ドローイング機能もあり、様々な注釈を書き加えられる。ただし Windows 専用で .NET Framework 1.1 が必要。入力ファイル形式は NEXUS。編集結果は独自形式のファイルに保存できるほか、PDF・EMF・BMP・PNG で出力可能。

TreeIllustrator
系統樹描画・編集ソフトウェア。Java 製。入力は NEXUS/Newick 両対応。枝の色分けとクレード支持率の表示が可能で、編集結果を JPEG や PostScript へ出力可能。

Paloverde
3D 系統樹描画ソフト。

Walrus3D 系統樹描画用にも使える 3 次元グラフ可視化ソフトウェア。グリグリ回せます。

phylo3D
Walrus 用樹形ファイル形式変換ツール。

TreeStat
系統樹の様々な性質を表す指標を計算するソフトウェア。

r8s
LF 法、NPRS 法、PL 法による分岐年代の推定ソフト。

PhyBayes
MCMC を応用した分岐年代のベイズ推定を行うソフトウェア。

Multidivtime
階層ベイズモデルに基づいて分岐年代の MCMC ベイズ推定を行うソフトウェア。

T3 (Thornian Time Traveler)
Multidivtime の改変版。中でやっている計算はほぼ同じ。

CodonRates
同義置換速度・非同義置換速度・同義置換 / 非同義置換比 (Omega) を同時推定するタンパクコー
ド領域データ用分岐年代推定ソフト。

PATHd8Mean-Path-Length 法による分岐年代推定用ソフトウェア。

4CONSEL
比較したい系統樹と、それぞれの樹形における座位毎の尤度 (site-wise likelihoods) を与えること
で、RELL 法によるマルチスケールブートストラップを用いて系統樹を統計的に比較するためのソフトウェア。

PhyloBayes
BayesPhylogenies と同様のモデル (CAT モデルと呼んでいる ) を実装したベイジアン系統推定ソフ ト ウ ェ ア。さ ら に 系 統 樹 上 で の 置 換 モ デ ル の 変 化 を 許 す Break-Point モ デ ル を 加 え た
nhPhyloBayes というものも開発されている。無印版では、multidivtime のように隣接枝間での進化速度自己相関を仮定した分岐年代推定もサポートしている。

BayesPhylogenies
パーティション分割を系統樹の尤度に最適化することでデータから決定するように実装したベイジアン系統推定ソフトウェア。

BayesTraits
祖先形質のベイズ推定ソフトウェア。バイナリデータのみならず多数の形質状態も扱えます。
離散・連続的な形質の両方に対応。

PaupUp
PAUP* の Windows 用 GUI ラッパー。

Bininda-Emonds 氏の Perl スクリプト集
樹形ファイルや配列ファイル処理用の Perl スクリプトが色々。

DT-ModSel
Minin et al. (2003) の方法によるモデル選択用 Perl スクリプト。

SeqState
Primer 設計と Indel 符号化のためのソフトウェア。

Seq-Gen
系統樹と分子進化モデルから配列をモンテカルロシミュレーションによって生成するソフトウェア。

Dawg
欠失・挿入も含めてシミュレーションによって生成するソフトウェア。

indel-Seq-Gen
タンパクコード領域のデータ配列を欠失・挿入も含めてシミュレーションによって生成するソフトウェア。

EvolveAGene3同上。

Clann
多数の系統樹から SuperTree を様々な方法で作成することができるソフトウェア。

5Phylocom
系統的群集構造解析用ソフト。

POPE
Orthologue と Paralogue を区別するためのソフトらしい。

Web リソース
PhyloWidget
系統樹の描画・閲覧用 Web サイト。

Testing for the Node-Density Artefact
タクソンサンプリング密度の違いに起因するアーティファクトを検出するための Web フォーム。

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