【MiSeqアップデート】
Windows 10対応ソフトウェアのご紹介～MiSeq Control Software v4/Local Run Manager v3～
2021年4月2日
イルミナ株式会社
フィールドアプリケーションサイエンティスト
関中保

CAP# 11556

AgendaSECTIONS6

MCS v4でのMiSeqラン開始方法
・Local Run Mangerモード
・Sample Sheetモード
・Manualモード

LRMの使用開始方法

7

LRMでの解析結果表示と再解析

4

LRM v3の新機能

8サポートリソース

5

LRM v3でのラン設定方法（LRMモードを使用する場合）

9

本日のまとめ1

MiSeq Control Software(MCS) v4のご紹介

2

Local Run Manager(LRM)とは

32

MiSeq Control Software（MCS）v4のご紹介

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

3

MiSeq Control Software (MCS) の変遷ラン設定方法

解析Software

Sample Sheet (IEM*)のみ

MiSeq Reporter

v 3.1

・Sample Sheet (IEM*)
・Local Run Manager
・ManualLocal Run Manager v2

v 4.0

・Sample Sheet (IEM*非対応)
・Local Run Manager
Local Run Manager v3
・ManualMCSOSv 2.6
Windows 7

Windows 10*IEM：illumina Experiment Manager• MCS v4.0をWindows7搭載MiSeqにインストールすることはできません。
→ Windows 10へのアップグレードが必要です。
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MCS v4の主な変更点• Windows10 OS専用に開発（その他OSには非対応）• インターフェースが刷新され、各種ソフトウェアが更新・変更- Local Run Manger（LRM） v3が搭載- illumina Experiment Manger（IEM）およびMiSeq Reporter（MSR）には非対応- 現状、MCS v4はカスタムレシピ非対応• 詳細はリリースノートを参照- https://support.illumina.com/content/dam/illuminasupport/documents/downloads/software/miseq/miseq-v-4-0software-customer-release-notes-15052421-07.pdf

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MCS v2.6とv4.0の違い – (1) MCSでのラン設定法の違い

MiSeq Control software MCS (v2.6)• ラン設定法は、1種類のみ• IEM（Illumina Experiment Manager）で出力したサンプルシートを利用し、ラン条件と解析ワークフローを設定

MCS (v4.0)• 3種類のラン設定法• LRM（Local Run Manger）でのラン設定を読み込み可能• サンプルシートは、LRMで作成したもの、あるいはテンプレートを編集したものを使用（IEM非対応）• FASTQを出力しないManualモードが追加
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MCS v2.6とv4.0の違い – (2) 解析ソフトウェアの違い

MiSeq Reporter (MSR)

Local Run Manager (LRM) v3• 解析専用ソフトウェア• 各バージョンに対応した、解析ワークフローとともにインストールされている• 新しい解析ワークフローを利用する場合は、新しいMSRバージョンに入れ替える• ラン設定および解析に使用できるソフトウェア• 解析ワークフロー（モジュール）毎に分かれており、必要なものだけをインストール可能• 2021年4月2日現在、LRM v3用には5つのModuleがリリースされている

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MCS v2.6とv4.0の違い –セットアップから解析までの流れ
ラン条件入力MCSでのラン開始

ラン実施

解析MiSeq Reporter~MCS v2.6
Sample Sheet(IEM対応)(FASTQファイルの他、選択したワークフローに応じた解析結果
ファイル出力)MCS v4.0
LRM 3.0
Sample Sheet(IEM非対応)

ManualLRM(FASTQファイルの他、選択したモジュールに応じた解析結果ファイル出力)

bclファイルまで作成(FASTQファイルを生成しない)

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MCS v3.1とv4.0の違い

MCS (v4.0)

MiSeq Control software MCS (v3.1)• Local Run Manager (LRM) v2搭載
• Sample Sheetモードでは、IEM（Illumina ExperimentManager）で作成したサンプルシート使い、ラン条件を設定-• Local Run Manager (LRM) v3搭載
• Sample Sheetモードは、 LRMで作成したもの、あるいはテンプレートを編集したものを使用（IEM非対応）

詳細は以前のウェビナーで紹介
https://jp.illumina.com/events/webinar/2019/webinar190422-j.html【共通点】• 3種類のラン設定方法• LRMでのラン設定を読み込ませることが可能• FASTQを出力しないManualモードも選択可能

9

MCS v4.0アップグレード申し込み手順 (日本)
1.
2.
3.

下記のページにアクセスし、Check listをダウンロード- https://jp.illumina.com/on-domain/t/ts-miseq-v4-win10.html
Check listをすべて記入し、 techsupport@illumina.com まで送付
イルミナより作業日程をご連絡-2021年4月現在、アップグレード人員に限りがあるため、対応にお時間を頂戴する可能性があります【重要】注意事項：必ず申し込み前にお読みください。
• 今回のアップグレードにより各種ソフトウェアやランセットアップ方法等に変更が生じます。
- MCS v4.0からのダウングレードはできません。
- 事前に下記ページで変更点をご確認ください。
- https://jp.illumina.com/content/dam/illuminamarketing/apac/japan/documents/nfdoc/pdf/notification/o/pcn2021-1118-2102u.pdf• アップグレードは弊社フィールドエンジニアによる作業が必要です。
- 保守契約期間内の装置に関しては無償対応になります。
- 保守外装置に関しては有償作業となります。詳細は営業担当者にお問い合せください。
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Local Run Manager（LRM）とは

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Local Run Manager（LRM）の機能• 装置内蔵のソフトウェアで下記複数の機能を統合（オプション）アカウント

マネジメント

ランの作成（ユーザー管理）

シーケンスデータ
解析の実行

シーケンスデータ・解析結果の表示

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Local Run Manager（LRM）の特徴

シーケンスデータ解析の実行• Local Run Managerというフレームワークの中に、複数の解析モジュールをインストール

モジュール 5モジュール 4

解析モジュール 1• 固有のランセットアップ• 解析パイプライン• 解析結果レポート•モジュール 3

アカウント（ユーザー）管理
ラン/解析条件の設定
解析エンジン
ダッシュボード & モニタリング
モジュール 2•

Local Run Manager •フレームワーク •シーケンスデータ・解析結果の表示

MiSeq Control Software
・ラン設定に応じた装置の制御・塩基配列情報の取得（一次解析）• ソフトウェア全体のアップデートをすることなく、特定のコンポーネント（解析モジュール）のみをアップデート可能
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Local Run Managerのバージョン

シーケンスデータ
解析の実行

2.x

1.3
MiniSeqTM v1 (RUO)
MiniSeq Control Software v1(Windows 7)

Off-instrument,MiSeq, iSeqTM 100, MiniSeqTM,NextSeqTM 500/550 (RUO)

シーケンスデータ・解析結果の表示

3.x

MiSeq: MiSeq Control
Software v3 (Windows 7)
MiniSeq: MiniSeq Control
Software v2 (Windows 10update)

Dx
MiSeqDx and NextSeq
550Dx*Dx Modulesのみインストール可能

NextSeq 500/550: NextSeq
Control Software v4 (Windows10 update)

MiSeq Control Software v4(Windows 10 update)*Off-instrumentは今後開発予定• モジュールは各フレームワークで固有:- v1、v2、v3およびDxでモジュールは固有であり、それぞれのモジュールを異なるフレームワークにインストールすることはできない• Off-instrument:- 同一のPC内に複数のバージョンをインストールすることはできない
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（オプション）アカウントマネジメント（オプション）アカウントマネジメント（ユーザーの管理）• アカウントマネジメント（ユーザー管理）をONにすると、管理者による個々のユーザーの権限と利用履歴管理、および、ユーザー毎のランデータ区別が可能となる- Local Run ManagerでのアカウントマネジメントON/OFFは装置コントロールソフトウェア（MCS）と同期される

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（オプション）ユーザー権限（オプション）
アカウントマネジメント（ユーザーの管理）• アカウントマネジメント有効時には、管理者がユーザーの権限を設定可能（詳細は下表参照）- 管理者はすべての権限を持っている- 管理者はユーザーに下表△印の権限を付与可能- ランセットアップ（ラン作成）は、管理者・ユーザーのどちらでも実施可能

機能

概要

管理者

ユーザーUser Management

ユーザーの追加、権限やパスワードの設定・変更〇

×System Settings

システムセキュリティ等の設定〇

×Audit Trails

ユーザー活動履歴のモニター〇

×Requeue Analysis

データ再解析の実施〇△

Module Settings

解析モジュールへのマニフェストファイル登録〇△

Library Prep Kits

カスタムライブラリ調製キットの追加と削除〇△△：管理者が許可した場合にのみ可能

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LRMの使用開始方法

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Local Run Manager: モジュールセレクター• 解析モジュールの選択が可能なサポートツール• イルミナサポートページより利用可能- https://customprotocolselector.net/selectors/LRM-moduleselector/Content/Source/FrontPages/LRM-module-selector.htm• 各フレームワークに互換性のある解析モジュールのダウンロード先を表示“MiSeq” “MCS 4.0”
”目的のModule”を順にクリック

ダウンロードリンク →18

解析モジュールのインストール方法:• イルミナサポートページより、モジュールインストーラーをダウンロード• インストーラーをC:¥Illumina¥にコピーし、解凍• インストーラー（.msi） を実行• Credentials画面- アカウントマネジメントがONの場合には、管理者権限を持つユーザー名とパスワードを入力し、Nextを選択- アカウントマネジメントがOFFの場合には、ユーザー名とパスワードは空欄のまま、Nextを選択

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Local Run Managerへのアクセス• ウェブブラウザーを介した表示（ChromeあるいはChromiumの使用を推奨）- 装置やローカルPCから直接アクセスする場合：https://localhost/- 装置と同じネットワークに接続されているPCからアクセスする場合：
https://{instrument name}/ or https://{ip address}/

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Run Dashboard（Local Run Managerのホーム画面）• Local Run Managerの様々な機能へナビゲート

Instrument Name

Username

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LRM v3の新機能

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Local Run Manager（LRM）v3の新機能:• Library Prep KitsとIndex Kitsの区別• パスワードリカバリーオプションの追加• 様々なネットワークおよびセキュリティアップデート（詳細はリリースノート参照）
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LRM v3でのラン設定方法（LRMモードを使用する場合）

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LRMでのラン設定法 - 1（1）手動入力（2）サンプルシートの読み込み

5-125

Create run：ランとデータ解析の設定入力手動入力

サンプルシートの読み込み

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Create Run• Create Run を選択• 解析モジュールを選択▪ 必要な解析モジュールがインストールされていない場合は、イルミナサポートページ（モジュールセレクター）からダウンロードし、インストールする

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ランの詳細と設定の入力• 解析モジュールおよびライブラリ調製キット特有の項目もある
1. 固有のRun NameとDescriptionの入力

2. ライブラリ調製キット、Index Reads、シーケンス設定の選択・入力

3. 選択したモジュールに応じた設定

4. サンプル情報の入力

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ラン条件入力時の注意点• よく使用するラン条件を自動入力- シーケンスリード：Single Read / Paired-End, リード長
- インデックスリード：インデックスリードの数 (0, 1, 2)• 選択したライブラリ調製キットに応じて、互換性のあるインデックスキットがドロップダウンメニュー内に表示

インデックスキットの選択によりインデックスリード長が自動入力

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サンプル情報入力時の注意点• サンプル情報を各行に入力（アスタリスク (*) は必須入力項目）

固有のサンプル
IDを入力

インデックス情報を選択

必要があればマニフェストやリファレンスゲノムを選択• Export Sample Sheet を選択すると設定情報をサンプルシートとして出力可能• Save Run を選択するとランセットアップ完了- Export Sample SheetやSave Runがグレーアウトしている場合は、 必須入力項目がエラーなく入力されているか確認する
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動画：ランセットアップの例（手動入力）

ウェビナー録画から動画をご視聴いただけます
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ランとデータ解析の設定入力

手動入力

サンプルシートの読み込み

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IEM* で作成したサンプルシートは非対応• IEMとLRM v3ではフォーマットが異なる- IEMで作成したサンプルシートを読み込ませると、 “a validindex kit must be provided for the selected library prep kit”というエラーが出る• 解析モジュール毎に専用のサンプルシートを使用する必要がある

X
IEMは非対応- LRMで作成したサンプルシート（Export Sample Sheet）、あるいはテンプレートを編集したものを使用する- サンプルシートのテンプレートはイルミナサポートページ
からダウンロード可能（次頁でダウンロード方法を紹介）- サンプルシートの詳細な情報は、MiSeq Sample Sheet Quick
Reference Guideの改訂版に追記予定*Illumina Experiment Manager
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動画：サンプルシートのテンプレートダウンロード方法

ウェビナー録画から動画をご視聴いただけます
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ランの詳細入力：サンプルシートのインポート• LRMで作成したもの、あるいはテンプレートから作成した専用のサンプルシートを用意する- 解析モジュール毎に専用のサンプルシートが必要- サンプルシートは装置内あるいは装置が参照可能な場所（ネットワークドライブやUSBフラッシュドライブなど）に保存する• Create Run →解析モジュールの順に選択• 右図のImport Sample Sheet を選択- 使用するサンプルシートを選択• 固有のRun Nameを入力• Save Runを選択

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動画：ランセットアップの例（サンプルシートのインポート）

ウェビナー録画から動画をご視聴いただけます
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シーケンス実施前のラン編集

1

2

3

Actionsを選択

Editを選択

Continueを選択

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37LRMでのラン設定法 -2
登録がないキットを使用する際のセットアップ方法- 手動入力（Customの選択）- ライブラリ調製キットの登録- インデックスキットの登録

5-238手動入力（Customの選択）••••

インデックス配列を手動で入力可能
使用可能な塩基はA, T, G, C, N のみ
N はワイルドカードとして使用
インデックス長はサンプル間で一貫している必要がある

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ライブラリ調製キットの登録• テンプレートをダウンロード・編集後、Add Library Prep Kitを選択することで、新しいライブラリ調製キットをインポート可能

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インデックスキットの登録• テンプレートをダウンロード・編集後、Add Index Kitを選択することで、新しいインデックスキットをインポート可能

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LRMでのラン設定法 -3
その他のファイルの追加方法- マニフェストファイル- カスタムゲノム

5-342マニフェストファイルのインポート
方法 1：モジュールへの関連付け• Modules & Manifestsを選択• 任意のModuleを選択• Add Manifestsを選択

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マニフェストファイルのインポート
方法 2：ランセットアップ時に選択• マニフェストファイルを1回のみ使用する場合には、ランセットアップ時にImport Manifestsからインポート可能- 事前にマニフェストファイルが装置が参照可能なネットワークドライブやUSBフラッシュドライブなどに保存されていることを確認する

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カスタムゲノムの追加
C:¥- フォルダ構造例

Illumina
Genomes

GenomeRepository(変更可)• あらかじめインストールされているもの以外のリファレンスゲノム（カスタムゲノム）は、右記構造を保ってファイルを配置することで利用可能

SpeciesC:¥Illumina¥Genomes¥Homo_sapiens¥UCSC¥hg19¥
Sequence¥WholeGenomeFasta¥genome.fa- LRMのサンプル情報入力時にプルダウンで表示- FASTAファイルの拡張子は*.fa• いくつかの生物のリファレンスゲノムとアノテーション情報ファイルは、専用ページ（iGenome）からダウンロード可能

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VersionSequence
WholeGenome
Fasta

genome.fa

FASTA
ファイル

- https://support.illumina.com/sequencing/sequencing_softwa
re/igenome.html

Agency45

MCS v4でのラン開始方法
・LRMモード・Sample Sheetモード
・Manualモード

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MiSeq Control Software (MCS) v4からランを開始• Sequenceを選択

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ランモードを選択• 3つのランモードが使用可能①②③
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MCSv4でのランセットアップから解析までの流れ① Local Run Managerモード
事前準備② Sample Sheetモード

Local Run Manger

SampleSheetの作成

ラン条件、サンプル情報、解析ワークフロー指定

ラン条件、サンプル情報等の指定③ Manualモード

MiSeq Control Software v4
セットアップ
シーケンス
ラン

解析

LRMからラン設定情報呼び出し

SampleSheetの読み込み

ラン条件のみ入力

一次解析（画像取得、画像解析、塩基決定、BCLファイルの出力）

Local Run Manager/BaseSpace Sequence Hub

Linux環境等の3rd Partyツール

二次解析（FASTQの作成と設定に応じた解析）

FASTQの作成や各種解析

・MCS v4.0はIEM出力サンプルシートに非対応
・LRMで作成したものか、テンプレートを編集したものが必要
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Local Run Managerモードを選択する場合①

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動画①：ラン開始手順例（Local Run Managerモード）①

ウェビナー録画から動画をご視聴いただけます
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Sample Sheetモードを選択する場合②

リマインド：
IEMで作成したサンプルシートは非対応

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動画②：ラン開始手順例（Sample Sheetモード）②

ウェビナー録画から動画をご視聴いただけます
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Manual Modeを選択する場合③

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Create Run: Manualモード（BaseSpaceの設定）③• BaseSpaceTM Sequence Hub Run Monitoring only：
Manualモードでは一部のランデータのみがクラウドにアップロード

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Create Run: Manualモード（ラン条件の入力）③• 必要最低限のパラメータのみを入力- ManualモードはMiSeq Control Software version 3.0以降で採用

Read Typesingle or paired-endのいずれかを選択

Read Length
各リードのサイクル数を入力

Custom Primers
カスタムプライマーを使用する
場合は選択
Note：Index 2はカスタムプライマーを使用不可

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LRMでの解析結果表示と再解析

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LRMでのステータスおよびステータスバーの確認• ラン作成後、ステータスとステータスバーの色が状況に応じて変化する

無色

青色

緑色

Ready for Sequencing

Sequencing Running

Analysis Complete

赤色

ステータスバー
ステータス

Sequencing Complete
Analysis Running

Sequencing
Unsuccessful
Sequencing Stopped
Primary Analysis
Unsuccessful
Stopping Analysis
Analysis Stopped

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シーケンスデータ解析の流れ• シーケンス完了後、LRMは指定されたワークフローに応じた解析を自動で実行する- 例: DNA Amplicon Analysis

デマルチプ
レックス

FASTQファイ
ルの生成

リファレンス
配列へのアラ
イメント

バリアント
コール

- 出力ファイル：demultiplexing summary, FASTQ, gVCF, VCF,
Amplicon coverage files

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59解析結果の表示• シーケンスおよび解析結果は下記3つのタブに分かれて表示：

Run
Overview

Sequencing
Information

Samples &Results• 解析はシーケンス完了後、自動的に開始• 解析時間はプラットフォームやサンプル数、データ量などにより変化• 処理能力確保のため、シーケンスと解析を同時に実行することはできない- 解析中にシーケンスを開始しようとすると、解析を停止するプロンプトが表示される

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Run Overview• Run Overviewタブでは、ラン情報と基本的なランメトリクスを表示• 上記出力先に解析結果が格納されている- Copyボタン：出力先パスをコピー可能- Editボタン：再解析前などに出力先を変更可能
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61Sequencing Information• Sequencing Informationタブでは装置、試薬消耗品とラン情報を表示

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Samples & Results• Samples & Resultsタブでは各モジュール固有の結果を表示• いくつかのモジュールでは、サンプル毎の情報を表示- 各モジュールに関する詳細な情報はワークフローガイドを参照

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63同一モジュールでの再解析• 同じワークフローで設定情報のみを編集する場合:
Run ID

1

2

Actionsをクリック

Requeueをクリック

3
Edit Setupをクリック

Run ID

再解析を実行すると、新たなフォルダ（Alignment+解析番号）が作成され、FASTQなどの結果ファイルが出力される
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64別のモジュールでの再解析• 別のモジュールで解析をする場合は、新たにランを作成・保存する• ActionsボタンからImportを選択する• ランデータ（input folder）と出力先のパスを記入し、Import Runとstart analysisを選択する

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サポートリソース

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イルミナサポートページ（MiSeq）• 各種マニュアルやソフトウェア等をダウンロード可能- https://jp.support.illumina.com/sequencing/sequencing_instruments/miseq.html

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イルミナサポートページ（Local Run Manager）• 各種マニュアル等をダウンロード可能- https://jp.support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/local-runmanager.html• 解析モジュールのダウンロードにはモジュールセレクターの使用を推奨- https://customprotocolselector.net/selectors/LRM-moduleselector/Content/Source/FrontPages/LRM-module-selector.htm

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動画コンテンツ（日本語）• [日本語] MiSeq Controlソフトウェアv4.0使い方動画- https://jp.illumina.com/systems/sequencingplatforms/miseq/products-services/miseq-control-software.html

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動画コンテンツ（英語）• MiSeq how to start a run- https://support.illumina.com/content/dam/illuminasupport/courses/MiSeq_How_to_Start_a_Run/story.html• Local Run Manager v3- https://support.illumina.com/content/dam/illuminasupport/courses/local-run-manager-v3/story.html

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70本日のまとめ

For Research Use Only. Not for use in diagnostic procedures.

71本日のまとめ• Windows 10対応のソフトウェアMiSeq Control Software（MCS）v4および、Local Run Manager（LRM）v3がリリース• 装置には3つのランモードが搭載- Local Run Manager（LRM）モード、Sample Sheetモード、Manualモードから選択- LRMはランセットアップと解析の両方を担う- MiSeq Reporterは非対応• LRMでの解析ワークフローはモジュールとしてインストール- イルミナサポートページからモジュールをダウンロード可能- モジュールセレクターの使用を推奨• サンプルシートを読み込ませる場合には、LRMで作成したもの、あるいはテンプレートを編集したものが必要- illumina Experiment Managerは非対応
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72ご清聴ありがとうございました73