座長

時間

講演者（敬称略）

所属

演題

9:30 〜 9:50

岩槻邦男

兵庫県立 人と自然の博物館

GBIF の歴史、現状、あるべき未来像
GBIF, its history, present status, and future prospect
生物多様性情報基盤の確立にむけて：

菅原秀明

9:50 〜 10:10

伊藤元己

東京大学大学院総合文化研究科広域科学専攻

本格運用に移行する GBIF データポータルとその将来像

広域システム科学系

Toward establishment of biodiversity information infrastructure:
GBIF‘s data portal moving for full-operation and the vision for next step

10:10 〜 10:30

国立環境研究所松永恒雄・志村純子

環境研究基盤技術ラボラトリー

休
菅原秀明

10:50 〜 11:10

国立環境研究所における生物多様性情報活動と今後の展開

植弘崇嗣・清水英幸

松浦啓一

Activities on Biodiversity Informatics at National Institute for Environmental Studies （NIES）;
Current Status and Future Perspective.
GBIF デモンストレーション憩

日本の自然史博物館のネットワークによる自然史標本情報の発信

国立科学博物館

Digitization of Natural History Collections by Networks of Natural History Museums in Japan
生物多様性情報と生物資源情報のナショナルデータベースへの統合とデータ連携

11:10 〜 11:40

Chang-Bae Kim

Korea Research Institute of Bioscience and Biotechnology

Mission of KOBIC

松浦啓一
11:40 〜 12:10

Kwang-Tsao Shao

Research Center for Biodiversity Academia Sinica

昼

伊藤元己

正樹

14:20 〜 14:40

山本勝利・楠本良延

農業環境技術研究所

14:40 〜 15:00

森脇和郎

理化学研究所筑波研究所

黒田大三郎

15:40 〜 16:00

星

16:00 〜 16:20

菅原秀明

元紀

Integration of Biodiversity Local Databases and Linkage to Global DatabaseFish-BOL プロジェクトの概要

宮

15:20 〜 15:40

生物多様性データベースの統合と地球規模データベースとの連携

GBIF デモンストレーション

食14:00 〜 14:20

千葉県立中央博物館

休岩槻邦男

Integration of Biodiversity and Bioresource Information into National Database and Data Linkage:

An Outline of Fish-BOL（Barcode of Life）Project
生物多様性研究領域

憩

環境省大臣官房審議官

農業景観調査情報システム RuLIS の構築と生物多様性研究への適用

Development of Rural Landscape Information System and its Application for Bio-Diversity Survey
生物多様性と遺伝的多様性

Biodiversity and Genetic diversity
GBIF デモンストレーション
生物多様性情報と環境省 ― 現状と方向性 ―Biodiversity Information in the Ministry of the Environment ― Present status and Future direction

放送大学

地球規模で見た GBIF の役割と現状

President, International Union of Biological Sciences

Role and Present Activities of GBIF from Global Conspectus

Vice chair, GBIF Governing Board

閉会の辞

Closing Remarks

設立時から参画し、第 7 回の理事会を招聘するなど、積極的な活動を行ったが、情報の提供にははるかに遅れをとり、第 1 期の最後の頃になってやっと情報の参画が本格化してきた状況にある。

GBIF の歴史、現状、あるべき未来像

3 年目の評価

GBIF, its history, present status, and future prospect

第 1 期の 5 年をどのように終えるかをはかるために 3 年目の外部評価を受けた。結論としては、3 年間の活動に高い評価を得、第 2 期に向けて活動を展開することが期待されている。

第 2 期に向けて外部評価を受けて GBIF 内の委員会で第 2 期へ向けての方針が検討され、外部評価の報告、示唆に沿った拡大路線が提唱された。目下第 2 期をどのようなかたちで着地させるか、財政的基盤の設定を巡って微妙な状況

岩槻邦男

Kunio Iwatsuki
兵庫県立 人と自然の博物館

Museum of Nature and Human Activities, Hyogoにある。GBIF の事業に向けた国内体制の整いつつある日本も、拡大路線への経費負担には財政面での合意が得られず、事業を経済面から積極的に支援する立場には立てないでいる。ネットワーキングされた情報をもとに、利用者側の方法論の確立などが推進され、第 2 期になると GBIF の事業が社会に見えてくることが期待されるところである。

日本における状況
背国として、米国に並ぶ最大の財政負担を引き受けて事業への参画を決めたが、その後は国の対応が急速に消景極的となった。これは、国際対応として前向きに取り組んだものの、当初は研究者からの意欲が盛り上がらな

21 世紀は生命科学と情報科学の世紀であることは広く科学者の諒解するところである。二つの領域が融合しかったことも原因のひとつだったといえる。National Node にしても、はじめ国立環境研が名乗り出ることがて、バイオインフォマティクスが成果をあげることは、有識者の間で期待されているところである。生物多様できたが、その後紆余曲折があって、国立遺伝研と国立科学博物館にもそれぞれ Node を設けるような体制が性は、社会のための科学の観点からも、資源、環境というキーワードとともに飛躍的な展開が待望される。あ整えられたのは、第 1 期も終わりに近づいた頃だった。GBIF は構築された情報のネットワーキングは推進す

つかう情報量が特別に大きい生物多様性の科学の領域で、バイオインフォマティクスの確立が期待されるとこるが、情報の構築自体は個々の研究者、研究機関に任せられており、研究者の積極的な参加なくしてこの事業ろであるが、そのためには膨大な生物多様性関連情報の地球規模でのネットワーキングが必要である。そのよの推進はあり得ない。

うな科学の現状への認識を背負って、OECD のメガサイエンスフォーラム（当時）で検討され、Global
Biodiversity Information Facility（GBIF、地球規模生物多様性情報機構）の設立が策定された。

設

未来にかける夢
生物多様性関連の情報の活用は、資源や環境に関わる問題にとって不可欠であり、その面から社会にとって立

有用な効果を示せるものである。一方、生物多様性のバイオインフォマティクスの推進が期待されるところで2001 年に GBIF が正式に船出をした。同年夏までに 21 カ国が正規メンバー（設定された枠に応じて拠出金をあり、その基盤整備としての電子化された生物多様性の情報の構築、統一されたネットワーキングは、緊急に出し、投票権を有する）となったが、現在 26 カ国となっており、協力メンバー（拠出金を出さない国と国際推進が期待される課題である。10 年後には、GBIF に集結された情報をもとに、生命科学をリードする研究成的な NGO）は 21 カ国・経済体、35 団体を数えている。第 1 期（2001 〜 06 年）の間、年に 2 回開かれた理事会

果が山積するようになっていることを期待する。

では、コンセンサスが基調とされ、役員選挙等を除いて、投票の機会は多くはなかった。事務局をコペンハー
ゲンにおき、順調に事業が始められた。

第1期
主目的である生物多様性の電子化された情報のネットワーキングのためにポータルの設定と並んで、諸条件の整備が進められた。生物標本情報や観察記録情報を中心に積極的に情報量の増大に力を入れ、収容した情報はすでに億を超え、情報提供者を組織化することに成功して、期待された成果をあげることができた。日本はワークショップ

4

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

5

生物多様性情報基盤の確立にむけて：
本格運用に移行する GBIF データポータルとその将来像
Toward establishment of biodiversity information
infrastructure: GBIF’s data portal moving for
full-operation and the vision for next step伊藤元己

Motomi Ito
東京大学大学院総合文化研究科、GBIF 日本ナショナルノード・ノードマネージャー

The University of Tokyo; GBIF Japan National Node, Node-Manager

Global Biodiversity Information Facility（GBIF）の活動開始から 5 年が経とうとしている。その間、数多くのワークプログラムが実施されてきたが、この最初の 5 年間はおもに、学名のカタログ化と一次データ、すなわ
ち標本や観察記録データの電子化に注力してきた。その結果のマイルストーンとして、学名のカタログ化では、2007 年度版の Catalog of Life では 100 万件を超す学名が収録される予定である。また、標本・観察記録の一次データの GBIF データ・ポータルからの供給はこの夏に 1 億件を突破した。このような基本情報の拡充を受け、来年度から GBIF データ・ポータルも試用段階から本格運用に移行する。それにともない、データ・ポータルの機能も一新、拡充される予定である。新ポータルは、1）複雑な検索のサポート、2）地理情報システムとの連携、3）各国のノード用にカスタマイズ機能を提供など、よりフレンドリなユーザーインターフェースが採用される予定である。また、データのダウンロードにも対応していて、各種アプリケーションでの利用もより容易になる。
GBIF は来年度から第 2 期に入り、従来の活動に加え新たなワークプログラム（モジュール）が加わる。そのなかでも生物の統合種情報を提供するスピーシーズ・バンクはこれから重要になると思われる。このスピー
シーズ・バンクでは、学名情報、標本情報だけでなく、記載から遺伝子情報まで多岐にわたる情報を標準化し、統合して提供しようとするものである。また、DNA Barcode など、生物多様性情報活用のために利用可能な新Figures. Schematic illustrations of the first stage GBIF portal（Upper）, and thesecond stage GBIF portal（Lower）.

たなツールも整備されてきており、第 2 期 GBIF の目標である 2011 年に 180 万種（全種の 95 ％）のカタログ、10 億件のデータが達成されれば、生物多様性研究を行う際の基盤として不可欠なものになると予想される。
本講演では、GBIF 日本ノードの概要と、GBIF ポータルからの生物多様性情報の実際の利用方法を紹介する。
また、GBIF のデータのアプリケーション・プログラムでの利用例を紹介しながら、さまざまな分野での生物多様性情報の活用の可能性について議論を行う。さらに今後 GBIF の向かう方向とその将来像について考えてゆきたい。

ワークショップ

6

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

7

国立環境研究所における生物多様性情報活動と今後の展開
Activities on Biodiversity Informatics at National
Institute for Environmental Studies (NIES);
Current Status and Future Prospective
植弘

1）

崇嗣 、清水2）

英幸 、松永3）

恒雄 、志村純子

3）Takashi Uehiro, Hideyuki Shimizu, Tsuneo Matsunaga, Junko Shimura
国立環境研究所 1）環境研究基盤技術ラボラトリー、
2）アジア自然共生研究グループ、3）地球環境研究センター

National Institute for Environmental Studies (NIES)

生態系保全研究における知的基盤としての生物多様性情報システムを構築する目的で、国立環境研究所

Figure 1. Global Taxonomy Initiative Web site for Japanese users.
http://www.gti.nies.go.jp（NIES）は 1999 年に開催した Species2000 国際会議において、世界に分散した生物多様性情報資源の紹介とその統合的活用をめざした GBIF の構想を、わが国の生物多様性研究者にはじめて紹介した。また、GBIF の第一

今後の展開としては、持続的なデータベース管理と複雑化するシステム開発に必要な人材と予算の確保、及び期事業（2001 〜 2005）を進めるにあたり、その準備のための参加覚書草案と事業計画を策定する GBIF 暫定理

データの生産と利用に係る関係機関との強力な連携が必要である。

事会の議論に加わるなど、国際的な生物多様性情報の統合的利用機構の設立を学術面から支援してきた。
GBIF 発足後は、わが国からの生物多様性情報を GBIF に発信するデータプロバイダーを最初に設置し、生物多様性条約事務局ならびに GBIF 事務局と密接な連携を保ちながら、先導的に生物多様性情報の構築と公開を進

生物多様性条約横断的課題：世界分類学イニシアティブ（GTI）
生物多様性の構成要素について、いまだ人類がその全体像を十分に把握しきれていないにも拘らず、その絶滅の速度が加速している。生物多様性条約締約国会議は、多様な生物種の分類・同定の知識と技術をもった専

めてきた。
NIES はこれらの活動を、研究機関としての中長期的目標−生態系保全研究に必要な基礎情報の収集・整備、門家の育成をすすめ、生物多様性情報の国際共有によって、国、地域、地球規模での保全計画を適切に行なう

地球環境の観点からの生態系サービスの持続的利用計画策定、アジアオセアニア近隣地域との連携、環境研究ための分類学キャパシティ向上が必要と決議した。この作業計画では分類学の実態（ニーズとキャパシティ）

領域における国際的リーダーシップの確保、地球環境変動の生態系影響予測など−の達成を目指して、限られを調査し、生物種情報の生産と情報共有をすすめ、生物多様性条約のテーマ課題、横断的課題を実施できるよ

た人的・経費的条件下で地道に実施してきた。

う、既存および新規の研究ネットワークによる地域レベル協働プロジェクトをとり行う事が強調されている。

地球環境を取り巻く複雑な現象を理解するためには、データベースのさまざまな利活用を図り、またそれら

NIES は GTI フォーカルポイントとして、国内およびアジアオセアニア地域の分類学ニーズ・キャパシティ調の高次利用におけるデータの再加工も必要となる。データベースを構築し Web でアクセス可能とすることが査を実施するとともに、国内研究機関と共同で日本国内の動植物標本データベースの構築、それら情報のゴールではなく、多様なデータのオントロジー構築、知識発見、問題解決を可能とする研究と融合できるデー

GBIF への発信を実施した（Figure 1）。GTI パイロットプロジェクトによる分類学キャパシティ向上に関して

タベース開発、等の姿勢を持続できるかどうかが発展の鍵となろう。

は、タイ・インドネシアと国内研究機関の連携による分類学トレーニング、東アジア地域分類学研究ネットワ

また、既存データを取り纏めるデータベースの開発にとどまることなく、新たな有用なデータによる更新がーク EASIANET（Figure 2）、及び太平洋地域生物多様性情報ネットワーク PBIF の設立を果たした。GTI パイ

なされ広く利活用されるためには、一次情報の提供者の研究クレジットを保証すること、データベース化によロットプロジェクトにより収集した菌類標本情報（タイ/ラオス）およびマングローブ域の菌類観測情報（イり一層付加価値のある生物多様性情報の生産を可能とするようにシステムの開発を進めること、等が重要であ

ンドネシア）は、GBIF ネットワークへ発信している。
また、持続的な生物多様性情報構築には GTI プロジェクトの発展が必要であることに鑑み、GTI 地域ワークる。

ワークショップ

8

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

9

ショップを開催し、EASIANET、PBIF などとともに今後の地域プロジェクトプロポーザル草案を策定した。
これらを踏まえて、生物多様性条約科学技術助言機関会合における勧告等に、地域特性に沿ってわが国およびアジアオセアニア地域の意見を反映させるよう、数々の助言を行ってきている。

Species2000
GBIF の参加機関でもある Species2000 は、動物・植物・微生物の標準学名を参照可能とするため、各分類群における専門家の推奨するデータベースを国際連携した（メタ）データベース（Catalog of Life）を構築している（Figure 3）。また、独自のポータルサイト及び CD-ROM の配布により、年 1 回、標準学名による生物種チェックリストを公開している。NIES はこの連携データベースのひとつとして、List of Bacterial Names withStanding in Nomenclature 及び Bacterial Nomenclature Up-to-Date の協力を得て、微生物学名データベース（学名レコード数にして約 9,000 件）を Web 検索可能なデータベースとして再構築・公開している。このデータベ
ースは、Species2000 ポータル、GBIF ポータルおよび NIES に設置したサーバの、いずれからも利用可能である。2006 年度には微生物学名データベースの新たな活用のために、ミシガン州立大学の学名セマンティクス解決支援プロジェクトである NamesforLife を、日本語で Web 検索が可能な NamesforLife for Nippon として公開した（Figure 4）。2007 年度以降の Catalog of Life においては、上記のすべての細菌・古細菌学名情報資源を網羅した情報を Species2000 に提供することとなる。
Figure 2. East Asian taxonomy research network, EASIANET Web site.
NIES set a proxy server at http://www.easianet.nies.go.jp/

学名はインターネット上の生物多様性情報にアクセスする際に入り口となるため、GBIF 科学小委員会における電子学名情報小委員会の活動にも参画し、GBIF シード資金プロジェクトの推進、学名標準化における地域特異的分類概念の尊重、アジア地域プロジェクト支援などを積極的に実施した。

Ocean Biogeographic Information System
OBIS は海洋生物地理情報を中心とする GBIF の参加機関で、Species2000 と同様にデータベースを連携して、海洋生物の観測記録を観測日時、観測地、生物種について参照可能としている（Figure 5）。NIES においても、

Figure 3. Species2000 portal site. http://www.sp2000.org/
Information of species is searchable by scientific names through out the federated
databases.

ワークショップ

10

21 世紀の生物多様性研究

Figure 4. Left: Search interface for the NamesforLife for Nippon. http://158.210.250.155/n4l4n/
Right: Information on names, concept, exemplar for the name shown in Japanese language (NamesforLife
at Michigan State University).

生物多様性インフォマティクスを創生する

11

海洋生態系保全に係る研究の知的基盤強化を目的とし、OBIS 連携データベースプロジェクトにおける日本およびアジア地域のノード設置にむけて、国内関連機関の連携を図るとともに、試験サーバの設置を検討してい日本の自然史博物館のネットワークによる
自然史標本情報の発信る。

Digitization of Natural History Collections by
Networks of Natural History Museums in Japan松浦

啓一

Keiichi Matsuura
国立科学博物館

National Science Museum

生物多様性情報の集積およびその利用は、学術的要求のみでなく、環境保全や生物資源の利用に対するニーズの高まりから社会的・政策的に必須になってきた。わが国では、これまで博物館や大学等の標本情報の電子
Figure 5. Ocean Biogeographic Information System（OBIS）portal site.
http://www.iobis.org/
Over 10,000,000 records provided by 143 databases are accessible.

化は、担当者の個人的な努力によって進められてきた。しかしながら、それらの大部分は個人の研究に資するために構築したものであったり、担当者自身の標本管理や記録を目的としていることが多かった。特に大学ではこのような傾向が強かった。一方、自然史系博物館においては、標本データベースを標本管理のために作成している例が多く、データベース構築を博物館全体で行ったり、研究部や部門ごとに一定のフォーマットで作成している例も見られる。しかし、そのような場合でも異なる博物館や同一の博物館内の異なる研究部門において、統一されたフォーマットを使用している例は決して多いとは言えない。また、自然史系博物館においても個々の研究者ごとに標本データベースを作成している例が多い。
従来、それぞれのデータベースは独自に構築されてきたため、同じ生物群を扱っていながら、「データ項目
や記述形式が異なる」、「プロトコルの標準化が行われていない」、「日本語のみの入力である」等の状況にあり、横断的な相互利用が困難であったり、学術的な利用が難しい現状となっている。したがって、日本全体の標本情報を俯瞰的に、あるいは横断的に利用しようとしても困難であった。日本語による横断検索すら困難な状況であったため、英語による横断的な情報検索は不可能に近かったと言えるであろう。
一方、2001 年から開始された GBIF プロジェクトは全地球的規模で大量の生物多様性情報をインターネット
上で利用できるようにすることを目的としている。日本はアメリカと並んで最大の拠出金を GBIF に提供しているが、前述の状況を反映して、データ提供数は拠出金の金額とは対照的に、非常に少なかった。この状況を打開するために 2 年前に日本にも GBIF ノードが構築され、博物館関係のノードが昨年度に国立科学博物館に設置された。自然史系博物館にとって自らの存在意義を示す大きなチャンスが到来したと言える。国立科学博
物館を中心とする自然史系博物館関係者は自然史標本情報の横断的検索を実現し、国内そして国外への標本情

ワークショップ

12

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

13

報発信のため、以下の活動を行っている。
（1）自然史系博物館の研究者間の交流を促進する、（2）研究集会を開催し、自然史標本を取りまく課題を摘出し、その解決を目指す、（3）標本情報の電子化と横断的検索を促進するための具体的な活動目標を設定する、（4）博物館の規模は様々であるため、大規模博物館でなくても標本電子化プロジェクトに参画できる方法を探る、（5）標本情報の電子化フォーマットは博物館研究者の合意に基づき、既存のデータベースから情報を提供しやすいものとする、（6）共通のフォーマットで標本情報を提供するため、ファイル変換ツールを作成しIntegration of Biodiversity and Bioresource
Information into National Database andData Linkage: Mission of KOBICて、参加機関や研究者が利用できるようにする、（7）標本情報を活用したプロジェクトを展望し、外部資金の獲得など、博物館関係者によるプロジェクトの発展を目指す。
これらの視点に基づいて昨年度に自然史系博物館研究者による研究集会を 3 回開催し、西日本の自然史系博物館や国立科学博物館等が標本情報を共通のフォーマットに変換して博物館ノードから大量の標本情報を国内・国外に向けて発信できるようになった。今年度は東日本の博物館の参加を促し、さらに広範な地域からのChang-Bae Kim, Jae Woo Yoo, Taehui Hong,
Gee-Chan Ryu and Jong Bhak

標本情報の提供を行う。また、GBIF プロジェクトと並行して、国立科学博物館を中心とする博物館はインターネット上に博物館情報を提供するサイエンス・ネット事業を進めている。現時点で 160 館を超える博物館の展示・教育普及活動に関する情報を WEB 上で検索できるようになっている。今年度はこの活動をさらに強め、

Korean BioInformation Center, Korea Research Institute of Bioscience andBiotechnology

自然史系博物館の様々な情報提供を推進する。

Biological species described in the taxonomic community and their biological resources are indispensable for the
research of life science. A large number of new species have been discovered and mutant strains are being produced in laboratories. Therefore, the development of databases and genomic analysis of the expanding variety ofliving organisms, their preservation, and distribution for the efficient proliferating these bioresources and theirinformation have become extremely important. These are not only for basic research but also in the fields ofapplied science such as medicine and agriculture. The world is now entering into a biological revolution era where
biological resources became as important as inorganic resource such as petroleum. The foundation of the biological resource lies in the diversity of biological species and their derivatives.

Under these circumstances, the National Committee for Genetic Resource Management was initiated in Korea andissued a report on the national bioresource/bioinformation management in 2005. This was spearheaded by the
Ministry of Science and Technology（MOST）. The report made recommendations primarily for the establishmentof national databases of information containing the characteristics of these organisms and the development of networks for their wide and effective use. As the first concrete step for the creation of such a system, The Korean
BioInformation Center（KOBIC）was established on March 31, 2006 under the auspices of the MOST. KOBIC s
main activities are composed of developing（1）genomics and bioinformatics infrastructure,（2）bioresource, and（3）biodiversity information infrastructure of Korea. KOBIC performs research, development and service in theabove three fields（http://www.kobic.re.kr）.
As the national core information facility for biodiversity and bioresource, the objective of KOBIC is to provide
national survey on current status of biodiversity and bioresource management, the systematic integration of dis-

ワークショップ

14

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

15

persed nationwide of biodiversity and bioresource information, and collection, analysis, and distribution of biodi-

from kimchi. The number of databases integrated will be increased continuously（Figure 3）. In addition, to sup-versity and bioresource information. It aims to function as the infrastructure of life science and biotechnology

port the database construction of resources on demand by researchers and institutes who maintain resources,

research and the Korean national biodiversity and bioresource information portal. KOBIC also（1）develops, dis-

KOBIC provides software represented as BioALL for supporting systematic management of the information acrosstributes, supports, and coordinates access to a variety of databases and software,（2）equips every resource withthe country.

databases,（3）provides information to users, and（4）develops and promotes standards for databases, data depo-

For efficiently collaborating with GBIF, KOBIC takes the role of the Korean GBIF governing board（KBIF）. The

sition and exchange（Figure 1）.

activities of KOBIC for GBIF is providing KBIF portal, host biannual KBIF meeting to discuss with GBIF national

The activities of KOBIC include URL links to related public websites dealing with biodiversity and bioresource

work programs as a mission of biodiversity subcommittee of the National Committee for Genetic Resource

information for providing a portal site（Korea Bioresource Information Portal, http://www.bioall.org ; Figure 2）

Management and preparing future programs for promoting collaboration among Asian countries.

for researchers to find where they can obtain biodiversity and bioresource information. KOBIC s web portal has a

Even if biodiversity, bioresource and their information are full of hidden potential, its true value can only be recog-

middleware foundation called BioMatrix where all the major bioinformation resource is tabled as a matrix. Above

nized with actively participating end users. We consider that releasing information to the public plays a great partthe BioMatrix level, BioPortal provides bioinformation service including biodiversity and bioresource information.

in evaluating resources through a broad vision. Moreover, publicizing information provides enlightenment on

The websites contain information from governmental institutes, museums, resource centers, research institutes,

structuring an appropriate infrastructure system. We believe that biodiversity and bioresource, and genomic infor-

and universities. Each link or data entry is composed of（1）the related species name,（2）the database name,（3）mation extracted from these will promote the efficient application of the bioresource and support research of life

the organization name,（4）the website address,（5）keywords, and（6）systematic categories for the website orsciences extensively. It will establish a basic infrastructure of biotechnology in the era of personalized genomics.

data. An integrated search can be carried out on all the contents of these data fields. The contents of KOBIC site
updated regularly. Also, KOBIC accepts feedback from end users. In addition, KOBIC supports openfree acquisition and distribution of bioinformation（see http://biolicense.org）and advocates an open hypertext system suchas wiki, as exemplified in Bioversity.org portal（http://bioversity.org）.
KOBIC also collects information concerning biodiversity and bioresource from resource centers by official contracts and provides an easy-to-use integrated database to ensure that these resources will be utilized efficiently.
Now, the subjects of 20 networked databases are entomopathogenic fungi, green algae, reference microorganism
cultures, mouse, lichen, plant cell lines, aquatic plant, mutant fruit fly strains, marine algae, and bacteria cultured

Figure 3. Korea bioresource information portal maintained by KOBIC
Figure 1. Korean National information data
network by KOBIC

ワークショップ

16

21 世紀の生物多様性研究

Figure 2. Data and databases integration in KOBIC

生物多様性インフォマティクスを創生する

17

Integration of Biodiversity Local Databases
and Linkage to Global Database
Kwang-Tsao Shao1）、Ching-I Peng1）、Kun-Chi Lai1）
Jack Lin1）、Eric Yen2）、Han Lee1）、Alan Jieluen Yang4）
Hsin-Hui Wu4）、Shin-Yu Chen3）
1）Research Center for Biodiversity, Academia Sinica, Taipei2）Computing Centre, Academia Sinica, Taipei
3）Institute of Physics, Academia Sinica, Taipei
4）Institute of Information Science, Academia Sinica, Taipei

Background
Although the land of Taiwan is not large, it possesses extraordinarily abundant biodiversity resources and many
endemic species. To properly manage and utilize these resources, a complete database and a national website forbiodiversity must be built in advance in order for the public to easily retrieve all the relevant information.

Figure1. The established and integrated databases of Biodiversity and EcoEngineering take the species and GIS distribution as the primary key.

allow users to search for various species web pages
by the name and distribution of the species by using
GIS technique.

TaiBIF − Taiwan portal of GBIF

Furthermore, the establishment of a biodiversity database is fundamental to the promotion of conservation, educa-

TaiBIF stands for Taiwan Biodiversity Information

tion, and biodiversity research.

Facility and is in charge of integrating Taiwan s biodiversity information, including Catalog of Life（a list

The biodiversity databases in Taiwan were dispersed to various institutions and colleges with limited amount ofof Taiwanese native species）and local experts, thedata by 2001. The information of Catalog of Life, specimens, and alien species were not integrated until the five-illustrations of species, the introduction of native

year program, National Digital Archives Program from 2001-2006. Meanwhile, Biodiversity Action Plan was enact-

species and invasive species, Taiwan s terrestrial anded by Executive Yuan, and it is requested by National Science Council, Academia Sinica and various institutions tomarine organisms, biodiversity literature, geographi-

establish databases and integrated together under a national portal for biodiversity.

cal and environmental information, information about

Figure 2. Website of TaiBIF.（in Chinese）
relevant institutions, organizations, projects, observaDepartment of Life Sciences, National Science Council appointed Academia Sinica to gather taxonomists to con-tion spots and publications, etc. Furthermore, TaiBIF uses DiGIR（Distributed Generic Information Retrieval）

struct the Catalog of Local Experts and the Catalog of Life（excluding alien species）for Taiwan biodiversity fromwith Darwin Core as its standard to reach the goal of data exchange. Both Chinese and English websites of TaiBIF

2002 to 2004. The catalogs were placed under Taiwan Biodiversity National Information Network（TaiBNET）

are online for public use（Figure 2）http://taibif.org.tw .

http://taibnet.sinica.edu.tw. Presently, more than 10 institutes and museums that collect the specimen data（ani-There are three ways of connecting and sharing data from local databases to global databases/networks（Figure

mal and plant）and distribution information of Taiwan are integrated by Darwin Core and they can be queried via

3）.（1）The linkage of global species databases with the Fish Database of Taiwan and FishBase by life taxa.

Union Catalog of National Digital Archives Program, TaiBIF, and TaiBNET. Figure 1 show how these databases（2）The connection through national nodes like TaiBIF to GBIF.（3）The linkage to local Species 2000 AO.

were integrated based on the species names and GIS distribution as the primary key. The integrated databases

ワークショップ

18

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

19

4. Ecological Image System
The system provides services including catalog service, map service, photograph query, photography upload, andgeography tags.

Data Providers of TaiBIF
TaiBIF not only collects the local species lists and their specimens, distributions, photographs, and habitats, butalso cooperates with 3 major organizations and 2 universities in Taiwan for different purposes as following:
1. Science and Technology Information Center, National Applied Research Laboratories（STIC）: Linkage the biodiversity database of documents and workshops between TaiBIF and STIC.
2. Council of Agriculture and National Taiwan University: To inquire about Natural resources and Ecology GIS
database in Taiwan and The Biodiversity Information of Taiwan R.O.C. for related laws, regulations, policy
and the international trend.
3. Ministry of Education and National PingTung University of Science and Technology: To inquire about education information and make linkage with Taiwan Forestry Research Institute s
Figure 3. Integrate Taiwan Biodiversity National Information Networkwith global databases.

100 of the World s Worst

Invasive Alien Species and Endangered Species Database and Endemic Species Research Institute s Eco-engineering Database, and National Plant genetic Resources Center s Germplasm Bank.
In addition, TaiBIF also supplies the information of national related organizations, publications, national parks,

Content of TaiBIF
1. Catalogs of Life and Local Experts on Biodiversity
TaiBIF is derived from the Catalog of Life and the Catalog of Local Experts on Biodiversity established by theactivities and news.

Future Developments of TaiBIF

Taiwan Biodiversity National Information Network（TaiBNET）. The TaiBNET database has recorded around

More than 311,000 people have browsed TaiBIF site since July 2004. So far, TaiBIF will be greatly improved once

46,000 indigenous species and 650 local experts on biological diversity. It provides a search engine for data query

150,000 specimen records become available in 2006. The future developments of TaiBIF are as follows:

based on an up-to-date database. The information includes classification hierarchy, Chinese name, author and1. Continue to collect new biodiversity data and photos and integrate other sources into TaiBIF with the function

year, and authorized citation, and can be retrieved via species name, classification hierarchy, and full text search.

for the new data.
2. Cooperate with government agencies and various institutions to facilitate the establishment, exchange and inte-

2. Furthermore, users can click on the species hyperlink with the text of the scientific name and link to domestic

gration of biodiversity information, including National Geographic Information System, Encyclopedia, Eco-engi-

or global databases as NDAP species data, Species 2000, and Discover Life to retrieve the details, such as theneering, germplasm bank, resource distribution, ocean, alien invasive species, agriculture, Ecologicaldescriptions of characteristics, pictures, habitats, specimen records, relevant literature, geographical distribution,

Observation Grid, environmental assessment, science education, specimen archives, references, and genetic

etc.

codes.
3. Introduce advanced information technology to TaiBIF, such as Data Grid, Web Service, Data Mining tools, etc.

3. Integration of Specimen, Observation and Habitat Databases

And construct TaiBIF as a knowledge management platform to provide more comprehensive and powerful serv-

TaiBIF provides a search engine for specimens, observation records, and distribution of native species. TaiBIF vis-

ices.

itors can easily retrieve information about the distribution, habitat, specimen records, observation records, andecological function of the species. The specimen data are the research results of NDAP. The observation data arecollected by various experts from field studies and EIA reports sponsored by NSC, COA, or the Ministry of theInterior（MOI）.

4. Apply international standards, such as EML（Ecological Metadata Language）, into TaiBIF and facilitate international cooperation.
5. Participate in international organizations such as GBIF, OBIS, Barcode of Life Data Systems（BOLD）,CMOLD,
Discover Life, etc., and improve international cooperation.
After completing the steps mentioned above, TaiBIF is expected to become a data sharing platform, an informa-

ワークショップ

20

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

21

tion generating engine, a bridge between Taiwan and the world, and a foundation for future biodiversity studies.

The future task in 2006-2007 including:Fish-BOL プロジェクトの概要

1. Provide over 150 thousand digitalized specimens to Global Biodiversity Information Facility（GBIF）

An Outline of Fish BOL (Barcode of Life) Project

2. Collect over 5,000 domestic lives in specimen and ecological photographs
3. Increase species records to 47,000 and establish introduced species checklist
4. Biota Taiwanica（English edition）will be internet access
5. Establish domestic reference of database including the retrieve and integration of books, documents, compact
disk and database
6. Integration of ecological distribution of the plant species, animal and marine life.

宮正樹

Masaki Miya

Biodiversity Informatics is an emerging field to provide integrated services of distributed multi-model, multi-type
and multi-disciplinary content resources, and to foster new research paradigm and new knowledge from them. A

千葉県立中央博物館

new infrastructure supporting better data collection, analysis, query and access, management, resource discovery,

Natural History Museum and Institute, Chibaand dissemination is necessary to meet the requirements of biodiversity researchers, data curator, and museums
etc. TaiBIF is an organization which collects and integrates biodiversity data of various institutes in Taiwan. Basedon the experiences of TaiBIF and related works, a web-based content management system（CMS）would be themost viable solution to reach the goals stated previously.

1．莫大な種の多様性とヒトの認知能力
この地球上にいったい生物が何種類いるのか見当もつかない。ちょっとインターネット上で検索しただけでも、200 万から 1 億くらいの幅広い数字が出てくるし、それらの数字が何を根拠に求められたものなのか、明確に述べられているものはない。私が研究している魚類では、2006 年初頭で有効な名称を与えられているもの
が約 28,000 種いるが、この数字は未記載種の発見などにより本年末には 28,400 くらいになるだろうと言われている（Nelson, 2006）。
生物のもつこのような多様性が、ヒトの認知能力の限界を超えているのは明白である。分類学に多少はたず
さわったことがある私でさえ、外見だけで自信をもって同定できる魚など数十種もいない。標本が採集された
季節や場所、標本の色やサイズなど、付随する情報があるから正確な種の同定が可能なのであって、純粋に外見だけで識別するには限界がある。

2．DNA を用いた生物種の同定
このようなヒトの認知能力の限界を考えれば、誰だって遺伝子の本体である DNA を用いた生物の同定を考えるだろう。ただ、これまでは誰もそのアイディアを大きな流れにもっていけなかった。このアイディアを見事に実現に近づけたのが Barcode of Life（BOL）プロジェクトである。DNA の塩基配列を、商品に付いている
バーコードに見立てたその着眼点の良さに驚かされると共に、将来的にはバーコードリーダーのようなマシン
を使って生物を同定しようというわかりやすいアイディア無しには、大きなプロジェクトを実現することはな
かったであろう。

ワークショップ

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21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

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3．プロジェクトの生まれた背景

現在までに、DDBJ/EMBL/GenBank 等のデータベース上に登録されている配列と、ゲルフ大学が独自に決

このプロジェクトの引き金になったのは、カナダのゲルフ大学に所属する Paul Hebert 博士（「DNA バーコードの父」と呼ばれている）が 2003 年に出版した

Biological identifications through DNA barcodesと題す

定した計 1,353 の DNA バーコードが FISH-BOL のデータベースに登録されており、この数字は魚類全体の多様性の約 5 ％に相当する。これを次期 5 年間で飛躍的に上げることが当面の大きな課題になっている。

る論文 （Hebert et al., 2003） だと言われている。短い DNA シークエンスを用いて生物種を同定するというア

我々の研究グループは、魚類の大系統解明を大きな目的として、そのミトコンドリアゲノム全長配列を網羅

イディアは、分類学者だけでなく、さまざまな分野の研究者の関心を（そしてさまざまな批判をも）巻き起こ

的に決定してきた（たとえば Miya et al., 2003, 2005 を参照）。既に手持ちの配列は 800 種を超えており、そのした。

点ではすぐにでも FISH-BOL に貢献することができる。一方、これまで系統学的に網羅することを重点においこの論文の出版直後に、バーコードに関連する二つのワークショップがスローン財団の支援を得て開催された分類群のサンプリングを行ってきたために、今後は地域の多様性を網羅する努力が必要となろう。幸い、デた。2004 年 4 月には、スミソニアン研究所の Dr. Scott Miller が PI となり、The Consortium of the Barcode ofータベースの運用や解析については、プロジェクトの本体に任せておけばよいので、この点については気楽でLife（CBOL）というコンソーシアム（協会）が設立された。その発足にあたって、2004 年 5 月に第三回目のある。本来は、水産国日本が魚類については先導的役割を果たすべきだと考えているが、残念ながら我が国政

ミーティングがスミソニアン研究所で開かれ、このプロジェクトを国際的かつ先導的なものにするための具体

府や関係諸機関から理解を得られるまでには至っていない。

案が練られた。この間、先に挙げたバーコードの父 Dr. Paul Hebert は、カナダにおいて大規模な資金獲得に成功している。2006 年 7 月には、新たな研究棟で 30 人近いスタッフによって、カナダを中心としたプロジェ
クトが本格的に開始されることになっている。一方、2005 年 2 月にはロンドンの自然史博物館で第一回目の国
際シンポジウムが開催された。その成果は Philosophical Transaction of the Royal Society B の第 360 巻 1462 号に特集号としてまとめられている。

4．The Consortium for the Barcode of Life（CBOL）
先に述べたように、BOL は CBOL と呼ばれるコンソーシアム（協会）を中心に組織されている（図 1）。
CBOL の主体は会員（メンバー）と呼ばれる世界各国の機関（大学・博物館・研究所等）で、彼らが実行委員
会のメンバーを選出し、組織の運営にあたっている。実行委員会は学会の幹事会のようなもので、現在は 7 名の委員が務める。実際の仕事は事務局が行っており、Dr. David Schindel というハーバード大学出身の元古生物学者がその任に当たっている。
当然のことながら、このような組織そのものがデータを出して解析したり、論文を書いたりするわけではな
い。CBOL の実行部隊は、図 1 にもあるようにワーキンググループである。ワーキンググループは、1）デー
タベースを担当するグループ、2）データ解析を行うグループ、3）データを実際に出す DNA 解析グループ、植物における DNA バーコードの可能性を探るグループ、そしてハイシークエンススループット等の新たな技術面の開発を担当する五つのグループからなる。DNA バーコードを網羅するうえで最も重要なのが、DNA 解析グループで、その下にさらに分類群ごとのサブグループが立ち上げられている。最初に立ち上げられたのが、鱗翅類、魚類、そして鳥類であり、私はそのうちの魚類のワーキンググループに属していることになる。

5．Fish Barcode of Life Initiative（FISH-BOL）
FISH-BOL の大きな目的は、29,000 種近くいると言われる魚類全種の DNA バーコードを蓄積することである。
当面は海水魚に重点をおくとしているが、淡水魚についても並行して活動が進められるようである。
魚類の幅広い多様性と地域性から、FISH-BOL にはその下部に 10 個の Regional Working Group がおかれている。私は北東アジア地域の Regional Chair ということになっており、この地域の魚類のバーコーディングを任

図 1 CBOL の組織構造。学会と似ており、会員が中心となっているが、実際には事務局とワーキンググル
ープがほとんどの実務をこなしている。五つのワーキンググループそれぞれに複数のサブグループがある。
DNA 解析が本格的に始まっているのは、鱗翅類と魚類と鳥類。魚類のサブグループには、全体を統括する
Co-Chair が二人に、その下に 10 個の Regional Working Group が設けられている。

されている。もちろん、どのメンバーも FISH-BOL からは一切の研究資金も貰っていないので、この「事業」を円滑に進めるためには、各メンバーが資金獲得に努めなくてはならない。

ワークショップ24

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

25

農業景観調査情報システム RuLIS の構築と生物多様性研究への適用
Development of Rural Landscape Information System
and its Application for Bio-Diversity Survey

山本

勝利、楠本

良延

Shori Yamamoto, Yoshinobu Kusumoto
農業環境技術研究所

National Institute for Agro-Environmental Sciences

Figure 1. Classification of Agro-ecosystem by Rural Landscape Information System

1. はじめに
生物の多様性は、多くの場合、遺伝子、種または個体群、生態系、そして景観の 3 ないし 4 つのレベルに分けて議論されている。このうち、国土のほとんどが農林畜産業を中心とした人間活動により歴史的に攪乱を受け続けてきた我が国では、土地の利用・管理の結果形成された生態系または景観が生物多様性に大きな影響を及ぼしている。したがって、我が国の生物多様性保全を図るためには、生態系または景観のレベルで生物多様性を捉え、それらの状態をモニタリングすると同時に、その変化と生物多様性の関連性を検討することが不可欠である。しかしながら、生物多様性に関する知見は、遺伝子または種のレベルを中心に蓄積されており、生態系または景観レベルの知的基盤の形成は極めて遅れている。そこで農業環境技術研究所では、英国でのCountryside Information System（CIS）及び Countryside Survey（CS）の例を参考に、客観的に区分した我がFigure 2. Monitoring of Agro-ecosystem on Rural Landscape Information System

国の農業生態系からサンプリングしてモニタリング地区を決め、そこで種、生態系、景観の各レベルにわたる
詳細なデータを収集するための枠組みとして農業景観調査情報システム RuLIS（Rural Landscape Informationに区分）。ここでは、国土のほとんどが農林畜産業によって歴史的に形成された景観構造を有するという点をSystem）を構築している。ここでは、その概要と、生物多様性の変化傾向の推定に適用する試みを紹介したい。

重視し、自然環境に加えて農林地を中心とした土地利用の組み合わせに基づき、標準地域メッシュの 3 次メッ

なお、RuLIS の詳細は井手ら（2005）を参照されたい。

シュ単位で国土全域を 60 のクラスに類型した（Figure 1）。このうち、たとえばクラス 6 ＊（＊は 1 〜 8）は、

2. 農業景観調査情報システムの概要
RuLIS では、CIS を参考に、数値地図情報等を用いて全国の農業生態系を区分し、区分された各クラスから抽出した地区におけるモニタリングを実施している。
1）数値地図情報を利用した農業生態系の区分

レベル 1 〜 3 により特徴づけられる東北地方南部の太平洋側及び関東地方並びに中部地方の内陸部に分布する
農業景観である。クラス 6 ＊はさらに、レベル 4 からレベル 6 の指標により、8 つのクラスに区分される。
2）土地被覆・植生変化のモニタリング
利根川流域に分布する下流域低地水田景観（クラス 66）、下流域台地谷津田景観（クラス 67）、下流域台地
市街化景観（クラス 68）、中流域水田景観（クラス 64）について、それぞれからモニタリング地区（3 次メッ

地理情報を用いた国土区分は、すでにいくつかの視点からなされている（たとえば、環境庁が平成 9 年公表

シュ）を 8 地区ずつランダムに抽出し、空中写真の判読等により土地被覆図（現況及び 1970 年代）を作成した。

した「生物多様性保全のための国土区分」では、生物分布の境界線、積算温度、年間降水量によって 10 地域

一方、植生については、抽出したモニタリング地区内において、それぞれ放棄水田、畦畔、二次林、水田脇斜ワークショップ26

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

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面植生を対象に、種組成、種ごとの高さ及び被度、位置情報等を中心としたデータを収集した。

3. 調査情報システムを利用した生物多様性のポテンシャル評価
土地被覆状況に関するデータから、景観構造の変化を解析・推定することが可能である。たとえば、チョウ類の生息にとって重要とされる「水田−のり面（草地）−森林」の組み合わせからなる景観を抽出する指標と生物多様性と遺伝的多様性
Biodiversity and Genetic diversity

して、土地被覆の水田と森林の境界長に着目すると、下流域台地谷津田景観（クラス 67）では、最近の 25 年
間で、チョウ類の生息に適した景観が顕著に減少していることが示された。また、水田と森林の境界長については、クラスごとの景観の特徴を反映して、下流域台地谷津田景観では水田面積と相関が高く、一方、下流域
低地水田景観では樹林地面積と相関が高いことが示された。

森脇

参考文献
井手任・大黒俊哉・楠本良延（2005）生物多様性保全のための景観・植生調査情報システム．インベントリー，第 4 号，20-23．独和郎

Kazuo Moriwaki

立行政法人農業環境技術研究所．

理化学研究所筑波研究所（「インベントリー」は農環研ホームページ http://www.niaes.affrc.go.jp/inventry/trial/magazine.htm で閲覧可能である）

RIKEN Tsukuba Institute

生物多様性の基盤をなすものは生物種であり、個々の種の特性を識別し種の名前を決めることなしには、生物の多様性を完全に把握することは難しい。自然界の多様的な生物を対象とする分類学・系統学の分野では、
古くから形態を主体に、行動様式、生息環境、地理的分布等を加えて種を分類してきた。今日でも種の記載は
基本的にはこの方法で行われている。
一方、前世紀後半から飛躍的な発展を遂げた分子遺伝学は、生物の構造と機能が遺伝子の支配を受けていることを明らかにした。今世紀に入り、ヒトをはじめ主要な実験生物の全ゲノム塩基配列が解析されるに至った。
近年、分子遺伝学や分子進化学の成果を取り入れた分子分類学・分子系統学という分野も発展してきた。しかし、伝統的な手法で決められた種名と、種を特徴付ける DNA 塩基配列との間に十分な一致が得られるには至っていない。優れた分類学者は多数の形態的特性を使って種の同定を行っているはずである。それらの特性は基本的には遺伝子支配を受けており、種内では変化しない進化的な安定性をもつが、それらの全てが DNA 塩
基配列として特定されているわけではない。
最近、分子的な分析手法は大きく発展し、いわゆるハイスループットな解析が可能になってきた。全ゲノムではなくとも、数十の遺伝子 DNA 塩基配列の分析によって系統分化の系図を描くことも出来るし、適当な数の遺伝子の DNA 塩基配列によって特定の種を特徴付けることも原理的には可能であろう。
Hebert らが 2003 年に提唱した DNA Bar code による種の同定もこの流れの上にある。彼らは動物のMitochondria CO1 (Cytochrome oxidase 1) 遺伝子の 5'端 648 塩基に着目し、その変異の中に種の特異性およびそれより上位の分類群の特異性を見出して、多様的な動物群の同定・分類を行う研究グループを作った。生物
種の的確な同定は、単に学術的な貢献にとどまらず、社会的な有用性にも繋がるところがあるが、この手法は解決すべき問題をいくつか残している。
ここでは、Barcoding にも関わりがあるとおもわれる「遺伝子の歴史から種の歴史をみる」ときに起こる問ワークショップ28

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

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題点； Mitochondria の遺伝子の母性遺伝、種を超えた遺伝子流入、隠された遺伝子間相互作用等を野生マウスの例について紹介する。

Figure 3. Mechanism of genetic incompatibility in B6-ChrXMSM males（Oka et al（2004））

Figure 1. A hybrid subspecies, M M. Molossinus（Yinekawa et al.（1988））

Figure 2. Hbb haplotypes with b1- and b2 genes in each subspecies group（Moriwaki et al, unpublished）

ワークショップ30

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

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系調査研究機関連絡会議（NORNAC）の開催、JICA 研修の受入れ等の普及啓発業務も実施している。

3. 生物多様性センターの展開

生物多様性情報と環境省― 現状と方向性 ―生物多様性センター設立から今年で約 9 年になるが、各方面からの様々な要請等を踏まえ、自然環境保全基
礎調査も新たなる展開をし始めている。その一例としては、自然環境の質的な変化の適時的確な把握を目的とBiodiversity Information in the Ministry of theEnvironment― Present status and Future direction
黒田大三郎
Daizaburo Kuroda
環境省大臣官房審議官

Councillor, Deputy Director-General, Nature Conservation Bureau,
Ministry of the Environment

した「モニタリングサイト 1000」事業の開始、衛星情報の活用による植生調査手法の開発、GIS データへの変換等の調査結果のデジタル化と WEB サイトを利用した提供、JICA 研修の受入れ等を通じた調査・解析技術の移転等が挙げられる。

4. GBIF との連携
GBIF との関係で言えば、動植物標本の収集・管理事業がある。生物多様性センターには専用の標本収蔵庫があるが、平成 18 年 7 月現在、その標本数は約 58,000 点にのぼっており、目下、標本の収集及びインターネッ
ト等を通じたデータベースの公開等を開始する準備を進めているところである。この標本データベースの設計・公開に当たっては、生物多様性に係るバイオインフォマティクスにも寄与することができるように、国内の GBIF ノード機関との連携を図りつつ、GBIF の情報資源としての機能も持たせていくこととしている。
環境省としては、第 2 期 GBIF で計画されている生物分布情報の利用アプリケーション等の作成についても、

1. 新・生物多様性国家戦略と生物多様性情報

引き続き連携・協力を行っていく方針である。

環境省自然環境局は、平成 14 年度に策定した「新・生物多様性国家戦略」をベースに、原生的な自然から身近な自然までそれぞれの地域に応じた自然環境の保全を行い、自然とのふれあいの推進を図るとともに、生物多様性の保全や野生生物の保護管理、国際的取り組みを推進している。
「新・生物多様性国家戦略」は、「自然と共生する社会」を政府全体として実現することを目的とした自然環境の保全と再生のトータルプランで、自然環境のデータの整備については「自然環境保全施策を展開するためには、自然環境の現状と時系列的変化に関する科学的かつ客観的なデータ収集・整備を目的とした調査をすすめることが不可欠」とし、「情報システムの充実」を図ることとしている。

2. 生物多様性センターと生物多様性情報
環境省は生物多様性保全のための基礎的情報の収集等の充実を図るため、1998 年に山梨県富士吉田市に生物多様性センターを設立した。生物多様性センターは、10 人程度が常駐し、生物多様性保全施策のより一層の推進に貢献するための中核的拠点施設として、「調査」「情報」「標本資料」「普及啓発」の 4 つの業務を総合的に実施している。また、生物多様性条約の「クリアリングハウスメカニズム（CHM）」のフォーカルポイントとして活動している。
具体的には、生物多様性情報の収集・管理・提供等を図るため、これまで 30 年以上にわたって行ってきた「自然環境保全基礎調査」（自然環境保全法に基づき概ね 5 年毎に行われる陸域・陸水域・海域の各域に渡る全
国的な調査）等の生物多様性関連調査の充実・強化に加え、関連する文献・標本等の収集・管理、インターネ

Functions for Biodiversity Center of Japan

ットを利用した「生物多様性情報システム（J-IBIS）」による各種情報の提供、「生物多様性情報クリアリング
ハウスメカニズム（CHM）」の構築等を実施してきているところである。また、調査技術の開発・普及、自然ワークショップ32

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

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地球規模で見た GBIF の役割と現状
Role and Present Activities of GBIF from Global
Conspectus星

元紀

Motonori Hoshi
放送大学

The University of The Air

生物の多様性 Biodiversity と複雑性 Biocomplexity とは、生物を表現する主要な座標軸といえるものであろう。
本ワークショップのこれまでの議論からも明らかなように、両軸ともに生命情報学 Bioinformatics の大いなる寄与が期待されるところである。いうまでもなく GBIF は、生物多様性科学への社会的な期待を受けて、この分野の発展とこの分野における生命情報学の確立とを目指して、世界に散在する膨大な量の生物多様性に関す明したい。また、生物多様性科学、生物情報学の何れからも離れた立場にいる一生物学徒として、GBIF へのる情報を結んだネットワークを作り、その有効利用を図ろうとするものである。その目指すところの重要性と、期待と現時点におけるその実態との乖離について述べてみたい。

その実現の困難さはすでに繰り返し論じられてきた。
GBIF 発足直後 3 年間の活動を調査評価した中間評価においては、問題はあるものの立ち上げ期の成果としては十分なものがあり、最終的に期待される成果の波及効果を考えれば、活動のいっそうの拡大が期待されるという結論がでた。しかし、電子化された情報がどれだけ提供できているかという点に関しては、いかに立ち上げ期とはいえ、心許ないというのが実感であった。一部の先進国を除いては、各ノードの実態はごく少数の個人による献身に支えられているという状況であり、情報量の増大が何処まで出来るのか大変不安であったが、この点は現在ではかなり改善されている。わが国でも中間評価の段階では、経済的負担率に比べて情報の提供量がいかにも見劣りするという状況であったが、その後急速に改善されつつあるのは喜ばしい。
国際生物科学連合（International Union of Biological Sciences; IUBS）では、生物多様性の維持ならびにその実態の調査と研究の重要性とを早くより指摘し、Diversitas に結実する運動を展開してきた（図）。IUBS では
このような実績に立脚して、傘下のメンバー組織や IUBS の運営に積極的に関わっている個人を通じて、間接的ではあるが GBIF に設立当初より関わってきた。また、1997 年に立ち上げたプログラム
Integrative Biology

は、本年よりIntegrative Biology

Towards Anと名を改めたが、このプログラムにおいても生物多様性は大きなテーマである。ここではそのような経緯を踏まえて、IUBS として GBIF に寄せる支持と期待を表

ワークショップ34

21 世紀の生物多様性研究

生物多様性インフォマティクスを創生する

35

閉会の辞
Closing Remarks

菅原秀明

Hideaki Sugawara
国立遺伝学研究所

National Institute of Genetics, ROIS
GBIF 執行委員会副議長

Vice chair, GBIF Governing Board

Figure 2. A model of the GBIF use cases for the update of the GBIF data
portal［Donald Hobern, GBIF］

Board においてデータポータル案が紹介されました。また、James Edwards GBIF 事務局長からこのワークシ
この 10 月に地球規模生物多様性情報機構（以下、GBIF）から 1 億件以上の標本・観測データが利用可能に

ョップへのメッセージが届いております。順次、ここに掲載いたします。

なりました。5 年後の 2011 年には 10 億件のデータをいつでもどこでも誰でも GBIF から利用可能になる見込みです。ヒトゲノム配列データ決定・公開は、生物学に変革をもたらしましたが、この GBIF の情報環境は生物

Dr. James L. Edwards（GBIF Executive Secretary）からのメッセージ

多様性研究に我々の想像を超えた変革をもたらすことでしょう。また、生物多様性をめぐる施策に対してより

It is especially valuable that the workshop focuses on integrating information from natural history collections,

緻密な科学的根拠を提供することになるでしょう。情報学（informatics）は、その果実を享受するために必要

microbial collections, barcodes, agricultural landscapes, conservation and genetic diversity. The networking ofとされますが、一方で、この情報環境は informatics に対しても変革を求めることでしょう。生物多様性インフォマティクスをテーマとしたこの我が国初のワークショップの機会に、国際社会とともに我が国において生物

these various sectors will provide a rich nexus of data sources appropriate for answering a wide range of scientific and policy questions. Japan is well positioned to play a catalytic leadership role in making this happen, bothwithin Japan and also regionally in East Asia.

多様性インフォマティクスは・誰が何のために利用するのか

The new GBIF data portal, to be presented at the workshop by Motomi Ito, is the first step toward providing a

・誰が形作っていくのか

global mechanism for bringing together such disparate data sources. But GBIF depends on strong national and・要素として何を必要としていregional efforts. It is my hope that this workshop will set the stage for Japan to develop a robust strategic plan forるのか・ X-informatics とどのように連

developing the databases and and sectoral linkages that will enable it, and all of East Asia, to reap the rewards
that biodiversity informatics, based upon sound data, can provide.

携するのかについて議論が深まり、生物多様性インフォマティクス創出へ

Best wishes,- Jim
Dr. James L. Edwardsの戦略が仄見えてくることを期

Executive Secretary

待しています。

Global Biodiversity Information Facility

さて、10 月 2 〜 4 日にイキト
Figure 1. Output of a new GBIF data portal［Donald Hobern, GBIF］

ワークショップ36

21 世紀の生物多様性研究

スで開催された GBIF Governing

生物多様性インフォマティクスを創生する

37

組 ◆ 織 ◆ 委 ◆ 員 ◆ 会
委

委

員

長

員

委員・事務局