メタトランスクリプトーム解析
価格（税別）

65,000 円 / サンプル

データ量

3,000万リード/4.5Gb

納期

4〜6週間
・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認
・rRNA除去・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析（DNBSEQ-G400 150bpペアエンド解析）

作業内容

ご提供サンプル
ご提供情報

トータルRNA1ug以上 ( >50 ng/ul、>20 ul）
・サンプル情報提供用紙
・オーダーシート

※滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
※1 ug以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。

｝

お見積時にこれらのファイルをメール添付でお送りしますので、ご記入の上、サンプル送付時に送信ください。

オプション項目価格（税別）

備考

早い！
安い！

ゲノム解析
ショットガンメタゲノム解析
RNA-seq 解析
メタトランスクリプトーム解析

追加納期

データ解 析

アセンブル・マッピング

Trinity によるアセンブルを行い、Contigを提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します。

アセンブル・マッピング・
遺伝子予測・機能解析

アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka（ソフトウェア）によるオートアノテーションを行います。
KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います（下記参照）。

100,000円

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円

アセンブル・マッピング・遺伝子予測・機能解析
はじめに生リードから低品質の配列の除去を行います。
次に、アセンブルソフトウェアによって得られたContigを提供します。
同時に、N50や総塩基数などの統計データを提供します。
アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokkaソフトウェアによるオートアノ テーションを行います。
出力された予測タンパク質配列(multi-fasta形式)、遺伝子アノテーション(gﬀ形式)、genbank形式データなどを提供します。
最後に、COG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行ったデータも提供します。

系統推定（Metaxa によるSSU rRNA 予測）

光合成（1サンプルあたり・税別）

ゲノム解析・ショットガンメタゲノム解析 40,000 円〜4週間

納期

4〜6週間

RNA-seq 解析

40,000 円〜 すべての作業をメタトランスクリプトーム解析※265,000 円〜※1＜価格に含まれるもの＞① サンプル QC（DNA サンプルは濃度測定のみ）② ライブラリー調製③ シーケンシング解析（150 または 200 ペアエンド解析）※1 参照配列へのマッピングとカウントも含まれています。
※2 rRNA 除去も含まれています。

自社（国内）で行います

これはおかわりしたくなりますね。

DNBSEQ-G400について、よくあるご質問他のご質問＆回答集は弊社 HP にございます。

Q1.特徴は？

予測タンパク質配列、遺伝子アノテーション、genbank 形式データなど

機能分類

遺伝子予測

アセンブル

生データ

Contig

窒素代謝

2週間

8サンプルまで一律200,000円

価格

解析サービス

8サンプルまで一律

お問合せ・見積依頼・サンプル送付先〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334
dna@gikenbio.com転写
アミノ酸代謝予測されたタンパク質の機能的分類

なんといってもコストパフォーマンスがよいことです。
低価格で 高品質のショートリードが取得できます。

Q2.解析事例はありますか？
弊社で DNBSEQ-G400（MGI 社）と HiSeq（illumina 社）を用いてシーケンシング解析を行い、取得したリードでそれぞれアセンブルしました。右図の通り 2 機種の結果を比較するとほぼ同等（少し DNBSEQ-G400 の方がまとまっている）でした。
※対象生物はヒラメです。また、アセンブラーは MaSuRCAを使用しました。

シーケンシング
解析結果

アセンブル結果

シーケンサーDNBSEQ-G400

HiSeq

リード長 (bp)150150

リード数

211,723,905

292,651,766

scaﬀolds 数

62,79166,099最長 scaﬀolds(bp)553,059

230,252

N50*(bp)

28,80924,879総塩基数 (Mb)565.7567.0* 長い配列から加えていき、総塩基長の半分に達した時の配列長となります。

〒252-0154 神奈川県相模原市緑区長竹 657
TEL 042-780-8333 FAX 042-780-8334＜見積り依頼･お問合せ＞ dna@gikenbio.com

ゲノム解析
ショットガンメタゲノム解析
200bp ペアエンド解析

40,000 円 / サンプル5Gb 50,000 円 / サンプル
10Gb 80,000 円 / サンプル
20Gb 120,000 円 / サンプル
50Gb 180,000 円 / サンプル45,000 円 / サンプル
6.5Gb 55,000 円 / サンプル
13Gb 90,000 円 / サンプル
26Gb 140,000 円 / サンプル
65Gb 220,000 円 / サンプル

価格（税別）とデータ量

4〜6週間

6〜8週間

納期
作業内容

抽出ゲノムDNA（ >10 ng/ul、>20 ul）
ご提供サンプル

定量されている場合

・サンプル情報提供用紙・オーダーシート

データ量2,000万リード/3Gb（サンプルが原核生物の場合は1,000万リード/1.5Gb)

作業内容※24サンプル以上で数量割引があります。

ご提供サンプル※濃度は、蛍光法を用いた2本鎖DNAの定量結果を基準としています。

｝

ご提供情報

試料を送付いただき、弊社でDNA抽出を行います。

サン
10,000円/ プル

1週間

アセンブル（オートアノテーション含む）

オートアノテーションは、prokka（ソフトウェア）を使用して得られた予測遺伝子配列とタンパク質配列、遺伝子の位置情報(gﬀ形式データ)をご提供します。

30,000円/

マニュアル
アノテーション

オートアノテーションから得られた予測遺伝子をKEGGやGOデータベースに登録されている配列と比較することで、得られた予測遺伝子にKEGG̲IDやGO̲IDを対応させます。

サン
100,000円/ プル

備考

ゲノムサイズ1Gb未満
ゲノムサイズ1Gb以上

遺伝子モデルに使用する遺伝子配列を送付いただく必要があります。

RNA-seqを用いた遺伝子予測

サンプル送付時にトータルRNAも送付いただく必要があります。

50,000円/
100,000円/

サン
プル

サン
プル
サン
プル

要相談
サン
50,000円/ プル

100,000円/

サン
プル

1週間
2週間
要相談

1週間
1週間

5サンプルまで一律

ナノポア社のGridION X5 を使用したシーケンス解析
ショット ガ ン
メ タ ゲノ ム 解 析

ハイブリッドアセンブル

参照配列に遺伝子アノテーションがある必要があります。
ちらしを別途ご用意しています。
ヒラメを解析した参考事例も掲載していますので、ぜひご覧ください。

100,000円

6サンプル以上の場合、1サンプルあたり+10,000円

2週間

サン
100,000円/プル〜 1週間〜

8サンプルまで一律

アセンブル・マッピング

SPAdes によるアセンブルを行い、Contigを提供します。同時に、各配列にマップされたリード数を提供します。

アセンブル・マッピング・
遺伝子予測・機能解析

アセンブルによって得られたドラフト配列に対して、prokka（ソフトウェア）によるオートアノテーションを行います。KEGG解析を用いて、予測されたタンパク質の機能的分類を行います（最終ページ参照）。

100,000円

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+12,500円

2週間8サンプルまで一律200,000円

9サンプル以上の場合、1サンプルあたり+25,000円

4週間価格（税別）

追加納期

QIAGEN社のRNeasy等を使用して、トータルRNAを抽出します。

サン
20,000円/ プル

1週間

rRNA除去siTOOL社のriboPOOL等を使用して、rRNAを除去します。

サン
15,000円/ プル

なし

1週間
1週間

備考

RNA抽出

参照ゲノム配列あり

iDEGES正規化（Sun et al., BMC Bioinformatics, 2013）
後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。

参照ゲノム配列なし

De novo transcriptome assemblyで得られたContigに対しRSEMを用いてマッピングを行います。その後、edgeRを用いて発現変動遺伝子を検出致します。

発現比較解析

データ解 析

データ解 析ゲノ ム 解 析

価格と納期はゲノムサイズによって変わります。

Exonerateを用いた
Evidence-baseの遺伝子予測マッピングとORFの変異点解析｝

お見積時にこれらのファイルをメール添付でお送りしますので、ご記入の上、サンプル送付時に送信ください。

参照配列(fasta形式)/遺伝子アノテーション情報（gﬀ形式, gtf形式）は、CD-RやUSBに入れて送付いただくか、ダウンロードできるURLをご連絡ください。
De novo transcriptome assembly の解析をご希望のお客様は、お送り頂かなくても結構です。

項目

ゲノムサイズ100Mb未満

真核生物向け・サンプル情報提供用紙
・オーダーシート・データ解析依頼書

オプション
追加納期

DNA抽出

※滅菌水に溶解した状態で冷凍便を使用して送付ください。
※1 ug以上のトータルRNAがご用意できない場合は、ご相談ください。

トータルRNA1 ug以上 ( >50 ng/ul、>20 ul）(注1)rRNAの分解が進んでおり、シーケンシング解析を行ってもデータが得られないと判断した場合は、中止させていただきます（この場合のご請求は行いません）。
(注2)De novo transcriptome assembly解析の場合、解析方法が通常の解析とは異なります。

お見積時にこれらのファイルをメール添付でお送りしますので、ご記入の上、サンプル送付時に送信ください。

価格（税別）

項目

アセンブル

・送付サンプル（トータルRNA）の品質確認(注1)・オリゴdTでmRNAを精製、ランダムプライマーでcDNA合成
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析（DNBSEQ-G400 150bpペアエンド解析）
・データ解析(注2)hisat2 ソフトウェアを用いて参照配列にマッピングいたします。
その後、featureCountsを用いてカウントを行った後、RPKM正規化を行います。
※cufflinksを用いた解析も対応可能です。

1Gbオプション

原核生物向け4〜6週間

上記より高めの濃度（可能であれば、>100 ng/ul）で送っていただく必要があります。
DNAの質は一般的な260/280が1.8以上が望ましいです。

260nmの吸光度ベースでご提供情報

40,000 円 / サンプル

納期・送付サンプルのDNA濃度測定（蛍光法による2本鎖DNAの定量）
・シーケンスライブラリー作製
・シーケンシング解析（DNBSEQ-G400 150bpペアエンド または 200bpペアエンド解析）※サンプルが原核生物や酵母の場合、rRNA除去が必須です（15,000円/サンプル）※24サンプル以上で数量割引があります。

価格（税別）

New!

150bp ペアエンド解析
1Gb

RNA-seq解析

1パターン

50,000円

追加1パターンごと+10,000円

主成分分析（PCA)

遺伝子発現プロファイルの類似性を座標分布で示します。

10,000円

クラスタリング解析

遺伝子発現プロファイルの類似性を階層クラスタリングで示します。

10,000円

ヒートマップ解析

遺伝子発現プロファイルを色で表現した可視化グラフを提供します。

20,000円

パスウェイ解析

KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）
を利用したパスウェイ解析です。
発現変動解析の結果から同定された遺伝子が、どのような代謝系に関わっているのかを可視化させます。

70,000円

Gene Ontology（GO） 全遺伝子のGO termと発現比較解析の結果から同定された発現変動遺伝子のGOtermについて、出現頻度の比較とFisher検定による有意差検定を行います。発現解析
変動遺伝子の特徴的なGO termを推定することができます。

De novo transcriptome
assembly

生物技研のRNA-seq解析についてのギモン・シツモン

参照配列がない非モデル生物の遺伝子カタログ作成を、Trinityを用いて行います。

1パターン

追加1パターンごと+10,000円

1パターン70,000円

追加1パターンごと+10,000円

なし｝

セットでお得
1パターン

100,000円
追加パターンの料金はそれぞれ必要です。

100,000円

Q1.推奨のRNA抽出キットは？

Q3.RIN値の目安は？

特にございません。
弊社ではQIAGEN社のRNeasyシリーズを使用することが多いです。

バイオアナライザーのRIN値で7以上が目安です。
送付前にお客様側でも品質確認される際は、参考にしてください。

Q2.送付の際、バッファーは何でもよい？

Q4.発現比較解析などのパターン数って？

滅菌水のほか、Tris や TE 、抽出キットの溶出バッファーでも構いません。但し、塩濃度が高いバッファーの場合、QCの電気泳動がうまくいかない可能性がありますので、避けてください。

例えば、A群・B群・C群があり、A群 VS B群・A群 VS C群の発現比較解析をする場合は2パターン、総当たりで行う場合は3パターンとなります。
3群間比較（A群 VS B群 VS C群）
も可能ですが、発現比
較の発現平均値（A値）と発現比（M値）が算出されないため、MAプロット図の納品はなく、エクセルデータのみの納品となります。