次世代シーケンス用オリゴ合成サービス：
xGen® ターゲットキャプチャー製品
xGen® ターゲットキャプチャー製品（xGen® 製品）を用いて次世代シーケンスを行うことにより、精度のよい且つ効率的なシーケンス解析が可能になります。高い品質のIDTのオリゴDNAプローブであるため均一性の高いカバレッジで結果を得ることができます。実証済みのプローブパネルとしてだけでなく、お客様が独自に解析対象のターゲット領域を絞ったパネルを作製する際、既成のプローブパネルを改善する際にも、お使いいただけます。

xGen® Lockdown® Panels
次世代シーケンス用プローブセット

エクソーム、疾患遺伝子、がん遺伝子などの特定のターゲット領域解析用の均一性の高いカバレッジで結果を得られることが実証されています。

xGen® Lockdown® Probes
オリゴ DNA プローブを必要な本数と必要な量を指定し発注することができるため、ターゲット領域やサンプル数に応じて柔軟にカスタムパネルの作製を行うことが可能です。オリゴ DNA プローブは 1 本づつ質量分析により品質管理が行われており、基礎研究用だけではなく、高い品質管理が求められる臨
床用まで、幅広い用途でお使いいただけます。

xGen® Predesigned Gene Capture Pools
ヒトの各遺伝子ごとにプレデザインされたプローブを提供いたします。

xGen® Universal Blocking Oligos and xGen® Lockdown® ReagentsxGen® Lockdown® Probes や xGen® Lockdown® Panel を用いたキャプチャー実験の際に、ターゲット領域をより深く解析するための、ブロッキングオリゴと、ハイブリダイゼーションバッファーです。

xGen® Lockdown® Panels

お見積もり・ご注文方法 ▶▶▶ p.83

疾患関連遺伝子を解析するために全エクソソームシーケンスを行うと、注目しているターゲット遺伝子や SNPs の領域以外のオフターゲット領域も検出してしまいます。
右図のように、5' ビオチン化 DNA プローブとアビジンビーズを用いてライブラリの DNA 断片からターゲット領域の断片のみを濃縮 ( ターゲットエンリッチメント）することで、ターゲット領域の解析量（カバレッジ）を上げることが出来ます。

Prepared Library Fragments
1. Add blocking oligos
xGEN™ Blocking Oligos

IDT からは、この方法で用いる 4 種類のプローブセット（Panel）を提供しています。

ヒト遺伝子のエクソーム：xGen® Exome Research Panel v1.0
がん関連主要遺伝子： xGen® Pan-Cancer Panel v1.5
遺伝性疾患関連遺伝子： xGen® Inherited Diseases Panel v1.0
急性骨髄性白血病関連遺伝子： xGen® Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0
5' ビオチン化 DNA プローブには IDT の xGen® Lockdown® Probes（p.13 参照）が用いられており、GC rich 領域も含めた全てのターゲット領域を均一に検出することや、別途合成した
xGen® Lockdown ® Probes を追加してターゲット領域を自由に拡張することも可能になります。xGen® Lockdown® Probes は、IDT 独自の高いカップリング効率で合成し、1 本ずつ品質チェックを行った高品質の IDT 製 5' ビオチン化オリゴであるため、ターゲット領域をより均一に検出できます。
IDT 製のプローブを使用しているからこそ可能になる高感度のターゲットエンリッチメントをぜひ実感して下さい。

2. Hybridize targets tocapture probes
xGEN™ Lockdown™ Probes

3. Add magnetic streptavidin
beads to bind to probes
streptavidin beads

4. Capture targets with magnet,
wash away off-target sequences

xGen® Exome Research Panel v1.0
（ヒトの 19,396 遺伝子のエクソンをターゲットとする 429,826 本のプローブセット、ターゲット領域約 39 Mb）
エクソームシーケンシングは、ヒトゲノムのタンパク質をコードする領域のみを解析する方法です。網羅的な解析により、臨床研究および基礎研究のどちらにおいても、重要な結果を得ることができます。一方で、エクソームはヒトゲノム中のごく一部の領域であるため、解析対象の総データ数を減らすこともでき、非常に効率の良い手法です。
このエクソームパネルは GMP 基準で製造された高い品質のプローブセットであり、このパネルを使用することで、より均一性が高く、より深いカバレッジで結果を得ることができます。

12Integrated DNA Technologies MBL 株式会社 (IDT-MBL KK)

E-mail：oligo@mbl.co.jp

xGen® Pan-Cancer Panel v1.5
(12 種のがんに共通して関わる 127 遺伝子をターゲットとする 7,816 本のプローブセット、ターゲット領域約 800 kb)
この疾患パネルによりエンリッチメントされるターゲットは、12 種のがんにおいて横断的に変異の発生がみられる 127 遺伝子です。The Cancer
Genome Atlas (TCGA) の研究成果に基づいています。
■ 参考文献Kandoth C, et al . Nature 502, 333–339 (2013)

xGen® Inherited Diseases Panel v1.0
次世代シーケンス用プローブセット( 遺伝性疾患関連 4,503 遺伝子と 180 SNPs をターゲットとする 116,355 本のプローブセット、ターゲット領域約 11.2 Mb）
この疾患パネルによりエンリッチメントされるターゲットは、疾患を引き起こす変異を持つことが HGMD® (Human Gene Mutation Database) に記載されている中で、エモリ―大学 the Emory Genetics Laboratory にて臨床的意義について再確認された遺伝子です。
具体的な対象疾患は、糖質代謝疾患、神経疾患、眼科疾患、糖尿病、難聴、遺伝性がん症候群、遺伝性自己炎症性疾患、炎症性腸疾患、骨格形成異常、X連鎖精神遅滞などです。

xGen® Acute Myeloid Leukemia Cancer Panel v1.0
(AML に関わる 264 遺伝子をターゲットとする 11,743 本のプローブセット、ターゲット領域約 1.2 Mb）
xGen® AML Cancer Panel v1.0 は、AML（acute myeloid leukemia: 急性骨髄性白血病）関連遺伝子を高い信頼性で効率良くシーケンス解析できるプローブセットです。
■ 参考文献Cancer Genome Atlas Research Network. Genomic and epigenomic landscapes of adult de novo acute myeloid leukemia. N Engl J Med. 368,2059–2074 (2013)価格「1 反応分」とは？
製品名

価格（16 反応）価格（96 反応）

xGen Exome Research Panel v1.0

¥960,000¥4,800,000

xGen® AML Cancer Panel v1.0

¥500,000¥1,700,000

xGen® Inherited Diseases Panel v1.0

¥480,000¥2,880,000

xGen® Pan-Cancer Panel v1.5

¥480,000¥2,880,000®

解析対象のライブラリ（両末端にアダプターを結合したサンプル DNA 断片）500 ng に対して、キャプチャー反応を 1 回行うことが可能なプローブセット（Panel）です。
詳 細 は、 こ の Panel を 用 い た キ ャ プ チ ャ ー 反 応 の プ ロ ト コ ー ル
Hybridization capture protocol - xGen® Lockdown® Probes andReagents をご覧ください。下記のウェブサイトからダウンロード可能です。

各パネルのターゲット遺伝子リスト、ターゲット領域配列とプローブ配列（BED ファイル）は下記のウェブサイトからダウンロード可能です。
http://ruo.mbl.co.jp/bio/idt/ngs_oligo.html

IDT 次世代シーケンス

xGen® Lockdown® Probes

検索

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◎ カスタムプローブセット、カスタムパネルの作製
お客様が独自に着目しているターゲット領域を解析するために、xGen ® Lockdown® Panels（p.12 参照）で用いられる 5' ビオチン化プローブを、カスタムプローブセットとして設計し購入することが可能です。これにより、お客様独自のカスタムパネルの作製が可能です。

概要◎ 質量分析による品質チェック済みの高品質のプローブ（5'Biotin 標識 Ultramer®DNA）です。
◎ プローブの長さは 60 〜 120 bases です。
◎ 他社キャプチャーキットの補完用（GC rich のターゲット領域用など）にも使用できます。
合成スケール

価格 /probe

納品量 /probe

最小発注必要数

納品時チューブ

プレート納品可否Mini¥3,0003 pmole200 probes

2 mL チューブ

Standard¥5,00024 pmole

96 probes

4.5 mL チューブ

可XL

¥7,000192 pmole

96 probes

10 mL チューブ

可納期

不可
約 3 週間※ チューブ納品では、すべてのプローブを 1 本のチューブに入れて納品します。プレート納品では、1 プローブ／ 1 ウェルで納品します。

13
詳細、ご注文は MBL ライフサイエンスサイト http://ruo.mbl.co.jp/bio/idt/index.html をご利用下さい。

■ 解析例：ターゲット領域について十分なデータを得られています。
100.00%99.9% of bases covered >500x

90.00%

Array-Derived Baits
xGen Lockdown Probes

96.9% of bases
covered >500x

80.00%
70.00%
60.00%
50.00%
40.00%

xGen® Lockdown® Probes を使用することで、従来のアレイ上で製造される DNA を基に合成される RNA プローブを使用するよりも、より良いエンリッチメントを達成できます。

30.00%
20.00%

次世代シーケンス用プローブセット

10.00%
0.00%

・増幅済ライブラリー（2 μg）に対し、ターゲット領域全体をカバーする 1,000 本の xGen® Lockdown® Probes を使った。
・24 時間の hybridization を行った後に、エンリッチされたターゲット領域を HiSeq
2000 System (Illumina, 49x49 paired-end reads) で解析した。

0500

1000

1500

2000

2500

3000

■ プローブ長および対象ターゲット領域と、キャプチャー反応回数とプローブ費用について
xGen® Lockdown® Probes は、比較的狭いターゲット領域、かつ多検体（多サンプル）を解析する際に有用です。
例：長さ 120 bases、合成スケール Standard（24 pmole）のプローブで、対象ターゲット領域 100 Kb のカスタムパネルを作製
発注本数

約 1,000 本程度（≒ 100,000 bases ÷ 120 bases）

パネルの価格￥5,000,000（＝￥5,000 × 1,000 本）

プローブの総モル数

24 nmole（＝ 24 pmole < 合成スケール Standard で納品される 1 本あたりのモル数 > × 1,000 本分）

このパネルで解析できるキャプチャー反応回数
1 キャプチャー反応分に必要なプローブ費用

8,000 反応（＝ 24 nmole ÷ 3 pmole < 解析対象のライブラリ 500 ng に対してキャプチャー反応するために必要なプローブの総モル数 >）￥625/ 反応（＝ ￥5,000,000 ÷ 8,000 反応）※合成スケール Standard の場合は常に￥625/ 反応。Mini では￥3,000/ 反応、XL では￥109/ 反応。

■ IDT推奨のプローブの設計方法: 120 basesのプローブを、互いに隣り合うようにタンデムに配置（＝1X Tiling Densityと言います）
ターゲット領域5’3’3’xGen® Lockdown® Probes®

Ultramer® DNA

5’

5' ビオチン修飾®

■ 設計ツール（ xGen Lockdown Design Tool）を用いた、プローブの設計方法
IDT では、ターゲット領域の情報から、具体的なプローブの配列リストを設計するツールを用意しています。
設計ツールの URL： https://sg.idtdna.com/site/order/ngs
ターゲット情報・「Gene Symbol リスト」「Gene ID リスト」「RefSeq No. リスト」
「FASTA 形式の配列リスト」「BED ファイル」のいずれか・対象種（ヒト／マウス／ラット）
・ターゲット領域の種類（Full/Exon/Exon without UTR）

xGen®
Lockdown®
DesignTool

プローブセット情報
・ターゲット領域の BED ファイル・プローブセットの BED ファイル・プローブの具体的配列リストが出力される

IDT に発注

なお、この設計ツールを使用するためには、IDT アカウントでのログインが必要です。ログイン方法は p.47 をご参照ください。

xGen® Predesigned Gene Capture Pools

お見積もり・ご注文方法 ▶▶▶ p.83

ヒトの各遺伝子ごとにプレデザインされたプローブを提供いたします。
xGen® Predesigned Gene Capture Pools は、ヒト遺伝子のコーディング領域をカバーするプレデザインのプローブセットです。10 遺伝子から合成が可能なため、少数のターゲット遺伝子のみの場合、安価にパネルを構築できます。遺伝子の指定も、Gene Symbol もしくは Gene ID で簡単に行えます。
◎ ヒト遺伝子のコーディング領域をカバーするプレデザインのプローブセット◎ 少数のターゲット遺伝子のみ解析の場合に安価にパネル構築が可能◎ Gene Symbol もしくは Gene ID のリストで発注が可能◎ 10 遺伝子分から発注可能◎ チューブに全遺伝子分をまとめて納品（Tubes）、あるいはプレートのウェルに遺伝子毎にロードして納品（Plates）、どちらかを選択可能です。

価格反応数
1696

納品方法

価格 / 遺伝子

最小発注必要数

Tubes¥20,000

10 遺伝子Plates¥20,000

10 遺伝子Tubes¥30,00010 遺伝子

Plates¥30,00010 遺伝子

14Integrated DNA Technologies MBL 株式会社 (IDT-MBL KK)

E-mail：oligo@mbl.co.jp

お見積もり・ご注文方法 ▶▶▶ p.83®

xGen Universal Blocking Oligos（化学修飾ブロッキングオリゴ、プレデザイン版）

製品名
Dual-Index Illumina Adapters 用

xGen® Universal Blocking Oligo - TS HT-i5
xGen® Universal Blocking Oligo - TS HT-i7

Single-Index Illumina Adapters 用

xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p5xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p7(6nt)xGen® Universal Blocking Oligo - TS-p7(8nt)

Ion Torrent™ Adapters 用

xGen® Universal Blocking Oligo - IT-A
xGen® Universal Blocking Oligo - IT-P1

xGen® Universal Blocking Oligos

製品サイズ

価格 /oligo

10 反応分

¥60,000

次世代シーケンス用プローブセット

xGen® Universal Blocking Oligos は、アダプター配列を介したサンプル DNA 同士のハイブリダイゼーションによる非特異的エンリッチメントを防ぎ、より多くのターゲット領域のシーケンスデータの取得を可能にする化学修飾ブロッキングオリゴです。
DNA ライブラリーの末端に存在するアダプターに相補的に結合することで、アダプター同士のクロスハイブリダイゼーションや、アダプターへのプローブの非特異的結合をブロックします。
◎ 3 種類のプレデザイン版があります。
Dual-Index Illumina Adapters 用：TS HT-i5 を 1 本、TS HT-i7 を 1 本、合計 2 本の購入が必要。
Single-Index Illumina Adapters 用：TS-p5 を 1 本、TS-p7(6nt) もしくは TS-p7(8nt) を 1 本、合計 2 本の購入が必要。ただし、6nt (adapters1-12) と 8nt (adapters 13-27) を同時に用いる場合は TS-p7(6nt) および TS-p7(8nt) の両方が必要となり、TS-p5 と併せて合計 3 本の購入が必要。
Ion Torrent™ Adapters 用：IT-A を 1 本、IT-P1 を 1 本、合計 2 本の購入が必要。
◎ 10 反応用、25 反応用の 2 つの製品サイズから選択可能です。
◎ 他のライブラリー用、任意の配列でのブロッキングオリゴのカスタム合成をご要望の場合はお問い合わせください。お見積りいたします。
納期

1〜2週間
25 反応分

¥120,000®

■ xGen Blocking Oligo によるアダプター領域のブロッキング
xGen® Blocking OligoxGen® Blocking Oligo

MagnetxGen® Lockdown® Probe
Library adaptors

Streptavidin Beads

左図は、アダプター配列がマスクされて他の断片が間接的に結合しない状態を表しています。
ライブラリ断片が左図のようにブロックされていれば、アダプター配列を介した非特異濃縮が起こりにくくなるため、よりターゲットが濃縮されやすくなります。
クリニカルシーケンス分野において、ターゲッ
ト領域が比較的小さい設定のプロジェクトや、非常に多数のサンプルをマルチプレックスするプロジェクトなど、オンターゲット率が重要な解析において xGen® Blocking Oligo はオンターゲット率の向上に大きく貢献致します。

xGen® Lockdown® Reagents

お見積もり・ご注文方法 ▶▶▶ p.83

◎ xGen® Lockdown® Probes あるいは xGen® Lockdown® Panels を用いたキャプチャー実験の際に、ターゲット領域をより深く解析するためのハイブリダイゼーションバッファーです。
◎ 下記の Hybridization capture protocol により、4 時間のハイブリダイゼーションで実験が可能です。
製品名

反応数

価格 / 反応16 rxn xGen Lockdown Reagents

16¥16,000

96 rxn xGen® Lockdown® Reagents

96¥57,600®

®

＜キットの構成品＞
・2X Hybridization Buffer・Hybridization Buffer Enhancer
・2X Bead Wash Buffer
・10X Wash Buffer I
・10X Wash Buffer II
・10X Wash Buffer III
・10X Stringent Wash Buffer

Hybridization capture protocol - xGen® Lockdown® Probes and Reagents◎ xGen® 製品を利用して行うハイブリダイゼーション実験のプロトコールです。
◎ xGen® 製品により良い結果が得られるように最適化されています。
◎ ハイブリダイゼーション時間は 4 時間、セットアップおよびポストハイブリダイゼーションの処理時間を併せて 9時間のプロトコールです。

プロトコールの詳細は、下記ウェブサイトからダウンロード可能です。
http://ruo.mbl.co.jp/bio/idt/ngs_oligo.html

IDT 次世代シーケンス

検索15
詳細、ご注文は MBL ライフサイエンスサイト http://ruo.mbl.co.jp/bio/idt/index.html をご利用下さい。