20

日本人ゲノムバリアント統合データベース
TogoVarの機能拡張◯三橋 信孝1、川嶋 実苗2、片山 俊明1、川島 秀一1、守屋 勇樹1、 豊岡 理人3
1.
2.
3.

情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）
科学技術振興機構 NBDC事業推進部（NBDC）
富山国際大学

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

TogoVarとは• ヒトゲノムのバリアント頻度情報の統合データベースで疾患関連遺伝子探索において重要な基礎的情報• コホート等のプロジェクトで収集・解析されプロジェクト毎に ウェブで公開された日本人のバリアント頻度情報を統合• バリアントに関連する頻度情報、疾患との関連、アノテーショ ン情報および論文情報も統合して検索

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

TogoVarで閲覧可能なバリアント頻度
データベース名

対象人数

JGA-NGS125

JGA-SNPプラットフォーム

説明

WES

NBDCヒトデータベースに寄託されたデータからのアリル頻度情報

183,884

SNP chip

NBDCヒトデータベースに寄託されたデータからのアリル頻度情報

GEM-J WGA

7,609

WGS

バイオバンク・ジャパン、理化学研究所、東北メディディカル・メガバンク機構(ToMMo)の共同研究 により解析されたアリル頻度情報

ToMMo 8.3KJPN

8,380

WGS

ToMMoが収集したゲノムコホート(東北地方中心)からのアリル頻度情報

HGVD

1,208

WES

長浜コホートのサンプルを中心としたゲノムコホートからのアリル頻度情報

gnomAD

125,748

WES

世界の様々な地域から収集した8集団におけるアリル頻度情報※日本人は76名のWESデータのみしか含まれない

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター今回の機能拡張
トップページ：

https://togovar.biosciencedbc.jp/

1. Advanced search（新規）4. 検索API（新規)2. 遺伝子レポートページ（新規）3. 疾患レポートページ（新規）

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

1. Advanced search
ANDとORを入れ子にした複雑な検索式をGUIで直感的に作成可能
例：集団間で代替アレル頻度に差のあるバリアントを検索((frequency(GEM-J WGA) >= 0.3) OR (frequency(ToMMo 8.3KJPN) >= 0.3))
AND(frequency(gnomAD genomes) <= 0.05) OR (frequency(gnomAD exomes) <= 0.05))

日本人集団で高頻度
世界中の集団の平均値で低頻度

検索式ビルダー（Add conditionから追加）
検索結果：条件変更時にリアルタイムに反映
操作手順は以下のヘルプページを参照「日本人集団とその他の集団で代替アレ
ル頻度が異なるバリアントを検索できますか」
トーゴーの日シンポジウム2022Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

1. Advanced search(続き)• 従来のSimple searchが便利な場合• キーワードがひとつの場合• 遺伝子シンボル1つ（例：ALDH2)• 疾患名１つ（例：Acute Myeloid Leukemia)• TogoVar ID（例：tgv47264307)• dbSNP rsID（例：rs671)• SNVのポジション （例：12:112241766)• Simple searchのみが対応している検索条件• HGVS表記（例：ALDH2:p.Glu504Lys)• 疾患名による検索（Advanced searchにも実装中)• SIFT、PolyPhen2の値によるファセット検索

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

2. 遺伝子レポートページ
1遺伝子に関係するバリアント情報を１ページに集約• 例：ALDH2(hgnc_id: 404)

http://togovar.biosciencedbc.jp/gene/404

遺伝子DBへのリンク
当該遺伝子上のバリアントの臨床的意義
当該遺伝子上のバリアントのGWAS情報

当該遺伝子領域のゲノムビューア

当該遺伝子領域の全バリアント

各表（スタンザ）の右端の iマークメニューに以下の機能••

ダウンロード機能
スタンザを任意の webサイトに埋め込むた
めのHTMLタグの表示(Copy HTML snippet to clipboard)

当該遺伝子領域のバリアントが参照されている文献

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

3. 疾患レポートページ
1疾患に関係するバリアント情報を１ページに集約
例：急性骨髄性白血病 (MedGen CUI: C0023467)

https://togovar.biosciencedbc.jp/disease/C0023467

当該疾患のMedGenでの説明
疾患DBへのリンク
当該疾患が関係するバリアントとその臨床的意義

当該疾患が関係する GWASの情報

トーゴーの日シンポジウム2022

遺伝子レポートページと同様

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

4. 検索API

APIページ：

https://togovar.biosciencedbc.jp/api/

Swaggerを利用したAPIドキュメント上で検索例を実行可能
手順１.バリアントの検索（ /search/variant)を選択• 他に遺伝子(/search/gene)および疾患(/search/disease)を検索するAPIがある

curlコマンドの例

手順2.「Try it out」をクリック

検索結果はJSONで返される
手順3.
tgvid, rsidで検索するクエリ例を選択
JSONで記述されたクエリ例
手順4. Executeボタンを押下

トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

今後の開発計画（開発中を含む）• Simple/Advanced search 検索結果表のダウンロード機能• 現在の上限10,000レコード以上のデータをダウンロード可能に• 構造多型(Structural variant, SV, 50bp以上）の追加と可視化• 簡易認証機能（登録者公開データ公開のため）の実装• NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive(JGA)のデータセット(例：JGAD000220)毎のアレル頻度の表示• データベース間連携• Medical Genomics Japan Variant Database（MGeND）• バイオバンク横断検索システム• Mouse Genome database with high added value (MoG+)
トーゴーの日シンポジウム2022

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター

バリアント頻度データ更新計画
データセット名

対象人数 プラットフォーム

今後の予定

ヒトDBのWGSデータをGATK4でバリアント
追加予定WGSデータはGRCh38でバリアコール。データセット毎に集計したアレル頻ントコール。既存データ(WES)はLiftover
度を公開予定（登録者公開データ）

JGA-NGS125

JGA-SNP

183,884

SNP chip

LiftOverで座標変換

バイオバンクジャパン47疾患別アレル頻度
公開予定（非制限公開）

GEM-J WGA

7,609

WGS

LiftOverで座標変換

特になし

ToMMo 8.3KJPN

8,380

WGS

ToMMo14JPN、38KJPNに更新

ToMMo14JPN、38KJPNに更新

HGVD

1,208

WES

LiftOverで座標変換

特になし

gnomAD

125,748

WES

gnomAD v3.1.2に更新

特になし

トーゴーの日シンポジウム2022

WES

GRCh38対応

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 ライフサイエンス統合データベースセンター