補助金に係る消費税及び地方消費税の仕入控除税額の報告について（事業者向け手引き）

福島県保健福祉部地域医療課

Ｈ３０．６版

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消費税の仕入税額控除制度と補助金について消費税は、生産、流通、販売などの各段階において、他の事業者や消費者に財貨、サービスの販売、提供などを行う事業者を納税義務者とし、その売上に対して課税され、最終的には消費者に転嫁される税金です。
制度上、各取引段階で重ねて消費税が課されないように、事業者が納付する消費税額は、課税売上げ等に係る消費税額から課税仕入れ等に係る消費税額を控除した金額となります（仕入税額控除制度）。
【参考１】消費税課税の流れと仕入税額控除のイメージ
①メーカー

②卸売業者

③小売業者

④消費者

（納税義務者）（納税義務者）（納税義務者）（税の負担者）

売上 2,160 千円
商品代 2,000 千円
消費税 160 千円
消費税納付額160 千円

売上 2,700 千円
商品代 2,500 千円
消費税 200 千円消費税納付額
40 千円(200 千円-160 千円)

売上 3,240 千円
商品代 3,000 千円
消費税 240 千円
消費税納付額
40 千円(240 千円-200 千円)(最終)消費税負担額 240 千円（=160 千円＋40 千円＋40 千円）

最終的な負担者は消費売上分の消費税額から負担した者。税額の納付は事業消費税額を控除した額を納付者が分担して行う。

→消費税の仕入税額控除制度【参考２】仕入税額控除の例（一般課税・補助金がない場合）
額を仕入税額控除
売 上

課税売上２１６万円（収入）（消費税額１６万円）

売上の消費税額－負担した消費税額

非課税売上２００万円

納付税額
(４万円)

１６万円－１２万円＝４万円

非課税仕入２５４万円

仕 入

課税仕入１６２万円（支出）（仕入控除税額１２万円）○課税売上に係る消費税額から課税仕入に係る消費税額（仕入控除税額）を控除した額を事業者は納付します。
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補助金の充当を受けた経費の消費税については、控除対象仕入税額として控除できる一方で、補助金収入は非課税売上げとして計上されます。すると、補助事業に係る課税仕入れに対して支払った消費税額分だけ、事業者の利益となり、補助金に組み込まれた消費税額が消費税負担の目的で使われないことになってしまいます。
そこで、その部分を県に返還していただく必要があります。
【参考３】仕入税額控除の例（一般課税・一部補助金が入る場合）
課税売上１６２万円

売 上
（収入）

非課税売上２５４万円
補助金５４万円（消費税額１２万円）(消費税額４万円)

納付税額０円（１２万円－１２万円＝０円）

仕 入

課税売上１６２万円

非課税仕入２５４万円（支出）（仕入控除税額１２万円）○補助金は非課税売上に含まれるため、仕入控除の結果、納付税額が０円（今回のケースの場合）になりました。補助金５４万円のうち４万円分は、消費税を負担するために支払われているにも関わらず、消費税負担という補助金の目的に使用されないことになります。
○今回のケースでは消費税の負担という目的どおりに使用されない４万円分を県に返還していただく必要があります。

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２ 仕入控除税額の報告について（１）返還の対象消費税の仕入控除税額の返還が必要となるのは、下表の返還「あり」に該当する事業者です。ただし、県への報告書の提出は、返還の有無にかかわらず、すべての事業者で必要です。
対象区分

返還

1 免税事業者

なし(1)簡易課税なし
ア 公益法人等（※）で特定収入割合が５％超の場合
Ａ 一括比例配分方式

2 納税義務者(2)実績控除 イ 上記ア
以外の場合(ア)課税売上割合が９５％未満

なし
あり

a 補助金の対象経費が課税売上に要する課税仕入れあり

Ｂ 個別 ｂ 補助金の対象経費が非課税対応方式
売上げに要する課税仕入なし

ｃ 補助金の対象経費が課税売上げと非課税売上げに共通し ありて要する課税仕入れ(イ）課税売上割合が９５％以上※「公益法人等」とは消費税法別表第３に掲げる、一般社団法人、社会医療法人、公益財団法人、法益社団法人等の事業者をいいます。

（２）手続きの流れ
補助事業完了後、確定申告等で消費税の仕入控除税額が確定したら速やかに（1 ヶ月以内が目安）各補助金交付要綱で定められた「仕入れに係る消費税相当額報告書」等の書類を県に提出してください。報告書の提出後、県で納付書を発行しお送りするので、納付書に記載された期日までに返還額を納入してください。
【手続きの流れ】○（事業完了）補助金支払い↓○仕入控除税額の確定↓確定後速やかに○消費税相当額報告書の提出（※）※消費税相当額の返還が必要でない事業者も返還額０円で報告が必要。
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（３）返還がない場合次の場合には、返還額０円で報告をしてください。
・消費税の申告義務がない事業者。
・簡易課税方式で申告している。
・公益法人等（※）であり、特定収入割合が５％を超えている。
・補助対象経費に係る消費税等を、個別対応方式において、「非課税売上のみに要するもの」として計上している。
・補助対象経費が人件費等の非課税仕入のみである。
※公益法人等とは一般財団法人、一般社団法人、社会医療法人、公益財団法人、公益社団法人等、消費税法別表第三に該当する法人等をいいます。
（４）返還がある場合課税売上高や課税売上割合、配分方式によって、計算方法が異なります。該当する計算方法で返還額を算出してください。
なお、返還額の計算において、課税売上割合等、途中の計算処理については小数点以下を切り捨てたり、切り上げたりしないでください。
（ただし、消費税の申告において端数処理した場合は除きます。）
・課税売上高が５億以下、かつ課税売上割合が９５％以上の場合→①へ・課税売上高が５億円以上、または課税売上割合が９５％未満の場合
一括比例配分方式を採用している→
個別対応方式を採用している
→

②へ
③へ

①課税売上高が５億以下、かつ課税売上割合が９５％以上の場合
補助金額×８／１０８＝返還額（円未満切り捨て）②課税売上高が５億円以上、または課税売上割合が９５％未満であって、「一括比例配分方式」を採用している場合
補助金額×８／１０８×課税売上割合×（補助対象経費のうち課税仕入額／補助対象経費）＝返還額（円未満切り捨て）
課税売上割合＝課税売上高（税抜き）／総売上高（税抜き）※端数処理は基本的に行いません。
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③課税売上高が５億円以上、または課税売上割合が９５％未満であって、「個別対応方式」を採用している場合
補助対象経費のう

Ａ 課税売上のみに対応するもの
仕入控除税額Ｂ ＡとＣに共通するもの（※）

ち課税仕入等に係る消費税 Ｃ 非課税売上のみに対応するもの

控除できない消費税額※Ｂは課税売上割合で按分し、課税売上割合分を仕入控除税額とする。
○返還額＝Ａの返還額＋Ｂの返還額
・Ａの返還額＝補助金額×８／１０８×（補助対象経費のうち課税売上対応分／補助対象経費）・Ｂの返還額＝補助金額×８／１０８×課税売上割合×（補助対象経費のうち共通対応分／補助対象経費）
３ 報告書類ついて（１）返還額が０円の場合
ア 各補助金交付要綱で定められた「仕入れに係る消費税相当額報告書」
イ 返還額計算シート
ウ 確定申告書の写し（第２７－(1)号様式）※簡易課税方式で申告している場合は→確定申告書の写し（第２７－(2)号様式）
エ 課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表の写し（付表２）
オ 特定収入割合の計算過程が分かる書類（任意様式）※公益法人等で特定収入割合が５％を超える場合のみ（２）返還額がある場合
ア 各補助金交付要綱で定められた「仕入れに係る消費税相当額報告書」
イ 返還額計算シート
ウ 確定申告書の写し（第２７－(1)号様式）
エ 課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表の写し（付表２）6