2022.11.30 @ 幕張メッセ

2022 年度統合化推進プログラム~ 統合的な転写制御データ基盤の構築 ~ChIP-Atlas Update
Bisulfite-seq と ATAC-seq データを統合しエピゲノム制御の全貌に迫る

京都大学 医学研究科

鄒兆南 (ZOU Zhaonan)

ChIP-Atlas とは

既報 ChIP-seq データを統合的に利活用できる

MACS2 score
1ow 1

ow

ChIP-Atlas

500score
MACS2

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High
High
Oki et al (2018) EMBO Rep

データ処理・公開しているデータ

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FASTQ（配列生データ）

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FASTQ（配列生データ）
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Foxa2

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Peak-call

Foxa2

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Sample metadata

Alignment
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Curation
ID抗原細胞SRX330668

Ezh2

ES cells

SRX310198

Ctcf

Mast cells

SRX1092953 Cebpa Liver
Foxa2

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Sample metadata

Alignment
Peak-callCurationID

抗原細胞

SRX330668

Ezh2

ES cells

SRX310198

Ctcf

Mast cells

SRX1092953 Cebpa Liver
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データ統合・データマイニング

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Sall4

SRX1284250

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Sall4 in Spermatogonia
Pou5f1
Refseq genes
Sall4 (@ Spermatogonia) SRX1284250

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Refseq genes
Sall4 (@ Spermatogonia) SRX1284250

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Refseq genes
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Zou et al (2022) NAR

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Zou et al (2022) NAR

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ChIP-Atlas

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大田 達郎

三浦 史仁

Zou et al (2022) NAR(DBCLS)(九大)

複数のデータをまとめて見る
個々の
ChIP-seq
個々のBS-seqRefseq genes

Sall4 (@ Spermatogonia) SRX1284250
Methylation (@ Spermatogonia) SRX1096731
ATAC-Seq (@ Spermatogonia) SRX5884282

個々のATAC-seq

すべてのChIP-seq

すべてのBS-seq

すべてのATAC-seq
Zou et al (2022) NAR

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個々の
ChIP-seq
個々のBS-seq

Refseq genes

Sall4 (@ Spermatogonia) SRX1284250
Methylation (@ Spermatogonia) SRX1096731
ATAC-Seq (@ Spermatogonia) SRX5884282

個々のATAC-seq

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すべてのBS-seq

すべてのATAC-seq
Zou et al (2022) NAR

複数の遺伝子の制御機構を探る

EnrichmentAnalysis

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好きな遺伝子その他の遺伝子複数の遺伝子の制御機構を探る

好きな遺伝子その他の遺伝子
マスターレギュレータ

複数の遺伝子の制御機構を探る

DEG

RNA-seq で得られた DEG の上流制御因子がわかる

薬剤の作用機序に関わる因子

薬剤投与による DEG

RNA-seq で得られた DEG の上流制御因子がわかる

薬剤の作用機序に関わる因子

薬剤投与による DEG
山西 芳裕

岩田 通夫

(九工大)

(九工大)

RNA-seq で得られた DEG の上流制御因子がわかる

薬剤の作用機序に関わる因子

Tamoxifen で発現変化

ER
Zou et al (2022) BMC Bioinform薬剤の作用機序に関わる因子

Testosterone で発現変化

AR
Zou et al (2022) BMC Bioinform薬剤の作用機序に関わる因子

Valproic acid で発現変化

CHD8※ ASD の原因遺伝子

Zou et al (2022) BMC Bioinform

疾患の発症機序に関わる因子

疾患 SNP疾患の発症機序における中心的な転写因子
Zou et al (2022) BMC Bioinform

疾患の発症機序に関わる因子

疾患 SNP伊藤 薫

宮澤 一雄(RIKEN)(RIKEN)疾患の発症機序における中心的な転写因子
Zou et al (2022) BMC Bioinform

疾患の発症機序に関わる因子

心房細動SNP
転写因子 X
Miyazawa, ..., Zou et al Nat Genet (in press)

複数の遺伝子の制御機構を探る

薬剤投与による DEG

薬剤の作用機序

複数の遺伝子の制御機構を探る

薬剤投与による DEG

薬剤の作用機序疾患関連 SNP

疾患の発症メカニズム

使い方のバレエーションは無限大！！

ChIP-Atlas の使い方

PDF ダウンロード

https://is.gd/TT6Gh9

実験医学増刊：バイオDBとウェブツール

ChIP-Atlas の使い方
出張ハンズオンセミナーやってます！！
Supported by NBDC 統合化推進プロジェクト

企業・アカデミア Welcome

ChIP-Atlas の使い方
出張ハンズオンセミナーやってます！！
Supported by NBDC 統合化推進プロジェクト

交通費・謝礼は不要！
企業・アカデミア Welcomeintrared: 統合的な転写制御データ基盤
2022 年度統合化推進プログラム採択課題

ChIP-Atlas

fanta.bio

トランス因子・エピゲノム

シスエレメント

ChIP-Seq

転写因子（トランス因子）
結合領域の統合データ

シスエレメント
リファレンス（ヒト・マウス・非ヒト霊長類）

バルク
5’ RNA 配列
データ

ATAC-Seq
Bisulfite-Seq

クロマチン状態・DNAメチル化の情報

細胞種ごとのシスエレメント活性一細胞遺伝子発現データ

ENCODE
IHEC
Roadmap

エピゲノム
機能情報

近接する変異（ゲノムバリエーション）

ゲノムバリエーション
データ

開発体制
ChIP-Atlas

fanta.bio
研究代表：粕川 G（理研 IMS）
• 研究開発の取りまとめ• ヒト・マウスのシスエレメントデータの作成• インタフェース開発• データベース運用

研究分担：沖 G（京都大）• トランス因子・エピゲノムデータの収集• データ更新・機能拡充

研究分担：川路 G（都医学研）• シスエレメント同定のパイプライン開発• 非ヒト霊長類のシスエレ
メントデータの作成

研究分担：桝屋 G（理研 BRC）
• ゲノム変異とシスエレメントの対応づけ• メタデータの作成

謝辞 ※ 敬称略

Grant support
2017〜 統合化推進プログラム

ChIP-Atlas
DBCLS
九大

2021〜 JST 次世代 京大

大田 達郎
三浦 史仁

代表

2020〜 卓越大学院 京大 MIP

薬効解析
九工大
九工大

代表

2020〜 新学術「個性」若手チャレンジ

山西 芳裕
岩田 通夫

代表

2022〜 学振特別研究員DC 代表
2022〜 KMS-FUND 研究支援代表

疾患 SNP
RIKEN
RIKEN

伊藤 薫
宮澤 一雄

ComputingSpecial Thanks
京大成宮周

沖ラボメンバー
京大京大京大京大

本田 瑞季
木村 龍一
菅原 由美
吉村 侑花

連絡先

鄒 兆南

E-mail: zou.zhaonan.56e@st.kyoto-u.ac.jp
researchmap: https://researchmap.jp/zouzhaonan