第45回⽇本分⼦⽣物学会年会フォーラム「⽣命科学のデータベース活⽤法」

糖鎖科学ポータル
GlyCosmos
公益財団法⼈野⼝研究所
⼭⽥⼀作
2022年11⽉30⽇ 19:00〜
19:45〜19:57
Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭⽥ ⼀作（公益財団法⼈ 野⼝研究所 ）2/15

Data integration
The GlyCosmos Glycoscience Portal

Experiment data

Database dataStandardization
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•
•
•

Glycan structure data
Glycomics data
Glycoproteomics data
Protein interaction data
Microbial data
Pathways/interaction data…

User
Licensed under a Creative Commons 表⽰4.0国際ライセンス©2022 ⼭⽥ ⼀作（公益財団法⼈ 野⼝研究所 ）3/15Standards• Glycan Notation• Text: WURCS and GlycoCT• Symbol: SNFG (Symbol Nomenclature For Glycans)• Ontologies• GlycoRDF: Glycomics data
• GlycoCoO: Glycoconjugate data

• Guidelines• DBCLS guidelines for RDFizing databases• MIRAGE: Minimum Information Required for a Glycomics Experiment
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MIRAGE RECOMMENDATIONS

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GlyCosmos Data FlowExperiment data
Repository expansion
Submissions(Repositories)

Submissions
UserEasier access to data forunderstanding glycan function!

・Semi-automatic curation system
・Annotation jamborees

Database dataResources.

User.
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Linked data

Data Resource expansion
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GlySpace Alliance• Must be under an open-data
license, CC-BY 4.0 or more
permissive• All data must have
unhindered access• Any software provided should
be at least GNU General Public
License v3.

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The GlyCosmos Glycoscience Portal• Submissions (Repositories)••••

GlyTouCan (glycans)
GlycoPOST (raw MS data)
UniCarb-DR (annotated glycomics data)
GlyComb (glycoconjugates)• Resources
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Glycomes
Glycans
Glycoconjugates
Glycogenes
Diseases
Pathwaysetc.

• Tools• Standards
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Submissions (Repositories)
Submissions
GlyTouCanunder construction

glycan structure dataUser••••annotated glycomics
MS/MS spectra dataGlycoconjugate structure data
Lectin data
Pathways/interaction data
Microbial data

"raw/processed" MS data
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Resources
Database data.
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Linked data

TOHSA
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Data Resources

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Data downloads

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Tools

SugarDrawer and GlycanBuilder
are glycan structure drawing tools.
You can search the database using
the drawn glycan structure as aquery.
GlycoMaple is apathway visualization
tool using gene
expression data.

GALAXY is an application thatcan search for candidate glycan
structures from HPLC data.

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Video manual

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Acknowledgements
Soka University
Kiyoko F. Aoki-Kinoshita
Akihiro Fujita
Yushi Takahashi
Masae Hosoda
Sunmyoung Lee
Koichi Arakawa
Akane Kon
Atsushi Uchino
Miyuki Tanaka
Atsushi WakamatsuThomas Masding(Former members:)
Miyuki Kikuchi
Isami Sogabe
Thukaa Kuoka
Sachiko Akase
Kotarou Hayashi
Takafumi Ogura

Hiromi Nagamatsu
Sakura Kiyama
Nozomi Hatanaka
Eijiro Amagasa
Ran Fukazawa(Intern)
Ryuho Kumashiro
AIST
Noriaki Fujita
Daisuke Shinmachi
Kiyohiko Angata
Chiaki Nagai-Okatani
Niigata University
Shujiro Okuda
Yu Watanabe
Akira Seno

The Noguchi InstituteShinichiro Tsuchiya
Masaaki Matsubara
Masaaki Shiota
Tamiko Ono
Haruko Kitakaze
Funding agencies:
JST Database Coordination andIntegration Program, JST MIRAIProgram and NIH
Gifu University
Morihisa Fujita
Yifan Huang
Weize Kong

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