2021年６月17日

統合データベース講習会：AJACSオンライン６「情報の在処を調べて利用する」

NBDCのサービスを使って基本的なDBの使い方を知る～生命科学系のデータを活用するために～
箕輪

真理

ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)、ROIS-DS
バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC) 、JST1
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
New Interface！
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

2
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

1

講習会の資料置き場

https://github.com/AJACS-training/AJACS87「AJACSオンライン6」で検索
講習会のプログラム＆資料

申込のサイトです

このあたりにgithubのリンクあり

3
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

1◇Webサイトへのアクセスについて• クリックは最小限に• 反応が無くてもしばらく待つ◇録画について•配信の画面を録画して後日公開予定◇質問フォームのご案内• https://www.sli.do/jpあるいはsli.do と検索（スマホでも）• ＃「AJ87」 と入力• 質問をする※ 今回の講習会用のEventです。

4https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

5
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

転換期を迎える生命科学

2• 生命科学の情報爆発• 仮説検証型からデータ駆動型の科学への転換• データ、データベースを自由に使いこなす• 情報学、 統計学、数学、計算機科学などの融合• データの統合による知識発見6
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

代表的な生命科学関係のデータベース

2

データベースの内容

データベース例

DNA塩基配列

GenBank, ENA, DDBJ

アミノ酸配列UniProt, Swiss-Protタンパク質立体構造

wwPDB, SCOP2, CATH

アミノ酸配列ドメイン

Pfam, InterPro

アミノ酸配列モチーフ

PROSITE, Blocks

パスウェイ

KEGG, Reactome

遺伝病

OMIM

文献

MEDLINE

遺伝子発現

GEO, ArrayExpress
7

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

日本の代表的な生命科学系データベース

2

DDBJ (DNA Data Bank of Japan)
DNA塩基配列を収集
国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ センター
（静岡県三島市）
PDBj (Protein Data Bank Japan)
タンパク質の立体構造を収集
大阪大学蛋白質研究所

KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)
生命情報をシステムとして表現
京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター
8
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

2構築法から見たデータベースの分類（「生命科学データベース統合に関する調査研究(H17~H19)」より）

型

情報源の
種類

処理
方法

処理主
体

データ形式

例

バンク型

測定器と登録者

不特定多 構造化
数
テキスト

DDBJ,
wwPDB

プロジェクト型

測定器と実験者

特定人間 構造FANTOM,

プログラム型

データベース
レコード

機械的
処理

マシン

キュレーション
型

データベース
レコード

高度
情報処理

特定人間 構造SCOP2

知識モデル型

読み物

高度
情報処理

特定人間 構造

KEGG

総説型

読み物

高度
情報処理

特定人間 構造化
テキスト

OMIM

モデル生物
DB

構造

UniGene9https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

バンク型データベースとは
2（→提出されたデータを受け取り公開するDBを広くリポジトリと呼ぶ）

DDBJ/GenBank/ENAおよびwwPDBでは、全世界で解読された塩基配列および立体構造情報を、査定して受け入れ

データベースに蓄積し公開して共有する→accession numberを付与
論文を投稿する際には、雑誌側から
accession numberの記載を求められる塩基配列や立体構造以外のデータについても、
リポジトリへの登録が求められる
10
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

データを共有することの意義

2

科学の世界では本来データは第3者と共有するもの• 再現性→真理か？
• 透明性→データそのものが間違っていないか？
• 再利用→新しい観点からの解析、共同研究、教育目的、時間や費用の節約• 新しい技術（大量データのマイニング等）の開発の促進• 市民は2度税金を払わない→公的資金を投じたデータはすべての市民のもの

国などの公的資金を投じて得られたデータは共有へ！
11
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

2オープンサイエンスに関する国際動向と日本の対応

2013年 G8科学大臣会合 共同声
明「論文のオープンアクセス化に加え、研究データのオープン化を」↓↓↓2016年 G7科学技術大臣会合
オープンサイエンス作業部会設置↓
2017年 G7科学技術大臣会合①オープンな研究エコシステムのためのインセンティブ②研究データの最適利用のためのイ
ンフラ↓↓
2020年 G7科学技術大臣宣言
オープンサイエンスの重要性を認識

総合科学技術・イノベーション会議➢ 国際的動向を踏まえた
オープンサイエンスに関する検討会（H26(2014).12.9～H27(2015).3.30）
公的研究資金を用いた研究成果〈論文、生成された研究データ等〉について、科学界はもとより産業界及び社会一般から広く容易なア
クセス・利用を可能にし、知の創出に新たな道を開くとともに、効果的に科学技術研究を推進することでイノベーションの創出につなげることを目指した新たなサイ工ンス➢ 国際的動向を踏まえたオープンサイ
エンスの推進に関する検討会（H29(2017).12.27~R1(2019).8.20）
研究データ基盤整備と国際展開WG
報告書①R1.8.20②R3.3
・公的資金を活用して生み出された研究デー
タの管理・利活用の基本方針
・管理・利活用ポリシー策定ガイドライン
・データリポジトリ整備・運用ガイドライン・オープン＆クローズ戦略、知財戦略
12https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

データ共有の基準としてのFAIR原則

2

Findable（見つけられる）
Accessible（アクセスできる）
Interoperable（相互運用できる）

Re-usable（再利用できる）
2011年頃から研究コミュニティで議論が開始
2014年第4回Research Data Alliance 定例会議のワーキンググループでまとめられた
2015年のNBDC/DBCLS BioHackathonでも議論され論文が公開された※FAIR原則について詳しく知りたい方はNBDCのサイトで″FAIR”と検索→「データ共有の基準としてのFAIR原則」
13
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

14
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

JSTとNBDCのご紹介(1)
科学技術振興機構(JST) http://www.jst.go.jp/〔JST第4期中長期目標（H29年2月）より〕

III．研究開発成果の最大化その他の業務の質の向上に関する事項
１．未来を共創する研究開発戦略の立案・提言
２．知の創造と経済・社会的価値への転換
２．４．情報基盤の強化（ライフサイエンスデータベース統合の推進）
我が国におけるライフサイエンス研究の成果が、広く研究者コミュニティに共有され、活用されることにより、基礎研究や産業応用につながる研究開発を含むラ
イフサイエンス研究全体の活性化に貢献するため、文部科学省が示す方針の下、様々な研究機関等によって作成されたライフサイエンス分野データベースの統合に向けて、オープンサイエンスの動向を踏まえた戦略の立案、ポータルサイトの拡充・運用及び研究開発を推進し、ライフサイエンス分野データベースの統合に資する成果を得る。

３．未来共創の推進と未来を創る人材の育成
https://biosciencedbc.jp/© 2021

15

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

JSTとNBDCのご紹介(2)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
https://biosciencedbc.jp/

データベース統合を通じて新たな知識へ
NBDCは生命科学データベースに関する日本の中核機関として、
新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています

ひろくーデータの共有（再利用に適したデータ形式やルールの整備、ガイドラインの作成）

つなげてーデータベースの統合（データをつなげるための技術
開発や用語整理、様々な分野でのデータベース構築支援）

つかうーデータの利活用（データ利用者が使いやすいアプリの開発、「データ駆動型研究」のためのデータやツール提供）
詳細は“NBDCについて”をご覧ください。
16
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

なぜ「統合データベースプロ
ジェクト」が必要だったか

詳細は、広報活動ページのパンフレットをご覧ください17
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

生命科学分野のDBに対する要望

1. どんなDBがどこ(URLは？)にあるのか？
欲しいデータは既に誰かが持っていて、公開もしているのでは？

NBDCのサービス

DBのカタログ

2. 複数のDB内を横断的に検索できないか？
DBごとに訪れて検索するのは手間
文献や特許など異なるDBを一括検索できればDBの一括検索

3. データセットを取得できないか？
インタフェースにとらわれずに自由に使いたい
手持ちのデータと組み合わせてみたい

データの一括ダウンロード18
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

データを利用する際の問題点

3• 必要なデータが入っているか？

使いたいデータが見つからない
公的プロジェクトの成果が非公開

データを集めるための仕組み
・公的な研究には寄託を義務付け• どのようなデータが入っているのか？

ATGTGGC
CT・・・

多種多様なデータ
3216549
87・・・
データ項目の説明がばらばら or 無い
・・・
分野ごとにまちまちな用語
データフォーマットの標準化
データの説明(メタデータ)の標準化• どのように使って良いのか？

利用に際しての条件がどこに書いてあるのか？
あったとしてもDBごとにばらばらな条件
商用可能か？
契契約が必要？
約書
使用料は必要？
論文に引用してもいいのか？その方法は？

利用条件の標準化
and明示・データ作成者の著作権表示
・商用↔非商用
・公開条件
・引用方法
19

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

JSTとNBDCのご紹介(2)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
https://biosciencedbc.jp/

データベース統合を通じて新たな知識へ
NBDCは生命科学データベースに関する日本の中核機関として、
新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています

ひろくーデータの共有（再利用に適したデータ形式やルールの整備、ガイドラインの作成）

つなげてーデータベースの統合（データをつなげるための技術
開発や用語整理、様々な分野でのデータベース構築支援）

つかうーデータの利活用（データ利用者が使いやすいアプリの開発、「データ駆動型研究」のためのデータやツール提供）
詳細は“NBDCについて”をご覧ください。
20
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

クリエイティブ・コモンズ（CC）
3

再利用と共有を促進する仕組み

Attribution(BY)

NonCommercial

NoDerivs

ShareAlike

４種類のマークを組み合わせて６種類の利用条件を選択することができる

CC-BY ジャパンクリエイティブ・コモンズ・ジャパン（http://creativecommons.jp/licenses/）

高

利用の自由度中NBDCが使用するライセンス
21

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

JSTとNBDCのご紹介(2)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
https://biosciencedbc.jp/

データベース統合を通じて新たな知識へ
NBDCは生命科学データベースに関する日本の中核機関として、
新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています

ひろくーデータの共有（再利用に適したデータ形式やルールの整備、ガイドラインの作成）

つなげてーデータベースの統合（データをつなげるための技術
開発や用語整理、様々な分野でのデータベース構築支援）

つかうーデータの利活用（データ利用者が使いやすいアプリの開発、「データ駆動型研究」のためのデータやツール提供）
詳細は“NBDCについて”をご覧ください。
。
https://biosciencedbc.jp/© 2021

22
統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

NBDCの取り組み
3

連邦型統合DB（⇔中央集中型DB）⚫つなげる技術開発⚫分野ごとのDB構築支援

https://biosciencedbc.jp/about-us/files/NBDC_pamphlet202006.pdf
https://biosciencedbc.jp/© 2021

23

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

3

JSTとNBDCのご紹介(2)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
https://biosciencedbc.jp/

データベース統合を通じて新たな知識へ
NBDCは生命科学データベースに関する日本の中核機関として、
新たな知識の創出を促進するため、データの共有と統合に向けた研究開発とサービス提供を行っています

ひろくーデータの共有（再利用に適したデータ形式やルールの整備、ガイドラインの作成）

つなげてーデータベースの統合（データをつなげるための技術
開発や用語整理、様々な分野でのデータベース構築支援）

つかうーデータの利活用（データ利用者が使いやすいアプリの開発、「データ駆動型研究」のためのデータやツール提供）
詳細は“NBDCについて”をご覧ください。
24
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて25
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

4

NBDCのウェブサイト
～サービスの探し方～「NBDC」で検索

https://biosciencedbc.jp/「データベース利用者」をクリック•

50種類以上のサービス•

生命科学のDB関連•

登録不要（一部を除く）

•

無料

•

どこからでも、誰でも26

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

NBDCのサービス一覧
4

Websiteへ
Websiteへ説明27
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学分野のDBに対する要望
4-1

NBDCのサービス

1. どんなDBがどこ(URLは？)にあるのか？

DBのカタログ欲しいデータは既に誰かが持っていて、公開もしているのでは？

2. 複数のDB内を横断的に検索できないか？
DBごとに訪れて検索するのは手間
文献や特許など異なるDBを一括検索できればDBの一括検索

3. データセットを取得できないか？
インタフェースにとらわれずに自由に使いたい
手持ちのデータと組み合わせてみたい

データの一括ダウンロード28
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 概要
4-1• 国内外の生命科学系DBの所在情報やDBのカタログ
説明情報を提供するカタログ
収録DB数：2489件（国内1270件以上）• 20種類程度の記述項目
DB名、URL、運用機関名、生物種、説明など• DBをキーワード検索やカテゴリから探すことが可能
検索ボックス、絞込み機能• 記述項目がダウンロード可能
29
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 入口
4-1

https://integbio.jp/dbcatalog/

30
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 使い方1
4-1

DBの一覧

・新着情報
・更新履歴
・ダウンロード
・関連リンク集一覧内の検索絞り込み

31
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 使い方14-1

複数種類のタグを用いて絞り込み

全条件の解除個別条件の解除
絞り込み例
・ヒト
・健康/疾患
・発現
・日本

１つ選択

複数選択可

キーワード検索“インフルエンザ”
１つ選択

１つ選択
複数選択可
32
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 使い方2
4-1

カタログ掲載内容
オリジナルサイトへのリンク（海外のサイトも日本語で説明付与）

33
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 使い方2
4-1
・・LSDBアーカイブ（NBDCが提供するアーカイブにデータあり）
・統合TV（DB等の説明動画あり）
・一括ダウンロード（オリジナルサイトでのデータDLが可能）

1.【稼動中】アクセス可能
2.【休止】アクセスできない期間が〇日継続中
3.【公開停止中】公開が停止
4.【運用終了】運用が終了
34
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 使い方34-1

35
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

4-1

Integbioデータベースカタログ 実習※左側にある絞り込み機能を使ってみましょう

実習１「ヒト」の「エピジェネティクス」に関係するDBはいくつ存在するか？

実習２

そのうち日本国内で作成されたDBはいくつ存在するか？

実習３

そのうちのいくつが稼働しているか？

実習4（おまけ）カタログをダウンロードしてエクセルで開く。

36
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Integbioデータベースカタログ 実習1～3
4-1
実習１～３
一覧の絞り込み
機能を使う

37
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
New Interface！
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて38
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学分野のDBに対する要望
4-2

NBDCのサービス

1. どんなDBがどこ(URLは？)にあるのか？
欲しいデータは既に誰かが持っていて、公開もしているのでは？

DBのカタログ

2. 複数のDB内を横断的に検索できないか？
DBごとに訪れて検索するのは手間
文献や特許など異なるDBを一括検索できればDBの一括検索

3. データセットを取得できないか？
インタフェースにとらわれずに自由に使いたい
手持ちのデータと組み合わせてみたい

データの一括ダウンロード39
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索の特徴
4-2

DBの一括検索•生命科学分野のコンテンツを対象にした検索システム
分子DBの中を文献や特許情報とあわせて一括検索できる
検索対象DB数：687件（42カテゴリ）•

検索キーワードの日英相互翻訳
日英の辞書（京都大学 ライフサイエンス辞書）を搭載•

検索結果の絞込み機能
DBのカテゴリ•

検索語句の保存機能•

PubMedリンク
40

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

Googleと生命科学データベース横断検索
4-2

Googleで「マウス」と検索•意図したものを網羅的に

欲しいのは
表層ウェブ

•

出てくるのはDB

深層ウェブ

Google, Yahoo…
検索できない公開Webの53.2％程度

安形輝,宮田洋輔,池内淳,上田修一
学術情報流通における深層ウェブの実態－ 機関リポジトリに収録された文献を用いた調査 －情報学会研究大会発表論文集 巻：2009 ページ：3740

ネズミの画像のライセンス© 2016 DBCLS TogoTV / CC-BY-4.0
https://biosciencedbc.jp/

41© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索の検索対象一例（概数）
4-2

DBカテゴリDB
数

主なDB
蛋白質核酸酵素（共立出版）（1985～）、新着論文レ
ビュー、文科省「ゲ ノム特定領域」報告書、各種実験
プロトコル集日本農芸化学会、日本生物物理学会、トーゴーの日シンポ
要旨、医学・薬学予稿集全文データベース
日本国特許公報（2004～2015）

文献

48

学会要旨

4

特許関連文書12

統合DBプロジェクト

150 生命科学DBアーカイブ、統合TV

用語解説

34 Gene Wiki、Proteopedia、Molecule of the Month

ゲノム・遺伝子・RNA

88 EntrezGene、RefSeq、H-Invitational、FANTOM

遺伝子発現・転写制御

51 coxpressdb（共発現）タンパク質

62 UniProt、PIR、PDBj

CGED(がん組織発現）、DBTSS（転写開始部位）、

パスウェイ・相互作用・25 KEGG、ゲノムネットワークプロジェクト
生体反応
42
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索
4-2

入口https://dbsearch.biosciencedbc.jp/

43
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

横断検索インターフェース ~トップページ~
検索履歴を保存4-2

検索対象DBをあらかじめ選択することも可能（一部）語句のサジェスト機能（入力語句を含む単語の提案）

検索対象のDBについて

44
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

横断検索インターフェース~検索語句の履歴保存~

4-2

検索語句の履歴を保存

新

最大10回の検索分の検索語句を保存
Cookieを使った一時的な保存ですが、最初にONにしておくと便利かも
あくまで検索語句の保存なので、検索対象のDBについては保存されません
表示されているURLは全DBを対象とした検索結果を表示します

45
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

横断検索インターフェース ~結果ページ~
PubMedへのリンク

特許、KAKENの
トップヒット3

各カテゴリ・DBのヒット数
左端の⊞を押下でカテゴリ展開
チェックボックスでDB選択
https://biosciencedbc.jp/

検索結果
DB選択が変わると再検索して表示
46© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

横断検索インターフェース ~詳細検索~
4-2
トップページの検索窓の右

検索結果画面の右上
DB更新時期による絞り込み検索語の日英翻訳

生物種による
絞り込み

語句のサジェスト機能（入力語句を含む単語の提案）

対象DBの
選択

https://biosciencedbc.jp/© 202147

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索 実習
4-2

準備：トップページの右上「履歴」をクリックして、ON選択→OK
実習5“インスリン”で検索

実習6

検索結果画面上部の検索窓にある“インスリン”のあとにスペースを入れ、“脂肪肝” を追加し、2語のandで検索
2語検索のパターン： （詳細は「ヘルプ」をご覧ください。）"cancer" and /or "gene" ⇒ cancer | gene
"cancer” but not "gene" ⇒ cancer ! gene
“cancer“ followed by ”gene” ⇒ “cancer gene”

実習7

結果画面から「全て」を他の検索対象DB（「研究者」など）に変更して再度検索

実習8

どのDBが検索対象になっているか確認

確認：「履歴」をクリックして、検索語が保存されていることを確認 48
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索 実習5
4-2“インスリン”で「検索」

結果画面

49
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索 実習6
4-2

さらに（スペース）＋“脂肪肝”を追加して検索50
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学データベース横断検索 実習7、8
4-2「全て」→「研究者」に変更して検索

51
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

52
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学分野のDBに対する要望
4-3

NBDCのサービス

1. どんなDBがどこ(URLは？)にあるのか？
欲しいデータは既に誰かが持っていて、公開もしているのでは？

DBのカタログ

2. 複数のDB内を横断的に検索できないか？
DBごとに訪れて検索するのは手間
文献や特許など異なるDBを一括検索できればDBの一括検索

3. データセットを取得できないか？
インタフェースにとらわれずに自由に使いたい
手持ちのデータと組み合わせてみたい

データの一括ダウンロード53
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 概要
4-3

データの一括ダウンロード• 国内で作成されたDBを丸ごとダウンロードできるサービス➢ 収録DB数：150件• CSVやRDF形式でデータをダウンロード可能➢ DBやデータについての説明（メタデータ）• データはCCライセンスで配布➢ CC表示-継承ライセンス、利用許諾を統一して明確に

54
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブの収録DB
4-3

DBカテゴリ（対象）

DB
数

DBカテゴリ（データの種類）DB数

ゲノム/遺伝子

30

表現型

7

遺伝的多様性9バイオリソース

10

cDNA/RNA33

オントロジー/用語

7

蛋白質

36

配列

49

化学物質/薬8

3D構造/化学構造

17

代謝物

9

発現

25

細胞/オルガネラ

9相互作用/パスウェイ 13

個体/種

18

画像/動画

31

健康/疾患

19

書誌/ドキュメント

1955
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 入口
4-3

https://dbarchive.biosciencedbc.jp/

56
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 簡易検索
4-3

１．表中の項目で検索

２．各項目によってソートできる57
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 詳細検索
4-3

１’．表中の項目で検索

58
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ その他の検索
4-3

３．簡易検索機能があるDBを横断検索
４．BLASTによる配列相同性検索
５．画像を含むDB内を検索

59
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ その他の検索
4-33

３．簡易検索機能があるものを一括検索
４．BLASTによる配列相同性検索
５．画像を含むDB内を検索

５

4

60
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 利用状況
4-3

長い間、トップを飾っていたOpen TG-GatesはTop2ではないものの、まだまだランク上位なので、 Open TG-Gatesを例として使い方を紹介します。
Open TG-Gates
170の化合物をラット個体およびラット・ヒト肝細胞へ曝露した際の遺伝子発現と毒性のデータベース
61
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習
4-3

実習9

Open TG-GATEs「病理情報」のデータから「Hypertrophy」（肝細胞肥大）を示した
データを絞り込みダウンロードする。
実習10 その際の肝臓の病理画像を見つける（画像データはサイズが大きいので、ダウンロードの際はご注意ください）。

62
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習9
4-3①「Open TG-Gates」で検索②利用許諾を確認（詳細をクリック）
63
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習9
4-3

利用許諾ページ
・作成者のクレジットを表示すること・同じCC 表示-継承のもと配布すること③DBの説明を確認（「データベースの説明」をクリック）③’元の一覧からサムネールか名前をクリック）64
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習9
4-3

DBの説明（メタデータ）ページ④データをダウンロードする（「ダウンロード」をクリック）

•
•
•
•
•
•

作成者
連絡先
予算的背景・プロジェクト
オリジナルサイト
運用開始年月日
最終更新年月日 など④’元の一覧から「ダウンロード」をクリック）65
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習9
4-3

データを眺めてから
ダウンロード可能
ZIP形式で丸ごとダウンロードダウンロードページ「検索&ダウンロード」
をクリック

66
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習9,10
4-3⑤テーブル内の検索・絞り込み⑥絞り込み結果
ダウンロード

⑦全データ
ダウンロード実習10へ

全データダウンロードのファイル形式の選択
https://biosciencedbc.jp/© 202167

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ 実習10
4-3

Full-size viewから画像を自由に拡大できます
Downloadの際はデータサイズにご注意！
（Download画像を見るためには専用ソフトが必要です）

68
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

生命科学系データベースアーカイブ データ受け入れ
4-3•データの共有が容易
利用許諾の標準テンプレートあり（データ制作者へのクレジット）
詳細なメタデータを付与していただ
くことでデータの発見が容易
論文投稿時のデータ公開にも利用可•データを長期、安定的に管理
NBDCでアーカイブ運営→独自のサイト管理は不要
担当者の異動やプロジェクト終了後のデータ公開が持続的に可能

69
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

4省によるDB統合
文科省

農水省

JST

https://integbio.jp/

産業技術総合研究所

農業・食品産業技術総合研究機構

医薬基盤・健康・栄養研究所

経産省

厚労省
70

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

71
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

AJACSオンライン
2021年度開催予定
AJACSオンライン６「情報の在処を調べて利用する」（2021年6月17日）
AJACSオンライン７「BLAST検索とゲノムブラウザ、NGSデータベースを活用する」（2021年7月15日）
AJACSオンライン８「遺伝子発現データを解釈しゲノム編集に応用する」（2021年8月19日）
AJACSオンライン９「疾患に関する多型データを解析する」（2021年12月16日）
AJACSオンライン10「タンパク質のデータベースを活用する」（2022年1月20日）

NBDCヒトデータベース＆TogoVar 入口
5「データベース利用者」を選び…
「ヒト」をクリック

https://humandbs.biosciencedbc.jp/
https://togovar.biosciencedbc.jp/

73
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

5

NBDCヒトデータベース

解析技術の発達に伴いヒトに関するデータは膨大に
それらを整理・格納して、有効に活用するためのルールや仕組みが必要
ヒトデータの格納場所が国内には無かった（米dbGaP、欧EGA）↓
個人情報の保護に配慮しつつヒトに関するデータの共有や利用を推進するために、ヒトに関する様々なデータを共有するプラットフォームとして設立（2013年10月）
国立遺伝学研究所 DNA Data Bank of Japan （DDBJ）と協力して運営⚫個人由来データの共有と個人情報保護の両立を可能に

共有のポリシー（ルール）をNBDCが提供《提供》研究参加者の同意と研究倫理委員会の承認《利用》漏洩を防ぐための情報セキュリティ対策、研究計画の倫理審査
データ提供/利用に関する審査はNBDCが実施←ガイドラインの整備・公開
ヒトに関するあらゆるデータが対象
二重に匿名化された情報のみ⇒より詳細な情報は共同研究で！
《提供者向け》論文発表に必要なIDを発行
74

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

NBDCヒトデータベース／データの種類
5

NBDCヒトデータベース

非制限公開データ（オープン）
35件＊
制限公開データ
156件＊

公開待機データ

ウェブサイト等から制限
なく公開
・集団の統計値
・特定の個人由来では無い試料の解析結果

ヒトデータ審査委員会（NBDC）での審査に基づき利用可能・個人ごとの情報

一定期間の後、制限公開
データ等へ移動

匿名化
各プロジェクト・実施機関＊2021年5月現在
75

https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

5

NBDCヒトデータベース／データ提供・利用手続き

ガイドライン
データの提供データの利用
事前のご相談など、詳しくはhumandbs@biosciencedbc.jp
76https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

5

日本人ゲノム多様性統合データベース
TogoVarhttps://togovar.biosciencedbc.jp/《これまで》
7番染色体《TogoVar》
注目するバリアント

ClinVar (NCBI)ExAC (ブロード研究所）

位置：chr7:127254587
関連する疾患：２型糖尿病
疾患感受性： あり

位置：chr7:127254587
アレル頻度：
0.000304573

TogoVarID: tgv30913364
位置： chr7:127254587
関連する疾患：2型糖尿病：0.0233
疾患感受性：あり
アレル頻度(iJGVD 3.5KJPN)：0.0272809：0.00030457
アレル頻度(HGVD)：3
アレル頻度(ExAC)
関連論文
A missense mutation of Pax4 gene ...
https://togovar.biosciencedbc.jp/variant/tgv30913364

ワンストップ検索iJGVD 3.5KJPN

HGVD(京都大学）(東北メディカル・メガバンク機構）

位置： chr7:127254587
アレル頻度： 0.0233
https://biosciencedbc.jp/

位置：
chr7:127254587
アレル頻度：0.0272809

出典元 (© 2016 DBCLS TogoTV)77© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

TogoVar検索例
検索窓

疾患との関連性
日本のデータ

個々のバリアント
情報へのリンク

DB毎頻度（NBDCヒトDB由来データ含む）

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

79
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際680
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

統合TV

6

https://togotv.dbcls.jp/• DBやツールの使い方、講演を動画で配信
動画数：1800本以上

吹き出しによる日本語の解説• 本日紹介したサービスの使い方動画もここで公開•

イラストもあるCC-BYで使える画像
が774件

•

リクエスト大歓迎81
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

DBCLSのサービス一覧ページ

6

https://dbcls.rois.ac.jp/services.html
https://biosciencedbc.jp/

82© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

6

DBCLSのサービス一覧（絞り込み例）
自然言語処理＆データベース利用者

教材・資料＆
データベース利用者
83
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

目次
1. 講習を始める前に
2. 生命科学系DBの概要
3. JSTとNBDC、データ共有の取り組みについて
4. DBカタログ、横断検索、データダウンロード
サービスの紹介
5. ヒトデータ関連サービス
6. その他のサービス・ツール
7. 今後に向けて

84
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際785
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

RDFのデータ構造

7

DDBJに登録された
DNA配列
AP014957.1

taxonomy
obo:RO_0002162

http://identifiers.org/taxonomy/39947

http://identifiers.org/insdc/
AP014957.1#sequencetaxonomy39947

taxonomy39947

表記
rdfs:label

Oryza sativa Japonica Group

http://identifiers.org/taxonomy/39947

データを記述する要素をそろえる（＝標準化）
86
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

RDFによるデータの統合と検索

7

共通する要素を重ね合わせることで、異なる種類の情報をつなげたネット
ワーク（=グラフ構造）を作る

グラフの部分構造を検索して抽出することで、2つの事柄等の関係性を見出す

RDFデータの作成や利用法に関する講習会も開催
87https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

多種多様な生命科学のデータを一括で扱うために
7

NBDC RDFポータル

DBをRDF形式でダウンロードできる他、DB間を繋ぐような複雑な検索を試せます

88
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

最後にサービス活用に関する情報提供のお願い89
https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

本日の講習会についてのWebアンケートを終了後にご案内します。
講習会をより良いものにしていくためにご協力をお願いします。

サービスに関するお問い合わせやご意見などは、
トップページの「お問い合わせ」からお寄せください。

今後の講習会については、イベント案内やブログの紹介など様々な情報をお届けするNBDCメルマガ内で、お知らせします。

90https://biosciencedbc.jp/© 2021

統合データベース講習会 Licensed Under CC 表示 4.0 国際