助成番号５－２180019
研 究 成 果 報 告 書

研究テーマ
（和文）

集団ゲノム解析を用いた日本の宝石サンゴの系統遺伝解析および遺伝構造の解明

研究テーマ
（英文）

Phylogenetics and Population genetic structure of Japanese precious corals using
population genomic analysis

研究期間

２０１８年 ～ ２０２０年

研究代表者
氏
名

（漢字）

安田 仁奈

（カタカナ）

ヤスダ ニナ（英文）Nina Yasuda

所属機関・職名

宮崎大学

宮崎大学 准教授

（漢字）

共同研究者
（１名をこえる場合は、別紙追加用紙へ）

研究機関名

氏
名

（カタカナ）（英文）所属機関・職名
概要 （600 字～800 字程度にまとめてください。）
宝石サンゴは地中海・日本・台湾・ミッドウェー・ハワイなどに分布する八放サンゴ 8 種の総称で、日本の宝石サンゴの原木は大きく美しいために世界的にも人気が高く、アカサンゴ、シロサンゴ、モモイロサ
ンゴの 3 種は、日本の数少ない天然資源である。しかし近年の日本の宝石サンゴの人気と需要にともない、2014 年以降、中国の日本国内における違法漁業が問題になるほか、宝石サンゴの漁獲圧は高まる一方である。宝石サンゴの成長速度は非常に遅く、1 年間に 0.15mm しか成長しないことが分かっており、このまま宝石サンゴの生殖の実態や再生産のメカニズムも分からないまま漁獲を続ければ絶滅の一途を辿る危険性がある。宝石サンゴは固着性の生物であるものの、受精したのちに浮遊幼生期間を持ち、親とは異なる場所に着底する。そのため、宝石サンゴを保全していくためには、まず、どの程度の空間範囲で互いに受精をしたり、幼生が行き来したりする生殖集団を形成しているのかを調べることが重要な知見となる。また、環境変化に対する脆弱性の指標として、遺伝的多様性の評価を行ったり、種の位置づけがはっきりしないものについては、遺伝的にはっきりとさせたりすることが重要である。本研究では、最新のゲノムワイド解析である MIG-seq 法を用いて、集団ゲノム解析および系統地理解析を行った。まず、既存の遺伝子マーカーでは種の区別がつかず、同種かどうかが明らかではなかったシロサンゴとモモイロサンゴについて、ゲノムワイド解析でははっきりと異なる 2 種であることが証明され、両種間では交雑もほとんど起きていないことを明らかにした（Takata et al. 2019 PeerJ）。さらに、四国の南西の海域で、シロサンゴとアカサンゴの遺伝的多様性と遺伝分化係数を調べたところ、シロサンゴの方が遺伝的多様性は低く、環境変化への脆弱性が示唆されたのに対して、アカサンゴでは分化係数が大きく、地域絶滅のリスクが高いことを明らかにした(Takata et al. CWMD 2019)。さらにアカサンゴで空間自己相関解析を行った結果、アカサンゴの配偶子や幼生は、11 ㎞以内の範囲にしか分散できないため、この空間範囲内で漁業圧が過剰にかかると地域絶滅するリスクが高いことを明らかにした(Takata et al. 2021 Frontiers in Marine Science)。

- 1 -発表文献 （この研究を発表した雑誌・図書について記入してください。）
論文課題

Genome-wide SNPs data revealed significant spatial genetic structure in the deep- sea
precious coral Corallium japonicum
Kenji Takata,
Fumihito Iwase,
Akira Iguchi,
Hideaki Yuasa,

雑誌

Frontiers in Marine Science

Hiroki Taninaka,
著者名

Nozomu Iwasaki,

雑誌名(Accepted on May 19 2021)

発行年

２

Kouji Uda,
Tomohiko Suzuki,
Masanori Nonaka,

ページ

2

1

巻号

Multiplexed ISSR genotyping by sequencing distinguishes two precious coral species(Anthozoa: Octocorallia: Coralliidae) that share a mitochondrial haplotype

著者名

KenjiTakata,
Hiroki Taninaka,
Masanori Nonaka,
Fumihito Iwase,
Taisei Kikuchi,
Yoshihisa
Suyama, Satoshi
Nagai and NinaYasuda

雑誌名

PeerJ

ページ～

発行年

2019巻号

論文課題

Comparison of the genetic diversity and connectivity of the commercially important
precious corals Corallium japonicum and Pleurocorallium konojoi using high throughput
sequencing and the implications for conservation

著者名

KenjiHiroki

雑誌

0

論文課題

雑誌

Taisei
Kikuchiand Nina Yasuda～ページ

Takata,～

雑誌名

CWMD Proceedings

発行年

2- 2 -01

9巻号

1英文抄録 （100 語～200 語程度にまとめてください。）
Despite being one of the few importance marine resources of Japan, precious coral species are oneof the most threatened marine organisms that suffered from overharvesting and poaching. To obtainbasic knowledge for the conservation of previous coral species, we have applied genome-wide
population genomic analysis called MIG-seq for three major precious coral species in Japan. First
we clarified the species boundaries between Pleurocorallium elatius and P. konojoi are distributedin Japanese waters that shared mitochondrial haplotypes (Takata et al. 2019 PeerJ). Then we compared
genetic diversity and structure of P. konojoi and Corallium japonica, P. konojoi has lower genetic
diversity indicating more vulnerable for environmental change while C. japonica has stronger genetic
differentiation between neighboring populations indicating limited larval dispersal (Takata et al.
2019 CWMD). Finally, by applying spatial autocorrelation analysis, we demonstrated larval and gamete
dispersal of C. japonica is limited within 11 km that is very useful for conservation (Takata etal. 2021 Frontiers in Marine Science).

研究代表者名

安田仁奈

（漢字）

共同研究者
氏
名

（カタカナ）（英文）所属機関・職名（漢字）
氏
名（カタカナ）（英文）所属機関・職名（漢字）
氏
名（カタカナ）（英文）所属機関・職名（漢字）
氏
名（カタカナ）（英文）所属機関・職名- 3 -