医学メディアセンター ブックマーク・シリーズ No.43

Oct. 2023

応用編

PubMed【東邦版】の使い方
PubMed は，米国国立医学図書館（NLM）の運営する文献検索データベースです。主に海外で発行された医学関連分野の学術論文を検索することができます。
このマニュアルでは，東邦大学の教職員，学生向けにカスタマイズされた PubMed【東邦版】を使った文献検索の応用的な内容を解説します。初めて PubMed を使う方は，まず「PubMed【東邦版】の使い方基礎編」をご覧ください。

目次
I.

IV. 臨床医学論文を素早く検索する方法

検索式と式の編集 ............................ 1（Clinical Queries） ...................... 9

1. 検索式と自動マッピング ...................... 1

1. Clinical Queries とは ..................... 9

2. フィールドタグ ................................... 2

2. Clinical Queries を使った，臨床医学領3. 論理演算子と近接演算子 ..................... 3域の論文の検索方法 .......................... 9
3. Clinical Queries を使った，COVID-II. MeSH を使った検索........................ 4

19 関連論文の検索方法 .................. 10
1. MeSH とは ....................................... 44. 検索結果の見方 ............................... 10

2. MeSH Term の調べ方 ...................... 4

V. PubMed のマイページ活用 ............ 11

3. 調べた MeSH Term を使って検索する 6
4. MeSH と自動マッピング ..................... 7

1. My NCBI とは................................ 11

5. メリットと注意点 ................................ 7

2. My NCBI の登録方法 ...................... 11
3. 検索結果の保存 ............................... 12

III. 参考文献リストをもとに検索する方法 .. 8

4. 検索式の保存とアラート .................... 14
1. PMID，DOI がわかる場合の検索 ........ 8
2. Single Citation Matcher .............. 8I.

検索式と式の編集
1.

検索式と自動マッピング
PubMed には自動マッピングという機能があり，検索の際に入力したキーワードの同義語やそのキーワードの語尾変化などを同時検索できるように，検索式が自動変換されます。（同義語の検索の仕組みについては，「II. MeSH を使った検索」で説明します。）
自動マッピング後の検索式は，Advanced Search Builder の「History and Search Details」の「Details」をクリックすると，参照することができます。

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自分で入力したキーワードや検索式の下に，自動マッピングされ実際に検索に使われた検索式が表示されます。「Translation」を参照すると，自分が入力したキーワードがどのように変換されたかを確認することができます。

入力した検索式
自動マッピング後の実際の検索式

各キーワードがどのように変換されたかなお，All Fields 以外の検索項目を指定したり，ダブルクオーテーション(“”)を使った完全一致検索やアスタリスク（*）を使った前方一致検索等を行う場合は，そのキーワードに対して自動マッピングは行われません。
2. フィールドタグ
検索式では，キーワードの後ろに[All Fields]，[MeSH Terms]のように検索フィールドが角括弧表記されており，検索対象とする項目が示されています。これをフィールドタグと呼びます。
何も指定せず検索した場合は「All Fields（PubMed で検索可能なフィールド内すべて）」を対象に検索したことになります。
フィールドを指定して検索する場合，Advanced Search 等から検索することも可能ですが，自分でフィールドタグを手入力して検索することも可能です。
例えば，タイトルに「cancer」が含まれる文献を調べたい時には， “cancer”[Title] または省略形を使って“cancer”[ti]と入力して検索します。なお，フィールドタグを入力して検索した場合，自動マッピングは行われませんのでご注意ください。
よく使われるフィールドタグをご紹介します。（MeSH とその関連のフィールドについては「II. MeSH を使った検索」をご覧ください。）
フィールドタグ（括弧内は省略形）

検索対象

Language[la]記述された言語（例：jpn[LA]）MeSH Terms[mh]

MeSH Term

MeSH Major Topic[majr]

主要トピックスを表す MeSH Term

MeSH Subheadings[sh]MeSH Subheading2フィールドタグ（括弧内は省略形）

検索対象

PubLication Date[dp]発表された日時。期間を指定して検索する時は，コロンで挟む。(例：1998[dp]，1996:1998[dp]，1998/01:1998/04[dp])Text Words[tw]タイトル，抄録，MeSH Term，MeSH Subheading，Article Type，化学物質名，文献の主題としての個人名，団体著者名，二次資料データバンク，
MeSH でないキーワードの各フィールド内に含まれる言葉や数字

Title[ti]

タイトルに含まれる言葉や数字

Title/Abstract[tiab]

タイトルや抄録に含まれる言葉や数字

3. 論理演算子と近接演算子
検索式では，演算子でキーワード同士を繋ぎ，検索時のキーワードの掛け合わせ方を指定することができます。PubMed で使うことができる演算子には，論理演算子と近接演算子があります。
論理演算子PubMed で使える論理演算子には，AND，OR，NOT の 3 種類があります。（「PubMed【東邦版】の使い方 基礎編」参照）。Advanced Search 等で，プルダウンで論理演算子を選択し検索することもできますが，手入力で論理演算子を使った式を作成し，検索することも可能です。
手入力で検索する際は，以下のように，論理演算子の前後に半角スペースを入れて検索してください。
例：neoplasms AND therapy“Kidney Failure, Chronic”[mh] OR uremia[mh]“Pressure Ulcer” NOT Aged近接演算子
近接演算子は，「ある検索キーワードの近くに他の検索キーワードが存在する」という条件の検索に使う演算子です。近接演算子は「Title」「Title/Abstract」「Affiliation」でしか使用できません。以下のような検索式を手入力することで検索することができます。
“複数検索キーワード”[Title または Title/Abstract または Affiliation ~単語数]
例えば，股関節痛について検索したい時， “hip pain”[Title/Abstract:~2] と検索すると，タイトルか抄録に「hip」と「pain」という 2 つのキーワードがあり，「hip」と「pain」の間に含まれる他の言葉が 2 語以下の文献を調べることができます。
例：hip pain，hip-related pain，pain around the hip などの言葉が含まれる文献

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II. MeSH を使った検索
1.

MeSH とはMeSH とは，Medical Subject Headings の略で，PubMed を検索するためのシソーラスです。シソーラスとは，意味の類似に従って単語を分類・配列した用語集のことです。MeSH に収録されている用語は，MeSH Term と呼ばれ，各論文にキーワードとして付与されています。
例えば，「癌」を表す英語には「Neoplasm」「Tumor」「Cancer」などがありますが，これらはNeoplasm「Neoplasms」という MeSH Term で統一されていまTumorNeoplasmsす。このため，”Neoplasms”[MeSH]と検索すると，Tumor や Cancer など，様々な同義語で表記された文Cancer

献も検索することができます。
また，MeSH は階層構造になっていて，上位-下位の関係が定義されており，上位語を検索すると下位語も検索対象となります。例えば，「Neoplasms」の下Neoplasms

位語に「Respiratory Tract Neoplasms(気道腫瘍)」，そのさらに下位語に「Lung Neoplasms(肺腫Respiratory TractNeoplasms瘍)」という MeSH Term は「Respiratory TractNeoplasms(気道腫瘍)」の下位語があります。よっLungNeoplasmsて，”Respiratory Tract Neoplasms”[MeSH] と検索
すると，「Lung Neoplasms」が MeSH Term として付与された文献も同時に検索されます。また，”Neoplasms” [MeSH] と検索すると，「Respiratory Tract Neoplasms」や「LungNeoplasms」が MeSH Term として付与された文献も同時に検索されます。
MeSH を理解して検索に用いることにより，更に効果的な検索ができるようになります。
2. MeSH Term の調べ方
MeSH Term は，MeSH Database で検索することができます。
① PubMed のトップ画面にある「MeSH Database」をクリックします。
② 検索ボックスに探したいキーワードを入力して，「Search」をクリックします。

検索したいキーワードを入力する「Search」をクリック

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③ 入力したキーワードに関連の MeSH Term が一覧で表示されます。クリックすると，MeSHTerm の詳細画面が開きます。

PubMed Search Builder
MeSH Terms および MeSH Terms を使った式を利用して文献検索することができる。

Subheadings
Subheading とは，診断，薬物療法など，各 MeSH Term に共通する大きな概念についてまとめたもののこと。
MeSH Term と組み併せて検索に使うことができる。
例："Neoplasms/drug therapy"[Mesh] →癌の薬物療法法

Entry Terms
自動マッピングの際に MeSH Term への参照が行われる同義語の一覧が書かれている。ここに書かれている語を使って All Fields 検索すると，自動マッピングにより MeSH Term の検索も行われる。

See Also
関連のある MeSH Term が書かれている。
※Lung Neoplasms の場合，Carcinoma, Non-Small-CellLung（肺癌-非小細胞），Carcinoma, Small Cell（小細胞癌）

MeSH Term の階層構造がツリーで表されている。
一つの MeSH が複数のツリーを持つこともある。

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3. 調べた MeSH Term を使って検索する① 調べた MeSH Term を使って検索する場合は、画面右側の Add to search builder をクリックします。この際、以下のオプションが利用できます。
(1) Subheadings を使用する(2) MeSH Major Topic*のみに絞って検索する* MeSH Major Topic とは，文献の中心的主題のことです。例えば「Lung Neoplasms」をMeSH Major Topic を対象に検索すると，肺腫瘍を主なテーマとする文献のみを検索することができます。検索式では，”Lung Neoplasms"[Majr] のように表されます。
(3) 階層の下位語を含めないで検索する「Add to search builder」をクリックすると，検索ボックスに(1) Subheading を使用する

MeSH Term が追加される(2) MeSH Major Topic のみに絞り込む(3) 階層の下位語を含めないで検索する② 他の MeSH Term と組み合わせて検索したい場合
は，MeSH Term を検索した後，①の作業手順を繰り返します。2 つ目の MeSH Term より論理演算子も追加されるため，「Add to searchbuilder をクリックする前に，ボタン右側で②プルダウンで演算子選択

AND，OR，NOT を選択します。
③ 検索ボックスの内容は，直接編集することもできます。必要があれば手入力で編集します。
検索式ができたら，「Search PubMed」をクリックすると，検索ボックスの内容で文献④「Search PubMed」をクリック検索が行われます。
MeSH Database の「PubMed Search Builder」を使う以外にも，Advanced Search Builder で「MeSH Term」をフィールド指定して検索する，手入力で検索するなどの方法で，MeSH Term を使った文献検索ができます。

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4. MeSH と自動マッピング
MeSH Database の「Entry Terms」には，自動マッピングの際に MeSH Term への参照が行われる同義語の一覧が書かれています。ここに書かれている語を使って検索すると，自動マッピングにより MeSH Term の検索も行われます。
例えば，「cancer」とフィールド指定をしないで All Fields 検索すると，自動的に“cancer s”[All Fields] OR “cancerated”[All Fields] OR “canceration”[All Fields] OR“cancerization”[All Fields] OR “cancerized”[All Fields] OR “cancerous”[All Fields] OR“neoplasms”[MeSH Terms] OR “neoplasms”[All Fields] OR “cancer”[All Fields] OR“cancers”[All Fields]という検索式に変換されて検索されます。「cancer」は「neoplasms」という MeSH の Entry
Term のため，複数系などの語尾変化に加え，自動的に“neoplasms”[MeSH Terms] が検索式に含まれています。
5. メリットと注意点
メリット
MeSH Term を使って検索すると，以下のようなメリットがあります。
(1) 同義語を加味した検索ができる。
(2) 下位語を含めた検索ができる。
もし検索したキーワードが自動マッピングされず，MeSH Term が検索式に付与されなかった場

合は，上記のような検索ができず，その単語自体のみでの検索となるので注意してください。
注意点
出版まもない論文のデータは MeSH Term が付与されていないことがあるので注意が必要です。

新しく発見された疾患や治療に関しては，MeSH Term 自体がない場合があります。
また，MeSH Term は新しく追加登録されたり，変更が行われることがあります。そのような場合，MeSH を使って検索しても，その MeSH が登録される以前の文献が検索から漏れたりする場合がありますので，注意が必要です。
このため，必要に応じて All Fields や Title/Abstract をフィールド指定した検索等と組み合わせたり，MeSH Database にて，その MeSH の追加時期や変更について調べる必要があります。

2006 年に登録された

以前使われていた MeSH Term。
2006 年より前の文献を調べたい場合はこれらも検索する必要がある。

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III. 参考文献リストをもとに検索する方法
この章では，お手元の論文に記載の参考文献リストの情報をもとに，特定の文献を検索する方法を説明します。
1.

PMID，DOI がわかる場合の検索
PMID，DOI がわかっている場合は，検索画面にそのまま PMID または DOI を入力し，目当ての文献を検索することが可能です。
2. Single Citation Matcher
雑誌のタイトル，巻号，ページ数などの情報を使って検索する場合は，Single Citation
Matcher という検索機能を使うと便利です。
① PubMed のトップ画面にある「Single Citation Matcher」をクリックします。

② 雑誌のタイトルや巻号などから検索を行います。雑誌のタイトルは，略誌名の入力でも，プルダウンでフルタイトルが予測表示されます。

文献の情報を入力したら「Search」をクリック

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IV. 臨床医学論文を素早く検索する方法（Clinical Queries）
1.

Clinical Queries とはClinical Queries とは，臨床医学領域の論文を素早く検索する機能です。臨床医学領域の論文に絞った検索と，COVID-19 関連論文に絞った検索が可能です。検索フィルターを使って，臨床上の疑問に答える論文を効率よく検索することができます。
ただし，目的のテーマについて漏れなく文献を探したい場合には不向きです。
2. Clinical Queries を使った，臨床医学領域の論文の検索方法① 検索ボックスに，検索したいキーワードを入力します。
② 「Filter category」は「Clinical Studies」を選択します。
③ 「Filter」で，下記の中から絞り込みたいカテゴリを選択します。
・Therapy（治療法）

・Diagnosis（診断）・Etiology（病理）・Prognosis（予後）・Clinical Prediction Guides（臨床予測ガイド）④ 「Scope」で，検索範囲を選択します。
・Broad：幅広く検索することで検索漏れを減らします。一方で，関係のない論文が増える
恐れがあります。
・Narrow：狭く検索することで関係のない論文を減らします。一方で，検索漏れが増える恐れがあります。
⑤ 「Search」をクリックします。

⑤「Search」をクリック

各 Filter と Scope を選択した時に用いられる検索式については，下記サイトをご覧ください。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#clinical-study-category-filters

93. Clinical Queries を使った，COVID-19 関連論文の検索方法① 検索ボックスに，COVID-19 と掛け合わせて検索したいキーワードを入力します。
② 「Filter category」は「COVID-19」を選択します。
③ 「Filter」で，下記の中から絞り込みたいカテゴリを選択します。
・General（絞り込みなし）

・Mechanism（メカニズム，病理）・Transmission（感染）・Diagnosis（診断）・Treatment（治療，臨床研究）

・Prevention（予防と管理）

・Case Report（症例報告）

・Forecasting（予測）⑤「Search」
をクリック

各 Filter を選択した時に用いられる検索式については，下記サイトをご覧ください。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#covid19-article-filters
4. 検索結果の見方
検索結果のうち，最新文献 5 件が表示されます。
文献 5 件の上下に表示されている「See all results in PubMed」
をクリックすると，PubMed の通常の検索と同じ検索結果一覧画面に移動し，検索結果全てを閲覧することができます。
検索結果は，デフォルトでは”Most Recent”（PubMed に新しく登録された順）で表示されます。
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V. PubMed のマイページ活用
1.

My NCBI とは
My NCBI は，NCBI（アメリカ国立生物工学情報センター）が提供するデータベース（PubMed など）共通のマイページ機能です。登録すると，検索結果や検索式の保存など便利な機能が使えます。
2. My NCBI の登録方法
My NCBI は，Google など外部サービスを利用して登録することができます。東邦大学の学生用・教職員用 Google アカウントも利用できます。登録の手順は以下の通りです。
① PubMed 右上の「Log in」ボタンをクリックします。
② ログインのための画面が表示されます。新規登録の場合
は，一番下の「New here? Sign up」と書かれているところの「Sign up」をクリックします。
③ サインアップの画面に移動しますので，サインアップに使いたい外部サービスを選択し，ログインをします。

②新規登録は「Sign up」をクリック③サインアップに使いたい外部サービスを選択（東邦のアカウントは①「Log in」をクリック「Google Account」）④ 「Signed in to NCBI via a Partner Organization」に移動したら，「Create a newNCBI account」か「Link to an existing NCBI account」の選択肢が表示されます。今までに登録したことがなければ，「Create a new NCBI account」を選択し，「Continue」をクリックします。

④「Create a new NCBI」を選択（既に持っているアカウントとリンクさせたい場合は「Link to an existing NCBI account」）「Continue」をクリック⑤ アカウントが作成され，PubMed のトップ画面に自動的に戻ります。My NCBI にログイン中は，画面右上に人型のアイコンと自分のアカウント名が表示されます。
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3. 検索結果の保存「Collections」機能を使うと，検索結果を保存して後から見返したり，共同研究者と共有したりすることができます。
検索結果の保存方法① 検索結果一覧から，保存したい文献をチェックします。
② 検索結果の「Send to」をクリックし，ポップアップメニューで「Collections」を選択す
ると，「Add to Collections」の画面が開きます。
③ 「Selection」より，Colletion に追加する文献の範囲を指定します。「All results on
this page（表示しているページの文献全て）」「All results(検索結果全て)」「Selection（チェックを入れた文献のみ）」が選択できます。
④ 新しく Collection のフォルダを作って追加したい場合は「Create a new collection」を選択し，Collection のフォルダ名をつけ，「Add」をクリックします。
既存の Collection に追加したい場合は「Add to an existing collection」を選択し，追加したい Collection のフォルダ名を指定し，「Add」をクリックします。

③追加する文献の範囲を指定④「Create a new collection」の場合はフォルダ名をつける②「Send to」→「Colletion」をクリック④「Add to an existing collection」の場合は追加したいフォルダを選択する①保存したい文献をチェック

12

保存した検索結果の確認① ログイン後，右上のアカウント名をクリックし，ポップアップ内の「Dashboard」を選択します。
② 「Collection」メニュー右下の「Manage Collections」をクリックします。
③ Collection の一覧が表示されます。

④ Collection 名をクリックすると，PubMed の画面で，その Collection に保存した文献を一覧して見ることができます。
「edit」をクリックすると，My NCBI の画面で，保存した文献リストが確認できます。
My NCBI の画面では，文献の共有や，CSV 保存などができます。

Collection 名をクリック「edit」をクリック

PubMed の画面

テキストファイル保存

文献の共有

CSV 保存My NCBI の画面
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4. 検索式の保存とアラート「Saved Search」機能を使うと，検索式を保存して後日同じ式で検索したり，アラートを設定して新しい論文のお知らせを受け取ることができます。


検索式の保存，アラートの設定方法① 検索結果画面で，「Create alart」をクリックします。
② アラートのメール送付の有無，送付頻度などを設定し，「Save」をクリックして保存します。アラートを設定すると，PubMed に新しく追加された論文のうち，保存した検索式でヒットするものをメールでお知らせしてもらえます。
メールアドレス

アラートの頻度①「Cｒeate alart」をクリッ
アラートを受け取る曜日
検索式の保存名お知らせの形式（抄録の有無など）
検索結果の最大送信件数

検索式
0 件の場合もメールを受け取るかアラートの有無②アラートを受け取りたい
場合は「Yes」を選択
保存した検索式の確認・再設定方法① ログイン後，右上のアカウント名をクリックし，ポップアップ内の「Dashboard」を選択します。
② 「Saved searches」メニュー右下の「Manage Saved Searches」をクリックします。

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③ 保存した検索式の一覧が表示されます。
各検索式の「Name」をクリックすると，保存した検索式を使って文献検索をすることができます。
各検索式の歯車のマークまたは「Schedule」をクリックすると，検索式を修正したり，アラートの有無，アラートの頻度などを変更することができます。

検索式の修正・アラート変更など
検索式の修正やアラート変更

クリックして PubMed 検索
保存した検索式を削除したい時は，削除したい検索式にチェックを入れ，「Deleteselected item(s)」をクリックします。
前回検索後に PubMed に追加された文献を確認したい時は，検索式にチェックを入れ，「What’s new」をクリックすると，新たに追加された文献を一覧することができます。

選択した検索式を削除

前回検索後に追加された文献を確認

医学メディアセンターブックマークシリーズ No.43 「PubMed【東邦版】の使い方 応用編」
発行年月日：2023 年 5 月 17 日（2023 年 10 月 11 日 部分改訂）
発行者：東邦大学医学メディアセンター 文献検索ヘルプデスク
内線：2444（医学メディアセンター本館），210（看護学部図書室）
HP：https://www.mnc.toho-u.ac.jp/mc/mnc_search.php
メール：mnc_search@ml.toho-u.jp
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