2013年５月２９日（水）16：00～16：30
次世代シークエンス解析およびハプロタイプ関連解析ソフト講習会
場所：理化学研究所 東京連絡事務所 会議室

SCLS計算機システムのご紹介と利用公募のご案内
理化学研究所

HPCI計算生命科学推進プログラム

江口至洋
yeguchi@riken.jp

副プログラムディレクタ

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今日お話しすること
 はじめに -HPCIについて-

 戦略分野１のご紹介
 生命科学におけるHPCIへのご勧誘
 SCLS計算機システムへのご勧誘

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はじめに-HPCIについて-

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HPCIの枠組み

文部科学省の資料から

4

HPCI事業の概要

文部科学省の資料から

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HPCI利用公募今後の予定
 2013年８月中旬
 来年度の課題募集プレアナウンス 2013年８月下旬から
 来年度の募集説明会

 2013年９月下旬から
 来年度の課題募集受付

HPCIコンソーシアム臨時総会資料（３月４日）から

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「京」で利用可能なOSS一覧

HPCIコンソーシアム臨時総会資料（３月４日）から

7戦略分野１のご紹介

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「京」で取り組まれている５つの戦略分野予測する生命科学・医療および創薬基盤

予測医療と革新的創薬

血栓成長による血管閉塞シミュレーション

薬候補のタンパク質への結合シミュレーション

物質と宇宙の起源と構造

新物質・エネルギー創成

世界に先駆けた次世代デバイスを提唱

大質量星の超新星爆発の解明
超新星爆発の３次元シミュレーション

省エネ・
高速動作

原子レベルで精密計算

次世代ナノスケールデバイス「超高性能」、「超低消費電力」

爆発時の密度分布

K computer system (CG)

次世代ものづくり

防災・減災に資する地球変動予測

設計プロセスの革新

集中豪雨や地震の予測

最適化形状

オリジナル形状

1.0 10 20 40 60

集中豪雨の再現実験

新潟県中越地震による強い揺れの広がり

車体後部周りの超精緻解析
による最適形状の究明
爆発時の密度分

低空気抵抗、低揺動車の開発

布

文部科学省資料から （資料提供： 理化学研究所、東京大学物性研究所、海洋研究開発機構、気象研究所、東京大学生産技術研究所、トヨタ自動車(株)、筑波大学、国立天文台、千葉大学）

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戦略分野１の研究課題
細胞内分子ダイナミクスのシミュレーション〜細胞環境における分子および細胞スケールシミュレーション〜
代表：杉田 有治 理化学研究所

創薬応用シミュレーション〜革新的な薬の活性予測シミュレーション〜
代表：藤谷 秀章 東京大学先端科学技術研究センター

予測医療に向けた階層統合シミュレーション〜循環器系および筋骨格系・神経系の階層統合シミュレーション〜
代表：高木 周 東京大学大学院工学系研究科

大規模生命データ解析〜生命プログラムとその多様性の理解〜
代表：宮野 悟 東京大学医科学研究所

10生命科学におけるHPCIへのご勧誘
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計算生命科学における「京」The advent of K computer has been shifting the balance
toward Computational Life Science!

Equal collaborationis the best.

Experimental
Life ScienceComputationalLife ScienceAs a result, we will reveal the design principles of life system, and will obtaingreater prediction and control ability of the system.

12私達の使命市民（含：高校生、大学生） 産業界医療従事者

HPCI
戦略プログラム１
高度化推進G
企画調整G

生命科学（含：医療、創薬）の研究者コミュニティ

R&D チーム

戦略プログラム#5
戦略プログラム#4
戦略プログラム#3
戦略プログラム#2

ISLiM： 情報基盤センターと連携して成果の普及を図る！

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「京」産業利用枠：新薬開発を加速する「京」インシリコ創薬基盤の構築

申請主体（事務局）： NPO法人バイオグリッドセンター関西研究代表 京都大学薬学研究科 奥野恭史
製薬企業（１１社）：
アスビオファーマ, エーザイ, 小野薬品工業, キッセイ薬品工業, 参天製薬, 塩野義製薬,大日本住友製薬, 田辺三菱製薬, 日本新薬, 科研製薬, 杏林製薬
IT企業（２社）： (株)京都コンステラ・テクノロジーズ, 三井情報(株)大学等： 京都大学大学院薬学研究科, (独)産業技術総合研究所, 理研HPCI計算生命科学推進プログラム• コンピュータ創薬の根本課題に挑戦• 製薬会社による現場利用に耐えうる計算フロー（計算精度と計算時間）の構築• 我が国のコンピュータ創薬の中心拠点形成

研究開発推進体制【コア会議】
代表者・京都大学薬学研究科 奥野恭史教授
バイオグリッドセンター関西、(財)都市活力研究所
各WGリーダー・サブリーダー
評価・諮問委員会リーダー・サブリーダー
理研HPCI：江口（アドバイザー）
オブザーバー（随時希望者）【CGBVS WG】(株)京都コンステラ・テクノロジーズ
製薬企業（希望者）【Docking WG】(独)産業技術総合研究所・CBRC
製薬企業（希望者）

戦略分野１
予測する生命科学・医療および創薬基盤

協力【MP-CAFEE WG】
京都大学・薬学

三井情報(株)

製薬企業（希望者）

・研究プロセスの評価指導・研究成果の実用化評価【評価・諮問委員会】
アスビオファーマ、エーザイ、小野薬品工業、科研製薬, 杏林製薬、キッセイ薬品工業、参天製薬、塩野義製薬、大日本住友製薬、田辺三菱製薬、日本新薬 （順不同）【備考】• コア会議は、代表者、事務局、各リーダー、サブリーダー、アドバイザー、オブザーバー等で構成し、執行、意思決定を行います。
• 各WGは、具体的な計算実行を行う実務担当者から構成されます。実務を行わない方はオブザーバーとして登録参加できます。
• 評価・諮問委員会は、参加製薬会社の全メンバーから構成されます。
• 各WG、評価・諮問委員会は、選任されたリーダー、サブリーダーを中心に活動を行って頂きます。

15（財）都市活力研究所 志水隆一氏のご厚意による

SCLS計算機システムへのご勧誘
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SCLS計算機システム

CPUシステム全体

SCLS計算機システム

京コンピュータ

名前

SPARC64
IXfx

SPARC64
VIIIfx

理論性能

211 GFLOPS(1.65 GHz)

128 GFLOPS(2GHz)

コア数

168

ノード数

4888,128

理論性能

10.1 TFLOPS

11.28
PFLOPS

ノード当たりのメモリ

32GB (全体1.5TB)

16GB (全体1.5PB)

スーパーコンピュータ「京」との互換性があります。
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SCLS計算機システムの公募概要（１） 利用目的

生命科学者に無料で提供し、計算生命科学を知って頂く

HPCI、特に「京」への橋渡し役を果たす

 利用可能資源アカウント数: 研究課題の参加者1名あたり1アカウント

ディスク容量: 研究課題につき2TB



利用可能計算機使用量： １研究課題あたり200ノード・時間／月。1回のジョブの実行時間の上限は3時間。

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SCLS計算機システムの公募概要（２） 応募資格

民間、大学等研究機関の生命科学者、技術者

 公募期間と今後の予定


電子メールによる応募書類の提出締切り ６月5日（水）

郵送での応募書類の提出 6月7日（金）当日消印有効

審査結果の連絡（予定） 6月末



利用期間 2013年７月１日～2014年３月末日



2013年度の公募 ７月、１０月に予定

詳細はこちらへ →http://www.kobe.riken.jp/stpr1-life/outreach/sclsuse/application.html
またはgoogleで「戦略分野１」と検索
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理化学研究所 HPCI計算生命科学推進プログラムのみなさんに感謝します20