特定医療法人制度ＦＡＱ

この資料は、新たに特定医療法人の承認を受けようとする医療法人や、既に承認を受けている医療法人が毎年度要件の充足性の確認を行うに当たり、参考となる事項を質疑形式で作成したものです。
※この資料は平成 29 年１月１日現在の法令・通達に基づいて作成しています。

凡例
文中、文末引用の条文等の略称は、次のとおりです。
○ 法令等
法法・・・・・ 法人税法（昭和 40 年３月 31 日法律第 34 号）
法令・・・・・ 法人税法施行令（昭和 40 年３月 31 日政令第 97 号）
措法・・・・・ 租税特別措置法（昭和 32 年３月 31 日号外法律第 26 号）
措令・・・・・ 租税特別措置法施行令（昭和 32 年３月 31 日号外政令第 43 号）
措規・・・・・ 租税特別措置法施行規則（昭和 32 年３月 31 日号外大蔵省令第 15 号）
法基通・・・・ 法人税基本通達○ 用語等
承認申請書・・ 「特定医療法人としての承認を受けるための申請書」をいう。
１号要件・・・ 租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第１項第１号に規定する要件をいう。
２号要件・・・ 租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第１項第２号に規定する要件をいう。
３号要件・・・ 租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第１項第３号に規定する要件をいう。
４号要件・・・ 租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第１項第４号に規定する要件をいう。
５号要件・・・ 租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第１項第５号に規定する要件をいう。
運営要件・・・ 「運営組織が適正であること（措令 39 の 25 二）」をいう。
親族要件・・・ 「役員等のうち親族等の数がそれぞれの役員等のうちに占める割合が、いずれも３分の１以下であること（措令 39 の 25 二）」をいう。
モデル定款・モデル寄附行為
・・・ 厚生労働省「平成 28 年３月 25 日医政発 0325 第３号(最終改正)『特定医療法
人制度の改正について』」による特定医療法人の定款例・寄附行為例をいう。
特殊関係者・・ ３号要件の対象となる者。
「法人の設立者、理事、監事、評議員若しくは社員
又はこれらの者と親族等の関係を有する者」をいう。
ＭＳ法人・・・ 医療関係のサービスを行う営利法人（メディカル・サービス法人）をいう。

平成 29 年６月
国税庁

≪
Ⅰ

目

次

≫

承認の申請手続関係

Ⅰ‐１ 特定医療法人とは、どのような法人ですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・

１

Ⅰ‐２ 持分の定めのない法人とは、どのような法人ですか。
・・・・・・・・・・・・・・

１

Ⅰ‐３

持分の定めのある社団医療法人が、特定医療法人の承認を受けることを前提として、持分の定めのない法人に移行するにはどうすればよいですか。また、どのタイミ
ングで手続を行えばよいですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

１

Ⅰ‐４ 特定医療法人の承認を受けるためには、どのような手続が必要ですか。また、相談窓口を教えてください。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

２

Ⅰ‐５ 特定医療法人の承認を受けた場合、どの事業年度から税率の軽減措置が受けられますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

２

Ⅰ‐６ なぜ事前審査を採用しているのですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

３

Ⅰ‐７ 承認要件には、どのようなものがあるのですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・

３

Ⅰ‐８ 特定医療法人の事前審査時には、どのくらいの期間の書類を準備しておけばよいですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

４

Ⅰ‐９ 事前準備に当たり、特に気を付けるべきところはありますか。
・・・・・・・・・・

４

Ⅱ

承認要件－１号要件関係

Ⅱ‐１ 「厚生労働大臣の証明書」は、どうすれば入手できるのですか。
・・・・・・・・・

４

Ⅱ‐２ 当医療法人は既に特定医療法人の承認を受けていますが、事業年度の途中で１号要件を満たさないことが分かりました。この場合はどうすればよいですか。
・・・・・・
Ⅲ４

承認要件－２号要件関係

Ⅲ‐１ 「運営組織が適正であること」（運営要件）とはどういうことですか。
・・・・・・・

５

Ⅲ‐２ 理事、監事及び評議員その他これらの者に準ずるものの「これらの者に準ずるもの」とは、どの者のことをいいますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・-1-

５

Ⅲ‐３ 「役員等のうち親族等の数の占める割合が３分の１以下であること」（以下「親族要件」といいます。
）といった要件は、どのように判定するのですか。
・・・・・・・・・

５

Ⅲ‐４ 事前審査の段階では親族要件を満たしていませんが、事前審査の結果を受けて承認が受けられることとなった際には、役員等の変更を行い、親族要件を満たす予定です。
問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

６

Ⅲ‐５ 開催した理事会等の議事録は必ず作成しなければなりませんか。
・・・・・・・・・

６

Ⅲ‐６ 給与規定や退職金規定を整備しておらず、金額等の決定に当たっては、その都度、理事会の了承を得ることとしていますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・

６

Ⅲ‐７ 医師の確保のために、医師と個別に契約し、給与規定にない手当を支給していますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

７

Ⅲ‐８ 理事が代表を務めるＭＳ（メディカル・サービス）法人を設立している場合、当該ＭＳ法人から物品の購入をする際に、理事会の議事を経ずに購入を決定していますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
Ⅳ

７

承認要件－３号要件関係

Ⅳ‐１ ３号要件の対象者となるのはどのような者ですか。
・・・・・・・・・・・・・・・

７

Ⅳ‐２ 「特別の利益を与えないこと」とは具体的にどのようなことをいいますか。
・・・・

８

Ⅳ‐３ 当医療法人の理事の一人に理事長の母が就任しておりますが、近年、報酬金額の見直しをしておりません。母は高齢であり、毎年職務を減らしてきていますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

８

Ⅳ‐４ この度、理事長の子を非常勤理事として迎えることとしました。報酬の支給については、理事会に諮った上で決定する予定ですが、気を付けるべきところはありますか。

８Ⅳ‐５ 当医療法人では、役職員に対する金銭の貸付制度を設けていませんが、この度、一部の理事から臨時に金銭が必要になったとのことで、借入れの申出がありました。どのように取り扱えばよいでしょうか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

８

Ⅳ‐６ 理事長の土地を病院敷地として賃借していますが、問題となることがありますか。

９Ⅳ‐７ 当医療法人では、理事長車として車両を保有しています。理事長は私用の車を持っておらず、理事長車を通勤用に利用しており、休日は自宅で保管しています。理事長
車を私的に利用した場合に気を付けるべきところはありますか。
・・・・・・・・・・・・-2-９

Ⅳ‐８ 社宅について、理事長への貸与を目的として住宅を借り上げており、実際に理事長が居住していますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・

９

Ⅳ‐９ 社宅について、社宅の維持管理や社宅に住んでいる者の食事等の世話のためにハウ
スキーパーを雇用していますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・
Ⅳ‐10

10

当医療法人では業務に関連した一時的な現金持ち出しの際に仮払金の支出を認めており、理事長に対してもその支出があります。原則として毎月末までに精算することとしていますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・

10

Ⅳ‐11 当医療法人では交際費等の金額が少額な諸経費の支出は、事務長（理事）による決裁で決定していますが、問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・

10

Ⅳ‐12 当医療法人では資産整理の一環として、法人保有の土地を理事長の母に売却することになりました。問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・

10

Ⅳ‐13 当医療法人では理事長の親族を対象とした養老保険（死亡保険金の受取人を被保険者の遺族、生存保険金の受取人を法人）に加入しています。問題となることがありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

10

Ⅳ‐14 当医療法人では理事長の退任に当たり、退職慰労金の支給を検討していますが、気を付けるべきところはありますか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
Ⅴ

11

承認要件－４号要件関係

Ⅴ‐１

新たに特定医療法人としての承認を受けようと考えていますが、「解散した場合には、残余財産が国等又は他の医療法人に帰属する」旨の規定を定めるために、定款・寄附行為の変更を行う必要があるかと思います。この変更については、どのタイミン
グで行えばよいですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・
Ⅵ

11

承認要件－５号要件関係

Ⅵ‐１ 「法令に違反する事実、その帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装して記録又は記載をしている事実その他公益に反する事実がないこと」について、法令違反の対象となる法令の範囲をどのように考えればよいですか。
・・・・・・・・・・・・
Ⅶ

11

その他

Ⅶ‐１ 承認を受けた後に、気を付けるべきところはありますか。
・・・・・・・・・・・・

12

Ⅶ‐２ 定期提出書類を提出しなかった場合、承認はどうなりますか。
・・・・・・・・・・

12

-3-

Ⅶ‐３ 社会医療法人の認定を受けたため、特定医療法人の承認に係る法人税率の適用を取りやめます。どのような手続が必要ですか。
・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

12

Ⅶ‐４ 承認後において、承認要件を満たさなくなった場合、どのように取り扱われるのですか。
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12

参考 特定医療法人承認要件自己チェックシート ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

13

-4-

承認の申請手続関係
Ⅰ‐１ 特定医療法人とは、どのような法人ですか。
【答】
特定医療法人は、財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めがないもの（清算中のものを除きます。
）のうち、その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ、公的に運営されていることにつき、国税庁長官の承認を受けた法人（社会医療法人を除きます。
）をいいます。
その承認を受けた後に終了した各事業年度の所得については、一般の医療法人の税率に代えて、19％（年 800 万円以下の部分は、一般の医療法人と同じ 15％）の税率により法人税を課すこととされています。
（措法 42 の３の２①四、67 の２①）Ⅰ‐２ 持分の定めのない法人とは、どのような法人ですか。
【答】
社団医療法人であって、その定款に、社員が持分を有する旨の定め（例：社員資格を喪失した
場合の出資額に応じた払戻しに関する規定、解散時の残余財産の出資額に応じた分配に関する規定）を一切設けておらず、かつ、現に持分が一切存在しないものをいいます。
Ⅰ‐３ 持分の定めのある社団医療法人が、特定医療法人の承認を受けることを前提として、持分の定めのない法人に移行するにはどうすればよいですか。また、どのタイミングで手続を行えばよいですか。
【答】
特定医療法人の承認を受けることを前提とした持分の定めのない法人への移行は、①出資者から持分の放棄の申出を受けた上で、②定款から持分の定めを削除することにより完了します。
この手続を行うタイミングは、事前審査によって国税当局より持分に関する要件以外の承認要件を満たしていることの内定を得た後から承認申請書を提出するまでの間になりますので、この期間に手続を終了していただく必要があります。
また、４号要件（※）を満たすための定款変更についても、併せてこのタイミングで行う必要があります。
なお、内定した後、承認申請書を提出する際は、添付書類に加えて、出資者から提出された持分放棄申出書の写し、定款変更時の社員総会の議事録の写し、定款等変更に係る地方公共団体からの認可通知の写し（定款等の新旧対照表を含む。
）、持分がなくなった（資本金等の額がゼロとなった）旨の異動届出書を提出してください。
（注）１ スムーズな移行を行うために、事前審査を受ける前に、各出資者から特定医療法人の承認を得られることとなった場合には出資持分の放棄をすることについて予め同意を得ていただくなど、出資者の理解を得ておくことが望ましいといえます。
２

定款・寄附行為の変更については、所轄の都道府県知事の認可が必要になりますので、認可の申請を行ってください。

※ ４号要件については、Ⅴ‐１を参照してください。

1

Ⅰ‐４ 特定医療法人の承認を受けるためには、どのような手続が必要ですか。また、相談窓口を教えてください。
【答】
平成 15 年度税制改正において特定医療法人制度が改正され、平成 15 年４月 1 日から特定医
療法人の承認は国税庁長官（改正前は財務大臣）が行うこととなりました。
これを受け、国税庁では、特定医療法人の法人税率の特例の適用を受けるための申請手続に関して、財務省で行っていた審査方法と同様に、正式な承認申請書の提出前に事前審査（※）を行うこととしております。
事前審査は各国税局（沖縄国税事務所を含みます。
）で行いますので、申請をお考えの方は納税地を所轄する国税局の担当部署（www.nta.go.jp/sonota/sonota/osirase/data/h15/1794/02.
htm）まで連絡していただき、事前審査の申出を行ってください。
なお、事前審査の申出については、遅くとも法人税率の特例の適用を受けようとする事業年度
終了の日前６月前（３月決算の医療法人の場合には前年の９月末）までに行うようお願いします。それ以後に申出をされた場合には、申出日を含む事業年度から法人税率の特例の適用は受けられないおそれがありますので、ご注意願います。

また、厚生労働省ホームページ（www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000150313.html）において、特定医療法人への移行手続や特定医療法人のモデル定款等の情報が掲載されていますので、そちらも参考にしてください。
※ 承認要件については、Ⅰ‐７を参照してください。

【参考】３月決算の医療法人の場合の審査スケジュール① ９月末までに、国税局に事前審査の申出を行います。
「事前審査時に用意する書類一覧表」（www.nta.go.jp/sonota/sonota/osirase/data/h15/1794/03.htm）② 国税局では、承認要件を充足しているかにつき、事前に提出された書類に加え、直接医療法人に伺い、具体的な審査を行った上で、概ね 12 月下旬までに審査結果を医療法人宛に連絡します。
③ 承認内定の連絡があった場合には、都道府県に定款変更の申請を行い、翌年１月末までに所轄税務署に承認申請書及び添付書類を各３部提出します。
④ ３月末までに「特定医療法人の承認申請の承認通知書」が国税庁から医療法人宛に送付されます。
Ⅰ‐５ 特定医療法人の承認を受けた場合、どの事業年度から税率の軽減措置が受けられますか。
【答】
事前審査及び承認申請書の審査を経て特定医療法人の承認を受けた場合には、承認を受けた後に終了した事業年度から税率の軽減措置を受けることができます（措法 67 の２①）。
例えば、３月 31 日決算の法人の場合で平成 30 年３月中に承認を受けた場合は、平成 30 年３月期から税率の軽減措置を受けることができます。
なお、承認の通知書は、国税庁より申請医療法人の納税地宛に送付されます。

2

Ⅰ‐６ なぜ事前審査を採用しているのですか。
【答】
特定医療法人の承認を受けるためには、承認要件を満たす必要がありますが、申請に当たり、定款やその他諸規定の整備が必要であることを考慮して、事前審査・内定方式を採用しています。
また、持分の定めのある医療法人については、持分の定めのない医療法人へ移行するために出資持分の放棄が必要ですが、出資持分を放棄した後に特定医療法人の承認が受けられなかった
場合に、持分の定めのある医療法人に戻ることができないなど、申請法人に与える影響が大きい
ことも事前審査を採用している理由です。
Ⅰ‐７ 承認要件には、どのようなものがあるのですか。
【答】
承認要件としては次のものがあります（措法 67 の２①、措令 39 の 25①）。
（前提）
財団たる医療法人又は持分の定めのない社団たる医療法人であること。
（１号要件）
事業及び医療施設が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与するものとして厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の厚生労働大臣の証明書の交付を受けること。
【厚生労働大臣の証明事項】① 全収入金額に占める社会保険診療及び健康診査にかかる収入金額の割合が、80％を超えること。
② 自費患者に対し請求する金額が、社会保険診療報酬と同一の基準により計算されること。
③

医療診療により収入する金額が、医師等の給与、医療の提供に要する費用等患者のために必要な経費の額に 1.5 を乗じて得た額の範囲内であること。
④ 役職員１人につき年間の給与総額が 3,600 万円を超えないこと。
⑤

病院開設の場合はイ又はロ、診療所のみ開設の場合はハに該当する医療施設を有すること。

イ 40 人以上（専ら皮膚泌尿器科、眼科等の診療を行う病院は 30 人以上）の患者を入院させるための施設。
ロ

救急病院である旨を告示されている施設。

ハ

救急診療所である旨を告示され、かつ、15 人以上の患者を入院させるための施設。

⑥

各医療施設ごとに差額ベッド数の比率が 30％以下であること。

※ 詳細は、平成 15 年厚生労働省告示第 147 号「租税特別措置法施行令第 39 条の 25 第１項第１号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準」（www.mhlw.go.jp/file/06Seisakujouhou-10800000-Iseikyoku/0000150323.pdf）をご確認ください。
（２号要件）
運営組織が適正であるとともに、役員等のうちにその親族等の占める割合が３分の１以下であること。
（３号要件）
設立者、役員等もしくは社員又はこれらの親族等（特殊関係者）に対して、財産の運用や事業の運営に関して特別の利益を与えないこと。
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（４号要件）
定款・寄附行為に、医療法人が解散した場合には、残余財産が国等又は他の医療法人（財団たる医療法人又は社団たる医療法人で持分の定めのないものに限る。
）に帰属する旨の定めがあること。
（５号要件）
法人について、法令に違反する事実、その帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装して記録又は記載をしている事実その他公益に反する事実がないこと。
Ⅰ‐８ 特定医療法人の事前審査時には、どのくらいの期間の書類を準備しておけばよいですか。
【答】
原則として、承認申請を行った申請事業年度及び過去３事業年度について要件を満たしているか確認しますので、その期間の書類を準備しておいてください。なお、１号要件においては、
申請時の直近に終了した事業年度の証明書を取得しておいてください。
また、過去３事業年度より以前に作成された書類であっても、例えば、現在も賃貸借している不動産に係る賃貸借契約書のように、現在の取引にも効果が及んでいるものは、確認の対象となりますので、関連する書類を準備しておいてください。
Ⅰ‐９ 事前準備に当たり、特に気を付けるべきところはありますか。
【答】
特に注意すべき事項については、Ｐ13 の「特定医療法人承認要件自己チェックシート」に列挙しておりますので、こちらで承認要件を満たすか事前審査時に参考としてください。
Ⅱ 承認要件－１号要件関係
Ⅱ‐１ 「厚生労働大臣の証明書」は、どうすれば入手できるのですか。
【答】
証明書を入手するためには、都道府県及び地方厚生局へ申請し、証明発行の手続を行う必要があります。
詳細は、厚生労働省「平成 27 年４月 23 日医政支発 0423 第４号（最終改正）『租税特別措置法
施行令第 39 条の 25 第１項第１号に規定する厚生労働大臣が財務大臣と協議して定める基準を満たすものである旨の証明書等の様式の制定について』」（www.mhlw/stf/seisakunitsuite/buny
a/0000150313.html）及び「医療法人・医業経営の特定医療法人ＦＡＱ」（www.mhlw.go.jp/topi
cs/bukyoku/isei/igyou/igyoukeiei/faq.pdf）を参照してください。
Ⅱ‐２

当医療法人は既に特定医療法人の承認を受けていますが、事業年度の途中で１号要件を満たさないことが分かりました。この場合はどうすればよいですか。
【答】
既に承認を受けている特定医療法人が、その事業年度中に要件を満たさないことが分かった場合は、「特定医療法人の法人税率の特例の適用の取りやめの届出書」（www.nta.go.jp/tetsuz
uki/shinsei/annai/iryo/annai/03.htm）を、その事業年度の末日までに納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出してください（３部提出）。この場合、提出の日以後に終了する
4

事業年度の所得については、承認の効力を失いますので税率の軽減のない一般の医療法人の税率で税額を計算することとなります（措法 67 の２⑤、措令 39 の 25⑥、措規 22 の 15①）。
なお、再び特定医療法人となるための申請は、「特定医療法人の法人税率の特例の適用の取りやめの届出書」を提出した日の翌日から３年を経過した日以後でなければ行うことはできません（措令 39 の 25④）。
（注） 仮に特定医療法人が自ら｢特定医療法人の法人税の特例の適用の取りやめの届出書｣を提出しない場合であっても、要件を満たさなくなったのであれば、その時まで遡って、国税庁長官からこの承認が取り消されます（措法 67 の２②）。
Ⅲ 承認要件－２号要件関係
Ⅲ‐１ 「運営組織が適正であること」（運営要件）とはどういうことですか。
【答】
特定医療法人は、その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ、公的に運営されていることが求められているため、こうした制度の趣旨を満たすことができる機能をもった運営組織が必要とされているところです（措法 67 の２、措令 39 の25①二）。したがって、モデル定款・モデル寄附行為（www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-10800000-Iseikyoku/0000150319.pdf）に準じた定款その他諸規定を備えており、それらに基づいて組織が構成又は運営されていることなどにより判定します。
Ⅲ‐２ 理事、監事及び評議員その他これらの者に準ずるものの「これらの者に準ずるもの」とは、どの者のことをいいますか。
【答】「これらの者に準ずるもの」とは、その法人内における地位、職務等から見て、実質的に、理事、監事、評議員と同等と認められる者をいいます。
Ⅲ‐３ 「役員等のうち親族等の数の占める割合が３分の１以下であること」（以下「親族要件」といいます。
）といった要件は、どのように判定するのですか。
【答】
この３分の１以下であるかどうかの判定は、役員等の種別ごとに判定を行います。
例えば、理事が６人、評議員 12 人のうち、理事２人と評議員２人のあわせて４人が親族関係にある場合、親族等の割合は、理事は６人のうち２人ですので３分の１、評議員は 12 人のうち２人ですので６分の１と判定します。
なお、親族等の判定の際は、判定の基準となる人物が役員であることを要しませんので、例えば、理事の配偶者が法人の役員でない場合であっても、その配偶者を判定の基準として見たときに、役員である親族等の数が理事の数の３分の１より多ければ、親族要件を満たさないこととなります。
（注） 個別のケースの判断につきましては、各国税局の担当部署へご相談ください。

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Ⅲ‐４

事前審査の段階では親族要件を満たしていませんが、事前審査の結果を受けて承認が受けられることとなった際には、役員等の変更を行い、親族要件を満たす予定です。問題となることがありますか。
【答】
特定医療法人の承認審査は事前審査・内定方式を採用しており、事前審査において承認要件を満たしているかを確認していますので、原則として、事前審査の際には、親族要件も満たしていることが必要です。
なお、親族要件以外の承認要件が全て満たされており、内部けん制が働いているなど、運営組織が適正と認められる場合において、既に新たに就任を予定している者が存在し、その就任をもって承認要件の全てを満たすと認められるときには、申請要件を満たすものとして取り扱うこととしています。
（注） 既に役員等への就任を予定していることについては、例えば、その者から内諾書の提出を受ける等により、客観的に事実関係を明らかにしておくようお願いします。
Ⅲ‐５ 開催した理事会等の議事録は必ず作成しなければなりませんか。
【答】
医療法では、社員総会及び理事会並びに評議員会の議事について、一定の事項を記載した議事録を作成しなければならないとされていますので、必ず作成してください。さらに、特定医療法
人の承認においては、厚生労働省が示しているモデル定款・モデル寄行為（Ⅲ‐１参照）に準じた定款その他諸規定を備え、それらに従って組織が運営されていることや、その定款等に沿った
内部けん制が十分に行われているかという観点から、運営組織が適正かどうかを判断しています（医療法第 46 条の３の６、第 46 条の４の７、モデル定款第 27、42、55 条、モデル寄附行為
第 26、41 条）。
Ⅲ‐６ 給与規定や退職金規定を整備しておらず、金額等の決定に当たっては、その都度、理事会の了承を得ることとしていますが、問題となることがありますか。
【答】
給与規定や退職金規定は、法人が支出する給与や退職金が適正な手続に基づく支出であることを証するものであり、特定医療法人の承認に当たっては、これらの規定を備え、かつ、これらの規定に従って支給されていることを確認しています。したがって、備えるべき諸規定を備えていないケースのほか、諸規定を備えていたとしてもその規定によらずに法人の事業運営がなされているケースについては、原則として、要件を満たさないこととなります。
なお、諸規定の策定時に予定していない事象が生じた結果、やむを得ず臨時の理事会等で協議をして事業運営を行う場合には、そのように至った事情等を議事録等に残すなど、事業運営が適正に行われていることを明らかにしておいてください。
また、給与や退職金の支給対象者が特殊関係者（※）に当たる場合は、特別の利益を与えていないかどうかの観点からも判断しますので注意してください。
※ 特殊関係者については、Ⅳ‐１を参照してください。

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Ⅲ‐７ 医師の確保のために、医師と個別に契約し、給与規定にない手当を支給していますが、問題となることがありますか。
【答】
給与規定にない手当の支給は運営組織が適正とはいえない場合がありますので、このケースのように個別に契約する場合であっても、原則として、給与規定の範囲内で契約することが望ましいといえます。
なお、多種多様な勤務条件や医師のキャリアによる差異により、その契約内容も種々あるため、諸規定の策定時に予定していない事象が生じた結果、やむを得ず臨時の理事会等で協議をして事業運営を行う場合には、そのように至った事情等（医師との交渉内容、支給額決定の経緯等）
を議事録等に残すなど、事業運営が適正に行われていることを明らかにしておいてください。
また、医師が特殊関係者（※）に当たる場合は、特別の利益を与えていないかどうかの観点からも判断する必要がありますので注意してください。
※ 特殊関係者については、Ⅳ‐１を参照してください。
Ⅲ‐８ 理事が代表を務めるＭＳ（メディカル・サービス）法人を設立している場合、当該ＭＳ法人から物品の購入をする際に、理事会の議事を経ずに購入を決定していますが、問題となることがありますか。
【答】
医療法人の役員が営利法人の役員を兼務することは、医療法人に求められる非営利性の観点から、適当でないとされています。ただし、厚生労働省「平成 24 年３月 30 日医政総発 0330 第４号（最終改正）『医療機関の開設者の確認及び非営利性の確認について』」第一１(2)④（www.mhlw.go.jp/topics/bukyoku/isei/igyou/igyoukeiei/tuchi/050203.pdf）において、例外的に可能となる場合があります。また、取引内容については、関係事業者との取引の状況に関する報告書等を作成のうえ、都道府県知事に対し報告が必要です（医療法第 51 条第１項及び第 52
条第１項）（詳しくは、厚生労働省医政局医療経営支援課へお問合せください）。
なお、兼務する場合は、いわゆる利益相反取引になりますので、医療法第 46 条の６の４の規定により、事前に理事会での承認が義務付けられていることから、必ず理事会の議事に諮るとともに、議事録に記録することが必要です。したがって、事前に理事会で承認を経ない場合や、必要な議事録を記録していない場合は、原則として、２号要件を満たさないこととなります。
また、理事会の議事を経たとしても、それが一部の者によって個人的に使用されている場合は、特別の利益を与えていると認められ、３号要件を満たさないこととなります。
Ⅳ 承認要件－３号要件関係
Ⅳ‐１ ３号要件の対象者となるのはどのような者ですか。
【答】
医療法人の設立者、理事、監事、評議員その他これらの者に準ずるものである役員等をはじめ、社員又はこれらの親族等（以下「特殊関係者」といいます。
）が対象者となります（措令 39 の 25
①三）
。

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Ⅳ‐２ 「特別の利益を与えないこと」とは具体的にどのようなことをいいますか。
【答】
医療法人の特殊関係者に対し、根拠なく不相応な利益を与えないことをいいますが、特別の利
益は、給与等の金銭的利益に限るものではなく、手続上の優遇措置なども該当します。
また、ＭＳ法人などの関連法人を通じて、特殊関係者に特別の利益を与えている場合も該当します。
特別の利益を与えているとされる例については、Ｐ13 の「特定医療法人承認要件自己チェックシート」中段に列挙していますので参照してください。
Ⅳ‐３ 当医療法人の理事の一人に理事長の母が就任しておりますが、近年、報酬金額の見直しをしておりません。母は高齢であり、毎年職務を減らしてきていますが、問題となることがあ
りますか。
【答】
医療法人が支給している役員報酬の金額が、その役員の行っている職務の内容に照らし高額と認められる場合には、特別の利益を与えていることになります。
Ⅳ‐４ この度、理事長の子を非常勤理事として迎えることとしました。報酬の支給については、理事会に諮った上で決定する予定ですが、気を付けるべきところはありますか。
【答】
医療法人が支給している役員報酬の金額が、その役員の行っている職務の内容に照らし高額と認められる場合には、特別の利益を与えていることになります。
なお、監事に対する報酬についても、同様の考え方になります。
また、役員報酬の金額の適正額算定に当たっては、例えば、医師と理事を兼務している者については、医師業務従事部分と理事職務従事部分のそれぞれに係る報酬金額を合理的に算定し、支給しているときは、特別の利益は与えていないと判断されます。
Ⅳ‐５ 当医療法人では、役職員に対する金銭の貸付制度を設けていませんが、この度、一部の理事から臨時に金銭が必要になったとのことで、借入れの申出がありました。どのように取り扱えばよいでしょうか。
【答】
厚生労働省から公表されている医療法人の附帯業務に関する通知によると、役職員への金銭等の貸付けは、福利厚生として、全役職員を対象とした貸付けに関する内部規定を設けて行う必要があり、一部の役職員に対する貸付け及び貸付規定を設けていない場合の臨時の貸付けは、認められていません（※）
。このような貸付けは、特別な利益を与えることになり、特定医療法人の要件にも抵触すると考えられますので、内部規定を設けた上で、制度に基づいた貸付けを実施する必要があります。
※ 厚生労働省「平成 28 年５月 27 日医政発 0527 第 28 号（最終改正）『医療法人の附帯業務について』」別表留意事項１（www.mhlw.go.jp/file/06-Seisakujouhou-10800000-Iseikyoku/00
00096727.pdf）

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Ⅳ‐６ 理事長の土地を病院敷地として賃借していますが、問題となることがありますか。
【答】
賃借に当たっては、市場価額等に照らして適正な価額による賃借であることが必要であり、合理的な理由がなく、適正な価額よりも高額な賃借料を支払っていると認められる場合は、特別の利益を与えていることになります。
そのため、価額等については、契約更新時などに限らず、随時見直しをするようにしてください。
また、法人の業務に不必要な土地等を借り受け、賃借料を支払っている場合においても、同様に特別の利益を与えていることになりますので注意してください。
Ⅳ‐７ 当医療法人では、理事長車として車両を保有しています。理事長は私用の車を持っておらず、理事長車を通勤用に利用しており、休日は自宅で保管しています。理事長車を私的に利用した場合に気を付けるべきところはありますか。
【答】
原則として、法人車両（理事長車等）は、業務に使用するために法人が購入・使用するものであり、私的に購入・利用すべきものではありません。そのため、法人車両の購入・使用に当
たっては、法人業務における必要性を十分に検討した上で、法人組織として適正な手続（購入稟議の作成、しかるべき役職によるチェック体制等）をとるようにしてください。
なお、このケースのように法人車両を私的に利用した場合は、使用者に対して合理的な算定による使用料の負担を求める必要があります。使用状況によっては、ガソリン代等の実費分だ
けでなく、法人車両の取得費や維持費などを加味したところで使用料の負担額を算定することも必要となりますので、使用状況を確認できる書類を法人内で保管するようにしてください。
また、使用者に使用料を見直しさせていたとしても、Ⅳ‐２に記載のとおり、手続上の優遇措置も特別の利益に該当することから、合理的な理由なく理事長のみに私的利用をさせている状況であれば、３号要件に抵触することとなります。
Ⅳ‐８ 社宅について、理事長への貸与を目的として住宅を借り上げており、実際に理事長が居住していますが、問題となることがありますか。
【答】
一般的に、社宅は、法人が職員に対し、業務上の必要性や職員等の福利厚生のために貸与する住宅と考えられます。そのため、業務上の必要性がなく、理事長等、特殊関係者のみを居住させるために社宅を用意していると認められる場合には、特別の利益を与えているといえます。
また、全従業員を対象とした社宅であっても、特殊関係者を根拠なく優先的に居住させていると認められる場合や、無償又は著しく低い金額で貸与していると認められる場合には特別の利益を与えているといえます。
よって、社宅の貸与に当たっては、業務上の必要性や福利厚生施設として規定に沿って貸与しているということが合理的に説明できるようにしておいてください。

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Ⅳ‐９ 社宅について、社宅の維持管理や社宅に住んでいる者の食事等の世話のためにハウスキー
パーを雇用していますが、問題となることがありますか。
【答】
社宅の維持管理等については、法人が負担することに合理的な理由があるかどうかがポイン
トになります。したがって、居住者が負担すべきものについてまで法人が負担していないか、あるいは、社宅の利用者が特殊関係者に限られていないか等について、十分に確認をしてください。
Ⅳ‐10 当医療法人では業務に関連した一時的な現金持ち出しの際に仮払金の支出を認めており、理事長に対してもその支出があります。原則として毎月末までに精算することとしていますが、問題となることがありますか。
【答】
特殊関係者に対し、業務に関係のない仮払金を支出していると認められる場合には、特別の利益を与えていることになります。
また、業務に関係のある仮払金であっても、精算が長期間なされておらず、実質的な貸付金や給与であると認められる場合には、特別の利益を与えていることになるため注意が必要です。
Ⅳ‐11 当医療法人では交際費等の金額が少額な諸経費の支出は、事務長（理事）による決裁で決定していますが、問題となることがありますか。
【答】
法人の規則で定められた決裁基準に基づくもので、かつ、特定の役員の自由裁量で行われるものでなければ、原則として、問題はありません。
なお、諸経費の中に法人の業務に関係のない費用の支出がある場合には、その支出の内容に応じて特別の利益の判断を行うことになります。
Ⅳ‐12

当医療法人では資産整理の一環として、法人保有の土地を理事長の母に売却することになりました。問題となることがありますか。
【答】
特殊関係者に対し土地を売却する場合において、特殊関係者に特別の利益を与えているかど
うかは、土地を売却するに至った事情や経緯、土地の売却価額の適正性等により判断することになります。したがって、特に、法人の特殊関係者との間で取引を行おうとする場合には、単に、理事会で決議をしたかどうかということだけでなく、その者と取引をするに至った事情や価格の決定プロセスについて明らかにしておく必要があります。
Ⅳ‐13

当医療法人では理事長の親族を対象とした養老保険（死亡保険金の受取人を被保険者の遺族、生存保険金の受取人を法人）に加入しています。問題となることがありますか。
【答】
理事長の親族など特定の者のみを対象に、合理的な理由なく保険契約に加入している場合には、特定の者に対して特別の利益を与えていることになります。
また、職員を対象にした保険契約に加入する場合には、内部規定等において加入の資格や方法を明らかにしておく必要があります。
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Ⅳ‐14 当医療法人では理事長の退任に当たり、退職慰労金の支給を検討していますが、気を付けるべきところはありますか。
【答】
医療法人の理事長が退任する場合の退職慰労金の支給については、規定に基づいた支給であること、かつ、支給額については、理事長として従事した期間、退職の事情等を踏まえて、適正な金額であることが必要です。
なお、理事長退任後においても、引き続き実質的に病院経営上主要な地位を占めており、職務の状況からみて退職の事実がないと認められる場合には、退職金としての支給ではなく、臨時的な給与（賞与）であり、特別な利益を与えていると判断することもありますので、留意してください。
（参考）法基通 9－2－32「役員の分掌変更等の場合の退職給与」（www.nta.go.jp/shiraberu/zei
ho-kaishaku/tsutatsu/kihon/hojin/09/09_02_07.htm）
Ⅴ 承認要件－４号要件関係
Ⅴ‐１ 新たに特定医療法人としての承認を受けようと考えていますが、「解散した場合には、残余財産が国等又は他の医療法人に帰属する」旨の規定を定めるために、定款・寄附行為の変更を行う必要があるかと思います。この変更については、どのタイミングで行えばよいですか。
【答】
定款・寄附行為の変更のタイミングは、事前審査によって国税当局より４号要件及び持分の定めのない法人であること以外の承認要件を満たしていることの内定を得た後から承認申請書を提出するまでの間になりますので、この期間に手続を終了していただく必要があります。
なお、定款・寄附行為の変更については、所轄の都道府県知事の認可が必要になりますので、認可の申請を行ってください。
（注） 定款・寄附行為の変更のタイミングと合わせて、持分の定めのある医療法人については出資持分の放棄を行う必要があります。詳しくはⅠ‐３を参照してください。
Ⅵ 承認要件－５号要件関係
Ⅵ‐１ 「法令に違反する事実、その帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し、又は仮装して記録又は記載をしている事実その他公益に反する事実がないこと」について、法令違反の対象となる法令の範囲をどのように考えればよいですか。
【答】
法令の範囲については、特定医療法人の承認が、「その事業が医療の普及及び向上、社会福祉への貢献その他公益の増進に著しく寄与し、かつ、公的に運営されている」法人に対して行われるものであることを踏まえ、これに抵触する法令違反について幅広く適用されることとなります。

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Ⅶ その他
Ⅶ‐１ 承認を受けた後に、気を付けるべきところはありますか。
【答】
特定医療法人の承認を受けた医療法人は、各事業年度の終了の日の翌日から３ヵ月以内に承認要件を満たしていることを証する書類（定期提出書類）を国税庁長官に提出することとされています（措令 39 の 25⑤、措規 22 の 15②）。
なお、提出の際は、Ｐ13 の「特定医療法人承認要件自己チェックシート」を参考に、引き続き承認要件を満たしているか確認してください。
Ⅶ‐２ 定期提出書類を提出しなかった場合、承認はどうなりますか。
【答】
定期提出書類が期日までに提出されない場合は、承認要件を満たしているかどうか確認できないとともに、法令で定められた提出義務を果たしておらず、５号要件（法令違反）を満たしていないことにもなります。万が一、何らかの事情により提出が遅れることが見込まれる場合には、その旨を速やかに所轄の国税局に連絡してください。
Ⅶ‐３

社会医療法人の認定を受けたため、特定医療法人の承認に係る法人税率の適用を取りやめます。どのような手続が必要ですか。
【答】
特定医療法人に係る法人税率の適用を取りやめる場合は、「特定医療法人の法人税率の特例の適用の取りやめの届出書」（www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/iryo/annai/03.htm）を、
社会医療法人の認定を受けた日を含む事業年度の末日までに、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出してください（３部提出）（措法 67 の２⑤）。
なお、特定医療法人は、社会医療法人の認定を受けた日から公益法人等に該当しますので、その認定の日の前日までの期間は、特定医療法人として法人税を申告し、認定の日から事業年度終了の日までの期間は、社会医療法人として、（法人税法施行令第５条に規定する収益事業を行う場合）法人税を申告することになります（法法 10 の３、法法 14①二十、法令５）。
Ⅶ‐４ 承認後において、承認要件を満たさなくなった場合、どのように取り扱われるのですか。
【答】
特定医療法人は、承認要件を常に満たすことが求められていることから、承認要件を満たさなくなった場合は、承認を取り消されることになります。
なお、承認は、承認要件を満たさなくなったと認められる時まで遡って取り消すものとされています（措法 67 の２②）
。過去に遡って承認の取消しを受けた場合は、取消しの対象となった事
業年度以降は税率の軽減を受けることはできませんので、一般の医療法人の税率で税額を計算した上で修正申告書を提出する必要があります。

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法人名

特定医療法人承認要件自己チェックシート
基本項目

適正

定款（案）等において、持分の定めがない旨を規定しているか□※

申請書提出の日が取消日の翌日から３年を経過しているか□※

前事務年度以前にも事前審査を受けている場合、その際の指摘事項を改善したことが確認できる書面は提出されているか□

１号要件（証明書の交付を受けること）
厚生労働省から証明書の交付を受けているか□

２号要件（運営組織が適正であること）
厚生労働省が発遣する医療法人関係通知等に従い運営されているか□

モデル定款・モデル寄附行為に準じた定款（案）等を備えており、規程内容が適正なものになっているか□

理事６人、監事２人、評議員12人以上になっているか□

理事、監事、評議員（以下「役員等」という。）のうち、親族関係を有する者及びこれらと特殊の関係がある者（以下「親族等」という。）の割合が、いずれも３分の１以下であるか□

諸規則に従って理事会等を開催しているか□

理事会等が開催された都度、議事録を作成しているか□２号要件（運営組織が適正であること）
３号要件（役員等への特別の利益がないこと）
給
与
等
の
支
給

適正
二号 三号

役員や役員の親族等に対して、不相当に高額な給与が支給されていないか□

医師や職員の給与（賞与、退職金を含む。）が規程に基づき支給されているか□

特殊な事情により規程に基づかない採用をするときは、理事会等に諮った上で個別契約を結んでいるか□

役員報酬の金額について、社員総会等の承認を得ているか□

住宅手当の支給及び住居費の徴収は規程に基づき適正に行われているか□

その他の各種手当について、規程に基づき適正に支給されているか□□

役員や役員の親族等の個人的な費用を法人が負担していないか□

住宅貸付、福利厚生設備の利用について、職員全員に周知され、規程に基づき適正に行われているか

資
産
の
運
用

□

役員や役員の親族等のみに住宅、設備を利用させている又は他の従業員に比し有利な条件で利用させていないか□

法人の所有する資産を役員や役員の親族等に無償又は著しく低い価額で譲渡していないか□

役員や役員の親族等から資産を過大な賃貸料で借受けていないか□

役員や役員の親族等から資産を過大な対価で譲受けていないか□

役員や役員の親族等から法人の事業上必要のない資産を取得・賃借していないか
役職員への貸付金は、契約書を作成し、適正な利息を徴収しているか

金
銭 役職員への貸付金は全員に周知され、規程に基づき適正に行われているかの 役員や役員の親族等に対する貸付けは、他の従業員に比し有利な条件となっていないか
貸 役員や役員の親族等からの金銭の貸借に当たって、過大な利息を支払っていないか
借

□
□
□
□
□

職員でない役員の親族等に対して、金銭の貸付けを行っていないか

役員や役員の親族等が、役員等の選任に関して、特別の権限を付与されていないか□□□

そ 役員や役員の親族等（その関連する法人を含む。）と不適正な価額で物品の販売等の契約を行っていないかの
他 役員や役員の親族等が関連する企業等に対し、業務内容に比して過大な委託費が支払われていないか□□

役員や役員の親族等に対し、その他財産の運用及び事業の運営に関して特別の利益を与えていないか□

４号要件（残余財産を国等へ帰属させること）
定款（案）等において、解散した場合に残余財産を国等へ帰属させる旨の定めがあるか□５号要件（法令違反、隠蔽又は仮装、公益に反する事実がないこと）
法令違反その他公益に反する事実はないか□

帳簿書類に取引の隠蔽又は仮装の事実はないか□【留意事項】
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このチェックシートは、特定医療法人の承認を受けるに当たっての事前審査申出の際、又は、既に承認を受けている場合
で定期提出書類を提出する際に、承認要件を満たしているかの自己チェックのためにご活用ください。
2 特定医療法人の承認を受けようとする場合は、申請事業年度及び過去３事業年度において２、３、及び５号要件を満たしているかご確認ください。（１号要件は申請の時の直近に終了した事業年度、４号要件は申請事業年度が確認対象となります。）
3 ※については、特定医療法人の承認を受けようとする場合のみチェックしてください。
4 チェックシートにある承認要件を満たさない場合、又は、満たさなくなった場合は、所轄の国税局（沖縄国税事務所を含みます。）の担当部署までご相談ください。

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