○ 社会医療法人の認定について（平成２０年医政発第０３３１００８号）
新

旧

社会医療法人の認定について

社会医療法人の認定について

本文（略）

本文（略）

第１～２ （略）第１～２ （略）第３ 社会医療法人の認定等に当たっての留意事項

第３ 社会医療法人の認定等に当たっての留意事項

１～５ （略）

１～５ （略）

６ その他

６ その他

(1) ～ (5) （略）(6) 社会医療法人の税制上の取扱い① 社会医療法人については、次の税制上の措置が講ぜられたこと。
イ

社会医療法人が法人税法（昭和４０年法律第３４号）別表第二（公益法人等の表）に追加されたこと。併せて、社会医療法人の法人税は、法人税法第６６条第３項の規定により２２％の税率が適用されること。
ロ

社会医療法人が行う医療保健業（法第４２条の規定に基づき同条各号に掲げる業務として行うもの及び法第４２条の２第１項の規定に基づき同項に規定する収益業務として行うものを除く。
）が法人税法施行令（昭和４０年政令第９７号）第５条に規定する収益事業の範囲から除外されたこと。これにより、当該医療保健業に係る法人税については、法人税法第７条の規定により非課税となること。

(1) ～ (5) （略）ハ

社会医療法人の法人税法上の収益事業に属する資産のうちから収益事業以外の事業のために支出した金額は、法人税法第３７条
第５項の規定により当該社会医療法人の収益事業に係る寄附金の額とみなし、その損金算入限度額は、所得の金額の１００分の５０に相当する金額（当該金額が年２００万円に満たない場合は年２００万円）であること。
ニ

医療法人が社会医療法人の認定を受けた場合には、法人税法第１０条の３第１項及び第２項の規定により、認定を受けた日の前日に当該医療法人が解散し、認定を受けた日に当該社会医療法人が設立されたものとみなして、同条第１項及び第２項に規定する規定を適用すること。
ホ ニの場合については、法人税法第１４条第２２号の規定により、当該医療法人の会計年度開始の日から社会医療法人の認定を受けた日の前日までの期間及び社会医療法人の認定を受けた日からその会計年度終了の日までの期間を事業年度とみなして、同法の規定を適用すること。また、社会医療法人の認定を取り消された医療法人の会計年度開始の日から社会医療法人の認定が取り消された日の前日までの期間及び社会医療法人の認定が取り消された日からその会計年度終了の日までの期間についても同様とすること。
ヘ

社会医療法人の認定が取り消された場合にあっては、法人税法第６４条の４第１項の規定により、当該社会医療法人の認定が取り消された日前の法人税法上の収益事業以外の事業による所得の金額の累積額又は欠損金額の累積額は、当該社会医療法人の認定が取り消された日からその会計年度終了の日までの期間の所得の金額の計算上、益金の額又は損金の額に算入すること。
ト

社会医療法人は、所得税法（昭和４０年法律第３３号）別表第一（公共法人等の表）及び消費税法（昭和６３年法律第１０８号）別表第三に掲げる法人となること。
②

社会医療法人の認定を受けたときは、当該社会医療法人は、速やかに、国税庁長官が定める届出書に都道府県知事（厚生労働大臣）の認定書の写し及び定款又は寄附行為の写し等を添付し、これを納税地の所轄税務署長に提出するものとすること。なお、社会医療法
人の認定の取消しを受けた場合についても同様とし、この場合においては、認定書の写しに代えて認定取消書の写しを添付するものとすること。
③ 都道府県は社会医療法人を認定し、又は認定を取り消した場合は、その旨を速やかに厚生労働省医政局に報告すること。厚生労働省医政局は、都道府県からの報告を国税庁に情報提供するものとする。
(7) 特定医療法人が社会医療法人の認定を受けた場合の取扱い
租税特別措置法第６７条の２第１項の承認を受けた医療法人（以下「特定医療法人」という。
）が会計年度の中途において新たに社会医療法人の認定を受けた場合にあっては、当該会計年度開始の日から当該認定を受けた日の前日までの期間について租税特別措置法施行令（昭和３２年政令第４３号）第３９条の２５第５項及び租税特別措置法施行規則（昭和３２年大蔵省令第１５号）第２２条の１５第２項の規定に基づく特定医療法人の承認要件を満たす旨を説明する書類を当該認定を受けた日から３月以内に、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならないこと。
なお、当該認定を受けた日から租税特別措置法第６７条の２第１項の規定による２２％の法人税率の特例は適用されないことから、租税特別措置法施行令第３９条の２５第６項の規定に基づく特定医療法人の承認に係る税率の適用をやめるための届出書を当該認定を受けた日以後速やかに、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出するものとすること。

別添２－２（社会医療法人が関係書類を毎会計年度終了後３月以内に届け別添２－２（社会医療法人が関係書類を毎会計年度終了後３月以内に届け出る場合）
決出る場合）
算届

決

本文（略）

本文（略）

１～２ （略）

１～２ （略）

３．決算届出関係書類一覧

３．決算届出関係書類一覧

（略）

（略）算

届注）(1) 社会医療法人が医療法第５２条第１項の規定に基づく書類の届出

注）(1) 社会医療法人が医療法第５２条第１項の規定に基づく書類の届出をしようとする場合、社会医療法人の認定要件に該当する旨を説明をしようとする場合、社会医療法人の認定要件に該当する旨を説明する書類も併せて届出する必要があること。

する書類も併せて届出する必要があること。

(2) 会計年度の中途において新たに社会医療法人の認定を受けた場合にあっても、当該会計年度開始の日から当該認定を受けた日の前日までの期間を含めて届出することに留意すること。
(3) 会計年度の中途において社会医療法人の認定が取り消された場合にあっては、社会医療法人の認定要件に該当する旨を説明する書類を届出する必要がないこと。
(4) 該当する書類にチェックをすること。

別添５(2) 該当する書類にチェックをすること。

別添５
社会医療法人の認定について社会医療法人の認定について

本文（略）

本文（略）

注１．認定後２週間以内に主たる事務所の所在地において、３週間以内に注．認定後２週間以内に主たる事務所の所在地において、３週間以内に従従たる事務所の所在地において、名称変更の登記をすること。

たる事務所の所在地において、名称変更の登記をすること。

注２．認定を受けた後速やかに、国税庁長官が定める届出書に本認定書の写し及び定款又は寄附行為の写し等を添付し、これを納税地の所轄税務署長に提出すること。

別添６

別添６
社会医療法人の認定の取消について

社会医療法人の認定の取消について

本文（略）

本文（略）

注１．定款又は寄附行為に規定された名称の変更及び収益業務の削除等に注．定款又は寄附行為に規定された名称の変更及び収益業務の削除等につついて、定款又は寄附行為の変更認可申請を早急に行うこと。
注２．認定の取消しを受けた後速やかに、国税庁長官が定める届出書に本認定取消書の写し及び定款又は寄附行為の写し等を添付し、これを納税地の所轄税務署長に提出すること。

いて、定款又は寄附行為の変更認可申請を早急に行うこと。

○ 特定医療法人制度の改正について（平成１５年医政発第１００９００８号）
新旧特定医療法人制度の改正について

特定医療法人制度の改正について

本文（略）

本文（略）

第１ 改正の要点等

第１ 改正の要点等

１ 改正後の要件

１ 改正後の要件（１） （略）（１） （略）（２）役員等の構成（２）役員等の構成

その法人の運営組織が適正であるとともに、その理事、監事、評その法人の運営組織が適正であるとともに、その理事、監事、評議員その他これらの者に準ずるもの（以下「役員等」という。
）のう

議員その他これらの者に準ずるもの（以下「役員等」という。
）のう

ち親族関係を有する者及びこれらと租税特別措置法施行令（昭和３ち親族関係を有する者及びこれらと租税特別措置法施行令第３９条

２年政令第４３号）第３９条の２５第１項第２号イからハまでに掲の２５第１項第２号イからハまでに掲げる特殊な関係がある者（以げる特殊な関係がある者（以下「親族等」という。
）の数がそれぞれ下「親族等」という。
）の数がそれぞれの役員等の数のうちに占めるの役員等の数のうちに占める割合が、いずれも３分の１以下である割合が、いずれも３分の１以下であること。

こと。
なお、運営組織の適正性を保つ見地から、役員等の数は、理事について６名以上及び監事について２名以上としていること並びに評

なお、運営組織の適正性を保つ見地から、役員等の数は、理事について６名以上及び監事について２名以上としていること並びに評議員の数について理事の数の２倍以上としていること。

議員の数について理事の数の２倍以上としていること。
（３）～（５） （略）（３）～（５） （略）

２ 手続等

２ 手続等

（１）～（２） （略）（１）～（２） （略）（３）各事業年度ごとの証明書の提出（３）各事業年度ごとの証明書の提出

各事業年度終了の日の翌日から３月以内に、当該事業年度におい各事業年度終了の日の翌日から３月以内に、当該事業年度において前記１（１）の基準を満たす旨の厚生労働大臣の証明書の交付をて前記１（１）の基準を満たす旨の厚生労働大臣の証明書の交付を受けた上で、納税地の所轄の税務署を経由して国税庁に提出するこ受けた上で、納税地の所轄の税務署を経由して国税庁に提出することとされたこと（当該事業年度終了の日において社会医療法人に該ととされたこと。なお、当該証明書の交付手続については、前記（２）当する場合を除く。）。なお、当該証明書の交付手続については、前の承認申請時の手続に準じることとすること。

記（２）の承認申請時の手続に準じることとすること。
また、証明書を提出する際に、前記１（２）（３）の要件を満たすまた、証明書を提出する際に、前記１（２）（３）の要件を満たす旨を説明する書類を併せて提出しなければならないこととされた。

旨を説明する書類を併せて提出しなければならないこととされた。
（４）～（７） （略）（８）特定医療法人が社会医療法人の認定を受けた場合の取扱い
特定医療法人が会計年度の中途において新たに社会医療法人の認定を受けた場合にあっては、当該会計年度開始の日から当該認定を受けた日の前日までの期間について租税特別措置法施行令第３９条の２５第５項及び租税特別措置法施行規則（昭和３２年大蔵省令第１５号）第２２条の１５第２項の規定に基づく特定医療法人の承認要件を満たす旨を説明する書類を当該認定を受けた日から３月以内に、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出しなければならないこと。
なお、当該認定を受けた日から租税特別措置法第６７条の２第１項の規定による２２％の法人税率の特例は適用されないことから、租税特別措置法施行令第３９条の２５第６項の規定に基づく特定医療法人の承認に係る税率の適用をやめるための届出書を当該認定を受けた日以後速やかに、納税地の所轄税務署長を経由して、国税庁長官に提出するものとすること。

（４）～（７） （略）