Journal of Environmental Biotechnology（環境バイオテクノロジー学会誌）
Vol. 6, No. 2, 69–78, 2006ƷἕƷƷ◻⾷ᣀ⮥⾸Ʒệᇋᐦ⢧╫ኝǛ╫ǜᅽǚǨ↽⴫ᦹᕮ⥫‫ك‬ɀȲȵȿȺɒʀɄǽ࣠✤◜⚃Ƿ⯍੿Ό⣕ɩȳɓɂɨ
Molecular Bases of Substrate Recognition andInter-Component Electron Transfer of Aromatic Ring-Hydroxylating Oxygenases
芦川雄二1，井上謙吾1，香月隼一1，宇佐美裕亮1，野口治子1,2，野尻

YUJI ASHIKAWA , KENGO INOUE , JUNICHI KATSUKI , YUSUKE USAMI , HARUKO NOGUCHI
1

1

1

1

1,2

秀昭1,2*and HIDEAKI NOJIRI1,2*

1

東京大学生物生産工学研究センター 〒113–8657 東京都文京区弥生1–1–1
東京大学農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラム〒113–8657 東京都文京区弥生1–1–1* TEL: 03–5841–3064 FAX: 03–5841–8030* E-mail: anojiri@mail.ecc.u-tokyo.ac.jp
1
Biotechnology Research Center, The University of Tokyo, 1–1–1 Yayoi, Bunkyo-ku, Tokyo 113–8657, Japan
2
Professional Programme for Agricultural Bioinformatics, The University of Tokyo,
1–1–1 Yayoi, Bunkyo-ku, Tokyo 113–8657, Japan2

ȵʀɷʀɑ：芳香環水酸化ジオキシゲナーゼ，Rieske non-heme iron oxygenase，基質認識，
タンパク質間相互作用，電子伝達
Key words: Ring-hydroxylating oxygenase, Rieske non-heme iron oxygenase, substrate recognition,
protein-protein interaction, electron transfer（原稿受付

2006年10月13日／原稿受理

1.ƷǾ ǧ Ȑ Ǻ
長い間，芳香族化合物が微生物により分解を受けることが知られていたが，Rieske non-heme iron oxygenasesystem（略語として，ROS あるいは ‘system’ を除いた場合の ‘RO’ が使われる。本総説内では ‘ROS’ を使用する）が触媒する二原子酸素添加反応が芳香族化合物分解に重要な役割を果たすことが知られるようになったのは1968年以降のことである3,18)。この酵素は，多くの芳香族化合物分解経路での最初の反応である cis 型二水酸化反応（「最初の酸化反応」ということで「初発酸化反応」と呼ばれる）を触媒する。この反応の発見に際しては，
Pseudomonas 属の菌体そのものを用いた Gibson らによる初期の先導的な研究が重要な役割を果たし，カテコール (benzene-1,2-diol) 型化合物ができる前に cis-dihydrodiol 型中間体が生成すること（cis-dihydroxylation, lateraldioxygenation とも呼ばれる），分子状酸素が二つの水酸
基中の酸素原子になること，NAD(P)H が還元力として利用されることが明らかにされた16,18)。また，この反応は，当時からほ乳類細胞でよく知られていた cytochrome
P450 モノオキシゲナーゼによる反応とは異なる反応であり，naphthalene と toluene がそれぞれ立体選択的に
純 粋 な (+)-cis-(1R,2S)-dihydroxy-1,2-dihydronaphthaleneと (+)-cis-1,2-dihydroxy-3-methylcyclohexa-3,5-diene へと変換されることも示された17,25,26,54)。現在では，toluene

2006年11月12日）

や naphthalene に加えてベンゼン・クメン・フェナント
レン・ピレン等の単環・多環の芳香族炭化水素に限らず，
ダイオキシン・ジベンゾチオフェン・カルバゾールなどのへテロ環式芳香族化合物，PCB 等のビフェニル環化合物等の種々の芳香族化合物の好気的代謝経路において，
ROS が初発酸化酵素として一連の分解反応の進行の有無を左右する重要な役割を果たしていることが明らかにされている13,20,33,41,45)。また，ROS を芳香環修飾酵素ととらえれば，部位特異的・立体選択的な反応によるキラルな物質生産への応用が考えられる。これも，多くの研究者が ROS に興味を持つ大きな要因となっている19)。
さて，ROS は酸素添加酵素の一種であり，同じく芳香族化合物分解経路に登場するカテコール化合物の環開裂を触媒するオルト開裂酵素（intradiol dioxygenase や
intradiol-cleaving catechol dioxygenase とも呼ばれる）や
メタ開裂酵素（extradiol dioxygenase や extradiol-cleaving
catechol dioxygenase とも呼ばれる）と区別するために，
芳香環水酸化ジオキシゲナーゼ (aromatic ring-hydroxylating dioxygenase) と呼ばれることもある。この酵素は，基質を認識し酸化反応を行う酸化酵素 (terminal oxygenase, TO) と，電子を NAD(P)H から TO に伝える電子伝達系から構成される多成分酵素である。TO が活性中心の非ヘム鉄 (Fe2+) と，電子伝達系から電子を受け取るための Rieske 型 [2Fe-2S] クラスタ（R 型クラスタ）47) を含
むことが，Rieske non-heme iron oxygenase system という

70

芦川

他

唱した4)（表 1 ）。Class I 型の ROS は Fdx を持たず，TO と Red のみで構成される二成分酵素系である。Red43)とフラは，plant 型 [2Fe-2S] クラスタ（P 型クラスタ）
ビン (FMN [class IA], FAD [class IB]) を含む。他の ROS
は TO, Fdx, Red の 3 つのコンポーネントから構成され，Red が FAD のみを含むか (class II)，FAD に加えて P 型
クラスタをも含むか (class III) で区別できる。Class II に分類される ROS の場合，Fdx の大部分は R 型クラスタ
を含むが，一部，putidaredoxin 型 [2Fe-2S] クラスタ（Pu型クラスタ）を含むものや，[3Fe-4S] クラスタを含むものもあり，それぞれ IIB, IIA, IIC のサブクラスに分類されている。
既知の全ての TO は，大多数の (αβ)n のヘテロ多量体構造を有するものと，αn のホモ多量体構造を有するものの 2 つに大別できる。ホモ多量体構造を有する TO を含む ROS は Batie の分類ではほぼ全て class IA に分類される。なお，精製過程での挙動など生化学的な研究結果に基づいて α2β2 ，や α4, α6 の 4 次構造が予想されている TO もあるが，今まで構造解析された TO は全て α3β3型か α3 型であり（図 1），構造保存性や，TO サブユニット間で行われる R 型クラスタから非ヘム鉄への電子伝達
様式の保存性から考えて，全てが α3β3 型か α3 型であると予想する研究者は多い9)。ところで，この TO の 4 次

名 前 の 由 来 と な っ て い る。ROS の 電 子 伝 達 系 は，NAD(P)H から電子を受け取るレダクターゼ (Red) 単独で構成される場合と，Red とフェレドキシン (Fdx) の二つで構成される場合がある。
細菌は，芳香族化合物への曝露とそれへの適応・進化
を通して，多種多様な ROS を生み出してきたと考えられる。2006年 8 月末現在，約40種の化合物の分解菌から400種ほどの ROS が単離されている。ROS 機能のメカニズム解明研究のターゲットとしては，基質特異性決定機構の解明と後述する Batie の class4) に代表される電子伝達様式多様化の分子基盤解明の 2 つの切り口が考えられる。最近，ROS コンポーネントの X 線結晶構造解析の報告が増えつつあり9)，これらの構造情報は，今まで直接的な解析が困難だった基質特異性・コンポーネント
間相互作用と電子伝達メカニズムの解明に大きく寄与しつつある。本稿では，著者等が行っているカルバゾール(CAR) 分解系の ROS である carbazole 1,9a-dioxygenase(CARDO) を用いた研究を中心に最新のトピックを概説する。
2.Ʒ⯍੿Ό⣕Ṿǽᭀ⣖Ǻ࣠ǴǞ ROS ǽⲲࢪ‫ك‬
Batie らは，電子伝達鎖の相違を基に ROS の分類を提表 1 ．電子伝達鎖の特徴による Rieske non-heme iron oxygenase (ROS) の分類a)と構造解析の進行状況（2006年10月現在）。
当該コンポーネントが結晶構造解析された ROS（コンポーネントの構造の PDB ID）

含まれる補欠分子族
class
レダクターゼ
(Red)
I

II

III

A

FMN
P型
クラスタb)B

FAD
P型
クラスタb)A

FAD

フェレドキシン
(Fdx)

Fe2+
R型
クラスタb)

Pu 型
クラスタb)

B

R型
クラスタb)

C[3Fe-4S]
クラスタ
FAD
P型
クラスタb)

酸化酵素
(TO)

R型
クラスタb)

Fe2+
R型
クラスタb)

Fe2+
R型
クラスタb)

レダクターゼ(Red)

フェレドキシン
(Fdx)

酸化酵素
(TO)

Phthalate dioxygenase(2PIA)

報告なし

Benzoate 1,2-dioxygenase(1KRH)

2-Oxoquinoline
8-monooxygenase（1Z01 等）

報告なし

報告なし

CARDO-IIKA1d)

Biphenyl 2,3-dioxygenase Biphenyl 2,3-dioxygenase Biphenyl 2,3-dioxygenase(1D7Y)(1FQT)(1ULI)
Toluene 1,2-dioxygenasec) Toluene 1,2-dioxygenasec) Cumene 2,3-dioxygenase(1WQL)CARDOIC177e)
Toluene 1,2-dioxygenasec)
報告なし

報告なし

Naphthalene
1,2-dioxygenase(2B1X)

報告なし

CARDOCA10 (1VCK)

Naphthalene
1,2-dioxygenase（1NDO 等）
Nitrobenzene
dioxygenase (2BMO)CARDOJ3 (1WW9)CARDOCA10f)

Batie らの報告4) に従い作製。Class IIC は Batie らによる分類の範疇には存在しないものに対し新たに提唱した（野口ら，投稿準備中）。
b)
P 型クラスタ，Plant 型 [2Fe-2S] クラスタ；Pu 型クラスタ，Putidaredoxin 型 [2Fe-2S] クラスタ；R 型クラスタ，Rieske 型 [2Fe-2S]
クラスタc)
構造情報は未発表だが，結晶化論文は公開されている31)。
d)
香月ら，未発表データ。
e)
井上ら，未発表データ。
f)
野口ら，投稿準備中。

a)

芳香環水酸化の分子メカニズム

構造と Batie の分類の間の関係には，いくつかの例外がある。まず，アニリン分解菌が有するアニリンジオキシ
ゲナーゼはアニリンのカテコールへの変換を触媒する。
この酵素システムの Red は Batie の分類の class IA でのものと類似であるが，TO は αβ ヘテロ多量体構造を持つという class IA としては例外的な組み合わせを持つ。
さらに，アニリンジオキシゲナーゼは活性発現（アニリン特異的な酸素消費で検出しており，アニリンの cisdihydrodiol 体の検出は行われていない）には TO, Redの他，アミノ基の脱離に必要と考えられる glutaminesynthetase と amidotransferase のホモログが必要であるとされている11,12,36)。TO と電子伝達系以外のコンポーネ
ントの酸化反応自体とその後のアミノ基脱離反応への寄与の解明は，今後のタンパク質レベルでの解析を待たねばならない。また，キノリン分解系に含まれる 2-oxo1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase（Pseudomonas
putida 86株由来）は Red と TO から構成される class I型酵素だが，Red が FAD を含むために電子伝達系はclass IB である一方，TO は α3 型のホモ三量体であり（図 1C ），これも Batie らの分類で例外的特徴を有する

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酵素といえる32,48)。
我々は，複数の細菌から CAR に対し図 2 に示す反応を触媒する ROS である CARDO を取得し，解析してきた1,2,22–24,37–42,49,51,53)。γ-プロテオバクテリアの Pseudomonas
resinovorans CA10 株由来の CARDO の TO (CARDOOCA10) は，3 分子の CarAa タンパク質から構成される
α3 型の 4 次構造をとり（図 1A ），Red (CARDO-RCA10)と Fdx (CARDO-FCA10) は，各々 CarAc, CarAd タンパク質の単量体である38)。生化学的解析から CARDOCA10 はBatie の分類における class III に分類されることが示されたが38,49)，CARDO-OCA10 の α3 型という性質は，class
III ではなく class IA との関連性を示すものであり，先に述べたアニリンジオキシゲナーゼ等と同様に Batie の分類における例外的特徴を有する ROS であると言うことができた。この特徴は，CarAa のアミノ酸配列を基にした分子系統比較においても class III に分類される
ROS とは類縁関係が低い事実とも整合性がある（データは示さず）。CARDO は CA10 株とは分類学的に全く異なる属の細菌からも見つかっているが，β-プロテオバ
クテリアに属する Janthinobacterium sp. J3 株24)，α-プロ

図 1 ．ROS の酸化酵素コンポーネントの結晶構造(A) Janthinobacterium sp. J3 株由来 CARDO の TO (CARDO-OJ3) の構造39)，(B) Pseudomonas sp. NCBI9816-4 株由来 naphthalene
1,2-dioxygenase (NDO) の TO の構造29)，(C) Pseudomonas putida 86株由来 2-oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase の TO の構
造32)。α3 型の (A), (C) の構造と α3β3 型の (B) の構造の比較により，大きな 3 つの α サブユニット（触媒サブユニット）が作る円盤形（もしくはドーナツ型）の構造は類似性が高く，(B) では構造維持のために 3 つの α サブユニットが円盤下側から結合しているように見える（結果的に，α3β3 型の酵素はマッシュルームのような形をとり，α3 部分が傘を β3 部分が石づきに相当する）。

図 2 ．Carbazole 1,9a-dioxygenase (CARDO) の各コンポーネントの役割とカルバゾールへの水酸化反応
NAD(P)H に由来する電子は，レダクターゼ Red (CARDO-R) からフェレドキシン Fdx (CARDO-F) の各コンポーネント間電子伝達を経て基質の酸化の場である酸化酵素 TO (CARDO-O) へと渡され，活性中心にて酸素分子を活性化するために利用される。

72

芦川

テオバクテリアに属する Sphingomonas sp. KA1 株24,53)，
グ ラ ム 陽 性 細 菌 で あ る Nocardioides aromaticivorans
IC177 株22,23) 由 来 の CARDO を 調 べ た 結 果，TO はCA10 株のものも含めてお互いに >45％ identity (>75％
similarity) と顕著に高い類似性を示し，かつ著しいアミノ酸残基数の違いや大きな欠失・挿入が認められないことから，CA10 株由来のものと同様に CARDO-O はホモ三量体構造で酸化活性を示すものと予想された。J3 株
は CA10 株と同様に class III 型の電子伝達系を持つと考えられたが，他の菌株は異なる種類の電子伝達系を持ち，KA1 株由来の CARDO が class IIA に，IC177 株由来のものが class IIB に分類された22,53)。以前の研究で，
CARDOCA10 においては，Red-Fdx 間の認識は厳密ではなく他の Red からも CARDO-F は電子を受け取れる一方，TO と Fdx の間の認識が厳密である可能性が示唆され て い た38)。 精 製 酵 素 を 用 い た 実 験 で，CA10 株 のCARDO-O は KA1 株由来，IC177 株由来の CARDO-F
から電子を受け取ることができないことも明らかになっており（香月ら，井上ら，未発表データ），電子供与体としての Fdx 選択性が TO 間のどの様な構造の違いに起因しているのか興味深い。
3.ƷROS Ȼɻɥʀɕɻɐǽᐦ⢧╫ኝ
筆者らの知る限り，2006年 9 月現在，結晶構造が明らかにされている ROS のコンポーネントは，未発表のものも含めて表 1 に示す TO が11種，Fdx が 3 種，Red が4 種である5–10,14,15,27–29,31,32,37,39,50)。表 1 から解るとおり，構造の報告がある ROS のコンポーネントは未だ Batie の分類の全ての class を網羅するものではない。さらに，ある菌株由来の特定の ROS（一組の ROS を構成して生化学的研究対象となっているものを指し，同一の基質に対する異なる細菌由来の ROS という意味ではない）に含まれるコンポーネントについては，筆者らの行っている CARDO-O39)（野口ら，投稿準備中）と CARDO-F37)の他，詳細は未発表ながら米国 Iowa 大の Ramaswamy
博士の研究グループによる Pseudomonas putida F1 株由来 toluene 2,3-dioxygenase の 3 つのコンポーネントのみであり31)，コンポーネント間相互作用と電子伝達機構の多様性をタンパク質構造に基づいて議論するにはさらに研究成果の蓄積を待たねばならない。
4.Ʒ࣠✤ᣀᨵමᖑ઻ǽո੿ᑿᐦ
先に述べたように，ROS は環境汚染物質の効率的分解のために注目されてきた。米国 Iowa 大の Gibson らのグループによる naphthalene 1,2-dioxygenase (NDO) 等の基質特異性研究から，ROS の広い基質特異性（多くの基質を酸化できる性質）と，各々の基質に対して部位特異的・立体選択的な酸化様式が明らかになった。例えば，Pseudomonas sp. NCIB9816-4 株由来の NDO は，ナフタレン，フェナントレンをはじめとする60種以上の芳香族化合物へ酸化活性が確認されており，その反応生成物の多くで光学純度が高い。また，各種化合物に対して行う反応は，主たる反応としての lateral dioxygenation に加えて，monohydroxylation, desaturation (dehydrogenation),他

O-dealkylation, N-dealkylation, sulfoxidation 等，多岐にわたることが明らかになっている44,46)。部分構造が類似している芳香族化合物に対し部位特異的・立体選択的な水酸化を行うことは，有機化学的手法では容易ではない
ため，ROS はキラルな物質を生産するための特異的水酸化を行う生物触媒として応用が図られている。しかしながら，1990年代半ばまでは経験的・場当たり的な変異導入研究・応用研究が多く，基質特異性を統べる分子メ
カニズムは全く未解明であった。
この様な状況に break through をもたらしたのは，
1998年に報告された米国 Iowa 大の Ramaswamy と Gibson
らのグループによる NCIB9816-4 株由来 NDO の TO の結晶構造の報告である29)。これにより，基質特異性決定
メカニズムを基質結合ポケットの形状・基質の結合位置から論ずることが可能になった。多くの場合，あらかじめ作製した TO の結晶を，基質を含むような溶液に浸すこと（ソーキングと呼ぶ）で TO-基質複合体結晶を得，それを X 線結晶構造解析に供することで基質結合位置を決定している。また，ソーキングがうまくいかない場
合でも，TO の結晶構造を利用し，結合状態を予測することが可能である。いずれの場合でも，基質中の芳香環の中で酸化されるべき炭素原子が活性中心の鉄原子に最も近い位置に配置されており，合理的に酸化位置特異性と立体選択性を説明できる。具体的な事例として，以下に筆者らが行っている CARDO の例を示す。
我々のグループが CAR 分解系と CARDO の機能解析を始めたのは1990年頃のことだが，そのきっかけは，（1）
研究が先行していたナフタレン・トルエンなどの芳香族
炭化水素と比較して，ヘテロ環式芳香族化合物分解経路には何らかの違いと特徴があるのか，（2）当時，汚染が注目され始めていたダイオキシンの骨格であるジベンゾ
フラン・ジベンゾ-p-ダイオキシンと CAR は構造類似であり，代謝経路に共通性があるのか，という二つの疑問を解明することであった。CARDO は，CAR の窒素原子に隣接する核間炭素原子 (C9a) と隣の炭素原子 (C1)に対して二つの水酸基を導入する（図 3A ）。この反応
は angular dioxygenation（核間二水酸化）と呼ばれ，数ある ROS の中でもいくつかの ROS のみが触媒可能な反応である。CARDO が angular dioxygenation を触媒す
るのは，CAR の窒素原子に相当する位置が酸素原子に変わったジベンゾフランやカルボニル基に変わった
9-fluorenone と そ れ ら の 類 縁 体 に 対 し て の み で あ る
40,51)。ただし，核間炭素原子の隣の原子の種類（図 3A ）
により angular dioxygenation を触媒できる効率は大きく異なり，CARDO の場合は CAR やジベンゾフランなど
窒素原子や酸素原子の場合の方が圧倒的に効率よく反応が触媒される。一方，ナフタレン等の多環芳香族炭化水
素やビフェニルを基質とした場合に CARDO は基質分子末端の空間的に空いている位置に水酸基を導入する（lateral dioxygenation を触媒する）（図 3B ）のに対し，ジベンゾチオフェンの sulfide 硫黄やフルオレンのメチ
レ ン 炭 素 に は CARDO は 一 水 酸 化 反 応 を 触 媒 す る（図 3C ）40)。なぜ CARDO が幅広い基質に対して酸化活性を示すのか，なぜ窒素原子や酸素原子に隣接する炭素原子だけ CARDO が効率よく angular dioxygenation を触媒できるのか，また，angular dioxygenation 以外にも各芳香環水酸化の分子メカニズム

図 3 ．Carbazole 1,9a-dioxygenase (CARDO) が触媒する反応
CARDO は各種芳香族化合物に対して (A) angular dioxygenation, (B) lateral dioxygenation（cis-dihydroxylation とも言われることがあるが，厳密には angular dioxygenation もlateral dioxygenation も cis 型の二水酸化反応であるため，呼称としては lateral dioxygenation が望ましい），(C) monooxygenation の異なる種類の反応を触媒する。ただし，(A)の括弧内に示した生成物は不安定なため，直接検出されたことはない。また，CAR からのプロダクトの立体化学は結晶構造中での CAR の結合様式に基づいており，その他の生成物については予測に基づいている。

種基質毎に特異的な反応を CARDO がどの様に触媒するのか，という疑問について CARDO-O の結晶構造に基づく基質結合予測や酵素基質複合体の結晶構造から解釈が可能である。
図 4 は，CARDO-O 単体（図 1A）と CARDO-O:CAR
複合体（図 5A ）の結晶構造解析から明らかになった angular dioxygenation が触媒される際に起こる現象を示し
2,39)。CARDO-O
たものである（一部未発表データを含む）の 3 つのサブユニットの結合領域に活性中心へと通じる
空洞状の基質結合ポケットが存在している（図 4A ）。
CAR の結合によって本来基質結合ポケットの入り口付

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近の壁を形成している Leu202-Thr214, Asp229-Val238 の二つの領域が Cα で最大 4 Å 程度移動し，基質結合ポケットの入り口が閉じられることが明らかになった（図 4B ）。これにより，基質結合ポケットに結合した基質が反応を受ける前に離れるリスクが回避されると考えられる。電子伝達系からの電子により酸素が活性化された後に，酸化を受けずに基質が解離すると活性化された酸素から過酸化物を発生することが知られており21)，基
質結合ポケットからの基質の漏出防止は，過酸化物発生のリスク軽減のためにも重要であろうことが推察される。
CAR の活性中心近傍への結合状態を詳細に描画したものが図 4C である。CAR は活性中心の Fe2+ の直上に結合しており，その際に angular dioxygenation を受ける位置である C1 位，C9a 位が Fe2+ から約 4.3 Å と最も近くなっていた。また，結晶構造中の CAR と活性中心の間の空間に，鉄に結合し活性化された状態と考えられる
酸素に由来する電子密度が認められ，
この位置は C1 位，
C9a 位の炭素原子から約 2.8〜2.9 Å であった。この様な基質の結合位置は CARDO-O が CAR に対して angulardioxygenation を触媒することを良く説明するものである。Pseudomonas sp. NCIB9816-4 株由来 NDO の TO への酸素とナフタレンの結合様式が明らかにされており28)，
Fe2+ に対して酸素分子の二つの酸素原子が共に配位す
るように結合すること（side-on binding と呼ぶ），両酸
素原子がナフタレンの酸化されるべき 1 位，2 位に最も近い位置にナフタレン環の同一面側から配置されることが示されている。このことは，酸素分子の両酸素原子がcis 型水酸基として導入される NDO の酸化様式をよく説明するものであるが，図 4C に示した CARDO-O での活性中心に対する酸素と CAR の結合様式は NDO のTO での結合状態と極めて良い一致を見せている。上記の様な angular dioxygenation を受けうる結合位置の決定には，基質が結合する ‘environment’ を形成する図 4C に示した疎水性アミノ酸残基が重要である。実際に，この疎水性アミノ酸への部位特異的変異の導入が，CARDOの基質特異性を変化させることも明らかになっている（Uchimura, Horisaki et al., 未発表データ）。また，CAR
分子中央の 5 員環のイミノ基の窒素原子と Gly178 の主鎖カルボニル酸素との間の水素結合（約 2.9 Å）の形成
が，フラットな CAR 分子の結合方向を決定するのに重要であることも示された（図 4C ）。
5.

Class III ࢪ CARDO ǺǙǠȚ TO–Fdx ⫻ǽᣀᨵ᫢ǹᭀ̞ΰ᧸Ƿ⯍੿Ό⣕

ROS の各コンポーネントはゲル濾過による精製時に全く結合状態が捕捉できないなど，非常に弱い結合力（接触と言った方が良いかもしれないが）で相互作用して電子を伝達しているらしい。このような場合，一般的に複合体として結晶化すること自体が難しく，ROS 以外の
種々電子伝達タンパク質を含めて考えても，X 線結晶構
造解析で構造解明した例は少ない。我々の知る限り，今までに，Anabaena とトウモロコシ由来の Fdx と Fdx:
NADP+ オキシドレダクターゼの複合体構造30,34)，ステ
ロイド生合成に関与する肝細胞ミトコンドリア由来 adrenodoxin と adorenodoxin 還元酵素の複合体構造35) が報

74

芦川

他

図 4 ．Carbazole 1,9a-dioxygenase (CARDO) の terminal oxygenase (TO) コンポーネント (CARDO-O) に存在する基質結合ポケットへのcarbazole (CAR) の結合(A) ドーナツ型の CARDO-O の全体構造を横から見た図39)。分子表面を描画してある。破線で示す空洞状の基質結合ポケットの内部には緑色で示す活性中心の Fe2+ が確認できる。(B) 基質結合の前後で観察される基質結合ポケット入り口付近の構造変化。
左が結合前，右が CAR 結合後の基質結合ポケットの断面を示したものである。CAR の結合に伴って入り口付近の二つのループが動くことで，基質結合ポケットが閉じた様子を示している。白矢印は基質結合ポケットの入り口を示す。(C) 活性中心の Fe2+と結合した CAR，酸素 (peroxide) の相対的位置と周囲に存在するアミノ酸残基。中央枠内の様子を上から眺めたのが右図 (Topview)，枠内を左から眺めたのが左図 (Side view) である。Side view は基質結合ポケット最深部より CAR 越しに入り口付近を見る
方向である。活性中心の Fe2+ とそのリガンドとなるアミノ酸 (H183, H187, D333) との結合を黒実線で示した（左図，中央枠内）。
Fe2+ に結合した酸素分子は赤で示し，活性化された酸素の CAR へのアタックを赤矢印で示した。なお，(B), (C) の CAR 結合状
態はCARDO-O:CARDO-F 複合体結晶を用いて明らかになったものである2)（一部未発表データ）。

図 5 ．CARDO-O:CARDO-F 複合体の結晶構造解析
CARDO-O:CARDO-F 複合体全体の結晶構造 (A) とそれから明らかになった CARDO-O の CARDO-F との結合領域 (B)。全体構
造 (A) から，三量体構造を取る 1 分子の CARDO-O に 3 分子の CARDO-F が結合し（酸化酵素中の 1 カ所の活性中心に 1 分子のCARDO-F が 結 合 し ）， そ れ ぞ れ 電 子 を 渡 す こ と が 確 認 さ れ た。(B) の 左 図 で は，CARDO-O 単 体 結 晶 の 分 子 表 面 の う ち
CARDO-F との結合に与る部分（①Arg11-Trp15，②Gln115-Gln119，③Arg210，④Trp350-Val363）をそれぞれ緑，紫，オレンジ，
淡青で示した。一方，(B) の右図は CARDO-O:ACRDO-F の結合に与る部分を，複合体結晶の中での CARDO-O 分子で示したものである。CARDO-F との結合によって，結合に関与した部分の構造が変化することがわかる。

芳香環水酸化の分子メカニズム

告されているにすぎない。我々は，最近 P. resinovorans
CA10 株由来の CARDO-F と Janthinobacterium sp. J3株由来の CARDO-O を用いて TO:Fdx 複合体を分解能1.90 Å で構造解析することに成功した1,2)。先に述べたよ
うに，これらの二つの株由来の CARDO は共に Batie のclass III 型の CARDO であり CA10 株由来の Fdx は J3株由来の酸化酵素に十分な電子伝達能を有することが示されている（それぞれの株由来の電子伝達パートナーと大きな機能的な違いは認められないことが実験的に証明されている）。この複合体の結晶構造をもとに，class III
CARDO の TO–Fdx 間にどの様な特徴的な相互作用があるのかについて明らかにすることができた。
得られた構造から，三量体の CARDO-O の各サブユ
ニットに存在する R 型クラスタ周辺に，3 分子の CARDOF が突き刺ささるような形で結合することが示された（図 5A ）。CARDO-F 分子は単量体構造ということもあり酸化酵素に比べてかなり小さいが，その やじり の様な構造のうち電子伝達に関わる R 型クラスタを含む
や じ り 先 端 の「cluster-binding domain」 の ほ ぼ 全 体 がCARDO-O との結合に関わっていた。一方，CARDO-O側の結合表面は，①Arg11-Trp15, ②Gln115-Gln119, ③
Arg210, ④Trp350-Val363 の 4 つの領域で構成されていた（図 5B 左）。CARDO-O 単体39) での結合表面の構造と複合体中での CARDO-O の当該部位の構造を比較したところ，図 5B に示すような CARDO-F の結合に伴う明確な構造変化が起きていることが示された。詳細は原著論文2) を参照されたいが，CARDO-O では特に上記の①，④の領域中で主鎖の構造の変化を伴うような大きな
構造変化が起こっていた。また，CARDO-F についても同様の比較を行うと，単体の構造37) と比較して Pro66Gly70 の領域で大きな構造変化が認められた。CARDO-Oと CARDO-F の結合領域における構造変化の結果，二つの分子の間には多くの塩橋，水素結合，疎水性相互作用が形成され，安定な複合体が形成されていた。その結果，水素結合のネットワークとタンパク質内の結合ネット

75

ワークを介する 2 つの電子伝達経路が予想された（図 6 ）。
6.

CARDO ǺǙǠȚ⯍੿Ό⣕ᐯ೙ǽএᐯමǾΩǚȘ᧯ȍțȚǽǚ⿎セクション 2 の最後でも述べたように，Batie の分類における異なるクラスに属する CARDO が取得されている。Class IIA 型の Sphingomonas sp. KA1 株由来のCARDOKA1, class IIB 型の N. aromaticivorans IC177 株由来の CARDOIC177 のいずれの場合も，相同性の高さから酸化酵素 CARDO-O は J3 株由来のものと同様の構造を有し，類似の酸化反応触媒機構を有すると予想できる。
我々のグループでは，類似の 3 つの酸化酵素が異なる
Fdx から各々電子を受け取れる理由を解明するために，生化学的・電気化学的な性状の比較に加えてタンパク質構造の比較を試みている。現在までに，P 型クラスタを有する putidaredoxin と類似な Fdx から電子を受け取る
CARDO-OIIKA1, biphenyl dioxygenase や toluene dioxygenase に含まれることが多い Rieske フェレドキシン（R 型
クラスタを有するが，naphthalene dioxygenase に代表される class III 型 ROS に含まれる Rieske フェレドキシンとは明らかに分子系統的に異なる）から電子を受け取る
CARDO-OIC177 の構造解析を終了している。未だ，電子伝達パートナーである各々の CARDO-F と，CARDO-O:
CARDO-F 複合体構造の構造解析には成功していないた
め，現段階では推測の域を出ないが，酸化酵素の構造比較から電子伝達様式の違いを考察することができる。
図 7 は，先述した class III 型での CARDO-OJ3 の Fdx 結合部位を形成するアミノ酸残基と，アラインメント上でそれらと相当する CARDO-OIIKA1, CARDO-OIC177 のアミノ酸残基を，各 CARDO-O 分子表面上で示したものである。図からわかるように，class III 型では結合領域を構成する凹み周辺に CARDO-F との結合に関与するアミノ酸残基が集中していた。一方，アラインメント上で

図 6 ．Class III 型 CARDO におけるフェレドキシン (CARDO-F) から酸化酵素 (CARDO-O) 間の推定電子伝達経路
CARDO-F の R 型クラスタ（左上）から CARDO-O (chain B) の R 型クラスタ（中央）を経由して CARDO-O (chain A) の活性中心（Fe2+，下）までの推定電子伝達経路を示す。主鎖ネットワークと，水分子をも含めた水素結合ネットワーク（破線）により，二つの電子伝達経路が考えられる。CARDO-O の R 型クラスタと活性中心はそれぞれ異なるサブユニット上に存在しており，異サブユニット間で電子伝達が起こる。CARDO-F のアミノ酸残基は灰色で，CARDO-O のアミノ酸残基は chain B のものを斜体
で示す。

76

芦川

他

図 7 ．Class III 型 CARDO-O の Fdx 結合部位を形成するアミノ酸残基と，アラインメント上でそれらと相当する class IIA 型，IIB 型
CARDO-O のアミノ酸残基の分子表面上での分布
CARDO-O:CARDO-F 複合体の結晶構造解析2)から明らかにされた CARDO-OJ3 の CARDO-F 結合表面（分子表面中で濃く色を付けてある部分）を中央の図に示す。Clustal W52) を用いたアラインメントの結果，class III 型での CARDO-F 結合に関与するアミノ酸残基に相当するとされたアミノ酸残基の位置を，class IIA 型，class IIB 型 CARDO-O の分子表面において各々濃色で示した。
CARDO-OIC177，及び CARDO-OIIKA1 は，それぞれ 2.3 Å, 2.1 Å の解像度で結晶構造が明らかにされている（それぞれ，井上ら未発表データ，香月ら 未発表データ）。

それらに相当するアミノ酸残基は，他の class の CARDOO ではほぼ同じ位置にあるものの集中度合いが悪く，
いくつかのアミノ酸は分子表面中で離れた位置に存在した。すなわち，class III での CARDO-O の結合領域に相当する位置には class IIA, IIB の CARDO-O でも凹みが観察されるが，凹みの形状は異なり，かつ構成するアミノ酸残基は一部異なることが示された。また，詳細は示さないが，図 6 で示した class III における電子伝達経路を構成する酸化酵素内のアミノ酸残基は IIA, IIB のCARDO-O においても良く保存されており，同様の位置に CARDO-F が結合して電子を CARDO-O に渡すと仮定すれば，CARDO-O 内では類似の電子伝達経路が構成される可能性が高いこともわかっている。上記の情報から，三つの class の CARDO-O は共通の領域で CARDOF と結合し，結合領域の分子表面の違いが Fdx の選択性を生んでいる可能性がある。現在，我々の研究チームでは，class IIA や IIB に 属 す る CARDO を 構 成 す る
CARDO-F 単体や CARDO-O:CARDO-F 複合体の構造解析も行っており，酸化還元電位の測定や，電子伝達能の評価，結合物理定数の測定などの結果とも合わせて，上記考察の実験的な証明を行いたいと考えている。
さて，上の話題は CARDO に限ったものであるが，ROS の大部分を構成する α3β3 型の 4 次構造を有する酸
1)化酵素での電子受容様式が α3 型の CARDO-Oと 類似なのか，異なるのかについても興味がもたれる。Class III
型の CARDO ではドーナツ型の CARDO-O 分子の上部に CARDO-F が結合し電子を渡していたが，Iowa 大のRamaswamy 博士の研究グループが行ったドッキングシ
ミュレーションでは NDO-F はマッシュルームの様な形をした α3β3 型の NDO-O の側面（マッシュルームの傘と石づきの境界面付近）に結合する可能性が示されている脚注1)。今後，他の ROS においても電子伝達複合体構造の解明が進めば，先に述べた Batieの分類4) を裏打ちする電子伝達メカニズムの多様性が明らかになるものと期待される。
7.ƷǙ Ȟ ș Ǻ
ROS が環境汚染物質の分解酵素であるという事実か
ら考えれば当然とも言えるが，過去の研究の多くで反応特性や基質特異性について精力的・集中的に研究が行われ，電子伝達系に焦点を当てた研究は驚くほど少なかったように思える。本稿で示したように，基質特異性研究
では，構造理解に基づいて基質特異性決定のメカニズムや変異導入による基質特異性の変化の解釈が精力的に試みられており，ROS の基質特異性の制御が可能になる

S. Ramaswamy. The 14th Takeda Science Foundation Symposium on Bioscience「The 50th anniversary of oxygenases. Advances andReflections」（2006年 4 月京都）にて発表。

芳香環水酸化の分子メカニズム

日も近いかもしれない。一方，電子伝達機能研究については構造解析による体系化と多様化のメカニズム解明を目指すフェーズに入りつつあると言える。多くの細菌ゲ
ノムの塩基配列情報が蓄積することで比較ゲノム的解析が可能になったように，ROS のコンポーネント間相互作用や電子伝達系についてもより多くの構造情報の蓄積によって，今まで見えなかった研究の切り口が見えてくるだろう。今後の，この分野の研究の展開に大いに期待
したい。
♢ƷƷƷ⡅
本研究は大森俊雄東京大学名誉教授（現芝浦工業大学
大学院教授）のもとで 開始されたものです。大森先生と，現在の筆者らの所属研究室の担当教授である山根久和先
生には，本研究の遂行にあたり多大なるご指導を賜りました。さらに，X 線結晶構造解析を行うにあたっては，（独）農業生物資源研究所 藤本瑞博士，東京大学大学院
農学生命科学研究科 伏信進矢博士にご指導を賜りました。大森先生はじめ，全ての皆さんにこの場を借りて感謝いたします。また，本研究は生研センター，武田科学振興財団科学研究費補助金による支援を受け行われたものであり，ここに感謝いたします。

ᄙƷƷƷᤙ1) Ashikawa, Y., Z. Fujimoto, H. Noguchi, H. Habe, T. Omori, H.
Yamane, and H. Nojiri. 2005. Crystallization and preliminary
X-ray diﬀraction analysis of the electron-transfer complex
between the terminal oxygenase component and ferredoxin in
the Rieske non-haem iron oxygenase system carbazole 1,9adioxygenase. Acta Crystallogr. sect. F 61: 577–580.
2) Ashikawa, Y., Z. Fujimoto, H. Noguchi, H. Habe, T. Omori, H.
Yamane, and H. Nojiri. Electron transfer complex formation
between oxygenase and ferredoxin components in Rieske nonheme iron oxygenase system. Structure in press.
3) Axcell, B.C., and P.J. Geary. 1975. Purification and someproperties of a soluble benzene-oxidizing system from a strainof Pseudomonas. Biochem. J. 146: 173–183.
4) Batie, C.J., D.P. Ballou, and C.C. Correll. 1991. Phthalate dioxygenase reductase and related flavin-iron-sulfur containing
electron transferases, pp. 543–556. In F. Muller (ed.), Chemistry and Biochemistry of Flavoenzymes volume 3, CRC Press,
Boca Raton, FL, USA.
5) Carredano, E., A. Karlsson, B. Kauppi, D. Choudhury, R.E.
Parales, J.V. Parales, K. Lee, D.T. Gibson, H. Eklund, and S.
Ramaswamy. 2000. Substrate binding site of naphthalene
1,2-dioxygenase: functional implications of indole binding. J.
Mol. Biol. 296: 701–712.
6) Colbert, C.L., M.M. Couture, L.D. Eltis, and J.T. Bolin. 2000.
A cluster exposed: structure of the Rieske ferredoxin frombiphenyl dioxygenase and the redox properties of Rieske Fe-S
proteins. Structure 8: 1267–1278.
7) Correll, C.C., C.J. Batie, D.P. Ballou, and M.L. Ludwig. 1992.
Phthalate dioxygenase reductase: a modular structure for electron transfer from pyridine nucleotides to [2Fe-2S]. Science
258: 1604–1610.
8) Dong, X., S. Fushinobu, E. Fukuda, T. Terada, S. Nakamura, K.
Shimizu, H. Nojiri, T. Omori, H. Shoun, and T. Wakagi. 2005.
Crystal structure of the terminal oxygenase component ofcumene dioxygenase from Pseudomonas fluorescens IP01. J.
Bacteriol. 187: 2483–2490.
9) Ferraro, D.J., L. Gakhar, and S. Ramaswamy. 2005. Rieske
business: structure-function of Rieske non-heme oxygenases.

77

Biochem. Biophys. Res. Commun. 338: 175–190.
10) Friemann, R., M.M. Ivkovic-Jensen, D.J. Lessner, C.L. Yu, D.T.
Gibson, R.E. Parales, H. Eklund, and S. Ramaswamy. 2005.
Structural insight into the dioxygenation of nitroarene compounds: the crystal structure of nitrobenzene dioxygenase. J.
Mol. Biol. 348: 1139–1151.
11) Fujii, T., M. Takeo, and Y. Maeda. 1997. Plasmid-encoded
genes specifying aniline oxidation from Acinetobacter sp.
strain YAA. Microbiology 143: 93–99.
12) Fukumori, F., and C.P. Saint. 1997. Nucleotide sequences andregulational analysis of genes involved in conversion of aniline
to catechol in Pseudomonas putida UCC22(pTDN1). J.
Bacteriol. 179: 399–408.
13) Furukawa, K., H. Suenaga, and M. Goto. 2004. Biphenyl
dioxygenases: functional versatilities and directed evolution.
J. Bacteriol. 186: 5189–5196.
14) Furusawa, Y, V. Nagarajan, M. Tanokura, E, Masai, M.
Fukuda, and T. Senda. 2004. Crystal structure of the terminal
oxygenase component of biphenyl dioxygenase derived from
Rhodococcus sp. strain RHA1. J. Mol. Biol. 342: 1041–1052.
15) Gakhar, L., Z.A. Malik, C.C. Allen, D.A. Lipscomb, M.J. Larkin,
and S. Ramaswamy. 2005. Structure and increased thermostability of Rhodococcus sp. naphthalene 1,2-dioxygenase. J.
Bacteriol. 187: 7222–7231.
16) Gibson, D.T., G.E. Cardini, F.C. Maseles, and R.E. Kallio.
1970. Incorporation of oxygen-18 into benzene by Pseudomonas putida. Biochemistry 9: 1631–1635.
17) Gibson, D.T., M. Hensley, H. Yoshioka, and T.J. Mabry. 1970.
Formation of (+)-cis-2,3-dihydroxy-1-methylcyclohexa-4,6diene from toluene by Pseudomonas putida. Biochemistry 9:
1626–1630.
18) Gibson, D.T., J.R. Koch, and R.E. Kallio. 1968. Oxidative
degradation of aromatic hydrocarbons by microorganisms. I.
Enzymatic formation of catechol from benzene. Biochemistry
7: 2653–2662.
19) Gibson, D.T., and R.E. Parales. 2000. Aromatic hydrocarbon
dioxygenases in environmental biotechnology. Curr. Opin.
Biotechnol. 11: 236–243.
20) Habe, H., and T. Omori. 2003. Genetics of polycyclic aromatichydrocarbon metabolism in diverse aerobic bacteria. Biosci.
Biotechnol. Biochem. 67: 225–243.
21) Imbeault, N.Y.R., J.B. Powlowski, C.L. Colbert, J.T. Bolin,
and L.D. Eltis. 2000. Steady-state kinetic characterization andcrystallization of a polychlorinated biphenyl-transforming
dioxygenase. J. Biol. Chem. 275: 12430–12437.
22) Inoue, K., H. Habe, H. Yamane, and H. Nojiri. 2006. Characterization of novel carbazole catabolism genes from Grampositive carbazole degrader Nocardioides aromaticivorans
IC177. Appl. Environ. Microbiol. 72: 3321–3329.
23) Inoue, K., H. Habe, H. Yamane, T. Omori, and H. Nojiri.
2005. Diversity of carbazole-degrading bacteria having the car
gene cluster: isolation of a novel Gram-positive carbazoledegrading bacterium. FEMS Microbiol. Lett. 245: 145–153
24) Inoue, K., J. Widada, S. Nakai, T. Endo, M. Urata, Y.
Ashikawa, M. Shintani, Y. Saiki, T. Yoshida, H. Habe, T.
Omori, and H. Nojiri. 2004. Divergent structures of carbazole
degradative car operons isolated from Gram-negative bacteria.
Biosci. Biotechnol. Biochem. 68: 1467–1480.
25) Jeﬀrey, A.M., H.J. Yeh, D.M. Jerina, T.R. Patel, J.F. Davey,
and D.T. Gibson. 1975. Initial reactions in the oxidation ofnaphthalene by Pseudomonas putida. Biochemistry 14: 575–
584.
26) Jerina, D.M., J.W. Daly, A.M. Jeﬀrey, and D.T. Gibson. 1971.
Cis-1,2-dihydroxy-1,2-dihydronaphthalene: a bacterial metabolite from naphthalene, Arch. Biochem. Biophys. 142: 394–
396.
27) Karlsson, A., Z.M. Beharry, E.D. Matthew, E.D. Coulter, E.L.
Neidle, D.M. Jr. Kurtz, H. Eklund, and S. Ramaswamy. 2002.
X-ray crystal structure of benzoate 1,2-dioxygenase reductase

78

芦川

from Acinetobacter sp. strain ADP1. J. Mol. Biol. 318: 261–
272.
28) Karlsson, A., J.V. Parales, R.E. Parales, D.T. Gibson, H.
Eklund, and S. Ramaswamy. 2003. Crystal structure of naphthalene dioxygenase: side-on binding of dioxygen to iron.
Science 299: 1039–1042.
29) Kauppi, B., K. Lee, E. Carredano, R.E. Parales, D.T. Gibson, H.
Eklund, and S. Ramaswamy. 1998. Structure of an aromaticring-hydroxylating dioxygenase-naphthalene 1,2-dioxygenase.
Structure 6: 571–586.
30) Kurisu, G., M. Kusunoki, E. Katoh, T. Yamazaki, K. Teshima, Y.
Onda, Y. Kimata-Ariga, and T. Hase. 2001. Structure of theelectron transfer complex between ferredoxin and ferredoxinNADP(+) reductase. Nat. Struct. Biol. 8: 117–121.
31) Lee, K., R. Friemann, J.V. Parales, D.T. Gibson, and S.
Ramaswamy. 2005. Purification, crystallization and preliminary X-ray diﬀraction studies of the three components of thetoluene 2,3-dioxygenase enzyme system. Acta Crystallogr.
Sec. F 61: 669–672.
32) Martins, B.M., T. Svetlitchnaia, and H. Dobbek. 2005. 2Oxoquinoline 8-monooxygenase oxygenase component: active
site modulation by Rieske-[2Fe-2S] center oxidation/reduction.
Structure 13: 817–824.
33) Mason, J.R., and R. Cammack. 1992. The electron-transport
proteins of hydroxylating bacterial dioxygenases. Annu. Rev.
Microbiol. 46: 277–305.
34) Morales, R., M.-H. Charon, G. Kachalova, L. Serre, M.
Medina, C. Gómez-Moreno, and M. Frey. 2001. A redoxdependent interaction between two electron-transfer partners
involved in photosynthesis. EMBO Rep. 1: 271–276.
35) Müller, J.J., A. Lapko, G. Bourenkov, K. Ruckpaul, and U.
Heinemann. 2001. Adrenodoxin Reductase-adrenodoxin complex structure suggests electron transfer path in steroid biosynthesis. J. Biol. Chem. 276: 2786–2789.
36) Murakami, S., T. Hayashi, T. Maeda, S. Takenaka, and K.
Aoki. 2003. Cloning and functional analysis of aniline dioxygenase gene cluster, from Frateuria species ANA-18, that metabolizes aniline via an ortho-cleavage pathway of catechol.
Biosci. Biotechnol. Biochem. 67: 2351–2358.
37) Nam, J.-W., H. Noguchi, Z. Fujimoto, H. Mizuno, Y. Ashikawa, M. Abo, S. Fushinobu, N. Kobashi, T. Wakagi, K. Iwata, T.
Yoshida, H. Habe, H. Yamane, T. Omori, and H. Nojiri. 2005.
Crystal structure of the ferredoxin component of carbazole
1,9a-dioxygenase of Pseudomonas resinovorans strain CA10,
a novel Rieske non-heme iron oxygenase system. Proteins 58:
779–789.
38) Nam, J.-W., H. Nojiri, H. Noguchi, H. Uchimura, T. Yoshida, H.
Habe, H. Yamane, and T. Omori. 2002. Purification and characterization of carbazole 1,9a-dioxygenase, a three-component
dioxygenase system of Pseudomonas resinovorans CA10.
Appl. Environ. Microbiol. 68: 5882–5890.
39) Nojiri, H., Y. Ashikawa, H. Noguchi, J.-W. Nam, M. Urata, Z.
Fujimoto, H. Uchimura, T. Terada, S. Nakamura, K. Shimizu,
T. Yoshida, H. Habe, and T. Omori. 2005. Structure of theterminal oxygenase component of angular dioxygenase, carbazole 1,9a-dioxygenase. J. Mol. Biol. 351: 355–370.
40) Nojiri, H., J.-W. Nam, M. Kosaka, K. Morii, T. Takemura, K.

他
Furihata, H. Yamane, and T. Omori. 1999. Diverse oxygenations catalyzed by carbazole 1,9a-dioxygenase from Pseudomonas sp. strain CA10. J. Bacteriol. 181: 3105–3113.
41) Nojiri, H., and T. Omori. 2002. Molecular bases of aerobic
bacterial degradation of dioxins: involvement of angular dioxygenation. Biosci. Biotechnol. Biochem. 66: 2001–2016.
42) Nojiri, H., and T. Omori. In press. Carbazole metabolism bypseudomonads. In J.-L. Ramos and A. Filloux (eds.), Pseudomonas, Volume 5, Springer, New York, New York, USA.
43) Otaka, E., and T. Ooi. 1989. Examination of protein sequencehomologies. 5. New perspectives on evolution between bacterial and chloroplast-type ferredoxins inferred from sequence evidence. J. Mol. Evol. 29: 246–254.
44) Parales, R.E. 2003. The role of active-site residues in naphthalene dioxygenase. J. Ind. Microbiol. Biotechnol. 30: 271–278.
45) Parales, R.E., and S.M. Resnick. 2006. Aromatic ring hydroxylating dioxygenases, pp. 287–340. In J.-L. Ramos and R.C.
Levesque (eds.), Pseudomonas, Volume 4, Springer, New York,New York, USA.
46) Resnick, S.M., K. Lee, and D.T. Gibson. 1996. Diverse reactions catalyzed by naphthalene dioxygenase from Pseudomonas sp. strain NCIB 9816. J. Ind. Microbiol. 17: 438–457.
47) Rieske, J.S., D.H. Maclennan, and R. Coleman. 1964. Isolation and properties of an iron-protein from the (reduced coenzyme Q)-cytochrome C reductase complex of the respiratory
chain. Biochem. Biophys. Res. Commun. 15: 338–344.
48) Rosche, B., B. Tshisuaka, S. Fetzner, and F. Lingens. 1995.
2-Oxo-1,2-dihydroquinoline 8-monooxygenase, a two-component enzyme system from Pseudomonas putida 86. J. Biol.
Chem. 270: 17836–17842.
49) Sato, S., J.-W. Nam, K. Kasuga, H. Nojiri, H. Yamane, and T.
Omori. 1997. Identification and characterization of genes encoding carbazole 1,9a-dioxygenase in Pseudomonas sp. strain
CA10. J. Bacteriol. 179: 4850–4858.
50) Senda, T., T. Yamada, N. Sakurai, M. Kubota, T. Nishizaki, E.
Masai, M. Fukuda, and Y. Mitsui. 2000. Crystal structure of
NADH-dependent ferredoxin reductase component in biphenyl
dioxygenase. J. Mol. Biol. 304: 397–410.
51) Takagi, T., H. Nojiri, T. Yoshida, H. Habe, and T. Omori.
2002. Detailed comparison between the substrate specificitiesof two angular dioxygenases, dibenzofuran 4,4a-dioxygenasefrom Terrabacter sp. and carbazole 1,9a-dioxygenase from
Pseudomonas resinovorans. Biotechnol. Lett. 24: 2099–2106.
52) Thompson, J.D., D.G. Higgins, and T.J. Gibson. 1994.
CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple
sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids
Res. 22: 4673–4680.
53) Urata, M., H. Uchimura, H. Noguchi, T. Sakaguchi, T.
Takemura, K. Eto, H. Habe, T. Omori, H. Yamane, and H.
Nojiri. 2006. Plasmid pCAR3 contains multiple gene sets involved in the conversion of carbazole to anthranilate. Appl.
Environ. Microbiol. 72: 3198–3205.
54) Ziﬀer, H., D.M. Jerina, D.T. Gibson, and V.M. Kobal. 1973.
Absolute stereochemistry of the (+)-cis-1,2-dihydroxy-3methylcyclohexa-3,5-diene produced from toluene by Pseudomonas putida. J. Am. Chem. Soc. 95: 4048–4049.