生物多様性保全推進支援事業
事務手続きの手引き（交付対象事業者用）

令和６年２月環境省自然環境局自然環境計画課
生物多様性主流化室

目次
１．事業を始める前に ...................................................................................................................... 3
環境省へのお問い合わせについて ................................................................................................ 4
申請書類の提出方法について........................................................................................................ 4２．生物多様性保全推進支援事業の手続きの流れ .......................................................................... 5３．事業開始までの手続き ............................................................................................................... 6①交付金交付申請書の提出（交付要綱第７条） .......................................................................... 6②交付決定前着手届の提出（交付要綱第 12 条）※必要な場合のみ ........................................... 8
４．事業の途中での手続き※必要な場合のみ ............................................................................ 10①

概算払（交付要綱第 20 条） ................................................................................................ 11②

事業の中止、廃止をする場合（交付要綱第 15 条） ........................................................... 12③

事業が予定期間内に完了せず遅延する場合（交付要綱第 16 条） ..................................... 12④

消費税等相当額の控除を受ける場合（交付要綱第 24 条） ................................................ 13⑤

協議会の規約等を変更する場合（交付対象事業（１）～（２）、（６）のみ） .............. 14⑥

交付決定額に変更が生じる場合（交付要綱第８条）.......................................................... 14⑦

事業内容の変更又は 30%以上の費目間配分の変更が生じる場合（交付要綱第 13 条） ... 15

５．事業完了後の手続き................................................................................................................. 17①交付金事業実績報告書の提出（交付要綱第 18 条） ............................................................... 17②交付金精算払請求書の提出（交付要綱第 20 条第２項） ....................................................... 19③

交付金により取得した財産等の管理、処分について（交付要綱第 22、23 条） ............... 20

６．事業を複数年計画している事業者について ............................................................................ 21
７．支払いに係る証拠書類について .............................................................................................. 222

１．事業を始める前に（１）各手続の実施について「生物多様性保全推進交付金（生物多様性保全推進支援事業）交付要綱」等を参照し、当該交付金事業の実施に必要な手続を把握いただくとともに、各手続を遅滞なく適切に実施してください。
なお、各種申請書の提出や修正・照会対応等に著しく遅滞が見受けられる場合は、交付要綱第 21 条により交付決定を取り消す場合があります。
特に、当該交付金事業の実施に先立って行う必要がある交付申請（交付要綱第７条）については、内示後速やかに作成・提出されるよう配意ください。

（２）法令等の順守について
交付金事業の一環として実施する諸行為（土地への立入り、動植物の採取・損傷、調査機器類の設置等）については、各法令による許可等を受ける必要がある場合があることから、適宜関係官庁や土地所有者と連絡調整を図り、必要な手続きを遺漏なく実施してください。

（３）効果的・効率的な事業の実施について
応募時の事業計画に沿って十分な成果が得られるよう、適切な進捗管理のもとで当該交付金事業を実施してください。また備品や役務等の調達にあたっては、可能な限り競争性のある手法を用いて事業者の選定をするなど、効率的な交付金の執行が図られるよう、併せて配意ください。

（４）申請様式の提出から承認までの手続きについて提出いただいた申請様式は、環境省で確認後に手続きを行い、承認通知等のご連絡をいたします。
提出後、修正等のご対応をいただくことがありますので、余裕をもってご提出願います。
修正等の完了後、環境省での手続きに 1 ヶ月程度を要する見込みです。各種手続きは、承認を受けたい日の１ヶ月前までには提出ください。
なお、年度末に変更等の申請が発生した場合、年度内に承認手続きが完了しない場合があり、交付金事業に不利益が発生する可能性があります。事業内容や経費配分の変更等の状況を把握し、各種申請の必要がある場
合は、遅くとも２月中旬頃までに提出ください。

（５）経理処理について・交付対象経費の計上は、原則、交付決定日以降に発生（発注）したもので、事業期間中に終了（支払）したもの※が対象となります。
※ 支払いが事業完了後であっても、交付事業期間中に発生し、かつ当該経費の額（支出義務額）が確定しているものであって、事業期間中に支払われていない事由が適当である場合、交付対象経費として認められます。
（事由の例）① 賃金（給与等の支払が月末締め→翌月払いになる場合）② 交付事業者における経理処理の都合上、事業期間中の支払が困難なもの

3

・交付申請書や実績報告書に添付する証憑書類の一部省略・簡略化が可能ですが、交付事業者側には全ての証憑書類の保存・管理の義務があります（交付要綱第 10 条第 1 項）。
状況によっては当省職員が現地調査に入り、証憑書類の確認を行うこともあります。その際に証憑書類の不足等があれば、交付額の減額（支払済みの場合は返還の命令）等を行う可能性もあります。
交付目的に合致した経費であって、当該事業のために使用されたことが客観的に確認できる経費が交付対象となりますので、これら事実を確認できる資料を整理してください。（経費節減等の観点からやむを得ず複数事業で使用する経費など、当該事業以外での使用の事実がある場合は、使用割合などにより適切に経費按分することにより、補助対象として認めることがあります。
）
経理上支障が発生しないよう、交付金事業に協力いただく方々へも、領収書（レシート含む）の確実な徴取や、領収書に記載すべき宛先名の周知を図られる等、配意ください。
・検査等により経費の虚偽申告や過大請求等による補助金等の受給等の不正行為が判明した場合には、交付決定の取消、補助金等の全部又は一部の返還（不交付）命令、加算金の納付、不正内容の公表、補助金等の交付停止措置、刑事告訴等の処分が科される場合がありますので適正な経理処理を常に心がけてください。
・自社調達を行う場合には、調達価格に含まれる利益を排除しなければなりません。
交付事業において、交付対象経費の中に交付事業者の自社製品の調達等に係る経費がある場合、交付対象
経費の実績額の中に交付事業者自身の利益が含まれることは、交付金交付の目的上ふさわしくないと考えられます。このため、交付事業者自身から調達等を行う場合は、原価（当該調達品の製造原価など）をもって補助対象経費に計上します。
※ 事業者の業種等により製造原価を算出することが困難である場合は、他の合理的な説明をもって原価として認める場合があります。
環境省へのお問い合わせについて
・交付金の事業要件や手続き等、制度に係るご相談⇒生物多様性主流化室
03-3581-3351（代表）03-5521-9108（直通）・各種申請書の提出、事業内容の変更等、個別事業に係るご相談⇒地方環境事務所

担当者

申請書類の提出方法について●提出する申請書等は、全て押印不要、電子データをメールにて提出いただきます。各申請書等の「本件責任者及び担当者の氏名、連絡先等」が押印の代わりになりますので、必ず記載してください。
●各申請書等の１枚目（責任者欄があるもの）は、PDF に変換して提出ください。
（交付申請書のみ特別な提出方法のため、P.６を参照）●なお、やむを得ない事情により押印付き文書にて提出する必要がある場合は、以下の手順により提出ください。
ア．押印する前の電子データを地方環境事務所へ提出（押印による提出となる旨をお伝えください）
イ．修正等が完了次第、押印された文書の PDF を地方環境事務所へ提出
ウ．原本を環境省本省担当官へ郵送●環境省からの承認通知等も全てメールでのご連絡となり、紙媒体での郵送はありません。

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２．生物多様性保全推進支援事業の手続きの流れ
環境省

事

交付対象事業者

業

交付申請

地方環境事務所

本省担当課室
交付決定手続き

地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります

開交付申請書を地方環境事務所に提出くだ
さい ➠P.６

始

地方環境事務所へ提出

地方環境事務所から本省担当者に提出

修正等問合せ（地方環境事務所もしくは本省担当者から）前受領・事業開始

交付決定通知書の発出

本省担当者から通知

交付決定日以降から事業開始可能となり申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境ます

省本省から通知されます※交付決定前の契約、購入した物品等は全て交付対象外となりますのでご注意ください。
※やむを得ず交付決定前に事業を開始する必要がある場合は、交付決定前着手届の提出が必要です（適用要件等は P.８参照）

事業開始
各種変更手続き（該当する場合のみ）

各種承認手続き
地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります事
業・計画／経費配分の変更
・交付決定額の変更

地方環境事務所から本省担当者に提出・遅延報告書 等
修正等問合せ（地方環境事務所もしくは本省担当者から）

途
受領

中

地方環境事務所へ提出

各種変更の承認後、変更された事業等を本省担当者から通知行うことができます

各種変更の承認通知の発出
申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境省本省から通知されます

中間報告書・概算要望調書の提出（生物多様性主流化室から別途お知らせします）

実績報告

額の確定手続き
地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります

事

実績報告書を地方環境事務所に提出ください。 ➠P.17

業完

可能な限り３月上旬までに提出願います。詳細は、P.17 をご参照ください。

受領・請求書提出

了後精算払請求書を提出ください

地方環境事務所へ提出

地方環境事務所から本省担当者に提出

修正等問合せ（地方環境事務所もしくは本省担当者から）本省担当者から通知➠P.19

額の確定通知書の発出
申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境省本省から通知されます

本省担当者へ請求書提出

交付金支払
支払い

請求書の受領後、２～３週間で支払われます5

３．事業開始までの手続き①交付金交付申請書の提出（交付要綱第７条）※交付決定通知書の通知日から事業開始が可能となります。
（交付決定前に契約、購入した物品等は全て交付対象外となりますのでご注意ください）
環境省
交付対象事業者

地方環境事務所

交付申請

本省担当課室
交付決定手続き

地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります
交付申請書を地方環境事務所に提出くだ
さい

地方環境事務所へ提出➠

地方環境事務所から本省担当者に提出

修正等問合せ（地方環境事務所もしくは本省担当者から）受領・事業開始

交付決定通知書の発出

本省担当者から通知

交付決定日以降から事業開始可能となり申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境ます

省本省から通知されます○提出書類
１．交付金交付申請書（様式第１号）
交付申請書を作成し、以下１）～３）の手順により提出ください。
１）交付要綱別記様式第１号の１枚目のみ PDF 形式に変換
２）１）をパスワード付きの ZIP ファイルに圧縮し、内示の際に通知された「暗証番号」を ZIP ファイルのパスワードとして設定
３）２）の ZIP ファイル及び交付要綱別記様式第１号１枚目を含む様式一式（word・excel ファイル）をメールに添付して地方環境事務所に送付（写真等を添付される場合は、極力ファイルサイズを圧縮してください）※上記による対応が難しい場合は、ファイル転送サービスにてお送りください。使用されているサービスがない場合は、環境省
よりご案内いたしますので、お知らせください。

２．債主登録票
１年目の事業者：交付金の支払先となりますので、必ず提出ください。
２年目以降の事業者：提出済の債主登録票から変更がある場合に提出ください。
※事業の途中で変更があった場合は、その都度最新版を提出ください。
※内部規定等により、交付対象事業者名以外で提出をする場合は、規定等を併せて提出ください

３．協議会規約、会計処理規程、会員名簿（地域生物多様性協議会、里山未来拠点協議会のみ）・交付対象事業（１）～（２）及び（６）のうち、応募時に協議会規約等が未提出の協議会は必ず提出ください。
※提出済の協議会で、変更があった場合も提出ください。

○提出期限最終締切：内示日から 1 ヶ月後（内示通知の際に具体的な日付についてお知らせがあります）
環境省本省での確認・修正等の完了後、1 ヶ月程度で交付決定となります。事業開始希望日の 1 ヶ月前までには提出ください。
※内示通知後、1 ヶ月以内に事業着手予定の場合は、早期に手続きを進めるため、早めにご準備のうえ提出ください6

○交付申請書の提出後、交付決定前に事業開始する必要が生じた場合
原則、交付決定手続きの完了後に事業開始となりますが、要件を満たす場合のみ、「交付決定前着手届」を提出し、交付決定前に事業を開始することが可能です（P.８参照）【要確認事項】○応募時の事業計画（※）から変更して交付申請を行う場合の記載方法について（※）応募申請書又は概算要望調書に記載された事業計画

・予算の都合（応募時に要望した額よりも内示額が少なかった等）や、自然環境や社会情勢等の理由により応募時の事
業内容から変更する場合、変更した内容で交付申請書を作成してください。
・事業計画変更理由書（任意様式）をあわせて提出ください。
（詳細は記入例参照）
・応募申請書に記載の事業計画が、採択された事業内容となります。そのため、当初計画していなかった事業計画を入れる等、採択された事業計画に大きな変更が生じる場合は認められない場合がありますので、申請書の提出前に地方
環境事務所に事前確認を行ってください。

○経費算出の根拠となる資料について
見積書等の証拠資料の写しは提出不要です。
ただし、積算価格の妥当性や公平性の観点から、当該額の根拠について照会される場合があります。証拠資料は確実に保管してください。
（P.22 参照）
なお、役務の外注による契約業務等は、事業期間・事業内容・内訳の分かる資料を必ず提出ください。
（見積書、事業者に手作成した積算資料等。積算内訳書にシートを追加して記載する形でも構いません）○事業終了日について（別紙１－２）事業計画書に記載する事業の予定期間は最長で 3 月 31 日までですが、精算処理や交付金の支払いの円滑化のため、可能な限り、3 月 10 日までに事業が終了するように設定してください。

なお、交付要綱第 18 条にて、実績報告書の提出は「交付金事業が完了した日から起算して 30 日を経過した日又は翌年度の４月 10 日のいずれか早い日まで」と規定されていますが、出納整理期間に精算事務が逼迫し支払いに遅延が生じないよう、例年、環境省会計課からの指示により、３月 20 日頃までに提出するようお願いしております。
そのため、事業の途中段階から早めに提出準備をいただきますようご協力をお願いします（3 月下旬まで事業を実施する場合も、精算額が確定次第すぐにご提出いただけるよう、事前に準備願います）。

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②交付決定前着手届の提出（交付要綱第 12 条）※必要な場合のみ
本交付金事業は、交付決定後に着手することが大原則ですが、生物多様性の保全にあたってやむを得ず緊急的な対応を要する場合等（下記例参照）を想定し、交付決定前着手届の提出により交付決定前に事業着手することが可能です。
ただし、その適用には一定の条件がありますので、留意が必要です。

○交付決定前着手の適用要件①事前着手をする理由は、下表「交付決定前に着手する事由となる、緊急的な対応を要する場合の例」のような自然環境や野生生物の状況の変化等の他律的な事由によるものであること。
②作業時間確保を企図しての早期着手や、関係者間の会合の日程調整の都合などは、やむを得ない緊急的な対応が必要な事情とはみなし得ない。
③応募申請書（新規事業者の場合）または概算要望調書（継続事業者の場合）に記載された「事業開始予定日」が到来していない時点で届出があること。
④交付申請書がすでに提出されていること。
交付決定前着手届と同日の提出も可能ですが、交付申請書の内容の確認に時間を要するため、着手予定日から余裕をもって（２週間程度）提出ください。着手が急がれる場合は、事前に申請書類を作成したうえ、お問い合わ
せください。

○注意点
・提出された「交付申請書」に記載の計画に沿った事業のみが、着手届の対象となります。
・着手届に記載された交付決定までの活動に対して、事業計画等の一切の変更を行うことはできません。
交付決定前に計画変更を伴う活動を行った場合、交付対象事業費から除外されることとなります。

※本届は、交付申請書が既に提出されている場合に提出可能です。
（同時の提出も可能。詳細は以下「交付決定前着手の適用要件④」を参照してください）※提出後、環境省から正式に受理の連絡があってから、事業開始可能となります。
（提出した時点では事業開始できないのでご注意ください）

交付対象事業者

環境省
地方環境事務所

本省担当課室

提出

確認・修正（地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります）

交付決定前着手届「３．着手予定年月日」の２週間前までに交付決定前着手届を地方環境事務所に提出ください

地方環境事務所へ提出

地方環境事務所から本省担当者に提出

修正等問合せ（地方環境事務所もしくは本省担当者から）受領・事業開始
受領の連絡後、事業開始可能となります

着手届受領の連絡
本省担当者から連絡
本省担当者へ PDF 提出

8

着手届の確認完了後、必要に応じて修正等を行った上で、受領及び事業実施可能の連絡があります。

○提出書類

交付金交付決定前着手届（様式第 5 号）

○提出方法
１．事前確認交付決定前着手届「３．着手予定年月日」の２週間前までに、word 形式のデータを地方環境事務所へ提出ください

２．本提出

本省担当者からの事業実施可能の連絡後、最終版の PDF 形式のデータを提出ください（確認に時間を要するため、「着手予定年月日」まで余裕がない提出となる場合は、希望日に事業実施いただけない場合もございます。その場合、本省担当者の指示に従い、着手予定年月日を修正して提出ください）○交付決定前着手届の提出日、事業開始日
交付申請書の提出日～事業開始予定日（今年度事業の応募時に設定のもの）の前日まで※ 事業開始予定日：今年度事業の応募時に設定した日付（新規事業は応募申請書、継続事業は概算要望調書）

交付決定前着手届提出・事業開始が可能な期間
事業開始予定日※
内示日

以下に記載の日付

交付申請書提出日

１年目の事業者：応募申請書
２年目以降の事業者：概算要望調書【交付決定前に着手する事由となる、緊急的な対応を要する場合の例】
自然環境や野生生物の状況の変化による場合○気温上昇のペースが例年より相当程度早まっており、繁殖時期の変化が生じる可能性が非常に高く、調査をより早期に開始する必要が生じる場合○繁殖用の個体を採取するのに春の休眠期が最適であるところ、気温上昇の早期化で休眠が早期に解除される可能性が高く、個体採取を至急行うべき必要が生じる場合○現地の地形及び植生等の都合、残雪期に調査を行わざるを得ないが、融雪が予想以上に早く、調査をより早期に開始する必要が生じる場合○当初想定外であった特定外来生物の新たな侵入や急増、被害発生を認知し、被害抑制のために緊急的な調査または防除等が必要であると認められる場合
交付決定前の時期に着手をしなければ事業の効果が得られない場合○年度当初に防除対象である特定外来生物が急増し、交付決定前に着手しなければ防除の困難性が高まり、著しく事
業効果が減少してしまうと認められる場合○事業対象の希少種の急減や、生息地の被災等により、種の存続のために残存個体の飼養施設への収容など緊急的な保全策が求められる場合

9

４．事業の途中での手続き ※必要な場合のみ交付対象事業の事業実施期間中に、以下のような事由が生じた場合には、所定の様式等により手続きを行う必要があります。②～⑦に該当する事由が生じた場合は、速やかに地方環境事務所へご連絡ください。

申請等が必要となる場合① 概算払② 事業を中止、廃止する③ 事業終了予定日を延長する

提出様式

備考

概算払請求書事業の途中で交付金の支払いを受（別記様式第 11 号）

けたい場合

事業中止（廃止）承認申請書

交付決定後、事業を途中で中止、ま（別記様式第７号）

たは廃止する場合

遅延報告書

交付申請書に記載した事業終了予（別記様式第８号）

定日から 2 ヶ月以上遅延をする場合（年度内に限り延長可能）④ 消費税相当額の控除を受ける

仕入に係る消費税等相当額報告書（別記様式第 13 号）⑤ 協議会の規約等を変更する協議会規約、会計処理規程、会員名

協議会の規約、会計処理規程、会員簿

名簿のいずれかに変更が生じた場
合⑥ 交付決定額を変更する

交付金変更交付申請書

事業費の減額や追加交付による増（別記様式第２号）

額により、交付決定額を変更する場
合⑦ 事業内容の変更又は 30%以上の費目間配分の変更をする

計画・経費配分変更承認申請書

交付申請書に記載の事業計画を変（別紙様式第６号）

更、または各費目に 30％以上の配分変更が生じる場合

10

①

概算払（交付要綱第 20 条）

交付金の支払は、「精算払」と「概算払」の２種類あります。
●精算払：事業完了後、実績報告書にて交付額が確定された後に支払いを受ける（➠Ｐ.19）●概算払：交付決定後、事業の途中で支払を受ける（➡下記参照）※概算払は財務省との協議が必要なため、手続きが可能になり次第生物多様性主流化室からご連絡します※
環境省交付対象事業者

本省各担当課室

生物多様性
主流化室

確認・資料作成

生物多様性主流化室から連絡

提出

確認・修正・手続き

概算払を希望する場合、概算払請求書を内容の確認・修正後、会計担当にて手続きが行われま

本省担当者に提出ください

す受領

概算払手続きのお知らせ

支払い
確認完了後、支払日が確定しましたら本省担当者より連絡があります○提出書類
１．概算払請求書（別記様式第 11 号）
２．債主登録票（提出済の債主登録票の情報から変更がある場合のみ）※内部規定等により、交付対象事業者名以外の名称で提出する必要がある場合は、規定等を併せて提出ください○提出期間 環境省からの財務協議完了の連絡後～支払希望日の１か月前（最終締切：１月末）※支払い希望日がある場合は、提出時にご連絡ください○概算払後～精算手続きの流れ
１．事業終了後に「実績報告書（別記様式第 10 号）」を提出、交付額が確定➡環境省より「交付額確定通知書」の発出

２．①交付額の確定により、概算払を受けた額から不用額が生じた場合「返還命令書及び納入告知書」が送付されるので、返納手続きを行う②概算払を受けた額が、交付額確定通知書の確定額よりも少ない場合「精算払請求書（別記様式第 11 号）」を提出し、差額分を請求する③不用額、差額分の請求が発生しない場合
１．での「交付額確定通知書」の発出をもって手続き終了

11

②

事業の中止、廃止をする場合（交付要綱第 15 条）

事業の中止、または廃止をする場合、事業中止（廃止）承認申請書（別記様式第７号）を提出ください。
環境省
交付対象事業者

地方環境事務所

本省担当課室

提出

確認・修正
地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります

事業の中止または廃止が明らかになったら、速やかに事業中止（廃止）承認申請書を地方

地方環境事務所へ提出

環境事務所に提出ください

地方環境事務所から本省担当者へ提出

受領承認通知書・交付決定取消通知の発出
本省担当者から通知

申請書の確認完了後、２週間～1 ヶ月で環境省本省から通知されます③

事業が予定期間内に完了せず遅延する場合（交付要綱第 16 条）

交付申請書にて設定した事業の予定期間内に完了しない場合に提出が必要です。
ただし、変更後の完了予定期日が当該年度内であり、かつ、予定期日から２ヶ月以内の場合、提出は不要です。
環境省
交付対象事業者

地方環境事務所

提出

本省担当課室
確認・修正

地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります
事業期間の延長が明らかになったら、速やかに遅延報告書を地方環境事務所に提出ください

地方環境事務所へ提出
地方環境事務所から本省担当者へ提出

受領

指示書の発出

本省担当者から通知

指示書に記載の事業完了予定日に基づき、事業を報告書の確認完了後、２週間～1 ヶ月で環執行してください

境省本省から通知されます〇提出書類 遅延報告書（別記様式第８号）〇提出期限 遅延の事実が判明次第速やかに※基本的に当初事業完了予定日の１ヶ月前までに提出ください
事業完了予定日変更後の事業完了予定日

交付申請書（別紙１－２）「事業の予定期間」に記載の予定（最長３月 31 日）

日
事業期間の延長・変更後の事業完了予定日が年度内（3 月 31 日）かつ当初の予定期日から２ヶ月以内の場合は、申請不要※実績報告書は、変更後の事業完了予定日から１ヶ月経過した日又は４月 10 日までに提出

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④

消費税等相当額の控除を受ける場合（交付要綱第 24 条）

交付金事業の経費に係る消費税については、交付金事業以外における支払い消費税と併せて仕入税額控除することが可能です。
このため、事業者が交付金の交付を受けるとともに消費税還付等の利益を受けることがないよう、事業完了後に消費税の確定申告により交付金に係る消費税仕入控除税額が確定したときには、速やかに「仕入に係る消費税等相当額報告書」による報告、返還手続きが必要です。

〇提出書類 ※下表の赤字に該当する事業者のみ提出
仕入に係る消費税等相当額報告書（別記様式第 13 号）〇提出期限 確定申告により消費税仕入控除税額が確定次第速やかに※別記様式第 13 号「４．交付金返還相当額」が発生する場合、「返還命令書及び納入告知書」（以下、納入告知書）が送付されますので、速やかに国庫への返納手続きを行ってください。
・納入告知書は、額の再確定通知の発出後、財務省会計センターから交付対象事業者へ発送されます。
・納入告知書に記載の期限までに返納されない場合は，補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和 30 年８月
27 日法律第 179 号）第 19 条第２項に基づき，年利 10.95％の延滞金が課されます。

●交付申請書等（実績報告書以外）
様式

記入箇所

記入内容

様式第１号

「うち消費税及び－（ハイフン）

地方消費税相当額」
別紙１－１「仕入に係る消費消費税等相当額の控税等相当額（I）」

除を受けない場合
消費税等相当額の控

該当なし
未確定

除を受ける場合●実績報告書（別記様式第 10 号）
様式

記入箇所

記入内容

様式第 10 号「うち消費税及び消費税等相当額の控

地方消費税相当額」

除を受けないまたは－（ハイフン）

未定の場合
消費税等相当額の控

消費税控除額除額が明らかな場合
別紙 10－１「仕入に係る消費消費税等相当額の控税等相当額（I）」

除を受けない場合
消費税等相当額の控

該当なし
未確定

除を受ける場合
消費税等相当額の控

消費税控除額（※）

除額が明らかな場合（※）交付対象経費からこれを減額した額が、交付金精算額となります。（交付要綱第 18 条）

13

⑤

協議会の規約等を変更する場合（交付対象事業（１）～（２）、（６）のみ）○提出書類 協議会規約、会計処理規程、会員名簿●既に提出している協議会の規約等を変更する場合、変更後の規約等を提出ください。
●変更内容が「公募要領４．公募対象者」に記載の協議会の要件を満たさない等、本交付金の交付を受けるにあたり重要な事項となる場合は、交付対象事業者とみせなくなりますので、ご留意ください。

⑥

交付決定額に変更が生じる場合（交付要綱第８条）

交付決定された交付額を変更する場合に、申請が必要です。
環境省
交付対象事業者

地方環境事務所

提出

本省担当課室
変更交付決定手続き

地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります
変更交付申請書を地方環境事務所に提出
地方環境事務所へ提出

ください

地方環境事務所から本省担当者へ提出

受領・事業開始
交付決定日以降から、変更に係る事業が変更交付決定通知書の発出
本省担当者から通知開始可能となります

申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境省本省から通知されます○提出書類 交付金変更交付申請書（別記様式第２号）●「変更交付決定通知書」が発出され次第、変更に係る事業の実施が可能になります。
修正等が完了してから、1 ヶ月程度で通知されます。

●変更内容が軽微な場合等、交付金変更交付決定を行わず、実績報告書にて減額精算を行う場合もありますので、事前にご相談ください。
（事業計画又は経費配分の変更が生じない場合に限ります）※交付決定額以外（事業計画や経費配分）の変更を伴う場合、「⑦計画・経費配分変更承認申請書」の提出は不要です。
（交付金変更交付申請書による変更交付決定をもって、計画・経費配分の変更が承認されたこととなります）

14

⑦

事業内容の変更又は 30%以上の費目間配分の変更が生じる場合（交付要綱第 13 条）

交付決定後、交付申請書（又は変更後の交付申請書）の事業内容を変更する場合又は費目間の配分額の変更が 30％を超える場合に申請が必要です。変更承認を要する場合・その可能性がある場合は、その都度、事前に相談してください。なお、実績報告書による交付金精算の際に申請の必要が発覚した場合、まとめて遡及的に処理することはできず、交付額の減額等が発生する可能性がありますので留意してください。
環境省
交付対象事業者

地方環境事務所

提出

本省担当課室変更承認手続き

地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります
変更承認申請書を地方環境事務所に提出ください

地方環境事務所へ提出受領・事業開始
承認日以降から、変更に係る事業が開始

地方環境事務所から本省担当者へ提出

変更承認通知書の発出
本省担当者から通知可能となります

申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境省本省から通知されます○提出書類 計画・経費配分変更承認申請書（別紙様式第６号）
環境省より変更承認の通知が発出され次第、変更に係る事業の着手が可能となります。修正等が完了してから、1 ヶ月程度で通知されます。
変更にあたって追加で行う事業や、費目間配分変更に該当する物品の購入は、承認後に実施可能となります。承認
前の実施は交付対象外となりますのでご注意ください。

事業内容の変更交付申請書の事業計画を実施するにあたり、やむを得ず事業内容の変更が必要となった場合には、事前に変更承認申請書を提出し、承認が必要となります。
（軽微な変更※１を除きます）
事業計画の進捗状況を常に把握し、変更が生じる事が分かった場合には速やかに地方環境事務所に相談のうえ、変更承認
申請書(様式第６号)をご提出ください。

事業計画の変更承認申請が必要となる事例○交付申請書の事業計画で予定していた事業の取りやめや、新たに追加して実施する場合
・当初はシカ食害状況の調査とデータ共有のみを実施する予定だったが、食害が著しく進行していたことから、調査を一部縮小し、当初予定していなかった希少種保護のための柵等の設置を緊急的に行う○事業対象地を変更する場合
・当初はある希少種の唯一の自生地である A 山のみでの調査を予定していたが、Z 岳にも自生しているとの情報が得られたため、調査場所を Z 岳に振り替える※１「軽微な変更」とは事業計画の達成に支障をきたすことなく、かつ、事業能率の低下をもたらさない事業計画の変更の場合。
費目ごとの流用額が 30%に達しないような費目内の金額変更や、経費の流用もなく減額見積（調査、講演会等の回
数、購入する消耗品の変更など）であったなどの軽微な変更の場合は、事業計画の変更承認が不要です。
ただし、「事業内容の変更」が軽微と認められる場合でも、「費目間配分の変更」に該当する場合は申請が必要です。

15

費目間配分の変更
費目間配分の変更（当初配分額の 30%を越える費目間の移動）が生じる場合、同じく変更承認が必要です。額が小さい
費目では、少額の変動でも「当初配分額の 30%を越える場合」に該当することが多く、留意が必要です。
また、年度末に精算作業を始めたところ当該事実が発覚した場合、精算の手続きに遅れが生じることがありますので、各費目の執行状況については随時把握されるようお願いします。
変更申請の要否については、以下の例を参照のうえ、該当する場合は事前に相談してください。

（費目間配分の変更が必要な例）
旅費

30%減

備品費

5%減

消耗品費 10%増

費目間で増減を伴う配分変更を行う場合に、どこか１つの費目の変更が30%を超える場合は、「費目間配分の変更」による申請が必要

雑役務費 2

費目間配分の変更承認申請が必要となる事例
・当初は専門家に謝金及び旅費を支払って専門的な調査を依頼する予定だったが、専門家との日程調整がつかず、5%増環境調査企業に外注することとなったため、諸謝金及び旅費の当初額の 30%を超える
額を雑役務費に付け替える
・特殊機材の購入を想定していたが、リースでの調達が可能となったため、備品費の一部を借料及び損料に付け替える。これにより借料及び損料は当初額から 30%を超えて増加する

・当初は外注によりシカ食害状況の調査を実施する予定だったが、食害が著しく進行していたことから、緊急的に希少種保護のための柵の設置等を行うこととなり、そのため雑役務費の一部を、当初は計上していなかった資材購入費、賃金に付け替える（費目間配分の変更が不要な例）
旅費

20%減

全ての費目の変更がそれぞれの費目の 30%を超えない場合、

備品費

10%減

「費目間配分の変更」による申請は不要

消耗品費 15%増※「費目間配分の変更」による変更申請が不要の場合でも、「事業内雑役務費 15%増

容の変更」に該当する場合は申請が必要です。

旅費

35%減

備品費

0%

消耗品費

15%減

雑役務費

5%減

全ての費目の変更が減額のみの場合は、変更交付申請により交付決定額を変更する（Ｐ15．
「⑥交付決定額に変更が生じる場合」を確認）※30%以上の変更が減額のみの場合でも、その他の費目で１％でも増額している場合、費目間配分の変更に該当します。

16

５．事業完了後の手続き①交付金事業実績報告書の提出（交付要綱第 18 条）
環境省
交付対象事業者

地方環境事務所

提出

本省担当課室額の確定手続き

地方環境事務所、本省での確認を経て確定版となります
事業完了後、速やかに実績報告書を地方環境事務所に提出ください※実績報告書の修正・補正に相当の時間を要する

地方環境事務所へ提出場合もあるので、極力早い段階からご準備いただ
地方環境事務所から本省担当者へ提出

き、締切りに余裕をもって提出ください。

受領・請求書提出

額の確定通知書の発出

概算払により確定額全額分の支払いを受け本省担当者から通知ていない場合は、受領後速やかに精算払請

申請書の確認完了後、1 ヶ月程度で環境省本省から通知されます

求書を提出ください➡P.19②交付金精算払請求書の提出

参照

〇提出書類
１．

交付金事業実績報告書（別紙様式第 10 号）

２．

活動の状況、事業の実施状況が分かる写真、成果物（印刷物、報告書等）

３．

（任意）事業報告書

実績報告書とは別に事業報告書を作成される場合は、地方環境事務所、本省へ１部ずつお送りください。（データでも構いません。
）〇提出期限
事業完了後１ヶ月を経過した日又は 3 月 20 日※（見込み）までのいずれか早い日まで（3 月 20 日から 3 月 31 日の間で事業終了となる場合は、交付要綱で示している期日（4 月 10 日）まで）
交付要綱に記載されている期日 4 月 10 日までに実績報告書の提出がない場合、国費の支払いができなくなる場合があります。

※交付要綱第 18 条では、
「交付金事業が完了した日から起算して 30 日を経過した日又は翌年度の 4 月 10 日のいずれか早い日まで」としていますが、例年、精算事務の逼迫による交付金支払の遅滞防止等の理由により、3 月 20
日までの提出をお願いしております。正式な期日は、3 月上旬頃に環境省会計課より通知され次第、改めてお知ら
せいたします。事業の終了時期について可能な範囲で早めていただくとともに、事業終了後は速やかに交付金事業実績報告書を提出くださいますよう、ご協力をお願いいたします。
なお、事業期間が 3 月下旬まで実施する事業についても、事前に書類を準備し、交付要綱で指定した期日である
4 月 10 日までに提出ください（確認・修正が発生する可能性もあるため、できる限り早めの提出にご協力くださ
い）
。

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○必ず全ての領収書等を整理・保管しておくこと※保管・提出が必要な証拠資料は、P.22「７．支払いに係る証拠書類について」を参照
・事業終了後も積算の根拠となる資料等の 5 年間の保管義務が生じますので、留意してください。

○証拠資料の提出について
・証拠資料の提出は不要ですが、積算内訳対比表に、交付対象期間内に事業が実施されたことが分かる日付（納品日等）を記載してください。
・積算内訳対比表に納品日等を記載しない場合は、P.22～P.24 太字下線部を証拠資料として提出ください。

○年度末の支払いについて
実績報告書提出時に支払いが完了していることが原則ですが、支払が事業完了後であっても、以下に該当する場合、実績報告書の提出時点では未了でも構いません。
・その事業の完了（納品書、請求書の日付）が期間内であること
・当該経費の額（支出義務額）が確定していること・事業期間中に支払われていない事由が適当であること（事由の例）① 賃金（給与等の支払が月末締め→翌月払いになる場合）② 交付事業者における経理処理の都合上、事業期間中の支払が困難なもの○概算払を受けた事業で、額の確定により不用額が生じた場合・額の確定後、「返還命令書及び納入告知書」（以下、納入告知書）が送付されますので、速やかに国庫への返納手続きを行ってください。
・納入告知書は、額の確定通知の発出後、財務省会計センターから交付対象事業者へ発送されます。
・納入告知書に記載の期限までに返納されない場合は，補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和 30
年８月 27 日法律第 179 号）第 19 条第２項に基づき，年利 10.95％の延滞金が課されます。

18

②交付金精算払請求書の提出（交付要綱第 20 条第２項）
実績報告書の提出後、交付額確定通知書が発出され次第、交付金受領のために精算払請求書を提出ください。
交付対象事業者
受領

環境省本省担当者
本省担当者から通知

精算払請求書の提出額の確定通知書の発出確認・修正・手続き

提出

概算払により確定額全額分の支払いを受けてい内容の確認・修正後、会計担当にて手続きが行われまない場合、精算払請求書を本省担当者に提出く

す

ださい
受領

支払い

支払い

今年度事業に係る全ての手続きが完了です

確認完了後、２～３週間程度で支払われます。支払日が確定しましたら、本省担当者より連絡があります○提出書類
１．精算払請求書（別記様式第 11 号）
環境省から額の確定通知書が発出され次第、本省担当者に速やかに提出ください。

２．債主登録票※提出済の債主登録票の情報から変更がある場合のみ※内部規定等により、交付対象事業者名以外で提出をする必要がある場合は、規定等を併せて提出ください

・年度末に精算手続きを行う場合、額確定通知書の発出後、早急に精算払請求書を提出いただく必要があります。
事前に作成可能な部分までご準備いただくようお願いいたします。

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③

交付金により取得した財産等の管理、処分について（交付要綱第 22、23 条）
取得価格又は効用の増加価格が 50 万円を超える機械、重要な器具及び工作物は、取得財産等の管理が必要となり、その処分を制限されます。
当該事業が終了した後も、当該施設、機械設備等（以下「取得財産」という。
）を善良な管理者の注意をもって管理し、補助金交付の目的に従ってその効率的運用を図らなければなりません。そのため、現物が他の設備等と明確に区別（見える位置にシールを貼付等）するなどし、当該事業以外の目的に使用しないようにし、補助事業者における帳簿上も当該事業で取得した物品であることを明示してください。

（１）取得財産の管理※事業期間中から作成・管理してください〇提出書類
取得財産等管理台帳（別記様式第 12 号）〇管理の対象となる取得財産
交付対象経費により取得し、又は効用の増加した財産(※)のうち、取得価格又は効用の増加価格が 50 万円を超える機械、重要な器具及び工作物(※)効用の増加した財産：自己負担等により購入した財産のうち、交付対象経費により効用が増加した財産例）自己負担等により設置された防鹿柵を、交付対象経費により修繕した場合〇管理の方法取得財産管理台帳を作成し、交付金の目的に従って効率的運用を図るよう留意してください。
取得財産を処分することにより収入があることが見込まれる場合、収入の全部又は一部を国に納付することがあります。

（２）取得財産の処分
処分制限期間内に取得財産を処分（転用、譲渡、交換、貸付け、担保に供する処分及び廃棄又は取壊し）しようとするときは、財産処分承認基準に基づき、あらかじめ環境大臣の承認を受けなければなりません。詳細は、「環
境省所管の補助金等で取得した財産の処分承認基準について」を参照してください。

〇提出書類
財産処分承認基準 別紙様式１（本交付金の交付要綱ではなく、環境省所管の全ての交付金等を対象とした規定に基づく様式になります）※処分制限期間内に取得財産を処分する場合には、財産処分承認基準第４に基づき、当該財産処分に伴う財産処分納付金を国に納付する必要があります。

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６．事業を複数年計画している事業者について
初年度は公募要領に基づく応募申請書により応募をいただきますが、２年目以降は応募申請書の代わりとして「中間報告書・概算要望調書」を提出いただきます。概算要望調書をもとに審査を行い、採択可否のご連絡をいたします。

●提出時期：例年１月～２月頃（生物多様性主流化室より、別途ご案内します）●提出資料：・次年度の継続を要望される場合
・今年度で事業終了の場合「中間報告書・概算要望調書」「中間報告書」●内示時期：例年４～５月頃（次年度新規公募の採択者と同じスケジュールになるため、毎年異なります）●事業開始時期：内示後に交付申請書を提出し、交付決定通知書が発出された日から（１年目と同様）●継続要件：
次年度の事業年数が公募要領に記載の交付対象期間内である場合、継続の要望が可能です。
（下表参照）※当初事業期間内に実施すべき事業が完了しておらず事業期間の延伸を図りたい場合、当初事業期間内の取組を単に継続するなど取組
内容に先進性や発展性が見られない場合は、採択の優先順位は低くなります。なお、延伸を希望されても採択を保証するものではありません。

交付対象事業

事業期間

事業年数上限(１) 重要生物多様性保護地域等保全再生

原則２年間以内とする。ただし、２年目が終了する

３年間(２) 広域連携生態系保全のための活動計画策定

時点において、地域における活動体制の更なる強等支援(３) 地域民間連携促進活動

化や、事業効果の著しい増進が見込まれる等、継続の必要が高いと認められる場合は、１年間事業期間を延伸することができる。

(４) 国内希少野生動植物種生息域外保全

原則３年間以内とする。

なし(※)

原則２年間以内とする。ただし、２年目が終了する

３年間(５) 国内希少野生動植物種生息域内保全(６）里山未来拠点形成支援

時点において、地域における活動体制の更なる強化や、事業効果の著しい増進が見込まれる等、継続の必要が高いと認められる場合は、１年間事業期間を延伸することができる。
(※)事業年数上限は設けられていませんが、本交付金は同一の取組に対する長期間の支援を企図していないため、原則とした３年の事業期間を大きく超えることはありません。

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７．支払いに係る証拠書類について
交付金事業に係る経費の支払いに関しては、交付要綱第 10 条にあるとおり、帳簿及び全ての証拠書類を整え、交付金事業完了の翌年度から５年間保管する必要があります。
なお、執行状況に疑義がある場合等には、証拠書類の写しの提出を求める場合があります。
各経費区分において、保管すべき証拠書類は下表のとおりです。経費区分毎に時系列で証拠書類を整理し、速やかに対応できるよう備えてください。特殊な事情等により、他の書類を証拠書類として用いる必要がある場合は、あらかじめご相談
ください。

（注意）
１．実績報告書(P.17)提出時に証拠資料を添付する場合は、太字下線部の資料を提出ください。
（交付対象期間内に事業が実施されたこと、金額、内容が確認できるものであれば、ほかの資料でも構いません）

２．役務の外注による契約業務等（主に雑役務費）は、事業期間・事業内容・(可能であれば)内訳が分かる資料（契約書※、領収書等）を必ず提出ください。
※契約書を提出する場合は、契約内容・金額に変更があるものは、変更に基づいた資料を提出ください。

経費区分

事業者で保管する資料 （証拠資料は全て写しで構いません）

１

依頼した事実が分かるもの○依頼状、委任状及びこれに係る承諾書

開催された事実が確認できるもの○対象となる業務の実施日時、場所、出席者及び実施内容

諸謝金等が整理されている資料（開催通知・会議録・ヒアリン
グ簿等）
出席者本人に対する支払いを明らかにする○請求書※1、領収書※2

もの

２

旅費

源泉徴収の処理が分かるもの○源泉徴収税払込書（源泉徴収を行った場合）

謝金の支払基準が分かるもの○謝金規程等内規

その他○支払額の内訳説明書（旅費と合算して支払った場合）

当該業務に従事したことが確認できるもの○出張者、用務先、日付、目的のほか、いつ、誰と、どこで、何をしたかが分かる出張報告や会議録等○半券又は搭乗証明（空路を用いた場合）○出張命令・復命書（交付対象事業者職員が出張する場合）

旅程、金額が分かるもの○経路検索サービスによる経路検索結果で、当該経路に要する運賃が併記されているもの

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○支出先選定に係る資料※3（旅行代理店等に発注する場合）

支払の事実が分かるもの○注文書、請書又は契約書※4（旅行代理店等に発注する場
合）○納品書※5（旅行代理店等に発注する場合）○請求書、領収書※鉄道・バスの利用など領収書の取得が困難な場合は、
経路検索サービスによる経路検索結果（当該経路に係る運賃が併記されるものに限る）で代替可能○源泉徴収税払込書（源泉徴収を行った場合）○支払額の内訳説明書（諸謝金や賃金と合算して支払った
場合）○検収書※6（旅行代理店等に発注する場合）
３

備品費

仕様、見積、発注、納品、検収、支払の手○支出先選定に係る資料※３

順が分かるもの○契約に係る資料○納品書、請求書、領収書、検収書等

４○支出先選定に係る資料※３

消耗品費○発注書又は契約書※４○納品書、請求書、領収書、検収書等
５○支出先選定に係る資料※３

印刷製本費○発注書又は契約書※４○納品書（検収日を記載）○請求書、領収書等
６○支出先選定に係る資料※３

通信運搬費○発注書又は契約書※４○納品書、請求書、領収書、検収書等
７○支出先選定に係る資料※３

借料及び損料○発注書又は契約書※４○納品書、請求書、領収書、検収書等
８

会議費○支出先選定に係る資料○発注書又は契約書※４○納品書、請求書、領収書等

９

賃金等

雇い入れた者の氏名、業務に従事した日時○契約書、出勤簿・業務日誌等

及び場所、時間単価、業務内容が分かるもの支払の事実が分かるもの○請求書、領収書○源泉徴収税払込書（源泉徴収を行った場合）○支払額の内訳説明書（旅費と合算して支払った場合）

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１０

雑役務費

仕様、見積、発注、納品、検収、支払の手○支出先選定に係る資料※３

順が分かるもの○発注書又は契約書※４○納品書、請求書、領収書、検収書、仕様書等
なお、未払いの経費に掛かる見込みの振込手数料については、金融機関発行の手数料表で代替します。

１１

資材購入費

仕様、見積、発注、納品、検収、支払の手○支出先選定に係る資料※３

順が分かるもの○発注書又は契約書※４○納品書、請求書、領収書、検収書等

１２

無償労務費

参加者氏名、活動に従事した日時及び場所、 ○参加簿・活動日誌等（交付対象事業１～３のみ）

活動内容、活動状況が分かるもの※（各費目の共通事項）
・領収書・請求書等の宛先は、必ず交付対象事業者宛としてください。
（交付対象事業者宛以外の領収書は、交付対象経費として認められません）
・当該事業期間中のリース等に要した費用（支払が確認できるもの）のみ計上可能です。
・インターネットやメール等で調達に係る一連の手続きを行うことにより、発注書、納品書、領収書等を取り交わすことができない場合には、当該書類に代わるもの（発注に係る一連のメール、注文確認画面・納品確認画面、電子マネーやクレ
ジットカードの支払い履歴等を印刷したもの）で代替可能です。

※１（請求書）

商習慣等の事情により請求書の提出がない場合（安価な商品を店頭で購入する場合や、支払いをもって発注とする場合等）は、省略可能です。なお、請求書は、当該対価が未払の時点においては、領収書を代替する証拠書類となります。

※２（領収書）

商習慣等の事情により領収書の取得が困難である場合（振込による賃金の支払い、振込手数料等）は、金融機関発行の振込伝票等支払いの事実を証明できる資料で代替可能です。領収書または代替書類のいずれかが必要で、省略はできません。

※３（支出先選定に係る資料）

調達先の選定にあたって、競争入札を行った場合は当該入札に係る資料、見積合わせを行

った場合は見積書、市場価格の比較を行った場合は価格資料（価格が表示されているカタログや通信販売ウェブサイト
等）、価格競争によらない随意契約の場合は理由書（随意契約とすることの妥当性及び調達先の選定理由等を記した文書）が該当します。なお、少額・少量の文房具の購入や、その都度発生する出先での車両への給油のように、随意契約とすることが社会通念上妥当である場合は、当該書類を省略して差し支えありません。

※４（契約書）

商習慣等の事情により契約関係書類の取り交わしがない場合（安価な商品を店頭で購入する場合等）は、省略可能です。

※５（納品書）

業務完了報告書など、発注した業務の完了を示す文書も含みます。商習慣等の事情により納品書の提出がない場合（安価な商品を店頭で購入する場合等）は、領収書に当該品目及び数量が明記されていれば、省略可能です。

※６（検収書）

検査調書、納品確認書など、納品された物品や役務が適切なものかを確認した文書で、内部用の書類の場

合はその原本、発注先へ提出する書類の場合はその写しを保管します。商習慣等の事情により検収書が作成されない場
合（安価な商品を店頭で購入する場合等）は、省略可能です。

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