開発項目 「機能性 RNA プロジェクト」
プロジェクト」 平成１８
平成１８年度
１８年度～
年度～平成２１
平成２１年度
２１年度
のうち平成
平成２０
２０年度分中間年報のうち
平成２０
年度分中間年報
作成者：社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム

１． 研究開発の研究開発の内容及び内容及び成果等
研究開発項目①
研究開発項目① 「機能性 RNA の探索・探索・解析のためのバイオインフォマティクス
解析のためのバイオインフォマティクス技術のためのバイオインフォマティクス技術の技術の開発」
開発」（１）機能性RNA
機能性RNAにRNAに特化したバイオインフォマティクス
特化したバイオインフォマティクス技術
したバイオインフォマティクス技術の技術の開発
平成19年度までに実装・論文発表を行ったRNAの高速な構造ペアワイズのアラインメン
ト、RNAのマルチプルアラインメントからの正確な共通二次構造予測、RNAの高速な構造多重アラインメント手法（Murlet, MXSCARNA）について統合化したウェブサーバーを構築し、論文発表を行った。
平成20年度は新たに、RNAの2次構造予測および共通2次構造予測を高精度に行うソフト
ウェアCentroidFoldの開発を行った。ベンチマーク実験において、代表的な2次構造予測
ツールよりも性能が良い現状最高性能を有する2次構造予測ツールであることが確認された。2次構造予測という基本的かつ重要な問題に対して、最高性能を有するソフトウェア・
アルゴリズムを開発できたということは、非常に意味のあることである。本成果は論文発表、プレス発表を行い、CentroidFoldは無料でソースファイルおよび各種プラットフォー
ム上で動作するバイナリファイルが配布されている。また、直感的なインターフェースによるWEBサービスも提供している。
（２）ゲノム配列
ゲノム配列からの配列からの機能性からの機能性RNA
機能性RNAのRNAの網羅的予測
平成20年度はヒトゲノム内での類似領域（パラログ検索）からの予測手法（パイプライン）の改良を行い、予測RNAの詳細情報を閲覧するための専用インターフェースを開発した。また予測RNAの実験的実証が重要と考え、当初予定されていた「インフォマティクス
グループが開発した高度なアルゴリズムのパイプラインへの導入」を中止し、有望な機能性RNA候補の抽出と発現確認実験を行った。
平成19年度に開始した偽遺伝子の痕跡を利用した予測では、5’-inversionの特徴に基づき機能性RNAを予測するパイプラインを完成させた。抽出した29個の機能性RNA候補の情報整理を行い、さらに13個についてはリアルタイムPCRによる発現確認実験をおこなった。
（３）機能性RNA
機能性RNAデータベースのRNAデータベースの構築
データベースの構築
平成 20 年度はハイスループットシークエンシング技術によるトランスクリプトーム解
析情報とその情報解析結果を、RNA 発現情報として機能性 RNA データベースで一元的に公開した。ショウジョウバエ AGO2 結合低分子 RNA 配列 472 本、それに関連する配列約 10 万本

を登録。その発現情報も閲覧可能である。さらに、公開されている機能性 RNA 関連情報（実験による検証情報、予測結果、予測指標など）を網羅的に収集し、機能性 RNA データベースの網羅性を維持し、データを最新の状態に保つための更新作業を行った。ヒトゲノムについて、新たに 26 種の新規トラックを追加した。新たにショウジョウバエゲノムにも対応した。
研究開発項目②
研究開発項目② 「機能性ＲＮＡ
機能性ＲＮＡ解析
ＲＮＡ解析のための解析のための支援技術のための支援技術・ツールの支援技術・ツールの開発
・ツールの開発」
開発」（１） RNA のマススペクトロメトリー法のマススペクトロメトリー法の開発
機能性 RNA 研究を強力に推進していくためには、新しい技術論・方法論の導入が求められている。我々は、RNA を“情報”として捉える従来型の解析方法から脱却し、RNA 分子を“もの”として捉える新しい方法論として、微量な RNA を直接的かつ定量的に解析する RNA
マススペクトロメトリーの開発を行っている。この手法では、微量な RNA を cDNA 化や標識をせずに生のまま解析することができる。細胞や組織から単離あるいは分画した微量な RNAをそのまま、あるいは断片化し、高感度質量分析法(MS)により RNA 断片の質量を精確に測定することで、各断片に存在する RNA 修飾や末端構造の詳細な解析が可能となる。さらに、各 RNA 断片の精確な分子量と MS/MS 解析によって得られた内部配列に由来する情報を用いて、シーケンス解析をすることなく、計算科学的に RNA 遺伝子の配列をゲノム上から同定すること（RNA マスフィンガープリント）も可能になった。RNA マススペクトロメトリーの開発は、機能性 RNA の研究のみならず、将来的な RNA 創薬や再生医療を強力にサポートする基盤技術になることが期待される。我々はキャピラリ LC／ナノスプレーイオン化法を駆使した解析システムを構築し、プロジェクト最終目標値であるサブフェムトモルオーダー
での RNA の微量解析に成功した。また MS 解析の膨大なデータを情報処理するためのツールの開発にも成功し、RNA の de novo シーケンスや RNA 修飾部位の特定なども実用レベルに到達している。cDNA 解析に頼らない全く新しい RNA の解析技術が誕生した。また微量 RNA の調製を支援するツールとして、独自に開発した微量 RNA の全自動精製装置（往復循環クロ
マトグラフィー）の完成度も向上し、高い稼働率で本プロジェクトを支援している。
これらの基盤技術を駆使し、我々は、マウス組織由来 miRNA や血清中の miRNA を MS 解
析により直接検出し、プロファイリングすることに成功している。さらに、安定同位体標
識 RNA を内部標準に用い、個々の miRNA を絶対定量する系を構築した。また、ヒトおよびマウスの肝臓で特異的に発現する miR-122 を解析したところ、3'末端が転写後にアデニル化されていることを見出した。さらにこのアデニル化を触媒する酵素を同定したところ細胞質において mRNA のポリ A テールの長さを調節することで知られていた GLD-2 であることが判明した。GLD-2 ノックアウトマウスの肝臓由来 miR-122 を解析したところ、3'末端の A付加が完全に欠損し、さらに miR-122 全体の定常状態量が極度に減少していることが明らかとなった（Genes & Development, 2009）。この結果は、特異的な miRNA の安定化機構を初めて見出した基盤的な知見であり、本プロジェクトで培った基盤技術を持って初めて成しえたものである。
RNA エディティングの解析に関しては、独自に開発した ICE 法を駆使することでヒト脳のトランスクリプトームから、現在までに 2 万箇所を超えるイノシン化部位を同定した。
このうちの約 80％の部位は計算科学では予測不能な新規部位であった。これらの多くはmiRNA による翻訳抑制を調節する役割があることが示唆された。
（２） 機能性 RNA を in vivo で計測するシステムの計測するシステムの開発
するシステムの開発（３） 機能性 RNA の検出・検出・同定技術の同定技術の開発
超高感度(アトモルレベル)まで高めたマイクロアレイ技術を開発し、機能性 RNA の高精度な発現変動解析を目標としている。
（３－１）マイクロアレイ基板 S-Bio を用いた MPEX 反応による低分子機能性 RNA（特にmiRNA）の高感度検出技術の開発
ヒト miRNA 約 470 種類のプローブ群をスポットした MPEX 反応用アレイを作成し，ヒトの正常組織およびがん組織由来の市販 total RNA，マウスの市販 total RNA，およびストレス
応答マウスの臓器および血液サンプルを用いて発現量を検出できた。実験の再現性および発現変動の検証実験は継続中である。ヒト miRNA 最新版データベースの major に属する分子をほぼ網羅する約 600 種類のプローブ（マウスの約 70%を検出可能）を設計・合成した。
（３－１）Photo-DEAN 法による機能性ＲＮＡ検出技術の検討
光クロスリンク反応とは、光応答性塩基を含む ODN（oligodeoxynucleotides）と一本鎖
RNA をハイブリダイゼーションした後に、光照射することで光応答性塩基と RNA に含まれる塩基との間で光環化反応が進行して、塩基間を共有結合でつなぐ反応である。これまでに、DNA との光クロスリンク反応は数多く報告されているが、RNA との光クロスリンク反応はほとんど報告例がない。そこで、今年度は、新しい光応答性塩基としてシアノビニルカルバゾ
ールヌクレオシド（CNVK）を合成して、その光クロスリンク反応を検討した。CNVK を含む ODNと RNA をハイブリダイゼーションした後に、366 nm 光を 1 秒間照射したところ、CNVK を含む
ODN と RNA のピークが消失して、新しいピークとして光クロスリンク体が 97%の収率で得られた。一方、その光クロスリンク体に 312 nm 光を 60 秒間照射したところ、それらのピークは消失して、元となる CNVK を含む ODN と RNA のピークが 97%の収率で生成した。
上述の光クロスリンク反応を用いて配列選択的 RNA セレクションを試みた。光応答性塩基である CNVK を持つ光応答性プローブを標的となる RNA が含まれる試料液に入れて、366 nm の光を照射すると標的 RNA に対してのみ光クロスリンク反応が進行する。この段階で RNA のセレクションが行われる。次に、固相担体からなる光クロスリンク体を試料液から取り出すことで RNA が精製される。取り出した光クロスリンク体に 312 nm 光を照射することで、標的RNA のみが回収されることになる。実際に、RNA セレクションの過程をキャピラリーゲル電気泳動で分析したところ、セレクション前は 4 本の RNA が存在するのに対して、洗浄することで 3 本の RNA に減少して、効であることが示された。本方法を利用することでマイクロ RNAのようなノンコーディング RNA といった翻訳を受けない RNA を網羅的にスクリーニングする方法として期待できる。さらに遺伝子クローニングでは、特定の RNA を細胞内から精製した
後に RNA を転写する方法で行われている。本方法を応用することで、高い回収率で RNA を精製できるため、標的の遺伝子をクローニングする際に有用と思われる。
（４） RNA の新規合成基盤技術開発
新規合成基盤技術開発と化学分子設計
将来的な RNAi 医薬や再生医療をねらいに定め、高品質かつ安価な合成 RNA を供給するシステムを構築することを目標としている。すでに我々は RNA の 2’位の保護基として CEM 基を導入した CEM アミダイトによる高効率な RNA 合成法を確立し出願している。新規 RNA 合成技術の応用として、Cap 構造を有する長鎖 RNA の実施例として人工 GLP-1 mRNA の合成を行った。合成した人工 mRNA を用い、小麦胚芽無細胞発現系で GLP-1(7-37)の発現を行った結果、
mRNA 濃度依存的な GLP-1(7-37)の発現を確認することができた。さらに、作成した mRNA を
エレクトロポレーション法により HEK293T 細胞に導入し、培養細胞においても GLP-1(7-37)が発現することを確認した。
修飾核酸の創製の一環として、核酸のリン原子上にホウ素を導入したボラノホスフェート
RNA（B-RNA）の合成を検討した。B-RNA は、化学的安定性、酵素耐性および細胞透過性に優
れ 、 低 毒 性 で あ る と い う 特 徴 を 持 つ 。 我 々 が 開 発 し た 2’ 位 水 酸 基 の 保 護 基 で あ る
2-cyanoethoxymethyl(CEM)基を用い、ボラノホスホトリエステル法により、ボラノホスフェ
ートアデノシンダイマー(ApApbA)を合成することに成功した。合成したダイマーはリン原子にキラリティーを有するが、Sp 体と推定される立体異性体のみが RNA に対して強い親和性を示すという機能性 RNA 研究を進める上での重要な知見を得た。同時に、このダイマーが今後修
飾型 RNA を合成する上で有用な合成シントンとなる可能性を示した。
これらの成果について、
学会発表、及び論文発表を行った（S. Nagata. et al. Bioorg. Med. Chem., 16,
16 9154-9160,
2008.）
2008 。
修飾核酸として代表的なホスホロチオエート（リン酸基の酸素原子１つを硫黄原子で置換した）RNA は一般的な化学合成法ではジアステレオ混合物となる。しかし、リン原子上の立体配置により、RNA の熱的安定性や酵素に対する基質特異性が異なるため、光学的に純粋な立体を有するホスホロチオエート RNA は生物活性の点からも非常に興味深い。ホスホロチオ
エート RNA の立体選択的合成を目指して不斉補助基をデザインし、それを導入したモノマーの合成、ついでホスホロチオエート RNA の立体選択的な合成に成功した。
研究開発項目③
研究開発項目③ 「機能性 RNA の機能解析」
機能解析」（１） ヒト疾患
ヒト疾患に疾患に関連する
関連する機能性
する機能性 RNA の迅速で迅速で高効率な
高効率な同定マイクロ RNA(miRNA)を研究対象にして、医薬品開発に結びつく有用な機能性 miRNA を取得し、疾患や重要な生理現象における作用機構を明らかにすることを目標に研究を実施した。前年度までに、アレルギー疾患モデル細胞のマスト細胞からの脱顆粒効率を制御する
機能性 miRNA を同定していた。今年度は、独立した二つの脱顆粒誘導経路のそれぞれに特異的に関わる miRNA を同定し、その標的 mRNA を複数同定した。一方、機能スクリーニング
によって同定した癌細胞増殖抑制活性をもつ miRNA の標的候補も新たに複数同定した。さらに、これらの抗癌活性をもつ miRNA を発現させた大腸癌細胞が、マウス Xenograft モデ
ルで腫瘍増殖抑制を示すことを見出した。この他に特定の細胞周期に集積する miRNA を複数同定した。miRNA の個体レベルでの機能解析を行うために、前年度までに作製した miRNA
ノックアウトマウスはメス個体の不妊の表現型を示す。この表現型が単一の miRNA の機能阻害から起因していることを証明するためのトランスジェニックマウスを複数作製した。
前年度のマウス繊維芽細胞からの万能細胞（iPS 細胞）誘導に関わる miRNA に加え、今年度
はヒトの iPS 細胞の誘導に積極的に関与している miRNA を同定することに成功し、ターゲ
ット mRNA 候補の絞り込みを実施した。
（２） 機能性 RNA に関する基盤的知見
する基盤的知見の基盤的知見の獲得とそれを獲得とそれを基とそれを基にした機能性にした機能性 RNA 同定
機能未知の ncRNA に関する新規基盤ルールを見出し、それを基にした機能解明を目標に研究を実施した。新規開発した効率良い核内 RNA ノックダウン法を駆使して、前年度までに多発性内分泌腫瘍座位の MENε/β ncRNA が、核内構造体であるパラスペックル構造のコアとして働くという RNA の新機能を発見した。今年度は、複数の RNA 結合タンパク質が ncRNAと共同でパラスペックル構造形成に関与していることを見出し、具体的な構造体形成モデ
ルを提案した。
さらに新規のパラスペックルタンパク質を 30 種類以上同定したところ、様々な疾患関連タンパク質が多く含まれていることを明らかにした。別の核内構造体のカハー
ル体に局在する U7 snRNA のヒストン遺伝子発現制御に関する新機能を見出した。核小体に局在する線虫の低分子 ncRNA がリボソーム RNA プロセシングに関わることを見出した。この他に、これまでに同定した組織特異的な ncRNA 群の中から、ヒトの未熟 T 細胞株で特異的に発現する ncRNA の機能解析をすすめた。またヒトの間葉系幹細胞の分化過程で発現変動する ncRNA 様転写物が、生理活性を有するペプチドをコードしていることを明らかにした。前年度までに見出したセンス-アンチセンスペアを形成する ncRNA の発現変動データに加えて、今年度はアンチセンス ncRNA の出現と染色体 DNA メチル化領域が一致する例を多数見出した。この中には疾患関連のゲノムインプリンティング領域が含まれていることが明らかになった。miRNA や piRNA などの低分子 ncRNA に関する新知見として、ショウジョウ
バエ生殖巣から確立した細胞株を用いて、これまで報告されている増幅ループとは異なる
piRNA の新しい生合成経路が存在することを明らかにした。また特定のタンパク質遺伝子の非コード領域から piRNA が産生されている例を見出した。また miRNA が働く際に形成される miRISC の会合過程を詳細に追跡し、その経路を明らかにした。マウスの ES 細胞から運動神経分化過程における Ago タンパク質と miRNA の結合プロファイルを追跡するための高品質抗体を作製した。

２．成果 （平成２０平成２０年度分
２０年度分についてのみ
年度分についてのみ記載
についてのみ記載）
記載）（１） 研究発表・講演（口頭発表も含む）＜ 論文発表等＞
著者 名

発表 タイトル

雑誌名、巻、号、ページ、発行年

Kiyoshi Asai, Hisanori
Kiryu, Michiaki Hamada,Yasuo Tabei, Kengo Sato,
Hiroshi Matsui, Yasubumi

Research,,
Nucleic Acids Research

Software.ncrna.org:
web servers for analyses of RNA
sequences

Sakakibara, Goro Terai

36(Web Server issue):W75-W78;doi:10.1093/nar/gkn2
22., 2008

and Toutai Mituyama
Michiaki Hamada, Hisanori

Predictions of RNA secondary

Kiryu, Kengo Sato, Toutai

structure using generalized

Mituyama and Kiyoshi Asai

centroid estimators

MichiakiHamada,Mituyama

ToutaiandKiyoshi Asai,

Large Scale Similarity Search for
Locally Stable Secondary Structures
Genome-wide
searchingwithbase-pairing kernel functions for
non-coding RNAs: computationaland expression analysis of snoRNA
families in Caenorhabditis elegans

K. Sato, T. Mituyama, K
Asai, and Y. Sakakibara

Directed acyclic graph kernels forstructural RNA analysis

Mituyama T, Yamada K,

The Functional RNA Database 3.0:

Hattori E, Okida H, Ono Y,

databases to support mining andTeraiannotation of functional RNAs.

G,

YoshizawaA,

2008
published on December 18, 2008.
doi:10.1093/bioinformatics/btn60
1.

among RNA Sequences,

M. Morita, Y. Saito, K.
Sato, K. Oka, K. Hotta, and
Y. Sakakibara

Bioinformatics Advance Accessto appear in IPSJ transaction on
2008
Bioinformatics, 2008.

Nucleic Acids Research
Researchdoi:10.1093/nar/gkn1054, 20092009

BMC Bioinformatics,
9:318, 2008
2008

Nucleic Acids Res,
39(Database Issue):D89-92, 2009

Komori T, Asai K
Yoshimura, Y. andFujimoto, K.
Yoshimura, Y. Ozaki, G.
and Fujimoto, K.
S. Nagata, Y. Enya, Y.
Masutomi, H. Kitagawa, K.
Takagaki, N. Oka, T.
Wada,T. Ohgi and J. Yano

Ultrafast
Reversible
Photocrosslinking Reaction: Towardin Situ DNA Manipulation

Org. Lett.
10(15), 3227-3232., 2008

Nucleic Acids Symp. Series

Development of template-directed
reversible photocrosslinking reaction
Chemical synthesis of52, 423-424., 2008

diastereomeric diadenosine

Chemistry,bboranophosphates (Ap A) from

Medicinal
Bioorganic & Medic
inalVol. 16,
16 No. 20, 9154-9160, 2008.
2008

2΄-O-(2-cyanoethoxymethyl)adenosi
ne by the boranophosphotriester
methodKatoh, T., Sakaguchi, Y.,

Selective stabilization of mammalian

Miyauchi, K., Suzuki, T.,microRNAs

Kashiwabara, S., Baba, T.

mediated by the cytoplasmic poly(A)and Suzuki, T.

polymerase GLD-2

Ogata, T., Shimazaki, T.,
Umemoto, T., Kurata, S.,
Ohtsuki, T., Suzuki, T.
and Wada, T.

Suzuki, T.

3’-adenylation

Genes Dev., in press

Chemical synthesis and properties of
5-taurinomethyluridine

andJ. Org. Chem., in press

5-taurinomethyl-2-thiouridine
Biogenesis

Noma, A., Shigi, N. and

by

and

functionsofthio-compounds in transfer RNA:
comparison of bacterial andeukaryotic

thiolation

machineries

ed Grosjean, H. in press

DNA and RNA modification enzymes(Book LANDES),
Mechanistic characterization of theNoma, A., Sakaguchi, Y.

sulfur-relay system for eukaryotic

and Suzuki, T.

2-thiouridine

Nucleic Acids Res., in press

biogenesis at tRNA wobble positions
Shigi, N., Sakaguchi, Y.,
Asai, S., Suzuki, T. and
Watanabe, K.

Common Sulfur Transfer System for

EMBO J.

the Biosyntheses of
Sulfur-containing

tRNA

and

27, 3267-3278 ., 2008

Cofactors

Ikeuchi, Y., Kitahara, K.

The RNA acetyltransferase driven by

and Suzuki, T.

ATP hydrolysis synthesizes
N4-acetylcytidine of tRNA anticodon

EMBO J.
27, 2194-2203., 2008

Nagao, A., Shigi-Hino, N.

Measuring mRNA decay in human

Methods in Enzymol.,and Suzuki, T.

mitochondria

447, 489-499., 2008

Yokoyama, T. and Suzuki,
T.

Ribosomal RNAs are tolerant toward
genetic insertions: Evolutionary
origin of the expansion segments

Kurata, S., Weixlbaumer,

Modified uridines with C5-methylene

A., Ohtsuki, T., Shimazaki,

substituents at the first position ofT., Wada, T., Kirino, Y.,

the tRNA anticodon stabilize U.G

Nucleic Acids Res.,36, 3539-3551., 2008

Biol.. Chem.,
J. Biol
283, 18801-18811., 2008

Takai, K., Watanabe, K.
Ramakrishnan,V.

wobble pairing during decoding

andSuzuki,T.
Nagaike, T., Suzuki, T. andUeda, T.

Polyadenylation in mammalian
mitochondria: Insights from recent
studies

Sasaki, Y.T., Ideue, T.,

MENε/βSano, M., Mituyama, T.,

strucutural integrator of the nuclear

Hirose, T.

body, paraspeckle.

Sasano, Y., Hokii, Y.,
Inoue, K., Sakamoto, H.,
Ushida, C., Fujiwara, T.

Distribution of U3 small nucleolar
RNA and fibrillarin during early
embryogenesis in Caenorhabditis
elegans.

noncoding

RNAs

are

Biophys
Biochim Bi
ophys Acta,
1779, 266-269., 2008

Proc. Natl. Acad. Sci. USA 印刷
中., 2008
2008
Biochimie 90, 898-907, 2008

Kawamura Y, Saito K, Kin
T, Ono Y, Asai K, Sunohara

Drosophila endogenous small RNAs

T, Okada TN, Siomi MC,

bind to Argonaute2 in somatic cells.

Nature 453: 793-797. 2008

and Siomi H.
Azuma AM, Oguri H, Kin

Characterizationofendogenous

T, Qian ZR, Asai K, Siomi

human Argonautes and their miRNA

H and Siomi MC.

partners in RNA silencing.

Sci.,
Proc. Natl. Acad. Sci
105: 7964-7969., 2008

Okada, Y., Tashiro, C.,
Numata K., Watanabe, K.,
Nakaoka, H., Yamamoto,N., Okubo, K., Ikeda, R.,
Saito, R., Kanai, A., Abe,K.,

Tomita,M.,

Comparative
uncovers

expression
novel

analysisfeaturesofendogenous antisense transcription

Hum Mol Gen
17, 1631-1640., 2008

andKiyosawa, H.
Chiba, M., Miura, T, Satou,
T., Resian, A., Kiyosawa,
H.,

Ohkohchi,Yasue, H.

N.,

and

Localization of sense and antisensetranscripts of Prdx2 gene in mouse
tissues Cytogenet.

Genome Res
121, 222-231., 2008

（２） 学会発表等

2008/9/8-9

第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会「ヒトゲノムの二次構造的アクセシビリティについて」

木立尚孝、光山統泰、
浅井 潔「RNA のアクセシビリ
2008/12/9-12

第 31 回日本分子生物学

ティ計算ツール Raccess

会・第 81 回日本生化学会を用いた、microRNA タ

合同大会（BMB2008）

ーゲット領域の配列解

木立尚孝、光山統泰、
浅井 潔

析」
第 31 回日本分子生物学
2008/12/10

会，第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）

2008/11/7

2008/9/26

期待精度を最大化する究セミナー（CBRC）

RNA の 2 次構造予測手法

第 26 回生命情報科学研

RNA 情報解析手法の開発

Systems for Molecular

2008/12/15-16

2008/9/8
2008/9/8

The 2008 Annual
Conference of JapaneseSociety for Bioinformatics(JSBi 2008)
The 2008 Annual
Conference of JapaneseSociety for Bioinformatics(JSBi 2008)
第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会
第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会

佐藤健吾、光山統泰、
浅井潔

浜田道昭、木立尚孝、
佐藤健吾、光山統泰、
浅井 潔
浜田道昭

計方法

見つける会

Biology (ISMB 2008)
2008/12/15-16おける優れた推定量の設

期待精度を最大化する

Conference on Intelligent

浜田道昭、木立尚孝、バイオインフォマティクスに

第 7 回新しい RNA/RNP を

16th Annual International
2008/7/19-23

RNA 情報解析手法の開発

第 26 回生命情報科学研

究セミナー（CBRC）

2008/9/6

期待精度を最大化する

浜田道昭、木立尚孝、
佐藤健吾、光山統泰、
浅井 潔

A on-Parametric Bayesian K. Sato, M. Hamada,Approach for Predicting T. Mituyama, K. Asai,RNA Secondary Structures and Y. Sakakibara
Detection of Secondary-Structure Conserved
Regions by Genome
Comparison
A Non-Parametric
Bayesian Approach for
Predicting RNA Secondary
Structures
比 較 ゲノ ムに よる 機能 性
RNA コード領域の発見手法の開発
哺乳類ゲノムの snoRNA コ
ード領域の網羅的探索

Y. Saito, K. Sato, and
Y. Sakakibara
K. Sato, M. Hamada,T. Mituyama, K. Asai,and Y. Sakakibara
斎藤 裕、佐藤健吾、
榊原康文
八谷剛史、剣持直哉、

榊原康文
2008/9/8

第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会

第 31 回日本分子生物学
2008/12/9-12

会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）

2008/11/6-7
2008/9/8-9

カーネル法による機能性RNA 遺伝子の探索
Genome-wide searchingwith base-pairing kernel
functions for non-coding
RNAs: computational andexpression analysis of
snoRNA families in
Caenorhabditis elegans

佐藤健吾

森田研介、佐藤健吾、
齋藤 裕、岡浩太郎、
堀田耕司、榊原康文

第 26 回生命情報科学研

L1-レトロポゾン検出手法

寺井悟朗、吉澤亜耶、究セミナー（CBRC）の開発

浅井 潔、光山統泰

第 7 回新しい RNA/RNP を

偽遺伝子の特徴を利用し 寺井悟朗、吉澤亜耶、た ncRNA 発見
浅井 潔、光山統泰

見つける会

光山統泰、山田浩一郎、
2008/12/10

第 31 回日本分子生物学会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）

2008/11/7

2008 年度 生命情報工学
研究センター シンポジウ
ム（CBRC2008）

2008/9/8

2008/7/23-25

2008/7/3

第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会

第 10 回日本 RNA 学会年会・RNA2008

新規 RNA 遺伝子発見を支 服部恵美、沖田弘明、
援する機能性 RNA データ
小野幸輝、寺井悟朗、
ベース
小嶋亜耶、浅井 潔
光山統泰、山田浩一郎、
新規 RNA 遺伝子発見を支 服部恵美、沖田弘明、
援する機能性 RNA データ
小野幸輝、寺井悟朗、
ベース
小嶋亜耶、浅井 潔
新規 ncRNA 発見を支援する機能性 RNA データベー

光山統泰

スの利用法
新規 RNA 遺伝子発見を支援する機能性 RNA データ
ベース

光山統泰、山田浩一郎、
服部恵美、沖田弘明、
小野幸輝、寺井悟朗、
小嶋亜耶、浅井 潔

第 7 回国際バイオ EXPO

機能性 RNA データベース

バイオアカデミックフォーを活用した small RNA アノ

ラム

テーション技法

光山統泰
Yuriko Sakaguchi, Hiroki

2008/6/1-5

56th ASMS Conference on

RNA mass spectrometry: a

Mass Spectrometry

platform（Denver）

non-coding RNA researchtechnology

for

Ueda, Takeo Suzuki,
Takayuki Katoh, Takeshi
Seguchi, Kenjyo
Miyauchi and Tsutomu
SuzukiRNA フロンティアミーティ
2008/6/4

ング 2008（招待講演）

2008/6/4-6RNA フロンティアミーティ
ング 2008“自分らしい”RNA 研究を追い求めてきて鈴木 勉

マススペクトロメトリーを用中條岳志、大平高之、

いた RNP 複合体中に含ま上田宏生、鈴木健夫、

れる RNA の直接解析

坂口裕理子、鈴木 勉

大腸菌 RlmKL は 23SrRNA
2008/6/4-6RNA フロンティアミーティ
ング 2008中における 2 種類の異なる

木村 聡、池内与志穂、

メチル化塩基の生合成を 鈴木健夫、北原 圭、
触 媒 す る 新 しい タ イプ の坂口裕理子、鈴木 勉

RNA 修飾酵素である
2008/7/6-9

2008/7/23-25

第 35 回 BMS コンファレン
ス（BMS2008）
第 10 回日本 RNA 学会年会

MALDI-TOF 型質量分析

瀬口武史、宮内健常、計を用いた miRNA 発現プ 坂口裕理子、上田宏生、
ロファイル

鈴木 勉

ヒト RNA に含まれるイノシ 上田宏生、川畑 瞳、ン化部位の網羅的探索と

岡田俊平、矢野孝紀、

機能解析

櫻井雅之、鈴木勉

酵母 tRNA ウォブル位のチ
2008/7/23-25

第 10 回日本 RNA 学会年

オウリジン修飾はユビキチ

会ン様の反応機構を経由す

野間章子、鈴木 勉

る2008/723-25

第 10 回日本 RNA 学会年会

往復循環クロマトグラフィ
ー 法 に よ る non-coding
RNA の全自動単離精製
マイクロ RNA 前駆体に見2008/7/23-25

第 10 回日本 RNA 学会年出された Dicing 部位を規会定する基質モチーフとmiRNA の 3'末端形成2008/7/23-25

2008/7/28-8/3

第 10 回日本 RNA 学会年会

宮内健常、坂口裕理子、
鈴木健夫、鈴木勉

加藤敬行、坂口裕理子、
宮内健常、鈴木健夫、
鈴木勉

大腸菌 23S rRNA の円順
列変異の取得とリボソーム

北原 圭、鈴木 勉

構築原理の新知見
Mass spectrometric

Takayuki Ohira, Yuki

13th annual meeting of theidentification of

Takeuchi, Yuriko

RNA society (RNA2008)

non-coding RNAs in

Sakaguchi, Hiroki Ueda,（Berlin）

ribonucleoprotein

Takeo Suzuki andcomplexes in yeast

Tsutomu Suzuki

2008/9/10

2008/10/22

発生工学・疾患モデル研究会「第 70 回定例会」

ーズフォーラム―機能性 RNA の直接解（招待講演）

析で見えてきたもの―会三菱化学奨励賞 受賞

第 31 回日本分子生物学会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）（招待講演）

鈴木 勉

析で見えてきたもの―
RNA マススペクトロメトリー

講演（招待講演）

2008/12/12―機能性 RNA の直接解2008 質量分析計 ユーザ

第 6 回 日本分子生物学
2008/12/10

RNA マススペクトロメトリー

鈴木 勉

RNA 修飾の生合成と機能に関する研究（Biogenesis
andfunctions

of

RNA

鈴木 勉

modifications）
RNA マススペクトロメトリーを用いた RNP 複合体の解
析―RNA-タンパク質相互鈴木 勉

作用ネットワークへのアプ
ローチ
出芽酵母における RNA-タ

2008/12/9-12

第 31 回日本分子生物学

ンパク質複合体の探索

会年会・第 81 回日本生化

Mass spectrometric

学 大 会 合 同 大 会

approach to RNA-protein（BMB2008）

interactome in

竹内祐樹、大平高之、
上田宏生、坂口裕理子、
鈴木 勉

Saccharomyces cerevisiae
第 31 回日本分子生物学
2008/12/9-12

会年会・第 81 回日本生化
学 大 会 合 同 大 会（BMB2008）
第 31 回日本分子生物学

2008/12/9-12

会年会・第 81 回日本生化
学 大 会 合 同 大 会（BMB2008）

2008/12/9-12

2008/12/9-12

ヒト mRNA 3’非翻訳領域

岡田俊平、櫻井雅之、における RNA editing の機 矢野孝紀、川畑 瞳、
能解析
ヒト転写産物におけるイノシン化部位の網羅的探索と機能解析

上田宏生、鈴木 勉
櫻井雅之、上田宏生、
岡田俊平、光山統泰、
矢野孝紀、川畑 瞳、
鈴木 勉

第 31 回日本分子生物学

ゼブラフィッシュ初期発生

会年会・第 81 回日本生化における RNA 修飾因子の学 大 会 合 同 大 会

機能阻害と RNA 修飾の役

（BMB2008）

割

第 31 回日本分子生物学

真正細菌 Aquifex aeolicus

粟 井 貴 子 、 Ihsanawati

会年会・第 81 回日本生化

由来 Trim1[tRNA (m22G)

Is、木村聡、冨川千恵、

学 大 会 合 同 大 会

methyltransferase] の 構 造 越智杏奈、横川隆志、

中村魅加子、比嘉三代美、平野菜穂子、鈴木健
夫、鈴木 勉、剣持直哉

（BMB2008）と基質認識メカニズム鈴木 勉、別所義隆、
横山茂之、堀 弘幸

メ タ ン 生 成 古 細 菌2008/12/9-12

第 31 回日本分子生物学

Methanosarcina

小野広雅、大熊玲子、

会年会・第 81 回日本生化

acetivorans

横川隆志、大野 敏、

学 大 会 合 同 大 会

tRNAGln の転写後修飾は 大平高之、鈴木 勉、（BMB2008）

グルタミン酸受容に重要で

tRNAGlu 、

西川一八

ある

22008/12/9-12

第 31 回日本分子生物学

tRNA(Phe)37 位に存在す

会年会・第 81 回日本生化

る修飾塩基ワイブトシンの学 大 会 合 同 大 会

合成に関わる酵素 TYW4

（BMB2008）の X 線結晶構造解析

鈴木陽子、野間章子、
鈴木 勉、石谷隆一郎、
濡木 理

Large scale identificationof A-to-I editing sites in
the human brain
2009/1/12-16

Gordon Reseachtranscriptome by the ICE

Conference for RNA

method; implication for

editing（Galveston）

modulatory effect ofA-to-I editing ontranslational repression

Masayuki Sakurai,
Takanori Yano, Shunpei
Okada, Hitomi
Kawabata, Totai
Mitsuyama, Hiroki Ueda
and Tsutomu Suzuki

mediated by miRNAs

2009/1/19

2009/1/19

A novel methyltransferase

Satoshi Kimura, Yoshiho

Univ of Todai/Yonsei Univ

bearing dual active sites

Ikeuchi, Kei Kitahara,

GCOE Joint Symposium

responsible for two species

Yuriko Sakaguchi, Takeo"Chemistry Innovation"of methyl-modifications in

Suzuki and Tsutomu

Escherichia coli 23S rRNA

Suzuki

Exploration of novel

Takeshi Chujo, Takayuki

Univ of Todai/Yonsei Univ

human ribonucleoproteins

Ohira, Hiroki Ueda,

GCOE Joint Symposiumusing immunoprecipitation

Takeo Suzuki, Yuriko"Chemistry Innovation"

and RNA mass finger

Sakaguchi and Tsutomu

printing

Suzuki

Characterization of the
2009/1/19

Univ of Todai/Yonsei Univ

RNA methyltransferase

Sanghyun Yi, Akiko

GCOE Joint Symposium

responsible forNoma and Tsutomu"Chemistry Innovation"

3-methylcytidine at

Suzukiposition 32 in tRNAs from

Saccharomyces cerevisiae
2008/7/3

2008/5/25

バイオアカデミックフォー
ラム

光をトリガーにした DNA 及び RNA 操作法
酵素を使わずに光を用いて遺伝子を操作する手法の開発と応用吉村嘉永、尾崎元樹、

日本分子生物学会
第 8 回春季シンポジウム

光クロスリンク反応を用いた高感度遺伝子診断法の開発
DNA 光ライゲーションによる RNA 末端ラベリング

吉村嘉永、大竹智子、

2008/9/11

2008 年光化学討論会,

2008/3/27

日本化学会
第 88 回春季年会

藤本健造

田屋悠太、松村裕史、
藤本健造

松崎智也、藤本健造
荻野雅之、藤本健造
永田征吾、塩谷由輝子、

2008/11/17

第 18 回アンチセンスシン
ポジウム

ボラノホスフェート RNA ダ 益富 豊、北川英俊、
イマー(ApbA)の化学合成

高垣和史、岡 夏央、と性質

和田 猛、大木忠明、
矢野純一

2008/12/11

2009/1/9
2008/12/7
2008/12/5

第 31 回日本分子生物学会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）
千里ライフサイエンスセミ
ナー（招待公演）
第 22 回表皮細胞研究会
第 29 回日本臨床薬理学会年会（招待公演）

miRNA 検出用の新規アレ 村田成範、増見恭子、
イツール開発と発現解析
川島高広
iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

Medicine –Tenth2008/12/4

Anniversary of Institute

Induction of Pluripotency

for Frontier Medical

by Defined Factors.

Sciences,

International Symposium

Kyoto University

on Regenerative

Yamanaka, S.

（招待公演）
慶応義塾大学・京都大学
2008/12/4

連携記念第 1 回シンポジ

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

ウム（招待公演）
2008/12/3

第 38 回日本免疫学会総会（招待公演）
第 58 回日本アレルギー学

2008/11/27

会秋季学術大会（招待公演）

2008/11/22

The Massry Prize（ｱﾒﾘｶ）

iPS Cells, Perspective and（招待公演）

Challenge.

2008
2008/11/21

MassryPrize

Mini-Symposium at UCLA
（ｱﾒﾘｶ）（招待公演）

2008/11/20
2008/11/12
2008/11/12

Induction of Pluripotency Yamanaka, S.
by Defined Factors.

Massry Prize Lectures at

Induction of Pluripotency

USC（ｱﾒﾘｶ）（招待公演）

by Defined Factors.

2008 年度武田医学賞受

多能性幹細胞の維持と誘導賞記念講演（招待公演）
第 23 回内藤カンファレンス（招待公演）

Yamanaka, S.

Yamanaka, S.
山中伸弥

Induction of Pluripotency
山中伸弥
by Defined Factors

関西医科大学創立 80 周
2008/11/1

年記念講演会（招待公iPS 細胞の可能性

山中伸弥

礎学術集会（招待公演）

iPS 細胞研究の展望と課
題

山中伸弥

BioJapan2008

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

第 70 回日本血液学会総Induction of Pluripotency
山中伸弥
by Defined Factors.

演）2008/10/24
2008/10/17
2008/10/10

第 23 回日本整形外科基会（招待公演）The Biology of Stem Cells
in Development and in

2008/9/25

Cancer,Induction of Pluripotency
Yamanaka, S.
by Defined Factors.

Karolinska Institutet（ｽｳｪｰﾃﾞﾝ）（招待公演）
第 13 回アジア太平洋リウ
2008/9/23

マチ会議 開会式特別講

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の展望と課題

山中伸弥

iPS, Perspective andChallenge.

Yamanaka, S.

演（招待公演）万有製薬株式会社 第 4
2008/9/20

回 Kansai Cardiovascular
Consortium （招待公演）
第 17 回日本組織適合性

2008/9/19

学会大会 第 44 回日本移植学会総会 合同特別講演（招待公演）2008/9/16

2nd International SOX
Meeting Opening lecture（招待公演）2008/9/11
2008/9/10

北京大学 College of Life
Science （招待公演）
The Shaw Prize Public
Lectures（招待公演）

Induction of Pluripotency
by Defined Factors.

Yamanaka, S.

iPS Cell, Perspective andChallenge.

Yamanaka, S.

Workshop on Cellular
2008/9/8

Reprogramming,
Development and Stem

Induction of Pluripotency
Yamanaka, S.
by Defined Factors.

Cells（招待公演）
European Forum Alpbach
2008/8/21

2008 Technology Forum（ｵｰｽﾄﾘｱ）（招待公演）

2008/8/19

清和政策研究会 夏季研究会（招待公演）

iPS cells－perspective andchallenge.

Yamanaka, S.

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS Cell.

Yamanaka, S.

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の展望と課題

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

iPS 細胞の展望と課題

山中伸弥

人工多能性幹細胞の可能
性と課題

山中伸弥

Perspective of iPS cells

山中伸弥

iPS 細胞の可能性と課題

山中伸弥

First Annual Stem Cell
2008/8/8

Symposium on the Bay（ｱﾒﾘｶ）（招待公演）

2008/7/8
2008/6/27

中日懇話会 400 回記念会
（招待公演）
神戸大学 神戸カンファレンス（招待公演）
奈良県立医科大学精神2008/6/7

医学教室同門会・三山会
学術講演会 （招待公演）
第５１回日本糖尿病学会

2008/5/23

年次学術集会（招待公演）

2008/5/17
2008/5/13

大阪臨床整形外科医会
研修会（招待公演）
毛髪研究サテライトシンポ
ジウム（招待公演）
第 16 回近畿臍帯血幹細2008/5/10

胞移植研究会（招待公演）

2008/5/1

大塚製薬株式会社

多能性幹細胞研究のイン

第 26 回川内カンファレン

パクト―iPS 細胞研究の今山中伸弥

2008/4/15

ス（招待公演）後

毎日新聞社 シンポジウム

iPS 細胞の展望と課題

山中伸弥

The 3rd International
Workshop on Cell
2008/4/9

Regulations in Division
and Arrest Under StressInduction of pluripotency
by defined factors.

Yamanaka, S.

（招待公演）
第 31 回日本分子生物学
2009/12/10

会年会・第 81 回日本生化
学会大会

合同大会

（BMB2008）

会年会・第 81 回日本生化
学会大会

合同大会

（BMB2008）

2008/12/9

andmicroRNA-451

regulate

localization

of

beta1

integrin into basolateral
membrane.

第 31 回日本分子生物学
2008/12/9

MicroRNA-338

今中由花子、奥野恭史、
寺澤和哉、佐藤史顕、
清水一治、辻本豪三
小柳三千代、岡田亜紀、

マウス・ヒト体細胞の iPS 細一阪朋子、熊崎 恵、

胞 化 に 関 わ る microRNA

田辺剛士、青井貴之、の探索とその機能解析、

沖田圭介、高橋和利、
中川誠人、山中伸弥

第 31 回日本分子生物学

青井貴之、沖田圭介、

会年会・第 81 回日本生化

iPS 細胞に由来するマウス 一阪朋子、田邉剛士、

学会大会の長期経過観察、

合同大会（BMB2008）
2008/5/27-30

土屋創健、奥 雅仁、

小柳三千代、高橋和利、
中川誠人、山中伸弥

41st Annual SSR Meeting

Disruption of miR-200b
Leads to Female Infertility

Hidetoshi Hasuwa,
Masahito Ikawa andMasaru Okabe

第 31 回日本分子生物学
2008/12/12

会年会・第 81 回日本生化
学 会 大 会 合 同 大 会（BMB2008）
第 31 回日本分子生物学

2008/12/11

会年会・第 81 回日本生化
学 会 大 会 合 同 大 会（BMB2008）

2009/2/8

プロテオミクス解析による

神崎浩孝、大内田守、

miRNA cluster の新規標的 伊藤佐智夫、田丸聖治、タンパク質の探索
花房裕子、清水憲二、
ヒト卵巣癌細胞の増殖・細中野春男、宮澤達也、

胞 死 を 制 御 す る マ イ ク ロ 木下圭太、山田陽史、
RNA
吉田哲郎

Keystone Symposia

Identification ofHaruo Nakano, Tatsuya'Therapeutic

microRNAs targeting

Miyazawa, Keita

of RNA Using

Cyclin D1 and Bcl-XL

Kinoshita, Yoji Yamada,

Oligonucleotides'

mRNAs in colorectal

Tetsuo Yoshida

Modulation

cancer cells
2008/4/24

2008/6/5

2008/7/23- 25

東京医科歯科大学セミナ

RNomics ゲノムとプロテオー（招待講演）ームを結ぶ新分野

RNA フロンティアミーティ
ング 2008
第 10 回日本 RNA 学会年会

胸腺特異的ノンコーディン
グ RNA Thy-nc1 の機能解析

廣瀬哲郎
青木一真、佐野美穂、
原島 哲、廣瀬哲郎

U7 snRNA は S 期以外でのヒストン遺伝子発現を負に

井手上賢、廣瀬哲郎

制御する
核内ノンコーディング

2008/7/23 – 25

第 10 回日本 RNA 学会年

RNA 、 MEN ε / β は 核 内 佐々木保典、井手上賢、会

構造体パラスペックル形成

佐野美穂、廣瀬哲郎に必須であるInteraction between
13th annual meeting of the
2008/7/28-8/3

RNA society (RNA2008)(Berlin)RNA-binding proteins with
MENε/β non-coding RNA

Sasaki,YTF, Sano,M,establishes the integrity ofIdeue,T, Hirose,Tthe nuclear body,paraspeckle
Expression and2008/7/28-8/3

13th annual meeting of theintracellular localization

RNA society (RNA2008)of complicatedly spliced(Berlin)thymus-specificAoki,K, Sano,M,
Harashima,A, Hirose,T,

non-coding RNA, Thy-nc1
The 2008 CSHL meeting
2008/9/17-21

on Dynamic Organizaionof Nuclear Function

2008/10/16

BioJapan2008（招待講演）

Identification of anon-coding RNA as astructural integrator of thenuclear body, Paraspeckle

Sasaki, YTF., Ideue, T.,
Sano, M., Mituyama, T.,
Hirose, T.

機能性ノンコーディング
RNA の機能解明へのアプ 廣瀬哲郎
ローチ

千里ライフサイエンスセミ
ナーシリーズ「機能的2008/11/11

non-coding RNA - 古典的なセントラルドグマへの挑戦」（招待講演）

哺 乳 類 non-coding RNAの細胞内動態と機能

廣瀬哲郎

2008/12/9 – 12

第 31 回日本分子生物学会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）

2008/12/9 – 12

2008/12/9 – 12

2009/2/14

2008/4/1

The role of noncoding
RNAs in subcellular body.

Hirose,T, Sasaki,YTF,
Naganuma, T,
Kawaguchi,T

第 31 回日本分子生物学

U7 snRNA は S 期外におい会・第 81 回日本生化学会てヒストン遺伝子の転写を 井手上賢、廣瀬哲郎

合同大会（BMB2008）

負に制御する第 31 回日本分子生物学

胸腺特異的ノンコーディン会・第 81 回日本生化学会

グ RNA Thy-nc1 による遺合同大会（BMB2008）

伝子発現制御機構

第二回「情報と細胞機能」

noncoding RNA による細胞研究会

内構造形成、2nd International

Polyadenylated

Symposium on Advanced

Noncoding RNAs behind

Biological Engineering andHuman Stem Cell

Science （中国）

Differentiation

青木一真、佐野美穂、
原島 哲、廣瀬哲郎
廣瀬哲郎

Yasunori Aizawa

Dark Matter of Human
2008/4/21

HITS2008 Symposium

Transcriptome（ｲｷﾞﾘｽ）-Noncoding RNA andYasunori Aizawa

Retrotransposon2008/7/23- 25

2008/9/17

第 10 回日本ＲＮＡ学会年会「ヒト幹細胞分化時に発現変動する機能未知転写産

相澤康則

物の機能解析」、

生体関連若手シンポジウ「ヒトゲノムから転写される

ム（招待講演）、

機能未知 RNA の解析」

相澤康則

DKFZ (German Cancer
2008/9/26

Research Center) Seminar"Junk + RNA = peptide"

Yasunori Aizawa（ﾄﾞｲﾂ）
2008/11/29

第 11 回生命科学研究会（招待講演）「がらくた RNA を通して、遺伝子とヒトゲノムを考える」、

C.elegans における2008/6/5

相澤康則

RNA フロンティアミーティ

snoRNA 結合タンパク質のング 2008

ノックダウンと核内構造体の形成

保木井悠介、菅原由起、
笹野有未、藤原俊伸、
武藤 昱、牛田千里

2008/7/23- 25

2008/9/9

2008/3/29

2008/5/7

第 10 回日本ＲＮＡ学会年

核小体局在を示す線虫新保木井悠介、佐藤洋旭、会

規 ncRNA武藤第 7 回新しい RNA/RNP を

線虫 CeR-2 RNA は C/D

見つける会

snoRNA である

Keystone symposium

Expression and(RNAi, microRNA, andlocalization of C. elegans

non-coding RNA)

CeR-5 RNA.

Seoul 大学にて（韓国）RNA silencing in（招待セミナー）

Drosophila germlines

昱、牛田千里保木井悠介、牛田千里
Chisato Ushida, Yuki
Sugawara, Yusuke Hokii
塩見美喜子

GCOE Program “Human
2008/7/10

Metabolomic Systems

RNA silencing in

Biology”Summer School

Drosophila

塩見美喜子（招待発表）

2008/7/15

2008/9/5-7

20th International Congress ofDrosophila endogenous
Geneticsのsymposium「RNA small RNAs bind tomachine」（ﾄﾞｲﾂ）
Argonautes in somatic（招待講演）
cells
12th Molecular

ショウジョウバエ生殖細胞

Cardiovascularにおける RNA サイレンシン

Conference（招待講演）

塩見美喜子

塩見美喜子

グ

th

Joint Symposium of 18

International Roundtable
on Nucleosides,
2008/9/10

Nucleotides and Nucleic
Acids and 35th
International Symposium
on Nucleic Acids

Characterization ofendogenous humanArgonautes and their

塩見美喜子

miRNA partners in RNA
silencingChemistry（招待発表）
2008/9/19

2008/10/3
2008/10/23

第１６回シンポジウム創薬

遺伝子発現を制御する内薬理フォーラム

在性 small RNA の生合成

（招待発表）と作用機序

東京大学先端科学技術
研究センター（招待講演）
Academia SINICA（台北）塩見美喜子

ヒ ト Argonaute の RNA
silencing における機能解

塩見美喜子

析
Characterization of

塩見美喜子

（招待セミナー）

endogenous humanArgonautes and their
miRNA partners in RNA
silencing

20th FAOBMB Taipei
2008/10/25

Conference Frontier inLife Sciences（台北）（招待発表）
東京大学分子生物学研

2008/11/6

究所のセミナー（招待発表）
九州大学
GCOE プログラム拠点

2008/11/9（Stem Cells andRegenerative Medicine）（招待発表）
第 31 回日本分子生物学

2008/12/10

会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）（招待発表）

Characterization ofendogenous humanArgonautes and their
miRNA partners in RNA
silencing
RNA silencing in
Drosophila germline cells

2008/7/28-8/3

2008/9/3-5

第 10 回日本 RNA 学会

塩見美喜子

How selfish
retrotransposons are
silenced in Drosophila

塩見美喜子

germline and somatic cells
Aub/AGO3-independentpiRNA biogenesis in

塩見美喜子

Drosophila germline cells
DNA マイクロアレイによる

2008/7/23- 25

塩見美喜子

沼田興治、斎藤輪太郎、

新規内在性アンチセンス 平岩典子、金井昭夫、
RNA の検出と解析
阿部訓也、清澤秀孔
Reverse complement

Numata, K., Osada, Y.,

13th annual meeting of theprobes of custom-madeOkada, Y., Saito, R.,

RNA society (RNA2008)

microarray detect novel

Hiraiwa, N., Kanai, A.,（Berlin）

endogenous cis-antisense

Abe, K., and Kiyosawa,transcripts

H.

日本遺伝学会第 80 回大会

DNA のメチル化に影響を与える内在性アンチセンス
転写産物のスクリーニング

渡邊 豊、沼田興治、
長田木綿子、村田真也、
斎藤輪太郎、阿部訓也、
清澤秀孔

2008/9/8-9

第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会

発現 アレイをつ かった 内在性アンチセンス RNA／
非翻訳性 RNA の検出と解

沼田興治、清澤秀孔

析
センス−アンチセンス遺伝
2008/9/8-9

第 7 回新しい RNA/RNP を

子 座 で 検 出 さ れ る

金子直人、沼田興治、

見つける会

50-100nt の低分子 RNA の

清澤秀孔

発現解析
エピジェネティックな遺伝
2008/9/8-9

第 7 回新しい RNA/RNP を子発現制御に関与する内渡邊 豊、沼田興治、

見つける会

在性アンチセンス RNA の

清澤秀孔

探索
2008/9/8-9

第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会

2008/9/8-9

第 7 回新しい RNA/RNP を見つける会

2008/12/9-12

of Antisense Expressions

合同大会（BMB2008）

RNA の発現解析、会・第 81 回日本生化学会合同大会（BMB2008）

第 10 回日本 RNA 学会

斎藤輪太郎

in Cancer-related Genes
子座に頻出する低分子

第 31 回日本分子生物学

2008/7/23- 25

Comprehensive Analyses

会・第 81 回日本生化学会

会・第 81 回日本生化学会

清澤秀孔

ンス RNA

センス-アンチセンス遺伝

合同大会（BMB2008）

2008/12/9-12

における内在性アンチセ

第 31 回日本分子生物学

第 31 回日本分子生物学
2008/12/9-12

ゲノム刷り込み遺伝子座

金子直人、沼田興治、
阿部訓也、清澤秀孔

CpG island 周辺の DNA メ

渡邊 豊、村田真也、

チル化に影響を及ぼす内沼田興治、長田木綿子、

在性アンチセンス転写産

斎藤輪太郎、阿部訓也、

物の解析

清澤秀孔

マイクロアレイをもちいた

沼田興治、斎藤輪太郎、

内在性アンチセンス RNA

平岩典子、渡辺一史、の検出と乳がんモデルマ

金井昭夫、阿部訓也、

ウスへの適用清澤秀孔

DNA マイクロアレイによる

沼田興治、斎藤輪太郎、

新規内在性アンチセンス 平岩典子、金井昭夫、
RNA の検出と解析

阿部訓也、清澤秀孔

（２）特許等
出願日

受付番号

2008/3/26

特願 2008-79796

2008/5/30

US12/129,905

2008/7/18

特願 2008-186629

2008/7/18

2008/7/24

発明の名称

発明者

山田浩平（ﾔﾏｻ醤油）
２’位にアルキル型保護基
早川弘之（ﾔﾏｻ醤油）を有するリボ核酸の製造法
和田 猛（東大）
内在性アンチセンス RNA
清澤秀孔（理研）の発現解析システム
相澤康則（東工大）
細胞分化及びガン化に関 福田牧葉（東工大）
与する新規タンパク質
井上允子（東工大）
田中邦彦（東工大）

特願 2008-186775

高活性 shRNA 及びその製 鈴木 勉（東大）
造方法
加藤敬行（JBIC)

PCT/JP2008/63277

核酸の塩基配列及び配列
鈴木 勉（東大）
修飾を解析する装置、方上田宏生（JBIC）
法及びプログラム

出願人
東京大学
ヤマサ醤油（株）（独）理化学研究所

東京工業大学東京大学、（社)バイオ産業情報化コンソーシアム
東京大学、（社）バイオ産業情報化コンソーシアム（３）受賞等
・平成 20 年 4 月

山中伸弥

2008 年日経 BP 技術賞大賞

・平成 20 年 4 月

山中伸弥

平成 20 年度 科学技術分野の文部科学大臣表彰
科学技術特別賞

・平成 20 年 5 月

山中伸弥

第 61 回（平成 20 年）中日文化賞

・平成 20 年 5 月

山中伸弥

The 2008 TIME 100 選出

・平成 20 年 7 月

山中伸弥

第 6 回高峰記念三共賞

・平成 20 年 9 月

山中伸弥

京都創造者大賞 2008 特別賞

・平成 20 年 9 月

山中伸弥

Shaw Prize in Life Science 2008

・平成 20 年 9 月

鈴木 勉

第 6 回日本分子生物学会三菱化学奨励賞

・平成 20 年 11 月

山中伸弥

京都新聞大賞 文化学術賞

・平成 20 年 11 月

山中伸弥

Meira and Shaul G. Massry Prize

・平成 20 年 11 月

山中伸弥

Robert Koch Prize 2008

・平成 20 年 11 月

山中伸弥

平成 20 年秋の紫綬褒章

・平成 20 年 11 月

山中伸弥

2008 年度 武田医学賞

・平成 20 年 11 月

寺井悟朗

ポスター賞 （CBRC2008）

・平成 20 年 12 月

佐藤健吾

JSBi 2008 best poster award (JSBi 2008)

・平成 20 年 12 月

山中伸弥

平成 20 年度上原賞

・平成 20 年 12 月

山中伸弥

平成 20 年度島津賞

３．その他特記事項（当該年度分についてのみ記載）（１）成果普及の努力（プレス発表等）
・

2008 年 12 月 18 日 日経産業新聞、化学工業新聞
産業技術総合研究所、みずほ情報総研「RNA 二次構造を予測する最高精度のソフトウェアを開発」

・

2008 年 6 月 3 日 日刊薬業新聞
日本新薬
RNA 医薬「2 年以内にパイプライン入り」

・2008 年 11 月 27 日

日経産業新聞東京大学「RNA 干渉薬分解しにくく・ 2008 年 6 月 27 日

東大が基礎技術 患部への到達可能に」

北國新聞（２９面）

北陸先端大学「世界初 RNA を光で操作 遺伝子診断精度増す」
・ 2009 年 1 月 26 日 化学工業日報（朝刊９面）
産業技術総合研究所「核内 RNA に新機能–遺伝子発現調節に重要-」（産総研ホームページ（主な研究成果）掲載 H21.1.22）

（２）総説、解説、著書
著者名佐藤健吾，榊原康文
光山統泰

発表タイトル
二 次 構 造 に 基 づ く 機 能 性 RNAの配列解析
ゲノムブラウザーを用い た small
RNA のテーション

雑誌名、巻、号、ページ、発行年
実験医学 26(7):121-126, 2008
2008
実験医学 26：3071-3078, 2008
2008

金 大真、浅井 潔

機能性 RNA データベース

実験医学 増刊号「増刊号「バイオデータベ
ースとソフトウェア最前線」
26(7):1078-1086,
2008
26

T. Ohgi, H. Kitagawa,J. YanoChemical synthesis of
Oligonucleotides with
2’-O-(2-cyanoethoxymethyl)-Pro
tected phosphoramidites.

Current Protocols in Nucleic Acid
Chemistry Chapter 2,
2 Unit 2.15,
1-19, 2008
2008

増田博文、矢野純一

ＲＮＡ合成と創薬

実験医学 Vol. 26, No. 10,
1668-1673, 2008
2008

櫻井雅之、鈴木 勉

転写後修飾による RNA 機能制御

山田陽史、吉田哲郎
蓮輪英毅、伊川正人
岡部 勝

RT-PCR による小分子 RNA の検出
マウスにおける RNAi の誘導とその評価法

土屋創健、奥野恭史
辻本豪三

MicroRNAs and Discovery of New
Targets

小柳三千代、山中伸
弥
小柳三千代、中川誠
人、山中伸弥

マウス繊維芽細胞培養から誘導される多能性幹細胞
がん遺伝子 Myc を用いない人工多能性幹細胞の作成

日野公洋、廣瀬哲郎

snoRNA 異常疾患

佐々木保典、廣瀬哲

ncRNA を特徴付ける細胞内挙動と

郎

機能

廣瀬哲郎

基礎の基礎

廣瀬哲郎
青木一真、廣瀬哲郎

149-155, 2009
RNA 実験ノート
実験ノート 2008/3/15
RNA 実験ノート
実験ノート 2008/3/15
Genomics and Pharmacogenomics
Pharmacogenomics
in Anticancer Drug Development
and Clinical Response,
Response,47-56, 2009
進 み 続 ける細胞移植治療
ける 細胞移植治療の細胞移植治療 の 実際
上巻 124-127, 2008
BIO INDUSTRY 4:89-95, 2008
遺伝子医学 MOOK 15 号 「 最新RNA と疾患研究
疾患研究 2009」
2009」 印刷中
細胞工学 28: 138-141, 2009
細胞工学 28: 110-115, 2009

ノンコーディング RNA 機能へのア 蛋白質核酸酵素 53:1940-1949,
プローチ法
RI と non-RI での in vitro 転写とラベリング

井手上賢、廣瀬哲郎

試験管内スプライシング反応

佐々木保典、廣瀬哲

RACE による鋳型鎖の上流・下流

郎

配列の決定

廣瀬哲郎

細胞工学 Vol. 28 (No.2),

RNA 結合タンパク質の標的 mRNA
の分離同定

2008
RNA 実験ノート
実験ノート上
ノート上 54-60, 2008
RNA 実験ノート
実験ノート上
ノート上 148-153, 2008
RNA 実験ノート
実験ノート上
ノート上 114-120, 2008
RNA 実験ノート
実験ノート上
ノート上 96-101, 2008

廣瀬哲郎

ncRNA (noncoding RNA)

生体の生体の科学 59: 376-378, 2008

Isolation and characterization of
RNAs

in

Caenorhabditis

Chisato Ushida andsmall

Yusuke Hokii

elegans. Edited by John Rossi andRajesh K. Gaur.

Siomi MC, Saito K,
Siomi H.
Siomi MC, Nishida KM, Siomi H.
Siomi, H., Siomi, MC.

How selfish retorotransposons are
silenced in Drosophila germline andsomatic cells

Regulation of Gene Expression by
Small RNAs,
RNAs, CRC Press, Florida,
U. S. A. (in press)
FEBS
FEBS Lett. 582: 2473-2478, 2008
(review; 査読有り)
Methods in Enzymology vol. 449,

How to defining RNAi targets.

2008 (method; 査読有り)

On the road to reading the RNA

Natureinterference code.

(review; 査読有り)

Kim NV, Han J, Siomi

Biogenesis

M.C.

animals.

Biology in press (review; 査読有り)

萬年太郎、塩見美喜

siRNAによる遺伝子発現抑制の基炎 症 と 免 疫 vol.16(6) 、 p. 2-11,

子

礎とそれに関する最新の知見

2008

塩見美喜子

of

small

RNAs

in

doi:10.1038/nature07754

動物の内在性小分子RNA:piRNAを焦点として塩見美喜子、岡田知

Argonaute フ ァ ミ リ ー メ ン バ ー の子

Slicer活性の解析

Nature Reviews Molecular Cell

RNA実験
RNA実験ノート
実験 ノート 下 小分子RNA
小分子 RNAのRNAの解析から解析からRNAi
からRNAiへのRNAiへの応用への応用まで応用まで
p. 18-21, 2008
RNA実験
RNA 実験ノート
実験 ノート 下 小分子RNA
小分子 RNAのRNAの解析から解析からRNAi
からRNAiへのRNAiへの応用への応用まで応用まで
p. 84-91, 2008