独立行政法人産業技術総合研究所

PMID-Extractor
ユーザ利用マニュアル

バイオメディシナル情報研究センター
2009/03/09
第 1.0 版

目次
1.

はじめに ..................................................................................................................................................................................... 32.

インストール方法...................................................................................................................................................................... 4

3.

プログラムの実行...................................................................................................................................................................... 5

4.

プログラムの終了...................................................................................................................................................................... 55.

操作方法 ..................................................................................................................................................................................... 6

6.

画面の説明 ................................................................................................................................................................................. 8

付録 A：Java のインストール方法について .................................................................................................................................. 11

1. はじめに（１）前提
本マニュアルは OS として、Windows 環境を想定して記述しています。
（２）用語の定義
表１に本マニュアルで使用する用語について説明します。
表１ 本マニュアルで使用する用語の定義
用語意味

本プログラムこのマニュアルでは、PMID-Extractor のことを指します。

Java

サン・マイクロシステムズによって開発されたプログラミング言語またはその実行環境のことですが、本マニュアルでは実行環境の意味で使用します。

PMID

PubMed の文献 ID を指します。

PubMed米国 NCBI （National Center for Biotechnology Information）が一般公開している
医学関係文献検索データベース

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2. インストール方法
2.1. 必要なソフトウェアのインストール
本プログラムを実行するためには、Java の環境が必要です。下記のソフトウェアを事前にインストールしておいてください。ダウンロード方法についてはこの URL を参照してください。なお、参考として付録 A にダウンロードの流れについて記述しました。
Java：JRE1.6 または JDK1.6 系最新版
JRE ダウンロード URL

http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp【注意事項】
すでにインストール済みの他のソフトウェアで Java を使用している場合、Java バージョンによってはそれら既存のソフトウェアが動作しなくなる場合がありますので事前によくご確認ください。

2.2. 本プログラムのインストール（１）本プログラムのダウンロード
配布した CD からコピーするか、または別途ご提示するダウンロードサイトよりダウンロードしてください。
（２）ファイルの展開と設置①ダウンロードした次にファイルは ZIP 形式で圧縮してあるため、展開（解凍）します。
pmidextractor.zip
なお展開方法は図１に示した通り、ファイルを選択し、右クリックのメニューより「すべて展開(A)…」を選択することで行います。

図１ 本プログラムのダウンロードのファイルの展開方法②展開後にフォルダ pmidextractor が生成されますので、フォルダごと適当な場所にコピーします。
注）インストールフォルダは例えばディクストップ上でも C:¥Program Files 直下でもどこでも問題ありません。

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3. プログラムの実行
次のいずれかの方法で実行することができます。
（１）実行ファイルによる実行
次の Windows 実行ファイルをダブルクリックすることで実行します。
インストール先フォルダ/ pmidextractor/ PMIDExtractor.exe（２）BAT ファイルによる実行
次の BAT ファイルをダブルクリックすることで実行します。
インストール先フォルダ/ pmidextractor/ PMIDExtractor.bat

4. プログラムの終了
図２に示したように、本プログラムの表示ウィンドウの左上の×印をクリックすることで終了することができます。

ここをクリックして終了します①：ファイル名またはフォルダ名が一つまたは複数設定するためのテキス トボックス
直接入力は禁止で②のボタンで選択したものが設定されます。
②：ファイルまたはフォルダを選択するためのボタン③：情報収集実行ボタン④：任意のキーワード を入力するためのテキストボックス①でファイル（またはフォルダ）が指定された場合このボックスで の入力は無視されます。
⑤：キーワード によるPubMed検索実行ボタン⑥：パラメータ設定用ダイアログを開くためのボタン

図２ 本プログラムの終了方法

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5. 操作方法（１）概要
本プログラムを起動すると図３に示した画面（メイン画面）が表示されます。

図３ 本プログラムを起動した直後の画面（メイン画面）
・左上の「Select Folder / Files」により本プログラムを稼働しているマシン上にある論文（PDF ファイルまたはテキストファイル）を選択し、各論文の PubMed ID を取得を試みます。結果は下半分の「Article List」に表示されます。
なお、フォルダを指定した場合にはそのフォルダに含まれるすべてのファイル（サブフォルダ内も含めて）が対象となります。

・右上のキーワード検索にて入力されたキーワードで PubMed 検索を実行しヒットした文献のリストを「Article List」に表示します。

・

検索の結果取得されてた PubMed ID のリストは、View PMID ボタンをクリックすることで表示することができます。
またそのリストは CTLR+C でコピー可能なので他のソフトウェアで活用することができます。

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（２）PubMed ID の取得について
本プログラムを稼働されているマシン上にある論文（PDF ファイルまたはテキストファイル）からの PubMed ID を取得
は次のような手順で行っています。
①論文に付加されているデジタルオブジェクト識別子（Digital Object Identifier、略称 DOI）の取得を試みます。
②DOI が取得できた場合には DOI で PubMed 検索で該当する論文を検索して、タイトル、著者名、雑誌名、出版日付を確定します。 なお、PubMed 検索結果は図４に示したような XML 形式となっており、取得する情報と XML のタグとの対応は表２に示した通りです。

図４ PubMed 検索結果（XML 形式）
表２ 取得する情報と対応する PubMed 検索結果（XML 形式）の記述
取得する情報PMID

XML のタグ

備考<PMID>

タイトル<ArticleTitle>

著者<AuthorList>の<Author>

雑誌名<Article>の<Journal>の<Title>

出版日付<Article>の<Journal>の<PubDate>

年月日③もしDOI が取得できなかった場合には、タイトル、著者名、雑誌名、出版日付の取得を試み、それらの情報をもとにPubMed検索で該当する論文を検索します。

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6. 画面の説明（１）メイン画面
図５にメイン画面と各部の機能について示します。

⑥④

②
⑤
①
③
⑦⑧

⑩⑨⑫⑪⑬

図５ 本プログラムのメイン画面①：ファイル名またはフォルダ名が一つまたは複数設定するためのテキストボックス
直接入力は禁止で②のボタンで選択したものが設定されます。
②：ファイルまたはフォルダを選択するためのボタン③：情報収集実行ボタン④：任意のキーワードを入力するためのテキストボックス①でファイル（またはフォルダ）が指定された場合このボックスでの入力は無視されます。
⑤：キーワードによる PubMed 検索実行ボタン⑥：パラメータ設定用ダイアログを開くためのボタン⑦：検索結果の表のすべての行を選択するボタン⑧：検索結果の表の選択をすべて解除するためのボタン⑨：検索結果から PMID のみを取り出しリスト表示するボタン⑩：検索結果の表を CSV 形式で保存するためのボタン⑪：検索結果の表の行ごとの選択を行うためのチェックボックス⑫：検索結果の表⑬：読み込んだファイルが分母で、PMID が抽出できたファイル数が分子
PubMed によるキーワード検索の場合はヒットした文献数が分母で PMID が抽出できた文献数が分子8

（２）PMID リスト表示画面
図６に PMID リスト表示画面を示します。

①

図６ 本プログラムの PMID リスト表示画面①：PMID リスト表示テキストボックス
リストされた PMID のリストは”CTRL キー＋C キー”でコピー可能です。

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（３）パラメータ設定画面
図７にパラメータ設定画面と各部の機能について示します。

①
②
③
④
⑤

⑥

図７ 本プログラムのパラメータ設定画面①：読み込むファイル数の上限を指定するテキストボックス
デフォルトは 100 で、最大 999 まで指定可能です。
②：PubMed 検索の検索上限を指定するテキストボックス
デフォルトは 10 で、最大 9999 まで指定可能です。
③：プロキシーサーバ指定
チェックボックスをチェックすると④、⑤が表示されます。
④：プロキシーサーバの URL を指定⑤：プロキシーサーバのポート番号を指定⑥：入力したパラメータを反映されるためのボタン⑦：入力したパラメータを反映しないでダイアログを閉じるボタン

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付録 A：Java のインストール方法について
参考情報として Java のインストール方法の例について示します（2009 年 3 月 9 日現在の情報によります）。
①Web ブラウザを起動して JRE のダウンロードサイトにアクセスして、“JRE６ Update12”の Download ボタンをクリックします。
図 A‐１にそのダウンロードサイトの画面イメージとクリックする Download ボタン（図の赤丸で示した箇所）を示しました。

図 A-１ Java のダウンロードサイトの画面

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②ダウンロードボタンをクリックすると図 A-２に示す画面に移動します。
Platform で“Windows”を選択してください。次に“I agree with ..”のチェックボックスをチェックして、Continue ボ
タンをクリックします。
なお、Platform 選択リスト、チェックボックス、Continue ボタンは図２中の赤丸で示した箇所です。

図 A-２ Java Runtime Edition ダウンロードの事前確認事項画面

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③Continue ボタンをクリックすると図 A-3 の画面に移動します。
（図 A-3 の赤丸箇所）をクリックすると保存を確認するダイアログが“Required File”の“jre-6u12-windows-i586-p.exe”
開き、保存ボタンをクリックすることでダウンロードを開始します。

図 A-3

Java Runtime Edition のダウンロードファイル選択画面④ダウンロードされたファイル jre-6u12-windows-i586-p.exe をダブルクリックするとインストーラが起動されますのでインストーラの指示に従ってインストールしてください（特に必要な設定等はありません）。
以上

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