GraphPad Prism バイエル
有限会社エムデーエフ
www.mdf-soft.com© 2020 有限会社エムデーエフ
このガイドの内容は、Prism 8 のヘルプに準じております。

目次

目次
第1章 はじめに第2章 6：1-way ANOVA(一元配置分散分析)

304とノンパラメトリック分析

4

索引

0. . . . . . . . . . . . . . . . . . .フの. . . . . . . .作成................................................................................................. 5
データ. . . .の. . . 入力とグラ
2 分析の. . . .実行............................................................................................................................... 93 分析結果
. . . . . . . . . .の. . .表示と考察...................................................................................................................... 124 分析. .の. . . .や. . . .り. . .直し...................................................................................................................... 151© 2020 有限会社エムデーエフ

41GraphPad Prism バイエル

はじめに
この資料は、GraphPad Prismユーザーが、自身でデータの読み込みから分析およびグラフの作成までを学習するための資料です。GraphPad Prismの操作について、詳細について説明が行われています。
例を順番に読む必要はありません。直接最も興味のある例に進むことをお勧めします。
章の見出しだけでは分からないテクニックを見つけるために、目次と索引を調べましょう。
説明と図はWindows版 Prism についてのもですので、例題の中にはMac版 Prism とは多少異なるものもあります。
このマニュアルを、お使いのコンピュータで読みながら、各ステップを試してみることをお勧めします。
始める前に、Prismの 表示/View メニューを使用して、ナビゲータとすべてのオプションのツールバーがコンピュータに表示されていることを確認してください。

2

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析)とノンパラメトリック分析

一つの要因またはカテゴリにより3つ以上のグループに分けられたデータを分析する機能として、PrismにはANOVA(分散分析)、繰り返しのあるANOVA、Kruskal-Wallis(クラウスカル-ウォリス)検定、Friedman(フリードマン)検定の4つの検定機能が用意されています。ANOVAを実行し、それに引き続いてBonferroni(ボンフェローニ)、© 2020 有限会社エムデーエフ

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析) とノンパラメトリック分析

5

Tukey(チューキー)、[TukeyStudent(スチューデント)] Newman-Keuls(ニューマン-クールズ)、または、Dunnett(ダネット)検定などを行えます。ノンパラメトリック
検定を実行した後では、Dunn(ダン)の検定を実行できます。
ここでは繰り返しのあるANOVAを実行し、さらにTukey(チューキー)検定を行います。もちろん、必要事項についてはその都度、解説します。ANOVAに関する詳細な情報はpdfファイルの『統計ガイド』のANOVAのセクションを参照してください。比較の対象となるデータが2グループの場合は、すでに解説したt検定を行います。2グルー
プ以上のデータで、2つの因子により判別されるデータの場合は 2-way ANOVA (二元配置の分散分析) の項目を参照してください。
2.1

データの入力とグラフの作成

Prismを起動すると、最初にようこそ/Welcome ダイアログが表示されます。 ようこ
そ/Welcome ダイアログで 新しいテーブルとグラフ/New Table & Graph から カラムプロット/Column を選択します。また、新規テーブルへデータの入力/インポー
ト/Enter or import data into a new table を選択し、列に繰り返し値を入力/Enter replicate valure… を選びます。 最後に 作成/Create ボタンをクリックします。Welcome ダイアログが消え、新規データテーブルが表示されます。

ここでは6匹の動物の血圧に関するANOVAを実行します。平常時、神経刺激物投与時、プラセボ、神経刺激物の効果抑制剤投与時の血圧を計測します。すべての処置はすべての固体に対して連続的に行ったのでデータは対応のあるものとなっています。
この6匹の集団は4つのレベル(Treatment—Control, Stimulus alone, Stimulus plus
placebo, Stimulus plus antagonist) をもつデータと言えます。
テーブルに X 列は不要です。列A, B, C, ...にそれぞれグループ変数のレベルを示す単語を入力します。Y列はすべて1列で、グループ変数のレベル情報を入力します。X値が© 2020 有限会社エムデーエフ

6GraphPad Prism バイエルないので、データ行による本質的な違いはありません。よって、観測したデータはそのままY列に入力してください。
ナビゲーターのデータテーブルにあるデフォルトのテーブル名を選択しキーボードからF2キーを押します。 次に示すテーブル名 (Effect of Neural Stimulation on BloodPressure) を新たに入力します。これから作成するグラフと、それにリンクするシートのタイトルになります。もちろん、後から個別に変更することも可能です。

次の図のようにデータを入力します。各列の見出しも図のように入力してください。
グループ変数の名前を入力することはできませんが、レベルとして「Control」,「Stimulus」, 「+Placebo」, 「+Antagonist」を入力します。

目的の列の数値形式を変更する場合は、その列を選択して変更/Change… 数値表示形式/Decimal Format….と操作します。あるいは、ツールバーの 変更/Change にある アイコンの選択で行います。
ムプロット形式はX列の無いデータシートですが、行にラベルを付けることは可能です。あるいは、XYプロット形式のデータシートにより、行ラベルを付けることも可能です。
カラ© 2020 有限会社エムデーエフ

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析) とノンパラメトリック分析

7

データ形式を変更する場合は、既存のデータシートを画面に表示して 変
更/Change... データテーブルのフォーマット/Format Data Table …と操作するか、データシート左上、あるいは ツールバーの アイコンをクリックします。
データを入力すると、Prismはすぐにグラフを自動作成します。 それでは実際にナビ
ゲーター画面にあるグラフシート Effect of Neural Stimulation on Blood
Pressure を選択します。開いた グラフ形式の変更/Change Graph Type ダイアロ
グで、適当なグラフ形式を選択します。
データテーブルとして平均値、標準偏差、標準誤差、サンプル数を入力するタイプものも利用できます。データの入力/インポー
ト/Enter/Impory dataで、計算済みのエラー値を入力してプロット/Enter and plot error values calculated elsewhere を選択します。そしてY値の形式を平均, SD, N/Mean, Standard Deviation, Nにします。

しかし、この形式の場合、実データを使う繰り返しのある検定やノンパラメトリック検定は実行できません。
表示されたグラフアイコンに適当なものが無い場合、グラフの種類/Graph family
で、プロット形式を変更し適切な形式を選択します。ここでは、Culmn/カラムプ© 2020 有限会社エムデーエフ

8GraphPad Prism バイエル

で、棒グラフを選択し、プロット：SD付き平均値/Plot: Mean with SD とし、OKをクリックします。
ロット

X軸のラベルが重なっている場合はベースライン選択して次のアイコンでフォントサイズを小さくします。
または、図のようにしてX軸を伸ばします。

1グループ変数のグラフに関する詳細な情報は、『1：カラムプロット/Column形式データによる棒グラフ』を参照してください。
© 2020 有限会社エムデーエフ

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析) とノンパラメトリック分析
2.29の実行分析

データテーブルを表示し、分析/Analyze アイコンをクリックします。 データ分析/Analyz e Data ダイアログで カラム分析/Coulmn analyses を選択して、リストから One-way ANOVA (およびノンパラメトリック検定)/One-way ANOVA(and nonparametric) を選びます。
Prismは3つ以上のデータセットを一つの因子を使って、4通りのパターンで比較します。繰り返しのあるデータのマッチングと、母集団がガウス分布しているか、という観点からデータセットを4通りのパターンに分けて考えることができます。それを表にまとめたものを次に示します。
ガウス分布と仮定できるか?
– ノンパラメ
はい – パラメトリック検定 いいえトリック検定
り繰

返しのあるデータ?

いいえ – 対応なしANOVA

Kruskal-Wallis 検定

はい – 対応あり

繰り返しのあるANOVAFriedman検定

表を覚える必要はありません。Prismは選択したオプションから自動判別します。
パラメータ：1-way ANOVA (及びノンパラメトリック検定)/Parameters: Oneway ANOVA (and Nonparametric) ダイアログボックスでは次に示す3つのタブを設定します。
最初のタブの、実験意図/Experimental design で、繰り返しのあるデータか否か、そして次に母集団をガウス分布と仮定できるか否かを設定します。最後にガウス分布と仮定できる場合に球面性が仮定できるか否かを設定します。Prism はこれらの情報から検定手法を自動設定します。

© 2020 有限会社エムデーエフ

10GraphPad Prism バイエル

次の 多重比較/Multiple Comparisions タブでANOVAに続き多重比較検定の実施の有無とその方法の設定を行います。

© 2020 有限会社エムデーエフ

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析) とノンパラメトリック分析

11

ダイアログボックスの下側にある ヘルプ/Learn ボタンを利用すると、分析や多重比較に関する詳細説明情報が得られます。
最後の オプション/Options タブで多重比較検定手法の選択や、多重性調整済みP値の計算の有無等の(計算には影響のない)オプション出力の設定を行います。オプションの設定に自信が無い場合や明確でない場合は、Prismのデフォルトの設定に従うか、推奨/recommend となっているものを選択してください。このタブでも内容の詳細な説明を知りたい場合は、ヘルプボタンをクリックしてください。

© 2020 有限会社エムデーエフ

122.3GraphPad Prism バイエルの表示と考察

分析結果

パラメータダイアログでOKボタンをクリックすると分析が実行されます。 分析結果を示す結果/Results セクションには多重比較タブとオプションタブの設定により最大3つのタブシート(ANOVA, 多重比較 (オプション), 記述統計/ANOVA, DescriptiveStatistics (オプション)) が作成されます。結果のタブから目的のシートを表示します。
先頭のシートは ANOVAの結果/ANOVA results で、各グループの平均値の差に関する情報を提供します。
© 2020 有限会社エムデーエフ

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析) とノンパラメトリック分析

13

標本を対応させたときの効果についても情報を提供します(平均値の差の検出力が向上します)。

ANOVA テーブルは次のようになります。

次の多重比較シートの結果は次のようになります。
※多重性調整済みP値は、多重比較/Multiple comparisons タブとオプション/Options タブの選択によって出力されます。

© 2020 有限会社エムデーエフ

14GraphPad Prism バイエル

ツールバーの 「チェック/Interpret」ボタンをクリックするとヘルプ情報が表示されます。
目的のデータを分析できないような場合(例えば、複数のデータセルが空であるのに繰り返しのあるANOVAを選択した時)、 ANOVAシートにエラーの発生とメッセージが表示されます。

計D

記述統 / escriptive

Statistics シートの内容を次のページに示します。

© 2020 有限会社エムデーエフ

6：1-way ANOVA(一元配置分散分析) とノンパラメトリック分析

2.4のやり直し

分析

15

分析のやり直し方法は既に説明しましたが、ANOVAの場合も要領は同じです。ナビゲーターで分析結果のシートを選択します。そして 変更/Change メニューを選択し、分析パラメータ/Analysis Parameters…. を選択します。ツールバーあるいは結果シート左上の アイコンをクリックしても良いです。パラメータ：1-way ANOVA(及びノンパラメトリック検定)/Parameters: One-way ANOVA (andNonparametric) ダイアログが表示されますから、そこで条件を変更します。OK ボ
タンをクリックすると、分析が再実行され、新たな条件に基づく分析結果が得られます。

© 2020 有限会社エムデーエフ