理研

神戸キャンパス
生命機能科学

連携大学院
説明会
理研神戸キャンパスでは

関西地区の大学院（連携大学院）を通して積極的に大学院生を受け入れています。
連携大学院（修士課程、博士課程）
説明会を開催しますので大学院進学を考えている方は是非ご参加下さい！

教育環境・理研の研究■ 発生・再生科学の先端研究■ 国際色豊かな環境■ 優れた研究者による直接指導■ 理研独自の支援制度■ 最先端の研究設備■ 活発な研究交流

日 時
場

所

2019年 4月１3日（土）12時50分〜18時30分
理化学研究所 神戸キャンパス(神戸市中央区 ポートアイランド)
神戸新交通ポートライナー線「医療センター」
駅下車、徒歩4分

連携大学院（平成31年1月現在）

大阪大学大学院

生命機能研究科・理学研究科・医学系研究科

関西学院大学大学院
京都大学大学院
神戸大学大学院

理工学研究科

生命科学研究科・医学研究科（博士後期課程）
理学研究科・医学研究科（博士後期課程）
システム情報学研究科

プログラム

・レクチャー「我思う、故に我あるーその脳のしくみと不思議」
講師：林拓也（脳コネクトミクスイメージング研究チーム）

兵庫県立大学大学院
広島大学大学院

生命理学研究科

理学研究科

立命館大学大学院

生命科学研究科・連携大学院制度とは？
・現役院生が語る理研での研究生活・研究室紹介 （連携教員や大学院生と直接話せます！）
・研究室見学 （実際の研究室を見学できます！）

お問合せ

理化学研究所神戸地区連携大学院説明会事務局
E-mail: bdr-daigakuin@ml.riken.jp▼プログラムの詳細、参加申し込みはこちら！

https://www2.bdr.riken.jp/daigakuin/2019
参加資格・申込方法

大学院進学希望者

準備の都合上、2019年4月７日（日）
までに上記ホームページより
事前登録をお願いいたします（当日参加も歓迎）。

理研
生命機能科学

神戸キャンパス
連携大学院説明会 201９

= 目

次 =

１．プログラム２．連携大学院 教員名簿
３．研究室紹介
４．大学院生リサーチ・アソシエイト制度
５．理研

夏季プログラム紹介

6．アンケート（切り取ってご提出ください）理研 生命機能科学

連携大学院説明会

プログラム

2019 年 4 月 13 日（土）：時間

内容

12:00-12:50

受付

12:50-13:00

挨拶

13:00-13:25

司会

場所
C棟1階

西田センター長レクチャー
林 拓也（脳コネクトミクスイメージング研究チーム）「我思う、故に我あるーその脳のしくみと不思議」

北島 智也

C棟1階
オーディトリアム

13:25-13:45

連携大学院制度とは？ 北島 智也

13:45-14:00

休憩

C 棟サロン

研究室紹介 part1(スライド発表)

C棟1階
オーディトリアム＜連携大学院所属の研究室＞※都合により発表順が変わる場合があります。

猪股秀彦 （体軸動態研究チーム）
大浪修一 （発生動態研究チーム）
3. 川口喬吾 （川口生体非平衡物理学理研白眉研究チーム）
4. 北島智也 （染色体分配研究チーム）
5. 木村航（心臓再生研究チーム）
6. 柴田達夫 （フィジカルバイオロジー研究チーム）
7. 高里実（ヒト器官形成研究チーム）
8. 高橋政代 （網膜再生医療研究開発プロジェクト）
9. 林拓也（脳コネクトミクスイメージング研究チーム）
10. 平谷伊智朗（発生エピジェネティクス研究チーム）
11. 森下喜弘 （発生幾何研究チーム）
12. 宮道和成 （比較コネクトミクス研究チーム）
13. Sa Kan Yoo（動的恒常性研究チーム）
夏のインターンシップの案内 Sa Kan Yoo
1.
2.

14:00-14:50

14:50-15:00

研究室見学 割り振り

15:00-16:40

研究室見学

16:40-17:00

休憩

17:00-17:40

現役院生が語る理研での研究生活① 17:00-17:20
尾藤 和浩（ヒト器官形成研究チーム）② 17:20-17:40
西田 弘（動的恒常性研究チーム）

C棟1階
オーディトリアム

17:40-18:30

研究室紹介 part2 (ポスター展示)
ポスター前で上記の研究室紹介

C 棟サロン

無線 LAN サービスについて
SSID：daigakuin2019 USERNAME：daigakuin2019 PASSWORD：20190413

各研究室

15:00-16:40 の研究室見学のプログラムは、以下の4班のうちから1つお選びいただき、見学を行っていただきます。事前にどの研究室の見学したいか、是非ご検討ください。

１班

2班

森下

喜弘

発生幾何研究チーム

北島智也

染色体分配研究チーム

宮道和成

比較コネクトミクス研究チーム

川口喬吾

川口生体非平衡物理学理研白眉研究チーム

柴田達夫

フィジカルバイオロジー研究チーム

大浪修一

発生動態研究チーム

高橋政代

網膜再生医療研究開発プロジェクト

林
３班

４班

拓也

脳コネクトミクスイメージング研究チーム

高里実

ヒト器官形成研究チーム

木村航

心臓再生研究チーム

Sa Kan Yoo

動的恒常性研究チーム

平谷

伊智朗

発生エピジェネティクス研究チーム

猪股秀彦

体軸動態研究チーム

１班

３班

２班

４班

理研 生命機能科学研究センター 連携大学院 教員名簿 【平成31年4月現在】※ 詳細についてはBDRホームページ【人材育成】をご覧ください。URL: https://www.bdr.riken.jp/jp/affiliation/graduate.html

連携大学院研究科・講座名

氏名

研究室

メールアドレス[at]を@に変えてメールしてください。

大阪大学大学院 医学系研究科
発生・再生医学

木村 航
藤原 裕展
松崎 文雄

心臓再生研究チーム
細胞外環境研究チーム
非対称細胞分裂研究チーム

wataru.kimura[at]riken.jp
hironobu.fujiwara[at]riken.jp
fumio.matsuzaki[at]riken.jp

岡田 康志
泰地 真弘人濱田 博司
Wang Yu-Chiun
岩根 敦子
大浪 修一
木川 隆則
柴田 達夫
清水 義宏
城口 克之
神隆
杉田 有治
隅山 健太
高橋 恒一
田中 陽
谷口 雄一
古澤 力
森下 喜弘
渡邉 朋信

細胞極性統御研究チーム
計算分子設計研究チーム
個体パターニング研究チーム
上皮形態形成研究チーム
細胞場構造研究ユニット
発生動態研究チーム
細胞構造生物学研究チーム
フィジカルバイオロジー研究チーム
無細胞タンパク質合成研究チーム
細胞システム動態予測研究チーム
ナノバイオプローブ研究チーム
分子機能シミュレーション研究チーム
高速ゲノム変異マウス作製支援ユニット
バイオコンピューティング研究チーム
集積バイオデバイス研究チーム
細胞システム制御学研究ユニット
多階層生命動態研究チーム
発生幾何研究チーム
先端バイオイメージング研究チーム

y.okada[at]riken.jp
taiji[at]riken.jp
hiroshi.hamada[at]riken.jp
ycwang[at]cdb.riken.jp
atsuko.iwane[at]riken.jp
sonami[at]riken.jp
kigawa[at]riken.jp
tatsuo.shibata[at]riken.jp
yshimizu[at]riken.jp
katsuyuki.shiroguchi[at]riken.jp
tjin[at]riken.jp
sugita[at]riken.jp
kenta.sumiyama[at]riken.jp
ktakahashi[at]riken.jp
yo.tanaka[at]riken.jp
taniguchi[at]riken.jp
chikara.furusawa[at]riken.jp
yoshihiro.morishita[at]riken.jp
tomowatanabe[at]riken.jp

猪股 秀彦
北島 智也

体軸動態研究チーム
染色体分配研究チーム

hidehiko.inomata[at]riken.jp
tomoya.kitajima[at]riken.jp

工樂 樹洋
Sa Kan Yoo
辻孝
平谷 伊智朗藤原 裕展

分子配列比較解析チーム
動的恒常性研究チーム
器官誘導研究チーム
発生エピジェネティクス研究チーム
細胞外環境研究チーム

shigehiro.kuraku[at]riken.jp
sakan.yoo[at]riken.jp
takashi.tsuji[at]riken.jp
ichiro.hiratani[at]riken.jp
hironobu.fujiwara[at]riken.jp

片岡 洋祐
土居 久志

細胞機能評価研究チーム
標識化学研究チーム

kataokay[at]riken.jp
hisashi.doi[at]riken.jp

髙橋 政代
森本 充

網膜再生医療研究開発プロジェクト
呼吸器形成研究チーム

masayo.takahashi[at]riken.jp
mitsuru.morimoto[at]riken.jp

北島 智也
高里 実
松崎 文雄

染色体分配研究チーム
ヒト器官形成研究チーム
非対称細胞分裂研究チーム

tomoya.kitajima[at]riken.jp
takasato[at]cdb.riken.jp
fumio.matsuzaki[at]riken.jp

入來 篤史

象徴概念発達研究チーム

atsushi.iriki[at]riken.jp

Sa Kan Yoo
辻孝
平谷 伊智朗宮道 和成

動的恒常性研究チーム
器官誘導研究チーム
発生エピジェネティクス研究チーム
比較コネクトミクス研究チーム

sakan.yoo[at]riken.jp
takashi.tsuji[at]riken.jp
ichiro.hiratani[at]riken.jp
kazunari.miyamichi[at]riken.jp

大浪 修一

発生動態研究チーム

sonami[at]riken.jp

工樂 樹洋
倉谷 滋
林 茂生
森本 充

分子配列比較解析チーム
形態進化研究チーム
形態形成シグナル研究チーム
呼吸器形成研究チーム

shigehiro.kuraku[at]riken.jp
shigeru.kuratani[at]riken.jp
shigeo.hayashi[at]riken.jp
mitsuru.morimoto[at]riken.jp

Zhang Kam
泰地 真弘人構造バイオインフォマティクス研究チーム
計算分子設計研究チーム

kamzhang[at]riken.jp
taiji[at]riken.jp

木川 隆則
本間 光貴

細胞構造生物学研究チーム
制御分子設計研究チーム

kigawa[at]riken.jp
honma.teruki[at]riken.jp

土居 久志
渡辺 恭良

標識化学研究チーム
健康・病態科学研究チーム

hisashi.doi[at]riken.jp
yywata[at]riken.jp

清成 寛
林 茂生
藤原 裕展

生体モデル開発ユニット
形態形成シグナル研究チーム
細胞外環境研究チーム

hiroshi.kiyonari[at]riken.jp
shigeo.hayashi[at]riken.jp
hironobu.fujiwara[at]riken.jp

柴田 達夫

フィジカルバイオロジー研究チーム

tatsuo.shibata[at]riken.jp

大浪 修一
城口 克之
渡邉 朋信

発生動態研究チーム
細胞システム動態予測研究チーム
先端バイオイメージング研究チーム

sonami[at]riken.jp
katsuyuki.shiroguchi[at]riken.jp
tomowatanabe[at]riken.jp

大阪大学大学院 生命機能研究科
生命動態システム科学
発生生物学

大阪大学大学院 理学研究科
生物分子情報研究室
関西学院大学大学院 理工学研究科

岐阜大学大学院 連合創薬医療情報研究科

京都大学大学院 医学研究科
再生応用生物学
京都大学大学院 生命科学研究科
高次生命科学専攻 分子病態学
慶應義塾大学大学院 医学研究科

神戸大学大学院 医学研究科
生理学・細胞生物学講座 発生・再生医学分野
神戸大学大学院 システム情報学研究科
大規模計算科学神戸大学大学院 理学研究科
生物学専攻・連携講座 発生生物学
東京大学大学院 新領域創成科学研究科
システム情報生物学分野
東京工業大学 情報理工学院 情報工学系

徳島大学大学院 医歯薬学研究部

兵庫県立大学大学院 生命理学研究科
細胞機能解析学部門 発生・再生学
広島大学大学院 理学研究科

立命館大学大学院 生命科学研究科

体軸動態研究チーム
チームリーダー：猪股秀彦

大阪大学大学院理学研究科（生物科学専攻）【連絡先】
・電話：０７８−３０６−３１０８
・メールアドレス：hidehiko.inomata@riken.jp
・研究室場所：C 棟４階

モルフォゲンを介した細胞間コミュニケーションの理解と制御
私たちは、脊椎動物（アフリカツメガエル・ゼブラフィッシュ）を用いて、胚がどのようにして適切に位置情報を獲得するのか調べています。発生過程においては分泌蛋白質モルフォゲンの濃度勾配を介して細胞同士が互いにコミュニケーションし、再現性よく複雑な組織を形成することが知られています。例えば、外科的にカエル胚を半割にすると、半分のサイズの相似形を保ったオタマ
ジャクシが発生します。このような、空間サイズの変動に対しても細胞同士がコミュニケーション
し柔軟に対応していることがわかってきました（Inomata et al, Cell 2013）。
現在は、モルフォゲン濃度勾配依存的な組織パターン形成に関して、２つの観点から研究を進めています。一つ目は、モ ル フ ォ ゲ ン の 分 布 を 時 空 間 的 に 制 御 す る 手 法 の 開 発 です。この技術を発展させることにより、将来的には筆で絵を描くように自由自在に胚内に組織パターンを描けるよ
うにしたいと考えています。二つ目は、ダイナミックに変 形 す る 発 生 場 に お い て 、ど の よ う に して 適 切 な 濃 度 勾 配 が 構 築 さ れ る の か 研究しています。特に、胚の変形によって駆動される細胞外体液の動態（流れなど）が、分泌蛋白質の分布にどのように影響するのか解析しています。
これらを解析するために、ライブイメージング、画像解析、圧力測定、インジェクション、トランスジェニック胚の作製、光スイッチ蛋白質を用いた光制御、などを行います。独創的な研究を楽しみたい、熱意のある学生を歓迎します。

【参考文献】
・Scaling of dorsal-ventral patterning by embryo size-dependent degradation of Spemann’s organizer signals.

Cell. 153, 1296-1311 (2013)：胚サイズの擾乱に対する濃度勾配の頑強性を構成論的手法により解析

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生体非平衡物理学理研白眉研究チーム（2018.09発足！）
PI: Kyogo Kawaguchi 川口 喬吾
email: kyogo.kawaguchi@riken.jp
web: https://sites.google.com/view/noneqbiophysics/
lab: C棟 5階

研究対象：
やっていること（例）：

多数の要素がより集まって生じる生命現象いろいろ
多細胞現象のなるべくきれいな動画を顕微鏡で撮影解析したり理論を考えたりする

例１: 神経幹細胞が作る液晶パターン

最近やっていること１:
細胞集団のらせん運動観察

1 mm
2 mm

1 cm

なぜいつも右巻きなのかが知りたい
2 mm

最近やっていること２:
上皮組織内の細胞運動観察
Nature, 525, 347 (2017)
日本語解説: http://first.lifesciencedb.jp/16486

例２: 皮膚幹細胞の陣取りゲーム

Cell Stem Cell, 23, 677 (2018)

日本語解説: http://first.lifesciencedb.jp/18829

マウス皮膚や培養皮膚細胞

ターンオーバー単層上皮 (MDCK細胞)

細胞運命相互作用の違いの起源が知りたい
・なにごともライブ観察できるならしたい
・物理や数学が得意or嫌いじゃない・そもそも生命現象を理解するとはどういうことか、などと考えてしまう…という感じな方（まあそうでなくても）お声掛けください！

染色体分配研究チーム

Laboratory for Chromosome Segregation
京都大学大学院生命科学研究科
大阪大学大学院理学研究科
北島 智也 (チームリーダー)
Email: tkitajima@cdb.riken.jp
TEL/FAX: 078-306-3308/3309
C 棟 4 階、S406 号室
老化した卵母細胞における染色体分配エラー

発生のスタート地点で卵子がかかえるジレンマとは？

参考文献

Ding et al “The post-anaphase SUMO pathway
ensures the maintenance of centromeric cohesion
through meiosis I-II transition in mammalian
卵母細胞は減数分裂により卵子となり、さoocytes.”
らに受精して発生のスタート地点となります。 Current Biology 28(10), 1661-1669 (2018)
Kyogoku and Kitajima “Large cytoplasm is linked to
卵母細胞は減数分裂のさい、染色体を正確に
the error-prone nature of oocytes”
娘細胞に分配しなければなりません。もし染Developmental Cell 41(3), 287-298 (2017).
色体分配に誤りが起こると、その結果生まれ卵母細胞の細胞質を顕微操作により人為的に変化させ、大きな細胞質がエラーを起こしやすい性質とた卵子が受精したとしても、それは流産やダ結びついていることを示しました。
ウン症などの重篤な先天性疾患を引き起こし
Sakakibara et al. “Bivalent separation into
univalents precedes age-related meiosis I errors inます。この染色体分配の誤りの頻度は、母体
oocytes.”
年齢とともに増加することが知られています。
Nature Communications 6:7550 (2015)
私たちはライブイメージング技術を中心老化させたマウスの卵母細胞における染色体分配の誤りの過程を直接観察することに成功しました。
的に用いて、マウス卵母細胞、卵子および受誤りの主要な原因は、二価染色体が一価染色体に早精卵の細胞分裂における染色体分配の機構を期分離することにあると分かりました。
Yoshida et al. “Inherent instability of correct
研究しています。卵母細胞の細胞生物学を基
kinetochore-microtubule
attachments
during本としながら、発生や老化に応じて変化する
meiosis I in oocytes.”
細胞内の性質を解き明かすことが大きな目的
Developmental Cell 33(5), 589–602 (2015)
卵母細胞の減数第一分裂では、正しい微小管と染色です。簡単なプログラミングを使った画像解体の接続が不安定化されやすいことを明らかにし
析や定量解析もやりますし、マニピュレータ
ました。
Kitajima et al. “Complete kinetochore tracking
ーを使って細胞の形を操作する発生工学的なreveals error-prone homologous chromosome
手法も使います。独biorientation in mammalian oocytes.”
創的なアプローチ
Cell 146, 568-581 (2011).
細胞分裂を通じた 3 次元動原体追跡をマウス卵母細から型破りな細胞
胞減数第一分裂において成功しました。

生物学を切り拓く
ことに興味のある、
熱意ある学生を歓迎します。

減数第一・第二分裂の融合卵における染色体と微小管の接続

心臓再生研究チーム
regenerating heart

healthy heart

Laboratory forHeart Regeneration

unhealthy heart

RIKEN BDR A bldg. N402
TEL: 078-306-3053
連携︓大阪大学大学院医学系研究科
Aﬃliated to Osaka Univ. Grad. School of Medicine

Team Leader:
木村 航 (Wataru Kimura PhD)
wataru.kimura@riken.jp

心筋の増殖を制御する機構を明らかにし，傷ついた心臓の再生を目指す

哺乳類の成体の心筋細胞には、細胞分裂によって増殖する能力がなく、そのため心筋梗塞などで障害を受けた後の再生能力がありません。しかし同じ哺乳類でも、胎児期や生後すぐの新生児期には多くの心筋細胞が増殖能を保っており、心臓には再生能力があります。我々はこれまでに、ミトコ
ンドリア好気呼吸とそれによって生じる酸化ストレスが生後の心筋細胞の増殖能を失わせる原因の一つであることを見出しました。そこで、我々の研究室では、酸化ストレスにより細胞周期が制御されるメカニズムをより詳細に明らかにし、その機構をターゲットにした新しい心臓再生の方法を確立することを目指します。
Elucidating the mechanisms of cardiomyocyte proliferation
Heart disease is the leading cause of death worldwide. The main reason for this is ourinability to regenerate damaged myocardium in the heart. Proliferation of cardiomyocytes(heart muscle cells) is a major mediator of mammalian heart regeneration in neonatesand myocardial turnover in adults. We have recently shown that a rapid increase inmitochondrial respiration and in oxidative stress induce cell cycle arrest in neonatal
cardiomyocytes. Our research interest focuses on how the postnatal mammalian heart
loses regenerative capacity following injury- and age-related myocardial damage, andwhether it is possible to re-awaken endogenous regenerative capacity.
low O₂Zebrafishregenerative

通常の酸素状態
7%酸素で2週間維持

小型動物用の低酸素容器
100

Mammalian
fetusregenerative

酸素代謝は心臓再生能と関わる

Oxygen Metabolism
Regulates Cardiac
Regeneration
atmospheric O₂

Mammalian
adultregenerative**

心臓の駆出力︵％︶low O₂

80

*

60
40
20
0

損傷前

損傷後

低酸素後

マウスを低酸素状態に置くことで損傷を受けた心臓が一部再生する
マウス新生児の心筋細胞
増殖能あり

増殖能なし

マウス成体の心筋細胞

増殖能あり

心筋細胞 DNA DNA 損傷

心筋細胞 DNA DNA 損傷

増殖できる心筋細胞は酸化ストレスを低く保っている
Proliferative Cardiomyocyte Are Protected from
Oxidative StressHypoxia Induces Cardiac Regeneration in Mice

参考文献
References
1. Puente*, Kimura* et al.: The Oxygen Rich Postnatal Environment
Induces Cardiomyocyte Cell Cycle Arrest through DNA Damage Response.
Cell 157, 565-579 (2014) *equal contribution
2. Canseco, Kimura et al.: Human Ventricular Unloading Induces
Cardiomyocyte Proliferation. J. Am. Coll. Cardiol. 65, 892-900 (2015)
3. Kimura et al.: Hypoxia Fate Mapping Identiﬁes Cycling Cardiomyocytes
in the Adult Heart. Nature 523, 226-230 (2015)
4. Nakada et al.: Hypoxia Induces Heart Regeneration in Adult Mice.
Nature 541, 222-227 (2017)

研究                       多細胞システムの秩序形成原理の解明

理論

実験

チームリーダー 柴田達夫

・フィジカルバイオロジー研究チームでは、物理学や数学の考え方を用いて細胞や組織の様々な問題に取り組んでいます。
・生命現象の基本単位である細胞は数多くの遺伝子やタンパク質により構成されています。
また、組織は数多くの細胞によって構成されています。
それらの相互作用によってどのように細胞や組織の機能や、生命の秩序が生まれるのでしょうか。
・それを明らかにするために、興味のある生命現象をコンピューターの中に再構築します。
シミュレーションと実験データを比較することで、生命現象の本質に迫ります。

理化学研究所フィジカルバイオロジー研究チーム
大阪大学大学院生命機能研究科
広島大学大学院理学研究科
078-306-3264/D棟2階
tatsuo.shibata@riken.jp

秩序形成原理：細胞の極性形成
細胞の集団運動
方法：

数理科学
定量的実験

ヒト器官形成研究チーム
Laboratory for Human Organogenesis
・チームリーダー：髙里 実（Minoru Takasato, PhD）
・連携大学院 ：京都大学大学院 生命科学研究科(Kyoto Univ. Graduate School of Biostudies）：minoru.takasato@riken.jp / 078-306-3100
・連絡先：A 棟 3 階（3th floor, bldg. A）
・場所
・研究内容：
ヒト多能性幹細胞を使った、再生医療研究の究極の目標とはなんでしょうか。私たちは、試験管内で任意の臓器を完全な形で創り上げることが、その究極的な目標の一つであると考えています。この目標に近づくため、当研究チームでは、ヒト iPS 細胞から腎臓オルガノイドを作成する系を利用して、移植可能な、更に高次のレベルの腎臓組織の構築を目指しています。また、純粋なヒト発生学への貢献も目指し、分化誘導過程のヒト iPS 細胞の挙動を詳しく観察することで、ヒトの中胚葉系臓器や腎臓の発生メカニズムを解明したいと考えています。
具体的には、以下の生物学的疑問を解決する研究に取り組んでいます。
受精卵からどのように腎臓や膀胱ができるのか？ → 細胞運命決定を知る。
複数の臓器はどうやって連結しているのか？ → 組織同士のつながり、役割分担を知る。
３次元臓器はどのように形作られるのか？ → 自己組織化の仕組みを知る。
３次元臓器はどのように維持されているのか？ → 臓器の血管化、成熟化を知る。

・参考文献：Takasato et al., Nat Protoc. 2016 / Takasato et al., Nature 2015 / Takasato et al., Nat Cell Biol 2014.

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Laboratory for Retinal Regeneration

retinalab@ml.riken.jp 078-306-3305

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(Goto et al. eLife 2018)

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Chemically-induced photoreceptor degeneration andprotection in mouse 3D retinas
3D
retina3D
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D A P I T u j1 S M I3 1 2Maekawa et al. Curr Eye Res. 2016

ÉÍ²ÍC ¤¦±Èq[f&©v!
Î_hkZ&LÆ¸ÈÏ

Immunopanning-based isolated RGC culture system(Ito et al. Stem Cell Res. 2017)⇒ culture
V:D

Rod-rich and Cone-rich 3D retinas from mouse iPSCs
R o d richThy1 abC o n e rich

S M I3 1 2(Ueda et al. BBRC 2017)(Kobayashi et al. IOVS 2018)

Aged WT

Aged Aldh1a1 KO

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(Mofiried from https://www.healios.co.jp/)

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RPE

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Vortex384-well plateX&J)9PÂmD\`$;

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CD8

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New multiplex PCR strip examination

HSV1-DNA (+)

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http://www.cdb.riken.jp/news/2017/topics/0330_13075.html

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Sunagawa & Takahashi, Sci. Rep. 2016.

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À¹iPS[f¥pz¨_hkZQ³Í¹
http://www.city.kobe.lg.jp/information/project/iryo/

http://www.navy.mil/management/photodb/webp
hoto/web_060702-N-3532C-017.jpg

理化学研究所BDR脳コネクトミクスイメージングチーム「脳の成り立ち、機能、連絡性の解明」と「非侵襲画像技術の開発と医学応用」の両立を目指しています

日本画の奇才、伊藤若冲は世界で初めて生物の「デジタル」画を製作しました*1
対象は世界中の動物たち、生き生きとした姿と表情に感動を覚えます

当チームは世界最高精度の非侵襲可視化・デジタル化技術を駆使し世界に向けた発信をしたいと思います
自身にひそむ奇才を見つけたい方はぜひ来てください林 拓也
脳コネクトミクスイメージングチーム・
チームリーダーE-mail: takuya.hayashi@riken.jp*1樹花鳥獣図屏風（静岡県立美術館所蔵）

発⽣エピジェネティクス研究チーム
Laboratory for Developmental Epigenetics

平⾕ 伊智朗Ichiro Hiratani, Ph.D.
チームリーダー理研BDR

ichiro.hiratani@riken.jp
Tel: 078-306-3179

神⼾／発⽣・再⽣研究棟A棟6階 N-606号室
www.bdr.riken.jp/jp/research/labs/hiratani-i/
神⼾⼤学⼤学院医学研究科 客員准教授
関⻄学院⼤学⼤学院理⼯学研究科 客員准教授

ゲノムDNAに埋め込まれた発⽣プログラム制御の暗号を解読する
背景

キーワード

受精後、発⽣が進むにつれて細胞は個性を変える
細胞の個性は遺伝⼦発現プロファイルに現れる遺伝⼦発現プロファイル変化の背後にはゲノム⾼次構造変化がある
ゲノム⾼次構造変化の分⼦機構を解明することは発⽣学の⼤きな課題

ゲノム染⾊体⾼次構造（3Dゲノム）エピジェネティクス
ゲノムワイド解析
マウス胚発⽣ES細胞分化

私たちの⽬標既存の⼿法では⾒えていないゲノム⾼次構造変化の分⼦機構を明らかにすべく、メガベース（106塩基）単位のゲノム染⾊体⾼次構造（＝3Dゲノム）に注⽬し、細胞分化に伴う3Dゲノム変化を１細胞レベルで全ゲノム解析する独⾃技術を⽤いて、3Dゲノム変化の様式及びこれを司る分⼦機構を明らかにし、
ゲノムDNAに埋め込まれた発⽣プログラム制御の暗号の解読を⽬指しています〜1.5⽇胚

3.5⽇胚

6.5⽇胚
内部細胞塊

マウス胚発⽣相関係数
1.0

Hi-C解析

胚体外外胚葉

–1.0

原条
全能性細胞

20

栄養外胚葉

内胚葉
外胚葉 中胚葉
体細胞系列

細胞核と
染⾊体構造

40

60

80

100

120

140 (Mb)

内
核内配置
外

新しいことにチャレンジする気持ちを持った若い⼈を育てることも⼤きな
⽬標の１つです。少しでも興味がわいたら気軽にメールください（平⾕）。

1細胞DNA複製解析
1万細胞

マウス胚を⽤いた3Dゲノム解析
Hi-C解析、1細胞DNA複製解析/scRepli-seq、1細胞RNA解析/scRNA-seq
哺乳類細胞核の電⼦顕微鏡像

Yale Univ, image gallery

DNA複製時期と細胞核
Early S複製DNA
Late S複製DNA

1細胞
複製前
3Dゲノムモデル

複製後

Takahashi et al., Nat Genet (2019)

3Dゲノム解析と顕微鏡解析で得られたデータ同⼠のつじつまが合い、
点と点がどんどんつながって線になっていく。これが私たちの研究の醍醐味です。

ichiro.hiratani@riken.jp

研究室：生命機能科学研究センター 発生幾何研究チーム
PI：森下喜弘
所属大学院：大阪大学大学院 生命機能研究科（招聘准教授）連絡先：078-306-3147; yoshihiro.morishita@riken.jp
研究室場所：C 棟 4 階
研究室の紹介：「データに基づいた数理モデリング・シミュレーションによる形態形成メカニズムの理解」
本研究室では、発生現象特に器官の形がどう決定されるのかに興味を持って研究しています。
「どう決定されるのか」を理解するためには分子、細胞、組織という異なる空間スケー
ルで起こる現象が、どうように統合されることで最終形態へとつながるのかを明らかにしなければなりません。そのための方法として、遺伝子解析から表現型の解析を行うボトム
アップアプローチ（スケールの小さいところから理解して大きなところへ迫る）と、組織レベルの変形動態解析から出発して、特徴的な組織変形が生じる時間と場所を特定し、分子・細胞生物学的にそこで何が起きているのかを解明するトップダウンアプローチ（大きなところから小さなところへ向かう）があります。本研究室では後者のトップダウンアプ
ローチを採用し、具体的な対象器官としてニワトリの脳、心臓の初期発生とカエル幼生における四肢発生と再生に取り組んでいます（下図：脳初期発生時の変形動態解析の例）。
また実験以外にも、実験で得られたデータを解析するための解析方法自身を考案したり（すぐに役に立つ理論研究）、現在の技術では実験からアプローチするのは難しい現象に対して、数理モデルを作ってシミュレーションすることで現象の理解に見通しを与えたり（“理想的には”予測を与える理論研究）、あるいは、より抽象的な研究として発生や再生現象に普遍的な法則や支配方程式の解明を目指した理論構築（生命現象の普遍的原理を目指した研究）を行ったりしています。研究室メンバーの専門は、実験研究（分子・発生生物）と理論研
究（工学・応用数学・数理生物）の混合チームです。異分野の研究者が同じスペースで日々研究することによって、お互いに不得意なところを補い合って、理論と実験を融合した研究を目指しています。

比較コネクトミクス研究チーム
Laboratory for Comparative Connectomics
理研 BDR／神戸大学 大学院 医学研究科
宮道和成（チームリーダー）
研究室 C 棟 5 階 504N
メール kazunari.miyamichi@riken.jp
ウェブサイト http://www.cco.riken.jp
電話 078-306-3376
私たちの脳内では、無数の神経細胞がそれぞれの個性を踏まえて連結し複雑な神経回路を形成することで、認識、記憶、行動を支える情報処理を可能としています。当チーム
は、マウスの脳をモデルとして、任意のニューロンの形成する神経回路の入力-出力構
造を一細胞レベルでマップするウイルス遺伝子工学的な手法を実現してきました。現在、これらのツールを使用することで、様々な社会的行動の根底にある視床下部のニューロンの接続パターンを比較解析しています。具体的には、性行動や生殖機能を制御するニ
ューロンに焦点を当てて、シナプス結合パターンのレベルで神経回路の性差を研究しています。また、分娩や授乳といった大きなライフイベントに関連し、状態依存的に起きる神経回路の構造や機能レベルの変化を調べています。
これらの“比較コネクトミクス”型アプ
ローチは、神経回路の発生と機能とを統合的に理解するための基盤となります。私たちはまた、
このような手法をマウス以外の哺乳動物に拡張するためのプラットフォーム作りにも取り組んでいます。
当研究室における研究技術の概要

Yoo生理遺伝学研究室/動的恒常性研究チーム
PI: Sa Kan Yooemail: sakan.yoo@riken.jp
web: www.yoolab.website

研究テーマ• 癌：癌で死ぬのは何故か？
• 老化：老化と幹細胞、組織修復の関係• 細胞死：細胞が死ぬメカニズムの解明
ラボの特徴• 遺伝学を使って生理学をする• PIが実験や研究をイチから指導• 学生が比較的多い（修士４人、博士５人）
参考文献
Yoo et al. Nature Commun. 2016
Yoo et al. JCB. 2012
Yoo et al. JCS. 2012
Yoo et al. Nature. 2012
Yoo et al. J Leukoc Biol. 2011
Yoo et al. Dev Cell. 2010
Yoo et al. Curr Biol. 2009

PI経歴
2007 神戸大医学部卒業、MD取得
2012 UW-Madison, PhD取得
2012-2015 UC-Berkeley, Miller fellow
2015夏 理研でラボ立ち上げ-.$. ,*
理化学研究所 生命機能研究センター

概要

呼吸器形成研究チーム

呼 吸 器 形 成 研 究 チ ー ム （ Laboratory for Lung Development andRegeneration）は、呼吸器を題材に、臓器の発生、再生、疾患の研究に取り組む研究室です。私たちは特に発生後期〜生後初期における臓器の成熟過程と、成体での組織損傷からの再生現象、病変を題材に個々の細胞の挙動と臓器の構造に注目した研究に取り組んでいます。
・リーダー ：森本充・所属大学院：京都大学大学院 医学研究科
神戸大学大学院 理学研究科
・連絡先：078-306-3199
mmorimoto@cdb.riken.jp
・Web site: http://www.cdb.riken.jp/lungdev/

プロジェクト1

胎児気管の全上皮細胞リネージ解析

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発生後期~生後初期は臓器の機能獲得、成熟化のために重要な時期です。発生異常による疾患の発症を理解するための有益な情報が隠されています。また発生後期の臓器形成と成体の組織再生との間には幾つかの共通点があることが知られています。本プロジェクトでは、気管上皮を１細胞レベルで遺伝子発現および細胞動態を解析し、発生後期でおこる多細胞の連携メカニズム解明に取り組むとともに、未分化を制御する遺伝子と疾患の関わりについての探索を行なっています。

プロジェクト2

組織形態が幹細胞ニッチ形成に与える影響

%+&(最近の臓器形成研究の中でも特に注目されているのが、成体における組織幹細胞の研究です。呼吸器上皮の組織幹細胞に関する報告は数多く存在します。面白いことに、これら幹細胞は特徴的な組織構造に沿って発見されることが多々あります。その場所は気管支の分岐点

Cr-V1-LAPCの上や、細気管支と肺胞の狭間にあります。本プロジェクトでは、臓器の組織形態と幹細胞ニッチの成り立ちについて研究しています。

Cr-V1-LMC

プロジェクト3“生まれる”ことが呼吸器の発達をうながす仕組みの研究

長い発生過程を経て構築された呼吸器は、出生後に吸気を取り込んで初めて機能しはじめます。そして呼吸の開始によって肺組織はさらに発達を進めます。肺は出生を感知して呼吸をはじめ、肺胞組織をさらに緻密な構造へ再構成します。出生後の肺胞形成の失敗は、新生児の気管支肺異形成症(BPD)と密接な関わりがあります。本プロジェクトでは、出生後の肺胞形成に異常を示す変異マウスを用いて、呼吸の開始が肺胞の再編制をうながすメカニズムの解明を目指します。

プロジェクト4

呼吸器組織の再構成

呼吸器組織のオルガノイドを作成しています。

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Cr-V1-P# !
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～理化学研究所大学院生リサーチ・アソシエイト制度～<<制度内容>>大学院博士（ 後期）課程在籍者を非常勤職員として受け入れ、国立研究開発法人理化学研究所の研究者の指導のもとで研究を行います。

<<制度対象者>>
・（ 採用時に日本の大学院博士（ 後期）課程に在籍の方。理研と連携や研究協力協定を締結している大学院に在籍する方 見込を含む）、または理研研究者と共同研究を実施している大学院の博士（ 後期）課程在籍者（ 見込を含む）で、理研で研究指導を受けることについて在籍する大学院から許可を得られる方。ただし、博士課程の標準年限を超えて在籍する方並びに、他のフェロー
シップ・奨学金等や報酬の受給を制限している制度に採用されている方は対象外とします。
・医療分野の基礎研究人材の育成に寄与するため、医学部・歯学部を卒業した方も積極的に受け入れています。

<<契約期間及び勤務形態>>
契約期間は 1 年ですが、契約期間中に博士号を取得した場合、または大学院を中途退学した場合はその時点をもって契約を終了します。（ また、所要の評価により最長 3 年間（ 標準修業年限が４年の課程に所属の方は４年間）、継続して契約を更新することができます。（ 基本的な勤務形
態は、毎日 5 時間の勤務 理研における非常勤勤務形態）です。

<<採用数>>
2019 年度採用数：60 人程度 医師／歯科医師の免許取得者を含みます。採用数は政府関係予算の成立を前提としており、事情により変更されることがあります）。

<<待遇等>>
給 与：月額 164,000 円 税込み） 週勤務日数が 5 日の場合）
通勤手当：当研究所規定に基づいて支給 支給限度額：月 55,000 円）
その他、当研究所規程による<<公募・選考スケジュール>>受け入れ研究室の主宰者からの申請により、書類審査を行います。
公募：9 月下旬～11 月中旬
書類審査：12 月上～中旬
契約締結：3 月下旬
研究開始：4 月 1 日 もしくは 10 月 1 日）
＊2019 年度向け募集は終了しました。
＊上記スケジュールは変更の可能性もあります。最新の情報はサイトでご確認ください。

～お問合せ先～〒351-0198 埼玉県和光市広沢 2-1
理化学研究所 人事部 研究人事課
大学院生リサーチ・アソシエイト担当
Tel： 048-467-9418
jra@riken.jp
http://www.riken.jp/careers/programs/jra/暑い夏に

熱いサイエンス
大学生のための生命科学研究インターンシップ
理化学研究所 神戸キャンパス

理研では、最先端の生命科学研究に参加する5日間のインターンシップを開催します。
研究室滞在を中心とする充実のプログラム。是非ご応募下さい !
日 程

2018年8月20日（月）〜24日（金）参加対象

大学生で全日程の参加が可能な方

募集人数

25名程度

プログラム

参加費

無料（国内旅費・宿泊費の支給あり）

下記テーマから１つを選択し、配属研究室における研究活動に参加していただきます。さらに、発生・再生科学の最前線を紹介するレクチャー、研究室訪問、インターン参加者による発表会などを予定しています。

場所

理化学研究所 神戸キャンパス（神戸市中央区 ポートアイランド）
神戸新交通ポートライナー線「医療センター」駅下車、徒歩約4分

詳細・応募方法

下記のホームページより、2018年5月25日（金）
までにお申し込み下さい。
http://www2.bdr.riken.jp/internship/2018/

・研究テーマ濃度勾配とパターン形成の制御（猪股秀彦）
マウス卵母細胞における染色体分配装置のライブイメージング（北島智也）
傷や癌が個体に与える影響（Sa Kan Yoo）
ヒト腎臓オルガノイド自己組織化の観察（髙里実）細胞の動態から発生のしくみを読み取る（林茂生）
細胞分化に伴う染色体高次構造変化の解析（平谷伊智朗 ）毛包形成を支える細胞分化のダイナミクス（藤原裕展）
神経幹細胞の振る舞いをじかに見る（松崎文雄）
Interplay between blood ﬂow and blood vessel architecture（Li-Kun Phng）

連絡先
理化学研究所 神戸キャンパス
インターンシップ事務局〒650 - 0047 神戸市中央区港島南町 2-2-3
Tel : 078-306-3415 Fax : 078-306-3039 E-mail : internship2018@ml.riken.jp

理研 神戸キャンパス 生命機能科学 連携大学院説明会 201９ アンケート
差し支えない範囲で結構ですので、ご協力をお願いいたします。

ご所属（大学、機関、研究室など）：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
学年（該当者のみ）：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿
お名前：＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿◆すべて複数回答可◆（１）この説明会を何でお知りになりましたか？
□ポスター→どこでご覧になりましたか?

□通学している大学/大学院の構内 □その他（）□チラシ→どこでご覧になりましたか?□通学している大学/大学院の構内□BDR ホームページ

□教官から

□その他（

□友人から（口コミ）

□その他（

）

□Twitter、ブログなど）（２）説明会で役に立ったと思うのはどのセッションですか？
□レクチャー □連携大学院制度とは？
□研究室紹介 part1（スライド発表）□現役院生が語る理研での研究生活□研究室紹介 part2（ポスター展示）□研究室見学□その他（）（３）興味を持った研究室があれば教えてください。
（

）（

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（４）他に「こんな話が聞きたかった」などのご要望があればお聞かせください。
今後の参考にさせていただきます。
（

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理由：
（５）その他、ご意見や、説明会に参加した感想など、ご自由にご記入ください。

------------------------------------------------------------------------------★今後、連携大学院関連で企画・運営するイベント等の情報を、メールにてご案内してもよろしいですか？
□配信を希望する□配信を希望しない

ご協力ありがとうございました。お気をつけてお帰りください。