開発項目 「 機能性 RNA プロジェクト」
プロジェクト 」のうち平成のうち 平成１８
平成 １８年度分中間年報
１８ 年度分中間年報

平成１８
平成 １８年度
１８ 年度～
年度 ～ 平成１９
平成 １９年度
１９ 年度

作成者：社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム

１ ． 研究開発の研究開発 の 内容及び内容及 び 成果等
研究開発項目研究 開発項目①
開発項目 ①「 機能性 RNA の 探索・
探索 ・ 解析のためのバイオインフォマティクス
解析 のためのバイオインフォマティクス技術のためのバイオインフォマティクス 技術の技術 の 開発」
開発 」（ １ ） 機能性RNA
機能性 RNAにRNA に 特化したバイオインフォマティクス
特化 したバイオインフォマティクス技術
したバイオインフォマティクス 技術（１－１）機能性RNAのための総合的な配列解析技術の開発
整列されていない複数のRNA配列から配列間で共有される2次構造モチーフを推定する手法を開発し、国内及びPCT国際特許として出願した。手法の詳細は、国際学術誌Bioinformatics詩に発表した。また、ソフトウェア RNAmineとして本手法を実装し、ウェブ・アプリケーショ
ンとして誰でも容易にインターネット経由で利用可能になっている。
（１－２）確率文法とカーネル法によるRNA配列情報解析技術の開発
ゲノム配列対RNA配列との類似性検索によるRNA遺伝子発見を、従来よりも高感度で実行可
能な新規手法を開発した。線虫、ショウジョウバエ、ホヤの比較ゲノム結果を用いた検証実験において、51本の新規機能性RNA候補領域を同定することに成功した。本手法は現在検証実験中であるが、国際学術誌への投稿及び特許の出願について現在準備中である。
（ ２ ） 機能性RNA
機能性 RNAのRNA の 網羅的予測（２－１）比較ゲノムによる機能性RNAの網羅的予測
ヒト、イヌ、マウス、ラットゲノムによる比較ゲノム結果と既存の予測ツール及び既存ゲ
ノムアノテーション情報を活用して、進化的に保存された2次構造を有する確率が極めて高く、なおかつ転写産物が取得されている新規機能性RNA候補領域 353領域の抽出に成功した。また、既存の予測領域と重複する 1,249領域についても本手法の予測領域として独自に検出された。ここでの比較ゲノムは、当グループ独自開発の配列解析情報ツールを用いたもので、その特徴は、潜在的なRNA2次構造を考慮した高速・高精度の比較を可能にする点にあり、従来例をみない極めて新規性の高い手法である。今後、生物学実験による検証を経て、新規機
能性RNAの発見を目指す。
（２－２）ゲノム配列からの機能性RNAの網羅的予測
マイクロRNAをヒトゲノムから網羅的に予測する新規手法の開発に成功し、特許出願した。本手法は従来手法と比較して感度・特異度ともに高く、150個以上の進化的に保存された新規マイクロRNA領域を予測した。さらに、独自開発のRNAに特化した比較ゲノム手法を用いることで、従来の比較ゲノム結果から種間（脊椎動物間、哺乳類間）で高度に保存された領域について、RNA2次構造を考慮した比較ゲノム手法を用いて比較のやり直しを行い、脊椎動物間の比較では5,337領域、哺乳類間の比較では3,321領域の新規機能性RNA候補領域の抽出に成功した。

（ ３ ） 機能性RNA
機能性 RNAデータベース
RNA データベース開発
データベース 開発
２つのデータベース：fRNAdb と UCSC GenomeBrowser for Functional RNAを構築した。前者は、配列情報や文献情報を収容するためのデータベースであり、現在、ヒト完全長cDNA(H-inv
cDNA)から非コード配列と分類されているもの5,489本及び既知機能性RNA配列8,204本を収容している。後者はゲノム上の多様な属性情報と機能性RNA遺伝子との関係を図示するもので、既存のデータベースにRNA独自の情報と機能を追加したものである。国際学術誌Nucleic Acids
Research Database Issue に発表済で、海外からは欧米を中心に多くのアクセスがある。

研究開発項目②
研究開発項目 ②「 機能性ＲＮＡ
機能性 ＲＮＡ解析
ＲＮＡ 解析のための解析 のための支援技術のための 支援技術・ツールの支援技術 ・ツールの開発
・ツールの 開発」
開発 」

（ １ ） RNA のマススペクトロメトリー法のマススペクトロメトリー 法 の 開発
生体から抽出した微量な機能性 RNA を高感度質量分析法によって直接解析することを目指している。転写後プロセシングや修飾など、RNA が有する質的な情報を正確に読み取ることによって、RNA が関与する高次生命現象の解明や疾患との関連性を明らかにしていくことを目的としている。昨年度、我々は、プロジェクト当初の目標値であった数フェムトモルオーダーでの RNA の微量解析に成功している。今年度はさらにサブフェムトモルオーダーへ目標値を再設
定し、解析システムの構築と条件設定を重点的に行ったところ、50 atto mol(0.05 fmol)の測定感度を達成した。この手法により、マウス精巣に発現する Piwi-interacting RNA の 3’末端が、ほぼ 100%修飾されているという知見を見出した( Nature Struct Mol Biol ., 2007)。また、MALDI-QIT-TOF 型質量分析計に関しては、マトリクスの検討を行い、RNA を高効率でイオン化するための最適なマトリクスの探索に成功し、数フェムトモルオーダーの RNA をイオン化することに成功した。特に、MALDI では出にくいことが知られている、-2 価を検出することに成功し、より高質量側での測定に活路を見出すことができた。RNA マスフィンガープリント法(Genomic RMF)に関しては、RNA 断片の分子量特性を詳細に検討した結果、ゲノム情報から探索することが可能であるとの結論に達し、基本的なアルゴリズムの構築とプロトタイプの開発を行い、８月に基本特許を出願した。大腸菌、酵母に加えて、ヒトとマウスの RMF を開発し、実際にマウス ncRNA の解析データを用いて、ゲノムの表裏(6 Gbp)上から遺伝子の特定に成功している。微量な RNA を全自動で精製する装置（往復循環クロマトグラフィー）(特許出願済)の開発に着手した。8 連タイプのヘッドを新規に開発し、RNA の全自動単離に成功している。96
連ヘッドの設計と試作に着手した。
（ ２ ） 機能性 RNA を in vivo で 計測するシステムの計測 するシステムの開発
するシステムの 開発
１分子観測技術である蛍光相関分光法を用いることにより、細胞内の局所における機能性 RNAの動態解析を目標とする。本年度は、光ライゲーション法による RNA の標識化に成功した。細胞内で計測するためのモデル RNA として HIF1α RNA とそのアンチセンス RNA を用いて測定系の条件検討を行った。
（ ３ ） 機能性 RNA の 検出・
検出 ・ 同定技術の同定技術 の 開発
超高感度(アトモルレベル)まで高めたマイクロアレイ技術を開発し、機能性 RNA の高精度な発現変動解析を目標としている。
（３－１）マイクロアレイ基板 S-Bio を用いた MPEX 反応による低分子機能性 RNA（特にmiRNA）の高感度検出技術の開発
短い RNA 分子を対象とした MPEX 反応の検討を行った結果、数 atto モルのマイクロ RNA の
高感度検出が可能となった。 実際にヒトマイクロ RNA を対象とした 53 種類のプローブを搭載したアレイを作成し、各臓器由来のトータル RNA 中に含まれるマイクロ RNA のプロファイ
リングを行ったところ、すでに報告されている従来法によるアレイデータとよい一致を示した。
（３－１）Photo-DEAN 法による機能性ＲＮＡ検出技術の検討
光ライゲーション法は、ピリミジン-ピリミジン連続サイト（4 種類）でのみ連結が可能であったが、本年度新たにプリンバージョン（A および G）の光活性化塩基を開発したことにより、光連結サイトの塩基配列の組み合わせを 8 種類に拡張することに成功した。ライゲーションプロセスは従来法の数時間からわずか 5 分に迅速化された。RNA を鋳型とする DNA 連結が可能な光ライゲーション技術を応用した。DEAN 法を、non-coding RNA に適用する研究を行った。現在、8 種類の合成 RNA(30mer)の混合サンプルに対して個別に定量することに成功しており、検出下限 1amol(10 -18 mol)の感度を達成した。
（ ４ ） RNA の 新規合成基盤技術開発と新規合成基盤技術開発 と 化学分子設計
将来的な RNAi 医薬や再生医療をねらいに定め、高品質かつ安価な合成 RNA を供給するシス
テムを構築することを目標としている。RNA の 2’位の保護基として CEM 基を導入した CEM ア
ミダイトによる高効率な RNA 合成法を確立し出願した (特願 2006-210439 号)。原料アミダイトの合成法検討、および、小スケールでの合成条件の検討を行い、ほぼ所定の成果を得ることが出来た。さらに簡便で工業化に適した方法で塩基部無保護による CEM 化反応を検討した。シチジンおよびアデノシン誘導体においても塩基部が反応しないような条件を設定することに成功した(特願 2007-011813 号)。さらに 100 mer を超える長鎖 RNA の合成に成功した。

研究開発項目③
研究開発項目 ③「 機能性 RNA の 機能解析」
機能解析 」（ １ ） ヒト疾患
ヒト 疾患に関連 する機能性迅速 で 高効率な
高効率 な 同定
疾患 に 関連するする 機能性 RNA の 迅速で作用メカニズムの基盤が確立しているマイクロ RNA(miRNA)を主な研究対象にして、医薬品開発に結びつく有用な機能性 miRNA をいち早く取得することを目標に研究を実施した。まず再生医療、アレルギー疾患、癌それぞれのモデル細胞を用いて、クローニングによる新規 miRNAの取得、生理活性を持つ miRNA のスクリーニングを行った。その結果、間葉系幹細胞の分化制
御、癌細胞株の増殖抑制に関わる多数の miRNA の同定に成功した。またマスト細胞からは約 1300
種の新規 miRNA を取得した。またそれら miRNA の標的 mRNA を独自に開発した予測システムで予測し、検証実験を開始した。一方で miRNA の個体レベルでの機能解析を行うために、特定のmiRNA のノックアウトマウスを作製した。その結果、雌のホモ欠損マウスからは、低頻度でしか産子が得られないという興味深い表現型を示すことが明らかになり、さらに詳細な解析と標的 mRNA 探索を併せて行っている。この他に発現変動を指標に機能性 miRNA を探索し、筋分化、癌、ES 細胞の初期化の段階で発現変動する複数の miRNA を発見した。また配列情報に加えて、ターゲット mRNA 候補の発現変動を加味したターゲット予測システムを開発した。遺伝性難治疾患の尋常性乾癬の原因遺伝子候補である皮膚角質層形成関連の接着タンパク質 CDSN のアンチセンス鎖に存在する新規な転写単位（anti-CDSN）を同定した。
（ ２ ） 機能性 RNA に 関 する基盤的知見する 基盤的知見の基盤的知見 の 獲得とそれを獲得 とそれを基とそれを 基 にした機能性にした 機能性 RNA 同定
全く機能未知の ncRNA がもつ RNA 特有の新規基盤原理を構築し、それを基にした機能性 RNAの取得を目標に研究を実施した。まずヒトの mRNA 型 ncRNA を遺伝子構造などから選抜し、約80 種の ncRNA の細胞内局在を解析した。ncRNA の多くが mRNA とは異なり、核内の複数の画分に存在することを明らかにした。核内に局在する RNA の機能解析を推進するために、細胞質現象の RNA 干渉に代わる新しい核内 RNA ノックダウン系を開発し、様々なクラスの核内 ncRNA の
効率よいノックダウンに成功した。一方で重要な生理現象に関与する機能性 ncRNA を取得するためにヒトの各種組織別、間葉系幹細胞の分化過程での発現を解析し、組織特異的、分化依存的に発現する数多くの mRNA 型 ncRNA を取得した。他の遺伝子転写物とセンス-アンチセンスペ
アを形成する ncRNA の情報を網羅的に抽出し、それらの発現を大規模に解析するためのマイク
ロアレイ、解析結果ビューワを開発した。アレイ解析を大規模に実施し、疾患サンプル、組織
サンプルで発現変動するペアを多数抽出した。この他に遺伝子破壊株が入手できるモデル生物
線虫で新規低分子 ncRNA を取得し、そのうち１つの遺伝子破壊株の表現型解析を開始した。
今年度の最も大きな成果として、miRNA 機能の中心的な因子である Ago ファミリー蛋白質の解析によって、miRNA から派生した非常に基盤的な知見の獲得に至った。生殖細胞で特異的に発現する Ago ファミリー因子である Piwi, Aub, Ago3 に対するモノクローナル抗体を作製し、これらの蛋白質に結合している低分子 RNA を解析した結果、通常の miRNA よりも幾分長い 24〜30 塩基長の低分子 RNA と結合していることが明らかになった。この低分子 RNA は、ゲノム上の繰り返し配列を由来とする repeat-associated RNA (rasiRNA)に分類された。これらの低分
子 RNA は可動因子をサイレンシングすることによってゲノムの安定性保持に寄与していると考
え ら れ 、 新 し い 機 能 性 RNA と 認 識 さ れ た 。 ま た Aub 特 有 の 結 合 RNA と し て Suppressorof Stellate 由来の低分子 RNA、AT-chX rasiRNA が見出され、後者は生殖細胞形成に必須な Vasa
mRNA の制御に関与している可能性が浮上した。最後に３つの Ago ファミリー結合 rasiRNA の解析から、rasiRNA の 5’プロセシング機構が Ago ファミリーの slicer 活性によって起こることを示す全く新しいモデルを提唱した。

２．成果（ 平成１８
平成 １８年度分
１８ 年度分についてのみ
年度分 についてのみ記載
についてのみ 記載）
記載 ）（１） 研究発表・講演（口頭発表も含む）＜ 論文発表等＞
著者名

発表タイトル

雑誌名、巻、号、ページ、発行年

Michiaki Hamada, Koji T Mining frequent stem pattern Bioinformatics , 22(20):2480
suda, Taku Kudo, Taishi s from unaligned RNA sequenc -2487; doi:10.1093/bioinformn Kin and Kiyoshi Asaies

atics/btl431, 2006

Taishin Kin, Kouichirou fRNAdb: a platform for mining Nucl
Nucleic
eic.. Acids Res
Researcheic
earch ,
Yamada, Goro Terai, Hir /annotating functional RNA
oaki Okida, YasuhikoVol.35, Database .Issue, D14

candidates from non-coding R 5-D148, 2007

Yoshinari, Yukiteru Ono, NA sequences
Aya Kojima,Yuki Kimura,
Takashi Komori and Kiyoshi Asai
榊原康文，佐藤健吾

機能性 RNA の配列解析と構造解 人工知能学会誌 , Vol.22, No.1,
54-62, 2007

析Taishin Kin,Kouichirou

fRNAdb: a platform for mining Nucleic Acids Research Advan

Yamada,Goro Terai,/annotating

functional

RNA ce Access published online on

Hiroaki Okida, Yasuhiko candidates from non-coding R November 11,
Yoshinari,Yukiteru Ono, NA sequences

Nucleic Acids Research ,Aya Kojima, Yuki Kimura,doi:10.1093/nar/gkl837, 2006

Takashi Komori , Kiyoshi
Asai
Ohara, T., Sakaguchi,
The 3’-termini of Piwi-inte Nat. Struct. Mol. Biol.,Y., Suzuki, T., Ueda, H., racting RNAs are 2’- O-methy in press
Miyauchi, K.
lated
and Suzuki, T.
Suzuki, T. and Suzuki, T. Chaplet column chromatograph Methods in Enzymol
Enzymol., in press
2007
y: isolation of a large set ,2007
of individual RNAs in a single step
Katoh, T. and Suzuki,T. Specific residues at
Nucleic Acids Res. , in press
every third position, 2007of siRNA shape its efficient
RNAi activity

Takeda, H., Toyooka, T., The substrate specificity of Genes Cells , 11, 1353-1365.
Ikeuchi, Y., Yokobori,tRNA (m 1 G37) methyltransfer , 2006
S.,Okadome, K., Takano,F., Oshima, T., Suzuki, ase (TrmD) from Aquifex aeolT., Endo, Y. and Hori, H. icus.
Numata, T., Ikeuchi,
Snapshots of tRNA suluration Nature, 442, 419-424.
Y., Fukai, S., Suzuki, T.
, 2006
via an adenylated intermedi
and Nureki, O.
ate
Guan, M.X., Yan, Q.,
Genet.., 79, 291-302.
Mutation in TRMU related to Am J Hum Genet
Li, X., Bykhovskaya,,
2006
mitochondrial tRNA modificat
Y., Gallo-Teran, J., Ha
ion modulates the phenotypicjek, P., Umeda, N.,
expression of the deafnessZhao, H., Garrido, G.,
Mengesha, E., Suzuki, T associated mitochondrial 12S., del Castillo, I.,
rRNA mutationsPeters, J. L., Li, R.,
Qian, Y.,Wang, X., Shohat,
M., Estivill, X.,
Watanabe, K.
and Fischel-Ghodsian, N.
Noma, A., Kirino,
Y., Ikeuchi, Y.
and Suzuki, T.

Biosynthesis of wybutosine,

EMBO J 25, 2142-2154., 2006

a hyper-modified nucleosidein eukaryotic phenylalaninetRNA

Shigi, N., Sakaguchi,
Y., Suzuki, T. and
Watanabe, K.

Chem.., 281,
Identification of two tRNA-t J. Biol. Chem
14296-14306.,
2006
hiolation genes required forcell growth at extremely hi
gh temperatures

Noma, A. and Suzuki, T. Ribonucleome analysis identi Nucleic Acids Symp Ser (Oxf) ,50, 65-66., 2006
fied enzyme genes responsibl
e for wybutosine synthesis
Kitahara,
K.,
Sato, Systematic deletion of rRNAs Nucleic Acids Symp Ser (Oxf) ,N.
S.,
Namba,
N.,50, 287-288. , 2006
Yokota, T., Tsujimura, for investigating ribosome
architecture and function
T. and Suzuki, T.
鈴木 勉、鈴木健夫、上田 「マススペクトロメトリーによ 蛋白質核酸酵素 （2月号増刊:
宏生、宮内健常、坂口裕理 るncRNAの解析」
RNAと生命)（共立出版）,2006
2006
子
野間章子、鈴木
核の世界

勉

細胞 「RNA修飾酵素の細胞内局在とR 蛋白質核酸酵素 (11月号増刊）（
NA成熟化機構」

共立出版）, 2006

鈴木 勉、鈴木健男、坂口 「RNAマススペクトロメトリー」 ゲノム
ゲノム医学
医学 （メディカルレヴュ
裕理子ー社）Vol. 6, 89-96, 2006
池内与志穂，鈴木 勉

Yoshinaga「RNA修飾に関わる硫黄リレー

細胞工学 （4月号）(秀潤社)

タンパク質群の同定」, 2006

Yoshimura, Highly sequence specific RNA Org. Biomol. Chem ., 5, 139,

Yuuki Noguchi and Kenzo

terminal labeling by DNA ph 2007

Fujimoto,

otoligation

Yoshinaga Yoshimura,

Template-Directed DNA

ChemBioChem , 7, 598 –Yuuki Noguchi,Hideaki

Photoligation in Rapid and

2006

601,

Sato, and Kenzo Fujimoto Selective Detection of RNA
Point Mutations

Sci、101、267-270,
J PPharmacol
harmacol Sci

土屋創建、奥野恭史、
辻本豪三

MicroRNA: biogenetic andFunctional mechanisms andinvolvements in celldifferentiation and cancer

佐々木保典、廣瀬哲郎

snoRNAの生合成と機能に関する 蛋白質核酸酵素

2006

新知見
井手上賢、廣瀬哲郎

廣瀬哲郎、塩見美喜子

別冊「RNAと生命」51：2437-2442 , 2006

RNAプロセシングを監視する核内 蛋白質核酸酵素

別冊 「細胞核

RNA品質管理機構、の世界」51：2205-2209 ,2006
2006

機能性RNAの基本的な特徴と機

ゲノム医学
ゲノム
医学 6: 97-101 ,22 0 06

能
Gunawardane LS, Saito K A Slicer-mediated mechanism, Nishida

KM, Miyoshi

Science , in press

for rasiRNA 5’ end formatio

K, Kawamura Y, Nagami T n in Drosophila.
, Siomi H Siomi MC.
Saito K, Nishida KM, Mo Specificassociationof Genes Dev . 20: 2214-2222.,

ri T, Kawamura Y, Miyos Piwi with rasiRNAs derived f 2006
hi K, Nagami T, Siomi H rom, Siomi MC.

retrotransposonand heterochromatic regionsin the Drosophila genome.

Ishizuka A, Saito K, Si In vitro precursor microRNAomi MC, Siomi H.

Molecular
Methods in Mo
lecular Biology ,processing assays using Dros vol. 342: MicroRNA Protocols,
ophilalysateSchneider-2 cell277-286.
,2006

生 殖 細 胞 形 成 必 須 因 子 蛋白質核酸酵素 , in press

齋藤都暁、塩見美喜子

Piwi と rasiRNA による新規 RNA
サイレンシング
西田知訓、塩見美喜子

siRNA, miRNA, そして新規低分 蛋白質核酸酵素 12 月号 増刊、
子 RNA による RNA サイレンシン vol. 51(16)、p. 2450-2455
グの分子機構,2006
2006

塩見春彦、塩見美喜子

2006 年 ノ ー ベ ル 医 学 生 理 学 蛋白質核酸酵素 12 月 号、vol.
賞 RNAi，Fire と Mello51(15), 2006

塩見春彦、塩見美喜子

2006 年 ノ ー ベ ル 生 理 学 ・ 医 学 現代化学 、vol. 429、p. 66-68,
賞 RNA 干渉の二面性
2006

石塚明、塩見春彦、
塩見美喜子

1 章 RNAi 基本メカニズムに関 RNAi 実 験 な る ほ ど Q&A 、 p.
する Q&A
16-53, 58-59, 2006

春原隆史、塩見美喜子、
塩見春彦

小分子 RNA によるゲノム進化

科学 、vol. 76(5)、p. 532-536,
2006

渡辺雄一郎、塩見美喜子、 RNA サイレンシングの生物学-小 現代化学 , vol. 421,p. 56-60,
塩見春彦
さな RNA が果たす大きな役割2006
三好啓太

カレント トピックス：
実 験 医 学 、 vol. 24(4) 、 p.
Argonaute の Slicer 活性と RISC 502-505, 2006
形成への関与廣瀬哲郎、塩見美喜子

RNA とゲノム（最近の話題）： ゲ ノム
ノム医学
医学 、vol. 6、p. 97-101
機能性 RNA の基本的な特徴と機 , 2006
能Numata K, Okada Y,

Comparative

Saito R, Kiyosawa H,

cis-encoded antisense RNAs in Gene , in press.

Kanai A, Tomita M

eukaryotes.

＜ 学会発表等＞
発表年月日
2006/09/02

2006/11/01

analysis

of

学会名

タイトル

発表者名

新しい RNA/RNP を見

RNA 配列群からの頻出ステ

浜田道昭, 津田宏治, 工つける会

ムパターンの抽出

藤拓，金大真，浅井潔

第９回情報論的学習[オーガナイズド講演] 非浜田道昭, 津田宏治, 工理論ワークショップ

整列 RNA 配列群からの頻出

藤拓，金大真，浅井潔(IBIS 2006)

ステムパターンのマイニン
グ2006/12/01

東北大学理学部数学

非整列 RNA 配列群からの頻浜田道昭, 津田宏治, 工科 情報学セミナー

出ステムパターンのマイニ

藤拓，金大真，浅井潔

ング
2006/12/18,

The 17th Internati

RNAmine: Frequent StemMichiaki Hamada, Koji

12/20

onal Conference on

Pattern Miner from RNAs

Tsuda,

2006/12/21

Taku Kudo, T

Genome Informatics

aishin Kin and Kiyoshi(GIW2006)

Asai

The 17th Internati

fRNAdb: A Platform for

Taishin Kin, Kouichir

onal Conference on

Mining/Annotating Functou Yamada, Goro Terai,

Genome Informatics

ional RNA Candidates fr

Hiroaki Okida,Yasuhiko(GIW2006)

om Non-Coding RNA Seque

Yoshinari, Yukiteru

ncesOno, Aya Kojima, Takashi Komori, Kiyoshi A
sai

2007/3/12

1st International

Stem Kernels for RNA Se

Conference on Bioi

quence Analyses

榊原康文，佐藤健吾

nformatics Researc
h and Development
2006/4/244/26

第 6 回日本蛋白質科

リボヌクレオーム解析を用学会年会

いた酵母 RNA 修飾遺伝子の野間章子、鈴木勉

網羅的探索2006/6/186/23

the 20th IUBMB Int

Mechanistic Insights inYoshiho Ikeuchi, Naoki

ernational Congres

to Sulfur-Relay by Nove

Shigi, Jun-ichi Kato,s of Biochemistryl Sulfur Mediators

Akiko Nishimura,and Molecular

Involved in Thiouridine

Tsutomu Suzuki

Biology

Biosynthesis at tRNA
Wobble Positions.

2006/6/186/23

the 20th IUBMBInsight into the firstSarin Chimnaronk, Tet

International CongtRNA cytidine acetyl-

suhiro Manita, Min Yao,

ress of Biochemist

transferase, TmcA

Yoshiho Ikeuchi, Tsutry and Molecularomu Suzuki, Isao Tanaka

Biology
2006/6/186/23

the 20th IUBMBStructural analysis of

Yuriko Sakaguchi,International Cong

Protein complexes using

Yusuke Nozaki and Tsu

ress of Biochemist

the isotope-tagging mas

tomu Suzuki

ry and Moleculars spectrometric footpri

Biologynting

2006/6/206/25

RNA 2006:

Mechanistic insights

Yoshiho Ikeuchi, Akiko

11th Annual Meeting

into biogenesis of RNA

Noma, Kenjyo Miyauchi,of the RNA Society

modifications by multip

Takeo Suzuki, Yuriko

le protein components

Sakaguchi and Tsutomu
Suzuki

2006/6/206/25

RNA 2006:

Stepwise dicing: humanShinya Kurata, Takayu

11th Annual Meeting

Dicer initially cleaves

ki Katoh, Naokiof the RNA Society

the strand bearing 3'-

Goshima, Nobuo Nomura

overhang and subsequent

and Tsutomu Suzuki

ly cuts another strand.
2006/7/187/20

第 8 回日本 RNA 学会

ヒ ト mRNA 3'UTR に お け

矢野孝紀， 櫻井雅之，

年会

る A to I RNA エディティ

鈴木

勉

ングの機能解析
2006/8

第 8 回日本 RNA 学会

精密質量分析計を用いた

鈴木健夫，坂口裕里子，

年会

高感度 RNA 解析法の構築

上田宏生，宮内健常，
鈴木

2006/7/187/20

第 8 回日本 RNA 学会

RNA 修飾に関わる硫黄リレ

池内与志穂，沼田倫征,

年会

ーシステムの発見と反応機

深井周也，鴫

構の解析

加藤潤一，西村昭子，
濡木

2006/10/3

勉

第 3 回 21 世紀大腸菌

大腸菌 tRNA ウォブル位修研究会

飾ウリジンの側鎖構造炭素

直樹，

理，鈴木

勉

鈴木健夫, 鈴木勉

源の決定2006/10/1-8

AARS2006

Snapshots of tRNA sulfu

Tomoyuki Numata,ration via an adenylated

Yoshiho Ikeuchi,intermediate

Shuya Fukai, Tsutomu
Suzuki, and Osamu
Nureki

2006/10/1-8

AARS2006

Insight into the firstSarin Chimnaronk,tRNA cytidine acetyl-

Tetsuhiro Manita, Min

transferase, TmcA

Yao, Yoshiho Ikeuchi,
Tsutomu Suzuki, Isao
Tanaka2006/10/27

電気泳動学会シンポジウム

RNA 修飾の世界鈴木勉（invited）

2006/11/17

第 17 回フォーラム・ RNA 修飾の多彩な機能と生
イン・ドージン「生鈴木

勉（invited）

命現象

命活動を支える RNA
プログラム」
2006/11/2011/22

第 33 回核酸化学シRibonucleome analysis i

Akiko Noma, Tsutomu

ンポジウム

dentified enzyme genes

Suzuki

responsible forwybutosine synthesis.
2006/12/3-7

RNA 2006 Izu

Three-nucleotides perio

Takayuki Katoh,

RNAs

dicity in RNAi: specificTsutomu Suzuki

and Regulatory Mac

residues at every third

hinery ”

position of siRNA shape“Functional

its efficient activity
2006/12/3-7

RNA 2006 Izu

Automated parallel

Tomoya hara, KenjyoRNAsisolation of multiple

Miyauchi, Takeo Suzukand Regulatory Mac

species of non-codingi,hinery ”

RNAs by the “Reciprocal

and Tsutomu Suzuki“Functional

Yuriko Sakaguchi

Circulating Chromatography (RCC)” method
2006/12/6-8日本分子生物学会

RNA のチオ化修飾の動的メ

沼田倫征, 池内与志穂,

2006 フォーラム

カニズムの構造的基盤

深井周也, 鈴木濡木

2006/12/1112/12

勉,

理

東大 21COE

Ribonucleome analysis i

Akiko Noma, Tsutomu-ソウル大 BK21 合同

dentified enzyme genes

Suzukiセミナー

responsible forwybutosine synthesis.

2006/12/22

武田薬品工業(株)RNA マススペクトロメトリ

つくば研究所セミナ

ーの開発

鈴木

勉（invited）

ー
2007/1/14－
1/19

Gordon Research Co

Characterization and

Masayuki Sakurai,

nference,

tissue specificity of

Takanori Yano andRNA editing

A-to-I RNA editing foundTsutomu Suzuki

in 3’UTR of human mRNAs
2007/1/28－
2/2

Keystone

symposia

Three-nucleotides perio

Takayuki Katoh,conference:

dicity in RNAi: specifi

Tsutomu Suzuki

MicroRNAs and siRN

c residues at every

As: Biological Fun

third position of siRNActions andshape its efficient

Mechanisms

activity

2006/11/13

第 44 回生物物理学会年会/ 第 5 回アジア生物物理学シンポ
ジウム合同会議

A novel method toquantify the nucleic
acid by fluorescencecorrelation spectroscop
y coupled with template
directed DNA photoligation

長尾一生、藤本健造、
金城政孝

2006/11/20

33 rd Symposium on
Nucleic Acids Chem
istry, 2006

A novel RNA synthetic
method with a2’-O -(2-cyanoethoxymethyl) protection group

Yoshinobu Shiba, Hidetoshi Kitagawa, Yutaka
Masutomi, Kouichi Ish
iyama, Tadaaki Ohgi,
Junichi Yano

2006/11/30

第２５回メディシナ
ルケミストリーシン
ポジウム

２-シアノエトキシメチル
保護基を用いた新規な RNA
合成法

北川英俊、柴 佳伸、

2006/5/30

第 43 回今掘フォーラ
ム

Micro RNA の機能と疾患との関連吉田2007/1/31

Keystone Symposia“MicroRNAs andsiRNAs:Biological
Functions andMechanisms

Micro RNAs regulate ost
eoblast differentiationof human mesenchymal
stem cells

Yoji Yamada, Tatsuya
Miyazawa and Tetsuo
Yoshida2006/12/1812/19

A celebration of 25
years of embryonicstem cell researchin Cambridge

Expression of microRNAs
in ES cells and iPS cells

小柳

三千代

2006/12/21

BBSRC Japan
Partnering Award
Meeting

Expression of microRNAs
in ES cells and iPS cells

小柳

三千代

2006/12/8

日本分子生物学会

ヒトの non-coding RNA 様廣瀬哲郎、佐々木保典

2006 フォーラムシン

転写物と mRNA との細胞内ポジウム

挙動の違いについて

第８回日本 RNA 学会

RNA 品質管理機構の機能抑

廣瀬哲郎、永井美智、

制 に よ る ヒ ト

渋谷真弓、井手上賢、

2006/7/19

mRNA

型 non-coding RNA 蓄積へ

石山幸一、大木忠明、
矢野純一
哲郎

横井崇秀

の影響
2006/7/20

第８回日本 RNA 学会

イントロン結合タンパク

井手上賢、永井美智、

質 IBP160 は EJC の会合に

萩原正敏、廣瀬哲郎

必要である2006/6/23

11 th Annual meeting

Significant role of Int

Ideue, T., Nagai, M.,of the RNA society

ron in EJC assembly

Hagiwara, M.,, Seattle USA

in the spliceosomal C1

Hirose, T.

complex.
2006/9/12

ＲＮＡ新大陸のフロ
ンティア達

機能性ノンコーディング遺
伝子を探す

相澤

2006/6/3

Regularoty RNAs, t
he LXXI Cold Sprin
g Harbor Sympoium

Expression of C. elegans

牛田千里

2006/6/19

第 20 回国際生化学
・分子生物学会議

novel

康則

ncRNAsCharacterization of

保木井悠介

Cen21/CeR-2 RNA, small
ncRNA localized in

Caenorhabditis elegans
nucleoli
2006/7/19

第８回日本 RNA 学会

C.elegans 低分子 RNA

保木井悠介

CeR-2 RNA の細胞内局在と生合成
2006/9/12

RNA 若手の会 2006

C. elegans 新 規 H/ACA

遠藤優子

型 RNA の発現解析
2006/9/1

新しい RNA/RNP を見つける会

C. elegans small RNAs

牛田千里

2006/9/1

新しい ncRNA/RNP を見つける会

ホールマウント RNA-FISH
による線虫低分子 RNA の発
現解析

菅原由起

2006/11/17

East Asia Worm
Meeting

Spatio temporal
distribution patterns of C. elegans small ncRNAs

保木井悠介

2006/12/5

RNA2006Izu

C.

牛田千里

elegans

small-RNA

catalog
2006/12

Genome Informatics
Workshop 2006

Computational Analysis
of Global Expression
Profiles in Mouse
Natural Antisense Trans
criptsOkada Y, Numata K,
Saito R, Kiyosawa H,
Kanai A, Tomita M

2007/1/30

Kestone Symposia
Conference(miRNA and RNAi）

Piwi Subfamily Proteins
and their Associated Sm
all RNAs in Drosophila
Germlines

Mikiko C. Siomi

（２） 特許等
出願日

受付番号

2006/12/13

特願 2006-335470

2007/02/09

出願に係る特許等の標題

出願人

マイクロ RNA 検出装置、方法 インテック W&G㈱およびプログラム

PCT/ＪＰ２００７/０５ RNA 配列情報処理装置

産業技術総合研究所
産業技術総合研究所
みずほ情報総研㈱２３６９（PCT 出願）2006/7/14

特願 2006-194780

2006/8/2

特願 2006-210439

質量分析によるゲノム上で RNA 東京大学
配列を同定するシステム
日本新薬㈱核酸保護基の導入方法

2007/1/22

特願 2007-011813

リボ核酸化合物の製造方法

2006/11/18

著作物の登録高活性 siRNA 設計アルゴリズ
東京大学
ム（siExplorer）

2006/9/4

特願 2006-238459

新規核酸2006/10/31

特願 2006-295113

2006/12/18

特願 2006-339997

新規核酸

2007/3/2

特願 2007-53322

マイクロ RNA 標的遺伝子予測
東レ㈱装置

間 葉 系 幹細 胞 の 増 殖 お よ び ／または分化制御剤（２） 受賞実績
2006 年 12 月：（財）病態代謝研究会最優秀理事長賞、廣瀬哲郎

東京大学

日本新薬㈱
ヤマサ醤油㈱協和醱酵工業㈱協和醱酵工業㈱協和醱酵工業㈱３ ． その他特記事項
その 他特記事項（
他特記事項 （ 当該年度分についてのみ
当該年度分 についてのみ記載
についてのみ 記載）
記載 ）（１） 成果普及の努力（プレス発表等）
2006 年 11 月：

BTJ ジャーナル 11 月号(日経バイオ) p2-5 リーダーインタビュー「RNA を MS で測定 質量情報をあぶり出す」

2006 年 11 月 ： （ オ ン ラ イ ン ） ： 2006.11.20（ 冊 子 体 ） （ 日 経 バ イ オ テ ク ）「 協 和 発 酵 、 間 葉 系 幹 細 胞 か ら 新 規 miRNA を 29 個 同 定 、
骨 芽 細 胞 分 化 を 抑 制 す る miRNA も 発 見 」（２） その他なし