2022.8.2 @ハイブリッド（サンメッセ⿃栖）
第25回XAFS討論会 ナイトセッション「XAFS データーベース」

XAFS DB に関するアンケートのまとめ
⼀國伸之(千葉⼤学)・⽊村正雄(KEK)・XAFS DB に⾄るまで・・・(⽊村)・XAFS DB に関するアンケートのまとめ(⼀國)Materials informatics (Society 5.0)でXAFS dataが有効に活⽤されていくために…
✓Ｘ線XAFSラウンドロビン活動(光ビームプラットフォーム)✓PF XAFS DB →(deposit)→NIMS MDR
148件✓ユーザーが測定データをdepositできる環境整備
・XAFS DB Workshop (朝倉, ⽊村) 2018〜
・NIMS MDR (SPring-8, ⽴命館,北⼤, PF) 2022〜
・ユーザーデータの積極的な公開のお願い 2022〜
18/24

背景（問題意識）
1. ユーザーにとっての⽬安が欲しい「正しく測定できている︖」「報告例と違うけど、試料のせい︖測定法︖施設のせい︖」＊XAFSがメインでない(特に企業)研究者で重要＊新たなユーザー拡⼤のためにも

2. 施設スタッフにとっても⽬安があると良い＊⾃⾝の測定法の妥当性の確証、⾼度化の基準、…
＊より親切なユーザ対応「＊＊施設で測定したデータなんですけど、…」

3.データベース構築、データの情報科学処理化、への対応
02 /24

第3回XAFS Database Workshop

XAFS Database Workshop
第１回2018.9.5@北⼤(JXAFSの後) （北⼤・朝倉清⾼先⽣、KEK・⽊村ら提案）＞Databaseを取り巻く環境の議論
第２回2019.3.1@秋葉原(光ビームプラットフォームシンポの前）＞Database構築の具体的検討（どこで、誰が、どの様に）第３回2019.9.2@京⼤(JXAFSの前)＞具体的なDatabase format等の議論
第４回2020.1.9@名古屋(JSSRRの前)＞運⽤案の検討。
メタデータ案、Benten(JASRI)活⽤、NIMS 材料DBと連携→2020.9.10JXAFS迄に確定してβ版として始動…

まとめると・・・

第１回〜第４回 XAFS Database workshop【ポイント1】どのような⽅針でデータを集めるか︖
・厳選されたデータを対象にする（メタデータ）（各施設での⾃動収集も、それを意識して）集める【ポイント2】データー公開の⽅針をどう考えるか︖データは誰のモノ︖
・各施設, BL, 制度,..によって⽅針が⼤きく異なるため、可能な部分から開始。
【ポイント3】DBをどこかに統合する︖

箱をどこに置く︖ Incentive?

・NIMSデータベース （各施設でもNIMSでもどこでもOK）・｢共通のDOIを付与する｣ことと｢そのデータを閲覧・検索するエンジンを整備｣で、統⼀的な活⽤, incentive付与を⽬指す【ポイント４】他のDBとの連携︖
・NIMS

材料データベース

Materials informatic (Society 5.0)への︖

XAFS database @h"ps://mdr.nims.go.jp/collec3ons/qz20st57x
NIMS MDRNIMS MDRへのdeposit そして…

第11回2022.3.16@オンライン

⽇本XAFS研究会/研究会より/XAFSデーターベース https://www.jxafs.org/from-xsj/xafs-database/（企画幹事 ⼀國 伸之
千葉⼤学）

まとめ１︓ユーザーのデータを広く集めるためには︖〜成果登録のプロセス,incentive,･･･〜(1) 実験時のReference等の標準データ・集めやすい（実験を⾏ったその場で公開を承認可では︖）(2) 個別の実験データ

論⽂、知的財産化、ノウハウ等の観点での判断が必要。実験終了後の⼀定期間後に、データ選択して供与・公開（ボランティアベース）。

(3) データの供与・公開のincentiveとして、データのcreditを明確化する。そのため DOI付与を⾏う。以下の様な活⽤が考えられる(3-1) DOIが論⽂発表前につくケース︓
論⽂内にDOIがついたデータが掲載され、データ⾃⾝が広く活⽤されることが期待できる(3-2) DOIが論⽂発表後につくケース︓論⽂に直接明⽰できなかったデータも含めて実験データを公開、実験成果としてcredit確保(4) より積極的なデータの収集

⼀定期間後に⾃動的に公開する等…。施設の特徴/制度に⼤きく依存するため、慎重な検討が必要。
（例えば、PFでは、ユーザーとの意⾒集約・合意の後、 公募時に明記するなどの具体案をPF-PACに提案することが必要）

NIMS MDRへのdeposit そして…

第11回2022.3.16@オンライン

⽇本XAFS研究会/研究会より/XAFSデーターベース https://www.jxafs.org/from-xsj/xafs-database/（企画幹事 ⼀國 伸之
千葉⼤学）

まとめ２︓データの質をどう担保する︖〜⾒本となる標準データーと⾊々な膨⼤データの区別〜(1) Depositsされたデータ中の“データ測定者名” で区別（提案）・放射光施設の関係者等が公開すべき標準データ: creatorの記⼊⽅法を測定した施設名にする
creator =Ritsumeikan SR center, PFなど
・メタデータにenergy calibrationのデータ and/or calibrationの⽅法を明記(2) 各ユーザーの実験データをdepositする際に推奨されているcalibration dataが標準データと混ざらないか︖
・メタデータにenergy calibrationのデータ and/or calibrationの⽅法を明記しておけばよい(3)多様化するデータにどのように対応していくか（今後の検討課題）
・同じサンプルについて異なる測定法（ex. 時分割, 顕微法）で計測した場合︖
全体/個別に「work」としてdeposit?

2022.8.2 @ハイブリッド（サンメッセ⿃栖）
第25回XAFS討論会 ナイトセッション「XAFS データーベース」

XAFS DB に関するアンケートのまとめ
⼀國伸之(千葉⼤学)・⽊村正雄(KEK)・XAFS DB に⾄るまで・・・(⽊村)

・XAFS DB に関するアンケートのまとめ(⼀國)

2022/8/2

XAFS DBに関するアンケートのまとめ

千葉⼤学

⼀國伸之

今回のXAFS討論会のナイトセッションで，XAFS DB（XAFS Data Base）に関して議論を深めていく⽬的で，6/1からアンケートを実施しました。
7/14時点で19件の回答をいただきました，ありがとうございます。
ここでは，それを紹介させていただきます。

II 『ユーザーの測定データの取り扱い』

2-1.
ユーザーの測定データを施設が管理すること*について(*バックアップのための保管，計測法高度化のため施設内限定での利用等)

基本的には賛成という回答だが，懸念を感じているユーザーがいるのも事実

2-2. 2-1の回答について理由やご意⾒を教えてください。
1. データの真偽の確認、計測法⾼度化のため施設内限定での利⽤、のために必須と思うから
2. 実験データは企業にとって機密情報にあたるので、測定データを⼀律で施設側管理とされると利⽤が出来なくなってしまう。NDAを結ぶとしてもハードルが⾼い。
3. 物構研やユーザーの利益に直結するため賛成
4. 実際問題、施設以外で管理が出来るとは考えにくい
5. データ利活⽤は今後不可避と考えております
6. その気になれば、施設が勝⼿にデータを収集して使う可能性もあるので、測定機器やプログラムを提供している施設は、きちんとルールを決めて管理すべき。
7. ユーザー側に拒否権があるものとして、機密保持に注意した上で保管できれば良いと考える。
8. 論⽂発表後の利⽤に限定してもらいたい．
9. 管理いただいて良いものもありますが、企業としては様々なフェーズのサンプルがあり⼀律に賛成反対を決めることは困難です。
10. ユーザーおよび施設間での同意は必要かと思います。
11. 施設の⾼度化に利⽤していただけるのなら本望です。
12. バックアップがあると安⼼する
13. 基本的には賛成。ただし、企業ユーザーなどは施設が管理しない道も残されていても良いと思う。特別な理由がない限り、施設側も管理という⽅向でいいと思う。
知財問題
契約・合意

II 『ユーザーの測定データの取り扱い』

施設によるデータ管理より賛成⽐率やや低下
データが勝⼿に使われることへの危惧

2-4. 2-3の回答について理由やご意⾒を教えてください。
1.税⾦が投⼊されている施設での利⽤結果であり、研究者のcreditや知的財産の配慮・確保をした後は（⼀定期間後は）公開されるべきと思うから。
2. 実験データは企業にとって機密情報にあたるので、全測定データが公開となると利⽤が出来なくなってしまう。標
準試料のデータの提供には協⼒するが、原則は⾮公開としていただきたい。
3. ⾃前で解析・解釈を⾏う前にデータを利⽤されては困る。すくなくとも論⽂の出版までは⾮公開を選択可とすべき。
4. お試し測定も多くあるので、公開か⾮公開かは選択させてほしい。
5. XAFSという⼿法そのものの発展や利⽤の拡⼤にはデータの公開は必要なこと考える
6. きちんとしたフォームや約束の下での測定データの公開が、この分野のカルチャーになるとよいと思います。
7. ユーザーが優先的にデータを使⽤できるように、ある程度の期間をおく必要があると思いますが、施設との共同研究によるデータは原則公開すべき。
8. 強制ではなく任意という条件付きなら良いと思う。その分野で有名な⽅のデータがあると、参考になったりするかもしれない。
9. これも発表後の条件付きで賛成です．
10. ユーザーが了承していれば良いと思いますが、そのデータの所有者はだれになるか等取り扱いについて規定が明⽰されている必要はあると思います。
11. 計測データは企業機密に相当するため基本的には困難です。
12. ユーザーの同意は必要かと思います。
13. 秘匿性の⾼いデータ以外は、公のものとして扱っていいと思います。
14. ⾃分がとったデータを他の⼈が使⽤する、参考にするのは、成果をとられる、誤解を⽣むなどのトラブルが懸念されるため
15. 基本的には全公開で賛成。企業ユーザーなどは公開しない道も残されていても良いと思う。特別な理由がない限
り、公開という⽅向でいいのではないでしょうか。

III 『ユーザーの測定データを公開する場合』
3-1. 公開の条件は何ですか（例：時期，creditの有無，DOIの有無，etc）
1. 研究者のcreditや知的財産の配慮・確保をした後2. 開⽰時期を設定できるようにするのがよいと思います．
3. ユーザー側の同意
4. ユーザーによる公開時期の設定、credit必須
5. 成果占有契約で無ければ無条件
6. creditの有無
7. エンバーゴ、ライセンスの設定は必要と思います。
8. 施設との共同研究で、税⾦が使われている以上、ある程度の時期をおいて、原則全て公開し、誰でも再利⽤可能。
9. 論⽂公開後
10. 企業ユーザーなので、公開は了承しないと思います。
11. 社内⼿続きで許可が得られること。
12. 特にない。即時公開でいいと思います。
13. 公開時期の選択（即時、数年後 等々）、creditの選択（測定者・グループを表⽰、⾮表⽰を選択できるようにしたほうがデータは集まるのではないだろうか？）、DOI有メタデータの⼊⼒とデータ公開の抵抗感は同程度

3-3. 3-2の回答について理由やご意⾒を教えてください。

1. 標準データとしての利⽤にはメタデータは必須であるが、情報科学的利⽤では吸収端だけわかれば良いケースもあると考えるため。
2. DOI は例えば論⽂とか⼀定のまとまった Document に割り当てるのが通常なので，個別のデータに DOI を割り当てるのは不適当だと思います．（例について） メタデータをユーザーが割り当てるのは実効性が無いと思います．システム側で割り当てることができる項⽬のみが現実的かと思います．
3. 他者が⾏うのは無理なのでは…？
4. 論⽂に記載しないノウハウ等を出すのは⾯⽩いと感じる。オリジナリティのある測定⽅法を公開することで共同研究の幅が広がると期待できる。
5. 試料の情報が無ければデータベースとしての利⽤価値が著しく低下する
6. サンプルの情報などユーザー以外分からない（けれども必須のもの）があると思います
7. 負担にならないよう、必須項⽬が少なく、最低限の⼊⼒で、メタデータ⼊⼒⽤のプログラムや表計算ソフト等で、その場、もしくはあらかじめ⼊⼒しておく。その情報を測定プログラムに読み込ませて測定し、データとともに保存する

3-3. 3-2の回答について理由やご意⾒を教えてください。

8. スタッフの⽅では⼊⼒できないような情報もあると思うので、可能な限りユーザーが⾏うべきと考える。
9. ⼿間ですが，試料についてはユーザーしか把握していませんので．
10. エネルギー校正や分解能などは既定のやり⽅を定めて、それで保証されているものでないと使いにくいです11. ⼿間を考えると反対ですが企業としては出せる情報と出せない情報があるためユーザー⼊⼒でなければ難しい。
12. 測定条件等は測定機器から⾃動で読み込めるようにして欲しい。
13. 施設側で設定できるところはしていただいて、ユーザー側でしか⼊⼒できない箇所はユーザーが⼊⼒するのがよいと思います。
14. 分析していることを公開したくない試料があるため
15. メタデータを⼊⼒するのは労⼒が必要なのでなるべく機器からの⾃動⼊⼒が望ましい。ユーザーしか知り得ないメタデータはユーザーが⾏う。ただし、ユーザーが⼊⼒するのはせいぜい5項⽬くらいが限度だと思う。また、フリーフォーマットのメモ欄のようなものがあっても良いと思う。

IV 『XAFSデータベースについて』

有効性は評価されている

4-2. 4-1の回答について理由やご意⾒を教えてください。
1. （新規）ユーザーの便のため
2. 学⽣や初学者のために参照データがあるのがよいと思います．
3. ⼊⼿困難な標準試料等のスペクトル情報にアクセスできるため4. 以下のように活⽤しているほか、今後測定する吸収端について利⽤したい。
5. 標準的な試料は参考にしたい。
6. 実験データがオーソライズされることにより、データ⾃体から有意義な結果が得られなかったとしても、研究そのものが実施されていることの証明になる
7. 利活⽤しやすく、広い材料分野をつなげるカギになるデータベースと思います
8. 価数の違いや構造の違いが識別できるかについて、事前もしくは事後にスペクトルを⽐較確認評価するときに必要。
9. 同様の組成の試料を測定した場合でも、スペクトルが異なることは多々あるため、参考にできるデータはあった⽅が良い。
10. 解析の妥当性を評価するとき，あれば役に⽴つ場合もあると思います．
11. 特別に合成した素性のわからない触媒、のようなものは必要ありません。純物質や化合物の⼀般的なスペクトルが⼊⼿できれば⽐較に使えると思います。
12. 標準試料のデータベースなどはあると助かると感じますが、サンプルを⼊⼿できるものは実測します。ニッチなサンプルや⼊⼿が難しいサンプルについてデータが欲しいと感じることもあるが、まれなので結局ほとんど使わないかもしれない。そうしたサンプルはデータベースに存在しないことがほとんどのため、結局役に⽴った例がありません。
13. 個別で⼊⼿できる標準物質だけでは、解析できないものもあるため、標準試料のデータベースがあるとありがたい。
14. 将来的に、利⽤が⾼まると思います。
15. XAFSデータベース構築とその活⽤によって測定、解析、解釈、ユーザー数などが広がると思う。

4-3. XAFSデータベースをどのように活⽤しますか？
1.⾃⾝のデータとの⽐較
2. 標準データとして．
3. ⾃分の試料の相同定や解析標準として4. 標準的な試料のスペクトル確認や学⽣へのテーマ説明に使っている。
5. 参照試料を確認するため
6. ⾃⾝の実験が正しいかどうかの判断や標準試料を再測定することの無駄をなくす
7. 参照試料として利⽤
8. 私は運⽤側ですが、他のデータベースと繋げて材料全体を俯瞰できるようにしたいと思います
9. 価数の違いや構造の違いが識別できるかについて、事前もしくは事後にスペクトルを⽐較確認評価する。⾃分の標準試料が間違っていないかのチェックに使う。エネルギー校正や分解能に注意した上、論⽂に引⽤する。
10. 同様の組成の試料を測定した際の⽐較やスペクトルのクオリティの差異の確認
11. 今のところは，未だ思いつきません．
12. ⾃⾝で作成した化合物の定量、⽐較に標準的な試料を使いたいです
13. ニッチなサンプルや⼊⼿が難しいサンプルのデータを参照する。
14. 定性およびパターンフィッティング等
15. 参照試料を⾃⾝で測定した際の確認や、将来的には機械学習に利⽤したいと考えている。
16. 現状では、⾃分の測定元素のスペクトルを参照するなど等でしか活⽤していないが、データベースとそれらを活⽤した研究が進めば、測定中に似たようなスペクトルのデータを表⽰、分類、そのデータが使われている論⽂の紹介などまでされるようになり、活⽤範囲がXAFS界の活性化にもつながると思う。

V 『その他』
5. XAFSデータベースに関してご意⾒がありましたらコメントください。
1. 多くの⼈の意⾒を集約して頂ければ幸いです。
2. 試料濃度が不適切で測定データのクオリティが不⼗分だったり、エネルギー校正⽅法が不明だったりすることを防ぐため、試料調製やエネルギー校正のガイドラインの規定が必要だと考える。
（試料濃度の決定⽅法、エネルギー校正⽅法の明⽰など。可能であれば、同時に測定した⾦属箔・基準化合物のデータと紐づけておく。）
3. エネルギーのきざみなど、データのフォーマットが決められているとデータを提供しやすい。
4. MDR XAFS DBに登録をご検討いただければありがたいです。
https://mdr.nims.go.jp/collections/qz20st57x?locale=en https://doi.org/10.48505/nims.1447
5. ユーザーが使いたいデータは意外と種類は少ないのではないでしょうか。Cu foilのXANESばかり何個もデータベースにdepositされても仕⽅ないと思います。
6. ⼤学・研究機関と⺠間企業で⼀律のルールにすることは難しいように思います。
7. 本活動を応援しています。引き続き、がんばってください。
8. データベースには反映されないと思われる、細かい分析のテクニックがあり、それがわからない限り中途半端なものになるのではないかと危惧する。