DataCiteを選んだ理由
Materials Data RepositoryにおけるDataCite DOIの活用

田辺浩介 TANABE.Kosuke@nims.go.jp
物質・材料研究機構
技術開発・共用部門 材料データプラットフォーム データ基盤ユニット 主幹エンジニア
https://orcid.org/0000-0002-9986-7223

2023年6月22日 JAPAN OPEN SCIENCE SUMMIT 2023 セッションD3

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1. Materials Data Repository (MDR)とは

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Materials Data Repository (MDR)• 物質・材料研究機構(NIMS)が開発・運用するデータリポジトリ◦ https://mdr.nims.go.jp• NIMSの研究成果である論文ファイルや、材料科学に関するデータ（実験・計測データ）を収録• 2020年6月15日より運用開始• 2023年6月20時点で、約1500件のPublication（出版物）と約12,700件のDataset（研究データ）を収録• NIMSの研究者総覧データベース「SAMURAI」とも連携して動作◦ https://samurai.nims.go.jp

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Materials Data Repository (MDR)

https://mdr.nims.go.jp

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MDRに収録するデータ• 大きく分けてDatasetとPublicationの2種類を扱う• Dataset: 材料データ◦ 実験で使用した数値や画像のデータなどを想定◦ 材料関係のメタデータを記述可能• Publication: 論文のデータ◦ 論文ファイル（の著者版）を登録することを想定◦ 一般的な機関リポジトリと同様の運用NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM

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MDR XAFS DB
国内6組織によるX線吸収微細構造の計測データ集
https://doi.org/10.48505/nims.1447

https://mdr.nims.go.jp/concern/datasets/vh53wz94c?locale=en

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実験・計測データのメタデータ
装置・試料の情報が記録されている

https://doi.org/10.48505/nims.4192

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MDRで付与したDataCite DOI

論文の著者最終稿ファイル

論文の付随データファイル

https://doi.org/10.48505/nims.1440

MDRでのDataCite DOIの付与• MDRに登録する論文・データに対して、DataCite DOIを付与• 2023年6月20日時点で、2872件のDataCite DOIを付与している◦ 日本の研究機関別付与数では、JAMSTEC（3659件）の次に多い◦ JAXA1059件、DIAS153件、極地研147件、九大115件、環境研64件、京大4件• DOIの付与対象は研究データ全般と論文著者版◦ Gold OAになっている論文も収録しているが、MDRではDOIは付与しない◦ その他、すでに他の場所でDOIが付与されているデータには付与しない• NIMSはJaLC経由ではなく、DataCiteの会員になってDataCite DOIを付与している◦ JaLC経由でDataCite DOIを付与する場合、本来DataCiteがサポートしているメタデータ項目や機能が使用できないことがある（後述）

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MDRでのDataCite DOIの文献種別ごとの付与状況
resourceType（文献種別）

付与数

Dataset2677

Journal Article

141

Text

16

Other

14

Collection

10

Software

5Preprint

4

Conference Paper

2Book Chapter1Book1Conference Proceeding

1Report

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2. なぜDataCite DOIを付与しているのか

NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORMMDRでDataCite DOIを付与している理由• 研究データのDOIとして広く用いられているから• 外部データベースへの収録に優位性があるから◦ OpenAIRE Explore, Data Citation Index, Mendeley Data, Dimensions, Ex Libris Central
Discovery Index
https://support.datacite.org/docs/where-can-i-search-doi-metadata• 豊富で使いやすいAPIを備えているから◦ NIMSはJAIRO Cloudを使用していないため、DOIの付与の方法を別途用意する必要があった• 研究データだけでなく、文献に対するDOIも付与できるから◦ 論文（著者版）にもDOIを付与したいという要望があった◦ figshareやZenodo, arXivで付与されているDOIはDataCite DOINATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM

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DataCiteのresourceType（資料種別、2023年6月時点）• Audiovisual• Dissertation• PhysicalObject• Book• Event• Preprint• BookChapter• Image• Collection• InteractiveResource• ComputationalNotebook• Journal• ConferencePaper• JournalArticle• ConferenceProceeding• Model• Text• DataPaper• OutputManagementPlan• Workflow• Dataset• PeerReview• Other

論文や書籍に加えて、DMPやプレプリント、ソースコードや査読歴など、新しい種別の研究情報にも対応している
NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM• Report• Service• Software• Sound• Standard• （ただし現在のJaLCでは、文献に対するDataCite DOIの付与をサポートしていない）

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DataCite API• REST・OAI-PMH・GraphQLの各インターフェースが用意されており、いろいろなアプリケーションににかんたんに組み込める• JaLC APIと異なり、JSONでDOI登録用のメタデータが書ける◦ 以下のようなJSONをPOSTで送信するだけで、DOIが付与できる◦ 実際にはリゾルブ先のURLやタイトル・著者名などが必要
https://support.datacite.org/docs/api-create-dois• （ただし現在のJaLCでは、DataCite APIによるDOIの付与をサポートしていない）
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17DOI付与のためのメタデータ• DataCite DOIが研究データ用のメタデータだからといって、個別の研究分野の詳細なメタデータが記述できるわけではない◦ 地理情報（緯度・経度）や「データ収集日」といった項目はある◦ むしろ文献以外にもDOIが付与できるよう、メタデータの記述が簡略化されているとも言える◦ MDRでは、材料科学のメタデータは別途CSV・JSON・YAMLファイルで記述• DataCite Schema 4.4で、文献のメタデータの項目が大幅に増加した◦ DataCite Schema 4.3までは、文献のメタデータを記述するための項目が少なく、ジャーナル名など論文のメタデータを記述するのに苦労した

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DataCite DOI付与用のメタデータ（抜粋）タイトルやデータ作成者名など。
研究データそのもののメタデータはほとんど含まれない

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MDRでの材料メタデータの記述例
MDR独自のメタデータ。現在のDataCiteでは、これらの研究分野個別のメタデータは扱えないので、 CSVやJSON、YAMLなどで別途メタデータを記述する必要がある

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3. MDRでのDataCite DOIのワークフロー

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1. 研究データファイルの登録• 研究者は「MDR登録システム」（データ登録用の内部アプリケーション）にログインし、MDRに登録するファイルをアップロードする• 関連URLに論文DOIを入力すると、著者名やタイトルが自動入力される◦ NIMSの研究者総覧「SAMURAI」などの所内データベースから取得• 研究者がデータを登録すると、MDR担当者に通知が届く
ファイル
登録

MDR登録システム

登録通知
MDR運用担当者

研究者
書誌情報を自動入力

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MDR登録システム

タイトルや著者名は、NIMS内のデータベースから自動的に取得して入力される

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2. 研究データの公開準備作業とDataCite DOIの付与•

MDR担当者は登録された書誌事項とファイルをチェックし、公開可否、ならびにDataCite DOIの登録可否を判断する•

DataCite DOIの登録が行える場合、MDR登録画面からDataCite DOIを予約する◦ MDR登録システムがDataCite APIを呼び出す◦ 論文付随データの場合、論文DOIとデータDOIの関連も自動的に作成される◦ 必要に応じて、予約したDOIを研究者に連絡し、執筆中の論文にデータのDOIを記入できるようにする
DOI
予約MDR運用担当者

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MDR登録システム

DOIを
Draftで作成
API呼び出し24

3. 研究データの公開•MDR担当者は公開を承認し、DataCite DOIを有効化する•

公開が承認されたデータは、自動的にMDRに送付されて公開される。
あわせて、SAMURAIにもMDRへのリンクが自動的に追加される
公開承認

MDR登録システム

公開

MDR運用担当者
DOI有効化NATIONAL INSTITUTE FOR MATERIALS SCIENCE | MATERIALS DATA PLATFORM

MDRへのリンク追加

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NIMSの研究者総覧SAMURAIとのリンク
SAMURAIの論文詳細ページに、MDRに登録した論文付随データのリンクが追加される

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4. 研究データの流通• DataCite DOIはMDRのURLにリゾルブされる• DataCiteに収録された研究データのメタデータは、DataCite APIを通して、DataCite自身の検索サービスや外部検索データベースに収録され、研究者が検索できるようになる
リゾルブ

データ収集
データ収集

研究者

Data CitationIndex

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外部データベースへのデータ提供

MDRでDataCite DOIが付与された
データセットは、Clarivate社のData Citation Indexに収録される

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4. MDRでのDataCite DOIの今後の活用予定

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DOIの付与対象の拡大• 実験装置・試料へのDOI付与◦ 研究データの検索や追跡のために、「どの実験でどの試料を用いたか」「どの実験でどの装置を用いたか」といった情報を管理する必要が生まれてきている◦ 現在策定中のDataCite Schema 4.5で、resourceTypeにInstrumentが追加◦ 実験装置のPID付与については、RDAのPersistent Identification of Instruments
WGで議論◦ RDUFの「研究資料・実験機器へのPID付与検討小委員会」で、ホワイトペーパーの和訳を作成
https://pindinst-white-paper.readthedocs.io/ja/latest/◦ DataCiteでは試料に対するIDとして、IGSN(International GenericSample Number)をサポートしている

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研究データの利用統計• データ共有・公開を促すためにも、MDRで提供しているデータの利用状況を研究者に示すことは極めて重要• DataCiteはCOUNTER準拠のデータの利用統計を提供しており、MDR
でもこれを採用したい• 以前は集計用のログを自前で収集しなければならなかったが、2023年にDataCiteがJavaScriptによるトラッカーのβ版をリリース◦ Google Analyticsのように、HTMLにタグを埋め込むだけで利用統計が取れる◦ https://support.datacite.org/docs/datacite-usage-tracker• ダウンロード数や引用数の表示も、HTMLにタグを埋め込むことで可能◦ 以下が表示例

https://support.datacite.org/docs/displaying-usage-and-citations-in-your-repository
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DOIから材料科学分野の個別メタデータにつないでいく

松本崇博. 試料PID付与に関する動向. 第25回XAFS討論会 XAFSデータベース セッション. 2022
https://www.jxafs.org/w/wp-content/uploads/2022/08/2022_Aug_3_Sample_PID_Matsumoto.pdf

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まとめ
• PIDは、複雑なデータの結びつきを解きほぐすための鍵• 研究活動も、それに付随するデータ管理も、ほんとうに多様化している• 論文だけでなく、研究データや実験装置など、さまざまなものにPIDが付与されるようになっている• DOI、ならびにDOIと連携して動作する他のPIDを通して、複雑で多様化する研究活動が、研究者にもデータ管理者にももっとFAIRなものになるはず

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