資料７

みどりの食料システム法について

令和４年９月内閣府沖縄総合事務局農林水産部

みどりの食料システム戦略（概要）～食料・農林水産業の生産力向上と持続性の両立をイノベーションで実現～

現状と今後の課題○生産者の減少・高齢化、地域コミュニティの衰退○温暖化、大規模自然災害○コロナを契機としたサプライ
チェーン混乱、内食拡大○SDGsや環境への対応強化○国際ルールメーキングへの参画「Farm to Fork戦略」 (20.5)
2030年までに化学農薬の使用及びリスクを50%減、有機農業を25%に拡大「農業イノベーションアジェンダ」(20.2)
2050年までに農業生産量40％増加と環境フットプリント半減

農林水産業や地域の将来も見据えた持続可能な食料システムの構築が急務

持続可能な食料システムの構築に向け、「みどりの食料システム戦略」を策定し、中長期的な観点から、調達、生産、加工・流通、消費の各段階の取組とカーボンニュートラル等の環境負荷軽減のイノベーションを推進目指す姿と取組方向
2050年までに目指す姿
ゼロエミッション
 農林水産業のCO2ゼロエミッション化の実現
持続的発展 低リスク農薬への転換、総合的な病害虫管理体系の確立・普及に加え、ネオニコチノイド系を含む従来の殺虫剤に代わる新規農薬
革新的技術・生産体系の速やかな社会実装等の開発により化学農薬の使用量（リスク換算）を50％低減
 輸入原料や化石燃料を原料とした化学肥料の使用量を30％低減
革新的技術・生産体系
取 耕地面積に占める有機農業の取組面積の割合を25％(100万ha)に拡大 を順次開発
組
開発されつつある 2030年までに食品製造業の労働生産性を最低３割向上
・技術の社会実装
 2030年までに食品企業における持続可能性に配慮した
技
輸入原材料調達の実現を目指す術 エリートツリー等を林業用苗木の9割以上に拡大
2020年 2030年 2040年 2050年
 ニホンウナギ、クロマグロ等の養殖において人工種苗比率100%を実現

戦略的な取組方向
2040年までに革新的な技術・生産体系を順次開発（技術開発目標）
2050年までに革新的な技術・生産体系の開発を踏まえ、今後、「政策手法のグリーン化」を推進し、その社会実装を実現（社会実装目標）※政策手法のグリーン化：2030年までに施策の支援対象を持続可能な食料・農林水産業を行う者に集中。
2040年までに技術開発の状況を踏まえつつ、補助事業についてカーボンニュートラルに対応することを目指す。
補助金拡充、環境負荷軽減メニューの充実とセットでクロスコンプライアンス要件を充実。
※ 革新的技術・生産体系の社会実装や、持続可能な取組を後押しする観点から、その時点において必要な規制を見直し。
地産地消型エネルギーシステムの構築に向けて必要な規制を見直し。

経済 持続的な産業基盤の構築
・輸入から国内生産への転換（肥料・飼料・原料調達）
・国産品の評価向上による輸出拡大
・新技術を活かした多様な働き方、生産者のすそ野の拡大期待される効果
社会 国民の豊かな食生活
地域の雇用・所得増大

・生産者・消費者が連携した健康的な日本型食生活
・地域資源を活かした地域経済循環
・多様な人々が共生する地域社会

環境 将来にわたり安心して暮らせる地球環境の継承

・環境と調和した食料・農林水産業
・化石燃料からの切替によるカーボンニュートラルへの貢献
・化学農薬・化学肥料の抑制によるコスト低減

アジアモンスーン地域の持続的な食料システムのモデルとして打ち出し、国際ルールメーキングに参画（国連食料システムサミット（2021年9月）など）

１みどりの食料システム戦略（具体的な取組）～食料・農林水産業の生産力向上と持続性の両立をイノベーションで実現～

調達

１.資材・エネルギー調達における脱輸入・脱炭素化・環境負荷軽減の推進（１）持続可能な資材やエネルギーの調達（２）地域・未利用資源の一層の活用に向けた取組（３）資源のリユース・リサイクルに向けた体制構築・技術開発～期待される取組・技術～
 地産地消型エネルギーシステムの構築
 改質リグニン等を活用した高機能材料の開発
 食品残渣・汚泥等からの肥料成分の回収・活用
 新たなタンパク資源（昆虫等）の利活用拡大等

消費4.環境にやさしい持続可能な消費の拡大や食育の推進

 雇用の増大 地域所得の向上
 豊かな食生活の実現～期待される取組・技術～

生産（１）高い生産性と両立する持続的生産体系への転換（２）機械の電化・水素化等、資材のグリーン化（３）地球にやさしいスーパー品種等の開発・普及（４）農地・森林・海洋への炭素の長期・大量貯蔵（５）労働安全性・労働生産性の向上と生産者のすそ野の拡大（６）水産資源の適切な管理～期待される取組・技術～

・持続可能な農山漁村の創造
・サプライチェーン全体を貫く基盤技術の確立と連携（人材育成、未来技術投資）
・森林・木材のフル活用によるCO2吸収と固定の最大化（１）食品ロスの削減など持続可能な消費の拡大（２）消費者と生産者の交流を通じた相互理解の促進（３）栄養バランスに優れた日本型食生活の総合的推進（４）建築の木造化、暮らしの木質化の推進（５）持続可能な水産物の消費拡大
 外見重視の見直し等、持続性を重視した消費の拡大
 国産品に対する評価向上を通じた輸出拡大 健康寿命の延伸に向けた食品開発・食生活の推進

２.イノベーション等による持続的生産体制の構築

 スマート技術によるピンポイント農薬散布、病害虫の総合防除の推進、土壌・生育データに基づく施肥管理
 農林業機械・漁船の電化等、脱プラ生産資材の開発
 バイオ炭の農地投入技術
 エリートツリー等の開発・普及、人工林資源の循環利用の確立 海藻類によるCO₂固定化（ブルーカーボン）の推進
等

3.ムリ・ムダのない持続可能な加工・流通システムの確立

加工・流通（１）持続可能な輸入食料・輸入原材料への切替えや環境活動の促進（２）データ・AIの活用等による加工・流通の合理化・適正化（３）長期保存、長期輸送に対応した包装資材の開発（４）脱炭素化、健康・環境に配慮した食品産業の競争力強化～期待される取組・技術～
 電子タグ（RFID）等の技術を活用した商品・物流情報のデータ連携

等

 需給予測システム、マッチングによる食品ロス削減
 非接触で人手不足にも対応した自動配送陳列等

２

※ 環境と調和のとれた食料システムの確立のための環境負荷低減事業活動の促進等に関する法律

みどりの食料システム法※のポイント制度の趣旨

みどりの食料システムの実現⇒（令和４年法律第37号、令和４年７月１日施行）

農林漁業・食品産業の持続的発展、食料の安定供給の確保

みどりの食料システムに関する基本理念
・ 生産者、事業者、消費者等の連携

・ 技術の開発・活用

・ 円滑な食品流通の確保

等関係者の役割の明確化
・ 国・地方公共団体の責務（施策の策定・実施）

・ 生産者・事業者、消費者の努力

国が講ずべき施策
・ 技術開発・普及の促進

・ 関係者の理解の増進
・ 環境負荷低減に資する調達・生産・流通・消費の促進

・ 環境負荷低減の取組の見える化等

基本方針（国）協議同意

基本計画（都道府県・市町村）
申請

申請

認定

認定

環境負荷低減に取り組む生産者
生産者やモデル地区の環境負荷低減を図る取組に関する計画※環境負荷低減：土づくり、化学農薬・化学肥料の使用削減、温室効果ガスの排出量削減 等

新技術の提供等を行う事業者
生産者だけでは解決しがたい技術開発や市場拡大等、機械・資材メーカー、支援サービス事業体、食品事業者等の取組に関する計画【支援措置】【支援措置】• 必要な設備等への資金繰り支援(農業改良資金等の償還期間の延長(10年→12年)等)• 行政手続のワンストップ化＊ (農地転用許可手続、補助金等交付財産の目的外使用承認等)• 有機農業の栽培管理に関する地域の取決めの促進＊• 必要な設備等への資金繰り支援 (食品流通改善資金の特例)• 行政手続のワンストップ化 (農地転用許可手続、補助金等交付財産の目的外使用承認)• 病虫害抵抗性に優れた品種開発の促進 (新品種の出願料等の減免)＊モデル地区に対する支援措置

・ 上記の計画制度に合わせて、必要な機械・施設等への投資促進税制、機械・資材メーカー向けの日本公庫資金を新規で措置
・ 持続農業法の取組も包含（同法は廃止し経過措置により段階的に新制度に移行）

３みどり投資促進税制〇 有機農業や化学農薬・化学肥料の使用低減に取り組む生産者や、環境保全型農業に必要な有機質肥料などの生産資材を広域的に供給する事業者の設備投資を後押しします。
概 要

機械等と一体的に整備する建物等も対象になります！

・ 都道府県知事の認定を受けた生産者や、国の認定を受けた資材メーカー・食品事業者等が一定の設備等を新たに取得等した場合に、特別償却（機械等32％、建物等 16％）の適用が受けられます。

・ 本税制の適用は、租税特別措置法の規定により、令和６年３月31日までの間に、認定実施計画に基づき対象設備等を取得し、当該事業の用に供した場合に限られます。

① 生産者向け② 事業者向け＜対象となる設備等の要件＞＜対象となる設備等の要件＞

化学農薬又は化学肥料に代替する生産資材を製造する専門の設備等であること○ 以下について、メーカーが国の確認を受けた設備等であること
・化学農薬・化学肥料の使用量を低減させる設備等
・その他環境負荷低減事業活動に必要な設備等○ 一定期間内に販売されたモデルであること○ 取得価額が100万円以上であること
対象設備の確認スキーム

主務大臣
①計画
申請

②計画
認定

基盤確立事業
実施計画

事業者（機械メーカー）

良質な堆肥を供給する
自動攪拌装置＜手続イメージ＞
都道府県

主務大臣

②計画認定

①計画申請

②計画認定

①計画申請

③設備投資
計画申請に併せて、製造する機械が税制特例対象に該当するかについて、確認申請を行うことができる。

③設備投資

環境負荷低減事業活動実施計画等

生産者

バイオコンポスター＜手続イメージ＞③ 農水省HPに公表対象となる設備について、その名称、型式・型番等を公表

ペレタイザー④税務申告

基盤確立事業実施計画

税務署

事業者

④税務申告

税務署

４

（参考）特別償却活用の効果〇 環境負荷低減※１に取り組む生産者及び広域的に生産資材の供給を行う事業者が計画認定制度に基づき設備等を整備する場合に、みどり投資促進税制（特別償却）を活用することにより、導入当初の所得税・法人税負担が軽減されます。

※１ 化学農薬・化学肥料の使用低減のことをいう。

【法人税における特例のイメージ※2】
法人税 =（益金－損金（償却額））× 税率⇒ 特別償却により、導入当初において、通常の償却額に一定額を上乗せした償却が認められます。
※2 特別償却について定額法で試算したものであり、実際の計算と異なる場合がある。

約700万円の機械を整備した際の特別償却（32％）
224万円
100万円
初年度

約1,500万円の機械と約5,000万円の一体的な建物を整備した際の特別償却（機械32％、建物16％）

償却額＝(取得価額÷耐用年数)＋(取得価額×32％)＜機械＞

特別償却に係る部分448万円

100万円

100万円

２年目 ３年目

100万円

76万円

４年目 ５年目 ６年目 ７年目

省力的な有機栽培を可能とする
高能率水田用除草機

特別償却に係る部分

200万円

200万円

初年度
＜建物＞

２年目

816万円

化学肥料の施肥量を減少させる
土壌センサ付可変施肥田植機

償却額＝(取得価額÷耐用年数)＋(取得価額×32％)

200～ 万円

152万円

４年目 ５年目 ６年目７年目

良質な堆肥を供給する
堆肥化処理施設等償却額＝(取得価額÷耐用年数)＋(取得価額×16％)
特別償却に係る部分

300万円

300万円

初年度

２年目

～

300万円

84万円

14年目

15年目

16年目

17年目

５日本政策金融公庫等の融資の特例措置〇 日本政策金融公庫等の低利融資等を措置し、環境負荷低減に取り組む生産者、事業者による設備等の導入に係る資金繰りを支援。
対象者農業者

取組のイメージ（例）

措置内容

化学農薬・肥料の使用低減に資する除草機、可変施肥機等の導入

農業改良資金（無利子）の貸付
償還期間の延長

自らの事業活動に伴うメタン排出の抑制に資する
家畜排せつ物の強制攪拌装置等を備えた施設の導入

畜産経営環境調和推進資金の貸付（利率：0.50%、20年以内）

林業者・木材事業者

木質バイオマス燃料の生産に資する
移動式チッパー等の導入

林業・木材産業改善資金（無利子）の貸付
償還期間の延長漁業者

漁船の省エネ化に資する低燃費エンジン等の導入

沿岸漁業改善資金（無利子）の貸付
償還期間の延長

食品事業者

環境負荷低減の取組を通じて生産された農林水産物の付加価値向上に資する
新商品開発・製造に必要な設備や食品流通改善資金の貸付（利率：0.18~0.45%、15年以内）（畜産・酪農）

流通の効率化施設等の導入
機械・資材メーカー等

環境負荷低減に資する機械・資材等の製造ラインの増設

新事業活動促進資金の貸付 対象の新規追加（利率：特別利率②0.43～0.90%、20年以内）※金利表示は、令和４年４月現在のもの※融資の利用に当たっては、別途日本政策金融公庫等による審査が必要

６農林漁業者向け支援措置
土づくり、化学農薬・化学肥料の使用の低減に取り組む場合
一定の機械・施設等を導入する際の導入当初の所得税・法人税の負担が軽減されます。

堆肥散布機（マニュアスプレッダ）

高能率水田用除草機【みどり投資促進税制】 新
機械等：特別償却 32％
建物等：特別償却 16％必要な設備投資に対して、日本公庫による無利子の「農業改良資金」の償還期間の延長の特例措置等が受けられます。

温室効果ガスの排出の量の削減に取り組む場合必要な設備投資に対して、無利子の「農業改良資金」、「林業・木材産業改善資金」、「沿岸漁業改善資金」の償還期間の延長の特例措置等が受けられます。
施設園芸用ヒートポンプ

メタン排出を抑制する
堆肥の自動撹拌装置

家畜排せつ物の処理・利用のための施設・設備の整備に対して、日本公庫による「畜産経営環境調和推進資金」の貸付等が受けられます。
一定の設備を導入する際の所得税・法人税の負担が軽減されます。

バイオマス燃料を山土場で効率的に生産する移動式チッパー

軽量・小型の低燃費漁船用エンジン【カーボンニュートラル投資促進税制】
最大10%の税額控除又は50％の特別償却※産業競争力強化法に基づくエネルギー利用環境負荷低減事業適応計画の認定を受ける必要があります。
※融資の利用にあたっては、別途日本政策金融公庫等による審査が必要となります。

新たな法制度の創設に先立ち、土づくり、栽培暦の見直し、有機農業の団地化等、地域ぐるみでのグリーン化の取組等に、・ みどりの食料システム戦略緊急対策交付金（R3補正）、みどりの食料システム戦略推進交付金（R4当初）
・ 各種補助事業等におけるグリーン化に向けた「優先枠・ポイント加算」の活用が可能です。

７

機械・資材メーカー、食品事業者等向け支援措置
資材メーカー

良質な堆肥の生産設備・ペレタイザー

化学農薬又は化学肥料に代替する資材を専門に製造する施設・設備を導入する際、導入当初の所得税・法人税の負担が軽減されます。

増産のための設備投資に対して、日本公庫による「新事業活動促進資金」の貸付※が受けられます。

【みどり投資促進税制】 新
機械等：特別償却 32％
建物等：特別償却 16％
特別利率②を適用 新（0.43～0.90％）
基準利率:1.08～1.55%＊金利表示は、令和４年４月現在のもの

機械メーカー

高能率水田用除草機

国による確認を受けた機械を、農業者が導入する際、農業者の導入当初の所得税・法人税の負担が軽減されます。

増産のための設備投資に対して、日本公庫による「新事業活動促進資金」の貸付※が受けられます。

特別利率②を適用 新（0.43～0.90％）
基準利率:1.08～1.55%＊金利表示は、令和４年４月現在のもの

食品事業者
化学農薬又は化学肥料に代替する資材を専門に製造する施設・設備を導入する際、導入当初の所得税・法人税の負担が軽減されます。

食品残渣を堆肥化するバイオコンポスター【みどり投資促進税制】 新
機械等：特別償却 32％
建物等：特別償却 16％

環境に配慮した農林水産物等の流通・加工施設の取得等に対して、日本公庫による「食品流通改善資金」の貸付※等が受けられます。
※中小企業に限ります。また、融資の利用にあたっては、別途日本政策金融公庫等による審査が必要となります。

８主な支援措置一覧【環境負荷低減事業活動】
対象者
農業者
畜産・酪農
林業者

融資

税制

農業改良資金みどり投資促進税制

畜産経営環境調和推進資金※化学農薬・化学肥料の削減に取り組む場合に限る※対象機械は、国が基盤確立事業で認定したものに限る

林業・木材産業改善資金

漁業者

沿岸漁業改善資金【基盤確立事業】
対象者
機械メーカー
支援サービス事業体（機械のリース・レンタル）
資材メーカー等

食品事業者

融資

税制

新事業活動促進資金 ※中小企業に限る
新事業活動促進資金 ※中小企業に限る

みどり投資促進税制

新事業活動促進資金 ※中小企業に限る※化学農薬又は化学肥料に代替する資材の製造に限る（例：生物農薬、混合堆肥複合肥料、ペレット堆肥 等）

食品流通改善資金 ※中小企業に限る※化学農薬又は化学肥料に代替する資材の製造に限る（例：食品残渣を活用した堆肥 等）

みどり投資促進税制

９