SHELXを用いたX線単結晶構造解析- Rigakuソフトウェア Crystal Structure を用いて 愛媛大学総合科学研究支援センター
担当：宇野 英満
森 重樹
小西 理実
渡辺 苑

目次
1. Crystal Structure Ver. 4.0.1-インストール（バージョンアップ方法）-Userの設定
2. 構造解析ソフトのインストール-① shelx97-② sir2008, 2004, 2002, 97
3. Crystal Structureを用いた解析例-①シチジン-②スクロース-③TPP(テトラフェニルポルフィリン)
4. 結晶構造描画ソフトのインストール-Mercury

Crystal Structure Ver. 4.0.1のインストール（バージョンアップ方法）

インターネットにて下記にアクセスし、無償アップグレード版ダウンロードをクリックする。
http://www.rigaku.co.jp/xrl/group1/support/cs/support.html

ここをクリック

表示されたダウンロード画面に必要事項を入力し、ダウンロードをクリックする。
[必要事項]
申込者名、申込者e-mailアドレス、ライセンス保持者名、ライセンス保持者アドレス、所属、ライセンスキー番号

小西 理実①利用者の名前とアドレスを入力

konishi.rimi.mj@ehime-u.ac.jp

森 重樹
mori.shigeki.mu@ehime-u.ac.jp
愛媛大学②責任者の名前とアドレスを入力

CRY STR 325 XXX X③ラインセンスキーに記載の通り記入する④ここをクリックダウンロードを実行すると下記画面が表示されるので、実行をクリックするとCrystal
Structure 4.0.1のダウンロードが開始される。

ここをクリックするダウンロード画面に入力したe-mail宛てにパスワードが送信される。
※パスワードが送信されるには時間がかかります（自動返信ではありません）

パスワード“XXXYYY”を入力する。

①パスワード入力

XXXYYY②Nextをクリック自動的にインストールが進む。
下記の画面になったらNextをクリックする。

Nextをクリック

同意する（I accept the ……..）を選択し、Nextをクリックする。

①チェックを入れる②Nextをクリック

User Name, Company Name, Serial Numberが表示されるので間違っていないことを確認して、Nextをクリックする。

Nextをクリック

Completeにチェックがあることを確認して、Nextをクリックする。

①チェックがある
ことを確認する②Nextをクリック下記画面が表示されたら、Installをクリックして開始する。

Installをクリックする自動的にインストールが進む。
下記の画面が表示されたら、Nextをクリックする。

Nextをクリックするライセンスの同意確認画面になる。
I Accept. を選択し、Nextをクリックする。

①チェックを入れる②Nextをクリック

インストールが進み、下記画面が表示されたら、Closeをクリックする。

Closeをクリック

インストールが進み、下記画面が表示されたら、“はい”をクリックする。

“はい”をクリック

インストールが進み、下記画面が表示されたら、再起動（Yes, I want to restart ……. ）にチェックを入れ、Finishをクリックする。

①チェックを入れる②Finishをクリック下記画面が表示され、インストールが終了したら、Finishをクリックする。
インストールが終了したので、Crystal Structure を閉じる。

Finishをクリック

C:¥Rigaku¥CrystalStructure¥dbaseの REGISTER.DAT ファイルを開く。
Serial がライセンスキー番号と一致していることを確認する。

①REGISTER.DATファイルを開く②Serial を確認する

Userの設定

Crystal Structureを立ち上げ、ログイン名に“administrator”を入力し、OKをクリックする。

①Crystal Structureを立ち上げる②Login Nameに“administratorゔ
を入力し、OKをクリックする。

メニューバーの“Tools”から“Administration.....”を選択する。

拡大Administration が表示されるので、”Users”タブを選択し、”Add”をクリックする。

①Usersのタブを選ぶ②Addをクリックする

User Settingsが表示されるので、”Name” “Description(説明、[所属など]）”“Data Directory” “Password” を入力する。
※Member of (Groups) で権限の設定ができます。

①Usersの”Name” “Description”“Password” を入力する③全て入力したらOKをクリックする②“Data Directory” は[・・・]をクリック
して既存フォルダから選択する。

下記画面が表示され、Userが追加されます。
各User名でCrystal Structureを立ち上げるため、メニューバーのFile>Exitにて、プログラムを終了します。

構造解析ソフトのインストール①
shelx97

Webブラウザにて、http://shelx.uni-ac.gwdg.de/SHELX/index.htmlにアクセスすると、下記のSHELX画面が立ち上がるので、Application formをクリックする。

①URLを入力する②“Application form”をクリックする

SHELX-97 License Registration Formをコピーして、下記例に従って記入する。
記入を終えたら、+49-551-3922582へFAXする。
数日後にパスワードが届くので、ソフトウェアのダウンロードとインストールを行う。

Assistant Professor Dr. Shigeki Mori
Integrated Center for Sciences, Ehime University, Matsuyama 790-8577, Japan+81-89-927-9670
mori.shigeki.mu@ehime-u.ac.jp

X

X
X
X
Shigeki Mori

25th March 2011

SHELXのソフトウェアのダウンロードができたとして・・・（合宿時はUSBで配布）
バイナリファイルを指定のフォルダにコピーします。 C:¥Rigaku¥CrystalStructureのフォルダを開き、“extras”というフォルダを作成する。

① C:￥Rigaku￥CrystalStructureのフォルダを開く②“extras”という名前のフォルダを作成する

Extra フォルダを開き、“shelx97”というフォルダを作成する。

① extrasフォルダを開く②“shelx97”という名前のフォルダを作成する

この中に、 ダウンロードした（配布された）windows用のSHELXファイル一式をコピーする。

②ダウンロードした(配布した）ファイル一式をコピーする構造解析ソフトのインストール②
sir2008, 2004, 2002, 97

Webブラウザにて、 http://wwwba.ic.cnr.it/ にアクセスし、Registerをクリックする。

①URLを入力する②Registerをクリックする

Create new account画面が表示される。
下記の例に従って必要事項を記入し、入力したらCreate new accountをクリックする。
登録されるとIDとパスワードが送られ、ソフトウェアのダウンロードができる。
Ehime University
Integrated Center for Sciences
2-5 Bunkyo-cho
Matsuyama790-8577
Japan
Shigeki Morimori.shigeki.mu@ehime-u.ac.jp+81-89-927-9663
mori.shigeki.mu@ehime-u.ac.jp+81-89-927-9670✔

以下、適宜記入する
Shigeki
Mori

クリックするID/PASSが送付されたとして・・・
http://wwwba.ic.cnr.it/ にアクセスし、UsernameとPasswordを入力し、Log in する。

User name とPasswordを入力し、Log inをクリックする

まず、SIR2008ソフトウェアのダウンロードを行う。
Main Menu の中からSoftware -> SIR2008, -> Downloadsの順にクリックする。

II Milione /SIR Downloads画面が表示される。
画面をスクロールして、windows用のソフトウェアをダウンロードする。
（保存場所はどこでもよい）②保存をクリックする①画面をスクロールして、
windows用のソフトウェア
をダウンロードする次に、 SIR2004,2002,97ソフトウェアのダウンロードを行う。
Main MenuからOld Softwareをクリックする。

Old Softwareをクリックする

Old Softwareの画面が表示される。
画面をスクロールして、windows用のソフトウェアをダウンロードする。
（保存場所はどこでもよい）②保存をクリックする①画面をスクロールして、
windows用のソフトウェア
をダウンロードするダウンロードしたセットアップファイルを実行し、インストールすると、 C:¥Program Filesのフォルダに「ilmilione-2.2.0」という名前でインストールされる。「ilmilione-2.2.0」のフォルダをC:¥Rigaku¥CrystalStructure¥Extaraフォルダへ移動し、フォルダ名を“Sir2008”に変更する。
Sir97, 2002, 2004も同様に行う。

“ilmilione-2.2.0”のフォルダを
extraフォルダにコピーしてSir2008に名前を変更する。

Crystal Structureを用いた解析例①
シチヂン※測定データから、必要なファイル①②を解析フォルダにコピーする。
解析フォルダはCドライブの直下に、例えば、 Mori_CSというCryatalStructure用のファイルを作成し、この中に作成していくとよい。フォルダ名は、英数字のみ使用可能。
「デスクトップ」はpath内に”デスクトップ“というカタカナの名前を使用するためプログラムが認識できないことに注意する。
① f2plus.dat（データファイル：hkl指数とその反射点の強度データ）② CrystalClear.cif（装置：Saturn測定）または、texray.inf（装置：RAPID測定）（情報ファイル：格子定数など結晶に関する情報）

Crystal Structureをダブルクリックし、User名とパスワードを入力しOKをクリックし、Crystal Structureを立ち上げます。

①Crystal Structureを立ち上げる②Login NameにUser名、Passwordを入力し、OKをクリックする

Open Project をクリックし、データが置いてあるファイルを選択し、開きます。
※ファイルには、f2plus.dat（データファイル：hkl指数とその反射点の強度データ）と、CrystalClear.cif（Saturn測定）またはtexray.inf（RAPID測定）（情報ファイル：格子定数など結晶に関する情報）が必要。

①Open Project をクリックする②フォルダとファイルを選択するSummary.txt が表示されるので、結晶情報（化学式など）を確認して閉じる。
変更が必要な場合は、parametersプルダウンから適当なメニューを開いて入力する。

水素Hの数が違う!!
閉じる

化学式を変更する場合は、メニューバーの Parameters > Formula をクリックする。
周期律表が表示されるので、変更したい元素のボタンを押し、テキストボックスに数を入力する。変更が終了したらOKをクリックする。
Ｚ値は入力した原子の数、種類から自動的に計算されます。溶媒分子を含んでいるときは修正が必要な多いので注意すること。

①ParameterからFormulaを選択する②元素種類と数を確認する③Hを選択する④元素数を入力する⑥OKをクリックする⑤単位格子内の分子数を入力する次に、HKLファイルを作成する。フローチャートのEvaluate Dataをクリックし、構造解析を始める。 Evaluate
Dataでは。初期データ処理として、データファイルのフォーマット変換、空間群の決定を行う。データ処理が終わると、Summaryが表示されるので、OKをクリックする。
※Average and application correction を選択すると等価な反射を平均化することが可能。平均処理を行うと、以降、吸収などの補正ができなくなる。

①Evaluate Dataをクリックする②ＯＫをクリックする次に、初期構造を決定する。フローチャートのSolveをクリックする。ここではSIR2002を例として用いる。
“Direct Methods”>”SIR2002”> “Default” を選択する。
※SIR2002以外の SIR2008,SIR2004, SIR97, SIR92などでもよい。
基本的に分子量が大きくなるほど上位のプログラムを使用した方がよい結果が得られる。

Solveをクリックし、“Direct Methods”>> ”SIR2002” >> “Default” を選択する。

拡大SIR2002が起動し、初期構造の計算が開始される。
計算が終了したら、File >> Exit を選択し、SIR2002を終了する。
※Defaultの結果、適当な解が得られなかった場合（計算がうまくいかないとき）はMenuでパラメータの変更を行うか、または、他のプログラムを使って初期構造を求める。

①FileからExitを選択し、クリックする②確認画面で”OK”をクリックするSIR2002で求められた初期構造がCrystal Structureの画面に表示される。
シチジンの構造であることがわかるが、原子のアサインが間違っている箇所があるので修正する。
※ピーク強度の応じて自動的にアサインするため、通常は水素原子以外の原子が表示される。

ModelからName and Renumberボタンを選択する。
ElementsからC（炭素）を選択し、C位置を修正する。

①Modelをクリックし、
Name and Renumberを選択する。

②Cを選択③左クリックし、
N→Cに修正する

同様にして、N（窒素）位置とO（酸素）位置も修正する。

①Modelをクリックし、
Name and Renumberを選択する。

③Nに修正する②Nまたは、Oを選択③Oに修正する

次に、原子番号がばらばらなので番号をつけ直す。
ModelからName and Renumberボタンを選択する。RenumberとAllにチェックを入れ、シリアル番号を全て無効にする。シリアル番号を全て無効にすると、元素番号がC0XX, N0X となり、原子種類と番号の間に0が追加されている。

①Modelをクリックし、
Name and Renumberを選択する。
②Renumberにチェックを入れる③Allにチェックを入れる④クリックする

次に、炭素Cを選択し、スクロースの炭素C位置を順にマウスで左クリックして選択すると、選択順に炭素Cの番号が変わる。

①Cを選択する②Sequence byelementを選択する③C位置となる原子を右クリックで順に選択する

同様にして、酸素O原子に番号をつける。最後にOKをクリックして終了する。
（ここでは水素H以外のRenumberを行います）①Oを選択する②O位置となる原子を右クリックで選択する③OKをクリックする

同様にして、窒素N原子に番号をつける。最後にOKをクリックして終了する。
（ここでは水素H以外のRenumberを行います）②N位置となる原子を右クリックで選択する①Nを選択する③OKをクリックする

ここで、一度、精密化(refinement)を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。
（Crystal Strucutre Ver. 4.0.1ではshelxlのセットアップがされていればshelxlで精密化を行う）①Refineの中から、Least Squaresを選択する②OKをクリックする

計算が進み、精密化の結果が表示される。
Flack Parameterが”1”に近い値なので、絶対構造が反対になっていると判断されます。
*決して値だけで判断しないこと。
詳細はH. D. Flack and G. Bernardinelli, J. Appl. Cryst., 2000, 33, 1143-1148. を参照のこと。

Flack Parameter が “1”に近い。
-> この反対の絶対構造が正しい、と考えられる。

OKをクリックするUtilities の Invert Structureをクリックし、構造を反転させる。

ここでもう一度、精密化を行います。RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。
Flack Parameterが”0”に近づき、“正しい絶対構造が導かれた”と判断できます。
※Maximum shift/errorが”0” になり計算が収束するまで精密化を繰り返す。

①Refineの中から、Least Squaresを選択する

Flack Parameter が “0”に近い。
＝この絶対構造が正しい②OKをクリックする

計算の結果、電子密度の高い順に緑の番号が表示されます。
(アサインされていない点、Qピークとも言う）
このままだと、画面が見づらいので緑の表示を消します。

クリックするUtilitiesからLeast Peaksを選択し、緑で表示された原子の存在確率値を確認する。
ピーク値はいずれも”1”以下で、ピーク間の極端な違いも見られないため、現在は位置している元素
以外（水素原子を除く）には存在しないと考えられる。

拡大①UtilitiesからLeast Peaksを選択する②ピーク値を確認する

次に、原子の温度因子を等方性から異方性温度因子に変更する。
フローチャートのModelからRefine attributesを選択する。Refine typeにおいて、xyz と aniso(U)にチェックが入っていることを確認する。All non-hydrogenをクリックすると、左画面のように全ての元素が選択されるので、OKをクリックして、異方性を付与する。
①ModelからRefinement attributes
を選択する②Refine typeにおいて、xyz と anis(U)にチェックが入っていることを確認する③All non-hydrogen
をクリックする。

③OKをクリックする元素表示が●（等方性）から、■（異方性）へと変わる。
(初めの設定でこの表示になっていますが、メニューバーの”Display”->”Style”->好みの表示形式、を選択することで、筒モデルや空間充填モデルなどに表示を切り替えることが出来ます。）

元素表示：■

等方性

元素表示：●

ここで再度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。計算が進み、精密化の結果が表示される。異方性をかけたことによって、R1、wR2の値がよくなっていることがわかる。

次に、水素Hを配置する。Model から Add hydrogens を選択し、Geometryからphenyl (sp2炭素、窒素に対して水素
原子1つ)を選択し、 phenyl位置となるＨを配置する原子をマウスでクリックしながら選択する。全てを選んだら、Applyをクリックする。
X線測定では水素原子の位置は決められないため、データの質に応じて計算で方向、距離を規定する①Modelから
Add hydrogen を選択する③phenyl位置となるHを配置する元素を選択する④Applyをクリックする② phenylを選択する

同様にして、他の水素も配置し、最後にOKをクリックして終了する。
(Hydroxy位置, Methylene位置, Vinylic位置）

ここで一度、精密化を行います。RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。
計算が進み、精密化の結果が表示される。水素の配置により、R1、wR2の値がよくなっている。

UtilitiesからLeast Peaksを選択し、緑で表示された残留電子密度を確認する。
高いピーク値はなく、他に原子はなさそう、と判断できる

次に、ORTEP図を表示し、原子の熱振動に異常がないか確認する。
GraphicsからORTEPを選択する。ORTEPにて、Override Parametersにチェックを入れ、水素以外を選択し、Runをクリックする。

①Graphicsから
ORTEPを選択する。

②override Parametersにチェックを入れる③水素以外を選択する。
選択すると、表示が、“XX shaded octants”と変わる。

④Runをクリックする

デフォルトでは50%の存在確率のORTEP図が表示される。
原子の熱振動が楕円体で図示されているが、各々の原子で他の原子と比べて極端にひずんだ形は見られない。よって、原子の配置はこれでよさそう、と判断する。

存在確率（初期設定では50%）ここで、精密化を行う。
RefineからLeast Squaresを選択し、Use recommended weights をクリックした後、 OKをクリックする。
Weightに変化がなくなるまで、計算を繰り返す。

Weightに変化がなくなるまで・・・①クリックする②クリックする

最終的に、Maximum shift/errors “0”となれば計算を終了、 小分子でデータが良ければ
R1:5%以下を目指す。

次に、解析したデータをCIF (Crystallographic Information File) ファイルとして保存する。
ReportからCIFを選択し、OK にてCIFファイルを作成する。

①ReportからCIFを選択する。

②OKをクリックする

File > Exit にてCrystal Structure を終了する。

次に、解析結果の検証を行う。
間違った構造解析をそのまま発表しないために必ず行うこと!!
検索サイトで“CHECK CIF ”を検索し、（IUCｒ）check CIFを開く。

CrystalStructureで作成したShelx.CIFファイルを読み込み、CIFファイルのチェックを行う。
※shelxl.cifファイルは解析フォルダに作成されている。

①”参照”をクリックして、④クリックする②“shelxl.cif”ファイルを選択して、③“開く”をクリックする

続いて表示された画面で、再度、CrystalStructureで作成したshelxl.CIFファイルを読み込み、CIFファイ
ルのチェックを行う。
※shelxl.cifファイルは解析フォルダに作成されている。

①”参照”をクリックして、②“shelxl.cif”ファイルを選択して、④クリックする③“開く”をクリックする

CHECK CIF の結果が表示される。
Alertレベル別に内容が表示されるので、尐なくともAlert AとBは 解消する。
CrystalStrucureソフトウェアで、Shelxを使用しているため、データがうまくコピーされないことがある。
つまり、 “情報の欠落”なので、shelxl.cifファイルの欠落情報を補完すればAlertは解消される。

①Alert level AとB は、解消しておく!!

②温度因子の形はどれも同じで解析に間違いはなさそう。
ひずんだ形状の円があるときには、再検討の必要あり。
（前もって解析の際に確認しているはず）

shelxl.cifファイルとCIF.cifファイルをメモ帳等で開き表示させる（メモ帳はアクセサリの中にあります）。
CIF.cifファイルの内容をshelxl.cifファイルにコピーしてshelx.cifファイルを完成させる。
※Shelx.cifファイル、 CIF.cifファイルは解析フォルダに作成されている。
shelxl.cifファイル

順丌同になっているが、shelxl.cifファイルで”?”標記の箇所をCIF.cif
ファイルから探して埋めていく。“?”箇所は全部で20箇所程度。
CIF.cifファイルでも”?”の場合は、削除してもそのままでも構わない。

CIF.cifファイル

修正箇所一覧

赤：削除
青：書き写し緑：追加（書き足し）

data_shelxl_audit_creation_method
SHELXL-97
No.1_chemical_name_systematic;?
;_chemical_name_common?
_chemical_melting_point?
_chemical_formula_moiety?
_chemical_formula_sum'C9 H13 N3 O5'_chemical_formula_weight243.22_chemical_absolute_configuration?
loop__atom_type_symbol_atom_type_description_atom_type_scat_dispersion_real_atom_type_scat_dispersion_imag_atom_type_scat_source'C' 'C' 0.0181 0.0091'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4''H' 'H' 0.0000 0.0000'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4''O' 'O' 0.0492 0.0322'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4''N' 'N' 0.0311 0.0180'International Tables Vol C Tables 4.2.6.8 and 6.1.1.4'_symmetry_cell_setting?
_symmetry_space_group_name_H-M ?
loop__symmetry_equiv_pos_as_xyz'x, y, z''x+1/2, -y+1/2, -z''-x, y+1/2, -z+1/2''-x+1/2, -y, z+1/2'_cell_length_a5.11378(9)_cell_length_b
13.9866(3)_cell_length_c
14.7781(10)_cell_angle_alpha90.00_cell_angle_beta
90.00_cell_angle_gamma
90.00_cell_volume1056.99(8)_cell_formula_units_Z
4_cell_measurement_temperature 296(2)_cell_measurement_reflns_used ?
_cell_measurement_theta_min?
_cell_measurement_theta_max?

_exptl_crystal_description?
_exptl_crystal_colour?
_exptl_crystal_size_max
0.20_exptl_crystal_size_mid
0.20_exptl_crystal_size_min
0.20_exptl_crystal_density_meas?
_exptl_crystal_density_diffrn 1.528_exptl_crystal_density_method 'not measured'_exptl_crystal_F_000
512_exptl_absorpt_coefficient_mu 1.081_exptl_absorpt_correction_type ?
_exptl_absorpt_correction_T_min 0.8128_exptl_absorpt_correction_T_max 0.8128_exptl_absorpt_process_details ?
_exptl_special_details;?
;_diffrn_ambient_temperature
296(2)_diffrn_radiation_wavelength 1.54187_diffrn_radiation_type
CuK¥a_diffrn_radiation_source'fine-focus sealed tube'_diffrn_radiation_monochromator graphite_diffrn_measurement_device_type ?
_diffrn_measurement_method?
_diffrn_detector_area_resol_mean ?
_diffrn_standards_number?
_diffrn_standards_interval_count ?
_diffrn_standards_interval_time ?
_diffrn_standards_decay_%?
_diffrn_reflns_number
12434_diffrn_reflns_av_R_equivalents 0.0262_diffrn_reflns_av_sigmaI/netI 0.0116_diffrn_reflns_limit_h_min-6_diffrn_reflns_limit_h_max
6_diffrn_reflns_limit_k_min-16_diffrn_reflns_limit_k_max
16_diffrn_reflns_limit_l_min-17_diffrn_reflns_limit_l_max
17_diffrn_reflns_theta_min
5.99_diffrn_reflns_theta_max
68.23_reflns_number_total
1929_reflns_number_gt
1909_reflns_threshold_expression >2sigma(I)No.2_computing_data_collection?
_computing_cell_refinement?
_computing_data_reduction?
_computing_structure_solution 'SHELXS-97 (Sheldrick, 1990)'_computing_structure_refinement 'SHELXL-97 (Sheldrick, 1997)'_computing_molecular_graphics ?
_computing_publication_material ?
_refine_special_details;

Refinement of F^2^ against ALL reflections. The weighted R-factor wR andgoodness of fit S are based on F^2^, conventional R-factors R are based
No.3
on F, with F set to zero for negative F^2^. The threshold expression ofF^2^ > 2sigma(F^2^) is used only for calculating R-factors(gt) etc. and is
not relevant to the choice of reflections for refinement. R-factors basedon F^2^ are statistically about twice as large as those based on F, and Rfactors based on ALL data will be even larger.
;_refine_ls_structure_factor_coef Fsqd
_refine_ls_matrix_type
full_refine_ls_weighting_scheme
calc_refine_ls_weighting_details'calc w=1/[¥s^2^(Fo^2^)+(0.0832P)^2^+0.2990P] where P=(Fo^2^+2Fc^2^)/3'_atom_sites_solution_primary direct_atom_sites_solution_secondary difmap_atom_sites_solution_hydrogens geom
_refine_ls_hydrogen_treatment mixed_refine_ls_extinction_method none
_refine_ls_extinction_coef?
_refine_ls_abs_structure_details'Flack H D (1983), Acta Cryst. A39, 876-881'_refine_ls_abs_structure_Flack 0.0(3)_refine_ls_number_reflns
1929_refine_ls_number_parameters 154_refine_ls_number_restraints 0_refine_ls_R_factor_all
0.0447_refine_ls_R_factor_gt
0.0445_refine_ls_wR_factor_ref
0.1221_refine_ls_wR_factor_gt
0.1217_refine_ls_goodness_of_fit_ref 1.134_refine_ls_restrained_S_all
1.134_refine_ls_shift/su_max
0.000_refine_ls_shift/su_mean
0.000

loop_
_atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_adp_type_atom_site_occupancy_atom_site_symmetry_multiplicity_atom_site_calc_flag_atom_site_refinement_flags_atom_site_disorder_assembly_atom_site_disorder_group
O1 O 0.1396(3) 0.41689(12) 0.57452(12) 0.0395(4) Uani 1 1 d . . .
H1 H 0.0414 0.4327 0.6157 0.047 Uiso 1 1 calc R . .
O2 O -0.0611(4) 0.67482(11) 0.55183(10) 0.0362(4) Uani 1 1 d . . .
H2 H -0.0459 0.6561 0.6042 0.043 Uiso 1 1 calc R . .
O3 O 0.2666(3) 0.51382(11) 0.39905(10) 0.0299(4) Uani 1 1 d . . .
O4 O 0.0317(3) 0.71428(11) 0.36993(11) 0.0353(4) Uani 1 1 d . . .

O5 O -0.2895(3) 0.54614(11) 0.20831(10) 0.0334(4) Uani 1 1 d . . .
N1 N -0.1199(4) 0.46276(13) 0.32539(12) 0.0274(4) Uani 1 1 d . . .
N2 N -0.4536(4) 0.39777(13) 0.23300(12) 0.0305(4) Uani 1 1 d . . .
N3 N -0.6319(5) 0.25317(15) 0.26596(16) 0.0440(5) Uani 1 1 d . . .
H3A H -0.7348 0.2605 0.2205 0.053 Uiso 1 1 calc R . .
H3B H -0.6414 0.2023 0.2984 0.053 Uiso 1 1 calc R . .
C1 C 0.3276(4) 0.48991(18) 0.56002(16) 0.0350(5) Uani 1 1 d . . .
H1A H 0.4930 0.4605 0.5439 0.042 Uiso 1 1 calc R . .
H1B H 0.3533 0.5246 0.6161 0.042 Uiso 1 1 calc R . .
C2 C 0.2519(4) 0.55979(15) 0.48698(13) 0.0260(5) Uani 1 1 d . . .
H2A H 0.3729 0.6141 0.4882 0.031 Uiso 1 1 calc R . .
C3 C -0.0288(4) 0.59705(14) 0.49202(13) 0.0252(4) Uani 1 1 d . . .
C4 C -0.0820(4) 0.62579(15) 0.39407(14) 0.0251(4) Uani 1 1 d . . .
C5 C 0.0599(4) 0.54499(15) 0.34311(14) 0.0266(5) Uani 1 1 d . . .
C6 C -0.1210(5) 0.38225(16) 0.37760(16) 0.0347(5) Uani 1 1 d . . .
H6 H -0.0045 0.3773 0.4257 0.042 Uiso 1 1 calc R . .
C7 C -0.2867(6) 0.31032(16) 0.36075(16) 0.0386(6) Uani 1 1 d . . .
H7 H -0.2889 0.2558 0.3967 0.046 Uiso 1 1 calc R . .
C8 C -0.4587(5) 0.32033(15) 0.28603(15) 0.0316(5) Uani 1 1 d . . .
C9 C -0.2918(4) 0.47118(14) 0.25313(13) 0.0278(4) Uani 1 1 d . . .

No.4

loop_
_atom_site_aniso_label_atom_site_aniso_U_11_atom_site_aniso_U_22_atom_site_aniso_U_33_atom_site_aniso_U_23_atom_site_aniso_U_13_atom_site_aniso_U_12
O1 0.0476(10) 0.0326(9) 0.0384(9) 0.0073(7) 0.0096(7) 0.0044(7)O2 0.0519(10) 0.0340(8) 0.0226(7) -0.0010(6) 0.0019(7) 0.0097(8)O3 0.0237(7) 0.0389(8) 0.0272(7) -0.0043(6) 0.0004(6) 0.0037(6)O4 0.0469(9) 0.0286(7) 0.0304(7) 0.0057(6) -0.0087(7) -0.0122(7)O5 0.0446(9) 0.0290(8) 0.0267(7) 0.0057(6) -0.0051(7) -0.0051(7)N1 0.0325(9) 0.0261(9) 0.0235(8) -0.0001(7) -0.0025(7) -0.0021(7)N2 0.0381(10) 0.0284(9) 0.0248(8) -0.0029(7) -0.0039(7) -0.0022(8)N3 0.0581(14) 0.0300(10) 0.0439(11) 0.0019(9) -0.0104(10) -0.0133(10)C1 0.0297(11) 0.0440(13) 0.0312(11) 0.0053(9) -0.0030(10) 0.0034(10)C2 0.0240(10) 0.0304(10) 0.0237(10) -0.0013(7) -0.0003(8) -0.0014(8)C3 0.0254(10) 0.0268(10) 0.0234(9) 0.0014(8) 0.0011(8) 0.0014(9)C4 0.0283(9) 0.0233(9) 0.0236(10) 0.0018(7) -0.0012(8) -0.0015(8)C5 0.0265(10) 0.0296(10) 0.0237(9) -0.0003(8) -0.0004(8) -0.0015(9)C6 0.0462(12) 0.0283(10) 0.0296(11) 0.0028(9) -0.0065(10) 0.0001(9)C7 0.0501(14) 0.0302(11) 0.0356(11) 0.0060(9) -0.0073(11) -0.0031(10)C8 0.0382(13) 0.0271(10) 0.0296(11) -0.0048(8) 0.0011(10) -0.0012(9)C9 0.0333(11) 0.0288(10) 0.0214(9) -0.0046(8) 0.0010(8) 0.0036(9)_geom_special_details;
All esds (except the esd in the dihedral angle between two l.s. planes)
are estimated using the full covariance matrix. The cell esds are taken
into account individually in the estimation of esds in distances, angles
and torsion angles; correlations between esds in cell parameters are onlyused when they are defined by crystal symmetry. An approximate (isotropic)
treatment of cell esds is used for estimating esds involving l.s. planes.

loop__geom_bond_atom_site_label_1_geom_bond_atom_site_label_2_geom_bond_distance_geom_bond_site_symmetry_2_geom_bond_publ_flag
O1 C1 1.419(3) . ?
O1 H1 0.8200 . ?
O2 C3 1.411(2) . ?
O2 H2 0.8200 . ?
O3 C5 1.411(3) . ?
O3 C2 1.452(2) . ?
O4 C4 1.413(2) . ?
O4 H4 0.8200 . ?
O5 C9 1.240(2) . ?
N1 C6 1.365(3) . ?
N1 C9 1.388(3) . ?
N1 C5 1.496(3) . ?
N2 C8 1.337(3) . ?
N2 C9 1.352(3) . ?
N3 C8 1.325(3) . ?
N3 H3A 0.8600 . ?
N3 H3B 0.8600 . ?
C1 C2 1.507(3) . ?
C1 H1A 0.9700 . ?
C1 H1B 0.9700 . ?
C2 C3 1.529(3) . ?
C2 H2A 0.9800 . ?
C3 C4 1.527(3) . ?
C4 C5 1.540(3) . ?
C6 C7 1.339(3) . ?
C6 H6 0.9300 . ?
C7 C8 1.419(3) . ?
C7 H7 0.9300 . ?
loop__geom_angle_atom_site_label_1_geom_angle_atom_site_label_2_geom_angle_atom_site_label_3_geom_angle_geom_angle_site_symmetry_1_geom_angle_site_symmetry_3_geom_angle_publ_flag
C1 O1 H1 109.5 . . ?
C3 O2 H2 109.5 . . ?
C5 O3 C2 110.42(15) . . ?
C4 O4 H4 109.5 . . ?
.（途中省略）C8 C7 H7 121.2 . . ?
N3 C8 N2 117.1(2) . . ?
N3 C8 C7 121.3(2) . . ?
N2 C8 C7 121.6(2) . . ?
O5 C9 N2 122.0(2) . . ?
O5 C9 N1 118.46(19) . . ?
N2 C9 N1 119.50(18) . . ?

No.5

loop_
_geom_torsion_atom_site_label_1_geom_torsion_atom_site_label_2_geom_torsion_atom_site_label_3_geom_torsion_atom_site_label_4_geom_torsion_geom_torsion_site_symmetry_1_geom_torsion_site_symmetry_2_geom_torsion_site_symmetry_3_geom_torsion_site_symmetry_4_geom_torsion_publ_flag
C5 O3 C2 C1 141.95(18) . . . . ?
C5 O3 C2 C3 17.9(2) . . . . ?
O1 C1 C2 O3 -70.7(2) . . . . ?
O1 C1 C2 C3 46.6(3) . . . . ?
O3 C2 C3 O2 -155.85(15) . . . . ?
C1 C2 C3 O2 83.7(2) . . . . ?
O3 C2 C3 C4 -35.3(2) . . . . ?
C1 C2 C3 C4 -155.74(19) . . . . ?
O2 C3 C4 O4 43.8(2) . . . . ?
C2 C3 C4 O4 -78.2(2) . . . . ?
O2 C3 C4 C5 160.10(17) . . . . ?
C2 C3 C4 C5 38.10(19) . . . . ?
C2 O3 C5 N1 -113.40(18) . . . . ?
C2 O3 C5 C4 6.9(2) . . . . ?
C6 N1 C5 O3 18.0(3) . . . . ?
C9 N1 C5 O3 -162.67(17) . . . . ?
C6 N1 C5 C4 -99.8(2) . . . . ?
C9 N1 C5 C4 79.6(2) . . . . ?
O4 C4 C5 O3 90.95(18) . . . . ?
C3 C4 C5 O3 -28.6(2) . . . . ?
O4 C4 C5 N1 -150.13(16) . . . . ?
C3 C4 C5 N1 90.37(18) . . . . ?
C9 N1 C6 C7 -0.2(3) . . . . ?
C5 N1 C6 C7 179.1(2) . . . . ?
N1 C6 C7 C8 0.8(4) . . . . ?
C9 N2 C8 N3 176.2(2) . . . . ?
C9 N2 C8 C7 -3.7(3) . . . . ?
C6 C7 C8 N3 -178.7(2) . . . . ?
C6 C7 C8 N2 1.2(4) . . . . ?
C8 N2 C9 O5 -176.6(2) . . . . ?
C8 N2 C9 N1 4.2(3) . . . . ?
C6 N1 C9 O5 178.5(2) . . . . ?
C5 N1 C9 O5 -0.9(3) . . . . ?
C6 N1 C9 N2 -2.3(3) . . . . ?
C5 N1 C9 N2 178.33(18) . . . . ?
_diffrn_measured_fraction_theta_max 0.999_diffrn_reflns_theta_full
68.23_diffrn_measured_fraction_theta_full 0.999_refine_diff_density_max 0.608_refine_diff_density_min -0.283_refine_diff_density_rms 0.088

No.6修正したshelxl.cifファイルを再度、check CIF にかける。

Alert level Aはなくなり、Alert Bが1つ残った。
PLAT035_ALERT1_Bをクリックすると、上記の画面が表示される。
今回は、X線測定により絶対構造を決定したので、adを入力する。

修正したshelxl.cifファイルを再度、check CIFにかける。
Alert Level AとBが出ないことを確認したら、解析を終了する。

Alert level A, Alert level Bは解消!！

Crystal Structureを用いた解析例②
スクロース※測定データから、必要なファイル①②を解析フォルダに移動させる。
解析フォルダはCドライブの直下に、例えば、 MORI_CSというCryatalStructure用のファイルを作成し、この中に作成していくとよい。フォルダ名は、英数字のみ使用可能。
① f2plus.dat（データファイル：hkl指数とその反射点の強度データ）② CrystalClear.cif（装置：Saturn測定）または、texray.inf（装置：RAPID測定）（情報ファイル：格子定数など結晶に関する情報）

Crystal Structureをダブルクリックし、User名とパスワードを入力しOKをクリックし、Crystal Structureを立ち上げます。

①Crystal Structureを立ち上げる②Login NameにUser名、Passwordを入力し、OKをクリックする

Open Project をクリックし、データが置いてあるファイルを選択し、開きます。
※ファイルには、f2plus.dat（データファイル：hkl指数とその反射点の強度データ）と、CrystalClear.cif（Saturn測定）またはtexray.inf（RAPID測定）（情報ファイル：格子定数など結晶に関する情報）が必要。

①Open Project をクリックする②フォルダとファイルを選択するSummary.txt が表示されるので、結晶情報（組成など）を確認して閉じる。
変更が必要な場合は、parametersプルダウンから適当なメニューを開いて入力する。

閉じる

確認②
管球Moの場合：0.7以下となっていた
らおかしいのでデータチェックすること。

確認①
Rmerge 10%以下であること！（分子量が小さければ５％以下）
IやBrが入るときは異常散乱で値が大きくなることもある。

次に、HKLファイルを作成する。フローチャートのEvaluate Dataをクリックし、構造解析を始める。 Evaluate Dataでは。
初期データ処理として、データファイルのフォーマット変換、空間群の決定を行う。データ処理が終わると、Summaryが表示されるので、OKをクリックする。
※Average and application correction を選択すると等価な反射を平均化することが可能。平均処理を行うと、以降、吸収などの補正ができなくなる。

①Evaluate Dataをクリックする②ＯＫをクリックする次に、初期構造を決定する。フローチャートのSolveをクリックし、“Direct Methods”>”SIR2002”>“Default” を選択する。
※SIR2002以外の SIR2008, SIR97, SIR92などでもよい。
基本的に分子量が大きくなるほど上位のプログラムを使用した方がよい結果が得られる。

Solveをクリックし、“Direct Methods”>> ”SIR2002” >> “Default” を選択する。

拡大SIR2002が起動し、初期構造の計算が開始される。
計算が終了したら、File >> Exit を選択し、SIR2002を終了する。
※Defaultの結果、適当な解が得られなかった場合（計算がうまくいかないとき）はMenuでパラメータの変更を行うか、または、他のプログラムを使って初期構造を求める。

①FileからExitを選択し、クリックする②確認画面で”YES”をクリックするSIR2002で求められた初期構造がCrystal Structureの画面に表示される。
スクロースの構造であることがわかる（間違っている原子配置はなさそう）。
※水素原子以外の原子が表示される。

次に、原子番号がばらばらなので番号をつけ直す。
ModelからName and Renumberボタンを選択する。
RenumberとAllにチェックを入れ、シリアル番号を全て無効にする。

①Modelをクリックし、
Name and Renumberを選択する。

③Allにチェックを入れる②Renumberにチェックを入れる④クリックするシリアル番号を全て無効にすると、元素番号がC0XX, O0X となり、原子種類と番号の間に0が追加されている。次に、炭素Cを選択し、スクロースの炭素C位置を順にマウスで左クリックして選択すると、選択順に炭素Cの番号が変わる。

①Cを選択する②Sequence byelementを選択する③C位置となる原子を右クリックで選択する

同様にして、酸素O原子に番号をつける。最後にOKをクリックして終了する。
（ここでは水素H以外のRenumberを行います）①Oを選択する②O位置となる原子を右クリックで選択する③OKをクリックするここで一度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。

①Refineの中から、Least Squaresを選択する②OKをクリックする

計算が進み、精密化の結果が表示される。
Flack Parameterが”1”に近い値なので、絶対構造が反対になっていると判断されます。

Flack Parameter が “1”に近い。
＝この反対の絶対構造が正しいと考えられる。

OKをクリックするUtilities の Invert Structureをクリックし、構造を反転させる。

ここでもう一度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。
Flack Parameterが”0”に近づき、“正しい絶対構造が導かれた”と判断されます。

Flack Parameter が “0”に近い。
＝この絶対構造が正しい、と考えられる①Refineの中から、Least Squaresを選択する②OKをクリックする

計算の結果、原子の存在確率が高い順に緑の原子番号が表示されます。
このままだと、画面が見づらいので緑の表示を消します。

クリックするUtilitiesからLeast Peaksを選択し、緑で表示された電子密度を確認する。
ピーク値はいずれも”1”以下で、ピーク間の極端な違いも見られないため、現在は位置している元素
以外には存在しないと考えられる。（水素原子は除く）

次に、原子の温度因子を等方性から異方性温度因子に変更する。
フローチャートのModelからRefine attributesを選択する。Refine typeにおいて、xyz と aniso(U)にチェックが入っていることを確認する。All non-hydrogenをクリックすると、左画面のように全ての元素が選択されるので、OKをクリックして、異方性を付与する。
①ModelからRefinement attributes
を選択する②Refine typeにおいて、Xyz と aniso(U)にチェックが入っていることを確認する③All non-hydrogen
をクリックする。

③OKをクリックする元素表示が●（等方性）から、■（異方性）へと変わる。

元素表示：■

等方性
元素表示：●

ここで再度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。計算が進み、精密化の結果が表示される。異方性をかけたことによって、R1、wR2の値がよくなっている。

①Refineの中から、Least Squaresを選択する②OKをクリックする

次に、水素Hを配置する。Model から Add hydrogen を選択し、Geometryから 2Methylene を選択し、Methylene位置となるＨを配置する原子をマウスで右クリックしながら選択する。全てを選んだら、Applyをクリックする。

①Modelから
Add hydrogen を選択する④Applyをクリックする②2Methyleneを選択する③Methylene位置となるHを配置する元素を選択する同様にして、他の水素も配置し、最後にOKをクリックして終了する。
(OH: 1Hydroxy位置、CH: 1Methine位置）

OKをクリックするここで再度、精密化を行います。RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。
計算が進み、精密化の結果が表示される。水素の配置により、R1、ｗR2の値がよくなっている。

次に、ORTEP図を表示し、原子の熱振動に異常がないか確認する。
GraphicsからORTEPを選択する。ORTEPにて、Override Parametersにチェックを入れ、水素以外を選択し、Runをクリックする。

①Graphicsから
ORTEPを選択する。

②override Parametersにチェックを入れる③水素以外を選択する。
選択すると、表示が、“XX shaded octants”と変わる。

④Runをクリックする

ORTEP図が表示される。
原子の熱振動が楕円体で図示されているが、各々の原子で極端にひずんだ形は見られない。よって、原子の配置はこれでよさそう、と判断する。

ここで再度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、Use recommended weights をクリックした後、 OKをクリックする。
Weightに変化がなくなるまで、計算を繰り返す。

Weightに変化がなくなるまで・・・①クリックする②クリックする

最終的に、Maximum shift/errors が”0”となれば計算が収束したことを意味する。

次に、解析したデータをCIFファイルとして保存する。
ReportからCIFを選択し、OK にてCIFファイルを作成する。

①ReportからCIFを選択する。

②OKをクリックする

File > Exit にてCrystal Structure を終了する。
この後、シチヂンと同様にCIF CHECKを行い、ALERT Level AとBを解消しておく。

Crystal Structureを用いた解析例③
TPP(ﾃﾄﾗﾌｪﾆﾙﾎﾟﾙﾌｨﾘﾝ)※測定データから、必要なファイル①②を解析フォルダに移動させる。
解析フォルダはCドライブの直下に、例えば、 MORI_CSというCryatalStructure用のファイルを作成し、この中に作成していくとよい。フォルダ名は、英数字のみ使用可能。
① f2plus.dat（データファイル：hkl指数とその反射点の強度データ）② CrystalClear.cif（装置：Saturn測定）または、texray.inf（装置：RAPID測定）（情報ファイル：格子定数など結晶に関する情報）

Crystal Structureをダブルクリックし、User名とパスワードを入力しOKをクリックし、Crystal Structureを立ち上げます。

①Crystal Structureを立ち上げる②Login NameにUser名、Passwordを入力し、OKをクリックする

Open Project をクリックし、データが置いてあるファイルを選択し、開きます。
※ファイルには、f2plus.dat（データファイル：hkl指数とその反射点の強度データ）と、CrystalClear.cif（Saturn
測定）またはtexray.inf（RAPID測定）（情報ファイル：格子定数など結晶に関する情報）が必要です。

①Open Project をクリックする②フォルダとファイルを選択するSummary.txt が表示されるので、結晶情報（組成など）を確認して閉じる。
変更が必要な場合は、parametersプルダウンから適当なメニューを開いて入力する。

閉じる

確認②
管球Moの場合：0.7以下となっていた
らおかしいのでデータチェックすること。

確認①
Rmerge 10%以下であること！（分子量が小さければ５％以下）
IやBrが入るときは異常散乱で値が大きくなることもある。

例えば・・・、組成を変更する場合は、メニューバーの Parameter > Formula をクリックする。

拡大

ParameterからFormulaを選択する

周期律表が表示されるので、変更したい元素のボタンを押し、テキストボックスに数を入力する。変更が終了したらOKをクリックする。
※Z値は、推定値“1”を入力する。P-1の場合のN値は”2”であるので（結晶学的に）分子に対称性があり、半分の構造で得られる可能性を考えておく。

①元素種類と数を確認する

間違ってたら・・・②元素を選択する

間違ってたら・・・③元素数を入力する④推奨値を入力する

次に、HKLファイルを作成する。フローチャートのEvaluate Dataをクリックし、構造解析を始める。
Evaluate Dataでは。初期データ処理として、データファイルのフォーマット変換、空間群の決定を行う。
データ処理が終わると、Summaryが表示されるので、OKをクリックする。
※Average and application correction を選択すると等価な反射を平均化することが可能。平均処理を行うと、以降、吸収などの補正ができなくなる。

①Evaluate Dataをクリックする②ＯＫをクリックする次に、初期構造を決定する。フローチャートのSolveをクリックし、“Direct Methods”>”SIR2004”>“Default” を選択する。
※SIR2004以外の SIR2008, SIR97, SIR92などでもよい。
基本的に分子量が大きくなるほど上位のプログラムを使用した方がよい結果が得られる。

Solveをクリックし、“Direct Methods”> ”SIR2004” > “Default” を選択する。

拡大SIR2004が起動し、初期構造の計算が開始される。

計算が終了すると、”congratulation!.......”のコメントが表示される。
※Defaultの結果、適当な解が得られなかった場合（計算がうまくいかないとき）はMenuでパラメータの変更を行うか、または、他のプログラムを使って初期構造を求める。

File > Exit を選択し、SIR2004を終了する。

①FileからExitを選択し、クリックする②YesをクリックするSIR2004で求められた初期構造がCrystal Structureの画面に表示される。
※水素原子以外の原子が表示される。

次に初期構造をよく見ると、ほぼTPPの構造ではあるが、不要な場所に原子がある（C23）ことがわかる。そこで、C23原子を削除する。

C23上で右クリックしDeleteを選択して削除する

次に、原子番号がばらばらなので番号をつけ直す。
ModelからName and Renumberボタンを選択する。

Modelをクリックし、
Name and Renumberを選択する。

RenumberとAllにチェックを入れ、シリアル番号を全て無効にする。

②Allにチェックを入れる①Renumberにチェックを入れる③クリックするClear前と比較すると、元素番号がC0XX, N0X となり、原子種類と番号の間に0が追加されている。

Clear前炭素Cを選択し、TPPの炭素C位置を順にマウスで左クリックして選択すると、選択順に炭素Cの番号が変わる。

①Cを選択する②C位置となる原子を右クリックで選択する

同様にして、窒素Nを選択して番号をつけ直す。H以外の全ての原子に番号をつけたら、最後にOKをクリックして終了する。
（ここでは水素H以外のRenumberを行います）①Ｎを選択する③OKをクリックする②Ｎ位置となる原子を右クリックで選択するここで一度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。

①Refineの中から、Least Squaresを選択する②OKをクリックする

計算が進み、精密化の結果が表示される。
パラメータが収束していない場合は、もう一度、Least square を行い、精密化を行う。
※R1の値が10%以下（或は、測定結果のRmergeの値と同等以下）、Maximum shift/errorが”0” に近づくと計算が収束したとみなします。

OKをクリックする計算の結果、残留電子密度が高い順に緑の原子番号が表示されます。
このままだと、画面が見づらいので緑の表示を消します。

クリックするUtilitiesからLeast Peaksを選択し、緑で表示された原子の存在確率値を確認する。
ピーク値はいずれも”1”以下で、ピーク間の極端な違いも見られないため、現在は位置している元素
以外には存在しないと考えられる。（水素原子は除く）

拡大①UtilitiesからLeast Peaksを選択する②ピーク値を確認する

次に、原子の温度因子を等方性から異方性温度因子に変更する。
フローチャートのModelからRefine attributesを選択する。

①ModelからRefinement attributes
を選択するRefine typeにおいて、xyz と aniso(U)にチェックが入っていることを確認する。All non-hydrogenをクリックすると、左画面のように全ての元素が選択されるので、OKをクリックして、異方性を付与する。

②All non-hydrogen
をクリックする。

①Refine typeにおいて、Xyz と aniso(U)にチェックが入っていることを確認する③OKをクリックする元素表示が●（等方性）から、■（異方性）へと変わる。

元素表示：■

等方性
元素表示：●

ここで再度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。

計算が進み、精密化の結果が表示される。
パラメータが収束していない場合は、もう一度、Least square を行い、精密化を行う。
異方性をかけたことによって、R1の値がよくなっている。

次に、水素Hを配置する。
水素はX線のデータから決めることは難しいため、計算により配置する。
Model から Add hydrogen を選択する。

①Modelから
Add hydrogen を選択するGeometryから “1 phenyl” を選択し、Phenyl位置となるＨを配置する原子をマウスで右クリックしながら選択する。全てを選んだら、Applyをクリックする。

③Applyをクリックする①1 Pheynlを選択する②phenyl位置となるHを配置する元素を選択する

選択した原子にPhenyl位置の水素Hが配置される。

OKをクリックするここで再度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、OKをクリックする。

計算が進み、精密化の結果が表示される。水素の配置により、R1、wR2の値が格段によくなっている。

UtilitiesからLeast Peaksを選択し、緑で表示された残留電子密度を確認する。
高いピーク値はなく、他に原子はなさそう。

次に、ORTEP図を表示し、原子の熱振動に異常がないか確認する。
GraphicsからORTEPを選択する。ORTEPにて、Override Parametersにチェックを入れ、水素以外を選択し、Runをクリックする。

①Graphicsから
ORTEPを選択する。

②override Parametersにチェックを入れる③水素以外を選択する。
選択すると、表示が、“XX shaded octants”と変わる。

④Runをクリックする

ORTEP図が表示される。
原子の熱振動が楕円体で図示されているが、各々の原子で極端にひずんだ形は見られない。よって、原子の配置はこれでよさそう、と判断する。

ここで再度、精密化を行います。
RefineからLeast Squaresを選択し、Use recommended weights をクリックした後、 OKをクリックする。
Weightに変化がなくなるまで、計算を繰り返す。

Weightに変化がなくなるまで・・・①クリックする②クリックする

最終的に、Maximum shift/errors “0”となれば計算が収束したと判断する。

ちなみに・・・対称性の関係で全体が見えていないが、Add symmetry related atoms をクリックすると全体を表示できる。
（原子番号のない原子が、これまで表示されていなかった原子）

クリックする次に、解析したデータをCIFファイルとして保存する。
ReportからCIFを選択し、OK にてCIFファイルを作成する。

①ReportからCIFを選択する。

②OKをクリックする

File > Exit にてCrystal Structure を終了する。
この後、シチヂンと同様にCIF CHECKを行い、ALERT Level AとBを解消しておく。

結晶構造描画ソフトのインストール
Mercury(Ver. 2.3とはアイコンが変わっているので注意）http://www.ccdc.cam.ac.uk/products/mercury/ にアクセスし、Free downloadをクリックする。

Free downloadをクリックする続いて、表示された画面にて、Mercury2.4をクリックする。

クリックする続いて、表示された画面にて、Acceptをクリックする。

クリックする続いて、表示された画面にて、Windows-78MBをクリックし、Windows版のMercuryをダウンロードを
実行する。

②実行する
①クリックする③実行する

セットアップ画面が表示されるので、Nextをクリックする。

クリックするI accept…. を選択し、Nextをクリックする。

クリックするMercuryのインストールディレクトリが自動で設定されるので、確認して、Nextをクリックする。

クリックする.cif と .res にチェックを入れて、Nextをクリックする。

チェックするクリックする続いて、下記の画面で、Nextをクリックして、インストールを開始する。

クリックするFinishをクリックして終了。CIFファイルを関連付けておけばWクリックで構造を確認できる。

クリックする