法人税freee申告ハンドブック
設立初年度 赤字法人向け
2024.7.1

はじめにお伝えしたい4つのこと
1. このハンドブックは必ず入力する項目だけを作業順に記載しています。
手順に沿って入力することで、どなたでも最短で申告書を完成させることができます。
2. 申告書の書き方は幾つかの方法がありますが、ハンドブックではfreee申告に最も適した方法を案内しています。そのため「過去に紙やExcelで申告をしていて自信がある」という方も、まずはハンドブック通りに進めてみる事を強くお薦めします。
3. より詳しい内容を知りたい方や、ハンドブックには載っていない個別帳票の入力方法を確認
したい方向けには、freee申告法人税申告ガイドをご用意しています。
各ページ右下にあるボタンからも、該当するガイドの内容を確認いただけます。
詳細はガイド へ(←黄色のガイド部分をクリックすると、リンク先へ移動します）

4. 消費税課税事業者の方は、別途、消費税の申告・納付も必要です。
ヘルプページを参照しながら、freee申告で消費税申告書を作成してください。

2目次
freee申告の前にやること04

1. 基本情報を入力する

05

2. 国税の申告書類に入力する

09

3. 地方税の申告書類に入力する

15

4. 税額調整を行う
5. 国税の添付資料を作成する
6. 申告書の最終チェックを行う
7. 決算書を作成する
8. 申告書を提出・納税する
9. 申告・納税後の処理を行う

222731334047

3

freee申告の前にやること
正しい申告書を作成する前提として、freee会計に正しい情報が入っている事が必要です。
freee申告への入力を始める前に、「決算サポートアプリ」を用いて、freee会計での入力が完了している事を確認しましょう。

＜決算サポートアプリで確認する内容＞● 1年分すべての取引を登録しているか● 預金の登録残高と通帳残高が一致しているか● 異常なマイナス残高の科目がないか● 会計期間が正しいか※決算サポートアプリは無料でご利用いただけます。

4Section1.

基本情報を入力する
このセクションのポイント●

申告においては、住所や設立年月日等も税金の金額に影響を及ぼす情報 になるので、とにかく正確な情報を入力する事を心掛けましょう

5

画面図にある吹き出しの見方についてこのハンドブックでは用途によって吹き出しの色を使い分けしています。
それぞれの色の意味は以下の通りです。

ただの説明であり、ユーザーさまに作業を求めていない箇所

ユーザーさまに入力やクリックなどの作業を求める箇所

自動連携が前提で、反映された内容のチェックを求める箇所

ユーザーさまによって該当するかしないか分かれる箇所→該当する場合のみ記載されている内容を確認

6

a.基本情報・申告情報を入力する
基本情報・申告情報の中の「必須」項目は全て入力する必要があります。「必須」でない項目についても該当がある場合は記載をしてください。

画面上部の「基本情報」をクリック
申告情報のタブに青の下線が表示

基本情報のタブに青の下線が表示

・・ 中略
・還付（払い過ぎた税金の返還）を受ける場合は口座情報の入力が必要
・
・ 中略
・

電子申告を行う場合は、入力が必要
・
・ 中略
・

入力を終えたら、必ず保存をクリック→次の「税理士情報」タブには何も入力せずに保存をクリック
入力を終えたら、必ず保存をクリック→「申告情報」タブに自動的に移動

詳細はガイド へ
7

b.事業所情報を入力する
本社の情報がないと一部の税額計算ができません。【詳細】をクリックし、必須項目を必ず入力してください。

事業所が2ヶ所以上ある場合は、ここから事業所を追加登録

Step 1
Step 2

都道府県・市区町村に、Step1と同じ住所が表示されている事を確認の上、最後にクリック

クリックして、事業所名・電話番号・郵便番号・住所・従業員数を入力し、住所欄の上部に緑色で以下のよう表示されていればOK

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
8Section2.

国税の申告書類に入力する
このセクションのポイント●

freee申告では必要な情報の約8割をfreee会計から自動連携するため、残りの僅かな情報を入力するだけで、税金の金額が自動で算定されます。

●

国税（法人税）は赤字の場合は基本的に税額は生じない
ので、このハンドブックをご利用のユーザー様は 国税は発生せず地方税のみ発生する事が想定されます●

赤字決算の場合「別表七（一）」 という帳票が必要になるので、作成漏れがないようご注意ください9最新のfreee会計の情報を反映させる「申告書作成」の画面に入ったら、まずは【会計連携】のボタンをクリックして情報を更新しましょう
また、freee会計で取引の追加・修正を行った場合も、その都度、情報を更新してください

最後に会計連携をした日時を表示

ここをクリックして更新

10

a.別表二 ～株主・出資者の情報を入力する

Check!!

事前に用意するもの株式等の情報は手入力が必要になります。
なお、合同会社の場合は株式数ではなく出資金額をもとに記載します

・登記簿
・前期申告書Step 1
株式数もしくは出資金額の総数を下段に記入

Step 2

この欄は使用しない

順位を必ず記入（親族の場合は同じ順位を入力）

Step 5
Step 3
株主の住所と氏名を記入

何れかに◎がつくと完了

Step 4
株式数もしくは出資金額を記入

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ11b.別表五（一） ～資本金・出資金の情報を入力する「Ⅱ資本金等の額の計算に関する明細書」欄に資本金・出資金の額を入力します。
初年度においては「Ⅰ利益積立金額の計算に関する明細書」の欄は、基本的に記入の必要はありません。

資本金の額を入力

詳細は
ガイド へ
12

c. 別表七（一） ～当期の欠損金の情報を確認する（法人税）
法人税においては別表七（一）を作成する事で、赤字分を繰越欠損金として翌年以降に持ち越す事ができます
別表七（一）が作成中の申告書一覧にない場合は手動で追加する必要があります（以下参照）
欠損金の持ち越しは青色申告の場合のみ認められるので、白色申告の場合は別表七（一）は不要です

ボタンをクリック

別表七（一）を選択して閉じる
詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
13

c. 別表七（一） ～当期の欠損金の情報を確認する（法人税）
当期の欠損金額が別表一から自動転記されるため、ユーザーさま側での入力作業はございません。

別表一の「1 所得金額又は欠損金額」の金額を自動で転記（別表七ではマイナスが省かれた形で入力されます）

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
14

Section3.

地方税の申告書類に入力する
このセクションのポイント●

地方税の中でも、住民税の「均等割」という税金は赤字でも発生します。このハンドブックをご利用のユーザー様は、均等割だけが発生する事が想定されます●

赤字決算の場合、「第六号様式別表九」 という帳票が必要になるので作成漏れがないようご注意ください●

事業所が複数存在する場合は、このハンドブックで案内していない帳票も必要になる場合もあります

詳細はガイド へ15

a.第六号様式別表九 ～当期の欠損金の情報を確認する（事業税）
事業税は、この「六号様式別表九」を作成する事で、赤字分を繰越欠損金として翌年以降に持ち越す事ができます。
六号様式別表九が作成中の申告書一覧にない場合は、手動で追加します（以下参照）。
欠損金の持ち越しは青色申告の場合のみ認められるので、白色申告の場合は六号様式別表九は不要です。

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ16

a. 第六号様式別表九 ～当期の欠損金の情報を確認する（事業税）金額は別表七（一）から自動連携されるため、ユーザーさま側での作業はございません。

当期の赤字金額が自動連携されています

別表七(一）と同じ金額が入っている事を確認します

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
17

b. 第六号様式 ～均等割の金額を確認する
六号様式では都道府県税事務所を設定します。
所轄の都道府県税事務所は、郵送される申告書・納付書等で確認できます。

所轄の都道府県税事務所を選択

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
18

b. 第六号様式 ～均等割の金額を確認する
六号様式は左側が事業税・右側が住民税の都道府県民税を計算する箇所となります。
赤字決算の場合は事業税は発生せず、都道府県民税の均等割だけが発生します

赤字の場合は均等割額だけ発生している事を確認

金額が入っていない場合
は、事業所情報の住所欄が正しく入力できているか確認してください

詳細はガイドへ19

c. 第二十号様式 ～均等割の金額を確認する
二十号様式では市町村役場を設定します。
所轄の市町村役場は、郵送される申告書・納付書等で確認できます。
二十号様式は、東京23区のみに事業所がある場合は不要となります。

所轄の市町村役場を選択

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
20

c. 第二十号様式 ～均等割の金額を確認する
第二十号様式は住民税の市町村民税を計算します。
赤字の場合は第六号様式と同様、均等割だけが発生します。

赤字の場合は均等割額だけ発生している事を確認

金額が入っていない場合、市町村のデータを取得できていない可能性があるた
め、ガイドに沿って手入力が必要です

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
21

Section4.

税額調整を行う
このセクションのポイント●

税額調整は、複雑な税金仕訳をfreee会計に自動反映させる、freee申告の目玉機能の一つです。

●

税額調整は、freee会計の年度締めをする前に実施します。

●

税額調整後に会計側で追加作業を行うのは原則NGです。やむを得ず会計で修正等を行う場合、必ずfreee申告で税額調整をやり直してください。

22

a. 税額調整を行う ～利益確認
まず最初にfreee会計の当期純利益と、freee申告の「当期利益又は当期欠損の額」が一致していることを確認します。

画面上部の「税額調整」をクリック

Step 1
クリック

金額が一致しない場合は、会計情報連携の画面になります。連携後は改めてStep1の画面に戻りますので、再度一致の確認をします
Step 2
一致が確認できたらクリック

詳細は
ガイド へ

クリックする事で会計と連携

23

a. 税額調整を行う ～税額確認利益の一致が確認されたら、税額確認のページに遷移します。
申告freeeで算定した税額をfreee会計側に取引として反映させ、損益計算書の数字が確定します。

住民税（均等割）だけが発生している事を確認

詳細は
ガイド へ

クリックして、freee会計に上記内容の取引を登録

24

a. 税額調整を行う ～申告調整
freee会計への取引の登録により税額分だけ減額した当期純利益の額を、freee申告に再度反映させる事で、会計と申告の数値が最終的に確定します。

クリックして会計と申告の数値を確定させる
詳細は
ガイド へ
25

a. 税額調整を行う ～完了
連携と調整が完了し、別表四に数字が反映されている事が確認できたら完了です。

別表四に金額が反映されている事を確認

詳細は
ガイド へ

税額調整後に、freee会計の追加・修正等があった場
合は、必ずSTEP1からやり直してください26

Section5.

国税（法人税）の添付資料を作成する
このセクションのポイント●

添付書類とは、税額には直接関係が無いものの税務署に提出が必要な書類です(税額の計算はSection04までの手続きで完了です）●

税額に関係のない資料とはいえ、提出が漏れると税務署から指摘が入る事もあるので気を付けましょう27

a. 添付書類（法人事業概況説明書）を作成する
法人事業概況説明書とは、税務署に法人の業務内容や業況を説明する為の書類です。
会計数値はfreee会計から連携されますが、事業内容等の情報は手入力が必要になります。
クリック

クリック
該当あれば記載「有・無」については、いずれかを選択

freee申告の「消費税申告書」で金額を確認し、記入
・一般課税の方：付表の「課税売上額（税抜）」と「免税売上額」の合計
・簡易課税の方：第一表の「この課税期間の課税売上高」の金額

この欄は「会計連携」により自動更新

この欄は「月額売上高等の連携をする」により自動更新

詳細は
詳細はガイドへ
ガイド へ
28

b. 適用額明細書を作成する
適用額明細書は、【中小企業者等の法人税率の特例】等の税額等を減少させる措置法の適用を受ける場合に、その措置法の条項や適用額を記載して提出する資料です。「適用額の同期」をクリックすれば自動作成されます。

クリック

適用している条項と金額が自動で反映

特定の措置法の適用がない場合は、画面上部に以下のようなメッセージが表示されます。
なお、適用がなければ書類の提出は不要です。
です。

詳細はガイド へ29

c. 勘定科目内訳明細書を作成する
勘定科目内訳明細書は、各勘定科目の内訳を内容別・取引先別等で記載した書類です。
主要な科目の残高はfreee会計から自動連携されます。
会計側にもこの書類の作成機能がありますが、必ずfreee申告側から作成してください（特に電子申告を行う場合はfreee申告から作成する事が必須となります）

freee会計を更新した
場合はクリック

連携されない
定性情報は直接入力

詳細は
ガイド へ
30

Section6.

申告書の最終チェックを行う
このセクションのポイント●

freee申告で税額を間違える原因の殆どは、計算の基礎となる基本情報の誤りか、freee会計とfreee申告のデータの間に情報のズレによるものです●

このセクションで挙げている項目を全て確認する事で、基本情報の誤りやデータ間のズレを解消できます31正しく申告書は作成できていますか？ 最終チェック！

別表一

NO

freee会計の 事業所の設定 から会計期間を変更 し、申告書を再度新規作成します。

NO

申告書の連携時点が古い可能性があります。
再度連携して更新が必要 です。連携方法はこちら。

26欄「納税充当金」の④が、貸借対照表の「未払法人税等」と一致していますか？

NO

こちらは別表五（二）と連携しています。
一致していない場合は税額調整をやり直してください。

32欄「資本金」の④が、貸借対照表の期末の「資本金」と一致していますか？

NO

事業年度は正しいですか？
OK!

別表四

1欄「当期利益又は当期欠損の額」が「損益計算書の当期純利益」と一致していますか？
OK!

別表五（一）

未入力の場合、32欄①～③に入力します。

OK!

六号様式
二十号様式

「この申告により納付すべき均等割額」に値がありますか？

NO

事業所情報は正しく登録されていますか？
支店がある場合、支店の情報も登録が必要です。
登録方法はこちら。

OK!

二十号様式

（東京23区以外に事業所がある場合のみ）

5欄もしくは6欄の税率は正しいですか？

NO

市町村のホームページの税率表との一致を確認します。
確認方法はこちら。

32

Section7.

決算書を作成する
このセクションのポイント●

紙で提出する場合と電子申告する場合では、決算書の作成方法が異なります●

紙で提出する場合は、全てfreee会計側で行います●

電子申告を行う場合は、freee会計側で行う作業は一ヶ所だけで、他の作業は全てfreee申告側で行います33

【紙で提出する場合】出力用の決算書をfreee会計で作成する
freee会計の「決算」→「決算書の作成」から決算書の出力設定を行い、保存します。
Step 3
PDF出力する場合はこちらをクリック

Step 1
初期設定では「出力しない」になっている⇒・株主資本等変動計算書：freee形式（縦）・個別注記表：自由記述方式に、それぞれ変更
Step 2
設定完了後クリック

詳細はガイド へ34【 紙・電子共通】freee会計の情報を株主資本等変動計算書に反映させる
株主資本等変動計算書にfreee会計の情報を反映させるため、「B/S残高取得」をクリックします。
この作業は、電子申告する場合も予め行う必要がある点、ご注意ください

クリック

詳細は
ガイド へ
35

【電子申告を行う場合】電子申告用決算書を作成する
電子申告を行う場合、e-Taxの規格に合わせた決算書の作成が必要となります。
freee申告の「決算書」→「電子申告用の決算書」からfreee会計との連携を行います。

freee会計との連携は、各書類ごとに行う
freee会計の情報が連携される

詳細は
ガイド へ
36

【電子申告を行う場合】電子申告用決算書を作成する
freee会計で勘定科目を追加している場合はe-Taxの定義に対応した勘定科目名称にマッチングさせる必要があります。

freee会計で新たに決算書表示名を追加している場合は、連携に失敗となるため、「再設定する」
をクリック

検索語句で勘定科目を検索できる
対応する勘定科目を選択

詳細は
ガイド へ

設定完了後
クリック

37

【電子申告を行う場合】株主資本等変動計算書の作成における注意点
株主資本等変動計算書は、変動事由については連携対応していません。
freee会計から連携後、当期変動額合計に一致するように手入力を行います。

freee会計の情報を連携

当期変動額合計に一致するように内訳を入力

38

【電子申告を行う場合】個別注記表の作成における注意点
個別注記表はfreee会計から連携することができないため、設定内容欄に手入力します。

詳細はガイド へ
39Section8.

申告書を提出・納税する
このセクションのポイント●

申告・納税は決算日から原則2か月以内に行う必要があり、2ケ月を超過すると延滞税等が発生します●

法人の申告においては、国税・地方税でそれぞれ提出する資料と提出先が異なりますのでご注意ください40

a. 【紙・電子共通】書類毎の提出先を確認する
書類の提出には、電子申告、郵送、税務署への持ち込む方法の3種類がありますが、提出先は何れも以下の通りです。

提出先

書類の種類

国税

管轄の税務署具体的な書類名

添付書類

法人事業概況説明書

勘定科目内訳明細

勘定科目内訳明細書

決算書

貸借対照表

管轄の都道府県税事務所

地方税第六号様式 等(東京23区除く※)管轄の市町村役場

地方税第二十号様式 等申
告

消費税申告書（該当ある場合のみ）

別表等

適用額明細書

損益計算書

株主資本等変動計算書

個別注記表※東京23区は東京都が一括管理しているため、都税事務所の手続きで完了

納
税

銀行

納付書

各税目の納付書
詳細はガイド へ41

b.【紙で申告する場合】 申告書を提出する紙で提出する場合は、申告書等は提出用と控えの2部を一式印刷し、左側をホチキス留めしてファイルします。
切手つき返信用封筒を同封すると、税務署等から収受印のあるものが返送されます。

別表・添付書類・決算書等第六号様式等第二十号様式等＊東京23区以外に会社がある場合〒108-8622〒140-8716〒192-8501

港区高輪3-13-22

品川区広町2-1-36

八王子市元本郷町3-24-1

品川税務署御中

品川都税事務所御中

八王子市役所御中

法人税確定申告書在地方税確定申告書在地方税確定申告書在中

中中

詳細はガイド へ42

c. 【電子申告を行う場合】事前準備を行う
電子申告には事前準備が必要です。特に電子証明書は取得に日数がかかりますので、1週間は余裕を持って準備しておきましょう。電子申告開始ナビを利用すると、以下の事前準備をスムーズに行うことができます。
事前準備のチェック表
電子証明書の取得は完了していますか？

NO

電子申告には法人代表者のマイナンバーカードの用意、もしくは法務局などで「電子証明書(持ち主の身分証明をするファイル)」を取得する必要がありますNO

電子証明書がカード形式の場合は、読み込むためのICカードリーダーかスマートフォンが必要です。
カード毎に対応したものをこちらでご確認ください

OK!

ICカードリーダは購入していますか？
OK!

e-Taxの利用者識別番号は取得していますか？

利用者識別番号と電子証明書との紐づけはできていますか？

NONO

e-Taxサイトの画面の画面から、開始届出書作成・提出を行います。取得した利用者識別番号と暗証番号は送信時に利用するので控えておきましょう

e-Tax(WEB版)で、取得した電子証明書をe-Taxの利用者識別番号と紐付けます

OK!

eLTAXの利用者IDは取得していますか？

NO

eLTAXサイトの画面から、新規に利用者IDを取得します。取得した利用者IDと暗証番号は送信時に利用するので控えておきましょうOK!

freeeの電子申告アプリはインストール済みですか？

NO

ダウンロードリンク（Windows、Mac）から、freeeの電子申告アプリをダウンロードします

詳細はガイド へ43

c. 【電子申告を行う場合】申告書を提出する
マイナンバーカード読み込みをスマートフォンで行う場合、「スマートフォン」を選択します。操作詳細はこちら。
マイナンバーカード読み込みをカードリーダーで行う場合、「パソコン」を選択します。操作詳細はこちら。

ここからメニューに入る

方法を選択する

提出前のチェック項目を確認後、チェックを入れる

送信する税目のみチェックを入れる（必須は選択済）44

c. 【電子申告を行う場合】申告書を提出する申告対象となる各税目で「送信チェック」をクリックし、送信準備を完了していきます。
スマートフォンで申告する場合は、画面下部の「QRコードを表示する」ボタンをクリックします。操作はこちら。
パソコンで申告する場合は、画面下部の「送信（電子申告アプリが起動します）」をクリックします。操作はこちら。

チェックを入れる

電子申告未対応の書類（PDF）を送信したいときは「追加」をクリック

クリック
45

ｄ. 【電子申告を行った場合】電子納税する（e-Tax）
インターネットバンキングを利用し、e-Taxの画面から電子納税を行う方法をご案内します(国税のみ。地方税は次ページ参照)。電子納税
は、電子申告したことが前提となります。また利用可能な金融機関のインターネットバンキング口座が必要です。

1

国税電子申告・納税システム（e-Tax）
へログインします。
e-Taxの利用者識別番号と暗証番号が必要です。

2

メッセージボックス一覧の確認画面へ移動します。

3

受信メッセージのうち「納付情報登録依頼」をクリックします。

4「インターネットバンキング」をクリックします。

5

e-Gov電子納付画面に遷移するので、ご利用の金融機関の画面に移動し、納税を行います。

46

ｄ. 【電子申告を行った場合】電子納税する（eLTAX）
インターネットバンキングを利用し、eLTAXの画面から地方税の電子納税を行う方法をご案内します。
電子納税は、電子申告したことが前提となります。また利用可能な金融機関のインターネットバンキング口座が必要です。
操作の詳細はeLTAXによる動画を参照ください。

1

PCDesk（WEB版） へログインします。
eLTAXの利用者IDと暗証番号が必要です。

2「納税メニュー」→「納付情報発行依頼の確認・納付」へ進みます。

3「納付情報一覧」画面で納付したい行に☑を入れ、「次へ」をクリックします。

4「納付・納入金額（総括表）」で金額を確認し、「次へ」をクリックします。

5

納付方法選択画面で「インターネットバンキング」を選択し、「次へ」をクリックします。

6

支払金融機関の選択画面になるので、ご利用の金融機関の画面に移動し、納税を行います。
47

ｄ. 【紙・電子共通】納付書に転記し、税額を納付する
電子納税を行わない場合、税務署・都道府県税事務所・市町村から郵送される複写式の納付書に、税額を転記し、金融機関等で納付します。
※法人税・地方法人税の納付書は、税務署指定の3枚綴りの納付書でないと受付できないのでご注意ください。

税務署指定の納付書に転記

0 3 0

freeeの画面

品川法人

１０４２５００1042500

02010102123103 1000 1000
東京都品川区西五反田2-8-1

ガイド￥1 0 4 2 5 0 0
詳細はガイド へ

税務署指定の納付書

48

Section9.

申告・納税後の処理を行う
このセクションのポイント●

納税が完了したタイミングでは既に新年度が始まっているので、freee会計・freee申告もそれぞれ新年度に向けた対応が必要になります●

この作業は、これまでの申告手続きの「2ケ月以内」というような時間的制約はないですが、記憶が確かなうちに作業を進めましょう49

a. freee会計の年度締めを行う
freee申告の作業が完了したら、freee会計側で年度締めを行います。
年度締めにより、当事業年度のfreee会計の入力は不可能になり、freee申告側との整合性が担保されます。

クリックして年度締めを実行

50

b. 納税した支出金額の処理をfreee会計で行う
税額調整メニューで会計側に連携した法人税等の仕訳は、freee会計上、未決済取引として登録されているので、Section08で納税を済ませたら、freee会計上で未払法人税等を消込む作業を行う必要があります。

※以下の案内は手動で消し込み作業を行う場合の手順となります「自動で経理」をご利用の場合は、支出明細から消し込み作業を行ってください

Step 3
出金口座と支払日を選択して、登録をクリック

Step 1
取引の一覧から該当の取引をクリック（登録した方法：「法人税申告」で検索）
Step 2「決済を登録」
をクリック

51

c. freee申告の次年度繰越を行う
以下はfreee会計の年度締めを行った後、新しい年度の申告書作成をする際に行います。
１．freee申告とfreee会計の決算期が異なる場合、ログイン時に以下のモーダルが表示されます。
年度を更新する場合は、青色の「変更する」をクリックしてください。
モーダルを閉じた後に、次年度繰越を行いたい場合は画面右上の「年度切り替え」をクリック

新しい年度にしたい場合はこちらをクリック

２．その後「繰り越して作成」をクリックすると、前年度情報をコピーし新しい年度の申告書を作成します。

「繰り越して作成」をクリック

52

以上で申告作業は終了です
お疲れさまでした！

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