日病会発第４５号
令和6年8月9日

厚生労働大臣
武 見 敬

三殿

一般社団法人 日本病院会会 長
相 澤 孝 夫

令和 ７年度税制改 正に関する要 望

標記に関して別添の通り要望いたしますので、何卒よろしくお願い申し上げます。

記

税制改正要望
要望事

項

国 税

7 項目

地方税

２項目

地域医療の拠点としての役割と税制に関する要望
１項目

以 上

要望の優先順位上位 4 項目
（国税）
１. 控除対象外消費税等を病院が負担しないように税制上の措置を含めた抜本的な対応を行うこと。

２. 持分のある医療法人に対する事業承継税制を整備すること。

（地方税）
１. 社会保険診療報酬に係る事業税非課税措置を存続すること。

２. 病院不動産について、固定資産税及び都市計画税ならびに不動産取得税、登録免許税の非課税措置を整備すること。

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令和 ７年度税制改 正に関する要 望事項【国税】
１．控除対象外消費税等について、社会保険診療報酬等を課税売上とする取扱いに改める等の抜本的措置を講じること。
《理由》
現行制度上、社会保険診療報酬等が非課税売上とされているため、材料仕入、委託費、設備投資等に係る仕入消費税の相当部分（控除対象外消費税等）について医療機関が最終負担者となる状態が生じている。医療機関における控除対象外消費税等の負担は看過できない水準であり、このような状態を放置すると、全国各地の地域医療提供体制に重大な悪影響を与える事になりかねない。
控除対象外消費税等の問題については、平成31年度の与党税制改正大綱において、控除対象外消費税等を診療報酬で補てんする仕組みを精緻化することで対応することとされ、それが現在も継続されている。
高度急性期、急性期、回復期等の病床機能区分といったグループ単位で控除対象外消費税等を補てん調整することはある程度可能であるものの、個別病院レベルで不公平が生じないといえる水準で精緻な補填の仕組みを構築することは容易ではない。
したがって、診療報酬で控除対象外消費税等がどれだけ精緻に補填されているかを継続して確認検証し、診療報酬制度における補填の仕組みでは病院ごとの不公平が解消できないと認められる場合には、社会保険診療報酬等の課税化転換を含めた税制の抜本的な改正による問題の解決を検討する必要がある。
なお、個々の病院ごとに発生する控除対象外消費税等を診療報酬に完全に上乗せする仕組みが講じられればこの問題は解消されるが、その方法は、診療費自己負担額や健康保険料の支払いを通じて患者が控除対象外消費税を負担することと同義である。
すなわち、診療報酬制度によって控除対象外消費税の解消を図る手法（解消方法①）
は医療サービスの最終受益者である国民が消費税を負担することを意味し、社会保険診療報酬を課税化転換すること（解消方法②）と国民負担の観点からは実質的な差異はない。
よって、解消方法①と解消方法②のいずれを採用するかは、公平性・中立性・簡便性という基本的観点から検討されるべきである。

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2．中小企業の事業承継税制を持分のある医療法人に対しても適用すること。
《理由》
中小企業に対しては「非上場株式等に係る納税猶予・免除」の制度が設けられ、継続して事業を行う企業の株式継続保有（現経営者から後継者への事業承継）に対する税負担が軽減されている。
このような制度が設けられているのは、中小企業を取り巻く多くの利害関係者（従業員、株主、債権者、取引先、消費者等）にとって、地域中小企業の円滑な事業承継は雇用確保や地域経済の活性化の観点から極めて重要であるためである。
全国各地域で欠くことのできない役割を果たしている医療法人のうち、持分のある医療法人の事業承継でも出資持分に対する税負担は大きな問題である。医療法人総数５８，００５のうち３６，８８４が持分のある医療法人である（令和５年３月３１日現在、厚生労働省・種類別医療法
人数の年次推移より）。全国各地域の医療提供体制を支え、職員や取引先等の直接的な利害関係者に限らず、地域住民や地域行政にとって欠くことのできない重要な存在である持分のある医療法
人についても、相続税・贈与税の納税猶予・免除を認める事業承継税制を適用すべきである。

3．認定医療法人に係る相続税・贈与税の納税猶予等の特例措置について、認定医療法人が期限内に移行手続が完了できなかった場合に再認定が受けられるようにすること。
《理由》
認定医療法人において、出資者が何らかの理由で持分放棄の意思決定ができない不測の事態が生じ、期限内に移行が完了できないこともあり得る。
このように認定医療法人となった後、何からの理由で移行期限内に持分放棄を完了して持分のない医療法人に移行できなかった場合、現在は再認定を受けることができない。このようなリスクは、認定医療法人の申請をためらわせる理由の一つと考えられる。
持分のない医療法人への移行を望む法人が積極的に認定医療法人の申請を行うことができるよ
う、期限内に移行手続を完了できなかった法人についても要件を充足していれば認定医療法人の申請を再度行うことができるようにしていただきたい。

４．医療法人の出資評価で類似業種比準方式を採用する場合の参照株価は「医療福祉」と「その他の産業」のいずれか低い方とすること。
《理由》
持分のある医療法人への出資を類似業種比準方式により評価する場合の業種目は「その他の産業」である。その理由は「医療法人は、医療法上剰余金の配当が禁止されているなど、会社法上の会社とは異なる特色を有している」ためとされている。
持分のある医療法人は、剰余金配当が禁止されているという点で会社と異なるものの、その事業内容からは「医療福祉」に分類することも可能である。すなわち、持分のある医療法人は「医3療福祉」と「その他の産業」の両方の要素を併せ持つ法人であるといえる。
このような特性を考慮すると「その他の産業」で画一的に株価を評価する現状の取扱いは合理的では無く、「医療福祉」と「その他の産業」の両方の性格を併せ持つ法人として、「医療福祉」と「その他の産業」のいずれか低い株価を基礎として持分のある医療法人の類似業種比準方式の株価を計算するように改めるべきである。

５．医療機関の設備投資に係る税制を整備拡充すること。
《理由》
全国の病院は、地域医療構想等の政策に沿った機能分化や災害対策、高度な医療技術への対応、感染症対策などのため多額の設備投資を行う必要性に迫られている。
技術革新による陳腐化が生じる医療関係設備（建物、建物附属設備、医療機器、電子カルテ等の情報システム、ロボットフレンドリーな環境整備等）については早期の投資回収/再投資が必要である。
病院における投資回収を促進し、次代の設備投資財源を確保するために次のような税制上の手当を行うべきである。
・病院用建物、医療機器、医療情報システム等に関する法定耐用年数の短縮
・設備投資に係る控除対象外消費税等の即時損金算入（現在は 60 月の分割損金計上）
・病床転換改修費用の即時損金算入
・耐震基準を充足するための改修費用の即時損金算入

6．公的運営が担保された医療法人に対する寄附税制を整備すること。
《理由》
社会医療法人や特定医療法人は、持分の定めをなくして残余財産については国等への寄附が義務付けられ、同族役員の構成比率の制限も受けた、公的な運営体制が確保された医療法人（公的医療法人）である。公的医療法人が運営する病院の多くは地域医療を支える重要な存在であり、その存続・発展を図ることは公益の増進に資するものである。
診療報酬制度の改定や控除対象外消費税など病院を巡る経営環境は厳しさを増しつつある。寄
附金も含めた法人運営の財源多様化等を図ることは重要であり、公的運営が担保された医療法人に対する寄附税制を整備する必要がある。
現状、医療法人に寄附した個人に対して所得税法上の優遇措置は設けられていない。法人に対する法人税法上の取扱いも同様である。公的医療法人を特定公益増進法人に含め、公的医療法人に対する寄附を所得税法上の寄附金控除の対象および法人税法上の損金とすべきである。
また、持分のない医療法人に対して不動産を贈与した場合、贈与者（個人）の側では時価で不動産を譲渡したものとみなして譲渡所得税の課税（みなし譲渡所得課税）が原則として発生する。
このため、病院運営の安定化や永続性担保を願って不動産を医療法人に贈与したいという場合に、贈与者の税負担が障害となり、贈与が実現しないことがある。
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租税特別措置法第 40 条に基づく譲渡所得税非課税申請が認められればみなし譲渡所得課税を回避できるが、当該申請手続は極めて煩雑であり、またその審査には長期間を要する。
公的医療法人に対する不動産の贈与については、租税特別措置法第 40 条の適用を当然に受けられるようにし、公的医療法人の運営基盤強化を支援する仕組みが必要である。

７．医療費控除の制度を拡充すること。
《理由》
年間 10 万円を超える医療費（保険金などで補てんされる金額を除く。
）は所得税法上の医療費控除の対象となっている。
平成 29 年にはセルフメディケーション税制（医療費控除と選択適用）も整備されている。
一方、健康診査については、結果として重大な疾病が発見されてその疾病の治療を行った場合以外は、医療費控除の対象に含めることができないとされている。
超高齢化社会において国民皆保険制度を持続可能にするためには、全国民が健康維持に自ら取り組む運動をより一層促進する制度を充実させる必要がある。また、感染症拡大が国民生活に甚大な影響を与える事実を目の当たりにした今日、多くの国民に対して予防接種推奨を図ることも重要である。
そのため、現在の医療費控除の制度を次の点で拡充すべきである。
・医療費控除金額の 10 万円下限規制を撤廃し、セルフメディケーション税制を通常の医療費控除の仕組みに統合すること。
・健診結果にかかわらず、一定金額の上限を設けて健康診査費用を医療費控除の対象とすること。
・すべての予防接種費用を医療費控除の対象とすること。

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【地方税】
１．医療機関における社会保険診療報酬に係る事業税非課税措置を存続すること。
《理由》
医療機関、特に病院は、地域医療計画に定められた地域医療提供体制の重要な一員である。我が国の民間病院は地域医療の重要な担い手であるという意味において、国公立病院や公的病院と何ら変わりない。
1952年の議員立法によって社会保険診療報酬に係る事業税の非課税措置が設けられたのは、医師に応召義務が課された我が国の医療機関が、国民皆保険制度のもとで国民の健康と命を守り、学校健診・救急医療などの地域公共サービス提供主体を担っていること等が考慮されたからである。
超高齢化社会を迎えて地域における民間医療機関の役割はますます重要性を増しており、議員立法当時の地方税法関連規定創設趣旨を踏まえて、社会保険診療報酬に係る事業税の非課税措置を今後とも存続していく必要がある。
また、地方税法第72条の23第1項では、事業税非課税措置の適用を受けることが出来る法人が限定されているが、上述のような趣旨からは、開設者を問わず全ての民間医療機関が事業税非課税措置の適用を受けることが出来るようにされたい。

２．病院運営に直接的又は間接的に必要な固定資産について、固定資産税及び都市計画税並びに不動産取得税、登録免許税を非課税あるいは減税とすること。
《理由》
国公立・公的病院や社会医療法人は、病院運営に直接的に関係する不動産について固定資産税及び都市計画税（以下「固定資産税等」という。
）が非課税となっている（社会医療法人の場合は救急医療等確保事業の用に供する病院及び診療所に限る。
）。一方、これらの病院と実質的に変わらぬ機能を持ち、地域医療を支えている医療法人や個人等が開設する病院には固定資産税等の非課税措置は適用されない。
養護老人ホームや特別養護老人ホーム、軽費老人ホームなどの老人福祉施設等は開設者に関係無く固定資産税等が非課税とされており、病院についても同様の取扱い（施設属性に対して一律の固定資産税等の非課税扱い）とすべきである。
また、医師や看護師等の医療従事者確保に苦慮している医療機関は多く、人材確保を目的として医療従事者向けの宿舎（職員寮）の整備を行う病院は少なくない。このような宿舎に係る不動産については、医業関連不動産でも教育用不動産でもないものとして、民間病院だけでなく公的病院においても固定資産税等が課税される。有料で提供している病院付属の駐車場についても同様である。
公的病院や、社会医療法人が直接「救急医療等確保事業に係る業務」の用に供する不動産で政令で定めるものについて不動産取得税の非課税措置はあるが、それ以外の病院不動産の取得については不動産取得税も課税されている。
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国公立・公的病院は当然に営利を目的としないが、医療法人も営利を目的としない存在である。
社会福祉法人や学校法人、公益財団法人・公益社団法人も同様である。このように病院は基本的には非営利の開設主体によって運営されている。
非営利の開設主体が運営する病院に対する課税の公平性を確保するため、その付属設備（宿舎、駐車場等）を含めて、病院関連不動産の固定資産税等、不動産取得税及び登録免許税（所有権移転登記又は所有権保存登記時に発生するもの）に係る非課税措置あるいは軽減措置を整備する必要がある。

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【地域医療の拠点としての役割と税制に関する要望】
１．新興感染症の流行や災害の発生時に、病院が地域医療の重要な拠点としての役割を十分に果たせるよう、新興感染症や災害への対応に係る税制上の各種手当を整備しておくこと。
《理由》
国民の生命及び健康に重大な影響を与えるおそれがある感染症の発生及びまん延に備えるため、多くの医療機関が都道府県知事と協定を締結し、全国各地域における感染症医療の提供体制を構築している。
また、災害拠点病院として指定されている病院はもとより、全国の多くの病院が災害に対する備えを行い、自院の近隣地区で被災が生じた場合には傷病者への対応で重要な役割を果たしている。
このように、新興感染症の流行や自然災害発生といった緊急時に備えて、地域住民の生命を守る病院の機能を維持するために有用な税制を平時から整備しておくことは極めて重要であり、新興感染症の対応に関する都道府県知事との協定を締結している病院や、激甚災害に指定された地区に存する病院に対する税制上の手当として次のような制度を早急に整備していただきたい。
・病院を開設する法人に対する寄附について税制上の控除を認めること（所得税、法人税）。
・病院を開設する法人が受け入れる寄附金について益金不算入とすること（法人税）。
・欠損金の繰越控除期間の制限を撤廃し、欠損金の使用可能期間を無制限とすること（法人税、地方税）。
・欠損金の繰戻還付制度の適用要件を緩和して病院を開設する全ての法人が適用できるようにするとともに、遡って法人税の還付請求できる期間を拡大すること（法人税）。
・感染症対応の補助金や助成金などの公的支援金を益金不算入とすること（法人税）。
・災害復旧のための補助金や助成金などの公的支援金を益金不算入とすること（法人税）。
・激甚指定された災害を原因とする受取保険金を益金不算入とすること（法人税）。

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