DNA断片化測定キット（植物用）

FRED Assay Kit for Plant DNA
Code No.

品名

包装単位

希望納入価格（税別）

310-08671

FRED Assay Kit for Plant DNA

1 kit

54,000円

本製品は、標的配列の長さが異なる2種類のPrimer & Probeを用いてリアルタイムPCRを行い、得られたCt値を比較することで、植物DNAの断片化の程度を定量的に評価するためのキットです。
FRED法と呼ばれる分析技術を採用しており、DirectAce qPCR Mix plus ROX Tube（Code No. 318-07751）との組合せで断片化の程度を示すDNA断片化指数を算出することが可能です。加工食品等、DNAが断片化した試料を対象とした遺伝子検査を行う際に、断片化指数はDNAの品質の指標として利用することができます。

特 長構成品○ リアルタイムPCRのCt値から断片化の程度を定量的に評価○ 算出した断片化指数は、DNAの品質指標として利用できる

利用例
GMO検査や品種判別、アレルゲン検査など、加工食品を対象とする遺伝子検査の品質管理への利用。

15サンプル分 ※2
No Fragmentation Control ※1300 µl

P100 Primer & Probe Mix

900 µlP200 Primer & Probe Mix

900 µlP400 Primer & Probe Mix

900 µl※1．コントロール用プラスミドDNA溶液※2．1サンプルずつプレミックスを調製する場合は15サンプル、10サンプル分をまとめて調製する場合は30サンプルに相当。

＜その他＞

・植物性食品の加熱殺菌の有無や、加熱調理時間の推定などへの応用が期待。
・次世代シーケンサー用DNA試料の品質評価などへの利用が期待。

FRED法によるDNA断片化測定の原理

加工食品などから抽出した DNA

標的配列の長さが異なる2種類のPrimer & Probeを用いてリアルタイムPCRを行うと鋳型DNAの断片化の程度に応じて、標的配列の長い増幅曲線の立ち上がりが遅れ、2つの増幅曲線のCt値に差が生じます。

リアルタイム PCR 法による測定結果断片化したDNA

2つの増幅曲線のCt値の差から、（断片化に応じて増幅曲線の差が大きくなる）

100 bpの標的DNAのうち、断片化して鋳型にならないDNAの割合を示す理論値であるDNA断片化指数

100塩基を算出し、鋳型DNAの断片化の400塩基t【DFI：DNA Fragmentation Index】
程度を数値化します。

断片化なし

増幅効率が同じで標的配列の長さが異なる 2 組のプライマー対を用いてリアルタイム PCR で分析

DNA断片化指数の算出

高度に断片化

測定結果を「 DNA 断片化指数 」として数値化

DNA断片化指数（DFI）は、ゲノムDNAに切断が生じている割合を100塩基単位で算出した理論値です（0以上1以下）。
①P100とP400のCt値の差を「ｔ」
で示すと、DFI ＝ 1-（1/2）

t/3②P100とP200のCt値の差を「ｔ」
で示すと、DFI ＝ 1-（1/2）
t

リアルタイムPCR装置のUp Ramp Rate および Down Ramp Rate を「1.6℃ / sec」に設定する必要があります。
ご利用の前に、お手持ちのリアルタイム【注意事項】・ 本製品では、PCR装置で設定できるかご確認ください。
（ABI Prism® 7900 および ABI Prism® 7500 の場合、Ramp Rate を変更せず、Standard Mode を使用します。）
・ 本製品は「DirectAce qPCR Mix plus ROX Tube」と組合せて使用することを前提として設計されたキットです。他のリアルタイムPCR 試薬ではご使用になれません。
本製品をご使用される際は別途「DirectAce qPCR Mix plus ROX Tube」をお買い求め下さい。
【License】 本製品は、農研機構、株式会社日清製粉グループ本社、日本製粉株式会社が所有する特許代6120279号のライセンスを受けて製造・販売しています。

実験例１：味噌DNAの断片化評価
GM quicker 4」を用いてDNAを抽出し、得られたDNA溶液を鋳型に「DirectAce qPCR Mix plus ROX Tube」を味噌から、加工食品用DNA抽出キット「GM用いてリアルタイムPCRを行った。本品のPrimer & Probe Mix P100とP400 の組合せで、味噌DNA溶液（Sample）とコントロール用プラスミドDNA溶液（NFC）の解析を行い、各ウェルのCt 値が算出されていることを確認した（使用機種：ABI 7500）。

コントロール用プラスミドDNA溶液（NFC）

DNA断片化指数（DFI）の算出

味噌DNA溶液（Sample）

Ct 値（P400）
22.86

Ct 値（P100）
23.19

36.74

27.34

１．NFC を２種類のPrimer & Probe Mix で増幅させた際のCt 値の差「⊿Ct（NFC）」を求めた。
⊿Ct（NFC）＝Ct（P400）- Ct（P100）＝22.86 - 23.19＝ - 0.33

２．サンプルを２種類のPrimer & Probe Mix で増幅させた際のCt 値の差「⊿Ct（Sample）」を求めた。
⊿Ct（Sample）＝Ct（P400）- Ct（P100）＝36.74 - 27.34＝ 9.4

P100とP400を使用した場合：

３．⊿Ct（Sample）から⊿Ct（NFC）を引いた「⊿⊿Ct」を求めた。
⊿⊿Ct＝⊿Ct(Sample) -⊿Ct(NFC)＝9.4 （- 0.33）＝ 9.73⊿⊿Ct/3

DFI ＝ 1-（1/2）

４．得られた⊿⊿Ct から「DNA 断片化指数（DFI）」を求めた（右式）。
DFI ＝ 0.894

結果 味噌DNA（1サンプル）の断片化指数DFIは「0.894」だった。

DFI は0〜1 の値で算出される。
「DFI = 0.894」と算出された場合、理論上、鋳型DNA 溶液中に含まれる100 bp の標的DNA のうち、約9割のDNA が断片化してPCR の鋳型にならない状態であることを示している。

実験例２：加熱処理したトウモロコシDNAの断片化評価
加熱処理したトウモロコシから、「GM quicker 4」を用いてDNAを抽出し、得られたDNA溶液を鋳型に「DirectAce qPCR Mix plus ROX Tube」を用いてリアルタイム PCR を行った。本品のPrimer & Probe Mix P100とP400の組み合わせでそれぞれDFIを算出した（下図のDFIは2回測定の平均）。

トウモロコシ
140℃ 15分間

コントロールNFC

トウモロコシ
140℃ 60分間

トウモロコシ
140℃ 30分間

DFI 0.603

DFI 0.802

DFI 0.696

トウモロコシの加熱時間と連動したDNA断片化指数（Primer & Probe Mix P100, P400）

結果

サンプルの加熱時間と連動してDFI値が増加した。

? Q&A

Q どのPrimer & Probe の組合せで評価したらよいですか。
A

Primer & Probe Mix の組合せは、まずP100 とP400を選択して下さい。対象のDNA が高度に断片化しており、P400 で増幅が認められない場合や、0.99 など極端に高いDFI が算出された場合は、P100とP200のPrimer & Probeの組合せを使用して再度評価を行って下さい。長時間加熱された食品由来のDNA など高度に断片化していることが予想されるDNAの場合も、P100 とP200 の組合せを使用して評価を行って下さい。

Q

植物種によって測定できないことはありますか。

A

関連製品

植物種に依存しないことを確認しております。
トウモロコシ、コムギ、イネ、ダイズ、ナタネ、テンサイから抽出したDNA溶液を本キットで評価したときには、植物種によらず測定することができました。

Code No.

品名

包装単位

希望納入価格（税別）

備考

318-07751

DirectAce qPCR Mix plus ROX Tube

200反応用67,500円

リアルタイムPCR用試薬

316-07791

GMGM quicker
quicker 4

50回用

56,000円

加工食品からのDNA抽出キット〒930‐0834 富山市問屋町二丁目7番18号
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