菌媒介ウイルスの高度検出・定量法

（写真）
（写真）
左上：レタスビックベイン病
左上：レタスビックベイン病 右上：レタスビックベインミラフィオリウイルス粒子
右上：レタスビックベインミラフィオリウイルス粒子
左下：媒介菌Olpidiumvirulentus
左下：媒介菌Olpidium virulentus休眠胞子
休眠胞子 右下：チューリップ微斑モザイク病
右下：チューリップ微斑モザイク病

富山県農林水産総合技術センター園芸研究所
富山県農林水産総合技術センター園芸研究所〒939-1327〒939-1327 富山県砺波市五郎丸288
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FAX 0763-33-2476
0763-33-2476―3―

は じ め に1

はじめにはじめに手法のポイント

土壌伝染性ウイルスのうち、糸状菌媒介によって伝播されるウイルスには、国内に発生するものだけでも15種類存在し、日本各地で発生が確認されています。

手 法 の 詳 細留

ウイルス媒介菌の一種であるオルピディウム菌はツボカビ網に属し、耕地土壌に普遍的に生息します。一般には無害ですが、レタスやチューリップなどの園芸作物にウイルスを伝搬し、モザイクや、えそなどの症状を引き起こして甚大な被害を与えます。
オルピディウム菌はウイルスを保毒した状態で休眠胞子を形成し、土壌中に長期間生存します。ひとたび、圃場がウイルスで汚染されると、何も対策を講じない場合には10年以上にわたって汚染が続きます。
ウイルスによる汚染の拡大を未然に防ぐことは非常に重要であり、そのためには汚染圃場を特定する必要があります。また、圃場の汚染程度を把握することができれば、それに応じた適切な防除対策をとることができます。

意点その

ここでは、土壌からレタスビックベインミラフィオリウイルス(MiLBVV)など、土壌伝染性ウイルスを検出する手法について解説します。本手法により、これら土壌伝染性ウイルス病の圃場における発病リスク診断が可能です。
本手法を活用した、「診断」・「評価」・「対策」からなる健康診断に基づく土壌病害管理「ヘソディム」が普及することを期待します。

他

富山県農林水産総合技術センター―4―土壌試料の採取と調製（事前準備）→6ページへ（土壌試料の採取）• 1圃場あたり対角線上に５ヶ所から採取する。
（土壌試料の調製）• 土壌はふるいを通る程度に室温で乾燥させる。

Ⅱ

土壌試料からの核酸抽出（一日目）→9ページへ

意Ⅲ留• 本手法では、土壌5 gから核酸を抽出する。一般的な市販キットの土壌試料量0.5 gよりも反復間のばらつきが少ないことを確認している。
• 微生物細胞の破砕はビーズビーティング法で行い、抽出用緩衝液にはタンパク質変性やRNase活性阻害剤として、グアニジンチオシアン酸塩、2-メルカプトエタノールを加用する。

手 法 の 詳 細微生物細胞の破砕、土壌からの核酸抽出、核酸試料の精製の3つのステップからなる。

手法のポイントⅠ

2は じ め に手法のポイント手法のポイント

核酸試料の精製→10ページへ
点

Ⅳ

ウイルスRNAの定量（二日目）→12ページへの• 本手法では、特異性と検出感度を考慮し、TaqManリアルタ
イムPCR法を用いる。リアルタイムPCR法は専用の反応試薬や反応と蛍光検出が一体となった機器を必要とする。操作はPCR法と同様であり、電気泳動する手間が省ける。

他―5―そ• 精製には市販カラム（RNA Capture column）を用いる。
• 遠心操作とカラムによる精製により、土壌由来の腐植物質等の不純物は除去される。

は じ め に

3

土壌試料の採取と調製（事前準備）
Ⅰ Ⅰ
土壌試料の採取と調製（事前準備）

手法のポイント

1. 表層の土壌は除き、1圃場あたり対角線上に５ヶ所、合計500 g程度を採取する。

手 法 の 詳 細採取土壌試料2. 土壌はふるいを通る程度に室温で乾燥させる（土を軽くにぎると固まる程度）。
3. 乳鉢で塊を砕き、すべての土壌試料を2 mmのふるいに通し、密閉できる容器（袋）に入れる。

留意

4. 核酸抽出に用いる破砕用チューブ（次頁参照）に、土壌を5gずつ測りとる。すぐに用いない場合は、チューブのふたをしっかりと閉めてチューブごと冷蔵（4℃）保存する。

点
その乳鉢

ふるい(2 mm)他
―6―

土壌試料の保存Ⅱ

土壌試料からの核酸抽出（事前準備）

土壌試料からの核酸抽出（事前準備）

3

手 法 の 詳 細• マルチビーズショッカー（安井器械）• ボルテックス・ミキサーVORTEX-GENIE Ⅱ（MS機器）• 遠心機（50 mℓチューブ用ロータ、1.5/2.0 mℓチューブ用ロータ）• インキュベーターまたはアルミブロック恒温槽（65℃設定が可能なもの）

手法のポイント【使用機器】は じ め にⅡ留意

ボルテックス・ミキサー

遠心機

点マルチビーズショッカー

そ【使用器具】

他―7―の• 破 砕 用 50 mℓ チ ュ ー ブ （ 安 井 器 械 ST-5010PCR 、WATSON1342-050S 等）• 遠心用50 mℓチューブ（WATSON1342-050S 等）• ジルコニアビーズ（直径0.5 mm、アズワン5-4060-04等）• 15 mℓチューブ• 1.5 mℓチューブ• ピペットマン、チップ

は じ め に3ⅡⅡ

土壌試料からの核酸抽出（事前準備）

土壌試料からの核酸抽出（事前準備）

手法のポイント【試薬】• 調製した試薬は、滅菌処理(121℃、20分)を行う。

手 法 の 詳 細留••

300 mMリン酸ナトリウム(pH 7.0)
300 mM の Na2HPO4 ・ 12H2O 溶 液 と 300 mM のNaH2PO4・2H2O溶液を作製し、pH 7.0になるように混ぜる。

••

20%SDS溶液
蒸留水に20%になるようにSDS(Wako、199-07141)を溶かす。

•グアニジン溶液(4M グアニジンチオシアネート、10 mM
Tris-HCl (pH8.0)、1 mM EDTA)
1×TE に 4M に な る よ う に グ ア ニ ジ ン チ オ シ ア ン 酸 塩（Wako、077-02315）を溶かす。

•意
点2-メルカプトエタノール（Wako、137-06862）•

フェノール/クロロホルム/イソアミルアルコール(25:24:1)、
pH 8.0（ナカライテスク、25970-56）••

7.5M 酢酸カリウム溶液
蒸留水に7.5 Mになるように酢酸カリウム（Wako、16003175） を溶かす。

••
•
•
•

イソプロピルアルコール（2-プロパノール）
70%エタノール
Solution SR5(フナコシ、12866-25-5)
RNA Capture Column(フナコシ、12866-25-SF)
Solution SR6(フナコシ、12866-25-6)

そ•の他

―8―

3

手法のポイント
手 法 の 詳 細留
意点その1. 土を入れた破砕用50 mℓチューブにジルコニアビーズを10 g入れる。
2. さらに、リン酸ナトリウムを9 mℓ、20%SDS溶液を500 μℓ、グアニジン溶液を500 μℓ、2-メルカプトエタノールを2.5 μℓ加える。
3. マルチビーズショッカーで3,000 rpm、60秒間、3回破砕する（または15分間ボルテックス・ミキサーにかける）。
4. 12,000×g、10分間、遠心する。
5. 50 mℓチューブに上清を回収する。
6. フ ェ ノ ー ル / ク ロ ロ ホ ル ム / イ ソ ア ミ ル ア ル コ ー ル(25:24:1) 注）を等量(7.5 mℓ)添加する。注）使用前に室温に戻しておく。
7. 10秒間、ボルテックス・ミキサーにかける。
8. 12,000×g、10分間、4℃で遠心する。
9. 50 mℓチューブに上清を回収する。
10. 酢酸カリウム溶液を1/4量(2.5 mℓ)添加する。
11. 10回転倒混和する。
12. 5分間静置する。
13. 12,000×g、10分間、遠心する。
14. 50 mℓチューブに上清を回収する。
15. イソプロピルアルコールを等量(10 mℓ)添加し、転倒混和後、-20℃で30分間静置する。
16. 12,000×g、20分間、4℃で遠心し、沈殿を得る。
17. 70%エタノールを5 mℓ加え、12,000×g、5分間、4℃で遠心し、沈殿（核酸試料）を得る。

は じ め に

Ⅱ 土壌試料からの核酸抽出（一日目）
Ⅱ
土壌試料からの核酸抽出（一日目）

他―9―

は じ め に

3

Ⅲ

Ⅲ

核酸試験の精製

核酸試料の精製手法のポイント
手 法 の 詳 細留意

1. 核酸試料にSolution SR5を1 mℓ添加し、すべてを1.5mℓチューブに移す。
2. ボルテックス・ミキサーにかける。
3. 65℃、10分間静置し、核酸試料をよく懸濁する。
4. この間にRNA Capture Columnを15 mℓチューブに設置
し（下図）、Solution SR5を2 mℓ添加する。
5. 核酸試料を20,000×g、1分間、4℃で遠心する。
6. RNA Capture Columnに遠心後の上清（核酸試料）のみを添加する。
7. さらに、Solution SR5を1 mℓ添加する。
8. RNA Capture Columnを新しい15 mℓチューブに設置し、Solution SR6を1 mℓ添加する。
9. 溶出した核酸試料を2 mℓチューブに移す。
10. 前頁15-17と同様にイソプロピルアルコール沈殿を行う。
11. 沈殿（核酸試料）に100 μℓのRNaseフリー水を添加後、65℃で10分間静置し、完全に溶解する。すぐに用いない場合は、-20℃で保存する。
12. このうち5μℓを用いて、リアルタイムPCRを行う。

点
その他
RNA Capture Column― 10 ―

Ⅳ

ウイルスＲＮＡの定量（事前準備）

ウイルスRNAの定量（事前準備）

3

手法のポイント【使用機器】•StepOne Plus Real-Time PCR System（アプライドバイオシステムズ）• プレート用遠心機• リアルタイムPCR用8連チューブまたは96穴プレート• 使い捨てのゴム手袋• ピペットマン、チップ

留

【試薬】

手 法 の 詳 細StepOne Plus Real-Time
PCR System【使用器具】は じ め にⅣ他

― 11 ―の• 以下のサイト↓から注文が可能
http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/product/m
odelpage.jsp?BUCD=131&PLCD=19716&MODELCD=1
9811&MODELPGCD=70276

そプライマー、プローブ名
塩基配列
MiLBVV-167F
5'-AATTTCTYTWGGTCTCATGACAA-3'
MiLBVV-238R
5'-TTTGCAGATGCYACCATGG-3'
MiLBVV-205T
5'-FAM-ACAGGCTTCTCTTC-MGB-3'

点

表 リアルタイムPCR用プライマー、TaqMan MGBプローブ（FAMラベル）の塩基配列(MiLBVV検出用）

意• TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix （アプライドバイオシステムズ）• プライマーおよびTaqManプローブ• 検量線用プラスミド

は じ め に

3ⅣⅣ

ウイルスＲＮＡの定量（二日目）

ウイルスRNAの定量（二日目）

手法のポイント【試薬の調製】

手 法 の 詳 細RNaseフリー水
各プライマー 終濃度250nM
TaqMan MGBプローブ 終濃度900nM
TaqMan Fast Virus 1-Step Master Mix 5μℓ
核酸試料またはプラスミド 5μℓ
合計 20μℓ

留

1. 使い捨てのゴム手袋をはめる。
2. RNase フ リ ー 水 、 プ ラ イ マ ー （ 2 種 類 ） 、 プ ロ ー ブ 、Master Mixの順に検定数＋1の混合溶液を作製し、8連チューブまたは96穴プレートに分注する。
3. 最後に核酸試料またはプラスミドを5μℓずつ分注する。
4. 遠心し、反応液すべてをチューブの底に落とす。
5. ふたまたはシールをする。

意点その【機器の設定】他••

使用するリアルタイムPCR反応試薬(Master Mix)に順ずる。
ここでは以下の反応条件に設定する。
50℃、5分→95℃、20秒→[95℃、15秒→60℃、1分]×40サイクル― 12 ―

解析方法（例）•

PCR増幅産物がある一定の蛍光強度(Threshold)に達するまでのサイクル数(Ct値)で評価する。Ct値が小さい程、目的のウイルスRNAの量が多いと判断する。
毎回、濃度既知の標準試料を一緒に検出することにより、異なる反応間での定量が可能である。本手法では、標準試料として、MiLBVVのCP領域をクローニングしたプラスミドを用いた。

プラスミドの希釈系列
10-1 10-2 10-3 10-4

意Threshold

留100

圃場A
圃場B

手 法 の 詳 細（解析結果画面）

手法のポイント•3

は じ め に解決方法（例）点他― 13 ―の1. プラスミドの希釈系列（赤線）を基にThresholdを決定する（例えば、毎回10-3のCt値が24サイクル付近になるように設定する）。
2. プラスミドの希釈系列をstandardに設定し、値を代入すれば、測定試料の濃度（またはコピー数）の計算が可能となる。
3. Analysisボタンを押すと、Ct値（およびプラスミド換算の濃度（コピー数））が自動計算される。
4. Ct値（またはプラスミドの濃度（コピー数）でも同様)が35サイクルで発病リスクを分けた場合、圃場Aは発病リスクレベル３、圃場Bは発病リスクレベル２となる。

そ発病リスクレベル3 レベル2

は じ め に

4

留意点
留意点

手法のポイント【土壌試料の採取と調製】• 複数圃場の比較を行う場合は、出来るだけ同一時期の採取、保存条件の土壌試料を用いて検出することが望ましい。

【土壌試料からの核酸抽出】

意【ウイルスRNAの定量】

点• プラスミドを用いた絶対定量のほか、毎回同じ試料を一緒に検出する相対定量も可能である。
• 本手法による圃場の発病リスク診断は、事前にウイルス検出値と発病リスクレベルの関係を評価する必要がある（参考資料参照）。
• 本マニュアルとは異なる機種・メーカーのリアルタイムPCRの使用も可能である。
• 本手法により抽出した核酸試料を用いて、LAMP法で検出することも可能である。

そ留

手 法 の 詳 細• 土壌の種類によっては、精製度が不足し、ウイルスの検出が困難となる場合がある。
• ボルテックス・ミキサーの使用は、マルチビーズショッカーよりも検出感度が劣る。
• 本手法により抽出した核酸試料を用いてDNAを検出する場合には、別途DNA Elution Accessory Kit, RNA PowerSoil（フナコシ12867-25）が必要である。の他― 14 ―

参考資料

手法のポイントy = 2214.3x - 781.65
R² = 0.8803

20000015000010000050000
0051015202530

発病株率(%)

図）現地レタス圃場における発病株率と土壌からのウイルス定量結果の比較(Momonoi et al., 2015を改変）

留

現地圃場における収穫期のレタスビックベイン病発病株率(品種 シスコビバ）と一作後の土壌中のMiLBVV RNA量を比較した。土壌中のウイル
ス量と発病株率は相関が高く、土壌中のウイルス量のレベル分けを指標に圃場の発病リスクレベルを推定できる。

手 法 の 詳 細pGEM-MiLBVV(コピー)/ 生土(g)300000250000は じ め に5

参考資料

意/土(g)
0.4(%)
微斑モザイクウイルス
条斑ウイルス

微斑モザイクウイルス
条斑ウイルス

0.2
0.1
I

レベル3

レベル2

レベル20

A B C D E F G H圃場I

現地植付け前土壌中のチューリップ微斑モザイクウイルス、条斑ウイル
ス RNA量とTBIAによるチューリップ開花期の両ウイルス感染割合を比較した。土壌中のウイルス量のレベル分けを指標に圃場の発病リスクレベ
ルを推定できる。

― 15 ―

他図）圃場ごとの植付け前のウイルス量（左図）とチューリップのウイルス感染割合（右図）の関係のA B C D E F G H
圃場レベル3 20

そ40

0.3060点0.5

は じ め に5

参考文献

参考文献

手法のポイント

1. Momonoi K., Mori M., Matsuura K., Moriwaki J. andMorikawa T. (2015) Quantification of Mirafiori lettuce
big-vein virus and its vector, Olpidium virulentus,
from soil using real-time PCR. Plant Pathology, 64(4),825-830.

手 法 の 詳 細2. 桃井 千巳、森 充隆、松浦 克成、森脇 丈治、守川 俊
幸 (2016) レタスビックベインミラフィオリウイルスとその媒介菌 Olpidium virulentus の土壌からの検出定量方法
植物防疫、70(1)、23-29.

留意点その他― 16 ―