学術論文のバージョンとプレプリントをめぐる動向INFOSTA_OUGライフサイエンス分科会

2021年11月18日
国立情報学研究所
オープンサイエンス基盤研究センター

尾城 孝一

学術論文のバージョンをめぐる動向1

学術論文のバージョン2

学術論文のバージョンをめぐる問題
研究の過程で、さまざまなバージョンの学術論文が生まれ、さまざまな場所で公開されているが、これら複数のバージョンを示す用語や、バージョンを区別するための基準が現在まで統一されていなかった
プレプリント
著者原稿
著者版

ポストプリント
AM
著者最終稿

VOR
出版社版

最終確定版
3

NISO/ALPSP作業部会• 米国情報標準化機構（NISO）と学協会出版社協会（ALPSP）は、ジャーナル論文バージョン作業部会（NISO/ALPSP JAV Technical
Working Group）を設立• 2008年4月、ジャーナル論文バージョンの分類と定義に関する勧告レポート “Journal Article Versions（JAV）：Recommendations of
the NISO/ALPSP JAV Technical Working Group”を発表• 論文の執筆、編集、流通、出版、検索、利用などにおける一連の電子化に伴い、論文が複数のバージョンを持つことや、それらバージョン情報の詳細や関連性が不明瞭であることなどを指摘したうえで、7つのバージョンを設定し、定義
4

NISO/ALPSPが定義するバージョン
AO = Author's Original

著者のオリジナル原稿

SMUR = Submitted Manuscript Under
Review

査読中の投稿原稿

AM = Accepted Manuscript

受理された原稿（著者最終稿）

P = Proof

校正中の原稿VoR = Version of Record

記録のバージョン（出版社版）

CVoR = Corrected Version of Record

修正された記録のバージョン

EVoR = Enhanced Version of Record

改良された記録のバージョン5

出版プロセスとバージョン
学術雑誌

コピーエディティング
レイアウト調整

出版社
AM

査読者/
編集者

SMUR

SMUR

投稿

著者

AO

P

VoR

CVoR

EVoR

AM
受理

SMUR

プレプリントAM

P
ポストプリント

校正

6VoR（学術の記録のバージョン）「ジャーナル論文の確定版で、出版社が、正式かつ独占的に「出版された」と宣言することで利用可能となったもの」（NISO/ALPSP Journal Article Versions (JAV) Technical Working Group
recommendations）• 学術研究の公式の、唯一の記録としてのバージョン• ジャーナルおよび出版社にとっての価値の源泉

7

VoRをめぐる論争（出版社 vs 学術コミュニティ）8

cOAlition S - Plan S• 2018年9月、欧州の研究助成機関がcOAlition Sを結成
• 2021年1月以降、完全にして即時のOAを要求し、Plan Sの原則とガイドラインを公表
3つのルート１．OA出版（ジャーナルとプラッ
トフォーム）

著者は、オープンアクセスジャーナルまたはオープン
アクセスプラットフォームで出版

２．購読誌（リポジトリ）

著者は、購読誌に論文を発表し、VoRまたはAMのいずれかをリポジトリでオープンに公開

３．購読誌の転換（転換契約）

著者は、転換契約の下、購読誌でOA論文を出版
https://www.coalition-s.org/
9

cOAlition S「権利保持戦略」（2020.7）
ゼロ・エンバーゴでグリーンOAを可能とするための戦略• cOAlition Sの研究助成の条件• 著者（又はその所属機関）は、オープンアクセス要件に準拠するために十分な知的財産権を保持する• 著者（又はその所属機関）は、研究論文のAMまたはVoRを、エンバーゴ期間な
しに、CC BY相当のライセンスの下で利用可能とする• 出版社への通達• cOAlition Sは、出版社にこの助成条件を通達する• 著者は、助成金のOA条件に従い、この投稿から生まれたAMまたはVoRには、
CC BYまたは同等のライセンスが適用されていることを、投稿レターにより出版社に伝える10

出版社の反発（2020.12.4）
Open post: The rise of immediate green OA undermines progress（11の出版社の連名）「即時グリーンOAは進歩を阻害する」（2021.1.12）
Case for Gold Open Access（Springer Nature社のCEO）「ゴールドOA擁護論」（2021.2.3）
Signatories publish statement on Rights Retention Strategy （STM）「権利保持戦略に対する声明」
11

出版社の主張の要点• 真のフルオープンリサーチに移行するためには、ゴールドOAを通じて研究者や読者が品質保証された付加価値のあるVoRに出版後即時にアクセスできるようにする必要がある• エンバーゴなしの即時グリーンOAは、劣悪なバージョンの原稿（すなわち、
AM）で学術的記録を混乱させ、オープンサイエンスの実現を遅らせる• 無料の代替物の提供が購読料や論文処理費用（APC）による収入を脅かし、OA誌の財政的な持続可能性を損なう• 学術の記録の基礎であるVoRの完全性を傷つける

ゼロエンバーゴのグリーンOAによりVoRの価値が下がり、その結
果自らのジャーナルポートフォリオの価値も下がり、購読料やAPCといったジャーナルからの収入が減少することをおそれる
12

Springer Nature社の調査「VoRに対する研究者の選好を探る」
Lucraft, Mithu; Allin, Katie; Batt, Imogen (2021): Exploring researcher preference
for the version of record. figshare. Journal contribution.
https://doi.org/10.6084/m9.figshare.13834532.v1• OA論文の複数のバージョンがある場合、大多数の研究者はVoRを選択する• 研究者はVoRを読み、引用することを好む• VoRは読みやすく、信頼性が高いと研究者は考えている• 研究者は、AMやプレプリントではなく、VoRを見つける方法を探す傾向が強い• 代替バージョンにも価値はあるが、使用には注意が必要• 大多数の研究者が、VoRを最も権威があり信頼できる情報源と考えている
13

学術コミュニティからの反論（2020.12.11）
Correcting the Record: The Critical Role of OA Repositories in Open Access and OpenScience（COAR）「オープンアクセスとオープンサイエンスにおけるOAリポジトリの重要な役割」（2021.2.18）
Persistent Identifiers Connect a Scholarly Record with Many Versions（ARL）「永続的識別子は多くのバージョンを持つ学術の記録を結びつける」（2021.2.3）
cOAlition S response to the STM statement: the Rights Retention Strategy restores longstanding academic freedoms （cOAlition S）「権利保持戦略は学問の自由を復元させる」
14

学術コミュニティの反論の要点• AMは劣ったバージョンではなく、VoRと同等の内容を持つ• VoRは印刷物の時代の産物であり、研究者がプレプリントを素早く共有し、オープンにレビューやコメントをし、論文が継続的に更新、修正、拡張されるウェブ対応のダイナミックな環境
では、無用の長物となっている• VoRの価値を生み出す査読は、学術コミュニティが自発的に行っている• VoRに対する出版社の関心は、その学術的な価値ではなく、ビ
ジネス上の利益を反映したものである

15

VoRとプレプリントの比較「科学雑誌に掲載された論文とそのプレプリント版の比較」
Klein, M., Broadwell, P., Farb, S.E. et al.
Comparing published scientific journal articles to their pre-printversions.
International Journal on Digital Libraries. 20, 335–350 (2019).
https://doi.org/10.1007/s00799-018-0234-1

16

手法• 対象論文の抽出• arXiv.org（物理学その他）のプレプリントと最終出版版 約10,000件• bioRxiv（生物学）プレプリントと最終出版版 約2,300件• 抽出された論文のプレプリントと出版された論文（VOR）のタイトル、抄録、本文の類似性を以下の5つの指標を用いて測定

1. レーベンシュタイン距離（文字の挿入、削除、置換などの編集上の介入の量）
2. レングス（論文の長さの比較）
3. ジャッカード係数（文字列の類似性）
4. セーレンセン係数（文字列の類似性）
5. ペアワイズコサイン類似度（意味的な類似性）
17

比較結果

arXiv

bioRxiv

タイトル

抄録

本文

学術論文のタイト
ルはプレプリントと最終的な出版物の間で目立った変化がない
学術論文のタイト
ルがプレプリントと最終公開版の間で顕著に変化する
ことはほとんどない

抄録に適用されたアルゴリズムは、非常に高い類似度を示す値を返す分析された本文セクションの95%は、適用されたいずれの測定においても高い類
似度スコアを持つ
編集レベルでもセマンティックレベルでも、差別化された特徴をほとんど示さないすべての類似性尺度が抄録に対して非常に高いスコア
を示す

18

結論

「今回使用した論文集合体の範囲内では、プレプ
リントとそれに対応する最終公開版の論文（VOR）の間には大きな違いがない」

19

VoR（Version of Record）からRoV（Record of Versions）へ

20

“Open Access in theory and practice”「21世紀初頭の学術コミュニケーションの中心的な手段であるジャーナルの号に掲載された論文は、紙の世界から派生したコミュニケー
ションの様式です。その固定性と平面性は、かなり時代遅れのように見えます。今や学術コミュニケーションは、成熟度の異なるアウト
プットを共有し、継続的に更新されるデータ、シミュレーション、ビ
ジュアライゼーション、そしてコメントや解釈を組み合わせた、よりフローに近いものになる可能性を秘めています。」

Stephen Pinfield, Simon Wakeling, David Bawden, Lyn Robinson. Open Access in Theory and Practice.
Routledge. 2020. p. 25
https://www.taylorfrancis.com/books/oa-mono/10.4324/9780429276842/open-access-theorypractice-stephen-pinfield-simon-wakeling-david-bawden-lyn-robinson
21

COAR（オープンアクセスリポジトリ連合）「VoRは、研究者がプレプリントを素早く共有し、同僚研究者がオープンにレビューやコメントをし、論文が継続的に更新、修正、拡張されるウェブ対応のダイナミックな環境（これらのことはリポジトリのルートを通じてサポートされ、進められます）では、ますます無用の長物となっています。印刷物の時代に培われた、Version of Record（記録のバージョン）という時代遅れの概念から脱却する時が来ているのです。」
Correcting the Record: The Critical Role of OA Repositories in Open Access and Open Science（COAR）
https://www.coar-repositories.org/news-updates/correcting-the-record-the-critical-role-of-oarepositories-in-open-access-and-open-science/22

ARL（北米研究図書館協会）「かつては出版され、印刷された研究論文が研究の権威ある情報源であったのに対し、新しい出版方法や他の研究成果物（他のバージョン、
プロトコル、データ、コードなど）の出版により、「記録のバージョン（version of record）」という用語は全く無意味なものになってしまいました。学術コミュニケーションの世界は「複数のバージョンの記録（record of versions）と呼ばれるものに移行しています。」

ARL Blog. Persistent Identifiers Connect a Scholarly Record with Many Versions. 2021.2.18
https://www.arl.org/blog/persistent-identifiers-connect-a-scholarly-record-with-many-versions/23

学術の記録はVoRからRoVへ• 紙の時代には、学術の唯一の記録はジャーナルに掲載されたVoR• しかし、デジタルの時代には、研究のプロセスの中で生まれたさ
まざまなバージョンの論文を記録することが可能に• さらにオープンサイエンスの潮流の中で、論文に留まらず、研究
データ、ソースコード、プロトコルなども含めて、多様な学術の成果を記録するRoV（Record of Versions）*という考え方が誕生＊ユトレヒト大学図書館のBianca Kramerが最初に提唱したらしい？

24

NISOの2008年勧告の改訂に向けた動き
最初の勧告の公表以来、出版の実践は急速に変化している。例えば、
プレプリントは多くの分野で出版形態としての重要性を増しており、出版社も研究の継続性を保つための新しい方法を模索するようになっている。論文のすべてのバージョンは重要であり、引用可能となっているため、単一の「記録のバージョン（VoR: version of record）」という概念はあまり意味を持たなくなっている• ワーキンググループの立ち上げを決定（2020.11.16）• バージョンはどのように定義するのか？
• 一つの論文に対して、バージョンに関係なく一つのDOIを割り当てるべきか？
• それとも、バージョンごとに異なるDOIを設定すべきか？
• 複数のDOIを付与した場合、そられはどのように関係づけられるのか？
NISO Voting Members Approve Work to Update Journal Article Versions (JAV). 2020.11.16
http://www.niso.org/press-releases/2020/11/niso-voting-members-approve-work-updatejournal-article-versions-jav
25プレプリントをめぐる動向26

プレプリントとプレプリントサービスの簡単な歴史27

プレプリントとプレプリントサービス• プレプリントとは、学術雑誌の査読を通過する前の論文原稿• プレプリントサービスとは、プレプリントの投稿を受け付け、公開するプラットフォーム（プレプリントサーバ）

28プレプリントサービス（第1の波）

1991年

物理学分野のLANL preprint archive （現在は、コーネル大学のarXiv.org）

1994年

社会科学分野のSSRN（Social Sciences Research
Network）

1997年

経済学分野のRePEc（Research Papers in
Economics）

29

プレプリントサービス（第2の波）
プレプリントサービス数（設置年による集計）• 2016 年以降、さまざまな学問
分野や地域に根ざしたプレプ
リントサービスの設置が進む• 全体の70％を超えるサーバが2016 年以降に活動を開始

Martyn Rittmanのオープンデータによる
https://docs.google.com/spreadsheets/d/17RgfuQcGJHKSsSJwZZn0oiX
AnimZu2sZsWp8Z6ZaYYo/edit30

第2の波はなぜ起こったのか？
1. 研究者にとっての利点
2. OSF（by COS）の活用

3. 出版社と学術雑誌のポリシーの変化31

1. 研究者にとっての利点• 研究の早期段階の成果をより多くの研究者に対して配信することができる• 特にキャリアの浅い研究者や、新規の分野に移ってきた研究者
は、研究成果の可視性を高めることができる• 幅広い研究コミュニティからのフィードバックを得ることができる• 発見とアイデアのプライオリティ（先取権）を確立することができる• 研究コミュニティ内で共有とコミュニケーションの文化を醸成する• 著者は無料で成果を公表し、一方、読者も無料で読むことができる
32

2. OSF（by COS）の活用• Open Science Framework（OSF）• 米国の非営利団体Center for Open Science（COS） が開発• 研究プロジェクトの活動を管理するためのオープンソース
12)• プレプリントを登録し、発信するサーバとしての機能も具備

https://osf.io/33

3. 出版社と学術雑誌のポリシーの変化（これまでは）「インゲルフィンガー・ルール」に代表されるように、多くの学術雑誌は、プレプリントとして発表された論文を先行出版と見做し、投稿受付を拒否することが一般的（現在は）プレプリントとして発表された論文の投稿を認める方針を示す出版社が大半を占める
Wikipedia. List of academic publishers by preprint policy
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_academic_publishers_by_preprint_policy

34プレプリントとプレプリントサービス
に関するいくつかのデータ

35

年別プレプリント投稿数推移
350000300000250000200000150000100000

50000

2021

2020

2019

2018

2017

2016

2015

2014

2013

2012

2011

2010

2009

2008

2007

2006

2005

2004

2003

2002

2001

2000

1999

1998

1997

1996

1995

1994

1993

1992

1991

0

Norimasa Nomura.
Supporting datasets for the article published at The Journal of Information Science and Technology Association, Vol. 71, Issue 9.
J-STAGE Data，URL: https://doi.org/10.50934/data.jkg.15088080
36プレプリントサービス別投稿数0100000200000300000400000500000600000700000800000900000arXiv
SSRN Electronic JournalbioRxiv
OSF Preprints
medRxiv
Preprints.org
PsyArXiv
INA-Rxiv
JMIR Preprints
ChemRxiv
2016_20192020_2021

Norimasa Nomura.
Supporting datasets for the article published at The Journal of Information Science and Technology Association, Vol. 71, Issue 9.
J-STAGE Data，URL: https://doi.org/10.50934/data.jkg.15088080
37

COVID-19関連論文のプレプリント割合
（全論文）

0%

10%

Article20%30%

Chapter40%

Edited Book

50%

60%

70%

Monograph

80%

Preprint

90%

100%

Proceeding（COVID-19関連論文）

0%10%Article20%30%

Chapter40%
Edited Book

50%

60%

Monograph

70%

80%

Preprint

90%

100%

Proceeding

Norimasa Nomura.
Supporting datasets for the article published at The Journal of Information Science and Technology Association, Vol. 71, Issue 9.
J-STAGE Data，URL: https://doi.org/10.50934/data.jkg.15088080
38プレプリントの新たな風景

39

オーバーレイジャーナル• LANL preprint archiveの創設者であるPaul Ginsparg が提唱• プレプリントのコレクションの上位レイヤに査読の仕組みを持つ仮想的な学術雑誌• 自ら論文ファイルを持つことはなく、プレプリントサーバ等に蓄積された論文へのリンク情報（Table of Contents）のみを保持
Discrete Analysis

Episciences

https://discreteanalysisjournal.com/

https://www.episciences.org/

40

Episciences.org① 著者はプレプリントをHAL（フランスの国立リポジトリ）またはarXivに
登録

②

①

② 著 者 は Epciences.org のオーバーレイジャーナルにプレプリントを投稿③ 編集・査読④③④ 受理されるとHALまたは
arXiv上で正式に出版される
41

Environnement, ingénierie & développement（Episciencesのオーバーレイジャーナルの一つ）

https://eid.episciences.org/7206
42

HALの論文

https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03148684v1

43

COAR（オープンアクセスリポジトリ連合）の Pubfair
持続可能で分散型のオープンな出版フレームワーク●配信レイヤ・コミュニティチャネル（分野コミュニティ向け）
・機関チャネル（大学やFA向け）
・研究者チャネル（研究者個人向け）●出版レイヤ・リポジトリレイヤの上位サービスとして、学術出版の主要な機能（投稿、編集ワーク
フロー、査読と評価、ソーシャルネットワーキング等）を提供する●リポジトリレイヤ
・分散したリポジトリのグローバルネットワーク
・プレプリント、データ、ソフトウェア、その他の成果物を蓄積して公開する
https://www.coar-repositories.org/news-updates/pubfair-version-2-now-available/

44

University Journals
欧州の14大学が共同で、現在のジャーナルシステムに代わる新たな学術出版エコシステム
であるUniversity Journalsの取り組みを開始
14大学のコンソーシアム

1.

研究者は、大学のリポジトリを介して、UJプラットフォームに論文を投稿する（直接投稿も可）2.

投稿された論文は、大学による質の審査を受ける

3.

受理された論文は組版され、DOIを付与され、国際的な索引データベースに提供される

4.

UJプラットフォームは、コメントオプションを提供することにより、出版後査読もサポートする

https://web.archive.org/web/20190509163916/https://universityjournals.eu/index.php/for-universities/
45

F1000Research

論文投稿

●
●

出版・データ登録
投稿後1週間で論文と付随するデータを出版公開

Open Research Europe（EC:欧州委員会）
筑波大学

オープンピアレビュー
・ユーザコメント●

Wellcome 財団

論文改訂
レビュー後の改訂
論文を登録
主要な文献データベース
に採録

●

ゲイツ財団
46

プレプリントおよびプレプリントサービスの課題
プレプリントの質保証
プレプリントサービスの財政的な持続可能性47

プレプリントの質保証• プレプリントを査読するコミュニティのさまざまな取り組み• Review Commons• Rapid Reviews: COVID-19 (RR:C19)• PREreview• eLife’s Publish then Review model

Bal, Liz. Open and Faster Scholarly Communication in a Post-COVID World. Scholarly Kitchen, Jun 23, 2021.
https://scholarlykitchen.sspnet.org/2021/06/23/guest-post-open-and-faster-scholarly-communication-in-apost-covid-world/?informz=1

48

プレプリントサービスの財政問題• arXivの財務状況• 年間運営経費• 財源

約245万ドル（約2億7000万円）• コーネル大学 約90万ドル• 会費 約55万ドル• サイモンズ財団 約40万
• その他（寄付等） 約60万ドル• OSF/COSの有料化の影響• 2020 年から投稿数に応じた利用料を徴収することを決定• 複数のサービスの閉鎖（INARxiv、IndiaRxiv，LawArXiv，MarXiv等）• 商業出版社による買収• ElsevierによるSSRNの買収（2016年）
49

出版社とプレプリント

50

Springer Nature社のIn Review• 汎用プレプリントサービスであるResearch Squareに出資• Aries（出版ワークフローシステム：投稿受付～編集～査読、出版）と連携• Springer Nature社のジャーナルに投稿されたプレプリントを
Research Squareがホスト• 著者は、投稿時にプレプリントをResearch Squareから公開するかどうかを選択できる• 査読タイムラインを通じて原稿のステイタスを知ることができる

51

Journal of Molecular Neuroscienceに投稿中のプレプリントがResearch Square上で閲覧できる

https://www.researchsquare.com/article/rs-582200/v1

52

Elsevier社のFirstLook• 2016年にSSRN（プレプリントサービス）を買収• 2018年にAries Systems（出版ワークフローシステム）を買収• SSRNとAriesを統合して、FirstLookを開発• ジャーナルに投稿された原稿をSSRN上でプレプリントとして閲覧できるサービス53https://www.ssrn.com/
54

Cell Pressのジャーナルに投稿中のプレプリントがSSRN上で閲覧できる

https://www.ssrn.com/index.cfm/en/cell-press-sneak-peek/55

Wiley社のUnder Review• Wiley社が2016年に買収したAtypon社のプレプリントサービスであるAuthoreaを利用• ScholarOne（出版ワークフロー）と連携• 著者がプレプリントの投稿に同意すると、Authoreaにデポジッ
ト• 査読のステイタスと最終的に出版されたかどうかの情報がプレプリント上に表示

56

Journal of Cardiac Surgeryに投稿中のプレプリントがAuthorea上で閲覧できる

57

出版社のねらい
プレプリントサービス＋
出版ワークフローシステム（投稿受付～編集・査読～出版）

プレプリントの段階から論文を管理
58

データベースとプレプリント

59

NIHプレプリント・パイロット• 米国国立医学図書館（NLM）のプロジェクト• 2020年6月にフェーズ1開始• NIH の 助 成 を 受 け た COVID-19 関 連 の プ レ プ リ ン ト を PubMed
Central（PMC）、さらにはPubMedから提供• 対象となるプレプリントサービスに投稿されたNIHの初期の研究
結果の発見性を高めるためのアプローチを検討することを目的• ソースとなるプレプリントサービスは、medRxiv, bioRxiv, arXiv,
ChemRxiv, Research Square, SSRN
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/about/nihpreprints/60

パイロットの結果速報（フェーズ1の第4四半期終了時点）• 約2,500件のプレプリントレコードがPMCに追加され、PubMedで検索可能に• 半数は、medRxivに投稿されたプレプリント• PMCでのプレプリントレコードの閲覧回数は180万回を超える• 関連するプレプリントのメタデータとアブストラクトはPubMed
で約150万回閲覧された• PMCおよびPubMedのプレプリントの約44%が、ジャーナルで出版• パイロット版に含まれるプレプリントが引用された回数は約12,000回
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/assets/pmc/files/NIHPPQ4SummaryReport_20210721.pdf
61

Scopusとプレプリント• 2021年1月、著者プロファイルページにプレプリント文献のデー
タを追加• 追加されたプレプリント文献は、arXiv、bioRxiv、ChemRxiv、
medRxivから取得• 2017年以降に発表された文献を各運営者のポリシーに従って取得• 2021年中に、社会科学分野の主題リポジトリSSRNのデータ追加
を予定• プレプリントに対する引用やプレプリントからの引用は指標の算出対象から除外されるため、被引用数やh-indexの数値などには影響しないhttps://blog.scopus.com/posts/preprints-are-now-in-scopus
62Dimensionsとプレプリント• プレプリントの検索可能• ページの左側にある"publication type "フィルターで利用できる出版物の1つとして含まれている• arXiv、SSRN Electronic Journal、
bioRxiv、ChemRxiv、PeerJ
Preprints、Nature Precedingsなどのプレプリントを収録

https://www.digital-science.com/product/dimensions/63https://rcos.nii.ac.jp/
ojiro@nii.ac.jp64