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NBDC RDFポータル
https://integbio.jp/rdf/「RDFportal」で検索
36 のRDFデータセット、約1160億トリプルを公開(2022年8月末)
RDFデータリポジトリ➢ 「DBCLS RDF化ガイドライン*」に基づいてレビューされたデータ➢ 生命科学分野で重要なデータベースのミラーデータ

SPARQLエンドポイント➢

RDFの検索が可能*https://github.com/dbcls/rdfizing-db-guidelines/blob/master/dbcls-rdfizing-db-guidelines-ja.md

RDFとは？
› RDF：Resource Description Framework
主語(Subject) – 述語(Predicate) – 目的語(Object)からなるデータモデル
主語：モノのID (URI)
述語：オントロジーで定義された属性

目的語：別のモノのID (URI)または値(literal)› 表(RDB)から考える
protein1(主語)のoriginated from(述語)は、human(目的語)である
proteinoriginatedfrom

bindprotein1

human

lipid1protein1

human

lipid2

…

…

…

分
解

proteinoriginated fromprotein1

human

proteinbind

protein1

lipid1protein1(主語)にbind(述語)するのは、lipid1(目的語)である

データをRDF化するメリット› すべてのデータをシンプルな構造(主語-述語-目的語=トリプル)で表現できる
１つのフィールドに複数の値があっても、テーブル分割の必要がない

データの追加時にテーブル構成を変更する必要がない
データの検索時にテーブル構成などを知る必要がない

URIとオントロジー(＝概念の間の関係の体系)が使える
表記のゆれがなくなる
モノに「意味」の情報をオントロジーの形で付加できるので、同義語や上位概念でまとめて検索できる(例：「哺乳類」の検索で「ヒト&マウス&ウシ&...」とする必要が無い)

自分と他人のデータベースを簡単に統合できる
１つのクエリで複数のデータベースを一括して検索できる

２つのデータを統合
データ１
taxonomy

DDBJに登録された
DNA配列
AP014957.1
http://identifiers.org/insdc/AP014957.1#sequence

obo:RO_0002162

表記がゆれない

taxonomy39947
http://identifiers.org/taxonomy/39947

データ２
taxonomy39947

ラベル
rdfs:label

Oryza sativa Japonica Group

http://identifiers.org/taxonomy/39947

データを統合DDBJに登録されたDNA配列
AP014957.1の生物種は
obo:RO_0002162

Oryza sativa Japonica Groupである

NBDC RDFポータルの特長› データリポジトリ
NBDCに寄託され「DBCLS RDF化ガイドライン」に基づいてレビューされたデータと、生命科学分野で重要なデータベースのミラーデータ(https://integbio.jp/rdf/mirror/)をダウンロード可能な形で公開
以下の情報を明示
データに関する詳細なメタデータ

データのスキーマ図
データへのサンプルクエリ› (SPARQL)エンドポイント
Webインタフェース
ジョブ管理機能やキャッシュ機能もある(DBCLS開発のSPARQLproxyを利用)保管するRDFデータを中心としたSPARQL検索を可能に

RDFファイルのリポジトリとしてメタデータ(下)スキーマ図(右)SPARQLエンドポイントとして
以上

クエリ

実行結果

データベースの統合が進むと共通する要素を重ね合わせることで、異なる種類の情報をつなげたネットワーク(=グラフ構造)を作る
グラフの部分構造を検索して抽出することで、2つの事柄等の関係性を見出す(AJACS資料より https://github.com/AJACS-training/AJACS67/tree/master/01_minowa)NBDCの提供するサービスIntegbioデータベースカタログ
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生命科学のデータベースをまとめて俯瞰・探索できるサイト
遺伝子
https://togodx.dbcls.jp/human/「togodx」で検索

タンパク質
タンパク質
立体構造
相互作用
化合物
糖鎖
疾患
バリアント

TogoDXで検索できるサイトなどなど.....

各barについて (例:Protein domain)以上

膜貫通ドメインやCoild Coilなどドメイン名が羅列されている

このbarは、UniProtに登録された情報を元に生成されている

各barについて (例:Protein domain)
https://www.uniprot.org/uniprot/O60603

以上

Leucine-rich repeat, Repeat, Signal, Transmembrane, Transmembrane helix

実際に使ってみる「複数のbarで絞りこむ」
1, "Select target category" (IDリストの軸)を選択⇒Ensembl geneを選択
2, “Attribute values”を選択(異なるbarは”and” 、同じbarは”or”)⇒Gene/protein coding; Gene/Zebrafish; Gene/Bone marrow; Protein/Transmembrane;
Disulfide bond; Immune System; Mendelian disease「遺伝子に紐づくエントリーで ●タンパク質をコード ●Zebrafishと分岐した時代から存在 ●骨髄で高発現 ●膜貫通ドメインを持つ ●ジルスルフィド結合を持つ
書き下すと、、、 ●免疫システムに関与 ●メンデル遺伝病に関与を満たすものは？」↑クエリの情報がURLに反映し、保存・再現できる

実際に使ってみる「複数のbarで絞りこむ」
結果

Ensambleの遺伝子のなかで、、、●タンパク質をコード●Zebrafishと分岐した時代から存在●骨髄で高発現●膜貫通ドメインを持つ●ジルスルフィド結合を持つ●免疫システムに関与●メンデル遺伝病この条件を満たす遺伝子は、8つ・ITGB3：integrin subunit beta 3・CXCR2：ケモカイン受容体
・IL17RA：interleukin 17 receptor A・ITGA2B：integrin subunit alpha 2b・IL2RG：interleukin 2 receprot受容体γ鎖・CSF3R：血管新生因子レセプター
・IL6R： interleukin ６ receptor
・CD79A： B細胞マーカーの一つ

実際に使ってみる「手持ちのIDを調べる」
自然免疫に関するToll like receptor (TLR1-10)までのUniProt IDをMap your IDsに渡す
Q15399,O60603,O15455,O00206,O60602,Q9NYK1,Q9NR97,Q9NR96,Q9BXR5,Q9Y2C9

ここにIDを入力

免疫応答の遺伝子が多いことが分かる

どんなIDセットが入力されているのかが分かる

説明動画もあります!!
メタデータ(下)
スキーマ図(右)是非一度アクセスしてください！

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つかわれてこそ価値が生まれますのでぜひ一度使ってみて下さい