Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 1

MASCOT Server version 2.0アップグレード手順
このマニュアルは、前のバージョンの MASCOT Server を version 2.0 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合は「MASCOT Server version 2.0 新規インストール手順」をお読みください。

準備するもの(1) MASCOT Server 2.0 の CDROM

インストールの流れ(1) Administrator 権限を持ったユーザでログオン(2) 既存の MASCOT のバックアップ(3) アップグレードする PC のソフトウエア等の環境確認(4) Virus スキャンや電子メール等のアプリケーションソフトウエアの終了(5) Perl のアップグレード（本体および GD パッケージ）(6) MASCOT Server version 2.0 のアップグレード(7) 動作確認

技術サポート
アップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：info-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7895

ファックス ：03-5807-7896

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 2

1.

PC へのログオン

Administrator 権限（管理者権限）をもったユーザでログオンしてください。

2.

既存の MASCOT のバックアップ

MASCOT Server version 2.0 にアップグレードする前に、既存の MASCOT フォルダ（デフォルトインストールでは C:\Inetpub\MASCOT）全体をバックアップしてください。

3.

PC 環境の確認

MASCOT Server version 2.0 にアップグレードする PC は次のソフトウエアやデバイスの環境が必要ですのでご確認ください。

オペレーティングシステム
MASCOT Server version 2.0 は Windows 2000、Windows XP Professional、Windows 2003
Server 上で動作します。

Web ブラウザ
Internet Explorer 5.5 以上が必要です。

ディスクスペース
MASCOT Server version 2.0 の CDROM には 20040106 バージョンの MSDB が含まれており、MSDB も含めてアップグレードする場合は 3GB 程度のディスクスペースを占有します。その他の配列データベース（NCBInr や EST など）を追加してセットアップする場合はそれらのサイズに応じたディスクスペースが必要になります。

メモリ
最低 1GB のメモリが必要です。配列データベースをメモリ上にマップすると検索速度が向上しますので、より多くのメモリを搭載することをお勧めします。

ネットワーク
質量分析計のデータ処理システムからネットワーク経由で質量データを取得する場合に必要となります。
また、NCBInr 等の配列データベースを NCBI 等のサイトにアクセスして更新する場合はインターネットへ接続できる環境が必要です。

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 3

4.

アプリケーションソフトウエアの終了

アップグレード作業を行う前に、 Virus スキャンや電子メールなどのアプリケーションソフトウエアを終了してください。

5.

Perl のアップグレード

MASCOT Server version 2.0 は Perl 5.8 以上が必要です。MASCOT Server Version 2.0 の
CDROM には Perl 5.8（ActivePerl-5.8.2.808-MSWin32-x86.msi）が含まれています。

Windows Installerのアップデート（Windows 2000の場合に必要な作業です）
Perlをインストールする際、オペレーティングシステムに含まれているWindows Installerプログラムが動作します。MASCOT Server version 2.0はPerl 5.8以上を使用しますが、Perl 5.8をインストールするためにはWindows Installer 2.0が必要になります。Windows
2000では古いバージョンのWindows Installerが使われていますので、次の手順でアップグレードしてください。なお、Windows XP Professionalや2003 Server
ではすでにWindows Installer 2.0がインストールされていますので、この作業は必要ありません。

(1) MASCOT Server version 2.0のCDROMをドライブに挿入してください。
(2) daemonフォルダにある “InstMsiW.exe” をダブルクリックしてください。
(3) PCを再起動してください。

Perl 5.8のインストール
すでにPerlがインストールされている場合はそのバージョンを確認してください（DOSウィンドウを起動し、perl –vコマンドを実行するとインストールされているバージョンを確認することができます）。バージョンが5.8未満の場合は、コントロールパネルにある[アプリケーションの追加と削除（Windows XP Professionalの場合はプログラムの追加と削除）]を使ってPerlを削除してください。MASCOT Server version 2.0のCDROMにある “ActivePerl-5.8.2.808-MSWin32-x86.msi” をダブルクリックしてください。表示されるダイアログの指示に

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 4

従い、Perl 5.8をインストールしてください。

動作確認
DOS ウィンドウを起動し、 “perl -v” コマンドを実行してください。次のような文字列が出力されることを確認してください。

C:\>perl –v
This is perl, v5.8.2 built for MSWin32-x86-multi-thread(with 25 registered patches, see perl -V for more detail)
Copyright 1987-2003, Larry Wall
Binary build 808 provided by ActiveState Corp. http://www.ActiveState.com
ActiveState is a division of Sophos.
Built Dec 9 2003 10:19:40
Perl may be copied only under the terms of either the Artistic License or the
GNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.
Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found on
this system using `man perl' or `perldoc perl'. If you have access to theInternet, point your browser at http://www.perl.com/, the Perl Home Page.
GDパッケージのインストール
グラフなどの画像を生成するためのプログラム・モジュールである GD パッケージをインストールします。MASCOT Server version 2.0 の CDROM が挿入された CDROM ドライブのドライブレター（通常は D ドライブです）を確認した後、DOS ウィンドウを起動してください。コマンドラインから、

ppm
rep add local d:\ActivePerl
install GDquitの順番でコマンドを実行してください。コマンド実行に対して次のような出力とともに GD パッケージがインストールされます。

C:\>ppm
PPM - Programmer's Package Manager version 3.1.

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 5

Copyright (c) 2001 ActiveState SRL. All Rights Reserved.
Entering interactive shell. Using Term::ReadLine::Stub as readline library.
Type 'help' to get started.
ppm> rep add local d:\ActivePerl
Repositories:[1] ActiveState PPM2 Repository[2] ActiveState Package Repository[3] localppm> install GD====================
Install 'GD' version 2.11 in ActivePerl 5.8.2.808.
====================
Downloaded 364459 bytes.
Extracting 25/25: blib
Installing C:\Perl\site\lib\auto\GD\GD.bs
Installing C:\Perl\site\lib\auto\GD\GD.dll
Installing C:\Perl\site\lib\auto\GD\GD.exp
Installing C:\Perl\site\lib\auto\GD\GD.lib
Installing C:\Perl\html\site\lib\GD.html
Installing C:\Perl\html\site\lib\GD\Polyline.html
Files found in blib\arch: installing files in blib\lib into architecture dependent library tree
Installing C:\Perl\site\lib\GD.pm
Installing C:\Perl\site\lib\qd.pl
Installing C:\Perl\site\lib\auto\GD\autosplit.ix
Installing C:\Perl\site\lib\GD\Polyline.pm
Successfully installed GD version 2.11 in ActivePerl 5.8.2.808.
ppm> quit

6.

MASCOT Server のアップグレード

MASCOT Server のアップグレードは 15 分程度で終了します。アップグレードが終了すると、蛋白質データベースである MSDB のセットアップ（MSDB からの情報抽出・分割および圧縮）が始まります。
MSDB のセットアップは、PC の性能にもよりますが、20～40 分程度かかりますので、MASCOT Serverのアップグレード開始から MASCOT 検索ができるようになるまで 1 時間程度必要です。

MASCOT ServerのCDROMをCDROMドライブに挿入し、CDROMにある “SETUP.EXE” をダブルクリックしてください。インストールが始まります。

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 6[Next >]ボタンを押してください。
End User Licence Agreementが表示されます。

内容に問題がないようでしたら“Accept licence”を選択し、[Next >]ボタンを押してください。PCに関する情報（OSの種類、メモリ搭載量、コンピュータ名、CPU数、IISバージ
ョン、Perlのバージョン、GDパッケージのインストール状況、既存のMASCOT Serverのバージョン）が収集され、表示されます。

[Next >]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 7

既存のバージョンが問題なく動作している場合はこのまま[Next >]ボタンを押してください。

[Next >]ボタンを押してください。

既存のMSDBをCDROMに含まれるMSDBにアップグレードします。
CDROM に 含 ま れ て い る MSDB は20040106のバージョンです。すでにこれより新しいMSDBがセットアップされている場合は “Don’t
add or change any databases”を選択してください。[Next >]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 8

既 存 の mod_file フ ァ イ ル はmod_file.bkn（n=1,2,…）にバックアップされますのでアップグレード終了後に元に戻してください。
[OK]ボタンを押してください。

読み取り専用ファイルが検出されるとこのダイアログが表示されます。[Yes]ボタンを押してください。
ファイルのコピーが始まります。

ファイルがコピーされアップグレードが終了するまでの時間は、PCの性能にもよりますが、5～10分程度です。

アップグレードが終了するとこのダイアログが表示されます。[OK]ボタンを押してください。CDROM に含まれる MSDB をコピーした場合は MASCOT search status pageが自動的に立ち上がり、MSDB のセットアップが始まります。CDROMに含まれる MSDB をコピーしなかった場合は、アップグレードはこれで終了です。

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 9

MASCOT Serverは配列データベースの検索速度を上げるために、配列データベースを構成する各エントリからアクセッション番号、アノテーション、配列に関する情報を抽出し、各々の情報をひとかたまりにした複数の圧縮ファイルをセットアップします。セットアップの進行状況に応じてMASCOT searchstaus pageのStatusラインに出力される内容は、Creating compressed files
Running 1st test
First test just run OK
Trying to memory map files
Just enabled memory mapping
In Useのように変化し、セットアップが終了してデータベースが使用できる状態（MASCOT検索ができる状態）になった時点で In Use となります。
MASCOT Server version 2.0のインストールはこれで終了です。

Mascot Server version 2.0 アップグレード手順 107.

動作確認

適当な質量データファイルを使って検索を実行し、検索結果が正しく表示されることを確認してください。

MASCOT検索画面が表示されずに、Can't load '../bin/auto/msparser/msparser.dll' for module msparser:
load_file:指定されたモジュールが見つかりません。at C:/Perl/lib/DynaLoader.pm line 229.
at ../bin/msparser.pm line 7
Compilation failed in require at C:\INETPUB\MASCOT\cgi\master_results.pl line 105.
BEGIN failed--compilation aborted at C:\INETPUB\MASCOT\cgi\master_results.pl line 105.のメッセージが表示された場合 MSVCP60.DLL ファイルがインストールされていませんので、MASCOT Serverversion 2.0のCDROMの中の “mskk” フォルダにある “msvcp60.dll” ファイルを“C:\Inetpub\MASCOT\bin\auto\msparser” フォルダにコピーしてください。