Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 1

MASCOT Server version 2.2アップグレード手順
この書類は、前のバージョンの MASCOT Server を version 2.2 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合は「MASCOT Server version 2.2 新規インストール手順」をお読みください。

準備するもの(1) MASCOT Server version 2.2 のインストール CD

アップグレードの流れ(1) Administrator 権限を持ったユーザでログオンする（通常は mascot ユーザです）(2) 既存の MASCOT 関連ファイルをバックアップする(3) PC のソフトウエア等の環境を確認する(4) Virus スキャンや電子メール等のアプリケーションソフトウエアを終了する(5) インストール CD を CDROM ドライブに挿入する(6) Perl のバージョンが 5.8 以前であれば 5.8 にアップグレードする(7) MASCOT Server version 2.2 にアップグレードする(8) 動作を確認する

アップグレードに要する時間
１０～20 分程度です。

技術サポート
アップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：info-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 2

1.

PC へのログオン

Administrator 権限（管理者権限）をもったユーザでログオンしてください（通常は Administrator 権限を持つ mascot ユーザが作成されていますので mascot でログオンしてください）。

2.

既存の MASCOT 関連ファイルのバックアップ

アップグレードする前に、MASCOT フォルダ（デフォルトインストールでは C:\Inetpub\MASCOT）全体をバックアップしてください（配列データベースファイルのサイズが大きい場合はC:\inetpub\MASCOT\sequence フォルダ以外のフォルダと、バックアップが必要な配列データベースファイルをバックアップしてください）。

3.

PC 環境の確認

PC は次のソフトウエアやデバイスの環境が必要ですのでご確認ください。

オペレーティングシステム
最新のサービスパックがインストールされた Windows 2000、Windows XP Professional、Windows XP x64 Edition、Windows 2003 Server、Windows Vista で動作します。

Web ブラウザ
Internet Explorer 5.5 以上が必要です。

ディスクスペース
インストール CD に含まれているリリース 51.6 の Swiss-Prot 配列データベースをインストールする場合は 2GB 程度のディスクスペースが必要です。その他の配列データベースを追加してセットアップする場合はそれらのサイズに応じたディスクスペースが必要になります。

メモリ
最低 1GB のメモリが必要です。配列データベースをメモリ上にマップすると検索速度が向上します
ので、より多くのメモリを搭載することをお勧めします。

ネットワーク
質量分析計のデータ処理システムからネットワーク経由で質量データファイルを取得する場合等に必要となります。また、NCBInr 等の配列データベースを NCBI 等のサイトにアクセスして更新する場合はインターネットへ接続できる環境が必要です。

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 3

4.

アプリケーションソフトウエアの終了

アップグレード作業を行う前に、 Virus スキャンや電子メールなどのアプリケーションソフトウエアを終了してください。

5.

Perl のアップグレード

Perl 5.8 以上で動作しますが、より安定的に動作する Perl 5.8.8 にアップグレードしてください。
Perl5.8.8（ActivePerl-5.8.8.820-MSWin32-x86-274739.msi）はインストール CD に含まれています。

Perlのバージョン確認
現在インストールされているPerlのバージョンを確認してください。コマンドプロンプトを起動し、perl –vコマンドを実行して得られた出力内容から確認することができます。

古いバージョンのPerlの削除
現在インストールされているPerlのバージョンが5.8.8未満の場合は、コントロールパネルにある[アプリケーションの追加と削除]（Windows XPProfessionalの場合は[プログラムの追加と削除]）の[削除]ボタン（右図の赤枠）を押して削除してください。

Perl 5.8.8のインストール
ActivePerl-5.8.8.820-MSWin32-x86-274739.m
siをダブルクリックし(右図を参照)、表示されるダイアログの指示に従い、全てデフォルトの状態でインストールを進めてください。インストールは数分で終了します。インストールが完了すると自動的にブラウザが起動し、リリースノートが表示されます。

動作確認
コマンドプロンプトを起動し、 “perl -v” コマンドを実行してください。現在インストールされている Perl のバージョン情報を含む、次のような文字列が出力されます。

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 4

C:\inetpub\mascot>perl –v

This is perl, v5.8.8 built for MSWin32-x86-multi-thread(with 50 registered patches, see perl -V for more detail)

Copyright 1987-2006, Larry Wall

Binary build 820 [274739] provided by ActiveState http://www.ActiveState.com
Built Jan 23 2007 15:57:46

Perl may be copied only under the terms of either the Artistic License or theGNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.

Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found on
this system using "man perl" or "perldoc perl". If you have access to theInternet, point your browser at http://www.perl.org/, the Perl Home Page.

6.

MASCOT Server のアップグレード

MASCOT Server version 2.２へのアップグレードは 1０分程度で終了します。Swiss-Prot 配列デー
タベースのインストールを選択した場合は、そのセットアップ（FASTA ファイルからの情報抽出・分割および圧縮）に 1０分程度必要になりますので、アップグレード開始から２０分程度で MASCOT 検索を実行できるようになります。

インストールCDにある “SETUP.EXE” をダブルクリックしてください。次のダイアログとともにインストールが始まります。

[Next]ボタンを押してください。End-User LicenceAgreementが表示されます。

①

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 5

内容に問題がないようでしたら“I accept the terms inthe Licence Agreement”を選択し、[Next]ボタンを押してください。ライセンスファイルを指定するための画面が表示されます。

②[Browse]ボタンを押してください。ライセンスファイルを指定するためのファイルブラウザが表示されます。

③
ライセンスファイル（mascot.license）
を指定し、[開く]ボタンを押してください。
ライセンスファイルは通常、
C:\inetpub\MASCOT\configフォルダにあります。

④
ライセンスの内容を確認し、[Next]ボタンを押してください。Webサーバの設定およびSwiss-Prot配列データベースのインストール設定画面が表示されます。

⑤

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 6

既存のSwiss-Prot配列データベース利用環境をそのまま残すために[SwissProt 51.6]をクリックしてください。プルダウンメニューが表示されます（詳細については、８頁の「Swiss-Prot配列データベースに関する注意事項」を参照してください）。

⑥
表示されたプルダウンメニューから[× Entire featurewill be unavailable]を選択してください。次のような画面になります。

⑦[Next]ボタンを押してください。Webサイト情報を設定するための画面が表示されます。

⑧
既存のバージョンが問題なく動作している場合はこのま
ま[Next]ボタンを押してください。インストール開始画面が表示されます。

⑨

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 7

なお、MASCOT Clusterシステムの場合は “Cluster Configuration”の画面が表示されますので、既存のバージョンが問題なく動作している場合はそのまま[Next]ボタンを押してください。インストール
開始画面が表示されます。

[Install]ボタンを押してください。アップグレードが始まり、進捗状況を示す画面が表示されます。

⑩
PCの性能にもよりますが、5～10分程度でアップグレードが終了します。

⑪[Finish]ボタンを押し、アップグレードを終了ください。

⑫

アップグレードが終了すると、ブラウザが起動し、自動的に MASCOT search status page 画面が表示されます。もし表示されない場合は、ブラウザを起動し、アドレス欄に、

http://ホスト名/MASCOT/x-cgi/ms-status.exe

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 8を入力してください。
MASCOT search status page 画面に表示されている各配列データベースの Status 行が In use になった時点で MASCOT 検索を実行することができます。

7.

動作確認

適当な質量データファイルを使ってMASCOT検索を実行し、検索結果が正しく表示されることを確認してください。

８.

Swiss-Prot 配列データベースに関する注意事項

デフォルトによるアップグレード（６頁の「6. MASCOT Serverのアップグレード」の⑥のところでそのまま[Next]ボタンを押す）では、すでにインストールされているSwiss-Prot配列データベースとは別に、インストールCDに含まれているリリース51.6のSwiss-Prot配列データベースが追加インストールされます。
なお、アップグレードする前の段階で、配列データベース名としてSprotではなくSwissProtを使用している場合は、デフォルトのアップグレードによってリリース51.6のSwiss-Prot配列データベースはインストールされません。

Swiss-Prot配列データベースの構成条件
２つのSwiss-Pro配列データベースの構成条件には次のような違いがあります。

構成条件

既存追加（v2.2）

配列データベース名

Sprot

SwissProt

関連ファイル格納フォルダ名$Home\Sprot\current$Home\SwissProt\current

関連ファイル名Sprot_*.fasta/dat/nam

SwissProt_*.fasta/dat/nam

注：$Homeはインストールのルートフォルダ（デフォルトではC:\inetpub\MASCOT\sequence）

これら２つのSwiss-Prot配列データベースは異なる名称（SprotとSwissProt）でMASCOT Serverに管理されており、MASCOT search status pageでは次のように表示されます。

Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 9

配列データベースを無効にする方法
たとえばSwissProtを無効にするには、Mascot Database Maintenance画面（トップページの[Configuration Editor]リンク → [Database Maintenance]リンク）の[Select]からSwissProtを選択した後、[Inactive]ラジオボタンチェックし、[APPLY]ボタンを押してください。変更はMASCOTServerの再起動後に有効になります（[スタート]→[すべてのプログラム]→[Mascot]→[config]→[Stop Mascot service]を実行した後、[スタート]→[すべてのプログラム]→[Mascot]→[config]→[Start Mascot service]を実行してください）。

アップグレード前の検索結果の表示
MASCOT Serverは配列データベース名（たとえばSprot）を参照してタンパク質の詳細情報等を取得し、Webページとして表示しますので、Sprotを無効にした状態で、Sprotを使用したMASCOT検索結果のタンパク質情報等（Protein ViewやPeptide View）を表示することはできません（エラーとなります）。

更新スクリプト
配列データベース更新スクリプトである、
C:\inetpub\MASCOT\bin\db_update.pl
は、SprotおよびSwissProtの構成条件に対応していますので、タスクスケジューラの設定などは変更せずにそのまま使用することができます。
以上Mascot Server version 2.2 アップグレード手順 10

何かお困りのことがありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。

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