最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

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最初にお読みください
Mascot Server version 2.3 for Windows Release Notes
Mascot Server version 2.3 の新規インストールあるいはアップグレードを行う前に、この書類の3頁にある「Windows OSの各バージョンに対応する注意点」をお読みください。

Mascot Server version 2.3 の新規インストール
新規インストール手順は、「インストールDVD\mskk\Mascot_Server_v2.3_新規インストール手順.pdf」をご覧ください。また「Installation and Setup」マニュアル（「インストールDVD\manual.pdf」）の[Chapter3]も併せてご覧ください。

Mascot Server version 2.3 へのアップグレード
前 のバ ージ ョン の Mascot Server を version 2.3 に アッ プグ レー ドす る 手 順は、「 イン スト ール
DVD\mskk\Mascot_Server_v2.3_アップグレード手順.pdf」をご覧ください。また「Installation and Setup」
マニュアル（「インストールDVD\manual.pdf」）の[Chapter 3]も併せてご覧ください。

新規サポート機能
1. 検索条件設定画面
Modificationの選択・表示方法を変更し、より操作しやすい画面構成にしました。

2. Protein Family Summary 表示モード
検索結果をひとつのページに表示する、「Protein Family Summary」表示モードをサポートしました。
クライアントPCの搭載メモリやブラウザの表示可能情報量に関係なく、大規模な検索結果もスピーディに表示させることができます。また、階層的クラスタリングを利用してタンパク質をグルーピングし、デン
ドログラム（系統樹）として表示します。

3. Percolator
ワシントン大学で開発されたプログラム「Percolator」をサポートしました。機械学習（Machinelearning）によってペプチドのランクを再評価し、与えられた False Discovery Rate（FDR）に対する感度（Positive補足率）を改善することができます。

4. 複数の配列DBに対する同時検索
複数の配列DBを選択して、それらを同時に検索することができます。ケラチンやトリプシンなどのコンタミで構成される配列DBを同時に検索することができますので、単一の生物種に対して検索する場合などに利用すると効果的です。

5. その他
・Export search resultsの出力フォーマットとして「mzIdentML」をサポートしました。
・Mascot Daemon：Quantitationのバッチモードをサポートしました。
・mzXML形式のピークリストファイルをサポートしました。
・64ビット実行ファイルをサポートしました。

バージョン 2.2.02 からの変更点
7 頁 に バ ー ジ ョ ン 2.2.02 か ら の 変 更 点 を ま と め ま し た 。 な お 、 最 新 の 変 更 点 に 関 し て は 、「http://www.matrixscience.com/mascot_support.html#2.3」をご覧ください。

最新の追加情報
2頁をご覧ください。

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2-----------------------

最新の追加情報----------------------・

Mascot Server に関連して動作するサードパーティのプログラムの中にはヘルパースクリプトを必要とするものがあります。Mascot Server のセキュリティ機能が動作している状態では、これらのヘルパープ
ログラムがセキュリティホールになる可能性があります。

・Microsoft Internet Explorer 8 で使われているファイルアップロードコントロールはテキストのペー
スト機能をサポートしていません。これにより、Mascot 検索条件設定画面と連動するサードパーティのプ
ログラム動作に不具合が生じることがあります。プログラムを修正するか、Internet Explorer 7 あるいは 6 にダウングレードすることで回避できることがあります。

・Windows Vista 以降の環境では、[コントロールパネル]→[プログラムと機能]を利用して、インストー
ル済みの Mascot Server を「変更」または「修復」することができません。改めて、セットアッププログ
ラム（setup32.exeまたはsetup64.exe）を実行してください。

・Mascot Server をクリーンインストールする場合、Windowsインストーラは最も空きスペースが大きいパーティションをンストール・パーティションとして選択します。デフォルトのインストール・パーティションはCドライブとは限りませんので注意してください。

・nph-mascot1.exe は「Mascot TD」の実行ファイルです（「Big Mascot」の名称を「Mascot TD（Top Down）」に変更しました）。プリカーサ質量に対する検索制限を 16kDa から 110kDa に拡張しています。詳しくは、
http://www.matrixscience.com/help/top_down_help.html
をご覧ください。なお、Mascot TD は別途ライセンスが必要です。

・Microsoft Internet Explorer 6 は Protein Family Summary Report の表示速度が遅いため、可能であれば他のブラウザをお使いください。サポートしているブラウザについては、
http://www.matrixscience.com/help/browser_help.html
をご覧ください。

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3--------------------------------------------------------

Windows OS の各バージョンに対応する注意点--------------------------------------------------------

Windows 2000
サービスパック
SP4 をインストールしてください。

Windows installer
Windows installer 3 が必要です。Windows installer 2 の下で Mascot Server インストールプログ
ラムを実行した場合は Windows installer 3 にアップグレードするように促すダイアログが表示されますので、「http://support.microsoft.com/?kbid=893803」ページからダウンロードしてください。

Windows XP Professional
サービスパック
最新のサービスパックをインストールしてください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアントPCから Mascot Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サーバ（HTTP）に対応するポート（通常は80番ポート）を開いてください。

Windows XP Professional x64 Edition
サービスパック
最新のサービスパックをインストールしてください。

IIS 6.0
ブラウザから Mascot 検索を実行し、Mascot 検索が終了する前に Mascot Server との接続が切断された場合は、その時点で Mascot 検索も強制的に終了させられるという不具合が判明していますが、今のところ回避方法はありません。なお、Apache 2.x ではこのような現象はありません。
IIS 6.0 は不明な MIME タイプを持つファイルを処理しません。また、XML スキーマドキュメントはデフォルトの MIME タイプリストには含まれていません。MIME タイプリストに *.XSD を追加する方法はMicrosoft Knowledge Base の文書番号 Q326965 を参照してください。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;326965

Mascot Server インストールプログラム
setup64.exe を実行してください（setup32.exe は32ビット用です）。
Mascot Cluster を構成するノードPCは32ビット版と64ビット版を混在させることはできません。どちらかに統一してください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアント PC から Mascot Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サー
バ（HTTP）に対応するポート（通常は80番ポート）を開いてください。
Mascot Cluster を構成するノードPCに対するWindowsファイアウォールの設定は「Installation and
Setup」マニュアルの11章をご覧ください。

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Windows Server 2003
3頁の「Windows XP Professional x64 Edition」と同様です。

Windows VistaIIS 7.0
IIS 7.0 をインストールした後、Mascot Server の CGI アプリケーションを動作させるために、[コントロールパネル]→[プログラムと機能]→[Windowsの機能の有効化または無効化]を選択し、次の図に示す
項目をチェックしてください。

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ApacheIIS 7.0 の代わりに Apache 2.2.4 を使うこともできます（2.2.4 以前のバージョンではテストしていません）。次の手順でインストールを進めてください。
1. IIS をインストールしないでください。
2. 管理者（Administrator）でログオンし、全てのインストールを実行してください。管理者権限を持ったユーザではインストールすることができません（注：管理者権限を持ったユーザでインストールを進める場合は、コマンドプロンプト（[スタート]→[すべてのプログラム]→[アクセサリ]）を右クリックし、[管理者として実行]を選択してください。コマンドプロンプトのウインドウが開きますので、ウインドウのタイトルバーに「管理者：コマンドプロンプト」が表示されていることを確認してくだ
さい。コマンドプロンプトからインストールプログラム名を直接入力し、インストールを進めてください）。
3. http://httpd.apache.org/download.cgi から最新の Apache MSI インストーラをダウンロードし、全てデフォルト設定のままでインストールしてください。インストールの最後の段階で、Windows ファ
イアウォールによるダイアログが出現しますので、80 番ポートに対するブロックを許可してください。
また、エラーメッセージが出力される場合がありますが、インストールプログラムが Apache を起動できないためのエラーですので、無視してください。
4. Mascot Server のインストールDVDに含まれる ActiveState Perl を全てデフォルト設定のままでインストールしてください。
5. Mascot Server をインストールしてください。
6. 「C:\inetpub\Mascot\config\httpd.conf」の内容をコピーし、Apache の設定ファイル「C:\Program
Files\Apache Software Fundation\Apache2.2\conf\httpd.conf」の最後にペーストし、保存してください。
7. 「C:\Program Files\Apache Software Fundation\Apache2.2\bin\ApacheMonitor.exe」ファイルを右クリックし、プロパティを選択してください。[互換性]タブの[互換モードでこのプログラムを実行する]をチェックし、リストから[Windows XP (Service Pack 2)]を選択し、[OK]ボタンを押してください。
8. Windows Vista を再起動してください。

Windows Vista x64 Edition
Mascot Server インストールプログラム
setup64.exe を実行してください（setup32.exeは32ビット版用です）。
Mascot Cluster を構成するノードPCは32ビット版と64ビット版を混在させることはできません。どちらかに統一してください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアント PC から Mascot Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サー
バ（HTTP）に対応するポート（通常は 80 番ポート）を開いてください。
Mascot Cluster を構成するノードPCに対するWindowsファイアウォールの設定は「Installation and
Setup」マニュアルの11章をご覧ください。

Windows Server 2008
サービスパック
最新のサービスパックをインストールしてください。

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6

IIS 7.0, 7.5[コントロールパネル]→[Windowsの機能の有効化または無効化]→[サーバマネージャ]→[ロールの追加]を選択し、4頁の「Windows Vista/IIS 7.0」と同様に設定してください。
ブラウザから Mascot 検索を実行し、Mascot 検索が終了する前に Mascot Server との接続が切断された場合は、その時点で Mascot 検索も強制的に終了させられるという不具合が判明していますが、今のところ回避方法はありません。なお、Apache 2.x ではこのような現象はありません。

Mascot Server インストールプログラム
64ビット版に対しては setup64.exe を実行してください（setup32.exe は32ビット版用です）。
Mascot Cluster を構成するノードPCは32ビット版と64ビット版を混在させることはできません。どちらかに統一してください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアント PC から Mascot Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サー
バ（HTTP）に対応するポート（通常は 80 番ポート）を開いてください。
Mascot Clusterを構成するノードPCに対するWindowsファイアウォールの設定は「Installation and
Setup」マニュアルの11章をご覧ください。

Windows 7
IIS 7.5[コントロールパネル]から[Windowsの機能の有効化または無効化]を開き、4頁の「Windows Vista/IIS7.0」と同様に設定してください。
ブラウザから Mascot 検索を実行し、Mascot 検索が終了する前に Mascot Server との接続が切断された場合は、その時点で Mascot 検索も強制的に終了させられるという不具合が判明していますが、今のところ回避方法はありません。なお、Apache 2.x ではこのような現象はありません。

Mascot Server インストールプログラム
64ビット版に対しては setup64.exe を実行してください（setup32.exe は32ビット版用です）。
Mascot Cluster を構成するノードPCは32ビット版と64ビット版を混在させることはできません。どちらかに統一してください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアント PC から Mascot Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サー
バ（HTTP）に対応するポート（通常は 80 番ポート）を開いてください。
Mascot Cluster を構成するノードPCに対するWindows
ファイアウォールの設定は「Installation and Setup」
マニュアルの11章に記載してある操作手順とは若干異なります。各ノードPCに対して次の設定を行ってください。
1. 管理者権限を持つユーザでログオンしてください。
2. [コントロールパネル]→[ネットワークと共有センター]を開き、[アクティブなネットワークの表示]欄が「社内ネットワーク」になっていることを確認してください。
「パブリックネットワーク」になっている場合はそのリンクをクリックして変更してください。

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3. [共有の詳細設定の変更]をクリックし、「ファイルとプリンターの共有を有効にする」が選択されていることを確認しくてくださｋ。
4. [Windows ファイアウォール]→[詳細設定]→[受信の規則]→[新しい規則]をクリックし、[新規の受信の規則ウイザード]を開いてください。[ポート]を選択→[次へ]ボタン→[TCP]選択→[特定のローカル
ポート]選択し「5001」を入力→[次へ]ボタン→[接続を許可する]を選択→[次へ]→[ドメイン]と[パブリック]のチェックを外す→[次へ]→[名前]欄に「MascotNode5001」を入力→[完了]ボタンの順に操作をす
すめ、[受信の規則]欄に「MascotNode5001」が追加されたことを確認してください。

最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）------------------------------------------

バージョン 2.2.02 からの変更点-----------------------------------------次の表ならびに http://www.matrixscience.com/mascot_support.html#2.3 をご覧ください。
ID

Title

203

Support multiple Fasta databases

599

Installation - service name missing under Windows 2000

781

Delete a database from mascot.dat, still shows up in Database Status1108

ignore_ions not working properly

1754

Non-linear progress reports in error tolerant search of large data set

1765

New installation program required

1792

Spurious M00251 messages. Warning : Taxonomy 'Viruses' ignored.

1834

Some URL's in Entrez reports in Protein View are relative

1883

Daemon check for Analyst 1.x is not correct

2062

Master results needs to display flag for unique vs shared

2136

Select summary (unassigned) has check boxes but no repeat search button.

2191

Add /LARGEADDRESSAWARE flag for Windows

2196

Crash when .dat or taxonomy file being updated on server when search starts

2209

New functions for client.pl

2233

Installer fails to set permissions adequately

2236

mzData ignores spectra with precursorList count > 1

2246

ms-getseq.exe and ms-gettaxonomy.exe not working for guest user

2338

Accession numbers should not be displayed in the status bar.

2341

Modifications on search form should use single master list

2378

Reference file entry not completely retrieved for first seq in SwissProt using AC
rather than ID

2382

Changes to not.mascot.dat for Windows installer

2393

Support for QUERYLIST to enable repeat search from Select summary

2433

ET search or search with accessions on NA db is wrong

2434

peptide match parameter discrepancies for multiple NLs

2438

Reproducible crash in CMassComponent::makeQueryArray

2441

RDBI Daemon parameter fails to clear decoy/error tolerant

2442

DNA modifications are not output in Peptide Summary

2443

progress report is slightly wrong for NA searches with FRAMES2445

nph-daemon_helper.pl missing from shipper (required by GPS Explorer)

2447

Confusing error message from Daemon with security and Integra user2448

get_params.pl fails with Integra system user when security is enabled on Linux

2449

Modifications from hidden list not escaped in search form

8

最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

ID

Title

2454

mod_file should be re-written if a user edits it

2455

Changes requested to modifications configuration editor

2457

Installer fails if IIS web site is bound to a specific interface or URL contains
an IP address

2458

Installer needs to set permissions on unimod.xml and quantitation.xml

2464

Add the fixed mod delta to the XML export

2465

Mascot Daemon 2.2 no longer works with IIS integrated authentication

2466

Need to leak bytes in additional place for quant reports

2467

ms-monitor fails when shutting down under Windows with ms-lockmem enabled

2470

Support higher charge states (current limit 8+)2471

PMF performance improvements

2472

Multiple instances of too many ions error in mzData causes nph-mascot.exe to crash

2473

Cannot have space in lcq_dta.exe path name in Daemon

2475

Quant. Want option to require modified residue to be present.

2476

Mascot is ignoring mzData retention time information

2477

Local modification being used in the wrong spectra?

2478

Perl scripts ouputting http headers with charset=ISO-8859-1

2479

Invalid etags can get matches

2481

Error tolerant search: discrepancies between Peptide Summary and Peptide View

2482

performance improvements for etag searches

2483

In reports, modifications could be hyperlinked to the Unimod entry

2484

Export help not clear

2485

getseq.pl takes a sessionID parameter, but doesn't pass it on to ms-getseq.exe

2486

Kludge modification names for GPS

2487

Add proper support for Vista

2488

Installer needs to configure IIS 6 to allow cgi and x-cgi

2489

The Mascot paths in the registry now have a trailing slash.

2490

Installer needs to install new config file called mod_aliases

2491

Configuration Editor bugs roll-up

2492

Mascot Security issue with ms-getseq.exe. Change to getseq.pl

2494

Daemon fails to report all Distiller errors

2496

SwissProt taxonomy is partly broken...

2497

NA searches sometimes crash while writing results file2498

Missing graphs - improve error reporting in scripts

2502

nph-mascot.exe opens all compressed files on node. Should only open required ones?

9最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

ID

Title

2503

emPAI documentation updates

2505

Add button to display all matches in Peptide View

2506

URL arguments for quant formatting not being passed to export script

2507

Daemon drag and drop to repeat a search problems

2510

Search crash after failing to lock with ms-lockmem

2511

MS/MS search speed improvements

2512

primary_nl string confused if two matches have identical score

2515

Cannot remove multiple privileges with single click in security admin2516

Add raw result file to export list

2518

Daemon should not halt a task if Distiller produces multiple peak lists

2519

State of hide error tolerant checkbox not passed to protein view

2520

Protein view and enzymes created by config editor are incompatible

2522

Increase range of charge states available in lcq_dta_shell

2524

Intermittent crash with integrated ET mode

2529

Table of matches at bottom of peptide view doesn't always agree with master results

2530

Scripts and parser had different upper limit on significance threshold

2533

ms-makesearchlog.exe crashes when corrupt result files encountered

2534

Create windows installer patch package

2535

Daemon external process parameter "<resultfilepath>" doesn't return a full pathlike the help says.

2536

automatic BIG mascot mode

2538

Intermediate file name is missing or empty. [M00398] - misleading error message.

2539

Command string for Daemon external processes is truncated unnecessarily at 255
characters

2540

If ITOL not set Mascot will search anyway

2541

If heavy or light isotope not found in Unimod, error messages are unclear

2542

Master results slow after fix for 2529

2543

Legacy upgrade doesn't remove old ARP entry

2544

High PMF score for single large protein with no enzyme (crazy search)

2550

Isotope correction for multiplex quantitation not implemented correctly

2559

Decoy stats shouldn't be displayed in protein summary for mixed ms and ms-ms

2561

Configuration editor limits number of residues in cleave and restrict fields to
10.Limit should be 20

2562

Protein View fails for hit in peptide summary with a protein score below threshold

2563

Spurious error message: Error [M00267 - Job -1 - X00875:ms_fileutil] - Failed tolock
file

2564

Zero length fasta file causes ms-monitor.exe to crash10最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

ID

Title

2566

Specific case where sequence tag fails

2567

ms-searchcontrol.exe should not output warnings if they will confuse client

2568

quantitation normalisation not consistent with help

2569

Quantitation not reporting protein ratio when there is a single peptide ratio

2571

Daemon should automatically remove MGF header lines when merging files

2572

Database maintenance corrupts extended characters which can lead to
SetEntriesInAcl errors

2573

Swapping database with SeparateLockMem=1 and /3GB /PAE

2574

Update Daemon help re connection strings for SQL Server

2575

Add security to client.pl

2578

ms-gettaxonomy.exe fails if you request a tax id of -5 or lower

2580

Small memory leaks

2581

minor ms/ms scoring bugs (no visible symtoms)

2582

Need paged report for very large result files

2584

Decoy search on cluster only performs decoy part on first node2589

ms-review - outputs invalid html if there is no searches.log file2595

User parameters not HTML escaped during report generation

2597

No reason why tolerance needs to be set wide for multiplex quantitation

2598

Changing the case of a database name causes problems in Windows

2601

Supply a (sample) contaminants database

2602

Increase limit for number of databases to 256

2605

Improved reporting of protein hit

2609

PMF Mixture false positive

2612

Crash with large mod and very large peptide

2613

negative modification deltas with BIG mascot are output to result file as huge
numbers

2616

Over-merging peptide matches when delta is the same

2618

Charge state in result different from input file2619

Incorrect delta mass written to result file when fixed and variable apply to terminus

2620

Should probably include merged.dmp in mascot.dat (and supply it) to reduce M00384
warnings.

2622

Order of etag-results and of pmf queries is variable in result file2623

Results slow to load in a browser because javascript var lines too long / large

2626

Protein view gives: "Fatal error no source defined" when database name contains
parentheses

2629

Rare crash on Windows cluster. No message in error log files

2631

Progress reports for ET search inaccurate11最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

ID

Title

2632

Upgrade projects to VS2005

2633

No point having sort unassigned control in a (protein) select summary

2635

Uniref100 help page needs updating

2637

Daemon failing to post correctly to https (ssl enabled) Mascot server2639

Add support and doco for new MGF field "RAWSCANS".

2644

ProteinsInResultsFile set to 2 doesn't include rank 2 peptides with score sameasrank 1

2646

Protein view: Fatal Error protein sequence has changed since the search wasperformed
when there are base substitution in an error tolerant search

2647

Add support for UltraSPARC T1 and T2, and IV+ processors

2648

Minor CSV format changes for export script

2650

Mascot Daemon crash if number of formats supported by Distiller is reduced (e.g.
uninstall Agilent MassHunter support)

2659

Don't use peptide length limit in error tolerant search

2662

Configuration Editor should use the system locale

2663

Crash with multiple subclusters

2664

PKL files with charge as float breaks Daemon merge

2666

Quantitation method can not be found [M00473] when there are strings containing
multiple consecutive spaces in name.

2668

protein_view.pl should take enzyme definition from the results file2669

BIG mascot mode has a few problems

2670

Error M00248 - Invalid taxonomy name class (authority |) and (unpublished name |)2671

new version Uniprot SwissProt 56 has changed format for fasta

2673

Spurious 'Too many modifications'

2674

Need to change certain text labels in ms_config Instruments section

2675

small databases with mutliple threads are not iterated properly

2676

Daemon follow up loses track of Distiller project after first follow up

2678

Illegal division by zero at ./quant_subs.pl line 3653

2679

Cannot have same modification appearing in more than one component in quantitation
method2680

ms-config crashes on empty environment

2681

Crash when writing to ipc.log, or rarely other log files. The ctime function is
not thread safe

2683

Inconsistent report of quant method mods at the bottom of peptide summary.

2685

Mascot Integra Daemon not starting tasks with a long parameterset name2686

If two local definitions in a quantitation method, second is ignored

2688

Change minimum ms-ms fragment tolerance in search form so that users don''t haveto switch units to mmu

message for quantitation method12最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

ID

Title

2689

Parser functions requiring a string must not be passed a perl number

2692

implement mzML input data format

2693

More problems with large variable mods

2694

Can't lock both SwissProt and NCBInr on Server 2003 (x64) cluster

2696

Selecting Merge MS/MS into single search and Distiller peak list format mzDatagives
error

2697

Crash with average quantitation protocol and no variable mods.

2699

pass spectrumID as SCANS in mzData

2701

Masses in help page are out of date

2702

Daemon fatal error with myODBC 5.1.5

2705

Need documentation for different neutral loss types somewhere2706

index.html on databases DVD needs updating for 64 bit windows2707

lcq_dta_shell.pl still using 1.008 for proton mass

2709

Change Daemon to have default Min. Scans / Group of 1 for lcq_dta.exe

2711

Crash on public web site with multiple very large modifications (glycosylations)

2717

Export with show_queries=1 or query_master=1 will run out of memory on large result
file

2719

Some very short peptides with very low scores missed in multi-threaded search

2720

taxonomy ignored warning is reported twice

2721

Support IPv6 in the search log

2723

Search of Trembl crashes before it can even get started when "constrain search"is true.
Crash with ETD-CID Instrument

2725

Configuration Editor allows duplicate values for report_ratio name2726

Select summary should not collapse matches for different charge states

2733

Database maintenance doesn't set number of threads correctly in some cases

2735

ms-ms mzData file fails with out of memory if first spectrum is ms with 8000peaks

2738

Add support for Distiller quantitation into Daemon so as to enable batch automation

2740

Add charge states "2+, 3+, and 4+" to search form for ETD

2741

In Daemon, support MDRO IPeakListFormatOptions4 functions

2742

mascot.dll memory leak has become unacceptable. Add work-around to Daemon

2743

Add a security task that set a separate query limit for no enzyme searches

2744

Test search fails when there are multiple sub-clusters

2745

Daemon should provide proper UI for web authentication username and password

2746

semi-specific enzyme or ET search on NA databases doesn't properly count number
of Xs

2722

13

最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

ID

Title

2748

Failure to read .stats file doesn't report an error

2751

Error M00251 - taxonomy indexes ignored when searching SwissProt with large numberof threads.

2752

homology thresholds can differ in cluster and standalone mode or withdifferentchunks

2753

Mass of electron not considered when reading from dta files.

2754

discrepancies in mod deltas as output to dat-file2757

Update Configuration Editor to support quantitation_2.xsd

2760

quant_subs.pl crashes when normalisation either average or median and somepeptide
matches have no ratios

2761

Integrate Mascot Percolator

2763

Add support for analysisXML (now called mzIdentML)

2764

Export script fails to include error tolerant matches in pepXML

2766

Update IPI help pages

2767

Allowed p value for significance threshold should be 1E-18 < p < 1

2768

iTRAQ reporter ion masses don't allow for loss of electron

2769

Mascot Daemon Parameter editor needs to allow multiple fasta

2770

ms-monitor checks far too frequently for fasta file changes

2771

If a set of values is identical, should report SD(geo) as 1.0, not NN

2778

Add MALDI-ISD option to Instruments file2780

Daemon needs heartbeat function for Integra

2784

Add copy and paste for command line to export script

2785

If file path and name are too long Daemon can not open the data file

2786

Mascot Daemon hyperlink to Protein Family Summary for large MS/MS

2790

Peptide view not listing fixed mods specified in quant method

2791

Config editor hangs when deleting quant ratios

2793

Save an index into the mgf/pkl/dta file for mzIdentML export

2797

Update test search and change template name to do_not_delete.asc

2799

Duplicate fasta filenames in different paths cause confusion

2804

Update multiplex to handle isobaric peptides (IPTL)

2805

Taxonomy entry with apostrophe breaks search form cookies

2814

Speed up for mzIdentML exporter when creating fragment ions2815

Fragment masses wrong when ET mod applies to fixed mod site2823

If IgnoreIonsScoreBelow is not zero in mascot.dat, cannot set to zero in form

2824

ms-monitor.exe crash when multiple threads write to monitor.log at same time14

最初にお読みください（Mascot Server version 2.3 (2.3.02) Windows 版）

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