マトリックスサイエンス社 取扱製品
総合カタログマトリックスサイエンス株式会社では、質量分析データからプロテオーム解析を行う際にご利用頂くソフトウェアを取り扱っています。

[取り扱い製品] ・ DDA プロテオミクス
イギリス・マトリックスサイエンス社 製品
製品名

製品の目的

ご紹介ページ

MASCOT Server

タンパク質/ペプチド配列 同定

3

MASCOT Daemon

Server の自動検索補助

8

MASCOT Distiller

ピーク抽出、de novo sequencing、
定量解析

9

アメリカ・プロテオームソフトウェア社 製品
製品名

製品の目的

ご紹介ページ

Scaffold 5

MASCOT Server 結果まとめ

11

Scaffold Q+S

定量解析結果の拡張

13

Scaffold PTM

修飾ペプチド、修飾別の定量解析

15

Scaffold LFQより高レベルな結果まとめ

171[取り扱い製品] ・ DIA プロテオミクス
製品名

製品の目的

Scaffold DIA

DIA 定性/定量 解析

ご紹介ページ
19[取り扱い製品] ・ 低分子化合物の解析
製品名

製品の目的

Scaffold Elements

低分子化合物 定性/定量 解析

ご紹介ページ
21

WEB ページのご案内
マトリックスサイエンス株式会社 (日本法人)では取扱製品に関する以下の情報を掲載した
WEB ページを公開しています。
-

製品の内容

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ソフトウェアの最新情報-

ソフトウェアの最新バージョン-

ソフトウェアの使用方法に関する日本語マニュアル-

ソフトウェアに関するブログ記事 [毎月更新]-

ソフトウェアに関する Newsletter [毎月更新]-

弊社 連絡方法

是非以下 URL に直接アクセスをして頂くか、各種検索エンジンにて「マトリックスサイエンス」をキーワード検索して WEB ページにアクセスしてください。
https://www.matrixscience.co.jp

マトリックスサイエンス2

タンパク質同定ソフトウェア

Mascot Server
質量分析計で測定されたスペクトルデータをもとに、試料に含まれるタンパク質を同定するためのソフトウェアです[ 主な特徴・機能 ]■ Web アプリケーション■ 確率的なスコアリングアルゴリズムにより蛋白質・ペプチドを同定■ ３つの検索モード（PMF、SQ、MIS）をサポート■ 検索時の参照データベース : アミノ酸配列、塩基配列、ピークリストライブラリ■ 各社質量分析装置のデータに対応■ MS/MS データ数(クエリー数) に上限なし、大規模な実験データも検索可能■ 単一 CPU、複数の CPU、複数台のコンピューターシステム （Server Cluster）等、様々なシステムに対応可能。柔軟なスケーラビリティー■ 検索を自動化するためのクライアントソフトウェア Daemon を標準バンドル(無料)■ 様々な定量解析法に対応 （iTRAQ、emPAI、ICAT、SILAC、18O など）■ 実 在 デ ー タ ベ ー ス に 対 応 す る Decoy デ ー タ ベ ー ス の 自 動 生 成 お よ び 同 時 検 索 、
peptide/protein FDR (False Discovery Rate) の表示■ クロスリンク結合または共有結合したペプチドの検索■ 13C、13C2 ピークを考慮した検索■ 一度目の検索で同定基準を超える蛋白質について、追加修飾やアミノ酸置換を考慮する等探索空間を広げた検索[Error Tolerant search]■ 検索結果のファイル出力（XML、CSV）■ 配列データベースの自動更新■ 修飾・切断パターンなど各種設定のカスタマイズ■ ユーザー管理機能3

検索パラメーター入力画面

WEB アプリケーションなので、ブラウザー・Mascot Daemon・質量分析装置メーカー付属のソフトウェア など様々なアプリ経由で MASCOT Server を利用可能です。
検索条件として、検索対象のデータベース、生物種、ペプチド切断パターン、修飾、誤差範囲などを指定します。

検索対象のデータベース

生物種

修飾

誤差範囲

4

結果画面

検索されたピークデータと候補となるペプチド配列の理論ピークとのマッチングを統計的アルゴリズムで評価しペプチドを同定します。また同定ペプチドのタンパク質への帰属情報をもとに同定タンパク質をリストアップしユーザーに提示します。

結果ファイルの出力

Query 数

同定タンパク質数

同定タンパク質5

FDR

検索エンジンの評価とは別に検索結果を統計的な検証によって裏付けする事が求められる
場合、FDR のオプションを使用する事ができます。

検索時に FDR の数値を指定する事が出来ます

FDR の数値やカウントの対象を切り替える事が出来ます

FDR の数値が表示されます

クロスリンクペプチド検索

ペプチド同士がリンカー化合物や共有結合で繋がったスペクトルデータの解析が可能です。

検 索 前 に リ ン カ ー や ター ゲッ ト となるタンパク質を設定し、検索時にパラメーターとして指定します

検索後、ペプチド間でどのように結合しているのかが表示されます。また検索結果をxiVIEW で閲覧可能なフォーマットでファイル出力する事ができます。

6

Cluster システム

複数のコンピューターによる並列処理を行い、検索速度を向上させる事ができます。ファイルサイズが非常に大きなデータの検索や、検索空間が非常に広がるようなパラメーター設定の検索(大きなデータベース、非特異的な切断パターン考慮、crosslink
ペ プ チ ド 検 索 、 Error tolerant Search な ど ) を 行 う 際 に有効です。
＊ MASCOT Server はライセンス数に応じて稼働可能な CPU コア数が決まっています。より多くのCPU コアを稼働させるには、その数に対応したライセンス数をご購入いただく必要があります。

カスタマイズ可能な項目

対応している主な質量分析装置

mgf, mzML といった各社で採用され出力可能なファイルフォーマットのファイルを MASCOT で読み込む事ができます。

製品版 MASCOT では、以下の内容をカスタマイズして検索可能です。
・ データベース [Databases]
・ 生物種[対応メーカー例][Taxonomy]

・ AB Sciex

・ 切断パターン [Enzyme]

・ Agilent

・ 定量解析設定 [Quantitation]

・ Bruker・ クロスリンクペプチド [Crosslinking]・ 修飾・ JEOL

[Modification]・ フラグメンテーションパターン [Instrument]

・ Shimadzu
・ Thermofisher Scientific・ Waters

インストールするコンピューターの推奨スペック

OS

メモリ

: Windows 11/10 [Pro 推奨], Windows 2016/2019/ 2022 Server
または Linux* ともに 64bit 版。詳細はお問い合わせください。

: ６４ GB 以上(使用環境によってはより小さなサイズでも使用可能です)ディスク : SSD 2TB 以上

7自動検索クライアント

Mascot Daemon
タンパク質同定プロセスを自動化するクライアントソフトウェアで、MASCOT Server に無償でバンドルされています[ 主な特徴・機能 ]■ バッチ処理モード、リアルタイムモニターモード、フォローアップモードなど様々なニーズに応じる
自動検索処理■ MASCOT Distiller やmsconvert といったraw データ変換プログラムとの連動による、raw データの自動検索■ 結果ファイル[CSV]の自動出力■ 検索管理ファイルのリレーショナルデータベース化(VistaDB, PostgreSQL, Oracle)

動作環境

OS: Windows 11/10 または Windows Server 2008 SP2 以降.NET framework 4.6

メモリ: 8 GB 以上

ディスク : 10 GB 以上

8ピーク抽出 & 定量解析

Mascot Distiller
質 量 分 析 計 シ ス テ ム か ら 作 成 さ れ た raw デ ー タ を 処 理 し てMASCOT 検索に最適なピークリストを作成します。また denovo
sequencing、定量解析など様々な処理を行います[ 主な特徴・機能 ]■ 各社 質量分析装置 raw データ形式及び mzXML, mzML を読み込み可能■ マルチプロセッサ又はマルチコア対応による高速処理■ 同位体クラスターピークへのフィッティングによる高精度なピーク抽出と電荷決定■ 価数情報を含めた m/z ピークリストファイルの作成■ 表示するタンパク質・ペプチドの基準をインタラクティブに変更可能■ MASCOT Daemon との連動により raw データを自動検索■ [Search Toolbox] MASCOT Server 検索結果と raw データの情報の中身との対応関係を可視化■ [Search Toolbox] denovo sequencing による参照データなしでの配列決定■ [Quantitation Toolbox] 定量解析 (SILAC, ICAT, Label-Free 定量など)
対応ファイルAB Sciex: Analyst (QStar, QTrap) 、Data Explorer (Voyager, 4700, 4800)

Bruker: Data/Flex Analysis (yep) (Esquire)、XMASS/XTOF (Reflex, Biflex, etc.)
Data/Flex Analysis (baf) (Apex, MicrOTOF)、TDF (timsTOF)

Shimadzu : Kompact (Axima) 、LCMSSolution (LCMS-IT-TOF)、mzML
Thermo： Xcalibur (LCQ, LTQ, Orbitrap)

Waters: MassLynx (QTof, M@ldi, TofSpec, Synapt)

その他: mzXML 2.0 and 2.1 (XML interchange format)
mzML 1.1
Text(XML interchange format)(ASCII mass and intensity values)

9denovo sequencing

モジュール構成

MASCOT Distiller はモジュール構成です。3 段階の構成から目的に応じてお選びいただきます- step1 : 基本 + Daemon- step2 : 基本 + Daemon + Search Toolbox- step3 : 基本 + Daemon + Search Toolbox+ Quantitation

定量解析SILAC, ICAT, Label-Free 定量など、Precursor ピーク強度を使った各種定量解析が実施可能です [Quantitation モジュールが必要となります]。

タンパク質の定量値(比)ペプチドの定量値(比)検出された Precursor ピーク,Fragment ピークに関する情報

インストールするコンピューターの推奨スペック

OS: Windows 11/10* 各社 raw データ読み込みに必要な関連プログラムを別途インストールしますメモリ: 32 GB 以上 （ラベルフリー定量計算を行う場合 64GB 以上）

ディスク : SSD, 100 GB 以上

10

タンパク質同定結果検証・整理 ソフトウェア

Scaffold 50

MASCOT など各種検索エンジンの検索結果を取り込み、結果をサンプル毎にまとめて表示したり、結果の検証に役立つアルゴリズムを適用したり、様々な生物学的情報の表示を行うソフトウェアです[ 主な特徴・機能 ]■ MASCOT など各種検索エンジンの結果を取り込み、サンプル間比較の表を作成■ X! Tandem/MSFragger でデータ取り込み時に追加の検索が実施可能■ データ取り込み時に独自の同定結果検証アルゴリズムを適用■ 表示するタンパク質・ペプチドの基準をインタラクティブに変更可能■ 同定タンパク質-同定ペプチドの関係性の確認やスペクトルデータの検証が容易■ ベン図を使ってサンプル間共通/サンプル独自 のタンパク質・ペプチドをリストアップ■ Gene Ontology 情報付与・表示■ Pathway データベースへのリンク■ 複数の Spectral Counting に対応。Precursor Intensity を利用した定量手法にも一部対応■ 論文の method 記述サポートと repository サイト投稿補助■ XLS フォーマットで結果内容を出力■ 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易に■ Scaffold Q+S[オプション]により、定量解析結果の取り込みと表示が可能
検索エンジンの結果取り込みとサンプル間の比較表作成 / Gene Ontology 情報付与・表示

同定タンパク質Gene Ontology

サンプル間比較11

表示するタンパク質・ペプチドの基準をインタラクティブに変更可能

ペ プ チ ド / タ ン パ ク 質 の FDR 、
アサインペプチド数でのフィルター

Pathway データベースへのリンク

Pathway 情報サイトへのリンク

スペクトルデータの検証スペクトルベースのマッチング確認

ベン図を使ってサンプル間共通/サンプル独自 のタンパク質・ペプチドをリストアップ

理論値ベースのマッチング確認

サポートする入力データ● MASCOT● Proteome Discoverer● MaxQuant● PLGS-Identity● mzIdentML で出力した検索結果(PEAKS, Protein Pilot など)
インストールするコンピューターの推奨スペック

OS : Mac (OS 10.9 以降), Windows 11/10, Linux (Ubuntu 12 以降, centOS 5.6 以降)
メモリ : 32GB 以上

ディスク : SSD (HDD と合わせて 1TB 以上)

12定量解析補助モジュール

Scaffold Q+S
0

iTRAQ, TMT, SILAC, Dimethyl,ラベルフリーなど各種定量解析
結果のファイルを受け取り、定量値の再計算や統計解析、グラフ表示を行う事ができる Scaffold 5 の拡張モジュールです[ 主な特徴・機能 ]■ 既存の定量解析ソフトウェアでは不足しがちな、実験データの定義や統計解析、グラフ表示機能を補います■ 各実験の関係性の定義と適した解析手法の案内: “Experimental Design Wizard”■ パラメトリック、ノンパラメトリックの各種統計解析が利用可能■ 修飾、p-value、 fold change でのタンパク質 並び替え/フィルターリング が可能■ タンパク質発現量のばらつきやデータの質を検証できる各種グラフ■ XLS フォーマットで結果内容を出力■ 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易に
定量データの表示

タンパク質のサンプル別の定量値を表示

Experimental Design Wizard

繰り返し実験などサンプルと定量値の種類を細かく定義可能
ソフトウェア側が定義内容に適した統計手法を案内

13

サポートする入力データ
MASCOT

Server,Spectrum Mill,MASCOT

Distiller,

Proteome

Discoverer,

MaxQuant,

Protein Pilot, など＊解析手法により取り込み可能なソフトウェアと取り込みが必要なファイルが異なります

タンパク質発現量のばらつきやデータの質を検証できる各種グラフ
定量値の分布を各種グラフで確認
Normalization の効果の検証

様々な統計解析手法をサポート
Calculation typeExperimentType

medianmean

Between-Mann Whitney test

T-Testsubjects

Kruskal-Wallis test

ANOVA

Repeated

Wilcoxon Signed-rank

Paired T-Test

MeasuresFriedmanrANOVA* 上記に加えて Permutation Test は常に実施可能[多重検定補正]・Benjamini-Hochberg correction(BH 法、最初の選択として推奨)

・Bonferroni Correction
・Holm Step-down
・Hochberg Step-up

14修飾解析ソフトウェア

Scaffold PTM
質量分析データの解析で難しい、修飾位置の特定を補助する各種アルゴリズムを搭載したソフトウェアです[ 主な特徴・機能 ]■ Ascore 拡張アルゴリズムを使った修飾部位の評価、確率の計算■ Motif 検索機能
■ 計算結果の確認が容易な各種グラフ表示■ Q+S と連動して、修飾部位の定量解析

Ascore 拡張アルゴリズムを使った修飾特定部位の評価、確率の計算

同定タンパク質毎に修飾に関する情報がまとめられる

Ascore[拡張アルゴリズム]の適用状況をチェック

15Motif 検索

修飾部位としてレポートされた箇所について Motif との比較

Q+S と連動し修飾部位の定量解析

Q+S のデータを受け取り、修飾部位別やペプチド別の定量値の比較を行う事が可能

インストールするコンピューターの推奨スペック
OS : Mac (OS 10.9 以降), Windows 11/10, Linux (Ubuntu 12 以降, centOS 5.6 以降)
メモリ : 32GB 以上

ディスク : SSD (HDD と合わせて 1TB 以上)

16データ横断的なプロテオーム解析ソフトウェア

Scaffold LFQ
Scaffold や 各 種 検 索 エ ン ジ ン の 解 析 結 果 を 取 り 込 み 、 デ ー タ
横断的な同定タンパク質の比較と定量解析を行うソフトウェアです[ 主な特徴・機能 ]■ Scaffold や各種検索エンジンの結果ファイルを取り込み、大量データを一度に表示■ Sequence coverage のサンプル別比較■ Gene Ontology 情報付与・表示■ 各実験の関係性定義と適した解析手法を案内 : “Experimental Design Wizard”■ 各種定量値 (spectral counting , precursor intensity) を使った統計解析とグラフ表示■ XLS フォーマットで結果内容を出力■ 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易に■

Scaffold や各種検索エンジンの結果ファイルを取り込み、大量データを一度に表示

同定タンパク質

GO 情報

複数のサンプルの結果（定量値などを表示）

Scaffold 単独では処理が大変な大量データの一括表示を行います。別々に解析した結果を並べて見る事が可能です。入力データとして Scaffold データのほか、MASCOT などの検索エンジンから出力された mzIdentML ファイルを利用することができます。

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Sequence Coverage サンプル別比較
サンプル別の Sequence coverage を、色を分けて表示できます

Gene Ontology に関する情報の表示

Experimental Design Wizard

GO 情報を数え上げた円グラフ

定量解析の際に利用する、各データの関係性を定 義 す る 事 が で き ま す。
定義内容に適した統計解析手法が選択できます。
GO 情報とタンパク質を繋いだ関係図

統計解析とグラフ表示
Spectral Counting や Precursor Intensity を使い、定義されたサンプルの関係をもとに定量値を算出します。
それらの数値から統計解析やグラフ表示を行う事ができます。

インストールするコンピューターの推奨スペック
OS : Mac (OS 10.9 以降), Windows 11/10, Linux (Ubuntu 12 以降, centOS 5.6 以降)
メモリ : 32GB 以上

ディスク : SSD (HDD と合わせて 1TB 以上)

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DIA プロテオミクス 定性 / 定量 解析ソフトウェア

Scaffold DIA
DIA プ ロ テ オ ー ム 解 析 に お い て 、 RAW デ ー タ 読 み 込 み か ら
定性・定量解析、統計解析とその結果表示までの一連作業を、すべて１つのソフトウェア上で行う事ができるソフトウェアです[ 主な特徴・機能 ]■ ４種類の検索対象に対応-

FASTA (配列データベース)-

DDA データ検索結果から作成されたピークリストライブラリ-

FASTA から計算された理論 ピーク/クロマトライブラリ-

DIA 検索結果から作成されたピーク/クロマトライブラリ■ Prosit プログラムとの強い連携。ライブラリ作成に使用する input データ作成機能、prosit で作成されたライブラリを使った検索が可能。
■ 定量値は共溶出の影響を避けるため、限定された数のフラグメントピークから計算■ 定量解析の基本であるデータの構造定義を行う Experimental Design■ PCA を含む各種統計解析が可能■ Gene Ontology 情報の表示■ 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易にタンパク質ベースの結果まとめ・サンプル間の比較表作成

サンプル別の定量値を表示

同定タンパク質19

サポートする入力データ

定量値はフラグメントピークの intensity から計算
定量計算ではピーク干渉の影 響 を 避 け る た め、フラグメントピークの強度情報を利用し、さらに利用するフラグメント数の上限も定めています。

● Thermo RAW● SCIEX WIFF
● そ の 他

ProteoWizardのMSConvert プログラムで読み込み可能な各社の データ

4 種の検索方法に対応、Prosit プログラムとの強い連携● FASTA（タンパク質配列データベース）[ fasta ]● DDA スペクトルライブラリ [blib]● FASTA から生成された理論的なライブラリ [dlib]● DIA 解析結果から作成されたライブラリ[elib]＊ FASTA 配列からライブラリを作成するプログラム “Prosit”にて作成された理論ライブラリも使用可能。また Prosit でライブラリを作成する際に利用する input データの作成機能を搭載

様々な統計解析・グラフ表示が可能

Gene Ontology (GO) 情報
GO 項目とタンパク質を繋いだ関係図

volcano plot
PCA
GO 項目を数え上げた円グラフ
各種検定も実施可能- t 検定- ANOVA- 順列検定インストールするコンピューターの推奨スペック
OS : Windows 11/10

メモリ : 32GB 以上

ディスク : SSD (HDD と合わせて 1TB 以上)* 同じコンピューターに ProteoWizard msconvert.exe をインストールする必要があります* prosit 由来のライブラリを使い大規模なデータ解析を行う場合、メモリを 128GB 以上 にする事を推奨

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メタボローム解析ソフトウェア

Scaffold Elements
質量分析データから低分子化合物を同定するとともに、定量解析を行う事ができるソフトウェアです[ 主な特徴・機能 ]■ MS1,MS2 スペクトルデータから低分子化合物を同定・定量■ 各実験の関係性を定義する Experimental Design Wizard [定量値計算に利用]■ 代謝フラックス解析に対応 (13C, 15N, 18O, 2H)■ NIST, METLIN, HMDB, Lipid Maps などに対する検索 [一部オプション]■ ProteoWizard msconvert の利用により、主要メーカーの raw データ読み込みに対応■ 様々な統計解析とグラフ表示が可能■ XLS フォーマットで結果内容を出力■ 無償 Viewer ソフトウェアを使って結果のシェアが容易に同定・定量結果を表示

定量値

低分子化合物21

対応フォーマット

ProteoWizard msconvert で読み込み可能な各社装置データを読み込み可能
Sciex [t2d, .dat, .wiff], Agilent [.d ディレクトリ], Bruker [.d ディレクトリ],
Thermo (.raw), Waters (.raw ディレクトリ), その他 mzML フォーマットのファイル

Experimental Design Wizard

代謝フラックス 解析に対応

統計解析とグラフ表示

インストールするコンピューターの推奨スペック

OS : Windows 11/10
ディスク : SSD

メモリ : 32 GB 以上(HDD とトータルで 1TB 以上)* 同じコンピュータに ProteoWizard msconvert.exe をインストールする必要があります22マトリックスサイエンス株式会社
住所 : 〒110-0015
東京都台東区東上野 1-6-10 ART ビル 1F
TEL : 03-5807-7895
FAX : 03-5807-7896
URL : http://www.matrixscience.co.jp Email : info-jp@matrixscience.com

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