r51.0 以降の SProt に対する Mascot の設定

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リリース 51.0 以降の Swiss Prot データベースのタイトル行書式変更に伴う Mascot Server 側の設定変更について
１．はじめにSwiss Prot データベースの FASTA ファイルを構成する各エントリのタイトル行はリリース 50.9 以前
では次のようになっています。
<リリース 50.9 までのタイトル行>>104K_THEAN (Q4U9M9) 104 kDa microneme-rhoptry antigen precursor (p104)
これに対し、2006 年 10 月 31 日に公開されたリリース 51.0 では、次の赤い文字列部分（アクセッシ
ョン番号の位置変更と生物種の追加）の変更が加えられています。
<リリース 51.0 のタイトル行>>Q4U9M9|104K_THEAN 104 kDa microneme-rhoptry antigen precursor (p104) - Theileria annulata
エントリの固有番号（ID）である“104K_THEAN”の前にアクセッション番号（AC）である赤い文字列“Q4U9M9”が付け加えられたため、現在 Mascot Server 側で設定されている ID を抽出するためのルール ">\([^ ]*\)" を使用した場合“104K_THEAN”を抽出せずに“Q4U9M9|104K_THEAN”を抽出してしまい、50.9 以前のリリースから 51.0 に更新する際に、FASTA ファイルの“104K_THEAN”エントリと対になるリファレンスファイル（dat ファイル）の“104K_THEAN”エントリを特定できずに次のエラーが返され、リリース 51.0 のデータベースをセットアップすることができません。
なお、更新前のリリースは継続して使用できる状態になっています。
Error [M00078 - Job -16 - X00614:fasta] - Tue Nov 01 10:40:17 2006
- In ref file, expected '104K_THEAN' to match with 'Q4U9M9|104K_THEAN' in fasta fileStatus=Halted:Failed to compressとなり更新されない。
更新前のリリースは status=In useになっており使用することが可能。

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２．リリース 51.0 に対応する ID 抽出ルール
リリース 51.0 のタイトル行に対応する ID 抽出ルールは次のようになります。
">[^|]*|\([^ ]*\)"
次の「３．ID 抽出ルールの変更方法：GUI を利用する方法」あるいは「４．ID 抽出ルールの変更方
法：設定ファイルを編集する方法」で Swiss Prot の ID 抽出ルールを変更してください。

３．ID 抽出ルールの変更方法：GUI を利用する方法(3-1) Mascot Server のトップページの（http://ホスト名/mascot/）の [Database Maintenance] リン
クをクリックしてください。「Edit Database Definitions」ページが開きますので、ページ下方にある [Edit parse rules] ボタンを押してください。「Edit Parse Rules」ページが開きます。
(3-2) 「 Edit Parse Rules 」 ペ ー ジ 下 方 に あ る[Add New Rule] ボタンを押すと、新規ルール定義欄（右図では Rule 31）が現れます
ので、定義欄にリリース 51.0 に対応する
ID 抽出ルール ">[^|]*|\([^ ]*\)" を入力
し [Return to database definitions] ボ
タンを押してください。「Edit DatabaseDefinitions」ページが表示されます。

(3-3) 「 Edit Database Definitions 」 ペ ー ジ の[Select] リストから“Sprot”を選択した
後 、 [Rule to parse accession stringfrom Fasta file:] リストから (3-2) で定義した Rule 番号を選択してください。右図では Rule 31 を選択しています。最後に[APPLY] ボタンを押してください。設定変更が有効になり、設定ファイルであるmascot.dat ファイルにも変更加えられ、[Mascot Database Maintenance] ペ ー ジが表示されます。

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3(3-4) [Mascot Database Maintenance] ペ ー ジ の[Database Status] リンクをクリックしてく だ さ い 。 [MASCOT search status page]ページが表示されます。

(3-5) [MASCOT search status page] ページの Sprot ブロックの表示内容、特に status 行の内容を確認してください。リリース 51.0 の status は“Halted”になっていますが、更新前のリリースのstatus は In use になっています。

リ リース 51.0 の status 行の最後にある [retry] リンクをクリックしてください。リリース
51.0 の更新プロセスが開始され、「Restarting database」ページに切り替わりますので、[Backto main status page] リンクをクリックしてください。[MASCOT search status page] ページが表示されます。

(3-6) [MASCOT search status page] ページにおいて、リリース 51.0 の status 行は更新プロセスの進行とともに次のように変化し、“In use”が表示されれば更新作業は終了です。
Status = Creating compressed files

n% complete

Status = Running 1st test
Status = First test just run OK
Status = Trying to memory map files
Status = Just enabled memory mapping
Status = In use

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４．ID 抽出ルールの変更方法：設定ファイルを編集する方法
Mascot Server の設定ファイルである mascot.dat ファイルをテキストエディタで開き、次のように編集してください。
(4-1) [PARSE] ブロ ックにリリース 51.0 に対応する ID 抽出ルールを定義してください（ここではRULE_31 で定義しています。）。
# for parsing ID of r51.0 and later
RULE_31 ">[^|]*|\([^ ]*\)"(4-2) [Databases] ブロックの Sprot 行の“Index of parse rule for accession number from FASTA”に対応する部分の数字（ID 抽出ルール番号）を 12 から(4-1)で定義した番号（ここでは 31）に変更してください。
<変更前>
Sprot

C:/INETPUB/MASCOT/sequence/Sprot/current/Sprot_*.fasta

AA 1234 5 1 1 1 0 1 12 13 15 5

<変更後>
Sprot

C:/INETPUB/MASCOT/sequence/Sprot/current/Sprot_*.fasta

AA 1234 5 1 1 1 0 1 31 13 15 5(4-3) [MASCOT search status page] ページを開き、(3-5) および (3-6) の操作を行い、再度リリース51.0 の更新を行ってください。

５．動作確認
適当な質量データを使って、Sprot に対して Mascot 検索を実行してください。

６．お問い合わせご不明点などありましたら技術サポート担当者にご連絡ください。
マトリックスサイエンス株式会社〒101-0021 東京都千代田区外神田 6-10-12 ＫＮビル３階
電話：03-5807-7897

電子メール：support-jp@matrixscience.com

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