Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 1

Mascot Server version 2.3アップグレード手順
この書類は、version 2.2 の Mascot Server を version 2.3 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合は Mascot_Server_v2.3_新規インストール手順.pdf をお読みください。

準備するもの
1. Mascot Server version 2.3 のインストール DVD
2. Mascot Server version 2.2.xx のインストール CD

アップグレードの流れ
1. Administrator 権限を持ったユーザでログオンする（通常は mascot ユーザです）
2. Mascot Server のバージョンを確認し、関連ファイルをバックアップする
3. PC のソフトウエア等の環境を確認する
4. 起動しているアプリケーションソフトウエアを終了する
5. インストールされている Perl のバージョンが 5.10.1 未満であれば 5.10.1 にアップグレードする
６. Mascot Server version 2.3 にアップグレードする
７. 動作を確認する

アップグレードに要する時間
Mascot 関連ファイルのバックアップを含め 1 時間程度です。

技術サポート
アップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 2

1.

PC へのログオン

Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザでログオンしてください（通常は Administrator 権限を持つ mascot ユーザが作成されていますので mascot でログオンしてください）。

2.

Mascot Server のバージョンの確認と関連ファイルのバックアップ

アップグレードする前に、http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exeにアクセスし、現在インストールされている Mascot Server のバージョンを確認してください。
「Version : 2.2.xx」（xx=00、01、02、03、04、05、06、07）と表示されていれば 2.3 にアップグレードすることができます。
Mascot Server のインストールフォルダ（通常のインストールでは C:\Inetpub\Mascot フォルダ）全体をバックアップしてください（配列データベースのファイルサイズが大きい場合はC:\inetpub\Mascot\sequence フォルダ以外のフォルダと、バックアップが必要な配列データベースファイルをバックアップしてください）。

3.

PC 環境の確認

次のソフトウエアやデバイスの環境が必要ですので確認してください。

(1) オペレーティングシステム
最新のサービスパックがインストールされた Windows 2000、Windows XP Professional、Windows Vista （ Business/Ultimate ）、 Windows 2003 （ Itanium 版 を 除 く ）、 Windows 7（Professional/Ultimate）、Windows 2008 で動作します。
[マイコンピュータ]（Windows 7 の場合は[コンピュータ]）のプロパティからオペレーティングシステムの種類、エディション、サービスパック番号、システムの種類（32bit あるいは 64bit）を確認してください。

(2) Web ブラウザ
Internet Explorer 6 以上で動作しますが、新しくサポートされた検索結果表示モードである「ProteinFamily Summary Report」の表示速度が遅いため、Internet Explorer 8 以上を推奨しています。
Internet Explorer 以外のブラウザの動作環境に関しては、http://www.matrixscience.com/help/browser_help.htmlをご覧ください。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 3(3) ディスクスペース
インストール DVD に含まれているリリース 57.15 の Swiss-Prot 配列データベースをセットアップする場合は 3GB 程度のディスクスペースが必要です。

(4) メモリ
NCBInr のようなサイズが大きい配列データベースを利用する場合は 4GB 以上のメモリが必要です。

(5) ネットワーク
ネットワークを経由して質量分析計のデータ処理システムから質量データファイルを取得したり、FTP サイトにある NCBInr 等の配列データベースを更新する場合に必要です。

4.

アプリケーションソフトウエアの終了

アップグレード作業を行う前に、起動しているアプリケーションソフトウエアを終了してください。

5.

Perl のアップグレード

Perl のバージョンが 5.10.1 未満であれば 5.10.1 にアップグレードしてください。Perl 5.10.1 のインストーラはインストール DVD に含まれています。
32bit 版：ActivePerl-5.10.1.1006-MSWin32-x86-291086.msi
64bit 版：ActivePerl-5.10.1.1006-MSWin32-x64-291086.msi(1) Perlのバージョン確認
現在インストールされている Perl のバージョンは、コマンドプロンプトを起動し、perl –vコマンドを実行して得られた出力内容から確認することができます。

(2) 古いバージョンのPerlの削除
現在インストールされている Perl のバージョンが5.10.1未満の場合は、コントロールパネルにある[プログラムの追加と削除]（Windows 7の場合は[プログラムと機能]）から削除またはアンインストールしてください。アンインストール後、C:\perl フォルダを削除してください。

(3) Perl 5.10.1のインストール
インストールDVDを光学ドライブに挿入すると MATRIX_SCIENCE という名称でマウントされますので、それを開いてください。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 4

ActivePerl-5.10.1.1006-MSWin32-x##-291086.msi（Windowsが32bit版の場合は「##=86」、64bit版の場合は「##=64」）をダブルクリックし、表示されるダイアログに従って、全てデフォルトの状態でインストールを進めてください。インストールは数分で終了します。インストールが完了すると自動的にブラウザが起動し、リリースノートが表示されます。

(4) 動作確認
コマンドプロンプトを起動し、perl -v コマンドを実行してください。現在インストールされている
Perl のバージョン情報を含む、次のような文字列が出力されます。

This is perl, v5.10.1 built for MSWin32-x86-multi-thread(with 2 registered patches, see perl -V for more detail)
以下省略

6.

Mascot Server のアップグレード

Mascot Server version 2.3 へのアップグレードに要する時間は Swiss-Prot リリース 57.15 のセットアップも含め 30 分程度です。
インストールされている Mascot Server が 2.2.07 未満の場合は、2.2.07 へのアップグレードが終了した後に 2.3 へのアップグレードが開始されます。なお、2.2.07 へのアップグレードの際、2.2.xx のインストール CD を要求されることがあります。

2.3のインストールDVDを光学ドライブに挿入してください。MATRIX_SCIENCEという名称でマウントされますのでそれを開き、Windowsが32bit版の場合は setup32.exe を、64bit版の場合は setup64.exe をダブルクリックしてください。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 5

インストールされている Mascot Server が 2.2.07 よりも前のバージョンの場合は、2.3 へのアップグレードに必要なコンポーネントをインストールする必要するがあるため、次のダイアログが表示されます。
[OK]ボタンを押してください。

2.3 へのアップグレードに必要なコンポーネントの解凍プロセスが進み、次のダイアログが表示されます。[OK]ボタンを押してください。

2.2.07へのアップグレードの途中で次のダイアログが表示された場合は、2.3のインストールDVDを光学ドライブから取り出し、お手持ちの2.2.xxのインストールCDを光学ドライブに挿入した後、[OK]ボタンを押してください。

アップグレードが進み、次のダイアログが表示されますので、光学ドライブから2.2.xxのインストール
CDを取り出し、2.3のインストールDVDを光学ドライブに挿入した後、[OK]ボタンを押してください。

Windows 7の場合は、次のダイアログが表示され再起動を促されることがあります。再起動後に再度setup32.exe（またはsetup64.exe）を実行してください。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 6

次のダイアログが表示されます。[Next]ボタンを押して2.3へのアップグレードを進めてください。

ライセンスファイルを指定するためのダイアログが表示されます。[Next]ボタンを押してください。

表示されているライセンスファイルと異なるライセンスファイルを指定する場合は[Browse]ボタンを押してください。

ライセンスの内容を確認し、[Next]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 7

Webサーバの指定およびSwiss-Prot配列データベースのインストール設定画面が表示されます。
[Next]ボタンを押してください。

既存の Swiss-Prot 配列データベース利用環境をそのまま残す場合は [SwissProt 57.15]をクリックし、プルダウンメニューから、[× Entire feature will be unavailable]を選択してください。

[Install]ボタンを押してください。

アップグレードが始まり、進捗状況を示す画面が表示されます。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 8

設定変更したファイル（mascot.dat等の設定ファイル、db_update.pl等のスクリプトファイル、home.htmlなどのHTMLファイルなどは C:\inetpub\mascot\_install_backup フォルダにバックアップされます。[OK]ボタンを押してください。

アップグレード終了後に、
C:\inetpub\mascot\_install_backup
フォルダにバックアップされたファイルを確認し、変更した内容を再度設定するか、変更を加えたエントリなどの変更部分を新しいファイルに追加し、アップグレード前の環境に戻してください。

途中でSwissProt_57.15の関連ファイルを解凍するために次の画面が表示されます。

前のステップで、既存の Swiss-Prot 配列データベースの利用環境をそのまま残すことを選択した場合は表示されません。

アップグレードが終了すると次のダイアログが表示されます。[Finish]ボタンを押してください。

ブラウザが起動し、自動的に MASCOT search status page 画面が表示されます。もし表示されない場合は、ブラウザを起動し、アドレス欄に、
http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exeを入力してください。

Mascot Server version 2.3 アップグレード手順 9

MASCOT search status page 画面に表示されている各配列データベースの Status 行が In use になった
時点で Mascot 検索を実行することができます。

8.

動作確認

適当な質量データファイルを使ってMascot検索を実行し、検索結果が正しく表示されることを確認してください。

9.

その他

(1) 配列データベースの自動更新に必要なユーティリティ・プログラム
インストールDVD\mskk\wgetSet フォルダに、最新の「gzip.exe （v1.3.12）」、「tar.exe （v1.13）」、「wget.exe （v1.11.4）」および関連ファイルがあります。必要であれば既存のそれらプログラムへのシステムパスを無効にし、上記フォルダを適当なフォルダ（たとえば C:\inetpub\mascot\mskk フォルダ）にコピーした後、システムパスを通してください。

(2) db_update.pl
Swiss-Prot配列データベースを「Sprot」の名称での自動更新をしている場合は、そして今後も「Sprot」の名称でSwiss-Prot配列データベースを更新する場合は、「Sprot」のブロックを含む、インストールDVD\mskk\mascot\bin\db_update.plMascot Server version 2.3 アップグレード手順 10とC;\inetpub\mascot\bin\db_update.plを入れ替えることにより、現在使用しているWindowsスケジューラの設定をそのまま使って自動更新することができます。

(3) 日本語マニュアルリンクを含むトップページ
日本語マニュアルサイト、
http://www.matrixscience.jp/jap_manual_index.html
へのリンクを持つトップページ用のHTMLファイルは、インストールDVD\mskk\mascot\html\home.html
インストールDVD\mskk\mascot\html\index.htmlにありますので、必要に応じて、C:\inetpub\mascot\html\home.html
C:\inetpub\mascot\html\index.htmlと置き換えてください。

何かお困りのことがありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。

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