Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 1

MASCOT Server version 2.1

アップグレード手順
このマニュアルは、前のバージョンの MASCOT Server を version 2.1 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合は「MASCOT Server version 2.1 新規インストール手順」をお読みください。

準備するもの(1) MASCOT Server 2.1 の CDROM(2) MSDB データベースを使用している場合はそのリリース情報のメモ

インストールの流れ(1) Administrator 権限を持ったユーザでログオンする（通常は mascot ユーザです）(2) 既存の MASCOT 関連ファイルをバックアップする(3) PC のソフトウエア等の環境を確認する(4) Virus スキャンや電子メール等のアプリケーションソフトウエアを終了する(5) Perl のバージョンが 5.8 以前であれば 5.8 にアップグレードする(6) MASCOT Server version 2.1 にアップグレードする(7) 動作を確認する

技術サポート
アップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：info-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 2

1.

PC へのログオン

Administrator 権限（管理者権限）をもったユーザでログオンしてください（通常は Administrators権限を持つ mascot ユーザが作成されていますので mascot でログオンしてください）。

2.

既存の MASCOT 関連ファイルのバックアップ

MASCOT Server version 2.1 にアップグレードする前に、MASCOT フォルダ（デフォルトインス
トールでは C:\Inetpub\MASCOT）全体をバックアップしてください（データベースファイルのサイズが大きい場合は C:\inetpub\mascot\sequence フォルダ以外をバックアップしてください）。

3.

PC 環境の確認

MASCOT Server version 2.1 にアップグレードする PC は次のソフトウエアやデバイスの環境が必要ですのでご確認ください。

オペレーティングシステム
MASCOT Server version 2.1 は Windows 2000、Windows XP Professional、Windows 2003
Server 上で動作します。

Web ブラウザ
Internet Explorer 5.5 以上が必要です。

ディスクスペース
MASCOT Server version 2.1 の CDROM には 20050227 版の MSDB が含まれており、MSDBも含めてアップグレードする場合は 4GB 程度のディスクスペースが必要です。その他の配列データベースを追加してセットアップする場合はそれらのサイズに応じたディスクスペースが必要になります。

メモリ
最低 1GB のメモリが必要です。配列データベースをメモリ上にマップすると検索速度が向上しますので、より多くのメモリを搭載することをお勧めします。

ネットワーク
質量分析計のデータ処理システムからネットワーク経由で質量データを取得する場合等に必要となります。また、NCBInr 等の配列データベースを NCBI 等のサイトにアクセスして更新する場合はインターネットへ接続できる環境が必要です。

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 34.

アプリケーションソフトウエアの終了

アップグレード作業を行う前に、 Virus スキャンや電子メールなどのアプリケーションソフトウエアを終了してください。

5.

Perl のアップグレード

MASCOT Server version 2.1 は Perl 5.8 以上が必要です。MASCOT Server Version 2.1 のCDROM には Perl 5.8（ActivePerl-5.8.2.808-MSWin32-x86.msi）が含まれています。

Windows Installerのアップデート（Windows 2000の場合に必要な作業です）
Perlをインストールする際、オペレーティングシステムに含まれているWindows Installerプログラムが動作します。MASCOT Server version 2.1はPerl 5.8を使用しま すが 、 Perl 5.8を イ ンスト ール す るため にはWindows Installer 2.0が必要になります。Windows
2000では古いバージョンのWindows Installerが使われている場合がありますので、次の手順でアップグレードしてください。なお、Windows XP Professionalや2003 ServerではすでにWindows Installer 2.0がインストールされていますので、この作業は必要ありません。

(1) MASCOT Server version 2.1のCDROMをドライブに挿入してください。
(2) daemonフォルダにある “InstMsiW.exe” をダブルクリックしてください。インストールが始まります。
次のダイアログが表示された場合はすでにインストールされていますので、[OK]ボタンを押して次の手順『6. MASCOT Serverのアップグレード』に進んでください。

(3) PCを再起動してください。

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 4

Perl 5.8のインストール
現在インストールされているPerlのバージョンを確認してください（コマンドプロンプトを起動し、perl –vコマンドを実行するとインストールされているPerlのバージョンを確認することができます）。バージョンが5.8未満の場合は、コントロールパネルにある[アプリケーションの追加と削除（Windows XP Professionalの場合はプログラムの追加と削除）]を使ってPerlを削除した後、MASCOT Server version 2.1 の CDROM に あ る“ActivePerl-5.8.2.808-MSWin32-x86.msi” を ダ ブ ル ク
リックし、表示されるダイアログの指示に従いPerl 5.8をインストールしてください。

動作確認
コマンドプロンプトを起動し、 “perl -v” コマンドを実行してください。次のような文字列が出力されることを確認してください。

C:\>perl –v
This is perl, v5.8.2 built for MSWin32-x86-multi-thread(with 25 registered patches, see perl -V for more detail)
Copyright 1987-2003, Larry Wall
Binary build 808 provided by ActiveState Corp. http://www.ActiveState.com
ActiveState is a division of Sophos.
Built Dec 9 2003 10:19:40
Perl may be copied only under the terms of either the Artistic License or theGNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.
Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found on
this system using `man perl' or `perldoc perl'. If you have access to theInternet, point your browser at http://www.perl.com/, the Perl Home Page.

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 5

6.

MASCOT Server のアップグレード

MASCOT Server version 2.1 へのアップグレードは 15 分程度で終了します。アップグレードが終了
すると、既存のデータベースの再セットアップ（FASTA ファイルからの情報抽出・分割および圧縮）が始まります。データベースの再セットアップに要する時間は、データベースの数、PC の性能にもよりますが、15～40 分程度かかりますので、MASCOT Server のアップグレード開始から MASCOT 検索を実行できるようになるまで 1 時間程度必要です。

MASCOT Server version 2.1のCDROMをCDROMドライブに挿入し、CDROMにある“SETUP.EXE” をダブルクリックしてください。次のダイアログとともにインストールが始まります。

[Next >]ボタンを押してください。
End User Licence Agreementが表示されます。

内容に問 題が ないよう でし たら“Accept licence”を選択し、[Next >]ボタンを押してください。PCに関する情報（OSの種類、メモリ搭載量、コンピュータ名、CPU数、IISバージ
ョン、Perlのバージョン、GDパッケージのインス トール状況、 既存のMASCOT Serverのバージョン）が収集され、表示されます。

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 6[Next >]ボタンを押してください。

既存のバージョンが問題なく動作している場合はこのまま[Next >]ボタンを押してください。

[Next >]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 7

既存のMSDB（リリース情報はダイアログ内に表示され、例では20021127版であることを示してい ま す ） を CDROM に 含 ま れ る
MSDB（20050227版）にアップグレードします。
すでに20050227版より新しいMSDBがセットアップされている場
合は [Don`t add or change anydatabases] を選択してください。
[Next >]ボタンを押してください。

既 存 の mod_file フ ァ イ ル はmod_file.bkn（n=1,2,…）にバックアップされますのでアップグレード終了後に両者を同期してください。
[OK]ボタンを押してください。

読み取り専用ファイルが検出されるとこのダイアログが表示されます。
[Yes]ボタンを押してください。ファ
イルのコピーが始まります。

ファイルがコピーされアップグレードが終了するまでの時間は、PCの性能にもよりますが、5～10分程

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 8度です。

アップグレードが終了するとこのダイアログが表示されます。[OK]ボタンを押してください。これでアップグレードは終了です。

アップグレードが終了すると、MASCOT search status page 画面が自動的に立ち上がり、データベースの再セットアップが始まります。自動的にブラウザが起動しない場合は、ブラウザを起動し、アドレス欄に、http://MASCOT_server名/mascot/x-cgi/ms-status.exeを入力してください。

MASCOT Serverは配列データベースの検索速度を上げるために、配列データベースを構成する各エントリからアクセッション番号、アノテーション、配列に関する情報を抽出し、各々の情報をひとかたまりにした複数の圧縮ファイルを作成します。再セットアップの進行状況に応じてMASCOT search status
pageのStatus行に出力される内容は、

Mascot Server version 2.1 アップグレード手順 9

Creating compressed files
Running 1st test
First test just run OK
Trying to memory map files
Just enabled memory mappingIn Useのように変化し、データベースが使用できる状態（MASCOT検索ができる状態）になった時点で In Useとなり、MASCOT検索を実行する環境が整います。

7.

動作確認

適当な質量データファイルを使って検索を実行し、検索結果が正しく表示されることを確認してください。
以上