Scaffold Elements インストール手順

1.インストールシステム要件
Scaffold Elements を新たにインストールする PC には、以下の性能が求められます。
RAMDisk Space

OSCPU

最低 4 GB最低 100 GB

・Windows 10

指定なし

推奨:

推奨: SSD の使用。GO データベー

・Linux や Mac

推奨:

64 GB 以上、 スなどを考えると 1 TB 以上が望まではデータ変換の速度が速い、4～10あるいは大規 しいが、必ずしもすべてを SSD でを別端末で実施

コア CPU

模検索ならする必要があり、カバーする必要はない。

128GB 以上

1 コアあたり

非推奨

2.インストーラーの入手
インストール DVD を配布している場合、インストール DVD の中にインストーラーがございます。
インストーラーは Proteome Software 社サイトでも公開されています。
Scaffold Elements : https://www.proteomesoftware.com/products/scaffold-elements
各ページの画面左側にあるインストーラーのリンクをクリックしてダウンロードしてください（下図）。

13. インストールの実行
CD 内、または Proteome Software 社サイトから取得したインストーラーを実行します。
インストーラーを選択しダブルクリックしてください。

[アップグレードの場合のみ] 下図のような update か確認する画面が現れますので「Yes, update the existing installation」を選択し、画面下部の「Next」ボタンを押します。

License Agreement の内容をご確認いただき、問題ないようでしたら ”I accept the agreement”を選択して「Next」ボタンを押してください。

2インストール先をご確認の上必要であれば変更してください。設定後「Next」ボタンを押してください。

ソフトウェアで使用する関連ファイルの設置場所をご確認の上必要であれば変更後、「Next」ボタンを押してください。

ご利用状況によって、各社質量分析装置の Raw データを変換するプログラムである ProteoWizard のMSconvert のインストールが必要なケースがあります。
Viewer をご利用の場合 MSConvert をインストールする必要はありません。
製 品 版 を ご 利 用 の 場 合 は Scaffoldd Elements に イ ン ス ト ー ル さ れ て い る コ ン ピ ュ ー タ にMSConvert プ ロ グ ラ ム も イ ン ス ト ー ル す る 必 要 が あ り ま す 。 既 に イ ン ス ト ー ル さ れ て い る
MSConvert をご利用いただくか、インストールされていない場合は Scaffold Elements のインストー
ラーが指示する内容に従って MSCoonveret をダウンロードしてインストールした後、ScaffoldElements のインストールをします。

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ProteoWizard の MSConvert プログラムについて、Download が必要かを確認するダイアログが現れます。製品版をご利用の方でまだ ProteoWizard プログラムをインストールしていない場合やインストールされているバージョンが 3.0.9987 以下であった場合、「Download ProteoWizard」ボタンを押し、ProteoWizard をインストールしてから “Next”ボタンを押してください(Scaffold Elements のインストールを中断したままの状態で ProteoWizard のインストールをしてください)。
インストールの必要がない場合はそのまま”Next”ボタンを押してください。

「Download ProteoWizard」ボタンを押した場合は以下のように Proteome Software 社の WEB ページにアクセスします。EULA などライセンス内容をご確認の上、”I agree to the license above
Download ProteoWizard”ボタンを押してインストーラーを入手し、インストールを実行してください。

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なお ProteoWizard をインストールする際、使用するユーザーの設定として以下のように、インストールしている特定ユーザーのみでなくすべてのユーザーで使用できるよう、”Install for
all users of this machine”を選択してください。

Scaffold Elements インストールの続きです。 製品版としてご利用の方でデータ変換機能が必要な方
は ， ProteoWizard の msconvert.exe プ ロ グ ラ ム を 指 定 し 、「Next」 ボ タ ン を 押 し ま す 。 通 常msconvert.exe は C:¥Program Files¥ProteoWizard 以下にあるバージョン名のフォルダの下にあります。

Viewer の場合はプログラム指定を空欄のまま”Next”ボタンを押してください。警告がでますが無視して”はい”を選んでください。

5使用するメモリ量の設定を行います。推奨値としてはコンピュータの搭載メモリ量・最大値に近いメモリサイズの設定をお勧めします。以下のように g(ギガバイト)の前に数字を記入します。
設定後、 「Next」ボタンを押します。

スタートメニューの表示内容について必要であれば変更後、「Next」ボタンを押してください。

Scaffold Elements で使用する拡張子の関連付けを確認します。
「Next」ボタンを押します。

6デスクトップへのショートカット作成、Launch Ion 作成についての設定です。お好みの内容を設定し「Next」ボタンを押します。

インストールが開始されます。

セキュリティプログラムがソフトウェア(java)の実行を確認する警告を出す事がありますが、「アクセスを許可する」を選び先へ進みます。

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しばらくするとインストールが完了します。

4. ライセンス情報の登録製品版でご利用いただく場合、ライセンシングが必要となります。ライセンシングは、Scaffold をインストールしたコンピュータがインターネットにつながっているかどうかで手順が異なります。
インターネットにつながっている場合は直接 Proteome Software 社のライセンスサーバーに接続して認証が行われます。一方インターネットにつながっていない場合は一旦関連ファイルを保存して別のインターネットにつながっているコンピュータへ移動後、ライセンシングを行って得られたファイルを持ってインストールコンピュータへ持っていき、認証を完了させる必要があります。
以降、
4-1.ライセンシング：インターネットに接続されている場合
4-2.ライセンシング : インターネット接続されていないコンピュータにインストールする場合の２つにわけてご説明いたします。

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4-1. ライセンシング:インターネットに接続されている場合
プログラムが起動すると、まずライセンスキーの入力を促されます。あるいはソフトウェア起動
後、help -> enter license key と入力するとライセンス入力のダイアログが現れます。
License ID と Password を入力し、「Register Key」ボタンを押します。

認証が完了すると、緑のチェックマークと「Key was registered successfully !」という文字が表示されます。
「OK」ボタンを押すことでライセンシングが完了しソフトウェアが使用できるようになります。

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4-2. ライセンシング:インターネットに接続されていないコンピュータにインストールする場合
プログラムが起動すると、まずライセンスキーの入力を促されます。あるいはソフトウェア起動
後、help -> enter license key と入力するとライセンス入力のダイアログが現れます。
License ID と password を入力し「Register Key」ボタンを押します。

ネットワークに繋がっていない場合は以下のようにオフラインの登録のためのダイアログが現れます。まず「Save Activation Request」ボタンを押して、ファイル「request.areq」ファイルを取得してください。

10先ほどのダイアログは開いたまま、ファイルをインターネットに接続しているコンピュータに持参してください。移動先のコンピュータで、http://www.proteomesoftware.com/activate/へアクセスします。
画面右側の「ファイルを選択」で「request.areq」を選択し、そのすぐ下の「Submit」ボタンを押してください。

以下のような画面に遷移します。
「Download」ボタンを押してください。

11「response.xml」というファイルを取得しました。response.xml ファイルをインストール先のコンピュータに持っていきます。

インストール先のコンピュータで先ほどのダイアログを再び Active にして、「Open Activation
Data File」ボタンをクリックし、移動させた「response.xml」ファイルを選択します。

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ライセンス認証が完了します。
「OK」ボタンを押してダイアログを閉じてください。

5. デモデータのご案内
Scaffold Elements にはデモデータが準備されています。いくつかのデモデータを開き各種画面をご覧頂く事で、Scaffold Elements で可能な機能について理解の一助になる事があります。デモデータは、
Help -> Open Demo Filesで開くことができます。

本資料の説明は以上です。
ご不明な点がございましたら、ご遠慮なくお問い合わせください。

技術サポート

担当：高江洲（たかえす）

電子メール：support-jp@matrixscience.com

電話：03-5807-7897

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