Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 1

Mascot Server version 2.3

新規インストール手順
はじめにこのマニュアルは、Mascot Server version 2.3 を新規にインストールする手順について説明しています。以前のバージョンからアップグレードする場合は、インストール DVD の中の mskk フォルダにあるMascot_Server_v2.3_アップグレード手順.pdf をご覧ください。
Cluster モードによるインストールを行う場合は、「Setup & Installation Manual」（ Mascot Serverトップページ下方にリンクがあります）をご覧ください。

準備するもの
1. Mascot Server version 2.3 のインストール DVD
2. Mascot Server のライセンスファイル

インストールの流れ
1. Administrator 権限を持ったユーザでログオンする
2. インストールする PC のソフトウエアなどの環境を確認する
3. ウイルススキャンソフトウエアや電子メールなどのアプリケーションソフトウェアを終了する
4. Perl 5.10.1 をインストールする
5. Mascot Server version 2.3 をインストールする
6. 動作を確認する

インストールに要する時間
Swiss-Prot 配列データベースのセットアップも含め 1 時間程度です。

技術サポート
インストールに関してご質問などありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール：support-jp@matrixscience.com

電話：０３－５８０７－７８９７

ファックス：０３－５８０７－７８９６

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 2

1.

PC へのログオン

Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザでログオンしてください（通常は Administrator権限を持つ mascot ユーザを作成し、mascot でログオンします）。

2．PC 環境の確認
次のソフトウエアやデバイスの環境が必要ですので確認してください。

(1) オペレーティングシステム
最新のサービスパックがインストールされた Windows 2000（Professional/Server）、Windows
XP Professional、Windows Vista（Business/Ultimate）、Windows 2003（Itanium 版を除く）、
Windows 7（Professional/Ultimate）、Windows 2008 で動作します。Windows OS の各バージ
ョンに対する注意点に関しては「最初にお読みください_v2.3.00_リリースノート.pdf」をご覧ください。
[マイコンピュータ]（Windows 7 の場合は[コンピュータ]）のプロパティからオペレーティングシステムの種類、エディション、サービスパック番号、システムの種類（32bit あるいは 64bit）を確認してください。

(2) Web サーバ
Mascot Server は Web サーバを利用しています。Mascot Server をインストールする前に Webサーバが正しく動作することを確認してください。
Windows OS の各バージョンに対応する Web サーバ（IIS および Apache）の設定に関しては「最初にお読みください_v2.3.00_リリースノート.pdf」をご覧ください。

(3) Web ブラウザ
Internet Explorer 6 以上で動作しますが、新しくサポートされた検索結果表示モードである「Protein
Family Summary Report」の表示速度が遅いため、Internet Explorer 8 以上を推奨しています。次のページでブラウザの適合性をチェックすることができます。

http://www.matrixscience.com/cgi/browser.pl
また、Internet Explorer 以外のブラウザの動作環境に関しては、

http://www.matrixscience.com/help/browser_help.html
をご覧ください。

(4) Perl
インストール DVD に Active Perl 5.10.1(build 1006)のインストーラが含まれています。IIS のイ

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 3

ンストール後および Mascot Server のインストール前にインストールしてください。
32bit 版：ActivePerl-5.10.1.1006-MSWin32-x86-291086.msi
64bit 版：ActivePerl-5.10.1.1006-MSWin32-x64-291086.msi(5) ディスクスペース
インストール DVD に含まれているリリース 57.15 の Swiss-Prot 配列データベースをセットアップする場合は 3GB 程度のディスクスペースが必要です。

(6) メモリ
NCBInr のようなサイズが大きい配列データベースを利用する場合は 4GB 以上のメモリが必要です。

(7) ネットワーク
ネットワークを経由して質量分析計のデータ処理システムから質量データファイルを取得したり、FTP サイトにある NCBInr 等の配列データベースを更新する場合に必要です。

4. アプリケーションソフトウエアの終了
インストールを行う前に、 起動しているアプリケーションソフトウエアを終了してください。

5. Perl のインストールと動作確認
インストールDVDを光学ドライブに挿入すると MATRIX_SCIENCE という名称でマウントされますので、それを開いてください。
ActivePerl-5.10.1.1006-MSWin32-x##-291086.msi（Windowsが32bit版の場合は「##=86」、64bit版の場合は「##=64」）をダブルクリックし、表示されるダイアログに従って、全てデフォルトの状態でインストールを進めてください。インストールは数分で終了します。インストールが完了すると自動的にブラウザが起動し、リリースノートが表示されます。
コマンドプロンプトを起動し、perl -v コマンドを実行してください。現在インストールされているPerlのバージョン情報を含む、次のような文字列が出力されます。

This is perl, v5.10.1 built for MSWin32-x86-multi-thread(with 2 registered patches, see perl -V for more detail)以下省略Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 4

6.

Mascot Server のインストール

Mascot Server version 2.3 のインストールに要する時間は Swiss-Prot リリース 57.15 のセットアップも含め 30 分程度です。

インストールDVDを光学ドライ
ブに挿入してください。
MATRIX_SCIENCE という名称で自動的にマウントされますのでそれを開き、Windowsが32bit版の場合はsetup32.exe を、64bit版の場合はsetup64.exe をダブルクリックしてください。

[Next]ボタンを押しインストールを進めてください。

End-User License Agreement が表示されます。
「I accept the terms in the Licence Agreement」
をチェックし、[Next]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 5

ライセンスファイル（mascot.license）を指定するためのダイアログが表示されます。[Browse]ボタンを押すとファイルブラウザが表示されますのでライセンスファイルを指定し、[開く]ボタンを押してください。
[Next]ボタンを押してください。

ライセンスの内容を確認するためのダイアログが表示されます。
[Next]ボタンを押してください。

Webサーバの指定、Swiss-Prot配列データベースのインストール設定およびMascot Serverのインストール場所（Location）の指定画面が表示されます。Cドライブの空き容量が十分にある場合はCドライブを指定してください。
[Next]ボタンを押してください。

Webサイト名とmascotの仮想ディレクト名を指定する画面が表示されます。
[Next]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 6[Install]ボタンを押してください。

インストールが始まり、進捗状況を示す画面が表示されます。

途中でSwissProt_57.15の関連ファイルを解凍するために次の画面が表示されます。

インストールが終了した旨のダイアログが表示されます。[Finish]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 7

インストールが終了するとブラウザが起動し、MASCOT search status page 画面が表示されます。もし表示されない場合は、ブラウザを起動し、アドレス欄に、http://Mascot Server PC のホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exeを入力してください。

Mascot Server は配列データベースを構成する各エントリーからアクセッション番号、アノテーション、配列に関する情報を抽出し、各々の情報をひとかたまりにした複数の圧縮ファイルを作成しながら配列データベースのセットアップ進めます。セットアップの進行状況に応じて MASCOT search status page
画面の SwissProt ブロックの Status 行に出力される内容は、Creating compressed files
Running 1st test
First test just run OK
Trying to memory map files
Just enabled memory mapping
In Useのように変化し、セットアップが終了して配列データベースが使用できる状態（Mascot 検索ができる状態）になった時点でIn Use となります。

Mascot Server version 2.3 のインストールはこれで終了です。

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 86. 動作確認
インストール DVD に含まれているサンプル質量データファイルを使って、Mascot Server をインストールした PC または Mascot Server にネットワーク接続されているクライアント PC から Mascot
Server の動作確認（Mascot 検索の実行及び検索結果表示）を行ってください。

（１）Web ブラウザを起動し、アドレス欄に Mascot Server の URL である、
http://Mascot Server PC のホスト名/mascot/を入力してください。Mascot Server のトップページが表示されますので、画面右上の Mascot リンクをクリックしてください。Mascot 検索トップページ（Mascot Search 画面）が表示されます。

（２）３つの検索モード（Peptide Mass Fingerprint 、Sequence Query 、 MS/MS Ion Search）を選択する事ができますが、ここでは Peptide Mass Fingerprint のリンクをクリックしてください。
検索条件設定画面（MASCOT Peptide Mass Fingerprint 画面）が表示されます。

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 9（３）[参照…]ボタンを押し、インストー
ル DVD の mskk フ ォ ル ダ に あ る 、pmfSample.mgf ファイルを選択してください。[Data file]入力欄にファイルパスが入力されていることを確認した上で、[Start Search …]ボタンを押してください。

（４）Mascot 検索が始まり、検索の進捗が 100%に達した
後、Mascot 検索結果画面が表示されます。

以上で動作確認は終了です。

Mascot Server version 2.3 新規インストール手順 107.

その他
(1) 配列データベースの自動更新に必要なユーティリティ・プログラム
インストールDVD\mskk\wgetSet フォルダを C:\inetpub\mascot\mskk フォルダにコピーした後、システムパスを通してください。

(2) 日本語マニュアルリンクを含むトップページ
日本語マニュアルサイト、
http://www.matrixscience.jp/jap_manual_index.html
へのリンクを持つトップページ用のHTMLファイルは、インストールDVD\mskk\mascot\html\home.html
インストールDVD\mskk\mascot\html\index.htmlにありますので、必要に応じて、
C:\inetpub\mascot\html\home.html
C:\inetpub\mascot\html\index.htmlと置き換えてください。

何かお困りのことがありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。

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