Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 1

Mascot Server version 2.6

新規インストール手順
この書類は、Mascot Server version 2.6 を新規にインストールする手順について説明しています。ver. 2.5 からアップグレードする場合はインストール DVD または弊社日本語資料
サイト上の Mascot_Server_v2.6_アップグレード手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.6 新規インストールで特に注意して頂きたい事
インストール時には以下の点にご注意ください。

▼ ご利用のネットワークで WEB サーバーを使ったアプリケーションが利用可能か、ネットワーク担当者にご確認ください。
▼ セキュリティソフトをご利用の場合、ファイアウォール機能に特にご注意ください。Windows のファイアウォールの設定（項目 3、P.9～）も併せてご覧ください。
▼ ライセンスの発行と認証が必要となります。
▼ インストール作業の後、使用データベースのファイル取得が始まります。
▼ インターネットへの接続と、proxy サーバー設定（使用している場合）を事前に確認して頂くよう推奨いたします。ただしライセンシングについては以降の手順で記 されて いるように接続できない場合にも対処法がございます。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 2● システム要件
MASCOT Server のインストールには以下の条件が必要です。

■ ディスクスペース
IIS (Internet Information Service)用に 150MB、MASCOT の フルインストールに 6GB必要です。また結果ファイルの蓄積や新規データベースの追加を考えると、平均的なユーザーで最低でも 150GB の空き容量が必要となります。またファイルフォーマットはNTFS でご利用ください。

■ メモリ
4GB 以上。できれば 32GB や 64GB での使用を推奨しています。
■ OS の種類と注意事項

いずれのバージョンの利用においても、サービスパック(SP)は常に最新のバージョンを適用するようにしてください。
最も使用をお勧めするのは Windows 7 Professional または Ultimate 版

です。

▼ XP
サポートしておりません。

▼ VISTASP2 以降。Starter, Home Basic 以外のすべてのバージョンで可能ですが、Home
Premium は処々の制約により非推奨です。
▼ 2008 Server
Core Edition, Itanium-based system 以外のすべての Edition に対応しています。
▼ Windows 7
すべてのバージョンで動作可能ですが、特定 Edition 以外では処々の制約がある事から、 Professional 並びに Ultimate Edition を強く推奨しています。
▼ Windows 2012
Hyper-V Edition, Storage Edition

以外のすべての Edition に対応しています。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 3▼ Windows 8
すべてのバージョンで動作可能ですが、8.1 の方を推奨いたします。また特定Edition 以 外 で は 処 々 の 制 約 が あ る 事 か ら 、 Professional 並 び に Ultimate
Edition を強く推奨しています。
▼ Windows 10
すべてのバージョンで動作可能ですが、特定 Edition 以外では処々の制約がある事から、 Professional 並びに Ultimate Edition を強く推奨しています。

● インストール時に準備するもの
1.

Mascot Server version 2.6 のインストール DVD

2.

MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）

3.

MASCOT Server のインターネットへの接続（接続できない場合でも別途方法有）4.

Windows へログインするユーザー名とパスワード(Admin 権限が必要)

5.

(もし使っていれば)proxy サーバーへの接続設定● インストール作業の流れ****最低限、5 までのステップで MASCOT が動くようになります。*****
1.

PC へのログオン

2.

IIS (Internet Information Service)のインストール

3.

ファイアウォールの設定

4.

MASCOT Server ver. 2.6 の インストール

5.

MASCOT Server の ライセンス認証

6.

MASCOT Server の7.

ネットワーク・proxy の設定

8.

配列データベース・ライブラリの追加

9.

ファイルダウンロードとデータベース構築確認

10.

MASCOT Server の動作確認、起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

データベース環境設定画面を開く

11. MASCOT データベース自動更新プログラムの設定 (別資料)
12. MASCOT Daemon インストール (別資料)

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 4● インストールに要する時間
インストールに要する時間は目安として 40 分程です。作業時間には新規インストール後自動的に行われるデータベースファイルの取得、更新の時間を含めていません。ファイル取得・更新時間の大まかな目
安として半日～2 日程度かかります。その間特に気にせず確認作業や通常の検索をして頂いて構いません。

● インストールチェック表
項目

チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
インストール PC に関するシステム要件をチェック
ver. 2.6 インストール DVD
プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）
Server のインターネットへの接続（接続できない場合も別途方法有、

詳細は手順書該当項目参照の事）
MASCOT Server PC へのログインユーザー名とパスワードの確認(もし使っていれば)proxy サーバーへの接続設定

作業内容
1-1. Windows へのログイン

51-2.他アプリケーションの終了

5

2. IIS (Internet Infromation Service)のインストール

5

3. ファイアウォール設定

9

4. MASCOT Server ver.2.6 インストール

11

5. MASCOT Server ライセンス認証

17

6. MASCOT のデータベース環境設定画面を開く

28

7. ネットワーク・proxy の設定

30

8. 配列データベース・ライブラリの追加

32

9. ファイルダウンロードとデータベース構築確認

369-1. ダウンロード進捗の確認

369-2. ファイル変換・検索テスト進捗の確認

37

10. MASCOT Server の動作確認

39

11. MASCOT データベース自動更新プログラムの設定

別紙

12. MASCOT Daemon インストール

別紙

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 5

インストール手順

1. PC へのログオン、起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了
Administrator 権 限 （ 管 理 者 権 限 ） を 持 っ た ユ ー ザ ー で ロ グ オ ン し て く だ さ い 。 ま た
インストール作業を行う前に起動している他のアプリケーションソフトウェアをすべて終了
してください。

2. IIS (Internet Information Service)のインストール
Windows の OS の種類により操作が異なります。 Windows 7 と windows 8/10 に分けてご案内いたします。

[ Windows7 ]コントロールパネルを開きます。 (スタート→コントロールパネル)
コントロールパネル内で「プログラム」→「Windowsの機能の有効化または無効化」を選択します。

「インターネットインフォメー

チェックボックスをクリックした後、ションサービス」を選択、チェ「十字ボタン」をクリックし、展開ックを入れます。さらに隣の十字ボタンを押し項目を展開します。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 6

インターネットインフォメーションサービスの中で、以下の項目を選択しチェックを入れます。
・「web管理ツール」 以下、-IIS6と互換性のある管理以下４項目すべて-

IIS管理コンソール-

IIS管理スクリプトおよびツール

・「World Wide webサービス」の「アプリケーション開発機能」の「CGI」にチェックを入れ、「OK」ボタンを押すとIISのインストールが始まります。

４項目すべてチェックを入れる「IIS 管理コンソール」「IIS 管理スクリプトおよびツール」にもチェック「CGI」にチェック「OK」を押す
インストールが始まります

イ ン ス ト ー ル 後 、 自 動 的 に IIS サ ー ビ ス が 開 始 し ま す 。 IIS が 動 作 中 か ど う か 、
ウェブブラウザを使って確認する事ができます。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 7

IIS をインストールしたコンピュータでウェブブラウザを起動し、アドレス部分に
http://localhost/ と入力、エンターを押します。

以下のような画面がでればインストール成功です。

アドレス欄にhttp://localhost/WEB ブラウザでトップ画面へアクセスした画面[ Windows10 ]コントロールパネルを開き、「プログラム」を選択します。

操作例）デスクトップ左下 windows マーク左クリック→コントロールパネル→プログラム

さらに、「Windows の機能の有効化または無効化」をクリックします。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 8「インターネットインフォメーション サービス」
を選択し、チェックボックスをクリックします。さらにチェックボックス隣の十字ボタンを押し項目を展開します。

チェックボックスをクリックした後、「十字ボタン」をクリックし、展開

インターネットインフォメーションサービスの中で、以下の項目を選択しチェックを入れます。
・「web管理ツール」-以下、-IIS6管理互換 以下４項目すべて-

IIS管理コンソール-

IIS管理スクリプトおよびツール
４ 項 目 す べ てチェックを入れる「IIS 管理コンソール」「IIS 管理スクリプトおよびツール」にもチェック・「World Wide webサービス」の「アプリケーション開発機能」の「CGI」と「ISAPI拡張」にチェックを入れ、「OK」ボタンを押すとIISのインストールが始まります。
インストールが始まりますMascot Server version 2.6 新規インストール手順 9

インストール後、自動的に IIS サービスが開始します。IIS が動作中かどうか、ウェブブラウ
ザを使って確認する事ができます。
IIS をインストールしたコンピュータでウェブブラウザを起動し、アドレス部分に
http://localhost/ と入力、エンターを押します。

アドレス欄にhttp://localhost/WEB ブラウザでトップ画面へアクセスした画面【重要】
例では Windows7,10 でしたが、OS により IIS インストール時のオプションが異なります。
別の OS をご利用の方は、インストール DVD 内「manual.pdf」の「3.Installation:Windows」、
P.20～P.25 の各 OS における IIS インストール時のオプション選択項目を画像でご確認のう
えインストールを行ってください。
＊MASCOT は IIS 以外の Web サーバーでも動作します。詳細はインストール DVD 内「manual.pdf」の Appendix D 「Web Server Configuration」をご覧ください。IIS がインストール時最もトラブルが少なく作業も簡単であることから IIS の利用を強く推奨しています。

3. ファイアウォールの設定
デフォルト状態では Windows のファイアウォール設定によりローカルコンピュータ以外
からの HTTP プロトコル経由でのアクセスを受け付けません。設定を変更し HTTP とファイルとプリンタの共有のポートについてアクセス許可を与える必要があります。
ファイアウォールの設定を変更するには、ウィンドウズマーク→コントロールパネルで、「システムとセキュリティ」、続けて、「Windows ファイアウォール」を選びます。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 10「システムとセキュリティ」「Windows ファイアウォール」「Wndowsファイアウォールを介したプログラムまたは機能を許可する」をクリックします。

「Windows ファイアウォールを介したプログラムまたは機能を許可する」をクリック*インストール済みのアンチウイルス
ソフトウェアなどの影響で設定変更ができない場合、お手数ですが弊社までご連絡ください。

ファイアウォールで遮断しない
例外のポートとして、「World
Wide Web サービス(HTTP) 」と「ファイルとプリンタの共有」を「World Wide Web サービス」「ファイルとプリンタの共有」にチェック

選択しチェックを入れます（右図）。
ネットワーク環境により、ホーム／社内（プライベート）

のみでいいか、パブリックも含まなくてはならないか異なります。設定内
容がわからない場合、セキュリテ
ィ上問題が無いのであれば両方にチェックを入れるとMASCOTの使用においてトラブルを回避しやすいです。設定後、「OK」ボタンを押します。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 11

4. MASCOT ver 2.6 のインストール
Mascot Server version 2.6 のインストールに要する時間は、DVD 内に予め準備されている
データベースファイル SwissProt リリース 2016_10, PRIDE_Contaminants_20160906 のセットアップも含め 30 分程度です。
初 め に ver.2.6 の イ ン ス ト ー ル
DVDを光学ドライブに挿入 し て く だ さ い 。 DVD は「MATRIX_SCIENCE」という名称でマウントされます。setup64.exe
をダブルクリックしてください。

関連プログラムとして、VisualC++ 2012 などの インストールを MASCOT のインストール
前に求められる事があります。特に問題がなければインストールを行ってください。

関連プログラムのインストールが終わると、MASCOT Server のバージョンアップが始まります。「Next」を押してください。

License Agreement が表示されます。内容に問題がなければ「I accept the terms in the

License Agreement」にチェックを入れ、「Next」を押してください。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 12

プロダクト キー入力が必須である事を通知する画面が表示されます。「Next」を押してください。

インストール内容とインストール箇所を確認する画面が現れます。通常インストール場所としてC:¥inetpub¥mascotと、Cドライブをお勧めいたします。Cドラ
イブの残り容量が極端に少ない場合などは
Dドライブに指定してください。またDドライブの残り容量の方がCドライブよりも少ない時、インストール場所がDドライブに指定されることがあります。その場合は「Browse」ボタンを押してCドライブに変更する事をお勧めいたします。

IIS 上での MASCOT フォルダの位置と名称、並びに仮想フォルダの設定を行います。通常は特に変更を加えずそのまま「Next」ボタンを押してください。

Location が C ドライブ以下にな っ て い な い 場 合 、 Browse
ボタンを押して C ドライブに変更する事をお勧めします。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 13

続いて Cluster システム(複数台の PCを利用する構成) の設定を行います。
Cluster システム を利用しておらず 1 台

Cluster を使用しない場合、「EnableMascot cluster mode」のチェックが外れているのを確認し、「Next」の PC だけで MASCOT Server の計算を行う
場合、チェックが付いていないのを確認してから「Next」ボタンを押してください。その場合以下の Cluster 利用者向けの設定に関する記述箇所を飛ばしてください。なお通常はCluster を使っておらずチェックをはずす方が正しい設定です。Cluster システムをご利用の方は「Enable Mascot Cluster mode」にチェックを入れ、「Configure」ボタンを押して node PC に関する設定を行ってから「Next」ボタンを押してください（以下緑色の記述
箇所をご参照ください）。

**** 【Cluster システム をご利用の場合】 Node に関する設定 ****
nodePCの追加を行います。「Add」ボタンを押し、下図のように各項目を設定します。

・ node用フォルダのUNC パス
・ ローカルコンピュータにおける
node用フォルダのパス・ host名, IP, Port番号,各コンピュータで使用するCPUライセンス数

設定が終わりましたら、「OK」ボタンを押します。以降各nodeに対して同様の設定を行います。

＊ Clusterのケースにおける設定終わり

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 14

すべての項目を設定し終わると、インストー
ル開始となります。「Install」ボタンを押してください。

ファイルコピーが行われます。

SwissProtなどのデータベース設置を選択した場合、インストール後半で圧縮ファイルの展開と解凍が行われます。その操作中である事を表すコマンドプロンプトが途中表示される事があります。

インストールが完了すると、右図のようなダイアログが現れます。「OpenMascot server status page」のチェックが入っているのを確認した上で、「Finish」ボタンを押してください。
cluster利用者以外の方はこれでインス
トール終了です。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 15*Cluster システムご利用の場合：MASCOT Service のmascotユーザーによる開始設定 *MASCOT Server をClusterシステムでご利用の場合、インストール後MASCOT Serverのサービスは自動的に開始されません。MASCOTのサービスを mascotユーザーで開始する
よう設定を変更した後、改めてサービスを開始する必要があります。
コントロールパネルの、「パフォーマンスとメンテナンス」→「システムとセキュリティ」→「管理ツール」→「サービス」を選びます。サービス一覧の中で「Matrix Science Mascot
Service」という項目を探し、ダブルクリックします（下図）。

「管理ツール」→「サービス」→「Matrix
Science Mascot Service」「ログオン」タブ内の「アカウント」にて、・アカウント:ログインユーザー(mascotなど)
・mascotパスワード:ログイン時のパスワードを入力し、OKボタンを押します。
例ではアカウントmascotで、パスワードには
mascotのログイン時パスワードを入力しています。
「ログオン」タブでユーザー名とパスワード入力

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 16

MASCOT Service を選んだ状態で右クリック→「開始」を選びます。
MASCOT Serviceが開始されます。
開始時にエラーが出た場合はお手数ですが弊社までご連絡ください。

***** MASCOT クラスターシステム利用者向けの特殊設定終わり *****

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 17

5. MASCOT の ライセンス認証

インストール後、ライセンスの登録と認証が必要となります。 ライセンス認証は WEB
ブラウザ画面を通じて行います。ライセンス登録と認証は基本的にオンラインで行うため、MASCOT Server PC（あるいは server へ接続している別の PC） をインターネットへ接続
した方が簡単に認証できます。但し PC を直接インターネットへ接続できない場合でもインターネットに繋がっている別の PC からライセンスの登録と認証を行う事ができます。

■ 5-1. ライセンス認証の案内画面を表示させる方法
ライセンス認証の案内画面は以下の３つの操作のうちいずれかを行う事で現れます。通常は
選択肢 1) で、バージョンアップ作業後自動的に表れる画面から認証操作を行います。

1) バージョンアップ操作直後に自動的に web ブラウザが起動し画面が現れる
2) ブラウザで Home -> Database Status → Register a new product key3) 画面左下の「Windows スタート」→プログラム→MASCOT→admin→License Info
→ Register a new product key「認証画面」は下図のようなＷＥＢページです。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 18



選択肢 3) のスタートボタンから認証画面を表示する場合の操作

Register a new product key

Windows スタート→(プログラム→)MASCOT→「admin」→「License Info」

ライセンス認証の方法は、操作をしている端末がインターネットへ接続しているかどうかにより対処法が異なります。認証方法については、インターネットへ接続している場合、「5-2-A.
ライセンス認証方法 (1): MASCOT Server がインターネットに繋がっている場合」を、つながっていない場合、「5-2-B. ライセンス認証方法 (2) : MASCOT Server がインターネットに繋がっていない場合」をご参照ください。

■ 5-2-A. ライセンス認証方法 (1)-MASCOT Server がインターネットにつながっている場合
案内画面内にある「Register Online Now」ボタンを押してください。

← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 19

プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

ライセンスが間違っている場合

続いてライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須
項目ですので必ず入力してください。入力内容については、下図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でMascot Server version 2.6 新規インストール手順 20

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセン
スファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社
より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

必要に応じてライセンス送付・連絡先を追加する

下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して頂いた上で問題ない場合には「I accept the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 21

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファ
イルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。
「save now」のリンクを押すと自動的にMASCOT Server の所定の位置にライセンスがセットされ、MASCOT のライセンシングが完了します。ライセンスファイルが正しく保存されなかった場合、後述の「ライセンスファイルがMASCOT Serverに正しくコピーされない場合」を御覧ください。

「save now」ボタンを押すと MASCOT にライセンスファイ
ルが保存され、ライセンシングが終了＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でライセンスファイルが正しく保存されたか確認してください。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 22[ライセンスファイルがMASCOT Serverに正しくコピーされない場合]

上記操作でライセンシングが完了した場合以下操作は不要です。
メールに添付されたライセンスファイルを内部ネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、
licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdb

フォルダとなります。

ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

license info 画面

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 23■ 5-2-B. ライセンス認証方法 (2) :-MASCOT Server がインターネットに繋がっていない場合

案内画面内にある「No Internet connection」をクリックして、遷移した画面で「SaveRegistration File」ボタンを押してregistration.xml ファイルを保存してください。

インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合↓
「No Internet connection」をクリック「Save Regstration File」をクリックしてregistration.xml ファイルを保存

このファイルをインターネットに接続しているPCへ持ち運びブラウザのアドレス部分に
http://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力して画面を開いてください。

プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

ライセンスが間違っている場合

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 24

最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れます（下図）ので、registration.xmlファイルをアップロード→

Continueをクリックしてください。

registration.xml を ア ッ プ ロ ー ド 後 、「Continue」をクリック

続いてライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須
項目ですので必ず入力してください。入力内容については、下図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でMascot Server version 2.6 新規インストール手順 25

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセン
スファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

必要に応じてライセンス送付・連絡先を追加する

下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して頂いた上で問題ない場合には「I accept the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 26

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファ
イルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。

メールに添付されたライセンスファイルをネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、
licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdb

フォルダとなります。

ライセンスファイル xxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxx.lic ファイルを
C:\inetpub\mascot\config\licdb フォルダへコピーMascot Server version 2.6 新規インストール手順 27

ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。バージョンアップ後
各データベースの構築が行われ、検索可能になるのに少し時間がかかります。ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス
情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエ
ラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

license info 画面

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 28

6. MASCOT のデータベース環境設定画面を開く

インストール後、Database Manager ページ上で、使用するデータベースについて初期登録されている SwissProt と PRIDE_Contaminants の設定を確認し、さらに必要に応じてMASCOT 側で設定が定義されているデータベースから使用したいものを選びます。データベー
スの環境設定を行う画面へアクセスするためには MASCOT のライセンス登録後 Web ブラウザ
で Home → Configuration Editor → Database Manager を開きます（下図）。

Home ->

Configuration Editor -> Database Manager

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 29

インストール後最初にDatabase Managerを開くと、以下のように初期設定画面が現れます。
最適設定が自動的に選ばれているため、そのままパラメータを変更することなく「Import」を押します。（但しID部分を変更したい場合はその限りではありません）

通常はパラメータを変更することなく「Import」
Database Manager 初期設定画面

Importボタンを押すと画面が切り替わります（下図）。定義されているデータベースについては新しいデータベースファイルを自動的に取得しMASCOT用のデータベースの更新を試みます。更新状況は後述する確認方法で進捗をチェックしてください。

Import ボタンクリック後自動的に表示される「Databases」画面

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 30

画面表示確認後、必要に応じて以下の３つの操作を行ってください。

【Proxy設定】→ 「7.ネットワーク・proxyの設定」

ネットワークの設定が正しく行われていない場合データベースファイルの取得が始まりません。
Proxy サーバーなどご利用の場合は後述の「7.ネットワーク・proxyサーバーの設定」をご覧の上設定変更をしてください。

【使用データベースの追加設定】→ 「8.配列データベース・ライブラリの追加」

SwissProt, PRIDE_contaminants 以外のデータベースで、MASCOTが準備している公開
データベース・ライブラリに対する設定を使って自動的にダウンロード・データベース構築を行う事ができます。後述の「8.配列データベース・ライブラリの追加」をご覧ください。

【ファイルダウンロードの進捗確認】 → 「9.ファイルダウンロードとデータベース構築確認」
初期設定データベースや上記「8.配列データベース・ライブラリの追加」などで行われた
ダウンロード・自動更新の進捗状況をご確認する方法については、「9.ファイルダウンロードとデータベース構築確認」をご覧ください。

7. ネットワーク・proxy の設定
ご利用のネットワークにて proxy サーバーを使われていない方は特に設定変更する必要はございません。この章は飛ばし次の「8.配列データベース・ライブラリの追加」へお進みください。
（proxy サーバーの意味があまりわからない方もひとまずこの章を飛ばしてください。
）
ご利用のネットワークにて proxy サーバーをご利用の方は、MASCOT 上で Proxy サーバーの設定が必要です。Database manager 画面左に表示されている各セクションへのリンクでSettings -> Proxy settings と辿り、proxy の設定を行ってください。設定内容は次頁内に記しています。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 31「Settings」

この画面で proxy 設定する場合、”Specify”を選択← Proxy サーバーアドレス。
例: http://proxy.mascot.jp/proxy← Proxy ポート。例: 8080

← 認証ユーザー名とパスワード。
使用していない場合、空欄で↑FTP 通信にも HTTP proxy を使うかどうかの設定。よくわからない場合、一旦チェックを外して設定し、うまくいかない場合チェックを入れてお試しください。

Proxy Settings 画面

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 32

8. 配列データベース・ライブラリの追加

DVD 内に準備されている検索用データベースは SwissProt と PRIDE_Contaminants
のみですが、MASCOT 用のデータベースとしてはその他にも公開されているデータベース
や、ご自身で作成されたデータベースを使用する事ができます。
ここでは、公開データベースで MASCOT が既に設定内容を準備しているデータベースを
MASCOT 上で使用可能にする方法についてご紹介します。
「Database Manager」の左フレームを御覧ください。
「Fasta」「Library」それぞれに、「Enable predefined definition」という項目があります。
追加したい方の「Enable predefined definition」リンクをクリックしてください（下図）。

配列データベースを追加したい場合、「Fasta」→「Enable predefined definition」をクリック

ラ イ ブ ラ リ を 追 加 し た い 場 合 、「Library」→「Enable predefined definition」
をクリック

MASCOT が既に定義を作成しているデータベース/ライブラリの一覧が現れます（次頁図）。配列データベース・ライブラリの名称と実態については、MASCOT の HELP ページをご覧ください。

▼弊社 HP のリンク
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup.html
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_library.html

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 33

配列データベース

ライブラリ（一部）Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 34

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリックすると、確認後データベースの更新が行われます。データベースの置き場所や、（ライブラリの場合）配列データベースとの連携・生物種の設定を確認したうえで「Create」ボタンを押し、データベースを作成してください。作成後設定内容を表す画面が現れるのでご確認ください。

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリック

配列データベース・ライブラリの置き場所を確認して「Next」（ライブラリの場合）対応
データベース（通常はSwissProt ） や 生 物 種 を設定後、「Create」

設定内容の Summary 画面が現れます。データベースファイルの取得も自動的に開始されます。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 35■ Predefined definition として準備されている配列データベース

・ contaminants / cRAP
コンタミ（キャリーオーバー含む）、または生体内に頻出し通常解析対象とならない
タンパク質をまとめたデータベース。
・ XXXX_ESTEMBL にあるEST データベース(塩基配列)。
<対象生物種リスト:DB名XXXXに該当> Environmental , Fungi, Invertebrates,
Mammals, Mus, Plants, Prokaryotes, Rodents, Unclassified, Vertebrates
・ IPI_YYYY
EBIで公開されているタンパク質データベース。2011年で更新が止まっています。
＜対象生物種リスト:DB名YYYYに該当＞ arabidopsis, bovine, chicken , human,
mouse, rat, zebrafish
・ NCBIprot
NCBIサイトにあるタンパク質のデータベース。以前は「NCBInr」という名称で利用されていました。登録件数が非常に多い。
・ Trembl
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。登録件数がNCBIprotのように多い。
・ SwissProt
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。UniprotKB/Swiss-Protの事。
冗長性がなくコンパクトにまとめられています。
・ neXtProt
HUPO の HPP project で使用が推奨されているヒト用のタンパク質データベース。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 36■ Predefined definition として準備されているライブラリ
設置されているサイト、生物種、測定手法毎にまとめれています。ただしここで記されたすべての組み合わせが存在するわけではありません。

・ サイト
NIST / PRIDE・ 生物種
Human, Mouse, Rat, S.cereisiae, S.pombe, Arabidopsis, B.burgdorferi, B.cereus,
B.subtilis, C.elegans, Chicken, Drosophila, D.rerio, E.coli, G.sulfurreducens,
Soybean, Synechococcus, Synechocystis* 生物種記述のルールに一部統一性がありませんが、ソフトウェアの表記を優先しています。

・ 測定手法
IonTrap, HCD, QTOF, iTRAQ, iTRAQ+Phosphoなど

9. ファイルダウンロードとデータベース構築確認

新たにデータベースを使用するように設定変更すると、データベースファイルのダウンロード、
MASCOT用のデータベースファイル変換、検索テストが行われます。データベースファイルのダウンロード進捗状況確認についてはDatabase manager ページのRunning tasksで、ダウンロード後のファイル変換や検索テストの進捗状況確認は Database Status 画面で行います。

9-1. ダウンロード進捗の確認
各データベースのダウンロード操作は「Task」として扱われます。Taskの進捗度合いは次頁
図のように「Running tasks」セクションにて確認する事ができます。「Database Manager」
画面の左フレーム、「Running tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっている
Taskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています（次頁図）。実行したTaskが実行終了の欄へ移行し、「Last message」の欄に「(success)’DB名’ successfully updated」と表示されればダウンロード終了です。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 37

実行待ち→
実行中

→

実行終了→

Database Manager : Running tasks 画面

9-2. ファイルの変換・検索テスト進捗の確認

ファイルダウンロードが終了後、MASCOT Serverプログラム側(ms-monitor.exe) が自動的にダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようファイル変換を行います。
変換状況は、Database Status (Home -> Database Status) でデータベース毎に確認できます（次頁図）。
各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_ (バージョンまたは日付).fastaと表示されています。後部の (バージョンまたは日付) の記述部分でデータベースの新しさを確認してください。また「Status」項目ではデータベースの現状を確認できます。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 38

ダウンロード後のファイル変換
作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれる

Status が「In use」になれば構築完了です。

Database Status 画面:

上記例のPRIDE_Contaminantsのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例の上図では、日付が20160906 のStatus 項目は「Not in use」となっています。一方より新しい
20160908の方は「In use」となっています。これは20160906の方は既に使用されておらず、新しい20160908の方が現在使用可能となっている事を表しています。ダウンロードを開始したデータベースについて、Statusが「In use」になるまでお待ち下さい。Status
項目の変遷については、後述の「10-1.Database Status画面における各データベースのStatus項目」も併せてご覧ください。

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10. MASCOT Server の動作確認
すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、弊社にてお勧めする確認事項は以下の 2 点です。
10-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
10-2. 検索テスト
10-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
Home から
Database Status のハイパーリンクをクリックします。
Home -> Database Status をクリック

Database Status 画面にて、各データベースの「Status」項目を見ます。右図のように「In Use」
であれば問題ありません。

各データベースの Status 項目が”In Use”である
かをチェック。Halted なら PC 再起動

ファイルダウンロード後のデータベース再構築ですが、「データベースの構築」→「検索テスト」→使用可能 (In use)となります。Status が「Creating
compressed files N%」 となっている場合、データベースを構築中です。
「Running 1st test」
は検索テスト実行中です。共に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度
ご確認ください。同じエラーが出た場合、status 項目のすぐ隣に現れているハイパーリンク「compression warning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.6 新規インストール手順 40

10-2. 検索テスト

検索のテストについては、(すでにご利用いただいたことのある方は)いつも実施している方法
で検索してください。始めてご利用頂く方は DVD の mskk¥sampledata の中に含まれている
各種 mgf ファイルを使って検索を試みたり、質量分析装置の付属ソフトウェアからの検索を行ってみたりしてください。
うまくいかない場合、以下の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じる
かご確認ください。

1.

すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(P.34～をご参照ください)。また問題が生じているデータベースの名称を確認するとともに、MASCOT Server の logs フォルダにある、monitor.log, errorlog.txt
ファイル内に該当データベースに関するメッセージがないかご覧ください。ご不明な場
合はこれらのファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。
* ブラウザからの再検索方法が良くわからない場合、とりあえず home->Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行う方法などをご提案します。

上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、
Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

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11 MASCOT データベース自動更新プログラムの設定 （別紙）

データベースの定期的な自動更新を希望される場合、Database Manager 画面から設定を行う必要があります。
自動更新の設定方法に関しては、別紙「配列データベース管理マニュアル」
http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_database_manager.pdfの項目「Section 別設定内容::Database Manager Section」->「▼データベースファイルの定期的な自動取得・更新設定」にまとめています。詳しくはそちらをご覧ください。
ただしデータベース設定直後のファイルダウンロードが完了しないと自動更新の時間設定ができません。その場合は時間をおいて再度設定を試みてください。

12. MASCOT Daemon インストール（別紙）

質量分析装置の解析用ソフトウェアからの検索でない場合、MASCOT Server の検索を自動的に行う Mascot Daemon のインストールも行って頂く事をお勧めいたします。daemon のイ
ンストール手順に関しては、別紙「Mascot Daemon マニュアル」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_2.6_mdaemon_manual.pdfの「2.インストレーションと環境設定」-「2.2 新規インストレーション」にまとめてありますのでそちらをご覧ください。

● 技術サポート
インストールに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896