MASCOT Server version 2.1 最初にお読みください 1

最初にお読みください
MASCOT Server version 2.1 Release Notes
MASCOT Server version 2.1の新規インストール
MASCOT Server version 2.1を新規にインストールする場合は、最初にこの書類の3頁をお読みください。新規にインストールする手順につきましては「MASCOT Server version 2.1 新規インストール手順」書類（MASCOT Server CDROMの中のmskkフォルダにある “mascot_server_v2.1_新規インストール手順.pdf” ファイル）をご参照ください。また「Installation and Setup」マニュアル（「CDROMの中の“manual.pdf” ファイル）の「Chapter 3」も併せてご参照ください。

MASCOT Server version 2.1へのアップグレード
前のバージョンのMASCOT Serverをversion 2.1にアップグレードする場合は、最初にこの書類の4頁をお読みください。アップグレードの手順につきましては「MASCOT Server version 2.1 アップグレード手順」書類（MASCOT Server CDROMの中のmskkフォルダにある “mascot_server_v2.1_アップグレード手順.pdf” ファイル）をご参照ください。また、「Installation and Setup」マニュアル（「MASCOT ServerCDROMの中の “manual.pdf” ファイル）の「Chapter 3」も併せてご参照ください。

新規サポート機能
1. ロールによるセキュリティ設定
ロールによるユーザ管理機能をサポートしました。MASCOT Serverに登録されたユーザが属するユーザグループ毎に、たとえば検索できるデータベースや参照できる検索ログを制限することができます。

2. 検索結果出力ユーティリティー
MASCOT検索結果をCSVやXMLなどの書式でファイル出力することができます。

3. mzData(.XML)、Bruker(.XML) フォーマット
MASCOT検索の入力ファイル形式としてmzData v1.05およびBruker(.XML)をサポートしました。

4. MASCOT Daemonの機能強化
次の機能をサポートしました。
・入力したデータファイル群をひとつの入力データとして統合し、MASCOT検索を実行する・ウィンドウサイズを変更する
・入力データファイルサイズの制限をなくす
・Data import filtersで作成されたピークリストをファイルを保存する
・MASCOT Distillerのプロジェクトファイルを保存する・デスクトップアプリケーションとして動作させる

5. その他
次の機能をサポートしました。
・ネガティブイオンに対して検索を実行する（PMF、SQ、MIS）
・検索されたペプチドの前後のアミノ酸を表示する
・翻訳後修飾において、複数のニュートラルロスを考慮する
・その他

バージョン2.0.05からの変更点
6頁の表にバージョン2.0.05からの変更点をまとめてありますのでご参照ください。

最新の追加情報
2頁をご参照ください。

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最新の追加情報----------------------・

MASCOT Serverをアンインストールした後に再インストールする場合は、アンインストールした後にPCを再起動してください。

・

リモートドライブを利用してMASCOT Serverをインストールする場合、UNCパス（\\Server_name\Drive表記のパス）でリモートドライブを指定するとうまくインストールできません。「ネットワークドライブの割り当て」操作を通じてドライブ文字を指定してください。

・ MASCOT ServerのインストーラはWindows 2003に完全対応していますので、IIS6に関するマニュアル設定は必要ありません。
・ MASCOT ServerのインストーラはApache 2.xに対する設定を行います。Apache 2.xの設定をマニュアルで行う場合は、mascot.datファイルのForkForUnixApacheエントリの値を1にしてください。
・Windows 2003のIIS6の環境下において、ブラウザからMASCOT検索を実行し、MASCOT検索が終了する前にブラウザとの接続が切断された場合はMASCOT検索も終了します。これはIISの仕様に起因する問題ですが、弊社ではこの問題の解決策を検討しています。なお、Apache 2.Xを使用することでこの問題を回避することができます。

・Windows 2003のIIS6は登録されていないMIMEタイプを認識しません。また、MIME登録リストにはXMLスキーマドキュメントが含まれていません。MIME登録リストに*.XSDを加える手順につきましては、Microsoft社のKnowledge Base article Q326965を参照してください。
< http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;326965 >・PDFで提供している「Setup and Installation」マニュアル（manual.pdf）は、古いバージョンのAcrobat
では正しく表示できない場合がありますので最新バージョンのAcrobatReaderをお使いください。

・

リモートドライブにあるデータファイルをMASCOT Daemonで読む場合、Mascot Daemon Serviceの「ログオン」を「ローカル システム アカウント」ではなく「アカウント」に指定する必要があります。
詳しくはMASCOT Daemonのオンラインヘルプをご参照ください。

・

MASCOT Serverに関連して動作するサードパーティのプログラムの中にはヘルパースクリプトを必要とする場合があります。MASCOTのセキュリティ機能が動作している状態では、これらのヘルパープログラムがセキュリティホールになり可能性があります。

・

wget.exeプログラムは、32ビットのCPUシステムでは2GB以上のサイズを持つファイルをダウンロード
す る こ と が で き ま せ ん 。 現 在 、 EST_others.gz フ ァ イ ル の サ イ ズ は 2GB を 超 え て い ま す の で 、
db_update.plプログラムはWindowsおよびLinuxシステムでは正常に動作しません。

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MASCOT Serverの新規インストール------------------------------------------MASCOT Server version 2.1を新規にインストールする手順につきましては「MASCOT Server version
2.1 新 規 イ ン ス ト ー ル 手 順 」 書 類 （ MASCOT Server CDROM の 中 の mskk フ ォ ル ダ に あ る“mascot_server_v2.1_新規インストール手順.pdf” ファイル）をご参照ください。

Perlのインストール
MASCOT Server version 2.1はPerl 5.8以上で動作します。バージョン5.8未満のPerlがインストー
ルされている場合は削除し、Perl 5.8をインストールしてください。Perl 5.8はMASCOT Server CDROMに含まれています。なお、Windows 2000にPerl 5.8をインストールするためには、Windows Installerを2.0にアップグレードする必要があります。MASCOT Server CDROMのdaemonフォルダに含まれている
InstMsiW.exeを実行してください。

Mascot Daemonのインストール
MASCOT Serverのホームページのリンクからインストールすることができます。

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MASCOT Serverのアップグレード-----------------------------------------以前のバージョンのMASCOT Serverをversion 2.1にアップグレードする手順につきましては「MASCOTServer version 2.1 アップグレード手順」書類（MASCOT Server CDROMの中のmskkフォルダにある“mascot_server_v2.1_アップグレード手順.pdf” ファイル）をご参照ください。
MASCOT Server version 2.1はPerl 5.8以上で動作します。バージョン5.8未満のPerlがインストールされている場合は削除し、Perl 5.8をインストールしてください。Perl 5.8はMASCOT Server CDROMに含まれています。なお、Windows 2000にPerl 5.8をインストールするためには、Windows Installerを2.0にアップグレードする必要があります。MASCOT Server CDROMのdaemonフォルダに含まれている
InstMsiW.exeを実行してください。
MASCOT Server version 2.1へのアップグレードの手順は概ね次のようになります。
1. Administrator権限のユーザ（通常はmascotユーザです）でログオンする。
2. MASCOT検索を行っているユーザがいないことを確認する。
3. Perlのバージョンが5.8未満であれば5.8へアップグレードする。（Perl 5.8はMASCOT Server CDROMに含まれています）。
4. MASCOT Server CDROMの中のsetup.exeを実行する。MASCOT Server version 2.1のインストールが始まります。
5. オペレーティングシステムに関係するエラーが表示された場合は、「Installation and Setup」マニ
ュアル（「MASCOT Server CDROMの中のmanual.pdfファイル）の43頁にある「Troubleshooting」をご参照ください。
6. アップグレード作業の途中で次のダイアログが表示されます。

複数の異なるバージョンのMASCOT Serverを同時に動作させることはできませんので、特別な理由（新しいドライブに新規にインストールする、新しいWebサーバの元で動作させるなど）がなく、以前のバージョンのMASCOT Serverが問題なく動作している場合はそのまま[Next >]ボタンを押してください。
7. アップグレード作業の途中で次のダイアログが表示されます。

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通常は[Next >]ボタンを押してください。お客様が追加した消化酵素エントリはそのまま残されます。また、翻訳後修飾ファイルであるmod_fileが新しくインストールされますが、既存のmod_fileはバックアップされますので、アップグレード作業終了後に追加または変更を加えた翻訳後修飾エントリを新しいmod_fileに追加してください。
8. アップグレード作業の途中で次のダイアログが表示されます。

MASCOT Server CDROMに含まれているMSDBのバージョンは20050227です。これより古いMSDBがインストールされている場合はそのまま[Next >]ボタンを押してください。
9. PCの性能にもよりますが、MASCOT Serverのアップグレードは5～10分程度、続いて行われるMSDBのセットアップは20分程度で終了します。

MASCOT Daemonのアップグレード
MASCOT Serverのホームページのリンクからインストールすることができます。

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バージョン2.0からの変更点---------------------------------――--ID
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Description
Add support for seq() and comp() qualifiers to the BEGIN IONS structure in
Mascot Generic file format
Mascot Daemon: Option to merge batch of data files into single search
When reporting sequence strings, should show residue before & residue after
Multi threaded versions misses some proteins for low scoring ions
Daemon window should be re-sizable
Negative ions support
Result file has no mechanism to save a neutral loss for a fixed mod.
Precursor cut-out window in MS/MS spectrum should be definable
Like to be able to hide databases [Part of security module]
Move all search parameter info to header of master results [Select summary]Repeat search: If modification not available - ignores silently – should givewarning
Support XML format input files: 3 types of Bruker format, and mzData
Unix install script gets confused about Perl version
If the hard and soft limits for vmemoryuse are _not_ the same, then it tries to use
vMemory (from mascot.dat) before it has been initialised. It seems that it is quite
likely to fail…
Use NL from precursor to distinguish phosphoserine & threonine from
phosphotyrosine
nph-mascot.exe should reject search if CLE not specified
Mascot Generic Format should support TAG and ETAG
Peptide view msms gif and error graph not displayed if there are a large numberof matches, and the URL is too long.
Compress multiple database serially
Daemon 'out of string space' for peak lists > 50 MB
Check for too many searches as soon as the configuration file has been read
Daemon: don't re-process with data import filter for a follower task. Need tocache peak list
Hyper-threading on Linux. Allow a 2 cpu license on a 2 cpu hyper-threaded
system (which therefore appears as a 4 cpu system)
Don't allow priority to be set above 0 using ms-status.exe
Control 'Z' data file gives error message: M00020
In Master Results, need checkboxes on unassigned, even when overview
selected
MIME input with lots of white space treated as binary
Daemon cannot import PMF wiff using mascot.dll
SemiTrypsin problems: search can hang at 100%

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NT4 and Windows 2000 - need msvcp60.dll and msvcrt.dll for Mascot Parser
extract_msn.exe doesn't support -P argument. Also note that -Q in lcq_dta.exe is-Y in extract_msn.exe!
Taxonomy files shipped with Mascot 2.0.00 and 2.0.01 are old
Too much memory is pre-allocated by nph-mascot.exe
Search consisting of nothing but single etag() crashes
IgnoreDupeAccessions is never read from configuration file
IgnoreIonsScoreBelow should carry through to Protein View
The firewall changes in XP SP2 will stop Mascot cluster mode.
Report Pyro-glu Q when the N terminus is not Q
Get error message about using consistent syntax when trying to create archive
report from a search where one or more of the USER parameters are not empty.
nph-mascot errors if there is an empty ions() query
Master results pop-ups don't work on Konqueror
Need DTA Select-style super concise summary report for MudPIT results
Master results format options should have form interface
Daemon service crashes if connection to DB is lost
Spurious error message for WWW section of mascot.dat if the following are true:- The line in mascot.dat must have tabs - the default for db_gui.pl- The path name, or URL must have an underscore in it
Any warning in mascot.dat causes it not to be re-read when it is updated
Error message: Can't modify non-lvalue subroutine call at ./master_results.pl line
2573 in some versions of Linux
Absence of closing bracket in a comp() qualifier causes nph-mascot.exe crash
Missing .ref (or.dat) file has become a fatal error
Line numbers for errors in mgf files are incorrect
Daemon SQL scripts to create task database have errors
Taxonomy_1 (old method for NCBI) now hangs with recent NCBInr
Database Maintenance is not rugged wrt section keywords. For example, if oneof the databases is called unigene, get a duplicate unigene section error
message
Database update should report distinct error for file not found. Currently, say no
update available, which can be misleading
Daemon follower fails if original search was data folder, e.g MassLynx
Help for IPI sequence database setup is incorrect - the ID line now contains theversion number
In Database Maintenance, change AA->NA, #FRAME# not added to www
sectionCluster mode: In a taxonomy section of mascot.dat, you can specify any namefor the 'nodes.dmp' file. However, only nodes.dmp is actually sent to the nodes.
ms-searchcontrol.exe needs to read report parameters from mascot.dat
Search_form.pl can give a JavaScript error (undefined variable browser_NS3).
This variable went missing when browser.js was updated
If you upgrade a system and the htdig folder has been deleted, there are

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multiple detail level messages about missing lines in config files
Monitor tasks in Daemon should use Win directory management API
Try to improve the status tree behaviour in Daemon. It keeps on scrolling to adifferent position every 30 seconds!
HTTP/1.0 switch doesn’t affect Daemon service
Search progress message should not mention email unless enabled
Daemon cannot be run as unprivileged user
Forgot to remove the repeat search button from a Select report
Increase allowed number of tags and etags to 100
Add --set_to_queued to ms-searchcontrol for systems where queueing
proxy server password and user name fails because common_subs.pl is failingto strip the EOL character from proxy server password and user name entries inmascot.dat
User login for running searches, so that can only see 'own' searches [security]
Documentation for selenocysteine
Mascot is writing raw 8-bit characters into mail headers
Phosphorylation with and without neutral loss – support multiple neutral losses insingle mod
Option in Daemon to combine all files in a directory into a single search
Modifications should allow fixed and variable for same residue
Daemon should cache peak lists to disk files
Multiple queries generated when precursor charge unknown must be treatedcollectively
Not all modifications are iterated in error-tolerant search due to miscounting
number of entries
Need option to specify time or scan range in for Distiller import filter in Daemon
msdb_complete.ref cannot be used with db_update.pl because it is not renamed
correctly
Mascot doesn't accept UTF-8 mgf files that have a byte order mark
UTF-8 foreign chars in query title are always converted to 0xff
Query title not shown in concise protein summary
Cannot move error tolerant search result files to new location because relative
path to the first pass search is embedded in the result file.
db_update.pl must always rename the fasta file last
Incorrect parsing of descriptions / titles in Master Results if the parse rule is# Everything
RULE_23 "¥(.*¥)"
Convert search with mix of tags and etags into all etag
Sequence strings in reports (residue before / after) - report script changes
Mixed variable/fixed mods for the same residue - report script changes
Chunked search on cluster shows in node status as multiple entries
Daemon 2.0: <localuser> was dropped from code (because Daemon now runsas service) but still appears in documentation. Should be re-instated, because
can be useful to know which user service is running asMASCOT Server version 2.1 最初にお読みください 9

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Daemon introducing double backslash for multiple file selection from root folder
Peptide view could show fragments of mass zero in empty cells if search a tag
that includes a fragment ion forbidden by composition rules
ms-mascotnode.exe seems to have small memory leak
mod_file syntax error causes nph-mascot.exe to crash
For example, add this to the mod_file:
Title:DSS_Tris (K)Residues:387.2370 387.4731*
INSTRUMENT= being ignored in MGF
1233 from(1234,1+)etag- missing space, no error but etag missed
Protein view fails to show a predicted peptides table if there is only one peptide
cluster node error message could have confused database path
Failed to open memory mapped file ../EST_others/Owl_31.4.a00.
Error: No such file or directory
Incomplete .ref file: compression fails but there is no error message
Need easy to use result export utility
merge.pl should merge mgf files as well as pkl and dta files.
Remove Distiller licence nag screen from Daemon
Daemon will need link to launch associated Distiller project
Daemon needs to call CoInitializeSecurity for remote Analyst files
INTERMEDIATE= is not processed as embedded value in MGF filesemi-trypsin + variable mod which creates net negative C-term gives no resultms-mascotnode.exe doesn't support yyper-threading
Daemon doesn’t allow setting MDRO data file output options, e.g. output as
MH+ rather than m/z
Daemon needs new tag for path to cached peak list
Crash on Alpha (only) with zero peak intensities in pkl file
Floating point exception on Alpha (only) causes database entries to be skipped
Search form defaults don't work for a search started from lcq_dta_shell
Need to add -E parameter for threshold to lcq_dta in Daemon
Need to add -E parameter for threshold to lcq_dta_shellRULES= in result file fails to include the final series (24)
Sequence query with space between ‘from’ and parentheses causes nph-mascot
crash
Mascot Daemon fails to put quotes around temp folder passed to lcq_dta.exe(normally symptomless bug)
Repeat search PMF drops intensity values
Help text for PMF intensity information needs changing.
Spurious tab in search log causes error in search log display
Remove MaxAccessionLen and index 'all' accessions
taxonomy file has an entry with incorrect syntax: ends with word "end" instead of"*"Add a search priority parameter to Daemon

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ForkForUnixApache should be disabled in commandline-mode
ResultsPerlScript in the Options section of mascot.dat has no effect. Seems like
NoResultsScript is used in all cases
db_update_pl cannot deal with symbolic links
Daemon needs show all mods checkbox
ms-status screens should show description on current/completed lists
Need a MinPepLenInSearch to prevent wasting search time on stupid littlepeptides. A length threshold is better than a mass threshold because a large
mod (like iTraq) can push a 3 mer over 500 Da-f parameter for nph-mascot.exe is broken
If there are two queries of identical Mr, order in repeat searches is unpredictable.
Daemon will error if protein score > 32767
Homology threshold can be wrong in cluster mode with multi-thread node
int_max int_min not being rounded to IntensitySigFigs
Ion series used string in peptides section of result file is wrong
Daemon needs sample number token to help Integra connect results to files. At
present, if a WIFF file has 3 sample and only 2 produce results, there is no way
to be certain which sample failed
When Daemon GUI starts up, if the service is already running, it should tail a few
lines from the event log so that the event log isn't empty
Tag-searches with zero-end don't give significant matches. Just try to take a"successful" tag-search and add one tag with a zero-mass liketag(0.0, ABC, 1234.0)
NA-sequences with a stop codon can give wrong missed cleavage count
new XML formats for input files supported by Daemon
Need to set autoflush in master_results.pl. Keep-alive bytes not being leaked tobrowser efficiently.
ICAT broken. Must be something to do with C filter.
Masses in Mascot_Daemon_PMF_stop_masses.txt are not being discarded forDistilled data files
Daemon should use Distiller streaming functions to save peak lists
Daemon needs to support Mascot 2.1 security
Option to run Daemon service as desktop application
Move ms-distillerget functionality to ms-searchcontrol
Add a masses file for N15 labellingRemove assignments from error tolerant report. Just show mass delta. Havepossible assignments as pop-up
If Daemon ADO connection is valid but useless, e.g. to Excel, can be impossible
to recover without editing the registry
Additions to MGF format, for each ms-ms scan:
SCANS=a[-b][,c[-d]RTINSECONDS=v[-w][,x[-y]negative ions require perl-script changes in master-results.pl etc
proxy server behaviour was not correct in db_gui.plMASCOT Server version 2.1 最初にお読みください 111957
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Need to remove msbiotools_*.pl from the installation
Search form reset doesn't reset all fields
When we use -f switch for nph-mascot.exe and supply explicitly the file name forresults search log doesn't record thisDaemon may be slow repeating large searches?
Make AB_old_ICATd0 and AB_old_ICATd8 hidden
Format checkboxes on master_results cannot override mascot.dat settings of 1.
This affects _requireboldred and _showsubsets
Remove bold red highlighting of protein scores in peptide summary
If you edit the Distiller options in Daemon, and then change the file, the options
dialog is stuck on the original file.