特別企画 第404回 ＯＵＧライフサイエンス分科会～第20回情報プロフェッショナルシンポジウムINFOPRO2023ver.～

医学分野のプレプリントの文献データベース収録
2023年7月6日（木）13:20~13:45
INFOSTA OUG ライフサイエンス分科会

日本オンライン情報検索ユーザー会 Online Users Group(OUG)

OUG ライフサイエンス分科会
https://www.infosta.or.jp/research/oug-life/• 医薬分野から広くライフサイエンス全般を対象に検索演習、勉強会、見学会等を開催• 開催日：毎月第3木曜午後、年間９回程度開催• 開催場所：現在はWeb（リアルの場合は日本図書館協会会議室（茅場町））• 本会はメンバー全員によるグループ（輪番）制で会の企画・運営を行っております。
• OUG入会手続きは入会申込（OUG/SIG)のページをご覧ください。
OUG会員の方で初めてライフサイエンス分科会に出席される場合は、予め事務局経由にて主査までご連絡ください。
• OUG非会員はビジター参加も可能です。

背景・目的背景
新型コロナウイルス感染症の拡大とともに医学分野でもプレプリントでの論文公開が増加し、医学学術文献データベースへの収録も開始された• 2020年6月よりMedline（PubMed）へCovid-19関連を収録開始• 2021年12月よりEmbasePreprintsが公開• 2022年3月よりJ-GLOBALで収録開始• 2022年7月よりJDreamで収録開始• 2023年1月にMedline（PubMed）へCovid-19以外のプレプリント収録を表明

そこで、プレプリントを対象に文献データベースを検索し、その検索結果から収録状況を調査することとした。
目的

文献データベースへのプレプリント収録状況を調査・検証し今後の文献データベースの活用に繋げるプレプリントについて
学術雑誌に投稿し査読を受ける前の論文原稿で査読前論文とも呼ばれる。
プレプリントを掲載して公開するプラットフォームがプレプリントサーバー。
学術論文の増加と同様にプレプリントも増加し続けている。
【主なプレプリントサーバーの例】• arXiv：物理学分野。1991年～（途中、LANL preprint archiveから名称変更）• SSRN：社会学分野。1994年～• bioRxiv：生物学分野。2013年～• Research Square：SpringerNatureの出資、2018年～• medRxiv：医学分野。2019年～
野村 紀匡, 情報の科学と技術, 2021, 71 巻, 9 号, p. 408-413, https://doi.org/10.18919/jkg.71.9_408
尾城 孝一, 情報の科学と技術, 2020, 70 巻, 2 号, p. 83-86, https://doi.org/10.18919/jkg.70.2_83

調査内容
対象データベース
JDreamPREPRINT、J-GLOBAL、EmbasePreprints、MEDLINE
検索内容：プレプリントを対象に検索① タイトルに「Covid-19」を含み、かつ、出版年2023年② タイトルに「Hypertension」を含み、かつ、出版年2023年（検索実施日）2023年3月20日※※JDreamPREPRINTとJ-GLOBALに更新が反映される日を選定
調査内容
収録データを比較する：重複状況や各データの中身相違点があればその要因、また、その後（5月・6月）の収録状況を確認する

調査対象の文献データベースのプレプリントの収録
JDreamPREPRINT

J-GLOBALMEDLINE(PubMed) ※2

EmbasePreprints

作成機関

国立研究開発法人科学技術振興機構(JST)

アメリカ 国立医学図書館

エルゼビア社

プレプリン
ト収録

2022年7月～

2020年6月～

2021年12月～

プレプリン
ト収録年

arXiv：2016年～
bioRxiv：2019年～
medRxiv：2019年～

2020年6月～

2021年～
過去分の遡及あり(6月末時
点で1,200件程度)

2022年3月～

約116万件収録源とarXiv:約95万、収録数※1
bioRxiv:約17万、medRxiv:約4万

約1万件
arXiv: 365、bioRxiv： 5,746、 約7.5万件
medRxiv：2,562、bioRxiv: 約58,000
ResearchSquare：1,288、medRxiv: 約17,000
ChemRxiv：24、SSRN：27

アクセス

MedlineはDialog、STN、OVIDな Dialog、STN、OVIDなどでどで提供（有料）提供（有料）
PubMedはWebで無料公開

JＤream（有料）

Webで無料公開※ １ 数字は2023年6月末時点※ ２ NIHが研究助成したプレプリントが対象で、2020年当初はCovid-19関連、2023年からテーマを限定せず収録。

①検索式

COVID-19

データベース

検索式

JDream PREPRINT(COVID-19/TI + COVID-19/TIEN) *(2023-2023/PY)

J-GLOBAL※

タイトル「COVID-19」 発行年「2023」 文献種別「プレプリント」

Embase Preprints（Dialogを使用）(ti(covid-19)) and (pd(20230101-20231231)

MEDLINE（Dialogを使用）(ti(covid-19)) and (rtype.exact("Preprint") and (pd(2023010120231231)※J-GLOBALの検索画面

②検索式

hypertension

データベース

検索式

JDream PREPRINT(hypertension/TI+hypertension/TIEN )*(2023/PY)

J-GLOBAL※タイトル「hypertension」 発行年「2023」 文献種別「プレプリント」

Embase Preprints（Dialogを使用）(ti(hypertension)) and (pd(20230101-20231231))

MEDLINE（Dialogを使用）(ti(hypertension)) and (rtype.exact("Preprint") and pd(2022010120221231))※J-GLOBALの検索画面

COVID-19 検索結果
データベースJ-GLOBAL
254

JDream PREPRINT
251
1①93

10
EmbasePreprints
108③④1312②251310

JDream PREPRINT251

J-GLOBAL

254

Embase Preprints

108

MEDLINE43①JDreamPREPRINTのみの1件：arXiv②EmbasePreprintsとJDreamの1件：medRxiv

00

件数

18⑤

MEDLINE43③EmbasePreprintsのみの2件：medRxiv④J-GLOBALのみの5件：medRxiv⑤MEDLINEのみの18件：medRxiv(6)、bioRxiv(2)、arXiv(2)、ResearchSquare(8)① JDreamPREPRINTのみの1件：arXiv② EmbasePreprintsとJDreamPREPRINTの1件：medRxiv
タイトル中「COVID-19」が「-」区切りでなかったためJ-GLOBALにも収録されていたがヒットしなかった。
データベース①JDreamPREPRINTのみの1件：arXiv②EmbasePreptintsとJDreamPREPRINTの1件：medRxiv

英文標題
Deep Learning For Classification Of Chest X-Ray Images (Covid 19)
Electronic data review, client reminders, and expanded clinic hours
for improving cervical cancer screening rates after COVID19
pandemic shutdowns: a multi-component quality improvement
program

Electronic data review, client reminders, and expanded clinic hours
なお②はEmbasePreprintsのfor improving cervical cancer screening rates after COVID-19
タイトルでは「COVID-19」と記
pandemic shutdowns: a multi-component quality improvement
載されていた：別タイトル
program

その後の収録：①②とも、その後もMEDLINEに収録されなかった。
（なお①はarXivなのでEmbasePreprintsの収録対象外である）

COVID-19 ③④⑤その後の確認
J-GLOBAL（G）254

JDreamPREPRINT（J）
251

①1131
93

10
EmbasePreprints（E）
108③④1312②2

5000

18⑤MEDLINE（M）
43③EmbasePreprints（E）のみの2件：medRxiv
その後、GJで1件ヒットしたが、もう1件は収録なし。
Mは2件ともなし。
④J-GLOBAL（G）のみの5件：medRxiv
Jには5件とも収録されていたことが判明（年違いでヒットせず）。
Eにもすべて「年」違いで収録されていることを確認。
Mは5件とも収録なし。
⑤MEDLIE（M）のみの18件：medRxiv(6)、bioRxiv(2)、arXiv(2)、ResearchSquare(8)
その後GJで7件ヒットし5件がmedRxiv でEもヒット、2件はarXiv。
その他、EではmedRxiv1件とbioRxiv1件がヒットしたが、これら2件はその後もGJで収録なし。
このほかbioRxivの1件がEに「年」違いで収録されていたが、同じデータがGJでタイトル違いでヒットしなかったことを確認。

③EmbasePreprintsのみの2件：medRxiv
 J-GLOBALとJDreamPREPRINTで1件は収録を確認したが、1件は収録されなかった。
（下表の２行目）
 2件ともMEDLINEにはその後も収録されなかった。
Title

確認結果

A Randomized Trial Comparing Omicron-Containing Boosters
with the Original Covid-19 Vaccine mRNA-1273

J-GLOBALとJDreamPREPRINTは収録を確認。
MEDLINEはその後も未収録

Current Status and Emerging Trends of COVID-19-related
Studies in Seven ‘Tropical Medicine’-entitled Journals

J-GLOBALとJDreamPREPRINT、および、MEDLINEでその後も未収録

④J-GLOBAL のみの5件：medRxiv
 その後JDreamPREPRINTでも全てヒット（両DBに収録済みのデータが更新される場
合はJ-GLOBALが先に更新される：先行して出版年が2023年に変更されていた）。
 5件ともEmbasePreprintsにも収録されていたが出版年が2023年でなかった。
 その後もMEDLINEには収録されていなかった。
Notes（英文標題）

確認結果

Evaluation of primary allied healthcare in patients recovering from COVID-19:
J-GLOBALとfirst results after six months follow-up in a Dutch nationwide prospective cohort
JDreamPREPRINTの違study
いは更新タイミングで「年」
Polygenic Risk Scores for Asthma and Allergic Disease Associate with COVID-19に更新があったため）。
Severity in 9/11 Responders
Inflammasome activation and pulmonary viral loads define two distinct clinicalEmbasePreprintsはoutcomes in COVID-19「年」違いでヒットしていな
Reversal of increases in methadone distribution for opioid use disorder in the US
かった。
during the COVID-19 pandemic
Impact of the COVID-19 pandemic on the socioeconomic inequality of health
MEDLINEはその後も未behavior among Japanese adolescents: a two-year-repeated cross-sectional
収録。
survey⑤MEDLINEのみの18件：medRxiv(6)、bioRxiv(2)、arXiv(2)、ResearchSquare(8) その後、J-GLOBAL、JDreamPREPRINTで7件ヒット（medRxiv5件、arXiv2件）
EmbasePreprintsでもmedRxivの5件がヒットした。
 EmbasePreprintsでヒットしたmedRxivとbioRxivが他2DBではヒットしなかった。
 EmbasePreprintsに「年」違いで収録されていたbioRxivの1件は、他２DBでは別タイトルのためヒットしなかった。
EmbasePreprintsでヒットし他2DBでヒットしなかった2件、および、年違い・別タイトルの1件
Title
Ischemic stroke after COVID-19 bivalent vaccine administration inpatients aged 65 years and older: analysis of nation-wide patientelectronic health records in the United States
Single-cell multi-omic topic embedding reveals cell-type-specific andCOVID-19 severity-related immune signatures
COVID-19-associated pulmonary aspergillosis in immunocompetentpatients: A virtual patient cohort study
別タイトル：COVID-associated pulmonary aspergillosis inimmunocompetent patients

種別

その後の収録medRxiv

EmbasePreprints：ありJ-GLOBAL・JDreamPREPRINT：なし

bioRxiv

EmbasePreprints：ありJ-GLOBAL・JDreamPREPRINT：なし

bioRxiv

EmbasePreprints：「年」違い
J-GLOBAL・JDreamPREPRINT：別タイトル

COVID-19 検索結果件数
JDreamPREPRINT（J）
251⑥113193⑦1

EmbasePreprints
（E）
108

5

⑥131：medRxiv(61)、bioRxiv(18)、arXiv(52)
その後、Eで48件ヒットmedRxiv(35)、bioRxiv(13)。
arXivを除いた残り31件が「年」違いで収録あり。
（ここでのE収録はmedRxivとbioRxivはGJと同じ）
Mで追加の収録なし。

0⑦93：medRxiv(93)Mで追加の収録なし

18⑧13： medRxiv(11)、bioRxiv(2)
その後、Eで8件ヒット、medRxiv(6)、bioRxiv(2)。
残り5件は「年」違いで収録あり。
（ここでのE収録もmedRxivとbioRxivはGJと同じ）

13⑧1202

J-GLOBAL
（G）
254

00

MEDLINE（M）
43

Hypertension
J-GLOBAL
11

JDream PREPRINT
1160200
Embase Preprints
2①03③②0000

件数

JDream PREPRINT

11

J-GLOBAL11

Embase Preprints

2MEDLINE

7①6：
Eで4件ヒット。残り2件は「年」違いで収録されていることを確認。
その後もMでヒットしない。

04

データベース④MEDLINE
7②2：
その後もMでヒットしない。
③3：
その後、Eで3件ともヒット。
④4：
その後、GJEともに共通で2件ヒット： medRxivとbioRxiv。
残り2件はResearchSquareなので収録対象外。

結果• JDreamPREPRINTとJ-GLOBALでは、ハイフン「-」の検索仕様の違いによる検索結果の違いを認めた。
• JDreamPREPRINTとJ-GLOBALは同じデータと思われたが、両データベースに更新タイミングの差があることを確認した。
• データベースへの収録にタイムラグのあることを確認した。
• データベースによって「出版年」や「タイトル」が異なるものがあった。
• JDreamPREPRINTとJ-GLOBALで収録対象だが時間が経過しても収録されないデータが存在した（2023年6月時点）。
• MEDLINEに収録されないプレプリントは、収録要件であるNIHの研究助成がなされていないものと思われた。

考察• ハイフン有無などの検索仕様に対する注意が必要なことを確認できた。
• データベースごとに収録タイミングの違いのあることを認識する必要がある。
• 「年」の違いはプレプリントの性質上やむを得ない部分もあるが、プレプリントのバージョン情報、また、掲載や更新時期を認識できる仕組み作りなど利用面での工夫がデータベース側にあるとよいと考えた。
関連して、プレプリントのバージョンなどの情報がデータベースと連動・協調することが望ましいと考えた。
• データベースごとに「年」や「タイトル」が違う要因として、採用したバージョンやデータ領域の違いがあるものと思われたため、データベース構築におけるデータの内容の提示（透明性の向上）が望ましいと考えた。
• JDreamPREPRINTとJ-GLOBALで収録対象だが時間が経過しても収録されないデータが存在した点については、タイムラグの短縮化など今後のデータベース構築の改善につながることを希望する。

最後に
今回の検証にあたり、データベース作成・提供機関のJST様、ジー・サーチ様など関係の皆様のご協力をいただきましたことに感謝申し上げます。
ご清聴をありがとうございました。