蛋白質同定システム

MASCOT Server
Version 2.2
チュートリアルプロテオミクスとともに・・・

マトリックスサイエンス株式会社
電子メール：support-jp@matrixscience.com
電話：03-5807-7895

ファクシミリ：03-5807-7896
住所：〒101-0021 東京都千代田区外神田 6-10-12 KN ビル 3 階

MASCOT Server : チュートリアル

1

チュートリアル 目次
1. Mascot Serverへのアクセス
1-1. Mascot Server トップページの表示・・・・・・・・・・

3

2-1. 検索条件設定画面へのアクセス・・・・・・・・・・

4

2-2. 検索条件の種類
2-3. 検索条件の設定例

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

5
6

2-4. PMF 検索の実行・・・・・・・・・・

7

2-5. 検索結果レポート
2-6. 検索結果の出力・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

8
11

2-7. 検索条件の変更と再検索

・・・・・・・・・・

12

3-1. 検索条件設定画面へのアクセス・・・・・・・・・・

13

3-2. 検索条件の種類

・・・・・・・・・・

13

3-3. 検索条件の設定例
3-4. MIS 検索の実行・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

15
15

3-5. 検索結果レポート

・・・・・・・・・・

15

3-6. 検索結果の出力
3-7. 検索条件の変更と再検索

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

18
18

3-8. Error Tolerant Search・・・・・・・・・・

19

4-1. 検索条件設定画面へのアクセス・・・・・・・・・・

21

4-2. SQ の構文と実行例

・・・・・・・・・・

21

5-1. 検索ログ

・・・・・・・・・・

23

5-2. 配列データベース管理画面
5-3. 検索条件のデフォルト値の設定

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

23
24

5-4. Mascot Server の設定値の変更

・・・・・・・・・・

25

5-5. ヘルプへのアクセス
5-6. Mascot ファミリーに関する最新情報

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

26
28

・・・・・・・・・・

29

2. PMF検索(Peptide Mass Fingerprint)

3. MIS検索(MS/MS Ion Search)

4. SQ検索(Sequence Query)

5. Mascot Server の管理

6. Mascot Daemon
6-1. インストール
6-2. チュートリアル・・・・・・・・・・ 29

MASCOT Server : チュートリアル

7. 質量分析計との連携
7-1. Applied Biosystems

・・・・・・・・・・

30

7-2. Waters
7-3. 島津製作所

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

30
30

7-4. Thermo Fisher Scientific・・・・・・・・・・

30

7-5. 日立ハイテクノロジーズ
7-6. Bruker Daltonics

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

31
31

・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・

32
34

8. 付録
8-1. 蛋白質同定のコツその１8-2. 蛋白質同定のコツその２

2

MASCOT Server : チュートリアル

3■ 1. Mascot Serverへのアクセス
Mascot Server はWebサーバ上に構築されたアプリケーションです。従いまして、Mascot Server とネットワーク接続されているコンピュータのWebブラウザからアクセスし、利用することができます。

1-1. Mascot Server トップページの表示
Webブラウザを起動し、アドレス入力欄にMascot Server 名（通常はコンピュータのホスト名）を含む次のURLを入力してください。

http://ホスト名/mascot/

Mascot Server に接続され、図１に示すトップページが表示されます。Mascot Server はひとつの独立したWebサイトになっており、トップページから Mascot Server が持つ様々なリソースにアクセスすることができます。

図 1 Mascot Server のトップページ
Mascot Server に関連したヘルプページにリンクしています。
Mascot Server サイト内をキーワード検索することができます。

次の Mascot 検索モード選択画面にリンクしています。
1. Peptide Mass Fingerprint（PMF 検索）
2. Sequence Query（SQ 検索）
3. MS/MS Ion Search（MIS 検索）
Mascot Server を利用する上で必要なブラウザの機能（Java Script、Table、ファイルの読込、Cookie）をチェックすることができます。

セキュリティ機能が有効な時、ログイン、ログアウト、パスワードの変更、登録内容の変更、現在のセッショ
ン情報の確認、ユーザ権限の設定などを行う画面にリンクしています。

Mascot Server が利用する配列データベースの管理画
面にリンクしています。
Mascot 検索ログの画面にリンクしています。
Mascot Server の設定値を管理するためのユーザイン
ターフェースにリンクしています。

Mascot Daemon のインストールおよびアップグレードを行うためのページにリンクしています。

Acrobat Reader が イ ンス ト ー ルさ れ て い る 場 合 は「Setup & Installation」マニュアルが表示されます。
Acrobat Reader がインストールされている場合は「リリースノート」が表示されます。

MASCOT Server : チュートリアル

4■■ 2. PMF検索（Peptide Mass Fingerprint）
PMF 検索では、指定した配列データベースの中から、MS データ（蛋白質を酵素消化して得られたペプチドの質量データのセット）にマッチする蛋白質を検索し、測定サンプルに含まれる蛋白質を同定します。

2-1 検索条件設定画面へのアクセス
Web ブラウザを起動し、アドレス入力欄に Mascot Server 名を含む次のURLを入力してください。
http://ホスト名/mascot/
Mascot Server に接続され、図１に示すトップページが表示されます。トップページ画面の Welcome の次の行にある Mascot のリンク、またはページ最上段の HOME | MASCOT | HELP の中の MASCOT のリンクをクリックしてください。図２に示す Mascot Server の検索モード選択画面（Mascot Search 画面）が表示されます。
図 2 検索モード選択画面

各検索モード（Peptide Mass Fingerprint、Sequence
Query、MS/MS Ion Search）にリンクしています。

LCQ_DTA プログラム（lcq_dta.exe/extract_msn.exe）のユーザインターフェースにリンクしています。

検索パラメータのデフォルト値を設定するためのユー
ザインターフェースにリンクしています。

Mascot Server は次の３つの検索モードをサポートしています。
（１） Peptide Mass Fingerprint（PMF検索：MSデータを使って蛋白質を同定することができます）（２） Sequence Query（SQ検索：配列タグ情報を利用して蛋白質を同定することができます）（３） MS/MS Ion Search（MIS検索：MS/MSデータを使って蛋白質を同定することができます）
図2に示す Mascot Search 画面の一番上の行にある Peptide Mass Fingerprint のリンクをクリックしてください。図３に示す PMF 検索検索条件設定画面が表示されます。

MASCOT Server : チュートリアル

5

図 3 PMF 検索の条件設定画面
検索そのものに関係する条件は、
1. Database（検索する配列データベース）
2. Taxonomy（生物分類)
3. Enzyme（消化酵素）
4. Fixed / Variable modifications（翻訳後修飾）
5. Allow up to（missed cleavages：未切断サイト数）
6. Peptide tol +/-（ペプチドの質量誤差範囲）
7. Mass values（電荷状態）
8. Monoisotopic/Averageなどです。詳しくは次の検索条件の種類を参照してください。

検索条件の各項目はヘルプページにリンクしていますので、その使い方や意味をオンラインで参照することができます。

2-2. 検索条件の種類
PMF 検索では、次の表に示す検索条件を入力または選択することができます。
質量データは Query ウインドウに数値を入力しますが、ファイルとして存在する場合は Data file の [参照]ボタンから直接読み込むこともできます。修飾は最大９個まで同時選択することができます。複数の修飾を選択する場合および選択した修飾を解除する場合はキーボードの [Ctrl] キーを押しながらマウスでクリックしてください。
なお、各検索条件項目は Mascot Server のWebサイト内にあるヘルプページにリンクしており、その検索条件に関する意味や使い方をオンラインで参照することができます。
検索条件名Your nameEmail
Search title

Database
Taxonomy
EnzymeAllowed up to [1-9] missedcleavages
Fixed modifications

値と内容
名前（ユーザ名）を入力してください。
Emailアドレスを入力してください。
検索タイトルを入力してください。後日、この検索結果にアクセスしやすくするためにできるだけ詳しい内容を入力することをお勧めします。
複数の配列データベースがセットアップ
されている場合は、検索したい配列データ
ベースを選択します。
検索対象としたい生物種を選択します。
蛋白質を消化するために使用した消化酵素を選択します。必要であればユーザ定義の消化酵素も定義することができます。
ペプチドの消化状態を指定します。完全に消化されていると考えられる場合は"0"（ゼロ）を選択してください。
修飾を選択します。指定したすべての（Fix

設定例
usami
support-jp@matrixscience.com
sample1, spot67, Trypsin,
50fm, 2457-9001-125-afd

SwissProt

All entries
Trypsin1

Carboxymethyl (C)MASCOT Server : チュートリアル

Variable modifications

Protein mass

Peptide tol. +/-Mass values
Monoisotopic/Average

Data file

Query

Decoy
Report top

された）アミノ酸に対して修飾を考慮して検索を行います。システインの誘導体化のような意図された化学修飾に対応します。
修飾を選択します。指定したアミノ酸に対して修飾を考慮する場合としない場合の２通りの（Variableな）検索を行います。
サンプルの前処理の段階で発生する偶発的な修飾や翻訳後修飾に対応します。
検索範囲ウインドウを指定します。たとえば、"30"を指定した場合は30KDaの範囲にある連続したアミノ酸配列を対象として検索を行います。
ペプチド質量の許容誤差をDa、mmu、%、ppmの単位で指定します。1.0 Daを指定した場
合は（ペプチド質量-1.0）Daから（ペプチド質量+1.0）Daの範囲でヒットするペプチドを検索します。
ペプチドの電荷状態（MH+, Mr, M-H-）を指定します。
質量データの種類（MonoisotopicまたはAverage）を指定します。
読み込みたい質量データファイルを[ファイルの選択]ダイアログを通じて指定します。

質量データを入力します。
PMF検索ではモノアイソトピック質量を使用します。質量データからこれらの値を抽出するには、各装置の解析ソフトウエア
や、Mascot Distillerなどを利用してください。

チェックボックスをチェックすることにより、Decoyデータベースの同時検索を実行します。
検索結果レポートに表示する蛋白質の数を選択します。

Acetyl (K)Oxidation (M)

30

1Da

MH+
Monoisotopic
データファイルを指定

594.5
649.5
693.3
756.7
998.8
1060.81079.81116.91365.91726.1
1748.1
1851.2
2561.8
ボックスをチェック20

2-3. 検索条件の設定例
つぎの検索条件を設定してください。
検索条件
Your name
Search title
Database
Taxonomy
EnzymeAllowed up to [1-9] missedcleavages

設定値
任意
PMF test search # 1
SwissProt
All entries
Trypsin1

摘要
ユーザ名をアルファベットで入力
Eメールアドレスをアルファベットで入力

6

MASCOT Server : チュートリアル

Peptide tol. +/Mass values
Monoisotopic/Average

Query

Decoy
Report top

1.0 DaMH+
Monoisotopic
594.5
649.5
693.3
756.7
998.8
1060.81079.81116.91365.91726.1
1748.1
1851.2
2561.8
チェック無しAUTO

7

数値を入力する代わりに、Data file の [参照]ボタンから直接“mixtureSample.asc”データファ
イ ル (Mascot の イ ン ス ト ー ル CD の 中 の“ mskk\sampledata ” フ ォ ル ダ ま た は“C:\inetpub\mascot\mskk\sampledata”フォル
ダにあります)を読み込むことができます。
“ mixtureSample.asc ” デ ー タ フ ァ イ ル に は 、594.5、649.5、693.3、756.7、998.8、1060.8、1079.8、1116.9、 1365.9 、1726.1、 1748.1、1851.2、2561.8の質量値が含まれています。

2-4. PMF 検索の実行
検索条件設定画面左下にある [Start Search ...] ボタンを押してください。Mascot 検索が始まり、検索の進捗状況が％表示されます。
図４ PMF 検索の実行と進捗状況表示

検索条件の設定と質量データの入力または質量データを含むファイルの指定が完了したら、[ Start Search … ] ボタンを押してください。PMF 検索が始まり、検索の進捗状況が表示され、検索が終了すると検索結果レポートが％表示されます。

検索時間（検索に要する時間）は、検索に使用した配列データベースのサイズ（配列データベースを構成す
る蛋白質エントリの総数）、missed cleavages の設定値、Variable modifications の設定値、Peptide tol +/- の設定値などにより異なります。これらの設定値が大きくなるほど検索空間が広がるために、検索時間は長くなります。

MASCOT Server : チュートリアル

8

2-5. 検索結果レポート
PMF検索が終了すると、検索結果を示す Mascot Search Results 画面が表示されます。Mascot Search Results
画面には、図５の Concise Protein Summary Report 画面、図６の Protein Summary Report 画面の２つの表示モードがあり、[Fomat As] ボタンの右にあるプルダウンメニューから選択することができます。最初に表示されるのは図５の Concise Protein Summary Report 画面です。
図５ Concise Protein Summary Report 画面

検索したデータベースの種類（この場合は Sprot）とサイズ（タンパク質のエントリ数＝265,950 件）です。

トッププロテインスコアを持つタンパク質が表示されます。
統計的に有意な閾値スコア（有意水準を 5%として、この場合は67）とその計算式（P=1/265950*0.05）を示しています。
閾値 67 のライン

有意なヒットが 3 件存在することを示しています。

Concise Protein Summary と Protein Summary の画面表示を切り替えることができます。
閾値（有意水準）を変更することができます。

ヒットした蛋白質がプロテイ
ンスコア順に表示されます。な
お、有意なプロテインスコアは太い赤文字で表示されます。

Accession 番号はそのタンパク質の詳細情報を表示する Protein View 画面にリンクしています。

図６ Protein Summary Report 画面

MASCOT Server : チュートリアル

9

図５の Concise Protein Summary Report 画面では、ヒットした蛋白質をプロテインスコア順に表示します
が、各ヒットランクの代表蛋白質に帰属する質量データのうち、すべてまたは一部分の質量データを持つ蛋白質をひとつのグループにまとめて表示します。たとえば、ヒットランク第１位の、有意なプロテインスコア 201 を持つ Mixture 1 には（594.5、649.5、693.3、756.7、998.8、1060.8、1079.8、1116.9、1365.9、1726.1、1748.1、1851.2、2561.8）の質量データが帰属しますが、プロテインスコア 80 を持つ RS14Z_MYCPA は Mixture 1 に帰属する質量データの一部分に当たる（594.5、1060.8、1079.8、1365.9、1726.1、1851.2）の質量データが帰属しています。
1.

Mixture 1
Total score: 201
Expect: 2.1e-015 Queries matched: 13
Components (only one family member shown for each component):
LAP_BOVIN
Mass: 7037
Score: 99
Expect: 3.3e-005 Queries matched: 7
Lingual antimicrobial peptide precursor - Bos taurus (Bovine)
RS14Z_MYCPA
Mass: 6889
Score: 80
Expect: 0.003 Queries matched: 6

30S ribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium paratuberculosis-----------------------------------------------------------------------------------------2.
LAP_BOVIN
Mass: 7037
Score: 99
Expect: 3.3e-005 Queries matched: 7
Lingual antimicrobial peptide precursor - Bos taurus (Bovine)
LAP_BUBBU
Mass: 7037
Score: 99
Expect: 3.3e-005 Queries matched: 7
Lingual antimicrobial peptide precursor - Bubalus bubalis (Domestic water buffalo)
KV112_HUMAN
Mass: 12119
Score: 42
Expect: 17 Queries matched: 4
Ig kappa chain V-I region Kue - Homo sapiens (Human)(省略)-----------------------------------------------------------------------------------------3.
RS14Z_MYCLE
Mass: 6892
Score: 95
Expect: 8.8e-005 Queries matched: 7
30S ribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium leprae
RS14Z_MYCPA
Mass: 6889
Score: 80
Expect: 0.003 Queries matched: 6
30S ribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium paratuberculosis
RS14Z_MYCSS
Mass: 6984
Score: 65
Expect: 0.09 Queries matched: 5
30S ribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium sp. (strain MCS)
(省略)-----------------------------------------------------------------------------------------4.

RK14_COFAR
Mass: 13568
Score: 42
Expect: 15 Queries matched: 4
Chloroplast 50S ribosomal protein L14 - Coffea arabica (Coffee)
RK14_NICSY
Mass: 13569
Score: 42
Expect: 15 Queries matched: 4
Chloroplast 50S ribosomal protein L14 - Nicotiana sylvestris (Wood tobacco)RK14_SOLBU
Mass: 13569
Score: 42
Expect: 15 Queries matched: 4
Chloroplast 50S ribosomal protein L14 - Solanum bulbocastanum (Wild potato)
RK14_SOLLC
Mass: 13569
Score: 42
Expect: 15 Queries matched: 4
Chloroplast 50S ribosomal protein L14 - Solanum lycopersicum (Tomato) (Lycopersicon esc(省略)------------------------------------------------------------------------------------------

ページの最後にはこの検索で使用した検索条件（Search Parameters）が表示されます。
Search Parameters
Type of search
EnzymeMass values: Peptide Mass Fingerprint: Trypsin: Monoisotopic

Protein Mass
: Unrestricted
Peptide Mass Tolerance : ± 1 Da
Peptide Charge State : 1+
Max Missed Cleavages
Number of queries

: 1
: 13

MASCOT Server : チュートリアル

10

図６の Protein Summary Report 画面では、ヒットした蛋白質をプロテインスコア順に表示します。また、ヒットした各々の蛋白質に関して、帰属している質量データ（Observed / Mr(expt)）とその理論値（Mr(calc)）
および差分（Delta）、質量データに対応するペプチドのアミノ酸配列（Peptide）と蛋白質内の位置（Start /End）、未切断サイト数（Miss）などの情報を表示します。Concise Prptein Summary Report 画面のように、蛋白質グループにはまとめません。
Mass

Score

Description

1. Mixture 1
2. LAP_BOVIN
3. LAP_BUBBU

Accession

7037
7037

201
99
99

LAP_BOVIN + RS14Z_MYCPA
Lingual antimicrobial peptide precursor - Bos taurus (Bovine)
Lingual antimicrobial peptide precursor - Bubalus bubalis (Domestic water

4. RS14Z_MYCLE
5. RS14Z_MYCPA
6. RS14Z_MYCSS

6892
6889
6984

95
80
65

30S ribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium leprae
30Sribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium paratuberculosis
30Sribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium sp. (strain MCS)

Results List
1.Mixture 1

Total score: 201

Expect: 2.1e-015 Queries matched: 13

Components: 1. LAP_BOVIN Lingual antimicrobial peptide precursor - Bos taurus (Bovine)
2. RS14Z_MYCPA 30S ribosomal protein S14 type Z - Mycobacterium paratuberculosis
Observed
Mr(expt) Mr(calc)
Delta Start End Miss Comp
Peptide594.5000
649.5000
693.3000

593.4927
648.4927
692.2927

594.2948
649.2676
693.2864-0.8021 37 -0.7749 43 -0.9937 27 -

41
48
32

0
0
0

2
1
1

K.FGLCR.I
R.CPGSMR.Q
R.NSQSCR.R

756.7000
755.6927
998.8000
997.7927
1060.8000 1059.7927

756.4316
998.5695
1060.5712-0.7389 36 -0.7768 34 -0.7785 27 -

42
42
35

0
1
1

1
1
2

K.GICVPIR.C
R.NKGICVPIR.C
K.CGRPRAVFR.K

1079.8000 1078.7927
1116.9000 1115.8927
1365.9000 1364.8927

1079.5732
1116.5961
1365.6711-0.7805 37 -0.7034 49 -0.7783 46 -

45
59
58

1
0
0

2
1
2

K.FGLCRICLR.E
R.QIGTCLGAQVK.C
R.EMAHAGELPGVQK.S

1726.1000 1725.0927
1748.1000 1747.0927
1851.2000 1850.1927

1725.8144
1747.8532
1850.9495-0.7217 46 -0.7604 43 -0.7568 42 -

61
59
58

1
1
1

2
1
2

R.EMAHAGELPGVQKSSW.R.CPGSMRQIGTCLGAQVK.C
R.ICLREMAHAGELPGVQK.S

2561.8000 2560.7927

2561.4846-0.691926

0

1

R.LHHLLLALLFLVLSAGSGFTQGVR.N

2.LAP_BOVIN

Mass: 7037

Score: 99

3 -Expect: 3.3e-005 Queries matched: 7

Lingual antimicrobial peptide precursor - Bos taurus (Bovine)
Observed
Mr(expt) Mr(calc)
Delta Start End Miss Peptide
649.5000
648.4927 649.2676 -0.7749 43 - 48 0
R.CPGSMR.Q
693.3000
756.7000
998.8000

692.2927
755.6927
997.7927

693.2864
756.4316
998.5695-0.9937 27 -0.7389 36 -0.7768 34 -

32
42
42

0
0
1

R.NSQSCR.R
K.GICVPIR.C
R.NKGICVPIR.C

1116.9000 1115.8927
1748.1000 1747.0927
2561.8000 2560.7927

1116.5961
1747.8532
2561.4846-0.7034 49 -0.7604 43 -0.6919 3 -

59
59
26

0
1
0

R.QIGTCLGAQVK.C
R.CPGSMRQIGTCLGAQVK.C
R.LHHLLLALLFLVLSAGSGFTQGVR.N

No match to: 594.5000, 1060.8000, 1079.8000, 1365.9000, 1726.1000, 1851.2000

No match to: 1998.00, 3031.80

蛋白質のアクセッション番号（その蛋白質のユニークなID）のリンクをクリックすると Protein View 画面が表示されます。Protein View 画面では、その蛋白質の詳細情報（全体アミノ酸配列とヒットした質量データがカバーしているアミノ酸配列部分、等電点理論値、アノテーション情報、NCBIサイトへのリンクなど）を表示
します。
Protein View
Match to: LAP_BOVINE Score: 99 Expect: 3.3e-005

MASCOT Server : チュートリアル

Lingual antimicrobial peptide precursor –11

Bos Taurus (Bovine)

Nominal mass (Mr): 7037; Calculated pI value: 11.25
NCBI BLAST search of LAP_BOVIN against nr
Unformatted sequence string for pasting into other applications
Taxonomy:Bos taurus
Cleavage by Trypsin: cuts C-term side of KR unless next residue is P
Number of mass values searched: 13
Number of mass values matched: 7
Sequence Coverage: 87%
Matched peptides shown in Bold Red
1 MRLHHLLLAL LFLVLSAGSG FTQGVRNSQS CRRNKGICVP IRCPGSMRQI
51 GTCLGAQVKC CRRKStart - End
3 - 2627 - 32
34 - 42
36 - 42
43 - 48
43 - 59
49 - 59

Observed Mr(expt) Mr(calc)
Delta
2561.8000 2560.7927 2561.4846
693.3000
692.2927 693.2864
998.8000
997.7927 998.5695
756.7000
755.6927 756.4316
649.5000
648.4927 649.2676
1748.1000 1747.0927 1747.8532
1116.9000 1115.8927 1116.5961

Miss Sequence-0.6919
0 R.LHHLLLALLFLVLSAGSGFTQGVR.N-0.9937
0 R.NSQSCR.R-0.7768
1 R.NKGICVPIR.C-0.7389
0 K.GICVPIR.C-0.7749
0 R.CPGSMR.Q-0.7604
1 R.CPGSMRQIGTCLGAQVK.C-0.7034
0 R.QIGTCLGAQVK.C

No match to: 594.5000, 1060.8000, 1079.8000, 1365.9000, 1726.1000, 1851.2000

また、質量データ（実験値）とその理論値との質量差をプロットした質量誤差グラフは、質量分析計固有の
キャリブレーションカーブ（質量校正曲線）に対応します。質量誤差グラフと実際のキャリブレーションカー
ブが異なる場合は、この蛋白質は擬陽性（False Positive）の可能性がありますので、質量データや検索条件を吟味する必要があります。
図７ 質量誤差グラフ

2-6. 検索結果の出力
検索結果の内容を XML または CSV 形式のファイルに出力することができます。図８に示すように、[Format
As] ボタンの右にあるプルダウンメニューから [Export Search Results] を選択し、[Format As] ボタンを押してください。
図８ Export Search Results の選択

MASCOT Server : チュートリアル12

図９に示すような出力設定画面が表示されます。[Export format] のプルダウンメニューから出力したいファイル形式（XMLまたはCSV）を選択した後、出力する蛋白質を絞るための数値（[Signifucance threshold p <]、[Max.
number of hits]など）を入力し、画面最下方にある [Export search results] ボタンを押してください。出力ファ
イルは C:\temp フォルダに検索IDを持つファイル名（F001234.csv や F001234.xml）で保存されます。
図９ 検索結果出力設定画面

2-7. 検索条件の変更と再検索
図５の Concise Protein Summary Report 画面あるいは図６の Protein Summary Report 画面の [Re-SearchAll] または [Search Unmatched] ボタンを押すことにより、PMF検索条件設定画面に戻りますので、検索条件を変更して再検索することができます。

MASCOT Server : チュートリアル

13■■■ 3. MIS検索（MS/MS Ion Search）
MIS 検索では、指定した配列データベースの中から、MS/MS データ（蛋白質を酵素消化して得られたペプチドに由来するフラグメントイオン質量データのセット）にマッチするペプチドを検索し、マッチしたペプチドが帰属する蛋白質を整理することにより、サンプルに含まれる蛋白質を同定します。

3-1. 検索条件設定画面へのアクセス

図 10 MIS 検索の条件設定画面

Webブラウザを起動し、アドレス入力欄に Mascot
Server 名を含む次のURLを入力してください。
http://ホスト名/mascot/
Mascot Server に接続され、図1に示すトップページが表示されます。トップページ画面の Welcome の次の行にある Mascot のリンク、またはページ最上段のHOME | MASCOT | HELP の中の MASCOT のリンクをクリックしてください。図２に示す Mascot Server の検索モード選択画面（Mascot Search 画面）が表示されます。
図２の Mascot Search 画面の３番目にある MS/MS
Ion Search のリンクをクリックしてください。図 10 に示す MIS 検索のパラメータ設定画面が表示されます。
PMF 検索パラメータ設定画面と同様に、各パラメータ項
目はヘルプ書類にリンクしていますので、その使い方や意味をオンラインで参照することができます。

3-2. 検索条件の種類
MIS検索では、次の表に示す検索パラメータを入力または選択することができます。
質量データファイルは Data file の [参照] ボタンから指定して読み込みます。修飾は最大９個まで同時選択することができます。複数の修飾を選択する場合や選択した修飾を解除する場合はキーボードの [Ctrl] キーを押しながらマ
ウスでクリックしてください。
検索条件
Your nameEmail
Search title

Database
Taxonomy
EnzymeAllowed up to [1-9] missed

値と内容
名前（ユーザ名）を入力してください。
Emailアドレスを入力してください。
検索タイトルを入力してください。後日、この検索結果にアクセスしやすくするためにできるだけ詳しい内容を入力することをお勧めします。
複数の配列データベースがセットアップ
されている場合は、検索したい配列データ
ベースを選択します。
検索対象としたい生物種を選択します。
蛋白質を消化するために使用した消化酵素を選択します。必要であれば消化酵素を定義することができます。
ペプチドの消化状態を指定します。完全に

設定例
usami
support-jp@matrixscience.com
sample1, spot67, Trypsin,
50fm, 2457-9001-125-afd

SwissProt

All entries
Trypsin1

MASCOT Server : チュートリアル

cleavages

Fixed modifications

Variable modifications

Quantitation#13C

Peptide tol. +/-MS/MS tol. +/Peptide charge
Monoisotopic/Average

Data file
Data format
Precursor

Instrument

Decoy

Error tokerant
Report top

消化されていると考えられる場合は"0"（ゼロ）を選択してください。
修飾を選択します。指定したすべての（Fixされた）アミノ酸に対して修飾を考慮して検索を行います。システインの誘導体化のような意図された化学修飾に対応します。
修飾を選択します。指定したアミノ酸に対して修飾を考慮する場合としない場合の２通りの（Variableな）検索を行います。
サンプルの前処理の段階で発生する偶発的な修飾や翻訳後修飾に対応します。
サンプルに含まれる蛋白質の量を解析するために使用した試薬あるいは手法名を選択します。最後に[MD]がついているエン
トリは Mascot Distiller と連動して動作するようになっています。
13
C同位体ピークを検出した可能性がある
場合に選択します。[Peptide tol. +/-]
で指定した範囲に加え、プラス側に1または2Daの範囲を拡張して検索します。
プリカーサイオン質量の許容誤差をDa、
mmu、%、ppmの単位で指定します。1.0 Daを指定した場合は（ペプチド質量-1.0）Daから（ペプチド質量+1.0）Daの範囲でヒットするペプチドを検索します。
フラッグメントイオン質量の許容誤差を
Da、mmuの単位で指定します。
プリカーサイオンの電荷の値を指定します。データファイルに電荷の値が記載されている場合は無視されます。
質量データの種類（MonoisotopicまたはAverage）を指定します。
読み込みたい質量データファイルを[ファイルの選択]ダイアログを通じて指定します。
質量データのフォーマットを選択します。
プリカーサイオンの質量値を指定します。
データファイルにプリカーサイオンの質
量の値が記載されている場合は無視されます。
プリカーサイオンの開裂様式（発生するフラグメントイオンの種類）は装置によって異なるため、測定に用いた質量分析計の種類を選択します。
チェックボックスをチェックすることにより、Decoyデータベースの同時検索を実行します。
チェックボックスをチェックすることにより、自動的にError tolerant検索を実行します。
検索によりヒットした蛋白質の表示数を選択します。

Carboxymethyl (C)Acetyl (K)Oxidation (M)

iTRAQ 4plex

1

1Da

0.5Da
2+

Monoisotopic
データファイルを指定

Mascot generic
ブランク

ESI-QUAD-TOF

チェック

チェック

20

14

MASCOT Server : チュートリアル

15

3-3. 検索条件の設定例
次の検索パラメータを設定してください。
検索条件

設定値

Your name任意Search title

任意

Database
Taxonomy
EnzymeAllowed up to [1-9] missedcleavages
Fixed modifications
Variable modifications
Peptide tol. +/#13C
MS/MS tol. +/Monoisotopic/Average

SwissProt
All entries
Lys-C/P

なし
なし
0.3 Da0
0.3
Monoisotopic

Data fileerrorTolSample.mgf

Data format
Instrument
Report top

Mascot generic
ESI-QUAD-TOF
AUTO

1

摘要
ユーザ名をアルファベットで入力してください。
後々判別がつくような名称、たとえば、MIS
search #1 を入力してください。
またはSprot
デフォルト値
デフォルト値

デフォルト値[参照]ボタンを押して、“C:\inetpub\mascot\mskk\sampledata”フォルダまたはVersion 2.2のインストールCDの“mskk\sampledata”フォルダにある“errorTolSample.mgf”データファイルを指定
してください。このデータファイルには３個のMS/MSデータが含まれています。
デフォルト値

3-4. MIS 検索の実行
検索条件設定画面（図10）左下にある[ Start Search ... ]ボタンを押してください。MIS検索が始まり、検索の進捗状況
が％表示されます。MIS検索では2段階の検索が行われます。最初にプリカーサイオン質量に対して Peptide tol +/および #13C で指定された質量誤差範囲に含まれるペプチドを検索します。この段階で、検索条件にマッチしたペプ
チドのアミノ酸配列がわかりますので、次の段階でフラグメントイオンの質量データがアミノ酸配列に一致するかどうかを検索します。
検索時間（検索に要する時間）は、検索に使用した配列データベースのサイズ（配列データベースを構成す
る蛋白質エントリの総数）、missed cleavages の設定値、Variable modifications の設定値、Peptide tol +/- の設定値などにより異なります。これらの設定値が大きくなるほど検索空間が広がるために、検索時間は長くなります。
PMF検索ではペプチドの質量スペクトルに一致する蛋白質を検索・同定するのに対し、MIS検索ではフラグメントイオンの質量スペクトルに一致するペプチドを検索・同定します。

3-5. 検索結果レポート
MIS検索が終了すると、Mascot Search Results 画面に切り替わり、ヒットした蛋白質がプロテインスコア順に表示されます（図11）。Mascot Search Results 画面には、Peptide Summary Report 画面と Select Summary Report 画面の２つの表示モードがあり、データファイルに含まれるMS/MSデータの数（クエリー数）によって自動的に切り替

MASCOT Server : チュートリアル

16

わります。クエリー数が1000未満の場合は Peptide Summary Report 画面が、1000以上の場合は表示内容がよりコンパクトまとめられた Select Summary Report 画面が最初に表示されます。このMIS検索例では３個のMS/MSデータを含むデータファイルを使用していますので、最初に Peptide Summary Report 画面が表示されます。なお、[Fomat As] ボタンの右にあるプルダウンメニューからこれら２つの表示モードを互いに切り替えることができます。
図 11 Mascot Search Results 画面（Peptide Summary Report)

統計的に有意なイオンスコアの閾値（有意水準を 5%として、この例では 32）を示しています。

ヒットした蛋白質のプロテインスコア分布グラフです。プロテインス
コアはその蛋白質に帰属するペプチドのイオンスコアの合計値です。
イオンスコアの閾値よりも小さいプロテインスコア領域は緑色斜線で表示しています。この例では、閾値 32 より小さなプロテインスコアを持つタンパク質は 24 件あり、閾値 32 を超えてヒットした有意な蛋白質は１件あることを示しています。

表示モードや閾値の設定など、検索結果表示の内容を変更するための操作パネルです。詳しくはヘルプ頁(Help → Results Format → Format
Controls)をご覧ください

ヒットした蛋白質はプロテインスコア順に表示されます。Accession 番号(ELM1_YEAST)は蛋白質の詳細情報を表示する Protein View 画面に、[Query]番号(2)はペプチドの詳細情報を表示する Peptide View 画面にリンクしています。[Query]番号の上にマウスカーソルを合わせるとポップアップ画面が表示され、ヒットしたペプチドの一覧を見ることができます。

ヒットした蛋白質に帰属しない MS/MS データのヒット情報がリスト表示されます。この例では、ELM1_YEAST に帰属しない Query 1 および 2が表示されています。

この検索で使用した検索条件をまとめてありますMASCOT Server : チュートリアル

17

Mascot Search Results 画面では、ヒットした蛋白質はプロテインスコア順にリスト表示され、図12に示す内容を含んでいます。
図 12 ヒットした蛋白質の情報

図12の１行目の表示内容は、1.（リスト番号）、ELM1_YEAST（アクセッション番号）、Mass : 72105（分子量）、Score : 96（プロテインスコア、イオンスコアの積算値）、Queries matched : 1（蛋白質に帰属するクエリー数）、２行目は蛋白質情報（Serine/threonine-protein kinase ELM1 –Saccharomyces cerevisiae(Baker’s yeast)）、４行目以降は、Query（クエリー番号、2）、Observed（プリカーサイオン質量の実験値、1084.56）、Mr(exppt)（プリカーサのMr実験値、1083.55）、Mr(calc)（プリカーサのMr理論値、1083.53）、ppm（プリカーサMrの実験値と理論値の差(ppm表示)、16.4）、Miss（Missed cleavage数、0）、Score（イオン
スコア、96）、Expect（期待値、2e-008）、Rank（イオンスコア順位、1）、Peptide（アミノ酸配列、K.RDFVTDGFK.L）です。
１行目のアクセッション番号（ELM1_YEAST）にはProtein View画面にリンクが張られており、蛋白質に関するより詳しい情報を見ることができます。また、Query（クエリー番号、2）はPeptide View画面にリンクが張られており、フラグメントイオン質量ピークに対応するイオンシリーズの一致状況などをMS/MSスペクトルグラ
フやフラグメント表を見ながら確認することができます。
図 13 Protein View(左)と Peptide View(右)クエリー番号（2）にマウスカーソルを合わせると図14に示すようなポップアップ画面が表示され、そのクエリーがヒットしたペプチドのうち、イオンスコア上位10個のペプチドに関する情報（MS/MSデータに付随するコ

MASCOT Server : チュートリアル

18

メント、イオンスコア閾値、イオンスコアと期待値、ペプチドが帰属する蛋白質のリスト番号やアクセッショ
ン番号、アミノ酸配列など）を確認することができます。
図 14 クエリーのポップアップ画面

3-6. 検索結果の出力
検索結果の内容をXMLまたはCSV形式のファイルに出力することができます。操作方法には「2-6. 検索結果の出力」をご覧ください。

3-7. 検索条件の変更と再検索
図15に示す Peptide Summary Report 画面の[Search Selected]ボタンを押すことによりMS/MS Ion Searchの検索条
件設定画面に戻りますので、検索条件を変更して再検索することができます。
図 15 [Search Selected]ボタンが表示された Peptide Summary Report 画面

MASCOT Server : チュートリアル

19

なお、Protein Summary Report 画面には[Search Selected]ボタンがありませんので、Peptide Summary Report 画面に切り替えてください。

3-8. Error Tolerant Search
図11に示すように、Mascot Search Results 画面に表示されたヒット蛋白質に帰属しないMS/MSデータは“Peptide matches not assigned to protein hits”として、ページの下方にリスト表示されます。
MS/MSデータが表示されているヒット蛋白質に帰属しない理由としては、次のような項目が考えられます。
(1) 質量ピークの数あるいは強度が不十分のためスコアが低い（十分なマッチングが得られない）(2) 測定における質量誤差が大きい(3) プリカーサイオンの電荷が正しくない(4) 蛋白質処理に用いた消化酵素以外の非特異的な切断が起きている(5) 検索条件として指定した以外の化学修飾あるいは翻訳後修飾が存在する(6) 求める配列が配列データベース中に存在しない(1)の場合は論外ですが、(2)の測定の質量誤差が大きい場合は、Peptide View および Protein View 画面に表示される質量誤差グラフ（ペプチドあるいはフラッグメントイオン質量の測定値と理論値の差をプロットしたグラフ）で誤差の大きさを確認し、検索パラメータとして再設定・再検索を実行することにより、対処できることがあります。
通常、プリカーサイオンの電荷は、プリカーサイオンのピークを検出する際に決定されますが、(3)のように信頼性が低いと思われる電荷が得られた場合は、考えられる全ての電荷各々に対してピークリストを作成し、Mascot 検索を実行することで有意なヒットが得られる場合があります。
残る(4)、(5)、(6)の項目に対しては、Error Tolerant Search を使って対応できる場合があります。Error
Tolerant Search では、指定した蛋白質に対して、"全ての酵素切断特性"、"全ての修飾"、"１アミノ酸置換"を考慮して検索を実行します。
【Error Tolerant Search の実行方法】
Mascot Search Results 画面の表示モードを Peptide Summary Report 表示にしてください。Error tolerantのチェックボックスをチェックすると Error Tolerant Search が有効になりますので、続いて、Error Tolerant
Search を実行したい蛋白質を選択するために、蛋白質情報の下にある、Check to include this hit in error
tolerant search or archive report のチェックボックスをチェックしてください。
図 16 Error tolerant Search を実行するためのチェックボックス[Search Selected] ボタンを押してください。検索パラメータ設定画面と同様な画面が表示されますが、Error
Tolerant Search のモードになっていますので、Enzyme (None) や Database 、Fixed / modifications など

MASCOT Server : チュートリアル

20の検索条件は変更せずに、そのまま[Start Search…]ボタンを押してください。Error Tolerant Search が開始され、検索が終了すると検索結果が表示されます（図17）。

図 17 Error Tolerant Search の検索結果

Error Tolerant Search の結果、修飾基の導入や配列の変更を施されたペプチドについては、検索前後の質量差とその発生場所を表示します。質量差を示す青数値にマウス・カーソルを乗せると、より詳しい情報がポップアップ表示されます。図17の検索結果例の Query1 および Query 3 では、それぞれスレオニン（Ｔ）とセリン（Ｓ）が質量差 +79.97 Da の増加をもたらすスルホン酸(Sulfo)またはリン酸(Phospho)によって修飾された場合により高いスコアが得られることを示唆しています。Query1 および Query2 のスペクトルを見ると、プリカーサイオン由来のピークよりも 98Da 小さいところに強度の強いピークが見られ、98Da のニュートラルロ
スが起こっていると考えた場合のスコアが最も高くなるため、これらのペプチドはリン酸化されている可能性が高いと判断することができます。

MASCOT Server : チュートリアル

21■■■■ 4. SQ検索（Sequence Query）
プリカーサイオン質量とアミノ酸配列に関する情報（アミノ酸配列、アミノ酸構成、フラグメントイオン質量など）が組み合わされたデータに一致するペプチドを検索することによりペプチドあるいはタンパク質を同定する方法を SQ 検索と呼んでいます。アミノ酸配列に関する情報は MS/MS スペクトルを解析して取得します（完全に正しいアミノ酸配列を決定するのは非常に難しく、通常は３から４残基程度の配列にとどまります）。
SQ 検索手法は EMBL で研究活動をしていた Mann の研究グループによって一般化されました。彼らはペプチドの質量と数残基のアミノ酸配列に関する情報の組み合わせ、すなわち、MS/MS スペクトルを解析して得られた次の４つの情報の組、(1) プリカーサイオン質量(2) 解明されたアミノ酸配列に対応するピーク群の中の最初のピーク質量(3) 解明されたアミノ酸配列情報(4) 解明されたアミノ酸配列に対応するピーク群の中の最後のピーク質量
を「配列タグ（sequence tag）」と定義し、これらの情報に一致するペプチドあるいは蛋白質の検索方法として標準配列タグ（standard sequence tag）検索および Error Tolerant 配列タグ（error tolerant sequencetag）検索のアルゴリズムを開発しました。
Mascot は標準配列タグ（standard sequence tag）検索および Error Tolerant 配列タグ検索（error tolerant
sequence tag）検索の両方をサポートしています。さらにアミノ酸配列に関する情報として、アミノ酸配列だ
けではなく、アミノ酸構成、フラグメントイオン質量値を任意に組み合わせて入力データとして利用できるよ
うに機能を拡張しています。

4-1. 検索パラメータ設定画面へのアクセス

図 18 SQ 検索のパラメータ設定画面

Webブラウザを起動し、アドレス入力欄に Mascot
Server 名を含む次のURLを入力してください。
http://ホスト名/mascot/
Mascot Server に接続され、図1に示すトップページが表示されます。トップページ画面の Welcome の次の行にある Mascot のリンク、またはページ最上段のHOME | MASCOT | HELP の中の MASCOT のリンクをクリックしてください。図2に示す Mascot Server の検索
モード選択画面（Mascot Search 画面）が表示されます。
図 2 の Mascot Search 画面の 2 番目にある Sequence
Query のリンクをクリックしてください。図 18 に示す
SQ 検索のパラメータ設定画面が表示されます。各パラメ
ータ項目はヘルプ書類にリンクしていますので、その使い方や意味をオンラインで参照することができます。

4-2. SQの構文と実行例
検索パラメータ設定画面のクエリー入力窓へ入力するクエリーは次のように１行で表現され、プリカーサイ

MASCOT Server : チュートリアル

22

オンの質量とアミノ酸配列に関する情報から構成されます。プリカーサイオンの質量は必須入力データ、それに続くアミノ酸配列に関する情報はオプション入力データです。クエリー入力窓へは複数のクエリーを入力することができます。
M seq(…) comp(…) ions(…) tag(…) etag(…)
ここで、M は実験から得られたプリカーサイオンの質量、seq(…) はアミノ酸配列情報、comp(…) はアミノ酸構成情報、ions(…) は フラグメントイオン情報（MS/MS フラグメントイオンの質量とオプションとしてその信号強度）、tag(…) は標準配列タグ（sequence tag）、etag(…) は Error tolerant 配列タグです。
オプション入力データであるアミノ酸配列に関する情報は０個以上いくつでもかまいません。もし複数の標準配列タグ "tag(…)" と一つ以上の Error torelant 配列タグ "etag(…)" が混在する場合は全て Error
tolerant 配列タグ "etag(…)" として処理されます。
オプション入力データ ions(…)、tag(…)、etag(…) に対しては確率的なスコアリングアルゴリズムが適応されます。すなわち、一致するオプション入力データの数が多いペプチドほどスコアは高くなります。また、
そのペプチドに一致しないオプション入力データは無視されます。一方、seq(…) と comp(…) はフィルタとして機能します。すなわち、これらのオプション入力データに一致するペプチドが存在しない場合、このクエリーは破棄されます。従いまして、seq(…) と comp(…) を含むクエリーを実行する際は注意が必要です。なお、seq(…) は指定したアミノ酸配列に一致するペプチドを検索しますが、Blast 検索とは異なります。
SQの構文などに関する詳しい内容はヘルプページ（http://ホスト名/mascot/help/sq_help.htmlまたは
http://www.matrixscience.com/help/sq_help.html）を参照してください。
検索条件設定画面のクエリー入力窓に次の内容を入力し、SQ検索を実行してください。
TAXONOMY=. . . . . . . . . . lobe-finned fish and tetrapod clade
REPTYPE=Peptide
TOL=0.03
TOLU=%
ITOL=0.5
ITOLU=DaCHARGE=2+
INSTRUMENT=ESI-TRAP
877.4 tag(376.2, [IL][QK][IL], 730.2)
687.3 etag(782.3, NG[IL], 1066.1)
ここで使用した２つの配列タグから Lysozyme がヒットします。
1.

1A2YC

Mass: 14260

Score: 76

Peptides matched: 2lysozyme (EC 3.2.1.17) mutant (D18A), chain C - chicken
Check to include this hit in error tolerant search or archive report
Query

Observed

Mr(expt)

Mr(calc) Delta

Miss

Score

Expect Rank

Peptide1

877.401752.79

1752.83

-0.04

0

35

0.0021

1

NTDGSTDYGILQINSR

2

687.301372.58

1267.60 104.98

0

42

0.31

1

GYSLGNWVCAAK

この検索では、質量が 687.3 のペプチドが 104.98 Da の質量差でヒットするため、システインがピリジルエ
チル化されていることが考えられます。

MASCOT Server : チュートリアル

23■■■■■ ５. Mascot Serverの管理
Mascot Serverは検索結果や配列データベースなどを管理するためのユーティリティを装備しています。

5-1. 検索ログ
Mascot Serverのトップページの [ Search Log ] リンクをクリックするか、URLとして
http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-review.exeを指定すると、MASCOT検索ログのリスト画面が表示されます。
画面中の [ Job# ] はMascot Server が検索毎に付与する固有IDで、それに対応する検索結果画面にリンクしています。
ラジオボタン（○）は、昇順に並べ替える際に選択します。選択後に [ Sort / filter ] ボタンを押してください。チェックボックス（□）は、チェックされたタイトルの内容を表示させる際に選択してください。
チェックボックスの下にある枠は文字列検索の入力ウインドウになっています。検索したい文字列を入力し、[ Sort / filter ] ボタンを押してください。入力文字列にヒットした検索結果がリスト表示されます。

5-2. データベース管理画面
Mascot Server のトップページの [Database Status] リンクをクリックするか、URLとして、
http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exe

MASCOT Server : チュートリアル

24を指定すると、MASCOT search status page が表示されます。
この画面では、Mascot Server に登録した配列データベースの状態を表示する他、検索ログへのリンク、検索にともなって発生したエラーログへのリンクがあります。また、データベースの内容（残基数、エントリ数、最も大きなエントリの残基数、残基の出現数、各生物種に含まれるエントリ数など）や、（入力間違いによる
スペルミスや生物種辞書に登録されていないことなどが原因の）不明な生物種、Mascot Serverのバージョン、
ライセンス情報、現在進行中の検索ジョブ数などの情報も確認することができます。

5-3. 検索条件のデフォルト値の設定
図2の検索モード設定画面の [ Search Form Defaults ] リンクをクリックするか、URLとして、
http://ホスト名/mascot/search_form_select.htmlを指定すると Set Mascot search form defaults 画面が表示されます。
この画面では、検索条件の初期値（デフォルト値）を指定することができます。ここで指定された値は、検索条件設定画面中反映されます。
初期値として設定したい検索条件を指定し、[ Save defaults as cookie … ]ボタンを押してください。「Yoursearch form defaults have been saved as cookie」のメッセージが表示され、検索条件の初期値が設定されます。

MASCOT Server : チュートリアル

25

なお、この設定はCookieを利用しているため、Webブラウザ毎の設定値になります（異なるログオンユーザや異なるコンピュータ上で起動したWebブラウザでは反映されません）。

5-4 Mascot Server の設定値の変更
Mascot Serverは、原子量、修飾、消化酵素、イオンシリーズ、配列データベース、定量解析手法、セキュリティ機能などに関係する様々な設定値を持っています。これらの設定値は、C:\inetpub\mascot\config フォルダに存在する設定フ
ァイルの中で定義されおり、Mascot Configuration ユーティリティを利用して閲覧・編集することができます。Mascot
Server のトップページにある Configuration Editor リンクをクリックするか、URLとして、
http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-config.exe

MASCOT Server : チュートリアル

26を指定すると図22に示す Mascot Configuration ページが表示されます。
図 22 Mascot Configuration ページ

たとえば、新たな修飾を追加したい場合は Modifications リンクをクリックしてください。Mascot Configuration:
Modification ページが表示されますので、[Add new modification] ボタンを押し、修飾情報を定義してください。
Mascot Configuration ユーティリティを使って次の設定値を閲覧・編集することができます。
(1) Elements
原子の名称とモノアイソトピックおよび平均原子量を編集するこができます。
(2) Amino Acids
アミノ酸情報を閲覧することができます。
(3) Modifications
修飾情報の閲覧・編集の他、追加・削除することができます。
(4) Ｅｎｚｙｍｅｓ
消化酵素情報の閲覧・編集の他、追加・削除することができます。
(5) Instruments
MIS検索で使用するイオンシリーズの組の閲覧・編集の他、追加・削除することができます。
(6) Quantitation
定量解析手法の閲覧・編集の他、追加・削除することができます。
(7) Database Maintenance
配列データベースの設定内容の閲覧・編集の他、追加・削除することができます。また、mascot.datのOptionsセクションの設定値を閲覧・編集することができます。
(8) Security
ロールに基づくユーザ情報の閲覧・編集の他、追加・削除することができます。

5-5. ヘルプへのアクセス
各画面の上方にある HOME | MASCOT | HELP の中の HELP リンクをクリックするか、 URLとして、
http://ホスト名/mascot/help_index.htmlを指定すると つぎのような Help Topic Index 画面が表示されます。各々のタイトルはリンクされています。

MASCOT Server : チュートリアル

MASCOT – General ： ASMSなどで発表したプレゼンテーション資料などを参照することができます。
・Mascot search overview
・A History of Mascot and Mowse
・ASMS 2001 User Meeting presentations
・ASMS 2002 User Meeting presentations
・ASMS 2003 User Meeting presentations
・ASMS 2004 User Meeting presentations
・ASMS 2005 User Meeting presentations
・ASMS 2006 User Meeting presentations
・ASMS 2007 User Meeting presentations
・Mascot FAQ's
Using Mascot ： MASCOTの使い方をまとめてあります。
・Search parameter reference
・Error tolerant search・Data file format
・Scoring algorithm
・Results format
・Result Interpretation
・Sharing result reports
・Exporting result reports
・Decoy Database
・Quantitation
Mascot System Administration ： DBのセットアップ方法をまとめてあります。
・Sequence database setup
Instrument Specific Tips ： 質量分析計のデータ処理システムとMASCOTの連携方法をまとめてあります。
・Applied Biosystems | MDS Sciex Analyst
・Applied Biosystems Data Explorer
・Applied Biosystems 4000 Series (TOF/TOF)
・Micromass Masslynx
・Thermo Finnigan Xcalibur
Protein Identification ： 蛋白質同定の原理などをまとめてあります。
・Peptide Mass Fingerprint
・Sequence Query
・MS/MS Ion SearchProtein chemistry ： 蛋白質同定に関連する蛋白質科学に関してまとめてあります。
・Post translational modifications
・Enzymes
・Autolysis
・Sequence databases
・Nucleic acid translation
・Amino acid reference・Contaminants

27

MASCOT Server : チュートリアル

28

・BLAST & FastA
Mass spectrometry ： MASCOTの使い方に関してまとめてあります。
・MS/MS fragmentation
・Accuracy & resolution
・Quadrupole Ion Trap MS
Miscellaneous ： その他の関連事項についてまとめてあります。
・Mascot brochure (PDF 2.7 Mb)
・PC Hardware for Mascot
・Privacy FAQ・Browser Check・Useful links

5-6. Mascot ファミリーに関する最新情報
弊社のWebサイトにアクセスしてください。Mascot Serverのトップページ左上にある弊社のロゴをクリックするか、アドレ
ス欄に次のURLを入力してください。
http://www.matrixscience.com/
WHAT’S NEW
バージョンアップ情報やプレスリリース等に関する最新情報を掲載しています。
MASCOT
弊社が試用公開しているMASCOT Serverです。時差の関係で日本では昼間の時間が比較的空いているようです。
PRODUCTS
弊社の製品情報を入手することができます。
SUPPORT
製品別の最新技術情報を入手することができます。また、製品試用版をダウンロードすることができます。

MASCOT Server : チュートリアル

29■■■■■■ ６. Mascot Daemon
Mascot ServerはWebサーバ上に構築されたアプリケーションですので、Webブラウザを利用して検索条件の設定や検索の実行はWebブラウザを利用してインタラクティブに操作することができます。一方で、１００件のデータファイルを同じ検索条件で検索したいとき、インタラクティブなWebブラウザを利用する場合では、PC画面に付きっきりで、１００回の同じような操作を行う必要があります。
Mascot Daemonは検索作業を自動化するためのクライアントソフトウエアです。１００件のMSデータをバッチ処理したり、指定した時間に検索を開始することができます。Mascot Daemon は Mascot Server（サーバソフ
トウエア）に対するクライアントソフトウエアとして動作しますので、通常は、Mascot Server がインストー
ルしてあるPCとネットワークで接続されたPCにインストールします。Mascot Daemon をインストールできるOS
はWindows 2000、Windows XP Professional、Windows 2003です（最新のサービスパックが適用されている必要があります）。

6-1. インストール
Mascot Daemon のインストール関連ファイルは Mascot Server 内にあります。Mascot Server のトップページ（http://ホスト名/mascot/）を開いてください。トップページの中程にある、Mascot Daemon のインストール
に関する install リンクをクリックしてください。

Installing Mascot Daemon のページが開きますので、インストール手順を読み進み、「5. Install Mascot
Daemon by clicking on this link」の次にある Daemon.msi リンクをクリックしてください。[ファイルのダ
ウンロード]のダイアログが表示されますので、[実行]ボタンを押し、新たに表示されるダイアログの内容を読みながらインストール進めてください。
インストールが終了したら、[スタート]→[すべてのプログラム]→[Mascot]→[Mascot Daemon]をクリックして Mascot Daemon を起動してください。初めて Mascot Daemon を起動すると、Mascot Server の URL を指定するための [Preferences] ダイアログが表示されますので、例にならって Mascot Server の URL（http://ホスト名/mascot/cgi/）を入力し、[Save]ボタンを押してください。Mascot Server と通信ができることが確認できた時点で Mascot Daemon が起動します。

6-2. チュートリアル
日本語チュートリアルは次の資料を参照してください。
http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_2.2_daemon_manual.pdf
なお、英文ヘルプページは、Mascot Daemon を起動し、[Help]メニューから[Mascot Daemon Help …]を選択することにより参照することができます。

MASCOT Server : チュートリアル

30■■■■■■■ 7. 質量分析計との連携
質量分析計各社のデータ処理ソフトウエアと Mascot Server を連携させることができます。詳しくは、Mascot
Server のヘルプページにある Instrument Specific Tips の項を参照してください。

7-1. Applied Biosystems(1) Analyst
Analyst の[Script]メニューに登録されている [mascot.dll] を使用して、ピークリストを作成し、検索を実行することができます。なお、mascot.dll の最新版は、
http://www.matrixscience.com/help/instruments_analyst.html
からダウンロードすることができます。
(2) Data Explorer
Data Explorer のサポートサイトからダウロードできる Visual Basic マクロを使って Mascot Server と接続することができます。詳しくは、ヘルプページを参照してください。
http://ホスト名/mascot/help/instruments_data_explorer.html
http://www.matrixscience.com/help/instruments_data_explorer.html(3) GPS Explorer
TS2Mascot ユーティリティを使って、GPS Explorer のデータベースへアクセスし、ピークリストを作成した後、検索を実行することができます。詳しくは、ヘルプページを参照してください。
http://ホスト名/mascot/help/instruments_4000.html
http://www.matrixscience.com/help/instruments_4000.html

7-2. Waters
MassLynx の Sample List 機能を利用して Mascot Server に接続することができます。詳しくはヘルプペー
ジを参照してください。
http://ホスト名/mascot/help/instruments_masslynx.html
http://www.matrixscience.com/help/instruments_masslynx.html

7-3. 島津製作所
Kompact から直接Mascot serverを利用することができます。

7-4. Thermo Fisher Scienctific
Mascot Serverはextract_msn.exe（またはlcq_dta.exe）プログラムを利用するためのユーザインターフェー
ス（トップページの Mascot リンク → 検索モード選択画面 → LCQ_DTA リンク）を持っています。設定方法
および使用方法に関してはヘルプページを参照してください。

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http://ホスト名/mascot/help/instruments_xcalibur.html
http://www.matrixscience.com/help/instruments_xcalibur.html
日本語マニュアル：http://www.matrixscience.jp/pdf/
jap_MascotAndDaemonSettingsForXcaliburBioworksInstalligOrUpgrading.pdf

7-5. 日立ハイテクノロジーズ
データ処理ソフトウエアによってMascot Serverの標準的な入力ファイル形式である mgf ファイルが作成されますので、そのファイルを使って検索を実行してください。

7-6. Bruker Daltonics
BioToolsのメニューから直接 Masoct Server を利用することができます。

MASCOT Server : チュートリアル

32■■■■■■■■ 8. 付録
8-1. 蛋白質同定のコツ

その１8-1-1. はじめに質量分析計を利用して、試料に含まれるペプチドに由来するイオンの質量を測定し、NCBInr等の配列データ
ベースに対して測定データに一致する配列を検索することにより、試料に含まれる蛋白質やペプチドの有力候補を特定することができる。
通常、検索作業は「検索エンジン」と呼ばれるソフトウエアを利用する。「消化酵素」、「生物種」、「質量誤差範囲」などの検索条件の下で、アミノ酸配列や塩基配列の情報を含む配列データベースの中から測定データである質量値に一致する配列、すなわちその配列を含む蛋白質群を探し出す。配列に一致する質量値の数が多くなるほど、それらを同時に満足する候補蛋白質は絞られ、統計的な明確さをもって蛋白質を同定することができる。
検索エンジンは機能が単純であるため、検索結果は質量データや検索条件に強く影響される。ここでは弊社が提供している蛋白質同定ソフトウエアツールを例にして、蛋白質同定をより確実に行うためのコツを紹介する。
なお、蛋白質同定精度をより高めるためには、質量分析計の生データからのモノアイソトピックなピークの同定、配列データベース内に存在する質量データに一致する蛋白質の同定、プロテオーム実験プロセスから発生する様々なデータやアノテーション情報を加味したデータマイニングによる同定を組み合わせることがより重要である。
8-1-2. 翻訳後修飾は控えめにMASCOT検索では同時に最大9個の翻訳後修飾を指定することができるが、翻訳後修飾設定数の増加は検索空間の増大を意味し、ひとつの質量データに一致する配列数は増加するため、相対的にスコアは低下し、検索時間は増加する。「Oxdation (M)」の条件では10秒程度で有意なヒットが得られる質量データセットでも、翻訳後
修飾設定数を9個にして検索すると、有意なヒットは得られず、検索時間も100秒以上を要する。したがって、
翻訳後修飾は必要最低限の設定数でMASCOT検索を実行することが望ましい。
8-1— 2. 質量誤差範囲グラフの有効活用
検索結果ページに表示される質量誤差グラフ（Error graph）は、配列に一致した質量データに関して実験値と理論値の誤差を表示する。質量誤差グラフは質量分析計の特性を表しているのとも考えられるので、質量誤差グラフが質量分析計の質量誤差特性から外れている場合は、有意なヒットと思われる結果についても検証する必要がある。また、「Peptide tol. +/-」や「MS/MS tol. +/-」の値を質量分析計の質量誤差特性に応じた値に変更し、再検索すると有意なヒットが得られることがある。
8-1-4. Noneを使うのも一案「enzymes」ファイルで定義した消化酵素の切断特性が反映されていないような疑惑がある場合は、「Enzyme」の中から「None」を選択し、再検索することにより有意なヒットが得られることがある。
8-1-5. 正確なピーク検出
正確なモノアイソトピック質量データを使って検索を行うことが結果の信頼度を上げると同時に検索時間の節約にもなる。また、LC-MS/MSデータの場合は、同じ質量値を持つプリカーサのMS/MSスペクトルデータを互いに積算した上でピーク検出処理を実行することにより、重複配列のヒットを減らすことができる。
MASCOT Distillerは最新のピーク検出技術を利用したモノアイソトピック同定ソフトウエアツールであり、蛋白質同定の信頼度、検索時間を改善する。試用版は日本語のインストレーションマニュアルと共に、次のサMASCOT Server : チュートリアル

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イトから入手できる。
http://www.matrixscience.com/distiller_support.html

8-1-6. Taxonomyフィルタ
実験対象とした生物種に含まれているはずの蛋白質がデータベースの中に存在せず、有意なヒットが得られなかった場合は、Taxonomyのエントリ数を確認し、その生物種の近傍を含めて検索してみる。2.104/6/3版のNCBInrデータベースにおけるPrimatesのエントリ数は、Primates = 126,605
Homo sapiens (human) = 116,140
Other primates = 10,680である。たとえば、チンパンジーに対する検索は「Other primates」を選択するのではなく、「Primates」
を選択して検索すると目的の蛋白質がヒットする可能性が高くなる。
8-1-7. 翻訳後修飾―

Unimodの利用（http://unimod.org/）「mod_file」に定義されていない翻訳後修飾を使いたい場合は「Unimod」のサイトを利用すると良い（http://www.unimod.org/）。Unimodは翻訳後修飾に関するデータベースを提供しており、新規な翻訳後修飾を登録したり、他のMASCOTユーザが登録した翻訳後修飾を共有することができる。また、弊社が提供している
MASCOT検索Webサービス（http://www.matrixscience.com/search_form_select.html）ではUnimodに登録されている翻訳後修飾を毎週更新しており、最新の翻訳後修飾を利用することができる。
8-1-8. データマイニング
蛋白質の同定精度をより高めるためには、質量分析計が出力する生データに含まれるモノアイソトピックピ
ークの同定情報、ピークリストに対応する蛋白質の同定情報と共に、プロテオーム実験に関わる様々な情報やアノテーション情報を蓄積し、データマイニングすることが重要となる。弊社ではこのような環境を実現するためのデータ管理ソフトウエア「MASCOT Integra」をこの秋にリリースする予定である。

< 参考文献 >(1) Matrix Science Ltd.資料, Top 10 Tips for Successful Searching, 2003

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8-2. 蛋白質同定のコツ

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その２

8-2-1. はじめに昨年に引き続き、弊社が提供している蛋白質同定ソフトウエアツール MASCOT ファミリー を例にして、蛋白質同定をより確実に行うためのコツを紹介する。
8-2-2. エラー・トレラント検索：Error Tolerant Search
Error Tolerant Search は、MASCOT 検索を実行して得られたヒット蛋白質群の中で、指定した蛋白質に対して全ての酵素切断特性（Enzyme = none）、全ての翻訳後修飾および全てのポイントミューテーションを考慮した再検索機能である。
最初の MASCOT 検索で、(a) 1084.56 のプリカーサ値を持つ MS/MS データが有意なスコアで ELM1_YEAST にヒットし、(b) 748.43 および(c) 1367.63 のプロカーサ値を持つ MS/MS データは有意なスコアでヒットしなかったとする。

(b)、(c)の MS/MS データがヒットしない理由として、1. これらのデータに対応するアミノ酸配列が検索対象としたデータベースに存在しない、2. 特定のアミノ酸が翻訳後修飾されている、3. ミューテーションが存在するなどの理由が考えられるが、ELM1_YEAST に対して Error Tolerant Search を実行するとセリンとトレオニンに対するリン酸化を検出し、次の結果が得られる。

MASCOT 検索では同時に最大 9 個の翻訳後修飾を指定することができるが、翻訳後修飾設定数の増加は検索空間の増大を意味し、プリカーサ質量値に一致するペプチド数は増加するため、相対的にスコアは低下し、検索時間も長くなる。Error Tolerant Search は MS/MS データセットから特定の蛋白質を切り分けた後、その蛋白質の存在可能性をより確実なものにしたり、その蛋白質の構造を検討するための有力な検索方法である。

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8-2-3. エラー・トレラント・タグ検索：Error Tolerant Tag Search
MIS（MS/MS Ion Search）検索では、プリカーサ質量値に一致するペプチド群の中から、フラグメントイオン
質量値に一致するペプチドを検索する。すなわち、プリカーサ質量値を構成するアミノ酸の質量値と翻訳後修飾などの質量値に対する検索方法である。
一方、SQ（Sequence Query）検索の Error Tolerant Tag Search モードでは、プリカーサ質量値の情報を使わずに、指定した酵素でデータベースを「消化」して得られたペプチド群の中から、ペプチドを構成するアミノ酸の種類とフラグメントイオン質量値にマッチするペプチドを検索することができる。したがって、翻訳後修飾やミューテーションに対応する質量値が誤差（実験値と理論値の差：Delta）として表示される。
次の条件（tag および etag キーワード）を使って SQ 検索を実行すると、プリカーサ値 687.30 のペプチドは104.98 の質量誤差でヒットするため、システインがピリジルエチル化されている可能が示唆される。
TAXONOMY=. . . . . . . . . . lobe-finned fish and tetrapod clade
REPTYPE=Peptide
TOL=0.03
TOLU=%
ITOL=0.5
ITOLU=DaCHARGE=2+
INSTRUMENT=ESI-TRAP
877.4 tag(376.2, [IL][QK][IL], 730.2)
687.3 etag(782.3, NG[IL], 1066.1)

MASCOT Distiller の Tag 抽出および De novo の機能を組み合わせることにより、より現実的な検索手段となりうる。

< 参考文献 >(1) Matrix Science Ltd.資料, Mascot Search Results FAQ, 2005
(2) Matrix Science Ltd.資料, http://www.matrixscience.com/help/sq_help.html(3) 私信, 吉野健一

2009年3月 第6版
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