Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 1

Mascot Server version 2.5

新規インストール手順
この書類は、Mascot Server version 2.5 を新規にインストールする手順について説明しています。ver. 2.4 からアップグレードする場合はインストール DVD または弊社日本語資料サイ
ト上の Mascot_Server_v2.5_アップグレード手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.5 新規インストールで特に注意して頂きたい事
インストール時には以下の点にご注意ください。

▼ ご利用のネットワークで WEB サーバーを使ったアプリケーションが利用可能か、ネットワーク担当者にご確認ください。
▼ セキュリティソフトをご利用の場合、ファイアウォール機能に特にご注意ください。Windows のファイアウォールの設定（項目 3、P.9～）も併せてご覧ください。
▼ ライセンスの発行と認証が必要となります。
▼ インストール作業の後、使用データベースのファイル取得が始まります。
▼ インターネットへの接続と、（使用している場合）proxy サーバー設定を事前に確認して頂くよう推奨いたします。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 2● システム要件
MASCOT Server のインストールには以下の条件が必要です。

■ ディスクスペース
IIS (Internet Information Service)用に 150MB、MASCOT の フルインストールに 4GB必要です。また結果ファイルの蓄積や新規データベースの追加を考えると、平均的なユーザーで最低でも 150GB の空き容量が必要となります。またファイルフォーマットはNTFS を強く推奨いたします(通常は NTFS です)。

■ メモリ
4GB 以上。OS が 64bit 版の場合 12GB 以上、できれば 16GB や 32GB での使用を推奨しています。

■ OS の種類と注意事項

いずれのバージョンの利用においても、サービスパック(SP)は常に最新のバージョンを適用するようにしてください。
最も使用をお勧めするのは Windows 7 Professional または Ultimate 版です。

▼ XP
XP Professional SP3 を準備してください。 Home はサポートしていません。
Microsoft 社がサポートを停止しているため利用をお勧めしません。何らかの作業が発生した場合、OS が XP である事を理由に作業依頼をお受けできない可能性がある点予めご了承ください。次のバージョンでは MASCOT もサポートしない予定です。
▼ 2003 Server
SP2 以降、Itanium processor 版以外のすべての Edition に対応しています。
▼ VISTA
Starter, Home Basic 以外のすべてのバージョンで可能ですが、Home Premium は処々の制約により非推奨です。

▼ 2008 Server
Core Edition, Itanium-based system 以外のすべての Edition に対応しています。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 3▼ Windows 7
すべてのバージョンで動作可能ですが、特定 Edition 以外では処々の制約がある事から、 Professional 並びに Ultimate Edition を強く推奨しています。
▼ Windows 2012
Hyper-V Edition, Storage Edition

以外のすべての Edition に対応しています。

▼ Windows 8すべてのバージョンで動作可能ですが、8.1 の方を推奨いたします。また特定Edition 以 外 で は 処 々 の 制 約 が あ る 事 か ら 、 Professional 並 び に Ultimate
Edition を強く推奨しています。

● インストール時に準備するもの
1.

Mascot Server version 2.5 のインストール DVD

2.

MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）

3.

MASCOT Server のインターネットへの接続（接続できない場合でも別途方法有）4.

Windows へログインするユーザー名とパスワード

5.

(もし使っていれば)proxy サーバーへの接続設定● インストール作業の流れ****最低限、6 までのステップで MASCOT が動くようになります。*****
1.

PC へのログオン、起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

2. IIS (Internet Information Service)のインストール
3. ファイアウォールの設定

特に 2～5 は

4.

Perl[ActivePerl] のインストール

5.

MASCOT Server ver. 2.5 の インストール

6.

MASCOT Server の ライセンス認証

7.

MASCOT Server の8.

MASCOT Server の動作確認 [過去結果閲覧、検索テスト]

9.

MASCOT Server データベース自動更新プログラムの設定 (別紙)

10.

MASCOT Daemon インストール (別紙)

順番を守ってください。

データベース環境設定

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 4● インストールに要する時間
インストールに要する時間は目安として 40 分程度です。作業時間には、新規インストール後自動的に行われるデータベースファイルの取得、更新の時間を含めていません。ファイル取得・更新時間の大まかな目安として半日～2 日程度かかります。その間特に気にせず確認作業をして頂いて構いません。

● インストールチェック表
項目

チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
インストール PC に関するシステム要件をチェック

2

ver. 2.5 インストール DVD

3

プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）

3Server のインターネットへの接続

3（接続できない場合も別途方法有、詳細は手順書該当項目参照の事）
MASCOT Server PC へのログインユーザー名とパスワードの確認

3(もし使っていれば)

3

proxy サーバーへの接続設定

作業内容
1-1. Windows へのログイン51-2.他アプリケーションの終了

5

2. IIS (Internet Infromation Service)のインストール

5

3. ファイアウォール設定

7

4. ActivePerl 5.16 のインストールと動作確認

95. MASCOT Server ver.2.5 インストール

11

6. MASCOT Server ライセンス認証

157-1. 使用データベースの環境設定

217-2. [Proxy サーバーご利用の方] Proxy サーバー設定

24

7-3.データベース追加設定

25

7-4.ダウンロード・データベースファイル作成進捗の確認

28

8-1. MASCOT Server 動作確認 : Database Status 表示

30

8-2. MASCOT Server 動作確認 : 検索テスト

31

9. データベースファイル自動更新の設定

別紙

10. Daemon のインストール

別紙

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 5● インストール手順

1. PC へのログオン、起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了
Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザーでログオンしてください。またインストール作業を行う前に作業を行う前に、起動している他のアプリケーションソフトウェアをすべて終了してください。

2. IIS (Internet Information Service)のインストール
コントロールパネルを開きます。 (スタート→コントロールパネル)
コントロールパネル内で「プログラム」→「Windows の機能の有効化または無効化」を選択します。

「インターネットインフォメーションサービス」を選択、チェックを入れます。さらに隣の十字ボ

チェックボックスをクリックした後、タンを押し項目を展開します。

「十字ボタン」をクリックし、展開Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 6

Windows VISTA/7 の場合、インターネットインフォメーションサービスの中で、以下の項目を選択しチェックを入れます。
・「web管理ツール」-以下、-

IIS6と互換性のある管理以下４項目すべて-

IIS管理コンソール-

IIS管理スクリプトおよびツール

・「World Wide webサービス」の「アプリケーション開発機能」の「CGI」にチェックを入れ、「OK」ボタンを押すとIISのインストールが始まります。

４項目すべてチェックを入れる「IIS 管理コンソール」「IIS 管理スクリプトおよびツール」にもチェック「CGI」にチェック「OK」を押す

インストールが始まりますMascot Server version 2.5 新規インストール手順 7【重要】
例では Windows7 ですが、OS により IIS インストール時のオプションが異なります。別の OS をご利用の方は、インストール DVD 内「manual.pdf」の「3.Installation:Windows」、P.22～P.27 の各 OS における IIS インストール時のオプション選択項目を画像でご確認のうえインストールを行ってください。

インストール後、自動的に IIS サービスガ開始します。IIS が動作中かどうか、ウェブブラウザを使って確認する事ができます。
IIS をインストールしたコンピュータでウェブブラウザを起動し、アドレス部分にhttp://localhost/ と入力、エンターを押します。

以下のような画面がでればインストール成功です。
アドレス欄にhttp://localhost/WEB ブラウザでトップ画面へアクセスした画面＊MASCOT は IIS 以外の Web ブラウザでも動作します。詳細はインストール DVD 内「manual.pdf」の Appendix D 「Web Server Configuration」をご覧ください。IIS がインストール時最もトラブルが少なく作業も簡単であることから IIS の利用を強く推奨しています。

3. ファイアウォールの設定
デフォルト状態では Windows のファイアウォール設定によりローカルコンピュータ以外からの HTTP プロトコル経由でのアクセスを受け付けません。設定を変更し HTTP とファイルとプリンタの共有のポートについてアクセス許可を与える必要があります。
ファイアウォールの設定を変更するには、ウィンドウズマーク→コントロールパネルで、「システムとセキュリティ」、続けて、「Windows ファイアウォール」を選びます。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 8「システムとセキュリティ」「Windows ファイアウォール」「Wndowsファイアウォールを介したプログラムまたは機能を許可「Windows ファイアウォールを介したプログラムまたは機能する」をクリックします。

を許可する」

ファイアウォールで遮断しない例外のポートとして、「WorldWide Web サービス(HTTP) 」と「ファイルとプリンタの共有」を「World Wide Web サービス」「ファイルとプリンタの共有」にチェック選択しチェックを入れます（右図）。
ネットワーク環境により、ホーム／社内（プライベート）のみでいいか、パブリックも含まなくてはならないか異なります。設定内
容がわからない場合、セキュリテ
ィ上問題が無いのであれば両方にチェックを入れるとMASCOTの使用においてトラブルを回避しやすいです。設定後、「OK」ボタンを押します。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 9

4. Perl[ActivePerl] のインストール
MASCOT

Server ver. 2.5 インストール DVD を入れ、新たなバージョンのActivePerlをインストールします。
【64bit版OSの場合】ActivePerl-5.16.3.1603-MSWin32-x64-296746.msi【32bit版OSの場合】ActivePerl-5.16.3.1603-MSWin32-x86-296746.msi
をダブルクリックすると、インストーラが起動しインストールが開始します。

ActivePerl 5.16 インストーラ
起動、インストール開始

ライセンス規約をお読みになり、問題がなければAccept を選択、「Next」ボタンを押します。以降特に問題がなければデフォルト値を選択しインストールを進めます。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 10

特に問題がないようでしたら、デフォルト値を選択し、続けて「Next」を押していきます。
最後の選択肢で「Install」ボタンを押し、インストールを開始します。

インストールがすべて終わると右図のように完了画面がでます。”Finish”ボタンを押してください。（release notes 表示は必須ではありません。）(3) Perl 動作・バージョンの確認（よくわからなければ飛ばしてください）

コマンドプロンプトを起動し、perl -v コマンドを実行してください。現在インストールされている Perl のバージョン情報を含む、次のような文字列が出力されます。Perl のバージョンが 5.16.3 になっている事を確認してください。
This is perl 5, version 16, subversion 3 (v5.16.3) built for MSWin32-x64-multi-thread(with 1 registered patch, see perl -V for more detail)以下省略Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 115. MASCOT ver 2.5 のインストール
Mascot Server version 2.5 へのアップグレードに要する時間は、DVD 内に予め準備されているデータベースファイル SwissProt リリース 2014_07 のセットアップも含め 30 分程度です。

初めにver.2.5 のインストールDVDを光学ドライブに挿入してください。
DVD は MATRIX_SCIENCE と い う 名称でマウントされます。Windows OSが32bit版の場合は setup32.exe を、64bit 版の場合は setup64.exe をダブルクリックしてください。
大半のご利用者は64bit版です。

関連プログラムとして、VisualC++ 2008 などの インストールを MASCOT のインストール前に求められる事があります。特に問題がなければインストールを行ってください。

関連プログラムのインストールが終わると、MASCOT Server のバージョンアップが始まります。「Next」を押してください。

License Agreement が表示されます。内容に問題がなければ「I acceptthe terms in the License Agreement」にチェックを入れ、「Next」を押してください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 12

プロダクトキー入力が必須である事を通知する画面が表示されます。
「Next」を押してください。

インストール内容とインストール箇所を確認する画面が現れます。通常インストール場所としてC:¥inetpub¥mascotと、Cドライブをお勧めいたします。

Location が C ドライブ以下になっていない場合、Browse ボ
タンを押して C ドライブに変更する事をお勧めいたします。

Cドライブの残り容量が極端に少ない場合などはDドライブに指定してください。
またDドライブの残り容量の方がCドライブよりも少ない時、インストール場所がDドライブに指定されることがあります。その場合は「Browse」ボタンを押してCドライブに変更する事をお勧めいたします。

続いて Cluster システムの設定を行います。
Cluster システム を利用しておらず 1台の PC だけで MASCOT Server の計算を行う場合、チェックが付いていないのを確認してから「Next」ボタンを押してください。その場合次頁の Cluster 利用者向けの設定箇所を飛ばしてください。
なお通常は Cluster を使っておらずチェックをはずす方が正しい設定です。

Cluster を使用しない場合、「EnableMascot cluster mode」のチェックが外れているのを確認し、「Next」

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 13

Cluster システム(複数台の PC を利用する構成)をご利用の方は「Enable Mascot Clustermode」にチェックを入れ、「Configure」ボタンを押して node PC に関する設定を行ってから「Next」ボタンを押してください（以下緑色の記述箇所をご参照ください）。

**** 【Cluster システム をご利用の場合】 Node に関する設定 ****
nodePCの追加を行います。「Add」ボタンを押し、下図のように各項目を設定します。

・ node用フォルダのUNC パス
・ ローカルコンピュータにおけるnode用フォルダのパス・ host名, IP, Port番号,各コンピュータで使用するCPUライセンス数＊ Clusterのケースにおける設定終わりすべての項目を設定し終わると、インストール開始となります。「Install」ボタンを押してください。

ファイルコピーが行われます。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 14

SwissProtのインストールを選択した場合、インストール後半でSwissProtファイルの展開と解凍が行われその事を表すコマンドプロンプ
トを表示されます。

インストールが完了すると、右図のようなダイアロ
グが現れます。「Open Mascot server statuspage」のチェックが入っているのを確認した上で、「Finish」ボタンを押してください。

*Cluster システムご利用の場合：MASCOT Service のmascotユーザーによる開始設定 *MASCOT Server をClusterシステムでご利用の場合、インストール後MASCOT Serverのサービスは自動的に開始されません。MASCOTのサービスを mascotユーザーで開始する
よう設定を変更した後、改めてサービスを開始する必要があります。
コントロールパネルの、「パフォーマンスとメンテナンス」→「システムとセキュリティ」→「管理ツール」→「サービス」を選びます。サービス一覧の中で「Matrix Science Mascot
Service」という項目を探し、ダブルクリックします（下図）。

「管理ツール」→「サービス」→「MatrixScience Mascot Service」

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 15「ログオン」タブ内の「アカウント」にて、・アカウント→ログインユーザー(mascotなど)・mascotパスワード→ログイン時のパスワードを入力し、OKボタンを押します。
例ではアカウントmascotで、パスワードにはmascotのログイン時パスワードを入力していま「ログオン」タブでユーザー名とす。

パスワード入力

MASCOT Service を選んだ状態
で右クリック→「開始」を選びます。MASCOT Serviceが開始されます。開始時にエラーが出た場合はお手数ですが弊社までご連絡ください。

***** MASCOT クラスターシステム利用者向けの特殊設定終わり *****

6. MASCOT の ライセンス認証
バージョンアップ後、使用ライセンスの登録と認証が必要となります。ライセンス認証はＷ
ＥＢブラウザ画面を通じて行います。ライセンス登録と認証は、通常オンラインで直接行うため、MASCOT Server PC をインターネットへ接続する必要があります。もし PC を直接インターネットへ接続できない場合でもインターネットに繋がっている別の PC からライセンスの登録と認証を行う方法もあります。
ライセンス認証の画面は以下の３つの操作のうちいずれかを行う事で現れます。
1) バージョンアップ操作直後に自動的に web ブラウザが起動し画面が現れる
2) ブラウザで Home -> Database Status → Register a new product key3) 画面左下の「Windows スタート」→プログラム→MASCOT→admin→License Info→ Register a new product key

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 16

2) database status 画面から表示する場合

3) スタートボタンから画面を表示する場合【Registrationについて】：インターネット接続の有無により対処法が異なります。

■ MASCOT Server がインストールされているPCをインターネットに繋いでいて直接登録と認証を行う場合：「Register Online Now」ボタンを押してください。通常はこちらです。
■ 何らかの理由でMASCOT Server がインストールされているPCをインターネットに繋いでいない場合：「Save Registration File」でregistration.xml ファイルを保存した後、そのファイルをインターネットに接続しているPCへ持ち運び、ブラウザのアドレス部分にhttp://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力して画面を開いてください。開いた画面にて、下記青色部分の記述に従ってconfiguration.xmlファイルをアップロードしてください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 17← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証← インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合＊別端末でインターネットに繋いでライセンス登録する場合に必要な追加の操作。直接ライセン
ス登録された方は青色の記述箇所を飛ばしてください。

最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れます（下図）ので、registration.xmlファイルをアップロード→Continueをクリックしてください。

http://www.matrixscience.com/licensing/register に接続registration.xml を ア ッ プ ロ ー ド 後 、「Continue」をクリック***** MASCOTとは別端末でライセンス登録を行う場合に行う追加の操作

終わり

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 18* 以下から両方法での共通画面です

プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

ライセンスが間違っている場合続いて、ライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須ですので必ず入力してください。入力内容については、下図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

＊欄は入力必須
日本語使用 ×
すべて英語でライセンス情報登録画面-1

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 19

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセン
スファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

ライセンス情報登録画面-2

画面下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して頂いた上で問題ない場合には「I accept the terms ofthe licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 20

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。

メールに添付されたライセンスファイルをネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdbフォルダとなります。

ライセンスファイル xxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxx.lic ファイルを
C:\inetpub\mascot\config\licdb フォルダへコピー

ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。バージョンアップ後各データベースの再構築が行われますので検索可能になるのに少し時間がかかります。特にサイズの大きな NCBInrなどは２時間以上かかる事があります。
ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 21

登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

license info 画面

7. MASCOT のデータベース環境設定

MASCOT Server ver.2.4 よりデータベース設定に関する扱い方が変わり、主にデータベースの 設 定 を 中 心 と し た 「 Database Manager 」 と 、 サ ー バ ー の 各 種 パ ラ メ ータ を 設 定 す る「Configuration Options」の２つのページで分割して管理する形式となりました。
インストール後、Database Manager ページ上で、使用するデータベースについて初期登録されている SwissProt の設定を確認し、さらに MASCOT 側で設定が定義されているデータベースから使用したいものを選ぶ操作が必要となります。データベースの環境設定を行う画面へ
ア ク セ ス す る た め に は MASCOT の ラ イ セ ン ス 登 録 後 Web ブ ラ ウ ザ で Home →Configuration Editor → Database Manager を開きます（次頁図）。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 22Home ->Configuration Editor -> Database Manager

インストール後最初にDatabase Managerを開くと、以下のように初期設定画面が現れます。SwissProtに関しては最適設定が自動的に選ばれているため、そのままパラメータを変更することなく「Import」を押します。（但しID部分を変更したい場合はその限りではありません）

通常はパラメータを変更することなく「Import」

Database Manager 初期設定画面

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 23

Importボタンを押すと画面が切り替わります（下図）。新しいデータベースファイルを自動的に取得しMASCOT用のデータベースの更新を試みます。更新状況は後述する確認方法で進捗をチェックしてください。

ダウンロードされていれば進捗が表示されます
Import ボタンクリック後自動的に表示される「Databases」画面

画面表示確認後、必要に応じて以下の３つの操作を行ってください。

【Proxy設定】
ネットワークの設定が正しく行われていない場合データベースの取得が始まりません。Proxyサーバーなどご利用の場合は後述の「proxyサーバーの設定」（緑色の記載箇所）をご覧の上設定変更をしてください。
【使用データベースの追加設定】
SwissProt以外のデータベースで、MASCOTが準備している公開データベースの設定を使って自動的にダウンロードなどを行いたい場合、後述の「SwissProt以外のデータベースを利用する方法」(オレンジ色の記載箇所)をご覧ください。

【ファイルダウンロードの進捗確認】
SwissProt並びにそれ以外のデータベースでご自身の設定変更により使用するよう設定したデータベースについてMASCOTが自動的にファイルのダウンロードを行います。ダウンロード・自動更新の進捗状況をご確認する方法については、「データベースファイルの自動取得とデータベース更新の進捗を確認する方法」（青色の記載箇所）をご覧ください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 24【ネットワークご利用時Proxyサーバーをご利用のお客様のみ:Proxyサーバーの設定】
自動更新プログラムの設定には、Proxy サーバーの設定が必要です。
画面左に表示されている各セクションへのリンクで、Settings -> Proxy settings と辿り、proxy の設定を行ってください。* 設定内容は下図内に記しています。

「Settings」

現段階でインターネット接続できるかのテスト結果。接続できていれば「Succeeds」

設定画面は「Edit proxy settings」クリック← Proxy サーバーアドレス。
例: http://proxy.mascot.jp/proxy← Proxy ポート。例: 8080
← 認証ユーザー名とパスワード。
使用していない場合、空欄で← 設定後、適用と同時に「Test」実施**** proxy 設定終わり

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 25【SwissProt以外のデータベースファイルを使用可能にする方法】
DVD 内に準備されている検索用データベースは SwissProt のみですが、MASCOT 用のデータベースとしてはその他にも公開されているデータベースや、ご自身で作成されたデータベースを使用する事ができます。
ここでは、公開データベースで MASCOT が既に設定内容を準備しているデータベースをMASCOT 上で使用可能にする方法についてご紹介します。
「Database Manager」の、「New database」-「Enable predefined definition」をクリックします。

「Enable predefined definition」
をクリック

MMASCOT が既に定義を作成しているデータベースの一覧が現れます（次頁図）。データベースの名称と実態については、MASCOT の HELP ページ「Sequence Database Setup」の、「Configuration Notes for Specific Databases」をご覧ください。
▼弊社 HP のリンク
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup.html▼local PC の HELP
help -> 「Mascot System Administration」-> 「Sequence database Setup」

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 26

使用したいデータベースの、「Enable」ボタンをクリックすると、確認後データベースの更新が行われます。データベースの置き場

使 用 し た い デ ー タ ベース の所を確認したうえで「Enable」ボタンをクリック「Create」ボタンを押し、データベースを作成してください。作成後設定内容を表す画面が現れるのでご確認ください。

使用したいデータベースの「Enable」ボタンをクリック

配列データベースの置き場所を確認して、「Create」

設定内容の Summary 画面が現れます。データベー
スファイルの取得も自動的に開始されます。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 27▼ Predefined definition として準備されているデータベース●contaminants / cRAP●XXXX_EST… コンタミ、または生体内に頻出するタンパク質。

EMBL にあるEST データベース。詳細はhttp://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_EMBLEST.html

をご覧下さい。

＜リスト＞ Environmental_EST , Fungi_EST, Invertebrates_EST, Mammals_EST,
Mus_EST, Plants_EST, Prokaryotes_EST, Rodents_EST, Unclassified_EST,
Vertebrates_EST●EST_YYYY NCBI にあるEST データベース。詳細はhttp://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_EST.html

をご覧ください。

＜リスト＞ EST_human, EST_mouse, EST_others●

IPI_ZZZZ

IPIデータベース。
（2011年で更新が止まっています）＜リスト＞ IPI_arabidopsis, IPI_bovine, IPI_chicken , IPI_human, IPI_mouse, IPI_rat,
IPI_zebrafish●

NCBInr●Trembl●SwissProt●

UniRef100****** SwissProt以外のデータベースファイルを使用可能にする方法 おわり

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 28【データベースファイルの自動取得とデータベース更新の進捗を確認する方法】
新たにデータベースを使用するように設定変更すると、データベースファイルのダウンロード、MASCOT用のデータベースファイル変換、検索テストが行われます。データベースファイルのダウンロードについてはDatabase manager ページのTaskで、ダウンロード後のファイル変換や検索テストは Database Status画面で行います。
【ダウンロード進捗の確認】
各データベースの更新プロセスは「Task」として扱われます。Taskの進捗度合いは下図のように「Tasks」セクションにて確認する事ができます。左側の「Database Manager」-> 「Tasks」
をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています。

Task として実行中のファイルのダウンロード進捗を確認する場合

実行待ち→実行中→実行終了→

Database Manager : Tasks 画面【ファイルの変換・検索テスト進捗の確認】
ファイルダウンロードが終了後、MASCOT Serverプログラム側(ms-monitor.exe) がダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようファイル変換を行います。変換状況
は、Database Status (Home -> Database Status)で各データベースの更新状況が確認できます。各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_(バージョンまたは日付).fasta と表示されています。後部の(バージョンまたは日付)の記述部分でデータベースの新しさを確認してください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 29

ダウンロード後のファイル変換
作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれる

Database Status 画面: 構築中のデータベース

NCBInrのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。
「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例図では、日付が20120502 のStatus 項目は「Not in use」となっています。一方より新しい20120508の方は「In use」となっています。これは20120502の方は既に使用されておらず、新しい20120508の方が現在使用可能となっている事を表しています。

同一 DB で複数表示の場合、Status が「In Use」になっている方が現在使用可能**** データベースファイルの自動取得とデータベース更新の進捗を確認する方法 終わり

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 30

8. MASCOT Server の動作確認
すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、主に確認した方がよい事項は以下の 2 点です。
1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目
2. 検索テスト
1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
Home からDatabase Status のハイパーリンクを クリックします。
Home -> Database Status をクリック

Database Status 画面にて、各データベースの「Status」項目を見ます。右図のように「In Use」であれば問題ありません。

各データベースの Status 項目が”In Use”であるかをチェック。Halted なら PC 再起動

バージョンアップ後のデータベース再構築ですが、「データベースの構築」→「検索テスト」→使用可能 (In use)となります。Status が「Creatingcompressed files N%」 となっている場合、データベースを構築中です。
「Running 1st test」
は検索テスト実行中です。共に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度ご確認ください。同じエラーが出た場合、status 項目のすぐ隣に現れているハイパーリンク「compression warning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 31

2. 検索テスト

検索のテストについては、いつも実施している方法で検索してください。検索がうまくいかな
いケースで Thermo Scientific 社製質量分析装置の raw ファイル読み込みに失敗している可能性がある場合、弊社日本語資料サイトの PDF 資料「Thermo Xcalibur RAW ファイルに対する Mascot Server Mascot Daemon 側の設定について」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_settingsOfMs+MdForXcaliburRawFile.pdfの内容をご確認の上変換に必要なプログラムが揃っているかご確認ください。また、C:¥inetpub¥mascot¥cgi フォルダ以下の lcq_dta_shell.pl ファイル内の「$lcqExe」行の右辺側が変換プログラムのパス、名称と一致しているかご確認ください。

raw ファイル読み込み以外で問題が発生している場合、以下の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じるかご確認ください。

1.

すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(P.26～をご参照ください)。また問題が生じているデータベースの名称と、MASCOT Server の logs フォルダにある、monitor.log, errorlog.txt ファイルをご覧ください。ご不明な場合はこれらのファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。
* ブラウザからの再検索方法が良くわからない場合、とりあえず home->Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行う方法などをご提案します。

上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 新規インストール手順 32

9. MASCOT データベース自動更新プログラムの設定 （別紙）

データベースの定期的な自動更新を希望される場合、Database Manager 画面から設定を行う必要があります。
自動更新の設定方法に関しては、別紙「配列データベース管理マニュアル」
http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_database_manager.pdfの項目「Section 別設定内容::Database Manager Section」->「▼データベースファイルの定期的な自動取得・更新設定」（P.21）にまとめています。詳しくはそちらをご覧ください。

10. MASCOT Daemon インストール（別紙）

質量分析装置の解析用ソフトウェアからの検索でない場合、MASCOT Server の検索を自動的に行う Mascot Daemon のインストールも行って頂く事をお勧めいたします。daemon のイ
ンストール手順に関しては、別紙「Mascot Daemon マニュアル」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_mdaemon_manual.pdfの「2.インストレーションと環境設定」-「アップグレード」にまとめてありますのでそちらをご覧ください。

● 技術サポート
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