ＯＵＧライフサイエンス分科会

9月度例会

NBDCの提供するサービスについて
2022/9/15
井手 隆広

Licensed under a Creative Commons 表示4.0国際ライセンス©2022 井手 隆広（科学技術振興機構 NBDC事業推進部）

生命科学分野のデータベースに対する要望
どんなDBがどこ(URLは？)にあるのか？
欲しいデータは既に誰かが持っているかも公開しているかもデータセットを取得できないか？
インターフェイスにとらわれず自由に使いたい

手持ちのデータと組み合わせてみたい複数のDB内を横断的に検索できないか？
DBごとに訪れて検索するのは手間
文献や特許など異なるDBを一括検索できれば(AJACS 資料より https://github.com/AJACS-training/AJACS93/blob/main/01_minowa/AJACS93_01_minowa.pdf)

NBDCの提供するサービス
Integbioデータベースカタログ
データベースのデータベース

生命科学系データベースアーカイブ
データベースの安定的な長期保存

生命科学データベース横断検索
データベース内の情報を探す

NBDC RDFポータル
よりデータ統合に向けた整備

TogoDX
色んなデータベース情報を一目で分かるようにする

Integbioデータベースカタログ
https://integbio.jp/dbcatalog/?lang=ja←スマホOK

厚労省

農水省

経産省

文科省

文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による生命科学系データベース統合の一環として提供
2540件のデータベースの情報を収載 (2022年8月末)
所在情報(国内外)、説明、生物種など

国内の公的研究費で作成されたデータベースを網羅し国内外に発信
独自に研究報告書の調査

Nucleic Acids Research Database Issueから国外のデータベースを収録
国際的な生命科学系データベース情報を収集・公開しているFAIRsharingと連携
データベース情報を交換(2017年から)
日英サイトを用意している
ツールは対象外

ホームページ
キーワード検索

絞り込み
-生物種
-対象
-ゲノム-DNA など-データの種類-稼働状況-地域-生命科学系
データベース
アーカイブ-TogoTV-一括DL可

稼動状況
解説動画

「ヒト」「遺伝的多様性」「日本」で絞り込み絞り込んだタグ

稼動状況がわかるソート

「ヒト」「遺伝的多様性」「日本」で絞り込み

簡単な説明とTogoTV/一括ダウンロード可などのタグ
各ページの説明に行くには「詳細へ」をクリック

各レコードのページ (TogoVar)
利用許諾
連絡先

論文へのリンク
FAIRsharingへのリンク

類似データベース
これと似たデータベースが知りたい！という時に！

類似データベースの計算方法
IDDatabase Description

Tags

ダイズのマーカー情報のデータベースです。

NBDC01254

cDNA/EST, Genetic variation, Sequence(This database provides marker information for soybean.)⬇ Morphological Analysis (Segmentation)
ダイズ | の | マーカー | 情報 | の | データベース | です | 。

⬇ Technical Term Recognition/Normalization
ダイズ 標識情報Weighting (TF-IDF）

データベース⬇ Weighting (TF-IDF）
Word vector

病名Tag vector

症状0ダイズ00.241

診断

発生0

病害虫
00...

Organism

Gen. Var

00.709cDNA/EST...

0.578

A database is represented as a vector with (# different terms + # different tags) dimensions

Licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International (c)National Bioscience Database Center Japan

類似データベースの計算方法
From database description

From tags

症状

ダイズ

NBDC00756 0.321 0.266

000.232000.508NBDC00890

000000.25

0

NBDC01254

00 0.241000

NBDC01317

0 0.19600.1880NBDC01368 0.238

0 0.2130.189

NBDC01401

00 0.248

NBDC01463

0 0.523

ID

病名0診断

発生

病害虫

...

Genome/
Gene

Health/DiseaseOrganism

Gen. Var.

cDNA/EST

0.503

0001000000.709

0.578

0000.733

000.172

0.484

00.575

0.569

00000

0.738

0000

0.167

000.657

00.75400...

Databases can be distributed in a vector space
●
●

θ●

●

●
●
●
○

●

Similarity between the vectors (databases) isrepresented as cos θ (Cosine Similarity)
Licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International (c)National Bioscience Database Center Japan

(参考)類似度を利用してエントリー間のマップを作成

カタログのデータもDL可能
RDFデータもあります@RDFポータル

データベースID 名称
別称URL
運用機関名ID (J-GLOBAL ID) 運用機関名
運用機関所在国・地域 説明
生物種 タグ （対象）
タグ (データの種類)
論文等 (PubMed ID)
言語
稼動状況
一括ダウンロードデータへのリンク
一括ダウンロードデータのデータ説明 データベースの利用許諾へのリンク
データベースの使い方 データベースの連絡先
API / SPARQL endopoint
LSDBアーカイブへのリンク
MEDALSデータベース便覧へのリンク 統合TVへのリンク
FAIRsharingへのリンク 類似データベース
レコード管理者 レコードの由来 データ取得日 レコード公開日 レコード最終更新日

NBDCの提供するサービス
Integbioデータベースカタログ
データベースのデータベース

生命科学系データベースアーカイブ
データベースの安定的な長期保存

生命科学データベース横断検索
データベース内の情報を探す

NBDC RDFポータル
よりデータ統合に向けた整備

TogoDX
色んなデータベース情報を一目で分かるようにする

生命科学系データベースアーカイブ
https://dbarchive.biosciencedbc.jp/index.html「LSDB archive」で検索
2009年➢ 「ライフサイエンス分野における統合データベースプロジェクト（統合DBプロジェクト）」の一環として、ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）
でサービス開始

2011年➢ バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）に移管

2016年➢ 全データセット及びサブデータセットにDOIを付与

現在➢ 153データセットを収録（2022/8月末時点）

アーカイブの意義・目的
個々のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットを
1.

長期間・安定的にまとめて維持・保管する

2.

十分な説明（メタデータ）をつけて発見しやすくする(Findability)3.

容易なアクセスとダウンロードを可能にする(Accessibility)

4.

汎用的なフォーマット(TXT, CSV, JPGなど)で提供し、相互運用性を確保する(Interoperability)5.

利用許諾条件を明示することで再利用を促進する(Reusability)

データ共有の基準としてのFIAR原則(https://biosciencedbc.jp/about-us/report/fair-principle/)データベースの説明 (KEGG MEDICUS)

説明ページ https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kegg-medicus/desc.html

データベースの説明 (KEGG MEDICUS)

説明ページ https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kegg-medicus/desc.html

データベースの説明 (KEGG MEDICUS)

説明ページ https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/kegg-medicus/desc.html

データベースの説明
メタデータ➢ DOI（グローバルで一意な恒久的URL体系）に対応➢ データセット、サブデータセットのバージョンにも対応➢ 論文などで一意性を持った引用が可能に➢ 他データベースへのリンク

全てのアーカイブで利用許諾を明示➢ 利用許諾のテンプレートとして、クリエイティブ・コモンズライセンスに準拠したNBDC標準利用許諾を用意➢ クリエイティブ・コモンズ 表示-継承 4.0 国際 パブリック・ライセンスに準拠➢ ほとんどのアーカイブが、NBDC標準利用許諾を利用
詳しくは ヘルプ>利用許諾に有ります(https://dbarchive.biosciencedbc.jp/help/jp/help-lic.html)

ダウンロード(医学・薬学予稿集全文データベース

ダウンロード(医学・薬学予稿集全文データベース
各ファイルへのリンク

データセットの一部を閲覧/DLできるサイト(簡易検索)
各データセットの説明

一括DLや過去のアーカイブファイルへのリンク

簡易検索画面
キーワード検索

詳細検索条件設定

検索結果のDL(https://togodb.biosciencedbc.jp/togodb/view/yokou_abstract)アーカイブ化のメリット
長期間にわたる安定的なデータの維持・保管
データ再利用の促進⇒データ価値の増大➢ 詳細なメタデータの付与➢ ダウンローダブルなデータの提供➢ 基本的な検索機能の提供➢ 明確でオープンな利用許諾➢ DOIの付与

NBDCデータベース横断検索で検索可能に➢ データベースのプレゼンス向上
今後の課題
データの一覧表示・検索画面は汎用的なインタフェースを使用
提供可能な検索機能は、「基本的な検索機能」で挙げた検索のみ

NBDCの提供するサービス
Integbioデータベースカタログ
データベースのデータベース

生命科学系データベースアーカイブ
データベースの安定的な長期保存

生命科学データベース横断検索
データベース内の情報を探す

NBDC RDFポータル
よりデータ統合に向けた整備

TogoDX
色んなデータベース情報を一目で分かるようにする

生命科学データベース横断検索
https://dbsearch.biosciencedbc.jp/「生命科学横断検索」で検索
カタログでは自分の欲しい情報が内在されているか不明確
アーカイブの簡易検索を1つ1つ検索するのは手間がかかる
生命科学データベースの一括横串サービス
生命科学分野のデータベースに限定しているため(770 DB 2022/8月末)
ノイズは少ない機能的な特徴②「クラミドモナス」で検索① データベース分類を検索結果を動的に絞り込める② 検索キーワードを翻訳し、日英同時検索③ 文献・特許・科研費プ
ロジェクトは専用エリアに常時表示①③

現状と課題現状➢ 年間 43.2 万 PV (2021年度)➢ Web検索経由 90 %➢ Web検索の多くが特許情報のページを閲覧検索サービスの再発明は難しい...
➢ Bing(MS), Buidu(中国), DuckDuckGO(ユーザー追跡無し)➢ Googleでもノイジーなページが増えている(個人的な感想)➢ 水や空気のように日常的に使う検索サービスではない