Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 1

Mascot Server version 2.7 Windows 版

新規インストール手順
この書類は、Mascot Server version 2.7(Windows 版) を新規にインストールする手順について説明して います。ver. 2.6 からアップグレードする場合はインストール DVD または弊社日本語資料
サイト上の Mascot_Server_v2.7_Win_アップグレード手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.7 新規インストールで特に注意して頂きたい事
インストール時には以下の点にご注意ください。

▼ MASCOT は WEB アプリケーションです。WEB サーバーとして IIS (Internet
Information Service)の利用を推奨しており、本資料では IIS によるインストール
手順をご紹介しています。
▼ ご利用のネットワークで WEB サーバーを使ったアプリケーションが利用可能か、
ネットワーク担当者にご確認ください。
▼ オンラインによるライセンス認証を行います。MASCOT Server が インターネットへ接続ができるかご確認ください。また、proxy をご利用の場合はその設定についても
ご 確 認 く だ さ い 。 た だ し 以 降 の 手 順 で 記 さ れ て い る よ う に 、 Server 自 体 がインターネットへ接続できない場合にも対処法がございます。
▼ セキュリティソフトをご利用の場合、ファイアウォール機能に特にご注意ください。
Windows のファイアウォールの設定（項目 3、P.9～）も併せてご覧ください。
▼ 日本で購入されたライセンスのみ、ver.2.7 より 1CP ライセンスあたりで使用できるコア数が 6 です（日本以外では 4）。海外でご利用のサーバーとは仕様が異なる点にご注意ください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 2● システム要件
MASCOT Server のインストールには以下の条件が必要です。

■ ディスクスペース
ファイルフォーマットは NTFS でご利用ください。
用途を限定した最低ライン: 10GB

通常利用の最低ライン: ２00GB (NCBIprot 不使用時)

推奨: 2TB など

■ メモリ
用途を限定した最低ライン: 16GB

通常利用の最低ライン: ３２ GB (NCBIprot 不使用時)推奨: 128GB 以上■ OS の種類と注意事項

MASCOT ver.2.7 は windows の古い OS（サポートが終了した OS）でも動きますが、弊社(日本法人)としては OS が正式にサポートされている Winows10, あるいは windows
Server 2012 以降をサポート対象範囲とさせて頂きます。
本資料でも windows10 でのインストールを中心にご紹介します。以下、各 OS の対応 Edition
について説明しています。

▼ Windows 2012
Hyper-V Edition, Storage Edition

以外のすべての Edition に対応しています。

▼ Windows 10
すべてのバージョンで動作可能ですが、 Pro 並びに同等の Edition あるいは Enterprise
Edition でのご利用を推奨しています。

古い OS をご利用の場合、注意事項については setup & Installation manual (local のMASCOT の Home 下部にリンクがあります)、P.20～ を参照してください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 3● インストール時に準備するもの
1.

Mascot Server version 2.7 のインストール DVD

2.

MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）

3.

MASCOT Server のインターネットへの接続（接続できない場合でも別途方法有）4.

Windows へログインするユーザー名とパスワード(Admin 権限が必要)

5.

(もし使っていれば) proxy サーバーへの接続設定内容の確認● インストール作業の流れ****最低限、5 までのステップで MASCOT が動くようになります。*****
1.

Windows へのログオン 、起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

2.

IIS (Internet Information Service)のインストール

3.

ファイアウォールの設定変更[あるいは確認]

4.

MASCOT Server ver. 2.7 の インストール

5.

MASCOT Server の ライセンス認証

6.

MASCOT Server の データベース環境設定画面を開く

7.

ネットワーク・proxy の設定

8.

配列データベース・ライブラリの追加

9.

ファイルダウンロードとデータベース構築確認

10.

MASCOT Server の動作確認

11. MASCOT Daemon インストール (別資料)● インストールに要する時間
インストールに要する時間は目安として 30 分程です。作業時間には新規インストール後自動的に行われるデータベースファイルの取得、更新の時間を含めていません。ファイル取得・更新時間の大まかな目安として
半日～2 日程度かかります。その間特に気にせず確認作業や通常の検索をして頂いて構いません。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 4● インストールチェック表
項目

チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
インストール PC に関するシステム要件をチェック

2

ver. 2.7 インストール DVD
プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）
コンピュータのインターネットへの接続
MASCOT Server PC へのログインユーザー名とパスワードの確認(もし使っていれば) proxy サーバーへの接続設定
作業内容
1. Windows へのログオン、他アプリケーションの終了

5

2. IIS (Internet Information Service)のインストール

5

3. ファイアウォール設定変更[あるいは確認]

10

4. MASCOT ver.2.7 のインストール

12

5. MASCOT Server ライセンス認証

195-1. ライセンス認証画面表示

１９5-2. ライセンス認証サイトへのアクセス

20

5-3. ライセンス認証

22

6. MASCOT のデータベース環境設定画面を開く

27

7. ネットワーク・proxy の設定

30

8. 配列データベース・ライブラリの追加

31

9. ファイルダウンロードとデータベース構築確認

369-1. ダウンロード進捗の確認

369-2. ファイル変換・検索テスト進捗の確認

37

10. MASCOT Server の動作確認

38

10-1. Database status 画面、Status 項目”In use”確認

38

10-2. 検索テスト

39

11. MASCOT Daemon インストール

別紙

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 5● 新規インストール手順

1.

Windows へのログオン、起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザーでログオンしてください。またインストール作業を行う前に起動している他のアプリケーションソフトウェアをすべて終了してください。

2.

IIS (Internet Information Service)のインストール

Windows の OS の種類により操作が異なります。 主に Windows10 についてご紹介し、補足として
windows server 2012,2016,2019 に ついてご案内いたします。
それ以外の古い Windows や、IIS オプションの英語名称(英語 OS ご利用の場合)については、
http://www.matrixscience.com/iis_configuration.html
をご参照ください。

[ Windows10 ]まず、コントロールパネルを起動します。（操作例: windowsマーク右側の検索欄で「control」と入力すると候補に「コントロールパネル」が挙がってくるので選択、など。下図）

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 6

コントロールパネルの「プログラム」を選択します。

「Windows の機能の有効化または 無効化」をクリックします。

「インターネットインフォメーション
サービス」を選択し、チェックボックスをクリックします。
チェックボックスをクリックした後、さらにチェックボックス隣の十字ボタンを押し項目を展開します。

「十字ボタン」をクリックし、展開Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 7

インターネットインフォメーションサービスの中で、以下の項目を選択しチェックを入れます。
・「web管理ツール」-以下、-IIS6管理互換 以下４項目すべて-

IIS管理コンソール-

IIS管理スクリプトおよびツール

４項目すべてチェックを入れる「IIS 管理コンソール」「IIS 管理スクリプトおよびツール」にもチェック・「World Wide webサービス」の「アプリケーション開発機能」の
-

「CGI」

-

「ISAPI拡張」にもチェックを入れます。

インストールが始まりますMascot Server version 2.7 新規インストール手順 8「OK」ボタンを押すとIISの インストールが始まります。

＊ 一度インストールに失敗して IIS をアンインストールする時には、コントロールパネルの同じ設定画
面を開き、「インターネットインフォメーションサービス」全体のチェックを外して「OK」を押すだけで実行できます。アンインストール後は必ずコンピュータを再起動してください。

インストール後、自動的に IIS サービスが開始します。IIS が動作中かどうか、ウェブブラウザを使って確認する事ができます。IIS をインストールしたコンピュータでウェブブラウザを起動し、アドレス部
分 に http://localhost/ と 入 力 、 エ ン タ ー を 押 し ま す 。 ( ま た は http://(PC 名 )、

http:// (IP アドレス))。以下のような画面が表示されれば IIS が正常にインストールされたことになります。

http://localhost/ と 入 力 、 エ ン タ ー 。 図 の よ う な
アドレス欄にInternet Information Service の 画 面 が で れ ば
http://localhost/
インストール成功です＊ MASCOT は IIS 以 外 の Web サ ー バ ー で も 動 作 し ま す 。 詳 細 は イ ン ス ト ー ル DVD 内「manual.pdf」の Appendix D 「Web Server Configuration」をご覧ください。IIS がインストール
時最もトラブルが少なく作業も簡単であることから IIS の利用を強く推奨しています。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 9[ Windows Server 2012,2016,2019 ]Windows10 同様機能の追加と削除画面を開き、WEB Server 機能を有効にするほか、以下のようにオプションを設定します（選択オプション一覧は英語版のものです。ご注意ください）。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 10

3.

ファイアウォールの設定

ファイアウォールの設定を開き、HTTP とファイルとプリンタの共有のポートについてアクセス許可が与えられているかを確認する必要があります。許可されていない場合は通過設定を行う必要があります。

ファイアウォールの設定を変更するには、ウィンドウズマーク→設定（歯車マーク）を選びます。

以降、「更新とセキュリティ」→「Windows セキュリティ」→「ファイアウォールとネットワーク保護」→「ファイアウォール
によるアプリケーションの許可」と辿って設定画面を開きます。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 11

ファイアウォールで遮断しない例外のポートとして、「World Wide Web サービス(HTTP) 」と「ファイルとプリンタの共有」を 選択しチェックを入れます（下図）。ネットワーク環境により、プライベート
のみでいいか、パブリックも含まなくてはならないか異なります。設定内容がわからない場合、セキュリティ上問題が無いのであれば両方にチェックを入れるとMASCOTの使用においてトラブルを回避しやすいです。設定後、「OK」ボタンを押します。

設定変更が必要な時は、「設定の変更」ボタンを押します。

「World Wide Web サービス」と「ファイルとプリンタの共有」にチェックが入っているか確認。ない場合は設定変更を行います。

設 定 変 更 終 了 後 、 「 OK 」
ボタンを押します。

この時点で、外部コンピュータから

http://（PC名） あるいは http://(IPアドレス)などで接続テストをして、ファイアウォール設定をクリアしているか確認しておいてください。（この段階でトラブルがあった場合、この後のMASCOTのインストールについては進める事ができますが、その後別端末からの検索がうまくいかなくなることがあります。）

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 12

4.

MASCOT ver 2.7 のインストール

Mascot Server version 2.7 のインストールに要する時間は、DVD 内に予め準備されているデータ
ベースファイル SwissProt リリース 2019_10, PRIDE_Contaminants_20160906 の セットアップ
も含め 30 分程度です。

初めにver.2.7 のインストールDVDを光学ドライブに挿入してください。DVD は
MATRIX_SCIENCEという名称で マウントされます。setup64.exe をダブルクリックしてください。

windows 側に、下図左のようにインストーラーの実行について確認を求められることがありますが「実行」を選択してください。
また下図右のように関連プログラムとして、VisualC++ 2015 などの インストールを MASCOT のインストール前に求められる事があります。特に問題がなければインストールを行ってください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 13

関連プログラムのインストールが終わると、MASCOT Server のバー ジョンアッ プが始まります。「Next」を押してください。

License Agreement が表示されます。
内容をご覧いただき、特に問題がなければ「I accept the terms in the License
Agreement」にチェックを入れ、「Next」

を押してください。

プロ ダクト キー 入力 が必 須 で ある事 を通知する画面が表示されます。「Next」を押してください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 14

インストール内容とインストール箇所を確認する画面が現れます。「Location」でインストール場所を調整してください。

「Location」でインストールディスクを確認してください。変更する場合は、「Browse」＊ 残り容量の少ないディスクになっている場合は、必ず容量に余裕のボタンを押してください。
インストール場所を確認後、「Next」

あるドライブに変更をしてください。

設定後、「Next」ボタンを押します。

IIS 上での MASCOT フォルダの位置と名称、並びに仮想フォルダの設定を行います。 通常 は 特に 変更 を加 え ずそのまま「Next」ボタンを押してください。

続いて Cluster システムの設定を行います。Cluster システム を利用しておらず

Cluster を使用しない場合、「 Enable

1 台の PC だけで MASCOT Server のMascot cluster mode」のチェックが外計算を行う 場合、チェックが付いていない

れているのを確認し、「Next」のを確認して から「Next」ボタンを押してください。その場合以下の Cluster 利用者向けの設定に関する記述箇所を飛ばしてください。なお通常は Cluster を使わずチェックをはずす方が正しい設定です。
Cluster システム (複数台の PC を利用
す る 構 成 ) を ご 利 用 の 方 は 「 Enable
Mascot Cluster mode」にチェックを入れ、「Configure」ボタンを押して node PC に関する設定が

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 15

正しいかを確認してから「Next」ボタンを押してください（次頁緑色の記述箇所をご参照ください）。
**** 【Cluster システム をご利用の場合】 Node に関する設定 ****

nodePCの追加を行います。「Add」ボタンを押し、下図のように現れるダイアログで各ノードの各項目を設定します。

・ node用フォルダのUNC パス
・ ローカルコンピュータにおける
node用フォルダのパス・ host名, IP, Port番号,各コンピュータで使用するCPUライセンス数

設定が終わりましたら、「OK」ボタンを押します。以降各nodeに対して同様の設定を行います。

＊ Clusterのケースにおける設定終わり

すべての項目を設定し終わると、インストール開始となります。「Install」ボタンを押してください。
ファイルコピーが開始されます。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 16

SwissProtなどのデータベース設置を選択した場合、インストール後半で圧縮ファイルの展開と解凍が行われます。その操作中である事を表すコマンドプロンプトが途中表示されます（下図）。

インストールが完了すると、右図のようなダイアログが現れます。「OpenMascot server status page」のチェックが入っているのを確認した上で、「Finish」ボタンを押してください。

Clusterシステムをご利用の方は現状でMASCOT Serviceが動いていません。
ログインユーザーであるmascotにてMASCOT Serviceを動かすよう設定をする必要があります。

詳しくは以降の緑線部分:「MASCOT Serviceのmascot ユーザーによる開始設定」をご覧ください。

[次頁以降に続きます]Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 17*Cluster システムご利用の場合：MASCOT Service のmascotユーザーによる開始設定

MASCOT Server をClusterシステムでご利用の場合、インストール後MASCOT Server のサービスは自動的に開始されません。MASCOTのサービスを mascotユーザーで開始するよう設定を変更した後、改めてサービスを開始する必要があります。

まず、コントロールパネルを起動します。（操作例: windows
マーク右側の検索欄で「control」と入力すると候補に「コントロールパネル」が挙がってくるので選択、など。
右図）

コントロールパネルの、「システムとセキュリティ」→「管理ツール」→「サービス」を選びます。

「システムとセキュリティ」→「管理ツール」→「サービス」

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 18

サービス一覧の中で「Matrix Science Mascot Service」という項目を探し、ダブルクリックします（下図）。

「Matrix Science Mascot Service」を探し、ダブルクリック「ログオン」タブ内の「アカウント」にて、以下の設定を入力します。

・アカウント→ ログインユーザー(mascotなど)
・パスワード→ mascotユーザーログイン時のパスワード

入力後、「OK」ボタンを押します。

例ではアカウント mascotで、パスワードにはmascotのログイン時パスワードを「ログオン」タブでユーザー名とパスワード入力し、「OK」ボタンを押します

入力しています。

Matrix Science Mascot Service を選んだ状態で右クリック→「開始」を選びます。MASCOTMascot Server version 2.7 新規インストール手順 19

Serviceが開始されます。開始時にエラーが出た場合はお手数ですが弊社までご連絡ください。

***** MASCOT クラスターシステム利用者向けの特殊設定終わり *****

5.

MASCOT の ライセンス認証

インストール操作後、ライセンスの登録と認証が必要となります。ライセンス認証は WEB ブラウザ
画面を通じて行います。ライセンス登録と認証は基本的にオンラインで行うため、MASCOT Server
コンピュータ（あるいは server へ接続している別の PC） をインターネットへ接続した方が簡単に認証できます。但し PC を直接インターネットへ接続できない場合でもインターネットに繋がっている別の PCからライセンスの登録と認証を行う事ができます。

■ 5-1. ライセンス認証画面表示
インストール直後に表示されている画面「Mascot Server Product Key Registration」画面から行います。何らかの事情でこの画面を閉じた場合、WEB ブラウザで MASCOT の Home 画面(URL
http://localhost/mascot/index.html など)を開き、database status のリンクをクリックすると、ライセンス登録完了前であれば「Mascot Server Product Key Registration」ページに誘導する
画面が現れます。

■ 5-2. ライセンス認証サイトへのアクセス

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 20

ライセンス認証のサイトへアクセスする方法は、操作をしている端末がインターネットへ接続しているか
どうかにより対処法が異なります。直接接続できない場合は登録に必要な情報を集めたファイル「registration.xml」をserver から入手しておく必要があります。

■ 認証操作をしているPCをインターネットに繋いでいて直接登録と認証を行う場合：
案内画面内にある「Register Online Now」ボタンを押してください。

← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証■ 何らかの理由で認証操作をしているPC をインターネットに繋いでいない場合：
案内画面内にある「No Internet connection」をクリックします。

インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合「No Internet connection」をクリック

遷移した画面

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 21

で「Save Registration File」ボタンを押してregistration.xml ファイルを保存してください。

「 Save Regstration File 」 を ク リ ッ ク し て
registration.xml ファイルを保存

このファイルをインターネットに接続しているPCへ持ち運びブラウザのアドレス部分に
http://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力して画面を開いてください。

インターネットにつながっている端末へregistration.xml ファイルを移した後、ブラウザでhttp://www.matrixscience.com/licensing/register へ接続■ 5-3. ライセンス認証

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 22

プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お知らせした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

MASCOT Server から直接認証サイトへ繋いでおらず別端末から接続している場合、startボタンを押した後に遷移する画面で以下の操作を追加で行い registration.xml ファイルをアップロードしてください。

＊別端末でインターネットに繋いでライセンス登録する場合
最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れます（下図）ので、registration.xmlファイルをアップロード→ Continueをクリックしてください。

registration.xml を ア ッ プ ロ ー ド 後 、「Continue」をクリック***** MASCOTとは別端末でライセンス登録を行う場合に行う追加の操作 終わり
続いてライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須項目

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 23ですので必ず入力してください。入力内容については、次頁図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でライセンス登録者とは別の人へライセンスファイルを送りたい場合、「Email address(CC)」欄にメールアドレスを入力してください。
また、ここで入力した人が弊社からの各種ソフトウェアのバージョン
アップ等のお知らせ(英語版)が必要かどうかを選択してください。

画面下部にはMASCOTMascot Server version 2.7 新規インストール手順 24

Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して問題ない場合には「I accept
the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

「Licence agreement」の内容に問題がなければ、「I accept the terms of the lience agreement」
を選択し、「Create Licence」ボタンを押してください。

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。
MASCOT Server がインターネットに繋がっている状態でライセンシング作業を行った場合、「saveMascot Server version 2.7 新規インストール手順 25

now」ボタンを押すとライセンスファイルが直接サーバーに保存され、すぐに利用可能な状態になります。

MASCOT Server がインターネットに繋がっていれば、「save now」ボタンですぐにライセンスファイルが所定の場所に保存され、MASCOT が使用可能になります。

直接ライセンスファイルをセットする認証がうまく行くと、遷移画面の 1 行目にその旨メッセージが現れます。

MASCOT server がインターネットに繋がっていない場合、登録メールに添付されたライセンス

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 26

ファイルをネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、licファイルを
MASCOTインストールディレクトリ下の、config/licdb へコピーしてください。MASCOTインストール
ディレクトリは通常 c:\inetpub\mascot ですので、licdb の場所は
c:\inetpub\mascot\config\licdbとなります。ライセンスファイル設置直後からMASCOT Serverが正常に動作します。バージョンアップ後各データベースの構築が行われ、検索可能になるのに少し時間がかかります。ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense infoのリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されて いる事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

Database Status 画面で、「Licence Info」リンクをクリックし、登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 27

6.

MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開く

新規インストール後「Database Manager」 ページ上で、使用するデータベースについての設定を確認してください。データベースの環境設定を行う画面へアクセスするためには MASCOT のライセンス
登録後 Web ブラウザで Home → Configuration Editor → Database Manager を開きます（下図）。

Home の Configuration Editor -> Database Manager

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 28

設定内容の確認が必要なデータベースが存在する場合、以下のような設定変更画面が現れます。

【選択項目の目安】●カスタムデータベース、公開 DB だが抜き出しルール変更時など→ Keep as Custom● 公 開 デ ー タ ベ ー ス で mascot デ フ ォ ル ト 設 定 準 備 さ れ て い る→ Synchronise with ‘XXXXXXX’

通常は選択項目を変更することなく「Import」を押すだけで OK

初期設定画面で提示されている設定内容は以下の2択です。
-

Keep as Custom: MASCOTの初期設定をそのまま利用します（これでも問題にはなりません）-

Synchronise with --: データベースの設定ファイルであるconfiguration.xml ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続けます。

通常は、MASCOTがデフォルトで選択している方をご利用ください。すべてのデータベースで設定が終了したら、画面下の「Import」ボタンを押します。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 29

以下のような設定画面が現れます。

画面表示後、必要に応じて以下の３つの操作を行ってください。

【Proxy設定】 → 「7.ネットワーク・proxyの設定」
ネットワークの設定が正しく行われていない場合データベースファイルの取得が始まりません。Proxy
サーバーなどご利用の場合は後述の「7.ネットワーク・proxyサーバーの設定」をご覧の上設定変更をしてください。
【使用データベースの追加設定】 → 「8.配列データベース・ライブラリの追加」
SwissProt, PRIDE_contaminants 以外のデータベースで、MASCOTが準備している公開
データベース・ライブラリに対する設定を使って自動的にダウンロード・データベース構築を行う事ができます。後述の「8.配列データベース・ライブラリの追加」をご覧ください。
【ファイルダウンロードの進捗確認】 → 「9.ファイルダウンロードとデータベース構築確認」
初期設定データベースや上記「8.配列データベース・ライブラリの追加」などで行われた
ダウンロード・自動更新の進捗状況をご確認する方法については、「9.ファイルダウンロードとデータベース構確認」をご覧ください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 30

7.

ネットワーク・proxy の設定

ご利用のネッ トワークに て proxy サーバーを使われていな い方は特に設定変更する必要はございません。この章は飛ばし次の「8.配列データベース・ライブラリの追加」へお進みください。
（proxy サーバーの意味があまりわからない方もひとまずこの章を飛ばしてください。）
ご利用のネットワークにて proxy サーバーをご利用の方は、MASCOT 上で Proxy サーバーの設定が必要です。Database manager 画面左に表示されている各セクションへのリンクで Settings ->Edit Proxy settings と辿り、proxy の設定を行ってください。設定内容は以下図並びに次頁図内に記しています。

現段階でインターネット接続できるかのテスト結果。
接続できていれば「Succeeds」

設定画面は「Edit proxy settings」クリック

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 31

この画面で proxy 設定する場合、”Specify”を選択← Proxy サーバーアドレス 例: http://proxy.mascot.jp/proxy← Proxy ポート。例: 8080

← 認証ユーザー名とパスワード。

使用していない場合、空欄で← FTP や HTTPS の通信にも HTTP proxy を使うかどうかの設定。
よくわからない場合、一旦チェックを外して設定し、うまくいかない場合チェックを入れてお試しください。
← 設定完了後、Save8.

配列データベース・ライブラリの追加

DVD 内に準備されている検索用データベースは SwissProt と PRIDE_Contaminants のみですが、MASCOT 用のデータベースとしてはその他にも公開されているデータベースや、ご自身で作成されたデータベースを使用する事ができます。
ここでは、公開データベースで MASCOT が既に設定内容を準備しているデータベースを
MASCOT 上で使用可能にする方法についてご紹介します。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 32「Database Manager」の左フレームを御覧ください。
「Fasta」「Library」それぞれに、「Enable predefined definition」という項目があります。
追加したい方の「Enable predefined definition」リンクをクリックしてください（下図）。

配列データベースを追加したい場合、「Fasta」→「Enable predefined definition」をクリック

ラ イ ブ ラ リ を 追 加 し た い 場 合 、「Library」→「Enable predefined definition」
をクリック

MASCOT が既に定義を作成しているデータベース/ライブラリの一覧が現れます（次頁図）。
配列データベース・ライブラリの名称と実態については、MASCOT の HELP ページをご覧ください。

▼弊社 HP のリンク
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup.html
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_library.html

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 33

配列データベース

ライブラリ（一部）Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 34

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリックすると、データベースの置き場所
や、（ライブラリの場合）配列データベースとの連携・生物種の設定を選択する画面が現れます。内容を確認したうえで「Create」ボタンを押し、データベースを作成してください。

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリック

配列データベース・ライブラリの置き場所を確認して「Next」（ライブラリの場合）対応データベース（ 通 常 は SwissProt ） や 生 物 種 を設定後、「Create」

設定内容の Summary 画面が現れます。
データベースファイルの取得も自動的に開始されます。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 35■ Predefined definition として準備されている配列データベース(FASTA)
・ contaminants / cRAP
コンタミ（キャリーオーバー含む）、または生体内に頻出し通常解析対象とならないタンパク質をまとめたデータベース。
・ XXXX_ESTEMBL にあるEST データベース(塩基配列)。
<対象生物種リスト:DB名XXXXに該当> Environmental , Fungi, Invertebrates,
Mammals, Mus, Plants, Prokaryotes, Rodents, Unclassified, Vertebrates
・ IPI_YYYY
EBIで公開されているタンパク質データベース。2011年で更新が止まっています。
＜対象生物種リスト:DB名YYYYに該当＞ arabidopsis, bovine, chicken , human,
mouse, rat, zebrafish
・ NCBIprot
NCBIサイトにあるタンパク質のデータベース。以前は「NCBInr」という名称で利用されていました。登録件数が非常に多いです。
・ Trembl
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。登録件数がNCBIprotのように多い。
・ SwissProt
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。UniprotKB/Swiss-Protの事。冗長性がなくコンパクトにまとめられています。
・ neXtProt
HUPO の HPP project で使用が推奨されているヒト用のタンパク質データベース。

■ Predefined definition として準備されているライブラリ
設置されているサイト、生物種、測定手法毎にまとめれています。ただしここで記されたすべての組み合わせが存在するわけではありません。

・ サイト
NIST / PRIDE・ 生物種
Human, Mouse, Rat, S.cereisiae, S.pombe, Arabidopsis, B.burgdorferi, B.cereus,

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 36

B.subtilis, C.elegans, Chicken, Drosophila, D.rerio, E.coli, G.sulfurreducens,
Soybean, Synechococcus, Synechocystis* 生物種記述のルールに一部統一性がありませんが、ソフトウェアの表記を優先しています。

・ 測定手法など
IonTrap, HCD, QTOF, iTRAQ, iTRAQ+Phospho

9.

など

ファイルダウンロードとデータベース構築確認■ 9-1. ダウンロード進捗の確認
各データベースのダウンロード操作は「Running task」として扱われます。「Database Manager」
画面の左フレーム、 「Running tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています（下図）。 実行したTaskが実行終了の欄へ移行し、「Last message」の欄に「(success)’DB名’ successfully updated」と表示されればダウンロード終了です。

実行待ち→

実行中 →
(Success)’DB 名’ successfully updatedと表示されたら成功

実行終了→

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 37■ 9-2. ファイルの変換・検索テスト進捗の確認
ファイルダウンロードが終了後、MASCOT Serverプログラム側(ms-monitor.exe) が自動的にダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようファイル変換を行います。変換状況は、
Database Status (Home -> Database Status)でデータベース毎に確認できます（下図）。
各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_ (バージョンまたは日付) .fasta と 表示されています。後部の (バージョンまたは日付) の記述部分でデータベースの新しさを確認してください。
また「Status」項目ではデータベースの現状を確認できます。

ダウンロード後のファイル変換
作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれています
Status が 「 In use 」 に な れ ば構築完了です。

ファイルダウンロード後のデータベース再構築ですが、「1.データベースの構築」→「2.検索テスト」→「3.使用可能 (In use)」という過程を経ます。Statusの表示が「Creating compressed files N%」 となっている場合、step1 のデータベースを構築中です。また status 表示が「Running 1st test」の場合は、step2 の検索テスト実行中です。これらの表記は特に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度ご確認Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 38

ください。同じエラーが出た場合、status 項目のすぐ隣に現れているハイパーリンク「compression
warning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

前頁例のPRIDE_Contaminantsのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例の上図では、日付が20160906のStatus 項目は「Not in use」となっています。一方より新しい20160908の方は「In use」となっています。これは20160906の方は既に使用されておらず、新しい20160908の方が現在使用可能となっている事を表しています。ダウンロードを開始したデータベースについて、Statusが「In use」になるまでお待ち下さい。

10.

MASCOT Server の動作確認

すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、弊社からは以下 2 つの確認を提案いたします。

10-1. Database status 画面、Status 項目”In use”確認
10-2. 検索テスト■ 10-1. D Database status 画面、Status 項目”In use”確認
Home から「Database Status」 のハイパーリンクをクリックします。

Home の Database Status をクリック

Database

Status

画 面 に て 、各データベースの「Status」項目を見ます。右図のように「In Use」であれば問題ありません。
database status に つ い て の
詳細は前ページ「9-2.ファイルの変換・検索テスト進捗の確認」も併せてご覧ください。

各データベースの Status 項目が”In Use”であるかをチェック。
Halted なら PC 再起動

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 39■ 10-2. 検索テスト
検索のテストについては、今後実施予定の方法で検索してください。手元に適切なデータがない場合、DVD の mskk/sampledata の中に含まれている各種 mgf ファイルを使って検索を試みたり、質量分析装置の付属ソフトウェアからの検索を行ってみてください。
うまくいかない場合、次頁の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じるかご確認ください。

[検索でエラーとなる場合にお試し頂きたい事]

1. すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(チェックすべきポイントは、P.37～で触れている内容です)。また問題が生じている
データベースの名称を確認するとともに、MASCOT Server の logs ディレクトリにある、
monitor.log, errorlog.txt ファイル内に該当データベースに関するメッセージがないか
ご覧ください。ご不明な場合はこれらのファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。
* ブラウザからの再検索方法が良くわからない場合、とりあえず home->Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行う方法などをご提案します。

上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や
各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

Mascot Server version 2.7 新規インストール手順 40

11.

MASCOT Daemon インストール （別資料）

MASCOT Server のバージョンアップに伴い、MASCOT Daemon のバージョンアップも行って頂く事をお勧めいたします。Daemon のアップグレード手順に関しては

別資料「Mascot Daemon

マニュアル」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_mdaemon_manual.pdfの「2.インストレーションと環境設定」-「2.2 新規インストレーション」にまとめてありますのでそちらをご覧ください。

● 技術サポート
インストールに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール：support-jp@matrixscience.com

電話：03-5807-7897

ファックス：03-5807-7896