配列データベース管理マニュアル | 1

配列データベース管理マニュアル●

はじめに (Database manager ページへのアクセス方法)

本資料は、配列データベース・ライブラリの設定を行う管理画面「Dataabse Manager」
に関する資料です。「Database Manager」ではデータベースファイルの追加・設定変更、データベース自動更新やそれに伴うネットワーク接続について設定できます。
Database manager のページを開くには、WebブラウザでHome → Configuration
Editor → Database Managerとリンクをたどります。

Home -> Configuration Editor -> Database Manager

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配列データベース管理マニュアル | 2●

本資料で取り扱う内容と掲載ページ□ Database Manager 初期設定

P.4

▼

P.4

新規インストール後の初期設定画面□ Database Manager▼▼

Databases- 使用しているデータベース一覧、データベース更新の実行

P.8- 自動更新(更新タイマー)の設定

P.11

Parse rules- 配列データベースのAccession, Description抜き出しルール設定

▼

▼

P.12

Scheduled updates- 設定済みの自動更新一覧、自動更新taskのログ確認

▼

P.6

P.12

Running tasks- 稼働中の更新taskの状況確認

P.13

Settings

P.14- MASCOT Server のインターネットへの接続の許可

P.16- MASCOT Server の 外部公開プログラムへの接続許可

P.16- プロキシサーバー設定

P.17- Sequenceフォルダのデフォルト設定位置

P.18- ライブラリの参照配列データベースの設定

P.18

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配列データベース管理マニュアル | 3□ Fasta▼

P.19

Enable predefined definition- データベース新設・MASCOTで準備している定義を利用▼

Synchronise custom definitions- 既存データベースとMASCOT で予め準備された設定の紐付け確認▼

データベース新設、”Enable predefined definition”以外の方法

P.24- template: テンプレート使用

P.25- Copy of : 既存の設定をコピー

P.33- Custom :最初から自身で設定

P.41

P.52

Enable predefined definition
データベース新設・MASCOTで準備している定義を利用

▼

P.56

Create new
データベース新設、”Enable predefined definition”以外の方法

▼

P.53

Synchronise custom definitions
設定データベースとMASCOT で予め準備された設定の紐付け確認

▼

P.23

Create new□ Library
▼

P.20

P.57

- template : テンプレートを使用

P.58- copy :既存の設定をコピー

P.64- custom: 最初から自身で設定

P.71-Create from search results : fasta検索結果をライブラリ化

P.83

Spectral library filters
作成済みのライブラリフィルター一覧、ライブラリ作成の再実行

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P.89

配列データベース管理マニュアル | 4□ Database Manager 初期設定
▼ 新規インストール後の初期設定画面
新規インストール/バージョンアップ後最初にDatabase Managerを開くと、下図のように初期設定画面が現れます。使用可能な状態にあるデータベースについて、「Predefined
database definition」（後述、fasta→P. 19、library→ P.52）と照らし合わせてどの項目にマッチするかを確認し項目を選択する画面です。通常はデフォルト選択項目のまま「Import」ボタンを押します。 Importボタンを押すと初期設定は終了し、設定画面に切り替わります。

通常はパラメータを変更することなく「Import」

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配列データベース管理マニュアル | 5【初期設定後、データベースファイルの自動取得とデータベース更新の進捗を確認する
方法】
定義を確認したデータベースについて、データベースファイルのダウンロード・更新が自動的に試みられます。ファイル自動取得の進捗確認方法については P.13 「Runningtasks」をご覧ください。

【ネットワークご利用時Proxyサーバーをご利用のお客様のみ:Proxyサーバーの設定】
ご利用のネットワークにて proxy サーバーをご利用の場合、MASCOT 上で Proxy
サーバーの設定が必要です。詳細については Settings の「proxy サーバー設定」(P. 17 )をご覧ください。

【インストール直後にSwissProt, PRIDE_Contminants 以外の初期設定配列データベー
ス・ライブラリを使用可能にする方法】
インストール DVD 内に準備されている検索用データベースは SwissProt（配列データベース）と PRIDE_Contaminants(ライブラリ)のみですが、MASCOT 用の配列データ
ベース・ライブラリとしてそれら以外にも利用可能です。
データベースを追加・使用する方法については、「FASTA (P. 19 )」セクション、あるいは 「Library (P. 52 )セクション」をご覧ください。

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配列データベース管理マニュアル | 6□

Database Manager

Database Manager セクションには大きく分けて5つの設定項目があります。

▼

Databases (P.8)- 使用データベースに関する情報・使用/不使用の設定(P.8)- データベースファイルの更新 (P.8～10)- 自動更新タイマーの設定 (P.11)▼

Parse rules(P.12)

accession/description箇所の認識方法に関する設定▼

Scheduled updates (P.12)
各データベースに設定したファイル自動更新設定内容と実行
ログ（データベース別）の一覧 (P.12)▼

Running tasks (P.13)
ファイル取得やライブラリ抽出作業の進捗・実行ログの一覧
（時系列）

▼

Settings (P.14)
外部ネットワークへの接続、ライブラリ／配列ファイルの設置
場所など

以降、これら5項目ついてまとめています。

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配列データベース管理マニュアル | 7▼[Databases]- 使用データベースに関する情報・使用/不使用の設定 (P.8)- データベースファイルの更新(P.8～10)- 自動更新タイマーの設定 (P.11)「Databases」は、Database Manager を開いた際に現れる最初の画面、または
左フレームの一番上「Database Manager」→「Databases」をクリックすると現れる設定です（下図）。データベースに関する基本的な情報を確認できるほか、データベース
使用/不使用の切り替え、並びにデータベースファイルの更新を行うことができます。
さらに各データベース名をクリックすることで、データベース設定内容の詳細を確認する
画面へ移行します。

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配列データベース管理マニュアル | 8-

使用しているデータベースに関する情報・使用/不使用の設定-

データベースファイルの更新「Databases」では、使用するデータベースの選択やデータベースファイルの更新（ダウンロードの開始）を行う事ができます（下図）。

Activate /Deactivate 切替。
DB の状態

DB 更新

データベースの使用/不使用を切り替えます。

線上部は ”Activate”
下部は ”Deactivate”
されているデータベース

データベースの名称部分（ハイパーリンク）をクリックすると、該当データベースの設定やバージョン、ファイル取得の状況についてより詳しく見る事ができます（次頁図）。

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配列データベース管理マニュアル | 9

設定ファイルconfiguration.xml 内での名称。

あるいは「predefined definition」内の名称。

FASTA ファイルが置かれている場所

Activate/Deactivate 切り替え

自動更新スケジュール編集(詳細は後述)

データベースファイル更新

さらに詳細な設定内容が見たい場合

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配列データベース管理マニュアル | 10

各ページにある「Update」または「Update database now」 ボタンを押すと、データ
ベースファイルの更新がその場でスタートします。Taskとして進捗度合いが画面に表示されます。
＊

ネットワークにて Proxy サーバーをご利用されている場合、Database Manager
ページで Proxy サーバーの設定が必要です。設定方法について詳しくは「Settings」の「proxy サーバー設定」(P.17) をご覧ください。

データベースファイル更新の進捗を見たい場合は「Task queue」をクリック、または左フレームの「Running tasks」をクリック

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配列データベース管理マニュアル | 11-

更新タイマーの設定

前述の各データベースの設定確認画面にある「Edit Schedule」を押すと、該当データ
ベースの取得を定期的に行うための設定画面が現れます。操作方法は下図をご覧下さい。
定期実施の設定は、毎日＜Daily＞、毎週<Weekly>、毎月<Monthly>の3種類があります。

① DB 名をクリック②db② 「Edit schedule」③ 定期更新のスケジュール設定後「Save」

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配列データベース管理マニュアル | 12

▼ [parse rules]
accession/description

箇所の認識方法に関する設定

左フレームにある「Parse rules」では、fastaから各エントリーの accession/description
記述場所を特定するための「抜き出しルール」について、設定内容一覧を確認することができます。（下図）▼ [Scheduled updates]
各データベースに設定したファイル自動更新設定と実行ログの一覧

左フレームにある「Scheduled updates」では、各データベースの自動更新の設定一覧を見ることができます。設定は実施の時系列でなく、データベース別に表示されています。またそのタスクの実行状況について、ログを確認することができます（次項図）。

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配列データベース管理マニュアル | 13

▼ [Running tasks]
現在実行中の、スケジュールされたタスクの進捗/ログ
ファイル更新/ピークリスト抽出の進捗を確認するには下図のように「Running tasks」
セクションで確認してください。左側のtable内にある「Database Manager」→「Running tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています。

「Running Tasks」をクリック
実行中のファイルダウンロード進捗を
確認できる
実行待ち→
実行中 →

実行終了→

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配列データベース管理マニュアル | 14

▼ [Settings]
外部ネットワークとの接続、配列データベース／ライブラリファイル置き場所に関する設定
MASCOTの動作に重要で導入初期などに行う設定の「Settings」 セクションについて説明いたします。大きく分けて以下の5項目の設定変更が可能です。

- MASCOT Server のインターネットへの接続許可- MASCOT Server の 外部プログラムへの接続許可- プロキシサーバー設定- Sequenceフォルダのデフォルト設定位置- ライブラリの参照配列データベース設定

Settings セクション画面は、画面左側の「Database Manager」→「Settings」をクリックして開きます。

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配列データベース管理マニュアル | 15

Settingsの画面（下図）は、上から順に、「MASCOT Server のInternet 接続の可否」「MASCOT Server の 外部プログラムへの接続の可否」、「プロキシ設定」、「Sequenceフォルダのデフォルト配置位置」、「ライブラリデータベースの参照配列データベースの指定」に関する項目やリンクのボタンが並んでいます。

以降、各項目について詳しく説明しています。

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配列データベース管理マニュアル | 16-

MASCOTサーバーのインターネットへの接続許可【Internet access settings】- 【Allow Internet access ?】MASCOT ではデータベースファイル取得やデータベースの定義ファイルチェックのためインターネットに接続します。これらの機能を使用せずインターネットへの接続を希望しない場合、【Internet access settings】項目で設定を変更する事ができます。

←現在の設定内容←設定切り替え-MASCOT Server の 外部プログラムへの接続許可【Internet access settings】-【Allow external full-text
reports?】

MASCOT には、結果画面の中でタンパク質の詳細情報を表示する箇所があります。詳細情報はローカルコンピュータにダウンロードされたファイルから取得する場合と、外部のサーバーから取得する場合があります。詳細情報を得るためにヒットタンパク質の情報を
外部サーバーへ投げる事を好まない場合、【Allow external full-text reports?】項目
で設定を変更する事ができます。

←現在の設定内容←設定の切り替え

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配列データベース管理マニュアル | 17-

Proxyサーバー設定【Proxy settings】

前述の通りMASCOTではデータベースファイル取得やdatabaseの定義ファイルのチェックのためインターネットに接続しますが、使用しているネットワーク環境によってはProxyサーバー経由でないとインターネットへ接続できない事があります。
【Proxy settings】項目ではProxyサーバーに関する設定を行います。設定画面へ移行するには、【Proxy settings】項目内の「Edit proxy settings」ボタンを押します。

プロキシ設定は「Edit proxy settings」

続いてプロキシサーバーの設定画面が現れます（下図）。設定画面では Proxy サーバーのアクセス先、ポートに加え、必要があればユーザー名やパスワードを入力する箇所があります。また、HTTPだけでなくFTP についても設定する箇所があります。入力・設定
後画面下部「Save」を押してください。

どこから proxy サーバーに関する情報を取得するか。基本的に Explorer などで設定した内容を利用する「Auto」を推奨

Proxy サーバーアドレス。
例: http://proxy.mascot.jp/proxy

Proxy ポート。例: 8080

認証ユーザー名とパスワード。
使用していない場合、空欄でマトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 18-

Sequence フ ォ ル ダ デ フ ォ ル ト 設 置 位 置 【 Sequence directory
settings】
MASCOT で使用するデータベースのファイルはファイル容量が大きく、しばしばファイルの置き場所に問題が生じる事があります。ファイルの置き場所のデフォルト設定を変更するには【Sequence directory settings】の項目を書き換え、設定を適用するため「Set」ボタンを押してください（下図）。

←現在の設定内容。必要に応じて書き換える←設定更新の適用-

ライブラリの参照配列データベース設定【Spectral library settings】

MASCOT で使用するライブラリのデータベースは、配列データベース検索との結果統合などを理由に参照となる配列データベースを指定する必要があります。[spectral librarysettings]では現状のデフォルト設定内容を確認できます。ただし明確な理由がない限り、「SwissProt」をそのままご利用ください。

←現在の設定内容。デフォルトである「SwissProt」を推奨←設定更新の適用

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配列データベース管理マニュアル | 19

□ Fasta

MASCOTの検索対象データベースには、1.アミノ酸配列データベース(AA)、2.塩基配列
データベース(NA)、並びに 3.スペクトルライブラリ(SL)の3種類があります。このうち1のアミノ酸配列データベースと2の塩基配列データベースを追加するときには、左フレーム「Fasta」項目から行います（下図）。「Fasta」には以下の３つの選択項目があります。

・ Enable predefined definition (P.20)
データベース新設。MASCOT側で準備している定義を利用
・ Synchronise custom definitions(P.23)

既存データベースとMASCOT で予め準備された設定の紐付け確認・Create new(P.24)

データベース新設。” Enable predefined definition” 以外の方法

以降、各選択項目について説明します。

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配列データベース管理マニュアル | 20▼

Enable predefined definition

MASCOT側で準備している定義を利用したデータベース新設
よく使用されるデータベースについては、あらかじめMASCOT側で様々な設定を施した
定義（predefined definition）を準備しています。これらのデータベースを新たに使用する時にこの選択項目をご利用ください。Predefined definition にないデータベースを使用
したい場合、またはpredefined definitionにあるデータベースだが名称を変えたい場合などは後述の「Create new」(P.24～) をご覧ください。
「Enable predefined definition」にて、SwissProt, NCBIprot (旧NCBInr)、nextProt、(生物種)_EST、IPIデータベースなどを検索対象データベースとして使用することができます。使用したいデータベースについて、「Enable」ボタンを押してください（下図）。ボタ
ンを押すだけでファイルのダウンロードなどすべて自動的に行われ、ダウンロードと構築完了後、データベースが使用可能となります。

① 「Enable predefined definition」をクリックし② 使用したいデータベースの「Enable」
ボタンを押すマトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 21

配列データベースファイルの置き場所を「Sequence directory」で確認し必要があれば変更します。確認後、「Create」ボタンを押します（下図）。

③「Create」

データベースの定義に関するSummaryが表示されます。この段階で、既に該当データ
ベースはMASCOTにて使用対象のデータベースと認識されています(Activate)。使用可能となるためには、これと並行して行われているデータベースファイルの取得の完了と、MASCOTで使用するためのデータベース再構築の完了が必要です。
データベースファイル取得状況は、ハイパーリンクの「the task queue」をクリックし確認します（下図）。

データベースダウンロード進捗
確認は「the task queue」

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配列データベース管理マニュアル | 22

データベースファイルダウンロードの進捗状況が表示されます。

ファイルのダウンロード後にMASCOTで使用できるようデータベースの構築が行われます。ダウンロード後のデータベース構築の進捗については、Database Status (Home ->Database Status) にてご確認ください。該当データベースのStatus項目 が “In Use”となれば終了です。

「Status」が「In use」になれば OK

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配列データベース管理マニュアル | 23▼

Synchronise custom definitions
既存データベースとMASCOT で予め準備された設定の紐付け確認「Synchronise custom definitions」は既存のデータベースの中でpredefined
definitionのエントリーと一致度が高い時、定義内容をpredefined definitionの内容に変更
するオプションです（下図）。

以前自分で作成したデータベースが predefined definitionとして登録されている内容とほぼ同じである場合、predefined definitionの設定内容と入れ替えることで、今後ファイルの取得先やファイルフォーマットが変わった時でもMASCOT側が自動的に対応し設定変更をしてくれます。
ただし候補として表示する内容が必ずしも正しいわけではありません。あくまでも抜き出しルールやファイルフォーマットの一致度から判断されている内容ですのでその点ご注意ください。

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配列データベース管理マニュアル | 24▼

Create new
データベース新設。” Enable predefined definition” 以外の方法

新規の配列データベース作成方法には、前出の「predefined definition」を使用する方法を含め４つの方法があります。次項以降、各項目について個別に説明します。

【新規データベースを追加する４つの方法】
1. 【predefined database definition】P. 20～
既出。すべての設定がひとまとめになった組み合わせをそのまま使用。ファイル設
置場所を除き各種設定の変更ができない。データベースの名称も予め準備されたものをそのまま使用する。
＊ SwissProt, NCBIprot(旧 NCBInr), IPI の他、EMBL の EST や trembl など

2. 【template】P. 25～
上記項目１の「predefined definition」を使用するが、データベースの名称を変更して利用。
＊ フ ァ イ ル 公 開 サ イ ト (NCBI,EBI な ど ) で 採 用 し て い る 共 通 フ ォ ー マ ッ ト の
fasta ファイルを利用する場合。または【predefined database definition】でリストアップされたデータベースと設定の中身は同じだが、日付を固定したり特定生物種のみ抜き出した別名のデータベースを作成したりする場合を想定

3. 【copy】P. 33～
お手元の MASCOT で使用している既存データベース設定をベースに、名前を変更して利用。
＊ 出発点が predefined のリストからでなく既に使用中のデータベース。コピー
元のデータベースで利用されている fasta ファイルをコピーして利用するかも選べます。既存データベースの異なるバージョンを複数登録したり、単純な抜出ルールのオリジナルデータベースをベースに作成する場合等を想定

4. 【Custom】P. 41～
完全に自分で各設定を記入・選択＊ １～３以外。自分で作成した Fasta ファイルなどの利用を想定

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配列データベース管理マニュアル | 25-

2. 【template】
predefined definitionを利用するが、名前のみ変更して利用

template 利用は、抜き出しルールなどのフォーマットとしてMASCOTが準備している
セット「predefined definition」をテンプレートとして使うものの、データベースの名称を変更して利用する方法です。ファイル公開サイトで採用している共通フォーマット
（ID[Accession] 記述のルールが同一）のデータベースを利用する場合や、predefined
definitionデータベースのバージョン違いをセットしたい場合に利用します。例えば2011
年で更新が止まったIPIデータベースの代わりに、IPIに該当する情報も含まれるuniprot データベースから特定生物種のみを抜き出したデータベースを作成して代わりに使いたい場
合、templateを利用して新規データベースを作成します。Template を利用した新規デー
タベース作成の例として、この「uniprot_human」データベースの作成方法を説明します。
Database manager の、左フレーム「Fasta」→「Create new」を選びます（下図左）。

続いて現れる画面で、「Database name」に登録するデータベースの名称を入力し、「Use predefined definition template」で利用したいtemplateを選びます。例では「Uniprot proteome template」を選んでいます。選択後、「Next」を押します（下図右）。

「Use predefined definition template」

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配列データベース管理マニュアル | 26

データベースファイルの置き場所を決め、「Create」を押します。

この時点ではFASTAファイルが所定の場所に置かれておらず、Inactive なデータベースとしてMASCOT側に登録されています。使用するためには別途取得したファイルを指定のファイル名に変えてから指定のフォルダに設置した上でActivateする必要があります。
ファイルを設置する方法には以下３つの方法があります。
1.URLを指定しファイルをダウンロードして取得
2. WEBブラウザ経由で手元のfastaファイルをサーバーに送る
3.サーバー上の所定のフォルダにファイルを直接設置
次頁以降、各ファイル設置方法について説明します。

FASTA ファイル設置場所

FASTA ファイルの名称パターン

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配列データベース管理マニュアル | 27

【1.ファイルの設置方法で「Download from remote URL～」を選択した場合】

fastaファイルが設置されているインターネット上のURLを指定します。選択後接続先設定
を「Save」し、元の画面に戻ったのちに「Start downloading」ボタンを押してください。
ファイルのダウンロードが実施されます。ファイル取得後はP.30～の操作を行います。

①「Set up download URL」を押し、③ 元の画面に戻ったのちに「Start downloading」を押してダウンロードを実施する② ファイルダウンロード先を指定後「Save」を押す

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 28

【2.ファイルの設置方法で「Upload file using web browser」を選択した場合】「Upload file using web browser」を選択した場合、次の画面（下図）でFASTAファイルを選択する画面が現れます。「FASTA file to upload」で使用するFASTAファイルを選び、「Upload」ボタンを押してください。ブラウザを介してファイルがMASCOT サーバーへアップロードされます。ファイル設置後はP.30～の操作を行います。

① FASTA ファイルを選び、② Upload ボタンを押す

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配列データベース管理マニュアル | 29

【3.ファイルの設置方法で「copy file manually」を選択した場合】「Database directory」で指定されているフォルダ、例ではC:¥inetpub¥mascot¥sequence¥Uniprot_Human¥currentに、ダウンロードしたファイルを設置し、名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。ファイル取得後はP.30～の操作を行います。

① 指定されたフォルダに② 指定された名称・ルールに基づき
フ ァ イ ル 名 を 変 更 し た Fasta
ファイルをコピーする④ Refresh ボタンを押す

ファイル名変更例) Uniprot_Human_20120608.fasta（*はファイル名に書かない事）③ ファイル名コピーし、指示されたパターンに合うようにファイル名を変更。

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 30

【ファイル設置後の操作】
ファイルを所定の方法でフォルダに設置すると、Fastaファイルが自動的に認識され、「Nolocal FASTA file」の表記がなくなります。「Activate」ボタンを押せば、データベース構築が開始されます（下図）。データベースの構築状況は「Database Status」（MASCOT のHome画面→Database Status

リンク）画面でご確認ください。該当データベースのstatus

項目が ”in use” となれば構築完了です。

ファイル名が認識されたら「Activate」

Database Status 画面でデータベース構築確認

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 31

[関連]
Template が想定する利用方法の中に、NCBIやEBIなどフォーマットが統一されているサイトから条件を絞り込んだ配列データベースを取得してそれをMASCOTのデータベースに利用する方法があります。ここではそのうちの一つ、uniprot から生物種を抜き出して利用する方法を例に設定をご紹介します【緑線箇所】。

◇ uniprotからtaxonomy;humanを抜き出してFASTAファイルにする方法
ユーザーからのニーズが高い、uniprotから特定生物種のエントリーだけを抜き出して
FASTAファイルにする方法も併せてご紹介します。

1. 抜き出したい生物種のTax ID を確認します。Tax ID はMASCOTの生物種設定でも採用しているNCBIのtaxonomy ID です。調べたい場合は以下のサイトでフリーワード検索をして番号をお確かめください。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy
Tax ID 例 ) Mus musculus : 10090, rattus norvegicus : 10116

キーワード検索例1) rattus norvegicus
例2) human

NCBI , Taonomy Browser

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy

2. uniprot のサイト www.uniprot.orgへアクセス

マトリックスサイエンス株式会社など。

配列データベース管理マニュアル | 32

3. キーワード

organism:TAX ID と keyword:“complete proteome”で検索例) organism:9606 keyword:”complete proteome”
キーワード検索例) organism:9606 keyword:”complete proteome”

ダウンロードボタン

SwissProt データ数

検索後、FASTAファイルを入手するには、画面上部の「Download」をクリック
し、formatとして「FASTA」を選択して「Go」ボタンを押します。

* 2015年4月15日時点で68,511件のエントリーがヒットします。うちアノテーションがついているSwissProtのエントリーが 20,203件です。

取得したファイルはMASCOT の検索対象データベースファイルとして利用可能です。
<uniprotからtaxonomy:humanのデータを抜き出したFASTAファイル取得方法:おわり>

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 33-

3.【copy】
既にお手元の MASCOT で使用しているデータベース設定をベースに名前を変更
して使用

copy 利用は、設定ファイル内のテンプレートからでなく、既に利用しているデータ
ベースの中からベースとする設定を選んでデータベース構築を行います。例えば既存データベースの異なるバージョンを複数登録したり、単純な抜出ルールのオリジナルデータベース
を複数作成したりする場合の利用等を想定しています。ここでは、Copyによるデータ
ベース作成方法について説明いたします。例として、OriginalDB と同じフォーマットのデータベース「OriginalDB2」の作成を通じて操作を説します。
まず、Database Manager においてDatabase manager ページの左フレーム「Fasta」→「Create new」を選びます（下図）。

Fasta の「Create new」

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 34

遷移した画面（下図）で「Database name」に新規作成のデータベースの名称「OriginalDB2」を入力します。また、「copy of」でコピー元である「OriginalDB」を選びます。記入・選択後、画面下の「Next」ボタンを押します。

遷移した画面でFastaファイルの置き場所について確認されます。また、ファイルそのもの
もコピー元のデータベースからコピーして利用するかユーザーに訪ねてきます。コピーの必要がない場合は、”don’t copy files”を選択し、「Create」ボタンを押します。

コピー元のデータベースファイルも一緒にコピーするか選択

入力・選択後、「Create」

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 35

[Copy files also]を選んでいた場合、元のデータベースからfastaファイルがコピーされ、名称も定められたパターンに変更されます。続けて P.39～の操作を実施してください。

「Don’t copy files」を選択した場合、所定の場所にFastaファイルを自分で設置する必要があります。Fastaファイルを準備する方法はいくつかあり、その方法についての選択肢が現れます。

ファイルの設置方法
1. ダウンロードの URL 設定を設定しすぐにダウンロード
2.

web ブラウザからファイルをアップロード

3. マニュアル操作で設置場所にファイルコピー

以降、各選択肢における操作方法をそれぞれ説明しています。

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 36

【1.ファイルの設置方法で「Download from remote URL ～」を選択した場合】

fastaファイルが設置されているインターネット上のURLを指定します。選択後接続先設定
を「Save」し、元の画面に戻ったのちに「Start downloading」ボタンを押してファイルを取得します。設置後の操作は P.39～となります。

①「Set up download URL」を押し、③ 元の画面に戻ったのちに「Start downloading」を押してダウンロードを実施②

ダウンロード先を指定後、「Save」

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 37

【2.ファイルの設置方法で「Upload file using web browser」を選択した場合】遷移した画面（下図）でFASTAファイルを選択する画面が現れます。「FASTA file to
upload」で使用するFASTAファイルを選び、「Upload」ボタンを押してください。設置後の操作は P.39～となります。

① FASTA ファイルを選び、② Upload ボタンを押す

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 38

【3.ファイルの設置方法で「copy file manually」を選択した場合】「Database directory」で指定されているフォルダ、つまり例ではC:¥inetpub¥mascot¥sequence¥OriginalDB2¥currentに、ダウンロードしたファイルを設置し、名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。設置後の操作は P.39～となります。

①②

以下で指定されたフォルダに指定された名称・ルールに基づきファイル名を変更した FASTA ファイ
ルをコピーする

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 39

【ファイル設置後の操作】
ファイルを所定の方法でフォルダに設置すると、FASTAファイルが自動的に認識され、「No local FASTA file」の表記がなくなります。「Activate」ボタンを押せば、データベー
ス構築が開始されます（下図）。

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 40

データベースの構築状況は「Database Status」画面でご確認ください（下図、MASCOTのHome画面→Database Status

リンク）。

目的データベースの status
項目が「In use」となれば使用可能

マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 41-

4.【Custom】
最初から自分で各設定を記入・選択

1～3 で挙げた設定方法は、基本的に名前とファイルの設置場所以外変更できません。1～
3のいずれも利用できない場合、本項目「Custom」を利用します。例では自らFastaファイル「OriginalDB」を作成しMASCOT用の検索データベースとして使用するケースを使って紹介します。
Database manager の、左フレーム「Fasta」→「Create new」を選びます（下図）。

現れた画面で「Database name」にデータベースの名称を入力し、作成種類として「Custom」を選びます。選択後、「Next」を押します。

遷移した画面で配列データベースの種類 アミノ酸/塩基配列 を選び、「Next」を押します。

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配列データベース管理マニュアル | 42

データベースの設定画面に遷移します。インターネット上にあるfastaファイルを自動で取得する設定にしたい場合、「Download database files」を選び、FASTAファイル、
versionファイル、reference ファイルの取得先を記入します。自動取得先がわからない場
合、今後も手動でファイルの更新を行う予定の場合、あるいは更新する必要がない場合、「Upload or Copy files manually」を選びます（通常はこちらを選択することが多いと思います）。各項目の選択後、「Create」ボタンを押します（下図）。

「Sequence directory 」
配列データベースファイルの置き場所「Download database files」
自動更新プログラムにおけるファイルの取得先「Upload or Copy files manually」上記設定にて自動ダウンロードしない場合に選択
入力、選択後「Create」

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配列データベース管理マニュアル | 43

この時点ではFastaファイルが所定の場所に置かれておらず、Inactive なデータベースとしてMASCOT側に登録されています。使用するためには別途取得したファイルを指定のファ
イル名に変えてから指定のフォルダに設置した上でActivateする必要があります。ファイルを設置する方法には３つあります。
1. URLを指定しファイルをダウンロード取得
2. WEBブラウザ経由で手元にあるFastaファイルをサーバーに送る
3.サーバー上の所定のフォルダにFastaファイルを直接設置
以降、各ファイル設置方法について説明します。なお、実例として説明している方法、fasta
ファイルを自分で編集して準備する方法においては「2. WEBブラウザ経由で手元にある
Fastaファイルをサーバーに送る」あるいは「3.サーバー上の所定のフォルダにFastaファ

イルを直接設置(P.46～)」を選びますが、説明の関係上1の操作もご案内いたします。

ファイル名称
ファイルの設置場所

ファイルの設置方法
・（前画面にもあった画面と同じく、）ダウンロードのURL 設定を設定し直しすぐにダウンロード
・web ブラウザからファイルをアップロード
・マニュアル操作で設置場所にファイルコピ ー

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配列データベース管理マニュアル | 44

【1.ファイルの設置方法で「Download from remote URL～」を選択した場合】
fastaファイルが設置されているインターネット上のURLを指定します。選択後接続先設定
を「Save」し、元の画面に戻ったのちに「Start downloading」ボタンを押してファイルを取得します。ファイル取得後はP.47 以降の操作を行います。

②「Set up download URL」を押し、③ 元の画面に戻ったのちに「Start downloading」を押してダウンロードを実施する③

ファイルダウンロード先を指定後「Save」を押す________________________________________________________________________________

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配列データベース管理マニュアル | 45

【2.ファイルの設置方法で「Upload file using web browser」を選択した場合】遷移した画面で、アップロードするFastaファイルを選択します（下図）。「FASTA file
to upload」の参照ボタンを押して、使用するFastaファイルを選び、「Upload」ボタンを押せばOKです。ファイル設置後はP.47 以降の操作を行います① FASTA ファイルを選び、② Upload ボタンを押す＊アップロードするFastaファイルについては、P.46の右下図のようなFastaフォーマットのファイルをご自身でインターネットなどから入手して準備されるか、エディタで自らFastaフォーマットに則ったファイルを作成して予め準備してください。

________________________________________________________________________________

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配列データベース管理マニュアル | 46

【3.ファイルの設置方法で「copy file manually」を選択した場合】「Database directory」で指定されているフォルダ、つまり例ではC:¥inetpub¥mascot¥sequence¥OriginalDB¥current

Fasta ファイルを置く場所が指定されている。例では
C:\inetpub\mascot\sequence\OriginalDB\curentに、ダウンロードしたファイルを設置し、下図のように名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。例では「OriginalDB_20170810.fasta」という名称にしています。
ファイル設置後はP.47 以降の操作を行います。
「Filename pattern」に指定されたルールでファイル名を決める

ファイルの中身は fasta フォーマット。自分で準備する場合も fasta を模して記述する。
>ID0001 description________________________________________________________________________________
equence …

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配列データベース管理マニュアル | 47

【ファイルの設置後の設定】
Fastaファイルを正しい名称にして所定の場所に正しく置くと、Database Manager 画面で認識されます。設定をさらに進めるため、「Edit Configuration」ボタンを押します。

続いて、IDとDescription の抜き出しルール設定を行います。各々の抜き出しルール設定
画面では、MASCOT が候補となるルールを最大５つユーザーに提示します（次頁図）。
ユーザーはFastaファイル内の各行の記述と抜き出された内容を見比べた上で、最適な抜き出し方をしているルールを選択し、「Choose」ボタンを押します。選択における判断方法については次頁図をご参照ください。
続いて現れる画面で最終的にルールを適用した場合のIDが5例表示されますので、問題がなければ「Choose」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 48

① Accession の「Choose」② 「Extracted data」を見て、重複がなく自分が求めている抜き出し方をされているルールを選ぶ。

③ 先頭の 1 エントリーだけで判 断 し づ ら い 場 合 、「 more
matches」を展開して、他のエントリーの状況も確認する④ 決まったら「Choose」

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配列データベース管理マニュアル | 49

同様の操作を「Description」でも実行します（下図）。実行後、「Next」ボタンを押します。

⑤ Description の「Choose」⑥ 遷移した画面で、Accession
同様、適したルールを選んで画面下の「Choose」を押す⑦ 元の画面に戻り、Accession、Description
ともに目的の抜き出し方になっているのを確認したら「Next」ボタンを押す

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配列データベース管理マニュアル | 50

Taxonomy やタンパク質情報のレポート形式を指定します。通常はこれらの設定を行うことはなく、デフォルト設定のまま画面下の「Save and finish」ボタンを押します（下図）。

⑧ Taxonomy、タンパク質レポートの設定を行う画面。通常は特に設定変更せず、そのまま画面下部の「Save and finish」ボタンを押す

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配列データベース管理マニュアル | 51

個別のデータベース設定画面に戻ります。Save直後では Active状態になっていませんので、「Activate」ボタンを押せば、データベースの構築が開始されます。最終的に構築が完了しDatabase Status画面 (Home -> Database status)にて、新規に作成したデータベースのstatusが「In use」になった時点で利用可能となります。

⑨ 「Activate」
Database 構築開始

⑩ 目的データベースのstatus 項目が「In use」となればマトリックスサイエンス株式会社

使用可能配列データベース管理マニュアル | 52

□ Library
MASCOTの検索対象データベースには、1.アミノ酸配列データベース(AA)、2.塩基配列
データベース(NA)、並びに 3.スペクトルライブラリ(SL)の3種類があります。このうち3.のス
ペクトルライブラリの追加などの操作は、左フレーム「Library」項目から行います。
「Library」には以下の4つの選択項目があります。

▼ Enable predefined definition (P.53)
スペクトルデータベース新設。MASCOT側で準備している定義を利用▼ Synchronise custom definitions (P.56)
既存スペクトルデータベースとMASCOT で予め準備された設定の紐付け確認▼ Create new (P.57)
スペクトルデータベース新設。” Enable predefined definition” 以外の方法▼ Spectral library filters (P.89)
自身の検索結果からライブラリデータを抽出する際の条件

以降、各選択項目について説明します。

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配列データベース管理マニュアル | 53▼

Enable predefined definition

よく使用される公開データベースについては、あらかじめMASCOT側で様々な設定を施した
定義（predefined definition）を準備しています。これらのデータベースを新たに使用する時にこの選択項目をご利用ください。Predefined definition にないデータベースを使用した
い場合、またはpredefined definitionにあるデータベースだが、名称を変えたい場合などは後述のP.68 ～「template」をご覧ください。

「Enable predefined definition」では、NISTやPRIDEで公開されている代表的な生物種についてのライブラリを使用することができます。使用したいデータベースについて、「Enable」ボタンを押してください（下図）。ファイルのダウンロードなどすべて自動的に行われます。

① 「Enable predefined definition」をクリックし② 使用したいデータベースの「Enable」
ボタンを押すマトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 54

配列データベースファイルの置き場所を「Base directory」で確認し必要があれば変更します。確認後、「Next」ボタンを押します。

③「Next」

参照する配列データベースと、ライブラリの生物種を指定します。通常はデフォルト設定のままにしておいてください。設定に問題がなければ「Create」ボタンを押します。

④「Create」

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配列データベース管理マニュアル | 55

ファイルのダウンロードが開始されます。続いて、データベースの定義に関するSummaryが表示されます。この段階で既に該当データベースがMASCOTにて使用対象のデータベース
として認識されていますが、使用可能となるにはバックグラウンドで実行が開始された
データベースファイルの取得とそのファイルをもとにしたMASCOT用データベースの構築の完了が必要です。データベースファイル取得状況を確認したい場合は、ハイパーリンクの「the task queue」をクリックします。

データベースダウンロード進捗
確認は「the task queue」

またファイル取得後の、MASCOT用データベース構築状況の確認については、「Database
Status」にて確認します。該当データベースのStatus項目がし検索可能となります。

マトリックスサイエンス株式会社“In Use”となれば構築が完了

配列データベース管理マニュアル | 56

「Status」が「In use」になれば OK▼

Synchronise custom definitions「Synchronise custom definitions」は、既存のライブラリの中で
predefined definitionのエントリーと一致度が高いライブラリが存在する時、定義内容を
predefined definitionの内容に変更するオプションです。以前自分で作成したライブラリがpredefined definitionとして登録されている場合、そちらに変更した方が今後ファイルの取得先やファイルフォーマットが変わった際にMASCOT側が自動的に対応し設定変更をしてくれます。ただし候補として表示する内容が必ずしも正しいわけではありません。あくまでも抜き出しルールやファイルフォーマットの一致度から判断されている内容ですのでその点ご注意ください。

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配列データベース管理マニュアル | 57▼

Create new

新規のライブラリ作成方法には、前出の「predefined definition」を使用する方法を含め 5 つの方法があります。

【新規ライブラリを追加する5つの方法】
1. 【predefined database definition】P. 53～
既出。すべての設定がひとまとめになった組み合わせをそのまま使用。ファイル
設置場所を除き各種設定の変更ができない。
＊ NIST_Human_HCD、PRIDE_Human など

2. 【template】P. 58～
上記項目１の「predefined definition」を使用するが、ライブラリの名称は変更。
＊1.【predefined database definition】でリストアップされたデータベースと設定の中身は同じだが、日付・バージョンを固定する場合など

3. 【copy】P. 64～
既にお手元の MASCOT で使用しているライブラリ設定をベースに、名前を変更
して利用＊ 出発点が predefined のリストからでなく既に使用中のライブラリを使用する。
コピー元のデータベースで利用されている msp ファイルをコピーして利用するかどうかも選べる。既存データベースの異なるバージョンを複数登録したり、単純な抜出ルールのオリジナルデータベースを作成したりする場合の利用等を想定

4. 【Custom】P. 71～
完全に自分で各設定を記入・選択＊ １～３以外、自分で作成した msp ファイルなどの利用を想定。あるいはご自身の検索結果から抽出した結果のライブラリ

5. 【Create from search results】P. 83～
これまで MASCOT Server で行った FASTA 検索結果をライブラリとして使用＊ 同定タンパク質のターゲットがある程度固定されている場合の利用を想定。

次頁以降、各方法について説明しています。

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配列データベース管理マニュアル | 58-

2. 【template】
predefined definitionを利用するが、名前のみ変更して利用

template 利用は、抜き出しルールなどのフォーマットとしてMASCOTが準備している
セット「predefined definition」をテンプレートとして使うものの、ライブラリの名称を変更して利用する方法です。主にpredefinedのバージョン違いをセットしたい場合に利用します。例として、NIST_Human_HCD でバージョン(日付)を固定したライブラリの例で説明します。
左フレームの「Library」以下にある「Create new」ボタンを押します。続いて現れる画面で、「Library name」にデータベースの名称を入力します。さらにデータベース作成
方法の中で「Use predefined definition template」を選び、使用したいテンプレート
を 選択して「Next」ボタンを押します。

②

現れる画面で、Library の名称を入力する。続けて「 Use

predefined

definition

template 」 で「NIST_Human_HCD」を選択し、「Next」ボタンを押す。

① 「Create new」ボタンを押す。

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配列データベース管理マニュアル | 59

続いて現れる画面で、mspファイルの置かれる場所を確認し「Create」ボタンを押します。

この時点ではmspファイルが所定の場所に置かれておらず、Inactive なデータベースとしてMASCOT側に登録されています。

msp ファイル設置場所

msp ファイルの名称パターン

ファイルを準備する方法を選択。
[次頁以降、各選択肢での手順を紹介]

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配列データベース管理マニュアル | 60

使用するためには別途取得したファイルを指定のファイル名に変え、指定のフォルダに設置した上でActivateする必要があります。ファイルを設置する方法には以下の３つあります。
1.

URLを指定しファイルを取得

2.

WEBブラウザ経由で手元のfastaファイルをサーバーに送る

3. サーバー上の所定のフォルダにファイルを直接設置
以降、各ファイル設置方法について説明します。

【1.ファイルの設置方法で「Download from remote URL～」を選択した場合】
mspファイルが設置されているURLを指定します。遷移した画面で、必要に応じて「Editdownload URLs」ボタンを押してファイル接続先を編集した後、「Start downloading」
ボタンを押してファイルを取得します。取得後はP.63以降の操作を実施してください。

①

必要に応じて msp ファイルの取得先を編集② 「Start downloading」ボタンを押し、ファイルの取得を開始

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配列データベース管理マニュアル | 61

【2.ファイルの設置方法で「Upload file using web browser」を選択した場合】
遷移後の画面（下図）でmspファイルを選択する画面が現れます。「MSP file to upload」にある「参照」ボタンを押し、使用するMSPファイルを選んで、「Upload」ボタンを押してファイルをアップロードしてください。設置後はP.63以降の操作を実施してください。

① 「参照」ボタンを押してアップロード
するファイルを選び、② FASTA ファイルを選び、③ Upload ボタンを押す②「Upload」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 62

【3.ファイルの設置方法で「copy file manually」を選択した場合】「Database directory」で指定されているフォルダ、例ではC:¥inetpub¥mascot¥sequence¥NIST_Human_HCD_20170816¥currentに、ダウンロードしたファイルを設置し、名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。設置後はP.63以降の操作を実施してください。

① 指定されたフォルダに② 指定された名称・ルールに基づきファイル名を変更した msp

ファイルをコピーする③ ファイル設置後しばらくしても切り替わらない場合は、「Refresh」ボタンを押す

ファイル名変更例)
NIST_Human_HCD_20170816_fixed.fasta（*はファイル名に書かない事）②補足 ファイルをコピーし、指示されたパターンに合うようにファイル名を変更。

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配列データベース管理マニュアル | 63

【ファイル設置後の操作】
ファイルを所定の方法でフォルダに設置すると、mspファイルが自動的に認識され、画面が変化します。「Activate」ボタンを押せば、ライブラリデータベース構築が開始されます（下図、上）。ライブラリの構築状況は「Database Status」（MASCOT のHome画面→
Database Status

リンク）画面でご確認ください（下図、下）。ターゲットライブラリの

status項目が “in use” となれば構築完了です。

ファイル名が認識されたら「Activate」

Database Status 画面でデータベース構築確認

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配列データベース管理マニュアル | 64-

3. 【copy】
既にお手元の MASCOT で使用しているライブラリ設定をベースに名前を変更
して使用

copy 利用は、設定ファイル内のテンプレートからでなく、既に利用しているライブラ
リの中からベースとする設定を選んでデータベース構築を行います。例えば既存ライブラリの異なるバージョンを複数登録したり、単純な抜出ルールのオリジナル
データベースを作成したりする場合の利用等を想定しています。
copyを利用してライブラリを新規作成する方法をご案内いたします。例として、
NIST_Human_HCD でバージョン(日付)を固定したデータベースの作成手順を説明します。
左フレームの「Library」以下にある「Create new」ボタンを押します（下図）。
続いて現れる画面で、「Library name」にデータベースの名称を入力します。また、
データベース作成方法の中で「Copy of」を選び、ベースとして利用したい既存ライブ
ラリ（例ではNIST_Human_HCD）を選択して「Next」ボタンを押します。

②「Copy of」で「NIST_Human_HCD」
を選択し、「Next」ボタン① 「Create new」ボタンを押す。現れる画面で、
Library の名称を入力する。

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配列データベース管理マニュアル | 65

次に現れる画面では、a.ライブラリファイルの設置場所
新規データベースでもコピーして利用するかどうかと、b.コピー元のmspファイルをの２つを設定します。設定後、「Create」ボタンを押してライブラリ設定を作成します（下図）。

③ コピー元のデータベースの msp ファイルをそのまま使うか選択する④ 各種設定を確認し、「Create」ボタンを押す(Copy files also を選んだ場合)
元のライブラリと同じmspファイルが current フォルダ以下にコピーされます。以降の手順については、P.70～をご覧ください。

(Don’t copy files を選んだ場合)
この時点ではmspファイルが所定の場所に置かれておらず、Inactive なライブラリとしてMASCOT側に登録されています。使用するためには別途取得したファイルを指定のファイル名に変えてから指定のフォルダに設置した上でActivateする必要があります。ファイルを設置する方法には次頁の３つの方法があります。

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配列データベース管理マニュアル | 66

1.

URLを指定しファイルをダウンロードして取得

2.

WEBブラウザ経由で手元のfastaファイルをサーバーに送る

3.

サーバー上の所定のフォルダにファイルを直接設置

以降、各ファイル設置方法について説明します。

msp ファイル設置場所

msp ファイルの名称パターン

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配列データベース管理マニュアル | 67

【1.ファイルの設置方法で「Download from remote URL～」を選択した場合】

mspファイルが設置されているURLを指定します。遷移した画面で、必要に応じて「Editdownload URLs」ボタンを押してファイル接続先を編集した後、「Start downloading」
ボタンを押してファイルを取得します（下図）。ファイル取得後はP.70～の操作を行います。

①

必要に応じて msp ファイルの取得先を編集② 「Start downloading」ボタンを押し、ファイルの取得を開始

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配列データベース管理マニュアル | 68

【2.ファイルの設置方法で「Upload file using web browser」を選択した場合】
遷移後の画面（下図）でmspファイルを選択する画面が現れます。「MSP file to upload」の「参照」ボタンをクリックして、使用するMSPファイルを選び、「Upload」ボタンを押せ
ばOKです。アップロード前にmspファイル名をfilename pattern通りにしなくとも、MASCOT側で自動的に合う名称に変更されます。
ファイル設置後はP.70～の操作を行います。

① 「参照」ボタンを押してアップロード
するファイルを選び、③ FASTA ファイルを選び、②「Upload」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 69

【3.ファイルの設置方法で「copy file manually」を選択した場合】「Database directory」で指定されているフォルダ、例ではC:¥inetpub¥mascot¥sequence¥NIST_Human_HCD_20170816¥currentに、予め準備したmspファイルを設置し、名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。ファイル取得後はP.70～の操作を行います。

① 指定されたフォルダに② 指定された名称・ルールに基づき
フ ァ イ ル 名 を 変 更 し た msp
ファイルをコピーする③ ファイル設置後しばらくしても切り替わらない場合は、「Refresh」ボタンを押す

ファイル名変更例)
NIST_Human_HCD_20170816_fixed.fasta（*はファイル名に書かない事）②補足 ファイルをコピーし、指示されたパターンに合うようにファイル名を変更。

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配列データベース管理マニュアル | 70

【ファイル設置後の操作】
ファイルを所定の方法でフォルダに設置すると、mspファイルが自動的に認識され、画面が変化します。「Activate」ボタンを押せば、ライブラリ構築が開始されます（下図）。
データベースの構築状況は「Database Status」画面（MASCOT のHome画面→Database
Statusリンク）でご確認ください。目的のライブラリについて、status 項目が “in use”となれば構築完了です。

ファイル名が認識されたら「Activate」

Database Status 画面でデータベース構築確認

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配列データベース管理マニュアル | 71-

4. 【Custom】
完全に自分で各設定を記入・選択

1～3 で挙げたライブラリの設定方法は、基本的に名前とファイルの設置場所以外を変更する事ができません。既存のデータベースのルールで当てはまらない抜き出しルールの組み合わせを適用する必要がある場合、本項目「Custom」を利用します。例では「OriginalSL」というライブラリを作成するケースとして紹介します。
Database manager の、左フレーム「Library」→「Create new」を選びます（下図）。

現れた画面で「Database name」にデータベースの名称を入力し、「Newcustom definition」を選びます。選択後、「Next」を押します。

②

ライブラリの名称を入力、「New
custom definition 」 を 選 ん で「Next」①「Create new」リンクをクリック

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配列データベース管理マニュアル | 72

続いて、mspファイルの置き場所とmspファイルの準備の仕方について設定する画面が現れます。mspファイルを準備する方法には次の３つあります。

1. URLを指定しファイルをダウンロード、あるいはpathを指定してファイルをコピー
2. WEBブラウザ経由で手元のmspファイルをアップロード、あるいは指定フォルダにファイルを直接置く
3. fastaデータベースの検索結果から条件に合う結果を抽出しライブラリにする③

上記３つの選択肢から希望する項目を選び、「Create」ボタンを押す

上記3択から選択し「Create」ボタンを押すことで次の課程に進みます。前述の選択肢1,2については選択後に（Createボタンを押して）遷移する画面が同じ、mspファイルを準備す
る方法について、さらに3つの選択肢（次項、先頭3行）が現れます。

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配列データベース管理マニュアル | 73

1-1.

URLを指定しファイルをダウンロード、あるいはpathを指定してファイルをコピー

2-1.

WEBブラウザ経由で手元のmspファイルをアップロード

2-2.

フォルダにファイルを置く

以降、これら各ファイル準備方法について説明します。

④

上記３つの選択肢から希望する項目を選び、⑤ 「Next」ボタンを押します。

【1-1. 「Download from remote URL or copy from Mascot server hard disk」を選択した場合】
利用するファイルの場所を指定し、コピーなどは自動的に行う設定です。「Editdownload URLs」をクリックし、遷移した画面でファイルの場所を指定します（次頁図）。公共サイトなどから取得する場合はURLを、MASCOT Server上のローカルコンピュータからコピーする場合はファイルのpathを記入します。記入後、Save ボタンを押して元の画面に戻り、「Start downloading」ボタンを押します。ダウンロード後はP.77～の操作を行います。

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配列データベース管理マニュアル | 74

① 「Edit download URLs」を押し、③ 元の画面に戻ったのちに「Start downloading」を押してダウンロード/コピーを実施する

②

入力欄に、

ダウンロードであれば URL を、コピーであれば path を記入して「Save」

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配列データベース管理マニュアル | 75

【2-1. ファイルの設置方法で「upload file using web browser」を選択した場合】手元にあるファイルをウェブブラウザのアップロード機能を通じてMASCOT Server へ置きます。”MSP file to upload “の「ファイルを選択」ボタンを押し、ライブラリに使用するmspファイルを選択します。この時名称は必ずしも「Filename pattern」の記述の通り
でなくとも自動的に修正されます。
元の画面に戻ってから「Upload」ボタンを押してください（下図）。ブラウザを通じてライブラリファイルがMASCOT サーバーにアップロードされます。ファイル設置後はP.77～の操作を行います。

① msp ファイルを選び、② Upload ボタンを押す

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配列データベース管理マニュアル | 76

【2-2. ファイルの設置方法で「copy file manually」を選択した場合】「Database directory」で指定されているフォルダ、この例の場合
C:¥inetpub¥mascot¥sequence¥OriginalSL¥currentに、準備したファイルを設置し、名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。
ファイル設置後はP.77～の操作を行います。

① msp ファイルを置く場所が指定。この場合、
C:\inetpub\mascot\sequence\OriginalSL\curent② 「Filename pattern」に指定されたルールでファイル名を決める。
例)OriginalS+_20170522.msp________________________________________________________________________________

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配列データベース管理マニュアル | 77

【ファイルの設置後の操作】
FASTAファイルを正しい名称にして所定の場所に正しく置くと、Database Manager 画面
でmspファイルが認識されます。設定をさらに進めるため、「Edit Configuration」ボタンを押します（下図）。

① 「Edit configuration」
ボタンを押す続いて、IDとDescription の抜き出しルール設定を行います。各々の抜き出しルール設定
画面へ移行すると、MASCOT 側で候補となるルールを最大５つ選択しユーザーに提示します（下図）。

② Accession の「Choose」

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配列データベース管理マニュアル | 78

mspファイル内のProtein項目の記述が取り出されたリストが提示されています。そこから
Accessionについて最適な抜き出し方をしているルールを選択し、「Choose」ボタンを押します。

続いて現れる画面で最終的にルールを適用した場合のIDが5例表示されますので、問題がなければ「Choose」ボタンを押します（下図）。正しい設定項目が選択できた場合、P.79を飛ばし、P.80以降の操作を行ってください。正しい項目が選べなかった場合、P.79の操作を行います。

③ msp ファイル内
各エントリーの「protein」項目がリストアップされている。
④ 「Extracted data」を見て、重複がなく自分が求めている抜き出し方をされているルールを選ぶ。

⑤ 最先頭の 1 エントリーだけで判 断 し づ ら い 場 合 、「 more
matches」を展開して、他のエントリーの状況も確認する⑥ 決まったら「Choose」

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配列データベース管理マニュアル | 79

最適な選択肢がない場合、「Create new parse rule」ボタンを押して、条件に合うルール
を作成します。ルールは「正規表現」に基づく記述です。詳細はsetup & installation
manual または弊社までお問い合わせください。作成後、ルールが問題ないかは「Test」
ボタンを押し、「Match」を見て確認します。確認後問題がなければ、「Confirm」ボタンを押します（下図）。

適切な抜き出しルールがなかった場合抜き出しルールを作成し、「Test」
ボタンを押して「Match」の内容を見て確認後、うまく行っていれば「Confirm」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 80

同様の操作を「Description」でも実行します（下図）。実行後、「Next」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 81

続いて、ピークリストの選出に利用する誤差範囲の設定を行います。検索パラメータとは別に、ピークリストデータベース側に予め行う設定です。誤差の絶対値をAbsolute (Da)に、相対値をRelative (ppm)として入力し、「Next」ボタンを押します（下図）。

参照する配列データベースを定義します。通常はデフォルトである「SwissProt」を選びます。また生物種の設定も行います。すべて設定後、「Save and finish」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 82

個別のライブラリデータベース設定画面に戻ります。Save直後では Active状態になっていませんので、「Activate」ボタンを押せば、データベースの構築が開始され、検索に利用する事ができるようになります（下図、上）。Database Status画面 (Home -> Databasestatus)にて、新規に作成したライブラリのstatusが「In use」になると利用可能となります（下図、下）。

「Activate」
Database 構築開始

目的データベースの status
項目が「In use」となれば使用可能

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配列データベース管理マニュアル | 83

【 ファイルの準備方法で「Create from search results」を選択した場合】公開されたmspファイルを利用するのでなく、過去にご利用のMASCOT Serverで行った
fasta検索結果から抽出したピークリストをスペクトルライブラリにするには、「Create fromsearch results」を選び、「Next」ボタンを押します（下図）。

① 「 Create from search
results 」 を 選 択 し て「Next」

ライブラリファイルの設置場所を定義し、「Next」ボタンを押します（下図）。

② ライブラリファイル mspの設置場所を確認して「Next」

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配列データベース管理マニュアル | 84

続いて、対応する配列データベースの選択と、ピークリストの選出に利用する誤差範囲の設定を行います。配列データベースと生物種については検索時に使用したパラメータとできるだけ同じものを選択してください。また誤差範囲は検索パラメータとは別にピークリスト
データベース側に行う設定です。絶対値をAbsolute (Da)に、相対値をRelative (ppm)に近似の値を入力し、「Create」ボタンを押します（下図）。

③ 検索に利用した配列データベース・生物種が選択されているかを確認。

③ 検 索 時 に 指 定 し た MS/MS
tolerance に近い数字を、絶対
/相対

値で入力。

⑤ 設定内容を確認し、「Create」
ボタンを押す。

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配列データベース管理マニュアル | 85

データベースの枠組み設定に続き、過去のfasta検索結果からライブラリとなるスペクトル
データを抽出する条件を指定します。「Edit filters」ボタンを押します（下図）。

⑥「Edit filters」ボタンを押す。

各種条件を指定します（下図並びに次項図）。

⑦

Expect value など、取り込みに使用する条件を指定してください。

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配列データベース管理マニュアル | 86⑧

AND/OR ボタンを使って、条件を組み合わせてください。

条件を作成したところで、論理的な矛盾がないかをテストするため「Test」ボタンを押します（下図）。画面下部に「Test result」の表示があり、緑字で「OK」が出れば問題ありません。
そのまま「Save」ボタンを押します。

⑨

作成した条件の組み合わせに論理的な破綻がないかを確認するため、「Test」ボタンを押してチェックします。

⑩

問題がなければ緑文字で「OK」と表示されます。
「Save」
ボタンを押して設定を保存してください。

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配列データベース管理マニュアル | 87

元の画面に戻ったのち、「Import search results」ボタンを押してください（下図）。

⑪「Import search results」ボタンを押してください。

検索日に関するデータの絞り込みを行います。検索の日付、並びにファイルパスのワイルド
カード表示による追加の絞り込みが可能です。条件を設定したら「Add import task to queue」
ボタンを押します（下図）。

⑫⑬

さらに、検索日による絞り込みを行い、「Add import task to queue」ボタンを押してデータ取り込みを開始します。

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配列データベース管理マニュアル | 88

ライブラリの作成、データの取り込みが開始されます。作成の進捗は “Running tasks”
にて確認できます（下図）。

⑭

データ取り込みの進捗については「Running tasks」にて確認できます。

⑮ 「Progress」の%表示を進捗の目安にご利用ください。

ライブラリの取り込みについては以上です。

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配列データベース管理マニュアル | 89▼

Spectral library filters

作成済みの library filter の一覧を確認することができます（下図）。

作成した filter の一覧「Crawl results」ボタンをクリックすると・・（次頁図）

また同じフィルターリング検索を、対象日付を改めて再度スペクトル抽出を行うことができます（次項図）。抽出されたデータからmspファイルが新たに作成され、対象ライブラリのmsp
ファイルと自動的に入れ替わります。

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配列データベース管理マニュアル | 90

「Add import task to queue」ボ
タンを押すと、日付を指定しなおし、ライブラリの取り込み直しを行います。新たに作成されたライブラ
リファイルは既存のライブラリと自動的に入れ替わります。

● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

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