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Modification 設定手順

Modification 設定手順
はじめに
Mascot Server version 2.2 より modification 設定 の仕組みが以下のように一新されました。
■ 設定ファイルが mod̲file から「unimod.xml」となり、修飾に関する設定変更は Web
上の Configuration Editor ツールから行います。
■ これまでの設定ファイルである mod̲file は引き続き利用していますが、unimod.xmlが更新された際に変更内容に合わせて自動的に更新されます。
■ 修飾設定の名前が、Proteomics Standards Initiative の Protein modification
workgroup によって定められた「PSI-MS Name」 に統一化されたため、旧バージョンで使われていた名称と変わっている場合があります。
http://www.unimod.org/unimod̲help.html
http://psidev.sourceforge.net/mod/なども合わせてご参照ください。
これに伴い version 2.1 以前の MASCOT から version 2.2 へアップグレードをした
際、ユーザーが追加した修飾設定を Configuration Editor ツールから再度登録しなおす必要があります。また、旧バージョンで使用していた修飾が新バージョンで見つからない
場合、名称が変わっている可能性があるため、目的の修飾が新バージョンでどのような名称となっているか確認する必要があります。
本資料では、修飾の新しい名称の確認方法と、Configuration Editor ツールを使った修飾設定の追加方法についてご説明いたします。以下のような内容で構成されています。
1. unimod.xml に含まれる項目について
2. Configuration Editor 画面の表示
3. 目的の項目が unimod.xml に登録されているか確認する方法
4. 新規項目の追加

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１．unimod.xml に含まれる項目について
MASCOT Server の修飾に関する設定ファイル「unimod.xml 」は、公開サイト unimod
http://www.unimod.orgにおいて登録された、600 以上の修飾情報が保存されています。
最新の unimod.xml は以下の場所から取得することができ、既存の unimod.xml と入れ替えることで、新しい修飾設定を利用することができます。
http://www.unimod.org/xml/unimod.xml
MASCOT 検索画面の修飾項目に、unimod.xml に登録されたすべての修飾情報を表示
すると数が多すぎて不便なため、使用頻度の低い修飾については ”Hidden” パラメータを使って検索条件指定画面に現れないように設定されています。
Hidden とされた修飾情報を検索時に利用するためには、・ Mascot Daemon で、parameter ファイル作成時に Parameter Editor 画面にて[Show all mods.] チェックボックスにチェックを入れる・ Mascot Configuration Modifications にて [ Hidden ] チェックをはずすのいずれかを行う必要があります。

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２． Configuration Editor 画面の表示
Modification の設定画面を開くための操作は以下の通りです。

■ Web ブラウザにて Mascot の Home 画面を開きます。画面内の、[ Configuration
Editor ] のハイパーリンクをクリックします。

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■ [ Modification ] のハイパーリンクをクリックします。

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Modification 設定手順

■ [Mascot Configuration : Modifications ] 設定画面が表示されます。

Title :
修飾名。クリックすることで昇順 / 降順に並び替えることができます。

Monoisotopic:
monoisotopic での理論質量値。クリックすることで昇順 / 降順に並び替えることができます。
ページの移動。ソートしている内 容別 に表 示さ れます。
1 ページに表示する項目数を変更します。

Help Window:
画面内 の青 い文 字の 項目にカーソルを合わせると、その項 目に 関す る説 明文が表示されます。

３．目的の項目が unimod.xml に登録されているか確認する方法
追加したい項目が既に unimod.xml に登録されているかを確認するためには、項目をMonoisotopic の降順/昇順 に並べ、目的の修飾を、Monoisotopic 値を元に探します（次ページ図）。

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Title の降順/昇順で並べ、名前を元に探すこともできます。

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Modification 設定手順

各 Title の項目をクリックすると、Fullname 項目や、Composition 項目で、よりわかりやすい説明文や分子の構成が確認できるので、確認の際に役立ちます。

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Modification 設定手順

Configuration Editor を利用する以外に、Web サイト UNIMOD
http://www.unimod.orgの検索項目において、旧名称などによるキーワード検索を行う事もできます。

＊ ユーザー登録をせずに UNIMOD のサイトに入る場合は、サイト画面のはじめに[ Login as guest ]を選んでください。

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新名称の項目に Hidden のチェックが入っているかどうかの確認と、入っていた場合にチェックをはずす方法は以下のとおりです。
■ 該当項目をクリックします（例では GlyGly）。

■ [ Specify ] タブをクリックします。

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Modification 設定手順■

[ Hidden ] 項目にチェックが入っているか確認し、入っている場合はチェックをはずして、 [ Save changes ] ボタンを押します。

■ 以後、検索時に選べるようになります。

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４．新規項目の追加
新規項目の追加方法は以下の通りです。各項目 の詳細は、実際に画面を開いて Help
Window を参照してください。

■ Editor 画面にて、[ Add new modification ] を選びます。

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Modification 設定手順

■ [Delta] タブにて、修飾の名称（Title）、Fullname、化学式（Composition）を入力します。
＊入力例の図（下図）として、Phospho の設定内容を示しています。

［設定における注意事項］□Composition の入力には、すぐ下に表示されている Symbols とその原子の個数を選んで、”Add” ボタンを押して入力してください。直接文字の入力しないでください。

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■ [Specify] タブにて、修飾されるアミノ酸残基、残基の位置（ N-term,Cterm,ProteinN/C-term ）、 表 示 時 の グ ル ー プ 分 け 、 ニ ュ ー ト ラ ル ロ ス 、 を 指 定 し ま す 。
＊例として Phospho の設定内容を示しています。

［設定における注意事項］□

例のように残基を複数登録したい場合、［New Specify Definition］ ボタンを押してください。

□例で使用している phospho は、検索パラメータ画面において-Phospho （ST）

-Phospho （Y）

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Modification 設定手順と分かれています。（ST） のように、１つの指定で複数残基を合わせて検索したい場合は Group 項目を同じ数字にして、逆に分けたい場合には Group 項目を異なる数値にします。次ページ図の例では、 ST が group 1 ,Ｙは group 2, Tは group 4 （但し Hidden）となっています。
□

前ページ図の例のように、Neutral Loss の設定をしたい場合は、各残基の設定の下にあるボタン ［New Neutral Loss］を押してください。

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■ ［Ignore Masses］ タブにて、修飾に付随して発生するペプチド以外のピークを省く設定を行います。 ＊ 例として ICAT 試薬の設定内容を示しています。

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■ ［Misc］タブでは Unimod での登録日や修飾に関する詳細な記述を記入しますが、ユーザーによる Mascot での登録時には必須項目ではありません。

■ ［References］タブでは登録項目に関する論文情報や、他の修飾情報サイトでの登録 ID などの情報を記入しますが、ユーザーによる Mascot での登録時には必須項目ではありません。

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Modification 設定手順

■ すべて登録が終わったら、画面下部の［Save changes］ボタンを押します。

以後、追加した項目を検索画面で指定することができます。

以上です。
ご不明な点がございましたら、弊社技術サポートまでお問い合わせください。

技術サポート
電子メール：support-jp@matrixscience.com

電話：03-5807-7897

ファックス：03-5807-7896

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