Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 1

Mascot Server version 2.4アップグレード手順
この書類は、version 2.3 の Mascot Server を version 2.4 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合はインストール DVD または弊社日本語資料
サイト上の Mascot_Server_v2.4_新規インストール手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.4 アップグレードで特に注意して頂きたい事
ver. 2.4 へのアップグレードでは、これまでのバージョンアップと大きく仕組みが異なる点があります。以下の点にご注意ください。

▼ 新たなライセンスの発行と認証が必要となります。バージョンアップの際 に は 、 ver. 2.3 ま で で 利 用 し て い た ラ イ セ ン ス フ ァ イ ル
mascot.license が 必 要 と な り ま す 。 ラ イ セ ン ス フ ァ イ ル は 通 常C:¥inetpub¥mascot¥config フォルダ内にあります。
▼ ライセンス認証のため、インターネットへの接続と（もし使っていれば）proxy サーバー設定を事前に確認して頂くよう推奨いたします。
▼ ActivePerl のアップグレード（旧バージョンのアンインストールと、新バージョンのインストール）が必要になります。
▼ データベースの管理方式がこれまでと変わります。面倒な設定をしなければならないケースはほとんどありませんが、バージョンアップ直後にデータベースの登録を確認して頂くよう推奨いたします。またバージョ
ンアップ後自動的にデータベースファイルの更新が行われます。
▼ データベース自動更新の仕組みが大きく変わります。これまで行っていた、Windows の Task 機能を利用したデータベース更新システムが利用できなくなります。また、データベースの自動更新を希望される場合、新たにデータベース自動更新の設定を行う必要があります。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 2● バージョンアップ時に準備するもの
1. Mascot Server version 2.4 のインストール DVD
2. MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）
3. MASCOT Server のインターネットへの接続（接続できない場合でも別途方法有）
4. Windows へログインするユーザー名とパスワード
5. (MASCOT Security 機能を使っている場合) MASCOT Administrator 権限を持つ
ユーザー名とパスワード● アップグレード作業の流れ****最低限、６までのステップで MASCOT Server が動くようになります。*****
1.

PC へのログオン

2.

MASCOT Server のバージョンの確認と、関連ファイルのバックアップ

3.

起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

4.

Perl[ActivePerl] のアップグレード（旧バージョンのアンインストールと、新バージョンのインストール）

5.

MASCOT Server ver 2.4 へのアップグレード

6.

MASCOT Server の ライセンス認証

7.

MASCOT Server の8.

MASCOT Server の動作確認 [過去結果閲覧、検索テスト]

9.

MASCOT Server データベース自動更新プログラムの再設定 (別紙)

10.

MASCOT Daemon アップグレード (別紙)

データベース環境移行● アップグレードに要する時間
アップグレードに要する時間は目安として、作業前に行う MascotServer 関連ファイルのバックアップを含め１～２ 時間です。バックアップ作業はファイルサイズにより大きく前後する可能性があります。特にこれまでの検索で結果ファイルが大量にある場合は遅くなります。また作業時間には、バージョンアップ後自動的に行われるデータベースファイルの取得、更新の時間を含めていません（大まかな目安として半日～2 日程度かかります。その間特に気にせず確認作業をして頂いて構いません）。ダウンロード作業はバックグラウンドで行われ、動作確認や検索テスト、実際の利用もダウンロードと並行して行う事ができます。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 3● インストールチェック表
項目

チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
ver 2.4 インストール DVD

1

プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）

2

PC のインターネットへの接続

2（接続できない場合も別途方法有、詳細は手順書該当項目参照の事）
MASCOT Server PC へのログインユーザー名とパスワードの確認

2(MASCOT Security 機能ご利用の方) MASCOT Administrator 権限を2持つユーザー名とパスワード。（わからない場合もサーバーへログインしてセキュリティ機能をオフにすれば作業可能です）
作業内容
1. Windows へのログイン

42-1. MASCOT Server の現バージョン確認

42-2. MASCOT Server 現環境のバックアップ

5

3. 起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

5

4-1. 旧 ActivePerl のバージョン確認とアンインストール

64-2. 新 ActivePerl 5.14 のインストールと動作確認

7

5. MASCOT Server version 2.4 アップグレード

10

5. [Cluster ご利用の方] インストール途中 Cluster ノード設定

125. [Cluster ご利用の方] インストール後 MASCOT Service 設定

15

6. MASCOT Server ライセンス認証

17

7. 使用データベースの環境移行設定

25

7. [Proxy サーバーご利用の方] Proxy サーバー設定

308-1. MASCOT Server の動作確認 : Database Status 表示

328-2. MASCOT Server の動作確認 : 過去の検索結果閲覧

348-3. MASCOT Server の動作確認 : 検索テスト

35

9. 自動更新の再設定

別紙

10. Daemon のバージョンアップ

別紙

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 4● インストール手順

1. PC へのログオン
Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザーでログオンしてください（通常はAdministrator 権限を持つ mascot ユーザーが作成されています。mascot でログオンしてください）。

2. MASCOT Server のバージョンの確認と、関連ファイルのバックアップアップグレードを行う前に、現在使用している MASCOT Server のバージョンを確認します。
ウェブブラウザで MASCOT Home -> Database Status とクリックするか、アドレス部分に以下の情報をそのまま入力・エンターを押して、Database Status 画面を開きます。
http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exe

Home 画面Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 5

Database Status 画面の上から 2 行目に、MASCOT Server のバージョンが記されています。
下図例では、ver.2.3.2 です。
もし下記のような画面がでず、Error の表示が出ている場合、データベースに関するトラブルが発生している事が考えられます。一度 PC を再起動して頂き、データベースに関する対処法でご存知の方法をお試し頂いた上でご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

Database Status 画面

Mascot Server が イ ン ス ト ー ル さ れ て い る フ ォ ル ダ （ 通 常 の イ ン ス ト ー ル で はC:¥Inetpub¥mascot フォルダ）全体をバックアップしてください。
バックアップの方法は各ユーザー様にお任せいたします。やり方がよくわからない場合、弊社としては D ドライブなど MASCOT の dat ファイルバックアップ用に備え付けられた内部ハードディスクに「mascotbk20120601」などのフォルダを作成し、そこへ C:¥Inetpub¥Mascot
フォルダを丸ごとファイルコピーする事をお勧めいたします。

3. 起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了アップグレード作業を行う前に、起動している他のアプリケーションソフトウェアを終了してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 6

4. Perl[ActivePerl] のアップグレード（旧バージョンのアンインストールと、新バージョンのインストール）
Perl のバージョンが 5.14 未満であれば 5.14 にアップグレードしてください。Perl 5.14 のインストーラーはインストール DVD に含まれています。
32bit 版：ActivePerl-5.14.2.1402-MSWin32-x86-295342.msi
64bit 版：ActivePerl-5.14.2.1402-MSWin32-x64-295342.msi(1) Perlのバージョン確認
現在インストールされている Perl のバージョンは、コマンドプロンプトを起動し、perl –vコマンドを実行して得られた出力内容から確認することができます。以下例では ver 5.8.8です。

perl –v でコマンド実行

コマンドプロンプトにおける perl –v 実行例(2) 古いバージョンのPerlの削除
現在インストールされている Perl のバージョンが5.14未満の場合は、コントロールパネルからActivePerlをアンインストールします。

コントロールパネル→
プログラムの追加と削除→「プログラムの変更と削除」：ActivePerl 5.10.1
Build 1006 を選択し、「削除」をクリックします。
＊ActivePerl のバージョンや各種表記についてはご利用の環境により異なります。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 7

アンインストールの確認：「はい」をクリック

アンインストールが始まります。

アンインストールが完了すると、ActivePerl がリストからなくなります。

(3) Perl 5.14.2のインストール
続けて、MASCOT

Server ver. 2.4 Installer CD を入れ、新たなバージョンのActivePerlをインストールします。
【64bit版OSの場合】ActivePerl-5.14.2.1402-MSWin32-x64-295342.msi【32bit版OSの場合】ActivePerl-5.14.2.1402-MSWin32-x86-295342.msi
をダブルクリックすると、インストーラーが起動します。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 8インストールが開始します。選択項
目は基本的にデフォルト値を選んでください。

ライセンス規約をお読みになり、問題がなければAccept を選択します。
以降特に問題がなければデフォルト値を選択し、インストールを進めます。

特に問題がないようでしたら、デフォルト値を選択し、続けて「Next」を押します。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 9「Install 」ボタンを押し、インストールを開始します。

インストールがすべて終わると以下のように完了の画面がでます。”Finish”
ボタンを押してください。（releasenotes の表示は必須ではありません。）(4) 動作確認
コマンドプロンプトを起動し、perl -v コマンドを実行してください。現在インストールされている Perl のバージョン情報を含む、次のような文字列が出力されます。Perl のバージョンが 5.14.2 になっている事を確認してください。
This is perl 5,version 14, subversion 2 (v5.14.2) built for MSWin32-x64-multi-thread(with 1 registered patch, see perl -V for more detail)以下省略Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 10

5. MASCOT Server ver. 2.4 へのアップグレード
Mascot Server version 2.4 へのアップグレードに要する時間は、DVD 内に予め準備されているデータベースファイル SwissProt リリース 2012_03 のセットアップも含め 30 分程度です。

初めに、ver.2.4 のインストールDVDを光学ドライブに挿入してください。DVD はMATRIX_SCIENCEという名称でマウントされます。Windows OS が32bit版の場合はsetup32.exe を、64bit版の場合は setup64.exe をダブルクリックしてください。

関連プログラムとして、VisualC++ 2005 SP1 インストールを求められる事があります。特に問題がなければ OK を押してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 11

関連プログラムのインストールが終わると、MASCOT Server のバージョンアップが始まります。
「Next」を押してください。

プロダクトキー入力が必須である事を通知する画面が表示されます。
「Next」を押してください。

インストール内容とインストール箇所を確認する画面が現れます。通常はデフォルト設定をそのまま利用してください。SwissProt に関しては、インストール時ご利用頂いている SwissProt のバージョンと比較した上で、DVD 内の方が新しいバージョンである場合のみインストールをしてください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 12

続いて、Cluster システムの設定を行います。通常はデフォルトの設定のままでＯＫです。
Cluster システム(複数台の PC を利用した検索、詳細は次の項目で)をご利用の方は「Enable Mascot Clustermode」にチェックを入れ、Cluster を使用しない場合、「EnableMascot cluster mode」のチェックが外れているのを確認し、「Next」「Configure」ボタンを押して node PC に関する設定が行われているのを確認してから「Next」ボタンを押してください。

Cluster システム を利用しておらず、1 台の PC だけで MASCOT Server の計算を行っている場合は、チェックが付いていないのを確認してから「Next」ボタンを押してください。この項目についてよく分からない場合、通常はチェックをはずす方の設定となります。

**** 【Cluster システム をご利用の場合】 Node に関する設定 ****

nodePCの追加を行います。既に情報が入力されている場合は個々の設定を確認してください。何も登録されていない場合、「Add」ボタンを押し、以下の項目を設定します。

・ node用フォルダのUNC パス
・ ローカルコンピュータにおける node用フォルダのパス

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 13

・ host名, IP, Port番号, 使用するCPU数＊ Clusterのケースにおける特殊設定終わり

すべての項目を設定し終わると、インストール開始となります。「Install」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 14

ファイルコピーが行われます。途中、旧バージョンで使用していた設定ファイルをバックアップするよう尋ねるダイアログが出る事がありますが（右下図）、その際は「OK」ボタンを押してください。

インストールが完了すると、以下のダイアログが現れます。「Open Mascot server statuspage」のチェックが入っているのを確認した上で、「Finish」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 15*Cluster システムご利用の場合：MASCOT Service のmascotユーザーによる開始設定 *MASCOT Server をClusterシステムでご利用の場合、インストール後MASCOT Serverのサービスは自動的に開始されません。mascotユーザーで開始するよう設定を変更した後、サービスを開始する必要があります。

【Windows XP の場合】
コントロールパネルの、「パフォーマンスとメンテナンス」→「管理ツール」を選びます。

WindowsXP コントロールパネル画面【Windows VISTA/7 の場合】
コントロールパネルの、「パフォーマンスとメンテナンス」→「システムとセキュリティ」→「管理ツール」を選びます。

Windows7 コントロールパネル画面

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 16【Windows XP/VISTA/7 共通】
フォルダ内の「サービス」を選びダブルクリックします。

サービス一覧の中で「Matrix Science Mascot Service」という項目を探し、ダブルクリックします。

「ログオン」タブ内の、「アカウント」にて、・アカウント→ログインユーザー
・mascotパスワード→ログイン時のパスワードを入力し、OKボタンを押します。
例ではアカウントmascot
で、パスワードにはmascotのログイン時パスワードを入力しています。
MASCOT Service を選んMascot Server version 2.4 アップグレード手順 17だ状態で右クリック→「開始」を選びます。

MASCOT Service が開始されます。開始時にエラーが出た場合はお手数ですが弊社までご連絡ください。

***** MASCOT クラスターシステム利用者向けの特殊設定終わり *****

6. MASCOT Server の ライセンス認証
MASCOT Server ver. 2.4 から、使用ライセンスの登録と認証が必要となります。これまで
MASCOT Server を利用されてきてバージョンアップのお客さまも登録と認証を再度行う必要があります。ライセンス認証はＷＥＢブラウザ画面を通じて行います。ライセンス登録と認証は、通常オンラインで直接行うため、MASCOT Server PC をインターネットへ接続する必要があります。しかし仮に PC を直接インターネットへ接続できない場合でも、少し手間はかかりますがインターネットに繋がっている別の PC からライセンスの登録と認証を行う方法もあります。
ライセンス認証の画面は以下の３つの以下の操作のうちいずれかを行う事で現れます。
1) バージョンアップ操作直後に自動的に web ブラウザが起動し、画面が現れる
2) ブラウザで Home -> Database Status → Register a new product key3) 画面左下の「Windows スタート」→プログラム→MASCOT→admin→License Info→ Register a new product key

なお、ver. 2.3 以前でセキュリティ機能を利用されている場合、画面アクセス時にログインが求められます。ログイン時には Administrator 権限を持つユーザーでログインしてMascot Server version 2.4 アップグレード手順 18

く だ さ い 。 分 か ら な い 場 合 は 、 コ マ ン ド プ ロ ン プ ト で bin フ ォ ル ダ 以 下の ”disable_security.pl” を実行し、セキュリティ機能を一時的にオフにしてください。
2) database status 画面から表示する場合

3) スタートボタンから画面を表示する場合

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 19以下のような登録画面が現れます。

← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証← インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合■ MASCOT Server がインストールされているPCをインターネットに繋いでいて直接登録と認証を行う場合：「Register Online Now」ボタンを押してください。通常はこちらです。
■ 何らかの理由でMASCOT Server がインストールされているPCをインターネットに繋いでいない場合：「Save Registration File」でregistration.xml ファイルを保存した後、そのファイルをもってインターネットに接続しているPCへ行き、ブラウザのアドレス部分にhttp://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力して画面を開いてください。

どちらのケースも最初にプロダクトキーを入力する画面が現れます（次頁図）。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 20

ライセンスが間違っている場合【インターネット経由で直接ライセンス登録できない場合】＊インターネットに繋いで直接ライセンス登録している場合、以下の画面は現れません。

以下のように、最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れますので、registration.xmlファイルをアップロードしてください。

registration.xml アップロード 画面（オフライン認証使用時のみ）

続いて、ライセンス情報を登録する画面が現れます。
赤い * が付いている項目に関しては必須ですので必ず入力してください。
入力内容については、次頁の図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 21＊欄は入力必須
日本語使用 ×
すべて英語でライセンス情報登録画面-1

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセンスファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

ライセンス情報登録画面-2

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 22

画面下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して頂いた上で問題ない場合には「I accept the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

ライセンス情報登録画面-3

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 23

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイル名は、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。

メールに添付されたライセンスファイルを、ネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdbフォルダとなります。

ライセンスファイル xxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxx.lic ファイルをC:\inetpub\mascot\config\licdb フォルダへコピー

クラスターシステム以外では、ライセンス登録直後からMASCOT Server が正常に動作します。
動作確認は項目8「MASCOT Server の動作確認」で後述しますが、License info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 24登録したライセンス情報が表示されているか、ご確認ください。

license info 画面

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 25

7. データベース環境移行

MASCOT Server ver.2.4 よりデータベース設定に関する扱い方が変わり、より簡単に管理できるようになりました。これまで Configuration Editor 内の Database maintenance ページ
において管理していた設定内容が２つに分割され、主にデータベースの設定を中心とした「Database Manager」と、サーバーの各種パラメータを設定する「Configuration Options」において管理する形式に変わりました。
「Database Manager」については、これまでの機能に加え、データベース自動更新の設定やParse Rule の自動選択設定（一部データベースのみ）など、様々な機能が追加されました。この機能の実装に伴い、ver. 2.3 から ver. 2.4 へのアップグレード時に改めてデータベースの設定移行作業を行う必要があります。
データベースの設定移行作業を行う画面へアクセスするためにはライセンス登録後 Web ブラ
ウザで Home → Configuration Editor → Database Manager を開きます。

Home ->

Configuration Editor -> Database Manager

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 26

バージョンアップ後最初にDatabase Managerを開くと、以下のように初期設定画面が現れます。ver. 2.4 では、公開データベースの設定に関してParse Rule をはじめとする各種項目がXMLファイル configuration.xml （ローカルサーバーのconfig フォルダ内）にまとめられており、弊社公開サイト www.matrixscience.com においてもそのファイルを公開しています。
Database Manager の最初の設定では、各データベースの設定に関して、これまで利用していた各設定項目をそのまま継続して利用する（Keep as Custom）か、それとも configuration.xml
ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続ける(Synchronise)かを選択します。通常は最適設定が自動的に選ばれており変更する必要がない場合が多く、そのままパラメータを変更せずに「Import」を押します。

【選択項目の目安】●公開データベースで mascot デフォルト設定準備されている→ Synchronise●カスタムデータベース、公開 DB だが抜き出しルール変更時など→ Keep as Custom

通常はパラメータを変更することなく「Import」

Database Manager 初期設定画面

設定の目安ですが、SwissProtやNCBInrなど、弊社でもデフォルト設定を準備している公開データベースの場合「Synchronise」を選択し、弊社でデフォルト設定を準備していない他の公開データベースや、完全にオリジナルなカスタムデータベースの場合は「Keep as Custom」を選択する事をお勧めします。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 27

Database Manager 画面:データベースと選択項目について

表内の各項目の意味は以下の通りです。

項目名

説明

Existing

これまでのバージョンで利用していたデータベースの名称

Predefined

configuration.xml 内で定義されている設定の名称

Match

Predefined の設定内容と、既存設定との一致度。Perfect なら問題ない。

Synchronise or

Synchronise…configuration.xml の定義内容と入れ替え

Keep as Custom

Keep as Custom … これまでの定義内容をそのまま利用

すべて定義後、画面下の「Import」ボタンを押します。Importボタンを押すと画面が切り替
わり、左側の「Database Manager」->「Databases」に該当する項目の画面へ移行します。

Import ボタンクリック後自動的に表示される「Dtabases」画面

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 28

Importボタンを押すと、既存のファイルより公開されているデータベースが新しいかどうかを判定した上で、自動的にデータベースの更新を試みます。この段階で既に既存データベースに対するMASCOT検索ができる状態になっていますので、データベースの更新は放置して以降の動作確認のステップへ移行してください。更新状況は下記に記す方法で進捗をチェックしてください。

【データベースファイルの自動取得とデータベース更新の進捗を確認する方法】
データベース更新プログラムはver.2.4 より既存のバージョンで動作していたプログラムとは異なる仕組みで動き、これまでのバージョンで使用していたプログラム本体と設定は全く使用されなくなります。
新たに実行された各データベースの更新プロセスは「Task」として扱われます。Taskの進捗度合いは下図のように「Tasks」セクションにて確認する事ができます。左側の「Database Manager」-> 「Tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています。

Task として実行中のファイルのダウンロード進捗を確認する場合

実行待ち→実行中→実行終了→

Database Manager : Tasks 画面

ファイルのダウンロード終了後、プログラム ms-monitor.exe がダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようにファイル変換を行います。変換状況は、Database
Status (Home -> Database Status)で各データベースの更新状況が確認できます。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 29

各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_(バージョンまたは日付).fastaと表示されています。後部の(バージョンまたは日付)でデータベースの新しさを管理してください。

ダウンロード後のファイル変換
作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれる

Database Status 画面: 構築中のデータベース

NCBInrのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。
「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例図では、日付が20120502 のStatus 項目は「Not in use」となっています。一方より新しい20120508の方は「In use」となっています。これは20120502の方は既に使用されておらず、新しい20120508の方が現在使用可能となっている事を表しています。

同一 DB で複数表示の場合、Status が「In Use」になっている方が現在使用可能

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 30【ネットワークでProxyサーバーをご利用のお客様のみ : Proxyサーバーの設定】

Proxy サーバーをご利用の場合、外部への接続のため proxy に関する設定が必要です。
画面左に表示されている各セクションへのリンクで、Settings -> Proxy settings と辿り、proxy の設定を行ってください。

↑または・・↓

Settings 画面

proxy サーバーのアドレス、ポートなどを記入してください。また、必要に応じて認証ユーザー名とパスワードも記入してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 31

すべての設定後、「Test and save」を押し、設定の適用とテストを実行します。
＊ proxy サーバーのアドレスには、「http://」 がない場合にはまずそのまま記入して頂き、うまくいかない場合は 「http://」をつけてお試しください。
＊ 設定についてよく分からない場合はお手数ですがネットワーク担当者にお尋ねください。

← Proxy サーバーアドレス。
例: http://proxy.mascot.jp/proxy← Proxy ポート。例: 8080
← 認証ユーザー名とパスワード。
使用していない場合、空欄で← 設定後、適用と同時に「Test」実施

Proxy Settings 画面* Proxy 設定終わり

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 32

8. MASCOT Server の動作確認 [過去結果閲覧、検索テスト]
すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、主に確認した方がよい事項は以下の 3 点です。

-

Database Status 画面における、各データベースの Status 項目-

過去の検索結果閲覧-

検索1. Database status 画面における、Status 項目の確認
Home から Database Status のハイパーリンクをクリックします。

MASCOT Home 画面

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 33

Database Status 画面にて、各データベースの「Status」項目を見ます。図のように「InUse」であれば問題ありません。

各データベースの Status 項目が”In Use”であるかをチェック。Halted なら PC 再起動

Mascot Database Status 画面

Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、すぐ隣に現れているハイパーリン
ク「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してください。画面は下へ行くほど日付が新しくなります。画面下部で該当データベース構築時に以下のエラーメッセージが出ている
場合、PC を再起動して再度 Database Status 画面をご確認ください。
Error [M00047 - Job -1 - X00342:mmapfile] - Thu Apr 26 17:39:57 2012
- Failed to open memory mapped file
C:/inetpub/mascot/sequence/SwissProt/current/SwissProt_2012_03.stats.
Error: プロセスはファイルにアクセスできません。別のプロセスが使用中です。
＊同様のエラーメッセージが.stats だけでなく .a00 など複数ファイルで現れる事があります。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 34

2. 過去の検索結果閲覧
Database Status 画面を確認後、過去の検索結果の閲覧に問題がないか確認します。
Home から Search Log のハイパーリンクをクリックします。

Job# ハイパーリンクをクリック

任意の Job#をクリックし、過去の検索結果が問題なく表示される事を確認します。
表示内容については基本的に ver. 2.3 に比べ大きな変更点はありません が、ReportBuilder というレポート表示に関する機能が追加されましたのでご覧になりたい場合は結果画面から「Proteins」タブの隣にある「Report Builder」をクリックしてください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 35

これまでと同様の画面が現れない、または表示時に赤字の Warning が出るようになった場合（以前のバージョンでも出ている場合を除く）は、お手数ですが弊社までご連絡ください。

３. 検索

検索のテストについては、いつも実施している方法で検索してください。検索がうまくいかな
いケースで Thermo Scientific 社製質量分析装置の raw ファイル読み込みに失敗している可能性がある場合、弊社日本語資料サイトの PDF 資料、「Thermo Xcalibur RAW ファイルに対するMascot Server 、 Mascot Daemon 側 の 設 定 等 に つ い て 」 の 内 容 に 基 づ き 、C:¥inetpub¥mascot¥cgi フォルダ以下の lcq_dta_shell.pl ファイル内の「$lcqExe」行の右辺側を編集し直してください。

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 36

前ページの raw ファイル読み込み以外の問題の場合、次頁の３つの手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じるかご確認ください。

1.

すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で問題が解決した場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。大変お手数ですが、問題が生じているデータベースの名称と、MASCOT
Server の logs フォルダにある、monitor.log, errorlog.txt ファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。検索方法が分からない場合、Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行って頂いても結構です。
上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

3. 通常 MASCOT Server 以外の PC から検索している場合:他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアから検索を行ってください。

上記方法で問題が解決した場合：2 同様、ネットワークや MASCOT セキュリティシス
テム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

9. MASCOT Server データベース自動更新プログラムの再設定 （別紙）

データベース自動更新の仕組みが大きく変わりました。これに伴い、バージョンアップ前までに行っていた、Windows の Task 機能を利用したデータベース更新システムが利用できなくなります。また、データベースの自動更新を希望される場合、新たにデータベース自動更新の設定を行う必要があります。
自動更新の設定方法に関しては、別紙「Database Manager 使用マニュアル」の項目「Section

Mascot Server version 2.4 アップグレード手順 37

別設定内容::Database Manager Section」->「▼データベースファイルの定期的な自動取得・更新設定」（P.21）にまとめています。該当マニュアルは弊社日本語サイトにて公開中です。詳
しくはそちらをご覧ください。

10. MASCOT Daemon アップグレード（別紙）MASCOT Server のバージョンアップに伴い、MASCOT Daemon のバージョンアップも行って頂く事をお勧めいたします。MASCOT Daemon のバージョンアップを行わなくとも検索できますが、トラブルの元ですので可能な限りバージョンアップを行ってください。daemonのアップグレード手順に関しては、別紙「Mascot Daemon マニュアル」の項目「2.インストレーションと環境設定」-「アップグレード」としてまとめてあります。該当マニュアルは弊社
日本語サイトにて公開中ですので、詳しくはそちらをご覧ください。

● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896