Mascot Server : Taxonomy リストの変更方法 1

Taxonomy リストの変更方法
１．はじめにSwissProt や NCBIprot のような総合配列データベースは様々な Taxonomy に由来するタンパク質エントリから構成されていますので、Mascot 検索を実行する際、Taxonomy(たとえば[Homo sapiens])を指定して検索範囲を絞ることができます。検索対象としたい Taxonomy は
図 1 に示すように検索条件設定画面の[Taxonomy]リストから Taxonomy を選択することにより指定します。
検索条件設定画面の[Taxonomy]リストに表示される
Taxonomy は「C:\inetpub\mascot\config\taxonomy」フ
ァイルの内容が反映されています。「taxonomy」ファイ
ルはテキストで書かれていますので、メモ帳のようなテ

図 1 : MIS 検索条件設定画面の [Taxonomy] リス
トから [bony vertebrates] を選択したところ。

キストエディタを使って開き(あるいは[スタート]→[すべてのプログラム]→[Mascot]→[admin]→[Mascot taxonomy file]を選択して開き)、Taxonomy の追加・削除・内容変更などの編集を行うことができます。

２.「taxonomy」ファイルの構造「taxonomy」ファイルは次のような構造になっています。

Title:All entries
Include: 1
Exclude: 0*
Title:. . Archaea (Archaeobacteria)
Include: 2157
Exclude:*Title:. . Eukaryota (eucaryotes)
Include: 2759
Exclude:*(以下省略)ひとつのエントリは「Title:」行で始まり、「*」行で終わります。
「Title:」行の文字列は検索条件設定画面の [Taxonomy]リストに表示されます。通常は、生物種の名称や意味が把握できる短い文字列で構成します。また、Taxonomy のツリー構造を示すために、インデントとして「・・・」や「ひとつのスペース」を使うことができますが、タブや連続する複数のスペースを使用することはできません。
「Include:」行は、ひとつ以上の「Taxonomy ID」で構成され、複数の「Taxonomy ID」を記述するときは互いにカンマで区切ります。通常は、NCBI(米国 National Center for Biotechnology Information)が提供しているマトリックスサイエンス株式会社

Mascot Server : Taxonomy リストの変更方法 2「Taxonomy ID」を適用します。
「Exclude:」行は、ひとつ以上の「Taxonomy ID」で構成され、複数の「Taxonomy ID」を記述するときは互いにカンマで区切ります。通常は、NCBI が提供している「Taxonomy ID」を適用します。
「Include」から「Exclude」を “差し引いた” Taxonomy が検索対象となります。

３. Taxonomy ID を調べる方法[Taxonomy]リストに追加したい Taxonomy に対応する「Taxonomy ID」を調べるには次の２つの方法があります。
ここでは「Homo sapiens」を例にとって説明します。
(1)「names.dmp」ファイルから探す方法「C:\inetpub\mascot\taxonomy\names.dmp」ファイルには「Taxonomy ID」に対応する「Taxonomy 名」が記載されています。テキストエディタを使って「names.dmp」ファイルを開き、「Homo sapiens」の文字列を検索してください。「Homo sapiens」の ID は 9606 ですが、次のように記載されています。
9606|

Homo sapiens||

scientific name

9606

|

Homo sapiens Linnaeus, 1758 |

9606

|

human||

genbank common name

9606

|

man|

|

common name||authority |||(2) NCBI の「Taxonomy Browser」を利用する方法
Web ブラウザから次の URL にアクセスし、NCBI の「Taxonomy Browser」ページを開いてください。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/[Search]の入力欄から「Homo sapiens」で検索し、表示されたページの[Homo sapiens]のリンクをクリックしてください。次のような内容が表示され、「Homo sapiens」の「Taxonomy ID」は 9606 であることがわかります。

Homo sapiens

Taxonomy ID: 9606
Genbank common name: human
Inherited blast name: primates
Rank: species
Genetic code: Translation table 1 (Standard)
Mitochondrial genetic code: Translation table 2 (Vertebrate Mitochondrial)
Other names:
common name:manauthority:

Homo sapiens Linnaeus, 1758

４.「taxonomy」ファイルの編集例
Mascot 検索条件設定画面の[Taxonomy]リストに、たとえば「Ferns or human」を追加したい場合は、「C:\inetpub\mascot\config\taxonomy」ファイルに次の行を追加し、保存してください。追加した Taxonomyは即座に反映され、図 2 のように、[Taxonomy]リストに表示されます。

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Title:. Ferns or human
Include: 9606, 3263
Exclude:*同様に、「No human or mice」を表示させたい場合は次の行を追加してください。
Title:. No human or mice
Include: 1
Exclude: 9606, 10088*
なお、「すべての Taxonomy」を表すルート「root」の Taxonomy ID は１です。

図 2 : 「 taxonomy 」 フ ァ イ ル に 追 加 し た 「 Ferns orhuman」と「No human or mice」は [Taxonomy]リス
トに即座に反映され、選択可能な状態になる。

５. 配列データベースの再セットアップ
Mascot Server は配列データベースをセットアップする際、「taxonomy」ファイルの内容に従ってタンパク質エントリを Taxonomy 毎に仕分けしています。「taxonomy」ファイルを変更した場合は配列データベースを再度セットアップする必要がありますので、次の操作を行ってください。ここでは代表的な総合配列データベースである SwissProt を例にとって説明します。

(1) Mascot Server version 2.6 の場合「MASCOT search status page」ページ（Welcome トップページの[Database Status]リンクをクリック）の「SwissProt」ブロックにある[Recompress file]リンクをクリックしてください。即座に再セットアップが始まります。「Status = Creating compressed files

14% complete」のように表示されますので進捗状況を確認してください。「Status = In use」になればセットアップ完了です。

(2) Mascot Server version 2.5 までの場合
Mascot Server を停止（[スタート]→[すべてのプログラム]→[Mascot]→[admin]→[Stop Mascot service]を選択）させた後、「C:\inetpub\mascot\sequence\SwissProt\current\SwissProt_日付.stats」ファイルを削除し、Mascot Server を起動（[スタート]→[すべてのプログラム]→[Mascot]→[admin]→[Start Mascotservice]を選択）してください。即座に再セットアップが始まります。「Status = Creating compressedfiles14% complete」のように表示されますので進捗状況を確認してください。「Status = In use」になればセットアップ完了です。

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６. 統計情報の確認「 SwissProt」 ブロック の [Statistics]リン クをクリ ック してくだ さい。 統計情報を まとめた 「Databasestatistics」ページが表示されます。Taxonomy の仕分け内容を確認してください。

SwissProt を構成するタンパク質エントリの 555,426 件うち、20,219件が「Ferns or human」に、518,234 件が「No human or mice」に仕分けされたことがわかります。

７. Mascot 検索テスト
検索条件設定画面の[Taxonomy]リストから、追加した Taxonomy を選択し、Mascot 検索が正しく実行できることを確認してください。

以上

ご不明点などありましたら技術サポート担当者にご連絡ください。
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話：03-5807-7897

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