最初にお読みください（Mascot Server version 2.4 (2.4.00) Windows 版）

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最初にお読みください
Mascot Server version 2.4 for Windows Release Notes
新規インストール
インストールを行う前に、2頁の「最新の追加情報」及び3頁の「Windows OS の各バージョンに対応する注意点」をご覧ください。インストールDVDの「mskk」フォルダにある「Mascot_Server_v2.4_新規インストー ル 手 順 .pdf 」 書 類 に し た が っ て イ ン ス ト ー ル を 進 め て く だ さ い 。 ま た 、 イ ン ス ト ー ル DVD に あ る「manual.pdf」の「3章 Installation: Microsoft Windows」も併せてご覧ください。

バージョン・アップグレード
前のバージョン(バージョン2.3 及びそれ以前)からバージョン2.4 にバージョンアップする場合は、インストールDVDの「mskk」フォルダにある「Mascot_Server_v2.4_アップグレード手順.pdf」書類にしたがってバージョン・アップグレードを進めてください。また、インストールDVDにある「manual.pdf」の「3章Installation: Microsoft Windows」も併せてご覧ください。なお、バージョン2.4では弊社が提供するプロダクトキーを使って新規にライセンスファイルを取得する必要があります。

新規サポート機能
1. Database Manager
配列データベースの設定や更新にかかわる操作環境をひとつに統合し、Webブラウザベースのユーザインターフェース「Database Maneger」として新規にサポートしました。インターネットに接続された環境
では、弊社の公開Mascot Serverの配列データベース設定が自動的に反映されるように設定することができますので、SwissProtやNCBInrなどの書式が変更された場合でも自動的に設定変更が行われます。

2. Report Builder
ヒットしたタンパク質リスト表を作成する「Report Builder」をサポートしました。ヒットしたタンパ
ク質に附帯する情報(スコア、マッチしたペプチド数、emPAIなど)のうち、表示させたい情報を組み合わせ、また、情報が持つ値(数値、文字列)に足切り条件(指定した数値以上、含まれる文字列など)を付与して、目的に合うタンパク質リスト表を作成することができます。

3. その他
・Preferred taxonomyを指定できるようにしました。
・指定したFDR(たとえば1%)に対応したヒットリストを表示できるようにしました。
・ランダムDecoyデータベースに加えて、リバースDecoyデータベースをサポートしました。
・Mascot Delta-score を利用して、修飾サイトの信頼性を％で表示するようにしました。

バージョン 2.3 からの変更点
4 頁 に バ ー ジ ョ ン 2.3.00 か ら の 変 更 点 を ま と め ま し た 。 な お 、 最 新 の 変 更 点 に 関 し て は 、「http://www.matrixscience.com/mascot_support.html#2.4」をご覧ください。

最新の追加情報
2頁をご覧ください。

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最新の追加情報----------------------(1) Mascot Server に関連して動作するサードパーティのプログラムの中にはヘルパースクリプトを必要とするものがあります。Mascot Server のセキュリティ機能が動作している状態では、これらのヘルパースクリプトがセキュリティホールになる可能性があります。
(2) Microsoft Internet Explorer 8 で使われているファイルアップロードコントロールはテキストのペースト機能をサポートしていません。これにより、Mascot 検索条件設定画面と連動するサードパーテ
ィのプログラム動作に不具合が生じることがあります。プログラムを修正するか、Internet Explorer7 にダウングレードすることで回避できることがあります。
(3) Windows Vista 以降の環境では、[コントロールパネル]→[プログラムと機能]を利用して、インストール済みの Mascot Server を「変更」または「修復」することができません。改めて、セットアッププログラム（setup32.exeまたはsetup64.exe）を実行してください。
(4) Mascot Server をクリーンインストールする場合、Windowsインストーラは最も空きスペースが大きいパーティションをンストール・パーティションとして選択します。デフォルトのインストール・パーティションはCドライブとは限りませんので注意してください。

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3--------------------------------------------------------

Windows OS の各バージョンに対応する注意点--------------------------------------------------------

Windows 8
現時点ではプレビューリリースですので、今後の最新情報については弊社のサポートページ「http://www.matrixscience.com/mascot_support.html」をご覧ください。

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4------------------------------------------

バージョン 2.3.00 からの変更点-----------------------------------------次の表ならびに http://www.matrixscience.com/mascot_support.html をご覧ください。
管理番号

製品

内容

6064
6097
6212
6348
6474
6510
6549
6558
6573

ServerServer
ServerServerServerServerServerServerServer6587

Server

6628
6728

ServerServer

6801

Server

6802
6807
6814
6817
6819
6824
6827
6833
6835
6865
6869
6875

ServerServer
ServerServerServerServerDaemonServerServer
DaemonServerServer6876

Server

6877
6878
6879
6886
6890
6892
68946910
6914
6921
6922
6932
6941
6946
6951
6953
6954

ServerDaemonServerServer
DaemonServerServer
DaemonServerDaemonDaemonServerServer
DaemonDaemonServerServer6956

Server6957

Server

If no ions tolerance units are specified then nph-mascot.exe should stop
Report site specificity for phosphorylation
Missing accession numbers in ms-searchcontrol --xmlresults(ms-distillerget)
Spaces in sequence databases get converted to Xs
Re-word unhelpful error messages
Monitor should exit if "MascotNodeScript" is not defined on Unixplatforms
Replace db_update.pl with Database ManagerAdd minimum number of peptides to report to discard one hit wonders
For a decoy search, need a button to 'get me to 1% FDR'
When nph-mascot.exe is passed a sessionID, it should pass this through tomaster_results.plOption to segregate results from multiple Fasta DB
A space in a fasta file name almost works...
The modification specified in the satellite element of aquantitation method needs
to be saved in the unimod section of the results fileSpectrum graphic in peptide view should have option to display y axis
Need to make CentroidWidth smarterget_params.pl displays database status information if passed invalid argument
More options for how on the fly decoy database is produced
ms-status writes compressed UNIMOD files in text format
peptide_view.pl radio buttons, extra match to non-existing tag?
Minor Daemon layout issues
wot_no_results should pull e-mail address from cookie
File locking should time out rather than hang on Unix
Daemon reports POST The operation timed out and pauses task
PercolatorUseRT doesn't work properly
Report Builder tab to replace Quantitation Overview in Protein Family Summary
Subset protein descriptions are below the accession string in Protein Family
Summary
Choose which species is reported if there are multiple equal proteins
Mascot Daemon truncates pepmass to 4 decimal places
Mascot detects user's Perl file association instead of the system one
Cannot have weird characters in accession strings in Mascot 2.3
Daemon reports 'empty document returned' when retrieving results
SVG graphics float on top of the Find toolbar in Internet Explorer
ms-mascotnode.exe can't map a00 file for locking in cluster mode
Mascot Daemon passes unsuitable loglevel to Mascot Distill.exe for quant
Quantitation in presence of modifications
Daemon merge of MGF can produce corrupt output
Mascot Daemon needs to support MDRO "MultiFileScanNumbering"
Peptide View can display wrong score for non-ET match in ETsearch
PMF with a single mass value and NoCleave enzyme hangs
M00088 caused by _DISTILLER_MDRO_VERSION when choose to merge samples
Password fields in Daemon should be masked
Add support for comment lines in fasta files
Add support for taxonomy rule where TaxID explicitly given
If output is CSV and Percolator needs to be run, export_dat_2.pl gives "InternalServer Error"
ms-searchcontrol.exe --results not returning protein mass or description for最初にお読みください（Mascot Server version 2.4 (2.4.00) Windows 版）

6958

Server6959

Server6965
6967

ServerServer

6973

Daemon

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6981
6983
6984

ServerDaemonDaemonServer6985

Server

6987
6988
6993

ServerServerServer10471

Parser

10536
10576

ParserParser10621

Parser10627

Parser

10633
10634
10635
10637
10638
10641
10643
10649
10651
10652

ServerParser
ServerServer
ParserServerServer
ServerServer
Parser10654

Server1065610659
10661
10664
10668
10672
10673
10674
10676

ServerParserServerParserParserServerParserServerParser

10682

Parser

10686
10688
10689
10691
10704
10706
10707
10710
10718
10722

ServerServerServerParserParserServerServer
ServerServerServer5

multiple fasta
Roll-up of browser bugs in Protein Family Summary in 2.3.02
Protein Family Summary data in browser cache needs to invalidate with session
timeout
Export to MGF doesn't include SCANS[0], RAWSCANS[0] etc.
nph-mascot.exe needs to write taxonomy IDs in the results file
Pause a task in Daemon, seems to produce invalid entries in the Distiller project
file
Support combining multiple results files for Distiller
Subscript out of range error when run task from IntegraDaemon
Cannot use non-alphanumerics in Mascot password in Daemon
contaminants_from_MPI changed location
Confusing message in errorlog.txt if ExecAfterSearch logginglevel set
incorrectly
Cannot edit seq query after failed search
Cutting dendrograms in Google Chrome 7.0 is finicky"This page cannot be displayed" in IIS 7
Code to process mascot.dat for installation moves comments around + additionaltab
IgnoreIonsScoreBelow is converted to a score and rounded to aninteger internally
New mascot.dat options need to be added to ms_mascotoptions
New methods for Server bug 2904: getTaxonomyID(),anyTaxonomyIDs(),
isSpeciesDescendantOf()
On Windows, NTFS, cache files get re-created when going to/from Summer Time
(Daylight savings)
Make nph-cache_families.pl usable from other scripts
Support for Perl 5.12 and Perl 5.14
Unassigned list shows expect values and thresholds for ET matches
peptide_view.pl and protein_view.pl need to support merged results reportsIncrease CDB file size limit from 4Gb to unlimited
Format of peptide match table should be more like summary report
Cannot view Protein Family Summary when using PercolatorRT
Update XMLHttpRequest.js
Remote exploit in client.pl
If protein accession contains =, getSectionValueStr() returns empty string
Help text: Local modifications contained in a spectra append rather than replace
global mods
Minor glitches with rendering in MSIE7
Stalls at end of creating common cache
Combination of peaklist and TMPP-Ac (N-term) modification causes crash
If accession contains a comma, ms_proteinsummary parses it wrong
Need additional function: getMultiFileQueryNumber
export_dat_2.pl should use the batch feature in ms-getseq.exe
Functions for finding proteins and peptides by modifications
mzIdentML: passThreshold set incorrectly, plus add new CV terms
New ms_datfile constructor to load a file from the public website
ms_mascotoptions is missing setIgnoreDupeAccession() andsetReportNumberChoice()
Protein view for EMBL EST always shows 'unknown species'
Peptide view displays error tolerant matches that should be suppressedNon standard genetic code matches have incorrect peptide sequence in results filems_wwwoptions is missing methods to update and delete entries
Add support for taxonomy rule where TaxID explicitly given
Protein Family View find improvements
SECTASK_MAXCONCURRENTSEARCHES value is ignored
Support IE9 and Firefox 4-11
ms-status.exe needs to return status in XML format
Too many search threads created最初にお読みください（Mascot Server version 2.4 (2.4.00) Windows 版）

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10751
10766
10770
10772

ParserParserServerServerServerServerServerServerServer
Server10780

Parser

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10790
10797
10798

ParserServerParserParser10804

Parser

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10812
10866
10872

ServerServer
ServerServer10874

Parser10875

Parser

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10905
10924
10943

ServerServer
ServerParser10947

Parser

10959
10960
10961

ServerServerServer10963

Server

10969
10970
10971
10974
10978
10979
10984
10990
10992
10995

ParserServerServerServerServerParserServerServerParserParser11002

Parser

11003
11005
11009
11018
11022
11029
11039
11041
11044

ServerServerServerParserServerServerServerParserServer6

Security problem with multiple group membershipms_datfile::updateForInstaller() sets incorrect number of DB threads
Impurity correction for multiplex is broken
Protein accession disappears on collapse in MSIE9retention time not parsed from mzML peaklist.
Choose preferred taxonomy in export_dat_2.plSatellite ions (dwv) should not be restricted to fragments containing R
pepXML handles fixed + variable mods at same site incorrectly
Perform normality check after outlier rejection, not before
Mascot crash in cluster mode when a fragment intensity is"NaN"
Change definition of isPeptideUnique to be unique per family member rather thanper familyfindProteins() should search alternative accessions also
Contaminants help page needs updating
Custom parameters for ms_user and ms_group
New options ReportBuilderColumnArrangement_n
Change getPeptideThreshold() to allow return of either homology or identity
threshold as double
Speclist.txt format changes break taxonomy in Mascot Server
Cron emulator improvements for Database Manager
Support for multiple modifications on one site
Out of memory error, cluster mode, search against user supplied Database
Support for additional regular expression in the Taxonomy_n section to read
speclist.txtExport with show_decoy=1 crashes for some searches if there is already a cache
file
Add RAWFILE and LOCUS to MGF spec
Quantitation displayed in XML tab has corrupt mod names
Help pages for SwissProt - should point to speclist.txt from EBI
Cron emulator improvements
After calling getNumDecoyHitsAboveIdentity() with non default threshold,getPeptideQuery() can failBetter error reporting for FDR button
10 copies of the same unassigned peptide when filtering unassigned
Better IIS debugging for master_results_2.pl
Need to report homology threshold when there is a single match with non-zero score(but lots of matches with zero score)
Add function: ms_processors::getAutoDetectNumThreads(const int numLicensed)
Linux installer changes for Mascot 2.4
Need to be able to use 'auto' for SubClusterSet
Divide by zero when precursor charge specified as Mr
Miscellaneous minor issues with MGF format
Add support for RAWFILE and LOCUS in ms_inputquery
Satellite ions should not be restricted to fragments containing R
nph-mascot gives intermittent progress reports with Firefox 8Improvements to homology thresholdPrevent any score threshold ever dropping below 13
Change minPepLenInPepSummary functionality. Don't show proteins in which the
only significant peptides have length < MinPepLenInPepSummary
Change db_gui.pl to just allow editing of options section
Change links on ms-config for db_gui.pl and add for database manager
qmatch needs to be a count of m/z candidates that are >= MinPepLenInSearch
getThresholdForFDRAboveIdentity / Homology can fail to get the best values
Don't report a homology threshold for spectra with a very small number of peaks
A PMF search with BEGIN IONS should give a fatal error message
qmatch overflow. Was a 32 bit integer with limit of2,147,483,647
qmatch overflow. 64 bit Linux parser wraps numbers greater than 2,147,483,647
Filenames and paths should be allowed to have _.-$%()[].

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11045

Server11051
11055

ServerDaemon

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View unformatted sequence string from protein view fails if there is a space inthe accession
Export script fails to honour Percolator setting in form
Improved error reporting for when creating / opening mgf from MDRO

何かお困りのことがありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。

プロテオミクスとともに・・・

マトリックスサイエンス株式会社
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