Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 1

Mascot Server version 2.8 Linux 版

新規インストール手順
この書類は、Mascot Server version 2.8(Linux 版)を、新規インストールする手順について説明しています。ver.2.7 からアップグレードする場合はインストール DVD 内または弊社日本語資料サイト上の Mascot_Server_v2.8_Lin_アップグレード手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.8 新規インストールで特に注意して頂きたい事
インストール時には以下の点にご注意ください。

▼ MASCOT は WEB アプリケーションです。WEB サーバーとして Apache の使用を推奨しており、本資料では Apache での手順についてご案内しています。
▼ オンラインによるライセンス認証を行います。MASCOT Server が インターネットへ接続ができるかご確認ください。また、proxy をご利用の場合はその設定についてもご確認ください。ただし以降の手順で記されているように、Server 自体がインターネットへ接続できない場合にも対処法がございます。
▼ 日本で購入されたライセンスのみ、ver.2.7 より 1CP ライセンスあたりで使用できるコア数が 6 です（日本以外では 4）。海外でご利用のサーバーとは仕様が異なる点にご注意ください。
▼ CPU に AMD Opteron をご利用の方は、型番と一緒に一度弊社にご連絡ください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 2● システム要件、動作環境に対する注意点
MASCOT Server のインストールには以下の条件が必要です。

■ ディスクスペース
用途を限定した最低ライン: 10GB

通常利用の最低ライン: ２00GB (* NCBIprot 使用時は 1TB)

推奨

: 2TB など

■ メモリ
用途を限定した最低ライン: 16GB

通常利用の最低ライン: ３２ GB推奨: 64 GB 以上■ サポートしている Linux カーネル/ディストリビューション
kernel 3.0 以降、glibc 2.5 以降 を含むディストリビューション

■ ソフトウェア RAID(Lustre など) 未対応■ ネットワークファイルシステム CGllusterFS 未対応■ SELinux
SELinux の使用については注意が必要です。詳細は「Mascot Server Installation andSetup」の「Appendix E. SELinux」の項目をご覧ください。弊社としては SELinux 機能を使わずMASCOT をご利用頂くことをお勧めいたします(インストール作業前に SELinux 機能を OFF にしてください)。オン/オフの状況については、/etc/selinux/config 設定ファイルなどをご覧ください。

● インストール時に準備するもの
1. Mascot Server version 2.8 のインストール DVD
2. MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）
3. MASCOT Server のインターネットへの接続環境（接続できない場合でも別途方法有）4. root 権限で作業をするためのパスワードなど
5.

(もし使っていれば) proxy サーバーへの接続設定内容の確認

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 3● 新規インストール作業の流れ****最低限、3 までのステップで MASCOT Server が動くようになります。*****
1.

Apache のインストール、設定

2.

MASCOT Server ver. 2.8 のインストール

3.

MASCOT Server の ライセンス認証

4.

MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開く

5.

ネットワーク・proxy の設定

6.

配列データベース・ライブラリの追加

7.

ファイルダウンロードとデータベース構築確認

8.

MASCOT Server の動作確認

9.

MASCOT Daemon インストール (別資料、ご利用の方のみ)●インストールに要する時間
新規インストール操作に要する時間は目安として３０分～1 時間です。ただしインストール直後のデータベースファイル取得・構築時に大きく時間がかかる事があります。NCBIprot など非常に大きなデータベースを取得・構築する場合、 構築完了までに数日かかる事もあります。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 4● インストールチェック表
項目

チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
インストール PC に関するシステム要件をチェック

2

ver. 2.8 インストール DVD
プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）
コンピュータのインターネットへの接続
root 作業に必要なパスワードの確認(もし使っていれば) proxy サーバーへの接続設定
作業内容
1. Apache のインストール、設定

5

2. MASCOT version 2.8 のインストール

7

2-1. プログラム・データベースファイルのマウント・コピー・展開

7

2-2. 所有権・書き込み権限の変更

82-3. インストールスクリプトの実行

8

3. MASCOT Server ライセンス認証

113-1. ライセンス認証画面表示

113-2. ライセンス認証サイトへのアクセス

11

3-3. ライセンス認証

13

4. MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開く

19

5. ネットワーク・proxy の設定

226. 配列データベース・ライブラリの追加

23

7. ファイルダウンロードとデータベース構築確認

28

7-1.ダウンロード進捗の確認

28

7-2.ファイルの変換・検索テスト進捗の確認

29

8. MASCOT Server の動作確認

30

8-1. Database status 画面、Status 項目”In use”確認30

8-2. 検索テスト

31

9. MASCOT Daemon インストール

別紙

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 5● 新規インストール手順■ Linux のご利用環境はお客様により様々で、インストールの前後で対応すべき内容も多岐に渡ります。 作業前には一度以下の資料も必ずご参照ください。
-

ソフトウェアのマニュアル（DVD 内の「manual.pdf」（2.Installation:Linux））-

DVD 内の、「最初にお読みください_v2.8.X_linux_リリースノート.pdf」■ 本資料では、インストールディレクトリを /usr/local/mascot としています。お客様のご利用環境により適時入れ替えてください。

■ 紹介している例のコマンドでは sudo などが必要な場合でも省略しています。

1.

Apache のインストール、設定ご利用のシステムで Apache がインストールされていない場合、Apache をインストールしてください。
インストール後、WEB ブラウザなどで http://(server 名または IP アドレス)と入力し、apache のhome 画面が開くか[WEB サーバーが正しく動作をしているか] 確認してください。

続いて Apache における MASCOT 向けの設定を行います。まず/etc/httpd/conf/httpd.conf において、servername の設定変更をします。

serverName yourservername

続いて以下のような URL マッピング設定を行います。 (MASCOT のインストールディレクトリを/usr/local/mascot とします)

システム上のパス

URL

プログラム実行権/usr/local/mascot/cgi/mascot/cgi

Yes/usr/local/mascot/x-cgi/mascot/x-cgi

Yes/usr/local/mascot/html/mascot

NoMascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 6

前頁の URL マッピングを行うため、Apache の設定ファイル httpd.conf に以下の項目を適切な場所に加えます（それ以外に WEB ページ検索用の設定も書き加えています）。
ScriptAlias /mascot/cgi/htsearch /usr/lib/cgi-bin/htsearch<Directory /usr/local/mascot/cgi>
AllowOverride None
Options None
Require all granted</Directory>
ScriptAlias /mascot/cgi /usr/local/mascot/cgi<Directory /usr/local/mascot/x-cgi>
AllowOverride None
Options None
Require all granted</Directory>
ScriptAlias /mascot/x-cgi /usr/local/mascot/x-cgi<Directory /usr/local/mascot/html>
AllowOverride None
Options None
Require all granted</Directory>
Alias /mascot /usr/local/mascot/html*1 Apache のバージョンが 2.2 以前の場合、上記記述の“Require all granted”と記述されている所を以下のように書き換えてください。
Order allow,deny
Allow from all*2 上記緑枠の記述内容と同じものが、mascot.tar.bz2 ファイルを展開した際に現れるファイル、/usr/local/mascot/config/apache.confファイル内にあります。先にファイルをインストール場所に展開して、上記ファイルを開きコピーして設定にご利用頂いても構いません。

設定変更後、Apache(httpd)のサービスを再起動して変更内容を適用してください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 72.

MASCOT Server ver. 2.8 インストール■ 2-1.プログラム/データベースファイルのマウント、コピー、展開まず、インストールディレクトリを作成します。
mkdir /usr/local/mascot

DVD 内にある以下の 3 ファイルを、インストールディレクトリ /usr/local/mascot にコピーし、その後ファイルを解凍・展開します。
- mascot.tar.bz2- PRIDE_Contaminants.tar.bz2- swissprot.tar.bz2

紹介するコマンドは一例です。マウント先から直接ファイルを解凍・展開するなど、同じ目的を達成する
別のコマンドを実行して頂いても構いません。また、sudo なども省略しています。

コマンド例:
cp /run/media/mascot/mascot.tar.bz2 /usr/local/mascot/
cp /run/media/mascot/swissprot.tar.bz2 /usr/local/mascot/
cp /run/media/mascot/PRIDE_contaminants.tar.bz2 /usr/local/mascot/
ｃｄ /usr/local/mascot
bzip2 -d mascot.tar.bz2
tar xvf mascot.tar
bzip2 -d swissprot.tar.bz2
tar xvf swissprot.tar
bzip2 -d PRIDE_contaminants.tar.bz2
tar xvf PRIDE_contaminants.tar* /usr/local/mascot 以外に mascot をインストールした時のみ/usr/local/mascot にインストールされている前提の一部プログラム内容に対応するため、以下コマンドを実行して、シンボリックリンクを作成します。
mkdir -p /usr/local/mascot
chmod 775 /usr/local/mascot
ln -s /opt/mascot/perl64 /usr/local/mascot/** usr/local/mascot 以外に masot をインストールした時の例外処理 終わり

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 8■ 2-2.所有権、書き込み権限の変更/usr/local/mascot 以下のファイル並びにディレクトリについて、 所有権は Apache 関連のユーザーに、実行権は「775」に設定してください。

コマンド例:* Ubuntu/debian 系なら 所有者設定の指定は apache でなく www-data となります。

chown -R apache:apache /usr/local/mascot/*chmod -R 775 /usr/local/mascot/*■ 2-3.インストールスクリプトの実行
ブラウザを起動して、以下の install.html ページへアクセスして MASCOT の初期設定をします。

http://(IP アドレスまたは PC 名)/mascot/install.html“ Web server functioning correctly for documents ” と表示されているかご確認ください。

「Test Perl」ボタンを押してください。

Step 0 : 上記 WEB ページが開くか上記のページが開かない場合、Apache の動作や設定、/usr/local/mascot 以下のファイル/ディレクトリ の所有権や実行権に何か問題がある可能性があります。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 9

Step 1 : Web Server Operation
Step 0 と併せて、Step1 で“Web server functioning correctly for documents”と表示されていれば、WEB Server の設定はひとまず問題ないといえます。
Step 2 : Perl
“Test Perl” ボタンを押してください。以下のように次の画面へ遷移すれば問題ありません。

「Relocate now」ボタンを押してください。

Step 3 : Perl relocation“Relocate now”ボタンを押してください。mascot は自身で使う perl を内包しています。ボタンを押す事で mascot スクリプト内の perl の位置指定を、インストール場所に合わせて書き換えます。

ご利用の形態が single server モードか cluster モードかを選択して、「Configure Mascot」ボタンを押してください。

Step4 : Configuration
MASCOT を単一コンピュータで利用しているか、 cluster システムで利用しているかを選択の上で“Configure Mascot”ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 10

コマンドで mascot サービスを開始後、上記「the Mascot Database Status page」
リンクをクリックして Database status 画面を開いてください。

Step 5 : MASCOT プログラムの始動
上記の画面が出ましたら、クラスターシステムをご利用の方は別紙：「MASCOT_Server_Lin_新規インストールアップ手順_クラスター補足説明」内の、「準備」並びに「補足手順」部分を実行してクラスターシステムに関する設定を行ってください。
クラスターを使用されない方、並びに使用される方で設定が済んだのち、画面内で指示されているようにコマンドプロンプトに戻り、コマンドで（root 権限で,あるいは sudo で）

cd /usr/local/mascot/bin./ms-monitor.exe(あるいは ./mascot start でも良い)と実行して mascot のサービスを開始してください。
開始後、WEB ページ内のリンク「the Mascot Database Status page」をクリックすると以下のようにライセンス登録を求める画面が現れます。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 11

3.

MASCOT Server の ライセンス認証

インストール後、ライセンスの登録と認証が必要となります。ライセンス認証は WEB ブラウザ画面を通 じ て 行 い ま す 。 ラ イ セ ン ス 登 録 と 認 証 は 基 本 的 に オ ン ラ イ ン で 行 う た め 、 MASCOT Server
コンピュータ（あるいは server へ接続している別の PC） をインターネットへ接続した方が簡単に認証できます。但し PC を直接インターネットへ接続できない場合でもインターネットに繋がっている別の PCからライセンスの登録と認証を行う事ができます。

■ 3-1. ライセンス認証の案内画面を表示させる方法
インストール直後に表示されている画面「Mascot Server Product Key Registration」画面から行います。何らかの事情でこの画面を閉じた場合、WEB ブラウザで MASCOT の Home 画面(URL
http://localhost/mascot/index.html など)を開き、database status のリンクをクリックすると、「Mascot Server Product Key Registration」ページに誘導する画面が現れます。

■ 3-2. ライセンス認証サイトへのアクセス方法
ライセンス認証のサイトへアクセスする方法は、操作をしている端末がインターネットへ接続しているかどうかにより対処法が異なります。直接接続できない場合は登録に必要な情報を集めたファイル「registration.xml」をserver から入手しておく必要があります。

■ 認証操作をしているPCをインターネットに繋いでいて直接登録と認証を行う場合：
案内画面内にある「Register Online Now」ボタンを押してください。

← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 12■ 何らかの理由で認証操作をしているPC をインターネットに繋いでいない場合：
案内画面内にある「No Internet connection」をクリックします。

インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合「No Internet connection」をクリック

遷移した画面で「Save Registration File」ボタンを押してregistration.xml ファイルを保存してください。

「 Save Regstration File 」 を ク リ ッ ク し て
registration.xml ファイルを保存

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 13

このファイルをインターネットに接続しているPCへ持ち運びブラウザのアドレス部分にhttp://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力してライセンス登録画面を開いてください。

インターネットにつながっている端末へregistration.xml ファイルを移した後、ブラウザでhttp://www.matrixscience.com/licensing/register へ接続■ 3-3. ライセンス認証
プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お知らせした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

MASCOT Server から直接認証サイトへ繋いでおらず別端末から接続している場合、startボタンを押した後に遷移する画面で以下の操作を追加で行い registration.xml ファイルをアップロードしてください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 14＊別端末でインターネットに繋いでライセンス登録する場合最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れます（下図）ので、registration.xmlファイルをアップロード→ Continueをクリックしてください。

registration.xml を ア ッ プ ロ ー ド 後 、「Continue」をクリック***** MASCOTとは別端末でライセンス登録を行う場合に行う追加の操作 終わり

続いてライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須項目ですので必ず入力してください。入力内容については、次頁図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

[次頁以降続きます]Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 15＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でライセンス登録者とは別の人へライセンスファイルを送りたい場合、「Email address(CC)」欄にメールアドレスを入力してください。
また、ここで入力した人が弊社からの各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせ(英語版)が必要かどうかを選択してください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 16

画面下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して問題ない場合には「I accept the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

「Licence agreement」の内容に問題がなければ、「I accept the terms of the lience agreement」
を選択し、「Create Licence」ボタンを押してください。

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 17

MASCOT Server がインターネットに繋がっている状態でライセンシング作業を行った場合、「savenow」ボタンを押すとライセンスファイルがサーバーに直接保存され、すぐに利用可能な状態になります。

MASCOT Server がインターネットに繋がっていれば、「save now」ボタンですぐにライセンスファイルが所定の場所に保存され、MASCOT が使用可能になります。

直接ライセンスファイルをセットする認証がうまく行くと、遷移画面の 1 行目にその旨メッセージが現れます。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 18

MASCOT server がインターネットに繋がっていない場合、登録メールに添付されたライセンスファイルをネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、licファイルをMASCOTインストールディレクトリ下の、config/licdb以下へコピーしてください。
MASCOTインストールディレクトリは通常 /usr/local/mascotですので、licdb の場所は/usr/local/mascot/config/licdbとなります。ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。バージョンアップ後各データベースの構築が行われ、検索可能になるのに少し時間がかかります。ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

Database Status 画面で、「Licence Info」リンクをクリックし、登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 19

4.

MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開く

新規インストール後「Database Manager」 ページ上で、使用するデータベースについての設定を確認してください。データベースの環境設定を行う画面へアクセスするためには MASCOT のライセンス
登録後 Web ブラウザで Home → Configuration Editor → Database Manager を開きます（下図）。

Home の Configuration Editor -> Database Manager

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 20

設定内容の確認が必要なデータベースが存在する場合、以下のような設定変更画面が現れます。

【選択項目の目安】●カスタムデータベース、公開 DB だが抜き出しルール変更時など→ Keep as Custom● 公 開 デ ー タ ベ ー ス で mascot デ フ ォ ル ト 設 定 準 備 さ れ て い る→ Synchronise with ‘XXXXXXX’

通常は選択項目を変更することなく「Import」を押すだけで OK

初期設定画面で提示されている設定内容は以下の2択です。
-

Keep as Custom: MASCOTの初期設定をそのまま利用します（これでも問題にはなりません）-Synchronise with --: データベースの設定ファイルであるconfiguration.xml ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続けます。

通常は、MASCOTがデフォルトで選択している方をご利用ください。すべてのデータベースで設定が終了したら、画面下の「Import」ボタンを押します。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 21

以下のような設定画面が現れます。

画面表示後、必要に応じて以下の３つの操作を行ってください。

【Proxy設定】 → 「5.ネットワーク・proxyの設定」
ネットワークの設定が正しく行われていない場合データベースファイルの取得が始まりません。Proxy
サーバーなどご利用の場合は後述の「5.ネットワーク・proxyサーバーの設定」をご覧の上設定変更をしてください。
【使用データベースの追加設定】 → 「6.配列データベース・ライブラリの追加」
SwissProt, PRIDE_contaminants 以外のデータベースで、MASCOTが準備している公開データベース・ライブラリに対する設定を使って自動的にダウンロード・データベース構築を行う事ができます。後述の「6.配列データベース・ライブラリの追加」をご覧ください。
【ファイルダウンロードの進捗確認】 → 「7.ファイルダウンロードとデータベース構築確認」
初期設定データベースや上記「6.配列データベース・ライブラリの追加」などで行われたダウンロード・自動更新の進捗状況をご確認する方法については、「7.ファイルダウンロードとデータベース構確認」をご覧ください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 22

5.

ネットワーク・proxy の設定

ご利用のネットワークにて proxy サーバーを使われていない方は特に設定変更する必要はございません。この章は飛ばし次の「6.配列データベース・ライブラリの追加」へお進みください。
ご利用のネットワークにて proxy サーバーをご利用の方は、MASCOT 上で Proxy サーバーの設定が必要です。Database manager 画面左に表示されている各セクションへのリンクで Settings ->Edit Proxy settings と辿り、proxy の設定を行ってください。設定内容は以下図並びに次頁図内に記しています。

現段階でインターネット接続できるかのテスト結果。
接続できていれば「Succeeds」

設定画面は「Edit proxy settings」クリック

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 23

この画面で proxy 設定する場合、”Specify”を選択← Proxy サーバーアドレス 例: http://proxy.mascot.jp/proxy← Proxy ポート。例: 8080

← 認証ユーザー名とパスワード。

使用していない場合、空欄で← FTP や HTTPS の通信にも HTTP proxy を使うかどうかの設定。
よくわからない場合、一旦チェックを外して設定し、うまくいかない場合チェックを入れてお試しください。
← 設定完了後、Save6.

配列データベース・ライブラリの追加

DVD 内に準備されている検索用データベースは SwissProt と PRIDE_Contaminants のみですが、MASCOT 用のデータベースとしてはその他にも公開されているデータベースや、ご自身で作成されたデータベースを使用する事ができます。
こ こ では、 公 開デ ー タ ベ ー スで MASCOT が 既に 設 定内容 を準 備して いる (predefineddefinition)データベースを MASCOT 上で使用可能にする方法についてご紹介します。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 24「Database Manager」の左フレームを御覧ください。
「Fasta」「Library」それぞれに、「Enable predefined definition」という項目があります。
追加したい方の「Enable predefined definition」リンクをクリックしてください（下図）。

配列データベースを追加したい場合、「Fasta」→「Enable predefined definition」をクリック

ラ イ ブ ラ リ を 追 加 し た い 場 合 、「Library」→「Enable predefined definition」
をクリック

MASCOT が既に定義を作成しているデータベース/ライブラリの一覧が現れます（次頁図）。
配列データベース・ライブラリの名称と実態については、MASCOT の HELP ページをご覧ください。

▼弊社 HP のリンク
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup.html
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_library.html

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 25

配列データベース

ライブラリ（一部）Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 26

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリックすると、データベースの置き場所や、（ライブラリの場合）配列データベースとの連携・生物種の設定を選択する画面が現れます。内容を確認したうえで「Create」ボタンを押し、データベースを作成してください。

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリック

配列データベース・ライブラリの置き場所を確認して「Next」（ライブラリの場合）対応データベース（ 通 常 は SwissProt ） や 生 物 種 を設定後、「Create」

設定内容の Summary 画面が現れます。
データベースファイルの取得も自動的に開始されます。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 27■ Predefined definition として準備されている配列データベース(FASTA)
・ contaminants / cRAP
コンタミ（キャリーオーバー含む）、または生体内に頻出し通常解析対象とならないタンパク質をまとめたデータベース。
・ XXXX_ESTEMBL にあるEST データベース(塩基配列)。
<対象生物種リスト:DB名XXXXに該当> Environmental , Fungi, Invertebrates,Mammals, Mus, Plants, Prokaryotes, Rodents, Vertebrates
・ IPI_YYYY
EBIで公開されているタンパク質データベース。2011年で更新が止まっています。
＜対象生物種リスト:DB名YYYYに該当＞ arabidopsis, bovine, chicken , human,mouse, rat, zebrafish
・ NCBIprotNCBIサイトにあるタンパク質のデータベース。以前は「NCBInr」という名称で利用されていました。登録件数が非常に多く様々な点でデータベースの構築時並びに検索時に問題を生じる事もあり、現在は使用しないようお勧めしています。
・ Trembl
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。登録件数がNCBIprotのように多い。
・ SwissProt
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。UniprotKB/Swiss-Protの事。冗長性がなくコンパクトにまとめられています。
・ neXtProt
HUPO の HPP project で使用が推奨されているヒト用のタンパク質データベース。

■ Predefined definition として準備されているライブラリ
設置されているサイト、生物種、測定手法毎にまとめられています。ただしここで記されたすべての組み合わせが存在するわけではありません。

・ サイト
NIST / PRIDE・ 生物種
Human, Mouse, Rat, S.cereisiae, S.pombe, Arabidopsis, B.burgdorferi, B.cereus,

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 28

B.subtilis, C.elegans, Chicken, Drosophila, D.rerio, E.coli, G.sulfurreducens,Soybean, Synechococcus, Synechocystis* 生物種記述のルールに一部統一性がありませんが、ソフトウェアでの表記を優先しています。

・ 測定手法など
IonTrap, HCD, QTOF, iTRAQ, iTRAQ+Phospho

7.など

ファイルダウンロードとデータベース構築確認■ 7-1. ダウンロード進捗の確認
各データベースのダウンロード操作は「task」として扱われます。「Database Manager」画面の左フレーム、 「Running tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています（下図）。
実行したTaskが実行終了の欄へ移行し、「Last message」の欄に「(success)’DB名’successfully updated」と表示されればダウンロード終了です。

実行待ち→実行中 →(Success)’DB 名’ successfully updatedと表示されたら成功

実行終了→

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 29■ ７-2. ファイルの変換・検索テスト進捗の確認
ファイルダウンロードが終了後、MASCOT Serverプログラム側(ms-monitor.exe) が自動的にダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようファイル変換を行います。変換状況は、
Database Status (Home -> Database Status)でデータベース毎に確認できます（下図）。
各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_ (バージョンまたは日付) .fasta と 表示されています。後部の (バージョンまたは日付) の記述部分でデータベースの新しさを確認してください。
また「Status」項目ではデータベースの現状を確認できます。

ダウンロード後のファイル変換作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれています
Status が 「 In use 」 に な れ ば構築完了です。

ファイルダウンロード後のデータベース再構築ですが、「1.データベースの構築」→「2.検索テスト」→「3.使用可能 (In use)」という過程を経ます。Statusの表示が「Creating compressed files N%」 となっている場合、step1 のデータベースを構築中です。また status 表示が「Running 1st test」の場合は、step2 の検索テスト実行中です。これらの表記は特に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度ご確認Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 30ください。同じエラーが出た場合、status 項目のすぐ隣に現れているハイパーリンク「compressionwarning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたらエラーメッセージの内容と共に弊社までご連絡ください。

前頁例のPRIDE_Contaminantsのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例の上図では、日付が20160906のStatus 項目は「Not in use」となっています。一方より新しい20160908の方は「In use」となっています。これは20160906の方は既に使用されておらず、新しい20160908の方が現在使用可能となっている事を表しています。ダウンロードを開始したデータベースについて、Statusが「In use」になるまでお待ち下さい。

8.

MASCOT Server の動作確認
すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、弊社からは以下 2 つの確認を提案いたします。

8-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
8-2. 検索テスト■ 8-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
Home から「Database Status」 のハイパーリンクをクリックします。

Home の Database Status をクリック

Database

Status

画 面 に て 、各データベースの「Status」項目を見ます。右図のように「In Use」であれば問題ありません。
database status に つ い て の
詳細は前ページ「7-2.ファイルの変換・検索テスト進捗の確認」も併せてご覧ください。

各データベースの Status 項目が”In Use”であるかをチェック。Halted なら PC 再起動

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 31■ 8-2. 検索テスト
検索のテストについては、今後実施予定の方法で検索してください。手元に適切なデータがない場合、DVD の mskk/sampledata の中に含まれている各種 mgf ファイルを使って検索を試みたり、質量分析装置の付属ソフトウェアからの検索を行ってみてください。あるいは repository site(PRIDE など)からファイルを取得してテストする事も可能です。
うまくいかない場合、次頁の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じるかご確認ください。

[検索でエラーとなる場合にお試し頂きたい事]

1. すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(チェックすべきポイントは P.29～をご参照ください)。また問題が生じているデータベースの名称を確認するとともに、MASCOT Server の logs ディレクトリにある、monitor.log,errorlog.txt ファイル内に該当データベースに関するメッセージがないかご覧ください。ご不明な場合はこれらのファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。

上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。関連のありそうな項目について簡単にご確認頂いた後、お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

Mascot Server version 2.8 Linux 版 新規インストール手順 32

9.

MASCOT Daemon インストール （別資料）

質量分析装置付属のソフトウェアから検索するケースでない場合、バッチ処理に便利な MASCOT
Daemon の使用もお勧めいたします。Daemon のアップグレード手順に関しては

別資料「Mascot

Daemon マニュアル」
URL: http://www.matrixscience.co.jp/supportpdf/MASCOTDaemon_ver28_manual.pdfの「2.インストールと環境設定」-「2.2 新規インストール」にまとめてありますのでそちらをご覧ください。

● 技術サポート
インストールに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
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