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speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更について

speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt
データベースの再構築と設定変更について

１．はじめにMASCOT にて Taxonomy 設定に利用していた speclist.txt ファイルのフォーマットが変更された
ため、SwissProt のバージョン 2011_06 更新後、taxonomy を選択して SwissProt で検索をしても結果がでない（Wot? No Results と表示される、下図）問題が発生しています。

今後リリース予定の MASCOT ver 2.4 以降ではこの問題に MASCOT プログラム側で対処する予定です が 、 現 在 MASCOT ver 2.3 以 下 を ご 利 用 の 方 が 問 題 を 解 決 す る た め に は 、 弊 社 で 修 正 し た
speclist.txt を MASCOT サーバーの所定の場所にコピーし、SwissProt データベースを再度構築する必要があります。また、問題解決後再び同じ問題が起きないよう、speclist.txt の入手先を弊社サイトに変更するよう、設定を変更する必要があります。

本資料では修正版 speclist.txt ファイルの入手並びに SwissProt データベースの再構築方法（項目２）と、データベース自動更新プログラム db_update.pl が speclist.txt を入手する先を EBI から弊社サイトへと変更する設定方法（項目３）について記しています。

最新の情報が弊社 WEB サイトにおいても公開されております。そちらも併せてご参照ください。

http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_Sprot.html

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２． 修正版 speclist.txt ファイルの入手、並びに SwissProt データベースの再構築方法
ファイルの入れ替えとデータベースの再構築は、以下の手順で行います。

① 修正版 speclist.txt ファイル取得④.stats ファイルの削除② speclist.txt ファイルの入れ替え⑤

MASCOT サービスの開始

MASCOT サービスの停止⑥

データベース構築の確認、検索テスト③① 修正版 speclist.txt ファイル取得
以下の URL（弊社 WEB サイト）から speclist.txt ファイルを取得します。

http://www.matrixscience.com/downloads/speclist.txt
ウェブブラウザで直接上記 URL を開いた場合、テキストファイルが開かれた状態になると思いますが、「保存」「名前をつけてページを保存」などで当該ファイルをそのまま保存してください（下図）。

ブラウザで直接入力するのが苦手な方は、以下のリンクをたどりファイルを入手してください。

www.matrixscience.com のページ（キーワード ’mascot’検索するとだいたいトップで出てきます）→HELP→Sequence Database Setup → SwissProt*ローカルの MASCOT Server でなく、公開 WEB サイトの方です。間違えないようにしてください。

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speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更について

画面上部の「speclist.txt」ハイパーリンクを右クリックし、「対象をファイルに保存」「名前をつけてリンク先を保存」を選びます（下図）。

② speclist.txt ファイルの入れ替え
MASCOT サーバー上の、MASCOT がインストールされているフォルダ（通常 C:¥netpub¥mascotフォルダ）以下、taxonomy フォルダ内の speclist.txt ファイルについて、バックアップを取った上で、①で取得したファイルと入れ替えます（下図）。入れ替えは上書き置換などで行います。

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4speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更について③ MASCOT サービスの停止

MASCOT のサービスを停止します。
操作例）プログラム→MASCOT → config→Stop MASCOT Service④ .stats ファイルの削除
MASCOT サーバー上の、MASCOT がインストールされているフォルダ（通常 C:¥netpub¥mascotフォルダ）以下、sequence¥SwissProt¥current フォルダを開き、SwissProt_2011_06.stats ファイ
ルを削除します。

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5speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更について⑤ MASCOT サービスの開始
MASCOT のサービスを開始します。
操作例）プログラム→MASCOT → config→Start MASCOT Service⑥ データベース構築の確認、検索テスト
サービス開始後、SwissProt データベースの再構築が始まります。再構築の状況を確認するためには、Database Status 画面を開き、SwissProt の Status 項目をご覧ください。
Database status 画面へのアクセス方法は以下の通りです。

MASCOT の Home 画面を開き、「Database Status」をクリックします。

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speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更について

Name 項目が “SwissProt”の箇所を探します。SwissProt の中身に関する内容が書かれています。
Status 項目はデータベースの現状を表しており、サービス開始後まもなくは”Creating compressed
files N % complete”となっているはずです。これはデータベース構築中であることを表しています。

最終的に Status 項目が”In Use”となれば構築完了,使用可能です。

Status が In Use になったのち、確認のため検索テストを行ってください。テスト時は何かしらのtaxonomy を選択した上で検索を行ってください。

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３．データベース自動更新プログラム db_update.pl が今後 EBI で公開している speclist.txt を取得しないようにする設定方法

項目２の処置を行いデータベースが正常に動作した後も、データベースの更新を行い speclist.txt が新しくなると再び同じ問題が起きてしまいます。今後問題を発生させないためにはデータベースの更新を止めるか、以下のようにデータベースの自動更新プログラムの内容を一部書き換えてください。

MASCOT サーバー上の、MASCOT がインストールされているフォルダ（通常 C:¥netpub¥mascotフォルダ）の bin フォルダを開き、db_update.pl のバックアップを取った上で、db_update.pl をテキストエディタで開きます。db_update.pl をテキストエディタで開く方法は、ファイルを選択し右クリックして「編集」を選択するか、プログラムから開く→「メモ帳」または「ワードパッド」を選びます。

＊ NotePad,WordPad どちらでも OK です。

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speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更についてSwissProt 更新時に speclist.txt ファイルを取得するサイトを、EBI から MatrixScience 社のサイトに変更します。
ファイル取得の記述箇所を見つけるため検索機能を使います。ファイルを開いた後、Ctrl+F またはメニューバーから「検索」を選びます。検索欄に、「SwissProt_complete」と入力し、検索を実行します。

検索後最初に SwissProt の更新に関する記述場所が見つかります。

$taxonomy_file_url[1] をご覧ください。取得するファイルが"ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/docs/speclist.txt";となっていますが、これを“http://www.matrixscience.com/downloads/speclist.txt”;に変更します。特に、行最後の ’ ; ’ を忘れないよう、ご注意ください。

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9speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更についてさらに続けて、「# Only」を検索します。「#」と「Only」の間にはスペースが入りますのでご注意ください。

検索後表示される行「# Only use --ignore-length option if desperate」の１つ上の行、$sysCall .= " --directory-prefix=$download_directory";」を書き換えます。元々あった行「の先頭に「#」をつけてコメントアウトした後、以下の例のような６行を追加します。行は直接入力か、コピー&ペーストで貼り付けてください。難しく感じられるようでしたら、弊社の技術サポートまでご連絡ください。ご連絡頂く際には、MASCOT の標準フォルダ(デフォルトは C:¥inetpub¥mascot ) の場所も合わせてご連絡ください。

【変更前】$sysCall .= " --directory-prefix=$download_directory";# Only use --ignore-length option if desperate# if ($url =~ /^http:/i) {

【変更後】

#

$sysCall .= " --directory-prefix=$download_directory";
if ($remoteName=="speclist.txt") {$sysCall .= " -O $download_directory"."/$remoteName";$sysCall =~ s#¥¥#/#g;}else {$sysCall .= " --directory-prefix=$download_directory";}# Only use --ignore-length option if desperate# if ($url =~ /^http:/i) {最終的には次ページ図のようになるかと思います。
(図は挿入場所を分かりやすくするため###などの行も追加されています。)

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10speclist.txt ファイルフォーマット変更に伴う SwissProt データベースの再構築と設定変更について変更後、ファイルを上書き保存します。

作業はこれで終了です。更新プログラムがうまく動くかどうかについては、１カ月後のデータベース更新にてご確認ください。

資料は以上です。
ご丌明点などありましたら技術サポート担当者にご連絡ください。

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