Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 1

Mascot Server 2.4

配列データベースの手動更新● はじめにMASCOT Server でデータベースファイルの自動更新設定が正常に動作しない場合、ファイルを自身で取得し MASCOT Server の所定の位置にファイルを配置する事でデータベースファイルを更新する事ができます（この操作の事を「データベースの手動更新」と呼んでいます）。
以下手動更新の具体的な方法について、NCBInr, SwissProt のデータベース別にご説明いたします。

●NCBInr 手動更新

□ ファイル取得
始めに以下の３つのファイルを WEB ブラウザ等でダウンロードします。ダウンロード先はデスクトップにせず、C:¥temp¥download等のフォルダを作成しそこへ直接ダウンロードするようにしてください。

【FASTA】
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/db/FASTA/にある「nr.gz」ファイル【taxonomy 1】
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/にある、「gi_taxid_prot.dmp.gz」ファイル【taxonomy 2】
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/にある、「taxdump.tar.gz」ファイル＊各操作で一度でもデスクトップやマイドキュメント、各ユーザーの download フォルダなど、使用ユーザー固有のセキュリティ権限に設定されているフォルダにファイルを置いてしまうと、ファイルセキュ
リティ権限の問題で MASCOT における検索が正常に動作しない事があります。ダウンロードの際も必ずデスマトリックスサイエンス株式会社

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クトップ等を避け、 C:\temp\download や C:\inetpub\mascot\mskk\download など、セキュリティに問題が出ないフォルダを指定するようにしてください。

【ブラウザ操作によるファイルダウンロード操作例】

アドレス部分を入力し…

対象ファイルを選んで右クリック「名前を付けてリンク先を保存」など

デスクトップや「ダウンロード」フォルダ以外の場所に保存します。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 3□ ファイル解凍
ダウンロードしたファイルを解凍します。圧縮形式「gz」は Windows の標準機能で解凍する事ができません。解凍を行うソフトウェアをお持ちの場合それをお試しください。弊社も手軽に使用できる解凍ソフトを準備しておりますので、以下そのソフトウェアを使った操作例を記します。

MASCOT の mskk フォルダ、または インストール DVD 内に入っている解凍プログラム「 ERANGE.EXE 」 （ イ ン ス ト ー ル 丌 要 、 イ ン タ ー ネ ッ ト か ら 取 得 す る 場 合
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se094501.html）をダブルクリックして、「書庫名と同名のフォルダを作る」にチェックを入れてください（例：下図）。

圧縮ファイルを「ERANGE.EXE」にドラッグ＆ドロップで重ねるだけで解凍が開始し、ファイルとと同名のフォルダが作成されます。フォルダ内に解凍ファイルが作成されます。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 4□ ファイル名の変更
解凍して得られたファイルのうち、「nr」フォルダ内の「nr」ファイルの名称を nr から「NCBInr_yyyymmdd.fasta」 に変更します。

* yyyymmdd 部分はダウンロードした日付です。例)2012 年 12 月 17 日→20121217□ ファイルの移動展開して得られたファイルを以下のフォルダへ移動します。
ファイル

移動先のフォルダ

「taxdump」フォルダ内複数ファイルすべてとC:\inetpub\mascot\taxonomy「 gi_taxid_prot.dmp 」 フ ォ ル ダ 内 の「gi_taxid_prot.dmp」ファイル
NCBInr_yyyymmdd.fasta

C:\inetpub\mascot\sequence\NCBInr\current

taxonomy フォルダへカット＆ペーストしたファイルは上書き保存するか尋ねられると思いますが、「はい」を選択し上書きしてください。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 5□ Database Status での確認
Web browser で Home

→ Database Status を開きます。

以下のように、一連の作業で current フォルダに置いた NCBInr のデータベースファイルがMASCOT に認識され、データベースの構築中(Creating compressed files N% complete)になっていればＯＫです。「Status」項目が “In Use”になれば構築が完了です。In Use になるまでの時間は環境により変わりますが、30 分～1 時間程度とお考えください。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 6● SwissProt 手動更新
□ ファイル取得
始めに以下の５つのファイルを WEB ブラウザ等でダウンロードします。ダウンロード先はデスクトップにせず、C:¥temp¥download等のフォルダを作成しそこへ直接ダウンロードするようにしてください。

【FASTA】
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/にある「uniprot_sprot.fasta.gz」ファイル【dat】
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/にある、「uniprot_sprot.dat.gz」ファイル【nam】
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/にある、「reldate.txt」ファイル【taxonomy 1】
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/taxonomy/にある、「taxdump.tar.gz」ファイル【taxonomy 2】
http://www.matrixscience.com/downloads/speclist.txtにある、「speclist.txt」ファイル* 上記 URL をそのまま入力し、web browser で開いたページをファイル保存します。

＊各操作で一度でもデスクトップやマイドキュメント、各ユーザーの download フォルダなど、使用ユーザー固有のセキュリティ権限に設定されているフォルダにファイルを置いてしまうと、ファイルセキュ
リティ権限の問題で MASCOT における検索が正常に動作しない事があります。ダウンロードの際も必ずデスクトップ等を避け、 C:\temp\download や C:\inetpub\mascot\mskk\download など、セキュリティに問題が出ないフォルダを指定するようにしてください。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 7【ブラウザ操作によるファイルダウンロード例】

アドレス部分を入力し…

対象ファイルを選んで右クリック「名前を付けてリンク先を保存」などデスクトップや「ダウンロード」以外の場所に保存します。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 8□ ファイル解凍

ダウンロードしたファイルを解凍します。ただし解凍が必要なのは、5 ファイルのうち「uniprot_sprot.fsata.gz」、「uniprot_sprot.dat.gz」「taxdump.tar.gz」の３つで、後の二つは解凍する必要はありません。また、圧縮形式「gz」は Windows の標準機能で解凍する事ができません。解凍を行うソフトウェアをお持ちの場合それをお試しください。弊社も手軽に使用できる解凍ソフトを準備しておりますので、以下そのソフトウェアを使った操作例を記します。

MASCOT の mskk フォルダ、または インストール DVD 内に入っている解凍プログラム「 ERANGE.EXE 」 （ イ ン ス ト ー ル 丌 要 、 イ ン タ ー ネ ッ ト か ら 取 得 す る 場 合
http://www.vector.co.jp/soft/win95/util/se094501.html）をダブルクリックして、「書庫名と同名のフォルダを作る」にチェックを入れてください（例：下図）。

圧縮ファイルを「ERANGE.EXE」にドラッグ＆ドロップで重ねるだけで解凍が開始し、ファイルと同じフォルダに回答ファイルと同名のフォルダが作成されます。

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Mascot Server 2.4 配列データベースの手動更新 | 9□ ファイル名の変更
ファイルのうち、以下の３つのファイルの名称を変更してください。
・「uniprot_sprot.fsata」フォルダ内の「uniprot_sprot.fsata」ファイル→ SwissProt_YYYY_MM.fsata* YYYY_MM 部分はダウンロードした年と月。例) 2012_12 →2012 年 8 月

・「uniprot_sprot.dat」フォルダ内の「uniprot_sprot.dat」ファイル→ SwissProt_YYYY_MM.dat

・「reldate.txt」ファイル→ SwissProt_YYYY_MM.nam

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□ ファイルの移動展開して得られたファイルを以下のフォルダへ移動します。taxonomy フォルダへカット＆ペーストしたファイルは上書き保存するか尋ねられると思いますが、「はい」を選択し上書きしてください。
ファイル

移動先のフォルダ

「taxdump」フォルダ内複数ファイルすべて

C:\inetpub\mascot\taxonomyと「speclist.txt」ファイル
SwissProt_YYYY_MM.fsata

C:\inetpub\mascot\sequence\SwissProt\current

SwissProt_YYYY_MM.dat
SwissProt_YYYY_MM.nam□ Database Status での確認
Web browser で Home

→ Database Status を開きます。

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以下のように、一連の作業で current フォルダに置いた SwissProt のデータベースファイル
が MASCOT に認識され、データベースの構築中(Creating compressed files N% complete)になっていればＯＫです。「Status」項目が “In Use”になれば構築が完了です。In Use になるまでの時間は環境により変わりますが、10 分～25 分程度とお考えください。

● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

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