MASCOT SERVER MIS
トレーニング資料
2023.2.16 更新■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマットとデータ変換

Volcano plot
まとめ、または図の補足説明■ パラメーターと検索方法■ 結果画面■ ペプチド同定→ 3-1 (P.34～)
日本語マニュアルの該当ページ
×対応するスライド番号1←スライド番号

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS検索のオプション■管理プログラム・カスタマイズ

MASCOT Server とは→ 1-1 (P.1～)
・質量分析装置のデータをもとに、ペプチド配列あるいはタンパク質を同定するソフトウェア(検索エンジン)■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定

・入力と参照先、出力- 入力データ : 質量分析装置から得られたスペクトル情報- 参照先: 配列から計算された理論スペクトル（オプションで過去の実測スペクトルも可)- 出力データ : 同定ペプチド・同定タンパク質の情報■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverはウェブアプリケーション

2

補足説明 : ショットガンプロテオミクス
ゲル切片
生体試料

タンパク質抽出

1

分離

2
LC 分離
消化

2

1
1
1

1 3 1 2

質量分析
1段階目

2

複数タンパク質由来のペプチドが混合MIS
MascotServer

2段階目

2
プレカーサー
マススペクトル

TIC クロマトグラム

プロダクトイオン
マススペクトル

複数のペプチド配列同定
複数のタンパク質同定

・タンパク質は最初の分離で数十～数百 混ざった状態
・ペプチドになってから分離（ペプチド同定は他のペプチドの影響を受けない）
3

Mascot Server■ MASCOT Serverとは- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverは
ウェブアプリケーション- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定■ 検索方法MASCOT Serverでできる事・まとめ①→ 1-2 (P.1～)

定性ペプチド断片の配列決定
タンパク質の同定■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

修飾の種類・位置■結果画面■ペプチド同定

オプションで、ペプチド断片配列決定において以下２点も実施可能
・ アミノ酸置換の探索
・ クロスリンクペプチドの探索■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ4

定量

タンパク質の相対量（比）または定量指標＊ Spectral Counting/isobaric tag など限定的な手法＊ ＋Distiller で、isotopicな各種手法にも対応

MASCOT Serverでできる事・補足図→ 1-2 (P.2～)(限定的だが)定量に関する情報

同定タンパク質のリスト

修飾

同定ペプチド5

Mascot Server■ MASCOT Serverとは- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverは
ウェブアプリケーション- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定

MASCOT はウェブアプリケーション
MASCOT Server は
WEBアプリケーション

インターネット

MASCOT がインストールされているコンピュータ、あるいはネットワーク上の離れたコンピュータ、どちらからでもMASCOT Server を利用可能■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

イントラネット(組織内)■検索パラメーター

Ethernet
ポート１
実験室の閉じたネットワーク■結果画面→ 2-1 (P.4～)

質量分析計

制御・解析用PC■ペプチド同定
Ethernet
ポート２■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ
6

利用者 PC(クライアントソフトウエア)

利用者 PCMASCOT Server
イントラネット側のネットワーク
実験室側のネットワークには接続できない(クライアントソフトウエア)

実験室側の閉じたネットワーク
イントラネットはインターネットに接続できない

Mascot Server■ MASCOT Serverとは- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverは
ウェブアプリケーション- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定

ネットワーク上でMASCOT Serverを指定→ 4-1 (P.12～)
・自分自身あるいは別のコンピューターからMASCOT Server をURLで指定■ 検索方法URLの記述 :■ 対応フォーマット・
データ変換

http://(computer 名)/mascot/
http:// (IP アドレス )/mascot/■検索パラメーター■結果画面

例 : http://mascotserver/mascot/
例 : http://192.168.100.222/mascot/・Serverがインストールされているコンピュータでは「localhost」を利用可能（下図）■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ7

Mascot Server

検索方法■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換→ 4 (P.12～)

・検索を実行する方法 : 以下３種類

変換済みファイルをWEBブラウザで検索■検索パラメーター■結果画面

Daemonを使ってrawデータを直接検索■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証

質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ8

・検索方法により準備するデータが異なる
検索方法

準備するデータ

WEBブラウザー

mgf (またはmzML)

Daemonmgf ,mzML,rawデータ

質量分析装置メーカーのソフトウェア経由

データ準備の必要なし

Mascot Server

変換済みファイルをWEBブラウザで検索■ MASCOT Serverとは→ 4-2-2 (P.14～)■ 検索方法- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ 対応フォーマット・
データ変換

②
③

⑤

① ピークリストファイルを準備② ブラウザを開きURLを指定してMASCOT Serverへアクセス■検索パラメーター■結果画面③ Home -> Access MASCOT
Server■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証④ 「MS/MS Ions Search」の「Perform Search」■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション⑤ 検索パラメータ並びに入力データを指定■ 管理プログラム・
カスタマイズ④
9⑥ Start Search ボタンで検索開始⑥

Mascot Server■ MASCOT ServerとはDaemonでrawデータを直接検索→ 4-3 (P.14～)■ 検索方法- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定① Daemonを起動② Parameter Editorタブで検索条件を指定し、条件をファイルで保存するため「Save 」または「Save As」③ Task Editor タブでタスク名、検索対象のファイル、パラメーター
ファイルを指定④ 「Data import filter」で変換プログラム [MASCOT Distiller] または[ProteoWizard msConvert]を選択、隣の「options」ボタンでファイルフォーマットなどを指定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ⑤ Task Editorで「Run」を押すと検索実行⑥ Statusタブに進捗が表示。検索完了すると結果へのURLが表示されるのでクリック

10補足説明 : Daemonでrawデータを直接検索_図→ 4-3 (P.15～)
②
①
⑤

③
③

③

④

⑥

11

Mascot Server

質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ MASCOT Serverとは■ 検索方法→ 4-4 (P.17～)- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索

・ 質量分析装置には、概ね解析ソフトウェアがついています。

■ 対応フォーマット・
データ変換・ 装置メーカーソフトウェアとMASCOT Serverは基本的に別のコンピュータにインストールされています。

■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定・ 装置メーカーソフトウェア上で、MASCOT ServerをURL指定します。
・ 接続の前に、装置メーカーソフトウェアがインストールされている
コンピュータからWEBブラウザでMASCOT Serverへ
アクセスできるかのテストを行ってください。

■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ12・ 装置メーカーソフトウェアからMASCOT Serverに行った検索はすべてMASCOT Serverにも検索ログが残ります。

ご利用方法の詳細は質量分析装置メーカーのサポートにお問い合わせください。

Mascot Server

入力データの準備 : 対応フォーマット・データ変換■ MASCOT Serverとは→ 3 (P.7～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面

MASCOT 検索を行う前に、装置のrawデータを判読可能で必要な情報のみ抽出したデータに変換する必要があります。
MASCOT Server 自身ではrawデータを変換する事はできません。

■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証

抽出されている情報■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ

対応する主なファイルフォーマット: mgf
Rawデータ変換プログラム

13

Mascot Server

抽出されている情報■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換- 抽出されている情報- 対応する主なファイル
フォーマット : mgf- rawデータ変換プログラム

・ 測定データから検索に必要な情報を抽出- プレカーサーマススペクトル→ ペプチドの質量 (m/z と電荷)■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定- プロダクトイオンマススペクトル→ ノイズをカットし、フラグメント
由来のピークを選択■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ14- ペプチド同定には RT 情報不要 (一部解析除く)→ 3-1-2 (P.9～)

Mascot Server

対応する主なファイルフォーマット : mgf■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換- 抽出されている情報- 対応する主なファイル
フォーマット : mgf- rawデータ変換プログラム■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ→ 3-1-3 (P.9～)
BEGIN IONS
TITLE=1: Scan 2 (rt=182.28)
PEPMASS=817.44 123456
CHARGE=2+
566.70161 445127.71
734.56885 253205.82
1092.2019 445679.33…….
1426.779 1569294.9
1847.8916 3574730.8
END IONS

BEGIN IONSで始まり、END IONSで終わる

プレカーサーマススペクトル(MS1)由来の情報① ペプチドの質量を計算(817.44-1.0067)*2 = 1632.866

プロダクトイオンマススペクトル(MS2)由来の情報② プロダクトイオンマススペクトル、ノイズ等をカット。理論フラグメント質量とのマッチングに利用* mgf以外の対応フォーマットについては、3-1-4(P.10～) 参照のこと

15

補足説明 : mgfは複数queryを1ファイル内に含む→ 3-1-3 (P.10～)
蛋白質分離・酵素処理

生体試料

1

2
2a

2
b

1
a

LC分離

BEGIN IONS

2a
2b

1
b

pepmass=
charge=….

END IONS

MS1, MS2 測定
1a2a

BEGIN IONS

MS1

MS1

pepmass=
charge=
….

MS2

MS2

END IONS

1b2b

BEGIN IONS

MS1

MS1

pepmass=
charge=….

MS2
16

mgf ファイル

1b

1a

MS2

END IONS

サンプルに含まれる複数のペプチドのスペクトルデータが１ファイルにまとめられている

Mascot Server

rawデータ変換プログラム→ 3-2 (P.11～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換- 抽出されている情報- 対応する主なファイル
フォーマット : mgf- rawデータ変換プログラム

ProteoWizard msconvert• プロテオームデータ解析向け、オープンソースでクロスプラットフォームのツールまたはライブラリ• msconvertGUI.exeというプログラムを起動してプログラム内でmgfを作成したり、MASCOT Daemonと組み合わせて利用する事も可■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証

MASCOT Distiller• 弊社が販売しているソフトウェア。MASCOT Server/Daemonといった弊社取り扱いソフトウェアとの連携の良さや多価フラグメントピーク
データも検索に組み込む事ができるのが特徴■ タンパク質同定

質量分析装置付属のソフトウェア■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ• ほとんどの質量分析装置付属のソフトウェアではmgfファイル（ピーク
リストのテキストファイル）やmzMLフォーマットに出力が可能

17

Mascot Server

検索パラメーター■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換→ 5 (P.18～)
・ 参照先の配列データベースの各エントリーについて、理論ピークリストを作成する際、並びにマッチングの条件指定に検索パラメーターの情報を利用■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定・ MASCOT Server local版では各種カスタマイズが可能
・ 「データベースにないタンパク質・ペプチド」は見つからない■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション

・ データベースの種類と特徴

検索パラメーター一覧■ 管理プログラム・
カスタマイズ

カスタマイズ可能な項目
18

データベース→ 5-3 (P.27～)

検索パラメーター 一覧

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター- 検索パラメーター 一覧- カスタマイズ可能な項目- データベース■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ19

補足説明 : 検索パラメーター各項目について
No

項目名

説明

1

Your name

ユーザー名

2

Email

電子メール。但しlocal版ではメモとして使用可能

3

Search title

検索タイトル

4

Database

検索対象のデータベース

5

Taxonomy

生物種絞り込み

6

Enzymeタンパク質の切断パターン

Allow up to

Enzyme設定について、切断箇所と認定された箇所を見逃し連結したペプチドを作成する事ができるが、何度まで見逃すことを許容するか

7

8
9

20

Quantitation
Crosslinking

No

項目名

説明

No

10

Fixed
modifications

修飾、対象のすべてのアミノ酸について指定した内容に質量が変更

19

Precursor[通常使用されない]ピークリス
トにprecursor のm/z情報がない場合に割り当てる値

11

Variablemodifications

修飾、修飾がつくパターンとつかないパターンの両方を考慮

20

Instrument

理論フラグメント作成を行う
イオンシリーズの定義セット

12

Peptide tol.±ペプチドの実測値と理論値の
誤差範囲

21

Error tolerant

拡張２段階検索の実施

13

#13C

13Cを含むペプチドの補正

22

Decoy

Decoyへの計算とFDR算出の実施

14

MS/MS tol. ±フラグメントの実測値と理論値
の誤差範囲

23

Target PSM
FDR

同定基準としてのPSM FDR
の設定値

15

Peptide charge[通常は使用されない]ピーク
リストに電荷情報がない場合に割り当てる電荷の情報

24Start Search

検索開始

16

Monoisotopic/
Average

アミノ酸の質量計算を
Monoisotopic で行うか、
Averageで行うか

25

Reset Form

パラメータ設定を初期地に戻す

17

Data file

検索queryとなる入力データ

18

Data format

入力データのフォーマット

タンパク質の定量計算
リンカー又は共有結合で結合したペプチドの検索

項目名

説明

好ましい
デフォルト設定について→ 口頭で説明Mascot Server

カスタマイズ可能な項目■ MASCOT Serverとは→ 5-4 (P.33～)■ 検索方法Databases
Taxonomy
EnzymeQuantitation
Crosslinking
Modification
Instrument■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター- 検索パラメーター一覧- カスタマイズ可能な項目- データベース■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ

ほとんどの設定はConfiguration Editor(Home -> configuration Editor)で行います。各設定画面は「13. MASCOT Serverのカスタマイズ(P.113～)」をご覧ください。

21
21

Mascot Server→ 5-5 (P.34～)

データベース■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ネットワーク・
検索方法■検索パラメーター- 検索パラメーター一覧- カスタマイズ可能な項目- データベース■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証

・ 大きく分けて３種類のデータベースを使用可能
- AA
- NA
- SL

: Amino Acid
: アミノ酸配列: Nucleic Acid
: 核酸配列: Spectral Library : ピークリスト/過去に測定したペプチドのフラグメントピーク

・使用しているデータベースの更新や新規追加は「Database Manager」で・「データベースにないタンパク質・ペプチド」は見つからない・ ユーザーが適切なデータベースを選択しなければならない■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ22* Uniprotで生物種別に分けられた
データベース・ 1st チョイスは「SwissProt」。→だめなら「UP_NNNN_BBBBB」
・ MASCOTで準備しているPredefined データベース がある（次頁）補足説明 : Predefined Database について 1■ SwissProt : AA
http://www.expasy.org/sprot/
Uniprot データベースの中の１つ、タンパク質配列を集めたデータベース。各エントリーに対して、
機能・ドメイン構造・修飾・バリアント・論文情報・他データベースへのリンク、など、精査された
アノテーション情報が手動で付与されています。配列の冗長性はできるだけ無いように調整されていて、2023年2月時点で 568,744 件のデータが登録。最初に選ぶデータベースとして最適です。
■ Uniprot proteomes : AA → MASCOTデータベースでは UP_N_B と表記 (Nは番号、Bは生物種)
https://www.uniprot.org/
手動アノテーションされた上記 Uniprotに加え、自動かつ精査無しのデータベースTrEMBL の内容も併せた
データベース。TrEMBLの方がSwissProtに比べ圧倒的にエントリー数が多く、2023年2月版で219,174,961 件のデータが登録。SwissProtのみに比べ配列のカバー範囲が広く、SwissProtでマッチしなかった場合の次の選択肢に最適です。
■ NCBIprot (旧名称 NCBInr) : AA
NCBI(National Center for Biotechnology Information)で公開されているタンパク質データベース「nr」。
「nr」とは「non-redundant」の略ですが、実際にはほぼ同じ配列のデータが数多く登録されており、それが膨大なエントリー数の要因となっています。現在は使用をお勧めしていません。
23

補足説明 : Predefined Database について 2■ XXXXX_EST (Human_ESTなど) : NA
ESTとはExpressed Sequence Tag の事で、cDNAライブラリの部分配列にあたります。
mRNAレベルでの塩基配列情報が含まれているデータベースで、タンパク質データベースでは見つからないようなペプチド配列などが検出される事が期待されます。
一方でマッチしても次のステップに進みにくいため、目的をもって利用される事をお勧めします。

■ NIST_XXXX_YYYY (NIST_Human_HCD など) : SL
ピークリスト（過去に測定したペプチドのフラグメントピークの情報）データベースで、NIST（National Institute of Standards and Technology）にて公開しているものです。
■ PRIDE_XXXXX (PRIDE_Human など) : SL
ピークリスト（過去に測定したペプチドのフラグメントピークの情報）データベースで、
data repository siteのPRIDE（Proteomics IDEntification database）にて公開しているものです。

24

検索前のまとめ : 具体的な検索方法の確認
URL http :///mascot/(index.html)

検索方法

データの種類

rawデータ変換方法• □WEBブラウザ• □Daemon• □メーカーのソフトウェア()• □mgf• □raw• □その他(mzMLなど)• □ 気にしなくて良い• □最初からmgf• □ProteoWizard• □Distiller• □その他()(ソフトから直接検索)

その他• [注意事項など]

WEBブラウザ→ スライド 9
Daemon→ スライド 10
メーカーのソフトウェア → スライド 1225

表示例の検索について

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 7-1 (P.48～)■ 検索方法

設定項目■ 対応フォーマット・
データ変換[入力データ]query数 :33,191■検索パラメーター■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力■ペプチド同定[同定数]
同定スペクトル数 :2,812
同定タンパク質数 :
480 (448グループ)

EnzymeFixed Modification
Variable Modification

設定内容
Trypsin/P
iTRAQ4plex(K),
iTRAQ 4plex(N-term),
Methylthio(C)Acetyl(Protein N-term),
Gln->pyro-Glu(N-term Q),
Oxidation(M)Peptide tol.±

0.9 DaFragment
mass tolerance ±0.6 DaMissed cleavage

1

Instrument

ESI-TRAP■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ26[公開サーバー]http://www.matrixscience.com/cgi/master_results_2.pl?file=../data/F981139.dat[ローカルサーバー]
http://localhost/mascot/master_results_2.pl?file=../data/F981139.dat

結果画面で確認したい事

Mascot Server■ MASCOT Serverとは[入力データ]■ 検索方法query数 :33,191■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力■ペプチド同定

1. 検索query数
2. 同定ペプチド数
3. 同定タンパク質（グループ）数
4. 同定タンパク質の具体的な内容
5. タンパク質にアサインされているペプチド[修飾など]
6. スペクトルとペプチド理論値のマッチング状況■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定7. 結果ファイルの出力■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ[同定数]
同定スペクトル数
2,812
同定タンパク質数480 (448グループ)

27

検索query数,各項目の場所

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 7-2 (P.48～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換→7. 結果ファイルの出力 (1)■検索パラメーター

結果画面下部→ 3.同定タンパク質(グループ)数■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力→ 1. query 数→ 4.同定タンパク質の具体的な内容■ペプチド同定→ 5.タンパク質にアサインされているペプチド [展開]■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定→ 2.同定ペプチド数 [展開]■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ28

結果画面上部→ 6.スペクトルとペプチド
理論値のマッチング[展開後さらにリンクをクリック]

→ 7-2-9 (P.53～)

同定ペプチド数

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 検索方法“Sensitivity and FDR”をクリックして展開すると、同定ペプチド数とFDRが表示される■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

TargetDecoy: 通常データベース: Decoyデータベース(後述)Sequence: 同一ペプチドにマッチするスペクトルを１つにまとめてカウント: 同一ペプチドにマッチするスペクトルを１つにまとめないでカウント■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力

PSMs■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ

29

同定タンパク質(グループ)数

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 7-2-10 (P.54～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ30

Proteins の後ろのある括弧内の数字が同定タンパク質数“out of N”の数字Nが同定タンパク質のグループ数* 「グループ」の意味については後述

同定タンパク質の具体的な内容

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 検索方法→ 7-2-10 (P.54～)

同定タンパク質を10件ずつ表示。
表示方法は設定で変更可能■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

同定タンパク質のうち、シェアペプチドを持つタンパク質をグループ化＊グループ化については後述■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力

各ランクの▲マークをクリックするとより詳細な情報を表示 [→次スライド以降]■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証

タンパク質スコアが高い順に結果表示。
順位付けにはグループ内の最高スコアを採用■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ31

Summary画面 : 同定タンパク質とアサインペプチド ①→ 7-2-10 (P.54～)

同定タンパク質の情報（詳しい情報は後述）

同定ペプチドの情報（詳しい情報は後述）
32Summary画面 : 同定タンパク質とアサインペプチド ②→ 7-2-10 (P.56～)

タンパク質のAccession (ID)部分をクリックすると、より詳細な情報が表示されるProtein View 画面となる

表示項目

説明

Score

タンパク質のスコア。タンパク質にアサインされているペプチドのIon Scoreをもとに算出され、大きいほど信頼度の高いペプチドが多いことを示しますが、現在のMASCOTではProtein Scoreをもとに同定タンパク質を判定する事はしていません。

Mass

タンパク質の質量。データベースに登録されている配列情報から計算。

Matches

タンパク質にアサインされたquery数。（）内の数字は、その中で同定基準を超えているもの。

Sequencesqueryのうち同じペプチド配列にマッチしている内容を1つにまとめてカウントしたもの。
（）についてはMatchesと同じく同定基準を超えているもののみをカウント。

emPAI

Spectral Countingの１つであるemPAI。値が大きいほど量が多いという判断の基準と
なります。

33

Protein View 画面→ 7-3 (P.59～)

タンパク質について、マッチしたペプチドの情報などを確認できます右図内の緑で囲われた部分について、以降でさらに詳細な説明があります34

Protein View: sequence coverage→ 7-3 (P.61～)

タンパク質全長に対してマッチしたペプチドがどの部位にあたるのか、
並びにその割合についての情報を表示
Protein sequence coverage : 全長に対するマッチペプチド
残基数の割合35

Protein View : matched peptides→ 7-3 (P.62～)
マッチしたペプチドについて、アミノ酸残基順 (デフォルト設定) に並べたリストを表示

36

表示項目

説明

Mr(calc)

配列から計算されたペプチドの質量。

Delta

Mr(expt) － Mr(calc)。

M

実際に適用された Missed cleavage。

Score

Mascot Ion score、MS2ピーク実験値と理論値とのマッチ
ング度合いを表します。

Expect同定基準値とScoreから計算された期待値。

Rank

データベース中の候補ペプチドとマッチングを行った際、ペプチド配列とのマッチングが全体の中での何位であったか。

ピークリストファイルの m/z 。

U

Uマークがついている場合、他のエントリーと共有されていな
いUnique ペプチドである事を意味します。

ピークリストの値から計算されたペプチドの質量。

Peptideペプチド配列。修飾も含まれる場合は併せて表示。

表示項目

説明

Unformatted
sequence
string

ハイパーリンクをクリックすると配列をコピーしやすくなるページが開きます。他アプリケーションで配列を使用したい場合に便利です。

Sort by

リストの並び順。残基番号、質量の昇順/降順。

Show

理論値と実測値がマッチしたペプチドのみをリストに表示させるか、マッチしなかった理論ピークも表示させるか

Query

Query番号。MASCOTでは入力データについて、ペプチドの質量に換算した際小さい順に番号が割り振られます。

Start-End

アミノ酸残基番号。

Observed
Mr(expt)

タンパク質にアサインされているペプチド

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 7-2-10 (P.56～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

Query番号部分をクリックすると、スペクトルとペプチド理論
値のマッチングを確認できる PeptideView 画面となる■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力

項目名

説明

項目名

説明

Query

Query番号。MASCOTでは入力データについて、ペプチドの質量に換算した際小さい順に番号が割り振られます。

Score

Mascot Ion scoreで、実験値のMS2ピークと理論値とのマッチング度合いを表します。

Dupes

同じペプチド配列でかつ修飾や電荷も同じ結果にマッチしたqueryは、スコアが最も高いもののみ表示されそれ以外はDupes欄に格納。数字はqueryがいくつまとめられているかを表します。

Expect同定基準値とScoreから計算された期待値。
デフォルト設定の場合0.05以下なら同定。

Rank

データベース中の候補ペプチドとマッチングを行った
際、表示されているペプチド配列とのマッチングが全体の中での何位であったか。

U

Uマークがついている場合、他のエントリーと共有されていないUnique ペプチドである事を意味します。

数字

数字はファミリーに属するタンパク質と連動しています。■印があるタンパク質に該当ペプチドがアサインされていることを示します。

Peptideヒットしたペプチド配列。修飾や前後のアミノ酸残基なども併せて表示。

■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ

Observed

実験値側のペプチドの m/z。

Mr(expt)m/zと電荷から計算された、実験値側のペプチドの質量。

Mr(calc)

配列から計算された、理論値側のペプチドの質量。

Delta

Mr(expt) – Mr(calc)。

M

Missed cleavageが実際に適用された数。

37

スペクトルとペプチド理論値のマッチング

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 7-4 (P.63～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ38

ペプチドについて、スペクトルとのマッチング情報などを確認できます[Peptide view 画面]

右図内の緑で囲われた部分について、以降でさらに詳細な説明がありますPeptide View : スペクトルベースのマッチング確認→ 7-4 (P.65～)

入力データのスペクトルベースで見たマッチングの確認画面です。
理論値とマッチした場所が赤で表示されます。

39

Peptide View: 理論値ベースのマッチング確認→ 7-4 (P.66～)
104 : 理論値すべて
17 : マッチしたピーク
24 : 入力データのうち24が代表ピークとして選ばれている

赤・太字斜体赤・太字
赤・太字でない40

黒: イオンシリーズ単位で有意と判定され、スコアリングに利用: イオンシリーズ単位ではぎりぎり有意と判定も、スコアリングには不使用: マッチはしたがイオンシリーズ単位ではランダムマッチの域を超えないという判断で、スコアリングには不使用: マッチしていない結果ファイルの出力 ①

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 7-5 (P.68～)

ペプチドベースのファイル出力■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

Exportの選択肢で希望するファイルフォーマットを選択しボタンを押します。

■検索パラメーター■結果画面- 検索query数- 同定ペプチド数- 同定タンパク質（グループ）数- 同定タンパク質の具体的な内容- タンパク質にアサインされている
ペプチド- スペクトルとペプチド理論値のマッチング- 結果ファイルの出力

画面最下部にある「Export
search results」 ボタンを押す↓
続いて現れる画面で「Download」
ボタンを押す↓サーバー側でのファイル作成とそのファイルのクライアントへの
ダウンロード開始■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ41

結果のファイル出力 ② Report Builder
同定タンパク質ベースのファイル出力「Columns」「Filters」→ 7-2-11 (P.57～): 表示する項目を調整する: 表示するタンパク質に対して、スコアや
アサインペプチド数などで絞り込み条件を与えるなどといった機能を使用する事も出来ます。
Report Builder タブをクリックすると、表示が下図のように切り替わります

リストが作成され、表示内容をCSVファイルで出力する事ができます(「Export as CSV」ボタン)。
42

結果画面 : まとめ1
結果画面下部→7. 結果ファイルの出力 (1)→ 3.同定タンパク質(グループ)数

Rank展開図→ 4.同定タンパク質の具体的な内容→ 1. query 数→ 5.タンパク質にアサインされているペプチド [展開]→ 2.同定ペプチド数 [展開]

結果画面上部→ 6.スペクトルとペプチド
理論値のマッチング[展開後さらにリンクをクリック]43

結果画面 : まとめ2
Protein View

Peptide View
44

Mascot Server

ペプチド同定とタンパク質同定の流れ■ MASCOT Serverとは→ 9-1 (P.76～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

ペプチド同定■結果画面■ペプチド同定

ペプチド同定結果の検証

タンパク質の同定[推定]

・ 統計的な検証

・ 同定タンパク質の基本的なルール- ペプチド同定とタンパク質同定の流れ- ペプチド配列決定の方法- スコア、同定基準値、期待値■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ

本資料でのトピック

・ ペプチド配列の同定方法

・ FDR,Decoy
・ 類似タンパク質の取り扱い

・ スコア、同定基準値、
期待値

45

Mascot Server

ペプチド配列決定の方法■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定

ペプチド配列を決定する方法■ 参照無し・ denovo sequencing- ペプチド同定とタンパク質同定の流れ- ペプチド配列決定の方法- スコア、同定基準値、期待値■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ46■ 参照あり・ ピークリスト
・ 配列データから計算された理論ピーク
・主にMASCOTで利用されている方法
・データベースの配列から理論フラグメントピーク(強度情報なし)のパターンを作成

ペプチド配列決定の方法 : 理論値計算、ペプチドのフィルターリング
ペプチドの質量条件

ペプチド
⽣成と
質量計算

DB内の
タンパク質

myoglobin
MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIR LFK
GHPETLEK FDK FK HLK
SEDEMK ASEDLK K
HGATVLTALGGILK K K(例 1632.866 ± 0.2 Da)に合うペプチドのみ
残すフィルターリング

MGLSDGEWQLVLNVWGK

1931.97

VEADIPGHGQEVLIR

1632.87

GHPETLEK

910.46・・

ProteinB
MATR IK ISSCIENKMNPEQMPEFIQLRNSQWVVSAAHCYKSGIQVR
LGEDNINVVEGNEQFISASKSIVHPNSQWVVSAAHCYSGIQVR

2133.07

ISSCIENK

1021.53

MNPEQMPEFIQLR

理論フラグメント
ピーク⽣成と質量
計算
b
---

y

229.118E

1533.802300.155

A

1404.759

415.182 D

1333.722

528.266I

1218.695

625.319P

1105.611

682.341 G

1008.559

819.399 H

951.537876.421 G

814.4781004.478 Q

757.457

1133.522E

629.398

1232.591

V

500.3561345.675L

401.2871458.759I

288.203---R

175.119M---

1632.79---

ProteinC・・

Mascot Server

Queryと理論
スペクトルとのマッチング、
スコアリング

---

V

b

47

→ 9-3 (P.77～)y246.09 N

1501.747

343.144 P

1387.704

472.19 E

1290.651

スコア、同定基準値、期待値■ MASCOT Serverとは→ 9-4 (P.78～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定- ペプチド同定とタンパク質同定の流れ- ペプチド配列決定の方法- スコア、同定基準値、期待値

Score(S)

マッチング内容を元に評価。
-10logP (P:ランダムマッチだった場合の確率)■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定

同定基準値(St) 検索毎に計算される基準値で、検索対象となったペプチド数を元に算出■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ48

期待値(Expect)
データベース中にランダムで同じヒットが見つかる「期待値」。
(MASCOT デフォルト設定の場合) 0.05以下で同定。

Expect = 0.05・10 -(S-St)/10

Mascot Server■ MASCOT Serverとはペプチド同定結果の検証→ 11 (P.101～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証- FDR- Decoyデータベース- FDR計算方法例- MASCOTでFDRを算出させる方法- FDRにまつわるトピックス■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 検索エンジンが提示した同定ペプチド/タンパク質が、- 本当に含まれているの？
- どれくらい正しいか別の観点からの評価はないの ?
という疑問に応えるため実施■ 検索結果を統計的に検証する事が求められる■ FDR, Percolatorなどのq-value : 1%
[MASCOT基準は5%に相当]■ 管理プログラム・
カスタマイズ49

Mascot Server

ペプチド同定のValidation：FDR → 11-2 (P.101～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■ Correctのスコア分布の山とIncorrect (またはランダム)のスコア分布の山を想定する■検索パラメーター■結果画面■ 検索結果はCorrectとIncorrectを足し合わせた「Total」として現れる■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証- FDR- Decoyデータベース- FDR計算方法例- MASCOTでFDRを算出させる方法- FDRにまつわるトピックス■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ50■ あるスコア（右図青線）で区切った際、
FDRは以下のように表現できる

FDR ＝Incorrect PSMs

[B]

Total PSMs

[A]+[B]■ Incorrect PSMsのスコア分布を、
Decoyデータベース(次スライド)に対する検索で得る[A]+[B][B]

Mascot Server

ペプチド同定のValidation：Decoyデータベース■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■ Normalの各エントリーの配列を random / reverse に変更■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証- FDR- Decoyデータベース- FDR計算方法例- MASCOTでFDRを算出させる方法- FDRにまつわるトピックス■ データベースの性質 がNormalと同じ- エントリー数- 残基長分布- 出現アミノ酸数■ 検索におけるquery、パラメーターもNormalと同じ条件■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ■ 検索の条件をできるだけそろえつつ、参照先のDecoyには正解が含まれない→ 結果をIncorrectのスコア分布として利用可能

51

Mascot Server■ MASCOT Serverとは別の観点から見たFDR

正解配列と予測配列の一致■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面

検索エンジンの判定■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証- FDR- Decoyデータベース- 別の観点から見たFDR- MASCOTでFDRを算出させる方法- FDRにまつわるトピックス→ 11-2 (P.101～)

FDR = B/(A+B)

+

-

+

True Positive

False Positive

A

B

-

False Negative

True NegativeC

D

・ A+B → 同定基準超えたペプチド全て
・ Bは不明。そこで・・・
Bを、「Decoyデータベースで検索した
時同定基準を上回る結果数」で見積る■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ52

FDR ＝

Decoyデータベースへの検索で同定基準を超えたデータ数
通常データベースへの検索で同定基準を超えたデータ数

ペプチドのスコア、同定基準、FDR
Normal,Decoy 検索結果(ペプチドと期待値)を、結果の良い順に混ぜて並べる
Sequence

E-value

N or D

N累計

D累計

FDR[D/N] (%)

NAGVEGSLIVEK

0.000034

N

1

0

0

VGEVIVTK

0.000038

N

2

0

0

・
・

・
・

TLNDELEIIEGMK

0.00062

N

118

0

0

MATRIK

0.00071

D

118

1

0.847

0.00075

N

119

1

0.840

ISSIQSIVPALEIANAHR
・
・

・
・

VGLQVVAVK

0.030

N

512

5

0.977

TAKAESK

0.035

D

512

6

1.171

LSDGVAVLK

0.037

N

513

6

1.170

SCAFFLDK

0.039

D

513

7

1.365

FDRが1%を超える直前を
同定基準値とする

53

Mascot Server

MASCOTでFDRを算出させる方法 → 11-3 (P.102～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

検索時 : パラメーター「Decoy」にチェックを入れるだけ■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証- FDR- Decoyデータベース- FDR計算方法例- MASCOTでFDRを算出させる方法- FDRにまつわるトピックス■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ54

検索後 :・「Sensitivity and FDR」でFDRに関わるまとめを確認可能
・表の上の行が「protein FDR」、下の行が「PSM/peptide FDR」に相当
・「Format」でFDRの閾値並びにカウント対象(PSM,peptide)を変更可能

Mascot Server■ MASCOT Serverとは

FDRにまつわるトピックス→ 11-4 (P.103～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証- FDR- Decoyデータベース- FDR計算方法例- MASCOTでFDRを算出させる方法- FDRにまつわるトピックス■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ■ Decoyデータベースの利用方法、FDR計算方法は厳密な定義がない
研究者により少しずつ異なるのが実情→ FDR含め、各所で定められた同定基準は、以下サイトなど参照● HUPOhttps://www.hupo.org/HPP-Data-Interpretation-Guidelines● MCP Guidelines
https://www.mcponline.org/guidelines■ FDR計算のカウント対象
Sequence / PSM を切り替え可能■ Decoyデータベースでの検索結果と”1Hit Wonders”
the decoy report ハイパーリンクをクリック→Decoyデータベースの結果を見る事ができるが、ペプチドが２つ
アサインされているしているタンパク質はほとんど見受けられない55

参考 : Summary画面 : 表示の切り替え

表示項目

説明

Significance thresholdp<

有意性の閾値 p の設定で、デフォルトは0.05。現バージョンでは実質、「ペプチドの期
待値の閾値」と同義。”Target FDR”の値を設定するとそちらが優先され、FDRの設定を満たすように 値が自動的に調整・変更。

Max.number of families

結果として表示するタンパク質（ファミリー）数の上限値。デフォルトはAuto、すなわち同定基準を超えるタンパク質をすべて表示。

Target FDR (overrides
sig.threshold)

FDR設定値。

FDR type

FDRのカウント対象。PSMはqueryを数え上げるのに対し、Sequenceは同じペプチド
配列にマッチするqueryを１つにまとめてカウント。

Display non-sig. matches56

同定基準以下のペプチドすべてを結果に表示。

→ 7-2-8 (P.52～)

表示項目

説明

Min. number of sig.
unique sequences

同定タンパク質の基準として、アサインされるユニークなペプチドをいくつとするかという設定(MASCOTのデフォルトは1)。
設定値を2以上にする事で同定タンパク質のリストの信頼性を引き上げる事ができる反面、同定タンパク質数は大幅に減少。

Show Percolator scores

Percolatorの計算を実行している場合のみ。
Percolatorのスコアと期待値が結果に表示。

Dendrograms cut at

ファミリータンパク質の類似度を表している
デンドログラムについて、スコアのカットオフを指定。デフォルトではカットオフを実行しない0。

Preferred taxonomy

優先して表示させる生物種名を指定した生物種に切り替え

Mascot Server

タンパク質同定:同定タンパク質の基準 → 9-5-1 (P.79～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ MASCOTの同定基準 :ユニークな同定ペプチドが1つ以上アサイン■ Protein Score は同定基準に使っていない■ Protein FDR 1% が条件に加わる事もある■ タンパク質同定- 同定タンパク質の基準- 類似タンパク質のグループ化■ Protein inference : 「類似タンパク質」の取り扱い■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ57

Mascot Server

タンパク質同定:同定タンパク質のグループ化→ 9-6 (P.80～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法例 : 7タンパク質のペプチドシェア状況■ 対応フォーマット・
データ変換

ペプチド

■検索パラメーター
■結果画面

タンパク質

A

B

C

p5 LVQDVANNTNEEAGDGTTTATVLAR

■

■

■

- 同定タンパク質の基準- 類似タンパク質のグループ化

p4 ALMLQGVDLLADAVAVTMGPK

■

■

■

■ MIS 検索のオプション

p3 ISSIQSIVPALEIANAHR■■■ 管理プログラム・
カスタマイズp2 VGGTSDVEVNEK

ペプチド配列D

E

F

G■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■■ タンパク質同定5858

p1 NAGVEGSLIVEK

■
■

■
■
■
■

補足説明 : 7タンパク質のペプチドシェア状況と結果画面 1 → 9-6 (P.81～)＊p5 , p4 , p3 , p2 , p1 はマッチしたペプチド

proteinA : p5 p4 p3
proteinB : p5 p4 p3
proteinC : p5 p4
proteinD :p4 p3

proteinAの same-set
proteinAの sub-set
sub-set, same-set のタンパク質は下部グループと認識され一覧に表示されないproteinE : p5
proteinF :proteinG :

p3
p4

p1
p2

A,F,G のタンパク質は「FamilyProtein」としてまとめられる

59

補足説明 : 7タンパク質のペプチドシェア状況と結果画面 2

シェアペプチドを持つタンパク質は、
グループ化され表示。類似度を基に系統樹で表現60→ 9-6 (P.81～)

補足説明 : 7タンパク質のペプチドシェア状況と結果画面 3→ 9-6 (P.82～)

ユニークペプチドを持つ Protein A,F,G が表示

Protein BはProtein A の「sameset」として初期段階で表示されないが、クリックし展開
すると表示

Protein C,D,E はProtein A(上記図では1.1と表現) の「subset」として初期段階で表示されないが、クリックし展開すると表示61

Mascot Server■ MASCOT Serverとはペプチド同定とタンパク質同定 : まとめ■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

ペプチド同定■検索パラメーター

ペプチド同定結果の検証

タンパク質の同定[推定]

・ 検索エンジンが提示する基準値を別角度から評価

・ 「ユニークなペプチド１つ」
で同定

・ Decoyデータベースを使用し、False Positive マッチ数を推定

・ 類似タンパク質の取り扱いに注意が必要■結果画面■ペプチド同定■ 同定ペプチドの検証■ タンパク質同定■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ62・ ３種類の中で最も主流な方法 :--参照有--配列から作成した理論ピーク
・ スコアが同定基準値を上回る時、同定 (デフォルトは95%信頼度)

・ FDR 1%となる同定基準値を採用

Mascot Server

MIS検索のオプション→ 10 (P.83～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

これまでご紹介した汎用的な検索とは異なるいくつかの検索オプションについてご紹介■検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズSpectral Library [ピークリストライブラリ検索]
Quantitation [定量解析]
Crosslink [クロスリンクペプチド検索]
Error Tolerant Search [拡張2段階検索]

63

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

補助検索:スペクトルライブラリ検索→ 10-1 (P.83～)■ スペクトルライブラリ検索の検索対象:
× 配列から計算された理論ピーク〇 実測スペクトル (ピークリスト)■結果画面■ スペクトルライブラリは以下２種類が可能■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション- ピークリストライブラリ- 定量解析
- クロスリンクペプチド検索- Error Tolerant Search（拡張2段階検索）■ 管理プログラム・
カスタマイズ・ 自身のMASCOT Serverで行った検索結果のうち、フィルターリング条件に適合したqueryのピークリスト・ 各種サイトで公開されているピークリストデータベース(PRIDE, NIST)■ 配列データベース検索と組み合わせて利用する事が可能■ 検索エンジン : MSPepSearch [NIST]

64

Mascot Server

補助検索:定量解析→ 10-2 (P.87～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション- ピークリストライブラリ- 定量解析
- クロスリンクペプチド検索- Error Tolerant Search（拡張2段階検索）■ 管理プログラム・
カスタマイズ

ピーク強度を使った各種定量解析に対応。
ただし、サーバー単独とDistiller [+定量モジュール機能] 併用で計算可能な範囲が異なる
Server 単独で計算可能 : MS2のピーク強度を使った解析。iTRAQ, TMT など
Distiller 併用で計算可能 : MS1ピーク強度を使った解析。SILAC,ラベルフリー など

65

Mascot Server

補助検索:クロスリンクペプチド検索■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド→ 10-3 (P.91～)■ペプチドがリンカーまたは共有結合で繋がっているデータの検索が可能■多様な結合パターンに対応- タンパク質内- タンパク質間- Loop構造 （同一ペプチド内）- Monolink (片方のみ結合、実質通常の修飾と同じ)■ MIS 検索のオプション- ピークリストライブラリ- 定量解析
- クロスリンクペプチド検索- Error Tolerant Search（拡張2段階検索）■ 管理プログラム・
カスタマイズ66

タンパク質内のジスルフィド結合
ペプチド GYSLGNWVCAAK の９番目とCELAAAMK の１番目が結合している
66

Mascot Server

補助検索:Error Tolerant 検索 [拡張２段階検索]■ MASCOT Serverとは→ 10-4 (P.97～)■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター

質量変化（修飾・アミノ酸置換）■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド

非特異的切断■ MIS 検索のオプション- ピークリストライブラリ- 定量解析
- クロスリンクペプチド検索- Error Tolerant Search（拡張2段階検索）■ 管理プログラム・
カスタマイズ[検索対象タンパク質] 1度目の検索で同定基準を超えたタンパク質のみ[再検索対象query]
1度目の検索で同定基準に満たなかったqueryすべて
以下の３点について、最初の検索より対象を広げて自動的に２回目の検索を行う-

67

Mascot Server

任意の箇所で切断されるペプチド断片
想定外の修飾 (追加で１種まで)
アミノ酸の置換 (塩基配列の場合、挿入・欠失にも対応)

管理プログラム・カスタマイズ→ 12-1 (P.106～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター・MASCOTで使用しているデータベース、検索結果などを管理する事ができる画面があります
・MASCOTで使用している各種項目をカスタマイズする事が
できます

■結果画面
■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ

Database Status
Search log
Configuration Editor

68

Database Status

Mascot Server■ MASCOT Serverとは→ 12-1 (P.106～)

・Home → Database Status で開く画面■ 検索方法・各種動作のログに関する情報へのリンクや、MASCOT Server上で現在使用可能なデータベースに関する情報について表示されます■ 対応フォーマット・
データ変換■検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ- Database Status- Search log- Configuration Editor

69

補足説明 : 各データベースの表示内容

70

項目名

説明

項目名

説明

Name

データベースの名称

Request to
mem map

FamilyMASCOT Server側で管理している、ファイルのパス並びにファイルの名称ルールの情報。

MASCOT Serverの設定でデータベースをメモリにマッピングする事を試みる設定であるか。

Filename

現在認識されているfastaファイルの名称。
データベースのバージョンもわかります。

Requestunmap

MASCOTのプログラムがメモリ上へのマッピングを解除する命令を下した状態であるか。

Mem locked

Pathname

現在認識されているfastaとファイルが置かれているパス。

データベースのメモリ上へのマッピングを固定(lock)する状態になっているかどうか。
検索に使用可能なコア数の設定。通常は、最適設定を自動適用する設定である事を表す「-1」と表示。

Status

データベースの現在の状況。

Number ofthresholds

State Time

現在示されている Status を認識した日時。

Current

現在データベース関連のファイルが正しく認識されているか。

Mem mapped

データベースがメモリ上にマップされた状態で
あるか。

Type

配列の種類が Amino AcidかNucleic Acidか。

Mascot Server

Search log→ 12-2 (P.111～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

・Home → Search log で開く画面
・MASCOT Serverで行ったすべての検索のログを開き、結果画面を開く事ができます■検索パラメーター・項目別に並び替えやフィルターリング表示させることも可能■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ- Database Status- Search log- Configuration Editor

71

Mascot Server

Configuration Editor→ 13 (P.113～)■ MASCOT Serverとは■ 検索方法・Home → Configuration Editor で開く画面■ 対応フォーマット・
データ変換

・MASCOT Serverで使用する各種設定変更・カスタマイズ■検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質・
同定ペプチド■ MIS 検索のオプション■ 管理プログラム・
カスタマイズ- Database Status- Search log- Configuration Editor

72