Mascot Server version 2.8.3 アップグレード手順 1

Mascot Server version 2.8.3 Windows 版

パッチプログラム適用手順
この書類は、version 2.8～2.8.2 の Mascot Server(Windows 版)を version 2.8.3 へアップグ
レードする パッチプログラムを適用する方法について説明しています。新規にインストールする場合は、
弊社日本語サイト上の Mascot Server version 2.8 新規インストール手順をご覧ください。

● クロスリンク設定をご利用されている方へ
2.8.3 へのアップデートでクロスリンク設定のファイルがなくなります。そのため、クロスリンク設定を元に戻す追加作業が必要です。
まず、 アッ プデ ート前に、既存のク ロスリ ンク設定ファ イル（ デフォルトではc:\inetpub\mascot\config\crosslinking.xml）を別のフォルダ（c:\temp など）へ移動させバックアップを取って下さい。また、アップデート後にも、アップデート直後の設定ファイル
c:\inetpub\mascot\config\crosslinking.xml をコピーして c:\temp へバックアップを取って下さい。この時、2.8.2 までで設定した crosslinking.xml と 2.8.3 アップデート直後の closslinking.xmlが区別できる状態にして下さい。

● アップグレード時に準備するもの■MASCOT Server のインターネットへの接続環境
MASCOT Server version 2.8～2.8.2 を 2.8.3 へアップグレードするための Service pack は
弊社の Web サイトからダウンロードしてください。（[http://www.matrixscience.com/] → [Technicalsupport] → [Mascot Server] → [Version 2.8] ページ の「MascotServer_x64_SvcPack_2_8_3.exe」リンク）

一部のブラウザ（Google Chrome など）でダウンロードできない場合がございます。その際は別のブラウザ（edge など）をお試しください。
Google Chrome でも、下記リンクの直接入力→実行でダウンロードできる場合がございます。
https://www.matrixscience.com/downloads/MascotServer_x64_SvcPack_2_8_3.exe● アップグレード作業の流れ
1.

Administrator 権限を持ったユーザーでログオンする （通常は mascot ユーザーです）

2.

起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

3.

version 2.8.3 の service pack をダウンロードし、実行する

４．

データベースの再構築が行われるのを確認する

５．

バージョン番号と動作を確認する

Mascot Server version 2.8.3 アップグレード手順 2● アップグレードに要する時間
アップグレードの操作自体は 10 分程度で終わります。
ただしこの目安の作業時間には、アップグレード後に自動的に行われるデータベースファイルの更新時間を含めていません。構築完了までの大まかな目安として 1 時間～ 3 日程度 かかります。特にNCBIprot などサイズの大きなデータベースはダウンロードやデータベースの構築に時間がかかります。
構築完了したデータベースは検索可能ですが、構築中のデータベースが残っている場合、動作が遅くなります。

● アップグレード手順
1.

Windows へのログオン

Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザーでログオンしてください。弊社納入コンピュータをご利用の場合通常は Administrator 権限を持つ mascot ユーザーが作成されています。mascot でログオンしてください。

2.

起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

アップグレード作業を行う前に、起動している他のアプリケーションソフトウェアを終了してください。

3.

MASCOT Server ver. 2.8.3 へのアップグレード

MASCOT Server ver.2.8.3 のservice packをダウンロードし、MascotServer_x64_SvcPack_2_8_3.exe をダブルクリックして実行してください。
右図の画面が表示されたら、MASCOT Serverのバージョンアップが始められます。「Install」を押してください。

Mascot Server version 2.8.3 アップグレード手順 3

途中、ver.2.8～2.8.2で使用していた設定ファイルについてバックアップがとられ、その保存場所について示したダイアログが現れます。 そのまま「OK」を押してください。

4.

アップグレードに伴う、データベースの再構築

アップグレード後、Mascot server の status ページでバージョン番号が 2.8.3 に切り替わっていることを確認してください。また、ご使用中のデータベースが順次再構築されます。NCBIprot などサイズの大きなデータベースはダウンロードやデータベースの構築に時間がかかります。構築完了したデータベースは検索可能ですが、構築中のデータベースが残っている場合、動作が遅くなります。

← バージョン番号← 再構築完了 （In use）
← 再構築待機中 （Waiting）← 再構築中 （Creating compressed files N%）

データベース再構築ですが、「1.データベースの構築」→「2.検索テスト」→「3.使用可能 (In use)」という過程を経ます。Statusの表示が「Creating compressed files N%」 となっている場合、step1 のデータベース構築中です。
また status 表示が「Running 1st test」の場合、step2 の検索テスト実行中です。これらの表記は特に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度ご確認ください。同じエラーが出た場合、status 項目のすぐ隣に現れているハイパーリンク「compressionwarning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

5.

MASCOT Server の動作確認
すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者

Mascot Server version 2.8.3 アップグレード手順 4にお任せいたしますが、弊社からは以下３つの確認を提案いたします。
5-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
5-2. 過去の検索結果の閲覧確認
5-3. 検索テスト■ 5-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
Home から「Database Status」 のハイパーリンクをクリックします。

Home の Database Status をクリック

Database Status 画面にて、各データベースの「Status」項目を見ます。「In use」であれば問題ありません。他の表記については「5.

アップグレードに伴う、データベースの再構築」の説明をご確認ください。

■ 5-2. 過去の検索結果の閲覧確認
Database Status 画面を確認後、過去の検索結果の閲覧に問題がないか確認します。
Home から Search Log のハイパーリンクをクリックします。
任意の Job#をクリックし過去の検索結果が問題なく表示される事を確認してください。これまでと同じフォーマット形式の画面が現れない、または表示時に 赤字の Warning が出るようになった場合は、 （以前のバージョンでも出ている場合を除く、）お手数ですが弊社までご連絡ください。

■ 5-3. 検索テスト
検索のテストについては、いつも実施している方法で検索してください。手元に適切なデータがないMascot Server version 2.8.3 アップグレード手順 5

場合、version 2.8.0 の DVD の mskk/sampledata の中に含まれている各種 mgf ファイルを使って検索を試みるか、質量分析装置の付属ソフトウェアからの検索を行ってみてください。
うまくいかない場合、次頁の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じるかご確認ください。

[検索でエラーとなる場合にお試し頂きたい事]
1. すべてのケース：データベースを変えて検索してください。
上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(本資料の P4～をご参照ください)。また問題が生じているデータベースの名称を確認 するとともに、MASCOT Server の logs ディレクトリにある、monitor.log, errorlog.txt ファイル内に該当データベースに関するメッセージがないかご覧ください。ご不明な場合はこれらのファイルを弊社までお送りください。
2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから、Search logなどにある過去の検索結果を開き、再検索などで検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。
*ブラウザからの再検索方法が良くわからない場合、とりあえず home->Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行う方法などをご提案します。
上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。
関連のありそうな項目について簡単にご確認頂いた後、弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール：support-jp@matrixscience.com

電話：03-5807-7897

ファックス：03-5807-7896