自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施要領
制定

令和５年 12 月６日５輸国第 3211 号
農林水産省輸出・国際局長通知改正

令和６年４月４日６輸国第 58 号

第１ 目的
農林水産物・食品輸出促進緊急対策事業補助金交付等要綱（令和４年 12 月２日
付け４輸国第 3859 号農林水産事務次官依命通知。以下「交付等要綱」という。）別
表１の区分の欄の４の（５）の自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業（以下「本事業」という。）の実施については、交付等要綱に定めるもののほか、本要領により実施するものとする。
第２ 事業実施主体
１ 交付等要綱別表１の補助事業者の欄の 16 の輸出・国際局長が別に定める者は、次に掲げるとおりとする。
農林漁業者の組織する団体、食品事業者の組織する団体、民間事業者、公益社団法人、公益財団法人、一般社団法人、一般財団法人、特定非営利活動法人、独立行政法人、地方独立行政法人、企業組合、事業協同組合、事業協同組合連合会、協業組合、商工会議所若しくは輸出組合又は法人格を有しない団体であって輸出・国際局長が特に必要と認めるもの（以下「特認団体」という。）
２ 特認団体は、次に掲げる要件を全て満たすことを要するものとする。
（１）主たる事務所の定めがあること。
（２）代表者の定めがあること。
（３）定款、組織規程、経理規程等の組織運営に関する規程があること。
（４）年度ごとに事業計画、収支予算等が総会等において承認されていること。
３ 特認団体の申請をする団体は、事業実施計画（交付等要綱第６の１の事業実施計画をいう。以下同じ。）を提出する際、別記様式１を併せて輸出・国際局長に提出して、その承認を受けるものとする。
第３ 事業の内容等
本事業の内容及び補助対象となる経費の範囲は、次のとおりとする。
農林水産物・食品の輸出の更なる拡大を図るため、輸出先国・地域（以下「輸出先国」という。）が求める証明書の発行や施設の認定等を行う機関の体制強化の取1

組に対して支援する。
１ 事業実施者の選考等（１）事業実施主体は、２の（１）及び（２）による支援の対象となる事業を行う
事業実施者（以下「事業実施者」という。）の公募、選考、採択、補助金の交付、事業の進捗管理等を行う。
（２）事業実施者は、第２の１に定める者又は地方公共団体の中から、事業実施主体が選考及び採択することとする。また、事業実施者は、事業成果の波及効果、その活用状況等について、必要に応じて、国による評価を行うため、ヒアリン
グ等の実施について協力することとする。
（補助対象経費）
旅費、謝金、人件費、賃金、印刷製本費、消耗品費等（補助率）
定額
２ 支援の内容（１）体制強化及び能力向上支援
輸出先国が求める証明書の発行、施設の認定、検査等を実施する機関（以下「証明書発行機関等」という。）の実務担当者の能力向上のために必要な研修（ISO 22000審査員研修等）の受講、開催、研修資料の作成等を支援する。
また、証明書の発行や施設の認定等の迅速化及び輸出を希望する事業者の利便性の向上を図るため、相談対応、申請受付対応、証明書の発行や施設の認定等を行う人員の増強、対応窓口の新設、受付時間の延長、検査に必要な試験所
認定（ISO/IEC 17025）の取得や国等が発行する証明書の使送業務の実施等を支援する。
（補助対象経費）
旅費、謝金、人件費、賃金、使用料及び賃借料、印刷製本費、委託費、消耗品費、手数料（国等が発行する証明書の使送業務に係るものに限る。）等（補助率）
定額
ただし、証明書発行機関等の実務担当者の能力向上のために必要な研修を受講する者の旅費については、受講者１人あたりの補助金額の上限を、200千円を上限として国と協議した額とする。
（２）検査機器導入等支援
証明書発行機関等が実施する農林水産物・食品の輸出に必要な検査について処理能力の向上による迅速化や効率化に必要な検査機器の導入や更新（導入と同等又はそれ以上の能力が得られる場合に限る。）等を支援する。
（補助対象経費）2

検査機器の導入、更新及びレンタル・リース費、消耗品費（機器の導入・更新等と一体不可分のものに限る。）等
（補助率）
１／２以内
ただし、１申請あたりの補助金額の上限を15,000千円とし、下限を500千円とする。
第４ 事業の実施期間
本事業の実施期間は、令和６年度とする。
第５採択基準等交付等要綱第５の採択基準は、次に掲げるとおりとする。
１ 事業実施計画が、事業の目的に照らし適切なものであり、かつ、事業を確実に遂行するため適切なものであること。
２ 事業実施主体が事業実施及び会計手続を適正に行い得る体制を有していること。
３ 事業実施者の選定を行うために必要な能力及び体制を備えていること。

第６１

事業実施手続事業実施計画の作成及び提出
事業実施主体は、交付等要綱第６の１の規定に基づき、別記様式２による事業実施計画を作成し、輸出・国際局長に提出し、必要な調整を行うものとする。
ただし、交付等要綱第６の３の規定に基づく、事業実施計画の変更（交付等要綱第６の３の重要な変更に限る。）又は中止若しくは廃止については、交付等要綱第 15 の規定に基づく「変更等承認申請書」の提出をもって、これに代えることができるものとする。
なお、別記様式２に添付すべき資料であって、既に本事業の公募要領に基づき提出のあった資料等と重複するものは、その添付を省略できるものとする。
２ 事業実施計画の重要な変更交付等要綱第６の３の輸出・国際局長が別に定める重要な変更は、次に掲げるとおりとする。
（１）事業の内容の追加又は削除（２）事業目的の変更（３）交付等要綱別表１の４の（５）の自治体等による証明書発給等の体制強化支
援事業の項の重要な変更の欄に掲げる変更（４）３により委託する事業の新設又は内容の変更
3

３

事業の委託
事業実施主体は、他の者に本事業の一部を委託して行わせる場合は、次に掲げる事項を事業実施計画（別記様式２）の別添の「第１ 総括表」の「事業の委託」の欄に記載の上、輸出・国際局長に提出し、必要な調整を行うものとする。
ただし、委託して行わせることのできる範囲は、事業費の２分の１を超えてはならない。
（１）委託先が決定している場合は委託先名（２）委託する事業の内容及び当該事業に要する経費
４ 事業の着手（１）事業の着手は、交付決定に基づき行うものとする。ただし、事業の効果的な実施を図るために交付決定の前に事業に着手する場合にあっては、事業実施主体は、その理由を明記した自治体や民間検査機関等による証明書発給等の体制強化支援事業に関する交付決定前着手届（別記様式３）を輸出・国際局長に提出するものとする。
（２）（１）ただし書により交付決定の前に事業に着手する場合においては、事業実施主体は、本事業の内容及び補助金の交付が確実となってから、着手するものとする。この場合において、事業実施主体は、交付決定までのあらゆる損失等は自らの責任とすることを了知の上で行うものとする。なお、事業実施主体は、交付決定の前に着手した場合には、交付申請書の備考欄に着手年月日及び交付決定前着手届の文書番号を記載するものとする。
（３）輸出・国際局長は、（１）ただし書による交付決定前の着手については、必要な指導を十分に行うことにより、本事業が適正に行われるようにするものとする。
第７ 事業の実施
１ 自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施規程の作成
事業実施主体は、第３の事業の実施に際し、補助金の交付の手続等について次に掲げる事項を記載した「自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施規程」（以下「実施規程」という。）を別記様式４により作成し、輸出・国際局長に提出の上、その承認を受けることとする。これを変更しようとするときも同様とする。
（１）交付対象要件の定義及び補助金の額（２）交付申請及び実績報告の手続（３）交付決定及び補助金の額の確定等の手続（４）申請の取下げの手続（５）事業計画の（変更）承認等の手続
4（６）補助金の支払の手続（７）交付決定の取消し等の手続（８）事業実施主体による調査（９）個人情報保護等に係る対応（10）事業実施者の優先採択の基準その他必要な事項
２ 事業実施者の公募
事業実施主体は、第３の２の事業の実施に当たり、証明書発行機関等を公募するものとする。
３ 事業の実施に関する事項（１）事業計画の作成及び承認手続
事業実施主体は、実施規程に定めるところにより、事業計画を事業実施者に作成させ、その提出を受けるものとする。事業実施主体は、提出された事業計画が適切かどうか審査を行い、その結果及び適切と判断された事業計画について、別記様式５により輸出・国際局長に提出し、承認を受けるものとする。
（２）事業計画の変更又は中止若しくは廃止に係る承認手続
事業実施主体は、事業実施者から事業計画の変更（事業目的及び内容の変更に限る。）又は中止若しくは廃止に係る申請を受けた場合は、提出された事業計画の変更等が適切かどうか審査を行い、その結果及び適切と判断された事業計画について、別記様式５により輸出・国際局長に提出し、承認を受けるものとする。
（３）交付決定及び額の確定事業実施主体は、（１）の輸出・国際局長による事業計画の承認後、事業実施者から交付申請書の提出を受け、交付決定を行うものとする。また、事業実施完了後に検査を行い、補助金の額を確定し、確定した補助金額の支払いを行うものとする。
（４）事業の進捗状況管理、助言等
事業実施主体は、実施規程に基づき、事業実施者から必要な報告を受けるとともに、事業の進捗状況を管理し、必要に応じて事業実施者に対して助言及び指導を行うこととする。
第８ 事業実施状況の報告
事業実施主体は、交付等要綱第 33 の規定に基づき、事業終了後速やかに事業実施計画（別記様式２）に準じて事業実施状況報告書を作成し、輸出・国際局長に提出するものとする。
ただし、農林畜水産業関係補助金等交付規則（昭和 31 年農林省令第 18 号）第６条第１項の規定に基づく実績報告書の提出をもって、これに代えることができ5る。
第９ 事業遂行状況の報告
交付等要綱第 18 に定める事業遂行状況の報告については、補助金の交付決定に係る年度の 12 月末日現在において事業遂行状況報告書を作成し、翌月末までに交付決定者（交付等要綱第９の２に規定する交付決定者をいう。）に提出するものとする。
ただし、交付等要綱第 19 の規定に基づき概算払を受けようとする場合は、交付等要綱別記様式第６号の概算払請求書の提出をもって、これに代えることができる。
附 則
この要領は、令和５年 12 月６日から施行する。
附 則
１ この要領は、令和６年４月４日から施行する。
２ この要領による改正前の要領により実施した事業については、なお従前の例による。

6別記様式１（第２関係）番
年号
月日

輸出・国際局長 殿
所 在 地
団 体 名
代 表 者 氏 名
自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業特認団体承認申請書
１

団体の名称

２

主たる事務所の所在地

３

代表者の役職名及び氏名

４

設立年月日

５

事業年度（６

構成員

年

名称

所在地

７

設立目的

８

事業実施計画の内容

月～年月）

代表者氏名 大企業・中小企業の別

従業員数

資本金

年間販売額

主要事業

（注）事業実施計画の添付をもって記載に代えることができる。
９

特記すべき事項

10

添付書類（注）（１）定款、組織規程、経理規程等の組織運営に関する規程及び総会等で承認されている直近の事業計画及び収支予算等（２）新たに設立された団体にあっては、設立に関する関係者の協議・調整等を示す書類（創立総会議事録写し等）（３）その他参考資料
7

備考

（注）添付資料について、申請者のウェブサイトにおいて閲覧が可能な場合は、当該ウェブサイトの URL を記載することにより当該資料の添付を省略することができる。

8別記様式２（第６及び第８関係）番
年 月

輸出・国際局長号
日殿
所 在 地団 体 名
代 表 者 氏 名

令和６年度自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施計画の提出（変更、中止又は廃止）について農林水産物・食品輸出促進緊急対策事業補助金交付等要綱（令和４年 12 月２日付
け４輸国第 3859 号農林水産事務次官依命通知）第６の１の規定に基づき、関係書類を添えて、提出（変更、中止又は廃止）する。
（注）１ 関係書類として別添を添付すること。
２ 変更、中止又は廃止の場合には、上記「第６の１」を「第６の３」とすること。
３ 変更の場合には、本様式中「事業の目的」とあるのは、「変更の理由」とし、提出した事業実施計画の事業の内容及び経費の配分と変更後の事業の内容及び経費の配分とを容易に比較対照できるように変更部分を二段書きとし、変更前を括弧書きで上段に記載すること。ただし、事業内容のうち当該変更の対象外となるものについては、省略する。
４ 中止又は廃止の場合には、本様式中「事業の目的」とあるのは、「中止（廃止）の理由」とし、当該箇所に事業を中止し、又は廃止する理由について記載すること。
５ 事業実施結果に係る報告書として本様式を用いる場合には、件名を「令和６年度自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施計画の実施結果の報告について」とし、別添「第１ 総括表」及び「第２ 個別事業実施計画添付資料」には実績を記載すること。

9

別添
第１総括表
負事業種類 事業細目

担 区 分

事 業 費

事業の委託
国庫補助金

事業実施主体

千円千円

備考

４の（５）
自治体

千円

（１）委託先等による名証明書発（２）委託す給等の体る事業の内容

制強化支及び当該事業援事業に要する経費

合計（注）事業細目は、交付等要綱別表１の自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業の項の経費の欄の区分により記入すること。

10

第２

個別事業実施計画添付資料

自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業
１

事業の目的

２

事業の内容（事業実施者の選考等）
ア：実施内容（選考の基準等）

イ：実施方法（公募の方法等）

ウ：年間スケジュール

エ：成果目標（注）成果目標については、証明書の発行や施設の認定に関する実績を踏まえ、農林水産物及び食品の更なる輸出拡大に資する定量的な数値目標を設定すること。
３

添付資料
必要に応じて資料を添付すること。

11

別記様式３（第６の４関係）
番年
輸出・国際局長

月号
日

殿
所在地
団体名
代表者氏名

令和６年度自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業に関する交付決
定前着手届

このことについて、下記のとおり条件を了承の上、交付決定前に着手したいので届け出ます。
記
１

交付決定を受けるまでの期間内に、天災地変の事由によって実施した事業に損失を生じた場合、これらの損失は、事業実施主体が負担します。

２

交付決定を受けた交付金額が交付申請額又は交付申請予定額に達しない場合においても、異議がないこととします。
３ 当該事業については、着手から交付決定を受けるまでの期間内においては、計画変更は行わないこととします。

12

別添
取組内容

事業費着手予定
年月日完了予定年月日円（注）「事業費」欄は、総事業費（税込）とします。

13

理由別記様式４（第７の１関係）
番
年
輸出・国際局長

月号
日

殿

所 在 地
団 体 名
代表者氏名
令和６年度自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施規程の（変更）承認申請について自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施要領（令和５年 12 月６日付
け５輸国第 3211 号農林水産省輸出・国際局長通知）第７の１の規定に基づき、実施規程の（変更）承認を申請する。
（注）

関係書類として、自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施規程を添付すること。

14

別記様式５（第７の３関係）
番年
輸出・国際局長

月号
日

殿

所 在 地
団 体 名
代表者氏名
令和６年度自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施規程に基づく事業計画の承認（変更、中止又は廃止の承認）の申請について自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施要領（令和５年 12 月６日付
け５輸国第 3211 号農林水産省輸出・国際局長通知）第７の３の（１）の規定に基づき、関係書類を添えて、事業計画の承認（変更、中止又は廃止の承認）を申請する。
（注）１

関係書類として、自治体等による証明書発給等の体制強化支援事業実施規程に基づく事業計画を添付すること。
２ 変更、中止又は廃止の場合には、上記「第７の３の（１）」を「第７の３の（２）」とすること。

15