Scaffold 5
トレーニング資料■ Scffold5 何ができるか■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面

Volcano plot

■ Proteins 画面

まとめ、または図の補足説明■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway→ 3-1 (P.34～)■ Spectral Counting, 検定

日本語マニュアルの該当ページ
×対応するスライド番号■その他の表示画面■ Viewer←スライド番号1

Scaffold 5 何ができるか■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目→ 1-1 (P.1～)
1. 同定タンパク質リスト
1サンプルずつ→表形式にまとめる事ができる

2. Gene Ontology 情報 で 機能 / 発現位置 がより分かりやすく■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定

3. Pathway 描写■ その他の表示画面■ Viewer

4. 少しでも定量情報を→ Spectral Counting の適用
5. Viewer で シェアが容易

2

同定タンパク質リスト
1サンプルずつ → 表形式にまとめ■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み

MASCOT + Scaffold

MASCOT OnlyWT■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway

KO_1■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

KO_23■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み

同定タンパク質リスト
フィルターリングも可能
ペプチド
同定基準
リストにいらないタンパク質を除去可■ 表示画面について■ Samples画面

気になるタンパク質をチェックしておくことが可能ペプチド本数■ Proteins画面

キーワードによるタンパク質 / ペプチド絞込み選択■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer4

上記絞込み条件に対応してリストがすぐに連動

各項目によるソート可能

■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer

GO情報の表示Gene Ontologyとは各タンパク質について、以下の3種類の情報が定義さている■ データ取り込み■ 表示画面について-

Biological process■ Samples画面-Cellular component■ Proteins画面-Molecular function■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

・知らないタンパク質についてわかりやすく知る事ができる・タンパク質の 機能/発現位置 の情報をまとめる事ができる5

GO情報の表示タンパク質の機能/発現位置 がより分かりやすく■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

6

GO情報をまとめカウントした円グラフ

同定リストと共にGO情報を表示

Pathway 描写■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

該当タンパク質を含む、登録パスウェイの一覧（外部ページへのリンク）

パスウェイにおける、該当タンパク質の位置（外部ページへのリンク）

7■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway

定量情報 Spectral Counting
プロテオミクス(DDA)の定量解析■ Targeted■ Untargeted□ labeled- isotopic SILAC, AQUA etc.
- isobaric iTRAQ ,TMT etc.
□ non-labeled■ Spectral Counting, 検定- intensity based■ その他の表示画面- spectral counting■ Viewer8

定量情報 Spectral Counting■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み[Spectral Counting]
定量解析の実施は難しい→簡便な指標として、「量が多いタンパク質は同定ペプチドも多く検出される」という経験則を出発点として考えられた定量指標[Quantitative value]
標準化アイデアのベースは、- 「各サンプルの同定スペクトル数の総数は同じくらいの数になるはず」- 実験誤差を吸収

Scaffold で採用している
定量指標■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

9

各サンプルの同定スペクトル数(合計)
補正値(係数)A

B

CAverageD

D/A D/B D/C

無料のViewerで簡単にデータシェア■ Scaffold5 何ができるか- 検索結果のまとめ・比較- Gene Ontology- Pathway- Spectral Counting- Viewer■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer10

結果ファイル の取り込みはできませんが、・並べ替え・フィルターリング・タンパク質リストの整理
・ベン図、GO表示など、取り込み以外はすべてできます。

→ 2-1 (P.4～)
データ取り込み:
データ取り込みの概要 1■ Scaffold5 何ができるか
2-2. MASCOT結果ファイルをScaffoldに読み込む■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット

Scaffold

MASCOT[検索エンジン]■ 表示画面について

datファイル■ Samples画面

rawファイル■ Proteins画面

or■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定

ピークリストファイル

2-３. MASCOT結果ファイルをlogを介してScaffoldに直接読み込む■ その他の表示画面■ Viewer

MSFragger
2-4. raw/ピークリストを読み込み、対応検索エンジンで計算させる

11

orX!Tandem

データ取り込み:データ階層構造■ Scaffold5 何ができるか→ 2-1 (P.4～)■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット■ 表示画面について■ Samples画面

複数のdatをまとめたものがSample、さらに複数のSampleをまとめたものがCategoryです。階層構造はデータ取り込み時に定義します。

dat

SampleCategory■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway

Category

Category

Sample■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

12

Sampledatデータ取り込み:datファイルの位置■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット

結果画面URL[特に後半部分]■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目

Search logの「Intermediate file」■ Gene Ontology,Pathway

Daemonの「ResultURL」■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

13

データ取り込み:
データ取り込み操作 ①■ Scaffold5 何ができるか→ 2-2 (P.6～)→ 2-3 (P.21～)→ 2-4 (P.28～)■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット

New ボタンを押し(またはCtrl+N)
取り込みを開始■ 表示画面について
Sample Name、Categoryの欄を記入し「Next」ボタンを押します■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer14

定量データを含んでいない場合、”Spectral Conting(Standard)”を選択します。続いて”Next”ボタンを押しますデータ取り込み:
データ取り込み操作 ②■ Scaffold5 何ができるか→ 2-2 (P.6～)→ 2-3 (P.21～)→ 2-4 (P.28～)■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット■ 表示画面について

Scaffold でデータ取り込み時に選択肢が現れます

2-2. MASCOT結果ファイルをScaffoldに読み込む

2-3. MASCOT結果ファイルをlogを介してScaffoldに直接読み込む■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面2-4. raw/ピークリストを読み込み、対応検索エンジンで計算させる■ Viewer

15

データ取り込み:
データ取り込み操作 ③■ Scaffold5 何ができるか→ 2-2 (P.6～)→ 2-3 (P.21～)→ 2-4 (P.28～)■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット■ 表示画面について■ Samples画面

2-2. MASCOT結果ファイルをScaffoldに読み込む場合、datファイルを選択

2-3. MASCOT結果ファイルをlogを介してScaffoldに直接読み込む場合、ログから該当するjob番号を選択■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

16

2-4. raw/ピークリストを読み込み、対応検索エンジンで計算させる場合、ピークリスト/rawファイルを選択
16データ取り込み:
データ取り込み操作 ④■ Scaffold5 何ができるか→ 2-2 (P.6～)→ 2-3 (P.21～)→ 2-4 (P.28～)■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway

同一サンプルで、先ほど指定したもの以外で取り込みたいデータがある場合は上記ボタンで再取り込み。
ない場合は「Next」ボタン

別のサンプルを取り込む場合、「Add Another BioSample」ボタン。取り込み操作①～③を、全サンプルに対して繰り返し実行する■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

17

データ取り込み:
データ取り込み操作 ⑤■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット検索で使用したデータベースの選択(Accessionとアミノ酸配列の紐づけ)■ 表示画面について■ Samples画面

X!Tandem(またはMSFragger)で追加の検索を実施したい場合にチェック■ Proteins画面

Validationも含めた再スコアリングに使用するアルゴリズム■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定

類似タンパク質のグループ化ルール■ その他の表示画面
FDR計算を前もって実施（推奨）■ Viewer

18

GO情報紐づけ→ 2-2 (P.6～)→ 2-3 (P.21～)→ 2-4 (P.28～)

→ 2-4 (P.28～)
データ取り込み:
データ取り込み操作 ⑥■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定

Scaffoldでピークリスト/RAWファイルを読み込み外部検索エンジンへの橋渡しも行う場合[2-4]、検索パラメータを指定■ その他の表示画面■ Viewer19→ 2-5 (P.37～)
データ取り込み:
FASTAデータベースのセット ①■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット

Accessionからタンパク質の配列を探してきてScaffold 内に取り込ませるため、検索で使用したデータベースをScaffold上で登録する必要があります。

■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目

FASTAデータベースのセットは、Edit -> Edit FASTA Databases (左)各箇所に表れる「Edit Databases」(右)などから実施可能■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer
データベースの追加は「Add Database」
20データ取り込み:
FASTAデータベースのセット ②■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み- データ取り込みの概要- データの階層構造- dat ファイルの位置- データ取り込み操作- FASTAデータベースのセット

2.FASTAファイルを選択■ 表示画面について
1.「Add Database」■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

3.Accession,Descriptionを
FASTAファイルから認識し情報を抜き出す処置の方法を選択。こだわりがない場合、「Auto Parse」を選択

4.「リストに新たなデータベースが追加される

21

表示画面について■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

22

Scaffoldがもつ各種機能の画面が「View」。パネルをクリックすると画面が切り替わります・Load Data
・Samples[Default]
・Proteins・Similarity
・Quantify
・Publish・Statistics

Samples画面■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込みThe Display pane
Samples table で表示する
数値の設定→ 3-2-1(P.43)→ 3-1 (P.41～)

Filtering Samples
表示タンパク質 / ペプチドの絞り込み条件→ 3-2-2(P.45)■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定→ 3-2-3(P.47)
Samples Table
同定タンパク質情報同定されたタンパク質の一覧、Gene Ontologyなどタンパク質の関連情報が表示
解析結果の概要を確認する上で主体となる 画面■ その他の表示画面■ Viewer

23

Information Pane
類似タンパク質、GO/Pathway の階層/リスト情報など→ 3-2-4(P.49)

表示される 数値 [Display Options] → 3-2-1 (P.43～)■ Exclusive と Total
Exclusive : 該当タンパク質のみに存在するペプチド/
スペクトル
Total
: Exclusive + シェアペプチド/スペクトル■ Unique peptides / Unique spectra/Spectrum・Protein Identification Probability
タンパク質の同定確率 (Protein prophetで計算)
・Percent Coverage
タンパク質全長（残基長）に対し、アサインされたペプチド残基数の割合
・Percentage of Total Spectra
サンプル内全スペクトルに対して、タンパク質にアサインされたスペクトル数の割合
24Unique peptides : タンパク質にアサインされたペプチド数。修飾のあるなし、電荷の総意に関係なく同じ配列のペプチドは１つにまとめてカウント
Unique Spectra : Unique peptides と似ているが、電荷/修飾の違うペプチドは別にカウント
Spectrum: まとめる処理をしないSamples Table

ID,分子量→ 3-2-3 (P.47～)

Gene Ontology 情報 (またはPathway情報)

サンプル別の同定ペプチド数[表示内容は変更可能]

タンパク質名25

Samples 画面 その他① フィルターリング機能で、同定ペプチド/タンパク質の条件を変更できます②列名をクリック
すると、降順/昇順並び替えできます③ 気になるタンパク質に星印(2色あり)をつけ、後で並び替えなどができます

26に④ 類似タンパク質、Gene Ontology情報を確認できます。また
Pathwayや機能に関する情報など、外部データベースの該当ページへのリンクが準備されますProteins 画面■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込みペプチド/タンパク質の定性 結果をより詳細に検証→ 6-1 (P.81～)

Sample画面でタンパク質をダブルクリック
するか、タンパク質を選択状態で左フレーム「Proteins」をクリックすると表示■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目

Proteins Pane

Peptides pane

→ 6-2(P.82)→ 6-3(P.83)■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

Spectrum Pane→ 6-4(P.86)

27

Proteins pane, Peptide Pane 拡大

Proteins Pane （画面左上）
同定タンパク質の情報 [各サンプル別]Peptides pane （画面右上）
着目しているタンパク質にアサインされているペプチド一覧
28→ 6-2(P.82)→ 6-3(P.83)

menu選択項目 ①■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込みFile
解析ファイルの作成、セーブなど

View
Samples画面の表示内容に関する切り替えなど

Edit
Scaffold 設定の変更、データベースやGO、Pathwayに関する設定など■ 表示画面について→ 4-1 (P.52～)■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer29→ P.52→ P.52

Edit Annotation Options

Save → P.56
Merge → P.57

→ P.53→ P.59,69

Preference → P.66
Advanced Preference→P.68

menu選択項目 ②■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み→ 4-1 (P.53～)

Experiment
データの紐づけ/階層構造、validation設定や検定など

Export解析結果のファイル出力→ P.53→ P.54■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer30

menu選択項目 ③■ Scaffold5 何ができるか→ 4-1 (P.54～)

Quant
Q+/Q+Sモジュールへの切替

Window
View 画面の切替

HELP
各種HELPページ、デモファイル、licenseに関する情報→ P.54→ P.54→ P.55■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

31

Gene Ontologyの設定
GOAファイルのセット■ Scaffold5 何ができるか

Gene Ontology 情報を利用するためには、ローカルにファイルをダウンロード・セットする必要があります■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面→ 4-5 (P.59～)

1. Menu Edit–> Edit Annotation Options

3-a.ファイル取得も同時に行う
場合「Source」でターゲットの生物種を選択すると、GOAファイルを取得しScaffold 用に変換したデータベースを作成します■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

2. Add32

3-b.予めファイル取得を行う場合「Source」で「Other File」を選択し、予めダウンロード・解凍しておいたgafファイルを選択

Gene Ontologyの設定 → 4-5 (P.59～)
自動選択による表示項目の選定■ Scaffold5 何ができるか表示するGene Ontology 項目の最適な組み合わせでの選定を、PSEA Quant というプログラムを使って自動で行う場合■ データ取り込み

3. PSEA-Quant 解析のパラメー
タを選択し、「Apply」を押します■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面
1. Menu Experiment–> Add or Edit Annotations■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

2.PSEA-Quantによる自動選定を行う場合「Annotation Source」で「GO Terms」を選択します。
また、「Displayed Annotation Selection」
で「Automatically select with a PSEAQuant analysis」を選択します。
選択後、「OK」ボタンを押します33

Gene Ontologyの設定 → 4-5 (P.59～)
手動選択による表示項目の選定表示するGene Ontology 項目の選定を手動で行う場合■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み

3. 上段がGOリスト、下段が「Selected GOTerms」が選択項目です。「Add」または「Remove」で選択項目を調整します。選択後、ダイアログ最下部の「Select」ボタンを押します。

■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway

1. Menu Experiment–> Add or Edit Annotations■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer34

2. 手動選定を行う場合「Annotation Source」で「GO Terms」を選択します。
また、「Displayed AnnotationSelection」で「Manually select」を選択します。選択後、「OK」ボタンを押しますGene Ontology 情報の表示■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み■ 表示画面について選択したGO情報が Samples画面に表示されます■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

Information paneには選択タンパク質についてGOの階層構造もわかるように表示されます
35

Pathwayの設定 : ID
■ Scaffold5 何ができるか→ 4-8-1 (P.69～)

Pathway情報を利用するためには、タンパク質の特定情報 (ID)に気を付ける必要があります■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面

WikiPathways■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

36“gene name”が必要“gene name”情報を後から追加・表示する事が可能[menu]
Experiment-> Extract Alternate IDs

Reactome

ID
対処法

Uniprotの”Accession”が必要
× ALBU_BOVIN〇 P02769
最初からUniprotのAccession が定義されたデータベースで検索を実行する必要があるPathway表示のための操作→ 4-8-2 (P.69～)

Pathway情報の表示項目選択はGO同様自動選択と手動選択があります■ Scaffold5 何ができるか
4-a.自動取選択[PSEA-Quant]の場合■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面

1. Menu Experiment–> Add or Edit Annotations■ Proteins画面

2. 「Annotation Source」でPathwayを選択し、「reactome」か「Wikipathways」を選択します。

■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway

4-b.手動選択の場合■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面■ Viewer

3. 「Displayed Annotation Selection」で、37表示するPathway項目について、PSEA-Quantによる自動選択か手動選択かを選びます。

Pathway 表示 1
Scaffold ではGOのように、該当項目にマークがついた形で表示されるのみです。
Scaffold 上で Pathway描写は行われません。
各タンパク質のPathway情報が表示されます

スライド39 ②
スライド39 ①

38

Pathway 表示 2
実際のPathway情報は外部リンクから確認する事ができます
ページ内検索で該当タンパク質を探します② Pathway表示①該当タンパク質が含まれるPathway一覧

39Spectral Counting,検定■ Scaffold5 何ができるか→ 11 (P.119～)

定性解析（ペプチド同定、タンパク質同定）の結果から、タンパク質の存在量を反映させる数値（指標）を計算し表示させることができます■ データ取り込み■ 表示画面について各種検定も実施可能■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定“Display Options”の中から選択■ その他の表示画面■ Viewer

40

対応するSpectral Counting
Total Spectra
Weighted Spectra
emPAI
NSAFiBAQ

その他の表示画面:Load Data
■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み→ 5 (P.77～)

サンプルに対して取り込みデータの追加や削除したり、サンプル自体を追加/削除/改名 などをする事ができます■ 表示画面について追加でdatを取り込む際の選択■ Samples画面

サンプルの追加■ Proteins画面

サンプル名■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面- Load Data
- Similarity- Quantify- Publish- Statistics

BioSampleに取り込み予定のdat

BioSampleに取り込み済の dat

検索条件■ Viewer41

その他の表示画面:Similarity■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み

シェアペプチドを持つタンパク質の重複具合をチェックできます

ユニークなペプチドは、「Exclusive To」で色分け表示されます■ 表示画面についてタンパク質リスト→■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面- Load Data
- Similarity- Quantify- Publish- Statistics■ Viewer

42

ペプチドリスト↓→ 7 (P.89～)

その他の表示画面:Quantify■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み→ 8 (P.102～)

定量値のグラフ、同定タンパク質/ペプチドのサンプル間比較、タンパク質の機能に着目した円グラフなどを表示■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面

定量値の棒グラフ

定量値の散布図→ 8-2 (P.103～)→ 8-3 (P.103～)■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面- Load Data
- Similarity- Quantify- Publish- Statistics

GO/Pathway の項目を数え、円グラフなど■ Viewer

43

同定タンパク質/ペプチドのサンプル間比較[ベン図]→ 8-5 (P.107～)→ 8-4 (P.107～)

その他の表示画面:Publish■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み解析の手法の記述を補助→ 9 (P.109～)

左側にソフトウェアのバージョンなどを記入すると、右側にその内容に従った文章が表示されます■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面- Load Data
- Similarity- Quantify- Publish- Statistics■ Viewer

44

・文章は論文などで利用可能
・Scaffoldを利用した解析では参考文献にもScaffold の論文引用をお願いしています→ 10 (P.112～)

その他の表示画面:Statistics■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み・主にScaffold で算出しているペプチド/タンパク質の同定確率や、FDRに関するグラフ・複数検索エンジンの結果を取り入れた際の結果比較も可能■ 表示画面について

主にFDRに関連するグラフ■ Samples画面→ 10-3 (P.113)■ Proteins画面■ menu選択項目■ Gene Ontology,Pathway■ Spectral Counting, 検定■ その他の表示画面- Load Data
- Similarity- Quantify- Publish- Statistics

グラフ表示する
Sampleを選択→ 10-2 (P.112)

複数検索エンジンでの結果比較ができる散布図 → 10-4 (P.117)

入力データのペプチドスコア分布→ 10-5 (P.117)■ Viewer

45

ViewerViewerでは、データ取り込み以外のほぼすべての操作が可能■ Scaffold5 何ができるか■ データ取り込み■ 表示画面について■ Samples画面■ Proteins画面

Viewer入手先

https://www.proteomesoftware.com/products/scaffold-5
Viewerインストール要件 (推奨)■ menu選択項目■ Gene Ontology, Pathway■ Spectral Counting, 検定

OS: Windows10 以上, Mac OS (最新版) , Linux Ubuntu 16.04
Memory : 4GB以上、16GB 以上推奨
Disk: 空き容量 最低 35GB以上■ その他の表示画面■ Viewer

シェアの方法ファイル保存 → Sf3 ファイル (Scaffold のフォーマット)を人に渡す → viewer で開く

46