Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 1

MASCOT Server version 2.1

新規インストール手順
このマニュアルは、MASCOT Server version 2.1 を新規にインストールする手順について説明しています。以前のバージョンから 2.1 にアップグレードする場合は「MASCOT Server version 2.1 アップグレード手順」をお読みください。

準備するもの(1) MASCOT Server 2.1 の CDROM(2) MASCOT Server のライセンスファイル（通常は FD に格納してお渡しします）

インストールの流れ(1) Administrator でログオンする(2) Administrators 権限を持った mascot ユーザを作成し、mascot ユーザでログオンする(3) PC のソフトウエア等の環境を確認する(4) Virus スキャンや電子メール等のアプリケーションソフトウエアを終了する(5) Perl 5.8 をインストールする(6) MASCOT Server version 2.1 をインストールする(7) 動作を確認する

技術サポート
新規インストールに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：info-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 2

1.

PC へ Administrator でログオンする

Administrator ユーザでログオンしてください。

2.

mascot ユーザを作成し、mascot ユーザでログオンする

Administrators 権限を持つ mascot ユーザを作成した後ログアウトし、mascot ユーザでログオンしてください。なお、新規ユーザの作成方法は Windows のヘルプ等をご参照ください。

3.

PC のソフトウエア等の環境を確認する

MASCOT Server version 2.1 をインストールするためには、次のソフトウエアやデバイスの環境が必要ですのでご確認ください。

オペレーティングシステム
MASCOT Server version 2.1 は Windows 2000、Windows XP Professional、Windows 2003
Server 上で動作します。

Web サーバ
MASCOT Serverはクライアント/サーバ・アーキ
テクチャを採用しており、Webサーバ上で動作します。MASCOT Server version 2.1をインストールする前にWebサーバが正しく動作することを確認してください。
Webブラウザを起動し、アドレス欄にhttp://host名/を入力し、Enterキーを押してください。WebサーバがIISの場合、Webブラウザは右のようなデフォルトページを表示します。デフォルトページが表示されない場合はWebサーバが正しく動作していないことが考えられますので、コンピュータ管理者にお問い合わせください。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 3

Web ブラウザ
Internet Explorer 5.5 以上が必要です。

ディスクスペース
MASCOT Server version 2.1 の CDROM には 20050227 版の MSDB が含まれており、MSDBも含めてアップグレードする場合は 4GB 程度のディスクスペースが必要です。その他の配列データベースを追加してセットアップする場合はそれらのサイズに応じたディスクスペースが必要になります。

メモリ
最低 1GB のメモリが必要です。配列データベースをメモリ上にマップすると検索速度が向上しますので、より多くのメモリを搭載することをお勧めします。

ネットワーク質量分析計のデータ処理システムからネットワーク経由で質量データを取得する場合に必要となります。
また、NCBInr 等の配列データベースを NCBI 等のサイトにアクセスして更新する場合はインターネットへ接続できる環境が必要です。

4.

アプリケーションソフトウエアを終了する

新規インストール作業を行う前に、 Virus スキャンや電子メールなどのアプリケーションソフトウエアを終了してください。

5.

Perl 5.8 をインストールする

MASCOT Server は Perl を利用して様々な処理を行います。MASCOT Server version 2.1 をインストールする前に必ず Perl 5.8 をインストールしてください。MASCOT Server Version 2.1 のCDROM には Perl 5.8（ActivePerl-5.8.2.808-MSWin32-x86.msi）が含まれています。

Windows Installerのアップデート（Windows 2000の場合に必要な作業です）
Perlをインストールする際、オペレーティングシステ
ムに含まれているWindows Installerプログラムが動作します。MASCOT Server version 2.1はPerl 5.8を使用しま すが 、 Perl 5.8を イ ンスト ール す るため にはWindows Installer 2.0が必要になります。Windows
2000では古いバージョンのWindows Installerが使わMascot Server version 2.1 新規インストール手順 4れている場合がありますので、次の手順でアップグレードしてください。なお、Windows XP Professionalや2003 ServerではすでにWindows Installer 2.0がインストールされていますので、この作業は必要ありません。

(1) MASCOT Server version 2.1のCDROMをドライブに挿入してください。
(2) daemonフォルダにある “InstMsiW.exe” をダブルクリックしてください。インストールが始まります。
次のダイアログが表示された場合はすでにインストールされていますので、[OK]ボタンを押して次の手順『Perl 5.8のインストール』に進んでください。

(3) PCを再起動してください。

Perl 5.8のインストール
すでにPerlがインストールされている場合はそのバージョンを確認してください（コマンドプロンプトを起動し、perl –vコマンドを実行するとインストールされているPerlのバージョンを確認することができます）。バー
ジョンが5.8未満の場合は、コントロールパネルにある[ ア プ リ ケ ー シ ョ ン の 追 加 と 削 除 （ Windows XPProfessionalの場合はプログラムの追加と削除）]を使ってPerlを削除した後、MASCOT Server version 2.1の
CDROMにある、ActivePerl-5.8.2.808-MSWin32-x86.msiをダブルクリックし、表示されるダイアログの指示に従いPerl 5.8をインストールしてください。

動作確認
コマンドプロンプトを起動し、 “perl -v” コマンドを実行してください。次のような文字列が出力されることを確認してください。

C:\>perl –v
This is perl, v5.8.2 built for MSWin32-x86-multi-thread(with 25 registered patches, see perl -V for more detail)Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 5Copyright 1987-2003, Larry Wall
Binary build 808 provided by ActiveState Corp. http://www.ActiveState.com
ActiveState is a division of Sophos.
Built Dec 9 2003 10:19:40
Perl may be copied only under the terms of either the Artistic License or theGNU General Public License, which may be found in the Perl 5 source kit.
Complete documentation for Perl, including FAQ lists, should be found on
this system using `man perl' or `perldoc perl'. If you have access to theInternet, point your browser at http://www.perl.com/, the Perl Home Page.
Windows XP Professional SP2の設定Windows XP Professional SP2 はファイアウォール機能をサポートしています。MASCOT Serverが Windows ファイアウォール機能の下で正しく動作するように次の設定を行ってください。
(1) cmd.exe[マイコンピュータ]を開き、[ツール]メニューから[フォルダオプション]を選択してください。[表示]タブの[詳細設定]から、[簡易ファイルの共有を使用する (推奨)]のチェックをはずし、[適用]、[OK]ボタンを押してください。C:\windows\system32\cmd.exe ファイルのプロパティを開き、[セキュリティ]タブの[ユーザ名またはグループ (G)]に[インターネットゲストアカウント (ホスト名\IUSR_ホスト名)]を追加し、[インターネットゲストアカウントのアクセス許可 (P)]をフルコントロールにし、[適用]、[OK]ボタンを押してください。
(2) Windows ファイアウォール[コントロールパネル] → [ネットワークとインターネット接続] → [Windows ファイアウォール]の順に選択してください。[全般]タブで[有効 (推奨)(O)]を選択してください。[例外]タブで[ファイルとプリンタの共有]をチェックしてください。[詳細設定]タブで[ネットワークの接続の設定]から[ローカルエリア接続]がチェックされた状態で選択し、[設定]ボタンを押してください。[サービス]タブで[Web サーバ (HTTP)]をチェックし、[OK]ボタンを押してください。 さらに、[OK]ボタンを押してください。

6.

MASCOT Server version 2.1 をインストールする

MASCOT Server version2.1 のインストールは 15 分程度で終了します。MASCOT Server のインストールが終了すると、蛋白質データベースである MSDB のセットアップ（MSDB からの情報抽出・分割および圧縮）が始まります。MSDB のセットアップは、PC の性能にもよりますが、15～40 分程度かかりますので、MASCOT Server のインストール開始から MASCOT 検索ができるようになるまで 1 時間程度必要です。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 6

Mascot Server のインストールを進める過程で、弊社が発行したライセンスファイルが必要になります。
ライセンスファイルは通常フロッピーディスクでご提供いたしますので、あらかじめご準備ください。ライセンスファイルを CDROM や電子メールで受け取った場合は、フロッピーディスクにコピーしてください。フロッピーディスクを使用できない PC に MASCOT Server をインストールする場合は、PC のハードディスク上の適当なフォルダ（たとえば C:\inetpub フォルダ）にライセンスファイルをコピーしてください。

MASCOT Server version 2.1のCDROMをCDROMドライブに挿入し、CDROMにある“SETUP.EXE” をダブルクリックしてください。次のダイアログとともにインストールが始まります。

[Next >]ボタンを押してください。
End User Licence Agreementが表示されます。

内容に問 題が ないよう でし たら“Accept licence”を選択し、[Next >]ボタンを押してください。PCに関する情報（OSの種類、メモリ搭載量、コンピュータ名、CPU数、IISバージ
ョン、Perlのバージョン、GDパッケージのインス トール状況、 既存のMASCOT Serverのバージョン）が収集され、表示されます。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 7[Next >]ボタンを押してください。
ライセンスファイル指定画面が表示されます。

[Locate Licence]ボタンを押すと、ライセンスファイルの保存場所を指定するダイアログが表示されます。ライセンスファイルを含むフロッピーディスクをフロッピーディスク・ドライブに挿入し、フロッピーディスク・ドライブレター（通常はAドライブです）を指定し、[OK]ボタンを押してください。ライセ
ンスファイルをハードディスク上のフォルダにコピーしてある場合はそのフォルダを指定してください。
有効なライセンスが検出されるとその内容がダイアログ上に表示されます。MASCOT Serverのインストールが終了するまでフロッピーディスクは抜かないでください。また、MASCOT Serverのインストールが終了したら速やかにフロッピーディスクを抜いてください（フロッピーディスクを挿入したままですとPCの起動や再起動ができない場合があります）。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 8[Next >]ボタンを押してください。

MASCOT ServerのURLが表示されます。このURLはWebサーバからマップされます。変更せずにそのまま[Next >]ボタンを押してください。

MASCOT Server を イ ン ス ト ー
ルするディレクトリを指定するダイアログです。問題がないようでした
ら、変更せずにこのまま[Next >]ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 9[Next >]ボタンを押してください。
ファイルのコピーが始まります。

ファイルがコピーされインストールが終了するまでの時間は、PCの性能にもよりますが、5～10分程度です。

インストールが終了するとこのダイアログが表示されます。[OK]ボタンを押してください。自動的にブラウザが起動し、MASCOT searchstatus page 画 面 が 表 示 さ れ 、MSDB のセットアップが始まります。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 10

自動的にブラウズが起動しない場合は、ブラウザを起動し、アドレス欄に、http://MASCOT_server名/mascot/x-cgi/ms-status.exeを入力してください。
が立ち上がり、蛋白質データベースである MSDB のセットアップが始まります。
MASCOT Serverは配列データベースの検索速度を上げるために、配列データベースを構成する各エントリからアクセッション番号、アノテーション、配列に関する情報を抽出し、各々の情報をひとかたまりにした複数の圧縮ファイルを作成します。セットアップの進行状況に応じてMASCOT search status
pageのStatus行に出力される内容は、Creating compressed files
Running 1st test
First test just run OK
Trying to memory map files
Just enabled memory mapping
In Useのように変化し、データベースが使用できる状態（MASCOT検索ができる状態）になった時点で In Useとなり、MASCOT検索を実行する環境が整います。

Mascot Server version 2.1 新規インストール手順 117.

動作確認

適当な質量データファイルを使って検索を実行し、検索結果が正しく表示されることを確認してください。
以上