配列データベース管理マニュアル | 1

配列データベース管理マニュアル● はじめに

これまでのバージョンでConfiguration Editor の「Database maintenance」 ページから管理していたMASCOT Server の設定内容が２つに分割され、主にデータベースの設定を中心とした「Dataabse Manager」とMASCOT Serverの各種パラメータを設定する「Configuration Options」において管理する形式に変わりました。
「Database Manager」については、これまでのデータベース設定に加え、データベースファイルの自動更新の設定や最適なParse Rule の選別、さらには公開データベースのフォーマット変更にも対応し自動的に変更するなど、様々な機能が追加されました。
本資料では、インストール／バージョンアップ直後の初期設定方法と、「Database Manager」で使用可能な各機能について説明します。

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配列データベース管理マニュアル | 2● 本資料で取り扱う内容と掲載ページ□ Database Manager 初期設定

P.3▼

Mascot ver. 2.3 からのアップデート時

P.3▼

Mascot ver. 2.4 新規インストール時

P.8□ Section 別 設定内容 :: Settings Section

P.11

▼

MASCOT Server のInternet 接続の可否

P.13

▼

MASCOT Server の 外部公開プログラムへの接続の可否

P.13

▼

プロキシ設定P.14▼

配列データベース設置場所の変更

P.16□ Section 別 設定内容 :: Database Manager Section P.17▼

使用データベースのON/OFF, データベースファイルの取得（更新）P.18▼

データベースファイルの定期的な自動取得・更新設定

P.21

▼

新規データベースの追加

P.23- predefined database definition

P.24- template

P.28- copyP.34-custom

P.36□ Section 別 設定内容 :: Tasks Section

P.45

▼

P.45

データベース更新進捗の確認

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配列データベース管理マニュアル | 3● Database Manager 初期設定
□ ver2.3からのバージョンアップ時に行う初期設定

Database Manager 機能の実装に伴い、ver. 2.3 から ver. 2.4 へのアップグレード時に改めてデータベースの設定移行作業を行う必要があります。
データベースの設定移行作業を行う画面へアクセスするためには MASCOT のライセンス登録
後 Web ブラウザで Home → Configuration Editor → Database Manager を開きます。

Home ->

Configuration Editor -> Database Manager

バージョンアップ後最初にDatabase Managerを開くと、次頁図のように初期設定画面が現れます。ver. 2.4 では、公開データベースの設定に関してParse Rule をはじめとする各種項目がXMLファイル configuration.xml （ローカルサーバーのconfigフォルダ内）にまとめられており、弊社公開サイト www.matrixscience.com においてもそのファイルを公開しています。
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配列データベース管理マニュアル | 4

Database Manager の最初の設定では、各データベースの設定に関して、これまで利用していた各設定項目をそのまま継続して利用する（Keep as Custom）か、それとも configuration.xml
ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続ける(Synchronise)かを選択します。通常は最適設定が自動的に選ばれており変更する必要がない場合が多く、そのままパラメータを変更することなく「Import」を押します。

【選択項目の目安】●公開データベースで mascot デフォルト設定準備されている→ Synchronise●カスタムデータベース、公開 DB だが抜き出しルール変更時など→ Keep as Custom

通常はパラメータを変更することなく「Import」

設定の目安ですが、SwissProtやNCBInrなど、弊社でもデフォルト設定を準備している公開データベースの場合「Synchronise」を選択し、弊社でデフォルト設定を準備していない他の公開データベースや、完全にオリジナルなカスタムデータベースの場合は「Keep as Custom」が選択する事をお勧めします。

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配列データベース管理マニュアル | 5

Database Manager 画面:データベースと選択項目について

表内の各項目の意味は以下の通りです。
項目名説明Existing

これまでのバージョンで利用していたデータベースの名称

Predefined

configuration.xml 内で定義されている設定の名称

MatchPredefined の設定内容と、既存設定との一致度。Perfect なら問題ない。

Synchronise or

Synchronise…configuration.xml の定義内容と入れ替え

Keep as Custom

Keep as Custom … これまでの定義内容をそのまま利用

すべて定義後、画面下の「Import」ボタンを押します。Importボタンを押すと画面が切り替わります。左側の「Database Manager」->「Databases」に該当する項目の画面です（下図）。

Import ボタンクリック後自動的に表示される「Dtabases」画面

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配列データベース管理マニュアル | 6

Importボタンを押すと、既存のファイルより公開されているデータベースが新しいかどうかを判定した上で、自動的にデータベースの更新を試みます。この段階で既に既存データベースに対するMASCOT検索ができる状態になっており、データベースの更新を放置してご利用頂いても結構です。更新状況を確認したい場合、下記に記す方法で行ってください。

【データベースファイルの自動取得とデータベース更新の進捗を確認する方法】
ver.2.4 よりデータベース更新プログラムは既存のバージョンで動作していたプログラムとは異なる仕組みで動き、これまでのプログラムで使用していたプログラム本体と設定は全く使用されなくなります。
新たに実行された各データベースの更新プロセスは「Task」として扱われます。Taskの進捗度合いは下図のように「Tasks」セクションにて確認する事ができます。左側の「DatabaseManager」-> 「Tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています。

Task として実行中のファイルのダ
ウンロード進捗を確認する場合
実行待ち→実行中 →実行終了→

Database Manager : Tasks 画面

ファイルダウンロードが終了後、プログラム ms-monitor.exeがダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようファイル変換を行います。変換状況は、Database Status(Home -> Database Status)で各データベースの更新状況が確認できます。

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配列データベース管理マニュアル | 7

各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_(バージョンまたは日付).fasta と表示されています。後部の(バージョンまたは日付)でデータベースの新しさを管理してください。

ダウンロード後のファイル変換
作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれる

Database Status 画面: 構築中のデータベース

図例のNCBInrのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。
「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例図では、日付が20120502 のStatus
項目は「Not in use」となっています。一方より新しい20120508の方は「In use」となっています。これは20120502の方は既に使用されておらず、新しい20120508の方が現在使用可能となっている事を表しています。

同一 DB で複数表示の場合、Status が「In Use」になっている方が現在使用可能

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配列データベース管理マニュアル | 8【ネットワークご利用時Proxyサーバーをご利用のお客様のみ:Proxyサーバーの設定】

自動更新プログラムの設定には、Proxy サーバーの設定が必要です。詳細はSection 別設定内容:: Settings Section の「プロキシ設定」(P. 14) をご覧ください。

□ Database Manager 最初の設定【ver. 2.4 新規インストール時】

インストール後、使用するデータベースについて、初期登録されている SwissProt の設定を確認し、MASCOT 側で設定が定義されているデータベースから使用したいものを選ぶ操作が必要となります。データベースの環境設定を行う画面へアクセスするためには MASCOT のライセンス登録後 Web ブラウザで Home → Configuration Editor → Database Manager を開きます。

Home ->

Configuration Editor -> Database Manager

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配列データベース管理マニュアル | 9

インストール後最初にDatabase Managerを開くと、以下のように初期設定画面が現れます。
ver. 2.4 では、公開データベースの設定に関してParse Rule をはじめとする各種項目がXML
ファイル configuration.xml （ローカルサーバーのconfigフォルダ内）にまとめられており、弊社公開サイト www.matrixscience.com においてもそのファイルを公開しています。
Database Manager の最初の設定では、各データベースの設定に関して、これまで利用していた各設定項目をそのまま継続して利用する（Keep as Custom）か、それともconfiguration.xml ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続ける(Synchronise)かを選択します。SwissProtに関しては最適設定が自動的に選ばれているため、そのままパラメータを変更することなく「Import」を押します。（但しID部分を変更したい場合はその限りではありません）

通常はパラメータを変更することなく「Import」

Database Manager 初期設定画面

確認後、画面下の「Import」ボタンを押します。Importボタンを押すと画面が切り替わります。左側の「Database Manager」->「Databases」に該当する項目の画面です（次頁図）。

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配列データベース管理マニュアル | 10

Importボタンを押すと、既存のファイル(DVD内)よりインターネットに公開されているデータベースの方が新しいかどうかを判定し、自動的にデータベースの更新を試みます。この段階で既に既存データベースに対するMASCOT検索ができる状態になっていますので、データベースの更新は放置して以降の動作確認のステップへ移行してください。更新状況は後述する確認方法で進捗をチェックしてください。

【ネットワークご利用時Proxyサーバーをご利用のお客様のみ:Proxyサーバーの設定】

自動更新プログラムの設定には、Proxy サーバーの設定が必要です。詳細はSection 別設定内容:: Settings Section の「プロキシ設定」(P. 14) をご覧ください。

【SwissProt以外のデータベースファイルを使用可能にする方法】

DVD 内に準備されている検索用データベースは SwissProt のみですが、MASCOT 用のデータベースとしてはその他にも公開されているデータベースや、ご自身で作成されたデータベースを使用する事ができます。
データベースを追加・使用する方法については、Section 別設定内容:: Database ManagerSection(P. 22)をご覧ください。

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配列データベース管理マニュアル | 11

●Section 別設定内容 :: Settings Section

Settings 項目では大きく分けて以下の４項目の設定変更が可能です。

- MASCOT Server のInternet 接続の可否- MASCOT Server の 外部プログラムへの接続の可否- プロキシ設定- 配列データベースの格納位置の設定

Settings セクション画面へは、画面左側の「Database Manager」- 「Settings」をクリックします。

「Settings」

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配列データベース管理マニュアル | 12

Settingsの画面は、上から順に、「MASCOT Server のInternet 接続の可否」「MASCOT Server の 外部プログラムへの接続の可否」、Settings 画面上部

並びに「プロキシ設定」「配列データベース格納位置の設定」に関する項目やリンクのボタンが並んでいます。

Settings 画面下部

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配列データベース管理マニュアル | 13

□ MASCOTサーバーのインターネットへの接続許可 【Internet accesssettings】

MASCOT では 主にデータベースファイル取得や、databaseの定義ファイルのチェックのためインターネットに接続します。インターネットへの接続を希望しない場合、【Internet accesssettings】項目で設定を変更し切り替える事ができます。

←現在の設定内容←設定の切り替え□ MASCOT Server の 外部プログラムへの接続の可否【Allow externalfull-text reports?】

MASCOT の結果画面の中で、タンパク質の詳細情報を表示する箇所があります。詳細情報はローカルコンピュータにダウンロードされたファイルから取得する場合と、外部のサーバーから取得する場合があります。詳細情報を得るためにヒットタンパク質の情報を外部サーバーへ投げる事を好まない場合、【Allow external full-text reports?】項目で設定を変更する事ができます。

←現在の設定内容←設定の切り替え

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配列データベース管理マニュアル | 14

□ Proxyサーバー設定【Proxy settings】

前述の通り、MASCOTではデータベースファイル取得や、databaseの定義ファイルのチェックのためインターネットに接続しますが、使用しているネットワーク環境によってはProxyサーバー経由でないとインターネットへ接続できない事があります。【Proxy settings】項目ではProxyに関する設定を行います。
設定画面には、【Proxy settings】項目内の、「Edit proxy settings」を選択します。

プロキシ設定は「Edit proxy settings」

プロキシサーバーの設定画面へ移動します（次頁図）。画面が開く際に既に接続テストが行われており、設定が適切でファイル
http://www.matrixscience.com/downloads/databases_1.xmlにアクセスできると「Succeeds」と表示します。

設定画面では Proxy サーバーのアクセス先、ポートに加え、必要があればユーザー名やパスワードを入力する箇所があります。また、HTTPだけでなくFTP についても設定する箇所があります。

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配列データベース管理マニュアル | 15

← Proxy サーバーアドレス。
例: http://proxy.mascot.jp/proxy← Proxy ポート。例: 8080
← 認証ユーザー名とパスワード。
使用していない場合、空欄で← 設定後、適用と同時に「Test」実施

Proxy Settings 画面

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配列データベース管理マニュアル | 16

□ Sequence フォルダデフォルト設置箇所設定【Sequence directorysettings】

MASCOT で使用するデータベースのファイルはファイル容量が大きく、しばしばファイルの置き場所に問題が生じる事があります。ファイルの置き場所を変更するには、【Sequencedirectory settings】の項目を書き換え、設定を適用するため「Set」ボタンを押してください（下図）。

←現在の設定内容、必要に応じて書き換える←設定更新の適用

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配列データベース管理マニュアル | 17●

Section 別 設定内容 :: Database Manager Section

databases セクションでは、以下の内容の設定変更を行うことができます。

▼使用データベースのON/OFF▼

データベースファイルの取得▼

データベースファイルの定期的な自動取得・更新設定▼

新規データベースの追加【新規データベース追加作業におけるこれまでのバージョンとの変更点】

ver.2.3までは、新規データベースの構築時に必要な、FASTAファイル内先頭行から特定のルールでID部分を抜き出す「抜き出しルール」の記述がコンピューターに慣れていない方にとって難しく、この件で多くのお問い合わせがありました。また、公開データベースのファイルフォーマットやファイルの保存場所が不定期に変わる事があり、トラブルの要因の１つでした。
新バージョンではこれらの点に関する改善が行われました。まず、IDの抜き出しルール選択について、選択時にMASCOT側が候補となるルールを提示して、ユーザーが最適な項目を選ぶだけで良いようにしました。また、弊社が管理するサーバー上でデータベースの設定ファイルを公開し、ユーザー側のMASCOTが定期的に弊社サーバーの設定ファイルの中身をチェックする仕組みを採用しました。これによりフォーマットやファイルの置き場所が変わり設定の変更の必要が生じた場合、適切に書き換えられた設定内容をユーザー側のMASCOTにも自動的に対応させるようになりました。さらに、これまでWindowsのTask機能を使って実施していたデータベースの自動更新を、このセクションの中で設定・実行できるようにいたしました。

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配列データベース管理マニュアル | 18

【データベース追加作業の変更点・まとめ】○ MASCOTが自動的に最適な抜き出しルールの候補を挙げてくれる。ユーザーは候補から選択するだけでよい。
○ データベースの抜き出しルール・ダウンロード先に変更がないか自動的・定期的に確認をし、必要に応じて自動的に変更させる事ができる。
○ データベース自動更新の日時・頻度を設定できる

以下、Databases Manager Sectionで行う事のできる設定について、小セクションごとにまとめています。

□ 使用データベースのON/OFF、データベースファイルの取得（更新）【Databases section】

Database Manager の最初の画面、または左フレームの一番上、「Database Manager」「Databases」をクリックすると現れる画面で、現在ピックアップ中のデータベースの一覧が表示されます。

「Databases」

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配列データベース管理マニュアル | 19

Databases セクションでは、使用するデータベースの選択やデータベースファイルの更新を行う事ができます。

使用状況
DB 更新

Active /Deactive 切替

線上部は”Active”

線下部は”Deactive”＊は MASCOT 側が設定を準備している DB”Predefined”

各データベースの名称部分のハイパーリンクをクリックすると、該当データベースの設定やバージョン、ファイル取得の状況についてより詳しく見る事ができます（次頁図）。

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配列データベース管理マニュアル | 20

設定ファイルconfiguration.xml 内での名称

Database FASTA ファイルが置かれている場所

Active/Inactive 切り替え

自動更新スケジュール編集

データベースファイル更新

さらに詳細な設定内容が見たい場合

Databases 個別データベース設定画面

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配列データベース管理マニュアル | 21

各種ページにある「Update」または「Update database now」 ボタンを押すと、データベースファイルの更新がその場でスタートします。スタートすると「Update」のボタンが押せなくなり、Taskとして進捗度合いが画面に表示されます。
＊ ネットワークにて Proxy サーバーをご利用されている場合、Database Manager ペー
ジで Proxy サーバーの設定が必要です。設定方法について詳しくは Section 別設定内容::
Settings Section の「プロキシ設定」(P.14) をご覧ください。

データベースファイル更新の進捗を見たい場合は「Taskqueue」をクリック□ データベースファイルの定期的な自動取得・更新設定【databasessection】

前述の、各データベースの設定確認画面にある「Edit Schedule」を押すと、該当データベースの取得を定期的に行うための設定画面が現れます。
設定は、毎日＜Daily＞、毎週<Weekly>、毎月<Monthly>の3種類があります（次頁図）

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配列データベース管理マニュアル | 22

「databases」

database 選択「Edit schedule」

定期更新のスケジュール設定後「Save」

Databases 個別データベース Edit Schedule 画面

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配列データベース管理マニュアル | 23

□ 新規データベースの追加【databases section】

MASCOTの検索対象となるデータベースを追加する方法には、以下の４つの方法があります。
【新規データベースを追加する４つの方法と主な対象データベース】

1. すべての設定がひとまとめになったセット【predefined databasedefinition】を、ファイル設置場所以外変更せずそのまま使用（データベースの名前も変更できない）→ SwissProt, NCBInr, IPI の他、NCBI の EST, EMBL の EST や IPI,trembl などの利用を想定

2. 上記項目１の「predefined definition」を使用するが、名前のみ編集して利用 【template 利用】→ 1 でリストアップされたデータベースと種類は同じだが、既成のものと名前を変えたり、(taxonomy 抜き出しなど)データベース側に何らかの選別処理を施した後に利用したい場合などを想定

3. 既に使用しているデータベースのフォーマットを使用し、名前のみ編集して利用【copy 利用】→ predefined のリストからでなく、既に使用中のデータベースから選択。既存データベースのバージョン違いを作成する場合などを想定

4. 完全に自分で各設定を記入・選択【Custom】→ １～３以外、自分で作成した FASTA ファイルなどの利用を想定

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配列データベース管理マニュアル | 24

【1.すべての設定がひとまとめになった組み合わせ【predefined databasedefinition】を使用】

MASCOT 側で既に設定方法を準備しているいくつかのデータベースについて、面倒な設定を行わずそのまま利用する時には Predefinined database definition を利用します。predefined
definition が準備されているデータベースは以下の通りです。

＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿● contaminants / cRAP● XXXX_EST… コンタミ、または生体内に頻出するタンパク質。

EMBL にあるEST データベース。詳細はhttp://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_EMBLEST.html

をご覧ください。 ＜リスト＞ Environmental_EST , Fungi_EST, Invertebrates_EST,
Mammals_EST, Mus_EST, Plants_EST, Prokaryotes_EST, Rodents_EST,
Unclassified_EST, Vertebrates_EST● EST_YYYY NCBI にあるEST データベース。詳細はhttp://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_EST.html

をご覧ください。

＜リスト＞ EST_human, EST_mouse, EST_others● IPI_ZZZZ

IPIデータベース。
（2011年で更新が止まっています） ＜リスト＞

IPI_arabidopsis, IPI_bovine, IPI_chicken , IPI_human, IPI_mouse, IPI_rat,
IPI_zebrafish● NCBInr● Trembl●SwissProt●UniRef100＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿＿

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配列データベース管理マニュアル | 25

「 Predefined database definition」を使ってデータベースを追加する設定画面へアクセスするには、左フレームの「New database」- 「Enable predefined definition」をクリックします（下図）。

「databases」「Enable predefinied definition」

使用したいデータベースを選んで、「Enable」ボタンを押します。

「Enable」

Enable predefined definition 画面

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配列データベース管理マニュアル | 26

配列データベースファイルの置き場所を「Sequence directory」で確認し、必要があれば変更します。確認後、「Create」ボタンを押します。

「Create」

データベースの定義に関するSummaryが表示されます。この段階で既に該当データベースがMASCOTにて使用対象のデータベースとして認識されると同時に、データベースファイルの取得を試みています。データベースの取得状況を確認したい場合は、ハイパーリンクの「the taskqueue」をクリックします。

データベースダウンロード進捗
確認は「the task queue」

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配列データベース管理マニュアル | 27

データベースダウンロードの進捗状況が表示されます。

Database Status に表示され、Status が “In Use”となれば終了です（下図例は IPI_mouse）。

「Status」が「In use」なら OK
Database Status 画面

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配列データベース管理マニュアル | 28

【2. predefined definitionを利用するが、名前のみ編集して利用【template利用】】

template 利用は、predefined definitionと全く同じ抜き出しルールなどのフォーマットを使い、名前だけ変えたい場合に利用する方法です。例えば2011年で更新が止まったIPIデータベースの代わりに、既存のIPIも含まれるuniprot データベースから特定生物種のみを抜き出したデータベースを作成して代わりに使う、といったケース等を想定しています。
例では、uniprot から生物種を抜き出して利用する方法を例に設定をご紹介します。

◇ uniprotからtaxonomy;humanを抜き出してFASTAファイルにする方法
データベース設定から少し話がそれますが、ユーザーからのニーズが高い、uniprotから特定生物種のエントリーだけを抜き出してFASTAファイルにする方法も併せてご紹介します。

・ 抜き出したい生物種のTax ID を確認。Tax ID はMASCOTの生物種設定でも採用しているNCBIのtaxonomy ID です。調べたい場合は以下のサイトでフリーワード検索をして番号をお確かめください。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy
Tax ID 例 ) Mus musculus : 10090, rattus norvegicus : 10116など。

・ uniprot のサイト www.uniprot.orgへアクセス
・ キーワードorganism:TAX ID と “complete proteome”

例) organism:9606 complete proteome

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で検索 （次頁図）

配列データベース管理マニュアル | 29

キーワード検索例) organism:9606 complete proteome

NCBI , Taonomy Browser

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy

検索後、2012年5月30日時点で70663件のエントリーがヒットします。うちアノテーションがついているSwissProtのエントリーが 20240件です（下図）。FASTAファイルを入手するには、右上の「Download」をクリックします。

ダウンロードボタン

SwissProt データ数

トータルヒット数

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配列データベース管理マニュアル | 30

FASTA の項目から、「Download」ボタンを押します。Isoform の扱いをどうするかによりクリックするハイパーリンクが異なるので注意してください。

FASTA
Isoform を代表の１つのみ出力するか（上）、複数に分けて出力するか（下）、選んで「Download」ボタン取得したファイルをMASCOT の検索対象データベースファイルとして利用します。

<uniprotからtaxonomy;humanを抜き出してFASTAファイルにする方法:おわり>

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配列データベース管理マニュアル | 31

◇ template 利用新規データベース作成例：uniprot_human データベース作成

Database manager の、左フレーム「New database」-「Create new」を選びます。現れた画面で登録するデータベースの名称を「Database name」に入力し、「Use predefineddefinition template」で「Uniprot proteome template」を選びます。選択後、「Next」を押します。

「Create New」

「Use predefined definition template」

Databases -> Create New 画面

データベースファイルの置き場所を決め、「Create」を押します。

「Create」

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配列データベース管理マニュアル | 32

この時点ではFASTAファイルを置いておらず、Inactive なデータベースとしてMASCOT側に登録されます。使用するためには、別途取得したファイルを指定のフォルダに指定のファイル名に変えてからコピーする必要があります。

FASTA ファイル設置場所
FASTA ファイル名称

FASTA ファイルが所定の場所にない事を表す

上図例の場合、「Database directory」で指定されているフォルダ、つまりC:¥inetpub¥mascot¥sequence¥Uniprot_Human¥currentに、ダウンロードしたファイルをコピーし、名称を「Filename pattern」で指定された形に書き換えます。但し名称中の「*」部分は任意の文字列、例えばダウンロード日などに変更します。
ファイル名変更例) Uniprot_Human_20120608.fasta（*はファイル名に書かない）

ファイル名を変更すると、FASTAファイルが自動的に認識され、「No local FASTA file」の表記がなくなります。「Activate」ボタンを押せば、データベース構築が開始します。

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配列データベース管理マニュアル | 33

ファイル名を指示通り変更し、所定の場所へファイルをコピー。

ファイル名が認識されたら「Activate」

Database Status 画面でデータベース構築確認

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配列データベース管理マニュアル | 34

＜参考＞
File取得なども含めuniprotからtaxonomy:human のファイルを今後も定期的に自動取得する場合、FASTA file のURLに以下のように記入すればＯＫです（2012年6月現在）。但し今後も同じ操作でファイルが取得できるとは限りません。

【3. 既に使用しているデータベース設定をベースに、必要に応じ一部改変して使用【copy 利用】】

copy 利用は、設定ファイル中のテンプレートからでなく、既に利用しているデータベースの中から設定を選び、名前（と必要に応じてファイル設置場所）を変えてデータベース構築を行います。例えば既存データベースのバージョン違いを管理したい場合の利用等を想定しています。
copyを利用してデータベースを新規作成するには、Database Manager において、「New」
Database manager の、左フレーム「New database」-「Create new」を選びます（次頁図）。
例では、NCBInr と同じフォーマットで古いファイルを持ち続ける事を想定したデータベース「CopyNCBInr」を作成します。現れた画面で「Database name」に名称を入力し、「copy of」
で「NCBInr」を選びます。記入・選択後、画面下の「Next」ボタンを押します。
copy利用の場合、ファイルそのものもフォルダにコピーして名前を変えて利用するかユーザーに訪ねてきます。コピーの必要がない場合は、”don’t copy files”を選択し、「Create」ボタンを押します。

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配列データベース管理マニュアル | 35

入力、選択後「Next」

Databases -> Create New 画面

コピー元のデータベースファイルも一緒にコピーするか選択

入力、選択後、「Create」

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配列データベース管理マニュアル | 36

【4. 完全に自分で各設定を記入・選択【Custom】】

1～3 で挙げた設定方法は、名前とファイルの設置場所以外、基本的に変更する事ができません。既存のデータベースのルールで当てはまらない抜き出しルールを適用する必要がある場合、本項目「Custom」を利用します。例では自らFASTAファイル「OriginalDB2」を作成しMASCOT用の検索データベースとして使用するケースを使って紹介します。
Database manager の、左フレーム「New database」-「Create new」を選びます（下図）。
現れた画面で「Database name」にデータベースの名称を入力し、「Use predefined definition
template」で「Custom」を選びます。選択後、「Next」を押します。

「Create New」

「Custom」→「New」

Databases -> Create New 画面

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配列データベース管理マニュアル | 37

データベースの設定画面に移行します。データベースの配列の種類のほか、インターネット上にあるfastaファイルを自動で取得する設定にしたい場合、「Download database files」を選
び、FASTAファイル、versionファイル、reference ファイルの取得先を記入します。自動取得でなく、手動で更新または更新する意思がない場合、「I will copy the files to the databasedirectory」を選びます。各項目の選択後、「Create」ボタンを押します（下図）。

「Database type」 アミノ酸か核酸か「Sequence directory 」
配列データベースファイルの置き場所「Download database files」
自動更新プログラムにおけるファイルの取得先「I will copy the files to the database directory」
自動ダウンロードしない場合に選択入力、選択後「Create」

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配列データベース管理マニュアル | 38

まだファイルを所定の場所に置いていないので、ページ内に「No local FASTA file」と表示されます。検索対象のFASTAファイルを、「ファイル設置場所」に、ファイル名を「ファイル名称」に合わせた形に変更してコピーします。

ファイルの設置場所
ファイル名称例 ) ファイル名：OriginalDB2_20120530.fastaを、C:¥inetpub¥mascot¥sequence¥OriginalDB2¥current

フォルダへ

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配列データベース管理マニュアル | 39

FASTAファイルを正しい名称にして所定の場所に正しく置くと、Database Manager 画面で認識されます。設定をさらに進めるため、「Edit Configuration」ボタンを押します。

続いて、IDとDescription の抜き出しルール設定を行います。各々の抜き出しルール設定画面へ移行すると、MASCOT 側で候補となるルールを最大５つ選択しユーザーに提示します（次頁図）。ユーザーはFASTAファイル内の各行の記述と抜き出された内容を見比べた上で、最適な抜き出し方をしているルールを選択し、「Choose」ボタンを押します。続いて現れる画面で最終的にルールを適用した場合のIDが5例表示されますので、問題がなければ「Confirm」ボタンを押します。

同様の操作を「Description」でも実行します（次々頁図）

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配列データベース管理マニュアル | 40

Accession の parse rule 設定

Accession の「Choose」

FASTA1 行目左）ルール
右）抜き出し例

他のエントリーでも問題な最適なものを選ぶ

ければ「Confirm」

選択後 「Choose」

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配列データベース管理マニュアル | 41

Description の parse rule 設定

Description の「Choose」

FASTA1 行目左）ルール右）抜き出し例
最適なものを選ぶ
他のエントリーでも問題な
選択後 「Choose」

ければ「Confirm」

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配列データベース管理マニュアル | 42

抜き出しルールを選んだら、「Next」ボタンを押します。

選択後 「Next」

今度はTaxonomyとタンパク質の詳細情報取得先 に関する設定画面となります。画面上部ではTaxonomy選別用のルールを選択します（下図）。

Taxonomy 選別を行わないなら「None」を選択。Taxonomy 選別を行う場合、どのファイルのどの位置から情報を取得するか指定

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配列データベース管理マニュアル | 43

また、結果画面のProtein View 画面で表示されるタンパク質の詳細情報に関する設定も行う事ができます。すべて選択を終えた後、画面最下部の「Save and finish」ボタンを押します。

Protein View のタンパク質情報取得について。
必要ないなら「None」。
外部プログラム／内部プログラムを利用する場合、コマンドラインやURL を記入、または既存のデータベース設定の選択肢を選べば同じ設定が適用される。

選択後 「Save and finish」

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配列データベース管理マニュアル | 44

個別のデータベース設定画面に戻ります。Save直後では Active状態になっていませんので、「Activate」ボタンを押せば、データベースの構築が開始され、検索に利用する事ができるようになります。

「Activate」ボタンで使用開始

Database 構築開始

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配列データベース管理マニュアル | 45●
□Section 別 設定内容 :: Tasks Section
database 更新進捗の確認

データベース更新プログラムのプロセスは、「Task」として管理されます。更新の進捗を確認したい場合、「Tasks」セクションへアクセスしてください。
Database manager の、左フレーム「Database Manager」-「Tasks」を選びます。

「Tasks」

Task は 実行待ち／実行中／実行終了の状態によって３つのセクションに分けて表示されます。

実行待ち→実行中→実行終了→

Tasks 画面マトリックスサイエンス株式会社

配列データベース管理マニュアル | 46

実行中のtaskについてはその進捗度が%表示で表され、ダウンロードするファイルのサイズと現段階でダウンロードしたファイルサイズ、並びに通信速度も併せて表示されます。

進捗度が%で表示。時間を元にした数字でないので注意● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896

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