最初にお読みください（MASCOT Server version 2.2 Windows 版）

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最初にお読みください
MASCOT Server version 2.2 for Windows Release Notes
MASCOT Server version 2.2 のインストールを行う前に、この書類の３頁にある「Windows OS の各バージ
ョンに対応する注意点」をお読みください。

MASCOT Server version 2.2 の新規インストール
新規インストール手順は、インストール CD の中の mskk フォルダにある「MASCOT_Server_v2.2_新規インストール手順.pdf」）をご参照ください。また「Installation and Setup」マニュアル（「インストール CD の中の「manual.pdf」）の[Chapter 3]も併せてご参照ください。

MASCOT Server version 2.2 へのアップグレード
前のバージョンのMASCOT Server を version 2.2 にアップグレードする手順は、インストール CD の中のmskk フ ォ ル ダ に あ る 「 MASCOT_Server_v2.2_ ア ッ プ グ レ ー ド 手 順 .pdf 」） を ご 参 照 く だ さ い 。 ま た「Installation and Setup」マニュアル（「インストール CD の中の「manual.pdf」）の [Chapter 3] も併せてご参照ください。

新規サポート機能
1. タンパク質含有量評価機能（Quantitation）
タンパク質含有量評価実験から得られた質量分析データを処理するための機能を実装しました。

2. 設定変更エディタ
ブラウザを使って、quantitation.xml や unimod.xml を初めとする MASCOT Server の設定ファイルを編集することができます。トップページの [Configuration Editor] リンクからアクセスしてください。

3. Error Tolerant 検索の自動実行
4. Decoy データベース検索の自動実行
5. その他
・PMF 検索において、ピークの強度を考慮するようにしました。
・13C を含むプリカーサイオンに対する MS/MS データに対応できる検索パラメータを追加しました。
・Applied Biosystems 4000 シリーズのデータベースからピークリストを作成するためのユーティリティ
プログラム TS2Mascot を追加しました。
・MASCOT Daemon で 2GB 以上のサイズを持つデータファイルを処理できるようにしました。

バージョン 2.1.04 からの変更点
６頁の表にバージョン 2.1.04 からの変更点をまとめてありますのでご参照ください。

最新の追加情報
２頁をご参照ください。

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最新の追加情報----------------------・

MASCOT Server のインストレーションを実行することにより Apache 2.x 用の設定ファイル（httpd.conf）
が自動的に作成されます。なお、Apache をWeb サーバとして使う場合は mascot.dat の Options セクシ
ョンにある ForkForUnixApache の値を 1 に変更してください。

・「Installation and Setup」マニュアル ３４頁の IIS Configuration 画面では [Use SSL/TLS to accessthis web site] を有効にするためのチェックボックスがありますが、正式リリース版では削除したために存在しません。MASCOT Server を IIS secure server (https:) として動作させたい場合は、MASCOT Serverをインストールした後に、IIS の secure モードで設定してください。

・

MASCOT Server をアップグレードした場合は、アップグレードの前に存在したテキストファイルのうち、オリジナルの状態から修正されているテキストファイル（設定ファイル、Perlスクリプト、HTMLファイル）は _install_backup フォルダにコピーされます。

・

setup.exe は32ビット(x86) Windows 用の MASCOT Server インストールプログラムです。setup64.exe は64ビット(x64) Windows 用の MASCOT Server インストールプログラムです。同様に、ActivePerl にも32ビット(x86) Windows 用と64ビット(x64) Windows 用のインストールプログラムがありますのでご注意ください。

・MSDB データベースのタンパク質エントリ数が増加し、インストール CD に入りきらなくなったため、新しいテスト検索用データベースとして SwissProt(リリース51.6) がインストールされます。データベースの名称がこれまでの“Sprot”から“SwissProt”に変更されており、db_update.pl などのスクリプトでもこの新しい名称を使用しています。なお、過去の検索結果の表示を保証するため、それまで使用していた“Sprot”は削除せずにそのまま残してください。

・

MASCOT Server に関連して動作するサードパーティのプログラムの中にはヘルパースクリプトを必要とする場合があります。MASCOT Server のセキュリティ機能が動作している状態では、これらのヘルパープログラムがセキュリティホールになる可能性があります。

・

最新の wget.exe プログラム(version 1.10.2)にはタイムスタンプに関する不具合があり、圧縮ファイルのサイズが 2GB を超えるデータベースファイルをダウンロードすることができません。このようなデータベースに関してはマニュアルでセットアップしてください。

・Microsoft Internet Explorer 7 では MASCOT 検索結果ページを構成する通常文字（normal)と太文字（bold）の違いを判別しにくい場合があります。これは Clear Type の影響ですが、ブラウザの設定を変更することにより改善する場合があります。[ツール]→[インターネットオプション]→[詳細設定]タブ→[マルチメディア]→[HTML で常に Clear Type を使用する]のチェックをはずし、[OK] ボタンを押してください。この設定変更は新しく起動したブラウザから有効になります。

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Windows OS の各バージョンに対応する注意点--------------------------------------------------------

Windows 2000
サービスパック
Windows 2000 SP4 をインストールしてください。

Windows installer
Windows installer 3 が必要です。Windows installer 2 の下で MASCOT Server インストールプログラ
ムを実行した場合は Windows installer 3 にアップグレードするように促すダイアログが表示されます
ので、http://support.microsoft.com/?kbid=893803 ページからダウンロードしてください。

Windows XP Professional
サービスパック
最新のサービスパックをインストールしてください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアントPCから MASCOT Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サーバ（HTTP）に対応するポート（通常は 80 番ポート）を開いてください。

Windows XP Professional x64 Edition
サービスパック
最新のサービスパックをインストールしてください。

IIS 6.0
ブラウザから MASCOT 検索を実行し、MASCOT 検索が終了する前に MASCOT Server との接続が切断された
場合は、その時点で MASCOT 検索も強制的に終了させられるという不具合が判明していますが、今のところ回避方法はありません。Apache 2.x ではこのような現象はありませんので、必要に応じて Apache 2.xをお使いください。
IIS 6.0 は不明な MIME タイプを持つファイルを処理しません。また、XML スキーマドキュメントはデフォルトの MIME タイプリストには含まれていません。MIME タイプリストに *.XSD を追加する方法はMicrosoft Knowledge Base の文書番号 Q326965 を参照してください。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;en-us;326965
Perl をインストールした後、[Perl CGI Extension] と [すべての不明な CGI 拡張] を [許可] の状態にする必要があります。インターネット インフォメーション サービス(IIS)サービス マネージャ（[コントロールパネル]→[管理ツール]→[インターネットインフォメーションサービス]、次の画面を参照）
を開き、[許可] の状態を指定してください。

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64 ビット ActiveState Perl
64ビット ActiveState Perl モジュールに対するリポジトリがありませんので、MASCOT Server 以外にもPerl を使用するアプリケーションがある場合は、32 ビットの Perl をインストールした方がより柔軟に対応できる場合があります。

MASCOT Server インストールプログラム
setup64.exe プログラムを実行してください。

Windows ファイアウォール
ネットワーク上のクライアント PC から MASCOT Server へのアクセスを許可したい場合は、Web サーバ（HTTP）に対応するポート（通常は 80 番ポート）を開いてください。

Windows Server 2003
３頁の「Windows XP Professional x64 Edition」と同様です。

Windows Vista
Windows Vista ではそれまでの Windows プラットフォームに比べてセキュリティがより強化されています。特に、IIS 7.0 には MASCOT Server のような CGI アプリケーションの動作を妨げるセキュリティ項目があり、現状では IIS 7.0 の環境下では MASCOT Server を正しく動作させることはできません。従いまして、もし Web サーバとして IIS をお使いになりたい場合は Windows XP あるいは Windows Server
2003 に MASCOT Server をインストールしてください。
Web サーバとして Apache 2.2.4 を使用すると MASCOT Server は正しく動作します（2.2.4 以前のバージョンではテストしていません）。次の手順でインストールを進めてください。
(1) IIS をインストールしないでください。
(2) 管理者（Administrator）でログオンし、全てのインストールを実行してください。管理者権限を持ったユーザではインストールすることができません（注：管理者権限を持ったユーザでインストールを進める場合は、コマンドプロンプト（[スタート]→[すべてのプログラム]→[アクセサリ]）を右クリックし、[管理者として実行]を選択してください。コマンドプロンプトのウインドウが開きますので、ウインドウのタイトルバーに「管理者：コマンドプロンプト」が表示されていることを確認して最初にお読みください（MASCOT Server version 2.2 Windows 版）

5ください。コマンドプロンプトからインストールプログラム名を直接入力し、インストールを進めてください）。
(3) http://httpd.apache.org/download.cgi から最新の Apache MSI インストーラをダウンロードし、全てデフォルト設定のままでインストールしてください。インストールの最後の段階で、Windows ファイアウォールによるダイアログが出現しますので、80 番ポートに対するブロックを許可してください。また、エラーメッセージが出力される場合がありますが、インストールプログラムが Apache を起動できないためのエラーですので、無視してください。
(4) MASCOT Server のインストール CD に含まれる ActiveState Perl を全てデフォルト設定のままでインストールしてください（ActivePerl-5.8.8.820-MSWin32-x86-274739.msi）。
(5) MASCOT Server をインストールしてください（setup.exe）。
(6) C:\inetpub\MASCOT\config フォルダにある httpd.conf の内容をコピーし、Apache の設定ファイル（C:\Program Files\Apache Software Fundation\Apache2.2\conf\httpd.conf）の最後にペーストし、保存してください。
(7) C:\Program Files\Apache Software Fundation\Apache2.2\bin\ApacheMonitor.exe ファイルを右クリックし、プロパティを選択してください。[互換性]タブの[互換モードでこのプログラムを実行する]をチェックし、リストから[Windows XP (Service Pack 2)]を選択し、[OK]ボタンを押してください。
(8) Windows Vista を再起動してください。

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バージョン 2.1.04 からの変更点-----------------------------------------ID
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Title
select mass values in a peptide mass fingerprint by intensity
Report should display errors in the units chosen in the search form
Support for metabolic labeling, e.g. N15
Exclusive (binary) modifications. E.g.ICAT where all Cys in one peptide are heavy or all light
Limit number of variable mods on a single peptide
Report emPAI Quantitation
Help text needs to describe expectation value threshold
Add table of links to Peptide View report to display reports for other matches
Warning for 'impossible' tags
db_gui.pl doesn't allow multiple wildcardsDatabase maintenance utility should check limits:
1. Database name > 19 chars
2. Parse rule > 128 chars
3. Any Path > 256 chars
4. Number of threads > 1024
Integrated (automatic) error tolerant search
Add a note about MaxAccessionLen to the varsplic help page
Add a help pages for quantitation
Automatic decoy database search
Would like a "Spoof as " drop down list in the search form for user names and emails
Would like option to export the protein sequence in export utility
Show the precursor neutral loss peak in Peptide View
MudPIT switch point should be ratio of queries to entries, not a fixed number of queries
IT_MODS should be available in local scope of peak list
Daemon fails if peak list > 2GB
Seq tags cannot extend to full length of sequence
Database maintenance test of ref file fails for Celera CDS databases
Help text for error tolerant search needs improving
Give database name with error M422
MASCOT Daemon needs to pass through user parameters in follow on searches
Integra Daemon needs sort by options in dialog box to choose search parameter setControl characters can appear in MASCOT email field
Improve memory footprint of Daemon. Need to make intermediate field into disk file
Limit to 4 cores for licensing.
Database maintenance should recommend num threads based on HT or dual core
Change case of database name, db_gui.pl doesn't realise need new _SEQ
In cluster mode, spurious error message about changed service binary file location for service
MASCOTNodeService at each startup. (Case sensitivity problem)
Want option to export the query title from export_dat.plxml output from ms-getseq to speed up retrieval of batches of sequences
xml output for ms-gettaxonomy to speed up retrieval of batches of queries
ms-monitor.exe exits with error M00012 if problem with database file permissions
If "ACCESSION" field is specified and the accession is a secondary accession for an entryin db,
then it will never be foundembedded user parameters are not handled properly in cluster mode
Support for ETD/CID mode by allowing allow INSTRUMENT in local scope of spectrum
Modifications syntax needs ResiduesProteinCterm and ResiduesProteinNterm
Select summary – remove redundant protein check boxes
Specifying y-ions will make repeat search failAdd modification position to the custom CSV/XML export script

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Too easy to overwrite existing definition in database maintenance when trying to add new database
Daemon limited to data files < 2 GB
Remove error message from database maintenance about accession too long
daemon desktop application crashes if try to run task where follow-up task has been deleted
Daemon “repeat at interval” searches not working correctly
Get duplicate key in results file if there are (legitimate) duplicate analyzerType attributes
in mzData
Pass through the mzData accession to the results files
Daemon fails to try guest login
Remove Protein Mass (SEG) from the MASCOT ms-ms search form
Need to enable multiple MASCOT executables co-exist in the same environment in cluster mode
Masses close to 16 kDa can cause problems
MGF clarification & documentation on Data Format help page
Misleading error message when using ITOL= in BEGIN IONS
Allow for poor peak detection, picking a C13 peak with accurate mass data (PEP_ISOTOPE_ERROR)
Cluster mode fails to bootstrap if gethostbyname_r fails
To make result file completely self-contained, need to add information for enzyme, taxonomy,quantitation, and modifications
Daemon status tab can display wrong task label
Finer control of parser params for client.pl xmlresults2 output
ShowSubSets should be a number between 0 and 1 which represents the maximum fraction of the peptide
matches in the primary hit that can be missing in the sub-set hit. 1 would be equivalent to Show
Sub-sets true, 0 would be equivalent to Show Sub-sets false.
If export includes a "masses" section, XML from export utility may not validate against
MASCOT_search_results_1.xsd if there are fixed mods
Problems with conflicts between variable mods and error-tolerant mods
client.pl should return version numbers for individual binaries.
Crash when submitting a fasta file instead of a peak list
ms_getseq post request for NA sequence with showsequence = true and showlen = false fails totranslate
add support for quantitation.xml to ms_status.exe for getparams.pl
Support 64 bit Linux on Intel/AMD
Change lcq_dta_shell.pl to have default Min. Scans / Group of 1
Further changes for "BIG" MASCOT - need mass range limits for internal fragments
master_results.pl needs to use expectation value instead of 1/probability (to avoid underflow)
Store part of event log in Integra version of Task DB so that Integra is guaranteed access toremote Daemon event log
Daemon will mess up Distiller import if scan numbers are not consecutive in data file.
Add second error graph in peptide view for ppm errors
In Daemon, change default setting for "Save Distiller project" to true
Database maintenance utility allows & in database name. Should be illegal
Daemon gives Run-time error '35601' Element not found on start up if there are multiple tasks
which have New in the action_request fieldIf the date directory is created for a task id, then it doesn't have correct rights
Daemon parameters editor tab; instrument combo box not disabled when MS/MS unchecked.
MinPepLenInSearch is being incorrectly applied to PMF
Daemon 2.1.04 will not work with MASCOT 2.0 (Was OK in 2.1.00)
Help not clear about SCANS and RTINSECONDS (Can only go between BEGIN IONS and END IONS)
File not found error in Daemon if using import filter and task name has trailing space(s)Add the expectation value to the yellow popup
lcq_dta_shell.pl needs to have security login
getseq.pl should give an error when user doesn't have access to a database
Export script failing to escape double quotes in attributes
ms-getseq and ms-gettaxonomy need detailed error info in xml output
protein masses are large negative numbers for error tolerant search of NA database
Wrong mass values being reported for substitutions found in error tolerant search of NA database最初にお読みください（MASCOT Server version 2.2 Windows 版）

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In error tolerant search, need to make it clear in pop-up which matches are ET and which are standard
Status screen reports too many processors!
Add support for minInternalMass, maxInternalMass to peptide_view.pl
XML export should output the number of ions matched - getNumIonsMatched()
Add mzData format as peak list option for MASCOT Distiller import filter in MASCOT Daemon
gi_taxid_nucl.dmp is too large for Linux. Problem is memory fragmentation.
When multiple fixed mods are specified for same residue or terminus, this should be a fatal error.
At the moment, the duplicates are converted to variable
Add z+2 ions for ETD
Items missing from export_dat.pl output: QUANTITATION, query_intensity, query_charge,all peptide
matches for a query. At query level: RTINSECONDS, SCANS, TOL, TOLU, IT_MODS, INSTRUMENT
Small ions score discrepency in error tolerant
Bug 1495 is back. If one mod name is a sub-string of another, it is ignored.
Daemon spelling mistake: monisotopic in MASCOT daemon (parameters page)Cannot use the -f option or move the data directory if the input file is mzData fileMods string will use characters A-W to support more than 9 mods
ms-monitor exits without error with:SubClusterSet 7 14
add support for unimod_2.xml to ms-status.exe for getparams.pl
Note in Daemon help about MASCOT.dll memory leakms-monitor should create mod_file, substitutions, and masses for third party apps
implement multiple NL and pep NL for exclusive modification groups (even though they are otherwise
treated as choice of fixed mods)
Overflow problems with variable mods and mass values over 9865 Da
Cannot POST searches > 2 GB
protein mass is incorrect when using quantitation if there are exclusive mods
Allow the delimiter for CSV export to be changed
Cannot search more than 1000 sequence tags without adding an ms spectrum
Remove error M000345 (pI) from the category mailed to sysadmin
Add support to Daemon for TS2MASCOT
peptides with X at different positions are merged in result file. For example, protein1 withapeptide XABCD with the best ion score on WABCD-substitution
and protein2 with WACBX with the best score on WACBD-substitution
browscap.ini updated
extract_msn -P parameter (MS^n) not working in Daemon
For ET search, don't try substitutions for a residue that was an X
File extension of "lastquery.asc.mas" causes weird behaviour on Windows when Access is installed
MASCOT Daemon should write its own version number to event log
column alignment problem in CSV export
Misleading error message: M00012 Can't open .unsort for "rb" when there is no peak list
Scripts must use Parser to access config information from MASCOT.dat, unimod.xml, enzymes,taxonomy, fragmentation_rules.
Can get very low qmatch and hence score threshold due to MinPepLenInSearch
Add section to update script to create decoy database automatically
http://unxutils.sourceforge.net/
is dead, change links to http://gnuwin32.sourceforge.net/packages.html
error tolerant pop-ups broken when choose suppress pop-ups
increase limit on number of parse rules from 64 to 256
We need to make the following parameters configurable through security session object:1) maxnumber of variable mods in a standard search2) maxnumber of variable mods in ET search (old and new)3) maxnumber of accession strings for old type ET search
SECTASK_MAXJOBPRIORITY not being used anywhere
Cross-site scripting vulnerability. It is possible to inject rogue scripting code into a submitted
search form
Installer will use SwissProt instead of MSDB
maxnumber of accession strings for old type ET search to be read from security

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Export should include flag for whether match would be bold in summary reportexport_dat.pl not overriding MASCOT.dat file when RequireBoldRed=1
Daemon needs to support error tolerant & decoy searches
Remove references to trembl_new
Export for PMF mixture gives invalid csv fileUpdate Unix installation script to use parser
Improve usage instructions for db_update.plms-monitor passes flags no longer used to load_node.pl以上

何かお困りのことがありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。

プロテオミクスとともに・・・

マトリックスサイエンス株式会社
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ファクシミリ：03-5807-7896
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