MASCOT SERVER PMF
トレーニング資料■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット、データ変換

Volcano plot
まとめ、または図の補足説明■ ネットワーク・検索方法■ 検索パラメーター■ 結果画面→ 3-1 (P.34～)
日本語マニュアルの該当ページ
×対応するスライド番号1←スライド番号■ 同定タンパク質■管理プログラム・カスタマイズ[補足] MIS検索

Mascot Server

MASCOT Server とは→ 1-1 (P.1～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ2・質量分析装置のデータをもとに、ペプチド配列あるいはタンパク質を同定するソフトウェア(検索エンジン)
・入力と参照先、出力- 入力データ : 質量分析装置から得られたスペクトル情報- 参照先: 配列から計算された理論スペクトル（オプションで過去の実測スペクトルも可)- 出力データ : 同定タンパク質の情報- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverはウェブアプリケーション
MASCOT ３つの検索方法

補足説明 : PMF解析の流れ
生体試料

タンパク質抽出

分離
消化

質量分析計

ピークリスト789.4071053.556
1072.541
1117.560
（省略）

抽出

PMF検索
Mascot Server

タンパク質同定

myoglobin
MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGHGQEVLIR LFK
GHPETLEK FDK FK HLK
SEDEMK ASEDLK K
HGATVLTALGGILK K K・タンパク質は１種または数種に分離される・タンパク質によりピークのパターンが異なる
3

Mascot Server

MASCOT Serverでできる事・まとめ①■ MASCOT Serverとは- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverは
ウェブアプリケーション■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■検索パラメーター■結果画面→ 1-2 (P.1～)

定性タンパク質の同定
修飾の種類・付くペプチド

定量 PMFでは基本的に対応していない■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ4以下の解析には MIS検索の実施が必要- ペプチド内で修飾が付く位置- ペプチド配列（確からしさの評価を含む）- 定量 (ショットガンデータの解析)

補足説明 : MASCOT Serverでできる事・まとめ_図→ 1-2 (P.2～)
同定タンパク質のリスト

同定タンパク質にマッチした
ピークの情報5

Mascot Server■ MASCOT Serverとは- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverは
ウェブアプリケーション- MASCOT :3つの検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換

MASCOT はウェブアプリケーション
MASCOT Server は
WEBアプリケーション

インターネット

MASCOT がインストールされているコンピュータ、あるいはネットワーク上の離れたコンピュータ、どちらからでもMASCOT Server を利用可能

Ethernet
ポート１
実験室の閉じたネットワーク■検索パラメーター

利用者 PC(クライアントソフトウエア)

利用者 PCMASCOT Server
6

制御・解析用PC

Ethernet
ポート２

■結果画面

■ 管理プログラム・
カスタマイズ

質量分析計

イントラネット(組織内)■ネットワーク・
検索方法■同定タンパク質→ 2-1 (P.4～)

イントラネット側のネットワーク
実験室側のネットワークには接続できない(クライアントソフトウエア)

実験室側の閉じたネットワーク
イントラネットはインターネットに接続できない

Mascot Server■ MASCOT Serverとは- MASCOT Serverでできる事・まとめ- MASCOT Serverは
ウェブアプリケーション- MASCOT :3つの検索方法■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■検索パラメーター

MASCOT : 3つの検索→ 2-3 (P.6～)
比較的手軽に測定可能■ PMF (Peptide Mass Fingerprinting)MS1、ペプチドピークの組み合わせからタンパク質を同定■ Sequence Query
MS1やMS2のピーク情報に各種絞り込み条件を追加して検索例) 1234.2 seq(n-AC[DHK]) seq(c-HI)
1314.7 tag(513.3,T[I|L]SP,911.5)■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ
7■ MIS (Mascot Ions Search)・ペプチド単位での同定レベルを上げる・修飾の位置を特定する

MS1情報とMS2情報を組み合わせてペプチドを同定。同定されたペプチドをもとにタンパク質を同定(推定)Mascot Server

対応フォーマット・データ変換→ 3 (P.7～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換

MASCOT 検索を行う前に、装置のrawデータを判読可能で必要な情報のみ抽出したデータに変換する必要があります。
MASCOT Server 自身ではrawデータを変換する事はできません。

■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ8

対応するファイルフォーマット
Rawデータ変換プログラム

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換- 対応するファイルフォーマット
- rawデータ変換プログラム■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面

対応するフォーマット
ノイズをカット、ピークを抽出（ペプチドのピークを反映していると考えられる箇所のみを抜き出して検索に使用）→ 3-1-1 (P.7～)
テキストフォーマットであればファイルの拡張子は問わない

832.662903.3421186.439
1373.681
1403.722
1515.444
1727.916
1743.951
1759.966
1788.721
1804.712174.812
2190.1122256.871
2273.266
2288.489

361.21774 4838.6552
487.26656 5281.3009
494.28934 8868.6732
505.77755 16079.047
686.36334 22677.156
723.34797 36555.65
836.78635 6731.0498
955.4842 2890.8536
1002.4743 5553.321
1020.521 2661.7174
1263.679 1759.9609
1350.7063 3770.1817
1495.685 43476.619
1533.6332 3063.8439
1675.6148 3315.1174■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ9

１行につき１つのm/zが先頭に書かれていれば読み込み可能m/zが後ろにintensity
情報があれば入力データの再構成に利用→intensityの有無で結果が変わる事がある

Mascot Server

rawデータ変換プログラム→ 3-2 (P.11～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換- 対応するファイルフォーマット
- rawデータ変換プログラム■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ

ProteoWizard msconvert• プロテオームデータ解析向け、オープンソースでクロスプラットフォームのツールまたはライブラリ• msconvertGUI.exeというプログラムを起動してプログラム内でmgfを作成したり、MASCOT Daemonと組み合わせて利用する 事も可MASCOT Distiller• 弊社が販売しているソフトウェア。MASCOT Server/Daemonといった弊社取り扱いソフトウェアとの連携の良さや多価フラグメントピーク
データも検索に組み込む事ができるのが特徴
質量分析装置付属のソフトウェア• ほとんどの質量分析装置付属のソフトウェアではmgfファイル（ピークリストのテキストファイル）やmzMLフォーマットに出力が可能

10

Mascot Server

ネットワーク・検索方法→ 4 (P.12～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター

・MASCOT Serverをネットワーク上から指定し、検索を実行

・検索を実行する方法 : 以下３種類- webブラウザ経由- Daemon経由- 質量分析装置メーカーのソフトウェア経由■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ

ネットワーク上でMASCOT Serverを指定
変換済みファイルをWEBブラウザで検索
Daemonを使ってrawデータを直接検索
質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索

11

Mascot Server■ MASCOT Serverとはネットワーク上でMASCOT Serverを指定→ 4-1 (P.12～)■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
12カスタマイズ

・自分自身あるいは別のコンピューターからMASCOT Server をURLで指定
URLの記述 :http://(computer 名)/mascot/
http:// (IP アドレス )/mascot/

例 : http://mascotserver/mascot/
例 : http://192.168.100.222/mascot/・Serverがインストールされているコンピュータでは「localhost」を利用可能（下図）

Mascot Server■ MASCOT Serverとは変換済みファイルをWEBブラウザで検索→ 4-2-1 (P.13～)■ 対応フォーマット・
データ変換

②

■ネットワーク・
検索方法③- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索⑤① ピークリストファイルを準備② ブラウザを開きMASCOT Serverへアクセス③ Home -> Access MASCOT Server④④ 「Peptide Mass Fingerprint」の「Perform Search」■ 検索パラメーター■結果画面⑤ 検索パラメータ並びに入力データを指定■同定タンパク質⑥ Start Search ボタンで検索開始■ 管理プログラム・
13 カスタマイズ⑥

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ14

Daemonでrawデータを直接検索→ 4-3 (P.15～)① Daemonを起動② Parameter Editorタブで検索条件を指定し、条件をファイルで保存するため「Save 」または「Save As」③ Task Editor タブでタスク名、検索対象のファイル、パラメーター
ファイルを指定④ 「Data import filter」で変換プログラム [MASCOT Distiller] または[ProteoWizard msConvert]を選択、隣の「options」ボタンでファイルフォーマットなどを指定⑤ Task Editorで「Run」を押すと検索実行⑥ Statusタブに進捗が表示。検索完了すると結果へのURLが表示されるのでクリック

補足説明 : Daemonでrawデータを直接検索_図→ 4-3 (P.16～)

②

①
⑤

③
③

③

⑥

15

④

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換

メーカーのソフトウェアから直接検索→ 4-4 (P.17～)
・ 質量分析装置には、概ね解析ソフトウェアがついています。

■ネットワーク・
検索方法- ネットワーク上でMASCOT
Serverを指定- 変換済みファイルをWEB
ブラウザで検索- Daemonでrawデータを直接検索- 質量分析装置メーカーのソフトウェアから直接検索■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
16 カスタマイズ・ 装置メーカーソフトウェアとMASCOT Serverは基本的に別のコンピュータにインストールされています。
・ 装置メーカーソフトウェア上からMASCOT ServerをURL指定します。
・ 接続の前に、装置メーカーソフトウェアがインストールされている
コンピュータからWEBブラウザでMASCOT Serverへアクセスできるかのテストを必ず行ってください。
・ 装置メーカーソフトウェアからMASCOT Serverに行った検索も必ず
MASCOT Serverに検索ログが残ります。

ご利用方法の詳細は質量分析装置メーカーのサポートにお問い合わせください。

補足説明 : 具体的な検索方法
URL http ://検索方法• □WEBブラウザ• □Daemon• □メーカーのソフトウェア()

17/mascot/(index.html)
データの種類• □raw• □mgf• □その他(mzMLなど)

データ変換方法• □最初からmgf等
変換済み• □ProteoWizard• □Distiller• □その他()

その他• [注意事項など]

Mascot Server

検索パラメーター→ 5 (P.18～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換

・ 参照先の配列データベースの各エントリーについて、理論値のピークリストを作成する際に検索パラメーターの情報を利用■ネットワーク・
検索方法

・ MASCOT Server local版では各種カスタマイズが可能■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ・「データベースにないタンパク質・ペプチド」は見つからない・ データベースの種類と特徴を把握して利用

検索パラメーター 一覧
カスタマイズ可能な項目
データベース

18

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター- 検索パラメーター一覧- カスタマイズ可能な項目- データベース■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ19

検索パラメーター一覧→ 5-1 (P.19～)

補足説明 : 検索パラメーター各項目について
No

項目名

1

Your name

2

Email

No

項目名

ユーザー名

10

Protein mass

タンパク質質量の上限値

電子メール。但しlocal版ではメモとして
使用可能

11

Peptide tol.±

実測値と理論値の誤差範囲

12Mass Vales

クエリーの各ピークが MH+かM-H-か、あるいはイオンが負荷していない質量に換算されたものなのか(Mr)を指定

13

Monoisotopic/
Average

アミノ酸の質量計算を Monoisotopic
で行うか、Averageで行うか

14

Data file /Query Data
input

検索queryとなるデータを指定

3

Search title

検索タイトル

4

Database

検索対象のデータベース

5

Enzymeタンパク質の切断パターン

Allow up to

Enzyme設定について、切断箇所と認定された箇所を見逃し連結したペプチドを作成する事ができるが、何度まで見逃すことを許容するか

6

20

説明

説明

7

Taxonomy

生物種絞り込み

15

Decoy

同定結果の検証に必要な 「FDR」を算出する事ができますがPMFではあまり使われていません。

8

Fixed
modifications

修飾、対象のすべてのアミノ酸について指定した内容に質量が変更

16

Start Search

検索開始

9

Variablemodifications

修飾、修飾が つくパターンとつかない
パターンの両方を考慮

17

Reset Form

パラメーター設定をデフォルトに戻す

Mascot Server

カスタマイズ可能な項目■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター- 検索パラメーター一覧- カスタマイズ可能な項目- データベース■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ21→ 5-4 (P.33～)

Databases
Taxonomy
EnzymeQuantitation
Crosslinking
Modification
Instrument
ほとんどの設定はConfiguration Editor(Home -> configuration Editor)で行います。各設定画面は「13. MASCOT Serverのカスタマイズ(P.112～)」をご覧ください。

Mascot Server

データベース■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター- 検索パラメーター一覧- カスタマイズ可能な項目- データベース→ 5-5 (P.34～)
・ 大きく分けて２種類のデータベースを使用可能

- AA
- NA

: Amino Acid
: Nucleic Acid

: アミノ酸配列: 核酸配列・使用しているデータベースの更新や新規追加は「Database Manager」で・「データベースにないタンパク質・ペプチド」は見つからない■結果画面

・ ユーザーが適切なデータベースを選択しなければならない■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ22•

Uniprotで生物種別に分けられたデータベース
Nは番号、Bは生物種名

・ 1st チョイスは「SwissProt」。→だめなら「UP_N_B」
・ MASCOTで準備しているPredefined データベース がある（次頁）補足説明 : Predefined Database について■ SwissProt : AA
http://www.expasy.org/sprot/
Uniprot データベースの中の１つ、タンパク質配列を集めたデータベース。各エントリーに対して、
機能・ドメイン構造・修飾・バリアント・論文情報・他データベースへのリンク、など、精査された
アノテーション情報が手動で付与されています。配列の冗長性はできるだけ無いように調整されていて、
２０２１年３月版で 565,254 件のデータが登録。最初に選ぶデータベースとして最適です。
■ Uniprot : AA → MASCOTデータベースでは UP_N_B と表記 (Nは番号、Bは生物種)
https://www.uniprot.org/
手動アノテーションされた上記 Uniprotに加え、自動かつ精査無しのデータベースTrEMBL を併せた
データベース。TrEMBLの方がSwissProtに比べ圧倒的にエントリー数が多く、２０２１年３月版で219,174,961 件のデータが登録。SwissProtのみに比べ配列のカバー範囲が広く、SwissProtのみでマッチしなかった場合の次の選択肢に最適です。ただしUniprotすべてのエントリーでは件数が多すぎるので、生物種を限定したデータベースを準備してそれに対して検索をかける事を推奨。
■ NCBIprot (旧名称 NCBInr) : AA
NCBI(National Center for Biotechnology Information)で公開されているタンパク質データベース「nr」。
「nr」とは「non-redundant」の略ですが、実際にはほぼ同じ配列のデータが数多く登録されており、それが膨大なエントリー数の要因となっています。現在は使用をお勧めしていません。
23

Mascot Server

結果画面→ 6 (P.37～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法

表示例の検索について■ 検索パラメーター

Summary画面■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ

Protein View
結果のファイル出力24

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面- 表示例の検索について- Summary画面- Protein View
- 結果のファイル出力■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ25

表示例の検索について→ 6-1 (P.37～)[入力データ]814.430
958.350
1000.330
1165.390
1182.440
1191.500
1300.470
1320.400
1348.410
1355.530
1423.520
1426.570
1624.740
2265.1102544.410
2550.300
2653.390

設定項目
Database
EnzymeAllow up to
Taxonomy
Peptide tol,±
Mass Values
Monoisotopic/Average

設定値
SwissProt
Trypsin/P2all
0.2 DaMH+
Monoisotopic[公開サーバー]http://www.matrixscience.com/cgi/master_results.pl?file=../data/F981122.dat[ローカルサーバー]
http://localhost/mascot/cgi/master_results.pl?file=../data/F981122.dat

Mascot Server■ MASCOT ServerとはSummary画面

Score Histogram→ 6-2 (P.37～)■ 対応フォーマット・
データ変換
検索直後に表示される結果画面■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター

検索条件の確認や、タンパク質のスコア
分布、並びにリストアップされたタンパク質に関する情報が表示されます
タンパク質の情報■結果画面- 表示例の検索について- Summary画面- Protein View
- 結果のファイル出力■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ26===== 中略 =====

Summary画面 : Score Histogram→ 6-2-3 (P.39～)

検索が成功/失敗したかの判断

同定基準値

緑の網掛けゾーンを超えたところにスコアを持つタンパク質があるかどうか

失敗

成功

→ 再検索

→ 結果の検証

横軸 : MASCOT Score
縦軸 : タンパク質の個数27Summary画面 : タンパク質の情報→ 6-2-6 (P.41～)

Scoreが赤字で表示されているタンパク質が「同定タンパク質」

28

表示項目

説明

Accession

データベースのIDが表示。ハイパーリンクをクリック → 詳しい情報が記載されている「Protein View」

Mass

タンパク質の質量、データベースに登録されている配列情報から計算

Score

MASCOT Score。赤字の表示は同定基準を超えている事を表します。
高いほど理論値と実測値がよりよくマッチしていることを示します。

ExpectScoreと同定基準値をもとに算出された値。ランダムマッチだった場合、検索したデータベースからどれくらいの エント
リーが見つかってくるかを表す「期待値」。同定基準を超えている時値が0.05（デフォルト設定の場合）より小さくなります。
なお同定基準値は「Significance threshold p<」の値と連動します。

Matches

マッチしたピーク数

Description

データベース各エントリーのヘッダー行に記載されている、タンパク質の機能に関する情報

Mascot Server■ MASCOT ServerとはProtein View
→ 6-3 (P.42～)■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター

ハイパーリンクになっている、
タンパク質のAccession部分をクリックすると表示される画面■結果画面

タンパク質について、マッチしたペプチドの情報などを確認できる- 表示例の検索について- Summary画面- Protein View
- 結果のファイル出力

右図内の緑で囲われた部分について、以降でさらに詳細な説明があります■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ29

Protein View: Sequence coverage

タンパク質全長に対してマッチしたペプチドがどの部位にあたるのか、並びにその割合についての情報を表示

Protein sequence overage :全長に対するマッチペプチド残基数の割合

30

Protein View: matched peptides

マッチしたペプチドについて、アミノ酸残基順 (デフォルト設定)に並べたリストを表示

31

表示項目

説明

Unformatted
sequence
string

ハイパーリンクをクリックすると、配列をコピーしやすくなるページが開きます。他プログラムで配列を使用したい場合に便利

Sort by

リストの並び順を指定。残基番号、質量の昇順/
降順 が選択可Show

理論値と実測値がマッチしたペプチドのみをリストに表示させるか、マッチしなかった理論ピークも表示させるかを選択

Start-Endタンパク質全長におけるアミノ酸残基番号

Observed

ピークリストファイルの m/z

Mr(expt)

ピークリストの値から計算されたペプチドの質量Mr(calc)

配列から計算されたペプチドの質量

Delta

Mr(expt) － Mr(calc)

M

Missed cleavage

Peptideペプチド配列。修飾も含まれる場合は併せて表示

Mascot Server■ MASCOT Serverとは

結果のファイル出力→ 6-4 (P.47～)■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面- 表示例の検索について- Summary画面- Protein View
- 結果のファイル出力「Format As」の選択肢で「Export Search Results」
を選択したうえで「Format As」ボタンを押します■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ32

出力のファイルフォーマットや条件、
出力項目を選択し、画面下の「Export
Search Results」ボタンを押すとファイル出力が実行されますMascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換

同定タンパク質→ 8 (P.71～)
・MASCOT 検索結果で、基本的には1種類、同定基準値を超えるスコアを持つタンパク質が同定タンパク質■ネットワーク・
検索方法

・類似配列のタンパク質の扱いに注意■ 検索パラメーター

PMFタンパク質同定のまとめ■結果画面

入力データの調整■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ

配列から行う理論値計算
マッチングとスコア、同定基準値、期待値
ユニーク/シェア ペプチド、タンパク質のグループ化

33

Mascot Server

PMFタンパク質同定のまとめ→ 8-1 (P.71～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質- タンパク質同定のまとめ- 入力データの調整- 配列から計算される理論ピーク- マッチングとスコア、同定基準値、
期待値- ユニーク/シェアペプチド、タンパク質のグループ化■ 管理プログラム・
カスタマイズ34■ PMFでは１度の検索で基本的に１種類のタンパク質が同定される■入力データはピーク作成時とマッチング時の２段階で選別・組み換えされる■ スコアとは理論値と実測値のマッチング度合いを評価した数値で、高いほどよくマッチしている■ 検索規模をもとに同定基準値が計算される。スコアが同定基準値を超えた時タンパク質を同定とみなす（信頼度は95%）■ タンパク質間でシェアされているペプチド情報に十分注意して結果を解釈しなければならない■ 「検索対象のデータベースの選択」も結果に大きく影響する。
- 「配列のないタンパク質はマッチしない」- 「データベースが大きすぎると同定しにくい」Mascot Server

入力データの調整■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質- タンパク質同定のまとめ- 入力データの調整- 配列から計算される理論ピーク- マッチングとスコア、同定基準値、
期待値- ユニーク/シェアペプチド、タンパク質のグループ化■ 管理プログラム・
カスタマイズ35→ 8-2 (P.71～)

入力データは2段階で調整
１段階目 :
検索にかける前段階でペプチドのピークを抽出しノイズをカットしたものを入力データとして受け付ける
2段階目 :
intensity情報がピークリストに含まれている時、MASCOT Server
プログラムにおいて、入力データから強度情報に基づいて10種類のサブセット入力データを作成し、それぞれのサブセットに対して理論ピークとのマッチングを行って最もスコアが高くなったサブセットを採用する• MASCOT Serverプログラムは2段階目の処理を行う事ができますが、あくまでも1段階目の前処理としてピーク抽出が行われていることを前提ですMascot Server

配列から行う理論値ピーク→ 8-3 (P.72～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換

検索時に指定したデータベースに登録されているタンパク質１つ１つに対して、パラメーターをもとに理論ペプチドを作成しその質量を計算■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面

タンパク質の、「理論値ペプチドピーク」セットを作成■同定タンパク質- タンパク質同定のまとめ- 入力データの調整- 配列から計算される理論値ピーク- マッチングとスコア、同定基準値、
期待値- ユニーク/シェアペプチド、タンパク質のグループ化■ 管理プログラム・
カスタマイズ
36

入力データ

マッチング

Mascot Server

マッチングとスコア、同定基準値、期待値■ MASCOT Serverとは→ 8-4 (P.73～)■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター

スコア (S)■結果画面

実測スペクトルと理論スペクトルとのマッチング度合いを表し、スコアが高いほど両スペクトルが良くマッチ。
実測スペクトルと理論スペクトルのマッチングがランダムな事象である確率を Proとした場合 、スコアは-10Log10(Pro)と表すことができます。

■同定タンパク質

同定基準値(St)- タンパク質同定のまとめ- 入力データの調整- 配列から計算される理論ピーク- マッチングとスコア、同定基準値、
期待値- ユニーク/シェアペプチド、タンパク質のグループ化■ 管理プログラム・
カスタマイズ37

検索毎に計算される同定基準。同定基準は信頼度95%を満たす点が提示され、主に検索対象となったデータ
ベースのエントリー数を基に算出。スコア１位の結果でも同定基準値を超えない限りそのタンパク質が同定されたとはみなしません。

期待値 (Expect)
検索対象のデータベース中に 、同様のランダムマッチをする事が期待されるタンパク質の数 。期待値が0.05より小さい時同定とします。

スコアと同定基準値、期待値の関係

Expect = 0.05・10-(S-St)/10

Mascot Server

ユニーク/シェアペプチド、タンパク質のグループ化■ MASCOT Serverとは→ 8-5 (P.74～)■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法

・ 類似配列のタンパク質に注意する■ 検索パラメーター

・最終的に類似タンパク質の中のどれが答えかは、判断しにくい/できない 事も多い

■結果画面

■同定タンパク質- タンパク質同定のまとめ- 入力データの調整- 配列から計算される理論ピーク- マッチングとスコア、同定基準値、
期待値- ユニーク/シェアペプチド、タンパク質のグループ化■ 管理プログラム・
カスタマイズ
38

・MASCOTの中では類似タンパク質をどのように処理しているか、次スライド以降で説明します補足説明 : 4タンパク質のペプチドシェア状況と結果画面 1
ピーク

OPSD_HUMAN

OPSD_PHOVIOPSD_MACFA

OPSD_CRIGR

832.662

■

■

■

■

903.342

■

■

■

■

1186.439■■■

1403.722■■

1617.857■■

1727.916■■■

1743.951■

1759.966■

1788.721
1818.963■■

2159.143■■

2174.812
2256.871

39

■

■
■

■

「OPSD_HUMAN」が答えだが、類似配列のタンパク質がMASCOTの中でどのようにレポートされるか？→次スライド■補足説明 : 4タンパク質のペプチドシェア状況と結果画面 2〇であるOPSD_HUMAN と 〇のOPSD_PHOVI
は1位のグループとしてまとめられる（OPSD_PHOVIはOPSD_HUMANのsub-set）〇のOPSD_MACFAとOPSD_CRISR は２位、３位として別に報告。しかし実際に
OPSD_HUMANの他にOPSD_MACFAやOPSD_CRIGRが本当に別に含まれていたかについてはケース バイケースで、確率はあまり高くない＊ 「■」のピークの部分がランダムマッチである可能性は否定できない

区別するためには？

40

MALDIの測定でポイントとなるペプチドを取り出してMS2データを測定してMISを行ったり、最初からショットガンなどMIS検索を実施する必要があるMascot Server

管理プログラム・カスタマイズ→ 12-1 (P.106～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法

・MASCOTで使用しているデータベース、検索結果などを管理する事ができる画面があります
・MASCOTで使用している各種項目をカスタマイズする事ができます■ 検索パラメーター■結果画面

Database Status■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ

Search log
Configuration Editor

41

Mascot Server■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ- Database Status- Search log- Configuration Editor

42

Database Status→ 12-1 (P.106～)

・Home → Database Status で開く画面
・各種動作のログに関する情報へのリンクや、MASCOT Server上で現在使用可能なデータベースに関する情報について表示されます補足説明 : 各データベースの表示内容

43

項目名

説明

項目名

説明

Name

データベースの名称

Request to
mem map

MASCOT Serverの設定でデータベースをメモ
リにマッピングする事を試みる設定であるかFamilyMASCOT Server側で管理している、ファイルのpath並びにファイルの名称ルールの情報

Requestunmap

MASCOTのプログラムがメモリ上へのマッピン
グを解除する命令を下した状態であるかFilename

現在認識されているfastaファイルの名称。
データベースのバージョンもわかります。

Mem locked

データベースのメモリ上へのマッピングを固定(lock)する状態になっているかどうか

Pathname

現在認識されているfastaとファイルが置かれているpathNumber ofthresholds

検索に使用可能なコア数の設定。通常は、最適設定を自動適用する設定である事を表す「-1」と表示

Status

データベースの現在の状況

Current

現在データベース関連のファイルが正しく認識されているかState Time

現在示されている Status を認識した日時

Type

配列の種類が Amino AcidかNucleic Acidか

Mem mapped

データベースがメモリ上にマップされた状態であるかMascot Server

Search log→ 12-2 (P.111～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ- Database Status- Search log- Configuration Editor

44

・Home → Search log で開く画面
・MASCOT Serverで行ったすべての検索のログを開き、結果画面を開く事ができます
・項目別に並び替えやフィルターリング表示させることも可能

Mascot Server

Configuration Editor→ 13 (P.113～)■ MASCOT Serverとは■ 対応フォーマット・
データ変換■ネットワーク・
検索方法■ 検索パラメーター■結果画面■同定タンパク質■ 管理プログラム・
カスタマイズ- Database Status- Search log- Configuration Editor

45

・Home → Configuration Editor で開く画面

・MASCOT Serverで使用する各種設定変更・カスタマイズ

補足説明 : Configuration Editorの各項目とつかさどる内容

46

項目名

説明

Amino Acids

アミノ酸の質量。U,J,O に オリジナル設定も可

Modifications

修飾、アミノ酸の質量の変化

Symbols

元素や分子の質量に割り当てた記号(Symbol)とその質量を確認できる画面

Linkers

クロスリンクの設定に関連するLinker

Enzymes

タンパク質からペプチドに切断するパターン

Instruments

理論的なMS2フラグメントピーク作成の際、考慮するイオンシリーズ

Quantitation

タンパク質の定量解析

Crosslinking

クロスリンクペプチド検索

Configuration Options

MASCOT Server のオプション

Database Manager

MASCOTで使用しているデータベース

[補足] MIS検索

47

MISを実施して、「ペプチドを同定」しタンパク質を特定する
ピーク

OPSD_HUMAN

OPSD_PHOVIOPSD_MACFA

OPSD_CRIGR

832.662

■

■

■

■

903.342

■

■

■

■

1186.439■■■

1403.722■■

1617.857■■

1727.916■

1743.951■■

1403.722と2159.143、2つのピークが確かに存在すると■確認できれば、「OPSD_HUMAN」の存在も特定できる

1759.966■

1788.721
1818.963■■

2159.143■■

2174.812
2256.871

48

■

■
■

■

■

MISデータ構成→ 3-1-2 (P.8～)

MS1 : ペプチドの質量(m/zとcharge)

BEGIN IONS
TITLE=1: Scan 10 (rt=182.28)
PEPMASS=1403.722 123456
CHARGE=1+
566.70161 445127.71
734.56885 253205.82
1092.2019 445679.33…….
1226.779 1569294.9
1347.8916 3574730.8
END IONS49

MS2 : ノイズをカットし、フラグメント
由来のピークを選択

MIS検索方法→ 4-2-2 (P.14～)②③⑤① ピークリストファイルを準備② ブラウザを開きMASCOT Serverへアクセス③ Home -> Access MASCOT Server④ 「MS/MS Ions Search」の「Perform Search」⑤ 検索パラメータ並びに入力データを指定④

50⑥ Start Search ボタンで検索開始⑥

パラメーターについては次スライド

→ 5-3 (P.27～)

MIS検索パラメーター一覧
N
o

項目名

1

Your name

ユーザー名

2

Email

電子メール。但しlocal版ではメモとして使用可能

3
4

Database

N
o

項目名

説明

N
o

10

Fixed
modifications

修飾、対象のすべてのアミノ酸について指定した内容に
質量が変更

19

Precursor[通常使用されない]ピークリ
ストにprecursor のm/z情報がない場合に割り当てる値

11

Variablemodifications

修飾、修飾が つくパターンとつかないパターンの両方を考慮

20

Instrument

理論フラグメント作成を行う
イオンシリーズの定義セット

12

Peptide tol.±ペプチドの実測値と理論値の
誤差範囲

21

Error tolerant

拡張２段階検索の実施#13C

13Cを含むペプチドの補正

22

Decoy

Decoyへの計算とFDR算出の実施

検索タイトル
検索対象のデータベース

項目名

説明

5

Taxonomy

生物種絞り込み

13

6

Enzymeタンパク質の切断パターン

14

MS/MS tol. ±フラグメントの実測値と理論値の誤差範囲

23

Target PSM
FDR

同定基準としてのPSM FDR
の設定値

15

Peptidecharge[通常は使用されない]ピーク
リストに電荷情報がない場合に割り当てる電荷の情報

24Start Search

検索開始

Allow up to

Enzyme設定について、切断箇所と認定された箇所を見逃し連結したペプチドを作成する事ができるが、何度まで見逃すことを許容するか

Monoisotopic/
Average

25

Reset Form16

アミノ酸の質量計算を
Monoisotopic で行うか、
Averageで行うかパラメータ設定を初期地に戻す

17

Data file

検索queryとなる入力データ

18

Data format

入力データのフォーマット

7

8
9

51

Search title

説明

Quantitation

タンパク質の定量計算

Crosslinking

リンカー又は共有結合で結合したペプチド検索

MIS検索結果 : Summary→ 7-2 (P.48～)

Protein view

Peptide view

・タンパク質にアサインされたペプチドそれぞれに、スコアや期待値が表示される・Expect(期待値)が0.05以下のペプチドはMASCOTで同定できたとみなしてよい
52

MIS検索結果 : Protein View, Peptide View

Protein view :Protein のAccessionをクリックすると開く。
PMFと同じく同定タンパク質に関するより詳しい情報

53→ 7-3 (P.59～)

Peptide view :Query番号をクリックすると開く。
ピークリストと理論値のマッチングを
確認可能

memo

54