Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 1

Mascot Server version 2.6アップグレード手順
この書類は、version 2.5 の Mascot Server を version 2.6 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合はインストール DVD 内 または弊社日本語資料サイト上の Mascot_Server_v2.6_新規インストール手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.6 アップグレードで特に注意して頂きたい事
ver. 2.6 へのアップグレードでは以下の点にご注意ください。

▼ ver.2.5 とは別の、新たなライセンスファイルの発行と認証が必要となります。
▼ ver.2.6 より、WindowsXP はサポート対象外となっております。
▼ バージョンアップを機に別の PC への移行をご検討の場合、お手元のver.2.6 用アップグレードライセンスをご利用になる事ができません。
恐れ入りますが弊社までご連絡ください。
▼ 作業前にデータのバックアップを取っていただく事を強く推奨いたします。
▼ オンラインによるライセンス認証を行います。MASCOT Server がインターネットへの接続ができるかご確認ください。ただし以降の手順で記されているように接続できない場合にも対処法がございます。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 2● バージョンアップ時に準備するもの
1. Mascot Server version 2.6 のインストール DVD
2. MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）
3. MASCOT Server のインターネットへの接続（接続できない場合でも別途方法有）
4. Windows へログインするユーザー名とパスワード (Admin 権限が必要)
5. (MASCOT Security 機能を使っている場合) MASCOT Administrator 権限を持つ
ユーザー名とパスワード● アップグレード作業の流れ****最低限、5 までのステップで MASCOT Server が動くようになります。*****
1.

PC へのログオン

2.

MASCOT Server のバージョンの確認と、関連ファイルのバックアップ

3.

起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

4.

MASCOT Server ver. 2.6 へのアップグレード5.

MASCOT Server の ライセンス認証

6.

MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開く

7.

配列データベース・ライブラリの追加

8.

ファイルダウンロードとデータベース構築確認

9.

MASCOT Server の動作確認

10.

MASCOT Daemon アップグレード (別資料)● アップグレードに要する時間
アップグレードに要する時間は目安として、作業前に行う Mascot Server 関連ファイルのバックアップを含め１～２ 時間です。ただしバックアップ作業時間はファイルサイズにより大きく前後します。特にこれまでの検索で結果ファイルが大量にある場合は遅くなり、場合によっては 24 時間ほどかかる事があります。また作業時間には、バージョンアップ後自動的に行われるデータベースファイルの更新の時間を含めていません。大まかな目安として３時間～２日程度かかります。特にサイズの大きなデータベースは構
築に時間がかかり、バージョンアップ後該当データベースではしばらく検索できないことがあります（ほかのデータベースでは検索可能です）。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 3● インストールチェック表
項目チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
ver. 2.6 インストール DVD
プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）
PC のインターネットへの接続（接続できない場合も別途方法有、詳細は手順書 6,P.16～をご参照ください）
MASCOT Server PC へのログインユーザー名とパスワードの確認(MASCOT Security 機能ご利用の方) MASCOT Administrator 権限を持つユーザー名とパスワード。（わからない場合もサーバーへログインしてセキュリティ機能をオフにすれば作業可能です）
作業内容
1. Windows へのログイン

42-1. MASCOT Server の現バージョン確認

42-2. MASCOT Server 現環境のバックアップ

5

3. 起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

6

4. MASCOT Server version 2.6 アップグレード

6[Cluster ご利用の方] インストール途中 Cluster ノード設定

8[Cluster ご利用の方] インストール後 MASCOT Service 設定

105. MASCOT Server ライセンス認証

125-1. ライセンス認証画面表示

125-2-A. ライセンス認証 :Server がインターネット接続している場合

135-2-B. ライセンス認証 : Server がインターネット接続していない場合

18

6. MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開く

23

7. 配列データベース・ライブラリの追加

26

8.ファイルダウンロードとデータベース構築確認

30

8-1.ダウンロード進捗の確認.

30

8-2.ファイルの変換・検索テスト進捗の確認

31

9.MASCOT Server の動作確認

33

9-1. Database status 画面、Status 項目”In use”確認33

9-2. 過去の検索結果の閲覧

34

9-3. 検索テスト

35

10. MASCOT Daemon アップグレード

別紙Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 4● アップグレード手順

1. Windows へのログオン
Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザーでログオンしてください。弊社納入 PCをご利用の場合通常は Administrator 権限を持つ mascot ユーザーが作成されています。
mascot でログオンしてください。

2. MASCOT Server のバージョンの確認と、関連ファイルのバックアップ【バージョンの確認】
アップグレード前に、現在使用している
MASCOT Server の バ ー ジ ョ ン がver.2.5 であるかを確認して下さい。ウェブブラウザで MASCOT Home –画面から Database Status ( 画 面 中 ほ ど 、Mascot Utilities セクションにあるハイアドレス欄に直接入力する場合

http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exe

パーリンク) をクリックするか、アドレス部分に以下の URL 情報を入力・エンターを押して、Database Status 画面を開きます（*「ホスト名」と記述している部分には各 PC のホスト名または IP アドレスを入力してください）。

Database Status リンクをクリックしますHome 画面Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 5

Database Status 画面の上から 2 行目に、MASCOT Server のバージョンが記されています。
下図例では、ver.2.5.1 です。バージョンが ver.2.5.0 以降である事をご確認ください。ver.2.4
以前である場合、お手数ですが弊社までご連絡ください。
また Database Status 画面で Error の表示が出ている場合は MASCOT サービス、データベースに関するトラブルが発生している事が考えられます。一度 PC を再起動して頂き再度Database status ページをご確認ください。ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

バージョンが 2.5.0 以降である事をご確認ください。

Database Status 画面【バックアップ】
Mascot Server が イ ン ス ト ー ル さ れ て い る フ ォ ル ダ （ 通 常 の イ ン ス ト ー ル で はC:¥Inetpub¥mascot フォルダ）全体をバックアップしてください。
バックアップの方法は各ユーザー様にお任せいたします。やり方がよくわからない場合、外付けハードディスク、または D ドライブなど MASCOT の dat ファイルバックアップ用に備え付けられた内部ハードディスクに「mascotbk20141230」などのフォルダを作成し、そこへC:¥Inetpub¥mascot フォルダを丸ごとファイルコピーする方法をお勧めいたします。フォルダの残り容量にご注意ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 6

3. 起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了
アップグレード作業を行う前に、起動している他のアプリケーションソフトウェアを終了してください。

4. MASCOT Server ver. 2.6 へのアップグレード
Mascot Server version 2.6 のアップグレードに要する時間は、DVD 内に予め準備されているデータベースファイル SwissProt リリース 2016_10, PRIDE_Contaminants_20160906 のセットアップも含め 30 分以内です。

初 め に ver.2.6 の イ ン ス ト ー ル
DVD を 光 学 ド ラ イ ブ に 挿 入 し てください。DVD はMATRIX_SCIENCEという名称でマウントされます。setup64.exe をダブルクリックしてください。

関連プログラムとして、VisualC++ 2012 などの インストールを MASCOT のインストール前に求められる事があります。特に問題がなければインストールを行ってください。

関連プログラムのインストールが終わると、MASCOT Server のバージョンアップが始まります。「Next」を押してください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 7

License Agreement が表示されます。内容に問題がなければ「I accept the terms in theLicense Agreement」にチェックを入れ、「Next」を押してください。

プロダクトキー入力が必須である事を通知する画面が表示されます。「Next」
を押してください。

インストール内容とインストール箇所を確認する画面が現れます。
「Location」
として ver.2.5 で使用していたフォルダが指定されているか、ご確認ください。

またご利用の SwissProt のバージョンが「2016_10」より新しい場合、「Sequence
Database and Libraries」において、これをインストールしないように右図内の青い丸の中にあるハードディスクマークをクリックし、X に変更してください。

設定後、「Next」ボタンを押します。

現 在 ご 利 用 の SwissProt が「2016_10」より新しい場合、DVD 内にある SwissProt をコピーしないよう設定を変更してください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 8

IIS 上での MASCOT フォルダの位置と名称、並びに仮想フォルダの設定を行います。通常は特に変更を加えずそのまま「Next」ボタンを押してください。

続いて Cluster システムの設定を行います。
Cluster システム を利用しておらず 1 台のCluster を使用しない場合、「EnablePC だけで MASCOT Server の計算を行う場合、Mascot cluster mode」のチェックチェックが付いていないのを確認してからが外れているのを確認し、「Next」「Next」ボタンを押してください。その場合以下の Cluster 利用者向けの設定に関する記述箇所を飛ばしてください。なお通常はCluster を使っておらずチェックをはずす方が正しい設定です。Cluster システム (複数台の PC を 利 用 す る 構 成 ) を ご 利 用 の 方 は「Enable Mascot Cluster mode」にチェックを入れ、「Configure」ボタンを押して node PCに関する設定が正しいかを確認してから「Next」ボタンを押してください（次頁緑色の記述箇所をご参照ください）。

**** 【Cluster システム をご利用の場合】 Node に関する設定 の確認****Nodeに関する設定が現れます（下図）。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 9

以下の設定が正しいか、一度確認してください。
・ nodeのIPアドレスと名称
・Port番号（デフォルトは5001と設定されているケースがほとんどです）
・nodeが使用するプロセッサー数（１プロセッサーあたり４コアまで）
・UNC Node Path 。通常は¥¥PC名¥C:¥mascotnode(あるいはmsnode)です。

・Node Directory。通常は C:¥mascotnode(あるいはmsnode)です。

設定が確認できましたら、「OK」ボタンを押してください。

＊ Clusterのケースにおける設定終わりすべての項目を設定し終わると、インストール開始となります。「Install」ボタンを押してください。ファイルコピーが開始します。

＊＊途中、ver.2.5で使用していた設定ファイルについてバックアップがとられ、その保存場所について示したダイアログが現れます。
そのままOKを押してください。
なおver.2.5で使用していた各種設定はver.2.6でも継続して使用可能です。

SwissProtなどのデータベース設置を選択した場合、インストール後半で圧縮ファイルの展開と解凍が行われます。その操作中である事を表すコマンドプロンプトが途中表示される事があります。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 10

インストールが完了すると、右図のようなダイアログが現れます。「Open Mascot server statuspage」のチェックが入っているのを確認した上で、「Finish」ボタンを押してください。

*Cluster システムご利用の場合：MASCOT Service のmascotユーザーによる開始設定
MASCOT Server をClusterシステムでご利用の場合、インストール後MASCOT Serverのサービスは自動的に開始されません。MASCOTのサービスを mascotユーザーで開始するよう設定を変更した後、改めてサービスを開始する必要があります。
コントロールパネルの、「パフォーマンスとメンテナンス」→「システムとセキュリティ」→「管理ツール」→「サービス」を選びます。サービス一覧の中で「Matrix Science MascotService」という項目を探し、ダブルクリックします（下図）。

「管理ツール」→「サービス」→「Matrix
Science Mascot Service」

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 11「ログオン」タブ内の「アカウント」にて、・アカウント→ログインユーザー(mascotなど)・mascotパスワード→ログイン時のパスワードを入力し、OKボタンを押します。
例ではアカウントmascotで、パスワードにはmascotのログイン時パスワードを入力しています。
「ログオン」タブでユーザー名とパスワード入力

MASCOT Service を選んだ状態で右クリック→「開始」を選びます。MASCOT Serviceが開始されます。開始時にエラーが出た場合はお手数ですが弊社までご連絡ください。

***** MASCOT クラスターシステム利用者向けの特殊設定終わり *****

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 12

5. MASCOT Server の ライセンス認証
インストール後、ライセンスの登録と認証が必要となります。 ライセンス認証は WEB
ブラウザ画面を通じて行います。ライセンス登録と認証は基本的にオンラインで行うため、MASCOT Server PC（あるいは server へ接続している別の PC） をインターネットへ接続した方が簡単に認証できます。但し PC を直接インターネットへ接続できない場合でもインターネットに繋がっている別の PC からライセンスの登録と認証を行う事ができます。

■ 5-1. ライセンス認証の案内画面を表示させる方法
ライセンス認証の案内画面は以下の３つの操作のうちいずれかを行う事で現れます。通常は
選択肢 1) で、バージョンアップ作業後自動的に表れる画面から認証操作を行います。

1) バージョンアップ操作直後に自動的に web ブラウザが起動し画面が現れる
2) ブラウザで Home -> Database Status → Register a new product key3) 画面左下の「Windows スタート」→プログラム→MASCOT→admin→License Info→ Register a new product key

「認証画面」は下図のようなＷＥＢページです。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 13

選択肢 3) のスタートボタンから認証画面を表示する場合の操作

Register a new product key

Windows スタート→(プログラム→)MASCOT→「admin」→「License Info」

ライセンス認証の方法は、操作をしている端末がインターネットへ接続しているかどうかにより対処法が異なります。認証方法については、インターネットへ接続している場合、「5-2-A.
ライセンス認証方法 (1): 認証操作をしている PC をインターネットに繋いでいて直接認証を行う場合」を、つながっていない場合、「5-2-B. ライセンス認証方法 (2) : MASCOT の PC がインターネットに繋がっておらず別端末で認証する場合」をご参照ください。

■ 5-2-A. ライセンス認証方法 (1)-MASCOT Server がインターネットにつながっている場合

案内画面内にある「Register Online Now」ボタンを押してください。

← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 14

プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

ライセンスが間違っている場合続いてライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須項目ですので必ず入力してください。入力内容については、下図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でMascot Server version 2.6 アップグレード手順 15

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセンスファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

必要に応じてライセンス送付・連絡先を追加する

下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して頂いた上で問題ない場合には「I accept the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 16

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。
「save now」のリンクを押すと自動的にMASCOT Server の所定の位置にライセンスがセットされ、MASCOT のライセンシングが完了します。ライセンスファイルが正しく保存されなかった場合、後述の「ライセンスファイルがMASCOT Serverに正しくコピーされない場合」を御覧ください。

「save now」ボタンを押すと MASCOT にライセンスファイルが保存され、ライセンシングが終了＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でライセンスファイルが正しく保存されたか確認してください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 17[ライセンスファイルがMASCOT Serverに正しくコピーされない場合]

上記操作でライセンシングが完了した場合以下操作は不要です。
メールに添付されたライセンスファイルを内部ネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdbフォルダとなります。

ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

license info 画面

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 18■ 5-2-B. ライセンス認証方法 (2) :-MASCOT Serverがインターネットにつながっていない場合

案内画面内にある「No Internet connection」をクリックして、遷移した画面で「SaveRegistration File」ボタンを押してregistration.xml ファイルを保存してください。

インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合↓
「No Internet connection」をクリック「Save Regstration File」をクリックしてregistration.xml ファイルを保存

このファイルをインターネットに接続しているPCへ持ち運びブラウザのアドレス部分に
http://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力して画面を開いてください。

プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

ライセンスが間違っている場合

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 19

最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れます（下図）ので、registration.xmlファイルをアップロード→Continueをクリックしてください。

registration.xml を ア ッ プ ロ ー ド 後 、「Continue」をクリック

続いてライセンス情報を登録する画面が現れます。赤い * が付いている項目に関しては必須
項目ですので必ず入力してください。入力内容については、下図例を参考にしてください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

＊欄は入力必須
日本語×、すべて英語でMascot Server version 2.6 アップグレード手順 20

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセン
スファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

必要に応じてライセンス送付・連絡先を追加する

下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章に目を通して頂いた上で問題ない場合には「I accept the terms of the licence agreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 21

無事登録が終わると以下のような画面が表示され、登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。

メールに添付されたライセンスファイルをネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdbフォルダとなります。

ライセンスファイル xxxx-xxxx-xxxx-xxxx-xxxx.lic ファイルをC:\inetpub\mascot\config\licdb フォルダへコピーMascot Server version 2.6 アップグレード手順 22

ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。バージョンアップ後各データベースの構築が行われ、検索可能になるのに少し時間がかかります。ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエ
ラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

登録したライセンス情報が表示されているかご確認ください。

license info 画面

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 23

6. MASCOT Server のデータベース環境設定画面を開くバージョンアップ後「Database Manager」 ページ上で、使用するデータベースについての設定を確認し、さらに必要に応じて MASCOT 側で設定が定義されているデータベースから使用 したいも のを選 びます 。 データベースの環境設定 を行う画面へアクセスするためには
MASCOT のライセンス登録後 Web ブラウザで Home → Configuration Editor → Database
Manager を開きます（下図）。

Home ->

Configuration Editor -> Database Manager

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 24

Database Managerを開いた際、以下のように利用中のデータベース一覧画面が表示されれば特に問題はありません。確認は終了です。

Database Manager 画面

設定内容の確認が必要なデータベースが存在する場合、以下のような設定変更画面が現れます。
使用頻度が高くファイルの取得先が公開されているデータベースについては、XMLファイル
configuration.xml （ローカルサーバーのconfig フォルダ内）にMASCOTで使用するためのParse Rule をはじめとする各種設定内容がまとめられています。

【選択項目の目安】●カスタムデータベース、公開 DB だが抜き出しルール変更時など→ Keep as Custom●公開データベースで mascot デフォルト設定準備されている→ Synchronise with ‘XXXXXXX’

通常は選択項目を変更することなく「Import」を押すだけで OKDatabase Manager 初期設定画面

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 25

初期設定画面で提示されている設定内容は、全バージョンで利用していて今後も使用予定のデータベースについて、これまでのバージョンで利用していた設定内容をそのまま継続して利用する（Keep as Custom）か、それとも configuration.xml ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続けるか(Synchronise)選択します。すべて選択後、画面下の「Import」ボタンを押します。Importボタンを押すと画面が切り替わり、左側の「Database
Manager」->「Databases」選択時と同じ画面へ移行します

Import ボタンクリック後自動的に表示される「Databases」画面

画面表示確認後、必要に応じて以下の 2 つの操作を行ってください。

【使用データベースの追加設定】→ 「7.配列データベース・ライブラリの追加」

特にver.2.6から採用されたライブラリについて、MASCOTが準備している公開データベース・ライブラリに対する設定を使って自動的にダウンロード・データベースの構築を行う事ができます。後述の「7.配列データベース・ライブラリの追加」をご覧ください。

【ファイルダウンロードの進捗確認】 → 「8.ファイルダウンロードとデータベース構築確認」
初期設定データベースや上記「7.配列データベース・ライブラリの追加」などで行われたダウンロード・自動更新の進捗状況をご確認する方法については、「8.ファイルダウンロードとデータベース構築確認」をご覧ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 26

7. 配列データベース・ライブラリの追加

MASCOT 用のデータベースとして使用頻度高く用いられるデータベースについて、予めMASCOT 側でファイル取得先や MASCOT で使用するための設定を行っています。ユーザーはその設定から選んで「使用可能」を選ぶだけで自動的にファイルの取得からデータベースとセットまで行うことができます。特に ver.2.6 より採用されたライブラリについて公開サイトからいくつか取得し検索を試みるご希望があるのではないかと考えます。
ここでは配列データベース・ライブラリを MASCOT でダウンロードし使用可能にする方法についてご紹介します。

「Database Manager」の左フレームを御覧ください。
「Fasta」「Library」それぞれに、「Enable predefined definition」という項目があります。
追加したい方の「Enable predefined definition」リンクをクリックしてください（下図）。

配列データベースを追加したい場合、「Fasta」→「Enable predefined definition」をクリック

ラ イ ブ ラ リ を 追 加 し た い 場 合 、「Library」→「Enable predefined definition」
をクリックDatabase Manager 画面

MASCOT が既に定義を作成しているデータベース/ライブラリの一覧が現れます（次頁図）。配列データベース・ライブラリの名称と実態のより詳しい情報については、MASCOTの HELP ページをご覧ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 27▼弊社 HP のリンク
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup.html
http://www.matrixscience.com/help/seq_db_setup_library.html

配列データベース

ライブラリ（一部）Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 28

使用したい配列データベース・ライブラリの「Enable」ボタンをクリックすると、確認後データベースの更新が行われます。データベースの置き場所や、（ライブラリの場合）配列データベースとの連携・生物種の設定を確認したうえで「Create」ボタンを押し、データベースを作成してください。作成後設定内容を表す画面が現れるのでご確認ください。

使用したい配列データベース・ライブラ
リの「Enable」ボタンをクリック

配列データベース・ライブラリの置き場所を確認して「Next」（ライブラリの場合）対応データベース（通常はSwissProt）や生物種を設定後、「Create」

設定内容の Summary 画面が現れます。データベースファイルの取得も自動的に開始されます。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 29■ Predefined definition として準備されている配列データベース

・ contaminants / cRAP
コンタミ（キャリーオーバー含む）、または生体内に頻出し通常解析対象とならないタンパク質をまとめたデータベース。
・ XXXX_ESTEMBL にあるEST データベース(塩基配列)。
<対象生物種リスト:DB名XXXXに該当> Environmental , Fungi, Invertebrates,Mammals, Mus, Plants, Prokaryotes, Rodents, Unclassified, Vertebrates
・ IPI_YYYY
EBIで公開されているタンパク質データベース。2011年で更新が止まっています。
＜対象生物種リスト:DB名YYYYに該当＞ arabidopsis, bovine, chicken , human,mouse, rat, zebrafish
・ NCBIprot
NCBIサイトにあるタンパク質のデータベース。以前は「NCBInr」という名称で利用されていました。登録件数が非常に多い。
・ Trembl
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。登録件数がNCBIprotのように多い。
・ SwissProt
EBIのサイトにあるタンパク質のデータベース。UniprotKB/Swiss-Protの事。
冗長性がなくコンパクトにまとめられています。
・ neXtProt
HUPO の HPP project で使用が推奨されているヒト用のタンパク質データベース。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 30■ Predefined definition として準備されているライブラリ
設置されているサイト、生物種、測定手法毎にまとめれています。ただしここで記されたすべての組み合わせが存在するわけではありません。

・ サイト
NIST / PRIDE・ 生物種
Human, Mouse, Rat, S.cereisiae, S.pombe, Arabidopsis, B.burgdorferi, B.cereus,
B.subtilis, C.elegans, Chicken, Drosophila, D.rerio, E.coli, G.sulfurreducens,Soybean, Synechococcus, Synechocystis* 生物種記述のルールに一部統一性がありませんが、ソフトウェアの表記を優先しています。

・ 測定手法
IonTrap, HCD, QTOF, iTRAQ, iTRAQ+Phosphoなど

8. ファイルダウンロードとデータベース構築確認

新たにデータベースを使用するように設定変更すると、データベースファイルのダウンロード、MASCOT用のデータベースファイル変換、検索テストが行われます。データベースファイルのダウンロード進捗状況確認についてはDatabase manager ページのRunning tasksで、ダウンロード後のファイル変換や検索テストの進捗状況確認は Database Status 画面で行います。

8-1. ダウンロード進捗の確認
各データベースのダウンロード操作は「Running task」として扱われます。Taskの進捗度合
いは次頁図のように「Tasks」セクションにて確認する事ができます。「Database Manager」
画面の左フレーム、 「Running tasks」をクリックすると、現在実行・実行待ちとなっているTaskが一覧で表示されます。Taskは「実行待ち」「実行中」「実行終了」の各セクションに分かれて表示されています（次頁図）。実行したTaskが実行終了の欄へ移行し、「Lastmessage」の欄に「(success)’DB名’ successfully updated」と表示されればダウンロード終了です。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 31

実行待ち→
実行中→

実行終了→

Database Manager : Running tasks 画面

8-2. ファイルの変換・検索テスト進捗の確認

ファイルダウンロードが終了後、MASCOT Serverプログラム側(ms-monitor.exe) が自動的にダウンロードしたファイルをMASCOT で検索できるようファイル変換を行います。
変換状況は、Database Status (Home -> Database Status)でータベース毎に確認できます（次頁図）。
各データベースの 「Filename」項目に、（Database名）_ (バージョンまたは日付) .fastaと表示されています。後部の (バージョンまたは日付) の記述部分でデータベースの新しさを確認してください。また「Status」項目ではデータベースの現状を確認できます。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 32

ダウンロード後のファイル変換
作業進捗を確認する場合「Filename」項目にはファイルのバージョン情報が含まれる

Status が「In use」になれば構築完了です。

Database Status 画面:

上記例のPRIDE_Contaminantsのように、２つの日付のデータベースが表示されているケースがあります。「Filename」項目と「Status」項目を見比べてください。例の上図では、日付が20160906 のStatus 項目は「Not in use」となっています。一方より新しい20160908の方は「In use」となっています。これは20160906の方は既に使用されておらず、新しい20160908の方が現在使用可能となっている事を表しています。ダウンロードを開始したデータベースについて、Statusが「In use」になるまでお待ち下さい。Status項目の変遷については、後述の「9-1.Database Status画面における各データベースのStatus項目」も併せてご覧ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 33

9. MASCOT Server の動作確認
すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、弊社にてお勧めする確認事項は以下の 3 点です。
9-1.

Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認

9-2.

過去の検索結果の閲覧確認

9-3.

検索テスト

9-1. Database status 画面における、各データベースの Status 項目の確認
Home からDatabase Status のハイパーリンクをクリックします。
Home -> Database Status をクリック

Database Status 画面にて、各データベースの「Status」項目を見ます。右図のように「In Use」であれば問題ありません。

各データベースの Status 項目が”In Use”であるかをチェック。Halted なら PC 再起動

ファイルダウンロード後のデータベース再構築ですが、「データベースの構築」→「検索テスト」→使用可能 (In use)となります。Status が「Creatingcompressed files N%」 となっている場合、データベースを構築中です。
「Running 1st test」
は検索テスト実行中です。共に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
Status が「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度ご確認ください。同じエラーが出た場合、status 項目のすぐ隣に現れているハイパーリンク「compression warning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 34

9-2. 過去の検索結果の閲覧確認

Database Status 画面を確認後、過去の検索結果の閲覧に問題がないか確認します。
Home から Search Log のハイパーリンクをクリックします。

Search log 画面

任意の Job#をクリックし過去の検索結果が問題なく表示される事を確認してください。ver.
2.5 と比べると、デフォルト表示になる事が多い「Protein Family Report」において同定基準を超えるペプチド（Significant peptide）しか結果画面に表示されました。Match のペプチド数、Sequence 数やタンパク質のスコアに違いがあります。その他には大きな変更点はありません。
これまでと同じフォーマット形式の画面が現れない、または表示時に赤字の Warning が出るようになった場合（以前のバージョンでも出ている場合を除く）は、お手数ですが弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 35

9-3. 検索テスト

検索のテストについては、いつも実施している方法で検索してください。手元に適切なデータがない場合、DVD の mskk¥sampledata の中に含まれている各種 mgf ファイルを使って検索を試みたり、質量分析装置の付属ソフトウェアからの検索を行ってみてください。
うまくいかない場合、以下の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じる
かご確認ください。

1.

すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(P.28～をご参照ください)。また問題が生じているデータベースの名称を確認するとともに、MASCOT Server の logs フォルダにある、monitor.log, errorlog.txt
ファイル内に該当データベースに関するメッセージがないかご覧ください。ご不明な場合はこれらのファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。
* ブラウザからの再検索方法が良くわからない場合、とりあえず home->Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行う方法などをご提案します。

上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

Mascot Server version 2.6 アップグレード手順 36

10. MASCOT Daemon アップグレード（別資料）

MASCOT Server のバージョンアップに伴い、MASCOT Daemon のバージョンアップも行って頂く事をお勧めいたします。MASCOT Daemon のバージョンアップを行わなくとも検索できますが、トラブルの元ですので可能な限りバージョンアップを行ってください。
Daemon のアップグレード手順に関しては別資料「Mascot Daemon マニュアル」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_mdaemon_manual.pdfの「2.インストレーションと環境設定」-「2.3 バージョンアップ」にまとめてありますのでそちらをご覧ください。

● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896