Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 1

Mascot Server version 2.5アップグレード手順
この書類は、version 2.4 の Mascot Server を version 2.5 へアップグレードする手順について説明しています。新規にインストールする場合はインストール DVD 内 または弊社日本語資料サイト上の Mascot_Server_v2.5_新規インストール手順.pdf をご覧ください。

● ver. 2.5 アップグレードで特に注意して頂きたい事
ver. 2.5 へのアップグレードでは以下の点にご注意ください。

▼ ver.2.4 とは別の、新たなライセンスファイルの発行と認証が必要となります。
▼ バージョンアップを機に別の PC への移行をご検討の場合、お手元のライセンスをご利用になる事ができません。恐れ入りますが弊社までご連絡ください。
▼ 作業前にデータのバックアップを取っていただく事を強く推奨いたします。
▼ オンラインによるライセンス認証を行います。MASCOT Server がインターネットへの接続ができるかご確認ください。ただし以降の手順で記されているように接続できない場合にも対処法がございます。
▼ ActivePerl のアップグレード（旧バージョンのアンインストールと、新バージョンのインストール）が必要になります。
▼ ver.2.5 よりホームページのレイアウトが一新されました。バージョンアップ後から変更されます。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 2● バージョンアップ時に準備するもの
1. Mascot Server version 2.5 のインストール DVD
2. MASCOT Server のプロダクトキー情報（英数字 4×5 = 20 文字）
3. MASCOT Server のインターネットへの接続（接続できない場合でも別途方法有）
4. Windows へログインするユーザー名とパスワード (Admin 権限が必要)
5. (MASCOT Security 機能を使っている場合) MASCOT Administrator 権限を持つ
ユーザー名とパスワード● アップグレード作業の流れ****最低限、６までのステップで MASCOT Server が動くようになります。*****
1.

PC へのログオン

2.

MASCOT Server のバージョンの確認と、関連ファイルのバックアップ

3.

起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

4.

Perl[ActivePerl] のアップグレード（旧バージョンのアンインストールと、新バージョンのインストール）

5.

MASCOT Server ver. 2.5 へのアップグレード

6.

MASCOT Server の ライセンス認証

7.

MASCOT Server の動作確認 [過去結果閲覧、検索テスト]

8.

MASCOT Daemon アップグレード (別紙)

● アップグレードに要する時間
アップグレードに要する時間は目安として、作業前に行う Mascot Server 関連ファイルのバックアップを含め１～２ 時間です。ただしバックアップ作業時間はファイルサイズにより大きく前後します。特にこれまでの検索で結果ファイルが大量にある場合は遅くなり、場合によっては 24 時間ほどかかる事があります。また作業時間には、バージョンアップ後自動的に行われるデータベースファイルの更新の時間を含めていません。大まかな目安として３時間～半日程度かかります。特にサイズの大きなデータベースは構築に時間がかかり、バージョンアップ後該当データベースではしばらく検索できないことがあります。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 3● インストールチェック表
項目チェック

該当 P

作業前：以下のものを準備
ver. 2.5 インストール DVD

1

プロダクトキー（英数字 4×5=20 文字）

2,別紙

PC のインターネットへの接続

2（接続できない場合も別途方法有、詳細は手順書 6,P.16～をご参照ください）
MASCOT Server PC へのログインユーザー名とパスワードの確認

2(MASCOT Security 機能ご利用の方) MASCOT Administrator 権限を2持つユーザー名とパスワード。（わからない場合もサーバーへログインしてセキュリティ機能をオフにすれば作業可能です）
作業内容
1. Windows へのログイン

42-1. MASCOT Server の現バージョン確認

42-2. MASCOT Server 現環境のバックアップ

5

3. 起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了

5

4-1. 旧 ActivePerl のアンインストール

6

4-2. 新 ActivePerl 5.16 のインストールと動作確認

8

5. MASCOT Server version 2.5 アップグレード

10

5. [Cluster ご利用の方] インストール途中 Cluster ノード設定

13

5. [Cluster ご利用の方] インストール後 MASCOT Service 設定

15

6. MASCOT Server ライセンス認証

167-1. MASCOT Server の動作確認 : Database manager ページ 表示

237-2. MASCOT Server の動作確認 : Database Status 表示

26

7-3. MASCOT Server の動作確認 : 過去の検索結果閲覧

27

7-4. MASCOT Server の動作確認 : 検索テスト

28

8. Daemon のバージョンアップ

別紙

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 4● インストール手順

1. Windows へのログオン
Administrator 権限（管理者権限）を持ったユーザーでログオンしてください。弊社納入 PC
をご利用の場合通常は Administrator 権限を持つ mascot ユーザーが作成されています。
mascot でログオンしてください。

2. MASCOT Server のバージョンの確認と、関連ファイルのバックアップ【バージョンの確認】
アップグレード前に、現在使用している MASCOT Server のバージョンが ver.2.4 であるかを確認して下さい。ウェブブラウザで MASCOT Home –画面から Database Status ( 画面中ほど、Mascot Utilities セクションにあるハイパーリンク) をクリックするか、アドレス部分に以下の URL 情報を入力・エンターを押して、Database Status 画面を開きます（*「ホスト名」と記述している部分には各 PC のホスト名または IP アドレスを入力してください）。
http://ホスト名/mascot/x-cgi/ms-status.exe

Database Status リンクをクリックしますHome 画面Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 5

Database Status 画面の上から 2 行目に、MASCOT Server のバージョンが記されています。
下図例では、ver.2.4.1 です。バージョンが ver.2.4 以降である事をご確認ください。ver.2.3以前である場合、お手数ですが弊社までご連絡ください。
また Database Status 画面で Error の表示が出ている場合は MASCOT サービス、データベースに関するトラブルが発生している事が考えられます。一度 PC を再起動して頂き再度
Database status ページをご確認ください。ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

バージョンが 2.4 以降である事をご確認ください。

Database Status 画面【バックアップ】
Mascot Server が イ ン ス ト ー ル さ れ て い る フ ォ ル ダ （ 通 常 の イ ン ス ト ー ル で はC:¥Inetpub¥mascot フォルダ）全体をバックアップしてください。
バックアップの方法は各ユーザー様にお任せいたします。やり方がよくわからない場合、外付けハードディスク、または D ドライブなど MASCOT の dat ファイルバックアップ用に備え付けられた内部ハードディスクに「mascotbk20141230」などのフォルダを作成し、そこへC:¥Inetpub¥Mascot フォルダを丸ごとファイルコピーする事を弊社としてはお勧めいたします。

3. 起動中の他アプリケーションソフトウェアの終了
アップグレード作業を行う前に、起動している他のアプリケーションソフトウェアを終了してください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 6

4. Perl[ActivePerl] のアップグレード（旧バージョンのアンインストールと、新バージョンのインストール）
Perl のバージョンを 5.16 にアップグレードします。アップグレードは上書きインストールでなく、旧バージョンのアンインストールと新バージョンのインストールを行います。

(1) 古いバージョンのPerlの削除
現在インストールされているActivePerlをアンインストールします。アンインストールはコントロールパネルをご利用ください。

コントロールパネル→ プログラム

以下、「プログラムのアンインストール」→ ActivePerl

5.14.2 Build 1006 を選択し、「右クリック→アンインストール」を選択します。
＊ActivePerl のバージョンや各種表記についてはご利用の環境により異なります。

ActivePerl のアンインストール

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 7

アンインストールの確認：「はい」

アンインストールが始まり、終了するとプログラムのリストからActivePerlがなくなります。

C:¥Perl64 (またはC:¥Perl,32bit版OSの場合)フォルダを削除しPCを再起動します。

C:\Perl64

フォルダの削除後、PC 再起動

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 8(2) Perl 5.16.3のインストール
続けて MASCOT

Server ver. 2.5 インストール DVD を入れ、新たなバージョンのActivePerlをインストールします。
【64bit版OSの場合】ActivePerl-5.16.3.1603-MSWin32-x64-296746.msi【32bit版OSの場合】ActivePerl-5.16.3.1603-MSWin32-x86-296746.msi
をダブルクリックすると、インストーラーが起動しインストールが開始します。

ActivePerl 5.16 インストーラー起動、インストール

ライセンス規約をお読みになり、問題がなければAccept を選択、「Next」ボタンを押します。以降特に問題がなければデフォルト値を選択しインストールを進めます。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 9

特に問題がないようでしたら、デフォルト値を選択し、続けて「Next」を押していきます。
最後の選択肢で「Install」ボタンを押し、インストールを開始します。

インストールがすべて終わると右図のように完了画面がでます。”Finish”ボタンを押してください。（release notes 表示は必須ではありません。）(3) Perl 動作・バージョンの確認（よくわからなければ飛ばしてください）

コマンドプロンプトを起動し、perl -v コマンドを実行してください。現在インストールされている Perl のバージョン情報を含む、次のような文字列が出力されます。Perl のバージョンが 5.16.3 になっている事を確認してください。
This is perl 5, version 16, subversion 3 (v5.16.3) built for MSWin32-x64-multi-thread(with 1 registered patch, see perl -V for more detail)以下省略Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 10

5. MASCOT Server ver. 2.5 へのアップグレード
Mascot Server version 2.5 へのアップグレードに要する時間は、DVD 内に予め準備されているデータベースファイル SwissProt リリース 2014_07 のセットアップも含め 30 分程度です。
初 め に 、 ver.2.5 の イ ン ス ト ー ル DVD を 光 学 ド ラ イ ブ に 挿 入 し て く だ さ い 。 DVD は
MATRIX_SCIENCE と い う 名 称 で マ ウ ン ト さ れ ま す 。 Windows OS が 32bit 版 の 場 合 はsetup32.exe を、64bit版の場合は setup64.exe をダブルクリックしてください。


弊社からPCをご購入頂いた大半のご利用者は64bit版となります。

MASCOT インストーラーをダブルクリック

関連プログラムとして、VisualC++ 2008 などの インストールを MASCOT のインストール前に求められる事があります。特に問題がなければインストールを行ってください。

関連プログラムのインストールが終わると、MASCOT Server のバージョンアップが始まります。「Next」を押してください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 11

License Agreement が表示されます。内容に問題がなければ「I accept the terms in the License
Agreement 」 に チ ェ ッ ク を 入 れ 、「Next」を押してください。

プロダクトキー入力が必須である事を通知する画面が表示されます。
「Next」を押してください。
＊ ver.2.4 用ではなく ver.2.5 用のライセンスが必要となります。
ご注意ください。

インストール内容とインストール箇所を確認する画面が現れます。通常はデフォルト設定をそのまま利用してください。SwissProt に関しては、インストール時ご利用頂いているSwissProt のバージョンと比較した上で、DVD 内の方が新しいバージョンである場合のみインストールをしてください。切り替えは各部位の前にあるアイコン変更で行います。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 12

ver.2.4でご利用だったSwissProtのバージョンが2014年7月より新しい場合、右図のようなメッセージが現れます。戻ってSwissProtのインストールをやめる事をお勧めいたします。操作が良くわからない場合は「Tick this box to install thedatabase anyway」にチェックを入れ「Next」を押してください。

続 い て 、 Cluster シ ス テ ム の設定を行います。通常はデフォルトの設定のままでＯＫです。
Cluster システム(複数台の PC を利用する構成)をご利用の方は「Enable Mascot Cluster mode」にチェックを入れ「Configure」ボタンを押して node PC に関する設定が行われているのを確認してから「Next」 Cluster を使用しない場合、「Enableボタンを押してください。「Next」をMascot cluster mode」のチェック押して以降の操作については次ペーが外れているのを確認し、「Next」

ジをご参照ください。

Cluster システム を利用しておらず 1 台の PC だけで MASCOT Server の計算を行っている
場合、チェックが付いていないのを確認してから「Next」ボタンを押してください。次頁はCluster 利用者向けの設定ですので飛ばして P.14 から再開してください。なお通常は Clusterを使っておらずチェックをはずす方が正しい設定です。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 13**** 【Cluster システム をご利用の場合】 Node に関する設定 ****

nodePCの追加を行います。（通常）既に情報が入力されているので、個々の設定を確認してください。何も登録されていない場合、「Add」ボタンを押し、以下の項目を設定します。
・ node用フォルダのUNC パス
・ ローカルコンピュータにおける node用フォルダのパス・ host名, IP, Port番号,各コンピュータで使用するCPUライセンス数＊ Clusterのケースにおける設定終わり

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 14

すべての項目を設定し終わると、インストール開始となります。「Install」ボタンを押してください。

ver.2.4 で使用していた設定ファイルは以下のフォルダファイルコピーが行われます。途中、旧バージョンで使用していた設定ファイルをバックアップするよう尋ねるダイアロ
グが出ますが（右下図）、その際は「OK」

C:\inetpub\mascot\_install_backup\config フォルダに保存されます。必要に応じてインストール後
C:\inetpub\mascot\config フォルダの同じ名称のファイルと入れ替えてご利用ください。

ボタンを押してください。

SwissProtのインストールを選択した場合、インストール後半でSwissProtファイルの展開と解凍が行われその事を表すコマンドプロンプトを表示されます。

インストールが完了すると、右図のようなダイアログが現れます。「Open Mascot server statuspage」のチェックが入っているのを確認した上で、「Finish」ボタンを押してください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 15*Cluster システムご利用の場合：MASCOT Service のmascotユーザーによる開始設定 *MASCOT Server をClusterシステムでご利用の場合、インストール後MASCOT Serverのサービスは自動的に開始されません。MASCOTのサービスを mascotユーザーで開始するよう設定を変更した後、改めてサービスを開始する必要があります。
コントロールパネルの、「パフォーマンスとメンテナンス」→「システムとセキュリティ」→「管理ツール」→「サービス」を選びます。

コントロールパネル画面

サービス一覧の中で「Matrix Science Mascot Service」という項目を探し、ダブルクリックします。

「ログオン」タブ内の「アカウント」にて、・アカウント→ログインユーザー(mascotなど)・mascotパスワード→ログイン時のパスワードを入力し、OKボタンを押します。
例ではアカウントmascotで、パスワードにはmascotのログイン時パスワードを入力しています。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 16

MASCOT Service を選んだ状
態で右クリック→「開始」を選びます。

MASCOT Serviceが開始されます。
開始時にエラーが出た場合はお手数ですが弊社までご連絡ください。

***** MASCOT クラスターシステム利用者向けの特殊設定終わり *****

6. MASCOT Server の ライセンス認証
バージョンアップ後、使用ライセンスの登録と認証が必要となります。MASCOT Serverver.2.4 からバージョンアップを行ったお客さまも、ver.2.5 用のライセンスで登録と認証を再度行う必要があります。ライセンス認証はＷＥＢブラウザ画面を通じて行います。ライセンス
登録と認証は、通常オンラインで直接行うため、MASCOT Server PC をインターネットへ接続する必要があります。もし PC を直接インターネットへ接続できない場合でもインターネットに繋がっている別の PC からライセンスの登録と認証を行う方法もあります。

ライセンス認証の画面は以下の３つの操作のうちいずれかを行う事で現れます。
1) バージョンアップ操作直後に自動的に web ブラウザが起動し画面が現れる
2) ブラウザで Home -> Database Status → Register a new product key3) 画面左下の「Windows スタート」→プログラム→MASCOT→admin→License Info→ Register a new product key

なおセキュリティ機能を利用されている場合、画面アクセス時にログインが求められます。
ログイン時には Administrator 権限を持つユーザーでログインしてください。分からない場合は、コマンドプロンプトで bin フォルダ以下の ”disable_security.pl” を実行し、セキュリティ機能を一時的にオフにしてください。

＊ セキュリティ機能のオン/オフ を行うについては、弊社日本語資料設置のサイトの資料「MASCOT 設定：セキュリティ機の使い方」 http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_security.pdf
12-2,12-3 「セキュリティ機能を ON/OFF にするには」という項目をご覧ください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 17

2) database status 画面から表示する場合

3) スタートボタンから画面を表示する場合

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 18

Registration画面は以下の通りです。

← インターネット経由で直接ライセンス登録＆認証

オンラインで登録← インターネットに繋がっておらず、直接登録できない場合

オンラインで登録できない場合、こちらから認証ファイルを作成し別端末よりライセンス登録ができます。

■ MASCOT Server がインストールされているPCをインターネットに繋いでいて直接登録と認証を行う場合：「Register Online Now」ボタンを押してください。通常はこちらです。
■ 何らかの理由でMASCOT Server がインストールされているPCをインターネットに繋いでいない場合：「Save Registration File」でregistration.xml ファイルを保存した後、そのファイルをインターネットに接続しているPCへ持ち運び、ブラウザのアドレス部分にhttp://www.matrixscience.com/licensing/registerと入力して画面を開いてください。

＊別端末でインターネットに繋いでライセンス登録する場合のみ、直接接続の方は以下操作ありません。
最初に保存したProduct registration file (registration.xml ファイル)をアップロードする画面が現れます（次頁図）ので、registration.xmlファイルをアップロードしてください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 19

他端末での認証方法

http://www.matrixscience.com/licensing/register に接続

registration.xml をアップロード

registration.xml アップロード 画面（オフライン認証使用時のみ）* 以下から両方法での共通画面です
プロダクトキーを入力する画面が現れます。別途お渡しした20文字の半角英数字を、ハイフン付きで入力してください。入力後、「Start」ボタンを押してください。

ライセンスが間違っている場合続いて、ライセンス情報を登録する画面が現れます（次頁図）。
赤い * が付いている項目に関しては必須ですので必ず入力してください。入力内容については、次頁の図例を参考にしてください。特にメールアドレスにご注意ください。
＊登録情報は必ず英語で入力してください。日本語を使用しないでください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 20＊欄は入力必須
日本語使用 ×すべて英語で＊メールアドレスをチェック、下記【重要】を参照【重要】
弊社インストール時に情報が不足していたため登録情報が実態と異なる事があります。特に EmailAddress(メールアドレス)項目が弊社アドレス「support-jp@matrixscience.com」となっていることがあります。
恐れ入りますが、正しい情報に変更してください。
ライセンス情報登録画面-1

ライセンス登録者とは別にライセンス情報ファイルの管理を必要とするユーザーへライセンスファイルを送りたい場合、続いて現れる「Email address(CC)」欄に、メールアドレスを入力してください。必要ない場合は空欄にしてください。また、ここで入力したユーザーが弊社より各種ソフトウェアのバージョンアップ等のお知らせが必要かどうかを選択してください。

ライセンス情報登録画面-2

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 21

画面下部にはMASCOT Server のライセンスに関する規約が表示されます。文章にを通して頂いた上で問題ない場合には「Iaccept the terms of the licenceagreement」を選び、「Create licence」ボタンを押してください。

登録が終わると以下のような画面が表示され登録したメールアドレスにライセンスファイルが送付されます。ライセンスファイルは、「(ライセンス文字列).lic」というファイル名です。

ライセンス登録完了画面

メールに添付されたライセンスファイルをネットワーク経由やフラッシュメモリなどでMASCOT Server PCまで運び、ファイルをMASCOTインストールフォルダ下の、config¥licdbへコピーしてください。MASCOTインストールフォルダは通常 C:¥inetpub¥mascot ですので、

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 22licdb フォルダの場所はC:¥inetpub¥mascot¥config¥licdbフォルダとなります。

* ver.2.4のライセンスファイルをフォルダに残したままで結構です。

クラスターシステム以外では、ライセンスファイル設置直後からMASCOT Server が正常に動作します。バージョンアップ後各データベースの再構築が行われますので検索可能になるのに少し時間がかかります。特にサイズの大きなNCBInrなどは２時間以上かかる事があります。
Status項目が In useになったデータベースから使用可能となります（詳細は本資料 P.26～をご参照ください）。

ライセンス登録の内容を確認するため、Database StatusページのLicense info のリンクを押し、ライセンス情報が正しく表示されている事を確認してください。操作後も画面にライセンス登録を求めるエラーメッセージが出る場合は弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 23

7. MASCOT Server の動作確認 [過去結果閲覧、検索テスト]

すべての設定後、MASCOT Server の各種動作確認をしてください。動作確認の方法はご利用者にお任せいたしますが、主に確認した方がよい事項は以下の 4 点です。
1. Database Manager ページの表示
2. Database Status 画面における、各データベースの Status 項目
3. 過去の検索結果閲覧
4. 検索テスト
1. Database Manager ページの表示
mascot.dat に記された内容に何か問題がある場合、バージョンアップをきっかけに Databasemanager ページが正常に開かなくなることがありますので一度開いてご確認ください。画面はHome → Configuration Editor → Database Manager とクリックで辿っていくとで開きます（下図）Home ->

Configuration Editor -> Database Manager

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 24

Database Managerを開いた際以下のようなデータベース一覧画面が表示されれば特に問題はありません。

問題があるデータベースが存在する場合、以下のように ver.2.5 で使用可能にするため設定変更画面が現れます。

【選択項目の目安】●公開データベースで mascot デフォルト設定準備されている→ Synchronise●カスタムデータベース、公開 DB だが抜き出しルール変更時など→ Keep as Custom

通常は選択項目を変更することなく「Import」を押すだけで OK
Database Manager 初期設定画面

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 25

使用頻度が高くファイルの取得先が公開されているデータベースについては、XMLファイ
ル configuration.xml （ローカルサーバーのconfig フォルダ内）にMASCOTで使用するためのParse Rule をはじめとする各種設定内容がまとめられています。初期設定画面で提示されている設定内容は、全バージョンで利用していて今後も使用予定のデータベースについて、これまでのバージョンで利用していた設定内容をそのまま継続して利用する（Keep as Custom）か、それとも configuration.xml ファイルの設定を適用し、以降も定期的に変更がないかチェックし続けるか(Synchronise)選択します。通常は最適設定が自動的に選ばれており変更する必要がない場合が多く、そのまま選択項目を変更せずに「Import」を押します。

画面表内の各項目の意味は以下の表の通りです。

項目名説明Existing

これまでのバージョンで利用していたデータベースの名称

Predefined

configuration.xml 内で定義されている設定の名称

Match

Predefined 設定内容と既存設定との一致度。Perfect なら問題無し

Synchronise or

Synchronise…configuration.xml の定義内容と入れ替え

Keep as Custom

Keep as Custom … これまでの定義内容をそのまま利用

すべて選択後、画面下の「Import」ボタンを押します。Importボタンを押すと画面が切り替
わり、左側の「Database Manager」->「Databases」選択時と同じ画面へ移行します

Import ボタンクリック後自動的に表示される「Databases」画面

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 26

2. Database status 画面における、Status 項目の確認
MASCOT で使用する各データベースが使用可能な状態になっているかを確認します。
Home から
Database Status のハイパーリンクをクリックします。
Home -> Database Status をクリック

Database Status 画面にて、各データベースの「Status」項目を見ます。下図のように「In Use」であれば問題ありません。

各データベースの Status 項目が”In Use”であるかをチェック。Halted なら PC 再起動

バージョンアップ後のデータベース再構築ですが、「データベースの構築」→「検索テスト」→使用可能 (In use)となります。Status が「Creatingcompressed files N%」 となっている場合、データベースを構築中です。
「Running 1st test」
は検索テスト実行中です。共に問題ありません。次のステップに移行するまでお待ちください。
「Halted:Failed to map」となっている場合、まずは PC を再起動してもう一度ご確認くだ さ い 。 同 じ エ ラ ー が 出 た 場 合 、 status 項 目 の す ぐ 隣 に 現 れ て い る ハ イ パ ー リ ン ク「compression warning」「Check error log」をクリックし、エラー内容を確認してわかる範囲でご対処頂き、ご不明な点がございましたら弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 27

3. 過去の検索結果閲覧
Database Status 画面を確認後、過去の検索結果の閲覧に問題がないか確認します。
Home から Search Log のハイパーリンクをクリックします。

任意の Job#をクリックし過去の検索結果が問題なく表示される事を確認してください。表示
内容については基本的に ver. 2.4 に比べ大きな変更点はありません。Peptide view ページで表示される スペクトル-理論値マッチングを確認する図の表示形式が変わりましたので、結果画面内の query 番号をクリックしてご確認ください。
*MIS 検索のみ表示され、PMF では表示されません。
これまでと同様の画面が現れない、または表示時に赤字の Warning が出るようになった場合（以前のバージョンでも出ている場合を除く）は、お手数ですが弊社までご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 28

4. 検索テスト

検索のテストについては、いつも実施している方法で検索してください。検索がうまくいかないケースで Thermo Scientific 社製質量分析装置の raw ファイル読み込みに失敗している可能性がある場合、弊社日本語資料サイトの PDF 資料「Thermo Xcalibur RAW ファイルに対する Mascot Server Mascot Daemon 側の設定等について」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_settingsOfMs+MdForXcaliburRawFile.pdfの内容をご確認の上変換に必要なプログラムが揃っているかご確認ください。また、C:¥inetpub¥mascot¥cgi フォルダ以下の lcq_dta_shell.pl ファイル内の「$lcqExe」行の右辺側が変換プログラムのパス、名称と一致しているかご確認ください。

raw ファイル読み込み以外で問題が発生している場合、以下の手順で順に検索のテストを行って頂き、どの段階で問題が生じるかご確認ください。

1.

すべてのケース：データベースを変えて検索してください。

上記方法で検索可能だった場合：最初に選択したデータベースに問題が生じている可能性があります。Home -> Database Status ページで該当データベースの status 項目をご覧ください(P.26～をご参照ください)。また問題が生じているデータベースの名称と、MASCOT Server の logs フォルダにある、monitor.log, errorlog.txt ファイルをご覧ください。ご不明な場合はこれらのファイルを弊社までお送りください。

2.

Daemon や各社分析ソフトウェアから検索を行っている場合：検索手段を変えて検索してください。
- 他のソフトウェアからでなく MASCOT Server PC にある WEB ブラウザから検索テストを行ってください。
- 他端末のブラウザや Daemon、メーカー付属の解析ソフトウェアがあればそこから検索を行ってください。
* ブラウザからの再検索方法が良くわからない場合、とりあえず home->Search log から過去の検索結果を開き、再検索を行う方法などをご提案します。

上記方法で問題が解決した場合：ネットワークや MASCOT セキュリティシステム、Daemon や各種ソフトウェアのバージョンの組み合わせに何らかのトラブルが発生している可能性があります。お手数ですが弊社までトラブルの内容をご連絡ください。

Mascot Server version 2.5 アップグレード手順 29

8. MASCOT Daemon アップグレード（別紙）MASCOT Server のバージョンアップに伴い、MASCOT Daemon のバージョンアップも行って頂く事をお勧めいたします。MASCOT Daemon のバージョンアップを行わなくとも検索できますが、トラブルの元ですので可能な限りバージョンアップを行ってください。Daemonのアップグレード手順に関しては別紙「Mascot Daemon マニュアル」
URL: http://www.matrixscience.jp/pdf/jap_mdaemon_manual.pdfの「2.インストレーションと環境設定」-「アップグレード」にまとめてありますのでそちらをご覧ください。

● 技術サポートアップグレードに関してご質問等ありましたら弊社技術サポートにご連絡ください。
電子メール ：support-jp@matrixscience.com
電話 ：03-5807-7897

ファックス ：03-5807-7896