CAS STNext®

核酸・タンパク質配列検索
化学情報協会 情報事業部
202401

本⽇の内容
1. CAS STNext の配列検索
2. 完全配列検索・部分配列検索
3. ホモロジー検索•

REGISTRY•

GENESEQ

4. CAS Sequences© 2024 化学情報協会

CAS STNext の配列検索

配列検索とは3

塩基コード、アミノ酸コードを⽤いた検索

配列質問式

回答配列

化学物質名検索や構造検索*ではヒットしない核酸・タンパク質が、配列検索でヒットする場合がある (*⽔素以外の元素数が 252 以下の場合は構造検索も可能)© 2024 化学情報協会

配列検索の種類

4① 完全配列検索⁃ 質問式と完全に⼀致する配列を検索

配列質問式

完全に⼀致

回答配列

② 部分配列検索⁃ 質問式を⼀部に含む配列を検索

配列質問式

部分的に⼀致回答配列③ ホモロジー検索⁃ 質問式と類似した配列を検索

配列質問式

類似領域

回答配列

© 2024 化学情報協会

配列検索の選択5
配列質問式

質問式の配列を⼀部に含む配列を検索

質問式の配列に類似した配列を検索① 完全配列検索② 部分配列検索③ ホモロジー検索①ʼ 完全配列
ファミリー検索*②ʼ 部分配列
ファミリー検索*

質問の配列と完全に⼀致する配列を検索* ファミリー検索︓等価なアミノ酸も含めた配列検索© 2024 化学情報協会

CAS STNext の配列関連のファイルと機能
ファイル名

6

内容

REGISTRY

世界の雑誌や特許から抽出した配列を収録

GENESEQ

世界の特許から抽出した配列を収録

USGENE

⽶国特許に記載された配列を収録

PATGENE

PCT 出願に記載された配列を収録

GENBANK

⽶国国⽴衛⽣研究所作成の核酸配列データベース

機能
CAS Sequences

内容
下記から配列を収録• REGISTRY ファイル• 7 つの主要特許発⾏機関の特許• NCBI 由来の配列* 網掛は本講習会で説明するファイルや機能© 2024 化学情報協会

検索⽅法・コマンドの違い
ファイル名

7
ホモロジー検索

完全配列検索部分配列検索BLASTGETSIMーREGISTRYコマンドで検索独⽴したソフトウェアで検索

GENESEQ
USGENEPATGENE

コマンドで検索

コマンドで検索GENBANK

配列検索はできない

SEARCHRUN GETSEQ

機能

完全配列検索部分配列検索CAS Sequencesー

コマンド不要コマンド不要コマンドで検索RUN BLASTRUN GETSIM

ホモロジー検索
BLAST
BLAST

CDR

GETSIMMotifー* 網掛は本講習会で説明する検索© 2024 化学情報協会

完全配列検索・部分配列検索

完全配列検索・部分配列検索

9

質問式と⼀致する配列を検索したい場合は完全配列検索または部分配列検索を実⾏する
完全配列検索

配列質問式

回答配列

完全に⼀致

部分配列検索配列質問式

部分的に⼀致回答配列

データベース中の配列の中から⼀致する配列を検索する© 2024 化学情報協会

完全配列検索・部分配列検索の検索式

10

REGISTRY では SEARCH コマンド、GENESEQ では
RUN コマンドを使う
REGISTRY : => S コード/検索フィールド
GENESEQ : => RUN GETSEQ コード/検索フィールド
検索タイプ
核酸

タンパク質

検索フィールド

完全配列

/SQEN

部分配列検索

/SQSN

完全配列

/SQEP

完全配列ファミリー*/SQEFP

部分配列

/SQSP

部分配列ファミリー*/SQSFP* 等価なアミノ酸も含めた配列がヒットする© 2024 化学情報協会

塩基コード

11

核酸の検索では下記の塩基コードを利⽤できる
 塩基コードは 5ʼ 末端から 3ʼ 末端の順で⼊⼒する
 各ファイルで利⽤可能な核酸の塩基コードの詳細は、=> HELP NUC 参照。下記以外に曖昧コードも利⽤可能
塩基塩基名

完全配列検索でヒット

部分配列検索でヒット

REGISTRY

GENESEQREGISTRY

GENESEQ

A

アデニン

A

A

A

A

C

シトシン

C

C

C

C

G

グアニン

G

G

G

G

T

チミン (DNA)

T

T, U

T, U

T, U

U

ウラシル (RNA)

U

T, U

T, U

T, U
© 2024 化学情報協会

アミノ酸コード12

タンパク質の検索では下記の 20 種類のアミノ酸コードと次のページに⽰すコードも利⽤できる
 アミノ酸コードは N 末端 (NH2) から C 末端 (COOH) の順で⼊⼒する
1⽂字
コード

3⽂字
コード

アミノ酸名

A

ALA

アラニン

C

CYS

D

完全・部分配列検索でヒット

1⽂字
コード

3⽂字
コード

A

M

MET

メチオニン

M

システイン

C

N

ASN

アスパラギン

N

ASP

アスパラギン酸

D

P

PRO

プロリン

P

E

GLU

グルタミン酸

E

Q

GLN

グルタミン

Q

F

PHE

フェニルアラニン

F

R

ARG

アルギニン

R

G

GLY

グリシン

G

S

SER

セリン

S

H

HIS

ヒスチジン

H

T

THR

トレオニン

T

I

ILE

イソロイシン

I

V

VAL

バリン

V

K

LYS

リシン

K

W

TRP

トリプトファン

W

L

LEU

ロイシン

L

Y

TYR

チロシン

Y

REGISTRY

GENESEQ

アミノ酸名

完全・部分配列検索でヒット
REGISTRY

GENESEQ© 2024 化学情報協会

アミノ酸コード (続き)
1⽂字
コード

3⽂字
コード

O

アミノ酸名

13
完全配列検索でヒット

部分配列検索でヒット

REGISTRY

GENESEQREGISTRY

GENESEQ

PYL

ピロリシン

O

O

O

O

U

SCY

セレノシステイン

U

U

U

U

B

ASX

アスパラギン
アスパラギン酸

-

B,D,N

D, N

B,D,N

J

XLE

イソロイシン
ロイシン

-

I,L

I,L

I,L

Z

GLX

グルタミン酸
グルタミン

-

Z,E,Q

E,Q

Z,E,Q

X

XXX

特殊・未定義X

A-Y, X*X

A-Y, X*

各ファイルで利⽤できるアミノ酸コードの詳細は、=> HELP AAC 参照

REGISTRY ファイルでは， X (特殊・未定義のアミノ酸コード) の
詳細を => HELP AAU で確認できる* GENESEQ ファイルの X の詳細は HELP ACC を参照

コードの詳細は「REGISTRY ファイル配列検索」「GENESEQ ファイル配列検索」を参照
https://www.jaici.or.jp/stn-ip-protection-suite/cas-stnext/documents/#07© 2024 化学情報協会

検索例 - REGISTRY14

WTLNSAGYLLGPH を⼀部に含むタンパク質を
REGISTRY ファイルで調査する[検索条件]⁃ 配列⻑は 30 以下で限定する⁃ 特許でクレームされている配列に限定する© 2024 化学情報協会

絞り込みに便利な検索フィールド - REGISTRY
検索項⽬

フィールド

15

⼊⼒例

配列⻑

/SQL

 数値検索フィールド=> S L1 AND 100/SQL=> S L3 AND 10-20/SQL=> S L5 AND 200=<SQL

特許情報

/PNTE
または
/FEAT

 クレームされている配列に限定=> S L2 AND CLAIM?/PNTE
 クレームされていない配列に限定=> S L3 AND UNCLAIM?/PNTE/NTE

 クレームされている配列の形態や修飾の情報を収録=> S L1 AND CYCLIC/NTE=> S L3 AND MODIFIED/NTE 特殊・未定義のアミノ酸コードの定義を収録

特徴表

その他の配列関連検索フィールドおよび特徴表についての詳細は，<詳細版> テキスト参照
https://www.jaici.or.jp/stn-ip-protection-suite/cas-stnext/documents/#07© 2024 化学情報協会

配列レコードを表⽰するときのポイント - REGISTRY 16
 SQIDE 表⽰形式などの配列情報が表⽰される表⽰形式を使⽤する-

デフォルトの IDE 表⽰形式では配列情報は表⽰されない

表⽰形式

内容

SCAN

CA 索引名、分⼦式、クラス識別⼦、構造図、配列⻑
* 配列は表⽰されない

SQIDE

IDE 表⽰形式 (基本的な物質情報)、配列⻑ (SQL)、核酸 (NA)、
特徴表 (NTE)、特許情報 (PNTE)、1 ⽂字コードの配列データ(SEQ)

SQIDE3SQIDE と同じ。ただし配列データ (SEQ3) は 3 ⽂字コードで表⽰される© 2024 化学情報協会

検索例 - REGISTRY=> FILE REGISTRY← REGISTRY ファイルに入る=> S WTLNSAGYLLGPH/SQSP
L1
344 WTLNSAGYLLGPH/SQSP← 部分配列検索を実行する=> S L1 AND SQL=<30
L2
123 L1 AND SQL=<30← 配列長で限定=> S L2 AND CLAIM?/PNTE
L3
12 L2 AND CLAIM?/PNTE← クレームで限定=> D L3 1-12 SQIDE← 配列情報を表示する

17

L3
RN
ED
CN

ANSWER 1 OF 12 REGISTRY COPYRIGHT 2023 ACS on STN
1381842-73-4 REGISTRYEntered STN: 06 Jul 2012
L-Serine, glycyl-L-tryptophyl-L-threonyl-L-leucyl-L-asparaginyl-L-seryl-L-alanylglycyl:
FS PROTEIN SEQUENCE; STEREOSEARCHSQL 30
配列⻑
PATENT ANNOTATIONS (PNTE):
Sequence |Patent
Source |Reference=========+=============
クレーム
Not Given|AU2012200046|claimed SEQID|89
ヒットしたコードには⼆重線 (=) が付く---------+------------:SEQ
1 GWTLNSAGYL LGPHAVGNHR SFSDLNGLTS========= ====
ヒット位置
HITS AT: 2-14
© 2024 化学情報協会

参考 : CAplus ファイルへクロスオーバー検索=> FILE CAPLUS← CAplus ファイルに入る=> S L3
L4← REGISTRY ファイルの L3 をクロスオーバー検索する
151 L3=> D 5 BIB ABS HITSEQ← BIB ABS HITSEQ 表示形式で表示する

L4

ANSWER 5 OF 151 CAPLUS COPYRIGHT 2023 ACS on STN

AN
DN
TI
AU

2021:2774180 CAPLUS Full-text
178:51304
Site-selective itaconation of complex peptides by photoredox catalysis
Wang, Siyao; Zhou, QingQing; Zhang, Xiaheng; Wang, Ping:
Angewandte Chemie, International Edition (2022), 61(5), e202111388
CODEN: ACIEF5; ISSN: 1433-7851:
Site-selective peptide functionalization provides a straightforward andcost-effective access to diversify peptides for biol. studies. Among many:
136024-41-4
RL: RCT (Reactant); THU (Therapeutic use); BIOL (Biological study); RACT(Reactant or reagent); USES (Uses)(synthesis of itaconated peptides and their derivs. through combinationof transamination and photoredox conditions)
136024-41-4 CAPLUS
L-Serine, glycyl-L-tryptophyl-L-threonyl-L-leucyl-L-asparaginyl-L-seryl-Lalanylglycyl-L-tyrosyl-L-leucyl-L-leucylglycyl-L-prolyl-L-histidyl-Lalanyl-L-valylglycyl-L-asparaginyl-L-histidyl-L-arginyl-L-seryl-Lphenylalanyl-L-seryl-L-α-aspartyl-L-lysyl-L-asparaginylglycyl-Lleucyl-L-threonyl- (CA INDEX NAME)

SO
AB
IT

RN
CN

SEQ

18

HITSEQ
ヒットした CAS RN®、
そのロールとテキスト説
明句、CA 索引名、配列

1 GWTLNSAGYL LGPHAVGNHR SFSDKNGLTS© 2024 化学情報協会

使⽤できる記号、配列⻑の制限値

19

 ギャップ記号，特殊記号は => HELP SQQ 参照
記号の利⽤例は「REGISTRY ファイル配列検索」を参照
https://www.jaici.or.jp/stn-ip-protection-suite/cas-stnext/documents/#07● REGISTRY ファイルのギャップ記号、特殊記号利⽤例)=> S SY...RPG/SQSP→ SYTYYRPG AFWSYKRLRPG=> S QS[ILM]SSW/SQSP → QSLSSW QSISSWLAなどがヒット 配列質問式の⻑さの制限⁃

REGISTRY ファイル
⼊⼒⽅法

核酸

配列コードを直接⼊⼒し⼀回で検索
QUERY コマンドで作成した検索フィールド付きの質問式の L 番号を & 記号でつなげる
REGISTRY BLAST ソフトウェア

⁃

タンパク質
250 コード

1,000 コード・完全配列 1,000 コード
・部分配列 2,400 コード
50,000 コード

GENESEQ ファイルは => HELP QLMITS 参照© 2024 化学情報協会

SEQLINK EXACT コマンド - REGISTRY

20

 REGISTRY ファイルでは同主鎖の配列を持っていても、個別の CAS RN® を持つ場合がある
 SEQLINK EXACT コマンドを使⽤すると同主鎖であっても別のレコードになった核酸、タンパク質をまとめることができる=> SEQ CAS RN®
=> SEQ L# ← 配列レコードを含む回答セットの L 番号

© 2024 化学情報協会

検索例 - GENESEQ

21

GACAGCCAAGCGGCAGGGCTGCCAGCAGCC と完全に⼀致する核酸配列を GENESEQ ファイルで調査する[検索条件]⁃ 相補鎖も含める (デフォルト)
5ʼ
3ʼ
GACAGCCAAGCGGCAGGGCTGCCAGCAGCC (質問式)
CTGTCGGTTCGCCGTCCCGACGGTCGTCGG (相補鎖)3ʼ5ʼ
GGCTGCTGGCAGCCCTGCCGCTTGGCTGTC (相補鎖の質問式)
5ʼ
3ʼ

⁃ 特許でクレームされている配列に限定する© 2024 化学情報協会

核酸の相補鎖の検索22

 REGISTRY ファイル⁃

相補鎖は⾃動的には検索されないので、必要に応じて相補鎖も別途検索する=> S GCCCAAGCTGGC/SQSN← 入力した配列コード (一本鎖) のみ検索 (デフォルト)=> S GCCAGCTTGGGC/SQSN← 相補鎖の配列コードを 5’→3’の順で作成し検索 GENESEQ ファイル⁃⁃

デフォルトで⾃動的に相補鎖を含めて検索される
相補鎖を含めるかはオプションで変更できる=> RUN GETSEQ GCCCAAGCTGGC/SQSN← 相補鎖を含めて検索 (デフォルト)=> RUN GETSEQ GCCCAAGCTGGC/SQSN -S BOTH

（上記と同じ検索)=> RUN GETSEQ GCCCAAGCTGGC/SQSN -S SIN ← 入力した配列コード (一本鎖) のみ検索=> RUN GETSEQ GCCCAAGCTGGC/SQSN -S COM ← 入力した配列コードの相補鎖のみ検索© 2024 化学情報協会

絞り込みに便利な検索フィールド - GENESEQ
検索項⽬
配列⻑

フィールド
/SQL

23

⼊⼒例
 数値検索フィールド=> S L1 AND 100/SQL=> S L3 AND 10-20/SQL=> S L5 AND 200=<SQL

特許中の配列の/PSL
記載位置

 クレームされている配列に限定=> S L2 AND CLAIM?/PSL クレームされていない配列に限定=> S L3 AND DISCLOSURE/PSL

特徴表

/FEAT

 配列の特徴を収録=> S L1 AND (DISULFIDE(W)BOND)/FEAT=> S L3 AND MRNA/FEAT 特殊・未定義のアミノ酸コード (X) に対応する情報を収録=>S (HSE OR HOMOSERINE)/FEATWPI レコード番号/OS

 WPI ファイルのレコード番号を検索=> S 94-151326/OS

その他の配列関連検索フィールドおよび特徴表についての詳細は，<詳細版> テキスト参照
https://www.jaici.or.jp/stn-ip-protection-suite/cas-stnext/documents/#07© 2024 化学情報協会

配列レコードを表⽰するときのポイント - GENESEQ

24

 配列の概要やアライメント情報など、回答の適合性を確認したい時は、 TRIAL や ALIGN 表⽰形式を使⽤する
 書誌情報や配列に関する詳細な情報を確認したい場合は、BIB や ALL 表⽰形式を使⽤する
表⽰形式

内容

TRIAL

レコード番号 (AN)、標題 (TI)、分⼦式タイプ (MTY)、配列の説明 (DESC)、
キーワード (KW)、配列⻑ (SQL)

ALIGN

 完全配列、部分配列検索結果の場合⁃ 全配列情報 (ヒット位置には⼆重下線が付く)
 ホモロジー検索結果の場合⁃ ヒットした配列と質問配列のアライメント情報 (⼀致/不⼀致/
ギャップ)

BIB

書誌情報、配列の説明 (DESC)、クロスレファレンス (CR)ALL

書誌情報、抄録、配列情報およびキーワード (KW)
© 2024 化学情報協会

検索例 - GENESEQ=> FILE GENESEQ

25← GENESEQ ファイルに入る=> RUN GETSEQ GACAGCCAAGCGGCAGGGCTGCCAGCAGCC/SQEN
L1
L1

RUN STATEMENT CREATED
3 GACAGCCAAGCGGCAGGGCTGCCAGCAGCC/SQEN

核酸の配列検索では、デフォルトで⾃動的に相補鎖を含めて検索される=> S L1 AND CLAIM?/PSL
L2
3 L1 AND CLAIM?/PSL← クレームで限定=> D L2 1-3 TRIAL ALIGN← TRIAL ALIGN 表示形式を用いて標題、配列長、ヒットしたコードを確認する

L2
AN
TI
：
MTY
DESC
KW

ANSWER 1 OF 3 GENESEQ COPYRIGHT 2023 CLARIVATE on STN.
BKQ82934 GENESEQ
Diagnosing subject with benign, pre-malignant, or malignant
cDNA
Human orphan non-coding RNA (oncRNA), SEQ ID 6810.
cancer; cytostatic; diagnostic test; oncRNA; orphan noncoding RNA; rna
detection; ss; therapeutic; tumor marker
← 配列長
30

SQL
ALIGN
ALIGNMENT FROM L-NUMBER L1
Sequence Length: 30;

Minus の場合は相補鎖でヒットしている

Strand: Plus / Minus;
Hits at: 30-1
30 GACAGCCAAG CGGCAGGGCT GCCAGCAGCC========== ========== ==========

ヒット位置
ヒットしたコードには⼆重線 (=) が付く© 2024 化学情報協会

検索例 - GENESEQ
L2
AN
TI
：
DESC
KW

26

ANSWER 2 OF 3 GENESEQ COPYRIGHT 2023 CLARIVATE on STN.
BKQ82933 GENESEQ
Diagnosing subject with benign, pre-malignant, or malignant
Human orphan non-coding RNA (oncRNA), SEQ ID 6809.
cancer; cytostatic; diagnostic test; oncRNA; orphan noncoding RNA; rna
detection; ss; therapeutic; tumor marker
← 配列長
30

SQL
ALIGN
ALIGNMENT FROM L-NUMBER L1
Sequence Length: 30;
Strand: Plus / Plus;
⼊⼒した質問式のコードでヒット
Hits at: 1-30
1 GACAGCCAAG CGGCAGGGCT GCCAGCAGCC========== ========== ==========
L2
AN
：
MTY
DESC
KW

ANSWER 3 OF 3 GENESEQ COPYRIGHT 2023 CLARIVATE on STN.
BKQ82932 GENESEQ
RNA
Human orphan non-coding RNA (oncRNA), SEQ ID 6808.
cancer; cytostatic; diagnostic test; oncRNA; orphan noncoding RNA; rna
detection; ss; therapeutic; tumor marker
30

SQL
ALIGN
ALIGNMENT FROM L-NUMBER L1
Sequence Length: 30;
Strand: Plus / Plus;
Hits at: 1-30
1 GACAGCCAAG CGGCAGGGCU GCCAGCAGCC========== ========== ==========

検索例 - GENESEQ=> D L2 1 BIB ALIGN
L2
AN
TI

IN
PA
LA
DT
PI
PIT

© 2024 化学情報協会

27← 書誌情報とヒットしたコードを組み合わせて表示する

ANSWER 1 OF 3 GENESEQ COPYRIGHT 2023 CLARIVATE on STN.
BKQ82934 GENESEQ ED 20220325 UP 20220325
DED 20220324 Full-text
Diagnosing subject with benign, pre-malignant, or malignant
hyperproliferative cell used for detecting cancer cell in subject,involves detecting presence, absence, and/or quantity of non-coding RNA
or its functional fragment in sample.
Goodarzi H
UNIV CALIFORNIA (REGC)
EnglishPatent
WO 2022040106 A2
20220224
WOA2 INTERNATIONAL APPLICATION PUBLISHED WITHOUT INTERNATIONAL SEARCHREPORT or INTERNATIONAL APPLICATION PUBLISHED WITH DECLARATION UNDERARTICLE 17 (2) (A) [FROM 20090101 ONWARDS]
WO 2021-US46186
20210816
20200816
NUCLEIC; NS
2022-27666X [020]cDNA
特許中の配列情報の記載位置
Claim 64; SEQ ID NO 6810; 916pp
Human orphan non-coding RNA (oncRNA), SEQ ID 6810.

AI
PRAI
FS
OS
MTY
PSL
DESC
ALIGN
ALIGNMENT FROM L-NUMBER L1
Sequence Length: 30;
Strand: Plus / Minus;
Hits at: 30-1
30 GACAGCCAAG CGGCAGGGCT GCCAGCAGCC========== ========== ==========© 2024 化学情報協会

実習 1

28

下記の配列を含むタンパク質を REGISTRY ファイルとGENESEQ ファイルで調べる
CRHKPMRTVTNFYIANLAATDVTFLLCCVPFTALLYPLPGWVLGDFMCKFVNYI[検索条件] 400 以下の配列⻑でクレームに記載された配列に限定する
検索

REGISTRY

GENESEQ

タンパク質の部分配列検索=> S 質問式/SQSP=> RUN GETSEQ 質問式/SQSP

配列⻑で限定SQL 検索フィールドを利⽤する

クレームに限定CLAIM?/PNTE

CLAIM?/PSL

表⽰形式

SQIDE

BIB ALIGN

参照スライド
10
15, 2316, 24© 2024 化学情報協会

ホモロジー検索ホモロジー検索30

配列質問式と類似した配列を検索したい場合はホモロ
ジー検索を実⾏する

配列質問式

類似領域

回答配列

データベースに収録された配列の中から、類似した配列を検索する© 2024 化学情報協会

ホモロジー検索のプログラム

31

CAS STNext では BLAST と GETSIM の 2 種類のホモロジー検索を実⾏できる
プログラム

BLAST

GETSIM

Basic Local Alignment Search Tool

FASTA 系列のプログラム．

最もよく利⽤されている配列検索プログラム。他のプログラムに⽐べて⾼速処理できる。ギャップをあまり考慮しないため、検出感度や選択性が低いと考えられがちだが、実際には他と⽐べてそれほど遜⾊はない。

データベース中のすべての配列との間で忠実にアラインメントを⾏ってホモロジースコアを算定する。BLAST ホモロジー検索で回答が得られない場合でも、GETSIM ホモロジー検索で回答が得られることがある。

処理速度

速い

遅い

類似性の⾼い配列○○

類似性の低い配列

△

○

⽐較⽅法

短い部分配列を⽐較
ギャップはあまり考慮されない

配列全体を⽐較
ギャップも考慮される

感受性

デフォルトの設定では低い

⾼い

概要

データベースREGISTRY，GENESEQ，USGENE，
PATGENE, CAS Sequences

GENESEQ, USGENE, PATGENE© 2024 化学情報協会

ホモロジー検索 REGISTRYREGISTRY BLAST 検索の流れ

33

準備① ソフトウェアのインストール

BLAST 検索 (独⽴したソフトウェアで実施)③ 回答表⽰② 検索- 結果の確認- ソフトウェアを起動④ STN 移⾏のための準備- 配列質問式の⼊⼒- スクリプトファイル保存- 検索タイプの選択- アライメントデータ保存- パラメータの設定⑤ CAS STNext での検索と表⽰- スクリプトを実⾏、回答を表⽰- レポート作成 (オプション)© 2024 化学情報協会

検索例 – REGISTRY BLAST

34

下記のがん抑制遺伝⼦ p53 に類似する配列を
REGISTRY BLAST 検索で調査する

配列⻑ 303© 2024 化学情報協会① 準備︓ソフトウェアのインストール

35

REGISTRY BLAST はソフトウェアで実⾏するため、ソフトウェアをインストールする
1) ダウンロードサイトにアクセスしてhttps://www.stn.org/stn/downloads/blast-download.html

ソフトウェア (.exe) をダウンロードする

2) .exe ファイルを実⾏してインストールする© 2024 化学情報協会

② REGISTRY BLAST 検索

36

ソフトウェアをクリックして REGISTRY BLAST を起動する。
次に、Sequence ボタンをクリックして配列質問式を⼊⼒する。
検索名を⼊⼒ (オプション)

配列から検索を開始
配列質問式を⼊⼒• 直接⼊⼒する• Read from File からファイルを読み込む• 配列質問式の⻑さは最⼤50,000 コード
今回はスライド 14 の配列を使⽤© 2024 化学情報協会② REGISTRY BLAST 検索

37

検索タイプを選択する。
今回の検索は BLASTn で実⾏する

データベースのサブセットを選択する

REGISTRY ファイル中のすべての配列

50 塩基以下の配列のみが必要な場合はチェックを付ける© 2024 化学情報協会

参考 : 検索タイプ

38

REGISTRY BLAST 検索の検索タイプ
検索タイプ

検索機能

配列質問式
塩基配列

回答

BLASTn塩基配列の質問式に類似した塩基配列を検索

塩基配列

tBLASTn

データベース中の塩基配列をアミノ酸に翻訳した配列のアミノ酸配列中からアミノ酸配列の質問式に類似した配列を検索

塩基配列

tBLASTx

塩基配列の質問式をアミノ酸配列に翻訳して、これに類塩基配列似したアミノ酸配列に翻訳された塩基配列を検索

塩基配列

BLASTpアミノ酸配列の質問式に類似したアミノ酸配列を検索

アミノ酸配列アミノ酸配列BLASTx塩基配列の質問式をアミノ酸配列に翻訳して、これに類似したアミノ酸配列を検索

塩基配列

アミノ酸配列 核酸検索時は相補鎖も含めて検索される© 2024 化学情報協会② REGISTRY BLAST 検索

39

パラメータと回答件数の最⼤値を設定する「Low Complexity Filtering」 のデフォルトはON で低複雑度領域のマスクフィルタリングが⾏
われ、⽣物学的に無意味なアライメントは取り除かれる設定になっている
特許性調査の場合はチェックをはずした⽅がよい

その他のパラメータは、チェックを付けると表⽰される

OK をクリックすると検索が実⾏される回答件数の最⼤値は 1,000 件© 2024 化学情報協会

③ 回答表⽰40

検索完了後、結果を表⽰する

Results は、1,000件×100 セットが最⼤(101個⽬の回答セットを作成する際は、最も古い回答セットが削除される)

検索名

検索タイプ

実⾏⽇

状況

回答件数

既読チェック

Status (状況) 表⽰• Running : 実⾏中• Complete : 完了
• Queued : 実⾏待ち
• Failed: 失敗(Failed になった場合は再度検索する)© 2024 化学情報協会③ 回答表⽰41

回答はスコア値の⾼い順に表⽰される＋ をクリックすると詳しいアライメント情報が
表⽰される

件数情報
スコア値
分布
アライメントの概略

スコア値

アライメントの詳細

同⼀性パーセント

重複する配列が存在する場合は□ が表⽰される

アライメント表⽰
Query : 配列質問式
Subject : 回答の配列| は⼀致しているコード© 2024 化学情報協会

③ 回答表⽰42

REGISTRY BLAST の回答はテキスト形式で保存可能

検索条件

回答表⽰

© 2024 化学情報協会④ CAS STNext 移⾏のための準備43得られた配列を CAS STNext へ移⾏するために
Script を作成する
スクリプトで⾃動検索したい内容を選択する

移⾏したい配列にチェックを付け、Get
STN Data Script をクリックする

REGISTRY フ ァ イ ル でCAS RN® を検索する

チェックをつけておくとアライメント
付き BLAST レポートを後で作成できる© 2024 化学情報協会

④ CAS STNext 移⾏のための準備

44

スクリプトファイルとアライメントデータを保存する
STNext へ移⾏するための Script (.scb) ファイルを保存する

ファイル名を⼊⼒して保存する

アライメント付きレポートを作成するためにアライメントデータ (.xss) を保存する (オプション)

ファイルを保存したら
REGISTRY BLAST を終了する© 2024 化学情報協会⑤ CAS STNext での検索と表⽰

45

CAS STNext に接続し、Script を実⾏する(REGISTRY ファイルで配列レコードを検索する)

CAS STNext の画⾯右下の Scriptから Import を選択する

保存したファイル (.scb) を選択し OK をクリック

再度，Script をクリックしてインポートしたファイルのRun をクリックする© 2024 化学情報協会

⑤ CAS STNext での検索と表⽰

46

⾃動的に REGISTRY ファイルに⼊り配列レコードが検索される

Script は、REGISTRY BLAST
検索結果から抽出した配列のCAS RN® の検索式

︓

配列の回答集合が作成された© 2024 化学情報協会⑤ CAS STNext での検索と表⽰

47

回答を SQIDE 表⽰形式などで表⽰する=> D L3 SQIDE 1-16
L3
RN
ED
CN
FS
SQL
NA

PATENT ANNOTATIONS (PNTE):
Sequence |Patent
Source |Reference=========+==========
Not Given|US8613907|unclaimed|SEQID 30
SEQ← 配列情報を表示する

ANSWER 1 OF 16 REGISTRY COPYRIGHT 2022 ACS on STN
1515955-91-5 REGISTRYEntered STN: 09 Jan 2014
30: PN: US8613907 SEQID: 30 unclaimed DNA (CA INDEX NAME)NUCLEIC ACID SEQUENCE
1303
配列⻑
292 a 403 c 348 g
260 t

特許情報 (特許番号，配列の記載位置，配列番号)

1 gtccaggagc aggtagctgc tgggctccgg ggacactttg cgttcgggct
51 gggagcgtgc tttccacgac ggtgacacgc ttccctggat tggcagccag:
1251 cctcccgcca taaaaaactc atgttcaaga cagaagggcc tgactcagac
1301 tga

配列**RELATED SEQUENCES AVAILABLE WITH SEQLINK**
MF
UnspecifiedCI
MAN：© 2024 化学情報協会

⑤ CAS STNext での検索と表⽰

48

CAplus ファイルにクロスオーバーし、配列に関する
⽂献情報を表⽰する=> FILE CAPLUS← CAplus ファイルに入る=> S L3
L4← REGISTRY ファイルで得られた L 番号をクロスオーバー検索する
33 L3← 書誌情報 (BIB) とヒットした CAS RN® を表示する=> D BIB HITRN 1-33
L4
AN
DN
TI

ANSWER 1 OF 33 CAPLUS COPYRIGHT 2023 ACS on STN
2013:1974020 CAPLUS Full-text
160:94599
Compositions that inhibit proliferation of cancer cells using inhibitorsof laminin 5 interactions with integrin receptors:
PI
PATENT NO.
--------------US 8613907
US 20030224993

KIND
---B2
A1

DATE
-------20131224
20031204APPLICATION NO.
--------------------US 2003-392113

DATE-------20030317:
PRAI US 2000-60239705
P
20001012:
OS CASFORMULTNS 2013:1974020
IT 1515955-91-5
ヒットした配列の CAS RN®
RL: PRP (Properties)(unclaimed nucleotide sequence; compns. that inhibit proliferation ofcancer cells using inhibitors of laminin 5 interactions with integrin
receptors)© 2024 化学情報協会⑤ (オプション) レポート作成

49

CAS RN® を含む表⽰形式で表⽰した場合は、
アライメント付き BLAST レポートを作成できる(例) REGISTRY ファイルの出⼒結果を利⽤した
アライメント付き BLAST レポート(例) CAplus ファイルの出⼒結果を利⽤した
アライメント付き BLAST レポート

保存したアライメントデータ (.xss)の情報を組み込んだレポート

レポート作成⽅法は下記ページの「REGISTRY ファイル配列検索」を参照
https://www.jaici.or.jp/stn-ip-protection-suite/cas-stnext/documents/#07© 2024 化学情報協会

ホモロジー検索

GENESEQ

GENESEQ ファイルのホモロジー検索

51

GENESEQ ファイルの配列検索には RUN コマンドを使う=> RUN BLAST コード/検索フィールド パラメータ=> RUN GETSIM コード/検索フィールド パラメータ

コードは 5 つ以上を⼊⼒する⁃ コードは以下の順で⼊⼒する


核酸 : 5ʼ 末端から 3ʼ 末端の順
タンパク質 : N 末端 (NH2) から C 末端 (COOH)



アミノ酸の 3 ⽂字コード、ギャップ記号、特殊記号は利⽤できない

回答数の上限のデフォルトは 15,000 件。パラメータで最⼤ 10 万件に変更可© 2024 化学情報協会

GENESEQ ファイル – ホモロジー検索の検索フィールド 52
検索
フィールド

BLAST

GETSIM/SQN○○

塩基配列の質問式に類似した塩基配列を検索

/TSQN

○

/SQP
/SQM

内容

質問式

回答

塩基配列

塩基配列

○

データベース中の塩基配列をアミノ酸に翻訳しアミノ酸た配列の中からアミノ酸配列の質問式に類似し配列た配列を検索

塩基配列○○

アミノ酸配列の質問式に類似したアミノ酸配列 アミノ酸
を検索
配列

アミノ酸
配列

○

×

⾮常に類似した (種内などの) 配列⽤に最適化さ 塩基配列
れた BLASTn (megaBLAST)

塩基配列

塩基配列

/SQDM

○

×

⼀部の塩基を無視し (多少のミスマッチを許容
し)、より離れた (種間などの) 配列を検索する 塩基配列ために最適化された BLASTn(discontiguous megaBLAST)

/TSQP

○

×

塩基配列の質問式をアミノ酸配列に翻訳してこ 塩基配列
れに類似したアミノ酸配列を検索 (BLASTx)

アミノ酸
配列

/TSQNX○×

塩基配列の質問式をアミノ酸配列に翻訳してこれに類似したアミノ酸配列に翻訳された塩基配 塩基配列列を検索 (tBLASTx)

塩基配列© 2024 化学情報協会

GENESEQ ファイル - パラメータ設定例

53

 核酸検索のデフォルトでは相補鎖も含めて検索される⁃ 完全・部分配列検索と同様に相補鎖を含めるかどうかをパラメータにより変更できる
例 :フィルタリングを⾏わず、⼊⼒したコードの鎖のみを検索する (相補鎖を含まない)=> RUN BLAST GCTCCCAGAATGC/SQN -F F -S SIN

 回答上限の変更
例 :フィルタリングを⾏わず、回答上限を 10 万件に変更して検索する=> RUN BLAST L1/SQN -F F -MAXSEQ 100000* パラメータの詳細については、=> HELP OPTIONS 参照© 2024 化学情報協会

検索例

54

がん抑制遺伝⼦ p53 に類似する核酸を GENESEQ
ファイルの BLAST 検索で調査する【事前準備】⻑い配列質問式の場合はテキストファイル (.txt) を作成する

検索を試したい⽅は、チャットで送ったコードをコピーし、メモ帳に貼り付け、デスクトップに「p53」と名前をつけて保存してください。

アップロードを使⽤した => RUN BLAST コード/SQN の検索の上限は 30,000
コード。詳細は => HELP QLIMITS 参照© 2024 化学情報協会① 配列質問式のアップロード=> FILE GENESEQ

55← GENESEQ ファイルに入る

1) 画面右上の My Files のプルダウンメニューから Structures を選択する (あるいは画面左のアイコンをクリック)2) Import Biosequence をクリックし，事前に作成した配列質問式のテキストファイルを呼び出して，OK をクリックする。

3) 配列質問式がインポートされたら Upload をクリックする。

4) アップロードした配列質問式の L 番号が表示される。
© 2024 化学情報協会

② ホモロジー検索の実⾏=> RUN BLAST L1/SQN -F F

56

← フィルタを外して BLAST ホモロジー検索を実行する

Algorithm: BLAST - BLASTN. Version: 2.12.0+
オプション: フィルタをはずす
The BLAST software is used herein withpermissionof the National (-F F)
Center for Biotechnology Information (NCBI) of the National Library of
LowScottComplexity
Filtering
Medicine (NLM). See also: Zheng Zhang,
Schwartz,
Lukas (低複雑度領域フィルタ)
Wagner,• 低複雑度領域のマスクフィルタリングを⾏う。
and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm
for aligning DNA• これにより統計的に有意であっても⽣物学的に無意味なアラインメント (例︓sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14.
酸性リッチ、塩基リッチ、プロリンリッチ領域 ) を取り除くことができる。
• 配列質問式中にマスクされるコードは塩基配列の場合は N で、アミノ酸配列
Database: GENESEQ
Posted Date: Mar 2, 2022 06:00 AM CET の場合は X で置き換えられ検索される。
Number of Hits to DB: 3430
Expectation Value: 10.0
Number of Sequences: 40160811
配列質問式の⻑さ
Length of query: 303
Length of database: 22574594370
Search space: 6840102094110
Effective search space: 5834704045646
Lambda: 0.625
配列質問式が回答中の配列に完全に⼀致した場合にKappa: 0.41得られるスコア値
Entropy: 0.78
Highest possible score value: 547.7
Best answer score value: 547.7

最も類似度が⾼い回答のスコア値

3430 ANSWERS FOUND BELOW EXPECTATION VALUE OF: 10.0
GENESEQ
回答© 2024 化学情報協会② ホモロジー検索の実⾏

57

回答数

回答数
スコア値

スコア値/
最高スコア値(%)

Query time:
708
ENTER EITHER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS
OR ENTER THE MINIMUM SCORE VALUE YOU WISH TO KEEP
OR ENTER THE MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY "% SCORE"
OR ENTER THE MINIMUM PERCENT OF IDENTITY FOLLOWED BY "% IDENT"
OR COMBINE MINIMUM PERCENT OF SCORE AND IDENTITY AS "X% SCORE Y% IDENT"
OR ENTER "END". "END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.
ENTER (ALL) OR ?:ALL

回答のオプションを指定する• 回答全件 (ALL と⼊⼒)
• スコア値の最低値 (数字を⼊⼒)• スコア値パーセント (スコア値/最⾼
スコア値) の最低値
• 同⼀性パーセント (⼀致コード数/Alignment コード数) の最低値
• スコア値パーセントの最低値と同⼀性パーセントの最低値© 2024 化学情報協会

② ホモロジー検索の実⾏
L2
L2

RUN STATEMENT CREATED
3430 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGAC
TCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTT
CTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGC
TTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGC
CCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGT
GGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATC
TAC/SQN -F F

58

回答はレコード番号の⼤きい順に並んでいる

ENTER EITHER "ALL" TO KEEP ALL ANSWERS
OR ENTER THE MINIMUM SCORE VALUE YOU WISH TO KEEP
OR ENTER THE MINIMUM PERCENT OF SCORE FOLLOWED BY "% SCORE"
OR ENTER THE MINIMUM PERCENT OF IDENTITY FOLLOWED BY "% IDENT"
OR COMBINE MINIMUM PERCENT OF SCORE AND IDENTITY AS "X% SCORE Y% IDENT"
OR ENTER "END". "END" MUST BE ENTERED TO COMPLETE THE RUN COMMAND.
ENTER (ALL) OR ?:END
回答集合のオプションは複数回指定できる．
終了する場合は END を⼊⼒する

任意=> SAVE L2 P53GENESEQ/A← 結果を保存する場合は回答を並べ替える前の L 番号を指定する
ANSWER SET L2 HAS BEEN SAVED AS 'P53GENESEQ/A'← スコア値 (SCORE) の降順 (D) かつ同一性 (IDENT) の降順 (D) で回答を並べ替える=> SORT L2 1- SCORE D IDENT D
PROCESSING COMPLETED FOR L2
L33430 SORT L2 1- SCORE D IDENT D© 2024 化学情報協会③ 回答表⽰=> D L3 1 3000 TRIAL ALIGN
L3
AN
TI

MTY
DESC
KW

59
← TRIAL ALIGN 表示形式で回答の適合性を確認

ANSWER 1 OF 3430 GENESEQ COPYRIGHT 2022 CLARIVATE on STN.
AYM36275 GENESEQ
スコア値 (類似性) が⾼い回答
Evaluating a patient with acute lymphoblastic leukemia (ALL) that ischaracterized by the presence of Philadelphia chromosome comprises
generating an expression profile of ALL biomarkers from a test biological sample.
cDNA
Acute lymphoblastic leukemia prognosis determining DNA marker, SEQ 101.
TP53 coding sequence; acute lymphoblastic leukemia; biomarker; coding
sequence; cytostatic; gene expression; hematological-gen; p53 coding
sequence; p53 tumor suppressor protein; prognosis; ss; therapeutic; tumor marker
1303

TRIAL

SQL
ALIGN
← 配列質問式の長さ ; 回答配列の配列長
Query Length: 303; Sequence Length: 1303;
Score: 547.7 bits (606) , 100.0% of highest possible score 547.7;← スコア値
Expect value: 7.759e-153;
← 期待値
ALIGN
Identities: 303 / 303 (100.0%);← 同一性パーセント
Strand: Plus / Plus; Alignment Length: 303;
Q: 1 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGACTCCTACACCG 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
S: 308 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGACTCCTACACCG 367
アライメント表⽰
全配列中の位置Q (配列質問式 : Query)
Q: 61 GCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACC
120
S (回答の配列 : Subject)||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| は⼀致しているコード
S: 368 GCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACC 427:
Q: 301 TAC
303|||
S: 608 TAC
610© 2024 化学情報協会

60

L3
AN
TI

ANSWER 3000 OF 3430 GENESEQ COPYRIGHT 2022 CLARIVATE on STN.
BBA99493 GENESEQ
Realizing efficient and fixed-point transgenosis by using transcription
activator-like effector nuclease (TALEN) technology comprises designing
TALEN target point, and co-transfecting TALEN plasmid and exogenous gene
into recipient cells.
MTY
DNA
DESC Pig P53 target DNA.
KW
dna detection; ds; p53 gene; p53 tumor suppressor protein; rna detection
SQL
47
ALIGN
スコア値 (類似性) が低い回答
Query Length: 303; Sequence Length: 47;
Score: 41.9 bits (45) , 7.6% of highest possible score 547.7;
Expect value: 1.46;
Identities: 27 / 30 (90.0%);
Strand: Plus / Plus; Alignment Length: 30;
Q: 160 TCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACG 189||||| |||||||||||||| || ||||||
S: 1 TCTGGAACAGCCAAGTCTGTAACCTGCACG 30=> D L3 1 ALL ALIGN
L3
AN
TI

PI
OS
MTY

PSL
AB

SEQN
SQL
SEQK
SEQ

← 書誌情報，抄録，配列情報を表示する

ANSWER 1 OF 3430 GENESEQ COPYRIGHT 2022 CLARIVATE on STN.
AYM36275 GENESEQ ED 20211030 UP 20211030
DED 20110120 Full-text
Evaluating a patient with acute lymphoblastic leukemia (ALL) that ischaracterized by the presence of Philadelphia chromosome comprises
generating an expression profile of ALL biomarkers from a test biological sample.
:
ベーシック特許の特許番号のみ収録されている
WO 2010138843 A2
20101202:2010-P75161 [82]WPI ファイルのレコード番号 (AN)cDNA：

Disclosure; SEQ ID NO 101; 43pp
配列情報の記載位置:
The present invention relates to novel biomarkers and a method forevaluating the prognosis of a patient with acute lymphoblastic leukemia
配列独⾃の抄録(ALL) that is characterized by the presence of Philadelphia chromosome(Ph+). The method involves generating an expression profile from abiological sample obtained from a ALL diagnosed patient, where the
:
101
配列⻑
1303
9102e84c616917d71fd3efb3093278c9ff90b18976b8511d450a081fe418cadc← 配列
1 gtccaggagc aggtagctgc tgggctccgg ggacactttg cgttcgggct:1251 cctcccgcca taaaaaactc atgttcaaga cagaagggcc tgactcagac
1301 tga← 核酸の種類

NA
Code
A
C

Count Percent
292
22.4
403
30.9

：
ALIGN
Query Length: 303; Sequence Length: 1303;
Score: 547.7 bits (606) , 100.0% of highest possible score 547.7;
Expect value: 7.759e-153;
Identities: 303 / 303 (100.0%);
Strand: Plus / Plus; Alignment Length: 303;
Q: 1 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGACTCCTACACCG 60||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
S: 308 GCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCGACTCCTACACCG 367：

ALL 表⽰形式では全配列⻑が
確認できる

61

参考 : WPI ファイルにクロスオーバー=> D HIS:
L33430 SORT L2 1- SCORE D IDENT D=> FILE WPINDEX← WPI ファイルに入る=> TRA L3 OS /AN
L4
TRANSFER L3 1- OS :L5
866 L4/AN
ALL TERMS IN L4/AN RETRIEVED.
=> D L5 10

62

866 TERMS

GENESEQ ファイルの OS フィールドを抽出して WPI
ファイルの AN (レコード番号) フィールドで検索する← 書誌情報を表示する

L5
AN
TI

ANSWER 10 OF 866 WPINDEX COPYRIGHT 2022 CLARIVATE ANALYTICS on STN
2021-B5534W [2021087] WPINDEX Full-text
New recombinant Newcastle disease virus obtained by replacing F protein of
newcastle disease virus losata with the F protein of virulent strain of
Newcastle disease virus useful for preparing medicine for treating tumor e.g. liver cancer
DC B04; C06; D16
IN JIANG S; LI D; LIU T; LIU Z; WANG Z; XIAO W
PA (JIAN-N) JIANGSU KANGYUAN RUIAO BIOMEDICAL TECHNO; (JIAN-N) JIANGSUKANIONREAL BIOMEDICAL TECHNOLOGY CO LTD
CYC 135
特許ファミリーを確認できる
PI WO 2021197506 A1 20211007 (2021087)* ZH 27[13]CN 113462658
A 20211001 (2021087) ZH
ADT WO 2021197506 A1 WO 2021-CN95200 20210521; CN 113462658 A CN 2020-10238162
20200330
WPI ファイルへクロスオーバする際に、特許番号 (PN) を⽤いると GENESEQ
PRAI CN 2020-10238162
20200330(分割出願，継IPCI A61K0035-768 [I,A]; A61K0035-768 ファイルでヒットした配列情報を含む特許に加え、関連レコード[I,A]; A61P0035-00 [I,A]; A61P0035-00
続出願など) がヒットする可能性がある:© 2024 化学情報協会

実習 2

63

右記に類似するタンパク質をGENESEQ ファイルの BLAST
ホモロジー検索で調べる
実習の流れ参照スライド1

GENESEQ ファイルに⼊る

2

配列質問式のファイルをアップロードする

55

3=> RUN BLAST L#/SQP –F F

51-53

4

全件 (ALL) を⼊⼿する

57

5

スコア値と同⼀性の⾼い順に並べ替える

58

6

ALL ALIGN 表⽰形式で表⽰する

60© 2024 化学情報協会

CAS Sequences

CAS STNext に搭載されている配列検索ツール

65

CAS Sequences 機能で膨⼤な配列コンテンツを検
索できる
 収録源

⁃ CAS が独⾃のルールに従い収集した REGISTRY ファイル収録の配列⁃ 主に PCT 出願、欧州、⽶国、カナダ、⽇本、中国、韓国の特許から抽出した配列⁃ NCBI 由来の配列

 3 つの配列検索プログラム⁃ BLAST ホモロジー検索⁃ CDR 配列検索
⁃ Motif 配列検索

詳細は，CAS STNext CAS Squences ガイド参照
https://www.jaici.or.jp/stn-ip-protection-suite/cas-stnext/documents/#07© 2024 化学情報協会

BLAST ホモロジー検索

66

配列ホモロジー検索でよく使われている NCBI のプログラム
 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) の名が⽰す通り局所的に類似した配列を検索する

配列質問式

回答配列

類似領域

データベース中の配列の中から、局所的に類似した配列を⾼速に検索するプログラム© 2024 化学情報協会

CDR 配列検索67

CDR (相補性決定領域) を指定し検索するプログラム
 BLAST をベースにしている。CDR 配列検索は，検索対象をあらかじめ抗体や T 細胞受容体といった CDR を持つ配列を対象にしている抗原に特異的な重要な部分を CDR(相補性決定領域) という抗体や T 細胞受容体にある CDRの配列を複数指定し、検索できる© 2024 化学情報協会

Motif 配列検索

68

パターン配列を検索するプログラム
 BLAST をベースにしている。[ ] などの記号を利⽤した検索が可能。数パターンの配列を⼀度に検
索できる
配列 A
配列 B
配列 C
配列 D

機能的に重要、⽴体構造と関連する保存
配列パターンをMotif という© 2024 化学情報協会

CAS Sequences の検索の流れ

69

My Files の CAS Sequences から検索をスタート

⼆回⽬以降は検索履歴や実施中の検索の⼀覧が表⽰される© 2024 化学情報協会

初期画⾯ - BLAST

70

配列検索プログラム
質問式の配列配列を直接⼊⼒するか，
Import Sequence から配列
をアップロード

回答配列
回答上限は 10 万件

パラメータ等の設定 (任意)© 2024 化学情報協会

検索結果⼀覧

71

フィルター
配列⻑

計算値

ソート

ヒットした配列に対する配列
質問式のアライメントの図
詳細情報を確認するには
View More をクリック

Alignment Identity% による⾊分け

低0-59.99

60-79.99 80-89.99 90-94.99 95-96.99 97-98.99

99-100⾼© 2024 化学情報協会

⽤語の説明72

コードの⼀致・不⼀致

Query
Alignment
Subject

⽤語

内容

Alignment (類似領域)

配列質問式と回答配列を並べてどこが類似領域か⽰したもの

Query (配列質問式)

検索した配列質問式

Subject (回答配列)

ヒットした回答配列© 2024 化学情報協会

検索結果詳細 – Alignment タブ

73

配列質問式と回答配列を並べてどこが類似領域か⽰したもの
260 配列⻑の配列質問式の 30〜260 が，1690 配列⻑の回答配列の 1460〜
1690で完全に⼀致している© 2024 化学情報協会

Alignment 例

74(例) タンパク質

260 配列⻑の配列質問式の 19〜260 が、472 配列⻑の回答配列の 231〜472 と類似している (類似領域は 242)

⽩⾊︓⼀致
⾚⾊︓不⼀致橙⾊︓不⼀致だが等価のアミノ酸でヒット© 2024 化学情報協会

Alignment 例

75(例) 核酸100 配列⻑の配列質問式の 1〜70 が、
75 配列⻑の回答配列の 1〜70 と類似している (類似領域は 70)

⽩⾊︓⼀致
⾚⾊︓不⼀致© 2024 化学情報協会

検索結果詳細 – Subject タブ

76

回答配列に関連する CAS RN®

①

回答配列に関連する GenBank Accession 番号②
表⽰している配列に関する CAS RN® や
GenBank Accession 番号を検索する(上限 5,000)① CAS RN® を検索② GenBank Accession 番号を検索

︓

CAS RN® の収録がない場合がある© 2024 化学情報協会

検索結果のダウンロード

77

Excel で検索結果をダウンロード(上限 1,000 件)

アライメント

回答配列

特許

⾮特許

© 2024 化学情報協会

実習 3

78

下記の配列と類似した核酸を調査する
ccacagcaca gggtacgaga gcgataacca cacaacgccc atcctctgcg
gagcccaata cagaatacac acgcacggtg tcttcagagg cattcaggat
gtgcgacgtg tgcctggagt agccccgact cttgtacggt cggcatctgag

実習の流れ
1

CAS Sequenses にアクセスする

2

BLAST タブを開き、配列質問式を⼊⼒する

3

Sequence Type、Search within で Nucleotides を選択する

4

回答の View More をクリックして回答の詳細情報を確認する

5

配列⻑で限定する

参照スライド
69
70
71© 2024 化学情報協会

実習 3（回答）︓ 検索

79© 2024 化学情報協会

実習 3（回答）︓ 検索中〜検索完了

80

検索中

結果を表⽰

検索完了

© 2024 化学情報協会

実習 3（回答）︓ 検索結果画⾯

81© 2024 化学情報協会

お問い合わせ82

お気軽にお問合せください

化学情報協会 ヘルプデスク(平⽇ 9:00〜17:00)

Tel : 0120-003-462
Mail︓support@jaici.or.jp© 2024 化学情報協会