令和5年度第6回 難病ゲノム班会議
2024年2月21日

国際連携－WGSの保険適用を中心に－難病に関するゲノム医療推進にあたっての統合研究班会議
分担研究者
鎌谷洋一郎

各国のWGS保険対応状況について
イギリスは、National Genomic Test Directoryに記載されている適応で、Genomic Laboratory Hubsが妥当なパスウェイだと判断すればWGSされる（年間の予算上限などはない）ようなので、このような状況を日本でいう保険適用と同等の状態と考えましたアメリカ

cms.gov
2020年1月27日より、遺伝性がんについてCLIAラボにおけるNGS検査は（メディケア・メディケイドは）償還されるべき（体細胞変異は2018年3月16日から）ワシントン大学セントルイス校プレスリリース
メディケアにより償還される最初のWGSによるアッセイを販売（がんゲノム対象：AML、MDS）（2023年2月頃？）
https://pathology.wustl.edu/chromoseq-nowcovered-by-medicare/アメリカ（雑誌記事）

イギリスで希少疾患が疑われた場合、患者は全ゲノムシークエンス検査に事実上フリーアクセスできる
アメリカの患者が全ゲノムシークエンス検査を受けられるかどうかは、どの州に住んでいるか、どの保険に加入しているか、どの病院で治療されるか、そして手持ち資金、などの様々な因子に左右される。
（2023年2月8日 https://fortune.com/well/2023/02/28/rare-disease-patients-diagnostic-odysseywhole-genome-sequencing-wgs-genetic-testing/)

フランス• Plan France Médecine Génomique2025• PFMGのpréindicationが定める60の難病については、制限なく、患者側・病院側のコストも無料でWGSをしているが、プロジェクトベースと考えられる• Institut du Cerveauでのインタ
ビューでは、これまでWGSは研究所で研究費で実施していたが、préindicationに一致すればPFMGの全額負担でWGSを実施し、結果を返してくれるようになったドイツ• genomeDE• ドイツは遺伝学的検査に忌避的で、2018年頃まで国の保険では25,000塩基までしか検査できなかった（4遺伝子程度）• ただしドイツでは、年収100,000ユーロを超えるあたりからは民間保険に切り替えるという話がある• 2024年1月からgenomeDEがモデル事業を開始しているはず• 上記の25,000塩基の制限は2021年頃に法改正し解除したとのこと• プロジェクトベースという理解スウェーデン

Nat Med（2022年）「スウェーデンは希少疾患診療にWGSを組み込んだ最初の国の一つ」

Genomic Medicine Sweden
2022年4月のプレスリリースで、5000検体のWGS、2000検体のWESをclinical routineとして実施した、と記載
https://genomicmedicine.se/en/2022/04/11/sequencing-of-7000-genomes-in-swedishclinical-practice-2021-for-better-diagnosisand-treatment/デンマーク• Nationalt Genom Center• 2021年に、希少遺伝性疾患など12の患者集団を最初のWGS実施対象と策定 。2024年までに60,000人のデンマーク人のWGSが目標 。
• 左記のうち19,710人のWGSはノボ・ノルディスク財団が負担。残りの5,550人は国のプロジェクトベースと思われる

難病遺伝子難病の原因遺伝子のまとめ• これまで：告示病名にICD-11、Orphanet ID、OMIM IDを付与していた（病名ベースのまとめ）• 今年：338難病について、診断基準にあげている遺伝子名をまとめた（遺伝子ベースのまとめ）• 原因遺伝子が全て診断基準に挙げられている訳ではない。この点について、各研究班に問い合わせるのではなく概要・診断基準・参考のみを見て遺伝子を挙げた。

• 診断基準にあげる遺伝子として741遺伝子を抽出した。
• 概要・参考にのみ挙げられているが、原因遺伝子として適切と思われる遺伝子を含めると893遺伝子を抽出した。

診断基準になくて原因遺伝子として挙げる遺伝子
例：原因遺伝子は明確だが、診断基準には挙げていない

概要で述べている* 300番台には存在しない

遺伝子名のnomenclature• 難病の診断基準にある遺伝子名の命名規則はバラバラ• HUGO規則（The HUGO Gene
Nomenclature Committee;HGNC）

分類

遺伝子数

HGNC名

alias

prev name 日本語名

タンパク名 誤字

診断基準

814*

671283344194

参考・概要 203

12161714310

HGNCユニークな診断基準遺伝子数は741だが、ここでは記載について確認しているため、延べ遺伝子数

HGNC規則に沿わない遺伝子名の例• 古い名前（GARS > GARS1, TAZ > TAFFAZIN, CECR1 > ADA2)• エイリアス（CLN1 > PPT1, WASP > WAS, XPB > ERCC3）• 日本語の遺伝子名（アンドロゲン受容体遺伝子、ゲルソリン点変異）• ハイフン（LAMP-2 > LAMP2, APOL-1 > APOL1）• タンパク質の名前（glucocerebrosidase 遺伝子 > GBA, common γ（γc）鎖遺伝子 > IL2RG, dihydroxyacetonephosphate (DHAP)
acyltransferase > GNPAT）• 誤字？

病名診断基準の記載

誤記修正

HGNC名

65:原発性免疫不全症候群

LEKT1

LEKTI

SPINK5111:先天性ミオパチー

SPEDG

SPEG

SPEG

185:コフィン・シリス症候群

SMATCA4

SMARCA4

SMARCA4

274:骨形成不全症

TMEN38B

TMEM38B

TMEM38B

網羅性について• 2022年7月19日OMIMデータを使用すると、Number Signの病名に対応してPhenotype Mapping Key=3である遺伝子数は4569遺伝
子で、6693のOMIM病名コードに対応• そのうち難病の診断基準の遺伝子（741遺伝子）について、遺伝子-病名が対応しているのは693遺伝子で、OMIM4569遺伝子のうち15.2%• 参考・概要まで含める（893遺伝子）と、842遺伝子（18.4%が対応）• とはいえ、OMIM病名も必ずしも最新のHGNC命名規則には沿っていない（例えばG6PC1ではなくG6PCを使用している）

IRUD: 総数734
Ver.2022.Sep

2151581903359

OMIM：総数4569
Ver.4.1.7505

38

指定難病（診断基準）：
総数741

IRUD: 総数734
Ver.2022.Sep

19476

102293254

OMIM：総数4569
Ver.4.1.7610

44

指定難病（診断基準+参考+別表+概要+臨個票）：
総数893