Moodle での Jmol リソースの使い方

Moodle での Jmol リソースの使い方
1. 表示例
分子構造データファイルを指定して、分子の 3 次元構造と分子軌道などを表示することができます。

1.1. DNA– PDB 形式データファイル

1.2. タンパク質の表示– GFP の一種

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1.3. 波動関数の表示－アセトアルデヒド

2. リソースの追加
2.1. 編集モードの切り替え「編集モード開始」をクリックし、編集モードに切り替えます。

2.2. リソースを追加「リソースの追加」から「３次元の分子構造を表示する」を選択します。

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2.3. リソースの編集画面
A. 名称
名前を入力します。

B. 要約
短い説明を入力します。

C. ロケーション
ファイル名を指定します。ファイルはあらかじめアップロードされている必要があります。アップロードされていない場合は、「ファイルを選択またはアップロードする」をクリックしてファイルをアップロードした後、選択します。

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Jmol がサポートしているファイルフォーマットMOLDENMOLPRO(XML)Mopac
MopacGraphF
NWCHEM
Odyssey
Odyssey(XML)
PDB
PQR
PSI
QCHEM
SHELX
SpartanSpartanSmol
V3000
WebMO
Wien2kXYZ
XYZ+vibABINIT

ADF - Amsterdam Density Functional
AIMS
Argus(XML)
Chem3D(XML)CASTEPCIF
CML(XML)CSF
CUBE
FoldingXYZGAMESS
Gaussian *GhemicalMM
GRO
HIN
JaguarJMEMDTOP, MDCRD
MOL, MOL2* バージョンによって読み込めない場合もあります。

D. ウィンドウの大きさ
プルダウンメニューから表示ウィンドウの大きさを指定します。（ピクセル単位）
E. モデルの種類
プルダウンメニューからモデルの種類を選択します。

結合の太さの初期値は、0.15 Åとなっています。

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F. 色指定の形式
プルダウンメニューから色指定の形式を選択します。

G. コントロールを表示ウィンドウの下部に表示するコントロールを指定します。

H. Jmol スクリプト
必要に応じてスクリプトを記入します。一行に複数のコマンドを記入する場合は、；（セミコロン）で区切ってください。
分子軌道や振動計算の結果を含むデータを読み込ませても、そのままでは構造だけしか表示されません。分子軌道や振動計算の結果を表示するには、スクリプトを使用して指定する必要があります。1.3 の図は、下記のように指定して出力したものです。

Moodle 上でリソースが表示された際に、利用者が Jmol コンソールからスクリプトを入力して指定することもできます。
※

Jmol スクリプトについては、４．参考文献の項を参照してください。

Jmol スクリプト について

http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/soft/jmol/jmol-script.html

Jmol interactive scripting documentation http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/

I. ウィンドウ
同一ウィンドウで表示するかあるいは新しいウィンドウを開いて表示するかどうかを設定します。

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J. 一般モジュール設定・可視性
学生が課題を閲覧できるか否かを「表示」／「非表示」で設定します。通常は「表示」のままにします。
・ID ナンバーID ナンバーフィールドは空白のままでかまいません。

2.4. 保存
設定を終えたら、「保存してコースに戻る」または「保存して表示する」をクリックします。

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3. Jmol リソース・ウィンドウの使い方
3.1. 元素の種類を表すのに使われている色
ウィンドウ右下の ？ ボタンをクリックすると表示されるヘルプ内の表のそれぞれの元素の欄内にマウスカーソルを移動すると、原子番号、元素記号、元素名が表示されます。
HHeLi BeB C N O F NeNa Mg

Al Si P S Cl Ar

K Ca Sc Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn Ga Ge As Se Br KrRb Sr Y Zr Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn Sb Te ICs Ba * Hf Ta W Re Os IrXePt Au Hg Tl Pb Bi Po At Rn

Fr Ra ** Rf Db Sg Bh Hs Mt* La Ce Pr Nd Pm Sm Eu Gd Tb Dy Ho Er Tm Yb Lu** Ac Th Pa U Np Pu Am Cm Bk Cf Es Fm Md No Lr

3.2. マウスの機能
1 ボタン、2 ボタン、3 ボタン及びホイールマウスが利用できます。
機能Jmol メニューの表示
X,Y 軸の回りの回転
X,Y 方向の移動

Z 軸の回りの回転拡大・縮小

リセット

左（主）ボタン
右下の Jmol のロゴをクリック右ボタンクリック

または Ctrl +クリック
クリック & ドラッグ
Shift+ダブルクリックした後、そのま Ctrl+ クリックした後、そのままドまドラッグ

ラッグ

Shift+クリックした後、 水平方向にShift+クリックした後、水平方向にドラッグ

ドラッグ（Mac では利用できない）

Shift+クリックした後、 垂直方向にドラッグ または ホイールを回転
分子の上以外で、Shift+ダブルクリック
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3.3. ラジオボタンなどによるコントロールの利用
Applet ウィンドウの下部に、ラジオボタンなどによるコントロールが表示されている場合はそれを利用します。

3.4. Jmol メニューの表示
ウィンドウ右下の Jmol のロゴをクリックするかまたは Ctrl キーを押しながらウィンドウ内をクリックしてください。

3.5. コンソールウィンドウの表示
Jmol メニューを表示し、"Console "を選択してください。ウィンドウ下部に「コンソールを開く」ボタンが表示されている場合はそれをクリックしてください。
スクリプトに関する情報については参考文献の記載を参照してください。

3.6. 分子モデルの種類の変更Jmol メニューから、Render - Scheme を選び、"CPK Spacefill", "Ball and Stick","Sticks","Wireframe"のうちのいずれかを指定します。
タンパク質などの場合は、Style - Structures を選び、"Off","Backbone", "Cartoon","Cartoon
Rockets","Ribbons","Rockets","Strand","Trace"のうちのいずれかを指定することができます。

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3.7. 距離と角度の測定
3.7.1. 測定結果を残さずに値を表示させる場合•2 原子間の距離 :1. 最初の原子をダブルクリックします。
2. 目的原子の上にマウスカーソルを移動させます。

•3 原子間の角度 (結合角)1. 最初の原子をダブルクリックします。
2. ２番目の原子をクリックします。
3. ３番目の原子の上にマウスカーソルを移動させます。

•４ 原子間の角度 (二面角) :1. 最初の原子をダブルクリックします。
2. ２番目の原子をクリックします。
3. ３番目の原子をクリックします。
4. 4 番目の原子の上にマウスカーソルを移動させます。

•

測定の途中でキャンセルするには、マウスカーソルをウィンドウの枠外に移動します。

3.7.2. 測定結果を残す場合•

2 原子間の距離 :1. 最初の原子をダブルクリックします。
2. ２番目の原子をダブルクリックします。

•

3 原子間の角度 (結合角)1. 最初の原子をダブルクリックします。
2. ２番目の 原子をクリックします。
3. ３番目の 原子をダブルクリックします。

•４ 原子間の角度 (二面角) :1. 最初の原子をダブルクリックします。
2. ２番目の 原子をクリックします。
3. ３番目の 原子をクリックします。
4. 4 番目の 原子をダブルクリックします。
測定値の表示を消すには、Jmol のウィンドウを再表示してください。

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3.8. Slab（厚切り）機能－断面の表示Script Editor のウインドウを開き、slab on と入力し、Run ボタンをクリックします。

機 能左（主）ボタン前から

Ctrl + Shift キーを押した状態で垂直方向にドラッグする

後から

Ctrl + Shift キーを押した状態でダブルクリックし、そのまま垂直方向にドラッグする

Slab を移動する

Alt + Ctrl + Shift キーを押した状態で垂直方向にドラッグする

4. 参考文献
Jmol に関する詳しい情報については右記を参照してください。

http://jmol.sourceforge.net

コンソール・ウィンドウで利用できるスクリプトに関しては下記を参照してください。
http://chemapps.stolaf.edu/jmol/docs/?ver=11.0
日本語による主なスクリプトに関する説明については下記を参照してください。

http://www3.u-toyama.ac.jp/kihara/soft/jmol/jmol-script.html

木 原 寛 （富山大学 総合情報基盤センター）
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