CAS SciFinder®

医学分野におけるCAS SCIFINDERを活用した文献・配列情報検索
化学情報協会 情報事業部© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

情報検索に何をお使いですか？
文献検索にはPubMed (NLM 作成) やGoogle Scholar (Google 作成) をご利用でしょうか？
配列検索には、NCBI (NLM 作成) をご利用でしょうか？

CAS 作成の CAS SciFinder も医学分野の情報検索に役立ちます2© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CASとは100年以上にわたり世界に科学情報を提供– 米国化学会の一部門– 1907 年設立– 世界中の科学情報を収集– 人手で整理した高品質な情報を提供– 科学情報技術の先駆者として高度な AI 技術も開発– CAS 製品は世界の企業・大学で利用されている

1.

https://cdn.sanity.io/files/0vv8moc6/pharmexec/339f103f01e043f652e39f8c0e72f3795fb71f60.pdf
PharmaceuticalExecutive_June2022_watermark.pdf

2. https://www.shanghairanking.com/rankings/gras/2022/RS0103
3. https://www.wipo.int/edocs/pubdocs/en/wipo-pub-943-2021-en-wipo-ip-facts-and-figures-2021.pdf
4. https://www.genengnews.com/a-lists/top-25-biotech-companies-of-2022/
5. https://cen.acs.org/business/finance/CENs-Global-Top-50-2022/100/i26

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CAS SciFinder を使うメリット
網羅的でかつ効率的に情報を検索できる– PubMed の情報を含む化学分野の網羅的な文献検索– NCBI 由来の配列を含む網羅的な配列検索– 薬理学的データ、ADMET 等の生物活性データへのアクセス

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本日の内容– CAS SciFinder の概要– 文献検索– 配列検索– Q&A

CAS SCIFINDER の概要

CAS SciFinder とは
CAS 作成の研究者向け情報検索ツール
文献情報

文献情報

– CAS 作成：化学および周辺分野の雑誌論文、特許– NML 作成：生物医学分野の論文（PubMed）

配列情報

生物活性

配列情報

– NCBI 由来の配列情報– CAS が独自に収集した配列情報– 主要国を中心とした 73 ヶ国の特許発行機関の特許から抽出した配列情報

化学物質

生物活性データ– Pharmacological Data (薬理学的データ)– ADMET (吸収、分布、代謝、排泄、毒性)7© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の生物活性データ
薬理学的データ、ADMET 情報を文献単位または物質単位で確認
Pharmacological Data（薬理学的データ）

121 ページにわたる特許に、80 種類のユニークなリガンドに対する活性が記載されている

LigandTRRGET

PROCEDURE

PARAMETER

VALUE

UNIT

2839655-35-3

Potassium voltagegated channel
subfamily H member 2

Microsomal
stability assay

IC50

30μm

2839655-73-9

Potassium voltagegated channel
subfamily H member 2

Microsomal
stability assay

IC50

20.4μmADMET （吸収、分布、代謝、排泄、毒性）
Ligand8© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

TYPE

PROCEDURE

PARAMETER

VALUE

UNIT

2839655-73-9

Metabolism

Pharmacokinetic
parameter wasdetermined

CL(int)231

μL/min/mg

2839655-73-9

Metabolism

Pharmacokinetic
parameter wasdetermined

t1/20.275

hr2839655-73-9

Toxicity

Mitochondrial
toxicity assay

Mitochondrial
toxicity

25

文献検索

CAS SciFinder の文献情報
原文献の要点をまとめた資料 (二次資料)
CAS SciFinder の文献情報
タイトル

原文献
CAS のスタッフが人手で作成
世界 50 以上の言語の文献の二次情報を英語で作成し収録

抄録（Abstract）
ジャーナル名、著者名、所属機関名など
統制語索引（主題）
物質索引
生物活性データ10© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の文献検索 - 検索画面
様々な観点から検索可能

キーワード

著者名
雑誌名
所属機関名等

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CAS SciFinder の文献検索 - 回答一覧画面
フィルターを使った直感的な絞り込みが可能
限定：キーワード

Filter by : 限定
Exclude : 除外

除外：資料種類

限定：発行年
生物活性データの有無検索語の同義語でもヒット
PubMed にはない
情報も多数ヒット
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CAS SciFinder の文献情報
収録が重複する場合は、データを統合させる
文献

CAS Reference(雑誌論文、学会会議録など）
CAS Patents (特許）CAS References
CAS Patents

MEDLINE( PubMed )レコード
MEDLINE(PubMed)(雑誌論文、会議論文など)
13

統合© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の文献情報 - 1
内容が把握しやすいように人手で整理されたデータ

CAS のアナリストが新規性、有用性などを簡潔にまとめた抄録を新たに作成する場合がある

各項目へのアクセスリンク
原文献へのアクセス

雑誌名等の情報14© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の文献情報 - 2
内容が把握しやすいように人手で整理されたデータ
CAS 作成の統制語索引

MEDLINE の索引情報(MeSH ターム)

MEDLINEsupplementary terms

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CAS SciFinder の文献情報 - 3
内容が把握しやすいように人手で整理されたデータ
CAS / MEDLINE
作成の物質索引

詳細情報にもアクセス可能

文献中の物質の役割

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CAS SciFinder の文献情報 - 4
文献中で報告された生物活性データを確認できる
薬理学的データ

物質 (Ligand) ごとに各情報を整理して収録

17アッセイデータ© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の物質情報
文献中で報告された化学物質の詳細情報も確認できる

物質詳細情報へのアクセス

文献中で報告された薬理学的データ

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物質詳細情報では様々な資料で報告された薬理学的データ、ADMET をまとめて確認できる

デモンストレーション
新型コロナウイルスの突然変異に関する論文を検索
検索の流れ– キーワード検索：Covid 19– 絞り込み①：search within results「mutation」– 絞り込み②：Publication Year (発行年)– 絞り込み②：Document Type (資料種類)– 表示順：Relevance– 結果の確認（二次情報）– 原文献の取得– 関連情報の確認

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配列検索CAS SciFinder の物質検索
様々な角度から物質を検索できる

検索可能な項目- 化学物質名称- CAS RN®

配列検索のみ可能- GenBank 番号- 化学構造式

21等© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder で検索できる核酸・タンパク質情報
検索対象によって、配列/物質検索を選択する
配列検索(CAS Sequences)
NCBI 由来の配列*

特許由来の
配列*

CAS 由来の配列（特許、非特許）

配列なしのタンパク質

CAS RN®

CAS RN®

CAS の収録対象外の配列
対応特許に記載された配列

物質検索 (Substances)* CAS 収録対象の配列と重複する場合もある

22© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の配列情報
NCBI 由来の配列情報を含めて網羅的に検索できる配列情報– NCBI 由来の配列情報– CAS が独自に収集した配列情報– 主要国を中心とした 73 ヶ国の特許発行機関の特許から抽出した配列情報23© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

CAS SciFinder の配列検索の種類
配列質問式を使用したBLAST, CDR, Motif の3 つの検索が可能

BLAST 配列検索

CDR 配列検索

Motif 配列検索

局所的に類似した配列の検索

抗体と T 細胞受容体のCDR を指定した検索

DNA, RNA, タンパク質中の短いパターン配列の検索

CDR(相補鎖決定領域)

配列質問式
回答配列

Motif類似領域
CDR : 抗原に特異的な部分

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Motif : ある一定の機能を持つと期待される特徴的な共通の配列や構造

CAS SciFinder の配列検索 - 検索画面 .fasta /.txt 形式で配列情報を呼び出し、検索可能.txt もしくは .fasta
形式での呼び出し

配列質問式
回答配列

パラメータの設定

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CAS SciFinder の配列検索 - 回答一覧画面
様々なフィルターによる絞り込みが可能.xlsx / .fasta 形式でダウンロード可能期待値

アライメントの概要図
様々な計算値

回答配列の詳細配列⻑

生物種(NCBI 由来の配列に限定)
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出典文献情報不一致コードを確認しやすい(参考) フィルターの計算値
様々なフィルターによる絞り込みが可能
配列質問式 : 10(Query)

QQLLVVEEGG

類似領域 : 10(Alignment)

回答配列 : 11(Subject)

QQLLVVEEIG S

・ 色なし : 一致したコード (9)・ 色つき : 不一致なコード (1)

項目内容

Alignment Identity %一致したコード ÷ 類似領域 × 100(Sequence Identity%)

27

上記の例
9 ÷ 10 × 100 ＝ 90%

Query Coverage %類似領域 ÷ 配列質問式 × 10010 ÷ 10 × 100 ＝ 100%

Subject Coverage %類似領域 ÷ 回答配列 × 10010 ÷ 11 × 100 ＝ 90.91%© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

デモンストレーション
新型コロナウイルスのワクチンである Abdavomeran に類似した配列を検索する
検索に用いる配列
gagaauaaacuaguauucuucugguccccacagacucagagagaacccgccaccauguuuguguuucuugugcugcugccu
cuugugucuucucaguguguggugagauuuccaaauauuacaaaucuguguccauuuggagaaguguuuaaugcaacaag
auuugcaucuguguaugcauggaauagaaaaagaauuucuaauuguguggcugauuauucugugcuguauaauagugcuu
cuuuuuccacauuuaaauguuauggagugucuccaacaaaauuaaaugauuuauguuuuacaaauguguaugcugauucu
uuugugaucagaggugaugaagugagacagauugcccccggacagacaggaaaaauugcugauuacaauuacaaacugccu
gaugauuuuacaggaugugugauugcuuggaauucuaauaauuuagauucuaaagugggaggaaauuacaauuaucugua
cagacuguuuagaaaaucaaaucugaaaccuuuugaaagagauauuucaacagaaauuuaucaggcuggaucaacaccuu
guaauggaguggaaggauuuaauuguuauuuuccauuacagagcuauggauuucagccaaccaauggugugggauaucag
ccauauagagugguggugcugucuuuugaacugcugcaugcaccugcaacaguguguggaccuaaaggcucccccggcucc
ggcuccggaucugguuauauuccugaagcuccaagagaugggcaagcuuacguucguaaagauggcgaauggguauuacuu
ucuaccuuuuuaggccggucccuggaggugcuguuccagggccccggcugaugacucgagcugguacugcaugcacgcaaugcuagcugccccuuucccguccuggguaccccgagucucccccgaccucgggucccagguaugcucccaccuccaccugccc
cacucaccaccucugcuaguuccagacaccucccaagcacgcagcaaugcagcucaaaacgcuuagccuagccacaccccca
cgggaaacagcagugauuaaccuuuagcaauaaacgaaaguuuaacuaagcuauacuaaccccaggguuggucaauuucgu
gccagccacacccuggagcuagcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcauaugacuaaaaaaaaaaaaaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa

28© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.まとめ
CAS SciFinder は医学分野の情報検索に役立つ– 便利な検索機能、フィルターを使ってPubMed の情報を含む化学分野の網羅的な文献検索が可能– NCBI 由来の配列を含む網羅的な配列検索が可能ヒットした配列情報も分かりやすく表示– 薬理学的データ、ADMET など、関連情報にもスムーズにアクセス可能

29© 2024 American Chemical Society. All rights reserved.

JAICI ヘルプデスク
Tel : 0120-003-462 (平日 9:00-17:00)
Mail : support@jaici.or.jp

Thank you

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