Chromosome Substitution Strain View

2011.11.30

Chromosome Substitution Strain View
(CSSView)

マニュアル-1-

Chromosome Substitution Strain View

2011.11.30

1.CSSView (Chromosome Substitution Strain View)について
CSSView は、テキスト形式の入力ファイルから、系統ブラウザの画像を作成するツールです。
Windows と Mac OS X で動作します。

2.動作環境
CSSView は次の環境で動作します。
OS:
Windows XP, Windows Vista, Windows 7
Mac OS X 10.5, 10.6, 10.7
Mac OS X でお使いになる場合は、最新の Java のランタイムが必要です。
ソフトウェア・アップデートで最新のものへ更新してください。

3.インストールと起動方法
Windows の場合は、CSSView.zip を展開します。(お使いの環境によっては拡張子は表示されません)
展開すると、次のような内容のフォルダが作成されます。

CSSView のアイコンをダブルクリック等で開くことで、CSSView を起動することができます。
CSSView アプリケーションを移動する場合は、module フォルダも必ず、同じ場所へ移すようにしてください。
MacOS X の場合は、CSSView.dmg をダブルクリック等で開いてください。
Finder にマウントされ、次のようなウィンドウが開きます。

CSSView アイコンを Applications フォルダ等、適当な場所へコピーしてください。
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Chromosome Substitution Strain View

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コピーしたアイコンをダブルクリック等で開くことで、CSSView を起動することができます。

4.プログラムの使用方法
アプリケーションを起動すると、次のようなウィンドウ (メイン画面) が開きます。

4.1

データの読み込み[Import Textˇ…]ボタンをクリックして入力ファイルを選んでください。
([File]->[Import Textˇ…])

正しいフォーマットのファイルが選択されると、次に選択したファイルの内容を確認するためのダイアログが開きます。

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このダイアログでは、テキストの区切り文字を選ぶことができます。
正常に表データとして読込まれていないは、[Tab/Comma] の設定を切り替えてみてください。
正しくデータが表示されている場合は、[Next]ボタンをクリックします。
Line(系統)の選択等を行うダイアログが開きます。

左側のチェックボックスがチェックされている Line が描画対象のデータとなります。
Line の描画順を変更することもできます。順番を変えたい Line を選択し(複数の Line を選択する場合は、Windows は Control キーを、Mac OS X は Command
キーを押しながら選択する行をクリックします)、[Up]または、[Down]ボタンで、順番を上下に移動することができます。

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Line の選択と並び替えが完了したら [Next]ボタンをクリックします。
各遺伝子型の表示色を設定する画面に切り替わります。

1 列目には遺伝子型、2 列目には遺伝子型の説明、3 列目が表示色となります。
遺伝子型の列には、読込んだテキストファイルで使われている、遺伝子型が並びます。
2 列目は、遺伝子型の説明で、マウスでクリックすることで、メニューから別の説明に変更することができます。

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遺伝子型の説明を追加する場合は、一番したの[New Descriptionˇ…]を選びます。
説明を入力するダイアログが開くので、簡単な説明文を入力してください。
表示色もマウスでクリックすることで変更できます。
マウスで表示色をクリックすると、次の図のようにメニューから表示色を変更することができます。

メニューにない表示色にする場合は、一番したの[New Colorˇ…]を選びます。
色を選択するダイアログが開くので、表示したい色を選んでください。
なお、1 つの説明に対して、1 つの表示色が割り当てられます。
このため、複数の遺伝子型に対して、同じ説明を選んでいる場合は、そのうちの 1 つの表示色を変更すると、他方の表示色も同時に変わります。
設定が完了したら、[Finish]ボタンをクリックします。ウィンドウに系統群
遺伝子型図または系統遺伝子型図が描画されます。ウィンドウに系統群遺伝子型図または系統遺伝子型図が描画されます。

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4.2

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メイン画面の操作

Grouping by の Chromosome をチェックした場合、系統群遺伝子型図を描画します。([View]->[Grouping by]->[Chromosome])
Grouping by の Line をチェックした場合、系統遺伝子型図を描画します。
([View]->[Grouping by]->[Line])
Bar Chart Direction の Horizontal をチェックした場合は、図の矩形を横長方向に描画します。([View]->[Bar Chart Orientation]->[Horizontal])
Bar Chart Direction の Vertical をチェックした場合は、図の矩形をたて長方向に描画します。([View]->[Bar Chart Orientation]->[Vertical])

4.3

表示色の変更[Edit]メニューの[Preferencesˇ…]から描画色を変更することができます。
MacOS X の場合は、CSSView メニューの[環境設定…]になります。

[SET]をクリックすると、対象の描画色を変更することができます。
[CLEAR]ボタンをクリックをクリックすると描画なし(透明)とします。
遺伝子型の説明に対する表示色を変更する場合は、対象をメニューから選びます。
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2011.11.30[Default]ボタンをクリックすると、初期設定に戻ります。
[OK]ボタンをクリックすると、描画に設定が反映されます。

4.4

Line の再選択、並び替えおよび遺伝子型の設定[View]->[Import Settingsˇ…]メニューから Line の再選択、並び替えおよび遺伝子型の設定を行うことができます。

4.5

描画サイズの変更

画面上部のスライダーを左右に移動させることによって、描画サイズを 50%から 200%の間に設定することができます。
また、[View]->[Zoom In]メニューで大きく、[View]->[Zoom Out]で小さく設定することもできます。
[View]->[Actual Size]メニューで描画サイズを 100%に戻すことができます。

4.6

画像の保存

[Save Imageˇ…]ボタンをクリックして描画している図を画像ファイルに保存することが出来ます。([File]->[Save Imageˇ…])
ボタンをクリックすると次のようなダイアログが表示されます。

[Browseˇ…]ボタンをクリックして保存先と保存するファイル名を指定します。

次に、保存先の下にあるポップアップメニューより、保存する画像の種類を選択します。

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PNG,PDF,SVG,EMF,EPS の 5 種類から選ぶことが出来ます。
また、[Optionsˇ…]ボタンをクリックすると、保存する画像の種類ごとに画像データを作成するときの詳細設定を行うことが出来ます。
[Ok]ボタンをクリックすると画像を設定条件に従って保存します。
保存先に同じ名称のファイルがある場合は、上書きを確認するダイアログが表示されます。

5.アプリケーションの終了
アプリケーションの終了はウィンドウをメニュー等から閉じてください。

6.ライセンス情報
Windows 版では、配布パッケージに Java Runtime Environment が含まれます。
Java Runtime Environment
Copyright˝© 1995, 2010, Oracle and/or its affiliates. All rights reserved.

CSSView では画像を保存するために、FreeHEP Java Library を利用しています。
FreeHEP Java Library
Copyright ˝© 2000-2010 FreeHEP. All Rights Reserved.
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