健感発 0513 第１号
令 和 ２ 年 5 月 13 日
都 道 府 県
各保健所設置市
特別衛生主管部（局）長殿区
厚生労働省健康局結核感染症課長（公印省略）

新型コロナウイルス感染症に係る行政検査の取扱いについて（一部改正）「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」の保険適用に伴い、「新型コロナウイルス核酸検出の保険適用に伴う行政検査の取扱いについて」（令和２年３月４日健感発０３０４第５号厚生労働省健康局結核感染症課長通知。３月 25 日最終改正。以下「３月４日課長通知」という。）において、都道府県、保健所設置市又は特別区（以下「都道府県等」という。）における新型コロナウイルス感染症に係る PCR 検査の具体的な取扱いとして、医療機関との感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律（平成 10 年
法律第 114 号）に基づく行政検査の委託契約の締結や費用の支払等について、お知らせしたところである。
今般、「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出」の保険適用に伴い、３月４日課
長通知を別添のとおり一部改正し、本日（令和２年５月 13 日）から適用することとしたので、十分御承知の上、その取扱いについて、遺漏なくご対応いただくようお願いする。
なお、本改正に伴い、３月４日課長通知の別添の事務契約書（案）についても変更を行うが、既に締結済みの契約については、契約当事者の異議がある場合を除き、本通知に基づく改正がされたものとみなし、次の契約時に本通知に基づく契約書に変更することをもって足りるものとする。
以上

新旧対照表

別添（傍線部分は改正部分）◎「新型コロナウイルス感染症に係る行政検査の取扱いについて」（令和２年３月４日健感発 0304 第５号厚生労働省健康局結核感染症課長通知） 新旧対照表（適用日：令和２年５月 13 日）
新旧「新型コロナウイルス感染症に係る行政検査の取扱いについて」 「新型コロナウイルス核酸検出の保険適用に伴う行政検査の取扱（令和２年３月４日健感発 0304 第５号厚生労働省健康局結核感 いについて」（令和２年３月４日健感発 0304 第５号厚生労働省健染症課長通知）

康局結核感染症課長通知）（１）行政検査の委託（１）行政検査の委託○

現在、新型コロナウイルス感染症については、行政検査と○現在、新型コロナウイルス感染症については、行政検査として行っている PCR 検査又は抗原検査でなければ、感染が疑して行っている PCR 検査でなければ、感染が疑われる者が新われる者が新型コロナウイルスを保有しているか確認でき型コロナウイルスを保有しているか確認できず、当該検査でず、当該検査でウイルスを保有していると確認され感染者とウイルスを保有していると確認され感染者と判明した場合に判明した場合には、新型コロナウイルス感染症のまん延防止

は、新型コロナウイルス感染症のまん延防止及び本人に対す及び本人に対する治療の観点から、都道府県知事、保健所設る治療の観点から、都道府県知事、保健所設置市長又は特別置市長又は特別区長の判断で感染症法に基づく入院勧告等を区長の判断で感染症法に基づく入院勧告等を行うこととして行うこととしている。

いる。

したがって、新型コロナウイルス感染症にかかる PCR 検査

したがって、新型コロナウイルス感染症にかかる PCR 検査

及び抗原検査は、新型コロナウイルス感染症のまん延防止には、新型コロナウイルス感染症のまん延防止に加えて、本人加えて、本人に対する感染症の治療へ繋げる観点から行われに対する感染症の治療へ繋げる観点から行われているところているところである。

である。

○

令和２年３月６日より、PCR 検査に保険適用が、同年５月○

令和２年３月６日より、PCR 検査に保険適用がなされたとこ

13 日より、抗原検査に保険適用がなされたところであるが、ろであるが、現在のところ、医師の判断により診療の一環と現在のところ、医師の判断により診療の一環として行われ、して行われ、帰国者・接触者外来を設置している医療機関等

帰国者・接触者外来を設置している医療機関等において実施において実施する保険適用される検査については、前述の行する保険適用される検査については、前述の行政検査と同様政検査と同様の観点を有することから、同検査を実施する医の観点を有することから、同検査を実施する医療機関に対し療機関に対して、都道府県等から行政検査を委託しているもて、都道府県等から行政検査を委託しているものと取り扱い、のと取り扱い、当該検査費用の負担を本人に求めないことと当該検査費用の負担を本人に求めないこととする。

する。

（２）具体的な事務の概要（２）具体的な事務の概要①事務の流れ①事務の流れ

○○感染症指定医療機関、それ以外の医療機関で感染症法第 19

感染症指定医療機関、それ以外の医療機関で感染症法第 19条又は第 20 条に基づき入院患者が入院している医療機関、帰条又は第 20 条に基づき入院患者が入院している医療機関、帰国者・接触者外来及び帰国者・接触者外来と同様の機能を有国者・接触者外来及び帰国者・接触者外来と同様の機能を有する医療機関として都道府県等が認めた医療機関（以下「感する医療機関として都道府県等が認めた医療機関（以下「感染症指定医療機関等」という。）と都道府県、保健所設置市又染症指定医療機関等」という。）と都道府県、保健所設置市又は特別区（以下「都道府県等」という。）において、感染症法は特別区（以下「都道府県等」という。）において、感染症法

第 15 条に基づく調査（SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核第 15 条に基づく調査（SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出又は SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出にか酸検出にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る。）

かる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る。）に関する委に関する委託契約を締結する。なお、契約が３月６日より後託契約を締結する。なお、契約が３月６日より後となった場となった場合であっても、３月６日以降行った診療分から適合であっても、SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出用する。に係る診療については、３月６日以降行った診療分から、SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出に係る診療については、５月 13 日以降行った診療分から適用する。
（別添「感染症法第 15 条に基づく調査に関する事務契約書（別添「感染症法第 15 条に基づく調査に関する事務契約書（案）」参照）（案）」参照）○

感染症指定医療機関等が PCR 検査又は抗原検査を実施。感○感染症指定医療機関等が PCR 検査を実施。感染症指定医療

染症指定医療機関等は、機関等は、診療に係る自己負担額を受診者から徴収する際、・ PCR 検査を実施した場合、診療に係る自己負担額を受診者

PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）から徴収する際、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウ及び検体検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料イルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的などは含まない。）にかかる自己負担に相当する金額として、検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担

以下②に定める都道府県等が医療機関に対して支払う金額分に相当する金額として、以下②に定める都道府県等が医療を受診者に支給する。
（受診者の負担と相殺することも差し支機関に対して支払う金額分を受診者に支給する。
（受診者のえない。）

負担と相殺することも差し支えない。）
・抗原検査を実施した場合、診療に係る自己負担額を受診者から徴収する際、抗原検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出」）及び検体検査判断料のうち免疫学的検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担に相当する金額として、以下②に定める都道府県等が医療機関に対して支払う金額分を受診者に支給する。
（受診者の負担と相殺することも差し支えない。）○○

感染症指定医療機関等は通常の診療報酬の請求において、○感染症指定医療機関等は通常の診療報酬の請求において、社会保険診療報酬支払基金又は国民健康保険団体連合会に費社会保険診療報酬支払基金又は国民健康保険団体連合会に費用の請求を行う。

用の請求を行う。

都道府県等から、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検○都道府県等から、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料などは含まない。）に係る自己負担に相当査判断料（初再診料などは含まない。）に係る自己負担に相当する金額及び抗原検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）する金額についての審査及び支払事務の委託を受けた社会保抗原検出」）及び検体検査判断料のうち免疫学的検査判断料

険診療報酬支払基金又は国民健康保険団体連合会は、都道府（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担に相当する金県等に代わって、感染症指定医療機関等に支払いを行う。

額についての審査及び支払事務の委託を受けた社会保険診療報酬支払基金又は国民健康保険団体連合会は、都道府県等に代わって、感染症指定医療機関等に支払いを行う。
○

都道府県等は、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイ○

都道府県等は、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検査ルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料などは含まない。）に係る自己負担に相当す判断料（初再診料などは含まない。）に係る自己負担に相当す

る金額並びに抗原検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）る金額について、その審査及び支払事務を委託した社会保険抗原検出」） 及び検体検査判断料のうち免疫学的検査判断料

診療報酬支払基金又は国民健康保険団体連合会に対して、支（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担に相当する金払いを行う。

額について、その審査及び支払事務を委託した社会保険診療報酬支払基金又は国民健康保険団体連合会に対して、支払いを行う。
○

感染症指定医療機関等は、本契約に基づき実施した検査の○感染症指定医療機関等は、本契約に基づき実施した検査の結果についてその結果を問わず、速やかに所管の都道府県等結果についてその結果を問わず、速やかに所管の保健所に報に報告する。なお、当該報告は、厚生労働省が提供する新型告する。

コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システムに必要な情報を入力している場合には、省略することができる。
②

対象者及び検査一回当たりの金額
本補助事業は、PCR 検査及び抗原検査が保険適用になること②

対象者及び検査一回当たりの金額
本補助事業は、PCR 検査が保険適用になることに伴い、新たに伴い、新たに受診者に発生する自己負担分を軽減することに受診者に発生する自己負担分を軽減することが趣旨で行うが趣旨で行うものであることから、検査一回当たりの金額にものであることから、検査一回当たりの金額については、保険ついては、保険給付がされる場合には、これを優先して適用給付がされる場合には、これを優先して適用し、他の公費負担し、他の公費負担医療の給付がされる場合には、感染症法第医療の給付がされる場合には、感染症法第 37 条に基づく給付

37 条に基づく給付より優先して適用される公費負担医療につより優先して適用される公費負担医療については優先して適いては優先して適用することとし、本補助事業による補助が用することとし、本補助事業による補助が行われなければ受診行 われな けれ ば受診者 が負担 する こととな る PCR 検査 料者が負担することとなる PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロ（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検体ナウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料などは含的検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる金額とすまない。）にかかる金額並びに抗原検査料（「SARS-CoV-2（新る。

型コロナウイルス）抗原検出」）及び検体検査判断料のうち免疫学的検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる金額とする。
具体的には、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイル

具体的には、PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検査判ス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる金額並びに抗原検断料（初再診料などは含まない。）にかかる金額について、医査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出」）及び療保険各法の規定による医療又は高齢者の医療の確保に関す検体検査判断料のうち免疫学的検査判断料（初再診料などはる法律の規定による医療に要する費用の額の算定方法の例に含まない。）にかかる金額について、医療保険各法の規定によより算定した当該医療に要する費用の額の合計額から医療保る医療又は高齢者の医療の確保に関する法律の規定による医険各法又は高齢者の医療の確保に関する法律の規定による医療に要する費用の額の算定方法の例により算定した当該医療療に関する給付に関し保険者が負担すべき額を控除した額にに要する費用の額の合計額から医療保険各法又は高齢者の医かかる受診者の自己負担額とする。なお、他の公費負担医療と療の確保に関する法律の規定による医療に関する給付に関しの適用順については、感染症法第 37 条に基づく公費負担医療保険者が負担すべき額を控除した額にかかる受診者の自己負と同様の取扱いとする（同条に基づく公費負担医療と当該補助担額とする。なお、他の公費負担医療との適用順については、事業については、同条に基づく公費負担医療の適用を優先す

感染症法第 37 条に基づく公費負担医療と同様の取扱いとする

る）。

（同条に基づく公費負担医療と当該補助事業については、同条に基づく公費負担医療の適用を優先する）。
（例）PCR 検査を実施した場合の補助額の算定例①

外来・入院診療において、PCR 検査実施時に、PCR 検（例）補助額の算定例①

外来・入院診療において、PCR 検査実施時に、PCR 検査料が 1,800 点(1,350 点)、微生物学的検査判断料が 150

査料が 1,800 点(1,350 点)、微生物学的検査判断料が 150点となった場合、1,950 点（1,500 点）に係る受診者の点となった場合、1,950 点（1,500 点）に係る受診者の自己負担額が補助額となる。

自己負担額が補助額となる。

※※

括弧内は、検体採取を行った指定感染症医療機関等以外の施設へ輸送し検査を実施した場合以外のとき。

②

外来・入院診療において、当月に既に他の検査により

括弧内は、検体採取を行った指定感染症医療機関等以外の施設へ輸送し検査を実施した場合以外のとき。

②

外来・入院診療において、当月に既に他の検査により判断料を算定しており、PCR 検査料が 1,800 点(1,350判断料を算定しており、PCR 検査料が 1,800 点(1,350点)、微生物学的検査判断料が 0 点となった場合、1,800点)、微生物学的検査判断料が 0 点となった場合、1,800点(1,350 点)に係る自己負担額が補助額となる。

点(1,350 点)に係る自己負担額が補助額となる。

※※

括弧内は、検体採取を行った指定感染症医療機関等以外の施設へ輸送し検査を実施した場合以外のとき。

③

DPC 対象病院において、包括算定がされている場合に括弧内は、検体採取を行った指定感染症医療機関等以外の施設へ輸送し検査を実施した場合以外のとき。

③

DPC 対象病院において、包括算定がされている場合には、PCR 検査を実施したことにより、新たに受診者に発は、PCR 検査を実施したことにより、新たに受診者に発生する自己負担分はないことから、補助の対象とならな生する自己負担分はないことから、補助の対象とならない。（ただし、当該 PCR 検査が出来高算定により算定さい。（ただし、当該 PCR 検査が出来高算定により算定されている場合には、PCR 検査を実施したことにより、新れている場合には、PCR 検査を実施したことにより、新たに受診者に発生する自己負担分が生ずるため、補助のたに受診者に発生する自己負担分が生ずるため、補助の対象となる。具体的な算定方法は①・②と同様となる。）

対象となる。具体的な算定方法は①・②と同様となる。）（例）抗原検査を実施した場合の補助額の算定例①

外来・入院診療において、抗原検査実施時に、抗原検査料が 600 点、免疫学的検査判断料が 144 点となった場合、744 点に係る受診者の自己負担額が補助額となる。

②

外来・入院診療において、当月に既に他の検査により判断料を算定しており、抗原検査料が 600 点、免疫学的検査判断料が 0 点となった場合、600 点に係る自己負担額が補助額となる。

③

DPC 対象病院において、包括算定がされている場合には、抗原検査を実施したことにより、新たに受診者に発生する自己負担分はないことから、補助の対象とならない。（ただし、当該抗原検査が出来高算定により算定されている場合には、抗原検査を実施したことにより、新たに受診者に発生する自己負担分が生ずるため、補助の対象となる。具体的な算定方法は①・②と同様となる。）
以上

以上

（別添）

（別添）

感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第 15 感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律第 15 条
条に基づく調査に関する事務契約書（案）「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」又は「SARS-CoV-2に基づく調査に関する事務契約書（案）「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」にかかる診療（新型コロナウイルス）抗原検出」にかかる診療報酬の算定要件 報酬の算定要件に該当する場合において、受診者の自己負担の軽に該当する場合において、受診者の自己負担の軽減のための措置 減のための措置に関する事務について、○○都道府県知事（○○に関する事務について、○○都道府県知事（○○市長、○○区長） 市長、○○区長）（以下「甲」という）と○○病院（以下「乙」と（以下「甲」という。）と○○病院（以下「乙」という。）との間 いう）との間に次の通り契約を締結する。に次の通り契約を締結する。
第一条

甲は、乙が PCR 検査（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス） 第一条

甲は、乙が PCR 検査（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限核酸検出」にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る）る。）又は抗原検査（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原を行った場合に、受診者の PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロ検出」にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る。）をナウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的行った場合に、受診者の PCR 検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナ検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担に相ウイルス）核酸検出」）及び検体検査判断料のうち微生物学的検当する金額の補助を行うものとする。

査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担に相当する金額又は抗原検査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出」）及び検体検査判断料のうち免疫学的検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる自己負担に相当する金額の補助を行うものとする。
第二条

甲、乙の金銭の授受は、社会保険診療報酬支払基金又は 第二条

甲、乙の金銭の授受は、社会保険診療報酬支払基金又は〇〇都道府県国民健康保険団体連合会を介して行うこととす〇〇都道府県国民健康保険団体連合会を介して行うこととする。

る。

第三条

乙は、PCR 検査（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核 第三条

酸検出」にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る。）

甲は、乙からの請求内容について疑義がある場合には、乙に対して必要な書類の提出等を求めることができる。

又は抗原検査（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）抗原検出」にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る。）にかかる診療報酬の算定要件に該当する場合に限る）を実施した場合には、甲に報告することとする。なお、当該報告は、厚生労働省が提供する新型コロナウイルス感染者等情報把握・管理支援システムに必要な情報を入力している場合には、省略することができる。また、甲は、乙からの請求内容について疑義がある場合には、乙に対して必要な書類の提出等を求めることができる。
第四条

乙は、本補助事業の対象に係る受診者に対して、PCR 検 第四条

乙は、本補助事業の対象に係る受診者に対して、PCR 検査査料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検料（「SARS-CoV-2（新型コロナウイルス）核酸検出」）及び検体体検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料などは含検査判断料のうち微生物学的検査判断料（初再診料などは含ままない。）にかかる金額又は抗原検査料（「SARS-CoV-2（新型コない。）にかかる金額について、医療保険各法の規定による医療ロナウイルス）抗原検出」）及び検体検査判断料のうち免疫学的又は高齢者の医療の確保に関する法律（昭和 57 年法律第 80 号）

検査判断料（初再診料などは含まない。）にかかる金額について、の規定による医療に要する費用の額の算定方法の例により算定

医療保険各法の規定による医療又は高齢者の医療の確保に関すした当該医療に要する費用の額の合計額から医療保険各法又はる法律（昭和 57 年法律第 80 号）の規定による医療に要する費

高齢者の医療の確保に関する法律の規定による医療に関する給用の額の算定方法の例により算定した当該医療に要する費用の付に関し保険者が負担すべき額を控除した額にかかる受診者の額の合計額から医療保険各法又は高齢者の医療の確保に関する自己負担額（他の公費負担医療との適用順については、感染症

法律の規定による医療に関する給付に関し保険者が負担すべき法第 37 条に基づく公費負担医療と同様の取扱いとする。なお、額を控除した額にかかる受診者の自己負担額（他の公費負担医

同条に基づく公費負担医療と当該補助事業については、同条に療との適用順については、感染症法第 37 条に基づく公費負担医基づく公費負担医療の適用を優先する。）を受診者に支給するも療と同様の取扱いとする。なお、同条に基づく公費負担医療とのとする。その際、受診者の自己負担額と相殺することも差し当該補助事業については、同条に基づく公費負担医療の適用を支えないものとする。

優先する。）を受診者に支給するものとする。その際、受診者の自己負担額と相殺することも差し支えないものとする。
第五条

本契約は、４月１日以降に実施した診療分から適用する。 第五条

この契約の確実を証するため本書２通を作成し双方署名捺印の本契約は、４月１日以降に実施した診療分から適用する。

この契約の確実を証するため本書２通を作成し双方署名捺印の上各々1 通を所持するものとする。

上各々1 通を所持するものとする。

令和２年

令和２年月日都道府県知事、市長、区長
医療機関の長

氏名

（印）

氏名

（印）

月日
都道府県知事、市長、区長
医療機関の長

氏名

（印）

氏名

（印）

PCR検査・抗原検査の費用自己負担分スキーム

都道府県、特別区、保健所設置市①PCR検査・抗原検査実施の委託契約※

３月４日課長通知に基づく委託契約

医療機関（指定感染症医療機関、帰国者・接触者外来の窓口を有する医療機関等※）②治療・PCR検査
・抗原検査⑥支払い ⑦支払い①審査支払に関する委託契約⑤請求④レセプト送付（請求）※ ３月25日課長通知に基づく委託契約③治療費支払（ PCR検査・抗原検査自己負担分相当額除く）

審査支払機関（支払基金・国保連合会）

患者※ 指定感染症医療機関、それ以外の医療機関で感染症法第19条又は第20条に基づく入院患者が入院している医療機関、帰国者・接触者外来の窓口を有する医療機関及び帰国者・接触者外来の窓口と同様の機能を有する医療機関として都道府県等が認めた医療機関