令和元年８月 27 日
連結納税制度に関する専門家会合

連結納税制度の見直しについて

一

連結納税制度の見直しの意義

１．総論
連結納税制度については、導入から 15 年余りが経過し、企業のグループ経営を巡る環境等も変化してきており、この間、税制においても、組織再編税制の改正やグループ法人税制の創設など累次の改正が行われてきた。
連結納税制度は、グループ内の事業再編を後押しするなど、企業グループの一体的経営を進展させ、競争力を強化する中で有効に活用されてきた。
その一方で、連結納税制度の対象となる「完全支配関係にある企業グループ」といっても、経営形態はさまざまであり、現状、分権的な意思決定が多く行われている実態も見受けられ、親法人への情報や意思決定がそれほど集約しているわけではない。
また、現行制度は各法人の税務情報を連結グループ内で集約し、一体としてまとめて申告するとともに、各法人の個別帰属額を記載した書類も提出することとなっているため、所得計算及び税額計算が煩雑になる上、連結法人間での連絡・調整手続も煩雑で、特に税務調査が行われた後の修正
申告又は更正・決定（以下「修更正」という。）に時間がかかり過ぎるという指摘もある。
このため、連結納税制度の適用実態やグループ経営の実態を踏まえた上で、事務負担の軽減を図るための簡素化やグループ経営の多様化に対応し
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た中立性・公平性の観点からの見直しを行うことにより、日本の企業がより効率的にグループ経営を行い、競争力を十分に発揮できる環境を整備することができると考えられる。
本会合では、完全支配関係にある企業グループ内における損益通算を可能とする基本的な枠組みを維持するという前提に立って、こうした観点か
ら議論を重ね、見直し後の制度の考え方や基本的仕組みについて以下のとおり論点を整理した。

２．現行制度の概要
連結納税制度は、企業グループの一体性に着目し、企業グループ内の個々の法人の所得と欠損を通算して所得を計算するなど、企業グループ全体をあたかも一つの法人であるかのように捉えて法人税を課税する仕組みとして平成 14 年度に導入されている。
連結納税制度においては、○

連結所得金額は、連結納税制度を選択した連結グループの各法人の所得金額を基礎として計算する○

連結法人税額は、連結所得金額に税率を乗じて計算した金額から各種の税額控除を行って計算する○

連結所得金額及び連結法人税額の計算の過程においては、所要の調整を行う○

上記の調整は、各種調整項目について、連結グループ内の各法人の数値を基にして計算する（グループ調整計算）○

連結所得金額及び連結法人税額については、連結グループ内の各法人に一定の基準により個別帰属額として配分する
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こととされている。
また、原則として、開始時の子法人及び加入法人の資産の評価益・評価損の計上を行うとともに、開始・加入前に生じた子法人の欠損金は利用が制限されている。
連結グループは、連結親法人が連結グループを一つの納税単位とし、一体として計算した連結所得金額及び連結法人税額を申告するとともに、各連結子法人の個別帰属額等を記載した書類を税務署長に提出することとされている。

３．連結納税制度を取り巻く状況と税制の変化
連結納税制度は平成 14 年度に創設され、その後、平成 18 年度税制改正において、適格株式交換による連結加入が時価評価の対象から除外され、また非適格株式移転前の子法人の欠損金が連結納税に持ち込めないこととされた。平成 22 年度税制改正では、連結子法人の連結開始前の欠損金について持込み制限を緩和する改正が行われ、平成 29 年度税制改正では、連結開始・加入時の時価評価対象資産から帳簿価額が 1,000 万円未満の資産が除外され、スクイーズアウトによる完全子会社化が、組織再編成に位置付けられたことにより、適格要件を満たすことを条件に、その完全子法人が時価評価の対象から除外されるとともに、欠損金の持込みも可能とする等の改正が行われてきた。

４．現状の課題等（１）連結納税制度により損失等を共同利用するメリットがあるにもかかわらず、連結納税制度を選択していない企業グループもいまだ多く存在し3ている。
現行制度は、子法人の税務情報を連結グループ内で集約し、一体として申告するとともに、各子法人の個別帰属額等を記載した書類を提出するという方式であることから、制度設計が複雑で納税者にとって理解が難しい場合もある上、グループ調整計算を行う必要がある。
このため、法人間での連絡・調整も煩雑で、申告のための事務負担がかなり大きいとの指摘があり、例えば、連結グループ内の一法人が所得金額の計算を誤った場合、連結グループ内の全法人について再度調整計算を行う必要があるため、後発的に修更正事由が生じた場合の納税者及び課税庁の事務負担が過重になっている。
この事務負担により、各企業グループの事務処理能力の差が連結納税制度の選択に影響を与え、同様の経営を行っている企業グループ間での課税の中立性・公平性が少なからず損なわれていることが指摘されている。
したがって、企業における事務負担の軽減の要請や、課税庁の事務負担の増加等に対応するためにも、制度の簡素化を図る必要がある。

（２）連結納税制度導入時は、連結会計制度の改訂等により連結情報を中心とするディスクロージャー制度への転換が図られ、税制・会計制度等が相乗的に働き、企業グループの意思決定や会計情報の親法人への集約化が進むものと考えられた。
しかしながら、こうした意思決定や会計情報その他の情報の親法人への集約化の程度は一１．でも述べたとおり企業により差が生じている実態があり、そうした状況の下で、グループ経営は一定の進展・定着をみ4ている。こうした現状を踏まえれば、現在の我が国においては、企業グ
ループを一つの納税単位とすることは必ずしも経済社会の実態を十分に反映していない部分もあると思われる。

（３）また、税制面でも、グループ法人税制の導入（平成 22 年度）により、完全支配関係にある企業グループ内では、個別申告における資産の譲渡等に係る調整計算が定着してきている。
グループ法人税制も連結納税制度と同様に、企業グループの一体性に着目した制度であり、企業グループ内での法人間の損失及び繰越欠損金の共同利用（以下「損益通算」という。）を可能にするとしても、必ずしも企業グループ全体を一つの納税単位とする必要はなくなってきているとも考えられる。

（４）課税上あたかも一つの法人であるかのように捉えることができる連結納税制度の開始及び連結グループへの加入と、組織形態を変更して一つの人格となることは、税制上中立であることが望ましいと考えられるが、現行の連結納税制度と組織再編税制とでは様々な違いがある。
連結納税制度は平成 13 年度税制改正で導入された組織再編税制を前提としていたが、その後の新会社法の制定等、企業法制が見直されるとともに、スクイーズアウトによる組織再編成も多くみられるようになってきたなど、企業の組織形態に関する環境の変化が続いている。
このような経済社会の変化に伴い、組織再編税制において対象とする範囲や適格要件の見直しが続けられてきた結果、現状では、完全子法人化により連結納税制度に加入する際、適格組織再編成として行う場合と5

適格組織再編成以外の方法として行う場合とで、含み損益及び欠損金について課税上の取扱いが異なっており、中立的でなくなっていることは
否めない。

二

見直しに当たっての基本的考え方（１）上記一４で述べたような企業におけるグループ経営の進展の実態や連結納税制度を取り巻く状況の変化を踏まえれば、連結納税制度からより実情に即した制度に見直し、事業再編の円滑化を図ることにより、我が国企業がより効率的にグループ経営を行い、国内外の市場で競争力を十分に発揮できる環境を整備することが適当である。
見直しに当たっては、企業グループの一体的運営が行われているという実態を踏まえ進めていく。

（２）具体的には、企業グループの一体性に着目し、完全支配関係にある企業グループ内における損益通算を可能とする基本的な枠組みは維持しつつ、制度の簡素化により、企業の事務負担の軽減を図ることで、企業グループの事務処理能力の差が制度の選択に与える影響をできる限り小さくし、同様の経営を行っている企業グループ間での課税の中立性・公平性を確保する必要がある。
あわせて、後発的に修更正事由が生じた場合にはできる限り事務負担が生じないよう、制度の簡素化を図る必要がある。
なお、地方税では、地域における受益と負担の関係等に配慮し、損益通算を可能とする仕組みとはなっておらず、今般の検討は、現行の地方税の基本的な枠組みを見直すものではない。
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（３）企業の経営形態として、法人格を一つのままで事業展開を図ったり、特定の事業部門を子会社として分社したり、持株会社形態へ移行したりすることが行われているが、税制はこれらの経営形態の選択に対しできる限り中立であるべきと考えられる。また、完全支配関係があれば、株主や親法人から見た投資リターンは単一法人でも企業グループでも基本的に同じである。
このため、法人による完全支配関係にある企業グループ内で損益通算を行うとしても、企業グループといえども複数の法人の集まりであることから、納税申告を企業グループ全体で一つとするか法人ごととするかは、あくまで申告手続の問題でしかないと捉え直すこともできる。
このことは、諸外国の類似の制度をみても言えることであり、企業グ
ループ全体を一つの納税単位として一つの課税所得金額及び法人税額を計算して申告する方法だけでなく、各法人を納税単位として各法人が個別に課税所得金額及び法人税額を計算して申告する制度とした上で、別途企業グループ内での損益通算等を可能とする方法も採り得ることを意味している。

（参考）諸外国の制度
連結納税制度は、企業の経営形態に対する税制の中立性等の観点から連結グループ内の個々の法人の所得と欠損を通算して所得を計算する制度であり、諸外国にも類似の制度が存在するが、その申告方法は様々である。
現行制度は、アメリカの連結納税制度を参考にして設計されたもので7

あるが、我が国とアメリカとでは、会計情報の親法人への集約化の程度
や経理部門の体制、立証責任の所在等が異なっている。上記一４（２）で述べた我が国の経済社会状況においては、連結グループ全体を一つの納税単位とするアメリカ型の連結納税制度が、親法人及び課税庁の事務負担を過大にしている面がある。
一方、イギリスのグループ・リリーフ制度では、各法人を納税単位としたまま企業グループ内の法人間で事業損失等を振り替えることが認められている。また、ドイツのオルガンシャフト制度は、株式法に基づく損益譲渡契約等を要件として企業グループ内の法人間での損益の譲渡を認めるものであるが、親法人・子法人ともに申告義務がある。

（４）以上を踏まえると、見直し後の制度は、企業グループ全体を一つの納税単位とする制度に代えて、法人格を有する各法人を納税単位として、課税所得金額及び法人税額の計算及び申告は各法人がそれぞれ行うこと（以下「個別申告方式」という。
）を基本とすることが適当と考えられる。
同時に企業グループの一体性に着目し、課税所得金額及び法人税額の計算上、企業グループをあたかも一つの法人であるかのように捉え、損益通算等の調整を行う仕組みとすることが適当と考えられる。

（５）グループ調整計算の多くは、連結グループを一つの納税単位と捉える
ことに基因したものと考えられることから、連結グループ全体を一つの納税単位とする制度に代え、各法人それぞれを納税単位とする個別申告方式とすることで、一定程度簡素化が可能となる。
また、後発的に修更正事由が生じた場合についても、各法人それぞれ8

を納税単位とする個別申告方式とすることで、企業グループ内の一法人の事後的な課税所得金額又は法人税額の修正が、その企業グループ内の
他の法人の課税所得金額又は法人税額の計算に波及しない仕組みを構築することが可能になると考えられる。

（６）さらに、上記一４（４）で述べたとおり、連結納税制度と組織再編税
制とでは様々な違いがあり、課税の中立性が損なわれている面があることから、見直し後の制度は、現行の組織再編税制と整合性がとれた制度を目指し、課税の中立性を確保することが適当である。
なお、制度の適用の開始・加入時における時価評価課税・欠損金等の持込み制限については、租税回避防止の観点も重要である。

（７）今般の検討に当たっては、上記の考え方に沿って、事務負担の軽減を図るための簡素化及びグループ経営の多様化に対応した中立性・公平性の観点から現行制度を見直すことを目的とし、検討を行った。

三

新たな制度（グループ通算制度（仮称））の基本的な仕組み
１．適用対象（１）現行制度は、完全支配関係があることを要件とし、企業グループを一つの納税単位とすることをもって、法人間での損益通算を可能としている。
グループ通算制度（仮称）は、上記二（４）で述べたとおり、各法人それぞれを納税単位とする個別申告方式とし、法人ごとに課税所
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得金額及び法人税額を計算することが適当である。連結納税制度の最も重要な機能である損益通算については、企業の経営形態の選択に対する中立性等の観点から、引き続き、これを行う制度とすることが適当である。
なお、適用対象となる企業グループが、グループ通算制度（仮称）を適用するかどうかについては、現行制度と同様に、納税者の選択によることとする。

（２）損益通算を行うことができる企業グループについては、法人による完全支配関係があれば、各法人の損益が全てその企業グループに属するとみなすことができる上、制度の簡素化にも資するため、グルー
プ通算制度（仮称）においても、法人による完全支配関係があることを要件とすべきである。［再掲］
100％未満の支配関係の企業グループにおいてもグループ通算制度（仮称）を適用できることとする余地はないかとの意見もあった。
一方、仮にそのような制度とした場合、そのグループ内の法人間での損益通算による税額の増減に相当する額を各法人間で適正に分配しなければ、少数株主の利益が害されることとなる。
少数株主の利益が害されないような制度を目指せば、制度の複雑化は避けられない。また、会社法上、子法人の少数株主を保護するための親法人の責任や代表訴訟によるその責任の追及に関する規定が設けられていない中で、税法上、子法人の少数株主と親法人との利益が相反する構造が内在する損益通算を容認することについては、慎重な検討が必要と考えられる。
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（３）したがって、グループ通算制度（仮称）の適用対象となる法人は、現行制度と同様に、内国法人である親法人と、その親法人による完全支配関係にある全ての子法人（外国法人等を除く。）とする。

２．課税所得金額及び法人税額の計算（１）現行制度と同様に、子法人の事業年度は親法人の事業年度に統一する。

（２）必要な所得調整計算を行った上で、各法人の所得金額又は欠損金額を計算し、企業グループ内の法人間で損益通算することとする。
（ただし、含み損の実現により生じた欠損等の取扱いについては、一定の制限を行う。［後掲］）
また、企業グループ内の法人が繰越欠損金を有している場合には、その繰越欠損金についてもその企業グループ内の法人間で共同利用することとする。
（ただし、グループ通算制度（仮称）開始・加入前の欠損金等の取扱いについては、一定の制限を行う。［後掲］）（３）損益通算の方法については、各欠損法人の欠損金及び企業グループ
内の繰越欠損金の額を各有所得法人の所得金額等の比で配賦するプロラタ方式が考えられる。
この方式は、現行制度の考え方を踏襲する中での制度設計が可能となり、制度導入のコストが小さく、税負担の軽減のための恣意的な調整を回避できるといった観点からも適当であると考えられる。
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なお、法人において、各欠損法人の欠損金及び繰越欠損金の額を自由に配分する方式も考えられるが、こうした方式は、①法人は株主との関係で、税理士等は法人との関係で、欠損金及び繰越欠損金の額をどのように配分すれば税負担が最も少なくなるかについて精査が必要となり、かえって事務負担が増える可能性がある、②離脱予定法人に欠損金を重点配分するなどの恣意的な調整が可能となる、③開始・加入前欠損金を有しない企業に欠損金を重点配分することが可能となり、後述する繰越欠損金の利用制限が実質的に機能しなくなるた
め、制限の厳格化等のため制度が複雑化する、といった観点から、適当でないと考えられる。

（４）納税者及び課税庁の事務負担の軽減を図るため、修更正の場合には、損益通算できる損失等の額を原則として当初申告額に固定することにより、企業グループ内の他の法人の所得金額及び法人税額の計算に反映させない（遮断する）仕組みとすることが考えられる。

（５）例外的に、欠損金の繰越期間に対する制限を潜脱するため又は離脱
法人に欠損金を持たせるためにあえて誤った当初申告を行うなど、法人税の負担を不当に減少させることとなると認められるときは、職権更正において、プロラタ方式で全体を再計算することができる
ようにする必要がある。

（６）グループ通算制度（仮称）では、法人ごとに課税所得金額及び法人税額を計算することとなるが、各法人それぞれが個別に申告するこ12ととした場合、①修更正の場合に企業グループ内の他の法人の所得金額及び法人税額に反映させない仕組みを前提とすると、企業グループ内の一法人が欠損金を他の法人に使用させていた場合で、修更正により当該一法人に所得が発生した際、その増差所得金額全額に係る追徴税額を当該一法人が全て納付できない場合がある。
また、②企業グループ内の一法人の欠損金を他の法人に使用させることにより、その後に当該一法人に単年度で所得が発生した際、既に自らが控除できる繰越欠損金が損益通算により減少している上、債務超過に陥っている場合に、当該一法人に発生する税額を納税するための原資が不足し、滞納となる可能性がある。
すなわち、欠損金の移転は税務上の便益の移転であることから、所得が発生する法人と納税原資を有する法人の不一致をもたらすことになり、税制として脆弱になる面がある。
このため、企業グループ内の各法人が一体となって納税する責任を負うこととし、連帯納付責任を負うこととすることが考えられる。
また、損益通算により利益を受けた範囲内で納付責任を負うという制度にすることも考えられるが、納付責任の限度額については、一部の法人に財産を集中させることにより徴収を回避することも可能となることや、各種のグループ調整計算の中で損益通算により受ける利益を線引きすることは困難であることから、現行制度と同様、限度額を設定することは適当でないと考えられる。

３．時価評価課税及び欠損金の制限○

グループ通算制度（仮称）の開始・加入時における時価評価課税及び13

欠損金等の制限等については、上記二（６）のとおり、組織再編税制と整合性がとれた制度を目指し、課税の中立性を確保する観点から、以下のとおり見直すことが考えられる。

（１）基本的考え方
現行制度においては、単体で事業活動を行って稼得した所得に対しては単体法人を納税単位として課税を行い、企業グループで事業活動を行って稼得した所得に対してはその企業グループを納税単位として課税を行うのが適当との考え方により、連結納税の開始又は連結グループへの加入に際して、原則として、開始時の子法人及び加入法人の資産の評価益・評価損の計上を行うとともに、開始・加入前に生じた子法人の欠損金は利用が制限されている。
グループ通算制度（仮称）では、制度の適用開始前後で納税単位が変わるわけではないが、企業グループをあたかも一つの法人であるかのように捉え、その企業グループ内の各法人の所得金額と欠損金額を通算するなどの調整を行う仕組みであることから、租税回避防止等の観点も踏まえ、新たな制度においても、一定の場合は、開始又は加入に際して資産の時価評価課税及び欠損金の利用制限は必要と考えられる。
他方、現行制度では、一定の法人について、時価評価課税の対象外とされ、欠損金についても持ち込むことができることとされている（子法
人は自己の所得の範囲内で控除可能）が、この時価評価課税の対象外で、欠損金を持込み可能な法人について、組織再編税制と整合的になるよ
う見直し、公平・公正な税負担の観点を踏まえつつ、対象を拡大するこ
ととする。
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また、組織再編税制では、適格組織再編成の時には譲渡損益課税を行わないが、一定の欠損金の利用を制限するとともに、含み損が実現した場合の損金算入を制限する類型が設けられている。グループ通算制度（仮称）においても、同様の類型を設ける。
以上を踏まえ、今般の検討に当たっては、時価評価課税の対象となる法人［後掲（２）］と対象外となる法人［後掲（３）］に分けて検討する。
また、時価評価課税の対象外となる法人については、含み損益の実現時に利用制限があるもの［後掲（３）イ］とないもの［後掲（３）ロ］に区分する。

（２）時価評価課税の対象となる法人（欠損金の利用制限）
現行制度では、完全支配関係が５年以内の完全子法人と連結納税を開始する場合や非適格組織再編成又は組織再編成以外の取引により完
全子法人化して連結グループに加入した場合等に、時価評価課税の対象とし、欠損金の利用を制限することとしている。一方、組織再編税制
では、非適格組織再編成が譲渡損益課税の対象とされている。
グループ通算制度（仮称）においては、租税回避の防止の観点を踏まえつつ組織再編税制との整合性を図るため、次の法人を時価評価課税の対象とし、欠損金の利用を制限する。
①

開始時のグループ法人で、完全支配関係がある法人間の適格組織再編成と同様の要件（完全支配関係の継続要件）に該当しないもの②

非適格組織再編成により加入した再編当事者③

再編当事者以外の加入法人で、適格組織再編成と同様の要件（親法人との間の完全支配関係の継続要件、従業者継続要件及び事業継続15要件等）に該当しないもの（３）時価評価課税の対象外となる法人
上記（２）で時価評価課税の対象となる法人に該当しないものは、時価評価課税の対象外とする。具体的には以下のとおり。
①

開始時のグループ法人で、完全支配関係がある法人間の適格組織再編成と同様の要件（完全支配関係の継続要件）に該当するもの②

適格組織再編成により加入した再編当事者③

再編当事者以外の加入法人で、適格組織再編成と同様の要件（親法人との間の完全支配関係の継続要件、従業者継続要件及び事業継続要件等）に該当するもの④

グループ内の新設法人

イ

含み損益の実現時に利用制限がある法人（欠損金は一部利用制限）
組織再編税制では、支配関係が５年以内であり、かつ、共同事業性がない場合に、実現した含み損の利用を一部制限するとともに、支配関係前に生じた欠損金等の利用を制限することとしている。このため、グループ通算制度（仮称）においても、上記①～③のうち、親法人との間の支配関係が５年以内であり、かつ、共同事業性がないものについて、後掲（５）のように含み損益の利用を一部制限するとともに、支配関係前に生じた欠損金等の利用を制限すること等を行う。
なお、共同事業要件については、企業グループ内のいずれか一の法人との間で共同事業性があるかどうかにより判定する。
おって、開始時の親法人についても、同様の取扱いとする。
16

ロ

含み損益の実現時に利用制限がない法人（欠損金も持込み可能）
上記①～③のうち、上記イに該当しない（親法人との間の支配関係が５年超あるか、又は共同事業性がある）もの及び上記④は、制限なく、含み損益を利用できることとするとともに、欠損金の持込みについても制限しないこととする。

（４）親法人の取扱い
現行制度では、親法人の欠損金は制限なく連結グループに持ち込んで連結所得金額から控除することができることとされているほか、一定の場合に限り、連結納税開始前又は連結グループ加入前の子法人の欠損金を連結グループに持込み可能とし、その子法人の所得の範囲内
でのみ繰越控除ができることとされている。（欠損金の繰越控除を自己の所得の範囲内に限定することを、以下「ＳＲＬＹルール」という。）
グループ通算制度（仮称）においては、前述のとおり個別申告方式とすることを前提とすると、①法人格を有する各法人が納税義務者となること、②親法人において集約して申告を行わないため、現行の連結納税制度に比べて、新制度へ移行しやすくなることから恣意的な税負担の調整を行うおそれが大きくなること、③欠損法人を親法人に仕立て上げることにより子法人のＳＲＬＹルールが実質的に機能しなくなる
おそれがあること、から、開始・加入前の欠損金については、子法人に限らず、親法人も含めて自己の所得の範囲内でのみ繰越控除することができる制度とすることが考えられる。
他方、一般的に親法人はグループ経営に特有の機能を担う等の負担17が大きいので、グループ通算制度（仮称）においても、欠損金を制限なく企業グループの所得から控除できるようにすることも考えられる。

（５）公平・公正な税負担○含み損益の利用が制限される場合等については、以下のとおり取り扱うことが適当である。

イ

含み損益の利用制限、欠損金の一部利用制限等
グループ通算制度（仮称）においては、組織再編税制には合併後一定期間における合併法人の特定資産譲渡等損失額に利用制限がある
ことを踏まえ、含み損の実現損を利用した恣意的な税負担の調整を防止する観点から、加入後の特定資産譲渡等損失額については、損金不算入とする方向で検討することが考えられる。
含み益についても、含み益のある資産を譲渡して含み益を実現させ、その譲渡した法人の株式について投資簿価修正を行った後、その株式を売却することで、含み益が生じていた資産の帳簿価額が引き上がるにもかかわらず、含み益の実現益は株式譲渡損が生じた場合には相殺されて課税が逃れられるなどの問題が生ずるので、恣意的な税負担の調整を防止する観点から、上記のような含み益の実現益は、投資簿価修正の対象から除くなどの方向で検討することが考えられる。
また、欠損金を利用した恣意的な税負担の調整を防止する観点から、親法人との間に支配関係が生じた事業年度前に生じた欠損金の利用を制限することとし、親法人との間に支配関係が生じた事業年度前から有する資産の加入前の実現損から成る欠損金の利用を制限する方
18

向で検討することが考えられる。
さらに、（３）イのうち構造的に損失（償却費等）が発生する事業を行う法人については、損失を利用した恣意的な税負担の調整を防止する観点から、加入後に発生した欠損金については、損益通算の対象外とした上で、ＳＲＬＹルールを適用する方向で検討することが考えられる。
なお、利用制限の期間や具体的な適用要件については、公平・公正な税負担の観点から今後検討する必要がある。

ロ

離脱時の時価評価等
現行制度では、連結グループを離脱する法人はその資産を帳簿価額のままで持ち出すことができるが、組織再編税制では、例えば、事業継続の見込みがないなどの理由により非適格となる組織再編成を行った場合には、移転させる資産・負債について時価譲渡として取り扱われている。
例えば、新制度適用後の企業グループから、含み損のある資産を有する法人が離脱する場合、その企業グループ内に残る法人においては、
離脱する法人の株式を売却することによる譲渡損を計上することができ、また、離脱した法人は離脱後にその資産の含み損（譲渡損）を実現させ、自己の所得から控除することができる。
株式や資産等を利用した損失の２回控除について、アメリカにおいては、これを租税回避とし、これを防止するための累次の規則改訂が行われてきた。
組織再編税制においては、法人が含み損益のある資産を現物出資し19

て株式を取得する場合に、事業の継続の見込み等の要件を満たさなけ
れば、その現物出資を非適格とすることによって、資産の含み損益をそのままにして同額の含み損益をもった株式が作出されることが防がれている。そこで、組織再編税制との整合性を図りつつ、損失の２回控除を防ぐため、新制度適用後の企業グループから離脱する法人が、その行う事業について継続の見込みがないなどの場合には、離脱時にその法人の資産を時価評価させることとし、その評価損益を投資簿価修正の対象とするなどの方法により対処することが適当と考えられる。
なお、具体的な適用要件については、公平・公正な税負担の観点から今後検討する必要がある。
同様の問題は、含み損のある資産を有する子法人の株式を有するグ
ループ内法人が、その子法人の株式について、評価損を計上し、又はグループ内譲渡（非適格組織再編成を含む。）を２回行って譲渡損を計上し、その後その子法人がその資産の含み損を実現させる場合にも生ずる。したがって、企業グループから子法人が離脱せずに子法人株
式と資産の損失をそれぞれ計上する方法による損失の２回控除についても、これを防ぐ方策を検討する必要がある。
なお、子法人の株式について、資産として認識すべきかといった観点からも検討が必要であるとの意見もあった。

ハ

包括的な租税回避行為防止規定
グループ通算制度（仮称）に関しては、仮に、損益通算の方法をプ

ロラタ方式とし、損益通算できる損失等の額を当初申告額に固定する
20こととした場合でも、欠損金の繰越期間に関する制限を人為的に回避するなどの行為が想定される。
このような租税回避行為を防止するための規定は個別に設ける必要があるが、このほかにも一連の行為の中で損益通算等の要素を利用するなど多様な租税回避行為が想定されるため、現行制度と同様、包括的な租税回避行為防止規定が必要である。
なお、包括的な租税回避行為防止規定により、どのような行為を不当な税負担の軽減行為として防止すべきかについては、引き続き幅広く検討する必要がある。

４．課税所得金額及び法人税額のグループ調整計算（別紙参照）
グループ調整計算の複雑さが事務負担になっているなどの指摘がある
中、できる限り制度の簡素化を図ることが考えられる。
他方、グループ調整計算の見直しに当たっては、企業経営の実態や制度趣旨・目的、濫用可能性等を勘案した調整計算の必要性等についても考慮する必要があり、これらの点と、調整計算をやめることによる事務負担の軽減効果を比較衡量の上、検討を行うことが必要である。
以上を踏まえると、個別制度ごとに、①グループ調整計算の事務負担の軽減を図る観点、②企業経営の実態や制度趣旨・目的からみた調整計算を行うことの必要性、③制度の濫用その他趣旨・目的を超えた税負担の減少
可能性、④制度を選択していないグループ法人との公平性、といった基準に基づき検討することが必要である。
この際、グループ調整計算は、企業グループの一体的経営に影響を及ぼすことから、現行制度を前提とした企業経営を行っている企業グループ
21

に対する影響に配慮が必要である。

５．申請、承認、却下、取消し等○

申請、承認、却下、取消し等については、現行制度上の取扱いを基本としつつ、現行制度でも青色申告と概ね同等の要件とされていること等を踏まえ、個別申告方式とすることを契機に、青色申告に取り込
む等の見直しをすることが考えられる。

（１）承認申請
現行制度と同様に、グループ通算制度（仮称）の適用を受けようとするときは、全ての企業グループ内の法人による申請により、国税庁
長官の承認を受けることとする。
（なお、現行制度と同様に、みなし承認の制度を設ける。）
また、グループ通算制度（仮称）の承認を受けた場合には青色申告の承認を受けたものとみなすこととする。

（２）申請の却下
現行制度と同様、法人税の負担を不当に減少させると認められる等の一定の事由に該当するときは却下することができることとする。
また、「帳簿書類に取引の全部又は一部を隠蔽し又は仮装して記載
し又は記録していることその他不実の記載又は記録があると認められる相当の理由があること」を却下事由とするなど、承認の取消しや青色申告の却下と整合的な要件とする。

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（３）承認の取消し
青色申告の承認を取り消された場合には、グループ通算制度（仮称）の承認を取り消されたものとみなすこととする。

（４）適用の取りやめ
現行制度と同様、適用の取りやめは、やむを得ない事由がある場合に限るとともに、取りやめ後５年間は再選択できないこととする。

（５）離脱法人の再加入
現行制度と同様に、離脱後５年間は再加入できないこととする。

６．申告方法（電子申告等）（１）二（５）で述べたとおり、適用法人それぞれを納税単位として、課
税所得金額及び法人税額の計算及び申告を行うこととする。

（２）企業グループ全体を一つの納税単位とする制度に代え、各法人それぞれを納税単位とする個別申告方式とすることから、納税地は、各法人の本店所在地とする。

（３）行政手続コスト削減の観点から、令和２年４月１日以後開始事業年度から大法人は電子申告が義務化されること、企業グループ内の法
人間で損益通算等の調整計算が正しく行われているか、課税庁が円
滑かつ効率的に確認する必要があること等を踏まえ、企業グループ
内の各法人に電子申告義務を課すことが適当である。
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（４）行政手続コスト削減の観点から、平成 30 年度税制改正において、電子申告の場合における個別帰属額届出書の提出については、親法人による一括提出が可能となったことを踏まえ、子法人の申告書については、親法人の電子署名により、一括して提出することができる
こととする。

（５）また、現行制度と同様に、質問検査権等について、本制度固有の規定を設ける。

７．適用関係（１）現行制度を適用している連結グループは、グループ通算制度（仮称）の施行後は、自動的に新制度に移行することとするが、現行制度を適用している連結法人にとって、新制度への移行は、連結納税制度を承認申請した時点では予期し得なかったことであるため、新制度に移行することを望まない連結グループは、新制度の施行までに連結親法人が届け出ることにより、新制度に移行しないことができることとすることが考えられる。

（２）グループ通算制度（仮称）の導入に当たり、①納税者及び課税庁ともに新制度に対応するためのシステム対応等が必要となること、②
現行制度を適用している連結グループにとって、新制度に移行すべ
きかどうかの判断に時間を要すること、③現行制度を前提に適用開始を目指して準備を進めてきた企業グループも存在すると考えられ
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ること、から、グループ通算制度（仮称）の施行まで、法改正から１～２年程度の期間を設けることとすることが考えられる。

（３）なお、現行制度と新制度が併存することとなれば、納税者及び税理士は、いずれの制度が有利かを毎年度それぞれの制度で計算する必要が生ずるという点において事務負担が増大する上、課税庁においても事務負担が増大するため、適当ではないと考えられる。

（４）繰越欠損金等の取扱いが変更される場合におけるみなし連結欠損金の新制度施行後の取扱いなど、現行制度における取扱いに係る経過措置については、別途検討が必要と考えられる。

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（別紙）
課税所得金額及び法人税額のグループ調整計算については、本文三４で述べた基準に基づき、個別制度ごとに検討する必要があるが、具体的な見直しの方向性については、以下のとおり。

１．受取配当等（１）株式区分判定
企業グループ内の法人の有するその企業グループ外の法人の株式に係る株式保有割合及び保有期間の判定の見直しに当たっては、①

事務負担の軽減の観点及び連結法人以外は保有割合等を法人ごとに計算している点を考慮し、調整計算を廃止する②

企業グループ内の各法人で株式を分散保有している場合があること、企業グループ全体での株式保有割合は金融商品取引法等との関係で管理していることが多く、調整計算の事務負担は必ずしも大きくないと考えられることなどから、引き続き調整計算を行うといったことが考えられる。
調整計算を行う場合には、保有割合等を、企業グループ一体として計算すれば、その企業グループで調達した資金を基に取得した株式を分散保有するなどのような資産の移転について中立となると考えられること、また、グループ通算制度（仮称）を適用していない企業グループとの中立性・公平性の観点から、グループ通算制度（仮称）の選択にかかわらず、グループ法人税制の対象となる企業グループでは一体計算を行うことも考えられる。

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（２）負債利子控除
企業グループ外の法人からの受取配当等の益金不算入額から控除す
る負債利子の額の計算の見直しに当たっては、①

企業グループ内の各法人で計算することとなれば、例えば、親法人が資金調達をし、その資金で取得した株式を子法人が所有する場合に、企業グループ内で損益通算できるにもかかわらず、親法人が支払った負債利子の額が益金不算入額から控除できなくなるため、引き続き調整計算を行うことも考えられるが、②

制度の簡素化及び負債利子の適正な控除の双方の観点から、負債利子控除制度を廃止した上で、負債利子の概算値として一律に適用される一定の割合を設定し、関連法人株式等に係る受取配当等の益
金不算入割合を所定の割合で引き下げることも考えられる。
この場合、単体申告法人においても相当の事務負担が生ずること、
グループ通算制度（仮称）を適用している法人に限る理由はないこと、から、同制度を適用していない法人も対象とすることが考えられる。

（３）短期保有株式等の判定
現行制度上も、譲渡した株式の簿価についてはグループ全体で計算をしていないため、株式の譲渡損益の計算上、企業グループ内の他の法人がその株式を保有しているかどうかは影響しないことを踏まえると、
個別申告方式の下では、益金不算入の対象外となる短期保有株式等を企業グループ全体で判定する必要性は乏しいことから、企業グループ
外の法人からの受取配当等に係る短期保有株式等の判定については、調整計算を廃止することとし、単体申告の場合と同様に法人ごとに計27

算することが考えられる。

２．外国子会社配当等益金不算入制度
企業グループ内の法人の有するその企業グループ外の外国子会社の株式に係る株式保有割合及び保有期間の判定の見直しに当たっては、①

事務負担の軽減の観点及び連結法人以外は保有割合等を個社ごとに計算している点を考慮し、調整計算を廃止する②

企業グループ内の各法人で株式を分散保有している場合があることから、引き続き調整計算を行うといったことが考えられる。

３．寄附金
寄附金の損金不算入制度は、一定の割合を基に事業規模に応じて損金算
入限度額を計算するものであり、グループ企業であっても、各法人の資本金等の額はその法人の事業の規模を表すものと考えられることから、法人ごとの資本金等の額に基づき損金算入限度額を計算することが考えられる。
また、課税所得が法人ごとに算出されることを前提とすると、所得に基づく限度額も法人ごとに計算することも考えられる。
企業グループ内の全ての法人の所得等を基に損金算入限度額を計算した上で、各法人の寄附金の額を基に配分するため、相当の事務負担が生ずること、企業グループ内の一法人の所得の修更正があると他の法人の損金算入限度額に波及することを考慮すると、寄附金の損金不算入額の計算については、調整計算を廃止することとし、単体申告の場合と同様に各法人の所得金額及び資本金等の額により計算することが考えられる。
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他方、純粋持ち株会社等において、企業グループを代表して寄附金を支出している場合があることを考慮すると何らかの配慮をすることも考えられる。

４．貸倒引当金①

現行制度では、連結グループ内の法人間の金銭債権を除くこととされている繰入限度額の計算については、企業グループ内の法人間での金銭の貸借を任意に行い、繰入限度額を操作することが可能となることから、引き続き企業グループ内の法人間の金銭債権を除いて計算することが適当と考えられる。

②

グループ通算制度（仮称）を適用していない企業グループとの中立性・公平性の観点から、グループ通算制度（仮称）の選択にかかわらず、グループ法人税制の対象となる企業グループではその企業グループ内の法
人間の金銭債権を除いて計算することも考えられる。

５．過大支払利子税制
過大支払利子税制は所得金額に比して過大な支払利子を損金不算入とする制度であり、現行制度においては、連結グループを一体として課税するものであることに鑑みて調整計算を行っているところ、個別申告方式へ移行すれば、支払利子の程度を企業グループ全体で判断する必然性はないと考えられることから、各法人の調整所得金額及び対象純支払利子等の額を基礎として計算することが考えられる。
なお、本制度については、令和元年度税制改正において、単体申告について、企業グループ単位の純支払利子額の調整所得金額に対する割合によ29

る適用免除基準が導入されている。

６．所得税額控除
所得税額控除額の計算を銘柄別簡便法により行う場合に連結グループ
で合算して行うこととされている配当等の元本の所有期間判定については、
あくまで簡便法に関するものであることから、個別申告方式を前提とすると、所有期間の計算単位（銘柄別簡便法）も法人ごととすることが事務負担の観点から合理的であると考えられる。

７．外国税額控除
外国税額控除は国内外の二重課税を調整するための制度であり、現行制度においては、連結グループを一体として課税するものであることに鑑みて調整計算を行っている。
所得金額及び法人税額が法人ごとに算出される個別申告方式を前提とす
ると、二重課税を企業グループ全体で判定する必然性はないこと、理論上は、多くの場合に外国税額と控除限度額が合わせて生ずると考えられること、全ての法人の所得金額等を基に控除限度額を計算した上で、各法人の国外所得金額を基に配分することにより相当の事務負担が生ずること、また、企業グループ内の一法人に所得金額等の修更正があると他の法人の外国税額控除額に波及することなどを考慮すると、二重課税調整も法人ごとに計算することが考えられる。
他方、企業グループ内での分業・機能分化が進む中で、リスクの高い投資の実行・管理・運営や、海外拠点の維持などの海外への事業展開を主に親法人が行っている場合があること等を勘案すると、引き続き調整計算を30

行うなど、何らかの配慮をすることも考えられる。いずれにしても、その実態を確認しつつ検討していく必要がある。

８．特定同族会社の留保金課税
現行制度では、課税留保金額は連結グループで計算することとされているが、留保金額は所得等の金額に基づき計算するため、個別申告方式を前提とすると、調整計算を行う必要性が低いと考えられる。
なお、留保控除額は、所得基準、定額基準（2,000 万円）、積立金基準の最も多い額とされているが、定額基準の 2,000 万円を複数回利用するために分社化することは考えづらいことから、各法人がそれぞれ利用したとしても問題ないと考えられる。

９．研究開発税制
研究開発税制は、試験研究費の増減率、控除額、控除上限、試験研究費割合につき、連結グループを一体として計算することとされているが、①

単体申告の場合には欠損法人が行った試験研究等については税額控除が受けられないこととの公平性や事務負担の観点から調整計算を廃止することも考えられる。

②

他方、企業グループの研究開発機能を集中させている企業経営の実態
や政策税制であることなども踏まえ、引き続き調整計算を行うなど、何らかの配慮をすることも考えられる。

10．投資減税
中小企業投資促進税制等の投資減税については、現行制度上も、法人ご31

とに控除限度額を計算することとしているが、連結税額の 20％の配分額と個別帰属額の 20％のいずれかの少ない金額を限度とする等の規定が設けられている。平成 13 年 10 月９日税制調査会法人課税小委員会「連結納税の基本的な考え方」によれば、「設備投資に係る税額控除については、特定の業種など個々の法人の属性に着目して講じられていること等から、各法人ごとに計算することとし、連結税額の一定額を限度」とする考え方が示されており、グループ通算制度（仮称）では、損益通算後の課税所得金額に基づき法人ごとの法人税額を計算することから、連結税額を基に限度額を計算することをやめ、損益通算後の課税所得金額に基づく法人税額を基に法人ごとに控除限度額を計算することとすることが考えられる。

11．定額控除限度額等
中小法人の軽減税率の対象所得（800 万円）等の一定の定額控除限度額等が設けられている制度については、企業グループ内の法人間での損益通算が認められる制度において、分社化等により定額控除枠が増殖可能となることは適当でないことから、事務負担の軽減の要請をもってしてもなお、
引き続き企業グループ全体で控除枠等を調整計算する必要がある。
なお、収用等の場合の定額控除限度額（5,000 万円）など、事業年度を統一する必要がない制度については、グループ通算制度（仮称）の選択にかかわらず、グループ法人税制の対象となる企業グループでは一体計算を行うことも考えられる。

12．中小法人特例の判定
中小法人特例について、現行制度では連結親法人の資本金の額により連32

結グループ内の全ての法人の判定を行う等により判定しているが、個別申告方式を前提とすると、中小法人特例の趣旨・目的を踏まえつつ、親法人だけでなく子法人の資本金の額等も勘案し、企業グループ内の全ての法人の判定を行うこととする。具体的な方策については、今後、検討することが必要である。

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