2015.07.14版

NGSハンズオン講習会~概要、注意事項、受講生の心構え~

門田幸二（東京大学）、白鳥亜希子（JST-NBDC）
kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp, NGS@biosciencedbc.jp

Jul 22- 2015, NGS講習会

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NGSハンズオン講習会

受講生の要望に応えて…①講師数を減らし項目間の連携強化。②Python追加。③NGS解析部分を増加(2.5から4日分)。④統計解析追加。⑤ハンズオンのみ。⑥予備日の確保。

7月22日（水）：Bio-Linux 8とRのインストール状況確認。基本自習（門田・寺田 透先生）
7月23日（木）：Linux基礎。LinuxコマンドなどUNIXの基礎の理解（門田）
7月24日（金）：スクリプト言語。シェルスクリプト（アメリエフ株式会社 服部恵美先生）
7月27日（月）：スクリプト言語。Perl（アメリエフ 服部恵美先生）
7月28日（火）：スクリプト言語。Python（アメリエフ 服部恵美先生）
7月29日（水）：データ解析環境R（門田）
7月30日（木）：データ解析環境R（門田）
8月3日（月）：NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月4日（火）：NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月5日（水）：NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口昌雄先生、後半：門田）
8月6日（木）：NGS解析。ChIP-seq（理研 森岡勝樹先生）
8月26日（水）：予備日
8月27日（木）：予備日
8月28日（金）：予備日

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AJACSで補完

DDBJ, DBCLS, NBDCの昨年度講師の先生方は、統合データベース講習会(AJACS)の枠組みでも活動しています。2015年のAJACSは以下の通り。

・東京医科歯科大学（2015年5月20日-21日開催）
・大阪大学 （2015年6月16日-17日開催）
・鳥取大学 （2015年8月4日開催予定）
・弘前大学 （2015年9月3日-4日開催予定）
・愛媛大学 （2015年9月25日開催予定）
・ 鹿児島大学 （2016年1月26日-27日開催予定）

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AJACSadvanced

DBCLS主催のハンズオン講習会(AJACSadvanced)もあり。大規模な講習会ではアリエマセンが、①Galaxy、DDBJパイプライン、BaseSpaceなど
LinuxフリーなNGS解析戦略もあります①
Jun 16 2015

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DDBJing講習会

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DDBJの講習会(workshop)は2015年6月12日にあったようです。このような講習会を通じて最新情報を入手。スパコン利用講習会もたしかこの枠組みで行われていたと思います。「NGSハンズオン講習会」で得た一通りのスキルで、スパコン上での解析マニュアルをある程度解読できると期待されます。

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共催機関(HPCI人材養成プログラム)ともうまく負荷分散。URLなどはイチイチ示しません。
自分でググってどうにかたどり着きましょう。

HPCI①

②

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6平成26年度と概ね同じ布陣

実施体制
主催
 科学技術振興機構・バイオサイエンスデータベースセンター（JST-NBDC）

NGS用カリキュラムの統括、企画・推進、講義補助（TAとビデオ撮影）、追跡調査。
 担当：白鳥、佐藤、舘澤、眞後、三橋、大波、川嶋、宮崎、櫛田、信定、佐久間、森、高田 東京大学・大学院農学生命科学研究科・アグリバイオインフォマティクス

講習会全体統括、講師の選定、インフラ、実習用PCの環境構築、講義実施および補助 担当：門田、寺田、三浦、清水共催
 HPCI戦略プログラム分野1「予測する生命科学・医療および創薬基盤」人材養成プ

ログラム（産総研・ゲノム情報研究センター）
受講申込業務（ウェブページ）全般、広報。
 担当：寺田 情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS）

講義補助（TA）、講義映像編集および統合TVでの公開業務全般。
 担当：大田、小野

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受講対象、受講条件など122名の応募。8/26-28も開催することに…。7/10時点で3名キャンセル→119名。

会場：東京大学農学部2号館2階第一講義室
 受講対象：学生・社会人問わず可能
 募集人数：30名程度（最大80名程度）
 応募状況：

 ウェブサイト公開：4月15日
 受講申込：4月20日-5月15日

 申込推移：26名（4/20）、56名（4/25）、60名（4/30）、70名（5/5）、92名（5/10）、122名（5/15）


受講申込者122名の内訳
 所属：大学：91名(東大55名)、研究所：16名、企業：15名
 年齢：20代：58名、30代：37名、40代：19名、50代以上：8名
 実習PC環境：Windows 58名、Macintosh 35名、貸与希望 35名

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82015.07.14若干変更

受講人数





部分受講可にしたので全員が全ての項目を受講するわけではない。概ね8掛け。最も受講希望の多かった8/3-5の項目(111名、108名、111名)を8/26-28を予備日に開催することで、若干ゆとりをもたせた。このあたりはNGS解析分野の需要的に妥当。

7月22日（水）：84名。Bio-Linux 8とRのインストール状況確認。基本自習（門田・寺田 透先生）
7月23日（木）：92名。Linux基礎。LinuxコマンドなどUNIXの基礎の理解（門田）
7月24日（金）：85名。スクリプト言語。シェルスクリプト（アメリエフ株式会社 服部恵美先生）
7月27日（月）：93名。スクリプト言語。Perl（アメリエフ 服部恵美先生）
7月28日（火）：91名。スクリプト言語。Python（アメリエフ 服部恵美先生）
7月29日（水）：94名。データ解析環境R（門田）
7月30日（木）：96名。データ解析環境R（門田）
8月3日（月）：89名。NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月4日（火）：85名。NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月5日（水）：86名。NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口先生、後半：門田）
8月6日（木）：104名。NGS解析。ChIP-seq（理研 森岡勝樹先生）
8月26日（水）：23名。NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月27日（木）：24名。NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月28日（金）：26名。NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口先生、後半：門田）

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受講生の要望に応えて「全日程受講→部分受講OK」に切り替えたこともある程度影響しているのでしょう。原著論文で評価される世の中 平成26年度(NGS速習コース)です。必要な情報のみ効率的に収 9名のガチ公募TAの方が優秀で非常にうまく機能集して自身の研究に役立てるとい TA以外も全日程受講者のみでの開催だったため、Linuxう方針で正しいと思います。
は使えるなどの既知項目分野のある一部受講生もTA的に機能オブザーバー(TA)制度など



平成27年度(NGSハンズオン講習会)
 メインTAのガチ公募結果は2名(爆)。

 メイン受講生で一部TAもごく少数(0~2名がほとんど)。

Twitter (https://twitter.com/hashtag/AJACS) H27年度ハンズオン講習会でも「#AJACS」のハッシュタ

グつきでツイートし、情報の共有やその場で出た問題点の解決などにご協力ください。

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受講生の心構え

予習をきっちりやりましょう。このウェブページが見づらいというヒトも一定の割合でいるとは思いますが、きれいに整形するなどのゆとりは全くありませんので、慣れ以外にはありません。見栄えよりも情報量重視です。
①

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受講生の心構え

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7/22のところに書いてある「BioLinux 8とR」のチェックリストをクリアしていれば、「Linux基礎とR基礎」の項目はクリアしたのとほぼ同じ。

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「Linux基礎とR基礎」の項目とは、ここのことです。準備不足の受講生も、講習会ではもちろん手助けしますが、準備をきっちりやってきた受講生が最大限の恩恵を受けられるような性善説にたった講習会を
7月22日（水）：Bio-Linux 8とRのインストール状況確認。基本自習（門田・寺田透先生）
目指します！世の中にはいろんなヒトが7月23日（木）：Linux基礎。（門田）います。「TAとして受講」にしていない項
7月24日（金）：スクリプト言語。シェルスクリプト（アメリエフ株式会社服部恵美先生）
目でも、できた受講生はできるだけTAとして笑顔で振る舞い、講習内容を円滑に進
7月27日（月）：スクリプト言語。Perl（アメリエフ 服部恵美先生）
められるようご協力をお願いします。
7月28日（火）：スクリプト言語。Python（アメリエフ 服部恵美先生）
7月29日（水）：データ解析環境R（門田）
7月30日（木）：データ解析環境R（門田）NGSハンズオン講習会

8月3日（月）：NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月4日（火）：NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月5日（水）：NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口先生、後半：門田）
8月6日（木）：NGS解析。ChIP-seq（理研 森岡勝樹先生）
8月26日（水）：NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月27日（木）：NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月28日（金）：NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口先生、後半：門田）

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①アメリエフの山口先生には「昨年度プラスアルファの内容」でお願いしています。
話の展開上、8/3以前の門田のところ(7/23や7/30あたり)で山口先生担当部分に門田が勝手に割り込む可能性がありま7月22日（水）：Bio-Linux 8とRのインストール状況確認。基本自習（門田・寺田透先生）
す。H27年度は部分受講可能にしている
7月23日（木）：Linux基礎。（門田）こと、これを作成している7/9時点でまだ講
7月24日（金）：スクリプト言語。シェルスクリプト（アメリエフ株式会社服部恵美先生）
義資料を全く作成できていない状況からどうなるかはわかりませんが、できるだけ7月27日（月）：スクリプト言語。Perl（アメリエフ 服部恵美先生）
H26年度受講生の要望を踏まえた内容に7月28日（火）：スクリプト言語。Python（アメリエフ 服部恵美先生）
できればと思っていますので、多少の講
7月29日（水）：データ解析環境R（門田）義内容の重複はご笑講くださいm(_ _)m
7月30日（木）：データ解析環境R（門田）NGSハンズオン講習会

8月3日（月）：NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生） ①8月4日（火）：NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月5日（水）：NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口先生、後半：門田）
8月6日（木）：NGS解析。ChIP-seq（理研 森岡勝樹先生）
8月26日（水）：NGS解析。基礎（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月27日（木）：NGS解析。ゲノムReseq、変異解析（アメリエフ 山口昌雄先生）
8月28日（金）：NGS解析。RNA-seq、統計解析（前半：アメリエフ 山口先生、後半：門田）

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14受講生の心構え


部分受講を認めているがゆえに…

なるべく受講生の要望に応えるよう努力はしていますが限界や弊害もいろいろとあるものです。
権利と義務、的な話です。

 7/23に、それ以降で使用予定のプログラムインストールなどを行います。また、それ以外でも例えば8/5後半の統計解析
部分は、7/29-30のRを受講したことを前提とした講義内容にする可能性があります。
 したがって、（なるべく主催側も善処はしますが）講習会後半のみの受講生は特に、「それ以前の講習内容を理解済みである」という前提で講義が進むという覚悟をしておいてください。いついつまでに講義資料をアップする的なことは確定的なことは何も言えません。
 全ての講義内容が固まってから「はい募集しますよ」的な悠長な分野ではありません。ググればいくらでもアップデート情報が見つかる分野です。講師が勘違いしていることや若干古い情報もあるでしょう。講師は神様ではありません。

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受講生の心構え


受講初日

冷房を効かせるのでカナリ寒いです！パーカー程度の比較的厚手の羽織るものを持ってきておいたほうがいいですよ。中列の両サイドあたりは寒いです。前方列中央あたりはそれほど寒くありません。

 座席を確保した上で、出席名簿に○を付け、スタッフから名札をもらってください。また、貸与PC希望の方はその旨お伝えください。
 ずっと同じ席に座りたい場合は、帰る前に名札を机の上に置いておきましょう。
座席は基本自由 好きなところに座ってください。昨年度の下記講習会写真と同じような感じになると思います。

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足を引っかけたり引っかけられたりすることがあります。充分注意しましょう。充電は講義中のみにして休み時間になったら抜いておくというのがいいかもしれません。主催機関・共催機関はこのあたりのトラブルには関与しません。
 PCや携帯・スマホの充電 机1つ分につき、ACタップを1つ配置する予定です。電源容量的な観点から、講習会時間の半分程度の時間を目安にランダムに充電してください。概ね4時間程度分は電源を指しておいて構いません。PC、携帯、スマホなど、全部込みです。つまり、PCのみの充電なら4時間程度使っていいですが、携帯やスマホなども充電したい場合はその分を差し引いて使ってください。

受講生の心構えJul 22- 2015, NGS講習会

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受講生の心構え


質問を切り分けよう 全体にとって有益だと思われる講師への質問（前向きで挙手）と、動作確認程度のTAへの質問（後ろ向きで挙手） 前向き挙手もためらわずに、マイクを使って大きな声で。スクリーン下部が見えづらいとか講師の声が小さいなどは遠慮なく突っ込んでください(笑)
 主催・共催側からのTAも複数います。遠慮なく手を挙げて有意義な時間を過ごそう。
PC関連
 仮想環境のフリーズや、正しいコマンドを打ち込んでもうまく動作しないなどの理不尽なことは数多く起こります。WinではうまくいくがMacではうまくいかない、Rのバージョンがちょっと古いだけでエラーが出るなどです。そんなものだということを実感し、どう対処するかを学ぶことも本講習会の目標の一つです。
 上記に関連して、講師の動作環境の結果が全てではありません。64bitマシンではうまくいくが32bitマシンではうまくいかないこともあるでしょう。講師側には全ての可能性を考慮して動作確認する義務はありません（っていうかそんなの無理です）。
 したがって、エラーなく動作したことを確認することはそれなりに重要ですが、エラーが起こったヒトのPC画面を見て何が起こっているかの経験値を積むことも非常に重要です。その場では解決できないかもしれませんが、エラーメッセージでググるなどして対処法を見つけたら門田にメールするか#AJACSでつぶやくなどして情報共有に努めてください。
 「PC貸与希望」していなくても、動作確認用にノートPCを貸し出します(講義室での利用のみ)
 貸与PCで勝手な設定変更禁止！Windows10へのアップグレード禁止！
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2015.07.14追加

受講生の心構え

PC関連（続き）
 無線LANはiu-net2, iu-net3, iu-net4のどれでも好きなものをどうぞ。ネットワークキーはスタッ

フに聞いてください。
 貸与PCは翌日も受講するヒトは、机の上に置いておいてかまいません。もう帰るヒトは後ろにいるスタッフにノートPCを返してください。
 貸与PCのログインパスワードは赤矢印部分のclientXXやiupcXXです。スペルミスに注意。

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2015.07.14追加

受講生の心構え

R関連（もちろん受講生のみ）
 貸与PCには、R ver. 3.1.2, 3.1.3, 3.2.0, 3.2.1あたりがインストールされています。
 3.2.0以降では動くが3.1.2では動かないものなど、いろんなものが存在します。
 貸与PCでインストールに失敗したパッケージなどもあるでしょう。そういう場合は、別のバージョンのものを起動して試すなどすれば、うまくいく場合があります。試してみてください。
 持込みPCでインストールにこけていたことが判明したパッケージもあるでしょう。そういう場合は、遠慮なく後ろ向きで手を挙げてアグリバイオPCを借りて動作確認しながら実習を継続してください。7/14現在で貸与希望者は36名ですが、7/22までのPC環境構築済みの貸与可能PCは66台です。多分足りるはずw
その他（全員）
 東大アグリバイオの無線LAN利用時は講習会に関係のないサイトへのアクセスは禁止！

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受講者アンケートへのご協力をお願いします！


本講習会お申込いただく際に、受講必須条件としてお願いしておりました「受講者アンケート」へのご協力を宜しくお願い致します。
この受講者アンケートは、講習会終了時の受講生の課題、講義内容に関する課題、講習会運営に対する改善点等を明らかにし、次回の講習会に活かすことを目的としたものです。
受講者の方々からいただく、本講習会に関する感想、ご要望、ご意見等は、今後のカリキュラムのブラッシュアップやNBDCが開催する講習会の運営に活用させていただきます。
ご協力のほど、何卒、宜しくお願い致します。

○アンケート回答期間
平成27年7月22日（水）～9月11日（金）○公開URL
https://form.jst.go.jp/s/enquetes/nbdc_h27ngshands-on_participants-questionnaire＊後日、メールにてご連絡いたします認証ID. およびPWを入力してご回答下さい。

○お問い合せ
この受講者アンケートに関するお問い合わせは、NGS@biosciencedbc.jpまでお願いします。

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