2020 年 12 月 26 日

借地権課税
～M&A・廃業等の事業を手放す場合の借地権課税について～（社長の土地の上に法人が建物を所有している場合）
税理士法人山田＆パートナーズ

税のシンクタンク事業部

天木雪絵～まえがき～
後継者不足やコロナ禍など、事業の売却や廃業を考える機会が今後増えることが予想される。統計（法人土地・建物基本調査 2013 年）では建物のみを有する法人は 20 万社以上となっているが、敷地となっている土地と上物である建物の所有者が異なっている場合には、借地関係が発生し、建物所有者に敷地を利用する権利が生じていると考えられるため、事業売却や廃業にあっては、借地権の取り扱いに注意する必要がある。
特に借地権の取引を税務上の適正時価から乖離した金額で行うと、時価との差額は、高額譲渡や低額譲渡として、根拠のない金銭等の授受があった、もしくはあるべき金銭等の授受がなかったと考えられ、寄附金課税や役員賞与認定、受贈益の計上等をうける可能性がある。適正な時価による取引を行っていれば本来避けられたであろう税金を負担することにつながりかねない。
このような税金を思いがけず負担してしまうことを避けるためには、税務上の借地権価額の状況を把握しておくことが必要である。

内容
Ⅰ．はじめに ........................................................................................................................................................ 2
Ⅱ．借地権とは何か ............................................................................................................................................. 2
Ⅲ．税務が考える借地権とは .............................................................................................................................. 3
Ⅳ．取引内容別にみる借地権価額の整理（個人地主と法人借地人を前提に） .................................................. 5
Ⅴ．M&A・廃業時に考えられる、借地権に関わる思わぬ課税 ......................................................................... 7（１）法人に寄せる（社長所有の底地を法人が購入する）ケース ................................................................ 8（２）個人に寄せる（法人所有の建物を社長個人が購入する）ケース......................................................... 9（３）第三者（買収者側等）に同時に売却するケース .................................................................................. 9Ⅵ．廃業時に借地権が消滅等していると考えらえる場合................................................................................. 10
Ⅶ．おわりに ...................................................................................................................................................... 11【凡例】

借地借家法：借地借家法（平成三年法律第九十号）
法基通：法人税基本通達（昭和 44 直審(法)25）

所基通：所得税基本通達（昭和 45 直審(所)30）1

Ⅰ．はじめに中小企業を中心に、後継者不足が広がる中、コロナ禍が加わり、事業の売却や再編、廃業などを考え始めている経営者も増えているのではないだろうか。事業を手放して第三者に引き継ぐにしろ、廃止するにしろ、その事業に関わる様々な権利関係が大きく変動することなる。特に、事業で使用している土地や建物といった不動産については、事業と一緒に第三者に売却することや、第三者へ賃貸を始めるなど、大きな変化を伴うことも多い。
大きな変化が生じるといっても土地も建物も同一の者によって所有されている場合は、単純な土地建物の一括譲渡となるなど、権利関係は明確となりやすい。建物とその敷地としての土地は不可分の関係にあるから、両者を一体として取り扱ったほうが権利の移転が行い易いからである。しかし、同族会社などは、役員所有の土地の上に法人所有の建物をもっているケースも多く、所有者が異なるケースも多く存在する。一見、単に個人所有の土地と、法人所有の建物が別個の不動産としてそれぞれ所有されているようにもみえるが、建物所有のための敷地の利用については建物所有者に「借地権」という権利が発生するため、課税関係が複雑になる傾向がある。
例えば、同族会社の建物の敷地として社長個人の土地を使わせる場合に、権利金や地代の授受を一切行わなくとも、税務上は社長の土地の価値の一部が借地権として同族会社に移転してしまうケースがある。目に見えない価値の移転であるため、当事者自身でさえ、借地権価値が法人に移転していることに自覚がない場合も多い。見た目の使用状況や、登記の状況、借地の契約書の内容を確認しただけでは把握できないため、その正しい把握には困難を伴う。
しかし、事業の売却や廃止を行うにあたり、税務上の借地権の価額を把握しないまま建物やその敷地の譲渡や返還を行うと、実際の取引価格と税務上の適正時価との差額が生じ、その差額が高額譲渡や低額譲渡になることで、思いがけずに課税をされる場合が生じうる。特に不動産取引は金額も大きくなる傾向があり、影響も大きい。本来避けられたであろう税負担を回避するためには借地権価額の発生状況を正しく把握したうえで、建物やその敷地の取引を行う必要がある。
ここでは、社長個人所有の土地上に同族会社が建物を所有している場合を想定し、事業の売却や廃止を行う際の借地権に対する課税の考え方とその注意すべきケースについて整理する。

Ⅱ．借地権とは何か
借地権とは、何か。ごく簡潔に表現するなら、自己の建物を建てるために、その敷地として他人の土地を借りる権利をいう。法律的には、借地借家法第 2 条において「建物の所有を目的とする地上権又は土地の賃借権をいう」と定められている。ポイントは 2 つで、①他人の土地の上に「自分の建物を所有」すること、②その敷地となる土地を「賃貸借」で借りていること、にある。一般には、この 2 つを満たすことで、借地人は借地借家法上の借地権をもつとして同法による保護がなされるようになることから、借地人は強い権利を持つことになる。つまり、他人の土地の上であっても、地主から出ていけといわれることなく、安心して自分の建物の敷地として使用することが可能となる。
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もともと土地に関する権利は、所有者である地主の権利のほうが強かったが、徐々に借地人側（借りた土地の上で建物を所有している者）の権利が法律上も強く保護されるようになり、建物が建っている限り正当な理由なく所有者が契約の更新を拒否できない状況になってくると、借地権に価値が出てくるようになった。特に土地の価値が高い地域を中心に、借地権設定の対価として権利金が支払われるようになり、財産的価値を有するものと認識されるようになった。

【図表１】一般的な借地契約

今日では、地価の高い都市部を中心に、一般的に借地契約を行うときには、「権利金」（都心部では更地価額の５～7 割程度）を支払ったうえで、底地の利用料として毎期地借地部分(更地価額×借地権割合)を権利金として授受

底地部分底地利用料として地代を授受代を払う、という形態がとられる。

Ⅲ．税務が考える借地権とは（１）税務上の借地権の考え方
税務上、権利金の授受の慣行がある地域においては、借地権は財産的価値があるものとして取り扱われる。借地権が設定されると、借地人にとっては「他人の土地に自分の建物を建てて敷地として利用することができる」という経済的利益を得ることになる。一方の地主にとっては、所有する土地の使用収益権が制限されることとなる。この地主の経済的価値が低下する分に対する対価の支払いが権利金であると考えることができる。そして、この借地権設定の対価として権利金を受領した場合には収入があったものとして課税される。
（２）権利金のやり取りがなくても価値移転を認識する税務上の借地権
特に地価の高い都心部においては借地権に対するニーズは高く、経済的価値の下落分への対価として権利金を受け取るという慣行が浸透するようになった。権利金の授受が一般的となる中で、課税の公平の見地からは、たとえ権利金の授受がなかったとしても、建物所有者へ時価による借地権の価値の移転があるものとして課税が行われるようになった（権利金の認定課税という。取引の当事者に法人が含まれる場合に適用され、個人間での無償取引では適用されない1）。
例えば、冒頭で触れたケースで、社長個人で所有する土地の上に、同族会社である法人が建物を建てた場合に、特に権利金等の授受もせず、単に建物の敷地として使わせていただけであっても、気が付かないうちに借地権相当の価値が借地人（法人）に移転することがあるというのは、この権利金の認定課税が行われるためである。また、同様のことは、社長個人で所有の建物を同族会社に譲渡した場合にもあてはまる。
（３）借地権の移転を認識しない方法を選択する場合
上記（２）でみたように、借地権の設定により他人の土地を自己所有の建物の敷地として利用することで経済的利益を得ることとなる以上、権利金や地代の支払いの有無にかかわらず、税務上は地主から借地人への借地権価値の移転があったと考えることは述べた。しかし、実際の問題として、同族会社とその社長とい1

個人間の場合、例えば親子間で親の土地の上に、子が居住用建物を建築するというような場合には、課税関係は生じないとされる。

3

うような利害の対立のない特殊な関係があるような場合に、権利金の授受を行わないで将来敷地を返還するという当事者の意図があるにもかかわらず、借地権を認識して課税を行うことは必ずしも実態に即した課税が行われているとはいいがたい。そこで、税務上は下記の①又は②の場合には、借地人への借地権価値の移転はないものとされた（権利金の認定課税は行われない）。
①権利金に代えて相当の地代が支払われているとき②土地の無償返還に関する届出を税務署に届け出ているとき①の「相当の地代が支払われているとき」とは、権利金を支払わない代わりに、すべてを地代で支払うという考え方である。通常の借地取引においては、更地価格の何割かを権利金（借地権）として一時に支払い、残る底地部分について地代を支払うということになる。しかし、同族会社と同族関係者の間で権利金のやり取りをしない、という場合には、更地価額の６％にあたる年間地代を支払うことで、権利金のやり取りがなくとも税務上の適正な時価による取引がなされたと考える。
ただし、相当の地代を据置方式（地代の額を借地権設定時における相当の地代額で据え置く方法）で支払っている場合には、その後地価が上昇し、年間地代が更地価額の６％に不足する部分が生じると、不足している部分について自然発生借地権が借地人に発生する。自分は相当の地代を払っているから借地権価額はゼロとなる、とは限らないことに注意が必要である2（図表２）。
【図表２】通常の地代と相当の地代

借地部分

借地部分
底地部分

【参考】通常の権利金に満たない権利金の支払いがある場合（＝少しは権利金を払う場合）

権利金の授受が一切ない場合

通常の場合

通常の地代
(相場)

更地価額×６％＝相当の地代底地部分

権利金の認定課税
実際地代

権利金支払

借地部分
底地部分

(更地価額－権利金価額)×６％＝相当の地代※※ 更地価額から、権利金相当を控除した残りの部分に年 6％の地代を支払うことでも「相当の地代」は満たしたものとされる。
もし、実際の支払地代が相当の地代の額に満たない場合には、不足分に対応する土地の価額について、権利金の認定課税がおきる。

②の「無償返還に関する届出」とは、将来借地を無償で返還することを当事者間で約し、地主と借地人が連名で届出をすることで、権利金の授受はしないという立場を予め税務署に明示しておく方法である。この届出書を税務署に提出することで、権利金の認定課税は見合わせとなる（地代の金額にかかわらず、借地権の価値移転は無いものとされる）。

2 自然発生借地権「相当の地代」には①据置型と②改訂型の 2 種類がある。①は借地権設定時の更地価額の６％で計算した当初の相当の地代をそのまま据え置く方法であり、②は土地の価額の値上がりに合わせて３年以内に一度、地代を見直していく方法である。①の据置方式によっている場合に土地の価額が上昇すると、6％に不足する地代が生じてしまうことから、この地代の不足分に相当する借地権価額が借地人に発生していると取り扱われる。気が付かないうちに借地人に借地権価額の移転が起こりうるため注意が必要である。

4

（４）税務上の借地権価額の把握の難しさ
このように、税務上の借地権価額を把握するには、単に他人の土地を建物敷地として利用しているかどうかを確認するだけでは足りず、①その地域に権利金の収受の取引慣行があるか、②実際の権利金の収受の状
況、③地代の支払状況、④税務上の届出の有無等、多くの項目を確認する必要がある。特に、建物を譲渡する、土地を譲渡する、という実物が存在する取引とは違い、借地権という目に見えない価値に資産性を認識するため、目に見える感覚とは異なる課税関係が発生している可能性があるところに借地権課税の難しさがある。
さらに、その借地権を地主に返還する場合や譲渡をする場合といった出口段階における課税関係は、借地権取引の入口段階からその後の契約状況を追いかけながら、借地人への借地権価値の移転がどれくらいとなっているか、把握する必要がある。

Ⅳ．取引内容別にみる借地権価額の整理（個人地主と法人借地人を前提に）～税務上の借地権価額は、法人借地人に発生しているのか～（１）税務における借地権価額と底地価額の関係
税務上、借地権価額と底地価額の関係は以下の式であらわされる。
更地価額＝借地権価額 ＋ 底地価額

税務上は、更地価額から借地権価額を差し引いたものを底地の価額と考えており、両者を足し合わせると更地の価額に一致する考え方をとっている。従って、借地人に生じた借地権価額を把握できれば、更地価額から借地権価額を控除した残額をもって地主の有する底地部分の価額も計算できる。もし、借地人に借地権が発生していなければ、土地の価値は丸々地主が有することになる。
（２）取引内容別の借地権価額
上記（１）のことを前提に、借地権価値がどういった場合に借地人に移転するのか、①権利金の授受の状
況、②地代の支払い状況、③届出の状況別に、主な発生パターンを整理すると下記のようになる（図表３）。

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【図表３】取引内容別にみた借地権価額・底地価額の整理（権利金の授受の取引慣行がある地域）

一第般三的者
な間
形で態行
わ
れる

A 賃貸借

利害
対立の生
じにく
い
同族
関係者との間で採用
されやす
い
形
態

B 賃貸借

①権
利金の授受

②
地代の支払

有

有

該通
当常の地代に該相
当当の地代に

●－

③
無る償
届返
出還に関す

法人借地人側

－

借地権価額

個人地主側

借地権価額と底地価額の帰属状況

底地価額

通常の場合
(通常の権利金個人
地主＋通常の地代)有有－●－支払権利金分

更地価額－相当の地代を満たすの借地権価額

借地権価額(権利金:時価に満たなありい支払有)

C 賃貸借

無有

●

－

ゼロ

(権利金:一切支払無)

無有－－有

ゼロ

個
人
地
主

借権
地利権金
価支
払
権利金支払分 額 分
ありのみ
底地部分

個
人
地
主

借地
権
し価
額
は
無個
人
地
主

無無－

－－

借地権価額

底地部分

更地

届出有り

E 使用貸借底地部分

更地

相当の地代を満たす

D 賃貸借

借地権

底地部分

個
人
地
主

無無－

－

有

届出有り

ゼロ

借地
権
し価額
は
無

底地価額

何もせず

F 使用貸借

法
人
借地
人

借地権
底地部分

更地
個
人
地
主

底地部分

法
人
借地人

借地権
し価額
は無（２）借地権の返還（消滅）時の税務上の取り扱い
借地契約は、お互いの合意によって終了することができる。借地契約の終了、つまり地主に敷地を返還することにより借地権は消滅することになるが、敷地を返還するということは、経済的には、借地人はその敷地の利用権を失うことになり、一方、地主はそれまで他人に加えられていた制限がなくなり 100％自由に利用できる価値を取り戻すことになる。この借地権分の経済的価値の移転に注目して、返還時も税務上の課税関係が生じる。

6通常、借地権の返還が行われる場合には、借地権に相応する立退料を地主から受けとる。税務上の処理としては、立退料を法人借地人が受け取ったときには益金として課税され、支払った地主側では、土地の取得費として取り扱われる。
もし借地権の価額に相当する立退料等を授受する取引上の慣行があるにもかかわらず、借地権を地主に“無償”で返還するならば、それは地主に対する贈与が行われたと考える（同族会社が社長個人に無償返還をした場合には役員賞与となる）。
ただし、無償返還が次のような理由によるものであるときは、そもそも借地人は借地権価額を有しておらず、地主への贈与は生じないと考える。
①無償返還に関する届出が提出されていること（上記(1)の D・F のケース）。
②土地の使用の目的が、物品置場、駐車場等一時的な使用であること。
③借地上の建物の著しい老朽化等により、借地権が消滅し又は存続は困難と認められる事情が生じたこと。
④相当の地代により賃借していること3（上記(1)の B・C のケース）

Ⅴ．M&A・廃業時に考えられる、借地権に関わる思わぬ課税～権利金や地代のやり取りがないために借地権の発生を認識していないケース～
借地の設定が血縁関係などのない全くの第三者との間で行われる場合には、通常の形式（最初に通常の権利金を支払い、通常の地代を払い続ける形式）で行われることがほとんどであろうが、同族会社とその同族関係者の間で借地の設定が行われる場合には、年に更地価額の６％の地代を支払うという「相当の地代方式」や、無償で敷地を返すという約束に基づいて「無償返還の届出を税務署に提出」するという方法で、多額となりやすい権利金の授受を回避することを可能にする特殊な借地契約が行われることが多い。これらは、利害対立のない同族関係者間で行われるからこそ成立する特殊な借地契約であるため、第三者に事業譲渡を行う場合や株式売却を行うにあたっては、これまでの特殊な借地契約を解消し、土地建物を同一人が所有する状態にもっていくことを考える必要がある。
借りた土地の上にある建物を売却する場合には、敷地の利用権である借地権も当然建物に付随して売却することになる。同族会社とその同族関係者の中で、借地権上の建物も底地部分もすべて有している場合は問題ない。しかし、このどちらかだけを第三者に売却してしまうとそれぞれの価値は低くなってしまう。他人が使用する建物がある土地の底地部分だけを欲しいと思う者は少ないし、逆に所有権に欠ける借地権とその上にある建物に高い価値を見出して購入する者は多くはないだろう。
そこで、権利関係の複雑化を防ぎ、土地の価値を下落させないようにするため、その同族会社の事業譲渡や株式売却を考えるときは、土地と建物が同一の所有者のものとなるよう、土地建物を社長や同族会社に寄せることが行われる。つまり、事業譲渡時または株式売却時に、法人が底地部分を購入して完全な土地を有3相当の地代を支払っていても、設定時に支払った権利金の額がある場合や自然発生借地権の額が生じている場合には、その部分は除く。

7する状態にしてしまうか、建物を社長個人に売却し、土地建物を個人所有のものとしてから（建物を賃貸する等して不動産を手元に残す形で）事業を手放すようにするのである。
しかし、こうした取引を行うにあたって、借地権に関する課税関係を正しく把握していないために、想定していない課税が起こるケースがある。
土地の価値が、地主の底地価額と借地人の借地権価額にどれくらいのバランスで帰属しているか把握し、それぞれの価額に応じた取引金額をもって借地権の取引（返還等）を行わないと、税務上の適正な時価による取引とはみられず、思わぬ課税を受けることになる。例えば、借地人が建物を持っているだけで、借地権を有していないものと思い込んで返還時に地主から立退料を受けとらないような場合や、地主が底地部分の価額しか有していないのに、これを更地価額で法人に譲渡をするような場合が起こりうる。この実際の取引金額と税務上の適正時価に乖離が生じた部分について、本来受け取るべき金銭の授受がなかったとして、又は根拠のない金銭の授受があったとして、受贈益課税や寄附金課税・役員賞与課税の問題を生じさせてしまう。
ここでは、こうした時価と乖離した取引を行うことで、想定していない課税が発生しやすいいくつかのパターンを取り上げる。
（１）法人に寄せる（社長所有の底地を法人が購入する）ケース
これは、社長個人の土地を法人建物の敷地として無償で使用させている場合（届出なし）に、土地はすべて社長個人のものと思い込んで 100％の更地評価で法人に譲渡したら、既に法人に借地権価額の移転が生じていたため、社長個人にとっては底地の高額譲渡になってしまい、税負担が発生するケースである。
（高額譲渡）①借地権設定時（例：社長個人の土地の上に、同族会社が建物を建てた）【例】更地の時価 5 億、借地権割合 60%。
金銭等の授受はない。無償返還に関する届出も未提出。
a) （社長個人の処理）特に課税なし（所基通 59-5）b) （同族会社の処理）借地権 3 億円 ／受贈益 3 億円
※ 権利金の認定課税（税務上、借地権価値 5 億×60％=3 億が法人に移ったと認識される。
）により、借地人は借地権価値を有することになる。
②底地譲渡時（例：社長所有の土地を同族会社に売却）【例】更地の時価 10 億、借地権割合 60％
同族会社は 10 億円を支払って、社長から土地を購入。
a) （社長個人の処理）譲渡所得の収入 4 億円が発生
賞与の受け取りとして給与収入 6 億円が発生b) （同族会社の処理）土地 4 億円／現金 10 億円
賞与 6 億円／※ 個人地主は、4 億円の底地を 10 億円という高額で売却した。

8借地権個人
地主底地部分借地権割合相当が、借地人に借地権(税金上の資産)として発生する。返還譲渡時には借地権価額が発生していることを前提に適正時価が決まる。

法人
借地人

このケースでは、社長は底地部分の価値しか有していないにも関わらず、更地としての取引価格により同族会社に売却したため、底地の時価(4 億円)を超える金銭の授受については、役員賞与が発生(6 億円)したものとして取り扱われる。本来 4 億円の譲渡取引で足りたところ、法人では 6 億円の損金算入にはならない支出が生じ、個人では譲渡所得ではなく給与所得が発生することとなった。
（２）個人に寄せる（法人所有の建物を社長個人が購入する）ケース
法人の建物を社長個人に売却して、土地も建物も社長個人のものにする場合に、建物のみを社長に売却したつもりだったが、既に法人に生じていた借地権について（両者は不可分であるため）、無償で社長個人に移転したものとして考えられてしまい、借地権の低額譲渡として課税が発生するケースである（低額譲渡）。

①借地権設定時（例：社長個人の土地の上に、同族会社が建物を建てた）【例】更地の時価 5 億、借地権割合 60%。

借地権

金銭等の授受はない。無償返還に関する届出も未提出。
a) （社長個人の処理）特に課税なし（所基通 59-5）b) （同族会社の処理）借地権 3 億円 ／受贈益 3 億円
※ 権利金の認定課税（税務上、借地権価値 5 億×60％=3 億が法人に移ったと認識される。
）により、借地人は借地権価値を有することになる。
②建物譲渡時（例：法人所有の建物を社長個人に売却）【例】更地の時価 10 億、借地権割合 60％、建物時価（簿価と同額）0.5 億

個
人
地主

底地部分
借地権割合相当が、借地人に借地権(税金上の資産)として発生する。返還譲渡時には借地権価額が発生していることを前提に適正時価が決まる。

社長は 0.5 億円を支払って、法人から建物を購入（土地代の支払なし）。
a) （社長個人の処理） 建物 0.5 億円取得
賞与の受け取りとして給与収入 6 億円が発生b) （同族会社の処理） 現金 0.5 億円／建物0.5 億円

賞与 6 億円／借地権 3 億円／雑収入 3 億円
※ 同族会社は、立退料時価 6 億円の借地権を、無償で地主に返還した。

このケースでは、法人建物を社長個人に売却する時点で、借地権を無償で社長に譲渡したことになるた
め、法人では借地権の時価相当額(6 億円)の借地権譲渡益として益金が生じると同時に、役員賞与が認識されて損金不算入とされ、個人では給与収入が認識される。
（３）第三者（買収者側等）に同時に売却するケース（法人所有の建物と社長個人の敷地を第三者に集約する）～同族会社の法人格を手元に残して、売却する事業に関連する土地建物を引継会社に譲渡～
法人の建物と社長の土地を両者が協力して、第三者へ売却するような場合である。同族会社内に売却事業とは関係ない賃貸不動産を持っているような場合に、同族会社の法人格を手許に残したまま、対象事業の譲渡とそれにかかわる土地建物を譲渡するというケースが考えられる。

9法人
借地人

このとき、社長個人は、個人所有の土地を無償で同族会社の建物の敷地として提供しており、あくまでも個人で所有している土地だと思っていたところ、法人借地人への借地権価値の移転が発生していたため、土地の売却収入額のうち、借地権相当分は法人が受け取るべき収入として益金の算入対象となる。
以下は、同族会社が社長へ相当の地代を支払っているため、同族会社に借地権はないと考えて土地の売却収入をすべて社長個人で受領したが、相当の地代の不足額につき同族会社に自然発生借地権が生じていたた
め、土地の売却収入を同族会社と社長の間で配分しなければならなかったケースである。
①借地権設定時（例：社長個人の土地の上に、同族会社が建物を建てた）【例】更地の時価 5 億、借地権割合 60%。
相当の地代を毎年支払う（据置方式）。
無償返還に関する届出は未提出。
a) （社長個人の処理）特に課税なし（所基通 59-5）b) （同族会社の処理）特になし※ 相当の地代のため、借地権設定時の借地権の移転はない。
②建物譲渡時（例：法人所有の建物と個人所有の敷地を第三者に売却）

法人
借地人
個人
地主

自然発生借地権
底地部分
相当の地代でも据置型では自然発生借地権が、発生する可能性がある。

借地人と地主が協
力して売却

引継会
社
（事業買収者等）【例】更地の時価 10 億、借地権割合 60％
法人借地人に自然発生借地権 1 億（簿価ゼロ）が発生している
建物時価（簿価と同額）0.5 億
法人は建物を 0.5 億で第三者に売却、同時に社長個人は土地を 10 億で第三者に売却。
a) （社長個人の処理）土地の売却収入 10 億円受領・底地の譲渡収入 9 億円が発生
・役員賞与として給与収入 1 億円が発生b) （同族会社の処理）現金 0.5 億円／建物 0.5 億円
賞与

1 億円／雑収入 1 億円

※ 同族会社は、自然発生借地権の譲渡により得た１億円分の譲渡対価を、社長へ贈与した。
このケースでは、法人に自然発生借地権(1 億円)が生じているにもかかわらず気付かずに、社長個人が底地部分(9 億円)を更地(10 億円)として売却したため、社長個人で貰い過ぎとなった 1 億円につき、法人では売却益として益金が生じると同時に、役員賞与が認識されて損金不算入とされ、個人では給与収入(1 億円)が認識される。

Ⅵ．廃業時に借地権が消滅等していると考えらえる場合
事業譲渡や株式の売却もせず、廃業（法人を清算）するという場合には、法人所有の建物を社長個人に返還（売却）することとなる。この場合に、法人に税務上の借地権が発生していなければ、建物だけを社長個人へ売却することで法人を畳むことができる。しかし、法人に発生している場合には、これを踏まえた取引10

価額を設定しなければ、思わぬ課税が生じることは既に、上記（２）個人に寄せるケースとして確認した通りである。
ただし、税務上の借地権が同族会社に発生していた場合でも、社長が敷地の返還を受けるにあたり、次のような状況に陥っている場合には、借地権がその価値を失っていると考えられるため、無償で借地の返還を受けても課税は生じないものとされる。
【借地権が消滅等して借地権に価値がなくなっていると考えられる場合】
借地上の建物が著しく老朽化したことその他これに類する事由により、借地権が消滅し、又はこれを存続させることが困難であると認められる事情が生じたこと（法基通 13-1-14(3)）
具体的には、①経済環境の変化等により従前の借地上の建物をそのまま利用することが経済的に困難となり、②仮に他に転用するとすれば、相当の改造、改修その他の資本的支出をしなければならない状況において③このような再投資をしても、さらに営業を継続することについて採算の見通しが全く起たないこと等の状況4において、やむを得ず借地契約を解除するといった場合が該当すると考えられる。
法人から建物を買い取った後も、引き続き事業買収者へ賃貸を続けるような場合には、上記借地上の建物が著しく老朽化している等の状況にあるとは考え難いため、借地権が存在することを前提として取引価額を設定する必要である点に注意が必要である。

Ⅶ．おわりに事業の売却や廃業などで不動産を手放すにあたり、借地権や底地を譲渡すれば、それによって得た立退料や譲渡収入は当然受け取った者の収入として課税所得の計算の対象となる。
問題は、その立退料や譲渡収入の価格が「税務上の時価」から乖離した場合に、乖離した部分について思わぬ課税が生じることがある点である。
例えば法人が「税務上で把握される借地権の時価」よりも低い金額で譲渡する場合には、譲渡収入額は時価まで修正（加算）されると同時に、譲渡先が社長であれば時価との差額は社長への役員賞与（損金不算入）が、第三者であれば支払寄附金（一部損金不算入）が両建てされる。
この「税務上で把握される借地権の時価」は、借地人が有する借地権の価値がどれくらいなのかによって決まるが、この価値がどれくらいになっているかは「見た目」だけでは判断できない。例えば、貸借対照表の資産の部における「借地権」勘定の計上の有無や、借地の契約書などを確認しただけでは、判断できない。
権利金の授受の状況、地代の支払い状況、税務上の届出の状況などいくつかの項目を確認して初めて課税関係がはっきりする。

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法人税基本通達逐条解説 13－1－14（借地権の無償譲渡等）解説(5) 参照

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ここまでみてきたように、経済的価値の移転という実態に着目して課税が行われる前提としながらも、一定の届出をすれば課税を見合わせるなど、税務特有の修正が入ったことが借地権の課税関係を複雑にしている。これらを理解しないまま、事業売却時などに見た目の感覚で土地建物の取引価格を決定すると、税務上の適正時価から乖離して、本来であれば回避しえた課税を生じさせる結果になりかねない。
特に見た目と課税関係が異なりやすい注意すべきケースとしては、社長個人の土地を敷地にして法人が建物をたてている場合で、権利金や地代のやり取りをしてこなかった場合である。このケースでは、お金の動きがないにもかかわらず、気がついたら法人に借地権が発生していた、ということが生じうる。事業譲渡や株式の売却、廃業時など、事業を手放すタイミングが訪れた時点で、法人には借地権価額がないと思い込んだまま、建物やその敷地を、時価から乖離した高額、あるいは低額な取引価格を設定しかねない。
また、相当の地代として据置方式で地代を払い続けている場合にも注意が必要となる。地価の上昇により相当の地代に不足が生じて、法人借地人に自然発生借地権が生じている場合があるので、上記同様、借地権価額がないと思い込んだまま、時価から乖離した取引価格を設定しかねない。
従って、借地上の建物、底地となっている土地の譲渡にあたっては、税務上の借地権価額がどのように発生しているか十分に確認し、本来であれば回避できたであろう課税が生じないよう気を付ける必要がある。
また、事業の売却や廃業の時であるかどうかに限らず、事前に借地権価額の発生状況を把握し、意図していない借地権価額の発生が生じていないか、生じているとわかったとき（例えば無償返還をするつもりで土地を借りているのに、届出を提出していないがために借地権価値の移転が生じていたとわかったとき等）は、課税関係を見直しておくことも必要となるだろう。了12