税制適格ストックオプションに係る優遇措置の拡大
1. 改正のポイント（1）趣旨・背景
スタートアップ企業の資金面や人材面での課題を税制面から後押しすることを目的として、税制適格ストックオプションの利便性の向上や権利行使価額の上限額の引き上げなど要件の緩和が実施される。
（2）内容① 権利行使により交付される株式の保管委託要件の緩和
企業買収時において機動的に対応できるよう、証券会社等による管理に代えてスタートアップ企業自身による管理の方法が新設される。
② 1年あたりの権利行使価額の限度額の引上げ
スタートアップ企業の人材獲得力向上のため、 スタートアップ企業が付与するストックオプションの1年あたりの権利行使価額の上限を最大で改正前の3倍となる年間3,600万円へ引き上げを実施する。
③ 外部協力者に対しストックオプションを発行する際の要件の見直し
社外高度人材への付与要件を緩和、認定手続を軽減する等の拡充を行う。
④ 書面等の提出方法（3）適用時期未定

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（所得税：税制適格ストックオプション）

12. 改正の内容（1）税制適格ストックオプションの概要と今年度改正箇所
税制適格ストックオプションとは、以下の税制適格要件を満たすことで、ストックオプションの権利行使時における課税を株式売却時まで繰り延べることができる制度をいう。
（税制適格要件）
適格要件

項目

付与の対象

• 会社およびその子会社の取締役・執行役・使用人• 社外高度人材（一定の要件あり）

発行価格

無償発行

権利行使期間

付与決議日後2年を経過した日から10年を経過する日まで（※設立5年未満の非上場会社は15年を経過する日まで）

権利行使限度額

年間の合計額が1,200万円を超えないこと

権利行使価額ストックオプションに係る契約締結時の時価以上の金額とすること

譲渡制限

他者への譲渡が禁止されていること

保管委託

権利行使により取得する株式につき、証券会社等による保管がされること（税制適格ストックオプションの専用口座での管理）

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改正箇所
改正③：外部協力者に対しストックオプションを発行する際の要件の見直し

改正②：1年あたりの権利行使価額の限度額の引き上げ

改正①：保管委託要件の緩和（所得税：税制適格ストックオプション）

22. 改正の内容（2）税制適格要件の適否による課税の比較
税制適格要件の適否によって付与対象者に対する課税が異なる。
税制非適格ストックオプション

税制適格ストックオプション

株価

株価

300円

300円
譲渡所得課税
200円

200円

課税の繰延べ

譲渡所得課税

給与所得課税100円①付与時（課税なし）

••

•100円

行使価額
100円
②権利行使時時間

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①付与時（課税なし）③株式売却時

税制非適格ストックオプションは権利行使時と株式売却時の2回課税タイミングがある。
権利行使時は株式を取得したのみであり、担税力のない状況で給与所得として課税される。税率は累進税率が適用され、最大で55.945％が適用される。
株式売却時は売却時の株価と権利行使時の株価との差額（売却益）に対し譲渡所得として課税される。（一定税率 20.315%）

行使価額100円••②権利行使時時間③株式売却時税制適格ストックオプションは権利行使時に課税はされず株式売却時まで繰り延べられる。課税タイミングは１回のみ。
株式売却時は株式売却時の株価と権利行使価額との差額に対し譲渡所得として課税される。
（一定税率20.315%）（所得税：税制適格ストックオプション）

32. 改正の内容（3）内容①

権利行使により交付される株式の保管委託要件の緩和（イ） 内容税制適格ストックオプションの適格要件のひとつである保管委託要件について、企業買収時において機動的に対応できるよう、スタートアップ企業自身による管理の方法が新設される。
具体的には、下記の要件を満たす税制適格ストックオプションについて証券会社等への株式の保管委託が不要となる。
• 権利行使により交付される株式が譲渡制限株式であること• ストックオプションを発行した会社自身により当該株式の管理がされること
なお、この改正は非上場会社に限定されるものではないが、上場会社に特段のメリットはないことから、この優遇措置の適用を受けるのは非上場会社に限られると考えられる。

（出典 ： 経済産業省「令和6年度（2024年度）経済産業関係 税制改正について」）
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（所得税：税制適格ストックオプション）

42. 改正の内容（ロ） 実務のポイント（ⅰ）株式保管委託又は自社による管理の決定時期
保管委託要件は権利行使により交付する株式について管理することを要請しているものであるた
め、税制適格ストックオプションの付与時点において確定している必要はない。なお、付与時に会社と付与対象者との間で締結する割当契約において、権利行使により交付する株式について証券会社等への保管委託又は自社による管理をする旨を定めることが必要になると考えられる。
（ⅱ）自社管理が認められるのは「譲渡制限株式」に限られる
IPO準備会社の多くはIPO直前まで株式に譲渡制限が付されている（非公開会社である）ことが考えられるため、「出口」がM&Aになった場合においても権利行使により交付される株式は「譲渡制限株式」であることから自社管理の要件を満たすことができる。
なお、IPOを見据えて非公開会社から公開会社になった後、何らかの事情によりIPOが延期または中止となることもあり得る。その後、公開会社の状態で「出口」がM&Aとなった場合、権利行使により交付される株式は譲渡制限が付されていない株式、いわゆる「普通株式」であるため、自社管理の要件を満たさなくなることに注意が必要である。
（ⅱ）既発行の税制適格ストックオプションの取り扱い
既発行の税制適格ストックオプションについても、権利行使により交付される株式が「譲渡制限株式」であれば自社管理が認められるものと考えられる。なお、付与時における割当契約において、証券会社等に保管委託することを税制適格要件として定めていることから、特段の手続きなしに自社管理が認められるのか、別途自社管理をすることについて覚書等を締結する必要があるのか、今後公表される条文等を確認する必要がある。

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（所得税：税制適格ストックオプション）

52. 改正の内容②

1年あたりの権利行使価額の限度額の引上げ（イ） 内容
権利行使価額の限度額が1,200万円から以下のとおり引き上げられる。
改正前

改正後

設立5年未満1年あたりの権利行使価額

設立年数、上場・非上場を問わず、一律1,200万円

非上場上場後設立5年以上
5年未満
20年未満
上場後
5年以上
設立20年以上

非上場
2,400万円

上場2,400万円

3,600万円－－

3,600万円－

1,200万円

1,200万円

1,200万円（ロ） 実務への影響
1年あたりの権利行使価額の上限額の引上げにより、実務上以下の影響がある。
（ⅰ） 改正前より早期に権利行使可能
権利行使価額の上限額が引き上げられたことにより、1年あたりに行使できるストックオプションの数が増えるため早期に権利行使することが可能となる。
例） 3,600万円分のストックオプションが付与された場合
X1年

X2年

X3年

1,200万円

1,200万円（改正前）

制限期間（2年）

1,200万円（改正後）

制限期間（2年）

3,600万円⇒改正前はすべて権利行使するためには3年かかるところ1年で行使することができるようになる。
なお、改正後に付与される税制適格ストックオプションが対象であり、既発行の税制適格ストックオプショ
ンの権利行使価額の上限額が引き上げられる訳ではないので留意が必要である。
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（所得税：税制適格ストックオプション）

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2. 改正の内容(ⅱ) 一人あたりに付与できる税制適格ストックオプションの数が増加
権利行使価額の上限額が引き上げられたことにより、付与対象者一人あたりに付与できる税制適格ストックオプションの数（上限額）が増加する。
例） 付与対象者A氏の付与上限額
・設立10年目の非上場会社が権利行使期間を適格要件の最長（制限期間2年＋行使期間8年）とした税制適格ストックオプションを付与する場合
・現在、A氏は税制適格ストックオプションは保有していない

行使期間はX3年～X11年の9暦年
X1年

X2年

X3年

X4年

X5年

X6年

制限期間（2年間）
付与決議日
X1年6月30日

X7年

X8年

X9年

X10年

X12年

行使期間（8年間）

行使期間 初日
X3年7月1日（改正前） 1年あたり1,200万円 × 9暦年 ＝ 1億800万円（改正後） 1年あたり3,600万円 × 9暦年 ＝ 3億2,400万円

X11年

行使期間 末日X11年6月30日⇒改正前より2億1,600万円多く付与することが可能

なお、1年あたりの権利行使価額の限度額は付与対象者個人に対するものであるため、当該個人が既に付与されている税制適格ストックオプション（他の会社から付与されたものを含む）の権利行使価額総額も含めて考慮する必要がある。付与した時点で権利行使期間のいずれの年においても年間の権利行使価額の限度額内で権利行使することができない場合は、その個人に新たに付与されたストックオプション全体が非適格となるため注意が必要である。

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（所得税：税制適格ストックオプション）

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2. 改正の内容③

外部協力者に対しストックオプションを発行する際の要件の見直し
ストックオプション税制では・スタートアップ企業等が中小企業等経営強化法に規定する認定新規中小企業者等に該当し、・付与される者が同法に規定する社外高度人材に該当すること等を要件として、 外部協力者に対し税制適格ストックオプションを付与することが可能である。
今年度改正では、中小企業等経営強化法施行規則の改正を前提として、上記の要件が以下（イ）～（ハ）のとおり緩和される。
（イ）認定新規中小企業者等（ストックオプション発行会社）の要件緩和
ハンズオン支援を行うベンチャーキャピタル等から最初に出資を受ける時点における発行会社の資本金の額及び従業員数の要件が廃止される。

（改正前）

（改正後）

①②③④

①
②③④

⑤

設立10年未満
資本金 10億円以下又は従業員数2,000人以下
非上場
ハンズオン支援を行う、ベンチャーキャピタル等から出資を受けていること
また、ベンチャーキャピタル等から出資を受けた時点において、資本金が5億円未満かつ従業員数が900人以下であったこと
大規模法人グループの所有に属さない等

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設立10年未満
資本金10億円以下又は従業員数2,000人以下
非上場
ハンズオン支援を行う、ベンチャーキャピタル等から出資を受けていること
また書き以降を廃止⑤大規模法人グループの所有に属さない等（所得税：税制適格ストックオプション）

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2. 改正の内容（ロ）社外高度人材要件の見直し• 社外高度人材に係る実務経験要件について以下のとおり見直しが行われる。
（改正前）

①②
③
④

弁護士・会計士等の国家資格を保有＋3年以上の実務経験
博士の学位を保有＋3年以上の実務経験
高度専門職の在留資格をもって在留＋3年以上の実務経験
上場企業で役員（取締役等）の経験が3年以上

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（改正後）

①
②
③
④

弁護士・会計士等の国家資格を保有（実務経験廃止）
博士の学位を保有（実務経験廃止）
高度専門職の在留資格をもって在留（実務経験廃止）
上場企業で役員（取締役等）の経験が1年以上（所得税：税制適格ストックオプション）

92. 改正の内容（ハ）社外高度人材範囲の見直し• 社外高度人材に係る対象範囲について以下のとおり見直しが行われる。
• 将来成長発展が期待される分野の先端的な人材育成事業に選定され従事していた者• 過去10年間に、製品又は役務の開発に2年以上従事し、かつ下記①～③のいずれかを満たす者① 上場企業の従業員で、開発した製品又は役務の売上高が、開発に従事していた期間内において、全事業の売上高の1％未満から1％以上まで増加② 上場企業以外の従業員で、製品または役務の開発に従事していた期間に、全事業の売上高が2倍以上に増加③ 上場企業以外の従業員又は外部協力者で、開発した製品又は役務の売上高が、開発に従事していた期間内において、2倍以上に増加
上記に加え、以下が新規に追加される。
• 教授及び准教授• 上場会社の重要な使用人として1年以上の実務経験ある者• 未上場企業で役員及び重要な使用人として1年以上の実務経験ある者• 過去10年間に、製品又は役務の開発、製品又は役務の販売活動若しくは資金調達活動に 2年以上従事した者であって、かつ下記①～③のいずれかを満たす者① 本邦の公私の機関の従業員として当該製品又は役務の開発に従事していた期間の開始時点に対し、終了時点における当該機関の全ての事業の試験研究費等が40％以上増加し、かつ、終了時点における当該機関の全ての事業の試験研究費等が2,500万円以上であること等の一定の要件を満たすもの② 本邦の公私の機関の従業員として当該製品又は役務の販売活動に従事していた期間の開始時点に対し、終了時点における当該機関の全ての事業の売上高が100％以上増加し、かつ、終了時点における当該機関の全ての事業の売上高が20億円以上であること等の一定の要件を満たすもの③ 本邦の公私の機関の従業員等として当該資金調達活動に従事していた期間の開始時点に対し、終了時点における当該機関の資本金等の額が100％以上増加し、かつ、終了時点における当該機関の資本金等の額が1,000万円以上であること等の一定の要件を満たすもの

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（所得税：税制適格ストックオプション）

102. 改正の内容④

書面等の提出方法（イ） 内容大口株主等に該当しなかったことを誓約する書面の提出に代えて、電磁的方法により当該書面に記載すべき事項を記録した電磁的記録を提供できるようにするなど、所要の措置が講じられる。
税制適格ストックオプションを権利行使をする際に、付与決議日の時点において大口株主及び大口株主の特別関係者に該当しなかったことを誓約する書面を会社に提出することが求められている。
これまでは書面による提出のみ認められていたが、当該書面の提出に変えて、電磁的記録を提出できるようにするなど、所要の措置が講じられる。
（ロ） 実務への影響
実務上、各金融機関が作成した当該誓約事項が記載された新株予約権行使請求書を使用するため、運用については各金融機関に確認する必要がある。

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（所得税：税制適格ストックオプション）

11＜参考＞税制適格ストックオプションの権利行使価額
１．非上場会社における税制適格ストックオプションの権利行使価額に採用する株式の評価方法の明確化•
税制適格ストックオプションの権利行使価額は「新株予約権に係る契約を締結した会社の株式の当該契約締結時における1株当たりの価額に相当する金額以上であること」が要件とされている。
•2023年（令和5年）7月7日国税庁公表の「ストックオプションに対する課税（Q＆A）」において、税制適格ストックオプションの権利行使価額について、未上場会社では財産評価基本通達の例（特例方式）を選択できる旨が明確化された。
なお、特例方式は、税制適格ストックオプションの権利行使価額に関する要件に係る付与契約時の株価の算定でしか選択することができない。
株式の価額区分原則方式
売買実例のある株式

売買実例価額類似会社の株式の価額

取引相場の無い株式売買実例の無い株式

特例方式

純資産価額等を参酌して算定した価額

選択可能
下記２.参照２．特例方式（財産評価基本通達の例による算定）
以下のいずれかの方式➀原則的評価方式（ストックオプションを付与される者が同族株主の場合）
・大会社：類似業種比準方式（純資産価額方式も可）・中会社：併用方式（純資産価額方式も可）・小会社：純資産価額方式（併用方式も可）②特例的評価方式（ストックオプションを付与される者が同族株主以外の者の場合）
・配当還元方式※①の原則的評価方式も選択可

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（所得税：税制適格ストックオプション）

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