業務改善助成金仕入税額控除マニュアル

厚生労働省賃金課

目次
１

なぜ仕入税額控除の報告が必要なのか ............................................................................................ 3２

具体的な報告について ..................................................................................................................... 5３

仕入控除税額に係る報告と計算方法 ................................................................................................ 8（１）共通事項 ................................................................................................................................... 8（２）免税事業者である場合（様式第１号６（２）アに○を付けた場合） ......................................... 9（３）課税事業者である場合 .............................................................................................................. 9ア

簡易課税事業者の場合 ............................................................................................................ 10イ

消費税法別表第３に掲げる法人の場合 ................................................................................... 11ウ

２割特例を利用する事業者の場合 .......................................................................................... 13エ

課税売上高が５億円以下かつ課税売上割合が 95％以上の場合 ............................................... 14オ

課税売上高が５億円超又は課税売上割合が 95％未満であって、一括比例配分方式により消費税の申告を行っている場合 ............................................................................................................ 17
カ

課税売上高が５億円超又は課税売上割合が 95％未満であって、個別対応方式により消費税の申告を行っている場合 ................................................................................................................ 20４返還が生じた場合のその後の手続きについて................................................................................ 23

１

なぜ仕入税額控除の報告が必要なのか
消費税は、生産、流通、販売などの各段階において、他の事業者や消費者に財貨、サービスの販売、提供などを行う事業者を納税義務者とし、その売上に対して課税され、最終的には消費者に転嫁される税金です。制度上、各取引段階で重ねて消費税が課されないように、事業者が納付する消費税額は、課税売上げ等に係る消費税額から課税仕入れ等に係る消費税額を控除した金額となります（仕入税額控除制度）。

補助金の充当を受けた経費の消費税については、控除対象仕入税額として控除できる一方で、補助金収入は非課税売上げとして計上されます。すると、補助事業に係る課税仕入れに対して支払った消費税額分だけ事業者の利益となり、補助金に組み込まれた消費税額が消費税負担の目的で使われないことになってしまいます。そこで、その部分を国に返還していただく必要があります。こうした返還が必要かどうかを確認するため、要綱第 15 条において仕入税額控除についての報告等を求めております。

（例）ある事業者が本体価格 200 万円（消費税額 20 万円）の機械を導入してある財貨・サービスを販売し、1,000 万円（消費税額 100 万円）の売上を得ました。この場合において、導入した機械の消費税額について、仕入税額控除制度を活用すると、税務署に申告する消費税額は、売上によって得られた 100 万円の消費税から仕入にかかった消費税額 20 万円を控除した 80 万円となります。言い換えると、仕入にかかった20 万円の消費税について、これを仕入税額控除制度によって控除することによって、（機械の販売元が納めるべき消費税として）機械の販売元に転嫁されます。

一方、このケースにおいて、導入した機械に消費税額込みの 220 万円が補助されていた場合、この 20 万円は機械の販売元に転嫁する（＝機械の販売元に納めていただく）ための消費税となるのですが、先ほどのとおり、仕入にかかった消費税 20 万円は仕入税額控除によって転嫁済みであるため、転嫁するための消費税を二重取りしている状態になっています。こういった場合は、これに相当する金額について、労働局に返還いただく必要があります。

（イメージ）

仕入

200 万円

消費税

20 万円

事業者

売上1,000 万円

消費税

100 万円

消費税を 100 万円ではなく 80 万円と申告したため、仕入にかかった消費税の 20 万円の支払を免除いただいたほか、補助金本体経費200 万円

消費税分20 万円を補助消費税で仕入にかかった消費税 20 万円分もいただいた状態です。

100 万円

消費税分（20 万円）を控労働局除に使ったので返還税務署（申告する消費税額）

消費税込みで補助金を申請いただいた場合で、かつ、その分を仕入税額控除に使われた場合は、返還をいただく必要があります。

100 万円－20 万円（仕入にかかった消費税）＝80 万円

このように仕入にかかった消費税を控除することを「（消費税の）仕入控除」と言います。

２

具体的な報告についてこの仕入税額控除の報告が必要な事業者は、申請時において、様式第１号６（１）イに○をつけた事業者となります。（様式第１号６（１）アに○をつけた場合は報告が不要です。）（１）申請書様式第１号６（１）アに○を付けた場合

この場合は、様式第 12 号消費税仕入控除税額に係る報告は不要となります。

（２）様式第１号６（１）イに○を付けた場合

この場合は、様式第 12 号消費税仕入控除税額に係る報告が必要です。

（参考）様式第１号６（１）ア又はイのどちらに○を付けるか不明な場合は、以下の簡単なフローチャートをもとに、ご自身の事業場がどの区分に該当するのかご確認いただき、交付申請書様式第１号に記載してください。なお、ご不明点がございましたら、消費税の確定申告を行った税務署等にご相談ください。

＜フローチャート＞※１

免税事業者とは以下の要件を満たす事業者のことを指します。

・新規に開業した事業者（資本金 1,000 万円以上の法人設立の場合を除く）および、開業 2 年目の事
業者

・前々年分（法人の場合、前々期）の課税売上高が 1,000 万円以下の事業者※２

簡易課税事業者とは以下の要件を満たす事業者のことを指します。

・基準期間（簡易課税制度の適用を受けようとする期間の 2 年前の期間）の課税売上高が 5,000 万以下の事業者

・「消費税簡易課税制度選択届出書」を事前に提出している事業者※３

その他、２割特例を利用する消費税の課税事業者であって、仕入税額控除の報告を希望する場合
は、様式第１号６（１）イに○、６（２）エに○を付けてください。

＜フローチャートのポイント＞①

助成対象経費に消費税を含めて申請いただく（様式第１号６（１）イに○を付けるパターン）ことができます。この場合は、仕入税額控除の報告（様式第 12 号）の提出が必須になります。

②

１の説明のとおり、仕入税額控除を受ける形で消費税を申告されている事業者は、後日、返還が生じることになります。この手間をなくすため、消費税を含めずに申請いただく（様式第１号６（１）アに○を付けるパターン）こともできます。この場合は、仕入税額控除の報告（様式第 12 号）の提出が不要になります。

３

仕入控除税額に係る報告と計算方法

申請時において、様式第１号６（１）イに○をつけた事業者（消費税を含めて助成金を受けた事業者）
は、消費税の申告により仕入税額控除が確定した場合、速やかに（遅くとも助成事業完了年度の翌々年度の６月 30 日までに）様式第 12 号による報告をいただく必要があります。消費税の申告をいただいた内容
ごとに、報告内容や必要となる資料を以下のとおりご案内します。

（１）共通事項
以下、（２）及び（３）のとおり、免税事業者か課税事業者かによって分けてご説明をしますが、いずれにも共通してご対応いただく必要書類についてご案内します。

（必要となる書類）①

様式第 12 号②

記載内容を確認するための書類①については、記１のところは、以下の記載方法のとおりご記入ください。記２のところと②については、事業者によって様々ございますので、以下（２）又は（３）の内容をご確認ください。

（様式第 12 号の記１の記入方法）

様式第９号別紙１「国庫補助金精算書」Ｌ欄に記載された金額を記入してください。

（２）免税事業者である場合（様式第１号６（２）アに○を付けた場合）
免税事業者である場合は、以下、①・②のとおりご対応ください。

①

様式第 12 号の記２には、０円とご記入ください。

②

添付書類は特段不要です。

（３）課税事業者である場合
課税事業者については、簡易課税方式や一括比例配分方式など、様々な申告の形態があることから、申告いただく方式ごとにご案内します。

ア

簡易課税事業者の場合

簡易課税方式で申告いただいた場合は、以下、①・②のとおりご対応ください。

①

様式第 12 号の記２には０円とご記入ください。

②

添付書類として簡易課税用の消費税確定申告書（第３－（３）様式）の写しをご提出ください。

（消費税確定申告書（第３－（３）様式）のチェックポイント）

簡 と書かれた簡易課税事業者用の○様式かどうか、ご確認ください。

期間内に助成対象経費の支払日が含まれているか、ご確認ください。

※ 例として個人事業者用の様式を示しております。法人の場合は法人用の様式をご用意ください。

イ

消費税法別表第３に掲げる法人の場合

消費税法別表第３に掲げる法人の場合は、特定収入割合のパーセンテージによって対応が異なります。

【特定収入割合が５％を超える場合】①

様式第 12 号の記２には０円とご記入ください。

②

添付書類として消費税確定申告書第３－（１）号様式の写し及び国税庁が提供する「特定収入に係る課税仕入れ等の税額の計算表（記入済みのもの）」の計算表１～３をご提出ください。

※ 「特定収入に係る課税仕入れ等の税額の計算表」のダウンロードは以下のサイトから可能です。
https://www.nta.go.jp/publication/pamph/shohi/shohizei.htm【特定収入割合が５％以下の場合】

課税売上割合によって対応が異なります。詳しくは以下、エ～カをご確認ください。

（消費税確定申告書（第３－（１）様式（又は第３－（３）様式））のチェックポイント）

第３－（１）号様式又は第３－（３）様式
であるか、ご確認ください。

２割特例の適用に○がついているかどうか、ご確認ください。

期間内に助成対象経費の支払日が含まれているか、ご確認ください。

※ 例として個人事業者用の様式を示しております。法人の場合は法人用の様式をご用意ください。

（特定収入に係る課税仕入れ等の税額の計算表のチェックポイント）
計算表１・２の該当部分の金額の転計算の結果、５％を超えてい記ミスがないか、ご確認ください。

るかご確認ください。（小数点第４位以下の端数を切り上げて、百分率で記入します。）

ウ

２割特例を利用する事業者の場合２割特例を利用してされた場合は、以下、①・②のとおりご対応ください。

①

様式第 12 号の記２には０円とご記入ください。

②

添付書類として消費税確定申告書（第３－（１）様式（又は第３－（３）様式））の写しをご提出く
ださい。

（消費税確定申告書（第３－（１）様式（又は第３－（３）様式））のチェックポイント）

第３－（１）号様式又は第３－（３）様式
であるか、ご確認ください。

２割特例の適用に○がついているかどうか、ご確認ください。

期間内に助成対象経費の支払日が含まれているか、ご確認ください。

※ 例として個人事業者用の様式を示しております。法人の場合は法人用の様式をご用意ください。

エ

課税売上高が５億円以下かつ課税売上割合が 95％以上の場合以下、①・②のとおりご対応ください。

①

様式第 12 号の記２には、本マニュアル添付の計算様式（全額控除シート）の３の返還額の金額をご記入ください。

②

添付書類として、・本マニュアル添付の計算様式（全額控除シート）

・消費税確定申告書（第３－（１）様式）の写し・課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表（付表２－３（又は付表２－１又は付表２－２））の写しをご提出ください。

（消費税確定申告書（第３－（１）様式）のチェックポイント）

第３－（１）号様式であるか、ご確認ください。

全額控除に○がついているか、ご確認ください。

期間内に助成対象経費の支払日が含まれているか、ご確認ください。

※ 例として個人事業者用の様式を示しております。法人の場合は法人用の様式をご用意ください。

（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表（付表２－３（又は付表２－１又は付表２－２））の写しのチェックポイント）⑱の「課税売上高が５億円以下、かつ、課税売上割合が 95％以上の場合」に金額が記載されているかご確認ください。

※ 付表２－１、２－２の場合であっても、同様に記載があるかどうかご確認ください。

オ

課税売上高が５億円超又は課税売上割合が 95％未満であって、一括比例配分方式により消費税の申告を行っている場合以下、①・②のとおりご対応ください。

①

様式第 12 号の記２には、本マニュアル添付の計算様式（一括比例配分方式シート）の３の返還額の金額をご記入ください。

②

添付書類として、・本マニュアル添付の計算様式（一括比例配分方式シート）

・消費税確定申告書（第３－（１）様式）の写し・課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表（付表２－３（又は付表２－１又は付表２－２））の写しをご提出ください。

（消費税確定申告書（第３－（１）様式）のチェックポイント）

第３－（１）号様式であるか、ご確認ください。

一括比例配分方式に○がついているか、ご確認ください。

期間内に助成対象経費の支払日が含まれているか、ご確認ください。

※ 例として個人事業者用の様式を示しております。法人の場合は法人用の様式をご用意ください。

（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表（付表２－３（又は付表２－１又は付表２－２））の写しのチェックポイント）

計算様式（一括比例）の２（１）A 欄の金額と一致しているかご確認ください。

計算様式（一括比例）の２（１）B 欄の金額と一致しているかご確認ください。

㉒の「一括比例配分方式により控除する課税仕入れ等の税額」に金額が記載されているかご確認ください。
※ 付表２－１、２－２の場合であっても、同様に記載があるかどうかご確認ください。

カ

課税売上高が５億円超又は課税売上割合が 95％未満であって、個別対応方式により消費税の申告を行っている場合以下、①・②のとおりご対応ください。

①

様式第 12 号の記２には、本マニュアル添付の計算様式（個別対応方式シート）の３の返還額の金額をご記入ください。

②

添付書類として、・本マニュアル添付の計算様式（個別対応方式シート）・消費税確定申告書（第３－（１）様式）の写し・課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表（付表２－３（又は付表２－１又は付表２－２））の写しをご提出ください。

（本マニュアル添付の計算様式（個別対応）チェックポイント）（２）対象経費の金額内訳
対象経費名助成金の総事業費の金額と一致しているかご確認ください。
課税仕入額（８％分）
課税売上対応分

共通対応分

課税仕入額（10％分）
非課税売上対応分課税売上対応分

共通対応分

非課税売上対応分

非課税仕入額
不課税仕入額

合計
00000

合計00000000

具体的な助成対象経費名（ＰＯＳレジ

それぞれの助成対象経費が税務上どのような処など）１つずつを記載してください。

理をしたか金額を記載してください。

（消費税確定申告書（第３－（１）様式）のチェックポイント）

第３－（１）号様式であるか、ご確認ください。

個別対応方式に○がついているか、ご確認ください。

期間内に助成対象経費の支払日が含まれているか、ご確認ください。

※ 例として個人事業者用の様式を示しております。法人の場合は法人用の様式をご用意ください。

（課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表（付表２－３（又は付表２－１又は付表２－２））のチェックポイント）

計算様式（個別対応）の２（１）A 欄の金額と一致しているかご確認ください。

計算様式（個別対応）の２（１）B 欄の金額と一致しているかご確認ください。

⑲～21 の個別対応方式のところに金額が記載されているかご確認ください。
※ 付表２－１、２－２の場合であっても、同様に記載があるかどうかご確認ください。

４

返還が生じた場合のその後の手続きについて３（３）のエ～カで返還額が生じた場合は、後日、労働局より納入告知書が送付されます。送付されましたら、金融機関等にて、指定の期日（納入告知書に記載があります）までに返還額をお支払いください。

（納入告知書（例））※ 実際のものと異なることがございます。