イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む）
1. 改正のポイント（1）趣旨・背景
・イノベーションボックス税制の創設
イノベーションの国際競争が進む中で、海外と比べて遜色ない税制面の環境整備を図ることにより、研究開発拠点としての立地競争力を向上し、知的財産の創出において、国内における民間の無形資産投資を後押しする観点から、新たにイノベーションボックス税制が創設される。
・研究開発税制の見直し
目的が一部重複する研究開発税制について、投資を増加させるインセンティブを強化するための見直しが行われる。
（2）内容・イノベーションボックス税制
特定特許権等の譲渡・貸付に係る所得のうち一定額を損金算入する。
・研究開発税制試験研究費の額から内国法人の国外事業所等を通じて行う事業に係る試験研究費の額が除外される。
試験研究費の額が減少した場合の税額控除率につき、段階的に引下げられるとともに、下限が撤廃される。
（3）適用時期・イノベーションボックス税制
2025（令和7）年4月1日から2032（令和14）年3月31日までの間に開始する各事業年度について適用される。
・研究開発税制試験研究費の額の範囲の見直し：大綱に記載なし。
控除率の撤廃・引下げ：2026（令和8）年4月1日以後開始する事業年度について適用される。

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（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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1. 改正のポイント（4）影響・対応策
・公的機関の承認等は不要であり適用のハードルは高くないため、積極的に本税制の活用を検討することが考えられる。
・3月決算法人が、適用初年度から本税制の適用を受けようとする場合に、経過措置の適用があるときは、2024（令和6）年3月期以降の研究開発費の額・適格研究開発費の額の把握が必要となるため、早期の対応が望ましい。
・特許権譲渡等取引ごとに所得の金額等を把握する必要があるため、本税制の適用を受ける予定がある場
合は、予め検討・対策しておくことが望ましい。
・関連者から特定特許権等を取得する場合やライセンスを受ける場合には、独立企業間価格の把握が必要となる。
・イノベーションボックス税制の適用に関して、更正期限を延長する特例等所要の措置が講じられる。
・海外での研究開発が多い場合、研究開発税制の適用上、税額控除額が大幅に減少する可能性がある。
（5）実務のポイント
・特定特許権等の具体的な範囲、特許権譲渡等取引に係る所得金額の算出方法、研究開発費の額を計算する上での「一定の調整」の内容を確認する必要がある。
・国内の関連者に対して特定特許権等の取得費やライセンス料を支払う場合に作成が求められる「所要の書類」について確認する必要がある。
・本税制の適用を受ける場合の更正期限の延長の期間、その他所要の措置の内容を確認する必要がある。
・「譲渡」に会社分割や事業譲渡が含まれるかなどの詳細情報が公表されるかどうか確認する必要がある。

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2. 趣旨・背景（１）2つのイノベーション促進税制
イノベーションは、技術・アイデアにより新しい価値（製品・サービス等）を創造し、社会・顧客への普及・浸透を通じて対価の獲得・社会課題解決に貢献する一連の活動である。イノベーション実現による市場創造・対価獲得の成果
が研究開発や経営資源の獲得・強化等への再投資に向かう「イノベーション循環」（図1）を機能させることで、持続的な経済成長と社会課題の解決が可能となる。
研究開発投資の「インプット」が十分に確保されることで新たに技術・アイデアを創出することにつながり、その社会実装への結果である「アウトプット」を獲得していき、その対価を研究開発等に再投資していくことを踏まえると、このインプットとアウトプットそれぞれの段階におけるインセンティブが重要である。
イノベーションを促進するインセンティブとしての税制は、①研究開発投資（インプット）に着目し研究開発の不確実性を軽減する「研究開発税制」と②研究開発を知財化し、その知財の社会実装により獲得した所得（アウトプット）に着目し得られた収益の再投資を促す「イノベーションボックス税制」が挙げられる（図2）。
図2 研究開発税制とイノベーションボックス税制の役割の違い

図1 イノベーション循環

出典：経済産業省「我が国の民間企業によるイノベーション投資の促進に関する研究中間とりまとめ」
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出典：経済産業省「我が国の民間企業によるイノベーション投資の促進に関する研究中間とりまとめ」（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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2. 趣旨・背景（２）イノベーションボックス税制の創設
企業活動のグローバル化に伴い、企業の研究開発拠点の立地選択の自由度や戦略性が高まり、企業行動として税制優遇措置をはじめとする制度環境が立地選択の意思決定に際して重要な要素になると考えられる。この点、欧州やアジアの各国では、研究開発税制に加え、イノベーションボックス税制の導入に広がりを見せているが（図3）、日本での税制上の優遇措置は研究開発税制にとどまっており、研究開発投資の伸び悩みや研究開発拠点の海外シフトの動きの顕在化が指摘されている。
利益の源泉であるイノベーションの国際競争が進む中、海外と比べて遜色ない税制面の環境整備を図ることにより、研究開発拠点としての立地競争力を強化し、民間による無形資産投資を後押しするとともに、日本企業の中核となる技術が海外に流出することを防ぐことを目的として、イノベーションボックス税制が創設される。
（図3）各国のイノベーションボックス税制の導入状況（※1）（括弧内は導入年数）

フランス（2001）、ベルギー（2007）、オランダ（2007）、中国（2008）、スイス（2011）、イギリス（2013）、韓国（※2）（2014）、アイルランド（2016）、インド（2017）、イスラエル（2017）、シンガポール（2018）、香港（2024目標）、オーストラリア（検討中）※1 米国には、無形資産由来の所得に係る制度として、FDII、GILTIが存在※2 韓国では中小企業を対象とした制度

出典：経済産業省「令和6年度（2024年度）経済産業関係税制改正について」を加工（３）研究開発税制の見直し
イノベーションボックス税制と一部目的が重複する研究開発税制について、投資を増加させるインセンティブをさらに強化するためのメリハリ付けが行われる。

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3. 内容（１）イノベーションボックス税制（概要）青色申告書を提出する法人が、特許権譲渡等取引（（４）参照）を行った場合には、制度対象所得と当期所得金額のいずれか少ない金額×30%を損金算入することができる。
1 制度対象所得

1 と ２ のいずれか少ない金額

×所得控除（損金算入）

30％

法人税率ベースで約７％相当の優遇

2 当期所得金額（２）制度対象所得の計算制度対象所得は、特許権譲渡等取引ごとに、対象となる知的財産から生じる一定の所得に、自己創出比率を乗じて計算した金額を合計した金額をいう。以下の算式は、特許権譲渡等取引ごとに計算することとされており、一括りに計算するわけではない（但し、経過措置あり）。
原則：特許権譲渡等取引ごとに計算↓（６）経過措置：一括して計算

出典：経済産業省「令和6年度（2024年度）経済産業関係税制改正について」（３）対象となる知的財産（特定特許権等）の範囲
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（４）対象となる所得の範囲（５）自己創出比率の算定（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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3. 内容（３）対象となる知的財産（=特定特許権等）の範囲
本税制の対象となる知的財産（これを「特定特許権等」という。）は、2024（令和6）年4月1日以後に取得又は製作をした①特許権及び②人工知能関連技術（AI）を活用したプログラムの著作権で一定のもの（※）である。
（※）税制改正大綱時点では、「一定のもの」の詳細は不明。

【参考：知的財産一覧】

一部

出典：経済産業省「我が国の民間企業によるイノベーション投資の促進に関する研究中間とりまとめ」

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3. 内容（４）対象となる所得の範囲対象となる所得は、特許権譲渡等取引に係る所得である。特許権譲渡等取引とは、特定の相手先に対する知財の譲渡又は貸付けのことをいう。特定の相手先とは、譲渡の場合は関連者を除く居住者・内国法人であり、貸付けの場合は関連者を除く他の者である。したがって、非居住者・外国法人への譲渡や子会社等への譲渡・貸付けは含まれない。
【特許権譲渡等取引】
取引相手先①特定特許権等の譲渡

居住者もしくは内国法人（関連者（※1）を除く）②特定特許権等の貸付け（※2）

他の者（関連者（※1）を除く）

特許権譲渡等取引(※1)移転価格税制における関連者と同様の基準により判定する。
(※2)貸付けには、特定特許権等に係る権利の設定その他他の者に特定特許権等を使用させる行為を含む。

対象知財を組み込んだ製品の売却益は、対象所得とされなかった。
【参考：所得の計算方法のイメージ】
計算イメージは下記の通りと考えられる（大綱上、所得金額の具体的な計算方法は示されていない。）。

譲渡適用年度の譲渡収入(海外への譲渡は対象外) - 対応する費用(IP簿価)

貸付(使用料)

適用年度のライセンス料収入 - 対応する費用(償却費等) - マーケティング相当の部分(あれば)

出典：経済産業省「我が国の民間企業によるイノベーション投資の促進に関する研究中間とりまとめ」を加工
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3. 内容（５）自己創出比率の計算方法
特許権譲渡等取引に係る所得のうち、主に国内で自ら行われた研究開発に対応する金額が、制度対象所得となる。国内で自ら行われた研究開発支出の比率を示す自己創出比率は下記の通り（②÷①）であり、特許権譲渡等取引ごとに比率を算出する必要がある。

自己創出比率 ＝②分母の金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額①当期及び前期以前 （※1） の研究開発費の額のうち、その特許権譲渡等取引に係る特定特許権等に直接関連する研究開発に係る金額の合計額※1 2025（令和7）年4月1日以後開始する事業年度に限る。

分母の研究開発費の額は、研究開発費等に係る会計基準における研究開発費の額に一定の調整を加えた金額をいう(自社が研究開発したかどうか、国外で行われた研究開発かどうか等を問わない。)。分子の適格研究開発費の額は、研究開発費の額のうち、特定特許権等の取得費及び支払ライセンス料、国外関連者に対する委託試験研究費並びに 国外事業所等を通じて行う事業に係る研究開発費の額以外のものをいう（自らが国内で行った研究開発支出及び第三者・国内関連者への外注費に限定)。
以上を整理すると次のようなイメージとなる。
【①分母：研究開発費の額】
・自らが行った研究開発費
・第三者への外注費
・関連者への外注費
・IP資産の取得費、支払ライセンス料
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【②分子：適格研究開発費の額】
・自らが国内で行った研究開発費
・第三者への外注費
・国内関連者への外注費（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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3. 内容（５）自己創出比率の計算方法【関連者から特定特許権等を取得する場合、又は、ライセンスの供与を受ける場合】法人が関連者に対して支払う特定特許権等の取得費又はライセンス料が独立企業間価格に満たない場合には、独立企業間価格によることとされる。この適用によって自己創出比率の分母の金額が上昇（比率自体は低下）すると考えられるため、所得控除額（損金算入する金額）が減少すると考えられる。
また、国内の関連者に対してこれらの費用を支払う場合には、所要の書類を作成し、税務当局からの求めがあった場合には遅滞なく提示・提出しなければならないこととされ、書類の提示・提出がない場合には税務署長は、推定課税を適用できるものとされる。

（６）経過措置
次の場合、制度対象所得につき、特許権譲渡等取引ごとに計算するのではなく、まとめて計算する（算式参照）。
したがって、自己創出比率も特許権譲渡等取引ごとに算出する必要がない。
・2027（令和9）年4月1日前に開始する事業年度、かつ、・当期に行った特許権譲渡等取引に係る特定特許権等のうちに2025（令和7）年4月1日以後最初に開始する事
業年度開始の日前に開始した研究開発に直接関連するものがある場合

当期の特許権譲渡等取引に係る所得の金額の合計額

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×②分母の金額に含まれる適格研究開発費の額の合計額①当期、前期及び前々期において生じた研究開発費の額の合計額（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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3. 内容（７）研究開発税制の見直し
インプットとしての研究開発税制について、以下の見直しがなされる。試験研究費が減少した会社に対しては税額控除率が引き下げられることで投資を増加させるインセンティブを強化するためのメリハリがつけられている。
• 試験研究費の額から、内国法人の国外事業所等を通じて行う事業に係る試験研究費の額を除外• 一般試験研究費の額に係る税額控除制度について2026（令和8年）4月1日以後開始する事業年度で増減試験研究費割合がゼロに満たない事業年度につき、段階的に税額控除率を引き下げるとともに、税額控除率の下限を撤廃①2026年（令和8年）4月1日～2029年（令和11年）3月31日までに開始する事業年度②2029年（令和11年）4月1日～2031年（令和13年）3月31日までに開始する事業年度③2031年（令和13年）4月1日以降に開始する事業年度
改正前
改正後
控除率(0%～14%)
控除率(1%～14%)
・増減試験研究費割合＞12%の場合(上限：14%)
・増減試験研究費割合＞12%の場合(上限：14%)
11.5% ＋ (増減試験研究費割合 － 12%) × 0.375 11.5% ＋ (増減試験研究費割合 － 12%) × 0.375
・増減試験研究費 12%の場合（下限：1%)・増減試験研究費割合≦12%、増減試験研究費割合≧0の場合
控 11.5% － (12％ − 増減試験研究費割合) × 0.25
11.5% － (12％ － 増減試験研究費割合) × 0.25
除・増減試験研究費割合＜0の場合率①8.5%+増減試験研究費割合×8.5/30※②8.5%+増減試験研究費割合×8.5/27.5③8.5%+増減試験研究費割合×8.5/25※上乗せ措置を除く。

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3. 内容（７）研究開発税制の見直し
控除率(上乗せ措置除く)
14%
段階的な見直し

11.5%
8.5%
改正前
改正後

1%0%

①▲30% ▲27.5% ▲25%②③

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0%

12%

約18%

増減試験研究費割合

出典：経済産業省「令和6年度（2024年度）経済産業関係税制改正について」を加工（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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4. 適用時期
・イノベーションボックス税制
2025（令和7）年4月1日から2032（令和14）年3月31日までの間に開始する各事業年度について適用される。
・研究開発税制試験研究費の額の範囲の縮小：大綱に記載なし
控除率の下限の撤廃・控除率の引下げ：2026（令和8）年4月1日以後開始する事業年度

5. 影響・対応策••

公的機関の承認、事前合意や事前確認が要件とはされていない点で本税制の適用のハードルは高くないため、対象所得があれば、積極的に本税制の活用を検討することが考えられる（但し、実務上の負担や更正期限の延長などの制度上のデメリットには留意が必要）。
3月決算法人が、適用初年度（2025（令和7）年4月1日開始事業年度）から本税制の適用を受けようとする場
合に、経過措置の適用を受けるときは、2024（令和6）年3月期以降の研究開発費の額・適格研究開発費の額の把握が必要となるため、早期の対応が望ましい。

適用初年度から適用する場合
2023年(令和5年)
4月1日

2025年(令和7年)
4月1日

2024年(令和6年)
4月1日
前々期

前期

当期発生した研究開発費・適格研究開発費の額の把握が必要

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5. 影響・対応策••••

特許権譲渡等取引ごとに所得の金額、直接関連する研究開発費の額、適格研究開発費の額を把握する必要があるため、本税制の適用を受ける予定がある場合は、予め検討・対策しておくことが望ましい。
関連者から特定特許権等を取得する場合やライセンスを受ける場合には、独立企業間価格の把握が必要となる。
イノベーションボックス税制の適用に関して、更正期限を延長する特例、同業者に対する質問検査権、書類の提示又は提出がない場合の推定課税その他所要の措置が講じられる。
海外での研究開発が多い場合、研究開発税制の適用上、税額控除額が大幅に減少する可能性があるため留意が必要である。

6. 実務のポイント•••••••

特定特許権等の「一定のもの」の内容（特定特許権等の具体的な範囲）を確認する必要がある。
特許権譲渡等取引に係る所得金額の算出方法の詳細を確認する必要がある。
研究開発費の額を計算する上での「一定の調整」の内容を確認する必要がある。
国内の関連者に対して特定特許権等の取得費やライセンス料を支払う場合に作成が求められる「所要の書類」について確認する必要がある。
イノベーションボックス税制の適用を受ける場合の更正期限の延長の期間、その他所要の措置の内容を確認する必要がある。
「譲渡」に会社分割や事業譲渡が含まれるか、含まれる場合にどう所得の金額を算出するかなどの詳細情報が公表されるかどうか確認する必要がある。
イノベーションボックス税制の対象範囲については、制度の執行状況や効果を十分に検証したうえで、国際ルールとの整合性、官民の事務負担の検証、立証責任の所在等諸外国との違いや体制面を含めた税務当局の執行可能性等の観点から、財源確保の状況も踏まえ、状況に応じ、見直しを検討するとしている。今後の改正の動向に注意が必要である。

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（法人税：イノベーションボックス税制の創設（研究開発税制の見直しを含む））

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