第2章プログラム(1/2)
2022/7/30
ページ
番号
プログラム名

利用パッケージ

27 2_2_1

RInputOutput.R

30 2_3_1_1

Rvector01.R

31 2_3_1_2

Rvector02.R

32 2_3_1_3

Rvector03.R

33 2_3_1_4

Rvevtor04.R

34 2_3_1_5

Rvector05.R

34 2_3_2_1

Rmatrix01.R

36 2_3_2_2

Rmatrix02.R

37 2_3_2_3

Rmatrix03.R

42 2_3_2_4

Rmatrix04.R

43 2_3_2_5

Rmatrix05.R

45 2_3_2_6

Rmatrix06.R

47 2_3_2_7

Rmatrix07.R

49 2_3_2_8

Rmatrix08.R

reshape52 2_3_2_9

Rmatrix09.R

reshape254 2_3_3_1

Rlist01.R

55 2_3_3_2

Rlist02.R

58 2_3_4_1

Rfunc01.R

59 2_3_4_2

Rfunc02a.R & Rfunc02b.R

入出力ファイル名(入力)DataBrandy.csv(出力)OutWritedf1.csv, OutWritedf2.csv, Outdfcsv1.csv

実行すると最後にエラーが表示されるが敢えてエラーが出るようにしているのでOK(入力)DataPolymerProperty.csv(出力)DataLong.csv, Datalong2.csv
実行すると途中でエラーが表示されるが敢えてエラーが出るようにしているのでOK(入力)DataBrandy.csv
途中で警告が表示されるがOK途中でエラーが表示されるがOK

第2章プログラム(2/2)
ページ番号
プログラム名

利用パッケージ

入出力ファイル名

61 2_3_5_1

Rapply01.R

63 2_3_5_2

Rapply02.R

64 2_3_5_3

Rtapply.R

67 2_3_5_4

Rlapply.R

69 2_3_5_5

Rmsapply.R

72 2_4_1_1

Rsimpleplot.R

74 2_4_2_1

Rboxplot.R

75 2_4_2_2

RDataProcessing01.R(入力)Caret_results_logAvPE.csv

78 2_4_2_3

RDataProcessing02.R(入力)Caret_results_logAvPE.csv

79 2_4_3_1

Rhist01.R

79 2_4_3_2

Rhist02.R

81 2_4_4_1

Rscatplot01.R

maptools

84 2_4_4_2

Rscatplot02.R

maptools(入力)CropCorrel.csv, RegCorrel90.csv(出力)Both.pdf(入力)PreTimePerformance.csv(出力)PreTime2.pdf(入力)Caret_results_logAvPEClass.csv(出力)PlotClass.pdf

第3章プログラム(1/1)
ページ
番号プログラム名
94 3_2_1A

Rdice01.R

95 3_2_1B

Rdice02.R

96 3_2_2

Rdice03.R

97 3_2_3

Rbinom01.R

99 3_2_4

Rbinom02.R

101 3_2_5

Rbinom03.R

102 3_2_6

Rbinom04.R

104 3_3_1

Rhypergeo01.R

105 3_3_2

Rhypergeo02.R

108 3_3_3A

RFisherExact01.R

108 3_3_3B

RFisherExact02.R

110 3_4_1

RPoisson01.R

利用パッケージ

入出力ファイル名

第4章プログラム(1/1)
ページ
番号プログラム名114 4_2_1

Rpolynom.R

115 4_2_2

Rnorm_dist01.R

115 4_2_3

Rnorm_dist02.R

116 4_2_4

Rnorm_dist03.R

117 4_2_5

Rnorm_dist04.R

118 4_2_6

Rnorm_dist05.R

120 4_3_1

Rchisq_dist01.R

121 4_3_2

Rchisq_dist02.R

123 4_4_1

Rt_dist01.R

124 4_4_2

Rt_dist02.R

127 4_5_1

Rt_dist03.R

132 4.6.3

RWilcoxon01.R

135 4_6_4A

RWilcoxon02.R

135 4_6_4B

RWilcoxon03.R

138 4_7_1

Rindepend01.R

140 4_7_2

Rindepend02.R

利用パッケージ

入出力ファイル名

第5章プログラム(1/1)
ページ
番号プログラム名150 5_2_1

Rcorrelation01.R

153 5_2_2

Rcorrelation02.R

利用パッケージ

入出力ファイル名

scatterplot3D(入力)DataBloodType.csv(入力)DataBloodType.csv

PerformanceAnalytics
155 5_2_3

Rcorrelation03.R

161 5_3_1_1

RPCA01.R

168 5_3_2_1

RMDS01.R(入力)DataBrandy.csv"

170 5_3_2_2

RMDS02.R(入力)DataBrandy.csv"

173 5_3_3_1

RSOM01.R

180 5_4_1_1

RclusterHierarch01.R

182 5_4_1_2

RclusterHierarch02.R

184 5_4_1_3

RclusterHierarch03.R& heatmap_sub.R
RClusteGapKmeans01.R

189 5_4_2_1

maptools

som(入力)Datalong.csv(出力)DataCorrelRank.csv(入力)DataBrandy.csv(入力)DataBrandy.csv"(入力)DataBrandy.csv"
cluster(入力)DataBrandy.csv"(出力)DataKmeans.csv

第6章プログラム(1/1)
ページ
番号プログラム名

利用パッケージ

入出力ファイル名

198 6_2_1

RMultipleRegression01.R(入力)DataLondonOlympicDecathlon.csv

204 6_2_2

RMultipleRegression02.R(入力)DataLondonOlympicDecathlon.csv

205 6_2_3

RMultipleRegression03.R(入力)DataLondonOlympicDecathlon.csv

207 6_2_4

RMultipleRegression04.R

209 6_2_5

RMultipleRegression05.R(入力)DataLondonOlympicDecathlon.csv& DataLondonOlympicDecathron2.csv(入力)DataAgonist.csv

213 6_3_1

RPLS01.R

pls(入力)DataAgonist.csv

225 6_4_1

RRidge01.R

MASS(入力)DataAgonist.csv

229 6_4_2

RLasso01.R

glmnet(入力)DataAgonist.csv

第7章プログラム(1/1)
ページ番号
プログラム名

利用パッケージ

241 7_2_1

RIrisPCA01.R

248 7_3_1

RML_LDA01.R

e1071 & caret

255 7_3_2

RML_QDA01.R

e1071 & caret

257 7_4_1

RML_KNN01.R

e1071 & caret

261 7_5_1

RML_NBA01.R

e1071 & caret

264 7_5_2

RML_NBA02.R

e1071 & caret

269 7_6_1

RML_DTR01.R

272 7_7_1

RML_NNW01.R

279 7_8_1

RML_KSV01.R

e1071 & caret& NeuralNetTools
e1071 & caret

282 7_9_1

RMF01.R

e1071 & caret

285 7_10_1

RML_ALL.R

入出力ファイル名(入力)irisAll.csv(出力)PCABrandy1plot.pdf → pdf関数が実行される場合(入力)irisAll.csv(出力)PredLDA.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredQDA.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredKNN.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredNBA.csv"(入力)irisAll.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredDTR.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredNNW.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredKSV.csv(入力)irisAll.csv(出力)PredRMF.csv(入力)7_3_1から7_9_1までの8本のプログラムの出力結果(csv)

第8章プログラム(1/1)
ページ番号
プログラム名

利用パッケージ

入出力ファイル名

293 8_3_1_1

RCDK01.R

rcdk

294 8_3_1_2

RCDK02.R

rcdk(入力)DataTableChemicalStructure.csv

297 8_3_2_1

RCDK03.R

rcdk(入力)DataChemicalMatrix.csv(出力)DataSmiles.csv

298 8_3_3

RCDK04.R

rcdk

300 8_3_4

RCDK05.R

rcdk

306 8_3_5

RCDK06.R

rck & fingerprint(入力)DataSmiles.csv

308 8_4_1

RChM01.R(入力)DataChemicalStructure.sdf(出力)DataChemicalStructureOut1.sdf, draw.pdf

310 8_4_2_1

RChM02.R

313 8_4_2_2

RChM03.R

315 8_4_2_3

RChM04.R

318 8_4_3

RChM05.R

323 8_4_4

RChm06.R

325 8_4_5_1

RChM07.R

327 8_4_5_2

RChM08.R

BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB
BiocManager& ChemmineR& ChemmineOB(入力)DataChemicalStructure.sdf(出力)DataTableChemicalStructure.csv(入力)DataTableChemicalStructure.csv(出力)DataKNApSAcK.sdf(入力)DataChemicalProperty.csv(出力)DataStructureProperty.sdf(入力)DataStructureProperty.sdf(入力)DataChemicalStructure.sdf(出力)MolPropData01.csv(入力)DataChemicalStructure.sdf(入力)DataChemicalStructure.sdf

第9章プログラム(1/1)
ページ番号
プログラム名

利用パッケージ

入出力ファイル名

333 9_3

RDL01.Rkeras

335 9_4A

RDL02.R

keras(入力)DatafingerprintSub.csv

337 9_4B

RDL03.R

keras(入力)DatafingerprintSub.csv

342 9_5RDL04v2.R

keras(入力)web経由でデータ取得

別サイトにあるコラム中のプログラム(1/1)
ページ番号
プログラム名
コラム4_1 C_1

Rnorm_dist6.R

コラム5_1 C_2

RFcurve01.R

利用パッケージ

入出力ファイル名

別サイトにある『プログラミング超入門』中のプログラム(1/1)
ページ番号
プログラム名
利用パッケージ
2_A_1

Rbasic1.R

2_A_2

Rbasic2.R

2_A_3

Rbasic3.R

2_A_4

Rbasic4.R

2_A_5

Rbasic5.R

2_A_6

Rbasic6.R

入出力ファイル名