試験結果報告書(ISO/IEC 17025 認定試験所同定試験)

XXXXX 御中登 録 番 号：
試 験 内 容：依頼者の所在地：
試 験 期 間：発行
日：

SIID00000
16S rDNA-500
XX 県 YY 市 ZZ 1234-56
202x 年 xx 月 xx 日～ 202x 年 xx 月 xx 日
202x 年 xx 月 xx 日

検体情報
検体名

SAMPLE

荷姿

試験所受領日＊平板培養物

202x 年 xx 月 xx 日

※試験所受領日とは、試験所が純粋培養された平板培養物を受領した日とし、単離や培養が必要な場合には、純化された平板培養物が得られた日です。

試験結果
BLAST 検索により最も高い相同性を示した基準株: 表 1, 表 2
登録名

株名Accession No.

相同率(%)

Staphylococcus epidermidis

ATCC 14990

D83363100

同定結果バイオセーフティーレベル

Staphylococcus epidermidis

レベル 1(日和見病原体)※本報告書に記載の試験結果は、お客様及び株式会社テクノスルガ・ラボ間で同意された純粋培養検体に適応されます。

本報告書の使用にあたっての確認事項
1. ISO/IEC 17025 に基づきペリージョンソンラボラトリーアクレディションインク (PJLA) により認定された試験所が発行した報告書です。
2. 研究発表 (論文投稿) や特許明細書への転用を除き、本報告書の一部または全部をそのままある
いは改変して第三者へ転用などされた場合には、株式会社テクノスルガ・ラボは一切の責任を負いかねます。
3. 当社受託サービス等は、試験・研究用途を目的として販売しております。当社受託サービス等を医療や臨床診断などの試験・研究目的以外へご使用される場合、これに起因する損失・損害等については、当社では一切の責任を負いかねます。

報告書作成者 報告責任者

作成者印

承認者印

株式会社テクノスルガ・ラボ 研究センター 技術部〒424-0065 静岡県静岡市清水区長崎 388 番地の 1
TEL：054-349-6211 FAX：054-349-6121
Email：tsl-contact@tecsrg.co.jp

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SIID00000-R0

目的
16S rDNA (16S rRNA 遺伝子) の塩基配列解析の結果から、検体の帰属分類群を推定します。

方法
試験方法は「第十八改正日本薬局方 1) 」及び「放線菌の分類と同定 2) 」の 16S rRNA 遺伝子の塩基配列決定法を参照しました。
・ DNA 抽出

アクロモペプチダーゼ (FUJIFILM Wako Pure Chemical, Japan)

・ PCR 増幅

PrimeSTAR HS DNA Polymerase (Takara Bio, Japan)・ サイクルシーケンス

BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit(Applied Biosystems, USA)・ 使用プライマー2)

PCR 増幅: 9F, 1406R
シーケンス: (約 500 bp): 9F, 536R・ シーケンス

ABI PRISM 3500xL Genetic Analyzer System(Applied Biosystems)

・ 塩基配列決定

ChromasPro 2.1 (Technelysium, AUS)・ BLAST 相同性検索 3)

解析ソフトウェア: ENKI v3.2 (TechnoSuruga Laboratory, Japan)
データベース
DB-BA17.0 (TechnoSuruga Laboratory)
国際塩基配列データベース (DDBJ/ENA/GenBank)
検索日: 202x 年 xx 月 xx 日

・ 簡易分子系統解析

系統樹の推定: 近隣結合法 4)
塩基置換モデル: Kimura-2-parameter5)
樹形の信頼性評価: ブートストラップ法 6)「1,000 反復」＊ 塩基配列は、シーケンサーからの生データ (エレクトロフェログラム) を当社試験員が目視により確認し、修正を行った後に決定しています。
＊ 会社名及び製品名は、一般に各社の日本及び各国での商標または登録商標です。

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SIID00000-R0結果表 1. SIID00000 の DB-BA に対する BLAST 検索結果
相同性スコアで上位 30 に検索された 16S rDNA 塩基配列データ
登録名
株名
Accession No.
相同率
Staphylococcus epidermidis
ATCC14990
D83363490/490 (100.0%)
Staphylococcus caprae
ATCC35538
AB009935
485/490 (99.0%)
Staphylococcus capitis subsp. urealyticus ATCC49326
AB009937
485/490 (99.0%)
Staphylococcus capitis subsp. capitis
JCM2420
AB626127
483/488 (99.0%)
Staphylococcus saccharolyticus
ATCC14953
L37602481/490 (98.2%)
Staphylococcus schweitzeri
FSA084
CCEL01000025 478/490 (97.6%)
Staphylococcus aureus
ATCC12600
X68417478/490 (97.6%)
Staphylococcus argenteus
MSHR1132
FR821777
478/490 (97.6%)
Staphylococcus simiae
CCM7213
AY727530
477/489 (97.5%)
Staphylococcus warneri
ATCC27836
L37603
476/488 (97.5%)
Staphylococcus devriesei
KS-SP_60
FJ389206
477/490 (97.3%)
Staphylococcus pragensis
CCM8529
KM873669
476/490 (97.1%)
Staphylococcus pasteuri
ATCC51129
AB009944
476/490 (97.1%)
Staphylococcus hominis subsp. hominis
DSM20328
X66101476/490 (97.1%)
Staphylococcus haemolyticus
ATCC29970
D83367476/490 (97.1%)
Staphylococcus caledonicus
CCUG74789
MT671558
476/490 (97.1%)
Staphylococcus petrasii subsp. petrasii
CCM8418
JX139845
475/489 (97.1%)
Staphylococcus croceilyticus
MCC10046
AY953148
475/490 (96.9%)
Staphylococcus borealis
51-48
MT586030
475/490 (96.9%)
Staphylococcus microti
CCM4903
EU888120474/489 (96.9%)
Staphylococcus rostri
ARI262
FM242137
474/490 (96.7%)
Staphylococcus lugdunensis
ATCC43809
AB009941
474/490 (96.7%)
Staphylococcus cohnii subsp. cohnii
ATCC29974
D83361
472/490 (96.3%)
Staphylococcus ureilyticus
ATCC49330
AB009936
471/490 (96.1%)
Staphylococcus saprophyticus
ATCC15305
AP008934
471/490 (96.1%)
subsp. saprophyticus
Staphylococcus pseudoxylosus
S04009MH643903
471/490 (96.1%)
Staphylococcus argensis
DSM29875
MF678862
469/488 (96.1%)
Staphylococcus piscifermentans
SK03
Y15754
470/490 (95.9%)
Staphylococcus pettenkoferi
B3117
AF322002
470/490 (95.9%)
Staphylococcus edaphicus
CCM8730
KY315825
470/490 (95.9%)BSL1*
1*1*1*1*2
1*1*

1*
1*

1*
1*1*

注 1) BSL (バイオセーフティレベル) はレベル 1* (日和見病原体) 以上を表記し、空欄はレベル 1 を意味します (参照 補足 6)。
注 2) 株名中の“_” (アンダ―バー) は、スペースを意味します。
注 3) 網掛けは、簡易分子系統解析に用いた塩基配列データを示します。

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SIID00000-R0表 2. SIID00000 の国際塩基配列データベースに対する BLAST 検索結果
相同性スコアで上位 30 に検索された 16S rDNA 塩基配列データ
登録名
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus sp.
Staphylococcus sp.
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis
Staphylococcus epidermidis

株名Accession No.
CEMTC_3589
MZ047209
CEMTC_3351
MZ040916
CEMTC_3331
MZ040909
CEMTC_3594
MZ027366
CEMTC_3803/3804 MZ027361
CEMTC_3602
MZ027360
CEMTC_3323
MZ027356
CEMTC_3472
MZ027353
B0021-03
MW866508
L0021-06
MW866498
HD21N4CP060157
FDAARGOS_1361
CP070057
FDAARGOS_1363
CP069951
FDAARGOS_1364
CP069954
SCF93
MW595969
FDAARGOS_1243
CP069473
HD104-2
CP053007
HD27N1
CP052975
HD33-1
CP052971
SCF48MW560209
HD66-8CP060250
HD104-6
CP053005
HD15-1
CP053002
HD17-1
CP053000
HD26-1
CP052998
HD59-1
CP052997
HD21-2
CP052994
HD27-3
CP052991
HD12-1
CP052990
HD05-1
CP052984

相同率
517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)517/517 (100.0%)

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SIID00000-R0

0.01

6342

Staphylococcus caprae ATCC35538 T (AB009935) BSL1*

Staphylococcus capitis subsp. capitis JCM2420 T (AB626127) BSL1*

99

Staphylococcus saccharolyticus ATCC14953 T (L37602) BSL1*
Staphylococcus capitis subsp. urealyticus ATCC49326 T (AB009937) BSL1*

8397

SIID00000
Staphylococcus epidermidis ATCC14990 T (D83363) BSL1*

8187818094

Staphylococcus schweitzeri FSA084 T (CCEL01000025)
Staphylococcus argenteus MSHR1132 T (FR821777)
Staphylococcus aureus ATCC12600 T (X68417) BSL2
Staphylococcus simiae CCM7213 T (AY727530) BSL1*

Staphylococcus warneri ATCC27836 T (L37603) BSL1*
Staphylococcus devriesei KS-SP_60 T (FJ389206)

Staphylococcus xylosus ATCC29971 T (D83374) BSL1*

図 1. SIID00000 の 16S rDNA 塩基配列に基づく簡易分子系統樹
左上の線はスケールバー、系統枝の分岐に位置する数字はブートストラップ値、株名の末尾の T はその種の基準株 (Type strain)、BSL はバイオセーフティレベル (BSL1* (日和見病原体) 以上を表記) を示します。

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SIID00000-R0補足
1.

16S rDNA 塩基配列解析に基づく細菌の同定では、分類の基準となる種の基準株と比較することが重要とされています。本報告書では、細菌の種の基準株の 16S rDNA 塩基配列との比較及び解析の結果から、検体の帰属分類群を推定しています。

2.

DB-BA は、弊社と国立遺伝学研究所との共同開発品です。分類学的に細菌の同定を行う際は基準株との比較を行うことが重要であることから、当データベースは基準株に由来する
16S rDNA 塩基配列データのみを収録しています。

3.

国際塩基配列データベース (DDBJ / ENA (EMBL) / GenBank) に対する相同性検索の結果は、検索を実施した時点の情報です。国際塩基配列データベースの登録情報は常に更新されており、論文等を投稿する前には、再度相同性検索することをお勧めします。

4.

本報告書で示す細菌の学名に関する情報は、List of Prokaryotic names with Standing inNomenclature (LPSN) のウェブサイトにてご確認ください。

5.

本報告書に記載の簡易分子系統解析は、論文等の投稿を前提としたアライメント結果の編集及び系統樹の作成は行っておりません。

6.

本報告書で示すバイオセーフティレベル (BSL) は、日本細菌学会の「病原体等安全取扱・管理指針」及び「病原細菌の BSL レベル」に従います。BSL はレベル 1 が最も低く、レベル 1 であっても日和見感染が報告されている種があることから、その安全性を保障するものではありません。検体の帰属種又は近縁種の BSL がレベル 2 以上である場合には、検体はレベル 2 と同等の取扱いをされることをお勧めします。なお、本報告書では日和見病原体については「BSL1*」と表記しています。
レベル
17.

内容
ヒトに疾病を起こし、或いは動物に獣医学的に重要な疾患を起こす可能性のないもの(日和見感染を含む)

2

ヒト或いは動物に病原性を有するが、実験室職員、地域社会、家畜、環境等に対し、重大な災害とならないもの、実験室内で曝露されると重篤な感染を起こす可能性はあるが、有効な治療法、予防法があり、伝播の可能性は低いもの。

3

ヒトに感染すると重篤な疾病を起こすが、他の個体への伝播の可能性は低いもの。

本報告書に関するご質問等につきましては、株式会社テクノスルガ・ラボまでお問合わせください。

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SIID00000-R0引用文献
1) 厚生労働省. (2021). 参考情報 微生物関連 遺伝子解析による微生物の迅速同定法. 第十八改正日本薬局方, pp. 2600–2601, 厚生労働省 編集. 東京: 厚生労働省.
2) 中川恭好, 川崎浩子 (2001). 遺伝子解析法 16S rRNA 遺伝子の塩基配列決定法. 放線菌の分類と同定, pp. 88–117. 日本放線菌学会 編集. 東京: 日本学会事務センター.
3) Altschul SF, Madden TF, Schäffer AA, Zhang J, Zhang Z et al. Gapped BLAST and PSI-BLAST:
a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 1997;25:3389–3402.
4) Saitou N, Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees.
Mol Biol Evol 1987;4:406–425.
5) Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions throughcomparative studies of nucleotide sequences. J Mol Evol 1980;16:111–120.
6) Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap. Evolution
1985;39:783–791.

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SIID00000-R0備考 (再発行内容、特記事項等)

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