はじめに
この資料はがん関連シングルサイト解析についての検査目的や依頼時のゲノム位置の指定方法、依頼書の記入の仕方および注意点について記載しています。
検査目的が異なる場合は、「ヒト遺伝子単一エクソン解析」などその他の検査をご検討くださいますようよろしくお願いします。

• がん関連シングルサイト解析について・・・2〜3ページ• 変異の位置検索・指定方法について・・・・4〜7ページ• 依頼書の記入について・・・・・・・・・・9〜26ページ

がん関連シングルサイト検査とは？？
• 弊所のがん関連シングルサイト解析は、下記の２点を目的とした検査になります。
①二次的所見の確認
がん遺伝子パネル検査で発端者に見つかった変異が、遺伝性（生殖細胞系列）の変異であるかの確認②保因者の解析
発端者において遺伝性の変異であることが判明している際に血縁者の方に同様の変異があるかを検索がん関連シングルサイト検査の注意点① 解析方法は、ショートリード系次世代シーケンサを用いたNGS法になります。
1〜20塩基程度までの小さい欠失等は確認できますが、大欠失などは精度が担保できず、確定には至らないことがあるため、お断りすることがあります。

② PMS2、BMPR1A、SDHD、CHEK2、NF1などの遺伝子の一部領域には、ゲノム上に相同領域が存在するため、精度が担保できず、検査の受け入れが困難な場合があります。
③ 依頼者様の方で変異の位置情報を指定して頂くため、弊所では目的の位置であるか判断できませんので、お間違いないのないようご指定をお願い致します。

遺伝子変異の場所をどうやって指定するか？
• 依頼者様の方で既に見つかっているバリアントの位置情報は、以下のいずれかの形でお持ちだと思います。
1. リファレンスゲノムバージョンとゲノム位置情報（例：hg38, chr1:195507262など）
2. スプライシング型指定のコーディングDNAの位置情報（例：NM_002253.2, c.889G>Aなど）
3. スプライシング型指定のタンパク質アミノ酸残基の位置情報（例：NP_443086.1:p.Asp509Glyfsなど）
4. スプライシング型不明のコーディングDNAあるいはタンパク質アミノ酸残基の位置情報• 本検査では、最終的には１．のゲノム位置の情報に従って解析を進めます。そのため、2.〜4. の情報しかない場合は、以下に１.のゲノム位置の情報を取得する手順を説明します。

• 現在、いくつかのWebサイトがこうしたゲノム位置検索の機能を提供していますが、一例としてMD AndersonCancer Centerが提供するTransVar（https://bioinformatics.mdanderson.org/transvar/）を使って説明致します。
＊バリアントの表記方法には一般的なルールがあります。もしご興味があれば、以下のURLをご参照ください。
http://www.hgvs.org/mutnomen/examplesDNA.html または https://varnomen.hgvs.org/

2. または4. コードDNAの位置情報が判明している場合②出力リファレンスゲノムのバージョン指定

Coding DNAからの逆引き④Gene symbol : c.変異情報③出力アノテーション情報の指定

複数のNM番号配列があると、両方が表示されます。お手元の情報と矛盾がないかご確認ください。
NM番号が違うとゲノム位置が違う場合もありますので、必ずご確認ください。
“coordinates”にゲノム位置の情報が現れますので、確認すべき位置情報を検査依頼書にご記入ください。

3. または4. バリアントアミノ酸の位置情報が判明している場合①アミノ酸位置からの逆引き②出力リファレンスゲノムのバージョン指定④Gene symbol : p.アミノ酸変異情報③出力アノテーション情報の指定

複数のNM番号配列があると、両方が表示されます。お手元の情報と矛盾がないかご確認ください。
NM番号が違うとゲノム位置が違う場合もありますので、必ずご確認ください。
“coordinates”にゲノム位置の情報が現れますので、確認すべき位置情報を検査依頼書にご記入ください。

変異の位置指定についての留意点• 得られたゲノムの位置情報が、間違いなく目的の変異であることをご確認いただくことを強く推奨します。
確認方法：
適当なゲノムブラウザ（左図はUCSC、https://genome-asia.ucsc.edu/）で検出されたゲノム位置の情報で同じゲノムリファレンス配列のバージョンを検索してください（赤枠）。すると、右図のように遺伝子の位置とその位置の各情報（SNP、COSMIC、ClinVarなど）がブラウザの設定で見られます。
その情報が変異の元の情報と一致しているかどうかをご確認ください。

注意：なお、古くから知られている疾患原因のアミノ酸変異については、臨床分野ではシグナル配列を除いた成熟型タンパク質のアミノ酸残基の位置で表示されているケースが見られます。
この場合には今回説明している方法では変異位置の特定は困難ですので、まずコード領域（シグナル配列を含んだ）での位置を確認していただく必要があります。

お使いのブラウザで、かずさDNA 研究所遺伝子検査室を検索し、「かずさ遺伝子検査室-かずさDNA研究所」より弊所HPに進みます。

かずさ遺伝子検査室のHPから、「検査依頼について」に進みます。

「がん関連遺伝子のシングルサイト解析」を選択してください。

「がん関連シングルサイト解析依頼書2023v1.0」
をクリックしてダウンロードします。
＊依頼書は最新のものをダウンロードしてお使い頂くようお願いします。

ご希望の塩基の位置とhg38（Reference sequence）の位置に相違があるかは弊所で確認は致しません。また、検体受領後の位置変更は出来ませんので、お間違いがないようにお願い致します。
位置の指定の確認は赤枠内のこちらのリンク(本解説)の「変異の位置検索・指定方法 4～7ページ」からご確認ください。

ダウンロードできる依頼書は、Windows10およびoffice2016 以降の環境のみ動作確認しております。
そのため、それ以外のMac OS などの環境では、正常に動作しない可能性があります。

匿名化ID は依頼者様の方で任意に決めていただいて構いません。
しかし、匿名化のため個人が推測できないものを記入にしてください。
匿名化ID は半角英数字のみで、4〜10桁にしてください。
この際に、下記の文字およびID は禁止としております。
＠ # ％ ？ （） [] / ¥ ＝ ＋ <> : ； ＊ ^ ｜& . _ - スペース 0(ゼロ)から始まるID

匿名化ID に禁止文字がある場合は、セルが赤くなります。
また、「匿名化IDに禁止文字があります。変更してください。」と表示されるため、禁止文字を含まないID にしてください。

匿名化ID が、＜4 桁または＞10 桁の場合は「桁数」のメッセージが表示されるので、4〜10 桁に収まるようにお願いします。

検査対象の遺伝子を選択します。
セルの右側のプルダウンリストからご依頼の遺伝子名を選択してください。

遺伝子を選択すると、その遺伝子の解析に使用するRef seq ID と染色体番号が自動で表示されます。

各セルのプルダウンリストから変異の位置を指定します。
＊入力は右詰で、桁数が９桁に満たない場合は左からゼロを入力して、９箇所すべて埋めてください。

＊＊ご依頼の変異が2塩基以上のdeletion の場合deletion 内であれば、どの位置の指定でも問題ありません。
依頼書の特記事項欄にdeletion の内容についてご記入ください。

遺伝子名４箇所まで記入できますので、１箇所目の記入の仕方と同様に遺伝子名の選択と各9 桁の位置を記入してください。

選択した位置がhg38 上の位置と相違ないか再度ご確認ください。
＊弊所では、ご指定の位置を確認致しませんのでご了承下さい。

「必須事項に未記入項目があります。ご提出できません。」と表示されている場合、依頼書の必須項目に空欄がありますので、必須事項の記入をお願いします。

ご依頼の医療機関および請求書送付先の情報の(必須）項目をご記入ください。

家族診断歴、発送予定日のほか、deletion等の検索をご依頼の場合は変異の内容をご記入ください。

記載の情報をもとに報告書の自動作成やメールの自動送信を行なっていますので、お間違いないようにご記入ください。
＊検査室などに報告書の送付を希望する場合は、「担当医氏名」に「検査室」とご記入ください。
＊E-mail アドレスは必ずお一人のものをご記入ください。

本検査は、日本医学会「医療における遺伝学的検査・診断に関するガイドライン（2022年3月改訂）」に従って実施いたします。検体提出にあたっては、本ガイドラインを遵守し、以下の項目についての確認をお願いします。

請求書の送付先の情報をご記入ください。
医療機関情報と同じまたは、施設の医事課や医局などの送付先情報をご記入ください。

必須事項を全て記入されますと、先ほど表示されていた「必須事項に未記入項目があります。ご提出できません。」
が消えますので、提出が可能となります。

依頼書が提出可能になりましたら、依頼書を保存して、「onjk@kazusa.or.jp」までお送りください。
送付前に今一度、記入間違え等がないことをご確認ください。