ストラクチュローム研究グループ
Structurome Research Group
グループディレクター

研究担当

倉

光 成

紀

KURAMITSU, Seiki
調整担当

横

山

茂

之

YOKOYAMA, Shigeyuki
遺伝情報系蛋白質研究チーム
チームリーダー

倉 光

成

紀KURAMITSU, Seiki
物質・エネルギー代謝系蛋白質研究チーム
チームリーダー

三 木邦夫MIKI, Kunio
機能未知蛋白質研究チーム
チームリーダー横 山

茂之

YOKOYAMA, Shigeyuki
高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8 は、遺伝子操作が確立している生物の中で最も高温で棲息する。そのゲノムに存在する約 2,200 個の遺伝子はあらゆる生物に共通であり、基本的な生命現象が進化の過程で濃縮されている。本生物をモデル生物として、遺伝情報系、物質・エネルギー代謝系、その他機能未知のタンパク質群の系統的な立体構造解析と分子機
能解析を進めている。本年度までにグループ全体で、272 種類のタンパク質の構造解析を行った。さらに、機能未知遺伝子などを中心に 760 個の遺伝子破壊株作製用プラスミドを作製し、いくつかの遺伝子破壊株に対しトランスクリプトミクス
解析を行った。本研究に参画する外部研究者と連携して、各論的分子機能解析と機能ゲノム科学的研究が進行中であり、最終的には細胞“丸ごと一匹”の生命現象を原子レベルで理解することを目指している。チーム間の協力体制として、タンパ
ク質の大量発現・精製は 3 チームが共同で行い、その後のタンパク質の結晶化・立体構造解析も 3 チームが密接に連携を取りながら進めてきた。

1．ゲノム解析とタンパク質の網羅的発現・精製（倉光、海老原*1、黒石*1、金川*1、佐藤*1、真岡*1、上利*1、浮田*1、飯野*1、井上*1、伊東*1、中川*1、増井*1、黒川*1、安永*1、松本*2、大森*2、西田*2、石戸*2、新海*2、柳楽*2、吉良*2、矢内*2、今川*2、山村*1（遺伝情報系蛋白質研究チーム）；三木（物質・エネルギー代謝系蛋白質研究チーム）；
横山、濱田（白水）、寺田、柏原*1（機能未知蛋白質研究チーム））
前年度までに、T. thermophilus HB8 のゲノム解析を終了し、その塩基配列は DDBJ に登録済みである（DDBJ の
ア ク セ ッ シ ョ ン 番 号 は 、 1.8 Mbp の ク ロ モ ソ ー ム がAP008226、260 kbp のメガプラスミドが AP008227、9.3 kbpのミニプラスミドが AP008228 ）。
このゲノム解析の結果をもとにして、各タンパク質をコードする遺伝子を PCR で増幅し、クローニング後塩
基配列を確認した。大腸菌による発現では pET システム
（Novagen 社）を用い、これまでに約 2,000 種類の量産化プラスミドを作製した。タンパク質発現のための大腸菌には BL21(DE3) 株などを用い、IPTG による誘導無しでの発現リークを利用することで、タンパク質の生産を行った。このような方法で発現は認められないタンパク質に対しては、(1) 大腸菌宿主を変える、(2) 開始コドンから数十塩基中の AT 含量をサイレント変異による上げる、(3)mRNA の 5’末端翻訳領域に注目して塩基配列から発現量を予測する方法の確立などを行った。(2) 培地組成を変える、(3) 種々のタグを付加するなど、様々な試みを行った。
その結果、約 75％のタンパク質について、量産化に成功した。現在までに、約 900 種類のタンパク質の精製が完了している。セレノメチオニン置換体が必要な場合は、メチオ
ニン要求株 B834(DE3) を用いてセレノメチオニン、ラク
トース、ビタミンを添加した合成培地で培養することにより、簡便にセレノメチオニン化タンパク質を得た。
大腸菌で目的タンパク質が発現しない場合は、無細胞タンパク質合成系を用い、透析法と組み合わせることにより mg 単位の目的タンパク質の合成を行った。無細胞タンパク質合成系により、Ｘ線構造解析用にはセレノメチオ

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平成 17 年度 研究年報

ニン化タンパク質の合成を、NMR 構造解析用には13C、
15
Nでラベルした目的タンパク質の合成を行った。
2．遺伝情報系タンパク質研究（倉光、増井*1、中川*1、海老原*1、金川*1、佐藤*1、真岡*1、
上利*1、飯野*1、井上*1、稲垣*1、田村*1（遺伝情報系蛋白質研究チーム）；横山、新海、濱田（白水）、寺田、Vasilieva*2（機能未知蛋白質研究チーム）(1) 転写・翻訳系タンパク質に関する研究
Era (E. coli Ras-like protein) は、細菌において高度に保存されている GTPase で、30S リボソームの 16S rRNAに結合する。T. thermophilus 30S ribosome- T. thermophilus
Era 複合体の構造を低温電子顕微鏡法で解析した結果、Era
は、30S リボソームに結合し、50S リボソームとの結合を阻害していることが明らかとなった。Era の C 末端側に存在している KH モチーフは、16S rRNA の 3’末端側の保存配列と相互作用していた。さらに、Era は、30S リボソー
ムに結合し、リボソームのアセンブリーに関与している幾つかの因子と相互作用していた。これらの結果から、Era
は、30S リボソームのアセンブリーと成熟化に関与していることが強く示唆された。
TTHA1280 は、真生細菌及び古細菌に広く分布している S-アデノシル-L-メチオニン（AdoMet）依存性 RNA メ
チルトランスフェラーゼ（MTases）に属すると考えられている。X 線構造解析の結果、本タンパク質は、N 末端 PUA
ドメイン、α/β-ドメイン、及び、C 末端ロスマンフォール
ド様 MTase ドメインの 3 つのドメインから成る 2 量体であることが明らかとなった。これらのドメインは、クランプ様の構造をとるように配置されており、それによって形成された深い溝に活性中心があると考えられる。活性中心はウリジンの結合及び MTase の活性に適した構造をしており、溝は一本鎖 RNA の結合に適した構造と電荷を有している。
(2) DNA 修復系タンパク質に関する研究
DNA は様々な内的・外的要因によって傷害を受ける。
これらの DNA 傷害は突然変異の原因となり、ガンや細胞死を引き起こす。そのため細胞内には複数の DNA 修復系が存在し、DNA 修復酵素はヒトを含めた多くの生物種で保存されていることが多い。
MutS ホモログは、細菌からヒトまでほとんど全ての生物に広く保存されており、DNA ミスマッチ修復や組換え反応に関与する。近年、多くの生物種が新規の MutS パ
ラログである MutS2 を有することが分かった。
MutS2 は、
MutS のミスマッチ認識ドメインを欠いているが、C 末端に機能未知の別のドメイン（Smr ドメイン）を有している。
我々は、高度好熱菌由来の MutS2 が、DNA 結合能とエン
ドヌクレアーゼ活性を有するが、ミスマッチに対する親和性がないこと、さらに MutS2 は DNA 組換え反応の一般的な中間体であるホリディジャンクションに対する親和性があることを突き止めた。この結果から、MutS2 が DNA 組換え反応に関与することが示唆される。
Nudix タンパク質とは，“nucleoside diphosphate linked
to x”の略称で，有害なヌクレオシド二リン酸誘導体や過剰に増加した代謝産物を分解すると言われている加水分解酵素の総称である。高度好熱菌T. thermophilus HB8 には，8 個のNudix タンパク質（Ndx1 ~ Ndx8）がコードされている。我々はこれまでNdx1、Ndx2、Ndx3、Ndx4、Ndx6、Ndx8 の基質を同定し、Ndx1 とNdx4 の立体構造を明らかにした。本年度は、新たにNdx2 の結晶構造とセレノメチ
オニンNdx3 結晶の回折データを取得し、Ndx4 の詳細な生化学的解析を行った。Ndx4 は、ADP-リボースを AMP とリボース 5’ リン酸に加水分解する。Ndx4 の基質との複合体構造から、基質認識や反応触媒に関わる残基を予想し、その変異体を作製した。変異体の活性測定の結果、基質のアデニン部分は Ile19 と Glu29 によって認識されており、リボース部分はいくつかの弱い相互作用によって認識されていることが示された。nudix モチーフ内にある Glu82と Glu86 は活性に必須であるが、kcat の pH 依存性からこれらの残基は直接触媒基として働いているのではなく、活性部位に存在する金属イオンを保持する役割が示唆された。
3．物質・エネルギー代謝系タンパク質研究（三木、宮武、久野、竹田*1、金*1、吉瀬*1、喜田*1、福山*1、神谷（物質・エネルギー代謝系蛋白質研究チーム）；広津*1，宮
*1
*1
*1
*1
*1
*1
原 ，後藤 ，近江 ，角田 ，中井 ，河合 ，三瓶*1，馬場*1，竹中*1，関口*1（遺伝情報系蛋白質研究チーム）
微生物による芳香族化合物の代謝は、微生物のエネ
ルギー獲得機構として重要であるだけでなく、環境浄化への利用の観点からも興味深い。芳香族化合物の代謝では多くの場合、芳香族環に水酸基が導入された後に開環が起こ
り、分解されていく。それに対し、フェニル酢酸の微生物
分解ではまず CoA チオエステルとなって活性化されてから水酸化された後、開環され、分解されていく。高度高熱菌 T. thermophilus HB8 のゲノムではフェニル酢酸分解に関与する酵素がクラスターを作ってコードされているが、フェニル酢酸分解に関与する酵素の１つである PaaG はそれとは離れた部位にコードされている。PaaG の結晶構造を
分解能 1.85 Å において明らかにした。PaaG はアミノ酸配列の相同性からヒドラターゼ／イソメラーゼ・スーパーフ
ァミリーに属する。構造解析の結果、PaaG はモノマーがリング状に会合した 3 量体を形成し、モノマーは spiral foldと呼ばれる特徴的な構造を持つことが判った。本酵素の機能はまだよくわかっていないが、活性部位の構造から、触媒残基として働くのは Asp136 だけであることが示唆された。
4-ヒドロキシフェニル酢酸 3-モノオキシゲナーゼは、4-ヒドロキシフェニル酢酸の微生物代謝において初発酵素として働く。この酵素は、フラビンと酸素を用いて一原
子酸素の添加反応を触媒するオキシゲナーゼコンポーネント (HpaB) と、フラビン:NADH 酸化還元酵素であるリダクターゼコンポーネント (HpaC) の 2 つの成分から構成
されている。HpaC において NADH によって還元されたフラビンは酵素から解離し、溶媒中に拡散して HpaB に受け渡される。このようなフラビン拡散型のオキシゲナーゼシ
ステムは、芳香族化合物を基質とする他の酸素添加酵素にも見られ、two-component flavin-diffusible monooxygenase(TC-FDM)ファミリーを形成している。このファミリーの特徴であるフラビンの結合･解離機構を解明するため、T.

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平成 17 年度 研究年報thermophilus HB8 由来 HpaC を用いて結晶構造解析を中心とした研究を行っている。HpaC および FAD と NADH との複合体については既に結晶構造を明らかにしている。本
年度は HpaC の酸化還元活性機能解析を行った。
その結果、電子供与体として NADH は活性を示すが、NADPH は活性を示さなかった。一方、FAD と FMN のどちらも電子受容体として活性を示した。これらのミカエリス定数は共に他のフラビン酵素に比べて高い値を示し、FAD と FMN は補酵素ではなく、基質として結合･解離することが分かった。
ABC トランスポーター溶質結合タンパク質は ATP の加水分解エネルギーを利用して様々な物質を輸送する膜タンパク質複合体である。ABC トランスポーターによる物
質輸送のメカニズムを明らかにするため、T. thermophilus
HB8 由来の ABC トランスポーターの溶質結合タンパク質について構造解析をおこなった。
TTHA0979 は、ABC トランスポーターシステムの持
つペリプラズムの溶質結合タンパク質の 1 種である。1.7 Å
分解能で構造を決定し、マルトース結合タンパク質の構造と非常に類似していることを明らかにした。しかし、基質結合部位の局所的な特徴に類似性は見られなかった。現在、結合基質の検索を行っている。
TRAP 型二次輸送体は ABC トランスポーターの祖先型であると考えられている。その TRAP 型二次輸送体を補助するピルビン酸／乳酸結合タンパク質 (TTHA0766) の構造を決定した。典型的な II 型ペリプラズム溶質結合タン
パク質の構造をとっていたが、C 末端付近には本タンパク質に特徴的な構造が見られた。また、基質結合部位には乳酸とカルシウムが結合していることが確認できた。
Stationary phase survival protein (SurE) は、金属要求性のホスファターゼで、大腸菌においては、ストレス環境下での生存に必要であることが知られている。SurE の構造機
能相関を明らかにするため、T. thermophilus HB8 由来 SurEの 結晶解析を行っている。これまでに決定した構造から、
SurE は、β ヘアピンを介して４量体を形成することが分かっている。本年度は、新たな結晶系での 4 量体構造を得た。
これまでに得た構造と比較したところ、SurE 4 量体は、βヘアピン領域の運動性のために対称性の異なる複数の会合様式をとりうることが分かった。四次構造変化が SurEの機能発現にどのような役割を果たすのかを調べるため、機能解析と並行して、基質との共結晶の作成を進めている。
4．機能未知タンパク質研究（横山、新海、濱田（白水）、寺田、新井、柏原*1、仲野*2（機能未知蛋白質研究チーム）；倉光、増井*1、海老原*1、金川*1、中川*1、岡本*1、
津下*1、小長谷、畠山、木村、小西、福崎、井手（遺伝情報系蛋白質研究チーム）(1) 機能未知タンパク質の構造機能解析
現在までに数百種類のゲノム配列が明らかになっている。新規に同定された遺伝子を注釈する方法は主にアミノ酸配列の類似性に基づくものだが、多数のゲノムが解析されている現在でも多くの遺伝子産物は機能未知と注釈されることが多い。タンパク質の立体構造は分子の機能と密接に関係し、かつアミノ酸配列よりも進化的に高度に保存されていることが知られていることから、立体構造解析から機能未知タンパク質の機能に関する新しい知見が得られる場合が多い。今年度も、T. thermophilus HB8 由来機
能未知タンパク質について、網羅的に構造・機能解析を進めた。
Lrp/AsnC ファミリータンパク質は、真生細菌及び古細菌に広く分布している転写因子で、アミノ酸の代謝に関与している遺伝子の発現を制御していると考えられている。本タンパク質は、N 末端の DNA 結合ドメインと C 末
端 の エ フ ェ ク タ ー 結 合 （RAM, regulation of amino-acidmetabolism）ドメインとから構成され、4 つの 2 量体が環状に結合した 8 量体、或いは、8 つの 2 量体が螺旋状に結合した 16 量体を形成している。
TTHA0845 は 、 stand-alone RAM （ regulation ofamino-acid metabolism）ドメインタンパク質と呼ばれ、Lrp/AsnC ファミリータンパク質の C 末端ドメインに相当
する機能未知タンパク質である。TTHA0845 の X 線結晶構造を 2.4 Å の分解能で解析した結果、5 つの 2 量体が環状に結合した新規な構造をしていた。
TTHA0281 は、Pfam データベースで UPF0150 に、COG
データベースで COG1598 に属する機能未知タンパク質である。本タンパク質の X 線結晶構造を 1.9 Å 分解能で解析した結果、α-β-β-β-αフォールド構造が環状に結合した四量体であった。単量体の構造は、bacterial polypeptide releasefactor RF2 の domain 3、Xenopus laevis の RNA 結合タンパ
ク質と類似していたので、本タンパク質も RNA の代謝に関与しているかも知れない。
TTHA1462 は、ホスホリボシルトランスフェラーゼ（PRTase）様ドメインを持った機能未知タンパク質である。
本タンパク質の X 線結晶構造を 2.01 Å の分解能で解析した結果、本タンパク質は、5 つのβ-ストランドが 4 つのαへリックスで囲まれた構造をしているコアドメインと、C末端のサブドメインとで構成されていることが明らかとなった。コアドメインは、type I PRTase ファミリータンパ
ク質の構造に類似しているが、基質が結合するサブドメインの構造は、本ファミリータンパク質の構造とは異なっていた。従って、C 末端サブドメインには未知の基質が結合すると考えられる。
TTHA0727 は、カルボキシムコノラクトン脱炭酸酵素
ファミリーに属する機能未知タンパク質である。超遠心分析法により、本タンパク質は溶液中で 6 量体を形成していることが強く示唆された。X線結晶構造を解析した結果、本タンパク質は 6 量体の環状構造をしており、単量体は、7 つのα-ヘリックスと 1 つの 310-へリックスとから構成されていることが明らかとなった。本タンパク質分子の片側
表面には正荷電が分布していることから、本タンパク質は、負に荷電した分子と結合すると考えられる。
TTHA1554 は、真生細菌、古細菌に広く分布している
機能未知タンパク質である。本タンパク質には、グルタミン合成酵素である TTHA1329 とシスタチオニンβ-リアーゼである TTHA1620 が結合することが明らかとなった。さらに、これらの酵素に TTHA1554 を共存させると、酵素活性がそれぞれ約 2 倍に上昇した。これらの結果、TTHA1554
は、グルタミン合成酵素、及び、シスタチオニンβ-リアー
ゼに結合する新規タンパク質であることが強く示唆された。
TTHA1013 の X 線結晶構造を解析した結果、本タン
パク質はβ-β-β-α-βフォールドからなり、β4 部分で二量体
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を形成している、新規な構造をした機能未知タンパク質であることが明らかとなった。分子の表面は全体的に負電荷を帯びているが、一部に正電荷のクラスターがある。その部分で、負に荷電した分子と相互作用するのかも知れない。
TTHA0613 は、チオ硫酸のイオウ原子をシアン化物に転移し、亜硫酸とチオシアン酸とを生成する反応を触媒するロダネーゼ様タンパク質である。TTHA0613 タンパク質の X 線結晶構造を 2.0 Å の分解能で解析した結果、本タン
パク質は、二量体を形成しており、単量体の構造は、5 つのストランドから成る平行β-シートが、3 つのα-へリック
スに囲まれた構造をしていた。この構造は、典型的なロダ
ネーゼドメインである。
イソプレノイドキノンは原核生物及び真核生物に広く分布し、呼吸鎖電子伝達系、酸化ストレス、及び、遺伝
子発現調節において重要である。イソプレノイドキノン生
合成系において、ポリプレニルピロリン酸からイソプレノ
イド側鎖が合成される。新規のポリプレニルピロリン酸結合タンパク質である TTHY7070 と基質との複合体の X 線結晶構造を解析した結果、本タンパク質は、8 つのストランドから構成される逆平行β-バレル構造をしており、バレルの中央孔で、ポリイソプレノイド鎖が、疎水性相互作用
によって結合していた。本タンパク質の全体構造はリポカ
リンフォールドに類似しているが、リポカリンファミリー
タンパク質とはアミノ酸配列のホモロジーは認められない。
高度好熱菌 T. thermophilus HB8 由来の機能未知タン
パク質 TTHA0849 は、12 種類の生物種で保存されたタンパク質で、ポリケチドシクラーゼ様タンパク質と有意な配列類似性を示す。今回我々は TTHA0849 の機能理解のために立体構造を決定し、START 脂質運搬ドメインとの立体構
造類似性に着目してリガンド結合部位を推測した。START
脂質運搬ドメインにある脂質結合キャビティは TTHA0849のそれよりずっと大きいことから、TTHA0849 は START
脂質運搬ドメインと主鎖構造の類似性を有するものの、結合するリガンドはコレステロールのような大きな分子ではなく、小さな分子であると推測された。
(2) 機能ゲノム科学的研究
立体構造解析に成功した未納未知タンパク質は、約60％の確率で機能推定することができ、その後の実験的な機能解析に役立った。このように、機能未知タンパク質の機能を推定するために、立体構造解析は非常に有効である
ことがわかったが、それ以外の機能未知タンパク質の機能推定には、ゲノムワイドな mRNAの解析（トランスクリ
プトミクス）、タンパク質発現解析（プロテオミックス）、
代謝物解析（メタボロミックス）などを利用しつつ、高度好熱菌の野生株や変異株について解析した。トランスクリ
プトミックス解析については、対数増殖期から定常期・死滅期までの各増殖段階でのmRNA 量測定を比較した。また、細胞内に存在する代謝低分子群の動態を網羅的に解析できるメタボロミクス解析で、T. thermophilus HB8 菌体から代謝低分子群の抽出を行い、約1,000 種類以上の低分子を解析して、代謝調節に関与する新規タンパク質を同定することに成功した。
*1

連携研究員、*2テクニカルスタッフ

We, first, expected to interpret the whole biologicalphenomena of human body by identifying the structure andfunction of all biological molecules making up the body.
However, Homo sapiens contains more than 30,000 proteinsand many of them are intolerable with the conditions usedpresently in functional and structural analyses. It is estimatedthat the minimum gene set essential for a free living organism isabout 1,500. Microorganisms living in extreme environments
often have approximately this number of genes. Then, we
intended to construct the model system that is not limited by the
aforementioned difficulties associated with Homo sapiens, andselected an extreme thermophile, Thermus thermophilus HB8on the basis of two criteria; (a) the organism has a “genemanipulating system”, and (b) it is “the most thermophilic”
organism among those that meet criterion (a) (Kuramitsu et al.
(1995) Protein Eng. 8, 964-964; Yokoyama et al. (2000) Nature
Struct. Biol. 7, 943-945). This whole-cell project consists offour parts; (1) structural genomics, (2) functional genomics, (3)detailed analyses for each molecule, and (4) system biology(simulation of whole biological phenomena).
Genome analysis of T. thermophilus HB8, plasmid
preparation, protein production, and protein purification were
performed through the intimate collaboration of three teams.
Genomic analysis revealed that the number of open reading
frames was 2,200. About 2,000 over-expression plasmids
were prepared. About 1,450 proteins were overproduced, andabout 930 proteins were purified. A total of 660 proteins havebeen crystallized and the structures of 272 proteins were solved.
We are also working at the functional genomics step, andsupporting many researchers working at the third and fourth
steps.
1. Protein production and purification
To accomplish structural and functional analyses, it isessential to overproduce various proteins easily and efficiently.
The pET system (Novagen) was used for overproduction ofproteins in Escherichia coli.
Expression trials either
with/without IPTG induction or utilizing different types of E.
coli host strain and culture medium achieved the overproduction
success rate of 75%. Selenomethionine-substituted proteins
have been overproduced easily in E. coli B834(DE3) withlactose and vitamin.
When protein production was
unsuccessful by using pET systems, we use cell-free protein
expression system. By establishing the dialysis method,
production of proteins was further improved to the level of
milligram quantities.
The uniformly [13C, 15N]-labeledproteins were used for NMR structure determination, andselenomethionine substituted proteins for X-ray crystallography.
2. Central-dogma related proteins (Genetic Proteins
Research Team)Era (E. coli Ras-like protein) is a highly conserved andessential GTPase in bacteria. It binds to the 16S ribosomal
RNA (rRNA) of the small (30S) ribosomal subunit, and its
depletion leads to accumulation of an unprocessed precursor of
the 16S rRNA.
We have obtained a three-dimensional
cryo-electron microscopic map of the Thermus thermophilus
30S- T. thermophilus Era complex. Era binds in the cleft
between the head and platform of the 30S subunit and locks thesubunit in a conformation that is not favorable for association
with the large (50S) ribosomal subunit. The RNA binding KH
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motif present within the C-terminal domain of Era interacts withthe conserved nucleotides in the 3' region of the 16S rRNA.
Furthermore, Era makes contact with several assembly elementsof the 30S subunit. These observations suggest a direct
involvement of Era in the assembly and maturation of the 30S
subunit.
The hypothetical protein TTHA1280 belongs to a familyof predicted S-adenosyl-L-methionine (AdoMet) dependent
RNA methyltransferases (MTases) present in many bacterial
and archaeal species. TTHA1280 formed a homodimer in the
crystals and in solution.
Each subunit folds into athree-domain structure composed of a small N-terminal PUA
domain, a central α/β-domain and a C-terminal
Rossmann-fold-like MTase domain. The three domains forman overall clamp-like shape, with the putative active site facing
a deep cleft. The architecture of the active site is consistent
with specific recognition of uridine and catalysis of methyltransfer to the 5-carbon position. The cleft is suitable in sizeand charge distribution for binding single-stranded RNA.
In living cells, a great amount of DNA damages are arisen
from UV radiation, various chemical reagents, and errors during
DNA replication and genetic recombination. These damages
are very harmful, resulting in mutagenesis and even cell death.
To remove these lesions, living cells possess various types of
DNA repair systems and most of them are common to manyorganisms, including Homo sapiens.
MutS homologues are widely conserved in almost allorganisms ranging from bacteria to human, and involved in
DNA mismatch repair and recombinational events not only tomaintain genetic integrity but also to generate genetic variability.
Recent studies revealed that many species possess a novel MutS
paralogue, MutS2. MutS2 lacks the mismatch-recognition
domain of MutS, however, it contains the extra C-terminal
stretch which has no sequence similarity with known proteins
and is called small MutS-related (Smr) domain. We revealed
that T. thermophilus MutS2 (ttMutS2) has DNA-binding andendonuclease activity, but has no specificity for mismatched
duplexes.
Interestingly, we clarified that the ttMutS2
preferably bound to Holliday junction which is a generalintermediate in the homologous recombination. These results
indicate that ttMutS2 is involved in the homologous
recombination.
Nudix proteins catalyze the hydrolysis of nucleoside
diphosphates linked to other moieties X, and contain the Nudix
motif (GX5EX7REUXEEXGU, where X = L, I or V). Their
postulated role is to control the cellular concentration of toxic
nucleoside diphosphate derivatives and physiologicalmetabolites. T. thermophilus HB8 genome contains eightgenes coding for Nudix proteins (Ndx1-Ndx8). We haveidentified the substrates of Ndx1, Ndx2, Ndx3, Ndx4, Ndx6 andNdx8, and determined the structures of Ndx1 and Ndx4. In
this year, we obtained an initial structure of Ndx2 and collecteddiffraction data sets of selenomethionine Ndx3 crystals. Ndx4hydrolyzes ADP-ribose to AMP and ribose 5'-phosphate.
Guided by the crystal structure of Ndx4, we performed kinetic
analysis of mutants of Ndx4 to elucidate the substrate
recognition and the catalytic mechanism. Our results indicate
interactions responsible for the substrate recognition. Notably,
mutation of Glu-82 and Glu-86, conserved in the nudix motifand essential for catalysis, shows that the dependence of kcat on
pH is almost the same as that of the wild-type enzyme,
suggesting that Glu-82 and Glu-86 are essential for catalysis but
unlikely to act as a catalytic base.

3. Metabolism related proteins (Metabolic Proteins
Research Team)
Degradation of phenylacetic acid is different from thoseof most aromatic compounds. Phenylacetic acid is firstly
activated by being charged with coenzyme A, followed byhydroxylation and ring-opening.
Crystal structure of ahomolog of phenylacetic acid degradation protein PaaG wasdetermined, revealing a trimeric overall structure with amonomer structure of a spiral fold, a typical fold observed forhydratase/isomerase superfamily.
4-hydroxyphenylacetate, is degraded by two-component
flavin-diffusible monooxygenase, HpaB and HpaC. We havefocused on the structure-based functional analysis of HpaC, andso far determined the structures of apo-HpaC and the
HpaC-FAD-NAD complex. Activity measurements showedthat HpaC utilizes NADH, but not NADPH as an electron donor,
and both FAD and FMN as electron acceptors. Kinetic
analyses showed that the Km for FAD, FMN, and NADH are
comparable with those for other reductases, of the TC-FDM
family, which suggests that HpaC uses flavins as substrates notas prosthetic groups.
ABC-transportersaremembrane-boundproteincomplexes which transport various compounds with
ATP-hydrolysis energy. Crystal structures of solute-binding
proteins from T. thermophilus have been determined. The
TTHA0979 protein is a periplasmic solute binding protein of an
ABC transporter. We determined the crystal structure of theprotein at 1.7 Å resolution. Although the whole structure is very
similar to a maltose binding protein, the local feature of thebinding site is dissimilar. Research of the substrate of theprotein is now in progress. We also determined the crystal
structure of a pyruvate/lactate binding protein (TTHA0766)
assisting a TRAP-type secondary transporter which is thought tobe an ancient type of ABC-transporters. The protein has atypical fold for the type-II periplasmic solute binding protein.
However, structural elements are observed in the C-terminal
region representing a unique feature to this protein. Calcium
ion as well as lactate molecule are identified in the substratebinding site.
Stationary-phase survival protein SurE is a metal
ion-dependent phosphatase, and is required for viability understressful conditions in E. coli. So far, we have determined the
crystal structures of SurE from T. thermolhilus HB8 in different
crystal systems. SurE forms a tetramer mediated by β-hairpins.
To know the biological implications of the changes inquaternary structure, enzymatic assays and cocrystallization
with metal ion and substrate are in progress.
4. New functional related proteins (New Functional Proteins
Research Team)An interesting feature of the genomic sequence
information from many organisms is that from one third to thehalf of the predicted open reading frames encode hypotheticalproteins of unknown function. Because three-dimensional
structure of a protein is more conserved than amino acidsequence during evolution, structure of a hypothetical protein
can infer its function. About forty percent of predicted
proteins from T. thermophilus HB8 are classified as
hypothetical proteins.
To infer the function of thesehypothetical proteins, we determined the crystal structures ofhypothetical proteins from this bacterium.
The crystal structure of TTHA0845, a stand-alone RAM
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(regulation of amino-acid metabolism) domain protein has been
determined at 2.4 Å resolution. The structure revealed thatfive dimmers are arranged to form a ring.
The crystal structure of the hypothetical protein
TTHA0281 has been determined at 1.9 Å resolution. The
TTHA0281 protein forms a homotetramer, in which eachmonomer adopts an α-β-β-β-α fold. Based on the properties
and functions of the structural homologs of the TTHA0281
monomer, the TTHA0281 protein is speculated to be involved
in RNA metabolism, including RNA binding and cleavage.
TTHA1462 is a conserved hypothetical protein with apredicted phosphoribosyltransferase (PRTase) domain. The
2.01 Å crystal structure of TTHA1462 reveales that it comprises
a core domain consisting of a central five-stranded β-sheet
surrounded by four α-helices, and a subdomain in the C
terminus. The core domain structure resembles those of thetype I PRTase family proteins. The C-terminal subdomain
corresponds to the "hood," which contains a substrate-bindingsite in the type I PRTases. The hood structure of TTHA1462
differs from those of the other type I PRTases, suggesting thepossibility that TTHA1462 binds an unknown substrate.
TTHA0727 is a conserved hypothetical protein, which
belongs to the carboxymuconolactone decarboxylase (CMD)
family. The TTHA0727 monomer structure consists of seven
α-helices and one short 310-helix. The crystal structure and theanalytical ultracentrifugation revealed that TTHA0727 forms ahexameric ring structure in solution. The electrostatic potential
distribution on the solvent-accessible surface of the TTHA0727
hexamer showed that positively charged regions exist on theside of the ring structure, suggesting that TTHA0727 interacts
with some negatively charged molecules.
TTHA1554 was found as a hypothetical protein, thehomologs of which are conserved in several bacteria andarchaea, although their functions are unknown. TTHA1329,
which is glutamine synthetase, and TTHA1620, which has
cystathionine β-lyase enzymatic activity, were identified as
TTHA1554 binding proteins. When TTHA1554 was added to
the reaction mixtures, the glutamine synthetase andcystathionine β-lyase enzymatic activities both increased byapproximately two-fold.
These results indicate that
TTHA1554 is a novel protein that binds to glutamine synthetaseand cystathionine β-lyase.
The crystal structure of the hypothetical protein
TTHA1013 has been determined at 2.2 Å resolution. The
overall folding is arranged as a β1-β2-β3-α1-β4 fold, and it
forms a dimer with the symmetry-related molecule. The dimer
interface is composed of the β4-strands. This protein mightinteract with negatively charged molecule at the positively
charged cluster of the molecular surface.
TTHA0613 is a homolog of rhodaneses, which catalyze
the transfer of the sulfane sulfur from thiosulfate to cyanide,
forming thiocyanate and sulfite in vitro. The crystal structureof the TTHA0613 determined at 2.2 Å resolution revealed thatthe protein formed a homodimer, in which each monomer
consists of a five stranded parallel β-sheet, surrounded by three
α-helices. This structure shares high structural similarity torhodaneses homology domain.
The isoprenoid quinones exist widely among prokaryotes
and eukaryotes. They play essential roles in respiratory
electron transport and in controlling oxidative stress and gene
regulation. In the isoprenoid quinone biosynthetic pathway,
polyprenyl pyrophosphates are used as isoprenoid side-chain

precursors. Here we report the crystal structure of a novel
polyprenyl pyrophosphate binding protein, TTHY7070
complexed with its ligand. The structure consists of an
extended, eight-stranded, antiparallel β-barrel.
In thehydrophobic pore of the barrel, the protein binds thepolyisoprenoid chain by hydrophobic interactions. Its overall
structure resembles the lipocalin fold, but there is no sequencehomology between TTHY7070 and the lipocalin family ofproteins.
The crystal structure of conserved hypothetical protein
TTHA0849 has a compact alpha+beta motif, forming ahydrophobic cavity in the molecule. Structural similarity
search reveals that it resembles those steroidogenic acuteregulatory proteins that contain the lipid-transfer (START)
domain, despite the comparatively weak sequence identity topolyketide cyclases. However, the size of the ligand-binding
cavityisdistinctly
smaller
than
other
START
domain-containing proteins, suggesting that it catalyses thetransfer of smaller ligand molecules.
As part of the functional genomics studies, we haveconstructed the gene disruption plasmids (760 genes including
functionally-uncharacterized gene) using the thermostableselective marker, and proceeded to analyze mRNA expression(transcriptomics), protein expression (proteomics) andmetabolite dynamics (metabolomics) of the gene disruptants.

Research subjects
1. Protein production and purification
2. Structural studies of central-dogma related proteins
3. Structural studies of metabolism related proteins
4. Structural studies of new functional related proteins

Staff
Group Director
Dr. Seiki KURAMITSU
Dr. Shigeyuki YOKOYAMA

Genetic Proteins Research TeamHead
Dr. Seiki KURAMITSU

Members
Mr. Yoshihiro AGARIDr. Seiki BABA (Fac. Technol., Chiba Inst. Technol.)Dr. Akio EBIHARA
Dr. Masaru GOTO (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Dr. Ken HIROTSU (Grad. Sch. Sci., Osaka City Univ.)
Mr. Hitoshi IINO
Dr. Kenji INAGAKI (Fac. Agric., Okayama Univ.)
Ms. Yumiko INOUE
Ms. Noriko ITO
Dr. Yoshimitsu KAKUTA (Grad. Sch. Bioresour. Bioenviron.
Sci., Kyushu Univ.)Dr. Mayumi KANAGAWA

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Dr. Ryuichi KATO (IMSS, KEK)
Dr. Gota KAWAI (Fac. Technol., Chiba Inst. Technol.)Dr. Masahide KAWAMOTO (JASRI)
Dr. Makoto KIMURA (Grad. Sch. Bioresour. Bioenviron. Sci.,
Kyushu Univ.)
Dr. Shu-hei KIMURA (Fac. Eng., Tottori Univ.)
Dr. Hiroki KONDO (Fac. Comput. Sci. Syst. Eng., Kyushu Inst.
Technol.)
Dr. Chizu KUROISHI
Dr. Ken KUROKAWA (Grad. Sch. Info. Sci., NAIST)
Ms. Nobuko MAOKA
Dr. Ryoji MASUI (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Dr. Shintaro MISAKI (Shionogi & Co., Ltd.)Dr. Ikuko MIYAHARA (Grad. Sch. Sci., Osaka City Univ.)
Dr. Noriko NAKAGAWA (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Dr. Tadashi NAKAI (JSPS)
Dr. Makoto Nishiyama (Biotechnology Research Center, Univ.
Tokyo)
Dr. Akihiro OKAMOTO (Sch. High-Tech. Human Welfare,
Tokai Univ.)
Dr. Rie OMI (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Dr. Gen-ichi SANPEI (Fac. Electro-Commun., Univ.
Electro-Commun.)
Mr. Shinya SATO
Dr. Takeshi SEKIGUCHI (Grad. Sch. Sci. Eng., Iwaki Meisei
Univ.)
Dr. Yasuo SUDA (Grad. Sch. Sci. Eng., Kagoshima Univ.)
Dr. Kaoru SUZUKI (Grad. Sch. Sci. Eng., Iwaki Meisei Univ.)
Dr. Akio TAKENAKA (Grad. Sch. Biosci. Biotechnol., Tokyo
Inst. Technol.)Dr. Takashi TAMURA (Fac. Agric., Okayama Univ.)
Dr. Hideaki TSUGE (Inst. Health Sci., Tokushima Bunri Univ.)
Ms. Yoko UKITA
Dr. Hitoshi YAMAMOTO (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)Dr. Masayuki YAMAMURA (Grad. Sch. Sci. Eng., Tokyo Inst.
Technol.)
Dr. Teruo YASUNAGA (Genome Inf. Res. Cen., Osaka Univ.)
Dr. Shinichi YOKOBORI (Pharma. Technol., Tokyo Univ.
Pharma. Life Sci.)in collaboration with

Trainees
Ms. Naoko AKIYAMA (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Ms. Sakiko FUJITA (Fac. Sci. Osaka Univ.)
Mr. Kenji FUKUI (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Mr. Takeshi ISHII (Grad. Sch. Electro-Commun., Univ.
Electro-Commun.)
Mr. Hirohito ISHIKAWA (Fac. Sci. Osaka Univ.)
Mr. Kentaro KAI (Fac. Sci., Osaka City Univ.)
Mr. Hiroya KAWAI (Grad. Sch. Indust. Chem., Chiba Inst.
Technol.)
Mr. Naoyuki KONDO (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Mr. Hiromichi KOSAKA (Fac. Sci. Osaka Univ.)
Mr. Taichiro MORIKAWA (Fac. Sci., Osaka City Univ.)
Mr. Osamu NAKAJIMA (Grad. Sch. Sci., Osaka City Univ.)
Mr. Takashi NISHIKUBO (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Mr. Takushi OOGA (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Ms. Ikumi SAITO (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Mr. Tetsuro SEIYAMA (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Mr. Shunsaku TAKEISHI (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Ms. Yoko TANAKA (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Mr. Keiji TOKUOKA (Grad. Sch. Sci., Osaka City Univ.)
Mr. Daisuke YAMAGISHI (Grad. Sch. Frontier Biosciences,
Osaka Univ.)
Mr. Taisuke WAKAMATSU (Grad. Sch. Frontier Biosciences,
Osaka Univ.)
Mr. Tadayuki YAO (Grad. Sch. Sci., Osaka City Univ.)

Metabolic Protein Research GroupHead
Dr. Kunio MIKI

Members
Dr. Keiichi FUKUYAMA (Grad. Sch. Sci., Osaka Univ.)
Dr. Tomoyasu KICHISE
Dr. Seong-Hoon KIM
Dr. Akiko KITA (Kyoto Univ. Research Reactor Inst.)

Dr. Akinobu FUKUZAKI (High Performance Biocomputing
Research Team, GSC)
Dr. Mariko HATAKEYAMA (Cellular knowledge Modeling
Team, GSC)
Ms. Kaori IDE (Cellular knowledge Modeling Team, GSC)
Dr. Akihiko KONAGAYA (Cellular knowledge Modeling Team,
GSC)
Dr. Fumikazu KONISHI (High Performance Biocomputing
Research Team, GSC)
Dr. Tsutomu MIKAWA (Biometal Science Lab.)
Dr. Takehiko SHIBATA (Cellular & Molecular Biology Lab.)in collaboration withTechnical Staffs

HeadMr. Takahito IMAGAWA
Ms. Emi ISHIDO
Mr. Satoshi KIRA
Ms. Kayoko MATSUMOTO
Mr. Takeshi NAGIRA
Ms. Masami NISHIDA
Ms. Miwa OMORI
Ms. Fujie SHINKAI
Mr. Hisaaki YANAI

Dr.
Tamao
HISANO(Biological
Supramolecular
Crystallography Lab.)
Dr. Nobuo KAMIYA (Protein Crystallographic Methodology
Team, Harima Inst.)
Dr. Hideyuki MIYATAKE (Biological Supramolecular
Crystallography Lab.)
Dr. Yoshitsugu SHIRO (Biometal Science Lab.)New Functional Proteins Research TeamDr. Shigeyuki YOKOYAMAMembers
Ms. Aiko KASHIHARA

Technical Staffs
Mr. Noboru NAKANO
Ms. Marina VASILIEVA
播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

in collaboration with
Dr. Ryoichi ARAI (Large-scale Protein Preparation Team, GSC)
Dr. Shun-ichi SEKINE (Structural and Molecular Biology Lab.)
Dr. Mikako SHIROUZU (Large-scale Protein Preparation Team,
GSC)
Dr. Akeo SHINKAI (Structural and Molecular Biology Lab.)
Dr. Takaho TERADA (Large-scale Protein Preparation Team,GSC)

SRRNストラクチュローム研究グループ
誌 上 発 表Publications[ 雑誌 ]（原著論文）＊印は査読制度がある論文誌
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Yoshida M., Tanaka A., Sugano S., and Yokoyama S. :"Human structure proteomics: Solution structure of the RGS
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Annual Meeting of Japanese NMR Society and The 1st
Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
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and Yokoyama S. : "KUJIRA, a package of integrated
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Meeting of Japanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific
NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Li H., Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T.,
Nunokawa E., Motoda Y., Kobayashi A., Terada T.,
Shirouzu M., Koshiba S., Lin Y., Guntert P., Suzuki H.,
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播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

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Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Kamatari Y., Yokoyama S., Tachibana H., and Akasaka K. :"Pressure-jump NMR study of dissociation and associationof amyloid protofibrils", 44th Annual Meeting of Japanese
NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR Symposium ,Yokohama , Nov. (2005).
Nagashima T., Hayashi F., Shirouzu M., Terada T., Kigawa T.,
Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki E., Hirota
H., Yoshida M., Tanaka A., Hayashizaki Y., and Yokoyama
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distribution gene C homolog", 44th Annual Meeting ofJapanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR
Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
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Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Hirota H., YoshidaM., Tanaka A., and Yokoyama S. : "Solution structure of the
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Meeting of Japanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific
NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Tochio N., Koshiba S., Inoue M., Hayashizaki Y., Kigawa T.,
and Yokoyama S. : "Solution structure of the mouse TRP14
protein homologous to the human TRP14 protein", 44th
Annual Meeting of Japanese NMR Society and The 1st
Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Inoue K., Nagashima T., Hayashi F., Shirouzu M., Terada T.,
Kigawa T., Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki
E., Hirota H., Yoshida M., Tanaka A., Ohara O., andYokoyama S. : "Solution structure of the two CUT domain
of SATB2", 44th Annual Meeting of Japanese NMR Society
and The 1st Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama ,Nov. (2005).
Katayama Y., Hayashi F., Inoue M., Kigawa T., Yokoyama S.,
and Hirota H. : "Solution structure of two human Myb-likeDNA-binding domain repeats", 44th Annual Meeting ofJapanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR
Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Itou Y., Hamada T., Abe T., Hayashi F., Guentert P., Inoue M.,
Kigawa T., Terada T., Shirouzu M., Yoshida M., Tanaka A.,
Sugano S., Yokoyama S., and Hirota H. : "Structual andfunctional analyses of the antifreeze-like domain of humansialic acid synthase", 44th Annual Meeting of Japanese NMR
Society and The 1st Asia-Pacific NMR Symposium ,Yokohama , Nov. (2005).
Hatta R., Hayashi F., Nagashima K., Kurosaki C., Qin X.,
Yoshida M., Shirouzu M., Terada T., Kigawa T., Inoue M.,
Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki E., Hirota H., Tanaka
A., Ohara O., and Yokoyama S. : "Structural and functional
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Meeting of Japanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific
NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
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Kigawa T., Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki
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M., Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Yoshida M.,
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山岸 大輔, 西久保 喬, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌由来Ndx3の立体構造解析", 理研シンポジ
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平成 17 年度 研究年報

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仲野 徳, 粂井 麻希, 稲垣 栄二, 田中 智之, 新海 ふじ江,倉光 成紀, 瀧尾 擴士, 新海 暁男, 横山 茂之:"Thermus thermophilus HB8由来TT0972タンパク質の構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジ
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保坂 俊彰, 村山 和隆, 村山 美幸, 寺田 貴帆, 白水 美香
子, 倉光 成紀, 横山 茂之: "高度好熱菌由来
TTHA1846-coenzymeA-Znの結晶構造解析", 理研シンポ
ジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
新井 亮一, 西野 綾, 新野 睦子, 房富 絵美子, 長野 佳子,
加茂 友美, 河口 真一, 赤坂 領吾, 吉川 征子, 西本 ま
どか, 外山 光俊, 村山 和隆, 寺田 貴帆, 倉光 成紀,
白水 美香子, 横山 茂之: "高度好熱菌由来機能未知タ
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伊東 夏織, 新井 亮一, 房富 絵美子, 加茂 友美, 河口 真
一, 赤坂 領吾, 寺田 貴帆, 倉光 成紀, 白水 美香子,
横山 茂之: "高度好熱菌由来機能未知タンパク質
TTHA0727(TT1628)のX線結晶構造解析", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
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ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
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第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月 (2005).
若松 泰介, 大賀 拓史, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"Biochemical characterization and structural analysis of
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thermophilus HB8", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 ,10月 (2005).
石川 大仁, 寳関 淳, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"Functonal analysis of the [4Fe-4S] cluster conserved among
thermostable UDGs", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 ,10月 (2005).
末武 徹也, 林 文晶, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 木川 隆則,
井上 真, 矢吹 孝, 青木 雅昭, 松田 貴意, 関 英子, 廣田 洋, 好田 真由美, 田仲 昭子, 林崎 良英, 横山 茂
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端PDZドメインの溶液構造解析", 第43回日本生物物理学会年会 , 札幌 , 11月 (2005).
大西 哲, 栃尾 尚哉, 佐藤 真奈美, 小柴 生造, 行木 信一,
井上 真, 木川 隆則, 横山 茂之: "Solution structure of theSH3 domain of the human SRC-like adopter protein (SLAP)
reveals a novel molecular recognition mechanism", 第43回
日本生物物理学会年会 , 札幌 , 11月 (2005).
栃尾 尚哉, 笹川 彩, 小柴 生造, 井上 真, 木川 隆則, 横山
茂之: "Solution structures of six fibronectin type III domainsof human", 第43回日本生物物理学会年会 , 札幌 , 11月(2005).
前野 覚大, 鎌足 雄司, 横山 茂之, 赤坂 一之: "高圧
1
H-NMRと高圧蛍光測定法を用いて観測した鶏リゾチームの構造ゆらぎ", 第43回日本生物物理学会年会 , 札
幌 , 11月 (2005).
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NMRにおける4K極低温プローブの開発", 2005年度秋季
低温工学・超電導学会 , 新潟 , 11月 (2005).
福崎 智数, 横山 茂之, 前田 秀明, 松本 真治, 二森 茂樹,
木吉 司: "高磁場NMRに用いるNb3Al超伝導線材の超伝導接続方法", 2005年度秋季低温工学・超電導学会 , 新
潟 , 11月 (2005).
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李 華, 井上 真, 矢吹 孝, 青木 雅昭, 関 英子, 松田 貴意,

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

布川 絵未, 元田 容子, 小林 敦夫, 寺田 貴帆, 白水 美
香子, 小柴 生造, 林 意然, Guentert P., 鈴木 治和, 林崎
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Mouse Enhancer of Rudimentary Protein Reveals a Novel
Fold", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
佐藤 敦子, 武藤 裕, 桑迫 香奈子, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 木川 隆則, 井上 真, 永田 崇, 鈴木 咲良, 染谷 龍
彦, 津田 健吾, 高橋 征三, 菅野 純夫, 横山 茂之:"Solution structure of the RNA recognition motif(RRM) of
human SF3b49/SAP49", 第28回日本分子生物学会年会 ,福岡 , 12月 (2005).
永田 崇, 武藤 裕, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 井上 真, 木川隆則, 林崎 良英, 横山 茂之: "Structural analysis of
Mouse Poly(A)-specific Ribonuclease", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
柴田 理恵, 別所 義隆, 西本 まどか, 房富 絵美子, 寺田
貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "Aquifex tRNA
(mnm5s2U34) 修飾酵素MnmC2のX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
染谷 龍彦, 武藤 裕, 井上 真, 木川 隆則, 寺田 貴帆, 白水
美香子, 菅野 純夫, 横山 茂之: "Arginine/serine-richsplicing factor 10のRRM領域の構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
嶋田 睦, 丹羽 英明, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 田仲 昭子,
長瀬 隆弘, 小原 收, 横山 茂之: "BAF複合体サブユニ
ットhBAF250bのAT-rich interaction domain (ARID) の結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
月 (2005).
志田 明里, 高木 哲雄, 白水 美香子, 横山 茂之: "BAGドメ
インのアポトーシス抑制能の構造生物学的手法による解明", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
葛西 卓磨, 木川 隆則, 森 浩禎, 林崎 良英, 横山 茂之:"BolAタンパク質の立体構造と機能の解析", 第28回日
本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
仙石 徹, 横山 茂之: "DEAD-box RNA helicaseの反応機構",
第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
胡桃坂 仁志, 藤川 乃り映, 香川 亘, 朴 三用, 尾崎 省吾,
片山 勉, 横山 茂之: "DnaAタンパク質の立体構造と複製開始のメカニズム", 第28回日本分子生物学会年会 ,福岡 , 12月 (2005).
松本 知子, 海津 陽子, 脇山 素明, 横山 茂之: "Drosophila
S2細胞におけるlet-7 microRNAによる翻訳抑制", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
海津 陽子, 脇山 素明, 横山 茂之: "HEK293細胞由来の無細胞タンパク質合成系の開発", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
倉谷 光央, 石井 亮平, 別所 義隆, 福永 流也, 仙石 徹, 白
水 美香子, 関根 俊一, 横山 茂之: "tRNA アデノシン
デアミナーゼ (TadA) のX線結晶構造解析", 第28回日
本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
川添 将仁, 堀 千重, 上西 達也, 末次 京子, 白水 美香子,
横山 茂之: "Aeropyrum pernix K1のBrixドメインタンパ
ク質の構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福
岡 , 12月 (2005).
石井 亮平, 皆川 麻子, 高久 洋暁, 高木 正道, 梨本 正之,
横山 茂之: "Thermotoga maritima由来tRNase ZのX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
月 (2005).
斉藤 講平, 井上 真, 小柴 生造, 長瀬 隆弘, 小原 收, 木川隆則, 横山 茂之: "ヒトIQGAP1のC末端ドメインについてのNMR解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
香川 亜子, 香川 亘, 柴田 武彦, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之:"ヒトRad52タンパク質のhomologous pairingのメカニズ
ム", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
皿井 直敬, 香川 亘, 田中 耕三, 宮川 清, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之: "ヒトRad54Bタンパク質の機能解析", 第28回
日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
榎本 りま, 杵渕 隆, 佐藤 真, 八木 秀司, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之: "ヒトTBPIP/Hop2-Mnd1複合体によるDNA鎖交
換反応の活性化", 第28回日本分子生物学会年会 , 福
岡 , 12月 (2005).
鈴木 咲良, 武藤 裕, 栃尾 尚哉, 井上 真, 木川 隆則, 寺田
貴帆, 白水 美香子, 菅野 純夫, 横山 茂之: "ヒトミトコンドリアリボソームL17の溶液構造", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
津田 健吾, 武藤 裕, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 井上 真, 木
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笹沼 麻貴, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之: "ヒト由来ヒストン
H2AXを用いたヌクレオソームの再構成", 第28回日本
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三上 暁, 小林 富成, 横山 茂之, 今高 寛晃: "ヒト由来細胞を用いた無細胞タンパク質合成による糖タンパク質合成の効率化", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
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杵渕 隆, 長島 真樹, 香川 亘, 榎本 りま, 滝沢 由政, 横山茂之, 高田 穣, 胡桃坂 仁志: 第28回日本分子生物学会
年会 , 福岡 , 12月 (2005).
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岡 , 12月 (2005).
伊良波 史枝, 坂本 健作, 横山 茂之: "遺伝暗号拡張のための大腸菌内在性チロシルtRNA合成酵素の置換", 第28回
日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
西本 まどか, 別所 義隆, 村山 美幸, 中山 亮子, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "古細菌におけるtRNAス
プライシングの基質認識機構", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
董 雪松, 別所 義隆, 柴田 理恵, 白水 美香子, 倉光 成紀,
横山 茂之: "高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8由来のPseudouridine synthase I （TruA）のX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
山岸 大輔, 西久保 喬, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌由来 Ndx3 の立体構造解析による加水分解機構の解明", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
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若松 泰介, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌
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加水分解酵素) Ndx2 の機能及び構造解析", 第28回日本
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坂本 健作, 松元 明子, 横山 茂之: "動物細胞におけるサプ
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平成 17 年度 研究年報

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平松 久和, 大野 敏, 横川 隆志, 伊良波 史枝, 坂本 健作,
横山 茂之, 細谷 孝充, 平松 俊行, 鈴木 正昭, 田中 信
忠, 中村 和郎, 芳本 忠, 西川 一八: "部位特異的ブロ
モチロシン導入7-αHSDHの大腸菌生細胞内での発現と立体構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
小林 富成, 三上 暁, 横山 茂之, 今高 寛晃: "無細胞タンパ
ク質合成系を用いたウイルスの生合成", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
坂本 健作, Chumpolkulwong N., 松元 明子, 伊良波 史枝,
新屋 直子, 松田 夏子, 木賀 大介, 漆畑 晶子, 白水 美
香子, 木川 隆則, 横山 茂之: "無細胞翻訳系におけるレア・コドンの翻訳効率の解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
Ihsanawati., 村山 和隆, 白水 美香子, 倉光 成紀, 横山 茂
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岡崎 伸生, 菅原 光明, 仲村 勇樹, 田中 智之, 粂井 麻希,
宮野 雅司, 横山 茂之: 第6回計測自動制御学会システ
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村山 和隆, 村山 美幸, 中川 紀子, 海老原 章郎, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "Trans-editing enzyme ProX
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年度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
岡崎 伸生, 仲野 徳, 粂井 麻希, 佐藤 伸哉, 満足 美穂, 倉光 成紀, 白水 美香子, 新海 暁男, 横山 茂之:"Thermus thermophilus HB8由来機能未知タンパク質
TT1045、および TT1515のX線結晶構造解析", 日本結晶学会2005年度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
保坂 俊彰, 村山 和隆, 村山 美幸, 寺田 貴帆, 白水 美香
子, 倉光 成紀, 横山 茂之: "高度好熱菌（Thermus
thermophilus）由来TTHA1846-coenzyme A-Znの結晶構造解析", 日本結晶学会2005年度年会および総会 , 姫路 ,12月 (2005).
近藤 寛, ホセイン トファザル, 安達 渉, 中井 忠志, 神谷
信夫, 増井 良治, 倉光 成紀, 鈴木 薫, 関口 武司, 竹
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鎌足 雄司, 赤坂 一之, 横山 茂之, 橘 秀樹: "Pressure-jump
NMR study of dissociation and association of amyloid
protofibrils", 第3回「水と生体分子」公開ワークショッ
プ , (文科省科研費特定領域研究), 岡崎 , 1月 (2006).
横山 茂之: "タンパク3000プロジェクト網羅的解析プログ
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倉光 成紀, 松本 武久, 別所 義隆: "解析タンパク質の例（1）感染症関連（ウイルス・細菌）", 文部科学省タンパク3000プロジェクト 第3回産学連携フォーラム , 東
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SRRN遺伝情報系蛋白質研究チーム
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Kuramitsu S., Shirouzu M., and Yokoyama S. : "Structures ofa putative RNA 5-methyluridine methyltransferase, Thermus
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S-adenosyl-L-homocysteine", Acta Cryst. F 61, 867--874(2005). ＊Lokanath N. K., Yamamoto H., Matsunaga E., Sugahara M., andKunishima N. : "Purification,crystallization and initial X-ray
crystallographic analysis of the putative GTPase PH0525 from
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crystallographic study of the L-fuculose-1-phosphate aldolase(FucA) from Thermus thermophilus HB8", Acta Cryst. F 61,
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Masui R., Nakagawa N., Yokoyama S., Kuramitsu S., andKonagaya A. : "Inference of S-system models of genetic
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平成 17 年度 研究年報

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Ueyama N., Yokoyama S., and Kuramitsu S. :"Structure-based functional identification of a novelheme-binding protein from Thermus thermophilus HB8", J.
Struct. Funct. Genom. 6, No. 1, pp.21--32 (2005). ＊Hattori M., Mizohata E., Manzoku M., Bessho Y., Murayama K.,
Terada T., Kuramitsu S., Shirouzu M., and Yokoyama S. :"Crystal structure of the hypothetical protein TTHA1013 from
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Park S., Kuramitsu S., Shirouzu M., and Yokoyama S. :"Crystal structure of a novel polyisoprenoid-binding proteinfrom Thermus thermophilus HB8", Protein Sci. 14,
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＊
Arai R., Niino M., Kuroishi C., Bessho Y., Shirouzu M., andYokoyama S. : "Crystal structure of the probable haloaciddehalogenase PH0459 from Pyrococcus horikoshii OT3",
Protein Sci. 15, No. 2, pp.373--377 (2006). ＊吉良 聡, 礒合 敦, 山村 雅幸 : "データマイニング技術を用いた組換えタンパク質の発現量解析", 人工知能学会論文誌 21, No. 1, pp.9--19 (2006). ＊（総説）
倉光 成紀 : "タンパク3000プロジェクト", 遺伝子医学
Mook , No. 2, pp.378--385 (2005).

[ 単行本 ]
（原著論文）＊印は査読制度がある論文誌
Kira S., Yamamura M., and Kuramitsu S. : "Predicting theExpression Levels of Recombinant Protein by using
Reinforcement Learning", Proceeding of the 8th IASTEDInternational Conference on Intelligent Systems andControl(ISC2005) , Cambridge , USA , 2005-- 10〜11 ,IASTED, MA, pp.471--476 (2005). ＊口 頭 発 表 Oral Presentations(国際会議等)
Jeyaraman J., Taka J., Kitaguchi Y., Kuroishi C., Takada K.,
Yokoyama S., Shiro Y., and Yutani K. : "Crystal Structure of
Putative Dipeptidase from the hyperthermophilic archaeon
pyrococcus horikoshii OT3", 3rd International Conference on
Structural Genomics (ICSG 2004) , Washington , USA , Nov.
(2004).
Masui R., Nakagawa N., Ebihara A., Kanagawa M., Kuroishi C.,
Miki K., Yokoyama S., and Kuramitsu S. : "A Structural andFunctional Whole-Cell Project for the Model Organism,
Thermus thermophilus HB8", Frontiers of Proteomics: Aims
and Perspectives , (Osaka University), Toyonaka , Nov.
(2004).
Kanagawa M., Ebihara A., Nakagawa N., Kawai G., YokoyamaS., and Kuramitsu S. : "Crystal Structure of a Conserved
Hypothetical Protein TT1657 from Thermus thermophilus
HB8", 20th Congress of the International Union of
Crystallography (IUCr2005) , Florence , Italy , Aug. (2005).
Nagata K., Tsutsui S., Lee W., Ito K., Kamo M., Inoue Y., andTanokura M. : "Crystal Structure of Carboxypeptidase 1 from
Thermus thermophilus", 20th Congress of the International
Union of Crystallography (IUCr2005) , Florence , Italy ,Aug. (2005).
Nakai T., Nakagawa N., Maoka N., Masui R., Kuramitsu S., andKamiya N. : "Crystal structure of P-protein of the Glycinecleavage system", 20th Congress of the International Union of
Crystallography (IUCr2005) , Florence , Italy , Aug. (2005).
Bagautdinov B., Kuroishi C., Sugahara M., and Kunishima N. :"Crystal structure of the biotin protein ligase fromPyrococcus
horikoshii OT3: insights into the mechanism of biotin
activation", 20th Congress of the International Union of
Crystallography (IUCr2005) , Florence , Italy , Aug. (2005).
Lokanath N. K., Ohshima N., Takio K., Shiromizu I., Kuroishi C.,
Okazaki N., Kuramitsu S., Yokoyama S., Miyano M., andKunishima N. : "Crystal structure of the NADP-dependent
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase", 20th Congress of theInternational Union of Crystallography (IUCr2005) , Florence ,Italy , Aug. (2005).
Miyahara I., Matsumura M., Goto M., Omi R., Hirotsu K.,
Mizuguchi H., Hayashi H., and Kagamiyama H. : "Dual
Substrate Recognition of Acetylornithine Aminotransferase",
20th Congress of the International Union of Crystallography(IUCr2005) , Florence , Italy , Aug. (2005).
Ohga T., Yoshiba S., Nakagawa N., Kuramitsu S., and Masui R. :"Molecular Mechanism of ADP-ribose Pyrophosphatase from
Thermus thermophilus HB8", 20th Congress of theInternational Union of Crystallography (IUCr2005) , Florence ,Italy , Aug. (2005).
Ebihara A., Nakagawa N., Kanagawa M., Sato S., Agari Y.,
Maoka N., Iino H., Kashihara A., Kuroishi C., Masui R.,
Shirouzu M., Terada T., Miki K., Yokoyama S., andKuramitsu S. : "Progress in the Whole Cell Project of a Model
Organism, Thermus thermophilus HB8", 20th Congress of theInternational Union of Crystallography (IUCr2005) , Florence ,Italy , Aug. (2005).
Omi R., Goto M., Miyahara I., and Hirotsu K. : "Structural Basisfor the Induced Fit, Substrate Recognition, and Mechanism ofThreonine Synthase", 20th Congress of the International Unionof Crystallography (IUCr2005) , Florence , Italy , Aug.
(2005).

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

Kuramitsu S., Ebihara A., Kanagawa M., Nakagawa N., Masui R.,
Murayama K., Terada T., Shirouzu M., Miki K., andYokoyama S. : "Whole-Cell Project of Thermus thermophilus
HB8 toward Atomic-Resolution Biology", 20th Congress of
the International Union of Crystallography (IUCr2005) ,Florence , Italy , Aug. (2005).
Kaminishi T., Sakai H., Takemoto C., Nomura M., Terada T.,
Nakagawa N., Maoka N., Kuramitsu S., Shirouzu M., andYokoyama S. : "Crystal structures of PrmA suggest a role forits most conserved region in methylating ribosomal protein
L11", EMBO Conference on Protein Synthesis andTranslational Control , Heidelberg , Germany , Sept. (2005).
Kuramitsu S., Ebihara A., Nakagawa N., Fukui K., Kondou N.,
Masui R., Miki K., and Yokoyama S. : "Structural andfunctional whole-cell project for an extremely thermophilicmodel organism, Thermus thermophilus HB8", Thermophiles
2005 , (Griffith University), Gold Coast , Australia , Sept.
(2005).
Kuramitsu S., Ebihara A., Kanagawa M., Kuroishi C., Nakagawa
N., Masui R., Terada T., Shirouzu M., and Yokoyama S. : "A
Structural and Functional Whole-Cell Project for the Model
Organism, Thermus thermophilus HB8", 1st Annual
UK-Southeast USA Symposium on Structural Genomics andProteomics of Membrane and Metalloproteins , (The
University of Georgia), Athens , USA , Oct. (2005).
Kira S., Yamamura M., and Kuramitsu S. : "Predicting theExpression Levels of Recombinant Protein by using
Reinforcement Learning", 8th IASTED International
Conference on Intelligent Systems and Control (ISC 2005) ,Cambridge , USA , Oct.--Nov. (2005).
Kuramitsu S., Ebihara A., Nakagawa N., Masui R., andYokoyama S. : "Structural genomics of a model organism,
Thermus thermophilus HB8, revealed new hypotheticalproteins bound with coenzyme or biofactor", International
Interdisciplinary Conference on Vitamins, Coenzymes, andBiofactors 2005 , (The Vitamin Society of Japan and The
Carbonyl Study Group of Japan), Awaji , Nov. (2005).
(国内会議)
中川 紀子, 海老原 章郎, 金川 真由美, 増井 良治, 三木
邦夫, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌Thermus
thermophilus HB8の構造プロテオミックスの進捗状況",
文部省科研費補助金特定領域研究「統合ゲノム」第7回ワークショップ ｢微生物ゲノム研究のフロンティア」 , 木
更津 , 3月 (2005).
石川 大仁, 小坂 宏道, 寳関 淳, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌由来ウラシルDNAグリコシラーゼ
UDGA, UDGB の構造機能解析", 第52回日本生化学会近畿支部例会 , 神戸 , 5月 (2005).
澤野 雅英, 黒石 千寿, 横山 茂之, 油谷 克英: "DSCを用いた封入体蛋白質の実態の解明とfold型として可溶化する手法の確立", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7
月 (2005).
福井 健二, 増井 良治, 倉光 成紀: "MutSファミリー蛋白質
MutS2のエンドヌクレアーゼ活性", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月 (2005).
海老原 章郎, 中川 紀子, 金川 真由美, 佐藤 伸哉, 上利佳弘, 真岡 伸子, 飯野 均, 柏原 愛子, 黒石 千寿, 増井良治, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 三木 邦夫, 横山 茂之,
倉光 成紀: "高度好熱菌Thermus thermophilus HB8をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月 (2005).
若松 泰介, 大賀 拓史, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌由来Nudixタンパク質（ヌクレオシド二リン酸誘導体加水分解酵素）Ndx2の機能及び構造解析", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月 (2005).
藤田 咲子, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "酸化傷害

DNA修復酵素の基質認識及びAPリアーゼ活性に働く残基の解析", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月(2005).
近藤 直幸, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "新規dNTP
triphosphohydrolaseの活性における金属イオン選択性",
第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月 (2005).
上西 達也, 酒井 宏明, 堀 千重, 寺田 貴帆, 中川 紀子, 真岡 伸子, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "PrmAの結晶構造から示唆されるリボソームタンパク質L11のメチル化反応における協調的かつ合理的な進行性", 日本
RNA学会年会第7回RNAミーティング , 弘前 , 8月
(2005).
佐々木 浩, 服部 素之, 仙石 徹, 宇都宮 幸子, 黒石 千寿,
福永 流也, 柳沢 達男, 白水 美香子, 関根 俊一, 横山
茂之: "超好熱古細菌 Pyrococcus horikoshii 由来フェニル
アラニルtRNA合成酵素βサブユニットのX線結晶構造解析", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティング , 弘前 ,8月 (2005).
澤野 雅英, 竹平 美千代, 黒石 千寿, 横山 茂之, 油谷 克
英: "DSCを用いた封入体蛋白質のfolding状態の解析：
intact folding蛋白質の存在とその精製", 理研シンポジウ
ム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
伊藤 彰厚, 岡村 高明, 山本 仁, 上山 憲一: "ルテニウム錯体によるN端選択標識法を用いたアミノ酸配列解析", 理
研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」
第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
藤田 咲子, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "酸化傷害
DNA修復酵素の基質認識及びAPリアーゼ活性に働く残基の解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
若松 泰介, 大賀 拓史, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌由来Nudixタンパク質 (ヌクレオシド二リン酸誘導体加水分解酵素) Ndx2の機能及び構造解析", 理研
シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
今川 貴仁, 杉本 康志, 宇都宮 敬子, 津下 英明: "高度好熱菌由来TT1382の結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播
磨 , 8月 (2005).
三瓶 厳一, 石井 健, 矢内 久陽, 馬場 清喜, 真岡 伸子, 中
川 紀子, 金川 真由美, 河合 剛太: "Thermus thermophilus
HB8 由来PurDタンパク質の結晶構造解析", 理研シンポ
ジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
富田 武郎, 伏信 進矢, 葛山 智久, 西山 真: "NAD(H)依存
リンゴ酸脱水素酵素のNADPHとの複合体の結晶構造解
析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
中林 誠, 柴田 直樹, 飯野 均, 海老原 章郎, 樋口 芳樹:"STARTドメインスーパーファミリーに属する新規タン
パク質：TT1201の結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 ,8月 (2005).
中林 誠, 柴田 直樹, 金川 真由美, 中川 紀子, 樋口 芳樹:"アセトイン脱水素酵素類似タンパク質；TT1271の結晶構
造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
永田 宏次, 大塚 淳, 市原 洋祐, 飯野 均, 海老原 章郎, 田之倉 優: "独特の4ヘリックスバンドルトポロジーを有す
る推定金属依存性加水分解酵素 Bacillus subtilis YfiTと類似した構造を有するTT2238の結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
村山 和隆, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "Crystal
structure of TTHA1479 from Thermus thermophilus HB8", 理
研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」
第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
久野 玉雄, 金 成勲, 竹田 一旗, 上利 佳弘, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来 N-アシルアミノ酸ラセマーゼの結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
今川 貴仁, 宇都宮 敬子, 杉本 康志, 海老原 章郎, 津下
英明: "高度好熱菌由来 O-acetyl-L-homoserine
sulfhydrylase の結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播
磨 , 8月 (2005).
後藤 勝, 近江 理恵, 宮原 郁子, 広津 建: "高度好熱菌HB8
分岐鎖アミノ基転移酵素と向神経薬ガバペンチンとの複合体の構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹
プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
後藤 勝, 近江 理恵, 宮原 郁子, 広津 建: "高度好熱菌由来
キヌレニンアミノ基転移酵素の結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
中川 紀子, 柏原 愛子, 中井 恵美, 吉良 聡, 井手 香, 長嶋
剛史, 小西 史一, 畠山 眞里子, 小長谷 明彦, 横山 茂之,
倉光 成紀: "Thermus thermophilus HB8 の遺伝子破壊株作
製，および，トランスクリプトーム解析", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
伊藤 寛啓, 柏原 愛子, 吉良 聡, 中川 紀子, 倉光 成紀, 三
瓶 厳一, 河合 剛太: "DNAマイクロアレイによる遺伝子
間領域の発現解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
福井 健二, 増井 良治, 倉光 成紀: "MutS パラログ, MutS2の分子機能解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと
一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
石川 大仁, 寶関 淳, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "耐熱性 UDG で保存されている [4Fe-4S] クラスターの機能解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
西山 真: "T. thermophilus のリジン生合成：構造，機能，調節，進化", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
斎木 朝子, 富田 武郎, 葛山 智久, 西山 真: "リンゴ酸脱水
素酵素の高活性化・安定化機構", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播
磨 , 8月 (2005).
田中 容子, 中川 紀子, 倉光 成紀: "GTP cyclohydrolase I の新規反応機構", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
齋藤 郁美, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌
ヌクレオチド除去修復系の構造機能解析", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
山岸 大輔, 西久保 喬, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌由来Ndx3の立体構造解析", 理研シンポジウ
ム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
近江 理恵, 後藤 勝, 宮原 郁子, 水口 博之, 林 秀行, 広津
建: "高度好熱菌HB8 トレオニン合成酵素の構造と７段
階反応の機構", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
藤原 聡子, 藤本 ゆかり, 隅田 泰生, 深瀬 浩一: "高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来細胞膜糖脂質の合成",
理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」
第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
大賀 拓史, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌
由来ADP-ribose加水分解酵素の反応触媒機構", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
近藤 直幸, 西久保 喬, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"新規 dNTP triphosphohydrolase の金属イオン依存的活性の多様性と好熱菌内金属イオン濃度との比較", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
大賀 拓史, 大橋 由明, 中川 紀子, 増井 良治, 曽我 朋義,
冨田 勝, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌のメタボローム解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
松崎 富士郎, 木村 誠, 角田 佳充: "高度好熱菌Thermus
thermophilus HB8 由来ペプチドグリカン合成酵素Mur EのX線結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸
ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
近藤 寛, Hossain T., 安達 渉, 中井 忠志, 神谷 信夫, 増井良治, 倉光 成紀, 鈴木 薫, 関口 武司, 竹中 章郎:"Thermus thermophilus HB8がもつ２種類のE3 (リポアミド
脱水素酵素) のＸ線構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
月 (2005).
岸下 誠一郎, 村山 和隆, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 倉光成紀, 横山 茂之: "Crystal structures of the conserved
hypothetical proteins, TTHA0068 and TTHA0132, from
Thermus thermophilus HB8", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
月 (2005).
朝田 久仁子, 宮崎 淳一, 葛山 智久, 西山 真: "Directed
evolution of homoisocitrate dehydrogenase from an extreme
thermophile, Thermus thermophilus", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播
磨 , 8月 (2005).
海老原 章郎, 横山 茂之, 倉光 成紀: "X線結晶回折データの収集および解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
村山 和隆, 中川 紀子, 村山 美幸, 海老原 章郎, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "Thermus thermophilus HB8
および Aeropyrum pernix K1由来アミノアシルtRNA編集
酵素の高分解能構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
月 (2005).
黒石 千寿, 横山 茂之, 倉光 成紀: "Thermus thermophilus
HB8のタンパク質調製", 理研シンポジウム「高度好熱菌
丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
上利 佳弘, 横山 茂之, 倉光 成紀: "Thermus thermophilus
HB8の実験情報のデータベースシステム", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
新海 暁男, 柏原 愛子, 吉良 聡, 倉光 成紀, 横山 茂之:"Thermus thermophilus HB8株由来cAMPレセプタータンパ
ク質の生化学的性質", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸
ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
仲野 徳, 粂井 麻希, 稲垣 栄二, 田中 智之, 新海 ふじ江,倉光 成紀, 瀧尾 擴士, 新海 暁男, 横山 茂之: "Thermus
thermophilus HB8由来TT0972タンパク質の構造", 理研シ
播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

ンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回
連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
岡崎 伸生, 仲野 徳, 粂井 麻希, 佐藤 伸哉, 満足 美穂, 倉光 成紀, 白水 美香子, 新海 暁男, 横山 茂之: "Thermus
thermophilus HB8由来機能未知タンパク質TT1045，およびTT1515のX線結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 ,8月 (2005).
満足 美穂, 横山 茂之, 倉光 成紀: "タンパク質精製の実例(1)", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
宇都宮 幸子, 横山 茂之, 倉光 成紀: "タンパク質精製の実
例 (2)", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
吉良 聡, 横山 茂之, 倉光 成紀: "タンパク質発現における5’翻訳領域の配列最適化", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
月 (2005).
北村 吉章, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA0048 conserved hypothetical protein, TTHA1587
D-Ala:D-Ala ligase", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
海老原 章郎, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA0122 Mn-catalase, TTHA1714 probable heme
peroxidase, TTHA0704 conserved hypothetical protein (SNZ
family), TTHA0593 conserved hypothetical protein,
TTHA1747 thioredoxin, TTHA0338 conserved hypotheticalprotein", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
飯野 均, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：TTHA0895
conserved hypothetical protein, TTHA1053 conserved
hypothetical protein, TTHA0978 conserved hypotheticalprotein", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
佐藤 伸哉, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1091 conserved hypothetical protein", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
上利 佳弘, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1359 transcriptional regulator FNR/CRP family", 理研
シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
矢内 久陽, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1516 PurS", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと
一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
金川 真由美, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1913 conserved hypothetical protein, TTHA0625
conserved hypothetical protein", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 ,8月 (2005).
近藤 寛, Hossain T., 安達 渉, 中井 忠志, 神谷 信夫, 増井良治, 倉光 成紀, 鈴木 薫, 関口 武志, 竹中 章郎:"Thermus thermophilus由来の2種類のE3（リポアミドデヒ
ドロゲナーゼ）の結晶構造", 第78回日本生化学会大会 ,神戸 , 10月 (2005).
海老原 章郎, 中川 紀子, 金川 真由美, 佐藤 伸哉, 上利佳弘, 真岡 伸子, 飯野 均, 柏原 愛子, 黒石 千寿, 増井良治, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 三木 邦夫, 横山 茂之,
倉光 成紀: "高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月 (2005).
近藤 直幸, 倉光 成紀, 増井 良治: "Biochemical
Characterization of TT1383 from Thermus thermophilus

Identifies a Novel dNTP Triphosphohydrolase Activity
Stimulated by dATP and dTTP", 第78回日本生化学会大会 ,神戸 , 10月 (2005).
若松 泰介, 大賀 拓史, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"Biochemical characterization and structural analysis of Ndx2
protein, a member of Nudix family from Thermus
thermophilus HB8", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10
月 (2005).
石川 大仁, 寳関 淳, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"Functonal analysis of the [4Fe-4S] cluster conserved among
thermostable UDGs", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 ,10月 (2005).
近藤 直幸, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "Recognition
Mechanism of Multiple dNTPs on A Novel dNTP
Triphosphohydrolase", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 ,10月 (2005).
福井 健二, 増井 良治, 倉光 成紀: "Thermus thermophilus
MutS2, a MutS Paralogue, Possesses an Endonuclease
Activity Promoted by MutL", 第78回日本生化学会大会 ,神戸 , 10月 (2005).
福井 健二, 増井 良治, 倉光 成紀: "Thermus thermophilus
MutS2, a MutS homologue, possesses an endonucleaseactivity effected by MutL and MutS", 第78回日本生化学会
大会 , 神戸 , 10月 (2005).
中川 紀子, 海老原 章郎, 金川 真由美, 増井 良治, 三木
邦夫, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクトの進捗状況", 第6回極限環境微生物学会年会 ,東京 , 11月 (2005).
伊藤 寛啓, 柏原 愛子, 吉良 聡, 中川 紀子, 倉光 成紀, 三
瓶 厳一, 河合 剛太: "DNA マイクロアレイによる高度好熱菌ゲノムの遺伝子間領域の発現解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
福井 健二, 増井 良治, 倉光 成紀: "MutS パラログ, MutS2の分子機能解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
近藤 直幸, 西久保 喬, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"Thermus thermophilus HB8 細胞中の金属イオンに対する
dNTP triphosphohydrolase の依存性", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
三瓶 厳一, 石井 健, 矢内 久陽, 馬場 清喜, 真岡 伸子, 中
川 紀子, 金川 真由美, 河合 剛太: "Thermus thermophilus
HB8 由来GAR synthetaseの結晶構造", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
落海 雅仁, 福井 健二, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌
MutL Ｃ末端ドメインの機能解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
妻鹿 良亮, 近藤 直幸, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌 dNTP triphosphohydrolase のドメイン解析",
第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
齋藤 郁美, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌
Thermus thermophilus HB8 ヌクレオチド除去修復系の構造機能解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
月 (2005).
大島 裕二, 秋林 淳, 長岡 克浩, 玉腰 雅忠, 山岸 明彦, 倉光 成紀, 三瓶 厳一: "高度好熱菌 Thermus thermophilus
トリプトファン生合成系オペロンの発現解析", 第28回日
本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
市原 洋佑, 大塚 淳, 井上 由美子, 永田 宏次, 田之倉 優:"高度好熱菌Thermus thermophilus HB8由来probable zincproteaseの構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福
岡 , 12月 (2005).
山岸 大輔, 西久保 喬, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀:"高度好熱菌由来 Ndx3 の立体構造解析による加水分解機構の解明", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

月 (2005).
若松 泰介, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "高度好熱菌
由来 Nudix タンパク質 (ヌクレオシド二リン酸誘導体
加水分解酵素) Ndx2 の機能及び構造解析", 第28回日本
分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
藤田 咲子, 中川 紀子, 増井 良治, 倉光 成紀: "酸化傷害DNA 修復酵素の基質認識及び AP リアーゼ活性に働く残基の解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
月 (2005).
Ihsanawati., 村山 和隆, 白水 美香子, 倉光 成紀, 横山 茂
之: "Crystal Structure of a Hypothetical Protein TT1823", 理
研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」
第4回連携研究会 , 播磨 , 12月 (2005).
Jeyaraman J., 高 潤一郎, 菊地 晶裕, 黒石 千寿, 油谷 克英,
城 宜嗣: "Crystal Structure of L-fuculose-1-phosphate
aldolase from Thermus thermophilus HB8", 日本結晶学会
2005年度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
清水 勝美, 藤本 弥生, 菅原 光明, 国島 直樹: "Pyrococcus
horikoshii OT3 由来の推定ペプチジル-tRNA 加水分解酵素の結晶構造", 日本結晶学会2005年度年会および総会 ,姫路 , 12月 (2005).
淺田 征彦, 澤野 雅英, 小笠原 京子, 中村 順司, 太田 元規, 黒石 千寿, 菅原 光明, 油谷 克英, 国島 直樹: "X線
構造解析と示差走査熱量測定(DSC)を用いた高度好熱菌
Thermus thermophilus HB8 由来トリプトファン合成酵素αサブユニットの安定化機構の検討", 日本結晶学会2005年
度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
村山 和隆, 村山 美幸, 中川 紀子, 海老原 章郎, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "Trans-editing enzyme ProX
におけるアミノ酸認識機構の解明", 日本結晶学会2005年
度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
中林 誠, 柴田 直樹, 小森 博文, 上田 康史, 飯野 均, 海老原 章郎, 倉光 成紀, 樋口 芳樹: "高度好熱菌 Thermus
thermophilus HB8 由来機能未知タンパク質 TTHA0849の結晶構造", 日本結晶学会2005年度年会および総会 ,姫路 , 12月 (2005).
近藤 寛, ホセイン トファザル, 安達 渉, 中井 忠志, 神谷
信夫, 増井 良治, 倉光 成紀, 鈴木 薫, 関口 武司, 竹中
章郎: "Two different E3s(lipoamide dehydrogenases) of
2-oxoacid dehydrogenase complexes of Thermus thermophilus
ehydrogenase complexes of Thermus thermophilus ", 文部省
科学研究費補助金特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第2回公開シンポジウム「生体超分子-構造・機能解明への果敢なる挑戦-」 , 金沢 , 12月(2005).
倉光 成紀, 松本 武久, 別所 義隆: "解析タンパク質の例（1）感染症関連（ウイルス・細菌）", 文部科学省タンパ
ク3000プロジェクト 第3回産学連携フォーラム , 東京 ,2月 (2006).

SRRN物質・エネルギー代謝系蛋白質研究チーム
誌 上 発 表Publications[ 雑誌 ]（原著論文）＊印は査読制度がある論文誌
Matsumoto K., Nagao R., Murata T., Arai Y., Kichise T.,
Nakashita H., Taguchi S., Shimada H., and Doi Y. :"Enhancement of poly(3-hydroxybutyrate-co-3hydroxyvalerate) production in the transgenic Arabidopsis
thaliana by the in vitro evolved highly active mutants ofpolyhydroxyalkanoate (PHA) synthase from Aeromonas
caviae", Biomacromolecules 6, No. 4, pp.2126--2130 (2005).
＊

口 頭 発 表 Oral Presentations(国際会議等)
Ebihara A., Nakagawa N., Kanagawa M., Sato S., Agari Y.,
Maoka N., Iino H., Kashihara A., Kuroishi C., Masui R.,
Shirouzu M., Terada T., Miki K., Yokoyama S., andKuramitsu S. : "Progress in the Whole Cell Project of a Model
Organism, Thermus thermophilus HB8", 20th Congress of theInternational Union of Crystallography (IUCr2005) , Florence ,Italy , Aug. (2005).
Kuramitsu S., Ebihara A., Kanagawa M., Nakagawa N., Masui R.,
Murayama K., Terada T., Shirouzu M., Miki K., andYokoyama S. : "Whole-Cell Project of Thermus thermophilus
HB8 toward Atomic-Resolution Biology", 20th Congress of
the International Union of Crystallography (IUCr2005) ,Florence , Italy , Aug. (2005).
Kuramitsu S., Ebihara A., Nakagawa N., Fukui K., Kondou N.,
Masui R., Miki K., and Yokoyama S. : "Structural andfunctional whole-cell project for an extremely thermophilicmodel organism, Thermus thermophilus HB8", Thermophiles
2005 , (Griffith University), Gold Coast , Australia , Sept.
(2005).
(国内会議)
中川 紀子, 海老原 章郎, 金川 真由美, 増井 良治, 三木
邦夫, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌Thermus
thermophilus HB8の構造プロテオミックスの進捗状況",
文部省科研費補助金特定領域研究「統合ゲノム」第7回ワークショップ ｢微生物ゲノム研究のフロンティア」 , 木
更津 , 3月 (2005).
海老原 章郎, 中川 紀子, 金川 真由美, 佐藤 伸哉, 上利佳弘, 真岡 伸子, 飯野 均, 柏原 愛子, 黒石 千寿, 増井良治, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 三木 邦夫, 横山 茂之,
倉光 成紀: "高度好熱菌Thermus thermophilus HB8をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月 (2005).
木田 宗志, 喜田 昭子, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来
4-oxalocrotonate tautomeraseの結晶構造", 理研シンポジウ
ム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
渡部 聡, 喜田 昭子, 三木 邦夫: "鉄イオウクラスター生合成関連ABC ATPase SufC の結晶構造", 理研シンポジウ
ム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
秋山 信彦, 喜田 昭子, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来aminoacid transporterのATP結合ドメインの結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
沼本 修孝, 喜田 昭子, 三木 邦夫: "Thermus thermophilus
HB8由来シャペロニン10 (Cpn10, co-chaperonin) の結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
曽佐 顕, 中村 顕, 小森 博文, 喜田 昭子, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来NAD(H)依存性酸化還元センサーリプレッ
サーp25の結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
久野 玉雄, 金 成勲, 竹田 一旗, 上利 佳弘, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来 N-アシルアミノ酸ラセマーゼの結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
吉瀬 智康, 竹田 一旗, 久野 玉雄, 三木 邦夫: "高度好熱菌
Thermus thermophilus HB8由来probable enoyl-CoA
hydratase の結晶学的研究", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

月 (2005).
竹田 一旗, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来のペリプラズム基
質結合タンパク質の結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
金 成勲, 宮武 秀行, 久野 玉雄, 岩崎 わかな, 三木 邦夫:"高度好熱菌由来フラビン拡散型NADH：フラビン酸化還元酵素におけるフラビンの結合･解離機構", 理研シンポ
ジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
岩崎 わかな, 三木 邦夫: "高度好熱菌由来Stationary phasesurvival protein SurEの結晶構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播
磨 , 8月 (2005).
海老原 章郎, 中川 紀子, 金川 真由美, 佐藤 伸哉, 上利佳弘, 真岡 伸子, 飯野 均, 柏原 愛子, 黒石 千寿, 増井良治, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 三木 邦夫, 横山 茂之,
倉光 成紀: "高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月 (2005).
中川 紀子, 海老原 章郎, 金川 真由美, 増井 良治, 三木
邦夫, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクトの進捗状況", 第6回極限環境微生物学会年会 ,東京 , 11月 (2005).
平田 邦夫, 城 宜嗣, 月原 冨武, 中川 敦史, 福山 恵一, 和田 啓, 山本 雅貴, 田中 宏志, 高田 昌樹: "マキシマムエ
ントロピー法によるタンパク質結晶構造解析 できること、できないこと", 日本結晶学会2005年度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
SRRN機能未知蛋白質研究チーム
誌 上 発 表Publications[ 雑誌 ]（原著論文）＊印は査読制度がある論文誌
Pioszak A. A., Murayama K., Nakagawa N., Ebihara A.,
Kuramitsu S., Shirouzu M., and Yokoyama S. : "Structures ofa putative RNA 5-methyluridine methyltransferase, Thermus
thermophilus TTHA1280, and its complex with
S-adenosyl-L-homocysteine", Acta Cryst. F 61, 867--874(2005). ＊Umehara T., Otta Y., Tsuganezawa K., Matsumoto T., Tanaka A.,
Horikoshi M., Padmanabhan B., and Yokoyama S. :"Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction
analysis of the histone chaperone cia1 from fission yeast",
Acta Cryst. F 61, 971--973 (2005). ＊Wakiyama M., Matsumoto T., and Yokoyama S. : "Drosophila
U6 promoter-driven short hairpin RNAs effectively induce
RNA interference in Schneider 2 cells", Biochem. Biophys.
Res. Commun. 331, 1163--1170 (2005). ＊Terazawa Y., Tokmakov A. A., Shirouzu M., and Yokoyama S. :"Molecular cloning and expression analysis of PDK family
genes in Xenopus laevis reveal oocyte-specific PDK isoform",
Biochem. Biophys. Res. Commun. 338, No. 4, pp.1798--1804(2005). ＊Arai R., Nishimoto M., Toyama M., Terada T., Kuramitsu S.,
Shirouzu M., and Yokoyama S. : "Conserved protein
TTHA1554 from Thermus thermophilus HB8 binds toglutamine synthetase and cystathionine β-lyase", Biochim.
Biophys. Acta 1750, 40--47 (2005). ＊Kimura S., Ide K., Kashihara A., Makoto K., Hatakeyama M.,
Masui R., Nakagawa N., Yokoyama S., Kuramitsu S., andKonagaya A. : "Inference of S-system models of genetic
networks using a cooperative coevolutionary algorithm",
Bioinformatics 21, No. 7, pp.1154--1163 (2005). ＊Artsimovitch I., Vassylyeva M. N., Svetlov D., Svetlov V.,
Perederina A., Igarashi N., Matsugaki N., Wakatsuki S.,
Tahirov T., and Vassylyev D. G. : "Allosteric modulation of
the RNA polymerase catalytic reaction is an essential
component of transcription control by rifamycins", Cell 122,
No. 3, pp.351--363 (2005). ＊Kurokawa S., Bessho Y., Higashizima K., Shirouzu M.,
Yokoyama S., Watanabe K., and Ohama T. : "Adaptation of
intronic homing endonuclease for successful horizontaltransmission", FEBS J. 272, No. 10, pp.2487--2496 (2005). ＊Hamada T., Asanuma M., Ueki T., Hayashi F., Kobayashi N.,
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structure of vanabin2, a vanadium(IV)-binding protein fromthe vanadium-rich ascidian, Ascidia sydneiensis samea", J. Am.
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J. Am. Chem. Soc. 127, No. 49, pp.17286--17295 (2005). ＊Mitsui T., Kimoto M., Harada Y., Yokoyama S., and Hirao I. :"An efficient unnatural base pair for a base-pair-expanded
transcription system", J. Am. Chem. Soc. 127, 8652--8658(2005). ＊Tanaka Y., Nakagawa N., Kuramitsu S., Yokoyama S., andMasui R. : "Novel reaction mechanism of GTP cyclohydrolase
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Suetsugu K., Terada T., Shirouzu M., Hirao I., Takaku H.,
Himeno H., Muto A., Kuramitsu S., Yokoyama S., and Kawai
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in octamer formation and DNA binding", J. Biol. Chem. 280,
No. 31, pp.28382--28387 (2005). ＊Tanaka Y., Tachiwana H., Yoda K., Matsumoto H., Okazaki T.,
Kurumizaka H., and Yokoyama S. : "Human centromere
protein B induces translational positioning of nucleosomes on
α-satellite sequences", J. Biol. Chem. 280, No. 50,
pp.41609--41618 (2005). ＊Fukunaga R. and Yokoyama S. : "Structural basis for
non-cognate amino acid discrimination by the valyl-tRNA
synthetase editing domain", J. Biol. Chem. 280, 29937--29945(2005). ＊Ohashi W., Inouye S., Yamazaki T., Katayama Y., Yokoyama S.,
and Hirota H. : "Backbone 1H, 13C and 15N resonanceassignments for the Mg2+-bound form of the Ca2+-binding
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pp.375--376 (2005). ＊Scott J. A., Pantoja-Uceda D., Koshiba S., Inoue M., Kigawa T.,
Terada T., Shirouzu M., Tanaka A., Sugano S., Yokoyama S.,

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

and Guentert P. : "Solution structure of the Src homology 2
domain from the human feline sarcoma oncogene Fes", J.
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Nunokawa E., Motoda Y., Kobayashi A., Terada T., Shirouzu
M., Koshiba S., Lin Y., Guentert P., Suzuki H., Hayashizaki
Y., Kigawa T., and Yokoyama S. : "Solution structure of themouse enhancer of rudimentary protein reveals a novel fold", J.
Biomol. NMR 32, No. 4, pp.329--334 (2005). ＊Horiuchi T., Takahashi M., Kikuchi J., Yokoyama S., and Maeda
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factor for a beyond 900 MHz cryogenic probe model", J. Magn.
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Aoki M., Seki E., Matsuda T., Tomo Y., Terada T., Shirouzu
M., Tanaka A., Seki M., Shinozaki K., and Yokoyama S. :"Solution structure of the major DNA-binding domain of
Arabidopsis thaliana ehtylene-insensitive3-like3", J. Mol. Biol.
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Sugahara M., Miyano M., Kuramitsu S., Yokoyama S., andSugahara M. : "A novel induced-fit reaction mechanism ofasymmetric hot dog thioesterase paal", J. Mol. Biol. 352,
212--228 (2005). ＊Lokanath N. K., Ohshima N., Takio K., Shiromizu I., Kuroishi C.,
Okazaki N., Kuramitsu S., Yokoyama S., Miyano M., andKunishima N. : "Crystal structure of novel NADP-dependent
3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase from Thermus
thermophilus HB8", J. Mol. Biol. 352, 905--917 (2005). ＊Mizohata E., Sakai H., Fusatomi E., Terada T., Murayama K.,
Shirouzu M., and Yokoyama S. : "Crystal structure of an
Archaeal peroxiredoxin from the aerobic hyperthermophilic
crenarchaeon Aeropyrum pernix K1", J. Mol. Biol. 354, No. 2,
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Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Kigawa T.,
Okumura H., Tanaka A., Shibata N., Kashikawa M., Agata K.,
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RecA-like domain of a DEAD-box RNA helicase, the Dugesia
japonica vasa-like gene B protein", J. Struct. Biol. 150, 58--68(2005). ＊Sharma M. R., Barat C., Wilson D. N., Booth T. M., Kawazoe M.,
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properties of an unnatural nucleobase,2-amino-6-(2-thienyl)purine, in DNA and RNA fragments",
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Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Tomo Y., Hayami
N., Terada T., Shirouzu M., Tanaka A., Seki M., Shinozaki K.,
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WRKY DNA binding domain", Plant Cell 17, No. 3,
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1004--1010 (2005). ＊Arai R., Niino M., Tochio H., Morita S., Kamo T., Akasaka R.,
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rudimentary homologue (ERH) at 2.1 Å resolution", Protein
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Shinozaki K., Hirota H., and Yokoyama S. : "Astructure-based strategy for discovery of small ligands binding
to functionally unknown proteins: Combination of in silico
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Proteomics 5, 1472--1480 (2005). ＊Inagaki E., Sakamoto K., Obayashi N., Terada T., Shirouzu M.,
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Komiya K., Sakamoto K., Kameda A., Yamamoto M., Ohuchi A.,
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programmed with a hairpin DNA incorporates amultiple-instruction architecture into molecular computing",
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播磨研究所 放射光科学総合研究センター
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Kimoto M., Kawai R., Mitsui T., Harada Y., Sato A., YokoyamaS., and Hirao I. : "Site-specific incorporation of fluorescentprobes into RNA by specific transcription using unnatural basepairs", 4th International Symposium on Nucleic Acids
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Synthesis and Translational Control , Heidelberg , Germany ,Sept. (2005).
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播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

Kitahara R., Yokoyama S., Sakata E., Kasuya T., Yamaguchi Y.,
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and Yokoyama S. : "KUJIRA, a package of integrated
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Application to quick and accurate structure analysis incombination with CYANA calculations", 44th Annual
Meeting of Japanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific
NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Li H., Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T.,
Nunokawa E., Motoda Y., Kobayashi A., Terada T., Shirouzu
M., Koshiba S., Lin Y., Guntert P., Suzuki H., Hayashizaki Y.,
Kigawa T., and Yokoyama S. : "Mouse structure proteomics:
Solution structure of the mouse enhancer of rudimentary
protein reveals a novel fold", 44th Annual Meeting of Japanese
NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR Symposium ,Yokohama , Nov. (2005).
Kamatari Y., Yokoyama S., Tachibana H., and Akasaka K. :"Pressure-jump NMR study of dissociation and association ofamyloid protofibrils", 44th Annual Meeting of Japanese NMR
Society and The 1st Asia-Pacific NMR Symposium ,Yokohama , Nov. (2005).
Nagashima T., Hayashi F., Shirouzu M., Terada T., Kigawa T.,
Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki E., Hirota H.,
Yoshida M., Tanaka A., Hayashizaki Y., and Yokoyama S. :"Solution structure of nuclear move domain of nuclear
distribution gene C homolog", 44th Annual Meeting ofJapanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR
Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Qin X., Hayashi F., Shirouzu M., Terada T., Kigawa T., Inoue M.,
Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Hirota H., YoshidaM., Tanaka A., and Yokoyama S. : "Solution structure of the
LIM domain of human CLP-36 protein", 44th Annual Meetingof Japanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR
Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Tochio N., Koshiba S., Inoue M., Hayashizaki Y., Kigawa T.,
and Yokoyama S. : "Solution structure of the mouse TRP14
protein homologous to the human TRP14 protein", 44th
Annual Meeting of Japanese NMR Society and The 1st
Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Inoue K., Nagashima T., Hayashi F., Shirouzu M., Terada T.,
Kigawa T., Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki E.,
Hirota H., Yoshida M., Tanaka A., Ohara O., and Yokoyama
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44th Annual Meeting of Japanese NMR Society and The 1st
Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Katayama Y., Hayashi F., Inoue M., Kigawa T., Yokoyama S.,
and Hirota H. : "Solution structure of two human Myb-likeDNA-binding domain repeats", 44th Annual Meeting ofJapanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific NMR
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Itou Y., Hamada T., Abe T., Hayashi F., Guentert P., Inoue M.,
Kigawa T., Terada T., Shirouzu M., Yoshida M., Tanaka A.,

Sugano S., Yokoyama S., and Hirota H. : "Structual andfunctional analyses of the antifreeze-like domain of humansialic acid synthase", 44th Annual Meeting of Japanese NMR
Society and The 1st Asia-Pacific NMR Symposium ,Yokohama , Nov. (2005).
Hatta R., Hayashi F., Nagashima K., Kurosaki C., Qin X.,
Yoshida M., Shirouzu M., Terada T., Kigawa T., Inoue M.,
Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki E., Hirota H., Tanaka
A., Ohara O., and Yokoyama S. : "Structural and functional
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Meeting of Japanese NMR Society and The 1st Asia-Pacific
NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
Endo H., Hayashi F., Yoshida M., Shirouzu M., Terada T.,
Kigawa T., Inoue M., Yabuki T., Aoki M., Matsuda T., Seki E.,
Hirota H., Tanaka A., Hayashizaki Y., and Yokoyama S. :"Structural and functional analysis of MSP domains", 44th
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Asia-Pacific NMR Symposium , Yokohama , Nov. (2005).
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Katayama Y., Hayashi F., Kubo S., Yoshitani N., Sato K., Inoue
M., Yabuki T., Aoki M., Seki E., Matsuda T., Yoshida M.,
Shirouzu M., Terada T., Arakawa T., Carninci P., Kawai J.,
Hayashizaki Y., Osanai T., Tanaka A., Yokoyama S., andHirota H. : "Solution structure and functional analysis of ageneral transcription factor 2I domain in mouse TFII-I protein",International Chemical Congress of Pacific Basin Societies(PACIFICHEM 2005) , Honolulu , USA , Dec. (2005).
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(2006).
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淺沼 三和子, 濱田 季之, 植木 龍也, 横山 茂之, 道端 斉,
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福沢 世傑, 柴崎 巌, 原田 綾子, 廣田 洋, 横山 茂之, 伏谷伸宏, 橘 和夫: "細胞毒性アルカロイド、リテラジンBの作用機序に関する研究", 第8回マリンバイオテクノロジー学会大会（マリンバイオ熊本2005） , 熊本 , 5月 (2005).
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プロテオミクス研究推進本部（RSGI）の活動 ", 東京大学ファーマコビジネス・イノベーション教室（PBI）特別
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横山 茂之: "タンパク質の網羅的構造・機能解析：理研プロ
テオミクス研究推進本部（RSGI）の活動", 東京大学医科学研究所学友会セミナー , 東京 , 5月 (2005).
新井 亮一, 新野 睦子, 杤尾 広子, 森田 鋭, 加茂 友美, 赤坂 領吾, 衛藤 夕夏, 林崎 良英, 木川 隆則, 寺田 貴帆,
白水 美香子, 横山 茂之: "Enhancer of rudimentary
homologue (ERH) のＸ線結晶構造解析", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6月 (2005).
黒谷 篤之, 外山 光俊, 新屋 直子, 上野 美恵子, 藤倉 由
紀子, 矢吹 孝, 白水 美香子, 木川 隆則, 横山 茂之: "タンパク質構造解析における構造ドメイン予測の高効率化の検討", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6月
(2005).
大西 哲, 富澤 忠, 小柴 生造, 井上 真, 木川 隆則, 横山
茂之: "構造ゲノム科学で見つかった第二のクラスの異型
ホメオドメイン", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 ,6月 (2005).
村山 和隆, 川添 将仁, 白水 美香子, 横山 茂之: "大腸菌由来リボヌクレアーゼインヒビターBarstarの結晶構造解析",
第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6月 (2005).
斉藤 講平, 小柴 生造, 栃尾 尚哉, 井上 真, 白水 美香子,
小原 収, 長瀬 隆弘, 林崎 良英, 田仲 昭子, 木川 隆則,
横山 茂之: "哺乳類CAP-Glyドメインの網羅的立体構造決定の試み", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6月
(2005).
横山 茂之: 第36回今堀フォーラム , 東京 , 6月 (2005).
澤野 雅英, 黒石 千寿, 横山 茂之, 油谷 克英: "DSCを用いた封入体蛋白質の実態の解明とfold型として可溶化する手法の確立", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7
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鎌足 雄司, 横山 茂之, 橘 秀樹, 赤坂 一之: "アミロイドプ
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高圧NMRを用いた研究", 第5回日本蛋白質科学会年会 ,福岡 , 6--7月 (2005).
海老原 章郎, 中川 紀子, 金川 真由美, 佐藤 伸哉, 上利佳弘, 真岡 伸子, 飯野 均, 柏原 愛子, 黒石 千寿, 増井良治, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 三木 邦夫, 横山 茂之,
倉光 成紀: "高度好熱菌Thermus thermophilus HB8をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況", 第5回日本蛋白質科学会年会 , 福岡 , 6--7月 (2005).
高阪 諒子, 武田 理絵, 森 幸恵, 石井 亮平, 横山 茂之, 今

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上西 達也, 酒井 宏明, 堀 千重, 寺田 貴帆, 中川 紀子, 真岡 伸子, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "PrmAの結晶構造から示唆されるリボソームタンパク質L11のメチル化反応における協調的かつ合理的な進行性", 日本
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後藤 桜子, 伊藤 拓宏, 石井 亮平, 福永 流也, 関根 俊一,
白水 美香子, Se W., 横山 茂之: "tRNAm1G37メチル基転移酵素の結晶化", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティ
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石井 亮平, 皆川 麻子, 高久 洋暁, 高木 正道, 梨本 正之,
横山 茂之: "Thermotoga maritima由来tRNase ZのX線結晶構造解析", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティング ,弘前 , 8月 (2005).
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ミーティング , 弘前 , 8月 (2005).
小林 隆嗣, 柳沢 達男, 樋野 展正, 松元 明子, 坂本 健作,
横山 茂之: "ピロリジルtRNA合成酵素・tRNAPyl ペアを用いた動物細胞における遺伝暗号の拡張", 日本RNA学会年
会第7回RNAミーティング , 弘前 , 8月 (2005).
福永 流也, 横山 茂之: "ロイシル tRNA 合成酵素の構造、機能解析", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティング ,弘前 , 8月 (2005).
柴田 理恵, 別所 義隆, 新海 暁男, 西本 まどか, 房富 絵
美子, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "古細菌型転写終結因子NusAの構造・機能解析", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティング , 弘前 , 8月 (2005).
別所 義隆, 柴田 理恵, 村山 和隆, 関根 俊一, 東島 今日子, 堀 千重, 白水 美香子, 倉光 成紀, 横山 茂之: "好熱菌tmRNA-tRNAドメインの結晶構造解析", 日本RNA学会
年会第7回RNAミーティング , 弘前 , 8月 (2005).
鴫 直樹, 坂口 裕理子, 鈴木 勉, 寺田 貴帆, 白水 美香子,
横山 茂之, 渡辺 公綱: "高度好熱菌tRNAに耐熱性を付与する修飾塩基s2Tの生合成機構", 日本RNA学会年会第7回
RNAミーティング , 弘前 , 8月 (2005).
佐々木 浩, 服部 素之, 仙石 徹, 宇都宮 幸子, 黒石 千寿,
福永 流也, 柳沢 達男, 白水 美香子, 関根 俊一, 横山
茂之: "超好熱古細菌 Pyrococcus horikoshii 由来フェニル
アラニルtRNA合成酵素βサブユニットのX線結晶構造解析", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティング , 弘前 ,8月 (2005).
坂本 健作, 林 明子, 樋野 展正, 伊良波 史枝, 小林 隆嗣,
横山 茂之: "動物細胞におけるサプレッサーtRNAの誘導的発現と非天然型アミノ酸のタンパク質への人為的な導入", 日本RNA学会年会第7回RNAミーティング , 弘前 ,8月 (2005).
澤野 雅英, 竹平 美千代, 黒石 千寿, 横山 茂之, 油谷 克

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
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村山 和隆, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "Crystal
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第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
中川 紀子, 柏原 愛子, 中井 恵美, 吉良 聡, 井手 香, 長嶋
剛史, 小西 史一, 畠山 眞里子, 小長谷 明彦, 横山 茂之,
倉光 成紀: "Thermus thermophilus HB8 の遺伝子破壊株作
製，および，トランスクリプトーム解析", 理研シンポジ
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伊藤 寛啓, 柏原 愛子, 吉良 聡, 中川 紀子, 倉光 成紀, 三
瓶 厳一, 河合 剛太: "DNAマイクロアレイによる遺伝子
間領域の発現解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
大賀 拓史, 大橋 由明, 中川 紀子, 増井 良治, 曽我 朋義,
冨田 勝, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌のメタボローム解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
岸下 誠一郎, 村山 和隆, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 倉光成紀, 横山 茂之: "Crystal structures of the conserved
hypothetical proteins, TTHA0068 and TTHA0132, from
Thermus thermophilus HB8", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
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海老原 章郎, 横山 茂之, 倉光 成紀: "X線結晶回折データの収集および解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
村山 和隆, 中川 紀子, 村山 美幸, 海老原 章郎, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "Thermus thermophilus HB8
および Aeropyrum pernix K1由来アミノアシルtRNA編集
酵素の高分解能構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
月 (2005).
黒石 千寿, 横山 茂之, 倉光 成紀: "Thermus thermophilus
HB8のタンパク質調製", 理研シンポジウム「高度好熱菌
丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
上利 佳弘, 横山 茂之, 倉光 成紀: "Thermus thermophilus
HB8の実験情報のデータベースシステム", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
新海 暁男, 柏原 愛子, 吉良 聡, 倉光 成紀, 横山 茂之:"Thermus thermophilus HB8株由来cAMPレセプタータンパ
ク質の生化学的性質", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸
ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
仲野 徳, 粂井 麻希, 稲垣 栄二, 田中 智之, 新海 ふじ江,倉光 成紀, 瀧尾 擴士, 新海 暁男, 横山 茂之: "Thermus
thermophilus HB8由来TT0972タンパク質の構造", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回
連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
岡崎 伸生, 仲野 徳, 粂井 麻希, 佐藤 伸哉, 満足 美穂, 倉光 成紀, 白水 美香子, 新海 暁男, 横山 茂之: "Thermus
thermophilus HB8由来機能未知タンパク質TT1045，およびTT1515のX線結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 ,8月 (2005).

満足 美穂, 横山 茂之, 倉光 成紀: "タンパク質精製の実例(1)", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
宇都宮 幸子, 横山 茂之, 倉光 成紀: "タンパク質精製の実
例 (2)", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
吉良 聡, 横山 茂之, 倉光 成紀: "タンパク質発現における5’翻訳領域の配列最適化", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8
月 (2005).
寺田 貴帆, 白水 美香子, 堀 千重, 村山 和隆, 関根 俊一,
別所 義隆, 新井 亮一, 半田 徳子, 新野 睦子, 岸下 誠一郎, 外山 光俊, 保坂 俊彰, 王 宏飛, 上西 達也, 末次
京子, 溝端 栄一, Ihsanawati., 謝 勇, 董 雪松, 石井 健,
桂 一茂, 赤坂 領吾, 青木 真理: "構造解析を目指した高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8由来転写・翻訳系および機能未知タンパク質の大量調製システム", 理研シンポ
ジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
北村 吉章, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA0048 conserved hypothetical protein, TTHA1587
D-Ala:D-Ala ligase", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
海老原 章郎, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA0122 Mn-catalase, TTHA1714 probable heme
peroxidase, TTHA0704 conserved hypothetical protein (SNZ
family), TTHA0593 conserved hypothetical protein,
TTHA1747 thioredoxin, TTHA0338 conserved hypotheticalprotein", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
飯野 均, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：TTHA0895
conserved hypothetical protein, TTHA1053 conserved
hypothetical protein, TTHA0978 conserved hypotheticalprotein", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
佐藤 伸哉, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1091 conserved hypothetical protein", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
上利 佳弘, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1359 transcriptional regulator FNR/CRP family", 理研
シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
矢内 久陽, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1516 PurS", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと
一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
金川 真由美, 横山 茂之, 倉光 成紀: "構造機能解析：
TTHA1913 conserved hypothetical protein, TTHA0625
conserved hypothetical protein", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 ,8月 (2005).
保坂 俊彰, 村山 和隆, 村山 美幸, 寺田 貴帆, 白水 美香
子, 倉光 成紀, 横山 茂之: "高度好熱菌由来
TTHA1846-coenzymeA-Znの結晶構造解析", 理研シンポ
ジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
新井 亮一, 西野 綾, 新野 睦子, 房富 絵美子, 長野 佳子,
加茂 友美, 河口 真一, 赤坂 領吾, 吉川 征子, 西本 ま
どか, 外山 光俊, 村山 和隆, 寺田 貴帆, 倉光 成紀, 白
水 美香子, 横山 茂之: "高度好熱菌由来機能未知タンパ
ク質TTHA0516(TT1772)とTTHA1568(TT1639L)のＸ線結晶構造解析", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹
プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報伊東 夏織, 新井 亮一, 房富 絵美子, 加茂 友美, 河口 真
一, 赤坂 領吾, 寺田 貴帆, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "高度好熱菌由来機能未知タンパク質
TTHA0727(TT1628)のX線結晶構造解析", 理研シンポジ
ウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月 (2005).
横山 茂之: "転写翻訳系", 理研シンポジウム「高度好熱菌丸
ごと一匹プロジェクト」第4回連携研究会 , 播磨 , 8月
(2005).
横山 茂之: "構造プロテオミクスの現状と将来への展望",
第4回ナノサイエンス・サマー道場「ナノバイオサイエン
スの基礎と応用」 , 長野 , 8月 (2005).
横山 茂之: "立体構造に基づく生命システムの理解をめざして", ゲノムフォーラム2005「生命科学について語ろう」：若手研究者からみたゲノム研究 , 東京 , 9月 (2005).
横山 茂之: "タンパク質研究の将来と高性能コンピューテ
ィング", 計算科学技術シンポジウム「次世代スーパーコ
ンピュータとシミュレーションの革新」 , 東京 , 9月
(2005).
森久保 典子, 坂本 健作, 福田 頼之, 大竹 和正, 新屋 直子, 淺沼 三和子, 廣田 洋, 横山 茂之, 星野 力: "非天然型及び天然型アミノ酸部位特異的導入実験に基づくスクアレン環化機構の考察：カチオン／π相互作用とアミノ酸側鎖のバルクサイズの重要性", 第47回天然有機化合物討論会 , 徳島 , 10月 (2005).
王 宏飛, 堀 千重, 村山 和隆, 中山 亮子, 関根 俊一, 寺田
貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "Crystal Structure of
Thermus thermophilus elongation factor EF-G-2 in the GTP
form", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月 (2005).
赤坂 一之, 鎌足 雄司, 横山 茂之, 橘 秀樹: "Pressure-jump
NMR study of dissociation and association of amyloid
protofibrils", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月(2005).
海老原 章郎, 中川 紀子, 金川 真由美, 佐藤 伸哉, 上利佳弘, 真岡 伸子, 飯野 均, 柏原 愛子, 黒石 千寿, 増井良治, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 三木 邦夫, 横山 茂之,
倉光 成紀: "高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8をモデル生物とした「丸ごと一匹プロジェクト」の進捗状況", 第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月 (2005).
横山 茂之: "Protein Structural Genomics/Proteomics Research",
第78回日本生化学会大会 , 神戸 , 10月 (2005).
末武 徹也, 林 文晶, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 木川 隆則,
井上 真, 矢吹 孝, 青木 雅昭, 松田 貴意, 関 英子, 廣田
洋, 好田 真由美, 田仲 昭子, 林崎 良英, 横山 茂之: "タイトジャンクション結合タンパク質TJP2のN末端PDZド
メインの溶液構造解析", 第43回日本生物物理学会年会 ,札幌 , 11月 (2005).
大西 哲, 栃尾 尚哉, 佐藤 真奈美, 小柴 生造, 行木 信一,
井上 真, 木川 隆則, 横山 茂之: "Solution structure of theSH3 domain of the human SRC-like adopter protein (SLAP)
reveals a novel molecular recognition mechanism", 第43回日
本生物物理学会年会 , 札幌 , 11月 (2005).
栃尾 尚哉, 笹川 彩, 小柴 生造, 井上 真, 木川 隆則, 横山
茂之: "Solution structures of six fibronectin type III domainsof human", 第43回日本生物物理学会年会 , 札幌 , 11月(2005).
前野 覚大, 鎌足 雄司, 横山 茂之, 赤坂 一之: "高圧
1
H-NMRと高圧蛍光測定法を用いて観測した鶏リゾチー
ムの構造ゆらぎ", 第43回日本生物物理学会年会 , 札幌 ,11月 (2005).
由本 富巳, 岡村 哲至, 高橋 雅人, 保母 史郎, 井上 浩司,
三木 孝史, 濱田 衛, 横山 茂之, 前田 秀明: "500MHz
NMRにおける4K極低温プローブの開発", 2005年度秋季
低温工学・超電導学会 , 新潟 , 11月 (2005).

福崎 智数, 横山 茂之, 前田 秀明, 松本 真治, 二森 茂樹,
木吉 司: "高磁場NMRに用いるNb3Al超伝導線材の超伝導接続方法", 2005年度秋季低温工学・超電導学会 , 新潟 ,11月 (2005).
中川 紀子, 海老原 章郎, 金川 真由美, 増井 良治, 三木
邦夫, 横山 茂之, 倉光 成紀: "高度好熱菌丸ごと一匹プ
ロジェクトの進捗状況", 第6回極限環境微生物学会年会 ,東京 , 11月 (2005).
Tokmakov A. A., 寺澤 ゆみこ, 白水 美香子, 横山 茂之:"Differential expression of multiple it Xenopus PDK family
genes during oogenesis, maturation, fertilization, and early
embryogenesis", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
李 華, 井上 真, 矢吹 孝, 青木 雅昭, 関 英子, 松田 貴意,
布川 絵未, 元田 容子, 小林 敦夫, 寺田 貴帆, 白水 美
香子, 小柴 生造, 林 意然, Guentert P., 鈴木 治和, 林崎
良英, 木川 隆則, 横山 茂之: "Solution Structure of the
Mouse Enhancer of Rudimentary Protein Reveals a Novel
Fold", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
佐藤 敦子, 武藤 裕, 桑迫 香奈子, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 木川 隆則, 井上 真, 永田 崇, 鈴木 咲良, 染谷 龍彦,
津田 健吾, 高橋 征三, 菅野 純夫, 横山 茂之: "Solution
structure of the RNA recognition motif(RRM) of humanSF3b49/SAP49", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
永田 崇, 武藤 裕, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 井上 真, 木川隆則, 林崎 良英, 横山 茂之: "Structural analysis of Mouse
Poly(A)-specific Ribonuclease", 第28回日本分子生物学会
年会 , 福岡 , 12月 (2005).
柴田 理恵, 別所 義隆, 西本 まどか, 房富 絵美子, 寺田
貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "Aquifex tRNA
(mnm5s2U34) 修飾酵素MnmC2のX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
染谷 龍彦, 武藤 裕, 井上 真, 木川 隆則, 寺田 貴帆, 白水
美香子, 菅野 純夫, 横山 茂之: "Arginine/serine-richsplicing factor 10のRRM領域の構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
嶋田 睦, 丹羽 英明, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 田仲 昭子,
長瀬 隆弘, 小原 收, 横山 茂之: "BAF複合体サブユニッ
トhBAF250bのAT-rich interaction domain (ARID) の結晶
構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
志田 明里, 高木 哲雄, 白水 美香子, 横山 茂之: "BAGドメ
インのアポトーシス抑制能の構造生物学的手法による解明", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
葛西 卓磨, 木川 隆則, 森 浩禎, 林崎 良英, 横山 茂之:"BolAタンパク質の立体構造と機能の解析", 第28回日本
分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
仙石 徹, 横山 茂之: "DEAD-box RNA helicaseの反応機構",
第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
伊藤 寛啓, 柏原 愛子, 吉良 聡, 中川 紀子, 倉光 成紀, 三
瓶 厳一, 河合 剛太: "DNA マイクロアレイによる高度好熱菌ゲノムの遺伝子間領域の発現解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
胡桃坂 仁志, 藤川 乃り映, 香川 亘, 朴 三用, 尾崎 省吾,
片山 勉, 横山 茂之: "DnaAタンパク質の立体構造と複製開始のメカニズム", 第28回日本分子生物学会年会 , 福
岡 , 12月 (2005).
松本 知子, 海津 陽子, 脇山 素明, 横山 茂之: "Drosophila
S2細胞におけるlet-7 microRNAによる翻訳抑制", 第28回
日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
海津 陽子, 脇山 素明, 横山 茂之: "HEK293細胞由来の無細胞タンパク質合成系の開発", 第28回日本分子生物学会
播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

年会 , 福岡 , 12月 (2005).
倉谷 光央, 石井 亮平, 別所 義隆, 福永 流也, 仙石 徹, 白
水 美香子, 関根 俊一, 横山 茂之: "tRNA アデノシンデ
アミナーゼ (TadA) のX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
川添 将仁, 堀 千重, 上西 達也, 末次 京子, 白水 美香子,
横山 茂之: "Aeropyrum pernix K1のBrixドメインタンパク質の構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
石井 亮平, 皆川 麻子, 高久 洋暁, 高木 正道, 梨本 正之,
横山 茂之: "Thermotoga maritima由来tRNase ZのX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
黒谷 篤之, 外山 光俊, 新屋 直子, 上野 美恵子, 藤倉 由
紀子, 矢吹 孝, 白水 美香子, 木川 隆則, 横山 茂之: "タンパク質構造解析における構造ドメイン予測の高効率化の検討", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
斉藤 講平, 井上 真, 小柴 生造, 長瀬 隆弘, 小原 收, 木川隆則, 横山 茂之: "ヒトIQGAP1のC末端ドメインについてのNMR解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
香川 亜子, 香川 亘, 柴田 武彦, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之:"ヒトRad52タンパク質のhomologous pairingのメカニズム", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
皿井 直敬, 香川 亘, 田中 耕三, 宮川 清, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之: "ヒトRad54Bタンパク質の機能解析", 第28回日
本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
榎本 りま, 杵渕 隆, 佐藤 真, 八木 秀司, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之: "ヒトTBPIP/Hop2-Mnd1複合体によるDNA鎖交
換反応の活性化", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 ,12月 (2005).
鈴木 咲良, 武藤 裕, 栃尾 尚哉, 井上 真, 木川 隆則, 寺田
貴帆, 白水 美香子, 菅野 純夫, 横山 茂之: "ヒトミトコ
ンドリアリボソームL17の溶液構造", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
津田 健吾, 武藤 裕, 白水 美香子, 寺田 貴帆, 井上 真, 木
川 隆則, 菅野 純夫, 横山 茂之: "ヒト由来CUG-BP1におけるRBD3のNMR法による立体構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
笹沼 麻貴, 胡桃坂 仁志, 横山 茂之: "ヒト由来ヒストン
H2AXを用いたヌクレオソームの再構成", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
三上 暁, 小林 富成, 横山 茂之, 今高 寛晃: "ヒト由来細胞を用いた無細胞タンパク質合成による糖タンパク質合成の効率化", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
杵渕 隆, 長島 真樹, 香川 亘, 榎本 りま, 滝沢 由政, 横山茂之, 高田 穣, 胡桃坂 仁志: 第28回日本分子生物学会年
会 , 福岡 , 12月 (2005).
中村 祥浩, 中野 和民, Padmanabhan B., 横山 茂之: "マウス
ガンキリンとS6ATPase（26Sプロテアソーム・サブユニット）複合体のX線結晶構造解析：pRbとの相互作用の生物学的重要性", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12
月 (2005).
伊良波 史枝, 坂本 健作, 横山 茂之: "遺伝暗号拡張のための大腸菌内在性チロシルtRNA合成酵素の置換", 第28回
日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
西本 まどか, 別所 義隆, 村山 美幸, 中山 亮子, 寺田 貴帆, 白水 美香子, 横山 茂之: "古細菌におけるtRNAスプ
ライシングの基質認識機構", 第28回日本分子生物学会年
会 , 福岡 , 12月 (2005).
董 雪松, 別所 義隆, 柴田 理恵, 白水 美香子, 倉光 成紀,

横山 茂之: "高度好熱菌 Thermus thermophilus HB8由来のPseudouridine synthase I （TruA）のX線結晶構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
舛谷 真美子, 森野 重信, 久武 幸司, Sonenberg N., 横山 茂之, 今高 寛晃: "真核細胞翻訳開始因子eIF3の再構成", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
坂本 健作, 松元 明子, 横山 茂之: "動物細胞におけるサプ
レッサーtRNAの誘導発現系", 第28回日本分子生物学会
年会 , 福岡 , 12月 (2005).
樋野 展正, 小林 隆嗣, 松元 明子, 坂本 健作, 横山 茂之:"動物細胞内での非天然型アミノ酸のタンパク質への部
位特異的導入と細胞内タンパク質間相互作用解析への応
用", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
平松 久和, 大野 敏, 横川 隆志, 伊良波 史枝, 坂本 健作,
横山 茂之, 細谷 孝充, 平松 俊行, 鈴木 正昭, 田中 信
忠, 中村 和郎, 芳本 忠, 西川 一八: "部位特異的ブロモ
チロシン導入7-αHSDHの大腸菌生細胞内での発現と立体構造解析", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月(2005).
小林 富成, 三上 暁, 横山 茂之, 今高 寛晃: "無細胞タンパ
ク質合成系を用いたウイルスの生合成", 第28回日本分子生物学会年会 , 福岡 , 12月 (2005).
坂本 健作, Chumpolkulwong N., 松元 明子, 伊良波 史枝,
新屋 直子, 松田 夏子, 木賀 大介, 漆畑 晶子, 白水 美
香子, 木川 隆則, 横山 茂之: "無細胞翻訳系におけるレア・コドンの翻訳効率の解析", 第28回日本分子生物学会
年会 , 福岡 , 12月 (2005).
Ihsanawati., 村山 和隆, 白水 美香子, 倉光 成紀, 横山 茂
之: "Crystal Structure of a Hypothetical Protein TT1823", 理
研シンポジウム「高度好熱菌丸ごと一匹プロジェクト」
第4回連携研究会 , 播磨 , 12月 (2005).
岡崎 伸生, 菅原 光明, 仲村 勇樹, 田中 智之, 粂井 麻希,
宮野 雅司, 横山 茂之: 第6回計測自動制御学会システム
インテグレーション部門講演会(SI2005) , 熊本県西合志
町 , 12月 (2005).
Malay A. A., 梅原 崇史, 田仲 昭子, 堀越 正美,
Padmanabhan B., 横山 茂之: "The structure of Asf1 proteinfrom S. pombe in complex with a histone H3 C-terminal
peptide", 日本結晶学会2005年度年会および総会 , 姫路 ,12月 (2005).
村山 和隆, 村山 美幸, 中川 紀子, 海老原 章郎, 倉光 成紀, 白水 美香子, 横山 茂之: "Trans-editing enzyme ProX
におけるアミノ酸認識機構の解明", 日本結晶学会2005年
度年会および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
岡崎 伸生, 仲野 徳, 粂井 麻希, 佐藤 伸哉, 満足 美穂, 倉光 成紀, 白水 美香子, 新海 暁男, 横山 茂之: "Thermus
thermophilus HB8由来機能未知タンパク質TT1045、および
TT1515のX線結晶構造解析", 日本結晶学会2005年度年会
および総会 , 姫路 , 12月 (2005).
保坂 俊彰, 村山 和隆, 村山 美幸, 寺田 貴帆, 白水 美香
子, 倉光 成紀, 横山 茂之: "高度好熱菌（Thermus
thermophilus）由来TTHA1846-coenzyme A-Znの結晶構造解析", 日本結晶学会2005年度年会および総会 , 姫路 , 12
月 (2005).
北原 亮, 畠 和澄, 横山 茂之, 赤坂 一之,Cheng J. : "Energy
Landscape of SH3 Domain Revealed by Variable Pressure
NMR", 第3回「水と生体分子」公開ワークショップ , (文科省科研費特定領域研究), 岡崎 , 1月 (2006).
鎌足 雄司, 赤坂 一之, 横山 茂之, 橘 秀樹: "Pressure-jump
NMR study of dissociation and association of amyloid
protofibrils", 第3回「水と生体分子」公開ワークショップ ,(文科省科研費特定領域研究), 岡崎 , 1月 (2006).
山本 雅貴, 新海 暁男, 国島 直樹: "X線関連技術", 文部科播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報

学省タンパク3000プロジェクト 第3回産学連携フォーラ
ム , 東京 , 2月 (2006).
横山 茂之: "タンパク3000プロジェクト網羅的解析プログ
ラムの成果", 文部科学省タンパク3000プロジェクト 第3回産学連携フォーラム , 東京 , 2月 (2006).
青木 雅昭, 今高 寛晃, 白水 美香子: "タンパク質試料調製技術", 文部科学省タンパク3000プロジェクト 第3回産学連携フォーラム , 東京 , 2月 (2006).

播磨研究所 放射光科学総合研究センター
平成 17 年度 研究年報