� KACHIELSA

佐藤 信祐（さとうしんすけ）

佐藤信祐事務所所長
公認会計士・税理士・法学博士

EPLM

組織再編税制の税務調査対策
組織再編税制が導入されてから約 20 年が経過し、組織再編成に対する税務調査が行われることが増えてきた。これに対し、平成 22 年 1 月に国税庁調査課から「組織再編税制の手引～審理・調査のポイント～」が作成されたことから、組織再編税制に対する税務調査がどのように行われるのかを知ることができる（以下、「組織再編税制の手引」と表記する）。ただし、「組織再編税制の手引」は、グループ法人税制が導入される前に作成されていることから、現行法に当てはめると、やや修正が必要になる。
「組織再編税制の手引」を閲覧すると、「法人税確定申告書」、「組織再編成に係る契約書」及び「組織再編成に係る主要な事項の明細書」から調査が始まることがわかる。すな
わち、税制適格要件を満たすのか、繰越欠損金の引継制限が課されるのかについて、書類上で確認したうえで、書類の通りの事実関係になっているのかが確認されることになる。

SA

さらに、ヤフー事件、ＴＰＲ事件の影響から、メールのやり取りから「税負担減少の意図」があったのかどうか、「事業目的」があったのかどうかを調査するようになっている。見聞きする包括的租税回避防止規定が適用された事例、適用されそうになった事例については、「税負担減少の意図」は明らかであり、「事業目的」が十分に認められないこと

Mも明らかであるため、問題とされたメールがなかったとしても、同じ結果になっていたよ
うに思われるが、税務調査においてメールが見られる可能性を考慮したうえで、実務に対応する必要があるということがいえる。

ただし、包括的租税回避防止規定を除けば、組織再編税制が精緻に作られていることかPLら、税務調査対策が必要になるのは、税制適格要件と繰越欠損金であると思われる。そして、「組織再編税制の手引」が網羅性を重視していることから、やや具体性に欠けるのに対し、「組織再編税制の手引」が作成された頃に比べると実務が積み重ねられたことか
ら、現在の税務調査官が税制適格要件及び繰越欠損金を熟知していれば、より深い税務調E査が行われることは否定できない。実務においては、そのような深い税務調査が行われる可能性を考慮したうえで、税務調査に対する対策を行う必要があると言えよう。
そのような背景から、①税制適格要件、②繰越欠損金（特定資産を含む。）、③包括的租税回避防止規定の３つに焦点を当てたうえで、組織再編税制の税務調査対策をまとめることを目的に本書の刊行に至った。本書が、組織再編成に関与される方々のお役に立つことができれば幸いである。なお、本書では、重複した説明を避けるために、組織再編税制のうち、合併と分割に限定しているという点につき、予めご了承されたい。
本書の出版に当たっては、株式会社 KACHIEL の多大なるご協力を頂いた。ここで厚くお礼を申し上げたい。
公認会計士 佐藤信祐

1

【目 次】
第１章 税制適格要件
第１節 合併１．適格合併の概要
２．完全支配関係及び支配関係の判定
３．無対価合併
４．完全支配関係内の適格合併
５．支配関係内の適格合併
６．共同事業を行うための適格合併
第２節 分割
１．適格分割の概要

SA

２．完全支配関係及び支配関係の判定
３．無対価分割

４．完全支配関係内の適格分割
５．支配関係内の適格分割

M

６．共同事業を行うための適格分割
第２章 繰越欠損金と特定資産第１節 合併２．みなし共同事業要件
３．支配関係発生日の判定

PL

１．制度の概要

４．時価純資産価額が簿価純資産価額を超える場合等の特例

E

第２節 分割
１．制度の概要
２．みなし共同事業要件
第３章 包括的租税回避防止規定
１．ヤフー事件
２．ユニバーサルミュージック事件
３．制度趣旨が争われる事案
４．事業目的が否定され得る事案
５．提案書及びメールの取扱い
６．税務意見書2

第１章 税制適格要件
税制適格要件を満たす場合には、資産及び負債が簿価で移転し、税制適格要件を満たさない場合には、資産及び負債が時価で移転することになる。さらに、適格合併を行った場合には、被合併法人の繰越欠損金を合併法人に引き継ぐことができる。
このように、税制適格要件を満たすか否かで、法人税法上の取扱いが大きく異なることから、税務調査においても、非常に重要な論点になる。
第１節 合併１．適格合併の概要
合併における税制適格要件は、イ．グループ内の適格合併、ロ．共同事業を行うための適格合併の 2 つに大きく分けられる。また、イ．グループ内の適格合併は、（イ）完全支配関係内の適格合併と、（ロ）支配関係内の適格合併に分けられる。具体的な内容は以下の通りSAである（法法２十二の八、法令４の３①～④）。
＜合併における税制適格要件＞
完全支配関係支配関係（ⅰ）金銭等不交付要件（ⅰ）金銭等不交付要件（ⅱ）従業者従事要件（ⅱ）従業者従事要件（ⅲ）事業継続要件（ⅲ）事業継続要件（ⅳ）事業関連性要件

PLM（ⅰ）金銭等不交付要件

共同事業（ⅴ）事業規模要件又は特定役員引継要件（ⅵ）株式継続保有要件

E

もし、適格合併に該当するものとして処理していた場合には、税務調査においては、その根拠を示させたうえで、それぞれの要件が検討されると思われる。例えば、支配関係内の適格合併に該当すると納税者が判断した場合には、支配関係内の合併に該当するのかどうか、上記３要件を満たすのかどうかについて、それぞれ検討が行われるであろう1。
これに対し、非適格合併に該当するものとして処理していた場合には、その根拠を示させたうえで、それぞれの要件が検討されると思われる。一般的に、非適格合併として処理されている事案は、金銭等不交付要件を満たさないことが理由とされているものが多いことから、非適格合併に該当するものとして処理していた場合において、適格合併に該当す1

本書では、支配関係のある法人間で行われる合併を「支配関係内の合併」と表記し、支配関係内の合併のうち、税制適格要件を満たすものを「支配関係内の適格合併」と表記している。
1

るものとして否認されることはほとんどない。
そのため、本節においては、適格合併に該当するものとして処理していた場合における税務調査対策について解説を行うものとする。
２．完全支配関係及び支配関係の判定（１）基本的な取扱い「組織再編税制の手引」27 頁では、「組織再編成に係る主要な事項の明細書」及び「合併契約書」により、税制適格要件の判定を行うことが明らかにされている。そして、完全支配関係及び支配関係の判定は、「組織再編成に係る主要な事項の明細書」の第４欄により行うことになる。

（組織再編成前）（組織再編成後）
４

令第４条の３第 項第 号該当

SA

株式保有関係直接保有の株式の保有割合％％

間接保有の株式の保有割合％％※令和３年 6 月 25 日の法人税基本通達の改正により、第６欄として以下のように記載するこMとになった。

株式の保有割合

株式保有関係6

令第４条の３第 項第 号該当

組織再編成前

組織再編成後％％間接保有％％

PL

直接保有

そして、完全支配関係内の合併に該当するかどうかについて、以下のように判定を行うことになる（法令４の３②③）。支配関係内の合併に該当するかどうかについても、「完全E支配関係」を「支配関係」に置き換えたうえで、類似の判定を行うことになる。
イ．当事者間の完全支配関係（イ）吸収合併
合併に係る被合併法人と合併法人との間にいずれか一方の法人による完全支配関係がある場合における当該合併に係る被合併法人と合併法人との間の関係（ロ）新設合併
合併に係る被合併法人と他の被合併法人との間にいずれか一方の法人による完全支配関係がある場合における当該合併に係る被合併法人と他の被合併法人との間の関係
ロ．同一の者による完全支配関係22「同一の者」には、内国法人だけでなく、外国法人や個人も含まれる。これに対し、任2

（イ）吸収合併
合併前に当該合併に係る被合併法人と合併法人との間に同一の者による完全支配関係があり、かつ、当該合併後に当該同一の者と当該合併に係る合併法人との間に当該同一の者による完全支配関係が継続することが見込まれている場合における当該合併に係る被合併法人と合併法人との間の関係（ロ）新設合併
合併前に当該合併に係る被合併法人と他の被合併法人との間に同一の者による完全支配関係があり、かつ、当該合併後に当該同一の者と当該合併に係る合併法人との間に当該同一の者による完全支配関係が継続することが見込まれている場合における当該合併に係る被合併法人と他の被合併法人との間の関係
このように、合併法人が被合併法人の発行済株式の全部を保有している当事者間の完全SA支配関係に該当する場合には、合併後に完全支配関係が継続することが見込まれている必
要はないため、以下のように記載することになる。

４

令第４条の３第２項第１号該当

直接保有の株式の保有割合

100％

－％

間接保有の株式の保有割合％％

M

株式保有関係（組織再編成前）（組織再編成後）PL

これに対し、被合併法人と合併法人との間に同一の者による完全支配関係がある場合には、合併後に完全支配関係が継続することが見込まれている必要があるため、以下のように記載することになる。なお、本書では、このような要件を「完全支配関係継続要件」又は「支配関係継続要件」と表記するものとする。

E（組織再編成前）（組織再編成後）

株式保有関係４

令第４条の３第２項第１号該当

直接保有の株式の保有割合

100％

100％

間接保有の株式の保有割合％％

さらに、間接保有割合がある場合には、間接保有割合を含めて完全支配関係の判定を行うことから、「間接保有の株式の保有割合」に記載することになる。
（２）完全支配関係継続要件に係る税務調査対策
当事者間の完全支配関係がある場合には、法人税確定申告書別表二との整合性が確認さ意組合は、組合そのものが所有権を有しているわけではないことから、「同一の者」には含まれない。
3

業者従事要件及び事業継続要件について解説を行う。
まず、従業者従事要件を満たすためには、被合併法人の合併の直前の従業者のうち、その総数のおおむね 100 分の 80 以上に相当する数の者が合併後に合併法人の業務に従事することが見込まれていることが必要になる（法法 2 十二の八ロ(1)）
。例えば、被合併法人の従業者が 100 人であり、そのうち 90 人を合併法人に引き継ぐ場合には、「組織再編成に係る主要な事項の明細書」は、以下のように記載されることになる。

被合併法人の合併の直前の従業者の数
従業者の数

６

合併法人・分割承継法人・100 人

分割直前の分割事業に係る従業者の数
現物出資直前の現物出資事業に係る従業者の数

被現物出資法人の業務に従90 人

事する従業者の数※令和３年 6 月 25 日の法人税基本通達の改正により、第７欄として以下のように記載するこSAとになった。

組織再編成前

従業者の数

組織再編成後7100 人90 人

M

まず、税務調査においては、上記の数値が正しいのかどうかという点が問題になる。そのため、上記の数値の根拠となる資料の提示が求められると思われる7。もちろん、被合併法人の従業者の数が正しいのかどうか、合併法人に移転した従業者の数が正しいのかどう

PLかについては、賃金台帳などとの突合が行われることはあり得る。しかし、それ以上に問題になるのは、以下の点であると思われる。
① 従業者の範囲が正しいのかどうか。

② 被合併法人から合併法人に引き継いだ従業者が短期間に退職していないかどうか。

E③ 被合併法人が合併の直前にリストラを行っている場合には、被合併事業が事業として成立しているのかどうか。
① 従業者の範囲が正しいのかどうか。
従業者従事要件における「従業者」とは、「従業員」とは異なり、「被合併法人の合併前に

7「組織再編税制の手引」39 頁では、「従業者引継要件を満たすかどうかの判定において、被合併法人の従業者が従事することが見込まれている合併法人の業務の範囲や種類についてまで加味していないか確認する必要があります（引き継がれる人数の割合のみで判定）。
」と記載されている。これは、法人税基本通達 1-4-9 において、被合併法人の従業者が従事すべき合併法人の業務は、合併により移転した事業に限らないと規定されているものに対応した内容である。もし、納税者が従業者従事要件を満たしていないと判断したのであれば、この点についても調査の対象になり得る。
7

法人の被合併事業とそれに関連する合併法人の合併事業のみを比較することになる11。
（ⅱ）売上金額の比較
資本金の額については、貸借対照表を見れば明らかであるし、従業者の数については、従業者従事要件で解説を行った。そのため、ここでは、売上金額をどのように判定するのかという点について解説を行う。
「組織再編成に係る主要な事項の明細書」の第７欄では、事業規模要件の判定について、以下の表を記載することが明らかにされている。

事 業 規

模

指売上金額・資本金の額又は出資金の額

標

従業者の数・その他（左の指標による規模の比較７）

SA※令和３年 6 月 25 日の法人税基本通達の改正により、第 10 欄として以下のように記載することになった。

指 標

事 業 規

模

10

左の指標による規模の比較

売上金額・資本金の額又は出資金の額）

M

従業者の数・その他（売上金額の事業規模の判定では、資本金の額又は従業者の数と異なり、合併の直前の数値PLを把握することができないことから、ある程度の一定期間の売上金額によって規模を判定する必要がある。そして、期間の長さが一致していないと比較できないことや季節変動による影響を排除すべきであることから、特段の事情がない限り、合併の直前１年間の売上金額によって事業規模要件を判定すべきであると考えられる12。また、景気変動による影響も排E

11

通常のやり方では事業規模要件を満たせない場合に、事業規模を細かく区切ることにより、事業規模要件を満たそうとする事案が考えられる。しかしながら、事業関連性要件における関連性の範囲が広いことから（法規３①二）、事業規模要件の判定においても、関連性のある事業については、一体として事業規模を判定すべきであると解されている。そのため、このような手法については、税務調査において否認されるリスクが高いと考えられる。
12

平成 14 年 4 月 4 日に公表された「平成 14 年 2 月 15 日付課法 2－1「法人税基本通達等の一部改正について」（法令解釈通達）の趣旨説明について（情報）」では、「事業規模を売上金額で比較する場合の比較期間については、法令上明記されていないが、合併の直近の事業年度の売上金額で比較すればよいものと考えられる」とされており、合併の直前 1年間とまでは明記されていない。そのため、被合併法人及び合併法人の合併の日の属する事業年度の直前事業年度により事業規模を判定すべきであるとする考え方もあり得る。た11

＜繰越欠損金の引継制限の判定フローチャート＞
支配関係のある法人との適格合併か。

繰ＮＯ

ＹＥＳ

越欠

合併事業年度開始の日の５年前の日（又は設損立の日のいずれか遅い日）から支配関係が継金続しているか。

ＹＥＳの引ＮＯ継制

みなし共同事業要件を満たすか。

SAＹＥＳ

ＮＯ限は

支配関係事業年度の直前事業年度末における課

時価純資産超過額が支配関係事業年度前の繰さM越欠損金の金額以上であるか。
ＮＯ

ＹＥＳ

れなPLい。

繰越欠損金の引継制限が課される。

E② 繰越欠損金の使用制限

被合併法人の繰越欠損金のみに制限を課し、合併法人の繰越欠損金になんら制限を課さない場合には、逆さ合併を行うことにより、買収してきた法人の繰越欠損金を不当に利用する租税回避が考えられる。このような租税回避を防ぐために、被合併法人から引き継いだ繰
越欠損金だけでなく、合併前に合併法人が保有していた繰越欠損金についても同様の使用制限が課されている25。具体的には、繰越欠損金の引継制限についてのフローチャートと同様の方法により、使用制限が課されるか否かの判定を行うことになる（法法 57④）。
なお、繰越欠損金の引継制限と異なる点は、合併事業年度開始の日から合併の日の前日ま25

菅原英雄「企業組織再編税制を巡る留意点（その１）」租税研究 642 号 34 頁（平成 15年）
、谷口勝司「組織再編税制の概要と申告上の留意点」租税研究 666 号 36 頁（平成 17年）参照。
33

株主からの株式の買戻しを検討していた場合には、税務調査においても、それぞれ問題になると考えられる。
（３）適格分社型分割後のグループ法人税制が適用されない法人又は個人への株式譲渡
適格分社型分割を行った場合には、分割法人が保有する資産又は負債を分割承継法人に対して、簿価で譲渡したものとして計算を行う（法法 62 条の 3①）。すなわち、分割承継法人が資産又は負債を簿価で取得したものとみなされ（法令 123 の 4）、分割承継法人に移転した簿価純資産価額により分割法人が取得する分割承継法人株式の取得価額の計算を行うことになる（法令 119①七）。その結果、移転資産に含み損がある場合には、分割法人では分割承継法人株式の含み損に振り替えられ、分割承継法人では移転資産の含み損として認識することになることから、含み損が二重に生じる結果になる。
そして、適格分社型分割を行った後に、分割承継法人株式をグループ法人税制が適用されSAない法人又は個人に譲渡した場合には、分割法人において株式譲渡損益が生じることになる。その結果、税務調査においても、移転資産の含み損を維持しながら、分割法人において譲渡損益を認識したことについて、制度趣旨に反するかどうかが問題となり得る。

M【適格分社型分割】＜ステップ１；新設分社型分割＞

社

100％

PL

Ｐ

外部株主

70％

E

分割法人

分割30％

Ａ

100％

53社