宮野構造生物物理研究室
Structural Biophysics Laboratory
主任研究員

宮

野

雅

司

MIYANO, Masashi
脂質は，開放系である細胞さらには細胞内小器官を物理化学的に内と外に区分する細胞膜の主要構成成分であり，最初に知られた脂質メディエーターであるエイコサノイドはもちろん，生物
学的に栄養学的希少性から代謝産物としてごく普通の単純脂肪酸まで情報メディエーターとして働いていることが，明らかにされつつある。このため，急激な食生活の変化から脂質過剰摂取に伴う生活習慣病の病因・病態との関連がますます注目されている。脂質関連生体物質の動態・作動に関わるタンパク質群の分子構造・機能研究を通じて，基礎生物学はもちろん医学薬学分野など応用も視野に入れた脂質とタンパク質の機能生物学へと展開することで生物特有の特異性と選択性，さらに複合的多機能性を持つタンパク質の造る複合時空ネットワーク・ダイナミクスの一端について，明らかにすることを目指している。この目的達成に必要な，膜タンパク質など困難
タンパク質の発現精製・結晶化の検討さらには関連する先端技術開発について平行して行う。
1. 脂質関連タンパク質の構造解析をもとにした機能の解明（1）脂質メディエーターエイコサノイド関連酵素の構造
生物学研究（堀，吾郷，宮野，清水（孝）＊1 ）エイコサノイドは研究の進展に伴いその範囲が急速に広がっている多様な生理機能を持つ，脂質メディエーターのうち古典的というべき酵素群である。その非常に生物活性の高いエイコサノイドの濃度はその生成速度と同時に不活性化速度によって動的に決まる。プロスタグランジン，ロイコトリエン生成酵素群についての構造生物研究は確実に進展してきているが，我々は初めてエイコサノイド不活性化酵素，ロイコトリエン B4 12-水酸基酸化酵素/15-ケトプ
ロスタグランジン還元酵素の立体構造を明らかにした。このエイコサノイド不活性化多機能酵素，ロイコトリエン B412-水酸基酸化酵素/15-ケトプロスタグランジン還元酵素は，
脂質メディエーターのうち，化学的に安定なロイコトリエン
B4（LTB4 ）やプロスタグランジン E2（PGE2 ），リポキシ
ン A4（LXA4 ）を積極的に代謝して不可逆的不活性化する。
本酵素は LTB4 の不活性化経路の初発酵素として，LTB4の 12 位の水酸基を酸化して LTB4 を不活性化する。また，
15-ケトプロスタグランジン E2 や 15-ケトリポキシン A4 の
13 位の二重結合を還元し，PGE2 や LXA4 を完全に不活性化する。つまり本酵素は脂質メディエーターの不活性化において，異なる分子の異なる部位の酸化と還元を担う多機能酵素として働いている。また，いくつかの非ステロイド抗炎症薬で活性阻害を受ける。本酵素の分子反応機構を理解するために，結晶構造学的研究を行っている。これまで，
本酵素のアポ体，NADP+ 複合体，NADP+ および 15-ケト
プロスタグランジン E2 との複合体の結晶構造および還元反応の反応機構を明らかにした。また SH3 ドメインを含む
タンパク質により本酵素が活性制御を受ける可能性のある
PPI-II 様構造を持ち，抗ガン剤によって誘導されるこの酵素が，活性制御を受けうる構造を持っていることで改めて
不活性化過程の重要性を再認識すべきことを示唆した。本
年度は，NADP+ および非ステロイド抗炎症薬の 1 つであ

理研研究年報るインドメタシンとの複合体の結晶構造を明らかにした。
インドメタシンは，15-ケトプロスタグランジンと同部位に結合していたので，複数標的薬の典型であるインドメタシ
ンによる本酵素の阻害形式は基質結合部位に対する競合阻害である。
（2）プロスタグランジン D2 合成酵素（PGDS）の構造と機能解析（吾郷，宮野，入倉 ＊1 ，裏出 ＊1 ，井上（豪）＊1 ，井上（勝）；佐藤（高等動物タンパク質構造解析研究チーム））
多機能酵素であるリポカリン型（あるいは脳型）PGDSの構造と機能研究を進め，これまでの構造解析に加えて，初めての複合体の精密化を行った結果，精製中に添加した
レチノイン酸との複合体であった。L-PGDS の内在性蛍光消光法によって示唆されていたとおり，β イオノン環は予想された芳香環残基群の近傍にあったが，その結合様式は，
これまでのレチノイン酸結合タンパク質複合体とは全く異なっていた。さらに，L-PGDS の生成する PGD2 はその位置異性体で生物作用も逆である PGE2 などに較べて化学的に不安定であり，脳髄液中に β トレースとして大量に存在する L-PGDS がこの不安定な PGD2 に対して全く違う生物機能を持つ働きがある可能性を示した。
さらに創薬を視野に入れた研究の一環として，分子進化的に独立なもう 1 つの PGDS である造血器型 PGDS（HPGDS）に対する阻害薬，HQL-79 の薬効評価を，筋ジストロフィーモデルマウスを用いた実験により行った。現在
までに，mdx マウス（筋ジストロフィーモデルマウス）を用いた解析から，このマウスに特徴的な広範囲の骨格筋壊死に対する軽減効果を明らかにした。HQL-79 は経口投与可能な生体内 H-PGDS の酵素阻害が確認されており，すでに共結晶を用いた構造解析により，酵素活性阻害の分子メカニズムが明らかとなっているので，効果・選択性がより高い阻害剤開発を目指した薬剤設計モデルとなる。
（大阪バ
イオサイエンス研究所との共同研究）（3）病原性セリウス菌由来スフィンゴミエリン水解酵素の構造機能解析（吾郷，宮野，津下 ＊1 ）生体膜を構成する複合脂質の主要構成リン脂質の 1 つで939

リエン B4 受容体（BLT1）および血小板活性化因子受容体あるスフィンゴミエリンの分解産物であるセラミドは，二次情報伝達物質として細胞外からの情報伝達に関わる。また最 （PAFR），プロスタグランジン D2（DP1）受容体の発現系構築を，大腸菌，およびショウジョウバエ細胞をホストと近，セラミドは外傷性の神経細胞アポトーシスにも関わってした系で，様々な発現タグとの融合タンパク質として広範いることが示された。スフィンゴミエリンを水解するスフィに発現スクリーニングを行った。この結果，DP1 と BLT1
ンゴミエリナーゼ（SMase）のうち，スフィンゴミエリナーについては，恒常産生株を樹立した。
ゼ C（EC:3.1.4.12）がスフィンゴミエリンを，セラミドと（2）ヒト脂肪細胞由来ロイシンアミノペプチダーゼの構
コリンリン酸に加水分解する。病原性セリウス菌（Bacillus
cereus）由来スフィンゴミエリン水解酵素（BcSMase）は， 造解析に関する研究（石嶋 ＊2 ，宮野；服部，辻本（辻本細スフィンゴミエリナーゼ C 活性と溶血活性を持ち，この 2胞生化学研究室））
つの活性は互いに独立に必須金属イオンにより制御を受けヒト脂肪細胞由来ロイシンアミノペプチダーゼ（A-LAP）
ると信じられているがその機構は全く知られていない。そは Zn2+ 結合型金属メタロプロテアーゼであり，M1 ファミ
して，このおよそ 300 残基のアミノ酸からなる BcSMase
リーに共通で活性発現に不可欠な HEXXH(X)18 E モチーフ
を有している。A-LAP は生体内において小胞体内腔に局在のアミノ酸配列は，他の細菌由来の SMase と高い相同性をし，その生理学的機能は MHC-I におけるペプチド抗原提示すばかりでなく，主に脳に分布し外傷性の神経細胞アポ
示時のトリミングであることが明らかになった。Sf9 細胞
トーシスとの関連が指摘されているおよそ 650 残基のアミを用いて発現・精製した A-LAP の結晶化を試みた。
ノ酸からなるヒト由来中性 SMase（nSMase）の後半のアミノ酸配列と有意な相同性を持つ。従って BcSMase の立体構
造決定と基質認識機構の解明は，酵素活性とアミノ酸配列
3. 精密な構造解析を目指したタンパク質構造解析技術に関する研究の相同性から，BcSMase と相同な基質認識機構を持つと推（1）マキシマムエントロピー法（MEM）を利用したタ定される nSMase の機能と構造の研究にも新たな手がかり
ンパク質構造の精密解析の試み（石嶋 ＊2 ，吾郷，宮野，を与えると考えられる。そこで，BcSMase の金属イオン活性化の分子機構を明らかにするためその立体構造解析を進
西堀 ＊1 ，坂田 ＊1 ）めた。本年度は X 線結晶構造解析の手法により BcSMase
近年，X 線結晶構造解析におけるモデルバイアスの低減の構造決定を行い，活性に必須な金属イオンとの複合体構に，マキシマムエントロピー法（MEM）を利用する試みが造を決定した。
行われ始めている。タンパク質結晶から得られる回折デー
タは，低分子のそれと比べた場合，一般的に低品質である。
2. 結晶構造解析を指向したタンパク質の大量発現精製・
このため，フーリエ法で計算される電子密度はモデルの影
結晶化
響（モデルバイアス）を強く受けるが，MEM は電子密度（1）膜タンパク質を含む脂質関連タンパク質の大量調製計算にフーリエ法を使わないためモデルバイアスの影響を＊2＊1＊1と結晶化（島村 ，吾郷，堀，中山 ，宮野，岩田 ，入受けにくいと考えられる。しかし，タンパク質 X 線結晶構
造解析に於ける MEM の効果がいかなるものであるのかが倉 ＊1 ，金岡 ＊1 ，裏出 ＊1 ，井上（豪）＊1 ，清水（孝）＊1 ，石十分に検討されていない。本年度はまず，これらを行う前
井 ＊1 ；佐藤（高等動物タンパク質構造解析研究チーム））
段階として，MEM 計算を実用的な時間内で終了できる装タンパク質全体の約 30%を占めている GPCR を含む膜置の導入を行い，その装置の評価を行った。
タンパク質は，開放系である細胞の中と外の間の情報，エネルギー，物質の輸送，伝達等，生物で極めて重要な基本
4. そのほかのタンパク質の構造と機能解析的な働きを担っている。細胞の外と中を結ぶ仲介役として（1）高度好熱菌由来リボース 5 リン酸異性化酵素の結晶の重要性から創薬のターゲットの約 50%が膜タンパク質で構造解析による分子反応機構解明（石嶋 ＊2 ，吾郷，宮野）あり，膜タンパク質の立体構造を明らかにすることは，応用上からの意義も大きい。しかし膜タンパク質は大量に精地上に生きているどの細胞にもあり，きわめてよく保存製することが難しいため，構造はまだほとんど分かっていされているリボース 5 リン酸異性化酵素（RPI）は酸化的ない。そこで我々は，数種の膜タンパク質について立体構
ペントースリン酸回路においてリボース 5 リン酸（R5P）
造の解析を目指し，まず，細菌だけでなく，真核生物由来とリブロース 5 リン酸（Ru5P）の可逆的な異性化を触媒すの膜タンパク質についても発現および精製系の構築を試みる。また，RPI は植物のカルビンサイクルにおいても R5Pた。発現は，主に大腸菌と酵母を用い，精製を容易にする
を Ru5P に変換する。我々は RPI の触媒反応機構を原子レために，His-tag を導入した。その結果，7 種の膜タンパク
ベルで理解することを目的に研究を進めてきた。この中で質について，結晶化の検討を行うに十分な純度と量で精製
すでに，高度好熱菌（Thermus thermophilus HB8）由来のする系を確立することに成功した。
RPI により，初めて異性化触媒反応の開環型反応中間体のエイコサノイドなどの脂質メディエーター群は様々な生高分解能複合体の構造をその立体異性阻害剤複合体構造と理活性を持ち，特に炎症やアレルギーの原因物質として考ともに明らかにして，その反応機構を詳細に議論した。こえられる。その多くは G-タンパク質共役型受容体（GPCR） の異性化反応は，最初の 5 員環をリボース 5 リン酸が開環への結合を通してこうした病的な作用を発揮するので，こすることでこの複合体が形成されたものであると考えられれらの GPCR の構造情報が創薬開発の鍵となっている。そているので，開環型形成に先立つ 5 員環の開環も酵素触媒
こで，大量調製・結晶化がさらに困難な GPCR の結晶解析によるものと予想された。そこで，この開環反応についてを進められるだけの質と量で調製することを目指して，大の酵素触媒機構を明らかにするため，RPI の触媒候補の残量発現系の構築の検討を行っている。本年度は，ロイコト
基に変異を導入し，機能解析とともにその変異体複合体 3940

平成 16 年度

種類の高分解能構造解析を行った。
（2）ホーミングエンドヌクレアーゼ I-Tsp061I の結晶構造に基づく DNA 認識機構の解析（中山 ＊1 ，島村 ＊2 ，宮野，
津下 ＊1 ）
ホーミングエンドヌクレアーゼ（HEase）はイントロンやインテインの水平伝播の鍵酵素である。HEase は長い DNA
配列（14-40 bp）を認識して切断する部位特異的 DNA エン
ドヌクレアーゼとして機能する。この長い DNA 配列認識
はまた，極めてまれな位置で切断する rare-cutting enzyme
として機能する。ゲノム研究において HEase は部位特異的な遺伝子組換えや長い DNA 断片のクローニング（メガベース・クローニング）等に応用可能である。現在のところ，切断できる対象部位が限定されており，広く応用できるまでには至っていない。この汎用性の低さを克服するため，既存の HEase の認識配列を改変し新規 HEase を作成する事を最終目標としている。HEase の効率的な認識配列改変を行うために，超好熱古細菌 Thermoproteus sp. IC-061
株の 16 S rDNA イントロン内部の ORF にコードされていた I-Tsp061I を用い，2.0 Å の分解能で X 線結晶構造解析を行った。I-Tsp061I は LAGLIDADG ファミリーに属し，それらに特徴的な触媒活性モチーフを 1 分子内に 2 つ繰り返して持つ単量体型 HEase であった。I-Tsp061I の結晶構造に基づき DNA 複合体モデルを作成し相互作用を検討した。DNA と塩基特異的な相互作用をするアミノ酸残基候補を複数選択し，位置特異変異導入した I-Tsp061I の変異体について，基質特異性変化を検定するために様々な塩基配列を含む基質に対する加水分解活性測定をしている。
（3）植物由来新規 Ca 結合タンパク質の構造・機能解析（石嶋 ＊2 ，宮野，長崎 ＊3 ，前島 ＊1 ）植物細胞に存在する液胞は細胞容積の 80〜90%を占め，
液胞内 Ca2+ の量は ER や細胞壁区画と比べてはるかに多い。生体にとってカルシウムはセカンドメッセンジャーとしてその重要性は当然であるが，まだこうした植物液胞内でのカルシウムの機能はもちろん動態さえ不明である。そこで大根の液胞中に大量に発現している全く新規な Ca2+
結合タンパク質 RVCaB が液胞中で Ca2+ を貯蔵する仕組みを解析するため，組換え体 RVCaB のカルシウム結合実
験を等温カロリメトリー，円偏光 2 色性熱変性実験などで構造変化熱変化をもとに検討した。
＊1

訪問研究員，＊2 協力研究員，＊3 研修生

The structural biophysics laboratory is focused on the
structure-based functional analysis of the enzyme and receptor proteins relevance to lipids, because this class ofproteins are not only biologically important but one major
target for the development of many therapeutics for inﬂammation and immuno-modulations. The other objective isto develop new technologies for SR protein crystallography.
1. Structure based functional study of proteins
related to lipids(1) Crystallographic study of an essential multieicosanoid inactivating enzyme
The bi-functional leukotriene B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13-reductase (LTB4 12-HD/

理研研究年報PGR) is an essential enzyme for eicosanoid inactivation.
It is responsible for the clearance of the E and F series of 15-oxo-prostaglandins (15-oxo-PGs), leukotriene B4(LTB4 ) and 15-oxo-lipoxin A4 (15-oxo-LXA4 ). The crystal
structure of the LTB4 12-HD/PGR with NADP+ and indomethacin as a common NSAID was solved. The boundindomethacin shared the same binding site as 15-oxoPGE2 , indicating that the indomethacin inhibits LTB4 12HD/PGR competitively.
(2) Structural and functional analysis of the two typesof the phylogenetically independent Prostaglandin D synthases (PGDSs)
The lipocalin type PGDS is a multi-functional proteinof the enzymatic lipocalin family protein with the binding capability of lipophilic ligands like retinoids. The ﬁrst
complex structure with retinoic acid was solved and reﬁned.
H-PGDS as the other PGDS was abundantly observedin grouped necrotic muscles. We therefore hypothesizedthat H-PGDS and its product PGD2 may deteriorate thewound progression, and examined whether a H-PGDS speciﬁc inhibitor could be used as an eﬀective substance fordystrophic mice therapy. Oral administration of HQL-79
prevented wound expansion and accelerated the activationof macrophages in the wounded area in the bupivacaineinduced muscular necrosis model and the genetically dystrophin null mice. The H-PGDS inhibitor, HQL-79 realizes
the preventive eﬀect for wound expansion by reducing the
PGD2 production of H-PGDS.
(3) Crystallographic analysis of sphingomyelinase
Ceramide is one of the intrinsic lipid mediators. Sphingomyelinase (SMase) is responsible for producing ceramide
from sphingomyelin, a component of the plasma membrane. Sphingomyelinase from Bacillus cereus (Bc-SMase)is homologous not only to various bacterial SMases but also
to the human neutral SMase in the last half of the aminoacid sequence. The crystal structures of various divalent
metal ions were determined.
2. Production and crystallization of lipid relevant proteins including membrane proteins forstructural studies(1) Production and crystallization of the membraneproteins including GPCRs
The structure determination of membrane proteins is
a prerequisite in view of the medical and pharmaceuticalneeds as well. In order to solve the structures of membrane proteins, we ﬁrst tried to construct expression andpuriﬁcation systems for several membrane proteins using
mainly bacterial and yeast cells, while the targeted membrane proteins contain not only bacterial proteins but also
mammalian proteins. The polyhistidine-tag fused proteins
facilitate the puriﬁcation, and we have succeeded in establishing the expression and puriﬁcation systems for sevenmembrane proteins with amount and purity enough forthe crystallization trials.
In this year, we have tried the expression of theleukotriene B4 receptor 1 (BLT1), the platelet-activating
factor receptor (PAFR) and the prostaglandin D2 receptor(DP1) by E. coli and insect cell systems. Stably transformed insect cells expressing the recombinant GPCR were
established and we conﬁrmed the biological activity of themembrane fraction.
(2) X-ray crystal structure analysis of the humanadipocyte-derived leucine aminopeptidase
Human adipocyte-derived leucine aminopeptidase (ALAP) belongs to the M1 family of zinc-metallo-proteases,941

which contain the consensus sequence HEXXH(X)18E motif. A-LAP was reported to localize in the endoplasmic
reticulum and to be involved in the generation of the Major
Histocompatibility Complex (MHC) class I-binding peptides by the N-terminal trimming of longer precursors. We
have been trying to purify the recombinant protein froman Sf9 cell over-expression system and to construct large
expression systems using E. coli cells.
3. Development of novel technologies for structure determination of proteins(1) Maximum-entropy method for the furtherreﬁnement of the reﬁned protein crystal structure
The Maximum Entropy Method (MEM) is rapidly
gaining ground to reduce model bias in X-ray Crystallography. To evaluate the advantage of MEM based reﬁnement,
ﬁrst, we designed and installed for evaluation of the MEM
calculation.
4. Structural and functional analysis of otherproteins(1) X-ray crystal structural study of ribose-5-phosphate
isomerase
The ubiquitous ribose-5-phosphate isomerase (Rpi) catalyzes the reversible isomerization between ribulose-5phosphate (Ru5P) and ribose-5-phosphate (R5P) in theoxidative pentose-phosphate cycle. In this year, to clarify the sugar-ring-open mechanism of the enzyme, we aredetermining the high resolution crystal structures of Rpi
mutants from Thermus thermophilus HB8.
(2) Characterization of DNA recognition mechanisms
by structural and mutational studies using homing endonuclease I-Tsp061I
Homing endonuclease (HEase) is a key enzyme for intron/intein’s lateral transfer. HEase is a site-speciﬁc DNA
endonuclease, which recognizes and cleaves a relatively
long sequence (14-40 bp). We attempted to create a novel
HEase with optional recognition sequences from the known
HEase, since we determined the x-ray structure of the 16S
rDNA intron-encoded HEase I-Tsp061I as a LAGLIDADG
family member from hyper-thermophilic archaeon Thermoproteus sp. IC-061 at 2.0 Å resolution to be elucidated
the DNA binding residues. Based on the modeled DNAenzyme complex, the residues, which may interact withthe substrate DNA, were mutated and the resultant mutants were applied to the cleavage assay against the various
substrates.
(3) Structural and functional analysis of RVCaB
In the plant cell, the vacuole can occupy more than 80%
of a cell’s volume and the concentration of Ca2+ in thevacuole is higher than in the ER or in the cell-wall compartment. To clarify the calcium dependency of a novel
plant calcium binding protein RVCaB in the vacuole, thestructural and functional diﬀerences were analyzed with orwithout Ca2+ ion.

Staﬀ

Dr. Tetsuya HORI
Dr. Mitsuaki SUGAHARA
Dr. Jun ISHIJIMA＊
Dr. Tatsuro SHIMAMURA＊＊

Contract Researcher

in collaboration with
Dr. Masafumi TSUJIMOTO (Cell. Biochem. Lab.)
Dr. Akira HATTORI (Cell. Biochem. Lab.)
Dr. Yo SATO (Mamm. Protein Crystallogr. Team, Adv.
Protein Crystallogr. Res. Group)

Visiting Members
Dr. Hiroshi HASHIMOTO (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama City Univ.)
Dr. Yuko HISANAGA (Natl. Cardiovasc. Cen.)
Dr. Koh IDA (Sch. Sci., Kitazato Univ.)
Dr. Katsuaki INOUE (JASRI)
Dr. Tsuyoshi INOUE (Grad. Sch. Eng., Osaka Univ.)
Mr. Daisuke IRIKURA (Harvard med. Sch., USA)
Dr. Satoshi ISHII (Grad. Sch. Med., Univ. Tokyo)
Prof. So IWATA (Imp. Coll., UK)
Dr. Yoshihide KANAOKA (Harvard med. Sch., USA)
Dr. Yasuhiro KASHINO (Grad. Sch. Sci., Himeji Inst.
Tech.)
Dr. Yuko KURAHASHI (Fac. Hum. Life Sci., Doshisha
Women’s Coll. Liberal Arts)
Prof. Masayoshi MAEJIMA (Grad. Sch. Bioagric. Sci.,
Nagoya Univ.)Dr. Michitaka MASUDA (Natl. Cardiovasc. Cen.)
Dr. Naoki MOCHIZUKI (Natl. Cardiovasc. Cen.)
Mr. Hitoshi NAKAYAMA (Grad. Sch. Agric., Kyoto
Univ.)
Dr. Eiji NISHIBORI (Grad. Sch. Eng., Nagoya Univ.)
Prof. Makoto SAKATA (Grad. Sch. Eng., Nagoya Univ.)
Prof. Mamoru SATO (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Prof. Takao SHIMIZU (Grad. Sch. Med., Univ. Tokyo)
Dr. Toshiyuki SHIMIZU (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Mr. Hideyuki TAKA (Hitachi Software Eng. Co. Ltd.)
Prof. Hideaki TSUGE (Inst. Health Sci., Tokushima
Bunri Univ.)
Dr. Yoshihiro URADE (Osaka Biosci. Inst.)
Ms. Hiroko UTSUNOMIYA (Inst. Health Sci., Tokushima
Bunri Univ.)
Dr. Shigeo WAKABAYASHI (Natl. Cardiovasc. Cen.)
Prof. Shozo YAMAMOTO (Grad. Sch. Home Econ., Kyoto Women’s Univ.)

Head
Dr. Masashi MIYANOMembers
Dr. Hideo AGO

942

Trainees
Mr. Hiroki ADEGAWA (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Mr. Kyouhei ARITA (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama

平成 16 年度

City Univ.)
Mr. Takuya HIRATA (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Ms. Asami HISHIKI (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Ms. Yuki IDE (Grad. Sch. Bioagric. Sci., Nagoya Univ.)
Ms. Kumiko IGARI (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Mr. Tsuyoshi IMAZAKI (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Mr. Makoto IWAMOTO (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama City Univ.)
Ms. Michiko KATSUKAWA (Grad. Sch. Home Econ.,
Kyoto Women’s Univ.)
Mr. Shigeta KAWAGUCHI (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama City Univ.)
Mr. Shigeyuki MOMOZAWA (Fac. Eng., Univ.
Tokushima)
Ms. Nanako NAGASAKI (Grad. Sch. Bioagric. Sci.,
Nagoya Univ.)
Mr. Yoichi NAOE (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama City
Univ.)
Mr. Takashi ODA (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama City
Univ.)
Mr. Takashi SHIMADA (Grad. Sch. Int. Sci., Yokohama
City Univ.)
Mr. Yasuhiro SHIMIZU (Fac. Eng., Univ. Tokushima)
Mr. Yasushi SUGIMOTO (Inst. Health Sci., Tokushima
Bunri Univ.)
Mr. Toshiharu TSURUMURA (Inst. Health Sci.,
Tokushima Bunri Univ.)
Mr. Kazunari YONEDA (Fac. Eng., Univ. Tokushima)

誌 上 発 表 Publications［雑誌］（原著論文） ＊印は査読制度がある論文
Lokanath N. K., Shiromizu I., Ohshima N., Nodake Y.,
Sugahara M., Yokoyama S., Kuramitsu S., Miyano M.,
and Kunishima N.: “Structure of aldolase from Thermus thermophilus HB8 showing the contribution ofoligomeric state to thermostability”, Acta Cryst. D 60,
1816–1823 (2004). ＊Ueno G., Yamamoto M., Hirose R., Ida K., Kanda H.,
Miyano M., Kumasaka T., and Ishikawa T.: “Highthroughput protein crystallography at RIKEN structural genomic beamlines”, AIP Conf. Proc. 705, 1209–
1212 (2004). ＊Ueno G., Hirose R., Ida K., Kumasaka T., and Yamamoto
M.: “Sample management system for a vast amount offrozen crystals at SPring-8”, J. Appl. Cryst. 37, 867–873(2004). ＊Hori T., Yokomizo T., Ago H., Sugahara M., Ueno
G., Yamamoto M., Kumasaka T., Shimizu T.,
and Miyano M.: “Structural basis of leukotriene

理研研究年報B4 12-hydroxydehydrogenase/15-oxo-prostaglandin 13reductase catalytic mechanism and a possible Src homology 3 domain binding loop”, J. Biol. Chem. 279,
22615–22623 (2004). ＊Hisanaga Y., Ago H., Nakagawa N., Hamada K., Ida
K., Yamamoto M., Hori T., Arii Y., Sugahara M.,
Kuramitsu S., Yokoyama S., and Miyano M.: “Structural basis of the substrate-speciﬁc two-step catalysis
of long chain fatty acyl-coa synthetase dimer”, J. Biol.
Chem. 279, 31717–31726 (2004). ＊Lokanath N. K., Ukita Y., Sugahara M., and Kunishima
N.: “Puriﬁcation, crystallization and preliminiary crystallographic analysis of the vacuole-type ATPase subunit
E from Pyrococcus horikoshii OT3”, Acta Cryst. F 61,
56–58 (2005). ＊Sugahara M., Nodake Y., Sugahara M., and Kunishima
N.: “Crystal structure of dehydroquinate synthase from
Thermus thermophilus HB8 showing functional importance of the dimeric state”, Proteins: Struct., Funct.,
Bioinf. 58, 249–252 (2005). ＊（総 説）
宮野雅司, 菅原光明: “ハイスループット自動結晶化観察システム”, Med. Sci. Dig. 30, 161–162 (2004).
河本正秀, 酒井久伸, 井田孝, 上野剛, 山本雅貴: “高輝度放射光によるタンパク質結晶構造解析の現状と問題点”, 放
射光 17, 330–337 (2004).
宮野雅司, 堀哲哉: “7 回膜貫通型受容体の構造と機能：ロドプシンを中心に”, 医学のあゆみ 212, 9–15 (2005).
（その他）
菅原光明, 岡崎伸生, 宮野雅司: “全自動タンパク質結晶化観察ロボット (TERA)”, 化学 59, No. 10, pp. 52–53 (2004).
［単行本・Proc.］（その他）
Kimura M., Yamamoto M., Furuichi M., Kumasaka T.,
and Yamaguchi I.: “An unexpected gift from fungicide
metabolism studies: blasticidin S deaminase (BSD) from
Aspergillus terreus”, Molecular Anatomy of Cellular Systems (Progress in Biotechnology, Vol. 22), Elsevier Science, Amsterdam, pp. 55–60 (2002).

口 頭 発 表 Oral Presentations（国際会議等）
Miyano M., Ago H., Hori T., Kumasaka T., Inoue T.,
Hisanaga Y., Irikura D., Yokomizo T., Urade Y.,
Shimizu T., and Hayaishi O.: “Structural biology on
lipid related proteins: toward the medical and medicinal
applications”, 1st Paciﬁc-Rim Int. Conf. on Protein Science (PRICPS 2004), (Protein Science Society of Japanand others), Yokohama, Apr. (2004).
Miyano M.: “Structures on lipid related proteins at structural biophysics laboratory”, RIKEN-CCLRC Daresbury Symp.: Structural Biology, Daresbury, UK, May(2004).
Sugahara M., Okazaki N., Nakamura Y., Kumei M.,
Tanaka T., Miyano M., and Yokoyama S.: “High943

throughput protein crystallization in Highthroughput
Factory, SPring-8/RIKEN”, 10th Int. Conf. on the Crystallization of Biological Macromolecules (ICCBM10),
Beijing, China, June (2004).
Hori T., Yokomizo T., Ago H., Sugahara M., Ueno
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