論文

独立行政法人の会計と監査

野 口 晃 弘＊
（名古屋大学大学院経済学研究科助教授）（会計検査院特別研究官）

１．はじめに独立行政法人とは，国民生活及び社会経済の安定等の公共上の見地から確実に実施されることが必要な事務及び事業であって，国が自ら主体となって直接に実施する必要のないもののうち，民間の主体にゆだねた場合には必ずしも実施されないおそれがあるもの又は一の主体に独占して行わせることが必要である
ものを効率的かつ効果的に行わせることを目的として，独立行政法人通則法（以下，通則法とする）及び個別法の定めるところにより設立された法人である（通則法第２条）。平成13年４月に57の独立行政法人が発足し，平成15年３月現在その数は59法人となっている。なお，平成15年度中に35以上の組織が独立行政法人に移行する予定であり，独立行政法人の数は今後さらに増加するものと思われる。
平成13年４月に設立された57の独立行政法人については，既に初年度（平成13年度）の決算が行われている。本稿では，それらの独立行政法人を対象として会計と監査の現状を示し，課題について検討する。

２．独立行政法人会計の現状
独立行政法人における平成13年度の財務諸表１）に見られる特徴として，（１）大多数の法人が損益計算の結果，当期純利益を計上している，（２）多くの法人で資本剰余金合計がマイナスとなっている，（３）リースの資本化が行われている，という点を挙げることができる。
（１）損益計算の結果
損益計算書に示されている当期純損益を見ると，３法人で当期純損失，１法人は当期純損益ゼロ，そして残り50法人では当期純利益が計上されていた。図表１は当期純損益の分布状況を示したものであるが，若干の黒字という状態に偏った分布となっていることがわかる。なお，当期純利益の平均は9.21億円であ*1960年生まれ。83年一橋大学商学部卒業，89年一橋大学大学院商学研究科博士後期課程単位修得・退学。第14代本院特別研究官。日
本会計研究学会，日本簿記学会，日本私法学会，日本社会関連会計学会，ディスクロージャー研究学会，ヨーロッパ会計学会，イギリス会計学会，アジア会計学会等に所属。名古屋商科大学助手・講師・助教授を経て，94年より名古屋大学助教授。著書『条件付持分証券の会計』新世社（1999年）。
１）ここでは平成15年３月までにウェブページ等から入手できた54の独立行政法人の財務諸表を分析対象としている。

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るが，分布の偏りを反映してメジアンは2.25億円であった。そして法人の規模を考慮に入れるため，総資本利益率の分布状況を示したものが図表２であるが，同様の分布を示している。なお，平均は1.75%，メジアンは1.28%であった。
図表１18法人 16数 14121086420純損
失01当期純損益の状況

234 5億円

6

図表２7818法
人 16数 141210864209以上マイナス

0

総資本利益率の状況

12345％
以上

運営費交付金収益の計上基準２）には，業務等の達成度に応じて運営費交付金債務の収益化を進行させる
成果進行基準，期間の経過を業務の進行とみなし収益化する期間進行基準，業務のための支出額を限度として収益化する費用進行基準があるが，多くの法人では費用進行基準が採用され，成果進行基準，期間進行基準の採用は，図表３に示したように限られている。
図表３

運営費交付金収益の計上基準

法人名

成果進行基準期間進行基準

航海訓練所

練習船経費及び退職手当等

管理・業務部門経費及び人件費等

酒類総合研究所

人件費のうち退職金及び研究業務費の一部

退職金を除く人件費

国立女性教育会館

研修受入事業，交流事業，調査研究事業及び情報事業に係る物件費担当

人件費相当及び管理業務に係る物件費相当

国立美術館

展覧業務，美術工芸品等の収集及び教育普及業務の一部に係る経費担当

人件費相当及びその他の業務に係る経費相当

文化財研究所

人件費のうちの退職手当及び事業部
門の経費

人件費のうちの役員報酬，職員給与，共済組合事業主負担金，児童手当拠出金及び管理部
門の経費運営費交付金収益の計上基準に費用進行基準が採用されれば，利益は生じないように思われるが，前に示したように多くの独立行政法人で当期純利益が計上されている。その理由について，農業生物資源研究所の損益計算書関係の注記事項では，当期総利益の主な発生源泉として，受託研究業務費で取得した固定資産の翌期以降の減価償却費相当と消費税還付が挙げられている。
国及び政府出資法人からの委託を受けて実施している政府受託事業の会計処理については，その収入（政府受託収入）で設備等の固定資産を購入した場合，取得原価相当額まで当期の収益として全額計上する方法と，取得原価相当額のうち次期以降の減価償却費に相当する額を資産見返負債として繰延経理する方法という異なる２つの会計処理が用いられている。農業生物資源研究所など4法人では前者の方法が選択され，政府受託収入から利益が生じているのに対し，３法人では後者の方法が選択され，政府受託事業
２）独立行政法人会計基準注解（平成12年2月設定，以下「注解」と略す）〈注34〉運営費交付金の会計処理について。なお，平成15年3月の改訂により〈注57〉。

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独立行政法人の会計と監査から利益は計上されていない３）。
消費税の会計処理で税込方式が採用されている場合，課税売上に対する消費税は収益に含まれ，課税仕入に対する消費税は費用に含まれることになる。両者の差額が消費税の納付額または還付額になるが，それは租税公課あるいは雑収入として損益計上される。独立行政法人における設立年度特有の問題として，国から現物出資された資産が課税仕入として扱われると，法人設立年度には多額の課税仕入が計上され，それに伴って多額の消費税還付金を受け取ることになることについては以前から予想されていたが４），それが現実のものになったと考えられる。

（２）損益外減価償却の影響
図表４・図表５に示されているように，多くの独立行政法人では，資本剰余金合計がマイナスとなっている。これは，独立行政法人会計基準（以下，「基準」と略す）に基づく会計処理の特徴である。企業会
計の場合，資本剰余金は株主からの払込資本のうち資本金に含まれないものを表すため，本来マイナスの資本剰余金という概念は想定されないという考え方が採られている５）。
図表４資本剰余金合計の分布

35法
人 30数 2520151050−20未満 −20−100

図表５

資本剰余金／総資本比率の分布

40法
人 35数 302520151050−10未満 −1010以上
億円−50510以上％「基準」では，償却資産のうち，その減価に対応すべき収益の獲得が予定されないものとして特定された資産については，減価償却相当額を損益計算上の費用には計上せず，資本剰余金を減額するように指示している６）。これは，そのような資産の減価部分について通常は運営費交付金の算定対象とはならず，資産の更新に当たっては，出資者たる国により改めて必要な措置が講じられることになるものと想定されているためである７）。そして，計上された損益外減価償却相当額の累計額は，独立行政法人の実質的な財産的基礎の減少の程度を表示し，当該資産の更新に係る情報提供の機能を果たすことが期待されている８）。

３）会計検査院『会計検査のあらまし−平成13年度決算−』2003年，366-368頁。
４）朝日監査法人パブリックセクター部編著『詳解独立行政法人のすべて〜設立・運営から会計・監査・業績評価まで〜』ぎょうせい，2002年，80頁。
５）企業会計基準委員会，企業会計基準第１号「自己株式及び法定準備金の取崩等に関する会計基準」（平成14年２月21日）第68項。
６）「基準」（平成12年２月設定）第77

特定の償却資産の減価に係る会計処理。なお，平成15年３月の改訂により第86。

７）「注解」〈注39〉減価償却の会計処理について（改訂後〈注64〉）。
８）「注解」〈注39〉減価償却の会計処理について（改訂後〈注64〉）。

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建物など施設費で措置されると考えられる金額の大きな償却資産の減価償却については，次のような仕訳が行われることになる。

（借）損益外減価償却累計額 ××× （貸）減価償却累計額 ×××（資本剰余金）

損益外減価償却相当額を上回る施設費等が措置されなかった多くの場合においては，資本剰余金が借方残高になってしまったものと考えられる。なお，損益外減価償却相当額については，損益計算書には計上されないものの，広い意味で最終的に国民の負担に帰すべきコストなので，行政サービス実施コスト計算書に表示される９）。

（３）リース会計の適用
リース取引には，法的形式は賃貸借取引であっても，その経済的実態が，当該物件を売買した場合と同様の状態にあるものが含まれている。「リース取引に係る会計基準」では，そのようなリース取引をファイナンス・リース取引と呼び，原則として通常の売買取引に係る方法に準じて会計処理を行うように指示している10）。ところが，ファイナンス・リース取引のうち，リース物件の所有権が借手に移転すると認められるもの以外の取引については，所定の事項を注記するだけで，通常の賃貸借取引に係る方法に準じて会計処理を行うことも認められている11）。このため，わが国の企業会計では，ファイナンス・リース取引について，通常の賃貸借取引として会計処理が行われ，売買取引として会計処理を行った場合の金額については注記によって開示されるのが実情となっている12）。
これに対し，独立行政法人の場合，54法人中26法人で貸借対照表にリース債務が表示されており，９法人については資産の種類まで確認できることから，リース会計が本格的に適用されていることがわかる。
このような独立行政法人会計と企業会計との違いは，その会計基準の違いによってもたらされていると考えられる。
「注解」〈注18〉（改訂後〈注28〉）では，リース資産の表示方法について「独立行政法人におけるファイナンス・リース取引の会計基準については，独立行政法人が公共性等共通の性格を持ち，一の統一した制度の下に存在するものであって，その比較可能性を考慮した場合，企業会計原則では認められている『通常の賃貸借取引に係る方法に準じ』た会計処理を選択的に認めることは適切ではないことから，通常の売買取引に係る方法に準じた処理を行うものとする」と指示している。このため，独立行政法人では，重要なファイナンス・リース取引については賃貸借取引として会計処理を行う余地はなく，売買取引として会計処理しなければならない13）。
９）「基準」第24

行政サービス実施コスト項目。行政サービス実施コスト計算書は，独立行政法人の業務運営に関して国民が負担するコストを集約し，情報開示の徹底を図るための，独立行政法人独自の計算書類である（「注解」〈注21〉，改訂後〈注41〉）。
10）企業会計審議会「リース取引に係る会計基準」（平成５年６月17日），二１，三１（1）。
11）「リース取引に係る会計基準」三１（2）。
12）日本公認会計士協会編著『決算開示トレンド（平成15年版）』中央経済社，平成15年，467-468頁によれば，調査対象の300社のうち４社を除き，ファイナンス・リース取引に関する借手側の注記が行われていた。
13）なお，ファイナンス・リース取引であっても，重要性の原則の適用により，賃貸借取引として会計処理することは認められる。
大多数の独立行政法人では，企業会計（財務諸表等規則ガイドライン８の６−６）と同じ300万円を基準として用いていた。

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さらに『「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するＱ＆Ａ』において，実質的にファイナンス・リース取引でありながら，国の機関であったため，形式的に単年度契約方式が採られていたものについては，その実質に基づいて処理することが明らかにされている14）。このようなルール設定によって，独立行政法人会計では，企業会計と異なり，リースの資本化が本格的に行われている。

３．独立行政法人に対する監査通則法において「監事は，独立行政法人の業務を監査する」（第19条）と規定されている。独立行政法
人の業務には財務諸表の作成も含まれるので，監事は業務監査だけではなく会計監査も行うことになる。
また，「独立行政法人（その資本の額その他の経営の規模が政令で定める基準に達しない独立行政法人を除く。
）は，財務諸表，事業報告書（会計に関する部分に限る。
）及び決算報告書について，監事の監査のほか，会計監査人の監査を受けなければならない」（通則法第39条）と規定されているため，条件に該当する独立行政法人については，公認会計士もしくは監査法人による会計監査も行われることになる15）。
さらに，国から現物出資や補助金の支給を受けている独立行政法人の場合，会計検査院の検査対象となりうる。ここでは，独立行政法人に対する監査の現状と監査主体間の役割分担について取り上げる。

（１）監事による監査
監事の職務には，業務監査と会計監査の両方が含まれる。特に，規模の小さな独立行政法人で，会計監査人による監査が行われない場合には，会計監査は監事による監査に依存することになる。
独立行政法人における監事の定数については通則法ではなく個別法で定められることになっているが（通則法第19条第３項），資料を入手できた56法人すべてにおいて２名となっていた。ほぼ半数に当たる26
法人では，監事の１名が常勤であり，３分の１に当たる17法人では，公認会計士を非常勤の監事として迎え入れていた。報酬については，常勤の場合，月額60万円から90万円程度（平均79万円）となっていた16）。
ただし，役員手当の決定権限あるいは報酬の調整権限が理事長に与えられている事例もあり，監事の報酬の決定方法については，監事の独立性を確保するための規定が必要と思われる。
監事は監査の結果にもとづき，必要があると認めるときは，法人の長まはた主務大臣に意見を提出することができ（通則法第19条第５項），また，財務諸表と決算報告書に関する意見を表明することになっている（通則法第38条第２項）。しかし監事の意見書に一定の様式が定められていないため，意見書の長さの平均は13行であったが，その分布は図表６のようになっており，相当にばらつきがある17）。
監事による監査が会計監査人による監査と併行して行われる場合，財務諸表等の監査が会計の職業専門家である会計監査人によって実施されることになる。したがって，監事は，会計監査人の行った監査の方

14）中央省庁等改革推進本部事務局・日本公認会計士協会『「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するＱ＆Ａ』（平成12年８月）Q31−2。
15）通則法第41条では，株式会社の監査等に関する商法の特例に関する法律 （昭和49年法律第22号）第４条 （第２項第２号を除く）の規定は，第39条の会計監査人について準用すると規定されており，独立行政法人の会計監査は公認会計士または監査法人によって行われることになる。
16）非常勤の監事の報酬に関しては，月額で示されている場合と日当で示されている場合があり，示されている金額を単純に平均することには意味がなかった。
17）47法人の監事意見書を分析対象とした。

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図表６

監事意見書の長さ

20法
人数 1510505101520253030超

行数

法とその結果の相当性を自らの責任で判断した上で，会計監査人の監査の結果を利用して，財務諸表等に関する自らの意見を述べることができると解されている18）。このことは監事が業務監査に重点を置いて監査を行うことを可能にするものと考えられる。

（２）会計監査人による監査「独立行政法人に対する会計監査人の監査の基準」では，「会計監査人は，被監査独立行政法人のパブリック・セクターとしての公共的性格を十分に認識し，適切な監査を行わなければならない」（監査基準
第１一般基準5.）と指示している。
独立行政法人における会計監査人の監査は，商法監査と類似した財務諸表及び事業報告書に対する監査に加えて，独立行政法人の業務運営の方法を反映し，予算決算対比を目的とする決算報告書監査も求められていることに特徴がある19）。
また，不正及び誤謬並びに違法行為の発見については，独立行政法人の公共的性格を反映して，企業監査以上に，その必要性を意識した監査が期待されている。重要性の原則の適用に際しても，企業の会計監査と比較して，量的及び質的側面の双方において，一層の慎重な対応が求められている20）。
会計監査人の権限，義務，責任について，通則法に具体的な規定は設けられていない。したがって，それらについては会計監査契約に規定しておく必要がある。特に監事による監査と会計監査人による監査の連携を図ることができるようにするため，相互に情報を交換できる状況を確保することが重要と考えられる。

（３）会計検査院による検査
会計検査院法第20条によれば，「会計検査院は，常時会計検査を行い，会計経理を監督し，その適正を期し，且つ，是正を図る」とともに「会計検査院は，正確性，合規性，経済性，効率性及び有効性の観点その他会計検査上必要な観点から検査を行うものとする」と規定されている。
会計検査院から公表された「平成13年度決算検査報告の概要」で独立行政法人に関しては，国から承継
18）そのため，独立行政法人が会計監査人と会計監査契約を締結する際に，監事の会計監査人に対する，会計監査人が作成した監査報告書についての説明要求，会計監査人の監査に関する報告聴取に係る権限が明確に定められることが必要であるとされている。
独立行政法人会計基準研究会「独立行政法人に対する会計監査人の監査に係る報告書」（平成13年３月７日）第４章第１節２）参照。
19）「独立行政法人に対する会計監査人の監査に係る報告書」第１章第２節。
20）「独立行政法人に対する会計監査人の監査に係る報告書」第１章第３節，第４節。

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独立行政法人の会計と監査した資産等に係る会計処理について会計検査院法第34条の規定により是正の処置を要求したものとして挙げられている。そして特定検査対象に関する検査状況の中で，独立行政法人の政府受託事業に係る経理について取り上げられている。次の節では，それらの内容から独立行政法人会計の特徴について，検討する。

４．調査報告に見られる独立行政法人会計の特徴
独立行政法人の会計に関して，会計検査院が会計検査院法第34条21）の規定により是正改善の処置を要求した事項として国から承継した資産等に係る会計経理があり，特にその検査の状況を報告する必要があると認めたものに政府受託事業に係る経理がある。

（１）国から承継した資産等に係る会計経理について
具体的には，①国から承継した物品，ソフトウェア及び電話加入権が財務諸表に計上されていなかったことに対して，公正な評価額をもって貸借対照表の固定資産又は損益計算書の費用に計上するように，②国の共同利用施設を無償利用することに伴う行政サービス実施コストが，財務諸表に計上されていなかったことに対して，国が負担している費用を行政サービス実施コスト計算書に計上するなど，何らかの表示をするように，③事務局で管理している研究者等に交付された科学研究費補助金に関する受払が，各月の合計残高試算表等に計上されていなかったことに対して，預り金勘定を設けて経理し，各月の合計残高試算表等の預り金に計上して管理するように，それぞれ要求されている。
① 承継資産の計上について・物品
国から承継した物品のうち，確認漏れなどにより展示品，机等の一部が財務諸表に計上されていなかったため，承継時における単価の評価額が50万円以上のもの及び50万円未満であっても重要性のあるものについては貸借対照表の有形固定資産に，また，50万円未満でかつ重要性の乏しいものについては損益計算書の費用に計上する要があると認められるとの指摘が行われている22）。その結果，展示品については期末の貸借対照表に資産計上され，出土品と机等については損益計算書に費用計上されている23）。
平成12年８月に中央省庁等改革推進本部事務局と日本公認会計士協会から公表された『「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するQ＆A』では，国から引き継いだ資産の会計処理が，Q26−３の後の別表に示されており，重要性のない償却資産については公正な評価額で消耗品費に借方記入し，物品受贈益に貸方記入するように指示されている。この仕訳では収益と費用が両建てされるので，当期純損益に影響を与えない。
そしてQ26−３において，帳簿管理されていなかった取得価額２万円未満の償却資産についても，独立行政法人への承継時点で公正な評価を行い，当該評価額をもって費用計上するように指示されている。つ
まりそれまで簿外となっていた重要性のない物品まで，上記の両建て経理が求められているのである。
このような規定は独立行政法人会計の特徴ではあるが，事務処理の効率化を進める上で障害となりかね
21）会計検査院は，検査の進行に伴い，会計経理に関し法令に違反し又は不当であると認める事項がある場合には，直ちに，本属長官又は関係者に対し当該会計経理について意見を表示し又は適宜の処置を要求し及びその後の経理について是正改善の処置をさせることができる。
22）会計検査院『平成13年度決算検査報告』（平成14年11月29日）495頁。
23）『平成13年度決算検査報告』500, 501, 506頁。

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ない。独立行政法人における会計実務は，従来からの厳格な財産管理にウエイトがかかっていると考えられるので，重要性の原則が適用できる範囲を，「注解」等で具体的に指示することによって，効率的な会計処理の導入を促す必要があるのではなかろうか。
・ソフトウェア
国から承継した会計システム等のソフトウェアが財務諸表に計上されていなかったため，その内容を検討した上で，公正な評価額をもって貸借対照表の無形固定資産又は損益計算書の費用に計上する要があり，13年度中に購入した当該ソフトウェアの機能追加版についてもその資産性を検討する余地があると認められるという指摘がなされている24）。
・電話加入権国から承継した電話加入権が財務諸表に計上されていなかったため，「公正な評価額をもって貸借対照表の無形固定資産に計上する必要がある。また，資産に計上する必要がないと判断した場合でも損益計算書の費用に計上する要があると認められる。
」という指摘がなされている25）。
そして，「上記の電話加入権1,809件について，一般には様々な評価方法があると思料されるが，仮に一般回線の施設設置負担金72,000円により承継時の額を算定すると１億3024万余円となる。」と指摘されている26）。
② 国有資産の維持・運営に要する費用の計上について国の設置した共同利用施設を利用し，当該施設の維持・運営に要する費用を負担していない独立行政法
人で，財務諸表に何ら計上されていなかったため，国が負担している費用について行政サービス実施コス
ト計算書に計上するなど，何らかの表示をする要があると認められるという指摘がなされている27）。
③ 科学研究費補助金の計上について独立行政法人に所属する研究者に国から交付された科学研究費補助金について，その事務局で管理（機関管理）していながら，各月の合計残高試算表等に計上されていなかったため，預り金勘定において経理し，各月の合計残高試算表等の預り金に計上して，管理する要があると認められるという指摘がなされている28）。
この指摘は，法人内部の記帳上の問題であり，財務諸表そのものには影響がない。その意味で，会計検査院による検査の特徴を表している。

（２）政府受託事業に係る経理損益計算書において，法人の会計処理の相違により，政府受託事業から利益が計上されているものと，利益が計上されていないものとがあり，その取扱いに差異が生じていたことについて，法人相互間の財務諸表の比較可能性を損なうなど，国民その他の利害関係者が財務諸表を利用する上で不都合を生じるため，統一的な取扱いが望まれることが述べられている。
この点については平成15年３月に『「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関

24）『平成13年度決算検査報告』495頁。
25）『平成13年度決算検査報告』496頁。
26）『平成13年度決算検査報告』496頁。
27）『平成13年度決算検査報告』496頁。
28）『平成13年度決算検査報告』496−497頁。

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独立行政法人の会計と監査するＱ＆Ａ』が改訂され，収益を分割計上できないことが明らかにされている29）。これは，国又は地方自治体からの受託研究収入が，運営費交付金や補助金など国の財源措置によるものではなく，自己収入に該当するためと説明されている30）。

５．おわりにわが国における公的部門の改革はまだスタートしたばかりであり，独立行政法人という制度も最初の一歩を踏み出した段階である。そのため，独立行政法人の会計及び監査において，初年度であるがゆえの問題も生じており，それらについては，改善されていくことが期待される。
特に監査に関しては，監査主体間の見解の相違が混乱をもたらさないように，相互の連携を密にする必要がある。
法人化の成果を問うのはまだ早すぎるが，少なくとも国の機関としての単年度主義から中期計画の期間という複数年度を視野に入れた活動が可能になったことの成果については，既に現れている。 それは貸借対照表に示された運営費交付金債務であり，それだけ補助金が次期に繰越されていることを示している。
年度内に予算を消化しなければならないという制約条件が緩和されたことによって，それだけ効果的に使用されることが期待される。

29）総務省行政管理局・財務省主計局・日本公認会計士協会『「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するＱ＆Ａ』平成15年３月Q40-1, A, 1。
30）当該事業のみに着目すると初年度では利益が計上され，翌年度以降は減価償却費部分が損失として計上されることになる（総務省行政管理局・財務省主計局・日本公認会計士協会『「独立行政法人会計基準」及び「独立行政法人会計基準注解」に関するＱ＆Ａ』平成15年３月Q40-1, A, 2）。会計処理のルールがこのように定められている以上，それに従いながら損益計算にノイズを生じさせないためには，研究専用償却資産を購入するのではなく，リース契約とするなど取引の形式そのものを考える必要がある。

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