パッケージプログラム状態一覧
最終更新: 2024/8/22

コンパイラ・ライブラリ
システム標準のものなどの一部を除き、/apl 以下に導入されています。
名前GCC

AOCC

AOCL

バージョン

備考

8.5.0*(システム標準)

9.2.1

module: gcc-toolset/9 (gcc-toolset-9)10.3.1

module: gcc-toolset/10 (gcc-toolset-10)

11.2.1

module: gcc-toolset/11 (gcc-toolset-11)

12.2.1

module: gcc-toolset/12 (gcc-toolset-12)

13.1.1

module: gcc-toolset/13 (gcc-toolset-13)

4.2.0

module: aocc/4.2.0

4.1.0

module: aocc/4.1.0

4.0.0*

module: aocc/4.0.0

3.2.0

module: aocc/3.2.0

4.2.0

module: aocl/4.2.0-aocc4.2 (AOCC でビルド), aocl/4.2.0-gcc13.1 (GCC でビルド)

4.1.0

module: aocl/4.1.0-aocc4.1 (AOCC でビルド), aocl/4.1.0-gcc13.1 (GCC でビルド)

4.0

module: aocl/4.0-aocc4.0 (AOCC でビルド), aocl/4.0-gcc11.2 (GCC でビルド)

3.2.0

module: aocl/3.2.0-aocc3.2 (AOCC でビルド), aocl/3.2.0-gcc11.2 (GCC でビルド)

3.9.18

Python [1]

NVIDIA HPC SDK

3.6.8*(/usr/bin/python3)

2.7.18*(/usr/bin/python2)

3.10.13 (base)
3.12.2 (gpuenv)

miniforge3 環境(/apl/conda/20240305; conda_init.sh か conda_init.csh を source
してください)3.10.9miniforge3 環境(/apl/conda/20230214; conda_init.sh か conda_init.csh を source
してください)24.3

module: nvhpc/24.3, nvhpc/24.3-byo, nvhpc/24.3-nompi

23.9

module: nvhpc/23.9, nvhpc/23.9-byo, nvhpc/23.9-nompi

23.5

module: nvhpc/23.5, nvhpc/23.5-byo, nvhpc/23.5-nompi

22.11

module: nvhpc/22.11, nvhpc/22.11-byo, nvhpc/22.11-nompi
compiler 2024.2 runtime (module: compiler-rt/2024.2)

2024.2.0

mkl 2024.2 (module: mkl/2024.2)
mpi 2021.13 (module: intelmpi/2021.13)
compiler 2024.1.0 runtime (module: compiler-rt/2024.1.0)

2024.1.0

mkl 2024.1 (module: mkl/2024.1)
mpi 2021.12 (module: intelmpi/2021.12)
compiler 2024.0.2 runtime (module: compiler-rt/2024.0.2)

2024.0.1

mkl 2024.0 (module: mkl/2024.0)
mpi 2021.11 (module: intelmpi/2021.11)
compiler 2024.0 runtime (module: compiler-rt/2024.0)

2024.0.0

mkl 2024.0 (module: mkl/2024.0)
mpi 2021.11 (module: intelmpi/2021.11)
compiler 2023.2.0 runtime (module: compiler-rt/2023.2.0)

2023.2.0
Intel oneAPI [2]

mkl 2023.2.0 (module: mkl/2023.2.0)
mpi 2021.10.0 (module: intelmpi/2021.10.0)
compiler 2023.1.0 runtime (module: compiler-rt/2023.1.0)

名前

バージョン
2023.1.0

備考
mkl 2023.1.0 (module: mkl/2023.1.0)
mpi 2021.9.0 (module: intelmpi/2021.9.0)
compiler 2023.0.0 runtime (module: compiler-rt/2023.0.0)

2023.0.0

mkl 2023.0.0 (module: mkl/2023.0.0)
mpi 2021.8.0 (module: intelmpi/2021.8.0)
compiler 2022.2.1 runtime (module: compiler-rt/2022.2.1)

2022.3.1

mkl 2022.2.1 (module: mkl/2022.2.1)
mpi 2021.7.1 (module: intelmpi/2021.7.1)
compiler 2022.0.2 runtime (module: compiler-rt/2022.0.2)

2022.1.2

mkl 2022.0.2 (module: mkl/2022.0.2)
mpi 2021.5.1 (module: intelmpi/2021.5.1)

CUDA

Open MPI

HPC-X

MVAPICH

Julia

12.4 Update 1

module: cuda/12.4u1

12.2 Update 2

module: cuda/12.2u2

12.1 Update 1

module: cuda/12.1u1

12.0*

module: cuda/12.0

11.6

module: cuda/11.6

11.2

module: cuda/11.2

5.0.1

module: openmpi/5.0.1 (各コンパイラ向けのパッケージ有)

4.1.6

module: openmpi/4.1.6 (各コンパイラ向けのパッケージ有)

4.1.5

module: openmpi/4.1.5 (各コンパイラ向けのパッケージ有)

3.1.6

module: openmpi/3.1.6 (各コンパイラ向けのパッケージ有)

2.16 (Open MPI
4.1.5)

module: openmpi/4.1.5-hpcx2.16 (各コンパイラ向けのパッケージ有)

2.13.1 (Open MPI
4.1.5)

module: openmpi/4.1.5-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有)2.11 (Open MPI
4.1.4)

module: openmpi/4.1.4-hpcx (各コンパイラ向けのパッケージ有)

3.0

module: mvapich/3.0 (GCC, AOCC 向けパッケージ有り)

2.3.7

module: mvapich/2.3.7 (各コンパイラ向けのパッケージ有)

1.10.0module: julia/1.10.0

1.8.5

module: julia/1.8.5

1.6.7 (LTS)

module: julia/1.6.7

Apptainer/Singularity 1.3.1(singularity もしくは apptainer で呼び出し可能)*: デフォルトのバージョン[1]: pip install (パッケージ名) --user のようにすることで、自身のホームディレクトリにパッケージを追加することもできます。完全な独自環境が欲しい場合には、miniforge 等での構築もご検討ください。なお、conda 環境の読み込みには時間がかかる場合があります(通常は初回読み込み時のみ; lustre ファイルシステムの仕様が原因で、解消は難しいです)。特定の少数パッケージが必要な場合は pip でホームディレクトリ以下に導入することを推奨します。
[2]: 共用領域にコンパイラ本体はインストールされていません。コンパイラが必要な場合は oneAPI Base Toolkit や oneAPI HPC
Toolkit をご自身のディレクトリにインストールしてください。

アプリケーションパッケージ
以下のパッケージがインストールされています。(公式ページへのリンクが黒文字で表記されているものは、1/25 時点では未導入ですが、導入予定のものです)プログラムの詳しい使用法は公式のドキュメント等を参照してください。各計算ノードとログインサーバーの /apl 以下にインストールされています。ビルドに関する情報はこちらのページにまとめられています。
名前

内容

ABINIT-MP

A software for fast Fragment-Molecular-Orbital (FMO) calculations.

AlphaFold

AI program for predictions of protein structure.

名前

内容

AMBER

Package of molecular simulation programs.

CENSO
CP2K

Program for evaluating structure ensembles at DFT level.
A quantum chemistry and solid state physics software package.

CREST

A program for the automated exploration of the low-energy molecular chemical space.

CRYSTAL

General-purpose programs for the study of crystalline solids.

DFTB+

Fast and efficient versatile quantum mechanical simulation software package

DIRAC(注22)

Computes molecular properties using relativistic quantum chemical methods (named after P. A. M. Dirac).

GAMESS

General atomic and molecular electronic structure system.

Gaussian

Ab initio molecular orbital calculations.

GENESIS

Molecular dynamics and modeling software for bimolecular systems such as proteins, lipids, glycans, andtheir complexes.

GROMACS

Fast, Free and Flexible MD

GRRM

Automated Exploration of Reaction Pathways.

LAMMPS

Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator.

OpenMolcas

Quantum chemistry software.

MolproComplete system of ab initio programs.

NAMD

Scalable molecular dynamics program.

NBO

Discovery tool for chemical insights from complex wavefunctions.

NTChem(注17)Comprehensive new software of ab initio quantum chemistry made in Riken-RCCS from scratch.

NWChemComputational chemistry tools that are scalable both in their ability to treat large scientific computational
chemistry problems

ORCA

An ab initio quantum chemistry program package

PSI4

Open-source suite of ab initio quantum chemistry programs designed for efficient, high-accuracy
simulations of a variety of molecular properties.

Quantum
ESPRESSO

Integrated suite of Open-Source computer codes for electronic-structure calculations and materials
modeling at the nanoscale.

Reaction Plus

Program to obtain the transition state and reaction path along the user’s expected reaction mechanism.

SIESTA

Efficient electronic structure calculations and ab initio molecular dynamics simulations of molecules andsolids

TURBOMOLE

One of the fastest programs for standard quantum chemical applications.

GaussView

Viewer for Gaussian 09 / 16.

Molden
VMD

Visualization program of molecular and structure.
Molecular graphics viewer

パッケージプログラム名バージョン

導入日

ABCluster

3.0○ (2023/11/28)

v2r4○ (2023/2/21)

v1r22○ (2023/2/21)

ABINIT-MP

備考(入手不可)ADF(注9)2.3.2

AlphaFold△ (2024/2/8)☆

2.3.1△ (2023/2/6)☆

2.2.0△ (2022/3/14)☆

2.1.1△ (2021/11/8)☆

2.1.0△ (-/-/-)☆

2.0.0 (2021/8/19)△ (2021/8/23)☆

2.0.0 (2021/7/20)△ (2021/7/26)☆

パッケージプログラム名

バージョン
24-update1

導入日

備考○ (2024/6/11)☆

(AmberTools24-update2)

22-update4○ (2023/8/25)☆

(AmberTools23-update4)

22-update1○ (2023/1/-)☆

(AmberTools22-update4)

20-update13○ (2023/1/-)☆

(configure でビルド)

AutoDock

4.2.6○ (2023/11/24)

AutoDock-GPU

1.5.3○ (2023/11/24)☆

AutoDock Vina

1.2.5

○ (2023/11/24)

AmberCENSO

1.2.0○ (2024/5/22)(バイナリ版)
ENSO 2.0.2 の anmr とnmrplot.py を手動で追加

ColabFold

1.5.5○ (2024/2/16)

ローカル DB を使用

CP2K

2024.2○ (2024/8/22)

2023.1○ (2023/4/6)

9.1○ (2023/1/-)

CREST
CRYSTAL

DFTB+

DIRAC

GAMESS

Gaussian

3.0.1○ (2024/5/21)

23-1.0.1○ (2024/7/19)○ (2023/1/-)

23.1○ (2023/7/19)☆
MPI / OpenMP

23.0○ (2023/5/8)

19.0○ (2023/1/27)

2023-R2(Sep30)○ (2023/12/7)(NBO 7.0.7 有効)

2022-R2(Sep30)○ (2023/1/-)(NBO 7.0.7 有効)

2021-R1(Jun30)○ (2023/1/-)(NBO 7.0.7 有効)16.C.02○ (2022/3/14)☆

(NBO 7.0.10 有効)

16.C.01○ (2019/8/2)(NBO 7.0.10 有効)

16.B.01○ (2018/3/12)

09.E.01○ (2015/12/24)

2.1.2○ (2024/1/16)☆
CPU / GPU

2.0.3

○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU

GENESISGROMACS

(注21)

17-1.0.2

2024.2○ (2024/5/16)☆
CPU / GPU

2023.5○ (2024/5/7)☆
CPU / GPU

2023.4○ (2024/1/26)☆
CPU / GPU

2023.2○ (2023/8/9)☆
CPU / GPU

2022.6○ (2023/7/12)☆
CPU / GPU

2022.4○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU

2021.7○ (2023/4/14)☆
CPU / GPU

MPI 版と OMP 版を用意

パッケージプログラム名

GRRM

バージョン

導入日2021.6○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU

2021.4○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU23〇 (2024/1/11)

利用には申請が必要です。
(マルチノード並列対応)

17(注5)○ (2021/1/27)(マルチノード並列対応)

14○ (2015/7/29)○ (2023/10/16)☆

2Aug23CPU(GCC,INTEL) / GPU(netcdf off)

○ (2023/4/18)☆
CPU / GPUIntel MPI

29Sep21 Update 3○ (2023/4/18)☆
CPU / GPUIntel MPI

29Sep21○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU

(netcdf off)

23Jun22 Update 2

LigandMPNN△ (2023/10/11)

2023.1.0△ (2023/9/19)

2022.3.0(HPC-X)△ (2023/5/18)(MVAPICH)△ (2023/1/-)

2021.3.1△ (2023/5/10)

2015.1-44△ (2023/1/-)

3.0○ (2024/7/5)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA

3.0b7○ (2024/5/23)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA

3.0b6○ (2024/3/6)☆
MPI / SMP / SMP+CUDA

3.0b2○ (2023/4/10)☆

2.14○ (2023/1/-)☆
CPU / GPU

7.0.10△ (2023/2/14)

7.0.7△ (2023/1/-)

2013.13.0.0○ (2023/4/28)○ (2023/3/6)

6.8○ (2023/1/-)
1.1.0(GPU 版のみ)○ (2024/3/5)☆
CPU / GPU

7.0.2

OmegaFold
OpenMM△ (2023/1/-)

2022.2.2

7.2.2
NWChem△ (2024/3/11)

2023.2.0

NAMD

NTChem2024/3/27 最新コード△ (2024/3/27)☆
2024.1.0

NBOIntel MPI

○ (2023/1/-)☆
CPU / GPULAMMPS

Molpro(注2)

備考○ (2024/6/12)☆

8.1.0○ (2023/12/5)

23.06○ (2023/7/25)

22.10○ (2023/3/6)

ReactionPlus 向け

OpenMolcas
パッケージプログラム名

ORCA

バージョン

導入日

備考

21.10

○ (2023/3/6)

5.0.4○ (2023/3/20)

5.0.3○ (2022/2/22

4.2.1○ (2020/1/8)(利用前に登録が必要です)

Parallel CONFLEX (注9)ProteinMPNN△ (2023/10/26)☆
1.9.1PSI4

Quantum ESPRESSO

ReactionPlus○ (2024/3/5)

1.7○ (2023/1/30)

7.3○ (2024/2/6)☆
CPU / GPU

7.2

○ (2023/4/11)☆
CPU / GPU

6.8

○ (2023/1/26)☆
CPU / GPU

1.0

○ (2018/1/22)

RFdiffusion△ (2023/10/26)☆

RFDiffusion AA

SIESTA

TURBOMOLE(注3)2023/10/25 最新コード

2023/10/25 最新コード△ (2024/3/27)☆

2024/3/27 最新コード

5.0.1○ (2024/7/4)
OpenMPI / IntelMPI

Open MPI 版と Intel MPI 版を用意

5.0.0

○ (2024/5/29)
OpenMPI / IntelMPI

Open MPI 版と Intel MPI 版を用意

4.1.5

○ (2023/1/-)
MPI / OpenMP

7.8○ (2023/12/18)

7.7○ (2023/7/18)

7.6○ (2021/12/23)

MPI 版と OMP 版を用意

(入手不可)VASP(注4)
xTB

6.7.0

○ (2024/5/7)

6.5.1○ (2024/5/22)

X11 転送が可能であれば以下の GUI アプリケーションもログインサーバーで利用可能です。X11 転送は Windows ならば MobaXtermが一番手軽かと思います。(WSLg, Xming, VcXsrv なども使えるかもしれません。) mac ならば XQuartz を導入、起動した上で ssh に XY オプションを追加した上で接続すれば利用できます。
名前GaussView

バージョン

起動コマンド

導入日

6.1.1

gview6△ (2019/10/29)

6.0.16/apl/gaussian/16b01/gv/gview.sh△ (2017/2/2)

5.0.9

gview5△ (2013/3/13)

iMolproLuscus

1.0.1
0.8.6

MoldenVMD

7.2.1/apl/imolpro/1.0.1/bin/imolpro-*/apl/luscus/0.8.6/bin/luscus/apl/molden/7.2.1/bin/molden

1.9.4 alpha/apl/vmd/1.9.4a57/bin/vmd(2022/4/27)○: module 有り△: 対応する module 無し☆: GPU版有注意事項(注2) molproは、2024年9月15日にライセンス失効します。毎年更新予定。
(注3) 国内にいる非営利ユーザーのみ利用可能。2024年1月にライセンス失効する。毎年更新予定。

○ (2024/3/8)○ (2023/10/4)○ (2023/2/6)○ (2023/1/-)

(注4) 本センターでは導入できません。ユーザーが独自にインストールすることは可能です。
(注5) 公式マニュアルや計算科学研究センター作成の「GRRM実行サンプル解説」(GRRM14用)についてもご覧ください。
(注9) ADF, Parallel CONFLEX はライセンス費用が高額であるため、本センターでは導入できません。
(注17) NTChemを用いて得た成果を発表するときには引用義務があります。詳しくは公式ページや公式マニュアルをご覧ください。
(注21) CRYSTALを使用するためにはバージョン、ユーザー毎にライセンス同意書に署名が必要です。CRYSTAL17で登録済みの場合でもCRYSTAL23を使うためには別途登録が必要です。郵送等で同意書がRCCSに届いた後、CRYSTAL23 or/and CRYSTAL17が利用可能になります。(CRYSTAL23ライセンス同意書) (CRYSTAL17ライセンス同意書)(注22) DIRAC を使った計算を論文にする場合、このページに示されたリファレンスの引用義務があります。
添付サイズ

CRYSTAL17のライセンス同意書 255.58 KB
CRYSTAL23のライセンス同意書 314 KB