京都府立医科大学附属図書館
2010/01

PubMed の使い方（基礎編）(http://pubmed.gov/)

Advanced Search
色々な検索機能が選べます(以前の Features
Tab の機能が移動）。

PubMed の最初の画面

検索ボックス
キーワードを入力するところです。

以前「サイドバー」にあった各種機能は画面下方に移動しました。

PubMed とは
米国国立医学図書館 (NLM : http://www.nlm.nih.gov/) では、1997年からPubMed（パブメド）を公開しています。PubMedでは、医学文献データベースMEDLINEを中心とした世界中の医学文献を無料で検索できます。
MEDLINEとは、世界約80カ国、5,200誌以上の雑誌に掲載された文献情報を検索できる医学文献データベースです。 日本で出版された雑誌は162誌がカレントな収録対象誌となっています(2009年10月現在)。医学用語や著者、雑誌名等のキーワードを手がかりに、文献の書誌情報（タイトル、著者名、雑誌名、抄録）を調べることができます。
MEDLINEには、1948年以降に登録された約1,880万件の文献データが収録されています。
ただし、1948～1965年のデータは索引誌から遡及入力されたものであり、それ以降のデータに比べて索引などが異なっていますので、検索の際には注意が必要です。なお、PubMedの母体となった冊子体の索引誌を使えば、1879年まで遡って調べることができます。
PubMedの詳しい利用法は、PubMedの検索ボックス右上のHelpから参照できます（英文）URL：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp１京都府立医科大学附属図書館
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PubMed の検索の方法（基本）

PubMedには色々な検索方法がありますが、一番簡単な方法を説明します。
Internet Explorerなどのブラウザを使って、http://pubmed.gov/ を開くと、上図のような画面が現れます。検索ボックスの上のプルダウンメニューは[PubMed]のままで、検索ボックスにキーワードを入れ、さらに右横の[Search] ボタンをクリックすると検索を実行します。（Enterキーを押しても実行します）
２つ以上のキーワードを掛け合わせる場合は、スペースをはさんで並べて入力すると、自動的にそれらをすべて含む文献を検索します。
例えば、「メタボリックシンドロームの危険因子に関する文献」の場合、キーワードとしては「メタボリックシンドローム(metabolic syndrome)」と「危険因子(risk factor)」となりますので、入力の方法は次のようになります。
metabolic syndrome risk factor←

大文字・小文字どちらでも構いません

キーワードを入力するとその語を含む最近頻繁に行われた検索例が検索ボックス下方にメニューで表示されます。これはオート・サジェスト（Auto Suggest）と呼ばれる機能です。
メニュー中に適当なものがあればそれを選択すると、その用語で検索を実行します。このような機能を無効にしたければ、メニューの最下部にある”Turn off”を選択します。

２

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また、「Blood 誌に2009年に掲載された Sato 氏の論文」を探している場合は、次のように入力します。
Blood 2009 sato← 大文字・小文字どちらでも構いません

雑誌名や著者名と思われる語で検索が実行されると、サイテーション・センサー（CitationSensor）と呼ばれる機能が起動し、通常の検索の前に書誌情報として該当する論文が表示されます。検索の結果、下図のように、はじめに Blood を雑誌名として検索された4件が表示され、その次に Blood を雑誌名以外も含むキーワードとして検索した結果715件が表示されます。

前方一致検索 (Truncation)
キーワードの最後にアスタリスク(*)を付けると、「その後にはどんな文字が続いてもすべて検索しなさい」という意味になります。このような検索を前方一致検索あるいはトランケーションといいます。ただし、600種類までの検索となります。なお、1文字にアスタリスクをつけて検索することはできません (a*など)。

特殊文字による検索
PubMedで特殊文字を使ったキーワードで検索する場合は、それぞれ以下のように入力します。
・ギリシャ文字： 読みの英語綴りで検索例）α → alpha・ハイフン（－）：スペース例）Evidence-based → Evidence based・アポストロフィー（’）：省略例）Behcet’s syndrome → Behcets syndrome
・分子式：大文字例）CO2 → CO2・ウムラウト等：省略

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Advanced Search
検索フィールドの限定や使用言語などを指定して検索するには、Advanced Search画面で行います。PubMedのトップ画面や検索結果の画面上部にある [Advanced Search] をクリックすると、以下のような画面に変わり、様々な検索ができます。

Search History

旧インターフェース

History

Search History では、それまでに検索した過程（検索語と検索結果）を見ることができ、検索集合の組み合わせが容易にできます。下図はブタインフルエンザとタミフルの掛け合わせを行っている例です。なお、検索履歴は新しいものから 5 つ表示されます。５件以上の履歴がある場合には、右下に More History ボタンが現れるので、それをクリックすると全ての履歴が表示されます。

Search History では検索番号を AND, OR, NOT で組み合わせて検索することができます。演算子は大文字でも小文字（and、or、not）でも検索できます。なお、検索番号には必ず＃を付けて下さい。＃を付けないとその数字で検索されます。
例）#8 AND #10#7 OR #14

#1 AND interferon

Search History が記憶している検索記録は 100 番までです。これを超えると、古いものから順番に消去されます。また、何もしないで 8 時間経つと、検索記録は自動的に削除されます。検索番号は MeSH Database など他のデータベースと共通で、番号が飛んだりします。組み合わせる際には注意してください。検索記録を消去したいときは、すべて削除するなら画面右下の Clear History ボタンをクリックし、特定の検索番号を削除したいときはその番号をクリックして表示されるメニューから Delete を選びます。

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Search by Author, Journal, Publication Date, and more2 番目のエリア Search by Author, Journal, Publication Date, and more では、著者名や雑誌名、論題名などフィールドを指定して検索することができます。初期設定は、各行で指定した項目の掛け合わせ（AND 検索）になっていますが、OR 検索に変更もできます。
各ボックスの右横の Index ボタンをクリックすると、そのキーワードを含む候補語がリストアップされます。入力したキーワードですぐに検索を実行する場合は右下の Search ボ
タンをクリックします。
Publication Dateでは論文の出版日で絞り込むことができ、たとえば2009年1月1日以降に指定するには前方のボックスに 2009/1/1 や 2009/01/01 のように入力します。また、2009 のように出版年だけで指定することもできます。出版期間の指定は検索を実行すると解除されます。なお、フィールドを Entrez Date にするとPubMedにデータを収録した日で限定できます。

Limit by Topics, Languages, and Journal Groups

旧インターフェース

Limits各種の絞り込み検索は、Limit by Topics, Languages, and Journal Groups で可能です。
ここでは、全文データへのリンクや抄録の有無、本文で使用された言語、性別、年齢などが指定できます。

人間か動物か性別
Gender５

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2010/01◆出版形態の選択：Type of Article (Publication Types)
Type of Article は Publication Type と同じもので、研究デザインや論文の種類について絞り込み検索ができます。主なものは以下のとおりです。
Clinical Trial（臨床試験）
Editorial（社説）
Letter（投書）
Meta-Analysis（メタアナリシス）
Practice Guideline（臨床ガイドライン）
Randomized Controlled Trial（無作為抽出試験）
Review（レビュー・総説）
本文の言語

論文の種類
Type of Article◆サブセットの選択：Subsets
収載誌の種類を限定したり、データの範囲を絞ったり広げたりすることができます。
収載誌(Journal Groups)の限定には、主要誌 (Core clinical journals)、歯科関係 (Dentaljournals)、看護関係 (Nursing journals)の３種類があります。
データの範囲(Topics)の限定としては、主題の限定はエイズ (AIDS)、生命倫理(Bioethics)、腫瘍(Cancer)、補完医療・代替医療(Complementary Medicine)、医学史(History ofMedicine)、宇宙医学(Space Life Sciences)、システマティックレビュー(SystematicReviews)、毒性(Toxicology) の8種類の他、索引済みのMEDLINEデータ(MEDLINE)、無料電子ジャーナルが利用できるもの(PubMed Central)の2種類の指定ができます。各サブセットの詳しい説明はhttp://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.htmlから参照できます。
年齢 Ages

サブセット◆年齢の選択：Ages
検索する論文で取り上げられている症例の年齢を指定できます。初期設定はAges（全部）になっています。以下のような種類があります。
幼児全部 (23ヶ月以下)
小児全部 (0～18歳)
成人全部 (19歳以上)
新生児 (1ヶ月以下)
幼児 (1-23ヶ月)
未就学児 (2-5歳)
小児 (6-12歳)
青年 (13-18歳)
成人 (19-44歳)
中年(45-64歳)
中年以降(45歳以上)
老人 (65歳以上)
80歳以上

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PubMedのデータ構造
PMID：各論文の固PMID- 19626144
有の PubMed 番号
OWN - NLM
STAT- MEDLINEDA - 20090723
DCOM- 20091022
LR - 20091118
IS - 1558-9439 (Electronic)
IS - 1558-9439 (Linking)
TI：タイトル
DP：出版年
VI - 97例）qualitative analysis [TI]例）2009 [DP]IP - 3DP - 2009 Jul
TI - Evaluation of PubMed filters used for evidence-based searching: validation
using relative recall.
PG - 186-93
AB - OBJECTIVES: The research sought to determine the value of PubMed filters andcombinations of filters in literature selected for systematic reviews on
therapy-related clinical questions.......
AD - Internal Medicine, Department of General Internal Medicine and Department ofMedical Informatics, Radboud University Nijmegen Medical Centre, P.O. Box 9101,Nijmegen, The Netherlands. A.Hoogendam@aig.umcn.nl.
FAU - Hoogendam, Arjen
AU：著者名AU - Hoogendam A例）McKibbon KA [AU] ※FAU はフルスペルでの著者
FAU - de Vries Robbe, Pieter FAU - de Vries Robbe PF
FAU - Stalenhoef, Anton F H
AU - Stalenhoef AF
FAU - Overbeke, A John P M
AU - Overbeke AJ
LA - eng
TA：雑誌名（省略形）
PT - Journal Article例）Phys Ther [TA] ※JT は雑誌の正式名
TA - J Med Libr Assoc
JT - Journal of the Medical Library Association : JMLAJID - 101132728
SB - IMMH - Abstracting and Indexing as Topic/*methods
PMC - PMC2706446
MH：MeSH 用語
OID - NLM: PMC2706446
例）Physical Therapy Techniques [MH]EDAT- 2009/07/25 09:00
MHDA- 2009/10/23 06:00
CRDT- 2009/07/24 09:00
AID - 10.3163/1536-5050.97.3.007 [doi]SO - J Med Libr Assoc. 2009 Jul;97(3):186-93.

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検索結果の表示見つかった件数
ここでは 72,963 件

タイトルをクリックすると詳細情報を表示

検索を実行すると、新しいものから順に文献リストが表示され、先頭に検索された件数が表示されます（上図では72,963件）。この数が多い場合は、入力したキーワードの後ろにスペースを空けてキーワードを追加し、再度検索を実行します。
文献リストの表示形式の初期設定は Summary形式 になっていて、タイトル、著者名、雑誌名（略誌名）、出版年月・巻・号・ページが表示されます。このときに、マウスで矢印を雑誌名（略誌名）のところに合わせるとそれぞれの正式な雑誌名が表示されます。
PubMedのデータは、出版社から送られてくる生データを基にして索引付け等の作業が行われます。文献リスト中でPMIDの右横には、各データの状態が表示されます。

①②③④［データ作成手順］［画面表示］
雑誌出版社からデータが送られてくる[PubMed – as supplied by publisher]
書誌事項の確認や索引付けなどを行う[PubMed – in process]
MEDLINEデータとして登録する[PubMed – indexed for MEDLINE]
PubMedデータとして残す（③以外のもの）[PubMed]

Related articles は、MeSH、タイトル、抄録中のキーワードをPubMedが自動的に分析した、関連性の高い文献へリンクする機能です。すでに手元にある「キーペーパー」や検索結果の中の「よい論文」を手がかりに関連文献を検索するときに便利です。
検索結果のリストの各文献には、チェックボックスがあります。ここにチェックを付けてから再表示すると、チェックしたものだけが表示されます。その後、印刷を実行すると、必要な文献のみを印刷することができます。

８京都府立医科大学附属図書館
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検索結果の表示形式の設定
検索結果の表示形式を変更したいときは、画面左上 Display Settings をクリックすると表示形式（Format）や1画面の表示件数（Items per page）、表示順（Sort by）が選択できます。

主な表示内容は以下の通りです。
タイトル・著者名・雑誌名・PubMed番号（初期設定）
Summary
タイトル・使用言語・著者名・雑誌名・所属・出版形態・訂正記事・Abstract
コメント・抄録・MeSH・化学物質名・電子ジャーナルリンク・PubMed
番号
MEDLINE
フィールド名のタグ付き全データ
表示形式などの選択が終わったら、Apply ボタンをクリックすると指定した形式で再表示されます。
各論文に索引されたMeSH用語やPublication Type、化学物質名等の情報がある場合は、Abstract形式で表示すると、下図のように抄録の下にある＋ボタンが表示されていますので、このボタンをクリックすると参照できます。

９京都府立医科大学附属図書館
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検索結果の出力設定
出力に関する指定は画面右上の Send to で選択できます。クリックすると下図のようにチェックのためのラジオボタン付でメニューが表示されます。

File は、検索結果をファイルとして保存するときに選択します。チェックボタンを選択すると、自動的に下図のような保存形式と保存順を選択するポップアップメニューが表示されます。それぞれ選択し、Create File ボタンをクリックすると、保存先のドライブとファイル名を指定する画面になり、保存できます。一度に保存できるのは5,000件までです。
ダウンロードしたデータを、EndNote等の文献管理ソフトに取り込む場合は、Format でMEDLINE を選びます。文献管理ソフトでの設定では、取り込む形式として PubMed を指定します。
Collections は検索結果を後述の My NCBI に保存するときに選択します。Add to Collections ボタンをクリック
すると、My NCBI への Sign in 画面になります。

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Clipboard は検索結果を一時的に保存するときに選択します。
様々な検索を行い、最後にまとめて印刷やダウンロードなどを行う場合に、検索結果をClipboardに保存しておくと便利です。Clipboardには最大500件までデータが記憶できます。なお、複数の検索結果から文献データを保存したときに同じデータが含まれていると、自動的に片方が削除されます。何もしないで8時間経つと、保存したデータは自動的に削除されます。

E-mail では検索結果を電子メールで送信することができます。チェックボタンを選択すると自動的に、右図のように送信形式と送信データの順番、送信件数を選択するポップアップメニューと、送信先の電子メール・アドレスとコメントを入力するボックスが表示されます。一度に送信できるのは 500 件までです。HTML 形式で送信するとリンクボタン付きで送信することができます。
Orderは文献コピーを取り寄せるための機能ですが、主に米国の図書館が参加しているサービスで時間・費用共に多くかかってしまうことが多いと思われますので、図書館をご利用ください。

京都府立医科大学のPubMedユーザのための関連サービス■ PubMed京都府立医科大学専用入口
PubMedの検索結果（Abstract形式で表示時）に京府医大アイコンを表示させて、文献申込画面やOPACにリンクできるPubMedの京都府立医科大学専用入口を用意しています。図書館ホームページからもアクセスできます。
URL：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?otool=ijpkpumlib■ 図書館Webサービス登録（学内者のみ）
Web上から文献取り寄せを申し込むことができます。上記の専用入口と組み合わせると、PubMedの検索結果から、そのまま申込画面に移行できます。アカウントの申込は随時受け付けています。図書館ホームページの「図書館Webサービス登録」からもアクセスできます。
URL：http://www.f.kpu-m.ac.jp/k/library/web/index.html

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検索結果表示画面の右側で表示される各種機能
検索結果の表示画面の右側には、検索結果に関連したフィルターや各種センサーが自動的に表示されます。右上には検索フィルターとして、検索結果の中からレビュー論文の件数と無料全文記事が参照可能な論文の件数がそれぞれ表示されます。
どのような検索がされたのかを確認できるSearch detailsも表示されます。

また、検索ボックスでのオート・サジェスト機能のように、検索語に関する各種センサーも自動的に検索・表示されます。Also try では検索語を含む最近頻回に行われている検索が推奨され、Titles with your search terms では検索語がタイトルに含まれる論文が表示されます。
他にも薬や遺伝子等、他のデータベースから関連情報が表示される場合もあります。

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Journals Database
雑誌の情報を調べたいときは、PubMedのトップページにあるJournals Databaseをクリックします。
検索ボックスに雑誌名（一部でも良い）を入力して検索すると、ISSNや略称等の雑誌情報が検索されます。雑誌名をクリックすると、詳細情報を参照できます。

詳細表示画面では、雑誌の出版開始年、MEDLINE収録の有無、本文の言語、出版国等を確認できます。NLM IDをクリックすると、NLM（米国国立医学図書館）の所蔵情報を調べることができます。

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Clinical Queries
Clinical Queriesは、臨床医学関連の文献を手早く探したい場合に使用するフィルターです。
検索ボックスに疾患名などのキーワードを入れ、Category（臨床研究カテゴリー）とScope（検索の範囲と性格）を選択して、Goボタンをクリックします。

Category（臨床研究カテゴリー）
etiology（病因）、diagnosis（診断） therapy（治療）、prognosis（予後）clinical prediction guides（臨床予測指針）
Scope（検索の範囲と性格）
narrow: specific search（狭い）broad: sensitive search（広い）キーワードを入力して検索すると、研究デザインに関連した検索式を自動的に付加して検索します。例えばCategoryがtherapy、Scopeがnarrowの場合だと、入力したキーワードに次のような検索式を付加して検索しています。
(randomized controlled trial[Publication Type] OR(randomized[Title/Abstract] AND
controlled[Title/Abstract] AND trial[Title/Abstract]))
それぞれのカテゴリーでどのような検索式を使っているかは、以下のURLで確認できます。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?book=helppubmed&part=pubmedhelp#p
ubmedhelp.Clinical_Queries_Filters

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