Jpn. J. Protozool. Vol. 48, No. 1, 2. (2015)

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Review

原生生物における種レベルの多系統性と種の問題
月井 雄二
法政大学自然科学センター 〒102-8160 東京都千代田区富士見 2-17-1

Species-level polyphyly and species problem inprotists
Yuuji TSUKII
Science Research Center, Hosei University, Tokyo 102-8160, JapanSUMMARY
Monophyly is essential prerequisite for species delimitation. In protists, molecular phylogenetic
studies revealed, in recent years, many polyphyletic groups at all taxonomic levels, which afterwards led
to their revisions for getting closer to natural classification. Above all, species-level polyphyly not only
causes revisions of species, but also forces taxonomists to face species problems, especially speciesdelimitation.
Technological advancement in molecular biology represented by next-generation sequencing
enables to develop various new methods for species delimitation, which open up a new way oftaxonomy. Morphologically indistinct groups such as small flagellates or amoebas have been out of
search for intraspecific polyphyly because of inability of delimiting their species boundaries. However, a
new approach called "reverse taxonomy" including increased taxon sampling shed light on their speciesdelimitation.
Key words: Species concept, Species delimitation, DNA barcoding, Reverse taxonomy, Increased taxon
sampling

Tel: +81-3-3264-4179/Fax: +81-3-3264-9368
E-mail: ytsukii@hosei.ac.jp
Received: 20 April 2015; Accepted: 28 September 2015.

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原生生物における種レベルの多系統性と種の問題

はじめに
Sonneborn (1937) による mating type（接合型，または，交 配 型）の 発 見 以 後，ゾ ウ リ ム シ（Paramecium）を始めとした繊毛虫では，相補的な接合型のグループ（mating group）が生物学的種に相当 す る と 長 い 間，考 え ら れ て き た（Sonneborn,1957）．しかし，P. caudatum では，mating group と
mtDNA，および，大核 DNA の系統が一致しなかった（Tsukii, 1994, 1996; 月 井，1999）．そ れ ま で「種」と考えられてきた各 mating group が，実際は異 な る 系 統 の あ つ ま り，す な わ ち 多 系 統（polyphyly）だったのである．一方，同属の P. aurelia に比べると，P. caudatum における株間，ないし，mating group 間 の 遺 伝 的 差 異 は ご く わ ず だ っ た（Stoeck et al., 2000; Hori et al., 2006; Barth et al., 2006;
Strüder-Kypke and Lynn, 2010）．こ の こと か ら，P.
caudatum の mating group は種ではないとする主張もある（Stoeck et al., 2000）．
それでは P. caudatum における種とはいったい何だろう？ Mating group が種でなければ P. caudatum 全体を一つの種ととらえるべきなのだろうか？ 株間の遺伝的差異が尐ないことから，P. caudatum の進化的起源が P. aurelia に比べてより新しい可能性がある．
あるいは，P. caudatum 内では遺伝子交流が活発で，遺伝的差異が生まれにくいのかも知れない．なぜなら，P. caudatum では接合型の多型が知られていて，その中には他の mating group とも交配可能な変異（樋渡・月井, 1986; Tsukii, 1988a; 堀ら, 1988）もあるからだ．しかし，それなら何故，P. aurelia よりも多い 16 もの mating groups（Gilman, 1954）が P. caudatum に存在するのだろう（P. aurelia の mating groups
は 14；Sonneborn 1975）？ また，グループ間雑種に妊性があるとはいえ（Tsukii and Hiwatashi, 1983），
雑種子孫では染色体不分離が起こる（Tsukii and Hiwatashi, 1985; Tsukii, 1988b）．このことから，matinggroup 間では，ある程度隔離が進行していると推察できるので，P. caudatum 全体をひとつの種だと単純にとらえることはできない．このような「種レベルの多系統」と「種の問題」は他の原生生物ではどうなのか，研究の現状について調べてみた．
ただし，他の原生生物では有性生殖が知られていないか，あるいは，知られていてもゾウリムシのよ
うに mating group の系統解析が行われている種類は限られている．そのため，ほとんどの事例は，形態的特徴で識別された形態種（morphospecies）を分子マーカーで調べると多系統だった，という内容になる．
また，分子マーカーが多系統を示したからといって，かならずしも従来の分類が誤りで，既存の種を複数の種に分割するなど種の再編を迫られるとは限らない．分子マーカーが多系統を示す原因は，種そのものが多系統だから，というだけでなく，種間交雑によって起こる遺伝子浸透や，種分化以前に存在していた多型遺伝子によって起こる incomplete lineage sorting なども考えられるからだ（Funk and Omland, 2003）．種そのものが多系統であると認められれば，種の再編が行われ種の多系統性は解消することになる．
後述するように，多細胞動物ではすでに数多くの多系統を示す種（多系統種）が発見されているが（Funk and Omland, 2003），原 生 生 物 は，近 年，
界・門 レ ベ ル の 大 分 類 の 再 編 が お お よ そ 終 わ り（e.g., Cavalier-Smith, 1998, 2002），現在は，下位の綱・目・科・属レベルの再編がさかんに行われている段階にある．種内の系統解析はまだまだこれからという状況なので，原生生物の多系統種に関する報告は限られている．なお，ここでは Funk and Omland(2003) に従い，側系統（paraphyly）も広義の多系統（polyphyly）の一部として扱う（Fig. 1）．
本調査は，当初，「species, polyphyly」など関連する用語をキーワードにして論文を検索したが，やがて論文中にそれらのキーワードが使われていないにも関わらず，系統樹を見ると多系統を示す種が含まれているものもあるのに気づいた．そのため，途中から検索対象を広げて調査を行った．すべてを網羅できたとは言いがたいが，ある程度の傾向はつかめ
たはずである．
1. 各グループごとの紹介
以下では，多系統種について，新しくなった大分類ではなく，旧来の伝統的な大分類ごとに紹介する．各グループ名の後に続く括弧内に現在の分類学的位置（または系統群名）を示した．
1-1. 鞭毛虫
現在の分類体系では，鞭毛虫は系統的には 1 つにまとまったグループ（単系統，monophyly）ではな
く，複数の界，または界に相当する系統群に分かれて配置される（Adl et al., 2005, 2012）．
ミ ド リ ム シ 類（バ イ コ ン タ ／ エ ク ス カ バ ータ／Discoba／ユーグレナ動物門／ユーグレナ藻綱）
後出する他の生物群と同様，ミドリムシ類では，
2000 年以前は分子系統樹を作成する際に，1 属 1 サ
ン プ ル で 行 っ て い た 場 合 が 多 い（Preisfeld et al.,2000）．そのため，属レベルでの多系統には気づけなかった．しかし，2000 年頃からは系統樹を作成する際，同じ属の複数の種（ただし 1 種 1 サンプル）Jpn. J. Protozool. Vol. 48, No. 1, 2. (2015)

Fig. 1. About monophyly, paraphyly and polyphyly.
This figure illustrates patterns of gene-tree topology fordefining terms; monophyly, paraphyly and polyphyly(modified from Funk and Omland, 2003). Capital lettersrepresent nominal species. Species A, B and C are monophyletic, paraphyletic, and polyphyletic, respectively. In
this review, "polyphyly" is used as a general term for bothparaphyletic and polyphyletic patterns according to Funkand Omland (2003).

を用いるようになった．これにより科・属レベルの多系統が次第に明らかになった（Linton et al., 1999;
Müller et al., 2001; Preisfeld et al., 2001; Kim and Shin,2008）．そして，それらの結果に基づいて，これまでに科・属の再編がさかんに行われている（Busseand Preisfeld, 2003; Brosnan et al., 2003; KarnkowskaIshikawa et al., 2012）．
今のところ，種レベルの多系統は発見されていな
いようである．後述するように，多系統種を発見す
るには，網羅的なサンプリングを数多く行う必要があるが，まだそのような研究は認められない．とはいえ，今後，多数の同種サンプルを扱う研究が増えれば，多系統種が発見される可能性は十分にある．
ミドリムシ類に近いキネトプラスト類（ユーグレ
ナ動物門／キネトプラスト綱）では，トリパノソー
マ類（Merzlyak et al., 2001; Podlipaev et al., 2004），
ボド（Bodo），クリプトビア（Cryptobia）(Simpson
et al., 2002）で属レベルの多系統が報告され，その再編が行われている（Moreira et al., 2004; von der Heyden et al., 2004）．多系統種に関しては，キネトプラ
スト類 100 以上のサンプル（10 属 10 種以上，属名
または種名が不明のものも含む）からなる系統樹で，複数の同種サンプルを用いた 8 種のうち，Bodo
saltans 以 外 の 7 種 が 多 系 統 性 を 示 し た（Scheckenbach et al., 2006）．
渦鞭毛虫（バイコンタ／SAR／アルベオラータ／渦鞭毛動物門）
渦鞭毛藻とも呼ばれるが，このグループの大分類はいまだに不確定な部分がある．これには，細胞内共生や，遺伝子の水平伝播・塩基置換速度のばらつ
きなどが影響していると思われる（Gottschling et al.,52012）．目レベルでは，いくつかのグル−プは単系統だが，代表的なペリディニウム目やギムノディニウ
ム目は著しい多系統を示すことが知られている（Kremp et al., 2005; Saldarriaga et al., 2004; Zhang etal., 2007, 2008）．属レベルの系統解析で，複数の同種サンプルを用いている論文もあるが，いずれも多系統種は検出されていない（e.g., Gottschling et al.,2012）．Scrippsiella trochoidea（ペリディニウム目）
では，同種サンプル 15 株を含む系統樹で，一部が他から離れていたために新たに 2 種を分離したが，他種と入り交じる形の多系統種は検出されなかった（Montresor et al., 2003）．他に多系統種に関する報告は見当たらない．
クリプト藻（バイコンタ／クリプト植物門）
このグループは二次共生が最初に発見された事例（Greenwood, 1974; Ludwig and Gibbs, 1985）として広く知られている．属レベルの多系統が知られ（Marin
et al., 1998; Deane et al., 2002），Hoef-Emden andMelkonian (2003) によって属の再編が行われた．すな
わち，それまで別属とされてきたカンピロモナス属（Camplylomonas）が，ク リ プ ト モ ナ ス 属（Cryptomonas）が示す二型性によるものであることがわかり，クリプトモナス属に編入された．また，キロモナス属（Chilomonas）もクリプトモナス属に編入された．多系統種の報告は見当たらない．
パラバサリア（バイコンタ／エクスカバータ／メタ
モナーダ門／パラバサリア）
このグループには，昆虫に共生する超鞭毛虫類やヒトなどに寄生するトリコモナス類などが含まれる．属レベルで多系統だったため綱〜属の再編（新属・新種の提案を含む）が行われた（Cepicka et al.,2010）．また，シロアリの後腸に生息するマクロト
リコモナス属（Macrotrichmonas）で多系統が発見され，新属が提案された（Gile et al., 2015）．多系統種の報告はまだない．
ジ ャ コ バ 類（バ イ コ ン タ ／ エ ク ス カ バ ータ／Discoba／ジャコバ類）
いくつかの種で複数株を用いて系統樹を作成している（Edgcomb et al., 2001）．しかし，使用したサン
プル数はわずか（各種 1 〜数サンプル）で，多系統種は認められない．
1-2. 肉質虫
従来の分類では，肉質虫は根足虫と有軸仮足虫に二大別されていた．このうち Amoeba proteus などが含まれる根足虫は，分子系統解析以前からグループ
全体が多系統であることが示唆されていたが6

原生生物における種レベルの多系統性と種の問題（Mikrjukov et al., 2000; Nikolaev et al., 2004），大分
類の見直しは，他のグループに比べて大幅に遅れた．これは，肉質虫では分子系統の研究が乏しかったのが主な理由とされる（Pawlowski, 2008）．根足虫とされてきた生物は，近年になってアメーボゾア（Cavalier-Smith, 1998），リ ザ リ ア（Cavalier-Smith,
2002; Cavalier-Smith and Chao, 2003; Nikolaev et al.,2004），および，ヘテロロボサ（Simpson et al., 2006;
Pánek and Čepička, 2012）に分かれることが確定した．現在は下位分類群の見直しが続いている（e.g.,Lahr et al., 2011, 2013; Smirnov et al., 2011; Pánek andČepička, 2012）．
アメーボゾア（アメーバ動物／アメーバ動物門）
属レベルで見つかった多系統により，他と同様，
属 の 再 編 が 行 わ れ て い る（e.g., Kudryavtsev et al.,2005; Smirnov et al., 2007; Gomaa et al., 2012; Watson etal., 2014）．ハルトマンネラ属（アメーバ動物門／ツブリナ綱）では属レベルの多系統が示唆されている．その系統樹には Hartmannella vermiformis 15 サン
プルも含まれるが，多系統種は検出されなかった（Dyková et al., 2005）．この他に多系統種に関する報告例はない．
リザリア（バイコンタ／SAR／リザリア）
このグループは，かつての根足虫の一部（糸状根足虫，顆粒状根足虫），鞭毛虫の一部（ケルコモナ
スなど），クロララクニオン藻，ネコブカビ類，放散虫など様々なグループによって構成される．多系
統種が見つかったのは，リザリア／ケルコゾア門に属する Euglypha filifera（Wylezich et al., 2002; Schlegel and Meisterfeld, 2003），および，Cyphoderia ampulla（Heger et al., 2010）程度である．
ヘ テ ロ ロ ボ サ（バ イ コ ン タ ／ エ ク ス カ バ ータ／Discoba／ヘテロロボサ）
ヘテロロボサは，アメーバ鞭毛虫とも呼ばれていたネグレリア類（Vahlkampfia, Naegleria など）に細胞性粘菌の一部（アクラシス類）を加えて作られた
比 較 的 新 し い グ ル ー プ で あ る（Page and Blanton,1985）．そのため「従来の分類」には名前がない場
合がある．分子系統的にはジャコバ類やユーグレナ
動物門に近い．分類群の見直しが科（De Jonckheere
and Brown, 2005）や，属（Brown and De Jonckheere,
1999; Corsaro and Venditti, 2010）レベルで行われている．種内系統に関しては，病原性のある Naegleria
fowleri 22 サンプルと自由生活をする他の Naegleria 4種（1 種 1 サ ン プ ル）か ら な る 系 統 樹 で は，N.
fowleri は単系統を示した（Zhou et al., 2003）．これ
以外にも複数の同種サンプルを用いた事例はある

が，多系統種は見つかっていない．
一方，根足虫と同様，有軸仮足虫も多系統で，放散虫は上記のようにリザリアへ，太陽虫はストラメ
ノパイル（無殻太陽虫類，キリオフリス類），リザ
リア／ケルコゾア門（ディモルファ類，有殻太陽虫類），および，所属不明の独立した系統群（有中心粒類）などに分散した（Mikrjukov et al., 2000）．有中心粒類の Heterophrys で属内多系統が発見されているが（Cavalier-Smith and von der Heyden, 2007），種内の系統調査は行われていない．
1-3. 繊毛虫
肉 質 虫 や 鞭 毛 虫 と 異 な り，繊 毛 虫（バ イ コ ン
タ／SAR／アルベオラータ／繊毛虫門）は，後出する「狭義の緑藻」とともに，早くから単系統である
ことが確定していた．しかし，下位の綱・目レベル
では，何度も再編が起きている（Lynn, 2008）．科・属のレベルでも多系統が数多く見つかっており，現在もさかんに各分類群の再編が行われている．例えば，科以上では，シュードケロノプシス科（Chen etal., 2011），尐毛類（Snoeyenbos-West et al., 2002），
そ の 中 の チ ン チ ヌ ス 類（Santoferrara et al., 2012;
Bachy et al., 2012; Kazama et al., 2012），海産のウロ
スティラ類（Yi et al., 2010b; Shao et al., 2011），リト
ストマ綱（Vd'ačný et al., 2011），梁口綱と前口綱（Zhang et al., 2014）な ど，属 レ ベ ル で は，Balantidium（Li et al., 2014; Chistyakova et al.,2014），Metaurostylosis（Song et al., 2011），
Holosticha（Gao et al., 2010），Euplotes（Yi et al.,2009），Cyclidium（Zhang et al., 2011）などである．
チンチヌス類では 4 種で多系統種が見つかっている（Kazama et al., 2012）．
棘毛類は，もともと形態レベルでたくさんの種が知られていたが（Lynn, 2008），分子系統解析によりさらに複雑になりつつある（Hu et al., 2011）．なかでもとくに形態種の多いオキシトリカ類（オキシトリカ科 32 属 169 種，オキシトリカ属 Oxytricha 54
種）(Berger, 1999）は 分 子 系 統 的 に 多 系 統 で 他 の様々なグループに分散している（Schmidt et al., 2007;
Hu et al., 2011; Singh and Kamra, 2014）．しかし，棘毛類では種レベルの系統解析は進んでおらず，多系
統種が見つかった事例はないようである．
前出の Paramecium aurelia は，P. caudatum と異なり各 mating group を分子的に識別できることから各 々 に 固 有 の 種 名 が つ け ら れ た（Sonneborn,1975）．後に分子系統的にも各グループは別種であることが確認されたが，最近になって，2 つの種（P.
decaurelia, P. dodecaurelia）で多 系 統が 検出 さ れた
（Tarcz et al., 2013）．ただし，Tarcz らは，これはあJpn. J. Protozool. Vol. 48, No. 1, 2. (2015)

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くまで用いた分子マーカーが多系統なだけで，その原因は，incomplete lineage sorting（種が分岐する前からあった遺伝子の多型現象の影響）か，あるいは，種間雑種か遺伝子浸透によるものであり，2 種は，種としては各々ひとつにまとまっていると推測している．

（Fucus）で も，16 種 275 株 に つ い て 調 べ た と ころ，多 く の 多 系 統 種 が 確 認 さ れ た（Coyer et al.,2006）．いずれも，今後，種の再編が行われると予想される．ハプト藻のうち，円石藻の一種 Emiliania
huxleyi に つ い て も 多 系 統 性 が 指 摘 さ れ て い る（Bendif et al., 2015）．

1-4. 不等毛類
不等 毛 類（バイ コン タ ／SAR／ ス トラ メノパ イル，これを不等毛類ともいう）のうち，光合成をするグループを不等毛植物門と呼ぶが，これには褐
藻，黄金色藻，黄緑藻，珪藻など多様な藻類が含まれる．中でももっとも種数が多いのが珪藻である．
記載種は 2 万 5,000 種を越えるという（Alverson,2008）．
かつて珪藻は綱レベルの扱いだったが，現在は門として扱われることもある．珪藻綱の場合は 2 つの目（中心目，羽状目）で構成されるが，珪藻植物門とする場合は，大きく 2 つの亜門（コアミケイソウ
亜門，クサリケイソウ亜門）に分かれる（Medlin andKaczmarska, 2004）．他の原生生物と同様，珪藻も下位の分類群で様々な再編が起きつつある．たとえばクチビルケイソウ目（Nakov et al., 2014），ハナラビ
ケイソウ属（Denticula; Hamsher et al., 2014）などである．
珪藻は被殻が成長せずその内側に新たな殻が形成されるため，分裂ごとにサイズが小さくなる．ある程度サイズが小さくなると有性生殖（卵生殖または同型配偶子による接合）を行ない接合子（受精卵）が発達した増大胞子を経て元のサイズに戻る．この際，多 く は ク ロ ー ン 内 で 有 性 生 殖 を 行 う（homothallic）が，一部の種は他クローンと有性生殖をする（heterothallic）．後者のタイプである海産の珪藻，Pseudo-nitzschia delicatissima には生殖的に隔離された mating group が 5 つ以上ある（Amato et al.,2007）．しかし，グループ内の系統調査は行われていない．他の珪藻に関しても，同種サンプルを複数用いた研究はあるが，多系統種に関する報告はな
い．
珪 藻 以 外 で は，黄 金 色 藻 の ス プ メ ラ 属（Spumella）やオクロモナス属（Ochromonas）などが多系統である（Boenigk et al., 2005; Cavalier-Smith
and Chao, 2006）．黄緑色藻の多くも多系統である（Negrisolo et al., 2004）．黄緑色藻のトリボネマ属（Tribonema）では，10 種 70 株弱と近縁の 8 属 12 種
で系統樹を作成したところ，2 種 2 株は他の属と混在していたが，他の大部分は属としてまとまっていた．しかし，同種サンプルを複数用いた 7 種のうち，6 種 が 多 系 統 性 を 示 し た（Zuccarello andLokhorst, 2005）．ま た，褐 藻 綱 の ヒ バ マ タ 属

1-5. 緑藻
このグループは狭義の緑藻の仲間（緑藻植物門）と陸上植物により近縁な緑藻（広義の車軸藻植物門；ただし側系統）からなる．後者には車軸藻や接合藻などが含まれる（Leliaert et al., 2012）．
緑藻植物門（バイコンタ／アーケプラスチダ／緑色
植物亜界／緑藻植物門）
このグループは緑藻綱，プラシノ藻綱，トレボウ
クシア藻綱，アオサ藻綱などに区分される．
オオヒゲマワリ目（緑藻植物門／緑藻綱）
代 表 的 な 属 で あ る ク ラ ミ ド モ ナ ス 属（Chlamydomonas）は，形態種だけで 600 種以上が知られていたが（Ettl, 1983; Pröschold et al., 2001），
分 子 系 統 解 析 の 結 果，近 縁 の ク ロ ロ モ ナ ス 属（Chloromonas）な ど に 対 し て 多 系 統（Pröschold etal., 2001）なだけでなく，他の目（クロロコックム目など）と入り交じるという著しい多系統を示すことがわかった（Buchheim et al., 1990, 1996; Nakayama etal., 1996; Hepperle et al., 1998; Pröschold et al., 2001）．
この他にも様々な分類群で多系統が認められたた
め，目レベル，および，それ以下のレベルで大幅な再編が行われた．現在は，かつてのクラミドモナス
目，クロロコックム目，ヨツメモ目などがひとまと
め に さ れ，再 定 義 さ れ た オ オ ヒ ゲ マ ワ リ 目（Volvocales）と さ れ る こ と が 多 い（Nakada et al.,2008; Friedl and Rybalka, 2012）．
クロレラ類（緑藻植物門／緑藻綱＆トレボウクシア
藻綱）
クロレラ属（Chlorella）にはかつては形態種が 100
種以上知られ，緑藻綱／クロロコックム目に配置されていたが，その後大幅に見直されて 9 ないし 11
種まで減った（Neustupa et al., 2009; Champenois et al.,2014）．そして，1990 年代から始まった分子系統解
析より，6 属に分割され 2 つの綱（緑藻綱 2 属，トレボウクシア藻綱 4 属）に分けて配置された（Husset al., 1999; Luo et al., 2010）．現在のクロレラ属は緑藻綱ではなく，トレボウクシア藻綱に属し 14 種からなる（Bock et al., 2011a; Champenois et al., 2014）．また，トレボウクシア藻綱に移ったものの一部は，ミクラクチニウム属（Micractinium；以前は緑藻綱／ク8原生生物における種レベルの多系統性と種の問題

ロロコックム目）に編入された．一方の緑藻綱に残ったものの一部はイカダモ属（Scenedesmus）に編入された（イカダモ属自体も近年では 2 属以上に分割されている；e.g., Hegewald, 2000）．

変異の飽和
ミクラクチニウムは球形細胞が凝集した群体を形成し，各細胞の表層から剛毛様の突起を出す．一方，イカダモは紡錘形，ないし，楕円体の細胞が 4
ないし 8 個，横に並んだ群体を作る．本来は単細胞のクロレラ類とは異なる形のものだが，あるものは剛毛を失い，あるものは群体にならずにバラバラ，
かつ球形化してクロレラに似た形になったと推測される．これはいわゆる収斂進化だが，同じようなことが他でも起きている．
クロレラを含むグループでは，剛毛をもつ種類はミクラクチニウム以外にも 3 属（Diacanthos, Didymogenes, Hegewaldia）が知られているが，系統解析の結果，これらの剛毛はそれぞれ独立に進化したと推定された（Pröschold et al., 2010）．これは剛毛という形質が平行進化したことを意味する．原生生物
は細胞形が単純なので，様々な形質が複雑化・発達したり，逆に単純化・退化することで他の種・属と似てしまう可能性が高い．
既述したように，P. caudatum のいくつかの matinggroup には接合型の多型があり，ある接合型の変異は
他グループの接合型との相補性を示す．これは接合型の特異性を決める部分の構造が単純で，生じ得る変異数が限られているので，接合型が変異すると既存の他の接合型に似てしまうと考えられる．著者はこれを接合型の変異が飽和している，と捉えている．進化速度の速い mtDNA などでは以前から塩基置換の飽和が起こることが知られているが（Felsenstein, 1978; Ho et al., 2005），形が単純な原生生物では，同様なことが形態レベルでも起きている可能性が高い．
この他，緑藻植物門（狭義の緑藻）では，以下の属 で 多 系 統 が 認 め ら れ て い る ：Botryococcus（Senousy et al., 2004），Coelastrum（Hegewald et al.,2010），Pediastrum（Jena et al., 2014），Dictyosphaerium（Krienitz et al., 2010; Bock et al., 2011b），
Selenastrum，Monoraphidium，Ankistrodesmus（Bittencourt-Oliverra and Monteiro, 2002; Fawley et al.,2005），地衣類の共生藻である Dictyochloropsis（DalGrande et al., 2014），シ オ グ サ 属（Cladophora）(Gestinari et al., 2009）など．

多系統種に関して緑藻は多数の培養株が保存されていることもあり，早い時期から同種の複数株を用いて系統樹が作成されてきた（e.g., Hepperle et al., 1998）．そのため，発見された多系統種も多いのではと予想した
が，実際は違っていた．上記のように，属以上では数多く多系統が知られ，結果として分類群の再編が起きているが，調べたかぎりでは，意外にも種レベ
ルの多系統の報告はなかった．この理由は，形態種が 600 以上も知られているクラミドモナス属の例でわかるように，緑藻類（とくに再定義されたオオヒ
ゲマワリ目）では，分子系統解析が始まる以前に，
形態学的に詳しく調べ尽くされ，細分化されていたためではないかと思われる．
一方，同じ緑藻でも形態種レベルで十分に細分化されていない（ないし，細分化できない）グループ
では，多系統種の報告がある．クレブソルミディウ
ム属（Klebsormidium; 車軸藻植物門）では，野外採取した 6 種 18 株（内 4 株は種名不明）に，DNA
データベースに登録されている他のクレブソルミ
ディウム属のデータを足した計 84 サンプルで系統樹を作成したところ，6 種すべてが多系統を示した（Škaloud et al., 2014）．すなわち，系統樹は大きく
16 系統に分かれ，そこに採取した 18 株は，形態種ごとではなく，サンプルごとにバラバラに配置された．これは P. caudatum で，mtDNA，および，大核DNA の系統樹上で，調査した 74 株が mating group（クレブソルミディウムの形態種に相当）ごとにまとまらずバラバラに配置されたのとよく似ていて興味深い．
同様の結果が海藻の一種，アオモグサ（アオサ藻綱／シオグサ目）でも得られている．アオモグサは形態的に似た種類が多いため Boodlea complex と呼ばれるが，Leliaert et al. (2009) が，アオモグサ 175 株（5 属 13 種）か ら 得 た rDNA-ITS 配 列 を Yulecoalescent model（後 述）と い う 手 法 で 調 べ た と ころ，13 の系統種が推定された．しかし，それらと形
態種とはまったく一致しなかった．すなわち，これも P. caudatum と同様，同じ形態種（P. caudatum の場合は mating group）が複数の系統に散らばっていた．あまりに複雑なため，Leliaert らはこれらに固有の属名や種名をつけるのを止めて，各系統（正確には clade）に番号をつけて，その番号で区別することを提案している．
接合藻（バイコンタ／アーケプラスチダ／緑色植物
亜界／接合藻植物門または広義の車軸藻植物門）
接 合 藻 自 体 は 単 系 統 で あ る（Gontcharov et al.,2003）．そ の サ ブ グ ル ー プ も 多 く は 単 系 統 だ が（Denboh et al., 2001; Gontcharov, 2008; Chen et al.,2012），ツヅミモやチリモの仲間では属レベルで多系 統 が 確 認 さ れ て い る．す な わ ち，ツ ヅ ミ モ 属

Jpn. J. Protozool. Vol. 48, No. 1, 2. (2015)

9（Cosmarium）と 近縁の属（Gontcharov, 2008; Gontcharov and Melkonian, 2008），ハ タ ヒ モ 属（Netrium）(Gontcharov and Melkonian, 2010），アワ
セ オ オ ギ 属（Micrasterias）(Neustupa et al., 2010;
Nemjová et al., 2011）などである．その後，ツヅミモと近縁の属（Gontcharov and Melkonian, 2010），および，コウガイチリモ属の 2 種（Pleurotaenium ehrenbergii と P. trabecula）で多系統種が検出されている（Škaloud et al., 2012）．
一 方，Chen et al. (2012) が，ア オ ミ ド ロ 属（Spirogyra）130 サンプルと他の接合藻 10 数種を用いて系統解析を行ったところ，遺伝的変異幅は大きかったものの，属としては単系統が保たれていた（Drummond et al., 2005）．ただし，サンプルの多くは種が未同定のため，多系統種の有無は不明である．

応じて種の分割など分類群が見直される，という流れが今後も続くと予想される．一方，小型の鞭毛虫やアメーバ類では，形態的に種を識別するのが困難
なものが多い．これらの生物は形態種が不明のまま
分子系統解析による種の推定が先に進みつつある．
まずは分子系統解析から種の存在が推定され，その後，各種について形態・生態・生理学的な裏付け調査が行われることになる（これを reverse taxonomy という；Markmann and Tautz, 2005）．結果として多系
統種という問題は起こりにくいだろう．
現在，原生生物では属より上の分類群の見直しがさかんに行われているが，種内の系統解析は藻類以
外ではあまり進んでいない．しかし，今後は増えるはずである．それは以下のような理由による．

緑藻における mating group

先に紹介した Funk and Omland（2003）は，多細胞動物で多系統種がどれほど知られているか，過去 13
年間（1990–2002）に動物学関連の主要な 14 の雑誌に掲載された論文を調査し，その結果を報告している．それによると，これらの雑誌に掲載された論文のうち，種内の系統を扱った研究は 584 件あり，調べられた 523 属 2,319 種のうち，多系統種は 535 種（23%）あったという（Funk and Omland, 2003）．
中でも節足動物を除く無脊椎動物は多系統種の割合が 38.6% と，哺乳動物（17.0%）の 2 倍以上という高い値を示した．これは脊椎動物に比べて，節足動
物を除く無脊椎動物では形態レベルでの種の分類が十分に進んでいない（もしくは隠蔽種が多い）ためと考えられる．このような多系統種の存在に気づかないまま研究を行うと，誤った結論が導かれる恐れがある．多系統種の有無を知るには，サンプリングを数多く，かつ，網羅的に行う必要がある，と Funkand Omland は指摘している．
このような種レベルの多系統性への関心の高まりと，次世代シーケンサーなど系統解析技術の急速な進歩もあって，近年は分子系統樹を作成する際，同種サンプルを多数含めて系統解析を行う事例が増え
つ つ あ る．た と え ば，Paramecium aurelia（StrüderKypke and Lynn, 2010），Tetrahymena（Kher et al.,2011），Euplotes aediculatus（Kusch et al., 2000），
Vannella 6 形態種（Nassonova et al., 2010），貧膜口綱（Strüder-Kypke and Lynn, 2010），リーシュマニア科（Kostygov et al., 2014）などである．
また，種内の系統解析が増えつつある背景には，
DNA barcoding system への関心の高まりも影響しているようだ．DNA barcoding とは，特定の DNA 領域
を商品のバーコードのように用いて，採集サンプルの種を特定できるようにしようというものである

接合藻は名前の通り接合により有性生殖を行う．
ミカヅキモ属には，ゾウリムシと同様，各形態種内に 複 数 の mating groups が 存 在 す る．す な わ ち，Closterium moniliferum-ehrenbergii complex で 7 つ（Ichimura, 1981），Closterium peracerosum-strigosumlittorale complex で 3 つ（Watanabe and Ichimura,1978）の mating group が知られている．また，前出の緑藻綱オオヒゲマワリ目でも，Gonium pectorale で
5 つ（Fabry et al., 1999），Pandorina morum では 30以上の mating group が知られている（Coleman 1959,
1977, 2001）．グループ間の系統関係は調べられているが（Fabry et al., 1999; Coleman, 2000, 2001），グ
ループ内の系統解析は行われていない．
1-6. その他の原生生物
紅藻（バイコンタ／アーケプラスチダ／紅藻植物門）
カワモズク属（Batrachospermum）では 2000 年以
前に 100~150 種の形態種が知られていたが，分子系統解析により無数の多系統が検出された．その後，現在に至る 20 年もの間，新属・新種の設置を含めた属の再編作業が続いている．旧カワモズク属から分離した新属，Sheathia の 8 種について同種サンプルを複数用いて系統樹を作成したが多系統種は検出されなかった（Salomaki et al., 2014）．
以上をまとめると，原生生物における多系統種については，以下のような傾向がみられる．比較的大型で形態的特徴がはっきりしているグループは，従来から形態分類がさかんでたくさんの形態種が知られている．これらは多細胞動物と同様，種内の分子系統が調査され，多系統種が発見されれば，それに

２. DNA Barcoding 時代の種とは？

10

原生生物における種レベルの多系統性と種の問題（Hebert et al., 2003）．これにより，骨片や肉片など同定の難しいサンプルからでもその生物種名を知ることができるし，分類の専門家でなくても利用できるので，多くの研究に役立つことが期待されている．Hebert らの提案に基づき，2004 年に The Consortium of the Barcode of Life (CBOL) が設立された．日
本国内でもこれに呼応する組織として日本バーコー
ド オ ブ ラ イ フ・イ ニ シ ア テ ィ ブ（http://
www.jboli.org/）が 2007 年に設立された．2010 年には，International Barcode of Life (iBOL) project (http://
ibol.org/) が立ち上がり，そこで収集されたデータ
は，BOLD systems (BOLD=Barcode of Life Data system) (http://www.boldsystems.org/) として公開されている．2015 年 3 月 23 日現在 barcode が付与されているのは 235,918 種だが，多くは昆虫（157,980 種）である．原 生 生 物 は Plants/Chlorophyta（1,749 種）とProtists（1,137 種）に分かれて登録されている．
この DNA barcodes を作成する際にも，当然ながら，対象となる種は単系統でなければならない．そのため，barcodes を登録する際には幅広くサンプリ
ングを行い，多系統でないことを十分に確認する必要がある．
さらに，別な意味でサンプリングの重要性を指摘する研究もある．それは，系統樹を作成する上では，サンプル数が多い（increased taxon sampling）ほど系統樹の信頼性が増すというものだ（Zwickl and
Hillis, 2002; Pollock et al., 2002; Heath et al., 2008）．これを受けた形でサンプルを多くした系統樹を作成する 事 例 も 増 え て い る（e.g., Dunthorn et al., 2008;
Gómez et al., 2011; Yi et al., 2010a）．現在は属レベルの解析が主で，多数の種（1 種 1 サンプル）を使って系統樹を作成しているものが多いが，今後は多数の同種サンプルを含んだ系統樹も増えると予想される．結果として多系統種の発見につながるだろう．
ただし，種レベルの多系統性を調査する上で，原生生物には高いハードルがある．それは，形態種の多くが cosmopolitan，すなわち，世界中に広く分布していることだ（Fenchel and Finlay, 2004; Finlay andFenchel, 2004）．そのような形態種を網羅的に，かつ，数多くサンプリングするには膨大な時間と労力を要する．多くの原生生物は培養が難しいことや，研究者不足も考慮すると，このハードルを越えるのは容易ではない．これに対する解決策としては，いわゆる環境 DNA を利用した方法や，培養を必要としない 1 細胞からのゲノムシーケンス法などが提案され て い る（Yi et al., 2009; Bennett and Triemer,2012）．
原生生物の種は，本当に cosmopolitan なのか，それとも，それらは形が似ているだけで，実際には地理的・生態的に複数の固有種に分かれているのか，という「Everything is everywhere 論争」（Katz et al.,2005; Foissner, 2006, 2007; Fontaneto, 2011）が続いているが，今後，種内の分子系統解析が進めば，この論争に対する答えが出るはずである．

種概念と species delimitation
発見された多系統種が属・科を越えている，すな
わち，形態的に同種とされていた系統の一部が，分子系統解析の結果，系統的に離れた他の属や科により近かった場合，それはあきらかに別種とみなしてよいだろう．しかし，同属内の他種により近いなど
系統的な距離がさほどない場合，それを別種とすべきか否か，種の再編を行うべきか否か判断に迷うところである．このため，何をもって同種とするか，普遍的，かつ，具体的な種の判定法が求められる．
ここで問題になるのは種をどう定義するか（種概念，species concept）ではなく，種の境界をどうやって定めるか（species delimitation）である．
これに関して，de Queiroz (2007) は，従来は種概念の中に species delimitation を含めていたために，様々な種概念が生まれ様々な論争が起きたが，両者を分けてしまえば種概念を統一できると主張している．
これまで出された種概念は，生物学的種，進化学的
種，形態的種，生態学的種，系統学的種等々，20 以
上あるといわれるが（Mayden, 1997），これらに唯一共通している特徴がある．それは，種を evolving
metapopulation or lineage と捉えている点だ．そこで
種の定義を唯一これのみとし，他の概念ごとに異なっている部分は species delimitation の違いとすれば
種概念を統一できる，というのが de Queiroz の考えである．Evolving metapopulation か否かを決めている
要因は生物ごとに異なるので，それぞれにもっともふさわしい species delimitation を行えばよいという．
たとえば有性生殖をする生物と，しない生物とでは，それらを evolving metapopulation としている要因は異なるので species delimitation の内容もおのずと違ってくる，という具合だ．
こ の species delimitation の 手 法 と し て，前 述 のDNA barcoding system では，グループ内とグループ間の変異幅の差（barcode gap）が 10 倍以上がある場
合に各グループを種とする提案（Hebert et al., 2004）がされたが，10 倍という値に客観的な根拠がないことや，実際には，これにあてはまらない生物がたくさんいるなどの問題がある（Hoef-Emden, 2012）．
近年はより洗練された species delimitation 法が開発され，実際に利用されている．中でも広く採用されているのが ITS2 二次構造の違いによる種の推定法である（Coleman, 2009）．ITS2 配列は rDNA の一部だが，従来，系統樹を作成する際の分子マーカーの 1
つとして利用されてきた．ITS2 配列が転写され 1 本Jpn. J. Protozool. Vol. 48, No. 1, 2. (2015)

鎖の RNA になると独特な形の二次構造をとることが知られている．Müller et al. (2007) が，ITS2 配列が知られている 1,373 種について調べたところ，ITS2 二次構造は種内では違いがないが，種が異なると，近縁種間であってもかなり高い確率でなんらかの違いがあったという．これを経験則として，ITS2 二次構
造が同じなら同種，違っていれば別種であると推定する手法だ．近年は，分子系統樹とともに ITS2 二次構造を掲載した論文が増えつつある（この手法への批判もある；Caisová et al., 2011）．
また，収集した配列データから種数を推定する方法も開発されている．GMYC モデル（general mixed
Yule-coalescent model）(Fujita et al., 2012）や ABGD
法（automatic barcode gap discovery method）(Puillandre et al., 2012）などである．生物多様性分野（生物系統地理学）では，これらを利用して調査地域に生息する種数の推定等を行っている（Pons et al.,2006; Leliaert et al., 2009; Payo et al., 2012）．分類学でも先述の reverse taxonomy で特定の生物群がどれくらいの種で構成されているかを推定するために利用されている（Leliaert et al., 2014）．Heger et al. (2013)
は，有殻アメーバの一種 Hyalosphenia papilio（形態種）について，世界中（北米，欧州，アジアの 42 カ所）から採取した 301 サンプルで single-cell PCR を行い，得られた塩基配列を GMYC モデル，および，
ABGD 法で調べると，12 の隠蔽種が検出されたと報告している．アメーバや小型の鞭毛虫など形態的に種を判別しにくいグループでは，今後はこのような形の研究がさかんになると予想される．
Paramecium caudatum における種とは？
P. caudatum は当初は 1 つの種と考えられていたが，生物学的種概念（Mayr, 1942）の普及を背景に，接合型の発見以後は，P. caudatum 内にある複数のmating group が種（生物学的種）だとみなされるように な っ た．し か し，既 述 し たよ う に，現 在 matinggroup は分子系統学的には種とは認められない．それでは種はどこにあるのだろう？
輪状種（ring species）は，北極圏に生息するカモメ属で最初にみつかったもので，隣接する亜種の間では交雑が可能だが，その両端では交雑が起こらず生殖的に隔離されているという．生物学的種概念では輪状種をどう捉えるべきか悩ましい対象となっているが（注：カモメ属の例は輪状種ではないとする意見もある；Liebers et al., 2004），もしかすると，P.
caudatum も同じようなものと捉えればよいかも知れない．これも既述したが，グループ間雑種（すべての組み合わせを調べた訳ではないので，正確には異なる mating group に属する特定の系統間の雑種）では染色体不分離が起こるので，P. caudatum の場合

11

は，一部の系統間では生殖的隔離が成立しているが，他はそうでもない，中間段階もある，という複雑な状態なのかも知れない．Carstens et al. (2013) は進化の実態を反映しない誤った species delimitation を行うよりは，種の境界がわからないままの方がよほ
どましだと主張している．P. caudatum においてもしかり，というところだろう（Boenigk et al., 2012）．
謝辞
本論文の執筆に際し，同僚の島野智之博士に貴重な助言をいただきました．ここに謝意を表します．
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