行政庁による監督と法人運営上の留意事項（立入検査実績を踏まえて）

1

１．公益法人のガバナンス・情報開示と監督の概要
法人による自己規律と情報開示

行政庁による監督

公益法人

行政庁

社員総会（社団）、評議員会（財団）理事、監事の選任、解任

説明（求めに応じ）

理事会
報告

選定、解雇

代表理事

監査

立入検査・報告徴収（事業の適正な運営を確保するため必要な限度で実施）

説明（求めに応じ）

監事
会計監査人（大規模法人は必置）

勧告・命令（認定取消事由に該当する相当な疑いがある場合）

認定取消し（認定基準不適合、欠格事由該当、命令違反等の場合）

書類の作成・備置き
財産目録、役員名簿、役員報酬支給基準、定款、社員名簿（社団）、事業計画書、事業報告、計算書類（貸借対照表・損益計算書）等

内閣総理大臣・
都道府県知事
諮問

答申・
勧告

公益認定等委員会
・
都道府県の合議制の機関

事業計画書・事業報告等（定期提出書類）の提出（毎年度）

公益目的事業の実施

財産目録等
閲覧請求

財産目録等閲覧請求

処分の公表・公示

国 民２

２．公益法人に対する監督の基本的考え方＜公益法人に関する法令の規定＞【旧制度】 主務官庁に広範な裁量→【新制度】 各種の要件・基準等を明確に規定

 公益認定法 （認定基準、欠格事由、公益法人が遵守すべき規制、行政庁等による監督など）
 一般法人法 （法人の社員、機関（社員総会、評議員会、理事会、理事、監事等）、会計、など）【公益認定法】 公益社団法人及び公益財団法人の認定等に関する法律【一般法人法】 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律

公益法人

行政庁

法令・定款に基づく法人自治
適切な情報開示

公益認定等委員会（都道府県の合議制の機関）(1) 法令で明確に定められた要件に基づく監督(2) 法人自治を大前提としつつ、民による公益の増進のため公益法人が制度に適切に対応できるよう支援(3) 制度の信頼確保のため必要な場合は、問題ある法人に対し迅速かつ厳正に対処(4) あらゆる機会（認定審査、定期提出書類等の確認、立入検査など）を活用して法人の実態を把握「監督の基本的考え方」（平成20年11月21日 内閣府）より

3

３．公益法人に対する立入検査の考え方（立入検査の観点）

 「公益法人の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において」（第27条第1項）
・・・法令で明確に定められた公益法人として遵守すべき事項に関する法人の事業の運営実態を確認する観点から実施※認定法２７条１項： 行政庁は、公益法人の事業の適正な運営を確保するために必要な限度において、公益法人に対し、（省略）、その職員に、当該公益法人の事務所に立ち入り、その運営組織及び事業活動の状況若しくは帳簿、書類その他の物件を検査させ、若しくは関係者に質問させることができる。

（立入検査の実施頻度等）

 公益認定後第1回の立入検査はできるだけ早期（認定後おおむね1～3年以内を目途）に実施するよう努める。第2回以降は直近の立入検査実施後3年以内に実施（立入検査の実施方法等）
 各種情報（認定審査の際の申送り事項、定期提出書類、変更届出、報告徴収で得た情報、外部から提供された情報等）を活用し、立入検査でなければ確認困難な事項（公益目的事業の実態など）を中心に、重点的に検査を実施。検査現場の状況等に応じ臨機応変に対応
 法人運営全般について、理事・監事など法人運営に責任を持つ者から説明を求める
 必要に応じ、制度への理解を深め、適切な法人運営を支援する観点から、制度の詳細について説明等を行う（問題ある法人に対する立入検査の実施）

 公益認定の基準や欠格事由等に関連する法人の問題点が発覚した場合→ 問題点の重大さを勘案し、適時適切に立入検査を実施「立入検査の考え方」（平成21年12月24日（平成26年5月14日一部改訂） 内閣府）より

4

４．立入検査における主な指摘事項【内閣府における立入検査の実施実績】（単位：件）

平成２４年度

２５年度

２６年度

２７年度

２８年度

２９年度

３０年度

２８

１５２

５５２

７６４

６３３

６９７

６７０

【指摘事項が多い項目】
過去３年間（平成２８～３０年度）の立入検査において、指摘事項が多い項目は以下のとおり。
順位項目順位項目

１

規定の未整備 （１６％）

６

社員総会・評議員会の招集決議等の不備 （６％）

２

現預金・印鑑・金庫の管理不十分 （８％）

７

備置き資料なし （６％）

３

会計処理が不適切 （７％）

８

規定の不遵守 （５％）

４

議事録等の不備 （７％）

９

変更認定・変更届出等の未提出 （４％）

５

理事等の理事会での業務報告なし （７％）

１０

余剰金あり （４％）

上位１０項目で全指摘の７割を占めており、年度毎に見ても順位に大きな変動はない。
また、「特に問題なし」が全体の２２％あり、検査実施法人の２割は指摘事項がなかったことになる。

5５．立入検査から見えてくるもの【立入検査から見えてくるもの】
平成３０年度の立入検査では、前頁の過去３年間の「指摘事項が多い項目」上位９項目までは大きな変動はない
が、１０位に「余剰金あり」でなく、「支出が不適切」が入ってきた。また、「その他」に分類された中に、一つの項目として取り上げれば上位に入る指摘が幾つか見られる。それらの項目で指摘の多かった内容について、以下に整理してみた。

１．規定の未整備①印章・公印に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）②会計・経理に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）③謝金に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？）④個人情報保護に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑤旅費・交通費に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑥寄附金に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑦委員会・選考等に関する規程 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）⑧古い規程を使用 （ 有 ・ 無 ・ ？ ）6

２．現預金・印鑑・金庫の管理不十分①保管状態（通帳と印鑑を一緒に管理、無施錠、法人外での保管） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②牽制体制（担当一人で管理、ダブルチェックなし） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③公印使用簿（公印管理台帳）、現金出納簿の不備 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）３．会計処理が不適切①公益目的事業会計の処理（公益目的事業との関連性なし、法人会計で計上すべき） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②勘定科目の誤り （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③経理処理体制（チェック・監査機能なし、契約関係業務の改善）（ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）４．議事録の不備①業務執行報告の未記載 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②必要事項の記載漏れ （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③個別決議の未記載 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）④議事録作成者氏名の記載漏れ （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）⑤作成していない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）7５．理事等の理事会での業務報告なし①必要回数を満たしていない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②代読・一括報告している （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③報告していない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）６．社員総会・評議員会の招集決議等の不備①一括決議（個別協議をしていない） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②決議の省略（監事は同意でなく「異議なし」） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③招集手続（理事会決議なし、計算書類等の未送付） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）④開催間隔（中２週間以上開けていない） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）７．備置き資料なし①全く整備していない （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②一部に不備あり （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③ファイリング等が必要 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）8８．規定の不遵守①規程と実態の不一致 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②役員報酬関係（報酬と見なされる実費以上の交通費） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）９．変更認定・変更届出等の未提出①変更認定申請（認定時に記載のない事業の実施） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②変更届出（事業の一部拡大、役員改選、事務所移転、定款変更） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）１０．支出が不適切①土産、慶弔費、中元・歳暮等への支出 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②懇親会、交際費等 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）１１．その他①役員等の欠格事由関連（履歴書・確認書・兼職届、保管期限） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）②選考基準・委員会運営等 （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）③監事の職務執行関連（理事会出席、監査業務） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）④法人の独立性（法人名称表示、事務所賃貸借契約、業務委託契約、出向契約） （ 該当 ・ 非該当 ・ ？ ）9（参考①） 公益目的事業等の実施状況 （変更認定・変更届出が必要な場合）＜公益目的事業等の実施状況に関する主な留意点＞
 公益目的事業等が認定申請書や定期提出書類に記載された内容のとおり実施されているか 認定申請書に記載されていない事業が実施されていないか 公益目的事業において不特定多数の者の利益の増進は図られているか 事業の実施に当たり、法人関係者や特定の個人・団体等に対し特別の利益を与えていないか＜変更認定が必要な場合＞（第11条）＜変更届出が必要な場合＞（第13条）【公益目的事業等の変更関係】
・公益目的事業の種類又は内容の変更がある場合
・収益事業等の内容の変更がある場合
ただし、公益目的事業・収益事業等の内容の変更であっても申請書の記載事項の変更を伴わない場合
は、変更届出

【公益目的事業等の変更関係】
・公益目的事業・収益事業等の内容の変更で、申請書の記載事項の変更を伴わないもの※公益目的事業における受益の対象や規模が拡大する場合など、事業の公益性についての判断が明らかに変わらないと認められる場合は、変更届出で可【その他関係】
・公益目的事業を行う都道府県の区域又は主たる事務所・従たる事務所の所在場所の変更（ただし、行政庁の変更を伴わない場合は、変更届出）※事業の日程や財務数値など、毎年度変動することが一般的に想定されるような事項の変更は、変更届出も不要【その他関係】
・法人の名称又は代表者の変更
・公益目的事業を行う都道府県の区域又は主たる事務所・従たる事務所の所在場所の変更で、行政庁の変更を伴わないもの・定款の変更・理事、監事、評議員、会計監査人の変更
・役員報酬等の支給基準の変更
・事業を行うに当たり必要な行政機関の許認可等の変更
10

（参考②） 法人の財務状況 （認定基準への適合性等）＜法人の財務状況に関する主な留意点＞（経理的基礎関係）

 会計処理や財産管理、計算書類等の作成や監査等は適正に行われているか 法人の財政基盤（借入金の状況、寄附金や会費等収入の見通し、財団における純資産額など）に問題はないか（財務３基準関係）

 収支相償、公益目的事業比率、遊休財産規制について、それぞれ基準に適合しているか。その算定は適正に行われているか 基準に適合していない場合（収支相償における黒字がある場合など）、その理由の説明は妥当か。また、不適合状態の解消に向けた取組が適切に行われているか（公益目的事業財産関係）

 公益目的保有財産について、目的外使用はないか。共用財産について使用割合は適正か
 寄附金、会費、補助金等について、適切な収入計上、運用・管理が行われているか 公益目的取得財産残額について、正しく算定されているか（役員報酬関係）

 役員等の報酬が、支給基準に基づき適正に支給されているか。支給基準は公表しているか11

（参考③） 法人のガバナンス （法人の機関運営等）＜法人のガバナンスに関する主な留意点＞
 社員総会・評議員会や理事会は適切に開催されているか。招集、決議等の手続は適正か 重要な決定事項について、法人内部での機関決定が適切に行われているか。
＜公益法人の機関に関する一般法人法、公益認定法の主な規定＞【社員総会・評議員会】
・権限：一般法人法又は定款で定める事項を決議（法人法第35条第2項、第178条第2項）

・招集：理事会決議が必要（法人法第38条第2項、第181条第1項）
・決議：評議員会は書面評決・代理評決とも不可、社員・評議員全員の同意で決議・報告の省略が可能（法人法第58条、第59条、第194条、第195条）【理事会】 ←公益法人は必置（認定法第5条第14号ハ）・権限：法人の業務執行決定、理事の職務執行監督等（法人法第90条、第197条）

・招集：開催通知（理事・監事全員の同意で招集手続省略が可能）（法人法第94条、第197条）

・決議：書面評決・代理評決とも不可、定款の定め＋理事・監事全員の同意で決議の省略、全員への通知で報告の省略が可能（法人法第97条、第98条、第197条）※法人の機関決定が適切に行われない場合～訴訟により社員総会・評議員会の決議が不存在、無効（決議の内容が法令違反の場合）、取消し（招集手続や決議の方法に瑕疵がある場合、決議の内容が定款違反の場合等）となる可能性あり（法人法第265条、第266条）※役員の責任・法人に対する損害賠償責任（任務を怠ったとき）（法人法第111条、第198条）

・第三者に対する損害賠償責任（悪意又は重大な過失があったとき）（法人法第117条、第198条）

・一般社団法人の社員による役員の責任追及の訴え（法人法第278条）
・理事・監事等の特別背任罪、法人財産処分罪、贈収賄罪、その他一般法人法・公益認定法に定める罰則（法人法第334条～344条、認定法第62条～第66条）（代表理事等の職務執行状況報告は省略不可）
12

（参考④） 法人の情報開示 （法定書類の備置き・開示と定期提出書類の提出）＜法人の情報開示に関する主な留意点＞
 計算書類等の法令で定められた書類が、法人の事務所に適切に備え置かれ、閲覧可能な状態になっているか 定期提出書類（事業計画書等、事業報告等）が適切に作成され、行政庁に提出されているか＜公益認定法等の定める備置き書類＞

事業計画書等※何人も閲覧可能（認定法第21条第4項）

・事業計画書、収支予算書、資金調達及び設備投資の見込み（認定法第21条第1項）
・財産目録
・役員等名簿、役員報酬等支給基準
・キャッシュフロー計算書（会計監査人設置法人）
・運営組織及び事業活動の状況の概要及びこれらに関する数値のうち重要なものを記載した書類（「別紙１」）（以上認定法第21条第2項）

・社員名簿（法人法第32条）
・計算書類等（法人法第129条、第199条）（貸借対照表、損益計算書、事業報告及びこれらの附属明細書、監査報告・会計監査報告）
・定款（法人法第14条、第156条）
・特定費用準備資金、資産取得資金、５・６号財産に関する書類（認定法施行規則第18条第3項第5号、第22条第4項・第5項）＋

毎事業年度開始の日の前日までに行政庁に提出（認定法第22条第1項）

・提出書
・理事会等の承認を受けたことを証する書類

定期提出
書類

・提出書
・「別紙１」に記載された事項及び数値の計算の明細等
別紙２：法人の基本情報及び組織について
別紙３：法人の事業について
別紙４：法人の財務に関する公益認定の基準に係る書類について＋（別表A：収支相償関係）（別表B：公益目的事業比率関係）（別表C：遊休財産規制関係）（別表D：他の団体の意思決定に関与可能な財産）（別表E：経理的基礎関係）（別表F：各事業に関連する費用額の配賦）（別表H：公益目的取得財産残額関係）
・別紙５：その他の添付書類 （滞納処分に係る国税・地方税の納税証明書等）

事業報告等

毎事業年度の経過後3か月以内に行政庁に提出（認定法第22条第1項）

13

（参考⑤） 公益認定の取消しについて（１）必ず認定取消しになる場合（第29条第1項）（２）認定取消しになりうる場合（第29条第2項）①欠格事由（第6条）に該当するに至ったとき①認定基準（第5条第1号～第18号）のいずれかに適合しなくなったとき②認定法第14条～第26条の規定を遵守していない
とき欠格事由の例：・理事、監事、評議員のうちに禁錮以上の刑（認定法違反等の場合は罰金刑も含む）に処せられた者がいる（第1号
ロ、ハ）
・定款や事業計画書の内容が法令や法令に基づく行政機関の処分に違反している（第3号）
・事業を行うに当たり法令上必要な行政機関の許認可等を受けることができない（第4号）
・国税、地方税の滞納処分が執行されている（第5号）
・暴力団員等が事業活動を支配している（第6号）②偽りその他不正の手段により公益認定、変更認定等を受けたとき③正当な理由なく、行政庁の命令（第28条第3項）に従わないとき④法人から公益認定取消しの申請があったとき認定取消し遵守すべき規定の例：
・収支相償（第14条）
・公益目的事業比率（第15条）
・遊休財産規制（第16条）
・寄附の募集に関する禁止行為（第17条）
・公益目的事業財産の使用、処分（第18条）
・収益事業等の区分経理（第19条）
・役員報酬等の支給（第20条）
・財産目録等の備置き、閲覧（第21条）
・事業計画書、事業報告等の提出（第22条）③上記のほか、法令又は法令に基づく行政機関の処分に違反したとき基本的には、直ちに認定取消しということはなく、まずは法人に対し是正を求めていくこととなる（必要に応じ、勧告・命令 → 従わない場合は（１）③へ）14

（参考⑥） 公益認定法の罰則規定
6か月以下の懲役又は50万円以下の罰金（第62条）
・偽りその他不正の手段により公益認定、変更認定等を受けた者（※特例民法法人からの移行認定についても同様（整備法第144条第1号））

・変更認定を受けずに以下の変更を行った者－ 事業区域・事務所の所在地の変更（行政庁の変更を伴う場合）－ 公益目的事業の種類・内容、収益事業の内容の変更（認定基準不適合となる場合）50万円以下の罰金（第63条）
・公益法人の名称使用規制に違反した者（公益社団／財団法人でない者が公益社団／財団法人と誤認される文字を名称・商号中に使用した場合、不正の目的をもって他の公益社団／財団法人と誤認されるおそれのある名称・商号を使用した場合）30万円以下の罰金（第64条）

・行為者に加え、行為者が代表する法人等に対しても罰金刑の適用あり（両罰規定）
・法人の理事・監事・評議員が処罰された場合、認定法の欠格事由に該当・公益認定、変更認定等の申請書又は添付書類に虚偽の記載をして提出した者（※特例民法法人からの移行認定についても同様（整備法第146条））

・財産目録等の備置き（第21条）を行わない、又は当該書類に記載すべき事項の不記載・虚偽記載を行った者

50万円以下の過料（第66条）
・以下に該当する場合の公益法人の理事、監事、清算人－変更、合併、解散等の届出をせず、又は虚偽の届出をしたとき－定期提出書類を提出（第22条）せず、又は虚偽記載をして提出したとき－報告徴収（第27条）に対し報告をせず、又は虚偽の報告をしたとき－立入検査（第27条）を拒み、妨げ、忌避し、又は質問に答弁せず若しくは虚偽答弁をしたとき

15

＜参考資料＞ 標準的な立入検査について
１．事前の連絡等① 対象法人の決定（通常６月）後、行政庁から法人へ連絡（７月以降）があり、日程を調整② 法人への正式な通知は、検査実施日の１か月前を目途に行政庁から発出
２．検査当日の標準的なスケジュール（午前） 〇行政庁職員（２名以上）から立入検査の趣旨等について説明〇法人の運営に責任を持つ役員等から法人概要について説明、意見交換
・説明者は、代表理事又は業務執行理事が最適、状況に応じて監事や事務局長等が補足
・説明内容は、法人設立の経緯、運営組織の管理や事業活動の実施についての現状、工夫している点や困っている点、今後の見通し等（昼食） 行政庁職員だけで食事（概ね１時間）（午後） 〇行政庁職員がガバナンス担当と会計担当に分かれて検査・各種書類等の確認、事務局長や各担当者から聴き取り調査・事務所（特に金庫・通帳・公印等の保管）の状況や関連施設等の現場確認〇行政庁職員だけで検査内容の打合せ、結果とりまとめ〇検査結果を講評、検査終了
16

３．法人側が検査当日に用意すべき書類○事業報告書○事業計画書○社員総会又は評議員会の議事録、理事会の議事録○計算書類等の備置き書類○定款○役員等名簿、社員名簿（公益社団法人のみ）〇組織図、従業員名簿○内部規定類（全ての規程と一覧表）〇経理関係の帳簿、契約関係の書類〇役員等の就任承諾書・履歴書、欠格事由に係る確認書・兼職届○認定申請書（変更認定及び変更届を含む）○事業関係資料（機関紙、広報誌、各事業のパンフレット等）○その他・寄附の内容がわかる書類（募集の資料、寄付者からの寄附金申込書等）
・資産取得資金、特定費用準備資金に関する書類 等

17

６．立入検査から報告徴収・勧告等に至ったケース
１．平成３０年度末までに立入検査で認定基準違反等が判明し、報告徴収に至った例（２４件）〇 経理的基礎、技術的能力、特別の利益に疑義：９件・経理的基礎、技術的能力に疑義、特別の利益供与の疑い〇 変更認定申請の懈怠：７件
・変更認定なしに公益目的事業あるいは収益事業を実施〇 不適切な支出・会計処理：７件
・接待交際費等の支出、不明朗な貸付や資産運用、監査報告書偽署名、異なる決算書の存在、横領等〇 収支相償を満たせない（４年連続）：１件

２．勧告、認定取消しに至った法人（６件）〇 立入検査から報告徴収→勧告→認定取消し（１件） ※参考例１（次頁）〇 立入検査から報告徴収→勧告（２件）※参考例２（次頁）〇 立入検査から報告徴収→認定取消し（３件）

18

（参考例） 立入検査・報告徴収から勧告・認定取消しに至った法人
１．公益社団法人日本ポニーベースボール協会（平成２８年２月２６日（取消し）） ⇒ 公益認定の取消しの申請①社員総会を４か年度開催していないこと②行政庁に社員総会を開催したとして虚偽の報告を続けたこと③代表理事が特定の理事の退任届、社員総会及び理事会の議事録を偽造し、役員変更の登記を得たこと④前記の事実確認の過程で、問題点を指摘された 後の社員総会等における更なる不適切な手続、社員の資格の得喪に関する不当な条件の設定、少年への暴力事件に対する不適切な対応等が明らかったとなったこと（参考例） 立入検査・報告徴収から勧告に至った法人
２．公益社団法人全国里親会 （平成２８年７月２２日）①平成２４年度以降の事業報告に不備等があり修正を求めたが、適切な対応がなされていなかったことから、経理的基礎に疑義があること②公益目的事業の実施に必要な認定を受けずに事業を実施していたこと③法人運営関し理事及び監事は、職務上の 義務違反又は職務怠慢の疑いがあること

19７．まとめ
１．立入検査に関して、・ 行政庁にとっては、担当者が法人の事務所等へ赴き、役職員に直接ヒアリングをしたり、現場でしか見れない書類を確認したりして、法人の実態把握を行うための重要な手段の一つとなっている。
・ 法人にとっては、行政庁担当者と率直に意見交換等ができる場となるため、法人の運営上の課題や今後の展望などを説明して、行政庁からのアドバイスが受けられる絶好の機会と考えられる。
２．「立入検査の考え方」の中に示されているように、制度への理解を深め、適切な法人運営の実施を支援する観点から、立入検査が行われると考えることが肝要である。
立入検査において、法人の実情をありのまま説明いただき、行政庁からの助言等によって、公益法人の本務である公益目的事業に邁進できるようになったという事例が増えることが望まれる。

20

８．参考情報※ 公益法人infomation（https://www.koeki-info.go.jp/）の『公益法人の皆様へ』
こちらに、法人運営に役立つ情報や、行政庁への変更認定申請・変更届出、定期提出書類に関する情報などを掲載しています。
公益法人の運営について
 公益法人の各機関の役割と責任

変更認定申請・変更届出、定期提出書類に関する事項
 各種申請様式と手引き 公益目的事業に係る変更認定・変更届出ガイド

行政庁による監督
 監督の基本的考え方
 立入検査の考え方
 法人運営における留意事項

参考 公益認定等ガイドラインやＦＡＱ（よくある質問への回答）等
21