Gromacs 2021.4 GCC9
ウェブページ
http://www.gromacs.org/

バージョン
2021.4

ビルド環境
Intel MPI 2018.0.4 (2018.4.274)
Intel MKL 2020.0.2
GCC 9.3.1 (Software Collections devtoolset-9)
cmake 3.16.3

必要なファイル
gromacs-2021.4.tar.gz
regressiontests-2021.4.tar.gz

ビルド手順#!/bin/sh
VERSION=2021.4
INSTALL_PREFIX=/local/apl/lx/gromacs${VERSION}
BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/Gromacs/${VERSION}/GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
REGRESSION_TARBALL=${BASEDIR}/regressiontests-${VERSION}.tar.gz
WORKDIR=/work/users/${USER}
REGRESSION_PATH=${WORKDIR}/regressiontests-${VERSION}
PARALLEL=12
export LANG=C#--------------------------------------------------------------------umask 0022
module purge
module load scl/devtoolset-9
module load mpi/intelmpi/2018.4.274
module load mkl/2020.0.2
module load cmake/3.16.3
cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
rm -rf gromacs_erase &fi
if [ -d regressiontests-${VERSION} ]; then
mv regressiontests-${VERSION} regressiontests_erase
rm -rf regressiontests_erase &fi
tar xzf ${GROMACS_TARBALL}
tar xzf ${REGRESSION_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}# single precision, no MPI
mkdir rccs-s

cd rccs-s
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \-DGMX_MPI=OFF \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=OFF \-DGMX_THREAD_MPI=ON \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
# double precision, no MPI
module unload mkl
mkdir rccs-d
cd rccs-d
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \-DGMX_MPI=OFF \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=ON \-DGMX_THREAD_MPI=ON \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check# ignore errors!
make install
cd ..
# single precision, with MPI
module load mkl/2020.0.2
mkdir rccs-mpi-s
cd rccs-mpi-s
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \-DGMX_MPI=ON \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=OFF \-DGMX_THREAD_MPI=OFF \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
# double precision, with MPI
module unload mkl
mkdir rccs-mpi-d
cd rccs-mpi-d
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \-DGMX_MPI=ON \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=ON \-DGMX_THREAD_MPI=OFF \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check# ignore errors
make install
cd ..

メモ
2021.2 の時からの変更点や注意点
Intel MPI を 2018 のものに変更; 一部テストが途中で停止したため倍精度で MKL を有効にした場合、失敗するテストがあるため(intel コンパイラ時は起こらない)、倍精度版では引き続きmkl を無効に。
倍精度版では GammaDistributionTest テストでエラー(数値誤差)が発生する
内部で実装に変更があったらしく、それが原因とのこと。
https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/issues/4270
https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/merge_requests/2148
https://gitlab.com/gromacs/gromacs/-/merge_requests/2172
tolerance の緩和が 2021.5 で予定されているとのことなので問題なしとする。