肺がん コンパクトパネル® Dxマルチコンパニオン診断システム

2024.4

会社案内会 社 名株式会社 DNA チップ研究所

住

東京都港区海岸一丁目 ��-�所

設立代 表 者
事業内容
UR

LDNA Chip Research Inc.

���� 年 � 月 � 日代表取締役社長

的場

研究受託事業、診断事業

亮

www.dna-chip.co.jp

DNA チップ研究所はライフサイエンス分野を通じて、遺伝子やゲノムのエキスパートとして世の中に役立つ、優れた研究開発を行うことで顧客に寄り添ったサービスを展開してまいりました。

国産初の DNA チップの開発を始めとした DNA や RNA などの核酸を中心とした様々な遺伝子解析技術の開発を行うことで現在の主力ビジネスである研究受託事業を展開し、主に大学、研究機関、食品企業、製薬企業、病院における研究サポートに注力するとともに、それらの技術を応用し、医療分野における臨床研究の支援にも数多く携わってまいりました。

そして、このたび、これまでの遺伝子解析技術を結集し「肺がん コンパクトパネル®Dx マルチコンパニオン診断システム」を上市いたしました。現在、臨床現場で課題とされている腫瘍割合が低い検体や分解が進んだ検体にも対応できるように開発した国産初の遺伝子パネル検査です。診断事業をさらに発展、検査技術の向上による品質を高めることに努め、患者様、医療従事者様により安全で安心なサービスを展開してまいります。

�肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの特徴

� 肺がんの治療薬選択に重要な遺伝子を一括で検出�つのドライバー遺伝子に対応する次世代シーケンス技術を用いたコンパニオン診断システムです。EGFR遺伝子変異、ALK融合遺伝子、ROS�融合遺伝子、MET遺伝子エクソン��スキッピング
変異、KRAS遺伝子変異（G��C）、 BRAF遺伝子変異（V���E） 、RET融合遺伝子と研究用としてHER�（ERBB�）遺伝子変異を検出します 。

� 高い検出感度：�%(�.�%~�.��%)重要な遺伝子変異のみを重点的にシーケンスすることで、検体中に少量の変異しか含まれない場合でも検出が可能です。

� 細胞診検体にも対応
既承認品で検体として多く利用されている未染スライド ( FFPE : formalin ﬁxed paraﬃnembedded）検体だけでなく、気管支ブラシ擦過診 ( TBB )、針生検 ( TBNA ) の洗浄液などの細胞診検体でも検出が可能です。

*�� 新しいドライバー遺伝子変異の検出を追加することが可能なモジュール構造
将来的に、新しいドライバー遺伝子変異の検出が必要となる場合があります。

このようなケースに対応できるように、既に確立したモジュール（反応単位）とは別のモジュールを追加できるような設計にしています。すでに検出する遺伝子変異の検査精度に影響しないよ
うに、新規ターゲットを追加するようにしています。

*� モジュール構造
遺 伝 子 � つ � つではなく、複数のドライバー遺伝子変異を � つのセットにして検出反応することを指しています。
モジュール構造にすることで新たな遺伝子変異を追加で検査する場合には既存のモジュールとは別のモジュールで検出することで、ほかの検査結果に影響を与えないようにしています。

対象ドライバー遺伝子変異に対する分子標的治療薬一覧
測定対象CDx

EGFR 遺伝子変異

CDx

ALK 融合遺伝子

CDxROS� 融合遺伝子

CDx

KRAS遺伝子変異（G��C）

CDx

MET 遺伝子エクソン �� スキッピング変異

CDx

BRAF遺伝子変異(V���E)

CDx

RET融合遺伝子

研究用

HER�(ERBB�)遺伝子変異

関連する医薬品

ゲフィチニブエルロチニブ塩酸塩

アファチニブマレイン酸塩
オシメルチニブメシル酸塩
アレクチニブ塩酸塩
クリゾチニブブリグチニブクリゾチニブ

テポチニブ塩酸塩水和物

ソトラシブ

ダブラフェニブメシル酸塩およびトラメチニブ ジメチルスルホキシド
付加物

セルペルカチニブ
計画中�肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの特徴

検出感度と定量性

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの特徴は、解析する遺伝子を絞り、小グループ(モジュール ) にわけて分割処理し、十分な深度でシーケンス解析することで、検出感度１%を実現することができました。
また、性能評価試験ではアレル頻度 ( 変異頻度 ) *� �%と�%の検体を陽性、陰性と判別することが確認されており、偽陽性および偽陰性が少ない検査となっております。

*� 変異頻度・アレル頻度 Variant Allele Fraction = 変異 DNA の分子数 / 正常細胞由来の分子数 + 腫瘍由来の分子数

検出感度：�%(�.�%~�.��%)定量性：変異頻度�%と�%の検体を判別
RNA 検出感度：0.018％〜 0.188％

DNA 検出感度：0.1%~0.54%
各種変異

EGFR e19del
EGFR L858R
EGFR L861Q/R
EGFR E709X
EGFR G719X
EGFR S768I
EGFR e20ins
BRAF V600E
KRAS G12C

目

的研 究 施 設
主要評価項目
解析成功判定の評 価 項 目解析

数検出閾値
0.14%
0.20%
0.10%
0.10%
0.10%
0.12%
0.54%
0.24%
0.2%

変異スコア

遺伝子140200100100100120540240200ALK 融合遺伝子
ROS1 融合遺伝子
RET 融合遺伝子
MET 遺伝子エクソン
14 スキッピング変異

出典

検出閾値
(AbsoluteCount)検出閾値( 変異スコア )

検出閾値

188
32
180.188%
0.032%
0.018%

3

280.028%

11810

Kikuya Kato,et al. Diagnostics 2023,13,(8),1476

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの性能評価試験
社内検討

検出感度の検証

偽陰性率�%未満

研 究 期 間 ����年�月～����年�月
対 象 検 体偽陽性率�%未満

遺伝子変異標準サンプル（Horizon Discovery Ltd.）※�%アレル頻度のスパイクイン検体を使用
１種類のバリアントあたり��回以上

RET 融合遺伝子

性能評価試験結果
ALK 融合遺伝子

ROS� 融合遺伝子

MET ex�� skip

EGFR L���R

BRAF V���E

KRAS G��C

変異ス
コア％アレル頻度︵測定値︶

�

EGFR ex�� 欠失肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの特徴

細胞診検体にも対応可能

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムは、既承認品で検体として多く利用されている未染スライド（ FFPE : formalin ﬁxed paraﬃn embedded ）検体だけでなく、気管支ブラシ擦過診 ( TBB ) 、針生検 ( TBNA ) の洗浄液などの細胞診検体でも対応が可能です。

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの細胞診検体を用いた有用性検証試験では、解析成功率���%、既承認品と比較しても陽性一致率は��.�%でした。

目的共同研究施設
主要評価項目
解析成功判定の評 価 項 目

解析

数

気管支鏡検体等を使用した

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムの有用性検証試験
研 究 期 間聖マリアンナ医科大学・呼吸器内科
パネル解析成功率

核酸収量と核酸 QC

DNA 増幅量 ( Module� : 最低 �,��� 以上対 象 検 体

���� 年 � 月～����年�月
細胞診 ( TBB, TBNA 等 )Module �: 最低 �,��� 以上 )RNA 増幅量 ( 内在性コントロール ��� リード以上 )��� 症例

��� 症例中既承認品 ( 保険診療検査 ) を実施したものとの比較
ドライバー遺伝子変異

EGFR ex��del, L���R, L���Q, G���X
ALK 融合遺伝子

ROS� 融合遺伝子

全体

陽性一致率

（CP 陽性数＊� / 既承認品陽性数 )��.�%（��/��）��.�%（���/���）＊���.�%（��/��）���%（��/��）＊�RNA 解析成功率 ���%（���/���）DNA 解析成功率 ���%（���/���）���%（��/��）

BRAF V���E

MET ex�� スキッピング

細胞診一致率（既承認品との同一結果数 / 検査症例数）

���%（��/��）聖マリアンナ医科大学共同研究データ＊� L���R / K���I の Compound mutation で既承認品で検出できず。
＊� 不一致については、FISH検査との比較、詳細解析でレアバリアントであることが判明＊� 肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システム
ドライバー遺伝子変異の内訳

No Mutation
��.�%EGFR (ex��ins)
�.�%EGFR (ex��del, L���R,L���Q, G���X, S���I)
��.�%ROS� (fusion)
�.�%ERBB� (ex��ins)
�.�%KRAS (G��X, G��X)
��.�%BRAF (D���G, G���R,V���E, K���E)
�.�%
ALK (fusion)
�.�%

出典

Kei Morikawa, et al. Cancers. ����, ��(��), ����MET (ex��skip)
�.�%�臨床研究成績

FFPE 組織を対象とした臨床性能評価(���� 年 �� 月に公開の論文データ )目的共同研究施設
主要評価項目解析数

FFPE組織を対象とした先行品 ( 既承認品 ) との臨床有用性の同等性を評価するための性能比較試験
先行品 ( 既承認品 ) との同等性 ( 結果一致率 )�,���症例

Compact panel Compact panel
positive
negative

EGFR

Reference test
positive
Reference test
negative

BRAFV���E

Reference test
positive
Reference test
negative

�

�

�

��

KRAS
G��C

Reference test
positive
Reference test
negative

��

�

�

��

ALK

Reference test
positive
Reference test
negative

��

�

��

���

ROS�

Reference test
positive
Reference test
negative

�

�

�

��

MET

Reference test
positive
Reference test
negative

��

�

�

��

RET

Reference test
positive
Reference test
negative������

出典対 象 検 体性能比較試験結果

���

�

��

陽性一致率：��.�%～���.�%�研 究 期 間 ����年�月～����年�月

奈良先端科学技術大学院大学・大阪国際がんセンター

Kikuya Kato,et al. Diagnostics ����, ��(�), ����Positive
identity rate���.�(��.�-���.�)-���.�
(��.�-���.�)ホルマリン固定パラフィン包埋（ FFPE ）Negative
identity rate-��.�(��.�-��.�)
-

-

���.�
(��.�-���.�)���.�
(��.�-���.�)

--

��.�
(��.�-��.�)-���.�
(��.�-���.�)��.�
(��.�-���.�)-��.�
(��.�-���.�)���.�
(��.�-���.�)-��.�
(��.�-��.�)��.�
(��.�-���.�)-���.�
(��.�-���.�)���.�
(��.�-���.�)

陰性一致率：��.�%～���.�%Reference test
Cobas® EGFR
Mutation Test v�

Oncomine™ Dx
Target Test

therascreen®
KRAS RGQPCR KitHistoﬁne ALK
iAEP® kit /Vysis® ALK
Break Apart FISH
probe Kit

OncoGuide®
AmoyDx® ROS�Archer®MET

Oncomine™ Dx
Target Test

検体提出詳細情報

対象検体と必要核酸量
検体のご準備について対象検体

未染スライド (FFPE)

検体量

腫瘍割合

手術検体：�～� μm × � ~ � 枚、�mm² 程度

生検検体：�～� μm × � ~ �� 枚、�mm² 程度以上

僅少な生検検体：�～� μm × �� ~ �� 枚、�mm²程度以下

細胞診

�mg ( �mm 角 )

未固定組織

�mg ( �mm 角 )以上

� % 以上（推奨）*� GM 管 ( ジーンメトリックス核酸保存液封入容器 )

保存条件
室温
冷蔵 ( GM 管*� )

凍結 ( 細胞診沈渣 )凍結

ジーンメトリックス社が開発した組織検体内の核酸を室温または冷蔵で長期にわたり安定的に保存する溶液管

必要核酸量

��ng あればアッセイ可能
核酸

必要量

RNA> ��ng

DNA> ��ng

検体の取扱いにおける留意点
・未固定組織 は検体採取後、直ちに処理してください。

・未固定組織 はご提出された検体量が少ない場合には、検査不能となる場合がございます。
・腫瘍割合は �% 以上を推奨しております。

・最低保証のアレル頻度LoD�%から換算すると、腫瘍割合は�%必要となります。これを下回る場合偽陰性になるリスクがあります。

開発者

加藤菊也氏

奈良先端科学技術大学院大学

客員教授

元大阪府立成人病センター（現・大阪国際がんセンター ）研究所長

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システムは、大阪国際がんセンターの先生方と議論をしながら数年かけて熟成してきたアイデアです。本システムは、現状の遺伝子検査の課題を直視し、現場のニーズをできる限り反映させ開発しました。実臨床で採取される多様な検体種に対応できるように設計しています。

例えば、劣化した検体や腫瘍細胞が極微量なケースにも利用することができます。本システム開発により、少しでも多くの患者様の診断を支援し、今後の医療の発展につながっていくことを望みます。

�検体提出詳細情報

未染スライド(FFPE) の提出方法
検体量の目安・一般に � 有核細胞から得られる DNA 収量は � pg 程度と見積もられる。
( ゲノム診療用病理組織検体取扱い規程参照 )・仮に �� ng の DNA を得る場合には約 �,��� 細胞からの抽出が必要とされている。
( ゲノム診療用病理組織検体取扱い規程参照 )・�,��� 個の細胞を得るには、組織の面積が �� ~ ��� mm² 程度必要。（ 厚さ � ~ � μm ）・FFPE 検体を使用する場合、必要枚数 ( 切片厚が � ~ � μm の未染色標本 ) は以下が目安となる。
検体の種類

枚数

組織切片の面積

手術検体

�～�枚

�� ～ ��� mm² 程度

僅少な生検検体

�� ～ �� 枚� mm² 以下

生検検体

� ～ �� 枚� ～ �� mm² 程度

直径の目安

� mm × � mm 程度
� mm × � mm 以上
� mm × � mm

�mm
�mm
厚さ � ~ � μm※極端に小さい検体 ( � mm² 以下 ) や切片中の有核細胞数が少ない検体は必要な核酸量が得られない場合もある。
固定方法

・ゲノム診療用病理組織検体取扱い規程に則り、適切な処理を実施する。
・採取した組織は速やかに固定を行うこと。

※手術検体は、採取後すぐに冷蔵庫等で適切な検体管理を行うこと。

・��% 中性緩衝ホルマリン溶液で � ~ �� 時間の固定を行う。

・FFPE 試料について過固定等による核酸の品質低下が懸念される場合、核酸品質の確認を行うこと。
検体提出の目安

切片厚：� ～ � μm

手術検体
�� ～ ��� mm²

�~�枚

�

腫瘍含有率 �% 以上推奨

僅少な生検検体
� mm² 以下( � mm × � mm 以下 )生検検体
�～ �� mm²

� ~ �� 枚

�� ~ �� 枚

検体提出詳細情報

細胞診検体提出方法 液性検体 ( 胸水・心嚢水 等 ) の場合・細胞診評価用と提出用のペア検体を各 � 本準備（上限��mL)・上限��mL（目安）の胸水を遠心分離後、沈渣にしてGM管に投入し懸濁・必ず細胞診評価により悪性細胞を確認し、確認できたペア検体を冷蔵にて提出
・可能な限り速やかに処理を実施してください。処理中氷上キープも有効です

前処理

検体採取

➀適切な手順に従って液性検体➀ペア検体のうち � 本は室温にて遠心分離。

➁採取した検体はよく攪拌して�本➁上清をできるだけ取り除いた沈渣を準備。

（胸水・心嚢水）を採取。

(上限��mL)に分けてペア検体を作製。
➀（遠心目安 : �,��� rpm ( ���� x g ) × � 分間）

GM 管に投入前処理準備した沈渣をGM 管に投入し懸濁。

※検体が�.�mL程度までであれば,遠心なしでGM管へ投入可能です➀➁➀➀参照）GM 管については次ページ

細胞診評価

悪性細胞確認後ペア検体を提出。
ペア検体のうち�本は悪性細胞確認の細胞診評価に使用。
検査に必要な腫瘍細胞の割合は�％以上を推奨

➁

検体提出

検査センターに提出

ペアとなる検体の細胞診評価により、悪性細胞が確認できたら冷蔵で検体を提出。

細胞診の検査結果が確定するまでの間、GM 管は冷蔵での保管。

細胞診検体提出方法 気管支擦過(TBB)・針生検(TBNA)の洗浄液等の場合・細胞診評価用と提出用のペア検体を各 � 本準備（各�mL)・必ず細胞診評価により悪性細胞を確認し、確認できたペア検体を冷蔵にて提出・可能な限り速やかに処理を実施してください。処理中氷上キープも有効です

検体採取

適切な手順に従って気管支擦過検体・TBB検体・針生検(TBNA)の洗浄液等を採取。

前処理➀生理食塩水を �mL 準備。
➁気管支擦過検体・TBB ・ TBNAを採取したブラシ、鉗子、スタイレット等を直接➀で準備した生理食塩水に懸濁。（目安 :� セット）➂懸濁後よく攪拌して � 本（各 �mL）に分けてペア検体を作製。

GM 管に投入

前処理準備した検体をGM 管に投入し懸濁。

➃ � 本は GM 管に直接混和、もう � 本は細胞診評価用に使用。

針生検(TBNA)の場合
内筒（スタイレット）挿入で組織を抽出する

➀ ➁
生理食塩水
�mL

ブラシ・鉗子等を直接懸濁
目安 : � セット➀参照）GM 管については次ページよく攪拌し � 本（各 �mL）に分けてペア検体を作製

細胞診評価

検査センターに提出➁が確認できたら冷蔵で検体を提出。

悪性細胞確認後ペア検体を提出。
ペア検体のうち�本は悪性細胞確認の細胞診評価に使用。
検査に必要な腫瘍細胞の割合は�％以上を推奨

上記手順は弊社の基準に基づいております。

検体提出

ペアとなる検体の細胞診評価により、悪性細胞細胞診の検査結果が確定するまでの間、GM 管は冷蔵での保管。

�検体提出詳細情報

細胞診検体提出方法

細胞診沈渣の場合

・細胞診評価用と提出用のペア検体を各�本準備
・必ず細胞診評価により悪性細胞を確認し、確認できたペア検体を凍結にて提出
・可能な限り凍結まで速やかに実施してください。凍結までの処理中、氷上キープも有効です

検体採取

適切な手順に従って液性検体（胸水・心嚢水 等）、TBB等（気管支擦過）、針生検 (TBNA) の針洗浄液を採取。

前処理

凍結保管（-��℃）➀沈渣は、そのまま可能な限り速やかに凍結※(-��℃)にて保管➀TBB等(気管支擦過)は生理食塩水に懸濁。

➁液性検体(胸水・心嚢水 等)、針生検 (TBNA) の洗浄液、生理食塩水に懸濁したTBB等(気管支擦過)はよく攪拌して(目安 : � セット)２つに分けてペア検体を作製。

＊凍結保管まで時間がかかるとRNAの分解リスクが上がる
ため注意➂ペア検体のうち�本は室温にて遠心分離(遠心目安：�,���rpm( �,���xg ) × �分間)

➁ペア検体の細胞診評価の結果が確定するまでの間、ディープフリー
ザーで(-��℃)凍結保管➃上清をできるだけ取り除き、沈渣を準備➀➀ ➁➀�������

遠心分離

よく攪拌し � 本に分けてペア検体を作製

上清を取り除く

ディープフリーザー-��℃※凍結までの処理をできるだけ速やかに実施してください( 目安：30 分以内 ) 一連の処理についても氷上で作業することで、核酸のクオリティ劣化を防ぐことが可能です

細胞診評価➁沈渣悪性細胞確認後ペア検体を提出。
ペア検体のうち�本は悪性細胞確認の細胞診評価に使用。
検査に必要な腫瘍細胞の割合は�％以上を推奨

検査センターに提出

検体提出

ペアとなる検体の細胞診評価により、悪性細胞が確認できたら凍結で検体を提出。

上記手順は弊社の基準に基づいております。

参照）GM 管（ 核酸安定化剤入り検体容器 ）GM 管はジーンメトリックス社が開発した核酸安定化剤入りの容器で組織検体内の核酸を長期に渡り安定的に保存する溶液管です。核酸品質を維持し、検査の効率化と精度の向上のために開発されました。
チューブ材質：ポリプロピレン (PP)
スクリューキャップ：高密度ポリエチレン (HDPE)
容器サイズ：�.� mL 直径 ��mm
耐用温度：-��°C ~ ���°C仕様

耐遠心力：����� x g
検体採取後 保管・輸送温度：冷蔵（�℃）
使用期限：�年（常温）
検体保存期間：��日以内（冷蔵 �℃）

��大阪医科薬科大学病態生化学研究室

藤森功教授、前原都有子助教 ご提供データ

検体提出詳細情報

検査の流れ
肺がん コンパクトパネル ® Dx マルチコンパニオン診断システムは以下の流れで行います。

未染スライド（ FFPE ）検体、細胞診検体 、未固定組織検体を用いて、核酸抽出から測定結果解析までを自社メディカルラボラトリーで行い、解析結果レポートを専用クラウドよりご返却いたします。
検査説明・同意取得
検体採取

検体のご準備・未染スライド（FFPE）検体・細胞診検体・未固定組織検査センターに提出

DNA チップ研究所へ検体を輸送
核酸抽出

PCR 増幅ライブラリー調整
シーケンス解析 ( 塩基配列を決定 )
測定結果解析・マッピング・変異コール
・意義付け

専用クラウドより解析レポート確認

結果説明・治療選択��肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システム【使用目的又は効果】

本品は、下表の医薬品の非小細胞肺がん患者への適応判定の補助を目的として、対応する遺伝子変異等を検出する。

【遺伝子変異等：関連する医薬品】

EGFR 遺伝子変異 ： ゲフィチニブ、エルロチニブ塩酸塩
アファチニブマレイン酸塩オシメルチニブメシル酸塩
ALK 融合遺伝子 ： クリゾチニブ
アレクチニブ塩酸塩
ブリグチニブ
ROS� 融合遺伝子 ： クリゾチニブ
MET 遺伝子エクソン �� スキッピング変異：テポチニブ塩酸塩水和物
KRAS 遺伝子変異 (G��C)：ソトラシブ
BRAF 遺伝子変異 (V���E)：ダブラフェニブメシル酸塩およびトラメチニブ ジメチルスルホキシド付加物
RET 融合遺伝子 ： セルペルカチニブ
一般的名称: 体細胞遺伝子変異解析プログラム

承認番号 : �����BZX��������
承認年月 : ����年��月��日

一部変更承認日: ����年�月��日

肺がん コンパクトパネル® Dx マルチコンパニオン診断システム
専用 Web ページのご案内

www.dna-chip.co.jp/gene/compactpanel/

製造販売元

本社

東京都港区海岸 �-��-�

取扱店

スズエベイディアム � 階

メディカルラボラトリー ( 臨床検査実施機関 )神奈川県川崎市中原区新丸子東 � 丁目 ����KDX 武蔵小杉ビル � 階clinical-support@dna-chip.co.jp（サポートセンター ）