*2024 年 1 月（第 2 版）

2021 年 10 月

（第 1 版）

承認番号30400BZX00263000

疾病診断用プログラム（副作用又は機能の障害が生じた場合においても、人の生命及び健康に影響を与えるおそれがほとんどないものを除く。次項第一号において同じ。）

高度管理医療機器 体細胞遺伝子変異解析プログラム（抗悪性腫瘍薬適応判定用 70159013

肺がん コンパクトパネル(R) Dx マルチコンパニオン診断システム
DNA （ EGFR 遺 伝 子 変 異 、 BRAF 遺 伝 子 V600E 変 異 、KRAS 遺伝子 G12C 変異）【形状・構造及び原理等】
本 品 は 、 変 異 ス コ ア を 入 力 と し DNA 中 の 遺 伝 子 変 異（ EGFR 遺 伝 子 変 異 、 BRAF 遺 伝 子 V600E 変 異 及 び
KRAS 遺伝子 G12C 変異）並びに RNA 中の融合遺伝子（ALK 融合遺伝子、ROS1 融合遺伝子及び RET 融合遺伝子）及び MET 遺伝子エクソン 14 スキッピング変異の陽性陰性判定を出力とする疾病診断用プログラムである。
コンパニオン診断として・ EGFR 遺 伝 子 変 異 ： EGFR チ ロ シ ン キ ナ ー ゼ 阻 害 剤（ゲフィチニブ、エルロチニブ塩酸塩、アファチニブ
マレイン酸塩又はオシメルチニブメシル酸塩）の非小細胞肺癌患者への適応を判定するための補助に用いる。
・BRAF 遺伝子 V600E 変異：ダブラフェニブメシル酸塩
及びトラメチニブジメチルスルホキシド付加物の併用
投与の非小細胞肺癌患者への適応を判定するための補助に用いる。
・KRAS 遺伝子 G12C 変異：ソトラシブの非小細胞肺癌
患者への適応を判定するための補助に用いる。
・ALK 融合遺伝子：ALK チロシンキナーゼ阻害剤（クリゾチニブ、アレクチニブ塩酸塩又はブリグチニブ）の非小細胞肺癌患者への適応を判定するための補助に用いる。
・ ROS1 融 合 遺 伝 子 ： ROS1 チ ロ シ ン キ ナ ー ゼ 阻 害 剤（クリゾチニブ）の非小細胞肺癌患者への適応を判定するための補助に用いる。
・RET 融合遺伝子：セルペルカチニブの非小細胞肺癌患者への適応を判定するための補助に用いる。
・MET 遺伝子エクソン 14 スキッピング変異：MET 阻害剤（テポチニブ塩酸塩水和物）の非小細胞肺癌患者への適応を判定するための補助に用いる。
入力である変異スコアは、次のように求められる。
非小細胞肺癌患者の組織（手術又は生検により採取・作製した FFPE 組織、未固定組織又は細胞診）由来の核酸（DNA および RNA）を検体とし、次世代シークエンサー
を用いて目的遺伝子配列の配列決定を行う。得られたシークエンスデータ（FASTQ）より、変異解析用ソフトウ
ェアを用いて変異リスト（表 1～11）に示す各変異のリード数をそれぞれカウントし、全リード数に対する割合
を 10 万リードあたりのリード数へ換算する（変異スコア＝変異リード数／全リード数×100,000［小数点以下切り捨て］）。この変異スコアデータが QC データとともに本プログラムの入力となる。
医療従事者が、上記データ確認後、本プログラムを実行
すると、プログラムが各変異の閾値を基準に陽性・陰性判定を行う。その結果が出力として医療従事者に提供される。
この際のデータ移動はネットワークを介して行われる。
図 1 に、本プログラムの概念図を示す。

表 1．EGFR エクソン 18 の SNV/MNV
アミノ酸変
COSMIC ID
塩基変異
化
COSM6253
c.2155G＞T
p.G719C
COSM6239
c.2156G＞C
p.G719A
COSM6252c.2155G＞A
p.G719S
COSM18425
c.2156G＞A
p.G719D
COSM18441
c.2154_2155delinsTT p.G719C
COSM12988
c.2125G＞A
p.E709K
COSM116882 c.2125G＞C
p.E709Q
COSM13427
c.2126A＞C
p.E709A
COSM13009
c.2126A＞G
p.E709G
COSM12371
c.2126A＞T
p.E709V

検証範
囲
*
*
**
**
**
**
**
**
**
**

* 相関性試験で検証された変異。** 相関性試験で確認された変異と 同 じ ア ン プ リ コ ン に 存 在 す る 変 異 。 ( 注 ) SNV; Single
Nucleotide Variant, MNV; Multiple nucleotide Variant。上記表で
COSM18441 が MNV である。

表 2．EGFR エクソン 20 の SNV/MNVCOSMIC ID
塩基変異
アミノ酸変化COSM6241c.2303G＞T
p.S768I

検証範囲**** 相関性試験で 確認され た変異と 同じアンプリ コンに存 在する変異。この変異に関しては、「表 5．相関性試験により確認された、または相関性試験で確認された変異と同じアンプリコンに存在する EGFR エクソン 20 挿入変異」と同じアンプリコンに存在する変異である。

表 3．EGFR エクソン 21 の SNV/MNV
アミノ酸変
COSMIC ID
塩基変異
化
COSM6224
c.2573T＞G
p.L858R
COSM6213
c.2582T＞A
p.L861Q
COSM12429
c.2573_2574delinsGT p.L858R
COSM133630 c.2573_2574delinsGA p.L858R
COSM13553
c.2572_2573inv
p.L858R
COSM12374
c.2582T＞G
p.L861R

検証範
囲
*
*
**
**
**
**

* 相関性試験で検証された変異。** 相関性試験で確認された変異と同じアンプリコンに存在する変異。

表 4．EGFR エクソン 19 欠失挿入変異
COSMICID
COSM6223
COSM6225
COSM126
78
COSM123
86
COSM625
5
COSM12370
COSM1190791
COSM22944

図 1．本プログラムの概念図

1/7

塩基変異

アミノ酸変化

検証範囲

c.2235_2249delp.E746_A750del*c.2236_2250delp.E746_A750del*c.2237_2251delc.2237_2252delinsT
c.2239_2256delc.2240_2257delc.2234_2248delc.2238_2251delinsGC

p.E746_T751deli*
nsA
p.E746_T751deli*
nsV
p.L747_S752del*

p.L747_P753deli*nsS
p.K745_A750deli**
nsT
p.L747_T751deli**
nsP

COSM857
98
COSM674057
COSM6210
COSM515
26
COSM124
10
COSM6974307
COSM858
91
COSM438
6694
COSM255
152
COSM968
56
COSM133
186
COSM24269
COSM184
26
COSM267
18
COSM229
99
COSM184
42
COSM266
80
COSM4170221
COSM4170220
COSM6947327
COSM123
87
COSM184
28
COSM697
8341
COSM133
191
COSM26440
COSM625
6
COSM12382
COSM166
7023
COSM13550
COSM124
16
COSM124
23
COSM12384
COSM135
49
COSM236
34
COSM3727812
COSM135c.2230_2249delinsGTCAA
c.2237_2256delinsTG
c.2240_2251delc.2236_2253delinsATTCCTc.2252_2275delinsG
c.2238_2250delinsC
c.2239_2264delinsGCCAA
c.2218_2235dup

p.I744_A750deli
nsVK
p.E746_S752deli
nsV
p.L747_T751deli
nsS
p.E746_T751delinsIP
p.T751Sfs*4

**
**
**
**

p.E746_A750deli**
nsD
p.L747_A755deli**
nsAN
p.I740_K745dup

c.2234_2235insAACTCCC
GTCGCTATCAA

p.K745_E746ins
TPVAIK
p.T751_I759delic.2252_2276delinsA
nsN
c.2230_2246delinsCTTAAG p.I744_E749deli
AG
nsLKR

**
**
**
**

c.2258_2278delp.P753_I759delc.2237_2256delinsTC

p.E746_S752deli**
nsV

c.2250_2264del

p.T751_A755delc.2236_2252delinsCA
c.2241_2244delinsCCCG
c.2236_2252delinsAT
c.2240_2248delc.2239_2250delinsCCG
c.2236_2250delinsCCTc.2239_2258delinsCA
c.2238_2248delinsTC
c.2238_2247delc.2236_2257delinsATCTc.2248_2273delinsCC
c.2254_2277delc.2239_2248delinsC
c.2239_2261delinsGCCAACAAGGG
c.2235_2248delinsAATTC
c.2237_2253delinsTTGCTc.2214_2231dup
c.2237_2255delinsT
c.2235_2251delinsAG
c.2252_2275delc.2236_2241delinsAATTAT
c.2253_2276del

56
COSM7410537
COSM6933365
COSM265
13
COSM6506513
COSM260
38
COSM13200
COSM255
211
COSM133
189
COSM184
20
COSM6218
COSM51503
COSM264
41
COSM249
72
COSM184
27
COSM24270
COSM264
44
COSM5023005
Su et al.
2017
COSM12383
COSM52935
COSM12385
COSM133
196
COSM249
70
COSM285
17
COSM135
52
COSM208
83
COSM127
28
COSM264
39
COSM124
03
COSM133
187
COSM123
67
COSM51501
COSM532
05
COSM22945
COSM695
2818**

p.E746_T751deli
nsQ
p.L747_R748deli
nsFP
p.E746_T751deli
nsI
p.L747_A750deli
nsS
p.L747_A750deli
nsP
p.E746_A750deli
nsP
p.L747_P753deli
nsQ
p.E746_A750deli
nsDP
p.L747Qfs*16

**

**
**
**
**
**
**
**
**
**
**

p.E746_P753deli**nsIS
p.A750_E758deli**
nsP
p.S752_I759del
p.L747_A750deli
nsP
p.L747_K754deli
nsANKG
p.E746_A750deli
nsIP
p.E746_T751deli
nsVA
p.I740_K745dup

**
**
**
**
**
**

p.E746_S752deli**
nsV
p.E746_T751deli**
nsA
p.T751_E758delp.E746_L747deli
nsNY
p.S752_I759del

**
**
**

2/7

c.2240delinsAAGAGAAGC
AAC

p.L747***

p.L747_A755deli**
nsSMS
p.E746_T751delic.2236_2251delinsT**
nsS
c.2235_2251delinsATTCCC p.E746_T751deli
**
GT
nsFPS
c.2240_2263delinsCGATGT

c.2233_2247del

p.K745_E749delc.2236_2257delinsCTCT

p.E746_P753deli**nsLS

c.2238_2258del

p.L747_P753del**c.2236_2256delp.E746_S752del**c.2235_2237delp.E746del**c.2239_2247delp.L747_E749del**c.2239_2253delinsAAT
c.2238_2256delinsGCAA
c.2268_2270dup
c.2237_2257delinsTCT
c.2252_2277delinsATc.2219_2236dup
c.2249_2277delinsGAAGT
c.2236_2249delc.2239_2251delinsC
c.2237_2253delinsTTCCTc.2235_2255delinsAAT
c.2239_2255delinsCAACA

p.L747_T751deli
nsN
p.L747_S752deli
nsQ
p.N756dup
p.E746_P753delinsVS
p.T751_I759deli
nsN
p.K745_E746ins
VPVAIK
p.A750_I759deli
nsGS
unknown
p.L747_T751deli
nsP
p.E746_T751deli
nsVP
p.E746_S752delinsI
p.L747_S752deli
nsQH

**

**
**
**
**
**
**
**
**
**
**
**
**

c.2239_2262del

p.L747_K754del**c.2235_2246del

p.E746_E749del**c.2235_2251delinsAATTC
c.2240_2261delinsCGAC

p.E746_T751deli**
nsIP
p.L747_K754deli**
nsST

c.2236_2253del

p.E746_T751del**c.2248_2274delp.A750_E758del**c.2239_2256delinsCAA
c.2236_2252delinsCT
c.2237_2254delc.2239_2259delinsCAA
c.2237_2251delinsTGG
c.2251_2277delinsTCT
c.2239_2247delinsC

p.L747_S752deli
nsQ
p.E746_T751deli
nsL
p.E746_S752delinsA
p.L747_P753deli
nsQ
p.E746_T751deli
nsVA
p.T751_I759deli
nsS
p.L747Rfs*13

**
**
**
**
**
**
**

COSM124
20
COSM133
188
COSM184
21
COSM28623
COSM166
7027
COSM135
51
COSM51504
COSM123
69
COSM229
56
COSM697
8342
COSM235
72
COSM166
7024
COSM6220
COSM373
4668
COSM124
22
COSM133
193
COSM515
24
COSM124
04
COSM124
21
COSM6966471
COSM133
200
COSM166
7026
COSM133
190
COSM9179903
COSM124
19
COSM144207
COSM692
4852
COSM6980200
COSM696
8288
COSM135
57
COSM124
13
COSM221565
COSM248
69
COSM5023004

c.2239_2252delinsCA
c.2236_2255delinsATc.2237_2251delinsTTC
c.2237_2250delinsTCCCTc.2252_2276delinsG
c.2235_2252delinsAAT

p.L747_T751deli
nsQ
p.E746_S752deli
nsI
p.E746_T751deli
nsVP
p.E746_A750deli
nsVP
p.T751_I759deli
nsS
p.E746_T751deli
nsI

**
**
**
**

p.I740_K745dup**

c.2240_2254del

p.L747_T751del**c.2252_2277delinsGAGAA
GCG

p.T751_I759deli
nsREA

**

c.2253_2257delp.S752Efs*9**c.2250_2276delinsCAA
c.2238_2255delc.2232_2249delinsAAA
c.2238_2248delinsGC
c.2237_2253delinsTC
c.2237_2258delinsTTCA
c.2229_2252delinsAATTAA
GA
c.2238_2255delinsGCAAC
A
c.2236_2248delinsATTC
c.2251_2276delinsTC
c.2240_2264delinsCGAAA
GG
c.2236_2256delinsATC
c.2239_2250del

COSMICID
COSM12376
COSM134
28
COSM123
77
COSM267
20
COSM165
1740
COSM135
59
COSM124
25
COSM165
1741
COSM208
84
COSM123
79
COSM28638
COSM127
37
COSM135
58
COSM698
3510
COSM184
29
COSM1235344
COSM18430
COSM124
27
COSM6506514
COSM165
1742
COSM184
31
COSM53189
COSM502
3007
COSM1238030
COSM4970107
COSM208
86
COSM13004
COSM229
55
COSM857
95
COSM489
21
COSM1238029
COSM655
155
COSM12378
COSM6962256**

c.2217_2234dup

c.2239_2253delinsGCT

表 5．EGFR エクソン 20 挿入変異**

p.L747_T751deli**
nsA
p.T751_I759deli**
nsN
p.E746_S752deli**
nsD
p.E746_A750del**

p.L747_A750deli**
nsP
p.E746_T751deli**
nsV
p.E746_P753deli**
nsVQ
p.E746Nfs*15
p.L747_S752deli
nsQH
p.E746_A750deli
nsIP
p.T751_I759deli
nsS
p.L747_A755deli
nsSKG
p.E746_S752delinsI
p.L747_A750del

p.L747_T751deli
nsQ
p.E746_A750deli
c.2237_2248delinsCAC
nsAP
p.E746_T751delic.2237_2251delinsCACCAT
nsAPS
p.E746_T751delic.2237_2251delinsTTT
nsVS
p.E746_T751delic.2237_2251delinsTCC
nsVP
p.E746_A750deli
c.2236_2248delinsCAAC
nsQP
p.E746_A750deli
c.2236_2248delinsAGAC
nsRP
c.2238_2252delinsGCA

**
**
**
**
**
**
**
**
**
**
**
**
**
**

c.2232_2249del

p.K745_A750del**c.2235_2252delp.E746_T751del**c.2248_2276delinsCCAAC

p.A750_I759deli
nsPT

**

* 相関性試験で検証された変異。** 相関性試験で確認された変異と同じアンプリコンに存在する変異。

3/7

塩基変異

アミノ酸変化

検証範囲

c.2300_2308dup

p.A767_V769dup*

c.2303_2311dup

p.S768_D770dup*

c.2317_2319dup

p.H773dup*

c.2301_2302insTACGTG
ATG

p.A763_Y764insFQ
EA
p.A767_S768insYV
M

c.2302_2303insTAGCCA

p.A767_S768insIA

c.2302_2303insCGCTGG
CCA
c.2303_2304insTGTGGC
CAA
c.2303_2304insTGTGGC
CAG

p.A767_S768insTL
A
p.V769_D770insAN
V

c.2284-5_2290dup

p.A767_V769dup

c.2307_2308insTGCGTG p.V769_D770insCV
c.2307_2308insATGGCC
AGCGTGGAC
c.2309_2312delinsCTGG
TGG
c.2309_2310delinsCCAG
CGTGGAT

**
**
**
**
**
**
**

p.V769_D770insMA**
SVD
p.D770_N771delins**
AGG
p.A767_V769dup**

c.2308_2309insGCACAC p.D770delinsGTH**

c.2308_2309insGCAGCG
TGG
c.2308_2309insGGAGC
GTGG
c.2308_2309insGGGTCG
TGG

p.V769_D770insGS
V
p.V769_D770insGS
V
p.V769_D770insGVV

c.2308_2309insGTT

p.D770delinsGY**

c.2306_2308dup

p.V769dup**

c.2309_2310insGCGTGG p.V769_D770insER
AGA
G
c.2311_2312delinsGGGT
p.N771delinsGF
T

**
**
**

**
**

c.2311delinsGGTT

p.N771delinsGY**

c.2311delinsGTCC

p.N771delinsVH**

c.2310_2311insTAC

p.D770_N771insY**

c.2310_2311insCAGCGT
GGC
c.2310_2311insGCACCG
TGG

p.D770_N771insQR**
G
p.D770_N771insAP**W

c.2310_2311insGGC

p.D770_N771insG**

c.2310_2311insGGCGAC p.D770_N771insGD **c.2310_2311insGGGGA
C

p.D770_N771insGD **c.2310_2311insGGGTTA

p.D770_N771insGL**

c.2310_2311insGGCACA p.D770_N771insGT**

c.2310_2311insGGGTTT

p.D770_N771insGF**

c.2310_2311insGGT

p.D770_N771insG**

c.2290_2310dup

p.Y764_D770dup**

COSM135
54
COSM22946
COSM502
3008
COSM6920147
COSM165
1743
COSM244
34
COSM165
1744
COSM267
19
COSM6438147
COSM692
2328
COSM208
85
COSM13003
COSM6931207
COSM166
390
COSM1238031
COSM123
88
COSM489
23
COSM6845099
COSM697
7296
COSM255
205
COSM165
1745
COSM173
5761
COSM5023006
COSM3727813
COSM131552
COSM12380
COSM123
81
COSM51544
COSM1238028
COSM184
32
COSM4170223
COSM6845098
COSM229
48
unknownc.2312_2315delinsGCGTGGACAACCG

p.N771_P772delins
SVDNR

c.2311_2312insCAC

p.N771delinsTH**

c.2311_2312insCCA

p.D770_N771insT**

c.2311_2312insGCACCC p.N771delinsSTH**

c.2311_2312insGCGTCG p.D770_N771insSV
AAA
E
c.2311_2312insGTC

p.N771delinsSH_

c.2311_2312insGTGGCC p.N771delinsSGH_

表 6．BRAF 遺伝子 V600E 変異**

COSMIC ID

塩基変異

アミノ酸変化

検証範囲

COSM476c.1799T＞A

p.V600E*

COSM475c.1799_1800delinsAA
p.V600E*** 相関性試験で検証された変異。** 相関性試験で確認された変異と同じアンプリコンに存在する変異

表 7．KRAS 遺伝子 G12C 変異**

COSMIC ID
COSM516

塩基変異
c.34G＞T

アミノ酸変化
p.G12C

検証範囲***

COSM513
COSM6950486

c.34_36delinsTGC
c.33_34delinsCT

p.G12C
p.G12C***** 相関性試験で検証された変異。** 相関性試験で確認された変異と同じアンプリコンに存在する変異。

**

c.2311_2312insTGGCCA p.D770_N771insMA**
CCCCCATP
c.2312_2313insACT

p.N771delinsKL**

c.2313_2314insGTC

p.N771_P772insV**

c.2305_2313dup

p.V769_N771dup**

c.2311_2313dup

p.N771dup_**

c.2314_2315insACCACC

p.N771_P772insHH**

c.2314_2315insGGCACC p.N771_P772insRH**

c.2312_2314dup

p.N771_P772insH**

c.2316delinsAACCCCT

p.P772_H773insTP**

c.2315_2316insGACACA
CCC

p.P772_H773insTHP**

c.2307_2315dup

p.D770_P772dup**

c.2316_2317insACACCC
AACCCC

p.P772_H773insTPNP**

c.2316_2317insGTT

p.P772_H773insV**

c.2308_2316dup

p.D770_P772dup**

c.2317_2318insCTAACC
CCT

p.H773delinsPNPY**

c.2319_2320insAACCAC

p.H773_V774insNH**

c.2319_2320insACACAA
CCCCCC

p.H773_V774insTQ
PP**c.2319_2320insCAG

p.H773_V774insQ**

c.2314_2319dup

p.P772_H773dup**

c.2311_2319dup

p.N771_H773dup**

RNA（ALK 融合遺伝子、ROS1 融合遺伝子、RET 融合遺伝
子、MET 遺伝子エクソン 14 スキッピング変異）
表 8．ALK 融合遺伝子

c.2320_2321insGCAACC p.H773_V774insGN**
CCCACGPH
c.2315_2320dup

p.H773_V774insAH**

c.2316_2321dup

p.H773_V774dup**

c.2322_2323insCCACGT

p.V774_C775insPR**

c.2314_2322dup

p.P772_V774dup**

c.2317_2322dup

p.H773_V774dup**

unknown

p.D770_N771insNP**

Subtype No
menclaturePartner
Gene

Partner
Exon

ALK
Exon

Genbank/
COSMIC-I
D

E13;A20
E6;A20E6ins33;A2
0
E20;A20
E2;A20E2;ins117A
20
E13;ins69A
20
E17;ins30A
20
E17ins30;in
s65A20E20;ins18A
20
E17;ins68A
20
E15del60;del71A20E6;ins18A2
0
E17ins65;A20
E17del37;in
s39A20E6;A19E18;A20
KI17;A20
KI15;A20
KI24;A20
KL9;A20
T4;A20E6;ins30A2
0
HIP21;A20
HIP28;A20
HIP30;A20

EML4
EML4
EML4

13
6
6

20
20
20

COSF408
COSF411
COSF474

検
証
範
囲
*
*
*

EML4
EML4
EML4

20
2
2

20
20
20

COSF409
COSF478
COSF479

*
*
*

EML4

13

20

COSF1062

**

EML4

17

20

**

EML4

17

20

**

EML4

20

20

COSF730

**

EML4

17

20

COSF732

**

EML4

15

20

EML4

6

20

EML4

17

20

**

EML4

17

20

*

EML4
EML4
KIF5b
KIF5b
KIF5b
KLC1
TFG
EML4

6
18
17
15
24
9
4
6

19
20
20
20
20
20
20
20

COSF1296
COSF487
COSF1257
COSF1381
COSF1058
COSF1276
COSF424

*
*
*
*
*
*
*
**

HIP1
HIP1
HIP1

21
28
30

20
20
20

COSF1615
COSF1620
COSF1712****
COSF1544*** カスタムオリゴまたは相関性試験で確認されたタイプ。** カス
タムオリゴまたは相関性試験と同じプライマーセットにより確認されたタイプ。

表 9．ROS1 融合遺伝子
Nomencla
PartnerPartnerGene
ture
Exon
SL4;R32 SLC34A2:4 4
CD6;R32 CD74:6
6* 相関性試験で検証された変異。** 相関性試験で確認された変異と同じアンプリコンに存在する変異。

4/7

ROS1
exon
32
32

COSMICCOSF1197
COSF1202

検証
範囲
*
*

SD2;R32
SD4;R32
SL4;R34
CD6;R34
EZ10;R34
TP8;R35
LR16;R35
GO8;R35
GO4;R36
CC6;R34
KD4;R34
CD4;R33

SDC4:2
SDC4:4
SLC34A2:4
CD74:6
EZR:10
TPM3:8
LRIG3:16
GOPC:8
GOPC:4
CCDC6:6
KDELR2:4
CD74:4

2
4
4
6
10
8
16
8
4
6
4
4

32
32
34
34
34
35
35
35
36
34
34
33

COSF1265
COSF1278
COSF1198
COSF1200
COSF1267
COSF1273
COSF1269
COSF1139
COSF1188

表 13．各変異の閾値 (RNA)
検出閾値(Absolute
遺伝子
Count）ALK 融合遺伝子11
ROS1 融合遺伝子
8
RET 融合遺伝子
10
MET 遺伝子エクソン
314 スキッピング変異

*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*
*

機能

1

表 10．RET 融合遺伝子

K15;Ret12

Partner
Gene
KIF5B

Partner
Exon
15

RET
exon
12

COSF1233

検証範囲*

K16;Ret12
K22;Ret12

KIF5B
KIF5B

16
22

12
12

COSF1610
COSF1254**

K23;Ret12
K24;Ret8

KIF5B
KIF5B

23
24

12
12

COSF1235
COSF1242**

K24;Ret11
CC1;Ret12

KIF5B
CCDC6

24
1

11
12

COSF1263
COSF1272**

NC9;Ret12
K15;Ret11

NCOA4
KIF5B

9
15

12
11

COSF1492
COSF1256**COSMIC2

3* カスタムオリゴまたは相関性試験で確認されたタイプ。** カス
タムオリゴまたは相関性試験と同じプライマーセットにより確認されたタイプ。

45

表 11．MET 遺伝子エクソン 14 スキッピング変異
Subtype Nomenclature
COSMIC
METex14_skip
COSM29635 を含む 73 種類のDNA 異常が報告されている

6

MET 遺伝子エクソン 14 スキッピング変異についてはゲノムレベ
ルでは 73 種類（COSMIC database v91 2020 年 4 月 7 日及びそれまでの文献情報から選択）が報告されているが、 RNA に関しては 1 つの変異となる。

7

DNA：
本プログラムは、欠失挿入/変異の変異スコアの最大値が閾値以上であれば陽性、未満であれば陰性と判定する。
なお、EGFR エクソン 19 欠失及びエクソン 20 挿入の場
合は変異型の最大値を用いる。
閾値は以下の通り。
表 12．各変異の閾値 (DNA)
各種変異
検出閾値
EGFR e19del
0.14%
EGFR L858R
0.20%
EGFR L861Q/R
0.10%
EGFR E709X
0.10%
EGFR G719X
0.10%
EGFR S768I
0.12%
EGFR e20ins
0.54%
BRAF V600E
0.24%
KRAS G12C
0.2%

28

※文献 1

* カスタムオリゴまたは相関性試験で確認されたタイプ。** カス
タムオリゴまたは相関性試験と同じプライマーセットにより確認されたタイプNomenclature

検出閾値（変異スコア）188
32
18

陽性/陰性判定の対象となる変異及びそれぞれの機能は以下のとおりである。
項目
機能説明
EGFR エクソン
インプットされた変異スコアより陽19 欠失挿入判性、陰性を区別する変異スコアの閾定値に基づき、113 種類の欠失挿入タ
イプより最大変異スコアを示すタイ
プの陽性/陰性判定を行う。
EGFR エクソン
インプットされた変異スコアより陽20 挿入判定性、陰性を区別する変異スコアの閾値に基づき、68 種類の挿入タイプ
より最大変異スコアを示すタイプの陽性/陰性判定を行う。
EGFR L858R、
インプットされた変異スコアより陽
L861Q/R、性、陰性を区別する変異スコアの閾
E709X,
値に基づき、陽性/陰性判定を行う。
G719X、S768I
変異判定
BRAF V600E
インプットされた変異スコアより陽性、陰性を区別する変異スコアの閾値に基づき、陽性/陰性判定を行う。
KRAS G12C
インプットされた変異スコアより陽性、陰性を区別する変異スコアの閾値に基づき、陽性/陰性判定を行う。
ALK 融合遺伝
インプットされた陽性リード数およ
子、ROS1 融合
び変異スコアより該当塩基部位の変遺伝子、RET
異型の変異スコアについて、陽性、融合遺伝子
陰性を区別する陽性リード数および変異スコアの閾値に基づき、陽性/陰性判定を行う。
MET 遺伝子エ
インプットされた陽性リード数およ
クソン 14 スキ
び変異スコアより該当塩基部位の変
ッピング変異異型の変異スコアについて、陽性、陰性を区別する陽性リード数および変異スコアの閾値に基づき、陽性/陰性判定を行う。

付帯機能
変異スコア
140
200
100
100
100
120
540
240
200

本品には以下の補助機能がある。

1

2

3

※文献 1

RNA：
各遺伝子変異について、陽性リード数に対する検出閾値（Absolute Count）と変異スコアの検出閾値が設定されている。判定はそれらを用いて行う。陽性リード数の閾値（Absolute Count）を満たし、かつ変異スコア（10 万
リードあたりの変異リード数）の検出閾値を満たす場合
を陽性と判定する。

項目
QC データ・変
異スコアデータ
表示・確認機能
QC データ・変
異スコアデータ
出力機能
結果報告書出力
機能

機能説明
操作者が各 QC データ・変異スコア
データを確認したことを入力する。
報告書として出力する機能報告書として出力する機能

作動・動作原理
1.動作原理クラウド上の本プログラムは、閾値に基づき、変異スコ
アより陽性陰性判定を行う。判定結果はダウンロードすることができる。
2.提供形態
プログラム使用権の販売。

5/7

6. 本品にて陽性と判定された場合においても、偽陽性の可能性を考慮し、当該コンパニオン薬投与に際しては、性能の限界や偽陽性である場合に想定される不利益について、説明する必要がある。
7. 本品は、DNA シークエンス解析に基づき遺伝子融合を判定するため、ALK 遺伝子、ROS1 遺伝子及び RET 遺伝
子の未知の転座（リファレンスリストにない ALK 融合遺伝子、ROS1 融合遺伝子及び RET 融合遺伝子）に対しては蛍光 in situ ハイブリダイゼーション（FISH） 法や
IHC 法、PCR 法、他の NGS 法と比較して偽陰性の結果を生じる可能性がある。ALK チロシンキナーゼ阻害剤、
ROS1 チロシンキナーゼ阻害剤及び RET 受容体型チロシンキナーゼ阻害剤の適応判定補助に用いる際には、本品の特性を十分に理解した上で使用すること。
8. 細胞診検体では、腫瘍細胞が検体中に十分に出現していない可能性もあるので、腫瘍組織には遺伝子変異が存在しても検出できない可能性が考えられる。
そのため、細胞診検体による検査が先に実施され、遺伝
子変異陰性の結果が得られた場合には、可能な限り組織による検査の実施を考慮すること。
上記を踏まえ、細胞診検体による検査は組織による検査と完全に置き換わる検査ではないことを十分に理解した
うえで検査を実施すること。
9. 本品 の解 析 対象 とな る未 固 定組 織の 取扱 いに 関 して 、DNA の分解を避けるために、採取後ただちに腫瘍含有部
位を 3mm 角（1mm 角以上 5mm 角以下）に切り出し、80℃で凍結あるいは核酸分解阻害剤を含む溶液に入れて保管し、凍結組織はドライアイスを用いて輸送する。核酸分解阻害剤を用いた保管、輸送について詳しくは、製品の使用説明書に従うこと。検体の採取、保管、輸送状
況によっては DNA/RNA が分解する可能性がある。
10. 本品の変異検出原理はアンプリコンシークエンスであり、変異を含むリファレンスにアライメントしたものを変異として検出する原理である。一部の変異は相関性試
験において検出が確認されていないため、結果の解釈には留意すること。なお、相関性試験で検出された変異と同じアンプリコンに存在する変異については、正しく塩基配列が読めていることは明らかであり、同一アンプリ
コン上の他の変異も検出できる蓋然性が高い。

【使用目的又は効果】
本品は、下表の医薬品の非小細胞肺がん患者への適応判定の補助を目的として、対応する遺伝子変異等を検出する。
遺伝子変異等
関連する医薬品
EGFR 遺伝子変異
ゲフィチニブ、エルロチニブ塩
酸塩、アファチニブマレイン酸
塩、オシメルチニブメシル酸塩
BRAF 遺伝子 V600E 変
ダブラフェニブメシル酸塩及び異
トラメチニブジメチルスルホキ
シド付加物
KRAS 遺伝子 G12C 変異ソトラシブ
ALK 融合遺伝子
クリゾチニブ、アレクチニブ塩
酸塩、ブリグチニブ
ROS1 融合遺伝子
クリゾチニブ
MET 遺伝子エクソン 14
テポチニブ塩酸塩水和物
スキッピング変異RET 融合遺伝子
セルペルカチニブ【使用方法等】
1. 医療従事者は、解析担当者より変異解析終了のメール通知を受信する。
2. メール通知を受領した医療従事者は、ネットワークを通じて変異スコアデータ、QC データを確認する。
この際、医療従事者はクラウド上のサーバーへのログイ
ンのためにあらかじめ発行されたユーザー名及びパスワード（ログイン用ユーザー名及びパスワード）を用いて、認証を行う。
3. 医療従事者は、変異スコアに基づく陽性陰性判定を本プ
ログラムに指示する。
4. 結果報告書をダウンロードする。
5. クライアントの要件等
Windows (Windows10 を推奨) を用いる。

【使用上の注意】
重要な基本的注意
1. 本品の目的は、EGFR チロシンキナーゼ阻害剤、BRAF
阻害剤、KRAS G12C 阻害剤、ALK チロシンキナーゼ阻害剤、ROS1 チロシンキナーゼ阻害剤、RET 受容体型チ
ロシンキナーゼ阻害剤、及び MET 阻害剤投与に関して、医師への補助的情報提供にある。
本遺伝子解析プログラムの結果だけで判断せずその他の医療情報と共に総合的に判断すること。
2. 本検査は、非小細胞肺癌患者から手術又は生検により採取された組織（FFPE 組織、未固定組織又は細胞診）を検体とする。FFPE 組織は、腫瘍を含有するブロックからスライド 10 枚（厚さ 4～5 µm）を準備する。未固定
組織（1mg、1mm 角以上の腫瘍含有部位）は採取直後に凍結もしくは核酸保存液が入った容器にて保管する。細胞診（1mg 以上）は、検体採取後に核酸分解阻害剤が入った容器にて保管する。
3. 本品を EGFR チロシンキナーゼ阻害剤（ゲフィチニブ、
エルロチニブ塩酸塩、アファチニブマレイン酸塩又はオ
シメルチニブメシル酸塩）、BRAF 阻害剤（ダブラフェニ
ブメシル酸塩及びトラメチニブジメチルスルホキシド付加物）、KRAS G12C 阻害剤（ソトラシブ）、ALK チロシ
ンキナーゼ阻害剤（クリゾチニブ、アレクチニブ塩酸塩
又はブリグチニブ）、ROS1 チロシンキナーゼ阻害剤（クリ ゾ チ ニ ブ ）、 RET 受 容 体 型 チ ロ シ ン キ ナ ー ゼ 阻 害 剤（セルペルカチニブ）、MET 阻害剤（テポチニブ塩酸塩
水和物）の適応を判定するための補助として用いる場合には、当該薬剤の本邦における最新の添付文書を参照の
うえ使用すること。
4. 検体（FFPE 組織、未固定組織又は細胞診）の保管及び輸送については、それぞれに関して適切な保存条件を維持すること。
5. 本品のカットオフ値（閾値）は、本添付文書の表 12 及び表 13 を参照。尚、本品の性能には限界がある。

その他の注意1. 性能(1) 相関性試験（肺癌組織 FFPE 検体 EGFR 遺伝子）
既承認体外診断用医薬品（PCR 法）と本品の性能を評価した（表 14）。全症例数 150（陽性 80 例、陰性 70例）。陽性一致率 100%、陰性一致率 91.8%であった。
表 14．相関性試験（肺癌組織 FFPE 検体 EGFR 遺伝子）
PCR 法 陽性PCR 法 陰性コンパクトパネル陽73
7
性
コンパクトパネル陰
0
70
性
一致率
1.000
0.909
95%信頼区間 (下限)
0.955
0.822
95%信頼区間 (上限)
1.000
0.963
※文献 1

(2) 相関性試験（肺癌組織 FFPE・未固定検体 BRAF 遺伝
子 V600E 変異）
既承認高度管理医療機器（NGS 法）と本品の性能を比較評価した（表 15）。全症例数 147（陽性 77 例、陰性
70 例）。陽性一致率 100.0%、陰性一致率 100.0%であった。
表 15 ． 相 関 性 試 験 （ 肺 癌 組 織 FFPE ・ 未 固 定 検 体
BRAF 遺伝子 V600E 変異）
NGS 法 陽性NGS 法 陰性コンパクトパネル陽
77
0
性

6/7

コンパクトパネル陰性
一致率
95%信頼区間 (下限)
95%信頼区間 (上限)

0

70

1.000
0.953
1.000

1.000
0.949
1.000

表 19．相関性試験（肺癌組織 FFPE・未固定検体 RET
融合遺伝子）NGS 法 陽性NGS 法 陰性コンパクトパネル陽
79
0性
コンパクトパネル陰
1
70
性
一致率
0.988
1.000
95%信頼区間 (下限)
0.932
0.949
95%信頼区間 (上限)
1.000
1.000

※文献 1

(3)相関性試験（肺癌組織 FFPE・未固定検体 KRAS 遺伝
子 G12C 変異）
既承認体外診断用医薬品（PCR 法）と本品の性能を比較評価した（表 16）。全症例数 100（陽性 49 例、陰性
51 例）。陽性一致率 100.0%、陰性一致率 100.0%であっ
た。

※文献 1

(7)相関性試験（肺癌組織 FFPE 検体 MET 遺伝子エクソン 14 スキッピング変異）
既承認体外診断用医薬品（NGS 法）を用いた試験法本品の性能を評価した（表 20）。全症例数 99（陽性 49 例、
陰性 50 例）。陽性一致率 98.0%、陰性一致率 100.0%であった。

表 16 ． 相 関 性 試 験 （ 肺 癌 組 織 FFPE ・ 未 固 定 検 体
KRAS 遺伝子 G12C 変異）
PCR 法 陽性PCR 法 陰性コンパクトパネル陽
49
0性
コンパクトパネル陰
0
51
性
一致率
1.000
1.000
95%信頼区間 (下限)
0.928
0.930
95%信頼区間 (上限)
1.000
1.000

表 20．相関性試験（肺癌組織 FFPE 検体 MET 遺伝子
エクソン 14 スキッピング変異）
対照法 陽性対照法 陰性
コンパクトパネル陽
48
0性
コンパクトパネル陰
1
50
性
一致率
0.980
1.000
95%信頼区間 (下限)
0.892
0.929
95%信頼区間 (上限)
1.000
1.000

※文献 1

(4)相関性試験（肺癌組織 FFPE 検体 ALK 融合遺伝子）
既承認体外診断用医薬品（immunohistochemistry；IHC法）を用いた試験法、及び既承認体外診断用医薬品（Fluorescence in situ hybridization；FISH 法）を用いた試験法本品の性能を評価した（表 17）。全症例数 733
例。陽性一致率 96.7%、陰性一致率 98.4%であった。

※文献 1【承認条件】

表 17．相関性試験（肺癌組織 FFPE 検体 ALK 融合遺伝子）
陽性 IHC+陰性 IHC-/IHC+FISH+
FISHコンパクトパネル陽
29
11
性
コンパクトパネル陰
1
692
性
一致率
0.967
0.984
95%信頼区間 (下限)
0.828
0.972
95%信頼区間 (上限)
0.999
0.992

1. 送付された腫瘍組織検体及びこれから得られた情報について、個人情報保護に対する適切な手続き及び管理を行うとともに、不正なアクセスを防止するため最新 のセキ
ュリティ及びプライバシー保護に係る対策を講ずること。
2. 検査の品質管理については、別添申請書の備考欄に記載
したとおり行うこと。別添申請書の備考欄に記載した入力データの品質管理を変更しようとする場合（法第 23条の 2 の 5 第 15 項の厚生労働省令で定める軽微な変更である場合を除く。）は、法第 23 条の 2 の 5 第 15 項の規定に基づき、厚生労働大臣の承認を受けなければならない。なお、当該承認については、法第 23 条の 2 の 5
第 17 項、第 23 条の 2 の 6 及び第 23 条の 2 の 7 の規定が準用されることに留意されたい。

※文献 1(5) 相関性試験（肺癌組織 FFPE・凍結検体 ROS1 融合
遺伝子）
既承認体外診断用医薬品（PCR 法）を用いた試験法との相関性と本品の性能を評価した（表 18）。全症例数200。陽性一致率 99.0%、陰性一致率 99.0%であった。

【主要文献及び文献請求先】
主要文献
文献 1: Analytical performance of a highly sensitive system
to detect gene variants using next-generation
sequencing for lung cancer companion diagnostics.
Kikuya Kato, Jiro Okami, Harumi Nakamura, Keiichiro
Honma, Yoshiharu Sato, Seiji Nakamura, Yoji Kukita,
Shuichi Nakatsuka, Masahiko Higashiyama. medRxiv
2021.10.13.21264976; doi:
https://doi.org/10.1101/2021.10.13.21264976

表 18．相関性試験（肺癌組織 FFPE・凍結検体 ROS1
融合遺伝子）
PCR 法 陽性PCR 法 陰性コンパクトパネル陽
99
1
性
コンパクトパネル陰
1
99
性
一致率
0.990
0.990
95%信頼区間 (下限)
0.946
0.946
95%信頼区間 (上限)
1.000
1.000

【製造販売業者及び製造業者の氏名又は名称等】
製造販売業者：
株式会社ＤＮＡチップ研究所
神奈川県川崎市中原区新丸子東３丁目１２００
ＫＤＸ武蔵小杉ビル９階
Tel : 044-982-1213※文献 1(6) 相関性試験（肺癌組織 FFPE・未固定検体 RET 融合
遺伝子）
既承認高度管理医療機器（NGS 法）と本品の性能を比較評価した（表 19）。全症例数 150（陽性 80 例、陰性
70 例）。陽性一致率 98.8%、陰性一致率 100.0%であっ
た。

製造業者：
株式会社ＤＮＡチップ研究所
東京都港区海岸一丁目１５番１号
スズエベイディアム５階
Tel : 03-5777-1700

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