I

N

D

引
E

X

ChIP 法… ……………………………………………………… 14, 315
CIRCLE-seq 法… …………………………………………… 87, 343
Cpf1………………………………………………………… 20, 61, 301

INDEX

索

CPTS… ………………………………………………………………… 141
Cre/loxP システム… …………………………………39, 136, 139
Crispant……………………………………………………………… 235
CRISPOR… …………………………………………… 89, 255, 268

数字
2H2OP… ……………………………………………………………… 38
3 倍体… ……………………………………………………………… 355

CRISPRa（CRISPR activation）… …………………………… 319
CRISPR-Cas… ……………………………………………………… 17
CRISPR-Cas9…………………………………………… 10, 119, 251
CRISPR-Cas9 Nuclease… …………………………………… 209
CRISPR-Cas9 システムの一過的な導入と発現誘導… …158
CRISPRdirect…………………… 65, 115, 164, 226, 255, 285
CRISPRi（CRISPR interference）… ………………… 32, 319

欧文CRISPRpic… ………………………………………………………… 95

A〜C

CRISPR ガイド RNA（gRNA）ライブラリー… …………100

AAV………………………………………………… 23, 41, 151, 340

CRISTA… ……………………………………………………………… 89

AAVS1………………………………………………………………… 205
ABE（adenine base editor）…………………………… 114, 318
AID… ……………………………………………………………………112
AIDS……………………………………………………………………… 19
αヘリックス… ……………………………………………………… 18
anti-CRISPR（acr）protein……………………………………297
AsCas12a………………………………………………………………301
base editing……………………………………… 48, 113, 152, 318
BE（base editor）…………………………………………………… 113
Benchling…………………………………………………………… 255
Bisulfite 反応… …………………………………………………… 123
CAPS（Cleaved Amplified Polymorphic Sequences）……
292
CARGO 法………………………………………………………………137
CAR-T……………………………………………………………… 340
Cas9……………………………………………………………… 20, 301
Cas9D10A… ………………………………………………………… 64
Cas9 ニッカーゼ… …………………………………………… 22, 44
Cas12a… ……………………………………………………… 61, 301
Cas13a… ………………………………………………………… 13, 61
Cas-OFFinder… …………………………………………………… 89
CCR5… ……………………………………………………………… 340
Cel-1 アッセイ… …………………………………… 291, 335, 367
ChIP-seq 法…………………………………………………………… 87

CRISPR-STOP… …………………………………………………… 32
CRISPR 診断（CRISPR-Dx）… ………………………………… 62
crRNA……………………………………………… 20, 74, 251, 321

D〜F
dCas9… ………… 13, 23, 87, 113, 119, 129, 310, 319, 372
Deletion…………………………………………………………………259
DETECTR………………………………………………………… 14, 62
Digenome-seq 法…………………………………………… 87, 343
DISCOVER-seq 法… ……………………………………………… 87
DNA-FISH… ……………………………………………………… 128
DNA glycosylase……………………………………………………321
DNA 切断活性欠損型 Cas9… …………………………………… 310
DNA 脱メチル化… ………………………………………………… 119
DNA バーコーディング…………………………………………… 14
DNA メチル化……………………………………………………… 125
Dnmt3a……………………………………………………………… 125
Dnmt3l… …………………………………………………………… 126
Doxycycline… ……………………………………………………… 131
DSB… …………………………………………………… 10, 26, 41, 63
DSB 修復因子… ………………………………………………………372
dsDNA… ………………………………………………………………251
enAsCas12a… …………………………………………………… 306
enChIP 法……………………………………………………………… 310
eSpCas9（1.1）… …………………………………………… 304, 374377

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ES 細胞… …………………………………………………………… 263

LbCas12a………………………………………………………………301

evoCas9……………………………………………………………… 305

lncRNA 遺伝子… …………………………………………………… 27

EvolvR… …………………………………………………………… 320

LoAD… …………………………………………………………………372

ex vivo ゲノム編集… …………………………………………… 342

lsDNA…………………………………………………………………… 41

Flox ノックインラット… …………………………………………279

MAC（mouse artificial chromosome）… ……………… 299

FnCas9… …………………………………………………………… 304

Magnet システム… ………………………………………… 139, 140

focas……………………………………………………………… 164, 285

microRNA… ……………………………………………………… 296

FokI… …………………………………………………………………… 17

miR-AcrllA4 スイッチ… …………………………………………297

G〜I
Gateway クローニングシステム… ………………………… 208
GESTALT… …………………………………………………………… 14
GGGenome…………………………………………………………… 70
Golden Gate 法……………………………………………………… 76
GUIDE-seq 法………………………………………………… 87, 343
heteroduplex mobility assay… …………………………… 221
HiFi Cas9…………………………………………………………… 305
HiFi-ZFN… ………………………………………………………… 334
HITI………………………………………………………… 11, 38, 151

miRNA… …………………………………………………………… 296
miRNA スイッチ… ……………………………………………… 296
MMEJ……………………………………………………… 27, 36, 151
MS2… …………………………………………………… 128, 155, 372
mutation… …………………………………………………………… 173
nCas9… ………………………………………………………… 113, 319
NEPA21……………………………………………………………… 254
NEUROD1… ………………………………………………………… 145
NHEJ… ……………………………… 10, 26, 37, 112, 318, 340
NHEJ 依存的変異導入… ………………………………………… 27

HMA…………………………………… 177, 221, 245, 292, 357

NG-Cas9… …………………………………………………… 115, 303

HMEJ（homology-mediated end joining）… ………………………………………………………… 36, 151, 337

oaHDR（one armed homology-directed repair）… …153

HPLC 精製……………………………………………………………… 45
HR………………………………………… 11, 35, 51, 157, 318, 374
HSF1… ………………………………………………………………… 141
HypaCas9……………………………………………………… 305, 374
ICE… ……………………………………………………………………197
iChIP 法……………………………………………………………… 309
i-GONAD 法… ……………………………………………………… 47
ImageJ… ………………………………………………………………135
Imaris……………………………………………………………………136
in-cell enChIP 法…………………………………………………… 310
indel…………………………………………… 51, 63, 112, 259, 318
In-Fusion……………………………………………………………… 80
in planta 法………………………………………………………… 285
in vitro enChIP 法… ……………………………………………… 310
iPS 細胞… ………………………………………… 64, 145, 184, 205

NMD… ……………………………………………………………… 265
ObLiGaRe……………………………………………………………… 38
one hybrid 法………………………………………………………… 19

P〜S
p53 遺伝子… ……………………………………………………… 343
p65… …………………………………………………………………… 141
PA-Cas9…………………………………………………………………139
PA-Cpf1…………………………………………………………………139
PA-Cre… ………………………………………………………………139
PAGE… ………………………………………………………………… 45
PAM…………… 20, 43, 61, 63, 67, 76, 114, 236, 301, 321
PCR-RFLP… …………………………………………………………291
PCR ジェノタイピング… …………………………………………212
PEG… …………………………………………………… 158, 322, 351
PGC（primordial germ cell）… …………………………… 364

K〜O

PiggyBac… …………………………………………………………… 39

KI… ………………………………………………………………………259

PITCh designer………………………………………………… 31, 80

KRAB… ……………………………………………………………… 126
Laminin 511… ………………………………………………………132

378

miR-Cas9 スイッチ……………………………………………… 296

完全版

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PITCh……………………………………………………… 29, 36, 151
PITCh-KIKO 法……………………………………………………… 29
Platinum TALEN…………………………………… 327, 334, 365

ゲノム編集実験スタンダード

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TALEN（TALE nuclease）… …………………10, 17, 112, 209

PP7… ………………………………………………………………… 128

Target-AID… ………………………………………………… 113, 318

PPR（pentatrico peptide repeat）……………………………154

Target-G… ……………………………………………………………321

prime editing……………………………………………… 16, 39, 48

TET1… ………………………………………………………………… 119

Puromycin… …………………………………………………………132

TIDE……………………………………………………………… 47, 263

pX330…………………………………………………………………… 74

tracrRNA… ……………………………………… 20, 74, 251, 321

pX330-U6-Chimeric_BB-CBh-hSpCas9……………… 365

TREE… …………………………………………………………………372

Rat KSOM…………………………………………………………… 269

TTTT 配列……………………………………………………………… 69

RFLP… ………………………………………………………… 44, 292

tyrosinase…………………………………………………………… 248

R-loop 構造…………………………………………………………… 113

U6 核内低分子 RNA…………………………………………………160

RNA ポリメラーゼ… ………………………………………………129

UGI（uracil DNA glycosylase inhibitor）………………… 116

RNP（ribonucleoprotein）………………… 15, 192, 235, 322

VIKING… ……………………………………………………………… 38

ROLEX システム… …………………………………………………132

VIVO（verification of in vivo off-targets）……………… 87

RVD（repeat variable diresidue）…………………………… 19

VP64… ………………………………………………………………… 141

SaCas9… ……………………………………………………… 24, 301

vSLENDR 法………………………………………………………… 151

SALL1 遺伝子……………………………………………………… 325

WeReview……………………………………………………………… 89

SAM………………………………………………………………………372

Xanthomonas………………………………………………………… 19

SATI……………………………………………………………… 38, 152

xCas9… ……………………………………………………………… 304

SDN-1………………………………………………………………51, 117

ZFN… ……………………………………………………… 10, 17, 112

SDN-2…………………………………………………………………… 51

ZF アレイ… …………………………………………………………… 18

SDN-3…………………………………………………………………… 51

ZF ドメイン…………………………………………………………… 18

INDEX

polymorphism… …………………………………………………… 173

SDSA（synthesis-dependent strand annealing）… … 182
sgRNA（single guide RNA）……………… 20, 42, 129, 235
sgRNA2.0……………………………………………………………… 143
SHERLOCK……………………………………………………… 14, 61
SNGD… …………………………………………………………… 38, 63
Sniper-Cas9… …………………………………………………… 305
SNP… …………………………………………………………………… 41
SpCas9… …………………………………………… 18, 74, 86, 301
SpCas9-HF1… ……………………………………… 23, 304, 374
SpCas9-NG…………………………………………………… 115, 303
Split-CPTS2.0… ……………………………………………………139
split-dCas9… …………………………………………………………140
SSA（single-strand annealing）修復……………… 36, 365
ssDNA…………………………………………………………… 41, 251
ssODN……………………………………………………… 41, 173, 189
SST-R………………………………………………………… 11, 38, 41
SunTag… ……………………………………………………… 119, 372
S 化オリゴ DNA……………………………………………………… 44

T〜Z
T7E1 アッセイ… ……………………………………………………186

和文
あ行
青色 LED… …………………………………………………………… 143
アカゲザル… …………………………………………………………332
アグロバクテリウム………………………………………… 282, 351
アデノ随伴ウイルス…………………… 23, 41, 151, 205, 340
アフリカツメガエル……………………………………………… 235
アホロートル… …………………………………………………… 235
アレルゲン性… …………………………………………………… 362
アンプリコンシークエンス法…………………………… 90, 247
移植用臓器… ……………………………………………………… 325
一塩基多型… ………………………………………………………… 39
一本鎖 DNA ドナー… ……………………………………………… 41
遺伝型…………………………………………………………………… 99
遺伝子型解析… ………………………………………………………277
遺伝子組換え生物…………………………………………………… 50
遺伝子座特異的 ChIP 法…………………………………………… 310379

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遺伝子ターゲティング… ………………………………………… 317

形質転換………………………………………………………… 285, 349

遺伝子治療… ………………………………………………… 24, 340

ゲゲゲノム… ………………………………………………………… 70

遺伝子導入… ……………………………………………………… 205

欠失… …………………………………………………………………… 12

遺伝子ドライブ… …………………………………………………… 50

欠失型遺伝子破壊………………………………………………… 355

遺伝子ノックアウト…………………………………… 11, 26, 333

欠失挿入………………………………………………………………… 318

遺伝子ノックイン………………………… 11, 34, 74, 151, 337

ゲノム編集効率… ………………………………………………… 264

イネ… ……………………………………………………………282, 348

ゲノム編集治療… …………………………………………………… 151

イベリアトゲイモリ……………………………………………… 235

ゲノム編集ツール…………………………………………………… 13

イメージング… ………………………………………………………130

ケミカル・スクリーニング…………………………………… 234

エピゲノム編集… ……………………………………… 13, 32, 119

限界希釈法… ………………………………………………… 184, 198

エピジェネティクス………………………………………………… 119

抗 CRISPR タンパク質… …………………………………………297

エレクトロポレーション… ………………… 46, 179, 186, 192, 209, 257, 270, 322

高次ゲノム構造… ………………………………………………… 128

塩基置換………………………………………………………………… 32
塩基編集………………………………………………………… 113, 318
オールインワン CRISPR-Cas9 ベクター…………………… 81
オフターゲット… ……………… 21, 27, 35, 65, 86, 117, 143,………………………………… 237, 255, 343, 360, 374
オリゴ DNA…………………………………………………………… 41

個体標識……………………………………………………………… 360
骨格筋………………………………………………………………… 360
コモンマーモセット…………………………………………………332
ゴールデンゲートクローニング法… ……………………… 287
コンディショナルノックアウト… …………………………… 31

オンターゲット… ……………………………………………… 65, 90

さ行

か行

細胞毒性………………………………………………………… 21, 318

蚊… ……………………………………………………………………… 56

サザンブロッティング… ………………………………………… 214

ガイド RNA の設計… ……………………………………………… 65
改変型 Cas9…………………………………………………………… 374
科間細胞融合… ……………………………………………………… 51
家禽… ………………………………………………………………… 364
核型… …………………………………………………………………… 173
拡散防止措置… ……………………………………………………… 53
片アレル改変… …………………………………………………… 336
カニクイザル… ………………………………………………………332
カルス………………………………………………………………… 289
カルタヘナ法… ……………………………………………… 50, 347
幹細胞…………………………………………………………………… 174
偽妊娠雌ラット… ……………………………………………………271
キメラ胚……………………………………………………………… 326
逆位… …………………………………………………………………… 12筋ジストロフィー………………………………………………… 342
クラスター解析… ………………………………………………… 360
クローン化… …………………………………………………… 47, 210
クロマチン免疫沈降法… ………………………………………… 311
蛍光タンパク質… ……………………………………………………129

380

完全版

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サイレント変異… ……………………………… 43, 177, 253, 261
サブクローニング……………………………………………………198
サブクローン… ………………………………………………………185
サンガーシークエンス… …………………………… 46, 187, 195
サンガモ社… ………………………………………………………… 19
シークエンシング……………………………………………………213
ジェノタイピング……………………………………… 46, 81, 245
シグナル・ノイズ比…………………………………………………136
始原生殖細胞… …………………………………………………… 364
糸状菌…………………………………………………………………… 157
次世代シークエンサー… …………… 87, 235, 309, 323, 343
自然交配……………………………………………………………… 256
シチジン脱アミノ化酵素… ………………………………………112
疾患治療………………………………………………………………… 15疾患モデル生物… …………………………………………… 16, 234
ジャガイモ… …………………………………………………………352
受精卵…………………………………………………………… 47, 239
順遺伝学的手法… …………………………………………………… 99
植物… …………………………………………………………… 282, 347
初代培養細胞… ……………………………………………………… 174
シロイヌナズナ… ………………………………………………… 282

ゲノム編集実験スタンダード

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転写活性化ドメイン………………………………………………… 141

人工 DNA 結合分子… …………………………………………… 309

転写の抑制… ………………………………………………………… 32

人工染色体… ……………………………………………………… 299

凍結融解胚… …………………………………………………………257

腎臓欠損……………………………………………………………… 325

統合 TV… ……………………………………………………………… 70

スクリーニング… …………………………………………………… 99

動物実験 3R………………………………………………………… 336

制限酵素断片長多型………………………………………………… 44

動物性集合胚… ………………………………………………………331

生殖細胞キメラ… ……………………………………………………369

特許… …………………………………………………………………… 24

生存・増殖… …………………………………………………………100

ドナープラスミド………………………………………………… 208

生態系………………………………………………………………… 362

トマト……………………………………………………………282, 348

生物多様性条約… …………………………………………………… 50

ドミナントネガティブ… ……………………………………… 335

接合… ………………………………………………………………… 322

トラフグ……………………………………………………………… 355

セーフ・ハーバー………………………………………………… 205

トランスジェニックマーモセット… ……………………… 333

ゼブラフィッシュ………………………………………………… 221

トランスジェニックマウス…………………………………… 265

セルソーティング………………………………………………… 200

トランスポゾン型 CRISPR… …………………………………… 48

セルフクローニング………………………………………………… 51
染色体再編… ………………………………………………………… 12

な行

染色体操作… ……………………………………………………… 355

内在性 CRISPR… ……………………………………………………321

選抜カセット… ……………………………………………………… 39
選抜マーカー遺伝子………………………………………………… 317
臓器作製……………………………………………………………… 325
ソーティング… ……………………………………………… 100, 184
相同組換え… …………………… 51, 151, 222, 318, 333, 374
相同組換え修復… ……………………………………………………182
創薬… …………………………………………………………………… 15

た行
体外受精……………………………………………………………… 256
体外培養システム……………………………………………………369
体細胞クローニング……………………………………………… 326
体細胞核移植… …………………………………………………… 326
代謝物改変… ……………………………………………………… 348
ダイズ………………………………………………………………… 348
多型… …………………………………………………………………… 173
脱アミノ化… …………………………………………………………112
多様性……………………………………………………………………361
長鎖一本鎖 DNA… …………………………………………………272
重複… …………………………………………………………………… 12
通常育種…………………………………………………………………361
デアミナーゼ… ……………………………………………… 32, 318
デアミナーゼ型ゲノム編集……………………………………… 318
転座… …………………………………………………………………… 12
電子タグ…………………………………………………………………357

INDEX

シングルクロスオーバー… ……………………………………… 170

ナチュラルオカレンス… ………………………………………… 51
ナンセンス変異依存 mRNA 分解機構… ………………… 265
二種告示………………………………………………………………… 51
二種省令………………………………………………………………… 51
ニッカーゼ… ………………………………………………… 63, 268
ニック……………………………………………………………… 22, 63
二本鎖切断… ……………………………………………… 10, 26, 41
日本ゲノム編集学会………………………………………………… 16
ニワトリ……………………………………………………………… 364
ヌクレアーゼ… ……………………………………………………… 318
ヌクレアーゼ型ゲノム編集……………………………………… 318
ヌルセグリガント…………………………………… 53, 292, 347
ネッタイツメガエル……………………………………………… 235
農作物……………………………………………………………………347
農水畜産作物… ……………………………………………………… 15
ノックイン… ………………………………………………… 41, 278
ノックイン用ドナー DNA……………………………………… 268

は行
胚操作フリー遺伝子改変マウス… …………………………… 47
胚盤胞補完… ……………………………………………………… 325
培養細胞………………………………………………………… 46, 173
パーティクルガン…………………………………………… 322, 353
光操作…………………………………………………………… 31, 139
非侵襲的イメージング… ……………………………………… 338381

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ヒストンのエピゲノム編集…………………………………… 126

マウス人工染色体………………………………………………… 299

微生物…………………………………………………………………… 15

マウス胚性幹細胞……………………………………………………130

微生物育種… ………………………………………………………… 317

マダイ………………………………………………………………… 355

非相同末端結合… ………………………… 10, 26, 221, 337, 374

マニピュレーター………………………………………………… 254

非相同末端修復… …………………………………………… 112, 318

マーモセット… ………………………………………………………332

ヒト化薬物動態モデルマウス………………………………… 299

ミオスタチン遺伝子……………………………………………… 355

ヒト化薬物動態モデルラット………………………………… 299

ムコ多糖症… ……………………………………………………… 342

ヒト化ラット作製技術… ……………………………………… 299

メダカ………………………………………………………………… 221

ヒートショック… ………………………………………………… 322

メタゲノム… ……………………………………………………… 323

ヒト培養細胞… ……………………………………………………… 46

メタボローム解析………………………………………………… 360

非分裂細胞… ………………………………………………… 41, 151

免疫原性……………………………………………………………… 345

病害抵抗性… ……………………………………………………… 348

網羅的同定… ………………………………………………………… 99

表現型…………………………………………………………………… 99

モザイク………………………………………………………… 263, 329

表現型解析… ……………………………………………………… 265

モザイク変異… …………………………………………………… 335

標準ドライブ法… …………………………………………………… 56

モデル動物… …………………………………………………………332

標的遺伝子ノックアウト… …………………………………… 333
標的遺伝子ノックイン… …………………………………………337

や行

ファージディスプレー法… ……………………………………… 19

薬剤耐性カセット…………………………………………………… 29

ファウンダー（F0）変異マウス… ………………………… 265
不死化細胞… ………………………………………………………… 174
ブタ… ………………………………………………………………… 325
プラスミドドナー……………………………………………… 34, 74
フレームシフト… ………………………………………………… 362
プローブ…………………………………………………………………215
プロトスペーサー配列… ………………………………………… 20
プロトプラスト… …………………………………………… 158, 351
ヘテロダイマー… …………………………………………………… 21
ヘテロ二本鎖移動度分析… ……………… 177, 221, 292, 357
変異… …………………………………………………………………… 173
変異細胞ライブラリー… …………………………………………105
ホーミングエンドヌクレアーゼ… …………………………… 56
ホメオログ… ……………………………………………………… 236
ホモノックイン… …………………………………………………… 48
ホモロジーアーム……………………………………………… 35, 45
ポリエチレングリコール… ……………………… 158, 322, 351

ま行

誘導型ノックアウト………………………………………………… 31
養殖魚………………………………………………………………… 355
抑制ドライブ法… …………………………………………………… 56

ら行
ライセンス料… ……………………………………………………… 24
ライブラリーのカバー率… ………………………………………100
ラット……………………………………………………………………267
卵黄膜……………………………………………………………………357
卵管内受精卵移植……………………………………………………276
卵管内胚移植… ………………………………………………………259
ランダム変異… ………………………………………………………321
リポフェクション…………………………………… 46, 186, 335
両アレル改変… …………………………………………………… 336
両生類………………………………………………………………… 235
霊長類…………………………………………………………… 14, 332
レポーター遺伝子…………………………………………………… 29
レンチウイルスベクター… ………………………………………100

マイクロインジェクション……… 229, 238, 257, 270, 356
マイクロホモロジー…………………………………… 28, 82, 221
マイクロホモロジー媒介修復……………………………………359
マイクロホモロジー媒介末端結合… …………… 11, 27, 221
マウス受精卵… …………………………………………………47, 251

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