データシート
NBRC微生物DNAカクテル（NBRC Microbial DNA Cocktail）
製品

名

ロット番号

DNA-Mock-002
210801KD

1. 仕様

2. 検証結果（ロット番号：210801KD）

・内容量・濃度・保存溶媒
・保存形態
・構成

30 µL
55.1 ng/ µL
10 mM Tris-HCl (pH8.5)－80℃
本製品は、NBRCが保有する微生物株のうち、15株のゲノムDNAを使用し、それぞれのゲノムDNAのコピー数を等量となるように混合したものです。

2-1. DNAサイズと濃度、精製度の確認
本ロットのDNAカクテルを、アガロースゲル電気泳動およびDNA濃度と精製度の測定に用いました。
図1 アガロースゲル（1%）電気泳動
Lane 1: marker 1
Lane 2: marker 2
Lane 3: 210801KD※1

表1 DNA-Mock-002の作製に使用した微生物株の情報

NBRC番号グラム染色

ゲノムサイズ(Mbp)

Bacillus subtilis13719T

陽性

4.343.3

101

Bifidobacterium pseudocatenulatum

113353

陽性

2.3

56.4

51

Clostridium butyricum13949T

陽性

4.7

28.7

111

Corynebacterium striatum

15291T

陽性

3.1

59.1

41*

Cutibacterium acnes subsp. acnes

113869陽性

2.660.031*Enterocloster clostridioformis

113352

陽性

5.748.951*

Lactobacillus delbrueckii

3202

陽性

1.950.1

81

Staphylococcus epidermidis

113846陽性

2.532.1

61*

Streptococcus mutans

13955T陽性

2.036.9

51*

Acinetobacter radioresistens

102413T

陰性

3.4

41.4

61*Bacteroides uniformis

113350陰性

5.046.241*

Comamonas terrigena

13299T

陰性

4.765.071*

Escherichia coli

3301

陰性

4.850.871Parabacteroides distasonis

113806陰性

5.245.071*

Pseudomonas putida

14164T

陰性

6.262.371*

学名

バイオGC
16S rRNA
セーフティ
含量(%) コピー数レベル※1：本製品に使用した微生物はNBRCにおいて品質確認されたもので、個別に購入できます。

表2 DNAの濃度・精製度
210801KD
ng/µL※2

55.1±1.8260/280※3

1.88±0.0260/230※3

2.22±0.0※2：Quant-iT™ PicoGreen™ dsDNA Assay Kit（Thermo Fisher Scientific社）を用いて測定した、DNAカクテルの平均濃度と標準偏差（n=3）。
※3：NanoDrop2000c （Thermo Fisher Scientific社）で測定した、各波長（nm）の吸光度比の平均と標準偏差（n=3）。

2-2. 各株の検出割合
日本マイクロバイオームコンソーシアム（JMBC）から公開されているSOP※4 に従い、 SMARTer ThruPLEX DNA-Seq Kit（タカラバイオ社）を用いてライブラリー調製を行い、MiSeqシステム（Illumina社）によるショットガンシーケンス解析を行いました。
表3 ショットガンシーケンス解析による15株の検出割合
NBRC番号

理論値 (%)

各株の検出割合(%)※5Bacillus subtilis

13719T

6.7

6.1±0.0

Bifidobacterium pseudocatenulatum

1133536.7

6.3±0.1

Clostridium butyricum13949T

6.7

5.2±0.2

Corynebacterium striatum

15291T

6.7

7.7±0.1

Cutibacterium acnes subsp. acnes

1138696.7

6.9±0.1

Enterocloster clostridioformis

1133526.7

6.7±0.0

Lactobacillus delbrueckii

3202

6.7

7.0±0.1

Staphylococcus epidermidis

1138466.7

5.6±0.1

Streptococcus mutans

13955T

6.7

8.8±0.1

Acinetobacter radioresistens

102413T

6.7

6.7±0.1

Bacteroides uniformis

1133506.7

6.4±0.0

Comamonas terrigena

13299T

6.7

6.6±0.1

Escherichia coli

3301

6.7

6.4±0.0

Parabacteroides distasonis

1138066.7

6.7±0.1

Pseudomonas putida

14164T

6.76.8±0.1

学名※4：https://jmbc.life/news/images/2021.06.30.pdf※5：ショットガンシーケンス解析による各株の検出割合の平均と標準偏差（n=3）。

3. 使用例

4. 取り扱いの注意事項

16S rRNA遺伝子の可変領域であるV1V2領域※6とV4領域※7を対象に、DNAカクテルを用いてMiSeqシステムによるメタ16S解析を行いました。

・別紙の、NBRC微生物カクテルの提供と使用に関する同意書（以下同意書）を必ず一読し、同意書に定める利用条件に従い本製品をご使用ください。

表4 16S rRNA遺伝子を対象にしたメタ16S解析

・利用者は、本製品をヒト（治療、診断、飲食物、その他）に直接使用しないでください。

NBRC番号

理論値(%)※8V1V2領域(%)※9V4領域(%)※9Bacillus subtilis

13719T

10.5

8.0±0.7

9.7±1.1

Bifidobacterium pseudocatenulatum113353

5.3

4.2±0.3

5.9±0.3

T

13949

11.6

16.1±0.3

17.2±1.0

Corynebacterium striatum

T

15291

4.2

4.1±0.1

3.4±0.1

Cutibacterium acnes subsp. acnes

1138693.2

3.7±0.0

1.0±0.1

Enterocloster clostridioformis

1133525.3

5.0±0.1

5.9±1.1

Lactobacillus delbrueckii

3202

8.4

9.1±0.1

8.8±0.3

Staphylococcus epidermidis

1138466.3

5,8±0.2

7.0±0.0

Streptococcus mutans

13955T

5.3

6.3±0.1

7.0±0.6

Acinetobacter radioresistens

102413T

6.3

5.3±0.1

6.3±0.3Bacteroides uniformis

1133504.2

5.1±0.0

5.2±0.1

Comamonas terrigena

13299T

7.4

4.2±0.5

3.1±0.1

Escherichia coli

3301

7.4

5.9±0.4

7.2±0.3

Parabacteroides distasonis

1138067.4

9.0±0.1

3.0±0.3T

7.4

8.3±0.1

9.3±0.1

学名

Clostridium butyricum

Pseudomonas putida

14164

・本製品は、生物又は生体物質であり性質が変化すること、欠陥を持つ可能性や潜在的な危険性があることを認識し、適切な設備のもと知識および技術のある方がお取り扱いください。
・本製品から、複製物の作製をしないでください。
・本製品を、有償で第三者に提供又は分与をしないでください。また、同意書の利用条件に違反しない限り、本製品を第三者にご利用いただくことができます。この場合、利用者は第三者に同意書の内容を厳守してもらい、責任は利用者にかかります。

・利用者は、本製品の利用により得られた成果を公表する場合には、NBRCから本製品の提供を受けた旨を公表データに記載し、公表後にNBRCにその情報をお知らせください。
・本製品を同意書等に基づいて、商業的に利用した場合は、実施後NBRCにその情報をお知らせください。（事前にNBRCが認めた場合は除く。）
・提供した本製品が雑菌混入などNBRCの責任による不具合の場合は、原則として発送後60日以内に連絡をいただければ、同一NBRC微生物カクテル又はそれに相当するNBRC微生物カクテルを1回に限り無償で利用者に送付いたします。
・再凍結をすると菌株が劣化します。その場合の品質の保証はいたしかねます。

※6：V1V2領域のプライマー：27Fmod (5’- AGRGTTTGATYMTGGCTCAG -3’), 338R (5’- TGCTGCCTCCCGTAGGAGT -3)(Kim SW et al., DNA Res., (2013) 20:241-253)※7：V4領域のプライマー：515Fmod (5’- GTGYCAGCMGCCGCGGTAA -3’), 806Rmod (5’- GGACTACNVGGGTWTCTAAT -3’)
(Parada AE et al., Environ. Microbiol., (2016) 18:1403-1414)(Apprill A et al., Aquat. Microb. Ecol., (2015) 75:129-137)※8：16S rRNA遺伝子のコピー数の割合。
※9：メタ16S解析による各株の検出割合の平均と標準偏差（n=3）。

図2 メタ16S解析結果

V4

V1V2
お問い合せ先独立行政法人 製品評価技術基盤機構（NITE）
バイオテクノロジーセンター（NBRC）生物資源利用促進課（NBRC微生物カクテル担当）

理論値
0%

10%

20%

30%

40%

50%

60%

70%

80%

13719T

11335313949T

15291T

1138691133523202

13955T

10241311335013299T

3301

11380614164T

90%

100%

113846〒292-0818 千葉県木更津市かずさ鎌足２-５-８
TEL.0438-20-5763 FAX.0438-52-2329 ✉mock@nite.go.jp
ver. 20240219