索 引

10 塩基〜数十塩基程度の短い塩基配列の検索 …………………… 113

イラストをだれでも自由に閲覧・利用できる ……………………… 84

2 群間比較 ………………………… 28

インデル………………………… 134
インデルパターン……………… 128

和 文
あ●アミノ酸置換…………………… 232
アミノ酸配列から，相同タンパク質と他の分子との結合状態の立体構
造データを検索できる ……… 154
アラインメント………………… 110
新たな略語をつくろうとしたとき，その略語がすでに存在しているかどうかを調べる ………………… 72
ある略語が最初に文献に登場した時期を知る ……………………… 72ある略語について，その正式名称を知る ……………………………… 72
ある論文に関連する遺伝子や疾患などを探す ……………………… 52

引用している論文の本文中における具体的な引用部分を知る ……… 75
引用のされ方が同じような論文群（共引用情報）を知る ………… 75

う ・●え●
ウェブ上で統計的仮説検定を行って実験結果を解釈する …………… 27
英語で論文や記事を書く際に，よく使われる表現（前置詞など）を確認する ………………………… 69
英文校正し，文章の品質を向上させる ……………………………… 81
英文校正ツール…………………… 81
エピゲノム……………………… 235
塩基配列またはアミノ酸配列の配列類似性検索 …………………… 110

化合物構造から，類似化合物とタンパク質との結合状態の立体構造データを検索できる ………… 154
化合物データベース……… 199, 205化合物の生物活性の測定結果を収録………………………………… 199
過去の GWAS データや GWAS 結果を効率的に検索・参照する … 229

き●
共引用……………………………… 75
共起略語…………………………… 72
興味のある論文を探す…………… 52

く●
クラウド型研究プラットフォーム…………………………………… 38
クリエイティブコモンズ（CC）のライセンス ……………………… 24
クロマチンアクセシビリティ… 172

ある論文について，その論文を引用している論文を知る …………… 75

塩基配列やアミノ酸配列の完全一致
検索 …………………………… 107

け●エンリッチメント解析 … 176, 180, 185

計算環境…………………………… 38

い●お●

結合定数………………………… 202

医学生物分野で話題の論文を知る…………………………………… 52

オープンサイエンス……………… 41

ゲノムアセンブリ………………… 87

行ったデータ解析の手順や，開発した解析手法・データベースの使い方を他者と共有できる …… 38

ゲノムアセンブリ情報に簡便にアクセスする ………………………… 87

一塩基変異……………………… 215

計算カプセル……………………… 38

オフターゲット………………… 125

ゲノムアノテーション情報を整形し，ダウンロードする ………… 90

オフターゲット効果……… 113, 122

ゲノム地図をみる………………… 90

オフターゲットサイトを検索する………………………………… 122

遺伝子がどの組織や細胞で発現しているかを，複数のデータセットにまたがって調べる …………… 169

ゲノム，転写産物，タンパク質について，標準となる配列を取得する………………………………… 104

か●ゲノムバリエーション………… 218

解析の結果を他者と共有する…… 38

ゲノムブラウザ…………………… 94

遺伝子間の相関を評価…………… 29

ガイド RNA …………………… 122

遺伝子発現データを効率的に格納し公開する …………………… 165

ガイド RNA に対するオフターゲットサイトをリストアップする … 125

ゲノム変異 / 多型の周辺遺伝子で，どのような生物学的変化が起きているのか ……………………… 235

遺伝子発現を，塩基配列情報と比較しながら視覚的に調査する …… 89

ガイド RNA の切断活性と特異性を予測する ……………………… 125

遺伝子名から SNP を検索する … 215

化学データベース……………… 202

一括で投稿先の論文のフォーマットに変換する ……………………… 60
遺伝子位置や塩基配列に紐づいた注釈（アノテーション）情報を検索，表示，抽出することができる … 90

核磁気共鳴……………………… 205
実験医学Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

化合物およびそれに関係する遺伝子やパスウェイなどの検索結果を整理した形で表示 …………… 199

Vol. 40

No. 17（増刊）2022

ゲノム編集…………… 125, 134, 137
ゲノム編集サンプルの NGS（アンプリコンシークエンス）データを解析する ……………………… 137
245 （2921）

引

遺伝子や転写産物をあらゆる語句から検索 ……………………… 107

索

数 字索
引

ゲノム編集したサンプルのサンガーシークエンスデータを解析する………………………………… 134

せ●ゲノム編集実験のインデル導入効率を見積もる …………………… 134

生体高分子に結合した薬剤などの化合物情報が得られる ……… 148と●ゲノムや転写産物などの塩基配列を高速に見落としなく検索する … 113

生体高分子の立体構造をウェブブラウザ内で表示 ………………… 151

糖鎖構造情報の検索…………… 212

研究室全体で最新論文の情報を共有…………………………………… 59

生体内の分子間相互作用の全体像を理解する ………………… 188, 191

研究手法の詳細な情報を記録し公開する ……………………………… 41

生物遺伝資源……………………… 48

研究に関するあらゆるデータを公開できる …………………………… 44

生物分類………………………… 202

研究に必要な生物由来の実験材料を入手する ………………………… 48
研究プロトコールを公開する…… 41

さ●細胞……………………………… 202
細胞種特有のインデルパターンを予測する ……………………… 128
さまざまな生物種での代謝パスウェイの構成を見る …………… 188, 191
散布図……………………………… 31

整然データ………………………… 31

生物活性分子…………………… 202
生命科学分野のデータベースの所在と概要を調べる ………………… 21
生命科学分野の有用なデータベース・
ウェブツールの使い方を動画で学
ぶ ………………………………… 18
世界中の研究者が公開したデータを検索して，自身の研究に引用して利用できる ……………………… 44

統合データベース……………… 140

糖鎖関連オミクスデータ……… 212
特定の単語と類似した文脈で利用される単語を検索する ………… 69
トランスクリプトーム………… 235に●似たデータを扱う他の DB を探す 23
日本語を自然な英語に翻訳する… 81
任意の置換・欠失・挿入を導入する
精密ゲノム編集をデザインする………………………………… 131

ね●
ネットワーク解析……………… 194

は●世界のさまざまなヒト集団におけるゲノムバリエーションとその頻度情報を得る …………………… 218

バイオインフォマティクス……… 19

そ●バイオリンプロット……………… 31

バイオバンク……………………… 48
バイオリソース…………………… 48

相同遺伝子………………………… 94

配列類似性……………………… 110

次世代シークエンサー…… 119, 165

相同性…………………………… 110

箱ひげ図…………………………… 31

次世代シークエンサーから出力される
生データのためのデータベース………………………………… 116

挿入・欠失……………………… 113

パスウェイ……………………… 180

組織……………………………… 202

パスウェイ解析………………… 194

し●疾患に関連する遺伝子領域を知りた
い ……………………………… 229
疾患や薬剤処理などの実験条件で，発現が変動する遺伝子を調べる………………………………… 169
実験データを視覚化してデータ間の隠れた関係を探る ……………… 27
実験的に構造決定されたタンパク質や核酸，糖鎖など生体高分子の情報が得られる ……………… 148

バリアント……………………… 222

た●
多群間比較………………………… 29
多層オミクス…………………… 235
多様な植物のゲノム，遺伝子，DNAマーカー，QTL，SNP 情報を検索できる …………………………… 98
短鎖欠失・挿入多型…………… 215
タンパク質………………… 140, 202
タンパク質相互作用…………… 180

質量分析…………………… 143, 205

タンパク質の立体構造データから，その分子機能を理解する …… 154収集した論文 PDF・論文情報の一括管理 ………………………… 63, 66て●ショートタンデムリピート…… 215
植物ゲノムポータルサイト……… 98
神経発達症……………………… 225

す●
すべての生物のプロテオームデータを閲覧およびダウンロードし，メタアナリシスができる …………… 143
スペクトル……………………… 205

246（2922）

Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

天然変性領域…………………… 160

データ解析に必要なコード，データ，計算環境を再現可能な形式で公開
できる …………………………… 38
データベース…………………… 162
データベースが一括ダウンロード
できる …………………………… 24
データベースを公開したい……… 25
転写因子………………………… 172
転写産物………………………… 107

実験医学Vol. 40

No. 17（増刊）2022

バリアントと疾患の関連性について臨床的意義の解釈情報を参照でき
る ……………………………… 222
バリアントの病原性（疾患 / 表現型との関係） …………………… 222

ひ●ヒートマップ……………………… 29
ヒトゲノム…………… 218, 222, 235
ヒト代謝物に関するメタデータ情報の取得 ………………………… 205
ヒトにおけるアミノ酸置換がタンパク質の立体構造や機能に与える影響を予測 …………………………… 232
ヒトの微細な染色体異常や 1 塩基多型などのデータベース ……… 225

ふ●
フレームシフト………………… 128
フレームシフトを導入しやすい標的を検索する …………………… 128
プレプリント……………………… 78

プログラミング技術……………… 19
プロテオーム……………… 143, 169

ID 変換サービス ……………… 162

Ｂ
●

Ｊ
●

BioMart …………………………… 95

jitter plot ………………………… 31

Bisulfite‑seq …………………… 172

Jupyter Notebook ……………… 38

プロトコールに永続的な識別子を付与し管理する …………………… 41

Ｃ
●

Ｋ
●

ChIP‑seq ……………………… 172

Kd ……………………………… 202

プロトコールを研究者間で共有する…………………………………… 41

Code Ocean ……………………… 38

Ki ……………………………… 202

CRISPR‑Cas9 ……… 125, 128, 134

Ｍ●

プロテオームリポジトリ……… 144

分子ビューア…………………… 151

ほ●
ホモロジー・モデリング……… 154
翻訳ツール………………………… 81

ま●CRISPR‑Cas9 でゲノム編集するためのガイド RNA を設計する … 125
CRISPR‑Cas9 で発生するインデルを簡易的に解析する …………… 134
CRISPR‑Cas9 によって発生するインデルのパターンを事前予測する …………………………… 128

metabolite set enrichment analysis………………………………… 208
Molmil ………………………… 151Ｎ●NBDC ………………………… 21, 25
NGS …………………………… 137

マイクロバイオーム…………… 101

CRISPR‑Cas9 によるゲノム編集に利用可能な特異性の高いガイド
RNA を設計する …………… 122

み●Ｄ●

PCA …………………… 29, 194, 208

マイクロアレイ…………… 165, 169

未処理の RNA‑seq データを解析し，解析済みデータを公開するサービ
ス ……………………………… 119

DB 情報がまとめてダウンロード…………………………………… 23

ミスマッチ……………………… 113

DECIPHER …………………… 225

め●

Deciphering Developmental
Disorders …………………… 225

メタゲノム……………………… 101

DDD …………………………… 225

differentially expressed genes… 194

Ｐ●
PDB …………………………… 148
PDBj …………………………… 148
PLS‑DA ………………………… 208
Prime Editing …………… 131, 137

Ｑ●
QTL ……………………………… 99

DNA メチル化状態 …………… 172

Ｒ●

メタボローム……………… 205, 208

Docker …………………………… 38

R ………………………………………… 35

メタボロームデータの単変量・多変量解析 ………………………… 208

DOI …………………………… 25, 41

R markdown ……………………… 38

メタデータ………………………… 24

RNA‑seq ………………… 169, 194

Ｅ●

も●モデル生物の遺伝子セットに対してエンリッチメント解析を行う … 180
モデル生物の全タンパク質の予測立
体構造のデータベース ……… 158

ろ●論文 PDF・論文情報の一括管理61EC50 …………………………… 202

RNA‑seq の発現定量 ………… 194

Ｆ●

RStudio …………………………… 35
RStudio Cloud …………………… 35

Ｇ●

R を使用してデータサイエンスを簡単に実行・共有・指導・学習
できる …………………………… 35

Gene Ontology …………… 176, 180

論文の文献情報作成……………… 60

ggplot2 …………………………… 31

Ａ●
ADME データ ………………… 202
AlphaFold2 …………………… 158
ATAC‑seq …………………… 172

ROC 曲線 ………………………… 29

FAIRsharing.org ………………… 21

論文執筆における引用・引用文献
リストの自動生成 ……… 61, 63, 66

欧 文

RNA‑seq データの解析済みデータをダウンロードできる ……… 119

Excel では描画が困難なグラフを簡単に描くことができる ……… 31

GEO …………………………… 119
GO ターム ……………………… 169

Ｓ●
SNP…………………………… 98, 215

GWAS ………………………… 229

SNP の詳細情報や，引用されている論文を調べる ………………… 215

Ｈ●

SRA …………………………… 119

heatmap clustering …………… 208

Ｕ
●

Ｉ
●

UniProt ………………………… 146

IC50 …………………………… 202

実験医学Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)

MeSH ……………………………… 52

Vol. 40

No. 17（増刊）2022

247 （2923）

引

分子データを全ゲノムコンテキストで可視化する …………………… 87

索Base Editing …………………… 137

プロテオームデータを蓄積・可視化
する …………………………… 143