文部科学省科学研究費助成事業「新学術領域研究」

シンギュラリティ生物学
領域略称「シンギュラリティ」（2018-2022 年度）領域番号 8007

シンギュラリティ生物学

News Letter No.

5

September, 2023|

News Letter No. 5 September 2023

CONTENTS

シンギュラリティ生物学

目次領域代表あいさつ..........................................................................................................3
アドバイザーからの言葉.............................................................................................4
新学術領域「シンギュラリティ生物学」成果報告シンポジウム...............6
活動報告を振り返って..............................................................................................10
AMATERAS
SSBD
国際トレーニングコース
新学術間アライアンス
オンライン交流会・オンラインサイトビジット
デザイン思考研究会・企業見学会
研究成果
主な原著論文.......................................................................................................18
シンギュラリティ生物学向けデータポータルの運用について.......25
受賞 ..................................................................................................................................26
研究組織..........................................................................................................................28
シンギュラリティな瞬間（とき）.........................................................................35

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MESSAGE

シンギュラリティ生物学領域代表からのメッセージ

新学術領域「シンギュラリティ生物学」5 年間の総括
永井健治（大阪大学 産業科学研究所）

新学術領域「シンギュラリティ生物学」を開始する以前に、新学術領域「少数性生物学」
を領域代表として推進していました。その領域の研究内容は「少数分子に目を向け、それがどのように細胞状態や個体レベルのアウトプットに影響を与えるかを理解すること」
であり、掲げた目標は「paradigm-innovation」でした。paradigm とは天動説や地動説に見られるような「ある時代を牽引する規範的考え方」です。新学術領域「シンギュラリティ
生物学」の研究内容は少数性生物学のそれと極めて似ていて「少数細胞に目を向け、それがどのように個体レベルのアウトプットに影響を与えるかを理解すること」にありました。paradigm 的には全く同じといって良いでしょう。一方、innovation とは「新たな考え方や技術を取り入れて新たな価値を生み出し、社会に大きな変革をもたらすこと」を意味します。「少数性生物学」と「シンギュラリティ生物学」の大きな違いは、innovation
を積極的に牽引するためのエンジンとしてトランススケールスコープ AMATERAS を総括班において開発し、活用した点にあると思います。この「葉も木も森も観る」つまり、センチメートルのスケールで生起する現象をマイクロメートルの空間分解能でワンショッ
ト撮影することが可能な AMATERAS は、当初の期待を上回り当領域の研究推進に大いに活躍しました。新学術領域「シンギュラリティ生物学」の“顔”になったといっても過言ではありません。
私は事あるごとに大学等の講義でハーバード大学の George M. Whitesides 博士の以下の言葉を引用しています。
“If the research that we do does not change the way people think, the project is a failure.”
こ の 言 葉 が 真 で あ る と す る な ら ば、 新 学 術 領 域「 シ ン ギ ュ ラ リ テ ィ 生 物 学 」 はparadigm 変革の点でも、innovation 創出の点でも成功であったと自負できると思います。
これもひとえに本新学術領域メンバーの弛まぬ研究推進のお陰です。ここに感謝申し上げます。
さて、新学術領域研究としては一定の成果を挙げてその研究期間を終えることができましたが、我々が提案したシンギュラリティ生物学を新学術領域として定着させるために、
領域メンバーの皆様には、是非とも特異点（シンギュラリティ）となりえる突き抜けた研究を継続して頂くのみならず、自らも特異点となって科学を、技術を、そして社会を変革していって頂ければと心より願っております。

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MESSAGE

シンギュラリティ生物学

アドバイザーからの言葉

シンギュラリティ生物学を思う
石渡信一（早稲田大学・理工学術院：領域アドバイザー）

初めて “ シンギュラリティ生物学 ” という名前に接したときは驚いた。新鮮な驚きだった。とくに、この名前で意図すること、それは、生物界に見られる特異的（シンギュラリティ）現象、無から有が生まれるような生命現象に着目するということだ。例えば、身近なところでは、生物系に見られる高次構造（パターン）形成がある。その仕組みの中に、リーダーと呼ぶべき特異な細胞なり分子が存在すること、その周囲に、それに追随するフォロ
ワーが現れ、生物系特有の、細胞なり分子の集合体が形成されると言うのである。この仮説を立証すべく、５年間にわたる本プログラムが企画された。広い意味での高次構造形成
を初めとする特異的現象を対象に、さまざまな角度から “ シンギュラリティ生物学 ” の本
質を追究することを通して、新しい生物学を打ち立てようという作業が続けられてきた。
まず問われるのは、リーダーは、偶然出現するのか、あるいは、遺伝的に決まっているのか、遺伝的にしろ、発現したあとに特定のターゲットにラベル付けされるのか、環境の不均一性などがきっかけで特異細胞（分子）が出現するのか、といったことである。
生物体が成熟する際の形態形成の場合には、ほぼ決まった形態の組織が形成されるはずなので、全く偶然の出来事だとは言えないだろう。つぎに、フォロワーは、リーダーからの時空間的なシグナルを受けることで、再現性のある集合パターンの形成に寄与するのではないか・・・。と言った考えが次々と浮かぶ。研究テーマとして眼の付け所が良いので、門外漢でも興味をそそられるのである。そこで、本プログラムの前身ともいえる “ 少数性生物学 ” の展開の過程で、平均値集団から大きく外れた値（外れ値）を示すデータに意味を持たせるという発想が生まれ、“ シンギュラリティ生物学 ” という新概念の提案に至ったとのことだ。
と、ここまで書いて、４年前に領域アドバイザーとして News Letter への寄稿文を求められたことを思い出した。その、“「シンギュラリティ生物学」に期待する ” と題した文章を読み直してみて、私が当時思ったことが全て述べられているだけでなく、今回述べた
いと思ったことも書かれていることに、少々慌てた。
５年を経て、“ シンギュラリティ生物学 ” はどのような発展を見ただろうか。第一に、「大規模なトランススケールイメージングシステム」として、AMATERAS というユニークな光学顕微鏡装置が作られ活用されていることが挙げられる。また、多数の公募研究も加わって、“ シンギュラリティ生物学 ” がカバーする課題や対象が広がったことは間違いない。ただ、最も興味深い、生物パターンの形成機構として、リーダーとフォロワーという概念の具体的解明という問題については、５年間という年月は短すぎると思う。解明まではもう一歩という段階のようだ。これまでは基礎の土台作りの時期である。今後１０年といった十分な時間をもって、核心の課題に切り込んで欲しい。そして、“ シンギュラリティ
生物学 ” という魅力的な概念を、生物学の中に定着させてほしいと切に願う。

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MESSAGE

シンギュラリティ生物学

アドバイザーからの言葉

シンギュラリティ生物学と人工知能と量子生命科学
馬場嘉信（名古屋大学大学院工学研究科
量子科学技術研究開発機構・量子生命科学研究所）

SF 小説「ニューロマンサー」の作者でサイバースペースという言葉をつくったウィリ
アム・ギブソンは、『未来はすでに存在する。ただ均等に散らばっていないだけだ（未来を先取りした研究があっても誰にも気づかれない）』と指摘しています。
シンギュラリティ生物学は、新学術領域研究が開始される前までは、ギブソンの指摘の状態であったと思いますが、本新学術領域研究において、永井先生のリーダーシップのもと、大変優れた研究成果が数多く創出されており、状況は大きく変化してきています。
ジェネレーティブ AI の “Bard” に、｢シンギュラリティ生物学について教えて ?｣ と入力したところ、『シンギュラリティ生物学は、多細胞システムにおいて少数の細胞が全体のダイナミクスに大きな影響を与える現象であるシンギュラリティ現象を研究する新しい学際的な分野です。この分野では、シンギュラリティ細胞の同定、シンギュラリティ現象の発生メカニズムの解明、シンギュラリティ現象の生物学的意義の解明などが行われています。』との回答でした。
本新学術領域研究は、世界トップ科学者が集結し、｢均等に散らばっていなかった｣ 未来の生物学であるシンギュラリティ生物学を世界中に行き渡らせ、新たな学問領域を創成していることがよく分かります。
さらに、“Bard” に ｢シンギュラリティ生物学を超える学問分野について教えて ?｣ と入力したところ、シンギュラリティ生物学を超える学問分野について、特に注目すべき分野の一つとして、量子生物学をあげています。
本新学術領域研究と量子科学技術研究開発機構・量子生命科学研究所が、2023 年 3 月
10 日の成果公表シンポジウムを共催して、シンギュラリティ生物学と量子生命科学の学
問領域同士の相互作用を開始したことは、大変先見の明があったものと思います。
私は、シンギュラリティ生物学の News Letter No. 1, May 2019 にシンギュラリティ生
物学と万葉集と題して、『シンギュラリティ生物学という新しい領域が将来の生物学のみ
ならず、他の学問領域にも大きなインパクトを与える成果をもたらすものと大いに期待しています。永井先生のリーダーシップのもと、極めて優秀な研究者が集結した領域となっており、新しい分野を開拓する情熱に満ちあふれた研究が推進されていることに大変ワク
ワクしています。是非、本領域が、万葉集のように 1,000 年以上も光り輝く生物学の領域になることを期待しています。』と述べています。
シンギュラリティ生物学の新学術領域研究の成果は、私の期待をはるかに超えるものでした。今後もシンギュラリティ生物学の研究が益々発展するとともに、本新学術領域研究の先生方が、量子生命科学の分野にも興味をもっていただき、量子生命科学研究所との共同研究が進展することを期待しています。

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動
新学術領域「シンギュラリティ生物学」成果報告シンポジウム
2023 年 3 月 10 日（金）早稲田大学小野記念講堂にて、シンギュラリティ生物学の５年間の集大成となる成果報告シンポジウムを、量子科学技術研究開発機構（QST）量子生命科学研究所、早稲田大学
先進理工学部、早稲田大学理工学術院との共催で開催しました。私たちシンギュラリティ生物学が特に重点をおいたのは、少数しか存在しない細胞の中でも、それが特異点 ( シンギュラリティ ) となって多細胞社会の状態に劇的な変化を及ぼし得る細胞の発見と理解でした。このような生物学を展開するには稀にしか存在しない細胞を見出す新たな計測法
や解析法の開発が必要でした。本成果報告シンポジ
ウムでは、どのような科学的方法が生み出され、またそれを利用してどのような生命現象が見出されたのかに関する成果を報告すると共に、関連する研究を推進する研究者にも話題提供を頂き、今後の生命科学の展望について討論しました。
新型コロナウイルス感染対策のため、参加者全員が検査を行い、安全を確保した上で完
全対面での実施となりました。115 人を超えるみなさまにご参加いただきました。

永井健治代表による挨 拶。
「少数の細胞が社会システムを変革する生命現象を解明する」という本領域が目指すサイエンスについて説明がありました。

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動
午前の部は、トランススケールスコープ AMATERAS の紹介動画を含む永井健治代表からの開会挨拶、共催者代表挨拶に始まり、シンギュラリティ生物学総括班・計画班より５件の成果報告が行われました。

永井健治代表による挨拶。「少数の細胞が社会システムを変革する生命現象を解明する」という本領域が目指すサイエンスについて説明がありました。

本領域アドバイザーである QST 馬場嘉信先生
による共催者代表挨拶。量子生命科学という新しい方向性を示されました。

市村垂生さん（総括班：大阪大学）「シンギュラリティ現象を直接見る光イメージング技術
AMATERAS」

大浪修一さん（A02-1 班：理化学研究所）「シンギュラリティ生物学のためのデータサイエン
スプラットフォーム：現状と今後の課題」

小松崎民樹さん（A02-2 班：北海道大学）「シンギュラリティ
生物学のための数理・情報科学
戦略」

7 |

堀川一樹さん（A03-2 班：徳島大学）
「多細胞システムのパター
ン形成を駆動するシンギュラリ
ティ細胞の同定と操作」

News Letter No. 5 September 2023

坂内博子さん（A03-1 班：早稲
田大学）「神経変性疾患におけるシンギュラリティ現象の解析
ツールの開発」

EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動
午後のポスターセッションでは、当領域の計画班、公募班、技術支援班からのポスター
を囲んでの、活発な討論が行われました。午後の講演の部では、シンギュラリティ生物学のその先の未来を見据え、共催の QST や関連する研究分野の第一人者より話題提供を頂きました。

数年振りの対面の討論が白熱するポスター会場。計画班、公募班、技術支援班から合計 65
題のポスターが発表されました。

8 |須原哲也さん（QST) 精神・神経疾患の脳内回路と分子の可視化

八幡憲明さん（QST）「分子〜神経〜回路〜
行動」の架橋を目指す脳情報科学

須崎悦生（順天堂大学）「セルオミクスによる生体組織の空間コンテクスト情報解析」

内田誠一（九州大学）「バイオデータ解析に使えそうな機械学習」

News Letter No. 5 September 2023

EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動
パネルディスカッションでは、シンギュラリティ生物学の未来：「Beyond シンギュラリ
ティ生物学」とそれぞれのパネリストとの接点についての議論が行われました。また、「シ
ンギュラリティ現象をどう類型化するか？」「生物学におけるシンギュラリティ現象には環境を考える必要があるのではないか？」にいてデータサイエ
ンス、数理科学、医学、さまざまな観点
からディスカションが行われました。
  
最後に領域アドバイザーの石渡信一先生より「何を見るか？」を見つけた５年間であった、とのご講評をいただきました。また、馬場嘉信先生より、今後領域から積極的な情報発信・アウトリーチの重要性についてお話がありました。

参加者の声：
理化学研究所

ヒト器官形成研究チーム（高里研） 能登 理央

あぁ、どんなにお会いしたかったことか…
領域代表や計画班の先生方が、コロナ禍において、人的交流を絶やさない
ようになさるのは、大変なご苦労があったことでしょう。そのおかげで、淡路島や東京で一堂に会してワイワイと議論をさせていただけたあの楽しい日々が、最後の成果報
告会で帰ってきてくれました。久しぶりに直接先生方とお目にかかり、懐かしく、そしてとても嬉しかったです。加えて幼子のいる私にご配慮くださり、託児所手配そして金銭的サポートも賜りました。思う存分、会議に参加できました。
この領域はシンギュラリティ現象という共通項を持った、分野としては全く違う研究者が集まっています。それゆえ、近い分野の研究者同士では思いもよらないような、ありがたいアドバイスを多く頂戴しました。そのアドバイスによって自身の研究の方向性を決めることができ、解析に必要なデータが出そろいました。現在解析を進めており、領域の成果としてできるだけ早く報告
して、少しでもご恩返しができればと願っております。
衷心よりの感謝を込めて

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って
AMATERAS「木も森も葉も見る」トランススケールスコー
プ AMATERAS   (a multi-scale/modal analytical
tool for every rare activity in singularity) は、シンギュラリティ生物学領域の５年間の活動の要 で し た。Scientific Reports 誌 に 発 表 さ れ た
AMATERAS1.0 (Ichimura et al. 2021 Scientific
Reports 11: 16539)。および、技術協力班の協力を得て作成した特注レンズ（倍率 2 倍、開口数0.25）と 100 メガピクセルの CMOS カメラにより空間解像度をさらに上昇させ、組織や胚などの3 次元サンプル観察も可能にした AMATERAS2.0（Ichimura et al. 2023 BioRxiv）
を用いて、
領域内外
での共同研究が数多く行われました。AMATERASの広い視野でより数多くの細胞を観察できること
で、100 万分の 1 の確率でしか起こらないレアな現象を見逃さず、解析することが可能になります。現在は、細胞培養やイメージングなどが自動化され、遠隔操作も可能となった AMATERAS3.0 が構築されており、さらなる発展が期待されています。AMATERAS の紹介動画も作られました。ぜひご覧ください。
AMATERAS を開発した総括班・大阪大学の市村垂生さん・垣内大志さんへのインタビュー
は、ニュースレター４号をご覧ください。
AMATERAS を用いた共同研究については、今後もこちらからお申し込みが可能です。

SSBD
AMATERAS で撮影したデータはテラバイト単位に及ぶビッグデータになり、研究によってそのデータをどのように解析するかも異なります。AMATERAS はもちろん、イメージング技術の発達に伴い世界中で蓄積されているライブセルイメージングや、そこから解析により得られた定量データは、今後、生命科学や医学の分野に置いて活用されることが期

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って待されています。Systems Science of Biological Dynamics(SSBD) は、最先端の技術で取得した高品質の画像データや、画像解析技術を用いて取得した生命動態の定量データ、計算機シミュレーションを用いて導出した生命動態の定量データ、およびこれらのデータを解析するための ツールを収集し共有するデータベースです。 SSBD は今後のオープンサイエ
ンスにも必要不可欠です。SSBD 開発ストーリーや使用法については、ニュースレター４号に、開発者である A02-1 班・理化学研究所の大浪修一さん、糸賀裕弥さんより詳しくご紹介頂いています。

国際トレーニングコース
2019 年 8 月 4 日（ 日 ）～ 8 月 9 日（金）大阪大学
産業科学研究所、薬学研究科、理研大阪キャンパスにおいて、第 1 回のシンギュ
ラリティ生物学国際トレー
ニングコースを開催しました。シンギュラリティ生物学の研究に必須で具体的なスキルや知識を修得し、一緒に考える６日間となりました。受講者の過半数が外国籍となり、全ての実習講
義を英語で行いました。新型コロナウイルスの影響で、国際トレーニングコー
スは第１回のみの開催とな
り ま し た が、 数 年 後 に ト
レーニングコースの海外からの受講者から領域メンバーが質問を受けたりすることもあり、ここで培った知識や人脈
はパンデミックを超えて役立っているという手応えがありました。トレーニングコースの受講生が「シンギュラリティ細胞」となり、それぞれの分野で革新的な成果をあげてくれることを、領域一同願っています。

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って新学術間アライアンス
シンギュラリティ生物学では、他新学術領域と連携した「新学術間アライアンス」形成を行い、相乗効果による学術の発展を目指しました。2020 年 1 月 23~24 日には細胞ダ
イバース領域（藤田直也代表）との合同会議、2021 年 11 月 22 日 ~23 日「分子夾雑（浜地格代表）」「生命金属（津本浩平代表）」「シンギュラリティ生物学」の３新学術領域合同勉強会を開催しました。

2020 年 1 月 23~24 日
東京大学医科学研究所における、細胞ダイバース領域との合同会議。

2021 年 11 月 22 日〜 23 日「分子夾雑」「生命金属」「シンギュラリティ生物学」合同会議。.
熱海ニューフジヤホテル／オンライン ハイブリッド開催。

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って■ 特別寄稿 ■多細胞体の理解と再設計（合成）に向けた 10 年間
洲﨑悦生（順天堂大学大学院医学研究科 生化学・生体システム医科学）
新学術「細胞ダイバース」の計画班員時代（2017-2021 年度）に、こちら「シンギュラリティ生物学」との合同シンポジウム（2019年度）を開催させていただいたご縁で、今回「シンギュラリティ生物学成果報告シンポジウム」に招待をいただきました。両領域はいずれも、多様な細胞から構成される多細胞体において、全体としての振る舞いがどのように規定されるのか、全体の振る舞いを決める
非常に少数の制御系がどのように組み込まれているのか、といった異なる切り口から攻める、いわば「異夢同床」な領域であったと振り返ります。この 2 つの新学術領域がほぼ同じ期間に形成され相互作用が密に形成されたことは、領域内研究者だけではなく、日本全体の学術レベルの底上げ、発展という視点からも大変意義のあったものだと思います。私
個人としても、いずれの領域にも親しい研究者の方が数多く参画しており、領域を超えた共同研究を開始する機会にも恵まれ、研究者して大変重要なキャリア期間であったと考えています。
私個人の興味・プロジェクトとしては、多細胞体（組織、臓器）がもつ空間情報をいかに使い倒して生体情報を取得するか、という点に多くを割いた期間でもありました。
2014 年に組織透明化・3D イメージング技術 CUBIC を発表して以来、自身の研究の方向性をうまく展開できる機会に恵まれたことを幸運に思っています。新学術「細胞ダイバース」研究の成果として、3 次元組織の高効率染色法「CUBIC-HistoVIsion」(Susaki et al,
Nat Commun 2020) や国際共同研究としての組織透明化・ライトシート顕微鏡の利活用（Glaser et al. Nat Metnods 2022）等があります。さらには、多細胞体中のすべての細胞を「3次元点群」化しオミクス的な解析を行う独自の手法を提案するに至りました（Manoet al.
Cell Rep Methods. 2021; 洲崎ら投稿準備中）。この内容は今回のシンポジウムでも紹介させていただきましたが、多くの賛同的なご意見をいただき、今後の展開の方向としの重要性を再確認しました。
多細胞社会の理解と解析を目指した新学術「細胞ダイバース」の後継領域として、多細胞体の設計・合成を目指した新領域の立ち上げを現在進めています。ゲノムプロジェクトの完了と並行して、構成論的に生命を理解する合成生物学的な手法が勃興し発展してきま
したが、なお 1 細胞のレベルにとどまっており、多細胞体への展開は非常に限られていま

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返ってす（Todaet al. Science 2018,2020）。この挑戦的な領域に、日本が先行して体系的な枠組みを形成し提案することは非常に重要であると考えます。「シンギュラリティ生物学」でも後継領域の提案が検討されていると伺っています。今後もさらなる相互作用が発生し、日本と世界の学術の発展に共に貢献できるよう、連携をよろしくお願いいたします。
※ Our website just opened! / ラボのウェブサイトを立ち上げました
http://www.dbsb.science/

オンライン交流会・オンラインサイトビジット
新型コロナウイルス感染症の影響で対面での交流が限られた中ですが、Zoom を使ったオンライン・領域内交流を頻繁に行いました。Web 交流会に加え、オンライン・サイト
ビジットにより、班員どうしシンギュラリティ生物学の研究のビジョンや共同研究の可能性を議論しました。

第 1 期交流会
回数
日時
登壇者
プレ交流会 2020 年  4 月 24 日 渡邉朋信さん (A01-1)・冨樫祐一さん（A02）
プレ交流会 2020 年  5 月  1 日 塩井剛さん（A01-1）・前田康大さん（A01-1）
第1回
2020 年  5 月 14 日   石原 美弥さん（A01）・佐原 成彦さん（A03）
第2回
2020 年  5 月 25 日 園下 将大さん（A03）・村越 秀治さん（A03）
第3回
2020 年  6 月 12 日 加藤 泰彦さん（A03）・大場 雄介さん（A03）
第4回
2020 年  6 月 29 日 髙里 実さん（A03）・小野 昌弘さん（A03）
第5回
2020 年  7 月 10 日 太田 悦朗さん（A03）・原田 哲仁さん（A02）
第6回
2020 年  7 月 27 日 花岡 健二郎さん (A01)・近藤 洋平さん（A02）
第7回
2020 年  8 月 24 日 有井 潤さん（A03）・蛭田 勇樹さん（A01）
第8回
2020 年  9 月  8 日 狩野 方伸さん（A03）・岡 浩太郎さん（A02）
第9回
2020 年  9 月 24 日 冨樫 祐一さん（A02）・難波 大輔 さん（A01）
第 10 回 2020 年 10 月  5 日 山口 知也さん（A03）・上原 亮太さん（A03）
第 11 回 2020 年 10 月 29 日 昆 俊亮さん（A03）
第 12 回 2020 年 11 月  9 日 六車恵子さん（A03）・市村垂生さん (A01-1)
第 13 回 2020 年 11 月 24 日 中村 直俊（A03）・竹馬 俊介（A03）

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って
第 2 期交流会
回数
第1回
第2回
第3回
第4回
第5回
第6回
第7回
第8回
第9回
第 10 回
第 11 回
第 12 回

日時
登壇者
2021 年  4 月 19 日 能登 理央さん (A03)・渡邉 朋信さん (A01-1)
2021 年  5 月 20 日 Sulimon Sattari さん (A02-2)・杉浦 一徳さん (A01-2)
2021 年  6 月 29 日 藤岡 容一朗さん (A03)・織岡 真理子さん (A01)
2021 年  7 月 27 日 丸鶴 雄平さん (A03)・小柳 光正さん (A03)
2021 年  8 月 27 日 若林 憲一さん (A03)・麻植 雅裕さん (A01)
2021 年  9 月 30 日 堀田 耕司さん (A03)
2021 年 10 月 21 日 中西 未央さん (A03)・榎本 将人さん (A03)
2021 年 11 月 15 日 小野 大輔 (A03)・坂本 竜哉さん（A03）
2021 年 12 月 13 日 竹本 研さん (A01)・荻沼 政之 さん (A03)2022 年  1 月 12 日 武内 恒成さん (A03)・田中 伸弥さん (A01)
2022 年  2 月 25 日 伊藤 美菜子さん (A03)・今泉 研人 様
2022 年  3 月 24 日 加藤 真一郎さん (A03)・太田 禎生さん (A01)

第 3 期交流会
回数
第1回
第2回
第3回
第4回
第5回
第6回

15 |

日時
登壇者
2022 年 4 月 27 日 林 悠さん (A03)・平島 剛志さん ( 班友 )2022 年 5 月 31 日 佐藤 有紀さん (A03)・上阪 直史さん (A03)2022 年 6 月 23 日 太田 禎生さん (A01)・佐藤 岳人さん (A03)2022 年 9 月 13 日 小野 大輔さん (A03)2022 年 11 月 11 日 原 佑介さん (A03-2)
2023 年 1 月 26 日 勢力 薫さん (A03-3)

News Letter No. 5 September 2023

EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って
オンライン・サイトビジット
オンラインサイトビジットでは、永井代表と２名の計画班員、および希望するメンバー
が後期公募班員の研究についてじっくりと議論しました。シンギュラリティ生物学領域メ
ンバーがこれまで開発してきた AMATERAS をはじめとするイメージング技術やツールやアイディアを、班員の研究計画に組み込んでもらうことに意義がありました。対面で会うことが難しいなか、班員や班友とシンギュラリティ生物学領域のビジョンを効果的に共有するために始めた取り組みの一つでしたが、毎回 1 時間半では足りないくらい議論が白熱するなどとても有意義な場となりました。

デザイン思考研究会・企業見学会

デザイン思考研究会とは、思考を「デ（壊す）＋ サイン（structure、形）」する、すな
わち従来の価値観を壊し新たな発想を得ることを目指す研究会です。コロナ禍の前と、行動制限が緩和された時期に、夜を徹して議論を行いました。また技術協力班の工場や、イ
ノベーティブな試みを行っている企業を見学させていただきました。

2019 年 2 月 23 日〜 25 日にシンギュラリティ生物学デザイン思考研究会（浜松）を開催。浜松
ホトニクス社を見学させていただきました。

2020 年 2 月 13 日 シンギュラリティ生物学のメンバー有志が、本日はガレージスミダ様を訪問しました。世界最強のイメージング装置 AMATERAS を作るための、Creativity の秘密を学びました。

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EVENT

シンギュラリティ生物学

領域活動を振り返って

2022 年 10 月 5, 6 日 AMATERAS に組み込まれた機器を製造しているヤマト科学南アルプス市の工場を見学させていただきました。その後は「第 3 回デザイン思考研究会（高度化と社会実装へ向けて）」を行い、AMATERAS の今後の開発、高度化、社会実装や、シンギュラリティ生物学への応用と展開、また現在のイメージングの課題と今後の展望について白熱した議論が行われました。

2022 年 11 月 18, 19 日 公募班員の坂本竜哉さんが所長を務める牛窓臨海実習所で、デザイン思考研究会を行いました。海洋生物の探索、シンギュラリティ生物学を今後どのように発展させるかについて議論を行いました。

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RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果
主な原著論文			

総計 959 報  ○印は領域内共同研究の成果

計画 A01-1 渡邉班

合計 70 報① . Kaneshiro J, Shioi G, Okamoto K, Onami S, *Watanabe TM. “Improvement in image
quality via the pseudo confocal effect in multidirectional digital scanned laser light-sheet
microscopy.” Opt Express 29: 24278-24288 (2021).
2. *Mizushima R, Inoue K, Fujiwara H, Iwane AH, *Watanabe TM, *Kimura A. “Multiplexed129
Xe HyperCEST MRI Detection of Genetically Reconstituted Bacterial Protein
Nanoparticles in Human Cancer Cells.” Contrast Media Mol Imaging 12: 2020:5425934(2020).
3. Matsumoto K, Mitani TT, Horiguchi SA, Kaneshiro J, Murakami TC, Mano T, Fujishima H,
Konno A, Watanabe TM, Hirai H, *Ueda HR. ”Advanced CUBIC tissue clearing for wholeorgan cell profiling.” Nat Protoc 14: 3506-37 (2019).
④ . Kaneshiro J, Okada Y, Shima T, Tsujii M, Imada K, Ichimura T, *Watanabe TM. “Second
harmonic generation polarization microscopy as a tool for protein structure analysis.”
Biophys Physicobiol 16: 147-57 (2019).
5. Nishiyama M, Namita T, Kondo K, Yamakawa M, *Shiina T.“Ring-array photoacoustic
tomography for imaging human finger vasculature.” J Biomed Opt 24: 1-12 (2019).

計画 A01-2 永井班

合計 80 報① . Ichimura T, Kakizuka T, Horikawa K, Seiriki K, Kasai A, Hashimoto H, Fujita K, Watanabe
TM, *Nagai T. “Exploring rare cellular activity in more than one million cells by a transscale
scope.” Sci Rep 11: 16539 (2021).
2. Shinoda H, Kai L, Nakashima R, Wazawa T, Noguchi K, Matsuda T, *Nagai T. “Acid-Tolerant
Reversibly Switchable Green Fluorescent Protein for Super-resolution Imaging under Acidic
Conditions.” Cell Chem Biol 26: 1469-79 (2019).
③ . Oketani R, Suda H, Uegaki K, Kubo T, Matsuda T, Yamanaka M, Arai Y, Smith N, Nagai T,*Fujita K. “Visible-wavelength two-photon excitation microscopy with multifocus scanningfor volumetric live-cell imaging.” J. Biomed. Opt. 25: 014502 (2019).
4. Endo M, Iwawaki T, Yoshimura H, *Ozawa T. “Photocleavable Cadherin Inhibits Cell-to-cellMechanotransduction by Light.”ACS Chem Biol 14: 2206-14 (2019).
5. Takenouchi O, Yoshimura H, *Ozawa T. “Unique Roles of β -Arrestin in GPCR Trafficking
Revealed by Photoinducible Dimerizers.” Sci Rep 8: 677 (2018).

計画 A01-3 城口班

合計 12 報① . Jin J§, Ogawa T§, Hojo N, Kryukov K, Shimizu K, Ikawa T, Imanishi T, Okazaki T,*Shiroguchi K. (§equally contributed) “Robotic data acquisition with deep learning enables
cell image-based prediction of transcriptomic phenotypes” Proc Natl Acad. Sci U S A 120(1): e2210283120 (2022).
2. Jin J, Yamamoto R, Takeuchi T, Cui G, Miyauchi E, Hojo N, Ikuta K, Ohno H, *Shiroguchi
K. “High-throughput identification and quantification of single bacterial cells in the
microbiota.” Nat Commun 13: 863 (2022).  
3. *Kimura S, Nakamura Y, Kobayashi N, Shiroguchi K, Kawakami E, Mutoh M, TakahashiIwanaga H, Yamada T, Hisamoto M, Nakamura M, Udagawa N, Sato S, Kaisho T, Iwanaga
T, *Hase K. “Osteoprotegerin-dependent M cell self-regulation balances gut infection andimmunity.” Nat Commun 11:234 (2020).

18 |News Letter No. 5 September 2023

RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果
4.

Miyamoto C, Kojo S, Yamashita M, Moro K, Lacaud G, Shiroguchi K, Taniuchi I, *Ebihara
T. “Runx/Cbf β complexes protect group 2 innate lymphoid cells from exhausted-like
hyporesponsiveness during allergic airway inflammation.” Nat Commun 10:447 (2019).

計画 A02-1 大浪班

合計 27 報1.

Azuma Y, Okada H, *Onami S. Systematic analysis of cell morphodynamics in C. elegans
early embryogenesis. Front Bioinform 3: 1082531 (2023).
2. *Sarkans U, Chiu W, Collinson L, Darrow MC, Ellenberg J, Grunwald D, Hériché JK, Iudin
A, Martins GG, Meehan T, Narayan K, Patwardhan A, Russell MRG, Saibil HR, StrambioDe-Castillia C, Swedlow JR, Tischer C, Uhlmann V, Verkade P, Barlow M, Barakat O, Birney
E, Catavitello C, Cawthorne C, Wagner-Conrad S, Duke E, Paul-Gilloteaux P, Gustin E,
Harkiolaki M, Kankaanpää P, Lemberger T, McEntyre J, Moore J, Nicholls AW, Onami S,
Parkinson H, Parsons M, Romanchikova M, Sofroniew N, Swoger J, Utz N, Voortman LM,
Wong F, Zhang P, *Kleywegt GJ, *Brazma A. REMBI: Recommended Metadata for Biological
Images-enabling reuse of microscopy data in biology. Nat Methods 18: 1418-1422 (2021).
3. *Swedlow JR, Kankaanpää P, Sarkans U, Goscinski W, Galloway G, Malacrida L, Sullivan
RP, Härtel S, Brown CM, Wood C, Keppler A, Paina F, Loos B, Zullino S, Longo DL, Aime S,*Onami S. A global view of standards for open image data formats and repositories. Nat
Methods 18: 1440-1446 (2021).
4. Kyoda K, Ho KHL, Itoga H, Tohsato Y, *Onami S. BD5: An open HDF5-based data format torepresent quantitative biological dynamics data. PLoS One 15: e0237468 (2020).
⑤ . *Shinkai S, Nakagawa M, Sugawara T, Togashi Y, Ochiai H, Nakato R, Taniguchi Y, *Onami
S.  PHi-C: deciphering Hi-C data into polymer dynamics. NAR Genom Bioinform 2: lqaa020(2020).

計画 A02-2 小松崎班

合計 57 報1.

Sattari S, Basak U, James R, Perrin L, Crutchfield J, *Komatsuzaki T. “Modes of information
flow in collective cohesion.” Sci Adv, 8: 6 (2022).
② . Basak US, Sattari S, Horikawa K, *Komatsuzaki T. Inferring “Domain of Interactions among
Particles from Ensemble of Trajectories.” Phys. Rev. E, Accepted (2020).
③ . Tabata K, *Nakamura A, Honda J, Komatsuzaki T, “A bad arm existence checking problem:
How to utilize asymmetric problem structure?” Mach Learn 109: 327-72 (2020).
4. *Komatsuzaki T, *Pressé S, *Senet P “Deciphering Molecular Complexity in Dynamics andKinetics – From the Single Molecule to the Single Cell Level.” J Phys Chem B 123: 6387-88(2019).
5. Helal KM, Taylor JN, Cahyadi H, Okajima A, Tabata K, Itoh Y, Tanaka H, Fujita K, *Harada Y,*Komatsuzaki T. “Raman spectroscopic histology using machine learning for nonalcoholic
fatty liver disease.” FEBS Lett 593: 2535–44 (2019).

計画 A03-1 坂内班
1.

2.

19 |

合計 60 報Okuzumi, A, Hatano, T, Matsumoto, G, Nojiri, S, Ueno, S, Imamichi Y, Kimura, H, Kakuta,
S, Kondo, A, Fukuhara, T, Li, Y, Funayama, M, Saiki, S, Taniguchi, D, Tsunemi, T, McIntyre,D, Gérardy, J, Mittelbronn, M, Krüger, R, Uchiyama, Y, Nukina, N, *Hattori, N.“Propagative
α-synuclein seeds as serum biomarkers for synucleinopathies.” Nat Medicine 29, 1448–
1455: (2023).
*Hiroshima M, Yasui M, Ueda M. “Large-scale single-molecule imaging aided by artificial
intelligence.” Microscopy (Oxf) 69: 69-78, (2020).

News Letter No. 5 September 2023

RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果
3.
4.

*Bannai H, Niwa F, Sakuragi S, Mikoshiba K. “Inhibitory synaptic transmission tuned by
Ca2+ and glutamate through the control of GABAAR lateral diffusion dynamics.” Dev GrowthDiffer doi.org/10.1111/dgd.12667 (2020).
Soeda Y, Saito M, Maeda S, Ishida K, Nakamura A, Kojima S, *Takashima A. “Methylene
blue inhibits formation of tau fibrils but not of granular tau oligomers: A plausible key tounderstanding failure of a clinical trial for Alzheimer's disease.” J Alzheimers Dis 68:167786 (2019).

計画 A03-2 堀川班

合計 31 報① . Maruhashi T, Sugiura D, Okazaki IM, Shimizu K, Maeda TK, Ikubo J, Yoshikawa H, Maenaka
K, Ishimaru N, Kosako H, Takemoto T, *Okazaki T. “Binding of LAG-3 to stable peptide-MHC
class II limits T cell function and suppresses autoimmunity and anti-cancer immunity.”
Immunity 55(5): 912-924 (2022).
② . Kakizuka T, Hara Y, Ohta Y, Mukai A, Ichiraku A, Arai Y, Ichimura T, Nagai T, *Horikawa K.,“Cellular logics bringing the symmetry breaking in spiral nucleation revealed by trans-scale
imaging.”bioRxiv, doi:10.1101/2020.06.29.176891 (2020).
3. Iida H, Furukawa Y, Teramoto M, Suzuki H, Takemoto T, Uchikawa M, *Kondoh H. “Sox2gene regulation via the D1 enhancer in embryonic neural tube and neural crest by the
combined action of SOX2 and ZIC2.” Genes Cells 25:242-56 (2020).
4. Yamamoto S, Uchida Y, Ohtani T, Nozaki E, Yin C, Gotoh Y, Yakushiji ‐ Kaminatsui
N, Higashiyama T, Suzuki T, Takemoto T, Shiraishi Y, *Kuroiwa A “Hoxa13 regulates
expression of common Hox target genes involved in cartilage development to coordinate
the expansion of the autopodal anlage.” Dev Growth Differ 61:228-51 (2019).
5. Morishima M, Horikawa K. *Funaki M. “Cardiomyocytes cultured on mechanicallycompliant substrates, but not on conventional culture devices, exhibit prominent
mitochondrial dysfunction due to reactive oxygen species and insulin resistance underhigh glucose.” PLoS One 13: e0201891 (2018).

計画 A03-3 橋本班

合計 48 報① . Nagai Y, Kisaka Y, Nomura K, Nishitani N, Andoh C, Koda M, Kawai H, Seiriki K, *Nagayasu
K, Kasai A, Shirakawa H, Nakazawa T, Hashimoto H, *Kaneko S. “Dorsal raphe serotonergic
neurons preferentially reactivate dorsal dentate gyrus cell ensembles associated withpositive experience.” Cell Rep 42: 112149 (2023).
② . Kawano S, Baba M, Fukushima H, Miura D, Hashimoto H, Nakazawa T. “Autism-associated
ANK2 regulates embryonic neurodevelopment.” Biochem Biophys Res Commun 605:4550 (2022).
③ . Tanuma M, *Kasai A, Bando K, Kotoku N, Harada K, Minoshima M, Higashino K, Kimishima A,
Arai M, Ago Y, Seiriki K, Kikuchi K, Kawata S, Fujita K, *Hashimoto H. “Direct visualizationof an antidepressant analog using surface-enhanced Raman scattering in the brain.” JCI
Insight, 5:e133348 (2020).
④ . Matsumura K, Seiriki K, Okada S, Nagase M, Ayabe S, Yamada I, Furuse T, Shibuya H,
Yasuda Y, Yamamori H, Fujimoto M, Nagayasu K, Yamamoto K, Kitagawa K, Miura H,
Gotoda-Nishimura N, Igarashi H, Hayashida M, Baba M, Kondo M, Hasebe S, Ueshima
K, Kasai A, Ago Y, Hayata-Takano A, Shintani N, Iguchi T, Sato M, Tamura M, Wakana S,
Yoshiki A, Watabe AM, Okano H, Takuma K, Hashimoto R, *Hashimoto H, *Nakazawa T.
“Pathogenic POGZ mutation causes impaired cortical development and reversible autismlike phenotypes.” Nat Commun 11: 859 (2020).

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RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果⑤ . Seiriki K, *Kasai A, Nakazawa T, Niu M, Naka Y, Tanuma M, Igarashi H, Yamaura K, HayataTakano A, Ago Y, *Hashimoto H. ”Whole-brain block-face serial microscopy tomography at
subcellular resolution using FAST.” Nat Protoc 14: 1509-29 (2019).

計画 A03-4 岡崎班

合計 52 報1.

Sugiura D, Okazaki IM, Maeda TK, Maruhashi T, Shimizu K, Arakaki R, Takemoto T,
Ishimaru N, *Okazaki T. “PD-1 agonism by anti-CD80 inhibits T cell activation and alleviates
autoimmunity.” Nat Immun 23: 399-410 (2022).
2. Shimizu K, Sugiura D, Okazaki IM, Maruhashi T, Takegami Y, Cheng C, Ozaki S, *Okazaki
T. “PD-1 imposes qualitative control of cellular transcriptomes in response to T cell
activation.” Mol Cell 77: 937-50 (2020).
3. Okamura H, Okazaki IM, Shimizu K, Maruhashi T, Sugiura D, Mizuno R, and *Okazaki
T. “PD-1 aborts the activation trajectory of autoreactive CD8+ T cells to prohibit theiracquisition of effector functions.” J Autoimmun 105: 102296  (2019).
④ . Sugiura D, Maruhashi T, Okazaki IM, Shimizu K, Maeda TK, Takemoto T, and *Okazaki T.
“Restriction of PD-1 function by cis-PD-L1/CD80 interactions is required for optimal T cell
responses.” Science, 364: 558-66, (2019).
⑤ . Nagai M, Noguchi R, Takahashi D, Morikawa T, Koshida K, Komiyama S, Ishihara N, Yamada
T, Kawamura YI, Muroi K, Hattori K, Kobayashi N, Fujimura Y, Hirota M, Matsumoto R, Aoki
R, Tamura-Nakano M, Sugiyama M, Katakai T, Sato S, Takubo K, Dohi T, *Hase K. “FastingRefeeding Impacts Immune Cell Dynamics and Mucosal Immune Responses.” Cell. 178:
1072-87, (2019).

公募 A01 班

合計 152 報

1.

*Hanaoka K, Iwaki S, Yagi K, Myochin T, Ikeno T, Ohno H, Sasaki E, Komatsu T, Ueno T,
Uchigashima M, Mikuni T, Tainaka K, Tahara S, Takeuchi S, Tahara T, Uchiyama M, Nagano T,*Urano Y. “General design strategy to precisely control the emission of fluorophores via atwisted intramolecular charge transfer (TICT) process.” J Am Chem Soc 144: 19778 (2022).
2. Liu N, *Matsumura H, Kato T, Ichinose S, Takada A, Namiki T, Asakawa K, Morinaga H,
Mohri Y, De Arcangelis A, Geroges-Labouesse E, *Nanba D, *Nishimura, EK. “Stem cellcompetition orchestrates skin homeostasis and ageing.” Nature 568: 344-350 (2019).
③ . Orioka M, Eguchi M, Mizui Y, Ikeda Y, Sakama A, Li Q, *Yoshimura H, Ozawa T, Citterio
D, *Hiruta Y. “A Series of Furimazine Derivatives for Sustained Live-cell Bioluminescence
Imaging and Application to the Monitoring of Myogenesis at Single-cell Level.” Bioconjug.
Chem., 33: 496-504 (2022).
4. Hirasawa T, Tachi K, Miyashita M, Okawa S, Kushibiki T, *Ishihara M. “Spectroscopic
photoacoustic microscopic imaging during single spatial scan using broadband excitation
light pulses with wavelength-dependent time delay.” Photoacoustics 26: 100364 (2022).
5. Satoh AO, Fujioka Y, Kashiwagi S, Yoshida A, Fujioka M, Sasajima H, Nanbo A, Amano M,*Ohba Y. “Interaction between PI3K and the VDAC2 channel tethers Ras-PI3K-positiveendosomes to mitochondria and promotes endosome maturation.” Cell Rep 42: 112229(2023).
6. Ugawa M, *Ota S. “High-speed 3D imaging flow cytometry with optofluidic spatialtransformation.” Biomed Opt Express 13: 3647-3656 (2022).

21 |News Letter No. 5 September 2023

RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果⑦ . Jahan A, Akter MT, Takemoto K, Oura T, Shitara A, Semba S, Nezu A, Suto S, Nagai T,
Tanimura A. "Insertion of circularly permuted cyan fluorescent protein into the ligandbinding domain of inositol 1,4,5-trisphosphate receptor for enhanced FRET upon bindingof fluorescent ligand" Cell calcium 108: 102668 (2022).
8. Oe M, Suzuki K, Miki K, Mu H, Ohe K. “Steric Control in Activator-Induced Nucleophilic
Quencher Detachment-Based Probes: High-Contrast Imaging of Aldehyde Dehydrogenase
1A1 in Cancer Stem Cells.” ChemPlusChem 87: e220200319 (2022).
9. Hosokawa T, Tanaka S, Mori T, Baba Y, *Katayama Y “Quiescent B cells acquire sensitivity
to cell cycle arresting agents by B cell receptor stimulation” Bio Pharm Bull 45: 847-850(2020).

公募 A02 班
1.
2.
3.

* 冨樫 祐一 , マイクロマシン集団の力学的相互干渉：「シンギュラリティ細胞」のモデルとして . 第 64 回システム制御情報学会研究発表講演会講演論文集 (2020).
Handa T, Harada A, Maehara K, Sato S, Nakao M, Goto N, Kurumizaka H, *Ohkawa Y,*Kimura H.“Kimura H.: Chromatin integration labeling for mapping DNA-binding proteinsand modifications with low input.” Nat Protoc 215: 3334-3360 (2020).
Murata O, Shindo Y, Ikeda Y, Iwasawa N, *Citterio D, *Oka K, *Hiruta Y. “Near-Infrared
Fluorescent Probes for Imaging of Intracellular Mg 2+ and Application to Multi-Color
Imaging of Mg2+, ATP, and Mitochondrial Membrane Potential.” Anal Chem 92:966-74(2020).

公募 A03 班
1.
2.
3.

4.

5.
6.
7.
8.

22 |

合計 25 報合計 392 報

Fujioka Y, Kashiwagi S, Yoshida A, Satoh AO, Fujioka M, Amano M, Yamauchi Y and Ohba
Y. “A method for the generation of pseudovirus particles bearing SARS coronavirus spike
protein in high yields.” Cell Struct Funct 47: 43-53 (2022).
Jiang H, Kimura T, Hai H, Yamamura R, *Sonoshita M. “Drosophila as a toolkit to tackle
cancer and its metabolism.” Frontier Onco 12: 982751 (2022).
Yoshizawa K, Matsura A, Shimada M, Ishida-Ishihara S, Sato F, Yamamoto T, Yaguchi K,
Kawamoto E, Kuroda T, Matsuo K, Tamaoki N, Sakai R, Shimada Y, Mishra M, and *Uehara
R. “Tetraploidy-linked sensitization to CENP-E inhibition in human cells” Mol Onco In press(2023).
Inoue M, Takeuchi A, Manita S, Horigane S-I, Sakamoto M, Kawakami R, Yamaguchi K,
Otomo K, Yokoyama H, Kim R, Yokoyama T, Takemoto-Kimura S, Abe M, Okamura M,
Kondo Y, Quirin S, Ramakrishnan C, Imamura T, Sakimura K, Nemoto T, Kano M, Fujii H,
Deisseroth K, Kitamura K, *Bito H. “Rational engineering of XCaMPs, a multicolor GECI
suite for in vivo imaging of complex brain circuit dynamics.” Cell 177: 1346-1360 (2019).
Arii J, Takeshima K, Maruzuru Y, Koyanagi N, Nakayama Y, Kato A, Mori Y, *Kawaguchi Y.
“Role of the arginine cluster in the disordered domain of Herpes Simplex Virus 1 UL34 forthe recruitment of ESCRT-III for viral primary envelopment.” J. Virol 96: e0170421 (2022).
Akutsu T, Mori T, Nakamura N, Kozawa S, Ueno Y, Sato TN. “On the complexity of tree edit
distance with variables.” LPICS 44: 1-14 (2022).
Perez CAG, Adachi S, Nong QD, Adhitama N, Matsuura T, Natsume T, Wada T, Kato Y,
Watanabe H. “Sense-overlapping lncRNA as a decoy of translational repressor protein for
dimorphic gene expression.” PLoS Genet 17: e1009683 (2021).
Kalfaoglu B, Almeida-Santos J, Tye CA, Satou Y, *Ono M. “T-cell hyperactivation andparalysis in severe COVID-19 infection revealed by single-cell analysis.” bioRxiv
2020.05.26.115923 (2020).

News Letter No. 5 September 2023

RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果
9.

*Kubo M, Nagashima R, Kurihara M, Kawakami F, Maekawa T, Eshima K ,Ohta E, Kato
H, Obata F. “Leucine-Rich Repeat Kinase 2 Controls Inflammatory Cytokines Production
through NF- κ B Phosphorylation and Antigen Presentation in Bone Marrow-Derived
Dendritic Cells.” Int J Mol Sci 21: 1890 (2020).
10. Miyamoto K, Hayabuchi H, Tokifuji Y, Ando M, Onishi N, Okamura T, Yoshimura A,*Chikuma S “A Protein Kinase D inhibitor suppresses AKT on T cells and antagonizes
cancer immunotherapy by Anti-PD-1.” Int Immunol 16: dxac035 (2022).
11. Akter E, Tasaki Y, Mori Y, Nakai K, Hachiya K, Lin H, Konno M, Kamasaki T, Tanabe
K, Umeda Y, Yamano S, Fujita Y, *Kon S. “Non-degradable autophagic vacuoles areindispensable for cell competition.” Cell Rep 40: 111292 (2022).
12. Matsumoto R, Suga H, Aoi T, Bando H, Fukuoka H, Iguchi G, Narumi S, Hasegawa T,
Muguruma K, Ogawa W, Takahashi Y. “Congenital pituitary hypoplasia model demonstrates
hypothalamic OTX2 regulation pf pituitary progenitor cells.” J Clin Investi 130, 641-654(2020).
13. Shibata AC, Ueda HH, Eto K, Onda M, Sato A, Ohba T, Nabekura J, *Murakoshi H.
“Photoactivatable CaMKII induces synaptic plasticity in single synapses.” Nat Commun 12:751 (2021).
14. Uno W, Ofuji K, Wymeersch F. J, *Takasato, M. “In vitro induction of prostate buds frommurine urogenital epithelium in the absence of mesenchymal cells.” Dev Biol 498: 49–60(2023).
15. Maeda J, Minamihisamatsu T, Shimojo M, Zhou X, Ono M, Matsuba Y, Ji B, Ishii H, Ogawa M,
Akatsu H, Kaneda D, Hashizume Y, Robinson JL, Lee VMY, Saito T, Saido TC, Troganowski
JQ, Zhang MR, Suhara T, Higuchi M, *Sahara N. “Distinct microglial response against
Alzheimer’s amyloid and tau pathologies characterized by P2Y12 receptor.” Brain Commun
3: fcab011 (2021).
16. Senoo H, Kamimura Y, Kimura R, Nakajima A, Sawai S, Sesaki H, *Iijima M “Phosphorylated
Rho-GDP directly activates mTORC2 kinase towards AKT through dimerization with RasGTP to regulate cell migration.” Nat Cell Biol 21:867 – 78 (2019).
17. Tsai C.J, Nagata T, Liu C, Suganuma T, Kanda T, Miyazaki T, Liu K, Saitoh T, Nagase H,
Lazarus M, Vogt K, Yanagisawa M, *Hayashi Y. “Cerebral capillary blood flow upsurge
during REM sleep is mediated by A2A receptors.” Cell Rep 17: 109558 (2021).
18. Maeda F, Kato A, Takeshima K, Shibazaki M, Sato R, Shibata T, Miyake K, Kozuka-Hata H,
Oyama M, Shimizu E, Imoto S, Miyano S, Adachi S, Natsume T, Takeuchi K, Maruzuru Y,
Koyanagi N, Arii J, *Kawaguchi Y. “Role of the Orphan Transporter SLC35E1 in the Nuclear
Egress of Herpes Simplex Virus 1.” J Virol 96: e0030622 (2022).
19. Tanno A, Tokutsu R, Arakaki Y, Ueki N, Minagawa J, Yoshimura K, Hisabori T, Nozaki H,*Wakabayashi K. “The four-celled Volvocales green alga Tetrabaena socialis exhibits weak
photobehavior and high-photoprotection ability.” PLoS ONE 16: e0259138 (2021).
20. Kato S, Maeda Y, Sugiyama D, Watanabe K, *Nishikawa H, *Hinohara K. “The cancer
epigenome: Non-cell autonomous player in tumor immunity.” Cancer Sci 114: 730-740(2023).
21. *Ono D, Wang H, Hung J.C, Wang T.H, Kon N, Yamanaka A, Li Y, Sugiyama T. “Networkdriven intracellular cAMP coordinates circadian rhythm in the suprachiasmatic nucleus.”
Sci Adv 9: 1 (2023).
22. *Enomoto M, Takemoto D, *Igaki T. “Interaction between Ras and Src clones causesinterdependent tumor malignancy via Notch signaling in Drosophila.” Dev Cell 56: 22232236 (2021).
23. Oginuma M, Nishida M, Ohmura-Adachi T, Abe K, Ogamino S, Mogi C, Matsui N, *Ishitani T.
“Rapid reverse genetics systems for Nothobranchius furzeri, a suitable model organism tostudy vertebrate aging.” Sci Rep 12: 11628 (2022).

23 |News Letter No. 5 September 2023

RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果
24. Kobayashi A, Hamada M, Yoshida MA, Kobayashi Y, Tsutsui N, Sekiguchi T, Matsukawa Y,
Maejima S, Gingell JJ, Sekiguchi S, Hamamoto A, Hay DL, Morris JF, Sakamoto T, *Sakamoto
H. “Vasopressin-oxytocin-type signaling is ancient and has a conserved water homeostasisrole in euryhaline marine planarians.” Sci Adv 8: eabk0331 (2022).
25. Kaneko R, Matsui A, Watanabe M, Harada Y, Kanamori M, Awata N, Kawazoe M, Takao T,
Kobayashi Y, Kikutake C, Suyama M, Saito T, Saido TC, *Ito M. “Increased neutrophils ininflammatory bowel disease accelerate the accumulation of amyloid plaques in the mousemodel of Alzheimer's disease.” Inflamm Regenerat 43(1): 20 (2023).
26. *Koyanagi M, Shen B, Nagata T, Sun L, Wada S, Kamimura S, Kage-Nakadai E, *Terakita A.
“High-performance optical control of GPCR signaling by bistable animal opsins MosOpn3
and LamPP in a molecular property-dependent manner.” Proc Natl Acad. Sci U S A 119:e2204341119 (2022).
27. Imaizumi K, Ideno H, Sato T, Morimoto S, *Okano H. “Pathogenic Mutation of TDP-43 Impairs
RNA Processing in a Cell Type-Specific Manner: Implications for the Pathogenesis of ALS/FTLD.” eNeuro 9 (2022).
28. Kogure YS, Muraoka H, Koizumi WC, Gelin-Alessi R, Godard B, Oka K, Heisenberg CP,*Hotta K. “Admp regulates tail bending by controlling ventral epidermal cell polarity via
phosphorylated myosin localization in Ciona.” Development 149: dev200215 (2022).
29. Matsushita N, Nishizawa K, Kato S, Iguchi Y, Fukabori R, *Takeuchi K, *Kobayashi K“Catecholaminergic cell type-specific expression of Cre recombinase in knock-in transgenic
rats generated by the Combi-CRISPR technology.” J Neurosci Method 381: 109707 (2022).
30. Inami S 1,Sato T 1, Kurata Y, Suzuki Y, Kitamoto T, and *Sakai T. “Consolidation andmaintenance of long-term memory involves dual functions of the developmental regulator
Apterous in clock neurons and mushroom bodies in the Drosophila brain.” PLoS Biol 19:
e3001459 (2021).
31. Yoshiko K, Kato K, Iida H, Teramoto M, Kawamura A, Watanabe Y, Nunome M, Nakano M,
Matsuda Y, Sato Y, Mizuno H, Iwasato T, Ishii Y, *Kondoh H. “Live imaging of avian epiblastand anterior mesendoderm grafting reveals the complexity of cell dynamics during earlybrain development.” Development 149: dev199999 (2022).
32. Kanazawa Y, *Omotehara T, Nakata H, Hirashima T, Itoh M “Three-dimensional analysis
and in vivo imaging for sperm release and transport in the murine seminiferous tubule.”
Reproduction 164: 9-18 (2022).
33. Itami C, Uesaka N, Huang JY, Lu HC, Sakimura K, Kano M, Kimura F. “Endocannabinoiddependent formation of columnar axonal projection in the mouse cerebral cortex.” Proc Natl
Acad Sci U S A 119: e2122700119 (2022).

24 |News Letter No. 5 September 2023

RESEARCH

シンギュラリティ生物学

研究成果
シンギュラリティ生物学向けデータポータルの運用について
A02-1 計画班（大浪班）で運用する SSBD1 では、シンギュラリティ生物学のデータマネジメントの立場から、
成果論文および共有いただいたデータをまとめた専用のデータポータル 2 を運用しています。成果論文を主に
PubMed3 および PMC4 から 1) 助成番号、2) 研究者名と所属をもとに絞り込み、研究班などの情報を付与し、SSBDのデータへのリンクとともに提供しています。現在 2,265
編の論文情報と 50 プロジェクトのデータが収集されています。データ公開のご要望についても引き続き受け付け SSBD を運営する大浪修一さん（左）、
糸賀裕弥さん（右）ております。
1

SSBD https://ssbd.riken.jp/
Papers related to Singularity Biology project https://ssbd.riken.jp/singbio/
3
PubMed https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
4
PubMed Central https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/
2

使い方
•
•
•

•

論文情報とタグ（研究班・助成番号）から簡単なキーワードによる絞り込みが可能です
ID に * が付いた論文は助成番号が確認できた論文です。Singularity Biology Certified (*) のチェックボックスを有効にすると助成番号が確認できた論文のみから絞り込みができます
SSBD でデータを公開している論文には SSBD:database および SSBD:repository へのリンクが表示されます。Data in SSBD のチェックボックスを有効にするとデータが公開された論文のみか
ら絞り込みができます
Clear / ShowAll によりキーワードによる絞り込みをやめることができます。チェックボックスの状態が反映されますので、シンギュラリティ生物学プロジェクトに関わるすべての論文の表示なども可能です。

シンギュラリティ生物学の成果をまとめた SSBD データベース

25 |News Letter No. 5 September 2023

AWARDS

シンギュラリティ生物学受賞
受賞
領域の若手の受賞 （受賞時の学年・ポジション）
A01-1 班Arno Germond（渡邉研研究員）第 14 回生物物理学会若手奨励賞
岡本和子 （渡邉研研究員）第 15 回生物物理学会若手招待講演賞
金城純一 （渡邉研研究員）Biophysics and Physicobiology Editor’s Choice Award
A01-2 班Atika Hanoum Rahasta		（永井研博士前期課程 2 年）第 23 回産研国際シンポジウム Young Poster Awards
伊藤友希乃（永井研博士前期課程 1 年）第 23 回産研国際シンポジウム Young Poster Awards
篠田肇（理研研究員）第 15 回日本生物物理学会若手奨励賞
野間涼平 	 （永井研博士前期課程１年）第 29 回日本バイオイメージング学会学術集会
		
ベストイメージング賞ニコン賞
野間涼平 （永井研博士前期課程２年）第 25 回産研国際シンポジウムポスター賞
A03-3 班竹内修斗 （橋本研博士前期課程１年）第 40 回日本生物学的精神医学会・
		
第 61 回日本神経化学会大会合同年会 若手道場優秀発表賞
勢力薫（橋本研招へい教員）平成３０年度日本薬学会近畿支部奨励賞
松村憲佑 （橋本研博士課程４年）Neuro2019 若手道場優秀発表賞
田沼将人 （橋本研博士課程１年）Neuro2019 若手道場優秀発表賞
塚田信司 （橋本研博士前期課程２年）第 136 回日本薬理学会近畿部会学生優秀発表賞
松村憲佑 （橋本研博士課程４年）大阪大学沢井記念薬友会賞 奨励賞
山本果奈 	 （橋本研博士前期課程 2 年）大阪大学沢井記念薬友会賞 若手奨励賞
植野寛貴 （学部 6 年）第 139 回日本薬理学会近畿部会学生優秀発表賞
平戸祐充 （博士後期課程 1 年）第 139 回日本薬理学会近畿部会学生優秀発表賞
山野結衣 （博士前期課程 1 年）第 43 回日本生物学的精神医学会・
		
第 51 回日本神経精神薬理学会合同年会 BPNP2021 注目演題賞
宮司渓汰 （博士前期課程 2 年）次世代を担う若手のための創薬・
		
医療薬理シンポジウム 2021 優秀口頭発表賞
北川航平 （博士前期課程 2 年）生体機能と創薬シンポジウム 2021 ポスター発表賞
竹本智哉 （博士前期課程 1 年）第 140 回日本薬理学会近畿部会学生優秀発表賞
田沼将人 （博士課程 4 年）MCCSasia 優秀発表賞
笠井淳司 （准教授）2022 年度 日本神経化学会優秀賞
新谷勇介 （博士後期課程 3 年 ) 生体機能と創薬シンポジウム 2022 最優秀発表賞
生田学登 ( 博士前期課程 1 年）VPAC ISBAP2022 Outstanding Poster Presentation Award
山野結衣 （博士前期課程 2 年）VPAC ISBAP2022 Best Poster Presentation Award
藤本柚香 ( 博士前期課程 1 年）VPAC ISBAP2022 Best Poster Presentation Award

26 |News Letter No. 5 September 2023

AWARDS

シンギュラリティ生物学受賞
田沼将人 （博士課程 4 年）第 96 回日本薬理学会年会にて、年会優秀発表賞
竹本智哉 （博士前期課程 2 年）
児嶋玲央 （学部 4 年）日本薬学会第 143 年会 学生優秀発表賞
A03-4 班
丸橋拓海
丸橋拓海
丸橋拓海
前田菜摘
杉浦大祐
杉浦大祐
丸橋拓海

（岡崎研特任助教）2018 年度岡奨学賞（岡崎研特任助教）2019 年度徳島大学若手研究者学長表彰（岡崎研特任助教）2020 年第 15 回免疫学会研究奨励賞（岡崎研大学院生）2019 年度康楽賞（岡崎研特任助教）2019 年度徳島大学若手研究者学長表彰（岡崎研特任助教）第 14 回日本免疫学会研究奨励賞（助教）第 51 回日本免疫学会学術集会 ベストポスター賞

A01 公募班
池田裕真 （蛭田研博士課程 3 年）第 35 回生物発光化学発光研究会ルミカ賞研究代表者の受賞
1. 2023/2/24 第 15 回中谷賞大賞.
永井健治：革新的生物発光タンパク質の開発と生理機能計測の先駆的研究
2. 2021/11 Discovery Programme Foundation Awards

小野昌弘

3. 2021/9/27 第 21 回山崎貞一賞（一般財団法人材料科学技術振興財団）.
永井健治：高機能化学発光タンパク質の開発と応用展開
4. 2021/4/14 令和３年科学技術分野の文部科学大臣表彰 研究部門.
岡崎拓：抑制性免疫補助受容体による T 細胞機能制御機構の研究
5. 2020/7/4 第 35 回 (2020 年度 ) 日本顕微鏡学会論文賞.
和沢鉄一、新井由之、河原吉伸、高内大貴、鷲尾隆、永井健治：.
Highly biocompatible super-resolution fluorescence imaging using the fast photoswitchingfluorescent protein Kohinoor and SPoD-ExPAN with Lp-regularization image reconstruction  6. 2020/1/29 令和元年度（2019 年度）中谷賞奨励賞.
城口克之：生体１分子計測技術の開発：蛋白質の動態観察から核酸定量計測への発展
7. 2018/10/31 第 36 回（平成 30 年度）大阪科学賞.
永井健治：「蛍光・化学発光タンパク質の開発と応用展開」
8. 2018/9/28 Blue Flame Award from Addgene

永井健治

9. 2018/8/8 第 3 回（2018 年）日本光生物学協会賞.
永井健治：「高輝度化学発光バイオ光源の開発とその応用利用」

27 |News Letter No. 5 September 2023

ORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織
総括班
総括班は AMATERAS の開発、領域内外の共有体制の構築、シンギュラリティ生物学を推進するため領域運営、ネットワーク型シンギュラリティ生物学共同研究拠点の構築を行
いました。

研究代表者
永井 健治（大阪大学）

領域総括、領域運営方針策定、AMATERAS 開発、.
研究拠点（阪大）の確立

研究協力者（所属は領域終了時）
AMATERAS 開発

長原 一 , 藤田 克昌 , 新間 秀一 , 市村 垂生（大阪大学）.
渡邉 朋信 , 城口 克之（理研 BDR）

国際トレーニングコース
開催

橋本 均（大阪大学）, 大浪 修一（理研 BDR）

国際シンポジウム開催

小松崎民樹（北海道大学）

ニュースレター.
アウトリーチ

坂内 博子（早稲田大学）, 堀川 一樹（徳島大学）,.
岡崎 拓（東京大学）

研究会開催

渡邉 朋信 , 城口 克之（理研 BDR）

領域事務岡崎 拓（東京大学）

アドバイザー
アドバイザー

石渡 信一
山本 雅
馬場 嘉信
高木 利久

海外アドバイザー

Robert E. Campbell ：Feng Zhang
  ：
Haw Yang：
Steve Presse：
James Lee：

28 |News Letter No. 5 September 2023

：
：
：
：

早大・名誉教授
OIST・教授
名大・教授
富山国際大・教授
アルバータ大学
MIT
プリンストン大学
アリゾナ州立大学
DRVision Technol・CEO

ORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織
計画班
計画班は、希少で機能的に重要なシンギュラリティ細胞が如何にして時空間階層を超えてシステム全体に不連続な影響を及ぼし得るか ? という問いに対して、「観察・分析・操作」の効果的な循環サイクルを通してアプローチし、シンギュラリティ生物学の創生ならびに
新たな研究分野を生み出す知見の発信をリードしました。

A01 班
A01-1 班A01-2 班A01-3 班

A02 班
A02-1 班A02-2 班

A03 班
A03-1 班A03-2 班A03-3 班シンギュラリティ細胞の計測・操作技術の開発
シンギュラリティ細胞を発見・追跡する光学基盤技術の開発と実証
シンギュラリティ細胞を探索・操作するための細胞機能 3 次元可視化・光操作技術の開発
シンギュラリティ細胞の内部状態を同定するための細胞操作＆遺伝子発現解析法の開発

理研

永井 健治

阪大

城口 克之

理研

シンギュラリティ現象を解析するための数理・情報技術開発
シンギュラリティ細胞の同定と解析のためのイン
フォマティクス技術の開発
細胞集団とシンギュラリティ細胞のデータ駆動型数理解析技術の開発

大浪 修一

理研

小松崎 民樹北大

シンギュラリティ現象の生物学的意義の解明
神経変性疾患におけるシンギュラリティ現象の解析と分子機構の解明
多細胞システムのパターン形成を駆動するシンギュ
ラリティ細胞の同定と操作
組織全細胞イメージング法を用いた精神疾患発症起点となるシンギュラリティ細胞の探索

A03-4 班 免疫とがんを支配するシンギュラリティ細胞の解明

29 |

渡邉 朋信

News Letter No. 5 September 2023

坂内 博子

早大

堀川 一樹

徳大

橋本 均

阪大

岡崎 拓

東大

ORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織
技術開発支援班
技術開発支援班は、シンギュラリティ生物学班員の産学共創によって、1 企業では実現困難な、従来の顕微鏡の概念を一新する『ナノからマクロまでスケール横断的にマルチモーダル観察し、シンギュラリティ細胞の分取・解析を可能にする「観察・操作・分析」統合
デバイス』AMATERAS の開発を支援しました。

アンドール・テクノロジー Ltd

株式会社エビデント

シグマ光機株式会社

ソーラボジャパン株式会社

ナノフォトン株式会社

浜松ホトニクス株式会社

ヘルツ株式会社

エルピクセル株式会社

株式会社オンチップバイオテクノロジーズ

シスメックス株式会社

中央精機株式会社

株式会社ニコンインステック

富士フイルム和光純薬株式会社

モレキュラーデバイスジャパン株式会社

ヨダカ技研株式会社

30 |News Letter No. 5 September 2023

AIVIA

株式会社オプトライン

クロマテクノロジジャパン合同会社

スペクトラ・フィジックス株式会社

株式会社東海ヒット

バイオ・ラッドラボラトリーズ株式会社

株式会社ベックス

ヤマト科学株式会社株式会社マンダムORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織2019~2020 年公募班
A01 班
花岡 健二郎東大・薬.
慶應・薬pH を指標にした生体内特異点の可視化を目指した蛍光プローブの創製

難波 大輔

東京医科歯科大・.
難治研

ヒト幹細胞培養系に出現する異質細胞の非侵襲的検出法の開発とその出現機構の解明

蛭田 勇樹

慶大・理工

時空間トランススケールイメージングを可能にする高分子ケージドルシフェリンの開発

石原 美弥

防衛医科大学校・.
医学

光音響イメージングに基づく臓器横断的なシンギュラリ
ティ現象の解明

冨樫 祐一

広大・理

シンギュラリティ細胞が率いる集団を表現する機械論的モデルの構成原田 哲仁

九大・生体研

単一細胞 multi-omics によるシンギュラリティー細胞同定技術の開発

岡 浩太郎

慶大・理工

神経回路形成時のシンギュラリティ細胞の検出近藤 洋平

自然科学研究機構

時空間モデルの推定と「予測不可能性の定量」にもとづ
くシンギュラリティ細胞の同定

大場 雄介

北大・医

インフルエンザウイルス感染におけるシンギュラリ
ティ

園下 将大

北大・遺伝子病

少数細胞が規定する膵臓がん発生過程の解明

上原 亮太

北大・先端生命

ガン形成を駆動する普遍的レアイベント「倍数性逆転」の発生原理に迫る

狩野 方伸

東大・医

発達脳のシナプス刈り込みにおけるシンギュラリティ
現象のイメージング解析

有井 潤

東大・医科研.
神戸大・医

生死を分ける脳炎発火点の解明

中村 直俊

京大・医

極値統計理論を用いた、外れ値免疫細胞の動態の数理
解析

A02 班

A03 班

31 |

News Letter No. 5 September 2023

ORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織

加藤 泰彦

阪大・工

環境に応答して胚発生の司令塔オーガナイザーをオス化するシンギュラリティ細胞の同定

小野 昌弘

熊本大・インペリア
ルカレッジロンドン

時間免疫学と１細胞解析の融合による免疫反応におけるシンギュラリティ現象の解明

山口 知也

熊大・生命科学

肺がんにおける腫瘍内不均一性を統括するシンギュラ
リティ細胞の探索と機能解明

太田 悦朗

北里大・医療衛生

疾患特異的 iPS 細胞を用いたモザイシズムによるシン
ギュラリティ現象の解析

竹馬 俊介

慶大・医

自己免疫疾患の発症・非発症を規定する特異点の検出

昆 俊亮

東京理科大・生命科学

がん細胞が出現した正常間質組織でのシンギュラリ
ティ現象の解明

六車 恵子

関西医科大・医てんかん発作を惹起するシンギュラリティ構造の同定
と制御

村越 秀治

生理研

シンギュラリティシナプスの探索と機能解析

高里 実

理研・BDR

ＭＥＴイベントのリアルタイム評価系を用いたシン
ギュラリティ環境の特異性の理解

佐原 成彦

量研機構

マルチモーダル生体イメージングシステムを活用した
タウ蛋白質相転移メカニズムの解明

船山 典子

京大・理

体内で多数、多種類の細胞の中から全能性幹細胞のみを凝集させるカイメン芽球形成機構

東大・総文

集団運動転移を先導する粘菌スター細胞とそのシンギュ
ラリティ性の解析

班友
澤井 哲

32 |

News Letter No. 5 September 2023

ORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織2021~2022 年公募班
A01 班
藤岡 容一朗北大・医カルシウムシグナルが駆動するウイルス感染のシンギュ
ラリティ現象の解析

太田 禎生

東大・先端研接着シンギュラリティ細胞の動態から分子まで捉える
ネットワーク化計測

難波 大輔

東京医科歯科大・.
難治研

幹細胞培養系に出現するシンギュラリティ細胞の検出および解析技術の開発

竹本 研

三重大・医

マルチタスクかつハイスループットな特徴を持つ光操作
技術の創生

三木 康嗣

京大・工

２つの生体内刺激の同時検出を可能にする分子プローブの創製とがん幹細胞の悪性度評価

田中 伸弥

九大・生体研

自己反応性シンギュラリティＴ細胞をラベリングする新規システムの構築と動態解析

蛭田 勇樹

慶大・理工

時空間トランススケールイメージングを可能にする超分子ケージドルシフェリンの開発

石原 美弥

防衛医科大・医３次元空間でのシンギュラリティ細胞特定のための光音
響イメージング

林悠筑波大・IIIS

レム睡眠制御細胞を起点とした脳の生理と進化のシン
ギュラリティ

中西 未央

千葉大・医

シンギュラリティ細胞の脱分化による組織維持・再生機
構の解明

丸鶴 雄平

東大・医科研デジタルウイルス増殖機構の解析

若林 憲一

東工大・.
科学技術創成研究院

あまのじゃく細胞から紐解く藻類走光性の生理的意義の解明加藤 真一郎名大・医

表現型追跡技術が解き明かすがん治療耐性化のシンギュ
ラリティ

小野 大輔

名大・環医研

概日時計が制御するシンギュラリティー神経回路の探索

榎本 将人

京大・生命科学

組織修復の時空間制御を司るシンギュラリティ細胞の解
析

荻沼 政之

阪大・微生物病研

発生時計シンギュラリティ現象の解明

A03 班

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News Letter No. 5 September 2023

ORGANIZATION

シンギュラリティ生物学

研究組織
坂本 竜哉

岡山大・自然科学“ パイオニア ” 動物でひもとく海から淡水、陸上への進出をもたらしたシンギュラリティ

伊藤 美菜子

九大・生体研神経精神疾患発症における免疫応答によるシンギュラリ
ティの解明

小野 昌弘

熊本大・インペリア
ルカレッジロンドン

新規技術を用いたＴ細胞の時空間動態測定による免疫系
シンギュラリティ現象解明

小柳 光正

大阪市立大・理眼の進化におけるシンギュラリティ現象の解析

太田 悦朗

北里大・医療衛生

疾患特異的 iPS 細胞を用いた神経炎症を引き起こすシン
ギュラリティ現象の解析

今泉 研人

慶大・医

臓器形成における自発的対称性の破れをオルガノイドモ
デルで明らかにする

竹馬 俊介

慶大・医

自己免疫疾患の発症・非発症を規定する特異点の検出

堀田 耕司

慶大・理工

ホヤ変態開始機構の定量解析

昆 俊亮

東京理科大・.
生命科学

がん細胞が誕生した正常間質組織でのシンギュラリティ
現象の解明

武内 恒成

愛知医科大・医人工シナプスコネクターによるシンギュラリティシナプ
スの人為的構築とその制御

高里 実

国立研究開発法人.
理化学研究所腎ネフロン形成現象を司るリーダー細胞の同定と特異性
の理解

佐原 成彦

量研機構

ニューロン－ミクログリア連関の破綻を起因としたタウ
蛋白質相転移メカニズムの解明

坂井 貴臣

都立大・理

光により駆動するシンギュラリティ細胞による長期記憶維持システムの解明

佐藤 有紀

九大・医

全細胞挙動履歴から血管ネットワーク形成の特異点を探
る

原田 哲仁

九大・生体研

位置情報を保持したシンギュラリティ細胞の遺伝子発現測定技術の開発

平島 剛志

京大・医

生殖細胞集団動態のシンギュラリティを生み出す運動
能プロファイル

上阪 直史

東京医科歯科大・.
医歯薬

脳腫瘍細胞の進展を決定づけるシンギュラリティ現象
の実態解明

班友

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News Letter No. 5 September 2023

POSTSCRIPT

シンギュラリティ生物学

シンギュラリティな瞬間（とき）とき

シンギュラリティな瞬間
５年間の新学術領域「シンギュラリティ生物学」の活動も、2022 年度末をもってついに終了となりました。この領域が立ち上がる時には全く想像がつかなかったことは、新型コロナウイルスの流行のため、人と人が対面で接する多くの機会が失われたことです（パンデミックはまさにシンギュラリティ現象でした！）。
それでも最後の 2022 年度、これまで得られた成果をどう発展させるべきか、シンギュラリティ生物学の次のステージについて議論する「デザイン思考研究会」を石和温泉と牛窓で開催できたことや、“Beyond
Singularity” をキャッチコピーとした本領域共催シンポジウム「科学技術特異点 / トランススケールイメー
ジングが拓くシンギュラリティ生物学：生命科学研究の特異点 Scientific and Technological Singularity ／Singularity in bio-science research by Trans-Scale Imaging」が第 45 回日本分子生物学会にて対面で開催できたこと、そして成果報告シンポジウムで直接議論することができたことは大変有意義であったと思います。
様々なユニークな研究と出会い、また AMATERAS や SSBD といった革新的なイメージング装置やデータベースの誕生を間近で見ることができたこの５年間は、私にとって文字通り「シンギュラリティな瞬間」でした。
現在、シンギュラリティ生物学に参画したメンバーが新たなサイエンスを創生しようとする動きがあちこちで起こっています。私もシンギュラリティ領域メンバーの一人として、科学に変革を起こせるような「シンギュラリティ細胞」となりたいと願っています。（A03-1 班 ニュースレター・アウトリーチ担当 坂内博子）

左：2022 年 12 月 1 日第 45 回日本分子生物学会シンポジウム
右：2023 年 3 月 10 日。シンギュラリティ生物学成果報告シンポジウム※本領域新学術領域は、SDGs Action の一環として、ニュースレターのデジタル配信により、ペーパーレス化を行っております。

新学術領域研究「シンギュラリティ生物学」
領域代表者：永井 健治
事務局

Email：secretariat@singularity-bio.jp

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