GBitsno. 39

データ公開

free and open access to biodiversity data

GBIFポータルに新機能登場
GBIFポータルの新しいバージョンがリリースされ、GBIFを通じてアクセスできる生物種の分布記録がさらに充実しました。
ポータルサイト内、分布記録の詳細ページでは、これまでより多い項目の情報にアクセスできるようになりました。
これは、最近GBIFが採用した複数のサーバーを使用することを可能にする新規の分散技術により実現したものです。
以前のバージョンでは150あるDarwin Core standardのタームのうち、約30しか表示できませんでしたが、今回、公開者が公開したその他の詳細情報（サンプリング法、収集者の名称およびフィールドノートなど）にアクセスすることができるようになりました。
一例として、ロイヤル・ボタニック・ガーデン・エディン
バラにより公開されたアンデスイチイマキの分布記録では、この種がチリで収集された際の分布域についての子細な記録を閲覧することができます。この他、カンザス植物標本館の地衣類の標本に関するページでは、記録者の氏名や土壌の状態に関する情報、その標本が収集された場所に関するその他の情報を閲覧可能です。
これらの新たに拡大した分布記録のダウンロードには、各記録について公開されたすべての情報が含まれます。
また、これまで何年にもわたり、分布記録を「type status」により検索する機能に対する要望が寄せられてきました。
ここでのtypeは、博物館や植物標本館に保管されている動植物の名称が正式に添付された物理的標本を参照します。
したがって、この情報は分類群の研究者にとっては決定的に重要なものです。このフィルタは分布記録の検索ページで利用することができ、正基準標本（Holotype）との指定を受けた記録などのクエリも利用できます。

Mar 2014

2

分類群研究の現場からリアルタイムにデータを公開
ポルトガルから初めてのデータペーパーが公開

新規データ

2

ベナン
台湾
チェコ共和国
オランダ
スペイン
フランス
ドイツ
コロンビア
米国
カナダ
Pensoft 出版社

GBIFネットワーク内外の活動

3

TraitBank が発足
OpenUp! が160万点のマルチメディアオブジェクトをモビライズ
ゲノム情報ポータルに関する白書公開
スペインで新しいGBIFポータルに関するワークショップ開催

公募情報

4

GBIFデータの内容・利用の向上を図る
ポストを新規に募集
2014年GBIF科学賞の候補者の推薦を募集中

今後の予定

5

ミーティングとカンファレンス
トレーニングコース

今回のリリースは、GBIFポータルを介して利用できる情報を拡充する2段階のプロセスの最初の段階となります。
今後数週間に行われる次回の機能のリリースでは、ユーザ
ーは分布記録に関連する画像を閲覧し、音声や動画のファイルにアクセスできるようになる予定です。

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GBits
データ公開
分類学研究の現場からリアルタイムにデータを公開
分類学研究とGBIFその他のネットワークを介したオープンなデータ公開をつなぐ新たなシステムが実現し、研究者と一般ユーザーは、地球上における新たな種の発見を支えるデータに即時アクセスすることができるようになりました。
Pensoft Publishers社とのパートナーシップは、研究の結論をバックアップする豊富な「スモールデータ」を放出し、保存していくための道を拓くものです。こうしたデータはこれまでしばしば、ジャーナルへの論文掲載から2、3年で失われていました。
新たな連携が機能した初めての例として、Biodiversity
Data Journal誌に、ボルネオにおけるフィールドコースにてわずか1か月前に発見され、現地から衛星経由で報告された新種のクモ「Crassignatha
danaugirangensis」に関する査読済みのディスクリプションが掲載されました。ジャーナルが論文を公開した直後、自然の中でこのクモが存在した地点を示すデータ がGBIFにより自動的に回収され、画像や種の説明など、よりリッチなデータがエンサイクロペディ
ア・オブ・ライフ（EOL）にエクスポートされました。

GBIFベナンはまた、国の南東部に位置するボヌー、イチェド、ポベの森の樹木インベントリから1000件のレコードも公開しました。両インベントリは持続的な森林管理を行うべく情報を収集するために構築されたものです。

台湾
台湾がGBIFポータルを通じて、100,000件を超える植物標本の記録を公開しました。1895年にさかのぼる記録を含むこのデータセットには、Gentiana scabrida Hayata、Cycas taitungensis、Begonia chitoensis、Gastrochilus
fuscopunctatusなど地域特有の種が含まれます。これらのデータは、台湾に分布する維管束植物類の種の約95%の代表的標本を所蔵する国立台湾大学の植物標本館のコレクションから提供されたものです。このコレクション
では、26万点ある標本の大半がすでにディジタル化されています。

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ポルトガルから初めてのデータペーパーが公開
ポルトガルの研究者グループが同国で初めて、GBIFを介して共有された生物学的コレクションのデータペーパーを公開しました。Miguel Monteiro氏らが執筆し、Zookeys誌に掲載された論文には、ポルトガルのGBIFノードを務める熱帯研究所（在リスボン）に保存されたアンゴラの鳥のコレクションについての説明がなされています。熱帯研究所は、ホオカザリヅル（ Gruscarunculata ） や Gabela bush-shrike （ Laniariusamboimensis）などの絶滅危惧種を含めた161の種、361の亜種にわたる1560件の鳥の標本を所蔵しています。

Gentiana scabrida Hayata By Chun-Kuei Liao CC-BY-NC

チェコ共和国

データペーパーとは特定のデータセットまたはデータセット群について説明した検索可能なメタデータドキ
ュメントをいいます。学術ジャーナルに査読付き論文の形で発表されます。

プラハ国立博物館はチェコ共和国で初めて、GBIFを通じてデータセットを公開しました。その56,300件の記録は、博物館の植物学、昆虫学、菌学、動物学、および古生物学のコレクションに関するものです。チェコ共和国はまだGBIFに国として参加はしておらず、同博物館は欧州分類学研究コンソーシアムによりデータ公開者として承認されています。そのコレクションは、BioCASe（生物学コレクション・アクセスサービス）を通じて収集されたものです。

新規データ

オランダ

ベナン
GBIFベナンは、同国の植物センサスに基づく10,000件を超えるデータを公開しました。そのデータセットには、マリの伝統的な泥染め布の生産に用いられる植物のひとつ、Wild syringa（Burkea Africana）やAnogeissus leiocarpaの他、医療目的で使用されるPterocarpus erinaceusなど文化的・経済的に重要な種が含まれます。

2

アムステルダム市が、市内の港湾エリアで実施した都市部魚類モニタリングプロジェクトで得られた8,900件の記録を公開しました。この魚類の生物多様性調査は商業的ウナギ漁業者のPiet Ruijter氏が実施したものです。同氏は15歳の頃からアムステルダムで漁を続けてきました。
その調査のため、Ruijter氏は長袋網（fyke net）を使用してきました。長袋網とはリングを用いて口を開放した袋型のネットであり、通常ウナギを捕獲するために使用されます。

no 3 Mar 2014

スペイン

コロンビア

バルセロナ植物園は、地中海沿岸の植物相を保存するレファレンスセンターとして機能するべく設立されたシードバンクから3,000件近い記録を公開しました。データの大半は南ヨーロッパ、北アフリカ、および中東のものですが、この他にも、オーストラリア、チリ、米国、および南アフリカの記録も含まれます。

国際熱帯農業研究センターが1975年から2012年の間に記録した草食性ダニに関する1,500件の記録を公開しました。

バルセロナからはさらに自然史博物館が陸生軟体動物の観察記録を含むデータセットを公開しました。この記録は、地中海に並行して山脈が走るセララーダ・リトラ
ル自然公園（カタルーニャ地方）において、保全計画の策定を目的としたアセスメントの過程で収集されたものです。
スペイン北西部に位置するレオン大学の植物標本館が、地衣類に関する9,000件の記録を公開しました。これらのデータはイベリア半島北部の研究者らにより収集されたものです。

フランス
国立農業研究所（INRA）が農業研究に関する2つのデータセットを公開しました。
INRAは、地中海地域原産のマメ科植物、ウマゴヤシ（Medicago）属の大規模なコレクションを所有しています。このデータセットの中の1つは主に、ゲノム研究に用いられる種であるタルウマゴヤシ（Medicagotruncatula）とその他の2種（Medicago littoralisおよびMedicago tornata）の標本記録で構成されています。
もう一つのデータセットは、INRAが試験管内で保持する、あるいは土壌で塊茎の形で生産されたジャガイモ（Solanum tuberosum）についてのものであり、遺伝子資源として利用することができます。これらの生体試料は過去にフランスで栽培されていた古いジャガイモの品種に由来し、INRAの研究者およびフランスの種苗会社の生産者により収集されたものです。
フランスからはこの他、中央フランスクレルモン＝フェランにあるアンリ・ルコック自然博物館から2つのデータセットなど、数々の歴史的に重要な記録が公開されました。その中の一つが1790年から1913年の間に収集されたバラ科（Rosaceae）植物の標本であり、もう一つは19世紀中頃に収集された淡水軟体動物の記録です。また、ストラスブール動物学博物館が19世紀に収集された海綿のデータ記録を公開しました。

ドイツ
ライプニッツDSMZ研究所が、粘液細菌に関する6,900件の記録を公開しました。粘液細菌は土壌内に住み、不溶性の有機物を主食にする生物種です。この研究所のコレクションは、粘液細菌7,000株で構成されています。

Mononychellus属のうちいくつかの種は、熱帯の多くの地域で主食とされるキャッサバ に被害をおよぼす害虫です。データセットは観測・標本ベースの分布記録で構成され、記録の大半はこの属の南米における固有の生息範囲から得られたものであり、その他の記録は中央アメリカ6カ国、アフリカ4ヶ国、そしてアジア2ヶ国で収集された。
アレクサンダー・フォン・フンボルト研究所は、南米、中央アメリカに特有のアルペン・ツンドラ気候の生態系タイプであるパラモの動植物相に関する2,700件の記録を公開しました。データはコロンビア南西部、ソタラ行政区で収集されたものです。

米国
オハイオ州立大学の生物多様性博物館は、ボロア生物音響学研究所が収集した鳥類、動物類、および昆虫類の音声録音から、42,700件の観察記録を公開しました。
この研究所は世界最大規模の動物の音声アーカイブを所有しています。

カナダ
アルバータ大学維管束植物標本館 が、同植物標本館に所蔵する半数を超える標本に関する69,000件の記録を公開しました。公開されたデータは、西部北極圏に重点を置きつつも、ほぼ世界中から集められたものです。

Pensoft 出版社
北米におけるキノコバエ Megophthalmidia 属に属する17の種の分析から得られたデータ記録（新種8種を含む）がGBIFを通じて利用可能になりました。この種については、査読付きのオープンアクセスジャーナ
ルZooKeys誌に掲載された論文の中で記述されています。
主にキノコバエで構成されるキノコバエ科に属するMegophthalmidia属は、その幼虫が植物の根とキノコを主食とし、それらの分解を助けるためこの名前が付けられました。

GBIFネットワーク内外の活動
TraitBankが発足
エンサイクロペディア・オブ・ライフ（EOL）がTraitBankと呼ばれる新たなサービスを立ち上げました。これはEOLのデータベースに含まれる種に関連する形質、サイズ、相互作用、およびその他の属性を検索できるリポジトリです。

3

このサイトは、272,000の分類群について、250を超える属性に関し300万件以上の記録を備えています。

ゲノム情報ポータルに関する白書公開

詳しくはこちら

地球規模ゲノム生物多様性ネットワーク（GGBN）に関する白書が公開されました。

OpenUp!が160万点のマルチメディアオブジェクトを結集
EUプロジェクトOpenUp! は、その誕生から3年間で自然史に関係する160万点を超えるマルチメディアオブジェクトを結集し、利用可能としてきました。
オブジェクトには、BioCASeとGBIFツールがベースの欧州ディジタルライブラリ「Europeana」を通じてアクセスすることができます。このデータの結集により、このプロジェクトはコンテンツ数でEuropeanaの中でトップ10にランクするまでに成長しています。

GBIFはGGBNのパートナーです。GGBNは質の高い、充分な記録と証拠に裏打ちされた多様な生物のDNAま
たは組織のサンプルを保存し、生物多様性リポジトリコミュニティのネットワークを通じた研究のための検索できるコレクションの構築を第一の目的として2011年に設立されました。これがGGBNポータルサイトを通じて実現されました。これは世界各地に分散したデータベースをつなぎ、生物多様性リポジトリ（自然史コレクション,生体組織バンク、DNAバンク、文化的コレクション）やシーケンスデータベース、研究結果間のギャップをうめるものです。
ここで基礎となっている標本データはすべて、GBIFを介して公開されたものです。

スペインで新しいGBIFポータルに関するワークショップ開催
GBIFスペインが、2014年3月5日に開催されたワークシ
ョップにおいて新しいGBIFポータルの機能を発表しました。取り上げられた機能には、データを共有する国・機関の視認性の向上、検索およびマッピング機能の拡張、データベースに関する活動や統計情報の表示、無制限のダウンロード、リアルタイムのインデックス付け、およびウェブサービスを使用した検索機能の構築などがあり、中でも特に強調されたのが、APIにより実現した事項についてでした。

このプロジェクトの特徴として、オブジェクトに27カ国語以上で俗称を追加する一般名称サービスが挙げられます。このメタデータ拡充サービスにより、自然史に関するコンテンツとその他の分野における意味上のリンクが大幅に向上し、そのコレクションに容易にアクセスできるようになりました。
OpenUp! は2014年2月20～21日、最終回となる第3回の年次会合をブラチスラバで開催しました。「仮想世界の中のコレクション」と銘打ったシンポジウ
ムの他、OpenUp!のドキュメントを基礎とした知的財産権の問題に関するワークショップ自然史オブジェクト分野における知的財産権の問題およびその解決を開催しました。
OpenUp! は2011年から2014年まで3年間運営されているプロジェクトであり、欧州分類学研究機関コンソーシアム（CETAF）および複数の欧州のGBIFノードのメンバーによるイニシアティブです。コンソーシアムではEuropeanaに対し、マルチメディアコンテンツの提供を継続する予定です。

4

イベントには16名が参加し、約100人がライブストリー
ミングを通じて内容を視聴しました。遠隔地からの参加者はツイッターを通じて質問することができました。
イベントの動画を、GBIFスペインのウェブサイトを通じて視聴することができます。

公募情報
GBIFデータの内容・利用の向上を図るポストを新規に募集
GBIF事務局では、ネットワークを通じた生物多様性データの利用性向上、および研究または政策にデータを用いる際のサポートの提供を中心業務とするスタッフ（2名）を募集しています。募集している役職はコンテン
ツ・モビリゼーション担当プログラムオフィサー、およびコンテンツ解析・使用担当プログラムオフィサーです。
申し込みの締め切りは4月22日です。
詳細はこちらno 3 Mar 20142014年GBIF科学賞受賞候補者の推薦を募集

今後の予定

GBIFでは2014年エビー・ニールセン賞および若手研究者賞の候補者を募集しています。

ミーティング・カンファレンス

エビー・ニールセン賞は、生物多様性インフォマティックスとバイオシステマティクスを結ぶ優れた研究を行った個人やグループに毎年授与している賞です。
3万ユーロの賞金は、受賞者が居住国以外の国において3～6か月の間バイオシステマティクス／生物多様性インフォマティクスの研究に取り組むための資金を意図したものです。
若手研究者賞は、生物多様性インフォマティクス分野における革新的な研究および発見を育成することを狙いとしています。GBIFの議決権参加国又は準参加国の大学に通う修士または博士過程の学生2名に対し、4千ユーロが贈られます。
2014年エビー・ニールセン賞および2014年若手研究者賞の推薦の受付締切は2014年5月31日です。
詳細はこちらオープンリポジトリ国際会議
2014年6月9～13日、ヘルシンキ、フィンランド
詳しくはこちらアトラス・オブ・リビング・オーストラリア
サイエンスシンポジウム
2014年6月11～12日、キャンベラ、オーストラリア
詳しくはこちら

トレーニングコース
Transmitting Science主催によるNetLogoを使用した生態学における個別ベースモデルへの手引き
2014年5月26～30日、スペイン、
アルス・オスタレッツ・デ・ピエローラ
詳しくはこちらI3Bワークショップ: 種の分布モデルの基礎、評価、そして未来
2014年6月2～6日、メキシコ、テポストラン
詳しくはこちら

GBIF の Vision：科学、社会及び持続可能な未来のために、生物多様性情報が全域で自由に利用可能な世界の実現を目指します。

GBIF の Mission：生物多様性情報を提供する世界随一の情報発信源となると共に、環境と人類の福祉に役立つ賢明な解決策を提供することを目指します。

GBIF 本部
Universitetsparken 15
DK-2100 Copenhagen ØDenmark

電話：+45 35 32 14 70
Fax：+45 35 32 14 80
E-mail: info@gbif.org
過去の GBits ニュースレター・アーカイブ：

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