委託業務事務処理マニュアル補足事項（バイオものづくり革命推進事業用）

２０２３年１２月

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はじめに＜本誌の位置づけ＞
バイオものづくり革命推進事業では、多様な原料と多様な製品を出口としたバイオものづくりのバリューチェーンの構築に必要な技術開発や社会システム実証を行い、バイオものづくりへの製造プロセスの転換とバイオものづくり製品の社会実装を推進し、ひいては我が国の産業競争力の強化と社会課題解決を実現します。具体的には、バイオものづくり原料の調達のための技術開発やシステム実証を行うとともに、バイオものづくりの付加価値の源泉を握る微生物等改変プラットフォーマーの育成や微生物等の改良技術の開発、量産化のための製造技術開発・実証等を行います。
経済産業省 商務・サービスグループでは、「バイオものづくり革命推進事業 研究開発計画」を策定し、バイオものづくり革命推進事業の実施、成果最大化に向けた仕組みや実施体制等を規定しています。ＮＥＤＯでは委託契約の締結に際して「業務委託契約約款」に加え「バイオものづくり革命推進事業に関する特別約款」を付しています。
本紙「補足事項」は、これらの規定に基づいて、「委託業務事務処理マニュアル（２０２３年度）」（以下、「委託業務マニュアル」）に記載されている内容について、以下の事業を実施する場合に限り、運用が異なる部分を説明したものです。
委託業務マニュアルに記載されている内容よりも、原則として本紙の内容を優先させていただきますのでご注意ください。
委託業務マニュアルに記載されている内容との差異は本紙の下線部となります。
なお、委託事業（大学・国立研究開発法人等）にかかわる補足事項は「委託業務事務処理マニ
ュアル補足事項（大学・国立研究開発法人等用）」を、課題設定型産業技術開発費助成事業にかかわる補足事項は『「課題設定型産業技術開発費助成事業」事務処理マニュアル補足事項』をご参照ください。
【本補足事項が適用される事業】
・バイオものづくり革命推進事業（２０２３年９月より運用開始）

本補足事項について、ご不明点等がありましたら、以下までお問い合わせください。
材料・ナノテクノロジー部 バイオものづくり基金事業推進室
E-mail : bio_revolution*nedo.go.jp （「*」記号を、「@」に置き換えてください。）

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＜目 次＞＜目次＞··························································································································································· 4＜委託業務に係る用語集＞························································································································· 5Ⅰ. 委託業務の概要······································································································································ 6
５．委託業務の適正な実施························································································································· 6
Ⅱ. 契約に関する事務手続························································································································· 6
４．継続事業に係る手続の流れ················································································································· 6
Ⅲ. 契約変更に関する事務手続················································································································ 7
１．契約変更の種別 ··································································································································· 8
８．事業戦略ビジョンの変更 ····················································································································· 9
Ⅳ. 経理処理について································································································································ 10
２．経費計上の注意点································································································································ 10
Ⅹ. 検査·························································································································································· 11
４．検査の流れ············································································································································· 11
ⅩⅠ. 委託費の支払···································································································································· 13
１．支払の種類············································································································································· 13
ⅩⅡ. 研究開発資産・知的財産権について·························································································· 13
５．資産譲渡等の方法······························································································································· 13
７．知的財産権について··························································································································· 13
ⅩⅢ. 成果報告と研究成果の発信·········································································································· 14
２．ＮＥＤＯ委託事業における研究成果の発信について·································································· 14
ⅩⅣ. プロジェクトマネジメントシステムの概要とユーザー登録························································· 14
１．ＮＥＤＯプロジェクトマネジメントシステムの概要············································································ 14
参考資料························································································································································ 153

＜目次＞：委託業務マニュアル pⅰ＜中略＞

Ⅲ. 契約変更に関する事務手続＜中略＞

８．事業戦略ビジョンの変更
＜以下略＞

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：委託業務マニュアル p3＜委託業務に係る用語集＞ ＮＥＤＯ委託業務で使用する特有の言葉について説明しています。
連名契約

複数の法人が連帯して、ＮＥＤＯとの間で委託契約を締結することをいいます。連名委託先間では、各々の役割が明確化されていることが必要です。

代表委託先連名契約において、その必要がある場合、代表となる法人を決めて他の連名法人の検査業務をお願いすることがあります。この代表となる法人を代表委託先と呼びます。

再委託

委託先が、委託業務の一部をさらに第三者に委託することをいいます。外注との違いは、研究開発要素が含まれていることです。

共同研究

ＮＥＤＯ自体が委託先と一定の経費負担率で、共同で研究開発等の業務を実施するものをいいます。

共同実施

委託先が、委託業務の一部を第三者と共同で実施するものをいいます。上記のＮ
ＥＤＯが直接行う「共同研究」と区別するため、ＮＥＤＯでは、これを「共同実施」と呼んでいます。

外注

委託業務の中で、業務に直接必要なデータ分析等の請負業務を仕様書に基づいて、 第三者に行わせることをいいます。再委託との違いは、研究開発要素が含まれていないことです。

業務管理者

ＮＥＤＯ委託業務を遂行する際の責任者です。委託業務の遂行を管理し、登録研究員の従事日誌の確認等を行います。原則として研究実施場所毎に登録が必要です。

経理責任者

ＮＥＤＯ委託費の執行を管理する責任者です。経費発生調書の記載、発生経費に係る証拠書類の整理等を行います。

業務実施者

実施計画書に記載された研究開発を行う際に適正な経費の使用の確認を行うため、経理責任者は業務実施者を選任して必要な体制整備を図ります。

登録研究員

委託業務に直接従事する者は、実施計画書に登録が必要になります。

補助員

委託業務に直接従事したアルバイト、パート等のうち、研究実施場所に出勤して実験補助、研究資料整理等を行う者です。登録制ではありません。

エフォート専従者

登録研究員のうち、半年以上取り決めたエフォートで従事する者をいいます。

主要研究員研究経歴書

学位・学歴、研究発表、発表論文、特許、研究経歴等を記載していただく経歴書（Ｃ．Ｖ．）です。（curriculum vitae）

流用

委託期間中の各年度において、実施計画書の委託費項目別明細表に記載された大項目の経費の執行について、発生額が契約時の金額を下回る項目と契約時の金額を超える項目がある場合、その大項目の間で契約時の金額配分を変更することをいいます。
実施計画に主要な変更を伴わない限り、大項目（Ⅰ～Ⅲ）の年度限度額合計の５０％を超えない額まで委託先の裁量で金額配分を変更できます。５０％を超える場合は実施計画変更届出が必要です。

※本マニュアルにおける「使用可能期間」とは、使用に耐えうる期間で、原則、法定耐用年数をいいます。
ＮＥＤＯ事業において使用する期間ではありません。

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Ⅰ. 委託業務の概要
５．委託業務の適正な実施：委託業務マニュアル p20＜中略＞(6) 経理責任者による適切な経費の使用の確認
委託先は、委託業務の実施に要する経費を適切に使用するため、実施計画書に定められた経理責任者が「バイオものづくり革命推進事業に関する特別約款」の（別紙）「誓約事項」を遵守して、適切な経費の使用を行うようにしてください。
(7) 取組状況の確認と改善
委託先は、経済産業省 産業構造審議会 商務流通情報分科会 バイオ小委員会 バイオものづくり革命推進ワーキンググループ（ＷＧ）による事業取組状況の確認等のため、「マネジメントシート」を提出してください。また、マネジメントシートは、企業秘密を除き、その内容を公開します。なお、ＷＧより改善の取組を依頼する場合があります。具体的な対応内容については、ＮＥＤＯプロジェクト推進担当部の指示に従ってください。
(8) ＷＧおよび社会実装・技術推進委員会による運営
本事業における主要な企業の経営層は、毎会計年度ＷＧへ出席し、「研究開発計画」で定められた項目のほか、事業推進体制における工夫やプロジェクトの取組状況、今後の展望等を説明して、ＷＧによる評価を受けます。また、委託先は、ＮＥＤＯが設置する社会実装・技術推進委員会による取組状況の確認・助言又は継続・中止に係る審査を受けていただきます。委託先は、ＷＧや社会実装・技術推進委員会による取組状況の確認等による結果に基づく、ＮＥＤＯからの指示に従ってください。
※ ＷＧおよび社会実装・技術推進委員会の位置づけを、（別添１）に示します。

Ⅱ. 契約に関する事務手続
４．継続事業に係る手続の流れ：委託業務マニュアル p38

経済産業省が策定したバイオものづくり革命推進事業の研究開発計画に基づいて、次年度も引き続き実施する事業を継続事業といいます。プロジェクト担当部から現契約を継続する仕様の提示を受けて、契約期間を延長するため、現契約と継続事業の契約は連続した一つの契約となります。なお、現契約期間末日までにＮＥＤＯから通知する実施計画変更申請書承認の受理を必要とします。
＜以下略＞

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：委託業務マニュアル p45

Ⅰ. 委託業務の概要
Ⅱ. 契約に関する事務手続
Ⅲ. 契約変更に関する事務手続
１．契約変更の種別

Ｐ．４６

２．実施計画変更申請（変更契約の締結）による場合

Ｐ．４７

３．実施計画変更申請（変更承認）による場合 Ｐ．４８
４．実施計画変更届出による場合

Ｐ．４８

５．複数年度契約における限度額変更手続

Ｐ．4９

６．代表者等（代表者、住所、法人名称）の変更
７．法人再編に伴う委託業務の承継手続
８．事業戦略ビジョンの変更

Ⅳ.
Ⅴ.
Ⅵ.
Ⅶ.
Ⅷ.
Ⅸ.
Ⅹ.
ⅩⅠ.
ⅩⅡ.
ⅩⅢ.
ⅩⅣ.

Ｐ．５１

Ｐ．５１

Ｐ．５３

経理処理について
機械装置等費について労務費についてその他経費について間接経費について再委託費・共同実施費について検査委託費の支払
研究開発資産・知的財産権について成果報告と研究成果の発信
プロジェクトマネジメントシステムの概要とユーザー登録7

Ⅲ. 契約変更に関する事務手続
１．契約変更の種別 ：委託業務マニュアル p46
契約変更に係る手続は、「実施計画変更申請（変更契約の締結）による場合」、「実施計画変更申請（変更承認）による場合」、「実施計画変更届出による場合」の３種類があります。変
更内容によって、以下の手続が必要になります。なお、ＮＥＤＯと複数法人が連名契約を締結している場合には、変更内容に係る法人のみとの手続で足りるものとします。
手続の種類

変更内容（例）

実施計画 変更契約 契約内容に「重要な変更」がある場合
変更申請の締結① 契約金額を変更する時（最終事業年度の限度額を減じる場合、ＮＥＤＯによる場
中長期計画※における最終年度に係る限度額を減じる場合及び消費税合率の変更に伴う契約金額変更の場合であって、ＮＥＤＯが指示する時を除く）② 委託期間を変更する時③ 実施計画書に定められた委託業務の目的を変更する時
変更承認 実施計画に「主要な変更」がある場合① 事業概要の変更を伴う事業内容の変更を行う時（開発の主要な方法を変更する場合等）（事業戦略ビジョンの主要な変更を行う時を含む：事業戦略・事業計画の変更、組織内体制図の変更、代表者の変更等）② 再委託先等を追加または変更する時③ 消費税率の変更に伴い契約金額を変更する時④ 複数年度契約において、年度末を除く委託期間の途中で、前倒し実施により、当該事業年度の限度額の変更を行う時（Ｐ．４９）⑤ 複数年度契約において、後倒し実施により、当該事業年度の限度額残を翌事業年度の限度額に繰延する時⑥ 最終事業年度及びＮＥＤＯ中長期計画※における最終年度に係る限度額を減じる場合でＮＥＤＯが指示する時⑦ 研究体制スキームを変更する時⑧ 連名契約（複数の法人とＮＥＤＯで一つの契約書）を締結している事業者間で金額の流用をする時（契約総額が変わらない場合）
実施計画変更届出 実施計画に「軽微な変更」がある場合による場合① 大項目の経費を新規に追加する時② 大項目Ⅰ～Ⅲ（調査委託はⅠ～Ⅱ）の年度限度額合計の５０％を超えて、大項目間の経費配分を変更する時③ 契約金額の総額は変更せず、再委託先・共同実施先の契約金額または研究分担先、分室の計画金額を変更する時④ 業務管理者、経理責任者を変更する時⑤ 登録研究員（再委託先等を含む）、業務実施者の増員、交替を行う時（対象者が主要研究員に該当する場合は、必要に応じて研究経歴書（Ｃ．Ｖ）を提出していただくことがあります。）⑥ 登録研究員（再委託先等を含む）の労務費の計上方法（研究員の区分）を変更する時⑦ エフォート専従者のエフォートを変更する時→ エフォート証明書（Ｐ．１１３）を添付してください。
⑧ 委員会の委員長の変更または委員会委員の増員、交替を行う時⑨ 情報取扱者名簿及び情報管理体制図を変更する時（調査事業に限る）⑩ 事業戦略ビジョンの軽微な変更を行う時（組織体制図における代表者以外の担当者の変更、その他軽微な修正等）※：ＮＥＤＯ中長期計画とは業務委託契約約款第 11 条第 4 項第三号における「中長期計画」 のことです。
8８．事業戦略ビジョンの変更：委託業務マニュアル p53

委託先において、経営環境または経営体制に著しい変化が予定され、委託先選定時または選定後に提出した「事業戦略ビジョン」を変更する場合は、速やかにその変更内容をプロジェクト担当部へ申し出てください。
「事業戦略ビジョン」の主要な変更を行う場合は、経済産業省 産業構造審議会 商務流通情報分科会 バイオ小委員会 バイオものづくり革命推進ワーキンググループ（ＷＧ）による議論を経た上で、プロジェクト担当部へ変更申請書を提出して承認を受けてください。
「事業戦略ビジョン」の軽微な変更を行う場合は、プロジェクト担当部へ変更届出書を提出してください。
変更内容の申し出に際しては、当該委託事業の研究成果が、国内生産・雇用、輸出、内外ライセンス収入、国内生産波及・誘発効果、国民の利便性向上等を通じて、我が国の経済活性化の実現にどのように資するかという観点を踏まえて説明していただきます。なお、必要に応じて、プロジェクト担当部から改善を求める場合があります。
また、企業間の合併・買収および統廃合、分社化等の会社再編を伴う場合は、別途、「７．
法人再編に伴う委託業務の承継手続」が必要となります。
※ 事業戦略ビジョンの様式を、（別添２）に示します。
＜以下略＞

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Ⅳ. 経理処理について
２．経費計上の注意点＜中略＞(3) 留意点：委託業務マニュアル p64① 委託費は、委託業務に直接必要な経費に限るため、例えば以下の経費は対象外となります。
ア．経理事務に従事する場合の労務費および経理事務のために発生した経費
イ．ＮＥＤＯの検査受検時の経費
ウ．再委託先等の検査に係る経費(旅費を除く)
エ．経済産業省またはＮＥＤＯとの研究開発に直接関係のない事務的な打ち合わせに係る経費
オ．金融機関への振込手数料、代引き手数料、学会登録料、為替差損、特許出願に係る経費(VII．４．(１２)（Ｐ．１３１）該当経費を除く) 等② 送料が調達価格と別立になっていない場合および海外物品等の調達の際に発生し得る関税は、調達に係る付帯経費として該当する費目に含めて構いません。
（送料がスポット的に発生する場合、または新たに消耗品等を調達する際に調達価格と別立になっている場合には、運送費に計上します。Ⅶ．４．（７）運送費（Ｐ．１２９）参照）③ バイオものづくり革命推進事業では、「経理責任者」の経理業務に係る労務費、旅費等の経費について計上することが可能です。再委託先等の検査に係る経費（旅費を除く）については計上できません。なお、経理責任者の労務費を計上する場合は、研究体制表の「登録研究員」としても登録して、計上区分の◆（エフォート専従者）または□（時間単価適用者）を選択してください。その際、「主な担当事業内容」に「経理責任者として従事」と記載してください。また、エフォート専従者の場合は、「エフォート証明書」の提出が必要です。
④ バイオものづくり革命推進事業において、経理責任者は、実施計画書に記載する適正な経費の使用の確認を行うために、「業務実施者」を選任し必要な体制整備を図るようにしてください。なお、登録研究員や研究補助員（以下「登録研究員等」という。）ならびに登録研究員等が指導、監督、監査等を行う者を業務実施者に選任することはできません。また、業務実施者の経理業務に係る労務費、旅費等の経費について計上することが可能です。その場合、研究体制表の「登録研究員」として登録して、計上区分の◆（エフォート専従者）または□（時間単価適用者）を選択し、「主な担当事業内容」に「業務実施者として従事」と記載してください。エフォート専従者の場合は、「エフォート証明書」の提出が必要です。
＜以下略＞

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Ⅹ. 検査４．検査の流れ：委託業務マニュアル p151

＜中略＞
※ 委託業務（実績・中間実績）報告書は、（様式第５）の代わりに（特別約款様式１）を用います。

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（特別約款様式１）
該当する方を残してください。

２０年 月 日委 託 業 務 （実 績・中間実績） 報 告 書
国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構
理 事 長殿
住所

名称氏名
該当するものを残してください。

年に係る２０

月日付け委託契約に基づく開発項目「」

年度の業務が完了したので、業務委託契約約款（第１３条・第３７条・第３８条・第３９条）・特別約款（第１条第７項・第３条第１項）の規定により、下記のとおり報告します。
記
１．報告対象期間
２０年

月日 ～ ２０年月

中間実績報告書では当該の年度のみ、実績報告書では委託の全期間が対象です。

日２．研究開発の実績及び自己開発投資の実績（注）①簡潔かつ明瞭に、１枚以内に記入のこと。

中間実績報告書と中間年報を同日で届出る場合は「中間年報のとおり」と記載すること。
②自己開発投資の実績については、研究開発計画の定め等に従い、記入のこと。
３．委託費の使用状況

自己開発投資の実績を記入してください。

別紙、経費発生調書のとおり（注） 別紙として、経費発生調書を添付すること

中間実績報告書では当該の年度分のみ、実績報告書では委託の全期間分です。

契約管理番号

12○○○○○○○○－○

ⅩⅠ. 委託費の支払
１．支払の種類：委託業務マニュアル p168

＜中略＞(3) 概算払の手続方法および支払時期について、担当部が指定する一部の事業及び国庫補助金等を財源とする事業においては、委託費の財源が「運営費交付金」である事業と異なることがあります。（詳細は、プロジェクト担当部にご確認ください。）「バイオものづくり革命推進事業」は補助金を財源としますが、「運営費交付金を財源とする事業」の手続に準じて概算払及び精算払を実施します。（ＮＥＤＯ中長期目標期間の最終年度を除く）。

ⅩⅡ. 研究開発資産・知的財産権について
５．資産譲渡等の方法：委託業務マニュアル p192

＜中略＞(3) 資産譲渡等の手続き
ＮＥＤＯは、委託先から必要書類（「取得財産の処分に関する確認書」、「連絡先等一覧表」等）書式Ⅻ-４～６（Ｐ.２０２～２０４）の提出をお願いしています（約款第２０条の２第５項）。
なお、ＮＥＤＯは、必要に応じて経済産業大臣に財産処分についての申請を行います。
その結果、財産処分に条件が付される場合があります。
＜以下略＞

７．知的財産権について：委託業務マニュアル p196

(1) 日本版バイ・ドール条項＜中略＞・ 約款では、これら知的財産権について、受ける権利の発生、権利の取得、権利の利活用に関し、ＮＥＤＯに報告するよう規定しています（約款第２４条、第２９条、第３２条、第３３条および第３４条）。
・ 委託先が外国法人である場合、知的財産権は原則ＮＥＤＯと委託先に帰属するものとし、ＮＥＤＯの持分はＮＥＤＯと委託先の持分の合計の５０％以上とします。この場合、ＮＥＤＯと委託先が共有する知的財産権の取り扱いは、「バイオものづくり革命推進事業に関する特別約款」の第７条第１項～第８項の記載に則り運用するものとします。
＜以下略＞
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ⅩⅢ. 成果報告と研究成果の発信
２．ＮＥＤＯ委託事業における研究成果の発信について：委託業務マニュアル p209
ＮＥＤＯの委託事業は公費を財源としているため、その成果について広く一般に高い関心をもたれています。ＮＥＤＯとしても積極的に成果の発信を行うことにより、この社会的要請に応えているところです。また、本事業では、成果を適切に発表又は公開するとともに、委託先のホームページ等を通じて国民に対して分かりやすい形で公開することで、委託業務の成果の意義や目標を情報発信し、社会全体の変革を促すメッセージを発信していくことを目指しています。
＜以下略＞

ⅩⅣ. プロジェクトマネジメントシステムの概要とユーザー登録
１．ＮＥＤＯプロジェクトマネジメントシステムの概要：委託業務マニュアル p214
ＮＥＤＯ事業に採択された事業者は、「ＮＥＤＯプロジェクトマネジメントシステム（以下「本システム」という。）」を利用し、Ｗｅｂ上で各種申請や届け出等を行います。
また、大容量ファイルのやりとりは、本システムに付随する「情報共有機能」を用いて実施します。
なお、バイオものづくり革命推進事業における各種申請や届け出等は特別の取扱いが必要となる場合があるため、本システムの利用に関しては、ＮＥＤＯプロジェクト担当者の指示にしたがってください。
＜以下略＞

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参考資料
・ バイオものづくり革命推進事業 研究開発計画
https://www.nedo.go.jp/content/100959177.pdf
・ バイオものづくり革命推進事業に関する特別約款
https://www.nedo.go.jp/content/100960347.pdf
・ 業務委託契約標準契約書、業務委託契約約款
https://www.nedo.go.jp/content/100958572.pdf
・ 「バイオものづくり革命推進事業」に係る公募要領（２０２３年３月公募）
https://www.nedo.go.jp/content/100959179.pdf

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