Winmostar V11
ビギナーズガイド
V11.3.2
2023年11月11日

株式会社クロスアビリティ

Copyright 2008-2023 X-Ability Co., Ltd.

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本書について•本書では、Winmostarを初めて使う人を対象に、その導入手順と基本操作を紹介します。

•不明な点がある場合や本書の通りに動かない場合はまず、随時更新されている
よくある質問 https://winmostar.com/jp/faq/ をご確認ください。

•

本書の著作権は株式会社クロスアビリティが有します。株式会社クロスアビリティの許諾な
く、いかなる形態での内容のコピー、複製を禁じます。

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Winmostarとは•Winmostar（ウインモスター）は、量子化学計算、分子動力学計算、固体物理計算などのシミュレーション環境を提供する統合GUIソフトウェアです。

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量子化学計算、分子動力学計算、固体物理計算のプログラム（ソルバ）をバックエンドとし、それらのプリ・ポスト処理、ファイル・プロセスの管理、データ可視化機能を提供します。対応するソルバにはGAMESS、Gaussian、LAMMPS、Quantum ESPRESSOなどがあります。

•

詳細はWinmostar公式HPまたは製品パンフレットをご確認ください。

Winmostarの商品名およびロゴは株式会社クロスアビリティの登録商標です（商標登録第5578852、6378452、6378453号）
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Winmostarのセットアップ方法•

3通りの方法から選択してください。

① Winmostar V11サポート インストール・設定作業代行を利用する（有償）② Winmostarインストール済みのPCを購入する③ 自分でインストールする（無料）– インストール方法

https://winmostar.com/jp/installation/の方法に従い、Winmostarだけでなく各種ソルバもインストールします。
– 安定版最新バージョンのWinmostarのインストールを推奨します。

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Winmostarの動作モード•

プロジェクトモード（V11新機能）では、ユーザは個々のファイルを意識することなくジョブを管理できます。
無償版以外のユーザにはこのモードを推奨します。
※現時点（2023年4月）で未対応のソルバ（OpenMX,FDMNESなど）に関しては順次対応予定です。

•

ファイルモードでは、ユーザは個々のファイルを明示的に作成、管理します。操作方法はV10以前と一緒です。
無償版のユーザ、プロジェクトモードに非対応のソルバの場合はこのモードを使います。
Winmostar以外で作成された各ソルバの入力ファイルを用いて計算する場合もこのモードを使います。

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各動作モードの操作フローの違い
プロジェクトモード

ファイルモード•

プロジェクトを作成する•

分子・原子構造をモデリングする•

分子・原子構造をモデリングする•

計算条件を設定する•計算条件、並列数を設定する•

並列数、使用するマシンを選択する•

使用するマシンを選択する•

個々の入力ファイルを保存する•

ジョブを開始する•

ジョブを開始する•

ジョブが正常終了の通知が出るまで待つ•

出力ファイルの内容を精査しジョブの正常終了をユーザが判断する•

取得したい情報の種類と、対象のジョブを選択する•

取得したい情報の種類と、取得に必要な個々のファイルを選択する

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Winmostarのファイル構成•

Winmostarをインストールしたフォルダの内容は以下の通りです。（一部のみ記載）– winmostar.exe：Winmostar本体のアプリ（Winmostar）– winmosjm.exe ：ローカルジョブを管理するアプリ（Winmostar Job Manager）– winmosgl.exe ：分子軌道などを表示するアプリ（Winmostar Viewer）– winmosunit.exe：数値の単位を変換（Winmostar Unit Converter）– UserPref¥：Winmostarのユーザ設定を収めたフォルダ– UserData¥：計算データのデフォルトの保存先となるフォルダ– Samples¥：サンプルデータを収めたフォルダ– Manual¥：マニュアル類を収めたフォルダ

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例題：トルエン分子のMO計算•

例題として、孤立したトルエン分子の分子軌道を計算します。
– ここでは半経験的量子化学計算のソルバであるMOPACを使用します。

– プロジェクトモードの手順（P.9～）とファイルモードの手順（P.16～）を紹介します。

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【プロジェクトモード】Winmostarの起動
無償版をご利用の方はプロジェクトモードを使えないのでP. 15に進んでください。
•winmostar.exeを起動し、初期画面が出現したらプロジェクトモードの新規プロジェクト（3次元構造を入力）をクリックしてください。

•

プロジェクト名に「toluene」（半角英数字）と入力して保存をクリックしてください。
–

toluene.wmpjdataフォルダが作成され、このプロジェクトに関するファイルが収められます。その下にtoluene.wmpjが作成され、このプロジェクトの主要な情報が出力されます。（詳細はこちら）

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【プロジェクトモード】メインウィンドウの構成•

分子表示エリアと座標表示エリアにC原子（緑）とH原子（黄）が結合した構造が出現します。

プロジェクト表示エリア
現在のプロジェクトで実行したジョブの情報が表示される

座標表示エリア

分子表示エリア

分子表示エリアに表示中の分子構造の座標が表示される

編集中の原子・分子構造が表示される
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【プロジェクトモード】操作の流れ① 分子表示エリアに計算したい原子・分子構造を作成②

ワークフロー設定で計算条件を設定し、計算を実行③ プロジェクト表示エリアで計算の進捗を確認し、アクションから必要な結果解析を実行

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【プロジェクトモード】分子構造の作成•

計算する分子の構造を作成します。①構造式で入力、②SMILESで入力、③既存のファイルを読み込み、④3次元構造を手動で作成、の4つの方法で作成できます。本書では③を使います。

•

ファイル｜インポート｜Samplesファイル｜toluene.molをクリックし、破棄して読み込みをクリックすると、分子表示エリアにトルエンの3次元構造が出現します。
–

任意のファイルを読み込む場合はこの段階で代わりにファイル｜ファイルをインポートを使います。

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【プロジェクトモード】計算の実行•

メインウインドウ上部のソルバで「MOPAC」を選択し、ワークフロー設定をクリックします。（ボタン名はポインタを合わせると表示されます）•

MOPAC Workflow Setupウインドウでは必要に応じて計算条件を変更します。本書ではデフォルト設定のままOKをクリックします。ジョブの設定ウィンドウで実行をクリックします。

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【プロジェクトモード】計算の実行•

Winmostar Job Managerが起動し、Winmostar Job Manager経由でジョブが実行されます。ソルバの実行中（今回の計算では1秒もかからない）、黒いウインドウが出現します。

•プロジェクト表示エリアの作業フォルダに今回のジョブの「work1_MOP_OPT」が出現し、状態がPEND（黒）→RUN（緑）→END（青）と変化します。

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【プロジェクトモード】結果解析•

状態がENDに変化したらその下のアクションのMO & Chargeをクリックします。

•Energy Level DiagramウインドウとSurface Setupウインドウが開きます。Surface
SetupウインドウのDrawをクリックするとWinmostar Viewerが起動しHOMOの分子軌道が出現します。

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【ファイルモード】Winmostarの起動•

winmostar.exeを起動し、初期画面が出現したらファイルモードの新規ファイルをクリックしてください。

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【ファイルモード】メインウィンドウの構成•

分子表示エリアと座標表示エリアにC原子（緑）とH原子（黄）が結合した構造が出現します。

座標表示エリア

分子表示エリア

分子表示エリアに表示中の分子構造の座標が表示される

編集中の原子・分子構造が表示される

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【ファイルモード】分子構造の読み込み•計算する分子の構造を作成します。①構造式で入力、②SMILESで入力、③既存のファイルを読み込み、④3次元構造を手動で作成、の4つの方法で作成できます。本書では③を使います。

•

ファイル｜インポート｜Samplesファイル｜toluene.molをクリックし、破棄して読み込みをクリックすると、分子表示エリアにトルエンの3次元構造が出現します。
–

任意のファイルを読み込む場合は代わりにファイル｜ファイルをインポートを使います。

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【ファイルモード】計算の実行•

メインウインドウ上部のソルバで「MOPAC」を選択し、キーワード設定をクリックします。
（ボタン名はポインタを合わせると表示されます）•MOPAC Keyword Setupウインドウでは計算条件に応じてキーワードを変更します。本書ではデフォルト設定のままウインドウ右下のRunをクリックします。

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【ファイルモード】計算の実行•

新規ジョブを開始する前に入力ファイルを保存してくださいというダイアログが出現します。
ファイル名に「toluene」と入力し保存をクリックすると、winmos11¥UserDataの下にtoluene.datというファイルが作成され、Winmostarがtoluene.datを入力ファイルとしてMOPACを起動します。

注：MOPAC, CNDO/S以外のソルバの場合は、Winmostar Job Managerが起動し、Winmostar Job Manager経由でジョブが実行されます。

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【ファイルモード】計算の実行•

ソルバの実行中（今回の計算では1秒もかからない）、黒いウインドウが出現します。

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計算が完了したら自動で以下の様に動作します。（MOPAC、CNDO/S限定）– ログが書かれた出力ファイル（toluene.out）がテキストファイルで開かれます。
– 最終構造が書かれてた出力ファイル（toluene.arc）がメインウインドウで開かれます。
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計算終了後は毎回ログや最終構造を見て計算が正常終了または異常終了したか確認します。

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【ファイルモード】結果解析•

メインウインドウ上部の結果解析をクリックし、 分子軌道、電荷をクリックすると開くダイアログが開きます。デフォルトではメインウインドウで開かれているファイルに紐付けられた出力ファイル（toluene.mgf）が選択されるので、そのまま開くをクリックします。

•Energy Level DiagramウインドウとSurface Setupウインドウが開きます。Surface
SetupウインドウのDrawをクリックするとWinmostar Viewerが起動しHOMOの分子軌道が出現します。

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応用的な計算を実施するために•チュートリアル https://winmostar.com/jp/tutorials/ の中からまず使用したいソルバの基礎編をトレースし、その後関心のある系のチュートリアルをトレースしてください。

•詳細はマニュアル https://winmostar.com/jp/manuals/レンスを参照してください。

•不明な点や思い通りに動かない場合はよくある質問 https://winmostar.com/jp/faq、よく使う操作はクイックリファをご確認ください。
以上

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