Linux サーバ版 OpenMX インストールマニュアル
2022 年 4 月 15 日
本マニュアルの目的
本マニュアルでは、単一ユーザが独占的に Linux サーバ（CentOS 6.6）を使用して OpenMX のジョブを並列実行するための環境構築方法と Winmostar のリモートジョブ投入機能から Linux サーバへジョブを投入する方法を示しています。
計算環境は全てユーザのホームディレクトリ配下で行うことを想定しています。複数ユーザが使用する共用サーバの環境を構築する方法、複数ノードを利用する環境を構築する方法などは本マニュアルに含まれませんので、別途お問い合わせください。
なお、本マニュアルでは Linux サーバ上でジョブスケジューラ TORQUE が使用可能であると仮定しています1。また以下の命名としています。
サーバホスト名：remote_server
ユーザ名：winmostar_userI.

インストール準備①

以下のサイトにアクセスし、openmx3.8.tar.gz と patch3.8.5.tar.gz をダウンロードする。
http://www.openmx-square.org/download.html②以下のサイトにアクセスし、fermisurfer_1.7.1.zip をダウンロードする。
https://ja.osdn.net/projects/fermisurfer/releases/1

http://www.adaptivecomputing.com/products/open-source/torque/を参照。管理者権限で yum などを用いて導入する。
あるいは、X-Ability のサイト内 http://winmostar.com/jp/gmx4wm_jp_linux.html（5. Torque）参照。

1

③

openmx3.8.tar.gz, patch3.8.5.tar.gz と fermisurfer_1.7.1.zip を FTP などで Linux サーバに転送する。ここではホームディレクトリ直下の~/openmx3.8.tar.gz~/patch3.8.5.tar.gz~/fermisurfer_1.7.1.zipに置いたと仮定する。

④

Linux サーバにログインし、次のコマンドを実行することで必要なパッケージをインストールする。
・OpenMX のビルドに必要$ yum install fftw3-devel lapack-devel blas-devel openmpi-devel gcc-g++ gcc-gfortran・Fermisurfer のビルドに必要$ yum install freeglut-devel.x86.64
・Winmostar から OpenMX を実行する際に必要$ yum install dos2unix⑤~/.bashrc に次を追加する。
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin/:$PATH
export LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib/:$LIBRARY_PATH
export PATH=${HOME}/openmx3.8/work/:$PATH
export OPENMX_DATA_PATH=~/openmx3.8/DFT_DATA13⑥~/.bashrc の設定を有効化する。
$ source ~/.bashrc

2II. OpenMX3.8 のビルド①

圧縮ファイルを解凍する。
$ cd$ tar xzvf openmx3.8.tar.gz②

パッチをあてる。
$ cp patch3.8.5.tar.gz openmx3.8/source$ cd openmx3.8/source$ tar xzvf patch3.8.5.tar.gz③

makefile を編集する。
$ vi makefile139-141 行を以下のようにコメントアウトする。
#CC = mpicc -O3 -xHOST -ip -no-prec-div -openmp -I/opt/intel/mkl/include/fftw#FC = mpif90 -O3 -xHOST -ip -no-prec-div -openmp#LIB= -L/opt/intel/mkl/lib -mkl=parallel -lmkl_intel_lp64-lmkl_intel_thread -lmkl_core -lpthread -lifcore -lmpi -lmpi_f90-lmpi_f77

コメントアウトした直下に以下を書き加える。
CC = mpicc -fopenmp -O3 -I/usr/local/include
FC = mpif90 -fopenmp -O3 -I/usr/local/include
LIB = -L/usr/local/lib -lfftw3 -llapack -lblas -lmpi -lgfortran-lmpi_mpifh -lmpi_usempi④

コンパイルとインストールを行う。
$ make all$ make install

3⑤

動作確認を行う。
$ cd ../work$ openmx Cdia.dat
処理が終わって以下のメッセージが表示されたら正常に動作している。

The number of threads in each node for OpenMP parallelization is 1.

**************************************************************************************************************
Welcome to OpenMX

Ver. 3.8.5

Copyright (C), 2002-2014, T. Ozaki
OpenMX comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY.
This is free software, and you are welcome toredistribute it under the constitution of the GNU-GPL.
**************************************************************************************************************（途中省略）

RestartFileDFT=

00.00000.000

Mulliken_Charge=

00.00100.001

FFT(2D)_Density=

00.00300.003

Others=01.75201.752The calculation was normally finished.

⑥

Linux サーバにログインし直し、以下のコマンドを実行してインストールした OpenMX が表示されることを確認する。
$ which openmx

4III. Fermisurfer のビルド①

圧縮ファイルを解凍する。
$ cd$ unzip fermisurfer_1.7.1.zip②

コンパイルとインストールを行う。
$ cd fermisurfer/src$ make all$ cp bxsf2frmsf /usr/local/bin/③

Linux サーバにログインし直し、以下のコマンドを実行してインストールした bxsf2frmsf が表示されることを確認する。
$ which bxsf2frmsf

5

IV. Winmostar から OpenMX をリモートジョブ実行する方法①

Winmostar を起動しファイル｜新規ファイルをクリックする。

②

ファイル｜インポート｜Samples ファイル｜dia.mol2 をクリックする。

③

破棄して読み込みをクリックする。

④

固体｜OpenMX｜キーワード設定をクリックする。

⑤

OpenMX Keyword Setup ウィンドウ右下の OK をクリックする。

⑥

その後、ユーザマニュアルのリモートジョブの実行手順に従って操作を行い、Get All Files ボタンを押してファイルを取得するところまで実行する。
MD｜Gromacs｜ログを表示をクリックし、デフォルトで選択されたファイルを開く。OpenMX が正常に実行された場合は、開かれたテキストファイルの最後の方に「The calculation was normallyfinished.」と表示される。

以上

6