地熱発電の資源量調査事業費助成金交付事業事務処理マニュアル
令和６年２月２６日
独立行政法人エネルギー・金属鉱物資源機構
再生可能エネルギー事業本部

Ⅰ．使用目的
本マニュアルは、助成事業に係る経理処理及び検査等を実施する際に準備しておくべき資料等について、基本的事項を記載したものであり、経済産業省「補助事業事務処理マニュアル」に準じて作成しています。
＜留意事項＞
・助成金の経理処理は、通常の商取引や商慣習とは異なります。（※）
・本マニュアルは、経理処理に関する基本的考え方を示したものであり、状況に応じた適切な考え方に基づいていれば、本マニュアルに必ずしも沿わない処理であっても認めることがあります。
・帳票類の整備、取得財産の管理方法など通常の経理処理とは違った業務管理、経理処理等が必要になります。検査（現地調査）当日になって資料がないということにならないよう、十分に注意してください。
※・実費弁済の考え方（受益性を排除し、助成事業者が実際事業に要した経費を支払います。
・経費の区分管理（流用制限があります。
）
・助成事業とその他事業との区分管理
・時系列での資料整理（いつ行われたのか、日付が確認できるようにしてください。）

Ⅱ．経理処理のルール
助成事業の経理処理にあたっては、助成金の交付の対象となる経費を明確に区別して処理することとなります。また、適切な経理処理を行うための各種の制限や、取得した財産の管理方法等、通常の経理処理・業務管理とは異なる部分があるので留意してください。
また、検査等により経費の虚偽申告や過大請求等による助成金の受給等の不正行為が判明した場合には、交付決定の取消、助成金の全部又は一部の返還命令、加算金の納付等の処分が科される場合がありますので適正な経理処理を常に心がけてください。
✔ 経費の計上は、交付決定日以降に発生（発注）したもので、事業期間中に終了（支払）したもの（※１）が対象となります。
✔ 助成事業の目的に合致した経費であって、当該事業に使用されたことが確認できる資料を整理する必要があります。
✔ 確定検査等を受けるための費用や、助成事業終了後における実績報告書作成費用、金融機関に対する振込手数料及び為替差損等は助成対象とはなりません。ただし、振込手数料を取引先が負担しており、取引価格の内数になっている場合は助成対象として計上することができます。
✔ 自社調達又は関係会社から調達を行う場合には、調達価格に含まれる利益を排除しなければなりません（※２）
。
✔ 支払の事実に関する客観性の担保のため、原則、支払は銀行振込として下さい。確定
検査にあたっては、支払の事実を証明できる証憑類（銀行振込受領書等）を保管・整理してください。また、銀行振込以外の方法で支払を行う場合は、銀行振込同様、支払の1

事実を証明する証憑類を保管・整理してください。特に現金による支払を行う場合には、支払の事実を証明する証憑類に加えて現金出納簿等の写しを保管・整理してください。
✔ 海外への外注、設備の調達等による外貨の支払の円換算については、当該外貨使用の際の両替レート等を適用する等合理的な方法により計算してください。
✔ 経費の算出過程において小数点以下の端数が生じる場合は、原則切捨てにより助成対象金額として計上してください。
✔ 助成事業において支払う消費税を助成対象として計上する場合には、助成金に係る仕入控除税額が発生する可能性がありますので、消費税の確定申告において仕入控除税額が明らかとなった場合には、当該助成金に係る仕入控除税額を報告しなければなりません（※３）
。

※１ 助成事業における調達の助成対象可否判断例＜補助事業期間＞
○

見積

○

×

見積

見積

発注

納品

検収請求支払

発注

納品

検収請求支払

納品

検収請求支払

見積発注

納品

検収請求支払

発注

×

※

見積発注

納品

・・・

※
※

「検収」とは、納品物が発注した内容に適合するか検査をする行為をいいます。
例外として、支払が助成事業期間外であっても以下の要件を満たす場合、助成対象経費として認められます。
助成事業期間中に発生し、かつ当該経費の額（支出義務額）が確定しているものであって、事業期間中に支払われていないことに相当な事由があると認められるもの（※）（相当な事由の例）
事業の進捗上、事業期間の終了直前に経費が発生したが、経理処理の都合上、事業期間中の支払が困難なもの※ 事業期間終了後に支払手続きを行った場合には、支払が完了した時点で速やかに機構職員への報告及び確認を受けなければなりません。なお、機構職員による確認の結果、疑義が生じた場合には、必要に応じて検査等を行う場合があります。
※２

助成事業における自社調達又は関係会社から調達を行う場合の利益等排除の考え方
助成事業において、助成対象経費の中に助成事業者の自社製品の調達又は関係会社からの調達がある場合、助成対象事業の実績額の中に助成事業者自身の利益が含まれることは、助成金交付の目的上ふさわしくないと考えられます。このため、原価（当該調達品の製造原価など）をもって助成対象経費に計上するなど、利益排除の処理をお願いします。ただし、関係会社からの調達において、相見積りにより、価格の経済性（最2低価格）が確認されたものは除きます。
※３ 助成金に係る消費税の仕入控除とは消費税の仕入税額控除は、仕入控除の対象とならない事業者（免税事業者等）でない限り、課税対象消費税額（預かり消費税）から期間中に支払った消費税額（支払い消費税）を消費税の確定申告により控除できる制度です。
税制上、助成金は消費税の課税対象となる売上収入ではなく、特定収入となるため、事業者に消費税を含む助成金が交付された場合、助成金として受けた消費税も事業者の売上げに伴う預かり消費税の対象にはなりません。
しかし、助成金として受け助成事業において支払った消費税は、その全部又は一部が支払い消費税の対象になるため、当該助成事業者は、自らが負担したわけではない助成金分の消費税についても、助成事業以外における支払い消費税と併せて仕入税額控除を受けることになります。
したがって、助成金により支払った消費税についても仕入税額控除を受けたときは、その控除額に含まれる助成金額を地熱発電の資源量調査事業費助成金交付事業実施細則（以下、実施細則という）に従い国に返還しなければなりません。
しかしながら、実施細則第２２条第１項に基づく報告書は、助成金精算後に行った確定申告に基づく報告となり、失念等による報告漏れが散見されることや、助成事業者における煩雑な事務手続回避の観点から、以下のとおり取り扱うものとします。
交付申請書の助成金申請額算定段階において、消費税等は助成対象経費から除外して助成金額を算定し、交付申請書を提出してください。ただし、以下に掲げる助成事業者にあっては、助成事業の遂行に支障を来すおそれがあるため、消費税等を助成対象経費に含めて助成金額を算定できるものとします。
① 消費税法における納税義務者とならない助成事業者② 免税事業者である助成事業者③ 簡易課税事業者である助成事業者④ 国若しくは地方公共団体（特別会計を設けて事業を行う場合に限る。
）、消費税法別表第３に掲げる法人の助成事業者⑤ 国又は都道府県、市町村若しくは特別区の一般会計である助成事業者⑥ 課税事業者のうち、課税売上割合が低い等の理由から、消費税仕入控除税額確定後の返還を選択する助成事業者

Ⅲ．事業実施中の留意事項
助成事業実施中に、当初予定していた事業の取り止めや変更などが必要となった場合、又は、当初予定どおりに事業が進行していない場合等は、実施細則等に則り所定の手続きが必要となります。助成事業者は、実施細則、公募案内及び本マニュアル等を熟読した上で、不明な点がある場合には機構職員と緊密に連絡を取り合い、事業を実施してください。
【確認しておきたいポイント】
・助成事業者は、事業の遂行状況について機構職員より報告を求められる場合があります。
・事業内容の変更、経費の区分間において実施細則第１４条第１項で定める１０％を超過した配分額の変更、又は事業の全部若しくは一部を中止又は廃止をする場合、あらかじめ計画変更承認申請を機構に対して行う必要があります。
・事業が予定期間内に終了しないことが見込まれる場合には、あらかじめ事故（遅延）報告書を機構に対して提出し、指示を受ける必要があります。
・確定検査の際に不明瞭な点や不正経理などの情報提供があった場合（事業終了後も同様）は、助成事業者のみならず助成事業に関係する支出先（従業員、請負先、委託先以3降も含む）に対しても調査を行う場合があります。

Ⅳ．助成対象となる経費助成事業を行うにあたって、委託・外注費及び機械設備のリース代（レンタル料を含む）等が対象となります。
委託・外注費とは、地表調査等事業又は坑井掘削等事業を行うにあたり、調査会社等に委託・外注するために必要な経費をいいます（準委任契約、請負契約の契約形態を問いません。
）。
委託・外注費は、原則として、（仕様→見積→契約・発注→完了報告・納品→検収→支払）の手順によって処理を行ってください。また、設計図面や仕様書及び納品物等により、適正な取引が行われていることを明らかにする必要があります。
なお、複数の本邦法人が共同して助成事業を実施する場合、代表申請者以外の共同で事業を実施する本邦法人自らが実施する助成事業のうち「外注費及び機械設備等のリース代（レンタル料を含む）等」も助成対象経費となります（助成事業運営上、経済性の観点含め特別に必要性が認められた場合に限ります。
）。
✔ 経済性の観点から、可能な範囲において相見積りを取り、相見積りの中で最低価格を提示した者を選定してください。相見積りを取っていない場合又は最低価格を提示した者を選定していない場合には、その選定理由を明らかにした選定理由書を整備してください。
✔ インターネットやメール等により注文を行い、発注書を取っていない場合には、発注書に代わるもの（電子媒体等の印字したもの）を用意してください。
✔ 納品物は、発注した内容と適合するかどうか確認してください。
✔ 納品書には、内規等に基づき検収日を記載してください。
✔ 自主事業など当該事業以外に使用することはできません。また、納品物についてはその内容を整理してください。
✔ 取引先への支払は助成事業者の名義で行ってください。
✔ 銀行振込受領書等により支払の事実（支払の相手方、支払日、支払額等）を明確にしてください。

（参考）委託・外注費に関する書類のファイリング例

4Ⅴ．実績報告書の作成
当該事業の内容、成果及び経理処理等を様式に沿って整理します。実績報告書は、交付すべき助成金の額を確定する根拠となる資料であることから、適正に作成することが必要です。
✔ 実施細則第１９条第１項で定められた様式に従って記載してください。
✔ 事業の内容については、当初計画と照らし当該事業で実施した内容を詳細に記載してください。また、グラフや図表、写真を活用する等事業遂行の経過をわかりやすく記載してください。
✔ 交付申請書で示した事業目標に対する目標達成率について、できるだけ具体的に記載してください。
✔ 支出された経費区分・種別が交付申請書と整合するよう留意してください。
✔ 機構が定める期限までに提出してください。

Ⅵ．取得財産管理台帳（明細表）の作成
助成事業において、単価５０万円以上の施設、機械設備等を取得又は改良等した場合には、取得財産管理台帳（明細表）を整備する必要があります。なお、当該財産の処分制限期間中に、他の目的に使用する場合や譲渡、廃棄をする場合等には、あらかじめ機構の承認を受けなければなりません。
＜作成上のポイント＞
・「単価５０万円」は、「事業遂行に必要な機能提供が可能な財産一式の価額５０万円」とします。
（必要以上に分割しない。
）ただし、同単位によることにより構成財産の処分制限期間が異なる場合にはその内訳がわかるように記載します。
・「処分制限期間」は「減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和４０年大蔵省令第１５号）」を適用します。
・助成金により取得した当該財産は圧縮記帳の対象ですが、圧縮記帳する場合には圧縮記帳を行う旨を明らかにします。ただし、当該財産の処分時における帳簿価額については圧縮後の帳簿価額によらず助成金額相当も含めた簿価で算定することとします。
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Ⅶ．現地検査（１）検査の概要
検査とは、当該事業の適正な執行を確保するための書面検査及び必要に応じて行う現地検査をいいます。書面検査は、検査に必要な書類を助成事業者が送付又は持参し、機構職員が検査するもので、また現地調査は、機構職員が事業実施場所等に赴き、事業の進捗、購入物品の管理・使用状況、経費の発生状況、書類の整理状況及び経理処理の状況等を確認するものです。検査の種類は以下のとおりです。
①中間検査：当該事業終了前に必要に応じて行う検査で、事業期間中に、経理処理手順や社内統制の体制等を確認することにより、年度末における額の確定行為の負荷の分散及び誤認識、誤処理等の速やかな是正等を目的としています。
②確定検査：当該事業終了後、実績報告を受けた後において行う検査で、実績報告書に基づき、当該事業の成果、経理処理の反映状況等を確認します。当該検査を以って助成金の額が確定します。
③その他検査：事業期間終了後、上記以外に必要があると認めた場合に行う検査です。
（２）検査の着眼点
当該事業の事業計画（事業期間内に開始・終了しているか、助成目的に適合しているか等を含む。
）に基づいて行われているかはもちろんのこと、経理処理については以下のことが遵守されているか確認を行います。
・当該助成事業に必要な経費か・当該助成事業期間中に発生、かつ支払が行われているか・他の資金と混同して使用していないか
・法令や内部規程等に照らして適正か・経済性や効率性を考慮して経費を使用しているか（３）検査への協力のお願い
確定検査の際に、助成事業の内容や経理処理等で不明な点があった場合には、事業従事者や従業員の方にヒアリングをさせていただくことがありますので、あらかじめご承知置きください。また、助成事業の関係先（取引先、請負先、委託先等）に助成事業に係る取引を確認するための証憑類の提示をお願いする場合があります。その際は機構から関係先へ検査への協力をお願いすることになりますので、関係先へ周知や照会等について御協力をお願いします。
（４）検査の実施に際して中間、確定検査日当日までには、上記Ⅱ、Ⅳに基づく書類整理がされていることを確認してください。また、中間、確定検査において指摘・指導した事項は、機構職員と認識を共有し、最終的な額の確定時までに改善する等の措置を講じてください。

Ⅷ．事後作業額の確定、助成金の支払が終了した後の作業です。助成事業の態様によっては、以下の作業が発生する場合があります。
（１） 消費税仕入控除税額に係る処理について＜対象となる場合及び手続きの概要＞
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助成事業において支払った消費税に対して助成金を交付している場合、助成金に係る消費税の仕入控除税額が発生することがあります。この場合、消費税の確定申告終了後速やかに報告することが必要です。
消費税仕入控除税額が確定し、助成事業者からの報告を受けた場合には、当該消費税仕入控除額税額に係る助成金の返還を命じることとなります。
＜具体的処理方法＞
・消費税の確定申告後、助成金に係る消費税の仕入控除税額が確認された場合には実施細則に定める様式に沿って報告書を速やかに作成します。
・助成金に係る消費税の仕入控除税額が発生しない場合には、その理由がわかる資料を整理してください。
・実績報告書作成時に助成金に係る消費税の仕入控除（又は還付）税額が明らかな場合は、その分を減額して報告してください。
・確定検査後に、消費税の確定申告（助成事業者の事業期間が４月～２月の場合、翌年５月）があり、控除（又は還付）を受けることが通常であるため、消費税を含めて助成金の交付を受けた場合には、忘れずに本処理を行ってください。
（２） 財産の管理・処分に係る処理について＜対象となる場合及び手続きの概要＞
助成事業において、単価５０万円以上の施設、機械設備等を取得又は改良等した場
合には、助成事業が終了した後も、当該施設、機械設備等（以下「取得財産」という。）を善良な管理者の注意をもって管理し、助成金交付の目的に従ってその効率的運用を図らなければなりません。
また、処分制限期間内に取得財産を処分（転用、譲渡、貸し付け、廃棄又は取壊し及び担保に供する処分）しようとするときは、あらかじめ機構の承認を受けなければなりません。
＜具体的処理方法＞
・取得財産等管理台帳を備え管理し、事業の目的に従って効率的運用を図らなければなりません。
・処分制限期間内に取得財産を処分する場合には、承認等の手続が必要であり、処分により収入がある、又はあると見込まれるときは、その収入の全部若しくは一部を機構に納付させることがあります。
・処分制限期間内の取得財産を機構の承認を受けずに処分した場合には、交付決定の取消等の処分が行われる場合があります。

以上

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