NITE Biological Resource Center

2021年度後期NITE講座

2022年3月10日
独立行政法人製品評価技術基盤機構（NITE)
バイオテクノロジーセンター（NBRC）
計画課バイオデジタル推進室 牧山 葉子

生物資源データプラットフォーム, DBRP
（DBRP：Data and Biological Resource Platform)
生物資源と関連する実験データ・オミクスデータの総合サイト

バイオ・資源（微生物、植物、動物等）
・資源についてのメタ情報（由来、分離源、機能、学会情報等）

デジタル・オミックスデータ（ゲノム、メタゲノム、プロテオーム等）
・資源についての計測データとメタ情報（系統分類情報等）

両者を合わせて統合検索
生物資源を探している方

デジタルデータを探している方

特性, 分離源, データの有無で所望の資源を検索･利用

データの種類や条件, 資源の有無でデータを利用➢ 未来投資戦略2017（平成29年6月9日閣議決定）に基づき、生物資源データを集約した横断的データベースとして生物資源データプラットフォームを構築➢ NBRCが保有・提供している５万株以上の微生物及び関連するデジタル情報を搭載し、2019年6月26日に運用を開始➢ 企業や公設試等が保有する微生物の情報・データも順次搭載し公開1

バイオ戦略とNBRCの業務との関係
バイオ戦略フォローアップにおけるNBRC業務との関係箇所
第4章 市場領域施策
１．高機能バイオ素材、バイオプラスチック等（市場領域①、②、④、⑦、⑧）（5） ③ データ基盤構築○ 知的基盤整備計画と連携し、国内での生物資源及びその情報の整備・拡充を推進。そのため、生物資源の取扱いプロセスの自動化とそれによるハイスループットなデータ取得を促進。【経】○ 循環型社会等に向けて、産業界のニーズを踏まえ、企業、大学等が保有する生物資源等の情報、国家プロジェクトによる生物資源関連データ等を協調領域として行政が一元的に集約・公開するためのビッグデータ利活用プラットフォームを整備。また、それを利用したバイオものづくり支援や微生物リスク情報の統合等を検討・実施。【経】

微生物遺伝資源とそのデータを活用した「バイオ×デジタルの推進」
による「世界最先端のバイオエコノミー社会の実現」に貢献
2

産構審バイオ小委員会とりまとめ報告書

バイオテクノロジーが拓く「第五次産業革命」
バイオテクノロジーが拓く「第五次産業革命」（2021年2月バイオ小委員会最終報告書概要版より一部抜粋、改変）

生物資源を介したオープンイノベーション、マッチングの促進へ！
乳酸菌の新しい情報（実験や文献）はないかな？
～微生物名から検索～

オープンイノベーション≫ 共同開発≫ ライセンス契約締結 ⇒ 製品化≫ 地域ブランドのアピール など

か微ら生
検物
索名
欲しい
菌株情報を検索

GABA生産能のある菌株はないかな？
～解析データから検索～

解か析
らデ
検ー
索タ

生物資源データ（NBRCの生物資源データも収録）

制限公開機能特定のコミュニティのみに限定して情報を共有可能

NBRC保有微生物
計52,856株の情報を公開中

閲覧制限公開も可能

物大国等学内デが企
ー保業
タ有、登す公録る設
微試
生、〇〇生産能のある菌株を所有しているけど、どこか有効活用してくれるところはないかな～？

国家プロジェクトで得られた生物資源に関する各種データ

他の研究機関のデータベース

今後の取組✓ 特定の企業群で構成されるコンソーシアムにおけるデータの共有及び利活用を促す✓ バイオものづくりなど産業界のニーズに応えるソリューションを生み出す

3

DBRPの登録コレクションリスト
DBRP タグリスト画面 ～https://www.nite.go.jp/nbrc/dbrp/taglist～

タグリスト画面からコレクション一覧をご覧いただけます

味の素株式会社ライブラリ
味の素株式会社において様々な研究目的のために、社内で独自に分離・育種した微生物コレクション。
Ascomycota
ライブラリ

新規医薬品リード化合物を探索するため、収集された子嚢菌門Ascomycotaの分離菌株ライブラリ124株。

Penicillium
ライブラリ

新規医薬品リード化合物を探索するため、収集されたペニシリウム属の分離菌株ライブラリ125株。

粘液細菌
ライブラリ

固有の代謝物を持つことで知られる粘液細菌Myxobacteriaの陸や海洋から分離された粘液細菌ライブラリ株247株。

水生不完全菌
ライブラリ
BPR
ライブラリ

固有の代謝物を持つことで知られる水生不完全菌のスクリーニングプロジェクトで分離されたライブラリ株120株。
バイオセルロースを生産する酢酸菌の高生産株やその育種株の菌株ライブラリ
39 株。

4

DBRPの登録コレクションリスト
しずおか有用微生物ライブラリー静岡県の河津桜など自然環境から分離した酵母や乳酸菌などの微生物のうち、特に発酵食品の香味を高めるものを育種・選抜。

和歌山県特許権財産 ユーグレナKishu株
パラミロンを生産する新規のユーグレナ属微細藻類として特許(特許第6019305号)に登録されており、食品に利用可。

和歌山県工業技術センター保有生物資源
リンゴのような香りを有するカプロン酸エチルを生産する株など、主に酒造用酵母。

株式会社テクノスルガ・ラボライブラリ
株式会社テクノスルガ・ラボにおいて、維持・管理・分譲を行っている微生物で、ヒトの健康に関連することが知られているヒト腸内由来の酪酸産生菌。

TUFC菌株（きのこ）コウヤクタケ類やサルノコシカケ類、キクラゲ類などの国産木材腐朽性の野生きのこを中心として、菌根性のハラタケ類も含んでおり、採集日や同定者といった情報が明確な菌株で構成される日本最大級のきのこ菌株コレクションです。

NBRCが提供する微生物コレクション
NBRC株とRD株を合わせて約9万株以上ある幅広い種類の微生物を有するコレクション。
日本産業規格（JIS）や日本薬局方などの公的試験方法に規定された菌株の多くを提供。
昨年1月27日に国内由来スクリーニング株（通称：RD株）の微生物株情報等のデータを32,931件追加しました！！

5

DBRPの登録コレクションリスト
2021年6月公開

NEDOスマートセルプロジェクト「植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発」（NEDO）：2016～2020fy～参考：スマートセルプロジェクトのご紹介ページ：
https://www.jba.or.jp/nedo_smartcell/project/～

今後、新たなコレクション公開予定！

登録データの利用／DBRPへのご登録お待ちしています！
2021年6月10日NITEプレスリリースより引用

6

DBRPの登録情報

NITE保有株の免疫活性調査

NEDOスマートセルプロジェクト

バーミキュライト法による菌根性担子菌培養株の凍結保存法の開発

7

DBRPの新機能まずは・・・DBRP Stanzaのしくみのご紹介

NBRC株

SPARQL
endpoint
からデータ取得

画面表示

NBDC RDF Portal

理研JCM株

画面は、DBCLSのTogoStanzaのJavascriptをカスタマイズした独自のGUIで表示。

8

新機能① DBRP Stanza～メタゲノム解析に関連する株情報を検索～？にマウスオーバーすると各項目の詳細を日本語で表示“hot spring”
で検索“hot spring” が含まれる分離源情報一覧◆ 分離源情報（MEO）を基に、MicrobeDBのメタゲノム情報を検索し属の割合を示すグラフを表示◆ 属の割合を示すバーをクリックするとその属に含まれるNBRC株、JCM株を表示

9新機能② 相同性検索 ～BLAST～

お手持ちの配列を入力

配列のデータセットを選択

BLASTのプログラムを選択
オプション設定は任意

結果を後で表示することもできます10

最後にDBRPへ登録をおねがいします！
☆登録データの種類
菌株の基本情報（生物種名、採取地、分離源など）、実験情報、画像情報、ゲノム配列情報、文献情報、保存機関及びコレクション情報など※ データは1種類（菌株の情報、実験情報など）から複数種類まで、ご意向に沿ってデータ登録をすることができます。

運用開始
NEW!

※ 登録データは、ログインしなければ閲覧できないように設定をすることができます。

DBRPの利活用促進について微生物に関する情報の巡りをよくすることでバイオ産業の発展に貢献したいと考えております。
“○○のデータがあるといいのでは？”“△△の検索ができればいいのでは？”など

忌憚なきご意見をいただければ幸いです。
よろしくお願いいたします※ ご不明な点などは、遠慮なくお問合せください。

【お問い合わせ】
独立行政法人
製品評価技術基盤機構
バイオテクノロジーセンター
計画課バイオデジタル推進室〒151-0066 東京都渋谷区西原2-49-10
TEL: 03-3481-1972, FAX: 03-3481-1962
E-mail: bio-dbrp@nite.go.jp
URL: https://www.nite.go.jp/11

安全とあなたの未来を支えます

微生物のパワーをバイオ産業の発展に活かす

12