Winmostar V9移行ガイド

2019年5月21日版
株式会社クロスアビリティ

１．各種設定ファイルの移行方法
旧バージョン向けの以下のファイルを、Winmostar V9のインストールフォルダ（デフォルトではC:\winmos9\）の下のUserPrefフォルダにコピーします。
・atoms1.wmx
・winmos_server.ini
・wm_nmr.ref
・wm_irscale.ref
・リモートジョブ用テンプレートスクリプト（必要に応じて）- これらのファイルは、特定機能を利用した際に自動生成されるため、一部存在しない場合もあります。存在しないファイルについては無視し、コピーする必要はありません。
- winmos_server.iniは、winmos_profile.iniが既に生成されている場合は自動では読み込まれないので、リモートジョブ投入ウィンドウの[File]-[Import SettingFile...]から明示的にwinmos_server.iniを選択し設定を読み込んでください。
上記ファイルは、旧バージョンの以下の場所に置かれています。
・Winmostar V3〜V6から移行する場合はインストールフォルダ
・Winmostar V7〜V8から移行する場合はそれらのインストールフォルダの下のUserPrefフォルダ
２．各種メニュー、ウインドウの変更点
Winmostar V8

Winmostar V9

メインウインドウ
上側ツールバーの[キーワード設定]ボタン

アイコンを変更

上側ツールバーの元素選択プルダウンメニュー

画面右側から左端に移動

上側ツールバーの[Chg]（元素変更）ボタン

アイコン付きのボタン（元素を変更）に変更

左側ツールバーの[表示設定]ボタン

Zoomはメインウインドウ右下のズームバーに移設、AtomとBondは[表示]-[分子の表現形式]-[棒球モデルのカスタマイズ]に移設

左側ツールバーの[アノテーション]ボタン

上側ツールバー上段左の[ラベル/電荷]プルダウンメニューに移設

座標表示エリア下の[XYZ]チェックボックス

座標表示エリア上部の[Z-Matrix]および[XYZ]タブに移設[編集]メニュー[編集]-[原子]-[原子追加]メニュー[編集]-[原子を追加]-[座標を指定]に名称変更[編集]-[原子]-[原子削除]メニュー[編集]-[原子を削除]に名称変更[編集]-[原子]-[原子移動]メニュー[編集]-[原子を移動]-[並進移動]に名称変更[編集]-[原子]-[元素変更]、[最適化フラグ変更]、[電荷/スピン変更]メニュー[編集]-[属性を変更]以下に移設[編集]-[結合]-[結合付加]メニュー[編集]-[結合を付加/変更]に名称変更[編集]-[結合]-[結合削除]メニュー[編集]-[結合を削除]に名称変更[編集]-[部分編集]メニュー[編集]-[部分編集]-[部分回転]メニュー[編集]-[グループ編集]に名称変更し、編集ボタンエリアの[グループ編集]ボタンを追加[編集]-[グループ編集]-[グループを軸回転（選択2原子）]に名称変更[編集]-[部分編集]-[結合角変更]メニュー[編集]-[グループ編集]-[グループを軸回転（選択3原子）]に名称変更[編集]-[部分編集]-[部分移動]メニュー[編集]-[グループ編集]-[グループを平行移動（マウス操作）]に名称変更[編集]-[部分編集]-[部分移動(スライダー)]メニュー[編集]-[グループ編集]-[グループを平行移動（数値を指定）]に名称変更[編集]-[部分編集]-[部分自由回転]メニュー[編集]-[グループ編集]-[グループを回転（マウス操作）]に名称変更[編集]-[部分編集]-[部分クリーン]メニュー[編集]-[グループ編集]-[グループを簡易構造最適化]に名称変更[編集]-[部分編集]-[部分配向]メニュー[編集]-[グループ編集]-[グループを回転（配向を指定）]に名称変更[編集]-[部分編集]-[部分重心]メニュー[編集]-[ダミー原子を追加]-[グループの重心に追加]に名称変更[編集]-[変更]メニュー[編集]-[選択原子間の距離/角度を変更]に名称変更[編集]-[部品]-[部品登録]、[部品削除]メニュー[ツール]-[フラグメントを登録/削除]以下に移設[編集]-[番号交換]メニュー[編集]-[番号の取り直し/ソート]-[選択2原子間で交換]に名称変更[編集]-[原子の並び替え]メニュー[編集]-[番号の取り直し/ソート]-[水素とその他でソート]に名称変更[編集]-[配向]-[設定]メニュー[編集]-[座標系の取り直し]-[カメラ座標系に設定]に名称変更[編集]-[配向]-[設定(3点)]メニュー[編集]-[座標系の取り直し]-[選択3原子で設定]に名称変更[編集]-[配向]-[原点設定]メニュー[編集]-[座標系の取り直し]-[選択原子の位置を原点に設定]に名称変更[編集]-[Z-Matrix]-[原子追加]メニュー[編集]-[原子を追加]-[座標と結合関係を指定]に名称変更[編集]-[Z-Matrix]-[ダミー原子追加]メニュー[編集]-[ダミー原子を追加]-[選択2原子に沿って追加]に名称変更[編集]-[Z-Matrix]-[二面角変更]メニュー[編集]-[原子を移動]-[二面角を変更]に名称変更[編集]-[Z-Matrix]-[結合関係変更]メニュー[編集]-[属性を変更]-[結合関係を変更]に名称変更[編集]-[Z-Matrix]-[原子移動]メニュー[編集]-[原子を移動]-[Z-Matrixを保持して並進移動]に名称変更[編集]-[Z-Matrix]-[Z-Matrix再生成]メニュー[編集]-[原子/結合の自動調整]-[Z-Matrixを再生成]に名称変更[編集]-[クリーン]メニュー[編集]-[原子/結合の自動調整]-[簡易構造最適化]に名称変更[編集]-[座標反転]メニュー[編集]-[キラリティ]-[X方向に座標を反転]に名称変更[編集]-[鏡像体生成]メニュー[編集]-[キラリティ]-[鏡像体を生成]に名称変更[編集]-[分子種単位で選択]メニュー[選択]-[分子種によるグループ選択]に名称変更[編集]-[分子種でソート]メニュー[編集]-[番号の取り直し/ソート]の下に移設[編集]-[セルを作成/編集]の[Create]機能

V8における[Create]の挙動は[Use Cubic Cell]チェックボックスを外した時に再現するように変更[編集]-[セルを削除]に名称変更[編集]-[セルを作成/編集]の[Clear]ボタン

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[編集]-[周期境界折り返し]メニュー[編集]-[周期境界条件に基づき原子を再配置]に名称変更し、結合を保持する場
合は[セルの内側に分子単位で再配置]、結合を保持しない場合は[セルの内側に原子単位で再配置]を選択するように変更[編集]-[慣性主軸方向に回転]メニュー[編集]-[座標系の取り直し]-[慣性主軸に設定]に名称変更[表示]メニュー[表示]-[全表示]メニュー[表示]-[キーワード&座標表示エリアを表示]に名称変更[表示]-[センタリング]メニュー[表示]-[常に中心を注視]に名称変更[表示]-[視点移動]メニュー[表示]-[平行移動]に名称変更[表示]-[表示選択]メニュー[表示]-[表示項目]に名称変更[表示]-[棒球表示]メニュー[表示]-[分子の表現形式]に名称変更[表示]-[視線変更]メニュー[表示]-[表示方向を変更]に名称変更[表示]-[空間充填モデル]メニュー[表示]-[分子の表現形式]-[空間充填モデルを重ね合わせ表示]に名称変更[表示]-[周期境界折り返し表示]メニュー[表示]-[周期境界条件の表現形式]に名称変更[表示]-[3D]メニュー[表示]-[Winmostar Viewer]に名称変更[半経験QM]、[QM]、[MD]、[固体]共通
各種キーワード設定ウインドウの[Set]ボタン[OK]に名称変更[計算実行]ボタンで各種ソルバを実行

従来機能は残しつつ、各種キーワード設定ウインドウ内に新設された[Run]ボタンでも実行可に従来機能はそれぞれ「ログを表示」に名称変更し、またメインウインドウに新設された「ログを開く」ボタンからも操作可能に

各種ソルバのメニューに移動してから計算のログファイルを確認するために「outファイル編集」ボタンをクリック
各種Animationウインドウの[Rewind]、[Last]、[|>]ボタン

ウインドウ右下に一般的な再生ボタン等の形式で表示

各種Animationウインドウの[3D]ボタン[Open Viewer]に名称変更

各種Animationウインドウの[gro]ボタン[Export...]ボタン-[Animated GRO File]メニューに移設

各種Animationウインドウの[jpeg]、[gif]チェックボックス[Export...]ボタン-[JPEG Images]、[GIF Animation]メニューに移設[半経験QM]、[QM]メニュー[QM]-[リモートジョブ投入]メニュー[ツール]-[リモートジョブ投入]に移設[QM]-[GAMESS]-[NCPUS]、[NODES(Firefly)]メニュー[QM]-[GAMESS]-[キーワード設定]の中に移設[QM]-[GAMESS]-[インポート]-[$VEC from punch]、[$HESS from punch]メ
ニュー[QM]-[GAMESS]-[punchファイルから読み込み]-[$VECを読み込み]、[$HESSを読み込み][QM]-[NWChem]-[MPI設定]メニュー[QM]-[NWChem]-[キーワード設定]の中に移設[QM]-[PIO]-[with GAMESS]メニュー[QM]-[GAMESS]-[PIO解析][QM]-[PIO]-[with Gaussian]メニュー[QM]-[Gaussian]-[PIO解析]

各種MO Plotウインドウの[3D]、[cube]、[Energy]ボタン[Draw]、[Generate cube]、[Show Diagram]に名称変更

各種MO Plotウインドウの[VRML]ボタン[Export...]ボタン-[Save VRML]に名称変更

各種MO Plotウインドウの[Boundary]、[Contour Map]、[Save Cube]チェックボッ [Draw boundary]、[Draw contour map]、[Dump cube file]に名称変更
クス
各種MO Plotウインドウの[Iso. Level]テキストボックス[Isosurface value]に名称変更
各種MO Plotウインドウの[Number of MO]テキストボックス[Selected MO]に名称変更

各種IR Spectrumウインドウの[Anim]、[Vector]ボタン[Animation]、[Vector]に名称変更

各種IR Spectrumウインドウの[Save]、[Copy]、[Excel]ボタン[Export...]ボタン-[Save Image]、[Copy Image]、[Open Excel]に名称変更

各種IR Spectrumウインドウの[Displ. F]、[Width]スクロールバー[Magnitude]、[Broadening]に名称変更

半経験QM、QMの各種インポートメニュー
各種Easy Setupウインドウの[Quit]ボタン

インポートメニューを廃止しソルバ名のメニューの直下に配置、メニュー名を日本語化[Close]に名称変更

各種NMR (Chemical Shielding Tensor) ウインドウの[Ref.][Reference]に名称変更[MD]メニュー[MD]-[リモートジョブ投入]メニュー[ツール]-[リモートジョブ投入]に移設[MD]-[溶媒を配置/系を構築]の[Put the molecule on the main window]チェックボックス[MD]-[散逸粒子動力学法]メニュー[Add DIsplayed Molecule]ボタンの機能に統合し、デフォルトでは何もリストに追加されていない状態に変更[MD]-[LAMMPS]-[散逸粒子動力学法]に名称変更[MD]-[Bond/Angle算出]メニュー

Animationウインドウの[Tools]-[Distance/Angle Change]に移設[MD]-[Gromacs]-[トラジェクトリ読み込み][MD]-[LAMMPS]-[トラジェクトリ読み込み][MD]-[Amber]-[トラジェクトリ読み込み][MD]-[MODYLAS]-[トラジェクトリ読み込み]それぞれ[アニメーション]に名称変更

各種エネルギー変化ウインドウの[Excel]ボタン

グラフ描画エリア下の[Options...]ボタンの[Open Excel]に移設

Gromacs, LAMMPS実行時に、セルが作成されていなかったら自動でセルを作 各種キーワード設定ウインドウを閉じるタイミングで、自動でセルを作成
成LAMMPSのログファイル、エネルギー変化ウインドウに出力されるgamma（界面 GamNsurfに名称変更
張力×z方向界面数）[固体]メニュー[固体]-[リモートジョブ投入]メニュー[ツール]-[リモートジョブ投入]に移設[固体]-[結晶ビルダ]メニュー

結晶構造を0から指定する機能のみを[固体]-[結晶ビルダ]とし、それ以外の機能は[固体]メニュー以下に配置[固体]-[結晶ビルダ]の[Edit]-[Repeat][固体]-[スーパーセルを作成]に名称変更[固体]-[結晶ビルダ]の[Tool]-[Cleave Plane][固体]-[表面を切り出し]に名称変更[固体]-[結晶ビルダ]の[Tool]-[Insert Vacuum][固体]-[真空層を挿入]に名称変更[固体]-[結晶ビルダ]の[File]-[Exit]（結晶ビルダの終了方法）[Crystal Builder]ウインドウ右下に[OK]または[Cancel]ボタンを新設

Quantum ESPRESSOキーワード設定ウインドウの[Automatically convert toprimitive cell]チェックボックス[Set ibrav=... and celldm]に名称変更し、デフォルトでチェックが入っていない状態に変更

2

Quantum ESPRESSOキーワード設定ウインドウのデフォルト値

以下のキーワードのデフォルト値を以下のように変更- atomic_position unit: angstrom- ecutwfc: 25- ecutrho: 225- mixing_beta: 0.3

Quantum ESPRESSOキーワード設定ウインドウの[Attributes]タブ[Pseudo Potentials]に名称変更

Quantum ESPRESSO実行時に、セルが作成されていなかったら自動でセルを 各種キーワード設定ウインドウを閉じるタイミングで、自動でセルを作成
作成[固体]-[Quantum ESPRESSO]-[エネルギー変化 (evp)]、[アニメーション(pos)]メ [CPMDエネルギー変化]、[CPMDアニメーション]に名称変更
ニューリモートジョブ投入
シェルスクリプトやサブミットコマンドの引数における「$0」（エイリアス文字）「%WM_INPUT%」に統合

シェルスクリプトやサブミットコマンドの引数における「$1」（エイリアス文字）「%WM_PREFIX%」に統合

Winmostar 3Dアプリケーション
アプリケーション名

Winmostar Viewerに変更[View]-[Preferences]メニュー[View]-[Representations]に名称変更

その他不明点はお問い合わせください。
以上

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