Gromacs 2024.2
ウェブページ
http://www.gromacs.org/

バージョン
2024.2

ビルド環境
GCC 13.1.1 (gcc-toolset-13)
Open MPI 4.1.6
CP2K 2023.1 (倍精度 MPI 版のみ)必要なファイル
gromacs-2024.2.tar.gz
regressiontests-2024.2.tar.gz
導入済みの CP2K 2023.1 (倍精度 MPI 版のみ)

ビルド手順#!/bin/sh
VERSION=2024.2
INSTALL_PREFIX=/apl/gromacs/${VERSION}#INSTALL_PREFIX=/home/users/qf7/Software/Gromacs/2024.2/gcc13-ompi416
BASEDIR=/home/users/${USER}/Software/Gromacs/${VERSION}/GROMACS_TARBALL=${BASEDIR}/gromacs-${VERSION}.tar.gz
REGRESSION_TARBALL=${BASEDIR}/regressiontests-${VERSION}.tar.gz
WORKDIR=/gwork/users/${USER}
REGRESSION_PATH=${WORKDIR}/regressiontests-${VERSION}
PARALLEL=12
export LANG=C#--------------------------------------------------------------------umask 0022
module -s purge
module -s load gcc-toolset/13
module -s load openmpi/4.1.6/gcc13#module -s load cmake/3.28.3
cd ${WORKDIR}
if [ -d gromacs-${VERSION} ]; then
mv gromacs-${VERSION} gromacs_erase
rm -rf gromacs_erase &fi
if [ -d regressiontests-${VERSION} ]; then
mv regressiontests-${VERSION} regressiontests_erase
rm -rf regressiontests_erase &fi
tar xzf ${GROMACS_TARBALL}
tar xzf ${REGRESSION_TARBALL}
cd gromacs-${VERSION}# single precision, no MPI
mkdir rccs-s
cd rccs-s

cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \-DGMX_MPI=OFF \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=OFF \-DGMX_THREAD_MPI=ON \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
# double precision, no MPI
mkdir rccs-d
cd rccs-d
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=gcc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=g++ \-DGMX_MPI=OFF \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=ON \-DGMX_THREAD_MPI=ON \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make checkmake install
cd ..
# single precision, with MPI
mkdir rccs-mpi-s
cd rccs-mpi-s
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \-DGMX_MPI=ON \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=OFF \-DGMX_THREAD_MPI=OFF \-DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}
make -j${PARALLEL} && make check && make install
cd ..
CP2KROOT=/apl/cp2k/2023.1
CP2KROOT_TC=${CP2KROOT}/tools/toolchain# double precision, with MPI
mkdir rccs-mpi-d
cd rccs-mpi-d
cmake .. \-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=${INSTALL_PREFIX} \-DCMAKE_VERBOSE_MAKEFILE=ON \-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc \-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx \-DGMX_MPI=ON \-DGMX_GPU=OFF \-DGMX_DOUBLE=ON \-DGMX_THREAD_MPI=OFF \-DGMX_CP2K=ON \-DBUILD_SHARED_LIBS=OFF \-DGMXAPI=OFF \-DGMX_INSTALL_NBLIB_API=OFF \-DCP2K_DIR=${CP2KROOT}/lib/rccs/psmp \-DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 \-DCMAKE_PREFIX_PATH=${CP2KROOT_TC}/install/fftw-3.3.10 \-DGMX_EXTERNAL_BLAS=ON \-DGMX_BLAS_USER=${CP2KROOT_TC}/install/openblas-0.3.21/lib/libopenblas.so \-DGMX_EXTERNAL_LAPACK=ON \-DGMX_LAPACK_USER=${CP2KROOT_TC}/install/openblas-0.3.21/lib/libopenblas.so \-DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF \-DREGRESSIONTEST_PATH=${REGRESSION_PATH}make -j${PARALLEL} && make checkmake install
cd ..

テスト
すべて問題無く通過

メモ
gcc11 では 2023 と同じく速度が出ないことを確認。gcc9, 13 では速度が出ている。gcc9, 11, 13 のみ検証。gcc10, 12 でも2023 時と同様に速度が出ない可能性がある。
Colvars は特に指定しなくても有効になる模様。
AOCC 4.2 や Intel 2023, 2024 は GCC よりも若干速度が出にくい気配。
Intel については 2024 よりも 2023 の方がわずかに速度が出ているように見える。
倍精度 MPI 版には CP2K 2023.1 をリンクしているため QM/MM 計算が実行可能。MPI 並列計算も可能。
https://github.com/bioexcel/gromacs-2022-cp2k-tutorial の egfp から抽出した実行サンプルを samples/cp2k 以下に配置。(このチュートリアル中の手順は 2024 で実行する場合には少し変更する必要があるかもしれない)
qmmm-cp2k-qmfilenames の扱いが上記チュートリアル作成時から変わっているのか、明示的に指定しないとおかしなファイル名を使おうとしてエラーになるケースを確認。qmmm-cp2k-qmfilenames = cp2k_internal のように名前を指定することで回避。
CMAKE_PREFIX_PATH=${CP2KROOT_TC}/install/fftw-3.3.10 の指定は CP2K の toolchain 中の fftw を指定するために必要
この fftw では --enable-sse と --enable-sse2 が指定されていないとの warning 有り。(--enable-avx は指定されていると思われる)(CP2K と Gromacs での OpenMPI のマイナーバージョンの差異(4.1.4 (hpc-x) vs 4.1.6)については特に問題無いと思われる。)
gmxapi はシステムの python のバージョンが足りないため無効です。