ポストゲノム時代のデータマイニング

静岡大学

理学部 生物科学科
石原顕紀

ポストゲノム時代とは

ゲノム：
Gene + ome = Genome
遺伝子 + 集合 = ゲノム

一般的に、ある生物における全DNA配列をさすことが多いポストゲノム時代とは

遺伝子とは遺伝子は生物の遺伝情報を担う主要因子であると考えられている。全ての生物でDNAを媒体として、その塩基配列にコードされている。

遺伝子とは
ヒトゲノムの情報←全DNAの長さ（塩基対）DNAの配列はA, G, C, Tのアルファベットで表記される。
つまり文字配列のテキストデータとして扱える。
１文字＝１バイトとすると約3.3GB。
DVD一枚に収まる。

←タンパク質をコードしている遺伝子の数←mRNAの数

データマイニングとは
データマイニング：
Data + mining = Data mining
データ+ 採掘 = データを取り出すこと
人間の目、脳で解釈することが難しい膨大なデータを、コンピュータ（バイオインフォマティクス）を用いることによって、人間にとって有用な情報を取り出す。

バイオインフォマティクスとはバイオインフォマティクス：
Bio + informatics = Bioinformatics
生物 + 情報科学 = 生物情報科学
バイオインフォマティクスの２つの側面＊学問としてのバイオインフォマティクス
データ解析を行うアルゴリズム（解法）を提案する分野。数学的要素が強い。

＊ツールとしてのバイオインフォマティクス
上記アルゴリズムを用いてデータ解析を行う実験情報学的分野。

ツールとしてのバイオインフォマティクス＊発現解析方法（mRNA定量法）
・ノザンブロット
・RT-PCR・RNase プロテクションアッセイ・リアルタイムPCR→いずれの方法も1遺伝子ずつしか検討できない。
→ゲノムワイドな解析には不向き。

ツールとしてのバイオインフォマティクス＊発現解析方法（mRNA定量法）
・マイクロアレイ
DNAマイクロアレイはDNAチップとも呼ばれ、細胞内の遺伝子発現量を測定するために、多数のDNA断片をプ
ラスチックやガラス等の基板上に高密度に配置した分析器具のこと。

ツールとしてのバイオインフォマティクス＊発現解析方法（マイクロアレイ）
結果画像

蛍光強度の数値化ツールとしてのバイオインフォマティクス＊発現解析方法（マイクロアレイ）
データマトリックス
サンプル数

アノテーション（注釈）

遺伝子数

遺伝子数m
サンプル数nのデータマトリックス↓
統計解析とプログラムの必要性

統計解析（統計学）とは
統計学は、経験的に得られたバラツキのある
データから、応用数学の手法を用いて数値上の性質や規則性あるいは不規則性を見いだす。
統計的手法は、実験計画、データの要約や解釈を行う上での根拠を提供する学問であり、幅広い分野で応用されている。

統計解析（統計学）とは

統計解析（統計学）とは2つのグループ間に、「統計的」に意味のある差（有意差）が存在するか？
例えば99%以上の確率で差がある、等。

プログラム（言語）とは
英語
日本語
イタリア語
韓国語

フランス語

実世界における言語
ドイツ語

中国語
ロシア語

プログラム（言語）とはコンピュータ社会における言語

Perl言語とは
Perl（パール）とは、ラリー・ウォールによって開発されたプログラミング言語である。実用性と多様性を重視しており、Cや
sed、awk、シェルスクリプトなど他のプロ
グラミング言語の優れた機能を取り入れている。Webアプリケーション、システム管理、テキスト処理などのプログラムを書くのに広く用いられている。

テキストデータ
DNA: ATGCATCAGTCAGTCAGTACGTAA!
Transcription!
mRNA! PerlプログラムのTranslation! 有用性
Amino Acid: MetHisGlnSerValSerThrStop

テキストデータ

Perl言語の実際

DNA配列ファイル
＞配列名
配列
＞配列名
配列

配列名を抽出する
Perlプログラム

バイオインフォマティクス的解析例
１.

祝・山中教授ノーベル賞受賞〜iPS細胞樹立の陰にバイオインフォマティクスあり〜

祝・ノーベル賞受賞
分化多能性を有する、
人工的な細胞を開発した。
iPS細胞（induced
pluripotent stemcell）

多能性幹細胞とは
様々な臓器に分化する能力を持った細胞をさす。
胚性幹細胞（Embryonic Stem Cell, ES cell）が研究の主役だった。動物の発生初期段階である胚盤胞期の胚の一部に属する内部細胞塊より作られる幹細胞細胞株である。

多能性幹細胞とは多能性細胞の医療への応用：
ES細胞では、倫理的な問題がつきまとうとともに、移植時の拒絶反応が避けられない。
研究の目的：
受精卵を用いず、患者自身の体細胞から人工的にES細胞に匹敵する多能性幹細胞を作り出すこと。

研究上の仮説
ES細胞と体細胞を融合させると、体細胞が多能性を有す
るようになることが明らかになっていた（ES細胞が多能性誘導因子を有する）。
↓
仮説１：体細胞に多能性を誘導する因子は、ES細胞が多能性を維持するために必要な因子と同じである。
仮説２：ES細胞の多能性を維持している因子は、ES細胞だけで働いており、体細胞では働いていない。
ES細胞の多能性を維持する因子を探すことからスタートした。

因子探索のブレイクスルー
因子探索は暗礁に乗り上げていたらしい。。。
in silico（コンピュータ内）解析、すなわちバイ
オインフォマティクスの技術を利用した。
ゲノム配列の解読と平行して、cDNAプロジェクトが進行していた。

因子探索のブレイクスルー

ESTとは：Expression Sequence Tagのこと。
cDNAがどんな遺伝子由来か明らかにするために、塩基配列を決定した際の配列。
ライブラリを作成した組織においてmRNAが存在することの証拠となる。

FANTOMとはFunctional Annotatioin of Mammalian Genome
完全長cDNAのア
ノテーション（機能注釈）を行うことを目的として、
2000年に結成された国際研究コン
ソーシアム
ES細胞由来のESTデータベースと通常の体細胞由来のデータベースを比較し、ES細胞特異的に発現している
cDNA（mRNA）をin silicoで同定した。

FANTOMとは
ES細胞由来のEST
データベース体細胞由来のEST
データベース

遺伝子A
遺伝子B
遺伝子C

遺伝子A
遺伝子C
遺伝子C

遺伝子D

遺伝子A

ES細胞特異的に発現している遺伝子BとD

ES細胞由来のESTデータベースと通常の体細胞由来のデータベースを比較し、ES細胞特異的に発現している
cDNA（mRNA）をin silicoで同定した。

マイクロアレイの利用
EST解析の結果、ある遺伝子がES細胞の多能性維持に重要な役割を果たしていることが分かった。
この遺伝子の制御下にある遺伝子をマイクロアレイを用いて探索し、EST解析の結果得られた重要遺伝子リストに加えられた。
ES細胞の多能性を維持する因子を２４遺伝子に絞り込んだ。
↓
この２４遺伝子の中に、体細胞を分化多能性を有する幹細胞にリセットする因子が存在すると考えられ、最終的に４遺伝子を用いてiPS細胞の樹立に成功した。

因子探索のブレイクスルー
山中先生が行ったin silico解析によるブレイクスルーを再現してみました。

バイオインフォマティクス的解析例
２.

甲状腺系に及ぼす環境ホルモンの影響

The effects of EDCs -- overview
Endocrine disruptors are chemicals that interfere with endocrine (or hormone system)in animals, including humans. !
These disruptions can cause cancerous tumors, birth defects, and other developmental
disorders. !
Specifically, they are known to cause!
*learning disabilities! 学習障害
*severe attention deficit disorder!注意多動性障害*cognitive and brain development problems! 認識障害、脳の発達の障害*deformations of the body (including limbs)! 身体の奇形*sexual development problems!
*feminizing of males or masculine effects on females, etc. !
性ホルモン系への悪影響

Any system in the body controlled by hormones, can be derailed by hormone
disruptors. The critical period of development for most organisms is between thetransition from a fertilized egg, into a fully formed infant. As the cells begin to growand differentiate, there are critical balances of hormones and protein changes that mustoccur. Therefore, a dose of disrupting chemicals can do substantial damage to adeveloping fetus (baby). The same dose may not significantly affect adult mothers—
for a more scientific explanation, see below.

The effects of EDCs -- overview
分類 生物
巻貝類 エゾバイ科
（複数種）

魚類

イボニシ、
レイシガイ
（アクキガイ科）
サケ属

場所
シンガポール、
インドネシア、マレーシア
日本

内分泌撹乱作用
雌のインポセックス

推定原因物質
船底塗料由来のトリブチルスズの可能性が高い

雌のインポセックス

船底塗料由来のトリブチルスズ及びトリフェニルスズが原因物質

米・五大湖

甲状腺の過形成（疾病率１００％）、
雄の二次性徴欠如、早熟
成熟遅延、生殖巣縮小、

甲状腺腫誘発物質、未特定なるも多数

ホワイトサッカー

米・五大湖

（サッカー科）

（スペリオル湖）

カダヤシ
（メダカ目）
ローチ
（コイ科）、
ニジマス
爬虫類 ミシシッピーワニ

米・フロリダ州

加齢による生殖能の低下、
雄の二次性徴欠如
雌の雄化（シリビレ伸長）

イングランドの河川 精巣発育遅延

アポプカ湖
（米・フロリダ州）

製紙工場の排水、化合物は未特定なるも多数

製紙工場の排水、化合物は未特定なるも多数
ノニルフェノールなどの可能性あるも、排水処理場放水中の女性ホルモンの関与否定できず

雄：ペニス矮小化､精巣機能不全湖内に流入したＤＤＴ、ディコホルとされるが、データが少なく断定
雌：超雌個体の出現、卵胞での はできない
異常卵・多卵、卵巣の退行
幼体：低孵化率、死亡率上昇
鳥類 ヤマシギ、ハイタカ、ミサ 英国
産卵数減少、繁殖期遅延、産卵 野外での使用開始時期と影響の発現との整合性および毒性試験
ゴ、ミヤマガラス、ヨーロッ 北アメリカ
失敗、卵の小型化、卵殻薄化、 結果より、ＤＤＴ、ＤＤＥと断定
パヒメウなど
破損卵増加、卵内での
死にごもり増加など
アメリカオオセグロカモメ サンタバーバラ島 雄：雌化、個体数減少
データの欠如により現段階では特定できない（米・カリフォルニア 雌：レスビアン個体出現、州）
生殖器の退行
セグロカモメ
米・五大湖
甲状腺異常
含ハロゲン有機化合物（ＤＤＴ）の可能性もあるが、データ不足の（肥大、上皮組織過形成など） ため特定できない
ハクトウワシ
米・五大湖
低孵化率
ＰＣＢまたはＤＤＥ（ＤＤＴ）の可能性あり
アジサシ、
米・五大湖
雄の両性生殖器官具有化
ＰＣＢ、ＤＤＴとの説、知見少なく特定困難
カモメ
哺乳類 カワウソ、
米・五大湖
繁殖激減
餌魚中のＰＣＢの可能性が高い
ミンク
フロリダパンサー
米・フロリダ州
雄：精子数減少、潜在精巣症、 女性ホルモン作用を有する農薬との説があるが、データが少なく
特定困難
雌：不妊
「内分泌（エンドクリン）系に作用する化学物質に関する調査研究」報告書（平成９年６月）
（社）日本化学工業協会、（社）日本化学物質安全・情報センターより甲状腺ホルモンとは甲状腺ホルモン (thyroid hormone) とは、甲状腺から分泌され、一般に全身の細胞に作用して細胞の代謝率を上昇させる働きをもつ、アミノ酸誘導体のホルモンのこと。
甲状腺ホルモンは脳や神経の発達に重要な役割を持っている。
甲状腺ホルモンの受容体（受け手）を持たない動物
は、多動、学習障害、こだわりなど自閉症に似た症状を示す。

The mechanism of thyroid hormone action and endpoints affected by
endocrine-disrupting chemicals.
Blood Stream

甲状腺ホルモン T3 : Triiodothyronine
TTR!

T3!

TTR : TransthyretinTR : Thyroid Hormone Receptor
RXR : Retinoid X Receptor
TRE : Thyroid Response Element
Pol II : RNA Polymerase II!
H : Histone

TTR! T3!

T3!

ホルモン結合蛋白質 1!

2!
T3!

11!
T3!

6!
Cofactors
T3!

3!
ホルモン受容体 TR! RXR!
5!
TRE!

4!
RNA合成酵素
8!

9!
H!

Target Gene
Ac!

細胞質

Cytoplasm

核

Nucleus

10!

Pol II!

7!

The mechanism of thyroid hormone action and endpoints affected by
endocrine-disrupting chemicals.
Blood Stream
TTR!
T3!

T3!

T3 : Triiodothyronine
TTR : TransthyretinTR : Thyroid Hormone Receptor
RXR : Retinoid X Receptor
TRE : Thyroid Response Element
Pol II : RNA Polymerase II!
H : Histone

TTR! T3!

1!

2!
T3!

11!
T3!

3!
5!

6!
Cofactors

4!

T3!
TR!

RXR!

TRE!

8!

9!
H!

Target GeneAc!

10!
Cytoplasm

Nucleus

Pol II!

7!

Background and the purpose of experiment.
*Polychlorinated biphenyls (PCBs) have high stability to heat, so they had been
widely used for many applications such as dielectric oil, plasticizer, coating material. !
*Production of PCBs was banned in the 1970s. However, large amounts of thesecompounds remain ubiquitous in the environment. !
*Hydroxylated PCBs are the metabolites produced from parent compounds by the
drug-metabolizing enzyme cytochrome P450. These compounds are suspected todisrupt post-embryonic neural development in the brains of mammals including
humans. !
*Because thyroid hormones play a role in the perinatal development of the central
nervous system, the thyroid system is thought to be one of the important endpoints
affected by several endocrine-disrupting chemicals including PCBs. Although it isimportant to study the effects of hydroxylated PCBs on the brain and thyroid system invivo, studies with mammalian species are fraught with difficulty because each embryo
is enclosed by the uterus.!周産期ほ乳類のモデルとして両生類を用いた*Amphibian metamorphosis is one of the most dramatic TH-induced changes, and it
shares many similarities with mammalian perinatal development. It could also be a
両生類の変態は、甲状腺ホルモンによって引き起こされる現象であり、甲状腺ホル
useful model for studying TH-like or anti-TH-like effects.!
モン作用を撹乱するかどうかの良いモデル系である*To clarify the effects of these compounds on thyroid hormone function in the brain,
we used metamorphosing tadpoles of the African clawed toad as a model for
mammalian post-embryonic development. Experimental Scheme

Chemical Exposure

化学物質の曝露

マイクロアレイマイクロアレイデータの可視化、解釈

Genome-wide Analysis ofChemical Effects on Gene
Expression!
Computational Analysis!
*Clustering!
*PCA!
*GO Enrichment Analysis!
Selection of the Genes
Whose Expression is
Significantly Altered!

マイクロアレイ結果から、有用な遺伝子群を抽出

Confirmation of Microarray
Analysis by Quantitative
Real-Time PCR!

Relative gene expression, fold
Relative gene expression, fold

mRNA量

mRNA量

Effect of PCBs on T3-induced TR! and BTEB gene expression in thetadpole brain undergoing metamorphosis.
40
b

30

Thyroid Hormone Receptor !"(TR!)
b

Basic Transcription
Element-binding Protein(BTEB)

c

20

T3
Triiodothyronine

d

10
0

aa

b

b

c

c

-

+

+

+

+

-

-

0.05

5

500 4-OH-PCB106 (nM)

b
c

d

2
1
0

a

-

+

+

+

-

-

0.05

5

4-OH-PCB159

PENTACHLOROBIPHENYL

4-HYDROXY-2',3,3',4',5,5'HEXACHLOROBIPHENYL

Total RNA was extracted from the tadpoles after short-term (96-h)
exposure to hydroxylated PCBs. They were treated with vehicle control(DMSO), 1 nM T3, 1 nM T3 and 0.05, 5, or 500 nM of 4-OH-PCB106(Upper) or 4-OH-PCB159 (Lower). The vertical axis represents theratio of the amount of TR! (open bar) and BTEB (solid bar) transcripts
in T3-treated samples to those in T3-untreated samples as a magnitudeof the induction (fold) after normalization with the housekeeping gene
GAPDH. Each value is the mean ± S.E. of triplicate determinations.
Different letters denote significantly different means (p < 0.05; 1-way
analysis of variance by Fisher’s least significant difference test for
multiple comparisons).

b

3

4-OH-PCB106

環境ホルモン1 4-HYDROXY-2',3,3',4',5'-54

甲状腺ホルモン

1nM T3

甲状腺ホルモン
500 4-OH-PCB159 (nM) 環境ホルモン2+

1nM T3

Hydroxylated PCBs inhibit T3-induced metamorphosis.
60

甲状腺ホルモン

Developmental Stages

発生段階（カエル度）

58

■
T3
!!!

!!
!

56

!!

▲

!!!

!!

T3 + 106

環境ホルモン◆
T3 + 159

54
●
DMSO

対照群
52
0

3

6

9

Days of treatments

12

15

18

処理日数

Time-dependent inhibition of T3-induced metamorphosis by hydroxylated PCBs. The average developmental stages of thetadpoles treated with vehicle control (DMSO; solid circle), 1 nM T3 (solid square), 1 nM T3 and 500 nM 4-OH-PCB106 (solid
triangle), 1 nM T3 and 500 nM 4-OH-PCB159 (solid diamond) were plotted every third day. Each value is the mean ± S.E. ofsurviving animals. An asterisk indicates significant differences in the stages between T3 and T3 + hydroxylated PCBs groups(*p < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001). Typical images of tadpoles from each group after the experiment are represented in the
figure. White arrows indicate limbs.

遺伝子の抽出甲状腺ホルモンの作用によって、mRNA量が変動し、かつ環境ホルモンによって、そのホルモン作用が撹乱される遺伝子群を抽出したい。
統計解析によって、下記の組み合わせで「有意に」差がある遺伝子群を抽出した。
・対照群vsホルモン処理群
・ホルモン処理群vsホルモン＋環境ホルモン１処理群
・ホルモン処理群vsホルモン＋環境ホルモン２処理群

３つの比較で得られた遺伝子群で、重複するものを抽出した。

The results of genome-wide expression analysis. PartI!
Venn diagrams showing the number of genes altered by T3 or a combination of T3 and hydroxylated PCBs.

DMSO vs T3
1.5 fold
2139 genes

T3 vs T3 + 4-OH-PCB159
1.5 fold
314 genes

対照群vsホルモン処理群

ホルモン処理群vsホルモン＋環境ホルモン１処理群

ANOVA: p < 0.001
Total 2490 genes
T3 vs T3 + 4-OH-PCB106
1.5 fold
672 genesA total of 2139 genes werealtered in response to T3.
Among these genes, 356(247 + 109) or 198 (89 +109) genes were altered in
the presence of 4-OHPCB106 or 4-OH-PCB159,
respectively. About 445(21%) of the 2139 genes
were altered in thepresence of either of thehydroxylated PCB. A totalof 796 (89 + 35 + 109 + 81
+ 247 + 235) genes werealtered in the presence ofhydroxylated PCBs, while
24% of the 796 genes werecommonly altered, and 526(89 + 109 + 247 + 81) genes
were selected as goodparameters to distinguisheach treatment group.

ホルモン処理群vsホルモン＋環境ホルモン２処理群抽出した遺伝子の妥当性評価
データを可視化することによって妥当性を評価したい。
抽出した遺伝子は526、サンプル数は17。
→526次元空間に17個のプロット。？？？？？？

パラメータとサンプルの関係

似た性質のデータ集団は空間上の近い位置にプロットされ、クラスタを形成する。

抽出した遺伝子の妥当性評価
データを可視化することによって妥当性を評価したい。
抽出した遺伝子は526、サンプル数は17。
→526次元空間に17個のプロット。？？？？？？
→身長と体重の例では、２次元空間。
次元を減らすしか無い。
526次元を3次元に。

主成分分析
主成分分析（しゅせいぶんぶんせき、principal
component analysis）は、直行回転を用いて変数間に相関がある元の観測値を、相関の無い主成分とよばれる値に変換するための数学的な手続きのことである。

The results of genome-wide expression analysis. PartII!
Principal component analysis of gene expression in all the samples by using the significantly selected gene set as analyzing parameter.

Microarray data (m transcripts and nsamples)!
---> m dimensional n plots.!
It’s difficult to visualize such highdimensional data…!
主成分２

Principal Component Analysis!
主成分１
主成分に置き換えることによって、データ情報量の節約ができる。

http://index.cs.uiuc.edu/projects/wmn.html

The results of genome-wide expression analysis. PartII!
Principal component analysis of gene expression in all the samples by using the significantly selected gene set as analyzing parameter.

DMSO
T3
T3 + 4-OH-PCB159

1
PC %
3
44.

主成分1

PC3
14.1%

T3 + 4-OH-PCB106

主成分3

PC
2
(28
.9%
)

主成分2

The microarray data were analyzed
by PCA by using Subio platform
software with the basic plug-in. The
three-dimensional plot view of gene
expression data is shown with respect
to their correlation to the first 3
principal components. Approximately
73.2% variation in the samples was
revealed in the first 2 principal
components. Each sample used for
microarray was plotted with thesame symbol for each group (solid
circle, DMSO; solid square, T3; solid
diamond, T3 + 4-OH-PCB159; solid
triangle, T3 + 4-OH-PCB106).

44.3 + 28.9 + 14.1 = 87.3------> 526次元の情報の87.3%を3次元で表現できたことを意味している。

Gene Ontology (GO) enrichment analysis.
What is “GeneOntology” ?!
オントロジー ＝ 語彙
The Gene Ontology
project is a major
bioinformatics initiative
GeneOntologyは、遺伝with the aim ofstandardizing the子、遺伝子産物であるタン
representation of gene and
パク質の名前と、それぞれ脂肪細胞増殖gene product attributesの機能に関する語を関連づ
across species and
けているデータベースであdatabases. The projectる。各機能に特有のIDを割
provides a controlled
vocabulary of terms for
り振っている。階層構造を
For example…!
describing gene product持っている。
characteristics and gene
GO000000! あるGO000000が、、、
product annotation data
調べた全遺伝子のうち１０個
Total 22000 transcript: 10 counts.!
from GO Consortium
Altered 500 transcript: 8 counts.!
絞り込んだ500遺伝子のうち８個
members, as well as tools
This “GO” is significantly enriched in altered transcripts.
to access and process this(Fisher’s exact test)
data.
絞り込んだ500遺伝子に、有意に濃縮されている。
細胞増殖
心臓芽細胞増殖Table X. The list of Gene Ontology IDs that were associated with selected 526 genes and were significantly enriched in
Biological Process.
GO ID
Parent GO ID
Definition
P value
GO:0040007
GO:0008150
growth0.001442185
GO:0008285
GO:0008283
negative regulation of cell proliferation
0.011397899
GO:0042127
GO:0050794
regulation of cell proliferation
9.03E-05
GO:0016477
GO:0048870
cell migration
0.013632849
GO:0030902
GO:0048856
hindbrain development
0.008652966
GO:0030901
GO:0048856
midbrain development
0.017750596
GO:0031641
GO:0032844
regulation of myelination
0.001761645
GO:0030155
GO:0050794
regulation of cell adhesion
0.02085799
GO:0050673
GO:0008283
epithelial cell proliferation
0.029762641
GO:0030856
GO:0051239
regulation of epithelial cell differentiation
0.037778386
GO:0045011
GO:0022607
actin filament bundle formation
0.046513827
GO:0009825
GO:0016049
multidimensional cell growth0.027673394
GO:0009792
GO:0009790
embryonic development ending in birth or egg hatching
0.011691047
GO:0030182
GO:0030154
neuron differentiation
0.044955394
GO:0048333
GO:0030154
mesodermal cell differentiation
0.005368416
GO:0002053
GO:0010463
positive regulation of mesenchymal cell proliferation
2.09E-02
GO:0045766
GO:0045765
positive regulation of angiogenesis
0.022533922
GO:0016339
GO:0016337
calcium-dependent cell-cell adhesion
0.031695492
GO:0042478
GO:0022603
regulation of eye photoreceptor cell development
0.027673394
GO:0043065
GO:0006915
positive regulation of apoptosis
0.011268777
GO:0045579
GO:0045577
positive regulation of B cell differentiation
0.005448753
GO:0006919
GO:0006915
activation of caspase activity
0.005620347
GO:0042664
GO:0001714
negative regulation of endodermal cell fate specification
1.08E-03
GO:0045843
GO:0048635
negative regulation of striated muscle development
0.013323335
GO:0048562
GO:0048598
embryonic organ morphogenesis
0.005368416
GO:0051489
GO:0060491
regulation of filopodium assembly
0.005368416
GO:0048335
GO:0045596
negative regulation of mesodermal cell fate determination
0.009310723
GO:0048925
GO:0048880
lateral line system development
0.01853492
GO:0048514
GO:0009887
blood vessel morphogenesis
0.000772626
GO:0030326
GO:0035108
embryonic limb morphogenesis
0.0388314
GO:0007386
GO:0009952
compartment specification
0.002334391
GO:0050770
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regulation of axonogenesis
0.008384524
GO:0035284
GO:0035282
brain segmentation
8.38E-03
GO:0021545
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cranial nerve development
0.01853492
GO:0010090
GO:0000904
trichome morphogenesis
0.027673394
GO:0030282
GO:0031214
bone mineralization
0.001237237
GO:0051932
GO:0007270
synaptic transmission, GABAergic
0.02085799
GO:0007435
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salivary gland morphogenesis
0.039897319
GO:0007387
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anterior compartment specification
0.036726938
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GO:0007386
posterior compartment specification
0.036726938
GO:0001754
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eye photoreceptor cell differentiation
0.006305561

成長

細胞増殖

細胞移動

脳の発達

細胞接着

細胞死

結果から得られた現象の概要は？
甲状腺ホルモン処理によって変態が進行する。
・幼生型の細胞の細胞死・成体型の細胞の増殖、移動、接着・脳の発達

このような現象が環境ホルモンで阻害されることによって、変態が抑制されて
いる。

まとめ
膨大な情報になりつつある実験データを、人間の目、脳で解釈することは不可能になりつつある。
情報学、数学など異分野と思われる技術、知識を駆使することで、データマイニングすることが重要である。
実験的に行き詰まっても、コンピュータが助けてくれる
ブレイクスルーが期待できるケースがある。
今後、ますますバイオインフォマティクスの技術は普及していくでしょう。