基礎から学ぶの使い方

京都大学医学図書館
2023.7 一部更新

1

内容

• PubMedとは• 基本編– 文献を検索する・評価する・入手する・保存する• 応用編– 知っていると便利な検索ワザ！
1. MeSHを使って検索するには
2. Evidenceとなる文献を探すには
3. 特定の文献を簡単に探すには
4. 特定の検索を定期的に行うには• もっとPubMedのことを知るには
2

PubMedとは

3

PubMedとは(1)• 世界の主要な医学関連雑誌（約5,200誌)に掲載された学術論文情報3,500万件以上を調べることができる(2023.3現在)• Webで無料公開(1997年～)• 収録範囲・更新頻度– 1946年～現在まで– 週5日更新

Q. 継続収録中の日本の雑誌は？
・日本語の雑誌は40誌・発行地が日本の雑誌は115誌• 医学文献データベース「MEDLINE」がベース（MEDLINE収録前・MEDLINE収録対象外のレコードも一部含まれている）• アメリカのNLM(National Library of Medicine)にあるNCBI(National Center for Biotechnology Information)が作成※ PubMedはNLMの統合検索システム”Entrez”の一部
4PubMedとは(2)◼ 検索対象◼ 検索言語– 1946年～– 医学関連分野に特化– 引用情報は収録なし– 英語– 収録データのうち、英語論文が９割

cf. Web of Sciencecf. 医中誌Web

Point!
日本語の論文や1945年以前の論文は、PubMed以外のデータベースで検索しましょう。

5

利用上の注意（電子リソースの利用にあたって）禁止事項• 個人利用の範囲を超えた大量ダウンロードはできません- プログラム等を使った一括大量ダウンロード- 特定の雑誌の巻号をまとめてダウンロード• 個人利用以外の利用• データの複製・改変・再配布「友人に電子ジャーナルのPDFをメール送信」はダメ！

不正利用とみなされると･･･• 京都大学全体が利用制限、利用停止などのペナルティを課せられることがあります• 出版社との契約に違反すると、損害賠償の恐れもあります6

基本編

文献を検索する・評価する・入手する・保存する

7

文献検索～利用までの基本ステップ• キーワードを選ぶ

1. 検索

2. 評価

3. 入手

• PubMedを検索する• 求める検索結果が出ているか確認する• 文献の本文を入手する• 必要な文献情報をメモ・印刷・メールする
4. 保存• 文献管理ツールなどに保存する

8

新認証システムブックマークレットのインストール

京大契約データベース・電子ジャーナル利用のためにはブックマークレットを設定してください
図書館機構HPのダウンロードサイト
https://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/erdb/13505から設定してください。
※上記ページにマニュアル・FAQもあります。
ブックマークレットを設定すれば学外（自宅等）からも電子ジャーナルにアクセス可能です。
9旧認証システム（専用プラグイン）のアンインストール
ブックマークレットと競合してしまうので旧認証システム（専用プラグイン）を使用していた場合はアンインストールしてください

FireFox①

KUのアイコンを右クリックし、削除をクリック②

表示されたポップアップの削除をクリックGoogle
Chrome10

(1)PubMedにアクセス：京大専用入り口から◼ 「PubMed京大専用入口」
https://kyotou.idm.oclc.org/login?url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
pubmed?otool=ijpktolib
京都大学医学図書館サイトの「PubMed@京大」からアクセス

専用URLからアクセスした場合のみ、京大Article Linker が使えます。
※京大が契約する電子ジャーナルへ辿り着きやすくなるメリットがあります
PubMedの一般向けURL https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/ は、京大Article Linkerが使用できません。 (検索結果に違いはありません)

11

(2)PubMedにアクセス: ECS-ID/SPS-IDを入力

1

2

・認証画面が出たらECS-IDもしくはSPS-IDとパスワードを入力

12

(3)PubMedにアクセス

13

PubMedにアクセス（人間健康科学系図書室HPから）

14

PubMedにアクセス（京都大学図書館機構HPのデータベースリストから）

12

3

15

Step1：例

題 ①「出生前診断」に関する文献を調べてみよう

16Step1：検索語の英訳を調べよう
ライフサイエンス辞書：
通常のWeb翻訳サービスでは翻訳しにくい医学関連用語の英訳に役立つオンライン辞書です。
https://lsd-project.jp/cgi-bin/lsdproj/ejlookup04.pl※ 京都大学薬学部の金子先生が代表の研究プロジェクトで作成されています17

Step1：検索(1)：キーワード検索
キーワード「prenatal diagnosis」を入力してSearch

1

2

途中まで打ち込むと予測変換が出てきます18Step1：検索(2)：キーワード検索
検索結果一覧を確認しよう

論文名
著者名
雑誌名

年 月 日 ; 巻(号):ページ

論文名
著者名
雑誌名

オンライン速報版（まだ巻号ページ付けがない）

19

Step1：検索(3)：検索のルール
検索のルールを確認しておこう

1. 曖昧な語の検索：前方一致検索 ＝ 語尾に「*」をつける
例： pollin* = pollinosis , pollinotic , pollination ……
※PubMedでは中間一致検索・後方一致検索はできません

2. 熟語の検索：ダブルクォーテーション「”」でくくる
例：”gastric cancer” / “quality of life”

3. 著者名の検索：姓はフルネーム、ファーストネームとミドルネームはイニシャルで入力
例：Smith R / yamanaka s※2002年以降出版の文献はフルネームで検索可能

4. 雑誌名の検索：完全な雑誌名でも略誌名でもOK
例：「BMJ」でも「british medical journal」でも同じ結果

5. キーワードや条件の掛け合わせ（論理演算）• 検索フィールドをタグで指定

タグは小文字でもOK

例：japanese[la]例：文献が記述された言語を指定するタグ：Japanese[LA]• 「AND」「OR」などでつなぐ（スペースで区切ると自動的にAND検索）20

Step1：検索(4)：絞り込み「Filter」
出生前診断に関する、なるべく新しい概説的な論文を調べたい＋「レビュー（概説）」の「最近5年間」に絞り込むフィルター

12
フィルターの種類を追加するには、Additional filtersを検索を一度リセットしたいときは、フィルターを解除しよう(Reset all filters かフィルターを再度クリックして解除)

21

Step1：検索(5)： PubMed検索の裏側：Search Details
検索式を見てみよう（Advancedをクリック）

1「Advanced」をクリック

22

Step1：検索(5)： PubMed検索の裏側：Search Details
検索式を見てみよう（Detailsをクリック）「History and Search Details」にある「Details」の 項目のをクリック

23

Step1：検索(6)： PubMed検索の裏側：Search Details
検索式を見てみよう

実行された検索式が、Queryに表示されます。
FilterやAdvancedを使えば、[タグ]や論理演算(ANDやOR)を意識しなくても簡単に検索式が作れますが、どんな検索式で検索しているのかを意識すると、検索の精度が上がります。
24

Step1：例題 ②「出生前診断(prenatal diagnosis)」に関する最近5年間のレビュー論文の中から「ダウン症(down syndrome)」に関連するものに絞り込もう

25

Step1：検索(7) ：Advancedを使った検索ダウン症(down syndrome)を入力してSearch→Advancedをクリック
3

2
Clear allでフィルターを解除しておきます1426

Step1：検索(8) ：Advancedを使った検索
検索履歴を組み合わせよう

4↑下のHistoryの式が反映されます

3
1
2
27

Step1：検索(9) ：Advancedを使った検索
検索履歴を組み合わせよう

5・Search をクリック⇒ 「prenatal diagnosisを扱っている最近5年間のレビュー論文」、かつ「down syndromeを扱っている」
PubMed上の論文が検索されます。

出生前診断（最近5年間レビュー論文）

ダウン症）

28

Step1：検索(10) ：Advancedを使った検索
出生前診断に関する最近5年分のレビュー論文のうちダウン症に関するものが検索できました29

Step2：評価(1)：抄録・本文を読んでみよう(一覧画面で)検索結果一覧の表示形式を変えてみよう
表示形式の変更
123
FormatをデフォルトのSummaryからAbstractに変更してみよう。
Abstract形式なら一覧のまま抄録や本文リンクアイコンが確認できる。

30

Step2：評価(2)：抄録・本文を読んでみよう(詳細画面で)個々の論文のレコード詳細を確認しよう

本文へのリンク

本文が読みたいときは、画面右上のリンクアイコンをクリックしよう
1.本文が無料で読めるリンク
例：“FREE”や“OPEN ACCESS”が目印

1.がなければ
2.京大で読める電子ジャーナルへのリンク
京大アーティクルリンカー

このアイコンはPubMed京大専用URLからアクセスしたときにだけ表示されます

31

Step3：入手(1)：本文を入手

電子ジャーナルで読める場合

京大Article Linkerの画面で「本文」が出たら電子ジャーナルが利用できます。

32

Step3：入手(2)：本文を入手

電子ジャーナルで読める場合「PDF」をクリックするとPDFにアクセスできます。

33

Step3：入手(2)：本文を入手• PubMedで検索中に論文の書誌詳細画面でが表示されなくなるケースあり→◼ 「PubMed京大専用入口」から再アクセス
https://kyotou.idm.oclc.org/login?url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?otool=ijpktolib• 電子ジャーナルの本文やデータベースが表示されない→ブックマークレットを再度クリック
34

Step3：入手(2)：本文を入手

電子ジャーナルがない場合「電子版が利用できない」場合「本文」アイコンがなく、電子ジャーナルが読めない場合は① 「役立つリンク」の「◆オンラインでフリーのフルテキストを探す」でオープンアクセスの論文を探します。

2
3
1②KULINE で学内に紙媒体がないか確認します→紙媒体があれば、所蔵する図書館でご覧ください③ 離れたキャンパスや学外から文献を取寄せたい場合はMyKULINEからお申込みください
35Step4：保存(1)： Clipboardに結果を保存
検索結果をClipboardに一時的に保存しておこう

Send toメニュー

1236

Step4：保存(2)： Clipboardに結果を保存
検索結果をClipboardに一時的に保存しておこう

保存する範囲を選択できます3

4
Clipboardには最大500件まで検索結果を保存できます。
検索終了後8時間経つと、自動的に消去されます。
検索を何度も行うときは、必要なレコードをClipboardに一時的に保存し、最後にまとめてメールやダウンロードすると便利です。 37

Step4：保存(3)：検索結果をメール送信する
必要な検索結果を自分宛にメールしておこう

1

メールアドレスを記入

2

3
4
38

Step4：保存(4)：文献管理ツールに保存する必要な文献情報を文献管理ツールに保存しておこう！

■文献管理ツールとは？・・・文献管理・論文執筆支援のツール！
• 論文執筆に必要な文献を効率よく蓄積・管理できる• 論文リストを複数名で共有できる• 論文の引用文献リストを簡単に作成できる

代表的な文献管理ツール
名称概要

料金

EndNote Basic

ウェブ上で使う文献管理ツール。
“Web of Science”と連動利用できる。

京大構成員は無料

EndNote(CD-ROM版)

デスクトップで使う文献管理ツール。文献情報にPDFを添付するといった機能が使える。

有料（要アカウント作成）（生協等で購入可能）

他にも、 Mendeley（無料） Zotero（無料）Papers（有料）など様々な文献管理ツールがあります。

39

Step4：保存(5)：文献管理ツールに保存する必要な文献情報を文献管理ツールに保存しておこう！ (例：EndNote Basic)※あらかじめEndNote Basicでアカウントを作成し、ログインしておく必要があります

1

3

2

4
① Send to② Citation manager

チェックしない場合は、表示されている件数がすべて取り込まれます(初期設定：10 per page)③保存する範囲を選択します④ Create File40

Step4：保存(6)：文献管理ツールに保存する
文献管理ツールで保存した文献情報を確認しよう(例：EndNote Basic)

EndNote Basicのアカウントとパスワード

PubMedの文献情報がEndNote basicのマイレファレンス＞[未整理]に取り込まれました41文献検索～利用の基本ステップまとめ
1. 検索• 基本は検索窓からキーワード検索！
• 検索結果の絞り込みは”Filter”• より詳細な検索式は”Advanced”

4. 保存

2. 評価
• 表示形式を変更できる• 標準はSummary形式• 抄録付きはAbstract形式• “Send to”からClipboardやメール、文献管理ツールに保存できる

3. 入手• 京大ArticleLinkerをクリック！
• 電子ジャーナルがあればリンクをたどって全文を入手• なければ冊子体を探す・複写申込
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Let’s Try! – 基本編
エボラ出血熱に関する論文のうち、“Lancet”という雑誌に掲載されたレビュー論文を探してください。
• PubMedで検索し、適切な文献に絞り込んでください。
• 検索結果のレコードをClipboardに一時保存してください。
• Abstractを見ながら1件選び、文献の全文PDFを入手してください。
検索のHint!

• キーワード：• エボラ出血熱（英語はライフサイエンス辞書などでチェック）• 絞り込み条件• レビュー• 掲載雑誌名：• Lancet43

Let’s Try! – 基本編

検索例

1. 「Ebola hemorrhagic fever 」でキーワード検索
2. 画面左の“Filter”のArticle typesをReviewに指定
3. “Advanced”から Advanced Search Builderを使い、以下の検索式を作る
4. 「Add terms to the query box」の「All fields」を「Journal」に変更し”Lancet”を入力。「ADD」をクリック。
(Query boxには“Lancet”[Journal]と出る)
5. History and Search Detailsから、手順2で行った検索履歴を指定し、「Actions」をクリックし、「Add with And」をクリック。
(Query boxには(“Lancet”[Journal]) AND (Ebola hemorrhagic fever AND (review[Filter]))と出る。
6. 「Search」をクリックする。
他にも、以下のような方法もあります：• タグなどを用いて検索式を立て、直接検索：("Lancet"[Journal]) AND (Ebola hemorrhagic fever AND Review[ptyp])• Advance SearchのSearch Builderですべての条件を入れて「AND」でつなぐ

44

応用編

PubMedをもっと使いこなすために45

知っていると便利な検索ワザ！

1. MeSHを使って検索するには

2. Evidenceとなる文献を探すには

3. 特定の文献を簡単に探すには

4. 特定の検索を定期的に行うには

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには①
MeSHでdown syndromeを検索してみよう

2

1

347

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには②
用語の定義「Down Syndrome」の定義。

サブヘディング｜Subheading
組み合わせて検索に使える共通概念
例：therapy (治療)nursing (看護)diagnosis (診断) など

同義語｜Entry Terms
これらの用語でキーワード検索すると「Down Syndrome」という言葉に結びつけられます。

Mesh Termsの階層構造:上位概念や下位概念を確認できます。

48

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには③
MeSHを使って、ダウン症の診断(diagnosis)に関する文献を探そう！

2

3

149

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには④
MeSHを使って文献が検索できました

論文のタイトルをクリックして詳細画面をみてみよう

50

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには⑤
論文データの詳細画面で、MeSH Termsを確認しよう

MeSH Termsに付与されたキーワードをみれば、文献がどんなテーマを扱っているかが分かる。
＊がついているものがMajor Topic51

検索ワザ1： MeSHを使って検索するには⑥
MeSH検索の強みと弱みを知っておこう
MeSH検索の「強み」

MeSH検索の「弱み」• 確実にテーマに合った文献を拾い上げることができる• ノイズ(関係のない文献)を減らすことができる• 新しい文献には付与されていない場合がある(検索漏れが生じる)• 固有名詞や医学用語でない言葉
はMeSHにない場合がある

prenatal screening is…

New method for…

Maternal blood test…

trimester screening…down’s syndrome…

同じ意味を表す言葉が複数あるときは、MeSH検索だけでなく、キーワード検索を併せて行うと検索漏れを減らすことができる。
例：down syndrome OR down’s syndrome52

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには①
Q ：あるテーマについて、エビデンスとなる文献を簡単に探すには？
A1：「Clinical Queries」を使うと、簡単にEBM文献を検索できます。
A2：FilterのArticle types(文献タイプ)をエビデンスレベルが高いとされる研究デザインに限定します。
例：Meta-Analysis (メタアナリシス)
Systematic Reviews (システマティックレビュー)
Randomized Controlled Trial (ランダム化比較試験)

Clinical Queries：– 主に臨床医学領域の文献検索を想定した検索機能– 入力したキーワードについて、比較的根拠の確かな文献に絞って検索できる– 3つの検索フィルター• Search by Clinical Study Category：臨床研究の分野による検索• Find Systematic Reviews：システマティックレビューの検索• Medical Genetics Searches：遺伝学関係の文献検索– COVID-19 Articles（2020年追加）
53検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには②
Clinical Queriesで、ダウン症（down syndrome）に関する文献を探そう！

1

2

3

2020年10月のリニューアルで追加
54

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには③55

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには④

COVID-19:
臨床研究のカテゴリーを選んで検索

Clinical Studies:
臨床研究のカテゴリーを選んで検索

CategoryCategory• General (絞り込みなし)• Mechanism (メカニズム，病理)• Transmission (感染)• Diagnosis (診断)• Treatment (治療，臨床研究)• Prevention (予防と管理)• Case Report (症例報告)• Forecasting (予測)• Therapy (治療)• Clinical prediction guides(臨床予見指針)• Diagnosis (診断)
• Etiology (病因)• Prognosis (予後)

Scope
• Broad (より幅広い検索)• Narrow (より限定的な検索)56

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには⑤
リニューアル後にClinical QueriesのページからSystematic Reviews
フィルター、Medical Geneticsフィルターが削除されました。

システマティックレビューに絞り込みたい場合は

12

357

検索ワザ2：Evidenceとなる文献を探すには⑥
リニューアル後にClinical QueriesのページからSystematic Reviews
フィルター、Medical Geneticsフィルターが削除されました。

遺伝医学に関わるトピックで絞り込みをしたい場合は
Medical Geneticsフィルター
12

・Diagnosis
・Differential Diagnosis
・Clinical Description
・Management
・Genetic Counseling・Molecular Genetics
・Genetic Testing・Medical Genetics
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/#medical-genetics-filters58検索ワザ3：特定の文献を簡単に探すには①
Q：著者名、出版年、掲載誌が分かっている文献を簡単に探すには？
A：「Single Citation Matcher」が便利です。

PubMedトップページ
Single Citation Matcherをクリック！

59

検索ワザ3：特定の文献を簡単に探すには②
山中伸弥教授のiPS細胞に関する論文をPubMedで探そう！2007年雑誌”Cell”に掲載
分かっている情報を入力• Journal：cell• Date：2007• Author name：yamanaka s→「Search」をクリック！

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検索ワザ4： 特定の検索を定期的に行うには①
Q：検索のテーマはいつも決まっています。
以前に調べた文献より新しいものを網羅的に調べたいのですが。
A：「My NCBI」によく使う検索式を登録しておくと、登録した検索の結果を定期的にメールで受け取ることができます。
よく使う検索式をMyNCBIに保存しよう。（要アカウント作成）
登録した検索式で自動的に検索し、新しい文献があればメールが届くように設定してみよう。

あらかじめMy NCBIのアカウントを作成し、ここからLog inしておくとスムーズです。

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検索ワザ4： 特定の検索を定期的に行うには②

1
2① ログインした状態で保存したい検索を行った後、Create alertをクリック② 必要であればそのままメールアラートの設定（送信頻度・形式など）を登録③ Save3④ 定期的に登録した検索式で検索される。
新しい文献がヒットすると、結果がメールで届く！
62

知っていると便利な検索ワザ！まとめ

1. MeSHMeSHの階層構造＋統制語を使って、精度の高い検索が可能。
自然語検索も合わせて行いましょう。

2. Clinical Queries
3つの検索フィルターで、簡単・効率的にEBM文献を検索できる。

3. Single Citation Matcher
出版年や雑誌名、著者名などが分かっている特定の文献を一発で探したいときに便利なツール。

4. MyNCBI（要アカウント登録）
検索式を保存できる。また保存した検索式で自動的にPubMedを検索し、新しい文献があればメールで届くように設定できる。
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Let’s Try! – 応用編
2010年以降に出された、花粉症の治療に関するエビデンスレベルの高いEBM文献を探しましょう。
（検索のしかたはひとつではありません）
検索のHint!

• キーワード：• 花粉症• カテゴリー：• 治療• 絞り込み条件• 2010年以降に刊行
64

Let’s Try! – 応用編

検索例◼ 検索例1：Clinical Queries ＋ Filter
1. Clinical Queriesの検索ボックスに”hayfever”と入力
2. Clinical Study CategoriesのCategoryを”Therapy”に指定(例としてScopeはBroadを選びます)
3. Resultsの下にある「See all」をクリック
4. 画面左Filterで出版年を2010年以降に指定
Publication dates ＞ Custom range ＞ 2010 01 01 to◼ 検索例2：MeSH ＋ Filter
1. “hayfever”でMeSHを検索→ “Rhinitis, Allergic, Seasonal”がヒットする
2. Subheadings「治療」に関連する「therapy」に☑
3. Add to Search Builder > Search PubMed
4. 文献の種類(Article types)を「Meta-Analysis」「Randomized
Controlled Trial」「Systematic Reviews」等に指定
5. 画面左Filterで出版年を2010年以降に指定
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もっとPubMedのことを知るには• “PubMed Help”
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/(accessed 2022-10-05).

• “ PubMed Online Training“
https://learn.nlm.nih.gov/documentation/training-packets/T0042010P/(accessed 2022-10-05).

• 大﨑泉, 成田ナツキ. 図解PubMedの使い方: インターネットで医学文献を探す.
第8版, 日本医学図書館協会, 2022.
https://m.kulib.kyoto-u.ac.jp/webopac/BB08535496• シソーラス研究会. MeSH入門.一般社団法人 情報科学技術協会, 2013.
https://m.kulib.kyoto-u.ac.jp/webopac/BB04722995

66

『図解PubMedの使い方（最新第8版）』は電子ブックでも利用可！

プラグインをONにした後、KULINEでリンクを押すだけ！
（同時アクセス数：1人まで）
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