MD Simulation System

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
自由エネルギー計算解析ツールモジュール仕様書	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
2018 年 2 月 5 日	 	 Copyright (C) 2006-2018 Next Generation Natural Product Chemistry (N2PC)-1-

MD Simulation System－ 目次 －
1. Umbrella_Method ..................................................................................................................................4
1.1. Calc_UmbrellaEnergyH2 ................................................................................................................4
1.2. Calc_UmbrellaEnergyL1 ................................................................................................................4
1.3. Calc_UmbrellaEnergyL2 ................................................................................................................5
1.4. Calc_FilledPotential ..................................................................................................................5
1.5. Calc_UmbrellaPotential ..............................................................................................................6
1.6. Calc_PotentialEnergy ..................................................................................................................6
2. Utility.................................................................................................................................................7
2.1. Input_UmbrellaFile......................................................................................................................7
2.2. Output_UmbrellaFile ....................................................................................................................82.3. Output_UmbrellaAtomLine.............................................................................................................92.4. Is_CommentLine ...........................................................................................................................10
2.5. Read_CordTrajectory ..................................................................................................................102.6. Read_Trajectory ......................................................................................................................... 11
2.7. Write_Trajectory .......................................................................................................................122.8. Read_PDBFile ..............................................................................................................................122.9. Get_AtomMass ..............................................................................................................................132.10. Read_SelectTrajectory ............................................................................................................142.11. Calc_FreeEnergy .......................................................................................................................15
2.12. Calc_Probability .....................................................................................................................16
3. Generate_NextFP ................................................................................................................................173.1.Generate_NextFP ...........................................................................................................................17
4. Extract_Atom......................................................................................................................................18
4.1.Extract_Atom ................................................................................................................................18
5. Wham_Analysis ....................................................................................................................................19
5.1.Wham_Analysis ..............................................................................................................................19-2-

MD Simulation System
各モジュールの仕様は以下の項目で構成する。なお、型の記述は Fortran90 の文法に従う。
項番
#1
#2
#3
#4
#5

項目
名称
呼び出し形式
引数
戻り値
機能

概要
当該メソッドの名称を規定する。メソッドは手続きで表現する。
メソッドの種別(手続き種別)と引数を規定する。
手続きの仮引数を規定する。
当該メソッドが関数である場合の戻り値を規定する。
当該メソッドの機能概要を規定する。

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MD Simulation System
1. Umbrella_Method
ファイル名：Umbrella_Method.f90

1.1. Calc_UmbrellaEnergyH2

名称：Calc_UmbrellaEnergyH2
呼び出し形式：function Calc_UmbrellaEnergyH2(cord, totalNum, fillNum,&
atomID, weight, ellipCoeff,&
firstCord, secondCord) result (energy)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標integer,intent(in)::totalNum! 原子数
integer,intent(in)::fillNum! 関数の次数real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL)::weight! 関数の重みinteger,intent(in),dimension(MAX_ATOM)::atomID! 対象原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL)::ellipCoeff! 関数の幅(楕円)real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::firstCord ! 焦点 1
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::secondCord ! 焦点 2
戻り値：
real*8::energy! 総エネルギー
機能：
調和型楕円体求心ポテンシャルを計算する。
1.2. Calc_UmbrellaEnergyL1

名称：Calc_UmbrellaEnergyL1
呼び出し形式：function Calc_UmbrellaEnergyL1(cord, totalNum, fillNum,&
atomID, weight, ellipCoeff,&
firstCord, secondCord) result (energy)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標integer,intent(in)::totalNum! 原子数
integer,intent(in)::fillNum! 関数の次数real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL)::weight! 関数の重みinteger,intent(in),dimension(MAX_ATOM)::atomID! 対象原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL)::ellipCoeff! 関数の幅(球)real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::firstCord! 球の中心座標
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::secondCord ! 未使用
戻り値：
real*8::energy! 総エネルギー
機能：
線型球体求心ポテンシャルを計算する。

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MD Simulation System

1.3. Calc_UmbrellaEnergyL2

名称：Calc_UmbrellaEnergyL2
呼び出し形式：function Calc_UmbrellaEnergyL2(cord, totalNum, fillNum,&
atomID, weight, ellipCoeff,&
firstCord, secondCord) result (energy)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標integer,intent(in)::totalNum! 原子数
integer,intent(in)::fillNum! 関数の次数real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL)::weight! 関数の重みinteger,intent(in),dimension(MAX_ATOM)::atomID! 対象原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL)::ellipCoeff! 関数の幅(楕円)real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::firstCord! 焦点 1
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::secondCord ! 焦点 2
戻り値：
real*8::energy! 総エネルギー
機能：
線型楕円体求心ポテンシャルを計算する。

1.4. Calc_FilledPotential

名称：Calc_FilledPotential
呼び出し形式：function Calc_FilledPotential(cord, totalNum, fillNum,&
atomID, weight, ellipCoeff,&
firstCord, secondCord) result (energy)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標integer,intent(in)::totalNum! 原子数
integer,intent(in)::fillNum! 関数の次数real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL)::weight! 関数の重みinteger,intent(in),dimension(MAX_ATOM)::atomID! 対象原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL)::ellipCoeff! 関数の幅(球)real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::firstCord! 球の中心座標
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::secondCord ! 未使用
戻り値：
real*8::energy! 総エネルギー
機能：
球体反発ポテンシャルを計算する。

-5-

MD Simulation System

1.5. Calc_UmbrellaPotential

名称：Calc_UmbrellaPotential
呼び出し形式：function Calc_UmbrellaPotential(cord, totalNum, fillNum,&
atomID, weight, ellipCoeff,&
firstCord, secondCord) result (energy)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標integer,intent(in)::totalNum! 原子数
integer,intent(in)::fillNum! 関数の次数real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL)::weight! 関数の重みinteger,intent(in),dimension(MAX_ATOM)::atomID! 対象原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL)::ellipCoeff! 関数の幅(球)real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::firstCord! 球の中心座標
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::secondCord ! 未使用
戻り値：
real*8::energy! 総エネルギー
機能：
調和型球体求心ポテンシャルを計算する。

1.6. Calc_PotentialEnergy

名称：Calc_PotentialEnergy
呼び出し形式：function Calc_PotentialEnergy(cord, totalNum, fillNum, type,atomID, weight, ellipCoeff,
firstCord, secondCord) result (energy)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標integer,intent(in)::totalNum! 原子数
integer,intent(in)::fillNum! 関数の次数real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL)::weight! 関数の重みinteger,intent(in),dimension(MAX_ATOM)::atomID! 対象原子 ID
integer,intent(in)::type! 関数種別real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL)::ellipCoeff! 関数の幅real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::firstCord! 焦点 1
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL)::secondCord ! 焦点 2
戻り値：
real*8::energy! 総エネルギー
機能：入力した関数の種別に従い、各エネルギー計算処理を呼び出す。。

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&
&

MD Simulation System
2. Utility
ファイル名：Utility.f90

2.1. Input_UmbrellaFile

名称：Input_UmbrellaFile
呼び出し形式：
subroutine Input_UmbrellaFile(umbFile,&firstCord, secondCord, ellipCoeff,&weight, atomID, fillNum, totalNum)
引数：
character*80,intent(in)::umbFile! 入力ファイル名
real*8,intent(out),dimension(3,MAX_ATOM, MAX_FILL ,MAX_TYPE)::firstCord! 焦点 1 または球の中心座標
real*8,intent(out),dimension(3,MAX_ATOM, MAX_FILL, MAX_TYPE)::secondCord! 焦点 2 の座標
real*8,intent(out),dimension(MAX_ATOM, MAX_FILL, MAX_TYPE)::ellipCoeff! ポテンシャルの幅
real*8,intent(out),dimension(MAX_FILL, MAX_TYPE)::weight! ポテンシャルの深さ
integer,intent(out),dimension(MAX_ATOM,MAX_TYPE)::atomID! 対象原子 ID
integer,intent(out),dimension(MAX_TYPE)::fillNum! 関数の次数integer,intent(out),dimension(MAX_TYPE)::totalNum! 対象原子数
戻り値：なし
機能：
UmbrellaPotential 指定ファイルを読み込む、内部情報に変換する。

-7-

MD Simulation System

2.2. Output_UmbrellaFile

名称：Output_UmbrellaFile
呼び出し形式：
subroutine Output_UmbrellaFile(outFile,firstCord, secondCord, ellipCoeff,weight, atomID, fillNum, totalNum)
引数：
character*80,intent(in)::outFile! 出力ファイル名
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM, MAX_FILL ,MAX_TYPE)::firstCord! 焦点 1 または球の中心座標
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM, MAX_FILL, MAX_TYPE)::secondCord! 焦点 2 の座標
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM, MAX_FILL, MAX_TYPE)::ellipCoeff! ポテンシャルの幅
real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL, MAX_TYPE)::weight! ポテンシャルの深さ
integer,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_TYPE)::atomID! 対象原子 ID
integer,intent(in),dimension(MAX_TYPE)::fillNum! 関数の次数integer,intent(in),dimension(MAX_TYPE)::totalNum! 対象原子数
戻り値：なし
機能：
UmbrellaPotential の内部情報をファイルに出力する。

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&
&

MD Simulation System

2.3. Output_UmbrellaAtomLine

名称：Output_UmbrellaAtomLine
呼び出し形式：
subroutine Output_UmbrellaAtomLine(firstCord,secondCord,num,fillDim,type,&
atomID, unit)
引数：
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM, MAX_FILL ,MAX_TYPE)::firstCode! 焦点 1 または球の中心座標
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM, MAX_FILL, MAX_TYPE)::secondCord! 焦点 2 の座標
integer,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_TYPE)::atomID! 対象原子 ID 配列
integer,intent(in)::num! 対象原子 ID
integer,intent(in)::fillDim! 関数の対象次元
integer,intent(in)::type! 関数の型
integer,intent(in)::unit! 論理出力番号
戻り値：
なし
機能：
当該原子の中心、あるいは焦点座標を出力する。

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MD Simulation System

2.4. Is_CommentLine

名称：Is_CommentLine
呼び出し形式：function Is_CommentLine(line) result (flag)
引数：character(*),intent(in)::line! 入力文字列
戻り値：
logical::flag! コメントフラグ
機能：
当該行がコメント行(あるいは空行)かどうかを判定する。

2.5. Read_CordTrajectory

名称：Read_CordTrajectory
呼び出し形式：
subroutine Read_CordTrajectory(cord, atomNum, format, unit)
引数：
integer,intent(in)::atomNum! 原子数character(*),intent(in)::format! トラジェクトリファイルのフォーマット (s | d)integer,intent(in)::unit! 論理装置番号
real*8,dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標 (A)
戻り値：
なし
機能：
指定された装置番号から、座標データのみを取り出す。

- 10 -MD Simulation System

2.6. Read_Trajectory

名称：Read_CordTrajectory
呼び出し形式：
subroutine Read_Trajectory(loopNum, simulateTime, cpuTime,&totalEnergy, kineticEnergy, temp,&
potentialEnergy, rmsf, num15vdw, num15hyd,&
rmsd, cord, atomNum, format, unit)
引数：
integer,intent(in)::atomNum! 原子数character(*),intent(in)::format! トラジェクトリファイルフォーマット (s | d)integer,intent(in)::unit! 論理装置番号
integer,intent(out)::loopNum! MD ループ数
integer,intent(out)::num15vdw! van der Waals 相互作用数
integer,intent(out)::num15hyd! hydrogen-bond i 相互作用数
real*8,intent(out)::simulateTime! シミュレート時間(fs)real*8,intent(out)::cpuTime! cpu 時間(s)real*8,intent(out)::totalEnergy! 総エネルギー(KCAL/MOL)
real*8,intent(out)::kineticEnergy! 運動エネルギー (KCAL/MOL)
real*8,intent(out)::temp! 温度 (K)real*8,intent(out)::potentialEnergy ! ポテンシャルエネルギー (KCAL/MOL)
real*8,intent(out)::rmsf! RMSF (KCAL/MOL/A)
real*8,intent(out)::rmsd! RMSD (A)real*8,dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標 (A)
戻り値：
なし
機能：
指定された装置番号のファイルから、トラジェクトリデータを取り出す。

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2.7. Write_Trajectory

名称：Write_Trajectory
呼び出し形式：
subroutine Write_Trajectory(loopNum, simulateTime, cpuTime,&totalEnergy, kineticEnergy, temp,&
potentialEnergy, rmsf, num15vdw, num15hyd,&
rmsd, cord, atomNum, format, unit)
引数：
integer,intent(in)::atomNum! 原子数character(*),intent(in)::format! トラジェクトリファイルフォーマット (s | d)integer,intent(in)::unit! 論理装置番号
integer,intent(in)::loopNum! MD ループ数
integer,intent(in)::num15vdw! van der Waals 相互作用数
integer,intent(in)::num15hyd! hydrogen-bond i 相互作用数
real*8,intent(in)::simulateTime! シミュレート時間(fs)real*8,intent(in)::cpuTime! cpu 時間(s)real*8,intent(in)::totalEnergy! 総エネルギー(KCAL/MOL)
real*8,intent(in)::kineticEnergy! 運動エネルギー (KCAL/MOL)
real*8,intent(in)::temp! 温度 (K)real*8,intent(in)::potentialEnergy! ポテンシャルエネルギー (KCAL/MOL)
real*8,intent(in)::rmsf! RMSF (KCAL/MOL/A)
real*8,intent(in)::rmsd! RMSD (A)real*8,dimension(3,MAX_ATOM)::cord! 原子座標 (A)
戻り値：
なし
機能：
指定された装置番号のファイルに、トラジェクトリデータを書き込む。

2.8. Read_PDBFile

名称：Read_PDBFile
呼び出し形式：
subroutine Read_PDBFile(unit, atomNum, mass, cord, display)引数：
integer,intent(in)::unit! 論理装置番号
integer,intent(out)::atomNum! 原子数
real*8,intent(out),dimension(MAX_ATOM)::mass! 質量
real*8,intent(out),dimension(3,MAX_ATOM)::cord ! 原子座標
logical,intent(in)::display! 入力行表示フラグ
戻り値：
なし
機能：
指定された装置番号のファイルから PDB ファイルの座標を読み込み、各原子の質量を割り当てる。

- 12 -MD Simulation System

2.9. Get_AtomMass

名称：Get_AtomMass
呼び出し形式：function Get_AtomMass(name) result (mass)
引数：
character*2,intent(in)::name
! 原子名
戻り値：
real*8::mass! 質量
機能：
原子の質量を求める。

- 13 -MD Simulation System

2.10. Read_SelectTrajectory

名称：Read_SelectTrajectory
呼び出し形式：
subroutine Read_SelectTrajectory(cord, atomNum, equivNum, sampleNum,&
trjNum, inTrjName, inTrjUnit, format)
引数：
real*8,intent(out),dimension(:,:,:,:)::cord! 原子座標integer,intent(in)::atomNum! 原子数integer,intent(in)::equivNum! スキップするループ回数
integer,intent(in)::sampleNum! サンプリングループ回数
integer,intent(in)::trjNum! トラジェクトリファイル数
integer,intent(in)::inTrjUnit! 論理装置番号
character*80,intent(in),dimension(:)::inTrjName ! トラジェクトリファイル名(複数)character*1,intent(in)::format! トラジェクトリフォーマット(s/d)
戻り値：
なし
機能：
トラジェクトリファイルから指定された範囲の MD 回数のトラジェクトリの座標を読み込む。

- 14 -MD Simulation System

2.11. Calc_FreeEnergy

名称：Calc_FreeEnergy
呼び出し形式：
subroutine Calc_FreeEnergy(freeEnergy, rmsd, trjNum, sampleNum, equivNum, &cord, totalNum, fillNum, atomID, weight,&
ellipCoeff, firstCord, secondCord, type,&converge,inTrjUnit,inTrjName,useMemory,format)
引数：
real*8,intent(inout),dimension(:)::freeEnergy! 自由エネルギーの exp 値
real*8,intent(inout),dimension(:)::rmsd! root mean square distance
integer,intent(in)::trjNum! トラジェクトリファイル数
integer,intent(in)::sampleNum! サンプリングループ数
integer,intent(in)::equivNum! スキップするループ回数
real*8,intent(in),dimension(:,:,:,:)::cord! 原子座標(xyz,原子,ループ回数,ファイル)
integer,intent(in),dimension(MAX_TYPE)::totalNum ! 原子数
integer,intent(in),dimension(MAX_TYPE)::fillNum! 関数の次数integer,intent(in)::type! 関数の型
integer,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_TYPE)::atomID ! 原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL,MAX_TYPE)::weight! ポテンシャルの重み
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL,MAX_TYPE)::ellipCoeff! ポテンシャルの幅
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL,MAX_TYPE)::firstCord! 焦点 1、あるいは中心
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL,MAX_TYPE)::secondCord! 焦点 2integer,intent(in)::converge! 収束ループ回数
integer,intent(in)::inTrjUnit! トラジェクトリファイルの論理装置番号
character*80,intent(in),dimension(:)::inTrjName ! トラジェクトリファイル名
character*1::format! トラジェクトリのフォーマット
logical,intent(in)::useMemory! メモリ使用フラグ
戻り値：
なし
機能：
各トラジェクトリに対し、Umbrella ポテンシャルの自由エネルギー計算を行う。

- 15 -MD Simulation System

2.12. Calc_Probability

名称：Calc_Probability
呼び出し形式：
subroutine Calc_Probability(freeEnergy, rmsd, trjNum, sampleNum, equivNum, &cord, totalNum, fillNum, atomID, weight,&
ellipCoeff, firstCord, secondCord, type,&radius, inTrjUnit, inTrjName, useMemory, format)
引数：
real*8,intent(inout),dimension(:)::freeEnergy! 自由エネルギーの exp 値
real*8,intent(inout),dimension(:)::rmsd! root mean square distance
integer,intent(in)::trjNum! トラジェクトリファイル数
integer,intent(in)::sampleNum! サンプリングループ数
integer,intent(in)::equivNum! スキップするループ回数
real*8,intent(in),dimension(:,:,:,:)::cord! 原子座標(xyz,原子,ループ回数,ファイル)
integer,intent(in),dimension(MAX_TYPE)::totalNum ! 原子数
integer,intent(in),dimension(MAX_TYPE)::fillNum! 関数の次数integer,intent(in)::type! 関数の型
integer,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_TYPE)::atomID ! 原子 ID
real*8,intent(in),dimension(MAX_FILL,MAX_TYPE)::weight! ポテンシャルの重み
real*8,intent(in),dimension(MAX_ATOM,MAX_FILL,MAX_TYPE)::ellipCoeff! ポテンシャルの幅
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL,MAX_TYPE)::firstCord! 焦点 1、あるいは中心
real*8,intent(in),dimension(3,MAX_ATOM,MAX_FILL,MAX_TYPE)::secondCord! 焦点 2
real*8,intent(in)::radius! 平均座標の範囲判定値
integer,intent(in)::inTrjUnit! トラジェクトリファイルの論理装置番号
character*80,intent(in),dimension(:)::inTrjName ! トラジェクトリファイル名
character*1::format! トラジェクトリのフォーマット
logical,intent(in)::useMemory! メモリ使用フラグ
戻り値：
なし
機能：
各トラジェクトリに対し、関数の中心に付近に原子座標が存在する平均確率を計算し、標準出力に出力する。

- 16 -MD Simulation System
3. Generate_NextFP
ファイル名：Generate_NextFP.f90

3.1.Generate_NextFP

名称：Generate_NextFP
呼び出し形式：
program Generate_NextFP
入力：(1)制御ファイル(1-1)前回の MD での Umbrella Potential 指定ファイル名(1-2)出力 Umbrella Potential 指定ファイル名(1-3)初期座標 PDB ファイル名(1-4)前回の MD での座標トラジェクトリファイル名(1-5)座標トラジェクトリの読み飛ばし回数(1-6)座標トラジェクトリ読み込み回数(1-7)座標トラジェクトリファイル形式 ("s"ingle | "d"ouble)(1-8)PDB ファイルの画面表示オプション("y"es | "n"o)(1-9)求心関数の種別(1-10)温度(1-11)ガウス型反発関数の高さ(1-12)ガウス型ポテンシャル中心座標の更新間隔を制御する範囲(1-13)ガウス型反発関数の幅(1-14)目標とする最終座標(2)初期座標 PDB ファイル(3)前回の MD での座標トラジェクトリファイル(4)前回の MD 入力の Umbrella Potential 指定ファイル
出力：
	
  	
  	
  (1) Umbrella Potential ファイル機能：
入力した UmbrellaPotential のガウス型反発関数の次数を追加し、また、追加した次数に対応する求心関数を付加する。
追加した反発関数の中心座標は初期座標から 0.2Å程度の幅で、最終座標に近づくように設定し、楕円体の場合は焦点の中点が最終座標に近づくように設定する。

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4. Extract_Atom
ファイル名：Extract_Atom.f90

4.1.Extract_Atom

名称：Extract_Atom
呼び出し形式：
program Extract_Atom
入力：(1)制御ファイル(1-1)Umbrella Potential 指定ファイル名(1-2)座標トラジェクトリファイルの原子数(1-3)座標トラジェクトリファイル数(1-4)入力、出力座標トラジェクトリファイル名(1-5)座標トラジェクトリの読み飛ばし回数(1-6)座標トラジェクトリ読み込み回数(1-7)座標トラジェクトリファイル形式 ("s"ingle | "d"ouble)(2)座標トラジェクトリファイル群(3)前回の MD 入力の Umbrella Potential ファイル
出力：(1) Umbrella Potential 対象原子のトラジェクトリファイル機能：
トラジェクトリファイルと Umbrella Potential 指定ファイルを読み込み、指定された範囲のUmbrella Potential 対象原子のトラジェクトリファイルを生成する。

- 18 -MD Simulation System
5. Wham_Analysis
ファイル名：Wham_Analysis.f90

5.1.Wham_Analysis

名称：Wham_Analysis
呼び出し形式：
program Wham_Analysis
入力：(1)制御ファイル(1-1)Umbrella Potential 指定ファイル名(1-2)座標トラジェクトリファイル数(1-3)入力座標トラジェクトリファイル名(1-4)座標トラジェクトリの読み飛ばし回数(1-5)座標トラジェクトリ読み込み回数(1-6)座標トラジェクトリファイル形式 ("s"ingle | "d"ouble)(1-7) 自由エネルギー計算の平均値計算のサンプリング距離(1-8)WHAM 解析の収束ループ数(1-7)WHAM 解析時のメモリ指定("m"emory | "s"peed)(2)座標トラジェクトリファイル群(3)前回の MD 入力の Umbrella Potential ファイル
出力：(1) 自由エネルギー計算結果機能：
入力したトラジェクトリファイルの座標に対し、Umbrella Potential 指定ファイルに記述しているポテンシャルを計算、各トラジェクトリに対する自由エネルギーと座標の確率を計算する。
－以上－- 19 -