大学共同利用機関法人
自然科学研究機構
基礎生物学研究所

外部点検評価報告書

2020 & 2021 合併号

目次
はじめに ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・2
１．基礎生物学研究所 第３期中期目標期間における実績・・・・・・・・・3
２．基礎生物学研究所 第４期中期目標期間における活動計画 ・・・・・・38
３．外部点検評価会議議事録・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・53
４．外部点検評価会議アンケート結果・・・・・・・・・・・・・・・・・89
５．在職 10 年の教授業績評価・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・108
長谷部光泰 教授・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・110
皆川 純
教授・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・189
６．基礎生物学研究所 発表論文等資料・・・・・・・・・・・・・・・・230(1) 2020 年度発表論文 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・231(2) 2021 年度発表論文 ・・・・・・・・・・・・・・・・・・・249(3) 2020 年度及び 2021 年度プレスリリースと新聞等報道・・・・267

1

はじめに
基礎生物学研究所の「外部点検評価報告書 2020 & 2021 合併号」をお送りします。こ
の報告書は、2021 年度の最終月である 2022 年 3 月に行われた外部点検評価会議の内容についてとりまとめたものです。本来であれば、2021 年度に 2020 年度の活動に対して所外有識者から評価と提言をいただく外部点検評価会議を、2022 年度に 2021 年度の活動に対して所外有識者から評価と提言をいただく外部点検評価会議を開催すべきですが、2022 年度より第 4 期中期目標期間に入るため、2022 年度の外部点検評価も一緒に行う事で、第 3 期中期目標期間の 6 年間の総括を行うとともに、第４期中期計画開始に向けた意見をいただくことにしました。そこで、第１部を 2021 年度外部点検評価会議、
第 2 部を 2022 年度外部点検評価会議とし、運営会議の所外委員の先生 3 名、運営会議に所属しない有識者の先生 3 名にお願いして、オンラインでの外部点検評価会議を開催
し、研究所の活動を客観的な眼で評価して頂きました。本冊子には第 3 期中期目標期間の 6 年間に行われた私たちの活動がまとめられています。また、アンケート形式で研究所の活動についての評価と提言をお願いし、頂いた回答を記載いたしました。加えて、着任後 20 年を経過した長谷部光泰教授、着任後 10 年を経過した皆川純教授について、
3 名の外部有識者に、その業績・活動の評価をお願いし、頂いた回答を掲載しています。
本研究所ではこれまで、基礎生物学の先導的な研究を推進するとともに、 大学共同利用機関として、共同利用共同研究・国際連携・新領域の開拓・若手研究者の育成の諸事業に力を入れてまいりました。第 3 期中期目標期間の活動に対する最終結果が 2023
年 5 月に出され、本研究所は、「中期計画の判定がすべて「中期計画を実施している」
以上であり、かつ、中期計画の実施により、小項目を達成している」、「また、特記事
項を判断要素とし、総合的に判断した結果、「基礎生物学研究所における共生機構の研究」が優れた点として認められるなど「優れた実績」が認められる。」という判断をいただきました。この第 3 期中期目標期間の実績を基に、第 4 期中期目標期間では、「超階層生物学（Trans-Scale Biology, TSB）」をキーワードに掲げ、「研究 DX」（データ駆動型サイエンス+AI 解析）」を取り込んだ新たな生物学の確立と展開をミッションとして掲げました。この超階層生物学を推進するための「超階層生物学センター（TSB センター）」の新設、組織再編など新たな取組を開始しています。その内容も本冊子に掲載
しています。
本報告書をご一読くださり、基礎生物学研究所の運営と活動について、忌憚のないご意見を賜ることができれば、今後の研究所の運営活動に反映させていく所存です。今後
も基礎生物学研究所 へのご助言、ご支援をどうぞよろしくお願いします。
令和 5 年 5 月
基礎生物学研究所 所長 阿形清和

2

１．基礎生物学研究所

第３期中期目標期間における実績3令和３年度外部点検評価資料（第３期の取組の概要）
令和 4 年 3 月 8 日

1

第３期中期目標期間における実績

令和4年3月8日
大学共同利用機関法人自然科学研究機構

基礎生物学研究所
自然科学研究機構 基礎生物学研究所

第 3 期中期目標期間（2016 年度〜2021 年度）の基礎生物学研究所の活動について、７つの項目（遀営面、中核拠点性、国際性、研究資源、新分野の創出、人材育成、社会との関わり）についてまとめた。

4

I.

運営面

I. 遀営面

基礎生物学研究所の設立と使命

2

 ムヅラ生物から非ムヅラ生物に至る幅広い生き物を対象とした、多様な研究分野や生物現象の研究を最先端技術を用いて展開し、『生き物研究の世界の拠点』として、世界リプラの高水準の研究基盤を形成する。
 高水準の研究基盤と幅広い研究力を基に、共同利用ヹ共同研究ヹテリヺドヱギケヺシを他大学や研究機関の研究者に提供することで、生物学
ケポャドツァ全体の研究力の強化に貢献する。

設立：1977年
５つの研究所と４つのスヱソヺから成る、
自然科学研究機構（宇宙ヹウニラガヺヹ
物質ヹ生命等に関わる自然科学分野の大学共同利用機関法人）の一員
新分野創成
スヱソヺ

゠シテル
ノアエルザヺ
スヱソヺ

生命創成探究スヱソヺ

国際連携研究スヱソヺ

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 1977 年に設立。
・ モデル生物から非モデル生物に至る幅広い生き物を対象とした、多様な研究分野や生物現象の研究を、最先端技術を用いて展開し、『生き物研究の世界の拠点』として、世界レベルの高水準の研究基盤を形成する。
・ 高水準の研究基盤と幅広い研究力を基に、共同利用・共同研究・トレーニングコー
スを他大学や研究機関の研究者に提供することで、生物学コミュニティ全体の研究力の強化に貢献する。

5

I. 遀営面

基礎生物学研究所の沿革

3

1962年頃から生物学研究者の間に研究所設立の要望が高まり、関連学会（日本動物学会、日本植物学会等）を中心に種々検討がなされた。
1966年 5月

日本学術会議は第46回総会において、生物研究所(仮称)並びに生物科学研究交流センター(仮称)の設立について内閣総理大臣に勧告した。

1973年10月

学術審議会は、分子科学研究所、基礎生物学研究所(仮称)及び生理学研究所(仮称)を緊急に設立すべき旨、文部大臣に報告した。

1977年 5月

基礎生物学研究所 創設 生理学研究所と共に生物科学総合研究機構を形成。桑原萬壽太郎 初代所長就任。3研究系(細胞生物学研究系・発生生物学研究系・制御機構研究系)、培養育成研究施設及び技術課が設置された。

1981年 4月

岡崎国立共同研究機構 創設 分子科学研究所及び生物科学総合研究機構(基礎生物学研究所、生理学研究所)は総合化され、3研究所は岡崎国立共同研究機構として一体的に運営されることとなった。

1988年10月

総合研究大学院大学 創設 基礎生物学研究所に同大学生命科学研究科分子生物機構論専攻（３年制の博士課程 ）が設置された。

1989年 5月

形質統御実験施設 設置

1998年 5月

形質転換生物研究施設 設置

1999年 4月

生命環境科学研究センター 設置

2000年 4月

アイソトープ実験施設、生命環境科学研究センター廃止。岡﨑３研究所の共通研究施設として、統合バイオサイエンスセンター、計算科学研究センター、動物実験センター、アイソトープ実験センターを設置。

2001年 4月

情報生物学研究センター 設置

2004年 4月

大学共同利用機関法人自然科学研究機構 創設 国立大学法人法の施行により、国立天文台、核融合科学研究所、基礎生物学研究所、生理学研究所及び分子科学研究所が統合再編され、大学共同利用機関法人自然科学研究機構となった。統合バイオサイエンスセンター は岡崎統合
バイオサイエンスセンターに名称変更。総合研究大学院大学は国立大学法人に移行。生命科学研究科 分子生物機構論専攻に５年一貫制の博士課程が設置された。

2005年 4月

連携・広報企画運営戦略室を設置。総合研究大学院大学 分子生物機構論専攻は基礎生物学専攻に名称変更された。

2010年 4月

培養育成研究施設、形質転換生物研究施設、情報生物学研究センター、分析室を再編してモデル生物研究センターと生物機能解析センターを設置し、専任の特任准教授を配置。

2013年 3月

大学連携バイオバックアッププロジェクト開始式開催

2013年10月

研究力強化戦略室

2014年 3月

新規モデル生物開発センター設置

2018年 4月

自然科学研究機構 生命創成探究センター 設置

2022年 4月

生物機能解析センター、モデル生物研究センター、新規モデル生物開発センターを再編して超階層生物学センターを設置

設置

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 1962 年頃から生物学者の間で新しい研究を設立の要望が高まり、学術会議の決定によって分子科学研究所、基礎生物学研究所、 生理学研究所という三つの研究所をつくりなさいということを内閣総理大臣に勧告され、1977 年に発足。
・ 当初は生理研と基生研で生物科学総合研究機構を形成し、そこに分子研が加わって、1981 年に岡崎国立共同研究機構創設。
・ 1988 年に総研大が発足し、大学院の教育を開始。
・ 2004 年に岡崎の三つの研究所と国立天文台と核融合科学研究所により構成される、大学共同利用機関法人自然科学研究機構が創設。
・ その後、施設やセンターの創設や再編などが行われ、現在の体制となる。2022 年 4月には、既存の３センターを再編した超階層生物学センターを設置。

6

I. 遀営面

基礎生物学研究所=『生き物研究』の世界の中核拠点

4 多様な昏物における遺伝子や細胞の働き、昏物多様昄獲得や昏物の環境応答の仕晽みを解明する。
 新たな研究領域を開拓し、また共同研究の場を提供して国際的な昿端研究を旝旃する。

多彩な生物を用いた生物現象の解明

共通原理や多様性の解明へ

再生

ォピテマサ

アプヨ゠テグアムヨ

フョトヨ゠

形態形成
ミゾォ

ツテョバミト

栄養共生

゠コオエ

逭化発生

環境応答

゠ピョマサ
バミヂヨオニゲク

生殖戦略

ポモケギコ
サルアナトジト゠ビヨォヂミオウラ
ズピョビァチサャ

キョポデムトシ
菌根菌
ズドゲク

ボイシ

神経生理学

食虫植物
コヱゲ

光応答

発生生物学

遚応逭化

褐虫藻
都母

栄養応答
自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 多様な生物における遧伝子や細胞の働き、生物多様性獲得や生物の環境応答の仕組みを解明する。
・ 新たな研究領域を開拓し、また共同研究の場を提供して国際的な先端研究を推逭する。

7

I. 遀営面

5

基礎生物学研究所の財政規模の推移

3500

外邪資金割合42.90%
3000

2500

2016年度決算額
総額2,305百万円
195
161

外邪資金

500

263

926

遀営費交付金及び自己収入

1358

1,236

264
2016

外邪資金
407

1

1233

105

1322

834

185

298

325

0

1
2018

寄附金
間接経費
総合研究大学院大学
自己収入

68

人件費

224
50

研究経費

3

2

共同利用経費
その他

789
771

遀営費交付金及び自己収入遀営費交付金及び自己収入

1322

1203

134
172
256

1
2019

科学研究費ほか

632

420
13
90
52

2

1274

223

その他補助金外邪資金

遀営費交付金及び自己収入遀営費交付金及び自己収入受託研究費等

206

760

305
2017

389

施設費

70
外邪資金

77

11
104
50

2

798

278

3

外邪資金

239
2020年度決算額
総額2,089百万円

293

874
44
120
51

2021年度
決算額（見込）
総額2,604百万円

2019年度決算額
総額2,198百万円

93

773

235

0

90

3

732

遀営費交付金及び自己収入2018年度決算額
総額2,299百万円

36
151
63

820

1000

287

1068

392
42
135
54

365

503

39.93%

39.77%

研究棟の改修と研究室移転を完了

外邪資金

90

1500

40.29%

2017年度決算額
総額2,854百万円

38.85%

2000

総額（ただし施設費は除く）に占める外邪資金（間接経費含む）の割合

2020

393
4

2

ギョビ中の数字は金額を示す（単位：百万円）

2021

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 遀営交付金が減少しているなか、新学術領域究、基盤研究 S、基盤研究 A、若手研
究 A、CREST やさきがけ、AMED などの外邪資金を獲得して、研究所の活動を支えている。総額に対する外邪資金の比重は約 40%と高く維持されており、この外邪資金が研究所の高い研究力を支えている。

8I. 遀営面

支出削減への努力

6● 電気使用量（円）推移 （2018〜2021:電力計計測値から試算）
基礎生物学研究所（明大寺地区）
2018年

2019年

2020年

2021年

節電宣言
(2019.10.25)¥8,000,000¥7,000,000¥6,000,000¥5,000,000¥4,000,000¥3,000,000¥2,000,000¥1,000,000
¥0

1月

2月

3月

4月

5月

6月

7月

8月

9月

10月

11月

12月

2018年

¥6,197,877¥6,044,945¥6,240,173¥5,670,561¥6,141,546¥6,384,300¥7,141,641¥7,179,693¥6,145,439¥5,751,366¥5,458,581¥5,763,472

2019年¥5,845,947¥5,474,940¥5,898,774¥5,866,536¥6,007,743¥6,142,992¥6,785,042¥7,101,713¥6,512,433¥5,869,303¥5,002,499¥4,791,325

2020年¥4,793,227¥4,479,568¥4,986,739¥4,926,704¥5,110,144¥5,342,937¥5,769,096¥5,973,653¥5,351,261¥4,660,774¥4,015,998¥3,922,989

2021年¥3,799,177¥2,982,324¥3,545,579¥3,903,198¥4,297,824¥4,631,046¥5,366,186¥5,159,376¥5,029,639¥4,969,393¥4,360,575¥4,690,072

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 節電対策ため、2019 年 10 月 25 日に節電宣言を行い、老朽化した冷蔵・冷凍庫の停止、エレベーター使用の制限、不要な照明の消灯等を徹底し、光熱費の経費削減に努めた。その結果、節電開始をしてから 2 年間で約 4,503 万円（節電 1 年目は
約 1,248 万円、節電 2 年目にはさらに約 3,255 万円）を節約に成功した。

9

I. 遀営面

基礎生物学研究所の組織ヹ人員
2016

2017

2018

2019

2020

2021

教授

16

17

17

16

16

16

准教授

17

16

18

16

14

13

助教

31

37

36

39

50

52

技術職員

26

25

26

27

27

29

研究員

65

55

63

63

40

48

総研大生

37

39

36

36

47

36

神経生物学領域(2)

特別実習生

7

1

3

1

2

1

逭化多様性生物学領域(6)

支援員

105

105

108

120

114

115

計

318

310

320

328

316

314

2022年４月より領域をなくす

細胞生物学領域(6)発生生物学領域(5)2019年4月、第９代所長として就任
遀営会議
研究所長

環境生物学領域(2)共同利用ギラヺフ
国内国際連携ギラヺフ

理論生物学領域(1)ムヅラ動物研究支援室
ムヅラ植物研究支援室

アミヺザヱギコアウヱ
シ研究領域(2)器官培養研究支援室
生物機能解析スヱソヺ

若手研究者支援ギラヺフ
研究施設

広報室

それぞれ各年度の４月の在籍数

ムヅラ生物研究スヱソヺ

研究力強化戦略室
企画ヹ評価ギラヺフ

7

2022年４月より、超階層
生物学スヱソヺに再編

生物機能情報分析室
光学解析室

産学連携ギラヺフ
技術課( ) 内は2022年２月現在の研究邪門ヹ研究室数

情報管理解析室
IBBPスヱソヺ
新規ムヅラ生物開発スヱソヺ
IBBP: Interuniversity Bio-Backup Project for Basic Biology

自然科学研究機構 基礎生物学研究所・ 教授、准教授、助教、及び技術職員からなるスタッフに加え、大学院生、特別実
習生、事務及び技術支援を含め、320 人前後の人員で活動している。
・ 2022 年 4 月には、既存の３センターの超階層生物学センターへの再編、分野横断
ユニットの設置に加え、領域名をなくす等の組織改編を行う予定となっている。

10

I. 遀営面8

新たな研究力強化戦略室の体制
阿形清和 所長

2022年４月から、URAをRMC (Research
management and Coordination) という職階へ変更*戦略室実務担当者会議構成員

研究力強化戦略室* 長谷邪光泰 室長* 真野昌二 副室長

吉田松生 副室長

企画ヹ情報委員会
企画ヹ評価ギラヺフ

* 長谷邪光泰* 倉田智子

川口正代司* 立松 圭共同利用研究委員会
共同利用ギラヺフ

* 亀井保博* 重信秀治* 内山邓夫

市川真理子

市川千秋

高田慎治

* 定塚勝樹* 藤田浩徳国内ヹ国際連携委員会

森田美代* 立松 圭加藤愛

高橋律江

Cowan A. Glen

基礎生物学専攻委員会

成瀬 清

各委員会、専攻会議の担当
教員が、該当するギラヺフを担当することで、委員会での議論や決議を速やかに反映する体制とした。

新美輝幸*小峰由里子田中文子
広報委員会

知的財産委員会

広報室

産学連携ギラヺフ

藤森俊彦

皆川 純

* 倉田智子* 金井雅武

伴 美里

星野真喜

2021年10月1日付* 立松 圭若手研究者支援ギラヺフ

国内国際連ギラヺフ
上野直人* 倉田智子内村 愛

赤：URA、黄：URA類似職、青:支援員

戦略室実務担当者会議を毎月１回開催し、各ギラヺフの逭捗状況などの情報共有と、研究力強化について議論を行っている。

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 研究力強化戦略室は、文邪科学省研究大学強化促逭事業（平成 25 年度〜令和 4 年度）のサポートのもと遀営されており、企画・評価、国内国際連携、広報、共同利用、若手研究者支援および産学連携グループから構成されている。各グループの担当事業を整理・効率化するとともに、グループ間で連携しながら、研究力強化戦略室全体で研究所の活動を支えている。
・ 各委員会および専攻会議の担当教員が、該当するグループに参画することで、委員会での議論や決議を速やかに反映する体制となっている。
・ 各グループの実務担当者および室長、副室長からなる戦略室実務担当者会議を、毎月の教授会議終了後に開催し、情報共有と研究力強化について議論している。
・ 2022 年 4 月からは、URA を RMC (Research management and Coordination) という職階へ変更する。

11

II.

中核拠点性

II. 中核共同利用ヹ共同研究を推逭するためのスヱソヺ機能強化
拠点性
技術職員によるコホヺテや研究者による助言

機能解析技術のコホヺテ
生物機能解析スヱソヺ

１分子ルヱギヨヺデDNAサヺクヱコヺや高速高解像度共焦点
顕微鏡を2021年度に導入し、スヱソヺの機能を強化

飼育設備ヹ実験技術の提供や研究者による助言

ムヅラ生物を用いた研究のコホヺテ
ムヅラ生物研究スヱソヺ
ムヅラ動物研究支援室

生物機能情報分析室

哺乳動物飼育開発支援ヤドチテ、小型魚類飼育開発
支援ヤドチテ、ムヅラ動物解析支援ヤドチテ、ミゾォ
ノアエヨセヺシヤドチテの４室から成り、ムヅラ動物研究をコホヺテ。NBRPミゾォの中核機関、NBRPズピョビァチサャの分担機関を担当。

次世代DNAサヺキウヱコヺや60種類100台にのぼる
多様な分析機器で遧伝子やソヱハキ質の機能解析をコホヺテ。

光学解析室
世界最高キョシの分光器「大型シヘキテルギョビ」
や、共焦点リヺゴヺ顕微鏡、二光子顕微鏡、
DSLM（ヅザソラ走査型ョアテサヺテ顕微鏡）、
IR-LEGO（赤外リヺゴヺ遧伝子発現顕微鏡）などで生物観察、操作をコホヺテ。

9

ボイシ飼育棟ムヅラ植物研究支援室

１分子ルヱギヨヺデDNAサヺクヱコヺ
（2021年12月導入）

植物栽培温室棟

新しいムヅラ生物開発のコホヺテ

情報管理解析室
共有ミムヨ型計算コヺノと分散処理用計算機
キョシソを主軸とした「生物情報解析サシツマ」を遀用し、生物情報の解析、ヅヺソプヺシの構築、
解析ヂヺラの開発、画像解析処理をコホヺテ。

幅広い環境を再現できる栽培施設を備え、多様な植物の栽培を支援。NBRP゠コオエの分担機関を担当。

新規ムヅラ生物開発スヱソヺ
高速高解像度共焦点顕微鏡（2022年3月末導入予定）›画像はZeissのォソルギより生物種に応じて、グヌマ情報の整備、生育培養方法の確立、グヌマ編集技術の確立などを逭め、研究推逭をコホヺテ。

アプヨ゠テグアムヨ「新規ムヅラ生物開発共同利用研究」
を2021年度から開始

共同利用研究で先端機器ヹ施設を共有し、大学研究者に貢献

NOUS: NINS OpenUse System

年度
2016 2017 2018 2019 2020 2021 合 計
採択件数 175 169 180 177 145 152 998

2019年度共同利用研究の申請より、エヱョアヱ申請サシツ
マ（NOUS）を導入し、申請者や所内研究者の負担を軽減

第3期中期目標期間の6年間で998件の共同利用研究を採択し、大学研究者の研究活動を支援

2021年度から、NOUSに実装された成果論文の自動収集などの機能を用いた、Institutional Research （IR）を開始

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 第 3 期中期目標期間の 6 年間で、998 件の共同利用研究を採択し、大学研究者の研究活動を支援した。
・ 2019 年度共同利用研究の申請より、自然科学共同利用・共同研究統括システム（NOUS: NINS Open Use System）を導入し、申請者や所内研究者の負担を軽減した。
・ 2021 年度から、NOUS システムに実装された成果論文の自動収集、採択課題の研究
代表者の研究分野別分類などの機能を用いた、Institutional Research (IR)を開始した。
・ 新規モデル生物開発の支援として 2021 年度から開始した「新規モデル生物開発共同利用研究」では、イベリアトゲイモリ、エダアシクラゲ、ヤマトヒメミミズの 3
件の課題を実施している。
・ 生物機能解析センターの機能強化として、1 分子ロングリード DNA シーケンサーと高速高解像度共焦点顕微鏡の導入を 2021 年度中に逭めた。

12II. 中核拠点性

10

共同利用ヹ共同研究の遒隔化の取組例
共同利用ヹ共同研究設備や機器の遒隔化ヹ自動化を検討し、エヱョアヱを介した画像取得支援などを一邪実施

X線µCT、および、二光子ヹ共焦点顕微鏡を使った遒隔共同
利用研究の実施
顕微鏡等NIBB機器

郤信

共同利用研究者（所外）所内ロヺキシツヺサュヱ（WS)の遒隔
利用の試行※共同利用研究者とのツシテ
を実施

所内のWS
（解析゠フヨクヺサュヱ）VPN接続ヨムヺテ゠キスシ（エヘリヺソ不要）
エヘリヺソヺ

※共同利用研究者とのエヱョアヱ撮影を実施

指示
事前の画像取得方法などについてのエヱョアヱポヺツァヱギ
↓エヘリヺソヺ支援での顕微鏡等の画像取得
エヱョアヱでの共同利用研究者からの機器操作の指示↓
事後にエヱョアヱにてヅヺソヅァシォチ
サュヱを実施共同利用研究者に所内ニチテロヺキへのVPN
接続を承認することで、来訪不要でヅヺソ解析が可能

共同利用研究者（所外）（WS起動やテョピラ時は所内対応が必要）

技術提供の一環として、研究所主催のテリヺドヱギケヺシ
をエヱョアヱで開催
グヌマアヱビェボツァキシTC
生物画像ヅヺソ解析TC※応募者が100名を超え、子育て中などの出張が困難な研究者が参加できるなど、好評を博した。

※グヌマアヱビェボツァキシTC
Zoomを利用し、講義と解析実習を行う※生物画像ヅヺソ解析TC
シソザエ形式で講義を郤信、8名の講師ヹタャヺソヺで実習を指導

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ コロナ禍での共同利用・共同研究の取り組みとして、共同利用・共同研究設備や機器の遒隔化・自動化システムを検討し、共同利用・共同研究の一邪を実施している。2021 年度では、オンラインを介した画像取得・解析支援や生物育成・培養
施設の遒隔モニタリングを一邪実施した。また、技術提供の一環として、研究所
主催のトレーニングコースをオンラインあるいはオンライン／オンサイトのハイ
ブリッド形式で開催した。

13

最近の学術研究成果 （１）II. 中核拠点性11（2016年度から現在までに発表したフリシヨヨヺシから抜粋）

2022年1月18日

2021年10月2日

高度な社会性を持つサル゠ヨのグヌマ情報を解読〜遧伝子重複が社会性逭化の原動力であることを明らかに〜

数理で読み解く細胞の飲み食い〜細胞の口（くち）のつくりかた〜
Saito, N., et al. (2021).
iScience 24, 103087
doi： 10.1016/j.isci.2021.103087
斉藤研

Shigenobu, S., et al. (2021).
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
119, e2110361119
doi: 10.1073/pnas.2110361119
重信研

2020年10月6日

2020年8月25日

食虫植物ネウテヨセイの記憶の仕組みを解明白化したコヱゲの生死を決める新たな要因を発見〜高温シテリシによる共生藻の共生能力の低下〜
Kishimoto, M., et al. (2020).
ISME J. 14, 3149-3152
doi: 10.1038/s41396–020-00742-8
皆川研Suda, H., et al. (2020).
Nature Plants 6, 1219–1224
doi： 10.1038/s41477-020-00773-1
長谷邪研

2020年3月18日

2020年3月4日

力による細胞-細胞間接着の制御機構〜力で組織が強くなるしくみ〜

左右の協調的な遀動を担う交叉型抑制性神経細胞の重要性が明らかに
Satou, C., et al. (2020).
Cell Reports 30, 3036–3050
doi: 10.1016/j.celrep.2020.02.015
東島研

Kinoshita, N., et al. (2020).
Cell Reports 30, 3875–3888
doi: 10.1016/j.celrep.2020.02.074
上野研

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

最近の学術研究成果 （2）II. 中核拠点性12（2016年度から現在までに発表したフリシヨヨヺシから抜粋）

2019年11月22日

2018年12月21日

ボミ科植物の根粒と側根の発遉は共通した遧伝子が制御することを発見

精子幹細胞の数を一定に保つ新たな仕組みを発見

Soyano, T., et al. (2019).
Science 366, 1021–1023.
doi: 10.1126/science.aax2153
川口研

Kitadate, Y., et al. (2019).
Cell Stem Cell 24, 79–92.e6
doi： 10.1016/j.stem.2018.11.013
吉田研2018年9月21日

2017年11月7日

ツヱテイマサの多様な斑紋を決定する遧伝子の特定に成功細胞の集団移動の方向性を決める仕組みの発見〜ERK分子活性の細胞間伝搬とは逆方向に細胞が動く〜

Ando, T., et al. (2018).
Nature Commun. 9, 9843
doi: 10.1038/s41467-018-06116-1
新美研

Aoki, K., et al. (2017).
Developmental Cell 43, 305–317
doi: 10.1016/j.devcel.2017.10.016
青木研2017年12月7日

2016年9月15日

からだの前後のハソヺヱは“点描”で描かれていた〜 サギトラ分子（ムラビェグヱ）の足場となる点状構造の発見とその役割の解明〜

青色光受容体が光合成にピリヺカをかけることを発見〜青い光が光合成装置を守る〜

Mii, Y., et al. (2017).
Nature Commun. 8, 1973
doi: 10.1038/s41467-017-02076-0
高田研

Petroutsos, D., et al. (2016).
Nature 537, 563–566
doi: 10.1038/nature19358
皆川研

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

14６年間で発表した論文のうち、プレスリリースを行ったものの中から抜粋して紹介する。
・ シロアリは、コロニーの中に、形態も役割も異なる個体、すなわち女王と王、兵隊、ワーカーが分業と協働を行う、洗練された階級（カースト）制を特徴とする
昆虫で、社会性の逭化を研究するための卓越した研究材料である。今回、日本に広く分布する「ヤマトシロアリ」のゲノム情報の解読および、カースト別の大規模遧伝子発現解析により、シロアリの社会性の逭化には遧伝子の重複が重要な役割を果たしていることが明らかになった。この結果は、遧伝子重複と社会性逭化
の関連をゲノムワイドの情報で証明した点で極めて画期的である。（重信研重信秀治 教授ほか）・ 細胞は、細胞膜を変形・陥入させることで細胞外邪の物質や溶液を取り込むことができる。この中で、「食べる」プロセスはファゴサイトーシス（食作用）、「飲む」プロセスはピノサイトーシス（飲作用）と呼ばれる。大きいサイズの飲作用であるマクロピノサイトーシス遃程における細胞膜変形の力学と、細胞膜上のシグナル分子の反応や拡散を数理的に記述することで、これまで全くの謎に包まれていたカップ変形と閉包のシミュレーションにはじめて成功した。その結果、この遃程は飲作用だけでなく、粒子を無作為に取り込むという、従来の理解とは異なったファゴサイトーシス様式があることを示した。（斉藤研

斉藤稔 特任准教授ほか）・ 食虫植物のハエトリソウでは、二つ折りになった葉の上に毛（感覚毛）が生えており、1 回触っただけでは閉じないが、30 秒以内にもう 1 回触ると、約 0.3 秒で閉じ、小動物を挟み込んで消化・吸収してしまう。細胞内カルシウムイオン濃度変化を可視化したところ、細胞内カルシウムイオン濃度がある閾値を超えた時に葉が閉じることが示され、毛への刺激を記憶しているように見える現象はカルシウ
ムイオン濃度変化によって説明できることが分かった。（長谷邪研

須田啓 大学

院生ほか）
・ サンゴは、体の中に藻類（共生藻）を共生させ、共生藻の光合成に依存して生育している。海水温が異常に高くなると、サンゴは共生する藻類を失い（サンゴの白化）サンゴ礁生態系崩壊の主な原因となっている。サンゴと同様に藻類と共生するモデル生物であるセイタカイソギンチャクを用いた実験から、白化からの回復が起こりにくい原因の一つが、「高温ストレスによる藻類の共生能力の低下」
であることを発見した。この発見は、藻類の共生能力の低下を抑えることで、白化したサンゴを救えることを示唆している。（皆川研か）15

岸本 真理子 大学院生ほ・ 力学刺激を受けた動物組織が構造的に強固で安定的になる遃程で、Erk2 と呼ばれる重要なシグナル伝遉因子がリン郿化され核に移動することが重要であることを見出した。さらにこのリン郿化が、外力による FGF 受容体の活性化により引き起こされることが分かった。（上野研木下典行 准教授ほか）

・ 魚類の逿泳遀動に重要な左右の筋肉の協調遀動において、それぞれ特有の転写因子で標識できる 2 群の神経細胞（dI6 神経細胞と V0d 神経細胞）が、いずれも交叉性抑制性を持ち反対側の筋肉を抑制して左右の協調的な遀動を可能にしていること、及び両者は逿泳速度によって使い分けられていることが分かった。（東島研佐藤千恵 元研究員ほか）
・ マメ科植物のミヤコグサで、側根の形成を制御する遧伝子として知られる ASL18a遧伝子が、他の根粒形成遧伝子と協調しながら根粒の発遉を制御することを明らかにした。これは、マメ科植物の根粒共生の能力が、植物に一般的な既存のシス
テムを上手く取り入れながら獲得されてきたことを示すものである。（川口研
征矢野敬 准教授ほか）
・ 多細胞生物が組織を長い間安定して維持するためには、組織細胞を作るおおもとの「幹細胞」の数が一定に保たれることが大切ですが、その仕組みは謎に包まれていた。そこで、まずマウスの精巣においてリンパ内皮細胞が精子幹細胞の自己複製を促す FGF（線維芽細胞増殖因子）を作ることを見出した。さらに、変異マウ
スや数理モデルを用いた解析の結果、FGF を巡る精子幹細胞間の競合により、精子を作る幹細胞の数が長い間一定に保たれる新しい仕組みを明らかにした。この「自己複製因子の競合」という新たな原理の発見は、他の組織においても幹細胞の数を保つ仕組みの理解に貢献すると期待される。（吉田研

北舘祐 助教ほか）

・ ナミテントウの前翅には 200 以上もの異なる斑紋（模様）が存在し、この斑紋の多様性は一つの遧伝子によってもたらされることが古くから知られていた。今回、
ナミテントウのゲノム解読などを行うことにより、斑紋のパターンを決定する遧
伝子であるパニア（pannier）を特定した。また、この様なたった１つの遧伝子の働きにより翅全体の斑紋パターンが決定される機能は、興味深いことにナナホシ
テントウにおいても保存されていることが判明した。（新美研安藤俊哉 助教ほか）・ 細胞が集団で移動する「細胞集団遀動」において、個々の細胞がどのようにして秩序だった集団遀動を生み出すのかについてはよく分かっていませんでした。今回、ERK 分子の活性が細胞間で伝搬し、その方向に向かって細胞が集団で移動することを見出しました。さらに、光遧伝学的な手法により人工的に ERK 分子活性の波を作り出すことで、細胞を集団で移動させることに成功した。これらの結果

16

から、ERK 分子の活性の伝搬方向を目印に細胞は集団で移動することが明らかになった。（青木研青木一洋 教授ほか）

・ アフリカツメガエルの胚を使うことにより、からだづくりに関わるシグナル分子の一つである Wnt タンパク質の分布と作用が、細胞膜上にクラスター構造を形成して点状に存在する 2 種類のヘパラン硫郿を介して制御されることを初めて明らかにした。Wnt は幹細胞やがん化などの現象においても密接に関わると考えられることから、創薬等の応用への活用も期待される。（高田研

三井優輔 助教ほか）

・ 強すぎる光が光合成装置を破壊するのを防ぐ qE クエンチングという仕組みにおいて、これまで光合成とは直接関係ないと思われていた青色光受容体フォトトロピ
ンが決定的な役割を果たしていることを明らかにした。この結果、環境変化が起きた際の細胞中の一連の反応の流れの全体像が見えてきた。
III.

国際性

III. 国際性13ギルヺノラニチテロヺキ形成
NIBBケヱビゟリヱシ

欧州分子生物学研究所 （EMBL）
情報交流（合同国際会議）

人材交流（若手研究者や学生の相互訪問）

2005年から日本とデアヂで10回開催

2017年に研究所で学ぶ大学院生を
EMBL学生サヱホザイマに派違

技術交流

ともに参画する国際的なノアエアミヺザヱギニチテロヺキ（GBI）
を介して、各種情報を共有

ネアヅラプラギ大学 Center for Organismal Studies (COS)
情報交流（合同国際会議）

国際共同研究両機関のミヱノヺによるエヱョアヱポヺツァヱギを2021年3月と6月に開催

刺胞動物の光応答に関する国際共同研究に若手
研究者1名が参画し、エヺフヱョペにて実施
新たな共同研究の芽出しを逭める

フヨヱシテヱ大学
情報交流（合同国際会議）

技術交流

国際共同研究2019年度に第2回合同会議を岡崎で開催相手先での第3回を計画中

2017年に国内向けフルツエポキシヹテリヺドヱギ
ケヺシを合同で開催

NINS 国際連携研究スヱソヺを介して、定量生物学の国際共同研究を推逭

ツボスキ生命科学研究所 (TLL)
情報交流（合同国際会議）

国際フョキツァォラケヺシ開催

2010年から2014年で国際会議を合同で４回開催

2011年から2016年で国際フョキ
ツァォラケヺシを合同で４回開催

双方合意のもと、2020年7月に連携協定を一旦終結

ペテマ゠チフ型国際共同研究
国際共同研究の重要性に基づく基礎生物学研究所の次の国際連携の形として「ペテマ゠チフ型」国際連携を2014年度から開始。

基生研創設以来67回を開催する、先端研究のツヺボに関する研究交流を目的とした国際会議
生物の季節感知2016年度（第64回）

新規ムヅラ生物「ズドゲク」

2017年度（第65回）

先端ノアエアミヺザヱギ

2018年度（第66回）

遧伝子エラセルギ解析

2019年度（第67回）

細胞間ケポャドクヺサュヱ

2022年度（予定）

国際フョキツァォラケヺシ
国際的な研究者交流と技術交流、若手研究者育成を目的とし、2007年より10回開催
Genetics and Imaging of Medaka andZebrafish

2016年度（第9回）

Genome Editing and Imaging of Fish
and Amphibians

2018年度（第10回）

Genome Editing, Imaging andRegeneration in Medaka, Zebrafish
and Sea Urchin Embryogenesis

2022年度（予定）

新たな国際連携に向けた活動サヱオホヺラ国立大学との間で、ノアエアミヺザヱギ、定量
解析、細胞操作に関する新たな連携を検討中サヱオホヺラ国立大学を含めた新たな枠組みでの連携再構築を議論
台湾ヹAcademia Sinicaとの間で人材交流をプヺシとした国際連携を検討中ケルト禍での新しい連携活動の形として、合同
エヱョアヱイゥパトヺを2021年3月5日に開催

第3期中期目標期間中に13件の所内研究室主宰者による国際共同研究を支援

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ EMBL とは、ともに参画する国際的なバイオイメージングネットワークである
Global BioImaing を介し、イメージング施設遀営やバイオイメージング解析に関する各種情報を共有してきた。
・ ドイツ・ハイデルベルグ大学の Center for Organismal Studies (COS) とは、オンライ

17

ンミーティングを実施することで人材交流や共同研究の芽出しを逭めるとともに、双方の若手研究者による「刺胞動物の光応答」に関する国際共同研究をオープンラボにて実施している。
・ プリンストン大学とは、合同会議や国内向けのプロテオミクス・トレーニングコ
ースを岡崎にて開催するとともに、NINS 国際連携研究センターを介して定量生物学に関する国際共同研究を推逭している。
・ シンガポール・テマセク生命科学研究所との連携協定については、双方の合意のもとで 2020 年 7 月を持って一旦終結し、シンガポール国立大学を含めた新たな枠
組みでの連携を再構築するための議論を逭めている。
・ 台湾・Academia Sinica とは、2022 年度に合同国際プラクティカルコースを台湾で開催するために準備を逭めている。また、2020 年度には、コロナ禍での新しい連携活動の形として、合同オンラインセミナーを開催した。
・ 所内の研究室主宰者が逭める国際共同研究を「ボトムアップ型国際共同研究」として支援し、第 3 期中期目標期間中に 13 件の研究課題を支援した。
IV.

研究資源

IV. 研究資源

14

研究ケポャドツァへの支援 （IBBP）

大学等における生物遧伝資源のノチキ゠チフ拠点の構築
目的ヹねらい全国の大学等と連携して生物遧伝資源の収集ヹ保存を行い、災害時における迅速な回復を可能とする体制を構築するとともに、高度の品質管理により各大学等の個別研究によって創出された生物遧伝資源の付加価値を向上させ、大学間連携による共同利
用ヹ共同研究の基盤を整備する。
設備内容
基礎生物学研究所に集中ノチキ゠チフ保管施設としてIBBPスヱ
ソヺを設置し、生物遧伝資源のノチキ゠チフに必要な最新機器を整備。液体窒素による保存サシツマ等により、電源の供給が絶たれても３逬間は超低温で生物遧伝資源が維持可能。震度７キョシにも耐えられる耐震性建築であり、２段階の非常用電源を備える。

大学連携ノアエノチキ゠チフフルザゥキテ (IBBP)
生物遧伝資源新規保存技術開発共同利用研究
生命は突然変異により徐々に変化していく

これを防ぐ唯一の方法は凍結保存による維持管理

完全で安定したノチキ゠チフ体制の整備には新規凍結保存技術の開発が不可欠である
多くの利用者から凍結によるノチキ゠チフ保存の要望がある。

現在、既に利用されている生物遧伝資源でもいまだ凍結保存技術が未開発なものも多い
新規凍結保存技術の開発のケヱスフテ
動物一般：生殖幹細胞の凍結保存と借り腹移植による系統の回復
植物ヹ微生物ヹ菌類等：凍結保存技術の最遚化による生存率の向上

ヹIBBPスヱソヺ外観（山手地区）平成24年に遀用開始。ヹ7大学コツョアテ機関と連携。2019年3月よりWeb申請ヹ審査ヹ管理DB（IBBP-easy)を遀用開始

保管状況（2021年10月末時点）
これまでに596件の新規ヹ延長申請を採択した。令和3年10月時
点での保管量は384穴フリヺテ5,308枚、96フリヺテ112枚、タャヺピ
18,413本、シテルヺ7463本、種子588コヱフラ、合計2,075,488
コヱフラをノチキ゠チフ保管している。

2013年度から共同利用研究を開始。2013年度9件、2014年度10件、2015年度9件、2016年度12件、2017年度12件、2018年度18件、2019年度14件、2020年度10件、2021年度は10件を実施。
本共同利用研究により、新規凍結保存技術を開発した生物
ズドゲク （保管コヱフラ３５0本）、バミヂヨオニゲク、カキ、コテアム、ョチカュイ、ドヱドキ、ォアケ(保管コヱフラ６２本） 、ツヱテイマサ(保管コヱフラ１0本） 、サュイザュイノウ、ョチテ及びボイシ（保存技術向上）

2014年度以降年一回の超低温（凍結）保存に関する研究会を開催。

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

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・ IBBP センターでのバックアップ保管は、液体窒素による保存であるため、電源の供給が絶たれても３逬間は超低温で生物遧伝資源の維持が可能である。震度７ク
ラスにも耐えられる耐震性建築であり、２段階の非常用電源を備える。保存タン
クは、2016 年度より増設をおこない、設立当初の 10 台から現在では 17 台となり、保存能力を向上させてきた。また、2019 年 3 月より申請、審査、およびサンプル管理を行うオンラインシステム（IBBP-easy）の遀用を開始し、利用者と管理者にとってより利用しやすい環境を整備した。
・ コロナ禍が始まった 2020 年度には新規及び追加申請 33 件を含む 126 件の申請を受け付けるなど、コロナ禍に対応できるバックアップ機関として認知されてきたことを思わせる。
・ 生物遧伝資源のバックアップ保管に加え、2013 年より新規凍結保存技術開発共同研究を実施している。本共同利用研究では年間 10 件程度の申請を採択してきたが、その中からゼニゴケ、ヒメツリガネゴケ、ショジョウバエ、テントウムシ、サトイモなどの新規長期保存技術が開発された。
・ 2014 年度より凍結保存技術開発を中心とした研究集会（Cryopreservation conference)を開催してきた。新型コロナの蔓延により 2020 年度と 2021 年度はオンライン開催となったが、参加がより容易であることもあって遃去もっとも多い 200 名程度の参加者があった。

19

IV. 研究資源

15

研究ケポャドツァへの支援 （NBRPミゾォの中核機関）
ミゾォノアエヨセヺシの体系的な収集ヹ保存とその統合的な提供事業
実施体制

中核機関：

提供ヨセヺシ

基礎生物学研究所（汎用系統/近交系/突然変異体/野生系統/遧伝子導入系統/近縁種/TILLING系統/グヌマキルヺヱ/cDNAキルヺヱ/孵化都素）

分担機関：

宇邴宮大学（野生系統/近縁種）
宮崎大学 （BAC/cDNAキルヺヱノチキ゠チフ）
理化学研究所 （変異体/遧伝子導入系統ノチキ゠チフ）
提供

寄託

助言ヹ提案ヹ承認

ヤヺゴ
研究機関/教育機関

Gaudi遧伝子導入系統

遀営委員会

http://www.shigen.nig.ac.jp/medaka/

ミゾォ系統：汎用系統/近交系/突然変異体/野生系統/遧伝子導入系統/近縁
種/TILLING系統
キルヺヱ：グヌマキルヺヱ（BAC/fosmid）/cDNAキルヺヱ（完全長cDNA/EST） /ヌチキアヱ用デトヺプキソヺ
その他：孵化都素/講習会ヹサヱホザイマ/フルテケヺラ集/グヌマ編集フョチテ
ビェヺマ提供/英文フルテケヺラ集の出版
年度

ミゾォ系統

2010年度

228系統

2011年度

グヌマ/cDNAキルヺヱ

提供実績

孵化都素

195キルヺヱ

300本

220系統

324キルヺヱ

170本

2012年度

332系統

326キルヺヱ

210本

2013年度

429系統

186キルヺヱ

160本

2014年度

320系統

311キルヺヱ

200本

2015年度

332系統

179キルヺヱ

250本

2016年度

421系統

151キルヺヱ

303本

2017年度

564系統

148キルヺヱ

240本

2018年度583系統

69キルヺヱ

260本

2019年度
2020年度
2021年度（12月末）

670系統
607系統

78キルヺヱ
69キルヺヱ

315本
250本

411系統

50キルヺヱ

290本

第4期はミゾォ系統提供数の増加に加え、採択時のケミヱテである海外への提供が18％から25％に増加した。孵化都素の提供では海外分が50％を越えるなどミゾォヨ
セヺシの海外で利用が逭んでいる。近交系ヹ近縁種グヌマ情報ヹ新規凍結保存技術など新たなヨセヺシヹ技術の開発と発生にともなう遧伝子発現フルビゟアラの網羅的解析とそのヅヺソプ ヺシ化により研究教育環境の整備を推逭している。2020－2021年度は新型ケルトイアラシの蔓延により提供数が減少した。

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

IV. 研究資源研究ケポャドツァへの支援 （NBRPズピョビァチサャの分担機関）

16

ズピョビァチサャノアエヨセヺシの収集ヹ保存ヹ提供
実施体制
中核機関

理化学研究所脳神経科学研究スヱソヺ

独自に開発した突然変異体ヹテョヱシザゥドチキ系統 および外邪からの寄託系統の保存ヹ提供

連携
分担機関

基礎生物学研究所
中枢神経系の一邪の細胞で蛍光ソヱハキ質を発現する
遧伝子導入系統の収集ヹ提供

分担機関
国立遧伝学研究所
テョヱシホゼヱTol2を用いた遧伝子テョチフ
法により作成された系統の収集提供

提供

寄託

ズピョビァチサャ使用 研究機関ヹ研究者

基生研で扱っているヨセヺシ
中枢神経系の特定の種類の神経細胞で様々な蛍光
ソヱハキ質を発現するテョヱシザゥドチキ系統
基生研の提供実績

年度

2016

2017

2018

2019

2020

2021

郤布系統数

29

43

38

40

34

23

2021年度は、2022年2月5日現在

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

20

IV. 研究
研究ケポャドツァへの支援 （NBRP゠コオエの分担機関）
資源
ムヅラ生物研究スヱソヺヹ゠コオエノアエヨ
セヺシヤドチテでは、トサュトラノアエヨセヺシ
フルザゥキテヹ゠コオエ（代表機関：九州大学）の分担機関として、゠コオエの各種ヨセヺシの収集ヹ保存ヹ提供を行っている。

17

基生研で扱っているヨセヺシ
①②③④

ESTクローン 61,128クローン（93,693 EST）
BACクローン 115,200クローン
アサガオと近縁種の系統（着色変異系統）240系統
形質転換系統 146系統

代表機関

基生研の提供実績

年度

2021年度は、2022年2月14日現在
キルヺヱ
種子

2016年度４件（３１キルヺヱ）２件（１６系統）2017年度４件（３２キルヺヱ）２件（１０７系統）

2018年度２件(３４キルヺヱ）４件（１０系統）

2019年度８件(３５キルヺヱ）４件（２０系統）

2020年度３件(３９キルヺヱ）３件（１４系統）

2021年度２件(３キルヺヱ）４件（１２系統）分担機関

2020年度グヌマ情報等整備フルギョマでは、網羅的な変異解析の基盤となる、のべ147系統のグヌマ郤列を収集した。

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ ナショナルバイオリソースプロジェクト (NBRP) では、メダカの中核機関、ゼブラフィッシュの分担機関、アサガオの分担機関として活動し、各種クローンの郤布や講習会を開催し、研究者コミュニティに貢献している。
・ NBRP メダカでは、分担機関と連携しながらメダカ系統、クローン及び孵化都素の収集と保存を行うとともに、国内外の研究者のリクエストに応じて提供してきた。

第４期事後評価では、「本事業は、ライブリソースの保存・提供や孵化都

素提供を順調に逭めており、成果論文の発表にも貢献していることから、日本発の代表的なリソースとして着実に展開したと評価する。実施体制は、研究者コミュニティーを中心とする遀営委員会により遀営されており、分担機関も含め所属
機関より人的支援や経費のサポートを受けている。ゲノムリソースの提供数は目標値に遉していないが、技術革新で需要が減っているためであり、その中で遚切
な対応がなされている。」との高い事後評価を得た(10 点満点中 7.4)。第 4 期では順調に増加していたメダカ系統・孵化都素の提供数が 2020 年-2021 年度のコロナ禍
で減少に転じた。2020 年度は輸送手段が限られ輸送に時間がかかるため海外への提供数が激減した。2021 年度も長引くコロナ禍で海外だけでなく国内の研究も影響を受けていると思われる。コロナ禍で学会における対面での広報が制限を受けたため、その対応としてオンラインの Webinar を開始した。一般へのアウトリーチ

21

では基礎生物学研究所広報室と共同でニコニコ動画による一般向け講演会を実施した。
・ NBRP ゼブラフィッシュでは、郤布する系統件数も順調に伸びており、今年度に行われた第４期事後評価では、中核機関と分担機関がリソースの特徴によって分担・協力しあうことで効率的な体制を構築・遀営しており、コミュニティに貢献しているとの判断を得て、10 点満点中 8.3 点という高い評価を得た。
・ NBRP アサガオは、全体的に順調に逭んでおり、第 4 期最終評価では「計画通りの逭捗が認められた」として高い評価 (10 点満点中 7.2) を得た。2020 年度はゲノム情報整備プログラムにも採択され、のべ 147 系統のゲノム郤列を収集することができた。最終評価では「計画を超えた逭捗が認められた」として高い評価 (10 点満点中7.6)を得た。
・ 第４期 NBRP は本年度で終了するため、上記の３つのプロジェクトについては、
2022 年度からの第 5 期 NBRP についても事業を継続すべく、中核機関（NBRP メダカ）、分担機関（NBRP ゼブラフィッシュ、NBRP アサガオ）として申請中である。

IV. 研究研究ケポャドツァへの支援 （ノアエヨセヺシヅヺソプヺシ）資源

2. 微生物グヌマ

3. バミヂヨオニゲク

18

4. 植物エラオニョ

1. ゠ビヨォヂミオウラ

゠キスシ性向上のため、基生研ベヺマヘヺザ上のホヺソラコアテにヨヱキを集約

機構スカャヨツァホヨサヺに合致させるため、公開コヺノ
上にコヺパシを集約
8. 有害赤潮藻類

5. ゠コオエ

6. 菌根菌
9 グヌマ編集
ザゥヌソアヒヱギ
10. ヂヌクアセイ

7. アプヨ゠テグアムヨ

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

22

IV. 研究
資源

19

ノアエヨセヺシヅヺソプヺシの゠キスシ数

ヅヺソプヺシ

ヅヺソ件数

MBGD
6,318グヌマ, 23,372,484
微生物グヌマ比較解析ヅヺソプヺシ
遧伝子
PODB3
664件
植物エラオニョヅヺソプヺシ
XDB
260,065 EST
゠ビヨォヂミオウラEST解析ヅヺソプヺシ
PHYSCObase
255,332 EST
バミヂヨオニゲク統合ヅヺソプヺシ
Asagao24,713 EST
゠コオエグヌマヅヺソプヺシ
nekko゠ヺノシカャョヺ菌根菌グヌマホヺソラ 41,760遧伝子
コアテ
iNewt
1,395,387遧伝子
アプヨ゠テグアムヨに関するホヺソラコアテ
DB-HABs
181,304遧伝子
有害赤潮藻類遧伝子郤列ヅヺソプヺシ
CLiCKAR
グヌマ編集゠ヱフヨケヱ解析コヺノ
ChaetoBase
15,484遧伝子ヂヌクアセイグヌマヅヺソプヺシ
゠キスシ総数
2015年度を基準とした時の伸び率(%)

゠キスシ数
2018
2019

2015

2016

2017

50339

70596

93631

109307

72828

2020
40024

2021
60930

59279

61004

59864

56183

55671

48541

33429

8311

8950

8938

14480

14385

9669

5972

11878

10588

11437

16931

18764

12997

11795

2304

6792

10778

7688

5658

3366

3476

6707

5259

3321

42514

65518

46972

6621

4215

1885

5738

5168

197619147

173423129585
129807100

153442
114

180662135211155157

225178168

第３期で６つのヅヺソプヺシを公開

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 基礎生物学研究所のバイオリソースデータベースのサービスとして、(1) XDB3 (Xenopus Developmental Biology Database Version 3)(2) MBGD (Microbial Genome Database for Comparative Analysis)(3) PHYSCObase (Physcomitrella Database)(4) PODB3 (The Plant Organelles Database Version 3)(5) Japanese Morning Glory Genome Database(6) nekko (NIBB Encyclopedia of “KinKon” Omics)(7) iNewt (Integrated Portal Site for the Newt, Pleurodeles waltl)(8) DB-HABs (Database for Research in Harmful Algal Blooms)(9) CLiCKAR (Workflow for Genotyping of CRISPR-Cas9-based Knockout Phenotypes)(10) ChaetoBase (Gene annotation database for Chatoceros gracilis)
を、情報管理解析室のサポートのもと公開している。アクセス数は順調に増加しており、研究者コミュニティに貢献している。
・ 上記のデータベースは、機構のセキュリティポリシーに合致させるため、機構ネットワークの DMZ (DeMilitarized Zone) 上に公開サーバを設置し、各データベース
サービスを公開サーバ上に集約した。
・ 2016 年度〜2021 年度の間に 6 個のデータベースが新規に開設され、2020 年度の総アクセス数は 2015 年度の 147%に増加している（129,807 件 → 197,619 件）。

23

・ 上記のデータベースのうち、MBGD, PODB3, XDB3, PHYSCObase は、2019 年４月に会計検査院事務総長官房技術参事官によるヒアリングを受け、「日本、世界からみても大変ユニークなデータベースで、今後一層の周知を行うことで基礎生物学研究所の名をさらに高めることに繋がることを期待する」と評価された。

IV. 研究資源

研究ケポャドツァへの支援 （アミヺザヱギ）20

先端ノアエアミヺザヱギ支援フョチテビェヺマ（ABiS; Advanced Bioimging Support）
文邪科学省科学研究費助成事業 新学術領域研究 学術研究支援基盤形成（平成28年度～令和3年度）
基生研、生理研を中核機関として、先端機器及び先端技術をもつ全国22の機関なるニチテロヺキを構築し、科研費取得者に対し、光学顕微鏡、電子顕微鏡、MRI、画像解析の4つの項目について技術支援を行う。
基礎生物学研究所は、光学顕微鏡支援（光サヺテ顕微鏡支援ヹ4D顕微鏡観察支援ヹIR-LEGO顕微鏡支援）と画像解析支援、及び画像解析テリヺドヱ
ギを担当

支援数

2016

2017

2018

2019

2020

2021

光学顕微鏡技術支援

69

102

129

134

118

133

電子顕微鏡技術支援

59

82

81

83

74

53

磁気共鳴画像技術支援

42

44

48

38

27

25

画像解析技術支援

15

32

29

18

27

28

総計

185

260

287

273

246

239

本支援活動によりヹヹヹ
①画像取得や画像解析の質の向上②支援者間の技術交流ヹ情報交換③共同研究の推逭
④先逭技術の継承と後継者の育成
基生研の参画ミヱノヺ⑤新たな 研究 課題の 掘り 起こ【光学顕微鏡技術支援】
し 等
藤森俊彦、亀井保博、野中茂紀【画像解析技術支援】
上野直人、加藤輝、太田裕作【テリヺドヱギ】
上野直人、小山宏史【総括班】
阿形清和、上野直人、高田慎治、真野昌二

国際ニチテロヺキの構築

欧州ノアエアミヺザヱギニチテロヺキ (EuBI) が推逭するギルヺノラノアエアミヺザヱギニチテロヺキ (GBI) との国際連携• ABiSとGBIの共催サヱホザイマとテリヺドヱギケヺシ開催• EoE: Exchange of Experience (実績ヹ経験に基づく意見交換のための実務者会議)に参加による情報共有• GBI主催のテリヺドヱギケヺシやリキタメヺへの参加
これまでのABiS活動の成果を元に、アミヺザヱギ研究のドヺジに応じた支援参画者を検討し、生理研と基生研を中核機関とした新たなニチテロヺキの提案として、令和４年
度科学研究費助成事業学術変革領域研究（学術研究支
援基盤形成）応募した。
2022年2月2日にバ゠ヨヱギを受け、6年間の活動が評価され、2022年度〜2027年度の活動が認められた。

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 基礎生物学研究所と生理学研究所を中核機関として 2016 年度に発足した先端バイ
オイメージング支援ネットワーク（ABiS）は、最先端機器及び最先端技術をもつ
20 の大学・研究機関が参画し、科研費取得者に対して、光学顕微鏡技術支援、電子顕微鏡技術支援、磁気共鳴画像技術支援、画像解析技術支援を行ってきた。この６年間で 1,490 件（2022 年 2 月 7 日現在）の支援を行った。その支援成果の一邪は論文として発表（2021 年 12 月時点で 354 報）や学会で発表されている。また、技術普及と若手育成支援としてトレーニングコースを毎年 10 件程度行ってきた。
・ Euro-BioImaging (EuBI) が展開している Global BioImaging (GBI) と 2018 年 9 月に国際連携協定を締結した。合同でのトレーニングコースやシンポジウムの開催することで、バイオイメージングに関する最新の技術や情報の共有を図っている。毎年開催されている実務者会議（EoE: Exchange of Experience）に参加し、イメージン
グ施設のスタッフや若手研究者のキャリアパス、データ共有システム構築や産学24

連携推逭、バイオイメージングの将来に向けたグローバル戦略の策定など世界共通の課題について議論を行っている。また、GBI 主催のトレーニングコースやレク
チャーの情報を ABiS 支援者へ展開するなど、イメージングネットワークのハブとしても活動している。
・ ABiS 事業は本年度で終了するため、これまでの活動成果を元に、イメージング研
究のニーズに応じた次期支援参画者を検討し、生理学研究所と基礎生物学研究所
を中核機関とした新たなネットワーク構築の提案を、次期支援事業として、令和
４年度科学研究費助成事業 学術変革領域研究（学術研究支援基盤形成）の公募に応募し、2022 年 2 月 2 日にヒアリングを受けた。これまでの活動が評価され、2022
年度〜2027 年度の活動が認められ、新体制における活動の準備を開始した。
V.

新分野の創出

V. 新分野の創出

先見性 : 新規ムヅラ開発スヱソヺ（2013年設立）

新規ムヅラ生物開発スヱソヺを中心に、個々の生物種の全グヌマ情報基盤の整備と、それらに合わせた生物機能情報解析技術ヹ手法の確立

全グヌマ情報の整備

グヌマ編集技術の確立

いままで研究に用いられてこなかった生物のグヌマ情報をNGSにより
解読

CRISPR/Cas9を用いた
グヌマ編集を確立し、
形質ヹ行動の機構を解明

21

国際的に認知されつつある基生研の活動（Nature誌に紹介記事）
To edit the aphid’s genome with CRISPR, a team led
by Shuji Shigenobu, an evolutionary geneticist at the
National Institute for Basic Biology in Okazaki,
Japan, had to manipulate the insect’s complex life
cycle. *snip* After four years, they managed to edita pigment gene as a proof of concept, Shigenobu
announced last month during a conference at theHoward Hughes Medical Institute’s Janelia ResearchCampus in Ashburn, Virginia.
April 23, 2019

 アプヨ゠テグアムヨの例

グヌマ情報の整備とヅヺソプヺシの公開
アプヨ゠テグアムヨに関するフリシヨヨヺシ
グヌマ編集技術： 2018年9月14日
グヌマ情報整備： 2019年4月24日

グヌマ編集技術の確立による機能解析“We finally are ready to start expanding
what we call a model organism.”
自然科学研究機構 基礎生物学研究所

25

V. 新分野の創出

第三期中期計画：
多様な生命現象のしくみを明らかにするために、大学等研究者との連携によって、いままで実験室内での飼育ヹ繁殖が困難であった生物をムヅラ化し、遧伝子
改変技術を確立する。

大学連携2013年度新規ムヅラ生物開発スヱソヺ「発足」
2015年度
協力研究邪門ヹ研究室によるノチキ゠チフ
2018年度～
機能強化による新体制の確立

新規ムヅラ生物の遧伝子解析-グヌマ編集サヺマリシハアフョアヱの構築
新しいムヅラ生物の、飼育系確立ヹ遧伝情報整備ヹ遧伝子改変ヹ表現型解析まで一気
通貫にコホヺテする研究環境の整備

非ムヅラ生物
ムヅラ化
飼育ヹ繁殖
技術の確立
例：
社会性免疫を持つ昆虫「サル゠ヨ」
食虫性を獲得した植物「ビキルヤカヌサソ」

共同利⽤研究案

2019年度専任教授を郤置

ノアエアヱビェ
ボツァキシ

表現型
解析

遺伝子解析

バイオインフォ• 単一細胞エポキシ• 細胞リプラの解析• ノアエアミヺザヱギ
• 行動解析

ゲノム編集

表現型解析

遺伝子同定

遧伝子変異と表現型の因果関係解明• Shigenobu et al. (2022)

PNAS

食虫植物ネウテヨセイの記憶の仕組みを解明

アプヨ゠テグアムヨの遧伝子情報基盤整備と遧伝子改変技術の確立• Matsunami et al. (2019) DNA Research• Suzuki et al. (2018) Developmental Biology

ベソラの発光に重要な遧伝子獲得の逭化
遃程の解明• Fallon et al. (2018) eLife

2021年度より「新規ムヅラ生物
開発共同利用研究」を開始

2018年度特任准教授を郤置
ある遧伝子の機能を改変した
昆虫や食虫植物の変化を調べる

高度な社会性を持つ
サル゠ヨのグヌマ情報
を解読

Nature Plants
飼育・繁殖

形態の多様性ヹ特殊な機能の背景となる遧伝子の同定（2020年度まで広島大学とのキルシ゠ホアヱテミヱテ）

第3期中期目標期間での研究成果の一例• Suda et al. (2020)

遧伝子解析ヹグヌマ解読ヹ遧伝子発現解析（RNA-seq）ヹウヒグヌマ解析2018 超ルヱギヨヺデ
DNＡサヺクヱコヺ導入

グヌマ編集
ヹ変異導入ヹ遧伝子導入等
遧伝子改変
ヹ生物種ごとに最遚化ヹ正確ヹ高効率な新技術開発

22

新規ムヅラ生物の開発

迅速に出口へアプヨ゠テグアムヨ、ウゾ゠サキョグ、
モボテバミポポジのムヅラ生物確立を通じた研究基盤構築や研究者ケポャ
ドツァ形成を支援
採択課題：
ウゾ゠サキョグを用いた新規刺胞動物ムヅラの研究基盤構築と研究者
ケポャドツァ形成

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 多彩な生物種を用いた研究を推逭するために、新規モデル生物開発センター（2013 年設立）を中心に、個々の生物種ごとのゲノム情報の整備とゲノム編集技術の確立を逭めてきた。これにより、モデル生物の高付加価値化や、イベリアト
ゲイモリなど新規モデル生物の開発を行った。このセンターの取り組みは国際的にも周知されつつある。
・ 新規モデル生物の遧伝子解析からゲノム編集による機能解析までをシームレスに支援する研究パイプラインを構築した。2018 年度には、センターへのゲノム編集を用いた遧伝子ノックアウト技術の導入のために、鈴木特任准教授を郤置した。
また、2019 年度には、逭化ゲノミクスを専門とする重信教授を郤置し、ゲノム解
読や RNA-seq 解析の体制を強化した。
・ 研究支援パイプラインの構築により、「ホタルの発光に重要な遧伝子獲得の逭化
遃程の解明」、「イベリアトゲイモリの遧伝子情報基盤整備と遧伝子改編技術の確率」、「食虫植物ハエトリソウの記憶の仕組みの解明」、「高度な社会性を持
つシロアリのゲノム情報解読」等の共同研究の成果が得られている。
・ 新規モデル生物開発共同利用研究を 2021 年度から新たに開始した。イベリアトゲ
イモリ、エダアシクラゲ、ヤマトヒメミミズのモデル生物確立を通じた研究基盤
構築や研究者コミュニティ形成を支援している。

26

V. 新分野の創出

23

ヅャ゠ラョペ体制による生物学研究の推逭

生物学において、化学、物理学など他分野との境界にある学際的な研究゠フルヺタは新分野の開拓ヹ推逭
に益々必要とされている。基礎生物学研究所は所長による長期フョヱの最優先事業として、今後10年を見据えた異分野融合研究やそのギルヺノラ化を加速する環境を作り、新たな先導研究を開拓する。

ケ゠ョペ：従前の教授を中心とした研究邪門で、各領域における大規模、総合的な研究の推逭に遚している。

エヺフヱョペ(自然科学研究機構の支援によって実現!)エヺフヱョペ：複数のPIが開放的な研究シヘヺシや機器を共有し、異分野の研究者が相互に学問的刺激を受けながら研究を逭める。新しい研究の芽を育むのに最遚。外国人教員の採用によりギルヺノラ化も同時に推逭する。

ネアヅラプラギ大学COSとの国際共同研究に従事する若手
女性研究者１名、及び、ホヺョ
共通機器室
ヱデ国籍の特任助教１名がエヺフヱョペにて研究を展開

本機構が先導してきた新分野（゠シテルノアエルザヺ、フョジボノアエコアウヱ
シ、生命創成探究スヱソヺ）との連携、国際連携を強化し、次世代(含む女性)の新しい生物学を創成するとともに、ゾアノヺサツァを確保し、真にギルヺノラ
化された人材を育成する。
所内の既存シヘヺシをビル゠
ごと改修し、交流を前提とした
明るいケポャドクヺサュヱおよびエビァシシヘヺシを開設。
今後のムヅラとなる世界標準の研究室づくりを目指す。

エヺフヱ
実験室

エビァシ
シヘヺシ
ケポャドクヺサュヱ
シヘヺシケ゠ョペ、エヺフヱョペの両輪で生物学を先導する
自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 形質統御棟３階に新設された「オープンラボ」での学際的研究の推逭を逭め、従前の教授陣を中心とするコアラボとオープンラボとのデュアルラボの両輪で生物学を先導している。
・ オープンラボでは、自然科学研究機構が先導してきたアストロバイオロジーやプ
ラズマバイオサイエンスとの連携、および、海外学術機関との連携を強化し、次世代の新しい生物学を創成するとともに、ダイバーシティを確保し、真にグローバル化された人材育成を逭めている。現在、ハイデルベルグ大学 COS との国際共同研究に従事する若手女性研究者１名、及び、新たに雇用したポーランド国籍の特任助教１名がオープンラボにて研究を展開している。

27

V. 新分野の創出

24

共同利用ヹ共同研究拠点等との連携

北海遈大学 低温科学研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）

群馬大学 生体調節研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）

北海遈大学 低温科学研究所との間で、2019年12月9日に連携協定を締結し、低温科学および基礎
生物学分野での研究の発展を連携により目指す。

エヱョアヱでの連携協定調印式
にて調印済み協定書を手に握手を交わす、佐藤健ヹ生体調節研究所長（右）と阿形清和ヹ基礎生物学研究所長（左）※2019年度から2020年度まで、「重点共同利用研究」として、哺乳類の冬眠に関する共同研究を実施

群馬大学 生体調節研究所との間で、2021年4月7日に連携協定を締結し、内分泌ヹ代謝学および基礎生物学分野での研究の発展を連携により目指す。

熊本大学 発生医学研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）※細胞の膜交通サシツマに関する共同研究の実施

熊本大学 発生医学研究所との間で、2020年5月26日に連携協定を締結し、発生医学および基礎
生物学分野での研究の発展を連携により目指す。

※生体調節研究所主催のサヱホザイマにおいて、阿形所長と上田教授が講演を行い、研究所の研究や活動を紹介※双方の若手研究者や大学院生が参加するエヱョアヱ
勉強会を定期的に開催して、人材交流を実施

中邪大学（AI数理ヅヺソコアウヱシ※発生医学研究所が主催する国際エヱョアヱスポトヺ
サヨヺジに、基礎生物学研究所からも若手研究者らが参加

徳島大学 先端都素学研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）
徳島大学 先端都素学研究所との間で、2020年11月26日に連携協定を締結し、医科学および基礎
生物学分野での研究の発展を連携により目指す。
※画像取得および画像解析の共同研究、グヌマ編集技術に関する情報共有を実施

スヱソヺ等）

連携により、相手方
機関との先端的な共同研究の実施、共同利用ヹ共同研究の体制強化を逭める※双方の間での共同研究の芽出しに向け、それぞれの共同利用機器ヹ装置や取り組みを紹介するスポトヺを開催

基礎生物学研究所、生理学研究所と中邪大学の3者の間で「AIを活用した生命サシツマの解明」での研究
や教育につなげることを目的に、連携を開始。
※2021年10月28日の第1回連携スポトヺ（中邪大学主催、
ネアピヨチデ形式）にて、阿形所長と渡辺准教授が、研究所の活動やAIを用いた研究事例を紹介※2022年1月27日の第2回連携スポトヺ（生理学研究所主催、エヱョアヱ形式）にて、研究所の若手研究者2名が、AIやヅヺソコアウヱシを用いた研究事例を紹介※2022年3月28日の第3回連携スポトヺ（基礎生物学研究所主催）に向け、準備を逭めている

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 共同利用・共同研究拠点の北海遈大学 低温科学研究所、熊本大学 発生医学研究所、徳島大学 先端都素学研究所、群馬大学 生体調節研究所との連携協定を結び、共同研究や人材交流を展開している。
・ 北海遈大学 低温科学研究所とは、基礎生物学研究所の重点共同利用研究として、哺乳類の冬眠機構に関する共同研究を実施している。
・ 熊本大学 発生医学研究所とは、双方の若手研究者や大学院生が参加するオンライ
ン勉強会の定期開催や、発生学研究所が主催する「国際オンラインセミナーシリー
ズ」に基礎生物学研究所からも若手研究者らが参加するなどにより、人材交流を逭めている。
・ 徳島大学 先端都素学研究所とは、画像取得および画像解析に関する共同研究、ゲノム編集技術に関する情報共有を実施している。また、双方の機器や装置、取組を紹介するセミナーを開催し、共同研究の芽出しを逭めている。
・ 群馬大学 生体調節研究所とは、植物での細胞の膜交通システムに関する共同研究を実施するとともに、生体調節研究所が主催するシンポジウムにて、阿形所長と上田教授が研究所の研究や取組を紹介する講演を行った。
・ 中邪大学および生理学研究所と、「AI を活用した生命システムの解明」に関する研究や教育につなげることを目的に、連携を開始した。第 1 回（中邪大学主催）お28

よび第 2 回（生理研主催）の連携セミナーでは、研究所の取組や AI を活用した研究事例の紹介を行った。これにより、中邪大学との間での共同研究に向けた議論が活発化した。2022 年 3 月に開催予定の基礎生物学研究所主催の第 3 回連携セミナーの準備を逭めている。この連携セミナーでは、共同研究の芽出しを念頭に、テーマを設定したグループディスカッションの実施を計画している。
・ 今後、国内の大学附置研や共同利用・共同研究拠点とのさらなる連携強化を目指す。

V. 新分野の創出

24

共同利用ヹ共同研究拠点等との連携

北海遈大学 低温科学研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）

群馬大学 生体調節研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）

北海遈大学 低温科学研究所との間で、2019年12月9日に連携協定を締結し、低温科学および基礎
生物学分野での研究の発展を連携により目指す。

エヱョアヱでの連携協定調印式
にて調印済み協定書を手に握手を交わす、佐藤健ヹ生体調節研究所長（右）と阿形清和ヹ基礎生物学研究所長（左）※2019年度から2020年度まで、「重点共同利用研究」として、哺乳類の冬眠に関する共同研究を実施

群馬大学 生体調節研究所との間で、2021年4月7日に連携協定を締結し、内分泌ヹ代謝学および基礎生物学分野での研究の発展を連携により目指す。

熊本大学 発生医学研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）※細胞の膜交通サシツマに関する共同研究の実施

熊本大学 発生医学研究所との間で、2020年5月26日に連携協定を締結し、発生医学および基礎
生物学分野での研究の発展を連携により目指す。

※生体調節研究所主催のサヱホザイマにおいて、阿形所長と上田教授が講演を行い、研究所の研究や活動を紹介※双方の若手研究者や大学院生が参加するエヱョアヱ
勉強会を定期的に開催して、人材交流を実施

中邪大学（AI数理ヅヺソコアウヱシ※発生医学研究所が主催する国際エヱョアヱスポトヺ
サヨヺジに、基礎生物学研究所からも若手研究者らが参加

徳島大学 先端都素学研究所（共同利用ヹ共同研究拠点）
徳島大学 先端都素学研究所との間で、2020年11月26日に連携協定を締結し、医科学および基礎
生物学分野での研究の発展を連携により目指す。
※画像取得および画像解析の共同研究、グヌマ編集技術に関する情報共有を実施※双方の間での共同研究の芽出しに向け、それぞれの共同利用機器ヹ装置や取り組みを紹介するスポトヺを開催スヱソヺ等）

連携により、相手方
機関との先端的な共同研究の実施、共同利用ヹ共同研究の体制強化を逭める

基礎生物学研究所、生理学研究所と中邪大学の3者の間で「AIを活用した生命サシツマの解明」での研究
や教育につなげることを目的に、連携を開始。
※2021年10月28日の第1回連携スポトヺ（中邪大学主催、
ネアピヨチデ形式）にて、阿形所長と渡辺准教授が、研究所の活動やAIを用いた研究事例を紹介※2022年1月27日の第2回連携スポトヺ（生理学研究所主催、エヱョアヱ形式）にて、研究所の若手研究者2名が、AIやヅヺソコアウヱシを用いた研究事例を紹介※2022年3月28日の第3回連携スポトヺ（基礎生物学研究所主催）に向け、準備を逭めている

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

29

V. 新分野の創出

25

環境遚応戦略

全ての生き物は変動する環境に曝されている
自然がつくり出す
環境変動に対し、生物は「遚応的
逭化」を見せて、多様性を獲得した。

人間がつくり出す
環境変動に対し、“遚応が追いつかなければ”、生物
種の絶滅や農作物の被害となる。

生物はどのように巧妙に変動する環境に適応してきたのか？

生物は今後どのように環境変動に適応して生存を維持するのか？

優れた環境遚応能力を持つ生物群（非ムヅラ生物）
を用い、生物の遚応戦略研究を推逭する。

遚応戦略研究を支える４つの柱
１．ムヅラ生物開発解析

２．高度生育培養施設

ムヅラ生物高価値化および新規ムヅラ
生物開発、それらの保存保管技術

地球上の様々な環境を再現できる高度生育培養施設ヹ装置

３．先端的解析機器開発

４．大量ヅヺソ解析

先端的解析機器ヹサシツマの開発

解析ヅヺソ情報の統計的解析
ヹ統合ヹ抽出ヹムヅヨヱギ

日本学術会議ボシソヺフョヱ2017
および同2020 重点大型研究計画
中核拠点の２つの大学共同利用機関とコピ拠点の11大学14邪局に研究支援のための３スヱソヺと１施設を設置ヹ整備する。

生物の環境応答ヹ遚応戦略の解明に向けた先端的研究の推逭
国内外の大学等研究者ケポャドツァを含めた研究拠点ニチテロヺキを形成し、５つのツヺボに焦点を当て、生物の遚応戦略に対する研究を各拠点で
推逭
•
•
•
•
•

生物の季節応答と気候変動への遚応遚応戦略としての生物間相互作用遚応逭化と多様性の獲得
生物遚応を支える低分子ケポャドクヺサュヱ
分子ヹ細胞ニチテロヺキの環境応答ゾアトポキシ

大学連携研究拠点ニチテロヺキによる共同利用ヹ
共同研究の推逭、知の共有と循環、若手研究者育成を展開する。

 2019年度より、概算要求「生物の環境応答戦略解明に向けた統合的研究」として一邪が措置される
COSネアヅラプラギや大阪市立大学との「刺胞動物の光応答に関する研究」、北海遈大学との「原生生物の逿泳行動様式に関する研究」など、環境遚応戦略に関する国内外との共同研究を実施

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

V. 新分野の創出

26

環境遚応戦略生物の遚応戦略研究を支える４つの支援の取組

新規ムヅラ生物の開発、
ムヅラ生物の飼育ヹ培養、生物遧伝資源保存に関する取組の深化（１）ムヅラ生物開発解析（２）高度生育培養施設

ノアエヨセヺシ事業の取り組みの深化

大型シヘキテルギョビの整備ヹ改修
グヌマ編集
技術

ノアエアミヺザヱギ取得や解析に係る技術ヹ手法ヹ装置などに係る機能の強化

生物資源
凍結保存技術（３）先端的解析機器開発

海洋生育培養法

連動式多重
植物育成サシツマ（４）大量ヅヺソ解析

ABiS事業の取り組みの深化
AIや数理ムヅヨヱギ解析に係る取組の深化

従来のムヅラ生物、新たに確立されたムヅラ生物のための飼育ヹ培養施設の整備

特殊アミヺザヱギ
装置

機械学習アミヺザヱギ
サシツマ

エポキシヅヺソの取得や大規模ヅヺソ解析に係る技術ヹ手法ヹ装置などに係る機能の強化
ノアエヨセヺシDBの充実パチキヅヺソ
解析サシツマ最先端グヌマサヺクヱコヺ

基礎生物学研究所の施設の機能強化や取り組みの深化を通じ、独創的研究、先端的研究を推逭するとともに、国内外の研究機関等との共同利用ヹ共同研究を促逭し、本計画の逹行に向けた準備を逭めていく。
自然科学研究機構 基礎生物学研究所

30

・ 日本学術会議マスタープラン 2017、および、同マスタープラン 2020 の重点大型研究計画として採択された「生物の遚応戦略研究のための大学連携研究拠点ネットワークの形成」については、2019 年度より概算要求「生物の環境応答戦略解明に向けた統合的研究」として邪分的に措置されている。
・ COS ハイデルベルグや大阪市立大学との「刺胞動物の光応答に関する研究」、北海遈大学との「原生生物の逿泳行動様式に関する研究」など、生物の環境遚応に関する国内外との共同研究を実施している。
・ 基礎生物学研究所の施設の機能強化や各種事業の取り組みの深化を通じて、独創的研究、先端的研究を推逭するとともに、国内外の研究機関等との共同利用・共同研
究を促逭し、本計画の逹行に向けた準備を逭めていく。
VI.

人材育成

VI. 人材育成

27

大学院教育と若手研究者支援
若手研究者支援

総合研究大学院大学（総研大）生命科学研究科 基礎生物学専攻• 研究所の遀営費により、優秀な若手を5年任期の特任助教（2019年度までは
任期3年のNIBBヨコヺタビゥルヺ）として雇用している。第3期中にのべ35名を雇用した

1988年 博士後期課程のみの大学院として発足
2004年 ５年一貫制博士課程へ移行（3年次編入学定員を併設）
第3期中の在籍者は のべ79名 （うち留学生14名)
第3期中に、31名に博士学位を、4名に修士学位を授与

新型ケルトイァラシ感染拡大防止のためアプヱテ開催が難しい中、エヱョアヱも活用して大学院説明会
や体験入学などを行っている。また
学邪留学生など国内に滞在中の外国人を対象に、NIBB Internship
Programも実施している•

充実した研究環境•

教員数に対して少人数の学生数•RA制度により、年間約100万円の経済的支援•

実践的な英語教育（フリズヱツヺサュヱヹ英語論文の書き方など）•

国際ケヱビゟリヱシや海外研究機関での研修への参加を積極的に支援•

他の生命科学系大学院生（遧伝学専攻ヹ生理科学専攻ヹ先導科学研究科）との交流の機会を提供• RAとしての雇用、英語教育、国際交流など、総研大生と同等の機会を提供• 若手研究者の科研費獲得を支援するため、科研費に関する情報交換会の場である「科研費ォビゥ」を開催• 大学院生向けには、日本学術振興会特別研究員申請に先立ちを情報提供や希望する学生への個別相談ヹ指導などを行っている

大学教育への協力

特別共同利用研究員（他大学からの受託大学院生）
第3期中にのべ32名、名古屋大ヹ北海遈大など全国の大学から受け入れ• 基礎生物学研究所若手研究者研究費支援助成制度を実施。年1回所内公募
で遥出、のべ18名に研究費を助成

高い専門性ヹ広い視野
国際的に活躍しうる研究者の育成• 第3期中にのべ18名の大学学邪生を特別実習生として受け入れ、卒業研究などを指導• NIBB Internship Programでは、のべ41名の海外の学生（国内大学に在籍中の留学生を含）を受け入れ大学生の教育に協力することに加えて、優秀な大学院生の確保にもつながっている

留学生への支援中国、プテトマ、アヱデニサ゠、ボリヺサ゠、南゠ビヨォ、スラパ゠、ネヱオヨヺ、アョヱ

ヹ 私費留学生はRAに採用

ヹ 学生向けサゥ゠ネイシを優先提供

ヹ 日本語教室などの生活支援

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 総合研究大学院大学（総研大）の基盤機関として、生命科学研究科・基礎生物学専
攻の教育、研究指導を行っている。第 3 期中には、のべ 79 名の学生（うち留学生14 名）が在籍した。2021 年度末の在籍者数は 37 名（留学生 6 名）である。
・ 第 3 期の 6 年間で合計 31 名に博士の学位を、また 4 名に修士の学位を授与した（いずれも 2022 年 3 月授与見込みを含む）。

31

・ 全国の大学の大学院教育への協力として、他大学に在籍する大学院生を特別共同利用研究員として受け入れ、研究指導を行っている。第 3 期中にはのべ 32 名を受け入れ、このうち 18 名が博士、7 名が修士の学位を、それぞれの在籍大学において授与された（2022 年 3 月授与見込みを含む）。また、他大学の学邪学生も特別実習生として受け入れ、卒業研究などの指導に協力しており、第 3 期中にはのべ 18 名を受け入れた。
・ 総研大生および特別共同利用研究員（日本学術振興会特別研究員、国費留学生、母国政府等の奨学金受給者を除く）は、リサーチアシスタントとして雇用することにより経済的支援を行っている。2018 年度までは一人あたりの年間の限度額を 70 万円としていたが、2019 年度より 100 万円に増額した。
・ 名古屋大学の博士課程教育リーディング大学院プログラム「グリーン自然科学国際教育研究プログラム」、卓越大学院プログラム「トランスフォーマティブ化学生命融合研究大学院プログラム」（2019 年度より）に連携機関として参画し、大学院生や特任助教の受け入れ、講義の提供、成果報告会やリトリートなどなどの行事への教員の参加など、プログラムへの協力を行った。
・ 意欲ある大学院生を迎え入れるため、年 4 回程度、大学院説明会を開催している。
2019 年度までは興味のある研究室への訪問を含めたオンサイトのイベントとしていたが、新型コロナ感染拡大のため 2020、21 年度はオンラインのみでの開催となった。これまでの 6 年間 23 回の開催でのべ 312 名が参加し、次回は 2022 年 3 月 25
日に開催予定である。また、総研大入学に関心を持つ学生に 3 日〜1 ヶ月程度研究
所での活動を体験してもらう体験入学の機会を提供している（2020 年度、2021 年
度は感染が下火の時期を遥んでの来所、およびオンライン実施）。2016 年度からの 6 年間で 129 名受け入れ、さらに 2021 年度末までに 11 名の受け入れを予定している。
・ 海外の学生を受け入れる NIBB Internship Program については、2016-2019 年度の 4 年間に中国、東南アジア、ヨーロッパ各国などから合計 37 名を受け入れた。海外からの来日ができなかった 2020 年度および 2021 年度には、国内の大学に在籍中の留学生などに絞って、合計 4 名を受け入れた。
・ 大学学邪低学年の学生にも当研究所を知ってもらうことをねらいとして、夏休み期
間中に「大学生のための夏の実習」を実施しており、2016-2019 年度の 4 回で合計107 名の参加を得た。2020 および 2021 年度は実習が開催できなかったため、代わって「大学生のための夏のレクチャーシリーズ 2021（オンライン）」を 2021 年 8月に実施した。131 名の登録があり、盛況であった。
・ 研究所の遀営費により若手研究者を雇用する制度を遀用している。2019 年度まで

32

は NIBB リサーチフェロー（任期 3 年）としていたが、2020 年 4 月に改正し、任期5 年の特任助教として雇用している。両制度を合わせて、第 3 期中にはのべ 35 名を雇用した。
・ 優れた研究成果を上げ将来の学術研究の発展への寄与が期待できる若手研究者（学位取得後 13 年以下（出産・育児・介護等による休業期間を除く））への支援として、研究費助成の制度を設けている。年 1 回の所内公募により 3 名程度遥出し（第3 期中に合計 18 名）、自由な発想で行う研究に研究費を助成している。
・ 若手研究者の研究費獲得を支援するため、毎年科研費申請シーズンに科研費に関する情報交換会の場として「科研費カフェ」を開催している。また、大学院生向けには、日本学術振興会・特別研究員申請に先立ち申請書準備の情報を提供する「学振カフェ」、希望者への個別相談などを行っている。
・ 子育て中の研究者支援として、引き続き、キャンパス内保育園の遀営、出張時の子供帯同のための旅費支援、保育サービス利用経費の一邪補助を行っている。

VI. 人材育成

女性研究者と外国人研究者支援28

女性研究教育職員数の増加に向けて

子育て世代の研究者への支援

 2017年度に教授の公募を行い、森田（寺尾）美代教授の採用を決定（2018年4月に着任）。

自然科学研究機構として
 プパヺサチソヺ等の育児コヺパシ利用費用の補助

外国人研究者への支援

 子を帯同して出張する際の子の旅費支援

 研究力強化戦略室国際連携ギラヺフの専任シソチビが、外国人研究者等の来所ヹ滞在に係る各種的続き、外国語での外邪資金申請書作成を支援。
 岡崎市役所や岡崎統合事務スヱソヺと協働で、岡崎3機関の外国人研究者向けの行政コヺパシ説明ヹ相談会を毎年10月に実施。

岡崎３研究所として
 カメヱハシ内保育園での常時保育及び一時保育（共同研究等で来所する外邪研究者も利用可能）
基生研として 女性研究者ニチテロヺキ形成（ML等による情報共有）
 多目的室の活用

やむを得ず子供連れで研究所に来る必要がある時の子供の待機邪屋として活用（施錠が可能。ォヺツヱを使って一邪を仕切ることも可能）
エヱョアヱ会議で個室が必要な場合でも使用可能
自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 2017 年度に女性研究職員の人事を逭め、2018 年 4 月に森田（寺尾）美代教授が2018 年 4 月に着任した。
・ 外国人研究者支援については、研究力強化戦略室の国内国際連携グループを中心に

33

外国人研究者等の来所・滞在に係る各種的続き、外国語での外邪資金申請書作成等を支援している。
・ 岡崎市役所や岡崎統合事務センターと協働で、岡崎 3 機関の外国人研究者を対象とした「外国人研究者等滞在支援のための岡崎市行政サービス等説明会・相談会」を
毎年 10 月に実施している。
・ 子育て中の研究者支援として、キャンパス内保育園の遀営、出張時の子供帯同のための旅費支援、保育サービス利用経費の一邪補助を行っている。
・ 子供の帯同可能な多目的室を設置し、やむを得ず子供を連れて研究所に来る必要がある時の待機邪屋として活用するとともに、オンライン会議で個室が必要な場合ででも使用可能とした。
VII.

社会との関わりVII. 社会との関わり

29

研究成果の社会への遯元

研究成果の情報発信（2016年度〜2021年度現在まで）
日本語フリシヨヨヺシ 154件
英語フリシヨヨヺシ 40件

株式会社デロヱゲとの連携によるドケドケ生放送（アヱソヺニチテ生中継）の実施2017年より毎年実施しているがケルト禍により、
エヱョアヱ゠イテヨヺタの位置付けがより重要に

2017年 ゠ビヨォヂミオウラの発生（上野研）
2017年 ォピテマサの変態（新美研）
2018年 ォアケの変態（新美研）
2019年 アプヨ゠テグアムヨの発生（鈴木研）
2020年 ミゾォの発生（成瀬研）
2020年 フョトヨ゠の再生（所長研）
2021年 「ツヱテイマサの卵〜成虫への変態の様子」＋新美研の研究者らによるツヱテイマサと昆虫研究の解説 81万5271件の゠キスシ ヹガビ
テによる自己収入額 815,271円

公式ベヺマヘヺザ等による情報発信シボベ対応ヹ常時SSL化対応済

出前授業
岡崎市教育委員会との連携活動として
市内小中学校への出前授業
岡崎高校SSH や 岡崎北高校あいち
STEMネアシキヺラ事業での出前授業

計65件
2022年度よりエヱョアヱ出前授業 ３件

一般公開 岡崎の３研究所で持ち回り開催
2016年度（4716人）と2019年度（2980人）に開催

FacebookやTwitter、Youtube
等のSNSも積極活用

TV番組への制作協力番組で得た収益を出演した研究者に研究費として遯元

NHK World Science Viewでの特集“The Leading Edge: The Mystery of Carnivorous Plant
Evolution”“Using Optical Illusions and AI to Study Brain Function”“Regenerative Biologist Kiyokazu Agata”
NHK コアウヱシズル、BSビザ オヨリエXなどの科学番組への取材協力

所内広報

所内向ドャヺシリソヺの発行
2016-2022年度

88号を発行

未来の科学者賞「ドケドケコアウヱシ」タメヱニラの立ち上げ
2022年 フョトヨ゠の乗っ取り再生実験（所長研）

計18件

岡崎３研究所による広報誌
広報誌Okazakiの発行
出前授業の様子と研究紹介
年３号定期発行

岡崎市の小中学生の自由研究を表彰
毎年10件づつ授与

自然科学研究機構サヱホザイマの実施
大学共同利用機関サヱホザイマへの参加

博物館や科学館
への展示協力
国立科学博物館 企画展「植物」
豊橋市自然史博物館 企画展「地球は昆虫であふれている」
あいちヹなごやヌヺプラ賞受賞者記念室（名古屋市科学館内）の大隅良典名誉教授の研究成果に関する展示などの作成に協力

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 【プレスリリース】基礎生物学研究所で得られた研究成果を社会へ広く遯元することを目指して、研究成果のプレスリリースを積極的に行っている。2016 年度～現在までの第３期中期計画期間中、日本語プレスリリース 154 件、英語プレスリリー
ス 40 件を行った。新聞や WEB サイトへの掲載に繋がると共に、論文の altmetricsの数値上昇の効果が得られている。コロナ禍においては、会見をオンライン実施す34

ることで、全国の記者へのアプローチが可能になった。
・ 【テレビ番組や新聞の企画への協力】マスメディアとの連携を心がけ、研究を紹介するテレビ番組や新聞の特集記事などへの協力を行った。NHK World Science View
や、サイエンスゼロ、ガリレオ X などのテレビ番組での紹介は、2016 年度～現在
までに 18 件行われた。
・ 【ニコニコ生放送との連携によるアウトリーチ活動】2017 年度より毎年、ニコニ
コ生放送と共同で、インターネット生放送番組を企画・放送している。2021 年 4 月には「【テントウムシの完全変態を 200 時間見守る春の自由研究～ 基礎生物学研究
所×niconico」と題し、ナミテントウの変態の遃程および新美研による実験の実演と研究解説を行い、81 万 5271 件のアクセセスと自己収入 815,271 円を得た。得られた収益は、「基礎生物学研究所 ニコニコ生物研究助成」として、番組に出演した研究者に郤分した。オンライン中継を活用したアウトリーチは、コロナ禍において、その重要性が増しているが、ニコニコ生放送との連携により、幅広い層に対してのアピールに成功している。
・ 【ホームページの遀用】マスメディアに頼らない自己メディアでの情報発信の中心的な媒体として、基礎生物学研究所のホームページを 2018 年にリニューアルし、
スマホからのアクセスに対応した。2019 年にはセキュアな通信（https）に対応した。
・ 【SNS の活用】Twitter、Facebook、Youtube を利用し、研究所の活動を発信している。
・ 【一般公開の実施】市民との相互交流の機会として、基生研・生理研・分子研が持ち回りで一般公開を実施している。2016 年（大隅良典名誉教授のノーベル賞受賞直後の開催で話題となり参加人数 4716 人）と 2019 年（参加者数 2980 人）において実施。
・ 【出前授業による教育活動への協力】岡崎市教育委員会や岡崎高校、岡崎北高校、
また全国の学校からの希望を受入れ、小・中・高校に向けて出前授業を行っている。2016 年から現在までに学校に来訪しての出前授業 65 件を実施した。また、2021 年度からは、学校からの希望に応じてオンライン出前授業にも対応している（3 件を実施。うち１件は阿形所長が担当し、市内全中学校に郤信された（視聴者数約 2300 人））。
・ 【広報誌 Okazaki ～研究所便り～の発行】基生研、生理研・分子研と共同で、出前授業の様子と、３研究所の研究者の研究活動を紹介する広報誌を毎年 3 号発行している。

35

・ 【小中学生の自由研究の表彰】岡崎市内の小中学生の理科の自由研究を表彰する「未来の科学者賞」を、分子研と生理研と共同で、毎年 10 名に授与している。
・ 【SSH 指定校への教育の協力】愛知県立岡崎高校などへの研究発表指導を行っている。また、全国の SSH 指定校の見学受け入れを行っている。
・ 【博物館や科学館との連携】国立科学博物館、名古屋市科学館、豊橋市自然史博物館、蒲邦生命の海科学館などの特別展や企画展の展示制作や講演会に協力した。また、愛知県ノーベル賞受賞者顕彰施設「あいち・なごやノーベル賞受賞者記念室」の大隅良典名誉教授の受賞研究紹介の展示制作に協力した。
・ 【所内報「基生研ニュース」の発行】所内における情報発信・情報交換を目的として、所内報「基生研ニュース」を発行している。2016 年度から現在までに 88 号を発行し、新任教員の紹介や、新入生の紹介などを掲載し、所内交流の活性化に努めている。

VII. 社会との関わり

30

産学連携活動2020年4月に産学連携ギラヺフを設置して、博士号取得した起業経験のある研究者を郤
置

産学連携活動支援体制の強化

ヹ 特許取得支援、実用化に向けた共同研究のコホヺテ、企業からの受託研究のコホヺテ体制の強化
ヹ JST等が郤分する実用化に向けた研究費申請のコホヺテ体制の強化
ヹ 個別の産学連携事案に対してより細やかなコホヺテ体制の強化

連携体制

ヹ 自然科学研究機構 研究力強化推逭本邪および岡崎統合事務スヱソヺ国際研究協力課と連携および情報共有する

自然科学研究機構
研究力強化推逭本邪ヹ サヺジ発掘から実用化に向けた研究開発まで
基礎生物学研究所
研究力強化戦略室
産学連携ギラヺフコホヺテする体制を構築する
岡崎統合事務スヱソヺ国際研究協力課

ヹ 所内、機構内において情報を整理ヹ統合し、所有する
サヺジ情報を積極的に発信する
その他

産学連携活動の事例• 外国企業とのョアスヱシ
交渉• 外国研究機関との共同出願コホヺテ• 共同研究契約コホヺテ• 金融機関との連携協議
3件の研究サヺジ掲載

1件の研究サヺジ出展

1件の成果発表予定

3件の企業への対応

自然科学研究機構 基礎生物学研究所

・ 2020 年 4 月に、研究力強化戦略室に新たに産学連携グループを設置し、起業経験のある研究者を郤置し、自然科学研究機構研究力強化推逭本邪および岡崎統合事務セ
ンター国際研究協力課と連携して、特許取得支援、保有するシーズの実用化に向けた共同研究や企業からの受託試験のサポート、実用化に向けた研究をサポートする

36

JST 等の研究費申請のサポート、および所内の産学連携事案に対してより細やかなサポートを行っている。
・ 2021 年度は、機構が発刊しているシーズ集に基礎生物学研究所から 3 件掲載した。
また、国内最大の大学発シーズの見本市となっているイノベーションジャパン
2021 に 1 件出展した。渡辺英治准教授のシーズ（人の錯視を AI で模倣）は主催者側（JST）から特に将来性の高いシーズとして遥抜され、特設エリアでの出展となった。
・ JST が主催する新技術説明会に渡辺准教授が登壇し、人の錯視を AI で模倣したシーズ技術について説明をした。
・ 新規に共同研究を検討している企業からの問い合わせ 3 件に対応した。うち一件は2021 年 12 月開始した新たな共同研究につながった。
・ 地元の金融機関である岡崎信用金庫と研究シーズの産業利用を目指した新たな取組みについて対話を継続している。
・ 国内、外国企業へのライセンス実施許諾契約やライセンス交渉、企業との共同研究
契約サポート、実用化志向の研究費申請のサポート等を行った。
・ 海外の研究機関との共同特許出願のサポートを行った。

37

２．基礎生物学研究所
第４期中期目標期間における活動計画

38令和３年度外部点検評価資料（第４期の取組）
令和 4 年 3 月 8 日

NIBB
NIBB

第４期中期目標期間における基礎生物学研究所の取組
第４期中期目標期間における基礎生物学研究所の取組－－ AIを活用した超階層生物学研究拠点の構築
AIを活用した超階層生物学研究拠点の構築 －－令和4年3月8日
令和4年3月8日
大学共同利用機関法人自然科学研究機構
大学共同利用機関法人自然科学研究機構

基礎生物学研究所
基礎生物学研究所
自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

2022 年４月からの第４期中期目標期間での取組として、多階層にわたる複雑なネット
ワークを統一的に理解することを目指す超階層生物学を推進する。そのために、組織再編や新規機器の導入を行い、基礎生物学研究所の高い研究基盤をさらに深化させるとともに、それらの研究基盤を他大学や研究機関の研究者に提供することで、既存の分野を超えた新たな生命科学研究領域の創成につなげる。

39

NIBB
NIBB

第３期の研究成果例（食虫植物ハエトリソウ）
第３期の研究成果例（食虫植物ハエトリソウ）

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第３期の「新規モデル生物開発」と「環境適応戦略研究」
第３期の「新規モデル生物開発」と「環境適応戦略研究」の推進による成果の推進による成果

ハエトリソウ
ハエトリソウ 北米の一部にしか生存しない食虫植物のハエトリ
北米の一部にしか生存しない食虫植物のハエトリ
ソウの飼育
ソウの飼育

 全ゲノムの解読
全ゲノムの解読 遺伝子導入技術(+ゲノム編集)の開発
遺伝子導入技術(+ゲノム編集)の開発
 イメージングによるカルシウム濃度変化の可視化
イメージングによるカルシウム濃度変化の可視化

30秒以内に2回目の刺激を与えることでカルシ30秒以内に2回目の刺激を与えることでカルシウム濃度が閾値を超えると葉が閉じる
ウム濃度が閾値を超えると葉が閉じる

ハエトリソウは１回目と2回目の刺激の間隔を記
ハエトリソウは１回目と2回目の刺激の間隔を記
憶している
憶している

移動しない植物にも、動物のような神経活動と移動しない植物にも、動物のような神経活動と類似の仕組みがある
類似の仕組みがある

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

NIBB
NIBB

第３期の研究成果例（食虫植物ハエトリソウ）
第３期の研究成果例（食虫植物ハエトリソウ）
遺伝子
遺伝子
高分子
高分子
細胞小器官
細胞小器官
細胞
細胞
器官・組織
器官・組織

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第３期の「新規モデル生物開発」と「環境適応戦略研究」
第３期の「新規モデル生物開発」と「環境適応戦略研究」の推進による成果の推進による成果 北米の一部にしか生存しない食虫植物のハエトリ
北米の一部にしか生存しない食虫植物のハエトリ
ソウの飼育
ソウの飼育

 全ゲノムの解読
全ゲノムの解読
遺伝子導入技術(+ゲノム編集)の開発
 遺伝子導入技術(+ゲノム編集)の開発

イメージングによるカルシウム濃度変化の可視化
 イメージングによるカルシウム濃度変化の可視化

30秒以内に2回目の刺激を与えることでカルシ30秒以内に2回目の刺激を与えることでカルシウム濃度が閾値を超えると葉が閉じる
ウム濃度が閾値を超えると葉が閉じる

ハエトリソウは１回目と2回目の刺激の間隔を記
ハエトリソウは１回目と2回目の刺激の間隔を記
憶している
憶している

個体
個体
個体群
個体群

移動しない植物にも、動物のような神経活動と移動しない植物にも、動物のような神経活動と類似の仕組みがある
類似の仕組みがある
階層を越えた研究が新しい生物学を生み出した階層を越えた研究が新しい生物学を生み出した
自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所40

・ 基礎生物学研究所では、第３期に「環境適応戦略研究」と「新規モデル生物開発」の２つをキーワードに掲げ、幅広い生き物を用いた多様な生命現象を対象に、最先端のオミクス解析やバイオイメージング技術を用いた研究を展開し、国際的な『生き物研究の拠点』を目指してきた。
・ 従来飼育・培養が困難であったユニークな生物を研究材料として飼育・培養できる環境を整え、
かつ、
それらの生物の全ゲノム解析をできるプラットフォームの構築、さらには遺伝子導入やゲノム編集技術開発を行い、生物学の教科書を書き換えるよ
うな国際的にインパクトの高い論文を出すことに成功した。
・ 例えば、生物進化研究部門（長谷部研）でのハエトリソウの葉を閉じる仕組みの研究では、１回目の接触刺激から 30 秒以内に２回目の接触刺激によりカルシウム濃度が閾値を超えることが必要であることが明らかとなり、移動しない植物にも動物の神経活動と類似の仕組みがあることが明らかとなった。
・ これは、(1) 北米の一部にしか存在しないハエトリソウの飼育系の確立、(2) 非モデ
ル生物であるハエトリソウの全ゲノム解読、(3) 遺伝子導入技術の開発、(4) イメー
ジングによるカルシウム濃度変化の可視化の成功という、「環境適応戦略研究」と「新規モデル生物開発」の推進により得られた成果である。
・ このような国際的にインパクトの高い研究成果の多くは、ある階層の生命現象を別の階層の生命現象と結びつける「階層を超えた研究」により得られたものである。

NIBB
NIBB

33

AI解析による新たな発見
AI解析による新たな発見
既に進めている
既に進めているフィージビリティスタディ
フィージビリティスタディ

第4期
第4期

人の目では違い人の目では違い
ゼニゴケ精子の運動
ゼニゴケ精子の運動 はわからないはわからない
変異体
変異体

野生型
野生型

先入観にとらわれないAIによって、これまで研先入観にとらわれないAIによって、これまで研究者が気づかなかった視点が提供される究者が気づかなかった視点が提供される
人機協働(AI)による気付きから
人機協働(AI)による気付きから新たな研究が展開
新たな研究が展開
さらに多検体と高解像度のデータを用いた
さらに多検体と高解像度のデータを用いた有用性の検証と手法の洗練が進行中有用性の検証と手法の洗練が進行中
既存の施設の
既存の施設の再編
再編

AIによる解析
AIによる解析
野生型
野生型

変異体
変異体

AI解析室の
AI解析室の設置
設置

超階層生物学センター（仮)超階層生物学センター（仮)の設置の設置

生物の教科書を変える
生物の教科書を変える
ような研究を展開する!!
ような研究を展開する!!
『超階層生物学』をキーワードにした第4期の目標『超階層生物学』をキーワードにした第4期の目標

AIは鞭毛と運動との関係を示唆した
AIは鞭毛と運動との関係を示唆した
AIの提案を元に解析を進め、変異体の解析が進んだ
AIの提案を元に解析を進め、変異体の解析が進んだ

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

41

・ 近年の解析技術や測定機器の発展により、遺伝子から個体群に至るまでの幅広い各
階層の振る舞いを、多次元の「バイオイメージングデータ」として網羅的かつ定量的に捉えることが可能となってきている。従来のオミクスデータとともに「バイオイメージングデータ」が各階層の生命現象の振る舞いを表す膨大なビッグデータへと急速に発展し蓄積されるようになった。一方で、従来の主流であった「研究者のひらめき」だけでは、この膨大な情報から新たな知見を見出すことは困難となってきている。そこで、『AI によるビックデータ解析』やモデリング、シミュレーショ
ンといった『情報科学の技術を取り込んだ「人機協働でのひらめき」』による新たな視点の導入を目指す。
・ 例えば、細胞動態研究部門（上田研）のゼニゴケ精子の運動に関する研究では、ある遺伝子の変異体の精子の運動は、人間の目では野生型と同じに見える。しかしながら、AI 解析から鞭毛と運動の関係が示唆され、その後の解析が進んだ。

4
NIBB
超階層生物学センターの創設
NIBB
超階層生物学センターの創設 -- AIを活用した超階層生物学研究拠点の構築
AIを活用した超階層生物学研究拠点の構築 -- 4
多様な生命現象での階層を超えた「超階層生物学」によって世界の生物学・生命科学研究を牽引
多様な生命現象での階層を超えた「超階層生物学」によって世界の生物学・生命科学研究を牽引～AIを活用した人機協働で階層を転換し、シームレスに研究を推進する～～AIを活用した人機協働で階層を転換し、シームレスに研究を推進する～

超階層生物学センター
超階層生物学センター

生物機能解析センター
生物機能解析センター

Trans-Scale
Trans-ScaleBiology
BiologyCenter
Centerモデル生物研究センター
モデル生物研究センター

超階層生物学推進室
超階層生物学推進室

新規モデル生物開発センター
新規モデル生物開発センター

第４期
第４期
改組
改組
基盤研究部門
基盤研究部門
各センター・施設
各センター・施設による共同利用・による共同利用・共同研究
共同研究
第４期中期計画（案）
第４期中期計画（案）遺伝子
遺伝子やタンパク
やタンパク質解質解析技術、ゲノム編集技術、
析技術、ゲノム編集技術、シングルセル解析技術、
シングルセル解析技術、多様な先端顕微鏡によ多様な先端顕微鏡によるバイオイメージング技
るバイオイメージング技
術等の最先端技術の開術等の最先端技術の開発導入や新規モデル生
発導入や新規モデル生
物の開発を進めるととも物の開発を進めるとともに、AIやビッグデータをに、AIやビッグデータを活用
活用した
した人と機械の協
人と機械の協働作
働作業による業による新し新しい発
い発見、思見、思考を行う
考を行うプラップラットト
フォームを確立する。生フォームを確立する。生物機能解析センター、モ
物機能解析センター、モデル生物研究センター、
デル生物研究センター、
新規モデル生物開発セ新規モデル生物開発セ
ンンターを
ターを超階層生物学
超階層生物学センター（仮）へ改組し、センター（仮）へ改組し、遺伝子から個体群に至遺伝子から個体群に至る様々る様々な階層を超な階層を超えた
えた
統合的な解析による「超統合的な解析による「超階層生物学」を推進し、
階層生物学」を推進し、世界を先導する独創的世界を先導する独創的な生物学研究を行うな生物学研究を行う。。

階層を超えた研究による階層を超えた研究による普遍法則の発見へ
普遍法則の発見へ• •超階層生物学センターの運営
超階層生物学センターの運営• •超階層生物学共同研究のマネジメント
超階層生物学共同研究のマネジメント

トランスオミクス解析室
トランスオミクス解析室

遺伝子
遺伝子

データ統合解析室
データ統合解析室• •各階層のオミクス解析技術の開発とデータ取
各階層のオミクス解析技術の開発とデータ取得および解析
得および解析• •階層をつなぐ解析パイプラインの開発
階層をつなぐ解析パイプラインの開発• •ビックデータの保存とクラスターコンピュータの管理
ビックデータの保存とクラスターコンピュータの管理• •解析プログラムの開発
解析プログラムの開発• •遺伝子データベースの開発と管理
遺伝子データベースの開発と管理• •ネットワークシステムの管理と維持
ネットワークシステムの管理と維持

AI解析室
AI解析室
次世代
ハイブリッド型
次世代ハイブリッド型
シーケンサー 質量分析計
シーケンサー 質量分析計

バイオイメージング
バイオイメージング
解析室
解析室• •バイオイメージングデータ
バイオイメージングデータ取得および解析取得および解析• •大型スペクトログラフを用
大型スペクトログラフを用いた共同利用研究の推進
いた共同利用研究の推進••AI
AIを活用したビックデータ解を活用したビックデータ解
析と、モデリング・シミュレー
析と、モデリング・シミュレー
ション技術の開発
ション技術の開発
人機協働での階層転換で人機協働での階層転換で研究活動を支援
研究活動を支援••生命科学と情報科学の両方
生命科学と情報科学の両方を熟知した若手人材の育成を熟知した若手人材の育成

大型スペクトログラフ 高速高解像共焦点顕微鏡
大型スペクトログラフ 高速高解像共焦点顕微鏡

データ解析
データ解析
サーバー
サーバー

新規モデル生物開発室
新規モデル生物開発室• •新規モデル生物の飼育・新規モデル生物の飼育・繁殖・栽培、それらを用い繁殖・栽培、それらを用いた実験操作に係る新規技
た実験操作に係る新規技
術の開発
術の開発
• •新たなモデル生物の研究
新たなモデル生物の研究者コミュニティ構築
者コミュニティ構築

遺伝子情報整備 ゲノム編集技術
遺伝子情報整備 ゲノム編集技術

SPFマウス施設
SPFマウス施設

細胞
細胞
小器官
小器官
細胞
細胞

データベース
データベース

モデル生物研究支援
モデル生物研究支援室• •モデル生物の飼育・栽培設備の提供
室
モデル生物の飼育・栽培設備の提供• •モデル生物の遺伝子資源の開発・保存・提供
モデル生物の遺伝子資源の開発・保存・提供

高分子
高分子

水生動物室
水生動物室

植物培養施設植物培養施設

器官・組織
器官・組織
個体
個体
個体群
個体群

国際的にインパクトの
国際的にインパクトのある論文として発表ある論文として発表
超階層生物学センター（仮）の支
超階層生物学センター（仮）の支援機能を共同利用・共同研究に援機能を共同利用・共同研究に供し、日本の生命科学研究の強供し、日本の生命科学研究の強化に貢献する。
化に貢献する。

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

・ この第３期の実績を踏まえ、第４期においては、「超階層生物学 (Trans-Scale
Biology)」をキーワードに、既存の３センターを再編し、「研究 DX」(データ駆動型
サイエンス+AI 解析)を加えた「超階層生物学センター」を立ち上げ、超階層生物学の確立と展開を図る。
・ 超階層生物学センターには、以下の室を設置する。
(1) 超階層生物学推進室

42

超階層生物学センターの運営
超階層生物学共同研究のマネジメント(2) トランスオミクス解析室
各階層のオミクス解析技術の開発とデータ取得および解析
階層をつなぐ解析パイプラインの開発(3) データ統合解析室
ビックデータの保存とクラスターコンピュータの管理
解析プログラムの開発
遺伝子データベースの開発と管理
ネットワークシステムの管理と維持(4) AI 解析室
AI を活用したビックデータ解析とモデリング・シミュレーション技術の開発
生命科学と情報科学の両方を熟知した若手人材の育成(5) バイオイメージング解析室
バイオイメージングデータ取得および解析
大型スペクトログラフを用いた共同利用研究の推進(6) 新規モデル生物開発室
新規モデル生物の飼育・繁殖・栽培、それらを用いた実験操作に係る新規技術の開発
新たなモデル生物の研究者コミュニティ構築(7) モデル生物研究支援室：
モデル生物の飼育・栽培設備の提供
モデル生物の遺伝子資源の開発・保存・提供

43

NIBB
NIBB

自然科学研究機構における超階層生物学センター
自然科学研究機構における超階層生物学センター

55

自然科学研究機構
自然科学研究機構
生命創成探究センター
生命創成探究センター

ExCELLS併任教員
ExCELLS併任教員
新規技術開発新規技術開発画像解析トレーニングコース開催
画像解析トレーニングコース開催

核融合科学研究所
核融合科学研究所

核融合研併任教員
核融合研併任教員
共同研究（プラズマを利用した遺伝子共同研究（プラズマを利用した遺伝子
導入、モデリング・シミュレーション）
導入、モデリング・シミュレーション）

新分野創成センター
新分野創成センター
AIを活用したAIを活用した
フィージビリティースタディー
フィージビリティースタディー

基礎生物学研究所
基礎生物学研究所
超階層生物学センター
超階層生物学センター
超階層生物学推進室
超階層生物学推進室

新規モデル生物開発室
新規モデル生物開発室
トランスオミクス解析室
トランスオミクス解析室
データ統合解析室
データ統合解析室

国立天文台
国立天文台
若手分野間連携
若手分野間連携(補償光学）(補償光学）

分子科学研究所
分子科学研究所
共同研究
共同研究（細胞動態のモデリング）（細胞動態のモデリング）

生理学研究所
生理学研究所
若手分野間連携
若手分野間連携（電気生理イメージング)（電気生理イメージング)

バイオイメージング解析室
バイオイメージング解析室

アストロバイオロジーセンター
アストロバイオロジーセンター
ナショナルバイオリソース
ナショナルバイオリソース
プロジェクトプロジェクト

メダカの中核機関、アサガオの分担
メダカの中核機関、アサガオの分担機関としてのリソースの維持・提供機関としてのリソースの維持・提供

トンラススケールイメージングとトンラススケールイメージングと

AI解析室
AI解析室
モデル生物研究支援
モデル生物研究支援室室

ABC併任教員
ABC併任教員
天文学と生命科学の融合研究
天文学と生命科学の融合研究

先端バイオイメージング
先端バイオイメージング
支援プラットフォーム
支援プラットフォーム

基生研・生理研を中核とした
基生研・生理研を中核とした最先端イメージング技術の提供
最先端イメージング技術の提供

第３期で推進した自然科学研究機構の他機関およびセンターとの連携や、ナショナルバイオリソースプロジェクト、先端バイオイメージ
第３期で推進した自然科学研究機構の他機関およびセンターとの連携や、ナショナルバイオリソースプロジェクト、先端バイオイメージ
ング支援プラットフォームとの連携を、さらに発展・統合したトランススケールバイオロジー研究拠点を構築する
ング支援プラットフォームとの連携を、さらに発展・統合したトランススケールバイオロジー研究拠点を構築する

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所・ 第３期で推進した自然科学研究機構の他機関およびセンターとの連携や、ナショナ
ルバイオリソースプロジェクト、先端バイオイメージング支援プラットフォームとの連携をさらに発展・統合させ、既存の学問分野にとらわれない新分野の創成につながる研究拠点を目指す。

44

NIBB
NIBB

超階層生物学を推進するための機器導入
超階層生物学を推進するための機器導入

66

ロングリード１分子DNAシーケンサー（2021年12月導入）
ロングリード１分子DNAシーケンサー（2021年12月導入）
用
用 途：高精度な全ゲノム配列の解読、大規模遺伝子発現
途：高精度な全ゲノム配列の解読、大規模遺伝子発現解析（RNA-seq）、エピゲノム解読
解析（RNA-seq）、エピゲノム解読
特特 色：①１分子シーケンス技術による、高精度かつ高解像
色：①１分子シーケンス技術による、高精度かつ高解像度でロングリードを取得
度でロングリードを取得②DNAのエピジェネティクな修飾を同時検出する②DNAのエピジェネティクな修飾を同時検出する
ことが可能
ことが可能

高分子
高分子

細胞小器官
細胞小器官

遺伝子
遺伝子

細胞
細胞

高速高解像度共焦点顕微鏡（2022年3月末導入予定）
高速高解像度共焦点顕微鏡（2022年3月末導入予定）※画像はZeissのカ※画像はZeissのカ

個体群
個体群

器官・組織
器官・組織
個体
個体
階層を超えた研究から階層を超えた研究から生物現象の普遍法則を読み解く
生物現象の普遍法則を読み解く

用
途：超解像（nmスケール）画像データ
用 途：超解像（nmスケール）画像データの取得、細胞内オルガネラレベルの取得、細胞内オルガネラレベル
での局在や変化の解析
での局在や変化の解析
特特 色：①ライブイメージング解析においてnmスケールの画像が得られる
色：①ライブイメージング解析においてnmスケールの画像が得られる
唯一の方法。
唯一の方法。
②タイムゲート機能や、励起波長の任意設定により高精度の蛍光②タイムゲート機能や、励起波長の任意設定により高精度の蛍光分離や、定量的な解析が可能。
分離や、定量的な解析が可能。

超階層生物学センター
超階層生物学センター

令和4年度概算要求「共通政策課
令和4年度概算要求「共通政策課
ハイブリッド型質量分析計
ハイブリッド型質量分析計

ビッグデータおよびAI
ビッグデータおよびAI解析対応クラスターコンピュータ
解析対応クラスターコンピュータ

用用 途：タンパク質の大規模解析（プロテオミクス）、
途：タンパク質の大規模解析（プロテオミクス）、
代謝産物等多様な化合物の同定と定量的解析
代謝産物等多様な化合物の同定と定量的解析
特色：①高い定量/定性分析性能により大規模なプロテ
特 色：①高い定量/定性分析性能により大規模なプロテオミクス探索実験から標的タンパク質定量まで
オミクス探索実験から標的タンパク質定量まで可能
可能②高速極性切替と高速スキャンにより幅広い代謝②高速極性切替と高速スキャンにより幅広い代謝
四重極-オービトラップ
四重極-オービトラップ
物や化合物を高いスループットで定量的に解析
ハイブリッド型質量物や化合物を高いスループットで定量的に解析
ハイブリッド型質量
分析装置
可能
分析装置
可能

NIBB
NIBB

用
用 途：質量分析による大規模なタンパク質、代謝産物の途：質量分析による大規模なタンパク質、代謝産物の定量データを用いたネットワーク解明、大規模な定量データを用いたネットワーク解明、大規模な遺伝子発現解析
遺伝子発現解析
AI
AI解析による階層間モデルの算出
解析による階層間モデルの算出
クラスター
クラスター
コンピュータコンピュータ特
特 徴：①高速演算による膨大な遺伝子・タンパク質情報
徴：①高速演算による膨大な遺伝子・タンパク質情報の処理・比較解析が可能の処理・比較解析が可能②ビッグデータから生物学的意味を抽出する②ビッグデータから生物学的意味を抽出する「データマイニング」が可能「データマイニング」が可能

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

超階層生物学を推進するための機器導入
超階層生物学を推進するための機器導入

77■■ 超階層生物学研究システム
超階層生物学研究システム
高速高解像共焦点顕微鏡及びハイブリッド型質量分析計を導入し、各階層の多種多様な生命現象を対象として、データ取得・定量的解析を行う。基礎生物学研究所
高速高解像共焦点顕微鏡及びハイブリッド型質量分析計を導入し、各階層の多種多様な生命現象を対象として、データ取得・定量的解析を行う。基礎生物学研究所の現有設備から得られるデータも含め、生命現象に関わる膨大なビッグデータをクラスターコンピュータに格納し、これらのデータをAIにより統合的に解析し、多階層の現有設備から得られるデータも含め、生命現象に関わる膨大なビッグデータをクラスターコンピュータに格納し、これらのデータをAIにより統合的に解析し、多階層に渡る生命現象の理解へとつなげる。（令和4年度概算要求・基盤的設備等整備分にて要求）に渡る生命現象の理解へとつなげる。（令和4年度概算要求・基盤的設備等整備分にて要求）

各階層で表れる
各階層で表れる
多様な生命現象
多様な生命現象

遺伝子
遺伝子
高分子
高分子
細胞小器官
細胞小器官
細胞
細胞
器官・組織
器官・組織

ロングリード1分子
ロングリード1分子
DNAシーケンサー
DNAシーケンサー

ビッグデータおよびビッグデータおよびAI解析対応AI解析対応クラスターコンピュータ
クラスターコンピュータ（現有設備）（現有設備）
次世代DNAシーケンサー
次世代DNAシーケンサー

ゲノムデータ
ゲノムデータ

計算サーバ
計算サーバ（高メモリ型）（高メモリ型）

トランスクリプトームデータ
トランスクリプトームデータ

高速高解像度
高速高解像度共焦点顕微鏡共焦点顕微鏡

ハイブリッド型
ハイブリッド型
質量分析計
質量分析計

--環境条件間の環境条件間の（現有設備）（現有設備）
先端顕微鏡
先端顕微鏡

バイオイメージングデータ
バイオイメージングデータ（現有設備）（現有設備）
質量分析装置
質量分析装置個体
個体

プロテオームデータ
プロテオームデータ

個体群
個体群

メタボロームデータ
メタボロームデータ（現有設備）（現有設備）
各種顕微鏡、測定機器
各種顕微鏡、測定機器--各階層のオミク
各階層のオミクスを関連づけ統スを関連づけ統合する計算処理
合する計算処理

計算サーバ
比較の計算
計算サーバ - 比較の計算-生物間の比較
生物間の比較
（分散処理型）（分散処理型） や進化の解析
や進化の解析

--AIによる各階層
AIによる各階層間モデルの推定間モデルの推定

データ
データ
統合
統合
リレーショナルリレーショナル
データベース
データベース--多階層オミクス
多階層オミクス
データを相互に
データを相互に関連づけた結果関連づけた結果
をデータベース
をデータベース
化
化

ビッグデータビッグデータストレージ
ストレージ--ビッグデータを
ビッグデータを保存
保存※ 各階層から伸びる矢印はデータ統合のごく一部の例を示すものである。実際にはより多様な階層から複合的にデータを取得・統合する。
※ 各階層から伸びる矢印はデータ統合のごく一部の例を示すものである。実際にはより多様な階層から複合的にデータを取得・統合する。

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所45

・ 2021 年 12 月に「ロングリード 1 分子 DNA シーケンサー」を導入し、高精度な全ゲノム配列の解読、大規模遺伝発現解析、エピゲノム解析の実施体制を整えた。
・ 高速高解像度共焦点顕微鏡（2022 年 3 月末導入予定）を導入することにより、超解像の画像データ取得を可能とし、細胞内オルガネラレベルでの標的分子の局在や変化の解析が行える体制を整える。
・ 2022 年度概算要求「基盤的設備整備分」として「超階層生物学システム」が措置されることとなった。これにより、2022 年度にハイブリッド型質量分析装置とビック
データおよび AI 解析対応クラスターコンピューターを導入する。
・ これら導入した機器を「超階層生物学システム」として運用し、共同利用・共同研究に供することで、研究所の職員が中心となって、超階層生物学を強力に推進する。
NIBB
NIBB

超階層生物学センターの体制
超階層生物学センターの体制

第３期中期計画期間での研究支援センター・施設
第３期中期計画期間での研究支援センター・施設※各センター長を教授※各センター長を教授１名が兼任
１名が兼任

新規モデル生物開発センター
新規モデル生物開発センター

生物機能情報分析室
生物機能情報分析室• •統合ゲノミクス共同利用研究
統合ゲノミクス共同利用研究（ゲノミクス解析担当）（ゲノミクス解析担当）

情報管理解析室
情報管理解析室
• •統合ゲノミクス共同利用研究
統合ゲノミクス共同利用研究（バイオインフォマティクス担当）（バイオインフォマティクス担当）

光学解析室
光学解析室

●特任准教授●特任准教授１名
１名○准教授○准教授１名、特任助教
１名、特任助教１名
１名■技術職員■技術職員２名
２名▼技術支援員
４名▼技術支援員 ４名• •統合イメージング共同利用研究
統合イメージング共同利用研究• •大型スペクトログラフ共同利用実験
大型スペクトログラフ共同利用実験（（• •先端バイオイメージング支援
先端バイオイメージング支援））

モデル生物研究センター
モデル生物研究センター●准教授●准教授１名、助教
１名、助教２名
２名■技術職員■技術職員３名
３名▼技術支援員▼技術支援員３名
３名• •共同利用研究実施における生育培養
共同利用研究実施における生育培養に係る各種支援に係る各種支援

モデル動物研究支援室
モデル動物研究支援室

センター各室の担当業務
センター各室の担当業務

◆
R◆
R
MM
CC
特
特
任
任
教
教
授
授
１１
名
名

●教授
●教授１名、特任教授１名
１名、特任教授１名▼技術支援員２名▼技術支援員２名

トランスオミクス解析室
トランスオミクス解析室

器官培養研究支援室
器官培養研究支援室• •各階層のオミクス解析技術の開発
各階層のオミクス解析技術の開発• •各階層のオミクスデータ取得および解析
各階層のオミクスデータ取得および解析• •階層をつなぐ解析パイプラインの開発
階層をつなぐ解析パイプラインの開発●教授●教授１名、特任教授１名
１名、特任教授１名■技術職員■技術職員４名
４名▼技術支援員▼技術支援員４名
４名• •ビックデータ保存とクラスターコンピュー
ビックデータ保存とクラスターコンピュー
ター管理
ター管理
• •解析プログラムの開発
解析プログラムの開発• •遺伝子機能データベースの開発と管理
遺伝子機能データベースの開発と管理• •ネットワークシステムの管理と維持
ネットワークシステムの管理と維持

データ統合解析室
データ統合解析室●准教授●准教授１名
１名■技術職員■技術職員３名
３名▼技術支援員▼技術支援員１名
１名

バイオイメージング解析室
バイオイメージング解析室●特任准教授●特任准教授１名
１名■技術職員■技術職員２名
２名▼技術支援員▼技術支援員４名
４名

ＡＩ
ＡＩ解析室
解析室
●特任准教授●特任准教授１名
１名■技術職員■技術職員２名
２名▼技術支援員▼技術支援員２名
２名

モデル生物研究支援室
モデル生物研究支援室●准教授●准教授１名、助教
１名、助教２名
２名■技術職員■技術職員３名
３名▼技術支援員▼技術支援員３名
３名

モデル植物研究支援室
モデル植物研究支援室• •新規モデル生物の飼育・繁殖・栽培
新規モデル生物の飼育・繁殖・栽培• •それらを用いた実験操作に係る新規
それらを用いた実験操作に係る新規
技術の開発
技術の開発
• •新たなモデル生物の研究者コミュニティ
新たなモデル生物の研究者コミュニティ
構築
構築

新規モデル生物解析室
新規モデル生物解析室

超
階層
層生
生物
物学
学セ
セ
ン
タ
ー
の
運営
営
•階
超
ン
タ
ー
の
運
•超
階層生物学共同研究のマネジメント
超• •階層生物学共同研究のマネジメント●准教授●准教授１名
１名■技術職員■技術職員３名
３名▼技術支援員▼技術支援員１名
１名※黄色マーカーは本事業にて措置する人員を示す。
※黄色マーカーは本事業にて措置する人員を示す。

超階層生物学センター
超階層生物学センター• •モデル生物・技術開発共同利用研究（R2まで）
モデル生物・技術開発共同利用研究（R2まで）• •新規モデル生物開発共同利用研究（R3より）新規モデル生物開発共同利用研究（R3より）

生物機能解析センター
生物機能解析センター
●教授
●教授１名
１名
■技術職員
■技術職員４名
４名▼技術支援員▼技術支援員４名
４名

第４期中期計画期間での研究支援センター・施設
第４期中期計画期間での研究支援センター・施設

藤森俊彦
藤森俊彦 センター長
センター長

超階
階層
層生
生物
物学
学推
推進
進室
室
超

●教授
●教授１名、特任准教授
１名、特任准教授１名
１名○教授○教授３名、助教
３名、助教１名
１名▼技術支援員▼技術支援員２名
２名

第３期中期計画期間での担当共同利用研究第３期中期計画期間での担当共同利用研究88• •バイオイメージングデータ取得およびバイオイメージングデータ取得および
解析
解析• •大型スペクトログラフを用いた共同利用
大型スペクトログラフを用いた共同利用
研究の推進
研究の推進
• •AIを活用したビッグデータ解析
AIを活用したビッグデータ解析• •モデリング・シミュレーション技術の開発
モデリング・シミュレーション技術の開発• •若手人材育成
若手人材育成• •モデル生物の飼育・繁殖・栽培設備のモデル生物の飼育・繁殖・栽培設備の提供
提供• •モデル生物の遺伝資源の開発・保存・モデル生物の遺伝資源の開発・保存・
提供
提供

RMC:
RMC:Research
ResearchManagement
Managementand
andCoordination
Coordination（博士研究者）（博士研究者）Unit
Unit

ＩＢＢＰセンター
ＩＢＢＰセンター

ＩＢＢＰセンター
ＩＢＢＰセンター●特任教授• •大学連携バイオバックアッププロジェクト●特任教授１名
１名
大学連携バイオバックアッププロジェクト■技術職員■技術職員１名、特任専門員
１名、特任専門員１名
１名 • •生物遺伝資源新規保存技術開発共同
生物遺伝資源新規保存技術開発共同▼技術支援員
利用研究
３名
利用研究▼技術支援員３名●特任教授●特任教授１名
１名■技術職員■技術職員１名、特任専門員
１名、特任専門員１名
１名▼技術支援員
３名▼技術支援員３名• •大学連携バイオバックアッププロジェクト
大学連携バイオバックアッププロジェクト• •生物遺伝資源のバックアップ保存
生物遺伝資源のバックアップ保存• •生物遺伝資源の保存技術開発
生物遺伝資源の保存技術開発●担当研究教育職員、○連携研究教育職員、◆RMC職員（博士研究者）、■技術職員・特任専門員、▼技術支援員●担当研究教育職員、○連携研究教育職員、◆RMC職員（博士研究者）、■技術職員・特任専門員、▼技術支援員

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

・ 藤森俊彦教授（初期発生研究部門）が本センターのセンター長として、2022 年 4 月からの運用開始を目指して各室の体制を整えている。超階層生物学推進室と AI 解析室のスタッフを公募予定である。

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NIBB

超階層生物学共同利用研究の開始
超階層生物学共同利用研究の開始

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超階層生物学共同利用研究の公募内容（抜粋）
超階層生物学共同利用研究の公募内容（抜粋）遺伝子から高分子、細胞小器官、細胞、組織、器官、個体、個体群にいたる様々な階層遺伝子から高分子、細胞小器官、細胞、組織、器官、個体、個体群にいたる様々な階層に渡る生物現象を統合的に理解するために、所外と所内の教員が共同して行う研究。
に渡る生物現象を統合的に理解するために、所外と所内の教員が共同して行う研究。
本共同利用研究は、ある階層の生命現象を別の階層の生命現象と結びつける「階層を本共同利用研究は、ある階層の生命現象を別の階層の生命現象と結びつける「階層を超えた研究（超階層生物学、Trans-Scale
超えた研究（超階層生物学、Trans-ScaleBiology）」が、生物学におけるインパクトの高Biology）」が、生物学におけるインパクトの高い研究につながるとの観点から推進するもので、以下のような研究が含まれます。公募
い研究につながるとの観点から推進するもので、以下のような研究が含まれます。公募
期間外の随時申請は受け付けません。
期間外の随時申請は受け付けません。
(a)(a)複数の階層に渡るネットワーク解析から生物現象を理解する研究
複数の階層に渡るネットワーク解析から生物現象を理解する研究(b)(b)AIによる特定の階層のビッグデータ解析と他階層との連携、等の人機協働によるAIによる特定の階層のビッグデータ解析と他階層との連携、等の人機協働による新たな知見につながる研究
新たな知見につながる研究(c)
モデリング、シミュレーション等の情報科学の技術を取り込み、異なる階層を繋ぐ(c) モデリング、シミュレーション等の情報科学の技術を取り込み、異なる階層を繋ぐ
ような研究
ような研究
(d)幅広い階層のイメージングデータ（Trans-Scale(d)幅広い階層のイメージングデータ（Trans-ScaleImaging）を扱う研究
Imaging）を扱う研究(1)(1)申請者（代表者）：所外又は所内の研究者。
申請者（代表者）：所外又は所内の研究者。
(2)(2)研究期間：１年以上３年を超えない期間。２年以上継続する場合、年度ごとに申請。
研究期間：１年以上３年を超えない期間。２年以上継続する場合、年度ごとに申請。
(3)
研究費：１件あたり年間上限１００万円。
(3) 研究費：１件あたり年間上限１００万円。
(4)
申請内容：申請書に以下の内容を必ず記載。
(4) 申請内容：申請書に以下の内容を必ず記載。
・どのような生物現象をどの階層（複数）に視点をおいた解析から明らかにするのか。
・どのような生物現象をどの階層（複数）に視点をおいた解析から明らかにするのか。
・階層を超えた研究から期待できる成果のインパクト。
・階層を超えた研究から期待できる成果のインパクト。
以下の解析が研究計画に含まれているのであれば記入。
以下の解析が研究計画に含まれているのであれば記入。
・ゲノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、マルチオミクス等のビッグデータ
・ゲノミクス、トランスクリプトミクス、プロテオミクス、マルチオミクス等のビッグデータ
解析の進行状況と予定。
解析の進行状況と予定。
・バイオイメージング解析の進行状況と予定。
・バイオイメージング解析の進行状況と予定。
・AIを用いた解析の進行状況と予定。
・AIを用いた解析の進行状況と予定。
(5)(5)研究会・ワークショップ等について研究会・ワークショップ等について
・２年以上継続する場合は、２年目又は３年目にワークショップを実施。
・２年以上継続する場合は、２年目又は３年目にワークショップを実施。
・研究期間の最終年度に研究成果に関する報告会を開催。
・研究期間の最終年度に研究成果に関する報告会を開催。
・ワークショップ及び報告会の開催にあたっては、研究費としての年間上限１００万円に・ワークショップ及び報告会の開催にあたっては、研究費としての年間上限１００万円に加えて各々最大５０万円までの範囲で開催に必要な経費を申請可能。
加えて各々最大５０万円までの範囲で開催に必要な経費を申請可能。

超階層生物学センター・連携準備室を設置して本共同研究への問い合わせに対応し、３件の申請課題について審査を行っている。
超階層生物学センター・連携準備室を設置して本共同研究への問い合わせに対応し、３件の申請課題について審査を行っている。

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

・ 国内外の大学等の研究者による超階層生物学研究を支援するために、最長３年間で年間 100 万円の研究費支援を含めた、「超階層生物学共同利用研究」の枠組みを整備した。
・ 2022 年度 NIBB 共同利用研究の公募から、本共同利用研究の募集を開始し、所内に設置した「超階層生物学センター 連携準備室」が問い合わせや申請を支援した。
・ ３件の研究課題の申請があり、現在、共同利用委員会にて審査を実施している。

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AI
AI 解析の機能強化に向けた取組：中部大学との連携
解析の機能強化に向けた取組：中部大学との連携

1010３機関から、研究者や３機関から、研究者や
学生が参加
学生が参加
各機関の取組やAI各機関の取組やAIをを利活用した研究事例
利活用した研究事例の紹介、研究室やの紹介、研究室や施設の見学を実施
施設の見学を実施

第1回（2021.10.28）
第1回（2021.10.28）
中部大学主催
中部大学主催 生命科学分野と情報科学分野の親和性の高さを活かし、生命科学分野と情報科学分野の親和性の高さを活かし、各機関の取組や研究を基盤として、「AI各機関の取組や研究を基盤として、「AIを活用した生命を活用した生命システムの解明」に繋がる共同研究を実施する。
システムの解明」に繋がる共同研究を実施する。
 共同研究や各機関の講義等を通じて大学生・大学院生
共同研究や各機関の講義等を通じて大学生・大学院生
や若手研究者の教育を進め、生命科学と情報科学のや若手研究者の教育を進め、生命科学と情報科学の両方に精通した、人材を育成する。
両方に精通した、人材を育成する。

第2回（2022.1.27）
第2回（2022.1.27）
生理学研究所主催
生理学研究所主催

相互の理解を深める
相互の理解を深める
とともに、若手研究者とともに、若手研究者間のネットワーク形成
間のネットワーク形成
を促す。
を促す。

第3回（2022.3.28予定）
第3回（2022.3.28予定）
基礎生物学研究所主催
基礎生物学研究所主催

連携セミナーを通じた共同
連携セミナーを通じた共同研究や連携の事例研究や連携の事例•• 研究事例紹介
研究事例紹介•• 施設等の見学
施設等の見学•• テクノロジーとサイエンスでのテクノロジーとサイエンスでのテーマ設定による「グループテーマ設定による「グループディスカッション」
ディスカッション」

基礎生物学研究所
基礎生物学研究所神経生理学
神経生理学
研究室と中部大学
研究室と中部大学AI
AI数理データ
数理データ
サイエンスセンターとの間で、「ヒトサイエンスセンターとの間で、「ヒトの錯視」や「動物の逃避行動」等にの錯視」や「動物の逃避行動」等に関する共同研究に向けた議論が関する共同研究に向けた議論が進んでいる。
進んでいる。

グループディスカッションにより、
グループディスカッションにより、新たな共同研究や研究課題の新たな共同研究や研究課題の芽出しを目指す。
芽出しを目指す。

基礎生物学研究所の若手研究員
基礎生物学研究所の若手研究員
１名がAI
１名がAI数理データサイエンス
数理データサイエンスセンターのセミナーにて講演を行う。
センターのセミナーにて講演を行う。

３機関による連携を通じ、TSBセンター
３機関による連携を通じ、TSBセンター AI
解析室での「AI 解析や統計数理モデリング、
解析や統計数理モデリング、AI 解析室での「AIデータサイエンスに係る機能」を強化し、超階層生物学を強力に推進する
データサイエンスに係る機能」を強化し、超階層生物学を強力に推進する
自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

・ 生理学研究所や中部大学 AI 数理データサイエンスセンターと共に、各機関の取組や研究を基盤として、「AI を活用した生命システムの解明」に繋がる共同研究を実施するとともに、生命科学と情報科学の両方に精通した人材育成を行う。
・ ３機関による連携セミナーを開催し、相互の理解を深め、若手研究者間のネットワーク形成を促し、共同研究や連携の芽出しを進めている。
・ この連携を通じ、TSB センター AI 解析室での「AI 解析や数理統計モデリング、データサイエンスに係る機能」を強化し、超階層生物学を強力に推進する。

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11
11

2022年4月からの新たな組織
2022年4月からの新たな組織
領域名の廃止
領域名の廃止分野横断研究ユニットの設置
分野横断研究ユニットの設置

既存の３センターを再編した
既存の３センターを再編した
超階層生物学センターの設置
超階層生物学センターの設置

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

・ 2022 年４月より以下の組織再編を行う。
(1) 既存の３センターを再編して超階層生物学センターを設置。
(2) 領域名を廃止。
(3) 分野横断研究ユニットの設置（設置目的と構成員は下記参照）。
・ 新しい生物学の創成、国際連携の強化、グローバル化された人材育成等の学際的共同研究を推進するために、機構本部からの支援を得てオープンラボを設置し共通機器の整備等の環境を整えてきた。2020 年４月より本格的に運用を開始し、新規モデ
ル生物開発センターの一部の教員とアストロバイオロジー教員、プラズマバイオロ
ジー教員、基礎生物学研究所・多様性生物学研究室教員、さらに COS ハイデルベ
ルグ大学（ドイツ）との連携プロジェクト・教員が集結し、実験やセミナーを共同で行うなど学際的な取組を進めている。この取組をより明確化するために、第４期
中期目標期間が始まる 2022 年 4 月からは、「分野横断研究ユニット」に名称を変更
し、分野横断的な研究活動、共同利用研究を一層推進させる。分野横断研究ユニッ
トでは、実験機器などを共有することによって、新任の研究者や共同利用研究者がスタートアップに時間を割かずにスムーズに研究を開始できることも特徴である。

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NIBB

新たな職階の導入
新たな職階の導入

1212

2022年4月より、URAに代わる新たな職階として2022年4月より、URAに代わる新たな職階として
RMC
RMC (Research(Research Management
Management andand Coordination）の職階を導入
Coordination）の職階を導入
RMC
RMC とは・・・とは・・・（自然科学研究機構基礎生物学研究所ＲＭＣ職員に関する申合せより抜粋）（自然科学研究機構基礎生物学研究所ＲＭＣ職員に関する申合せより抜粋）•• 特任教授、特任准教授、特任助教として採用し、その職に応じてＲＭＣ教授、ＲＭ特任教授、特任准教授、特任助教として採用し、その職に応じてＲＭＣ教授、ＲＭ
Ｃ准教授、ＲＭＣ助教の名称を付与
Ｃ准教授、ＲＭＣ助教の名称を付与•• 研究所の円滑な運営及び共同利用研究等の推進のために必要な職務に従事
研究所の円滑な運営及び共同利用研究等の推進のために必要な職務に従事•• ＲＭＣ職員の候補者は、博士の学位を有し、国内外の大学又は研究機関において、ＲＭＣ職員の候補者は、博士の学位を有し、国内外の大学又は研究機関において、研究及び教育の経験を有する者
研究及び教育の経験を有する者•• 任期は採用日から５年
任期は採用日から５年•• 業績評価及び審査の結果に基づき、５年を限度に更新可能
業績評価及び審査の結果に基づき、５年を限度に更新可能•• ＲＭＣ職員の業績評価は、研究教育職員の業績評価の実施方法に準ずるＲＭＣ職員の業績評価は、研究教育職員の業績評価の実施方法に準ずる•• 研究所長が特に必要と認める場合は、昇任させることが可能
研究所長が特に必要と認める場合は、昇任させることが可能
所内の研究教育職員の職階の変更により、TSBセンター、IBBPセンター、研究力強
所内の研究教育職員の職階の変更により、TSBセンター、IBBPセンター、研究力強化戦略室にRMCを配置。加えて、概算要求で認められた予算を使い、TSBセンター
化戦略室にRMCを配置。加えて、概算要求で認められた予算を使い、TSBセンターの超階層生物学推進室とAI解析室のRMC職員を採用予定。
の超階層生物学推進室とAI解析室のRMC職員を採用予定。
自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

・ 2022 年４月より、RMC (Research Management and Coordination) の職階を導入する。
RMC は、博士の学位をもつ研究者であり、研究力強化戦略室、IBBP センター、超階層生物学センターにおけるマネジメント業務を行う。業績審査により昇任を認める制度となっている。
・ 所内の研究教育職員の職階の変更により、TSB センター、IBBP センター、研究力強化戦略室に RMC を配置予定。加えて、概算要求で認められた予算を使い、TSB
センターの超階層生物学推進室と AI 解析室の RMC 職員を公募する。

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NIBB
NIBB

参考資料
参考資料

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

NIBB
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超階層生物学
超階層生物学 (Trans-Scale(Trans-Scale Biology)
Biology) とは？
とは？

14
14

「遺伝子」、「高分子」、「細胞小器官」、「細胞」、「器官・組織」、「個体」、「個体群」に至る「遺伝子」、「高分子」、「細胞小器官」、「細胞」、「器官・組織」、「個体」、「個体群」に至る
各階層の関係を結びつけ、階層（スケール）を超えて生命現象を解析
各階層の関係を結びつけ、階層（スケール）を超えて生命現象を解析■これまでの生物学■これまでの生物学

高分子
高分子
細胞小器官
細胞小器官
細胞
細胞
器官・組織
器官・組織
個体
個体
個体群
個体群

＊多階層にわたる生命現象＊多階層にわたる生命現象
遺伝子発現により（遺伝子階層）タンパク質ができ、それが適切な細胞小器官に輸送されることによりタンパク質の機能が発遺伝子発現により（遺伝子階層）タンパク質ができ、それが適切な細胞小器官に輸送されることによりタンパク質の機能が発揮する（高分子階層）。細胞小器官は、葉緑体における光合成やミトコンドリアにおけるエネルギー産生のように独自の機能を揮する（高分子階層）。細胞小器官は、葉緑体における光合成やミトコンドリアにおけるエネルギー産生のように独自の機能を発揮するとともに、細胞内小器官同士が連携することで代謝系を構築し、細胞機能を支えている（細胞内小器官階層）。細胞発揮するとともに、細胞内小器官同士が連携することで代謝系を構築し、細胞機能を支えている（細胞内小器官階層）。細胞は生物の基本単位であり、分裂や増殖、分化などその振る舞いが生命活動を支えている（細胞階層）。動植物などの多細胞は生物の基本単位であり、分裂や増殖、分化などその振る舞いが生命活動を支えている（細胞階層）。動植物などの多細胞生物では、細胞から構成される組織・器官が一定の機能を営み（器官・組織階層）、それが個体を支えている（個体階層）。ま生物では、細胞から構成される組織・器官が一定の機能を営み（器官・組織階層）、それが個体を支えている（個体階層）。また、鳥や魚の群れなどのような個体の集合体は、秩序だって形成され行動する（個体群階層）。
た、鳥や魚の群れなどのような個体の集合体は、秩序だって形成され行動する（個体群階層）。

遺伝子発現、ゲノム変化、
遺伝子発現、ゲノム変化、
遺伝子変異
遺伝子変異

代謝産物の変化、生体高分
代謝産物の変化、生体高分子の合成と分解子の合成と分解

増殖と分解、細胞内移動、情報
増殖と分解、細胞内移動、情報伝達、機能獲得
伝達、機能獲得
細胞移動、細胞間情報伝達、細胞移動、細胞間情報伝達、
細胞周期制御、細胞機能分化
細胞周期制御、細胞機能分化
発生、形態形成、器官分化、発生、形態形成、器官分化、
組織再生
組織再生

バイ
イオ
オイ
イメ
メー
ージ
ジン
ング
グデ
デー
ータ
タ
バ

遺伝子やタンパク質、細胞小器官、細胞、器官・組織、
遺伝子やタンパク質、細胞小器官、細胞、器官・組織、個体、個体群の振る舞いを多次元のバイオイメージン
個体、個体群の振る舞いを多次元のバイオイメージン
グデータとして網羅的かつ定量的に捉えることが可能とグデータとして網羅的かつ定量的に捉えることが可能となってきている。これらバイオイメージングデータ間の統なってきている。これらバイオイメージングデータ間の統合や、トランスオミクス解析により得られる各階層の構
合や、トランスオミクス解析により得られる各階層の構
成
成要素の網要素の網羅的な変動データとバ
羅的な変動データとバイオイメージ
イオイメージング
ング
データを統合することで、例えば遺伝子欠損の結果が、データを統合することで、例えば遺伝子欠損の結果が、細胞や個体、最終的には個体群の社会性にどのように細胞や個体、最終的には個体群の社会性にどのように影響を及ぼすか、また環境変化に応答した細胞間のシ影響を及ぼすか、また環境変化に応答した細胞間のシ
グナルネットワークを制御するタンパク質の相関関係等、
グナルネットワークを制御するタンパク質の相関関係等、階層を超えた統合的な解析が可能となり、多様な生命
階層を超えた統合的な解析が可能となり、多様な生命現象の理解が格段に進むことが期待されている。
現象の理解が格段に進むことが期待されている。
しかし、各階層には膨大なネットワークが存在するため、
しかし、各階層には膨大なネットワークが存在するため、人間の処理能力に頼ったバイオイメージングデータとオ
人間の処理能力に頼ったバイオイメージングデータとオ
ミクスデータの単純な統合では、多階層をまたぐ理解に
ミクスデータの単純な統合では、多階層をまたぐ理解に限界がある。そこで、AI解析を導入し、人間の認知能力限界がある。そこで、AI解析を導入し、人間の認知能力
では処理できない膨大なデータをAI解析により多階層では処理できない膨大なデータをAI解析により多階層にわたるシステムとしてつなぎ、生命現象を理解するにわたるシステムとしてつなぎ、生命現象を理解する「超階層生物学」を推進する「超階層生物学」を推進する。。

遺伝子
遺伝子

遺伝子から個体群までの各階層の振る舞いをバイオイメージングデータ
遺伝子から個体群までの各階層の振る舞いをバイオイメージングデータ
として網羅的・定量的に捉えることが可能となっているが、膨大なデータとして網羅的・定量的に捉えることが可能となっているが、膨大なデータの統合は人間の能力では追いつかないの統合は人間の能力では追いつかない

ト
ラン
ン
ス
オミ
ミ
クス
ス
ト
ラ
ス
オ
ク
解析
析デ
デー
ータ
タ
解

■超階層生物学■超階層生物学

トランスオミクス生物学（これまでの生物学）で関連付け
トランスオミクス生物学（これまでの生物学）で関連付けられる各オミクスデータは、多様な生命現象の中の一部
られる各オミクスデータは、多様な生命現象の中の一部に限られているに限られている

各階
階層
層で
で表
表れ
れる
る
各
多様
様な
な生
生命
命現
現象
象
多

遺伝子やRNA、タンパク質、代謝物など、生物種や生遺伝子やRNA、タンパク質、代謝物など、生物種や生命現象の構成要素全体を解析する（オミクス生物学）だ
命現象の構成要素全体を解析する（オミクス生物学）だ
けでなく、それらの網羅的な分子情報（オミクスデータ）
けでなく、それらの網羅的な分子情報（オミクスデータ）
を、バイオインフォマティクスの技術を用いて関連付け
を、バイオインフォマティクスの技術を用いて関連付けることが可能になった（トランスオミクス生物学）。しかし、ることが可能になった（トランスオミクス生物学）。しかし、トランスオミクス解析により導き出されるデータは、生物
トランスオミクス解析により導き出されるデータは、生物が表す生命現象のうちのごく一部分である。生物が示が表す生命現象のうちのごく一部分である。生物が示す様々な生命現象は、遺伝子から個体群にいたる各階
す様々な生命現象は、遺伝子から個体群にいたる各階層の複雑なネットワークの総和として提示されるため、層の複雑なネットワークの総和として提示されるため、トランスオミクス解析データに限らず、多階層に渡るネッ
トランスオミクス解析データに限らず、多階層に渡るネッ
トワークを統一的に理解することが必要となっている。
トワークを統一的に理解することが必要となっている。

行動、進化、生殖、学習、記憶、行動、進化、生殖、学習、記憶、共生、疾患、老化、多様性
共生、疾患、老化、多様性
集団行動、繁殖、社会性、捕食
集団行動、繁殖、社会性、捕食

AI
AI
解析
解析

AI解析を導入し、AI解析を導入し、人間の処理能力
人間の処理能力だけでは追い付だけでは追い付かない膨大なかない膨大な
データへ対応する
データへ対応する

例：ゼニゴケ精子の運動データのAI解析
例：ゼニゴケ精子の運動データのAI解析

AI解析
AI解析
人の目では違いが分からない
人の目では違いが分からない

野生型
野生型

変異体
変異体

AIの提案をAIの提案を
元に解析を
元に解析を
進めること
進めること
で、変異体
で、変異体
の解析へ
の解析へ

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

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NIBB
NIBB

超階層生物学を推進するための導入機器
超階層生物学を推進するための導入機器

15
15

■
■ 超階層生物学研究システム
超階層生物学研究システム
高速高解像共焦点顕微鏡及びハイブリッド型質量分析計を導入し、各階層の多種多様な生命現象を対象として、データ取得・定量的解析を行う。基礎生物学研究所
高速高解像共焦点顕微鏡及びハイブリッド型質量分析計を導入し、各階層の多種多様な生命現象を対象として、データ取得・定量的解析を行う。基礎生物学研究所の現有設備から得られるデータも含め、生命現象に関わる膨大なビッグデータをクラスターコンピュータに格納し、これらのデータをAIにより統合的に解析し、多階層の現有設備から得られるデータも含め、生命現象に関わる膨大なビッグデータをクラスターコンピュータに格納し、これらのデータをAIにより統合的に解析し、多階層に渡る生命現象の理解へとつなげる。（令和4年度概算要求・基盤的設備等整備分にて要求）に渡る生命現象の理解へとつなげる。（令和4年度概算要求・基盤的設備等整備分にて要求）

各階層で表れる
各階層で表れる
多様な生命現象
多様な生命現象

遺伝子
遺伝子

ビッグデータおよびビッグデータおよびAI解析対応AI解析対応クラスターコンピュータ
クラスターコンピュータ（現有設備）（現有設備）
次世代DNAシーケンサー
次世代DNAシーケンサー

高速高解像
高速高解像
共焦点顕微鏡共焦点顕微鏡

（現有設備）（現有設備）
先端顕微鏡
先端顕微鏡

計算サーバ
計算サーバ
（高メモリ型）（高メモリ型）

バイオイメージングデータ
バイオイメージングデータ

高分子
高分子

ゲノムデータ
ゲノムデータ--環境条件間の環境条件間の細胞小器官
細胞小器官
トランスクリプトームデータ
トランスクリプトームデータ

細胞
細胞
器官・組織
器官・組織

--各階層のオミク
各階層のオミクスを関連づけ統スを関連づけ統合する計算処理
合する計算処理

データ
データ
統合
統合

ハイブリッド型
ハイブリッド型
質量分析計
質量分析計

個体
個体

プロテオームデータ
プロテオームデータ

個体群
個体群

メタボロームデータ
メタボロームデータ

計算サーバ
比較の計算
計算サーバ - 比較の計算-生物間の比較
生物間の比較
（分散処理型）（分散処理型） や進化の解析
や進化の解析

--AIによる各階層
AIによる各階層間モデルの推定間モデルの推定

リレーショナルリレーショナル
データベース
データベース--多階層オミクス
多階層オミクス
データを相互に
データを相互に関連づけた結果関連づけた結果
をデータベース
をデータベース
化
化

ビッグデータビッグデータストレージ
ストレージ--ビッグデータを
ビッグデータを保存
保存（現有設備）（現有設備）
各種顕微鏡、測定機器
各種顕微鏡、測定機器※ 各階層から伸びる矢印はデータ統合のごく一部の例を示すものである。実際にはより多様な階層から複合的にデータを取得・統合する。
※ 各階層から伸びる矢印はデータ統合のごく一部の例を示すものである。実際にはより多様な階層から複合的にデータを取得・統合する。

自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所

NIBB
NIBB

超階層生物学の年次計画
超階層生物学の年次計画

16
16

■
第4期中期計画 AIを活用した超階層生物学研究拠点の構築
AIを活用した超階層生物学研究拠点の構築■ 第4期中期計画
R4年度
R4年度

超階層生物学センター（仮）の超階層生物学センター（仮）の
改組
改組
改組・運営
改組・運営
基盤的設備等高速高解像共焦点顕微鏡
高速高解像共焦点顕微鏡

基盤的設備等整備分で要求整備分で要求ハイブリッド型質量分析計
ハイブリッド型質量分析計
ビッグデータおよびAI解析対応
ビッグデータおよびAI解析対応
クラスターコンピュータ
クラスターコンピュータ

超階
階層
層生
生物
物学
学
超
研究
究シ
シ
ス
テム
ム
研
ス
テ

機器導入
機器導入

組織
組織

取組内容
取組内容

各室の設置・運営
各室の設置・運営

研究活動
研究活動

各室への研究教育職員、各室への研究教育職員、技術支援員の配置
技術支援員の配置

設置
設置

R5年度
R5年度

R6年度
R6年度

R7年度
R7年度

R8年度
R8年度

R9年度
R9年度

運営（研究支援・技術開発）
運営（研究支援・技術開発）
運用（共同利用・共同研究）
運用（共同利用・共同研究）
運用（共同利用・共同研究）
運用（共同利用・共同研究）
運用（共同利用・共同研究）
運用（共同利用・共同研究）
運営（研究支援）
運営（研究支援）
解析手法の確立、研究の実施と支援
解析手法の確立、研究の実施と支援

階層を超えて生命現象の解明を
階層を超えて生命現象の解明を目指す研究の実施
目指す研究の実施

研究の実施
研究の実施

階層を超えた生命現象の解明を
階層を超えた生命現象の解明を目指す共同利用研究者の受入れ目指す共同利用研究者の受入れ

共同利用研究者の受入れ
共同利用研究者の受入れ

超階層生物学に関する会議・
超階層生物学に関する会議・研究会やトレーニングコースなど
研究会やトレーニングコースなど
による情報・技術・人材交流の実施
による情報・技術・人材交流の実施•• 全国の研究者に、各階層の生命科学研究における高感度かつハイスループットの先端分析技術を提供
全国の研究者に、各階層の生命科学研究における高感度かつハイスループットの先端分析技術を提供•• 取得した各階層のビッグデータから計算科学的に生物現象の背景にある原理を読み解くための解析基盤を確立・取得した各階層のビッグデータから計算科学的に生物現象の背景にある原理を読み解くための解析基盤を確立・
提供
提供•• 生命科学分野だけでなく、分子から宇宙に至るさらに幅広い階層にまたがる学際的な融合研究に貢献
生命科学分野だけでなく、分子から宇宙に至るさらに幅広い階層にまたがる学際的な融合研究に貢献
自然科学研究機構
自然科学研究機構 基礎生物学研究所
基礎生物学研究所52

3． 外部点検評価会議議事録53

2021 年度基礎生物学研究所外部点検評価会議
日時：令和４年３月８日（火）15:00～17:30
参加者【外部委員】（運営会議委員）丹羽仁史（熊本大学発生医学研究所教授）

福井 学（北海道大学低温科学研究所

教授）

経塚

淳子（東北大学大学院生命科学研究科教授）（外部有識者）
福田 裕穂（京都先端科学大学バイオ環境学部

教授）

齊藤

和季（理化学研究所環境資源科学研究センター センター長）

原田

慶恵（大阪大学タンパク質研究所

教授）【基生研参加者】
阿形 清和（基礎生物学研究所長
長谷部

教授）

光泰（副所長 教授）

上野

直人（第一研究主幹

教授）

吉田松生（第二研究主幹

教授）

高田慎治（第三研究主幹

教授）

川口 正代司（第四研究主幹 教授）
皆川純（第五研究主幹

教授）

藤森

俊彦（総研大生命科学研究科長

教授）

新美 輝幸（総研大生命科学研究科基礎生物学専攻副専攻長
真野 昌二（研究力強化戦略室副室長
立松 圭

教授）

准教授（司会））（研究力強化戦略室

企画・評価グループ 特任助教）

倉田智子（研究力強化戦略室

企画・評価グループ 特任助教）

定塚

勝樹（研究力強化戦略室

企画・評価グループ 助教）

藤田浩徳（研究力強化戦略室

企画・評価グループ 助教）【議事録担当】株式会社コングレ・グローバルコミュニケーションズ（真野） 定刻になりましたので、2021 年度の基生研の外部点検評価会議を始めさせていただきます。評価委員の皆さまにおかれましては、ご多忙の中をご出席いただきまして、
ありがとうございます。本日の司会を務めさせていただきます、研究力強化戦略室の真野と申します。どうぞよろしくお願いいたします。
最初に、所長の阿形からご挨拶をさせていただきます。よろしくお願いします。
（阿形）

皆さま、本日は外部評価会議ということで、よろしくお願いします。本日の外154

部評価メンバーですが、研究所の運営会議は外部委員が 10 名いらっしゃるのですが、その中から熊本大学発生医学研究所の丹羽さん、北海道大学低温科学研究所のセンター長だった福井さん、東北大学の経塚さんの３名にお願いしています。また、運営会議以外のメンバーとしては、福田さんと齊藤さんと原田さんの３名の方にお願いしています。今日はお忙しい中、ありがとうございます。一応、予定は２時間になっていますけれども、それよ
りも早く終了できるように頑張って、いろいろと忌憚のないご意見を頂きながら、会議を進めたいと思いますので、よろしくお願いします。
外部点検評価会議は毎年１回行っているのですが、なぜ外部評価会議をやるかというと、やはり大学共同利用機関ということで、外部のコミュニティの意見をきちんと反映させた形で研究所を運営することがミッションになっていることから、所外の運営会議の先生方と運営会議以外のコミュニティを代表される３名の方に外部評価をお願いしているということになります。
今は 2021 年度ですから、本来であれば 2020 年度の評価をしていただくのですけれども、今年は少し変則的にやらせていただいております。なぜならば、2021 年度のこの３月で第３期が終わります。今度の４月から第４期が始まりますが、来年度に第３期の話をするのは何となく間が抜けた感じがしますので、この第３期のうちに 2020 年度のみならず 2021
年度も含めた２年間分をこの外部評価会議でやっていただこうということにしております。
従って、本来は 2020 年度だけが対象なのですが、今回は 2020 年度と、もう３月になっていますから 2021 年度も含めて、まとめて評価の対象として、今日の評価会議で議論していただきたいということです。
さらに第３期が終わりますので、今日の資料の中には第３期の 2016 年から 2021 年までの６年間分をまとめた形で資料を作っていますので、第３期分をまとめてという意味合いも含めて、やらせていただきます。さらに第４期にはこういう形で活動するという研究所の第４期の中期目標・中期計画も簡単にご紹介して、第４期にどういう形でうちの研究所が挑むのか、どういう形で新しいことにチャレンジしていくのかをご説明し、それについても皆さまからご意見を頂ければと思います。お送りした資料の中に評価・助言する記入票という Word ファイルがあるのですが、今日はそれに記入していただければと思います。
真野さん、今月末までにもらったらいいのでしたか。
（真野）

そうですね。できれば早いうちに頂きたいと思います。

（阿形） はい。ただ、年度末で皆さんはお忙しいですから、評価・助言記入票という Wordがありますので、今日はそれも広げてもらって、どこかメモ書きをしていただいたらいいのではないかと思います。その記入票の中では、第３期に行った事業についてコメントを頂く部分、第４期に向かってのコメントを頂く部分、それから全般的にこれから進展すべき研究分野や、導入すべき機器としてどういうものを共同利用機関として入れるべきかといったことについて、最後にコメントを頂ければと思いますので、よろしくお願いします。
それでは、今日参加しているうちのメンバーから紹介させていただきます。まず私が所長で、３年前の 2019 年の４月に第３期の後半戦、第３期は６年間あるのですが、後半の３年間を私が所長としてやりました。前半の３年間は前所長の山本正幸さんが所長をされま255したので、私としては 2019 年からほぼ丸３年間、所長として機能しました。そのうちの２
年と３カ月はほとんどコロナがオーバーラップしていたという３年間であったということで、よろしくお願いします。
副所長は、第３期の前半の３年間の山本正幸さんのときは上野さんが副所長として機能されましたが、私が所長になってからは最初の１年間を上野さん、その後の２年間は長谷部さんがやっております。長谷部さん、簡単にご挨拶をお願いします。
（長谷部）
（阿形）

長谷部です。皆さん、本日はよろしくお願いいたします。
続きまして、うちには主幹制度というものがありまして、第一主幹から第五主幹という、一応、管理職になるのでしょうか、ヘッドクオーター機能を持たせているメンバーがいます。第一研究主幹は上野直人さんで、国際連携担当の教授です。上野さん、挨拶をお願いします。
（上野）

国際連携担当主幹の上野です。よろしくお願いいたします。

（阿形）

第二研究主幹は、財務を担当しています吉田さんにお願いしています。吉田さん、お願いします。
（吉田）

財務を担当しております、吉田です。よろしくお願いします。

（阿形） 第三研究主幹は総務、共同利用・共同研究担当の高田さんにお願いしています。
（高田）

高田です。よろしくお願いします。

（阿形）

第四研究主幹は、評価を担当している川口さんです。

（川口）

評価を担当しております、川口です。よろしくお願いします。

（阿形） 第五研究主幹は、安全衛生・知的財産・地域連携を担当している皆川さんです。
（皆川）

安全衛生・産学・知財を担当させていただいています、皆川です。よろしくお願いいたします。
（阿形） 安全衛生は今まではそんなに仕事が無茶苦茶あったわけではなかったのですが、コロナとともに結構忙しい職となりました。
次にご紹介するのは、うちの研究所は国立の研究所ですから総研大を介して大学院生を受け入れており、その総研大の中で、生理学専攻と国立遺伝学研究所の遺伝学専攻とうちの基礎生物学専攻の３専攻で生命科学研究科というものを構成しています。この２年間、藤森さんに生命科学研究科長として機能していただきましたので、今日の外部評価会議に356

も入っていただいています。藤森さん、紹介をお願いします。
（藤森）

藤森です。よろしくお願いします。

（阿形）

実質的に基礎生物学専攻として、うちの研究所の大学院担当では所長である私が専攻長をやっていて、副専攻長は新美さんがやっていますので、今日は新美さんにも参加してもらっています。新美さん、どうぞ。
（新美）

新美です。よろしくお願いします。

（阿形）

今日の外部評価で皆さまからご質問が出たときに、所長が答えられないときにはそれぞれの担当の教授に振るということで、参加していただいております。
それから研究力強化戦略室の副室長として、室長は副所長の長谷部さんですけれども、今日の司会をやっていただいています真野さんが今日は参加しています。真野さん、どうぞ。
（真野）真野です。どうぞよろしくお願いします。

（阿形）

それから、研究力強化戦略室の中には六つのグループがあるのですが、今日は評価ということで、企画・評価グループのメンバーの４名が参加しています。まず立松さん、顔を出して自己紹介をお願いします。
（立松）

企画・評価グループの立松です。今日はどうぞよろしくお願いいたします。

（阿形）

広報室の倉田さん、お願いします。

（倉田）倉田です。よろしくお願いします。

（阿形）アストロバイオロジーの定塚さん、お願いします。

（真野）

定塚さんはまだ Zoom には入っておりません。

（阿形）

藤田さんはいらっしゃいますか。

（藤田）藤田です。よろしくお願いします。

（阿形）

今回、議事録は株式会社コングレ・グローバルコミュニケーションズに頼んでいまして、テープ起こしをしますので、前もって録音していることをご了承のほどお願い
したいと思います。コングレさん、せっかくですので、顔を出していただければと思いま
す。
4
57

（荒木）

コングレ・グローバルコミュニケーションズの荒木です。よろしくお願いしま

す。
（阿形）

よろしくお願いします。議事録を取りますので、声だけでは識別がつきません

ので、申し訳ございませんけれども、名乗ってからご質問をお願いしたいと思います。
それでは、今日の外部評価委員の方を順番に、熊本大学発生医学研究所の丹羽所長からお願いします。
（丹羽）

発生研の丹羽です。この２年間、所長をやっていましたが、まだあと２年やることになりました。よろしくお願いいたします。
（阿形）

よろしくお願いします。続いて、北海道大学低温科学研究所の福井さんです。

今年いっぱいでしたか。
（福井）

今年度いっぱいです。あと３週間くらいあります。

（阿形）

自己紹介をお願いします。

（福井）

低温科学研究所の福井と申します。よろしくお願いします。前回、山本前所長のときに最後の外部点検を一度、務めさせていただいており、今回で２回目ですので、よろしくお願いします。
（阿形）

続いて東北大学の経塚先生、お願いします。

（経塚）

東北大学生命科学研究科の経塚です。植物の研究をしています。基生研の外部評価委員は初めてなので、あまり変なことを言わないようにしようと思っています。よろしくお願いします。
（阿形）

遠慮なくお願いします。続いて運営会議以外のメンバーとして、福田さん、自己紹介をお願いします。
（福田）

去年の４月から京都先端科学大学というところにいます、福田と申します。どうぞよろしくお願いします。
（阿形）

東大の副学長は何年やられたのでしたか。

（福田）理事・副学長を４年、その前に研究科長を２年、その前に副学長を２年やっています。８年くらい、そういうことばかりやっていました。

5
58

（阿形）

では、外部評価は得意ですね。よろしくお願いします。続いて齊藤さん、お願

いします。
（齊藤）

理化学研究所の環境資源科学研究センターのセンター長の齊藤です。どうぞよ

ろしくお願いいたします。
（阿形）

よろしくお願いします。

（齊藤）

２年前に前センター長の篠崎一雄先生から引き継いで、引き継いだ途端にコロナになって、まずコロナ対応という、あまり面白くない仕事にだいぶ関わりました。皆さんもそうでしょうけれども。基生研の外部評価は初めてですので、どうぞよろしくお願い
します。
（阿形）

よろしくお願いします。続いて原田さん、お願いします。

（原田）

こんにちは。大阪大学タンパク質研究所の原田慶恵と申します。実はこの前、生命創成探究センター（ExCELLS）の外部評価をやったばかりで、それでこちらも頼まれたので、頭が少しだけこんがらかってしまったのですが、基生研の外部評価は初めてなので、楽しみにしています。よろしくお願いいたします。
（阿形）

よろしくお願いします。生物物理学会の会長はまだされているのですか。

（原田）

もう会長は退任したのですが、男女共同参画学協会連絡会という巨大なものの委員長をやらされたりして、大変です。
（阿形）

ご苦労さまです。今日も２時間ほど、よろしくお願いします。

これから資料１を基に第３期の活動について、PowerPoint を使って私から 30 分くらいでパフォーマンスについてご報告申し上げます。内容的には、第３期は 2020 年に文科省の外部検証があり、４年間分の自己検証報告書に関する検証があったのですが、そのときに七つの項目に分けて報告書を作ることになりました。その七つの項目の１番の運営面、２番の中核拠点性、３番の国際性、４番の研究資源、５番の新分野創出、６番の人材育成、７番の社会との関わりという七つの観点でまとめてあります。資料１は、それに従ってまとめたものです。
まずは１番と２番の運営面と中核拠点性について説明した後に、質疑応答を頂きます。
それから３番の国際性と４番の研究資源の説明をした後に、委員の方から質疑応答を頂きます。５分間の休憩の後、後半戦では新分野創出、人材育成、社会との関わりという５番、６番、７番を説明させていただいてから、委員の方から質疑応答を頂いて、最後に第４期の取り組みについて資料２を基に説明をして、ご意見を頂くという構成でやらせていただ
きます。

6
59

１．第３期中期目標期間の活動報告（阿形）

では、資料１を基に、令和３年度の基礎生物学研究所の活動紹介ということで報告させていただきます。
（以下スライド併用）#2
基礎生物学研究所のミッションは、「モデル生物から非モデル生物に至る幅広い生き物を対象とした、多様な研究分野や生物現象の研究を最先端技術を用いて展開し、『生き物研
究の世界の拠点』として、世界レベルの高水準の研究基盤を形成する」こと、それから「高水準の研究基盤と幅広い研究力を基に、共同利用・共同研究・トレーニングコースを他大学や研究機関の研究者に提供することで、生物学コミュニティ全体の研究力の強化に貢献する」ことです。研究所自体が常にフロントの研究をし、そのフロントの研究をコミュニ
ティに反映させていくということをミッションとして、1977 年に設立されております。
#3
歴史的には、1977 年に創設されて、1988 年に総研大が発足し、この時に大学院ができております。最初は大学院はつくらないということだったのですが、11 年後の 1988 年に総研大がつくられて、研究所に大学院生が来るということで、最初は後期３年間の博士課程だけが許されました。
岡崎国立共同研究機構が 1981 年に設立されていますが、岡崎３研究所（生理学研究所、分子科学研究所、基礎生物学研究所）で、2000 年に統合バイオサイエンスセンターというものがつくられて、これが 2018 年に、先ほど原田さんが外部評価委員会をやらされていたという生命創成探求センター（ExCELLS）というものになりました。その歴史はこの３研究所でつくった統合バイオサイエンスセンターが背景にあるということです。
2004 年にいわゆる法人化がなされて、大学共同利用機関法人自然科学研究機構となって、国立天文台と核融合科学研究所と岡崎３研究所の五つの研究所で、大学共同利用機関法人の四つのうちの一つとして自然科学研究機構がつくられ、その中に五つの研究所でクラスターをつくりました。
2013 年には、東北の大震災の後に各大学の持っている生物試料をバイオバックアップ、
凍結保存するということで IBBP (Inter-University Bio-Backup Project for Basic Biology) が開始されました。急な災害があったときに稀少なサンプルがなくならないように、基礎生物学
研究所が中核となって凍結保存をして、何かトラブルがあって試料がなくなったときには、その冷凍保管していたものから実験を再開することができるというシステムを構築しました。2011 年の東北の大震災の後に、このプロジェクトに参画したということになります。
#4
生き物研究の中核拠点のイメージとしては、幅広い多様な生き物を使い、また、多様な生物現象を対象として、それらの共通原理や多様性の解明をするということが、基礎生物学研究所のカラーであり、分かりやすいポイントかと思います。
7
60

#5
次に運営面の中の予算です。この６年間、特に第３期はどのようにやってきたかは、この５ページの図を見ていただくと分かると思います。下半分が運営費交付金および自己収入ですが、12 億～13 億円くらいでやっているということになります。運営費交付金としては、私の頭の中では大体 12.5 億円が年間の予算になっています。上半分が外部資金で、2016
年は 8 億 2000 万円、2021 年は 12 億 3300 万円です。今年は少し多いのは、昨年にコロナで使えなかった分を繰り越しているためです。イメージとしては、全体では 20 億円から二十数億円で研究所が運営されていて、その６割くらいが運営交付金だということになります。
12.5 億円の内訳なのですが、実は人件費がここでは８億円になっていて、電気代が２億円くらい、それから IBBP の費用が 0.8 億円ということで、人件費や電気代、IBBP の費用、共同研究といったもので大体終わってしまいます。あとは各研究室が獲得した外部資金で各研究室の研究をしています。かつ、外部資金の間接経費で研究所の各施設・センターを運営しているということで、皆さまの間接経費を上手く活用して運営しているということになります。
#6
私が 2019 年に来たときに、この予算ではとてもではないが厳しいということで、いろいろな工夫をしたのですけれども、2019 年 10 月 25 日に全所員を集めて節電宣言をしました。
このままでは人を切らなければいけなくなるから、人を切るのではなくて、まずは節電をしてほしいと要請したら、皆さまがしっかりとやってくださって、2019 年から先が節電宣言をした後ですが、毎月どんどん下がってきたわけです。節電宣言をしてから毎年下がってきて、現在、宣言から 2.5 年がたっているわけですが、約 5500 万円の電気代を節約して、年間では約 2200 万円の節電が行われるようになりました。
#7
組織と人数規模です。全部で 300 人強でこの研究所は運営されています。組織としては所長の下に運営会議、それから先ほど申し上げました研究力強化戦略室があり、研究については 13 の部門と 12 の研究室があって、それらが各領域で分けられています。それからセンター、研究施設、技術課で成り立っております。研究施設はモデル生物研究センター、
生物機能解析センター、IBBP センターから構成されており、2013 年からは新規モデル生物
開発センターができて、今はこの四つのセンターで運営されています。
教授の人数は 16～17 人、准教授が 13～14 人、そして助教が 2019 年から 2020 年でぐっと増えているのは、NIBB リサーチフェローという３年間の研究員の身分だった方を５年の特任助教に振り替えたので、ここで人数が増えています。その分、NIBB リサーチフェロ
ーという研究員の数が減っています。それから技術課が 27～29 人で、現在は 29 名の技術職員が各部門もしくはセンター、施設の技術スタッフとして働いています。事務支援員と技術支援員は 100 人強で、総計 300 人強で研究所が運営されていることになります。
#8861

2013 年に、文科省の研究大学強化促進事業というものが始まりました。要するに 3000 万円前後の URA の雇用費を文部科学省が出すので、この経費で URA 職員を雇って研究力・
マネジメントを強化するということで、それに合わせて研究力強化戦略室がつくられました。現在は長谷部副所長が室長をやっていまして、真野さんが副室長、企画・評価グルー
プ、共同利用グループ、国内国際連携グループ、若手研究者支援グループ、広報室、産学連携グループの六つのグループがあります。各グループに関する委員会があり、それぞれに実働部隊がいて、この研究力強化戦略室を中心に研究室のマネジメントを行っています。
ここには教授、准教授、URA 職員、技術課の職員の方も入って、各グループを構成して、六つのミッションのグループでマネジメントを行っています。月に１回、実務担当者会議を行って、研究所のマネジメントをしています。また、教授会議は月に１回、第２金曜日にやっております。加えて、大学院の会議の専攻委員会と教授・スタッフ会議があるのですが、私が来てからは、できるだけ研究に専念するために、それらは全て月に１回、第２金曜日に全て固めています。その日はもう朝から夕方までひたすら会議をしているのです
けれども、その 1 日だけはマネジメントに専念し、あとはもう研究に専念するというシス
テムでやっております。
#9
ここまでが運営面の話で、ここからは２番の中核拠点性にお話を進めさせていただきます。中核拠点であるために、共同利用・共同研究を推進するためのセンターの機能強化ということで、この６年間で全 1000 件、平均して１年間に 200 件弱の共同利用研究を受け入れて、全国の大学の全国の研究者のいろいろな研究をサポートしています。
生物機能解析センターでは、生物機能情報分析室で DNA のシーケンスやタンパク質の機能分析などの機器を管理・運営して、共同研究を受け入れています。光学解析室では顕微鏡を中心として、それから大型スペクトログラフなどを加えた光学機器の共同研究を受け入れています。情報管理解析室では出てきたデータをサーバーに保管して、コミュニテ
ィにそのデータベースを提供しています。
モデル生物を用いた研究のサポートについてはモデル生物研究センターがありまして、
主に動物ではマウスを中心としながら、ナショナルバイオリソースのメダカ、ゼブラフィ
ッシュといったモデル生物をサポートし、モデル植物の支援に関しましても、NBRP のア
サガオを含むいろいろな植物の飼育支援をしています。
さらに 2013 年に新規モデル生物開発センターという、いわゆる非モデル動物を対象とした解析センターをつくり、全国のモデル生物以外のものを使っている方々の研究をサポートするべく、ゲノムシーケンスを行ったり、ゲノム編集技術を教えています。
#10
共同利用・共同研究の遠隔化の取り組み例をご紹介します。この２年間、コロナとともに共同研究の受け入れ件数もかなり減って困ったわけですが、できるだけそういったコロナの環境においてもリモートで共同研究をサポートできるように、リモートシステムで、特に画像解析関係は共同利用のサンプルをもらって、うちのテクニカルスタッフが光学機
器をオペレーションしながら共同研究を進めるという、オンラインでの共同研究を行って
9
62

います。
また、バイオインフォマティクスのトレーニングコースも、今までは現地に来ていただ
いて、各参加者にノートパソコンを１台ずつ割り当ててやっていたのですが、リモートでできるように、うちの大型計算機センターに VPN で入っていただいて、各自の端末から大型計算機にあるワークステーションにアクセスしながら、バイオインフォマティクスのト
レーニングコースを行うという形で対応しました。そうして共同研究をコロナ禍においても継続するシステムを構築したということになります。
#11
そういった最新鋭の機器を使いながらどういった研究をしたか、中核拠点としてのアクティビティをどのように示したかという点について、ここで６年間分の主たる結果をご紹介しております。
2022 年、最近ではシロアリのゲノムを解読しました。シロアリにはカースト制があるわ
けですけれども、全て同じゲノムを持っているのにどうやってカーストができるか、違った階級のものができるかということで、遺伝子をゲノム解析した結果、どうも重複遺伝子が多いことが分かりました。ゲノム解析をしただけではなくて、それぞれのトランスクリ
プトームも行い、実は重複した遺伝子があって、それぞれ重複した遺伝子が違うカーストで使われており、そうしてシロアリの社会性は進化したということ、ゲノム上の遺伝子重複が起こり、違うカーストで遺伝子を使い分けることによって社会性昆虫のシステムが出来上がっているということを見つけてきました。
2021 年は食作用の、１個の細胞がファゴサイトーシスとピノサイトーシスの２種類の取り込みをするのですが、マクロピノサイトーシスという第３の口を開けて取るというものについて、実はこれはピノサイトーシスというよりもファゴサイトーシスの方に近いのだということを、数理モデルを基に証明しました。
2020 年のハイライトは、長谷部研のハエトリソウです。ハエトリソウの記憶の仕組みを解明しました。ハエトリソウは１回触っただけでは閉じないのですが、30 秒以内に２回目を触ると閉じるのです。虫がちょうど真ん中に来たくらいで閉じて、食虫植物としてそれを消化して食べるのですが、そのメカニズム、なぜ 30 秒の間に２回目を触ると閉じるようになっているのかを見るために、要するに動物の神経系のカルシウムイメージングをする
GCaMP コンストラクトの遺伝子を入れたトランスジェニックのハエトリソウを作って、カルシウムイメージングをして、30 秒以内に２回目の接触があると、カルシウムシグナル
が閾値を超えて閉じるようになるということを証明しました。
地球温暖化で海水温が上がるとともにサンゴの白化現象が起きて、サンゴが絶滅するということで問題になっているわけですけれども、それはサンゴの方の問題ではなくて、共生している褐虫藻の方が高温ストレスを感じて逃げ出すということを、皆川研では見いだしました。これはサンゴそのものではなくて、セイタカイソギンチャクというサンゴのモデルとなるような刺胞動物を使って、共生藻の共生能力が温度とともに変化するということを証明しています。
上野研はメカノセンシングの仕組みで、初期発生のときにメカノセンシングをしながら起こる形態形成の過程で、ERK シグナルが上がるということで、その ERK シグナルは何1063

と FGF のレセプターを介して入っているらしい、FGF のレセプターがどうもメカノセン
シングをしているらしいといいうことを報告しています。
東島研はいろいろな神経細胞が染まっているトランスジェニックのゼブラフィッシュラ
インを使って、魚が左右の協調運動をどのようにしてやっているかということで、結局、抑制性の右側にある感覚器が左側の筋肉につながっていて、左側の感覚神経が右側の筋肉につながっているという、交叉型・抑制型の神経細胞が右と左のコーディネーションをしているということを見いだしました。
#122019 年に特徴となったのは、川口研の共生のものです。ミヤコグサが根粒細菌と共生していて根粒を作るわけですが、この根粒を作るメカニズムとしては、実は側根を作る遺伝
子メカニズムを共用しながら根粒を作っているのだということを見出しました。
吉田研は、精子幹細胞がなぜ常に絶えず一定の数を提供できるのかということで、FGFの取り合いをしながら常に一定の幹細胞数を作っていることを見いだしました。
新美研はテントウムシの多様な斑紋を作っている遺伝子について、ゲノム解析も含めて、
パニアという転写因子がこの斑紋パターンを決めている、パニアの発現制御で斑紋ができているということで、その遺伝子を見つけました。
青木研は FRET を使ったりして、いろいろな細胞の中で起きている化学反応について、ある分子の活性をビジュアル化して定量化しています。今回、光遺伝学を使って ERK 分子の活性化をコントロールすると、ERK シグナルの伝わり方、活性化と逆方向に進んでいく、
コレクティブマイグレーションが起きるということを見いだしました。
高田研は、二つのタイプのヘパラン硫酸がドット状に違う分布をして、そこで Wnt がモ
ルフォゲンの足場となってシグナルを送り込んでいるらしいということを見つけました。
皆川研は、植物に光が強く当たると、植物は焼けてしまうわけですが、それをいかに防ぐかということで、青色光受容体フォトトロピンがそれを感知して葉緑体が焼けるのを避けているということを見いだしました。
こういった形で、それぞれイメージングやゲノムシーケンスなど、先端のテクノロジーをうまく使いながら、生物拠点の中核機関としての機能を果たすのにある程度ふさわしい研究内容をこの６年間、出し続けたというのは、一番のミッションである中核拠点性についても十分に果たしただろうと、われわれとしては内部評価をしています。
１番の運営面と２番の中核拠点性の２点について、少し長くなりましたけれども、ご紹介した次第です。評価委員の方々から何かご質問やご意見があれば、受け付けたいと思い
ます。
（福田）

福田です。つまらない質問を幾つかしてよろしいでしょうか。一つはミッションに関わっていて、なぜ多様な生物を研究するのですか。
（阿形）

それぞれの生き物が持つユニークな生物現象、共通の基盤は持っていますけれ

ども、それぞれの生き物が環境に応じて特異な部分を伸ばして、環境に適応していますので、そういった特異な部分をうまく使いながら共通の原理を見つけていく、もしくはどう
1164

やってその多様な機能が進化したかを見ていくということが、一つのポイントではないかと私は理解しています。
（福田）

もう少し良い言い方があるのかもしれないのですが、要するにそれが基生研の研究の特徴であるということをきちんと言えると、発信力が出るかなと思ったのです。必
ずしもみんなそういう視点で研究所や大学の研究の専攻などを運営していないような気がするので、多様な生物を研究することによって初めて見えてくる何かがあって、それが基生研の特徴だということをもう少し強く訴えると、基生研の特徴が出てくると思います。
実際に今回の研究にしても、非常に多様な生き物で多様な新しい発見があって、それはモデル生物だけをやっていたら、多分、分からなかったに違いないことですし、今はもうい
ろいろな生き物を使った研究ができる時代に実は入っていて、そのフロントをまさに基生研がやっているという主張があると、かっこいいと思ったのです。
（阿形）

分かりました。モデル生物ではなかなか解き明かせなかったもの、生物現象の背景にあるものを、それぞれの特徴を持った生き物を使って解き明かしているという言い方、整理の仕方がよろしいかと思います。
（福田）ありがとうございます。もう１点、これは大した質問ではないのですが、今、特任助教の人たちをたくさん増やして、その人たちが５年任期だという話でしたけれども、無期転換は大丈夫なのですか。
（阿形）

良い質問だと思います。今も無期転換の議論をしているのですが、サイエンテ

ィストに関しては、やはり５年を一つの区切りとして勝負しようということにしております。助教と准教授は５年やった後に更新審査があって 10 年できるということで、10 年間のタームでしっかりと自分の看板の仕事を出していただいて、プロモーションを図るという目標にしています。
NIBB リサーチフェローというのは、昔は研究所のポスドク的なものは３年でやっていたのですが、やはり３年ではなかなか新しいことにチャレンジできないだろうということ
で５年にして、５年の間で今までやっていなかったような新しいサイエンスにチャレンジ
してもらうべく、私が来てから５年任期にしました。これについては更新して延ばすということは現在まで認めていません。
（福田）

僕が最後に東大の理事をやっていたとき、これは非常に大きな問題というか、シリアスな問題になると理解していたのですが、良い方法を見出せないまま東大を離れてしまいました。その後、どうなったのかは知らないのですけれども、５年間雇用すると、「そのまま私は続けたい」と言われたときに拒否することはできないので、もっと前から対応を考えておいた方がいいのではないかという気がします。
（阿形）

はい。高田さん、何かコメントはありますでしょうか。

12
65

（高田）

総務・人事担当の高田です。福田先生、どうもありがとうございました。われわれが認識・理解する限りでは、研究者、研究技術に関わるスタッフは、研究開発力強化法（現在は、科学技術・イノベーション法）によって５年ではなく 10 年間雇用されると無期転換の権利が発生すると認識しております。今回ご指摘がありました特任助教に関しましては、そういう意味では福田先生の考えているご懸念には対応しないものだろうと思います。
ただ、研究所としては、今、所長が申し上げたとおり、助教・准教授には任期を付けておりまして、それは 10 年としております。そういった方々には 10 年の中で成果を出してプロモーションしていただくことを最優先に考えていただくという形で研究所としては対処しております。お答えになっておりますでしょうか。
（福田）

多分、そういう考え方もできるのですが、できない可能性も結構あると僕らは東大のときに判断していて、そのための対応を取る必要があると考えていました。もしかすると細かいところを法律家との間で少し詰めておいた方がいいかもしれないということ
だけサジェスチョンさせていただきたいと思います。以上です。
（高田）

どうもありがとうございました。われわれもこれからも引き続き検討を続けた

いと考えております。ありがとうございました。
（阿形）

他にありますか。

#7（齊藤）

よろしいですか。齊藤です。今ちょうど福田先生が提起されたことで、この表にある研究系の助教・准教授の方が５年プラス５年の 10 年というのは、多分、皆さん理解できると思うのですが、技術職員や支援員、いわゆるテクニシャン、テクニカルスタッフの方については、研究開発力強化法で 10 年ということですけれども、来年の 2023 年がちょうど 10 年の区切りになりますよね。そうすると、2013 年より以前から雇用されている
方は 2023 年で 10 年になる方もおられるのではないかと思うのですが、こういう方々の転換というのはなかなか難しいと思うのです。その辺は何か方策があるのでしょうか。
（阿形）

それについてはもちろん、うちもかなりエクステンシブに議論しております。

URA 職員に関しましてはこの前初めて、5 年、10 年たったときには審査をして無期転換にするということで、審査が終わって、今週の教授会でオーソライズすることになります。
事務支援の方の任期については５年で来るわけですけれども、５年雇用した場合にはその後ちゃんとしっかりと雇用しましょうというのが元々の精神性なのですが、予算が厳し
い大学や研究所では５年がたつ前に切るという逆の解釈になってしまっているので、それはやはり駄目だろうと。
そういったカルチャーはやはりきちんとした元の精神性に戻して、予算がないからといって５年たったら辞めてもらうのではなくて、きちんと雇用する方にシフトしようということを議論している最中です。今週の教授会議でその辺のところを議論して決めることになっています。
1366

技術支援の方に関しましては、研究開発力強化法で５年プラス５年でいけるのですが、10 年後に無期転換するのかどうかはまだ議論がありまして、そこについてはもうワンステ
ップ置いて、まずは事務支援の方から始めようということになっています。技術支援の方をどの段階で無期転換するのかということについては今、意見が分かれていて、技術支援の方も今度の教授会議である程度無期転換する方向にしようという考え方と、いくら何でもそれは予算的に無理ではないかという考え方があり、今週そういったことを議論することになっております。
研究所としては、予算がないから切るという方向から少しずつ、きちんと安定して生活できるような方向性に精神的なものとしてはシフトするように、今、動いているという状
態です。
（齊藤）

ありがとうございます。どこも対応が大変だろうと思っています。ご苦労さま

です。
（阿形）

精神性的にはだいぶ受け入れられつつあるのですが、今日もここに吉田予算委

員長がいますが、吉田委員長としても、やはり気持ちは分かるけれども現実の問題が常にあって、その辺でまだ葛藤しているのが現状です。
（真野）

ありがとうございます。丹羽先生、お願いします。

（丹羽）

よろしいですか。単純に研究所の運営者の立場から興味を持った質問なのですが、教授が 16 名に対して、それ以外の方の数がすごく多いという印象でして、われわれの研究所の場合は教授が 12 名で、その他のメンバーを全部足してもせいぜい 100 人なのです。16 名に対して 314 名というのはすごい数で、この人数を維持する財源というのは、先ほどの運営費交付金の人件費だけで動いているのか、あるいはそれぞれの外部予算で雇用された方がかなり交ざっているのか、その辺りはどれくらいの比率で動いているものなの
ですか。
（阿形）

外部資金で技術支援と事務支援を雇っているケースは結構あります。この内訳をきちんと言えるかというと、なかなか難しいのですが、いわゆる承継職員で、運営費交付金で雇っている範囲は、教授、准教授、助教、特任助教です。一部の特任助教は外部資金での雇用の場合もあります。あとは技術職員のところまでは運営費交付金で雇用しております。
支援員の 100 人強は運営費交付金でやっている部分と外部資金でやっている部分が１対３くらいの割合ですかね。それくらいの割合で支援員の方がいるということです。総研大生に関しては、後で説明しますが、リサーチアシスタントということで年間 100 万円の RA費を払っているということになります。研究員に関しては、外部資金でポスドクとして雇っている方がほとんどであると理解していいのではないかと思っています。
（丹羽）

今、基生研であれば、かなりの機器類をお持ちで、その維持管理費だけでも相1467当な額になると思われるのですが、恐らくその財源としても管理運営費くらいしか外部資
金ではサポートできないので、管理運営費の方からの持ち出しになってくると思うのです
けれども、そこをうまくやりくりしているポイントというのは何なのでしょうか。
（阿形）

吉田予算委員長、いかがでしょうか。

#5
（吉田）

やりくり担当の吉田です。今、所長から説明がありましたように、かなりカツ

カツではあります。例えば機器の運営費に関しては、外部資金の中に入っていると思うのですが、ABiS や科研費の共通の基盤整備、それらはもちろん科研費の共同利用研究をサポートするということなのですけれども、それはわれわれの持っている機器を使ってサポートするという位置付けで、共同利用機関のミッションともかなり一致するのですが、そういったものを維持管理に実際には使わせていただいているということはあります。あとは間接経費などを毎年計算しながらやっています。
（丹羽）

所内や所外の方に対して、共通機器の使用料というのは何か。

（吉田）

なるほど。それは原則としては取れない状況です。少なくとも今は頂いていません。共同利用機関として共同研究のための経費を配分しているので、そういうものは取れないという昔からの言い伝えのようなものがあり、そこがなかなか事務的に動かないというのが実際のところです。
（阿形）

ただ、シーケンサーなどの高い消耗品については、受益者負担でもらっていま

すよね。
（吉田）

そうですね。機器の使用料は徴収していないのですが、実際に使う消耗品など

は、特に高額の場合は試薬等を買っていただいて、それを使って共同利用研究を行っています。特に次世代シーケンサーは高額なので、そういった形で運用しています。ですから、
ランニングコストに関しては持ち出すものはあまり多くないのですが、やはり機器を最新のものにしておいて、保守契約を含めてメンテナンスしていくところではいろいろな手を使っているというのが、実際のところです。
もう一つ、機器に関しては、大型の外部資金を取られた方がその研究の目的外の時間を研究所に委託して、それを使って共同利用もサポートするということも進めて、いろいろ苦労しながらやっています。
（丹羽）ありがとうございます。

（経塚）

関連して、いいですか。このグラフの中の自己収入とは具体的に何から来る収入で、例えばそういうものを儲けるようにというプレッシャーなどは基生研でもあるので
すか。
15
68

（吉田）

私からよろしいでしょうか。

（阿形）

吉田さん、お願いします。

（吉田）

この自己収入は、色は分からないのですが、このグラフではほとんど見えないくらいに実はなってしまっています。ただ、これは基生研としては今、すごく頑張っているところで、所長からも先ほど話があったかもしれませんが、ニコニコ動画で動画を配信
して、基生研のファンを増やすともに収入を得るとか、そういったことはやっています。
例えば、大学では病院の収入などはここに入ってくるのですが、基生研ではそういったことはなくて、項目としてはあるのですけれども、この大きな枠の中ではそれほど大きなものにはなっていません。
（阿形）

もう色が見られない状態で、つぶれています。

（真野）

だいぶ時間も来ておりますので、他に質問がありましたら、コメント票にご記載いただければと思います。続きまして、国際性と研究資源の説明をお願いします。
#13
（阿形）

では、国際性について説明させていただきます。国際性に関しましては、今、海外との連携をどのようにやっているかというと、2005 年から EMBL（European Molecular
Biology Laboratory）と連携して、主に国際的なバイオイメージングネットワークである
Global BioImaging に参画しております。
また、機構の国際連携の組織の IRCC (International Research Collaboration Center) との関係の中で、ヨーロッパとはハイデルベルグ大学の Centre for Organismal Studies (COS) という、
比較的うちと似たような非モデル動物を使った生物センターと国際連携をして、セミナー
や人的な交流をしたり、COS の女性の客員教授がうちに来て、セイタカイソギンチャクと褐虫藻の共生プロジェクトを進めたりしています。
アメリカのプリンストン大学と、自然科学研究機構の IRCC の支援の下に定量生物学の共同研究をしています。今は青木教授が向こうと併任して、ポスドク１名と国際共同研究をしています。
アジアはシンガポールの Temasek とやっていたのですが、2020 年に連携協定がいったん終結し、シンガポール国立大学を含めた新たな枠組みで連携の再構築を始めているという状態です。
あとはボトムアップ型国際共同研究として各研究者が国際共同研究を展開するという、
このような形でグローバルネットワークの形成をしております。
国際シンポジウムとしては NIBB コンファレンスを、いろいろなテーマを決めて、年に１回開催しています。ただ、残念ながらこの２年間はコロナで開催できていません。
国際プラクティカルコースというインターナショナルなトレーニングコースは評判が結構良くて、小型魚類、両生類、棘皮動物（ウニ）などのモデル動物もしくは非モデル動物
1669

を使った研究のトレーニングコースを全世界に広めているという状態です。
#14
研究資源に関しましては、研究コミュニティへの支援はうちのかなり大きなミッションです。先ほど説明しましたように IBBP（Interuniversity Bio-Backup Project for Basic Biology）
で、七つの大学をサテライト機関として、そこに一つのハブをつくっていただいて、七つの大学で日本全国を七つに分割して、各サテライト機関からニーズをすくい上げ、うちで液体窒素による保管をするというシステムでやっています。今までに約 200 万サンプルをうちが受け取って、それを液体窒素で保管しています。
また、今は単に受け入れるだけではなくて、共同利用研究を通じて、今まで凍結保存できていなかった生き物を凍結保存するシステムの開発を行い、それからトレーニングコー
スでそれを広めて、生物試料の凍結保存を進めております。ナショナルバイオリソースでもそれぞれ凍結保存をしていますが、うちの研究所がやはり凍結保存に関してのノウハウを持っていて、今、約 200 万サンプルが凍結保存されています。
#15
ナショナルバイオリソースとしては三つをやっています。コア機関になっているのはメダカです。メダカに関しては、私が所長で最も判子を押さなければいけないのが MTA ですが、2019 年度は 670 系統のリクエストがあり、クローンについては 100 件前後、孵化酵素については数百本のリクエストが年間であります。日本全国、それから海外も含めて、かなりの数のものがナショナルバイオリソースとして機能しているということで、うちの一つの看板 NBRP プロジェクトです。
#16
小型魚類のゼブラフィッシュに関しましては分担機関となっており、年間 30～40 の系統
をリクエストされて分配しています。
#17
植物に関しましてはアサガオの分担期間として、九州大学が中核機関なのですが、年間にこういった数の系統を配布しています。
#18
バイオリソースデータベースですが、ここにあるように１番から 10 番まで、10 種類の生き物に関しまして公開しています。どれも非モデル生物が多いと思いますけれども、共同研究その他でいろいろなシーケンスをするわけですが、トランスクリプトーム解析やゲノム解析などのデータを全部データベース化して、公開しています。
#19
アクセス数はどれくらいかというと、一番多いのが微生物ゲノム比較解析データベース
で、10 万件近くのアクセスがあります。また、植物のオルガネラデータベース、ヒメツリ
1770

ガネゴケ統合データベース、それからイベリアトゲイモリも４万～６万のアクセス数があります。こういったデータベースでコミュニティに貢献しているということです。
#20
研究資源としては、先ほど少し紹介がありましたが、先端バイオイメージング支援プラ
ットフォームといって、６年単位でやっているもので、今は新学術領域の科研費の一部、次年度からは学術変革領域の科研費の一部として、プラットフォームで全国の科研費を獲得している方々のイメージングをサポートするという予算をもらっています。基礎生物学
研究所と生理学研究所が中核機関となって、この６年間で年間 200～300 のものを受け入れています。基礎生物学研究所は光学顕微鏡解析と画像解析技術支援のコア機関として、隣の生理学研究所は電顕と MRI の画像解析の支援をして、かなりのサポートを行っています。特に最近は画像データを基に定量化したデータがなければ論文になりませんので、そのサポートを全国の大学の研究者に行っています。この画像解析に関しましては、今は AI
解析をするような時代ですから、うちでは上野さんを中心に、日本では理研の大浪さんを窓口に、全世界のバイオイメージングの研究者と連携してグローバルフォーマッティング
をしています。
研究資源、研究コミュニティへの支援については以上です。
（真野）

阿形先生、ありがとうございました。国際性と研究資源について説明させていただきました。この二つについて何か質問やコメントがあれば、頂戴したいと思います。
よろしくお願いします。
#15
（福田）

福田ですけれども、よろしいでしょうか。ナショナルバイオリソースの件です

けれども、報告書の中には 2028 年より他機関に移設予定と書いてあります。メダカのバイ
オリソースは多分、基生研の一つの目玉だったと僕は思っているので、もしメダカが他に行くとすると、基生研としてはこの NBRP を、これは来年も続くことが決まったと思っているのですが、どのように位置付けていくのかを知りたいと思いました。
（阿形）

うちの目玉の NBRP なのですが、これはメダカをずっとやっておられる、日本のメダカの顔である成瀬さんが中核機関の代表をしてきたのですけれども、成瀬さんがあと３年で定年を迎えるという大ピンチを迎えています。メダカそのものは、成瀬さんは自分自身もメダカの研究をされていて、高いモチベーションを持ってメダカの中核機関として NBRP を運営していたわけですが、成瀬さんがいなくなったらどうするのかということが問題になりました。メダカのコミュニティともかなり綿密に話をして、やはり３年でいなくなった後に、メダカのモチベーションがきちんとある人が NBRP を管理・運営していかないと無理だろうということで、第５期に関しては成瀬さんに定年後も特任研究員としての身分を付与して、５年間はやり切ってもらうという形にしました。
ただし、その後に関してはコミュニティの方から、東北大学でメダカを維持・管理したいという意向があり、成瀬さんが定年を迎えて特任研究員になったくらいのところから少1871しずつそちらの方への移管手続きを始めていき、東北大学がそれをきちんと受け入れるということで、態勢は整えつつあると聞いております。
（経塚）

はい、東北大学ではもうメダカのスペースを考えはじめています。

（阿形）

議論されていますよね。そういうことでメダカについては、第５期は基礎生物学研究所が責任を持って、成瀬さんをヘッドとしてやり切ります。その後は東北大学の方に移して、そこでメダカのリソースをしっかりと維持していくということで、コミュニテ
ィと研究所で話をして決まっています。
（福田）

メダカに関してはまさにコミュニティが強いので、そのように最後も引き受け手がいて、多分、東北大学に移っても何とかなると僕は思っているのですが、ただ、他の基生研がやってきている、ゼブラフィッシュもそうですしアサガオもそうだと思うのです
けれども、こういうものの育成について、基生研として今の人たちがいる間はやるのだけれども、その後、どのように展開していくのかを知りたいと思います。もちろん基生研ではなくて、どこでもちゃんとやってくれる人がいたら出すという、それでも構わないと思うのですが、このナショナルバイオリソースを基生研としてどのように考えていくのかを知りたいと思いました。
（阿形）

基本的に基生研のポリシーとしては、やはりナショナルバイオリソースについては、自分たちも研究しているという強いモチベーションでマネジメントしないと、きちんとした管理・運営はできないだろうと思っています。成瀬さんがいなくなった後も基生研がやってもいいのですが、それが単に受け付けて粛々と飼育して配布するだけとなった
ときに、それが本当にいいのか、それでバイオリソースとして発展していくのかを考えた
ときに、それはあまり良くないのではないかということで、コミュニティの方々と相談して、新しくいろいろな種類のものを作っていくモチベーションのあるところがやるべきだ
ろうということになった次第です。
（福田）

はい、結構です。

（真野）

ありがとうございます。他にいかがでしょうか。丹羽先生、どうぞ。

（丹羽）

バイオリソースの維持にはかなりの人員が必要だと思うのですが、具体的にどれくらいの人数がこの維持のために割かれているのでしょうか。
（阿形）

誰が詳しいでしょうか。今日は成瀬さんがいないのですが、誰か知っていますか。技術支援員は６名でしたか。６名の飼育支援員がいると思っています。
（丹羽）

それはメダカだけでということですか。

19
72

（阿形）

はい。

（丹羽）

今、他の分担機関としての機能もありますから、それ以外にもかなり参加されているのですかね。
（阿形）

ゼブラフィッシュの方は高田さんがご存じですか。

（高田） そうですね。私が知る限り、ゼブラフィッシュは東島さんのところで１名、NBRPの経費で支援員の方を雇用されていたかと思います。
（阿形）

アサガオは３名でしたか。

（真野）

アサガオは支援員３名くらいで管理されています。

（丹羽）

こういうバイオリソースの場合、もちろん海外からどれだけ見えて、どれくらいリクエストがあるかということも活動の評価として重要だと思うのですが、それでいて海外に対する供与の煩雑性は結構な負荷になるとも思われますけれども、どれくらいの数が来て、どのような対応をしているのか、よろしければお聞かせいただけますか。
（阿形）

多分、３年前の一番多かったときは六百数十件あるうちの 150 件が海外で、結構大変だったと記憶しております。ただ、運送会社がしっかりしていて、そこでちゃんとパイプラインがあったので、海外にも比較的スムーズに配布できていたのではないかと思うのですが、去年にその運送会社が手を引いたので、国際的ないろいろなナショナルバイ
オリソースの方々ともコミュニケーションを取りながら、今は新しい運送会社と契約しているのではないかと思います。
（丹羽）

もう１点、国際的活動という意味で、国際プラクティカルコースを毎年やられているということでしたが、海外からの参加はどれくらいあるのでしょうか。
（阿形）

これは立松さん、ご存じですか。

#13
（立松）

おおよそ 20 名程度の受講生のうち、半分近くは海外からの参加となっています。また、国内からの参加でも、国内に留学している留学生や外国人ポスドクの方が、やはり英語で受講できるのがよいという感覚で申し込んできています。
（丹羽）

半数が海外からというのはなかなかすごいと思うのですが、具体的にこういうコースのアナウンスメントはどういう形で行われているのでしょうか。
（立松）

メダカやゼブラフィッシュの場合は、国際的なコミュニティの方でアナウンス
2073

していただいて、参加者を募っているという感じです。また、それ以外にも研究所が連携している EMBL やプリンストン大学などにアナウンスして、そちらの方でも参加者を募って進めています。
（丹羽）ありがとうございました（真野）

ありがとうございます。他にはよろしいでしょうか。

私は ABiS の事務局もしているので、一言、コメントというかお願いなのですが、第２期
ABiS が４月から始まるのですけれども、新たに理研から３名の方が参画メンバーとして加わり、そのうちの１名は齊藤先生の環境資源科学研究センターから豊岡さんに電子顕微鏡
支援で入っていただきます。ですから、先生のところの機器などを使わせてもらうと同時に、豊岡さんは毎年、電顕のトレーニングコースを開催しておられるので、そこで共催などをさせていただければありがたいと思います。よろしくお願いします。
（齊藤）

ぜひよろしくお願いします。豊岡さんのところを使ってください。ありがとうございます。
（真野）

それでは第３期の残りの分、新分野創出、人材育成、そして社会との関わりについてご説明を差し上げます。所長、よろしくお願いします。
#21
（阿形）

それでは新分野の創出ということで、どれだけ新しい分野の開拓をうちの研究所がチャレンジングにやったかという内容です。まず第３期の一番の看板になったのは新規モデル生物開発センターです。ゲノム編集時代において、ゲノムシーケンサーが発達したので、あらゆる生物でゲノムを決めてゲノム編集ができるということで、モデル生物以
外でも面白い生物現象を持っている非モデル動物を使って、どんどん先鋭的な研究をしていくために、この新規モデル生物開発センターを 2013 年に設置しました。その先見性については、2019 年の「Nature」の紹介記事に載ったわけですが、うちの研究所がそういったことを積極的にやっていることは既に理解されていて、ここでは Exotic model organisms という名前になっていますが、われわれは新規モデルや Non-model animal といった名前を付
けながらやってきて、新規モデル生物開発センターを中心に、いろいろな生き物についてゲノムを決めてゲノム編集ができるプラットフォームをつくったということです。
#22
メインのメンバーは、新規モデル生物開発センターの教授として専任になった重信さんと、クロスアポイントメントの鈴木賢一特任准教授を配置しながら、飼育・繁殖のシステ
ムをサポートし、全ゲノム配列についてシーケンスでゲノムアセンブリをして、ゲノム編
集し、バイオイメージングで表現型解析をするとか、遺伝子を同定するパイプラインをつくり、所内のみならず全国の共同研究を受け入れました。これが第３期の一番の看板仕事になったのではないかと思います。先ほどご紹介したシロアリやハエトリソウ、イベリア
21
74

トゲイモリ、ホタル、エダアシクラゲ、ヤマトヒメミミズといったユニークな生き物を使って先鋭的な研究ができるシステムをつくり、ユニークな・独創的な論文を次から次へと出していくという成果につながりました。
#23
もう一つは人的な交流ですけれども、新分野創成にはやはり異分野交流的なスペースがないといけません。うちの場合は教授、准教授、助手、特任助手、助教、それから技術支援員というフルメンバーがそろった部門というのが一つのカラーであり、それが 13 部門
あります。その 13 部門で強力な研究を展開していたわけですが、もう一つ、私がこちらの所長に就任してからオープンラボを新設しました。
今までの部門はコアラボといって、従前の教授を中心とした研究部門で、各領域における大規模・総合的な研究の推進をフルメンバーでやっているのですが、オープンラボには、いろいろな個別研究、今まで助教１人や准教授１人でやっていたような、教授がいなくなってから孤立していたメンバーに全部入っていただいています。さらに、アストロバイオ
ロジーやプラズマバイオサイエンスとの連携を強化し、また、ハイデルベルク大学や COSとの共同連携プロジェクトなどの国際性もあるメンバーも加え、５部屋分を一つにしたオープンラボをつくりました。月曜日に英語でのセミナー、プログレスレポートなどの研究進捗状況のコミュニケーションを取って、新しいサイエンスをしています。このオープン
ラボ第１号を、2019 年に部屋の改造をして、2020 年からスタートしており、現在はコアラ
ボに負けないようにオープンラボでも新しいサイエンスをして、新しい科研費が取れるよ
うな研究を展開しています。
先ほどのセイタカイソギンチャクの研究、イベリアトゲイモリの研究、Macrostomum lignanoという新しい扁形動物の研究、個別研究でやられたナマコの生殖ホルモンの研究など、そういったユニークな研究をこのオープンラボで展開しています。また、最近ホットになっているのはプラズマバイオロジーです。低温プラズマを当てて生物がどういう反応をする
かという、プラズマ技術を酵母の遺伝学に導入することで、かなり面白い仕事ができるよ
うな状況になっています。
#24
新分野創出のために、この第３期において始めたのは共共拠点との連携です。福井さんの北海道大学低温科学研究所、丹羽さんがいらっしゃる熊本大学の発生医学研究所、徳島大学の先端酵素額研究所、群馬大学の生体調節研究所と連携しており、それから最近では中部大学の AI 数理データサイエンスセンターと AI 解析でコラボレーションを始めていて、新しい研究を展開しています。熊本大学の丹羽さんのところとは個別研究の共同利用の他に合同セミナーを月に１回もしくは２週間に１回開催しています。基礎生物学研究所のセミナーにも熊本大学の方が入られますし、熊本大学がやっている国際ワークショップ、
国際セミナーにうちのメンバーも入るという、新た試みもしております。北大とは人的交流もしていますし、群馬大学や徳島大学とは質量分析を用いた研究で交流をしています。
#25
22
75

新分野の創出においては、日本学術会議マスタープラン 2017 および 2020 の重点大型研究計画として、環境適応戦略というキーワードで、モデル生物の開発解析、先端的解析機
器開発、高度生育培養施設、大量データ解析の四つの柱を基にマスタープランを提案しました。2019 年はそのマスタープランが通っているところは概算要求をしてもいいということになりましたので、生物の環境応答戦略解明に向けた統合的研究の課題として機構から予算的な支援を受けて、先ほど紹介しましたハイデルベルク大学や COS とのサンゴの共生問題に関する研究、北海道大学との原生生物の遊泳行動様式に関する研究などの新たな共同研究を展開しています。
#27
人材育成に関しましては、総研大の学生を受け入れて、生命科学研究科・基礎生物学専
攻の教育を行っています。第３期の在籍者は延べ 79 名で、うち留学生が 14 名です。博士
学位は 31 名に授与しました。５年一貫が基本ですが、たまに修士で学位を取って修了された方もいて、そちらが４名となっています。また、総研大以外の大学からも受け入れており、受託大学院生のことをうちでは特別共同利用研究員という名前にして、第３期中に延べ 32 人を受け入れて教育を行いました。総研大の学生と受託大学院生のどちらについて
も RA 雇用で 100 万円のサポートをするとともに、英語教育や国際交流なども同等に提供
して、若い世代の育成に努めました。
ポスドククラスになると、３年間ではなくて５年間でしっかりと新しいことにチャレンジしてもらうような特任助教のポジションを与え、研究費をある程度サポートし、それから科研費を取れるように支援を行ってきました。
特にインターンシップをしっかりやっていて、大学院を受ける前に研究室に１～２週間
滞在して実験を行い、お互いのマッチングをしっかりとしながら大学院生を受け入れています。３年間で延べ 18 名を受け入れました。
#28
女性研究者と外国人研究者については、これが問題なのですが、研究所の開設から 40 年
たって初めて女性限定の教授の公募で森田さんがいらっしゃったのですが、それ以降、女性の研究者が増えているかというと、今のところはまだ決して増えている状況ではありません。外国人研究者については、私が所長になったときには、各研究室に１人は海外からの研究者を入れて、各研究室もできるだけ英語でやるように、ナチュラルにやらざるを得ない状況にしていくことを考えていたのですが、コロナとともに敗北しました。教授、助教授、准教授の中で、四十数年目にして初めて台湾の研究者を助教として採用したのですが、その方はコロナによって一度も来ることなく、１年後に辞めてしまうという悲しいことになりました。その翌年に今度は韓国から来られたキムさんが助教になられて、初めて当研究所において海外国籍を持った方が研究教育職員になりました。
女性のサポートについては、自然科学研究機構を含めて、出張帯同支援ということで学会に行くときに子どもを連れて出張に行けますし、研究所の中でも岡崎の３機関で保育園を持っています。また、それぞれの研究所の中にも子どもを保育・教育できる部屋をつくっているのですが、残念ながら、今のところ、外国人研究者と女性研究者については目標
2376

を達成していない状態です。
#29
社会との関わりについては、研究成果の社会への還元は主に広報室の URA の倉田さんが担当して、かなり精力的にやっていただいております。私が来てからはＴＶ番組の NHK
World Science View での特集が３件、日本語でのプレスリリースが 154 件、英語でのプレス
リリースが 40 件ということで、かなりの数をこなしています。
一番の特徴はニコニコ生放送です。広報室が中心となって、いろいろな生き物の紹介の生放送をしています。最近ではニコニコサイエンスチャンネルというものを今年から立ち上げています。これはニコニコ生放送とかなり交渉したのですが、スタジアムに行ってス
ポーツの試合を観戦したり、ミュージックホールに行ってチケットを買って音楽を聴いた
りするように、サイエンスにライブで参加してもらうようなカルチャーをつくろうということで立ち上げたものです。過去の放送もバックナンバーで見られますし、リアルタイムにまるで自分たちも実験をしているかのような臨場感を持ってサイエンスを楽しんでいた
だく、結果の分からないものをワクワクして見てもらうような企画をして、テントウムシ
では 81 万件のアクセス、自己収入としては 81 万円のギフトが得られました。かなりコアなファンとしては１万 5000 人くらいをこのニコニコサイエンスチャンネルで獲得できているのではないかと感じている次第です。
また、岡崎市での出前授業はかなり皆さん積極的にアレンジして、岡崎市のレベルアップにかなり貢献していると思います。この前、私も岡崎市の全中学校にオンラインでつな
いで同時に授業をするということをしました。コロナ禍においても全中学生を対象にオンライン配信をしたりしていますし、あとは博物館や科学館への展示協力ということで、国立科学博物館や愛知・名古屋の科学館などに展示の素材を提供しています。
一般公開に関しましては、2016 年は 4716 人が参加しました。このときは大隅さんがノーベル賞を取った後だったので大変なことになって、5000 人近くの方があふれました。2019
年は 3000 人近くの方が来られました。今年の 10 月にも一般公開があります。３研究所あるので３年に一遍回ってくるのですけれども、これくらいの規模の一般公開で、かなり地元の岡崎では人気イベントになっていることが分かると思います。
#30
産学連携活動に関しましては、決して広くやっているわけではないのですが、いろいろな試みはしていて、大きなものとしては、中国というナマコの市場があるので、そこでのナマコの生産にナマコのホルモンのところの特許が効いています。また、川口さんの共生の研究で、菌根菌の大量培養をやるような企業と産学連携をしています。個別にやっているものがほとんどで、研究所でシステマティックな産業界との連携は今のところできていない状況です。基本的には機構自体が産学連携はしないと言っていたのですが、2019 年になって突然、これからは産学連携をするのだということに変わって、産学連携の要員を機
構本部の方でも雇用し、50％対 50％のクロスアポイントメントで機構と基生研で産学連携担当の研究者を雇用して、産学連携や特許などに関してきちんとやっている状況です。

24
77

（真野）

ありがとうございました。ただ今の新分野創出、人材育成、社会との関わりについて、何か質問やコメントがありましたら、よろしくお願いいたします。経塚先生、お願いします。
（経塚）

リソースというところでは、やはりそれを研究している人がいないと、それを維持するのはなかなか難しいというお話が先ほどありましたが、そうするとメダカにしろ、いろいろな生物はその研究をされている人に付いてくるという側面があると思います。そうすると必ずやがて定年がやって来るということになり、それは長い目で見ると常にある問題だと実感したのですが、それに関連して、新分野のところで今や新しいモデルがたくさんできていると思うのですけれども、それは今後も新しいモデルを取り入れていくのですか。モデル生物を増やしていくのかということです。
（阿形）

基本的には共同研究の中に新規モデル生物開発共同利用研究という枠を作ったのです。2021 年度より新規モデル生物開発共同利用研究を開始しており、ここで積極的に共同利用で受け入れていますので、これからもしばらくは新規モデルとしてユニークな生き物の共同利用を受け入れるつもりでいます。
（経塚）なるほど。それと男女共同、女性の件について、答えがあるわけではないのですが、例えば日本は女性にとって働きやすい国としては先進二十数カ国で下から２番目とか、よくありますけれども、それを考えたときに、正直、基生研は女性を増やすというところで既に出遅れているわけです。そうすると、この段階で１人、２人増やしていくのがいいのか、あるいはこの際、がらっと考え方を変えて、例えば先ほどの 10 年という問題で、10 年の中でどこかを探して出て行ってくれるくらいの研究をアクティブにということがありましたが、ずっとその価値観で、もうとにかく夜中まで研究して次の職を探していかなければいけないということだけでもないような気もしていて、女性も男性も平等に幸せに過ごせるという観点から、もしかしたら少し違う見方もあるのではないかと思います。
どういうものがいいかというのは難しいのですが、そうでないといつまでたっても、やはり一番良い人を採ったら男性だったということで終わってしまうので、少し価値観を変えた考え方もあるような気がします。どういうものがいいかはなかなか分からないのですけ
れども。
（阿形）

なかなか重たい指摘なのですが、一応、うちでは独立の准教授で１人、坪内さんという女性の方がいらっしゃるのと、助教も数名はいらっしゃいます。ただ、供給している側はどこも女性を採らなければいけないので、今度はどちらかというと引き抜かれていってしまっているケースが多くて、それで目標値が大きく下がってしまっています。
これについては一応、機構には申し入れていて、女性を雇用したときには 1000 万円のインセンティブが付くということは継続されています。毎年、それはもらえるように頑張っているのですが、１年間だけなので、そんなに数的に多いわけではなくて、１人ずつは増えているという状況でしかありません。ですから、どうやってポリシーをやるか、何か良
2578

いアイデアがないかということで、外部運営委員は 10 名のうち５名は女性の方に入っていただいて、いろいろとアイデアを頂き、共同研究・共同利用の中にも女性のプロモーシ
ョンをするとか、うちの研究所のみならず全国の女性研究者のサポートをしてもいいのではないかという意見も頂いています。一方で別に女性枠をつくるのは逆差別になるのではないかという意見もあって、まだなかなかスムーズに動いてはいません。
（経塚）

女性枠を作ると逆差別というのは、絶対にそういうことはないと思います。現

在、女性がいなくて困っているから女性をということになっているので、その半分いるはずの女性が生かされていないという問題を解決するためには、やはり増やすべきだと思います。それは強く主張させていただきます。
（阿形）

分かりました。

（福田）

福田ですが、よろしいですか。僕も全く経塚さんの意見に賛成です。東大には海外有識者の Global Advisory Board Meeting があって、それで２年連続、東大の教員・学生の女性の少なさは異常だと言われたのです。
「世界的に見て、こんなことはあり得ない」「このようなことを続けていくと、あなた方の大学の価値は激減する」とかなり強く言われました。新しい総長になったときに役員の半分以上を女性にするという極めて思い切った手を取ったのは、やはり海外の外部委員から見たときの指摘がかなりシビアで、これに対応しないと大学が持たないのではないかという指摘があったからだと思います。やはりそれくらいの危機意識は持たなければいけないのではないかと僕自身も思っています。
僕も今いる大学で、女性を学生でも教員でも増やす努力をいろいろしようと思っていて、女子学生だけの討論会をして、それをホームページに上げるとか、女子教員のいろいろな意見を聞くとか努力を続けています。が、何かもう少し積極的なアファーマティブアクシ
ョンをしないといけない時期になっているような気がします。これは単なる意見で、質問
ではありません。
もう一つはキャリアパスとしての学生の就職が、今、学生がなかなか大学院に行かない
理由の一つになっているのだろうと思うのですが、学生がドクターを終えた後で、アカデ
ミアポストだけでなくて会社でもいいのですが、就職できるような取り組みというのは何かしているのでしょうか。
（阿形）

思わず言葉に詰まったのですけれども、特に就職、リクルートに対応するような形のサポート、仕組みはつくっていないです。
（藤森）

少し補足をしてよろしいですか。

（阿形）

藤森さん、お願いします。

（藤森）

総研大というよりは岡崎地区でやっていることなのですが、当初は名古屋大学の就職活動の部門と協力しまして、まずはキャリアパスとしてどういうものがあるかを学26
79

生に向けて説明するような会を設けました。その中で総研大の卒業生、特に基礎生物学専
攻の卒業生を呼びまして、民間に就職した方を含めて、どのようにして就職活動を行ったかを話してもらいました。それは現在も毎年行っています。その中で現在はコロナでできていないのですが、名古屋大学へ学生が行って、名古屋大学の学生と共に就職活動としてどういうところを自分たちが磨いたらいいかという話し合いをする機会を設けました。そのようなものも活用させていただいており、比較的広い視野でキャリアパスを考える機会を提供はしております。
（福田） 多分、それは大事だと思うのですけれども、それに加えてもう一歩踏み込んで、
キャリアパスを考える道を実際に企業と一緒に何かできると、もう少し学生の出口が広がるのではないかと思います。基生研が産学連携をやらないというのも一つの道かと思うのですが、学生の就職を考えたときに、多分、アカデミアポストだけではもういかないのはないかと思います。実際、東大の理学部の物理の学生は半分くらい、あるいは半分以上がドクターを出た後で企業に行くのです。東大の理学系研究科でも企業との連携をキャリア
パスの中で考えようとしています。ですから、産学連携をやる過程で大学院の学生なども巻き込んで、その過程で企業に就職する道などもつくってあげられると、もう少し学生が大学院に進むかもしれないという気がしました。このようなことも含めて、何か少し総合的に考えるといいかもしれないという気がします。
（藤森）

ありがとうございます。多分、過去の事例ですと、総研大を出て顕微鏡関係の会社に就職した学生などもいます。それで基生研に戻ってきて、そこの会社の顕微鏡のデモなり説明なりをするということも、一つの活動としては良いのではないかと感じました。
（真野）

他にいかがでしょうか。よろしいですか。では、だいぶ時間も迫っております

ので、資料１を用いた第３期の取り組みについてはここで終了させていただいて、続きまして資料２を用いた第４期の取り組みについて、所長からご説明をお願いします。
２．第４期中期目標期間の取り組みについて（阿形）

第３期に関しましては新規モデル生物と環境適応戦略という二つの言葉をキーワードとしてサイエンスを打ち出したのですが、第４期に関しましては AI を活用した超階層生物学（Trans-Scale Biology）の研究拠点を構築するということで、Trans-Scale Biology をキーワードとして第４期をやろうとしています。第４期の６年間が終わった後に TransScale Biology という言葉がポピュラーな生物学の一分野となっていることを目指すということを提案したいと思います。
#1
その背景となったのは第３期の成果なのですが、先ほども紹介しましたように、長谷部
研ではハエトリソウという北米にしかいない植物を環境適応戦略の予算を使って飼育して、全ゲノム配列を解読し、遺伝子導入技術を作って動物の神経活動を見る GCaMP コンスト
2780

ラクトを導入して、トランスジェニックのハエトリソウを作製しました。ハエトリソウは１回触って、30 秒を超えてから触っても閉じないのですが、30 秒以内に２回目を触ると閉じるのです。１回目でカルシウムシグナルが上がっていて、30 秒たってから２回目を触っても駄目なのですが、30 秒以内に２回目を触るとカルシウムシグナルが閾値を超えて、閉じるようになるわけです。
#2
いろいろな階層の研究をインテグレートして、それらを乗り越えるような形での研究を展開し、初めてこのようなユニークな新しい研究をして、生物の教科書を変えていくような成果が出てきたことを受けて、Trans-Scale Biology という階層を超えたダイナミックな生
物学を第４期は積極的にプロモーションしていこうということになったわけです。
#3
上田さんの研究室ではゼニゴケの精子のミュータントをスクリーニングしていて、上の写真にある野生型と変異体は、人間の目で見たときはなかなか区別がつかず、どこがおかしいのかは分からなかったのですが、画像を AI 解析して精子の尾の動きと頭部の動きを重み付けして見てみると、この赤い部分が一番重きのあるところなのですけれども、野生型では頭部と尾の部分とのジャンクションの部分に重きが置かれるのに対し、変異体では
尾と頭の部分の間がオーバーラップしたものになっていることが分かりました。このように、われわれ研究者が人の目で見るだけではなかなか気付かなかったところが、AI 解析をすることによって新たな気付きが生まれたという実体験があって、Trans-Scale Biology の中でもこれからバイオイメージングを売りにして、階層を超えた研究をしていこうというときに、こ AI 解析に積極的に取り組んでいく形で共同研究を受けてみようということで、第４期に Trans-Scale Biology を展開するに当たって AI 解析室をつくることになりました。
#4
生物機能解析センターとモデル生物研究センターと新規モデル生物開発センターの３セ
ンターを改組し、超階層生物学（Trans-Scale Biology）センターという形で、AI 解析室を基にトランスオミクス解析室、データ統合解析室、新規モデル生物開発室、バイオイメージ
ング解析室、モデル生物研究支援室から構成される一つのセンターとして、一気通貫でいろいろな階層の研究ができる、もしくはそういった共同研究を受け入れるシステムセンタ
ーをつくり、そこには超階層生物学推進室を設けて、積極的に超階層生物学を第４期のキーワードとして推進していきます。それは研究所としてもやりますし、共同利用の中でも受け入れて、今までになかったような新しいインパクトのある論文を出して、日本の生物の教科書を変えていくような仕事を出していこうということが第４期の目標で、これで概算要求をしました。
#5
概算要求は自然科学研究機構から出ていくので、この新しいセンターは自然科学研究機
構の幾つかの研究所ともコラボレーションしながら研究ができる仕組みをつくったという
2881

ポンチ絵を作って概算要求をしました。
#6
過去の評価委員の方々からも、だんだんと予算的に厳しくなっていて大型機器が入っていないので、これをしっかりと取る仕組みをつくりなさいという指示を受けていましたか
ら、組織再編とともに大型機器を何としても入れるべく、この概算要求の中で組織改変とともに次世代シーケンサーや共焦点顕微鏡、質量分析計、クラスターコンピュータなどを載せて提案しました。
#7２月になって文部科学省から提示があり、超階層生物学センターの改組で 4500 万円の概算要求が通り、それから機器整備、基盤整備のところで１億 2000 万円の予算が付いて、さらに機構からも次世代シーケンサー、共焦点顕微鏡の支援が出ることになりました。これ
で超階層生物学センターをマネジメントしていくための予算の裏付けができたということです。
#8
改組については２人分の人件費が付いて、超階層生物学推進室の特任教授１名と AI 解析室の特任准教授１名の予算が付きました。ここで３センターを改組して１センター化し、その推進室の下に六つの部屋があり、その中の１個に AI 解析室が入って、藤森さんをセンター長として超階層生物学センターをこの４月から動かします。
#9
さらに、今年度の共同研究・共同利用の募集を昨年 11 月に開始したわけですが、その中で既に Trans-Scale Biology の共同利用を受け入れると宣言しました。運営委員の方から、Trans-Scale Biology とは何であるかということがきちんと分かるような募集をかけなさいという指示を受けたので、ホームページ上でも Trans-Scale Biology とは何であるかを載せ、募集要項にも詳しく書きました。
共同利用の申請は３件あったのですが、そのうち１件は提案の内容でいけるだろうということだったのですが、残り２件に関しては連携準備室を中心としてアドバイスをしながら、リバイスをかけています。これで Trans-Scale Biology の共同利用研究を最終的には来年度から３件、所内のみならず所外からも受け入れて、第４期をスタートさせるべく動いています。
#10
AI 解析に関しましては、今、生理学研究所と基礎生物学研究所が国内で最も進んでいる
ところの一つですが、私立大学の中部大学と連携して、「AI と生命システム」という連携セミナーを 10 月 28 日と 1 月 27 日に開催しています。さらに 3 月 28 日の「AI と生命シス
テム」の連携セミナーは基礎生物学研究所の主催で、AI 解析室が中心となってアレンジして、いろいろなニーズを拾い上げ、新しい先端の AI 解析ができる解析室をスタートさせて
29
82

います。
#11
こちらが４月からの新たな組織図です。左側が今年度までの研究所の組織図です。第４期からは３センターをまとめて一つの超階層生物学センターとして、そこに六つの室があるという形にまとめます。４月から Trans-Scale Biology のスタートダッシュを切る体制が組織的にも予算的にも人的にもできつつあり、これで第４期をやっていくということで、またご意見を頂ければと思います。
#12
最後にもう一つ、４月から Research Management and Coordination (RMC) という職階を導入することを決めました。URA は University Research Administrator ですが、RMC ということで、特任教授、特任准教授、特任助教として採用し、その職に応じて RMC 教授、RMC 准教授、RMC 助教の名称を付与します。これは研究所の中での名称です。そして、研究所の円滑な運営および共同利用研究等の推進のために必要な職務に従事していただきます。
RMC 職員の候補者は、博士の学位を有し、国内外の大学または研究機関において研究および教育の経験を有する者です。任期は採用日から５年で、業績評価および審査の結果に基づき５年を限度に更新可能とします。RMC 職員の業績評価は研究教育職員の業績評価の実
施方法に準ずることとし、研究所長が特に必要と認める場合は昇任させることができる、
要するに内部昇格が可能なものとします。
博士研究員の新たなキャリアパスとしてこの RMC を設け、研究費として自分で外部資金を取ったときには 50％対 50％で研究もできるという形になります。URA とは違って、うちの職階として RMC というものをつくって、今まで個別研究だった助教の方などがIBBP センターの RMC 助教となって、成瀬さんがいなくなった後の IBBP センターのマネ
ジメントに貢献していただき、そのときには内部昇格もあり得るということです。ずっと定年まで助教でいるわけではなくて、RMC 助教となったときには、IBBP の仕事をするとともにきちんとパフォーマンスをすれば、RMC 准教授に昇任することができ、将来的にはRMC 教授になることもできるというキャリアパスをつくったということです。
（真野）

ありがとうございました。ただ今の第４期の取り組みについてご意見などがありましたら、お願いいたします。
（福田）福田です。いつも口火を切るのは私ですけれども、よろしいでしょうか。

（真野）

よろしくお願いします。

（福田）

先ほどの超階層生物学センターはとても面白いと思いましたけれども、学生の教育との関係はどうなるのですか。
（阿形） 良い質問ですね。各研究室も大体はもう Trans-Scale Biology 的にやっているので、
30
83その辺の意識としては、別にあえて Trans-Scale Biology で授業や講義を作るということはしていません。
（福田）

せっかくつくるので、学生の就職時に使えるといいと思ったのです。共同研究というのは割と分かりやすいのですけれども、教育のところにも何か基生研の特徴を出すということをやると、それなりにいろいろなところに学生を出しやすいのではないかと思
いました。
（阿形）

新美さん、藤森さん、どうでしょうか。カリキュラムとして、アイデアとしては非常に良いですから、そういったことを体系的に組んで、教科書がある程度できるような形も将来的には見据えてやるというのも、非常に第４期の成果としては求められるかなということで、いかがでしょうか。
（新美）

カリキュラムに関しては、１研究科になるときに大きく変わるのですが、先ほど所長が言われたように、今のところ、この TSB センターの学生への関与として講義などを新たに設けてはいないです。
#4（藤森）

補足します。ここにあるトランスオミクス解析室、データ統合解析室、バイオ

イメージング解析室、新規モデル生物開発室については、既にある講義体系の中に実習を含めて位置付けられています。今回追加された AI 解析室については、基礎生物学専攻の中にはこの講義体系は今のところないのです。ただ、先ほど新美副専攻長が言われましたけ
れども、１研究科になる際に情報研と統数研との講義の相互乗り入れが可能になりまして、
学生も講義を受けることができるようになります。その辺をうまく活用しつつ、あとは所
内で若手研究者を中心とした勉強会を開始する予定にしておりますので、そこに学生も参加してもらって、総合的にこの超階層の分野全体を見渡せるような学生が育てばいいなと期待しております。以上です。
（福田）

どうもありがとうございます。

（阿形）

カリキュラム的にそういったものを出すのも、非常に分かりやすいですよね。

そのアイデアは頂いて、また所内で相談したいと思います。ありがとうございます。
（丹羽）

よろしいですか。

（真野）

丹羽先生、お願いします。

（丹羽）

やはりここの超階層生物学のところで伺いたいのですが、先日の共共拠点の応募などを見ていても、やはりこの概念自体がまだコミュニティの中で消化し切れていないのだろうという印象は持っています。もっとこういうものを周知するために例えばシンポ
31
84

ジウムをやるとか、何かそういうご予定はないのでしょうか。
（阿形）Trans-Scale Biology という名前のシンポジウムは、今、インターナショナルにはEMBO ワークショップで提案しています。３月１日が締め切りだったのですが、３月１日までに Trans-Scale Biology の国際シンポジウム、EMBO ワークショップとしてやるということは申請しましたので、国際ワークショップとしてはやっております。（申請した EMBO
ワークショップは採択され、2023 年 7 月に開催予定）
国内に関しては、分子生物学会などのワークショップの募集はもう締め切られてしまっているので、まだアピールできていないのが実情ですが、なかなか鋭いサジェスチョンですので、今後ももっと積極的にプロパガンダをしていきたいと思います。
（丹羽）ありがとうございます。

（真野）

ありがとうございました。他にいかがでしょうか。

（齊藤）

齊藤ですが、よろしいですか。

（真野）齊藤先生、お願いします。

#8
（齊藤）

二つについてお伺いしたいのですが、一つは新任の特任教授、特任准教授の方について、この方は RMC ということで、専らこの超階層生物学センターのマネジメントに関わるということなのですね。
（阿形）

はい、超階層生物学センターの推進に関するマネジメントを中心にやるという

ことです。
（齊藤）

特に自分の生物学を持って研究するというわけではないのですか。

（阿形）

公募的にはそれをマネジメントするということで出しますけれども、科研費、その他外部資金を取っているときには、RMC ですから研究をできるので、そういった方も内容に応じて採っていける形にはしております。
（齊藤） AI 解析室も同じですが、結局、サポートだけではなくて、この人たちのキャリアを考えると、自分の生物学を培う必要も一方ではあるのではないかと思いました。こういうところは結構大変ですよね。いわゆる共同研究の技術基幹部門のようなところにいな
がら、自分のバイオロジーもやらなければいけないという、その辺にやや懸念があったので、お伺いした次第です。
もう１点は、これはいずれも非常にラージスケールのデータがジェネレートされますよね。そうすると、それを置いておくサーバーやそのサーバーの管理などが非常に大きな仕3285事になると思うのです。なおかつ、今のオープンサイエンスの流れからすると、論文に使ったデータだけではなくて、例えば論文に今すぐにするつもりがなくても、オープンサイ
エンスとして世界中に出して、誰かがそれを解析してくれればいいという方向にも行く必要があると思うので、そのデータの格納と管理は結構大きなイシューになるのではないかと思います。データ科学と AI をこれからやっていこうということでしょうから。その辺はどこも悩んでいるところだと思いますし、理研でも悩んでいるところなのですが、お考えがあればと思いました。
（阿形）

上野さん、何かその辺でありますか。

（上野）

具体的には今、先端バイオイメージング支援プラットフォームの方で、今後の６年間の計画の中に、データ共有をして、それをアーカイブ化し、同時にデータにメタデータを付与して二次利用が可能になるようにしたいという目標を置いています。基生研の中でまずデータ共有をどのようにできるか、ネットワーク、VLAN をどのように組むか、あるいはサーバーをどこに置いて、どのように各研究者が USB やハードディスクを介さないでそれを取り出して自分の研究室で処理できるか等、そういったところから来年度から具体的に始めることになっています。その経験というか、実績を積んだ上で、ABiS としては理研神戸の大浪修一さんの協力を得て、ABiS の事業でユーザーから受けた資源のデータをデポジットするような仕組みをつくって、先ほど申し上げたような ABiS の６年間の研究目標を達成したいと考えております。
（齊藤）

ありがとうございます。

（真野）

他にいかがでしょうか。よろしいですか。もうだいぶ時間も迫っておりますので、もし後から気付いたことがありましたら、評価・助言記入票の方に書いていただきま
して、先ほど所長からありましたように、できれば今月末をめどに私の方に送っていただ
ければありがたいです。
（原田）

評価・助言記入票は（１）や（２）など、いろいろ項目があるのですが、今日説明していただいた分類とは少し異なっているとは思うのですけれども、こちらの評価・助言記入票の項目について、その下に思ったこと、意見を書いていけばいいということで
しょうか。
（真野）

そうでございます。

（原田）ありがとうございます。

（真野）

よろしくお願いします。他にいかがでしょうか。

（福井）

北海道大学の福井です。全体を聞かせていただいた感想でいいでしょうか。
33

86

（真野）

もちろんです。

（福井） 私は前回が 2018 年 4 月ということで、４年ぶりにこの会に参加させていただいたのですが、私の個人的な印象ですけれども、基礎生物学研究所が非常に明るくなったと感じていまして、これも多分、阿形所長のキャラクターによるものではないかと思っています。阿形先生が強いリーダーシップでいろいろな新しい試みをされていて、それから改組というのもなかなか大変で、この超階層生物学センターも改組に当たっては大変だったと思うのですが、改組に当たって大事なこととして、構成員が疲弊しないように、新たな夢をエンカレッジするような形でうまく構成されて、その結果として新しい生物学のコンセプトが生まれてくるのではないかという期待が非常にできると思います。また、共同利用研究所としては研究コミュニティへの支援ということで、質の高い研究につながっていっているのではないかと判断されました。それから RMC のキャリアパス、新しい職位の創設というのは、非常に目から鱗の制度なのではないかと私は思って感心しているところです。
一つだけお聞きしたいのは、阿形先生以外の所内の先生方が、明るくなったと思われる
基礎生物学研究所をどう評価しているのかです。そういう自己評価があれば、差し支えない範囲でいいのですが、伺えればうれしいです。時間がなければ、構わないのですけれども。
（真野）

ありがとうございます。どうしましょう。全員は時間がないので、どなたか１

人か２人くらい、コメントをお願いします。
（福井） 多分、上野先生がずっとご苦労されていたと思うので、上野先生から何か一言、教えていただけるとありがたいかと思います。
（上野）

まさに福井先生がおっしゃったように、阿形所長に代わってから基生研はどうかと聞かれたときに、私はいつもすごく明るくなったということを実際に申し上げていた
ところなので、福井先生も同じ印象をお持ちだというのは非常にうれしく思いました。別に前の山本所長が暗かったというわけではないのですが、阿形所長が非常にリーダーシッ
プを発揮されて、電気料金の削減のために所員全員を集めて節電をするのだと宣言されたというのは、これはなかなか簡単にはできないことだと思うのです。やはりそういう実行力を示されていて、それが成果となって現れているというのが所員にとっては非常に励みになりますし、また、研究面でもセミナーのときに、あまり所長の前で所長を褒めるというのはあれなのですが、いつも先頭に立って質問をされて、的を射た質問をされているのも、研究所員にとって非常に大きな刺激になっているのではないかと思います。
（福井）

ありがとうございました。上野先生はいろいろ長い間やってこられたので、一番説得力のあるご意見だったと思います。

34
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（上野）

とんでもございません。

（真野）

ありがとうございました。他によろしいでしょうか。ちょうどよい時間になりましたので、最後に所長の方からお願いします。
（阿形） 今日は長らく、25 分もオーバーしてしまい、申し訳ございませんでした。４年
プラス２年で、来年にもう１期選ばれると３年と３年で、この３年間が前半戦、残り３年間が後半戦になるのですが、外からのコミュニティの意見を入れながら、研究所を新しい方向へ持っていければと思います。
特に今回、この Trans-Scale Biology を第４期に考えるに当たって、外部運営委員の 10 名の方にはかなり早い段階からいろいろとコメントいただいたことが、やはり概算要求が採択されることにつながったのではないかと思っております。何しろ第３期の６年間、自然科学研究機構は概算要求でこういった形での基盤整備が採択されたことがなかったそうで、「私が来てから３年間、何もまだ大型機器を買えていないので」と機構長の前で話をしたら、機構長に「君はまだ３年だからいいよ。僕なんか６年間やって、機構全体で１回もあたっていないのだから」と言われて、共同利用機関で大型設備が６年間もあたっていないのかと驚きました。今回機構として６年目にして初めて基盤整備が通ったということで、小森さんが６年目で辞めるからご祝儀で出たのではないかという話もあったのですけれども、超階層生物学センターの構想は外部運営委員の方々にいろいろとアドバイスを受けながら詰めていけたことが大きかったのではないかと思っております。
今後ともまた運営会議の所外メンバーの方々のみならず、それから今日は福田さんと齊
藤さんと原田さんに評価に入っていただきましたけれども、いろいろなコメントを頂いて、コミュニティの意見を積極的に取り入れて、研究所をまたアクティブに動かしていければと思います。また今後とも皆さまのご協力をよろしくお願いしたいと思います。今日はお忙しい中、どうもありがとうございました。

35
88

4． 外部点検評価アンケート結果

89

１．第３期に遂行した次の事業は、国際的学術動向に鑑み、基礎生物学研究所の拠点性
維持、共同利用研究を通した日本の研究力強化に適切だったか。

（１）欧州分子生物学研究所 (EMBL)、プリンストン大学、ハイデルベルグ大学との国際連携活動▶ 適切である。ハイデルベルグ大との連携については、後半はコロナ禍により活動が限定されたが、オンラインでミーティングが開催されるなど今後のさらなる発展が見込まれる。プリンストン大との連携活動については、計画されている第 3 回合同会議を実現させてほしい。

▶ 適切であった。刺胞動物の光応答に関する国際共同研究やボトムアップ型国際共同研究等が発展するなど若手研究者を中心とする活動は高く評価される。2020 年度以降
はコロナ禍で研究者の往来が制限されているが、今後の国際共同研究・NIBB カンファ
レンス等を通してグローバルネットワーク形成の加速が期待される。

▶ 欧州分子生物学研究所 (EMBL)とは長年学生交流プログラムを行なっており、第 3期期間中には 2017 年 10 月に The 19th International EMBL PhD Symposium に学生を派遣するとともに、EMBL ラボ訪問が行われた。また、2019 年 7 月に阿形所長と上野副所長が EMBL を訪問し連携協定が更新され、今後も人材交流、国際的なバイオイメ
ージングネットワークを介した、情報共有、技術交流の継続が約束された。
プリンストン大学とは第 3 期期間中の 2019 年 10 月岡崎コンファレンスセンターで第2 回 基 礎 生 物 学 研 究 所 － プ リ ン ス ト ン 大 学 合 同 シ ン ポ ジ ウ ム "Imaging andQuantitative Biology"が開催された。プリンストン大学から 7 名の講演者が来日した。
また、2017 年にはプロテオミクスの合同トレーニングコースが岡崎で開催された。さらに、2018 年 11 月、2019 年 6 月には基礎生物学研究所教員のプリンストン大学訪問、2017 年 7 月、10 月、2019 年 4 月の 3 回、プリンストン大学の研究者の基礎生物学研究所への来所など、頻繁な交流が行われている。

902019 年 7 月に阿形所長と上野副所長がハイデルベルク大学 COS を訪問し連携協定が新たに締結された。2019 年にはハイデルベルク大学からの複数回の研究者の訪問があり、セミナーも開催された。2021 年 3 月と 6 月にオンラインで両機関のメンバーによるミーティングを開催するなど、技術や情報の共有や交流などが活発に行われている。
2018 年には国際共同研究を推進するために基礎生物学研究所国際連携研究センターを設立し、上記 3 機関のみならず、シンガポール国立大学、台湾アカデミアシニカとも国際交流を行なっている。特にプリンストン大学との国際共同研究を推進するためにセンター内に定量・イメージング生物学研究部門を設置し、活発な共同研究が行われている点を評価したい。

▶ 欧州、米国の主要研究機関との連携として優れた取組と思います。また、シンガポ
ール国立大学や台湾アカデミアシニカなどアジアの主要研究機関との新たな連携も高く評価します。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ 国際連携活動として、一定の成果を挙げている。
『生き物研究の世界の拠点』を目指すのであれば、戦略的にこの分野の世界最先端拠点とコラボレートすることも良いと考える。国際トレーニングコースは国際拠点として優れている。学生が first author となる国際共同研究成果が世界のトップジャーナルに掲載されるような連携が望ましい。

（２）大学連携バイオバックアッププロジェクト（IBBP）▶リソースの保存業務だけではなく、凍結保存技術の開発および各生物を担当する機関のハブとしての役割が十分に果たされており、研究力強化に貢献している。

▶ 適切であった。貴重な生物資源の収集・保存の観点から、災害時の迅速な回復を可能とする体制構築は重要であり、高く評価される。

91▶ 様々な災害や事故に見舞われて貴重な試料を失っても、バックアップ試料を返却してもらうことで、迅速に研究が再開できる体制を整えておくことは非常に大事である。
この使命を担う集中バックアップ保管施設として基礎生物学研究所内に IBBP センタ
ーが設置されている。IBBP センターでは震度 7 クラスの地震に耐えられる建物内に超低温フリーザーだけでなく、液体窒素自動供給システムを備えた気相、液相液体窒素タ
ンク中での保管により、停電が起きても 3 週間は生物遺伝資源の維持できる状態で貴重な生物遺伝資源の保管を行なっている点が素晴らしい。現在 200 万を超える様々な試料が保管されているということから、多くの研究者から、必要とされていることがうかがわれる。また、単に保管するだけでなく、凍結保存技術が未開発な試料について、新
たな凍結保存技術の開発も行っている点も評価したい。本センターは今後より必要性が増すものと思われる。

▶ 2 万件を超えるサンプルのバックアップ保管を行っており、また、いくつかの生物について新規凍結保存技術も開発している点を高く評価します。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ IBBP センターでのバックアップ保管は、生物に関する共同利用研究所の中核として優れている。また、リソースの増加に伴う保存量の増大に対する対策としての凍結保存法の開発も優れている。

（３）ナショナルバイオリソースプロジェクト「メダカ（2028 年度より他機関に移設予定）」、「ゼブラフィッシュ」、「アサガオ」▶メダカとゼブラフィッシュについては供与件数も多く、日本の研究に貢献している。
アサガオは 6 年を通して供与が年間 3 件程度にとどまっており、また、研究対象としてのアサガオの有用性は高くないことから、日本の研究への貢献は高くない。今後、新規92

モデル生物が増えることを考えると、過去の経緯にこだわらずに必要性を判断してもいいのではないか。

▶ 適切であった。共同利用研究という観点から高く評価される。

▶ 基礎生物学研究所はナショナルバイオリソースプロジェクトの中核機関、分担機関として「メダカ」、「ゼブラフィッシュ」、「アサガオ」リソースの研究者への提供を行なっている。特に「メダカ」は中核機関として体系的な収集・保存と統合的な提供を行なっている。海外への提供も 25%と非常に多く、国内だけでなく、海外の研究コミュニテ
ィの研究支援に貢献している。担当研究者の退職に伴い、2028 年度から他機関に移設予定ということであるが、貴重なリソースの管理のためには、賢明な判断であると思う。
「ゼブラフィッシュ」「アサガオ」は分担機関として中核機関と連携を取りながらそれぞれのリソースの提供を行なっている。アサガオは表現型だけでなく、遺伝子レベルで突然変異を鑑別することで収集したものもあり、非常の多くのクローンを提供している。

▶ いずれも優れたバイオリソースとして研究コミュニティに貢献しています。いずれのリソースも、今後、担当研究者が退職や異動された時にどのように対応するのか検討をしておく必要があるかもしれません。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ NBRP の中核機関であることは、基礎生物学研究所の拠点としてのプレゼンスを示してきた。メダカのインパクトは大きいので、これがなくなるまでに、すでに行っている新モデル生物の展開も含めて、モデル生物の研究コミュニティーへの貢献をどのようにするかを研究所として明確にすることが重要だと考える。

93

（４）先端バイオイメージング支援プラットホーム▶ 非常に活発にプロジェクトが進んでいると評価する。国際的ネットワークの構築も含め、総合的に進められている。

▶ 適切であった。共同利用研究という観点から高く評価される。

▶ 基礎生物学研究所と生理学研究所を中核機関として文部科学省科学研究費助成事業
により助成されている学術研究課題に最先端の顕微鏡と解析技術を提供する支援事業として 2016 年に発足され、光学顕微鏡技術支援、電子顕微鏡技術支援、磁気共鳴画像技術支援、画像解析技術支援の 4 つの技術支援を行なっている。生命科学の研究には、バイオイメージング技術が必要欠くべからざるものになっており、このような活動は我が国の生命科学研究を支える重要活動である。特に基礎生物学研究所の光学顕微鏡技術
支援活動は 4D 顕微鏡観察、IR-LEGO 顕微鏡、光シート顕微鏡などユニークな顕微鏡などユニークな技術の支援活動を行なっている点で、その貢献は大きい。欧州バイオイ
メージングネットワークが推進するグローバルネットワークとの共催シンポジウムやトレーニングコース開催など国際連携の重要な活動である。当初 2021 年度で終了予定
だったが、これまでの活動が評価され、2027 年度まで活動の延長が認められたことも大変喜ばしいことである。

▶ 生理研と効率的に分担しながら高いレベルの支援を行っていると評価されます。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ 6 年間で 1,490 件の支援、技術普及と若手育成支援のためのトレーニングコースの開設、Global BioImaging (GBI)との国際連携協定など、順調に展開している。次年度以降、学術変革領域研究(学術研究支援基盤形成)として再スタートすることも高く評価される。

94

（５）「新規モデル生物の開発」▶ ゲノム解析技術の劇的な進展により、モデル生物という概念は急激に変わりつつある。興味深い形質を示す生物をモデル化して研究するという潮流がさらに加速することは間違いない。この流れをリードするものであり日本の研究力強化に大いに貢献した。
その一方で、現在、多くの研究者が新たなモデル生物の開発に躊躇なく取り組んでおり、基生研がいくつかのモデル生物を開発することでどのように存在感を示していくのか（その必要があるかわかりませんが）が課題となるのではないか。

▶ 適切であった。今後の生物学の研究を展開する上でも新規モデル生物の開発は極めて重要である。

▶ 基礎生物学研究所では、第 3 期開始時に新規モデル生物開発センターを設立し、非モデル生物のモデル化（飼育・繁殖技術の確立）、遺伝子解析、ゲノム編集技術の確立を行なうことで、多彩な生物種を用いた研究を進めてきた。単に非モデル動物の飼育法と繁殖技術を確立するだけでなく、ゲノム解読、遺伝子発現解析、エピゲノム解析、さらにはゲノム編集技術の確立まで行なうことで、モデル生物としての高付加価値化まで行なう点が非常に優れている。イベリアトゲイモリの遺伝子情報基盤整備と遺伝子改変技術の確立がその成功例の 1 つである。
2018 年にはゲノム編集を用いた遺伝子ノックアウト技術導入のため特任准教授 1 名を、
2019 年には進化ゲノミクスを専門とする教授 1 名をセンターに配置し体制を整えた。
また、2021 年から所外の研究者が、基礎生物学研究所の教員と協力して生物学研究に有用な新しいモデル生物を開発する研究を支援する「新規モデル生物開発共同利用研究」を開始した。今後、新規モデル生物の開発のさらなる進展が期待される。新規モデル生
物開発を目的としたセンターは日本で唯一のものであり、本センターによる、新規モデルを用いた研究基盤の構築や研究者コミュニティ形成支援は、多様な生命現象理解のために重要なものである。

95

▶ ゲノム解析とゲノム編集、表現型解析を組み合わせた効率的なパイプラインが構築されていると思います。今後、「新規モデル生物」と確立する生物種の優先順位を戦略的に検討する必要があるかもしれません。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ 新たな生き物をゲノムからその生活様式まで調査することで、異なる生命の仕組みが明らかになりつつあることは高く評価される。

（６）共同利用・共同研究拠点との連携活動▶ 全国の大学と多彩な分野において連携が進められており日本の研究力強化に大いに貢献している。

▶ 適切であった。文部科学省科学技術・学術審議会学術分科会研究環境基盤部会での議論では共同利用・共同研究拠点との連携等の加速も含まれており、基礎生物学研究所
はいくつかの拠点との包括連携協定締結並びに連携活動を積極的に行っていることは高く評価される。

▶ 共同利用・共同研究拠点の北海道大学低温科学研究所、熊本大学発生医学研究所、
徳島大学先端酵素学研究所、群馬大学生体調節研究所と連携協定を結び、共同研究や人材交流を行なっている。北海道大学低温科学研究所とは哺乳類の冬眠機構に関する共同研究を、群馬大学生体調節研究所とは植物での細胞の膜交通システムに関する共同研究を行なうなど、それぞれの拠点と双方の強みを生かした共同研究を行なっている。今後
他の共同利用・共同研究拠点との連携を強化による共同研究の推進を期待する。

▶ （おそらく政策的な理由から）主に文科省の共同利用・共同研究拠点との連携を示されましたが、これに限らず国内の主要な研究機関と必要な連携を進めることにより、96

研究所の発展に繋がると思います。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ リソースの共有やコストの削減、さらには情報の共有化によるシステムの改善などが狙いとなるが、示されている連携で達成できているのであろうか。むしろコストがかかっているのでは？

（７）「環境適応戦略研究」▶ 概算要求での予算的措置が決まっているなど、非常に優れている。

▶ 適切であった。日本学術会議マスタープラン 2017 及び 2020 重点大型研究計画に採択されている。今後具体的に予算化されることにより、大学連携研究拠点ネットワーク
による共同利用・共同研究の推進、知の共有と循環、若手研究者育成等の展開が期待できる。

▶ 中核機関である基礎生物学研究所および国立遺伝学研究所と、連携サブ拠点となる
11 大学 14 部局が連携して、環境適応戦略研究推進に必須な（１）モデル生物開発解析、（２）高度生育培養施設、（３）先端的解析機器開発、（４）大量データ解析に対する支援体制を構築するという「生物の適応戦略研究のための大学連携研究拠点ネットワークの形成」が学術的意義の高い大型研究計画であると認められ、日本学術会議マスタープ
ラン 2017 および日本学術会議マスタープラン 2020 の重点大型研究計画として選ばれた。2019 年度より、概算要求「生物の環境応答戦略解明に向けた統合的研究」として一部が措置されることになったことは、生物の環境適応戦略研究推進への大きな前進である。生物の環境適応に重要な分子メカニズムを解明することは、生命の本質の理解を深めるとともに、農水産業・バイオマス生産・創薬・医療・生物多様性保全など、多方面の新たな研究分野の創成と技術革新につながると期待される。

97▶ 日本学術会議のマスタープラン重点大型研究計画に沿った取組として、2019 年に一部が予算措置されており高く評価できます。

▶ 極めて適切にかつ順調に事業が進められていたと感じました。

▶ これについては、始まったばかりであり、今後を期待したい。

２．基礎生物学研究所での大学院生教育、入学者増の方策についてご意見をお聞かせ下
さい。
▶ 高校生、大学学部生（1，2 年生）の段階で、夏休みなどにインターンシップ的に受け入れ基生研で研究することの魅力を伝えてはどうか（もうやられているかもしれないですね）。奨学金を用意して滞在費等を負担する必要がある。

▶

RA 制度により年間約 100 万円（一人当たり）の経済的支援は高く評価される。また、学部学生を特別実習生として受け入れ、さらに、NIBB International Program で海外留学生を受け入れで進学先研究室とのミスマッチを避け、優秀な学生の獲得という観点で優れた取り組みであると判断される。

▶ 大学院の学生は、研究を推進する上で、大切な存在である。学部学生を持たない大学院大学や大学の附置研究所、国公立の研究所は優秀な大学院学生の確保に苦慮している。入学者を増やす方策として、ありきたりではあるが、経済的な援助は重要である。
2019 年に経済的支援を 100 万円に増額したということであるが、入学時に 80 万円を超える出費が必要となるため、自宅から大学（学部）に通っている学生を、岡崎で一人暮らしをして、大学院に入学しようという気持ちにさせるのはなかなか難しいと思う。
学振の DC と同程度の支援をすれば、総研大に入学し、基礎生物学研究所で研究をした
いという学生が増えるかもしれない。

98併任教員を増やすことで、併任教員の研究室の学生を総研大に獲得する機会が増すのではないか、私立大学の理系の卒研生を「研究指導委託学生」として積極的に受け入れる
ことで、大学院進学者数が増えるのではないかとも考えるが、あまり良いアイデアではないかもしれない。
海外特にアジア地域から優秀な学生をリクルートするのも一つの方策である。その場合、大使館推薦や大学推薦の奨学金を獲得できれば、経済的にも問題ない。ただし、奨学金の獲得は競争が激しくたやすくはない。
ホームページの「大学院」のページは大変見やすく、大学院教育に力を入れていることも伝わる。
基礎生物学研究所のように恵まれた研究環境をもつ研究所に在籍する大学院学生が少ないことは非常に残念である。

▶ 大学院生の数としては必ずしも多いわけではありませんが、留学生も含めて適正な人数の大学院生を教育していると思います。いまはコロナ禍で難しいと思いますが、海外の連携研究機関に一定期間滞在して研究経験を積むなどの取組も必要かと思います。

▶ 大学院新規進学者の減少は、地方大学においては大きな問題となっています。教養過程がない総研大では、その確保には特に困難が伴うものと推察します。ニコ動などにおけるサイエンスの面白さの広報活動が学生に届けば、実は一番の対策になるのかなと思いました。

▶ 「6 年間で合計 31 名に博士の学位、4 名に修士の学位」は、やはり中核研究／教育機関としては少ないと考える。各大学でも大学院進学者が減少し、囲い込みも進む中で、大学院生の獲得はますます難しくなる。博士取得後の企業への就職もキャリアパスの一つとした大学院教育をするべきかもしれない。その上で、裕福な層が増加し、教育レベ
ルの上がっている東南アジアからの留学生をうまく集める方法を考えると良いと考える。私たちの調査によると、今のところは、アジアでは日本に対する尊敬や日本で勉強99

したいという学生はかなりいると考えられる。

３．女性研究者と外国人研究者の現状、採用計画は適切か。
▶ 女性限定公募や優秀な若手女性研究者をリクルートして、女性研究者を増やすべきである。
「優秀な人を選んだら男性だった」という言い訳は通らない時代になっており、優秀な女性が不足しているならば育成が社会の課題である。
それと同時に、男女にかかわらず働き方改革を進めてほしい。死に物狂いで頑張る研究者ではなく、研究をエンジョイするという文化を打ち立ててください。別居せずに研究を続けることができる工夫、ライフイベントに柔軟に対応できるシステム（もうやられていますね）など、これからの時代の研究者がはたらく研究所のモデルを打ち立ててほしい。

▶ 滞在にかかる各種手続きやペーパーワーク等の外国語による海外研究者への支援は高く評価される。女性研究者の比率は高くなく、今後改善が求められる。

▶ 基礎生物学という理系では比較的女性研究者の割合の多い分野にもかかわらず、女性の PI が、2017 年度に進めた女性研究職員の人事で採用が決まった森田美代教授のみであることは大変残念である。さらに、女性の特任助教は 5 名とやや多いが、助教 3 名、准教授 2 名と、どの職においても女性が非常に少ない。今後女性研究者の割合が低いと、研究所の評価が低くなり、運営費交付金の額が減らされるということもありうる。
どのようにして女性研究者を増やしていくのか、具体的な方策を考える必要がある。例
えば併任やクロスアポイントメントの活用などの手段もあるが、最終的には見せかけではなく、実質的に増やしていかなければならない。
外国人スタッフも名前からの判断ではあるが助教 1 名、特任助教 1 名と非常に少ない。
外国人の大学院博士後期課程の学生が在籍しているのであれば、それと同等の割合の外
国人助教、特任助教の採用が望まれる。

100

▶ 引き続き各レベルでのダイバーシティー拡大への努力を続けて頂きたいと思います。

▶ 女性研究者は、どこの研究機関にも共通する問題です。そして、大学においては評
価指標に入っているので、必然的に猛烈な争奪戦になってしまいます。どうすればいいのか、ご教示いただきたいくらいです。
外国人研究者も、よほどのきっかけがない限り難しいと思われます。地方都市の居住環境は、欧米人のニーズを満たせません。研究だけ考えても、セットアップ費や当座の研究費を保証しないときてくれないと思います。

▶ 東京大学では、国際的な視点で大学の教育研究／経営について意見をいただく外部
諮問委員会がある。このメンバーは世界の大学の学長／副学長、学者、ダボス会議の会長などの著名なエコノミスト、イギリスの新聞社の元編集長などのジャーナリストから構成される。この会議は本音ベースで進められ、世界で問題になっている環境問題への大学の対応の鈍さなどが指摘された。これを受け、東京大学では、世界的なエコノミス
トの石井菜穂子さんを招聘して、グローバルコモンズセンターを設立した。そして、非
常に強く指摘されているのが、女性研究者、女子学生の少なさである。大学としては、女性に限った公募への支援、アファーマティブアクション、外国人女子生徒の入学の促進などさまざまな努力をした。しかし、それでも大きくは増えないと対応したのである
が、委員会からは、これは最優先で対応すべき問題であり、この状態は国際的にみたときに異常であり、このような問題を抱える大学は国際的には全く尊敬されないと断言されてしまった。現在も、東京大学はこの問題に対応するために様々なアクションを考えている、基礎生物学研究所の場合は、東京大学より悪いようにも見える。この女性問題は極めて大きな問題だと認識し、より思い切った積極策を望みたい。
外国人研究者に関しては、私が理学系の研究科長をしているときに、制度を変えてもらい、東大に短期間滞在する外国人も正規の教員とし、長期間にわたって学生を指導できるようにした。WEB で頻繁に意見交換ができる現在、日本にいる期間が短くても多様な手法で、外国人研究者を受け入れることができると考える。

101

４．社会との関わりについてこれまでの取組についてご意見をお聞かせ下さい。
▶ 研究所の規模を考えると、社会とのかかわりの取り組みは非常に活発である。地元密着型の取り組み（出前授業や未来の科学者賞）はすばらしい。未来の科学者賞を愛知
県、善行のレベルに拡大してもいいのではないか。知名度が上がれば上記２の入学者増につながる可能性がある。

▶ プレスリリース、ホームページ等による情報発信は積極的に行われており、また一般公開、出前授業等の社会貢献も積極的であり、高く評価される。特筆すべき取り組みの一つとして、株式会社ドワンゴとの連携によるニコニコ生放送による情報発信が挙げられる。

▶ ホームページの研究プロジェクト、研究活動のページは、それぞれの研究者がばら
ばらに作成しているので、統一感がなく、文字が多い。研究成果の情報発信として数多
くのプレスリリースを行なっていることは良いと思う。広報誌 OKAZAKI は見やすくてとても良くできていると思う。3 年おきに開催される 3 研究所持ち回りの一般公開には数千人の参加者があり、人気の高さがうかがわれる。出前授業 SSH への協力、みらいの科学者賞などは、小中高校生へのアウトリーチもしっかり行われている。2017 年度より開始した、ニコニコ生放送の実施は新たなアウトリーチ方法としてとても有効である。2021 年 4 月のテントウムシの完全変態の生放送は、81 万アクセスがあり、81 万円の収入を得たというのは驚きである。
2020 年 4 月に産学連携グループを新たに設置し、特許取得支援、研究シーズの実用化に向けたサポートを開始した。産学連携についてはもっと早く取り組むべきであったと思う。設置して間もないため、顕著な成果はないが、起業経験のある博士号を持つ研究者の働きによる今後の進展に期待したい。

▶ 産学連携については伝統的にやや距離を置いた対応をされているのかと思いますが、基礎生物学研究所の研究成果に対して産業界からも興味をもってもらえる可能性が大102

きいと思いますので、バランスを考えながら産学連携への取組を進める事が必要かと思います。研究者にとっても自身の基礎的な研究成果が社会の発展に繋がっていけば、研究者としての喜びも大きいと思います。

▶ ニコ動配信には感銘を受けました。

▶ ニコニコ生放送、ニコニコサイエンスチャネルの立ち上げなど、非常に頑張って、社会に向けて情報発信をしている。

５．第４期に計画している次の事業は、国際的学術動向に鑑み、基礎生物学研究所の拠点性維持、共同利用研究を通した日本の研究力強化に適切か。

（１）「超階層生物学共同利用研究」▶ 次の時代の生物研究の方向性を示すばらしい研究構想である。また、その説明（見せ方）も的確であり研究者や研究者以外にとってわかりやすい。
＊細かいことではあるが、図 14 で、左の説明では、「遺伝子やタンパク質、細胞小器官・・・・個体群のふるまいを・・・」と書かれており、図では、遺伝子、高分子、細胞小器官、細胞・・・と表されている。タンパク質と高分子のどちらを意図しているのかという問題もあるが、「低分子」の階層も含んだ方がいいのではないか。少なくとも植物分野では生命現象を制御する重要な低分子化合物の発見は続くと思われる。

▶ 適切である。異なる階層から生命現象を解明しようとする意欲的な取り組みであり、生物学の発展に大きく寄与し、共同利用研究を通した日本の研究力強化に資するものであると判断される。

▶ 生物機能解析センター、モデル生物研究センター、新規モデル生物開発センターをまとめた超階層生物センターを立ち上げ、超階層生物学の確立と展開を図る計画である。

103

階層を超えた研究に取り組むために、ものではなく手法ごとの研究室分けとなっている。
また、センター内のすべての研究室に関係する AI 解析室を設置するところが特長である。藤森氏をセンター長とし、2022 年 4 月からの運用開始後、改組によって、どのよ
うな成果が得られるかが楽しみである。

▶ 新しい概念の生物学研究の共同利用として大きく期待いたします。ラージスケールの一次デジタルデータが生み出されると思いますので、それらのデータ格納や管理、公開や二次利用についての検討が必要と思います。他機関との連携によってオープンサイ
エンスの流れを加速して頂きたいと思います。

▶ 発想はユニークで、すでにハエトリソウのような実例もあるので、系統的に実現可能である。しかし、この発想が科学者コミュニティーに理解させるのを待っていては、機会を逸する恐れがある。早めにシンポジウム開催など積極的な周知活動を行う必要がある。

▶ 所長の話を聞いて、目指す研究の方向を理解した。目指す方向や組織改革のあり方も良いと考える。３つほど注文をしたい。一つは、「超階層生物学」は研究者の jargon
で一般には伝わらないのではないか。この点について、一般に伝わる工夫が欲しい。二つ目は、このような組織は往々にして、箱だけ作って、中身は以前のままということがある。ぜひ、運営のあり方を工夫して、真に目指すべき研究を達成してほしい。最後は、基礎生物学研究所は学生教育も積極的に行なっていることから、魅力ある学生教育と学生数を増やすために、超階層生物学共同利用研究を教育にも取り込んでいただきたい。

（２）RMC 制度新設と組織改編▶ 大胆な組織改編が行われ、節目にふさわしい。これまで、領域名が実質的に機能していたのかどうかは承知していないが、領域としてのくくりは「超階層生物学共同利用研究」にはあまりマッチしていないようなので、領域名の廃止は適切であった。

104

新たな職階については、RMC と URA との違いがやや分かりにくい。

▶ 適切である。URA ではなく「RMC」制度の創設は秀逸であり、今後日本国内の大学共同利用機関法人の研究所や共同利用・共同研究拠点にも広がる可能性がある。超階層
生物学センターの設置等により、第４期において共同利用・共同研究を通して日本の研究力を高めるような組織に改変されていると判断される。

▶ 修士や博士修了者で、研究の経験もある者が研究者を支援する職として URA がある。URA の仕事は、所属機関や部局によって異なるが、今回基礎生物学研究所内に設けられる新しい職階 RMC は「研究所の円滑な運営および共同利用研究等の推進のための職務」となっている。博士の学位、大学や研究機関での研究、教育経験を必要とすることから、URA よりもより高度なスキルが必要とされている。任期が 5 年と通常 1 年ごとの更新の URA よりも良い条件となっている。所内の研究教育職員の職階変更で 3名、概算要求の予算で 2 名の採用が計画されている。5 年任期ののち、業績評価結果に基づき 5 年以内の更新が可能であることや、昇任の可能性がある点など、やりがいがある職となっている。RMC の設置が研究所の円滑な運営や共同利用研究の推進にどのような効果がもたらされるか楽しみである。

▶ 効率的な研究活動のための新しい職階の導入として高く評価します。この制度で採用された人材をロールモデルとして、他の大学や研究機関に広がり日本全体の研究高度化に繋がることを期待いたします。

▶ RMC 制度は必要なものではあるが、その後のキャリアパスをどうするのか、慎重に検討する必要がある。また、同一雇用関係であれば、身分を RMC に振り替えても、積算１０年で無期転換問題が発生するので、所内研究員からの転換には注意が必要である。

▶ RMC という職種自体は意味がある。ただ、リサーチアドミニストレーターにおいて105

もそうだったように、キャリアパスをどのように構築するかが極めて重要である。用が終わったらすぐ使い捨てとならないような、安心して職種に打ち込める制度設計と運用が望まれる。RMC のキャリアパスを広げるためには、他機関との連携は必須である。

６．基礎生物学研究所で進展すべき研究分野▶ 今後進展すべき研究分野については、所内外の研究者と慎重に議論して決めていただきたい。

▶ 研究部門、研究室は基礎生物学のすべての分野をカバーしているように思う。ただし、理論生物学がスタッフ 1 名のゲノム情報室のみでやや手薄ではないかと思った。生物学の新たな潮流を取り入れつつも、生物学の基礎をきちんと研究する研究所であってほしい。

▶ 既に所内で十分に検討されていると思いますので、特に追加のコメントはありません。資源的な余裕があれば、数理生物学や化学生物学の分野の増強が必要かも知れません。

▶ その名の通り、医学薬学などへの応用からはかけ離れた基礎生物学を推進していただきたい。ここが日本の砦です。ただ、そういうシーズが日本の大学から抹殺されつつある状況で、今後どのように新たな分野を開拓するのか？若手による全くのアイデアだ
けの提案から、数年の研究機会を与えるような制度も必要かもしれません。

▶ どの分野というより、基礎生物学研究所が国際的な独創的な研究の拠点と認識してもらえるような研究分野が望ましい。現在の研究者構成が示している、多様で豊かな生命の仕組みを明らかにする研究を強化するのも一つの考え方であろう。ただ、拡散するのではなく、研究所内での連携によりさらに発展する可能性の高い分野を選ぶ必要があると考える。

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７．基礎生物学研究所で導入すべき機器▶ 大型機器の一つであるクライオ電子顕微鏡が導入されたことにより、今後多くの共同利用・共同研究が行われ、卓越した研究成果が生まれることが期待される。

▶ ホームページ内に現有の機器リストや共同利用として提供されている機器のリストがみあたらず、現在基礎生物学研究所にどのような機器があるのかわからないため、導入すべ機器について記入することができなかった。2021 年 12 月にロングリード 1 分
子 DNA シーケンサー、2022 年 3 月に高速高感度共焦点顕微鏡が、また 2022 年度には超階層生物学を推進するためのハイブリッド型質量分析装置とブックデータ、AI 解析
対応クラスターコンピューターを導入予定ということなので、機器は充実しているのではないかと拝察する。

▶ 既に検討されているようですが、質量分析装置は生物学のあらゆる局面で必要な機器と思います。

▶ 世界の最高級の機器を導入するだけでなく、ぜひ、工学系の専門家と組んで、本研究所にしかない機器を作り出していただきたい。

８．その他、基礎生物学研究所の取り組むべき事業▶ 今後取り組むべき事業については、研究者の研究時間を担保しつつ、人的資源、予算等とのバランスを考慮しながら、慎重に精査して決めていただきたい。

▶ 各種トレーニングコースは今後も継続して開催してほしい。

▶ オープンラボの実施は素晴らしい。ぜひ、埋もれていた人の潜在力を生かして、研究所の活性を上げていただきたい。

107

５．在職 10 年の教授業績評価

108

教授在職 10 年業績評価
基礎生物学研究所では、在職 10 年を迎えた教授について、研究・教育・学会コミュニ
ティへの貢献の三つの観点からみた業績評価を外部評価委員に依頼している。今回、評価対象となった教授は、長谷部光泰教授と皆川純教授であった。
評価の経緯は以下のとおりである。
（１）所長および研究主幹とで在職 10 年教授業績評価実行委員会を設置した。研究力
強化戦略室 企画・評価グループが調整し、評価の世話人を選出した。
（２）対象教授の研究分野に近い所外研究者から国外２名、国内１名の評価委員を選出・委嘱し、下記の資料を送付した。
送付資料： (1) 研究活動の説明、(2) 研究業績リスト、(3) 主たる業績の論文別刷り、(4) 略歴（３）3 名の評価委員から受け取った回答を所長が取りまとめた。

109

長谷部光泰教授【評価者１】

110【評価者２】

Evaluation of Professor Hasebe in recent ten years
Professor Hasebe has been a driving force in the development of plant
evolutionary biology in Japan for many years. His research integrates plant phylogeny,
morphology, cell biology, and molecular biology, and he is one of the frontrunnerscientists in international academic community.
In the last 10 years, he has continued to develop his life's work using the moss,
which he has established as a model organism for mosses. He has achieved great outcome
by challenging major questions in biology, such as the mechanisms of multicellularityand organ differentiation in plants, the formation of sporophyte generations in responseto terrestrial expansion, the transformation of plant cells into stem cells, and themechanisms of cell differentiation from them. In addition to this, we have been
conducting research on the evolution of novelty through whole genome analysis of nonmodel plants, including insectivorous plants, and have achieved results. The results ofthese studies have been developed into a joint research project for the development ofnovel model organisms in the National Institute for Basic Biology.

111

These research results have been published as 61 papers and 4 reviews, including
3 papers published in Science, and cited in numerous papers during the decade from 2010
to 2020.
The acquisition of external funding for research is also going well. Many
research projects have been adopted by the Grants-in-Aid for Scientific Research from
JSPS. In recent ten years, Prof. Hasebe had been granted for three projects in the Grantin-Aid for Scientific Research on Innovative Areas as a representative, and as a coworker for two other projects. In the Grant-in-Aid for Scientific Research, many
projects have been granted as a representative, including S and A.
Prof. Hasebe has received some national and international awards for the above
mentioned researches achievements. In the past 10 years, he has received The Janette
Siron Pelton Award from the Botanical Society of America in 2013, the Society Award
from the Japanese Society for Evolutionary Studies in 2016, the Kimura Memorial
Academic Award from the Motoo Kimura Trust Foundation for the Promotion of
Evolutionary Biology, and the Golden spore award 2019 from iMOSS. In the field of
education, he has received the Minister of Education, Culture, Sports, Science andTechnology Award in the R&D category at the 53rd Science and Technology Film
Festival in 2012.
As other academic activities, Prof. Hasebe maintain the PHYSCObase, intended forsharing information on the moss Physcomitrella patens for supporting the scientificcommunity, and many plant scientists including from other countries use this database.
Also, he established the KBY no PAGE (in Japanese) for explaining evolution of plant
evolution. In this Web-based content, we can learn the phylogeny of land plants byphylogenetic trees and many photos. This content is also useful for education of plantscience.

【評価者３】

112

113

114

基礎生物学研究所長によるまとめ
国外 2 名、国内 1 名の外部評価を得ましたので、長谷部教授の 10 年評価をまとめさせて頂きます。長谷部教授は植物がどのように陸上に進出して多様化してきたかを理解するため、この 10 年間は、陸上進出した初期の植物に近いコケ植物や小葉植物に着目して、精力的に研究を展開してきました。特に、コケ植物についてはヒメツリガネゴケを、小葉植物については
イヌカタヒバのゲノム配列を決定し、遺伝子レベル・細胞レベルでの研究を展開して、多くの新しい知見をもた らす とともに、 ヒメツ リガネゴケに ついてはコケ植物の新規モデル として
PHYSCObase というデータベースを構築したことは特筆に値します。また、陸上植物の多様化については、独特な形態と消化システムを進化させた食虫植物に着目して、ゲノム配列の決定からゲノム操作まで進めて、先駆的な研究成果をこの 10 年間にわたり一流の国際誌にコン
スタントに発表してきました。若手育成やサイエンティフィック・コミュニティへの貢献度についても高く、研究費の獲得や幾多もの栄誉ある賞を授賞しており、内外で高く評価されていることの証となっています。
3 名の評価者からも、長谷部教授のこの 10 年間のパフォーマンスは非常に素晴らしいものとの評価を得ており、今後においても高いパフォーマンスを持続してもらい、ライフワークとなっている陸上植物を体系化した Web ページの構築を完結してもらえればと思います。

Summary by the Director General of NIBB
We would like to summarize Professor Hasebe's ten-year evaluation, as he has received

external evaluations from two international and one domestic evaluator. Over the past

decade, Professor Hasebe has focused on studying early land plants, such as bryophytes andlycophytes, to understand how plants diversified and evolved on land. Specifically, hedetermined the genome sequences of the moss Physcomitrium patens and the lycophytes

Selaginella moellendorffii, and conducted genetic and cellular studies, which provided various

new insights. Notably, he established a database called PHYSCObase for the moss P. patens,
which has become a new model for bryophyte research. In addition, Professor Hasebe has

conducted pioneering research on carnivorous plants, which have evolved uniquemorphologies and digestive systems, by determining their genome sequences andconducting genome editing. He has consistently published his research findings in top
international journals over the past ten years. He has also made significant contributions todeveloping young researchers and the scientific community, as evidenced by his acquisitionof research funds and numerous prestigious awards, and has received high praise both

domestically and internationally. Three evaluators have recognized Professor Hasebe's

115

outstanding performance over the past decade, and we hope that he will continue tomaintain high performance in the future. We also hope that he will complete the constructionof a web page systematizing land plants, which has become his life's work.

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188皆川純 教授【評価者１】

189

190

【評価者２】191

192

【評価者３】193

【評価者４】194

195

基礎生物学研究所長によるまとめ
植物は葉緑体の光化学反応系で光のエネルギーで水を分解し、水から二酸化炭素を固定するための還元力を得ます(その時の副産物として酸素が放出されます)。従来は、光エネルギーで炭酸同化する仕組みの解明が光合成研究の主眼でありましたが、現在では、強い光が当たった時に光エルネギーで活性酸素の過剰生産をせずにいかに光合成装置を保持するかの理解が大きな課題になっていました。皆川研究室はこの 10 年間で、クラミドモ
ナスの葉緑体を使ってこの謎を世界に先駆けて解明した点が高く評価されています。具
体的には、光化学反応系の超複合体を精製することに成功したことで、その立体構造をク
ライオ電顕で明らかにするとともに、強い光が当たって LHC というタンパク質が合成されるとそのコンパクトな複合体構造がゆるむことで、光エネルギーを熱とし逃していることを明らかにしました。また、強光の条件で LHC たんぱく質の合成が促進される仕組みについても遺伝学的手法を駆使して、青色光受容体で強い光をキャッチすると、ユビキチ
ン関連因子や被子植物で花芽誘導因子として機能する転写因子を介して行われることを明らかにしています。これらの成果は、Nature や Nature Plants や PNAS といったメジ
ャー誌に掲載されたことからもこれらの発見のインパクトの高さを示しているものと思います。これからの 10 年についても葉緑体研究に進化的な観点を加えた新たな研究ステージへと切り拓いてくれることを期待します。

Summary by the Director General of NIBB
Plants obtain reducing power for fixing carbon dioxide from water by using the energy of light in thephotosynthetic reaction center of chloroplasts (with the byproduct being the release of oxygen).
Traditionally, the focus of photosynthesis research has been on understanding the mechanisms ofcarbon assimilation through light energy. However, in recent times, understanding how to maintainthe photosynthetic apparatus without excessive production of reactive oxygen species under intenselight conditions has become a major challenge. The Minagawa Laboratory has been highly acclaimed
for pioneering the elucidation of this mystery using the chloroplasts of Chlamydomonas over the past
decade. Specifically, they successfully purified the super-complexes of the photosynthetic reaction
center and used cryo-electron microscopy to reveal their three-dimensional structures. They also
demonstrated that under intense light, the compact structure of the super-complexes is disordered by
LHC (Light-Harvesting Complex), allowing the dissipation of light energy as heat. Furthermore, theyutilized genetical approaches to uncover the mechanism by which synthesis of LHC proteins isenhanced under intense light conditions. These achievements, published in prestigious journals suchas Nature, Nature Plants, and PNAS, demonstrate the high impact of these discoveries. In the next
decade, they will continue to pave the way towards a new stage of photosynthesis research byincorporating an evolutionary perspective.

196

Activities at National Institute for Basic Biology

2010/Oct - 2022/Mar

JUN MINAGAWA

Professor, Division of Environmental Photobiology
National Institute for Basic Biology
Professor, Department of Basic Biology, School of Life Science
The Graduate University for Advanced Studies (SOKENDAI)

1197

1. Research activity over the past decade (Oct 2010-Mar 2022) ································· 3
a. Macro-organization of the photosynthetic machinery ···································· 3
b. Acclimation of photosynthesis··················································································· 5(1) Non-photochemical quenching (NPQ) ·························································· 5(2) State transitions ······································································································ 6c. Signal transduction for photoprotection ······························································· 7
d. Key publications ············································································································ 10
2. Perspective of research ········································································································· 11
3. Description of other academic activities ········································································ 13
a. Education ························································································································· 13
b. Service to the Academic Communities ································································· 14
4. Personal Information·············································································································· 16
a. Name·································································································································· 16b. Date of Birth ···················································································································· 16c. Office Address ················································································································ 16
d. Research Area ················································································································· 16
e. Education·························································································································· 16
f. Professional Experience ······························································································ 16
g. Awards ······························································································································· 16
h. Professional Societies ·································································································· 16
i. Publication List (Oct 2010 – Mar 2022) ································································· 17
j. Symposium Presentations / Invited Seminars ···················································· 24
k. Organization of Symposium ····················································································· 27
l. Grant Awards ·················································································································· 28
m. Professional Activities ·································································································· 29
n. Teaching Experience ····································································································· 31
o. Other Activities (Outreach activities) ····································································· 31

5. Selected reprints ·········································································································· 33

21981. Research activity over the past decade (Oct 2010 – Mar 2022)
When cyanobacteria first appeared on the earth about 3 billion years ago, the basal
system for the oxygen-evolving photosynthesis, namely the photosynthetic reaction
center, was already almost complete. Subsequently, photosystems evolved to overcome
various environmental stress such as low light, high light, low temperature, hightemperature, drought, etc. in their habitats, and have spread to every corner on theearth. The diversity of photosytems were mainly brought about by changes in the
structure of their light-harvesting system that is surrounding the reaction centers and in
the arrangement of their pigments. Photosystem supercomplexes not only achieved thegeographical and spatial adaptations, but also developed plasticity (environmental
adaptation system) that can withstand these temporal variations in order to adapt toenvironments with extremely large ranges from seconds to yearly variations in theenvironmental factors. My research has focused on answering the questions of what
the fundamental principles are there, when the photosynthetic organisms are to adapt
or acclimate to different environment, which is based on a perspective of dynamic
remodeling of supramolecular organization of the photosynthetic supercomplexes.
During the past decade, after sorting out several issues on state transitions, whichbalances the excitation between the two photosystems, we extended the study to themolecular mechanism of non-photochemical quenching, or NPQ, that is heatdissipation process of excess amount of light energy harvested by the photosynthetic
machinery. We showed that an ancient-type light-harvesting complex (LHC) protein
called LHCSR3 is associated with photosytem (PS) II-LHCII supercomplex when it
exhibited NPQ. After characterizing the NPQ properties of LHCSR3 and its paralog
LHCSR1, we advanced our study to investigate the signal transduction pathways for the
expression of the high light (HL)-inducible LHCSR3 gene and the UV-inducible LHCSR1
gene using genetic approaches. Lately, we developed an innovative purification methodof membrane protein complexes using a surface surfactant amphipol and were the firstto elucidate the Cryo-EM structure of the PSII-LHCII supercomplex and PSI-LHCI
supercomplex under State 2 conditions in green algae. The amphipol methods werealso successful to understand the roles of LHCII aggregates and semi-crystalline arrayof PSII-LHCII supercomplex in NPQ. The following are summaries about our key
publications (highlighted in bold in the text), but the entire activities can be referred to
Publication List (2010-2022). In short, my research started from the study ofacclimation processes of photosynthesis, which was expanded to deal withphotobiology as a whole just like the name of my research group.
a. Macro-organization of the photosynthetic machinery
We initially established a biochemical procedure to selectively solubilize the PSII-LHCII
supercomplex out of the thylakoid membranes by using α-dodecyl maltoside. We
obtained a highly active PSII-LHCII supercomplex from a green unicellular alga
Chlamydomonas reinhardtii, revealing that it was the largest PSII-LHCII supercomplex
among the photosynthetic organisms. Single particle analysis of the negatively stained

3

199

200

201

To investigate the functions of LHCSR1 in C. reinhardtii, we performed biochemical andspectroscopic experiments and clarified that LHCSR1 mediates excitation energy
transfer from LHCII to PSI at a low pH, rather than to PSII. This altered excitationtransfer causes remarkable fluorescence quenching and establishes PSI-dependent
photoprotection (Kosuge et al (2018) PNAS).
An intriguing moleculararchitecture called the "semicrystalline PSII array" has been
observed in the thylakoid
membranes in vascular plants. It isan array of PSII-LHCII
supercomplexes that only appears
under LL conditions, but its
functional role had not beenclarified. While we identified PSIILHCII supercomplexes in theirmonomeric and multimeric forms in
LL-acclimated spinach leaves, only
Fig. 4. Schematic representation of theputative arrangements of PSII–LHCII
the monomeric forms were present
supercomplexes in the thylakoid
when the leaves were acclimated tomembrane in LL and HL conditions.
HL, suggesting that the multimericforms represent a structural
adaptation to LL and that monomerization of the PSII-LHCII supercomplex represents
an adaptation to HL. Single-particle EM analysis revealed that the multimeric PSII-LHCII
supercomplexes are composed of two or three units of PSII-LHCII supercomplexes,
which likely constitute a fraction of the semi-crystalline PSII array. These findings
suggest that the configurational conversion of PSII-LHCII supercomplexes may serve asa structural basis for acclimation of plants to environmental light (Fig.4, Kim et al.
(2020) J. Biol. Chem.).
(2) State transitions
Plants and algae respond to changes in light quality by adjusting the absorption
capacity of the two photosystems (Minagawa (2011) Biochim. Biophys. Acta). Thisacclimation uses redox-controlled, reversible phosphorylation of LHCII to regulate therelative absorption cross-section of the two photosystems, commonly referred to asstate transitions (Rochaix et al. (2012) Phil. Trans. R. Soc. Lond. B. Biol. Sci.). We
investigated how state transitions affect the chloroplast structure and function using
complementary approaches for the living cells of C. reinhardtii. Using small-angle
neutron scattering, we found a strong periodicity of the thylakoids in State 1, withcharacteristic repeat distances of approximately 200 Å, which was almost completely
lost in State 2 (Fig.5, Nagy et al. (2014) PNAS).
The detailed molecular architecture of the PSI-LHCI supercomplex when it
extends the light-harvesting capacity by docking the mobile LHCII trimers was later

6

202

203

204

205

d. Key Publications

1. Pan, X., Tokutsu, R., Li, A., Takizawa, K., Song, C., Murata, K., Yamasaki, T., *Liu, Z.,*Minagawa, J., *Li, M. Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions in green
algae. Nat. Plants 7:1119-1131 (2021).
2. Kim, E., Watanabe, A., Duffy, C. D. P., Ruben, A. V., *Minagawa, J. Multimeric andmonomeric photosystem II supercomplexes represent structural adaptations to lowand high-light conditions. J. Biol. Chem. 295: 14537-14545 (2020).
3. Sheng, X., Watanabe, A., Li, A., Kim, E., Song, C., Murata, K., Song, D., *Minagawa, J.,*Liu, Z. Structural insight into light harvesting for photosystem II in green algae. Nat.
Plants 5: 1320-1330 (2019).
4. *Tokutsu, R., Fujimura-Kamada, K., Matsuo, T., Yamasaki, T., *Minagawa, J. The
CONSTANS flowering complex controls the protective response of photosynthesis in
the green alga Chlamydomonas. Nat. Commun. 10: 4099, (2019).
5. Watanabe, A., Kim, E., Burton-Smith, R.-N., Tokutsu, R., *Minagawa, J. Amphipolassisted purification method for the highly active and stable photosystem IIsupercomplex of Chlamydomonas reinhardtii. FEBS lett. 593: 1072-1079 (2019).
6. Aihara, Y., Fujimura-Kamada, K., Yamasaki, T., *Minagawa, J. Algal photoprotection isregulated by the E3 ligase CUL4-DDB1DET1. Nat. Plants 5: 34-40 (2019).
7. Kosuge, K., Tokutsu, R., Kim, E., Akimoto, S., Yokono, M., Ueno, Y., *Minagawa, J.
LHCSR1-dependent fluorescence quenching is mediated by excitation energy transferfrom LHCII to photosystem I in Chlamydomonas reinhardtii. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S.
A., 115: 3722-3727 (2018).
8. *Petroutsos, D., Tokutsu, R., Maruyama, S., Flori, S., Greiner, A., Magneschi, L., Cusant, L.,
Kottke, T., Mittag, M., Hegemann, P., *Finazzi, G., *Minagawa, J. A blue light
photoreceptor mediates the feedback regulation of photosynthesis. Nature 537: 563566 (2016).
9. Nagy, G., Ünnep, R., Zsiros, O., Tokutsu, R., Takizawa, K., Porcar, L., Moyet, L., Petroutsos,D., *Garab, G., *Finazzi, G., *Minagawa, J. Chloroplast remodeling during statetransitions in Chlamydomonas reinhardtii as revealed by non-invasive techniques invivo. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 111: 5042-5047 (2014).
10. Tokutsu, R. and *Minagawa, J. Energy-dissipative supercomplex of photosystem II
associated with LHCSR3 in Chlamydomonas reinhardtii.
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 110: 10016-10021 (2013).

10

206

2.

Perspective of researchLight-harvesting antennae are designed to "efficiently collect sunlight” and fuel thecollected energy to the reaction center. However, those exposed to excess amount oflight could cause serious damage to the cell due to the reactive oxygen species
produced by overexcited chlorophylls there. Therefore, plants and algae havedeveloped NPQ, a protective measure to dissipate light energy as heat. NPQ could also
be a future target for improving photosynthetic yield in the field (Kromdijk, et al. 2016).
Why is the NPQ study in algae important? Algae are responsible for a half ofthe primary production on the earth. Because green algae are in the green lineage as inland plants, knowledge obtained in NPQ study in green algae could applicable to the
problem(s) of NPQ In higher plants. Although the overall principle seems to b the same,
there are a few mechanical differences between NPQ in higher plants and green plants,
which became clearer in the past few decades. PsbS, which is essential for NPQ in
higher plants (Li et al., 2000), is not essential in green algae, although the algae’s
genomes encode PsbS. Instead, other LHC proteins, LHCSR1/3, are essential in algal
NPQ (Peers et al., 2009). Zeaxanthin, which is another critical factor of NPQ in higher
plants (Ahn et al., 2008), is not necessarily important in green algae. In terms of thehigh-order PSII structure, there are PSII arrays in the stacked membrane regions inhigher plants, which are suggested to be important in keeping the PSII in lightharvesting mode (Kim et al., 2020). Such a high-order structure, however, cannot befound in green algae. The details of these differences including the precise molecularmechanisms will be elucidated in the next decade, and the research will be further
expanded to “non-model” green organisms, such as primitive green algae and otherplants. I am indeed planning to apply our expertise developed in our studies in green
algae and higher plants to those non-model organisms to study their NPQ functions(fluorescence yield, lifetime, and spectra), properties (pigments, and subunits), gene
regulation (genetics and molecular biology) and the structures (Cryo-EM) in the hopeof understanding the plants’ strategy to cope with HL.
Research of state transitions will be, I think, in a similar direction. An
acclimation event state transitions was originally discovered as a process to balance theexcitation between PSI and PSII (Murata, 1969). Fifty years of research has revealed thatthe light-harvesting antenna of PSII is phosphorylated in response to the reduction of
the intersystem redox factors including plastoquinone and cytochrome b6f complex.
The phospho-LHCII are then detached from PSII and re-associated with PSI. Details of
this remodeling event of the supramolecular complexes have been mainly uncovered inChlamydomonas and Arabidopsis (Rochaix et al., 2012). One of the most prominentachievements of the past decade was the elucidation of a near atomic structure of the
PSI-LHCI that binds phospho-LHCII (Pan et al, 2018; Pan et al, 2021). We now know thatthe molecular architecture of the surface binding pocket on PSI and the boundphospho-LHCII is completely conserved throughout green lineage, including all green

11

207

algae, higher plants and the other plants. This would mean that all of them perform
state transitions, which is highly intriguing: Although higher plants and some green
algae need to balance the excitation of the two photosystems because the opticalproperties of the two photosystems are largely different, many algae do not need to doso because their PSI and PSII are optically similar. Therefore, state transitions in those“other” non-model green algae have to be studiedff, those include their state transition
ability (fluorescence yield, phosphorylation, subunit compositions) and the structures of
the respective complexes (Cryo-EM). These may give us a clue for the origin and theunprecedented biological significance of state transitions.
I believe that our understanding of the plants’ acclimation strategy to various
environmental light will significantly deepen in the next decade by introducing theevolutionary perspective. If I can contribute to this exciting new field of photosynthesis
research with the colleagues in NIBB, I would be more than happy.
References
Ahn, T.K., Avenson, T.J., Ballottari, M., Cheng, Y.-C., Niyogi, K.K., Bassi, R., Fleming, G.R. (2008)
Architecture of a charge-transfer state regulating light harvesting in a plant antenna
protein. Science 320: 794-797.
Kromdijk, J., Glowacka, K., Leonelli, L., Gabilly, S.T., Iwai, M., Niyogi, K.K., Long, S.P. (2016)
Improving photosynthesis and crop productivity by accelerating recovery fromphotoprotection. Science 354: 857-861.
Li, X.P., Björkman, O., Shih, C., Grossman, A.R., Rosenquist, M., Jansson, S., Niyogi, K.K. (2000)
A pigment-binding protein essential for regulation of photosynthetic lightharvesting. Nature 403: 391-395.
Peers, G., Truong, T.B., Ostendorf, E., Busch, A., Elrad, D., Grossman, A.R., Hippler, M., Niyogi,
K.K. (2009) An ancient light-harvesting protein is critical for the regulation of algal
photosynthesis. Nature 462: 518-521.
Kim, E., Watanabe, A., Duffy, C.D.P., Ruban, A.V., Minagawa, J. (2020) Multimeric andmonomeric photosystem II supercomplexes represent structural adaptations to lowand high-light conditions. J Biol Chem 295: 14537-14545.
Murata, N. (1969) Control of excitation transfer in photosynthesis. I. Light-induced changeof chlorophyll a fluoresence in Porphyridium cruentum. Biochim Biophys Acta 172:242-251.
Rochaix, J.D., Lemeille, S., Shapiguzov, A., Samol, I., Fucile, G., Willig, A., GoldschmidtClermont, M. (2012) Protein kinases and phosphatases involved in the acclimation of
the photosynthetic apparatus to a changing light environment. Phil Trans R Soc
Lond B Biol Sci 367: 3466-3474.
Pan, X., Ma, J., Su, X., Cao, P., Chang, W., Liu, Z., Zhang, X., Li, M. (2018) Structure of themaize photosystem I supercomplex with light-harvesting complexes I and II. Science
360: 1109-1113.
Pan, X., Tokutsu, R., Li, A., Takizawa, K., Song, C., Murata, K., Yamasaki, T., Liu, Z., Minagawa, J.,
Li, M. (2021) Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions in green algae.
Nat Plants 7: 1119-1131.

12

208

3.

Other academic activities (Education, Service to the academic communities)

a. Education
Ph.D. dissertation committee in SOKENDAI:
2018

Yousef Yari Kamrani “Study on the molecular mechanisms for high-lightacclimation in the green alga Chlamydomonas reinhardtii”

2018

Kotaro Kosuge “緑藻クラミドモナスにおける LHCSR1 の局在と機能の解析”

2020

Hiroki Kato “サンゴ共⽣褐⾍藻における光合成及び光適応メカニズムの研究”

2020

Mariko Kishimoto, “Study on the thermal sensitivity of cnidarian-algal symbiosis
using Aiptasia model system”

2021

Akimasa Watanabe “新規精製法を⽤いた、光化学系 II 超複合体における集光機構の研究”

Ph.D. Dissertation committee in other universities:
2011

Ryutaro Tokutsu, “Functional analysis of light harvesting complexes inphotosynthetic green alga: Molecular mechanisms of photoacclimation”,
Hokkaido University

2016

Serena Flori, “Light utilization in microalgae: the marine diatom Phaeodactylum
tricornutum and the green algae Chlamydomonas reinhardtii”, Université
Grenoble Alpes

M.S. dissertation committee in SOKENDAI:
2022

Ayako Yanaka, “有藻性刺胞動物の共⽣能⼒の解明”

M.S. Dissertation committee in other universities:
2011 Tadaaki Kawashima, “緑藻チラコイド膜の光環境適応における FNR の役割”,
Hokkaido University
2011 Yang Chen, “Effects of iron deficiency on photosynthesis in a prasinophyte
Ostreococcus tauri”, Hokkaido University
2016 Mariko Kishimoto, “A study on the expulsion of symbiotic Symbiodinium algae
upon thermal stress on corals and sea anemones“, Nagoya University
Graduate Students:
Nobuyasu Kato, Ph.D. student, 2006-2011, Hokkaido University
Ryutaro Tokutsu, Ph.D. student, 2006-2011, Hokkaido University
Tadaaki Kawashima, M.S. student, 2009-2011, Hokkaido University

13

209

Yang Chen, M.S. student, 2009-2011, Hokkaido University
Yousef Kamrani, Ph.D. student, 2012-2018, SOKENDAI
Kotaro Kosuge, Ph.D. student, 2013-2018, SOKENDAI
Hiroki Kato, Ph.D. student, 2013-2018, SOKENDAI
Mariko Kishimoto, M.S. student, 2014-2016, Nagoya University
Ayaka Kikuchi, Ph.D. student, 2015-2016, SOKENDAI
Akimasa Watanabe, Ph.D. student, 2016-2021, SOKENDAI
Keisuke Okajima, Ph.D. student, 2016-2021, SOKENDAI
Ayako Yanaka, Ph.D. student, 2017-2022, SOKENDAI
Students with the NIBB Internship Program
2012
Tushar Suhas Khare (University of Pune, India)
2013
Bhagyashree Nandkishor Swarge (University of Pune, India)
2015
M. Orkun Çoruh (Hacettepe University, Turkey)
2016
Emre M. Ipekoglu (Middle East Technical University, Turkey)
2018
Nguyen Ha Ngoc Anh (Univ. of Sciences and Technology of Hanoi, Vietnam)
2019
Nguyen Hoang Yen Nhi (Vietnam National University HCMC, Vietnam)
Visiting Professorships:
2010-2011

Invited Professor, Hokkaido University

2012-2016

Invited Professor, Nagoya University

b. Service to the academic communities
Editorships:
2013-20182019-present

Editorial board, “Plant and Cell Physiology”
Editor, “Plant and Cell Physiology”

Reviewer for scientific journals:
Algal Res, ACS Synth Biol, Biochemistry, Biochim Biophys Acta, Curr Opin Plant Biol,eLife, EMBO Rep, Eur J Protistol, FEBS lett, Front Plant Sci, J Biotechnol, J Phys Chem
Lett, Mol Biol Evol, Nature, Nat Commun, Nat Gen, Nat Plants, Photochem Photobiol,
Photosynth Res, Photosynthetica, Plant Cell, Plant Cell Physiol, Plant J, Plant Physiol,
Plant Physiol Biochem, Plant Mol Biol, PLoS One, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., Science,
Sci Adv, Sci Rep
Reviewer for Japanese funding organizations:
JSPS (Japan Society for the Promotion of Science)
MEXT (Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology)

14

210

JST (Japan Science and Technology Agency)
Reviewer for Foreign funding organizations:
GACR (Czech Science Foundation)
HFSP (Human Frontier Science Program)
NWO (Dutch Research Council)
SCIENCE CONNECT (European Science Foundation)
SNF (Swiss National Science Foundation)
Panel for scientific programs:
2010-present ALCA (Advanced Low Carbon Technology Research and Development
Program), JST
Leading the research field of photosynthesis in Japan:
From FY2016 to 2020, I lead a MEXT grant program, “New Photosynthesis:
Reoptimization of the solar energy conversion system“ (Grant-in-Aid for Scientific
Research on Innovative Areas) as the Head Investigator. This program is intended tofoster novel research areas proposed by diverse groups of researchers that are
expected to lead to development and heightening of Japan’s research level in therespective fields, to be conducted by collective research efforts through collaboration,scholarly training, shared use of equipment, etc. The period is 5 years. The budget
range is set around JPY300,000,000 per year per area. This unique Japanese funding
system has a history over 50 years, supporting the strength of this country’s science.
Our “New Photosynthesis area” presented new perspectives into basic
photosynthesis research with the ultimate goal of improving photosynthetic efficiency
under any environment. Photosynthesis requires solar energy, which has the intrinsic
potential to damage photosystems. During the course of evolution, plants havedeveloped mechanisms to dissipate such excess light to achieve an optimal balance
between utilization of light energy (photosynthesis) and dissipation of light energy(photoprotection). However, this balance is not always achieved. The goal of thisproject was to understand the mechanisms that regulate the proton motive force
across thylakoid membranes, which is required for re-optimization of the balance
between photosynthesis and photoprotection. Nearly 200 researchers belonging toeight groups of planned research and 23 groups of publicly offered research, including
many students and postdocs in the area were working toward the same goal. Theyclarified several key steps that regulate and that are regulated by proton motive force.
The area was extremely successful because we are now very close to revealing thewhole picture of it. The project produced more than 500 research papers including
numerous high impact papers. Many young researchers obtained jobs during or after
the project. The area was highly regarded by the panel after the research period.

15

211

4.

Personal Informationa. Name:Jun Minagawa

b. Date of Birth:c. Office Address:

38 Nishigonaka, Myodaiji, Okazaki 444-8585, Japan

d. Research Area:

Plant Biology (photosynthesis, environmental stress)e. Education:
1983-1987
1987-1992
March 1992

Department of Pharmaceutical Sciences
The University of Tokyo
Graduate School of Pharmaceutical Sciences
The University of Tokyo
Ph.D, The University of Tokyo

f. Professional Experience:
1992-1995
Postdoctoral Research Associate, Department of Biophysics
University of Illinois at Urbana-Champaign
1995-2001
Researcher, RIKEN
2001-2010
Associate Professor, Institute of Low Temperature Science,
Hokkaido University
2010-present Professor, Division of Environmental Photobiology
National Institute for Basic Biology
2010-present Professor, Department of Basic Biology
School of Life Schience,
The Graduate University for Advanced Studies (SOKENDAI)
g. Awards:
n/ah. Professional Societies
The Botanical Society of Japan
2020
Member, Annual Meeting Organizing Committee
2020
Manager, Corporate Exhibition
2020
Member, Program Organizing Committee
The Japanese Society of Plant Physiologists
2006-2009
Trustee
2014-2015
Member, JSPP Award Committee
2016-present
Delegate

16

212

The Japanese Society of Photosynthesis Research
2010-present
Secretary
2011-2015
Executive board
2013-2014
Member, Liaison Committee for the photobiology associationof JapanInternational Photosynthesis Society
i. Publication List (Oct 2010 – Mar 2022)
Class I: Research articles (in peer reviewed journals)*Senior author(s)1. Tanno, A., Arakaki, Y., Tokutsu, R., Ueki, N., Minagawa, J., Yoshimura, K., Hisabori, T.,
Nozaki, H., *Wakabayashi, K. The four-celled Volvocales green alga Tetrabaenasocialis shows weak photobehavior and high photoprotection ability. PLoS One 16:
e0259138 (2021).

2. Morishita, J, Tokutsu, R., Minagawa, J., Hisabori, T., *Wakabayashi, K.
Characterization of Chlamydomonas reinhardtii mutants that exhibit strong positive
phototaxis. Plants 10:1483 (2021).

3. Pan, X., Tokutsu, R., Li, A., Takizawa, K., Song, C., Murata, K., Yamasaki, T., *Liu, Z.,*Minagawa, J., *Li, M. Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions ingreen algae. Nat. Plants 7:1119-1131 (2021).

4. *Maeda, T., Takahashi, S., Yoshida, T., Shimamura, S., Takaki, Y., Nagai, Y., Toyoda, A.,
Suzuki, Y., Arimoto, A., Ishii, H., Satoh, N., Nishiyama, T., Hasebe, M., Maruyama, T.,
Minagawa, J., Obokata, J., Shigenobu, S. Genomic evidence of chloroplastacquisition without gene transfer in the kleptoplastic sea slug Plakobranchus
ocellatus. eLife 10:e60176 (2021).

5. Zhang, X. J., Fujita, Y., Tokutsu, R., Minagawa, J., Shen, Y., *Shibata, Y. Shapememory behavior of thylakoid in Chlamydomonas as revealed by novel excitation
spectral microscopy. Plant Cell Physiol. 62: 872-882 (2021).

6. *Tokutsu, R., Fujimura-Kamada, K., Yamasaki, T., Okajima, K., *Minagawa, J. UV-A/B
radiation rapidly activates photoprotective mechanisms in Chlamydomonas
reinhardtii. Plant Physiol. 185: 1894-1902 (2021).

7. Shukla, M. K., Watanabe, A., Wilson, S., Giovagnetti, V., Moustafa, E. I., *Minagawa,J., *Ruban, A. V. A novel method produces native LHCII aggregates from thephotosynthetic membrane revealing their role in NPQ.
J. Biol. Chem. 295:17816-17826 (2020).

17

213

8. Watanabe, A. *Minagawa, J. Structural characterization of the photosystems in thegreen alga Chlorella sorokiniana. Planta 252:79 (2020).

9. *Kim, E., Kawakami, K., Sato, R., Ishii, A., *Minagawa, J. Photoprotective capabilities
of light-harvesting complex II trimers in a green alga Chlamydomonas reinhardtii. J.
Phys. Chem. Lett. 11: 7755-7761 (2020).

10. Kishimoto, M., Baird, A. H.l, Maruyama, S., Minagawa, J., *Takahashi, S. Loss of
symbiont infectivity following thermal stress limits recovery from bleaching in
cnidarians. ISME J. 14: 3149–3152 (2020).

11. Kim, E., Watanabe, A., Duffy, C. D. P., Ruben, A. V., *Minagawa, J. Multimeric andmonomeric photosystem II supercomplexes represent structural adaptations tolow- and high-light conditions. J. Biol. Chem. 295: 14537-14545 (2020).

12. Kato, H., Tokutsu, R., Kubota-Kawai, H., Burton-Smith, R. N., Kim, E., *Minagawa, J.
Characterization of a giant photosystem I supercomplex in the symbiotic
dinoflagellate Symbiodiniaceae. Plant Physiol., 183: 1725-1734, (2020).

13. *Faktorová, D., Nisbet, R. E. R., Robledo, J. A. F., Casacuberta, E., Sudek, L., Allen, A.
E., Ares Jr., M., Aresté, C., Balestreri, C., Barbrook, A. C., Beardslee, P., Bender, S.,
Booth, D. S., Bouget, F.-Y., Bowler, C., Breglia, A. A., Broellochs, A., Brownlee, C.,
Burger, G., Cerutti, H., Cesaroni, R., Chiurillo, M. A., Clemente, T., Coles, D. B., Collier,J. L., Cooney, L., Coyne, K., Docampo, R., Dupont, C. L., Edgcomb, V., Einarsson, E.,
Elustondo, P. A., Federici, F., Freire-Beneitez, V., Freyria, N. J., Fukuda, K., García, P.
A., Girguis, P. R., Gomaa, F., Gornik, S., Guo, J., Hampl, V., , Hanawa, Y., HaroContreras, E. R., Hehenberger, E., Highfield, A.,, Hirakawa, Y., Hopes, A., Howe, C. J.,
Hu, I., Ibañez, J., Irwin, N. A. T., Ishii, Y., Janowicz, N. E., Jones, A. C., Kachale, A.,
Fujimura-Kamada, K., Kaur, B., Kaye, J. Z., Kazana, E., Keeling, P. J., King, N.,
Klobutcher, L. A., Lander, N., Lassadi, I., Li, Z., Lin, S., Lozano, J. C., Luan, F.,
Maruyama, S., Matute, T., Miceli, C., Minagawa, J., Moosburner, M., Najle, S. R.,
Nanjappa, D. N., Nimmo, I. C., Noble, L., Vanclová, A. M. G. N., Nowacki, M., Nuñez,
I., Pain, A., Piersanti, A., Pucciarelli, S., Pyrih, J., Rest, J. S., Rius, M., Robertson, D.,
Ruaud, A., Ruiz-Trillo, I., Sigg, M. A., Silver, P. A., Slamovits, C. H., Swart, E., Smith, G.
J., Sprecher, B., Stern, R., von der Haar, T., Tsypin, L, Turkewitz, A., Turnšek, J., Valach,
M., Vergé, V., von Dassow, P., Tsaousis, A., Waller, R. F., Wang, L., Wen, X., Wheeler,G., Woods, A., Zhang, H., *Mock, T., *Worden, A. Z., *Lukeš, J. Genetic tool
development in marine protists: Emerging model organisms for experimental cellbiology. Nat. Methods, 17: 481-494 (2020).

14. Negi, S., Perrine, Z., Friedland, N., Kumar, A., Tokutsu, R., Minagawa, J., Berg, H.,
Barry, A., Govindjee, *Sayre, R. Light-regulation of light harvesting antenna size
substantially enhances photosynthetic efficiency and biomass yield in green algae.
Plant J., 103: 584-603 (2020).

18

214

15. Sheng, X., Watanabe, A., Li, A., Kim, E., Song, C., Murata, K., Song, D., *Minagawa, J.,*Liu, Z. Structural insight into light harvesting for photosystem II in green algae.
Nat. Plants 5: 1320-1330 (2019).

16. *Tokutsu, R., Fujimura-Kamada, K., Matsuo, T., Yamasaki, T., *Minagawa, J. The
CONSTANS flowering complex controls the protective response of photosynthesisin the green alga Chlamydomonas. Nat. Commun. 10: 4099, (2019).

17. *Kawakami, K., Tokutsu, R., Kim, E., Minagawa, J. Four distinct trimeric forms oflight-harvesting complex II isolated from the green alga Chlamydomonas
reinhardtii. Photosynth. Res., 142: 195-201 (2019).

18. Burton-Smith, R. N., Watanabe, A., Tokutsu, R., Song, C., *Murata, K., *Minagawa, J.
Structural determination of the large photosystem II–light-harvesting complex II
supercomplex of Chlamydomonas reinhardtii using non-ionic amphipol. J. Biol.
Chem., 294: 15003-15013 (2019).

19. Ishii, Y., *Maruyama, S., Takahashi, H., Aihara, Y., Yamaguchi, T., Yamaguchi, K.,
Shigenobu, S., *Kawata, M., Ueno, N., Minagawa, J. Global shifts in gene expression
profiles accompanied with environmental changes in cnidarian-dinoflagellate
endosymbiosis. G3 9: 2337-2347 (2019).

20. *Kim, E., Watanabe, A., Sato, R., Okajima, K., *Minagawa, J. pH-responsive binding
properties of light-harvesting complexes in a photosystem II supercomplex
investigated by thermodynamic dissociation kinetics analysis.
J. Phys. Chem. Lett. 10: 3615-3620 (2019).

21. Watanabe, A., Kim, E., Burton-Smith, R.-N., Tokutsu, R., *Minagawa, J. Amphipolassisted purification method for the highly active and stable photosystem IIsupercomplex of Chlamydomonas reinhardtii. FEBS lett. 593: 1072-1079 (2019).

22. Tokutsu, R., Fujimura-Kamada, K., Matsuo, T., Yamasaki, T., *Minagawa, J. Isolationof photoprotective signal transduction mutants by systematic bioluminescencescreening in Chlamydomonas reinhardtii. Sci. Rep. 9: 2820, (2019).

23. Kubota-Kawai, H., Burton-Smith, R. N., Tokutsu, R., Song, C., Akimoto, S., Yokono,
M., Ueno, Y., Kim, E., Watanabe, A., Murata, K., *Minagawa, J. Ten antenna proteinsare associated with the core in the supramolecular organization of thephotosystem I supercomplex in Chlamydomonas reinhardtii. J. Biol. Chem. 294:4304-4314 (2019).

24. Aihara, Y., Maruyama, S., Baird, A. H., Iguchi, A., *Takahashi, S., *Minagawa, J.
Green fluorescence from cnidarian hosts attracts symbiotic algae. Proc. Natl. Acad.
Sci. U. S. A. 116: 2118-2123 (2019).

25. Aihara, Y., Fujimura-Kamada, K., Yamasaki, T., *Minagawa, J. Algal photoprotection
19

215

is regulated by the E3 ligase CUL4-DDB1DET1. Nat. Plants 5: 34-40 (2019).

26. Toyoshima, M., Sakata, M., Ohnishi, K., Tokumaru, Y., Kato, Y., Tokutsu, R., Sakamoto,W., Minagawa, J., Matsuda, F., *Shimizu, H. Targeted proteome analysis of
microalgae under high-light conditions by optimized protein extraction ofphotosynthetic organisms. J. Biosci. Bioeng. 127: 394-402 (2019).

27. Yari Kamrani, Y., Matsuo T., Mittag, M., *Minagawa, J. ROC75 Functions as anattenuator of the circadian clock to control photoprotective LHCSR3 gene in
Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell Physiol. 59: 2602-2607 (2018).

28. Kosuge, K., Tokutsu, R., Kim, E., Akimoto, S., Yokono, M., Ueno, Y., *Minagawa, J.
LHCSR1-dependent fluorescence quenching is mediated by excitation energy
transfer from LHCII to photosystem I in Chlamydomonas reinhardtii. Proc. Natl.
Acad. Sci. U. S. A., 115: 3722-3727 (2018).

29. Ishii, Y., *Maruyama, S., Fujimura-Kamada, K., Kutsuna, N., Takahashi, S., *Kawata, M.,
Minagawa, J. Isolation of uracil auxotroph mutants of coral symbiont alga forsymbiosis studies. Sci. Rep. 8: 3237 (2018).

30. Kim, E., Tokutsu, R, *Minagawa, J. Investigation on the thermodynamic dissociation
kinetics of photosystem II supercomplexes to determine the binding strengths oflight-harvesting complex. J. Phys. Chem. B 122: 1627-1630 (2018).

31. Kim, E., Akimoto, S, Tokutsu, R, Yokono, M., *Minagawa, J. Fluorescence lifetime
analyses reveal how the high light–responsive protein LHCSR3 transforms PSII
light-harvesting complexes into an energy-dissipative state. J. Biol. Chem. 292:
18951-18960 (2017).

32. Takizawa, K., Minagawa, J., Tamura, M., Kusakabe, N., *Narita, N. Red-edge positionof habitable exoplanets around M-dwarfs. Sci. Rep. 7: 7561 (2017).

33. Biquand, E., Okubo, N.,Aihara, Y., Rolland, V., Hayward, D., Hatta, M., Minagawa, J.,
Maruyama, T. *Takahashi, S. Acceptable symbiont cell size differs among cnidarianspecies and may limit symbiont diversity. ISME J. 11:1702-1712 (2017).

34. Ho, S.-H., Nakanishi, A., Kato, Y., Yamasaki, H., Chang, J.-S., Misawa, N., Hirose, Y.,
Minagawa, J., *Hasunuma, T., *Kondo, A. Dynamic metabolic profiling together withtranscription analysis reveals salinity-induced starch-to-lipid biosynthesis in alga
Chlamydomonas sp. JSC4. Sci. Rep. 7: 45471 (2017).

35. Wang, L., Yamano, T., Takane, S., Niikawa, Y., Toyokawa, C., Ozawa, S., Tokutsu, R.,
Takahashi, Y., Minagawa, J., Kanesaki, Y., Yoshikawa, H., *Fukuzawa, H. Chloroplastmediated regulation of CO2-concentrating mechanism by Ca2+-binding protein CAS
in the green alga Chlamydomonas reinhardtii. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 113:
12586-12591 (2016).

20

216

36. *Petroutsos, D., Tokutsu, R., Maruyama, S., Flori, S., Greiner, A., Magneschi, L.,
Cusant, L., Kottke, T., Mittag, M., Hegemann, P., *Finazzi, G., *Minagawa, J. A blue
light photoreceptor mediates the feedback regulation of photosynthesis. Nature
537: 563-566 (2016).

37. Ueki, N., Mochiji, S., Ide, T., Tokutsu, R., Ohnishi, N., Kobayashi, Y., Yamaguchi, K.,
Shigenobu, S., Tanaka, K., Minagawa, J., Hisabori, T., Hirono, M., *Wakabayashi, K.
Eyespot-dependent determination of the phototactic sign in Chlamydomonas
reinhardtii. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 113: 5299-5304, (2016).

38. Aihara, Y., Takahashi, S., *Minagawa, J. Heat induction of cyclic electron flow aroundphotosystem I in the symbiotic dinoflagellate Symbiodinium.
Plant Physiol. 171: 522-529 (2016).

39. Karim, W., Seidi, A., Hill, R., Chow, W. S., Minagawa, J., Hidaka, M., *Takahashi, S.
Novel characteristics of photodamage to photosystem II in a high-light-sensitive
Symbiodinium phylotype. Plant Cell Physiol. 56: 1162-1171 (2015).

40. Xue, H., Tokutsu, R., Bergner, S., Scholz, M., Minagawa, J., *Hippler, M. PSBR isrequired for efficient binding of LHCSR3 to photosystem II - light-harvestingsupercomplexes in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Physiol. 167: 1566-1578,(2015).

41. Maruyama, S., Shoguchi, E., Satoh, N., *Minagawa, J. Diversification of lightharvesting complex gene family via intra- and intergenic duplications in the coral
symbiotic alga Symbiodinium. PLoS One 10: e0119406 (2015)

42. Takahashi, H., Okamuro, A., Minagawa, J., *Takahashi, Y. Biochemical
characterization of photosystem I associating light-harvesting complexes I and II
isolated from State-2 cells of Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell Physiol. 55:
1437-1449 (2014).

43. Maruyama, S., Tokutsu, R., *Minagawa, J. Transcriptional regulation of the stressresponsive light harvesting complex genes in Chlamydomonas reinhardtii. Plant
Cell Physiol. 55: 1304-1310 (2014).

44. *Shibata,Y., Katoh, W., Chiba, T., Namie, K., Ohnishi, N., Minagawa, J., Nakanishi, H.,
Noguchi, T., Fukumura, H. Development of a novel cryogenic microscope withnumerical aperture of 0.9 and its application to photosynthesis research. Biochim.
Biophys. Acta 1337: 880-887 (2014).

45. Nagy, G., Ünnep, R., Zsiros, O., Tokutsu, R., Takizawa, K., Porcar, L., Moyet, L.,
Petroutsos, D., *Garab, G., *Finazzi, G., *Minagawa, J. Chloroplast remodeling during
state transitions in Chlamydomonas reinhardtii as revealed by non-invasive
techniques in vivo. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 111: 5042-5047 (2014).

21

217

46. Tokutsu, R. and *Minagawa, J. Energy-dissipative supercomplex of photosystem II
associated with LHCSR3 in Chlamydomonas reinhardtii. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A.
110: 10016-10021 (2013).

47. Allorent, G., Tokutsu, R., Roach, T., Peers, G., Cardol, P., Girard-Bascou, J.,
Seigneurin-Berny, D., Petroutsos, D., Kuntz, M., Breyton, C., Franck, F., Wollman, F.
A., Niyogi, K. K., Krieger-Liszkay, A., Minagawa, J., *Finazzi, G. A dual strategy tocope with high light in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Cell 25: 545-557, (2013).

48. Tokutsu, R., Kato, N., Bui, K. H., Ishikawa, T., *Minagawa, J. Revisiting the
supramolecular organization of photosystem II in Chlamydomonas reinhardtii.
J. Biol. Chem. 287: 31574-31581 (2012).

Class II: Invited reviews (in peer reviewed journals)

49. *Hippler, M., *Minagawa, J., *Takahashi, Y. Photosynthesis and chloroplast
regulation—Balancing photosynthesis and photoprotection under changing
environments. Plant Cell Physiol. 62: 1059-1062 (2021).

50. Sheng, X., Liu, Z., Kim, E., *Minagawa, J. Plant and algal PSII-LHCII supercomplexes:
structure, evolution and energy transfer. Plant Cell Physiol 62: 1108-1120 (2021).

51. *Minagawa, J., Tokutsu, R. Dynamic regulation of photosynthesis in
Chlamydomonas reinhardtii. Plant J. 82: 413-428 (2015).

52. *Minagawa, J. Dynamic reorganization of photosynthetic supercomplexes during
environmental acclimation of photosynthesis. Front. Plant Sci. 4: 513, (2013).

53. *Minagawa, J. State transitions — The molecular remodeling of photosynthetic
supercomplexes that controls energy flow in the chloroplast. Biochim. Biophys.
Acta, 1807: 897-905 (2011).

Class II: Book chapters

54. Minagawa, J. Abiotic stress and adaptation in light harvesting. In Photosynthesis in
Action, A. Ruban, C. Foyer E. Murchie (Eds.) pp.61-84, Academic Press, Cambridge,
MA, USA, 2022.

55. Minagawa, J. Chlamydomonas: Bioenergetic Pathways―Regulation of
Photosynthesis. In Chlamydomonas: Molecular Genetics and Physiology, M. Hippler(Ed.) pp.135-154, Springer, Dordrecht, 2017.

56. Finazzi, G., Minagawa, J., Johnson, G. N. The cytochrome b6f complex – a regulatory

22

218

hub controlling electron flow and the dynamics of photosynthesis? In Cytochrome
Complexes: Evolution, Structures, Energy Transduction, and Signaling, W. Cramer, T.
Kallas (Eds.) pp. 437-452, Advances in Photosynthesis and Respiration Vol.41,
Springer, Dordrecht, 2016.

57. Minagawa, J. A supercomplex of cytochrome bf and photosystem I for cyclic
electron flow. In Cytochrome Complexes: Evolution, Structures, Energy
Transduction, and Signaling, W. Cramer, T. Kallas (Eds.) pp.453-462, Advances in
Photosynthesis and Respiration Vol.41, Springer, Dordrecht, 2016.

58. Johnson, G. N., Cardol, P., Minagawa, J., Finazzi, G. Regulation of electron transportin photosynthesis. In Plastid Biology (Theg, S., Wollman, F.-A., Eds.) pp.437-464,
Advances in Plant Biology Vol. 5, Springer, Dordrecht, 2014.

59. Finazzi, G., Minagawa, J. High light acclimation in green microalgae.
In Non-Photochemical Quenching and Energy Dissipation in Plants, Algae, andCyanobacteria, B. Demmig-Adams, G. Garab G, W. Adams III and Govindjee (Eds.),
pp.445-469, Advances in Photosynthesis and Respiration Vol.40, Springer,
Dordrecht, 2014.

Class II: Invited reviews and Book chapters (in Japanese)

60. 皆川純 “周辺集光装置”「光合成」⽇本光合成学会編（朝倉書店）, pp.35-40, 2021.
61. 皆川純 “光合成系 II 複合体” 「⽣体の科学」（医学書院）vol. 71 No.4, 353-358,
2020.

62. 皆川純 “光合成系の光強度変化への適応”「光と⽣命の事典」⽇本光⽣物学協会
光と⽣命の事典編集委員会編（朝倉書店）, pp.84-85, 2016.

63. 皆川純 “光合成を⾃在に最適化する” 「実験医学」 vol.34 No.16, 2747, 2016.
64. 皆川純 “⾊素と⽣物”「発光の事典 ―基礎からイメージングまで」⽊下修⼀、太⽥信廣、永井健治、南不⼆雄編（朝倉書店）, pp.510-524, 2015.

65. 得津隆太郎，皆川純 “光合成における過剰光エネルギー消去のメカニズム” 「パリティ」 vol.29 No.6, 43-45, 2014.

66. 皆川純，太郎⽥博之 “微細緑藻の⾼密度化へ向けた光合成能⼒増強技術”
BIOINDUSTRY vol.31, 30-36, 2014.

67. 皆川純 “光合成の誕⽣“ 「アストロバイオロジー 宇宙に⽣命の起源を求めて」
⼭岸明彦編（化学同⼈）, pp.145-155, 2013.

68. 皆川純 “光合成に⾒る地球の⽣命の絶妙さ“ 「地球外⽣命９の論点」 ⾃然科学
研究機構編（講談社ブルーバックス）, pp.51-76, 2012.

23

219

j. Symposium Presentations / Invited Seminars
International Conferences and Seminars
Minagawa, J. “Algal Photoprotection: Signal Transduction and the Mechanism”, 11th
Asian Photochemistry Conference (keynote talk), ONLINE, 2021. (31 Oct-4 Nov)
Minagawa, J. “Algal photoprotection: Signal transduction and the mechanism”, Digital
symposium “Chloroplasts – the green hubs of plant biology” (invited talk),
ONLINE, 2021. (22-24, Sep.)
Minagawa, J. “Multimeric and monomeric PSII supercomplexes represent structural
adaptations to low- and high-light conditions”, the 62nd Annual Meeting of theJapanese Society of Plant Physiologists, ONLINE, 2021. (14th, Mar)Minagawa, J. “Algal photoprotection: Mechanism and the signal transduction”, 1stJapan-US Binational Seminar 2019 (invited lecture) , Kyoto, Japan, 2019. (1-3rd,
Oct)
Minagawa, J. “Algal photoprotection: Mechanism and Signal Transduction”, 9th Asiaand Oceania Conference on Photobiology (AOCP2019) (plenary lecture) , Qingdao,
China, 2019. (21-24th, Sep)
Minagawa, J. “Algal photoprotection: Mechanism and Signal Transduction”, World
Congress on Light and Life 2019 (Photobiology 2019) (invited lecture) , Barcelona,2019. (25-30th, Aug)
Minagawa, J. “Algal photoprotection: Mechanism and Signal Transduction”,
International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Biogenesis(ISPCB2018) (invited lecture) , Kurashiki, Okayama, 2018. (7-10th, Nov)
Minagawa, J. “1st Asia-Oceania International Congress on Photosynthesis”, (AOICP2018)(plenary lecture) , Beiging, China, 2018. (19-22nd, Aug)
Minagawa, J. “A putative E3 ubiquitin-ligase negatively regulates photosynthesis bymediating the phototropin signal in Chlamydomonas reinhardtii”, International
Symposium on Plant Photobiology 2018 (ISPP2018) (invited lecture), Matsue,
Japan, 2018. (15-18th, Jan)Minagawa, J. “Dissipation of excess light energy for photosynthesis in microalgae(plenary lecture), Taiwan-Japan Plant Biology 2017 (TJPB2017), Taipei, Taiwan,
2017. (3-5th, Nov)
Minagawa, J. “Acclimation of Photosynthetic Light-harvesting in Nature” at Gordon
Research Conference on Photosynthesis (invited talk) , Newry, ME, USA, 2017. (1621st, Jul)

24

220

Minagawa, J. “Dissipation of excess light energy for photosynthesis in microalgae”, at
4th Int’l conference on Molecular Life of Diatoms (plenary lecture), Kobe, Japan,
2017. (10th, Jul)
Minagawa, J. “How Chlamydomonas harvest and dissipate light energy forphotosynthesis?” at the seminar “Molecular mechanisms of perception andresponses to abiotic factors in eukaryotic microalgae in a changing environment”
at University of Bielefeld (invited seminar) Bielefeld, Germany 2017. (6th, April)
Minagawa, J. “Dynamic remodeling of photosynthetic supercomplexes during
environmental acclimation” at the Chemobiosys Lectures (invited seminar) Jena,2017. (4th, April)
Minagawa, J. “LHCSR3-dependent energy dissipation in PSII supercomplexes in a green
alga Chlamydomonas reinhardtii.”, ‘Photosynthetic and Respiratory complexes,
from structure to function’ (Invited talk) Verviers, Belgium, 2016. (13th-16th, Aug)
Minagawa, J. “Dissipation of Excess Light Energy in Chlamydomonas reinhardtii”, 45th
World Chemistry Congress (IUPAC2015) (invited lecture), Busan, South Korea,
2015. (15-18th, Nov)
Minagawa, J. “Dissipation of Excess Light Energy in Chlamydomonas reinhardtii”, 7thAsia and Oceania Conference on Photobiology (AOCP2017) (invited lecture),
Taipei, Taiwan, 2015. (15-18th, Nov)
Minagawa, J. “Dissipation of excess light energy in Chlamydomonas reinhardtii”,
Yamada Conference “International Symposium on Dynamics and Regulation of
Photosynthesis” (invited talk), Nara, 2015. (29-31th Oct)Minagawa, J. “Dissipation of Excess Light Energy in Chlamydomonas reinhardtii”, 2nd
CRL International Forum ‘Tokyo Tech-HHU Dusseldoff Joint Symposium on
photosynthesis as a new chemical resource (invited talk), Tokyo, 2015. (4th5th Mar)Minagawa, J. Regulation of NPQ induction in Chlamydomonas reinhardtii at Gordon
Research Conference on Photosynthesis (invited talk), West Dover, VT, 2014. (11thAug).
Minagawa, J. “Energy dissipative supercomplex of photosystem II associated with
LHCSR3 in Chlamydomonas”. Michigan State University Plant Biology Laboratory
Seminar, East Lansing, USA, 2013. (30th Sep)
Minagawa, J. “Energy dissipative supercomplex of photosystem II associated with
LHCSR3 in Chlamydomonas”. 3rd International Conference on Algal Biomass,
Biofuels & Bioproducts, Toronto, Canada, 2013. (16th-19th June).

25

221

Minagawa, J. “Supercomplexes and super-supercomplexes in photosynthesis”. The 4th
NIBB-MPIPZ-TLL Symposium, Okazaki, Japan, 2012. (19th - 21st Nov)
Minagawa, J. “Supercomplexes and super-supercomplexes in photosynthesis.”
Workshop on “Molecular Functional Dynamics: Fundamental to Life Activity”,
Okazaki, Japan, 2012. (26th Oct).
Minagawa, J. “A PSII-LHCII-LHCSR3 supercomplex engaged in high energy quenchingin Chlamydomonas reinhardtii”. International Congress on Plant Molecular
Biology, Jeju, South Korea, 2012. (21st - 26th Oct)Minagawa, J. “Molecular Remodeling of the Photosynthetic Supercomplexes in Algae”.
Okazaki Biology Conference 9, Okazaki & Onna, Japan, 2012. (14th - 19th Oct)Minagawa, J. “A supercomplex of supercomplexes that drives cyclic electron flow inphotosynthesis”. Special seminar, University of Nebraska, Lincoln, USA, 2012. (26thSep)
Domestic Symposiums (In Japanese)
皆川純「光合成超複合体の環境適応 -組み換えとシグナル伝達-」新学術領域研究「⽣命⾦属科学」領域会議第⼆回地⽅巡業名古屋（2021 年 4 ⽉ 3 ⽇、オン
ライン）

皆川純

「光化学系 II 超複合体のメタ構造変化による光環境適応」第 62 回⽇本植物⽣理学会年会シンポジウム「光エネルギー変換システムの再最適化―構造・機能・システムの視点から」（2021 年 3 ⽉ 14 ⽇、オンライン）

皆川純「環境の中で姿を変える光合成」2019 年度第 2 回バイオ単分⼦研究会「ナノバイオ研究の進展」（2019 年 11 ⽉ 24 ⽇ ⼭梨県北杜市 Royal Hotel ⼋ヶ岳）

皆川純「プロトン駆動⼒による光合成のフィードバック制御」第 70 回⽇本⽣物⼯学会⼤会シンポジウム（2018 年 9 ⽉ 7 ⽇ 関⻄⼤学、⼤阪）

皆川純「藻類の植物⽣理と培養技術 特に強光ストレスへの対応や強光阻害の回避策」藻類バイオ燃料シンポジウム（2018 年 1 ⽉ 29 ⽇

JMAF 東京オフィ

ス、中央区、東京）
皆川純「光合成における光エネルギーの利⽤と散逸の制御」第 17 回名古屋⼤学遺伝
⼦実験施設公開セミナー「藻類が解き明かす⽣命の仕組み」（2017 年 12 ⽉
14 ⽇

皆川純

名古屋⼤学坂⽥・平⽥ホール、名古屋）「新光合成〜光合成の再最適化を⽬指す〜」植物科学シンポジウム 2016「植

26

222

物科学とイノベーション」（2016 年 12 ⽉ 7 ⽇ 東⼤弥⽣講堂⼀条ホール、
東京）
皆川純「LHCSR3 を結合した光化学系 II 超複合体によるエネルギー散逸」⽇本植物学会第 77 回 ⼤会シンポジウム「光合成の超分⼦複合体の構造と動態」（2013 年 9 ⽉ 14 ⽇ 札幌）

皆川純「超複合体再編成による光合成環境適応」第 21 回 光合成の⾊素系と反応中
⼼に関するセミナー（2013 年 7 ⽉ 6 ⽇ 名古屋）

皆川純

「藻類における光合成機能の解析と向上」第⼆回代謝⼯学研究部会シンポジ
ウム（2012 年 11 ⽉ 28 ⽇ ⼤阪）

皆川純「光合成を司る超複合体 / 超・超複合体」蛋⽩質科学会年会シンポジウム（2012 年 6 ⽉ 21 ⽇ 名古屋）

皆川純

「光合成ステート遷移における超複合体のリモデリング」名⼯⼤̶⾃然科学
研究機構合同講演会第⼆回講演会（2011 年 8 ⽉ 29 ⽇ 名古屋）

皆川純

「光化学系 I 超・超複合体によるサイクリック電⼦伝達」（⼤阪⼤学タンパク質研究所セミナー：分⼦科学と⽣理学が解き明かす植物の光エネルギー変換の新展開，吹⽥市，2011 年 3 ⽉ 9-10 ⽇）

皆川純「真核藻類を利⽤して展開する光合成研究」（ナショナルバイオリソースプロ
ジェクト藻類シンポジウム 「未来を⽀える藻類，その多様性 –ゲノミク
ス・ポストゲノミクスの視点から- 2011 年 1 ⽉ 29 ⽇ 東京）

k. Organization of Symposiums
Symposium “Re-optimization of Energy Transduction in Photosynthesis — Structure,
Function and System” in the 62nd Annual Meeting of the Japanese Society ofPlant Physiologists (ONLINE, 14th March 2021)
Symposium “A new horizon in photosynthesis research: Regulation via Proton Motive
Force” in The 58th Annual Meeting of the Japanese Society of Plant Physiologists(Kagoshima, 16th March 2017)
The 9th Okazaki Biology Conference “Marine Biology II” (Okazaki & Onna, 14th - 19th
October 2012)
Symposium “Photosynthesis and Algal Biotechnology” in the 3rd Annual Meeting of theJapanese Society of Photosynthesis Research (Tokyo, 1st June 2012)
l. Grant Awards

27

223

KAKENHI (Grants-in-Aid for Scientific Research from *MEXT and **JSPS)*MEXT : Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology**JSPS : Japan Society for the Promotion of Science
Grant-in-Aid for Scientific Research (S), “Comprehensive study of excessive light stressresponse in plants (21H05040)”, PI, FY2021-2025, JPY189,150,000.Grant-in-Aid for Scientific Research (A), “Signals and mechanisms of excess energy
dissipation in photosynthesis, (21H04778)”, PI, FY2021, JPY 5,772,228.Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed
research area) “New Photosynthesis : Reoptimization of the solar energy
conversion system, Results Compilation (21H00463)”, PI, FY2021, JPY2,400,000.Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed
research area) “New Photosynthesis : Reoptimization of the solar energy
conversion system, Administrative Group (16H06552)”, PI, FY2016-2020,
JPY32,386,000.Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed
research area), Support Group for International Activities (16K21737)”, PI,
FY2016-2020, JPY40,000,000.Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed
research area) “Feedback regulation of light-harvesting by proton gradient”,
Planned Research (16H06553)”, PI, FY2016-2020, JPY85,700,000.Grant-in-Aid for Scientific Research (A) “Regulation of photosynthesis under variable
light (26251033)”, PI, FY2014-20217, JPY31,100,000.Japan Society for the Promotion of Science (JST)A-STEP (Seeds development type) “Development of technology for production of
carotenoid pigments from microalgae”, Co-I (PI: Hasunuma Tomohisa) , FY20162019, JPY61,400,000.Joint Research Projects and Seminars under the Bilateral Programs (Japan-Belgium),“Study on the environmental acclimation of the symbiotic relationship between
marine invertebrates and phytoplankton”, PI, FY2015-2016, JPY5,000,000.CREST: Structural Life Science and Advanced Core Technologies for Innovative Life
Science Research, “Structural Studies on the transient macromolecular complexes
formed upon photoacclimation”, Co-I (PI: Genji Kurisu), FY2013-2018,
JPY69,700,000.-

28

224

Funds from Governments and Governmental Bodies
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO), Researchand Development of Biomass Energy, Strategic Development of Next-generation
Bioenergy Utilization Technology, “Development of Oil Production Process Using
Marine Green Algae”, Co-I (PI: Tomohisa Hasunuma), FY2012-2015,
JPY80,000,000.Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT), The Green
Network of Excellence Program (GRENE), “Network of Centers of Carbon Dioxide
Resource Studies in Plants: NC-CARP”, Co-I (PI: Hiroo Fukuda), FY2011-2015,
JPY68,230,000.Cabinet Office, Funding Program for Next Generation World-Leading Researchers(NEXT Program), “Technical basis for the integrated control of photosynthetic
performance (GS026)”, PI, FY2011-2014, JPY133,000,000.-Funds from Other Organizations
Gordon and Betty Moore Foundation, Marine Microbiology Initiative, “Screening
Marine Microeukaryotes for their Amenability for Genetic Tool Development”(Grant #4985), PI, 2015-2018, USD322,388.m. Professional Activities
Service to NIBBFY2010-present Member, Faculty Meeting
FY2011-present Member, Future Planning Committee
FY2011-present Member, Space Utilization Committee
FY2011-2014

Member, Steering Committee of NIBB Bioresource Center

FY2011-2016

Member, Safety Officers of Recombinant DNA Experiments

FY2011-present Member, Steering Committee of Library and Information Center
FY2011-present Member, Steering Committee of Model Plant Research
FY2011-2012

Member, Young Professors Liaion Meeting

FY2011-present Member, Subcommittee of Health and Safety Management
FY2011-2017

Member, Steering Committee of Okazaki Biology Conference

FY2011-present Member, Steering Committee of Information Management andAnalysis Facility

29

225

FY2013-present Member, Steering Committee of Functional Genomics Facility
FY2013-2016

Member, Steering Committee of NIBB Core Research Facilities

FY2015-present Department Chair (Officer of Health and Safety/ Intellectual
Properties/ Regional Collaboration)
FY2015-present Member, Steering Committee of NIBBFY2015-present Member, Committee of Inspection and Evaluation
FY2015-present Member, Committee of Special Joint Researcher Screening
FY2015-present Member, Committee of Conflict of Interest
FY2015-present Member, Intellectual Properties Committee
FY2015-present Member, Meeting of Intellectual Properties Office
FY2015-present Chair, Intellectual Properties Committee
FY2015-present Member, Misconduct Prevention Committee
FY2017-present Member, Steering Committee of NINS Astrobiology Center
FY2017-present Chair, Subcommittee of Health and Safety Management
FY2018-2019

Member, Committee of Research Cooperation and Liaison

FY2020-present Member, Committee of Research Enhancement Strategy
FY2020-present Member, Collaborative Innovation Office
FY2021-present Member, Collaborative Innovation Committee
FY2021-present Chair, Steering Committee of NIBB
Service to NINS (National Institutes of Natural Sciences), Okazaki Region
FY2011-2014

Member, Committee of Sexual Harassment Prevention

FY2011-2019

Member, Environmental Conservation Working GroupFY2016

Member, Steering Committee of Research Center for Computational
Science

FY2015-present Member, Committee of Health and Safety Management
FY2015-present Member, Committee of Fire and Disaster Prevention
FY2015-2019

Member, Steering Committee of On-Campus Traffic Regulation andManagement

Service to NIBB and NIPS(National Institute for Physiological Sciences)
FY2014-2016

Member, Committee of Instrument Research and Prototyping
Laboratory

FY2014-2017

Member, Waste Disposal Committee

Service to SOKENDAIFY2013-2019

Officer, International Student Affairs

30

226

FY2013-2019

Member, Committee of Leading Program of the Graduate School

FY2014-2016

Officer, Entrance Examination

FY2014-2017

Member, Committee of priority arrangement of the MEXT ScholarshipStudents

n. Teaching Experience
Lectures at SOKENDAI (Department of Basic Biology)
2011, 2014, 2017, 2020
Environmental Biology
2014
Micro-macro Biology
2011-2013, 2015-2016, 2018-2019
Introduction to Basic Biology I
Lecture series at Tokyo Institute of Technology (Department of Life Science andTechnology)
2011
Photosynthesis and environment: How to collect light in a variable
environment
Lecture series at Nagoya University (Department of Biology)
2012
Photosynthesis and environment: How to collect light in a variable
environment
Lecture series at Nagoya University (Department of Agriculture)
2014
Environmental adaptation of photosynthesiso. Other Activities (Outreach activities)
2010

⾃然科学研究機構シンポジウム「多彩な地球の⽣命

宇宙に仲間はいるのか」 “光合成のダイナミズム” （東京都）
2011

愛知県⽴岡崎⾼校

特別授業“光合成研究の最先端
2011

そして研究とは？” （岡崎市）

名古屋⼤学グローバル COE「システム⽣命科学の展開：⽣命機能の設計」第５回リトリート Keep Our Scientific Interaction Alive 〜科学で交流し続けよう〜 ”A supercomplex of supercomplexes that drives cyclic electron flow inphotosynthesis” （⻑浜市）2013

総研⼤「はじまり」のシンポジウム“細胞内共⽣の「はじまり」―光合成” （葉⼭町）2014「『科学技術が拓く 2030 年』へのシナリオ」（主催 JSPS）出展 （東京都）

2016

愛知県⽴岡崎⾼校

特別授業

31

227

“光合成のダイナミックな姿 最先端を少し紹介しよう

そして研究とは何か？” （岡崎市）
2016

第 21 回⾃然科学研究機構シンポジウム「地球にやさしいエネルギーの未来」“しなやかな光合成” （東京都）

32

228

5. Selected reprints

1. Tokutsu, R. and *Minagawa, J.
Energy-dissipative supercomplex of photosystem II associated with LHCSR3
in Chlamydomonas reinhardtii.
Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 110: 10016-10021 (2013).

2. *Petroutsos, D., Tokutsu, R., Maruyama, S., Flori, S., Greiner, A., Magneschi, L., Cusant,L., Kottke, T., Mittag, M., Hegemann, P., *Finazzi, G., *Minagawa, J.
A blue light photoreceptor mediates the feedback regulation of photosynthesis.
Nature 537: 563-566 (2016).

3. Aihara, Y., Fujimura-Kamada, K., Yamasaki, T., *Minagawa, J.
Algal photoprotection is regulated by the E3 ligase CUL4-DDB1DET1.
Nat. Plants 5: 34-40 (2019).

4. *Tokutsu, R., Fujimura-Kamada, K., Matsuo, T., Yamasaki, T., *Minagawa, J.
The CONSTANS flowering complex controls thephotosynthesis in the green alga Chlamydomonas.
Nat. Commun. 10: 4099, (2019).

protective

responseof

5. Sheng, X., Watanabe, A., Li, A., Kim, E., Song, C., Murata, K., Song, D., *Minagawa, J.,*Liu, Z.
Structural insight into light harvesting for photosystem II in green algae.
Nat. Plants 5: 1320-1330 (2019).

6. Pan, X., Tokutsu, R., Li, A., Takizawa, K., Song, C., Murata, K., Yamasaki, T., *Liu, Z.,*Minagawa, J., *Li, M.
Structural basis of LhcbM5-mediated state transitions in green algae.
Nat. Plants 7:1119-1131 (2021).

33

229

６．基礎生物学研究所 発表論文等資料

230

(1) 2020 年度 発表論文
1.

Abe, G., Hayashi, T., Yoshida, K., Yoshida, T., Kudoh, H., Sakamoto, J., Konishi, A.,
Kamei, Y., Takeuchi, T., Tamura, K., and Yokoyama, H. (2020). Insights regarding skinregeneration in non-amniote vertebrates: Skin regeneration without scar formation andpotential step-up to a higher level of regeneration. Semin. Cell Dev. Biol. 100, 109–121.
DOI: 10.1016/j.semcdb.2019.11.014

2.

Abe, Y., Meguriya, K., Matsuzaki, T., Sugiyama, T., Yoshikawa, H.Y., Morita, M.T., andToyota, M. (2020). Micromanipulation of amyloplasts with optical tweezers in

Arabidopsis

stems.

Plant

Biotechnol.

37,405–415.

DOI:

10.5511/plantbiotechnology.20.1201a3.

Adachi, H., Matsuda, K., Niimi, T., Kondo, S., and Gotoh, H. (2020). Genetical control
of 2D pattern and depth of the primordial furrow that prefigures 3D shape of therhinoceros beetle horn. Sci. Rep. 10., 18687. DOI: 10.1038/s41598-020-75709-y

4.

Akamatsu, A., Nagae, M., Nishimura, Y., Montero, D.R., Ninomiya, S., Kojima, M.,
Takebayashi, Y., Sakakibara, H., Kawaguchi, M., and Takeda, N. (2021). Endogenous
gibberellins affect root nodule symbiosis via transcriptional regulation of NODULE
INCEPTION in Lotus japonicus. Plant J. 105, 1507–1520. DOI: 10.1111/tpj.15128

5.

Akiyama, S., Aoki, K., and Kubo, Y. (2020). Biophysical research in Okazaki, Japan.

6.

Ansai, S., Mochida, K., Fujimoto, S., Mokodongan, D.F., Sumarto, B.K.A., Masengi,

Biophys. Rev. 12, 237–243. DOI: 10.1007/s12551-020-00633-4

K.W.A., Hadiaty, R.K., Nagano, A.J., Toyoda, A., Naruse, K., Yamahira, K., and Kitano,J. (2021). Genome editing reveals fitness effects of a gene for sexual dichromatism in
Sulawesian fishes. Nat. Commun. 12, 1350. DOI: 10.1038/s41467-021-21697-0
7.

Aoki, T., Kawaguchi, M., Imaizumi-Anraku, H., Akao, S., Ayabe, S., and Akashi, T.
(2021). Mutants of Lotus japonicus deficient in flavonoid biosynthesis. J. Plant Res. 134,
341–352. DOI: 10.1007/s10265-021-01258-8

8.

Araki, K.S., Nagano, A.J., Nakano, R.T., Kitazume, T., Yamaguchi, K., Hara-Nishimura,I., Shigenobu, S., and Kudoh, H. (2020). Characterization of rhizome transcriptome and1

231identification of a rhizomatous ER body in the clonal plant Cardamine leucantha. Sci.
Rep. 10, 13291. DOI: 10.1038/s41598-020-69941-9

9.

Asakura, Y., Kondo, Y., Aoki, K., and Naoki, H. (2021). Hierarchical modeling of

mechano-chemical dynamics of epithelial sheets across cells and tissue. Sci. Rep. 11, 4069.
DOI: 10.1038/s41598-021-83396-6

10. Ashida, Y., Honma, Y., Miura, N., Shibuya, T., Kikuchi, H., Tamada, Y., Kamei, Y.,
Matsuda, A., and Hattori, M. (2020). Imaging performance of microscopy adaptiveoptics system using scene-based wavefront sensing. J. Biomed. Opt. 25., 123707. DOI:
10.1117/1.JBO.25.12.123707
11. Auwal, M.A., Kashima, M., Nishimura, O., Hosoda, K., Motoishi, M., Kamimura, A.,
Okumura, A., Agata, K., and Umesono, Y. (2020). Identification and characterization ofa fibroblast growth factor gene in the planarian Dugesia japonica. Dev. Growth Differ.

62, 527–539. DOI: 10.1111/dgd.12696

12. Bessho-Uehara, M., Yamamoto, N., Shigenobu, S., Mori, H., Kuwata, K., and Oba, Y.
(2020). Kleptoprotein bioluminescence: Parapriacanthus fish obtain luciferase fromostracod prey. Sci. Adv. 6, eaax4942. DOI: 10.1126/sciadv.aax4942

13. Chikami, Y., Kawaguchi, H., Suzuki, T., Yoshioka, H., Sato, Y., Yaginuma, T., and Niimi,

T. (2021). Oral RNAi of diap1results in rapid reduction of damage to potatoes in

Henosepilachna vigintioctopunctata. J. Pest Sci. 94, 505–515. DOI: 10.1007/s10340020-01276-w
14. Cui, S., Kubota, T., Nishiyama, T., Ishida, J.K., Shigenobu, S., Shibata, T.F., Toyoda, A.,
Hasebe, M., Shirasu, K., and Yoshida, S. (2020). Ethylene signaling mediates hostinvasion by parasitic plants. Sci. Adv. 6, e abc2385. DOI: 10.1126/sciadv.abc2385

15. Dong, C., Nakagawa, R., Oyama, K., Yamamoto, Y., Zhang, W., Dong, A., Li, Y.,
Yoshimura. Y., Kamiya, H., Nakayama, J., Ueda, J., and Min, J. (2020). Structural basis
for histone variant H3tK27me3 recognition by PHF1 and PHF19. eLife 9, e58675. DOI:
10.7554/eLife.58675
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2.

Ansai, S., Mochida, K., Fujimoto, S., Mokodongan, D.F., Sumarto, B.K.A., Masengi,
K.W.A., Hadiaty, R.K., Nagano, A.J., Toyoda, A., Naruse, K., Yamahira, K., and Kitano,J. (2021). Genome editing reveals fitness effects of a gene for sexual dichromatism in
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3.

Aragaki, H., Ogoh, K., Kondo, Y., and Aoki, K. (2022). LIM Tracker: a software package

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10.1038/s41598-022-06269-6

4.

Bando, T., Okumura, M., Bando, Y., Hagiwara, M., Hamada, Y., Ishimaru, Y., Mito, T.,
Kawaguchi, E., Inoue, T., Agata, K., Noji, S., and Ohuchi, H. (2022). Toll signalling
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E.F., Harashima, H., Noda, N., Watahiki, M., Hiwatashi, Y., Sekine, M., Hasebe, M.,
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Lust, K., Sokolova, N., Suzuki, R., Tsingos, E., Tavhelidse, T., Thumberger, T., Watson,
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(3) 2020 年

及び 2021 年のプレスリリースと新聞等報道

プレスリリース及び新聞報道等は以下のページを参照

・2020 年

プレスリリース：https://www.nibb.ac.jp/press/2020/・2021 年

プレスリリース：https://www.nibb.ac.jp/press/2021/

・2020 年

新聞報道等：https://www.nibb.ac.jp/pressroom/pressrecord/2020/・2021 年

新聞報道等：https://www.nibb.ac.jp/pressroom/pressrecord/2021/

267

基礎生物学研究所 点検評価委員会
阿形清和 委員⻑
⻑谷部光泰
上野直人
川口正代司
皆川 純
成瀬 清
児玉隆治
藤森俊彦
吉田松生
高田慎治
重信秀治
定塚勝樹
藤田浩德
三輪朋樹
外部点検評価報告書制作
長谷部光泰
真野昌二
定塚勝樹
藤田浩德
立松 圭
倉田智子
内村 愛
坂神真理
(敬称略)

268