sievgene の機能追加
詳細設計書2018 年 2 月 5 日

Copyright (C) 2006-2018 Next Generation Natural Product Chemistry (N2PC)

目次	
 １．目的 .....................................................................................................................................3
２．機能概要 ..............................................................................................................................4
２．１．MD トラジェクトリ読み込み機能 ..............................................................................4
２．２．トラジェクトリ座標でのスコア計算機能追加..........................................................5
３．トラジェクトリ対応 sievgene の設計方針 ..........................................................................9
４．修正内容 ............................................................................................................................10
４．１．修正内容一覧 ..........................................................................................................10
４．１．１．DIAV 用 ASA 解析の取り込み ......................................................................... 11
４．１．２．DIAV 解析フラグの追加 ................................................................................12４．１．３．DIAV 用定数宣言の追加 ................................................................................13
４．１．４．DIAV 用 GB/SA 解析の取り込み .....................................................................14
４．１．５．torsion 解析用 Z-matrix 入力追加 ..............................................................15
４．１．６．蛋白・化合物指定ファイル読み込み ...........................................................16
４．１．７．DIAV 用オプション入力 ..............................................................................17
４．１．８．DIAV 用構造体宣言追加 ................................................................................19
４．１．９．GB/SA スケーリング処理の取り込み ............................................................20
４．１．１０．Richmond-ASA 解析処理の削除 .................................................................21
４．１．１１．原子質量の追加 ........................................................................................22４．１．１２．frozen-atom,	
 蛋白・化合物指定ファイルのオプション追加 ..................23
４．１．１３．主制御の変更............................................................................................24
４．１．１４．トラジェクトリ読み込みとスコア解析 ....................................................25
４．１．１５．Grid 生成表示の変更 ................................................................................26
４．１．１６．DIAV 解析 ..................................................................................................27
４．１．１７．蛋白・化合物間 1-5 相互作用計算 ...........................................................28	
 2 / 28

１．目的  	
  タンパク質・化合物ドッキングソフト myPresto/sievgene を改変し、タンパク質・化合物のMD での座標トラジェクトリを読み込み、MD 中に発生したドッキングポーズでの sievgene スコ
アを計算する機能を追加する。	
 	  また、座標トラジェクトリの各座標において計算された sievgene スコア平均の分散・平均値を出力する機能を追加する。	
 	 	  本 プ ロ グ ラ ム は MD で の 座 標 を 再 現 し な が ら ス コ ア 値 を 算 出 す る た め 、 仮 称 を
SIEVGENE-REPLAY とし、以降 SIEVGENE-REPLAY と呼ぶ	 	 	  SIEVGENE-REPLAY はトラジェクトリを生成した際の MD 入力と MD のトラジェクトリファイルを入力し、従来の mol2 ファイルからの化合物入力は行わないこととする。(3p に検討メモを
記載)	
 	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

topology

MD

	
 
	
 
	
 
	
 

PDB

TRJECTORY

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 

	
 
SIEVGENE	 	 REPLAY
	
 
	
 

	
 
	
 

VARIABLE	 	 SIEVGENE-REPLAY の入出力	 3 / 28	  sievgene スコア平均・分散	 →DIAV 法評価値	
 	
  化合物回転角⊿G	 ２．機能概要	
 ２．１．MD トラジェクトリ読み込み機能	 	
 (1)インタフェース	
 	  制御ファイルは sievgene の制御ファイル仕様をベースとし、下記の記述を拡張する。	
 	 (1-1)ANALYZE フェーズの追加	 	  sievgene に ANALYZE フェーズを追加し、"EXE>ANA"のキーワードが出現した場合にトラジェ
クトリ読み込み機能での DIAV 計算、sievgene スコア計算を行う。	
 	
  ANALYZE フェーズではトラジェクトリファイルを DIAV 計算で有効なオプション(vdW 関数形、化合物の回転可能 torsion での⊿G 推算、各項の係数)の入力が可能とする。	
 	 (1-2)INPUT フェーズの拡張	 	
  DIAV 法で指定する蛋白・リガンド残基指定のキーワードを有効とする。	
 	
  また、座標トラジェクトリが自由原子で構成された場合の対応のため、cosgene でのfrozen-atom 指定のキーワードを有効とする。	
 	 	
  ; control file for SIEVGENE-TRAJECTORY;	  PHASE> INPUT
FORM
NAMETO= Astemizole.tpl
	  TOPOLOGY=
COORDINA=PDBNAMECO= Astemizole.pdb
	  POINTC=NOREREADNAMEVA = test.var
	  SETVAR =CMBREA=
READ NAMECM= cmb.inp
	  QUIT	  PHASE> GRIDPROBDIst = 6.5 ;	  MARGIN= 6.5 ; search margin= 2 ; iteration of Grid potential smoothing	  ITERATRADVDW= 0.6 ; vDW boundary	  RADELE= 0.6 ; coulonb boundary	  RADMESh = 1.4 ; probe radius

INPUT フェーズ
sievgene と共通
frozen-atom 指定
蛋白・リガンド指定
GRID フェーズ
sievgene と共通、グリッドファイ
ルの入出力は行わないようにシステムが設定する(READ/WRITE が指定された場合は、
NORE, NOWR に設定する)

	  DAMPVW = 1.25d0
	
 USEPBG = NO	  QUIT; not use PB

	  EXE> ANA
COMBIN=
YES	  NAMETR=
md.corCOR4	  DATATY=STARTT=
0.50D0	  ENDTIM=
1.0D0
	 ESTROT = YES; ESTimate dG of ligand ROTation
	  COEROT = 0.2; COEfficient of ROTatin out of ring
; COEfficient of rotatin in RiNG
	  COERNG = 0.15

ANA フェーズ
ELIE(DIAV)法の cosgene と共通
で、"EXE>ANA"の終了後に解析処理を実行しプログラムを終了する

sievgene-REPLAY の制御ファイル例	 4 / 28

２．２．トラジェクトリ座標でのスコア計算機能追加	
 	  トラジェクトリ読み込み機能を追加した sievgene に対し、各時刻でのタンパク質・化合物
間の vdW、静電エネルギー、タンパク質の構造揺らぎを計算し、これらの値の平均と分散からコンセンサススコアを計算する DIA(Direct	
 Interaction	
 Approximation)の機能を追加する。	
 	  DIAV 計算のインタフェースは cosgene と共通とする。	
 	 	  DIA には下記の複数の手法があり、本バージョンでは現在の DIAV 法でサポート済みの(1)DIAV	 model,	 (2)DIAV_L	
 model をサポートする。	
 	  DIAV 解析のバリエーションが増えた場合に自動で機能が実装されるように、DIAV 解析手続
きは、DIAV 解析用 cosgene とソースを共通化する。	
 	 (1)DIAV model：
The original DIAV form

DG = a å < E vdW (i) > + b å < E ele (i) > + t ´ S xii(2)DIAV_L model：
The ligand entropy term is added to the original DIAV modelDG = a å < E vdW (i ) > + b å < E ele (i ) > + t ´ S xii+ w1 k BT ´ N rot ´ ln 3 + w2 k B T ´ ( N rot -ring - 3N ring ) ´ ln 2(3)DIAV_W model：
The weight for each residue is calculated from the hydration solvent water.

DG = a å exp(g < Ei >) < E vdW (i) > + b å exp(g < Ei >) < E ele (i) > + t ´ S xii(4)DIAV_LW model：
The ligand entropy term and the weight for each residue are added to the original DIAV model. The weight
for each residue is calculated from the hydration solvent water.

DG = a å exp(g < Ei >) < E vdW (i) > + b å exp(g < Ei >) < E ele (i) > + t ´ S xii+ w1 k BT ´ N rot ´ ln 3 + w2 k BT ´ ( N rot -ring - 3N ring ) ´ ln 2(5)DIAV_LW2 model	  (直鎖と環の回転可能結合を同じに扱う)：
The ligand entropy term and the weight for each residue are added to the original DIAV model. The weight
for each residue is calculated from the hydration solvent water.

5 / 28

DG = a å exp(g < Ei >) < E vdW (i) > + b å exp(g < Ei >) < E ele (i) > + t ´ S xii+ w1k BT ´ {N rot + ( N rot -ring - 3N ring )}´ ln 3(6)DIAV_LW_nS model（τS なし）：
The ligand entropy term and the weight for each residue are added to the original DIAV model. The weight
for each residue is calculated from the hydration solvent water.

DG = a å exp(g < Ei >) < E vdW (i ) > + b å exp(g < Ei >) < E ele (i ) >ii+ w1k BT ´ N rot ´ ln 3 + w2 k BT ´ ( N rot -ring - 3N ring ) ´ ln 2(7)DIAV_LW2_nS model	  (直鎖と環の回転可能結合を同じに扱う＋τS なし)：
The ligand entropy term and the weight for each residue are added to the original DIAV model. The weight
for each residue is calculated from the hydration solvent water.

DG = a å exp(g < Ei >) < E vdW (i ) > + b å exp(g < Ei >) < E ele (i ) >ii+ w1k BT ´ {N rot + ( N rot -ring - 3N ring )}´ ln 3

6 / 28	 (1)DIA 計算の出力	 	
  sievgene-REPLAY の DIA 計算結果は、DIAV 用 cosgene と同じ下記のフォーマットとする。	
 
	
 
	
 

INFORMATION> EXTENDED LINEAR INTERACTION ENERGY
total vdW average=-178.952560757154
total vdW variant=
1.38117986646209
total dielectric average =28.7135735979065
total dielectriv variant =0.879967198117273
total A.S.A variant=
39.8715921490601(1) 3 term estimation(a) vdW average coefficient= 4.160000000000000E-002(b) dielectric average coefficient = 8.999999999999999E-003(c) A.S.A variant coefficient= -2.079700000000000E-004

DIAV 評価

energy = a * average(vdW)+ b * average(dielectric)+ c * variant(A.S.A)
energy =++-7.44442652749761
0.258422162381158-8.292095019240036E-003@# dg_calc_3=-7.1943(2) 5 term estimation(d) vdW average multiplier= 3.070000000000000E-002(e) vdW variant coefficient= -1.000000000000000E-002(f) dielectric average multiplier = 1.180000000000000E-002(g) dielectric variant coefficient = 3.120000000000000E-003(h) A.S.A variant multiplier= -2.431200000000000E-004

DIAV_W 評価

energy = SUM( d * average(vdW(i)) * EXP(e * variant(vdW(i)))+ f * average(ele(i)) * EXP(g * variant(ele(i)))+ h * variant(A.S.A(i)) )@# dg_calc_5=-5.1631(3) add estimate energy of ligand greedom(j) rotatable node : number =8: coeff = 0.100000000000000: energy =0.523963146752324(k) number of rings=
5
rotatable tor. : number =10rotatable - 3 * rings=-5: coeff = 0.100000000000000
rotatable ring : energy = -0.206614961913106@# dg_calc_3+ligand=@# dg_calc_5+ligand=-6.8769-4.8458

DIAV_L 評価
DIAV_LW 評価

7 / 28(2)sievgene スコアの出力	 	
  sievgene-REPLAY のスコア出力は、各ステップでのスコアと平均と分差を下記のフォーマッ
トで出力する。	
 	 INFORMATION> GRID SIZENUMBER OF GRID :60
SAMPLING
POINT
NUMBER:34
	
 GRID BOUND:	 X-AXIS: -8.583733
9.928724
Y-AXIS:-11.04456
11.70127	 Z-AXIS: -2.849600
19.23287	 1 PARTCLE SIZE:
0.3137704
0.3855225
0.3742791
	
 1 ステップ目 Grid
生成

	
 

	
  INFORMATION> SEARCH A.S.A FOR GRID POTENTIAL
A.S.A NUMBER :
19305
	
 
	
  INFORMATION> GENERATING A.S.A. GRID
10%
20%
30%
40%
50%
60%
	
 

70%

80%

90%

100%

	
  INFORMATION> GENERATING COULOMB GRID
10%
20%
30%
40%
50%
60%
	
 

70%

80%

90%

100%

	
  INFORMATION> GENERATING HYDROGEN GRID
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%
	
 

80%

90%

100%

	
  ASA: -277.55 ELE:	
 5.71 HYD:-4.33 VDW:

-6.80 SCR: -282.97

1 ステップ目スコア：
INFORMATION> GRID SIZENUMBER OF GRID :60
SAMPLING POINT NUMBER :34
GRID BOUND:
X-AXIS: -8.631214
10.74198
Y-AXIS: -11.12636
11.51924
Z-AXIS: -2.367275
19.19534
1 PARTCLE SIZE:
0.3283593
0.3838237
0.3654680

n ステップ目 Grid
生成

INFORMATION> SEARCH A.S.A FOR GRID POTENTIAL
A.S.A NUMBER :19289
INFORMATION> GENERATING A.S.A. GRID
10%
20%
30%
40%
50%
60%

70%

80%

90%

100%

INFORMATION> GENERATING COULOMB GRID
10%
20%
30%
40%
50%
60%

70%

80%

90%

100%

INFORMATION> GENERATING HYDROGEN GRID
10%
20%
30%
40%
50%
60%
70%

80%

90%

100%

ASA: -270.13 ELE:：@# SCORE AVERAGE :5.27 HYD:-277.2994-2.76 VDW:

-4.53 SCR: -272.16

n ステップ目スコア

VARIANT :31.84532

スコア平均と分散

8 / 28@# dg_calc_3=-7.1943(2) 5 term estimation(d) vdW average multiplier(e) vdW variant coefficient= 3.070000000000000E-002= -1.000000000000000E-002

３．トラジェクトリ対応 sievgene の設計方針	
 	
  SIEVGENE-REPLAY は sievgene_for_screening に対し、DIAV 用 cosgene の DIAV 法計算手続きを組み込むことで実装する。	
 	  下記の図に、SIEVGENE-REPLAY の制御フローと、DIAV 法の利用機能の関連を示す。	
 	 	  SIEVGENE-REPLAY 主処理
	  ・蛋白読み込み

sievgene 処理	  ・グリッドオプション読み込み

sievgene 処理	  ・化合物トポロジー生成

sievgene 処理	  ・複合体トポロジー生成

sievgene 処理	  do トラジェクトリ

DIAV 法機能を流用

	 ・GB スケーリング用相互作用のサンプリング

	  enddo	 	  do トラジェクトリ
	 DIAV 法機能を流用

・静電・vdW 相互作用・構造変化のサンプリング

	  enddo	  ・静電・vdW・構造変化の平均算出	 	
  do トラジェクトリ
	 DIAV 法機能を流用

・静電・vdW 相互作用・構造変化の分散計算	  enddo	 	  ・DIAV 計算

DIAV 法機能を流用	 	
  do トラジェクトリ
	 ・グリッドポテンシャル生成	 ・sievgene スコアサンプリング

sievgene 処理	  enddo	  ・sievgene スコア平均分散計算

sievgene 処理	  ・sievgene 結果出力

sievgene 処理

	
 
	
 

9 / 28

４．修正内容
４．１．修正内容一覧
sievgene-REPLAY 開発のため、sievgene_for_screening に下記の修正を行う。

項番

修正内容

対象ファイル

区分

1  DIAV 用 ASA 解析の取り込み

AccessibleSurface_Method.f90

流用

2  

DIAV 解析フラグの追加

Analyze_Class.f90

改造

3  

DIAV 用定数宣言の追加

Enum_Type.f90

改造

4  

DIAV 用 GB/SA 解析の取り込み

GeneralizedBorn_Method.f90

流用

5  

torsion 解析用 Z-matrix 入力追加

Object_Class.f90

改造

Input_Data.f90

改造

Output_Data.f90

改造

6  

蛋白・化合物指定ファイル読み込み

Input_Data.f90

流用

7  

DIAV 用オプション入力

Input_Option.f90

改造

8  

DIAV 用構造体宣言追加

Interact_Class.f90

改造

9  

GB/SA スケーリング処理の取り込み

Object_Method.f90

流用

Control_Min.f90

改造

10  
11  

Richmond-ASA 解析処理の削除

Score_Method.f90

改造

12  

原子質量の追加

SievEnum_Type.f90

改造

13  

frozen-atom, 蛋白・化合物指定ファイ

SievInput_Option.f90

改造

ルのオプション追加
14  主制御の変更

sievgene.f90

改造

15  

トラジェクトリ読み込みとスコア解析

SievAnalyze_Method.f90

新規

16  

Grid 生成表示の変更

Grid_Method.f90

改造

17  

DIAV 解析

Analyze_Method.f90

流用

Control_Analyze.f90

流用

Combine_Method.f90

流用

18  

蛋白・化合物間 1-5 相互作用計算

10 / 28

４．１．１．DIAV 用 ASA 解析の取り込み  	  DIAV 計算用の AccessibleSurface_Method.f90 を sievgene のコンパイル対象ソースに追加
する。	
 
	
 

11 / 28

４．１．２．DIAV 解析フラグの追加  	  Analyze_Class.f90 の Analayze_t 構造体に DIAV 解析実行フラグ IsAnalyzeCombine を追加
する。	
 
	
 

12 / 28

４．１．３．DIAV 用定数宣言の追加	 	  Enum_Type.f90 に DIAV(旧 LIE)のスケーリング方法、スケーリング関数、vdW 関数形を示す
定数とそれぞれの値を示す文字列を追加する。	
 
	
 

!
	
  ! LIE scaling method	  !
integer,parameter::NO_SCALING	  integer,parameter::PROJECTION_SCALING	  integer,parameter::SIZE_SCALING
integer,parameter::ELE_PROJECTION
	  integer,parameter::ELE_SIZE

= 1
= 2
= 3
= 4
= 5

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

character(17),dimension(ELE_SIZE),parameter::
GBSAScalig_Method = (/'NO SCALING','PROJECTION(GB)','SIZE SCALING(GB) ','PROJECTION(ELE) ','SIZE SCALING(ELE)'/)	  !
	
  ! for LIE scaling function!
	  integer,parameter::LIE_ORIGINAL = 1= 2
	  integer,parameter::LIE_LINEAR
character(17),dimension(LIE_LINEAR),parameter::	 LIE_FUNCTION	 !
	
  ! for LIE vdW function	  !
integer,parameter::LJ_12_6 = 1
	  integer,parameter::LJ_9_6 = 2	  integer,parameter::LJ_8_4 = 3
character(17),dimension(LJ_8_4),parameter::	
 LJ_POTENTIAL
	
 
	
 
	
  !
! for COMBINE target
	
  !
= 0
	
  integer,parameter::COMB_OTHER
integer,parameter::COMB_PROTEIN = 1
integer,parameter::COMB_LIGAND = 2

13 / 28= (/'EXPONENTIAL'LINEAR','/)= (/'12 - 6' 9 - 6
' 8 - 4

',
',
'/)

&
&
&
&
&

&
&

&
&
&

４．１．４．DIAV 用 GB/SA 解析の取り込み	 	  DIAV 計算用の GeneralizedBorn_Method.f90 を sievgene のコンパイル対象ソースに追加す
る。	
 
	
 

14 / 28

４．１．５．torsion 解析用 Z-matrix 入力追加	
 	
  DIAV の torsion 揺らぎ解析を実行するため、原子に対する Z-matrix 情報、Z-matrix 読み込
み、Z-matrix 出力処理を追加する。	
 	 (1)原子に対する Z-matrix 情報追加：Object_Class.f90	
 (2)Z-matrix 入力処理追加：Input_Data.f90	
 (3)Z-matrix 出力処理追加：Output_Data.f90	
 	
 15 / 28

４．１．６．蛋白・化合物指定ファイル読み込み	 	  Input_Data.f90 に DIAV 用 cosgene の蛋白・化合物指定ファイル読み込み手続き
Input_CombineFile 手続きを追加する。	
 	 16 / 28

４．１．７．DIAV 用オプション入力  	  Input_Option.f90 に DIAV 用 cosgene のオプション入力の宣言、オプション初期化、オプシ
ョン取り込み処理を追加する。	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

data SelectOption(31:40) /Select_t('METHOD',2,(/'MINI','MD ','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('BESTFI',2,(/'NO ','YES ','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('MNTRCB',2,(/'NO ','ASCI','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('COMBIN',2,(/'NO ','YES ','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('COMSFT',2,(/'NO ','YES ','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('CMBSCL',5,(/'NO ','GBPR','GBSZ','ELPR','ELSZ','
','
','
'/)),
Select_t('CMBVDW',3,(/'12-6','9-6 ','8-4 ','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('CMBFUN',2,(/'EXPO','LINE','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('CAL-GB',2,(/'NOCA','CALC','
','
',
'
','
','
','
'/)),
Select_t('CALASA',2,(/'NOCA','CALC','
','
',
'
','
','
','
'/))/
data SelectOption(41:41) /Select_t('ESTROT',2,(/'NO ','YES ','
','
',
'
','
','
','
'/))/

17 / 28

&
&
&
&
&
&
&
&
&
&
& ! analyze combine method&&& ! shitf output by variance&&& ! COMBINE scaling& ! no | projection | size&
& ! vdW potential& ! 12-6, 9-6, 8-4, 8-4 REVISE&& ! scale function& ! exponential | linear
&
&
&
&
&
&
& ! ELIE:estimate ligand freedm
&
&

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

'CMBCOE','LIEAVC','LIEAEC','LIEVAC','LIEAVM','LIEVVC','LIEAEM','LIEVEC','LIEVAM','ENDTIM','COEROT','COERNG'/)&& ! average(vdW) coefficient& ! average(ele) coefficient& ! variant(ASA) coefficient& ! average(vdW) multiplier& ! variant(vdW) coefficient& ! average(ele) multiplier& ! variant(ele) coeffcient& ! variant(ASA) multiplier& ! end time of trajectory& ! coefficient for rotate! coefficient for ring	 call Init_Value(sopt, SelectOption, 'CMBSCL', 'NO ')call Init_Value(sopt, SelectOption, 'CMBFUN', 'EXPO')
call Init_Value(ropt, RealOption, 'CMBCOE', 0.25d0)	 call Init_Value(sopt, SelectOption, 'CMBVDW', '8-4 ')

	
 

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEAVC', 0.0416d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEAEC', 0.0090d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEVAC', -2.0797d-4)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEAVM', 0.0307d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEVVC', -0.0100d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEAEM', 0.0118d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEVEC', 0.00312d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'LIEVAM', -2.4312d-4)
call Init_Value(sopt, SelectOption, 'ESTROT', 'NO ')call Init_Value(ropt, RealOption, 'COEROT', 0.1d0)
call Init_Value(ropt, RealOption, 'COERNG', 0.1d0)
call Set_Value(sopt, SelectOption, 'CMBSCL', Interact%GBSAScaling)call Set_Value(sopt, SelectOption, 'CMBFUN', Interact%GBSAScaleFunc)
call Set_Value(ropt, RealOption, 'CMBCOE', Interact%GBSAScaleCoeff)	
 call Set_Value(sopt, SelectOption, 'CMBVDW', Interact%GBSATypeLJ)	 call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEAVC', Interact%ELIE%AveVdwCoeff)call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEAEC', Interact%ELIE%AveEleCoeff)

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEVAC', Interact%ELIE%VarAsaCoeff)call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEAVM', Interact%ELIE%AveVdwMult)
call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEVVC', Interact%ELIE%VarVdwCoeff)call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEAEM', Interact%ELIE%AveEleMult)
call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEVEC', Interact%ELIE%VarEleCoeff)call Set_Value(ropt, RealOption, 'LIEVAM', Interact%ELIE%VarAsaMult)
call Set_Value(sopt, SelectOption, 'ESTROT', Interact%ELIE%EstimateLigand)call Set_Value(ropt, RealOption, 'COEROT', Interact%ELIE%NodeCoeff)call Set_Value(ropt, RealOption, 'COERNG', Interact%ELIE%RingCoeff)

	
 
	
 
	
 
	
 
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４．１．８．DIAV 用構造体宣言追加	
 	  Interact_Class.f90 に DIAV 用の構造体 ELIE_t を追加する。	
 
	
 

!
	
  ! extended linear interaction energy	  !
! energy = A * ave(vdW) + B * ave(ele) + C * var(ASA)	  !
	  ! or!
	
  ! energy = D * ave(vdW) * EXP(E * var(vdW))+ F * ave(ele) * EXP(G * var(ele))	  !
!
+ H * var(ASA)	  !
	  type ELIE_t
real*8::AveVdwCoeff! A
real*8::AveEleCoeff! B
real*8::VarAsaCoeff! C
real*8::AveVdwMult! D
real*8::VarVdwCoeff! E
real*8::AveEleMult! F
real*8::VarEleCoeff! G
real*8::VarAsaMult! H
integer::RingNum
integer::RotRing
integer::RotNodelogical::EstimateLigand
real*8::RingCoeff
real*8::NodeCoeff! number of rings! number of rotatable torsion in ring
! number of rotatable torsion out ring! estimate ligand freedom! coefficient of ring torsion! coefficient of node torsion

end type ELIE_t

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４．１．９．GB/SA スケーリング処理の取り込み	 	  GB/SA スケーリング用手続き"Set_GBSAScale"が実装されている DIAV 用 cosgene のObject_Method.f90 を差し替える。	
 	
  本変更に伴い、DIAV 用 cosgenen のベストフィット処理 Calc_LeastSquareFitting の引数が変更されているため、sievgene で Calc_LeastSquareFitting を使用している Control_Min.f90の引数を変更する。	
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４．１．１０．Richmond-ASA 解析処理の削除	 	  Score_Method.f90 では Richmond-ASA 解析を AccessibleSurface_Method.f90 の手続きを使用していた。従来の AccessibleSurface_Method.f90 と DIAV 法のAccessibleSurface_Method.f90 はインタフェースが異なり、sievgene-REPLAY ではスコア解析を行わないため、これらの手続き呼び出しをコメントアウトする。	
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４．１．１１．原子質量の追加	 	
  sievgene では mol2 ファイルの原子名から原子番号を特定しているが、cosgene のトポロジ
ーファイルでは原子名は蛋白の原子名(HA,	
 CA 等が存在)となっているためと元素の対応が付
かない。	
 
	
  質量を利用して各原子と原子番号の対応をとるために、質量の情報を SievEnum_Type.f90 での原子テーブルに追加する。	
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４．１．１２．frozen-atom,	
 蛋白・化合物指定ファイルのオプション追加	 	  SievInput_Option.f90 の Input フェーズ入力に frozen-atom および蛋白・化合物指定ファ
イルの入力機能を追加する。	
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４．１．１３．主制御の変更	 	  sievgene.f90 のメイン処理に下記の変更を行う。	
 	 (1)Grid フェーズ入力時の処理から Grid 作成処理を削除する。	
 	
  sievgene-REPLAY ではトラジェクトリを読み込みながら Grid を生成するため、Grid フェー
ズ入力時の Grid 生成は行わない。	
 (2)Analyze フェーズ入力処理を追加し、入力後に DIA 解析および各トラジェクトリでの
sievgene スコアを計算する。	
 	
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４．１．１４．トラジェクトリ読み込みとスコア解析	 	  トラジェクトリファイルを読み込みながらスコア計算を行い、全トラジェクトリでの
sievgene スコアの平均と分散を出力する手続き Analyze_SievgeneScore を追加する。	
 	  Analyze_SievgeneScore の処理フローを以下に示す。	
 	 (1)化合物単体の原子トポロジーを作成	  (2)化合物単体の相互作用トポロジーを作成	  (3)各ステップのトラジェクトリファイルを入力し、sievgene スコアを計算
・当該ステップのリガンド座標をポケットとしグリッドを生成	  ・当該ステップのリガンド座標でのスコア計算
	  ・ASA 計算補正
(4)スコアの平均と分散の計算と表示
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

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４．１．１５．Grid 生成表示の変更	
 	
  グリッド生成ステップのパーセンテージ表示を 1 行に出力する変更を行う。	
 	
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４．１．１６．DIAV 解析	 	  DIAV 解析用手続き Analyze_Main を使用するため、Control_Analyze.f90 とAnalyze_Method.f90 をコンパイル対象ファイルに追加する。	
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４．１．１７．蛋白・化合物間 1-5 相互作用計算	
 	
  蛋白・化合物相互作用計算解析用手続き Combine_Main を使用するため、Combine_Method.f90
をコンパイル対象ファイルに追加する。	
 
	
 
	
 
	
 
以上	
 
	
 

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