myPresto 5.0- sievgene/sievgene_M -USER MANUAL
2018/1/20

Copyright (C) 2006-2018 Next Generation Natural Product Chemistry (N2PC)

ii	
 
	
 

本ドキュメントについて	  本ドキュメントは、「myPresto 5.0 USER MANUAL」の別冊です。コピーライト、プログ
ラム使用許諾条件、著者および引用文献については、「myPresto 5.0 USER MANUAL」の記
述に準じます。	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
謝辞

本ソフトウェアの研究開発は、新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)、及び、経済産業省(METI)の援助によって行われました。ここに感謝の意を記します。	
 	 	  本ソフトウェアは、故・京極好正博士の推進する研究プロジェクトで開発されました。	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0     ii  	 目次1 sievgene/sievgene_M..........................................................	
 5
1.1 sievgene と sievgene_M について	
 ...........................................	
 5
1.2 実行方法.................................................................	
 6
1.2.1 sievgene の実行方法	
 ..................................................	
 6
1.2.2 sievgene_M の実行方法	
 ................................................	
 7
1.3 入力データの作成.........................................................	
 8
1.3.1

コントロールファイル................................................	
 8

1.3.1.1 PHASE> INPUT

グループ..........................................	
 10

1.3.1.2 PHASE> GRID

グループ...........................................	
 14

1.3.1.3 PHASE> CONF

グループ...........................................	
 20

1.3.1.4 PHASE> DOCK

グループ...........................................	
 22

1.3.1.5 EXE> MIN

グループ..............................................	
 27

1.3.1.6 PHASE> OUTPUT
2

A

グループ.........................................	
 27

計算手順...................................................................	
 29
2.1

受容体－低分子化合物ドッキング.........................................	
 29

2.2

オプションの組み合わせ.................................................	
 46

入出力ファイル.............................................................	
 53
A.1 ドッキングエンジンの入出力ファイル......................................	
 53
A.1.1 フェーズの説明......................................................	
 53
A.2 入力ファイル............................................................	
 54
A.2.1 制御ファイル........................................................	
 55
A.3 出力ファイル............................................................	
 60
A.4 ログ出力（簡易出力）....................................................	
 61

B

ユーティリティ.............................................................	
 69
B.1

C

make_point.............................................................	
 69

乱数の選択.................................................................	
 71
C.1

目的...................................................................	
 71

C.2

指定方法...............................................................	
 71

C.3

ログ表示...............................................................	
 71	 myPresto 5.0	  iii	
 

iv	
 
	
 

（余白）	
 
	
 

myPresto 5.0     iv  

5	 
	 1 sievgene/sievgene_M	
 1.1 sievgene と sievgene_M について

sievgene は蛋白質 PDB ファイルとトポロジーファイル、ポケット点 PDB ファイル、リガ
ンド MOL2 ファイルを入力として、蛋白質－リガンドのドッキングおよびスコア評価を行い、結果をファイルに出力します。sievgene には、ドッキングポーズの探索に力をいれた
sievgene_for_dockingpose(実行ファイル名は sievgene_dk)と、高速にドッキング計算を行うスクリーニング用の sievgene_for_screening(実行ファイル名は sievgene_sc)があります。	
 sievgene_M は、sievgene と同じ計算内容について処理手順を改善して高速化したものです。sievgene_M には、並列版と逐次版があります。並列版は、1 つのドッキング計算を複数の CPU コアを使用して計算を実行します。逐次版は 1 つのドッキング計算に、1 つの CPU コ
アを使用します。並列版の実行ファイル名は sievgene_M、逐次版の実行ファイル名はsievgene_M_serial です。	
 
	
 
	
 

	
 

myPresto 5.0

6	
 
	
 

1.2 実行方法	  myPresto5 では、sievgene は sievgene_pack に、sievgene_M は sievgene_M_pack に含ま
れ て い ま す 。 sievgene(sievgene_sc,	
  sievgene_dk) とsievgene_M(sievgene_M,	
 sievgene_M_serial)は、同じ入力ファイルを使うことができます。分子情報等の入力ファイ
ルおよびドッキング条件は、コントロールファイルに指定します。sievgene/sievgene_M は、
標準入力よりコントロールファイルを読み込んで動作します。	
 	
 1.2.1 sievgene の実行方法

	  sievgene は、sievgene_pack に含まれています。sievene は、以下の手順で使用します。	
 % tar –czvf sievgene_packYYMMDD.tar.gz(YYMMDD は日付を示す 6 桁の数字です)% cd sievgene_packYYMMDD% bin/install.sh(GNU コンパイラを使う場合)% bin/install.sh intel(Intel コンパイラを使う場合)% (path)/sievgene_dk<

control_file > output% (path)/sievgene_sc<

control_file > output

例えば、sievgene_packYYMMDD/work から sievgene を実行する場合には、以下のように bin/への相対パスを指定して sievgene_sc/sievgene_dk を実行します。
% ../bin/sievgene_dk<

control_file > output% ../bin/sievgene_sc<

control_file > output	 myPresto 5.0  	    6  

7	
 1.2.2 sievgene_M の実行方法

	  sievgene_M は、sievgene_M_pack に含まれています。sievgene_M は、1 つのドッキング計
算に時間がかかる場合に適しています。sievgene_M_serial は、多数のドッキング計算を実行するのに適してきます。sievgene_M は複数個の演算コアを同時に使用して並列処理を行いますので、実行前にスレッド数を指定する必要があります。スレッド数とは、プロセッサが同時に行う処理の個数を表します。プロセッサが内蔵する演算コアの個数に応じてスレッド数を大きくすると、実行開始から終了までの経過時間を短縮することができます。
sievgene_M では、スレッド数を演算コア数に等しくすると最速となる場合が多いです。	
 sievene_M/sievgene_M_serial は以下の手順でインストールします。現在、sievgene_M のプ
ログラムは Intel コンパイラのみでコンパイル可能です。	
 % tar –czvf sievgene_M_packYYMMDD.tar.gz(YYMMDD は日付を示す 6 桁の数字です)% cd sievgene_M_packYYMMDD% bin/install.sh intel% (path)/sievgene_M<(Intel コンパイラを使用する場合)

control_file > output% (path)/sievgene_M_serial<

control_file > output

例えば、sievgene_M_packYYMMDD/work から sievgene を実行する場合には、以下のように bin/への相対パスを指定して sievgene_M/sievgene_M_serial を実行します。
（sievgene_M の実行方法）: sievgene_M の実行前に、環境変数 OMP_NUM_THREADS に並列数を設定します。
% export OMP_NUM_THREADS=(スレッド数) (sh/bash の場合)
% setenv OMP_NUM_THREADS (スレッド数) (csh/tcsh の場合)
% ../bin/sievgene_M<

control_file > output（sievgene_M_serial の実行方法）: sievgene_M_serial には環境変数 OMP_NUM_THREADS の設定は必要ありません。
% ../bin/sievgene_M_serial

<

	
 

	
 

control_file > output

myPresto 5.0

8	
 
	
 

1.3 入力データの作成
1.3.1

コントロールファイル

コントロールファイルは、以下のグループからなり、各グループは	
 "QUIT" で終了します。	
 ・PHASE> INPUT グループ

：主な入力ファイル名を指定します。	
 ・PHASE> GRID グループ

：グリッドポテンシャル生成のオプションを指定します。	
 ・PHASE> CONF グループ

：リガンドコンフォーマ生成のオプションを指定します。	
 ・PHASE> DOCK グループ

：グローバルサーチのオプションを指定します。	
 ・EXE> MIN グループ	 ：ローカルサーチのオプションを指定します。	
 ・PHASE> OUTPUT グループ

：最終結果の出力を指定します。	
 ・EXE> SIEV 	 ：コントロールファイルの終わりを示します。	
 	 ドッキング処理は、"EXE> SIEV"行を読み込んだ時点で開始します。	
 	 【注意】ドッキング処理をせずに、グリッドポテンシャルのみを発生させることができます（CONF/DOCK/MIN/OUTPUT フェーズ指定をしない方法：「2	
 計算例」参照）。この場合、入力ファイルへの「EXE>	
 SIEV」の記述は不要です。	
 	
 myPresto 5.0     8  

9	 PHASE> INPUT
LIGAND =MOL2
NAMELI =Lig_md2.mol2 ; リガンドの座標位置ファイル
REFERE =MOL2
NAMERE =Lig_md.mol2 ; リガンドの参照位置ファイル
TOPOLO =FORM
NAMETO =Pro.tpl; 蛋白側のトポロジー
COORDI =PDBNAMECO =Pro_md.pdb; 蛋白側の座標
POINTC =PDBNAMEPO =point.pdb; ポケット領域を示すプローブ点
ATOMDAta= READ; 原子データファイルの入力
PHASE> GRID
GRIDPOtential = BINA
; Grid ポテンシャルの入力ファイル
NAMEGRid = grid.file; Grid ポテンシャルの入力ファイル指定QUIT
PHASE> CONF
CONFLImit= 100000; 配座生成の試行最大数
CONFORmernumber = 100; 生成する配座数(リガンドを変形)
QUIT
PHASE> DOCKMETHOD=
FLEX
GENERAtion= 1; 絞込みの回数
SCORENumber = 10
; １リガンド当たり登録する上位スコア数
QUIT
EXE> MINMETHOD= STEEPCPUTIM=
360000.0
UPRATE= 1.0
DOWNRATE= 0.3
LOOPLI= 100
UPDATE=
20
MONITO= 100
CONVGR=
0.01D0LOGFOR= SHORBESTFI=YES
QUIT
PHASE> OUTPUT
COORDInate= MOL2; リガンド座標のファイル出力形式
NAMECOordinate = ex.cor; 各実験でのリガンド座標ファイル名
CANDIDatenumber= 10; 各実験でのリガンド座標を出力する上位スコア数
SCORENumber= 10; score ファイルに出力する上位スコア数
NAMESCore= ex.score; score ファイル名
QUIT
EXE> SIEV

sievgene のコントロールファイルの例	
 	
 コントロールファイルの各コマンド説明	
 
必須	
 

◎	
 

省略可	
 

△	
 

特定機能をユーザー指定するとき必須	 ○	
 myPresto 5.0

	
 

10	
 
	
 

1.3.1.1 PHASE> INPUT

グループ

INPUT グループでは、蛋白質の PDB ファイルとトポロジーファイル、蛋白質のポケット座標ファイル、リガンド座標指定ファイルの指定などのために、それらの外部ファイルの指定を行います。	
 	 INPUT グループでの指定事項：	
 （１）蛋白質トポロジー指定	
 （２）蛋白質の座標の指定	
 （３）リガンドの構造と座標の指定	
 （４）RMSD 計算のためのリガンドの参照座標の指定	
 （５）蛋白質ポケット点座標の指定	 （６）Accessible	
 Surface	
 Area モデルの指定	
 （７）リスタートの指定	 （８）探索対象の指定	 （９）蛋白質の原子半径の係数	
 （１０）ログ出力形式の指定	
 （１１）QUIT	 	 	 （１）蛋白質トポロジーの指定	
 TOPOLOgy：蛋白質トポロジーファイルの書式（△）	
 =NOREad	 ；読み込まない(デフォルト)	
 =FORMAtted	
 ；書式つきアスキーファイル	 =BINAry	 ；バイナリーファイル	
 NAMETOpology=(トポロジーファイル名、80 文字以内	
 。TOPOLOgy=[FORM|BINA]のとき)	
 	 （２）蛋白質の座標の指定	
 蛋白質座標の指定を行います。BINAry の場合、蛋白質を構成する原子のデータの入力のため、(1)の蛋白質トポロジーの指定ファイルが必須となります。	
 	 COORDInate:蛋白質３次元座標ファイルの書式（◎）	
 
=PDB	
 
	
 	
 	
 	
 	
  	
  =BINAry	 ；PDB ファイルフォーマット	 ；バイナリーファイル	 NAMECOordinate=(座標ファイル名、80 文字以内)	
 
	
 
	
 
myPresto 5.0     10  

11	 （３）リガンドの構造と座標の指定	
 ドッキング対象のリガンドの構造と座標を指定します。マルチフォーマット(複数の分	 子のファイルをつなげた形式)のファイルの場合、複数リガンドに対してドッキングを行い
ます。	
 
	
 
LIGANDcoodinate:リガンドファイルの書式（◎）	
 =MOL2	
 
	
 	
 	
 	
 	
  	
  =PDBX	 ；MOL2 形式(デフォルト)	
 ；PDBX 形式(cosgene トポロジーファイル+PDB 書式を XML で統合)	
 NAMELIgandordinate=(座標ファイル名、80 文字以内。（◎）)	 	 （４）RMSD 計算のためのリガンド参照座標の指定	
 	
  ドッキング後の配座と、参照座標との位置のずれ RMSD を計算することができます。正解の受容体―リガンド複合体があり、リガンドの座標が既知である場合、正解の座標を参照座
標とすることでドッキングの精度を確認することができます。	
 	
 REFEREncecoodinate:リガンド参照座標ファイルの書式（◎）	 	  	  =NORE	 =MOL2	
 ；読み込まない(デフォルト)	
 ；MOL2 形式	 NAMEREferenceordinate=(座標ファイル名、80 文字以内。(◎))	
 	
 【注意】REFERE=	 NORE とした場合、入力リガンドの座標を参照座標に設定します。	
 【注意】REFERE=	  MOL2 かつ参照座標が入力リガンドと異なる分子である場合は、入力リガンドの座標を参照座標に設定します。	
 	 （５）蛋白質ポケット点座標の指定	 	
  蛋白質のポケット点の座標を指定します。	
 	 POINTCoordinate：蛋白質ポケット点座標の書式（◎）	
 
=PDB	
 

；PDB ファイルフォーマット	 =BINAry	 ；バイナリーファイル	
 NAMEPOintcoordinate=(蛋白ポケット点座標の名前、80 文字以内（◎）)	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0

12	
 
	
 

	
 
（６）Accessible	
 Surface	
 Area モデルの指定	
 sievgene では Accessible	  Surface	  Area（以降 ASA）でのポテンシャル計算を行うため、この計算の指定を行います。	
 	 ASAMEThod：ASA 計算方法（△）	
 =PAIRwise	 ；Pairwise（デフォルト）	
 =RICHmond	 ；Richmond	 	 （７）リスタートの指定	 スクリーニングのジョブが中断された場合に、中断時点から再開するためのリスタート
情報の入出力を指定します。	
 	
 RESTARtjob：中断されたジョブを再開する。（△）	
 
=NO	
 

；最初から実行する（デフォルト）	
 

=YES	
 

；途中から実行する	
 NAMERInput=（リスタートファイルの名前、80 文字以内）（△）	
 NAMEROutput=（リスタートファイルの名前、80 文字以内）（△）	
 	 （８）探索対象の指定	
 	
  指定した１、２、３個の蛋白原子が探索の対象となるように、探索対象を指定します。	
 
	
 
	
  	
  SETTARget：探索指定情報ファイルの読み込み（○）	
 
	
  	
  	
  	
  =NOREad	
  	
  	
  	
  ；使用しない（デフォルト）	
 
	
  	
  	
  	
  =READ	
  	
  	
  	
  	
  ；使用する	
 NAMETArget=(探索指定情報ファイルのファイル名、80 文字以内（○）)	
 	 （９）蛋白質の原子半径の係数	 	
  蛋白質の原子半径の係数を指定します。	
 	
 DAMPPA：蛋白質の原子半径の係数（△）	
 
=1.0	
  	
  	
  	
  	
  ；（デフォルト）	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0     12  

13	 （１０）ログ出力形式の指定	
 	
  標準出力に出力されるログの形式を指定します。	
 
	
 
	
  	
  LOGFORmat：ログ出力形式	
 
	
  	
  	
  	
  =SHORt	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；簡易出力	
 
	
  	
  	
  	
  =MEDIum	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；警告を出力しない	
 
	
  	
  	
  	
  =DETAil	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；通常の出力（デフォルト）	
 	 （１１）QUIT	 PHASE> INPUT グループの入力の終わりを示します。	
 	
 myPresto 5.0

14	
 
	
 

1.3.1.2 PHASE> GRID

グループ

sievgene では蛋白質の原子によって発生するポテンシャルを Grid 上に分配した Grid
ポテンシャルを生成し、Grid ポテンシャルとリガンド分子の間でポテンシャルの評価を行います。ここでは Grid ポテンシャル生成のパラメータの指定を行います。	
 	 GRID グループでの指定事項：	
 （１）Grid ポテンシャルの入出力	
 （２）レセプター原子登録範囲	
 （３）Grid ポテンシャル生成時の原子半径オフセット	 （４）A.S.A.のメッシュ点生成の半径オフセット	 （５）Grid ポテンシャルのサイズのマージン	 （６）Grid ポテンシャルのスムージング回数	 （７）van	 der	
 Waals 半径の係数	
 （８）PB（Poisson	
 Boltzmann）方程式指定	
 （９）PB-Grid ポテンシャルの入出力	
 （１０）メッシュ数	
 （１１）PB-Grid ポテンシャルのサイズのマージン	 （１２）Debye-Hückel の遮蔽定数	
 （１３）誘電率	 （１４）加速因子	
 （１５）CPU	 time	
 の上限値	
 （１６）静電場計算終了条件の閾値	 （１７）Grid ポテンシャルの補間方法	
 （１８）QUIT	 	 （１）Grid ポテンシャルの入出力	
 Grid ポテンシャルは蛋白質の形状および座標によって決定します。同一の蛋白質でのGrid ポテンシャルは一定であるため、この Grid ポテンシャルを再利用することができま
す。	
 
	
 
GRIDPOtential：Grid ポテンシャルの入力指定（△）	
 =NOREad	 ；読み込まない（デフォルト）	
 =ASCIi	 ；ASCII 形式	
 =BINAry	 ；BINARY 形式	
 OUTGRIdpotential：Grid ポテンシャルの出力指定（△）	
 =NOWRite	 myPresto 5.0  ；出力しない（デフォルト）	
    14  

15	 =ASCIi	 ；ASCII 形式	
 =BINAry	 ；BINARY 形式	
 NAMEGRidpotential=（Grid ポテンシャルファイルの名前、80 文字以内）（○）	
 	
 【注意】ASCII 形式の場合はデータ変換により、完全に一致したデータとはなりません。	
 
	
 
	
 
（２）レセプター原子登録範囲	
 レセプター原子を登録する範囲を指定します。	
 ポケット点から指定された範囲の蛋白質上の原子がレセプターとして登録されます。	
 	 PROBDIstance：レセプター原子の登録範囲（Å）（△）	
 
=6.5	
  	
  	
  	
  	
  ；（デフォルト）	
 	 （３）Grid ポテンシャル生成時の原子半径オフセット	 蛋白質上の原子と Grid の格子点との距離により、この格子点が原子内か原子外かを判定します。	
 A.S.A.は原子表面に対して球を転がした場合の球の中心がとり得る面を表しますので、このときの球の半径を指定します。	
 	 RADVDW：van	 der	
 Waals 半径オフセット（Å）（△）	
 
=0.6	
 	
  	
  ；（デフォルト）	
 
RADELE：coulomb	
 半径オフセット（Å）（△）	
 
=0.6	
 	
  	
  ；（デフォルト）	
 	 （４）A.S.A.メッシュ点生成の半径オフセット	 sievgene での A.S.A.は A.S.A.面上の等間隔に配置した点(メッシュ点)で表現します。各
原子の表面を表現するために原子半径に加算するオフセットを指定します。	
 	 RADMESh：メッシュ点オフセット（Å）（△）	
 
=1.6	
 	
 	
 	
 ；（デフォルト）	
 	 （５）Grid ポテンシャルのサイズのマージン	 	  Grid ポテンシャルのサイズはポケット点座標の x,	
 y,	
 z 座標の最大値-最小値で構成される直方体となります。	
 	  このサイズに対するマージンを指定します。	
 myPresto 5.0

16	
 
	
 

	
 
MARGIN：	
 Grid ポテンシャルのマージン（Å）（△）	
 
=8	
  	
  ；（デフォルト）	
 	 （６）Grid ポテンシャルのスムージング回数	
 	
  生成された Grid ポテンシャルは格子点ごとに計算しますので、隣り合う格子点と不自然に大きく異なる場合があり、この状態を緩和するために平滑化(スムージング)を行います。	
 	
  スムージングの回数は大きいほどポテンシャル面は滑らかになりますが、大きすぎると一様なポテンシャルになります。	
 	 ITERATion	  ：スムージング回数（△）	
 =3	
 ；（デフォルト）	 	 （７）van	 der	
 Waals 半径の係数	
 	
  グリッドポテンシャル計算時の van	 der	
 Waals 半径の係数を指定します。	
 	 DANPVW：	
 van	
 der	
 Waals 半径の係数（△）	
 
=1.0	
  	
  ；（デフォルト）	
 	 （８）PB（Poisson	
 Boltzmann）方程式指定	 	
  グリッドポテンシャル生成時に、Poisson	
 Boltzmann 方程式の使用を指定します。ドッキ
ング精度、スクリーニング精度は、PB 方程式を使用しない場合のほうが精度は高いです。	
 	
 USEPBG	
  ：PB グリッドポテンシャル指定（○）	
 
=NO	
 	
 

；PB 方程式を使用しない（デフォルト）	
 

=YES	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；PB 方程式を使用する	
 	 （９）PB-Grid ポテンシャルの入出力	 Poisson	  Boltzmann 方程式使用時の静電場計算の結果は蛋白質の形状および座標によって決定します。同一の蛋白質での静電場計算の結果は一定であるため、この計算結果を再利用することができます。	
 	
 PBGRID：静電場計算結果の入力指定（△）	
 =NOREad	 ；読み込まない（デフォルト）	
 =ASCIi	 ；ASCII 形式	
 =BINAry	 ；BINARY 形式	
 myPresto 5.0     16  17	 OUTPBG：静電場計算結果の出力指定（△）	
 =NOWRite	 ；出力しない（デフォルト）	
 =ASCIi	 ；ASCII 形式	
 =BINAry	 ；BINARY 形式	
 NAMEPB=（PB ファイルの名前、80 文字以内）（○）	
 	
 【注意】PBGRID、OUTPBG、NAMEPB の各オプションは USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 【注意】ASCII 形式の場合はデータ変換により、完全に一致したデータとはなりません。	
 	 （１０）メッシュ数	
 Poisson	 Boltzmann 方程式使用時の、x,	
 y,	
 z 方向のメッシュ数を指定します。	
 	
 NMESHX	
  ：メッシュ数（x 方向）（△）	
 
=100	
 

；（デフォルト）	
 NMESHY	  ：メッシュ数（y 方向）（△）	
 
=100	
 

；（デフォルト）	
 NMESHZ	  ：メッシュ数（z 方向）（△）	
 
=100	
 

；（デフォルト）	
 	
 【注意】NMESHX、NMESHY、NMESHZ の各オプションは USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 	 （１１）PB-Grid ポテンシャルのサイズのマージン	 	  PB-Grid ポテンシャルのサイズはポケット点座標の x,	
  y,	
  z 座標の最大値-最小値で構成される直方体となります。	
 	  このサイズに対するマージンを指定します。	
 	 MARGPB：	
 PB-Grid ポテンシャルのマージン（Å）（△）	
 =5.0d0	  	  ；（デフォルト）	
 	
 【注意】MARGPB オプションは USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 	 （１２）Debye-Hückel の遮蔽定数	 	  Poisson	
  Boltzmann 方程式使用時の静電場計算における Debye-Hückel の遮蔽定数を指定
します。	
 
	
 
KAPPAV：	
 Debye-Hückel の遮蔽定数（１/Å）（△）	
 myPresto 5.0

18	
 
	
 

=0.0d0	  	  ；（デフォルト）	
 	
 【注意】KAPPAV オプションは USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 
	
 
	
 
（１３）誘電率	 	  Poisson	
 Boltzmann 方程式使用時の静電場計算における溶媒、蛋白質、中間領域、真空領
域の誘電率をそれぞれ指定します。	
 	 DIESOL：	
 溶媒の誘電率（△）	
 =78.5d0	  	  ；（デフォルト）	
 
DIEPRO：	
 蛋白質の誘電率（△）	
 =4.0d0	  	  ；（デフォルト）	
 DIEINT：	
 中間領域の誘電率（△）	
 =78.5d0	  	  ；（デフォルト）	
 DIEVAC：	
 真空領域の誘電率（△）	
 =1.0d0	  	  ；（デフォルト）	 	 【注意】DIESOL、DIEPRO、DIEINT、DIEVAC の各オプションは USEPBG=	 YES の時のみ	
 有効です。	 	 （１４）加速因子	 	  Poisson	
 Boltzmann 方程式使用時の静電場計算の加速因子を指定します。	
 	
 ACCELE：	
 加速因子（△）	
 =1.6d0	  	  ；（デフォルト）	
 	
 【注意】ACCELE オプションは USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 	 （１５）CPU	 time	
 の上限値	 	  Poisson	
 Boltzmann 方程式使用時の静電場計算の CPU	 time	
 の上限値を指定します。	
 	
 CPULIM：	
 CPU	
 time	
 の上限値（ｓ）（△）	
 =10800	  	  ；（デフォルト）	
 	
 【注意】CPULIM オプションは USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 myPresto 5.0     18  

19	
 

	
 
（１６）静電場計算終了条件の閾値	 	
  Poisson	
 Boltzmann 方程式使用時の静電場計算終了のための閾値を指定します。	
 	
 SORRE1：終了条件の相対閾値(SOR)（△）	
 =1.0d-8	  	  ；（デフォルト）	
 
SORRE2：終了条件の相対閾値(SOR)（△）	
 =1.0d-10	  	  ；（デフォルト）	
 SRFAB1：終了条件の絶対閾値(SURF)（△）	
 =1.0d-1	  	  ；（デフォルト）	
 SRFAB2：終了条件の絶対閾値(SURF)（△）	
 =1.0d-3	  	  ；（デフォルト）	
 SRFRE1：終了条件の相対閾値(SURF)（△）	
 =1.0d-8	  	  ；（デフォルト）	
 SRFRE2：終了条件の相対閾値(SURF)（△）	
 =1.0d-10	  	  ；（デフォルト）	
 	 	  （注）SORRE1、SORRE2、SRFAB1、SRFAB2、SRFRE1、SRFRE2 の各オプションは	
 
USEPBG=	 YES の時のみ有効です。	
 	 （１７）Grid ポテンシャルの補間方法	
 Grid ポテンシャル上の任意の点における Grid ポテンシャルの補間方法を指定します。	
 	 INTERPorate：Grid ポテンシャルの補間方法（△）	
 =LAGRange	 ；Lagrange の１次補間（デフォルト）	
 =BSPLine	 ；3 次の B-Spline 補間	 	 （１８）QUIT	 PHASE> GRID グループの入力の終わりを示します。	
 myPresto 5.0

20	
 
	
 

1.3.1.3 PHASE> CONF

グループ

sievgene では入力したリガンドから回転可能な構造を検出し、この構造をランダムに	 回転させた新たな配座でのスクリーニングを行います。	
 	  ここでは新規配座生成のパラメータの指定を行います。	
 	
 CONF グループでの指定事項：	
 （１）配座生成試行回数の指定	
 	 （２）生成する配座数の指定	
 （３）原子データのソート実行	 （４）van	 der	
 Waals 接触判定の原子半径への係数	
 （５）構造の回転角数	
 （６）原子モデルの指定	
 （７）QUIT	 	 （１）配座生成試行回数の指定	
 配座生成では回転角を乱数で決定するため、同一の配座を複数生成してしまい配座生	 成処理が終了しない場合があります。この状態を抑止するために配座生成試行回数の上	 限を指定します。	
 	 CONFLimit：配座生成試行回数上限（△）	
 =10000000	
 ；（デフォルト）	
 	 （２）配座する生成数の指定	
 生成する配座数を指定します。	
 	 COMFORmernumber：配座生成数（△）	
 
=100	
 

；（デフォルト）	
 	 （３）原子データのソート実行	 出力ファイルでの原子の並びを入力原子の並びと一致させることを指定します。	
 	
 SORTATom：原子データのソート（△）	
 
=NO	
 

；並びを元に戻さない（デフォルト）	
 

=YES	
 

；並びを元に戻す	
 

	
 
	
 
myPresto 5.0     20  21	 （４）van	 der	
 Waals 接触判定の原子半径への係数	
 新規配座生成でリガンドの原子同士が van	  der	
  Waals 接触する場合は、この配座を採用しません。van	 der	
 Waals 接触判定で原子間距離と原子半径の和を比較する際、原子半径にこの係数をかけて比較します。	
 	
 DAMPINgfactor：van	 der	
 Waals 接触判定の係数（△）	
 
=0.7	
 

；（デフォルト）	
 	 （５）構造の回転角数	
 構造(Torsion)を回転する際にとり得る角度の個数を指定します。デフォルトの 3 の場	
 合は 120°の単位で構造が回転します。	
 	 PHASETorsion：構造の回転角数（△）	
 =3	
 ；（デフォルト）	
 	 （６）原子モデルの指定	 	  	  リガンド分子の原子モデルを指定します。従来の原子モデルである「all	 atom	 model」	
 	  および、-CH,	
 -CH2,	
 -CH3	 を	 –C’に置換する「united	
 atom モデル」のいずれかを指定	
 できます。	 	 	  	  AToMMoDeL：原子モデル	
 
	
  	
  	
  	
  =	
 ALL	
 atom	 model	 ;	 all	
 atom	 モデル（デフォルト）	
 

	
  	
  	
  	
  =	
 UNITed	 atom	 model	 ;	 united	 atom	 モデル	 	 （７）QUIT	 PHASE> CONF グループの入力の終わりを示します。	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0

22	
 
	
 

1.3.1.4 PHASE> DOCK

グループ

グローバルサーチでのパラメータ指定およびスコア計算のパラメータ指定を行います。	
 	 DOCK グループでの指定事項：	
 （１）ドッキング方法の指定	 	 （２）蛋白側接合点発生方法	
 （３）絞込み回数	 （４）接合面数	 （５）結合面の辺の長さ	 （６）結合面の原子タイプ適合度	 	 （７）スコア係数	
 	 （８）ポケット内原子判定距離	 	 （９）ポケット中心指定	
 （１０）蛋白とリガンドの水素結合の評価	
 （１１）ドッキング時のリガンド-OH 基の回転	 （１２）ドッキング時の蛋白質側鎖の回転	 （１３）ドッキング後のリガンド座標の微調整	
 （１４）ローカルサーチ対象数	 （１５）ドッキング対象原子の切り替え	 （１６）エネルギーの見積もり	
 （１７）各分子のドッキング計算時間の上限	
 （１８）QUIT	 	 （１）ドッキング方法の指定	
 sievgene では入力したリガンドの配座を変更しない RIGID ドッキングと、配座を変えながらドッキングを繰り返す FLEXIBLE ドッキングの２種類が指定できます。	
 	
 METHODofdocking：ドッキング方法指定（△）	
 =FLEXible	
 ；FLEXIBLE ドッキング（デフォルト）	
 =RIDId	 ；RIGID ドッキング	
 

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0     22  

23	
 

	
 
（２）蛋白側接合点発生方法	
 sievgene では接合面を３点の構成する三角形として規定しています。	
 	  ドッキングの際の、蛋白側の接合点の発生方法を選択します。	
 
	
 
	
  	
  PROteinSURface：蛋白側接合点発生方法	
 
	
  	
  	
  	
  =ELECtrostatic	
 ；蛋白の Accessible	
 surface 上の静電場の極大・極小点および電位＝０の点を採用する方法（デフォルト）	
 
	
  	
  	
  	
  =HYDRogen	
 ；蛋白の Accessible	
 surface 上の静電場の極大・極小点および CH4
プローブのポテンシャル面の極大点を採用する方法	
 	 （３）絞込み回数	
 探索範囲を絞込む回数を指定します。	
 	 GENERAtionnumber：絞込み回数（△）	
 =5	
 ；（デフォルト）	
 	 （４）接合面数	
 sievgene では接合面を３原子の構成する三角形として規定しています。	
 	  ドッキングの際にリガンドの接合面を選択する個数を指定します。	
 	 NUMCONformer：配座生成数（△）	
 
=100	
 

；（デフォルト）	
 	 （５）接合面の辺の長さ	
 接合面の数を満たす三角形の辺の長さを指定します。sievgene では与えられた辺の範囲
から接合面の個数を満たす辺の長さを計算し、接合面を決定します。	
 	 LOWMIN：辺の長さの下限側の最小値(Å)	
 （△）	
 
=2.5	
 

；（デフォルト）	
 LOWMAX：辺の長さの下限側の最大値(Å)	
 （△）	
 
=4.0	
 

；（デフォルト）	
 UPRMIN：辺の長さの上限側の最小値(Å)	
 （△）	
 
=7.5	
 

；（デフォルト）	
 

UPRMAX：辺の長さの上限側の最大値(Å)	
 （△）	
 =10.0	
 ;（デフォルト）	
 myPresto 5.0

24	
 
	
 

（６）結合面の原子タイプ適合度	 sievgene では原子の特性により接合に関連するかどうかの重みを設定しています。	
 この適合度を調節することで、不要な接合判定が減少しドッキング時間を減少させる	 ことができます。	
 	
  1 から 5 までの指定が可能で、値が大きいほど接合面が限定されます。	
 	
 MATCHIng：結合面の原子タイプ適合度（△）	
 =1	
 ；（デフォルト）	
 	 （７）スコア係数	
 sievgene でのスコアは A.S.A.、coulomb、	
 水素結合、異方性を考慮した水素結合、van	
 der	
 Waals の５つのポテンシャルの和で表現されます。	
 	  	  各ポテンシャルに重みを設定したい場合はスコア係数を変更します。。	
 	 WETVDW：van	 der	
 Waals	 ポテンシャル係数（△）	
 
=1.0	
 

；（デフォルト）	
 WETASA：A.S.A.	
 ポテンシャル係数（△）	
 
=1.0	
 

；（デフォルト）	
 WETHYD：水素結合ポテンシャル係数（△）	
 
=1.0	
 

；（デフォルト）	
 WETANH：異方性を考慮した水素結合ポテンシャル係数（△）	
 
=1.0	
 

；（デフォルト）	
 WETELE：coulomb ポテンシャル係数（△）	
 
=1.0	
 

；（デフォルト）	
 

	
 
	
 
（８）ポケット内原子判定距離	
 リガンド原子がポケット内に存在する判定でのポケット中心点からの距離を指定します。	
 	
 RADIUS：ポケット内原子判定距離(Å)（△）	
 
=6.0	
 

；（デフォルト）	
 	 （９）ポケット中心指定	
 蛋白質のポケット中心点を指定します。	
 指定されない場合、ポケット点の中点がポケット中心に仮定されます。	
 	
 myPresto 5.0     24  

25	 （９－１）ポケット中心座標指定	
 ポケット中心の絶対座標を指定します。	
 	 POCKCX：ポケット中心 X 座標	 =	
 999.9	
 ；（デフォルト）	
 POCKCY：ポケット中心 Y 座標	 =	
 999.9	
 ；（デフォルト）	
 POCKCZ：ポケット中心 Z 座標	 =	
 999.9	
 ；（デフォルト）	
 	 （９-２）ポケット中心座標指定	
 ポケット中心の蛋白原子を指定します。	
 	
 POCKET：ポケット中心原子 ID	
 =0	
 ；（デフォルト）	
 	 （１０）蛋白とリガンドの水素結合の評価	
 	
  蛋白質とリガンドの、異方性を考慮した水素結合の評価を指定します。	
 	
 EVALHB：異方性を考慮した水素結合の評価（○）	
 
=YES	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；評価する（デフォルト）	
 
	
  	
  	
  	
  =NO	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；評価しない	 	 （１１）ドッキング時のリガンド-OH 基の回転	 	  ドッキング時の、リガンド-OH 基の末端の回転を指定します。	
 
	
 

	
  	
  ROTLOH：リガンド-OH 基の回転（○）	
 
=YES	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；回転する（デフォルト）	
 
	
  	
  	
  	
  =NO	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；回転しない	 	 （１２）ドッキング時の蛋白質側鎖の回転	 	  ドッキング時の、蛋白質の水素結合可能な側鎖の回転を指定します。	
 
	
 

	
  	
  ROTPSC：蛋白質側鎖の回転（○）	
 
=YES	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；回転する	
 
	
  	
  	
  	
  =NO	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；回転しない（デフォルト）	
 myPresto 5.0

26	
 
	
 

（１３）ドッキング後のリガンド座標の微調整	 	
  ドッキング後のリガンド座標の微調整における、座標をずらす回数を指定します。	
 	  	  MOVNUM：座標をずらす回数（△）	
 
=10	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；（デフォルト）	 	 （１４）ローカルサーチ対象数	
 	  	  ローカルサーチ対象数を指定します。	
 
	
 
	
  	
  CANDID：ローカルサーチ対象数（△）	
 
	
  	
  	
  	
  =30	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；（デフォルト）	 	 （１５）ドッキング対象原子の切り替え	 	  	  蛋白とリガンドの重ね合わせの際に、重ね合わせの対象外となる原子を計算対象から除外するかしないかを指定します。	
 
	
 
	
  	
  DOCKSP：ドッキング対象原子の切り替え（△）	
 
	
  	
  	
  	
  =NORM	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；対象外となる原子を除外しない（デフォルト）	
 
	
  	
  	
  	
  =FAST	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；除外する	 	 （１６）エネルギーの見積もり	 	  	  入力原子に対して、ドッキングを行わずに Minimize 計算のみを行います。	
 
	
 
	
  	
  OPTIME：エネルギー見積もり（△）	
 
	
  	
  	
  	
  =OPT	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；ドッキングを行う（デフォルト）	
 
	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 =ENE	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；ドッキングを行わない	 	 （１７）各分子のドッキング計算時間の上限	
 	  	  １分子あたりのドッキング計算時間に上限を設けます。制限時間を越えると計算を打
ち切り、途中の計算結果を記録します。Multi-mol2	
 file の場合は、１分子あたりの制限時
間です。	
 
	
 
	
  	
  CPUTIM：ドッキング時間の制限値(秒)（△）	
 
	
  	
  	
  	
  =30	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 	
 ；（デフォルト）	
 	 （１８）QUIT	 PHASE> DOCK グループの入力の終わりを示します。	
 myPresto 5.0     26  

27	 1.3.1.5 EXE> MIN

グループ

ローカルサーチでのパラメータ指定およびスコア計算のパラメータ指定を行います。	
 	
 MIN グループでの指定事項および指定方法は cosgene の EXE>	
 MIN グループと同じです。	
 	
 ユーザマニュアル「cosgnene」の章の「EXE>	
 MIN	
 グループ」の本項を参照。	
 
	
 
	
 
1.3.1.6 PHASE> OUTPUTグループ

OUTPUT グループでは、上位 conformer 座標の PDB ファイル、スコアファイルの出力指定を行います。	
 	
 
OUTPUT グループでの指定事項：	
 （１）上位スコア confomer 座標の PDB ファイル出力	 （２）上位スコアの出力	 （３）化合物順位の出力	 （４）QUIT	 	 （１）上位 conformer 座標の PDB ファイル出力	 COORDInate：上位スコア conformer 座標の PDB ファイル出力の書式（△）	
 =NOWRite	 ；出力しない(デフォルト)	
 =MOL2	 ；MOL2 ファイル形式	 =PDBX	 ；PDBX 形式(cosgene トポロジーファイル+PDB 書式を XML で統合)	
 

=PDB	
 

；PDB 形式	 CANDIDatenumber：上位スコア conformer 数（△）	
 
=30	
 

；	
 (デフォルト)	
 NAMECOorinate=(上位 conformer 座標ファイル名、80 文字以内。（○）)	 	 	  【注意】COORDI=	
 MOL2	
 は、LIGAND=	
 MOL2	
 のときのみ有効です。	
 	 （２）上位スコアの出力	
 SCORENumber：出力上位スコア数（△）	
 
=30	
 

；	
 (デフォルト)	
 NAMESCore=(上位スコアファイル名、80 文字以内。（◎）)	 	 myPresto 5.0

28	
 
	
 

（３）化合物順位の出力	
 	  	  入力リガンドファイルに記載されている分子ごとのドッキング最上位のスコアを比較し、上位の分子名およびスコア情報を「化合物順位」として出力します。	
 
	
  	
  	
  COMRNK：出力上位化合物数	
 
	
  	
  	
  	
  	
  =1	
 

	
 

；（デフォルト）	
 	
 【注意】COMRNK オプションでの指定が入力リガンドファイルに記載されている分子数より大きい場合、「化合物順位」は入力リガンドファイルに記載されている分子数分を出力します。	
 	 （４）QUIT	 PHASE> OUTPUT グループの入力の終わりを示します。	
 	
 myPresto 5.0     28  

29	
 
	
 

2

計算手順

	
 
2.1

受容体－低分子化合物ドッキング

蛋白質などの受容体に、低分子化合物をドッキングさせる手法を説明します。
	 （１）グリッドポテンシャルの生成からドッキングまで一括で行なう方法

まず、INPUT フェーズの設定について説明します。ドッキングさせるべき低分子は、mol2
ファイル書式で準備してください。分子モデルは、水素原子を含む全原子モデルで作成し、原子電荷は、必ず記入してください。mol2 ファイル書式のうち、<MOLECULE>,<ATOM>,<BOND>のセクションがあれば十分です。低分子に関して、PDB ファイルと tpl ファイルがあれば、
myPresto 付随のツール"tpl2mol2"で、mol2 ファイルを生成できます。また、フリーのbabel/openBabel などでも mol2 ファイルを準備できます。	
 	 【注意】sievgene では、金属錯体を扱うことができません。	
 	
 蛋白質の準備ですが、水素を含む全原子モデルで準備してください。全原子の PDB ファイ
ルと電荷の記載されたトポロジーファイルを準備します。これらは myPresto-tplgene など
で準備できます。	
 リガンドは、ファイル形式（LIGAND=MOL2）とファイル名（NAMELI）を指定してください。
ドッキング後の配座と、参照座標との位置のずれ RMSD を計算することができます。正解の受容体―リガンド複合体があり、リガンドの座標が既知である場合、正解の座標を参照座標とすることでドッキングの精度を確認することができます。参照座標はそのファイル形式(REFERE=MOL2)とファイル名(NAMERE)を指示してください。受容体側は、トポロジーファイ
ル の 書 式 (TOPOLO=FORM)と フ ァ イ ル 名 (NAMETO)、 座 標 の 書 式 (COORDI=PDB)と フ ァ イ ル 名(NAMECO)を指定してください。	
 	
  受容体ポケットの位置は、プローブ点の集合で指定し、サンプルでは、point.pdb という
PDB 書式での点の集合で与えられています。リガンドの構造探索空間とポテンシャルグリッ
ドは、このプローブ点の集合に対し、x,y,z 軸方向に次のグリッドフェーズで指定する、±
PROBDI/MARGIN の範囲に設定されます。既知リガンドとの複合体座標があれば、そのリガンドの座標をそのまま用いれば良いです。既知リガンドの情報がない場合、make_point.f を用いて PDB 書式でのプローブ点の集合を作成することができます。	
 
	
 
使い方：	
 
make_point とタイプします。標準入力から順次、受容体のファイル名、プローブ点を発生させる球状領域の半径、中心とすべき原子の番号を指定すれば、point.pdb という固定の名

myPresto 5.0

30	
 
	
 

前で、PDB 書式でのプローブ点の集合を出力します。make_point は、sievgene_pack および
sievgene_M_pack に含まれています。makepoint は、bin/の下にインストールされます。	
 	 % (path)/make_point	 この point.pdb は、より実際に合うようにエディターなどで編集されると良いでしょう。
プローブ点の集合は、そのファイル書式(POINTC)と、ファイル名(NAMEPO)を指定します。	
 sievgene では、ドッキング結果の構造について、蛋白質側の特定の原子の近傍半径 6Å以内に、ドッキングしたリガンドの原子が何個含まれるのかを表示する機能がありますが、下記例では、指定しない(SETTAR=NORE)ことにしています。蛋白質側の原子の半径は、	
 （蛋白質側の原子の半径）＝（ダンピング係数）×（デフォルトの設定半径）	
 になっており、ダンピングの係数（DAMPPA）で調整できます。	
 	
  GRID の生成フェーズでは、あらかじめ生成したグリッドポテンシャルを読み込む場合(GRIDPO=BINA)と、新たに生成する場合(GRIDPO=NORE)、その場合グリッドポテンシャルをフ
ァイル出力する場合（OUTGRI=BINA）、出力しない場合(OUTGRI=NOWR)があります。	
 	
  リガンド探索の空間として、幾何学ハッシングテーブルを生成する範囲を指定しますが、これは INPUT フェーズで指定したプローブ点(NAMEPO)を基準に、各点を中心に半径 PROBDIの範囲で指定されます。同じく、グリッドポテンシャルを生成する範囲も、プローブ点(NAMEPO)を基準に、x,y,z 方向に±MARGIN の範囲で指定されます。PROBDI を大きくとると、
構造探索範囲が広がり、計算時間が増大します。最初にプローブ点の集合を決める時点で、必要最小限の最適な選び方にすることが大切です。グリッドの大きさは 60x60x60 に固定されているため、MARGIN を大きくとると、グリッド幅が広がって精度が低下します。グリッ
ド幅は、0.2～0.35Å程度にとり、0.5Åを超えない大きさにしてください。グリッドポテン
シャルは、ITERAT で指定した回数だけ数値的にスムージングされます。van	 der	
 Waals ポテ
ンシャル及び、静電ポテンシャルは、蛋白質の界面を基準に内外に分割され、外部領域では通常のポテンシャル、内部領域では滑らかな仮想ポテンシャルが適用されます。このときの、界面である accessible	
  surface のプローブ半径は、それぞれ、RADVDW/RADELE で指定されます。RADVDW/RADELE を小さくとると、本来蛋白質の内部の領域でも原子間隔の広いところが外部と判定されます。0.6Å程度が最適です。この時の界面生成での蛋白質原子のダンピング係数は DAMPVW で指定されます。幾何学ハッシングテーブル作成時には、蛋白質表面に疎水性プローブ、親水性正電荷プローブ、親水性負電荷プローブを転がしてそれぞれの結合しやすい点の集合を作成し、それらの点を結ぶ三角形の辺をハッシングテーブルに格納しますが、そのときの点の間隔は RADMESH で指定します。RADMESH は、1.2～1.6Å程度、通常1.4Åで良い結果が得られます。	
 	
  静電場は USEPBG=NO の場合、εをε＝４R とした式で与えられ、USEPBG=YES の場合、
myPresto 5.0     30  

31	 Poisson-Boltzmann 方程式を self-consistent	
 boundary(SCB)法で解いた電場が適用されます。現在、SCB 法は速度・精度ともεを４R とした式に劣っています。	
 	  CONF フェーズでは、リガンドの配座生成の方法を指定します。配座生成は、分子の環を除く直鎖部分の１重結合の２面角を回転することで行い、ランダムサーチが行なわれます。
ランダムサーチでの試行回数は上限を CONFLI 回とし、一度に生成する配座数は最大 CONFOR
個とします。２面角は 360/PHASET で指定した回転角で回転します。例では PHASET=3 なので、120 度ずつ回転します。配座生成時に入力原子を tree 状のグラフとなるように並べ替
えますが、結果の出力時には、元の原子の順番に戻すことができます（SORTAT=YES）。生成した配座について、分子内衝突の判定を行い、分子内で原子間衝突のある配座を除外します
が、このときの van	 der	
 Waals 半径のダンピング係数は DAMPIN で指定します。配座生成は２面角のみのラフな回転で生成するため、分子内衝突が起き易く、DAMPIN は 0.7 程度にとるとよいでしょう。ROTTER は、-OH 基のようなリガンドの端を回転させるかどうかの指定です。ROTTET で-OH 基を回転させなくても、次の DOCK フェーズでドッキング後に-OH 基を回転させて構造探索することができます。	
 	
  DOCK フェーズでは、幾何学ハッシングによる受容体―低分子のラフなドッキングを行ないます。リガンド側をフレキシブルにしたフレキシブルドッキング（METHOD=FLEX）と、リガンドを入力配座に固定したリジッドドッキング（METHOD=RIGID）の両方ができます。CONF
フェーズで生成した CONFOR 個の配座のドッキングを試してから、もっともらしいドッキン
グ位置に探索空間を絞り、再度、CONF フェーズで異なる CONFOR 配座を発生してドッキング
する操作を GENERAT 回繰り返します。従って、ドッキングで試行される配座の総数は最大
CONFORxGENERAT 配座になります。ハッシュ表と参照するリガンド原子間の長さには、制限をつけます。最短の長さは、LOWMIN 以上 LOWMAX 以下、最長の長さは、UPRMIN 以上 UPRMAX
以下です。この長さは、１配座について、ハッシュ表と参照する回数が NUMCONF 回程度になるように上記の範囲内で調整します。ハッシュ表には、受容体側の三角形をなす各点が H ド
ナーか、H アクセプターの原子近傍にあるかどうかの情報が記載されており、リガンド側原子は、H ドナーか、H アクセプターかが判別されています。これらの受容体とリガンドの３点の重ね合わせを行なうとき、何点で H ドナーと H アクセプターとが対をなすかどうかが計算されます。H ドナーと H アクセプターの完全一致は２点、不完全一致では１点、H ドナ
ーと H ドナー、H アクセプターと H アクセプターのような不適合は０点となっています。これら適合度の３点の合計が、MATCHING 以上の時に、構造重ね合わせを採用します。MATCHING
は、０～６の範囲の整数で指定します。親水性が高く、結合モードが多くの水素結合を含む
場合は、MATCHING を多く、ポケットが疎水性で水素結合をほとんど含まない場合は MATCHING
を少なくとってください。	
 	
  WETVDW/WETASA/WETELE/WETHYD/WETAHB は、総スコアを計算するときの、van	
 der	
 Waals 相
互作用項、ASA 項、静電項、水素結合項、水素結合の方向を考慮した水素結合項の重みの指定です。EVALHB は、水素結合の方向を考慮した水素結合の計算の指定、ROTLOH は、ドッキ

myPresto 5.0

32	
 
	
 

ング後に、－OH 基を回転させて構造探索をするかどうかを指定します。ROTPSC は、ドッキ
ング後に蛋白質側の側鎖を回転させて、蛋白質側の構造変化も考慮したフレキシブルドッ
キングを行なうかどうかを指定します。MOVNUM は、リガンドドッキング後に、x,	
 y,	
 z 軸方
向に 0.5Åの範囲でランダムに構造探索を行いますが、その回数の指定です。	
 	
  MIN フェーズでは、リガンドドッキングの後、もっともらしい構造について最急勾配法(METHOD=STEEP)または、共役勾配法(METHOD=CONJ)で、エネルギー最小化を行なう指定です。
このフェーズでの指定は cosgene の MIN フェーズと同じです。	
 	
  OUTPUT フェーズでは、ドッキング結果の出力を指定します。ドッキングスコア上位の
CANDID 個について、ファイル出力形式(COORDI=MOL2)で指定した形式で、出力ファイル名(NAMECO)に座標を出力します。ドッキングスコアそのものは、SCOREN で指定した個数を、
NAMESC で指定したファイルに出力します。	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0     32  

33	 ■入力ファイルの例	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

PHASE> INPUT
LIGAND =NAMELI =REFERE =NAMERE =TOPOLO =NAMETO =COORDI =NAMECO =POINTC =NAMEPO =MOL2
Lig_es_1.mol2 ; リガンドの座標位置ファイル
MOL2
lig_ref.mol2 ; リガンドの参照位置ファイル
FORM
Pro.tpl ; 蛋白側のトポロジー
PDB
Pro_md.pdb ; 蛋白側の座標
PDB
point.pdb; ポケット領域を示すプローブ点

SETTAR = NOREDAMPPA = 1.0d0
QUIT;; gird generation and Hash table generation;
PHASE> GRID
GRIDPOtential= NORE ; BINA ; Grid ポテンシャル入力
NAMEGRid= grid.file; Grid ポテンシャルファイル名
OUTGRIdpotential = NOWR
; Grid ポテンシャル出力
PROBDIst = 6.5 ; プローブ点から PROBDIST 内のレセプター原子を対象にする。
MARGIN= 6.5 ; Grid 生成時の、探索ポケット周辺にとるマージン
ITERAT= 3; Grid ポテンシャルのスムージングの繰り返し回数
RADVDW= 0.6 ; vDW ポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADELE= 0.6 ; クーロンポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADMESh = 1.4 ; mesh 点生成のプローブ半径	 DAMPVW = 0.99d0

	
 USEPBG = NO

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

QUIT
;
PHASE> CONF
CONFLImit
CONFORmernumber
SORTATomDAMPINg
PHASETorsion
ROTTER
QUIT; no use of PB= 100000
= 100
= YES
= 0.7
= 3
= YES

; 配座生成の試行最大数; 生成する配座数(リガンドを変形); 出力ファイルの原子順を変える; 配座候補の原子間距離のダンピングファクター; conformer 生成時の torsion 回転候補の個数

	
 
	
 
	
 
	
 
（つづく）	
 myPresto 5.0

34	
 
	
 

（つづき）	
 PHASE> DOCKMETHOD
GENERAtionNUMCONFomer
MATCHING =LOWMIN=LOWMAX=UPRMIN=UPRMAX== FLEXPROSUR = HYDR
= 1
; 絞込みの回数= 1000 ; リガンドの接合面三角形数
4; ３角形の原子タイプの適合度
2.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最小値
3.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最大値
5.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最小値
12.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最大値

WETVDW= 1.0 ; 総合スコア計算時の各項の重み
WETASA= 1.0
WETELE= 3.2
WETHYD= 1.2
RADIUS= 6.0 ; リガンド分子ドッキングの後 標的原子（座標）から RADIUS 内; に存在するリガンドの原子の数を数える。
EVALHB = NO
WETANH = 1.0d0
ROTLOH = YESROTPSC = NO
MOVNUM = 100 CANDID= 10
QUIT
EXE> MINMETHOD= STEEPCPUTIM = 360000.0
UPRATE= 1.0
DOWNRATE= 0.3
LOOPLI= 50
UPDATE = 20
MONITO= 50
CONVGR = 0.1D0
CUTMET= RESA
CUTLEN = 22.0D0
DIEFUN= DISTDIEVAL = 16.0D0
LOGFOR= SHORQUIT
PHASE> OUTPUT
COORDInate= MOL2; リガンド座標のファイル出力形式
NAMECOordinate = ex.cor; 各実験でのリガンド座標ファイル名
CANDIDatenumber= 3; 各実験でのリガンド座標を出力する上位スコア数
SCORENumber= 3; score ファイルに出力する上位スコア数
NAMESCore= ex.score; score ファイル名
QUIT
EXE> SIEV

myPresto 5.0     34  

35	 ■実行結果出力例（標準出力）	
 
実行結果の標準出力の末尾は、以下のようになります。全スコア(SCORE)、⊿G スコア（dG）、
hit-optimized	
 スコア（HIT)、MTS スコア（MTS）、回転可能結合数（rotNum）、ASA 項(ASA)、
静電項(ELE)、水素結合項(HYD)、van	
 der	
 Waals 項(VDW)、リガンド分子の accessible	
 surfaceの何％が受容体との結合に埋まっているか(SURFACE)、参照座標との水素原子を除いた重ね合わせのずれ（RMSD、Å）(RMSD)が表示されます。また、各フェーズに要した CPU 時間などが表示されます。	
 	 INFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING	 INFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING :EXPERIMENT ID=1	 INFORMATION> LOCAL SCORE RANKING

3

	
 
	
 COMPOUND NAME : conf1.mol2
	
 FILE NAME

: Lig_es_1.mol2	 	  SCORE(/100) dG
HIT
MTS
rotNum
ASA
	
 
@
1
-2.70
-7.33 -71.60 -260.69
1-232.43	  2 -2.66 -7.16 -69.10 -255.77@
1-233.92

ELE

HYD

VDW

SURFACE

RMSD

-2.73

-33.19

-1.62

84.50

1.00

-0.91

-29.32

-1.58

85.80

1.09

	
  3
@

-2.29

-33.02

-1.70

85.04

0.97

-2.65

-7.19

-69.57-255.851-227.70	 	 REFERENCE COORDINATE DATA

	
 -233.23 -210.82

1.23-23.64	 	
 INFORMATION> ALL EXPERIMENT FINISHED

	
 
	
 

INFORMATION> COMPOUND RANKING

1

	
 
	
 

COMPOUND NAME	  1 conf1.mol2

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

-2.70

-7.33

-71.60-260.69

	 	
  TOTAL EXPERIMENT NUMBER :	  TOTAL TRIAL NUMBER:	  TOTAL CPU TIME(S) :
	
 

1
904

1416.448（つづく）	 	 	 myPresto 5.0

36	
 
	
 

（つづき）	
 INPUT:

21.42383

GRID:

1369.997

CONF:

3.9062500E-03

DOCK

:

0.1435547

myPresto 5.0     36  

37	 ■実行結果出力例（スコアファイル）	
 NAMESC で指定したスコアファイルの出力は以下のとおりです。各項の定義は標準出力と同じです。最初に、幾何学ハッシュによるドッキング結果、次にエネルギー最小化後のドッキング結果、最後にもう一度、最終結果を表示します。最終結果は、エネルギー最小化を行
なっていなければ幾何学ハッシュによるドッキング結果を、エネルギー最小化を行なっていればエネルギー最小化後のドッキング結果になります。	
 INFORMATION> BEFORE MINIMIZE RANKING :EXPERIMENT ID=1
INFORMATION> LOCAL SCORE RANKINGSCORE(/100)

3

dG

HIT

MTS

rotNum

ASA

ELE

HYD

VDW

SURFACE

RMSD

1

-2.29

-6.23

-53.03-223.131-205.27

3.91-27.76

0.00

0.00

5.86

2

-2.26

-6.17

-52.03-220.841-202.19

4.00-28.23

0.00

0.00

6.03

3

-2.19

-5.89

-53.12-211.431-199.92

2.81-22.01

0.00

0.00

1.01

REFERENCE COORDINATE DATA
-233.23 -210.82

1.23-23.64

INFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING :EXPERIMENT ID=1
INFORMATION> LOCAL SCORE RANKING

3COMPOUND NAME : conf1.mol2
FILE NAME: Lig_es_1.mol2

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

rotNum

ASA

ELE

HYD

VDW

SURFACE

RMSD

@

1

-2.70

-7.33

-71.60-260.691-232.43-2.73-33.19

-1.62

84.50

1.00

@

2

-2.66

-7.16

-69.10-255.771-233.92-0.91-29.32

-1.58

85.80

1.09

@

3

-2.65

-7.19

-69.57-255.851-227.70-2.29-33.02

-1.70

85.04

0.97

REFERENCE COORDINATE DATA
-233.23 -210.82

1.23-23.64

INFORMATION> COMPOUND RANKING

	
 
	
 

COMPOUND NAME
1 conf1.mol2

1

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

-2.70

-7.33

-71.60-260.69

myPresto 5.0

38	
 
	
 

■実行結果出力例（座標ファイル）	
 	  OUTPUT フェーズ NAMECO によって指定されるドッキング後のリガンドの座標出力は以下のようになります。	
 （ａ）PDB 形式による出力（COORDI=	
 PDB	
 のとき）	
 ファイル先頭には、全スコアと各項の結果、以下、リガンドの座標出力が行なわれますが、残基名は LGD に固定されています。この座標を、入力受容体座標と直接結合すれば、受容体―リガンド複合体の座標となります。	
 REMARK

conf1.mol2

1

of

REMARKSCORE =

-269.9679

REMARK

dG-SCORE =-7.3270

REMARK

HIT-OPTIMIZED SCORE =-71.6039

REMARKMTS SCORE =-260.6920

REMARKASA =-232.4291

REMARK

ELE =-2.7309

REMARK

HYD =-33.1914

REMARK

VDW =-1.6165

REMARKRMSD =

1.0006

3

ATOM

1

H

LGD

1

14.48337.09634.845

ATOM

2

C

LGD

1

13.73937.11435.656

ATOM

3

H

LGD

1

14.02736.38736.431

ATOM

4

C

LGD

1

13.76638.53836.271

ATOM

5

O

LGD

1

12.97439.52936.222

ATOM

6

O

LGD

1

14.76838.85336.954

ATOM

7

C

LGD

1

12.45436.62835.048

ATOM

8

C

LGD

1

11.42335.86635.673

ATOM

9

H

LGD

1

11.56135.49036.683

ATOM

10

C

LGD

1

10.19935.59534.972

ATOM

11

H

LGD

1

9.431

35.00835.449

ATOM

12

C

LGD

1

9.988

36.11133.689

ATOM

13

H

LGD

1

9.043

35.95633.187

ATOM

14

C

LGD

1

11.06036.87033.105

ATOM

15

C

LGD

1

12.31337.00933.714

ATOM

16

H

LGD

1

13.15637.37533.155

ATOM

17

N

LGD

1

10.89337.60731.942

ATOM

18

O

LGD

1

11.43038.66231.685

ATOM

19

O

LGD

1

10.13437.04231.184

myPresto 5.0  	    38  

39	 （ｂ）mol2 形式による出力（COORDI=	
 MOL2	 のとき）	
 ファイル先頭には、全スコアと各項の結果、以下、リガンドの座標出力が行なわれます。
リガンドの情報は、<MOLECULE>、<ATOM>、<BOND>セクションが記載されます。	
 #conf1.mol2

1

of

#

SCORE =

-269.9679#

dG-SCORE =-7.3270#

HIT-OPTIMIZED SCORE =-71.6039#

MTS SCORE =-260.6920

#

ASA =

-232.4291

#

ELE =

-2.7309#

HYD =-33.1914#

VDW =-1.6165#

RMSD =

1.0006

3@<TRIPOS>MOLECULE
conf1.mol2
19

19

0

0

0

SMALL
NO_CHARGES@<TRIPOS>ATOM
1 H

14.4832

37.0962

34.8446 H

0 <1>0.00182 C

13.738737.114135.6561 C.3

0 <1>-0.09133 H

14.026736.3870

36.4311 H

0 <1>0.00184 C

13.7659

38.537836.2714 C.2

0 <1>

0.9634

5 O

12.9736

39.529336.2221 O.co2

0 <1>-0.8700

6 O

14.768138.8530

36.9543 O.co2

0 <1>-0.8700

7 C

12.454436.628535.0477 C.ar

0 <1>

0.0677

8 C

11.422835.8656

35.6730 C.ar

0 <1>

-0.1545

9 H

11.561035.489936.6831 H

0 <1>0.1531

10 C

10.199335.5948

34.9716 C.ar

0 <1>

-0.1906

11 H

9.431035.008135.4491 H

0 <1>0.142912 C

9.988236.110733.6891 C.ar

0 <1>

-0.1982

13 H

9.043535.9563

33.1867 H

0 <1>0.1532	 （つづく）	 	 	 myPresto 5.0

40	
 
	
 

（つづき）	
 14 C

11.0604

36.870333.1052 C.ar

0 <1>

0.018915 C

12.313437.0092

33.7138 C.ar

0 <1>

-0.1494

16 H

13.1560

37.3747

33.1546 H

0 <1>0.226917 N

10.8933

37.6067

31.9419 N.pl3

0 <1>

0.782418 O

11.4300

38.661631.6850 O.co2

0 <1>-0.4940

19 O

10.133937.0415

31.1844 O.co2

0 <1>-0.4940@<TRIPOS>BOND
1

1

2

1

2

2

3

1

3

2

4

1

4

2

7

1

5

4

5

1

6

4

6

2

7

7

8

ar

8

7

15

ar

9

8

9

1

10

8

10

ar

11

10

11

1

12

10

12

ar

13

12

13

1

14

12

14

ar

15

14

15

ar

16

14

17

1

17

15

16

1

18

17

18

1

19

17

19

2

#MOLECULE END

	
 
	
 

myPresto 5.0     40  

41	 （２）グリッドポテンシャルの生成と、ドッキングを別々に行なう方法

標的受容体に対し、多数の化合物をドッキングする場合、標的受容体のグリッドポテンシャ
ルを生成してファイルに保存しておき、化合物のドッキング計算をあらかじめ生成しておいたグリッドポテンシャルを用いて行なうのが効率的です。	
 	 【グリッドポテンシャルのみを発生し、ファイル保存する】

INPUT フェーズ、GRID フェーズの指定は（１）での指定と同様で、CONF/DOCK/MIN/OUTPUT
フェーズの指定は不要です。出力するグリッドポテンシャルのファイル名(NAMEGR)と、ファイル書式(OUTGRI)を指定します。	
 	
 sievgene/sievgene_M の実行：	
 入力ファイルを grid_make.inp とします。	
 %	
 (path)/sievgene_sc	 <	
 grid_make.inp	 %	
 (path)/sievgene_dk	
 <	
 grid_make.inp	 %	
 (path)/sievgene_M	 <	
 grid_make.inp	 %	
 (path)/sievgene_M_serial	
 <	
 grid_make.inp	
 sievgene_M を実行する前には、環境変数 OMP_NUM_THREADS にスレッド数を設定してくださ
い。	
 
	
 
【注意】グリッドポテンシャルのみを発生させる（CONF/DOCK/MIN/OUTPUT フェーズ指定をしない）場合、入力ファイルへの「EXE>	
 SIEV」の記述は不要です。	
 この場合に「EXE>	
 SIEV」を指定すると、グリッドポテンシャル出力の後、以下のような
エラーメッセージを出力します。	
 INFORMATION> WRITE GRID POTENTIAL BINARY FORM:
FILE NAME :grid_file------------------------------------------------------------------------------Error!! : FILE NOT FOUND: input ligand reference mol2 file: FILE NAME=""

myPresto 5.0

42	
 
	
 

■入力ファイル（grid_make.inp）	
 PHASE> INPUTTOPOLO =NAMETO =COORDI =NAMECO =POINTC =NAMEPO =FORM
Pro.tpl
PDB
Pro_md.pdb
PDB
point.pdb; 蛋白側のトポロジー; 蛋白側の座標; ポケット領域を示すプローブ点

SETTAR = NOREDAMPPA = 1.0d0
QUIT;; gird generation and Hash table generation;
PHASE> GRID
GRIDPOtential= NORE; Grid ポテンシャル入力
NAMEGRid= grid.file; Grid ポテンシャルファイル名
OUTGRIdpotential = BINA
; Grid ポテンシャル出力
PROBDIst = 6.5 ; プローブ点から PROBDIST 内のレセプター原子を対象にする。
MARGIN= 6.5 ; Grid 生成時の、探索ポケット周辺にとるマージン
ITERAT= 3; Grid ポテンシャルのスムージングの繰り返し回数
RADVDW= 0.6 ; vDW ポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADELE= 0.6 ; クーロンポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADMESh = 1.4 ; mesh 点生成のプローブ半径
DAMPVW = 0.99d0
USEPBG = NO

; no use of PBPBGRID = BINAOUTPBG = NOWR
NAMEPB = pb.file
NMESHX = 100
NMESHY = 100
NMESHZ = 100
MARGPB = 5.0d0
KAPPAV = 0.0d0
DIESOL = 78.5d0
DIEPRO = 4.0d0
DIEINT = 78.5d0
DIEVAC = 1.0d0
ACCELE = 1.6d0
CPUTIM = 10800
QUIT; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB

myPresto 5.0     42  

43	 【既に生成したグリッドポテンシャルを利用して、ドッキングのみを行なう】

	 
基本的な指定は（１）と変わりません。GRID フェーズにおいて、入力グリッドファイル
名(NAMEGR)、グリッドファイル書式指定(GRIDPO)をします。グリッドポテンシャルを出力しないので、OUTGRI=NOWR を指定します。	
 
	
 
	
 
sievgene の実行：	
 入力ファイルを restart_run.inp とします。	
 	 %	 (path)/sievgene_sc	 <	
 restart_run.inp	 %	
 (path)/sievgene_dk	
 <	
 restart_run.inp	 %	
 (path)/sievgene_M	 <	
 restart_run.inp	 %	
 (path)/sievgene_M_serial	 <	
 restart_run.inp	
 sievgene_M を実行する前には、環境変数 OMP_NUM_THREADS にスレッド数を設定してください。	
 
出力ファイルなどは、（１）と変わりません。	
 	
 myPresto 5.0

44	
 
	
 

■入力ファイル（restart_run.inp）	
 PHASE> INPUT
LIGAND =NAMELI =REFERE =NAMERE =TOPOLO =NAMETO =COORDI =NAMECO =POINTC =NAMEPO =MOL2
Lig_es_1.mol2 ; リガンドの座標位置ファイル
MOL2
lig_ref.mol2 ; リガンドの参照位置ファイル
FORM
Pro.tpl ; 蛋白側のトポロジー
PDB
Pro_md.pdb ; 蛋白側の座標
PDB
point.pdb; ポケット領域を示すプローブ点

SETTAR = NOREDAMPPA = 1.0d0
QUIT;; gird generation and Hash table generation;
PHASE> GRID
GRIDPOtential= BINA; Grid ポテンシャル入力
NAMEGRid= grid_file; Grid ポテンシャルファイル名
OUTGRIdpotential = NOWR
; Grid ポテンシャル出力
PROBDIst = 6.5 ; プローブ点から PROBDIST 内のレセプター原子を対象にする。
MARGIN= 6.5 ; Grid 生成時の、探索ポケット周辺にとるマージン
ITERAT= 3; Grid ポテンシャルのスムージングの繰り返し回数
RADVDW= 0.6 ; vDW ポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADELE= 0.6 ; クーロンポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADMESh = 1.4 ; mesh 点生成のプローブ半径
DAMPVW = 0.99d0
USEPBG = NO

; no use of PBPBGRID = BINAOUTPBG = NOWR
NAMEPB = #NAMEPB#NMESHX = 100
NMESHY = 100
NMESHZ = 100
MARGPB = 5.0d0
KAPPAV = 0.0d0
DIESOL = 78.5d0
DIEPRO = 4.0d0
DIEINT = 78.5d0
DIEVAC = 1.0d0
ACCELE = 1.6d0
CPUTIM = 10800
QUIT; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB;

（つづく）	
 myPresto 5.0  	 	    44  

45	 （つづき）	
 PHASE> CONF
CONFLImit= 100000; 配座生成の試行最大数
CONFORmernumber = 100; 生成する配座数(リガンドを変形)
SORTATom= YES; 出力ファイルの原子順を変える
DAMPINg= 0.7; 配座候補の原子間距離のダンピングファクター
PHASETorsion= 3; conformer 生成時の torsion 回転候補の個数
ROTTER= YES
QUIT
PHASE> DOCKMETHOD= FLEX
GENERAtion= 1; 絞込みの回数
NUMCONFomer = 1000 ; リガンドの接合面三角形数
MATCHING = 4; ３角形の原子タイプの適合度
LOWMIN= 2.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最小値
LOWMAX= 3.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最大値
UPRMIN= 5.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最小値
UPRMAX= 12.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最大値
WETVDW= 1.0
WETASA= 1.0
WETELE= 1.0
WETHYD= 1.0
RADIUS= 6.0; 総合スコア計算時の各項の重み; リガンド分子ドッキングの後 標的原子（座標）から RADIUS 内; に存在するリガンドの原子の数を数える。

EVALHB = NO
WETANH = 1.0d0
ROTLOH = NOROTPSC = NO
MOVNUM = 10
QUIT
EXE> MINMETHOD= STEEPUPRATE= 1.0
LOOPLI= 100
MONITO= 100
CUTMET= RESADIEFUN= DISTLOGFOR= SHORBESTFI= YES
QUIT
PHASE> OUTPUT
COORDInate= MOL2
NAMECOordinate = ex.cor
CANDIDatenumber= 10
SCORENumber= 10
NAMESCore= ex.score
QUIT

CPUTIM =DOWNRATE=UPDATE =CONVGR =CUTLEN =DIEVAL =360000.0
0.3
20
0.1D0
22.0D0
4.0D0; リガンド座標のファイル出力形式; 各実験でのリガンド座標ファイル名; 各実験でのリガンド座標出力する上位スコア数; score ファイルに出力する上位スコア数; score ファイル名

EXE> SIEV	 myPresto 5.0

46	
 
	
 

2.2

オプションの組み合わせ	  	 	  sievgene では、入力ファイルで指定するオプションの組み合わせが実行時間やドッキングの精度に大きく影響します。	
 	
  組み合わせ方法は多岐にわたりますが、ここでは代表的な３例について説明します。	
 	 （１）fast	 version	 	
 ：実行時間を最優先する計算方法	
 （２）moderate	 version	
 ：実行時間、ドッキング精度とも重視する計算方法	
 （３）precise	 version	 	
 ：ドッキング精度を最優先する計算方法	
 	 	  これらの３例では、下表のオプションの組み合わせにより、目的に合った計算を行ってい
ます。	
 
	
 
指定方法
フェーズ

CONF フェーズ

オプション

（１）

（２）

（３）

fast version

moderate version

precise version

ATMMDL

UNIT

ALL

ALL

DOCKSP

FAST

NORM

NORM

CANDID

10

100

100

MATCHI

320

LOWMIN

2.5

2.5

1.0

LOWMAX

3.5

3.5

1.2

UPMIN

5.0

5.0

8.0

DOCK フェーズ	 （１）fast	 version	 	  この方法は、他の方法と比べてドッキング精度はやや落ちるものの、極めて短い時間でのドッキング計算を可能とするものです。	
 	
  実行時間を優先するため、原子モデルは united	  atom	  model を使用し（ATMMDL=	  UNIT）、
蛋白とリガンドの重ね合わせの際に、重ね合わせの対象外となる原子を計算対象から除外
する計算方法を使用します（DOCKSP=	 FAST）。	
 	  また、ローカルサーチの対象数を 10 とすることで（CANDID=	
 10）、ローカルサーチの実行
時間も短縮します。	
 更に、結合面の原子タイプ適合度 3 とし（MATCH=	
 3）、接合面の辺の長さの範囲をデフォ
ルトよりやや狭めることで（LOWMIN=	
 2.5,	
 LOWMAX=	
 3.5,	 UPMIN=	
 5.0）、実行時間を短縮し
ます。	
 
	
 
■入力ファイル	 myPresto 5.0     46  

47	 PHASE> INPUT
LIGAND =NAMELI =REFERE =NAMERE =TOPOLO =NAMETO =COORDI =NAMECO =POINTC =NAMEPO =ASAMETSETTAR
DAMPPA
QUIT

=
=
=

MOL2
Lig_es_1.mol2 ; リガンドの座標位置ファイル
MOL2
lig_ref.mol2 ; リガンドの参照位置ファイル
FORM
Pro.tpl; 蛋白側のトポロジー
PDB
Pro_md.pdb; 蛋白側の座標
PDB
point.pdb; ポケット領域を示すプローブ点
PAIR
NORE
1.0d0

; ASA 計算方法;
; gird generation and Hash table generation;
PHASE> GRID
GRIDPOtential= BINA; Grid ポテンシャル入力
NAMEGRid= grid_file; Grid ポテンシャルファイル名
OUTGRIdpotential = NOWR
; Grid ポテンシャル出力
PROBDIst = 6.5 ; プローブ点から PROBDIST 内のレセプター原子を対象にする。
MARGIN= 6.5 ; Grid 生成時の、探索ポケット周辺にとるマージン
ITERAT= 3; Grid ポテンシャルのスムージングの繰り返し回数
RADVDW= 0.6 ; vDW ポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADELE= 0.6 ; クーロンポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADMESh = 1.4 ; mesh 点生成のプローブ半径
DAMPVW = 0.99d0
USEPBG = NO

; no use of PBPBGRID = BINAOUTPBG = NOWR
NAMEPB = pb.file
NMESHX = 100
NMESHY = 100
NMESHZ = 100
MARGPB = 5.0d0
KAPPAV = 0.0d0
DIESOL = 78.5d0
DIEPRO = 4.0d0
DIEINT = 78.5d0
DIEVAC = 1.0d0
ACCELE = 1.6d0
CPUTIM = 10800
QUIT; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB
; for PB	 （つづく）	 	 	 myPresto 5.0

48	
 
	
 

（つづき）	
 PHASE> CONF
ATMMDL= UNIT; 原子モデル指定
CONFLImit= 100000; 配座生成の試行最大数
CONFORmernumber = 100; 生成する配座数(リガンドを変形)
SORTATom= YES; 出力ファイルの原子順を変える
DAMPINg= 0.7; 配座候補の原子間距離のダンピングファクター
PHASETorsion= 3; conformer 生成時の torsion 回転候補の個数
ROTTER= YES
QUIT
PHASE> DOCKMETHOD= FLEX ; ドッキング方法 ( rigid | flexible )DOCKSP= FAST ; ドッキング方法 ( normal | fast )CANDID= 10; ローカルサーチ対象数
GENERAtion= 1; 絞込みの回数
NUMCONFomer = 1000 ; リガンドの接合面三角形数
MATCHING = 3; ３角形の原子タイプの適合度
LOWMIN= 2.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最小値
LOWMAX= 3.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最大値
UPRMIN= 5.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最小値
UPRMAX= 12.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最大値
WETVDW= 1.0
WETASA= 1.0
WETELE= 1.0
WETHYD= 1.0
WETANH= 1.0
RADIUS= 6.0; 総合スコア計算時の各項の重み; リガンド分子ドッキングの後 標的原子（座標）から RADIUS 内; に存在するリガンドの原子の数を数える。

EVALHB = NOROTLOH = NOROTPSC = NO
MOVNUM = 10
QUIT
EXE> MINMETHOD= STEEPUPRATE= 1.0
LOOPLI= 100
MONITO= 100
CUTMET= RESADIEFUN= DISTLOGFOR= SHORBESTFI= YES
QUIT
PHASE> OUTPUT
COORDInate= MOL2
NAMECOordinate = ex.cor
CANDIDatenumber= 3
SCORENumber= 3
NAMESCore= ex.score
QUIT
EXE> SIEVCPUTIM =DOWNRATE=UPDATE =CONVGR =CUTLEN =DIEVAL =360000.0
0.3
20
0.1D0
22.0D0
4.0D0; リガンド座標のファイル出力形式; 各実験でのリガンド座標ファイル名; 各実験でのリガンド座標を出力する上位スコア数; score ファイルに出力する上位スコア数; score ファイル名	 myPresto 5.0     48  

49	 （２）moderate	 version	 	  この方法は、ドッキング精度、実行時間の双方を重視する計算方法です。	
 	
  ドッキング精度を保つため、原子モデルは all	 atom	 model を使用し（ATMMDL=	
 ALL）、蛋白とリガンドの重ね合わせの際に、重ね合わせの対象外となる原子を計算対象から除外しない計算方法を使用します（DOCKSP=	 NORM）。	
 	  また、ローカルサーチの対象数を 100 とすることでも（CANDID=	
 100）ドッキング精度を維持します。	
 一方、結合面の原子タイプ適合度 2 とし（MATCH=	
 2）、接合面の辺の長さの範囲をデフォ
ルトよりやや狭めることで（LOWMIN=	
 2.5,	
 LOWMAX=	
 3.5,	 UPMIN=	
 5.0）、実行時間を短縮し
ます。	
 
	
 

■入力ファイル	 PHASE> INPUT
LIGAND =NAMELI =REFERE =NAMERE =TOPOLO =NAMETO =COORDI =NAMECO =POINTC =NAMEPO =ASAMETSETTAR
DAMPPA
QUIT

=
=
=

MOL2
Lig_es_1.mol2 ; リガンドの座標位置ファイル
MOL2
lig_ref.mol2 ; リガンドの参照位置ファイル
FORM
Pro.tpl; 蛋白側のトポロジー
PDB
Pro_md.pdb; 蛋白側の座標
PDB
point.pdb; ポケット領域を示すプローブ点
PAIR
NORE
1.0d0

; ASA 計算方法;
; gird generation and Hash table generation;
PHASE> GRID
GRIDPOtential= BINA; Grid ポテンシャル入力
NAMEGRid= grid_file; Grid ポテンシャルファイル名
OUTGRIdpotential = NOWR
; Grid ポテンシャル出力
PROBDIst = 6.5 ; プローブ点から PROBDIST 内のレセプター原子を対象にする。
MARGIN= 6.5 ; Grid 生成時の、探索ポケット周辺にとるマージン
ITERAT= 3; Grid ポテンシャルのスムージングの繰り返し回数
RADVDW= 0.6 ; vDW ポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADELE= 0.6 ; クーロンポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADMESh = 1.4 ; mesh 点生成のプローブ半径
DAMPVW = 0.99d0
USEPBG = NO

; no use of PB	 （つづく）	 	
 myPresto 5.0

50	
 
	
 

（つづき）	
 PHASE> CONF
ATMMDL= ALL; 原子モデル指定
CONFLImit= 100000; 配座生成の試行最大数
CONFORmernumber = 100; 生成する配座数(リガンドを変形)
SORTATom= YES; 出力ファイルの原子順を変える
DAMPINg= 0.7; 配座候補の原子間距離のダンピングファクター
PHASETorsion= 3; conformer 生成時の torsion 回転候補の個数
ROTTER= YES
QUIT
PHASE> DOCKMETHOD= FLEX ; ドッキング方法 ( rigid | flexible )DOCKSP= NORM ; ドッキング方法 ( normal | fast )CANDID= 100 ; ローカルサーチ対象数
GENERAtion= 1; 絞込みの回数
NUMCONFomer = 1000 ; リガンドの接合面三角形数
MATCHING = 2; ３角形の原子タイプの適合度
LOWMIN= 2.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最小値
LOWMAX= 3.5; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最大値
UPRMIN= 5.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最小値
UPRMAX= 12.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最大値
WETVDW= 1.0
WETASA= 1.0
WETELE= 1.0
WETHYD= 1.0
WETANH= 1.0
RADIUS= 6.0; 総合スコア計算時の各項の重み; リガンド分子ドッキングの後 標的原子（座標）から RADIUS 内; に存在するリガンドの原子の数を数える。

EVALHB = NOROTLOH = NOROTPSC = NO
MOVNUM = 10
QUIT
EXE> MINMETHOD= STEEPUPRATE= 1.0
LOOPLI= 100
MONITO= 100
CUTMET= RESADIEFUN= DISTLOGFOR= SHORBESTFI= YES
QUIT
PHASE> OUTPUT
COORDInate= MOL2
NAMECOordinate = ex.cor
CANDIDatenumber= 3
SCORENumber= 3
NAMESCore= ex.score
QUIT
EXE> SIEVCPUTIM =DOWNRATE=UPDATE =CONVGR =CUTLEN =DIEVAL =360000.0
0.3
20
0.1D0
22.0D0
4.0D0; リガンド座標のファイル出力形式; 各実験でのリガンド座標ファイル名; 各実験でのリガンド座標を出力する上位スコア数; score ファイルに出力する上位スコア数; score ファイル名	 myPresto 5.0     50  

51	 （３）precise	 version	 	  この方法は、他の方法と比べて長い実行時間を要するものの、極めて精度の高いドッキン
グ計算を可能とするものです。	
 	  ドッキング精度を保つため、、原子モデルは all	 atom	 model を使用し（ATMMDL=	
 ALL）、蛋白とリガンドの重ね合わせの際に、重ね合わせの対象外となる原子を計算対象から除外しない計算方法を使用します（DOCKSP=	 NORM）。	
 	  また、ローカルサーチの対象数を 100 とすることでも（CANDID=	
 100）ドッキング精度を維持します。	
 さらに、結合面の原子タイプ適合度 0 とし（MATCH=	
 0）、接合面の辺の長さの範囲をデフ
ォルトより広くすることで（LOWMIN=	
 1.0,	
 LOWMAX=	
 1.2,	 UPMIN=	
 8.0）、ドッキング精度の向上を図ります。	
 	 ■入力ファイル	 PHASE> INPUT
LIGAND =NAMELI =REFERE =NAMERE =TOPOLO =NAMETO =COORDI =NAMECO =POINTC =NAMEPO =ASAMETSETTAR
DAMPPA
QUIT

=
=
=

MOL2
Lig_es_1.mol2 ; リガンドの座標位置ファイル
MOL2
lig_ref.mol2 ; リガンドの参照位置ファイル
FORM
Pro.tpl; 蛋白側のトポロジー
PDB
Pro_md.pdb; 蛋白側の座標
PDB
point.pdb; ポケット領域を示すプローブ点
PAIR
NORE
1.0d0

; ASA 計算方法;
; gird generation and Hash table generation;
PHASE> GRID
GRIDPOtential= BINA; Grid ポテンシャル入力
NAMEGRid= grid_file; Grid ポテンシャルファイル名
OUTGRIdpotential = NOWR
; Grid ポテンシャル出力
PROBDIst = 6.5 ; プローブ点から PROBDIST 内のレセプター原子を対象にする。
MARGIN= 6.5 ; Grid 生成時の、探索ポケット周辺にとるマージン
ITERAT= 3; Grid ポテンシャルのスムージングの繰り返し回数
RADVDW= 0.6 ; vDW ポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADELE= 0.6 ; クーロンポテンシャルの内外領域の界面の設定
RADMESh = 1.4 ; mesh 点生成のプローブ半径
DAMPVW = 0.99d0
USEPBG = NO（つづく）	 ; no use of PB

	
 
	
 

myPresto 5.0

52	
 
	
 

（つづき）	
 PHASE> CONF
ATMMDL= ALL; 原子モデル指定
CONFLImit= 100000; 配座生成の試行最大数
CONFORmernumber = 100; 生成する配座数(リガンドを変形)
SORTATom= YES; 出力ファイルの原子順を変える
DAMPINg= 0.7; 配座候補の原子間距離のダンピングファクター
PHASETorsion= 3; conformer 生成時の torsion 回転候補の個数
ROTTER= YES
QUIT
PHASE> DOCKMETHOD= FLEX ; ドッキング方法 ( rigid | flexible )DOCKSP= NORM ; ドッキング方法 ( normal | fast )CANDID= 100 ; ローカルサーチ対象数
GENERAtion= 1; 絞込みの回数
NUMCONFomer = 1000 ; リガンドの接合面三角形数
MATCHING = 0; ３角形の原子タイプの適合度
LOWMIN= 1.0; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最小値
LOWMAX= 1.2; Hash 表と比較する原子間距離の下限の最大値
UPRMIN= 8.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最小値
UPRMAX= 12.0; Hash 表と比較する原子間距離の上限の最大値
WETVDW= 1.0
WETASA= 1.0
WETELE= 1.0
WETHYD= 1.0
WETANH= 1.0
RADIUS= 6.0; 総合スコア計算時の各項の重み; リガンド分子ドッキングの後 標的原子（座標）から RADIUS 内; に存在するリガンドの原子の数を数える。

EVALHB = NOROTLOH = NOROTPSC = NO
MOVNUM = 10
QUIT
EXE> MINMETHOD= STEEPUPRATE= 1.0
LOOPLI= 100
MONITO= 100
CUTMET= RESADIEFUN= DISTLOGFOR= SHORBESTFI= YES
QUIT
PHASE> OUTPUT
COORDInate= MOL2
NAMECOordinate = ex.cor
CANDIDatenumber= 3
SCORENumber= 3
NAMESCore= ex.score
QUIT
EXE> SIEV

myPresto 5.0  

CPUTIM =DOWNRATE=UPDATE =CONVGR =CUTLEN =DIEVAL =360000.0
0.3
20
0.1D0
22.0D0
4.0D0; リガンド座標のファイル出力形式; 各実験でのリガンド座標ファイル名; 各実験でのリガンド座標を出力する上位スコア数; score ファイルに出力する上位スコア数; score ファイル名

   52  

53	
 
	
 

A

入出力ファイル

	
 
	
 
	
 
A.1 ドッキングエンジンの入出力ファイル	  ドッキングエンジンは、以下の目的でファイルの入出力を行います。	
 	
  (1)シミュレーション条件の指定	 	
  (2)シミュレーション状態の保存	
 	
  (3)シミュレーション結果の出力	 	 	  これらのファイルを総称して入出力ファイルと呼びます。	
 A.1.1 フェーズの説明	  ドッキングエンジンは、以下のフェーズでファイルの入出力を行います。	
 	 	  (1)INPUT フェーズ	 	  	  系のトポロジー、座標、シミュレーション条件などのファイルの入力	
 。	
 
	
 
	
  (2)OUTPUT フェーズ	 	  	  シミュレーション後のスコア情報、リガンド Conformer の座標のファイル出力。	
 	 	  (3)GRID フェーズ	
 	  	  蛋白質ポケット部分のグリッドポテンシャルの生成。	
 	 	  (4)CONF フェーズ	 	  	  リガンドの Conformer の生成。	
 	 	  (5)DOCK フェーズ	 	  	  系のドッキングシミュレーション。	
 	 	  (6)MIN フェーズ	 	  	  系のポテンシャルエネルギーの最小化。	
 	
 myPresto 5.0

54	
 
	
 

A.2 入力ファイル	  ドッキングエンジンの入力ファイルを以下に示します。	
 項番

ファイル名称#1

制御ファイル

#2

対象

用途
-

ドッキングエンジンの制御

トポロジーファイル全フェーズ

蛋白質のトポロジー指定#3

座標ファイル

全フェーズ	
 蛋白質原子、ポケット点の座標指定#4

リスタートファイル

全フェーズ	
 リスタート情報の指定#5

探索対象指定ファイル

全フェーズ	
 探索対象にする蛋白質原子の指定#6Grid ポテンシャル

GRID	
 

Grid ポテンシャルの指定

GRID	
 

Poisson-Boltzmann Grid ポテンシャルの

ファイル
#7

PB-Grid ポテンシャル
ファイル

指定

	
 

myPresto 5.0     54  

55	 A.2.1 制御ファイル	
 対象フェーズ：全フェーズ	 	 用途：構造探索エンジンの実行フェーズ制御とフェーズに指定するパラメータを指定しま
す。	
 
	
 
特記事項：	 	  実数の指数を示す文字は”D”でなければなりません。	
 実数指数の指定例）
CPUTIM = 60.0D0

	
 
	
 
書式：	
 
[実行フェーズ指定行 [フェーズ内パラメータ指定行]...

パラメータ終了行

]...

	
 
	
 
実行フェーズ指定行：実行するフェーズを以下の文字列で指定します。	
 INPUT フェーズ=

“PHASE> INPUT”

OUTPUT フェーズ=

“PHASE> OUTPUT”

GRID フェーズ=“PHASE> CONF”

CONF フェーズ=“PHASE> OUTPUT”

MINimize フェーズ =“EXE> MIN”

実行終了行

“EXE> SIEV”

=

	
 
	
 
パラメータ終了行：フェーズ内パラメータ指定行の終了を以下の形式で指定します。	
 “QUIT”	 	
 フェーズ内パラメータ指定：各フェーズのパラメータを以下の形式で指定します。	
 キーワード “=” 値	 	 ※キーワードは英字６文字で構成され、値はキーワードに対応し、選択型、実数型、整数型、文字型の４種類があります。	
 	
 myPresto 5.0

56	
 
	
 

キーワード指定例）
UNITAN = 30；

整数型パラメータ

NAMEAN = aa.ana；

文字型パラメータ

BINCLO = NO；

選択型パラメータ

CPUTIM = 60.0D0；

実数型パラメータ	 	
 以下、各フェーズのキーワードと値を示す。英字の大文字が有効となります。	
 また、「内容」列の括弧内は、「値」列の形式に従い、次の項目を記述します。	
 
・選択型	
 

：大文字は指定文字、アンダーライン付はデフォルト値	 ・整数型、実数型、文字型	
 ：デフォルト値	 	
 A.2.1.1 INPUT フェーズ
項番

項目

キーワード

値

内容

#1

蛋白

TOPOLO

選択型

ファイルの読み込みと形式

トポロジー
#2
#3

蛋白原子

(NORE | FORM | BINA)
NAMETO

文字型

ファイル名("")

COORDI

選択型

ファイルの読み込みと形式

座標
#4
#5

リガンド

(PDB | BINA)
NAMECO

文字型

ファイル名("")

LIGAND

選択型

ファイルの読み込みと形式

座標
#6
#7

リガンド

(PDBX | MOL2)NAMELI

文字型

ファイル名("")

REFERE

選択型

ファイルの読み込みと形式

参照座標
#8
#9

蛋白

(NORE | MOL2)NAMERE

文字型

ファイル名("")

POINTC

選択型

ファイルの読み込み

ポケット点(PDB | BINA)

#10

座標

NAMEPO

文字型

ファイル名("")#11

ASA の指定

ASAMET

選択型

ASA の計算方法(PAIR | RICH)

#12

探索対象

SETTAR

選択型

ファイルの読み込みと形式

指定#13(NORE | READ)
NAMETA

文字型

ファイル名("")#14

蛋白質原子情報

DAMPPA

実数型

蛋白質の原子半径の係数(1.0)

#15

ログ出力

LOGFOR

選択型

ログファイルの出力形式(SHOR | MEDI | DETA)

myPresto 5.0     56  

57	 A.2.1.2 GRID フェーズ
項番

項目

キーワード

値

内容

#1

Grid-Potential

GRIDPO

選択型

ファイルの読み込みと形式

の入出力
#2

(NORE | ASCI | BINA)OUTGRI

選択型

ファイルの書き込みと形式(NOWR | ASCI | BINA)

#3
#4

レセプター

NAMEGR

文字型

ファイル名("")

PROBDI

実数型

ポケット点とレセプター原子の登録範囲

距離上限(6.5)#5

Grid-Potential

RADVDW

実数型

vdW の境界距離補正(0.6)

#6

の生成

RADELE

実数型

静電の境界距離補正(0.6)

DANPVW

実数型

vdW 半径の係数 (1.0)#7#8

メッシュ生成RADMES

実数型

mesh 点生成のプローブ半径(1.6)#9Grid-Potential

MERGIN

実数型

GridPotential の範囲のマージン

の範囲補正
#10

スムージング(0.0)
ITERAT

整数型

スムージング繰り返し回数(3)USEPBG

選択型

Poisson Boltzmann 方程式の回数#11

PB-Grid
ポテンシャル#12

使用 (NO | YES)PBGRID

選択型

ファイルの読み込みと形式(NORE | ASCI | BINA)#13OUTPBG

選択型

ファイルの書き込みと形式(NOWR | ASCI | BINA)#14

NAMEPB

文字型

ファイル名 ("")

#15

NMESHX

整数型

メッシュ数(x 方向) (100)#16

NMESHY

整数型

メッシュ数(y 方向) (100)#17

NMESHZ

整数型

メッシュ数(z 方向) (100)#18

MARGPB

実数型

PB-Grid ポテンシャルのマージン (5.0d0)#19

KAPPAV

実数型

Debye-Hückel の遮蔽定数	
 (0.0)#20

CPULIM

実数型

CPU time の上限値 (10800)

SORRE1実数型

終了条件の相対閾値(SOR)#22

SORRE2実数型

終了条件の相対閾値(SOR)#23

SRFAB1実数型

終了条件の絶対閾値(SURF)#21

静電場計算終了
条件の閾値

myPresto 5.0

58	
 
	
 

#24

SRFAB2実数型

終了条件の絶対閾値(SURF)#25

SRFRE1実数型

終了条件の相対閾値(SURF)#26

SRFRE2実数型

終了条件の相対閾値(SURF)

A.2.1.3 CONF フェーズ
項番

項目

キーワード

値

内容

#1

conformer

CONFLI

整数型

confomer 生成の最大試行回数

生成
#2
#3

原子データ

(10000000)
CONFOR

整数型

生成する配座数 (100)SORTAT

選択型

原子データのソート実行

のソート
#4

原 子 間 vdW

(NO | YES)DAMPIN

実数型

距離下限の配座の原子間 vdW 距離のダンピングファクター(0.7)

係数#5torsion

PHASET

整数型

torsion 回転の候補数(6)ATMMDL

選択型

原子モデルの指定

回転数
#6

原子モデル

(ALL | UNIT)#7

C-C 構 造 のROTC-C

選択型

C-C の回転(NO、YES)

回転

myPresto 5.0     58  

59	 A.2.1.4 DOCK フェーズ
項番

項目

キーワード

値

内容

#1

ドッキング

METHOD

選択型

ドッキング方法

方法#2(FLEX | RIGI)
PROSUR

選択型

蛋白側接合点発生方法(ELEC | HYDR)#3GENERA

整数型

絞込みの回数(5)#4NUMCON

実数型

表示する上位スコア数(30)#5MATCHI

整数型

結合面の原子タイプ適合度(5)#6LOWMIN

実数型

結合面の辺の下限最小値(2.5)#7

LOWMAX

実数型

結合面の辺の下限最大値(4.0)#8

UPRMIN

実数型

結合面の辺の上限最小値(7.5)#9

UPRMAX

実数型

結合面の辺の上限最大値(10.0)#10INTERP

選択型

Grid ポテンシャルの補間方法(LAGR | BSPL)#11

EVALHB

選択型

蛋白質とリガンドの、異方性を考慮した水素結合の評価(YES | NO)#12

ROTLOH

選択型

リガンド-OH 基の回転
(YES | NO)#13

ROTPSC

選択型

水素結合可能な蛋白質側鎖の回転(YES | NO)#14

MOVNUM

整数型

座標をずらす回数 (10)#15CANDID

整数型

ローカルサーチ対象数 (30)#16

DOCKSP

整数型

ドッキング対象原子の切り替え(NORM | FAST)#17

OPTIME

整数型

ドッキング計算の有無の指定(OPT | ENE)

#18

CPUTIME

実数型

1 分子あたりのドッキング計算時間の上限値(秒)(30.0)

#19

スコア計算

WETVDW

実数型

スコア計算時の vdW の係数(1.0)#20

WETASA

実数型

スコア計算時の ASA の係数(1.0)#21

WETELE

実数型

スコア計算時の静電の係数(1.0)#22

WETHYD

実数型

スコア計算時の水素結合の係数(1.0)

myPresto 5.0

60	
 
	
 

#23

実数型

WETANH

蛋白質とリガンドの、異方性を考慮した水素結合の係数(1.0)#24

RADIUS

実数型

結合原子のカウント距離上限(6.0)

#25

ポケット

POCKCX

実数型

ポケット中心 X 座標(999.9)

#26

情報

POCKCY

実数型

ポケット中心 Y 座標(999.9)#27

POCKCZ

実数型

ポケット中心 Z 座標(999.9)#28

POCKET

整数型

ポケット中心原子 ID (0)GLOMET

選択型

乱数/剛体での疑似 MINIMIZE

#29

グローバル
サーチ種別

(RANDom、RIGId)#30

GLOMAX

整数型

疑似 MINIMIZE の繰り返し上限(10)#31TRASTP

実数型

1 ステップでの平行移動量(1.0Å)#32

ROTSTP

実数型

1 ステップでの回転角(1.0°)

A.2.1.5 MIN フェーズ

ユーザマニュアル「cosgnene」の章の「EXE>	
 MIN	
 グループ」の本項を参照ください。	
 	
 A.2.1.6 OUTPUT フェーズ
項番

項目

キーワード

値

内容

#1

上位 conformer のCOORDI

選択型

ファイル出力と形式

座標ファイル出力(NOWR | MOL2 | PDBX | PDB)#2CANDID

整数型

上位スコア conformer 数(30)#3NAMECO

文字型

ファイル名(””)

SCOREN

整数型

出力上位スコア数(30)NAMESC

文字型

上位スコアファイル名（””）

COMRNK

整数型

出力上位化合物数(1)#4

上位スコアの出力#5#6

化合物順位の出力

	 A.3 出力ファイル	  ドッキングエンジンの出力ファイルを以下に示します。	
 項番

ファイル名称

出力フェーズ用途#1

上位 conformer 座標

OUTPUT

最終結果の上位 conformer のスコア情報

ファイル
#2

上位スコアファイルおよび原子情報の出力
OUTPUT

幾何学ハッシュによるドッキング結果、エネルギー最小化後のドッキング結果、
および最終結果の出力

myPresto 5.0     60  

61	 A.4 ログ出力（簡易出力）	 	
  sievgene で大規模なスクリーニング計算を行う際に、ログファイルによってディスク容量を圧迫することを防ぐために簡易出力形式を使用することができます。	
 	
  簡易出力形式では、以下の情報を出力する。	
 
	
 
	
  	
  ・制御ファイルの INPUT フェーズで指定した情報	 	  	  ・「INFORMATION>」で始まる行	
 	  	  ・ドッキング結果情報	
 	  	  ・化合物順位情報	
 
	
 
■出力例	
 
	
  ここでは、以下の条件で sievgene を実行したときのログ出力例を示します。	
 	  	  ・入力リガンドファイルに 3 分子の情報が記載されている。	
 	  	  ・入力リガンド分子名は「compound.1」「compound.2」「compound.3」。	
 	  	  ・「簡易出力」を指定（制御ファイルの INPUT フェーズに“LOGFOR=	 SHOR”を記載）	
 	
  	  ・化合物順位を 3 位まで出力（制御ファイルの OUTPUT フェーズに“COMRNK=	
 3”を	
 
記載）	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 

myPresto 5.0

62	
 
	
 

***************************************************

sievgene(06/08/01)

*

*

*

* Japan Biological Information Research Center **Aomi 2-41-6, Koto-ku, Tokyo 135-0064

*

JAPAN

*
*

*

*

*

v3.100: Aug. 1, 2006.

*

*

*

************************************************+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ INFORMATION> sievgene(06/08/01)

+

+

+

READ INPUT SPECIFICATION++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++INFORMATION> INPUT
1) PROTEIN DATA
1-1) TOPOLOGY FILE
FORMAT:ascii

NAME:Pro.tpl

1-2) COORDINATE FILE
FORMAT:ascii

NAME:Pro_md.pdb

1-3) POCKET POINT FILE
FORMAT:asciiNAME:point.pdb	 （つづく）	 	
 myPresto 5.0     62  63	 （つづき）	
 2) LIGAND DATA
2-1) INPUT TYPE

:FILE

FORMAT

:MOL2

NAME

:Lig_es_1.mol22-2) REFERENCE COORDINATE FILE
FORMAT:no readNAME:lig_ref.mol2

3) ATOM DATA
3-1) ATOM DATA FILE
NAME:

4) ASA DATAMETHOD:pairwise

NAME:5) LOG FORMAT:shortINFORMATION> INPUT POCKET CORRDINATE FILE
INFORMATION> INPUT PROTEIN DATA FILE
INFORMATION> INPUT FORMATTED TOPOLOGY FILE
INFORMATION> GRID
INFORMATION> GRID SIZENUMBER OF GRID :60

INFORMATION> READ GRID POTENTIAL:
INFORMATION> CONF
INFORMATION> DOCKINFORMATION> OUTPUTINFORMATION> GENERATE PROTEIN POCKETINFORMATION> POCKET CENTER COORDINATE（つづく）	 	
 myPresto 5.0

64	
 
	
 

（つづき）	 （つづく）	
 INFORMATION> SCREENING NUMBER :1

INFORMATION> REFERENCE COODINATE NOT READ
INFORMATION> INPUT LIGAND FILE
INFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATION> LIGAND ACCEPTOR, DONARINFORMATION> GLOBAL SEARCH START
INFORMATION> CONFORMER NUMBER =1 GENERATION =1

INFORMATINO> CREATE NEXT CONFORMERINFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATINO> NEW CONFOMER NUMBER =1

INFORMATION> LOCAL SEARCH START
INFORMATION> LOCAL SEARCH FINISHEDINFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING
INFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING :EXPERIMENT ID=1
INFORMATION> LOCAL SCORE RANKING

3COMPOUND NAME : compound.1
FILE NAME: Lig_es_1.mol2

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

rotNum

ASA

ELE

HYD

VDW

SURFACE

RMSD

@

1

-0.88

-1.56

-54.24-144.362-79.27

0.06

-5.57

-3.21

59.75

23.90

@

2

-0.83

-1.32

-48.36-138.202-78.95

2.65

-2.95

-3.48

30.09

21.50

@

3

-0.74

-1.14

-42.48-121.032-68.41

2.31

-4.44

-3.03

32.53

21.31

REFERENCE COORDINATE DATA
999.90999.900.00

0.00

INFORMATION> WRITE RESTART FILE :INFORMATION> SCREENING NUMBER :2

INFORMATION> REFERENCE COODINATE NOT READ
INFORMATION> INPUT LIGAND FILE

（つづき）	
 myPresto 5.0     64  

65	 INFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATION> LIGAND ACCEPTOR, DONARINFORMATION> GLOBAL SEARCH START
INFORMATION> CONFORMER NUMBER =1 GENERATION =1

INFORMATINO> CREATE NEXT CONFORMERINFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATINO> NEW CONFOMER NUMBER =0

INFORMATION> LOCAL SEARCH START
INFORMATION> LOCAL SEARCH FINISHEDINFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING
INFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING :EXPERIMENT ID=2
INFORMATION> LOCAL SCORE RANKING

3COMPOUND NAME : compound.2
FILE NAME: Lig_es_1.mol2

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

rotNum

ASA

ELE

HYD

VDW

SURFACE

RMSD

@

1

-0.85

-2.82

-46.82-133.340-73.473.45-12.84

-2.07

52.35

18.89

@

2

-0.83

-3.04

-57.82-117.150-47.97-9.78-22.66

-2.62

89.72

21.78

@

3

-0.80

-2.49

-41.75-129.950-75.81

6.07

-7.66

-2.38

69.76

21.03

REFERENCE COORDINATE DATA
999.90999.900.00

0.00

INFORMATION> WRITE RESTART FILE :INFORMATION> SCREENING NUMBER :3

INFORMATION> REFERENCE COODINATE NOT READ
INFORMATION> INPUT LIGAND FILE
INFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATION> LIGAND ACCEPTOR, DONAR

（つづく）
	
 
（つづき）	
 myPresto 5.0

66	
 
	
 

	
 
INFORMATION> GLOBAL SEARCH START
INFORMATION> CONFORMER NUMBER =10 GENERATION =1

INFORMATINO> CREATE NEXT CONFORMERINFORMATION> LIGAND ANALYZEINFORMATINO> NEW CONFOMER NUMBER =10

INFORMATION> LOCAL SEARCH START
INFORMATION> LOCAL SEARCH FINISHEDINFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING
INFORMATION> AFTER MINIMIZE RANKING :EXPERIMENT ID=3
INFORMATION> LOCAL SCORE RANKING

3COMPOUND NAME : compound.3
FILE NAME: Lig_es_1.mol2

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

rotNum

ASA

ELE

HYD

VDW

SURFACE

RMSD

@

1

-0.80

-1.56

-51.29-123.352-61.45-3.55-11.95

-2.99

71.44

23.76

@

2

-0.70

-1.28

-43.42-108.092-54.88-1.84-10.98

-2.46

71.36

22.87

@

3

-0.69

-1.29

-43.40-104.322-50.97-2.96-12.43

-2.73

67.01

22.64

REFERENCE COORDINATE DATA
999.90999.900.00

0.00

INFORMATION> ALL EXPERIMENT FINISHEDINFORMATION> COMPOUND RANKINGCOMPOUND NAME

3

SCORE(/100)

dG

HIT

MTS

1 compound.1

-0.88

-1.56

-54.24-144.36

2 compound.2

-0.85

-1.81

-46.55-133.07

3 compound.3

-0.80

-1.56

-51.29-123.35（つづく）	 	 	 （つづき）	
 myPresto 5.0     66  67	 TOTAL EXPERIMENT NUMBER:TOTAL TRIAL NUMBER:TOTAL CPU TIME(S)

:

3
23135

19.09570

INPUT:

6.637695

GRID:

2.7344227E-02

CONF

:

1.2695789E-02

DOCK

:

1.643554

MIN:

10.13281	 	
 myPresto 5.0

68	
 
	
 

（余白）	
 

myPresto 5.0     68  

69	
 
	
 

B

ユーティリティ

	
 
	
 
	
 
B.1

make_point	  受容体ポケットの位置は、プローブ点の集合で指定し、PDB 書式で与えます。既知リガンドの情報がない場合、make_point.f を用いて PDB 書式でのプローブ点の集合を作成することができます。	
 	 入力データ	 	 （１）受容体のファイル名	 （２）プローブ点を発生させる球状領域の半径	 （３）中心とする原子の番号	
 
	
 
■使用例	
 
標準入力から順次、受容体のファイル名、プローブ点を発生させる球状領域の半径、中心とすべき原子の番号を指定すると、point.pdb という固定の名前で、PDB 書式でのプローブ
点の集合を出力します。	
 % make_point.exe

	
 

	
 

	
 
	
 
【注意】sievgene の入力情報として、そのファイル書式（POINTC=	  PDB）と、ファイル名（NAMEPO=	
 point.pdb）を指定します。	
 【注意】作成した point.pdb は、より実際に合うようにエディターなどで編集すると良いでしょう。	
 myPresto 5.0

70	
 
	
 

（余白）	
 

myPresto 5.0     70  

71	 C

乱数の選択	
 

	
 
	
 
	
 
C.1

目的

sievgene で 使 用 す る 乱 数 は コ ン パ イ ラ ベ ン ダ が 提 供 し て い る 組 み 込 み 手 続 き"random_number"を使用していますが、使用するコンパイラにより結果が異なるという問題が発生します。	
 	  そのため、ユーザーが使用する乱数として sievgene でのオリジナルとコンパイラの組み込み手続きのいずれかを選択します。	
 
C.2

指定方法

Makefile のコンパイルオプションで、使用する乱数を指定します。	
 "-D_FORTRAN_RANDOM"指定あり：コンパイラシステムが提供する乱数(random_number)を使用します。	
 指定なし(デフォルト)：myPresto システムのオリジナル乱数を使用します。	
 C.3

ログ表示  

下記のように sievgene の実行開始時のログに使用する乱数の種別を表示します。	
 ***************************************************
sievgene(08/07/24)**** Japan Biological Information Research Center **Aomi 2-41-6, Koto-ku, Tokyo 135-0064 *
*
JAPAN
*
*
*
*
v4.201 : July 16 2009.
***************************************************RANDOM NUMBER METHOD: FORTRAN RANDOM LIBRARY	 "-D_FORTRAN_RANDOM"指定の sievgene のログ
RANDOM NUMBER METHOD	 : SIEVGENE ORIGINAL RANDOM

コンパイル指定なしの sievegne のログ	 myPresto 5.0

72	
 
	
 

	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
	
 
myPresto 5.0- sievgene/sievgene_M -