myPresto 5.0- pdbcheck -USER MANUAL
2018/1/12

Copyright (C) 2006-2018 Next Generation Natural Product Chemistry (N2PC)

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本ドキュメントについて
本ドキュメントは、「myPresto 5.0 USER MANUAL」の別冊です。コピーライト、プログ
ラム使用許諾条件、著者および引用文献については、「myPresto 5.0 USER MANUAL」の記
述に準じます。

謝辞
本ソフトウェアの研究開発は、国立研究開発法人日本医療研究開発機構(AMED)の援助によって行われました。ここに感謝の意を記します。
本ソフトウェアは、故・京極好正博士の始められた研究の中で開発されました。

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目次
1. PDB チェックツールの概要とインストール ......................................................................4
1.1 PDB チェックツールの概要 ......................................................................................... 4
1.2 インストール................................................................................................................ 6
2. pdbcheck の実行 .................................................................................................................8
2.1 実行方法 ....................................................................................................................... 8
2.2 入力データの作成 ........................................................................................................ 8
2.2.1 コントロールファイル .............................................................................................. 8
3. 実行例 ...............................................................................................................................10
3.1 Sample-1：alternate location indicator の検出と補正 ............................................ 10
3.2 Sample-2：主鎖原子欠損の検出と補正 ..................................................................... 13
3.3 Sample-3：末端残基の検出と補正 ............................................................................ 16
3.4 Sample-4：SSBOND の検出と補正 .......................................................................... 23
3.5 Sample-5：近接原子の検出と補正 ............................................................................ 26
3.6 Sample-6：直行する二面角の検出と補正 ................................................................. 29
3.7 Sample-7：HETATM 行の無効化 ............................................................................. 32
3.8 Sample-8：チェイン構造の保持 ................................................................................ 39
3.9 Sample-9：REMARK 行の出力 ................................................................................ 49
3.10 Sample-10：CYSS の出力 ....................................................................................... 52

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1. PDB チェックツールの概要とインストール
1.1 PDB チェックツールの概要
pdbcheck は、タンパク質の PDB を入力とし、下記の表のタンパク質の情報を解析し、検出した内容を標準出力に出力します。また、加工オプションを指定することで、入力 PDB
データを加工し、PDB ファイルとして出力します。
項番

機能概要

加工

概要

オプション
1

alternate location-alt

indicator の検出と・検出内容
残基内の同名の原子を検出します。

加工

・加工内容
同名原子のうち、先頭の原子を有効とし、2 番目以降の原子を削除します。

2

主鎖原子の欠損の

-bb

検出と加工

・検出内容
アミノ酸残基の主鎖原子(N,CA,C,O)が欠損している残基を検出します。
・加工内容
主鎖原子が欠損している残基を削除します。

3

末端残基の検出と

-cap

・検出内容
アミノ酸残基の 2 残基間の主鎖原子(C-N)の距加工

離が 2.0Åを超えている残基(末端残基)を検出
します。
・加工内容
末端残基間でチェインを分割します。
全チェインについて、N 末端は NTER 構造、
C 末端は CTER 構造に変換します。
4

SS-BOND、

-ss

・検出内容

CYS-(CYM) の 検

全チェイン間の２つの CYS 残基の硫黄間の距

出と加工

離が 2.0Å以内であるかを検出します。
・加工内容
上記の場合、SSBOND 行を出力します。また、残基内に HS 原子が存在する場合は HS 原子を削除します。
CYS-(CYM)を検出した場合、CYS 残基名をCYM として出力します。

4 / 565

近接原子の検出と

-hyd

加工

・検出内容
水素原子に対し、従属する重原子以外の原子が距離 1.0Å以内に存在しているかを検出します。
・加工内容
水素と同残基の最も水素に近い重原子の bond
距離を 0.5 倍した位置に水素を移動します。

6

直行する二面角の

-dih

検出と加工

・検出内容
アミノ酸残基の主鎖原子(N,CA,C,N,CA,..)の二面角が直行する要因が無いかを検出します。
・加工内容
上記の場合、主鎖原子の座標を±0.1Åの範囲
でずらします。

7

HETATM の 無 効-disableHet

ん。また出力 PDB にも出力しません。

化8

入力 PDB の TER

入力 PDB データの HETATM 行を読込みませ-keepTer

入力 PDB の TER を保持します。（入力 PDB のTER/END 行以外でのチェイン分割をしませ

の保持

ん。
）
9

REMARK の出力-remark

入力 PDB データの REMAKR 行(REM 行)を出
力 PDB に出力します。

10

オ リ ジ ナ ルの SS-asオリジナルの SSBOND 行を復元します。

-mod

アミノ酸の余剰原子を削除し、欠損原子を追加し結合情報の復元
11

欠損原子付加と余剰原子削除

12OH 基の回転ます。
-rot

水素結合を多く発生させるように OH 基を回転
させます。

13

残基イオン系置換-mut

水素結合を多く発生させるように残基を置換します。

14

金属配位残基変換-cmp

金属に配位する同種の残基種別に残基を変換します。

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1.2 インストール(1) インストールに必要な環境
・UNIX（Linux）環境 ：pdbcheck の実行環境です。
・Fortran90 コンパイラ : pdbcheck の構築に使用します。
( GNU FORTRAN コンパイラ(gfortran)、または、Intel FORTRAN コンパイラ(ifort) )(2) インストール方法
pdbcheckYYMMDD.tar.gz を書き込み可能権限のあるディレクトリ（例えば、ホームディ
レクトリ）に配置して、次のコマンドを実行します。(YYMMDD は年月日の数字です。)% tar –xzvf pdbcheckYYMMDD.tar.gz
次のコマンドを実行することにより、プログラムをインストールします。
% cd pdbcheckYYMMDD
次のコマンドは、どちらか一方を実行します。
% bin/install.sh(GNU のコンパイラを使用する場合)% bin/install.sh intel(Intel のコンパイラを使用する場合)

インストール後のディレクトリ構成:
pdbcheckYYMMDD/|-- bin/||-- install.sh||-- clean_binary.sh||-- check_binary.sh||-- test_pdbcheck.sh|`-- pdbcheck (install.sh 実行後に出現)|-- doc/|-- sample/||-- sample1/||-- sample2/||-- sample3/||-- sample4/||-- sample5/||-- sample6/||-- sample7/||-- sample8/||-- sample9/|`-- sample10/`-- src

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(3) テストプログラムの実行
次のコマンドで、テストプログラムを実行します。

% bin/test_pdbcheck.sh
このテストプログラムの出力先は、pdbcheckYYMMDD/test_pdbcheck_sample/です。このテストプログラムを実行することにより、pdbcheck が正常に動作することを確認することができます。

※ SS 結 合 し て い る CYS 残 基 を 、 残 基 名 CYSS に 加 工 し 出 力 す る 場 合 は 、
src/Makefile(gfortran の場合), src/Makefile.intel(ifort 場合)を編集し、コンパイルフ
ラグに「-D ENABLE_RENAME_CYSS」を指定してから、make コマンドを実行する必要があります。詳細は、「3.10 Sample-10：CYSS の出力」を参照してください。
（修正前）
FFLAGS = -warn（修正後）
FFLAGS = -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS

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2. pdbcheck の実行
2.1 実行方法
pdbcheck タンパク質の入力 PDB ファイル名、出力 PDB ファイル名、加工オプションを入力とし、指定された入力 PDB データに対し、加工オプションで指定されたタンパク質の情報を加工し、結果を出力 PDB ファイル名に出力します。
これらの入力情報は、通常コントロールファイルに指定します。pdbcheck は、標準入力よりコントロールファイルを読み込んで動作します。

$ (path)/pdbcheck < control_file

例えば、pdbchcek/work_dir/の下で作業をする場合には、work_dir/の下から bin/への相対パスを(path)の部分に入れて、次のコマンドになります。
$ ../bin/pdbcheck < control_file

2.2 入力データの作成
2.2.1 コントロールファイル
コントロールファイルは、以下のように記述します。
・ １行目：入力 PDB ファイル名
・ ２行目：出力 PDB ファイル名
・ ３行目以降：加工オプション(省略可能)
4INS.pdb
result.pdb
-alt
-bb
-cap
-ss

pdbcheck のコントロールファイルの例(1) 入力 PDB ファイル名
入力 PDB ファイル名には、チェック・加工対象とする PDB ファイルのパスを指定します。パスは、相対パスでも全体パスでもかまいません。
入力 PDB ファイル名は必ず指定しなければなりません。
入力 PDB ファイル名に、読み込み不可能なパスを指定した場合、下記のメッセージを出力し pdbcheck ツールは終了します。
ERROR: can not read file 入力 PDB ファイル名文字列

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(2) 出力 PDB ファイル名
出力 PDB ファイル名には、pdbcheck によって PDB 情報が加工された PDB データを出力するパスを指定します。パスは、相対パスでも絶対パスでもかまいません。
出力 PDB ファイル名は必ず指定しなければなりません。
出力 PDB ファイル名に、書き込みできないパスを指定した場合、下記のメッセージを出力し、pdbcheck ツールは終了します。
ERROR: can not write file 出力 PDB ファイル名文字列(3) 加工オプション
pdbcheck は、入力 PDB データに対し、加工オプションで指定された加工を施し、出力 PDB ファイルとして出力します。
加工オプションは、複数指定することも可能です。
また、省略することも可能です。加工オプションの詳細については、｢1.1 PDB チェッ
クツールの概要｣を参照してください。
不正なオプションを指定した場合、下記のメッセージを出力し、pdbcheck は終了します。また、空行の場合も下記メッセージが出力されます。
ERROR: invalid option: 不正なオプション文字列

加工オプションにチェインと残基範囲を指定することで、特定の残基のみを加工することができます。
加工オプション行の後ろに加工範囲の先頭チェイン、最終チェイン、先頭残基番号、最終残基番号を指定することで、加工対象を指定します。
複数記述した場合は、和集合のチェインと残基が加工対象となります。
指定しない場合は、全チェインと全残基が加工対象となります。

4INS.pdb
result.pdb-alt 1 1 1 100-bb-cap 2 2 1 100

1 番チェインの 1～100 番残基を"-alt"対象に指定
全系の主鎖残基をチェックし、欠損があれば削除
2 番チェインの 1～100 番残基の末端を保護する残基を追加指定

なお、オプションで指定するチェイン番号、残基番号は PDB 上の表記ではなく、先頭から昇順に振りなおした番号となります。
アミノ酸の解析機能を使用する際には、実行ディレクトリに"C99_aa.tpl"ファイルが必要です。ファイルがない場合はアミノ酸の解析機能はスキップされます。

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3. 実行例
本章では、各機能の実行例を示します。本章で使用している入力 PDB ファイルは、サンプルに付属しています。入力 PDB ファイルの詳細については、サンプルファイルを参照してください。
3.1 Sample-1：alternate location indicator の検出と補正
本節では、alternate location indicator の検出と補正を行う例を示します。入力 PDB
ファイルには、alternate location indicator が存在します。pdbcheck ツールは alternate
location indicator 検出し、メッセージを出力します。また、加工オプション(-alt)を指定
し、２つ目以降の重複した原子を削除します。
■実行方法① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-alt」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample1/pdbcheck_alt.pdb
result_alt.pdb-alt

コントロールファイルの例(-alt)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名
例、pdbcheck/work_dir がカレントディレクトリの場合は、次のようになります。
% ../bin/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例① 標準出力標準出力のメッセージから、GLY 残基(ID=4)の４つの原子(CG, CD, OE1, NE2)について、原子が重複していたことが分かります(※１)。また、同原子について 2 つ目以降の同名の原子が削除されたことが分かります(※２)。

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample1/pdbcheck_alt.pdb
2) OUTPUT FILE
result_alt.pdb

10 / 56

3) SPECIFIED OPTION-alt

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

GLN

4

CG

GLN

4

CD

GLN

4

OE1

GLN

4

NE2

INFORMATION> REPAIR ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

GLN

4

CG

GLN

4

CD

GLN

4

OE1

GLN

4

NE2

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID※１

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUT

11 / 56※２

OUTPUT FILE
result_alt.pdb② 出力 PDB ファイル
以下に、加工前入力 PDB ファイル(pdbcheck_alt.pdb)と、加工後の出力 PDB ファイル(result_alt.pdb)を Rasmol で表示した例を示します。Rasmol の colours オプショ
ンで「alt」を選び、alternate location indicator が緑と水色で表示されるようにして
います。

加工前

加工後

※２

※１

図 3.1-(1) alternate location indicator 補正例※１…座標が複数ある原子が、黄色の stick と、緑色の stick 箇所で表示されています。
青色の stick は、座標が１つのみの原子で構成されています。
※２…加工後は、複数ある座標のうち、２番目以降の座標が削除されたため、全て青
色の stick で構成されています。

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3.2 Sample-2：主鎖原子欠損の検出と補正
本節では、主鎖原子欠損残基の検出と補正を行う例を示します。入力 PDB ファイルには、主鎖原子(C)が欠損した VAL 残基が存在します。pdbcheck ツールは主鎖原子が欠損した残基を検出し、メッセージを出力します。また、加工オプション(-bb)を指定し、主鎖原子が欠損した VAL 残基を削除します。
■実行方法① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-bb」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample2/pdbcheck_bb.pdb
result_bb.pdb-bb

コントロールファイルの例(-bb)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例① 標準出力標準出力のメッセージから、VAL 残基(ID=3)に C 原子が欠損していることが分かります(※１)。また、VAL 残基(ID=3)が削除されたことが分かります(※２)。

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample2/pdbcheck_bb.pdb
2) OUTPUT FILE
result_bb.pdb
3) SPECIFIED OPTION-bb

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

13 / 56

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

VAL※１ATOM NAME

3

C

※２

INFORMATION> DELETE INVALID RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

VAL

3

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_bb.pdb

14 / 56

② 出力 PDB ファイル(一部)以下に、入力 PDB ファイル(加工前)と、加工後の出力 PDB ファイル(result_bb.pdb)
を Rasmol で表示した例を示します。カラーは CPK で表示していますが、分かりやすくするため、側鎖は紫で表示しています。

加工前

加工後

※1

※3

※2

図 3.2.(1) 主鎖原子欠損残基補正例※１…VAL 残基(ID=3)の N 原子(水色の球)と ILE 残基(ID=2)の C 原子と結合しています。
※２…VAL 残基の O 原子。VAL 残基に C 原子が存在しない主鎖原子欠損残基の状態のため、独立して表示されています。
※３…ILE 残基の C 原子。主鎖原子欠損残基である VAL 残基が削除されたため、他の残基の N 原子と結合していません。

15 / 563.3 Sample-3：末端残基の検出と補正
本節では、末端残基の検出と補正を行う例を示します。入力 PDB ファイルの、ILE 残基(ID=2)の C 原子と GLU 残基(ID=4)の N 原子の距離が 2.0Åより離れています(pdbcheck はこれを末端残基とみなします)。pdbcheck ツールは末端残基を検出し、メッ
セージを出力します。また、加工オプション(-cap)を指定することで、末端残基間でチェインを分割し、さらに全チェインの N 末端を NTER 構造、C 末端を CTER 構造にします。ただし、加工オプション(-keepTer)も指定している場合は、末端残基間でのチェインの分割はせずに、N 末端を NTER 構造、C 末端を CTER 構造にします。以下に、実施する検出・加工内容と２つのオプションの指定の有無について示します。
実施する検出・加工内容

指定オプション
-cap オプション-keepTer オプション

末端残基の加工は行わず、検出のみ行う

指定しない

どちらでも可入力 PDB のチェインの構造は保ったまま、各チェイ

指定する

指定する

指定する

指定しない

ンの両末端について NTER/CTER 構造化加工する
末端残基間でチェイン分割し、その上で、各チェインの両末端について NTER/CTER 構造化加工する■実行方法(チェイン分割し、末端の構造を加工する)
初めに、末端残基間でチェイン分割を行い、その上で各チェインの N 末端、C 末端の構造を加工する方法を示します。
① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-cap」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample3/pdbcheck_cap.pdb
result_cap01.pdb-cap

コントロールファイルの例(-cap)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名
もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例(チェイン分割し、末端の構造を加工する)
16 / 56(pdbcheck にパスが通っている場合)

① 標準出力（一部）
標準出力のメッセージから、ILE 残基(ID=2)の C 原子と GLN 残基(ID=5)の N 原子の間の距離が 2.0Åを超えていることが分かります(※１)。-cap 指定し、かつ-keepTerを指定していない時は、この残基間でチェインが分割されます。また、チェイン分割後の状態での各チェインの N 末端、C 末端に ACE、NME が配置されたことが分かります(※２)。

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample3/pdbcheck_cap.pdb
2) OUTPUT FILE
result_cap01.pdb
3) SPECIFIED OPTION-cap

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAME
ILE

GLN

RESIDUE ID
2※１
DISTANCE

5

3.908

※２

INFORMATION> CAPED TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

CAP

GLY

1

ACE

ILE

2

NME

GLN

5

ACE

CYS

6

NME

INFORMATION> SSBOND CANDIDATES

17 / 56

INFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_cap01.pdb

18 / 56

② 出力 PDB ファイル(一部)以下に、入力 PDB ファイル(加工前)と、加工後の出力 PDB ファイルを Rasmol で表示した例を示します。

加工前

加工後
※１

※３

※３
※５

※５

※４

※２

※４

図 3.3-(1) 末端残基補正例(チェイン分割あり)※１…加工前の図では 1 つのチェインを灰色の stick で表示されており、全体で１チェインであることが分かります。また、水色の球は N 原子、灰色の球は C 原子またはCA 原子。赤い球は O 原子。紫色の球は側鎖の原子を表しています。
※２…枠内の点線で結ばれた原子は、ILE 残基の C 原子と GLN 残基の N 原子をあらわしています。この２つの残基(原子)は、PDB ファイル上では、同じチェインの隣り合った残基となっていますが、距離が離れている(3.91Å)ため、結合状態とは表示されていません。
※３…加工後は、チェイン A を赤い stick、チェイン B を青い stick で表示しており、加工処理によってチェインが分割され、２つのチェインとなっていることが分かります。
※４…各チェインの N 末端には、ACE(C 原子、CA 原子)が配置されています(緑の球)。
※５…各チェインの C 末端には、NME(N 原子)が配置されています(黄色の球)。

19 / 56

■実行方法(チェイン分割せず、末端の構造を加工する)
次に、末端残基間でチェイン分割せず、各チェインの N 末端、C 末端の構造を加工する方法を示します。
① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-cap」と「-keepTer」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample3/pdbcheck_cap.pdb
result_cap02.pdb-cap-keepTer

コントロールファイルの例(-cap と-keepTer)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例(チェイン分割せず、末端の構造を加工する)① 標準出力チェイン分割しないときと同様、標準出力のメッセージから、ILE 残基(ID=2)の C
原子と GLN 残基(ID=5)の N 原子の間の距離が 2.0Åを超えていることが分かります(※
１)。ですが、チェイン分割しないときとは違い、入力 PDB でのチェインの N 末端、C 末端にのみ ACE、NME が配置されたことが分かります(※２)。
PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample3/pdbcheck_cap.pdb
2) OUTPUT FILE
result_cap02.pdb
3) SPECIFIED OPTION-cap-keepTerINFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

20 / 56

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMEILE

※１RESIDUE ID

GLN

2DISTANCE

5

3.908

※２

INFORMATION> CAPED TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

CAP

GLY

1

ACE

CYS

6

NME

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_cap02.pdb

21 / 56

② 出力 PDB ファイル(一部)以下に、入力 PDB ファイル(加工前)と、加工後の出力 PDB ファイルを Rasmol で表示した例を示します。

加工前

加工後
※１

※３

※３

※５

※６
※４
※２

図 3.3-(2) 末端残基補正例(チェイン分割なし)※１…加工前の図では 1 つのチェインを灰色の stick で表示されており、全体で１チェインであることが分かります。また、水色の球は N 原子、灰色の球は C 原子またはCA 原子。赤い球は O 原子。紫色の球は側鎖の原子を表しています。
※２…枠内の点線で結ばれた原子は、ILE 残基の C 原子と GLN 残基の N 原子をあらわしています。この２つの残基(原子)は、PDB ファイル上では、同じチェインの隣り合った残基となっていますが、距離が離れている(3.91Å)ため、結合状態とは表示されていません。
※３…加工後も、１つのチェインを灰色の stick で表示しており、全体で１チェインであることが分かります。
※４…チェインの N 末端には、ACE(C 原子、CA 原子)が配置されています(緑の球)。
※５…チェインの C 末端には、NME(N 原子)が配置されています(黄色の球)。
※６…末端残基間には ACE/NME 残基が追加されていないことが分かります。

22 / 56

3.4 Sample-4：SSBOND の検出と補正
本節では、SSBOND の検出と補正を行う例を示します。入力 PDB ファイルの、残基
ID(6)の SG 原子と残基 ID(11)の SG 原子の距離が 2.0Å以内で、SS 結合状態となっていますが、入力 PDB ファイルには SSBOND 行は記述されていません。pdbcheck ツール
は SSBOND を検出し、メッセージを出力します。また、加工オプション(-ss)を指定する
ことで、出力 PDB ファイルに SSBOND 行を出力します。
■実行方法① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-ss」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample4/pdbcheck_ss.pdb
result_ss.pdb-ss

コントロールファイルの例(-ss)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例① 標準出力（一部）
標準出力のメッセージから、チェイン A の CYS 残基(残基 ID=6)と CYS 残基(残基ID=11)間で SS 結合していることが分かります(※１)。また、出力 PDB ファイルに
SSBOND 行が追加されることが分かります(※２)。
PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample4/pdbcheck_ss.pdb
2) OUTPUT FILE
result_ss.pdb
3) SPECIFIED OPTION-ss

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.

23 / 56

CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE※１
INFORMATION> SSBOND CANDIDATESSSBOND

1 CYS A

6

CYS A

11

※２
INFORMATION> APPEND SSBOND LINE
SSBOND

1 CYS A

6

CYS A

11

INFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_ss.pdb※PDB ファイルの出力時に、チェイン ID、残基 ID を振りなおすため、標準出力に表示されたチェイン ID や残基 ID と異なる場合があることに注意してください。標準出力に表示されたチェイン ID や残基 ID は入力 PDB ファイルに記述されていた ID です。

24 / 56

② 出力 PDB ファイル(一部)
出力 PDB の先頭に SSBOND 行が出力されています。
SSBOND

1 CYS A

3

CYS A

8

ATOM

1 N

GLU A

1

-7.043 13.019 12.935

ATOM

18 NE2 GLN A

2-14.943 11.030 13.351

ATOM

19 N

CYS A

3

-10.033

9.815 12.695

ATOM

20 CA CYS A

3-10.050

8.518 12.065

ATOM

21 C

CYS A

3

-9.1057.520 12.667

ATOM

22 O

CYS A

3

-9.395

6.288

ATOM

23 CB CYS A

3-9.6608.673 10.559

ATOM

24 SG CYS A

3-10.925

9.459

ATOM

25 N

CYS A

4

-8.0187.992 13.171

ATOM

51 CD1 ILE A

7-16.7023.722 15.005

ATOM

52 N

CYS A

8

-14.080

6.685 11.767

ATOM

53 CA CYS A

8-14.6657.679 10.880

ATOM

54 C

CYS A

8

-15.301

6.881

9.766

ATOM

55 O

CYS A

8

-14.962

5.692

9.528

ATOM

56 CB CYS A

8-13.695

8.702 10.417

ATOM

57 SG CYS A

8-12.275

8.119

9.385

ATOM

58 N

SER A

9

-16.233

7.557

9.095

ATOM

63 OG SER A

9-18.869

8.543

7.881

TER

64

9

（途中省略）

12.6669.579（途中省略）（途中省略）SER A

25 / 56

3.5 Sample-5：近接原子の検出と補正
本節では、近接原子の検出と補正を行う例を示します。入力 PDB ファイルでは、CYS
残基(ID=7)の HA 原子と CYS 残基(ID=6)の O 原子の距離が 1.0Å以内に配置されています。pdbcheck ツールはこれを検出し、メッセージを出力します。また、加工オプション(-hyd)を指定することで、HA 原子と、HA 原子と同一残基内で HA 原子と最も近い原子(CA)との距離を半分の位置に HA 原子の座標をずらします。
■実行方法① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-hyd」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample5/pdbcheck_hyd.pdb
result_hyd.pdb-hyd

コントロールファイルの例(-hyd)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例① 標準出力（一部）
標準出力のメッセージから、CYS 残基(7)の HA 原子と CYS 残基(6)の O 原子の距離が 2.0Å以内に配置されていることがわかります(※１)。また、CYS 残基(7)の HA 原子の座標が加工されることが分かります(※２)。
PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample5/pdbcheck_hyd.pdb
2) OUTPUT FILE
result_hyd.pdb
3) SPECIFIED OPTION-hyd

WARNING: chain id is empty. chain id is assigned automatically.

26 / 56

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID※１
INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMECYSRESIDUE ID

CYS

7

6

ATOM NAMEHAO※２INFORMATION> REPAIRED NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

CYS

7ATOM NAMEHAINFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_hyd.pdb

27 / 56

② 出力 PDB ファイル
以下に、入力 PDB ファイル(加工前)と、加工後の出力 PDB ファイルを Rasmol で表示した例を示します。

加工前

加工後

※2

※1

図 3.4-(1) 近接原子補正例※１…CYS(ID=7)残基の HA 原子(青い球)に対し、CYS(ID=6)残基の O 原子(赤い球)が近い位置に配置されており、結合状態で表示されています。
※２…補正後、CYS(ID=7)残基の HA 原子(青い球)が同残基の最も近い原子(緑色の球)との距離が短縮されたことが分かります。

28 / 56

3.6 Sample-6：直行する二面角の検出と補正
本節では、直行する二面角の検出と補正を行う例を示します。
入力 PDB ファイルでは、
残基 ID(1)の C 原子、残基 ID2 の N 原子、残基 ID2 の CA 原子の 3 点が一直線上に配置され、直行する二面角を構成する要因となっています。pdbcheck ツールはこれを検出し、メッセージを出力します。また、加工オプション(-dih)を指定することで、3 点のうち、真ん中の原子の座標を±0.1Åの範囲でずらします。
■実行方法① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-dih」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample6/pdbcheck_dih.pdb
result_dih.pdb-dihコントロールファイルの例(-dih)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例① 標準出力（一部）
標準出力のメッセージから、残基 ID1 の C 原子、残基 ID2 の N 原子、CA 原子の 3点が一直線上に配置されていることがわかります(※１)。また、残基 ID2 の N 原子の原子の座標が補正されたことが分かります(※２)。

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample6/pdbcheck_dih.pdb
2) OUTPUT FILE
result_dih.pdb
3) SPECIFIED OPTION-dih

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.

29 / 56

CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID
1※１

ATOM NAME

2

2

C

N

CA

※２

INFORMATION> REPAIR LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID
2

ATOM NAMEN

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_dih.pdb

30 / 56

② 出力 PDB ファイル
以下に、入力 PDB ファイル(加工前)と、加工後の出力 PDB ファイルを Rasmol で表示した例を示します。

加工前

加工後

※1

※2

図 3.6-(1) 直行する二面角の補正例※１…GLY 残基(ID=1)の C 原子(緑の球)、ILE 残基(ID=2)の N 原子(水色の球)、ILE 残基(ID=2)の CA 原子(黄色の球)が完全な直線上に並び、直行する二面角の要因となることが分かります。
※２…補正後、ILE 残基の N 原子(水色の球)の座標が補正され、3 点が角度をもった直線上に並んだことが分かります。

31 / 56

3.7 Sample-7：HETATM 行の無効化
本節では、入力 PDB の HETATM 行の読込み有無、および出力の有無を制御する例を示します。加工オプション(-disableHet)を指定することで、入力 PDB からの HETATM
行読込み、また出力 PDB への HETATM 行出力を無効にすることができます。

■実行方法(-disableHet 未指定)
加工オプション「-disableHet」指定時と、指定していない時の PDB 出力の確認をする
ため、初めに-disableHet を指定しない場合の PDB 出力を確認します。
① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。動作の違いをみるため、オプションとして「-disableHet」は指定しません。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample7/pdbcheck_disableHet.pdb
result_no_disableHet.pdb

コントロールファイルの例(-disableHet 未指定時)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例(-disableHet 未指定)
① 標準出力「-disableHet」を指定しない場合、PDB チェックツールは、入力 PDB の HETATM
行を読込み、残基の分類を解析し、仕様に基づき各種検出・加工を行います。また、アミノ酸残基と核酸残基以外は、HETATM 行として PDB に出力します。
本節の例では、入力 PDB の ASP(1)残基(アミノ酸残基)、DC(5)残基(核酸残基)、
HEM(412) 残 基 ( リ ガ ン ド 残 基 ) に 、 alternate location indicator が 存 在 し ま す 。
「-disableHet」を指定していないので、HETATM 行で記述された HEM 残基も読込
み、検出処理が実行されていることが分かります(※１)。また、出力 PDB には、アミノ酸残基、核酸残基は ATOM 行で出力され、それ以外のリガンド残基、水グループ残基、Na イオングループ残基、Cl イオングループ残基は HETATM 行で出力されていることが分かります。※２

32 / 56

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample7/pdbcheck_disableHet.pdb
2) OUTPUT FILE
result_no_disableHet.pdb
3) SPECIFIED OPTIONINFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

C

C

LHG

NA

161 1157

TERMINAL OF NA ION GROUP(TOP)

C

C

NA

LHG

1157 1158

TERMINAL OF NA ION GROUP(LAST)

D

D

CL

K

2003 3004

TERMINAL OF CL ION GROUP(LAST)

D

D

K

NA

3004 4005

TERMINAL OF NA ION GROUP(TOP)

E

E

CL

K

5003 5004

TERMINAL OF CL ION GROUP(LAST)

C

C

HEM

CA

412 2503

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

CA

ACT

2503 4004

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

ACT

LHG

4007

161

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

LHG

UMQ

1160 1161

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

UMQ

LHG

1162 1163

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

ACT

ACT

4004 4007

DISTANCE IS FAR

C

C

LHG

LHG

1158 1159

DISTANCE IS FAR

C

C

LHG

LHG

1159 1160

DISTANCE IS FAR

C

C

UMQ

UMQ

1161 1162

DISTANCE IS FARINFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

ASP

1

CB

ASP

1

CG

DC

5

OP1

DC

5

OP2

HEM

412

CHA

HEM

412

CHB

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

33 / 56※1

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_no_disableHet.pdb

34 / 56

② 出力 PDB(一部)
ATOM

1 N

ASP A

1

49.081 19.903 70.461

1.00 27.58

ATOM

2 CA ASP A

1

49.694 19.323 69.252

1.00 26.78※２(アミノ酸、核酸はATOM 行で出力され・・・(途中省略)・・・
ATOM

26 OE1 GLU A

3

52.777 20.616 67.342

0.50 25.50

ATOM

27 OE2 GLU A

3

52.984 22.737 67.242

0.50 25.28

ATOM

28 P

DC B

1

60.318 19.118 45.618

1.00 28.54

ATOM

29 OP1DC B

161.361 18.321 46.314

1.00 28.94

ます)

TER

・・・(途中省略)・・・
ATOM

89 N3

DG B

3

47.237 18.987 48.040

1.00 20.82

ATOM

90 C4

DG B

3

48.080 18.010 48.340

1.00 26.38

HETATM

91 CHA HEM C

1-63.986

5.925 20.427

1.00 19.91

HETATM

92 CHA HEM C

1-73.986 15.925 30.427

1.00 19.91

TER

イ オ ン /Cl イ オ ン は・・・(途中省略)・・・
HETATM

134 ND HEM C

1-63.815

4.193 22.211

1.00 21.66

HETATM

135 FE1-64.388

2.545 21.005

1.00 22.44

HEM C※２(リガンド/水/NaTER
・・・(途中省略)・・・
HETATM

318 NANA P

125.226 54.063 58.210

1.00 22.41

HETATM

319 NA

NA Q

135.226 54.063 58.210

1.00 22.41

HETATM

320 CL

CL R

1-1.634 69.058 101.828

1.00 20.77

HETATM

321 CL

CL S

1-9.634 69.058 101.828

1.00 20.77

HETATM

322 O

HOH T

1

-29.814 56.484 45.770

1.00

8.46

HETATM

323 O

HOH T

2

-31.131 44.699 68.105

1.00

8.70

HETATM

324 O

HOH T

3

-30.135 40.051 67.280

1.00 10.24

TER

TER

・・・(途中省略)・・・
HETATM

329 O

HOH V

2

-5.329 60.044 94.423

1.00 17.24

HETATM

330 O

HOH V

3

-6.913 41.067 100.120

1.00 22.37

TER

35 / 56HETATM 行で出力されます)■実行方法(-disableHet 指定)
次に、加工オプション「-disableHet」を指定した時の PDB 出力を確認します。
① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck の コ ン ト ロ ー ル フ ァ イ ル を 用 意 し て く だ さ い 。 オ プ シ ョ ン と し て「-disableHet」は指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample7/pdbcheck_disableHet.pdb
result_disableHet.pdb-disableHet

コントロールファイルの例(-disableHet 指定時)
③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例(-disableHet 指定)①

標準出力「-disableHet」を指定した場合、入力 PDB の HETATM 行は読込みません。また、残基の分類は解析せず、ATOM 行で記述されたものは全てアミノ酸残基とみなし、各種検出・加工処理を行います。また、ATOM 行で記述されたものは、すべて ATOM 行で
出力 PDB に出力します。
本節の例でも同様に、入力 PDB の ASP(1)残基(アミノ酸残基)、DC(5)残基(核酸残基)、
HEM(412) 残 基 ( リ ガ ン ド 残 基 ) に 、 alternate location indicator が 存 在 し ま す 。
「-disableHet」を指定しているので、HETATM 行で記述された HEM 残基は読込まれません。したがって、HEM 残基については検出処理も実行されず、アミノ酸と核酸のみが検出されています(※１)。また、ATOM 行で記述されたものを全てアミノ酸残基として認識するため、DC(5)残基(核酸残基)などの核酸残基に対しても、例えば主鎖原子欠損検出処理が実行されます。その結果、DC(5)残基(核酸残基)などに対しても、主鎖原子の欠損が検出されています(※２)。
出力 PDB には、アミノ酸残基、核酸残基は ATOM 行で出力されますが、それ以外のリガンド残基、水グループ残基、Na イオングループ残基、Cl イオングループ残基は出力されていません(※３)。

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

36 / 56

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample7/pdbcheck_disableHet.pdb
2) OUTPUT FILE
result_no_disableHet.pdb
3) SPECIFIED OPTION-disableHet

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)※ １ (HEM は 検 出 さ

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

ASP

1

CB

ASP

1

CG

DC

5

OP1

DC

5

OP2
※２(核酸に対して、主INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

DC

5

N

DC

5

CA

DC

5

C

DC

5

O

DT

6

N

DT

6

CA

DT

6

C

DT

6

O

DG

7

N

DG

7

CA

DG

7

C

DG

7

O

RESIDUE ID

鎖原子欠損の検出がされています)INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAME

れていません)DISTANCE

WARNING: MAIN CHAIN INVALID:DC

5

WARNING: MAIN CHAIN INVALID:DT

6

WARNING: MAIN CHAIN INVALID:DT

6

37 / 56

WARNING: MAIN CHAIN INVALID:DG

7

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_disableHet.pdb②

出力 PDB(一部)※３(HETATM 行は出力

ATOM

1 N

ASP A

1

49.081 19.903 70.461

1.00 27.58

ATOM

2 CA ASP A

1

49.694 19.323 69.252

1.00 26.78

・・・（途中省略）
・・・
ATOM

26 OE1 GLU A

3

52.777 20.616 67.342

0.50 25.50

ATOM

27 OE2 GLU A

3

52.984 22.737 67.242

0.50 25.28

ATOM

28 P

DC B

1

60.318 19.118 45.618

1.00 28.54

ATOM

29 OP1DC B

161.361 18.321 46.314

1.00 28.94

TER・・・（途中省略）
・・・
ATOM

89 N3

DG B

3

47.237 18.987 48.040

1.00 20.82

ATOM

90 C4

DG B

3

48.080 18.010 48.340

1.00 26.38

TER38 / 56

されません)

3.8 Sample-8：チェイン構造の保持
本節では、入力 PDB のチェイン構造を TER 行のみで分割し、PDB 出力する例を示します。加工オプション(-keepTer)を指定することで、入力 PDB の TER 行のみでチェインを認
識（分割）し、そのチェイン構造を保ったまま PDB に出力します。
PDB チェックツールは、入力 PDB のチェイン構造を解析し、チェインを区切り、各種
検出・加工を行い、PDB 出力をします。また、出力時は、Na イオンのグループ、Cl イオ
ンのグループ、水のグループは、グループ毎に最後にまとめて出力する仕様となっています。PDB チェックツールのチェインの分割や出力順の仕様が何らかの理由で不都合が生じる場合、加工オプション(-keepTer)を指定することで、入力 PDB の TER の位置のみでチェインの構造を分割し、チェインの構造を保ったまま、各種チェック・加工を行い、その結果を PDB 出力することができます。
※本機能は TER が正しい位置に記述されていることを前提とします。TER 行のみでチェイ
ン分割を行うため、正しい位置に TER が存在しない場合、各機能について、予期しない検出や加工が行われる場合があることに注意してください。(例えば、チェイン ID が相違していても、TER 行がない場合は、チェイン分割されません。)■実行方法(-keepTer 未指定)
加工オプション「-keepTer」指定時と、指定していない時の PDB 出力の確認をするため、初めに-keepTer を指定しない場合の PDB 出力を確認します。
① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。動作の違いをみるため、オプションとして「-keepTer」は指定しません。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample8/pdbcheck_keepTer.pdb
result_no_keepTer.pdb

コントロールファイルの例(-keepTer 未指定時)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例(-keepTer 未指定)
39 / 56①

標準出力「-keepTer」を指定しない場合、PDB チェックツールはチェイン構造を解析しチェインを分割します。チェイン分割を行った場合、その箇所とチェイン分割の理由をメッセージとして出力します(※１)。ただし、TER 行による分割と、チェイン ID による分割については、チェインの区切りが明確なためメッセージは出力しません(※１)。
例えば、メッセージから以下の理由でチェインが分割されていることが分かります。
・ チェイン C の HEM(412)と CA(2503)間は、残基名の相違により、チェイン分割されています。チェイン C の CA(2503)と ACT(4004)間も同様に残基名の相違によりチェイン分割されています。
・ チェイン C の ACT(4004)と同じく ACT(4007)間は、それぞれの原子間の距離が遠くに配置されているため、チェイン分割されています。
※メッセージ中に出てくるチェイン ID や残基 ID は入力 PDB 上の ID です。出力 PDB
ではチェイン ID や残基 ID は PDB チェックツールによって加工されて出力される
ため、メッセージ中の ID とは異なる場合があります。

40 / 56

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample8/pdbcheck_keepTer.pdb
2) OUTPUT FILE
result_no_keepTer.pdb※13) SPECIFIED OPTIONINFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

C

C

LHG

NA

161

1157

TERMINAL OF NA ION GROUP(TOP)

C

C

NA

LHG

1157

1158

TERMINAL OF NA ION GROUP(LAST)

D

D

CL

K

2003

3004

TERMINAL OF CL ION GROUP(LAST)

D

D

K

NA

3004

4005

TERMINAL OF NA ION GROUP(TOP)

E

E

CL

K

5003

5004

TERMINAL OF CL ION GROUP(LAST)

C

C

HEM

CA

412

2503

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

CA

ACT

2503

4004

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

ACT

LHG

4007

161

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

LHG

UMQ

1160

1161

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

UMQ

LHG

1162

1163

DIFFERENCE OF LIGAND RESIDUE NAME

C

C

ACT

ACT

4004

4007

DISTANCE IS FAR

C

C

LHG

LHG

1158

1159

DISTANCE IS FAR

C

C

LHG

LHG

1159

1160

DISTANCE IS FAR

C

C

UMQ

UMQ

1161

1162

DISTANCE IS FARINFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATES

41 / 56※1

CHAIN ID

RESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_no_keepTer.pdb

42 / 56

②

出力 PDB
メッセージに出力されているとおり、HEM-CA 間、CA-ACT 間、2 つの ACT 間でチェインが分割されて出力されています。
（※２）また、Na イオンのグループ、Cl イオ
ンのグループ、水のグループは、グループ毎に複数チェインをまとめて最後に出力さ
れます。
（※３）
ATOM

1 N

ASP A

1

49.081 19.903 70.461

1.00 27.58

ATOM

2 CA ASP A

1

49.694 19.323 69.252

1.00 26.78

ATOM

3 C

1

51.085 18.799 69.596

1.00 25.90

ASP A

・・・（途中省略）
・・・
ATOM

23 CD GLU A

3

53.367 21.628 67.712

0.50 24.56

ATOM

24 OE1 GLU A

3

52.777 20.616 67.342

0.50 25.50

ATOM

25 OE2 GLU A

3

52.984 22.737 67.242

0.50 25.28

ATOM

26 P

DC B

1

60.318 19.118 45.618

1.00 28.54

ATOM

27 OP1DC B

161.361 18.321 46.314

1.00 28.94

ATOM

28 OP2DC B

159.497 18.534 44.547

1.00 38.05

TER・・・（途中省略）
・・・
ATOM

84 N2

DG B

3

46.591 20.401 46.406

1.00 34.47

ATOM

85 N3

DG B

3

47.237 18.987 48.040

1.00 20.82

ATOM

86 C4

DG B

3

48.080 18.010 48.340

1.00 26.38※２

TER
HETATM

87

CHA HEM C

1-63.986

5.925

20.4271.00 19.91

HETATM88

CHB HEM C

1-66.086

2.296

17.8931.00 22.25

HETATM89

CHC HEM C

1-65.084-0.76821.5621.00 22.55

・・・（途中省略）・・・
HETATM

127

NC

HEM C

1

-64.3181.297

22.6541.00 22.39

HETATM

128

ND

HEM C

1

-63.815

4.193

22.2111.00 21.66

HETATM

129 FE

HEM C

1-64.3882.545

21.0051.00 22.44

130 CA

CA D

1-52.324-0.62745.2501.00 43.00

HETATM

131

C

ACT E

1

-50.914-0.11442.4661.00 50.68

HETATM

132

O

ACT E

1

-51.858

0.665

42.7551.00 50.36

HETATM133

OXT ACT E

1-50.050-0.32443.3761.00 49.96

HETATM

134

CH3 ACT E

1-50.888-0.77541.1141.00 50.38

HETATM

135

C

ACT F

1

-56.215

5.882

12.7011.00 35.51

HETATM

136

O

ACT F

1

-56.295

7.026

13.1951.00 34.55

TER
HETATM
TER

TER

43 / 56※２

HETATM137

OXT ACT F

1-56.9525.680

11.6911.00 36.10

HETATM

138

CH3 ACT F

1-55.301

4.822

13.2831.00 35.30

HETATM

139 C7 LHG G

133.034 39.289 42.099

1.00198.14

HETATM

140 C8 LHG G

1

34.194 40.171 42.546

1.00198.14

HETATM

141 C9 LHG G

135.498 39.734 41.888

1.00198.11

TER・・・（途中省略）
・・・
HETATM

307 C36 LHG M

144.647 48.411 42.891

1.00118.75

HETATM

308 C37 LHG M

1

44.121 49.242 41.726

1.00118.86

HETATM

309 C38 LHG M

142.991 48.533 41.011

1.00118.94

310 K

K N

1

-28.017 43.785 105.950

1.00 31.71

311 K

K O

1

-38.017 43.785 105.950

1.00 31.71

HETATM

312 NANA P

125.22654.06358.2101.00 22.41

HETATM

313 NA

NA Q

135.22654.06358.2101.00 22.41

HETATM

314 CL

CL R

1-1.63469.058 101.828

1.00 20.77

HETATM

315 CL

CL S

1-9.63469.058 101.828

1.00 20.77

HETATM

316

O

HOH T

1

-29.81456.48445.7701.00

8.46

HETATM

317

O

HOH T

2

-31.13144.69968.1051.00

8.70

HETATM

318

O

HOH T

3

-30.135

40.05167.2801.00 10.24

HETATM

319

O

HOH U

1

-23.276

35.77466.4371.00 14.73

HETATM

320

O

HOH U

2

-8.86327.75240.9231.00 14.97

HETATM

321

O

HOH U

3

-12.96250.40458.5251.00 11.20

HETATM

322

O

HOH V

1

6.149

60.66797.0501.00 16.03

HETATM

323

O

HOH V

2

-5.32960.04494.4231.00 17.24

HETATM

324

O

HOH V

3

-6.91341.067 100.120

1.00 22.37

TER
HETATMTER
HETATM
TER

TER

TER

TER

44 / 56※３

■実行方法(-keepTer 指定)
次に、加工オプション「-keepTer」指定時の PDB 出力を確認します。
① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。
オプションとして「-keepTer」
を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample8/pdbcheck_keepTer.pdb
result_keepTer.pdb-keepTer

コントロールファイルの例(-keepTer 指定時)
③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例(-keepTer 指定)① 標準出力「-keepTer」を指定した場合、入力 PDB ファイルの TER 行の位置だけでチェインを分割します。また、この動作について、特にメッセージは出力しません。
PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample8/pdbcheck_keepTer.pdb
2) OUTPUT FILE
result_keepTer.pdb
3) SPECIFIED OPTION-keepTerINFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

45 / 56

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESINFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_keepTer.pdb② 出力 PDB「-keepTer」未指定時と違い、入力 PDB のチェイン構造が保たれ PDB が出力されて
います。
ATOM

1 N

ASP A

1

49.081 19.903 70.461

1.00 27.58

ATOM

2 CA ASP A

1

49.694 19.323 69.252

1.00 26.78

ATOM

3 C

1

51.085 18.799 69.596

1.00 25.90

ASP A

・・・（途中省略）
・・・
ATOM

23 CD GLU A

3

53.367 21.628 67.712

0.50 24.56

ATOM

24 OE1 GLU A

3

52.777 20.616 67.342

0.50 25.50

ATOM

25 OE2 GLU A

3

52.984 22.737 67.242

0.50 25.28

ATOM

26 P

DC B

1

60.318 19.118 45.618

1.00 28.54

ATOM

27 OP1DC B

161.361 18.321 46.314

1.00 28.94

ATOM

28 OP2DC B

159.497 18.534 44.547

1.00 38.05

TER・・・（途中省略）
・・・
ATOM

84 N2

DG B

3

46.591 20.401 46.406

1.00 34.47

ATOM

85 N3

DG B

3

47.237 18.987 48.040

1.00 20.82

ATOM

86 C4

DG B

3

48.080 18.010 48.340

1.00 26.38

HETATM

87 CHA HEM C

1-63.986

5.925 20.427

1.00 19.91

HETATM88 CHB HEM C

1-66.086

2.296 17.893

1.00 22.25

HETATM89 CHC HEM C

1-65.084 -0.768 21.562

1.00 22.55

TER

46 / 56

・・・（途中省略）
・・・
HETATM

127 NC HEM C

1-64.318

1.297 22.654

1.00 22.39

HETATM

128 ND HEM C

1-63.815

4.193 22.211

1.00 21.66

HETATM

129 FE

HEM C

1-64.388

2.545 21.005

1.00 22.44

HETATM

130 CA

CA C

2-52.324 -0.627 45.250

1.00 43.00

HETATM

131 C

ACT C

3

-50.914 -0.114 42.466

1.00 50.68

HETATM

132 O

ACT C

3

-51.858

0.665 42.755

1.00 50.36

HETATM

133 OXT ACT C

3-50.050 -0.324 43.376

1.00 49.96

HETATM

134 CH3 ACT C

3-50.888 -0.775 41.114

1.00 50.38

HETATM

135 C

ACT C

4

-56.2155.882 12.701

1.00 35.51

HETATM

136 O

ACT C

4

-56.295

7.026 13.195

1.00 34.55

HETATM

137 OXT ACT C

4-56.9525.680 11.691

1.00 36.10

HETATM

138 CH3 ACT C

4-55.301

4.822 13.283

1.00 35.30

HETATM

139 C7 LHG C

533.034 39.289 42.099

1.00198.14

HETATM

140 C8 LHG C

534.194 40.171 42.546

1.00198.14

HETATM

141 C9 LHG C

535.498 39.734 41.888

1.00198.11

・・・（途中省略）
・・・
HETATM

308 C36 LHG C

1244.647 48.411 42.891

1.00118.75

HETATM

309 C37 LHG C

12

44.121 49.242 41.726

1.00118.86

HETATM

310 C38 LHG C

1242.991 48.533 41.011

1.00118.94

HETATM

311 CLCL D

1-1.634 69.058 101.828

1.00 20.77

HETATM

312 K

K D

2

-28.017 43.785 105.950

1.00 31.71

HETATM

313 NANA D

335.226 54.063 58.210

1.00 22.41

HETATM

314 CL

CL E

1-9.634 69.058 101.828

1.00 20.77

HETATM

315 K

K E

2

-38.017 43.785 105.950

1.00 31.71

HETATM

316 O

HOH F

1

-29.814 56.484 45.770

1.00

8.46

HETATM

317 O

HOH F

2

-31.131 44.699 68.105

1.00

8.70

HETATM

318 O

HOH F

3

-30.135 40.051 67.280

1.00 10.24

HETATM

319 O

HOH G

1

-23.276 35.774 66.437

1.00 14.73

HETATM

320 O

HOH G

2

-8.863 27.752 40.923

1.00 14.97

HETATM

321 O

HOH G

3

-12.962 50.404 58.525

1.00 11.20

HETATM

322 O

HOH H

1

6.149 60.667 97.050

1.00 16.03

HETATM

323 O

HOH H

2

-5.329 60.044 94.423

1.00 17.24

TER

TER

TER

TER

TER

47 / 56HETATM

324 O

HOH H

3

-6.913 41.067 100.120

TER

48 / 56

1.00 22.37

3.9 Sample-9：REMARK 行の出力
本節では、入力 PDB の REMARK 行を出力 PDB に出力する例を示します。加工オプション(-remark)を指定することで、入力 PDB の REMARK 行を出力 PDB ファイルに出力することができます。
■実行方法① 任意のディレクトリ内に、
チェック対象となる入力 PDB ファイルを用意してください。
ここでは例として、1MLC.pdb をダウンロードし使用します。ダウンロードしたファ
イルは、pdbcheck/sample/sample9 ディレクトリに配置してください。
② pdbcheck のコントロールファイルを用意してください。このとき、オプションとして「-remark」を指定します。以下にコントロールファイルの例を示します。
../sample/sample9/1MLC.pdb
result_remark.pdb-remark

コントロールファイルの例(-remark)③ pdbcheck を実行します。
実行時に、コントロールファイルを標準入力から入力します。
% pdbcheck < コントロールファイル名(pdbcheck にパスが通っている場合)

もしくは、% (path)/pdbcheck < コントロールファイル名■実行例① 標準出力標準出力には、REMARK 行の出力について、特にメッセージは出力されません。

PDB CHECK TOOL v1.1

2012. Sep. 14

INFORMATION INPUT
1) INPUT FILE../sample/sample9/1MLC.pdb
2) OUTPUT FILE
result_remark.pdb
3) SPECIFIED OPTION-remark

INFORMATION> DIVISION OF CHAINS.
CHAIN NAMERESIDUE NAMERESIDUE ID

REASON(EXCEPT TER AND CHAIN ID)

49 / 56

INFORMATION> EXIST ALTERNATE LOCATION INDICATORRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LACKED MAIN CHAIN
RESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> TERMINAL RESIDUERESIDUE NAMERESIDUE ID

DISTANCE

INFORMATION> SSBOND CANDIDATESSSBOND

1 CYS A

23

CYS A

88

SSBOND

2 CYS A134

CYS A 194

SSBOND

3 CYS B22

CYS B

SSBOND

4 CYS B143

CYS B 198

SSBOND

5 CYS C

23

CYS C

88

SSBOND

6 CYS F

64

CYS F

80

SSBOND

7 CYS F

76

CYS F

94

96

INFORMATION> CYS-(CYM) CANDIDATESCHAIN IDRESIDUE NAMERESID ID

INFORMATION> EXIST NEAR ATOMRESIDUE NAMERESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> LINEAR TORSION ATOMRESIDUE ID

ATOM NAME

INFORMATION> OUTPUTOUTPUT FILE
result_remark.pdb

50 / 56

② 出力 PDB ファイル(一部)
入力 PDB の REMARK 行が出力 PDB にも出力されています。(※１)※入力 PDB 内に、REMARK 行が複数個所に記述されている場合でも、出力 PDB には１箇所にまとまって出力されます。
REMARK

1

REMARK1 REFERENCE 1

REMARK

1

AUTH

REMARK

1

AUTH 2 R.J.POLJAKREMARK

1

TITL

REMARK

1

TITL 2 STUDIES OF TWO ANTIGEN-ANTIBODY (LYSOZYME-FAB)

REMARK

1

TITL 3 COMPLEXESREMARK

1

REF

REMARK

1

REFN

REMARK

2※1

T.FISCHMANN,H.SOUCHON,M.-M.RIOTTOT,D.TELLO,CRYSTALLIZATION AND PRELIMINARY X-RAY DIFFRACTION

J.MOL.BIOL.

V. 203527 1988

ISSN 0022-2836

・・・（途中省略）・・・
REMARK 525

M RES CSSEQIREMARK 525

HOH B1701

DISTANCE =5.46 ANGSTROMS

ATOM

1 N

ASP A

1

49.08119.903 70.461

1.00 27.58

ATOM

2 CA ASP A

1

49.694 19.323 69.252

1.00 26.78

ATOM

3 C

ASP A

1

51.085 18.799 69.596

1.00 25.90

ATOM

4 O

ASP A

1

51.599 19.272 70.596

1.00 26.02

ATOM

5 CB ASP A

149.798 20.448 68.220

1.00 28.81

ATOM

6 CG ASP A

1

48.465 21.208 68.350

1.00 30.49

ATOM

7 OD1 ASP A

147.530 20.565 68.870

1.00 30.23

ATOM

8 OD2 ASP A

148.446 22.357 67.906

1.00 32.55

・・・（途中省略）
・・・
HETATM 8789 O

HOH L

20

95.650 28.187 27.272

1.00 37.30

HETATM 8790 O

HOH L

21

95.504 16.767 17.172

1.00 42.41

HETATM 8791 O

HOH L

22

89.647 14.935 29.291

1.00 45.05

HETATM 8792 O

HOH L

23

90.821 15.269 50.058

1.00 44.13

TER※本サンプルの入力オプションに「-ss」を追記することで、出力 PDB に SSBOND 行が出力されます。SSBOND 行は REMARK 行の後に出力されます。

51 / 56

3.10 Sample-10：CYSS の出力
本節では、SS 結合している CYS 残基を検出し、出力 PDB に残基名 CYSS として出力する例を示します。SS 結合している CYS 残基を CYSS 残基として出力するためには、
PDB チ ェ ッ ク ツ ー ル の make 時 に Makefile 内 の FFLAGS に 「 -D
ENABLE_RENAME_CYSS」
を追記し、
make コマンドを実行しなおす必要があります。
■実行方法
以下に、その手順を示します。本操作は pdbcheck/src ディレクトリで実行してください。
① Makefile の FFLAGS に「-D ENABLE_RENAME_CYSS」を追記します。※１# 1) ifort#※１

FC = ifort
FFLAGS = -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS#FFLAGS = -warn -O0 -CB -traceback -g・・・（以下省略）
・・・② 実行オブジェクトを新たに作り直すため、「make clean」コマンドを実行し、既存の実行オブジェクトを削除します。
$ make cleanrm -f pdbcheck *.o

既存の実行オブジェクト削除の例③ 「make」コマンドを実行し、実行オブジェクトを新たに作成します。
$ makeifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -c math.F
ifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -c z-matrix.f90
ifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -c check.F
ifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -c io.F
ifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -c analysis.F
ifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -c check_main.F
ifort -warn -D ENABLE_RENAME_CYSS -o pdbcheck math.o z-matrix.o check.o io.o analysis.ocheck_main.o
cp pdbcheck ../bin

実行オブジェクト作成の例④ 「3.4 Sample-4：SSBOND の検出と補正」の手順に従い、PDB を出力します。
52 / 56

■実行例① 出力 PDB ファイル
SSBOND 行の CYS 残基名が CYSS として出力されています(※１)。また、出力対象残基の残基名が CYSS として出力されています(※２)。
※１
SSBOND

1 CYSSA

3

CYSSA

8

ATOM

1 N

GLU A

1

-7.043 13.019 12.935

1.00 16.58

ATOM

2 CA GLU A

1-6.889 12.474 14.295

1.00 15.32

ATOM

3 C

GLU A

1

-8.004 11.558 14.610

1.00 16.88

ATOM

4 O

GLU A

1

-7.888 10.474 15.128

1.00 23.30

ATOM

5 CB GLU A

1-6.809 13.691 15.266

1.00 17.11

ATOM

6 CG GLU A

1-5.615 14.565 14.951

1.00 21.45

ATOM

7 CD GLU A

1-5.704 15.457 13.735

1.00 21.59

ATOM

8 OE1 GLU A

1-6.757 15.959 13.377

1.00 23.43

ATOM

9 OE2 GLU A

1-4.568 15.569 13.179

1.00 25.36

ATOM

10 N

GLN A

2

-9.199 12.048 14.356

1.00 15.69

ATOM

11 CA GLN A

2-10.407 11.299 14.630

1.00 12.38

ATOM

12 C

GLN A

2

-10.4319.940 13.980

1.00 19.86

ATOM

13 O

GLN A

2

-10.815

8.931 14.542

1.00 16.83

ATOM

14 CB GLN A

2-11.594 12.130 14.152

1.00 21.13

ATOM

15 CG GLN A

2-12.860 11.374 14.561

1.00 22.06

ATOM

16 CD GLN A

2-13.946 11.901 13.634

1.00 42.02

ATOM

17 OE1 GLN A

2-13.908 13.027 13.169

1.00 55.10

ATOM

18 NE2 GLN A

2-14.943 11.030 13.351

1.00 27.27

ATOM

19 N

CYSSA

3

-10.033

9.815 12.695

1.00 13.19

ATOM

20 CA

CYSSA

3

-10.050

8.518 12.065

1.00 12.63

ATOM

21 C

CYSSA

3

-9.1057.520 12.667

1.00

ATOM

22 O

CYSSA

3

-9.3956.288 12.666

1.00 14.22

ATOM

23 CB

CYSSA

3

-9.6608.673 10.559

1.00 12.54

ATOM

24 SG

CYSSA

3

-10.925

9.459

9.579

1.00 13.00

ATOM

25 N

CYS A

4

-8.0187.992 13.171

1.00 10.84

ATOM

26 CA CYS A

4-6.9647.186 13.808

1.00 17.02

ATOM

27 C

CYS A

4

-7.2366.948 15.358

1.00 13.71

ATOM

28 O

CYS A

4

-7.061

5.782 15.768

1.00 19.28

ATOM

29 CB CYS A

4-5.5787.826 13.656

1.00 20.24

ATOM

30 SG CYS A

4-4.1816.819 14.134

1.00 13.80

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9.95

※２

ATOM

31 N

THR A

5

-7.6557.937 16.058

1.00 12.57

ATOM

32 CA THR A

5-7.8627.732 17.520

1.00 19.99

ATOM

33 C

THR A

5

-9.143

6.997 17.870

1.00 26.34

ATOM

34 O

THR A

5

-9.1896.157 18.795

1.00 25.43

ATOM

35 CB THR A

5-7.7289.055 18.386

1.00 20.77

ATOM

36 OG1 THR A

5-8.8899.918 18.117

1.00 26.76

ATOM

37 CG2 THR A

5-6.3349.700 18.196

1.00 26.50

ATOM

38 N

SER A

6

-10.170

7.350 17.058

1.00 20.01

ATOM

39 CA SER A

6-11.5096.803 17.121

1.00 16.88

ATOM

40 C

SER A

6

-11.796

5.981 15.856

1.00 12.70

ATOM

41 O

SER A

6

-11.1395.010 15.473

1.00 17.60

ATOM

42 CB SER A

6-12.3318.067 17.439

1.00 19.52

ATOM

43 OG SER A

6-13.674

7.774 17.650

1.00 32.34

ATOM

44 N

ILE A

7

-12.883

6.382 15.159

1.00 15.34

ATOM

45 CA ILE A

7-13.3505.723 13.932

1.00 20.23

ATOM

46 C

ILE A

7

-13.969

6.902 13.106

1.00 17.50

ATOM

47 O

ILE A

7

-14.355

7.922 13.623

1.00 16.60

ATOM

48 CB ILE A

7-14.366

4.524 14.047

1.00 19.39

ATOM

49 CG1 ILE A

7-15.7024.874 14.742

1.00 22.05

ATOM

50 CG2 ILE A

7-13.7113.300 14.723

1.00 23.30

ATOM

51 CD1 ILE A

7-16.7023.722 15.005

1.00 42.11

ATOM

52 N

CYSSA

8

-14.080

6.685 11.767

1.00 12.14

ATOM

53 CA

CYSSA

8

-14.6657.679 10.880

1.00 11.24

ATOM

54 C

CYSSA

8

-15.301

6.881

9.766

1.00 12.17

ATOM

55 O

CYSSA

8

-14.962

5.692

9.528

1.00 21.14

ATOM

56 CB

CYSSA

8

-13.695

8.702 10.417

1.00 13.03

ATOM

57 SG

CYSSA

8

-12.275

8.119

9.385

1.00 13.60

ATOM

58 N

SER A

9

-16.233

7.557

9.095

1.00 11.37

ATOM

59 CA SER A

9-16.999

6.978

8.005

1.00

9.91

ATOM

60 C

SER A

9

-16.563

7.644

6.726

1.00

7.40

ATOM

61 O

SER A

9

-15.967

8.753

6.711

1.00

9.67

ATOM

62 CB SER A

9-18.516

7.183

8.084

1.00 16.64

ATOM

63 OG SER A

9-18.869

8.543

7.881

1.00 17.14

※２

TER

※SSBOND している CYS 残基を CYSS として出力した PDB ファイルを tplgene で読込むことはできません。tplgene での処理途中にエラーが発生します。

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※サンプルを試すため本手順を実行した場合、CYSS で出力しないように元に戻す必要があります。本手手順で追加した「-D ENABLE_RENAME_CYSS」を削除して「make clean」
コマンド、および「make」コマンドを再実行し実行オブジェクトを作成しなおしてください。

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