TSUBAME3.0利用の手引き
TSUBAMEポータル 編
令和5年度版（2023/6/23)

東京工業大学
学術国際情報センター
共同利用推進室Copyright (C) 2010-2024 GSIC All Rights Reserved.

「TSUBAMEポータル利用の手引き」もご参照ください。
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/

TSUBAME3.0の利用開始手順
1) TSUBAMEポータルにアクセスしメール送信
2) Webブラウザでアクセスし公開鍵を登録。

TSUBAME3.0 利用者
ssh クライアント
ssh-keygen (rsa)
id_rsa(秘密鍵）
id_rsa.pub (公開鍵)
鍵のパスフレーズ(≠ ログインパスワード)
OpenSSH 形式のもの

TSUBAMEポータル
公開鍵の登録id_rsa.pub

3) SSHによるログイン（公開鍵方式）~/.ssh/authoraized_keys
パーミッション 600
TSUBAME3.0
利用開始

ジョブの状況確認
ノード予約の設定Webサービス利用TSUBAMEポータルページへのアクセスをクリック→ メールが届く →TSUBAMEポータルページにアクセスします。
https://portal.t3.gsic.titech.ac.jp/ptl/
TSUBAMEログイン名 に 自分のTSUBAMEアカウントを入力し [メールの送信] をクリックします。
あらかじめ登録されたメールアドレスに URL が送られます。
メールで送られてきた URL をブラウザでアクセスすることでTSUBAMEポータルページにアクセスできます。1度のみ有効※ 一部のメーラーでは URL が正しく解釈されない場合があります。
ご注意ください。 https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/node/29

TSUBAMEポータルページのトップ初めにすること
１ SSH公開鍵登録 にてSSH公開鍵をアップロード
２ パスワード設定 にてlinuxパスワードを設定
利用可能な項目○ ジョブ一覧 (ジョブの確認)○ 予約ノード一覧 (予約状況を確認)○ Webサービス利用 (Jupyter Lab)
利用しない項目◼ 利用者情報表示◼ 支払コード管理◼ 予算コード承認依頼◼ 所属グループ管理◼ グループ作成

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SSH公開鍵登録

作成したSSH公開鍵のテキストを、この欄にコピペした場合は [追加] を。
参照から id_rsa.pub を選択した場合は[アップロード] をクリックします。

・ TSUBAME3.0 への SSH接続は公開鍵認証のみとなります。従ってSSH公開鍵アップロードが必要です。
・ 公開鍵を作成し、TSUBAMEポータルページからアップロードします。
・ アップロードした公開鍵は~/.ssh/authorized_keys ファイルの末尾に追加されます。
・ ssh-keygen で作成した場合は、ファイル id_rsa.pub の内容をアップロードします。
・ .ssh ディレクトリは、コマンド + SHIFT+ “.” で見えるようになります (Mac)。

PuTTY をお使いの場合は右の URL を参考にしてください。 https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/node/37
TSUBAMEポータル利用の手引き → https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/prepare/#ssh_key
PuTTYgen で作成する場合は、表示された OpenSSH の公開鍵をコピペします。
参考： Windowsで利用可能な SSHクライアント https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/windows_sshclientsトップページ ＞

パスワード設定

TSUBAMEのパスワードを設定します。
（TSUBAMEのコマンドラインでは変更できません）
注）TSUBAMEポータルのパスワードは TSUBAME のログインパスワードです。
※ パスワードを忘れた場合は再度メールを送信して設定します。
関連情報： https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/node/59

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ジョブ一覧

TSUBAMEで実行したジョブの一覧を表示します。
資源 ☑ 共有 □ 予約
投入 〇 利用者 ◎ グループ のみ選択し[検索] をクリックします。
終了したジョブの一覧が表示されます。
表示されたエリアをすべてコピー＆ペーストすることでエクセル等に取り込むことが可能です。

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予約ノード 一覧TSUBAMEで予約したジョブの一覧を表示します。
予約は [所属グループ管理] の画面から行います。
9. 計算ノードの予約「所属グループ管理」 → グループの「詳細表示」→ 利用オプション ノード予約「設定」→画面下部のノード予約にて操作。
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/node_reservation/※ １時間で 4,500ポイント消費します。（予約係数 1.25 倍となります)※ 10月以降（繁忙期）の最大予約可能ノード数は 135ノードとなります。
繁忙期の最大資源上限 https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/node/277※ 予約状況は t3-user-info compute ars コマンドにて表示されます。

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予約ノード 一覧
・ノードの予約設定
ノードを予約するには、TSUBAMEポータルにログインし、サイドメニューから「所属グループ管理」を選択→ポイント利用するグループの「詳細表示」を選択→
利用オプションのノード予約の「設定」ボタンを押し「ノード予約設定」画面を開きます。
この画面の最下部に存在する「ノード予約」を操作してノード予約を行います。
１時間、１ノードを最小単位として予約することができます。１日以上のジョブの実行も可能となります。

「予約確認」ボタンを押すと「ノード予約確認」ダイアログが表示されます。
表示された「予約期間」、「予約ノード数」、「支払ポイント数」などを確認したうえで、「上記を承認の上、予約」のボタンを押すことで予約が完了し、予約したノードがリストに表示されます。
予約をキャンセルする場合は、「ノード予約」の「キャンセル」のページから検索し、キャンセルしたいジョブを ☑ したのち「予約キャンセル」ボタンをクリックします。（24時間前までキャンセル可能です。）
名称

No.
1
2

期間

説明

開始

予約ノードの開始日時を指定します。

終了予約ノードの終了日時を指定します。

3

時間

開始日時からの長さを時間で指定することが可能です。（実際のジョブは10分前まで※）

4日

開始日時からの長さを日で指定することが可能です。

5

資源予約するノード数を指定します。(f_node が１ノード単位となります）

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コメント

本予約に対するコメントを記載します。

7

予約確認

予約可能かシステムに確認します。

※予約時の注意 https://www.t3.gsic.titech.ac.jp/node/263

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Webサービス利用

Webアプリケーションのメニューより、Jupyter Lab、Code Server、noVNC が利用可能です。
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/webapp/#webservice_start

学外利用者は○ 有償サービス利用○ お試し利用の２つが利用できます。
Jupyter Lab 利用の手引き
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/jupyter.ja/
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/webapp/#jupyter_start
Code Server の詳細につきましては下記をご参照ください。
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/webapp/#code_server_start
noVNC の詳細につきましては下記をご参照ください。
https://helpdesk.t3.gsic.titech.ac.jp/manuals/portal.ja/webapp/#novnc_startTSUBAME + シングルサインオン + JupyterLab= みんなのビッグデータ利活用環境
TSUBAMEポータルからWebアプリケーション(Jupyter Lab)を起動⇒ WebブラウザだけでTSUBAMEを直接利用できます← Python3 Notebook$HOME/t3workspace
ディレクトリのみアクセス可能← Python3 Console← Terminal 等が利用可能

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Webサービス利用

Web ブラウザから計算ノードを利用する
公開鍵の設定、SSH でのログインが不要
ファイアウォールに SSH のポート22 を開けなくてよい。
学外利用者は有償サービスとお試し利用のみ利用可能
混雑時には資源の割当てに時間がかかります。
資源の割当てにはノードと時間を設定する必要があります。

1. お試し利用を選択した例
2. 資源タイプに q_node を選択
お試しの場合は10分まで
3. 起動 ボタンを押すトップページ ＞

Webサービス利用← [上記を承認の上、登録] ボタンを押すトップページ ＞

Webサービス利用

OK を押し、しばらくするとメールでURLが送付されます。

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Webサービス利用
メールで送られてきた URLをクリックするとWebブラウザが立ち上がり
Jupyter Notebook のサービスが利用できます。

Other の Terminal をクリックすることでWeb ブラウザから計算ノードが利用できます。

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Webサービス利用

割り当てられた資源タイプの計算ノードを、Web ブラウザから直接利用できます。
必要なコマンドを入力し、そのままジョブを実行できます。
noVNC を選択することで、X Window のアプリも表示可能になりました。

公開鍵・秘密鍵の作成（Mac)【公開鍵の作成例】
Mac にて ターミナルソフトを起動します。 [移動] → [ユーティリティ] → [ターミナル]← ssh-keygen と入力する← リターンする← パスフレーズをつける← 同じものを２回入力する（５文字以上の任意の文字列）
注）パスフレーズは表示されません
SSHの秘密鍵についてはパスフレーズで保護するとともに厳重に管理し、他人に使われることのないようにしてください。 本人以外の公開鍵を登録した場合、アカウントの不正利用とみなされアカウントの利用が停止されます。
※上の例で作成されたssh鍵ペア (/Users/kyoyo/.ssh ディレクトリ)-rw-------rw-r--r--

id_rsaid_rsa.pub

←秘密鍵
←公開鍵

ssh によるログイン
ターミナルソフトにて操作を行います。
$ ssh

ログイン名@login.t3.gsic.titech.ac.jp← ssh ログイン名＠ログインノード←“yes”と入力します(最初だけ)←さきほど設定したパスフレーズを入力
注）パスフレーズは表示されません← ログインノードにログインできました※

HPCIのアカウントでログインする場合も、ログイン名@login.t3.gsic.titech.ac.jp でログインできます。

公開鍵・秘密鍵の作成 (Windows)
Tera Term による公開鍵・秘密鍵の作成の例
１．Tera Term を起動します。（例：スタートメニュー → [すべてのプログラム] → [Tera Term] を選択）
２．[新しい接続] 画面で [キャンセル] を選択します。

３．[設定] のメニューから [SSH鍵生成(N)] を選択し、鍵生成の画面を表示させます。

公開鍵・秘密鍵の作成
４．[TTSSH: 鍵生成] の画面で [生成(G)] を選択し鍵を生成します。

５．鍵のパスフレーズを設定し、公開鍵および秘密鍵を保存します。

上下に同じパスフレーズを入力します

任意のフォルダに保存してください（id_rsa.pub および id_rsa )MobaXterm による接続(1)MobaXterm をダウンロードして起動します。 https://mobaxterm.mobatek.net/

Settings の Configuration を選択し SSH タブをクリックし SSH agents 画面にて設定します。
□ Use Internal SSH agent “MobAgent” をチェックし、右側の”+”をクリックし、秘密鍵のファイルを選択します。

MobaXterm による接続(2)local terminal を起動し ssh ユーザー名@login.t3.gsic.titech.ac.jp -YC にてログインします。

右上の X server アイコンの影に色がついていれば X server が起動しています。
ログインノードにて xeyes などを実行し X Window アプリが起動することを確認します。

MobaXterm によるファイル転送
ログインしたのち左側に表示されるファイル一覧エリアを利用して、ファイルのドラッグ＆ドロップが可能です。

□ Follow terminal folder を チェック しておくと、cd した後のディレクトリのファイル内容が表示されます。