（様式第 20）成果報告書

共同利用（産業利用トライアルユース：先端研究施設共用促進事業 『みんなのスパコン』TSUBAME によるペタスケールへの飛翔） 成果報告書 平成２２年度 産業利用 トライアルユース i10nf

利用課題名 Gaussian と GAMESS の実行を支援する GUI ソフトの開発
英文：GUI software development for Gaussian and GAMESS
千田 範夫
Norio Senda
株式会社テンキューブ研究所
TENCUBE Institute,Ltd.
http://winmostar.com/
Gaussian と GAMESS の実行を支援する GUI ソフトを開発した。これによって、ファイル転送やターミナルソフトは不要で、簡単な操作でジョブの実行が可能になり、計算機システムに不慣れな実験研究者でも、TSUBAME で大規模分子科学計算を実行できるようになった。
A GUI software for the execution of Gaussian or GAMESS has been created. This software
provides simple and easy operational environment for the computation software without using
ordinary file transport utilities or terminal utilities. This will be of great support for the laboratory
scientists who are not familiar with computer system in executing large scale calculations ofcomputational chemistry.

Keywords: Gaussian, GAMESS, GUI, Winmostar
背景と目的

概要

分子科学計算を普及させるには、計算機システムやWinmostar が内蔵している SSH を用いて、Linux 機又理論化学に不慣れな実験研究者でも手軽に、Gaussian

は UNIX 機の計算サーバーへ、Gaussian や GAMESSや GAMESS の計算を実行できる環境が不可欠である。のジョブをサブミットする汎用的な機能を開発した。これ

WindowsPC で 動 作 す る 分 子 科 学 計 算 用 Ｇ Ｕ Ｉ のによって、ファイル転送やターミナルソフトは不要になり、

Winmostar[1]はアカデミックフリーで公開されており、そボタンひとつで計算サーバーにファイル転送とジョブのの使い易さから、教育研修用として広く利用されている。

起動、監視、結果の取得が可能になった。

商用版は企業の研究開発用途としても充分な機能を有結果および考察しており、数多くの導入実績がある。

Winmostar を用いることで、計算機システムに不慣れ

Winmostar の現在の利用方法は、Windows 版の計算な実験研究者でも、簡単に大規模分子科学計算を実ソルバーの利用が主体であるが、PC では計算が出来行できるようになった。TSUBAME を手軽に利用できるないような大規模系の分子科学計算ニーズも高まって環境によって、共用促進事業への貢献も期待できる。

いる。Winmostar 自体は、大規模分子の取り扱いも可まとめ、今後の課題能であり、Linux 機等の計算サーバーへジョブをサブミ

Winmostar のジョブサブミット機能を汎用的に改良し、ットする機能も有している。しかし、現状の Winmostar のTSUBAME 上の Gausian と GAMESS を手軽に利用できジョブサブミット機能は汎用的ではなく、多様な計算ソる環境を構築した。今後の TSUBAME と Winmostar のルバーとジョブスケジューラには対応していないので、利用を促進するために、マニュアルを作成したので以利用可能な範囲は限られていた。

下に添付する。

本利用課題では、Winmostar から計算サーバーへのジョブサブミット機能を改良し、汎用的な機能を開発す

文献ることで、PC から スパコンまでシームレスな利用方法[1] Winmostar 公開ページ、http//winmostar.comを提案することを目標とした。

Submit Job 機能マニュアル（TSUBAME-Gaussian 編）

１．計算→UNIX Server で Submit Job の画面が立ち上がる。
２．Submit Job の初期画面で、Admin mode の[ON]を押し、Password で“0204”を入力する。
３．右上に default が表示されているのを確認して[Default]を押す。
これで、default_server.ini の内容が winmos_server.ini にコピーされ、以降は winmos_server.iniに設定変更の内容が保存される。
default_server.ini の内容は、エディターで変更できる。
winmos_server.ini は Submit Job 画面で変更できるが、エディターで変更することもできる。
４ ．Admin mode で は、 Queue(LSF,PBS,SGE,T2SUB,ST)でス ケジュー ラの 設定が でき る。
TSUBAME では、T2SUB を選択する。
T2SUB の設定では、次の図のようになる。

５．Hostname(login-t2.g.gsic.titech.ac.jp 等)や LoginID、Passwd の設定を行う。
key に、フルパスでプライベートキーを設定する。Program で g09 や g03 の選択、Method で PBSのオプションを指定する。
６．Test の横の[sftp]ボタンでテストする。
最初の接続時は、以下のメッセージがでるので、y を入力する、If you want to carry on connecting just once, without adding the key to the cache, enter "n".
If you do not trust this host, press Return to abandon the connection.
Store key in cache? (y/n)
このテストが OK になれば、７．～１１．を行う。この時は、Admin mode を OFF にしても良い。
通常は Admin mode を OFF にしておく方が、誤って設定を変えてしまう恐れが少ない。
７．[stat-Q]や[group]でマシンの状況を確認する。
８．[sendsub]で TSUBAME にデータが転送されて、ジョブが投入され Submitting a job to PBS...
NNNNN.t2xxxxxxx と表示される。
（注）システムの負荷が高い時は、ジョブの投入に失敗することがある。この場合は、ls で転送したデータ(filenema.gjf)と script.pbs の存在が確認できたら、[qsub]ボタンで再投入する。
filename.gjf の計算は RemoteDir で設定したディレクトリで実行されるが、RemoreDir が空白の場合は、Linux 機の LoginID のホームディレクトリ/Windows のユーザーID/g09/filename/のディレクトリで実行される。Windows のユーザーID は、画面上の LocalID で表示されている。WindowsのユーザーID に漢字が含まれている場合は、下の IDdir で表示される 16 進数を含む文字列で代用される。例えば、”12 千田 AB”は” 1290E79363AB”になる。
Submit Job 画面や Winmostar の画面を終了してもよいが、再度立ち上げた場合は、filename.gjfを呼び出して[ls]することで、計算結果の出力ファイル(filename.log)を確認することができる。
９．[ls]で、その他の出力ファイルの存在も確認できる。winmos.x はジョブの起動を示し、winmos.oと winmos.e はジョブの終了を示している。
[stat-a]等で実行状況を確認する。
１０．出力ファイルが確認できたら、[get]する。途中結果を[get]することもできる。
[import]の左のボックスに[get]後の動作（ファイルを開く等）を指定することができる。PC 上に一度[get]したファイルは、[get]しなくても[import]で別の動作をすることができる。
計 算 → Import → Animation 等 で 、 様 々 な 図 示 が で き る 。 MO 表 示 は 、 計 算 → Import →MO,UV,Charge…で行なう。
１１．ジョブのキャンセルは、[qdel]の横の窓に[stat-a]で確認したジョブ ID を入れて[qdel]を押す。
（注）同一ディレクトリでのジョブの二重投入は異常終了する。Windows のユーザーID 等が異なれば、同一ディレクトリにはならないので問題はない。