Data collection and sharing in Brain/MINDS Beyond
Saori C. Tanaka
human brain MRI project
Brain/MINDS Beyond / ATR, Japan
Brain/MINDS (FY2014-)

Marmoset
Human
Brain/MINDS Beyond (FY2018-)

HumanMacaca
MarmosetBrain/MINDS Beyond
human brain MRI project• The project collect multi-site brain MRI
data of patients with psychiatry andneurological disorders and healthy controls• We will start to release the qualitycontrolled datasets from more than 7,000
participants from 2024
XNAT(Koike et al., 2021, Neuroimage: Clinical)

AIM: Revealing human intelligence, sensitivity and sociality
at brain circuit level for the early detection andintervention of psychiatric and neurological disorders

Harmonization of multi-site data• Prospective harmonization: developed a unified imaging
protocol acceptable in the clinical sites with finer resolution• Statistical harmonization: designed and performed thetraveling subject (each participants was measured in the multiple sites)
Prospective harmonization

Statistical harmonization(Koike et al., 2021, Neuroimage: Clinical)(Yamashita et al., 2020, PLOS Biology)(Yamashita et al., 2019, PLOS Biology)(Koike et al., 2021, Neuroimage: Clinical)

We developed a robust biomarker using resting statefunctional connectivity of major depression that canbe generalized to the independent data.

Allow development of AIbased biomarkers with highgeneralization performancethat can withstand clinicalapplication

Actions for task forces of DSS WG• Data Governance: Developed web app of data governance• Data Catalog: Fixed meta data for data catalogue• Training: Held training courses for Quality Control and data analysis

Training

Web app of datagovernance

Meta data for catalogue
Download data

Update data status

Refer to data status(ex. QC, pre-process)All materials are available on thewebsite and YouTube channel.

Quickly check the current status of each data on the long process,including measurement, collection, transferring, QC, and preprocessing,
performed by different members or institutes.

Public sharing of multi-disorders,multi-sites datasets• Released the datasets from1,600 participants and 9 TSsfrom 2020

Valuable open datasetof patients and healthy
individuals as well as
traveling subjects
CRHD

HARP

SRPB

TotalDepression

206

1415

603

2224

Bipolar

80

285

17382

ASD

86900176

ADHD06006011814261369

Dementia (Alzheimer)

0335

0335

PD

08050805

Eating Disorder

06072132

Epilepsy

100010

MCI200020

ARMS

2700270071

7100174

174038038

272

1671

664

2679

819

4901

1662

7502

Schizophrenia• Start to release the datasets OCD
Disorderfrom more than 7,000 Anxiety
Chronic Pain
participants and 80 TS from Healthy Participants
2024 Total

Contents of datasets
MRI data

Demographicinformation

Anatomical MRI (T1w,T2w, DWI)
Functional MRI(resting-state fMRI,task fMRI*)
Fieldmap

Age, sex, handedness, Symptom assessment
diagnosis, criterion for scale (Name and total
diagnosis, education,score)
JART25*** Optional

Clinicalinformation

OtherSleepiness scale inresting state fMRI**Japanese version ofNational Adult
Reading Test

6必須

rfMRI 1 回⽬

および 1 回⽬の安静時 fMRI 画

SEField1_PA

0:06

BOLD_REST1_PA

5:08

影すること。

T1_MPR

5:22

3D T1 強調画像と T2 強調画

T2_SPC

5:31-6:26

T1_MPR, T2_SPC とセットで像（AP, PA)。必ずセットで撮

HARmonized Protocol for Brain/MINDS-beyond (HARP)
構造画像

表1セット

サブセット

ロカライザー

必須rfMRI 1 回⽬

構造画像

ASL

QSM

0:13-0:14

AC-PC_setup

0:06

FOV の確認とシミング

SEField1_AP

0:06

歪み補正⽤のスピンエコーB0

BOLD_REST1_AP

5:08

磁場画像(位相⽅向 AP と PA)、SEField1_PA

0:06

像（AP, PA)。必ずセットで撮

BOLD_REST1_PA

5:08

影すること。

SEField2_AP

0:06

歪み補正⽤のスピンエコーB0

T1_MPR3D T1 強調画像と T2 強調画

BOLD_REST2_AP

5:08

磁場画像(位相⽅向 AP と PA)、

5:22

SEField2_PA

0:06

T2_SPC像（AP, PA)。必ずセットで撮

5:31-6:26

BOLD_REST2_PA

5:08

影すること。

SEField3_AP

0:06

歪み補正⽤のスピンエコーB0

BOLD_REST3_AP

5:08

SEField3_PA

0:06

BOLD_REST3_PA

5:08SEField4_AP

0:06

SEField4_PA

0:06

BOLD_EMOTION_PA

4:08

必ずセットで撮影すること。

SEField5_AP

0:06

歪み補正⽤のスピンエコーB0

SEField5_PA

0:06

BOLD_CARIT_PA

4:08と FOV の⾃動設定

5:03

DWI_AP (Prisma は dir54, ⾮ Prismaは dir68)
DWI_PA (Prisma は dir55, ⾮ Prismaは dir69)
SEField2_AP
rfMRI 2 回⽬
オプション

3:29-4:50

撮影すること。

rfMRI 2 回⽬
オプション流評価。ADNI 版。
3D 定量的磁化率マッピング。

rfMRI 3 回⽬

拡散強調画像。ひずみ補正のたすること。

tfMRIEMOTION

0:06

歪み補正⽤のスピンエコーB0

BOLD_REST2_AP

5:08

磁場画像(位相⽅向 AP と PA)、tfMRI-

SEField2_PA0:06

および 2 回⽬の安静時 fMRI 画像（AP, PA)。必ずセットで撮CARITBOLD_REST2_PA

5:08

影すること。

QSM_3D（Prisma, Skyra のみ）は dir68)
DWI_PA (Prisma は dir55, ⾮ Prismaは dir69)

動脈スピンラベリングによる⾎め 13,14 と必ずセットで撮影

3:32-4:54

DWI像。解剖画像⽤。必ず
T1_MPR, T2_SPC とセットでVerio_VD13A のみ)

DWI_AP (Prisma は dir54, ⾮ Prisma

および 1 回⽬の安静時 fMRI 画• Acceptablefor Siemens
QSM
QSM_3D（Prisma,Skyra のみ） and GE MRIs
DWI

動脈スピンラベリングによる⾎AAHead_Scout

Verio_VD13A のみ)

スカウト撮像、AC-PC の同定

ASL_ADNI (Prisma, SKkyra,

撮像時間2:45

ASL撮影すること。

撮像名称

ASL_ADNI (Prisma, SKkyra,

内容像。解剖画像⽤。必ず2:45
5:03
3:29-4:50

流評価。ADNI 版。
3D 定量的磁化率マッピング。

拡散強調画像。ひずみ補正のため 13,14 と必ずセットで撮影

3:32-4:54すること。

および 2 回⽬の安静時 fMRI 画

磁場画像(位相⽅向 AP と PA)、および 3 回⽬の安静時 fMRI 画像（AP, PA)。必ずセットで撮影すること。
歪み補正⽤のスピンエコーB0
磁場画像(位相⽅向 AP と PA)、
および課題 fMRI(EMOTION)。

磁場画像(位相⽅向 AP と PA)、
および課題 fMRI(CARIT)。必ずセットで撮影すること。

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