表1

W染色体のPCR診断用プライマー配列

分子マーカー名Yukemuri-L
YamatoFem
Rikishi
文献

プライマー名配列（5’-3’）

Yukemuri-L-F1

AGTGAAGGTCCCAGAGTAACAACT

Yukemuri-L-R2

AGGTTGCCAGAGCAACTCTATACT

yamato2

TGCCAGCCATTTCTAACTAC

yamato1A

AGTCAGCGCTCACGGCCAAT

Fem-1FTCAAAAACGTATGTATCAGG

Fem-2R

CTCGGATCGCACGAAATCAG

Rikishi-A1

GGCGATGCTGTGTACCCAGAATGT

Rikishi-B2

GTTCCTCTGCGATGGGTGGCACATA

増幅産物
（bp）

カイコ
W染色体

坂戸クワコ
文献
W染色体

461

増幅あり

増幅なし

1700

増幅なし

増幅あり

2668

増幅あり増幅あり

3927

増幅あり増幅なし

11．Insect Mol. Biol. 14, 339-352 (2005). https://doi.org/10.1111/j.1365-2583.2005.00565.x
2．Genes Genet. Syst. 73, 243-254 (1998). https://doi.org/10.1266/ggs.73.243
3．Nature. 509, 633-636 (2014). https://doi.org/10.1038/nature13315

分譲可能なリソースの紹介

種名

ステージ

時期

提供

ヤママユガ

卵（休眠）

9月～翌年6月～ 100粒幼虫

6月～ 9月～ 50頭

蛹

7月～ 10月～ 50頭

成虫

8月～ 10月～ 10頭

卵（非休眠）

4月～ 8月～ 100粒幼虫

6月～ 9月

～ 50頭

蛹（休眠）

9月～翌年5月～ 50頭

成虫

5月～ 10月～ 10頭

卵（非休眠）

通年～ 1000粒

通年～ 100頭●九州大学（代表機関）
2024年度の飼育スケジュール
表を目安に連絡を頂ければ分譲します。時期が合サクサン

わない場合には中核機関九州大学までご連絡下さい。
時期

孵化日

幼虫時期

蛹時期

1期

5月10日

5月10 ～ 6月1日

6月2 ～ 10日

エリサン

2期

7月2日

7月2 ～ 24日

7月25 ～ 8月2日

幼虫

3期

8月20日

8月20 ～ 9月11日

9月12 ～ 20日

蛹（休眠）

通年

～ 100頭

4期

10月4日

10月4 ～ 26日

10月27 ～ 11月4日

成虫

通年

～ 10頭

5期 11月22日 11月22 ～ 12月14日
6期

1月9日

12月15 ～ 23日

1月9 ～ 31日

2024
No.54

National
Bio-Resource
Project “Silkworm”
ナショナルバイオリソースプロジェクト「カイコ」情報誌
2024 年 3 月 31 日発行

第 54 号

http://www.nbrp.jp/index.jsp

ニュースレター “おかいこさま”について

2月1 ～ 9日

蚕は我が国の重要な農業生物でした。農家で大切カイコ並びにクワコのDNAを分譲しています。
突然変異系統（約500系統）並びに、クワコ（北に飼育される蚕は家のお座敷で養われる程で、「お海道から鹿児島まで全国40数地点）のDNAレポジト

かいこさま」「お蚕（こ）様」と呼ばれ今日に至っリーを整備しました。飼育が困難、変異体の情報がています。蚕は日本人にとって特別な昆虫です。皇欲しいなどの場合に便利です。個体別に作成してい居内のご養蚕所では皇后様が毎年、「おかいこさま」ますので遺伝多型を調べる実験にも利用できます。

を養われています。
「おかいこさま」は世界の何処にもない日本独自なバイオリソースです。日本発のライフサイエンス●信州大学（分担機関）（野蚕関係）

素材からオリジナルな研究を展開する情報誌の名前

日本のヤママユガ科ガ類を保存しています。ウスとして用いています。

タビガ、オオミズアオ、オナガミズアオ、ヒメヤマ
マユ、シンジュサン、エゾヨツメなども扱っていまニュースレター “おかいこさま”編集・発行

す。ホームページをご覧ください。

〠819-0395

http://www.shigen.nig.ac.jp/wildmoth/index.jsp

福岡市西区元岡744

管理、質の向上に一層の努力を重ねていきます。

遺伝子資源開発研究センター内

九州大学大学院農学研究院

ナショナルバイオリソースプロジェクト〈問い合わせ先〉梶浦善太zkajiur@shinshu-u.ac.jp「カイコ」課題代表

藤井告

染色体置換系統CT05のDNA-seq解析
第5染色体のみ坂戸クワコホモ型で他の染色体はp50ホモ型であるCT05系統のDNA-seqデータを、p50由来の参照配列にマッピングして、各染色体上のSNPの個数をビン幅100万のヒストグラムで表示した。第5染色体にSNPが密集して存在しているのがわかる。

TEL 092-802-4821
fujii.tsuguru.233@m.kyushu-u.ac.jp41p50系統遺伝子汚染の報告とお詫びならびに今後の対応について
この度、NBRPカイコで管理しているp50系統において遺伝子汚染が確認されました。具体的には、2024年1月の調査において、p50系統に坂戸クワコ系統のW染色体の混入が確認されました。
家蚕遺伝子開発分野では、坂戸クワコ置換系統群を管理していました。坂戸クワコ置換系統群は、埼玉県坂戸市産のクワコに由来する坂戸クワコ系統の雌を祖先に有する系統群で、W染色体以外のほとんどの染色体がp50系統に由来する染色体で置換されています。坂戸クワコ置換系統群がp50系統に混入した結果、坂戸クワコ系統のW染色体を持つ遺伝子汚染p50が生じてしまったことが推定されます。
そのため、p50系統の蚕種の分譲は、一旦中止することにしました。そして、p50系統の分譲を再開するために、東京大学昆虫遺伝研究室よりp50T系統を分譲していただき、2024年2月より飼育を開始しました。
東京大学昆虫遺伝研究室のp50T系統は、家蚕遺伝子開発分野で管理されていたp50系統に由来する系統です。一蛾育により近交性を高めた後でゲノム解析に供試されたため、九州大学のp50系統と区別するために、p50Tとして維持されていました。なお、家蚕遺伝子開発分野では、2002年にp50T系統を東京大学昆虫遺伝研究室より分譲していただき、それ以降、p50として管理・分譲を行ってきました。したがって、2024年3月以降に家蚕遺伝子開発分野から分譲を再開するp50は、2002年から汚染前まで分譲を行ってきたp50と、遺伝的に同一であると考えていただいて問題ありません。
坂戸クワコ系統とp50系統のW染色体は、PCRによるジェノタイピングにより区別可能です。ジェノタイピングの例およびプライマー情報を以下に示します（図1、表1）。現状では、常染色体も汚染されているのかどうか、確定できておりません。参考までに、染色体置換系統、坂戸クワコ系統、遺伝子汚染p50系統のゲノムをリシーケンスし、p50系統由来の参照配列にマッピングした結果を示します（表紙、図2）。遺伝子汚染は、最も古くて2019年度のp50系統において確認されましたが、いつから汚染が生じていたのか、厳密には特定できておりません。そこで、NBRPカイコより入手したp50を利用して、現在も実験を継続されているユーザーの皆様におかれましては、家蚕遺伝子開発分野にて、p50の分譲体制が整い次第、無償にて、p50の蚕種を数蛾分譲させていただきます。
今後は、このような問題が起きないよう、細心の注意を払って系統管理・分譲を行ってまいります。

番号

図1系統

雌雄W染色体図2

坂戸クワコ系統（上）と遺伝子汚染p50系統（下）のDNA-seq解析

坂 戸 ク ワ コ 系 統 のDNA-seqデ ー タ はDDBJのDRAデ ー タ ベ ー ス か ら ダ ウ ン ロ ー ド し ま し た（DRA004652）。遺伝子汚染p50系統（2024年1月飼育）、表紙で示したCT05系統のデータは、1頭の雄個

1T16♀

坂戸クワコ

2T42

♀

カイコ

由来の参照配列にマッピングして、20リード以上のデプスを有することなどの条件で、一塩基多型

3

遺伝子汚染p50♀

坂戸クワコ（SNP）を選抜し、各染色体におけるSNPの個数をビン幅100万のヒストグラムで表示しました。データ

4

遺伝子汚染
p50

♂

なし

5p50♀

カイコ

6p50♂

なし

体に由来し、それぞれDNBSEQ、Illuminaでシーケンスしました。得られたショートリードをp50系統

解析の詳細は、NBRPカイコのホームページから公開予定です（http://shigen.nig.ac.jp/silkwormbase/
topAction.do）。

PCRによる坂戸クワコ系統とp50系統のW染色体の判別

23p50系統遺伝子汚染の報告とお詫びならびに今後の対応についてこの度、NBRPカイコで管理しているp50系統において遺伝子汚染が確認されました。具体的には、2024年1月の調査において、p50系統に坂戸クワコ系統のW染色体の混入が確認されました。
家蚕遺伝子開発分野では、坂戸クワコ置換系統群を管理していました。坂戸クワコ置換系統群は、埼玉県坂戸市産のクワコに由来する坂戸クワコ系統の雌を祖先に有する系統群で、W染色体以外のほとんどの染色体がp50系統に由来する染色体で置換されています。坂戸クワコ置換系統群がp50系統に混入した結果、坂戸クワコ系統のW染色体を持つ遺伝子汚染p50が生じてしまったことが推定されます。
そのため、p50系統の蚕種の分譲は、一旦中止することにしました。そして、p50系統の分譲を再開するために、東京大学昆虫遺伝研究室よりp50T系統を分譲していただき、2024年2月より飼育を開始しました。
東京大学昆虫遺伝研究室のp50T系統は、家蚕遺伝子開発分野で管理されていたp50系統に由来する系統です。一蛾育により近交性を高めた後でゲノム解析に供試されたため、九州大学のp50系統と区別するために、p50Tとして維持されていました。なお、家蚕遺伝子開発分野では、2002年にp50T系統を東京大学昆虫遺伝研究室より分譲していただき、それ以降、p50として管理・分譲を行ってきました。したがって、2024年3月以降に家蚕遺伝子開発分野から分譲を再開するp50は、2002年から汚染前まで分譲を行ってきたp50と、遺伝的に同一であると考えていただいて問題ありません。
坂戸クワコ系統とp50系統のW染色体は、PCRによるジェノタイピングにより区別可能です。ジェノタイピングの例およびプライマー情報を以下に示します（図1、表1）。現状では、常染色体も汚染されているのかどうか、確定できておりません。参考までに、染色体置換系統、坂戸クワコ系統、遺伝子汚染p50系統のゲノムをリシーケンスし、p50系統由来の参照配列にマッピングした結果を示します（表紙、図2）。遺伝子汚染は、最も古くて2019年度のp50系統において確認されましたが、いつから汚染が生じていたのか、厳密には特定できておりません。そこで、NBRPカイコより入手したp50を利用して、現在も実験を継続されているユーザーの皆様におかれましては、家蚕遺伝子開発分野にて、p50の分譲体制が整い次第、無償にて、p50の蚕種を数蛾分譲させていただきます。
今後は、このような問題が起きないよう、細心の注意を払って系統管理・分譲を行ってまいります。

番号

図1系統

雌雄W染色体図2

坂戸クワコ系統（上）と遺伝子汚染p50系統（下）のDNA-seq解析

坂 戸 ク ワ コ 系 統 のDNA-seqデ ー タ はDDBJのDRAデ ー タ ベ ー ス か ら ダ ウ ン ロ ー ド し ま し た（DRA004652）。遺伝子汚染p50系統（2024年1月飼育）、表紙で示したCT05系統のデータは、1頭の雄個

1T16

♀

坂戸クワコ

2T42

♀

カイコ

由来の参照配列にマッピングして、20リード以上のデプスを有することなどの条件で、一塩基多型

3

遺伝子汚染
p50

♀

坂戸
クワコ（SNP）を選抜し、各染色体におけるSNPの個数をビン幅100万のヒストグラムで表示しました。データ

4

遺伝子汚染
p50

♂

なし

5p50

♀

カイコ

6

p50

♂

なし

体に由来し、それぞれDNBSEQ、Illuminaでシーケンスしました。得られたショートリードをp50系統

解析の詳細は、NBRPカイコのホームページから公開予定です（http://shigen.nig.ac.jp/silkwormbase/topAction.do）。

PCRによる坂戸クワコ系統とp50系統のW染色体の判別

23

表1

W染色体のPCR診断用プライマー配列

分子マーカー名Yukemuri-L
YamatoFem
Rikishi
文献

プライマー名配列（5’-3’）

Yukemuri-L-F1

AGTGAAGGTCCCAGAGTAACAACT

Yukemuri-L-R2

AGGTTGCCAGAGCAACTCTATACT

yamato2

TGCCAGCCATTTCTAACTAC

yamato1A

AGTCAGCGCTCACGGCCAAT

Fem-1FTCAAAAACGTATGTATCAGG

Fem-2R

CTCGGATCGCACGAAATCAG

Rikishi-A1

GGCGATGCTGTGTACCCAGAATGT

Rikishi-B2

GTTCCTCTGCGATGGGTGGCACATA

増幅産物
（bp）

カイコ
W染色体

坂戸クワコ
文献
W染色体

461

増幅あり増幅なし

1700

増幅なし

増幅あり

2668

増幅あり増幅あり

3927

増幅あり

増幅なし

11．Insect Mol. Biol. 14, 339-352 (2005). https://doi.org/10.1111/j.1365-2583.2005.00565.x
2．Genes Genet. Syst. 73, 243-254 (1998). https://doi.org/10.1266/ggs.73.243
3．Nature. 509, 633-636 (2014). https://doi.org/10.1038/nature13315

分譲可能なリソースの紹介

種名

ステージ

時期

提供

ヤママユガ

卵（休眠）

9月～翌年6月～ 100粒幼虫

6月～ 9月～ 50頭

蛹

7月～ 10月～ 50頭

成虫

8月～ 10月～ 10頭

卵（非休眠）

4月～ 8月～ 100粒幼虫

6月～ 9月

～ 50頭

蛹（休眠）

9月～翌年5月～ 50頭

成虫

5月～ 10月～ 10頭

卵（非休眠）

通年～ 1000粒

通年～ 100頭●九州大学（代表機関）
2024年度の飼育スケジュール
表を目安に連絡を頂ければ分譲します。時期が合サクサン

わない場合には中核機関九州大学までご連絡下さい。
時期

孵化日

幼虫時期

蛹時期

1期

5月10日

5月10 ～ 6月1日

6月2 ～ 10日

エリサン

2期

7月2日

7月2 ～ 24日

7月25 ～ 8月2日

幼虫

3期

8月20日

8月20 ～ 9月11日

9月12 ～ 20日

蛹（休眠）

通年

～ 100頭

4期

10月4日

10月4 ～ 26日

10月27 ～ 11月4日

成虫

通年

～ 10頭

5期 11月22日 11月22 ～ 12月14日
6期

1月9日

12月15 ～ 23日

1月9 ～ 31日

2024
No.54

National
Bio-Resource
Project “Silkworm”
ナショナルバイオリソースプロジェクト「カイコ」情報誌
2024 年 3 月 31 日発行

第 54 号

http://www.nbrp.jp/index.jsp

ニュースレター “おかいこさま”について

2月1 ～ 9日

蚕は我が国の重要な農業生物でした。農家で大切カイコ並びにクワコのDNAを分譲しています。
突然変異系統（約500系統）並びに、クワコ（北に飼育される蚕は家のお座敷で養われる程で、「お海道から鹿児島まで全国40数地点）のDNAレポジト

かいこさま」「お蚕（こ）様」と呼ばれ今日に至っリーを整備しました。飼育が困難、変異体の情報がています。蚕は日本人にとって特別な昆虫です。皇欲しいなどの場合に便利です。個体別に作成してい居内のご養蚕所では皇后様が毎年、「おかいこさま」ますので遺伝多型を調べる実験にも利用できます。

を養われています。
「おかいこさま」は世界の何処にもない日本独自なバイオリソースです。日本発のライフサイエンス●信州大学（分担機関）（野蚕関係）

素材からオリジナルな研究を展開する情報誌の名前

日本のヤママユガ科ガ類を保存しています。ウスとして用いています。

タビガ、オオミズアオ、オナガミズアオ、ヒメヤマ
マユ、シンジュサン、エゾヨツメなども扱っていま

ニュースレター “おかいこさま”編集・発行

す。ホームページをご覧ください。

〠819-0395

http://www.shigen.nig.ac.jp/wildmoth/index.jsp

福岡市西区元岡744

管理、質の向上に一層の努力を重ねていきます。

遺伝子資源開発研究センター内

九州大学大学院農学研究院

ナショナルバイオリソースプロジェクト〈問い合わせ先〉梶浦善太zkajiur@shinshu-u.ac.jp「カイコ」課題代表

藤井告

染色体置換系統CT05のDNA-seq解析
第5染色体のみ坂戸クワコホモ型で他の染色体はp50ホモ型であるCT05系統のDNA-seqデータを、p50由来の参照配列にマッピングして、各染色体上のSNPの個数をビン幅100万のヒストグラムで表示した。第5染色体にSNPが密集して存在しているのがわかる。

TEL 092-802-4821
fujii.tsuguru.233@m.kyushu-u.ac.jp

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