経営継続補助金交付要綱（経営継続補助事業）（通則）
第１

経営継続補助金（以下「補助金」という。）の交付については、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和30年法律第179号。以下「適正化法」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和30年政令第255号）及び農林畜水産業関係補助金等交付規則（昭和31年農林省令第18号。以下「交付規則」という。）の定めによるほか、この要綱の定めるところによる。
（交付の対象及び補助率）
第２

農林水産大臣は、一般社団法人全国農業会議所（以下「補助事業者」という。）が行う経営継続補助金実施要綱（令和２年６月12日付け２経営第660号農林水産事務次官依命通知）別表に掲げる事業（以下「補助事業」という。）を実施するために必要な経費のうち、補助金交付の対象として農林水産大臣が認める経費（以下「補助対象経費」という。）について、予算の範囲内で補助金を交付する。
２

補助対象経費の区分及びこれに対する補助率は、別表に定めるところによる。
（申請手続）

第３交付規則第２条の農林水産大臣が別に定める申請書類に関する事項は、別記様式第１号による交付申請書のとおりとし、補助金の交付を受けようとする者は、交付申請書正副２部を農林水産大臣に提出しなければならない。
２

補助事業者は、前項の交付申請書を提出するに当たって、当該補助金に係る消費税仕入控除税額（補助対象経費に含まれる消費税及び地方消費税に相当する額のうち、消費税法（昭和63年法律第108号）に規定する仕入れに係る消費税額として控除できる部分の金額と当該金額に地方税法（昭和25年法律第226号）に規定する地方消費税率を乗じて得た金額との合計額に補助率を乗じて得た金額をいう。以下同じ。）があり、かつ、その金額が明らかな場合には、これを減額して申請しなければならない。ただし、申請時において当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかでない場合は、この限りでない。
（交付申請書の提出期限）

第４交付規則第２条の農林水産大臣が別に定める交付申請書の提出期限は、農林水産大臣が別に定める日までとする。
（交付決定の通知）
第５農林水産大臣は、第３第１項の規定による交付申請書の提出があったときは、審査の上、補助金を交付すべきものと認めたときは速やかに交付決定を行い、補助事業者に対しその旨を通知するものとする。
（申請の取下げ）第６補助事業者は、交付申請を取り下げようとするときは、交付決定の通知を受けた日から起算して15日以内にその旨を記載した書面を農林水産大臣に提出しなければならない。
1

（契約等）
第７補助事業者は、補助事業の一部を他の者に実施させる場合は、この要綱の各条項を内容とする実施に関する契約を締結し、農林水産大臣に届け出なければならない。
２

補助事業者は、補助事業を遂行するため、売買、請負その他の契約をする場合は、一般の競争に付さなければならない。ただし、補助事業の運営上、一般の競争に付することが困難又は不適当である場合は、指名競争に付し、又は随意契約をすることができる。

３

補助事業者は、前項の契約をしようとする場合は、当該契約に係る一般の競争、指名競争又は随意契約（以下「競争入札等」という。）に参加しようとする者に対し、別記様式第２号による指名停止等に関する申立書の提出を求めることとし、当該申立書の提出のない者については、競争入札等に参加させてはならない。
（計画変更、中止又は廃止の承認）

第８補助事業者は、次の各号のいずれかに該当するときは、あらかじめ別記様式第３号による変更等承認申請書正副２部を農林水産大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
（１）補助対象経費の配分額を変更しようとするとき。ただし、第９に規定する軽微な変更を除く。
（２）補助事業の内容を変更しようとするとき。ただし、第９に規定する軽微な変更を除く。
（３）補助事業を中止し、又は廃止しようとするとき。
２

農林水産大臣は、前項の承認をする場合において、必要に応じ交付決定の内容を変更し、又は条件を付すことができる。
（軽微な変更）第９交付規則第３条第１号イ及びロの農林水産大臣が別に定める軽微な変更は、別表の重要な変更の欄に掲げる変更以外の変更とする。
（概算払等の請求）
第10補助事業者は、第５に定めるところにより交付決定の通知を受けた後に補助金の概算払を請求するときは、別記様式第４号による概算払請求書を作成し、農林水産大臣に提出しなければならない。
（事業遅延の届出）
第11補助事業者は、補助事業が交付申請書に記載した事業完了予定年月日までに完了できないと見込まれる場合又は補助事業の遂行が困難となった場合においては、速やかに別記様式第５号により事業遅延届正副２部を農林水産大臣に提出し、その指示を受けなければならない。
（状況報告）
第12補助事業者は、補助事業の交付決定に係る年度の各四半期（第４・四半期を除く。）の末日時点における当該補助事業の遂行状況をとりまとめ、当該四半期の最終月の翌月末までに別記様式第６号による事業遂行状況報告書正副２部を農林水産大臣に提出しなければならない。ただし、別記様式第４号による概算払請求書を提出した場合は、これをもって事業遂行状況報告書に代えることができるものとする。
２

前項に規定する時期のほか、農林水産大臣は、事業の円滑な執行を図るため必要があると認めるときは、補助事業者に対して当該補助事業の遂行状況について報告を求めることができる。
2

（実績報告）第13交付規則第６条第１項の別に定める実績報告書は、別記様式第７号のとおりとし、補助事業者は、補助事業を完了したときは、その日から１月を経過した日又は翌年４月10日のいずれか早い日までに、実績報告書正副２部を農林水産大臣に提出しなければならない。ただし、翌年４月以降に国が補助事業者に補助金を支出しない場合に限り、交付規則第６条第１項ただし書の規定を適用し、補助金の交付の決定のあった年度の翌年６月30日までとする。
２

第３第２項ただし書に定めるところにより、交付の申請をした補助事業者は、前項の実績報告書を提出するに当たって、当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかである場合は、これを補助金額から減額して報告しなければならない。

３

第３第２項ただし書の規定により、交付の申請をした補助事業者は、第１項の実績報告書を提出した後において、消費税及び地方消費税の申告により当該補助金に係る消費税仕入控除税額が確定した場合には、その金額（前項の規定により減額した場合にあっては、その金額が減じた額を上回る部分の金額）を別記様式第８号の消費税仕入控除税額報告書により速やかに農林水産大臣に報告するとともに、農林水産大臣による返還命令を受けてこれを返還しなければならない。
また、当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかにならない場合又はない場合であっても、その状況等について、補助金の額の確定（適正化法第15条の規定による確定をいう。）のあった日の翌年６月30日までに、同様式により農林水産大臣に報告しなければならない。
（補助金の額の確定等）
第14農林水産大臣は、第13第１項の規定による報告を受けた場合には、実績報告書等の書類の審査及び必要に応じた現地調査等を行い、その報告に係る補助事業の実施結果が交付決定の内容及びこれに付した条件に適合すると認めたときは、交付すべき補助金の額を確定し、補助事業者に通知するものとする。
２

農林水産大臣は、補助事業者に交付すべき補助金の額を確定した場合において、既にその金額を超える補助金が交付されているときは、その超える部分の補助金の返還を命ずるものとする。

３

前項の補助金の返還期限は、当該命令の発せられた日から20日以内とし、当該期限内に納付がない場合は、未納に係る金額に対して、その未納に係る期間に応じて年利10.95パーセントの割合で計算した延滞金を徴するものとする。
（交付決定の取消等）

第15

農林水産大臣は、第８第１項第３号の規定による補助事業の中止又は廃止の申請があった場

合及び次に掲げる場合には、第５の規定による交付決定の全部若しくは一部を取り消し、又は変更することができる。
（１）補助事業者が、法令、この要綱又はこれらに基づく農林水産大臣の処分若しくは指示に違反した場合（２）補助事業者が、補助金を本事業以外の用途に使用した場合（３）補助事業者が、本事業に関して、不正、事務手続の遅延その他不適当な行為をした場合（４）交付の決定後に生じた事情の変更等により、補助事業の全部又は一部を継続する必要がなくなった場合
２

農林水産大臣は、前項の規定による取消しを行った場合において、既に当該取消しに係る部分に対する補助金が交付されているときは、期限を付して当該補助金の全部又は一部の返還を命ずるものとする。

３

農林水産大臣は、第１項（１）から（３）までの規定による取消しを行った場合において、前3項の返還を命ずるときは、その命令に係る補助金の受領の日から納付の日までの期間に応じて、年利10.95パーセントの割合で計算した加算金の納付を併せて命ずるものとする。
４

第２項の規定による補助金の返還及び前項の加算金の納付については、第14第３項の規定を準用する。
（財産の管理等）

第16

補助事業者は、補助対象経費（補助事業を他の団体に実施させた場合における対応経費を含む。）により取得し、又は効用の増加した財産（以下「取得財産等」という。）については、補助事業の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、補助金の交付の目的に従って、その効率的運用を図らなければならない。
２

農林水産大臣は、補助事業者が取得財産等を処分することにより、収入があり、又はあると見込まれるときは、その収入の全部又は一部を国に納付させることがある。
（補助金の経理）第17

補助事業者は、補助事業についての帳簿を備え、他の経理と区分して補助事業の収入及び支出を記載し、補助金の使途を明らかにしておかなければならない。
２

補助事業者は、前項の収入及び支出に係る証拠書類又は証拠物を整備して、前項の帳簿とともに、補助事業の完了の日の属する年度の翌年度から起算して５年間保管しなければならない。

（間接補助金交付に係る条件）
第18 補助事業者は、間接補助金を交付するときは、第７第１項、第８から第17までの規定に準ずる条件及び次の各号に掲げる条件を交付対象者に付さなければならない。
（１）交付対象者は、補助事業を遂行するため、売買、請負その他の契約をする場合（一般の競争に付すことが困難又は不適当である場合を除く。）は、一般の競争に付すよう努めること。
（２）交付対象者は、取得財産等のうち１件当たりの取得価格50万円以上のものについて、減価償却資産の耐用年数に関する省令（昭和40年大蔵省令第15号）に定める耐用年数に相当する期間（以下「処分制限相当期間」という。）においては、補助事業者の承認を受けることなく、補助金交付の目的に反して使用し、譲渡し、貸付け又は担保に供してはならないこと。
（３）取得財産等を処分することにより、収入があり、又は収入があると見込まれるときは、その収入の全部又は一部を補助事業者に納付させることがあること。
（４）取得財産等の処分制限相当期間中、別記様式第９号の財産管理台帳その他関係書類を整備し、保管しなければならないこと。
２

補助事業者は、交付対象者が処分制限相当期間中において、処分を制限された取得財産等を処分する場合において、前項第２号の承認をしようとする場合は、あらかじめ農林水産大臣の承認を受けなければならない。

３

補助事業者は、交付対象者に対し、取得財産等の処分に係る収入の全部又は一部を納付させた場合は、補助金相当額を国に納付しなければならない。
附則（令和２年６月12日付け

２経営第668号）

この要綱は、令和２年６月12日から施行する。

4

別表（第２及び第９関係）
区分

経営継続
補助金

経費

補助率

１ 交付事業費交付対象者が実施要綱に基づいて行う次の取組

重要な変更
経費の配分の変更

事業の内容変更

経費の欄に掲げる

１

補助事業費

１の経費から２のの 30 ％ を 超 え

経費への流用る増減に要する経費（1）持続的な経営発展に３／４以内定額に則した取組又はこれに準じた取組
２ 推進事業費

国庫補助金の 増 又 は 30 ％資する取組（2）業種別ガイドライン

２

定額

補助事業者が実施要綱に基づいて行う交付事業の実施及び関連する取組の推進に要する経費

5を超える減別記様式第１号（第３関係）
令和年度経営継続補助金交付申請書番
年

農林水産大臣号
月日

殿
住所
団体名
代表者の役職及び氏名

令和

年度において、下記のとおり補助事業を実施したいので、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第３の規定に基づき、付を申請する。
記

6円の交

（様式）
１ 事業の目的

２ 事業の内容及び計画

３ 経費の配分及び負担区分
補助事業に区分要する経費

国庫補助金

その他

（Ａ＋Ｂ）

（Ａ）

（Ｂ）

経営継続補助金
１交付事業費２

推進事業費

負担区分円円

備考円

合計（注）備考欄には消費税仕入控除税額を減額した場合には「減額した金額○○○円」を、同税額がない場合には「該当なし」を、同税額が明らかでない場合には「含税額」をそれぞれ記入すること。

４ 事業の完了予定年月日

年月日

５ 収支予算（1） 収入の部

区分
１

国庫補助金

２

その他

本年度予算額

前年度予算額円円

合計

7

比較増減
増

備考減円円

（2） 支出の部

区分
経営継続補助金
１

交付事業費

２

推進事業費

本年度予算額

前年度予算額円円

比較増減
増

備考減円円

合計

６ 添付書類（1） 本補助金の交付に関する規程又は要綱（2） 定款、寄附行為等
(3)

収支予算

（注）(2)については、ウェブページで確認できる場合は、当該ウェブページのURLを記載することで添付を省略することができる。

8

別記様式第２号（第７関係）

契約に係る指名停止等に関する申立書
年〔補助事業者〕

月日

殿所

在地

商号又は名称代表者の役職及び氏名

当社は、貴殿発注の○○契約の競争参加に当たって、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第７第３項の規定に基づき当該契約の履行地域について、現在、農林水産省の機関から○○契約に係る指名停止の措置等を受けていないことを申し立てる。
また、この申立てが虚偽であることにより当方が不利益を被ることとなっても、一切異議申立てを行わない。
（注１）○○には、「工事請負」又は「物品・役務」のいずれかを記載すること。
（注２）この申立書において、農林水産省の機関とは、本省内局及び外局、施設等機関、地方支分部局並びに農林水産技術会議事務局筑波産学連携支援センターをいう。
ただし、北海道にあっては国土交通省北海道開発局、沖縄県にあっては内閣府沖縄総合事務局を含む。
（注３）「指名停止の措置等」の「等」は、公正取引委員会から、私的独占の禁止及び公正取引の確保に関する法律に基づく排除措置命令又は課徴金納付命令を受けた者であって、その命令の同一事案において他者が農林水産省の機関から履行地域における指名停止措置を受けた場合の当該公正取引委員会からの命令をいう。
なお、当該命令を受けた日から、他者が受けた指名停止の期間を考慮した妥当な期間を経過した場合は、この限りでない。

9別記様式第３号（第８関係）
令和年度経営継続補助金変更承認申請書番
年

農林水産大臣号
月日

殿

住所
団体名
代表者の役職及び氏名

年

月日付け第号で交付決定通知のあった経営継続補助金については、下記のとおり、事業変更したいので、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第８第１項の規定に基づき、申請する。
なお、その他については、申請書記載のとおりとする。
（注）補助事業を中止し、又は廃止しようとする場合にあっては、「変更承認申請書」を「事業中止（廃止）承認申請書」と、「変更」を「中止（廃止）」と置き換えること。
記
１ 変更の理由

２ 変更の内容（以下別記様式第１号の記に準じて作成すること。）（注） 変更事項についてのみ作成し、変更に係る部分について変更前を括弧書で上段に記載すること。ただし、経費の配分及び収支予算については、変更がないものについても記載すること。

10

別記様式第４号（第10関係）
令和

年度経営継続補助金概算払請求書番
年

農林水産大臣号
月日

殿

官署支出官農林水産省大臣官房予算課経理調査官

殿
住所
団体名
代表者の役職及び氏名

年

月日付け第号で交付決定の通知のあった経営継続補助金について、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第10の規定に基づき、概算払の請求をしたいので、下記により金円を概算払によって交付されたく請求する。
記

令和
区分

総事業

国庫補助既受領額

今回請求額

費金

（Ｂ）

（Ｃ）

（Ａ）

経営継円金額円円

出来高％

金額

円

残額

事業完

年

月日現在

備考（Ａ）－（Ｂ＋Ｃ） 了 予 定

○月○

金額

○月○日迄予日迄予定出来定出来高高％

円

年月日％

続補助金

合計

（注） 第12ただし書の規定に基づき、事業遂行状況報告書に代える場合は、「備考」欄に「遂行状況報告（第○・四半期末の進捗度）」について記載すること。

11

別記様式第５号（第11関係）
令和○○年度経営継続補助金事業遅延届番号年 月 日

農林水産大臣殿

住所
団体名
代表者の役職及び氏名
年

月日付け第号で交付決定の通知のあった経営継続補助金について、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第11の規定に基づき、事業遅延届を提出する。
記
１．事業担当者名［代表］（所属部局・職名）

２．推進事業の内容及び進捗状況

３．遅延理由４．遅延に対して講じた措置

５．その他

12別記様式第６号（第12関係）
令和

年度経営継続補助金遂行状況報告書

番年
農林水産大臣号
月日

殿

住所
団体名
代表者の役職及び氏名

年

月日付け

第号で交付決定の通知のあった経営継続補助金について、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第12の規定により、その遂行状況を下記のとおり報告する。
記
事業遂行状況（第○・四半期末現在）
事業の遂行状況
区

分

総事
業費

○年○月○日までに完了○年○月○日以降に実施したもの

するもの

事業費
経営継続補助金
１

交付事業費

２

推進事業費円

出来高比率円％

備考
事業完了予

事業費

定年月日円

（注）「事業費」の欄には、事業の出来高を金額に換算した額を記載すること。

13

別記様式第７号（第13関係）
令和

年度経営継続補助金実績報告書番
年

農林水産大臣号
月日

殿

住所
団体名
代表者の役職及び氏名

年

月日付け第号で交付決定通知のあった経営継続補助金について、下記のとおり補助事業を実施したので、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第13の規定により、その実績を報告する。
（また、併せて金円を精算払によって交付されたく請求する。）（注）括弧書きは、実績報告と同時に補助金の交付を請求する場合に記載する。

14

（様式）
１ 事業の目的

２ 事業の内容及び実績

３ 経費の配分及び負担区分
負担区分

補助事業に
区分
経営継続補助金
１交付事業費

２

推進事業費

要する経費

国庫補助金

その他

（Ａ＋Ｂ）

（Ａ）

（Ｂ）円円

備考円

合計
（注）備考欄には消費税仕入控除税額を減額した場合には「減額した金額○○○円」を、同税額がない場合には「該当なし」を、同税額が明らかでない場合には「含税額」をそれぞれ記入すること。

４ 事業の完了年月日

年月日

５ 収支予算（1） 収入の部

区分
１国庫補助金２その他

本年度精算額

本年度予算額円円

合計15比較増減増

備考減円円

（2） 支出の部

区分
経営継続補助金
１交付事業費

２推進事業費

本年度精算額

本年度予算額円円

比較増減増円合計（注）備考欄には間接補助金の交付を完了した年月日を記載すること。

６ 添付書類(1) 収支決算(2) 支払経費ごとの内訳を記載した資料(3) 帳簿等の写し及び契約書、請求書、領収書等の写し(4) 委託契約書（事業の一部を委託して実施する場合）の写し

16

備考減円

別記様式第８号（第13関係）
令和

年度経営継続補助金消費税仕入控除税額報告書番
年

農林水産大臣号
月日

殿

住所
団体名
代表者の役職及び氏名

年

月日付け

第号で交付決定通知のあった経営継続補助金について、経営継続補助金交付要綱（令和２年６月12日付け２経営第668号農林水産事務次官依命通知）第13第３項の規定に基づき、下記のとおり報告します。
記
１ 適正化法第15条の補助金の額の確定額（令和年月日付け第金円号による額の確定通知額）

２ 補助金の確定時に減額した消費税仕入控除税額

金円

３ 消費税の申告により確定した消費税仕入控除税額

金円

４ 補助金返還相当額（３－２）

金円（注） 記載内容の確認のため、以下の資料を添付すること。
・消費税確定申告書の写し（税務署の収受印等のあるもの）
・付表２「課税売上割合・控除対象仕入税額等の計算表」の写し
・３の金額の積算の内訳（人件費に通勤手当を含む場合は、その内訳を確認できる資料も併せて提出すること）
・補助事業者が消費税法第60条第４項に定める法人等である場合、同項に規定する特定収入の割合を確認できる資料
５ 当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかにならない場合、その状況を記載［］（注） 消費税及び地方消費税の確定申告が完了していない場合にあっては、申告予定時期も記載すること。
６ 当該補助金に係る消費税仕入控除税額がない場合、その理由を記載［］（注） 記載内容の確認のため、以下の資料を添付すること。
・免税事業者の場合は、補助事業実施年度の前々年度に係る法人税（個人事業者の場合は所得税）確定申告書の写し（税務署の収受印等のあるもの）及び損益計算書等、売上高を確認できる資料

17

・簡易課税制度の適用を受ける事業者の場合は、補助事業実施年度における消費税確定申告書（簡易課税用）の写し（税務署の収受印等のあるもの）
・補助事業者が消費税法第60条第４項に定める法人等である場合は、同項に規定する特定収入の割合を確認できる資料

18

別記様式第９号（第18関係）

財 産 管 理 台 帳
補助事業者名・交付対象者名
地

区

名

事業実施年

地区

令和

度

事年

農林水産省所管補助金名

度事 業 の 内 容

工期

経 費 の 区 分業

事業

事業

工種施設

事業

着竣

総事

区

種目

主体

構造箇所量工工業費

施設又は年区設置

分場所

分

処分制限相当期間

負担区分

摘

耐

処分

承処分

国庫

都道

市町

その用

制限

認の年

補助

府県

村費

他

年

相当

年月

内容

月

月

金

費

数

年月日日日

要日円円円円円計

計

合計（注）１ 処分制限相当年月日欄には、処分制限相当期間の終期を記入すること。
２ 処分の内容欄には、譲渡、交換、貸付け、担保提供等別に記入すること。
３ 摘要欄には、譲渡先、交換先、貸付先及び抵当権等の設定権者の名称又は補助金返還額を記入すること。
４ この書式により難い場合には、処分制限相当期間欄及び処分の状況欄を含む他の書式をもって財産管理台帳に代えることができる。

19