生体情報統合技術開発チーム

Technology and Development Team for BioSignal Program
チームリーダー

小幡裕一（理博）（兼務）

Yuichi OBATA, Ph.D.

我々は、近年の大規模なゲノム・トランスクリプトー観点から整理、データベース化を行っている。具体的に

ム解析の結果、明らかになってきた生命の設計図であるは、主にヒト・マウスの内在性アンチセンス RNA や機

ゲノム及びその直接の産物である RNA の解析の全体像

能性 RNA、新規の低分子 RNA の探索、発現解析、及びをもとにして、タンパク質に翻訳されない遺伝子の新規

これら RNA のエピジェネティックな発現制御の機構の特徴を解析し、バイオリソースとしての利用価値という解明を試みている。

事業内容
1. アンチセンス / 非翻訳性 RNA を効率的に定量・発現3. アンチセンス / 非翻訳性 RNA の発現情報をリソース解析を可能とするマイクロアレイの開発として公開するためのビューワーの開発

2. マウスに普遍的に存在する新規サイズ（50-100nt）の低分子 RNA の解析

職員とメンバー構成
チームリーダー（兼務）小幡裕一

開発研究員

清澤秀孔

テクニカルスタッフⅡ

吉田和人

渡邊

小幡チームリーダー、吉田豊

渡邊、清澤― 135 ―

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生体情報統合技術開発チーム
Technology and Development Team for BioSignal Program

年次計画と成果
1. アンチセンス / 非翻訳性 RNA を効率的に定量・発現解析を可能とするマイクロアレイの開発

ら新規サイズの低分子 RNA のゲノムレベルでの網羅的解析を次世代シーケンサーにより行った。その結果、これら RNA はアンチセンス RNA が存在する遺伝子座にゲノム解析により同定したヒト・マウスにおける内限らず、ゲノムレベルで普遍的に存在する RNA 群であ

在性アンチセンス及び非翻訳性 RNA（non-coding RNA;ることが判明した。細胞内での局在を含め、様々なタイncRNA）のデータをもとにして、マイクロアレイを作製

プの RNA であることが予想される。

し、主要組織における発現情報を収集、ヒトとマウスにおける発現の比較を行い、機能性 RNA としての可能性

3. アンチセンス / 非翻訳性 RNA の発現情報をリを示した。また、通常の cDNA クローングでは単離さソースとして公開するためのビューワーの開れないポリ A 鎖の無いアンチセンス RNA が多く存在し、発ヒト及びマウス腫瘍組織で特異的に発現している例を同

アンチセンス / 非翻訳性 RNA のマイクロアレイによ定した。マイクロアレイのプラットフォームはリソースる膨大な発現解析データのバイオリソースとしての利用として多くの研究利用を目的とし、受託解析企業にライを目的として、また、利用する研究者のエンドユーザーセンスをした。

としての利便性を考慮して、発現データのビューワーを開発している。その雛形を論文発表のデータと共に公開

2. マ ウ ス に 普 遍 的 に 存 在 す る 新 規 サ イ ズ

した。以下のサイトで閲覧が可能である。今後、データ（50-100nt）の低分子 RNA の解析マイニングの為の機能付加を予定している。

内在性アンチセンス RNA の発現が見られる遺伝子座

http://www.brc.riken.jp/archives/Kiyosawa/HMG08/

では、50-100nt 程度の miRNA/siRNA/piRNA とは異なる

h t t p : / / w w w. b r c . r i k e n . j p / a r c h i v e s / K i y o s a w a / B M C _サイズの RNA が頻繁に検出される現象に注目し、これGenomics09/

研究発表（誌上発表）【原著論文】（査読制度あり）1. Okada Y, Tashiro C, Numata K, Watanabe K, Nakaoka H,

4. Chiba M, Kiyosawa H, Hiraiwa N, Ohkohchi N, Yasue H,

Yamamoto N, Okubo K, Ikeda R, Saito R, Kanai A, Abe"Existence of Pink1 antisense RNAs in mouse and theirK, Tomita M, Kiyosawa H, "Comparative expression

localization." Cytogenetic Genome Research (in press)

analysis uncovers novel features of endogenous antisensetranscription." Human Molecular Genetics Vol.17
pp1631-1640 (2008)【総説・その他】
1. Hasegawa Y, Kiyosawa H, "Chapter V - Natural antisense

2. Chiba M, Kubo M, Miura T, Satou T, Resaeian A,

RNA in mammals: Novel characteristics revealed byKiyosawa H, Ohkohchi N, Yasue H, "Localization

genome-wide expression analysis." Antisense Elementsof sense and antisense transcripts of Prdx2 gene in(Genetics) Research Focus, Nova Science Publishers,mouse tissues." Cytogenetic Genome Research Vol.121

Inc., New York, pp109-140 (2008)

pp222-231 (2008)
Okada Y, Numata K, Saito R, Tomita M, Kiyosawa H,
3. Numata K, Osada Y, Okada Y, Saito R, Hiraiwa N,"Novel natures of endogenous antisense transcripts in

Nakaoka H, Yamamoto N, Watanabe K, Okubo K,

mammals." Current Topics in Genetics Vol.3 pp9-25

Kohama C, Kanai A, Abe K, Kiyosawa H, "Identification(2008)of novel endogenous antisense transcripts by DNA
microarray analysis targeting complementary strand ofannotated genes." BMC Genomics Vol.10 pp392 (2009)― 136 ―

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生体情報統合技術開発チーム
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研究発表（学会発表）【国際会議】
1. Kiyosawa H, "Endogenous antisense RNA and5. 渡邊 豊 , 沼田 興治 , 清澤 秀孔 , " エピジェネティッ

epigenetics." International Symposium on "Decoding

クな遺伝子発現制御に関与する内在性アンチセンス

Epigenetic Code" BRAIN (Bio-oriented Technology

RNA の探索 " 第七回新しい RNA/RNP を見つける

Research Advancement Institution), Tokyo, Dec. (2008)

会 宮崎 9 月 (2008)

2. Numata K, Osada Y, Okada Y, Saito R, Hiraiwa N, Kanai

6. 清澤 秀孔 , " ゲノム刷り込み遺伝子座における内在A, Abe K, Kiyosawa H, "Reverse complement probes of性アンチセンス RNA" 第七回新しい RNA/RNP を見

custom-made microarray detect novel endogenous cis-つける会 宮崎 9 月 (2008)

antisense transcripts." 13th Annual Meeting of the RNA
7. Kohno K, Chiba M, Pak S, Murata S, Kiyosawa H,Society, Berlin Germany, Jul. (2008)

Yasue H, Ohkohchi N, "Transcript analysis on colorectal
3. Saito R, Kohno K, Okada Y, Yuko Osada Y, Numata K,cancers using sense/antisense RNA custom-microarray.

Watanabe K, Nakaoka H, Yamamoto N, Kanai A, Yasue（センス / アンチセンスカスタムマイクロアレイをH, Murata S, Abe K, Tomita M, Ohkohchi N, Kiyosawa

用いた大腸癌における転写産物の解析）" 第 67 回

H, "Comprehensive Expressional Analyses of Antisense

日本癌学会学術総会 名古屋 10 月 (2008)

Transcripts in Colon Cancer Tissues Using Artificial
Probes to Detect Potential Regulatory Antisense RNAs."

8. 清澤 秀孔 , " アンチセンス転写とエピジェネティッ

The 10th International Conference on Systems Biology,

クな遺伝子発現制御 "「機能性 RNA プロジェクト」

Stanford USA, Aug. (2009)

お台場・機能性 RNA コロキウム 東京 11 月 (2008)
9. 沼田 興治 , 斎藤 輪太郎 , 平岩 典子 , 渡辺 一史 , 金井 昭夫 , 阿部 訓也 , 清澤 秀孔 , " マイクロアレイを【国内会議】
1. 沼田 興治 , 斎藤 輪太郎 , 平岩 典子 , 金井 昭夫 , 阿

もちいた内在性アンチセンス RNA の検出と乳がん部 訓也 , " 清澤 秀孔：DNA マイクロアレイによるモデルマウスへの適用 " 第 31 回日本分子生物学会

新規内在性アンチセンス RNA の検出と解析 " 第 10神戸 12 月 (2008)回日本 RNA 学会 札幌 7 月 (2008)
10. 金子 直人 , 沼田 興治 , 阿部 訓也 , 清澤 秀孔 , " セン2. 渡邊 豊 , 沼田 興治 , 長田 木綿子 , 村田 真也 , 斎藤

ス - アンチセンス遺伝子座に頻出する低分子 RNA輪太郎 , 阿部 訓也 , 清澤 秀孔 , "DNA のメチル化にの発現解析 " 第 31 回日本分子生物学会 神戸 12 月影響を与える内在性アンチセンス転写産物のスク(2008)

リーニング " 日本遺伝学会第 80 回大会 名古屋 9 月
11. 渡邊 豊 , 村田 真也 , 沼田 興治 , 長田 木綿子 , 斎藤(2008)

輪太郎 , 阿部 訓也 , 清澤 秀孔 , "CpG island 周辺の3. 沼田 興治 , 清澤 秀孔 , " 発現アレイをつかった内在DNA メチル化に影響を及ぼす内在性アンチセンス性アンチセンス RNA ／非翻訳性 RNA の検出と解転写産物の解析 " 第 31 回日本分子生物学会 神戸 12

析 " 第七回新しい RNA/RNP を見つける会 宮崎 9月 (2008)

月 (2008)
12. 村田 真也 , 岡田 祐輝 , 沼田 興治 , 清澤 秀孔 , 斎藤
4. 金子 直人 , 沼田 興治 , 清澤 秀孔 , " センス − アン

輪太郎 , 冨田 勝 , " ヒトとマウスのオーソログ遺伝チセンス遺伝子座で検出される 50-100nt の低分子子における配列相同性／発現相同性の解析 " 第 31

RNA の発現解析 " 第七回新しい RNA/RNP を見つ回日本分子生物学会 神戸 12 月 (2008)

ける会 宮崎 9 月 (2008)― 137 ―

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生体情報統合技術開発チーム
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13. 熊谷 千明 , 清澤 秀孔 , 武政 徹 , " マウス骨格筋の代償性筋肥大における microRNA の網羅的発現解析 "第 31 回日本分子生物学会 神戸 12 月 (2008)
14. 清澤 秀孔 , " アンチセンス /ncRNA とエピジェネ
ティックな発現制御 "「機能性 RNA プロジェクト」
19 年度成果報告会 東京 2 月 (2009)15. 清澤 秀孔 , " トランスクリプトーム解析で同定された哺乳動物の内在性アンチセンス / 非翻訳性 RNA"
「アンチセンス RNA による発現調節機構と創薬への応用」立命館大学 R-GIRO シンポジウム 草津（滋賀県）3 月 (2009)
16. 清澤 秀孔 , " 哺乳動物におけるアンチセンス / 非翻
訳性 RNA の発現動態〜ゲノム科学的アプローチによる発現解析〜 " 埼玉医科大学ゲノム科学研究センター運営委員会承認学術集会 日高（埼玉県）4 月(2009)
17. Kiyosawa H, "Expression dynamics of endogenous
antisense/non-coding RNA in mammals - Expression
analysis by genomic science approach." Seminar at
RIKEN Research Center for Allergy and Immunology
Yokohama May (2009)
18. Kiyosawa H, "Novel characteristics of endogenous
antisense transcripts in mammals revealed by genomewide expression analysis, and their functional
implications." Seminar at National Institute of Genetics
Mishima, Jun. (2009)― 138 ―