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医療機関における控除対象外消費税問題

林拳梧

（立命館大学経済学部卒業（2021年３月）
）

目

次

はじめに
第１章

消費税制度の概要
１－１

消費税の特徴１－２

消費税法の仕組み

１－３

医療機関における控除対象外消費税

第２章

医療機関における控除対象外消費税の現状
２－１

我が国の医療制度

２－２

公定価格引き上げの問題点

２－３

裁判例

第３章

諸外国における対応策
３－１

税による補填（イギリス）

３－２

ゼロ税率（オーストラリア）

３－３

還付制度（カナダ）

３－４

課税選択制度（オプション制度）

第４章

我が国における解決策
４－１

還付制度の導入４－２

法人税法、所得税法と控除対象外消費税の関係

４－３

現行の消費税法への導入方法

４－４

還付制度の適用範囲

４－５

還付制度の選択制

おわりに

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はじめに
2020年度予算である我が国の一般会計歳入額のうち所得税、法人税、消費税が大きな構成を占めており、これらは合わせて「基幹税」と呼ばれる。その中でも消費税は、1989年に税率３% で導入され、1997年に税率５%、2014年に税率８%、2019年に税率10％に引き上げられた。その度に税収は増加し、近年では所得税より多くの税収をもたらしている。我が国の消費税に関し、従来は低税率であったため、深刻な問題として取り上げられなかった諸問題について、近年の度重なる増税により焦点があてられるようになった。
本稿の主題である医療機関における控除対象外消費税問題もその中の一つである。医療機関が行う資産の譲渡及びサービスの提供は消費税法上、原則として非課税取引と仕入税額控除が認められていない。この仕入税額控除が認められない消費税を「控除対象外消費税」と呼ぶ。控除対象外消費税は販売価格に転嫁できれば事業者の負担にはならないが、医療機関の診療報酬が政府の一律に定める公定価格となっているため、医療機関が自由に販売価格に消費税額を転嫁することができない。よって、医療機関が設備、医療機器、医薬品などの運営コストに含まれる消費税を強制的に負担させられている。2019年における消費税率の引き上げ時には公定価格の引き上げで対応したが、新型コロナウイルス感染症拡大防止のための設備投資などが相俟って、本問題は医療機関の経営を大きく圧迫している状況にある。
本稿の目的は、医療機関における控除対象外消費税の問題点を明らかにし、同じ問題に直面している諸外国の対応策を比較・参考にすることで、我が国に最適な解決策を検討することである。
本論文の構成は次の通りである。第１章では、我が国の消費税制度の仕137-164_論文3_林.indd 138

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組みを概観し、第２章では、医療機関における控除対象外消費税の現状を述べる。第３章では、諸外国において導入されている対応策を検討し、第４章では、前章の分析を踏まえ、我が国において導入すべき解決策を検討
する。

第１章

消費税制度の概要

１－１

消費税の特徴消費税は、商品やサービスの消費に着目して課される税金である。我が国の消費税は３つの特徴を持っている １。一つ目は、間接消費税である。
間接消費税とは、消費者ではなく事業者が納税義務者となり、最終的な租税負担が消費者に転嫁されることが予定されている税金である。二つ目
は、一般消費税である。一般消費税とは、原則としてすべての商品・サービスに対して課される税金である。三つ目は、多段階消費税である。多段
階消費税は、製造・卸売・小売に至る全ての取引段階で課税される税金で
ある。

１－２

消費税法の仕組み

本論文の主題である控除対象外消費税について述べるためには、控除対
象外消費税が生じる原因となっている我が国の消費税法の仕組みを理解する必要がある。
消費税法において、①国内において②事業者が事業として③対価を得て行う④資産の譲渡等の４要件を全て満たす取引は課税の対象となる（消税４条１項、消税２条１項８号）。この取引のうち、非課税取引を除いた取
引が課税取引となる（消税２条１項９号）。非課税取引については、国内
において行われる資産の譲渡等のうち、別表第一に掲げるものには、消費税を課さない（消税６条１項）。すなわち、消費税としての性格上課税の137-164_論文3_林.indd 139

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対象としてなじみにくいものや社会政策的配慮により課税することが適当でないものについては、非課税取引として消費税が課されない ２（図１参照）。

＜図１：非課税取引＞消費税としての性格上非課税

社会政策的配慮による非課税

１．土地の譲渡・貸付け
２．有価証券等及び支払手段等の譲渡
３．利子を対価とする金銭の貸付
け、信用の保証としての役務の提供
保険料を対価とする役務の提供等
４．郵便切手類、印紙、証紙並びに物品切手等の譲渡
５．国などが行う一定の事務に係る役務の提供、外国為替業務に係る役務の提供

６．健康保険法などの規定に基づく資産の譲渡等
７．介護保険サービスなどの資産の譲渡等
社会福祉事業などの資産の譲渡等
８．身体障害者用物品の譲渡等
９．助産に係る資産の譲渡等
10．埋葬料、火葬料を対価とする役務の提供11．学校教育法等の規定に基づく教育などの役務の提供12．学校教育法の規定に基づく教科用図書の譲渡
13．契約により居住用とされる住宅の貸付け（消費税法別表第一を参考にし、筆者作成。）

事業者は、課税取引につき、消費税を納める義務がある（消税５条１項）。しかし、事業者のうち、基準期間 ３における課税売上高が１千万円以下である者については消費税を納める義務が免除されている（消税９条１項）。
１－１で前述したように我が国の消費税は、取引の各段階において課税をする多段階消費税となっている。しかし、各取引段階の事業者が仕入れの際に負担した消費税の控除を認めなければ、消費税が取引段階ごとに累積し、消費者が当該消費税を負担することとなる。そこで、「税の累積」を排除するために、事業者が仕入れの際に負担した消費税額を売上げに係

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る消費税額から控除するという仕入税額控除制度が設けられている。
現行の消費税法上、仕入税額控除の方法は本則課税制度と簡易課税制度に大別される。本則課税制度において、仕入税額控除の対象となる消費税
額は国内において行った課税仕入高に係る消費税額とされる（消税２条１項12号）。
続いて、本則課税制度による仕入税額の具体的な計算方法について述べていくが、これはその課税期間 ４における課税売上高及び課税売上割合 ５によって決まる。
課税売上割合が95％以上、かつ、その課税期間における課税売上高が５億円以下の場合には、消費税の転嫁が適正に行われているものとみなし、簡便計算として課税仕入れ等の税額の全額を控除することが認められている。
課税売上割合が95％未満、かつ、その課税期間における課税売上高が５億円以下の場合、その課税期間における課税売上高が５億円を超える場合には、本来の消費税法の考え方に従って、非課税売上げに対応する課税仕入れ等の税額控除を制限し、課税売上げに対応する部分のみを仕入税額控除の対象としている。具体的には次の二つの方法により仕入控除税額を計算する。
第一の方法は、個別対応方式である。これは、課税期間中に国内において行った課税仕入れ等に係る消費税額につき、①課税売上げにのみ要する
もの②非課税売上げにのみ要するもの③課税売上げと非課税売上げに共通して要するもの、の３つの区分が明らかにされている場合に採用する。仕入控除税額は、①と③×課税売上割合の合計額となる（消税30条２項１号）。
第二の方法は、一括比例配分方式である。これは、課税期間中に国内において行った課税仕入れ等に係る消費税につき、その区別が明らかにされていない場合に採用する。課税仕入れ等についてその区別が明らかにされ137-164_論文3_林.indd 141

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142ている場合にも、一括比例配分方式を採用できるため、その場合は両者の有利選択を行うこととなる。仕入控除税額は、課税仕入れ等に係る消費税額×課税売上割合となる（消税30条２項２号）。

１－３

医療機関における控除対象外消費税

１－３－１

控除対象外消費税の発生

非課税取引と仕入税額控除の仕組みにより、個別対応方式又は一括比例配分方式を仕入税額控除の計算に用いる場合には、非課税売上げに対応す
る部分については仕入税額控除を行うことができないことが導かれる６。個別対応方式については、②と③×（１－課税売上割合）の合計額、一括比
例配分方式については、課税仕入れ等に係る消費税額×（１－課税売上割合）が非課税売上げに対応する部分となり、仕入税額控除ができない。この仕入税額控除ができない仕入れに係る消費税が控除対象外消費税となる。

１－３－２

医療機関における控除対象外消費税発生の仕組み

非課税取引を主な取引形態とする業種については控除対象外消費税が発生する。とりわけ、社会保険診療を行う医療機関は、政府が一律に定める公定価格による診療報酬収入が多く、自由に販売価格に消費税額を転嫁することができない。よって、そのような医療機関は、設備、医療機器、医薬品、その他の各種運営コストに含まれる消費税を強制的に負担させられている。このため、当該医療機関は本来負うはずのない控除対象外消費税の負担を他業種よりも大きく背負っていることになる。この仕組みを３つの表から分析する。
表１は全ての取引が課税取引の場合であり、基本的な消費税の仕組みを表している。製造業者Ｘが製品を作り、その製品を220円（うち消費税額
20円 ７）で小売業者Ｙに販売する。小売業者Ｙは仕入れた製品を1100円（うち消費税額100円）で消費者に販売する。このような状況で、それぞ

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れの者の課税関係を考える。消費税は納税義務者と負担者が異なる間接税である。そのため、この例では、製造業者Ｘ、小売業者Ｙが納税義務者となり、消費者が負担者となる。製造業者Ｘは売上税額20円を納付する。小売業者Ｙは売上税額100円から仕入税額20円を控除した80円を納付する。
この仕入税額を控除する仕組みが仕入税額控除である。結果的に消費者は購入金額に含まれる消費税額100円を負担する。この一連の仕組みにより、納税義務者が税務署に納付する消費税額の合計額（20円 +80円＝100円）は負担者が負担すべき消費税額（100円）と一致することとなる。

＜表１：課税ケース＞

製造業者Ｘ

小売業者Ｙ

①課税売上げ（本体）

200

1000

②売上税額

20

100

③課税仕入れ（本体）

0

200

④仕入税額

0

20

⑤納付税額（②－④）

20

80（浅井8,「医療機関の控除対象外消費税に関する一考察」を参考にし、筆者作成。以下、表２，３も同じ）

表２、３は小売業者Ｙが非課税取引を行う場合、すなわち、小売業者Ｙと消費者との取引が非課税取引となる場合である。小売業者Ｙが非課税取引を行う場合、非課税売上げに対応する課税仕入れについては仕入税額控除ができないため、課税仕入れに含まれていた前段階の税額20円を控除できない。この20円が控除対象外消費税である。表２のように小売業者Ｙが販売価格を自分で自由に設定できる事業者であれば、この控除できない税額の負担を無くすため、売上金額に20円を転嫁し、仕入れた製品を1020円
で消費者に販売する。形式的には非課税取引となっているが、この場合、前段階の仕入れに係る消費税が製品の本体価格に転嫁されていることから

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実質的には販売価格に消費税が課されている。これに対し、表３のように小売業者Ｙが公定価格で非課税取引を行う場合は、仕入れに係る消費税を販売価格に転嫁できず、その金額を強制的に負担しなければならない。この仕組みが生じる典型例が医療機関となる。医療機関の診療報酬は公定価格となっているため、控除対象外消費税を自ら負担していることになる。

<表２：小売業者Yが非課税のケース>

製造業者Ｘ

小売業者Ｙ

①課税売上げ（本体）

200

1020

②売上税額

20

0

③課税仕入れ（本体）

0

200

④仕入税額

0

0（20）

⑤納付税額（②－④）

200＜表３：小売業者Yが非課税かつ公定価格のケース＞

製造業者X

小売業者Y

①課税売上げ（本体）

200

1000

②売上税額

20

0

③課税仕入れ（本体）

0

200

④仕入税額

0

0（20）

⑤納付税額（②－④）

20

0

×

これらの分析の結果、医療機関が行う取引が非課税取引であり、かつ、
診療報酬が公定価格となっているため、「税の累積」を排除する仕入税額控除が機能せず、控除対象外消費税を負担していることがわかった。この
医療機関の消費税の問題を解決することが本稿のテーマである。

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医療機関における控除対象外消費税問題

第２章

医療機関における控除対象外消費税の現状

２－１

我が国の医療制度

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社会保障制度は、財源調達の観点から社会保険制度と税方式の二つに大別することができ、我が国においては社会保険方式を採用している ９。我が国の公的医療保険は1961年以降「国民皆保険」を導入している。国民皆保険とは全国民がいつでもどこでも医療保険の適用を受け、医療を受けることができる制度のことである。
我が国の公的医療保険の特徴としてフリーアクセスが挙げられる。これは、患者は保険証を持っていれば自分が診療を受ける医療機関を自由に選択することができる制度である。フリーアクセスが保証されていることにより、患者は設備や技術が充実している大病院を志向する傾向にあり、中小の病院は市場での競争で生き残るため、優秀な医師や高額医療機器の整備などの投資をする必要がある。よって、中小の病院でも控除対象外消費税の発生は大きな問題となっている。
我が国の医療の提供体制は民間が中心として運営していることが特徴とされる。開設主体別の内訳は、病院の総数8300のうち、民間 10病院が5894（71％）、公的 11 病院が1524（18.4％）である。また、一般診療所の総数
102616の う ち、 民 間 診 療 所 が84666（82.5％）、 公 的 病 院 が4059（3.9％）である 12。公的病院は診療報酬以外に他会計からの繰り入れがあるのに対し、民間病院は他会計からの繰り入れはなく、赤字を補填するための補助金や助成金を国から受け取ることはできない13。

２－２

公定価格引き上げの問題点

医療機関における控除対象外消費税の問題について、これまで政府は公定価格の引き上げで対応してきた。しかし、公定価格の引き上げで対応す

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ることには多くの問題点がある。
第一の問題点は透明性である。医療機関が行う取引は非課税取引とされているが、「非課税」という言葉はあたかも消費税負担がないという印象を与えるが、実際には、診療報酬に消費税分が上乗せされることで、患者は隠れた消費税を負担させられている。しかし、そうした事実は診療報酬明細書などにも記載されておらず、不透明なものとなっている。
第二の問題点は公平性である。これは患者間の公平性と医療機関間の公平性の問題がある。まずは患者間の公平性についてである。診療報酬の引き上げは初診料や再診料などの基本診療代を中心に割り当てられる。このことから、医療機関の高額医療機器購入に伴う消費税に関して、その高額医療機器の恩恵を受けていない患者の方が多くの消費税を負担させられることもある。すなわち、受益者と負担者が一致していないのである。続いて、医療機関間の公平性についてである。多額の設備投資をしているがゆえに負担している消費税が現行の診療報酬への上乗せでは補填不足となっている医療機関がある一方、医療サービスの提供にそうした設備投資を積極的に行わず、過剰な補填となっている医療機関も存在する。すなわち、医療機関によって補填不足と過剰な補填が混在しているのである。
第三の問題点は補填不足である。常に医療機関からは診療報酬による補填が負担する消費税額に見合っていないという主張が挙げられており、この主張は国と医療機関で合意が得られていない。四病院団体協議会は令和
３年度税制改正要望において「控除対象外消費税問題の解消のため、医療に係る消費税について、社会保険診療報酬の非課税を見直し、消費税制度のあり方に合致する原則課税に改められたい」と要望している 14。また、補填不足は患者への影響も懸念される。医療機関が負担する控除対象外消費税が経営を悪化させ、医療サービスの効率性の低下などとして患者側にとってもデメリットとなる。
第四の問題点は中立性である。診療報酬のうち、消費税分が上乗せされ137-164_論文3_林.indd 146

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た項目は負担した消費税分を取り戻すために過剰に供給しようとするインセンティブが働く。それに対し、消費税分が上乗せされていない項目は負担した消費税分を取り戻すことができないため、過少供給とするインセン
ティブが働く。このように、診療報酬のうち一定項目の引き上げが医療機
関の行動を左右することもあり、医療機関の行動に中立的でなくなってしまう。
このような問題点が存在するため、将来さらなる消費税率の引き上げが行われた場合、これまでと同様の対応策を用いることは望ましくない。

２－３

裁判例

２－３－１

事件の概要

過去には医療機関側が国に対して控除対象外消費税問題の解決を求めた裁判例がある 15。兵庫県民間病院協会の４つの民間病院（原告）が平成22
年９月、①非課税取引である社会保障診療等の仕入れに係る消費税額について仕入税額控除が認められていないこと、②健康保険法等により診療報
酬が公定価格とされていることから当該消費税額が消費者に転嫁できず、事業者である原告が強制的に負担させられている仕組みは、憲法14条１項、22条１項、29条１項、84条に反するとして、国（被告）に対して国家賠償請求を提訴した事件である。原告の請求は棄却されたが、原告は当該訴訟の意義は、勝敗の中身よりも医療関係者を含め、国や国民一般の理解を得ることが目的と考えていたため、控訴せず、一審で結審している16。

２－３－２

仕入税額控除の趣旨・目的

原告は仕入税額控除の趣旨・目的である「税負担の累積防止」には、事業者の実質的な消費税負担の防止という意味も含まれていると主張する。
この主張は「事業者は、消費に広く薄く負担を求めるという消費税の性格にかんがみ、消費税を円滑かつ適正に転嫁するものとする。…」という税

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制改革法11条１項を根拠とした。すなわち、事業者は消費税を適正に転嫁することから、事業者が消費税を負担することはないと解釈したのである。それに対し、裁判所は、消費税法の規定上、事業者は仕入税額相当額の負担を他の事業者や消費者に対して転嫁する権利や義務を有していると解されず、実際に転嫁できるか否かは当該事業者の経営状態、市場環境等の影響を受けることを考慮すれば、上記条項は、転嫁を通じて最終的に消費者が消費税を負担することが予定されているという基本的な考え方を宣言したものにとどまると判断した。

２－３－３

本件仕組みの憲法適合性

一般事業者が仕入税額控除や価格の転嫁を行えるのに対し、病院は仕入れに係る消費税額が消費者に転嫁できず、自らが負担することを強制されている不平等性について、裁判所は租税法分野に関する立法につき立法府に広い裁量を認めた最高裁判例17（大島訴訟）を本件にあてはめ、「本件各規定が合理的なものといえるかについて、裁判所は、基本的には立法府の裁量的判断を尊重せざるを得ない」ことから「本件各規定については、その立法目的が正当なものであり、かつ、当該規定が目的との関連で著しく不合理であることが明らかでない限り、その合理性を否定することはできない」とした 18。すなわち、憲法14条１項は、国民に絶対的な平等を保障したものではなく、合理的理由なくして差別することを禁止する趣旨であって、当該消費税法の仕組みは何ら同規定に違反するものではないと判示していることが窺える。

２－３－４

判決に対する考察

本判決は、原告側の敗訴で幕を閉じた。しかし、裁判所は、厚生労働大臣が診療報酬改定について、医療法人等が負担する仕入税額相当額の適正な転嫁という点に配慮した診療報酬改定を行うべき義務を負うという判断

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149を下している。言い換えれば、今後の診療報酬改定において仕入税額相当額の適正な転嫁が行われていないと判断されれば、当該診療報酬改定は違憲になる可能性を示したとも読み取れる。この結果、診療報酬改定における引き上げ効果の検証が行われ、消費税額の補填不足が明らかになれば、医療機関は診療報酬改定という控除対象外消費税に対する現行の対応策を撤廃することができる。したがって、本判決では、診療報酬の改定が困難になれば新たに税制上の措置で対応すべきことを示唆していると考えられる。このことに関しては、原告側においても有意義なものを勝ち取ったと
いえよう。

第３章

諸外国における対応策

控除対象外消費税の問題については以前から議論が重ねられており、現行の消費税法と医療制度における対応策では根本的な解決に至っていないことを前章で確認した。
本章では、この問題を解決するため、我が国とは異なる対応策を取っている諸外国の制度を比較する。

３－１

税による補填（イギリス）

イギリスでは、国民保健サービス（NHS）という機関が税金によって医療サービスを運営しており、加入者は原則無料で医療を受診できる19。
医療サービスは非課税取引とされており、控除対象外消費税が生じることとなる。しかし、病院の開設主体の大半が公的病院であり、NHS の財源である税による補填がなされるため、医療機関はその負担を負わない。この解決方法は開設主体が国であるために成立する方法である。しかし、我が国の病院の開設主体の大半は民間病院であるため、税による補填をすることは難しい20。

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３－２

ゼロ税率（オーストラリア）

オーストラリアでは「メディケア」という国民皆保険制度がある。被保険者は、一般開業医や公立病院での医療サービスを原則として無料で受けることができる 21。メディケア制度は、オーストラリアの低所得者を除く
国民から徴収するメディケア税を財源とした税方式の公的医療制度である。
オーストラリアの付加価値税制において特徴的な点は医療サービスが世界の主流である非課税ではなくゼロ税率である点である。ゼロ税率は課税
取引で税率を０％に設定することで、仕入税額控除を適用でき、控除対象
外消費税を完全に排除することができる。しかし、裏を返せばゼロ税率は控除対象外消費税を全て国が負担することになる。そうなれば、受診抑制のインセンティブがかかり、国民健康を脅かす可能性があると考えられる。それでは、本末転倒である。また、我が国において非課税とされてきた医療サービスを、負担を前提とした課税取引とすることは国民の心情的にも好ましくない。さらに医療サービスだけにゼロ税率を適用すると他業
種との調整が難しく、税率引き上げの余地があることも懸念される22。このような理由から、医療サービスをゼロ税率に変更することの合理性は薄く、採用は難しい。

３－３

還付制度（カナダ）

カナダではカナダ保険法に基づく「メディケア」と呼ばれる国民皆保険がある。この制度により、患者は自己負担が一切なく無料で医療サービスが提供される。医療サービスは非課税であるが、公共サービス機関については申告により非課税売上げに対応する控除対象外消費税額のうち一定部分の金額に対して還付を行う制度が導入されている 23。これは「PSB リベート」と呼ばれている。還付の対象となるのは地方自治体、大学、学校、病院などであり、それぞれの類型により控除割合が異なることが注目すべき点である。

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医療機関における控除対象外消費税問題

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還付制度は、非課税売上げに対応する課税仕入れに係る税額に一定の割合を乗じて還付対象額を決定するため、控除対象外消費税の負担が大きい
医療機関ほど多く還付を受けられるため公平性が保たれることとなる。また、非課税取引をゼロ税率に変更するという消費税法の現制度の大きな変更ではなく、非課税制度を維持した変更であるため、迅速に対応できる。
この簡素性を兼ね備えた方法は消費税率が10％に増加し、控除対象外消費税額も増加しているため早急な問題解決が求められる現在にとって有効な手段であると考えられる。また、還付率については、その時々の社会情勢の変化に合わせて、予算内で柔軟に設定することも可能であるため24、国側としても行動に起こしやすい制度である。

３－４

課税選択制度（オプション制度）

課税選択制度（オプション制度）とは、事業者の選択により、非課税取
引につき課税とすることを選択できる制度である。実際に EU の付加価値
税指令によりオプション制度が採用されており、非課税取引の中でも金融取引及び不動産取引のみが適用対象となっている。例えば、ドイツにおいて適用されているオプション制度は金融取引及び不動産取引を適用対象としており、事業者間取引に限定されている 25。これは、医療や福祉などの社会政策的配慮から非課税とされ、かつ、最終消費者向け取引についてオ
プション制度が導入されれば、個々の病院や福祉施設によって非課税取引と課税取引が混在することとなり、消費者がそのような状況を完璧に理解することは難しく、現場は混乱する恐れがあるためである26。我が国においても医療や福祉業界への導入は難しく、金融取引及び不動産取引に適用対象が絞られることは、他の業種からの批判や不公平という声も叫ばれると予想される。よって、オプション制度は我が国において非課税問題を解決すべき抜本的対応策ではないと考える。

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第４章

我が国における解決策

４－１

還付制度の導入

前章の検討策を踏まえ、この現状を打開する方法として還付制度を推奨する。この制度は政策決定において重要な公平性・簡素性・速攻性・柔軟性を兼ね備えており 27、公定価格の引き上げに代わる魅力的な手段になりうると考える。
還付制度を導入するにあたり、第３章で述べたカナダの還付制度が考えられるが、形態により還付割合が異なるため、制度の複雑性及び中立性の欠如が問題となる 28。そのため、カナダ方式の還付制度をそのまま我が国に導入することは妥当とは言えない。我が国に合った独自の還付制度を導入すべきであるが、安部（2015）は還付税額を以下の算式に基づき算定するという案を提示している。また、岩岡（2018）は還付税額を決定する方法について安部案を修正した以下の算式を提言している29。

＜安部案＞
還付税額＝非課税売上げ対応課税仕入税額×標準税率－５％
標準税率

＜岩岡案＞
還付税額＝2.89％相当額を上回る仕入税額×（１－法人税の実効税率）

それに対し、筆者は消費税が10％に増税されたことや法人税、所得税との関係性について勘案した以下のような２つの算式を提言する。

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医療機関における控除対象外消費税問題

153＜医療法人の場合＞
還付税額＝

（

）

（

）

標準税率－3.78％
非課税売上げ適用最高×× １－
対応課税仕入税額
法人税率
標準税率＜個人開業医の場合＞

還付税額＝標準税率－3.78％
非課税売上げ適用最高×× １－
対応課税仕入税額
所得税率
標準税率

岩岡（2018）は、「日本医師会からの提案である、「診療報酬に上乗せされている仕入税額相当額（2.89％相当額）を上回る仕入消費税額を負担している場合には、その超過額の還付（税額控除）」する方法を支持する」（113頁）と述べているが、この考え方には筆者も賛成である30。この方法は現行の非課税制度を残したまま事業者に還付を行うため、利害関係者の全てが混乱することなく新しい制度を導入することができる。また、日本医師会の意見を取り入れて制度を作ることで控除対象外消費税の負担者を救うことができる妥当性のある解決策となるであろう。しかし、2019年の10月に消費税が10％に増税したことから、診療報酬に当該消費税増税分が上乗せされた。診療報酬改定分は0.41％、薬価分は0.42％、材料価格分は0.06％引き上げられた 31。このことから、現在診療報酬に上乗せされている 仕 入 税 額 相 当 額 は2.89％ で は な く、3.78％（2.89％ ＋0.41％ ＋0.42％ ＋
0.06％）となる。したがって、診療報酬に上乗せされている仕入税額相当
額（3.78％ 相 当 額） を 上 回 る 仕 入 消 費 税 額 を 還 付 の 対 象 と す る。 安 部（2015）は、「平成26年３月までの適用税率５％までは過去になされた診療報酬改定で消費税負担分を（一応）加味している」（215頁）と述べているが、簡易的に５％まで転嫁がなされていると仮定するより、日本医師会が提案した税率に消費税率10％への増税分を加味した3.78％を算式に組み込むほうが、より現実的な割合になると考える。

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154

４－２

法人税法、所得税法と控除対象外消費税の関係控除対象外消費税の法人税法、所得税法での取り扱いについても注目する必要がある。資産に係る控除対象外消費税と資産以外のもの（経費）に係る控除対象外消費税によって取り扱いが異なる。まずは、資産に係る控除対象外消費税について述べる。次の①～③に該当する場合は、法人税法
上は、損金経理を要件としてその事業年度の損金の額に算入し、所得税法
上は、全額をその年分の必要経費に算入する（法税令139条の４第１項、２項、所税令182条の２第１項、２項）。
①

課税売上割合が80％以上であること。

②

棚卸資産に係る控除対象外消費税であること。

③

一の資産に係る控除対象外消費税が20万円未満であること。

上記に該当しない場合には、「繰延消費税額等」として資産計上し、次の④、⑤の金額を、法人税法上は、損金経理した金額以内で損金の額に算入し、所得税法上は、必要経費に算入する（法税令139条の４第３項、４項、所税令182条の２第３項、４項）。

④

資産を取得した事業年度又は年繰延消費税額等×⑤

その事業年度又はその年の月数 １
×60
２④以外の事業年度又は年繰延消費税額等×

その事業年度又はその年の月数
60「繰延消費税額等」として資産計上した場合も、最終的には全額が損金又は必要経費に算入されることになる。資産以外のもの（経費）に係る控除対象外消費税については、法人税法上は、全額をその事業年度の損金の額に算入し、所得税法上は、全額をその年分の必要経費に算入する。以上

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医療機関における控除対象外消費税問題

155のことから、診療報酬に係る控除対象外消費税は法人税法に定める損金、所得税法に定める必要経費に算入されるため、結果的に納付する法人税、所得税が少なくなり事業者有利となる。このため、事業者有利となる損金や必要経費に算入された金額は消費税の還付の必要がなく、この金額を除いた部分を消費税として還付することが妥当であろう。
岩岡（2018）は、「大規模な医療機関とは、法人税法の対象である医療法人が主である為、所得税ではなく法人税法に絞った算式を提言した」（112頁）と述べているが、先述したように我が国ではフリーアクセスが発達しており、中小の病院においても市場での競争に生き残るため、ヒトやモノの投資を行い、控除対象外消費税が生じることになる。このため、控除対象外消費税を負担しているのは医療法人だけでなく、個人開業医も含まれる。よって、法人税だけでなく、所得税も考慮した２つの算式を提言した。
岩岡式の還付税額の算式では、法人税の実効税率が用いられているが、法人税の税率は所得によって２つ存在するため、どちらを採用するのか不明確である。また、所得税の税率も複数存在する。このため、どの税率を採用するのか明確にする必要がある。
医療法人は法人税法上、公益法人又は普通法人に該当する。現行の法人
税法上、公益法人の場合、所得の金額が年800万円以下は税率15％、年800万円超は税率19％が適用される。ここでいう適用最高法人税率とは適用される税率のうち、最も大きいもののことであり、所得が年800万円以下であれば15％、年800万円超であれば19％である。控除対象外消費税がない
場合と損金に算入される控除対象外消費税がある場合を比較すると、差異部分（損金に算入される控除対象外消費税）に適用される税率は適用最高税率であることがわかる（図２参照）。

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156

＜図２：医療法人の法人税率＞

控除対象外消費税なし
年800万円以下（所得）

年800万円超

税率15％

税率19％（適用最高税率）

控除対象外消費税あり（損金算入）
年800万円以下

年800万円超差異部分

このため、損金に算入される控除対象外消費税のうち適用最高法人税率
分は、法人税で得をするため、還付税額から排除することとする。普通法
人の場合、所得の金額が年800万円以下は税率15％、年800万円超は税率
23.2％が適用される。税率は公益法人と異なるが、適用最高法人税率の考え方は同じである。
所得税法上、個人開業医が医療サービスを行い、稼得した診療報酬は事業所得に分類され、総合課税として超過累進税率で所得税が課される。ここでいう適用最高所得税率とは適用される税率のうち、最も大きいもののことである。法人税の場合と同じで、控除対象外消費税がない場合と必要経費に算入される控除対象外消費税がある場合を比較すると、差異部分（必要経費に算入される控除対象外消費税）に適用される税率は適用最高税率であることがわかる（図３参照）。

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医療機関における控除対象外消費税問題

157＜図３：個人開業医の所得税率（仮想最高税率と適用最高税率が同じ場合）＞

控除対象外消費税なし
年195万円以下

年195万円超
年330万円以下

年330万円超
年695万円以下

税率5％

税率10％

税率20％（適用最高税率）

控除対象外消費税あり（必要経費算入）
年195万円以下

年195万円超
年330万円以下

年330万円超
年695万円以下

差異部分

控除対象外消費税がない場合の仮想の最高税率と必要経費に算入される控除対象外消費税がある場合の適用最高税率が異なる場合において、どちらの税率を算式に組み込むかが問題となる。この場合、確定申告などで税率が明らかになるのは控除対象外消費税がある場合の適用最高税率であり、控除対象外消費税がない場合の仮想の所得を算定することは事務的負担が増えること、少しでも税率が小さければ還付税額が大きくなり、事業者有利となることから適用最高税率を税率に組み込むべきであると考える（図４参照）。
＜図４：個人開業医の所得税率（仮想最高税率と適用最高税率が異なる場合）＞

控除対象外消費税なし
年195万円以下

年195万円超
年330万円以下

年330万円超
年695万円以下

年695万円超
年900万円以下

税率5％

税率10％

税率20％
（適用最高税率）

税率23％（仮想最高税率）

控除対象外消費税あり（必要経費算入）
年195万円以下

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年195万円超
年330万円以下

年330万円超
年695万円以下

差異部分

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158

よって、図３、図４の場合も適用最高税率が差異部分に対応していると考える。
このため、必要経費に算入される控除対象外消費税のうち適用最高所得
税率分は、所得税で得をするため、還付税額から排除することとする。

４－３

現行の消費税法への導入方法

当該還付制度は、仕入税額控除できなかった控除対象外消費税の一部を還付する制度ではあるが、経済的な効果は控除と同等であり、いわば「部分控除」とみることができる 32。そのため、当該還付制度の算式を組み、消費税の納付とは別に還付を行う制度を作るのではなく、従来の控除税額に加算するという方式を提案したい。控除税額には、仕入税額控除を行った際の控除対象仕入税額、売上げに係る対価の返還等に係る消費税額、貸倒れに係る消費税額があるが、ここに控除対象外消費税に係る還付税額を新たに含めることで、新たに制度を作る複雑性や時間的制約もなく還付制
度を現行の消費税法に導入することができる。
また、上記で述べた方式を採用するには、算式を立てる際に法人税率または所得税率が必要になる。通常であれば、法人の消費税と法人税の申告期限は同時期であり、個人事業者の消費税の申告期限の方が所得税の申告期限より遅いため問題はない。しかし、課税期間を短縮又は変更することについてその納税地の所轄税務署長に課税期間特例選択・変更届出書を提出した個人事業者、法人は課税期間を３月ごと又は１月ごとの期間に短縮できる（消税19条１項３号、３号の２、４号、４号の２）。この場合は、消費税の申告期限までに法人税や所得税の適用税率は確定していない。そうすると、消費税の申告期限までに還付税額を算出することができない。
このため、法人税や所得税の適用税率が確定した時の課税期間において確定していない全ての課税期間の控除対象外消費税を合算し、まとめて還付税額を算出し、その課税期間の控除税額に加算する方法が考えられる。こ137-164_論文3_林.indd 158

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医療機関における控除対象外消費税問題

159の方法は、消費税の課税期間ごとに還付税額を算出することはできない
が、課税期間を短縮していない場合と同時期に還付税額を算出することができるため、同様に制度化することは可能である。

４－４

還付制度の適用範囲

非課税取引には医療機関が行うサービス以外にも多くの取引が存在するが（図１参照）、当該還付制度をどの非課税取引に適用するのかという問題も重要になってくる。非課税取引全般に還付制度を適用し控除対象外消費税の負担を少しでも小さくすることが考えられる。しかし、非課税取引はそれぞれ非課税となった経緯や性格が異なるため、安易に全ての非課税
取引に還付制度を導入することは妥当とは言えない。また、仮にそうした
場合、事業者が負担していた控除対象外消費税を国がすべて負担するため、我が国の財政上の観点からも問題である。還付制度を適用する範囲を考える際は、非課税取引の様態、販売価格への転嫁が可能かどうかという
二つの観点から適用取引を絞っていく必要がある。
消費税の非課税取引には図１で示したように「消費税としての性格上非課税」となる取引と「社会政策的配慮による非課税」となる取引の様態がある。前者については、消費税が「消費」に着目して課税する税金であるが、モノやサービスの「消費」ではないことから非課税とされている。消費者への消費税の負担を回避することを目的としていないため、控除対象
外消費税の負担を消費者に転嫁するかどうかは事業者に委ねられている。
このように、事業者の自己努力で消費税の負担を免れることができる取引に対して国が還付制度を適用させることは妥当な判断とは言えない。後者については、消費者への消費税の負担を回避することを目的として非課税となっている。後者の取引は販売価格への転嫁が可能なものとそうでないものに分けられる。販売価格への転嫁ができないものとは、医療機関が行う資産の譲渡等、介護施設が行う資産の譲渡等、障害者総合支援法に基づ

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く障害福祉サービス事業（消税令14条の３第１項７号）である。これらの者が行うサービスに対する報酬は公定価格となっている。販売価格への転嫁が可能なものとは、価格が公定価格となっていないそれら以外のものをいう。販売価格への転嫁が可能なものについては、前者と同じように、事業者の自己努力で控除対象外消費税の負担を免れることができるため、そのような取引に対して国が還付制度を適用させることは妥当な判断とは言えない。それに対し、販売価格への転嫁ができないものについては、事業者の自己努力で控除対象外消費税の負担を免れることができないため、還付制度を適用する必要性がある。このようなことから、還付制度を適用す
る範囲は医療機関、介護施設が行う資産の譲渡等、障害者総合支援法に基づく障害福祉サービス事業に限定すべきである。

４－５

還付制度の選択制

還付制度を医療機関と介護施設に適用することとするが、適用されるすべての事業者に強制的に還付制度を適用すべきであろうか。医療機関の中でも、保険対象外の整形手術等を行う整形外科については課税売上げがほとんどで、非課税売上げが少ない医療機関もある。このような医療機関では控除対象外消費税を負担しておらず、還付制度を適用する必要がない。
反対に、還付制度が適用されることで申告書の記載事項が増え、控除対象
外消費税額の計算や税率確認のための法人税や所得税の申告書との照らし合わせなどの事務負担が増えてしまうため、還付制度を導入したくない事
業者も存在すると考えられる。そのため、還付制度を導入するかどうかは事業者の選択制にすべきである。具体的には、還付制度を導入したい事業者が、その納税地の所轄税務署長に「控除対象外消費税還付選択届出書」を提出すれば、還付制度が適用されるという仕組みが考えられる。

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医療機関における控除対象外消費税問題

161

おわりに
ここまで、医療機関における控除対象外消費税について検討した。控除
対象外消費税の問題は消費税導入以来、医療機関が声を上げて問題提起を行ってきた。日本医師会と四病院団体協議会を筆頭に毎年税制改正要望でこの問題を取り上げているのが何より問題解決の難しさを物語っている。
コロナウイルス感染症が拡大している中で、医療機関に多くの患者が殺到し、医師や看護師は疲弊をしている。そのような中で医療機関の経営が大きく圧迫されており、医療機関にとって負担となっている控除対象外消費税は早急に解決すべき問題である。現行は公定価格の引き上げで対応しているため、今後さらに消費税率が引き上げられた場合にこの問題の対応を図る必要がある。そこで、同じ問題に直面している各国の対応策を比較、参考にすることで我が国において採用すべき解決策は還付制度であるという結論に至った。
カナダでは実際に還付制度が導入されているが、カナダ方式は公平性、柔軟性の観点から問題があり、我が国に導入するには適していない。そのため、本稿では我が国に導入すべき独自の還付方式を提案した。控除対象
外消費税額のうち公定価格の引き上げで転嫁済みの3.78％分を除いた金額
から法人税や所得税で考慮されている部分を除いた金額を還付税額とした。過去の医療機関の主張を尊重しながら、消費税増税の影響も踏まえて還付税額の算式を提言した。また、消費税法だけにとどまらず、法人税法
や所得税法における控除対象外消費税の取り扱いの関係についても触れ、算式に組み込んだ。さらに、還付制度を導入すべき非課税取引の範囲や還付制度の選択制という実際に導入される際に問題となる事柄についても言及した。この提案がコロナ禍の中での医療機関の経営を少しでも後押しできるものになれば本望である。

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162

【脚
１

注】

２

浅妻章如・酒井貴子『租税法』（日本評論社、2020年）145頁。
服部一宏「控除対象外消費税に関する一考察－神戸地裁2012年11月27日判決の限界－」
東海学園大学大学院平成30年度修士論文（2019年）11頁。

３

基準期間とは、個人事業者についてはその年の前々年をいい、法人についてはその事業年度の前々事業年度をいう（消税２条１項14号）。

４

課税期間とは、消費税の計算期間を指し、個人は１月１日～12月31日、法人は事業年度となる。

５

課税売上割合とは、事業者が課税期間中に国内において行った資産の譲渡等の対価の額の合計額のうちに当該事業者が当該課税期間中に国内において行った課税資産の譲渡等の対価の額の合計額の占める割合（消税30条６項）をいう。すなわち、総売上高に対する課税売上高の割合をいう。

６

西山由美「金融セクターにおける消費課税―非課税と仕入税額控除の不整合への対応」
金子宏編『租税法と市場』有斐閣（2014年）300-301頁。

７

本稿の表では、消費税率を日本の現行税率である10％とする。

８

浅井佐紀子「医療機関の控除対象外消費税に関する一考察」租税資料館賞受賞論文集25（上）（2016年）５頁。

９

安部和彦『消費税の税率構造と仕入税額控除

医療非課税を中心に』（白桃書房、2015年）38頁。
10

本章では、我が国の「民間」の医療機関は医療法人及び個人が開設主体であるものに限
定する。

11

本章では、我が国の「公的」な医療機関は国及び公的医療機関が開設主体であるものに
限定する。

12

厚生労働省，「令和元（2019）年医療施設（動態）調査・病院報告の概況

医療施設調査（2019年10月１日）」https://www.mhlw.go.jp/toukei/saikin/hw/iryosd/19/dl/02sisetu01.pdf
13

服部・前掲注２）28頁。

14

四病院団体協議会，「令和３年度税制改正要望の重点事項について」，
http://www.hospital.or.jp/pdf/06_20200819_01.pdf

15

神戸地裁平成24年11月27日税資第262号順号12097。

16

吉田静雄「医療消費税訴訟の経緯」社会保険旬報 No.2527（2013年）18-24頁。

17

最判昭和60年３月27日民集39巻２号247頁。

18

服部・前掲注２）22頁。

19

外務省，「世界の医療事情

英国（平成30年10月１日）」

https://www.mofa.go.jp/mofaj/toko/medi/europe/uk.html
20

服部・前掲注２）39頁。

21

船本智睦『医療と消費税

22船本・前掲注21）250-253頁。

23

安部・前掲注９）182頁。

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誰が負担をすべきか』（徳間書店、2013年）200-204頁。

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医療機関における控除対象外消費税問題

163

24

船本・前掲注21）255-256頁。

25

安部・前掲注９）163-164頁。

26

安部・前掲注９）166頁。

27

船本・前掲注21）256頁。

28

安部・前掲注９）191頁。

29

岩岡由美「現行消費税法の損税問題に関する一考察（二・完）：医療機関における控除
対象外消費税問題を中心として」亜細亜大学

30

法学研究論集43号（2020年）112頁。

日本医師会，「日医と四病院団体協議会の連名による平成30年度税制改正要望書」
https://www.med.or.jp/dl-med/doctor/report/zeisei/h2909_zeiseikaisei.pdf

31

厚生労働省，「消費税と診療報酬について」（令和元年８月）
https://www.mhlw.go.jp/bunya/iryouhoken/iryouhoken13/dl/140401.pdf

32

安部・前掲注９）213頁。

【参考文献】（書籍）
浅妻章如・酒井貴子『租税法』（日本評論社、2020年）。
安部和彦『消費税の税率構造と仕入税額控除

医療非課税を中心に』（白桃書房、2015年）。

中里実 他『租税法概説【第３版】』（有斐閣、2018年）。
船本智睦『医療と消費税

誰が負担をすべきか』（徳間書店、2013年）。

（雑誌・論文）浅井佐紀子「医療機関の控除対象外消費税に関する一考察」租税資料館賞受賞論文集25（上）（2016年）。
岩岡由美「現行消費税法の損税問題に関する一考察：医療機関における控除対象外消費税問
題を中心として」亜細亜大学

法学研究論集42号（2019年）。

岩岡由美「現行消費税法の損税問題に関する一考察（二・完）：医療機関における控除対象
外消費税問題を中心として」亜細亜大学

法学研究論集43号（2020年）。

西山由美「金融セクターにおける消費課税―非課税と仕入税額控除の不整合への対応」金子宏編『租税法と市場』有斐閣（2014年）。
服部一宏「控除対象外消費税に関する一考察－神戸地裁2012年11月27日判決の限界－」東海学園大学大学院平成30年度修士論文（2019年）。
吉田静雄「医療消費税訴訟の経緯」社会保険旬報 No.2527（2013年）。
（判例）
神戸地裁平成24年11月27日税資第262号順号12097。

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164

最判昭和60年３月27日民集39巻２号247頁。
（Webページ）
外務省,「世界の医療事情

英国」

https://www.mofa.go.jp/mofaj/toko/medi/europe/uk.html,（2021.6.30）
外務省,「世界の医療事情

オーストラリア」

https://www.mofa.go.jp/mofaj/toko/medi/oceania/australia.html,（2021.6.30）
外務省,「世界の医療事情

カナダ」

https://www.mofa.go.jp/mofaj/toko/medi/n_ame/canada.html,（2021.6.30）
厚生労働省,「消費税と診療報酬について」（令和元年８月）
https://www.mhlw.go.jp/bunya/iryouhoken/iryouhoken13/dl/140401.pdf,（2021.6.30）
厚生労働省,「令和元（2019）年医療施設（動態）調査・病院報告の概況

医療施設調査」

https://www.mhlw.go.jp/toukei/saikin/hw/iryosd/19/dl/02sisetu01.pdf,（2021.6.30）
日本医師会,「日医と四病院団体協議会の連名による平成30年度税制改正要望書」
https://www.med.or.jp/dl-med/doctor/report/zeisei/h2909_zeiseikaisei.pdf,（2021.6.30）
四病院団体協議会,「令和３年度税制改正要望の重点事項について」
http://www.hospital.or.jp/pdf/06_20200819_01.pdf,（2021.6.30）

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