[添付資料 4-2-2] SS 研 Grid Computing 2004 WG 第 6 回会合 資料

2006/9/8

NAREGI（version beta 1.0.1）環境の構築
名古屋大学情報連携基盤センター
永井亨

１．はじめに名古屋大学情報連携基盤センターでは PC クラスタ上に NAREGI ミドルウェア（version beta1.0.1）によるグリッド環境を構築した。以下でシステムの概要を報告する。
２．システム構築
システム構築は年 5 月に開始し、8 月に終了した。構築にあたって発生した障害等を付表に示す。
３．システム構成
NAREGI システムの構成を表 1 に示す。機種はすべて Fujitsu PRIMERGY RX200S2（Xeon、動作周波数 3.2GHz、主記憶 2GB）で OS は RedHat Linux 9.0 である。計算ノードは現在 naregi4と grid1 の 2 台であるが、今後追加していく予定である。
表1
ホスト名ノードタイプ

役割naregi1.cc.nagoya-u.ac.jp

IS･InformationService

naregi2.cc.nagoya-u.ac.jp

SS･SuperScheduler【 SS server MyProxy + 】

naregi3.cc.nagoya-u.ac.jp

Authority / Portal･NAREGI-CA･Portal･PSE･GVS Service Provider･WorkFlowTools･SuperScheduler 【 SS client 】･MyProxynaregi4.cc.nagoya-u.ac.jp

Grid VM Server･Grid VM
【GridVMScheduler, GridVM Engine】･GVS 【 parallel visualizer 】･InformationService【LRPS】

naregi5.cc.nagoya-u.ac.jp

User Management ･User management server (VOMS)
Server

grid1.hpc.itc.nagoya-u.ac.jp Grid VM Client･Grid VM【GridVM Engine】[添付資料 4-2-2] SS 研 Grid Computing 2004 WG 第 6 回会合 資料

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４．動作確認4-1 NAREGI Portal への接続
(1) NAREGI Portal のトップ画面で[User Management Server]へログインする。
(2) [Proxy Certificate Registration]画面で Private Key Passphrase、New Proxy Certificate
Passphrase を入力して[Register]ボタンをおす。
(3) Succeeded in the proxy certificate registration.と表示されれば接続完了（図 1）。（個人的には赤字はやめてほしい。エラーがおこったかとおもってしまう。
）

図1
4-2 NAREGI Portal へのログイン(1) [NAREGI Portal]の[Sign On]ボタンをおす。
(2) User Name、Registered Proxy Certificate Passphrase を入力し、[Sign On]ボタンをおす。
(3) [Grid Tools]画面が表示される（図 2）。

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図2

図32006/9/8

[添付資料 4-2-2] SS 研 Grid Computing 2004 WG 第 6 回会合 資料

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4-3 各ツールの利用
図 2 に示されている Grid Tools の中で Information Service、Grid PSE、Grid Workflow Tool、
Grid Visualization System (GVM) が正常に動作することを確認した。たとえば、Grid Workflow
Tool をもちいて/bin/hostname を実行した結果は図 3 のようになる。画面の最後の行にホスト名（naregi4.cc.nagoya-u.ac.jp）が表示されている。また、指定したファイルにもホスト名が出力される。GVM により可視化した例を図 4 に示す。

図4５．おわりにここでは NAREGI 環境を構築し、その動作を検証した。今後はより実用的プログラムをもちいて検証する。また、別のサイトに構築された NAREGI 環境との連携もテストする予定である。本
報告を作成するにあたって名古屋大学担当の SE、特に加藤正芳氏には大変お世話になった。名古屋大学独自の「NAREGI Grid Middleware version beta 1.0 簡易操作マニュアル」を作成いただき、初心者には非常にありがたかった。厚く感謝したい。

[添付資料 4-2-2] SS 研 Grid Computing 2004 WG 第 6 回会合 資料

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付表

1

発生日

ノード

障害内容

原因・処置内容

対処日

5/29

VOMS

VO ノード構築時にマニュアルの不備のため。正式な証明書を配置する方法により登6/14"voms-admin"コマンドにて録ができることを確認。

"voms" ユーザの登録を実施したところ"SSLnegotiationfailed"と表示され登録ができな
い。
26/14

VOMS"voms-myproxy-init"コマンドを1.

実行すると"ERR_NOSOCKETFailed"のエラー発生が発生す

証明書に問題があるとの指摘を受け Naregi-CA の再構築を6/28実施して証明書を再配置したが問題は改善されず。
2.

る。

"/opt/glite/etc/vomses"ファイルに"VO"情報を設定する箇所
で、ホスト証明書の"Subject"部分に記述ミスがあったため。
正しく直してエラーが発生しなくなったことを確認。

3

6/16

GridVM

GridVM スケジューラデーモン"jwsdp"の設定が不足していたため。不足していた設定を正しく行起動時にエラーが発生する。

うことで正常にサービスが起動することを確認(マニュアル記載

6/19

もれ)
4

5

6/16

6/19

IS

GridVM"PostgreSQL"のデータベースの設定ファイルの記述漏れがあったため。設定ファイルを正しく入TCP/IP 接続に失敗する。

力することで TCP/IP 接続ができることを確認。

"catalina.out"に

LRPSConfig.xml ファイル 112 行目の"interval"という文字列の[Fatal Error]

前に、スペースが入っていないため。スペースを入力してエラー

LRPSConfig.xml:112:73:が表示されなくなったことを確認。

Element type "ProviderConfig"
must be followed by either
attributeといったエラーが表示される。

6/19

6/21

[添付資料 4-2-2] SS 研 Grid Computing 2004 WG 第 6 回会合 資料

6発生日

ノード

6/19

IS

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障害内容

原因・処置内容

対処日"tomcat"のログに以下のエラー"/naregi-beta/tomcat/webapps/wsrf/WEB-INF/etc/ogsadai_wsrf/

6/28が表示される。

jndi-config.xml"において、-06-26 16:06:00

・<service name="ogsadai/wsrf/celldomain">StandardContext[/wsrf]サーブ・<service name="ogsadai/wsrf/node">

レット /wsrfの項目が、複数回記述されていたためが load()例外を投げました"ant deployTomcat"を複数回実行してしまうことによって発生すjavax.servlet.ServletException:

る。余分な行を削除してエラーが表示されなくなったことを確認。

Failed toread'/naregi-beta/tomcat/weba
pps/wsrf/WEBINF/etc/ogsadai_
wsrf/jndiconfig.xml'
JNDI configuration file:7

7/3

Portal"Proxy Certificate"UserManagementServer"の、ユーザのホームディレクトリ下にRegistration"にて"VO Name"が作成する"~/.glite/vomses"ファイルにおいて、設定行の末尾に改行表示されない。

があったため。改行を取り除いて"VomsName"が表示されること7/03を確認。
8

7/04

WFT

WFT のインストールが失敗すドキュメント不備のため。再作成されたドキュメントにてインスる。

トール作業を進めることで正常にインストールが行えたことを確

7/04

認。
9

7/04

Portal(ISPortal 画面より IS の画面を表示

Portal ノードから IS ノードへのデータベースの接続時に認証エ)させようとすると"Sorry,ラーが発生していたため。"grid-mapfile" ファイルにテスト用ユServer Connection Errorーザ"voms-test"のサブジェクトを追加してサービスを再起動すOccured."といったエラーが表示ることで正常な画面が表示されることを確認。

7/12

される。
10

7/05

WFT

WFT にてワークフローを作成しGridVM ノードの"/etc/sudoers"ファイルの設定のミスのため。

7/24

Portal ノードにて IS 関連のログ"Log4j.properties"ファイルを修正することでログが表示される7/12(infoservice.log)が表示されなことを確認。てジョブを実行させてもエラーが出てジョブの実行ができない。
117/07

ISい。
127/14IS

WFT の IS ノード確認画面にて"/naregi-beta/tomcat/webapps/wsrf/WEB-INF/etc/LRPS/provid

Administrator 用の画面を見る

er-bin/CIMPerson.csv"ファイルを修正することでにはどうしたらよいか。

Administrator 権限でしか見ることができない画面が表示されることご確認。

7/19

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13

発生日

ノード

7/25

PSE

2006/9/8

障害内容

原因・処置内容

対処日

PSE の画面にて"Status"で現在Portal ノードの Portal ユーザの Myproxy の証明書の有効期限が7/25の状況を確認するとエラーが表切れていたため。

示されてしまう。
1415

7/25

7/25

PSE

PSE

PSE にて Compile 実行時にホスInput the following にて設定する、"OS Version"を、"9.0"ではなト名が表示されない。

く、"9"と設定する必要があるため。マニュアルの記載ミス

PSE にて Deploy を行うとCompileDeploySystemInfo.properties ファイルを下記のように"Status"が"Exception"となって修正したが改善されずしまう。

修正前：
-

7/26

8/04

COMPILE_DEPLOY_SERVICE_TEMP_BASEDIR=/naregi-beta/pse/CompileDeployTemp

修正後：

COMPILE_DEPLOY_SERVICE_TEMP_BASEDIR=/naregi-beta/pse/CompileDeployTemp/
修正一覧表の"SERVICE_USERNAME=portal"の部分を"SERVICE_USERNAME=globus"へ変更を行っていなかったため。"SERVICE_USERNAME"の値を"globus"に変更することで"PSE"の"Deploy"時に正常に実行できることを確認。
16

7/26

GVS

GVS にて"GVSClient.gvp"ファ指定するファイルに誤りがあったため("GVSClient.gvp"ではなくイルを指定しても可視化が表示"GVSClient.gvp")

7/27

されない。
1718

19

8/01

8/09

8/25

MyProxy

WFT

GVS

WFT にてジョブを実行すると

8 月 1 日にラック内の電源の消費電力がオーバーしたため Naregi

SS ノードの myproxy サービスの全サーバが突然シャットダウンされたのが原因の可能性あり。

にて認証エラーが発せする。

詳細については不明。現在は正常に使用可。

WFT でのジョブの実行時にデー"/naregi-beta/SS/etc/config-ss2.xml"ファイルにおいて、タアイコンを使用して出力結果"FileTransferServiceContainer2_skel.so"モジュールの指定が無を指定して実行するとジョブがかったため。このファイルの修正後、データアイコンを使用した終了しない。

テストを実行したところ、正常に実行できる事を確認。

"mpirun"コマンドを一般ユーザNaregi 担当者が確認したときは正常に動作したため原因不明。名実行するとエラーが表示されて大側でも一般ユーザにて"mpirun"が正常に起動することを確認。

実行できない。

8/11

9/04

9/04