データベース統合に関わる基盤技術開発大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構（ROIS)
ライフサイエンス統合データベースセンター（DBCLS)

坊農 秀雅
©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本

DBCLS: Database Center for Life Science• ライフサイエンス統合データベースセンター‒ ライフサイエンス分野のデータベース統合化の拠点‒ Since 2007

できてから、早4年半‒ ＠東京大学本郷キャンパス内•が、東大の機関ではありません

http://dbcls.rois.ac.jp/

2

DBCLS構成員(2011/10現在)• センター長: 1人• RA(アルバイト): 26人• 教授（兼任）: 1人• 客員: 2人

• 研究員(PhD): 10人→ 総計: 53人

• 技術専門員: 5人• 事務: 3人
• 外来研究員: 3人• SE: 2人

•常勤合計: 25人©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本3DBCLSの三本柱

•戦略立案
•研究開発
•広報宣伝普及活動(2011年3月まで)©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本

4

DBCLSの三本柱

•戦略立案
•研究開発
•広報宣伝普及活動(2011年4月から)©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本

5バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)• National Bioscience Database Center‒http://biosciencedbc.jp/• 独立行政法人 科学技術振興機構(JST)の傘下

http://biosciencedbc.jp/nbdc.cgi?lng=ja&gg=org_membersより引用

6

NBDC体制図

http://biosciencedbc.jp/nbdc.cgi?lng=ja&gg=about_usより引用

7

データベース統合に関わる基盤技術開発
1.データベースのRDF による統合化
2.解析プラットフォームによる統合利用環境の整備
3.インターネットを活用した高度検索技術の開発
4.RDF化に資するオントロジー、辞書、コーパスの整備、標準化
5.大規模ゲノム配列データの利用技術開発
6.情報統合化・知識発見のためのアノテーション支援
7.統合データベースに関わるコンテンツの作成、整備
8©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本

開発開発＠•データベースのRDFによる統合• -> NBDC‒生命科学系DBカタログ‒生命科学DB横断検索‒生命科学DBアーカイブ•大規模ゲノム配列データの利用技術開発‒RefEx: Reference Expression dataset‒次世代DNAシーケンサーからのデータの利用
9ポスター番号: 4,7,8,9,10

丸数字：課題番号との対応

RDFによるDB統合
大規模データ活用技術
RDF化実現l生命科学系アーカイブの開発llアーカイブプラットフォーム開発
lRDF設計（オントロジ含む）技術l大規模データに柔軟に対応

バイオ分野のセマンティックウェブをリード

National Bioscience Database Center

DB設計→ 情報技術による国際協力拠点形成（BioHackathon)RDF
オントロジ・辞書・コーパス整備, 標準化

高度検索技術開発

PDBj

l270以上のDBの横断検索

NLP

アノテーション

イニング技術と国際協力

主要バンク

l41のタンパクDBの統合検索

DDBJ

KEGG

高度検索技術l 自然言語処理技術, テキストマ

解析
プラットフォーム

広報・普及

統合利用環境の整備

CBRC

lGalaxy, BioMartによる次世代ゲノムワークフロー
タンパク質, RNAのワークフロー開発©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本

10

生命科学系DBカタログ
http://biosciencedbc.jp/

11

ポスター番号: 1

12

生命科学DB横断検索
http://biosciencedbc.jp/

13

ポスター番号: 3,4

14

生命科学系DBアーカイブ
http://biosciencedbc.jp/

15

ポスター番号: 2

16

ポスター番号: 2

17

ポスター番号: 218

ポスター番号: 11,13,14

参照遺伝子発現データの開発• RefEx: Reference Expression dataset‒GGRNA‒Bodyparts3D19

ポスター番号: 12,42

次世代DNAシーケンサーからのデータの利用技術開発• 公開前のデータ‒統合TV

SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33
TGTCGGTCCAGCTCGGCCTTGGGCTCCGTTTTC+SRR001356.1 2023DAAXX:5:1:123:563 length=33-IIIIIIII8IIIIIIIIIII6IIIIIIIII9I@SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33
TCTGAACCCGACTCCCTTTCGATCGGCCGCGGG+SRR001356.2 2023DAAXX:5:1:123:476 length=33
IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIII-III@SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33
GTGGCAGCGTTTTTGGGCCCGCCGCTTGCCGTT+SRR001356.3 2023DAAXX:5:1:121:746 length=33
IIIII&IIIIIIIIIIIIIIIIHI1IIIIIIII

FASTQ•ツールの利用法•サイズの大きなデータの扱い方•DDBJ Sequence Read Archive(DRA)への登録支援他• 公開されたデータ‒データ再利用性の向上を支援•実験条件などのメタデータを中心に

20© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

統合TV (togoTV)•動画によるDBやツールの使い方解説‒http://togotv.dbcls.jp/

で検索‒iTunesStore, YouTube にも投稿

•統合データベース講演会AJACSの動画も• google indexed!

•コンテンツ数‒現在、約500
21

http://togotv.dbcls.jp/?category=NGS

統合TVの活用22

http://g86.dbcls.jp/togopic© 2011 DBCLS Licensed under CC 表示 2.1 日本

http://sra.dbcls.jp/
23http://sra.dbcls.jp/

24Search by publications

25

まとめ• 2007年からROISの研究センターとして活動してきたDBCLSは2011年のNBDC発足を受け、 基盤技術開発に特化‒特に、データベースのRDFによる統合や大規模ゲノム配列データの利用技術開発、等々‒http://dbcls.rois.ac.jp/• これまで構築維持管理してきたサービスの一部はNBDCに移管され、今後も利用可能‒http://biosciencedbc.jp/©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

26
licensed under CC表示2.1 日本

終わりに•詳しくはポスター発表にてポスター番号: 1,2,3,4,7,8,9,10
11,12,13,14,42他•情報は発信する所に集まる‒積極的な情報発信

ENGLISH•新規な技術開発に加えて、持続可能な技術の開発も
27

©2011

情報・システム研究機構

ライフサイエンス統合データベースセンター

licensed under CC表示2.1 日本