特別企画「使ってみようバイオデータベース‐つながるデータ、広がる世界（BioDB）」
企

画：国立研究開発法人 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）

日時：2018年11月28日（水）〜11月30日（金）会

場：パシフィコ横浜展示ホール

バイオデータベースコーナー（BioDBコーナー）

特別企画「使ってみようバイオデータベース－つながるデータ、広がる世界」では、ゲノム、蛋白質、糖鎖、代謝物、化合物などのデータの種類やヒト、マウス、植物、微生物などの生物種ごとにまとめたデータベースを、ポスター、配布資料やPCを用いたデモなどにより紹介します。どのようなデータベースがあるのか、ぜひお尋ねください。また、これらの多様な生命科学のコンテンツを探す、抽出する、整理する、つなげる、解析する情報技術の開発やバイオデータベースを整備して使いやすくする取り組み（データベースの統合化）についても紹介します。
＜関連企画＞ワークショップ「生命科学のデータベース活用法2018」
日時：2018年11月28日（水）17:30～19:00
会場：第9会場（パシフィコ横浜会議センター 4階「411+412」）
セッション番号：【1PW2-09】

１まずはここから。誰でも使えるNBDCのデータベース

箕輪 真理，森 亮樹，杉澤 芳隆，佐久間 桂子，畠中 秀樹，川嶋 実苗，大波 純一，信定 知江，三橋 信孝，豊岡 理人，八塚 茂，櫛田 達矢
科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター（NBDC）
NBDCでは日本の生命科学データベース（ DB ）の統合を実現するための研究開発とサービスを提供しています。ポータルサイトでは目的のDBを一覧から探す「カタログ」、様々なDBを一括検索できる「横断検索」、DBを丸ごとダウンロードできる「アーカイブ」、 ヒト関連データを共有するための「NBDCヒトDB」、日本人ゲノム多様性統合DB「TogoVar」等をご利用になれます。ユーザーがこれらのサービスを利活用することで新しい知見の創出が期待されます。

URL:

２

https://biosciencedbc.jp/

知識発見につながるデータベース構築へ〜DBCLSからの提案〜

箕輪 真理，坊農 秀雅，小野 浩雅，大田 達郎，五斗 進
情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベース
センター(DBCLS)生命科学分野の知識発見やイノベーション推進のためには多種多様なDBを統合的に活用できる環境が必要です。私たちは、Linked Open Data技術を応用して、Web上に分散したDBから必要な情報を効率よく入手・ 活用できる統合利用環境の実現を目指すと共に、増加の一途をたどるNGSデータの活用ツールや研究をサポートする特徴あるコンテンツの作成・整備を行っています。今年
も「データ解析のよろず相談」受け付けます！

URL:

https://dbcls.rois.ac.jp/

The 41st Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan53

３

経産省関連ライフサイエンスサイトMEDALSの利用

福井 一彦, 雨宮 崇之, 福西 快文, 堀本 勝久
産業技術総合研究所創薬分子プロファイリング研究センター
産総研では、データベース統合に向けて経産省関連の成果や解析技術をまとめたMEDALSの開発を行っています。本サイトでは、各種便覧の整備を行い、どの様なDB、ツール、プロジェクト、成果があるのかを容易に探すことができます。また解析ワークフローによるサービスでは、NBDCが進めるDB再構築と連携し、解析ツール群とDBを繋げて利用可能とするために、連携解析を可能とするサービス開発を実施しています。

URL:

４

https://medals.jp， https://www.molprof.jp/

創薬・健康・栄養研究を支援するNIBIOHNのデータベース

水口 賢司1)，坂手 龍一 2)，五十嵐 芳暢3)，陳 怡安1)，樋口 千洋1)，長尾 知生子1) ，深川 明子1)
1)

医薬基盤・健康・栄養研究所バイオインフォマティクスプロジェクト，
医薬基盤・健康・栄養研究所難病資源研究室，
3)
医薬基盤・健康・栄養研究所トキシコゲノミクス・インフォマティクスプロジェクト
2)

医薬基盤・健康・栄養研究所は、トキシコゲノミクスデータベース Open TG-GATEs、創薬支援統合データウェアハウス TargetMineなどの開発を行ってきました。また2012年からNBDCと連携し、創薬・疾患に関するウェブサイトを対象とした横断検索システム Sagace を開発し、公開しています。さらに現在、アジュバント、薬物動態、身体活動と腸内細菌叢に関するデータベースの構築も進めています。これらのデータベースの開発を通して、より効率的な創薬・健康・栄養研究を支援することを目指しています。

URL:
医薬基盤・健康・栄養研究所の各種データベース一覧：http://www.nibiohn.go.jp/nibio/data，

Sagace: http://sagace.nibiohn.go.jp， Toxygates: http://toxygates.nibiohn.go.jp

５

統合ゲノム情報DB（ヒト疾患ゲノム変異情報の多階層オミクスデータの統合）

鈴木 穣1)，菅野 純夫2)1)

東京大学大学院新領域創成科学研究科メディカル情報生命専攻生命システム観測分野

2)

東京医科歯科大学難治疾患研究所分子疫学研究室

ＮＧＳ等の大規模データの有効活用を目指すＤＢとして、データ収集と格納を行っています。疾
患変異を中心に、トランスクリプトーム、エピゲノム等のオミクス情報を紐づけし、変異頻度・発現量・パスウェイ情報・モデル生物との比較ゲノム等を閲覧できるＤＢとして公開しています。 引き
続き、ヒトゲノムバリエーションＤＢの日本人ＧＷＡＳデータとの連携を充実させ、ＩＨＥＣ（日本チーム産出分）のデータの更新を行っています。

URL:

54

http://kero.hgc.jp/， https://gwas.biosciencedbc.jp/

第 41 回日本分子生物学会年会

６

KEGG NETWORK: ゲノム・パスウェイ・疾患・医薬品の統合データベース

金久 實, 田辺 麻央, 古道 美穂
京都大学化学研究所

KEGG NETWORKはヒトの疾患を、 生体システムを構成する分子ネットワークのゆらぎと関連づけるという新しい概念に基づくデータベースです。KEGG PATHWAY にあるレファレンス
ネットワークに対して、ヒト遺伝子バリアント、ウイルスその他の病原体、様々な環境因子、医薬品KEGGの新たなどがどのようなゆらぎをもたらしているか、文献に基づく知識を集約しています。
な展開をご覧ください。

URL:

７

https://www.kegg.jp/kegg/medicus/

微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」

黒川 顕1)，森 宙史1)，中村 保一1)，藤澤 貴智1)，内山 郁夫2)，山田 拓司3)，高橋 弘喜4)，
矢口 貴志4)2)
1)
国立遺伝学研究所，基礎生物学研究所，3)東京工業大学，4)千葉大学
MicrobeDB.jpは、 ゲノム情報を核として微生物学上の様々な知識を統合したデータベースです。データベースを利用した解析結果を掲示するアプリケーション群(Stanza)の開発や利用性の向上を徹底することで、単なる統計量の羅列ではなく、大規模データから新規な知識や関係性を容易に引き出すことが可能なデータベースシステムとなっています。本ブースでは、データサイエンス
時代を切り拓く微生物統合データベース「MicrobeDB.jp」をご紹介いたします。

URL:

８

http://microbedb.jp/

植物ゲノム情報統合データベース PGDBj /Plant GARDEN田畑 哲之1)，磯部 祥子1)，原田 大士朗1)，Andrea Ghelfi1)，Jeffrey Fawcett1)，
白澤 沙知子1)，平川 英樹1)，中谷 明弘2)，市原 寿子2)
1)
かずさDNA研究所，2)大阪大学大学院医学系研究科「PGDBj」は約80種の植物のDNAマーカーやQTL情報、遺伝子オルソログDBなどを格納した植物ゲノム情報に関する公開中のポータルサイトである。一方、多くの植物種のゲノムが解読されてきている現状をふまえ、全ゲノム参照配列を格納し、各植物のDNAマーカーやQTL、ゲノムワイド多型をゲノムブラウザ上に集約させ、ゲノム関連情報を俯瞰できるサイト「Plant GARDEN」を現在開発している。
Plant GARDENの公開は2018年度末となる予定である。

URL:

https://plantgarden.jp (予定)， http://pgdbj.jp

The 41st Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan55

９ChIP-Atlas: 既報のChIP-seqデータをフル活用できる沖 真弥
九州大学大学院医学研究院発生再生医学分野
ChIP-Atlasは、論文などで報告された全てのChIP-seqデータを網羅的に統合し、データの閲覧や再解析を可能にしたWebサービスです。
- ７万件以上の実験データを収録。
- どのタンパク質がゲノムのどこに結合するかが、一目で理解できる。
- 興味の転写因子の標的遺伝子や共局在パートナーがわかる。
- ユーザデータを用いたenrichment解析ができる。

URL:

http://chip-atlas.org

10 プロテオーム統合データベースjPOST
石濱 泰1)，五斗 進2)，奥田 修二郎3)，松本 雅記4)，荒木 令江5)1)
京都大学大学院薬学研究科,
2)

情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター，
新潟大学大学院医歯学総合研究科，4)九州大学生体防御医学研究所,
5)
熊本大学大学院生命科学研究部
3)

jPOSTは国内外に散在する多様なプロテオームデータを標準化・ 一元管理する統合データベースであり、 国際標準リポジトリProteomeXchangeメンバーとして国際連携やデータ標準化に貢献し、 生命科学データ統合化の中核になることを目指します。
jPOSTは(1)リポジトリ(2)再解析シス
テム(3)データベースで構成され、登録された質量分析データを標準ワークフローに従って再解析し、集積後、ユーザーの視点からカスタマイズデータベースを作成できます。

URL:

https://jpostdb.org

11 糖鎖科学ポータル：GlyCosmos
木下 聖子1)，奥田 修二郎２)，青木 信行３)，成松 久4)，山田 一作５)
1)
3)
創価大学，2)新潟大学，SparqLite，4)産業技術総合研究所，5)野口研究所
糖鎖科学ポータルGlyCosmosは、(1)糖鎖科学データの標準化、(2)糖鎖・複合糖質構造、グライコ
プロテオミクスデータのリポジトリ、(3)糖鎖化学構造、糖鎖遺伝子、パスウェイ、糖タンパク質、レクチンなどのデータベースで構成される。 国際糖鎖構造リポジトリや標準化は欧米の糖鎖データベースプロジェクトと連携しており糖鎖科学研究の基盤となっている。また、データベースはゲノム、プロテオーム等と連携している。

URL:

56

https://glycosmos.org（予定）

第 41 回日本分子生物学会年会

12 Protein Data Bank Japan (PDBj; 日本蛋白質構造データバンク)
栗栖 源嗣1)，中川 敦史1)，藤原 敏道1)，藤 博幸2)
1)

大阪大学蛋白質研究所，2)関西学院大学理工学部

日本蛋白質構造データバンク（PDBj, https://pdbj.org/)ではJSTによる支援の下、 米国・RCSBPDB、欧州・PDBe-EBI、米国・BMRBとの国際協力により、生体高分子構造データベース（PDB：
Protein Data Bank）の受付・編集・管理を行っている。PDBデータはもちろんのこと，検証レポートの活用を含めた独自サービスの活用法や，ツール・二次データベースの開発について紹介する。

URL:

https://pdbj.org/

13 DDBJ へのデータ登録と NIG スーパーコンピュータの利用
日本DNA データバンク（DDBJ）
情報・システム研究機構 国立遺伝学研究所

DDBJ センターは NCBI/EBI と協力して国際塩基配列データベースDDBJ/DRA/BioProject/
BioSampleを構築しています。 アクセス制限が必要なヒトデータは JST-NBDC と共同運営している JGA で受け入れています。
2018年7月に EBI ArrayExpress と協力して機能ゲノミクスデー
タのための GEA を新たに開始いたしました。DDBJセンターはデータベースに加えて大規模生命科学データ解析用に設計された NIGスパコンを提供しています。ブースではキュレータがデータベースへのデータ登録方法やスパコン利用に関する質問にお答えいたします。

URL:

https://www.ddbj.nig.ac.jp/

The 41st Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan

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