2022.06.17版「（Rで）塩基配列解析」というウェブペー
ジを通して、RStudioの基本的な利用法を学ぶためのものです。 Google
Chrome（推奨）で動作確認しています。
ブラウザによって若干挙動が異なります。スライドの枚数が非常に多いですが、１つ１つの手順を丁寧に解説しているだけです。

(Rで)塩基配列解析
基本的な利用法 Macintosh版
東京大学・大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/

1

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
2

①の推奨手順通りにインストールができているつもりでも、実際にはできていなかったという事例が散見されます。ページをスクロールダウン
して、、

前提条件

①

3

①の推奨手順通りにインストールができているつもりでも、実際にはできていなかったという事例が散見されます。ページをスクロールダウン
して、実際の作業は②と③ですが、インストールに失敗しているパッ
ケージについては、④を参考に個別対応しましょう。パッケージ名や関数名のスペルミスだったというオチも散見されます。気を付けましょう。

前提条件

②

④

③

4

RStudioの起動1①

Macintoshのデスクトップのスクショ。インストールについてのMacintosh版の通りにインストールを行った場合は、おそらく①Dock上に②RStudioのアイコンを追加してあるので、クリックで起動。Dockにアイコンを追加していない場合は、、

②
5

参考

RStudioの起動2③

Macintoshのデスクトップのスクショ。インストールについてのMacintosh版の通りにインストールを行った場合は、おそらく①Dock上に②RStudioのアイコンを追加してあるので、クリックで起動。Dockにアイコンを追加していない場合は、③アプ
リケーションを開きRStudioのアイコンをダブルクリックして起動します。嫌でなけ
ればDockにドラッグ＆ドロップして追加しておきましょう。

6

起動後は、概ねこんな感じになります。

RStudioの起動3

7

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
8

見栄えの統一1

RStudio起動後の見え方はヒトによって異なる。赤枠内が①こんな感じになっているヒトもいれば、、①

9見栄えの統一2

RStudio起動後の見え方はヒトによって異なる。赤枠内が①こんな感じになっているヒトもいれば、こんな感じでゴチャゴ
チャ文字が見えているヒトもいると思います。

10

①×を押すと、Saveするかどうか聞かれるので②Don’t Save。この意味がわかっていて、Saveしたいヒトは自己責任でご自由に。

見栄えの統一3①②

11

①×を押すと、Saveするかどうか聞かれるので②Don’t Save。この意味がわかっていて、Saveしたいヒトは自己責任でご自由に。ちなみにSaveにすると、③
Encoding（文字コード）を聞かれることがあり、適宜選択の上OKして、④ファイル
名をつけて⑤保存。

参考

見栄えの統一4
①

④

③

⑤

12

見栄えの統一5①×を押すと、Saveするかどうか聞かれるので②Don’t Save。この意味がわかっていて、Saveしたいヒトは自己責任でご自由に。ちなみにSaveにすると、③
Encoding（文字コード）を聞かれることがあり、適宜選択の上OKして、④ファイル
名をつけて⑤保存。こんな感じになります。左下の画面が上のほうに伸びて、左側全体を占拠したような感じになっていることが（直前のスライドとの比較でなんとなく）わかります。今回保存したファイ
ルは、⑥ここ。

⑥

13

参考

見栄えの統一6次に①箒のマークを押して、赤枠内にごちゃごちゃ書かれている（記載事項はヒトによって異なる）のをすっきりさせます。
①

14

次に、①箒のマークを押して、赤枠内にごちゃごちゃ書かれている（記載事項はヒトによって異なる）のをすっきりさせます。本当に消して良いのか確認されるので、①Yesをクリックすると、、

参考

見栄えの統一7①

15

参考

見栄えの統一8

次に、①箒のマークを押して、赤枠内にごちゃごちゃ書かれている（記載事項はヒトによって異なる）のをすっきりさせます。本当に消して良いのか確認されるので、①Yesをクリックすると、消えました。

16

普通のソフトウェアと同様、①で終了。もし①×を押した後に、「Save workspace
image to・・・?」的なことを聞かれたら、②
Don’t Save。

RStudioの終了①②

17

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
18

Console画面の見栄え1①

おそらくまだ、①Console画面の②赤枠部分の文字の大きさや見栄えが異なっているヒトがいると思います。 RStudioのGUI画面を③の方向で右下に広げるなどしてみてください。

②③
19

Console画面の見栄え2①

おそらくまだ、①Console画面の②赤枠部分の文字の大きさや見栄えが異なっているヒトがいると思います。 RStudioのGUI画面を③の方向で右下に広げるなどしてみてください。

②③
20

設定変更1

まずは①赤枠内の文字サイズの変更方
法から。

①

21

設定変更2

まずは①赤枠内の文字サイズの変更方
法から。②Toolsメニューの、③Global
Options。

②

①

③

22

まずは①赤枠内の文字サイズの変更方
法から。②Toolsメニューの、③Global
Options。こんな感じになります。④これらが見えていればOK。

設定変更3

④

23

まずは①赤枠内の文字サイズの変更方
法から。②Toolsメニューの、③Global
Options。こんな感じになります。④これらが見えていればOK。もしこんな感じになっていれば、⑤RStudioのGUI画面を下に広げてください。

設定変更4

④

⑤

24

まずは①赤枠内の文字サイズの変更方
法から。②Toolsメニューの、③Global
Options。こんな感じになります。④これらが見えていればOK。もしこんな感じになっていれば、⑤RStudioのGUI画面を下に広げてください。こんな感じです。

設定変更5

④

⑤

25

文字サイズ変更は、①Appearanceのところで可能です。

設定変更6

①

26

本題の文字サイズ変更は、①
Appearanceのところで可能です。②
Editor font sizeでサイズ変更を行います。
確かデフォルトは10だったと思います。

設定変更7

①
②

27

設定変更8④

本題の文字サイズ変更は、①
Appearanceのところで可能です。②
Editor font sizeでサイズ変更を行います。
確かデフォルトは10だったと思います。
③例えば12に変更すると、④右側にサンプルが表示され、⑤Applyすると、、

①
③

⑤

28

設定変更9⑥④⑦

本題の文字サイズ変更は、①
Appearanceのところで可能です。②
Editor font sizeでサイズ変更を行います。
確かデフォルトは10だったと思います。
③例えば12に変更すると、④右側にサンプルが表示され、⑤Applyすると、⑥Console画面と呼ばれる赤枠部分の文字が大きく、変更が適用されたことがわかります。こんな感じで、見やすい大きさに変更してご利用ください。⑦OK。

⑤

29

設定変更10

ここまでで、文字の大きさを調整できるよ
うになりました。本質的な部分ではありま
せんが、様々な年代・環境の方が利用しますので、配慮が必要な事柄です。

30

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
31

枠の幅1

RStudioは、ここで見えているだけでも画面が3分割されていることがわかります。
それぞれの画面の高さや幅を変更することができます。

32

例えば、①や②のところにカーソルを持っていき、右に移動させると…

枠の幅2

①

②

33

例えば、①や②のところにカーソルを持っていき、右に移動させると…③
Console(こんそーる)画面の幅を広くすることができます。

枠の幅3
③

①

②

34

①の部分も同様に上下させることで、、

枠の幅4

①

35

枠の幅5

①の部分も同様に上下させることで、右側の画面の上下幅を変更することができます。状況に応じて見やすいように調整してください。

①

36

電卓的な利用1①①Console画面上で、②「1+1」と打ち込んでからリターンキーを押したところ。2という結果が表示されていることがわかり
ます。

②

37

電卓的な利用2①①Console画面上で、②「1+1」と打ち込んでからリターンキーを押したところ。2という結果が表示されていることがわかります。今度は、③「10*5」で、50という結果が表示されていることがわかります。

②
③

38

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス39

プロンプト（>）

ここまでの作業で、コマンドを実行するごとに、その結果が表示されるとともに、①「>」が表示されます。これを「プロンプト」と言います。これが見えていれば、「直前のコマンド実行が完了している」と解釈してよいです。

①

40

Console画面クリア1①

このあと、1行1行コマンドを打ち込んでいくと、常に①Console画面上の下部である、②のあたりに入力をすることになります。必要に応じて①Console画面をクリア(Clear Console)して、Console画面上部でコマンド入力できるようにするやり方を示します。

②

41

Console画面クリア2

基本的には①を押すだけです。Editメ
ニューから、②Clear Console。③キー
ボード上で「control」キーを押しながら「L」キーを押すのでもかまいません。

①

②

③

42

Console画面クリア3④

基本的には①を押すだけです。Editメ
ニューから、②Clear Console。③キー
ボード上で「control」キーを押しながら「L」キーを押すのでもかまいません。無事、④Console画面がクリアされました。

43

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
44

計算の中断1

さきほどの①「control + L」は、「control
キーを押しながらLキーを押す」という意
味で使いました。

①

45

計算の中断2②

さきほどの①「control + L」は、「control
キーを押しながらLキーを押す」という意
味で使いました。次に②Console画面上
で、コマンド入力が不完全な状態のときに表示される「+」とその解決策を示します。

46

計算の中断3②③④

さきほどの①「control + L」は、「control
キーを押しながらLキーを押す」という意
味で使いました。次に②Console画面上
で、コマンド入力が不完全な状態のときに表示される「+」とその解決策を示します。例として、「10*5」と入力するつもりだったが、意図的に間違えて③「10*」まででリターンキーを押してみましょう。④のようになればOK。

47

計算の中断4

非推奨ですが、どうにかしてこのままの状態で10*5を計算したい場合は⑤「5」と打ち込んでリターンキーを押します。

⑤

48

計算の中断5

非推奨ですが、どうにかしてこのままの状態で10*5を計算したい場合は⑤「5」と打ち込んでリターンキーを押します。⑥
無事「10*5」の計算結果である50が表示され、⑦プロンプトが表示されていることがわかります。

⑥⑦

49

計算の中断6①①もう一回同じ状況にします。「プロンプト(>)」ではなく、②「+」になってしまったときの推奨手順は、③「Esc」キー。または「control + C」。

③

②

50

計算の中断7①もう一回同じ状況にする。「プロンプト(>)」ではなく、②「+」になってしまったときの推奨手順は、③「Esc」キー。または「control + C」。④「Esc」キーを押した結果。確かにプロンプト（>）が出ています
ね。

④

51

参考

①コンソール画面のクリア。

計算の中断8①52

参考①コンソール画面のクリア。クリア後。

計算の中断953

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
54

項目と例題1①（Rで）塩基配列解析のウェブページ
は、サンプルデータと解析例を徹底的に充実させています。項目数が非常に多いですが、慣れです。項目だけのものや古いものも多数あります。

①

55

①（Rで）塩基配列解析のページは、サンプルデータと解析例を徹底的に充実させています。項目数が非常に多いですが、慣れです。項目だけのものや古いものも多数あります。②をクリック。

項目と例題2②

56

こんな感じになります。①この項目は、塩基配列のファイルを入力として読み込
んで、指定した範囲の配列を切り出して、別のファイルに出力するスクリプトです。

項目と例題3①

57

項目と例題4①

こんな感じになります。①この項目は、塩基配列のファイルを入力として読み込
んで、指定した範囲の配列を切り出して、別のファイルに出力するスクリプトです。
大抵の項目は、いくつかの例題を提供しています。例えば、②が例題１で、③が例題２だと解釈します。④クリックする項
目を間違えて困った人は、「トップページ
へ」で一番上からやり直してください。

②

③

④
58

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
59

①例題1をやります。

入力ファイルの保存1①

60

入力ファイルの保存2①①例題1をやります。②デスクトップ上に、（名前は何でもよいですが）hogeというフォルダを作成し、そこに入力ファイルとして用いる③sample1.fastaを保存すべ
く、、

③

②

61

入力ファイルの保存3①①例題1をやります。②デスクトップ上に、（名前は何でもよいですが）hogeというフォルダを作成し、そこに入力ファイルとして用いる③sample1.fastaを保存すべ
く、右クリックで④保存。

③

④

62

入力ファイルの保存4①例題1をやります。②デスクトップ上に、（名前は何でもよいですが）hogeというフォルダを作成し、そこに入力ファイルとして用いる③sample1.fastaを保存すべ
く、右クリックで④保存。⑤デスクトップ、⑥hogeを選択して、⑦保存。

⑤
⑥

⑦

63

入力ファイルの保存5①例題1をやります。②デスクトップ上に、（名前は何でもよいですが）hogeというフォルダを作成し、そこに入力ファイルとして用いる③sample1.fastaを保存すべ
く、右クリックで④保存。⑤デスクトップ、⑥hogeを選択して、⑦保存。⑧ときどき
勝手に.txtが追加されることがあるので注意してください。sample1.fastaが正解
です。

⑧
64

入力ファイルの保存6①例題1をやります。②デスクトップ上に、（名前は何でもよいですが）hogeというフォルダを作成し、そこに入力ファイルとして用いる③sample1.fastaを保存すべ
く、右クリックで④保存。⑤デスクトップ、⑥hogeを選択して、⑦保存。⑧ときどき
勝手に.txtが追加されることがあるので注意してください。sample1.fastaが正解です。⑨hogeフォルダの中身が、⑩のようになればOK。

⑩⑨

65

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
66

作業ディレクトリの変更1①hogeフォルダ（ディレクトリ）内にある、②sample1.fastaが目的のファイルです
が、現実には②と同じファイル名のものが別のフォルダにあるかもしれません。
作業ディレクトリの変更という作業は、
RStudio上で作業する場所（ディレクトリ
or フォルダ）を宣言すること。これによって、以降の作業を③「ファイル名のみ」を与えることで済ませられるので便利です。

③

②

①

67

作業ディレクトリの変更2

この環境では、①の場所を作業ディレク
トリに設定することになります。正確には、「/Users/student/Desktop/hoge」という①の全ての情報（フルパス、といいます）
を指定することで、作業ディレクトリがどこであっても②を読み込むことはできます。そういうやり方を教えるヒトもいると
思います。

②

①

68

①をクリック。

作業ディレクトリの変更3①

69

作業ディレクトリの変更4②①をクリック。先ほど作成した②デスクトップの③hogeを選択して、④Open。

③

①

④

70

作業ディレクトリの変更5①をクリック。先ほど作成した②デスクトップの③hogeを選択して、④Open。こんな感じになって、⑤Filesタブの部分が⑥先ほど指定したフォルダになり、⑦ダウンロードしたファイル（sample1.fasta）が見えていることがわかります。この段
階ではまだ作業ディレクトリの変更が完了していませんのでご注意ください。

⑤
⑥
⑦

71

作業ディレクトリの変更6①をクリック。先ほど作成した②デスクトップの③hogeを選択して、④Open。こんな感じになって、⑤Filesタブの部分が⑥先ほど指定したフォルダになり、⑦ダウンロードしたファイル（sample1.fasta）が見えていることがわかります。この段
階ではまだ作業ディレクトリの変更が完了していませんのでご注意ください。⑧の歯車マーク、⑨Set As Working
Directory。
⑧

⑨

72

作業ディレクトリの変更7

実行後の状態。⑩のコマンドが自動的に実行されます。ここまで行ってきたGUI上での作業が、⑩に相当することが理解で
きます。

⑩

73

作業ディレクトリの変更8⑩⑪

実行後の状態。⑩のコマンドが自動的に実行されます。ここまで行ってきたGUI上での作業が、⑩に相当することが理解できます。逆に言えば、⑩のコマンドを実行することは、⑪の場所で作業すると設定することであり、ここまでGUIのマウス
クリックで行ってきた設定作業と同義だということです。

74

参考作業ディレクトリの変更9

Macでは、①の部分が具体的に表示されずHomeとなっています。Consoleでは、
この部分を②~（チルダ）で表しています。
~（チルダ）は、Linuxなどでは一般的にホームディレクトリを意味し、ここでは/Users/studentということになります。

②

①

75

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
76

入力ファイルの確認1①hogeフォルダ内の、②sample1.fastaをクリックしてみましょう。

①
②

77

入力ファイルの確認2①hogeフォルダ内の、②sample1.fastaをクリックしてみましょう。こんな感じになり
ます。

①
②

78

入力ファイルの確認3③①hogeフォルダ内の、②sample1.fastaをクリックしてみましょう。こんな感じになります。赤枠が、③sample1.fastaの中身に相当します。

①②

79

入力ファイルの確認4③④①hogeフォルダ内の、②sample1.fastaをクリックしてみましょう。こんな感じになります。赤枠が、③sample1.fastaの中身に相当します。④行番号情報です。1行が長いデータの場合に、④を眺めることで行の区切りを把握できます。

①
②

80

入力ファイルの確認5

今はカーソルが①の位置（1行目の行頭）にあります。

①

81

入力ファイルの確認6

今はカーソルが①の位置（1行目の行頭）にあります。②は2行目の行末の位置に変更しただけ。

①②

82

入力ファイルの確認7①②

今はカーソルが①の位置（1行目の行頭）にあります。②は2行目の行末の位置に変更しただけ。③の拡大図が示す
ように、①のカーソル位置「1:1」から②のカーソル位置「2:13」に変更されていることも分かります。そこそこのエディタには普通についている機能ではありますが、
ゲノム情報を解析する場合は、例えば②の位置が何番目の塩基に相当するのかを知りたい場合があるので便利。

③

83

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
84

FASTA形式1①赤枠で見えているのが「FASTA形式」
です。

①

85

FASTA形式2②③④①赤枠で見えているのが「FASTA形式」
です。最初に②「大なり記号（>）」、その後に③任意の記述内容（この場合はkadota）からなる1行の「description行」があり、その次の行に④塩基 or アミノ酸配列がある（複数行になってもよい）という形式です。

86

FASTA形式3⑥⑤①赤枠で見えているのが「FASTA形式」
です。最初に②「大なり記号（>）」、その後に③任意の記述内容（この場合はkadota）からなる1行の「description行」があり、その次の行に④塩基 or アミノ酸配列がある（複数行になってもよい）という形式です。⑤の部分は任意に変更可能なので、例えばdescription1にしてみると、⑥何か変更したことを意味するアスタリスク（*）が付加されます。

87

FASTA形式4⑦①赤枠で見えているのが「FASTA形式」
です。最初に②「大なり記号（>）」、その後に③任意の記述内容（この場合はkadota）からなる1行の「description行」があり、その次の行に④塩基 or アミノ酸配列がある（複数行になってもよい）という形式です。⑤の部分は任意に変更可能なので、例えばdescription1にしてみると、⑥何か変更したことを意味するアスタリスク（*）が付加されます。⑦を押して保
存します。

88

FASTA形式5⑧⑨⑧*が消え、⑨kadotaの6文字から
description1の12文字に増え、⑩ファイ
ルサイズが大きくなっている（23 → 27
bytes）ことが分かります。ここで、1文字1byteなので6bytes増えるはずなのに4bytesしか増えていないことに気づくかも知れません。その理由は、元のファイルがWindowsで作られ、改行1行あたりに2bytes使われていたものが、Macintoshでは改行に1byteしか使われないためです（23 + 6 – 1 - 1）。

⑩

89

参考

FASTA形式6①③①description行を元と同じkadotaとして上書き保存すると、ファイルサイズは元の23bytesではなく②21bytesとなります。
これは改行コードがMacintosh仕様の1改行あたり1byteで保存されたためです（7 + 12 + 1 + 1）。
ゲノム情報の場合は、③の塩基配列情報のほうが圧倒的に①description行の情報よりも多いので、②「ファイルサイズ≒ ゲノムサイズ」と解釈する場合が多いです。実際、ヒトゲノムは30億塩基対と言われますが、そのファイルサイズは約3GBです。
②

90

FASTA形式7

赤枠がRのエディタ画面。①×を押して編集を終了させると、、①

91

FASTA形式8

赤枠がRのエディタ画面。①×を押して編集を終了させると、こんな感じになります。

92Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス93

コピペ実行1①

おさらい。①この項目は、塩基配列のファイルを入力として読み込んで、指定した範囲の配列を切り出して、別のファイルに出力するスクリプトです。②例題1は、先ほどdescription行部分を変更した③sample1.fastaを入力として、、

②

③

94

コピペ実行2

おさらい。①この項目は、塩基配列のファイルを入力として読み込んで、指定した範囲の配列を切り出して、別のファイルに出力するスクリプトです。②例題1は、先ほどdescription行部分を変更した③sample1.fastaを入力として、④3-9番目の塩基を切り出して、⑤hoge1.fastaというファイル名で保存するスクリプトです。

⑤
④

95

おさらい。①この項目は、塩基配列のファイルを入力として読み込んで、指定した範囲の配列を切り出して、別のファイルに出力するスクリプトです。②例題1は、先ほどdescription行部分を変更した③sample1.fastaを入力として、④3-9番目の塩基を切り出して、⑤hoge1.fastaというファイル名で保存するスクリプトです。
赤枠内を全選択して（反転させて）、⑥右クリックしてコピー。

コピペ実行3⑥96

コピペ実行4⑦⑧

おさらい。①この項目は、塩基配列のファイルを入力として読み込んで、指定した範囲の配列を切り出して、別のファイルに出力するスクリプトです。②例題1は、先ほどdescription行部分を変更した③sample1.fastaを入力として、④3-9番目の塩基を切り出して、⑤hoge1.fastaというファイル名で保存するスクリプトです。
赤枠内を全選択して（反転させて）、⑥右クリックしてコピー。⑦Consoleがアクティブな状態であることを確認して、⑧右ク
リックでペースト。（うまくいかないヒトは「⌘ + V」やEditメニューからPasteを選択するといった方法もトライしてください。）

97コピペ実行5

おさらい。①この項目は、塩基配列のさきほどdescription行部分を変更した①
sample1.fastaを入力として、その翻訳配ファイルを入力として読み込んで、指定列を②hoge1.fastaというファイル名で出した範囲の配列を切り出して、別のファ力する一連のスクリプトをコピペ実行しま
イルに出力するスクリプトです。②例題1
す。赤枠内を全選択して（反転させて）、は、先ほどdescription行部分を変更した②コピー、③Consoleがアクティブな状態③sample1.fastaを入力として、④3-9番
であることを確認して、④右クリックで目の塩基を切り出して、⑤hoge1.fastaとペースト。（うまくいかないヒトは「Ctrl +いうファイル名で保存するスクリプトです。
V」もトライしてください。）こんな感じにな
赤枠内を全選択して（反転させて）、⑥右
ればOK。⑤リターンキーを押す。
クリックしてコピー。⑦Consoleがアクティブな状態であることを確認して、⑧右ク
リックでペースト。（うまくいかないヒトは「⌘ + V」やEditメニューからPasteを選択するといった方法もトライしてください。）こんな感じになればOK。⑨リターン
キーを押す。

⑨

98

コピペ実行6

実行完了後の状態。①赤枠内がこんな感じになればOK。出力ファイルである、②hoge1.fastaが作成されていることも分かります。もし①の画面になっていて、②が見られない場合は、③リロードしてみ① てください。

③

②

99

参考

コピペ実行7④

実行完了後の状態。①赤枠内がこんな感じになればOK。出力ファイルである、②hoge1.fastaが作成されていることも分かります。もし①の画面になっていて、②が見られない場合は、③リロードしてみてください。④のような感じでエラーが出たヒトは、前提条件を満たしていない（この場合はBiostringsパッケージのインストールができてない）ことを意味します。
しかるべき作業を行ってください。

100

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
101

①が入力ファイルの情報、②が出力ファイルの情報に対応します。③が抽出した
い領域の範囲に相当します。①が抽出元で、②が抽出結果に相当します。

出力ファイルの確認1
③

①

②

102

出力ファイルの確認2①が入力ファイルの情報、②が出力ファイルの情報に対応します。③が抽出した
い領域の範囲に相当します。①が抽出元で、②が抽出結果に相当します。④が抽出領域に相当し、⑤と同じです。

③

④

⑤

103

出力ファイルの確認3①が入力ファイルの情報、②が出力ファイルの情報に対応します。③が抽出した
い領域の範囲に相当します。①が抽出元で、②が抽出結果に相当します。④が抽出領域に相当し、⑤と同じです。⑥をクリックして、エディタを開いた状態です。
⑦切り出された配列は、確かに④と同じ。

⑦

⑥

④
104

出力ファイルの確認4⑨①が入力ファイルの情報、②が出力ファイルの情報に対応します。③が抽出した
い領域の範囲に相当します。①が抽出元で、②が抽出結果に相当します。④が抽出領域に相当し、⑤と同じです。⑥をクリックして、エディタを開いた状態です。
⑦切り出された配列は、確かに④と同じ。
⑧入力ファイルの方もクリックした状態。
⑨のような感じでタブが増えていくだけで
す。

⑧

105

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
106

Environmentタブ1①Environmentタブをアクティブにした状態です。現時点では、こういうタブもあるのだという程度で良いですが、慣れてくると非常に便利です。
①

107

Environmentタブ2①Environmentタブをアクティブにした状態です。現時点では、こういうタブもあるのだという程度で良いですが、慣れてくると非常に便利です。ここは、シンプル①に言えば、「現在利用可能なオブジェク
ト」がリストアップされている部分です。

108

Environmentタブ3

例えば、②は切り出したい領域の始点と終点を、2つの要素からなる数値ベクトルとして表現し、それをparamという名前で利用できるようにするコマンドです。そ①
れぞれの独立した整数を連結（concatenate）すべく、③cという関数で連結してスカラーをベクトルにしています。

③
②

109

Environmentタブ4③

例えば、②は切り出したい領域の始点と終点を、2つの要素からなる数値ベクトルとして表現し、それをparamという名前で利用できるようにするコマンドです。そ①
れぞれの独立した整数を連結（concatenate）すべく、③cという関数で連結してスカラーをベクトルにしています。
④が左向きの矢印っぽくなっていることからもある程度予想できますが、「右側の情報を左側のものに代入せよ」という意味です。プログラミングの世界では、
通常この向きで物事を表現しますので、「<-」の代わりに「=」が用いられることも
あります。

②
④

110

それゆえ、⑤paramというオブジェクトの
中身は、2つの要素からなる数値ベクトルです。1番目の要素が3で、2番目の要
素が9です。それを踏まえると、⑥の意味がよくわかると思います。

Environmentタブ5

⑤

⑥

111

Environmentタブ6

それゆえ、⑤paramというオブジェクトの
中身は、2つの要素からなる数値ベクトルです。1番目の要素が3で、2番目の要
素が9です。それを踏まえると、⑥の意味がよくわかると思います。⑦paramオブジェクトの1番目の要素はparam[1]、⑧2
番目の要素はparam[2]として表現できます。⑨は部分配列（subsequence）の抽出を行うsubseq関数を用いて、⑩の情報を、⑪で入力配列、⑦で始点、⑧で終点を与えて目的の部分配列を抽出していると読み解けば良いです。

⑩

⑨

⑦

⑧

⑪

112

Environmentタブ7

⑩

⑨
⑫

⑦
⑪

⑧

それゆえ、⑤paramというオブジェクトの
中身は、2つの要素からなる数値ベクトルです。1番目の要素が3で、2番目の要
素が9です。それを踏まえると、⑥の意味がよくわかると思います。⑦paramオブジェクトの1番目の要素はparam[1]、⑧2
番目の要素はparam[2]として表現できます。⑨は部分配列（subsequence）の抽出を行うsubseq関数を用いて、⑩の情報を、⑪で入力配列、⑦で始点、⑧で終点を与えて目的の部分配列を抽出していると読み解けば良いです。Rのエディタ部分を削除した状態。⑩と⑫は同じオブ
ジェクト名であるにも関わらず、中身が異なるのは、⑨subseq関数の実行結果を同じオブジェクト名（fasta）でほぞんしているからだと理解すれば良いです。

113

①をクリックするとfastaオブジェクトの中身が見られますが、話がややこしくなるのと、まだ難解な事柄であるため無視して良いです。②は、対応関係が理解しやすいと思います。

Environmentタブ8
①

②

114

Environmentタブ9①をクリックするとfastaオブジェクトの中身が見られますが、話がややこしくなるのと、まだ難解な事柄であるため無視して良いです。②は、対応関係が理解しやすいと思います。理由は、③で自分が指定している内容だからです。

③

115

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

①で行う内容自体は非常に原始的なものであり、実際には同じ目的を果たす、
より美しい手段が存在します。しかし、最初のうちは原始的な方法の方が理解しやすいと思います。②のあたりもしっかり理解し、Rを使う他の先生の講義の中身に集中できるようにしておきましょう。

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス

①

②
116

全体像の把握1

アノテーションファイル（annotation.txt）
中の第1列目に対して、リストファイル（genelist1.txt）中の文字列と一致する行を抜き出して、hoge1.txtというファイル名で出力したい。

入力：アノテーションファイル（annotation.txt）

出力：hoge1.txt

入力：リストファイル（genelist1.txt）

117

全体像の把握2

アノテーションファイル（annotation.txt）
中の第1列目に対して、リストファイル（genelist1.txt）中の文字列と一致する行を抜き出して、hoge1.txtというファイル名で出力したい。①を押して一番上に移動。

①

118

全体像の把握3

アノテーションファイル（annotation.txt）
中の第1列目に対して、リストファイル（genelist1.txt）中の文字列と一致する行を抜き出して、hoge1.txtというファイル名で出力したい。①を押して一番上に移動。
ここから②下矢印キーを押していって、、②

119

全体像の把握4

アノテーションファイル（annotation.txt）
中の第1列目に対して、リストファイル（genelist1.txt）中の文字列と一致する行を抜き出して、hoge1.txtというファイル名で出力したい。①を押して一番上に移動。
ここから②下矢印キーを押していって、③さきほど行った項目の上部にある、④をクリック。

④③

120

全体像の把握5

こんな感じになります。①例題1が一番上になるように、5行分ほど下にスクロー
ル。

①

121

全体像の把握6

こんな感じになります。①例題1が一番上になるように、5行分ほど下にスクロール。例題1が表示部分の一番上になりま
した。

①

122

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
123入力ファイルの保存1③④

こんな感じになります。①例題1が一番上になるように、5行分ほど下にスクロール。例題1が表示部分の一番上になりました。②が入力ファイルであり、これらは③と④からダウンロード可能なので、右クリックで「デスクトップ上にあるhogeフォルダ」に保存。

②

124

入力ファイルの保存2

正しく保存できれば、RStudio上の①hogeフォルダは、②のように見えていると思います。③必要に応じてリロードも行ってください。④Historyタブをクリック、、
④

①

③

②

125

入力ファイルの保存3

正しく保存できれば、RStudio上の①hogeフォルダは、②のように見えていると思います。③必要に応じてリロードも行ってください。④Historyタブをクリック、⑤をクリック、⑥Historyをクリアします。
⑤

⑥
①

③

②

126

入力ファイルの保存4⑦

正しく保存できれば、RStudio上の①hogeフォルダは、②のように見えていると思います。③必要に応じてリロードも行ってください。④Historyタブをクリック、⑤をクリック、⑥Historyをクリアします。
⑦をクリックして、Console画面もクリアした状態です。

①

③

②

127

入力ファイルの保存5①

入力：アノテーションファイル（annotation.txt）

アノテーションファイル（annotation.txt）
中の第1列目に対して、リストファイル（genelist1.txt）中の文字列と一致する行を抜き出して、hoge1.txtというファイル名で出力したい、という目的を達成する上で必要な①2つの入力ファイルが作業
ディレクトリ上に存在するのでready-toanalyze。

出力：hoge1.txt

入力：リストファイル（genelist1.txt）

128

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス129

赤枠内をコピペ実行。

コピペ実行1130

赤枠内をコピペ実行。①RStudioのConsole画面上で、②（右クリック、Paste
では動作せず、Editメニューから）Paste
直後の状態。③リターンキーを押す。

コピペ実行2①③②

131

コピペ実行3

赤枠内をコピペ実行。①RStudioのConsole画面上で、②（右クリック、Paste
では動作せず、Editメニューから）Paste
直後の状態。③リターンキーを押す。こんな感じになって、④指定した出力ファイル（hoge1.txt）が作成されれば基本成功です。④をクリック。

④

132

出力ファイルの確認1⑤

赤枠内をコピペ実行。①RStudioのConsole画面上で、②（右クリック、Paste
では動作せず、Editメニューから）Paste
直後の状態。③リターンキーを押す。こんな感じになって、④指定した出力ファイル（hoge1.txt）が作成されれば基本成功です。④をクリック。 ⑤のような感じで出力ファイルの中身が見られます。

④

133

出力ファイルの確認2
入力：アノテーションファイル（annotation.txt）

赤枠内をコピペ実行。①RStudioのConsole画面上で、②（右クリック、Paste
では動作せず、Editメニューから）Paste
直後の状態。③リターンキーを押す。こんな感じになって、④指定した出力ファイル（hoge1.txt）が作成されれば基本成功です。④をクリック。 ⑤のような感じで出力ファイルの中身が見られます。最初に見せたものと同じ結果が得られていますね。
出力：hoge1.txt

入力：リストファイル（genelist1.txt）

134

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
135①例題1は、②の中身をもつ、③リスト
ファイル（hoge1.txt）を読み込んで、④1列目で一致する行を抽出するスクリプト
でした。

応用1
①

③

②

④

④

136

①例題1は、②の中身をもつ、③リスト
ファイル（hoge1.txt）を読み込んで、④1列目で一致する行を抽出するスクリプトでした。応用として、⑤新たに作成したリストファイル（list.txt）を読み込んで、⑥4列目で一致する行の抽出を行います。

応用2
①

③

⑤

②

④

④

⑥

137

①例題1は、②の中身をもつ、③リスト
ファイル（hoge1.txt）を読み込んで、④1列目で一致する行を抽出するスクリプトでした。応用として、⑤新たに作成したリストファイル（list.txt）を読み込んで、⑥4列目で一致する行の抽出を行います。これはRStudioを再起動して、⑦作業ディレクトリの変更まで終了した状態。

応用3

⑦
⑦

138

まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、RStudio Fileメニューの②New
File、③Text File。

応用4
②

①

③

139

応用5

まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、RStudio Fileメニューの②New
File、③Text File。こんな感じになります。

①

140

応用6
②

まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、RStudio Fileメニューの②New
File、③Text File。こんな感じになります。
①と同じように抽出したいキーワードを入力。この際、②の部分で最後にリター
ンキーを「押すか押さないか」でコピペ実
行時に「警告が出ないか出るか」の違いがでますがそれも含めて楽しんでくださ
い。
①

141

応用7
③

まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、②File、③New File、④Test File。
こんな感じになります。①と同じように抽出したいキーワードを入力。この際、②の部分で最後にリターンキーを「押すか押さないか」でコピペ実行時に「警告が出ないか出るか」の違いがでますがそれも含めて楽しんでください。③を押して保
存。

142

応用8
③

まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、②File、③New File、④Test File。
こんな感じになります。①と同じように抽出したいキーワードを入力。この際、②の部分で最後にリターンキーを「押すか押さないか」でコピペ実行時に「警告が出ないか出るか」の違いがでますがそれも含めて楽しんでください。③を押して保存。こんな感じになるので、、

143まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、②File、③New File、④Test File。
こんな感じになります。①と同じように抽出したいキーワードを入力。この際、②の部分で最後にリターンキーを「押すか押さないか」でコピペ実行時に「警告が出ないか出るか」の違いがでますがそれも含めて楽しんでください。③を押して保存。こんな感じになるので、 ④list.txtと打ち込んでから、⑤Save。

応用9
③
④

⑤

144

応用10

まずは①リストファイル（list.txt）を作成すべく、②File、③New File、④Test File。
こんな感じになります。①と同じように抽出したいキーワードを入力。この際、②の部分で最後にリターンキーを「押すか押さないか」でコピペ実行時に「警告が出ないか出るか」の違いがでますがそれも含めて楽しんでください。③を押して保存。こんな感じになるので、④list.txtと打ち込んでから、⑤Save。表示が更新されない場合は⑥リロードすると、⑦list.txtが見えました。
⑥

⑦

145

応用11

次は、①例題1のスクリプト（or コード）を
テンプレートとして利用したいので…

①

146

次は、①例題1のスクリプト（or コード）を
テンプレートとして利用したいので、②赤枠内のコード全体をコピーしておく。

応用12
①

②

147

応用13
③

④

次は、①例題1のスクリプト（or コード）を
テンプレートとして利用したいので、②赤枠内のコード全体をコピーしておく。
RStudio Fileメニューの③New File、④R
Scriptとして、「新規のRスクリプト」を開く。

148

応用14
⑤

次は、①例題1のスクリプト（or コード）を
テンプレートとして利用したいので、②赤枠内のコード全体をコピーしておく。
RStudio Fileメニューの③New File、④R
Scriptとして、「新規のRスクリプト」を開く。
こんな感じになって、⑤Untitled1という中身が空っぽの新規スクリプトファイルが開きます。（Wordで「名称未設定」の新規文書を開くようなものですね。）

149

応用15
⑤

⑥

次は、①例題1のスクリプト（or コード）を
テンプレートとして利用したいので、②赤枠内のコード全体をコピーしておく。
RStudio Fileメニューの③New File、④R
Scriptとして、「新規のRスクリプト」を開く。
こんな感じになって、⑤Untitled1という中身が空っぽの新規スクリプトファイルが開きます。（Wordで「名称未設定」の新規文書を開くようなものですね。）さきほど
クリップボードにコピーしておいたテンプ
レートスクリプトを、⑥右クリックでPaste。
（うまくいかない場合は「⌘ + V」やEditメ
ニューからPasteの選択なども試してくだ
さい。）

150

応用16
④

貼り付けた全体が見えるようにした状態。
こんな感じになればOK。①エディタ画面と②Console画面の縦幅を調節する場合、その境界にカーソルを合わせると③矢印が表示されるので、調節してください。
①エディタ画面を縦に最大限広く使いた
い場合は、④を押します。

①

③
②

151

応用17
④

貼り付けた全体が見えるようにした状態。
こんな感じになればOK。①エディタ画面と②Console画面の縦幅を調節する場合、その境界にカーソルを合わせると③矢印が表示されるので、調節してください。
①エディタ画面を縦に最大限広く使いた
い場合は、④を押します。こんな感じになります。もう一度④を押すと元に戻せ
る。
①

②
152

応用18
⑤

元に戻りました。⑤はエディタ画面の縦幅を最小にする操作であり、⑥Console
画面をを最大にする操作と同じです。以降は特に明記しませんが、見やすいように適宜いじってください。

⑥

153

①エディタ画面の最上部を表示している
状態。

応用19
①

154

①エディタ画面の最上部を表示している状態。今は、②の部分のファイル名を、③list.txtに置き換えたい。

応用20
②

①
③

155

①エディタ画面の上部に移動したところ。
今は、②の部分のファイル名を、③list.txtに置き換えたい。また、④1列目ではなく、⑤4列目で一致する行を抽出した
いので、、

応用21
②

①
③

④

⑤

156

応用22

①エディタ画面の上部に移動したところ。
今は、②の部分のファイル名を、③list.txtに置き換えたい。また、④1列目ではなく、⑤4列目で一致する行を抽出した
いので、⑥こんな感じで書き替えます。

⑥
⑥

157

①エディタ画面の上部に移動したところ。
今は、②の部分のファイル名を、③list.txtに置き換えたい。また、④1列目ではなく、⑤4列目で一致する行を抽出した
いので、⑥こんな感じで書き替えます。
⑦を押して、（.txtにしても特に問題はありませんが）Rスクリプトであることを明示した拡張子.Rをつけたファイル名⑧
hoge.Rにして、⑨Save。

応用23
⑦
⑧
⑨

158

応用24

①エディタ画面の上部に移動したところ。
今は、②の部分のファイル名を、③list.txtに置き換えたい。また、④1列目ではなく、⑤4列目で一致する行を抽出した
いので、⑥こんな感じで書き替えます。
⑦を押して、（.txtにしても特に問題はありませんが）Rスクリプトであることを明示した拡張子.Rをつけたファイル名⑧
hoge.Rにして、⑨Save。表示が更新されない場合は、⑩リロードすると、⑪hoge.R
が見えました。

⑩

⑪

159

応用25

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。

①

160

応用26

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。

①

161

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。
この状態で②Runを押すと、、

応用27
②

①

162

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。
この状態で②Runを押すと、最後まで実行されたようです。（③表示領域のサイズや④スクロールバーを動かして確
認。）

応用28

③

④

163

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。
この状態で②Runを押すと、最後まで実行されたようです。（③表示領域のサイズや④スクロールバーを動かして確認。）Macintoshでも同様の現象が起きるかは不明ですが、出力予定ファイル（hoge.1.txt）をExcelで開いている状態で実行したWinユーザは③のような感じでエラーが出ます。Macintoshでも遭遇した
場合は、Excelファイルを閉じて再実行してください。

参考

応用29

③

164

応用30

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。
この状態で②Runを押すと、最後まで実行されたようです。（③表示領域のサイズや④スクロールバーを動かして確認。）Macintoshでも同様の現象が起きるかは不明ですが、出力予定ファイル（hoge.1.txt）をExcelで開いている状態で実行したWinユーザは③のような感じでエラーが出ます。Macintoshでも遭遇した
場合は、Excelファイルを閉じて再実行してください。実行結果。⑥をクリックして中身をエディタで表示させてみましょう。

⑥

165

応用31
⑦

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。
この状態で②Runを押すと、最後まで実行されたようです。（③表示領域のサイズや④スクロールバーを動かして確認。）Macintoshでも同様の現象が起きるかは不明ですが、出力予定ファイル（hoge.1.txt）をExcelで開いている状態で実行したWinユーザは③のような感じでエラーが出ます。Macintoshでも遭遇した
場合は、Excelファイルを閉じて再実行してください。実行結果。⑥をクリックして中身をエディタで表示させてみましょう。
⑦表示結果。

⑥

166

応用32
⑦
⑧

いよいよ変更後のスクリプトの実行。①
赤枠内のコード全体を選択。こんな感じ。
この状態で②Runを押すと、最後まで実行されたようです。（③表示領域のサイズや④スクロールバーを動かして確認。）Macintoshでも同様の現象が起きるかは不明ですが、出力予定ファイル（hoge.1.txt）をExcelで開いている状態で実行したWinユーザは③のような感じでエラーが出ます。Macintoshでも遭遇した
場合は、Excelファイルを閉じて再実行してください。実行結果。⑥をクリックして中身をエディタで表示させてみましょう。
⑦表示結果。確かに意図通り⑧4列目がnuclear or membraneとなっている行の抽出ができていますね。

⑥

167

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス
168

①を押して、②Console画面を最大化。

警告メッセージ1

②

①

169

①を押して、②Console画面を最大化。こんな感じになります。③ページ上部に移動して、コピペ実行したコードの最初のほうが見えるようにします。

警告メッセージ2③
170

警告メッセージ3①を押して、②Console画面を最大化。こんな感じになります。③ページ上部に移動して、コピペ実行したコードの最初のほうが見えるようにします。これは、④の部分で改行を入れた、⑤list.txtを、⑥の部分で読み込ませたもの。特に何のメッ
セージも表示されていません。

⑤

④

⑥

171

警告メッセージ4

既存の⑤hoge1.txtがある場合は削除しておき、④の部分で改行を入れていない⑥list.txtで実行すると、⑦当該ファイルの読込み部分で、⑧警告メッセージがで
ます。

⑥

④

⑦
⑧

⑤

172

警告メッセージ5⑥

既存の⑤hoge1.txtがある場合は削除しておき、④の部分で改行を入れていない⑥list.txtで実行すると、⑦当該ファイルの読込み部分で、⑧警告メッセージがでます。この場合は、新たにできた⑨出力
ファイルを眺めることで、結果には影響しないことがわかります。Rは警告メッセー
ジ後の記述内容が比較的分かりやすい
のでよく読むべし。

④

⑦
⑧

⑨

173

Contents
前提条件、RStudioの起動◼ 見栄えの統一、終了◼ Console画面の見栄え、設定変更◼ 枠の幅、電卓的な利用◼ プロンプト（>）、Console画面クリア◼ 計算の中断◼ 指定した範囲の配列を取得◼

 項目と例題、入力ファイルの保存
 作業ディレクトリの変更

 入力ファイルの確認、FASTA形式
 コピペ実行、出力ファイルの確認、Environmentタブ◼

フィルタリング（任意のキーワードを含む行を抽出）
 全体像の把握、入力ファイルの保存、コピペ実行、出力ファイルの確認

 応用

◼

警告メッセージ、ありがちなミス174

ありがちなミス0

この後エラーを意図的に出すので、まずはうまくいく例を必要最小限のコードで
示します。

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ありがちなミス1①作業ディレクトリの変更（Set As
Working Directory）を忘れているため、②in_f1で指定した最初のファイルの読み込み段階で、③エラーが出ます。作業
ディレクトリ内には入力ファイルは存在しないので当然。

②
③

①

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ありがちなミス2①作業ディレクトリの変更（Set As
Working Directory）はできているが、②
in_f2で指定した最初のファイルが③存在しないので、④その読み込み段階でエラーが出ます。

②

④

①
③

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ありがちなミス3②①出力予定ファイルが既に作業ディレク
トリ内に存在し、それを②Excelなど別のプログラムで開いているWinユーザは、③最後のwrite.table関数のところでエラーが出ます。Macintoshでは遭遇したことがありませんが、ソフトウェアの仕様変
更等により、エラーが発生するようになる可能性も否定できないので、覚えておいて損は無いかと思います。

③①

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