Bonnes Pratiques
Pour les applications cliniques du Séquençage à haut débit (SHD)

Document de consensus suissede la Société suisse de génétique médicale (SSGM)

Version 1
Décembre 2014

Sommaire

1. Introduction générale
2. Les maladies mendéliennes et le séquençage à haut débit (SHD): applications et champ d’action
3. Conseil génétique, prescription et consentement éclairé
3.1. Introduction
3.2. Conseil génétique pré-test SHD
3.3. Consentement éclairé du patient en vue d’une analyse par SHD
3.4. Conseil génétique post-test SHD
4. Standards de qualité spécifiques au séquençage à haut débit (SHD)
4.1. Introduction
4.2. Principe de territorialité
4.3. Aspects pratiques de l’étape laboratoire
4.4. Analyse bioinformatique
4.4.1. Introduction
4.4.2. Définition de la région d’intérêt
4.4.3. Qualité des données et couverture de l’analyse
4.4.4. Annotation des variants
4.5. Contrôle qualité
5. Rapport intermédiaire et rapport final de l’analyse par séquençage à haut débit (SHD)
6. Stockage des données
7. Références
8. Annexes: Modèles de Consentement éclairé du patient
8.1. Formulaire «Information au patient»8.2. Formulaire «Consentement éclairé du patient en vue d’une ou plusieurs analyses génétiques»

Comité de rédaction: Dr. Albarca Aguilera (PhD), Prof. Antonarakis (MD, PhD, FMH, FAMH), Dr. Blouin (PhD,
FAMH), Dr. Fokstuen (MD, FMH), Prof. Gallati Kraemer (PhD, FAMH), Dr. Guipponi (PhD), Dr. Hammar (PhD),
Prof. Hurst (MD, PhD), Dr. Makrythanasis (MD, PhD), Prof. Mauron (PhD).

Relecture : Dr. Filges (MD, FMH, FAMH)

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1. Introduction générale
Durant ces dernières années a eu lieu un développement fulgurant d’une technique qui permet de séquencer
plusieurs gènes simultanément, tout l’exome, voire le génome entier, ce qui rend leur analyse moléculaire toujours
plus efficace, rapide et plus abordable : le séquençage à haut débit (SHD).
Le développement du SHD a été rendu possible grâce à, entre autres, le développement de nouveaux séquenceurs« à haut débit » qui ont la capacité de lire plusieurs millions de séquences en parallèle. Il existe sur le marché
plusieurs types de séquenceurs à haut débit avec des capacités plus ou moins élevées. Dans l’immédiat, ces
progrès permettent l’application clinique du SHD à but diagnostic pour les maladies génétiques mendéliennes.
Dans un futur proche, ils vont également permettre l’application du séquençage à haut débit en pratique cliniquepour les maladies génétiques multifactorielles/polygéniques sous forme d’une médecine prédictive et personnalisée.
Comparé à la méthode de séquençage classique par Sanger ou aux différentes analyses des chromosomes, leséquençage à haut débit est de loin l’analyse génétique la plus exigeante. Des connaissances et une
compréhension approfondies de la technique elle-même, ainsi que des domaines du génome humain et de lamédecine génétique sont nécessaires pour être en mesure d’effectuer un conseil génétique approprié, d’analyser etinterpréter les résultats, et d’accomplir le traitement bioinformatique des résultats. Il faut également que la gestion etle stockage des données (de l’ordre de téraoctets - 1012 octets) issues de ces analyses soient adaptés aux besoins
des analyses par SHD. Par conséquent, des mesures de bonnes pratiques doivent être mises en place afin degarantir que l’application clinique du séquençage à haut débit apporte un réel bénéfice aux patients.
La loi fédérale sur l’analyse génétique humaine (LAGH)1 et l’ordonnance sur l’analyse génétique humaine (OAGH)2
définissent un cadre légal général s’appliquant aux analyses génétiques en Suisse. Le document de référence pourle remboursement des prestations de laboratoire dans le cadre de la loi fédérale sur l’assurance-maladie (LAMal,
832.10)3 est la Liste des Analyses (voir annexe 3 de l’Ordonnance du DFI sur les prestations de l’assurance
obligatoire des soins en cas de maladie, 832.112.31)5. Ce présent document a été élaboré dans le contexte del’introduction du SHD dans la Liste des Analyses. Il se base sur des expériences pratiques effectuées en Suisse,
ainsi que sur des documents « Bonnes Pratiques » qui sont actuellement déjà en vigueur dans différents autres
pays, tels que l’Angleterre, les Etats-Unis et la Belgique 6-8.
Etant donné la constante et rapide évolution de cette technique, ce document, qui s’applique spécifiquement àl’application clinique du séquençage à haut débit pour les maladies génétiques mendéliennes et au cadre décrit
dans le chapitre suivant, ne peut pas prétendre donner des réponses à long terme et doit être mis à jour de façon
régulière.

32. Les maladies mendéliennes et le séquençage à haut débit (SHD): applications et champ d’action
Le principal objectif d’une analyse par séquençage à haut débit est de répondre à la question clinique précise
correspondant au tableau clinique du patient. L’analyse par séquençage à haut débit (SHD) peut être envisagée en
pratique clinique lorsque l’un des critères suivants est rempli:•••

Il s’agit d’une maladie mendélienne causée par différentes mutations dans un gène de grande taille (> 10exons). Exemple : dystrophie musculaire de Duchenne
Il s’agit d’une maladie mendélienne hétérogène (c’est-à-dire causée par différentes mutations dans au
moins deux gènes). Exemples : rétinite pigmentaire, cancer héréditaire du côlon, cancer héréditaire du sein
et/ou de l’ovaire
Le tableau clinique suggère une maladie mendélienne, mais le phénotype ne permet pas de poser undiagnostic clinique précis et/ou un diagnostic n’a pas pu être posé en utilisant les méthodes
conventionnelles telles que le séquençage par la méthode de Sanger et les analyses par hybridation
génomique comparative array-CGH. Exemple : syndromes avec troubles de la croissance.

Le champ d’action clinique du SHD pour les maladies mendéliennes se réfère toujours à une sélection de gènes bien
définis dont la pathogénicité est clairement établie. Cette sélection de gènes permet de minimiser le risque d’obtenir desrésultats secondaires inopinés et elle doit avoir été établie avant d’effectuer le séquençage.
En pratique, les deux approches suivantes peuvent être utilisées:
1. séquençage uniquement des gènes sélectionnés et spécifiques à la maladie ou au groupe de maladies
mendéliennes du patient (regroupés sous la forme d’un panel de gènes), suivi de l’analyse bioinformatique desséquences en question, ou
2. séquençage de l’exome ou du génome entier du patient suivi d’une analyse bioinformatique ciblée sur lesséquences des gènes sélectionnés, car connus pour être impliqués dans la maladie mendélienne du patient.
Les séquences de l’exome (ou du génome) non sélectionnées ne sont pas analysées.
Etant donné les avancées rapides de la recherche et la constante identification de nouveaux gènes pathogéniques
impliqués dans les maladies mendéliennes hétérogènes, le groupe de gènes analysés suite à un séquençage àhaut débit de l’exome ou du génome entiers peut être élargi au fur et à mesure. Ainsi, si une première analyse
bioinformatique n’a pas permis d’identifier le variant causatif du tableau clinique du patient, il est possible d’eneffectuer une deuxième sur une sélection de gènes élargie en réutilisant les données brutes générées par leséquençage à haut débit de l’exome ou du génome effectué initialement.

Important : l’utilisation du SHD dans le but d’identifier un ou plusieurs nouveau(x) gènes(s) impliqué(s)dans une maladie génétique mendélienne concerne le domaine de la recherche et ne fait donc pas partie ducadre de l’application clinique de cette technique.

43. Conseil génétique, prescription et consentement éclairé
3.1. Introduction
Base légale
Comme indiqué dans les articles 13 et 14 de la Loi fédérale sur l’analyse génétique humaine (LAGH)1, le médecin quiprescrit une analyse génétique doit veiller à ce que la personne concernée reçoive un conseil génétique adéquat et non
directif. Ce dernier doit être donné par une personne qualifiée et doit être consigné.
Par ailleurs, « le conseil porte uniquement sur la situation individuelle et familiale de la personne concernée ; il ne doitpas prendre en considération l’intérêt général. Il doit tenir compte des répercussions psychiques et sociales desrésultats de l’analyse dont elle et sa famille pourraient souffrir ».
Conseils génétiques pour les analyses par SHD
Etant donné que le séquençage à haut débit est une analyse génétique particulièrement exigeante, des conseils
génétiques pré- et post-test adaptés aux particularités du SHD sont obligatoires pour toute analyse par SHD,
indépendamment du nombre de gènes analysés.
Prescription d’une analyse par SHD
En général, le médecin qui prescrit une analyse par SHD est aussi celui qui effectue les conseils génétiques pré- etpost-test. Si le médecin qui effectue le conseil génétique n’est pas le même que celui qui prescrit l’analyse, cela doitêtre précisé et son nom doit figurer sur la feuille de demande et sur le rapport final.
Vu que des compétences génétiques poussées sont nécessaires à l’application clinique du SHD et afin de garantir une
prestation médicale correspondant aux exigences conformes au cadre légal suisse, le médecin prescripteur d’une
analyse par SHD doit avoir des connaissances pointues sur la technique elle-même, sur le génome humain, lamédecine génétique et la pratique du conseil génétique.
Par conséquent, la prescription d’une analyse portant sur un à dix gènes doit être effectuée par un médecin qui est
titulaire soit du titre postgrade fédéral (FMH) en génétique médicale soit d’un titre postgrade fédéral le plus étroitementlié à la maladie faisant l’objet de l’examen (selon la loi sur les professions médicales LPMéd, RS 811.11). La
prescription d’une analyse portant sur plus de dix gènes ne peut être effectuée que par un médecin titulaire du titre
postgrade fédéral (FMH) en génétique médicale.
3.2. Conseil génétique pré-test SHD
Lors du conseil génétique pré-test, le patient doit être informé sur les aspects suivants du SHD:-

l’application du SHD adaptée à sa situation cliniqueles avantages et les limites de cette approche
le nombre de gènes rapportés dans le contexte de la maladie mendélienne en question
les gènes dont la pathogénicité est établiele(s) mode(s) héréditaire(s) de la maladie mendélienne en question
la sensibilité et la spécificité (si connues) de l’analyse proposée (limites inférieures du taux de détection)les différents points du document « Consentement éclairé » (voir Point 3.3. Consentement éclairé)
les différents types de résultats (voir Point 3.3 Consentement éclairé du patient)les coûts de l’analyse et les modalités de remboursement
les délais estimés pour l’obtention de résultats

Lors de ce conseil génétique pré-test, des formulaires « Information au patient » et « Consentement éclairé » doiventêtre donnés au patient. Le patient a le droit à un temps de réflexion suffisamment long avant de donner sa décisiond’accepter ou non la proposition d’effectuer une analyse génétique par SHD et de rendre le formulaire « Consentementéclairé » rempli. La Société Suisse de Génétique Médicale (SSGM) recommande l’utilisation des formulaires« Information au patient » et « Consentement éclairé en vue d’une ou plusieurs analyses génétiques » figurant dansl’annexe de ce document. Ces formulaires peuvent être téléchargés sur le site internet de la SSGM.
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3.3. Consentement éclairé du patient en vue d’une analyse par SHD
Comme lors de toute analyse génétique ou prénatale, une analyse par SHD ne peut être effectuée qu’avec leconsentement libre et éclairé de la personne concernée (art. 5 de la LAGH)1.
Le consentement peut être révoqué en tout temps, en toute liberté, sans obligation de donner de justifications.
Néanmoins, les conséquences de la révocation ne seront pas les mêmes suivant à quel moment elle est donnée (avant,pendant ou après le SHD). Conformément à l’article 16 de l’ordonnance sur l’analyse génétique humaine (OAGH)2, sielle est exprimée après le début de l’analyse par SHD ou lorsque celle-ci est déjà effectuée, les résultats ne pourrontpas être détruits.
Le risque d’obtenir des résultats non conclusifs ou inopinés (« incidental findings ») est minime dans le cadre desapproches ciblées décrites plus haut (voir Point 2), mais ne peut pas être exclu. Ce type de résultats non attendus peutcomprendre des variants de signification clinique incertaine et/ou des variants de signification indépendante du tableau
clinique à savoir :1) Prédisposition à une maladie dont les symptômes peuvent être traités, et dont l’apparition et l’évolution peuventêtre surveillées et/ou influencées médicalement
2) Prédisposition à une maladie pour laquelle il n’existe actuellement pas de traitement
3) Etat de porteur (sain) pour une maladie récessive pouvant survenir dans la descendance ou chez desapparentés
4) Détection de variants inopinés dont la nature pathogénique n’est pas (clairement) établie.
Le patient doit avoir bien compris la différence entre les différentes catégories de résultats citées ci-dessus et leurs
implications, et doit pouvoir se prononcer de façon éclairée s’il souhaite en prendre connaissance ou non (voir art. 6 dela LAGH: Droit de ne pas être informé). Le patient doit également être rendu attentif à la possibilité de pouvoir recevoir
les résultats de manière différée. D’autre part, il doit être informé sur le fait que les connaissances avancent rapidement,
et que des variants de signification inconnue peuvent être élucidés par la suite.
Par ailleurs, le patient devra également indiquer s’il souhaite que son échantillon et les données de séquençage soientconservés pour une analyse additionnelle éventuelle. Celle-ci n’aura lieu que dans son intérêt et uniquement avec sonconsentement. De plus, il devra également indiquer s’il donne son accord pour une éventuelle utilisation de sonéchantillon et de ses données de séquençage pour la recherche. La réutilisation du matériel biologique et des données
génétiques pour la recherche est soumise à la Loi fédérale relative à la recherche sur l’être humain (art. 32)9.
Concrètement, la réutilisation de ces derniers exige :1) un consentement éclairé associé à un projet de recherche spécifique lorsqu’ils sont utilisés sous forme non
codée2) un consentement éclairé associé à des fins de recherche est suffisant lorsqu’ils sont utilisés sous forme codée
3) Le matériel biologique et les données génétiques peuvent être utilisés sous forme anonymisé à des fins derecherche lorsque la personne concernée ou, le cas échéant, son représentant légal ou ses proches ne s'y sont pas
opposés après avoir été informés.
Lorsque la personne concernée est incapable de discernement, le consentement est donné par son représentant légal
qui prendra la décision en toute connaissance de cause. Dans le domaine médical, le consentement est donné dans lesconditions prévues à l’art. 10, al. 2 de la LAGH: « Une analyse génétique ne peut être effectuée sur une personne
incapable de discernement que si la protection de sa santé l’exige. Elle est admise exceptionnellement lorsqu’il n’existe
pas d’autre moyen de détecter une grave maladie héréditaire ou le porteur de gène responsable d’une telle maladie au
sein de la famille et que l’atteinte à la personne incapable de discernement est minime ». Lorsqu’il s’agit d’une personne
6incapable de discernement, l’analyse ne sera effectuée que lorsqu’elle permet d’envisager des conséquences
médicales immédiates pour cette dernière. Dans tous les cas, les intérêts des personnes incapables de discernementseront prépondérants par rapport aux intérêts familiaux.
3.4. Conseil génétique post-test SHD
Lors du conseil génétique post-test, le patient doit avoir la possibilité de recevoir des réponses claires etcompréhensibles sur le rapport et les différents variants observés. Le choix du médecin de transmettre certains
résultats ou pas dépendra de la nature de ces derniers et des souhaits du patient exprimés lors du conseil génétiquepré-test, qu’il aura indiqués dans le document « Consentement éclairé ».
De manière générale, toute personne peut refuser de prendre connaissance d’informations relatives à son patrimoine
génétique (art. 6 LAGH), sauf lorsque les résultats de l’analyse impliquent un danger physique imminent pour lapersonne concernée ou pour son entourage familial, y compris l’embryon ou le fœtus (art. 18, al. 2 LAGH). Commeindiqué dans le Point 3.3, le patient peut également demander à recevoir les informations de manière différée, au
moment qui lui semblera le plus opportun.
Conformément à l’article 19 « Communication de données génétiques » de la LAGH, « le médecin ne peut
communiquer les résultats d’une analyse génétique qu’à la personne concernée ou, si elle est incapable dediscernement, à son représentant légal ». Par ailleurs, « il peut, avec le consentement exprès de la personne
concernée, communiquer les résultats aux membres de sa famille, à son conjoint ou à son partenaire. ». Néanmoins,« si la personne concernée refuse son consentement, le médecin peut demander à l’autorité cantonale compétented’être délié du secret professionnel, lorsque la protection d’intérêts prépondérants des membres de la famille, duconjoint ou du partenaire nécessite que ceux-ci soient informés. L’autorité peut solliciter l’avis de la Commission
d’experts pour l’analyse génétique humaine ».

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4. Standards de qualité spécifiques au séquençage à haut débit (SHD)
4.1. Introduction
Le laboratoire qui reçoit la demande du médecin prescripteur, c’est-à-dire le laboratoire responsable de l’ensemble duprocessus doit être un laboratoire conforme aux exigences de la Loi fédérale sur l’assurance maladie (LAMal, RS
832.10)3. Conformément à l’Ordonnance sur l'accréditation et la désignation (OAccD, RS 946.512)11, il doit de plus êtreaccrédité par le Service d'accréditation suisse SAS selon les normes ISO 15189 et/ou ISO/IEC 17025 pour les analyses
mentionnées dans ce présent document16. Les laboratoires concernés doivent prendre les mesures nécessaires pourêtre accrédités d’ici au 31 décembre 2017. Comme toutes les analyses génétiques, y compris les analyses in vitro à but
diagnostic commerciales ainsi que les tests « In house », les analyses génétiques par séquençage à haut débit sontréglementées par la loi fédérale sur les médicaments et les dispositifs médicaux (Loi sur les produits thérapeutiques
LPth)12, ainsi que par l’ordonnance sur les dispositifs médicaux (ODim, RS 812.213)13. Des renseignements
approfondis sur ce sujet sont indiqués dans la feuille d’information sur les tests génétiques du 27 août 2012 deSwissmedic 14. Le chef du laboratoire qui reçoit la demande du médecin prescripteur doit prendre la responsabilité detoutes les étapes de l’ensemble du processus de l’analyse par SHD, y compris l’établissement du rapport final et de lafacture.
Comme mentionné plus haut, le SHD, l’analyse bioinformatique des séquences et l’interprétation des variants exigent
une connaissance et une compréhension approfondies de la génétique médicale et de l’architecture du génome humain
ainsi qu’une formation spécifique à cette technique. En plus, le SHD est encore dans une phase d’évolution intense,
notamment en ce qui concerne le développement de nouveaux séquenceurs et réactifs, ainsi que de nouveaux
programmes d’analyse bioinformatique. Une fois que les exigences techniques du séquençage à haut débit, dustockage des données, de l’analyse bioinformatique et de l’interprétation des variants seront suffisamment établies etque des directives internationales ad hoc auront été mises en place, il sera envisageable d’inclure les connaissances
spécifiques à cette technique dans le champ de la formation des spécialistes FAMH non généticiens et de leur accorderla possibilité de réaliser des analyses par SHD. D’ici-là, les analyses par SHD ne devraient être effectuées que dans leslaboratoires dont le chef est titulaire du titre FAMH en génétique médicale.
4.2. Principe de territorialité
Le principe de territorialité de la LAMal s’applique également aux analyses par SHD : toutes les étapes des analyses
SHD doivent avoir lieu en Suisse. Toutefois, les différentes étapes de ces analyses peuvent avoir lieu dans différents
institutions localisées sur le territoire suisse. Les lieux où ont été effectuées les différentes étapes de l’analyse seront
précisés dans les rapports intermédiaires et finaux, et la responsabilité de l’ensemble du processus incombe au
responsable du laboratoire qui a reçu la demande d’analyse. Une dérogation au principe de territorialité est admise
uniquement dans les cas qui sont expressément mentionnés dans la Liste des Analyses.
4.3. Aspects pratiques de l’étape laboratoire
La qualité et la quantité de l’ADN doivent être appropriées et doivent correspondre aux valeurs indiquées dans leprotocole du fournisseur de kit de préparation au séquençage. Les kits commerciaux utilisés doivent avoir été validés
localement : ils doivent garantir une robustesse des résultats et une bonne reproductibilité.
Les standards habituels d’amplification de l’ADN doivent être respectés. En particulier, l’ADN utilisé doit être natif et nedoit pas provenir d’une amplification pan-génomique (car cette dernière implique un risque d’introduction de variants
artefactuels).
La préparation des librairies et/ou des captures doit être effectuée dans des espaces de laboratoire adaptés. Ces
espaces devraient être répartis en un nombre suffisant de locaux fermés, possédant une ventilation adaptée et unepression adéquate (positive/négative). Il est recommandé d’utiliser les différents types de locaux fermés suivants :o Des locaux dans laquelle il n’y a pas de produits amplifiés (préparations initiales des « mix » de réactifs,
ajout de l’ADN, présence de pression positive souhaitable)8o Des locaux contenant des produits faiblement amplifiés (facultatif mais souhaité quand possible pour la
manipulation après les premiers cycles d’amplification, pour la purification et l’hybridation)o Des locaux réservés à la manipulation de produits après la dernière amplification par PCR. La préparation
des premières étapes de génération des librairies (fragmentation, ligation des adapteurs, préparation desphases d’amplification, pression négative) ne doit pas être effectuée dans ces locaux.
o De manière générale, la préparation des mix pré-PCR doit être effectuée dans les premiers locaux (préPCR), tandis que les produits amplifiés doivent rester dans les salles post-PCR.
Généralement, la procédure et les bonnes pratiques à suivre lors d’un séquençage à haut débit sont indiquées
dans le manuel d’utilisation fourni par le fabricant et sont spécifiques à chaque type de séquenceur à haut débit
utilisé par le laboratoire.

4.4. Analyse bioinformatique
4.4.1. Introduction
Une analyse bioinformatique adéquate est particulièrement cruciale lors des analyses par séquençage à haut débitétant donné la quantité et la complexité des données produites dans le cadre de cette technique.
Les programmes utilisés peuvent être soit des programmes commerciaux, soit des algorithmes « open source » (ou« code source ouvert »), lors des différents stades de l’analyse bioinformatique tels que le « mapping » ou larépartition des données, la transformation des fichiers, ainsi que l’identification et l’annotation des variants.
Néanmoins, il est conseillé d’utiliser des programmes et des algorithmes qui sont fréquemment décrits et cités dansdes publications scientifiques et qui sont spécifiquement appropriés à la technique du séquençage à haut débit etau séquenceur utilisés par le laboratoire. Comme mentionné plus loin (Point 5), tous les programmes d’analyse
bioinformatique, leur version d’utilisation ainsi que les paramètres d’utilisation doivent être précisés dans le rapport
final de l’analyse.
Lorsque des algorithmes « open source » sont utilisés, il est important d’effectuer une validation interne avant touteutilisation. Cette validation doit être répétée à chaque fois qu’un nouvel algorithme ou qu’une nouvelle version del’algorithme sont installés.
4.4.2. Définition de la région d’intérêt
Avant chaque analyse, les gènes et/ou les régions d’intérêt doivent être définis avant de procéder à l’analyse
bioinformatique. Les références RefSeq devraient être utilisées pour définir les gènes d’intérêt (de l’exome ou dugénome séquencé), et la version RefSeq utilisée doit être indiquée dans le rapport final d’analyse. Lors del’analyse des régions non-exoniques, leur position absolue dans le chromosome doit être précisée. La version dugénome de référence utilisé doit également figurer dans le rapport. La taille de l’ensemble de la cible doit êtreestimée en paires de bases et précisée.
4.4.3. Qualité des données et couverture de l’analyse
Durant le traitement des données, des scores de qualité du séquençage sont produits. Pour chaque analyse deséquençage à haut débit, les données suivantes doivent figurer dans le rapport d’analyse :--Les scores de qualité pour chaque échantillon sous forme de pourcentage de bases séquencées qui ont unphred score (un score définissant la qualité du séquençage pour chaque nucléotide) supérieur ou égal à 30. Un
phred score de 30 correspond à une probabilité d’erreur de 1/1000.
La couverture minimale pour que le séquençage d’une région donnée soit suffisamment précis (« suffisamment
couvert ») doit être précisée et définie par chaque laboratoire. Cette valeur de couverture minimale dépendra
du séquenceur à haut débit utilisé par le laboratoire.
9-Dans le rapport, le pourcentage des régions d’intérêt qui sont couverts (8 ; 10 ; 20 ; 30 ; 50 et/ou 100 fois - lesdegrés de couverture à rapporter seront adaptés suivant le séquenceur et le protocole utilisés) doit être précisé.
Le rapport peut également mentionner toute autre couverture lorsque cette information est jugée importante.
4.4.4. Annotation des variants
L’annotation des variants lors des analyses par séquençage à haut débit doit être effectuée de la même manière
que lors de toute autre analyse moléculaire conventionnelle. Il est conseillé de suivre les normes dictées par la
Human Genome Variation Society (HGVS). Tout programme d’annotation qui permet l’identification du variant
pathogénique peut être utilisé, mais ce dernier doit être précisé dans les rapports. Les étapes de filtration desvariants et les filtres utilisés dans l’identification des variants causatifs du phénotype observé («variants
candidats ») doivent être précisés dans le rapport.

4.5. Contrôle qualité
Les bases légales relatives à l’assurance de qualité pour le remboursement des analyses dans le cadre de la LAMal
sont définies par la QUALAB (Commission suisse pour l’assurance de qualité dans le laboratoire médical)15, par la loi
fédérale sur l’analyse génétique humaine (LAGH)1, respectivement par l’art. 15 de l’ordonnance sur l’analyse génétique
humaine (OAGH)2. L’ensemble du processus de l’analyse, comprenant la réception et la préparation de l’échantillon, leséquençage à haut débit, l’analyse bioinformatique, le stockage des données, l’analyse et l’interprétation des variants
ainsi que l’élaboration du rapport, doit être précisé à travers une procédure standard (SOP – Standard operatingprocedure) acceptée par le Service d’accréditation suisse (SAS), respectivement par Swissmedic, dans le cadre d’une
inspection. Voici d’autres recommandations spécifiques aux analyses par SHD :
•

•
•

•

Lorsque l’analyse par SHD a permis de détecter un ou plusieurs variants pertinents, ceux-ci doivent êtreconfirmés à travers une deuxième analyse indépendante de la première (par exemple, en utilisant laméthode de séquençage Sanger).
Plusieurs échantillons de référence devraient être définis et utilisés en tant que contrôle de qualité interne.
Les laboratoires effectuant des analyses par SHD doivent participer à des contrôles de qualité externes
spécifiques, si possible établis par des centres de contrôles de qualité reconnus. Ces contrôles de qualité
doivent, dans la mesure du possible, également comprendre les étapes relatives à l’interprétation desvariants.
Si des contrôles de qualité externes spécifiques pour les analyses par SHD ne sont pas (encore)
disponibles, les laboratoires doivent effectuer d’autres formes de contrôle de qualité externe, en privilégiantla participation à des échanges d’échantillons inter-laboratoires spécifiques pour la technique testée.

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5.

Rapport intermédiaire et rapport final de l’analyse par séquençage à haut débit (SHD)
Le rapport intermédiaire est un rapport de laboratoire, contenant tous les détails relatifs à l’analyse effectuée, qui
peut être transmis sur demande au médecin demandeur et qui permet de retracer toutes les étapes de l’analyse, en
cas de besoin. Par exemple, des données telles que la concentration et la qualité de l’ADN utilisé, la concentration
et la taille de la librairie d’ADN produite, les résultats de toutes les étapes, ainsi que tous les variants identifiés (ycompris ceux qui n’ont pas été confirmés) sont des données qui devraient figurer dans le rapport intermédiaire.
Le rapport final d’une analyse par SHD est un rapport qui a été approuvé et validé par un responsable delaboratoire titulaire d’un titre FAMH en génétique médicale et qui est adressé au médecin qui a prescrit l’analyse.
Ce rapport contiendra uniquement le(s) type(s) de résultats (voir plus bas) que le patient ou son responsable légal a
indiqué souhaiter connaître dans le consentement éclairé.
Le rapport final doit comporter les éléments suivants :
•
•
•
•

•

Indications: partie où l’indication médicale pour la prescription d’une analyse par séquençage à haut débit est
précisée
Demande: partie où sont précisés les gènes ou le(s) panel(s) de gènes à analyser
Matériel analysé: ici est précisé le type et la provenance du matériel analysé (par exemple : ADN provenant dusang veineux), ainsi que la référence de l’échantillon analysé
Méthodes: dans cette partie sont précisées les méthodes ou les kits utilisés pour:- L'extraction de l’ADN- La sélection des gènes- La préparation de la librairie- Le déroulement du séquençage (machine utilisée, etc..)- Le traitement des données brutes en précisant les algorithmes d’alignement, de détection de variants,
d’annotation, de filtrage des variants et leurs versions utilisées. Tous les programmes d’analyse
bioinformatique, leur version d’utilisation ainsi que les paramètres d’utilisation doivent être précisés dans lerapport (voir Point 4.4. Analyse bioinformatique).
- Les banques de données consultées, ainsi que les versions utilisées lors de l’identification des variants- Les méthodes utilisées (Sanger, PCR, ..) pour confirmer les résultats (si nécessaire).
Résultats : Uniquement les variants (ou le type de variants, voir plus bas), qui ont été validés par une autre
méthode d’analyse indépendante (tel que le séquençage Sanger) et qui ont été souhaités par le patient lors dela consultation pré-test et indiqués dans le document « Consentement éclairé », figureront dans cette partie etseront communiqués au patient. Les mutations et les variants doivent être rapportés exclusivement selon lanomenclature HGVS en vigueur (voir site web HGVS), en précisant l’annotation du changement nucléotidiqueavec le changement aminoacidique et/ou le numéro de référence SNP (numéro rs) y compris sa fréquence(minor allele frequency, MAF) le cas échéant. La séquence de référence utilisée lors de l’annotation doit êtrementionnée. Dans les cas où l’analyse SHD n’a pas permis d’identifier un (des) variant(s) causatif(s), ceci seraégalement indiqué dans cette partie.
Il faut également envisager des situations où le patient peut souhaiter de connaître les variants de façon
différée. Il faut donc avoir un moyen de stocker les informations pertinentes sans pour autant devoir lestransmettre de suite au patient.

•Interprétation des variants: ici est indiquée la causalité (probable ou certaine) du ou des variant(s) observés
correspondant au tableau clinique du patient.
La procédure à suivre lors de l’interprétation bioinformatique des résultats est précisée plus haut (dans le Point
4.4. Analyse bioinformatique). Dans le cas où la prédiction bioinformatique a été effectuée au moyen de11différents programmes, les détails de la prédiction bioinformatique du rôle des variants doivent être gardés àdisposition du patient, si ce dernier souhaite les connaître.
L’interprétation de chacun des variants observés doit être établie selon une hiérarchie basée sur leur causalité
dans une pathologie soit :1) Résultat(s) en lien direct avec la pathologie investiguée : mutations détectées et connues comme étant
pathogéniques (déjà rapportées dans la pathologie), ou probablement pathogéniques (selon le score desalgorithmes de prédiction, qui doivent être cités dans le rapport), localisés dans un ou des gène(s) dont lafonction est compatible avec le tableau clinique observé chez le patient ;2) Résultat(s) dont la signification et le lien avec la pathologie sont incertains. Il s’agit de variants (VUS) dont lesprédictions sont contradictoires, ou qui sont intermédiaires entre « bénignité » et « pathogénicité », et/ou dont lafréquence dans la population générale rapportée dans la base des données est inconnue, ou semble un peuélevée. Ces variants peuvent être rapportés s’ils sont localisés dans un ou des gène(s) dont la fonction est
compatible avec le tableau clinique observé chez le patient ;3) Les découvertes inopinées seront rapportées selon le choix du patient indiqué dans le consentement éclairé.
Les implications cliniques des résultats et les éventuelles sources d’informations complémentaires ayant permis
l’interprétation de ces derniers doivent également être mentionnées dans le rapport final.
•

Divers : Dans les cas où les différentes étapes de l’analyse par SHD ont été effectuées dans différentes
institutions, il faut énumérer ces dernières dans le rapport final en précisant le lieu où a été effectuée chaqueétape.

12

6. Stockage des données
Sur le plan légal, la sécurité des données est définie par la Loi fédérale sur la protection des données (LPD)17. Lesprocessus et les systèmes de traitement et de l’enregistrement des données doivent être conformes aux normes
ISO ISO/IEC 27001:2013-11 (Technologies de l’information – Techniques de sécurité IT – Systèmes demanagement de la sécurité de l’information – Exigences) et ISO/IEC 27002:2013-11 (Techniques de l’information– Techniques de sécurité IT – Guide pour la gestion de la sécurité de l’information).
Le laboratoire qui accepte le mandat médical prend la responsabilité qu’un règlement relatif au traitement desdonnées soit mis en place et tenu à jour, conformément à l’article 11 de l’Ordonnance relative à la loi fédérale surla protection des données (OLPD)18. Dans le cas où le laboratoire n’est pas lui-même certifié ISO 27001, lessystèmes et processus sont régulièrement audités par une institution de contrôle spécialisée. Cette institution est
soit certifiée ISO 9001, soit accréditée par le Service d’accréditation suisse SAS en tant qu’institution de contrôle.
Dans le cas où les différentes étapes d’une analyse par SHD ont été effectuées dans différentes institutions, c’est
le chef du laboratoire qui a reçu la demande qui est responsable du stockage des données relatives à l’ensemble
de l’analyse.

13

7. Références
1. Loi fédérale sur l’analyse génétique humaine (LAGH, RS 810.12)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/20011087/index.html.
En allemand (GUMG): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/20011087/index.html
2. Ordonnance sur l’analyse génétique humaine (OAGH, RS 810.122.1)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/20051790/index.html.
En allemand (GUMV): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/20051790/index.html
3. Loi fédérale sur l’assurance maladie (LAMal, 832.10)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/19940073/index.html.
En allemand (KVG): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/19940073/index.html
4. Liste des Analyses des prestations de l’assurance obligatoire des soins en cas de maladie (LA)
http://www.bag.admin.ch/themen/krankenversicherung/00263/00264/04185/index.html?lang=fr.
En allemand (AL) :http://www.bag.admin.ch/themen/krankenversicherung/00263/00264/04185/index.html?lang=de
5. Ordonnance du DFI sur les prestations dans l’assurance obligatoire des soins en cas de maladie(OPAS)
http://www.bag.admin.ch/themen/krankenversicherung/02874/04308/index.html?lang=fr.
En allemand (KLV): http://www.bag.admin.ch/themen/krankenversicherung/02874/04308/index.html?lang=de
6. ACMG clinical laboratory standards for next-generation sequencing. Genetics in Medicine, vol 15; 733-747(2013)
7. Practice guidelines for Targeted Next Generation Sequencing Analysis and Interpretation. ClinicalMolecular Genetics Society (CMGS) (2012).
8. Whole-genome sequencing in health care – Recommendations of the European Society of Human
Genetics. Van El CG et al., European Journal of Human Genetics vol 21; 580-584 (2013)
9. Loi fédérale relative à la recherche sur l’être humain (LRH, RS 810.30)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/20061313/index.html.
En allemand (HFG): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/20061313/index.html
10. Ordonnance relative à la recherche sur l’être humain à l’exception des essais cliniques (ORH, RS
810.301)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/20121177/201401010000/810.301.pdf.
En allemand (HFV): http://www.admin.ch/opc/de/classifiedcompilation/20121177/201401010000/810.301.pdf
11. Ordonnance sur l’accréditation et la désignation OAccD (RS 946.512)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/19960291/index.html.
En allemand (AkkBV): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/19960291/index.html
12. Loi fédérale sur les médicaments et les dispositifs médicaux (Loi sur les produits thérapeutiques LPth,812.21)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/20002716/index.html.
En allemand (HMG): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/20002716/index.html

1413. Ordonnance sur les dispositifs médicaux (ODim, RS 812.213)
http://www.bag.admin.ch/themen/medizin/00709/04670/04680/index.html?lang=fr.
En allemand (MepV) : http://www.bag.admin.ch/themen/medizin/00709/04670/04680/index.html?lang=de
14. Feuille d’information sur les tests génétiques, Swissmedic, 27 août 2012.
15. Site internet QUALAB (Commission suisse pour l’assurance de qualité dans le laboratoire médical)
http://www.qualab.ch
16. Site internet du Service d’accréditation suisse (SAS)http://www.seco.admin.ch/sas/index.html?lang=fr .
En allemand : http://www.seco.admin.ch/sas/index.html?lang=de
17. Loi fédérale sur la protection des données (LPD, RS 235.1)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/19920153/index.html.
En allemand (DSG): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/19920153/index.html
18. Ordonnance relative à la loi fédérale sur la protection des données (OLPD, RS 235.11)
http://www.admin.ch/opc/fr/classified-compilation/19930159/index.html .
En allemand (VDSG): http://www.admin.ch/opc/de/classified-compilation/19930159/index.html
19. Préposé fédéral à la protection des données et à la transparence (PFPDT) : « Explications concernant
l’informatique en nuage (cloud computing) » (Octobre 2011)
20. Nutzung von Cloud-Diensten im medizinischen Alltag. Schweizerischen Ärztezeitung ; 94 :37, page 1404
(2013).

15

8. ANNEXES: Modèles de Consentement éclairé du patient

8.1. Formulaire « Information au patient »8.2. Formulaire « Consentement éclairé en vue d’une ou plusieurs analyses génétiques »16

INFORMATION AU PATIENT : LES ANALYSES GENETIQUES DIAGNOSTIQUES ET LESEQUENCAGE à HAUT DEBIT (SHD)
De façon générale, une analyse génétique consiste en un examen médical de laboratoire destiné à détecter ou
exclure chez une personne la présence d’une maladie génétique ou d’une prédisposition génétique par une
analyse directe ou indirecte de son patrimoine génétique (chromosomes, gènes).
Le patrimoine génétique humain est présent dans le noyau de toute cellule du corps. Il consiste en 22 paires dechromosomes identiques chez l’homme et la femme, ainsi qu’une paire de chromosomes sexuels: XX chez la femme,
XY chez l’homme. Les cellules sexuelles, spermatozoïdes et ovules, cependant, ne portent qu’une copie de chaquepaire afin que celles-ci se reforment lors de la fécondation. Les gènes représentent les unités de l’hérédité et sontconstitués d’ADN, ils sont alignés pour former les chromosomes, et leur nombre est estimé à environ 21'000. Il y aégalement un petit nombre de gènes situé à l’extérieur du noyau au niveau de petites organelles, appelées
mitochondries et présentes en un nombre variable de copies : il s’agit de l’ADN mitochondrial. Les gènes (le génome)
constituent le plan de notre existence physique en codant par exemple la structure protéique des tissus et des enzymes.
Il existe deux niveaux de changements génétiques:
Les changements chromosomiques Les changements du nombre ou de la structure des chromosomes sont détectés
sur un «caryotype standard» (image/photo des chromosomes). Certains changements sont cependant trop petits pourêtre détectés selon cette méthode. Dans ces situations on peut proposer la méthode de caryotype moléculaire ou CGH
Array qui permet de rechercher les anomalies chromosomiques de petite taille, invisibles au caryotype standard.
Les changements moléculaires Les changements au niveau d’un seul ou plusieurs gènes appelés «mutations del’ADN ou mutation d’un gène» sont étudiés par des techniques de biologie moléculaire. Le choix de la technique utiliséedépend spécifiquement des mutations qui causent la maladie en question. Les analyses moléculaires génétiques sonteffectuées dans le but de répondre à une question spécifique correspondant au tableau clinique présenté par le patient.
Implications
Les tests génétiques peuvent révéler des informations de nature hautement confidentielle et nécessitent votre
consentement. Ils permettent de déterminer si une personne est porteuse d’une mutation qui peut être héritée et causer
une maladie dans sa descendance. Les tests génétiques peuvent montrer qu’une personne est atteinte d’une affection
génétique particulière ou d’un risque augmenté de la développer à un moment non défini dans le futur. Ils peuvent aussi
révéler un risque augmenté pour d’autres membres de la famille ou pour une grossesse en cours.
C’est pourquoi pour les analyses par séquençage à haut débit des conseils génétiques pré- et post-test sontobligatoires.

Conseil GénétiqueComme toute procédure diagnostique, un test génétique doit être librement consenti et résulter d’un choix éclairé. Vousêtes invité(e) à prendre le temps de poser toutes vos questions et de faire votre choix personnel. Il se peut que voussouhaitiez reconsidérer votre décision et demander un second entretien.
Ci-dessous, vous trouverez certains aspects qui doivent être discutés dans un langage aisément compréhensible avant
que vous vous décidiez pour ou contre un test génétique.
1. Les aspects médicaux y compris le diagnostic exact, le pronostic, les moyens de prévention et de traitement
de la maladie à tester. En effet, même si le diagnostic d’une maladie donnée peut être confirmé par un test
génétique, il n’est pas toujours possible d’intervenir et de traiter cette maladie.
2. Les aspects génétiques impliqués, y compris le risque potentiel pour d’autres membres de votre famille.
3. La probabilité que le test donne un résultat, une prédiction correcte ou un résultat indéterminé ou imprévu. En
effet, il n’est pas toujours possible d’obtenir une explication génétique à une maladie. Les raisons peuvent êtrediverses : le test n’est pas encore disponible, ou l’origine génétique de la maladie n’a pas encore été trouvée,etc.
4. Le risque de recevoir un résultat défavorable et les possibles conséquences pour vous et votre famille. En
cas de diagnostic prénatal, ceci peut impliquer le risque de devoir faire face à une décision pour ou contre une
17interruption de grossesse. La décision de poursuivre ou non la grossesse est totalement indépendante de ladécision d’entreprendre le test.
5. Les options autres que celles du test génétique.
6. Votre droit de refuser le test.
7. Les avantages et désavantages potentiels d’un test génétique y compris les questions en suspens relatives àla confidentialité dans le contact avec les assurances, les banques et les employeurs.
8. Les soins que vous recevrez ne seront en rien influencés par la décision prise par vous-même ou par votre
famille.
9. Conservation de votre échantillon et des données issues du test. Votre échantillon peut être gardé pourune analyse ultérieure, mais uniquement avec votre consentement ou sur demande de votre part.
10. L’utilisation de votre échantillon et des données pour la recherche qui ne pourra se faire qu’avec votre
consentement :11. La réutilisation du matériel biologique et des données génétiques pour la recherche. Concrètement, laréutilisation de ces derniers exige :o Un consentement éclairé associé à un projet de recherche spécifique lorsqu’ils sont utilisés sous
forme non codée ;o Un consentement éclairé associé à des fins de recherche (non spécifique) est suffisant lorsqu’ils sontutilisés sous forme codéeo Le matériel biologique et les données génétiques peuvent être utilisés sous forme anonymisée à desfins de recherche lorsque la personne concernée ou, le cas échéant, son représentant légal ou ses
proches ne s'y sont pas opposés après avoir été informés.
12. Information relative aux coûts et à la prise en charge ou non par la caisse maladie/assurance.
13. Les résultats d’un test génétique révèlent parfois des « secrets de famille » relatifs à la paternité et à l’adoption
Informations complémentaires spécifiques aux analyses par séquençage à haut débit.
Le séquençage à haut débit est une technique qui permet de séquencer plusieurs gènes simultanément, ou l’ensemble
des gènes exprimés (l’exome), ou même le génome entier. Dans la pratique clinique actuelle, cette technique est
appliquée en utilisant une approche ciblée sur les gènes impliqués dans des maladies génétiques mendéliennes. Cela
minimise le risque de détecter des modifications génétiques inopinées, c’est-à-dire non attendues et non recherchées.
Par contre, ce risque est élevé lors de l’utilisation d’une approche non ciblée.
Voici les différentes catégories de résultats qui peuvent être générés suite à une analyse par séquençage à haut débit :1) Des résultat(s) en lien direct avec la pathologie investiguée : mutations connues comme pathogéniques (dont on
sait déjà qu’elles sont liées à la pathologie), ou variants probablement pathogéniques, qui sont compatibles avec laou les maladie(s) du patient.
2) Résultat(s) dont la signification et le lien avec la pathologie sont incertains. Il s’agit de variants génétiques dontl’effet n’est pas encore bien connu. Des tests supplémentaires du patient et/ou d'autres membres de la famille
peuvent être recommandés pour aider à déterminer la signification du résultat. D’autre part, il faut être conscientque les connaissances dans la génétique avancent rapidement, et qu’il faut s’attendre à ce que la signification
clinique de certaines modifications génétiques sera élucidée dans le futur.
3) Des résultats inopinés (non attendus et non recherchés), qui n’ont pas de lien avec le tableau clinique observé. Le
risque d’obtenir de tels résultats est particulièrement élevé lors d’analyses par séquençage à haut débit non ciblées.
Un tel résultat peut fournir des informations sur le risque de développer une maladie génétique différente de cellepour laquelle vous avez effectué l’analyse, comportant des signes et symptômes qui peuvent être, ou ne pas être,apparents aujourd’hui. Comme les autres informations génétiques, celles-ci peuvent avoir un impact sur la vie depersonnes apparentées ou de descendants futurs.
Dans cette catégorie de résultats, plusieurs cas de figure sont possibles:a) Il s’agit d’une anomalie génétique qui indique une prédisposition à une maladie dont les symptômes peuventêtre traités, dont l’apparition et l’évolution peuvent être surveillées et/ou influencées médicalement.
18b) Il s’agit d’une anomalie génétique qui indique une prédisposition à une maladie pour laquelle il n’existe
actuellement ni traitement ni prévention.
c) Il s’agit d’une modification génétique qui indique que vous êtes un porteur (sain) pour une maladie récessive
pouvant survenir dans la descendance ou chez des personnes apparentées.
d) Il s’agit d’une modification génétique qui n’affecte pas la santé.
Vous devrez décider dans quelle mesure et à quel moment vous souhaitez être informé(e) des résultats obtenus, enprécisant la nature des résultats que vous souhaitez connaître. Par exemple, vous pouvez tout à fait demander à
prendre connaissance d’un certain type de résultats au moment que vous jugerez opportun. Vous devrez indiquer
votre/vos choix dans le document « Consentement éclairé ».
Vous pouvez également revenir sur votre décision à tout moment sans avoir à donner de raisons. Toutefois, une foisl’analyse réalisée les données doivent être stockées et ne peuvent plus être détruites. En raison de la complexité desrésultats d’analyses de séquençage à haut débit, ainsi que de leur nature sensible, les résultats seront rendus
uniquement par le médecin qui a demandé l’analyse. Les résultats vous concernant ne pourront pas être divulgués à
une autre personne sans votre consentement écrit. Toutes les données brutes de séquençage sont confidentielles etstockées de manière sécurisée selon les normes légales en vigueur.
Procédure
Les analyses génétiques nécessitent une petite quantité de sang prélevé d’une veine (env. 3 ml) et il n’est pas
nécessaire d’être à jeun pour la prise de sang. Le matériel génétique peut aussi être extrait d’une autre source (peau,muscle, liquide amniotique etc.).
Cadre juridiqueLoi fédérale sur l’analyse génétique humaine (LAGH)
Loi fédérale sur l'assurance-maladie (LAMal)
Loi fédérale relative à la recherche sur l’être humain (LRH)

19

CONSENTEMENT ÉCLAIRÉ EN VUE D’UNE OU PLUSIEURS ANALYSES GÉNÉTIQUES(Caryotype moléculaire et/ou séquençage à haut débit)Nom: ___________________________

Prénom: ___________________________

Date de naissance : ___________________________
Je confirme avoir reçu un conseil génétique qui m’a informé(e) sur les différents aspects des analyses génétiques décrits dans leformulaire « Information au patient », et que j’ai eu suffisamment de temps pour poser des questions et prendre ma décision.
Je demande que l’analyse génétique indiquée ci-dessous soit effectuée: Caryotype moléculaire (aCGH):  prénatal

 postnatal

 Séquençage à haut débit pour (nom de la maladie) :________________________________Sur un échantillon du tissu suivant: ________________________________________________
Ma décision relative à la transmission d’éventuels résultats supplémentaires non prévus dans l’analyse génétiqueinitialement demandée.
Je désire être informé(e) d’une éventuelle modification génétique lorsqu’elle appartient à la catégorie suivante:•Prédisposition à une maladie dont les symptômes peuvent être traités, et dont l’apparition
et l’évolution peuvent être surveillées et/ou influencées médicalement:

OUI

NON

•

Prédisposition à une maladie pour laquelle il n’existe actuellement pas de traitement:

OUI

NON

•

Etat de porteur (sain) pour une maladie récessive pouvant survenir dans la descendanceou chez des apparentés:

OUI

NON

 Autre:__________________________________________________________________________
Ma décision relative à la conservation de(s) échantillon(s) et des données de séquençage.
•Avec votre accord, vos échantillons et données de séquençage seront conservés pour le cas où une analyse additionnelle
s’avérerait utile pour votre prise en charge. Dans ce cas, ces analyses ne seraient effectuées que dans votre intérêt et avec
votre consentement.
o Je suis d’accord que mes échantillons et données de séquençage soient conservés pour
OUI NON
une éventuelle analyse ultérieure.

•

Pour améliorer la qualité de nos analyses génétiques, il est important de pouvoir réutiliser de façon anonyme les échantillons
et données déjà obtenus. Avec votre accord, vos échantillons et données de séquençage seront conservés dans ce but.
o Je suis d’accord avec la conservation et l’utilisation anonyme de mes échantillons et données
OUI NONà des fins d’amélioration de la qualité des analyses génétiques.

Utilisation de mon échantillon et de mes données pour la recherche.
Par ailleurs, vos échantillons et données de séquençage peuvent être utiles pour la recherche. Si vous êtes intéressés par uneéventuelle participation à un projet de recherche, vous pouvez l’indiquer ici. Le cas échéant, nous vous recontacterons afin de vous
donner plus d’informations. A ce stade, votre réponse n’implique aucun engagement de votre part.
o En principe, je suis d’accord que mon échantillon et données de séquençage
OUI NON
soient conservés et utilisés pour la recherche.
 Autre:______________________________________________________________________
Signature:_________________________

Lieu et date: ________________________ (parent/représentant légal le cas échéant)Médecin demandeur :Conformément à la loi sur l’analyse génétique humaine (LAGH), j’ai dûment expliqué la procédure de l’analyse génétique ycompris les limites à la personne nommée ci-dessus et répondu aux questions qu’elle souhaitait poser.
Nom: ____________________________

Prénom: ____________________________

Signature: ________________________

Lieu et date: _________________________ Timbre :20