農林漁業者・食品産業の事業者の皆様へ

インボイス制度の概要

令和６年１月

令和５年10月から消費税のインボイス制度（適格請求書等保存方式）が始まりました○消費税とは• 商品の販売やサービスの提供などの取引に対して広く公平に課される税です。
• 税率は、標準税率10％、軽減税率８％(飲食料品等)の複数税率です。
• 消費税は消費者が負担しますが、納税は事業者が行います。
• 事業者は、売上げに係る消費税額から、仕入れに係る消費税額を差し引いて計算した額を納税します。（仕入れに係る消費税額を差し引くことを仕入税額控除といいます。）
消費税の仕組み（イメージ）
加工業者

流通業者

生産者

※米、野菜、果物などの軽減税率（8％）適用となる品目の流通イメージ。

売上げ
消費税
売上げ
消費税
売上げ
消費税
利益等
20,00050,000円
4,000円

20,000円
1,600円

利益等
30,000

税
2,400

税
1,600

仕入れ税
1,600

納付税額
1,600円

20,000＋納付税額
2,400円

税
1,600

仕入れ
50,000

税
4,000

最終消費者

売上げ 100,000円
消費税 8,000円

支払総額108,000円
消費者が負担した
消費税
8,000円

利益等
30,00070,000円
5,600円

利益等
20,000

小売業者

税
2,400

各事業者の納付税額
合計に対応

2,400
1,600

仕入れ
70,000

税
5,600

2,400
1,600

＋

納付税額
1,600円＋納付税額
2,400円＝納付税額合計
8,000円

用語解説

課税事業者

基準期間における課税売上高が1,000万円を超える事業者。
消費税納税の義務があります。

簡易課税事業者 基準期間における課税売上高が5,000万円以下の事業者が選択できます。売上税額から消費税の納税額を計算します。
免税事業者

基準期間における課税売上高が1,000万円以下の事業者。
消費税の納税の義務が免除されます。

※基準期間は、個人事業者は課税期間の前々年、法人は課税期間の前々事業年度です。
※簡易課税制度を選択する場合には、事前に届出が必要です。

1

○インボイス制度のポイント• 令和５年10月から、事業者が仕入税額控除を行うためには、原則として、仕入先からインボイス（適格請求書）を発行してもらい、保存しておく必要があります。
• このインボイスは、税務署長の登録を受けたインボイス発行事業者（課税事業者）のみが発行できます。
（免税事業者は、登録を受けられないためインボイスの発行ができません。）■従来の区分記載請求書からインボイス(適格請求書)への変更点は以下の通りです。

●●（株）御中請求書

請求書●●（株）御中（株）○○会社○年○月分 請求金額
○月〇日 割ばし○月〇日 牛肉 ※43,600円
550円
5,400円

合計

43,600円（10％対象（ 8％対象

登録番号（株）○○会社（T1234・・・）
43,600円
550円
5,400円

○年○月分 請求金額
○月〇日 割ばし○月〇日 牛肉 ※適用税率

合計43,600円
10％対象 22,000 円 内税 2,000円
8％対象 21,600円 内税 1,600円

22,000 円）
21,600円）※は軽減税率対象※は軽減税率対象※は軽減税率対象

消費税額等赤字が従来の区分記載請求書との変更点☆消費税額の計算方法（仕入税額控除）
マイナス

売上げに係る消費税額

ー

仕入れや経費に係る消費税額＝納付する消費税額（仕入税額）（売上税額）（納付税額）

インボイスに基づいて仕入税額控除☆仕入税額控除の要件～令和５年９月【区分記載請求書等保存方式】

令和５年１０月～【適格請求書等保存方式】（インボイス制度）

帳簿

一定の事項が記載された帳簿の保存区分記載請求書等保存方式と同様

請求書等

区分記載請求書等の保存

適格請求書（インボイス）等の保存

ここが変わりました32

○インボイス制度導入に当たっての主な経過措置及び特例☆インボイス発行事業者の登録に関する経過措置___免税事業者については、令和５年10月１日から令和11年９月30日までの日の属する課
税期間中に登録を受ける場合、登録希望日（登録申請書の提出日から15日以後の日で登録を希望する日）からインボイス発行事業者となる経過措置が設けられています。

☆免税事業者からの課税仕入れに係る経過措置
インボイス制度の開始後は、免税事業者からの課税仕入れは、原則として仕入税額控除の適用を受けることができません。
んただし、制度開始後６年間は、免税事業者からの課税仕入れであっても、仕入税額相当額の一定割合を仕入税額とみなして控除できる経過措置が設けられています。
令和５年１０月１日
令和８年１０月１日

インボイス制度の開始

令和１１年１０月１日

３年

３年

免税事業者からの仕入れにつき免税事業者からの仕入れにつき８０％控除可能

５０％控除可能

控除不可☆卸売市場特例
卸売市場において、出荷者から委託を受けて行う生鮮食料品等の販売は、出荷者から買い手に対するインボイスの交付義務が免除され、買い手は、卸売市場が発行する書類で仕入税額控除をすることができます。

☆協同組合特例
農協、漁協、森林組合等の組合員が、農協等に対して、無条件委託方式かつ共同計算方式により販売を委託した場合は、組合員から買い手に対するインボイスの交付義務が免除され、買い手は、農協等が発行する書類で仕入税額控除をすることができます。

☆少額特例
基準期間における課税売上高が１億円以下である事業者等は、制度開始後６年間は、１万円未満の課税仕入れについて、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除をすることができます。

☆２割特例
インボイス制度を機に免税事業者からインボイス発行事業者となった事業者について、制度開始後3年間、納税額を売上税額の2割に軽減する措置が設けられています。売上税額から仕入税額を計算するため、インボイスの保存は不要です。

☆その他の特例
バス、鉄道などの公共交通機関による運送や、自動販売機による商品の購入（いずれも３万円未満のものに限ります。）等についても、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除をすることができます。

3

○インボイス制度への対応
農林漁業者・食品産業の事業者の皆様は、次のような対応や検討が必要になります。

販売

売り先

事業者の皆様

仕入先

販売☆課税事業者の場合～売り先との関係～①インボイス発行事業者となるためには、税務署長の登録を受ける必要があります。
②インボイスとして売り先に発行する請求書等に、従来の区分記載請求書の記載事項に加えて、登録番号、適用税率（８％、10％）、消費税額等を記載する必要があります。
➂売り先の求めに応じて、インボイスを発行する必要があります。
～仕入先との関係～①仕入先がインボイス発行事業者であるか確認する必要があります。
②仕入税額控除を適用するためには、原則として、仕入先からインボイスを発行してもらい、保存しておく必要があります。
➂仕入先が免税事業者の場合は、インボイスを発行してもらえないため、仕入税額控除ができなくなることによる影響を踏まえて、仕入先や売り先と価格面を含め適正な取引条件等を話し合っておくことが必要になります。

※ 仕入先が免税事業者等のインボイス発行事業者でない場合であっても、制度開始後６年間は、一定割合の仕入税額控除ができる経過措置が設けられています。
※ 基準期間における課税売上高が１億円以下である事業者等は、制度開始後６年間は、１万円未満の課税仕入れについて、一定の事項を記載した帳簿のみの保存で仕入税額控除ができる措置【少額特例】が設けられています。

4

☆２割特例を適用する事業者や簡易課税事業者の場合※ 免税事業者からインボイス発行事業者となる事業者が簡易課税制度を選択していたとしても、申告時に２割特例を選択することができます。

～売り先との関係～ ／ 上記①～③ 課税事業者と同じ～仕入先との関係～ ／ 特段の対応の必要はありません。
・※ 売上税額 がわかれば消費税の納税額を計算できるため、仕入先からインボイスを発行してもらう必要がありません。

・☆免税事業者の場合～売り先との関係～①インボイスを発行できません。
②売り先が消費者、免税事業者、簡易課税事業者である場合、卸売市場や農協、漁協、森林組合、事業協同組合等（※）への委託販売を行う場合は、インボイスの発行を求められないため、これまでの取引と何ら変わりません。
（※）農協などの場合は、無条件委託かつ共同計算方式に限ります。
➂売り先が基準期間における課税売上高が１億円以下の事業者等である場合、制度開始後６年間は、１万円未満の少額な取引について、インボイスの保存がなくても仕入税額控除ができる措置が設けられています。
④売り先が簡易課税制度を選択していない課税事業者である場合は、売り先が仕入税額控除をできなくなるため、売り先から相談があった場合は、価格面を含め適正な取引条件等を話し合っておくことが重要です。なお、今後の経営発展を考えて、課税事業者（簡易課税事業者を含む）へ転換することも選択肢の一つとして考えられます。
～仕入先との関係～ ／ 特段の対応の必要はありません。

5

○農業者が免税事業者の場合の出荷先別の対応例
複数の出荷先がある場合は、それぞれの出荷先や取引量も考慮してご検討ください。
①農協・卸売市場への出荷分について買い手は、農協・卸売市場が発行する書類で仕入税額控除ができるので、新たに対応する必要はありません。
②米や野菜の集荷業者への出荷分について集荷業者は、農業者からの仕入れについて、仕入税額控除ができなくなるので、集荷業者から相談があった場合は、経過措置なども考慮して、取引条件について話し合っておくことが重要です。
③直売所・道の駅などへの出荷分について道の駅・直売所などに販売を委託している場合、消費者への販売については、インボイス制度の影響はありません。直売所・道の駅などが、農業者から農産物を買い取っている場合、直売所・道の駅などが仕入税額控除ができなくなるので、相談があった場合は、経過措置なども考慮して、取引条件について話し合っておくことが重要です。
④レストラン、スーパー、食品加工業者などへの直接販売分についてレストランなどは、農業者からの仕入れについて、仕入税額控除ができなくなるので、販売先から相談があった場合は、経過措置なども考慮して、取引条件について話し合っておくことが重要です。
⑤家畜市場を通じての子牛の販売分について子牛の買い手は、免税事業者からの仕入れについて、仕入税額控除できなくなるので、子牛のせり価格に影響が生じる可能性があります。
ただし、経過措置により、制度開始後の３年間は免税事業者のままでも、課税事業者になっても、影響は抑えられています。
⑥集落営農法人の構成員として管理作業料等の支払いを受ける分について集落営農法人から構成員（農業者）に支払われる作業委託費等について、集落営農法人は仕入税額控除ができなくなるので、どのように対応するか組織内で話し合っておくことが重要です。
詳しくは農林水産省ホームページをご覧ください。林業、漁業についても同様に考え方を整理しています。
農業
林業
漁業

6

○独占禁止法等の問題となる行為
・仕入先である免税事業者との取引について、インボイス制度の実施を契機として取引条件を見直すことを検討する場合に、一方的に取引価格を引き下げることや、一方的な取引価格の引下げ要請に応じない場合に取引を打ち切ることなど、独占禁止法等の問題とならないように注意する必要があります。
・消費税の性質上、免税事業者であっても自らの仕入れや諸経費に係る消費税を負担しているので、その分は免税事業者の取引価格に織り込まれる必要があります。
・関係省庁連名で、「免税事業者及びその取引先のインボイス制度への対応に関するＱ＆Ａ」（財務省・公正取引委員会・経済産業省・中小企業庁・国土交通省）が公表されていますので、制度への理解を深め、必要な対応をご検討いただく際に参考としてください。（次頁参照）
・また、一部の事業者が、免税事業者からの課税仕入れに係る経過措置により一定の割合で仕入税額控除が認められているにもかかわらず、取引先の免税事業者に対し、インボイス制度の実施後も課税事業者に転換せず、免税事業者を選択する場合には、消費税相当額を取引価格から引き下げると文書で伝えるなど一方的に通告を行った事例がみられました。
このため、公正取引委員会は、いくつかの事業者に対し、独占禁止法違反行為の未然防止の観点から注意を行いましたので御留意下さい。
,Point

経過措置により、例えば、令和８年９月末までは、免税事業者からの仕入れであっても、その全額が仕入税額控除できなくなる訳ではなく、その影響は取引価格の約２％（農林水産物（飲食料品）の場合は約1.5％）に抑えられています。
んん免税事業者との取引については、こうした正しい知識・認識に基づいて話し合いを行った上で取引条件を決める等、独占禁止法等の問題とならないようにすることが重要です。
令和５年１０月１日
インボイス制度の開始

令和１１年１０月１日

令和８年１０月１日

３年

３年

免税事業者からの仕入れにつき免税事業者からの仕入れにつき８０％控除可能

５０％控除可能控除不可

7

（参考）インボイス制度への対応に関するＱ＆Ａについて（概要）
独占禁止法等において問題となる行為
Ｑ７

仕入先である免税事業者との取引について、インボイス制度の実施を契機として取引条件を見直すことを検討していますが、独占禁止法などの上ではどのような行為が問題となりますか？

１ 取引対価の引下げ
取引上優越した地位にある事業者（買手）が、免税事業者との取引において、仕入税額控除できないことを理由に取引価格の引下げを要請し、再交渉において、双方納得の上で取引価格を設定すれば、結果的に取引価格が引き下げられたとしても、独占禁止法上問題となるものではありません。
しかし、再交渉が形式的なものにすぎず、仕入側の事業者（買手）の都合のみで著しく低い価格を設定し、免税事業者が負担していた消費税額も払えないような価格を設定した場合には、優越的地位の濫用として、独占禁止法上問題となります。
２ 商品・役務の成果物の受領拒否等
取引上の地位が相手方に優越している事業者（買手）が、仕入先から商品を購入する契約をした後において、仕入先がインボイス発行事業者でないことを理由に商品の受領を拒否することは、優越的地位の濫用として問題となります。
３ 協賛金等の負担の要請等
取引上優越した地位にある事業者（買手）が、インボイス制度の実施を契機として、免税事業者である仕入先に対し、取引価格の据置きを受け入れる代わりに、取引の相手方に別途、協賛金、販売促進費等の名目で金銭の負担を要請することは、当該協賛金等の負担額及びその算出根拠等について、仕入先との間で明確になっておらず、仕入先にあらかじめ計算できない不利益を与えることとなる場合などには、優越的地位の濫用として問題となります。
４ 購入・利用強制
取引上優越した地位にある事業者（買手）が、インボイス制度の実施を契機として、免税事業者である仕入先に対し、取引価格の据置きを受け入れる代わりに、当該取引に係る商品・役務以外の商品・役務の購入を要請することは、仕入先が事業遂行上必要としない商品・役務であり、又はその購入を希望していないときであったとしても、優越的地位の濫用として問題となります。
５ 取引の停止
事業者がどの事業者と取引するかは基本的に自由ですが、取引上の地位が相手方に優越している事業者（買手）が、インボイス制度の実施を契機として、免税事業者である仕入先に対して、一方的に、免税事業者が負担していた消費税額も払えないような価格など著しく低い取引価格を設定し、不当に不利益を与えることとなる場合であって、これに応じない相手方との取引を停止した場合には、独占禁止法上問題となるおそれがあります。
６ 登録事業者となるような慫慂等課税事業者が、インボイスに対応するために、取引先の免税事業者に対し、課税事業者になるよう要請すること自体は、独占禁止法上問題となるものではありませんが、それにとどまらず、課税事業者にならなければ、取引価格を引き下げるとか、それにも応じなければ取引を打ち切ることにするなどと一方的に通告することは、独占禁止法上又は下請法上、問題となるおそれがあります。また、課税事業者となるに際し、例えば、消費税の適正な転嫁分の取引価格への反映の必要性について、価格の交渉の場において明示的に協議することなく、従来どおりに取引価格を据え置く場合についても同様です。
※ 上記において、独占禁止法上問題となるのは、行為者の地位が相手方に優越していること、また、免税事業者が今後の取引に与える影響等を懸念して、行為者による要請等を受け入れざるを得ないことが前提となります。

8

【公正取引委員会、中小企業庁HP】

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インボイス制度の実施に関連した注意事例Ƃे‫ܭ‬ʙ̊ƃŹ ႆදʙಅᎍᲢᛢᆋʙಅᎍᲣƕŴኺᢅਜ਼ፗᲢදᲣƴǑǓɟ‫ܭ‬Ʒር‫׊‬ưˁλᆋ᫇੘ᨊƕᛐǊǒǕƯƍǔƴǋƔƔǘǒƣŴӕࡽέƷβᆋʙಅᎍƴ‫ݣ‬ƠŴǤȳȜǤǹСࡇƷܱ଀ࢸǋᛢᆋʙಅᎍƴ᠃੭ƤƣŴβᆋʙಅᎍǛᢠ৸Ƣǔ‫ئ‬ӳƴƸŴෞᝲᆋႻ࢘᫇Ǜӕࡽ̖఍ƔǒࡽƖɦƛǔƱɟ૾ႎƴᡫԓƠƨŵᲢදᲣβᆋʙಅᎍƔǒƷᛢᆋˁλǕƴƭƍƯƸŴǤȳȜǤǹСࡇƷܱ଀ࢸᲭ࠰᧓ƸŴˁλᆋ᫇Ⴛ࢘᫇ƷᲲлŴƦƷࢸƷᲭ࠰᧓ƸӷᲯлƷ੘ᨊƕưƖǔƜƱƱƞǕƯƍǔŵĬ ૨୿ƷႆЈƍƖƳǓ˴ƩǖƏ᳽᳽᳽Ჹĭ ૨୿ƴƸ᳽᳽᳽৽ૌೈ઼峙岬峵岻峓岝ඊઘহ঵঻峊岵峳岝଎ાઘৼਊપ峼੍௸岰૑ਏ峙峔岮峹峗਄ਬ੔‫ڶ‬‫ق‬ඊઘহ঵঻‫ك‬਄ਬ੔‫ڷ‬৅ିহ঵঻‫ୖق‬ઘহ঵঻‫ك‬‫ق‬ඊઘহ঵঻‫ك‬ߦƦǕŴ཯ҩᅠഥඥɥӍƸɦᛪඥɥբ᫆ƱƳǔƓƦǕƕƋǓǇƢᲛ৅ିহ঵঻‫ୖق‬ઘহ঵঻‫ك‬岶岝৽ૌೈ઼峕峲峴঳৒峘෇೧峑லোઘપඓ௾岶ੳ峫峳島峐岮峵峕峬岵岵峹峳峄岝਄ਬ੔峘ඊઘহ঵঻峕ৌ峁岝崌嵛嵄崌崡਑২峘ৰ઱৏峬ୖઘহ঵঻峕ૡఌ峅峄岝ඊઘহ঵঻峼৭උ峃峵ৃ়峕岝଎ાઘৼਊપ峼਄ਬ੼ત岵峳ਬ岷ৣ岼峵峔峓峒঳্৓峕ৢઔ峃峵岽峒峙岝ஆಚరૃ১঱ྼ峙ৣட১঱ਖ਻峒峔峵岴峇島岶岬峴峨峃岞

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○消費税の確定申告☆インボイス発行事業者の登録を受けた方へ・インボイス発行事業者の登録を受けた事業者は、基準期間（令和５年分の基準期間は、その２年前である令和３年分）の課税売上高が1,000万円以下であっても、消費税の確定申告が必要です。
・消費税の免税事業者に該当する個人事業者が、インボイス制度が開始した
令和５年10月１日から同年12月31日までの間において、インボイス発行事業者の登録を受けた場合、令和５年分（登録日から12月31日）の消費税の確定申告が必要となります。
・令和５年分の消費税の確定申告の申告・納付期限は、令和６年４月１日です 。
令和３年（基準期間）

課税売上高が1,000万円以下

令和６年

令和５年

令和４年

(登録日から12月31日)

インボイス発行事業者の登録日

免税事業者(１月１日から12月31日)

登録日以降は課税事業者となる
ため、消費税の確定申告が必要

インボイス発行事業者（課税事業者）

・インボイス制度を機に免税事業者からインボイス発行事業者となった事業者について、制度開始後３年間、２割特例の適用が可能です。適用に当たっては、事前の届出は不要で、申告時に選択ができます。
※確定申告で、本特例の適用を選択した場合、その後、修正申告や更正の請求で、その選択を変更することはできません。
※還付申告をする場合は、「２割特例」を適用せず、一般課税を選択する必要があります。

☆申告書の作成・提出
・個人事業者は、国税庁ホームページの「確定申告書等作成コーナー」で、画面の案内に沿って金額等を入力するだけで、自宅から消費税の申告書の作成・e-Taxによる送信ができます。
・税務署では、個人の新規課税事業者や、日々の取引の記帳方法や決算等がわからない個人事業者のために、説明会や記帳指導等を実施しています。
記帳説明会等については国税庁のホームページをご覧ください。
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○インボイス制度に関するお問い合わせ• インボイスコールセンター
専用ダイヤル 0120－205－553（無料）【受付時間】 9:00～17:00（土日祝除く。）※ インボイス制度に関する一般的なご質問に対応しています。
個別の相談は所轄の税務署へ事前予約をお願いします。
（お電話の場合には、音声ガイダンスに沿って「２」を選択してください。

• 国税庁インボイス制度特設サイト

https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice.htm

国税庁ホームページのインボイス制度特設サイトでは、① 説明会の開催案内、アーカイブ動画② インボイス制度について解説した動画（国税庁動画チャンネル）③ インボイス制度に関するQ&A④ インボイス制度に関わる各省庁等の相談窓口一覧などを掲載しています。
このサイトからインボイス発行事業者になるための登録申請もできます。
インボイス特設サイト

税制改正に関する特設サイト• 財務省HP「インボイス制度、支援措置があるって本当！？」https://www.mof.go.jp/tax_policy/summary/consumption/invoice/index.html• 農林水産省の相談窓口 【受付時間】 9:30 ～ 17:00（土日祝除く。）
インボイス制度に関する専用ダイヤル

03-6744-7140

北海道農政事務所 企画調整室

011-330-8801

東北農政局

企画調整室

022-263-0564

関東農政局

企画調整室

048-740-0465

北陸農政局

企画調整室

076-232-4206

東海農政局

企画調整室

052-223-4610

近畿農政局

企画調整室

075-414-9037

中国四国農政局

企画調整室

086-224-9400

九州農政局

企画調整室

096-300-6003

沖縄総合事務局

経営課

098-866-1628

必要に応じて、財務省（消費税制度に関すること）、国税庁（消費税制度の運用に関すること）、中小企業庁（ＩＴ導入補助金及び持続化補助金並びに経営に関する相談、下請取引に関する相談）、公正取引委員会（独占禁止法上の優越的地位の濫用規制及び下請法に関すること）その他の関係省庁に対して情報提供するとともに連携して対応します。
12• 優越的地位の濫用規制に関する相談窓口【公正取引委員会】
事務総局 経済取引局 取引部 企業取引課

03-3581-3375（直）北海道事務所 取引課

011-231-6300（代）

東北事務所 取引課

022-225-7096（直）中部事務所 取引課

052-961-9423（直）近畿中国四国事務所 取引課

06-6941-2175（直）近畿中国四国事務所 中国支所 取引課

082-228-1502（直）近畿中国四国事務所 四国支所 取引課

087-811-1750（代）

九州事務所 取引課092-431-6031（直）沖縄総合事務局 総務部 公正取引課

098-866-0049（直）• 下請法に関する相談窓口【公正取引委員会】
事務総局 経済取引局 取引部 企業取引課

03-3581-3375（直）北海道事務所 下請課

011-231-6300（代）

東北事務所 下請課

022-225-8420（直）中部事務所 下請課

052-961-9424（直）近畿中国四国事務所 下請課

06-6941-2176（直）近畿中国四国事務所 中国支所 下請課

082-228-1502（直）近畿中国四国事務所 四国支所 下請課

087-811-1758（直）九州事務所 下請課

092-431-6032（直）沖縄総合事務局 総務部 公正取引課

098-866-0049（直）【中小企業庁】
中小企業庁 事業環境部 取引課

03-3501-1669（直）北海道経済産業局 産業部 中小企業課

011-700-2251（直）東北経済産業局 産業部 中小企業課

022-221-4922（直）関東経済産業局 産業部 適正取引推進課

048-600-0325（直）中部経済産業局 産業部 中小企業課 取引適正化推進室

052-951-2860（直）近畿経済産業局 産業部 中小企業課 下請取引適正化推進室

06-6966-6037（直）中国経済産業局 産業部 中小企業課 取引適正化推進室

082-224-5745（直）四国経済産業局 産業部 中小企業課

087-811-8564（直）九州経済産業局 産業部 中小企業課 取引適正化推進室

092-482-5450（直）沖縄総合事務局 経済産業部 中小企業課

098-866-1755（直）令和６年１月版

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