Specification Sheet: Illumina Sequencing

MiSeq® System
最も高精度で簡単なデスクトップ型次世代シーケンサー

MiSeqシステムの特長• 圧倒的なデータ品質
論文審査をうけた科学的な比較で実証された高品質なデータ• シンプルで直感的なシステム操作
完全自動化システムは、シンプルで使いやすいインターフェースを提供• 最速のランタイム
時間制約のある研究でも、最も迅速なシーケンスと変異検出を実現• 主要アプリケーションへの最適化選べるリード長とフローセルの選択で、幅広いアプリケーションに対応した究極の柔軟性を提供

はじめに
MiSeqシステムは、DNA増幅からシーケンス、データ解析を1台の装置に統合し、シーケンスの始めから終わりまでのソリューションを提供します。約 60cm 2 に収まるコンパクトなサイズを実現し、どの研究室にも容易に設置可能です（図 1 ）。
MiSeqシステムは、4,045報以上の論文で実績をもつイルミナの1塩基合成（SBS）ケミストリーを採用し、迅速でコスト効率のよい遺伝解析が必要な研究室に理想的なシステムです。

圧倒的なデータ品質
イルミナの1塩基合成ケミストリーは、最も幅広く適応されている次世代シーケンサーテクノロジーです。圧倒的なデータ品
質は、可逆的ターミネーター法に基づく独自のテクノロジーにより、DNA鎖における1塩基合成検出を可能にしました。各dNTPが取り込まれるたびに、保護基についている蛍光標識は画像取得され、その後、次の塩基の取り込み反応のために除去されます。可逆的ターミネーターを備えた 4 種類の dNTP が各シーケンス反応に存在するため、自然な競合条件となり、取り込みのばらつきが最小限に抑えられます。ベースコールは各反応サイクルから得られる蛍光色素強度によって測定されるため、他のテクノロジーと比べて生データのエラーレートを大きく低減します 1-5。この結果、 1 反応サイクルごとに 1 塩基のみが合成されるため、シーケンス配列特有のエラーを抑え、安定したベーシコールを可能にし、ホモポリマーでも問題が生じる心配はありません。TruSeqテクノロジーを用いたイルミナ次世代シーケンサーは、複雑なサンプルや高感度が求められるサンプルでも、高いエラーフリー率を誇るデータをもたらします。

シンプルで直感的なシステム操作
MiSeqシステムは、わかりやすく簡単なシステムの制御ソフトウェアを提供しています。シンプルなシステム操作は、直感的なタッチスクリーン、RFIDトラッキング機能がついた調製済みの試薬キット、画面上の使い方ビデオ、シーケンスワークフローをステップごとに説明したガイドにより達成されています。
全ての MiSeq システムは、イルミナのゲノム解析クラウドプラットフォームである BaseSpace へのアクセスが可能です。 BaseSpace はリアルタイムのデータ転送、シンプルなデータ解析ツール、インターネットを介したランのモニター、そして安全性の高いデータ保存ソリューションを提供します。
一連のデータ解析ツール、そして日々増加するサードパーティーのBaseSpaceアプリは、研究者独自のインフォマティクス解析を可能にします。また、 BaseSpace は、他の研究者とのデータ共有も迅速かつ簡単に実行可能です（詳しい情報はwww.illumina.com/basespaceを参照）。

最速のランタイム
数日ではなく数時間で結果を出すために、迅速なサンプル調製とMiSeqの組み合わせは、デスクトップ型次世代シーケンサーの中でも最もシンプルで迅速なワークフローをもたらします（図2）。
Nexteraを用いた90分で終了するシーケンスライブラリー調製の後は、MiSeqシステムでクローナル増幅、およびシーケンス反応を最短4時間で行います。クオリティ値と共に算出されるベースコールからアライメントおよび変異コールまで、一連のデータ解析はMiSeqシステム内蔵コンピューターで行われ、わずか3時間で終了します。
図1：MiSeqシステム

迅速で低コストシーケンスを可能にしたコンパクトな MiSeq システム
は、理想的なデスクトップ型次世代シーケンサーです。

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図2：MiSeqのワークフロー

サンプル調製

増幅とシーケンス解析

ハンズオン 15分

ハンズオン 20分

装置内で完全自動化

1.543

時間

時間

共有

安全で無制限のデータ保存

時間

即座に

MiSeqシステムの革新的なワークフローは、デスクトップ型次世代シーケンサーの中でも最速のスピードを誇ります。上記のながれはNextera XTサンプルキットで調製したサンプルを使用しています。4時間のステップには、クラスター増幅、シーケンスおよびダブルサーフフェースのスキャン（1×36塩基）およびクオリティ値を含むベースコールを含み、MiSeqシステムとMCS 2.4ソフトウェアでのランを想定しています。

MiSeqシステム仕様

図3：MiSeqクオリティ値の分布

装置の構成

10000

RFIDトラッキング機能付きの消耗品
MiSeqコントロールソフトウェア
MiSeqレポーターソフトウェア

Q30以上の塩基（単位：百万）

9000

90% > Q30

8000
7000

装置コントロールコンピューター（内蔵）6000

ベースユニット：Intel Core i7-2710QE 2.10 GHz CPU

5000

メモリー：16GB RAM
ハードドライブ：750GB

4000

オペレーションシステム：Windows 7標準

3000

注意：コンピューターの仕様は定期的に更新されます。現在の構成についてはお問い合わせください。

2000

動作環境

1000

温度：22℃±3℃

10

20

30

40

クオリティ値

湿度：20-80%、結露なきこと
高度：2,000m（6,500ft）以下
空気質：汚染度評価 II
換気：最大1,364BTU/時

PhiXコントロールライブラリーを用いて、MiSeqシステムとMCS 2.4
ソフトウェアで2×300bpのランを行った時のクオリティ値を示しています。この例では、シーケンスされた塩基の90％以上がQ30以上のクオリティでした。

屋内で使用のこと

発光ダイオード
530nm、660nm

寸法

主要アプリケーションへの最適化
次々と増えるシーケンスアプリケーションを探索しましょう。
迅速なランタイムとシンプルなワークフローにより、 MiSeqはキャピラリーシーケンスの代用として、コスト効率よくクローン確認、アンプリコンシーケンス、ターゲットトランスク
リプトシーケンスにお使いいただけます。最適化された解析は、小さい生物種のリシーケンスやde novoシーケンス、small
RNA シーケンス、ライブラリー QC や 16S メタゲノム解析、高度なマルチプレックスの TruSeq カスタムアンプリコンやTruSeqカスタム濃縮など多岐にわたります。調整可能なリード長、フローセルの選択、そしてシングルとペアエンドリード手法は、研究者の多様な実験ニーズに合致したデータ量を柔軟にもたらします。

幅×奥行き×高さ：68.6cm×56.5cm×52.3cm
重量：57.2kg

所要電源100-240V AC @ 50/60Hz、10A、400W

無線自動式別装置（RFID）
周波数：13.56MHz
電源：100mW

装置安全性および準拠NRTL認証 IEC 61010-1
CEマーク
FCC/IC認証

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MiSeqシステムパフォーマンス仕様
MiSeq v2 試薬キット

MiSeq v3 試薬キット

リード長

ラン時間 *

産出データ量

リード長

ラン時間 *

産出データ量1 × 36bp〜 4 時間

540-610Mb

2 × 75bp〜 21 時間

3.3-3.8Gb

2 × 25bp~5.5 時間750-850Mb

2 × 300bp〜 56 時間

13.2-15Gb

2 × 150bp~24 時間

4.5-5.1Gb

2 × 250bp~39 時間

7.5-8.5Gb

パスフィルターリード†MiSeq v2 試薬キット

MiSeq v3 試薬キット

シングルリード

1,200 万 -1,500 万

シングルリード

2,200 万 -2,500 万

ペアエンド

2,400 万 -3,000 万

ペアエンド

4,400 万 -5,000 万クオリティ値††

MiSeq v2 試薬キット

MiSeq v3 試薬キット

1 × 36bp の場合、Q30 以上の塩基が 90% 以上
2 × 25bp の場合、Q30 以上の塩基が 90% 以上
2 × 150bp の場合、Q30 以上の塩基が 80% 以上
2 × 250bp の場合、Q30 以上の塩基が 75% 以上

2 × 75bp の場合、Q30 以上の塩基が 85% 以上
2 × 300bp の場合、Q30 以上の塩基が 70% 以上*

ラン時間はMiSeqにおけるクラスター合成、シーケンスおよびベースコールまでの時間で、ダブルサーフェイスのスキャン時間を含みます。

†据付けはイルミナPhiXライブラリーを使用し、サポート内のパスフィルターのクラスター密度（MiSeq v2試薬キットの場合は865-965k/mm2、MiSeq v3試薬キットの場合は1,200-1,400k/mm2）で実施します。実際の数値はサンプルに依存することがあります。
††クオリティ値（Qスコア）は、ベースコールにおけるエラー確立の予測指標です。Q30以上の割合はラン全体の平均値を示します。リードごと、サイクルごとの値ではありません。

bp=ベースペア、Mb=メガベース（百万塩基）、Gb=ギガベース（10億塩基）

製品情報
製品

カタログ番号MiSeq システム

SY-410-1003

詳しい情報
デスクトップ型次世代シーケンサーの詳細については、www.illuminakk.co.jp/miseqをご覧ください。

参考論文
1. Junemann S, Sedlazeck FJ, Prior K, Albersmeier A, Uwe J, et al.
(2013) Updating benchtop sequencing performance comparison. Nat
Biotechnol 31:294–296.
2. Ross MG, Russ C, Costello M, Hollinger A, Lennon NJ, et al. (2013)
Characterizing and measuring bias in sequence data. Gen Biol
14:R51.
3. Loman NJ, Misra RV, Dallman TJ, Constantinidou C, Gharbia SE,et al. (2012) Performance comparison of benchtop high-throughput
sequencing platforms. Nat Biotechnol 30:434-439.
4. Quail MA, Smith M, Coupland P, Otto TD, Harris SR, et al. (2012) A
tale of three next generation sequencing platforms: comparison of Ion
Torrent, Pacific Biosciences and Illumina MiSeq sequencers. BMC
Genomics 13:341.
5. Liu L, Li Y, Li S, Hu N, He Y, et al. (2012) Comparison of Next-Generation
sequencing systems. J Biomed Biotechnol 2012:251364.

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イルミナ株式会社

販売店〒108-0014 東京都港区芝 5-36-7 三田ベルジュビル 22 階
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Pub. No. 770-2011-J001 07MAY2018