3500 / 3500xL シリーズ

スペックシート

Applied Biosystems® 3500/3500xL
ジェネティック アナライザ
主な特長
・3500 は 8 本キャピラリ、3500xL は24 本キャピラリのシステム
・先進的な温度制御機構により、温度コントロールの精度を改善し、厳密な条件が要求される DNA フラグ
メント解析に対応
・単一波長 505nm の固体レーザー、CCD カメラを使用。特別な排熱機構を必要としません
・装置間、各ラン間、そしてキャピラリ間のシグナルの均一性を大幅に改善
・データコレクションと一次解析を統合したパワフルなソフトウェアで、データ品質のリアルタイム評価が可能
・RFID（無線 IC タグ）技術が、主な消耗品データのトラッキングや管理情報の記録を実行
・DNA フラグメント解析では、最多6 種類のユニークな蛍光色素を用いた高度なマルチプレックス化が可能
・アプリケーションの柔軟性― 1 種類のキャピラリアレイと 1 種類のポリマーでほとんどのアプリケーションに対応可能
・これまでの DNA シーケンサの中で最も簡便なセットアップ、オペレーション、メンテナンス

概要

システム構成ライフテクノロジーズは、8 本キャ
ピラリの 3500 ジェネティック ア

Applied Biosystems® 3500 および3500xL ジェネティック アナライザ

ナライザおよび 24 本キャピラリのは、次のような構成で提供されます。

3500xL ジェネティック アナライザの登場により、キャピラリ型シーケンサの新しいスタンダードを打ち立てました。3500 シリーズ ジェネティッ
ク アナライザは、ライフサイエンス分野の研究者が要求する様々なアプリケーションに対応しているだけでなく、厳しいデータ管理が要求される環境にも適応可能な卓越した設計がなされています。

・キャピラリ電気泳動装置
・8 本（3500 システム）もしくは 24本（3500xL システム）のキャピラリアレイおよびポリマー
・シ ス テ ム 動 作 確 認 の た め の DNA
シーケンシング用もしくはフラグメント解析用試薬類および消耗品

・デル社製コンピュータおよびフラットスクリーンモニタ
・装置コントロール、データコレクション、品質管理、および自動でサンプルファイルのベースコーリングやフラグメントサイシングを行う統合ソフトウェア

り、様々なアプリケーションに適応いるサンプル数もしくはインジェク可能です。50cm キャピラリ用ランションに十分な量だけでなく、最初モジュールの最適化により、ランののセットアップおよび取り付けの操所要時間は既存のシステムで 36cm

作に必要な量のポリマーが入っていキャピラリを用いた場合とほぼ同じます。ほとんどのアプリケーションになり、ユーザーの選択肢を単純化

で は、POP-7 ™ ポ リ マ ー と 50cmしました。3500 および 3500xL キャ

キャピラリの組み合わせで対応する

ピラリは 160 回のインジェクションことが可能でしょう。に使用できます。

消耗品
ライフテクノロジーズでは、3500 シ
リーズ用消耗品として以下のものを提供しています。
・キ ャ ピ ラ リ ア レ イ： 内 側 が コ ー
ティングされていないキャピラリを、アレイあたり 8 本もしくは 24本のフォーマットで提供。取り付けを容易にするためのビルトインフレームが付属しています。特定のアプリケーションや泳動条件をサポートするため、キャピラリの長 さ は 50cm の ほ か に 36cm が 選択できます。50cm のキャピラリでは、POP-7 ™ポリマーを用いた多くのランモジュールが最適化されてお・バッファおよびコンディショニング・POP-7 ™、POP-6 ™、POP-4 ™

試薬：3500/3500xL 用ポリマーパウ

ポリマー：3500 および 3500xL シ

チと同様に、3500 シリーズ 専用のス テ ム 用 POP-7 ™、POP-6 ™、陰極バッファ、陽極バッファ、およPOP-4 ™ポリマーは、すぐに使用でびコンディショニング試薬は装填しきるようにデザインされた「ロードてすぐ使用可能となるよう設計され」パウアンドラン（load-and-run）ています。設定された最大使用数のチで提供されます。これらの POPサンプルを処理した後、消耗品コンポリマーは 384 サンプル用（3500

テナはリサイクル処理、もしくは廃シ ス テ ム で 最 大 60 イ ン ジ ェ ク

棄します。

ションもしくは 3500xL システムで、および最大 20 インジェクション）

960 サンプル用（3500 システムで最大 120 インジェクションもしくは3500xL システムで最大 50 インジェクション）の 2 種類のサイズで提供されます。パウチには、表示されて- 陰 極 バ ッ フ ァ コ ン テ ナ（CBC）：
1X バッファが予め充填されたコンテナで、全てのアプリケーションに使用できます。コンテナは 2 つの 区 分 に 分 か れ て い ま す。 左 側には電気泳動用の陰極バッファが表1. シーケンスランのスループットおよびパフォーマンス
ランモジュール

スループット

構成

パフォーマンス

平均ラン 平均スループット, 平均スループット, キャピラリ長 ポリマータ
3500
タイム
3500xL（cm）
イプ（分）（サンプル/日） （サンプル/日）

RapidSeq50_POP7

≤40

≥840

≥28050POP-7™

StdSeq50_POP6

≤135

≥240

≥8050

POP-6™

90%のサンプル 90%のサンプ
における読取塩 ルにおけるKB
QV20 CRL値
基数の中央値≥600≥500≥700≥600

FastSeq50_POP7

≤65

≥504

≥16850POP-7™

≥750≥700

StdSeq50_POP7

≤125

≥264

≥8850

POP-7™

≥1,000≥850

ShortReadSeqPOP7≤30≥1,104≥368

50

POP-7™

≥325≥300

MicroSeq_POP7

≤125

≥264

≥8850

POP-7™

≥1,000≥850

MicroSeq_POP6

≤135

≥240

≥80

50

POP-6™

≥700≥600

RapidSeq_BDX_50_POP7

≤40

≥840

≥280

50

POP-7™

≥600≥500

StdSeq_BDX_50_POP6

≤140

≥240

≥80

50

POP-6™

≥700≥600

FastSeq_BDX_50_POP7

≤65

≥504

≥168

50

POP-7™

≥750≥700

StdSeq_BDX_50_POP7

≤125

≥264

≥8850

POP-7™

≥1,000≥850

ShortReadSeq_BDX_POP7≤30≥1,104≥36850

POP-7™

≥325≥300

1. この仕様は、long-read Sequencing Standardを使用時のものです。
2. スループット（サンプル/日）は、23 時間（サンプル調製、装置のメンテナンス、ウォームアップの時間も考慮しています）でラン可能なトータルのサンプル数として計算しています。

3. QV20 CRL は、21ベースのスライディング枠を用いて、平均 QV≥20となる中断のない最長セグメント塩基数として定義されます。
4. ShortReadSeqモジュールは 300bp のデータを30 分で取得します。これは、クローンの QC確認など、 シーケンスを短時間で確認したい場合に用いられます。

5. BDXと分類されているランモジュールは、3500 シリーズでBigDye Xterminator ® 精製キットを使用して精製した シーケンス反応産物から、より有効なデータが得られるよう最適化されています。

8 本または 24 本キャピラリ
505nm 固体レーザーポリマーポンプ
ポリマーパウチ

陽極バッファコンテナ（ABC）
96 ウェルおよび 384 ウェルプレート（8 連チューブストリップも使用可能）
陰極バッファコンテナ（CBC）

表 2. フラグメント解析のスループットおよびパフォーマンス
モジュール名スループット

平均ランタイム（分）

平均スループット,3500xL（サンプル/日）

構成

平均スループット,3500（サンプル/日）

キャピラリ長（cm）

ポリマータイプ

FragAnalysis50_POP740≥840≥28050POP-7™

FragAnalysis50_POP6

100

≥336

≥11250POP-6™

LongFragAnalysis50_POP7

125

≥264

≥8850

POP-7™

HID36_POP435

≥936

≥312

36POP-4™

HID36_POP7

26≥1,272≥424

36POP-7™

SNaPshot50_POP730≥1,104≥37650POP-7™

1. スループット（サンプル/日）は、23 時間（サンプル調製、装置のメンテナンス、ウォームアップの時間も考慮しています）でラン可能なトータルのサ
2. 分離範囲は、ピーク間隔をピーク高さの半値におけるピーク幅で割った値が1以上となる範囲として定義しています。
3. サイジング精度とは、あるアレルの同一ランにおける全てのキャピラリについての標準偏差を指します。
4. マルチランサイジング性能は、3500 シリーズのマルチランにおける精度の指標です。例えば、200bp のアレルについて 3回のランを実施した場合、入っており、右側は各インジェク- コンディショニングパウチ：ポリノーマライゼーション用試薬

ションの間で行われるキャピラリマーポンプの洗浄やポリマータイ洗浄やポリマーの廃棄場所となりプ変更時、装置のシャットダウンます。CBC は、装置への装着後最の際に使用するコンディショニン

長 7 日間（もしくは 3500 システ

グ試薬が予め充填されたパウチでGeneScan™ 600 LIZ® Standard Size
v2 は、3500 シリーズシステム上での特別な 2 つの目的のために作られました。1 つには DNA フラグメント解

ムで最多 120 インジェクション、す。1 回分の使用に十分な容量が析のアプリケーションにおけるサイまたは 3500xL システムで最多 50含まれています。

インジェクションのうち先に到達ズスタンダードとして、さらにもう 1RFID（無線 IC タグ）ラベリング
3500 シリーズでは、全てのキャピラした期限内で）使用できるよう設計されています。

リアレイ、ポリマーパウチ、バッファ- 陽極バッファコンテナ（ABC）：

コンテナ、コンディショニングパウ

電気泳動中のイオン強度と正しい

チに RFID ラベルが付加されていま

つは、Data Collection ソフトウェアのノーマライゼーション機能を使用する際の標準化用スタンダードとして使用されます。3500 シリーズではGeneScan ™ 600 LIZ® Size Standard
v2 を用いてソフトウェアのノーマラpH を保持するための 1X バッファす。これらのラベルにより、消耗品が予め充填されたコンテナです。の使用履歴、ロットや商品番号、使ABC は、装置への装填後最長 7 日間（もしくは 3500 システムで最多 120 インジェクション、または3500xL システムで最多 50 イン用期限、そして装置上でのライフタ

ジェクションのうち先に到達した

れた後でも保存されており、3500 シ

3500 シリーズ ジェネティック アナ

期限内で）使用できるよう設計さリーズの Data Collection ソフトウェ

ライザで使用される試薬類

れています。

ア上で確認することができます。

イムを追跡することが可能となります。記録された消耗品のデータは、それらの消耗品が装置から取り外さイゼーション機能を使用することで、装置毎、ラン毎、そしてキャピラリ毎の変動を最小に抑えることができます。
試薬類

・BigDye® Terminator v1.1 および3.1 Cycle Sequencing Kit

パフォーマンス
概要≥90%のサンプルの分離範囲≥90%のサンプルの最大フラグメントサ
イズ≥90%のサンプルにおける全てのアレルのサイジング精度≥90%のサンプルにおける全ての50-400 bp

401-600 bp

50-400 bp

601-1,200 bp

アレルのマルチランサイジング性能

401-600 bp

601-1,200 bp≤40 to ≥520

≥600

<0.15

<0.30NA<1 bp

<2 bp

NA

≤20 to ≥550

≥600

<0.15<0.30

NA

<1 bp

<2 bpNA≤40 to ≥700

≥1,200<0.15<0.30<0.45<1 bp<2 bp<3 bp≤60 to ≥400

≥420

<0.15NA

NA<1 bpNA

N/A≤60 to ≥400

≥420

<0.15NANA<1 bpNANA≤40 to ≥120

≥120

<0.50NA

NA

<1 bp

NA

NA

サンプル数として計算しています。

、全サンプルの 90%で平均の偏差は< 1bpとなることが期待されます。

・GeneScan ™ LIZ® Size Standard
・GeneScan ™ ROX ™ Size Standard
・アプリケーションに対応したキット類
システムソフトウェア
・3500 シリーズ Data Collection
ソフトウェアApplied Biosystems® 3500 および3500xL ジェネティック アナライザ

3500 シリーズ動作性能
レーザー
固体レーザー、励起波長：505nm
電気泳動電圧
最大 20 kV
オーブン温度
動作温度範囲：18 ℃-70 ℃
コンピュータの最低必要条件
ハードウェア：Intel® Core™ 2 Duo E8400 3.0GHz プロセッサには、シンプルなユーザーインターOS：Windows® 7 SP1 32Bit

フェースとすっきりとしたデザイン

RAM：4GBの Data Collection ソフトウェアがハードディスク：2 × 500GB SATA 3.0Gb/s および 8MB データバーストキャッシュ

付属しており、消耗品やキャピラ動作環境

リアレイの使用履歴の表示機能、クイックスタート機能、システムメンテナンスのお知らせ機能その他、便利な機能が含まれています。ベース
コーリングとフラグメントサイジン
グの機能は、まず Data Collection
ソフトウェアで実行されるので、リアルタイムでのデータ品質評価が可能です。アップグレードのオプションにより、21 CFR Part 11 で

気温：15 ℃-30 ℃（動作中に室温が±2 ℃以上変動しないこと）
湿度：20-80%（結露しないこと）
主電源電圧

100-240V ±10%50-60Hz ±10%電流
最大：15A
最大消費電力の要求条件に準拠したセキュリティ

約 417VA 、371W （コンピュータとモニターは含みません）や監査、電子署名の機能を付加するサイズこともできます。

幅（ドア閉）：61 cm

・解析用ソフトウェア

幅（ドア開）：122 cm
奥行き：61 cm- Sequencing Analysis ソフトウェア
v5.4 with KB™ Basecaller v1.4.1 ―

高さ：72 cm

シーケンスのベースコーリング結果

サービスおよび保証の編集や再度のベースコーリングおよびレポート作成と印刷- Variant Reporter ソフトウェア
v1.1 ― SNP の探索による変異の®

重量：約 82 kg
パーツ、修理の一年間保証
設置サービスアプリケーショントレーニング

検出、比較シーケンシング、リシー
ケンシング、バリデーションおよびシーケンスの確認たヒトの個体識別解析- SeqScape® ソフトウェア v2.7 ―- MicroSEQ® ID Analysis ソフトウェア v2.2 ― MicroSEQ® キット

ライブラリを用いた相同性検索にを用いた微生物 シーケンスのタイおけるリ シーケンシングアプリ

ピング

ケーション

サンプルの必要条件

3500 シリーズでは、各種のサンプル調製用プロトコルで様々なテンプレートを解析することが可能です。
サ ン プ ル は 96 ウ ェ ル も し く は 384
ウェル * プレートから自動的にインジェクションされます。3500 シリー- GeneMapper ソ フ ト ウ ェ ア
v4.1―マイクロサテライトや LOH、SNP、MLPA、AFLP および t-RFLP®の解析- GeneMapper® ID -x ソフトウェア
v1.2 ― AmpFlSTR® キットを用い

ズでは、96 ウェル Fast プレートもしくはスタンダードおよび Fast の8 連チューブも使用可能です。
* 3500xL ジェネティック アナライザでのみ384- ウェルプレートが使用可能です。

ORDERING INFORMATION
3500 シリーズ システム パッケージ
パッケージタイプ35003500xL

商品内容

商品番号

商品番号

3500-250

3500xL-250

3500-250SAE

3500xL-250SAE

3500-150

3500xL-150

3500-300

3500xL-300

3500-230

3500xL-230

3500 シリーズ

システム本体、Data Collection ソフトウェア、Sequencing Analysis

シーケンシング & フラグメント解

ソフトウェア、Variant Reporter® ソフトウェア、GeneMapper® ソフトウェア、コンピュータ、析システム

インスタレーションキット、設置・基本取扱説明、1年間保証付

3500 シリーズ

システム本体、Data Collection ソフトウェア（セキュリティ、監査トレイル、シーケンシング & フラグメント解析

電子署名（SAE）のための付加機能を含む）、Sequencing Analysis

システム & SAE

ソフトウェア、Variant Reporter® ソフトウェア、GeneMapper®ソフトウェア、コンピュー
タ、インスタレーションキット、設置・基本取扱説明、1年間保証付

3500 シリーズ

システム本体、Data Collection ソフトウェア、Sequencing Analysis

シーケンシング解析システム

ソフトウェア、Variant Reporter® ソフトウェア、コンピュータ、インスタレーションキット、設置・基本取扱説明、1年間保証付3500 シリーズ

システム本体、Data Collection ソフトウェア、GeneMapper® ソフトウェア、

フラグメント解析システム

コンピュータ、インスタレーションキット、設置・基本取扱説明、1年間保証付

3500 シリーズ

システム本体、Data Collection ソフトウェア、Sequencing Analysis

シーケンシング & フラグメント解析 &ソフトウェア、SeqScape® ソフトウェア、GeneMapper®ソフトウェア、

シーケンス編集システム

コンピュータ、インスタレーションキット、設置・基本取扱説明、1年間保証付

3500シリーズ 試薬・消耗品
商品名

商品番号

3500xL 50 cm キャピラリアレイ

4404689

3500 50 cm キャピラリアレイ

4404685

3500/3500xL POP-7™ ポリマー (960 サンプル分)

43937143500/3500xL POP-7™ ポリマー (384 サンプル分)

4393708

陽極バッファ コンテナ (ABC)4393927

陰極バッファ コンテナ (CBC)4408256

3500/3500xL 陰極バッファ用 セプタ

4410715

3500/3500xL コンディショニング試薬

4393718

Hi-Di™ Formamide (5 mL × 4本)

4440753

BigDye Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (1,000 反応)

4337456

BigDye XTerminator 精製キット (1,000 反応)

4376487®
®

®

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