はじまります！

インボイス制度
1 課税事業者と免税事業者

課税事業者とは、前々年の課税売上高※ 1 が 1,000 万円を超える事業者をいいます。免税事業者とは、前々年の課
税売上高※ 2 が 1,000 万円以下の事業者です。
※ 1農業では主に農畜産物の販売高、作業受託料、使用していた農機等の売却代金が該当します※ 2前々年の課税売上高が 1,000 万円以下の事業者も、届出書の提出により課税事業者になることができます

課税事業者と免税事業者では、消費税の取り扱いに違いがあります。

■ 農家が課税事業者の場合

農産物 20,000 円
消費税 1,600 円

消費者

資 材 15,000 円
消費税  1,500 円

課税事業者※令和 5 年 10 月1日以降は
原則としてインボイスが必要

1,600 円−1,500 円※＝100 円を国に納める（仕入税額控除）■ 農家が免税事業者の場合

農産物 20,000 円消費税 1,600 円

消費者

資 材 15,000 円
消費税 1,500 円

免税事業者

2 インボイス制度とは農産物を販売した際の消費税 1,600 円は自身の収入となるが、資材を仕入れた際の消費税1,500 円は、自らの負担となる

令和 5 年 10 月 1 日より、現行の区分記載請求書等保存方式に代えて導入される制度です。正式名称は、適格請求書等保存方式といいます。インボイス制度のもとでは、事業者は以下の対応が求められます。

■ 販売時・仕入時の対応
仕入時の対応（仕入税額控除）
本則課税
簡易課税

事業者区分

販売時の対応（証憑の発行）

適格請求書
発行事業者

課税事業者である買い手からの求めに応じインボイスの発行が義務化※

課税事業者
免税事業者

現行通り
（インボイスの発行不可）※農協特例（3 ページ①を参照）の適用を受ける場合を除く

売り手から発行されたインボイスを基に計算※

インボイスがない取引は仕入税額控除ができなくなります1

現行通り（インボイス不要）─3 インボイス（適格請求書）とは消費税の税率が複数存在する中、売り手から買い手に対して適用税率や消費税額等を正確に伝えるための書類のことをいいます。

売り手
記載事項

インボイス

買い手

⃝売り手の名前および登録番号⃝取引の日付⃝何を売ったのか（軽減税率が適用されるものであればその旨）⃝税率ごとに区分した販売代金の合計および適用税率⃝税率ごとに区分した消費税額⃝買い手の名前（不特定多数の者に販売する場合は不要）

4 適格請求書発行事業者とは納税地の所轄税務署から事業者登録番号の交付を受けた事業者のことを、適格請求書発行事業者といいます。インボイスは、適格請求書発行事業者でないと発行をすることができません。  申

請※

登録番号
事業者

税務署

※ e-taxによる申請も可。郵送の場合は管轄地域の「インボイス登録センター」へ

5 適格請求書発行事業者になるためには

令和 5 年 10 月 1 日のインボイス制度の開始と同時に適格請求書発行事業者となり、インボイスの発行ができるようにするためには、原則として令和 5 年 3 月 31 日までの間に申請をする必要があります。

■ 登録申請のスケジュール

国税庁リーフレット「適格請求書等保存方式の概要 ―インボイス制度の理解のために―」を基に作成
令和 5 年 10 月 1 日から登録を受けるためには、原則として令和 5 年 3 月 31 日

までに登録申請手続を行う必要があります

令和 3 年 10 月 1 日

令和 5 年 3 月 31 日

登録申請の受付開始

令和 5 年 10 月 1 日
インボイス制度の開始※免税事業者の方は経過措置により、令和 11 年 9 月 30 日までの間は、年の中途からでも適格請求書発行事業者になることができます

なお、登録申請はあくまで任意です。特に消費税の免税事業者である方は、適格請求書発行事業者として登録されると課税事業者として消費税の申告が必要になりますので、申請の前に慎重な検討が必要です（4 ページ『【参考】登録申請の検討にあたり考慮すべきこと』を参照）。

2

農作物を販売する場合❶ JA 等に販売を委託する場合（農協特例）

組合員である生産者の農産物をJA 等が①無条件委託方式による販売をし、その代金を②共同計算方式により精算する場
合には、生産者は適格請求書発行事業者であってもインボイスの交付義務が免除されます。この場合、購入者はJA 等が発行する書類により仕入税額控除が可能となりますので、生産者が適格請求書発行事業者であるかないかは関係ありません。

■ 農協特例が適用される取引の例①無条件委託
②共同計算
組合員

販

売購入者

JA 等

⃝インボイスの交付義務免除⃝適格請求書発行事業者であるかないか関係なし⃝ JA 等が交付する書類で仕入税額控除が可能❷ JAファーマーズマーケットで委託販売する場合（媒介者交付特例）

ファーマーズマーケットでの委託販売は無条件委託方式および共同計算ではないため農協特例は適用されませんが、出荷者が適格請求書発行事業者の場合はJA が出荷者に代わりインボイスを発行し、購入者へ交付することができます。

■ 媒介者交付特例が適用される取引の例
委託販

インボイスください！

売ファーマーズ
マーケット

生産者（適格請求書発行事業者）⃝ JA の名称および登録番号を記載したインボイスを発行

購入者（課税事業者）❸ 業者等に直接販売をする場合

JA 等を通じた委託販売ではなく、業者の方に直接販売している場合には、先方よりインボイスの発行を求められる可能性がありますが、適格請求書発行事業者でない場合はインボイスを発行することができませんので、難色を示される可能性があります。

■ 直接販売先である業者からインボイスを求められる取引の例

え？ インボイス
もらえないの！
？

販

売生産者（適格請求書発行事業者以外）

購入者（課税事業者）

農業用資材や農機等を購入する場合
課税事業者である生産者の方が農業に関するさまざまな支出をし、それらを消費税の計算で仕入税額控除の対象とするためには、取引先が発行したインボイスを受領する必要がありますので、必ず先方にインボイスの発行を求めてください。ただし、その相手が適格請求書発行事業者でない場合にはインボイスをもらうことができません。
なお、簡易課税で仕入税額控除の計算をする場合はインボイス不要です。

■ 生産者が仕入れる立場の場合
購取引先（適格請求書発行事業者に限る）

3

インボイスください！

入課税事業者である生産者（本則課税で計算する場合）

よくある質問
Q 1 令和 5 年 10 月 1 日の段階で課税事業者であれば自動的に適格請求書発行事業者になるのでしょうか。
A 1 課税事業者であっても、事業者登録番号の交付申請手続きが必要です。
Q 2 適格請求書発行事業者になった場合、販売時には必ずインボイスを発行しなければいけないのでしょうか。
適格請求書発行事業者は、課税事業者である購入者から要求された場合のみ、インボイスの発行が義務になります。
A 2 なお、以下の場合にはインボイスの発行は不要です。
⃝購入者が業者でない場合⃝購入者が免税事業者である場合⃝購入者が課税事業者であるがインボイスの発行を求めてこない場合
ただし、これらは販売時には判別できないため、適格請求書発行事業者はインボイスの発行ができる体制を整えておくことが必要です。

Q 3 簡易課税で仕入税額控除の計算をする場合も、インボイスが必要なのでしょうか。
仕入税額控除をする際にインボイスが必要となるのは本則課税で計算する場合のみです。簡易課税で計算する場合にA 3 はインボイスは不要です。
Q 4 適格請求書発行事業者は簡易課税を選択すると、インボイスを発行できなくなるのでしょうか。
A 4 簡易課税を選択しても、適格請求書発行事業者はインボイスを発行することができます。
Q 5 免税事業者で適格請求書発行事業者になることは考えていませんが、何か不利益はあるでしょうか。
A 5 インボイス制度のもとでは、買い手は適格請求書発行事業者以外の事業者との取引について仕入税額控除ができなくなりますので、免税事業者のままだと取引を敬遠されたり、価格等の条件面で不利になる可能性があります。ただし、販売先が消費者のみの場合や JA の委託販売を利用して農協特例の適用を受ける場合等はインボイス不要となりますので、将来的にどのような販路で農産物を販売したいのかよく検討したうえで、適格請求書発行事業者になるかどうかの判断が必要になります（下記『【参考】登録申請の検討にあたり考慮すべきこと』を参照）。

Q 6 農事組合法人にはどのような影響があるでしょうか。
農事組合法人は、免税事業者である組合員・取引先との間で、従事分量配当、作業委託、種苗等の購入、農機の借A 6 り入れ等のさまざまな取引がありますが、免税事業者はインボイスを発行できないため、農事組合法人側において仕入税額控除ができなくなります。農事組合法人の財務への影響を試算し、法人の運営について検討することが必要です。

【参考】登録申請の検討にあたり考慮すべきこと
現在課税事業者である
現在免税事業者である

販売はJAに委託（無条件委託）しており共同計算で精算されている

将来的にも直販する予定がないのであれば登録申請の必要性はないとも考えられますが、既に課税事業者になっているので登録申請をしても実務上大きな影響はありません

上記以外

令和 3 年 10 月 1 日から令和 5 年 3 月 31 日の間に登録申請をした方が良いでしょう

販売はJAに委託（無条件委託）しており共同計算で精算されている

将来的にも直販する予定がないのであれば登録申請の必要性はないとも考えられます

上記以外

販売額が大きい方は令和 3 年 10 月 1 日から令和 5 年 3 月31 日の間に登録申請をすることを検討しましょう（ただし課税事業者として申告が必要になります）※ JA への販売委託とそれ以外が混在する場合はJAにご相談ください※ファーマーズマーケットに出荷されている方および繁殖農家の方に対しては別途整理をしています。詳細はJA へお問い合わせください

発行元：全国農業協同組合中央会

営農・担い手支援部

4担い手支援課