名古屋大学情報連携基盤センター
共同利用システム速報

No. 37目

平成 17 年 4 月 26 日 発行

次

１．システム停止時におけるジョブの扱いについて・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・１
２．ホームディレクトリのアクセス権（パーミッション）について・・・・・・・・・・・・・・１
３．新システム hpc のプログラミング講習会の開催について・・・・・・・・・・・・・・・・・２
４．分子軌道法計算プログラム Gaussian03 利用講習会の開催について ・・・・・・・・・・・・３
５．プリンタの利用について・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・３
６．hpc システムにある旧スーパーコンピュータ vpp のファイルの整理のお願い （再掲） ・・・４
７．平成１７年度講習会計画について （再掲）・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・５
８．平成１７年度ＩＴ相談コーナー担当者について(再掲)・・・・・・・・・・・・・・・・・・６
９．計算サービス時間と定期保守日の変更について（再掲）・･・・・・・・・・・・・・・・・・７

１．システム停止時におけるジョブの扱いについて
５月２日（月）7:00 〜 15:00 は，hpc システムの定期保守を行います。
hpc システムでは，定期保守等でシステムが停止した場合に，その時点で実行中のジョブはキャンセルされ，実行待ちキューに戻ります。計算サービスを再開すると，ジョブは最初から再実行されます。
ただし，ファイルを新規に作成しているジョブは，再実行開始時に当該ファイルが既に存在していることになりアベンドします。ファイルを予め作成しておき，上書きモードで出力することでジョブのアベンドを避けることができます。
また，ファイルに追加モードで出力しているジョブは，データが二重に記録されることになりますのでご注意ください。

２．ホームディレクトリのアクセス権（パーミッション）について
hpc システムや nucc システムのホームディレクトリのアクセス権を確認してください。
ホームディレクトリのパーミッションの設定がオーナである所有者以外からの参照が可能になっていると，他の利用者からファイルを参照されます。

・ホームディレクトリのパーミッションの確認と設定の変更方法
hpc% cd［ホームディレクトリに移動］

hpc% ls ‑ld［現在の設定を確認］

drwxr‑xr‑x 13 a49999a user

1024 Mar 1 00:01 .

パーミッションの確認には ls ‑ld コマンドを用います。先頭に d が付いているのはディレクトリを表します。r と w で表示されているのがパーミッション情報です。パーミッション情報は，オーナ，グループ，その他のユーザの３つのパートに分かれています。
例では，所有者以外のグループ user とその他のユーザに read 権と実行権が設定されています。
（r:read 権，w:write 権，x:実行権）
hpc% chmod 700 ./［自分以外のパーミッションを不許可に設定］

パーミッションを変更するには，chmod コマンドを用います。chmod コマンドは，英字表記と８進表記がありますが，ここでは８進表記を用います。８進表記では，rwx を２進数に対応させます。
hpc% ls ‑ld［設定変更を確認］

drwx‑‑‑‑‑‑ 13 a49999a user

1024 Mar 1 00:01 .

３．新システム hpc のプログラミング講習会の開催について
新システム hpc は、PRIMEPOWER HPC2500 というスカラ並列型のスーパーコンピュータです。ユーザ
プログラムでスーパーコンピュータの性能を最大限引き出すためには、vpp で利用していたプログラ
ムのチューニングが必要な場合があります。そこで、下記のような内容で講習会を開催します。受講の申込みは，センター４階事務受付（052‑789‑4355）で行います。
日時

平成１７年５月２５日（水）１３時〜１６時

場

所

情報連携基盤センター４階演習室

対象

本センター利用有資格者及び学部学生

内容・ スカラーチューニング
・ 自動並列化について
・ OpenMP について

定員４０名

申込締切日 平成１７年５月２０日（金）ただし，定員になり次第締切ります。
申 込 先 本センター４階事務受付
電 話：052‑789‑4355
メール：koshu@itc.nagoya‑u.ac.jp（電子メールで申し込む場合には所属，職名等の身分も明記してください。
）

４．分子軌道法計算プログラム Gaussian03 利用講習会の開催について
分子軌道法計算プログラム Gaussian03 利用講習会を下記の内容で開催します。 受講の申込みは，センター４階事務受付（052-789-4355）で行います。
日 時

平成１７年６月３日(金)１０時３０分〜１６時

場 所

情報連携基盤センター４階演習室

講 師

岐阜大学地域科学部
名古屋市立大学

和佐田 裕昭助教授
和佐田 祐子氏

岐阜大学地域科学部
内 容

橋本 智裕助手

分子軌道法計算プログラム Gaussian03 利用入門
多くの分子軌道法計算に用いられている Gaussian03 の利用方法に関する講習会です。はじめて分子軌道法計算プログラムを利用してみようと思うユーザ向けの講習会です。計算出力の処理・解析に関しても簡単な実習を行います。

日 程
10:30

12:00

分子軌道法についての解説

13:30
昼休み

対 象

本センター利用有資格者および学部学生定 員２０名

申込締切日 平成１７年５月３１日(火)
申 込 先

16:00
Gaussian03 の実習

ただし，定員になり次第締切ります。

本センター４階事務受付
電 話：052-789-4355
メール：koshu@itc.nagoya-u.ac.jp（電子メールで申し込む場合には所属，職名等の身分も明記してください。
）

５．プリンタの利用について
センター１階端末室のプリンタは，Ａ４サイズの用紙にカラー又はモノクロで両面印刷が可能です。
出力は hpc システム又は nucc システムから，印刷形式をプリンタ名で指定してください。
印 刷 形 式
モノクロ片面印刷
モノクロ両面印刷
カラー片面印刷
カラー両面印刷
出力例(モノクロ両面印刷の場合）
hpc% lp -d nprd mytext
又はhpc% lpr -P nprd mytext

プリンタ名
npr (省略値)
nprd
cprcprd

負 担 金
3 円／ページ
3 円／ページ（両面 6 円）
8 円／ページ
8 円／ページ（両面 16 円）

６．hpc システムにある旧スーパーコンピュータ vpp のファイルの整理のお願い（再掲）
新システム hpc のファイルは、以下のように gpcs のファイルは、hpc のホームに、旧スーパーコ
ンピュータ vpp のホームディレクトリのファイルは、/home/vpp/usrN/user-id にコピーされています。ここで、N は、user-id の下 2 桁目の数字です。
新システム hpc

gpcs の自分のファイル

ホームディレクトリ

vpp の HOMEのファイル/home/vpp/usrN/user-id（N は、user-id の下 2 桁目の数字）

これらのファイルのうち必要なものは、適宜、自分のホームディレクトリにコピーするようにお願いしていますが、/home/vpp/usrN/user-id のファイルをそのまま利用しているユーザの方を多く見かけます。このままでは、利用時に不便ですので、必要なファイルは、以下のように自分のホームディレクトリにコピーしてください。なお、/home/vpp/usrN/user-id のファイルは、6 月末日で消去しますので、それまでにコピーをお願いします。
例１）/home/vpp/usr9/a49999a にある prog のディレクトリをディレクトリごとホームディレクトリの下にコピーする。
hpc% cd
hpc% cp –rp /home/vpp/usr9/a49999a/prog .
例２）vpp というディレクトリを作成し、取り合えず vpp の下にすべてのファイルをコピーする。
hpc% mkdir vpp
hpc% (cd /home/vpp/usr9/a49999a/ ; tar chf - . )|(cd vpp; tar xvf - )《必要なファイルがコピーされたのを確認後、以下のようにして/home/vpp/usrN/user-id のすべてのファイルを消去する》
hpc% rm -rf /home/vpp/usr9/a49999a

７．平成１７年度講習会計画について（再掲）

２００５年度講習会計画
月

講習会名

内容

５

新システムのプログラミング講習会

hpc システム（スーパーコンピュータ及びアプリケーションサーバ）でのスカラチューニングの方法と並列化プログラミング（自動並列化、OpenMP）

MPI 講習会

MPI(Message-Passing Interface)による並列プログラミン
グ入門

XPFortran 講習会

スーパーコンピュータの XPFortran による並列化プログラミ
ングの講習

６

Mathematica 利用講習会（初心者向け）
MATLAB 利用講習会（初心者向け）
Gaussian 講習会（初心者向け）

７

９１０

数式処理システム Mathematica の利用方法
MATLAB（matrix laboratory）の利用方法
分子軌道法プログラム Gaussian の利用入門

α-FLOW 利用講習会

汎用 3 次元流体解析システム FUJITSU/α-FLOW の利用
方法

I-DEAS 利用講習会

総合設計支援システム I-DEAS の利用方法

LS-DYNA & eta/FEMB
利用講習会

非線形動的構造解析プログラム LS-DYNA の利用方法

Material Explorer
利用講習会

分子動力学ソフトウェア Material Explorer の利用方法

MOPAC 利用講習会

半経験的分子起動法プログラム MOPAC の利用方法

STAR-CD & CADfix
利用講習会

非構造格子・汎用熱流体解析プログラム STAR-CD の利用
方法

ICEM CFD 利用講習会

汎用メッシュ生成・可視化統合システム ICEM CFD の利用
方法

IDL 利用講習会

可視化ソフトウェア IDL(Interactive Data Language)の利
用方法

AVS/VisLink 利用講習会

AVS/VisLink の利用方法（基本的な操作の実習および可視化の演習）

可視化講習会センターの画像処理システムを利用した可視化の講習（立体視、コンテンツ生成）

新システムのプログラミング講習会

hpc システムでのスカラチューニングの方法と並列化プログ
ラミング（自動並列化、OpenMP）

MPI 講習会

MPI(Message-Passing Interface)による並列プログラミ
ング入門

XPFortran 講習会

スーパーコンピュータの XPFortran による並列化プログ
ラミングの講習８．平成１７年度ＩＴ相談コーナー担当者について（再掲）

ＩＴ相談担当者一覧【専門分野相談】
専門分野

担当相談員
大屋 和夫
（環境学研究科・社会環境学）

ＳＡＳ，ＳＰＳＳ，統計解析

下木戸 隆司（教育発達科学研究科・教育心理）

ＳＡＳ，統計解析

和佐田 裕昭（岐阜大学・地域科学部）
Ｇａｕｓｓｉａｎ
和佐田 祐子（名古屋市立大学・システム自然科学研究科）
ＭＯＬＰＲＯ

山本 茂義（中京大学・教養部）

ＮＵＭＰＡＣ秦野 甯世（中京大学・情報科学部）

ネットワーク関連

長谷川 明生（中京大学・生命システム工学部）

ＣＡＥソフトウェア
可視化ソフトウェア

高橋 一郎（センター・運用支援掛）【面談相談】（ＩＴ相談コーナー直通 TEL０５２−７８９−４３６６）（相談時間 １４：００〜１６：００）
曜日

担 当 者
大屋 和夫（環境学研究科・社会環境学）

相談内容
統計解析，ＳＡＳ，ＳＰＳＳ月
長谷川 明生（中京大学・生命システム工学部）
火津田 知子（センター・研究部）

水下木戸 隆司（教育学発達研究科・教育心理）木和佐田 裕昭（岐阜大学・地域科学部）

金（センター業務掛）ネットワーク関連
システム全般ＳＡＳ，統計解析
Ｇａｕｓｓｉａｎ，分子軌道法
システム全般９．計算サービス時間と定期保守日の変更について（再掲）
システム更新に伴い，５月より定期保守日が毎月第１月曜日(7:00〜15:00)に変更になります。計算サービス時間は下表のとおりです。
システム
サービス時間センター内端末の利用
スーパーコンピュータ／アプリケー 連続運転
ただし，第１月曜日(7:00 〜 15:00) は，計算機シションサーバ
月曜日〜金曜日
ステムの保守のためサービス休止。
(HPC2500)
9:30 〜 20:00
hpc
連続運転
第１月曜日
ただし，第１月曜日(9:00 〜 13:00) は，システ
メールサーバ
15:00 〜 20:00
ム・メインテナンスのためサービスを休止する場合
nucc（土，日，祝日は閉館）があります。
画像処理・データ変
月〜金曜日 9:30 〜 20:00
換システム
注１）第１月曜日が祝日又は休日の場合は，定期保守は行いません。
注２）緊急を要する場合は，上記運用時間中でもサービスを休止し保守を行う場合があります。
注３）システムの稼動状況や臨時休止の予定は，ホームページ(http://www2.itc.nagoya-u.ac.jp)に掲載しています。