水産関係民間団体事業補助金交付要綱

平成10年４月８日付け10水漁第945号
農 林 水 産 事 務 次 官 依 命 通 知
最終改正 令和３年３月２６日付け２水港第２２７９号（通則）
第１ 水産関係民間団体事業補助金（以下「補助金」という。）の交付については、水産関係民間団
体事業実施要領（平成10年４月８日付け10水漁第944号農林水産事務次官依命通知。以下「実施要領」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和30年法律第179号。以下「適正化法」という。）、補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律施行令（昭和30年政令第255号。以下「適正化法施行令」という。）及び農林畜水産業関係補助金等交付規則（昭和31年
農林省令第18号。以下「交付規則」という。）の定めによるほか、この要綱の定めるところによる。
（交付の対象及び補助率）
第２ 農林水産大臣（以下「大臣」という。）は、実施要領に基づいて行う事業（以下「補助事業」という。ただし、韓国・中国等外国漁船操業対策基金事業、沖縄漁業基金事業及び水産業競争力強化緊急事業にあっては「基金事業」という。以下同じ。）に要する経費に対し、予算の範囲内において、全国共済水産業協同組合連合会、一般財団法人日本鯨類研究所、公益財団法人海と渚環境美化・油濁対策機構、太平洋小型さけ・ます漁業協会、水産資源調査・評価推進事業共同実施機関、一般財団法人日韓・日中協定対策漁業振興財団、公益財団法人沖縄県漁業振興基金、特定非営利活動法人水産業・漁村活性化推進機構、公益財団法人水産物安定供給推進機構、漁業信用基金協会、
公益財団法人農林水産長期金融協会、全国漁業協同組合連合会、日本かつお・まぐろ漁業協同組合、一般社団法人日本トロール底魚協会、国立研究開発法人水産研究・教育機構、国産水産物流通促進センター、一般社団法人大日本水産会、全国水産加工業協同組合連合会、水産庁長官が別途定める公募要領により応募した者の中から選定された団体（以下「民間団体等」という。）及び水産庁長官が適当と認める者（以下「補助事業者」という。）が行う別表１に掲げる事業を実施するために必要な経費のうち、補助金（交付金を含む。以下同じ。）の交付の対象として大臣が認める経費について、予算の範囲内で補助金を交付する。
２ 前項に規定する経費及びこれに対する補助率は、別表１に掲げるところによる。
（流用の禁止）第３ 別表２の区分の欄に掲げる補助金を相互に流用してはならない。
（申請手続）
第４ 交付規則第２条の大臣が別に定める申請書類に関する事項は、別記様式第１号による交付申請書のとおりとし、補助金の交付を受けようとする者は、交付申請書を大臣に提出しなければならない。
２ 補助金の交付を受けようとする者は、前項の申請書を提出するに当たって、当該補助金に係る消費税仕入控除税額（補助対象経費に含まれる消費税等相当額のうち、消費税法（昭和63年法律第108号）に規定する仕入れに係る消費税額として控除できる部分の金額と当該金額に地方税法（昭和25年法律第226号）に規定する地方消費税率を乗じて得た金額との合計額に補助率を乗じて得た金額をいう。以下同じ。）があり、かつ、その金額が明らかな場合には、これを減額して申請しなければならない。ただし、申請時において当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかでない場合は、この限りではない。
（交付申請書の提出期限）
第５ 交付規則第２条の大臣が別に定める交付申請書の提出期限は、水産庁長官が別に通知する日までとする。
（交付決定の通知）- 1 -第６ 大臣は、第４第１項の規定による交付申請書の提出があったときは、審査の上、補助金を交付すべきものと認めたときは速やかに交付決定を行い、補助事業者に対しその旨を通知するものとする。
２ 第４第１項の規定による交付申請書が到達してから当該申請に係る前項の規定による交付決定の通知を行うまでに通常要すべき標準的な期間は、１月とする。
（申請の取下げ）第７ 補助事業者は、第４第１項の規定による交付申請を取り下げようとするときは、第６第１項の規定による交付決定の通知を受けた日から起算して15日以内にその旨を記載した取下書を大臣に提出しなければならない。
（契約等）
第８ 補助事業者は、補助事業又は基金事業（以下「補助事業等」という。）の一部を第三者に委託する場合は、実施に関する契約を締結し、大臣に遅滞なく届け出なければならない。
２ 補助事業者は、補助事業等を遂行するため、売買、請負その他の契約をする場合は、一般の競争に付さなければならない。ただし、補助事業等の運営上、一般の競争に付することが困難又は不適当である場合は、指名競争に付し、又は随意契約によることができる。
３ 補助事業者は、前項の契約をしようとする場合は、当該契約に係る入札又は見積り合せ(以下「入札等」という。)に参加しようとする者に対し、別記様式第２号による契約に係る指名停止等に関する申立書の提出を求めることとし、当該申立書の提出のない者については、入札等に参加させてはならない。
（債権譲渡等の禁止）
第９ 補助事業者は、第６第１項の規定による交付決定の通知によって生じる権利及び義務の全部又は一部を、大臣の承諾を得ずに、第三者に譲渡し、又は承継させてはならない。
（計画変更、中止又は廃止の承認）
第10 補助事業者は、次の各号のいずれかに該当するときは、あらかじめ別記様式第３号による変更
承認申請書を大臣に提出し、その承認を受けなければならない。
（１）補助事業等に要する経費の配分の変更（補助金額の増額を伴う変更を含み、第11に規定する
軽微な変更を除く。）をしようとするとき。
（２）補助事業等の内容を変更（第11に規定する軽微な変更を除く。）しようとするとき。
（３）補助事業等を中止し、又は廃止しようとするとき。
２ 補助事業者は、前項各号に定める場合のほか、補助金額の減額を伴う変更をしようとするときは、前項に準じて大臣の承認を受けることができる。
３ 大臣は、前２項の承認をする場合において、必要に応じ交付決定の内容を変更し、又は条件を付することができる。
（軽微な変更）第11 交付規則第３条第１号イ及びロの大臣が別に定める軽微な変更は、次に掲げる変更以外の変更とする。
（１）別表１の重要な変更の欄に掲げる変更（２）別表２の経費の欄に掲げる経費の相互間の増減（事業遅延の届出）第12 補助事業者は、補助事業等が予定の期間内に完了することができないと見込まれる場合、又は補助事業等の遂行が困難となった場合においては、速やかに別記様式第４号による遅延届出書を大臣に提出し、その指示を受けなければならない。
２ 前項の場合のうち、歳出予算の繰越しを必要とする場合においては、必要事項を記載した繰越承認申請書の提出をもって前項の届出書の提出に代えることができる。
（状況報告）

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第13

補助事業者は、補助金の交付決定に係る年度の12月31日現在において、別記様式第５－１号により事業遂行状況報告書を作成し、当該年度の１月末までに大臣に提出しなければならない。
ただし、第14で定める別記様式第５－３号による概算払請求書を提出した場合は、これをもって事業遂行状況報告書に代えることができるものとする。
２ 前項による報告のほか、大臣は、事業の円滑な執行を図るため必要があると認めるときは、補助事業者に対して当該補助事業の遂行状況について報告を求めることができる。

（補助金の支払）第14 補助金の支払は精算払とする。ただし、補助事業者が、補助金の全部又は一部について概算払を受けようとする場合には、別記様式第５－２号又は別記様式５－３号の概算払請求書を大臣及び官署支出官に提出しなければならない。
なお、概算払は、予算決算及び会計令（昭和22年勅令第165号）第58条ただし書に基づく、財務大臣との協議が調った日以降に、協議が調った範囲で行うものとする。
２ 補助事業者は、概算払により間接補助事業にかかる補助金の交付を受けた場合においては、当該概算払を受けた補助金の額を遅滞なく間接補助事業者に交付しなければならない。
（基金の支払）第15 補助事業者は、韓国・中国等外国漁船操業対策基金、沖縄漁業基金及び水産業競争力強化基金（以下「基金」という。）の支払を受けようとするときは、別記様式第６号による支払請求書を大臣に提出しなければならない。
（補助事業の実績報告）
第16 交付規則第６条第１項の別に定める実績報告書は、別記様式第７号のとおりとし、補助事業者
は、補助事業が完了したとき（第10第１項第３号による廃止の承認があったときを含む。以下同じ。）は、その日から１箇月を経過した日又は翌年度の４月10日のいずれか早い日（経営体育成総合支援事業にあっては、翌年度の４月以降に国が補助事業者に補助金を支出しない場合に限り、補助金の交付の決定のあった年度の翌年度の６月30日）までに、実績報告書を大臣に提出しなければならない。
２ 補助事業者は、補助事業の実施期間内において、国の会計年度が終了したときは、翌年度の４月30日までに別記様式第８号により作成した年度終了実績報告書を大臣に提出しなければならない。
３ 第４第２項ただし書の規定により交付の申請をした補助事業者は、第１項の実績報告書を提出するに当たって、当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかである場合は、これを補助金額から減額して報告しなければならない。
４ 第４第２項ただし書の規定により交付の申請をした補助事業者は、第１項の実績報告書を提出した後において、消費税及び地方消費税の申告により当該補助金に係る消費税仕入控除税額が確定した場合には、その金額（前項の規定により減額した場合にあっては、その金額が減じた額を上回る部分の金額）を別記様式第９号の消費税仕入控除税額報告書により速やかに大臣に報告するとともに、大臣による返還命令を受けてこれを返還しなければならない。
また、当該補助金に係る消費税仕入控除税額が明らかにならない場合又はない場合であっても、その状況等について、補助金の額の確定のあった翌年６月30日までに、同様式により大臣に報告しなければならない。
（基金事業の実績報告）
第17 補助事業者は、基金の造成が完了したときは、その日から、１箇月を経過した日又は翌年度の４月10日のいずれか早い日までに、別記様式第10号による基金造成完了報告書を大臣に提出しなけ
ればならない。
（補助金の額の確定等）
第18 大臣は、第16第１項又は第17の規定による報告を受けた場合には、その職員に実績報告書又は基金造成完了報告書等の書類の審査及び必要に応じて現地調査等を行わせ、その報告に係る補助事業等の成果が交付の決定の内容及びこれに付した条件に適合すると認めたときは、交付すべき補助金の額を確定し、補助事業者に通知するものとする。
２ 大臣は、補助事業者に交付すべき補助金の額を確定した場合において、既にその額を超える補助- 3 -金が交付されているときは、その超える部分の補助金の返還を命ずるものとする。
３ 前項の補助金の返還期限は、当該命令のなされた日から20日以内とし、期限内に納付がない場
合は、未納に係る金額に対して、その未納に係る期間に応じて年利10.95パーセントの割合で計算
した延滞金を徴するものとする。
４ 民間団体等は、実施要領第８の規定により、補助金等を国に返納する場合には、別記様式第 11号により、当該返納に係る額を、大臣の承認を受けて、国庫に返納しなければならない。
（海外付加価値税に係る還付金の額の確定における取扱）
第19 大臣は、日本国外における補助事業の実施に当たり、日本国以外の行政機関により課される付加価値税相当額（以下「海外付加価値税」という。）について補助金を交付する場合であって当該海外付加価値税について還付制度が存在するときは、還付制度の利用について補助事業者に対して検討を求めることができる。
２ 補助事業者は、補助事業完了時において、海外付加価値税について還付を受けている場合は、第16第１項による実績報告書において、補助金額から減額して報告しなければならない。
３ 補助事業者は、補助事業完了後に、海外付加価値税について還付を受けた場合には、第16第４項に準じて大臣に報告するとともに、大臣の返還命令を受けてその一部又は全部を返還しなけ
ればならない。
（額の再確定）第20 補助事業者は、第18第１項の規定による額の確定通知を受けた後において、補助事業に関し、違約金、返還金、保険料その他の補助金に代わる収入があったこと等により補助事業に要した経費を減額すべき事情がある場合は、大臣に対し当該経費を減額して作成した実績報告書を第16第1項に準じて提出するものとする。
２ 大臣は、前項に基づき実績報告書の提出を受けた場合は、第18第１項に準じて改めて額の確定を行うものとする。
３ 第18第２項から第４項の規定は前項の場合に準用する。
（特許権等の取得報告等）
第21 補助事業者は、補助事業等の結果得られた技術開発が特許権、実用新案権、意匠権又は育成者権（以下「特許権等」という。）の対象となるときは、遅滞なく当該特許権等を取得するための手続をとるとともに、別記様式第12号の特許権等出願届出書を大臣に提出しなければならない。
２ 補助事業者は、前項の規定により特許権等を取得したときは、遅滞なく別記様式第13号の特許等取得届出書を大臣に提出しなければならない。
３
補助事業者は、第１項の規定により取得した特許権等の利用又は処分する場合の手続については、水産長官が別に定めるところによる。
（交付決定の取消等）
第22 大臣は、第10第１項第３号の規定による補助事業等の中止又は廃止の申請があった場合及び次に掲げる場合には、第６の規定による交付決定の全部又は一部を取り消し、又は変更することができる。
（１）補助事業者が、法令、本要綱又は法令若しくは本要綱に基づく大臣の処分若しくは指示に違反した場合（２）補助事業者が、補助金を本事業以外の用途に使用した場合（３）補助事業者が、補助事業等に関して、不正、事務手続の遅延、その他不適当な行為をした場合（４）間接補助事業者が、間接補助事業の実施に関し法令に違反した場合（５）間接補助事業者が、間接補助金を本事業以外の用途に使用した場合（６）交付の決定後生じた事情の変更等により、補助事業等の全部又は一部を継続する必要がなくなった場合
２ 大臣は、前項の規定による取消しをした場合において、既に当該取消しに係る部分に対する補助金が交付されているときは、期限を付して当該補助金の全部又は一部の返還を命ずるものとする。

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大臣は、第１項第１号から第３号までの規定による取消しをした場合において、前項の返還を命ずるときは、その命令に係る補助金の受領の日から納付の日までの期間に応じて、年利10.95パー
セントの割合で計算した加算金の納付を併せて命ずるものとする。
４ 第２項の規定による補助金の返還及び前項の加算金の納付については、第18第３項の規定を準用する。
（財産の管理等）
第23 補助事業者は、補助対象経費（補助事業等を他の団体に実施させた場合における対応経費を含む。）により取得し、又は効用の増加した財産（以下「取得財産等」という。）については、補助事業等の完了後においても、善良な管理者の注意をもって管理し、補助金交付の目的に従って、その効率的運用を図らなければならない。
２ 取得財産等を処分することにより、収入があり、又はあると見込まれるときは、その収入の全部又は一部を国に納付させることがある。
（財産の処分の制限）
第24 取得財産等のうち適正化法施行令第13条第４号の大臣が定める機械及び重要な器具は、１件当たりの取得価格又は効用の増加価格が50万円以上の機械及び器具とする。
２ 適正化法第22条に定める財産を制限する期間は、交付規則第５条に規定する処分制限期間（以下「処分制限期間」という。）とする。
３ 補助事業者は、処分制限期間中において、処分を制限された取得財産等を処分しようとするときは、あらかじめ大臣の承認を受けなければならない。
４ 前項の規定にかかわらず、補助事業を行うに当たって、補助対象物件を担保に供し、自己資金の全部又は一部を国が行っている制度融資から融資を受ける場合であって、かつ、その内容（金融機関名、制度融資名、融資を受けようとする金額、償還年数、その他必要な事項）が第４第１項の規定により提出された交付申請書に記載してある場合は、第６第１項の規定による交付決定
通知をもって、次の条件により大臣の承認を受けたものとみなす。
(1) 担保権が実行される場合は、残存簿価又は時価評価額のいずれか高い金額に補助率を乗じた金額を納付すること(2) 本来の補助目的の遂行に影響を及ぼさないこと
５ 第３項の承認に当たっては、承認に係る取得財産等の残存価値相当額又は処分により得られた収入の全部又は一部を国に納付することを条件とすることがある。
（残存物件の処理）
第25 補助事業者は、補助事業等が完了し又は中止若しくは廃止した場合において、当該事業の実施のために取得した機械器具、仮設物、材料等の物件が残存するときは、その品目、数量及び取得価格を大臣に報告しその指示を受けなければならない。
（収益納付）
第26 補助事業者は、補助事業により相当の収益を生じたときは、水産庁長官が別に定めるところにより、その旨を報告しなければならない。
２ 前項による報告があった場合、その他補助事業者に前項により報告すべき相当の収益を生じた
ものと水産庁長官が認定したときは、当該収益の一部又は全部を国に納付させることがある。
（補助金の経理）第27 補助事業者は、補助事業等についての帳簿を備え、他の経理と区分して補助事業等の収入及び支出を記載し、補助金の使途を明らかにしておかなければならない。
２ 補助事業者は、前項の収入及び支出について、その支出内容の証拠書類又は証拠物を整備して前項の帳簿とともに、補助事業等の完了の日の属する年度の翌年度から起算して５年間保管しなければならない。
３ 補助事業者は、取得財産等について当該取得財産等の処分制限期間中、前２項に規定する帳簿等に加え、別記様式第14号の財産管理台帳その他関係書類を整備して保管しなければならない。
４ 前３項に基づき作成、整備及び保管すべき帳簿、証拠書類、証拠物、台帳及び調書のうち、電磁的記録により作成、整備及び保管が可能なものは、電磁的記録によることができる。

- 5 -（交付決定額の下限）
第28 交付決定額の下限は、3，500万円とする。ただし、水産庁長官が特に必要と認めるものに対して交付するとき及び交付先の選定を公募により行うときは、この限りでない。
（電子情報処理組織による申請等）
第29 補助事業者は、本要綱の規定に基づく申請等については、当該規定の定めにかかわらず、電子メール、農林水産省共通申請サービス（当該補助事業が当該サービスの対象事業として登録されている場合に限る。）、その他の電子計算機を用いて処理することが可能な方法（以下「電子処理システム」という。）により行うことができる。ただし、電子処理システムにより申請等を行う場合であっても、本要綱の規定に基づき当該申請等に添付することとされている様式の全部又は一部を書面により提出することを妨げない。
２ 補助事業者は、前項の規定により申請等を行う場合は、本要綱に規定する様式にかかわらず、
電子処理システムにより提供する様式を用いることができる。
３ 大臣は、第１項の規定により申請等が行われた補助事業者に対する通知、承認、指示、命令については、補助事業者が書面による通知等を受けることをあらかじめ求めた場合を除き、電子処
理システムによることができる。
４ 補助事業者が第２項の規定により電子処理システムを使用する方法により申請等を行う場合は、当該電子処理システムのサービス提供者が定める当該電子処理システムの利用に係る規約に従わなければならない。
（間接補助金交付の際付すべき条件）
第30 補助事業者は、間接補助事業者に補助金を交付するときは、第４、第８、第10から第13まで、第16、第19から第23まで及び第25から第27までの規定に準ずる条件並びに次の各号に掲げる条件を付さなければならない。
（１）適正化法、適正化法施行令、交付規則、本要綱及び実施要領に従うべきこと。
（２）間接補助事業により取得した財産のうち１件当たりの取得価格又は効用の増加価格が50万円
以上の機械及び器具について、減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和40 年大蔵省令第15号）」に定められている耐用年数に相当する期間（同令において期間の定めが規定されていない財産にあっては当分の間）においては、補助事業者の承認を受けないで、補助金交付の目的に反して使用し、譲渡し、交換し、貸し付け又は担保に供してはならないこと。
ただし、間接補助事業を行うに当たって、補助対象物件を担保に供し、自己資金の全部又は一部を国が行っている制度融資から融資を受ける場合であって、かつ、その内容（金融機関名、制度融資名、融資を受けようとする金額、償還年数その他必要な事項）が補助金交付申請書に記載してある場合は、次の条件により補助事業者による間接補助金の交付の決定をもって補助事業者の承認を受けたものとすること。
ア 担保権が実行される場合は、残存簿価又は時価評価額のいずれか高い金額に補助率を乗じた金額を納付すること
イ 本来の補助目的の遂行に影響を及ぼさないこと（３）前号による補助事業者の承認に際し、承認に係る取得財産等の残存価値相当額又は処分により得られた収入の全部又は一部を補助事業者に納付させることがあること。
２ 補助事業者は、地方公共団体である間接補助事業者に補助金を交付するときは、間接補助事業者に対し、第１項に定めるもののほか、当該間接補助事業に係る歳入歳出の予算書並びに決算書における計上科目及び科目別計上金額を明らかにするため、別記様式第15号による補助金調書を作成しておくべきことを条件として付さなければならない。
３ 補助事業者は、間接補助事業者が間接補助事業により取得し、又は効用の増加した財産について、その実態を充分把握するように努め、当該財産が適正に管理運営されるよう指導しなければならない。
４ 補助事業者は、第１項第２号により承認をしようとする場合は、あらかじめ大臣の承認を受けてから承認を与えなければならない。ただし、第１項第２号ただし書の場合にあっては、第６による交付決定の通知をもって当該ただし書に定める条件を付すことを条件に大臣の承認を受けたものとする。

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補助事業者は、第１項第３号により間接補助事業者から納付を受けた額の国庫補助金相当額を国に納付しなければならない。
６ 第１項及び前項の規定にかかわらず、前項の規定その他の国庫納付に関する規定に基づき、取得財産等の取得価格の国庫補助金相当額の全部を国に納付したと認められる場合は、第１項及び前項の規定は当該取得財産等については適用しない。
７ 補助事業者は、間接補助事業に関して、間接補助事業者から補助金の返還又は返納を受けた場
合は、当該補助金の国庫補助金相当額を国に返還しなければならない。

（基金の基本的事項の公表）
第31 補助事業者は、基金の名称、基金の額、国費相当額、基金事業の概要、基金事業を終了する時
期、定期的な見直しの時期及び基金事業の目標を基金造成後速やかに公表しなければならない。
（基金の額及び基金事業の実施状況報告）
第32 補助事業者は、基金を廃止するまでの間、毎年度、基金の額（残高及び国費相当額）、基金事
業に係る収入・支出及びその内訳（今後の見込みを含む。）、貸付け等を行う基金事業にあっては貸付け等の残高、基金事業の実施決定件数・実施決定額、保有割合（「補助金等の交付により造成した基金等に関する基準」（平成18年８月15日閣議決定。以下「基金等に関する基準」という。）
中「３（３）基金の保有に関する基準」に示されている保有割合をいう。）、保有割合の算定根拠
及び基金事業の目標に対する達成度を、基金の決算確定後速やかに大臣に報告しなければならない。
（使用見込みの低い基金の返納）
第33 補助事業者は、基金の額が基金事業の実施状況その他の事情に照らして過大であると大臣が認めた場合又は大臣が定めた基金の廃止の時期が到来したことその他の事情により基金を廃止した場
合は、速やかに、交付を受けた基金造成費補助金等の全部又は一部に相当する金額を国に納付するものとする。
（基金の区分経理等）
第34 補助事業者は、基金事業の経理について、他の基金及び基金事業以外の経理と明確に区分した上で、帳簿を整備し、常にその収支状況を明らかにしておくとともに、証拠書類又は証拠物を整備し、帳簿とともに毎年度分を整備保管し、基金事業の完了又は中止若しくは廃止した日の属する年度の翌年度から起算して５年間保管しておかなければならない。
（基金の他用途使用の禁止）
第35 基金は、実施要領の別表に掲げる各基金事業の事業内容以外の用途に使用してはならない。
（基金の運用方法）
第36 基金の運営は、元本が回収できる可能性が高くかつなるべく高い運用益が得られる方法で行う
ものとする。
（基金から助成金等を交付する場合に民間事業者等に対して付すべき条件）
第37 補助事業者は、基金から民間事業者等に対して助成金等を交付するときは、第４、第８、第10から第13まで、第16、第19から第23まで、第25から第27まで及び第35の規定に準ずる条件並びに次の各号に掲げる条件を付さなければならない。
（１）本要綱及び実施要領に従うべきこと。
（２）助成金等の交付を受けた民間事業者（以下「助成事業者」という。）が当該助成金等により実施する事業（以下「助成事業」という。）により取得した財産のうち１件当たりの取得価格
又は効用の増加価格が50万円以上の機械及び器具について、「減価償却資産の耐用年数等に関する省令（昭和40 年大蔵省令第15号）に定められている耐用年数に相当する期間（同令において期間の定めが規定されていない財産にあっては当分の間）においては、補助事業者の承認を受けないで、助成金等交付の目的に反して使用し、譲渡し、交換し、貸し付け又は担保に供してはならないこと。

- 7 -（３）前号による補助事業者の承認に際し、承認に係る取得財産等の残存価値相当額又は処分により得られた収入の全部又は一部を補助事業者に納付させることがある。
２ 補助事業者は、第１項第２号により承認をしようとする場合は、あらかじめ大臣の承認を受けなければならない。
３ 補助事業者は、第１項第３号により助成事業者から納付を受けた場合の当該納付を受けた額及び助成事業について助成事業者から助成金等の返還又は返納を受けた場合の当該助成金額は、基金に組み入れて補助金交付の目的に従って使用しなければならない。
４ 前項の場合において、基金が既に廃止されている場合は、補助事業者は、前項の納付を受けた額若しくは返還又は返納を受けた助成金額の国庫補助金相当額を国に納付しなければならない。
（基金運営に関する監督・指導）
第38 国は、基金事業を適切かつ効率的に実施するため、基金管理団体に対し、基金に関する基準に基づき、当該基金事業に関して必要な報告を求め、又は指導監督を行うものとする。

附 則
１ 次に掲げる要綱（以下「旧要綱」という。）は廃止する。ただし、この要綱の施行前に旧要綱の規定により行うこととされている報告等については、なお、従前の例によることとする。
（１）水産資源保護事業費補助金交付要綱（昭和３８年５月１４日付け３８水漁第３２４５号農林事務次官依命通知）（２）栽培漁業振興施設整備費補助金交付要綱（昭和４８年８月１７日付け４８水研第１１０号農林事務次官依命通知）（３）漁場油濁被害対策費補助金交付要綱（昭和５０年７月１７日付け５０水研第９３９号農林事務次官依命通知）（４）漁業新技術開発事業費補助金交付要綱（昭和５８年６月２０日付け５８水研第６５３号農林水産事務次官依命通知）（５）漁業振興事業費補助金交付要綱（昭和６０年９月５日付け６０水研第１１０８号農林水産事務次官依命通知）（６）栽培漁業事業化総合推進事業費補助金交付要綱（昭和６１年４月２４日付け６１水振第１３０２号農林水産事務次官依命通知）（７）特定海域栽培漁業定着強化事業費補助金交付要綱（平成２年６月７日付け２水振第１１９３号農林水産事務次官依命通知）（８）沖縄県水産業活性化構造改善特別対策事業費補助金交付要綱（平成４年４月９日付け４水振第１２５５号農林水産事務次官
依命通知）（９）沿岸地域流通加工機能強化対策事業費補助金交付要綱（平成６年６月２３日付け６水漁第１８５５号農林水産事務次官依命通知）（10）沿岸漁業活性化構造改善事業費補助金交付要綱（平成６年６月２３日付け６水振第３号農林水産事務次官依命通知）（11）内水面漁業振興施設整備事業費補助金交付要綱（平成６年６月２３日付け６水振第１０２７号農林水産事務次官依命通知）(12）漁場環境評価メッシュ図作成等事業費補助金交付要綱（平成６年７月１３日付け６水研第１９９号農林水産事務次官依命通知）（13）水産物流通加工基盤強化対策事業費補助金交付要綱（平成８年５月１０日付け８水漁第６３８号農林水産事務次官依命通知）（14）漁況海況情報サービス費補助金交付要綱（昭和４７年７月３１日付け４７水調第５４３号農林事務次官依命通知）
２ 平成９年度予算に係る、廃止前の地域漁業活性化構造改善事業実施要領(平成６年６月２３日付け６水振第４号農林水産事務次官依命通知)に基づく地域漁業活性化構造改善事業、同美しいむらづくり対策事業実施要領(平成９年４月１日付け９水振第２８４号農林水産事務次官依命通知)に基づく美しいむらづくり対策事業、同漁港高度利用活性化対策事
業実施要領(平成９年４月１日付け９水港第５４１号農林水産事務次官依命通知)に基づく漁港高度利用活性化対策事業、同沿岸地
域流通加工機能強化対策事業実施要領(平成６年６月２３日付け６水漁第１８５４号農林水産事務次官依命通知)に基づく沿岸地域流通加工機能強化対策事業、同水産物流通加工基盤強化対策事業等実施要領(平成８年５月１０日付け８水漁第６３９号農林水産事務次官依命通知 )に基づく水産物流通加工基盤強化対策事業、同内水面活性化総合対策事業実施要領(平成６年６月２３日付け６水振第１０２３号農林水産事務次官依命通知)に基づく内水面
活性化総合対策事業、同さけ・ます増殖振興施設整備事業実施要領(平成６年６月２３日付け６水振第１０２２号農林水産事
務次官依命通知)に基づくさけ・ます魚道整備事業及び同栽培漁業振興施設整備事業実施要領(昭和４８年８月１７
日付け４８水研第１１１号農林事務次官依命通知)に基づく栽培漁業総合振興基盤整備事業であって、その実施が平成10年度以降に繰り越されたものについては、沿岸漁業活性化構造改善事業費補助金交付要綱、沿岸
地域流通加工機能強化対策事業費補助金交付要綱、水産物流通加工基盤強化対策事業費補助金交付要綱、栽培漁業振興施設整備費補助金交付要綱及び内水面漁業振興施設整備事業費補助金交付
要綱は、１の規定にかかわらず、なおその効力を有する。
３ 平成13年度補正予算に係る改正前の別表１の３の（２）の５の（３）に規定する離職者等漁業
就労支援対策事業費については、なお、従前の例によることとする。
４ 平成14年度予算に係る改正前の別表１の３の（２）の５の（３）に規定する離職者等漁業就労支援対策事業費については、なお、従前の例によることとする。

- 8 -

５ 平成17年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
６ 平成19年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
７ 平成20年度予算に係る改正前の別表１の２の（１）のイの（オ）に規定する養殖用飼料高騰緊急対策事業及び２の（１）のオの（イ）に規定する余剰施設処理支援費については、なお、従前の
例による。
附 則
１ 平成21年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
２ 次に掲げる要綱（以下「旧要綱」という。）は廃止する。ただし、この要綱の施行前に旧要綱の規定により行うこととされている報告等については、なお、従前の例によることとする。
（１）国際漁業関係操業秩序維持推進事業費補助金交付要綱（平成２０年３月３１日付け１９水管第２６９４号農林水産事務次官依命通知 ）（２）漁場機能維持管理事業費補助金交付要綱（平成２１年５月２９日付け２１水管第４８３号農林水産事務次官依命通知）（３）鯨類捕獲調査円滑化事業費補助金交付要綱(平成２１年３月２７日付け２０水管第２６５９号農林水産事務次官依命通知）（４）魚価安定基金造成事業費等補助金交付要綱(平成１４年４月１日付け１３水漁第２８０６号農林水産事務次官依命通知）
附 則
平成22年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
附 則
平成23年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
附 則
この通知は、平成24年11月30日から施行する。
附 則
この通知は、平成25年２月26日から施行する。
附 則（平成25年５月16日付け25水港第191号）
１ 平成24年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
２ 次に掲げる要綱（以下「旧要綱」という。）は廃止する。ただし、この要綱の施行前に旧要綱の規定により行うこととされている報告等については、なお、従前の例によることとする。
（１）中小漁業関連資金融通円滑化事業費補助金交付要綱(平成１７年４月１日付け１６水漁第２５４２号農林水産事務次官依命通知)（２）漁協経営基盤強化推進事業費補助金交付要綱(平成２２年３月３０日付け２１水漁第２９６２号農林水産事務次官依命通知)（３）漁協資金融通円滑化事業費補助金交付要綱(平成２２年３月３０日付け２１水漁第２９７３号農林水産事務次官依命通知)
３ この通知は、平成25年５月16日から施行する。
附 則（平成26年２月６日付け25水港第2653号）
この通知は、平成26年２月６日から施行する。
附 則（平成26年３月20日付け25水港第3060号）
１ 平成25年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。
２ 漁業運転資金融通円滑化対策費補助金交付要綱(平成１５年１月３０日付け１４水漁第２３１８号農林水産事務次官依命通知)（以下「旧要綱」という。）は廃止する。ただし、この要綱の施行前に旧要綱の規定により行うこととされている報告等については、なお、従前の例によることとする。
３ この通知は、平成26年４月１日から施行する。
附 則（平成26年12月３日付け26水港第2786号）
この通知は、平成26年12月３日から施行する。

１
２

附 則（平成27年２月３日付け26水港第3237号）
この通知は、平成27年２月３日から施行する。
平成26年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。

- 9 -

３

この通知の施行の際、既に造成された担い手代船取得支援リース助成基金、防除清掃費助成事
業資金、防除費準備預金、有害生物漁業被害防止総合対策基金、国産水産物需給変動調整事業助成資金及び新規就業者対策基金については、第25から第31までの規定に準じて管理・運営するも
のとする。

１
２

附 則（平成27年４月９日付け26水港第4029号）
この通知は、平成27年４月９日から施行する。
平成26年度予算に係る改正前の本要綱の規定は、改正後においても、なおその効力を有する。

附 則（平成27年９月28日付け27水港第2061号）
この通知は、平成27年10月１日から施行する。

１
２

附 則（平成28年１月20日付け27水港第2616号）
この通知は、平成28年１月20日から施行する。
平成27年度予算に係るこの通知による改正前の要綱の規定は、なお従前の例による。

附 則（平成28年３月29日付け27水港第3192号）
１ この通知は、平成28年４月１日から施行する。
２ この通知による改正前の要綱による平成27年度予算に係る規定は、なお従前の例による。
３ 無保証人型漁業融資促進事業補助金交付要綱(平成23年３月31日付け22水漁第2458号農林水産事
務次官依命通知。以下「旧要綱」という。）は廃止する。ただし、この通知の施行前に旧要綱の規定により行うこととされている報告等については、なお、従前の例によることとする。
４ この通知の施行の際、既に造成されている担い手代船取得支援リース助成基金、防除清掃費助成
事業資金、防除費準備預金、有害生物漁業被害防止総合対策基金、国産水産物需給変動調整事業助成資金及び新規就業者対策基金については、第８の規定に準じて運営するものとする。
附 則（平成28年10月11日付け28水港第2193号）
この通知は、平成28年10月11日から施行する。
附 則（平成29年３月28日付け28水港第3255号）
この通知は、平成29年４月１日から施行する。
この通知による改正前の要綱により行うこととされている平成28年度以前の予算に係る事業については、なお従前の例による。
３ この通知の施行の際、既に造成されている損失及び買取資金貸付事業資金については、第８及び第25から第31までの規定に準じて管理・運営するものとする。

１
２

附 則（平成30年２月１日付け29水港第2486号）
この通知は、平成30年２月１日から施行する。
附 則（平成30年３月28日付け29水港第3091号）
１ この通知は、平成30年４月１日から施行する。
２ この通知による改正前の要綱により行うこととされている平成29年度以前の予算に係る事業については、なお従前の例による。
附 則（平成31年３月28日付け30水港第3192号）
１ この通知は、平成31年４月１日から施行する。
２ 次に掲げる要綱（以下「旧要綱」という。）は、廃止する。ただし、この通知の施行前に旧要綱の規定により行うこととされている事業実施後の措置、報告等については、なお、従前の例によることとする。
（１）漁業経営基盤強化金融支援事業費補助金交付要綱(平成28年3月29日付け27水漁第1896号農林水産事務次官依命通知)（２）漁業関係資金利子助成事業費補助金交付要綱(平成28年3月29日付け27水漁第1904号農林水産事務次官依命通知)（３）漁業経営維持安定資金利子補給等補助金交付要綱(昭和56年5月7日付け56水漁第2269号農林水産事務次官依命通知)（４）漁業経営改善促進資金預託原資借入利子補給事業補助金交付要綱(平成23年9月1日付け22水漁第2454号農林水産事務次官依命通知 )- 10 -

３

この通知による改正前の要綱により行うこととされている平成30度以前の予算に係る事業については、なお従前の例による。

附 則（令和２年１月30日付け元水港第1695号）
１ この通知は、令和２年１月30日から施行する。
２ この通知による改正前の要綱により行うこととされている平成30度予算に係る水産物輸出拡大連携推進事業については、なお従前の例による。
附 則（令和２年３月27日付け元水港第1777号）
１ この通知は、令和２年４月１日から施行する。
２ この通知による改正前の要綱により行うこととされている令和元年度以前の予算に係る事業については、なお従前の例による。
附 則（令和２年４月30日付け２水港第178号）
この通知は、令和２年４月30日から施行する。
附 則（令和２年６月９日付け２水港第883号）
この通知は、令和２年６月９日から施行する。
附 則（令和２年６月12日付け２水港第889号）
この通知は、令和２年６月12日から施行する。
附則（令和３年１月28日付け２水港第2107号）
１ この通知は、令和３年１月28日から施行する。
２ この通知の施行の際現にあるこの通知による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この通知による改正後の様式によるものとみなす。
３ この通知の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。
附則（令和３年３月26日付け２水港第2279号）
１ この通知は、令和３年４月１日から施行する。
２ この通知による改正前の要綱により行うこととされている令和２年度以前の予算に係る事業については、なお従前の例による。
３ この通知の施行の際現にあるこの通知による改正前の様式（次項において「旧様式」という。）により使用されている書類は、この通知による改正後の様式によるものとみなす。
４ この通知の施行の際現にある旧様式による用紙については、当分の間、これを取り繕って使用することができる。

- 11 -

別表 １（第２、第３、第 11 の関係）
分類

１．水産資源の回復

経

費

補 助 率

１．新たな資源管理システム構築促進事業費
定 額（１）国際資源の管理体制構築促進事業費
ア 政府間協定等に基づく民間協議支援事業費
民間団体等が、我が国周辺諸国等の民間団体との間における我が国及び我が国周辺諸国等の関係水域（以下「関係水域」という。）における協調した資源管理を推進するための協議、民間協定の所要の見直し等を行
うための交渉、関係水域における操業上の諸問題への対処を検討するための協議、これらに関する調査、事
故・紛争の早期解決及び未然防止に関する協議、事故発生の際の現地調査及び我が国漁業者に対する関係水域における操業手引書の作成並びに事故の未然防止に関する指導を行うために必要な経費
イ 国際漁業戦略的連携促進事業費
米国、ＥＵ等の主要国の漁業政策、主要国が各ＲＦ
ＭＯ（「地域漁業管理機関」をいう。以下同じ。）又は関係国に対して実施しようとする措置の動向を含むＩ
ＵＵ漁業（「違法・無報告・無規制漁業」をいう。以下同じ。）対策等に関する情報収集・分析及び水産資源の持続的な利用に対する国際的な理解を深め、ＰＳＭ
協定（違法漁業防止寄港国措置協定をいう。）への加入促進を含むＩＵＵ漁業対策に係る共通の立場を醸成するため、国際会議等において情報発信及び働きかけを行うために必要な経費
定 額（２）沖合・遠洋漁業における自主的資源管理体制高度化
事業費
ア 自主的資源管理に係る調査・分析費
資源管理計画から資源管理協定への移行、自主的資源管理措置の適切な評価・検証及び高度化のための科学的な調査・分析等に要する経費
イ 自主的資源管理に係る協議会等開催費
自主的資源管理措置の高度化等を目的とする漁業者協議会、漁業者への普及等を目的とする講習会並びに調査に係る計画の策定及び調査結果の分析を目的とする検討会の開催に要する経費
定 額（３）ＩＱ導入に向けた取組支援事業費
ＩＱ（「個別漁獲割当て」をいう。以下同じ。）方式
による管理又はＩＱ方式と他の方式を組み合わせた管理に係る措置に関し、当該措置の導入事例を対象とした、その効果及び導入に向けた課題と改善策の検討に係る調査・分析等を行うために必要な経費
定 額（４）遊漁船管理対策推進事業費
ア 遊漁講習会等検討委員会事業費
遊漁船業者等講習会事業、指導員育成派遣指導事業、遊漁船業実態調査事業及び漁場環境保全活動事業の実施内容を検討する会議の開催に要する経費
イ 遊漁船業者等講習会事業費
遊漁船業者等に対し、資源管理、遊漁船の安全航行及び利用者の安全確保のための講習会の開催に要する経費
ウ 指導員育成派遣指導事業費
遊漁者に対し、資源管理、遊漁の安全及び遊漁に関する規則等の遵守について指導を行う指導員を育成
し、イベント等に派遣するために要する経費
エ 遊漁船業実態調査事業費
遊漁船事故率の高い地域等における現地の実態を調査し、事故の発生の背景となっている要因について分析を行うために要する経費
オ 漁場環境保全活動事業費
遊漁者参加による漁場でのゴミ回収処理及び漁場保
全活動についての普及啓発を行うために要する経費
- 9 -

重
要
な
変
更
経費の配分の変更 事業の内容変更
経費の欄に掲げる
ア及びイの経費の相互間における経費の増減

に的確なアドバイス等を行うために要する経費
１／２以内 ２．経費の欄に掲げ（イ）水産加工・流通構造改善取組支援事業費
るアの（イ）の経加工業者等が行う国産水産物の流通を促進するた費からそれ以外
め、漁獲量の減少に対応して加工原料を新たな魚種の経費への増に転換する取組（以下「魚種転換プロジェクト」という。）、国産加工原料の確保等の課題に連携して対処する取組（以下「連携プロジェクト」という。）又は国産水産物の輸出を促進する取組（以下「輸出促進プ
ロジェクト」という。）を行うために要する経費
定 額（ウ）審査・調査費（イ）に係る課題提案書の募集、受付、審査、交付事務その他の（イ）の事業の運営に要する経費並びに（イ）の取組についての事例分析、評価、事例集の作成及び成果の普及等に要する経費
定 額
イ 魚食普及推進事業費（ア）新商品展示・発表会開催費
一般消費者向けに、国産水産物の魅力や水産政策の情報を発信する全国規模の展示・発表会を実施するために要する経費（イ）小売・外食事業者向け研修会等開催費
量販店・外食店等の流通事業者向けに、水産物の知識や取扱方法等を伝え、国産水産物の取扱いを増やすための広域的な研修会等を実施するために要する経費（ウ）魚食普及セミナー等開催費
地方自治体や民間でお魚学習会等に取り組む者に対する科学的知見や取組に係るノウハウの提供、学校給食関係者に対する給食での国産水産物の利用を促進するノウハウの提供等、魚食普及のためのセミ
ナー等を広域的な観点から実施するために要する経費
経費の欄に掲げる
ウ 特定水産物供給平準化事業費（ア）及び（イ）か
定 額（ア）特定水産物供給平準化事業費
らそれ以外の経費
国産水産物の安定的供給等に資するため、漁業者への増団体等が水揚げ量の季節変動等の影響を受ける水産物を買取・保管し、水産加工業者の求める時期に販売する取組（以下「調整保管」という。）に対し、買取代金の金利、保管経費等の一部を助成するために要する経費定 額（イ）特定水産物供給平準化事業費（新型コロナウイル
ス感染症緊急対応）
漁業者団体等が新型コロナウイルスの影響が収束するまでの間、その影響を受ける水産物を買い取り保管した後に放出する取組に対し、買取代金の金
利、保管経費等の一部を助成するために要する経費
定 額（ウ）附帯事務費
漁業者団体等が実施する調整保管に対する助成、買取資金等の貸付け、調整保管の実施により生じた損失に係る貸付資金の貸付け及び補填金の交付等を実施するために必要な附帯事務を行うために要する経費
経費の欄に掲げる
エ 新生活様式対応型水産物需要拡大支援事業費
１／２以内 （ア）及び（イ）の経（ア） 内食需要拡大実証事業費
費の相互間における新型コロナウイルス感染症の感染拡大を契機
経費の増減とした「新しい生活様式」による消費者の内食需要に対応するため、水産物提供事業者において、水産物の安全・安心・簡便な提供を定着させるための取組を行うために要する経費
定 額（イ）検討・調査等事業費（ア）の事業の取組に係る検討等に要する経費（３）産地水産加工業イノベーションプラン支援事業費
ア 中核的人材育成支援事業費(ア) 若手経営者レベルアップ支援費- 21 -

経費の欄に掲げるアの（ア）の d 及びイの（ア）の b の経

別表 ２（第３、第 10 の関係）
区

分

経

費

１ 水産資源回復対策事業（１）漁業協定等実施費補助金

新たな資源管理システム構築促進事業費（２）海洋水産資源開発費補助金

１ 漁業資源調査等事業費

国際資源の管理体制構築促進事業費（１）水産資源調査・評価推進事業費（３）水産資源回復対策事業費補助金（４）さけ・ます漁業協力事業費補助金
２ 漁業経営安定対策事業（１）中小漁業関連資金融通円滑化事業費補助金（２）漁業経営維持安定資金利子補給等補助金（３）漁業経営安定対策事業費補助金（２）漁業取締体制整備推進事業費
１ 水産資源回復対策推進指導費（１）新たな資源管理システム構築促進事業費
ア 沖合・遠洋漁業における自主的資源管理体制高度化事業費
イ ＩＱ導入に向けた取組支援事業費
ウ 遊漁船管理対策推進事業費
エ 定置網漁業等における数量管理のための技術開発事業費
２ 水産資源回復対策推進事業費（１）水産増養殖等振興対策費
ア 水産増養殖等振興対策事業費（ア）新たな資源管理システム構築促進事業費
ａ さけ・ます等栽培対象資源対策事業費（ａ）種苗放流による広域種の資源造成効果・負担の公平化検証
事業費（ｂ）さけ・ます放流体制緊急転換事業費（イ）養殖業成長産業化推進事業費
ａ 養殖業成長産業化行動計画策定事業費
ｂ 日本真珠国際競争力強化推進事業費（ウ）内水面漁場・資源管理総合対策事業費（エ）漁獲情報等デジタル化推進事業費
a 漁獲情報デジタル化推進事業費
b 水産流通適正化法に係る電子システム対策事業費（２）漁場環境保全対策等事業
ア 漁場油濁被害対策費
イ 漁場環境改善推進事業費
さけ・ます漁業協力事業費
１

水産金融総合対策事業費
中小漁業関連資金融通円滑化等事業費
２ 漁協経営基盤強化対策支援事業費
１ 水産金融総合対策事業費（１）漁業経営基盤強化金融支援事業費（２）漁業関係資金利子助成事業費（３）漁業経営維持安定資金利子補給等補助事業費（４）漁業経営改善促進資金預託原資借入利子補給事業費
１ 漁業経営安定対策推進指導費（１）水産業改良普及事業対策費
ア 漁業の担い手確保・育成対策総合推進事業費（ア）経営体育成総合支援事業費（イ）福祉対策事業費（ウ）漁業労働安全確保・革新的技術導入支援事業費
ａ 漁船安全対策推進事業費
ｂ 水産業革新的技術導入・安全対策推進事業費（ａ）船舶自動識別装置導入促進事業費（ｂ）環境規制適応型冷凍技術開発実証事業費（エ）漁業担い手確保緊急支援事業費（オ）水産業労働力確保緊急支援事業費
ａ 人材確保支援事業費
ｂ 遠洋漁業の船員対策事業費（２）水産業体質強化等推進事業費
ア 水産業体質強化総合対策事業費（ア）漁場機能維持管理事業費
ａ 韓国・中国等外国漁船操業対策事業費- 26 -

３ 漁村振興対策事業（１）漁村振興対策事業費補助金

４ 水産業強化対策事業
水産業強化対策推進交付金

ｂ 沖縄漁業基金事業費
ｃ 北方海域出漁者経営安定支援事業費
ｄ 有害生物漁業被害防止総合対策事業費（ａ）大型クラゲ国際共同調査事業費（ｂ）有害生物漁業被害防止総合対策事業費（イ）水産業成長産業化沿岸地域創出事業費（ウ）鯨類資源持続的利用支援調査事業費（３）水産金融総合対策事業費
漁業者保証円滑化対策事業費（４）水産業競争力強化緊急事業費
１ 漁村振興対策事業費（１）水産バリューチェーン事業費
ア バリューチェーン連携推進事業費
バリューチェーン改善促進事業費
イ 流通促進・消費等拡大対策事業費（ア）水産加工・流通構造改善促進事業費（イ）魚食普及推進事業費（ウ）特定水産物供給平準化事業費（エ）新生活様式対応型水産物需要拡大支援事業費
ウ 産地水産加工業イノベーションプラン支援事業費（２）水産物輸出拡大連携推進事業費
浜の活力再生プラン推進等支援事業費- 27 -