NBDCの紹介
2023年11月16日
JST NBDC事業推進部© 2023 国立研究開発法人科学技術振興機構 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

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JST内におけるNBDCの位置付け

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NBDCの活動
ひ ろ く ― データの共有
再利用に適したデータ公開ガイドラインの作成、データ共有モデルの提供、各研究プロジェクトによるデータベース構築支援。

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データベース統合を通じて新たな知識へ。

つなげて ― データベースの統合
データのアクセス容易性向上、機械可読性向上、データ形式・IDの共通化、共通用語の整備。

つ か う ― データの利活用使いやすいアプリ・データ・ツールを提供。

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事業の3本柱

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中核的DBの整備

統合利用基盤技術の開発

基盤的ウェブサービスの提供(w/ DBCLS)(ex. NBDCヒトDB)(統合化推進プログラム)© 2023 国立研究開発法人科学技術振興機構 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

41. 中核的データベースの整備

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中核的DBの整備

統合利用基盤技術の開発

基盤的ウェブサービスの提供(w/ DBCLS)(ex. NBDCヒトDB)(統合化推進プログラム)

分野ごとに中核的な研究データベースを整備するための研究費制度を設置。
研究データを効率的に利用する情報環境を提供します。
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ご質問・ご意見「統合化推進プログラム」採択課題一覧
No.

データベース

分野

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研究代表者氏名

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SSBD:database

定量生命動態データ

大浪 修一

2IntraRED遺伝子の転写制御因子

粕川 雄也

3

KEGG MEDICUS

パスウェイ

金久 實

4

GlyCosmos Glycoscience Portal

糖鎖生物学

木下 聖子

5PDBj

構造生物学

栗栖 源嗣

6

Microbiome Datahub

微生物ゲノム

森 宙史

7

ATTED-II

植物トランスクリプトーム

大林 武

8

Japanese Open Genome Omics Platform (仮)ヒトゲノム (構造多型)

長﨑 正朗

9

Spatial Genomics Atlas of Cells and Tissues (仮)空間トランスクリプトーム

VandenbonAlexis

10Japan Proteome Standard Repository/Database ( jPOST)

プロテオーム石濱 泰

11Shin-MassBank (仮)メタボローム

松田 史生

【育成型】

【育成型】

【育成型】

ｸﾗﾘﾍﾞｲﾄ・ｱﾅﾘﾃｨｸｽ
引用栄誉賞2018

文科大臣表彰科学技術賞2020© 2023 国立研究開発法人科学技術振興機構 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

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プログラム運営方針

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研究総括

伊藤 隆司 (九州大学)
2023年度 統合化推進プログラム 募集説明会
https://www.youtube.com/watch?v=5rTg6zi3x94「データベースの発展なくして生命科学研究の進歩もありえない。良
質のデータベースの構築・維持は生命科学のエッセンシャルワーク」「本プログラムは、公共データに駆動されるスタイルの研究を支えるデータベースの整備・統合の推進に特に力を」「規範となるような成果の創出にも貢献したい」「本プログラムが求めるものは、生命科学の研究スタイルの変革を見据え、幅広い層の利用者に向けて開かれたデータベースの構築に、高い公共心と熱意をもって取り組む提案」「2023年度 統合化推進プログラム公募要領」より抜粋・一部改変
https://biosciencedbc.jp/funding/calls/files/r05guide-togo.pdf#page=12© 2023 国立研究開発法人科学技術振興機構 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

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2. 統合利用基盤技術の開発

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中核的DBの整備

統合利用基盤技術の開発

基盤的ウェブサービスの提供(w/ DBCLS)(ex. NBDCヒトDB)(統合化推進プログラム)

研究データの整理や統合、高度な利用のための 技術開発、アプリケーションの提供をしています。 DBCLS と連携して実施しています。
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開発・提供されているツール

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TogoVar

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togovar.org

日本人バリアント情報と関連する疾患情報、文献情報を集約。
GEM-J、ToMMo、gnomAD、JGA等のプロジェクト由来のデータを収録。

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統合TV

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togotv.dbcls.jp

生命科学分野における有用なデータ
ベース・ツールの動画マニュアル・講演・講習会動画、イラストを掲載。
※ 本日の講義も、後日、統合TVから公開します。

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3. 基盤的ウェブサービスの提供

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中核的DBの整備

統合利用基盤技術の開発

基盤的ウェブサービスの提供(w/ DBCLS)(ex. NBDCヒトDB)(統合化推進プログラム)

webサービスの提供を通じ、国内外のデータ・データベースの散逸を防ぎ、高度な統合利用を促進。
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ウェブサービス一覧

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Integbioデータベース

生命科学データベース

生命科学系データベース

カタログ

横断検索

アーカイブ

integbio.jp/dbcatalog/

dbsearch.biosciencedbc.jp

dbarchive.biosciencedbc.jp

データベースを一覧から探す

データベースを一括で横串検索

DBを保全、丸ごとダウンロード

NBDC

NBDC

ヒトデータベース グループ共有
データベースhumandbs.biosciencedbc.jp

gr-sharingdbs.biosciencedbc.jp

ヒト試料由来データを共有・利用

プロジェクト内部でのデータ共有© 2023 国立研究開発法人科学技術振興機構 Licensed Under CC 表示 4.0 国際

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生命科学系データベース アーカイブ

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研究データセットを NBDC が預かって公開。
最大容量は 1データセット当たり1TB。
(超える場合は応相談)
簡易ビューアあり (表形式データのみ)。
公開前に表記間違いを確認したり、適切なID・データ構造等を提案する等により、データの価値を高めます。
複数バージョンを管理し、公開できます。

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寄託例：JEDI System/OCEANS DB

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東京海洋大学 山崎 秀勝 教授からの寄託。

伊豆大島沿岸のプランクトンデータ、海洋環境計測データ。
全体で約500GB、数十万件にのぼるデータセット。

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NBDCヒトデータベース

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アクセスコード「#AJ99」を入力• ヒトに関する研究データを預かって公開。
• 国内外の法制動向を踏まえた共有・利用ガイドラインを制定。
• DDBJと共同運用。

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事業の3本柱

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中核的DBの整備

統合利用基盤技術の開発

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