RNA sequence / analysis service

RNA-seq

受託解析サービス

RNA-seqのデータ解析にお困りはありませんか？

✓ QIAGENのLibrary Kitを用いたトランスクリプトーム解析をお手頃価格で！

QIAGENのRNA-seq Analysis Portalで発現変動解析やパスウェイ解析までサポート！誰でも使える無料のクラウドシステムを体感ください！
✓ スプライシング解析による遺伝子構造の同定も可能！
✓ 細胞・組織を送るだけでインフォマティクス解析までを実施！

✓ de novo RNA-seqやSmall RNA-seqも対応！

https://cage-seq.com/jp/rna-seq/2023年4月～新価格になりました!!

1 解 析 費 用 込 み！ RNA-seqをお手頃価格で！

QIAGEN社のLibrary Kitとコスパに優れるMGI社 DNBSEQを用いたトランスクリプトーム解析。
2. 品質チェック・ライブラリー作製

1.サンプル提出

3. シーケンシング

4. インフォマティクス解析

5. 解析済みデータ納品

サンプルを送ったら、あとは待つだけ！

解析内容

使用Kit

3’ トランスクリプトーム

QIAGEN QIAseqUPX 3'transcriptome Library Kit
Poly (A) 尾部を持つRNAのみが解析対象となります。

シーケンスデプス(データ量)

納期

RNA量

3GB
(10M ペアリード)／サンプル ※2
100ng 以上
推奨

価格／サンプル
6サンプル以上～：

40,000 円(税込 44,000 円)
16サンプル以上：

約 4 ~ 7 週間

9GB
(30M ペアリード)／サンプル

47,000 円(税込 51,700 円)
6~15サンプル：

50,000 円(税込 55,000 円)

QIAGEN QIAseqUPXome
RNA Library Kit ※1
ヒト、マウス、ラット、線虫、魚、植物、微生物にも対応

250ng 以上
または
1.0 μg 以上
推奨

12GB(40M ペアリード)／サンプル

約 4 ~ 7 週間

6サンプル以上：

70,000 円(税込 ７7,000 円)

48サンプル以上：QIAGENQIAseqStrandedmRNA Select Kit

全長トランスクリプトーム

Poly (A) 尾部を持つRNAのみが解析対象となります。

6GB(20M ペアリード)／サンプル

1.0 µg 以上
推奨

ヒト、マウス、ラット、線虫、魚、植物、微生物にも対応(税込 49,500 円)
48サンプル未満：

50,000 円(税込 55,000 円)

約 4 ~ 7 週間
QIAGEN QIAseqStranded
RNA Library Kit ※145,000 円

48サンプル以上：

12GB(40M ペアリード)／サンプル

1.0 µg 以上
推奨65,000 円(税込 71,500 円)
48サンプル未満：

70,000 円(税込 77,000 円)

リード数追加オプション ！
使用シーケンサー

追加シーケンス

DNBSEQ

取得リード数と検出遺伝子数の関係検出された遺伝子数 ※生物種：マウス
25,000
1リード以上がマップされた遺伝子数
21,00017,000
10リード以上がマップされた遺伝子数13,000

6GB(20Mペアリード)／サンプル+ 1 週間+ 20,000 円（税込 22,000 円）

DNBSEQとIlluminaシーケンサーの比較
4通りのリード数で、検出された遺伝子数をプロットしました。

10000

コスパの良いDNBSEQ と、NGSのスタンダード
Illumina社シーケンサー。

DNBSEQr2 =0.991000

弊社標準は30Mペアリード、 100
さらに低発現の遺伝子を見たい場合はリード数追加
10オプションもあります。
※低発現の遺伝子を検出するには

10M 20M
30M
50M
解析に使用したリード数（ペアリード）30Mペアリード以上を推奨致します。

Illumina

11

101001000

両者でシーケンスした
RNA-seqの遺伝子発現量を比較すると、強い相関を示します。

10000※繁忙期には、納期が長引いてしまう場合がございます。ご了承ください。
※1：ヒト、マウス、ラットサンプルの場合は、グロビンRNA & リボソームRNA除去へと変更が可能です（＋10,000円）。
※2：メジャーな遺伝子発現の解析に適しております。

2 RNAを送るだけ。RNA抽出サービスもあります！

Total RNAをお送りいただくだけでライブラリー作製から解析まで実施。RNA抽出サービスも用意しています。

溶媒RNaseフリー水

RIN> 7.0

濃度> 1ng / µL

純度A260 / A280 > 1.8, A260 / A230 > 1.8

RNA抽出サービス ※1

お送り頂くサンプル

ヒト臨床検体以外の動物組織凍結 した組織 （RNA laterTM の使用は不問です）

培養細胞

細胞保存液中で凍結 ・ またはペレットとして凍結した細胞※1：ヒトの組織検体や全血・血清、あるいは人体への感染性が疑われるサンプルからの抽出はお引き受け出来ません。

価格／サンプル

5,000 円
（税込 5,500 円）

QIAGENのLibrary Kitによる解析をご依頼頂くお客様へ《特別なご案内》

3 QIAGEN “RNA-seq Analysis Portal ” 解析 (追加料金不要）

2群間や多群間 (ANOVA-like) での発現変動解析と生物学的解釈をサポートするパスウェイ解析等が可能！
▪ 標準的な解析結果に加えてQIAGEN社の“RNA-seq Analysis Portal” による追加解析もご使用頂けます。
▪ 初めての方にも簡単かつ無償のクラウドベース解析システムでパスウェイ解析やバイオマーカー発見をサポートします。
▪ QIAseq RNA-seq Kitで得られたFASTQファイルをアップロードするだけで、一次解析から生物学的解釈までが、わずか３ステップで完了します。バイオインフォマティクスの専門的な知識やトレーニング、コンピュータリソースの追加は不要です。

全体の遺伝子発現解析結果を俯瞰して確認可能

シークエンス サマリー➢

主成分分析 (PCA)： 遺伝子発現データの全体の傾向確認し、サンプル毎に発現パターンが似ているものをグループ化。
ばらつき、外れ値など確認可能。

➢

RNAバイオタイプ： RNAのバイオタイプ毎（Protein coding,lncRNA, Intron, rRNA, ect.）に、マップされているリード割合を表示➢

ボルケーノプロット： 2群間の発現変動をX軸に、統計的優位差であるP値をY軸に配した散布図。

➢リード/UMI： リードマッピング率や分子バーコード（UMI）の数などの結果のサマリー➢

ヒートマップ： 遺伝子発現パターンが似ているデータをグループ毎にクラスタリング。

➢ベン図： 発現変動遺伝子グループ間の重複度合の確認。

ヒートマップ、ボルケーノプロット、パスウェイ解析結果などが同一画面で確認可能。Fold changeなどの閾値設定の変更とパラレルにヒートマップなどの変化を動的にご覧いただけます。

発現変動解析の結果
ボルケーノプロット

遺伝子リスト発現減少

ヒートマップ

発現上昇

全サンプルでの遺伝子発現量の大小をカラーパターンとして簡単に見ることができます

パスウェイの選択や閾値設定を変更することにより、有意な差異があると思われる遺伝子の絞り込みが可能

パスウェイ解析結果

各パスウェイを選択すると関連する遺伝子が表示
ボルケーノプロットやヒートマップで確認可能

閾値設定

データセットの隠れた情報を特定し、新たな仮説を立てる際に有用なパスウェイ解析！
実績あるIPA (Ingenuity® Pathway Analysis）と同じデータベース、QIAGEN Knowledge Baseをもとに、不活性化されているパスウェイの予測、上流の制御因子の 予 測 、 下 流 の 生 物 学 的 プ ロ セ ス や 疾 患 情 報 な どをTOP10までアウトプット可能です。
遺伝子発現の生物学的意義を理解するのに役立ちます。
※1 QIAGEN Knowledge Baseは、20年以上に渡り、博士課程レベルのキュレーターがトップジャーナルの論文からキュレーションした知見を蓄積して構築されたデータベースです。
※2 一部、IPAに含まれていて、RNA-seq Analysis Portalには含まれていないデータベースもあります。

・対応生物種： ヒト・マウス・ラットその他15種類の生物種に対応（右表の18種）
・対象アプリケーション： RNA-seq および miRNA-seq※対応生物種や対象アプリケーションは、今後も増えていく予定です。

p値/Fold change の閾値設定を自由に変更できます

Biologicalinsights
for miRNA

CommonName

Scientific Name

miRNA

Thale cressArabidopsis thaliana✓✓CowBos taurus✓✓

Roundworm

Caenorhabditis
elegans✓✓

RNA

Biologicalinsightsfor RNA✓

Dog

Canis lupus familiaris✓✓

Zebrafish

Danio rerio

✓

✓

✓

Fruit flyDrosophilamelanogaster

✓

✓

✓

HourseEquus caballus✓✓

ChickenGallus gallus

✓

Human

Homo sapiens✓

Crab-eating
macaque

Macaca fascicularis

Rhesus macaque

Macaca mulatta

✓

Mouse

Mus musculus✓

Rainbow trout

Oncorhynchus mykiss

RabbitOryctolagus cuniculus✓Rat

Rattus norvegicus✓

Baker's yeast(brewer's,budding)

Saccharomyces
cerevisiae
Schizosaccharomyces
pombe

Fission yeastPigSus scrofa✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓✓※Biological Insights にチェックが無いものは、発現解析のみ。パスウェイ解析は今のところ未対応。
QIARNASEQ-V01-02-00-230407

4 発現解析もセットなので安心！ (追加料金不要）

標準的な発現解析結果、fastqやBAMファイルなどのデータとセットで納品。初めての方でも安心です！
遺伝子発現量一覧

gene_id

Gene information
ref_gene_id

サンプルクラスタリング
Expression level (FPKM)
S2
S3
S4

gene_name

S1

ENSG00000000005.5

ENSG00000000005.5

TNMD

0.004

0.000

0.000

0.000

0.023

S5

ENSG00000000938.8

ENSG00000000938.8

FGR

0.000

0.000

0.017

0.004

0.000

ENSG00000000971.11 ENSG00000000971.11

CFH

0.005

0.009

0.004

0.004

0.020

ENSG00000001460.13 ENSG00000001460.13

STPG10.081

0.113

0.100

0.160

0.096

ENSG00000001461.12 ENSG00000001461.12

NIPAL3

0.165

0.253

0.108

0.123

0.174

ENSG00000001561.6

ENPP4

0.258

0.183

0.242

0.410

0.284

ENSG00000001561.6

遺伝子ヒートマップ・クラスタリング

遺伝子発現比較

遺伝子オントロジー解析（ヒト・マウスなど）
ID

Ontology information
Description

GO:1990266

neutrophil migration

Ratio
GeneRatio BgRatio
9/132

34/9712

pvalueTest statistics
p.adjust
qvalue4.73E-10

1.23E-06

8.40E-07

GO:0008284

positive regulation of cellproliferation

25/132465/9712 2.65E-09

2.10E-06

1.43E-06

GO:2000147

positive regulation of cell
motility

18/132242/9712 4.00E-09

2.10E-06

1.43E-06

Details
gene ID

Ontology

C5AR1 / CCL26 / CD74 / IL1R1 / PDE4D / S100A8 / S100A9 / TGFB2 /TREM1AKR1B1 / AKR1C2 / AKR1C3 / AQP1 / BMP6 / BTC / C5AR1 / CCL26 /CD74 / EDN1 / EGR1 / HEY2 / ID2 / IL11 / LIF / MEF2C / MYOCD /NFATC2 / NR4A3 / PBX1 / PLAC8 / PTGS2 / SHC4 / SOX4 / TGFB2ANGPT1 / C5AR1 / CCL26 / CD74 / DEFB1 / EDN1 / ICAM1 / IL1R1 /CEMIP / LGR6 / LRRC15 / NOX4 / P2RY6 / PTGS2 / SEMA6C / SNAI1 /TGFB2 / TNFAIP6BPBP
BP

5 de novo アセンブリにも対応！

参照できるゲノム情報が無い生物種の遺伝子発現解析や、新規バリアント探索にも。

⚫

解析オプション

用途納期価格de novo アセンブリ

参照ゲノム・遺伝子情報のない生物種の発現解析など+ 2 週間／生物種+ 90,000 円／生物種（税込 99,000 円）※ 通常の解析納期に追加となります※ 通常の解析価格に追加となります

de novo アセンブリではRNA精製オプションは oligo-dT ビーズ精製をお勧めします。 3’トランスクリプトーム解析には対応していません。

6

Small RNA-seqも受託いたします！

QIAGEN “RNA-seq Analysis Portal ”をご利用いただけます。

miRNAなどの発現解析に※1。エクソソームからのRNA抽出サービスも用意しています。
シーケンス

リード数 ／サンプル

納期※2

価格／サンプル75bp シングルリード（Illumina）

30M リード／サンプル

約 4 ~ 5 週間

75,000 円 （税込 82,500 円）

お送りいただく RNA 量

10 ng 以上

RNA抽出サービス
エクソソーム

純度A260 / A280 > 1.8, A260 / A230 > 1.8

お送り頂くサンプル

価格／サンプル

分離・濃縮して凍結したエクソソーム

5,000 円 （税込 5,500 円)

細胞培養液

15,000 円 （税込 16,500 円）※1： miRNAデータベースに登録がある生物種が対象となります。詳しくはお問い合わせください。
※2：繁忙期には、納期が長引いてしまう場合がございます。ご了承ください。

当パンフレットの商品はキアゲン社の製品を中心に使用しています。

株式会社ダナフォーム〒230-0051 神奈川県横浜市鶴見区鶴見中央 2-6-29
アスク・サンシンビル 3F
TEL : 045-508-1539 FAX : 045-510-0608
E-mail : qiagen＠dnaform.jp URL : http://dnaform.jp/ja/