2017.08.08版

プラスアルファの内容です

NGS解析（初～中級）
ゲノムアセンブリ後の各種解析の補足資料（プラスアルファ）

東京大学・大学院農学生命科学研究科
アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム
寺田朋子、門田幸二

Aug 29-30 20171

Contents
Gepardでドットプロット
 連載第8回W5-3で最も長いsequence1同士のドットプロットを実行できなかったが、Gepardというプログラムで実行可能。
 動かせなかったらすぐに諦めるのではなく、「少ないメモリで動かせるもっといいプログラムがあるはず!」という視点で探すべし!
BlastViewerの新しいバージョンもある 連載第8回W7-2でBlastViewer ver. 2.2を利用したが、よく調べるとver. 5.2.0が存在します。

Aug 29-30 20172

Googleで①それっぽいキーワードで検索した結果。②Wikipediaのページを眺めてみる

ウェブ検索
①

②

Aug 29-30 20173

①ページ下部に移動

Wikipediaのドットプロット①

Aug 29-30 2017

4Wikipediaのドットプロット①このあたりまで移動して、②Softwareto create plotsのところで手を止める②①

Aug 29-30 20175

①H29年度講習会スライド94-で用いたseqinrというRパッケージもちゃんとリストアップされている。②genome scaleの大きさの配列に対してもドットプロットしてくれる③Gepardというものもあるようだ

Gepardよさそう③②①

Aug 29-30 20176

①PubMed上で、②「gepard dotplot」で検索すると、③原著論文が見つかりました

原著論文もある①②③

Aug 29-30 20177

原著論文もある①ページ下部に移動すると、100回以上引用されていることがわかります。②
このURLにアクセスすればいいようだ①②
http://mips.gsf.de/services/analysis/gepard
Aug 29-30 20178

①Gepardのページにアクセスしたところ。②ここでも原著論文情報がありますね。③ページ下部に移動してプログラ
ムをダウンロードできるところを探す

Gepardのページ

③

①

②

Aug 29-30 2017

Krumsiek et al., Bioinformatics, 23: 1026-1028, 20079

GepardはJavaプログラム①

Aug 29-30 2017

①GepardはJavaプログラムであることがわかります。②Version5.0以上という条件があるようです②10Javaバージョン確認Linux上でのJavaのバージョン確認は①「java -version」です（第4回W9-2）①

Aug 29-30 201711

Javaバージョン確認①java version 1.7.0_79は、Java
Runtime Environment 7.0という意味。
②要求(5.0 or later)を満たしています①②

Aug 29-30 2017

12

見るだけ

ダウンロード①①DOWNLOADの、②jar fileのところでクリックして、（移動が楽なので共有フォルダに）③保存②③

Aug 29-30 2017

13

見るだけ

ダウンロード①共有フォルダ（~/Desktop/mac_share）上で、②Gepard-1.4.0.jarが見えていればOKですが…

①②

Aug 29-30 2017

14

見るだけ

ダウンロード

①backupディレクトリ（~/backup）上にも、②Gepard-1.4.0.jarがありますのでご安心ください①②

Aug 29-30 2017

15

実行

①お約束の呪文（java –jar ファイル名）を唱えて起動。ここではLinux上で起動していますが、ホストOS上でダブルクリックでの起動でも構いません①

Aug 29-30 201716

GepardのGUI版が起動します。①ここで比較したい2つのファイルを指定します。コマンドラ
イン上での実行方法をまだ把握していません

実行①

Aug 29-30 201717

①両方に~/Desktop/mac_share/result/sequence1.faを指定したところ。②Create dotplot

実行
①

②

Aug 29-30 201718

①作成中です。10秒ほどで…

作成中…

Aug 29-30 2017

19

作成完了

Aug 29-30 2017

確かにsequence1同士のドットプロットをあっさりと描画してくれました!

20

部分的に拡大したい場合①こんな感じでマウスドラッグで拡大したい領域を指定して、②update dotplot。

①②

Aug 29-30 2017

21

おお!

部分的に拡大したい場合

Aug 29-30 201722

①Advanced mode

画像を保存したい場合①

Aug 29-30 201723

画像を保存したい場合

こんな感じになります。①下部に移動①

Aug 29-30 201724

①Export image

画像を保存したい場合①

Aug 29-30 201725

画像を保存したい場合①jpeg形式で保存できるようですね。
ここでは共有フォルダ上に保存します①

Aug 29-30 201726

画像を保存したい場合①共有フォルダ上で、②seq1_115304と打って、③Save①③

Aug 29-30 201727

無事保存されたようです。①OK

画像を保存したい場合①

Aug 29-30 201728

保存されたファイルは①seq1_115304.jpegというファイル名になっていますね。②中身②①

Aug 29-30 201729

Contents
Gepardでドットプロット
 連載第8回W5-3で最も長いsequence1同士のドットプロットを実行できなかったが、Gepardというプログラムで実行可能。
 動かせなかったらすぐに諦めるのではなく、「少ないメモリで動かせるもっといいプログラムがあるはず!」という視点で探すべし!
BlastViewerの新しいバージョンもある 連載第8回W7-2でBlastViewer ver. 2.2を利用したが、よく調べるとver. 5.2.0が存在する、という話

Aug 29-30 201730

W7-2：BlastViewer①Korilogというところが提供しているBlastViewerのウェブページ。②Windows版と③Macintosh版ともにver. 2.2。このページは、「blastviewer」でウェブ検索した上位に存在します①②③
Aug 29-30 201731

blastviewerで検索①「blastviewer」でウェブ検索した結果。さきほどの②Korilogというところが提供しているBlastViewerのウェブページはこちら。今着目しているBlastViewer
ver. 5.2.0は、③ページ下部にあります①③②

Aug 29-30 201732

blastviewerで検索①今着目しているBlastViewer ver.
5.2.0は、こちらのGitHubのサイト①

Aug 29-30 201733

このGitHubのサイト上で、①WikiGitHubのBlastViewer①

Aug 29-30 2017https://github.com/pgdurand/BlastViewer

34

①Releases

GitHubのBlastViewer①

Aug 29-30 2017https://github.com/pgdurand/BlastViewer/wiki

35

GitHubのBlastViewer①これ（blastviewer-5.2.0.jar）をダウンロードすれば使えます①

Aug 29-30 2017https://github.com/pgdurand/BlastViewer/releases

36①まずはGepardを終了

Bio-Linux上でやると…
①

Aug 29-30 201737

①CloseBio-Linux上でやると…

①

Aug 29-30 201738

共有フォルダに移動

Aug 29-30 2017

この状態から、場所はどこでもいいといえばいいのですが、とりあえず共有フォルダに移動します39①cd, pwd, ls

共有フォルダに移動①

Aug 29-30 201740

①「wget –c 」

wget

①

Aug 29-30 201741

①そのままjarファイルを共有フォルダにダウンロードするのでもよいが、ここでは右クリックで②ショートカットのコピーでwgetに必要なURL情報をコピーした

wget

①

①

①
Aug 29-30 201742

①Pastewget①

Aug 29-30 201743

①リターンwget①

Aug 29-30 201744

wget完了①lsで確かに約10MBのjarファイルがあることを確認。作業ディレクトリは共有フォルダなので?!、デフォルトでjarファイルに実行権限がついている①②Aug 29-30 201745

実行①jarファイルのありかはここなので、②cdでホームディレクトリに移動した状態でも、③のような感じで相対パス指定すればblastviewer-5.2.0.jarファイルを実行できます①②③

Aug 29-30 201746

GUI起動

BlastViewer ver. 5.2.0起動直後の状態。
①Openで、Blast実行結果のxml形式ファイル（sequence1_blast.xml）を読み込む①

Aug 29-30 201747

Blast実行結果のxml形式ファイル（sequence1_blast.xml）は、~/Desktop/mac_share/resultディレクトリにあります

読み込み

①

Aug 29-30 201748

①Blast実行結果のxml形式ファイル（sequence1_blast.xml）
を選択して、②Open

読み込み

①②

Aug 29-30 201749

こんな感じ読み込み後

Aug 29-30 201750