令和 5 年 12 月 21 日作成

株式会社 関西総合鑑定所

低未利用土地の利活用促進に向けた
長期譲渡所得 100 万円控除制度の利用状況について

1. 低未利用土地の譲渡に係る 100 万円控除制度について〇目的
地方部を中心に全国的に空き地・空き家が増加する中、新たな利用意向を示す者への土地譲渡を促進し、土地の有効活用を通じた投資の促進、地域活性化、更なる所有者不明土地の発生の予防を図ることを目的とする制度です。

〇概要
個人が、令和 2 年 7 月 1 日から令和 7 年 12 月 31 日までの間において、都市計画区域内にある一定の低未利用土地等を 500 万円（一定の場合※1 には、800 万円）以下で売った場合には、その年の低未利用土地等の譲渡に係る譲渡所得の金額から 100 万円を控除することができます。なお、その譲渡所得の金額が 100 万円に満たない場合には、その譲渡所得の金額が控除額になります。
※1 一定の場合とは低未利用土地等が下記の①又は②の区域内にある場合を指します。
①市街化区域又は区域区分に関する都市計画が定められていない都市計画区域のうち、用途地域が定められている区域②所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法に規定する所有者不明
土地対策計画を作成した市町村の区域（①の区域を除く）〇要件
上記制度を利用するための要件は、下記の通りです。
１）譲渡した者が個人であること。
２）売った土地等が、都市計画区域内にある低未利用土地等（※2）であること。

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株式会社 関西総合鑑定所※2 本特例措置の適用対象となる低未利用土地等の詳細①都市計画法第 4 条第 2 項に規定する都市計画区域内にある②低未利用土地（居住の用、業務の用その他の用途に供されておらず、又はその利用の程度がその周辺の地域における同一の用途若しくはこれに類する用途に供されている土地の利用の程度に比し著しく劣っていると認められる土地）又は当該低未利用土地の上に存する権利であって、③本特例措置を適用しようとする土地等が低未利用土地等に該当すること及び当該低未利用土地等について、買主が取得後に利用する意向があること等を市区町村が確認したもの
３）譲渡の年の 1 月 1 日において、所有期間が 5 年を超えること。
４）売手と買手が、親子や夫婦など特別な関係でないこと。
※特別な関係には、生計を一にする親族、内縁関係にある人、特殊な関係のある法人なども含まれます。
５）売った金額が、低未利用土地等の上にある建物等の対価を含めて 500 万円（一定の場合 800 万円）以下であること。
６）売った後に、その低未利用土地等の利用がされること。
７）この特例の適用を受けようとする低未利用土地等と一筆であった土地から前年または前々年に分筆された土地またはその土地の上に存する権利について、前年または前々年にこの特例の適用を受けていないこと。
８）売った土地等について、収用等の場合の特別控除や事業用資産を買い換えた場合の課税の繰延べなど、他の譲渡所得の課税の特例の適用を受けないこと。

〇手続きの流れ
上記制度を利用するための具体的な方法は下記の通りです。
１）売主から、物件所在地の市区町村へ「低未利用土地等確認書」の交付申請
２）市区町村が（宅建業者等と連携して）確認を実施［

提出書類 ］①低未利用土地等確認申請書②申請のあった土地等に係る登記事項証明書③売買契約書の写し④譲渡前の状態が低未利用土地等であることを確認する書類（下記のいずれか）➢ 宅地建物取引業者による広告（現況更地・空き家・空き店舗である旨を表示
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株式会社 関西総合鑑定所したもの）➢ 電気、水道又はガスの使用中止日が確認できる書類➢ その他要件を満たすことを容易に認めることができる書類（上記書類が用意できない場合）⑤低未利用土地等の譲渡後の利用について確認する書類※なお、提出書類は各自治体によって異なる可能性があります。申請時は対象地の所在する市区町村の担当窓口にて、再度必要書類をご確認ください。
［確認の内容 ］①譲渡された土地・建物が都市計画区域内にある低未利用土地等であること。
②買主が購入した土地・建物を利用する意向があること。
➢ 宅建業者が仲介を行う場合：宅建業者が買主に利用意向を確認し、宅建業者・買主が署名した様式を提出。
➢ 相対で取引を行う場合：買主が利用意向を記載し、署名した様式を提出。
③その他の要件➢ 譲渡の年の 1 月 1 日において所有期間が 5 年を超えること。
➢ 申請のあった土地等と一筆であった土地から前年又は前々年に分筆された
土地等につき、確認書を当該申請者に交付した実績

３）市区町村が確認書を発行※なお、確認書の発行は特別控除の適用を確約するものではありません。また、確認書の発行には時間がかかり、確定申告の時期には混雑が予想されます（京都市では申請書の受理から確認書の発行まで通常 10 日程度（閉庁日除く）かかり、書類不備によってはさらに時間を要することがあります）。そのため、確定申告に間に合うよう、申請はなるべく早めに行うことが望ましいと言えます。
４）管轄税務署にて確定申告［申告の方法 ］
確定申告書にこの特例の適用を受ける旨を記載するとともに、一定の書類を添付する必要があります。

［申告先等 ］
所轄税務署

［添付書類 ］
①譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）［土地・建物用］②売った土地等の所在地の市区町村長の、次のイからニまでに掲げる事項を確認
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した旨並びにホ及びヘに掲げる事項を記載した書類
イ 売った土地等が都市計画区域内にあること
ロ 売った土地等が、売った時において低未利用土地等に該当するものであること
ハ 売った土地等が、売った後に利用されていること又は利用される見込みであること
ニ 売った土地等の所有期間が５年を超えるものであること
ホ 売った土地等と一筆であった土地からその年の前年又は前々年に分筆された土地の有無
ヘ 上記ホの分筆された土地等がある場合には、その土地等につきこの②の書類のその土地等を売った者への交付の有無③売った金額が、低未利用土地等の上にある建物等の対価を含めて 500 万円以下であることを明らかにする書類（売買契約書の写し等）（以下余白）

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2. 自治体による低未利用土地の譲渡に係る 100 万円控除制度の実施状況
国土交通省調査によると、各自治体による確認書交付実績及び低未利用地の譲渡前後における、利用方法の変化は下記の通りです。
（図 1）確認書の交付実績と平均交付件数
自治体による確認書交付実績

都道府県の平均交付件数（※3）（全都道府県に交付実績あり）

5,150 件

110 件

4,842 件

103 件

令和 2 年 7 月～
令和 3 年 12 月（※4）
令和 4 年 1 月～12 月（※5）※3 確認書は、申請のあった土地等について、都市計画区域内の低未利用土地等であることや、譲渡後の利用等について確認して自治体が発行するものであり、確認書の交付後、他の要件を満たさず、適用にならないこともあり得るため、税制特例措置の適用件数とは一致しない可能性があります。
※4 国土交通省調査（令和 4 年 2 月～3 月実施）
※5 国土交通省調査（令和 5 年 4 月～6 月実施）
（図 2）低未利用地における利用の変化と所有期間
譲渡前の状態
空き地 ： 55％
令和 2 年 7 月

空き家 ： 27％

～令和 3 年 12 月

空き店舗： 1％
その他 ： 17％
空き地 ： 55％

令和 4 年 1 月

空き家 ： 28％

～12 月

空き店舗： 1％
その他 ： 16％

譲渡後の利用住宅： 61％

工場・作業場 ： 3％
店舗： 2％

事務所

： 1％

その他

： 33％

住宅

： 62％

工場・作業場 ： 3％
店舗： 2％

事務所

： 2％

その他

： 31％

所有期間
51 年超

： 28％

41～50 年

： 17％

31～40 年： 16％

30 年未満

： 39％

51 年超

： 18％

41～50 年： 29％

31～40 年： 4％

30 年未満： 49％

なお、譲渡後の利用については住宅が約 6 割を占めていますが、上記その他の中に「その他の事業用途」を 10％程度含んでおり、商業用途（飲食店等）としても一定程度利用されているようです。

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3. おわりに
全国的に空き地・空き家が増加する中、令和 5 年度税制改正により譲渡価額が 800 万円まで引き上げられるなど、低未利用地の譲渡に関して制度の拡充が図られています。また、制度利用に当たって必要な確認書については全国で交付実績があり、譲渡後の利用方法についても多様な用途に供されているようです。
なお、制度利用に当たっては自ら確定申告で申請する必要がありますので、要件に該当するか否か悩まれる場合には、是非不動産の専門家にご相談ください。

（参考資料）
・国土交通省「土地税制（土地の取得・保有・譲渡に係る税制）★低未利用地の適切な利用・管理を促進するための特例措置について」（https://www.mlit.go.jp/totikensangyo/totikensangyo_tk5_000074.html）

・国税庁「No.3226 低未利用土地等を譲渡した場合の長期譲渡所得の特別控除」（https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3226.htm）
・京都市「所得税及び個人住民税の特例措置（低未利用土地等の譲渡による 100 万円控除）に係る確認書の発行について」（https://www.city.kyoto.lg.jp/tokei/page/0000273112.html）

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