GRAS-Di ® 概要
★ GRAS-Di：Genotyping by Random Amplicon Sequencing-Direct★ランダムプライマーによるゲノムワイドなアンプリコン増幅を利用

ランダムプライマー：

Sequence adapter

3塩基の任意配列（64配列パターン）※トヨタ自動車社発表資料より抜粋

GRAS-Di ®解析：ジェノタイピング結果イメージ
遺伝子座 1(アンプリコン 1)

遺伝子座 2(アンプリコン2)

遺伝子座 3(アンプリコン3,4)
アンプリ
コン3

アンプリ
コン1

父（C1）

アンプリ
コン2

母（C2）

遺伝子座 4(アンプリコン5)
アンプリ
コン5

アンプリ
コン4

子1

QUALITYD

C2 アンプリコン2

B

MARKERC1 アンプリコン1 CGGCAATAATCGCTCGTACATTTCCGTCGAGTCCAG TGCTGGACTCGACGGAAATGTACGAGCGATTATTG 109

PARENT

LEN

子2SEQ1SEQ2

リード数（補正後）
親1 親2（C1） （C2）

子1

ジェノタイプ子2

親1 親2
子1 子2（C1） （C2）ATCATGTCTCCCGACGGGAATAATACTGTCAATGAA GACCGGTTTGTTGTCGGCCCAGTCGGGCGCCCGATCAATCGGGCGCCCGACTGGGCCGACAAC
CCGTTCATTGACAGTATTATTCCCGTCGGG
ATCCGTAGTTAGCTTGGGCCTTTGGTGCACGTACAA CGAATCTATGCACTTTTGTTCTCACCTTCCCGCGCC
GCGCGACTATAATAATGCTTTTGCCCTTACGGGCAT TGCTAAGTGTACGTTTCTAGCGCTATAAGGGCCCA 999
ATAGATCGCTCGTACGCTCATCATCTGC
CGTGTTCCGATCTGTACACTGAAACGGGG
ACAGGGTCCACAAGGTGAGAGCGAGTTAGATACGAC TCATAGCATACGTTGCTTGATGGACGCCATCAAAGC1 アンプリコン3 CTATATAGTCTAGGGGCTATTTGCCATAGTAAAATGC GTCACTGTAGATCCCACGATTCGAGCCGATTAAAAAC2 アンプリコン4A

ALL アンプリコン5999
TCAGCACGCAGGTTGGGTTACTCGGTAACCTCGCATGAGTCCCCACAGGGTCCACAAGGTGAGAGCGAGTTAGATACGAC TCATAGCATACGTTGCTTGATGGACGCCATCAAAGCTATATAGTCTGGGGGCTATTTGCCATAGTAAAATGC GTCACTGTAGATCCCACGATTCGAGCCGATTAAAA 999
TCAGCACGCAGGTTGGGTTACTCGGTAACCTCGCATGAGTCCCCGCCTAGTTCGTCCGATTGTGCAAGTTCGTTCAGGTT ACTCTGCTTTAGCTCACAGATTCAGCATTGCTGGCA
TTTTAATAGTGCCTAACCAGTTACTAAATGAGTGTAT TGGGGGCATAGGCCGGGCTTTAACGTTCATACACT 137
GAACGTTAAAGCCCGGCCTATGCCCCC
CATTTAGTAACTGGTTAGGCACTATTAAAAA

C

59.1

0 H

A

H

A

0 832.3 888.1 795.3 A

H

H

H

A

H

H

0 35.3 A

H

A

H

30.5 18.3 15.4 29.7 H

H

H

H

27.5

0 39.90 13.3 39.9 H

0 27.6

アンプリコンの有り無しでジェノタイプを判定

GRAS-Di ®解析：共優性マーカー検出イメージ
アンプリコン1

グループ1

アンプリコン2
アンプリコン3
アンプリコン4
アンプリコン5
アンプリコン6

グループ2

A
A
A
A
A
A
G
GAAA
A
AA
GGGGGT…

T
T

グループ3配列でグルーピング

アンプリコン100

アンプリコン3GT

アンプリコン6

アンプリコン8

ペア ID

A

アンプリコン5C2アンプリコン5A

アンプリコン1C2アンプリコン3A

アンプリコン6C1アンプリコン6A

アンプリコン3seq2

アンプリコン1 ATATAGTCTAGGGGCTATTTGCCATAGTAAAATGCTCA CTGTAGATCCCACGATTCGAGCCGATTAAAAGGGTTACT 999

seq1C1ID

quality

アンプリコン9length

PARENT

グループ4CCC
A

分離比でフィルタリング

アンプリコン5

GGCCCACC

アンプリコン1

ACAGGGTCCACAAGGTGAGAGCGAGTTAGATACGACCT TCATAGCATACGTTGCTTGATGGACGCCATCAAAGGTCAGCACGCAGGTTCGGTAACCTCGCATGAGTCCCCACAGGGTCCACAAGGTGAGAGCGAGTTAGATACGACCT TCATAGCATACGTTGCTTGATGGACGCCATCAAAGGTCAATATAGTCTGGGGGCTATTTGCCATAGTAAAATGCTCA CTGTAGATCCCACGATTCGAGCCGATTAAAAGGGTTACT 999
GCACGCAGGTTCGGTAACCTCGCATGAGTCCCCGGATTTTATTGTGAATAGAAAAAAAAATGAATGAAATGG AATTATAGAAGTTAGTTTTAATATAAGGTAAAAAATAATGAAAAGAAATGTTGTGTGGGAAAATAATGGTAATAAGTAG AAGTATATGATTTGAAATAAAAATTAGAATGATGAAAAT 999
GATGGTAATGTTAATAATGGGAAAAAAAAAAAAGTTAGTTATAGGATTTTATTGTGAATAGAAAAAAAAATGAATGAAATGG AATTATATAAGTTAGTTTTAATATAAGGTAAAAAATAATGAAAAGAAATGTTGTGTGGGAAAATAATGGTAATAAGTAG AAGTATATGATTTGAAATAAAAATTAGAATGATGAAAAT 999
GATGGTAATGTTAATAATGGGAAAAAAAAAAAAGTTAGTTATA

配列の類似性でグループ分けして、分離比でふるい分け

GRAS-Di ®解析：マッピング結果イメージ
アンプリコン5
アンプリコン3

アンプリコン1

アンプリコン2

ATCATGTCTCCCGACGGGAATAATACTGTCAATG GACCGGTTTGTTGTCGGCCCAGTCGGGCGCCCGATTGCTGGACTCGACGGAAATGTACGAGCGATTATTアンプリコン1 AACGGCAATAATCGCTCGTACATTTCCGTCGAGTCCAGCAATCGGGCGCCCGACTGGGCCGACAAC GCCGTTCATTGACAGTATTATTCCCGTCGGG
ATCCGTAGTTAGCTTGGGCCTTTGGTGCACGTAC CGAATCTATGCACTTTTGTTCTCACCTTCCCGCGC

CTGCTAAGTGTACGTTTCTAGCGCTATAAGGGCCC
アンプリコン2 AAGCGCGACTATAATAATGCTTTTGCCCTTACGG
GCATATAGATCGCTCGTACGCTCATCATCTGC ACGTGTTCCGATCTGTACACTGAAACGGGG
ACAGGGTCCACAAGGTGAGAGCGAGTTAGATAC TCATAGCATACGTTGCTTGATGGACGCCATCAAAGGTCACTGTAGATCCCACGATTCGAGCCGATTAAAA
アンプリコン3 GACCTATATAGTCTAGGGGCTATTTGCCATAGTAAAATGCTCAGCACGCAGGTT
GGGTTACTCGGTAACCTCGCATGAGTCCCCACAGGGTCCACAAGGTGAGAGCGAGTTAGATAC TCATAGCATACGTTGCTTGATGGACGCCATCAAAGGTCACTGTAGATCCCACGATTCGAGCCGATTAAAA
アンプリコン4 GACCTATATAGTCTGGGGGCTATTTGCCATAGTAAAATGCTCAGCACGCAGGTT
GGGTTACTCGGTAACCTCGCATGAGTCCCC
GCCTAGTTCGTCCGATTGTGCAAGTTCGTTCAGG ACTCTGCTTTAGCTCACAGATTCAGCATTGCTGGC

ATGGGGGCATAGGCCGGGCTTTAACGTTCATACAC
アンプリコン5 TTTTTTAATAGTGCCTAACCAGTTACTAAATGAGTGTATGAACGTTAAAGCCCGGCCTATGCCCCC TCATTTAGTAACTGGTTAGGCACTATTAAAAA

Chr
43,216,785
01
Chr
1,155,87602
Chr613,758
03

4
1
1

Chr334,562
07
Chr
25,516,783
12
Chr616,789
03

42
1

Chr16,339,644
12
Chr
14,005,983
10
Chr
617,946
08

422

Chr
19,715,592
06
Chr
26,208,751
01
Chr
11,003,782
05

Chr
05

9,994,255

0

アンプリコンのマップ位置について複数の候補を記載

num
mitakespos

ref IDnum
mitakes

Pos

ref IDnum
mitakespos

ref IDSeq2

9 10 11 128

nummitakes

Seq1

7
pos

id6
ref ID

染色体 1 2 3 4 5523