RRStudio

R Markdown
基本・メニューのファイルの下、左端の＋マークから、R Markdown を選ぶ・メニューの File から New File で選ぶ
・Text File を選んでおいて、ファイル保存時に、拡張子 .rmd を付けて保存する。

■ Markdown の Help
・メニューの Help から Markdown Quick Reference を選ぶ■見出し■改行は、空行を一行入れる。
・ 強制改行は、行末にスペース二つ
・ 見た目二行でも、空行が入ってないと、結果、つながって表記される。

■書体■文字の色・HTML で指定する<font color = "red"> このデータを使用 </font>■特殊文字・ RMarkdown の中で使われる特殊文字のエスケープはバックスラッシュ一つ¥*¥#■箇条書き
・ 行頭に * か数字 .
・ 数字は何が書いてあっても、自動的に 1 からふってくれる・ 全部 1. にしておいた方が無難（見た目と結果がずれてしまう）
・階層は、■横線（トラブルのもとなので使わないほうが良い）‑‑‑1

■そのまま̀̀̀
そのままの文そのままの文̀̀̀■数式■引用> 引用文> 引用文■表・縦棒で区切る
・一番上が見出し・二行目が配置の設定（コロンの位置）
・コロンが左 左寄せ・コロンが右 右寄せ・コロンが左右 中央（|:---:|）

ヘッダー部分の設定
・https://qiita.com/kazutan/items/726e03dfcef1615ae999
・https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html■タイトル
title:
subtitle:abstract:■テーマ
theme:・ theme 一覧
https://bootswatch.com/3/■ TOC 目次オプション toc: true・ toc_depth: 数字 で深さ設定
・ toc_float: true で固定ではなくて浮くように・ number_sections: true で番号付きに■ 日付と時間date:・ 自動で入れる2

date: "̀r Sys.time()̀"・ ただし、これでは、明示的に、いつかいた文書かがわからなくなる。
・ Knit した時点での日付と時間になる■使用例

chunk コード
■文書全体にわたるオプションのデフォルトの設定は、最初にknitr::opts̲chunk$set()で、設定しておく。
・RMarkdown のファイルを作るとデフォルトでknitr::opts̲chunk$set(echo = TRUE)となっている。

■ R のコード■コードのオプション
・```{r sample} のように名前を付けておくこともできる・```{r, include=FALSE} コードは実行されるが、コードも結果も表示されない・```{r, echo=FALSE} コードを表示せず、実行結果だけ出力・```{r, eval=F}

コードは表示されるが実行されない・```{r, results='hide'}

コードは実行されるが Knit のレポートには表示されない■警告を出さないwarning=F■メッセージを出さない
message=F■プロットの結果出力のオプション
・fig.height = 7
・fig.width = 73

・fig.align = "left"
・fig.cap = " キャプション "・dpi = 72■インラインコード
・文中に `r コードを描く ` としておけば、コードの実行結果がそこに出力される。

その他■画像の挿入・Rmd ソースコードと同じフォルダーに入れておくのが簡単![ 表示される文字 ]( 画像ファイル名 )![NICER1.3](NICER1̲3info.png)

・ 画像のサイズの調整 {width=80%}■コメント・ 命令を書く部分（code chunk）では、該当行を選んでおいて、Ctrl+Shift+C■データフレームの見やすい表示 kable()・ コードチャンク内で、データフレームを指定する
kable( データフレーム )・ もしくは、ヘッダー部分で以下のように記述すれば全体がそうなる・ "paged" という形式もある書き終わったら、上の Knit をクリックすると、レポートが作成される。
・HTML での書き出しでのオプション
・toc: true で目次作成
・toc_float: true で左に目次表示
・number_sections: true で見出しに通し番号付与
・html_document のところ、コロン忘れずに■グラフのサイズの調整：fig.width= インチ , fig.height= インチ
̀̀̀{r, fig.width=15, fig.height=10}・ これで縦横比を調整すればよい
̀̀̀{r, fig.width = 10, fig.height = 4}4

■ knit ディレクトリーに注意
・RMarkdown で記述しながら、Chunk を実行していく際に、スクリプトやコンソールで設定している作業ディレクトリーとは別に、Knit Directory で設定するディレクトリーが別にあるので注意。
・Document Directory
・Project Directory・・スクリプト内で setwd() で作業ディレクトリーを変更しても、チャンク内の一連の処理が終わったら、また、元のディレクトリーに戻ってしまう。
・Knit Directory が変更されない限り、ドキュメント内での作業ディレクトリーは、チャンク内の setwd() でセットしたディレクトリーではなく Knit Directory で設定されているディレクトリーのままになっている。Knit のメニューから手動で変更する必要がある。

BibTeX 文献の引用と文献リストの作成
・ なんと、LaTeX のように使える。

■準備
・参考文献を BibTeX 形式のテキストファイル（例 LCR.bib）で用意し、RStudio で読み込んでおく。
・ 文字コードは UTF-8 にしておく。SHIFT-JIS だとエラー。
・Rmarkdown のヘッダー部分で、bibliography: LCR.bib のように、使用するファイルを指定する。

■執筆
・RMarkdown 文書中で、引用個所を LaTeX のように、記述する。
・ @ の後ろに各文献の引用コードを書く。

■出力・ ただ普通に、Knit するだけ。
・ 本文中に著者名と年号が挿入され、・文書の最後に、参考文献一覧が整形されて付け足される。
・文書の最後に「 # References」と書いておけば、その下に、文献一覧が並ぶ。

論文の原稿を作る際のコツ・ セクションの見出しは #・ サブセクションは、##・ コードチャンクに、それが何をするものか説明を書いておく̀̀̀{r エクセルファイルからデータ読み込み }5

・数式は TeX 形式で表記可能
・図の出力は、plot() でなく、チャンクオプションで、デバイスで画像出力
̀̀̀{r, dev="png"}・ 二種類ほしかったら
̀̀̀{r, dev=c("png", "jpg")}

https://www.njtierney.com/post/2018/02/28/three-r-tips/
・最初から、全部
knitr::set̲opts(dev = "jpg")■ Writing Reproducible Research Papers with R Markdown
https://resulumit.com/teaching/rmd_workshop.html

References
・https://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown/0002
・https://gihyo.jp/admin/serial/01/r-markdown/0003
https://epirhandbook.com/jp/rmarkdown.html
・https://mom-neuroscience.com/r-rmarkdown/
・https://blog.atusy.net/2021/01/21/rmd-bs4/
・スタイルの変更
・宋財 &#27883; (Jaehyun Song)・矢内勇生 (Yuki Yanai)「私たちの R: ベストプラクティスの探究」https://www.jaysong.net/RBook/
・R Markdown: The Definitive Guide
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/
・ R Markdown from RStudiohttps://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html
https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html#r_markdown%E3 %81 %AE%E6 %9 B%B8 %E3 %81%8D%E6%96%B9
https://www.docswell.com/s/3818391906/521P6K-2022-04-16-132212#p1
https://youtu.be/dbljY7jxrSA

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