筑波大学 計算科学研究センター 平成 30 年度 年次報告書

V. 生命科学研究部門
V-1.

生命機能情報分野

メンバー
教授

重田 育照

准教授

原田 隆平

助教

庄司 光男

助教

栢沼 愛

助教

西澤 宏晃

研究員

鬼頭-西岡 宏任

学生

大学院生

5 名、学類生2名

概要
生命機能情報分野では、生体内で重要な働きをしている蛋白質と核酸に注目し、その原子レベルでの特異的機能を理論的に解明することを目的としている。平成 30 年度は、光合成酸
素発生中心 (PSII-OEC) の反応機構、宇宙空間におけるアミノ酸生成機構・アルコール分解機
構、分子動力学シミュレーションによるナノキューブ形成機構、三重項-三重項消滅に基づく
フォトン・アップコンバージョンの理論的研究、シングレットフィッション過程の理論研究、
ナトリウム含有遷移金属酸化物の物性解明が大きく進展した。これらの研究では、センターのスーパーコンピューター（HA-PACS、COMA）を利用している。センター内の共同研究として宇宙物理研究部門および高性能計算システム研究部門と連携し、Post K 萌芽的課題やCREST の研究課題を行なった。また、平成 27 年度より分子進化分野とも共同研究を続けて
いる。

研究成果
酵素反応機構の解明
1. 光化学系 II 酸素発生中心(PSII-OEC)おける水分解反応機構の理論的解明
光化学系 II (PSII) では光エネルギーを利用して水分解反応 (2H2O + 4hv → O2 + 4H+ + 4e–)を触媒している。本系は生体による効率的な光エネルギー変換システムとして極めて重要であり、現在、その反応機構の解明が非常に注目されている。
PSII の反応サイクルは 4 つの（準）安定な S 状態を経由すると考えられている。この S 状態遷移の中でも、S3→S0 遷移は酸素―酸素結合、酸素分子放出、基質水分子の Mn クラスター
への挿入、MnCaO5 クラスター骨格の再構築が含まれ、非常に複雑な化学反応を伴う。高精度- 110 ─ 110 ─

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電子状態計算 (QM/MM) により、S3→S0 遷移に含まれる O-O 結合形成を検討し、２つの新しい機構を提唱した[1,5,7]。非断熱電子移動 (NA-CT) 機構 [1] と非ラジカルカップリング(CBS) 機構[5,7]である。酸素分子放出は水分子挿入と協奏過程であることを明らかにした[2]。
また、Mn クラスターに存在する Ca イオンが水分子導入に重要な役目を果たしていることも明らかにした。複雑な化学反応を効率良く自動的に探索するアルゴリズムも新規に提案した。
Mn 錯体の高酸化状態の電子状態については高精度な多参照電子状態理論 (DMRG 等) で精密に評価した。
2. ビリルビンオキシダーゼの活性中心構造変化と触媒機構についての理論解明 [5,7]ビリルビンオキシダーゼ (BOD: Bilirubin Oxidase) は活性中心に 3 種類の Cu イオンを 4 原子 (Type 1 Copper (T1Cu) と Type 2 Copper (T2Cu)、Type 3 Copper (T3Cu)) 含有している。T1Cu
部位でビリルビンは酸化され、電子は T2Cu と 2 つの T3Cu で構成される三核銅中心 (TNC:
Trinuclear Copper Center) に移動し、O2 を H2O に 4 電子還元する。BOD は、触媒活性が安定しているため、疾病の原因であるビリルビンに対する検査薬や酵素燃料電池の電極への応用
研究がなされている。Cu イオンの配位子の違いにより、立体構造や酸化還元電位に顕著な違いが現れることについての理論解明を行った。野生型 (WT: Wild type) と変異型 M467Q(Met467Gln) の高解像度の X 線結晶構造を基に、量子力学/古典力学混合 (QM/MM) 法を用いて、酸化還元電位の変化や反応中間体の同定についての理論的解明を行った。WT と変異型
(Met467Gln: M469Q) の T1Cu 近傍の立体構造を再現できることを確認した[5]。
次に、4 電子還元過程による 4 個の Cu イオンの構造変化と電子状態の変化について理論解析した。触媒サイクル中の初期構造である RO (Resting Oxidized) 状態では μ2-OH を持つ RO1
状態よりも μ3-oxo を持つ RO0 の方が 24.9 kcal/mol も安定であった。NI 状態における Löwdin
のスピン密度を解析すると、NI 状態は完全酸化型であるが ρ(T1Cu) = 0.00 であったことから、
NI 状態にプロトンを一つ加えた NI H+ 状態が安定な native intermediate の候補であると予測した。これらの触媒サイクルの中間体候補と、WT BOD と M467Q BOD の還元過程での分子軌
道の変化を解析し、本論文で提案した新たな中間体候補を含む新しい触媒サイクルを解明した。T1Cu 周囲の構造変化自体が非常に小さいことや、TNC を構成する T2Cu と T3Cu で作る
距離は各中間体の構造で変化が大きいことに注目し、T2Cu と 2 つの T3Cu 原子によって形成される三角形の面積に比例する新しい指標 l を用いることで、それぞれの BOD の構造変化を特徴づけた。指標 l は, 酸化型と還元型の構造を良く分離し、TNC の酸化状態の良い指標となることを示した。

データ駆動型分子動力学シミュレーションの開発と応用
我々はこれまで、超並列カスケード選択型分子動力学シミュレーション（PaCS-MD）法を開発し、タンパク質の折りたたみやドメイン運動などの遅い過程の構造変化の解析を行って- 111 ─ 111 ─

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きた。PaCS-MD ではこれまで初期構造の選択の際に終構造などの情報を事前に与えていた。
同じアルゴリズムを用いて、実験から得られる低解像度の構造データ（例えば SAXS や CryoMD）と MD で得られた構造に基づく理論計算データの差を小さくする構造を探索することが可能である。そこで平成 30 年度は、実験データとの類似度を用いて PaCS-MD を実行する
ことにより、低解像度の構造データを再現する MD 構造を探索する計算手法を開発した。また、実験データとの非類似度を利用することで、構造遷移を誘起可能であることを示した。
SAXS-/EM-駆動型PaCS-MDの応用例として、リジン-アルギニン-オルニチン結合 (LAO) タン
パク質を選択した。LAOタンパク質はOpen状態構造とClosed状態構造のX線結晶構造が決定されており、Open-Closed構造遷移をPaCS-MDを用いて誘起した。PaCS-MD の１サイクルは100psのMDシミュレーション (T = 300 K, P = 1 bar) を10個の独立な初期構造から実行した。
SAXS駆動型PaCS-MDのサンプリング効率を示すために、図1にSAXSのプロファイルを計算した。図1にターゲットデータ（緑）、初期構造（青）、SAXS駆動PaCS-MDデータ（赤）をそれぞれ示す。初期構造では、q = 0.15からq = 0.4においてターゲットデータから著しく外れていたが、SAXS駆動PaCS-MD後に得られた理論SAXSプロファイルは、目標となる実験データのプ
ロファイルを良好に再現し、ほぼ完全に重なっていた。SAXS駆動PaCS-MDによって得られた生成物（Closed状態構造）から測定した最小Cα RMSDは0.8Åであり、Closed状態構造に関して高い分解能の構造が得られたことを示している。興味深いことに、SAXSデータが3次元の1次元平均
回折パターンを表していたとしても、SAXS駆動型PaCS-MDはレアイベントである構造遷移を誘起し、最終構造の細密化に成功している。この結果は、LAOタンパク質のOpen状態構造とClosed状態構造の二次構造のポーズのおよびトポロジーの類似性に起因している。故に、本手法が低解像度の実験データから妥当な高分解能の原子レベルの構造を生じる可能性があることを示している。
EM 駆動型 PaCS-MD に関しても、Open-Closed 構造遷移が再現された。図 1(b)は、Closed 状態構造との Cα RMSD が最も小さいスナップショット（青）を X 線構造（赤）・EM データ（網掛け）に重ねたものである。得られた構造は、いくつかの柔軟なループ領域を除いて X 線構造とほぼ一致しており、EM 駆動型 PaCS-MD の有効性が検証できた。

(a)

図1

(b)

(a) SAXS のデータ（緑：実験、青：PaCS-MD の初期構造、赤：PaCS-MD の終構造、(b) Cryo-EM データ（網掛け）、青：PaCS-MD の終構造、赤：X 線結晶構造.
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筑波大学 計算科学研究センター 平成 30 年度 年次報告書

教育【卒業研究発表】松本悠路、「MD 計算を用いたアポ体・ホロ体シトクロム c の安定性解析」
柳 昴輝、「環状ジペプチドの安定構造における系統的な傾向と特徴【修士課程修了】
山崎笙太朗、「DNA-小分子複合体の構造安定性」
木間塚政人、「環状ペプチドの膜通過における構造変化の理論解析」【博士課程修了】なし【講義】
重田育照・庄司光男、生物物理学 II、物理学類専門科目、秋 AB
重田育照・庄司光男、生物物理科学、物理学類専門科目、春 ABC
庄司光男、生物物理学実験、物理学類専門科目、秋 B
原田隆平、分子進化学 II (分担) 生命環境学群生物学類 秋 AB
原田隆平、基礎生物学実験 I (分担) 生命環境学群生物学類 秋 AB
原田隆平、生物学演習 生命環境学群生物学類 秋 C
原田隆平、計算科学リテラシー 計算科学研究センター 秋 C
原田隆平、先端生物科学セミナー (分担) 生命環境学群生物学類 秋 AB
原田隆平、専門語学 BII (分担) 生命環境学群生物学類 秋 AB
原田隆平、専門語学 BIII(分担)生命環境学群生物学類 秋 C受賞、外部資金、知的財産権等受賞
1. 原田隆平、日本物理学会 第 13 回 若手奨励賞 (領域 12) (受賞日: 2019 年 3 月 14 日)
2. 重田育照、2018 Best Faculty Award, Feb. 18th 2019, 筑波大学（Japan）.
外部資金【研究代表者】
1.

新学術領域研究「複合光応答」計画研究：重田育照（代表者）（平成 26～30 年度）「実験と理論の協奏的アプローチによる多重スピン励起子変換制御」

2.

若手研究（A）：庄司光男（研究代表者）（平成 29 年～31 年度）「光化学系 II 酸素- 117 ─ 117 ─

筑波大学 計算科学研究センター 平成 30 年度 年次報告書

発生中心における水分解反応の全反応経路解明」
3.

若手研究（A）：原田隆平（研究代表者）（平成 28 年～30 年度）「G タンパク質共役受容体におけるシグナル伝達機構の解明」

4.

さきがけ（日本学術振興機構）：鬼頭-西岡宏任（研究代表者）（2017/10 ～ 2021/3）「量子シミュレーション技術による未知の生体電子移動/機能発現の探索」【分担研究者】
1.

AMED「中分子創薬」、重田育照（代表者：前仲勝実）（平成 30～令和 2 年度）「立体構造を基盤とする中分子創薬の合理的設計」

2.

ポスト「京」重点課題 7A、重田育照（代表者：押山淳 教授）（平成 28～31 年度）「構成の半導体デバイス」

3.

基盤研究(B)、庄司 光男（代表者：岡島 俊英）（平成 28～31 年度）、「酵素活性中
心の構造変化とゆらぎにリンクする触媒反応遷移状態の制御機構」

4.

挑戦的萌芽研究、庄司 光男（代表者：相川 祐理）（平成 28～31 年度）「計算科学によるアストロバイオロジーへの理論的挑戦」

研究業績(1) 研究論文
A) 査読付き論文
1. V. Sladek, H. Tokiwa, Y. Shigeta, “Protein side-chain networks from energetic and geometricdata – are they identical?”, Journal of Chemical Theory and Computation 14 (12), 6623-6631(2018). DOI:10.1021/acs.jctc.8b00733
2. M. Kayanuma, M. Shoji, K. Furuya, Y. Aikawa, M. Umemura, Y. Shigeta, “Theoretical Studyof the Photodissociation Reaction of Methanol in Interstellar Clouds”, Chemical Physics
Letters 714, 137-142 (2018). DOI:10.1016/j.cplett.2018.10.077
3. R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Kamada, Y. Shigeta, “Synergetic Effects of Triplet-Triplet
Annihilation and Triplet-Triplet Energy Transfer Processes on Photon Up-conversion in
Crystalline Systems”, The Journal of Physical Chemistry Letters 9, 6638-6643 (2018).
DOI:10.1021/acs.jpclett.8b02887
4. K. M. Bui, J. Iwata, Y. Kangawa, K. Shiraishi, Y. Shigeta, A. Oshiyama, "First principle
analysis of ammonia adsorption and desorption on GaN surface", The Journal of Physical
Chemistry C 122 (43), 24665-24671 (2018) DOI:10.1021/acs.jpcc.8b05682
5. M. H. N. Al Assadi, M. Fronzi, M. Ford, Y. Shigeta, ”High-performance Na ion cathodes
based on the ubiquitous and reversible O redox reaction”, Journal of Materials Chemistry A 6,
24120-24127 (2018). DOI: 10.1039/C8TA05961F- 118 ─ 118 ─

筑波大学 計算科学研究センター 平成 30 年度 年次報告書
6. R. Harada, Y. Shigeta, “Selection Rules on Initial Structures in Parallel Cascade Selection
Molecular Dynamics Affect Conformational Sampling Efficiency”, Journal of Molecular
Graphics and Modelling 85, 153-159 (2018). DOI:10.1016/j.jmgm.2018.08.014
7. M. Akter, T. Tokiwa, M. Shoji, K. Nishikawa, Y. Shigeta, T. Sakurai, K. Kataoka, Y. Higuchi,
N. Shibata, "Redox potential-dependent formation of an unusual His–Trp bond in bilirubinoxidase", Chemistry-A European Journal 24, 18052-18058 (2018).
DOI:10.1002/chem.201803798
8. R. Fujiki, Y. Kasai, Y. Seno, T. Matsui, Y. Shigeta, N. Yoshida, H. Nakano, “A new scheme
for computation of pKa values based on the three-dimensional reference interaction site model
self-consistent field theory coupled with the linear fitting correction scheme”, Physical
Chemistry Chemical Physics 20, 27272-27279 (2018). DOI:10.1039/C8CP04354J
9. A. Ghiami-Shomami, B. Ghalami-Choobar, Y. Shigeta, "Computational electrochemistry of anovel ferrocene derivative", Journal of Chemical Information and Modeling, 85, 84-90 (2018).
DOI: 10.1016/j.jmgm.2018.08.004
10. R. Harada, H. Aida, Y. Shigeta, “The Formation of Hydrophobic Core Regulates the Protein
Folding of Villin Elucidated with Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics”, Chemistry
Letters 47, 1300-1303 (2018). DOI:10.1246/cl.180596
11. M. Shoji, M. Kayanuma, Y. Shigeta, "A practical approach for searching stable molecular
structures by introducing repulsive interactions among walkers", Bulletin of Chemical Societyof Japan (Selected Paper) 91, 1465-1473 (2018). DOI: 10.1246/bcsj.20180122
12. R. Harada, Y. Shigeta, "How Does Friction Coefficient Affect the Conformational Sampling
Efficiency of Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics?”, Chemistry Letters 47(9),1119-1122 (2018). DOI: 10.1246/cl.180464
13. R. Harada, Y. Shigeta, "Temperature Shuffled Structural Dissimilarity Sampling Based on a
Root-Mean Square Deviation", Journal of Chemical Information and Modeling 58(7), 13971405 (2018). DOI: 10.1021/acs.jcim.8b00095
14. R. Harada, Y. Shigeta, "How low-resolution data can predict conformational changes of aprotein: a molecular dynamics study", Physical Chemistry Chemical Physics 20, 17790-17798(2018). DOI: 10.1039/C8CP02246A
15. M. Shoji, H. Isobe, Y. Shigeta, T. Nakajima, K. Yamaguchi, “Concerted Mechanism of Water
Insertion and O2 Release during the S4 to S0 Transition of the Oxygen-Evolving Complex in
Photosystem II”, Journal of Physical Chemistry B 122 (25), 6491-6502 (2018).
DOI:10.1021/acs.jpcb.8b03465.

- 119 ─ 119 ─

筑波大学 計算科学研究センター 平成 30 年度 年次報告書
16. I. Kurniawan, K. Kawaguchi, M. Shoji, T. Matsui, Y. Shigeta, H. Nagao, “A Theoretical Studyon Redox Potential and pKa of [2Fe-2S] cluster model from Iron-Sulfur Proteins”, Bulletin ofChemical Society of Japan (Selected Paper) 91, 1451-1456(2018).
17. R. Harada, Y. Shigeta, "On-the-Fly Specifications of Reaction Coordinates in Parallel Cascade
Selection Molecular Dynamics Accelerate Conformational Transitions of Proteins", Journalof Chemical Theory and Computation 14, 3332-3341 (2018). DOI: 10.1021/acs.jctc.8b00264
18. Y. Terai, R. Sato, T. Yumiba, R. Harada, K. Shimizu, T. Toga, T. Ishikawa-Fujiwara, T. Todo,
S. Iwai, Y. Shigeta, J. Yamamoto, “Coulomb and CH–π interactions in (6–4) photolyase–DNA
complex dominate DNA binding and repair abilities”, Nucleic Acid Research 46(13), 67616772 (2018). DOI: 10.1093/nar/gky364
19. M. Hada, S. Saito, R. Sato, Y. Hayashi, Y. Shigeta, K. Onda, "Novel Techniques for Observing
Structural Dynamics of Photoresponsive Liquid Crystals", Journal of Visualized Experiments(135), e57612 (2018). DOI:10.3791/57612
20. M. H. N. Al Assadi, Y. Shigeta, "The effect of octahedral distortions on the electronic
properties and magnetic interactions in O3 NaTMO2 compounds (TM = Ti-Ni & Zr-Pd)", RSC
Advance 8, 13842-13849 (2018). DOI:10.1039/C8RA00576A
21. M. H. N. Al Assadi, Y. Shigeta, "Negative influence of orbital splitting on cathode potentialof O3 NaTMO2 compounds", Journal of Power Sources 388, 1-4 (2018). DOI:
10.1016/j.jpowsour.2018.03.056
22. R. Harada, T. Mashiko, M. Tachikawa, S. Hiraoka, Y. Shigeta, "Programmed Dynamical
Ordering in Self-organization Processes of Nano-cube: A Molecular Dynamics Study",
Physical Chemistry Chemical Physics 20, 9115-9122 (2018). DOI: 10.1039/C8CP00284C
23. Y. Yamamoto, K. Takei, S. Arulmozhiraja, V. Sladek, N. Matuo, S.-I. Han, T. Matsuzaka, M.
Sekiya, T. Tokiwa, M. Shoji, Y. Shigeta, Y. Nakagawa, H. Tokiwa, H. Shimano, "Molecularassociation model of PPARα and its new specific and efficient ligand, pemafibrate: Structural
basis for SPPARMα", Biochemical and Biophysical Research Communications 499, 239-245(2018). DOI: 10.1016/j.bbrc.2018.03.135
24. M. Shoji, H. Isobe, Y. Shigeta, T. Nakajima, K. Yamaguchi, "Nonadiabatic one-electrontransfer mechanism for the O-O bond formation in the oxygen-evolving complex ofphotosystem

II",

ChemicalPhysics

Letters698,

138-146(2018).

DOI:

10.1016/j.cplett.2018.02.056
25. R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Kamada, T. Mizokuro, K. Kobayashi, Y. Shigeta, "Does
Inactive Alkyl Chain Enhance Triplet-triplet Annihilation of 9,10-diphenylanthracene- 120 ─ 120 ─⟃Ἴ኱Ꮫィ⟬⛉Ꮫ◊✲ࢭࣥࢱ࣮ᖹᡂ 30 ᖺᗘᖺḟሗ࿌᭩
Derivatives?", The Journal of Physical Chemistry C, 122 (10), 5334–5340 (2018).
DOI: 10.1021/acs.jpcc.8b01328
26. A. Sato, M. Shoji, Y. Kitazawa, T. Ochi, Y. Komatsu, M. Kayanuma, Y. Aikawa, M. Umemura,Y. Shigeta, "First-principles study of the formation of glycine-producing radicals from
commoninterstellar

species",

Molecular

Astrophysics

10,

11-19

(2018).

DOI:

10.1016/j.molap.2018.01.002
27. R. Sato, R. Harada, Y. Shigeta, "The binding structure and affinity of photodamaged duplex
DNA with members of the photolyase/cryptochrome family: A computational study",
Biophysics and Physicobiology 15, 18-27 (2018). DOI:10.2142/biophysico.15.0_18
28. M. Shoji,* H. Isobe, K. Miyagawa, K. Yamaguchi,* Possibility of the right-opened Mn-oxointermediate (R-oxo (4444)) among all nine intermediates in the S3 state of the oxygenevolving complex of photosystem II revealed by large-scale QM/MM calculations, Chem.
Phys, 518, 81-90(2019). https://doi.org/10.1016/j.chemphys.2018.11.003
29. K. Yamaguchi,* M. Shoji, H. Isobe, K. Miyagawa, K. Nakatani, Theory of chemical bonds inmetalloenzymes XXII: a concerted bond switching mechanism for the oxygen-oxygen bondformation coupled with one electron transfer for water oxidation in the oxygen-evolving
complex of photosystem II, Mol. Phys. 2018, 1-35.
30. C. E. Castillo, T. Stoll, M. Sandroni, R. Gueret, J. Fortage, M. Kayanuma, C. Daniel, F. Odobel,
A. Deronzier, M.-N. Collomb, “Electrochemical generation and spectroscopic characterizationof the key rhodium(III) hydride intermediates of rhodium poly(bipyridyl) H2-evolving
catalysts”, Inorg. Chem., 57, 11225-11239, 2018
31. R. Sato, H. Kitoh-Nishioka, K. Ando, T. Yamato, “Electron Transfer Pathways of Cyclobutane
Pyrimidine Dimer Photolyase Revisited”, The Journal of Physical Chemistry B, 122(27),6912-6921 (2018).
B) ᰝㄞ↓ࡋㄽᩥ࡞ࡋ(2) ᅜ㝿఍㆟➼࡛ࡢᣍᚅㅮ₇
1.

R. Harada, “Developments of Efficient Conformational Sampling Methods for BiogogicallyRare Events”, Asia Hub for e-Drug Discovery (AHeDD) 2018 2018 ᖺ 9 ᭶ 28 ᪥

2.

R. Harada, “Simple yet Powerful Conformational Sampling Methods for Detecting
Biologically Rare Events of Proteins”, LBNL-CCS ྜྠ࣮࣡ࢡࢩࣙࢵࣉ 2019 ᖺ 3 ᭶ 6
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Y. Shigeta, “Theoretical Studies on Triplet-Triplet Annihilation Up-conversion Processes in
Solution and Solid Phases”, Theoretical Chemistry Symposium 2019, Feb. 13th-16th 2019,
Pilani, India.

4.

Y. Shigeta, “Theoretical Insight into Triplet-Triplet Annihilation Up-conversion Processes in
Solution and Solid Phases”, International Workshop of Photofunctional Materials Using Spin
Degrees of Freedom: Interplay among synthesis, measurement, and theory, 24th Jan. 2019,
Toyonaka, Osaka, Japan.

5.

Y. Shigeta, "Triplet-Triplet Annihilation Up-conversion Processes of9,10-diphenylanthracene
in solution and solid phases", 10th Asian Photochemistry Conference, Dec. 16th-20th 2018,
Taipei, Taiwan.

6.

Y. Shigeta, "QM/MM analysis of metalloenzymes and beyond", Quantum International
Frontiers 2018, Oct. 17th-21st 2018, Hunan, China.

7.

Y. Shigeta, "QM/MM analysis of metalloenzymes", The Asia Hub for e-Drug Discovery
Symposium 2018, Sep. 27th -29th 2018, Korea.

8.

Y. Shigeta, "Data-driven Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics", 22nd International
Annual Symposium on Computational Science and Engineering (ANSCSE22), Aug. 2nd-3rd,
Chulalongkorn University, Bangkok, Thailand.

9.

Mitsuo Shoji, "Water Insertion Reactions of the Oxygen-Evolving Complex of Photosystem
II Revealed by QM/MM", 2019/2/14, Theoretical Chemistry Symposium 2019 (TCS2019),
Birla Institute of Technology and Science, Pilani, Rajasthan, India.

10. M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, K.Yamaguchi,"Water insertion reactions in theoxygen-evolving complex of photosystem II revealed by QM/MM calculations" 2018/10/31,
ICPAC Langkawi 2018, Langkawi Island, Malaysia.
11. M.Shoji, H.Isobe, Y.Shigeta, T.Nakajima, K.Yamaguchi,"QM/MM study on the S statetransitions of the oxygen-evolving complex in photosystem II" 2018/8/3, the 43rd International
Conference on Coordination Chemistry (ICCC2018), Sendai, Miyagi.
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2. Y. Shigeta, R. Harada, H. Matsumura, “Identification of the key interactions in structuraltransition pathway of FtsZ from Staphylococcus aureus”, ≀ᛶ◊✲ᡤActivity Report 2017ࠊࣜࢧ࣮ࢳࣁ࢖ࣛ࢖ࢺ (invited letter) (2018). ISSN:2189-6070
3. R. Harada, Y. Shigeta, “Recent Extensions and Applications of Parallel Cascade Selection
Molecular Dynamics Simulations”, ≀ᛶ ◊ ✲ ᡤ ࢫ࣮ ࣃ ࣮ ࢥ ࣥࣆ ࣗ ࣮ ࢱ ࣮ࢭ ࣥ ࢱ ࣮
Activity Report 2017 (invited review) (2018).
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5. ཎ⏣㝯ᖹ, 㔜⏣⫱↷, ࠕ࢝ࢫࢣ࣮ࢻ㑅ᢥᆺศᏊືຊᏛἲ࡟ࡼࡿࢱࣥࣃࢡ㉁ᶵ⬟ࡢືⓗ⛛ᗎゎᯒࠖ, Journal of Computer Chemistry Japan (invited review) 17(1), 46-56 (2018).
DOI: 10.2477/jccj.2017-0055
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Kamikawa et al. 2014 Genome Biol Evol 2:306-315; Nishimura et al. 2014 Mob Genet Elements
4:e29384; Takeuchi et al. 2015 PLOS ONE 10:e000132030; Nishimura et al. 2016 Genome Biol Evol
8:3090-3098㸧ࠋࡉࡽ࡟ 2018 ᖺᗘ࡟ࡣࠊ2016ᖺᗘ࡟ሗ࿌ࡋࡓ᭷୰ᚰ⢏ኴ㝧⹸ Marophrys
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Biologique de Roscoff㸪Jan. 18㸪2019㸪Station Biollogique de Roscoff㸦Roscoff㸪France㸧

2.

Yuji Inagaki. Recent progress in understanding the early evolution of eukaryotes basedon phylogenomic data-analyses. ➨ 10 ᅇࠕᏛ㝿ィ⟬⛉Ꮫ࡟ࡼࡿ᪂ࡓ࡞▱ࡢⓎぢ࣭⤫ྜ࣭๰ฟࠖࢩ࣏ࣥࢪ࣒࢘㸪Oct 15-16㸪2018㸪⟃Ἴ኱Ꮫ㸦ࡘࡃࡤᕷ㸪Ⲉᇛ┴㸧

3.

Yuji Inagaki. Novel eukaryotes for elucidating the early eukaryotic evolution.㸪ISEP18㸪
May 27-Jun 1㸪2018㸪Droushia Heights Hotel㸦Paphos㸪Cyprus㸧B) ୍⯡ㅮ₇- 136 -

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1.

Takashi Shiratori, Akinori Yabuki, Euki Yazaki, Yuki Nishimura, Moriya Ohkuma,
Katsunori Fujikura, Tetsuo Hashimoto, Yuji Inagaki, Ken-ichiro Ishida. Orphan
protistology, accelerating in Japan. Joint meeting of the Japan Society of Protistology and
the Korean Society of Protozoologists㸪Jul 13-15㸪2018㸪Korea Institute of Ocean Science& Technology㸦Jeju Island㸪Korea㸧

2.

Yoshiyuki Ishitani, Yurika Ujiie, Euki Yazaki, Takashi Toyofuku, Yukiko Nagai, Yuji
Inagaki. FORAMS2018, June 17-22, 2018, University of Edinburgh㸦Edinburgh㸪UK㸧

3.

Takuro Nakayama, Yoshito Takano, Mami Nomura, Kogiku Shiba, Kazuo Inaba, Goro
Tanifuji, Yuji Inagaki, Masakado Kawata. Genome analysis of a symbiotic
cyanobacterium in a dinophysialean dinoflagellate, Orthocercus magnificus. ISEP18㸪
May 27-Jun 1㸪2018㸪Droushia Heights Hotel㸦Paphos㸪Cyprus㸧

4.

Goro Tanifuji, Ryoma Kmikawa, Chista E Moore, Tyler Mills, Naoko T Onodera, John
M Archibald, Yuji Inagaki, Tetsuo Hahismoto. Comparative genomics ofphotosynthetic and non-photosynthetic Cryptomonas (Cryptophyta) species. ISEP18㸪
May 27-Jun 1㸪2018㸪Droushia Heights Hotel㸦Paphos㸪Cyprus㸧(3) ᅜෆᏛ఍࣭◊✲఍Ⓨ⾲A) ᣍᚅㅮ₇1.

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2.

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5.

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6.

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8.

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