補助資料

適格請求書等保存方式（インボイス制度）の導入と医療機関の対応
令和 3 年 5 月
令和 4 年 11 月 一部修正
令和 5 年 2 月 一部修正
令和 5 年 11 月 一部修正
公益社団法人 日本医師会
本資料は、医療機関向けの補助資料です。制度の全般については、国税庁「適格請求書等保存方式の概要―インボイス制度の理解のために―」、国税庁「適格請求書等保存方式（インボイス制度）の手引き」をご覧ください1。

はじめに
１. 帳簿の記載事項（全業種共通） ............................................................... 3
２. 請求書等の記載事項（全業種共通） ....................................................... 3
３. 仕入取引に関する対応（全業種共通）.................................................... 6
４. 売上取引に関する対応（医療機関の対応） ............................................ 7

本資料は、厚生労働省医政局の協力の下、財務省主税局及び国税庁に確認した事項を踏まえて作成しています。

「適格請求書等保存方式の概要—インボイス制度の理解のために―」国税庁（令和 5 年 7 月）

1https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/pdf/0020006-027.pdf「適格請求書等保存方式（インボイス制度）の手引き」国税庁（令和 4 年 9 月）
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/zeimokubetsu/shohi/keigenzeiritsu/invoice_tebiki.htm

1はじめに消費税の仕入税額控除を受けるための要件として、一定の記載事項を具備した帳簿及び請求書等の保存が義務付けられています。
令和元年 10 月の軽減税率制度の導入に伴い、仕入税額控除を受けるために必要とされる帳簿及び請求書等に記載すべき事項が段階的に追加されることとなりました。
令和元年 9 月までの制度を「請求書等保存方式」といいます。
令和元年 10 月から、インボイス制度導入に向けた準備段階として「区分記載請求書等保存方式」が施行されています。
令和 5 年 10 月から「適格請求書等保存方式」（いわゆるインボイス制度）が導入されています。

2

１. 帳簿の記載事項（全業種共通）
消費税の仕入税額控除を受けるためには帳簿及び請求書等の保存が義務付けられています。インボイス制度の導入に向けて、帳簿の記載事項も段階的に追加されます。
（1） 従来の請求書等保存方式（令和元年 9 月まで）における帳簿の記載事項①課税仕入れの相手方の氏名又は名称②課税仕入れを行った年月日③課税仕入れの内容④課税仕入れの支払対価の額（2） 区分記載請求書等保存方式（令和元年 10 月から令和 5 年 9 月まで）における帳簿の記載事項①～④

同上⑤軽減税率対象資産の譲渡等に係るものについてはその旨（3） 適格請求書等保存方式（インボイス制度、令和 5 年 10 月から）における帳簿の記載事項①～⑤

同上

２. 請求書等の記載事項（全業種共通）
消費税の仕入税額控除を受けるために保存しなければならない請求書等の記載事項が段階的に追加されます。
請求書、領収証、納品書などの名称にかかわらず、以下の法定記載事項を満たす書類を、それぞれ「請求書等」「区分記載請求書等」「適格請求書等」と言います。ここで「適格請求書」のことを、通称「インボイス」と言います。

3

（1） 従来の請求書等（令和元年 9 月まで）
①書類の作成者の氏名又は名称②取引年月日③取引内容（品目等）④課税取引の対価の額（税込み）⑤書類の交付を受ける事業者の氏名又は名称（2） 区分記載請求書等（令和元年 10 月から令和 5 年 9 月まで）①～⑤

同上

⑥軽減税率対象品目についてはその旨⑦税率ごとに区分して合計した対価の額（税込み）（※下線部は、(1)から新たに追加された事項）


軽減税率対象品目がなければ従来の請求書等と同じ。



売り手側に交付の義務はない（従来通り）。

3 万円未満の取引は請求書等の保存がなくても仕入税額控除ができる（従来通り）。



新たに追加された記載事項（上記⑥⑦）に不備があれば、受け手（買い手）の事業者が追記してもよい。

（3） 適格請求書（インボイス）等（令和 5 年 10 月から）①～⑥ 同上⑦税率ごとに区分して合計した対価の額（税抜き又は税込み）⑧書類の作成者（適格請求書発行事業者）の登録番号⑨税率ごとの消費税額及び適用税率（※下線部は、(2)から新たに追加された事項）


登録を受けた「適格請求書発行事業者」でなければ発行できない。



課税事業者が適格請求書発行事業者の登録を受けることができる（免税事業者が登録を受けるには課税事業者を選択する必要がある）。

3 万円未満の取引についても適格請求書等の保存が必要（自動販売機等を除く）。

記載事項に不備がある場合、受け手（買い手）による追記は不可。

4

（図 1）帳簿及び請求書等の記載事項の比較（出典：国税庁「消費税軽減税率制度の手引き」令和 2 年 8 月版）

5

３. 仕入取引に関する対応（全業種共通）
仕入取引に関して必要な対応は、「免税事業者」及び「簡易課税適用の課税事業者」と、「一般課税適用の課税事業者」とで異なります。

免税事業者
簡易課税事業者

仕入取引に関して特段の対応は不要
仕入税額控除を受けるためには、法定記載事項を満たす一般課税事業者

帳簿及び請求書等の保存が必要。請求書等については、・令和 5 年 9 月までは「区分記載請求書等」
・令和 5 年 10 月から「適格請求書（インボイス）等」の保存が必要。

（1） 免税事業者及び簡易課税適用の課税事業者
区分記載請求書等保存方式、適格請求書等保存方式ともに、仕入取引に関して特段の対応は必要ありません。帳簿の記載においても、請求書等の保存においても、従来通りです。
（所得税又は法人税の申告のための帳簿の記載や領収書等の保存は従来通り必要です。
）（2） 一般課税適用の課税事業者
一般課税事業者とは簡易課税事業者以外の課税事業者、即ち、実額で仕入税額控除を受ける課税事業者です。一般課税事業者は仕入税額控除を受けるための要件として、法定記載事項を満たす帳簿及び請求書等の保存が従来から義務付けられています。
そして請求書等については、令和 5 年 9 月までは「区分記載請求書等」、令和 5 年 10 月からは「適格請求書（インボイス）等」の保存が必要となります。
これらの保存がない場合、仕入税額控除を受けることができません。
※仕入取引における対応については、医療機関に特有の内容はなく、一般の業種と共通です。
6

４. 売上取引に関する対応（医療機関の対応）
売上取引に関して必要な対応は、令和 5 年 9 月までの「区分記載請求書等」と、令和 5 年 10 月からの「適格請求書（インボイス）等」で異なります。

「区分記載請求書等」「適格請求書（インボイス）等」（～令和 5 年 9 月）

（令和 5 年 10 月～）

事業者に対する軽減税率対象品目の課税 事業者に対する課税売上がある医療機売上がある医療機関は、売上取引に関し 関は、売上取引に関し対応の検討が必要対応が必要となる。となる。（軽減税率対象品目の有無は問わない）⇒売店等での事業者への飲食料品 ⇒事業者への売上がなければの売上がなければ影響なし

影響なし（1） 区分記載請求書等（令和 5 年 9 月まで）売上取引においては、「区分記載請求書等」を交付することが必要ですが、軽減税率対象となる売上がない場合の記載事項は、従来交付していた「請求書等」と同様です。
なお、買い手が事業者以外の場合は、特段の対応は不要です（買い手の求めに応じて発行することは問題ありません）。
「区分記載請求書等保存方式」においては、3 万円未満の取引であれば相手方（買い手）の事業者は区分記載請求書等の保存がなくても仕入税額控除ができます。
また、新たに追加された記載事項（軽減対象品目についてはその旨、税率ごとに区分して合計した課税資産の譲渡等の対価の額）については、請求書等を受け取った事業者が追記することも認められています（4 ページ ２.(2））
。

7〇 医療機関の売上取引に関する「区分記載請求書等」への対応
事業者に対して軽減税率対象品目である飲食料品を販売した場合、仕入税額控除を行う買い手の事業者から区分記載請求書等の交付を要請される可能性があります。ただし、医療機関においては、かなり限定的と言えます。
病院の売店において、課税事業者（企業等）の従業員が事業用の買い物として、飲料、食品等を購入するケース
区分記載請求書等は売り手（医療機関）に交付の義務はありません。また、病院の売店はあくまで患者のためのものであり、事業者への販売を意図したものではありません。従って、事業者に対して区分記載請求書等を交付する
場面は限定的ではありますが、顧客対応として以下のような対応が考えられます。
① 記載事項に対応したレジシステムに更新する（図 2）。
② 手書き用の領収証に記載事項を手書きする（図 3）。
③ 領収証を 10％用と 8％用の 2 枚発行し、8％用に「軽減税率対象」を明記する（図 4）。
ただし、病院の売店で企業等の買い物が行われることは極めて稀であり、出来る限り最小限のコストで対応することが肝要です。
なお、不特定多数の者が訪れる売店においては、記載事項のうち「書類の交付を受ける事業者の氏名又は名称」は省略できます。

8（図 2）（図 3）（株）ABC

2020年8月24日（月）ミネラルウォーター

1

ミネラルウォーター（軽減税率対象）、ボールペン代として

162

計

7

￥２６５ー

＊103

ボールペン合2020（株）ABC様¥265（税率 8%対象¥103 ）（税率10%対象¥162 )（内消費税等 8%¥7 )（内消費税等10%¥14 )

医療法人社団●●病院〇〇売店

162
14103
7108

電話：00-0000-0000＊印は軽減税率対象です。

医療法人社団●●病院 〇〇売店

（図 4）（株）ABC

2020

71（株）ABC￥１０３ー8967202071￥１６２ー

ミネラルウォーター代としてボールペン代として医療法人社団●●病院〇〇売店

148
1410

電話：00-0000-0000

9

医療法人社団●●病院〇〇売店
電話：00-0000-0000

（2） 適格請求書（インボイス）等（令和 5 年 10 月から）医療機関の売上取引に関し、「適格請求書（以下、インボイス）等」を発行する対応が必要となる可能性があるのは、課税事業者（企業・団体）に対する課税売上の場合に限られます。
医療機関における課税事業者に対する課税売上としては、例えば、以下のようなケースが考えられます。
・企業から社員の健康診断や予防接種などを受託しているケース
・企業が費用を負担して社員に業務上必要な検査を受けさせるケース
・医療機関が企業から産業医報酬を受け取っているケース（医師個人が給与として受け取るものを除く）
・企業からの顧問収入、受託収入、治験収入、テナント収入があるケース
・売店で企業等の従業員が社用の買い物をするケース
課税事業者に対する課税売上（標準税率か軽減税率かは問いません。
）がある医療機関は、令和 5 年 10 月以降、取引先の事業者からインボイスの発行を求められる可能性があります。逆に課税事業者に対する課税売上がなければ、特に対応の必要はありません。

〇検討すべき「インボイス対応」とは事業者に対する課税売上がある医療機関においては、「インボイスを発行するために必要な事業者登録の申請を行うかどうか」の検討が必要となります。
また、インボイスは課税事業者でなければ発行できませんので、免税事業者である医療機関においては、「課税事業者となる選択を行うかどうか」も含めて検討する必要があります。

10

事業者に対する課税売上がある医療機関における令和 5 年 10 月以降の選択肢は、以下のように整理されます。
①登録申請を行い、登録を受け、インボイスを発行する②インボイスを発行せず消費税相当額または一定額を値引きする（値引は取引喪失のリスクを抑えるためであり、消費税法上、求められるものではない）③インボイスを発行せず値引きもしない（取引喪失のリスクが高い）
上記①～③の選択を判断にあたって検討すべき事項は、以下の通りです。
・インボイスの発行に対する取引先の意向、ニーズ
・インボイスを発行するための手間とコスト（手書きで対応するか、システムで対応するかの検討含む）
・インボイスを発行せずに消費税相当額の値引きをした場合の負担・インボイスを発行せずに取引を失った場合の損失・免税事業者においては課税選択した場合の消費税納税負担（下記参照）〇 免税事業者におけるインボイス対応の留意点
現在免税事業者である医療機関がインボイスを発行しようとする場合には、課税事業者を選択しなければなりません。
令和 5 年 10 月 1 日からインボイス発行事業者の登録を受けた場合には、同日から課税事業者になり納税義務が発生します。
免税事業者であり、かつ事業者に対して課税売上がある医療機関は、慎重に検討し判断する必要があります。

11

〇 医療機関がインボイスを発行する具体的ケース
医療機関が事業者に対して課税売上取引を行い、インボイスを発行する場
合には、通常患者向けに発行する医療費の領収証（厚生労働省が定める様式の領収証2）とは別の、インボイスの記載事項を具備した請求書・領収証等を発行することになります。具体的には以下のようなケースが考えられます。
※医師会における自治体等の健診等委託事業に係る消費税インボイス制度の適用関係については、別途、令和 5 年 8 月 31 日付通知（日医発第 1001号）をご参照下さい3。
医療機関が企業から社員の健診や予防接種などを受託しているケース、産業医としての報酬等（給与として受け取るものを除く）を受け取っているケースなど取引先の仕入税額控除を考え、医療機関が登録事業者となりインボイスを発行する場合は、窓口の会計とは別に、パソコンの汎用アプリまたは手書きで請求書・領収証等を作成することで対応できます（図 5）
（図 6）
。

2

「医療費の内容の分かる領収証及び個別の診療報酬の算定項目の分かる明細書の交付について」令和 4 年３月 4 日,厚生労働省保険局⾧（保発 0304 第 2 号）
3

「医師会における自治体等の健診等委託事業に係る消費税インボイス制度の適用関係について」令和 5 年 8 月 31 日（日医発第 1001 号）
https://www.med.or.jp/dl-med/doctor/report/zeisei/2023ik_1001.pdf

12

（図 5）インボイスの例（税込単価の場合）（図 6）インボイスの例（税抜単価の場合）

請求書（又は領収証）請求書（又は領収証）（軽減税率対象なし・税込単価の場合）（軽減税率対象なし・税抜単価の場合）〇年〇月〇日〇年〇月〇日

企業・団体名

企業・団体名

御中
登録番号

御中
登録番号

T○○○○○○○○○○○○○

T○○○○○○○○○○○○○〒〇〇〇－〇〇〇〇〒〇〇〇－〇〇〇〇〇〇県～〇〇県～〇〇クリニック〇〇クリニック

ＴＥＬ

ＴＥＬ

ＦＡＸ

ＦＡＸ

〇年〇月〇日～〇年〇月〇日分〇年〇月〇日～〇年〇月〇日分

請求金額

220,000 円（税込）

項目

単価（税込） 人数

金額

請求金額

220,000 円（税込）

項目

単価（税抜） 人数

金額

一般健診

15,00010150,000

インフルエンザワクチン接種料

5,000

1050,000

備考

一般健診

16,50010165,000

インフルエンザワクチン接種料

5,500

1055,000

備考

0000

１０％対象（税抜） 合計 ①

200,000

１０％対象（税込） 合計 ①

220,000

請求金額

消費税（１０％対象） ②

20,000①×10％

うち 消費税（１０％対象）

20,000①×10/110

合計（税込）

220,000

①＋②

振込先

振込先

〇〇銀行○○支店〇〇銀行○○支店○○預金口座 ○○○○○○○○○預金口座 ○○○○○○○〇〇クリニック〇〇クリニック※上記（図 5）
（図 6）の書式は、以下のサイトからダウンロードもできます。
日本医師会ホームページ 税制関連資料 ２．個別テーマ（２）消費税
https://www.med.or.jp/doctor/zei/zeikanren/001192.html#ANC02

病院の売店において、企業等の従業員が社用の買い物として、飲料、文房具等を購入するケース
売店の売上に関し、医療機関が登録事業者となりインボイスを発行する場合
は、前出 4.（1）「区分記載請求書等」の売店のケース（8 ページ）で掲げた①～③の領収証に、「登録番号」を記載すれば対応できます。
① 登録番号を含む記載事項に対応したレジシステムに更新する（図 7）。
② 手書き用の領収証に登録番号を押印等し、記載事項を手書きする（図 8）。
②領収証を 10％用と 8％用の 2 枚発行し、登録番号を押印等し、8％用には「軽減税率対象」を明記する（図 9）。
13なお、不特定多数の者が購入に訪れる売店においては、「書類の交付を受ける事業者の氏名又は名称」の記載を省略した「適格簡易請求書」を発行すればよいこととされています（図 10）。
また、自動販売機の売上については、請求書・領収証を発行する必要はありません。

（図 7）（株）ABC（図 8）様

20XX年7月1日（水）ミネラルウォーター
ボールペン
小計（税抜

1488％）

消費税等（8％）
小計（税抜10％）

消費税等（10％）
合＊96

計

¥96
¥7
¥148
¥14
¥265

＊印は軽減税率対象です。

医療法人社団●●病院 〇〇売店
登録番号：T1234567890123

（図 9）

14

（図 10）適格請求書と適格簡易請求書の記載事項（出典：国税庁「消費税軽減税率制度の手引き」令和 2 年 8 月版）

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