COVID-19が加速する
学術ジャーナルと論⽂の変容

2020年11⽉13⽇
⽂部科学省科学技術・学術政策研究所
上席研究官 林 和弘
第４回研究⼤学コンソーシアムシンポジウム
パラレルセッション３ 「新しい研究情報発信の在り⽅と課題」

経歴（研究情報発信の観点から）
1995 査読システム開発（＋SGMLの運⽤）
2000 独⾃システムからJ-STAGEへの転換
2001 メタデータファーストの学術出版確⽴
2002 DOI付与 Chemical Abstractとの連携
2005 OA対応 Googleとの連携2009 dimensionsやe-CSTIの予察（ID付
与とネットワーク分析の時代）
2010 XML出版確⽴と電⼦書籍対応
2011 ORCID啓発
2013 Altmetrics啓発
2015 オープンサイエンス啓発
2016 研究データ利活⽤協議会⽴ち上げ
2018 Japan Open Science Summit⽴ち上げ

東⼤理化[⽇本化学会（アルバイト）]

⽇本化学会[NISTEP（客員）]NISTEP（常勤）1990年代より，学術情報流通のDXに取組み，論⽂のを越えた，研究アイテムの拡張，IDの付与，及び，そのネットワーク化を啓発概要n “学術ジャーナルと論⽂”のデジタルトランスフォーメーション
u 成果公開メディアの変容︓プレプリントの可能性
u アクターの変容︓新たなアクターと，出版者等が直接関与しないフローu “出版”という意味の再考︓研究プロセスの各段階の共有と出版

今回は，学術ジャーナルと論⽂の近傍のお話をします．

3

プレプリントサーバーの進展
従来の仕組みプレプリントサーバ(PS)の活用

研究者

研究者

論文投稿

プレプリントサーバー

投稿(論文、データ他)

論文投稿

PS

出版者

出版者
査読による質のコントロール
研究成果公開アクセス制限がある場合も査読による即時公開による質のコントロール

先取権獲得

EJ
価格高騰
出版まで時間がかかる

読者

EJ
オープン
アクセス

研究成果公開従来の論文公表

読者
先取権を確保しつつ、査読を経て学術ジャーナルでも公開
領域によってはプレプリントサーバがメインの公開先になるところもプレプリントによって見える研究活動の新しい“景色”
n 原著論文，被引用数を使わずに研究動向の把握（ネットワーク分析）が可能に* NISTEP，Discussion Paper http://doi.org/10.15108/dp186
5

COVID-19プレプリプリントの分布︓トピック別
各論⽂を内容の近さで配置し，16のグループに分けて内容を分析

15
アウトブレイク

14

マスク・
⼈⼯呼吸器

WHO登録の原著論⽂解析では⾒えづらい領域

国別⽐較
検出・検査

24 治療薬

ゲノム解析

探索

ワクチン開発中⼼としての医学
患者病状

11

感染機構

10
⽣物科学者の貢献

感染モデル

感染拡⼤ 138

化学者の貢献5

物理学者の貢献16

患者
6 治療効果

13 健康・
不安社会・経済・政策

情報・データ分析
肺画像診断

79
社会科学者の貢献

12注）原著論文，被引用数による解析を代替するものではなく、付加的なものとして使い分ける* NISTEP，Discussion Paper http://doi.org/10.15108/dp186

プレプリントサーバの種類とCOVID-19トピック
感染拡⼤

患者治療効果

ゲノム解析

治療薬探索

社会・経済・政策

国別⽐較 ワクチン開発
,JOE

BS9JW

CJP3YJWDIFN3YJW

5PUBM



感染機構

検出・検査


マスク・⼈⼯呼吸器

健康・不安

アウトブレイク

患者病状

感染モデル  

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 443/-BODFU





肺画像診断

 NFE3YJW443/



情報・データ分析 

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u 研究データも共有

n プレプリントによる先取権の確保→“プレプリント⽂化の進展の可能性“n ただし、質保証の仕組みが必要（既存の時間がかかる査読形式ではない形で）* NISTEP，Discussion Paper http://doi.org/10.15108/dp186

問われる査読のあり方
n New England Journal of Medicine(NEJM)、Lancetという2⼤臨床医学誌でCOVID-19に関する論⽂が撤回

u NEJMの⽅は、新型コロナと⼼⾎管疾患や薬剤との関係を検討した臨床研究
u Lancetの⽅はクロロキン、ヒドロキシクロロキンという新型コロナに対する治療薬に関する観察研究

n これら2つの論⽂はいずれの論⽂もサージスフィア（Surgisphere）という社員わずか数名のデータ分析会社のデータによるもの．
n 両論⽂の疑義を明らかにするためにデータの開⽰を求められたところ、サージスフィア社はデータ開⽰を拒否
n 再検証は困難であるということで論⽂撤回
https://news.yahoo.co.jp/byline/kutsunasatoshi/20200606-00182086/

COVID-19の論文撤回を踏まえて• 論文の査読者の専門知識の基準を厳格化（データサイエンティストの導入）• すべての著者がデータの妥当性を保証• データ共有計画を詳細に記述させる•

https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS01406736(20)31958-9/fulltext

arXiv掲載のプレプリントの動向と可能性
n 1991年より物理から始まり、昨今では，AI関連の投稿も多く，物理・数学・情報系で著名
u 国際会議なども重視され，論⽂だけでは動向を追いづらいとされる情報系に有⽤原著論⽂だけでは⾒えない分野の動向把握
分野別※ arXiveでは複数分野を選択可能なため，ここでは，一番最初の1分野のみを採用

天⽂
材料※累積ではありません

情報⾼エネ
数学
原⼦⼒
物理バイオ
統計

2019年には年間投稿数が約15万件，累積で160万件を超える
情報系の躍進（登録数の増⼤＋プレプリントを引⽤する傾向が他より強い）

出版年ごとにDOIの有無（≒査読付きジャーナル等の既存の出版物に出ているもの）を⾒るとプレプリントならではの分析の可能性が⾒える

DOI有無別既存出版物より先取り分析できる可能性

既存出版物の草稿（点線は主観による参考）
9※累積ではありません

出版バイアスで除外された知⾒の可能性* NISTEP，Discussion Paper doi/10.15108/dp187

プレプリントに依拠した研究の⽣態（情報系）
u 情報系で定性的に⾔われていたことをある程度定量的に裏打ち
l 原著論⽂ではなく，国際会議のプロシーディングスを重要視
l プレプリントを参考に研究を進展させ，プレプリントを引⽤してプレプリントを共有（Deep Learning)u COVID-19の前より，査読ジャーナルの問題は顕在化しており，分野依存ながら代替⼿段も存在していた（研究サイクルの速さにジャーナル査読が追いつかない）
原著論⽂になった割合（推定）

情報物理天⽂プレプリントが引⽤されている回数（平均）情報物理

astro-ph天⽂

cond-mat

材料

cs

情報

econ

計量経済

hep

⾼エネルギー物理

math

数学

nlin

システム科学nucl

核physics

物理

q-bio

⽣物

q-fin

⾦融

stat

統計

arXivが設定した153の⼩分野を独⾃に12分類

天⽂* NISTEP，Discussion Paper doi/10.15108/dp187

10プレプリントは引⽤からみてどの程度学術情報流通に貢献しているか︖

arXiv︓2020年1⽉21⽇時点で収集可能なものを全収集
データ総数︓ 1,622,763件 （1986年4⽉25⽇※〜2020年1⽉17⽇）
DOI付与（≒ ジャーナル掲載・出版）

プレプリント投稿

被引⽤論⽂を引⽤する論⽂（Citing paper）

プ
レプ
リン
ト

被引⽤論⽂
(Cited paper)

ジャーナル論⽂期

ジ
ャー
論 ナル⽂

プレプリント期

現在

引⽤

引⽤

プレプリントからの被引⽤回数＝A

ジャーナル論⽂からの被引⽤回数＝B

プレプリントからの被引⽤回数＝C

ジャーナル論⽂からの被引⽤回数＝D

A

B

C

D

※ arXiv は 1991年スタートだが，投稿⽇がそれより前のモノも存在11

指標の構造︓プレプリントのインパクト

DOI付与（≒ ジャーナル掲載・出版）

プレプリント投稿被引⽤論⽂を引⽤する論⽂（Citing paper）

プレプリン
ト

被引⽤論⽂
(Cited paper)

ジャーナル論⽂期

ジャー
論 ナル⽂

プレプリント期

現在

引⽤

引⽤

プレプリントからの被引⽤回数＝A

ジャーナル論⽂からの被引⽤回数＝B

プレプリントからの被引⽤回数＝C

ジャーナル論⽂からの被引⽤回数＝D

A

B

C

D

（A＋B+C）/（A+B+C+D）＝プレプリントのインパクトの割合

12プレプリントのインパクト（arXiv）
総被引用回数に占めるプレプリントの関与する被引用回数の割合
2019

2016

2011

（新規投稿年）
2006
2001

1996

1991

n 引⽤活動のうち，4割はプレプリント100%u

知の⽣産活動 のうち，引⽤の4割はプレプリu

計算機科学,数学は6割超

80604020005101520（新規投稿からの経過年数）

25

28年

天体物理学

物性物理学

計算機科学

高エネルギー物理学

数学

その他の物理学

研究インフラとして不可⽋な存在となっている
可能性

出典: arXiv API (https://arxiv.org/help/api/)及びSemantic Scholar API (https://api.semanticscholar.org/)からの取得データを基に著者作成.
分野カテゴリーはarXivにおける分野分類(https://arxiv.org/help/stats/2019_by_area/)に基づく.

この調査分析報告のプレプリント版︕を公開中
https://www.mext.go.jp/content/20201026-mxt_jyohoka01-000010684_2.pdf

13

プレプリントの⼊⼿状況（科学技術分野全般）
n 調査対象n 科学技術専⾨家ネットワーク︓1,914名
n 有効回答︓1,448名（回答率75.7%）

プレプリントの⼊⼿経験 (全体)n 調査期間n 2020年8⽉17⽇〜8⽉31⽇（9⽉6⽇まで）

年齢層別プレプリントの⼊⼿経験

世代交代による変容を⽰唆(n=1,447)※不明 (1名)を除く

14※近⽇報告書発⾏予定

アクターの変化，付加
Wellcome財団の試み(Wellcome Open Research: WOR)

従来の仕組み
研究費獲得
研究費の申請と助成（＋報告書）

研究費獲得

研究者
論文投稿

Wellcome
財団

研究助成
機関
報告書は求めるが論文等の研究成果公開手段は提供せず（次の研究費、昇進等に関わる）

出版者

投稿(論文、データ他)

WOR

研究成果公開学術雑誌の査読による質のコントロール

EJ
アクセス制限がある場合も研究者

研究費の申請と助成（＋報告書）

価格高騰
出版まで時間がかかる

読者
研究助成団体から研究費を獲得し出版者の学術雑誌から論文を出版

出版者
即時公開
査読のアウトソースによる質の保証

オープン
アクセス

研究成果公開研究者に長く受け入れられている学術雑誌の存在EJ

読者研究助成団体から研究費を獲得し研究助成団体のプラットフォームから論文、データ等をオープンに出版

15

Open Research Central

F1000Research(筑波⼤学）n ウェルカムトラスト
n ゲイツ財団n EUで導⼊検討の動きもn

n 論⽂を書いたら，データと共にまずは公開（出版）n 透明性の⾼い査読と，ユーザーコメント
n 改訂を加えてブラッシュアップ

https://openresearchcentral.org/

16

誌⾯をメインとしない動画ジャーナルとデータジャーナル

実験などは動画の⽅が便利

データがないと再現できない

研究プロセスごとの出版
https://current.ndl.go.jp/node/41710
OCTOPUSn 英・ケンブリッジ⼤学のAlex Freeman⽒←英・Jisc等が助成するReproducibility Networkの⽀援
n 研究成果の出版のプロセスをProblems、Hypotheses、Methods/Protocols、Data/Results、Analyses、Interpretations、Applications、Reviewsの8個の要素に分解して公開- 失敗を含めた全ての研究プロセスを、研究成果の⼀部として公開することが可能になる。
- 研究成果は即座に公開され、誰でもレビューと評価を与えることができる。このことによって、研究が加速する。
- 研究者の個々の貢献を評価することが可能となる。
- 再現性の危機に対する解決策となる。
- 研究者間でのコラボレーションの機会を創出する。例えば、データの収集を得意とする研究者とデータの分析が得意な研究者のコラボレーションが⽣まれる。研究の各要素の専⾨化が進むことによって、研究の品質が管理される。

Cambridge scientist 'breaks up the old-fashioned academic paper'https://www.researchinformation.info/analysis-opinion/cambridge-scientist-breaks-old-fashioned-academic-paper

2020年6⽉23⽇

18

COVID-19で顕在化した研究の新旧両フレームとその課題
n 研究成果の信頼性確保とスピードのバランスをどうとるか
従来の研究スタイル

新たな研究スタイル

研究の進め⽅

仮説・実証型

データ主導型

成果の公開⽅法

査読付き論⽂プレプリント・研究データ

⾼価格化（ジャーナル購読料の⾼騰）

無料・低価格査読〜公開までの⻑いタイムラグ

速やかに公開（査読が無いため）

少数の成果

⼤量の成果

査読に基づく⾼い信頼性

質や信頼性のバラツキ増⼤（誤った事実やフェイクの拡散の恐れ）

⾼い持続性（確⽴されたビジネスモデル）

不確定（未確⽴のビジネスモデル）

欧⽶⽇等の先進国中⼼

中国や新興国の躍進

研究者のインセンティブ

ハイインパクトジャーナルでの発表による⾼い評価

研究実績の先取権確保

有効なシーンや分野

平常時に有効⾮常時（今回のコロナ対応等）に有効、技術進化の速い分野や査読に時間を有する分野に有効

成果の価格
成果公開までのスピード
⽣まれる成果の量公開される成果の信頼性
スタイルの持続性
主要国

内閣府研究データ基盤整備と国際展開WG（第13回）資料より抜粋

これらの変化⾃体はインターネット（Web）の発達とともに進⾏していたが，COVID-19によって⼤幅に加速
林 https://www8.cao.go.jp/cstp/tyousakai/kihon6/6kai/siryo4-1.pdf を改変

19データからの気づきによる分野横断研究の進展• システム創成学（チャンス発⾒学、データ市場創成）の研究者によるCOVID-19分析
科学
インパクト

医学、経営系情報学者等と国際コラボ*＋
SNSの活⽤（⾃発的な）COVID-19に関するモデル駆動（シミュレーションベース）の解析：⾃分の専⾨的学理を転⽤

社会
インパクト

普段の研究の投稿先とは違う
arXiv（プレプリントサーバー）に論⽂を投稿して即時公開し、SNSも活⽤して幅広い意⾒やパートナーを募る

市⺠の啓蒙、⽣活への導⼊**データの再利⽤が進むことで興味関⼼を持った研究者が分野を超えて⾃由に研究を進めて様々な価値を発⾒する。←オープンサイエンスの予察が現実に*
1) UTokyo joins COVID-19この事例では、出版者、図書館、学会が、ほぼ関与していない
data exchangeA new platform for data collaboration aims to help those tackling COVID-19 https://www.u-tokyo.ac.jp/focus/en/press/z0508_00118.html
2) An Urgent International Interdisciplinary Project "Conquer Pandemics on Constrained Social Network Models“ http://www.panda.sys.t.u-tokyo.ac.jp/covid19challengers.html**
1)ハマトーク緊急特番： https://otagaihama.localgood.yokohama/topics/1756/
2) 横浜市共創ラボ「Stay Home からStay with your communityへ」 https://www.facebook.com/LOCALGOODYOKOHAMA/videos/212777736728528

⼤澤幸⽣先⽣提供

学術情報流通のDXに向けた俯瞰の例
よりデータに依拠
WDS

研究データに関する政策（⽇本学術会議が取り組んできたところ）
データ
ジャーナル

Blockchain
ベースのインフラ

GitHub

啓発・実践
RDA他

CODATA

オープンサイエンスパラダイム

データリポジトリ
ZenodoFigshare他
NBDC

理想的だが現場が追いついていない研究（データ）プラットフォーム
EOSC NII RDC
オープンサイエンス政策の狙い

Altmetricsによるより広い成果物の多様なインパクト計量

データ引⽤
DataCite
OCTOPUS

より現実的

学術ジャーナルに関する政策

ブランド
被引⽤数
IFの効⽤と限界

Nature

BigDealElsevier

既存のパラダイム

研究助成団体プ
ラットフォーム
ORC

EJ
電⼦付録

DX:デジタルトランスフォーメーション

機関リポジトリ（現状）

OAプラットフォーム
J-STAGE

出版後査読
Registered
Report
プレプリン
トサーバー（既存の出版社がカバーできる範囲）
⼿堅いが伸びしろが少ない

よりDX志向

ギャップ

Open Peer
Review

Micro
Reportクラウド
共同執筆
Overleaf

Altmetricsによる論⽂に対する様々なインパクト計量より論⽂に依拠
⽇本地球惑星科学連合（JpGU）年次⼤会2019を和訳して編集21

まとめ
n 学術ジャーナルと論⽂のデジタルトランスフォーメーション
u 成果公開メディアの変容︓プレプリントの可能性
ü 研究者の成果公開に新たな戦術が加わったu アクターの変容︓新たなアクターと，出版者等が直接関与しないフローü 研究助成団体
ü （今回は割愛したが）市⺠，プロボノの関わり
u “出版”という意味の再考︓研究プロセスの各段階の共有と出版
ü 研究データの公開を含むオープンサイエンスの潮流をふまえると，学術ジャーナルと論⽂の⽣態系だけを⾒ていると⾒誤る

22