NGS超入門
MiSeqシステムのご紹介

イルミナ株式会社
サービス・サポート部
仲 健太© 2014 Illumina, Inc. All rights reserved.
Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio, Epicentre, GAIIx, Genetic Energy, Genome Analyzer, GenomeStudio, GoldenGate,HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iScan, iSelect, ForenSeq, MiSeq, MiSeqDx, MiSeqFGx, NeoPrep, Nextera, NextBio, NextSeq, Powered by Illumina, SeqMonitor, SureMDA, TruGenome, TruSeq,TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, the pumpkin orange color, and the streaming bases design are trademarks of Illumina, Inc. and/or its affiliate(s) in the U.S. and/orother countries. All other names, logos, and other trademarks are the property of their respective owners.

イルミナ iSchool – 開講2

イルミナ iSchool – 講習会
ベーシック講習会（初級）– 「キャピラリーDNAシーケンサーやマイクロアレイは利用したことはあるけど、次世代シーケンサーを利用したことがない…」「次世代シーケンサーを試してみたいが、何ができるのか分からない…」「次世代シーケンスを始めたいが、教えてくれる人が周りにいなくて困っている…」など、次世代シーケンサーの初学者の方が、気兼ねなく参加できる入門編の講習会。

ハンズオン講習会（中級・上級）– イルミナの次世代シーケンサーがサポートする幅広いアプリケーションの内、人気のアプリケーションについて、デモデータを用いて操作や解析内容をご理解いただ
く実践形式の無料講習会。遺伝疾患の変異解析、遺伝子発現解析、微生物ゲノム解析などを取り上げ、研究を前進させるお手伝いをいたします。

3

イルミナ iSchool – ウェビナー– これからイルミナの次世代シーケンサーを利用される方向けに製品の使い方や、製品を使い始めた方向けの使用上のポイント、経験が豊富な方向けのトラブルシューティングのためのノウハウなど、経験に応じた初級~上級までの内容で、実験に役立つ情報をサービス・サポート部のスペシャリス
トがお伝えいたします。プロフェッショナルは、ユーザー様が実際にどのように次世代シーケンサーを研究に活用しているかを発表していただいています。

イルミナ iSchool – ラボトレーニング– システム導入前にワークフローを体験したい、新しいラボスタッフにトレーニングを受けてほしいといったご要望にお応えするため、オンデマンドで東京オフィスのラボにてライブラリー調製を含むハンズオントレーニングを実施しています。

4

第1部 知っておきたいNGSの基礎

5

第1部
第1章

知っておきたいNGSの基礎
NGSの原理とワークフロー

第2章 NGSを扱う上で必要な分子生物学の基礎と用語

6

第1部

知っておきたいNGSの基礎

第1章 NGSの原理とワークフロー
1. 次世代シーケンサーとは？

2. 次世代シーケンサーの解読のしくみ

7

1. 次世代シーケンサーとは？

8次世代シーケンサー（NGS）の誕生
サンガーシーケンサー（CE）
次世代シーケンサー（NGS）

ヒトゲノム
プロジェクト完了
1日でヒトゲノム解読を実現

1,000ドルでヒトゲノム解読を実現

サンガーシーケンサーの課題を克服した「次世代の」シーケンサー

9ヒトゲノム解読コストの推移

10

2003

2006

ヒトゲノムプロジェクト

個人ゲノム解読$30億$2,000万

2007

2008

次世代シーケンサー
によるゲノム解読

30X カバレッジのゲノム解読

$200万

$20万

ヒトゲノム解読コストの推移

2010$10,000

2014$1,000ゲノム

ゲノム

ヒトゲノム解読コスト$2,000万 → $1,000
1/20,000
1,000ドルでヒトゲノム解読を実現

11

次世代シーケンサーサンガーシーケンサー

サンガーシーケンサーと次世代シーケンサーの違い

12

サンプル調製ライブラリー調製

DNA増幅

クラスター形成

シーケンス

データ解析

シーケンス

データ解析

サンガーシーケンサーと次世代シーケンサーの違い
サンガーシーケンサー

次世代シーケンサー（1リード/キャピラリー）（1リード/クラスター）

リード長1,000 bp x1150 bp x2

X

XX

リード数

96

6,000,000,000

II

IIII

データ量

96 Kb

1.8 Tb

1回で多数のリードを解読
13

アプリケーションに応じた試薬使い分けが有効
試薬タイプ
V2– 50 cycle

試薬量50bp

最大対応
リード長
2x25

リード数

主な用途
• ショートリードのシーケンス(Small RNAの発現プロファイリング)• Library QC

15M•

Nextera XTキットを使った各種アプリケーション
PCRアンプリコンの解析
TruSeq Custom Ampliconとの併用

V2– 300 cycle

300bp

2x150

15M

V2– 500 cycle

500bp

2x250

15M

試薬量最大対応
リード長

リード数

150bp

2x75

25M

•
•

RNA-seq (トランスクリプトーム)
少数検体のExome 、など

25M

•
•
•

ロングリードの アンプリコンシーケンス
微生物のde novoアセンブリー
HLA解析 、など

試薬タイプ
V3- 150 cycle
V3– 600 cycle

14600bp

2x300

•
•

• ロングリードの アンプリコンシーケンス• 小型ゲノムのDe novoアセンブリー、など

主な用途

1. 次世代シーケンサーとは？
• サンガーシーケンサーの課題を克服した「次世代の」シーケンサー• 1回で多数のリードを解読• 1000ドルでヒトゲノム解読を実現

15

第1部

知っておきたいNGSの基礎

第1章 NGSの原理とワークフロー
1. 次世代シーケンサーとは？

2. 次世代シーケンサーの解読のしくみ

16

2. 次世代シーケンサーの解読のしくみ

17自動化された快適な使い方を提案するMiSeqのワー
クフローAmpliconsClones

サンプル調製

DNA増幅

アライメント＆＆シーケンス

変異解析

gDNA(オプション)
クラウドによるデータ保管[自動転送対応]

08:00:00

DNAから結果まで最短8時間*！
サンプル調製以降は全自動対応*
18

Nextera サンプル調製キットを使用時で、36bpx1のランの場合

MiSeq Sequencing Workflow
Library Preparation

Cluster Generation

Sequencing

Data Analysis

19ライブラリー調製の手順

ゲノムDNA

DNAの断片化（数百bp）

アダプター
ライゲーション

ゲル精製
及びPCR増幅ライブラリー調製とは、次世代シーケンサーで解読できる長さにDNAを断片化し、シーケンスに必要な配列（アダプター）を付加したものを得ること

20Library Preparation
ライブラリ調製の目的は、アダプタが両端に付いた核酸断片を得ること
Illuminaから販売中の調製キット:– TruSeq sample preparation kit ( [DNA]、[RNA]、[Small RNA], [ChIP-Seq]、など)– TruSeq Custom Amplicon (TSCA) kit– Nextera kit– TruSight kit①Flowcellとのハイブリ②シーケンスプライマーのハイブリ③シーケンスされるDNA

推奨定量方法 (＊キットごとに最適な方法は異なる)–––qPCRQubit
Picogreen④Index (サンプル区別のためのバーコード）

①④ ②

③② ④

推奨定性方法 (＊キットごとに最適な方法は異なる)––

Bioanalyzer
ゲル電気泳動

例: TruSeq DNA HT (Dual Index) の場合

正確なライブラリ品質の確認と定量が、最適なクラスタ密度と高いシーケンスパフォーマンスを得るためには必要不可欠である。
21①

マルチプレックス法
異なる配列のインデックスを利用することで、1回のランで多サンプルを同時にシーケンスできるサンプルをまとめる

異なるindex（バーコード）を付けて、ライブラリー調製を行う

22

シーケンス
Indexによって、各サンプルを区別するMiSeq Sequencing Workflow
Library Preparation

Cluster Generation

Sequencing

Data Analysis

23

Cluster Generation

クラスター形成は、シーケンスの際に DNA を検出可能な充分量に増やす目的で行うクラスターは、シーケンスされるフローセルの表面上の DNA が増幅された領域である
各クラスターは増幅された異なる DNA を含む
クラスター形成では 5 つの主要なプロセスを経る

1. Hybridize sample to flowcell
2. Amplify sample
3. Linearize fragments
4. Block fragments
5. Hybridize sequencing primer

1. フローセル表面にDNA結合

24

2. ブリッジPCRで増幅

クラスター

3. クラスターの形成

Flow Cellとは?

クラスター形成が行われる場所

試薬の流れる流路を持った、ガラス基板流路の内側には、ランダムに配置されたオリゴの ”芝” が並んでいる

25

Cluster GenerationFlowcell の模式図

Flow Cell

フローセルにはライブラリ断片のアダプタに相補的なプライマーの ‘芝’ がある
ライブラリ断片はまず始めにフローセル表面のプライマーにハイブリダイズする

26

Cluster Generation
1. Hybridize sample to flowcell
Hybridize Fragment & Extend

まず、ライブラリがフローセル表面にハイブリダイズする

アダプタ配列次に、‘芝’ のプライマーからポリメラーゼにより伸長が始まる
これによりオリジナル鎖の相補鎖が合成される

3’
extension27

Cluster Generation
1. Hybridize sample to flowcell
Denature Double-stranded DNA

二本鎖分子が変性される
オリジナルの鋳型が洗い流される

新たに合成されたストランド
元の鋳型

新たに合成された DNA は、フローセル表面から伸びた状態となる
discard28

Cluster Generation
1. Hybridize sample to flowcell
Denature Double-stranded DNA

一分子がランダムパターンでフローセルに結合している。

29

Cluster Generation
2. Amplify sample
Bridge Amplification

一本鎖が曲がって 近傍のプライマーとハイブリダイズしてブリッジを形成する
ハイブリダイズしたプライマーはポリメラーゼによって伸長する

30

Cluster Generation
2. Amplify sample
Bridge Amplification

二本鎖のブリッジが形成される

31

Cluster Generation
2. Amplify sample
Bridge Amplification

二本鎖ブリッジが 変性される

結果: 一対のフローセルに結合した一本鎖の鋳型となる

32

Cluster Generation
2. Amplify sample
Bridge Amplification

多数のブリッジが形成されるまでサイクルが繰り返される。

33

Cluster Generation
3. Linearize fragments
Linearization

dsDNA のブリッジが変性される
逆鎖が開裂され、洗い流される34

Cluster Generation
3. Linearize fragments
Linearization…順鎖のみがクラスタとして残される

35

Cluster Generation
4. Hybridize sequencing primer
Primer Hybridization

シーケンスプライマーがアダプタ配列にハイブリダイズする
Sequencing
primer

シーケンス反応へ

36

MiSeq Sequencing Workflow
Library Preparation

Cluster Generation

Sequencing

Data Analysis

37Sequencing

MiSeq は可逆的ターミネーター法として信頼のあるイルミナ Sequencing By
Synthesis (SBS) 反応を用いて DNA クラスタをシーケンスする:
Reversible Terminator Chemistry
1 反応に蛍光ラベルされた 4 ヌクレオチドを加える(蛍光の種類で塩基を特定)

高精度
ホモポリマー領域も問題ないOO
HNOO

PPP
3’38

Nblockcleavage
site fluor5’DNAO①ヌクレオチド取り込み、②検出、③Block除去、④Fluor除去

X

HNO

NO

3’OH free 3’ end

次サイクルのSBS反応

SBS シーケンスケミストリー

SamplePreparation

Cluster
Generation

Sequencing

AT

蛍光をカメラで取得

TCC

GGGGGGA

一塩基取り込み。取り込まれなかったヌク
レオチドは、洗い流される。

蛍光標識したddNTPsをDNAポリメラーゼと一緒に添加

CYCLE 1CYCLE 2CYCLE 3CYCLE 4CYCLE 5レーザーで蛍光標識を励起

CYCLE 6CYCLE 7蛍光標識と3’のブロック剤を除去

CYCLE 8次のサイクルへ...

CYCLE 9GATGCTACG
BASE CALLING
39

Sequencing by Synthesis (SBS) 反応

Add 4 Fl-NTP’s+ Polymerase

Incorporated FINTP imaged

X 36 - 301
40

Terminator & fluorescentdye cleaved from FI-NTPSequencing

TG C TAC GAT …
123456789TTTTTTTGT…

 1サイクルごとにイメージの定点観測が行われる。

 各クラスターの塩基配列はイメージから同定される。

41

ペアエンドシーケンス & シングルインデックスでシーケンスする場合
Read 2Resynthesis
クラスター形成132

変性 & インデックスプ
ライマーのハイブリ

42Index Sequencing►►►

Index： サンプル区別のためのバーコード情報

複数サンプルを混合して同時解析する場合に使用シーケンス済みのDNA鎖を剥がしてから、Indexの読み取りが行われる

43

Sequenced
strandIndex Sequencing►

シーケンス済みのDNA鎖を除去

44

Sequenced
strandIndex Sequencing►

Index読み取り用のシーケンスプライマーをハイブリ

Sequenced
strandIndexSequencing
Primer45

Paired End Sequencing

46

Paired End Sequencing►►

シーケンス鎖を剥がす

Blocked3’-ends

Sequenced
strand

鋳型と ‘芝’ プライマーの 3’末端のブロッキングを外す

Sequenced
strand47

Paired End Sequencing►

一本鎖の鋳型は曲がって‘芝‘のプライマーに結合してブリッジを形成する►‘芝’ プライマーの 3’ 末端から伸長する

Bridgeformation

3’ extension

48

Paired End Sequencing►‘芝‘ プライマーの3’末端から一本鎖の鋳型相補的なDNA合成⇒ 二重鎖DNAを形成
DoublestrandedDNA49

Paired End Sequencing►

ブリッジが直線化 (一本鎖化) され、元の順鎖の鋳型は除去される

Blocked 3’ends

Original
forwardstrand50

Paired End Sequencing►►►

不要な DNA の結合を防ぐために逆鎖と‘芝’のプライマーのフリーな3’ 末端がブロッキングされる

Read2 シーケンスプライマーがアダプタ配列にハイブリダイズする
シーケンスの手順はRead1と同一

Blocked3’-ends
Sequencing
primerReversestrandtemplate51

Dual Indexシーケンスについて52

Dual Index シーケンス (i5、i7の2インデックスを使用）

1

2

3

4

Paired End
Turnaround

デュアルインデックス利用時には4ステップでシーケンスを実施

53

Dual Index Sequencing
Region complementary to P5 grafting primer

Index 2P5 primer

DNA insert

P7 primer

Index 1P5 grafting primer

P7 grafting primerFlow cell surface
54

Dual Index Sequencing

1. Read 1プライマーのハイブリ

SBS Sequencing Primer Hybridization55

Dual Index Sequencing

1.
2.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応

Sequence (Cycle 1)56

Dual Index Sequencing

1.
2.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応

Sequence (Cycle 1)57

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ

Index 1 Seq Primer Hybridization

58

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り

Index 1 read – 8 cycles

59Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.

Unblock

60

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.
5.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備

P5 grafting primer

61

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.
5.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備

7 dark cycles

P5 grafting primer

62

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備
Index 2の読み取り

Index 2 index read8 cycles

7 dark cycles

P5 grafting primer

63

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備
Index 2の読み取り
Read 2向けに逆鎖合成

Index 2 index read
8 cycles7 dark cycles

P5 grafting primer

64Dual Index Sequencing

Linearization
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

65

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備
Original strand
Index 2の読み取り
Read 2向けに逆鎖合成

New strand

Dual Index Sequencing

Cleavage of Original Template
Reblocked

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

66

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備
Index 2の読み取り
Read 2向けに逆鎖合成

New strand

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.

67

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備
Index 2の読み取り
Read 2向けに逆鎖合成
Read 2プライマーのハイブリ

Read 2 primer
Hybridization

Dual Index Sequencing

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.

68

Read 1プライマーのハイブリ
Read 1のシーケンス反応
Index 1読み取り用プライマーのハイブリ
Index 1の読み取り
Index 2の読み取り準備
Index 2の読み取り
Read 2向けに逆鎖合成
Read 2プライマーのハイブリ
Read 2のシーケンス反応

Sequenceシーケンス技術を詳しく学ぶにはTechnology Spotlight：イルミナシーケンステクノロジー– Pub. No. 770-2013-J001 20MAR2013– http://jp.illumina.com/content/dam/illuminamarketing/apac/japan/documents/pdf/technote_illumina_sequencing_technology-j.pdf

Technology Spotlight ：イルミナ2 色法SBS シーケンステクノロジー– Pub. No. 770-2013-J054 10APR2014– http://jp.illumina.com/content/dam/illuminamarketing/apac/japan/documents/pdf/technote_two-channel_sbs.pdf

69

2. 次世代シーケンサーの解読のしくみ• 物理的、酵素、アンプリコンによって断片を生成し、アダプターを付加して、ライブラリーを調製• 検出可能なシグナルを得るため、ライブラリーをフローセル上で増幅してクラスターを形成• 1塩基ずつ伸長して、配列を解読

70

第1部

知っておきたいNGSの基礎

第1章 NGSの原理とワークフロー
第2章 NGSを扱う上で必要な基礎用語

71

第1部

知っておきたいNGSの基礎

第2章

NGSを扱う上で必要な基礎用語

1. 次世代シーケンサーを扱うための必須単語

2. アプリケーションに必要な用語

72

次世代シーケンサーデータ解析の必須用語
シングルリード/ペアエンド リード

スループット

リード数

マッピング/

カバレッジ

バリアントコール73

リード長

アライメント

Qスコア

マッピング/アライメント
得られたリードを参照配列と照らし合わせることで位置を同定すること74

マッピング
参照配列の位置が同定されたリードから、頻度情報を得ること
FKBP8 Gene Expression
RPS3 Gene Expression

75

3,115 reads

Brain

31,109 reads

UHRRバリアントコール
参照配列の位置が同定されたリードから、差異を同定すること76

シーケンス方法
シングルエンド法：調製したDNA断片のインサート部分の片側から読む方法。

ペアエンド法：調製したDNA断片のインサート部分を両側から読む方法。
シングルエンド法よりも、より多くの情報を精確に得たい場合に活用。
得られるデータ量は、シングルエンド法の2倍になる。

メイトペア法：長い（数kb）DNA断片の両端のみを読む方法。(第二部参照)

77

ペアエンドシーケンスの利点

誤った位置へのアライメント防止
de novoアセンブリの向上

長いライブラリーの解読

高精度な解読データ量の確保
78

Paired End Sequencing

シーケンスリード(ペアエンド)シーケンスリード(シングル)

rightwrong“DNA 断片の両端をシーケンス”
ライブラリ調製時に断片長を明確にしているため、片側末端がユニークヒットすることで、もう一端の曖昧な配置がはっきりとする► 多くの短いリードのアプリケーションにとって重要；



79

Repeat sequences
Rearrangements
De novo assembly
Di-tag sequence cDNAs, ChIP, etc.
BAC-end sequencing

参照配列

スループット≒

シングルリードの場合

リード長 x クラスター数
スループットリード長

クラスター数（=リード数）

スループットとは、解読できる総データ量（塩基数）80スループット≒

リード長 x クラスター数

ペアエンドリードの場合

スループットリード長

クラスター数 x 2（=リード数）

スループットとは、解読できる総データ量（塩基数）81

リード長とクラスター数はどのように選ぶのか？
MiSeqの場合

クラスター数：15M または 25M

リード長：50～300bp

82

MiSeq Reagenet Kit v3

150

600

スループット3.75 Gb

15 Gb

リード長75bp x 2

300bp x 2

クラスター数
MiSeq Reagenet Kit v2

25 M
50300

500

スループット

750Mb

4.5Gb

7.5Gb

リード長50bp x1

150bp x2

250bp x2

クラスター数15 M

リード長を選択する基準
短いリード長アプリケーションに合わせて選択

注意点

25bp

50bp
100bp
150bp
250bp
300bp

Small RNAChIP-SeqmRNA

Exome
Whole Genome
De novo assembly
16S Metagenomics

10kb(Synthetic)

長いリード長83〇少ないデータ量で良い〇高品質なリードを生成〇ラン時間が短い
×アライメントの重複

Longer PCR products〇リードの重ね読みが可能〇より多くのデータが得られる〇良好なアライメント△リードの後半で精度が低下△より長いラン時間

Paired End Sequencing

Reference

This is really the best way to do sequencing

Single-reads

This is really the best way to do sequencing…

This is really the best way to do sequencing…

This is really the best way to do sequencing…

This is really the best way to do sequencing…

This is really the best way to do sequencing

Paired-reads

This is (----100
really thebest way to do sequencing
characters-------)

アセンブリが容易になる
84

Skip Overview

カバレッジ（デプス）とは？

デプス：深度（Read depth）
または
カバレッジ
（Fold coverage）

カバレッジ（Coverage uniformity）

85

アプリケーション毎に異なる必要なカバレッジ
生物種

シーケンス手法

ライブラリ調製キット

検出目的

推奨平均カバレッジ（最少値）

微生物

Whole genome sequencing

TruSeq PCR
Free

変異解析

30x

Whole genome sequencing

Nextera XT

変異解析

40x

de novo Assembly

NexteraMatePair

ゲノム配列決定60x

Whole genome sequencing

TruSeq PCR
Free

生殖細胞変異30x

Exome Sequencing

Nextera Rapid
Capture

生殖細胞変異100x

Amplicon Sequencing

TruSeq Custom
Amplicon

生殖細胞変異30x

Amplicon Sequencing

TruSeq Custom
Amplicon

体細胞変異(アレル頻度 5%)

500x

ヒト

https://genohub.com/recommended-sequencing-coverage-by-application/86もう一つのカバレッジ（Coverage uniformity）

カバ
レッジ（depth）
カバレッジ（Coverage uniformity）

均一な例

不均一な例
87シーケンス条件の決定 1回に処理できるサンプル数
MiSeq 150bp x2 = 4.5Gb
NextSeq 150bp x2 = 120Gb
HiSeq 100bp x2 = 50Gb/lane

どれくらいのサンプルを解読するか？

スループット（bp）
サンプル数

=

ターゲットサイズ（bp） x

Human = 3.3Gb
Ecoli = 4.6Mb
Exome Capture = 37Mb

カバレッジ

どれだけリードを重ねるか？

問 Miseqを利用して、150bp x2で、平均50カバレッジとなるよう、 答 4,500,000,000 = 194,600,000 x 50
大腸菌E.coliのゲノムを解読した場合、何サンプル解読できるか？

88次世代シーケンサーデータ解析の必須用語
シングルリード/ペアエンド リード

スループット

リード数

マッピング/

カバレッジ

バリアント
コール

89

リード長

アライメントQスコア

Q スコア
Qスコア（Quality Score）= Phred scale
読み取られた塩基が間違いである
確率90Q30– 1ランで得られたリードのQス
コアを総計– Q30以上の比率を見ることで、ランの成否を判定

NGSイントロダクション
 An Introduction to Next-Generation Sequencing Technology
http://www.illumina.com/content/dam/illuminamarketing/documents/products/illumina_sequencing_introduction.pdf
 Next-Generation Sequencing Systems
http://www.illumina.com/content/dam/illuminamarketing/documents/products/brochures/ngs-buyers-guide.pdf

91