産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター

セマンティックＷＥＢ
解析サービスユーザーマニュアル

AIST
2015/07/24

1.

Sync 同期型解析サービスについて ................................................................. 1
1.0.

Sync 同期型解析サービスの利用方法 ....................................................... 1

1.1.

Blast ........................................................................................................ 5

1.1.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................... 5

1.1.2.

実行コマンド ..................................................................................... 6

1.1.3.

実行結果 ............................................................................................ 7

1.2.

CentroidFold............................................................................................ 9

1.2.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................... 9

1.2.2.

実行コマンド ................................................................................... 10

1.2.3.

実行結果 .......................................................................................... 11

1.3.

ClustalW ................................................................................................ 13

1.3.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 13

1.3.2.

実行コマンド ................................................................................... 14

1.3.3.

実行結果 .......................................................................................... 15

1.4.

IPknot .................................................................................................... 17

1.4.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 17

1.4.2.

実行コマンド ................................................................................... 18

1.4.3.

実行結果 .......................................................................................... 19

1.5.

Mafft ...................................................................................................... 20

1.5.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 20

1.5.2.

実行コマンド ................................................................................... 22

1.5.3.

実行結果 .......................................................................................... 22

1.6.

Psipred................................................................................................... 24

1.6.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 24

1.6.2.

実行コマンド ................................................................................... 25

1.6.3.

実行結果 .......................................................................................... 26

1.7.

Raccess .................................................................................................. 28

1.7.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 28

1.7.2.

実行コマンド ................................................................................... 29

1.7.3.

実行結果 .......................................................................................... 30

1.8.

RactIP .................................................................................................... 32

1.8.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 32

1.8.2.

実行コマンド ................................................................................... 33

1.8.3.

実行結果 .......................................................................................... 34

1.9.

Wolfpsort ............................................................................................... 36

1.9.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 36

2.

1.9.2.

実行コマンド ................................................................................... 37

1.9.3.

実行結果 .......................................................................................... 38

Async 非同期型解析サービスについて .......................................................... 39
2.0.

Async 同期型解析サービスの利用方法 ................................................... 39

2.1.

Last ........................................................................................................ 41

2.1.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 41

2.1.2.

実行コマンド ................................................................................... 43

2.1.3.

実行結果 .......................................................................................... 44

2.2.

Modelling ............................................................................................... 46

2.2.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 46

2.2.2.

実行コマンド ................................................................................... 50

2.2.3.

実行結果 .......................................................................................... 52

2.3.

PoodleL .................................................................................................. 54

2.3.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 54

2.3.2.

実行コマンド ................................................................................... 55

2.3.3.

実行結果 .......................................................................................... 56

2.4.

PoodleS .................................................................................................. 57

2.4.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 57

2.4.2.

実行コマンド ................................................................................... 58

2.4.3.

実行結果 .......................................................................................... 60

2.5.

Rassie .................................................................................................... 61

2.5.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 61

2.5.2.

実行コマンド ................................................................................... 63

2.5.3.

実行結果 .......................................................................................... 65

おわりに ............................................................................................................... 67

入力 RDF を定義した OWL クラス

解析サービス名
Blast

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#BlastInput

CentroidFold

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#CentroidFoldInput

ClustalW

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#ClustalWInput

IPknotS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#IPknotInput

Mafft

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#MafftInput

PsipredS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#PsiPredInput

RaccessS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#RaccessInput

RactIPS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#RactIPInput

WolfpsortS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#WolfPsortInput

Last

A http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#LastInput

ModellingA http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#ModellingInput

PoodleLA http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#PoodleLInput

PoodleS

A http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#PoodleSInput

RassieA http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#RassieInput

表 1-A 入力となる RDF を定義した OWL クラス：

S (同期型),

A(非同期型)

1. Sync 同期型解析サービスについて

1.0. Sync 同期型解析サービスの利用方法
まず、http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/index.html にアクセスすると、利用可能な SADI の解析サービス一覧が表示される。

SADI サービス
このうち、Sync 同期型解析サービス(Blast, CentroidFold, ClustalW, IPknot, Mafft,
Psipred, Raccess, RactIP, Wolfpsort)について、以下の cURL コマンドを用いて各解析
サービスを実行する。

1

% curl--data-binary@入力 RDF 名

http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/解析サービス名 (表 1-A 参照)-o出

力 RDF 名

例えば、input.rdf を入力 RDF として用意し、Wolfpsort を実行、その実行結果をoutput.rdf という RDF で出力する場合、以下のコマンドとなる。
% curl --data-binary @input.rdf
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Wolfpsort -o output.rdf

用意する入力 RDF のフォーマットは以下の通りである。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:WolfPsortInput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1"><aistls:requiresKingdomInformationOf>animal</aistls:requiresKingdomInformationOf><aistls:requiresQueryProteinSequence>
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWG
QPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMD
EYSN</aistls:requiresQueryProteinSequence></aistls:WolfPsortInput></rdf:RDF>

Wolfpsort 用入力 RDF・ 黒文字部分→RDF の開始終了タグ(各解析サービス共通)
・ 緑文字部分→名前空間指定(各解析サービス共通)
・ 赤文字部分
2

→入力 RDF を定義した OWL クラス(表 1-A 参照)及び URI(任意)を指定<Wolfpsort の場合>
入力 RDF を定義した OWL クラス： aistls:WolfPsortInput
URI(任意)： http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1
・ 青文字部分→各解析サービス実行に必要なトリプルを指定<Wolfpsort の場合(指定するトリプルは 2 つ)>
述語

目的語

requiresKingdomInformationOf

界情報(animal, plant, fungi から一つ選択)

requiresQueryProteinSequence

アミノ酸配列

なお、入力用 RDF のサンプルファイルを入手することができる。SADI サービスペー
ジ(http://togo.medals.jp/semantic.html#2)にアクセスし、Wolfpsort の入力用 RDF を入手する場合であれば wolfpsortInput をクリックする。

SADI サービスページ

3

実行結果が格納される出力 RDF のフォーマットは以下の通りである。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:WolfPsortOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat># k used for kNN is: 32
queryProtein extr 19, E.R. 4, pero 4, lyso 3, E.R._mito 3, mito_pero 3</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:WolfPsortOutput></rdf:RDF>

Wolfpsort 用出力 RDF・ 青文字部分→各解析サービスの実行結果がトリプル形式で格納<Wolfpsort の場合>
述語

目的語

requiresResultInTextFormat

テキスト形式出力結果＊cURL をインストールする必要がある際（WINDOWS など）は、下記のサイトより
ダウンロード可能です。
http://curl.haxx.se/4

1.1. Blast

1.1.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Blast の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は BlastInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:BlastInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1”>
・ 問い合わせ配列のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：requiresQuerySequence
目的語：文字列(問い合わせ配列)<aistls:requiresQuerySequence>問い合わせ配列</aistls:requiresQuerySequence>・ Blast プログラム名のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：requiresBlastProgramName
目的語：文字列(blastp, blastn, blastx, tblastn, tblastx)<aistls:requiresBlastProgramName>blastp</aistls:requiresBlastProgramName>・ ターゲットデータベース名のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：requiresBlastDatabase
目的語：文字列(SWISS, TREMBL, UNIPROT, PROTEIN, PDB etc.)*その他データベース名は DDBj サイト参照のこと
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi<aistls:requiresBlastDatabase>SWISS</aistls:requiresBlastDatabase>・ E-vlaue のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
5述語：setupEvalueThreshold
目的語：倍精度少数値 (1.0e-10 など)<aistls:setupEvalueThreshold>1.0e-30</aistls:setupEvalueThreshold>
この定義に基づいて Blast の入力 RDF を作成すると以下となる。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:BlastInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1"><aistls:requiresQuerySequence>>test
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGG
GWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVGMANLGCWM
LVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVGMANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVGMANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQP</aistls:requiresQuerySequence><aistls:requiresBlastDatabase>SWISS</aistls:requiresBlastDatabase><aistls:requiresBlastProgramName>blastp</aistls:requiresBlastProgramName><aistls:setupEvalueThreshold>1.0e-30</aistls:setupEvalueThreshold></aistls:BlastInput></rdf:RDF>

Blast 用入力 RDF

1.1.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Blast -o 出力 RDF 名

6

1.1.3. 実行結果
以下の定義に従い、Blast の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は BlastOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:BlastOutput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1”>
・ Blast のテキスト実行結果のトリプルは以下となる。
主語：BlastOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Blast の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Blast 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

7

Blast の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:BlastOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>&lt;?xml version="1.0"?&gt;&lt;!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN""http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dtd/NCBI_BlastOutput.dtd"&gt;&lt;BlastOutput&gt;&lt;BlastOutput_program&gt;blastp&lt;/BlastOutput_program&gt;&lt;BlastOutput_version&gt;BLASTP 2.2.28+&lt;/BlastOutput_version&gt;&lt;BlastOutput_reference&gt;Stephen F. Altschul, Thomas L. Madden, Alejandro A.
Sch&amp;amp;auml;ffer, Jinghui Zhang, Zheng Zhang, Webb Miller, and David J. Lipman (1997),&amp;quot;Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search
programs&amp;quot;, Nucleic Acids Res. 25:3389-3402.&lt;/BlastOutput_reference&gt;&lt;BlastOutput_db&gt;swissprot&lt;/BlastOutput_db&gt;&lt;BlastOutput_query-ID&gt;55685&lt;/BlastOutput_query-ID&gt;&lt;BlastOutput_query-def&gt;unnamed protein
product&lt;/BlastOutput_query-def&gt;&lt;BlastOutput_query-len&gt;1019&lt;/BlastOutput_query-len&gt;&lt;BlastOutput_param&gt;&lt;Parameters&gt;&lt;Parameters_matrix&gt;BLOSUM62&lt;/Parameters_matrix&gt;&lt;Parameters_expect&gt;10&lt;/Parameters_expect&gt;&lt;Parameters_gap-open&gt;11&lt;/Parameters_gap-open&gt;
……………
……………
</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:BlastOutput></rdf:RDF>

Blast 出力結果

8

1.2. CentroidFold

1.2.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で CentroidFold の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は CentroidFoldInput クラス、rdf:about 属性を任意に指定する。
<aistls:CentroidFoldInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1”>・ RNA 配列を入力とする場合、RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：CentroidFoldInput
述語：requiresQueryRNASequence
目的語：文字列(RNA 配列)<aistls:requiresQueryRNASequence>RNA 配列</aistls:requiresQueryRNASequence>・ ClustalW 形式のマルチプルアラインメントを入力とする場合、ClutsalW 形式マルチプルアラインメントのトリプルを定義する。
主語：CentroidFoldInput
述語：requiresClustalWMultipleAlignment
目的語：文字列(ClustalW 形式マルチプルアラインメント)<aistls:requiresClustalWMultipleAlignment>ClustalW 形式マルチプルアライン
メント</aistls:requiresClutalWMultipleAlignment>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：CentroidFoldInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions>-g 4</aistls:hasOptions>9この定義に基づいて CentroidFold の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:CentroidFoldInput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1"><aistls:requiresQueryRNASequence>>AF291576.1/215-270 RF00381;Antizyme_FSE;UGAUGCCCCUCACCCAUCAGUGAAGAUCCCGGGUGGGCGAGGGAACGGAAGGGAUC>AAVX01164114.1/511-453 RF00381;Antizyme_FSE;UGAUGUCCCUCACCCACCCUUGAAGAUCCCAGGUGGGCGAGGGAAUGGUCAAAGGGAUC>BAAE01262592.1/2445-2390 RF00381;Antizyme_FSE;UGAUGCCCCUCACCCACAGCUGAAGAUCCCGGGUGGGCGAGGGACUGUCAGGGAUC</aistls:requiresQueryRNASequence><aistls:hasOptions>-g 4</aistls:hasOptions></aistls:CentroidFoldInput></rdf:RDF>

CentroidFold 用入力 RDF

1.2.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/CentroidFold -o 出力 RDF 名

10

1.2.3. 実行結果
以下の定義に従い、CentroidFold の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は CentroidFoldOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:CentroidFoldOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1”>
・ CentroidFold のテキスト実行結果のトリプルは以下となる。
主語：CentroidFoldOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(CentroidFold の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>CentroidFold 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>
・ CentroidFold の PNG 画像->Base64 変換結果のトリプルは以下となる。
主語：CentroidFoldOutput
述語：requiresResultInBase64BinaryFormat
目的語：文字列(CentroidFold の実行結果)<aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>CentroidFold 実行結果</aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>*入力 RDF ファイルの hasOptions に”-noimage”を追加すると、このトリプルは出力されない。

11

CentroidFold の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:CentroidFoldOutput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1"><aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>PNG:1
iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAADrcAAA63CAIAAADdRQiTAACAAElEQVR42uzcW3LtxpFAUU7H32dq
Cv/0iHoMHhzazSNRFJ8A6pWZtVbgU9dE0b6OSmhHvhwAAAAAAAAAAAAAQC0vfgUAAAAAAAAAAAAAUIxKGAAAAAAAAAAAAACqUQkDAAAAAAAAAAAAQDUqYQAAAAAAAAAAAACoRiUMAAAAAAAAAAAAANWohAEAAAAAAAAAAACgGpUwAAAAAAAAAAAAAFSjEgYAAAAAAAAAAACAalTCAAAAAAAAAAAAAFCNShgA
AAAAAAAAAAAAqlEJAwAAAAAAAAAAAEA1KmEAAAAAAAAAAAAAqEYlDAAAAAAAAAAAAADVqIQBAAAA……
AACAiVTCcyrhzLS/EmEAAAAAAACYwtQNAABgrlQLd1uGwvkpgCXCAAAAAAAAMJ7BGwAAwFwWCauE
30iBJcIAAAAAAAAwktkbAADAdCrhcZVwLYJgfTAAAAAAAAAMYwIHAACwwsJVu41D4YqUwRJhAAAAAAAAGMMQDgAAYJG9FwnHV8J16YMlwgAAAAAAADCAORwAAMA6KuGoSrg6iTAAAAAAAAAQzSgOAABg
qR9urmevNvTBAAAAAAAAQBwDOeD/t2vHNAAAAAiA+rf2NYCbD+QAAIArx9cSboowAAAAAAAAMBJSjJUFYd3SvAAAAABJRU5ErkJggg==</aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat><aistls:requiresResultInTextFormat>&gt;AF291576.1/215-270 RF00381;Antizyme_FSE;UGAUGCCCCUCACCCAUCAGUGAAGAUCCCGGGUGGGCGAGGGAACGGAAGGGAUC....(.(((((.((((((.(.......)...)))))).)))))..).......... (g=4,th=0.2,e=-10.39)&gt;AAVX01164114.1/511-453 RF00381;Antizyme_FSE;UGAUGUCCCUCACCCACCCUUGAAGAUCCCAGGUGGGCGAGGGAAUGGUCAAAGGGAUC((((.((((((.((((((..((.......)))))))).))))))...))))........ (g=4,th=0.2,e=-13.76)&gt;BAAE01262592.1/2445-2390 RF00381;Antizyme_FSE;UGAUGCCCCUCACCCACAGCUGAAGAUCCCGGGUGGGCGAGGGACUGUCAGGGAUC(((((.(((((.(((((..(((.......)))))))).)))))..)))))...... (g=4,th=0.2,e=-12.51)</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:CentroidFoldOutput></rdf:RDF>

CentroidFold 出力結果

12

1.3. ClustalW1.3.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で ClustalW の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は ClustalWInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:ClustalWInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1”>
・ 配列のトリプルを定義する。
主語：ClustalWInput
述語：requiresSequence
目的語：文字列(核酸またはアミノ酸配列)<aistls:requiresSequence>配列(3 つ以上の配列が必要)</aistls:requiresSequence>・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：ClustalWInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions>-GAPOPEN=10 -GAPEXT=0.5</aistls:hasOptions>13この定義に基づいて ClustalW の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ClustalWInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1"><aistls:requiresSequence>>1LYLAFNDELRNRREKLAALRQQGVAFPNDFRRDHTSDQLHEEFDAKDNQELESLNIEVSVAGRMMTRRIMGKASFVTLQDVGGRIQLYVARDSLPEGVYNDQFKKWDLGDIIGARGTLFKTQTGELSIHCTELRLLTKALRPLPDQEVRYRQRYLDLIANDKSRQTFVVRSKILAAIRQFMVARGFMEVETPMMQVIPGGASARPFITHHNALDLDMYLRIAPELYLKRLVVGGFERVFEINRNFRNEGISVRHNPEFT
MMELYMAYADYHDLIELTESLFRTLAQEVLGTTKVTYGEHVFDFGKPFEKLTMREAIKKYRPETDMADLDNFDAAKALAESIGITVE
KSWGLGRIVTEIFDEVAEAHLIQPTFITEYPAEVSPLARRNDVNPEITDRFEFFIGGREIGNGFSELNDAEDQAERFQEQVNAKAAGDDEAMFYDEDYVTALEYGLPPTAGLGIGIDRMIMLFTNSHTIRDVILFPAMRP>1B8AA
MYRTHYSSEITEELNGQKVKVAGWVWEVKDLGGIKFLWIRDRDGIVQITAPKKKVDPELFKLIPKLRSEDVVAVEGVVNFTPKAKLGFEILPEKIVVLNRAETPLPLDPTGKVKAELDTRLNNRFMDLRRPEVMAIFKIRSSVFKAVRDFFHENGFIEIHTPKIIATATEGGTELFPMKYFEEDAFLAESPQLYKEIMMASGLDRVYEIAPIFRAEEHNTTRHLNEAWSIDSEMAFIEDEEEVMSFLERLVAHAINYVREHNAKELDILNFELEEPKLPFPRVSYDKALEILGDLGKEIPWGEDIDTEGERLLGKYMMENENAPLYFLYQYPSEAKPFYIMKYDNKPEICRAFDLEYRGVEISSGGQREHRHDILVEQIKEKGLNPESFEFYLKAFRYGMPPHGGFGLGAERLIKQMLDLPNIREVILFPRDRRRLTP……</aistls:requiresSequence><aistls:hasOptions>-GAPOPEN=10 –GAPEXT=2</aistls:hasOptions></aistls:ClustalWInput></rdf:RDF>

ClustalW 用入力 RDF

1.3.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/ClustalW -o 出力 RDF 名

14

1.3.3. 実行結果
以下の定義に従い、ClustalW の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は ClustalWOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:ClustalWOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1”>
・ ClustalW のテキスト実行結果のトリプルは以下となる。
主語：ClustalWOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(ClustalW の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>ClustalW 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

15

ClustalW の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ClustalWOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>CLUSTAL W (1.83) Multiple Sequence Alignments
……
1ATIA

-WTPPRYFNMMFQDLRGPRGGRGLLAYLRPETAQGIFVNFKNVLDATSRKLGFGIAQIGK

E64328ELGEVKKFNLMFVTSIGPGGKR--TGYMRPETAQGIFIQFRRLAQFFRNKLPFGVVQIGK

B64744KFRDEVRPRFGVMRSREFLMKDAYSFHTSQESLQETYDAMYAAYSKIFSRMGLDFRAVQA

E64454---------------HGGKTQLDVKLALRPTSETPIYYMMK-LWVKVHTDLPIKIYQIVN

G64424-------------------DHGGREMALRPEMTSPVVRFYLNELKNLQKPL--RLYYFAN

1ADJA-------------------DRGGRSLTLRPEGTAAMVRAYLEHGMKVWPQP-VRLWMAGP

G64930VDMCRGPHVPNMRFCHHFKLMKTAGAYWRGDSNNKMLQRIYGTAWADKKALNAYLQRLEE

D64449KGHPLSELSRKIVAKEEKKEEGEESKFYLLNPETEEIIELNENNINIIKDEELLALAKHE

1SESA-------------------KALGEEAKRLEEALREKEARLEALLLQVPLPPWPGAPVGGE

A26400--------------------KLGEELDAAKAELDALQAEIRDIALTIPNLPADEVPVGKD

1PYSA------------------------EGFRLEGPLGEEVEGRLLLRTHTSPMQVRYMVAHTP

y|Pyrococcus--------------LKAIVGVLRKEGWAEVSKTKEGLTLKLSEKGKKAEKRAIDIALEVL

JT0942-------------------RPEMAQRLKTRAKITSLVRRFMDDHGFLDIETPMLTKATPE

1B8AA---------------------FTPKAKLGFEILPEKIVVLNRAETPLPLDPTGKVKAELD

1ASZB-------------IVKKVDEPIKSATVQNLEIHITKIYTISETPEALPILLEDASRSEAE

1LYLA----------------DSLPEGVYNDQFKKWDLGDIIGARGTLFKTQTGELSIHCTELRL

S56383---------------------FETRFVGPGHSQGMNLWLMTSPEYHMKRLLVAGCGPVFQ……
……
(
D64449:0.41624,
G64930:0.40428):0.01577):0.01909);</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:ClustalWOutput></rdf:RDF>

ClustalW 出力結果
16

1.4. IPknot

1.4.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で IPknot の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は IPknotInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:IPknotInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1”>
・ RNA 配列を入力とする場合、RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：IPknotInput
述語：requiresQueryRNASequence
目的語：文字列(RNA 配列)<aistls:requiresQueryRNASequence>RNA 配列</aistls:requiresQueryRNASequence>・ ClustalW 形式のマルチプルアラインメントを入力とする場合、ClutsalW 形式マルチプルアラインメントのトリプルを定義する。
主語：IPknotInput
述語：requiresClustalWMultipleAlignment
目的語：文字列(ClustalW 形式マルチプルアラインメント)<aistls:requiresClustalWMultipleAlignment>ClustalW 形式マルチプルアライン
メント</aistls:requiresClutalWMultipleAlignment>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：IPknotInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions>-i </aistls:hasOptions>
この定義に基づいて IPknot の入力 RDF を作成する。

17

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:IPknotInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1"><aistls:requiresQueryRNASequence>>Tomato_mosaic_virus.1
GUGUCUUGGAGCGCGCGGAGUAAACAUAUAUGGUUCAUAUAUGUCCGUAGGCACGUAAAAAAAGCGA>Tobacco_mosaic_virus.1
GUGUCUUGGAUCGCGCGGGUCAAAUGUAUAUGGUUCAUAUACAUCCGCAGGCACGUAAUAAA-GCGA>Rehmannia_mosaic_vir.1
GUGUCUUGGUUCGCGCGGGUCAAGUGUAUAUGGUGCAUAUACAUCCGUAGGCACGUAAUAAA-GCGA>B.pepper.1
GUGUCUUGGAACGCGCGGGUCAAAUAUAAGUGGUUCACUUAUAUCCGUAGGCACGAAAAAUU-GCGU</aistls:requiresQueryRNASequence><aistls:hasOptions>-i</aistls:hasOptions></aistls:IPknotInput></rdf:RDF>

IPknot 用入力 RDF

1.4.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/IPknot -o 出力 RDF 名

18

1.4.3. 実行結果
以下の定義に従い、IPknot の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は IPknotOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:IPknotOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1”>
・ IPknot の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：IPknotOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(IPknot の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>IPknot 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>
IPknot の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:IPknotOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>&gt;Tomato_mosaic_virus.1
GUGUCUUGGAGCGCGCGGAGUAAACAUAUAUGGUUCAUAUAUGUCCGUAGGCACGUAAAAAAAGCGA((((((........((((.....(((((((((...))))))))))))))))))).............
&gt;Rehmannia_mosaic_vir.1
GUGUCUUGGUUCGCGCGGGUCAAGUGUAUAUGGUGCAUAUACAUCCGUAGGCACGUAAUAAA-GCGA(((((..(((....[[[[)))...((((((((...)))))))).]]]].))))).............
………</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:IPknotOutput></rdf:RDF>

IPknot 出力結果
19

1.5. Mafft

1.5.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Mafft の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は MafftInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:MafftInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1”>
・ 配列のトリプルを定義する。
主語：MafftInput
述語：requiresSequence
目的語：文字列(核酸またはアミノ酸配列)<aistls:requiresSequence>配列(3 つ以上の配列が必要)</aistls:requiresSequence>・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：MafftInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions>--retree 2 --maxiterate 0 --bl 62 --op 1.53 --ep 0.0--clustalout</aistls:hasOptions>
この定義に基づいて Mafft の入力 RDF を作成する。

20

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:MafftInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1"><aistls:requiresSequence>>1LYLAFNDELRNRREKLAALRQQGVAFPNDFRRDHTSDQLHEEFDAKDNQELESLNIEVSVAGRMMTRRIMGKASFVTLQDVGGRIQLYVARDSLPEGVYNDQFKKWDLGDIIGARGTLFKTQTG
ELSIHCTELRLLTKALRPLPDQEVRYRQRYLDLIANDKSRQTFVVRSKILAAIRQFMVAR
EQVNAKAAGDDEAMFYDEDYVTALEYGLPPTAGLGIGIDRMIMLFTNSHTIRDVILFPAM
RP>1B8AA
MYRTHYSSEITEELNGQKVKVAGWVWEVKDLGGIKFLWIRDRDGIVQITAPKKKVDPELFKLIPKLRSEDVVAVEGVVNFTPKAKLGFEILPEKIVVLNRAETPLPLDPTGKVKAELDTR
LNNRFMDLRRPEVMAIFKIRSSVFKAVRDFFHENGFIEIHTPKIIATATEGGTELFPMKYPNIREVILFPRDRRRLTP>1ASZBEDTAKDNYGKLPLIQSRDSDRTGQKRVKFVDLDEAKDSDKEVLFRARVHNTRQQGATLAF
LTLRQQASLIQGLVKANKEGTISKNMVKWAGSLNLESIVLVRGIVKKVDEPIKSATVQNL
EIHITKIYTISETPEALPILLEDASRSEAEAEAAGLPVVNLDTRLDYRVIDLRTVTNQAIFRIQAGVCELFREYLATKKFTEVHTPKLLGAPSEGGSSVFEVTYFKGKAYLAQSPQFNKQQLIVADFERVYEIGPVFRAENSNTHRHMTEFTGLDMEMAFEEHYHEVLDTLSELFVFIFSKFLGKLVRDKYDTDFYILDKFPLEIRPFYTMPDPANPKYSNSYDFFMRGEEILSGAQRIH……
……
……
EIYEKLKGKFRVHIDDRDIRPGRKFNDWEIKGVPLRIEVGPKDIENKKITLFRRDTMEKFQVDETQLMEVVEKTLNNIMENIKNRAWEKFENFITILEDINPDEIKNILSEKRGVILVPF
KEEIYNEELEEKVEATILGETEYKGNKYIAIAKTY</aistls:requiresSequence><aistls:hasOptions></aistls:hasOptions></aistls:MafftInput></rdf:RDF>

Mafft 用入力 RDF

21

1.5.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Mafft -o 出力 RDF 名

1.5.3. 実行結果
以下の定義に従い、Mafft の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は MafftOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:MafftOutput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1”>
・ Mafft の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：MafftOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Mafft の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Mafft 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

22

Mafft の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:MafftOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>CLUSTAL format alignment by MAFFT FFT-NS-2(v6.717b)
1LYLA

FNDELRNRREKLAALRQQGVAFPNDFRRDHTSDQLHEEFDAKDNQELESLNIEVSVAGRM

1B8AA-----------------------------MYRTHY------SSEITEELNGQKVKVAGWV

1ASZB---------------------------EDTAKDNYGKLPLIQSRDSDRTGQKRVKFVD-L

1ADJA------------------------------------------------------------

1PYSA------------------------------------------------------------

1LYLA-----------------------------LVVGGFER------VFEINR-NFRNE-----

1B8AA-----------------------------MMASGLDR------VYEIAP-IFRAE-----

1ASZB-----------------------------LIVADFER------VYEIGP-VFRAE-----

1ADJA------------------------YLEHGMKVWPQ-----PVRLWMAGP-MFRAE-----

1PYSA-----------------------------MVAHTP-----PFRIVVPGR-VFRFE----*

……
……

1LYLA

-----AMRP------------------------------

1B8AA-RDRRRLTP------------------------------1ASZB-RDPKRLRP------------------------------1ADJA

FLGEDELRAGEVTLKRLATGEQVRLSREEVPGYLLQALG

1PYSA----KFLEQFKGVL-------------------------</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:MafftOutput></rdf:RDF>

Mafft 出力結果

23

1.6. Psipred

1.6.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Psipred の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は PsiPredInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:PsiPredInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：PsiPredInput
述語：requiresQueryProteinSequence
目的語：文字列(アミノ酸配列)<aistls:requiresQueryProteinSequence>
アミノ酸配列</aistls:requiresQueryProteinSequence>
この定義に基づいて Psipred の入力 RDF を作成する。

24

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PsiPredInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1"><aistls:requiresQueryProteinSequence>>test
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVGMANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNIMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG</aistls:requiresQueryProt
einSequence></aistls:PsiPredInput></rdf:RDF>

Psipred 用入力 RDF

1.6.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Psipred -o 出力 RDF 名

25

1.6.3. 実行結果
以下の定義に従い、Psipred の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は PsiPredOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものをそのまま指定する。
<aistls:PsiPredOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1”>
・ Psipred の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：PsiPredOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Psipred の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Psipred 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

26

Psipred の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PsiPredOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat># PSIPRED HFORMAT (PSIPRED V2.5 by David Jones)
Conf: 976304410010420000111113889987678876789888999888879888999988
Pred: CCCCCHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
AA: MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
10

20

30

40

50

60

Conf: 888998988889989888899898888767788735434688777333143200001124
Pred: CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHCCCHHHHH
AA: HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGA
70

80

90

100

110

120

Conf: 541000354322320732104774302456665564763125411233285454021100
Pred: HHHCCHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEECCCHHHCCCCCCEEEEE
AA: VVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCV
130

140

150

160

170

180

……
……
Conf: 3899999998764234432234654228605885697303222567721109
Pred: HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCHHHHHHHHHHHCCC
AA: DVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG
970

980

990

1000

1010

</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:PsiPredOutput></rdf:RDF>

Psipred 出力結果

27

1.7. Raccess1.7.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Raccess の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は RaccessInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:RaccessInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1”>
・ RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：RaccessInput
述語：requiresQueryRNASequence
目的語：文字列(RNA 配列)<aistls:requiresQueryRNASequence>RNA 配列</aistls:requiresQueryRNASequence>・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：RaccessInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions>-access_len=50 </aistls:hasOptions>
この定義に基づいて Raccess の入力 RDF を作成する。

28

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RaccessInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1"><aistls:requiresQueryRNASequence>>gi|187607315|ref|NM_014909.4| Homo sapiens
vasohibin 1 (VASH1), mRNA
GCCCCTGCGCGCCGCCCGAGCCGGTCCCGCTGAGCCGCGGGCCCCGTGCCCTGCGATGGCTCGGCTGGTG
CAGCGCGGCGCCAGGTGCCAGCCGTCCTCCCGCTGAGACGCGCCCGAGTGGGGACCCGCTGGGCCTCGGG
GCTCGCAGCCTTCGCCTCCCCGCCGCGCCCGCTCCCTTTCTGGGGACTCCGCCGCTGTTTCTGGGGACGAGGGGACAGGGGACCCAGACAAAGCCCACTTTGTGCAGGGAGTTGGCCGCAGGCGGGGAATGTGCGCGTCG
GCGCGCGCCCCCTCCCCGCTCCCGGCCAGCTGCGAGTCTTGGCTCCCGGACTTGTCTCGTCGCGTCGGAG
AAATCGCCCCCCAGCGCCGCTCTCCCGCCCGGGGGTCTTGGTTCCGAGCTCGCGCGGCCGGGAGTCGCCTCGGTCTTCCTTGGGGCGCGCGCAGATGTGAGCGTGCGAGAGTTGTGTAGGGGATTTTGTTCCCTCCGAAACTGAGACCCAGGGCGCCCAGTGGGCACCCGTGCCTTGACTCTGTCCTTTCTGCAGCCGCTGGTCCGAGCTGTCTGGCCTCAGTTTCCCTCCGACTTTTCTCCGCTCTGCCAGCCCTCACTGCTGCCCGTCATTGTTCTCG
CAGTTAGATGGGGGTGCTTTGTGACGGCTGCCAAGTTGGGGTGTGTTCTCTTTATTCCGTTTTTCAAACAGAACAAGGCCTCCAAGGCTGACCCCAGACAACCCACCCCCTCGGACCCTAATTCACCTTATTGCACTGAT
TTTTTTTATCAAGTCGTATTTTATTGTACAGGAGCCACGCCCTGATTTCTTAAAGGCGCCTTGCACTCTG
GCCATGTGTTATCTCTGCAGCCGGTGTGTGGGAGGCCTCTTGTGAGCCAGTTGTTTTCCCGCCTCCACCA
CCCCCCTCGAAGATTTAGGGATGCCAGGGGGGAAGAAGGTGGCTGGGGGTGGCAGCAGCGGTGCCACTCCAACGTCCGCTGCGGCCACCGCCCCCTCTGGGGTCAGGCGTTTGGAGACCAGCGAAGGAACCTCAGCCCAG
CCAAGCTGCTCTCGCTCCCACTGAGCCAAGCCCCCTAACTTTGGGCCTAGAGGCCGTTAGTAT……………….
</aistls:requiresQueryRNASequence><aistls:hasOptions></aistls:hasOptions></aistls:RaccessInput></rdf:RDF>

Raccess 用入力 RDF

1.7.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Raccess -o 出力 RDF 名
29

1.7.3. 実行結果
以下の定義に従い、Raccess の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は RaccessOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:RaccessOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1”>
・ Raccess の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：RaccessOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Raccess の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Raccess 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

30

Raccess の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RaccessOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>&gt;gi|187607315|ref|NM_014909.4| Homo sapiens
vasohibin 1 (VASH1), mRNA
6020

6029

0.62373

6019

6028

0.623859

6018

6027

0.623156

6017

6026

0.622921

6016

6025

0.648241

6015

6024

1.34601

6014

6023

2.08364

6001

6010

9.45949

6000

6009

8.523

5999

6008

9.24843

1120

11.57021019

11.5887918

11.47778

17

11.48487

16

13.0533615

12.778851410.52244

13

11.31233

12

10.87542

11

10.63411

109.07663096.90453/aistls:requiresResultInTextFormat>

…….
…….

</aistls:RaccessOutput></rdf:RDF>

Raccess 出力結果

31

1.8. RactIP

1.8.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で RactIP の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は RactIPInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:RactIPInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1”>
・ 問い合わせ RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：RactIPInput
述語：requiresQueryRNASequence
目的語：文字列(RNA 配列)<aistls:requiresQueryRNASequence>RNA 配列</aistls:requiresQueryRNASequence>・ ターゲット RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：RactIPInput
述語：requiresSubjectRNASequence
目的語：文字列(RNA 配列)<aistls:requiresSubjectRNASequence>RNA 配列</aistls:requiresSubjectRNASequence>・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：RactIPInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions>-i</aistls:hasOptions>
この定義に基づいて RactIP の入力 RDF を作成する。

32

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RactIPInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1"><aistls:requiresQueryRNASequence>>R1inv
GGCAACGGAUGGUUCGUUGCC</aistls:requiresQueryRNASequence><aistls:requiresSubjectRNASequence>>R2inv
GCACCGAACCAUCCGGUGC</aistls:requiresSubjectRNASequence><aistls:hasOptions>-i</aistls:hasOptions></aistls:RactIPInput></rdf:RDF>

RactIP 用入力 RDF

1.8.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/RactIP -o 出力 RDF 名

33

1.8.3. 実行結果
以下の定義に従い、RactIP の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は RactIPOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:RactIPOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1”>
・ RactIP の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：RactIPOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(RactIP の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>RactIP 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

34

RactIP の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RactIPOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>*0:

objval =0.000000000e+00

infeas =0.000000000e+00 (0)*36:objval =1.604034567e+01

infeas =0.000000000e+00 (0)OPTIMAL SOLUTION FOUND
Integer optimization begins...
+

36: mip =not found yet &lt;=+

36: &gt;&gt;&gt;&gt;&gt;+

36: mip =+inf

1.604034567e+01 &lt;=

1.604034567e+01 &lt;=(1; 0)
1.604034567e+01

tree is empty

0.0% (1; 0)

0.0% (0; 1)

INTEGER OPTIMAL SOLUTION FOUND&gt;R1inv
GGCAACGGAUGGUUCGUUGCC((((((([[[[[[[)))))))&gt;R2inv
GCACCGAACCAUCCGGUGC((((((]]]]]]]))))))</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:RactIPOutput></rdf:RDF>

RactIP 出力結果

35

1.9. Wolfpsort

1.9.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Wolfpsort の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は WolfPsortInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:WolfPsortInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1”>
・ 界情報のトリプルを以下のように定義する。
主語：WolfPsortInput
述語：requiresKingdomInformation
目的語：文字列(animal、plant、fungi のうちどれか一つ)<aistls:requireKingomdInfomationOf>文字列</aistls:requireKingdomInformationOf>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：WolfPsortInput
述語：requiresQueryProteinSequence
目的語：文字列(アミノ酸配列)<aistls:requiresQueryProteinSequence>
アミノ酸配列</aistls:requiresQueryProteinSequence>
この定義に基づいて Wolfpsort の入力 RDF を作成する。

36

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:WolfPsortInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1"><aistls:requiresKingdomInformationOf>animal</aistls:requiresKingdomInformationOf><aistls:requiresQueryProteinSequence>MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQY
ERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG</aistls:requiresQueryProteinSequence></aistls:WolfPsortInput></rdf:RDF>

Wolfpsort 用入力 RDF

1.9.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Wolfpsort -o 出力 RDF 名37

1.9.3. 実行結果
以下の定義に従い、Wolfpsort の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下とする。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は WolfPsortOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものをそのまま指定する。
<aistls:WolfPsortOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1”>
・ Wolfpsort の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：WolfPsortOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Wolfpsort の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Wolfpsort 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>
Wolfpsort の出力結果の例を以下に示す。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:WolfPsortOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat># k used for kNN is: 32
queryProtein extr 19, E.R. 4, pero 4, lyso 3, E.R._mito 3, mito_pero 3</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:WolfPsortOutput></rdf:RDF>

Wolfpsort 出力結果

38

2. Async 非同期型解析サービスについて
2.0. Async 同期型解析サービスの利用方法
Async 同期型解析サービス(Last, Modelling, PoodleL, PoodleS, Rassie)の場合、以下の3 つの手順で各解析サービスを実行する。
１）

ポーリング URI の取得% curl--data-binary@入力 RDF 名

http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/解析サービス名 (表 1-A 参照)
例えば、input.rdf を入力 RDF として用意し、PoodleL を実行する場合、以下のコマンドとなる。
% curl --data-binary @input.rdf
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL
ポーリング URI を格納した RDF が標準出力される。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=1”/></aistls:PoodleLOutput></rdf:RDF>

ポーリング URI(赤文字部分)を含む RDF
２）SADI サーバへポーリング% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/解析サービス名?poll=任意の 16
進数
39例えば１）の PoodleL を実行した場合は以下のコマンドとなる。
%curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=1
サービスの実行が終了すると、COMPLETE:出力結果 URL が標準出力される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=1
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/poodleLResult.rdf
３）

実行結果の取得% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ poodleLResult.rdf -o 出力 RDF 名
入力 RDF フォーマット、出力 RDF フォーマットについては、章 1.0 の Sync 同期型解析サービスの利用方法を参考にしてください。

40

2.1. Last

2.1.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Last の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は LastInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:LastInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1”>
・ 問い合わせ配列のトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：requiresQuerySequence
目的語：文字列(問い合わせ配列)<aistls:requiresQuerySequence>

問

い

合

わ

せ

配

列

</aistls:requiresQuerySequence>・ ターゲット配列のトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：requiresSubjectSequence
目的語：文字列(ターゲット配列)<aistls:requiresSubjectSequence>ターゲット配列</aistls:requiresSubjectSequence>・ Lastdb 用コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：hasOptionsForLastdb
目的語：文字列(Lastdb 用コマンドラインオプション)<aistls:hasOptionsForLastdb>-m110 -w1</aistls:hasOptionsForLastdb>
・ Lastal 用コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：hasOptionsForLastal
目的語：文字列(Lastal 用コマンドラインオプション)
41

<aistls:hasOptionsForLastal>-j4 -u0 -m10 -l1 -k1 -w0 -g1.0 -s2 -e30</aistls:hasOptionsForLastal>
この定義に基づいて Last の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:LastInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1"><aistls:requiresQuerySequence>>gi|14518450|ref|NC_000868.1| Pyrococcus abyssi GE5,complete genome
GGGCTTTAGCCTCCTTCACCGCTTCCACGATTTTCTGCCTGTCAAAGGGCATTCTAGACATCCCTCCTTA
GGTTTTTAATTAAAAATTCAAGGTGGAGTAAAAAGGGATGTTTTTAAATTTTTCTCACTCTTTCTCGGCC
TTCTCAAATAGCTCGTCGTAAACCCCTTCATCTATTTCTCTCTGAACTTCCCTTGGATCCTTGCCTTCGACGGTAACTCCCATGCTTAAAGCCGTTCCAATGACTTCCTTGGCGGCAGCCTTAAGAGTCAATGCTAGCAT
CTGGTTTCTCTTCATCTTAGCTATCTTGATAACTTGCTCCATCGTTAAGTTCCCAACGATATTGTGCTTCCTATCTCGAACTGCTTGGTTACTGGATCTACGATGATCTTCACTGGGACCTGCATCCCAGCGAACTCTTT……
AACATCAAGAAGCTGACCTACCACGGCCCTGAACTTCCTAGGATCTCCATGTCCCTCATCCTCTTCTTCA</aistls:requiresQuerySequence><aistls:requiresSubjectSequence>
AGATCCTTAGCCTTGTTGTTCCTTTTCTCAAGGAGCTTTACGCTACCGTCTTCACAGATCTCATAGATCGCGAAAAACTCTGAATCTCCGTAGTGAGCGTCTATGAGATGTTCATCATCCTCCATTCCAAAGGCTACCTT……
GTTCCTGGGACCTAGGTATCTACCGAGGTACCTACCTATCTTGGGCATTAATGGGGCCTCAGCTATGAAGTAATAACGTCAAGCCCGAGCCTCCTCGCCGCTTCGGCAACTGCACCATCAGCGATGACCGCGATCTTTAC
TCTTTAAGGTTCACTGCCACCTCGACACTCTGTGTGAAGTTACGCGGCTTGGCCC</aistls:requiresSubjectSe
quence><aistls:hasOptionsForLastdb>-m110 -w1</aistls:hasOptionsForLastdb><aistls:hasOptionsForLastal>-j4 -u0 -m10 -l1 -k1 -w0 -g1.0 -s2-e30</aistls:hasOptionsForLastal></aistls:LastInput></rdf:RDF>

Last 用入力 RDF

42

2.1.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last
Last は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:LastOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=8”/></aistls:LastOutput></rdf:RDF>

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=8 (上図の場合 8)%
Last が終了すると、Last の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=8 (上図の場合 8)
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/seq1_seq2Result.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/seq1_seq2Result.rdf -o 出力 RDF 名

43

2.1.3. 実行結果
以下の定義に従い、Last の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は LastOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定されたものがそのまま指定される。
<aistls:LastOutput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1”>
・ Last の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：LastOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Last の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Last 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>
・ Last の PNG 画像->Base64 変換結果のトリプルは以下となる。
主語：LastOutput
述語：requiresResultInBase64BinaryFormat
目的語：文字列(Last PNG 画像->Base64 変換結果)<aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>Last PNG 画像->Base64 変換結果</aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>*入力 RDF ファイルの lastalOptions に”-noimage”を追加すると、このトリプルは出力されない。

44

Last の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:LastOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1"><aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAA8cAAAPoCAAAAA
DWntNlAAANoElEQVR42u3dAXIjRRZF0dz/ZmsJ
oHbLqlLZbURnNc73OCcmGMIw0GP7kvm/RHlsQLrhUwA65k9+dcaH37/91/jh/SPjw8fHGL/6q42v/lbjH3/7ya8KHfP61+ie7ltQj98b93xPH79/5Bf/UBjvf/J4/EUf/6uv//MIfvjO0TGvHcRjPBdz……
……
AAAASUVORK5CYII=</aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat><aistls:requiresResultInTextFormat># LAST version 58## a=7 b=1 c=100000 e=30 d=18 x=27 y=10
# u=0 s=2 m=10 l=1 k=1 i=134217728 w=0 t=0.910239 g=1 j=4# seq1……
……

a score=30
s gi|14518450|ref|NC_000868.1|

29878 36 +139440GTTGAGAGTTCCAATAAGACTAAAATAGGATTGAAAs GATCCTTAGCCTTGTTGTTCCTTTTCTCAAGGAGCTTTACGCTACCGTCTTCACAGATCTCATAGATCG 130267 36 144325 GTGGCGAGTTCCAATAAGACTAAAATAGAATTGAAA
p 0.551 0.673 0.714 0.836 0.878 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0.999
0.999 0.998 0.996 0.99 0.972 0.916 0.749# CPU time: 0.36 seconds</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:LastOutput></rdf:RDF>

Last 出力結果

45

2.2. Modelling2.2.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Modelling の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は ModellingInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:ModellingInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：requiresQueryProteinSequence
目的語：文字列(アミノ酸配列)<aistls:requiresQueryProteinSequence>アミノ酸配列</aistls:requiresQueryProteinSequence>
・ BLAST 名のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：requiresBlastProgramName
目的語：文字列(BLAST または PSI-BLAST)<aistls:requiresBlastProgramName>PSI-BLAST</aistls:requiresBlastProgram
Name>
・ Iteration 数のトリプルを定義する(PSI-BLAST 選択時のみ)。
主語：ModellingInput
述語：setupIterationNumber
目的語：整数(Iteration 数(>1 を指定))<aistls:setupIterationNumber>3</aistls:setupIterationNumber>
・ E-Value のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupEvalueThreshold
46目的語：倍精度数(E-Value)<aistls:setupEvalueThreshold>0.00001</aistls:setupEvalueThreshold>・ ヒット領域カバレージ閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupHitRegionCoverageThreshold
目的語：倍精度数(ヒット領域カバレージの閾値)<aistls:setupHitRegionCoverageThreshold>60.0</aistls:setupHitRegionCoverageThreshold>・ ヒット領域一致度閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupHitRegionIdentityThreshold
目的語：倍精度数(ヒット領域一致度の閾値)<aistls:setupHitRegionIdentityThreshold>30.0</aistls:setupHitRegionIdentityThreshold>・ 最小配列長閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupMinimumSequenceLength
目的語：整数(最小配列長の閾値)<aistls:setupMinimumSequenceLength>30</aistls:setupMinimumSequenceLength>・ テンプレートカバレージ閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupTemplateCoverageThreshold
目的語：倍精度数(テンプレートカバレージの閾値)<aistls:setupTemplateCoverageThreshold>90.0</aistls:setupTemplateCoverageThreshold>・ テンプレート一致度閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupTemplateIdentityThreshold
目的語：倍精度数(テンプレート一致度の閾値)<aistls:setupTemplateIdentityThreshold>90.0</aistls:setupTemplateIdentityThreshold>・ MODELLER ラインセンスキーのトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：requiresLicenseKey
目的語：文字列(MODELLER ラインセンスキー)47<aistls:requiresLicenseKey>***</aistls:requiresLicenseKey>*MODELLER ライセンスキーがないと Modelling は利用できません。
MODELLER の Web サイト(http://saliab.org/modeller/registration.html)より、ライセンスキー取得のための登録を行ってください。
・ 生成モデル数閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：setupModelNumber
目的語：整数(生成モデル数の閾値)<aistls:setupModelNumber>10</aistls:setupModelNumber>
この定義に基づいて Modelling の入力 RDF を作成する。

48

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ModellingInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1"><aistls:requiresQueryProteinSequence>>sample
MNGTEGPNFYVPFSNKTGVVRSPFEAPQYYLAEPWQFSMLAAYMFLLIMLGFPINFLTLYVTVQHKKLRTPLNYILLNLAVADLFMVFGGFTTTLYTSLHGYFVFGPTGCNLEGFFATLGGEIALWSLVVLAIERYVVVCKPMSNFRFGENHAIMGVAFTWVMALACAAPPLVGWSRYIPEGMQCSCGIDYYTPHEETNNESFVIYMFVVHFIIPLIVIFFCYGQLVFTVKEAAAQQQESATTQKAEKEVTRMVIIMVIAFLICWLPYAGVAFYIFTHQGSDFGPIFMTIPAFFAKTSAVYNPVIYIMMNKQFRNCMVTTLCCGKNKREIRLMKNREAARECRRKKKEYVKCLENRVAVLENQNKTLIEELKTLKDLYSNKMSEEGPQVKIREASKDNVDFILSNVDLAMANSLRRVMIAEIPTLAIDS
VEVETNTTVLADEFIAHRLGLIPLQSMDIEQLEYSRDCFCEDHCDKCSVVLTLQAFGESESTTNVYSKDLVIVSNLMGRNIGHPIIQ
DKEGNGVLICKLRKGQELKLTCVAKKGIAKEHAKWGPAAAIEFEYDPWNKLKHTDYWYEQDSAKEWPQSKNCEYEDPPNEGDPFDYKAQADTFYMNVESVGSIPVDQVVVRGIDTLQKKVASILLALTQMDQDKVNFASGDNNTASNMLGSNEDVMMTGAEQDPYSNASQMGNT
GSGGYDNAW</aistls:requiresQueryProteinSequence><aistls:requiresBlastProgramName>BLAST</aistls:requiresBlastProgramName><aistls:setupEvalueThreshold>0.00005</aistls:setupEvalueThreshold><aistls:setupHitRegionCoverageThreshold>60.0</aistls:setupHitRegionCoverageThreshold><aistls:setupHitRegionIdentityThreshold>30.0</aistls:setupHitRegionIdentityThreshold><aistls:setupMinimumSequenceLength>30</aistls:setupMinimumSequenceLength><aistls:setupTemplateCoverageThreshold>95.0</aistls:setupTemplateCoverageThreshold><aistls:setupTemplateIdentityThreshold>95.0</aistls:setupTemplateIdentityThreshold><aistls:requiresLicenseKey>***</aistls:requiresLicenseKey>

Modelling 用入力 RDF<aistls:setupModelNumber>10</aistls:setupModelNumber></aistls:ModellingInput></rdf:RDF>

49

2.2.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling
Modelling は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ModellingOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=10”/></aistls:ModellingOutput></rdf:RDF>

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=10 (上図の場合
10)%Modelling が終了すると、Modelling の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=10
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/modellingResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
50

% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/modellingResult.rdf -o 出力 RDF 名

51

2.2.3. 実行結果
以下の定義に従い、Modelling の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は ModellingOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:ModellingOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルは以下となる。
主語：ModellingOutput
述語：requiresQueryProteinSequence
目的語：文字列(アミノ酸配列)<aistls:requiresQueryProteinSequence>アミノ酸配列</aistls:requiresQueryProteinSequence>
・ BLAST 実行結果のトリプルは以下となる。
主語：ModellingOutput
述語：requiresBlastResult
目的語：文字列(BLAST 実行結果)<aistls:requiresBlastResult>BLAST 実行結果</aistls:requiresBlastResult>・ ヒット情報抽出結果のトリプルは以下となる。
主語：ModellingOutput
述語：requiresHitRegionInformation
目的語：文字列(ヒット情報抽出結果)<aistls:requiresHitRegionInformation>ヒット情報抽出結果</aistls:requiresHitRegionInformation>
・ MODELLER 実行結果のトリプルを定義する。
主語：ModellingOutput
述語：requiresModellerResult
目的語：文字列(MODELLER 実行結果)
52

<aistls:requiresModellerResult>MODELLER 実行結果</aistls:requiresModellerResult>
Modelling の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ModellingOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1"><aistls:requiresBlastResult>
PDB

QHitRegionLen

THitRange

QCov

QHitRange

THitRegionLen

Coverage

Identity

E-value

1qm0A

104

41.11

125-228 104

100.00 1-104

100.00 3.20122e-60

1xyuA

111

43.87

121-231 111

100.00 1-111

90.99

1.43738e-59……</aistls:requiresBlastResult><aistls:requiresHitRegionInformation>PDB
THitRegionLen

TCov

1qm0A

104

THitRange
41.11

Identity

125-228 104

QHitRegionLen

QCov

QHitRange

E-value

100.00 1-104

100.00 3.20122e-60</aistls:requiresHitRegionInformation><aistls:requiresModellerResult>MODEL:1

Query hit region:1-326

EXPDTA

THEORETICAL MODEL, MODELLER 9v5 2012/02/09 21:51:43

REMARK

6 MODELLER OBJECTIVE FUNCTIO

N:

1915.0485

REMARK

6 MODELLER BEST TEMPLATE % SEQ ID: 100.000

ATOM

252 ND2 ASN

355

57.353 10.420 32.011 1.00112.53

N

ATOM

253 C

ASN

355

55.6288.704 34.015 1.00112.53

C

ATOM

254 O

ASN

355

54.4408.414 33.908 1.00112.53

O……
……</aistls:requiresModellerResult><aistls:requiresQueryProteinSequence>&gt;sp|P04156|PRIO_HUMAN Major prion protein
OS=Homo sapiens GN=PRNP PE=1 SV=1
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGA</aistls:requiresQueryProteinSequence></aistls:ModellingOutput></rdf:RDF>

Modelling 出力結果
53

2.3. PoodleL

2.3.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で PoodleL の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は PoodleLInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:PoodleLInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：PoodleLInput
述語：requiresQueryProteinSequence
目的語：文字列(アミノ酸配列)<aistls:requiresQueryProteinSequence>
アミノ酸配列</aistls:requiresQueryProteinSequence>
この定義に基づいて PoodleL の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><aistls:requiresQueryProteinSequence>>test
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVGMA</aistls:requiresQueryProteinSequence></aistls:PoodleLInput></rdf:RDF>

PoodleL 用入力 RDF
54

2.3.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL
PoodleL は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=21”/></aistls:PoodleLOutput></rdf:RDF>

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=21 (上図の場合 21)%
PoodleL が終了すると、PoodleL の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=21
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/poodleLResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ poodleLResult.rdf -o 出力 RDF 名55

2.3.3. 実行結果
以下の定義に従い、PoodleL の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は PoodleLOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:PoodleLOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1”>
・ PoodleL の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：PoodleLOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(PoodleL の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>PoodleL 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>
PoodleL の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>PFRMAT DR
REMARK S. Hirose, K. Shimizu, S. Kanai, Y. Kuroda and T. Noguchi…..
A O 0.1241
P O 0.2739
END……</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:PoodleLOutput></rdf:RDF>

PoodleL 出力結果
56

2.4. PoodleS

2.4.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で PoodleS の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は PoodleSInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:PoodleSInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：PoodleSInput
述語：requiresQueryProteinSequence
目的語：文字列(アミノ酸配列)<aistls:requiresQueryProteinSequence>
アミノ酸配列</aistls:requiresQueryProteinSequence>
この定義に基づいて PoodleS の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleSInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1"><aistls:requiresQueryProteinSequence>>test
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVE</aistls:requiresQueryProteinSequence></aistls:PoodleSInput></rdf:RDF>

PoodleS 用入力 RDF
57

2.4.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS
PoodleS は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleSOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=3F”/></aistls:PoodleSOutput></rdf:RDF>

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=3F (上図の場合
3F)%
PoodleS が終了すると、PoodleS の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=3F
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/poodleSResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ poodleSResult.rdf -o 出力 RDF 名58

59

2.4.3. 実行結果
以下の定義に従い、PoodleS の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は PoodleSOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定されたものがそのまま指定される。
<aistls:PoodleSOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1”>
・ PoodleS の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：PoodleSOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(PoodleS の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>PoodleS 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>
PoodleS の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleSOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>PFRMAT DR
REMARK K. Shimizu, Y. Muraoka, S. Hirose, and T. Noguchi
REMARK "Feature Selection Based on Physicochemical Properties o
A D 0.575
N D 0.505…..
Pharma Design, Inc. </aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:PoodleSOutput></rdf:RDF>

PoodleS 出力結果
60

2.5. Rassie

2.5.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Rassie の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は RassieInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:RassieInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1”>
・ RNA2 次構造のトリプルを定義する。
主語：RassieInput
述語：requiresRNASecondaryStructure
目的語：文字列(RNA2 次構造)
<aistls:requiresRNASecondaryStructure>RNA2 次構造</aistls:requiresRNASecondaryStructure>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：RassieInput
述語：hasOptions
目的語：文字列(コマンドラインオプション)<aistls:hasOptions> -q 100 -ins 100 -clst -outclst 10 c-ins_hain</aistls:hasOptions>
この定義に基づいて Rassie の入力 RDF を作成する。

61

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RassieInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1"><aistls:requiresRNASecondaryStructure>>1CQ5
GGCGUUUACCAGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAGGCGCC(((((((....(((....(((....)))....))).))))))) (g=4,th=0.2)</aistls:requiresRNASecondaryStructure><aistls:hasOptions> -q 100 -ins 100 -clst -outclst 10 -ins_chain</aistls:hasOptions></aistls:RassieInput></rdf:RDF>

Rassie 用入力 RDF

62

2.5.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie
Rassie は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RassieOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=30”/></aistls:RassieOutput></rdf:RDF>

ポーリングへの URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=30 (上図の場合 30)
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/rna3dResult.rdf%
Rassie が終了すると、Rassie の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=30
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/rna3dResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ rna3dResult.rdf -o 出力 RDF 名63

64

2.5.3. 実行結果
以下の定義に従い、Rassie の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”>
・ 主語は RassieOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:RassieOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1”>
・ Rassie の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：RassieOutput
述語：requiresResultInTextFormat
目的語：文字列(Rassie の実行結果)<aistls:requiresResultInTextFormat>Rassie 実行結果</aistls:requiresResultInTextFormat>

65

Rassie の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RassieOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1"><aistls:requiresResultInTextFormat>MODEL 1
ATOM

1 P

G X

1

12.409 -19.191

9.334

ATOM

2 O5'

G X

1

11.280 -20.184

8.788

ATOM

3 C5'

G X

1

11.573 -21.021

7.704

ATOM

4 C4'

G X

1

10.414 -21.968

7.500

ATOM

5 C3'

G X

1

9.158 -21.309

7.084

ATOM

6 O3'

G X

1

8.938 -21.336

5.719

ATOM

7 O4'

G X

1

10.030 -22.284

8.834

……
……</aistls:requiresResultInTextFormat><aistls:requiresResultInTextFormat>MODEL 2
ATOM

1 P

G X

1

12.409 -19.191

9.334

ATOM

2 O5'

G X

1

11.280 -20.184

8.788

ATOM

3 C5'

G X

1

11.573 -21.021

7.704

ATOM

4 C4'

G X

1

10.414 -21.968

7.500

ATOM

5 C3'

G X

1

9.158 -21.309

7.084

ATOM

6 O3'

G X

1

8.938 -21.336

5.719

ATOM

7 O4'

G X

1

10.030 -22.284

8.834

……
……</aistls:requiresResultInTextFormat></aistls:RassieOutput></rdf:RDF>

Rassie 出力結果

66

おわりに

ご質問やご意見は下記のメールアドレスにお願いいたします。
workflow@molprof.jp

産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター 情報統合班では、利用者のご要望を積極的に取り入れ、より良いシステムにしていく計画です。

産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
情報統合班

http://togo.medals.jp〒135-0064 東京都江東区青海 2-4-7
産総研 臨海副都心センター別館（バイオ・IT 融合研究棟）

67