GBIF ワークショップ2018
生物多様性データの利用と新分野への展開

GBIF開会あいさつ・GBIF・S-Netの最新動向
2018.12.8.

国立科学博物館
細矢 剛

本日のお話
1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net
7. 将来の方向

Public Private Action for Partnershiphttps://www.youtube.com/watch?v=H5l9RHeATl0

SDG

生物多様性はSDGを下支えする• 自然災害の低減（1, 13）• 食料供給・遺伝的多様性・豊かな土壌・送粉・病原体制御（2，12）• 大気・水・土壌汚染の低減効果（3）• 飲める水の供給（6）• グリーンインフラ, 食料リスク低減、暴風被害低減、都市緑地（9, 11, 13）

愛知目標
戦略目標D：生物多様性及び生態系サービスから得られる全ての人のための恩恵を強化する。

目標14：2020年までに、生態系が水に関連するものを含む基本的なサービスを提供し、人の健康、生活、福利に貢献し、回復及び保全され、その際には女性、先住民、地域社会、貧困層及び弱者のニーズが考慮される。
目標15：2020年までに、劣化した生態系の少なくとも15％以上の回復を含む生態系の保全と回復を通じ、生態系の回復力及び二酸化炭素の貯蔵に対する生物多様性の貢献が強化され、それが気候変動の緩和と適応及び砂漠化対処に貢献する。
目標16：2015年までに、遺伝資源へのアクセスとその利用から生ずる利益の公正かつ衡平な配分に関する名古屋議定書が、国内法制度に従って施行され、運用される。
戦略目標E：参加型計画立案、知識管理と能力開発を通じて実施を強化する。

目標19：2020年までに、生物多様性、その価値や機能、その現状や傾向、その損失の結果に関連する知識、科学的基盤及び技術が向上し、広く共有され、移転され、適用される。

生物多様性情報は散在・・・

SNS

頭の中実験・記録ノート
標本ラベル

PCs

記録メディア文献

本日のお話
1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net
7. 将来の方向

地球規模生物多様性情報機構
Global Biodiversity Information Facility
インターネットを介して、世界の生物多様性情報を誰でも自由に見られる仕組みを作っている国際機構

現在利用できる情報は・・・

約１０億件！

事務局：コペンハーゲン

GBIFの数字

2018/10/13現在

オカレンスデータ

データセット1,023,647,989

41,349

参加国

参加機関

出版者

59

38

1,283

月平均ダウンロード数

ユーザーセッション

13,430億(1.3兆)

159,127

Peer-reviewed publications using GBIF-mediated data
through 31 August 2018

侵略的外来種・気候変動・保全・食料・生態系サービ
ス・データマネジメント・情報科学・生物多様性学, etc.

GBIFの中期計画とGBIC
GBIC1
I期020304

II期
0506

070809

GBIC2
III期

10111213

次期中期計画立案

1415

V期

IV期
161718192021222324

さまざまな形での利用

GBIF

構造化*されたデータ*データベースなどで処理が行えるようなGBIF

個別のデータ

データを利用しあう土壌

本日のお話
1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net
7. 将来の方向

GBIC2

日時：2018.7.24-27 (正味3days)
場所：コペンハーゲン大学
参加者：世界各国から約90名。日本からは大澤（首都大）、細矢
背景・内容：• 生物多様性情報をめぐるさまざまな活動が展開されていて、活動の不要な重複も多い。一方で、予算の縮減は世界的なトレンドである
ため、連携・協働による作業の効率化が求められる。
• 作業を進めるため、討議するべき問題を枚挙し優先的に取り組む問題を上げる。
• オープン性・透明性をもち、多言語化によって言語・文化の障壁を取り除き、必要なリソース（人・モノ・カネ・時間・情報）を効果的に配分することが必要である。
• 関連活動との緩やかな連携（coaliation）を目指すことで合意。そのために①扱うべき問題をみつける、②ネットワークを把握する。

GBIC2日程【7/24】
全体集会・講演→「例」の提示・方向性の示唆【7/25】
パラレルセッション （本格的な議論）【7/26】
各セッションまとめ連携に関する講演【7/27】
まとめオカレンスデータの統合（証拠） セッション
1. New occurrence data model
2. Support for new data standards
3. Attribution in occurrence data
4. Identifier services
5. Simple integration tools
6. Capacity building (occ. data publication & use)
7. Provenance and trusted source
8. Unified quality control for geographic data
9. Unified aggregation layer
10.Data richness indicators
11.Multilingual data conversion support
12.Remote sensing data extraction

1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.

Coaliationのゴール

社会的ゴールに正しく合致した生物多様性の知識を提供する。
データ提供・分析・使用のすべての段階の関係者が参加できること。
データの共有は、FAIR主義にしたがって、障壁を除き、オープンであること。
過去のデータのデジタル化を図り、新しいデータをデジタルで提供すること。
データは再利用のため、豊富なメタデータを伴うこと。
安定したデータリポジトリによりデータが保証されること。
データは関係した専門家のコミュニティによって、キュレーション、アノーテーションがなされる。
8. 分布・形質・遺伝子などの異なる分野の生物多様性情報が組み合わせられる。
9. データの相互利用性が保証される。
10. データソースに遡及できる。
11. データ貢献者への遡及を保証する。
12. 地球規模から地方に渡る広範囲のデータが効果的に利用できること。
13. 地域・国の投資が効果的に取り込まれること。
14. 言語・文化の壁を超えてデータが共有されること。
15. 全地域・全セクターで生物多様性情報についての能力開発に関するニーズが実現する。
16. インフラ維持のための投資の保証がなされる。
17. 柔軟な協力のしくみが提供される。
18. 全関係者に対して、インフラ、ツール、習慣などによる利益が保証される。
19. 種の分類・系統学的情報共有に関して、頑健で柔軟な解決法が提供されること。

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1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net
7. 将来の方向

GB25（GBIF理事会）

日時：2018.10.16-17 (2 days)
場所：アイルランド、キルケニー
参加者：世界各国から約90名。日本からは鮫島（環境省）、細矢背景・内容：• 毎年行われる“総会”。
• GBIC2でも提唱された「連携」の方法やデータ標準data standardについて熱心に議論。
• 課題：“言語の壁“・能力開発日本からの貢献
1. データ提供• 日本はアジアで最大のデータ提供国• 主に標本情報と観察情報→S-Net

2. 資金提供BIFA（Biodiversity Information Fundfor Asia）• アジアからのデータ提供と能力開発促進

3. 日本のノード活動••••

ベトナムの参加
国際ワークショップへの協力（於 台湾）“Guiding Example”提示
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1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net
7. 将来の方向日本ノードからのデータ出版の流れ
文献
研究報告書など

東大

遺伝研

国立科学博物館>95 研究機関・自然史博物館

活動助成：NBRP（提供：AMED）

英語G
B
I
F

日本語

S-Net

NBRP：ﾅｼｮﾅﾙﾊﾞｲｵﾘ
ｿｰｽﾌﾟﾛｼﾞｪｸﾄ
AMED:日本医療研
究開発機構

日本からデータを提供している機関•

全国90以上の博物館・研究所・大学によって支えられています。

サイエンスミュージアムネット S-Net
http://science-net.kahaku.go.jp/

http://science-net.kahaku.go.jp/• 自然史情報の国内利用のためのサイト• 国際標準化されたデータ（95機関350
データセット・495万件）• 機関情報・データセット情報も公開

日本からGBIFに公開されるデータの総数：659万

観察情報
文献情報 遺伝研
（164）

科博
（111）

科博以外
（384）

S-Net（495万）
標本情報

本日のお話
1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net
7. 将来の方向

新S-Net主な変更点（利用）1. 利用を促進する機能が充実した。
→新インターフェース；固定アドレス
2. ダーウィンコアにより近く、多数のデータ項目が扱えるようになった。
→新しいS-Netの標本データ形式
3. コレクションや機関についての情報（メタデータ）も公開。
→コレクション・機関情報公開；メタデータ形式

10，20，50，100487

学名、和名、年月日、国、都道府県、機関名

ファセット検索データの標準形式：DarwinCore• TDWGが提唱した生物多様性情報記述のためのスタンダード。
• 事実上の世界標準。
• 180を越える管理項目（基本は「いつ、どこに、どんな生物が」）。
• さまざまな生物多様性データセットの互換性を向上。
• 生態的データとの連携も可能。

新S-Netに追加されたフィールドの例
上限・下限の推定年代（累代・累界レベル） ［日・英］
上限・下限の推定年代（代・界レベル） ［日・英］
上限・下限の推定年代（紀・系レベル） ［日・英］
上限・下限の推定年代（紀・系レベル） ［日・英］
上限・下限の推定年代（世・統レベル） ［日・英］
上限・下限の推定年代（階・期レベル） ［日・英生層序帯（最下位・最上位） ［日・英］岩相層序名 ［日・英］層群［日・英］など、合計173項目
層［日・英］（すべてを入力する必要はない）
部層［日・英］単層［日・英］

化石のデータも受け入れ可能に詳細検索

学名、和名（カナ）、分類、記録年月日*、地域、海抜*、水深*、緯度*、経度*、古生物の推定年代、古生物の産出層、その他の項目 *は範囲指定可能

データがない項目は表示されない

Page View
4000

アクセス統計（5/1～10/14)

DL回数603500
50
3000
40
2500

2000

3015002010001050000本日のお話
1. Introduction
2. GBIFとは
3. GBIC2（第2回グローバル生物多様性情報会議）
4. GB25（第25回GBIF理事会）
5. GBIFとS-Net
6. 新しくなったS-Net7. 将来の方向

GBIFの新しい方向：連携～学名・ゲノム
学名

ゲノム

種情報

文献

Catalogue of Life Plus
CoL+、BHL、BoLD、EOLと連携 。共通の分類体系樹立のための 1）
情報共有のしくみ（クリアリングハウスメカニズム）、2）ガバナンスと将来計画の樹立を目指す。
UNITEとの連携
菌類のバーコードデータをもとに、種のまとまり（SpeciesHypothesis）にDOIを与えて識別可能とする。

S-Netの新しい方向：連携・拡充
ジャパンサーチとの連携（試験段階）

GBIFデータの他機構への貢献
持続的発展 SDG
持続可能な開発目標

コミットメント CBD
生物多様性条約

アセスメント IPBES
生物多様性及び生態系サービスに関する
政府間科学-政策プラットフォーム

モデル

GEO
地球観測に関する政府間会合

データGBIF
地球規模生物多様性情報機構