GBIFワークショップ（通算第17回）「生物の種名目録を作り共有する」（2022年12月18日）

分類学とはどんな学問か？
-種名目録の有用性を考えるにあたって岡西政典（広島修道大学・人間環境学部）

GBIF

地球規模生物多様性情報機構

生物多様性岡西（2022）

種を認識する≒生物多様性を理解する第一歩• 遺伝子の多様性 ：同種内に様々な個性（遺伝的な違い）が存在すること• 種の多様性：様々な生物種が混在すること• 生態系の多様性 ：陸生（森林・草原）水生などの種類の多さ

種の認識に必要なこと②

Aus aus①

Aus bus
②

①

1.
2.

生物の似たまとまり（集団）を見つけることまとまりに名前（学名）を付けること

岡西（2022）

分類学

種の認識：生物学の基礎• 種の認識→地球上における各種のニッチの認識• 地球を大きな台とした種パズルに似ている？
• ピースが置かれて初めて研究が進められる（絵が描ける）
岡西（2022）/イラスト：安斎将種の認識≒研究の基本？
https://www.wwf.or.jp/activities/basicinf
o/286.html#section1”汚染””再生”↑公益財団法人世界自然保護基金（WWF）のウェブサイト
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環境省ウェブサイトでの「種」の検索結果※2021年9月29日の検索結果

http://www.env.go.jp/「種」は環境と保全を考える上でも重要

種名目録＝種パズル？

• 種名目録：ある地域や国の生物種リスト• 種名目録の作成≒その地域の種パズルの作成• 現在学名がつけられている種は約200万種• 推定未記載種（未発表の新種）は1000万種とも言われている→現在の地球種パズルは新種（空白）だらけ？

この世は新種だらけ？
• 線形動物門（線虫）は特に新種が多いと考えられている• 東京湾に生息しているであろう線虫の予想種数は10000種⇒現状は70種（0.7%: 白山、1993）• 一種の昆虫（最大種数）に一種の寄生性線虫がいると言われている（白山、2000）
Toxocara の一種（アナグマ胃内容）新種の発表も分類学の仕事→著作物（記載論文）で行われる

記載論文とは• ある分類群の特徴を詳細に記載し，他の分類群との区別や，分類学的操作について述べた論文• 通常，記載論文が雑誌に掲載された時点で，学名が有効となり科学的に認知されることとなる• HP上や，私的な印刷物，学会要旨などで発表された学名は認められない

https://www.mapress.com/zt/

https://www.systematiczoology.jp/publication/species-diversity

https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/browse

https://www.aspt.net/publications/sysb
ot/#.Y5511NXP3D4

地球種パズル：さらなる問題• 新種ピースの境界の設定や命名は分類学者の判断に拠る→一度置かれたピースが不変とは限らない

先取権の原理と同種異名
Aus aus Jinbo, 1800

Aus bus Ito, 1810先取権の原理と同種異名
Aus aus Jinbo, 1800

Aus bus Ito, 1810

Motomura, 1820

先取権の原理と同種異名
Aus aus Jinbo, 1800

Aus bus Ito, 1810

Aus ausとAus busは同じ種である！
Motomura, 1820

先取権の原理と同種異名
有効

Aus aus Jinbo, 1800

Aus bus Ito, 1810

これを同種異名という

無効

異種同名
Aus aus Jinbo, 1800

異種同名
Aus aus Jinbo, 1800

Kakizoe, 1830

異種同名
Aus aus Jinbo, 1800

Kakizoe, 1830

異種同名
Aus aus Jinbo, 1800

本種は毛の数をもって2種に分類すべし！

Kakizoe, 1830

異種同名
Aus aus Jinbo, 1800

これを異種同名というKakizoe, 1830

異種同名の問題
Aus aus• 生物学的研究が進んだ（絵が描かれた）種に異種同名が発覚• ピースを再分割・再命名し、再研究する必要がある

異種同名の問題
Aus ausAus bus• 生物学的研究が進んだ（絵が描かれた）種に異種同名が発覚• ピースを再分割・再命名し、再研究する必要がある

異種同名の問題
Aus aus

同名・異名問題の解決≒文献（著作物）情報の整理

Aus bus• 生物学的研究が進んだ（絵が描かれた）種に異種同名が発覚• ピースを再分割・再命名し、再研究する必要がある

種名目録のために：文献• 新種の記載や同名・異名問題の解決のため、分類学者は古今東西の文献を集め、その情報を整理している

種名目録のために：野外調査（野外）サンプル収集
標本観察
文献比較

著作物執筆
新種発表

目録発表

異種同名解決野外からの標本収集
深海（100～5000m）（10～300m）

浅海（0～30m）

地上（標本）@Okanishi-MCZ@Okanishi-ZMUC

大型船調査小型船調査

潜水調査

博物館・水族館調査

近年の種名目録：種名情報≒World Register of Marine Species• あくまでも世界の文献情報に基づく• 分類学上有効とは限らない近年の種名目録：DNA• 分類情報・採集地などが添えられる• 分類情報が正確とは限らない（標本情報がない）

種名目録の活用：
環境DNAメタバーコーディング
水生生物は粘液や老廃物などの「DNAの落とし物」を水の中に残す

バケツ一杯分の水を採取

次世代シーケンサで解析

クモヒトデの種類と数がわかる！
https://japaneseclass.jp/img/DNA%E3%83%90%E3%83%BC%E3%82%B3%E3%83%BC%E3%83%87%E3%82%A3%E3%83%B3%E3%82%B0 を参考に作図

種リストが不可欠

環境DNAメタバーコーディング（国内）
https://katosei.jsbba.or.jp/view_html.php?aid=1134

魚類の環境DNAモニタリングの検出例• 日本の海で環境DNAモニタリングができている生物は、魚類と甲殻類のみ• これらはしっかりとした種名目録があった（or 作成された）

環境DNAメタバーコーディング

環境DNA

種名目録

• 種名目録から何種が検出できるか？

環境DNAメタバーコーディングの問題

実際の種名目録

環境DNA

未完成の種名目録• 問題１：種名目録が未完成→登録種が少ない→新種が多い→DNA未解析

環境DNAメタバーコーディングの問題
DNAデータベース上の配列

環境DNA

種名目録

• DNAデータベース上の配列の元の同定が間違っている

クモヒトデの場合
スナクモヒトデ科

トゲクモヒトデ科

遺伝距離=
⇒同種？？

▪INSDの全クモヒトデの16S rRNA配列を比較した
結果、別科と同定されたものが同種と判定される⇒誤同定が多い？

同定が正確なDNAデータベースが必要
Okanishi et al. (accepted) Metabarcoding and Metagenomics

まとめ：種名目録作成のために
1. 正確な同定・分類情報が必要
2. 同定情報・標本情報にDNA情報が紐づいていることが望ましい

分類学者の安定的な活動
しかるべきプラットフォーム
分類学者の知識・技術

望まれるもの