ワークショップ21世紀の生物多様性研究（通算第17回）

生物の種名目録を作り共有する
12月18日（日）2022年

13:30〜16:30
オンライン開催

要旨集

主 催：国立科学博物館
後 援：日本分類学会連合、国立遺伝学研究所、国立環境研究所
連絡先：s-net̲info@kahaku.go.jp

https://gbif.jp/activities/workshop/2022/1218/

はじめに21 世紀の生物多様性ワークショップ（通称 GBIF ワークショップ）も 17 回目となり、今回は、生物の種名目録の作成とその共有をテーマにすることにいたしました。種名目録、すなわちある国や地域から記録された生物種のリストは、生物多様性を理解するために最も基礎的かつ重要な情報の一つです。国内の生物の種名は、生物分類学関連の学会や研究者等により、様々な形でまとめられ、目録として公開化されています。一方、日本ではこれらを一元的に検索・活用できるような仕組みづくりはこれからという状況です。そこで今回は、種名目録はどのような研究をもとにどうやって作られどう共有されているのか、現状から課題や期待まで、それぞれの立場から話題提供をいただくとともに、日本における今後の方向性について総合討論で議論したいと思います。
本ワークショップは、文部科学省ナショナルバイオリソースプロジェクトによって支援されている活動拠点「日本生物多様性情報イニシアチブ（ JBIF）」によって実施されています。これまで、JBIF は、日本の生物多様性に関わる情報、特に標本や観察にもとづく分布に関する情報を、地球規模生物多様性情報機構（GBIF）を通じ国際的な発信をすることを主要な活動としてきました。今後は、これに加えて、日本産生物の種名データの集約とその国際的発信を進めていくことも計画しています。現在、カタログオ
ブライフをはじめとして、国際的に種名データを集約する取り組みも多く存在しますが、日本からの発信はまだ多くありません。今回のワークショップは、GBIF を含めた国際的な種名データベースとの連携も視野に、日本における種名データ整備の方向性について議論する場にしたいと考えております。

プログラム時間

13:30 〜 13:40

13:40 〜 14:10

14:10 〜 14:40

演題開会挨拶・趣旨説明
分類学とはどんな学問か？
−種名目録の有用性を考えるにあたって−新しい植物の分類体系：
新エングラーから APG 分類体系へ

講演者（敬称略）

所属

神保宇嗣

国立科学博物館

岡西政典

広島修道大学伊藤元己

東京大学大学院

14:40 〜 14:55

休14:55 〜 15:25

日本産魚類全種目録の作成とデジタルデータの共有

本村浩之

鹿児島大学

15:25 〜 15:55

種名データベースの国際動向

柿添翔太郎

国立科学博物館

15:55 〜 16:25

総合討論「日本産生物の種名目録の共有に向けて」

16:25 〜 16:30

閉会挨拶

藤田敏彦

日本分類学会連合

憩分類学とはどんな学問か？
−種名目録の有用性を考えるにあたって−
岡西 政典（広島修道大学）「分類学」、と聞いてピンとくる人はあまり多くないだろう。分類学とは生物学のいち分野である。2022 年にノーベル賞を受賞した研究分野の「遺伝学」や iPS 細胞を生み出した研究分野の「生理学（医学）」と比べると分類学は知名度が低い。では、「新種」と聞けばどうだろうか。これなら多くの方がご存知だろう。
分類学は、平たく言えば生物を分け、似た者同士にまとめ、まとめた生物に対して学名を付ける学問である。
そしてその生物が、これまでに知られていない生物種であった場合、それは新種となる。誰でも聞いたことのある「新種」を世に知らしめているのは、この分類学に他ならない。
分類学の役割は新種の発見ばかりではない。同じ種に別の学名が付けられた「同種異名」や別の種に同じ学名が付けられた「異種同名」など、分類学が解決すべき仕事には枚挙に暇がない。これらの問題を解決し、種名を整理することで、生物種というピースを地球という台に置く、一枚のパズルが完成するはずである（図1）。この地球パズルを完成に近づけるべく分類学者が日々行うのは、「野外調査」、「標本観察」、「文献比較」、「命名規約の確認」である（図 2）。本発表ではまず、このような分類学の基礎とその実践について紹介したい。
種名の整理の果てには、多くの分類学者がライフワークとして目指す「種名目録の作成」がある。従来、種名目録の公表は、論文や書籍などのいわゆる「著作物」として発刊されることであった。著作物の公表には多大な労力がかかるため、一つの分類群における種名目録のアップデートの頻度は、研究者の存在やそのアクティビティに拠るところが大きかったように思う。しかし近年の情報化社会の到来により、最新の種名目録が常にアップデートされ、誰でも参照できる時代が訪れつつある。
また次世代シーケンサーによる大規模な DNA 解析が可能になり、今後 DNA が得られた生物の「正確な同定情報」の価値が高まると予想できる。このような状況の中で、その同定情報の担保を担う分類学者が果たすことのできる役割や、種名目録の有用性についても述べてみたいと思う。

GBIF ワークショップ

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21世紀の生物多様性研究

図１ 分類学者が完成を目指す「地球パズル」。イラスト：安斉将／岡西政典『生物を分けると世界が分かる』（講談社ブルーバックス）

図 2 海産動物テヅルモヅルの液浸標本

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新しい植物の分類体系：
新エングラーから APG 分類体系へ伊藤 元己（東京大学大学院総合文化研究科）

生物の分類は類似したなかまの集合をつくっていく作業である。一方、系統は生物の進化の歴史であり、分類体系は系統関係がそのまま反映されているとは限らない。そのため、分類体系を作る作業では、絶えず分類と系統関係が矛盾しないようにする努力がなされている。新たな系統関係が明らかになって、従来の分類体系と明らかに矛盾する場合は、系統関係が反映されるように分類体系が改変される。
植物では、1980 年頃より DNA 塩基配列に基づいた系統関係の研究が急速に進展し、被子植物全体の系統関係の概要や、科内の系統関係などが明らかになってきており、1998 年に APG（Angiosperm Phylogeny Group）
は新たな分類体系を提案した。この体系では、それぞれの科が単系統群になるように設定され、従来の科で多系統群であったものは細分化された。しかし、あまりに細分化された科が多く、また、分子系統樹による系統関係がまだ曖昧であり、未確定部分も多いため、この APG 体系への移行はあまり進まなかった。
その後、2 回の改訂があり、第 3 版にあたる APG Ⅲ体系が 2009 年に発表され、被子植物の系統関係がかなり細部にわたって明らかになり、科を単系統群にするというポリシーは不変であるができるだけ従来の体系からの変更が少なくなるような配慮がされ、広く受け入れられた。現在では APG Ⅳが最新であるが、修正は最小限に留められている。
本講演では、APG 体系の概要と、従来の体系との違いを解説する。また、体系の移行のためにどのようなことが必要となるかについて、生物多様性情報学の視点から問題点の整理と考察を行う。

GBIF ワークショップ

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21世紀の生物多様性研究

図 APG 分類体系の基盤となる被子植物の系統。これまでの分子系統解析を総合したものである（伊藤 2012を改変）。

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日本産魚類全種目録の作成とデジタルデータの共有
本村 浩之（鹿児島大学総合研究博物館）

日本産魚類の分類・多様性に関わる研究の歴史は古く、1800 年代にさかのぼる。1913 年には日本産魚類を初めて体系的にまとめた『Catalog of the fishes of Japan』が出版され、1,230 種が記録された。その後、日本産魚類の記録は増え続け、2013 年に出版された『日本産魚類検索全種の同定第 3 版』
（図 1）では 4,210 種の日本産魚類が掲載された。なお、2000 年に出版された同書の第 2 版は日本産魚類の標準和名の起点と定められている。
魚類の分類学を含む基礎的研究は国内外で日々精力的に行われており、新しい学名の提唱（新種記載）や学名の変更（シノニムやホモニム、帰属の変更など）、新しい分布記録が毎日のように報告されている。2013 年に記録された 4,210 種のうち、現在では全種のおよそ 5 分の 1 の学名が変わっており、500 種以上が追加されている。そのため、分類学研究者以外の魚類研究者や一般の方は、国内外の様々な雑誌で発表される日々変わる学名や分布情報を追跡するのは困難な状況であった。
そこで、研究者や一般の方を問わず、誰もが一見して日本産魚類の最新の名称や分布を把握できるように『日本産魚類全種目録（List of Japanʼ s All Fish Species：通称 JAF List）』を作成した。本目録は日本産魚類全種の科名、種名、および分布記録で構成され、種名として標準和名（カタカナとヘボン式ローマ字）と学名（属名・種小名・命名者・年号）が記されている。2013 年の『日本産魚類検索全種の同定

第 3 版』には当時知られていた全種の詳細な分布記録が記されているため、『日本産魚類全種目録』では 2013 年以降に出版された魚類学関係の文献を網羅的に掲載した。したがって、『日本産魚類検索

全種の同定

第 3 版』と『日本産魚類全種目録』の両方をみれば、各種の国内における分布記録を把握することができる。
2020 年に紙媒体の『日本産魚類全種目録（560 pp.；4,554 種）』（図 2）を出版し（PDF 版のダウンロード可）、同時にエクセル版『日本産魚類全種目録（version 1）』を公開した。
『日本産魚類検索

全種の同定

第 3 版』

以降に変更された学名や追加種はセルを黄色くすることで識別できるようにした。これ以降 1 〜 3 か月ごとに更新エクセル版を公開しており、現在は version 18（4,723 種）が公開中である（図 3）。Version ごとに更新されたところは黄色セルとし、前 version の黄色セルは灰色セルに置き換えている。
各省庁や大学、博物館、水族館、研究所などの教育・研究機関、環境アセス会社、個人などがエクセル版『日本産魚類全種目録』を利活用しており、地方博物館の魚類コレクションデータベースの辞書ファイルや魚類相リストの学名チェックなどにも活用されている（新しいエクセルに魚類の標準和名をリストし、日本産魚類全種目録を辞書ファイルとして VLOOKUP 関数を利用すると、リストした標準和名に対応する学名を隣のセルに表示させることができる）。常に最新情報に更新し、『日本産魚類全種目録』のデジタルデータを無償公

GBIF ワークショップ

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21世紀の生物多様性研究

（中図 1 『日本産魚類検索 全種の同定 第 3 版』
坊徹次．2013．日本産魚類検索全種の同定 第 3版．東海大学出版会，秦野．xlix + 2431 pp.）

図2

紙媒体の『日本産魚類全種目録』（本村浩之．
2020．日本産魚類全種目録．これまでに記録された日本産魚類全種の現在の標準和名と学名．鹿児島大
学総合研究博物館，鹿児島．560 pp.: https://www.
museum.kagoshima-u.ac.jp/staff/motomura/2020_05_JAFList.pdf）（本村浩之．2022．日本産魚類全種目
図 3 エクセル版の『日本産魚類全種目録』
録．これまでに記録された日本産魚類全種の現在の標準和名と学名．Online ver.
18: https://www.museum.kagoshima-u.ac.jp/staff/motomura/jaf.html）

開することによって、日本産魚類の最新の名称や分布記録などの基礎的知見を専門家以外の誰もが共有することができた。
本講演では『日本産魚類全種目録』作成の過程から、掲載種や学名、文献情報の取捨選択方法などの基準について紹介するとともに、全種目録の意義や今後の展望を述べたい。

生物の種名目録を作り共有する

9種名データベースの国際動向
柿添 翔太郎（国立科学博物館標本資料センター）

分類学者の努力によって、これまでに多くの論文が出版され、その情報に基づき種名目録が公表されてきた。
それらの目録は長年にわたり紙媒体で出版されてきた。しかし、分類学者が膨大な労力をかけて分類体系を整理し、種名目録を編纂したとしても、アクセスが困難であればそれらの情報は利用されずに埋もれてしまう。
そこで重要となるのが、ウェブ上でアクセスできる種名データベースである。
本講演では、まず種名データベースとはどのようなもので、どのように公表されてきたか、そしてどのような場面で役に立つのかを実際の例を示しながら紹介する。そのうえで、International Plant Names Index（IPNI）や ZooBank といった分類群別のデータベース、そして GBIF Backbone Taxonomy, Catalogue of Life（COL）, ChecklistBank, NCBI Taxonomy に代表される種名に関する国際的に統合されたデータベースの特徴と近年の動向に関して紹介する。
統合されたデータベースには、個別のデータベースでいちいち検索することなく、複数のデータベースをまとめて横断的に検索できるというメリットがある。一方で、これらの国際的なデータベースには、日本産種そのものや日本における分類学的研究の成果が未反映であったり、日本では学名以上に名称として流通している和名の情報が含まれていないことがしばしばあり、国内利用における課題となっている。
本講演ではそれらの課題を整理し、解決に向けた方向性を提示したい。

International Plant Names Index
https://www.ipni.org/
ZooBank
https://zoobank.org/
GBIF Backbone Taxonomy（GBIF = Global Biodiversity Information Facility）
https://www.gbif.org/ja/dataset/d7dddbf4-2cf0-4f39-9b2a-bb099caae36c
Catalogue of Life
https://www.catalogueoflife.org/
ChecklistBank
https://www.checklistbank.org/
NCBI Taxonomy（NCBI = National Center for Biotechnology Information）
https://www.gbif.org/ja/dataset/fab88965-e69d-4491-a04d-e3198b626e52

GBIF ワークショップ

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21世紀の生物多様性研究

図 GBIF Backbone Taxonomy を用いた検索結果の例

生物の種名目録を作り共有する11日本生物多様性情報イニシアチブ（JBIF）の活動
GBIF（地球規模生物多様性情報機構、https://www.gbif.org/ja/）はインターネットを介して、世界の生物多様性情報を共有し、誰でも自由に利用できる仕組みをつくっています。日本生物多様性情報イニシアチブ *（JBIF、https://gbif.jp/）は協力機関から収集された生物多様性情報データを国内および GBIF で公開し、国内での普及活動を行っています。日本での活動は JBIF によって運営されており、主に文部科学省ナショナルバイオリソースプロジェクト（NBRP）によって支えられています。日本からは国立遺伝学研究所および国立科学博物館を通じて GBIF にデータを提供しています。
国立科学博物館では、全国の博物館・研究機関から標本情報の提供を受け、GBIF および S-Net（サイエンスミュージアムネット、https://science-net.kahaku.go.jp/）を通じて国内外に発信しています。S-Net は国立科学博物館が運営する情報ポータルサイトで、国内の自然史標本情報や自然史系の研究員・学芸員の情報を検索できます。
国立遺伝学研究所では、国立環境研究所と協力し、生物相調査や生態観測分野によって得られたデータ・大学や各種研究機関・プロジェクト研究の成果等を整備することで、GBIF に情報を公開しています。

＊ JBIF は 2021 年 6 月に GBIF 日本ノード（GBIF Japan Node）から、日本生物多様性情報イニシアチブ（Japan Initiative for Biodiversity Information）に名称が変更されました。

地球規模生物多様性情報機構（GBIF, https://www.gbif.org/ja/）
日本生物多様性情報イニシアチブ（JBIF, https://gbif.jp/）
サイエンスミュージアムネット（S-Net, https://science-net.kahaku.go.jp/）
これまでに開催した「21 世紀の生物多様性研究ワークショップ」のプログラムや資料は JBIF のサイトでご覧いただけます。

https://gbif.jp/activities/