産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター

セマンティックＷＥＢ
解析サービス(SIO 版)
ユーザーマニュアル

AIST
2015/07/24

1.

Sync 同期型解析サービスについて ................................................................. 1
1.0.

Sync 同期型解析サービスの利用方法 ....................................................... 1

1.1.

Blast ........................................................................................................ 5

1.1.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................... 5

1.1.2.

実行コマンド ..................................................................................... 7

1.1.3.

実行結果 ............................................................................................ 8

1.2.

CentroidFold.......................................................................................... 18

1.2.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 18

1.2.2.

実行コマンド ................................................................................... 21

1.2.3.

実行結果 .......................................................................................... 21

1.3.

ClustalW ................................................................................................ 23

1.3.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 23

1.3.2.

実行コマンド ................................................................................... 25

1.3.3.

実行結果 .......................................................................................... 25

1.4.

IPknot .................................................................................................... 27

1.4.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 27

1.4.2.

実行コマンド ................................................................................... 29

1.4.3.

実行結果 .......................................................................................... 29

1.5.

Mafft ...................................................................................................... 31

1.5.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 31

1.5.2.

実行コマンド ................................................................................... 33

1.5.3.

実行結果 .......................................................................................... 33

1.6.

Psipred................................................................................................... 35

1.6.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 35

1.6.2.

実行コマンド ................................................................................... 36

1.6.3.

実行結果 .......................................................................................... 37

1.7.

Raccess .................................................................................................. 39

1.7.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 39

1.7.2.

実行コマンド ................................................................................... 41

1.7.3.

実行結果 .......................................................................................... 42

1.8.

RactIP .................................................................................................... 44

1.8.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 44

1.8.2.

実行コマンド ................................................................................... 46

1.8.3.

実行結果 .......................................................................................... 46

1.9.

Wolfpsort ............................................................................................... 49

1.9.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 49

2.

1.9.2.

実行コマンド ................................................................................... 50

1.9.3.

実行結果 .......................................................................................... 51

Async 非同期型解析サービスについて .......................................................... 53
2.0.

Async 同期型解析サービスの利用方法 ................................................... 53

2.1.

Last ........................................................................................................ 55

2.1.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 55

2.1.2.

実行コマンド ................................................................................... 58

2.1.3.

実行結果 .......................................................................................... 59

2.2.

Modelling ............................................................................................... 61

2.2.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 61

2.2.2.

実行コマンド ................................................................................... 68

2.2.3.

実行結果 .......................................................................................... 70

2.3.

PoodleL .................................................................................................. 80

2.3.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 80

2.3.2.

実行コマンド ................................................................................... 81

2.3.3.

実行結果 .......................................................................................... 83

2.4.

PoodleS .................................................................................................. 86

2.4.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 86

2.4.2.

実行コマンド ................................................................................... 87

2.4.3.

実行結果 .......................................................................................... 89

2.5.

Rassie .................................................................................................... 92

2.5.1.

入力 RDF の準備 ............................................................................. 92

2.5.2.

実行コマンド ................................................................................... 94

2.5.3.

実行結果 .......................................................................................... 96

おわりに ............................................................................................................... 98

入力 RDF を定義した OWL クラス

解析サービス名
Blast

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#BlastInput

CentroidFold

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#CentroidFoldInput

ClustalW

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#ClustalWInput

IPknotS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#IPknotInput

Mafft

S

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#MafftInput

PsipredS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#PsiPredInput

RaccessS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#RaccessInput

RactIPS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#RactIPInput

WolfpsortS

http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#WolfPsortInput

Last

A http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#LastInput

ModellingA http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#ModellingInput

PoodleLA http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#PoodleLInput

PoodleS

A http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#PoodleSInput

RassieA http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#RassieInput

表 1-A 入力となる RDF を定義した OWL クラス：

S (同期型),

A(非同期型)

1. Sync 同期型解析サービスについて

1.0. Sync 同期型解析サービスの利用方法
まず、http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/index.html にアクセスすると、利用可能な SADI の解析サービス一覧が表示される。

SADI サービス
このうち、Sync 同期型解析サービス(Blast, CentroidFold, ClustalW, IPknot, Mafft,
Psipred, Raccess, RactIP, Wolfpsort)について、以下の cURL コマンドを用いて各解析
サービスを実行する。

1

% curl--data-binary@入力 RDF 名

http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/解析サービス名 (表 1-A 参照)-o出

力 RDF 名

例えば、input.rdf を入力 RDF として用意し、Wolfpsort を実行、その実行結果をoutput.rdf という RDF で出力する場合、以下のコマンドとなる。
% curl --data-binary @input.rdf
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Wolfpsort -o output.rdf

用意する入力 RDF のフォーマットは以下の通りである。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:WolfPsortInput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1"><sio:SIO_000230><aistls:Kingdom rdf:about="#plant"/></sio:SIO_000230><aistls:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>>sp|P35413|GPR3_MOUSE G-protein coupled receptor 3 OS=Mus musculus GN=Gpr3 PE=2 SV=1
MMWGAGSSMAWFSAGSGSVNVSSVDPVEEPTGPATLLPSPRAWDVVLCISGTLVSCENALVVAIIVGTPAFRAPMFLLVGSLAVADLLAGLGLVLHFAADFCIGSPEMSLMLVGVLAMAFTASIGSLLAITVDRYLSLYNALTYYSETTVTRTYVMLALVWVGALGLGLVPVLAWNCRDG
LTTCGVVYPLSKNHLVVLAIAFFMVFGIMLQLYAQICRIVCRHAQQIALQRHLLPASHYVATRKGIATLAVVLGAFAACWLPFTVYCLLGDADSPRLYTYLTLLPATYNSMINPVIYAFRNQDVQKVLWAICCCCSTSKIPFRSRSPSDV</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></aistls:SIO_000230></aistls:WolfPsortInput></rdf:RDF>

Wolfpsort 用入力 RDF・ 黒文字部分→RDF の開始終了タグ(各解析サービス共通)
・ 緑文字部分→名前空間指定(各解析サービス共通)
・ 赤文字部分
2

→入力 RDF を定義した OWL クラス(表 1-A 参照)及び URI(任意)を指定<Wolfpsort の場合>
入力 RDF を定義した OWL クラス： aistls:WolfPsortInput
URI(任意)： http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1
・ 青文字部分→各解析サービス実行に必要なトリプルを指定<Wolfpsort の場合>
=界情報=
主語：WolfPsortInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語：Kingdom(rdf:about="#plant"(animal、plant、fungi から一つ選択))=アミノ酸配列=
主語：WolfPsortInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)
なお、入力用 RDF のサンプルファイルを入手することができる。SADI サービスペー
ジ(http://togo.medals.jp/semantic.html#2)にアクセスし、Wolfpsort の入力用 RDF を入手する場合であれば wolfpsortInput (SIO)をクリックする。

SADI サービスページ
3

実行結果が格納される出力 RDF のフォーマットは以下の通りである。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:WolfPsortOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#2"><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300># k used for kNN is: 14
sp|P35413|GPR3_MOUSE cyto 7, extr 3, plas 2, E.R. 2, E.R._plas 2</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:WolfPsortOutput></rdf:RDF>

Wolfpsort 用出力 RDF・ 赤文字部分→出力 RDF を定義した OWL クラス(表 1-A 参照)及び入力 RDF で指定した URI・ 青文字部分→各解析サービスの実行結果がトリプル形式で格納<Wolfpsort の場合>
主語：WolfPsortOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (WolfPsort 実行結果)＊cURL をインストールする必要がある際（WINDOWS など）は、下記のサイトより
ダウンロード可能です。
http://curl.haxx.se/4

1.1. Blast

1.1.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Blast の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は BlastInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:BlastInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1”>
・ 問い合わせ配列のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (問い合わせ配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
問い合わせ配列<sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230>
・ Blast プログラム名のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastProgram (rdf:about="#blastp"( blastp、blastn、blastx、
tblastn、tblastx のうち一つを選択))<sio:SIO_000230>
5

<aistls:BlastProgram rdf:about=”#blastp”/></sio:SIO_000230>
・ ターゲットデータベース名のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：SIO_000300 (has input)
目的語 (主語)：BlastDatabase
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：文字列(SWISS, TREMBL, UNIPROT, PROTEIN, PDB etc.)*その他データベース名は DDBj サイト参照のこと
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi<sio:SIO_000230><aistls:BlastDatabase><sio:SIO_000300>
SWISS</sio:SIO_000300></aistls:BlastDatabase></sio:SIO_000230>
・ E-value のトリプルを定義する。
主語：BlastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_001021 (expected value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (E-value)<sio:SIO_000230><sio:SIO_001021><sio:SIO_000300>
1.0e-30</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000230>

6この定義に基づいて Blast の入力 RDF を作成すると以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:BlastInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>>sp|P35413|GPR3_MOUSE G-protein coupled receptor 3 OS=Mus musculus GN=Gpr3 PE=2 SV=1
MMWGAGSSMAWFSAGSGSVNVSSVDPVEEPTGPATLLPSPRAWDVVLCISGTLVSCENALVVAIIVGTPAFRAPMFLLVGSLAVADLLAGLGLVLHFAADFCIGSPEMSLMLVGVLAMAFTASIGSLLAITVDRYLSLYNALTYYSETTVTRTYVMLALVWVGALGLGLVPVLAWNCRDG
LTTCGVVYPLSKNHLVVLAIAFFMVFGIMLQLYAQICRIVCRHAQQIALQRHLLPASHYVATRKGIATLAVVLGAFAACWLPFTVYCLLGDADSPRLYTYLTLLPATYNSMINPVIYAFRNQDVQKVLWAICCCCSTSKIPFRSRSPSDV</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:BlastDatabase><sio:SIO_000300>nr</sio:SIO_000300></aistls:BlastDatabase></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:BlastProgram rdf:about="#blastp"/></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_001021><sio:SIO_000300>1.0e-30</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000230></aistls:BlastInput></rdf:RDF>

Blast 用入力 RDF

1.1.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Blast -o 出力 RDF 名

7

1.1.3. 実行結果
以下の定義に従い、Blast の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は BlastOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:BlastOutput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1”>
・ Blast のテキスト実行結果のトリプルは以下となる。
主語：BlastOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：BlastResult
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastParameter
述語：SIO_000008 (has attribue)
目的語 (主語)：BlastFilter
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：literal (“T” or “F”)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastMatrix
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：literal (bl62、bl50、pam250 など)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：scoreMismatch
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (数値)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：scoreMatch
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (数値)8

述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：gapOpenPenalty
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (数値)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：gapExtendPenalty
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (数値)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_001021 (expected value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (10e-30 など)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastProgram
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (blastp、blastn、blastx、tblastn、tblastx)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000176 (reference)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (リファレンス)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000135 (definition)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：literal (記述)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastDatabase
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (nr、swissprot など)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000654 (software version label)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：literal (BLAST バージョン)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastHit
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000135 (definition)
9述語：SIO_000300 (has value)
目的語：literal (記述)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastAlignment
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：query
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer
sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (問い合わせ配列)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：frame
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (整数値)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000791 (sequence start
position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (配列開始番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000792 (sequence end
position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (配列終了番号)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：subject
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer
sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (問い合わせ配列)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：sequenceLength
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (配列長)10述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：frame
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (整数値)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000791 (sequence start
position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (配列開始番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000792 (sequence end
position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (配列終了番号)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_010068 (pairwise sequencealignment)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アラインメント)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：bitScore
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (570.852 など)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_001021 (expected value)
述語：SIO_000300 (has vlaue)
目的語：double (10e-30 など)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：numberOfGap
述語：SIO_000300 (has vlaue)
目的語：integer (ギャップの数)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：numberOfIdentity
述語：SIO_000300 (has vlaue)
目的語：integer (一致数)
述語：SIO_000216 (has measurement value)11目的語 (主語)：alignmentLength
述語：SIO_000300 (has vlaue)
目的語：integer (アラインメント長)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：score
述語：SIO_000300 (has vlaue)
目的語：double (1422.0 など)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：numberOfPositive
述語：SIO_000300 (has vlaue)
目的語：integer (positive 数)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：sequenceLength
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (配列長)
述語：SIO_000216 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_000794 (count)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (ヒットカウント数)
述語：SIO_000673 (has unique identifier)
目的語 (主語)：SIO_000729 (record identifier)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：Literal (ヒット ID)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：iteration
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (iteration 数)
述語：SIO_000673 (has unique identifier)
目的語 (主語)：SIO_000675 (unique identifier)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (ユニーク ID)<sio:SIO_000229><aistls:BlastResult><sio:SIO_000008><aistls:BlastHit><sio:SIO_000008>
12

<aistls:BlastAlignment><sio:SIO_000216><aistls:numberOfPositive><sio:SIO_000300>503</sio:SIO_000300></aistls:numberOfPositive></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><aistls:query><sio:SIO_000008><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
問い合わせヒット配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><aistls:frame><sio:SIO_000300>
1</sio:SIO_000300></aistls:frame></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>
613</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>
66</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216>
13

</aistls:query></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><aistls:alignmentLength><sio:SIO_000300>551</sio:SIO_000300></aistls:alignmentLength></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:score><sio:SIO_000300>828.0</sio:SIO_000300></aistls:score></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_010068><sio:SIO_000300>
アラインメント</sio:SIO_000300></sio:SIO_010068></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><aistls:numberOfGap><sio:SIO_000300>11</sio:SIO_000300></aistls:numberOfGap></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:bitScore><sio:SIO_000300>747.881</sio:SIO_000300></aistls:bitScore></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:numberOfIdentity><sio:SIO_000300>503</sio:SIO_000300></aistls:numberOfIdentity></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_001021>
14<sio:SIO_000300>0.0</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><aistls:subject><sio:SIO_000008><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
ターゲットヒット配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><aistls:frame><sio:SIO_000300>
1</sio:SIO_000300></aistls:frame></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>
543</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>
1</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216></aistls:subject></sio:SIO_000008></aistls:BlastAlignment>15</sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><aistls:sequenceLength><sio:SIO_000300>8162</sio:SIO_000300></aistls:sequenceLength></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_000729><sio:SIO_000300>XM_004010367</sio:SIO_000300></sio:SIO_000729></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_000135><sio:SIO_000300>PREDICTED: Ovis aries
chromodomain helicase DNA binding protein 8 (CHD8), mRNA</sio:SIO_000300></sio:SIO_000135></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000794><sio:SIO_000300>58</sio:SIO_000300></sio:SIO_000794></sio:SIO_000216></aistls:BlastHit></sio:SIO_000008></aistls:BlastResult></sio:SIO_000300>

16

Blast の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:BlastOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/blast.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:BlastResult><sio:SIO_000008><aistls:BlastHit><sio:SIO_000008><aistls:BlastAlignment><sio:SIO_000008><aistls:subject><sio:SIO_000008><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>QLPSGPQGLLRSAVNPWDVLLCVSGTVIAGENAL-VVALIASTPALRTPMFVLVGSLATADLLAGCGLILHFVFQYLVPSETVSLLMVGFLVASFA-ASVSSLLAITVDRYLSVYNALTYYSRRTLLGVHLLLAATWTVSLGLGLMPVLGWNCL-AEQ
ATCSVVRPLTRSHVALLSAAFFAVFGIMLHLYVRICQVVWRHAHQIALQQHCLAPPH-LAATRKGVGTLAVVLGTFGASWLPFAIYCVVGSREDPAVYTYATLLPATYNSMINPIIYAFR-NQEIQRALWLLFCGCSQSKVPFRSRSPSEV</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><aistls:frame><sio:SIO_000300>0</sio:SIO_000300></aistls:frame></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>365</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216>………
………
</sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_000729><sio:SIO_000300>XP_005529726</sio:SIO_000300></sio:SIO_000729></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_000135><sio:SIO_000300>PREDICTED: G-protein coupled receptor 12-like [Pseudopodoces
humilis]</sio:SIO_000300></sio:SIO_000135></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000794><sio:SIO_000300>60</sio:SIO_000300></sio:SIO_000794></sio:SIO_000216></aistls:BlastHit></sio:SIO_000008></aistls:BlastResult></sio:SIO_000229></aistls:BlastOutput></rdf:RDF>

Blast 出力結果

17

1.2. CentroidFold

1.2.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で CentroidFold の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/>
・ 主語は CentroidFoldInput クラス、rdf:about 属性を任意に指定する。
<aistls:CentroidFoldInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1”>・ RNA 配列を入力とする場合、RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：CentroidFoldInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010017 (ribonucleic acid sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA 配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>
RNA 配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230>
・ ClustalW 形式のマルチプルアラインメントを入力とする場合、ClutsalW 形式マルチプルアラインメントのトリプルを定義する。
主語：CentroidFoldInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：ClustalWMultipleAlignment
18

述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ClustalW 実行結果)<sio:SIO_000230 ><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>
ClustalW 形式マルチプルアラインメント</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：CentroidFoldInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (CentroidFold オプション)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-g 4</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>

19

この定義に基づいて CentroidFold の入力 RDF を作成する。
(use an RNA sequence)<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:CentroidFoldInput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>>FR123027|AF375583|transfer messenger RNA (tmRNA), 10Sa RNA|tmRNA|u1607 NONCODEGATAGTTCGAGCTTGATTTGCGAGTCGGGGGGATCGTCCTCGTTATCAACGTCAAAGCCAATAATAACTG
GCAAAGAAAAACAAAACCTAGCTTTCGCTGCCTAATAAGCAGTAGCATAGCTGATCCTCCGTGCATCGCC
CATGTGCTACGGTAAGGGTCTCACTCTAAGTGGGCTACACTAGTTAATCTCCGTCTGAGGTTAAATAGAAGAGCTTAATCAGACTAGCTGAATGGAAGCCTGTTACCGGGCTGATGTTTATGCGAAATGCTAATACGGTG
ACTACGCTCGTAGATATTCAAGTGCCGATATTTCTGGACGT</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-g 4</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:CentroidFoldInput></rdf:RDF>(use Multiple alignment)<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:CentroidFoldInput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#2"><sio:SIO_000230><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>
CLUSTAL W (1.83) multiple sequence alignment
FR167351|CR382122_CR382124_CR3
GGTTCAATTCCCCGTCGCGGAG--FR376599|AE016814_AE016815_AE0
GGTTCAATTCCCCGTCGCGGAG--CR382135_CR382136_CR382137_CR3
GGTTCAATTCCCCGTCGCGGAG--FR139547|J03573|transfer
GGTTCAATTCCCCGTCGGGGAG--AJ347710_Y08491|transfer
GGTTCGATTCCCCGCAAGAGAG--** * * ******</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-g 4</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:CentroidFoldInput></rdf:RDF>

CentroidFold 用入力 RDF

20

1.2.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/CentroidFold -o 出力 RDF 名

1.2.3. 実行結果
以下の定義に従い、CentroidFold の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は CentroidFoldOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:CentroidFoldOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1”>
・ CentroidFold のテキスト実行結果のトリプルは以下となる。
主語：CentroidFoldOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：secondaryStructureModel
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA2 次構造)
<sio:SIO_000229><aistls:secondaryStructureModel><sio:SIO_000300>
RNA2 次構造</sio:SIO_000300></aistls:secondaryStructureModel></sio:SIO_000229>
21

・ CentroidFold の PNG 画像->Base64 変換結果のトリプルは以下となる。
主語：CentroidFoldOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：Base64
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (PNG 画像->Base64 変換結果)<sio:SIO_000229><aistls:Base64><sio:SIO_000300>
PNG 画像->Base64 変換結果</sio:SIO_000300></aistls:Base64></sio:SIO_000229>*入力 RDF ファイルの<sio:SIO_000144>に”-noimage”を追加すると、この情報は出力されない。
CentroidFold の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:CentroidFoldOutput
rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/centroidfold.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:secondaryStructureModel><sio:SIO_000300>&gt;FR014095|AJ316556|transfer
UCCGYGAUAGUUUAAUGGUYAGAAUKSGCGCYUGUCRCGUGCCAGAUCGGGGUUCAAUUCCCCGUCGCGGMG--(((((((...................(((((.......)))))....(((((.......))))))))))))....
(g=4,th=0.2,e=-14.5964)</sio:SIO_000300></aistls:secondaryStructureModel></sio:SIO_000229></aistls:CentroidFoldOutput><aistls:Base64/></rdf:RDF>

CentroidFold 出力結果

22

1.3. ClustalW1.3.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で ClustalW の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は ClustalWInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:ClustalWInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1”>
・ 配列のトリプルを定義する。
主語：ClustalWInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Multi-FASTA 配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
Multi-FASTA 配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：ClustalWInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ClustalW オプション)
23

<sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-GAPOPEN=10 -GAPEXT=0.5</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>
この定義に基づいて ClustalW の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:ClustalWInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>>1LYLAFNDELRNRREKLAALRQQGVAFPNDFRRDHTSDQLHEEFDAKDNQELESLNIEVSVAGRMMTRRIMGKASFVTLQDVGGRIQLYVARDSLPEGVYNDQFKKWDLGDIIGARGTLFKTQTG
ELSIHCTELRLLTKALRPLPDQEVRYRQRYLDLIANDKSRQTFVVRSKILAAIRQFMVARGFMEVETPMMQVIPGGASARPFITHHNALDLDMYLRIAPELYLKRLVVGGFERVFEINRNFRNEGISVRHNPEFTMMELYMAYADYHDLIELTESLFRTLAQEVLGTTKVTYGEHVFDFGKPFEKLTMREAIKKYRPETDMADLDNFDAAKALAESIGITVEKSWGLGRIVTEIFDEVAE
AHLIQPTFITEYPAEVSPLARRNDVNPEITDRFEFFIGGREIGNGFSELNDAEDQAERFQEQVNAKAAGDDEAMFYDEDYVTALEYGLPPTAGLGIGIDRMIMLFTNSHTIRDVILFPAM
RP>1B8AA
MYRTHYSSEITEELNGQKVKVAGWVWEVKDLGGIKFLWIRDRDGIVQITAPKKKVDPELFKLIPKLRSEDVVAVEGVVNFTPKAKLGFEILPEKIVVLNRAETPLPLDPTGKVKAELDTR
LNNRFMDLRRPEVMAIFKIRSSVFKAVRDFFHENGFIEIHTPKIIATATEGGTELFPMKYFEEDAFLAESPQLYKEIMMASGLDRVYEIAPIFRAEEHNTTRHLNEAWSIDSEMAFIEDE
EEVMSFLERLVAHAINYVREHNAKELDILNFELEEPKLPFPRVSYDKALEILGDLGKEIP
WGEDIDTEGERLLGKYMMENENAPLYFLYQYPSEAKPFYIMKYDNKPEICRAFDLEYRGVEISSGGQREHRHDILVEQIKEKGLNPESFEFYLKAFRYGMPPHGGFGLGAERLIKQMLDLPNIREVILFPRDRRRLTP>B64744 9209 proline--tRNA ligase (EC 6.1.1.15) - Escherichia coli
MRTSQYLLSTLKETPADAEVISHQLMLRAGMIRKLASGLYTWLPTGVRVLKKVENIVREEMNNAGAIEVSMPVVQPADLWQESGRWEQYGPELLRFVDRGERPFVLGPTHEEVITDLIRNELSSYKQLPLNFYQIQTKFRDEVRPRFGVMRSREFLMKDAYSFHTSQESLQETYDAMYAAYSKIFSRMGLDFRAVQADTGSIGGSASHEFQVLAQSGEDDVVFSDTSDYAANIELAEAIA
PKEPRAAATQEMTLVDTPNAKTIAELVEQFNLPIEKTVKTLLVKAVEGSSFPQVALLVRG
DHELNEVKAEKLPQVASPLTFATEEEIRAVVKAGPGSLGPVNMPIPVVIDRTVAAMSDFAAGANIDGKHYFGINWDRDVATPEVADIRNVVAGDPSPDGQGRLLIKRGIEVGHIFQLGTKYSEALKASVQGEDGRNQILTMGCYGIGVTRVVAAAIEQNYDERGIVWPDAIAPFQVAILPMNMHKSFRVQELAEKLYSELRAQGIEVLLDDRKERPGVMFADMELIGIPHTIVLGDRNLDNDDIEYKYRRNGEKQLIKTGDIVEYLVKQIKG</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-TYPE=PROTEIN -GAPOPEN=10 -GAPEXT=0.5</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:ClustalWInput></rdf:RDF

ClustalW 用入力 RDF
24

1.3.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/ClustalW -o 出力 RDF 名

1.3.3. 実行結果
以下の定義に従い、ClustalW の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は ClustalWOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:ClustalWOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1”>
・ ClustalW のテキスト実行結果のトリプルは以下となる。
主語：ClustalWOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：ClustalWMultipleAlignment
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ClustalW 実行結果)<sio:SIO_000229><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>
ClustalW 実行結果</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000229>
25

ClustalW の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ClustalWOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/clustalw.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>CLUSTAL 2.0.9 multiple sequence alignment
1ATIA
E64328
1B8AA
1ASZB
1SESA
A26400
JT0942
1LYLA
S56383
G64424
1ADJA
B64744
E64454
1PYSA
y|Pyrococcus
D64449
G64930
………
………
…….
………
………

-------------------------------------AASSLDELVALCKRRGFIFQSSE------------------------------------MEKDIYEKIMDLAKRRGYLWSSFE----------------------------------------------MYRTHYSSEITEEL-----------------------EDTAKDNYGKLPLIQSRDSDRTGQKRVKFVDLDEAKD-----------------------------------------------------MVDLKRL-----------------------------------------------------MLDPNLL----------------------MRTEYCGQLRLSHVGQQVTLCGWVNRRRDLGSLIFIDM---------------------------------FNDELRNRREKLAALRQQGVAFPNDFR-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------MIVMFQ---------------------------------------------------------TAR--------------------------MRTSQYLLSTLKETPADAEVISHQLMLRAGMIRK---------------------------------------LEFSEWYSDILEKAEIYDVRY----------------------------------------------------------------------------------------------MRLGYNEKLVLLKLAELKNATVEEL------LRDNMKMLLIHSDYLEFEAKEKTKIAEETENLKGKLDECLACFIAVEREDENNPMPVITLPDGSQRHYDHAVSPMDVALDIGPGLAKACIAGRVNGELVDACDLIENDAQLSII

G64424
1ADJA
B64744
E64454
1PYSA
y|Pyrococcus
D64449
G64930KKVIIVGEKELNEGKVTVKDMITGEQKLIGIDELTNF----------------------AFAGFLGEDELRAGEVTLKRLATGEQVRLSREEVPGYLLQALG----------------PHTIVLGDRNLDNDDIEYKYRRNGEKQLIKTGDIVEYLVKQIKG---------------VILVPFKEEIYNEELEEKVEATILGETEYKGNKYIAIAKTY------------------GLGVERLAMLRYGIPDIRYFFGGRLKFLEQFKGVL------------------------GIKVPVIAWGIGIDRLAMFKLGVDDIRYLFSYDLKWLRESKLIW---------------PYVVVIGDEEMESDKLTVTIREKSTLKKPYKEKMTLDELIERIKKETANYPYRPLPLPIRPYMLVCGDKEVESGKVAVRTRRGKDLGSMDVNEVIEKLQQEIRSRSLKQLEE--------

1ATIA-------E64328-------1B8AA-------1ASZB-------1SESA-------A26400-------JT0942
VVKKAENN
1LYLA-------S56383-------G64424-------1ADJA-------B64744-------E64454-------1PYSA-------y|Pyrococcus-------D64449
CSLQPKFH
G64930-------</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000229></aistls:ClustalWOutput></rdf:RDF>

ClustalW 出力結果
26

1.4. IPknot

1.4.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で IPknot の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は IPknotInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:IPknotInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1”>
・ RNA 配列を入力とする場合、RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：IPknotInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010017 (ribonucleic acid sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA 配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>
RNA 配列</sio:SIO_000300><sio:SIO_010017></sio:SIO_000230>
・ ClustalW 形式のマルチプルアラインメントを入力とする場合、ClutsalW 形式マルチプルアラインメントのトリプルを定義する。
主語：IPknotInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：ClustalWMultipleAlignment
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ClustalW 形式マルチプルアラインメント)
27

<sio:SIO_000230><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>
ClustalW 形式マルチプルアラインメント</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：IPknotInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ClustalW オプション)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-i</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>
この定義に基づいて IPknot の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:IPknotInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>>MIDV
UUCUUUUUUAGUGGCAGUAAGCCUGGGAAUGGGGGCGACCCAGGCGUAUGAACAUAGUGUAACGCUCCCC</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300></sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:IPknotInput></rdf:RDF>

IPknot 用入力 RDF

28

1.4.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/IPknot -o 出力 RDF 名

1.4.3. 実行結果
以下の定義に従い、IPknot の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は IPknotOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:IPknotOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1”>
・ IPknot の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：IPknotOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (IPknot 実行結果)<sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>
IPknot 実行結果</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229>

29

IPknot の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:IPknotOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ipknot.rdf#1"><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>&gt;MIDVUUCUUUUUUAGUGGCAGUAAGCCUGGGAAUGGGGGCGACCCAGGCGUAUGAACAUAGUGUAACGCUCCCC....................(((((((...[[[[[[[.))))))).................]]]]]]].
</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:IPknotOutput></rdf:RDF>

IPknot 出力結果

30

1.5. Mafft

1.5.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Mafft の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は MafftInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:MafftInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1”>
・ 配列のトリプルを定義する。
主語：MafftInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Multi-FASTA 配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
Multi-FASTA 配列(3 つ以上の配列が必要)</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：MafftInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Mafft オプション)<sio:SIO_000230 >31<sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>--retree 2 --maxiterate 0 --bl 62 --op 1.53 --ep 0.0 --clustalout</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>
この定義に基づいて Mafft の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:MafftInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>>X02729 Methanococcus vannielli. #tatctattaccctaccctggggaatggcttggcttgaaacgccgatgaaggacgtggtaa
gctgcgataagcctaggcgaggcgcaacagcctttgaacctaggatttccgaatgggact
tcctacttttgtaatccgtaaggattggtaacgcgggggattgaagcatcttagtacccg
caggaaaagaaatcaactgagattccgttagtagaggcgattgaacacggatcagggcaa
actgaatcccttcggggagatgtggtgttatagggccttcttttcgcctgttgagaaaag
ctgaagttgactggaacgtcacactatagagggtgaaagtcccgtaagcgcaatcgattc
aggtttgaagtgtccctgagtaccgtgcgttggatatcgcgcgggaatttgggaggcatc
aacttccaactctaaatacgtttcaagaccgatagcgtactagtaccgcgagggaaagct
gaaaagcacccttaacagggtggtgaaaagagcctgaaacccaggtaggtatggaatggc
gtggccccaaaggcaactgttctgaaggaaaccgtcgcaaggcggctgtacgaagaacag
agccagggttgcgtcctccgtttcgaaaaacgggccggggagtgtattgttgtggcgagc
ttaagatcttcacgatcgaaggcgtagggaaaccaacaagtccgcagaatctttagggac
ggggtcttaagggcccggagtcacagcaatacgacccgaaaccgggcgatctaggccggg
gcaaggtgaagtccctcaattgagggatggaggcctgcagagttgttgccgttcgaagca
ctcttctgacctcggtctaggggtgaaaggccaatcgagcccggagatagctggttcccc
………
………
………
aaagcggggcctcacgatccttctgaccttttgggttttaagcaggaggtgtcagaaaag
ttaccacagggataactggcttgtggcggccaagcgttcatagcgacgtcgctttttgat
ccttcgatgtcggctcttcctatcattgtgaagcagaattcgccaagcgttggattgttc
acccactaatagggaacgtgagctgggtttagaccgtcgtgagacaggttagttttaccc
tactgatgatgtgttgttgccatggtaatcctgctcagtacgagaggaaccgcaggttca
gacatttggtgtatgtgcttggctgaggagccaatggggcgaagctaccatctgtgggat
tatgactgaacgcctctaagtcagaatcccgcccaggcgaacgatacggcagcgccgcgg
agcctcggttggcctcggatagccggtcccccgcctgtccccgccggcgggccgcccccc
cctccacgcgccccgccgcgggagggcgcgtgccccgccgcgcgccgggaccggggtccg
gtgcggagtgcccttcgtcctgggaaacggggcgcggccggaaaggcggccgccccctcg
cccgtcacgcaccgcacgttcgtggggaacctggcgctaaaccattcgtagacgacctgc
ttctgggtcggggtttcgtacgtagcagagcagctccctcgctgcgatctattgaaagtc
agccctcgacacaagggtttgtc</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>--retree 2 --maxiterate 0 --bl 62 --op 1.53 --ep 0.0 --clustalout</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:MafftInput>

Mafft 用入力 RDF
32

1.5.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Mafft -o 出力 RDF 名

1.5.3. 実行結果
以下の定義に従い、Mafft の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は MafftOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:MafftOutput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1”>
・ Mafft の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：MafftOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：ClustalWMultipleAlignment
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Mafft 形式マルチプルアラインメント)<sio:SIO_000229><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>
Mafft 形式マルチプルアラインメント</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000229>

33

Mafft の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:MafftOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/mafft.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:ClustalWMultipleAlignment><sio:SIO_000300>CLUSTAL format alignment by MAFFT FFT-NS-2 (v6.717b)
X02729
X15364
M61738M64487
M32298M64487
X03407
M67497
X13738
X05481
X05481
X14835
M67495
X05480M67498
X12612,
X07408
M62806
X06485………
………
………
K00637
X01387
X53361Y00055
X14553
V01159
X54512
X54004
X16108J01355
M11585
X52320
X58118
X03680
X53538
M21017X00136
X00525
X01069M11167----------tatctattaccctaccctggggaatggcttggcttgaaacgccgatgaag----------cttttttatgcc--gtctgggggatggcttggcttgagtcgctgatgaag------------ttcttacgcc--tgtcagtggatggctcggttcggg-tgccgacgaag---cggcgaa------tatccc--ggccggtggatggctcggctc-gggcgccgacgaag-------gtgctctgctaatct--gcctagaggatggcttggttc-gggcgccgaagaag---ggggcagagaacctaagcc--gtctggtggatggctcggctcggggcgccgacgaag-------g-tggctactgtgcc--acctggtggatagctcggctcgga-tgccgacgaag
tatatcaactggctactgtgcc--agctggtggatagctcggctcgag-agccgatgacg-------gttggctactatgcc--agctggtggattgctcggctcagg-cgctgatgaag----------ggctactatgcc--aactggtgaatagctcggctcgag-tgccgatgaag---gcacgg------tcaagcc--gcccggtggatggctcggctc-gggcgccgaggaag---cggc-g------ctaagcc--acccggtggatggctcggctc-gggcgccgaggaag---tacccag-gggccgaagcc--tcccggtggatggctcggctc-gggcaccgaagaag---cgac-g--------acgcc--gcccggtggatggctcggctc-gggcgccgaggaag-----ggtcaaggt-actaagggcacgcggtggatgccttggcggcgggaggcgatgaag-----ggtcaagat-ggtaagggcccacggtggatgcctcggc-acccgagccgatgaag
tttgtggtcaagct-attaagggcgtatgggggatgtcttggtatcagaaggcgatgaag-------------n-acgaagggcgcatgggggatgcctaggctctcagaggcgaagaag-----aatcaagcgcgagaagggcgtttggtggatgccttggcagcaagaggcgatgaag-----t-------------a--------ctgacagagtgggtg
t--ctgggact---tcacaagatct---ttttgtcggc----tccttagatttat-tccttagatttat-ttttctgatttgttc
ttgtctgatttgt-cgcacggattcgt-cgctaagattcga-cgcttcgattcgt-tgattgagttttttg
atctacgatttgt-cttgatgattcg--ccaagc--------cacaagggtttgt-cacaagggtttgt-cacaagggtttgt-c</sio:SIO_000300></aistls:ClustalWMultipleAlignment></sio:SIO_000229></aistls:MafftOutput></rdf:RDF>

Mafft 出力結果

34

1.6. Psipred

1.6.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Psipred の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は PsiPredInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:PsiPredInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：PsiPredInput
述語：SIO_000230
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>
アミノ酸配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230>

35

この定義に基づいて Psipred の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:PsiPredInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>>sp|P04156|PRIO_HUMAN Major prion protein OS=Homo sapiens GN=PRNP PE=1 SV=1
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230></aistls:PsiPredInput></rdf:RDF>

Psipred 用入力 RDF

1.6.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Psipred -o 出力 RDF 名

36

1.6.3. 実行結果
以下の定義に従い、Psipred の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は PsiPredOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものをそのまま指定する。
<aistls:PsiPredOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1”>
・ Psipred の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：PsiPredOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Psipred 実行結果)<sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>
Psipred 実行結果</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229>

37

Psipred の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PsiPredOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/psipred.rdf#1"><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300># PSIPRED HFORMAT (PSIPRED V2.5 by David Jones)
Conf: 965203422130431010011012789987678875689888999888869888899988
Pred: CCCCHHHHHHHHHHHHHHCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC
AA: MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
10
20
30
40
50
60
Conf: 888898988888989888889898888767788724334688777333143200001124
Pred: CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCHHHHHCCHHHHH
AA: HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGA
70
80
90
100
110
120
Conf: 541000354322320732104774303456665664762125411243285453031100
Pred: HHHHHHHHHHHHHHCCCEECCCCCCCHHHHHHHHHHCCCCCEECCCHHHCCCCCCEEEEE
AA: VVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCV
130
140
150
160
170
180
Conf: 115640033310378754333489999999876423543223465432860588569730
Pred: EEEEEEEEEEECCCCCCCCHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHCCCEEEEECCCCC
AA: NITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPV
190
200
210
220
230
240
Conf: 3333668832009
Pred: HHHHHHHHHHCCC
AA: ILLISFLIFLIVG
250</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:PsiPredOutput></rdf:RDF>

Psipred 出力結果

38

1.7. Raccess1.7.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Raccess の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は RaccessInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:RaccessInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1”>
・ RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：RaccessInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010017 (ribonucleic acid sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA 配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>
RNA 配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：RaccessInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Raccess 実行結果)
39

<sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-access_len=50</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>

40この定義に基づいて Raccess の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:RaccessInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>>gi|187607315|ref|NM_014909.4| Homo sapiens vasohibin 1 (VASH1), mRNA
GCCCCTGCGCGCCGCCCGAGCCGGTCCCGCTGAGCCGCGGGCCCCGTGCCCTGCGATGGCTCGGCTGGTG
CAGCGCGGCGCCAGGTGCCAGCCGTCCTCCCGCTGAGACGCGCCCGAGTGGGGACCCGCTGGGCCTCGGG
GCTCGCAGCCTTCGCCTCCCCGCCGCGCCCGCTCCCTTTCTGGGGACTCCGCCGCTGTTTCTGGGGACGAGGGGACAGGGGACCCAGACAAAGCCCACTTTGTGCAGGGAGTTGGCCGCAGGCGGGGAATGTGCGCGTCG
GCGCGCGCCCCCTCCCCGCTCCCGGCCAGCTGCGAGTCTTGGCTCCCGGACTTGTCTCGTCGCGTCGGAG
AAATCGCCCCCCAGCGCCGCTCTCCCGCCCGGGGGTCTTGGTTCCGAGCTCGCGCGGCCGGGAGTCGCCTCGGTCTTCCTTGGGGCGCGCGCAGATGTGAGCGTGCGAGAGTTGTGTAGGGGATTTTGTTCCCTCCGAAACTGAGACCCAGGGCGCCCAGTGGGCACCCGTGCCTTGACTCTGTCCTTTCTGCAGCCGCTGGTCCGAGCTGTCTGGCCTCAGTTTCCCTCCGACTTTTCTCCGCTCTGCCAGCCCTCACTGCTGCCCGTCATTGTTCTCG
CAGTTAGATGGGGGTGCTTTGTGACGGCTGCCAAGTTGGGGTGTGTTCTCTTTATTCCGTTTTTCAAACAGAACAAGGCCTCCAAGGCTGACCCCAGACAACCCACCCCCTCGGACCCTAATTCACCTTATTGCACTGAT
TTTTTTTATCAAGTCGTATTTTATTGTACAGGAGCCACGCCCTGATTTCTTAAAGGCGCCTTGCACTCTG
GCCATGTGTTATCTCTGCAGCCGGTGTGTGGGAGGCCTCTTGTGAGCCAGTTGTTTTCCCGCCTCCACCA
CCCCCCTCGAAGATTTAGGGATGCCAGGGGGGAAGAAGGTGGCTGGGGGTGGCAGCAGCGGTGCCACTCCAACGTCCGCTGCGGCCACCGCCCCCTCTGGGGTCAGGCGTTTGGAGACCAGCGAAGGAACCTCAGCCCAG
AGAGATGAGGAGCCAGAAGAGGAAGGGGAAGAGGACCTGCGAGACGGAGGCGTCCCCTTCTTTGTCAACC
GGGGTGGGCTACCTGTGGATGAGGCCACCTGGGAAAGGATGTGGAAACACGTGGCCAAGATCCACCCCGATGGAGAGAAGGTGGCGCAACGGATCCGTGGGGCCACAGACCTGCCCAAGATCCCCATACCGAGTGTGCCT
ACGTTCCAGCCGTCTACACCTGTCCCTGAGCGCCTGGAAGCTGTGCAGCGCTACATCAGAGAGCTGCAGTACAATCACACAGGGACACAGTTCTTTGAAATTAAGAAGAGCAGACCTCTGACAGGGCTGATGGACCTGGC
CAAGGAAATGACCAAAGAGGCCCTGCCAATCAAATGCCTGGAAGCCGTGATCCTGGGAATTTACCTCACC
AACAGCATGCCCACCCTGGAGCGCTTCCCCATCAGCTTCAAGACCTACTTCTCAGGGAACTACTTCCGCC
………
………
………
GCTCCATCTTGGTCCTCCGGAGTCCCAAGTTTCCTTTTCATCAAATCTGACAAGAGAGAAGAAACATGGG
TGTGCTTGGCCCACAGGGCCTGGTGGTGATGGACCTCCCCGCTCCCTCAAGCTCTGGATGGCTGCAGTGTTGTACTAGACTTTGTTCAGGCTGTTCTCATCTCAGTATTGCCCCTTCCTTTCACTTTCACACTTCATCTC
ATTCCTGTTGTCACTTTCCCCGAAACGAATAAAGTCTCCCCAGCTCCTGCTGTGTAGGCTGGGCAGAAACCACAACACGT</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300></sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:RaccessInput></rdf:RDF>

Raccess 用入力 RDF

1.7.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Raccess -o 出力 RDF 名
41

1.7.3. 実行結果
以下の定義に従い、Raccess の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は RaccessOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:RaccessOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1”>
・ Raccess の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：RaccessOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Raccess 実行結果)<sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>
Raccess 実行結果</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229>

42

Raccess の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RaccessOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/raccess.rdf#1"><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>&gt;gi|187607315|ref|NM_014909.4| Homo sapiens vasohibin 1 (VASH1),
mRNA
6020
6029
0.623736019
6028
0.623859
6018
6027
0.623156
6017
6026
0.622921
6016
6025
0.648241
6015
6024
1.346016014
6023
2.083646013
6022
2.71933
6012
6021
4.96686
6011
6020
5.513426010
6019
5.529946009
6018
6.770586008
6017
8.450036007
6016
9.022486006
6015
9.618926005
6014
8.964826004
6013
8.984646003
6012
9.377556002
6011
9.113766001
6010
9.45949
6000
6009
8.523
5999
6008
9.24843
………
………
………
23
32
5.688722317.51701
2130
10.855220
29
12.0541
19
28
11.988218
27
10.2528
1726
10.269916
25
10.09451524
9.041971423
10.66513
22
11.19131221
11.18971120
11.57021019
11.5887918
11.47778
17
11.48487
16
13.0533615
12.778851410.52244
13
11.31233
12
10.87542
11
10.63411
109.07663096.90453</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:RaccessOutput></rdf:RDF>

Raccess 出力結果

43

1.8. RactIP

1.8.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で RactIP の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は RactIPInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:RactIPInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1”>
・ 問い合わせ RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：RactIPInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010017 (ribonucleic acid sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA 配列)<sio:SIO_000230 ><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>
RNA 配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230>
・ ターゲット RNA 配列のトリプルを定義する。
主語：RactIPInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010017 (ribonucleic acid sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA 配列)<sio:SIO_000230 >44<sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>
RNA 配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：RactIPInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RactIP オプション)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300>-i</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>
この定義に基づいて RactIP の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:RactIPInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>>R1invGGCAACGGAUGGUUCGUUGCC</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_010017><sio:SIO_000300>>R2inv
GCACCGAACCAUCCGGUGC</sio:SIO_000300></sio:SIO_010017></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300></sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:RactIPInput></rdf:RDF>

RactIP 用入力 RDF
45

1.8.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/RactIP -o 出力 RDF 名

1.8.3. 実行結果
以下の定義に従い、RactIP の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は RactIPOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:RactIPOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1”>
・ RactIP の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：RactIPOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RactIP 実行結果)<sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>
RactIP 実行結果</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229>
46

47

RactIP の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RactIPOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/ractip.rdf#1"><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>GLPK Simplex Optimizer, v4.51
160 rows, 30 columns, 234 non-zeros*
0: obj = 0.000000000e+00 infeas = 0.000e+00 (0)*37: obj = 1.604045469e+01 infeas = 0.000e+00 (0)OPTIMAL SOLUTION FOUNDGLPK Integer Optimizer, v4.51
160 rows, 30 columns, 234 non-zeros
30 integer variables, all of which are binary
Integer optimization begins...
+
37: mip =not found yet &lt;=+inf(1; 0)+
37: &gt;&gt;&gt;&gt;&gt; 1.604045469e+01 &lt;= 1.604045469e+01 0.0% (1; 0)+
37: mip = 1.604045469e+01 &lt;=
tree is empty 0.0% (0; 1)
INTEGER OPTIMAL SOLUTION FOUND&gt;R2inv
GCACCGAACCAUCCGGUGC(((((([[[[[[[))))))&gt;R1inv
GGCAACGGAUGGUUCGUUGCC(((((((]]]]]]])))))))</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:RactIPOutput></rdf:RDF>

RactIP 出力結果

48

1.9. Wolfpsort

1.9.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Wolfpsort の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は WolfPsortInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:WolfPsortInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1”>
・ 界情報のトリプルを以下のように定義する。
主語：WolfPsortInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語：Kingdom (rdf:about="#plant"(animal、plant、fungi から一つ選択))<sio:SIO_000230><aistls:Kingdom rdf:about=”#animal”></sio:SIO_000230>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：WolfPsortInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>
アミノ酸配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015>
49

</sio:SIO_000230>
この定義に基づいて Wolfpsort の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:WolfPsortInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1"><sio:SIO_000230><aistls:Kingdom rdf:about="#animal"/></sio:SIO_000230><aistls:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>>sp|P35413|GPR3_MOUSE G-protein coupled receptor 3 OS=Mus musculus GN=Gpr3 PE=2 SV=1
MMWGAGSSMAWFSAGSGSVNVSSVDPVEEPTGPATLLPSPRAWDVVLCISGTLVSCENALVVAIIVGTPAFRAPMFLLVGSLAVADLLAGLGLVLHFAADFCIGSPEMSLMLVGVLAMAFTASIGSLLAITVDRYLSLYNALTYYSETTVTRTYVMLALVWVGALGLGLVPVLAWNCRDG
LTTCGVVYPLSKNHLVVLAIAFFMVFGIMLQLYAQICRIVCRHAQQIALQRHLLPASHYVATRKGIATLAVVLGAFAACWLPFTVYCLLGDADSPRLYTYLTLLPATYNSMINPVIYAFRNQDVQKVLWAICCCCSTSKIPFRSRSPSDV</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></aistls:SIO_000230></aistls:WolfPsortInput></rdf:RDF>

Wolfpsort 用入力 RDF

1.9.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Wolfpsort -o 出力 RDF 名50

1.9.3. 実行結果
以下の定義に従い、Wolfpsort の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下とする。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は WolfPsortOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものをそのまま指定する。
<aistls:WolfPsortOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#1”>
・ Wolfpsort の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：WolfPsortOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Wolfpsort 実行結果)<sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>
Wolfpsort 実行結果</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229>

51

Wolfpsort の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:WolfPsortOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/wolfpsort.rdf#2"><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300># k used for kNN is: 14
sp|P35413|GPR3_MOUSE cyto 7, extr 3, plas 2, E.R. 2, E.R._plas 2</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:WolfPsortOutput></rdf:RDF>

Wolfpsort 出力結果

52

2. Async 非同期型解析サービスについて
2.0. Async 同期型解析サービスの利用方法
Async 同期型解析サービス(Last, Modelling, PoodleL, PoodleS, Rassie)の場合、以下の3 つの手順で各解析サービスを実行する。
１）

ポーリング URI の取得% curl--data-binary@入力 RDF 名

http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/解析サービス名 (表 1-A 参照)
例えば、input.rdf を入力 RDF として用意し、PoodleL を実行する場合、以下のコマンドとなる。
% curl --data-binary @input.rdf
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL
ポーリング URI を格納した RDF が標準出力される。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=1”/></aistls:PoodleLOutput></rdf:RDF>

ポーリング URI(赤文字部分)を含む RDF
２）SADI サーバへポーリング% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/解析サービス名?poll=任意の 16
進数
53例えば１）の PoodleL を実行した場合は以下のコマンドとなる。
%curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=1
サービスの実行が終了すると、COMPLETE:出力結果 URL が標準出力される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=1
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/poodleLResult.rdf
３）

実行結果の取得% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ poodleLResult.rdf -o 出力 RDF 名
入力 RDF フォーマット、出力 RDF フォーマットについては、章 1.0 の Sync 同期型解析サービスの利用方法を参考にしてください。

54

2.1. Last

2.1.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Last の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は LastInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:LastInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1”>
・ 問い合わせ配列のトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (問い合わせ配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
問い合わせ配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230>
・ ターゲット配列のトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000030 (biopolymer sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ターゲット配列)<sio:SIO_000230>
55

<sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>
ターゲット配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230>
・ Lastdb 用コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：lastdbParameter
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Lastdb 用コマンドラインオプション)<sio:SIO_000230><aistls:lastdbParameter><sio:SIO_000300>-m110 -w1</sio:SIO_000300></aistls:lastdbParameter></sio:SIO_000230>
・ Lastal 用コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：LastInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：lastalParameter
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Lastal 用コマンドラインオプション)<sio:SIO_000230><aistls:lastdbParameter><sio:SIO_000300>-j4 -u0 -m10 -l1 -k1 -w0 -g1.0 -s2 -e30</sio:SIO_000300></aistls:lastdbParameter></sio:SIO_000230>

56

この定義に基づいて Last の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:LastInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>>chickenMito
AATTTTATTTTTTAACCTAACTCCCCTACTAAGTGTACCCCCCCTTTCCC
CAGGGGGGGTATACTATGCATAATCGTGCATACATTTATATACCACATATATTATGGTACCGGTAATATATACTATATATGTACTAAACCCATTATATGTATACGGGCATTAACCTATATTCCACATTTCTCCCAATGTCCATTCTATGC
ATGATCTAGGACATACTCATTTACCCTCCCCATAGACAGTTCCAAACCACTATCAAGCCACCTAACTATGAATGGTTACAGGACATAAATCTCACTCTCATGTTCTCCCCCCAACAAGTCACCTAACTATGAATGGTTACAGGACATACATTTAACTACCATGTTCTAACCCATTTGGTTATGCTCGCCGTATCAGATGG
ATTTATTGATCGTCCACCTCACGAGAGATCAGCAACCCCTGCCTGTAATG
………
………
………
GAAACAAAAGAAACACCCAAACTCACTAACCACCCACATCCTATCACAGACGCTACCACCAACCCCACCACCCCATAATACGGCGAAGGATTAGACGCCA
CAGCTAAAACCCCCAGCATAAAACAAATCCCAAGAAAAATCACAAAATAAGTCATATTATTCCCGCTTGGTTAGACCCCAAGGACTACGGCTTGAAAAGC
CATTGTTGTTCTCAACTACGGGAAC</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000030><sio:SIO_000300>>fuguMito
GCTAGCGTAGCTTAACCAAAGCAGAGTACTGAAGATGCTAAGATGGGCCCTGAAAAGTCCCGCAGGCACAAAAGCTTGGTCCTGACTTTACTAACAACTCTGATCAAACTTACACATGCAAGTATCCGCATCCCAGTGAAaatgcccccc
gccccccgtcCGGAAATAGGGAGTTGGTATCAGGCACACAAATTTGTAGC
CCATGACACCTAGCTTTGCCACGCCCCCAAGGGAATTCAGCAGTGATAAACATTAAGCCATAAGTGAAAACTTGACTTAGTTATGATCTAAAGAGTCGGT
………
………
………
TAGGAGAGACCTTTAAGTTTGAACCAAGCTCTCCActtaattaaatattc
atcatattattatcatatattataatattataataatataattatat</sio:SIO_000300></sio:SIO_000030></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:lastdbParameter><sio:SIO_000300>-m110 -w1</sio:SIO_000300></aistls:lastdbParameter></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:lastalParameter><sio:SIO_000300>-j4 -u0 -m10 -l1 -k1 -w0 -g1.0 -s2 -e30</sio:SIO_000300></aistls:lastalParameter></sio:SIO_000230></aistls:LastInput></rdf:RDF>

Last 用入力 RDF
57

2.1.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last
Last は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:LastOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=8”/></aistls:LastOutput></rdf:RDF>

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=8 (上図の場合 8)%
Last が終了すると、Last の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Last?poll=8 (上図の場合 8)
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/seq1_seq2Result.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/seq1_seq2Result.rdf -o 出力 RDF 名

58

2.1.3. 実行結果
以下の定義に従い、Last の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は LastOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定されたものがそのまま指定される。
<aistls:LastOutput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1”>
・ Last の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：LastOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_000785 (answer)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Last の実行結果)<sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300>
Last 実行結果</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229>
・ Last の PNG 画像->Base64 変換結果のトリプルは以下となる。
主語：LastOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：Base64
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Last PNG 画像->Base64 変換結果)<sio:SIO_000229><aistls:Base64><sio:SIO_000300>
59

Last PNG 画像->Base64 変換結果
<sio:SIO_000300></aistls:Base64></sio:SIO_000229></aistls:requiresResultInBase64BinaryFormat>*入力 RDF ファイルの lastalOptions に”-noimage”を追加すると、このトリプルは出力されない。
Last の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:LastOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/last.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:Base64><sio:SIO_000300>iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAA9MAAAPmCAAAAADC0ZOHAAAOaElEQVR42u3dQVLbMABAUd3/sj5C
mHHiISxgoAtX+nqvlDCli6DkI8lJnHEAJcMQgKZZ4ZYd48fvXp/QNIsk/X3KP/8fNM2cs/Tp7Pa8
eH59fTz/+bowXppmjXn6a8efH8fXT6LWNAs3PTStaUpNn3/ev61pTbPMfvq6ePv6VfX7Vtp+WtMs
OmujaTpztlHYs+kHsDxNg6YBTQOaBjQNmtY0aBrQNKBpQNOgaU2DpgFNA5oGNA2a1jRoGtA0oGlA
………
………
………
aRpaTQ9Ng6g1DaLWNOwYtaahFbWmoRW1pqEVtaahFbWmoRW1pqEVtaahFbWmoRW1pqEVtaahFbWm
oRW1pqEVtaahFbWmoRW1pqEV9Qf2BZeqhG6eZQAAAABJRU5ErkJggg==</sio:SIO_000300></aistls:Base64></sio:SIO_000229><sio:SIO_000229><sio:SIO_000785><sio:SIO_000300># LAST version 58## a=7 b=1 c=100000 e=30 d=18 x=27 y=10
# u=0 s=2 m=10 l=1 k=1 i=134217728 w=0 t=0.910239 g=1 j=4# seq1##A C G T………
………
………
a score=40
s fuguMito
13752 126 + 16447
AACTGCTCGAAGAGCCCCCCGACCCAGCCCCCGCACCAGCTCTAATACTACAAGCAACGTCAATAACAAGACCCAGGCCCCCAATAG
TAATACTCCCCCACCGCTAGAATATATAAGTGAAACCCC
s chickenMito 16186 126 + 16775
AACCGCCCGAATTGCCCCCCGAGACAACCCACGCACAAGCTCTAGTACAACAAACAAAGCTAACAACAAACCTCACCCAGCCACCAA
AAACAACCCAACCCCACATGAATAAAACACCGCAACTCC
p 0.681 0.832 0.883 0.9 0.95 0.967 0.973 0.989 0.995 0.997 0.997 0.998 0.998 1 1 1 1 1 1
1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
1 0.999 0.999 0.998 0.996 0.988 0.985 0.984 0.98 0.979 0.976 0.967 0.963 0.962 0.959 0.958
0.958 0.957 0.955 0.948 0.945 0.945 0.942 0.941 0.941 0.94 0.938 0.937 0.935 0.934 0.933
0.933 0.93 0.93 0.929 0.929 0.928 0.928 0.925 0.924 0.922 0.921 0.921 0.92 0.918 0.911 0.89
0.828 0.807 0.745 0.724 0.717 0.696 0.69 0.687 0.68 0.678 0.671 0.65 0.588 0.567 0.505# CPU time: 0.22 seconds</sio:SIO_000300></sio:SIO_000785></sio:SIO_000229></aistls:LastOutput></rdf:RDF>

Last 出力結果
60

2.2. Modelling2.2.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Modelling の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は ModellingInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:ModellingInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>
アミノ酸配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230>
・ BLAST 名のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastSearch
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語：BlastProgram (rdf:about=”#BLAST” (BLAST or PSI-BLAST))
61

<sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000008><aistls:BlastProgram rdf:about="#PSI-BLAST"/></sio:SIO_000008></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
・ Iteration 数のトリプルを定義する (PSI-BLAST 選択時のみ)。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：iteration
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (Iteration 数(>1 を指定))<sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><aistls:iteration><sio:SIO_000300>2</sio:SIO_000300></aistls:iteration></sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
・ E-Value のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_001021 (expected value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (10e-30 など)<sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><sio:SIO_001021>
62

<sio:SIO_000300>0.00005</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
・ ヒット領域カバレージ閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：coverage
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (ヒット領域カバレージの閾値)<sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>55.0</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
・ ヒット領域一致度閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：identity
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (ヒット領域一致度の閾値)<sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><aistls:identity><sio:SIO_000300>35.0</sio:SIO_000300></aistls:identity>63</sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
・ 最小配列長閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：BlastSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：minSequenceLength
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (最小配列長の閾値)<sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><aistls:minSequenceLength><sio:SIO_000300>31</sio:SIO_000300></aistls:minSequenceLength></sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
・ テンプレートカバレージ閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：templateSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：coverage
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (テンプレートカバレージの閾値)<sio:SIO_000230><aistls:templateSearch><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>96.0</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216></aistls:templateSearch>64</sio:SIO_000230><aistls:setupTemplateCoverageThreshold>90.0</aistls:setupTemplateCoverageThreshold>・ テンプレート一致度閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：templateSearch
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：identity
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (テンプレート一致度の閾値)<sio:SIO_000230><aistls:templateSearch><sio:SIO_000216><aistls:identity><sio:SIO_000300>96.0</sio:SIO_000300></aistls:identity></sio:SIO_000216></aistls:templateSearch></sio:SIO_000230>
・ MODELLER ラインセンスキーのトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：modeller
述語：SIO_0000008 (has attribute)
目的語 (主語)：LicenseKey
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (MODELLER ラインセンスキー)<sio:SIO_000230><aistls:modeller><sio:SIO_000008><aistls:LicenseKey><sio:SIO_000300>****</sio:SIO_000300></aistls:LicenseKey></sio:SIO_000008></aistls:modeller>65</sio:SIO_000230>*MODELLER ライセンスキーがないと Modelling は利用できません。
MODELLER の Web サイト(http://saliab.org/modeller/registration.html)より、ライセンスキー取得のための登録を行ってください。
・ 生成モデル数閾値のトリプルを定義する。
主語：ModellingInput
述語：SIO_000229 (has input)
目的語 (主語)：modeller
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：numberOfModel
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (生成モデル数の閾値)<sio:SIO_000230><aistls:modeller><sio:SIO_000216><aistls:numberOfModel><sio:SIO_000300>3</sio:SIO_000300></aistls:numberOfModel></sio:SIO_000216></aistls:modeller></sio:SIO_000230>

66

この定義に基づいて Modelling の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:ModellingInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>>sp|P04156|PRIO_HUMAN Major prion protein OS=Homo sapiens GN=PRNP PE=1 SV=1
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000008><aistls:BlastProgram rdf:about="#PSI-BLAST"/></sio:SIO_000008></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><aistls:iteration><sio:SIO_000300>2</sio:SIO_000300></aistls:iteration></sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:BlastSearch><sio:SIO_000216><sio:SIO_001021><sio:SIO_000300>0.00005</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000216></aistls:BlastSearch></sio:SIO_000230>
………
………
………
<sio:SIO_000230><aistls:modeller><sio:SIO_000008><aistls:LicenseKey><sio:SIO_000300>****</sio:SIO_000300></aistls:LicenseKey></sio:SIO_000008></aistls:modeller></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><aistls:modeller><sio:SIO_000216><aistls:numberOfModel><sio:SIO_000300>3</sio:SIO_000300></aistls:numberOfModel></sio:SIO_000216></aistls:modeller></sio:SIO_000230></aistls:ModellingInput></rdf:RDF>

Modelling 用入力 RDF
67

2.2.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling
Modelling は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ModellingOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=10”/></aistls:ModellingOutput></rdf:RDF>

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=10 (上図の場合
10)%Modelling が終了すると、Modelling の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Modelling?poll=10
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/modellingResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
68

% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/modellingResult.rdf -o 出力 RDF 名

69

2.2.3. 実行結果
以下の定義に従い、Modelling の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http:;//semanticscience.org/resource/”>・ 主語は ModellingOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:ModellingOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルは以下となる。
主語：ModellingOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)<sio:SIO_000229><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>
アミノ酸配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000229
・ BLAST 実行結果のトリプルは以下となる。
主語：ModellingOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：BlastHit
述語：SIO_000673 (has unique identifier)
目的語 (主語)：SIO_000729 (record identifier)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ヒット配列 ID)
70

述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000794 (count)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (ヒットカウント)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastAlignment
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：query
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000792 (sequence end position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (残基終了番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000791 (sequence start position)
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (残基開始番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：coverage
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (%)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：sequenceLength
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (配列長)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：subject
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000792 (sequence end position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (残基終了番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000791 (sequence start position)
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (残基開始番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：coverage71

述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (%)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：sequenceLength
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (配列長)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_001021 (expected value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (10e-30 など)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：identity
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (%)<sio:SIO_000229><aistls:BlastHit><sio:SIO_000008><aistls:BlastAlignment><sio:SIO_000008><aistls:subject><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>117</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>1</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>100.00</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216>
72

<aistls:sequenceLength><sio:SIO_000300>117</sio:SIO_000300></aistls:sequenceLength></sio:SIO_000216></aistls:subject></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><aistls:query><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>225</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>119</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>42.29</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:sequenceLength><sio:SIO_000300>107</sio:SIO_000300></aistls:sequenceLength></sio:SIO_000216></aistls:query></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_001021><sio:SIO_000300>6.7286e-43</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216>
73

<aistls:identity><sio:SIO_000300>38.46</sio:SIO_000300></aistls:identity></sio:SIO_000216></aistls:BlastAlignment></sio:SIO_000008><sio:SIO_000673><sio:SIO_000729><sio:SIO_000300>1u3mA</sio:SIO_000300></sio:SIO_000729></sio:SIO_000673><sio:SIO_000216><sio:SIO_000794><sio:SIO_000300>17</sio:SIO_000300></sio:SIO_000794></sio:SIO_000216></aistls:BlastHit></sio:SIO_000229>
・ ヒット情報抽出結果のトリプルは以下となる。
主語：ModellingOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：TemplateHit
述語：SIO_000673 (has unique identifier)
目的語 (主語)：SIO_000729 (record identifier)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (ヒット配列 ID)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000794 (count)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (ヒットカウント)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：query
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000792 (sequence end position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (残基終了番号)74

述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000791 (sequence start position)
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (残基開始番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：coverage
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (%)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：sequenceLength
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (配列長)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：subject
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000792 (sequence end position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：integer (残基終了番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000791 (sequence start position)
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (残基開始番号)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：coverage
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (%)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：sequenceLength
述語：SIO_000300 (has sequence)
目的語：integer (配列長)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：BlastAlignment
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_001021 (expected value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (10e-30 など)
75

述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：identity
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (%)<sio:SIO_000229><aistls:templateHit><sio:SIO_000008><aistls:subject><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>111</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>1</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>100.00</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:sequenceLength><sio:SIO_000300>111</sio:SIO_000300></aistls:sequenceLength></sio:SIO_000216></aistls:subject></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><aistls:query><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>231</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792>
76

</sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>121</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>43.87</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:sequenceLength><sio:SIO_000300>111</sio:SIO_000300></aistls:sequenceLength></sio:SIO_000216></aistls:query></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><aistls:BlastAlignment><sio:SIO_000216><sio:SIO_001021><sio:SIO_000300>5.25043e-64</sio:SIO_000300></sio:SIO_001021></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:identity><sio:SIO_000300>90.99</sio:SIO_000300></aistls:identity></sio:SIO_000216></aistls:BlastAlignment></sio:SIO_000008><sio:SIO_000673><sio:SIO_000729><sio:SIO_000300>1xyuA</sio:SIO_000300></sio:SIO_000729>
77

</sio:SIO_000673><sio:SIO_000216><sio:SIO_000794><sio:SIO_000300>1</sio:SIO_000300></sio:SIO_000794></sio:SIO_000216></aistls:templateHit></sio:SIO_000229>
・ MODELLER 実行結果のトリプルを定義する。
主語：ModellingOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：PdbFormatStructureModel
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (MODELLER 実行結果)<sio:SIO_000229><aistls:PdbFormatStructureModel><sio:SIO_000300>
MODELLER 実行結果</sio:SIO_000300></aistls:PdbFormatStructureModel></sio:SIO_000229>

78Modelling の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:ModellingOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/modelling.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:BlastHit><sio:SIO_000008><aistls:BlastAlignment><sio:SIO_000008><aistls:subject><sio:SIO_000216><sio:SIO_000792><sio:SIO_000300>117</sio:SIO_000300></sio:SIO_000792></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><sio:SIO_000791><sio:SIO_000300>1</sio:SIO_000300></sio:SIO_000791></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:coverage><sio:SIO_000300>100.00</sio:SIO_000300></aistls:coverage></sio:SIO_000216><sio:SIO_000216><aistls:sequenceLength><sio:SIO_000300>117</sio:SIO_000300></aistls:sequenceLength></sio:SIO_000216>
………
………
………
<sio:SIO_000229><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>&gt;sp|P04156|PRIO_HUMAN Major prion protein OS=Homo sapiens GN=PRNP PE=1 SV=1
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000229>
………
………
………
<sio:SIO_000229><aistls:PdbFormatStructureModel><sio:SIO_000300>MODEL:2
Query hit region:121-231
EXPDTA
THEORETICAL MODEL, MODELLER 9v5 2013/12/26 17:27:52
REMARK 6 MODELLER OBJECTIVE FUNCTION:
629.3421
REMARK 6 MODELLER BEST TEMPLATE % SEQ ID: 90.991
ATOM
1 N VAL 121
17.477 -11.772 -0.651 1.00 89.30
N
ATOM
2 CA VAL 121
16.995 -11.872 -2.041 1.00 89.30
CATOM
3 CB VAL 121
17.764 -12.926 -2.780 1.00 89.30
CATOM
4 CG1 VAL 121
17.518 -14.283 -2.094 1.00 89.30
CATOM
5 CG2 VAL 121
17.351 -12.873 -4.259 1.00 89.30
C
………
………
………
</sio:SIO_000229></aistls:ModellingOutput></rdf:RDF

Modelling 出力結果
79

2.3. PoodleL

2.3.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で PoodleL の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は PoodleLInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:PoodleLInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：PoodleLInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>
アミノ酸配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230>

80この定義に基づいて PoodleL の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:PoodleLInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>>sp|P04156|PRIO_HUMAN Major prion protein OS=Homo sapiens GN=PRNP PE=1 SV=1
MANLGCWMLVLFVATWSDLGLCKKRPKPGGWNTGGSRYPGQGSPGGNRYPPQGGGGWGQP
HGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQPHGGGWGQGGGTHSQWNKPSKPKTNMKHMAGAAAAGAVVGGLGGYMLGSAMSRPIIHFGSDYEDRYYRENMHRYPNQVYYRPMDEYSNQNNFVHDCVNITIKQHTVTTTTKGENFTETDVKMMERVVEQMCITQYERESQAYYQRGSSMVLFSSPPVILLISFLIFLIVG</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230></aistls:PoodleLInput></rdf:RDF>

PoodleL 用入力 RDF

2.3.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL
PoodleL は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=21”/></aistls:PoodleLOutput></rdf:RDF>

81

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=21 (上図の場合 21)%
PoodleL が終了すると、PoodleL の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleL?poll=21
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/poodleLResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ poodleLResult.rdf -o 出力 RDF 名82

2.3.3. 実行結果
以下の定義に従い、PoodleL の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は PoodleLOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:PoodleLOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1”>
・ PoodleL の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：PoodleLOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：PoodleResult
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：disorderPrediction
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000765 (probability value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (ディスオーダー確率)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000789 (sequence element position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (残基番号)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_010074 (amino acid residue)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸残基)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語：SIO_000758 (disordered)
述語：SIO_000008 (has attribute)83目的語：SIO_001093 (rigid)<sio:SIO_000229><aistls:PoodleResult><sio:SIO_000008><aistls:disorderPrediction><sio:SIO_000216><sio:SIO_000765><sio:SIO_000300>0.1024</sio:SIO_000300></sio:SIO_000765></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_001093/></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_010074><sio:SIO_000300>T</sio:SIO_000300></sio:SIO_010074></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>192</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008></aistls:PoodleResult></sio:SIO_000229>

84

PoodleL の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleLOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodlel.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:PoodleResult><sio:SIO_000008><aistls:disorderPrediction><sio:SIO_000216><sio:SIO_000765><sio:SIO_000300>0.9723</sio:SIO_000300></sio:SIO_000765></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_000758/></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_010074><sio:SIO_000300>P</sio:SIO_000300></sio:SIO_010074></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>76</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008>
………
………
………
<sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>165</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><aistls:disorderPrediction><sio:SIO_000216><sio:SIO_000765><sio:SIO_000300>0.1024</sio:SIO_000300></sio:SIO_000765></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_001093/></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_010074><sio:SIO_000300>T</sio:SIO_000300></sio:SIO_010074></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>192</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008></aistls:PoodleResult></sio:SIO_000229></aistls:PoodleLOutput></rdf:RDF>

PoodleL 出力結果
85

2.4. PoodleS

2.4.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で PoodleS の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は PoodleSInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:PoodleSInput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1”>
・ アミノ酸配列のトリプルを定義する。
主語：PoodleSInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_010015 (protein sequence)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸配列)<sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>
アミノ酸配列</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230>

86この定義に基づいて PoodleS の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:PoodleSInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#2"><sio:SIO_000230><sio:SIO_010015><sio:SIO_000300>>sp|P35413|GPR3_MOUSE G-protein coupled receptor 3 OS=Mus musculus GN=Gpr3 PE=2 SV=1
MMWGAGSSMAWFSAGSGSVNVSSVDPVEEPTGPATLLPSPRAWDVVLCISGTLVSCENALVVAIIVGTPAFRAPMFLLVGSLAVADLLAGLGLVLHFAADFCIGSPEMSLMLVGVLAMAFTASIGSLLAITVDRYLSLYNALTYYSETTVTRTYVMLALVWVGALGLGLVPVLAWNCRDG
LTTCGVVYPLSKNHLVVLAIAFFMVFGIMLQLYAQICRIVCRHAQQIALQRHLLPASHYVATRKGIATLAVVLGAFAACWLPFTVYCLLGDADSPRLYTYLTLLPATYNSMINPVIYAFRNQDVQKVLWAICCCCSTSKIPFRSRSPSDV</sio:SIO_000300></sio:SIO_010015></sio:SIO_000230></aistls:PoodleSInput></rdf:RDF>

PoodleS 用入力 RDF

2.4.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS
PoodleS は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleSOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=3F”/></aistls:PoodleSOutput></rdf:RDF>

87

ポーリングのための URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=3F (上図の場合
3F)%
PoodleS が終了すると、PoodleS の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/PoodleS?poll=3F
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/poodleSResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ poodleSResult.rdf -o 出力 RDF 名88

2.4.3. 実行結果
以下の定義に従い、PoodleS の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は PoodleSOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定されたものがそのまま指定される。
<aistls:PoodleSOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#1”>
・ PoodleS の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：PoodleSOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：PoodleResult
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：disorderPrediction
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000765 (probability value)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (ディスオーダー確率)
述語：SIO_000216 (has measurement value)
目的語 (主語)：SIO_000789 (sequence element position)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：double (残基番号)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語 (主語)：SIO_010074 (amino acid residue)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (アミノ酸残基)
述語：SIO_000008 (has attribute)
目的語：SIO_000758 (disordered)
述語：SIO_000008 (has attribute)89目的語：SIO_001093 (rigid)<sio:SIO_000229><aistls:PoodleResult><sio:SIO_000008><aistls:disorderPrediction><sio:SIO_000216><sio:SIO_000765><sio:SIO_000300>0.1024</sio:SIO_000300></sio:SIO_000765></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_001093/></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_010074><sio:SIO_000300>T</sio:SIO_000300></sio:SIO_010074></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>192</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008></aistls:PoodleResult></sio:SIO_000229>

90

PoodleS の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:PoodleSOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/poodles.rdf#2"><sio:SIO_000229><aistls:PoodleResult><sio:SIO_000008><aistls:disorderPrediction><sio:SIO_000216><sio:SIO_000765><sio:SIO_000300>0.0209</sio:SIO_000300></sio:SIO_000765></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_001093/></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_010074><sio:SIO_000300>G</sio:SIO_000300></sio:SIO_010074></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>254</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008>
………
………
………
<sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>260</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><aistls:disorderPrediction><sio:SIO_000216><sio:SIO_000765><sio:SIO_000300>0.0347</sio:SIO_000300></sio:SIO_000765></sio:SIO_000216><sio:SIO_000008><sio:SIO_001093/></sio:SIO_000008><sio:SIO_000008><sio:SIO_010074><sio:SIO_000300>D</sio:SIO_000300></sio:SIO_010074></sio:SIO_000008><sio:SIO_000216><sio:SIO_000789><sio:SIO_000300>86</sio:SIO_000300></sio:SIO_000789></sio:SIO_000216></aistls:disorderPrediction></sio:SIO_000008></aistls:PoodleResult></sio:SIO_000229></aistls:PoodleSOutput></rdf:RDF>

PoodleS 出力結果
91

2.5. Rassie

2.5.1. 入力 RDF の準備
以下の方法で Rassie の入力 RDF を作成する。
・ RDF のヘッダに使用語彙 RDF、AISTLS SIO OWL を以下のように定義する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は RassieInput クラス、rdf:about 属性は任意とする。
<aistls:RassieInput rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1”>
・ RNA2 次構造のトリプルを定義する。
主語：RassieInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：secondaryStructureModel
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (RNA2 次構造)
<sio:SIO_000230><aistls:secondaryStructureModel><sio:SIO_000300>
RNA2次構造</sio:SIO_000300></aistls:secondaryStructureModel></sio:SIO_000230>
・ コマンドラインオプションのトリプルを定義する。
主語：RassieInput
述語：SIO_000230 (has input)
目的語 (主語)：SIO_000144 (parameter)
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Rasssie オプション)<sio:SIO_000230>
92

<sio:SIO_000144><sio:SIO_000300> -q 100 -ins 100 -clst -outclst 10-ins_chain</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230>
この定義に基づいて Rassie の入力 RDF を作成する。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"><aistls:RassieInput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1"><sio:SIO_000230><aistls:secondaryStructureModel><sio:SIO_000300>>1CQ5
GGCGUUUACCAGGUCAGGUCCGGAAGGAAGCAGCCAAGGCGCC(((((((....(((....(((....)))....))).))))))) (g=4,th=0.2)</sio:SIO_000300></aistls:secondaryStructureModel></sio:SIO_000230><sio:SIO_000230><sio:SIO_000144><sio:SIO_000300> -q 100 -ins 100 -clst -outclst 10 -ins_chain</sio:SIO_000300></sio:SIO_000144></sio:SIO_000230></aistls:RassieInput></rdf:RDF>

Rassie 用入力 RDF

932.5.2. 実行コマンド
利用するマシンから以下のコマンドを実行する。
% curl --data-binary @入力 RDF 名
http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie
Rassie は非同期通信となるため、まずポーリングに必要な URI を格納した RDF が返却される。次に、この RDF の isDefinedBy で定義された”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=任意の 16 進数”を用いて SADI サーバへのポーリングを行う。

<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RassieOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1"><rdfs:isDefinedBy
rdf:resource=”http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=30”/></aistls:RassieOutput></rdf:RDF>

ポーリングへの URI を格納した RDF% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=30 (上図の場合 30)
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/rna3dResult.rdf%
Rassie が終了すると、Rassie の実行結果を格納した URL が標準出力に返却される。
% curl http://semantic.medals.jp:8090/sadi-services/Rassie?poll=30
COMPLETE: http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/rna3dResult.rdf%
出力された URL を用いて、以下のコマンドで結果を取得する。
% curl http://semantic.medals.jp/tmp/xxx/yyyy/ rna3dResult.rdf -o 出力 RDF 名94

95

2.5.3. 実行結果
以下の定義に従い、Rassie の実行結果が RDF 形式で出力される。
・ RDF のヘッダは以下となる。
<rdf:RDF
xmlns:rdf “http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#”
xmlns:aistls “http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#”
xmlns:sio “http://semanticscience.org/resource/”>・ 主語は RassieOutput クラス、rdf:about 属性は入力 RDF ファイルで指定したものがそのまま指定される。
<aistls:RassieOutput
rdf:about=”http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1”>
・ Rassie の実行結果のトリプルは以下となる。
主語：RassieOutput
述語：SIO_000229 (has output)
目的語 (主語)：PdbFormatStructureModel
述語：SIO_000300 (has value)
目的語：string (Rassie の実行結果)<sio:SIO_000229><aistls:PdbFormatStructureModel><sio:SIO_000300>
Rassie の実行結果</sio:SIO_000300></aistls:PdbFormatStructureModel></sio:SIO_000229>

96

Rassie の出力結果の例を以下に示す。
<rdf:RDF
xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"
xmlns:sio="http://semanticscience.org/resource/"
xmlns:aistls="http://www.molprof.jp/ontologies/aistlssio.owl#"><aistls:RassieOutput rdf:about="http://www.molprof.jp/ontologies/rassie.rdf#1"><sio:SIO_000229><aistls:PdbFormatStructureModel><sio:SIO_000300>MODEL 6
ATOM
1 P
G X 1
-5.811 -0.107 0.010
ATOM
2 O5'
G X 1
-4.838 -1.143 0.726
ATOM
3 C5'
G X 1
-3.724 -0.694 1.493
ATOM
4 C4'
G X 1
-2.458 -0.946 0.723
ATOM
5 C3'
G X 1
-1.340 -1.526 1.580
ATOM
6 O3'
G X 1
-1.452 -2.938 1.663
ATOM
7 O4'
G X 1
-1.910 0.339 0.313
ATOM
8 C2'
G X 1
-0.093 -1.133 0.801
ATOM
9 C1'
G X 1
-0.501 0.232 0.241
ATOM
10 N9
G X 1
0.158 1.395 0.842
ATOM
11 C4
G X 1
1.521 1.457 0.889
ATOM
12 C8
G X 1
-0.294 2.576 1.393
ATOM
15 N7
G X 1
0.629 3.367 1.803
ATOM
16 C5
G X 1
1.819 2.702 1.505
ATOM
17 C6
G X 1
3.160 3.093 1.733
ATOM
18 N1
G X 1
4.061 2.116 1.279
ATOM
19 C2
G X 1
3.696 0.918 0.680
ATOM
20 N3
G X 1
2.443 0.552 0.475
ATOM
21 O2'G X 1-0.659 -2.130 0.294
ATOM
22 O6
G X 1
3.590 4.130 2.242
ATOM
23 N2
G X 1
4.712 0.130 0.323
ATOM
24 P
G X 2
-1.513 -3.641 3.101
………
………
………
ATOM
907 O2'
C X 421.150 0.253 -8.802
ATOM
908 N4
C X 425.681 3.921 -4.083
ATOM
909 P
C X 433.185 0.660 -11.758
ATOM
910 O5'
C X 432.379 1.987 -11.301
ATOM
911 C5'
C X 430.972 2.127 -11.562
ATOM
912 C4'
C X 430.451 3.512 -11.167
ATOM
913 C3'
C X 43
1.156 4.609 -11.935
ATOM
914 O3'
C X 430.484 4.915 -13.168
ATOM
915 O4'
C X 430.669 3.787 -9.764
ATOM
916 C2'
C X 431.161 5.780 -10.999
ATOM
917 C1'
C X 43
1.061 5.177 -9.610
ATOM
918 N1
C X 432.353 5.287 -8.898
ATOM
919 C2
C X 432.503 6.326 -7.995
ATOM
920 C6
C X 433.366 4.397 -9.135
ATOM
923 C5
C X 434.549 4.501 -8.481
ATOM
924 C4
C X 434.684 5.584 -7.541
ATOM
925 N3
C X 433.686 6.447 -7.321
ATOM
926 O2
C X 431.561 7.102 -7.815
ATOM
927 O2'
C X 43-0.524 6.471 -10.816
ATOM
928 N4
C X 435.808 5.737 -6.865
TER
END</sio:SIO_000300></aistls:PdbFormatStructureModel></sio:SIO_000229></aistls:RassieOutput></rdf:RDF>

Rassie 出力結果
97

おわりに

ご質問やご意見は下記のメールアドレスにお願いいたします。
workflow@molprof.jp

産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター 情報統合班では、利用者のご要望を積極的に取り入れ、より良いシステムにしていく計画です。

産業技術総合研究所
創薬分子プロファイリング研究センター
情報統合班

http://togo.medals.jp〒135-0064 東京都江東区青海 2-4-7
産総研 臨海副都心センター別館（バイオ・IT 融合研究棟）

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