ワークショップ 21世紀の生物多様性研究（通算第13回）
生物多様性データの利用と新分野への展開

生物多様性情報の標準化に関する国際会議TDWG最新情報
仲里 猛留
NAKAZATO, Takeru@chalkless
情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設
ライフサイエンス統合データベースセンター
Database Center for Life Science (DBCLS),
Joint Support-Center for Data Science Research, Research Organization of Information and Systems (ROIS)
撮影
可2018/12/8@国立科学博物館 上野本館

自己紹介

研究データと公共データベース
データ収集
INSDC

ROIS

データ普及・活用

昔はウナギの海水適応機構

血圧調節

分子生物学っぽく言ってみる

mouse の系

ウナギ
高Na食 or 高K食変化が見にくい

SWFW
bloodurine

イオン濃度調節淡水と海水を行き来（サケ、マスと同じ）

Anguilla japonica

淡水／海水で遺伝子発現がどうかわるか。
（イオントランスポーター中心）

趣味：昆虫採集・飼育

採集
飼育
あくまで趣味です。ゴメンナサイチョウとかクワガタが好きです。ミーハーです。

標本づくり

本題

http://spnhc-tdwg2018.nz/

概要

SPNHC+TDWG Conference 2018

http://spnhc-tdwg2018.nz/
8/25-9/1 + 前後にイベント（ツアー、勉強会など）
ニュージーランド・ダニーデン
参加者約360名。アジアから10人程度。日本からはひとり。。。
内容は Biodiv. Info. Sci. and Standards 誌に (Open Access)https://biss.pensoft.net/collections

TDWGとは「タドウィッグ」と発音する（ように聞こえる）
Biodiversity Information Standards の略
昔はTaxonomy Data Working Group の略だった
Biodiversity Information Standards (TDWG) now focus
on the development of standards for the exchange of
biological/biodiversity data.

https://www.tdwg.org/

今回は SPNHC との Joint Meeting「スパニッチ」と発音する（ように聞こえる）
The Society for the Preservation of Natural History
Collections の略
標本などの「モノ」の保存とデジタル化について議論

http://www.spnhc.org/

ニュージーランド
オーストラリアと並列に思ってました

S36°（宇都宮くらい）太平洋の島々の一部という意識も英語とともにマオリ語も公用語

S45°（稚内くらい）ダニーデン

有名な駅

有名な坂

今は観光列車と貨物列車だけ

世界一急な坂Baldwin St.

学会会場

オタゴ博物館

オタゴ大学

オタゴ大学の収蔵品

会場風景

Plenary Talks （一部）
Anthony Wright
Promoting public engagement of natural history collections
through science communication

Bryan Lessard
Promoting public engagement of natural history collections
through science communication@BrytheFlyGuy
Scaptia beyonceae

http://spnhc-tdwg2018.nz/conference/plenary-speakers/Oral Session内容（一部）Collections Access and Use
Conservation
Biodiversity Services and Clients
Data Quality
Species Information
Biological Interaction
Digital Collection Data: storage, archive and disaster recovery
Deep Learning for Biodiversity
Digitization and Collections Data
The Global Genome Biodiversity Network (GGBN) Standards for
Molecular Collections

全体的な感想
SemanticWeb や LinkedDataの用語が平気で飛び交う
こういうデータベース/ツールをつくった、複数のOntologyをまとめたなどなど※ 遺伝子配列系は我々が取り組んでいます
コマンドラインで、R言語でという勉強会も→ 大部分はExcelが現状。
いかにデータをきれいにするかとりあえずExcelにいれておけ。
ラベルは DarwinCoreから名づけるべし
せめて内部では同じ用語をつかっておけ。

Current progress in the development of taxonomic and anatomical ontologies within thescope of BIOfid
https://biss.pensoft.net/article/25585/
BIOfid: https://www.biofid.de/
生物グループごとに（同じanatomyでも）独自のontologyを使っているので、cross-linkするな
どの整理をしようとしている（が、まだできてない?）
vascular plants: FLOPO
moth & butterflies: LepAO
Birds: n.a.
BIOfid provides
templates allowing comprehensive representation and easy curation of taxonomic classification in OWL
templates accelerating the design of specific anatomy ontologies
literature search toolStandardised Globally Unique Specimen Identifiers
https://biss.pensoft.net/article/26658/
標本のID付与は（だいたいの基準はあるが）バラバラなのでConsortium of European
Taxonomic Facilities (CETAF) で（URIベースの）ある程度の基準をつくってみた、という話
http://cetafidentifiers.biowikifarm.net/wiki/Main_Page
Best practices for stable URIs
http://wiki.pro-ibiosphere.eu/wiki/Best_practices_for_stable_URIs

Integration of Biodiversity Linked Data and Web APIs using SPARQL MicroServices
by Franck Michel
https://biss.pensoft.net/article/25481/
WebAPIとLinked Data インターフェースと同じように呼んで使いたい（＋可視化）

以前に発表した際のスライド：https://www.slideshare.net/FranckMichel/sparql-microserviceslightweight-integration-of-web-apis-and-linked-dataW08 - Standardizing data to Darwin Core using R
https://github.com/trias-project/checklist-recipe/wiki
GitHub 上の教材を落としてきて自分のマシンのRStudioで読み込んだマークダウン（*.Rmd）を見ながらつどつど計算

W01: Training workshop in auditing and cleaning of biodiversity data
中身は簡単なLinuxコマンド+awk$ fields() { head -n 1 "$1" | tr '\t' '\n' | nl -w1; }などとやってあとでコマンドとして呼べるようにしたり（マニアックw）
参加者20人程度も、Win機だったりして次々脱落
講師は Dr Robert Mesibov
元々は多足類の大御所
引退後、シニア向けにLinuxを教える

IG: Interest Grouphttps://www.tdwg.org/community/自分の発表
バイオインフォの（遺伝子）データの現状と生物多様性情報との相互乗り入れ
配列データのLinked Dataの取組み

ミュゼオミックス (museomics)
標本（モノ）と分子データの融合

博物館サンプルの解析例
Next-Generation Sequencing of an 88-Year-Old Specimen of the Poorly Known Species
Liagora japonica (Nemaliales, Rhodophyta) Supports the Recognition of Otohimella
gen. nov.
PLoS One. 2016 Jul 7;11(7):e0158944. doi: 10.1371/journal.pone.0158944.
採集した紅藻は絶滅種ヨゴレコナハダか? 採集サンプルと標本をNGS
Evaluating the Phylogenetic Status of the Extinct Japanese Otter on the Basis of
Mitochondrial Genome Analysis.
PLoS One. 2016 Mar 3;11(3):e0149341. doi: 10.1371/journal.pone.0149341.
ニホンカワウソの標本をNGSして大陸のものと比較。日本固有の種か亜種だった。

A partial nuclear genome of the Jomons who lived 3000 years ago in Fukushima,
Japan.
J Hum Genet. 2016 Sep 1. doi: 10.1038/jhg.2016.110.
いわゆる縄文人ゲノム配列データ中の標本データ
LOCUS
DEFINITIONACCESSIONVERSIONKEYWORDS
SOURCEORGANISM…
FEATURES
source

DQ433192
599 bpDNAlinear
VRT 14-JUL-2016
Spizella atrogularis voucher MVZ:Bird:170231 cytochrome oxidasesubunit 1 (COI) gene, partial cds; mitochondrial.
DQ433192
DQ433192.1
BARCODE.
mitochondrion Spizella atrogularis (Black-chinned sparrow)
Spizella atrogularis
Location/Qualifiers
1..599/organism="Spizella atrogularis"/organelle="mitochondrion"/mol_type="genomic DNA"
/specimen_voucher="MVZ:Bird:170231"/db_xref="BOLD:CDMVZ038-05"/db_xref="taxon:40208"/country="USA: California"/lat_lon="35.3578 N 120.305 W"/collection_date="20-May-1984"/collected_by="K. Ned"
/PCR_primers="fwd_seq: ttctccaaccacaaagacattggcac,
rev_seq: acgtgggagataattccaaatcctg"…
ORIGIN
1 atagtaggta ccgccctaag cctcctcatt cgagcagaac taggccaacc cggagccctc…

配列データからリンクされた生物多様性データBioCollections

BioCollections の例

登録されたNGSデータの構造（メタデータ）
BioProject
Umbrella ProjectPrimary Project

SRA

GEOStudy

Project SummaryExp

PlatformSample

RunSample

Run data

Run data

BioSample
Samplehttp://trace.ddbj.nig.ac.jp/dra/submission.html を改来年は

https://biodiversitynext.org/