ArtemisとFEFF(Ver.6)を利⽤したカーブフィッティング

JASRI ⼤渕博宣Artemis ⽴ち上げの前に【注意事項】全⾓⽂字は避けてください！
コンピュータのアカウント名に全⾓の⽂字（例：⼤渕、オオフチ）が⼊っているとAthenaからのデータインポートやフィッティング
が実⾏できない可能性があります。OSのバージョンによっては、コンピュータ名が全⾓⽂字でもNGです。
*Artemisは C:¥Users¥アカウント名¥Desktop のパスを経由して各フォルダにアクセスするようです。

その場合は、半⾓の名称で別のアカウントを作って下さい。
データを格納するフォルダも半⾓の名称で作って下さい。
Artemisには未知のバグが多数存在するため、こまめに保存することをおすすめします。

概要
1. EXAFS解析の流れ
2. Artemisを使⽤した解析
構造モデルの作成
理論計算結果の⽐較
カーブフィッティング

EXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

束縛条件下でのフィッティング⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

Artemis ⽴ち上げ

Help > About Artemis からバージョンを確認できる

Data sets Addボタン

Feff calculations Addボタン

Athenaデータ（実験データ）を読み込む.cif ファイルを読み込むのに使う（今回は使いません）

プロットオプションウィンドウ
基本的な使い⽅は Athena と同じ*最新版は 0.9.26 です(2018年8⽉1⽇現在)

Artemis 保存の⽅法

File > Save project as

Save ボタンでも保存できる

EXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

モデル妥当性の検証⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

① Athenaデータ読み込み
File > Open project or dataorCtrl + o*Add ボタン上で右クリックすると、最近開いたAthenaのプ
ロジェクトファイル⼀覧が表⽰され、そこからAthenaのデー
タを読み出すこともできる

orData sets Add ボタン
ZnO.prj を選択 > 開く
*ここはデフォルトでOK

ZnO.txt を選択 > Import
selected data

① Athenaデータ読み込み
データウィンドウとプロットウィンドウが新たに⽴ち上る

Data sets に ZnO.txt が追加される*左クリックするとデータウィンドウが最⼩化する*右クリックで名称変更(rename)、削除(discard)ができる

① Athenaデータ読み込み
データウィンドウ詳細

k123: kn.(k) (n = 1,2,3)をプロット
R123: k123をフーリエ変換したものをプロット
Rmr: Rと虚数部をプロット
Rk: Rとkをプロット
kq: kとq(逆フーリエ変換)をプロット

フーリエ変換する範囲
kmaxを14.5に変更
逆フーリエ変換（フィッティング）する範囲
kn.(k) (n = 1,2,3)のうち、どのデータをフィットするのかを選択（複数選択可）

Include in fit: ZnO.txtのデー
タをフィッティングする（☑） or しない（□）
Plot after fit: フィット後、
プロットウィンドウに結果を表⽰する（☑） or しない（□）
Fit background:
Plot with phase correction:
これら2つのオプションの詳
細はDemeterのWebページを参照して下さい通常はチェックを外しておく

① Athenaデータ読み込み
プロットウィンドウ
k空間を表⽰kの重み付けを指定
3に変更
プロットするデータの種類を指定

R空間を表⽰Save next plot to a file:
このボタンを押して、上部にある
k,R,qのボタンを押すと保存先を指定するウィンドウが出現し、該当するプロットが.txtで保存できる

横軸のスケールを指定
kmaxを20に変更

プロットするデータを選択
複数選択可）
右クリックでdiscardを選ぶとlistから削除
Clear: Plotting listをクリアする

① Athenaデータ読み込み
よくやってしまう操作ミス(A) データウィンドウを(B) プロットウィンドウを× で消してしまった
× で消してしまった(C) Plotting list からデータを消してしまった(D) Clear ボタンを押して、Plotting list が真っ⽩になった
安⼼してください！

復旧できますよ！

(A) データウィンドウを × で消しても、最⼩化されているだけなので、Showボタンから復帰できます① Athenaデータ読み込み
よくやってしまう操作ミス(A) データウィンドウを(B) プロットウィンドウを× で消してしまった
× で消してしまった(C) Plotting list からデータを消してしまった(D) Clear ボタンを押して、Plotting list が真っ⽩になった
安⼼してください！

復旧できますよ！

(B) プロットオプションウィンドウのk, R, qのいずれかを押すとプロットウィンドウが復活します① Athenaデータ読み込み
よくやってしまう操作ミス(A) データウィンドウを(B) プロットウィンドウを× で消してしまった
× で消してしまった(C) Plotting list からデータを消してしまった(D) Clear ボタンを押して、Plotting list が真っ⽩になった
安⼼してください！

復旧できますよ！

(C,D) データウィンドウのこのボタンを押すと、該当するデータがPlotting listに追加されますEXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

モデル妥当性の検証⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

② 構造モデルの作成
Feff calculations Addボタン
右クリック[---] Open a blank Atoms window
を選択 > OK*.cif ファイルを持っている場合は、左クリックから、該当する .cif ファイルを選択して読み込ませる。

Atoms のウィンドウが⽴ち上る

② 構造モデルの作成
Atomsウィンドウ詳細.cif ファイルを持っていれば、ここから読み込むことも可能

結晶構造情報を⼊⼒する*2つ以上のサイトを同じ元素が占有している構造に対して⽤いると、平均のEXAFSを計算する。

ZnOの結晶構造情報

例：3種類のTiサイトを有するBaTi2O5など

空間群 P63mc (186)
原⼦座標
Zn: 1/3, 2/3, 0
O: 1/3, 2/3, 0.3917
格⼦定数a = 3.2501 Å
b = 3.2501 Å
c = 5.2071 Å
α = 90°β = 90 °γ = 120 °② 構造モデルの作成
⼊⼒例：ZnO
名称（実質何でもよい）186 でもよい

FEFFで計算するモデルの⼤きさ（Znを原点とする球の直径）
XAFSのデータは、ZnのK-edge

光電⼦が散乱される最⼤の距離（≒最⻑の結合距離）
⼊⼒値より⻑い距離は計算しない*部分置換モデルには、今のところ対応していない。
置換量が微量の場合は、ちょっとした⼯夫で対応が可能。
（例：GaNに添加した微量EuのEu LIII-edge EXAFS）

② 構造モデルの保存
⼊⼒後、保存ボタン（フロッピーのマーク）で、この構造モデルを保存してください。
保存名：ZnO.inp

⼀度、.inp として構造モデルを保存しておけば、
次回からは、Open file ボタンで読み出すことができる。

EXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

束縛条件下でのフィッティング⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

③ EXAFSの理論計算
Run Feff
FEFFによるEXAFSの理論
計算を実⾏する（左クリック）
Run Atoms

タブがFeffに切り替わり、Feff
input file が作成される

FEFFに読み込ませるためのファイルを作成する

吸収端を指定する
K: HOLE 1
LI: HOLE 2
LII: HOLE 3
LIII: HOLE 4

左クリックで実⾏*書式の詳細についてはFEFFのWebページを参照してください

吸収原⼦

http://monalisa.phys.washington.edu/
feffproject-feff-documentation.html

散乱原⼦

座標

元素種

中⼼からの距離③ EXAFSの理論計算

Feff input file を必要に応じて保存する。
Atoms と同様に Save file ボタンで保存できるが、Atoms と 同じ拡張⼦（.inp）なので、別名で保存する必要がある。
例）feff-ZnO.inp

③ EXAFSの理論計算
EXAFS 計算結果の⾒⽅
Scattering path
Degen

光電⼦の散乱過程を表⽰する

多重度（＝配位数）@が吸収元素

Reff

Rank

結合距離

EXAFS振動への寄与（最も強いpathを100としている）
Type
光電⼦の散乱過程、散乱回数
Single scattering: 単散乱

Scatteing path No.1 を平⾯図にすると･･･

同じ距離にOが3つ(距離がほぼ同じNo.2
を含めると４つ)

O

O
＠
Zn

1.959 Ae-O
e2.040 A

O

Znから⾶び出した光電⼦がOに1回だけ散乱されてGaに戻ってくる（Single
scattering）

③ EXAFSの理論計算[補⾜]他の散乱パスはどのように記述されているのか？
一回散乱(single scattering path)
二回散乱(doble scattering path)

二行程(2 legs)

Zn
Zn_1

三行程
(3 legs)

O_1
Zn_2

三回散乱
(triple scattering path)

Zn

O_2

四行程
(4 legs)

Artemisで計算されるR（距離）＝光電⼦が散乱された距離の ½
１回散乱の R = 結合距離２回以上の散乱過程のRは、もはや結合距離ではないことに注意

③ EXAFSの理論計算
EXAFS 計算結果をグラフに表⽰する

表⽰したい散乱パスを
左クリックで選択

データウィンドウのPath list 内に表⽰したい散乱パス(No.1-7)を選択(複数選択はCtrlを押しながら）ドラッグ＆ドロップ

このボタンを押すと、該当するデータがPlotting listに追加

③ EXAFSの理論計算
EXAFS 計算結果をグラフに表⽰する

それぞれの散乱パスを⾜し合わせたEXAFSを表⽰したい場合は？

追加を確認！

③ EXAFSの理論計算
それぞれの散乱パスを⾜し合わせたEXAFSを表⽰する

⾜し合わせたいパスに☑を⼊れる

③ EXAFSの理論計算
それぞれの散乱パスを⾜し合わせたEXAFSを表⽰する

Actions > Make sum of marked paths and plot in R
orAlt + Shift + m

③ EXAFSの理論計算
それぞれの散乱パスを⾜し合わせたEXAFSを表⽰する

名前をつける＞OK

③ EXAFSの理論計算
それぞれの散乱パスを⾜し合わせたEXAFSを表⽰する

タブが⾃動的にVpathsに移動するが、◁▷ボタ
ン ＆ 他のタブをクリッ
クすれば移動できる

散乱パス⾜し合わせの注意点
F.T.(Zn-O(k))+F.T.(Zn-Zn(k)) ≠ F.T. (Zn-O(k)+Zn-Zn(k))
それぞれのEXAFS振動をF.T.してから⾜す（間違い）それぞれのEXAFS振動を⾜してからF.T.する（こちらが正しい）

追加を確認！

③ EXAFSの理論計算
これまでのデータを保存する

File > Save project asorCtrl + sorSave ボタン→

Artemis-ZnO.fpj

Artemisには、未知のバグが多数存在するのでこまめに上書き保存することをおすすめします。
動作がおかしくなったら、保存してArtemisを再⽴ち上げしてください。使い続けると突然クラッシュします。

これまでに出会ったバグ（おそらくまだ修正されていない）


フィッティングを⼀度も実⾏せずに保存し、Artemisを⽴ち下げると、⼆度と⽴ち上がらなくなる。



Data sets に実験データをインポートした後、削除し、もう⼀度同じ実験
データをインポートするとフィッティングする際にエラーを起こす。
*バグの出⽅はOSにも依存します。

EXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

束縛条件下でのフィッティング⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

④ フィッティングパラメータの作成＜EXAFSの基本式＞
EXAFS振動kj  k2 2m
E0  E j 0   k 2  2m2 E j 0
2



2
(
)
exp(

2
j )
N
F
k
k
j
j
2
j j
Σj ： 散乱原子に対して足し合わせる(k )  S 0 sin( 2kjrj   j (k ))
2
j
kjrj
2

振幅
FEFFによる理論計算で求める
パラメータ
Fj(k)（後⽅散乱因⼦）
j(k) （位相因⼦）

正弦波
フィッティングで求めるパラメータ
S02 （多体効果（定数））rj （距離）j (デバイワラー因⼦)
ΔE0 （kの原点）※Nj （配位数）は固定

④ フィッティングパラメータの作成
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる

Artemis上での変数を定義する
S02 （多体効果（定数））→ amprj （距離）→ delr（*FEFFで計算したRからの変位のみを計算）
j (デバイワラー因⼦) → ss
ΔE0 （kの原点） → enot
※Nj （配位数）は固定 → N=4
変数に使う⽂字は何でもよい（a,b,c,a1,b2…）が、プラス（+）、
ハイフン（-）、アスタリスク（*）、スラッシュ（/）を⼊れてしまうと、演算の意味になってしまうので、変数には使わないようにしてください。
ssamp

N j F j (k j ) exp(2k j  j )2

 (k )  S 0 
2

j

delr

krj

2

2

sin(2k j rj   j (k j ))rj  R j  rj
kj  k2 2m
E0  E j 0   k 2  2m2 E j 0
2


enot

④ フィッティングパラメータの作成
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる

Artemisに変数を登録する
S02 （多体効果）→ amprj （距離）→ delrj (デバイワラー因⼦) → ss
ΔE0 （kの原点） → enot
※Nj （配位数）は固定 → N=4（No.1とN.2は距離が近いため）

Zn-O.1結合を選択

④ フィッティングパラメータの作成
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる

各パラメータの⼊⼒欄内で右クリックするとオプション
ウィンドウが出てくる
guess:
独⽴なパラメータ
def:
他のパラメータに依存するパラメータ数式で定義、定数でも可set:
定数（数式でも定義可だが，フィッティング初期に計算後は更新されない）
Skip:
フィッティングで考慮しないパラメータ

④ フィッティングパラメータの作成
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる

Guessを選択

④ フィッティングパラメータの作成
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる

パラメータウィンドウが出てきて、登録が完了する

Guessを選択
変数

初期値 or 数式⼊⼒欄

パラメータの種類を選択

④ フィッティングパラメータの作成
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる
全てのパラメータを登録する

× で消してしまってもここを左クリックで復活します

これでフィッティングパラメータの作成は完了！！

EXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

束縛条件下でのフィッティング⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

⑤ フィッティング実⾏
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる
Zn-O.1結合を選択
Include path, Plot after fitに☑

Zn-O結合のみを切り出す（フィッティングの範囲）
rmaxを2に変更

フィッティングに⽤いる k の範囲を指定
3に☑
Include in fit, Plot after fitに☑

⑤ フィッティング実⾏
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる
Zn-O.2結合を選択

Include path, Plot after fitのチェックを外す（フィッティングから除外）

以後の結合も同様に、include path,
Plot after fitのチェックを外す(結合表記が三重括弧になっていることを確認)

⑤ フィッティング実⾏
まずは、第⼀配位圏のZn-O結合に対してフィッティングをかけてみる
いよいよフィッティング！
その前に、保存！！

R を選択

フィッティングを実⾏

⑤ フィッティング実⾏
フィッティングが終了すると結果ウィンドウが出てくる

フィッティング結果
⾊＝フィッティングの良し悪し（緑＞⻩＞⾚ とフィッティ
ング結果が悪くなるにつれて連続的に⾊が変化する）

R
i

Im R   dataRi 2  Re data Ri    theory Ri 2
Im data Ri 2  Re data Ri 2i

theory*数値の⽬安amp (S02): 0.70 - 1.10
enot (E, e0): < 10 eV
ss (2): 0.003 - 0.020 Å2

⑤ フィッティング実⾏
フィッティングの結果をグラフ上で⾒る

フィッティング結果をプロット

⑤ フィッティング実⾏
第⼆配位圏のZn-Zn結合も考慮したフィッティングをかけてみる
Zn-Zn.1結合を選択

Zn-Zn結合に関する変数を新たに作成・登録

⑤ フィッティング実⾏
第⼆配位圏のZn-Zn結合も考慮したフィッティングをかけてみる
Include path, Plot after fitに☑

Zn-Zn結合を含むようにフィッティングの範囲を拡⼤する
Rmaxを3.6に変更

⑤ フィッティング実⾏
第⼆配位圏のZn-Zn結合も考慮したフィッティングをかけてみる
いよいよフィッティング！
その前に、保存！！

R を選択

フィッティングを実⾏

⑤ フィッティング実⾏
フィッティングが終了すると結果ウィンドウが出てくる

⑤ フィッティング実⾏
フィッティングの結果をグラフ上で⾒る

フィッティング結果をプロット

この結果を .txt で保存したい時は？

⑤ フィッティング実⾏
フィッティングの結果を .txt で保存する

保存したいプロットを
選択

Save next plot to a file
を左クリックしてから⑤ フィッティング実⾏
過去のフィッティングの結果を⾒る
History を左クリック

過去のフィッティング結果を選択保存もできるEXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

束縛条件下でのフィッティング⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

⑥ 束縛条件下でのフィッティング
変数に制限をかけてフィッティングをかけてみる(case 1) Zn-O結合、Zn-Zn結合の距離を格⼦定数から算出し、定数として扱う
・FEFFでは、格⼦定数から距離 R を計算
・フィッティングでは R からの変位 Δr のみを最適化
Δ r (= delr) を guess から set パラメータに変更し、ʼʼ0ʼʼ として扱えばよい⑥ 束縛条件下でのフィッティング
変数に制限をかけてフィッティングをかけてみる(case 2) 結晶構造（対称性）から、Zn-Zn結合は、Zn-O結合の1.633倍⻑い・FEFFでは、格⼦定数から距離 R を計算
・フィッティングでは R からの変位 Δr のみを最適化
R(Zn-Zn) = 1.633*R(Zn-O)
R(Zn-Zn) + Δ r (Zn-Zn) = 1.633*R(Zn-O)+ 1.633*Δ r (Zn-O)→ Δ r (Zn-Zn) = 1.633*Δ r (Zn-O)
delr_2 を guess から def パラメータに変更し、ʼʼ1.633*delrʼʼ とすればよい

⑥ 束縛条件下でのフィッティング
変数に制限をかけてフィッティングをかけてみる(case 3) amp を 0.8~1.0 の間に収まるようにフィッティングする。
Amp 上で右クリック→Build restraint from amp を選択

⑥ 束縛条件下でのフィッティング
変数に制限をかけてフィッティングをかけてみる(case 3) amp を 0.8~1.0 の間に収まるようにフィッティングする。
数値の制限を指定するウィンドウが出てくる
Scale by : 1000 デフォルトのままで OK
Lower bound : 数値の下限
Upper bound : 数値の上限
Make restraint で確定する
制限パラメータ restrain が追加される

EXAFS解析の流れ
Artemis⽴ち上げ①

Athenaデータ読み込み②構造モデルの作成(Atoms)
モデル作成に必要な情報
・吸収元素の種類、吸収端・結晶構造パラメータ（空間群、座標等）③

EXAFSの理論計算（FEFF）
・Artemisに予め組み込まれている④

フィッティングパラメータの作成⑤

フィッティング実⾏⑥

モデル妥当性の検証⑦

解析結果の保存

Athenaでデータ処理しておく！
・Background、Baselineの処理
・(k)(EXAFS振動)の抽出
・(k)をFT-EXAFSに変換
Atoms: FEFFの実⾏ファイルを作成するためのプロフラム.cif ファイルを⼊⼿しておくとモデル作成の⼿間が幾分省ける
FEFF: 光電⼦の散乱過程と散乱強度を計算するためのプログラム

⑦ 解析結果の保存

Save
Artemisのプロジェクトファイル保存

こまめに保存することをおすすめしますQFS（Quick-First-Shell Fit）
第１配位圏のみを解析するのに便利
Athenaからデータインポートするまでは同じ

QFS（Quick-First-Shell Fit）
第１配位圏のみを解析するのに便利
Athenaからのデータインポートするまでは同じ

Ga K-edge のデータ

第１配位圏は、Ga-N結合なので
N に変えるフィッティングパラメータを⾃動的に作成し、登録する予想される結合距離に変更する
Zn-O の場合は、2.0

QFS（Quick-First-Shell Fit）
パラメータを⾃動⽣成・登録
N（配位数）は⾃分で変える

付録1：マニュアル・参考情報
Html版マニュアル
https://bruceravel.github.io/demeter/documents/Artemis/index.html
各種参考情報http://xafs.org/Tutorials
特にShelly D. Kelly ⽒(Argonne Natl. Lab.) のAthenaとArtemisに関するtutorial
http://xafs.org/Tutorials?action=AttachFile&do=get&target=Basics_of_XAFS_to_chi.pdf
http://xafs.org/Tutorials?action=AttachFile&do=get&target=Basics_of_XAFS_analysis.pdf
Iffefitのメーリングリスト（Iffefit, Athena, Artemisの開発者から回答してもらえる）
http://millenia.cars.aps.anl.gov/mailman/listinfo/ifeffit/
メーリングリストのアーカイブ（過去に同様な質問がされていないかどうか確認しておく）
http://millenia.cars.aps.anl.gov/pipermail/ifeffit/

付録２：結晶構造データベース● ICSD (Inroganic Crysta Structure Database)
http://icsd.ill.eu/icsd/index.php
無機化合物の結晶学データ等を収録
有料● NIMS物質・材料データベース
http://mits.nims.go.jp/
ユーザー登録が必要(無料)● The Atoms.inp Archive
http://cars9.uchicago.edu/~newville/adb/search.html
WebAtomsとリンクし、feff.inpファイルの取得が 可能付録３ atoms.inpをインターネット上で作成
WebAtoms
http://millenia.cars.aps.anl.gov/webatoms/
⽂献などから既知の結晶構造を⼊⼒
cifファイルの読み込みも可能
The Atoms.inp Archiveからの⼊⼒も可能付録４：モデルの三次元可視化による確認(可視化プログラム利⽤)
ここでは可視化プログラムの一つとしてVESTAを利用する。
(http://jp-minerals.org/vesta/jp/)
プログラム起動
メニューから File －Open を選択