特定非営利活動法人

日本バイオインフォマティクス学会
ニュースレター第 42 号

学会ホームページ https://www.jsbi.org/
お問い合わせ jimu@mail.jsbi.org
C

O

N

T

E

N

T

S

巻頭言

1

日本のバイオインフォマティクス研究室

18

特集：座談会2

会員による著者紹介

19

日本バイオインフォマティクス学会賞受賞報告

11

学会からのお知らせ20

Oxford Journals - JSBi Prize受賞報告

12

学会議事録等

20

年会開催報告13

学会の現況

28

国際会議参加報告

14

編集後記

30

地域部会・公募研究会活動報告

17

巻

頭

言

秘めた想いとテイラー展開について
私が大学に入学した頃、同級生との連絡はweb掲示板でおテイラー展開に関する詳細・

こなっていました。LINEグループの様なものです。そこで正確な解説は然るべき参考書なやりとりされる内容は、授業の休講情報から飲み会のお誘い、どを参照していただくことにし暇つぶしの雑談まで様々でしたが、ある時「一番知性を感じて、ここではテイラー展開が口させる口説き文句をみんなで考えよう」というトピックで盛説き文句として成立するかどうり上がったことがありました。私はそのやりとりをただぼんかを考察するのに必要な情報だ

やり眺めていましたが、同級生らが色々考え抜いた末に辿りけに触れます。
テイラー展開は、着いた結論は、「任意の関数はある点付近において多項式で近似できる」とい「君をテイラー展開したい」

うテイラーの定理に従って、計算しにくい関数をより計算しやすい多項式で表現します。ある範囲内でn回微分できる関絶句です。これほどまでに相手を困惑させる口説き文句は聞数であれば、基本的には0次微分からn次微分までを用いていたことがありませんし、そもそも今まさに口説いている

テイラー展開により多項式で表現することができ、nが十分真っ最中だという事実すら伝えることができていない気がしに大きければうまく近似することが可能です。例えば、exはます。その後すぐに、この台詞の意味について “発案者” か下記のように多項式で近似することができます。

ら解説が加えられました。
「まるでテイラー展開の様に、君のことを少しずつ理解していってその核心に迫りたい」という気持ちが込められている。

x x2 x3
ex＝1＋ ＋ ＋ ＋…，
1! 2! 3!

－∞＜x＜∞

イメージとしては、トイレットペーパーを引っ張り出すよNo.42（January, 2023）

1

の方が経験するのではないかと思います。

うに項を次々と足していって、その芯、トイレットペーパーの中核を成す軸へと近づいていく感じだと言えるかもしれま

それでも、今何らかの形で研究に携わっている方というのせん。nを十分に大きくして近似する、それはまるで、軸には、研究が好きだという気持ちが多かれ少なかれ支えになっ辿り着くまでにまどろっこしいほどトイレットペーパーをているのではないでしょうか。自分が何を望んでいるのか、

引っ張り出し続けるかの様です。その様子に秘めた想いを重何が好きなのか、何を幸せだと感じるのか。自分のことだとねたのが上記の口説き文句、とでも言えるでしょうか。
「人いうのに意外なほど明確な答えが見つからない、というのもは微分できますか」だとか「近似でもいいのですか」、といっ珍しくないかもしれません。そんな中、もし例えば「自分はた類の質問は一切受け付けません。込められた意図は最低限

研究が好き、だから研究に関わる仕事にしたい」と思えるの理解したと思っていますが、それでもこの口説き文句を実践

なら、それ自体が幸せなことではないでしょうか。自分の中利用した同級生が一人たりもいないことを心から祈るばかりに軸を持ち、まどろっこしいほどに少しずつであったとしてです。私自身、この台詞を口にすることは絶対にないと固くも日々前に進み続け、いつかその核心に迫りたい。誰かと競信じていましたし、
もう思い出すこともないと思っていました。

うためではなく、自分の中に既にある秘めた想いときちんと向き合うために。そう思えるような軸こそが、難しい時期を乗り切るための支えになってくれると思うのです。

-----

このニュースレターを読んでくださった皆さんに僭越ながら私からエールを贈ります。

JSBi News Letter

あれから20年以上の年月が流れ、私は以前から目標としていた研究者になりました。ただ、例え好きなことを仕事に「君をテイラー展開したい」

しても、それは当然仕事が楽だという意味ではありません。
研究が好きで、研究者として働きたいと願い、それに係る諸々誰かに自分のことを理解してもらうというよりも、自分がのリスクに対して腹を括った上での選択ですが、だからと自分をより深く理解するために。

言って決心が揺らぐことが全くないとも言い難く、自分に自分の軸と向かい合い、追求し続けることを幸せだと思えとって何が大事なのかを改めて見つめ直してしまうような困難な時期を迎えることもあります。今自分がやっていること

る人生を歩めますように。

がどこに向かっているのかを見失ってしまうことも、たまにはあります。一人一人、置かれている環境も人となりも違う 医薬基盤・健康・栄養研究所

夏目

やよい

AI健康・医薬研究センター

ので受け止め方はそれぞれでしょうが、研究者に限らず多く

特集「座談会：次世代の生命情報科学に向けて
荒川

岩崎

大上

尾崎

和晴（慶應義塾大学

渉（東京大学小林福永

先端生命科学研究所）

大学院新領域創成科学研究科）

雅史（東京工業大学

遼（筑波大学後編」

情報理工学院

情報工学系）

医学医療系／人工知能科学センター）

徹也（東京大学

生産技術研究所）

津嵩（早稲田大学

高等研究所）（編集：尾崎・福永）

今から10年前の2012年に、バイオインフォマティクスのあり方について、若手研究者による多様な議論が交わされた本特集では、前号に掲載した前編に引き続き、この座談会の後編をお届けいたします。

ことがありました。JSBiニュースレター第25号に「次世代2の生命情報科学に向けて―若手研究者からの視点・論点」と［後編］

題する特集が組まれ、また、同年10月の生命医薬情報学連

実験との距離、人材育成

合大会において、「NGS 現場の会・オープンバイオ研究会・

小林

生命情報科学若手の会・定量生物学の会

4会合同シンポジ

ティシャンや理論研究者が実験を主導したり設計したりする

ウム『これからの生命科学を考える』」が開催されました。

ようにこれからなるというのは、実は10年ぐらい前から言No.42（January, 2023）

ちょっと茶化す感じになりますが、バイオインフォマ

われてましたよね。
岩崎

本当ですよ。

荒川

そのとおりです。

小林

その状況にはなってないなというのは、やはり実験系を持ってる人のほうが強いからですかね？あとは、バイオイ
ンフォマティクスとか理論系の人が、実験のラボを持ちたいと思ったときに、結構ハードル高いですよね。その実験ができる環境、つまり、実験系を作れるようなところでPIにならなきゃいけないとなった時にまず実験系をそろえるのに予算を取らなきゃいけない。けど、共同研究をやってたとしても、
これまでインフォマティクスとか理論しかやってない人が実

左上から横に、岩崎、尾崎、荒川、福永、小林、大上験系の分野の予算に出しても通らない、みたいのも結構ありことが多くなっていて、勉強しなきゃいけないことが増えてもあるかなと思うんです。

るなと思うんです。
それをちゃんと教えて学ぶのも大変だし、

JSBi News Letter

ますよね。よっぽど恵まれた状況じゃないと。そういう事情

教える場所もそんなにないですよね。学科として、実験は全そうですね。もっと言うと、20年前も同じことを言っ部教えて、かつインフォマティクスもかなり高いレベルで教てるっていうのがあります。2000年のbitという雑誌に掲載

えて、統計とか数理とかも必要になるからそれも全部教えてされた座談会です（高木利久，金久實，中井健太，大久保公という話になってきたときに、やっぱり厳しい部分があると策，森下真一，宮野悟．座談会「ゲノムデータベースの未来」．

思っています。

尾崎

bit．2000．Vol. 32．No. 1）。この辺の人たちが座談会をほんの一握りのすごい学生とか、すごい若手研究者とかはしてるのですが、宮野先生がここで、「情報の研究室にラボできるかもしれないんですけど、業界全体として見たときに、を持つ」とか「実験を依頼できるような会社」といった話をそういう人が増えるかというと、増えないんじゃないかなっ

書いてるんです。結局、ずっと同じことを言い続けているとていうのは気になっています。同時に、僕は数理情報で大学いうことですね。

院を担当しているので、数理系とか情報系がやりたいっていう学生が入試で来るんですけど、やっぱ生命系って人気がな

そういう意味では、やっぱりバイオインフォから、大いんですよね。みんな、他のところに行ってしまう。なんできなプロジェクトをリードする人がもうちょっと増える必要

人気がないかっていうと、まず、生命系の分野はドメイン知があると思います。バイオインフォだと、どうしても、結構

識の勉強が大変ですよね。もちろん、ドメイン知識を勉強す

お手伝いみたいな感じでもプロジェクトに入れてしまうじゃるということ自体は、生命系に限らずいろんな分野でやらなないですか。そこで研究費も取れてしまうかもしれない。でいといけないんだけど、生命系の分野は、他の分野と比べてすが、やっぱり、失敗するかもしれないけど先頭に出てビジョもそこが結構泥臭い。あと、画像データとかに比べると、生ンを示していかないといけないなと思っています。

命系はデータベースが全然使えるのがなかったりします。あ岩崎と、論文が出しにくい。学生に言われるのは、画像とか深層
福永 しかし、先ほどのbitの時代に比べると、荒川さんとか学習のラボに行けば、M1でプレプリントを出すとかプロシー

岩崎さんがまさにそうですけれども、実験もバイオインフォ

ディングスを2報出すとか、どんどん論文を出すんだけど、もできるっていうラボが徐々に増えてきているとは思いま

生命系のほうに行くとそれが遅くなっちゃって、相対的にす。理論生物もそうだと小林先生にこの前伺いました。そう

キャリアパスが遅れちゃうみたいなっていう話をされました。

なると、今後は当然どちらもできるということで、もうバイ

まだ研究を始めたばっかりの学生でもちろん全部は勉強でオインフォって言ってる時代じゃないんだとは思っています。

きてないわけなんですけど、そういう人が新しい分野から入ってきてやってみようかなと思った時、割と気楽に新しいでも、当然どっちもできるっていうことになってきたことや考えたことを試せる環境がどれくらい築けてるかってときに、どうやって教育するのっていう問題はあるかなというのは気になります。これは別にバイオインフォマティク

思っています。10年後の話として、これからの期待と懸念

スのほうじゃなくて、実は定量生物学のほうで自分がもっとという話、どちらかというと懸念の話ですが、やっぱりやる

気にしてることなんですけど。勉強することも増えてるし、

小林

No.42（January, 2023）

3

小林

あと、
大学で教えていると結構お金がかかりますよね。

くなっている。そういうふうになってくると、分野全体とし荒川

お金はかかり過ぎですよね。よく成熟度合いと同じくて停滞する。新しい人が、その時の思い付きで研究をやって、らい議論されることの一つに、アマチュアをどう育てるか、

新しい方向に進んで行くということがなかなかできなくなっ

アマチュアがそもそも育ち得るのかという議論があると思うているのでないか？ということを、懸念として思ってます。

んですけど、やっぱり生物ってお金かかり過ぎるよねって思イメージングとかも高度になり過ぎていて、ちょっとイメー
ジング組んで定量解析しましょうかってのも、なかなか難しいます。アメリカとかでは、一部DIYバイオハッカーみたい
ありがとうございます。実験自動化（ラボラトリー

なアマチュアがぶいぶいいわせていますが、彼らの自宅を見オートメーション）の分野に、理研の神田さんっていう人がると、マジですごい設備が入っているので、ちょっとそういいるんですが、彼は「バイオインフォの人材育成は異分野のうところの参入はしにくいな、とは思います。若い人たちが知識を身につける限界を示してくれた」って言うんですよね。

アイデア一つで楽しく入ってこれるような環境をつくるため

つまり、両方分かる人を生み出そうと思っても、そんなにスにどうしたらいいのかというのは、成熟している分野でも考ケールしないよねっていう話です。だから実験自動化のほう

えなきゃいけないことですが、なかなかすぐにいいアイデア

では、ロボットと情報科学とか、ITと生命科学の別々の専門ないですね。

尾崎

性を持った人同士がどうやって協力するかというほうを考え

JSBi News Letter

ましょうという方向になっていますね。

岩崎

たとえば、ゲノム配列を与えたら生命かどうか判定し今の話で言うと、バイオインフォのアルゴリズムの入門書てくれる手法を作ろうとか、生命をコンピューター上でシで、『バイオインフォマティクスのためのアルゴリズム入門』

ミュレーションできるようにしようっていう、わかりやすいという本がありますが、現在では、あの本より難しい技術や大目標を10年後に立てたときに、それをやるのは、個人のアルゴリズムが、今バイオインフォの様々な分野で使われてアイデアじゃなくて、巨大資本でしょうね。AlphaFold2が、ます。そうなると、新規参入してきた人が技術をキャッチアッ

DeepMindから出てきたような。

プするにはどうすればいいんだろうっていうのは、もうよくわからないですね。

荒川

あとソフトウェア開発もすごい変わったなと思ってます。10年、20年前とかに皆さんが悩んでいたバイオインフォ
バイオインフォマティクス分野の成熟と変化

マティクスのソフトウェア開発の問題で、ビッグジャーナル

岩崎

でもそれは、学問分野が成熟してきたということじゃに 載 ら な い っ て い う 話 が あ り ま し た が、 最 近 はNature

ないんですかね。理論物理学とかも、そんな新しい人がぱっ

Biotechnologyとかにガンガン載るようになってきて。ただ、と来て、ぱっとできるようなことはあんまりないじゃないで

結果的に、ビッグラボからしかツールはたくさん出なくなっすか。たまにはあるかもしれないけど。バイオインフォマティ

ちゃってきていて、細かいツールがあんま出なくなってきた

クスとか理論生物学も、そういうものになってきたんじゃな

ようにも感じます。それはいい面もあるんだけれども、参入いでしょうか。そういうポジティブな見方じゃ駄目ですか。

障壁はやっぱ上がってるなっていうのは、すごい感じますね。

小林岩崎

物理学で極端な場合だと、素粒子物理学の理論とかは、

昔はソースコードはちゃんと読めと言われてました

もうペンペン草も生えないぐらいで、秀才の墓場だって言わが、ニューラルネットワークとか、もう中身は訳分かりませれるぐらいになりますよね、淘汰圧が強くなり過ぎてるんでんし。
。
。昔は「人の作ったソフトウェアは信用するな」みたす。一方で、自分が学生のときにちょうどシステム生物学がいなことをみんな言ってましたが、今はなかなか難しいです

始まって何がよかったかっていうと、結局、好き勝手やろうよね。

よみたいな感じがよかった。先駆者もほぼいないというか、分子生物学の波で忘れ去られたりとかしてたから、新しい人

荒川

多分その参入障壁が本質的に下がるような事態は、大が入ってきて好き勝手なことをやるということができたのがきなパラダイムシフトがあって、今まで全然考えてない方向

とてもよかったなというふうには思ってます。今、そういう性で動くとか、少なくとも、そういう旗振りをするところがことを定量生物でできるかっていうと、圧倒的に敷居が高くないと、なかなか難しいんですよね。

なってるなっていうのはあります。
大上
そうですよね。生物学の分野だと、すごい変な現象、チュアもたくさん興味を持って取り組んでくれる可能性はか

分子、生き物を見つけたら、それで一発逆転ということはあなりあるんですよね。ただ、小さい問題に落とし込んで何がりそうですが。

分かるかっていうところは、
出題者に技術が求められるので、

岩崎

4

競プロみたいな、小さい問題に落とし込めたら、アマ

No.42（January, 2023）

出題者がそういう能力を高めないと、なかなか通用しない話

目だろうなと思うんですけど、結局、一つの深い専門と、浅なんですよね。

い幅広い知識を持つっていうのがいいんだろうなと。それこ
そ1600年ぐらいの時代から言われていることですよね。ハー

そうですね。また実験自動化の話になっちゃうんです

バード大学とかも、その辺がモットーになってたと思います。

けど、たくさんロボットがいたときに、そこに仕事を割り振だから、そういうサロン的なところでいろんな人の話を聞いるみたいなスケジューリング問題を学生さんにやってもらおてるっていうことだけでも、浅く幅広い知識っていうのが持うとしたときに、競プロ好きだって言ったから、競プロフォー

てるわけだし、結局、何か一つ研究していれば、それが今のマットにしたんですよ。そうすると、自分で1回作ってみる

言葉での学問分野になっているかいないかは別として、軸をと分かるんですけど、あれってすごい厳密に定義しないとい持ってるということにはなると思うので。大学入ってから、

けないんですよね。逆に、やっぱりそこまですると、やって多分、勝手に軸はできるんですよ。だから、それよりも、横くれる人は増えるんだろうと思います。競プロだけじゃなくの幅広いつながりをなるべく違う分野のところと簡単に交流て、kaggleみたいなデータ解析コンペとかもそうですし、あできるような仕組みっていうのを作るのが、今できるベストと最近だと、銀行とかアクチュアリーの人が作るモデリング

なのかなと思ってますけど。

尾崎とかがあるんですけど、それをeスポーツっていう名前でや
福永

アなのかセミプロなのか分からないですけど、人の参入を増によかったと思います。学生の立場からすると、すごいいい

やして、技術的な発展を目指していこうっていうのは今後あ試みだったかなと。
私は運営側じゃないんで無責任ですけど、るんじゃないかなとは思いましたね。それこそ、この前のすごい会が大きくなり過ぎると、いろいろ難しいこともある

IIBMPで、ゲノコン（IIBMP2021での一般公開セッションのかなというふうには思いますが。今ではオンラインででき「〜プログラミングコンテスト〜

ることもあるかもしれません。

ジ

DNA配列解析チャレン

そういう意味で、NGS現場の会みたいなのは、非常JSBi News Letter

る大会とかがあったりもします。そうすることで、アマチュ

ア ル ゴ リ ズ ム の 力 で 生 命 科 学 の 最 先 端 に 挑 む！」

https://sites.google.com/view/genocon） を や っ て ま し た

荒川

よね。

なさんそれぞれいろんな思惑があったと思うんですけど、僕

NGS現場の会について言えば、多分運営に関わるみは、もうつまんなくなっちゃったんすよね。どんどん教えて
今すぐにできることっていうのは、異分野の人と簡単くださいとか、
これから始めますっていう人が増えちゃって。

に交流できるような場をつくることですかね。勉強しなきゃ

最初のころは、よく分かんないけど使ってるっていう本当のいけないこともたくさんあるし、結局1個のラボでできる問現場の人たちだけで集まってて、それが楽しかったんで。つ題っていうのも、生物学では今やほとんどなくなってき

まんないことを継続するのに労力使うのは、あほらしいじゃちゃったし、いろんな人たちと組まなきゃいけないですよね。

ないですか。

荒川だから、たくさんお友達をつくれるスキルっていうところが、

まぁでも、あれもせいぜいシークエンスの現場じゃないで

結局、一番大事になってきてると思います。だから、ドメイ

すか。もっと広い、音楽やってる人とか、そういう人が入ってンを自分はバイオインフォマティクスだとか何とかって縛らきてもいいと思うんですよね。何が役に立つか分かんないし。

ないで、岩崎さんのように本当に全く関係ない小説の分野にだから、経済やってる人、文学やってる人、音楽やってる人、入り込まれるのも素晴らしいことだと思いますし、そういう建築やってる人、何でもいいんですけど、そういう人たちと日いろいろなコネクションを持って取り組めるような場をつく

常的に話し合える場があるのがいいのかなと思います。

ることが、今、僕らに簡単にできることですね。そこで簡単に友達をつくって、自分がない専門知識でも取り組めるん岩崎

そういう意味でSNSも、方向性が大事というか、もっだっていうことが分かって、小説書けるんだってことが分とうまく活用したいですよね。

かってくると、それによって本当に参入してみようかなと思ってくる。だから、全部を別に覚えなくても、友達つくれ荒川

やってる人たちが楽しそうだったら、どんなに参入障

ばいいんだっていうふうになれば、入ってこれるかなと。

壁が高かろうが、若い人は入ってくると思うんですよ。論文、別に出なくても、なんか、めっちゃあいつら、超楽しそうな

岩崎

一方で、
「真のイノベーションは、やっぱり一人が脳んだけどって思ったら、入ってくると思うんですよね。

みそにいろんな要素を入れないと起こらない」って言う人もいますけど、どう思いますか。

小林

楽しいのは大事で、もちろん今でもなんかこの分野好

きだっていう人がやっぱり来てくれているとは思います。で
荒川

僕、実際はそっちなんですよね。全部見えてないと駄もマスで見たときに、その分野全体が活性化するかどうかっ
No.42（January, 2023）

5

JSBi News Letterて、そういう本当に情熱がある人だけが入ってくる時じゃな

グとか機械学習するっていうのは、データが今後出てくるよ

いなとも思います。例えば、最近であれば深層学習の分野をうになったら、できるんじゃないかなと思うところがありま見ても、本当に情熱がある人以外の人もわいわい入ってきてす。その時に必要なのが、今は、分子よりも大きなエンティ

いて、いろんな方向に進んでいるというところもあると思いティーでは計測データの共有が進んでないので、その部分かます。これは、定量生物学のほうで、みんなと話してるときなと。
顕微鏡とか今すごい発展していて、すごいデータを取っによく言うことですね。

てるんですけど、そのデータとか、データの解析結果とかを定量生物学では、定量生物の年会の企画とかも、自分たち全部公開する人がNGSとかに比べてたくさんいるかっていが楽しいように運営しています。それは、さっき荒川さんがうと、全然そんなことはないので、そこがかなり参入障壁に言われたみたいに、教えてくれっていう人たちにどんどん教なっているなっていうのはありますね。だからそこがクリア

えるだけみたいになってきちゃうと、ちょっと違うんじゃな

されてほしいという願望はありますね。

いかと。そもそも元は、みんなで楽しくやりたいっというこ

あとは、実験自動化に首突っ込んでるから思うことかもしとから始まったところですから。最近の企画でも、自分たちれませんが、データの取り方への介入っていうところにもうが面白いと思うことをやりましょうというふうにはなってる

少し工夫ができないかと思います。今だと、猫も杓子もベイんですが、同時に中年の集まりになっていて、若い人たちにズ最適化みたいになってますけど、そういうブラックボック

本当に魅力的に思えてるのかどうかとかいうのも、ちょっとス最適化とかじゃなくて、生物学とかゲノム科学とか、細胞客観的に見たほうがいいかなと思い始めてます。若い人たち

レベルでもそうですが、生命科学の知識とか蓄積を取り入れから見て入りやすい分野は、どういうふうになっているのか

たモデリングを利用して、データの取り方へ介入していく、ということはちょっと意識したほうがいいのかなと。自分たこういうことをバイオインフォの一つの分野にできないか

ちが楽しいことをやるというのは、それはそれでやっていく

なっていうのを考えています。

んですけど。
小林

今の話で言うと、確かに画像とかイメージング系の深層学習とかシステムバイオロジーとか最初は結局金データベースって、あんまり進んでないんですね。また、ですよね。業界としてお金があって、儲かるから人が入って10年であんまり思った以上に進まなかった、みんなが期待くるっていうところが大きかったじゃないですか。システムしてたほど進んでないなって思うこととして、画像を与えら

バイオロジーやってれば、グラント取れるみたいな時期が一れてそこから細胞とか全部認識して追跡してみたいな方法

時期あったし、今も多分、深層学習って言っときゃ取りあえ

は、昔からみんな研究していて、みんな欲しいんだけど、なずどこかに論文通るとか、そういうのが、残念ながら社会的かなか精度が上がらないっていうのがあります。深層学習とにあるので。だから、僕らが楽しみつつ、めっちゃでかい金かU-Netが出てきて、多少精度が上がってきたところはある取ることも大事です。金を見る人たちってのは一定以上いる

けれども、なかなか進まない。アノテーションとか、ラベルんで。

を付けるのが結構難しいし、誰も付けないみたいなところも

荒川

あります。
10年後の予想
岩崎 これは、最後に皆さんで10年後の予想をするんですか。

だから、画像をデータベースにしてぼんぼん放り込んだか
らいいかっていうとそうではなくて、どんな条件でどんな細胞をどう撮ったのかがちゃんと分かんない画像データとかがしましょう。では私からしますね。今シングルセルやっ

山のようにあっても、結局あんまり使えないみたいなことにてるから思うことなのですが、結局、メタボロームでも、トなりかねない。もちろん顕微鏡のプロパティぐらいはつくと

ランスクリプトームでも、プロテオームでも、分子をエンティは思うんですけど。それでも画像の研究者の方々は頑張ってティーにしたバイオインフォマティクスが、これまでずっとやろうとしてますけど、むしろ逆に、なんでシーケンスがあやられてきたなと思います。類似性検索もそうですし、テキんなに上手く進んでいるんだと思ってしまう。

尾崎

ストマイニングもそうですし、知識データベースでもそうですし、モデリングでもそうです。もっと細胞とか、細胞集団

尾崎とか、個体とか、あるいは集団を中心、エンティティーにしをさせる仕組みを作ったっていうのと、あとは、みんなイル

たバイオインフォマティクスが、そのままつくれるんじゃな

ミナ使ってるからとかっていうのもあるんですかね。最初はいかなと思っています。

NGSも他にいくつかあったけど、結局寡占になってるから、

例えば、テキストマイニングで言うと、この細胞に何々をシーケンサーは、ジャーナルを押さえて、データ共有

データ共有しやすい。

かけたら、こうなりましたっていう、知識を抽出する方法は、
今、すごい欲しいです。あとは、細胞間相互作用をモデリン

6No.42（January, 2023）

荒川

ゲノムって、成長に伴っても変わらないし、状態によっても変わらないので、メタデータが凄いシンプルなんですよ。

あとは全然違う観点からいくと、アカデミアの形はすごい

生物種ぐらいはみんな書いてくれるんですよ。だけど、それ変わっていてほしいし、変わらなきゃいけないし、変わって以外のテンポラルな情報って、本当はどういう条件でどういいるだろうなと予測したい。
これはちょっと楽観的というか、

うふうに観察したかとかを全部書かないと意味ないんだけ

希望的観測を含めてなんですけど、論文の査読はもう今絶対

ど、それ全部書くのは結構面倒くさいじゃないですか。
何だっに機能してないし、やめるべき。あと、評価を全部論文ベー

たら、意識してないこともあるわけですよね。実験的にはほスでするっていうのは変わるべきで、特にバイオインフォマ

とんどコントロールしてない湿度で、地中海付近でやらな

ティクスなんかで、
データベース作るとか、ソフトウェア作っ

かったら、全然実験が再現しないということもよくあるわけてGitHubで公開することも論文と同じぐらいの評価軸にだけど、そういう情報って書いてないことがよくある。だかなっていいはず。そういうアカデミア自体の評価基準が、今ら、そこのメタデータが多分一番のネックですよね。

後10年間ですごく変わり得るとこだなと思うんですよね。
もう明らかに査読や今のジャーナルシステムは破綻してます

16Sや18Sを見たら、大体どの辺の生き物か分かるわけだし、し、一部の出版社が悪どく商売しているのは本当に淘汰されつまりゲノムの中に情報が内包されちゃってる。ひょっとするべきだと、やっとみんな気付いてきているなので、向こうると、ラベルのほうが間違ってることもあるかもしれない。

10年間で何も起きないとは思ってないです。だから、そこ

生物種、これだと思ってたけど、実は違うみたいな。メタデー

ら辺に結構大きな変革があって、僕らも仕事するときの価値

タが要らない情報だっていうところが、出発点としてはすご観として、いろいろと変わることがあるかなと期待したいでくいいんだけど、ちょっと特殊なんですよね。

す。これが10年後も同じだったら嫌ですね。

JSBi News Letter

ゲノムの場合は何だったら生物種すら書かなくたって、

シークエンスの話がちょっと出たので、私の10年間の予測というか、一つ言っておきたいのが、多分10年以内にプ

尾崎教育の話でいうと、たとえば医学系で学生さんたちがロテインシークエンサーが実用化して販売されますよね（図製薬に行こうと思った時に、バイオインフォをちゃんとでき1）。これは相当大きな変革になり得る部分だと思うので、てると、すごい将来が広がるのにと思うんですが、なかなか結構、身構えておいたほうがいいのかな思っています。今、バイオインフォの授業を開けない。学部教育とか大学院教育

発現の情報って全部トランスクリプトームベースでみんな議

で、もう少し枠が取れるといいなっていうのは思っています。

論してるけど、タンパク質との発現の相関は、50パーセン

あとオンライン授業、もっとあっていいのになって思いま

トとかそんなレベルしかないというのは、生き物とか細胞のすね。例えばNBDCが、AJACSっていって、NGSだったり、種類によってはいくらでも言われてますよね。もちろん相関

いろんなデータベースの使い方の講習会をやっているんですが高いときもあるけれども。糖鎖付加とか修飾とかに関してが、あれはなんで単位認定されないんだろうなと。あれを単は、ほとんどまだ何も分かってない状況なので、これまで位認定して、講義としてやってもらったほうが、よっぽど生

RNAでの発現量の変化として議論してたことが、タンパク

命科学の人たちの生産性上がるのになって思います。その辺質で見たら、その議論は全然間違ってたってことが、これかは、もう少し大学の今の仕組みというか境界があいまいにな

らいくらでも出てくると思うんですよね。そこは簡単に予測るといいなと思ってます。

ができる未来だから、10年後に向けて、若い人は特に意識
荒川 うちは、その辺オープンにできますよ。結構いろんな

しておくといいのかなと思っていますね。

大学と単位交換とかもやってるし、全然違う、授業の枠組みに入ってないコースとかで単位認定してるケースとかあります。

これからの10年

岩崎・引き続きゲノムと共に生きよ！
いつ遺伝子が発現するか

では、私の10年後の予測ですかね。やはり、ゲノム

配列を入れたら、どんな生物か、どんな環境が好きとか、どタンパクが何と相互作用するかこに生息してるとか、そういうことが全部ゲノムから分かる

その活性はいつ、どれくらいか
1塩基変異の影響はどうなるかようになってほしい。先ほど、実験もできるバイオインフォ

ゲノムにどう情報が書かれるかラボという話がありましたが、もし、そういう風にコンピュー・近いうちに確実におきること：プロテインシークエンス

ターでいろいろと予測できるようになれば、逆に今度は、バLong DNA Write

イオインフォマティクス主体でいろいろなことが進められる
わけですから、情報のラボは情報をやれば良い、という感じにまた戻っていくんでしょうね。ちょっと皮肉っぽい話のよ
うな気もしますが、そういう世の中が来てほしいなと思いま
図1すね。
No.42（January, 2023）

7

荒川

それは本当にいろんな観点から重要で、一つは、ゲノ

ムライト（Genome Write）できるようになったときに、1ていいの？」って思うくらいついてます。ただ、実用になりそ

個の遺伝子入れるとかじゃなくて、もう本当に染色体レベル、うなものができるかっていうと、正直、理論モデルをやってサブ染色体レベルで導入するっていうときに、それが予測でる立場からすると、絶対に無理だよねって思うんですよ。そきないと、実験成立しないんですよね。もうどこのパラメー

んな予測ができるようなものができるとは全く思えないです。

ター変えていいか分からなくなっちゃうから。だから、ゲノ

あとバイオインフォマティクスだと、ゲノムを起点としてムライトがある時代の実験計画って、そういう汎用細胞シ

何かが分かるといいっていうのはあると思うんですけど、ゲ

ミュレーションみたいな、これを入れたときにどう動くか、ノムが入ってるのは細胞で、細胞が物理的に乗り物として存あるいはそもそも動くのか動かないかでもいいんだけど、そ在しますよね。もちろん細胞もゲノムから作られてるから、ういうのを予測できないと、実験が出来なくなるっていうの

究極的には細胞自体もゲノムから予測できていいだろうといがあります。あと今、ヨーロッパで動物実験に対する制限がう考えもあると思いますが、でも、ゲノムに書かれてる部品

強まっていて、食品だったりとか化粧品とかで動物実験できをばらばらに膜に包んだら、勝手にぐにゃぐにゃしていってなくなりましたよね。そういう話がどんどん出てくると思う細胞になりましたってわけじゃない部分もあります。

ので、動物実験がなくても、できるような時代っていうのをつくらなきゃいけないなと。

JSBi News Letterがあって、こっちから見ると「それにこんなにお金ついちゃっ

やっぱり、さっきのプロテインシーケンシングみたいなや
つでタンパク質を見ていかなきゃいけないっていうのもある

究極的に言うと、ちょっとぶっ飛んだ話になるんだけど、と思うし、あともう一つやっぱ足りないなと思うのは、特にシンギュラリティーが2045年に起きることがもし仮にあっ発生とかやってるとそう思うんですけど、細胞の物理的な特たとしても、生物学ではシンギュラリティーは起きないんで性みたいな情報ってゲノムに一切ないですよね。細胞が動くすよね。なぜかというと、検証を生物でやんなきゃいけない

ためには、アクチンとか微小管とかいろんなものが物理的なから、大腸菌でやっても、生き物が育つのに半日とかかかっ構造を作っていて、最近だと、物理的な力が逆に生化学的なちゃうので。時間がそれよりもミニマムにならないっていう

性質を変えてる、みたいな話もかなりできててます。相分離状況があるので、汎用的な細胞シミュレーションがないと、とかの一部の話は、かなりそこに近い感じにはなってきてる

最終的なシンギュラリティーに生物学は到達できないので、と思うんですけど、そういうのが今度もっと入ってくるべき

そこは絶対に向こう10年というか、50年ぐらいのスパンななんじゃないかなと感じています。だから僕は、この10年のかもしれないですけど、やっていかなきゃいけない。

で思ったよりダイナミクスな話とインフォマティクスがつな

目の前にある危機としては、ゲノムライトが本当にできるがる接点が出てきたと思うんですけど、これからの10年でようになったときに、人類がそれをフル活用できない状況で今はまだ接点のないメカニクスとかとインフォマティクスがその時代に到達してしまうので、すぐにある程度その部品がつながる接点が出てきたら面白いんじゃないかなと思います

動くのか、動かないのかっていうことぐらいは、判定できる（図２）。

ようなツールが、もう前提として必要になってくると思います。これができると、結構参入障壁がある意味、下がる部分

荒川

1個だけ細かいとこを反論するんですが、僕らはクモもあると思うんですよね。簡単にライトできて、簡単に予測の糸の配列のデザインをして、実際に作ってみるんですけど、もできるんだったら、じゃあ作ってみようっていうのが、比意外とシミュレーションがうまくいっています。もちろんす較的難しくなくできる可能性があるかなとちょっと期待してごいシンプルだからっていう話ではあるんですけど、ここをます。
岩崎

物理学みたいに、理論というか情報が先行して、「それは予測したから実験してね」みたいな、そういうふうにな
るには、もっとゲノムから色々予測できないと、変わんないなとも思います。生物学がそういう学問になってほしいっていうのは、すごいありますね。AlphaFoldがもたらした大きなものとして哲学的にというか、やっぱりゲノムを信じていいんだという、精神的な効果は結構あったような気がします。
小林 シミュレーター関係で言うと、わりと僕は悲観的です。
ヨーロッパとかで動物実験が出来なくなってきたという流れがあるので、確かにむこうではシミュレーター系のグラント

8

No.42（January, 2023）

図2

変えちゃうともう糸にならないとかこの配列は少なくとも糸バイ・ケースの沼みたいなところがありますね。

にはなるとかっていうイエス・ノー判定って、今、有効に機

今でも、特定のタスクだったらそれなりに当たるというの能してるし、二つ以上の分子がインタラクションするかどうはいくらでもあります。
特定のタスクをかき集めて、何をもっかを、すごい簡単なMDで判定したりしてるんですけど、そて汎用的だというのかというところで、人によって意見が分れも意外と実験に合うんですよ。もちろん間違うことも多い

かれるかもしれません。

んですけど。だから、100パーセント正解しななくても、実尾崎

福永さん、10年後の予測はどうですか。

いと思うので、ある程度妥協したシミュレーションは、結構

福永

バイオインフォマティクスのソフトウェアを開発するできるとこあるのかなと期待したいところです。もちろん複という意味では、BLASTとAlphaFoldに続く第3のものが出

雑なシステムでは、すごい難しいと思うんですけど、70％てくるとしたら何かという話になると思うんですけど、それ合ってるイエス・ノー判定ぐらいなら。

は今まで議論されてたように、シミュレーターだなとは思い

験をデザインしたときに、無駄な労力やお金をちょっと使わなくて済むレベルでのイエス・ノー判定するもので最初はいます。どの程度のシミュレーターになるのかっていうのは、既に議論されていて特に私が触れることはないんですけれど入ったようなデータを取りづらいっていうのがあるのかなとも。あえていうなら、小さいことを積み重ねることに悲観的思います。それが、予測とか理論構築自体を妨げてるんじゃになってはいけないなとは思っていて、生物学は本質的にそないかなと思うんです。

ういう部分もあると思うので、小さいところをこつこつやっ

JSBi News Letter

あと細胞は、コンディショナルというか、少し変異が尾崎ていくのが重要だろうとは思っています。
部分を取り出せば、多分できると思うんですよね。だ

あともう一つ言うと、プロテインシーケンサーに関しては、

けど、細胞ってなっちゃうと、汎用シミュレーターみたいな

間違いなく10年以内に実用化されると思います。それを使っのってやっぱ難しいだろうなっていう気がします。アプリて、何か新たな生物学的な問いを解くということは、当然考

ケーションの目的に合わせて、その予測が比較的できるようえなきゃいけないことですが、何か新しいソフトウェアをつになっていくっていうのはあるとは思いますね。

くろうということは、当然競争が激しいので、安直にそうい小林

う方向に走るよりもそこでどうオリジナリティーを出すか荒川

多分、無駄なお金使わないとか、無駄な殺生をしないっ

ていうレベルでいいと思います。マウスをちょっと余計に1匹殺さなくて済むようなシミュレーションとか。

を、当然考えなきゃいけないなとは思います。
あとは、シミュレーションを高速化するために機械学習を使うっていう技術が、最近物理シミュレーションとかで盛んですが、そういう機械学習ともっと高次的に組み合わさって尾崎

大上さん、10年後の予測はいかがですか。

いくうのが今後、配列アラインメントとか、もっと単純にアルゴリズムやデータ構造のレベルで今後増えてきて、10年

大上

シミュレーションと予測の話ですけど、僕も10年後には解像度はもうちょっと上がってるだろうなと思っていま

後にはアラインメントをしなくていい時代が来てるといいなと思っています。

す。例えば、タンパク質でも、今は１残基の違いで構造がどうなるかとか全然予測できないですけど、それくらいだった尾崎

福永さんがやっているような、RNAの相互作用を予ら予測できるようになってるかなと。塩基配列でも、この部測する手法は、今後キラーアプリになったりするんですか。

分ちょっと違ったらすごい機能が変わるとか、希少疾患でも、ある１残基が変わったら酵素として機能がなくなっちゃうん

福永

一番最初の話題ですけど、配列類似性で相同配列がで重篤な疾患になるみたいな話は、データとしてはたくさん

引っかからないので機能がよく分からないものの代名詞は、取れてるので。それが表現型とか、タンパク質とかとの紐付や っ ぱ りlncRNAだ ろ う と い う ふ う に は 思 っ て い て、

きがもっと明確になってきて、予測が解像度よくできるよう

lncRNAの機能にアプローチする有力な方法がRNAタンパクになる時代は、10年以内には来るだろうなとは思っています。

質相互作用とかRNA-RNA相互作用なのは、間違いないと思

ただ、それは結局今までの流れとあんまり変わってないのいます。既に機能推定にも利用されていますし、10年後ので、それが何をもたらすかみたいな話は、ちょっと今は難し話ではないですけれど。そういう意味で、lncRNAに着目す

いかなと思っています。汎用シミュレーターみたいな話につるなら、RNAの相互作用予測をすごい高精度化出来ればキながりはすると思ってるんですけど、7割予測が合ってれば

ラーアプリになると思いますけど、lncRNAとタンパク質

OKみたいなところまでいけるのかなというのは、ちょっとだったら、タンパク質に注目する人のほうが断然多いので、悩ましいかなと思います。結局さっき言ったとおり、ケース・

BLASTとかAlphaFoldほどの汎用性はないですね。
No.42（January, 2023）

9荒川

BLAST、AlphaFoldの次にシミュレーションってい

うのは、ちょっと僕は違う気はしますね。
ちょっと飛び過ぎだし、その前に分かんなきゃいけないこ

福永

そのDNA配列から転写発現を予測するっていうのは、Enformerみたいなことがやりたいっていう理解でいいんですか。

とはすごいいっぱいあるような。取りあえず、転写状況をどんな状況でも予測できるような手法は、結構早く出てくるん荒川

じゃないかなと思います。それが結構次の大きな変革になっ

ワークってゲノムから再構築できるはずなので、ゲノムがて、例えばなんかの遺伝子をちょっとあげたときに、全体があって、何かを変えたいっていう目的があったときに、ある

どう変わるかとか、そういうのは意外と早くできてくるん

状態からある状態に変化させる方法はすぐ予測ができるだろじゃないかと。

うと思うので、そこでどういう方法を使うかどうかは別としそうすると、今やっている実験の大部分をすっ飛ばすこと何を使うかは分からないんですけど、転写のネットて、できるんじゃないかなと思ってるってことです。

ができるようになるので、そういうアプローチが先にあって、Enformerでもいいんですけど、この方法じゃなくてもいそういうのがないと、シミュレーションに続かないと思っていかもしれないし、全然配列の情報がなくても、ある程度モいる感じですね。

デル化できることだとも思います。もしたくさん発現データがあって、単純に遺伝子と遺伝子のエンティティーってとこ

僕は何となく情報技術としてのアプリケーションを考ろだけでモデルが組めるというふうに仮定する、そういう研えるので、次は、きっと化学物質全体を理解するっていう方

究って90年代、みんなやってましたよね。S-systemモデル

法論に行き着くんじゃないかなと思っています。塩基配列ととか使って、発現のネットワークとか、カスケードを予測す

かタンパク質の残基みたいなビルディングブロックがない、るみたいな話。だから、どこのレベルで動くは分からないし、

本当に一般的な化合物としての類似性検索とか、そういうこ

別に全部の情報を使ったらいいと思うんですけど、配列からとがいろんな意味でできるようになるのも、この10年かな

類似配列や機能が予測できたり、配列から構造が予測できとは思ってます。

るっていうのと同じような感じで、配列から発現状況がどん

JSBi News Letter

大上なときでも予測ができるようになってほしいし、10年あっ小林

それって、そんなに進んでないんですか。化合物系のたらなるだろうなと思っているということです。

インフォマティクスって結構やってる人いますよね。
尾崎

最後、締めの言葉を、荒川さんお願いします。

いつは毒性があるねとか、こいつはこれに似てるから毒性は

荒川

今までの10年間を語るのと、今あらためてこれからなさそうだねっていうのは言えるんですけど、こういう化学の10年間を語るのって、気持ち的に結構違います。前は若構造を持ってるから、こういう性質を持ってそうだねっていかったから、こんなことできたらいいなとか好き勝手に言えう予測はあんまりできてないです。

たんですけど、アラン・ケイの「未来を予測する最善の方法

大上ある側面、例えば、毒性のあるなしとかだったら、こは、自らそれを創り出すことである」っていうのもあるんでそれは、タンパク質は1次元だけど、化学物質は構造

すけど、僕らは言ってるだけじゃなくて、作らなきゃいけな自体がかなりか複雑で、どうデータ表現するかみたいなのかい立場になった、もちろん作るし、これまでも作ってきたとらして難しいからですか。

思うので、みんなで本当にいい領域と世界をつくっていけた小林

らいいですね。
大上

そうですね。今は、グラフで扱うとか、あるいは構造式を描いた1枚の画像をそのまんまニューラルネットワーク

尾崎ありがとうございます。すごく締めにふさわしい言葉に入力するみたいな話もあるぐらいですけど、あんまり進んをいただいたところで、ちょっとお時間になりましたので、でないと思います。

そろそろお開きにしたいと思います。皆さん、本当にお忙しい中、貴重な時間を頂き、ありがとうございました。

10

No.42（January, 2023）

日本バイオインフォマティクス学会賞受賞報告
阿久津

達也（京都大学

化学研究所

バイオインフォマティクスセンター）

この度、日本バイオインフォマティクス学会賞をいただき

う結果を得ました。この成果自ました。受賞理由は「生体ネットワークの推定と制御に関す体は直接役立つものではありまる数理的・先駆的研究」となります。推薦・選考して下さっ

せんが、情報系の多くの研究者

た先生方に深く感謝いたします。

が遺伝子ネットワーク推定といバイオインフォマティクスの研究を開始したのは、通商産う研究課題にとりくむきっかけ

業省工業技術院機械技術研究所（機械研）に研究員として在の一つになったのではないかと籍していた1992年頃でした。博士課程在籍時は人工知能の考えています。
2001年に現在の職場であるの研究をしていました。その間、金久實先生率いる「ゲノム京都大学化学研究所バイオイン

情報」プロジェクトに参加する機会を得ました。ヒトゲノム

フォマティクスセンターに異動し落ち着いた後に、新たな研の情報解析は面白そうだと思い参加しましたが、最初の1年究を開始するべきと考えました。そこで選択したのが「生体くらいは何をしてよいかわからないままに過ぎてしまいましシステムの制御理論の構築」というテーマです。線形制御理

た。このままではいけないと思い、書店で生物関係の本を眺論は確立し様々なシステムの制御に有効に活用されています

めたところ、「タンパク質の構造入門」という本（訳本）をが、生体システムは非線形の要素が多いため、新たな理論を見つけました。図も多く丁寧にかかれた本で、分子生物学の構築する必要があると考えたからです。「制御理論の専門家

知識のない私でも読み進むことができました。この本をきっでもないのに理論を作るなど無謀でおこがましい」というごかけに、タンパク質の立体構造比較アルゴリズムの開発を行批判もあるとは思いましたが、生物学の知識がないのにバイ

い、バイオインフォマティクス研究のきっかけをつかむこと

オインフォマティクスの研究を始めたくらいですので、無謀ができました。

なのは望むところです。でも、案の定、理論というほどのも

その後、群馬大学を経て東京大学医科学研究所ヒトゲノムのはできませんでした。それでも、いくつかの先駆的成果を解析センターに赴任しました。そこで上司の宮野悟先生から、得ることができました。まずは、BNは代表的な非線形シス

遺伝子発現データからの遺伝子ネットワークの推定という問テムの一つですので、BN上での制御問題の定式化を行い、題を研究しないかと誘われました。既存研究もなくとても面

その問題が計算論的に困難な問題であることを示しました。

白そうに感じましたので、喜んで研究を開始しました。しかその成果の国際会議版を2006年にJournal版を2007年に発し、私には遺伝子発現データに関する知識が全くありません

表しましたが、当初はほとんど引用されませんでした。とこでしたので、九州大学の久原哲先生に何度か話をうかがいにろが、2010年頃に制御理論で有名な中国科学院のCheng教

参りました。そして久原先生から「とりあえずは遺伝子発現

授らがセミテンソル積解析という数理解析手法を発明し、そ

量を0、1の二値（ブール値）として扱っても良いのでは」れを使うとBNの様々な問題が既存の制御理論の枠組みで取というご示唆をうけました。ブール値であれば計算機屋の私

り扱えるようになりました。その後、制御理論の研究者がにはなじみやすく、宮野先生、久原先生、および、当時、宮BNの制御という問題に数多く取り組みようになり、私たち

野研の助手であった丸山修先生と共同で、遺伝子破壊と遺伝の研究も引用数が増えていきました。一方、複雑ネットワー

子強制発現による遺伝子ネットワーク推定の数理モデルを構ク分野の第一人者であるBarabási教授らが複雑ネットワー

築し、ネットワーク推定に必要な実験回数などの数理解析をクの制御に関する論文を2011年に発表し、ネットワークの行い、その結果を1998年の国際会議で発表しました。その後、制御という問題が関心を集めるようになりました。私は複雑

遺伝子ネットワークの数理モデルにブーリアンネットワーク

ネットワークについて共同研究を行っていたナチェル・ホセ（BN）というものがあることを知り、上記の研究をもとに、先生（東邦大学）とその制御の問題に取り組み、グラフ理論

BN上でネットワークを一意に同定するのに必要な発現デーにおける最小支配集合という概念とネットワーク制御の関連

タ数の理論解析を行いました。その結果、「次数（1個の遺性を示しました。この論文をきっかけに、他研究者によって伝子に直接影響を与える遺伝子の個数）に制約がない場合はも最小支配集合を用いた生体ネットワーク解析が行われるよ（遺伝子数の）指数オーダーのデータ数が必要となるが、次

うになりました。

数が定数以下であれば対数オーダーのデータ数で済む」といJSBi News Letter

応用研究を行いましたが、機械研入所後はアルゴリズム理論

これまで理論とか数理とか書いてきましたが、私は現代数
No.42（January, 2023）11

学などは（興味はあるものの）全くわからず、高校数学＋α

生が以前に所属されていた電子技術総合研究所と同じ通産省

で研究を行ってきました。それでも、様々な面白い理論的性

工業技術院傘下の研究所です。浅井先生も書かれていたよう

質を導くことができ、先端的な研究ができるのがバイオインに、工業技術院傘下の研究所には自由に研究を行うという文

フォマティクスの魅力的な側面の一つと考えています。
なお、

化がありました。さらに、当時は研究成果などについても細受賞理由ではないですが、BNは多層パーセプトロンの数理

かいことはいわれず、最初から正職員として採用されました

モデルでもありますので、それをもとに近年はニューラル

ので、（個人的見解ですが）何年か研究して失敗しても全然

ネットワークの研究も行っています。特に自己符号化器の層大丈夫ですので、安心して新たな分野に取り組むことができ数や頂点数と圧縮率の関係の理論解析を行っています。意外ました。このような度量の広い研究所があったというのは、なことにそのような研究がありませんでしたので楽しんで研とても有難いことであったと思います。
また、
バイオインフォ究しています。

マティクスの本流をはずれ、実データ解析がほとんどない理論解析を中心とした私の研究を評価して下さった、選考委員

関でも自由に研究を行うことができ、大変感謝しております。

の先生方の度量の広さにも改めて感謝いたします。最後にな

特に機械研では、機械の研究所であるにも関わらずアルゴリ

りましたが、今回受賞対象となった研究やその他の研究のほズム理論やバイオインフォマティクスの研究を行うことがで

とんどは様々な研究者や学生との共同研究によるものです。

きました。機械研は、前年度に同じ賞を受賞された浅井潔先

ここに、御礼申し上げます。

JSBi News Letter

これまでにいくつかの研究機関に所属しましたが、どの機

12

Oxford Journals - JSBi Prize受賞報告齋藤裕（産業技術総合研究所

人工知能研究センター）

この度は大変光栄な賞を授与していただき誠にありがとうな領域からRNAが転写されてございます。受賞タイトル「生体分子設計のインフォマティ

おり、それらは転写領域が部分

クス」は、私が行ってきたタンパク質や核酸の配列設計のた的に重複していたりプロセシン

めのバイオインフォマティクス研究に関するものです。これ

グで小さいRNAが生じたりなまでの研究でお世話になった方々に心より御礼申し上げます。

ど混沌としており、かえってよ

私は昔から「生命の情報はどのようにゲノムにコードされく分からなくなってきました。

ているのか」という問いに興味を持っています。ヒトゲノム

学位取得後、現在の所属であは3G bp（6G bit）しかありません。実物のヒトはもっと情る産業技術総合研究所（産総研）

報ありそうに（私には）見えます。この感覚的なギャップのに入り、光山統泰チーム長の下根はどこにあるのでしょうか。

で、エピゲノム解析のためのバイオインフォマティクス手法

私がバイオインフォマティクスの研究を始めたのは、学部を開発しました。学生時代とは別のテーマで研究してみたい

生のときに慶應義塾大学の榊原康文先生の研究室に入ったこだけだったのですが、後から振り返ると、「RNA色んな領域とがきっかけでした。当時の榊原研のホームページには「遺から転写されすぎ問題」に触れた後で、本質的には転写制御

伝子言語学」というテーマが紹介されており、その言葉の響の研究であるエピゲノム解析に移ったのは、それなりに合理

きはゲノムの意味論を理解したいという私の興味と近そうに的だったようにも思います。この研究を通して、転写因子結思えたのです。榊原研では、機械学習によるノンコーディン

合配列やヒストン修飾など、ゲノムが持ち得る様々な情報のグRNAの探索手法を開発しました。本手法の開発では、佐表現について知ることができました。

藤健吾先生に機械学習、配列アルゴリズム、プログラミング

2016年、東北大学の梅津光央教授、東京大学の津田宏治

技法など様々な面で鍛えていただきました。また、本手法を教授、産総研の亀田倫史主任研究員（当時）らと、機械学習

用いて線虫ゲノムからsnoRNA遺伝子を探索して、自分でによるタンパク質設計の研究を始めました。タンパク質は機ウェット実験による発現確認も行いました。この研究を通し能性分子として基礎研究から産業応用まで様々な分野で利用て、ゲノムのノンコーディング領域にも確かに「情報」がコーされており、バイオ医薬品として利用される抗体、有用物質

ドされているのだと、身をもって経験することができました。

生産のための酵素、生命科学実験に必要不可欠な蛍光タンパ

しかし、それでゲノムの意味論を理解できたかというと、首ク質など、その用途には枚挙にいとまがありません。従来、を捻らざるを得ません。むしろ、高等生物ほどゲノムの色々

このようなタンパク質の機能改良は、ランダムな変異導入とNo.42（January, 2023）

膨大なトライアンドエラーによって行われてきました。私た目した設計手法や、DNAのヌクレオソーム親和性に着目し

ちは機械学習と実験を組み合わせ、効率的なタンパク質の機た設計手法の開発に取り組みました。

能改良が行えることを実証しました。この研究は、これまで「生命の情報はどのようにゲノムにコードされているのか」

ゲノム科学の分野で研究していた私にとって、大きな転機とという問いに、まだ納得できる答えは出ていません。先日のなりました。すなわち、生体分子に込められた情報を読み解受賞講演では、1つの見方として「Genome as a program

くだけでなく、自分たちで書いて創ることができたのです。

（mable）language」という話をしました。このような問また、この研究と同時期に、産総研で推進されていた

いは、ゲノム科学の研究者なら一度は思い浮かぶことかもし

NEDOスマートセル事業の中で、核酸設計の研究も始めましれません。
本稿を読まれている皆様の目には、どのように映った。バイオものづくりでは、異種由来のタンパク質をコードているのでしょうか。生体分子設計は、理学と工学の境界でするDNAを大腸菌などの宿主細胞に形質転換して発現させあり、基礎科学と産業応用の境界であり、「読み解く」バイます。その際、発現量の向上のために、プロモータの選択やオインフォと「創る」バイオインフォの境界でもあります。

コード領域の同義置換による設計（コドン最適化）が重要と面白くて人の役にも立つテーマなので、これからも楽しんでなります。私は、これまでのノンコーディングRNAやエピ研究していきたいと思っています。

ゲノム解析での研究経験を活かして、mRNAの2次構造に着2022年日本バイオインフォマティクス学会年会・第11回生命医薬情報学連合大会開催報告
年会長・大会長・実行委員長 水口 賢司（大阪大学 蛋白質研究所、医薬基盤・健康・栄養研究所 AI健康・医薬研究センター）
本年度の年会は、2022年9月13日から15日まで、例年同場では人数制限を行うことにし様日本オミックス医学会との共催で生命医薬情報学連合大会

ました。その場になってみない（IIBMP）として開催されました。本年会の特徴は、何と言っとうまく回るかどうか読めないても3年振りにオンサイトでの開催を実現したことでしょ状況でしたが、札を配るというう。場所としては、大阪北部で交通アクセスのよい千里ライ

アナログな方法が功を奏したの

フサイエンスセンター（大阪府豊中市）を選び、2フロアでと、参加者の皆様のご理解ご協

比較的コンパクトな開催形態を目指しました。

力を得て、大きな混乱を引き起昨年度のオンラインでの年会終了直後から、大阪での開催

こすことなく、無事に2日間のに向けて実行委員会での議論を重ねてきましたが、日々変化

ポスターセッションを終えるこする新型コロナウィルス感染症の感染状況の下、難しい判断とができました。私自身も、ポスター会場で学生や若い研究を何度も迫られました。結果的に、オンサイト一本で行くと者と沢山話をすることができて、思わず時間が経つのを忘れ

決断し、その内容をホームページやTwitterなどで発信し続てしまうほどでした。

けたお陰で、我々のメッセージを参加者の皆様にも理解頂け

この私の経験が、本年会のもう一つの特徴である参加者のたのではないかと感じています。特に、後で述べるポスター

構成比率に繋がります。全参加者のうち、一般会員、一般非会場では白熱した議論が繰り広げられ、対面の良さを感じた

会員、学生（会員、非会員、学部生以下）がそれぞれちょうという声を多数頂戴しました。また、スポンサー企業様からど3分の1程度で、学生が強い存在感を示していました。また、も対面の出展を望む声は寄せられていて、実際に33社から

年齢分布についても、中央値は32歳でした。JSBiとしてものご支援を頂き、また企業展示において成果が得られた旨の若い会員が増えているとのことで、学会の将来にとっても非お言葉も頂きました。

常に頼もしい状況だと思います。

久しぶりのオンサイト開催ということで、実際にどのくら本年会では、「バイオインフォマティクスのフロンティア：

いの参加者が見込めるのか不安でしたが、蓋を開けてみると、環境から健康まで」というテーマを掲げ、「バイオインフォ

参加登録者400名、招待講演者20名、スポンサー75名、賛助

マティクスは学術研究にとどまらず社会基盤を構成する重要会員17名で、合計512名の参加者という大変盛況な会になりな要素になり得る」との認識のもと、幅広い内容のプログラました。できる限りの感染症対策を導入し、特にポスター会

ムを企画しました。基調講演では、岡田眞里子先生（大阪大No.42（January, 2023）

JSBi News Letter

年会開催報告13

学蛋白質研究所 所長）、近藤昭彦先生（神戸大学 副学長 科
学技術イノベーション研究科 教授）、上田修功先生（理化学研究所 革新知能統合研究センター 副センター長）から、それぞれシステム生物学、合成生物学、機械学習の第一人者として最新の話題を提供頂き、参加者からも好評を頂きました。
さらに2つのシンポジウム、企画セッション、キャリアパス/
ダイバーシティーセッション、6つのワークショップ及び、
7つの口頭発表・ハイライト・スポンサーセッションを行いました。スポンサーセッションと口頭発表セッションを同じスロットに入れることで、企業のアピールがより広く伝わることを目指したのは新しい試みです。また、日本バイオイン
フォマティクス学会・日本オミックス医学会合同シンポジウ

若手の受賞が多く、本分野の未来に向けてよい機会を与える

ムでは、「コホート研究から導く健康長寿」という題目で活ことができたのではと考えます。
一般公開セッションは、「生活・食品・栄養データからひJSBi News Letter

発な議論が行われました。
口頭発表・ハイライトトラックとポスター発表には、会場

もとく健康習慣」と題して、特に年会開催地である北部大阪

キャパシティのほぼ上限に相当する数の応募があり、プログに関わりの深い事業者と公的研究機関から、健康と栄養に関

ラム委員の審査によりそれぞれ、23演題、125演題の発表をわる興味深い話題を提供頂きました。

採択しました。機械学習、エピジェネティクスなど時代を反最後に、本大会の開催にあたっては、実行委員、プログラ

映した演題はもちろん、進化や疾患研究を含む幅広い研究内

ム委員、現地スタッフを始め、JSBi理事・幹事・監事・事務容が活発に議論される様子は、本年会のテーマとも合致した局の皆様に多大なるご支援を頂きました。深く感謝申し上げ

ものでした。ポスター会場の熱気は上で記した通りです。まます。また今改めて、スポンサー企業や発表者・参加者の皆た、JSBi役員・実行委員・プログラム委員からなる受賞審査

様あっての年会であることを強く感じています。全ての関係委員会を設け、厳正な審査の結果、最優秀口頭発表賞1件、者の皆様にお礼申し上げると共に、次回以降の年会の成功を

優秀口頭発表賞2件、優秀ポスター賞6件を選出しました。

強く祈念して、本稿を終えたいと思います。

国際会議参加報告
ISMB2022難波

14

里子（九州工業大学

大学院情報工学研究院

生命化学情報工学研究系

博士後期課程1年）

第30回Conference on Intelligent Systems for Molecular

ISMB2022では、ハイブリッ

Biology（ISMB）が2022年7月10日から14日に開催されまド開催ということで、オンサイした。ISMBは毎年多くの国や地域から参加者が集まる、バト参加者とオンライン参加者をイオインフォマティクス分野の最高峰の学会で、今年は400繋ぐための会議プラットフォー

を超える口頭発表と700のポスター発表が行われました。こムが設けられていました。口頭

こ2年は新型コロナウイルスの影響によりオンラインで開催

発表は会議プラットフォームにされていましたが、今年度はオンサイトとオンラインのハイてライブ配信され、発表終了後

ブリッド形式で開催されました。幸いなことにISMBから旅にはオンデマンド配信されまし

費の援助を受けることができたため、私はアメリカ・マディ

た。同じ時間帯に聴講したい発

ソンから現地参加することができました。私にとっては初め表が重なる場合でも、オンデマンド配信で後から聴くことがての海外渡航、初めての国際学会参加であったため、戸惑うできました。また、英語を聞き取れなかったり、聞き逃してことも多くありましたが大変貴重な経験をすることができましまったりした場合にも、後からオンデマンド配信で確かめした。本稿では、ハイブリッド開催されたISMB2022の様子ることができ、様々な知識を吸収することができました。まをお伝えしたいと思います。

た、会議プラットフォームを介してダイレクトメッセージを

No.42（January, 2023）

送れるようになっていたため、オンライン参加者とも交流することができました。興味のある研究については個人的に連絡を取り、議論を深めることができました。ポスター発表は、
会議プラットフォームではショート動画が視聴できるようになっており、現地では発表者と直接議論できるようになっていました。懇親会は屋外で行われ、同年代の海外の研究者と知り合うことができました。ハイブリッド開催は主催者側の負担は大きそうですが、オンデマンド配信や対面でのディスカッションなどオンサイト・オンライン双方の恩恵を受けることができたため、参加者側のメリットは非常に大きいと感じました。

フェローシップを受けたメンバーとの記念撮影。著者は右から3番目。

本大会の基調講演は、最前線で活躍するTanya BergerWolf氏（The Ohio State University Director, US）、Po-Ru

Communities of Special Interest（COSI）において、口頭

Loh氏（Broad Institute of MIT and Harvard, US）、Aïda

発表を行いました （Biomedical informatics area投稿数45

Ouangraoua 氏（Université de Sherbrooke, Canada）、

報・採択率13.3%）。発表は20分間で、発表の際には会議プ
ラットフォームにてスライドを共有しながら発表を行いました。本番ではスライドの共有ができないというトラブルに見Spain）の5名の研究者により行われました。画像データの舞われ、スタッフの方に助けて頂きました。今までオンライ活用による遺伝子と環境の関連性を明らかにする研究や、オン開催の学会しか参加したことがなかったため、オンサイト

ミクスデータの統合により疾患メカニズムの理解に繋げる研での発表には不安もありましたが、資料の共有を除けば滞り究など、非常に興味深い講演を聴くことができました。創薬なく発表を終えることができました。発表後には数人の研究や疾患、微生物学など様々な分野において、多様なビッグデー

者と議論することができ、現地参加ならではの良さを実感しタを統合し、如何に特徴抽出するかという点が重要になってました。
ISMB2022への参加は私にとって、初めての対面での口頭きていることを改めて実感しました。
本大会で私は、「From drug repositioning to target

発表、初めての海外、初めての国際学会と初めてのことばか

repositioning: prediction of therapeutic targets using

りでしたが、非常に貴重な経験となりました。海外の研究者

genetically perturbed transcriptomic signatures」というとの交流は非常に刺激的で、今後の励みになりました。一方タイトルの論文を投稿し、Proceedings Trackに採択されてで、新型コロナウイルスの影響により、出張前には膨大な書

口頭発表の機会を得ました（Proceedings Track投稿数243

類を用意したり、帰国前にはPCR検査が必要だったりと、コ。ターゲットリポジショニングという概報・採択率19.8％）

ロナ時代の海外出張の大変さを痛感しました。今後、水際対念を提唱し、遺伝子摂動応答トランスクリプトームを用いた策や海外出張の規定が緩和され、海外の研究者との議論の場

治療標的予測の内容です。ISMBでは論文が採択されると、が増えることを期待しています。最後になりましたが、本研その論文はBioinformatics誌に出版されます（Namba et究を進めるにあたり、常に熱心なご指導を賜りました山西芳al.,

裕教授と岩田通夫准教授にこの場を借りて御礼申し上げます。

Bioinformatics,

JSBi News Letter

Ron Shamir 氏（Tel Aviv University, Israel）、Núria
López-Bigas 氏（Institute for Research in Biomedicine,2022）。私は、「TransMed」の

ESEB2022
今野直輝（東京大学大学院

理学系研究科

博士課程1年）

2022年8月14日–19日にチェコの首都プラハにて行われたであり、隔年で開催されていま

Congress of the Europian Society for Evolutionary

す。今年は1,500名程度の参加

Biology（ESEB2022）に参加してきました。本学会の多く者が参加し、40個のシンポジの方には馴染みのない学会かも知れないのですが、コロナ禍

ウムが企画され、合計400件以に入ってから久々の海外現地開催での国際学会への参加とい上の口頭発表と約700件のポスう貴重な経験をさせて頂いたので、本稿にて共有させていた

ター発表からなるかなり大規模だければと思います。

な学会でした。進化生物学の幅

ESEBはヨーロッパでは最大規模の進化生物学の国際学会

広い分野がカバーされており、No.42（January, 2023）

15

様々な系統群を対象にした表現型の適応進化や、非モデル生物のゲノミクスなどの研究もあれば、比較ゲノミクスや古代DNA、系統比較法などバイオインフォマティクス技術の利用や、手法開発の研究なども含まれています。特に、日本の学会（進化学会など）に比べると、数理モデルを使った理論研究や系統比較法を用いた統計解析の研究が多かった印象が有ります。学生・ポスドクの人数も多く、welcome cocktail
や最終日のcongress dinnerは大いに盛り上がっていました。
私自身は比較ゲノミクスのシンポジウムにて “Evodictor:
Prediction of prokaryotic gene gain/loss evolution” という題目で、遺伝子セットの長期進化を学習・予測する情報解
析技術に関する研究（発表当時、論文投稿中）のポスター発

写真1

昼食休憩のために広間に集まる学会参加者たち

表・フラッシュトークを行いました。海外で開催される国際学会に現地参加したのは今回が初めての経験で、学会開始まJSBi News Letter

では少し緊張感もありましたが、現地で知り合った日本人の学生（私含めて3人）とLINEで連絡を取り合うなどしながら、食事やポスター発表の時間を通じて少しずつ海外の学生・博士研究者とも交流を深めていくことができました。特に、Oxford大学の学生の一人と研究の話で意気投合し、口頭発表セッションを聞きに行くのも忘れて2時間くらいポスター
会場に座り込んで議論したのは良い思い出です。その彼とは帰国後もZoom・Slackで連絡を取り合い、現在は共同研究を行っています。どんな出会いが待っているか分からないという、現地開催の学会の良さを感じました。一方で、今回の学会参加は私にとってポスドクでの留学先を検討するために

写真2

学会参加者との夕飯風景

海外のPIとコネクションを作るという目的もあったのです

16が、そちらについては正直上手くいきませんでした。原因と懇親会では、常にマスクを着けるべきか、顔を覚えてもらう

しては、（1）大量の参加者がいる中で著名な先生を捕まえてために多少は外すべきか、など葛藤する場面もありました（名一対一で話をするのが想像以上に難しかった、（2）学会前

前・連絡先を覚えてもらう意味では名刺が役立ちました）。

に興味のある先生を十分に下調べできていなかったことが挙

なお、日本に帰国した際には（渡航先によってルールが異なげられます。学生の内に海外に行く機会はまだまだ有りそう

りますが）今回は空港で抗原検査を受ける必要もなく、着陸なので、今後に生かしていきたいと思っています。

後はスムーズに帰路に着くことができました。

このように学会自体は総じて楽しく過ごすことができまし

最後になりましたが、コロナ禍で海外渡航を躊躇される方たが、コロナ禍での海外渡航ということで多少の苦労もありも多くなっている昨今、それでも国際学会に現地参加するこました。例えば、多くの学会参加者はマスクを着用しておらとで得られるものは多いなと感じました。特に初対面の海外ず、それでもwelcome cocktailやcoffee breakの間は広間に研究者と学会以降にもつながる人間関係を築くためには、実参加者が密集することになるため、感染リスクを考えると少際に会って会話・食事をして仲良くなるのが一番のように感し怖かったです。特に日本への帰国のためには、直前にPCR

じます。また今回訪れたチェコ、プラハは街並みが非常に美検査を受けて陰性証明を得られないと飛行機への搭乗ができしく、早朝に人気の少ない街中を散歩したり、毎晩のようにませんでした（学会当時）。そのため陽性になってしまうと知り合った研究者と現地の料理を食べに街に繰り出したり、ホテルを延泊したり現地の医療機関を受診したりと面倒なこ

シンポジウムのない日にはプラハ城や時計台、カレル橋を観とになってしまいます。幸い私を含め現地で知り合った日本

光したりと、
旅行のような楽しさを感じることもできました。

人の方は無事帰国できたそうですが、PCR検査を受けてからこれもまた現地参加の醍醐味だと思います。本稿を通じて、結果が出るまでの1日はヒヤヒヤしていました。また学会のオンサイトの国際学会の雰囲気を感じて頂けたら幸いです。

No.42（January, 2023）

地域部会・公募研究会活動報告
質量分析インフォマティクス研究会
山本博之（ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ株式会社）
オミクスデータ解析」では、本研究会の運営メンバーである早

月22日に開催しました。昨年度に引き続き今年度もオンラ

川英介（沖縄科学技術大学院大インで開催し約190名の方にご参加頂きました。講演内容は学）、吉沢明康（富山国際大学）

招待講演4件に加え、質量分析インフォマティクスのチューに加え、招待講演者として三浦

トリアル講演として、データ解析セッション「プロテオミク

信明先生（新潟大学）、岩崎未

スデータ解析」を行いました。またパネルディスカッション

央先生、奥田修二郎先生（新潟では招待講演者の先生方と今後の質量分析インフォマティク

大学）にご講演頂き、非常に充スについて議論させて頂き、大変有意義な時間となりました。

実した内容になりました。本

招待講演は、岩崎未央先生（京都大学 iPS細胞研究）、金澤

ワークショップ招待講演の録画は、DBCLSの小野浩雅氏の慎二先生（株式会社 島津製作所）、草野博彰先生（京都大

ご協力によりDDBJvideoとTogoTVで公開されています（本学 生存圏研究所）、金谷重彦先生（奈良先端科学技術大学院研究会のwebページ［https://ms-bio.info/］からリンク済大学）と、プロテオミクス、メタボロミクス、AI、ソフトウェみ）。次回の第8回のワークショップは2023年5月12日に理ア、データベースの各分野において、第一線でご活躍の先生

化学研究所横浜キャンパスで開催予定ですので、皆様是非ご方にご講演頂きました。またデータ解析セッション「プロテ参加ください。

画像1

JSBi News Letter

質量分析インフォマティクス研究会の第7回公開ワーク
ショップ「質量分析オミクスデータを深く読む」を2022年4

画像2

No.42（January, 2023）

17日本のバイオインフォマティクス研究室
筑波大学医学医療系

JSBi News Letter新井

バイオインフォマティクス研究室（尾崎研究室）

悠也（筑波大学

生命環境学群生物学類

バイオインフォマティクス研究室（尾崎研究室）は、茨城参照）。先ほど紹介した通り、が県南、筑波の中央に位置する、筑波大学筑波キャンパスに

尾崎研究室は実験自動化というあります。研究室は春日エリアと医学エリアにそれぞれ1つ

分野にも取り組んでいます。最ずつあり、縦に長い筑波大学に適応した配置になっています。

近では、尾崎先生が副メンター

当研究室では、バイオインフォマティクスを人類が生命をみになっている大学院生の田口さるための眼だと考え、新しいバイオインフォマティクス技術

んの酵母のスポットアッセイのの開拓に取り組んでいます。2018年に始まった比較的若い

自動化についての論文が出まし

研究室ではありますが、教員2名、ポスドク1名、院生13名（主た。ウェットの実験は手間や再専攻7名、副専攻6名）、学部生12名が所属しています。私含

現性の低さが難点ですが、ロ

め、ウェットの研究室出身のメンバーやプログラミングに触ボットはそれらの解決策になり得ます。しかも、動いている

れたことのないメンバーもたくさんおり、一から解析についロボットを見るのはかっこいいです。少し脱線しましたが、て学んでいき、どんどん成長しています。研究室のメンバー

ラボメンバーはそれぞれ自分のペースで自由に研究を行ってのほとんどは医学生物系の出身であり、興味のある分野や専います。そういう雰囲気のラボです。

攻も多岐に渡ります。具体的には、機械学習による塩基配列の機能および変異影響の予測、空間1細胞トランスクリプ
トームデータからの細胞間相互作用モデルの構築、機械学習による疾患発見モデルの構築、シングルセルオミクスデータ
解析、実験自動化、転写因子解析などに取り組んでいます。
当研究室では、週に1回ラボセミナーを開き、各自がスライド1枚でその週の進捗報告を行います。その後、その週の担当が論文紹介やロングスパンの進捗報告を行います。
また、輪読会も行っており、NatureのStatistics for Biologistsを毎週読み進めています。学部生や院生、ポスドクなど、在籍や経験にかかわらず毎週基礎的なことから専門的なことまで質問が出ているのはいい雰囲気だと思います。全員参加のセミ
ナーはこの二つですが、外部のセミナーにも多く出席している印象があり、ラボラトリーオートメーション研究会や
Tsukuba Bioinfo Assemblyなどはその代表です。また、研究室メンバー同士の教え合いも多くみられ、セミナー外のディスカッションなどによって自身の研究への理解が深まったり、思わぬ進捗が生まれたりします。
さて、学生視点でのうちのラボの特色についていくつか紹介します。まず、実験ノートが電子化されている点です。
Google docs やesa（https://esa.io/）というツールを用いて実験計画や実験記録、ミーティングの議事録やTipsなど、多種多様なラボの情報を1箇所にまとめています。個人個人のディレクトリを作ることができ、ラボメンバーであれば全ての記録にアクセスできるため、重宝しています。次に、ツー
ル作りだけではなく、ロボットも動かしている点です（写真

18

学士4年）

No.42（January, 2023）

会員による著者紹介
バイオインフォマティクスシリーズ（浜田道昭監修、コロナ社）
現在の生命科学においては、シークエンサーや質量分析器

ズを企画しました。これを実現に代表される計測機器の急速な進歩により、ゲノム、トランするために、バイオインフォマ

スクリプトーム、エピゲノム、プロテオーム、インタラクトー

ティクス分野の最前線で活躍を

ム、メタボロームなどの多種多様・大規模な分子レベルの「情している、若手・中堅の研究者報」が蓄積しています。これらの情報は生物ビッグデータ（あに執筆を依頼しております。執るいはオミクスデータ）と呼ばれ、このようなデータからい

筆者の方々には、バイオイン

かにして新しい生命科学の発見をしていくかが非常に重要とフォマティクス研究の基盤とななっています。

る理論やアルゴリズムを中心

このような状況の中でその重要性を増しているのが、生命に、可能な限り厳密かつ自己完結的に解説を行うようにお願いしています。そのため、本シマティクス」（生命情報科学、生物情報科学）です。バイオ

リーズは、大学などにおけるバイオインフォマティクスの講

インフォマティクスは、DNAやタンパク質の配列などの、義の教科書として活用可能であるのみならず、読者が独学す

生物の配列情報をディジタル情報として捉え、コンピュータ

る場合にも最適な書籍になっていると確信しています。

により解析を行うことを目的として誕生しました。このような、生物の配列情報を解析するバイオインフォマティクスの本シリーズが、今後のバイオインフォマティクス研究さらには生命科学研究の一助となることを切に願います。

一分野は「配列解析」と呼ばれます（これは本シリーズでもJSBi News Letter

科学と情報科学を融合した学際分野である「バイオインフォ

主要なテーマとなっています）。上述の計測機器の進歩とともに、バイオインフォマティクスはここ数十年で飛躍的に発展し、いまや配列解析にとどまらずに、トランスクリプトー
ム解析、メタボローム解析、プロテオーム解析、生物ネット
ワーク解析など多岐にわたってきています。また、必要な知識も、統計学、機械学習、物理学、化学、数学などの多くの分野にまたがっています。しかしながら、これらのバイオイ
ンフォマティクスの多岐にわたる分野を、教科書的・体系的に学ぶことができる成書シリーズは、国内外を見てもほとん
どありません。
そこで、大学生、大学院生、技術者、研究者などに、バイオインフォマティクスの各分野を体系的に学習することを可

https://www.coronasha.co.jp/bioinformatics/
浜田道昭（「バイオインフォマティクスシリーズ」監修）
シリーズ刊行・コロナ社

能とするための教科書を提供することを目的として本シリー

No.42（January, 2023）19

学会からのお知らせ
2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会 開催概要
開催概要
2023年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（IIBMP2023）
日

程：2023年9月7日（木）〜9月9日（土）会

場：柏の葉カンファレンスセンター（千葉県柏市）

大会ホームページ：https://www.jsbi.org/iibmp2023/
大会長：鈴木穣（東京大学新領域創成科学研究科）

JSBi News Letter

実行委員長：山下理宇（国立がん研究センター先端医療開発センター）

学会議事録等
特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会 2022年度通常総会議事録
1．日時

2022年3月15日（火）17：00〜17：30

人の細則第2条に定める選挙（2022年2月1日〜2月14

2．場

所

オンライン

日実施）により選出された新理事候補者10名が、出席648名した会員の議決権の過半数を持って異議なく可決決定

出席した会員数262名

され、被選任者は、いずれもその就任（就任日

内訳

本人出席

28名

年4月1日）を承諾した。改選される理事氏名は下表に

委任状出席234名（権限を議長に委任219名、まとめた。

3．正会員総数

議決権行使15名）

2022年3月31日に任期終了となる理事11名

2022

2022年4月1日に就任する理事10名

岩崎

渉

大上

雅史

沖真

弥

定款第26条により議長を五斗進理事長が務めることと

大林

武

鎌田真由美

川上

英良

木下

なった。議長が定足数を確認し、議長が岩崎渉理事ならびに

木下

聖子

佐藤

佐藤

健吾

遠里由佳子

尾崎遼理事を議事録署名人に指名したところ、満場異議なく

清水謙多郎

遠里由佳子

夏目やよい

浜田

道昭

これを承認した。

長井

陽子

松田

松井

山下

理宇

武藤

愛

5．議事の経過の概要及び議決の結果

3.2 議長は、監事 松井求、根本航が2022年3月31日で任4．議事録署名人選任の経過

第一号議案

2021年度事業報告および収支決算の承認

議長は、これを議事に諮ったところ、満場一致を持って異議なく可決決定した。

健吾
秀雄

求

鎌田真由美
聖子

期満了につきその改選方を議場に諮ったところ、満場一致をもって、河合盛進、根本航が監事に選任され、被選任者はいずれもその就任（就任日 2022年4月1日）を承諾した。

第二号議案

2022年度事業計画および収支予算の承認

議長は、これを議事に諮ったところ、満場一致を持って異以上により議事が終了し、議長は17時30分閉会を宣言した。

議なく可決決定した。
上記の議決を明確にするために、議長および議事録署名人
第三号議案

役員の選任

3.1 議長は、理事11名が2022年3月31日に任期満了となるため、その改選について議場に諮ったところ、当法

20No.42（January, 2023）

において次に記名押印する。
2022年3月15日
特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会



理

事

長

五

斗

進

印



議事録署名人

岩

崎

渉

印



議事録署名人尾崎遼

印

特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 第26回理事会議事録日時

2022年3月15日（火）13：00〜17：00

別紙h8 ISCB幹事

報告事項＊

場

所

オンライン

別紙h11 連係幹事

報告事項＊

者

五斗進理事長、山西芳裕副理事長、岩崎渉理

別紙h14.1 活性化幹事

事・幹事、大上雅史理事・幹事、大林武理事・別紙h14.2 活性化幹事 要望書依頼受付ウェブサイト案

幹事、木下聖子理事、佐藤健吾理事、清水謙

別紙h18.1 総務幹事

メール審議議事録

多郎理事、遠里由佳子理事、武藤愛理事・幹別紙h18.2 総務幹事

会員数の推移事、浅井潔理事、有田正規理事・幹事、荻島

別紙h18.3 総務幹事

ホームページビュー数

創一理事・幹事、尾崎遼理事・幹事、木下賢

別紙h26 公募研究会

第31回バイオメディカル研究会

吾理事・幹事、清水佳奈理事、白井剛理事・＊当日幹事から直接共有された資料

出席

要望書のルール案

以上
オブザーバ

五斗理事長、山西副理事長より第26回理事会開催にあたっ21名出席扱いて挨拶があり、議事録署名人として岩崎理事、尾崎理事が指松井求監事、根本航監事、浜田道昭幹事、笠名され、満場一致で承認された。

原浩太幹事、松本拡高幹事、奥田修二郎幹事、
水口賢司幹事、遠藤俊徳地域部会長、森田瑞議案

樹地域部会長、沖真弥新理事、川上英良新理〈審議事項〉

事、夏目やよい新理事、山下理宇新理事、事第一号議案

務局総務牛山絵美子
議

長

JSBi News Letter

幹事、竹本和広理事、福永津嵩理事（表決書提出） 鎌田真由美理事・幹事、松田秀雄理事

2021年度事業報告および収支決算の承認可否

大林理事・幹事より別紙s1.1-s1.5を基に2021年度事業報五斗進理事長（定款35条による）告および収支決算について報告が行われた。また、浜田幹事より別紙s1.6を基に2021年年会開催報告について報告が行配布資料われた。慎重な審議の結果、2021年度事業報告および収支

議事次第

決算は全会一致で可決され、総会に議案として付議すること（審議事項参照資料）が承認された。特に、大林理事・幹事よりバイオインフォマ

別紙s1.1 2021年度事業報告書

ティクス技術者認定試験について、2020年度開催分が2021

別紙s1.2 2021年度財産目録

年開催にずれこんだことにより2021年の事業として2回開催

別紙s1.3 2021年度貸借対照表となっていることが報告された。また、2023年度の課税事

別紙s1.4 2021年度活動計算書

業者の判定については、2021年度の課税収入総額が1000万

別紙s1.5 2021年度計算書類の注記

円を超えているかどうかの確認を行い次第、報告することと別紙s1.6 2021年度年会開催報告なった。

別紙s2.1 2022年度事業計画案
第二号議案

別紙s2.2 2022年度予算案
別紙s2.3 2022年度年会開催概要

2022年度事業計画および収支予算の承認可否

大林理事・幹事より別紙h2.1、h2.2を基に2021年度事業

別紙s3 理事会審議事項（第三号議案〜六号議案）

計画および収支予算について報告が行われた。また、水口幹

別紙s6 予算執行に係る内規の承認事より別紙h2.3を基に2022年度年会開催計画案について報告が行われた。慎重な審議の結果、2022年度事業計画およ（報告事項参照資料）

び収支予算案は全会一致で可決され、総会に議案として付議

別紙h1 年会幹事

2021年度年会開催報告アンケートすることが承認された。特に、大林理事・幹事より2022年

別紙h2 会計幹事

見積書等についての覚書

度から「バイオインフォマティクス入門」の印税について、

別紙h3 認定試験幹事
別紙h4 研究会幹事

2021年認定試験実施報告
報告事項

法人税法施行令が定める34業種の一つの出版業であり、収益事業となったため、法人税・法人住民税の支払いがあるこ

公募研究会報告

別紙h5 ニュースレター幹事＊＊とが報告された。また、水口幹事より、ハイブリッド開催はNo.42（January, 2023）

21

予算的に高額になるため、オンサイトを前提として準備を進

第五号議案

地域部会部会長の承認

2022年度の地域部会長について五斗理事長から以下の提めることが報告された。

案があり、全会一致で意義なく可決された。
第三号議案

役員の選任の承認可否（理事・監事）遠 藤俊徳（北海道大学大学院情報科学研究院）北海道地域
部会

3.1 五斗理事長は、理事11名が2022年3月31日に任期満了となるため、その改選について議場に諮ったところ、当木下賢吾（東北大学大学院情報科学研究科）東北地域部会

法人の細則第2条に定める選挙（2022年2月1日〜 2月14

鎌田真由美（京都大学大学院医学研究科）関西地域部会日実施）により選出された新理事候補者10名が全会一致

森 田瑞樹（岡山大学大学院ヘルスシステム統合科学研究で 決 定 さ れ、 被 選 任 者 は い ず れ も そ の 就 任（就 任 日科）中国・四国地域部会

2022年4月1日）を承諾したため、総会に議案として付議

 西芳裕（九州工業大学大学院情報工学研究院）九州地域
山することとした。改選される理事氏名は下表にまとめた。

部会

JSBi News Letter

2022年3月31日に任期終了となる理事11名
岩崎

渉

大上

雅史

沖真

弥

大林

武

鎌田真由美

川上

英良

木下

木下

聖子

佐藤

佐藤

健吾

遠里由佳子

健吾

 松真也（沖縄工業高等専門学校生物資源工学科）沖縄地
池

2022年4月1日に就任する理事10名

域部会

鎌田真由美
聖子

第六号議案

予算執行に係る内規の承認

大林理事・幹事より別紙s6を基に「予算執行に係る内規」

清水謙多郎

遠里由佳子

夏目やよい

浜田

道昭

案について説明があった。浅井理事より執行回数の上限がな

長井

陽子

松田

松井

山下

理宇

武藤

愛

いことについて指摘があり、本指摘を踏まえ、大林理事・幹秀雄

求事より今年度は本案で運用を行い、決算時に利用状況につい3.2 五斗理事長は、監事 松井求、根本航が2022年3月31日で任期満了につきその改選方を議場に諮ったところ、満て報告することとし、これを議事に諮ったところ、全会一致で可決決定された。

場一致をもって、河合盛進、根本航が監事に選任され、被選任者はいずれもその就任（就任日2022年4月1日）を承諾したため、総会に議案として付議することとした。

〈報告事項〉【各幹事、会長からの報告】
1

第四号議案

幹事の承認

年会（木下賢吾理事・幹事、浜田幹事、水口幹事）
木 下賢吾理事・幹事より2023年度年会長は山下理宇新理
事・新幹事になることが報告された。山下新理事・新幹事

五斗理事長より、2022年度の幹事について以下の提案がより2023年度9月に開催予定であること、会場は柏の葉カあり、全会一致で意義なく可決された。
会長補佐：岩崎渉、木下賢吾

ンファレンスセンター（千葉県柏市）を検討していること、

総務：岩崎渉現地のお祭りの日程と合わせることで、市民との交流の強

年会：木下賢吾、
水口賢司（2022年大会長）
、
山下理宇
（2023

化も検討していることが報告された。浜田幹事より別紙
h1に基づき、2021年度年会アンケート集計の結果報告が

年大会長）

あった。

会計：大林武、笠原浩太
認定試験：白井剛
研究会：岩崎渉

2

会計（大林理事・幹事、笠原幹事）

ニュースレター：尾崎遼、松本拡高

大 林理事・幹事より、別紙h2に基づき、会計業務の公正JSBi Bioinformatics Review：松本拡高、尾崎遼

かつ効率な運用のため、金額に応じて必要な証票（見積書・ダイバーシティ推進：武藤愛

納品書・請求書）の扱いについて覚書としてまとめた旨が

ISCB：岩崎渉報告された。

若手：大上雅史
渉外：浜田道昭

22

3

認定試験（白井理事・幹事）

連携：鎌田真由美

白井理事・幹事より、別紙h3に基づき、2021年度のバイ

広報：齋藤裕オインフォマティクス技術者認定試験の開催報告があっ人材育成：有田正規、白井剛

た。特に、白井幹事からは2021年12月25日にバイオイン

活性化：奥田修二郎

フォマティクス入門 第2版の出版と、その印税が直接学会

個別化医療推進：木下賢吾に入ることが報告された。

Genome Informatics：五斗進 田理事・幹事より今年度のバイオインフォマティクス技
有No.42（January, 2023）

術者認定試験の開催日程について、2021年会計年度内にンについてサポートを進めていることが報告された。

終わるように調整したことが報告され、理事会メール審議（審議番号：2022-01）にて可決した認定試験受験料の変4

10

渉外（浜田幹事）

更について2022年度は据え置き、2023年度開催分より検浜 田幹事より、2022年度より新たにノボザイムジャパン

討を行うことが報告された。

株式会社が賛助会員になったことについて報告があった。

研究会（岩崎理事長・幹事）

11

連携（荻島理事・幹事）

岩崎理事長・幹事より、別紙h4に基づき、2021年度公募

荻島理事・幹事より、別紙h11に基づき、他学会・研究会

研究会の開催報告・2022年度公募研究会の採択報告があっとの連携について報告があった。

た。また、公募研究会の採択件数に関して、業務量の兼ね合いから毎回3件までとすることについて提案があった。
費用対効果をアンケートなどにより確認し、メール審議に12

広報（齋藤幹事）

欠席のため報告はなかった。

て審議を続けることとなった。
13
5

ニュースレター（尾崎理事・幹事、松本幹事）

人材育成（有田幹事、白井理事・幹事）

報告は特になかった。

に関する報告があった。特に、ブログサービスウェブ記事化については現在準備中であることが報告された。

14

活性化（奥田幹事）

奥田幹事より、別紙h14に基づき、要望書の依頼への対応
ルール案について報告があった。岩崎理事・幹事より内規6

JSBi Bioinformatics Review（松本幹事、尾崎幹事・理事）として文章に残して運用する場合は利益相反について配慮

松 本幹事より、JSBi Bioinformatics Reviewに関する報告

したルールに修正すべきとの意見があり、また、浅井理事があった。アクセス数が順調に伸びており、5月末に3巻

からは、利益相反について、対象者が決定に関与しなけれ（2022）の公開を予定していること、11月には4巻（2022）

ば提案のルールのままで問題ないとの意見があった。文章の公開を予定していることが報告された。特に4巻（2022）に残す場合は、
メール審議で議論を継続することとなった。

JSBi News Letter尾 崎理事・幹事より、別紙h5に基づき、ニュースレター

については、
執筆者の推薦をお願いしたい旨の依頼があった。
15
7

ダイバーシティ推進（武藤理事・幹事）

個別化医療推進（木下賢吾理事・幹事）

特に報告はなかった。

武 藤理事・幹事より、現在オブザーバー加盟学協会として参加している男女共同参画学協会連絡会で行われた大規模アンケートに関して、回答数83、回答率13.72%であった

16

Genome Informatics（五斗理事長・幹事）

特に報告はなかった。

ことが報告された。また、有期雇用労働者の育児・介護休
業取得要件が緩和されたことが報告された。加えて、17会長（五斗理事長・幹事）

2022年IIBMP実行委員会として、今回から行動規範を追五 斗理事長より、後藤名誉会員からの寄付金の有効活用に記し、差別やハラスメント行為の禁止についても言及した

ついて、若手幹事・人材育成幹事とよりよい活用方法につことが報告された。

いて検討を続けることとなった。また、アウトリーチの充実についてサブ幹事会などの開催を検討していること、教8

ISCB（岩崎理事長・幹事）

科書「生命科学」の出版についても需要があるようなので

岩 崎理事長・幹事より、別紙h8に基づき、ISCBに関する

JSBi Bioinformatics Review幹事に相談予定であることが報告があった。特に、JSBi理事会において可決された「2024

報告された。

年拡大版アジアバイオインフォマティクス会議（GIW、InCoB、ISCB-Asia、APBC）構想への協力」について、

18

総務（岩崎理事・幹事）

2024 年 10 月 21 日〜24 日「Asia Pacific Bioinformatics

岩崎理事・幹事より別紙h18に基づき、会員数等の基本情

Joint Congress」として開催する予定であることが報告さ報について報告があった。

れた。
19
9

若手（大上理事・幹事）

会長補佐（木下賢吾理事・幹事、清水理事・幹事）

特に報告はなかった。

大 上理事・幹事より、IIBMP2022のキャリアパスセッショ
No.42（January, 2023）

23

【地域部会長からの報告】
2026

公 募研究会

第31回バイオメディカル研究会（鎌田真

由美地域部会長）

北海道地域部会（遠藤地域部会長）

2
 021年11月2日（火）に開催された「第31回バイオメディ

特に報告はなかった。

カル研究会「スマートシティ構想で目指す医療、健康長寿
21のための街づくり」」について2021年度活動予定・活動記

東北地域部会（木下地域部会長）

録をもとに確認を行った。

特に報告はなかった。

22

関西地域部会（鎌田地域部会長）
以上により議事が終了し、議長は17時00分閉会を宣言した。

特に報告はなかった。
23

以上

上記の議決を明確にするために、議長および議事録署名人

中国・四国地域部会（森田地域部会長）

において次に記名押印する。

特に報告はなかった。

2022年3月15日
24

九州地域部会（山西地域部会長）

JSBi News Letter

特に報告はなかった。
25

沖縄地域部会（池松地域部会長）

特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会


理

事

長

五

斗

進

印



議事録署名人

岩

崎

渉

印



議事録署名人尾崎遼印

特に報告はなかった。

特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 第27回理事会議事録日時

2022年9月12日（月）14：00〜18：00

別紙h2.1 会計幹事

会計中間報告（7月締め）場

所

千里ライフサイエンスセンター701号室

別紙h2.2 会計幹事

2023年度消費税納税について（大阪府豊中市）、オンライン

別紙h2.3 会計幹事

インボイス制度について

五斗進理事長、山西芳裕副理事長、浅井潔理

別紙h4 研究会幹事

2022年度公募研究会開催記録

事、有田正規理事・幹事、荻島創一理事、尾別紙h18.1 総務幹事

会員数の推移崎遼理事・幹事、木下賢吾理事・幹事、白井

別紙h18.2 総務幹事

ホームページビュー数

剛理事・幹事、竹本和広理事、福永津嵩理事、

別紙h18.3 総務幹事

メール審議議事録

沖真弥理事、川上英良理事、木下聖子理事、

別紙h25 沖 縄地域部会

出

席

者

山下理宇理事・幹事

別紙h26 公
 募研究会 2022a-01「質量分析インフォマ
ティクス研究会・第7回ワークショップ ONLINE」（表決書提出） 遠里由佳子理事
以上
オブザーバ

18名出席扱い（全理事数21名）

バイオインフォマティクス人材育成講座パンフレット

佐藤健吾理事、夏目やよい理事、松井求理事、

別紙h27 公募研究会

2022a-02「第32回バイオメディ

カル研究会「最先端構造解析の現状と課題」

奥田修二郎幹事、笠原浩太幹事、岩崎渉幹事、
水口賢司幹事、大林武幹事、武藤愛幹事、齋藤裕幹事、池松真也地域部会長、根本航監事、

議長

五斗理事長、山西副理事長より第27回理事会開催にあたっ河合盛進監事、事務局総務牛山絵美子て挨拶があり、議事録署名人として松井理事、尾崎理事が指五斗進理事長（定款35条による）名され、満場一致で承認された。
〈審議事項〉

配布資料

第一号議案

議事次第

2024年度JSBi年会 年会長の承認可否

木下賢吾理事・幹事より、別紙s1を基に、2024年年会開（審議事項参照資料）
別紙s1 理事会審議事項（第一号議案〜三号議案）

催 に つ い て、2024年10月22日 か ら24日 の 日 程 でAsiaPacific Bioinformatics Joint Congress（APBJC）と合同での開催を検討しており、大会長を岩崎渉幹事としたい旨が説（報告事項参照資料）

24

別紙h1.1 年会幹事

2022年年会について明され、これを議事に諮ったところ、全会一致で可決決定さ別紙h1.2 年会幹事

2023年年会についてれた。

No.42（January, 2023）

第二号議案Oxford Journals JSBi Prize規定（2）の改定の承認可否

大上幹事より、別紙s1を基に、Oxford Journals - JapaneseSociety for Bioinformatics Prize 選考規定について以下の通武藤幹事より、別紙s1を基に年会開催規定について以下の通りに改正したい旨が説明され、これを議事に諮ったところ、出席した会員の議決権の過半数を持って異議なく可決決定された。

りに改正したい旨が説明され、これを議事に諮ったところ、出席した会員の議決権の過半数を持って異議なく可決決定された。

【現行】
第10条 年会開催後、年会長は監査報告書とともに年会開催について理事会に報告し、承認を得なければならない。

【現行】（受賞者及び受賞候補者の条件）
第3条

【変更後】
第10条 年会開催後、年会長は監査報告書とともに年会開

この賞は、以下の各号の全てに該当する者を受賞

催について理事会に報告し、承認を得なければならない。

候補者とする。
2（1）第4条に定める推薦があった者。

年会開催報告には参加者および発表者の性別ごとの人（2）当該年度の4月1日現在において39歳未満の者。

数の調査結果を含めるものとする。ただし、性別の調（3）当該年度においてこの法人の会員である者。

査においては多様性に配慮した選択肢を設けるととも（4）当該年度の年会に参加することが可能であり、かつ、に、回答を任意とする。
〈報告事項〉

度 以 前 に つ い て は こ の 賞 ま た はOxford University【各幹事、会長からの報告】

Press Bioinformatics Prizeを受賞した研究発表の第一1

年会（木下賢吾理事・幹事、水口幹事、山下理事・幹事）
水 口幹事より、別紙h1.1に基づき、2022年度年会準備報発表者ではない者。
【変更後】告がなされた。2022年年会は、2022年9月13日（火）〜（受賞者及び受賞候補者の条件）

9月15日（木）にかけて千里ライフサイエンスセンター（大第3条

JSBi News Letter

参加する意思を有している者。
（5）この賞を以前に受賞したことがなく、かつ、平成24年

阪府豊中市）にて開催すること、行動規範を示したこと、この賞は、以下の各号の全てに該当する者を受賞

会場における新型コロナウイルス感染症対策等について報候補者とする。
（1）第4条に定める推薦があった者。

告された。

（2）当該年度の4月1日現在において38歳未満の者。ただし、山下理事・幹事より、別紙h1.2に基づき、2023年9月7日

出産・育児により研究に専念できない期間があった場（木）〜9月9日（金）にかけて、柏の葉カンファレンス

合は、応募要件を40歳未満とする。なお、研究に専念

センター（千葉県柏市）にて2023年度年会を開催するこできない期間とは、休暇の取得や休職・離職などそのとが報告された。また、大会長を鈴木譲氏、実行委員長を期間が定量的に算定できるものであること。

山下理宇理事・幹事とすることが報告された。最終日につ（3）当該年度においてこの法人の会員である者。

いては、大会開催地周辺で開催される「柏の葉まつり」と（4）当該年度の年会に参加することが可能であり、かつ、の連携を打診中であることが報告された。

参加する意思を有している者。
（5）この賞を以前に受賞したことがなく、かつ、平成24年

2

会計（大林幹事、笠原幹事）

度 以 前 に つ い て は こ の 賞 ま た はOxford University

大 林幹事より、別紙h2.1に基づき、会計の中間報告があり、Press Bioinformatics Prizeを受賞した研究発表の第一

問題なく執行されていることが報告された。また、別紙

発表者ではない者。

h2.2に基づき、2023年度は消費税納税年度であることが報告された。加えて、別紙h2.3に基づき、2023年10月開（推薦様式のwordファイルの最後に1ページ追加し、以下の始のインボイス制度への対応方針について、来年度は現状文言を追加）

維持（適格請求書発行事業者にならない）とすることが報告された。

研究に専念できない期間があった場合は、以下に研究に専念できない期間を記載するとともに、出産・育児の事実を確認するための最低限の書類（母子手帳の表紙の写等）を貼り付け、または添付すること。

3

認定試験（白井理事・幹事）
白 井理事・幹事より、2022年度のバイオインフォマティ
クス技術者認定試験に関する報告があった。受験期間は第三号議案 ジ ェンダーバランス調査のための年会開催規定の改定の承認可否

2022年11月12日（土）〜2022年12月4日（日）であり、そのうち1回のみ受験可とし、また、2022年11月26日（土）・No.42（January, 2023）2527日（日）については、正規のCBT受験会場に加えて沖五 斗理事長より、2022年度より新たに岩井化学薬品株式

縄工業高等専門学校（名護市）に特別受験会場（準会場）

会社、株式会社BlueMeme、学校法人滋慶学園東京医薬看を設置することになったことが報告された。また、有田理護専門学校 バイオデータサイエンス学科、ノボザイムジャ

事・幹事より2022年度受験料は据え置きとしていること

パン株式会社の合計4社が賛助会員になったことについてが確認された。

報告があった。岩崎幹事より賛助会員について、各先生から関連会社への声かけの協力について依頼があった。

4研究会（岩崎幹事）
岩崎幹事より、別紙h4に基づき、2022年度公募研究会の連携（鎌田理事・幹事）

開催状況の報告があった。また、公募研究会の採択件数に

 斗理事長より、本学会は生物科学学会連合に所属してお
五関して、業務量の兼ね合いから毎回3件までとすることにり、鎌田理事・幹事が委員として活動していることが報告

ついて、来年度はそのように運用することとなった。

された。

5

JSBi News Letter11

ニュースレター（尾崎理事・幹事、松本幹事）

12

広報（齋藤幹事）

尾 崎理事・幹事より、2022年3月にニュースレター第41齋
 藤幹事より、JSBiホームページのバイオインフォマティ号を発行し、次号は2023年1月発行を目指し準備を進めて

クス研究室検索に、現在約40件ほどの掲載があることがいることが報告された。また、ニュースレターの一部の記報告された。また、ホームページ閲覧数としては、認定試事をブログサービスにて記事化することについて、公開直験、年会関連ページが上位にあることが報告された。

前であることが報告された。
13

人材育成（有田理事・幹事、白井理事・幹事）

JSBi Bioinformatics Review（松本幹事、尾崎理事・幹事）

有 田理事・幹事より、現在進めている人材スキル標準と認尾 崎 理 事・ 幹 事 よ り、JSBi Bioinformatics Review3巻

定試験の連携について、単一学会での運用ではなく、複数（2022）を2022年6月に公開したことが報告された。また、学会によるサポート体制による運用を進められるよう検討

2022年11月には4巻（2022）の公開を予定していることしていること、また、認定試験の運営を自立した形で行うが報告された。

ため、まずは受験者数1,000名を超えることを目指すこと6が報告された。
7

ダイバーシティ推進（武藤幹事）武 藤幹事より、男女共同参画学協会連絡会にて2021年に14活性化（奥田幹事）

開催された第5回大規模アンケート（第5回 科学技術系専

 田幹事より、前回の理事会で案出しした要望書の依頼へ
奥門職の男女共同参画実態調査）報告書のアンケート解析Ｗの対応ルール案について報告があり、利益相反について配Ｇに協力したこと、概要版が10月末に公開されるため、慮したルールに修正すべきとの意見について、議論を継続

閲覧・活用してほしい旨が報告された。加えて、2022年することとなった。

年会実行委員会として行動規範を定めたことに関連し、来年度以降も行動規範を設置してほしい旨の報告があった。
また、今回初めてキャリアパス・ダイバーシティ共同セッ

15

個別化医療推進（木下賢吾理事・幹事）

特に報告はなかった。

ションを開催したことについても報告された。
16
8

ISCB（岩崎幹事）

Genome Informatics（五斗理事長・幹事）

特に報告はなかった。

岩崎幹事より、今年度のISMBは2022年7月10日〜14日に米国マディソン市とオンラインでのハイブリッドで開催さ17会長（五斗理事長・幹事）れたことが報告された。また、ECCBは2022年9月12日〜

 斗理事長より、後藤名誉会員からの寄付金について、よ
五21日にスペイン・シッチェスとオンラインでのハイブリッ

りよい活用方法について検討を続けることとなった。

ドで開催されたことが報告された。
18

総務（岩崎幹事）

若手（大上幹事）

 崎幹事より、別紙h18.1,2に基づき、会員統計およびホー岩

審議事項に加えての報告事項はなかった。

ムページビュー数について、報告された。特に会員が1,000

9

名に近づいており、賛助会員も今年度4社加入したことが10

26

渉外（浜田幹事）

No.42（January, 2023）

報告された。また、賛助会員の入会フォームに入会の経緯

特に報告はなかった。

の項目を追加することとした。加えて、別紙h18.3に基づき、メール審議議事録について確認がなされた。

25
19

沖縄地域部会（池松地域部会長）

池松地域部会長より、別紙h25に基づき、バイオインフォ

会長補佐（岩崎幹事・木下賢吾理事・幹事）

マティクス人材育成講座の開催を予定しており、受講登録

特に報告はなかった。

者数が1,000名を超えていることが報告された。
【地域部会長からの報告】
20

北海道地域部会（遠藤地域部会長）

26

公募研究会 質量分析インフォマティクス研究会・第7回ワークショップ ONLINE（山本博之会員）

特に報告はなかった。

2022年4月22日（金）に開催された「質量分析インフォ21

マティクス研究会・第7回ワークショップ ONLINE」につ

東北地域部会（木下賢吾地域部会長）

いて別紙h26を基に確認を行った。

特に報告はなかった。

22

関西地域部会（鎌田地域部会長）

以上

以上により議事が終了し、議長は18時00分閉会を宣言した。

2022年5月20日（金）に開催された「第32回バイオメディ
紙h27を基に、確認を行った。

において次に記名押印する。
2022年9月12日

23

中国・四国地域部会（森田地域部会長）

特に報告はなかった。
24

九州地域部会（山西地域部会長）

特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会


理

事

長

五

斗

進

印



議事録署名人

松

井

求

印



議事録署名人尾崎

遼

印

No.42（January, 2023）

JSBi News Letter

上記の議決を明確にするために、議長および議事録署名人

カル研究会「最先端構造解析の現状と課題」について、別27

学会の現況
有効会員数（2022年12月現在）正会員：706名

特定非営利活動法人
会
副

会

長
長

五斗
山西

賛助会員：20社 名誉会員：5名

日本バイオインフォマティクス学会

2022年度役員一覧

進 （情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター）
芳裕 （九州工業大学大学院情報工学研究院）

遠藤 俊徳 （北海道大学大学院情報科学研究院）北海道地域部会
木下 賢吾 （東北大学大学院情報科学研究科）東北地域部会
鎌田真由美 （京都大学大学院医学研究科）関西地域部会
森田 瑞樹 （岡山大学大学院ヘルスシステム統合科学研究科）中国・四国地域部会
山西 芳裕 （九州工業大学大学院情報工学研究院）九州地域部会
池松 真也 （沖縄工業高等専門学校生物資源工学科）沖縄地域部会

理

事

浅井
潔 （東京大学 大学院新領域創成科学研究科）
有田 正規 （国立遺伝学研究所 情報研究系）
荻島 創一 （東北大学 高等研究機構 未来型医療創成センター/東北メディカル・メガバンク機構）
尾崎
遼 （筑波大学医学医療系生命医科学域）
木下 賢吾 （東北大学 大学院情報科学研究科）
五斗
進 （情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設ライフサイエンス統合データベースセンター）
清水 佳奈 （早稲田大学 理工学術院）
白井剛 （長浜バイオ大学 コンピュータバイオサイエンス学科）
竹本 和広 （九州工業大学 大学院情報工学研究院）
福永 津嵩 （早稲田大学高等研究所）
山西 芳裕 （九州工業大学 大学院情報工学研究院 生命化学情報工学研究系）
沖真弥 （京都大学大学院医学研究科）
鎌田真由美 （京都大学大学院医学研究科）
川上 英良 （理化学研究所先端データサイエンスプロジェクト）
木下 聖子 （創価大学糖鎖生命システム融合研究所）
佐藤 健吾 （東京電機大学システムデザイン工学部）
遠里由佳子 （立命館大学情報理工学部）
夏目やよい （医薬基盤・健康・栄養研究所）
浜田 道昭 （早稲田大学 理工学術院）
松井
求 （東京大学大学院新領域創成科学研究科）
山下 理宇 （国立がん研究センター先端医療開発センター）

監

事

根本
河合

JSBi News Letter

地域部会長

航 （東京電機大学理工学部）
盛進 （トヨタ紡織株式会社）

賛助会員一覧

（2022年12月現在、賛助会員口数および五十音順）
株式会社日立製作所
岩井化学薬品株式会社
富士通株式会社
株式会社BlueMeme
株式会社アンプラット
エーザイ株式会社
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
カクタス・コミュニケーションズ株式会社
株式会社 クリムゾン インタラクティブジャパン
塩野義製薬株式会社
住友化学株式会社
タカラバイオ株式会社
田辺三菱製薬株式会社
中外製薬株式会社
学校法人滋慶学園 東京医薬看護専門学校
株式会社ナベ インターナショナル
ノボザイムズジャパン株式会社
一般社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム
有限会社パスウェイソリューションズ
三井情報株式会社

28

学生会員：226名

No.42（January, 2023）

★学科ホームページ★

JSBi News Letter

常勤講師・非常勤講師募集
年4月よりバイオインフォマティクスを学ぶ、バイオデータサイエンス学科を開講いたします。新規学科新設に伴い、常勤職員・非常勤講師を募集しております。

本校で一緒に人材育成しませんか？
■ 学習科目
数学、統計学、ITパスポート試験対策、プログラミング基礎（Python、R）、
機械学習、ゲノム解析実習、生物、化学、分子生物学、遺伝子工学、微生物学、
バイオテクノロジー関係実習、ITパスポート
試験対策、統計検定、基本情報技術者認定試
験対策 など※2023年より随時開講します、開講時期は科目によって異なります。

【人材育成の関わり方】○常勤職員
年間、学生の成長を一緒に見守る○非常勤講師
得意な分野で学生の個の力を引き出し伸ばす
興味がある方は是非、お問い合わせ下さい！
東京医薬看護専門学校
バイオデータサイエンス学科
：

設立準備室

バイオインフォマティクスシリーズ
情報系技術者を募集しています
タカラバイオは、遺伝子治療、ワクチン製造、ゲノム解析などの革新的なバイオ技術の開発を通じて社会に貢献することを目指しています。情報技術を用いて、新しいことにチャレンジしたい、様々な技術に関わっていきたい、社会貢献を実感したい、など歓迎します。皆様が活躍できる業
務を用意してお待ちしております！
• 遺伝子医療・再生医療デザイン• PCR・NGS関連新製品開発• バイオインフォマティクス解析• シーケンスデータ品質管理• 業務効率化パイプライン構築• ネットワークシステム構築
http://www.takara-bio.co.jp/kaisha/boshu.htm

バイオインフォマティクスの多岐に渡る分野を，教科書的・体系的に学べる成書シリーズ
本シリーズの特設サイトを開設いたしました。
各書籍の詳細や今後の刊行予定などの最新情報がご覧いただけます。
h�ps://www.coronasha.co.jp/bioinforma�cs/

バイオインフォマティクスシリーズ

シリーズ最新4巻
好評発売中！

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター第42号
発 行 日

2023年1月31日

発 行 者

特定非営利活動法人日本バイオインフォマティクス学会（理事長 五斗進）

編

尾崎遼・松本拡高（学会幹事）、牛山絵美子（学会事務局）

集

デザイン

ウチダヒロコ組

勝美印刷株式会社版

No.42（January, 2023）

29

JSBi News Letter

編集後記
今回の特集は前号に引き続き、バイオインフォマティクスの未来についての座談会の記事をお送りいたしました。2022年はバイオインフォマティクス分野では、種々の機械学習技術や大規模言語モデルを用いた生物配列の構造・機能予測や設計に様々なニュースがありました。大規模計測技術についても、NGSを含むオミクス計

測の低価格化・高度化やイメージング技術の発展がますます進んでいます。2023年がどのような年になるか楽
しみですね。

（尾崎・松本）

こんにちは、事務局の牛山です。2022年9月よりJSBiのnoteアカウント（https://note.com/jsbi）を開設しました。本誌と合わせて、noteでもお楽しみいただき、そして、本学会会員以外の方にも、本学会を知っていただくきっかけになれば大変嬉しいです。また、学会へのご意見・ご要望等につきましては、お近くの理事・幹事の先生方、あるいは事務局総務までぜひお寄せください。今後ともより良い学会運営を目指して参ります。


30

No.42（January, 2023）（事務局・牛山）