【手続補正書】
【提出日】平成29年5月26日(2017.5.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
作用物質に応答した生物系の攪乱を定量化するためのコンピュータ化された方法であって、前記方法は、
プロセッサにおいて、第１の処置データと第２の処置データとを取得することと、
前記生物系における生物学的実体を表すノードとノード間の関係を表すエッジとを含むネットワークモデルを識別することであって、前記ノードは、前記第１の処置データと前記第２の処置データとの間の変化の予測される方向を示す方向値に関連付けられている、ことと、
前記ノードに対して、前記第１の処置データと前記第２の処置データとの間の差異に基づく活性尺度を取得することと、
前記方向値および前記活性尺度に少なくとも部分的に基づいて、前記作用物質に対する前記生物系の攪乱を表す前記ネットワークモデルについてのスコアを生成することと
を含む、方法。
【請求項２】
前記第１の処置データは、前記作用物質に対する前記生物系の前記応答に対応し、前記第２の処置データは、前記生物系が前記作用物質に対して曝露されない場合の制御データに対応する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記活性尺度は、倍率変化値を含み、それぞれのノードに対する各それぞれの倍率変化は、前記それぞれのノードによって表される前記生物学的実体に対する前記第１の処置データと前記第２の処置データとの間の差異の対数を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記活性尺度は、倍率変化値を含み、前記方法は、前記倍率変化値が、ゼロ倍率変化の基礎となる帰無仮説からの逸脱を表す確率に少なくとも部分的に基づいて重み値を決定することをさらに含み、前記スコアは、前記重み値に少なくとも部分的に基づいて生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記スコアを生成することは、
重み値および方向値を前記活性尺度に適用することにより、一組の重み付けられた活性尺度を取得すること
をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記スコアを生成することは、
前記重み付けられた活性尺度を足し合わせることにより、合計を取得することと、
前記ネットワークモデルにおいて表される前記生物学的実体の数に基づくファクターによって前記合計を正規化することと
をさらに含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記スコアの符号は、プロセスが上方調節されているか、または、下方調節されているかを示す、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記スコアを生成することは、
前記活性尺度が前記方向値に整合している度合を表す正の活性化距離を取得することと、
前記活性尺度が前記方向値に整合していない度合を表す負の活性化距離を取得することと
を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記スコアは、前記活性尺度が与えられるときに前記ネットワークモデルによって表される１以上の生物学的機構が活性化される確率を定量化したものである、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記方向値は、正の方向値を含み、
正の方向値に関連付けられた、前記ネットワークモデルにおける前記生物学的実体を第１のサブセットの生物学的実体として識別し、
負の方向値に関連付けられた、前記ネットワークモデルにおける前記生物学的実体を第２のサブセットの生物学的実体として識別する、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記スコアを生成することは、
重み値および前記方向値を前記第１のサブセットの生物学的実体に対する前記活性尺度に適用することにより、第１の組の重み付けられた活性尺度を取得することと、
重み値および前記方向値を前記第２のサブセットの生物学的実体に対する前記活性尺度に適用することにより、第２の組の重み付けられた活性尺度を取得することと
を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記正の活性化距離は、前記第１の組の重み付けられた活性尺度の合計に少なくとも部分的に基づいて生成され、
前記負の活性化距離は、前記第２の組の重み付けられた活性尺度の合計に少なくとも部分的に基づいて生成される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記方向値は、正の方向値と負の方向値とを含み、前記スコアは、正の方向値を伴う前記ノードに対する第１の和および負の方向値を伴う前記ノードに対する第２の和に少なくとも基づいて生成される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
正の方向値を伴う前記ノードは、その活性が前記第２の処置に比較して前記第１の処置に応答して増加すると予想される生物学的実体に対応し、負の方向値を伴う前記ノードは、その活性が前記第２の処置に比較して前記第１の処置に応答して減少すると予想される生物学的実体に対応する、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
正の方向値を伴う前記ノードに対して、
前記活性尺度を増加する順番に順序付けることにより、第１の順序付けられた組の活性尺度を取得することと、
前記第１の順序付けられた組の活性尺度における隣接する活性尺度の間の差異を計算することと
をさらに含み、
前記第１の和は、前記差異および前記正の方向値に少なくとも部分的に基づいて生成される、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
負の方向値を伴う前記ノードに対して、
前記活性尺度を増加する順番に順序付けることにより、第２の順序付けられた組の活性尺度を取得することと、
前記第２の順序付けられた組の活性尺度における隣接する活性尺度の間の差異を計算することと
をさらに含み、
前記第２の和は、前記差異および前記負の方向値に少なくとも部分的に基づいて生成される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記第１の和は、前記第１の順序付けられた組の活性尺度におけるそれぞれの活性尺度と前記それぞれの活性尺度に隣接する他の活性尺度との間の差異によって乗算されたそれぞれの活性尺度に対応する値に対するものであり、
前記第２の和は、前記第２の順序付けられた組の活性尺度におけるそれぞれの活性尺度と前記それぞれの活性尺度に隣接する他の活性尺度との間の差異によって乗算されたそれぞれの活性尺度に対応する値に対するものである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第１の順序付けられた組の活性尺度における第１の活性尺度は、前記第１の順序付けられた組の活性尺度における第２の活性尺度よりも低く、前記スコアは、前記第２の活性尺度が前記第１の活性尺度よりも前記スコアに対して大きな効果を有するように生成される、請求項１５に記載の方法。
【請求項１９】
前記スコアについての信頼区間を生成することをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記信頼区間を生成することは、前記活性尺度に適用される一組の係数が活性尺度の関数であるか否かを決定することを含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記信頼区間を生成することは、前記活性尺度の分散に基づいて前記スコアの分散を評価することをさらに含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
生物系に対する攪乱の影響を決定するためのコンピュータシステムであって、前記コンピュータシステムは、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法を実行するように構成されたプロセッサを含む、コンピュータシステム。
【請求項２３】
プログラムコードが記録されたコンピュータ読み取り可能な記録媒体であって、前記プログラムコードは、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法を実行することをコンピュータに行わせるためのものである、コンピュータ読み取り可能な記録媒体。