(57)【要約】  リゾチーム活性を有する１つ以上のポリペプチドを含む動物用飼料又は動物用飼料添加物。リゾチーム活性を有するポリペプチド、そのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、核酸構築物、ベクター及びそのポリヌクレオチドを含む宿主細胞並びにそのポリペプチドを生成及び使用する方法。【特許請求の範囲】
【請求項１】
組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇのＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、前記ポリペプチドは、（ａ）リゾチーム活性を有し、且つ（ｂ）１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、前記ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与える、組成物。
【請求項２】
前記ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメインをさらに含み、前記リゾチーム強化ドメインは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、前記問い合わせは、ｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択される前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）の前記ポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）の前記ポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）の前記ポリペプチドの断片
からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
前記ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）モチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）；
（ｂ）モチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）；及び
（ｃ）モチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）
からなる群から選択される１つ以上のモチーフを含む、請求項１〜３のいずれかに記載の組成物。
【請求項５】
前記ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる、請求項１〜４のいずれかに記載の組成物。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物を含む顆粒。
【請求項７】
コーティングされている、請求項６に記載の顆粒。
【請求項８】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物又は請求項６若しくは７に記載の顆粒を含む動物用飼料添加物。
【請求項９】
植物系材料と、請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物、請求項６若しくは７に記載の顆粒又は請求項８に記載の動物用飼料添加物とを含む動物用飼料。
【請求項１０】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の組成物を含む液体配合物であって、前記ＬＹＳポリペプチドは、０．０１％〜２５％ｗ／ｗの液体配合物、好ましくは０．０５％〜２０％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド、より好ましくは０．２％〜１５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド、より好ましくは０．５％〜１５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド又は最も好ましくは１．０％〜１０％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドで投与される、液体配合物。
【請求項１１】
２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオールをさらに含む、請求項１０に記載の液体配合物。
【請求項１２】
動物の１つ以上の性能パラメーターを向上させる方法であって、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物を１匹以上の動物に投与することを含む方法。
【請求項１３】
動物用飼料を作製する方法であって、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物を植物系材料と混合することを含む方法。
【請求項１４】
請求項１〜１１のいずれか一項に記載の組成物の使用であって、
動物用飼料における；
動物用飼料添加物における；
動物用飼料における使用のための組成物の作製における；
動物用飼料の栄養価を向上させるための；
前記動物用飼料の消化性を増大させるための；及び／又は
動物における１つ以上の性能パラメーターを向上させるための使用。
【請求項１５】
リゾチーム活性を有する単離ポリペプチドであって、
（ａ）配列番号３の前記ポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも９４％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８７％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８１％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８７％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも９６．２％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８１％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号３の前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｐ）配列番号６の前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）配列番号９及び配列番号３６からなる群から選択される前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｒ）配列番号１２、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３３及び配列番号４２からなる群から選択される前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｓ）配列番号１５及び配列番号２７からなる群から選択される前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｔ）配列番号１８及び配列番号３９からなる群から選択される前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１又は４２位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｕ）配列番号３０の前記ポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７又は８位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｖ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）の前記ポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｗ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）の前記ポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｘ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）の前記ポリペプチドの断片
からなる群から選択される単離ポリペプチド。
【請求項１６】
配列番号２のアミノ酸１〜３１６、配列番号３のアミノ酸１〜３１６、配列番号４のアミノ酸１〜３２２、配列番号６のアミノ酸１〜３１８、配列番号７のアミノ酸１〜３１８、配列番号８のアミノ酸１〜３２６、配列番号１０のアミノ酸１〜３１６、配列番号１１のアミノ酸１〜３１６、配列番号１２のアミノ酸１〜３２４、配列番号１４のアミノ酸１〜３１６、配列番号１５のアミノ酸１〜３１６、配列番号１６のアミノ酸１〜３２４、配列番号１８のアミノ酸１〜３１６、配列番号１９のアミノ酸１〜３１６、配列番号２０のアミノ酸１〜３２４、配列番号２２のアミノ酸１〜３１６、配列番号２３のアミノ酸１〜３１６、配列番号２４のアミノ酸１〜３２４、配列番号２６のアミノ酸１〜５１６、配列番号２７のアミノ酸１〜５１６、配列番号２８のアミノ酸１〜５２４、配列番号３０のアミノ酸１〜３１７、配列番号３１のアミノ酸１〜３１７、配列番号３２のアミノ酸１〜３２５、配列番号３４のアミノ酸１〜３１６、配列番号３５のアミノ酸１〜３１６、配列番号３６のアミノ酸１〜３２４、配列番号３８のアミノ酸１〜３１６、配列番号３９のアミノ酸１〜３１６又は配列番号４０のアミノ酸１〜３２４を含むか又はそれからなる、請求項１５に記載のポリペプチド。
【請求項１７】
請求項１５又は１６に記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【請求項１８】
請求項１７に記載のポリヌクレオチドを含む核酸構築物又は発現ベクターであって、前記ポリヌクレオチドは、発現宿主において前記ポリペプチドの産生を誘導する１つ以上の制御配列に作動可能に連結されている、核酸構築物又は発現ベクター。
【請求項１９】
請求項１７に記載のポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞であって、前記ポリヌクレオチドは、前記ポリペプチドの産生を誘導する１つ以上の制御配列に作動可能に連結されている、組換え宿主細胞。
【請求項２０】
請求項１５又は１６に記載のポリペプチドを生成する方法であって、
（ａ）前記ポリペプチドの産生を促す条件下において、請求項１９に記載の組換え宿主細胞を培養すること；及び
（ｂ）前記ポリペプチドを回収すること
を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列リストの参照
本出願は、参照により本明細書に組み込まれるコンピューター可読形式の配列リストを含有する。
【０００２】
本発明は、リゾチーム活性を有する新規のＬＹＳポリペプチド、そのポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、核酸構築物、ベクター及びそのポリヌクレオチドを含む宿主細胞並びにそのポリペプチドを生成する方法に関する。本発明は、組成物、特にＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料及び動物用飼料におけるＬＹＳポリペプチドの使用にも関する。
【背景技術】
【０００３】
リゾチームは、多くの生物により細菌に対する防御機構として産生されるＯ−グリコシルヒドロラーゼである。この酵素は、細菌中の重要な構造分子であるペプチドグリカンのグリコシド結合を切断することにより、細菌細胞壁の加水分解を引き起こす。それらの細胞壁がリゾチーム作用により軟化された後、細菌細胞は、不平衡の浸透圧の結果として溶解する。
【０００４】
リゾチームは、ウイルス、植物、昆虫、鳥、爬虫類動物及び哺乳動物などの多くの生物中において自然に存在する。哺乳動物では、リゾチームは、鼻分泌物、唾液、涙、腸内容物、尿及び乳から単離されてきた。この酵素は、Ｎ−アセチルムラミン酸の炭素番号１とＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミンの炭素番号４との間のグリコシド結合を切断する。インビボでは、これらの２つ炭水化物が重合されて、多くの微生物の細胞壁多糖類を形成する。
【０００５】
リゾチームは、現在までに７つの異なるグリコシドヒドロラーゼ（ＧＨ）ファミリーに分類されてきた（ＣＡＺｙ、ｗｗｗ．ｃａｚｙ．ｏｒｇ）：ＧＨ１８、ＧＨ１９、雌鳥卵白リゾチーム（ＧＨ２２）、ガチョウ卵白リゾチーム（ＧＨ２３）、バクテリオファージＴ４リゾチーム（ＧＨ２４）、スフィンゴモナス属（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）鞭毛タンパク質（ＧＨ７３）及びカラロプシス属（Ｃｈａｌａｒｏｐｓｉｓ）リゾチーム（ＧＨ２５）。
【０００６】
市販の主要製品である雌鶏卵白から抽出されるリゾチームは、例えば、ストレプトコーカス・アウレウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｒｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）細胞壁におけるＮ，６−Ｏ−ジアセチルムラミン酸を切断せず、したがって、とりわけ、この重要なヒト病原体を溶解できない（Ｍａｓｓｃｈａｌｃｋ  Ｂ，Ｄｅｃｋｅｒｓ  Ｄ，Ｍｉｃｈｉｅｌｓ  ＣＷ（２００２），“Ｌｙｔｉｃ  ａｎｄ  ｎｏｎｌｙｔｉｃ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｏｆ  ｉｎａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｒａｍ−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｂａｃｔｅｒｉａ  ｂｙ  ｌｙｓｏｚｙｍｅ  ｕｎｄｅｒ  ａｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃ  ａｎｄ  ｈｉｇｈ  ｈｙｄｒｏｓｔａｔｉｃ  ｐｒｅｓｓｕｒｅ”，Ｊ  Ｆｏｏｄ  Ｐｒｏｔ．６５（１２）：１９１６−２３）。
【０００７】
リゾチームの使用は、動物用飼料（例えば、国際公開第００／２１３８１号パンフレット及び国際公開第０４／０２６３３４号パンフレットを参照されたい）、チーズの生産（例えば、国際公開第０５／０８０５５９号パンフレットを参照されたい）、食品保存（Ｈｕｇｈｅｙ  ａｎｄ  Ｊｏｈｎｓｏｎ（１９８７）Ａｐｐｌ  Ｅｎｖｉｒｏｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  ５３：２１６５）、洗剤（例えば、米国特許第５，０４１，２３６号明細書及び欧州特許第０４２５０１６号明細書を参照されたい）、口腔ケア（例えば、米国特許第４，３５５，０２２号明細書、国際公開第０４／０１７９８８号パンフレット及び国際公開第０８／１２４７６４号パンフレットを参照されたい）、美容学及び皮膚科学、避妊、泌尿器科学並びに婦人科学（例えば、国際公開第０８／１２４７６４号パンフレットを参照されたい）において提案されてきた。
【０００８】
抗菌性成長促進物質（ＡＧＰ）は、動物における成長促進のために従来使用されてきており、おそらくクロストリジウム・パーフリンジェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）などの病原体による低レベルの感染を予防することによって機能している。しかしながら、ＡＧＰは、世界中で次第に禁止されており、したがって動物の成長を促進するための、ＡＧＰではない新たな解決策に関心が持たれている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明者らは、リゾチーム活性を有する完全に新しいクラスのポリペプチドを発見した。そのため、本発明は、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇのＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ポリペプチドは、（ａ）リゾチーム活性を有し、且つ（ｂ）１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与える、組成物に関する。通常、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される。
【００１０】
本発明は、リゾチーム活性を有する単離ポリペプチドであって、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも９４％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８７％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８１％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８７％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも９６．２％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８１％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号３のポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｐ）配列番号６のポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）配列番号９及び配列番号３６からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｒ）配列番号１２、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３３及び配列番号４２からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｓ）配列番号１５及び配列番号２７からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｔ）配列番号１８及び配列番号３９からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１又は４２位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｕ）配列番号３０のポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７又は８位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｖ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｗ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｘ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される単離ポリペプチドにさらに関する。
【００１１】
本発明は、動物用飼料添加物又は本発明のＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料；動物用飼料、動物用飼料添加物、動物用飼料に使用するための組成物の作製における、及び動物において１つ以上の性能パラメーターを向上させるためのＬＹＳポリペプチドのリゾチームの使用にも関する。本発明は、動物の性能パラメーターを向上させる方法、動物用飼料を作製するための方法、本発明のポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチド、核酸構築物、組換え発現ベクター、組換え宿主細胞及び本発明のＬＹＳポリペプチドを生成する方法にさらに関する。本発明は、動物用飼料における；動物用飼料添加物における；動物用飼料に使用するための組成物の作製における；動物用飼料の栄養価を向上させるための；動物用飼料の消化性を増大させるための；及び／又は動物において１つ以上の性能パラメーターを向上させるための本発明の組成物の使用をさらに対象とする。
【００１２】
配列リストの概要
配列番号１は、ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００１３】
配列番号２は、配列番号１から推定されたアミノ酸配列である。
【００１４】
配列番号３は、ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００１５】
配列番号４は、ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００１６】
配列番号５は、配列番号４から推定されたアミノ酸配列である。
【００１７】
配列番号６は、ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００１８】
配列番号７は、タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００１９】
配列番号８は、配列番号７から推定されたアミノ酸配列である。
【００２０】
配列番号９は、タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００２１】
配列番号１０は、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）ＸＺ２６６８から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００２２】
配列番号１１は、配列番号１０から推定されたアミノ酸配列である。
【００２３】
配列番号１２は、アスペルギルス属ＸＺ２６６８（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＸＺ２６６８）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００２４】
配列番号１３は、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００２５】
配列番号１４は、配列番号１３から推定されたアミノ酸配列である。
【００２６】
配列番号１５は、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００２７】
配列番号１６は、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００２８】
配列番号１７は、配列番号１６から推定されたアミノ酸配列である。
【００２９】
配列番号１８は、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００３０】
配列番号１９は、ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００３１】
配列番号２０は、配列番号１９から推定されたアミノ酸配列である。
【００３２】
配列番号２１は、ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００３３】
配列番号２２は、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００３４】
配列番号２３は、配列番号２２から推定されたアミノ酸配列である。
【００３５】
配列番号２４は、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００３６】
配列番号２５は、ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００３７】
配列番号２６は、配列番号２５から推定されたアミノ酸配列である。
【００３８】
配列番号２７は、ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００３９】
配列番号２８は、アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００４０】
配列番号２９は、配列番号２８から推定されたアミノ酸配列である。
【００４１】
配列番号３０は、アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００４２】
配列番号３１は、ケトミウム属ＺＹ３６９（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．ＺＹ３６９）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００４３】
配列番号３２は、配列番号３１から推定されたアミノ酸配列である。
【００４４】
配列番号３３は、ケトミウム属ＺＹ３６９（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．ＺＹ３６９）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００４５】
配列番号３４は、タラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００４６】
配列番号３５は、配列番号３４から推定されたアミノ酸配列である。
【００４７】
配列番号３６は、タラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００４８】
配列番号３７は、トリコクラジウム・アスペラム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００４９】
配列番号３８は、配列番号３７から推定されたアミノ酸配列である。
【００５０】
配列番号３９は、トリコクラジウム・アスペラム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００５１】
配列番号４０は、メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００５２】
配列番号４１は、配列番号４０から推定されたアミノ酸配列である。
【００５３】
配列番号４２は、メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００５４】
配列番号４３は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）から単離されたＬＹＳポリペプチドのｃＤＮＡ配列である。
【００５５】
配列番号４４は、配列番号４３から推定されたアミノ酸配列である。
【００５６】
配列番号４５は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）に由来する成熟ＬＹＳポリペプチドのアミノ酸配列である。
【００５７】
配列番号４６は、アスペルギルス・クラバタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｌａｖａｔｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ１Ｃ４Ｌ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００５８】
配列番号４７は、サリニスポラ・トロピカ（Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ  ｔｒｏｐｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ４Ｘ６Ｓ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００５９】
配列番号４８は、サリニスポラ・アレニコーラ（Ｓａｌｉｎｉｓｐｏｒａ  ａｒｅｎｉｃｏｌａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ８Ｍ１Ｈ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６０】
配列番号４９は、ロドコッカス・エリスロポリス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｌｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ３Ｌ９Ｚ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６１】
配列番号５０は、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ファージＰａｃｃ４０に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｂ５Ｕ５７６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６２】
配列番号５１は、ペニシリウム・ルーベンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｕｂｅｎｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｂ６ＧＺＸ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６３】
配列番号５２は、ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｄ１Ｓ６Ｘ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６４】
配列番号５３は、ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｄ１Ｓ８Ｊ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６５】
配列番号５４は、ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｄ１ＳＨ６６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６６】
配列番号５５は、チュベル・メラノスポルム（Ｔｕｂｅｒ  ｍｅｌａｎｏｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｄ５ＧＢＨ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６７】
配列番号５６は、ハイポクレア・アトロビリディス（Ｈｙｐｏｃｒｅａ  ａｔｒｏｖｉｒｉｄｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ９Ｐ５８３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６８】
配列番号５７は、メタリジウム・アクリダム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｃｒｉｄｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｅ９ＥＤ３８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００６９】
配列番号５８は、メタリジウム・ロベルツィ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｒｏｂｅｒｔｓｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｅ９ＦＡＫ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７０】
配列番号５９は、ベルコシスポラ・マリス（Ｖｅｒｒｕｃｏｓｉｓｐｏｒａ  ｍａｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｆ４Ｆ８Ｎ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７１】
配列番号６０は、ベルコシスポラ・マリス（Ｖｅｒｒｕｃｏｓｉｓｐｏｒａ  ｍａｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｆ４ＦＩ５９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７２】
配列番号６１は、ボーベリア・バシアーナ（Ｂｅａｕｖｅｒｉａ  ｂａｓｓｉａｎａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｊ４ＵＳＵ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７３】
配列番号６２は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＱＶ１０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７４】
配列番号６３は、ミクロモノスポラ・ペウセティア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｐｅｕｃｅｔｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６Ｗ４Ｓ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７５】
配列番号６４は、ミクロバクテリウム・レバニフォルマンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｅｖａｎｉｆｏｒｍａｎｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｈ８Ｅ７Ｔ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７６】
配列番号６５は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｉ０ＰＦ４５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７７】
配列番号６６は、ミクロモノスポラ・ルピニー（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｌｕｐｉｎｉ）ｓｔｒルパック（Ｌｕｐａｃ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｉ０Ｌ０Ｍ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７８】
配列番号６７は、ミクロモノスポラ・ルピニー（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｌｕｐｉｎｉ）ｓｔｒルパック（Ｌｕｐａｃ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｉ０Ｌ３Ａ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００７９】
配列番号６８は、メタリジウム・アルバム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｌｂｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｂ２Ｘ５４１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８０】
配列番号６９は、アスケルソニア・アレイロディス（Ａｓｃｈｅｒｓｏｎｉａ  ａｌｅｙｒｏｄｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６８ＢＭＬ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８１】
配列番号７０は、メタリジウム・アルバム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｌｂｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｂ２ＷＶ７５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８２】
配列番号７１は、コーディセプス・ブロンニアティ（Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓ  ｂｒｏｎｇｎｉａｒｔｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６７ＢＷＷ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８３】
配列番号７２は、メタリジウム・リレイ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｒｉｌｅｙｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６７ＥＣＱ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８４】
配列番号７３は、コーディセプス・コンフラゴーサ（Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓ  ｃｏｎｆｒａｇｏｓａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６２ＪＺ１６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８５】
配列番号７４は、コーディセプス・コンフラゴーサ（Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓ  ｃｏｎｆｒａｇｏｓａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６８ＤＮＰ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８６】
配列番号７５は、コーディセプス・コンフラゴーサ（Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓ  ｃｏｎｆｒａｇｏｓａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６８Ｄ０Ｌ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８７】
配列番号７６は、イサリア・フモソロセア（Ｉｓａｒｉａ  ｆｕｍｏｓｏｒｏｓｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６８ＢＱＣ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８８】
配列番号７７は、イサリア・フモソロセア（Ｉｓａｒｉａ  ｆｕｍｏｓｏｒｏｓｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６７ＸＣＳ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００８９】
配列番号７８は、イサリア・フモソロセア（Ｉｓａｒｉａ  ｆｕｍｏｓｏｒｏｓｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６７ＮＮＩ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９０】
配列番号７９は、プルプレオシリウム・リラシヌム（Ｐｕｒｐｕｒｅｏｃｉｌｌｉｕｍ  ｌｉｌａｃｉｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９Ｈ６Ｈ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９１】
配列番号８０は、ポコニア・クラミドスポリア（Ｐｏｃｈｏｎｉａ  ｃｈｌａｍｙｄｏｓｐｏｒｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９ＦＨ１０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９２】
配列番号８１は、ポコニア・クラミドスポリア（Ｐｏｃｈｏｎｉａ  ｃｈｌａｍｙｄｏｓｐｏｒｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９Ｆ６６５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９３】
配列番号８２は、ポコニア・クラミドスポリア（Ｐｏｃｈｏｎｉａ  ｃｈｌａｍｙｄｏｓｐｏｒｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９Ｆ１Ｑ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９４】
配列番号８３は、ペニシリウム・オキサリカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｏｘａｌｉｃｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｓ７ＺＮＥ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９５】
配列番号８４は、メタリジウム・アニソプリエ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｄ９ＰＢＶ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９６】
配列番号８５は、メタリジウム・アニソプリエ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｄ９ＮＰＰ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９７】
配列番号８６は、ペニシリウム・ロッケフォルティ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ６ＱＮＬ２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９８】
配列番号８７は、タラロマイセス・イスランディカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｌａｎｄｉｃｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｕ１Ｍ０Ｗ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【００９９】
配列番号８８は、ペニシリウム・エクスパンサム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｅｘｐａｎｓｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ａ２Ｉ９Ｐ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１００】
配列番号８９は、アクレモニウム・クリソゲナム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６Ｔ４Ｃ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０１】
配列番号９０は、マイコバクテリウム・ケロナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｅｌｏｎａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ８ＥＲＹ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０２】
配列番号９１は、マイコバクテリウム属（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ）ＴＫＫに由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８１ＨＴＵ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０３】
配列番号９２は、トルビエラ・ヘミプテリゲナ（Ｔｏｒｒｕｂｉｅｌｌａ  ｈｅｍｉｐｔｅｒｉｇｅｎａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ａ１ＴＭＪ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０４】
配列番号９３は、トルビエラ・ヘミプテリゲナ（Ｔｏｒｒｕｂｉｅｌｌａ  ｈｅｍｉｐｔｅｒｉｇｅｎａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ａ１ＴＮＺ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０５】
配列番号９４は、アルスロバクター属（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ）ＰＡＭＣに由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ａ１Ｄ１４９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０６】
配列番号９５は、アクチノプラネス・ユタヘンシス（Ａｃｔｉｎｏｐｌａｎｅｓ  ｕｔａｈｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ａ６ＵＮＩ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０７】
配列番号９６は、メタリジウム・メイジャス（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｍａｊｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｂ４Ｉ０Ｘ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０８】
配列番号９７は、ミクロモノスポラ・カーボナセア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｃａｒｂｏｎａｃｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｄ０ＷＵ９９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１０９】
配列番号９８は、マイコバクテリウム・イムノゲナム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｄ１ＬＴＥ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１０】
配列番号９９は、ヒルステラ・ミネソテンシス（Ｈｉｒｓｕｔｅｌｌａ  ｍｉｎｎｅｓｏｔｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｆ８Ａ５Ｅ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１１】
配列番号１００は、ヒルステラ・ミネソテンシス（Ｈｉｒｓｕｔｅｌｌａ  ｍｉｎｎｅｓｏｔｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｆ８Ａ６Ｉ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１２】
配列番号１０１は、ペニシリウム・ブラシリアヌム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｂｒａｓｉｌｉａｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｆ７ＴＶＬ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１３】
配列番号１０２は、トリポクラディウム・オフィオグロソイデス（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ  ｏｐｈｉｏｇｌｏｓｓｏｉｄｅｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｌ０Ｎ１Ｕ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１４】
配列番号１０３は、マズレラ・マイセトマチス（Ｍａｄｕｒｅｌｌａ  ｍｙｃｅｔｏｍａｔｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｍ０ＵＧＹ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１５】
配列番号１０４は、アスペルギルス・ウダガワエ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｕｄａｇａｗａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｋ８Ｌ１Ｊ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１６】
配列番号１０５は、ノカルディア・ファルシニカ（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｆａｒｃｉｎｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｈ５ＮＸ６０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１７】
配列番号１０６は、ミクロモノスポラ属ＨＫ１０（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐ  ＨＫ１０）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｍ２ＲＢＷ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１８】
配列番号１０７は、ミクロモノスポラ属ＨＫ１０（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐ  ＨＫ１０）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｍ２ＲＫＩ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１１９】
配列番号１０８は、ペニシリウム・ムルシアナム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｍｕｒｃｉａｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｆ５ＬＶＤ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２０】
配列番号１０９は、ミクロモノスポラ属（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｐ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｍ８ＸＮＧ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２１】
配列番号１１０は、トリコデルマ・ガムシ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｇａｍｓｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｗ７Ｗ０Ｍ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２２】
配列番号１１１は、アルスロバクター属Ｓｏｉｌ７６１（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ  Ｓｏｉｌ７６１）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｑ９ＭＨＪ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２３】
配列番号１１２は、アルスロバクター属Ｓｏｉｌ７３６（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ  Ｓｏｉｌ７３６）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｑ９ＭＵ２６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２４】
配列番号１１３は、マイコバクテリウム属Ｎｏ  ７（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｎｏ  ７）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｐ０ＤＵＴ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２５】
配列番号１１４は、アルスロバクター属Ｓｏｉｌ７６２（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ  Ｓｏｉｌ７６２）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｑ９Ｎ９Ｚ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２６】
配列番号１１５は、ミクロモノスポラ・ハロフィティカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｈａｌｏｐｈｙｔｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＲＶＢ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２７】
配列番号１１６は、ミクロモノスポラ・ニガー（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｎｉｇｒａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＳＵＡ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２８】
配列番号１１７は、ペニシリウム・パツラム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｐａｔｕｌｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１３５ＬＭＵ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１２９】
配列番号１１８は、アルスロバクター属Ｌｅａｆ６９（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ  Ｌｅａｆ６９）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｓ９ＢＹＲ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３０】
配列番号１１９は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｕ０ＺＳＱ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３１】
配列番号１２０は、マイコバクテリウム・カナリアセンス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｎａｒｉａｓｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１００ＷＩＱ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３２】
配列番号１２１は、ミクロモノスポラ・リファマイシニカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｉｆａｍｙｃｉｎｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１０９ＩＰ５０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３３】
配列番号１２２は、ミクロモノスポラ・リファマイシニカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｉｆａｍｙｃｉｎｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１０９ＩＨＮ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３４】
配列番号１２３は、アルスロバクター・アルピナス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｌｐｉｎｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０Ｓ２Ｍ３５３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３５】
配列番号１２４は、ミクロバクテリウム・ホミニス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈｏｍｉｎｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１３４ＤＥＬ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３６】
配列番号１２５は、ゴルドニア（Ｇｏｒｄｏｎｉａ）ファージオブリビエイト（Ｏｂｌｉｖｉａｔｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１４２ＫＡＧ２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３７】
配列番号１２６は、ミクロモノスポラ・ロザリア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｏｓａｒｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１３６ＰＮ５０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３８】
配列番号１２７は、ツカムレラ・シュードスプマエ（Ｔｓｕｋａｍｕｒｅｌｌａ  ｐｓｅｕｄｏｓｐｕｍａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１３８Ａ７Ｘ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１３９】
配列番号１２８は、ミクロモノスポラ・ロザリア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｏｓａｒｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１３６ＰＴＺ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４０】
配列番号１２９は、チレチア・ワルケリ（Ｔｉｌｌｅｔｉａ  ｗａｌｋｅｒｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７７Ｕ５Ｚ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４１】
配列番号１３０は、チレチア・コントロベルサ（Ｔｉｌｌｅｔｉａ  ｃｏｎｔｒｏｖｅｒｓａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７７ＶＧＵ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４２】
配列番号１３１は、ポコニア・クラミドスポリア（Ｐｏｃｈｏｎｉａ  ｃｈｌａｍｙｄｏｓｐｏｒｉａ）１７０に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９Ｇ２０２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４３】
配列番号１３２は、ポコニア・クラミドスポリア（Ｐｏｃｈｏｎｉａ  ｃｈｌａｍｙｄｏｓｐｏｒｉａ）１７０に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９Ｇ１Ｎ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４４】
配列番号１３３は、ポコニア・クラミドスポリア（Ｐｏｃｈｏｎｉａ  ｃｈｌａｍｙｄｏｓｐｏｒｉａ）１７０に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９ＦＥＢ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４５】
配列番号１３４は、プルプレオシリウム・リラシヌム（Ｐｕｒｐｕｒｅｏｃｉｌｌｉｕｍ  ｌｉｌａｃｉｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７９ＨＴＫ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４６】
配列番号１３５は、パラファエオスファエリア・スポルローサ（Ｐａｒａｐｈａｅｏｓｐｈａｅｒｉａ  ｓｐｏｒｕｌｏｓａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７７Ｃ６５５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４７】
配列番号１３６は、コーディセプス・ブロンニアティ（Ｃｏｒｄｙｃｅｐｓ  ｂｒｏｎｇｎｉａｒｔｉｉ）ＲＣＥＦ  ３１７２に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６７ＧＥ７６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４８】
配列番号１３７は、ゴルドニア（Ｇｏｒｄｏｎｉａ）ファージＵｔｚに由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１６０ＤＩＤ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１４９】
配列番号１３８は、アルスロバクター・ニコチノボランス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｃｏｔｉｎｏｖｏｒａｎｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１７５Ｊ８６６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５０】
配列番号１３９は、マイコバクテリウム・コンセプショネンス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｎｃｅｐｔｉｏｎｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ａ１Ｘ５Ｅ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５１】
配列番号１４０は、ミクロモノスポラ・ナラチワテンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｎａｒａｔｈｉｗａｔｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ａ８ＺＣＩ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５２】
配列番号１４１は、ミクロモノスポラ・ナラチワテンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｎａｒａｔｈｉｗａｔｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ａ８Ｚ６Ｈ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５３】
配列番号１４２は、ミクロモノスポラ・オーランティニグラ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｔｉｎｉｇｒａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ａ８Ｚ６Ｓ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５４】
配列番号１４３は、マイコバクテリウム属Ｅ１７４７（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｅ１７４７）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ａ２ＭＨＧ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５５】
配列番号１４４は、ミクロモノスポラ・セディミニコーラ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓｅｄｉｍｉｎｉｃｏｌａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ａ９ＢＤ２９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５６】
配列番号１４５は、マイコバクテリウム属Ｈ８３（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ  Ｈ８３）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１９６Ｌ８Ｂ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５７】
配列番号１４６は、ミクロモノスポラ・コリアリエ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｃｏｒｉａｒｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ４Ｘ８Ａ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５８】
配列番号１４７は、ミクロモノスポラ・シトレア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｃｉｔｒｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６Ｕ２Ｊ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１５９】
配列番号１４８は、ミクロモノスポラ・ペウセティア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｐｅｕｃｅｔｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６Ｖ２Ｈ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６０】
配列番号１４９は、ミクロモノスポラ・ヤングプエンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｙａｎｇｐｕｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＶＦＪ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６１】
配列番号１５０は、ミクロモノスポラ・リゾスファエラエ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６Ｓ４８１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６２】
配列番号１５１は、ミクロモノスポラ・エキナウランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｅｃｈｉｎａｕｒａｎｔｉａｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５Ｋ５Ｎ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６３】
配列番号１５２は、ミクロモノスポラ・イノシトラ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｉｎｏｓｉｔｏｌａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５Ｋ０Ｎ２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６４】
配列番号１５３は、ミクロモノスポラ・イノシトラ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｉｎｏｓｉｔｏｌａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５ＪＵＲ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６５】
配列番号１５４は、ミクロモノスポラ・コクセンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｃｏｘｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５ＪＸ９９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６６】
配列番号１５５は、ミクロモノスポラ・ミロブリゲンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｍｉｒｏｂｒｉｇｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ４ＺＡＭ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６７】
配列番号１５６は、ミクロモノスポラ・ビリディファシエンス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｖｉｒｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ４Ｚ５Ｂ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６８】
配列番号１５７は、ミクロモノスポラ・ハイコウエンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｈａｉｋｏｕｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ４ＹＱ９９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１６９】
配列番号１５８は、ミクロモノスポラ・ペウセティア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｐｅｕｃｅｔｉａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６Ｗ５Ｔ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７０】
配列番号１５９は、ミクロモノスポラ・シトレア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｃｉｔｒｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６Ｗ１Ｂ９のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７１】
配列番号１６０は、ミクロモノスポラ・サエリセセンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｓａｅｌｉｃｅｓｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５Ａ７Ｓ５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７２】
配列番号１６１は、ミクロモノスポラ・エチノスポラ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｅｃｈｉｎｏｓｐｏｒａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５Ａ２Ｑ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７３】
配列番号１６２は、ミクロモノスポラ・パープレオクロモゲネス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｐｕｒｐｕｒｅｏｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ４ＺＪ３５のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７４】
配列番号１６３は、ミクロモノスポラ・エキノフュスカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｅｃｈｉｎｏｆｕｓｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５Ｇ７５８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７５】
配列番号１６４は、ミクロモノスポラ・エキナウランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｅｃｈｉｎａｕｒａｎｔｉａｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５ＨＳＢ２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７６】
配列番号１６５は、ミクロモノスポラ・シトレア（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｃｉｔｒｅａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＴＰＷ２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７７】
配列番号１６６は、ミクロモノスポラ・エキナウランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｅｃｈｉｎａｕｒａｎｔｉａｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ５ＩＶＩ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７８】
配列番号１６７は、ミクロモノスポラ・パリダ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｐａｌｌｉｄａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＳＥＣ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１７９】
配列番号１６８は、ミクロモノスポラ・リゾスファエラエ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＳＦ８４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８０】
配列番号１６９は、ミクロモノスポラ・パリダ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｐａｌｌｉｄａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ６ＳＱＴ８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８１】
配列番号１７０は、ミクロモノスポラ・クラビエンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｋｒａｂｉｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ３Ｎ２Ｈ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８２】
配列番号１７１は、ミクロモノスポラ・クラビエンシス（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｋｒａｂｉｅｎｓｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ３Ｎ０Ｘ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８３】
配列番号１７２は、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ファージトネニリ（Ｔｏｎｅｎｉｌｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ９ＥＨＭ２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８４】
配列番号１７３は、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ファージトネニリ（Ｔｏｎｅｎｉｌｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｃ９ＥＨＦ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８５】
配列番号１７４は、シュードノカルディア属ＳＣＮ７２−８６（Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａ  ｓｐ  ＳＣＮ７２−８６）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｅ４ＩＢ５４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８６】
配列番号１７５は、ミクロバクテリウム・ピグマエウム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｇｍａｅｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｇ８ＡＫ８４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８７】
配列番号１７６は、シュードノカルディア属ＳＣＮ７３−２７（Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａ  ｓｐ  ＳＣＮ７３−２７）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｅ４ＮＴＺ４のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８８】
配列番号１７７は、マイコバクテリウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）ファージルキル（Ｌｕｋｉｌｕ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｊ０ＭＡ４３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１８９】
配列番号１７８は、ミクロモノスポラ・アビセニエ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｖｉｃｅｎｎｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ６Ｒ３Ｃ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９０】
配列番号１７９は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ０ＶＮＮ７のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９１】
配列番号１８０は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ４ＤＨＬ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９２】
配列番号１８１は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ４ＲＶＹ０のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９３】
配列番号１８２は、ミクロモノスポラ・アビセニエ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｖｉｃｅｎｎｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ６Ｘ５Ｐ６のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９４】
配列番号１８３は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ２ＶＫ６８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９５】
配列番号１８４は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ１ＧＫ８２のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９６】
配列番号１８５は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ１ＥＰ７８のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９７】
配列番号１８６は、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）亜種アブセサス（ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｎ１Ｇ９Ｆ３のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９８】
配列番号１８７は、シュードノカルディア属Ａｅ７１７＿Ｐｓ２（Ｐｓｅｕｄｏｎｏｃａｒｄｉａ  ｓｐ  Ａｅ７１７＿Ｐｓ２）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ１Ｑ８ＬＪＳ１のＬＡＤドメインのアミノ酸配列である。
【０１９９】
配列番号１８８は、ポドスポラ・アンセリナ（Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ  ａｎｓｅｒｉｎａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｂ２ＡＳＹ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２００】
配列番号１８９は、ペニシリウム・クリソゲナム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｂ６ＧＺＸ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０１】
配列番号１９０は、ネクトリア・ヘマトコッカ（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｃ７ＺＱ２２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０２】
配列番号１９１は、メタリジウム・アクリダム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｃｒｉｄｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｅ９ＤＳＡ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０３】
配列番号１９２は、メタリジウム・ロベルツィ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｒｏｂｅｒｔｓｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｅ９Ｆ１Ｚ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０４】
配列番号１９３は、メタリジウム・ロベルツィ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｒｏｂｅｒｔｓｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｅ９ＦＣ４２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０５】
配列番号１９４は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｆ９Ｆ２Ｋ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０６】
配列番号１９５は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｆ９ＧＦ０９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０７】
配列番号１９６は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＱＶ１０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０８】
配列番号１９７は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＱＶ２６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２０９】
配列番号１９８は、トリコスポロン・アサヒｖａｒ．アサヒ（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ａｓａｈｉｉ  ｖａｒ．Ａｓａｈｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｊ５ＴＨ４８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１０】
配列番号１９９は、トリコスポロン・アサヒｖａｒ．アサヒ（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ａｓａｈｉｉ  ｖａｒ．Ａｓａｈｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｊ４ＵＨ３５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１１】
配列番号２００は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．リコペルシシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｊ９ＮＱ２８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１２】
配列番号２０１は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．リコペルシシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｊ９ＮＱＷ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１３】
配列番号２０２は、トリコスポロン・アサヒｖａｒ．アサヒ（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ａｓａｈｉｉ  ｖａｒ．Ａｓａｈｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｋ１ＶＭＮ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１４】
配列番号２０３は、トリコスポロン・アサヒｖａｒ．アサヒ（Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ａｓａｈｉｉ  ｖａｒ．Ａｓａｈｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｋ１ＷＬ４６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１５】
配列番号２０４は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．メロニス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｍｅｌｏｎｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９Ｚ０４５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１６】
配列番号２０５は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．メロニス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｍｅｌｏｎｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ０Ａ５Ｖ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１７】
配列番号２０６は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．キューベンセ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｃｕｂｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｎ１Ｓ５５１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１８】
配列番号２０７は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．キューベンセ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｃｕｂｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｎ４ＵＤ２２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２１９】
配列番号２０８は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．キューベンセ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｃｕｂｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｎ４ＵＴ４７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２０】
配列番号２０９は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＫＷＷ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２１】
配列番号２１０は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．バシンフェクタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｖａｓｉｎｆｅｃｔｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ０ＭＭ９７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２２】
配列番号２１１は、ギベレラ・モニリフォルミス（Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ７Ｎ５Ｑ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２３】
配列番号２１２は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．ラファニ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｒａｐｈａｎｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ０ＢＥ０７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２４】
配列番号２１３は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ０ＢＩＩ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２５】
配列番号２１４は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．ピシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｐｉｓｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＮＷ５９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２６】
配列番号２１５は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．ピシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｐｉｓｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＮＸＲ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２７】
配列番号２１６は、ペニシリウム・オキサリカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｏｘａｌｉｃｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｓ７ＺＮＥ７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２８】
配列番号２１７は、ペニシリウム・オキサリカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｏｘａｌｉｃｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｓ７Ｚ５Ｚ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２２９】
配列番号２１８は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．リコペルシシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＬＤＤ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３０】
配列番号２１９は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＨＥＭ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３１】
配列番号２２０は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＪＤＨ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３２】
配列番号２２１は、ギベレラ・フジクロイ（Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ  ｆｕｊｉｋｕｒｏｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｓ０ＥＰＩ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３３】
配列番号２２２は、ペニシリウム・ロッケフォルティ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ６ＱＮＬ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３４】
配列番号２２３は、ピロネマ・オムファロデス（Ｐｙｒｏｎｅｍａ  ｏｍｐｈａｌｏｄｅｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｕ４ＬＪＤ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３５】
配列番号２２４は、ピロネマ・オムファロデス（Ｐｙｒｏｎｅｍａ  ｏｍｐｈａｌｏｄｅｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｕ４ＬＧ６４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３６】
配列番号２２５は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＡＫ５０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３７】
配列番号２２６は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＪＩＨ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３８】
配列番号２２７は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．ラディシス−リコペルシシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．ｒａｄｉｃｉｓ−ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ０ＦＷ８２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２３９】
配列番号２２８は、アクレモニウム・クリソゲナム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６ＴＢＹ７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４０】
配列番号２２９は、アクレモニウム・クリソゲナム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６Ｔ７５５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４１】
配列番号２３０は、アクレモニウム・クリソゲナム（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６Ｔ４Ｃ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４２】
配列番号２３１は、メタリジウム・アニソプリアエ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６ＮＮＲ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４３】
配列番号２３２は、メタリジウム・アニソプリアエ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６ＮＦＫ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４４】
配列番号２３３は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＦＹ１９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４５】
配列番号２３４は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｇ１Ｎ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４６】
配列番号２３５は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＧＥＡ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４７】
配列番号２３６は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＧＪＲ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４８】
配列番号２３７は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｇ６６０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２４９】
配列番号２３８は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３ＹＢＮ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５０】
配列番号２３９は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＦＳＺ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５１】
配列番号２４０は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＦＢＷ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５２】
配列番号２４１は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｈ０Ｇ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５３】
配列番号２４２は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｈ７Ｍ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５４】
配列番号２４３は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３Ｙ８Ｗ３のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５５】
配列番号２４４は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＧＹＮ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５６】
配列番号２４５は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３ＸＡＤ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５７】
配列番号２４６は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｈ７Ｊ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５８】
配列番号２４７は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｅ０Ｉ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２５９】
配列番号２４８は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＣＣ５０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６０】
配列番号２４９は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＩＩ９５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６１】
配列番号２５０は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＩＡＡ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６２】
配列番号２５１は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＩＢＣ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６３】
配列番号２５２は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｅ９４６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６４】
配列番号２５３は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ａ３Ａ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６５】
配列番号２５４は、アスペルギルス・クラバタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｌａｖａｔｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ１Ｃ４Ｌ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６６】
配列番号２５５は、アスペルギルス・クラバタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｃｌａｖａｔｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ１ＣＢＶ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６７】
配列番号２５６は、ネオサルトリア・フィシェリ（Ｎｅｏｓａｒｔｏｒｙａ  ｆｉｓｃｈｅｒｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ１ＤＡ８０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６８】
配列番号２５７は、ネオサルトリア・フィシェリ（Ｎｅｏｓａｒｔｏｒｙａ  ｆｉｓｃｈｅｒｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ１ＤＢＷ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２６９】
配列番号２５８は、ネオサルトリア・フィシェリ（Ｎｅｏｓａｒｔｏｒｙａ  ｆｉｓｃｈｅｒｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ１ＤＤＦ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７０】
配列番号２５９は、アスペルギルス・テレウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ０ＣＥＤ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７１】
配列番号２６０は、アスペルギルス・テレウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ０ＣＥＤ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７２】
配列番号２６１は、アスペルギルス・テレウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ０ＣＶ８５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７３】
配列番号２６２は、ケトミウム・グロボーザム（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｇｌｏｂｏｓｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ２ＧＮＤ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７４】
配列番号２６３は、ケトミウム・グロボーザム（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｇｌｏｂｏｓｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ２ＧＮＤ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７５】
配列番号２６４は、ケトミウム・グロボーザム（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｇｌｏｂｏｓｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ２Ｈ６Ｗ７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７６】
配列番号２６５は、ネオサルトリア・フミガタ（Ｎｅｏｓａｒｔｏｒｙａ  ｆｕｍｉｇａｔａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ４ＷＡＹ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７７】
配列番号２６６は、ネオサルトリア・フミガタ（Ｎｅｏｓａｒｔｏｒｙａ  ｆｕｍｉｇａｔａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ４ＷＢＲ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７８】
配列番号２６７は、ネオサルトリア・フミガタ（Ｎｅｏｓａｒｔｏｒｙａ  ｆｕｍｉｇａｔａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｑ４ＷＶＹ３のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２７９】
配列番号２６８は、ペニシリウム・クリソゲナム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｂ６Ｈ９Ｘ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８０】
配列番号２６９は、ペニシリウム・クリソゲナム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｃｈｒｙｓｏｇｅｎｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｂ６ＨＲ３８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８１】
配列番号２７０は、ネクトリア・ヘマトコッカ（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｃ７Ｚ８Ｗ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８２】
配列番号２７１は、ネクトリア・ヘマトコッカ（Ｎｅｃｔｒｉａ  ｈａｅｍａｔｏｃｏｃｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｃ７ＺＱ２０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８３】
配列番号２７２は、ハイポクレア・ジェコリーナ（Ｈｙｐｏｃｒｅａ  ｊｅｃｏｒｉｎａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ０ＲＰ８７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８４】
配列番号２７３は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＲＧ６９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８５】
配列番号２７４は、チエラビア・ヘテロタリカ（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｈｅｔｅｒｏｔｈａｌｌｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＱＮＥ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８６】
配列番号２７５は、ハイポクレア・ジェコリーナ（Ｈｙｐｏｃｒｅａ  ｊｅｃｏｒｉｎａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ０ＲＭ２２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８７】
配列番号２７６は、ケトミウム・サーモフィルスｖａｒ．サーモフィルス（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ  ｖａｒ．  Ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ０ＳＧ３６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８８】
配列番号２７７は、ケトミウム・サーモフィルスｖａｒ．サーモフィルス（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ  ｖａｒ．  Ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ０ＲＺＶ３のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２８９】
配列番号２７８は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．リコペルシシ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｊ９ＮＱＶ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９０】
配列番号２７９は、チエラビア・ヘテロタリカ（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｈｅｔｅｒｏｔｈａｌｌｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＱＤ０２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９１】
配列番号２８０は、チエラビア・ヘテロタリカ（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｈｅｔｅｒｏｔｈａｌｌｉｃａ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＱＮＦ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９２】
配列番号２８１は、ハイポクレア・ビレンス（Ｈｙｐｏｃｒｅａ  ｖｉｒｅｎｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ９ＭＨＲ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９３】
配列番号２８２は、メタリジウム・ロベルツィ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｒｏｂｅｒｔｓｉｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｅ９ＥＬＸ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９４】
配列番号２８３は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｆ９Ｆ２Ｋ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９５】
配列番号２８４は、ケトミウム・サーモフィルスｖａｒ．サーモフィルス（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ  ｖａｒ．  Ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ０ＲＺＶ２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９６】
配列番号２８５は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｇ２ＲＧ７０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９７】
配列番号２８６は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．メロニス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｍｅｌｏｎｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９Ｚ９９２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９８】
配列番号２８７は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．メロニス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｍｅｌｏｎｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＺＺＷ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０２９９】
配列番号２８８は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．メロニス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｍｅｌｏｎｉｓ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＺＡＥ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３００】
配列番号２８９は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．キューベンセ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｃｕｂｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｎ１ＲＷＡ４のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０１】
配列番号２９０は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．キューベンセ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｃｕｂｅｎｓｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｎ４ＵＫＴ７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０２】
配列番号２９１は、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ９ＫＸ０２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０３】
配列番号２９２は、フザリウム・オキシスポルムｆ．ｓｐ．ラファニ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．Ｒａｐｈａｎｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｘ０Ｂ４Ｊ３のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０４】
配列番号２９３は、ペニシリウム・ロッケフォルティ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ６ＱＥ０２のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０５】
配列番号２９４は、ペニシリウム・ロッケフォルティ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｑｕｅｆｏｒｔｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ｗ６Ｒ４Ｘ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０６】
配列番号２９５は、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０２４Ｓ９Ｂ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０７】
配列番号２９６は、メタリジウム・アニソプリアエ（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ａｎｉｓｏｐｌｉａｅ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０８６ＮＮ３６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０８】
配列番号２９７は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＧＡ０３のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３０９】
配列番号２９８は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｃ８Ｕ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１０】
配列番号２９９は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３Ｚ６Ｚ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１１】
配列番号３００は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＩＭＬ３のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１２】
配列番号３０１は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＧＹ７９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１３】
配列番号３０２は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３ＸＰＺ７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１４】
配列番号３０３は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３ＸＡＳ９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１５】
配列番号３０４は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｉ８Ｊ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１６】
配列番号３０５は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＦＴＬ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１７】
配列番号３０６は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＡＴ３９のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１８】
配列番号３０７は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３ＸＳＰ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３１９】
配列番号３０８は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＢＡＥ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２０】
配列番号３０９は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＩＥ２５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２１】
配列番号３１０は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＨＮＭ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２２】
配列番号３１１は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＥＴＪ５のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２３】
配列番号３１２は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＥＰＪ７のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２４】
配列番号３１３は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４Ｅ９Ｗ０のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２５】
配列番号３１４は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＢＷＤ６のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２６】
配列番号３１５は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９４ＢＴＳ１のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２７】
配列番号３１６は、シュードジムノアスカス・パンノラム（Ｐｓｅｕｄｏｇｙｍｎｏａｓｃｕｓ  ｐａｎｎｏｒｕｍ）に由来するＳＷＩＳＳＰＲＯＴ：Ａ０Ａ０９３ＺＴＺ８のリゾチーム強化ドメインのアミノ酸配列である。
【０３２８】
配列番号３１７は、保存されたモチーフＩ  ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳである。
【０３２９】
配列番号３１８は、保存されたモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰである。
【０３３０】
配列番号３１９は、保存されたモチーフＩＩＩ  ［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］である。
【０３３１】
配列番号３２０は、プラスミドｐＤＡｕ７７０の合成ＤＮＡ構築物である。
【０３３２】
配列番号３２１は、フォワードプライマーＫＫＳＣ０９７２−Ｆである。
【０３３３】
配列番号３２２は、リバースプライマーＫＫＳＣ０９７２−Ｒである。
【０３３４】
配列番号３２３は、フォワードプライマーＦ１である。
【０３３５】
配列番号３２４は、リバースプライマーＦ１である。
【０３３６】
配列番号３２５は、フォワードプライマーＦ３である。
【０３３７】
配列番号３２６は、リバースプライマーＦ３である。
【０３３８】
配列番号３２７プライマーは、順方向に結合する。
【０３３９】
配列番号３２８プライマーは、逆方向に結合する。
【０３４０】
配列番号３２９は、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）に由来する短縮型ＬＹＡポリペプチドのアミノ酸配列である。
【図面の簡単な説明】
【０３４１】
【図１】プラスミドｐＤＡｕ７７０に含まれる様々なＤＮＡの特徴のマップを表す。領域（３’及び５’）に隣接しているａｍｙ２座位は、白色の枠によって示される。プロモーター領域は、ｐｙｒＧ、ｔｅｆ１及びｔｐｉ遺伝子のプロモーター領域に関して緑色の枠によって示される。紫色の枠は、選択カセット（アンピシリン耐性についてａｍｐＲ及びアセトアミド選択についてａｍｄＳ）を示す。ターミネーター領域は、ｎｉａＤ及びａｍｇ遺伝子のターミネーター領域に関して青色の枠によって示される。ＦＬＰａｓｅのコード領域（ｓＦＬＰ）及びｐｙｒＧ遺伝子の第１エクソンは、橙色で示される。ｐｙｒＧイントロンの５’領域は、灰色で示される。プラスミドの複製開始点は、ＯＲＩによって示される。
【図２】形質転換ＤＮＡ（プラスミドｐＤＡｕ７２４若しくは誘導体又は重複伸長ＰＣＲ産物のいずれか）による宿主株ＤＡｕ７８５の形質転換の概略図である。最上部のパネルは、ＦＬＰａｓｅ認識部位であるＦＲＴ−Ｆ及びＦＲＴ−Ｆ３で構成されるＦＬＰランディングパッドが組み込まれた座位ａｍｙ２並びにａｍｄＳ（アセトアミド）選択マーカー及びＦＬＰａｓｅ発現カセットを表す。分割されたＰｙｒＧマーカーが使用され、ａｍｙ２座位でｐｙｒＧの５’末端が挿入される。中間のパネルは、形質転換ＤＮＡ、特にＦＬＰランディングパッドでＦＬＰａｓｅによって媒介される部位特異的組換えによって組み込まれる領域を表す。プラスミド又はＰＣＲ産物は、ＦＲＴ−Ｆ及びＦ３部位並びにｐｙｒＧマーカーの残存している３’部分を含有する必要がある。最下部のパネルは、ＦＲＴ部位間の形質転換ＤＮＡの部位特異的組み込み後に得られるａｍｙ２座位を表す。ａｍｄＳ及びＦＬＰカセットは、ＧＯＩ発現カセット及び完全な機能選択マーカーを再構成するｐｙｒＧマーカーの３’部分により交換された。
【発明を実施するための形態】
【０３４２】
定義
動物：用語「動物」は、ヒトを除く任意の動物を指す。動物の例は、ブタ（ｐｉｇ）又はブタ（ｓｗｉｎｅ）（限定されないが、子ブタ、成長期ブタ及び雌ブタを含む）を含むが、これらに限定されない単胃動物；シチメンチョウ、アヒル、ウズラ、ホロホロチョウ、ガチョウ、ハト（雛鳥を含む）及びニワトリ（限定されないが、食用若鶏（本明細書でブロイラーと称される）、ヒヨコ、産卵雌鶏（本明細書で産卵鶏と称される）を含む）などの家禽；ウマ（限定されないが、熱血種、冷血種及び温血種を含む）、甲殻類（限定されないが、小エビ及びクルマエビを含む）及び魚類（限定されないが、ブリ、ピラルクー、バルブ、バス、アミキリ、ボカチコ、ブリーム、カジカ、コロソマ、コイ、ナマズ、カトラ、サバヒー、チャー、シクリッド、スギ、タラ、クラッピー、ヨーロッパヘダイ、ニベ、ウナギ、ハゼ、キンギョ、グーラミ、ハタ、グァポート、オヒョウ、ジャワ、ラベオ、イケカツオ、ドジョウ、サバ、ミルクフィッシュ、クロサギ、マッドフィッシュ、ボラ、パコ、パールスポット、ペヘレイ、パーチ、カワカマス、ポンパーノ、ローチ、サケ、ヒゲナガヒレナマズ、ソーガー、シーバス、タイ、シャイナー、カワアナゴ、スネークヘッド、フエダイ、アカメ、シタビラメ、アイゴ、チョウザメ、マンボウ、アユ、テンチ、テラー、テラピア、マス、マグロ、ターボット、シロマス、ウォールアイ及びホワイトフィッシュを含む）である。
【０３４３】
動物用飼料：用語「動物用飼料」は、単胃動物による摂取に好適であるか又はそれを対象とする任意の化合物、調製物又は混合物を指す。単胃動物のための動物用飼料は、通常、濃縮物並びにビタミン、ミネラル、酵素、直接給与生菌、アミノ酸及び／又は他の飼料成分（プレミックスにおいてなど）を含む。
【０３４４】
抗菌活性：用語「抗菌活性」は、藻類、古細菌、細菌、真菌及び／又は原生動物などの微生物を死滅させるか、又はその増殖を阻害する活性として本明細書において定義される。抗菌活性は、例えば、細菌を死滅させることを意味する殺菌性又は細菌増殖の予防を意味する静菌性であり得る。抗菌活性は、ペプチドグリカンにおけるＮ−アセチルムラミン酸とＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミン残基との間及びキトデキストリンにおけるＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミン残基間の１，４−β−結合の加水分解を触媒することを含み得る。抗菌活性は、微生物の表面に結合し、その増殖を阻害するＬＹＳポリペプチドも含み得る。抗菌作用は、細菌毒素の阻害又は低減及びオプソニン効果により免疫刺激剤として細菌自己溶菌酵素を活性化するための本発明のＬＹＳポリペプチドの使用も含み得る。
【０３４５】
体重増加：用語「体重増加」は、所与の期間中における動物の生体重の増加、例えば１日目から２１日目までの体重の増加を意味する。
【０３４６】
ｃＤＮＡ：用語「ｃＤＮＡ」は、真核細胞又は原核細胞から得られるスプライスされた成熟ｍＲＮＡ分子から逆転写によって調製され得るＤＮＡ分子を意味する。ｃＤＮＡは、対応するゲノムＤＮＡに存在し得るイントロン配列を欠く。初期の一次ＲＮＡ転写物は、スプライスされた成熟ＲＮＡとして生じる前の、スプライシングを含む一連のステップを通してプロセシングされるｍＲＮＡに対する前駆体である。
【０３４７】
コード配列：用語「コード配列」は、ポリペプチドのアミノ酸配列を直接指定するポリヌクレオチドを意味する。コード配列の境界は、一般に、ＡＴＧ、ＧＴＧ又はＴＴＧなどの開始コドンで始まり、ＴＡＡ、ＴＡＧ又はＴＧＡなどの終止コドンで終わるオープンリーディングフレームによって決定される。コード配列は、ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、合成ＤＮＡ又はこれらの組合せであり得る。
【０３４８】
濃縮物：用語「濃縮物」は、魚粉、糖蜜、オリゴ糖、モロコシ、種子及び穀物（全体又は例えばトウモロコシ、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギから破砕、粉砕などによって作製される）、脂肪種子油かす（例えば、綿実、ベニバナ、ヒマワリ、ダイズ（ダイズミールなど）、ナタネ／キャノーラ、ピーナッツ又は塊茎から）、パームカーネルケーキ、酵母由来材料及び蒸留穀物（未乾燥の蒸留穀物（ＷＤＳ）及び可溶成分を含む乾燥蒸留穀物（ＤＤＧＳ）など）などの高タンパク質並びに高エネルギー濃縮物を有する飼料を意味する。
【０３４９】
制御配列：用語「対照配列」は、本発明の成熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの発現に必要な核酸配列を意味する。各制御配列は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して天然（すなわち同じ遺伝子由来）若しくは外来（すなわち異なる遺伝子由来）又は互いに対して天然若しくは外来のものであり得る。このような制御配列としては、リーダー、ポリアデニル化配列、プロペプチド配列、プロモーター、シグナルペプチド配列及び転写ターミネーターが挙げられるが、これらに限定されない。少なくとも、制御配列は、プロモーター並びに転写及び翻訳終止シグナルを含む。制御配列は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドのコード領域と制御配列とのライゲーションを促進する特定の制限部位を導入するためにリンカーと共に提供され得る。
【０３５０】
ヨーロッパ生産有効性指数（ＥＰＥＦ）：「ヨーロッパ生産有効性指数」は、動物の性能を比較する手段である。この１つの数値は、農場内及び農場間の性能の比較を容易にし、環境、気候及び管理の可変要素を評価するために使用することができる。ＥＰＥＦは、［（生存率（％）×生体重（ｋｇ））／放血時の齢（日）×ＦＣＲ］×１００として算出され、生存率は、屠殺時に生きている動物のパーセンテージであり、生体重は、屠殺時の動物の平均体重であり、放血時の齢は、屠殺時の動物の齢であり、ＦＣＲは、屠殺時の飼料要求率である。
【０３５１】
発現：用語「発現」は、転写、転写後修飾、翻訳、翻訳後修飾及び分泌を含むが、これらに限定されない、ポリペプチドの産生に関与する任意の工程を含む。
【０３５２】
発現ベクター：用語「発現ベクター」は、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み、且つその発現を提供する制御配列に作動可能に連結される線状又は環状のＤＮＡ分子を意味する。
【０３５３】
飼料要求率（ＦＣＲ）：ＦＣＲは、飼料の塊を所望の生産物の増加に変換することにおける動物の効率の尺度である。動物は、肉（例えば、ブタ、家禽及び魚）のために飼育され、生産物は、動物から得られる塊である。具体的には、ＦＣＲは、飼料摂取量を指定される期間の全てにわたる体重増加で割って算出される。ＦＣＲの向上は、ＦＣＲ値の低下を意味する。２％のＦＣＲの向上は、ＦＣＲが２％低下したことを意味する。
【０３５４】
飼料効率：用語「飼料効率」は、動物が自由摂食又は期間中に指定量の飼料で給餌されるときの単位飼料当たりの体重増加の量を意味する。「飼料効率の上昇」により、飼料において本発明による飼料添加物組成物の使用が、存在している前記飼料添加物組成物がない状態で給餌される動物と比較して単位飼料摂取量当たりの体重増加の上昇をもたらすことが意味される。
【０３５５】
飼草：本明細書で定義される用語「飼草」は、粗飼料を含む。飼草は、飼草植物、牧草及び他の飼草植物の乾草並びにサイレージ、海藻、発芽した穀物並びにマメ科植物又はこれらの任意の組合せなどの新鮮な植物材料である。飼草植物の例は、アルファルファ（ルツェルン）、ミヤコグサ、アブラナ属（ｂｒａｓｓｉｃａ）（例えば、ケール、ナタネ（キャノーラ）、ルタバガ（カブハボタン）、カブ）、クローバー（例えば、タチオランダゲンゲ、ムラサキツメクサ、ジモグリツメクサ、シロツメクサ）、牧草（例えば、バミューダグラス、スズメノチャヒキ、オオカニツリ、フェスク属（ｆｅｓｃｕｅ）、ヒースグラス、ナガハグサ、カモガヤ、ドクムギ、チモシー牧草）、コーン（トウモロコシ）、キビ、オオムギ、カラスムギ、ライムギ、モロコシ、ダイズ及びコムギ並びにビートなどの野菜である。飼草は、穀物生産（トウモロコシ茎葉；コムギ、オオムギ、カラスムギ、ライムギ及び他の穀物のわらなど）からの農作物の残余、ビートトップのような野菜の残余；ダイズ、ナタネ及び他のマメ科植物の茎及び葉のような脂肪種子生産の残余；並びに動物若しくはヒトの消費のための穀物の精製からの又は燃料生産若しくは他の産業からの画分をさらに含む。
【０３５６】
断片：用語「断片」は、成熟ポリペプチド若しくはドメインのアミノ末端及び／又はカルボキシ末端で欠けている１つ以上（例えば、数個）のアミノ酸を有するＬＹＳポリペプチドを意味し、断片は、リゾチーム活性を有する。
【０３５７】
一態様において、断片は、成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％、例えば配列番号２の少なくとも２０３個のアミノ酸、配列番号３の少なくとも２０３個のアミノ酸、配列番号５の少なくとも２０３個のアミノ酸、配列番号６の少なくとも２０３個のアミノ酸、配列番号８の少なくとも２００個のアミノ酸、配列番号９の少なくとも２００個のアミノ酸、配列番号１１の少なくとも２７３個のアミノ酸、配列番号１２の少なくとも２７３個のアミノ酸、配列番号１４の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号１５の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号１７の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号１８の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号２０の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号２１の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号２３の少なくとも２０８個のアミノ酸、配列番号２４の少なくとも２０８個のアミノ酸、配列番号２６の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号２７の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号２９の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号３０の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号３２の少なくとも２０３個のアミノ酸、配列番号３３の少なくとも２０３個のアミノ酸、配列番号３５の少なくとも２０２個のアミノ酸、配列番号３６の少なくとも２０２個のアミノ酸、配列番号３８の少なくとも２０２個のアミノ酸、配列番号３９の少なくとも２０２個のアミノ酸、配列番号４１の少なくとも２７３個のアミノ酸、配列番号４２の少なくとも２７３個のアミノ酸、配列番号４４の少なくとも２０４個のアミノ酸、又は配列番号４５の少なくとも２０４個のアミノ酸を含む。
【０３５８】
一態様において、断片は、成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９２％、例えば配列番号２の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号３の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号５の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号６の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号８の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号９の少なくとも２０５個のアミノ酸、配列番号１１の少なくとも２７９個のアミノ酸、配列番号１２の少なくとも２７９個のアミノ酸、配列番号１４の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号１５の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号１７の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号１８の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号２０の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号２１の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号２３の少なくとも２１３個のアミノ酸、配列番号２４の少なくとも２１３個のアミノ酸、配列番号２６の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号２７の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号２９の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号３０の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号３２の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号３３の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号３５の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号３６の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号３８の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号３９の少なくとも２０７個のアミノ酸、配列番号４１の少なくとも２７９個のアミノ酸、配列番号４２の少なくとも２７９個のアミノ酸、配列番号４４の少なくとも２０８個のアミノ酸、又は配列番号４５の少なくとも２０８個のアミノ酸を含む。
【０３５９】
一態様において、断片は、成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９４％、例えば配列番号２の少なくとも２１２個のアミノ酸、配列番号３の少なくとも２１２個のアミノ酸、配列番号５の少なくとも２１２個のアミノ酸、配列番号６の少なくとも２１２個のアミノ酸、配列番号８の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号９の少なくとも２０９個のアミノ酸、配列番号１１の少なくとも２８５個のアミノ酸、配列番号１２の少なくとも２８５個のアミノ酸、配列番号１４の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号１５の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号１７の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号１８の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号２０の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号２１の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号２３の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号２４の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号２６の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号２７の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号２９の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号３０の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号３２の少なくとも２１２個のアミノ酸、配列番号３３の少なくとも２１２個のアミノ酸、配列番号３５の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号３６の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号３８の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号３９の少なくとも２１１個のアミノ酸、配列番号４１の少なくとも２８５個のアミノ酸、配列番号４２の少なくとも２８５個のアミノ酸、配列番号４４の少なくとも２１３個のアミノ酸、又は配列番号４５の少なくとも２１３個のアミノ酸を含む。
【０３６０】
一態様において、断片は、成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９６％、例えば配列番号２の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号３の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号５の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号６の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号８の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号９の少なくとも２１４個のアミノ酸、配列番号１１の少なくとも２９１個のアミノ酸、配列番号１２の少なくとも２９１個のアミノ酸、配列番号１４の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号１５の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号１７の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号１８の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号２０の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号２１の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号２３の少なくとも２２２個のアミノ酸、配列番号２４の少なくとも２２２個のアミノ酸、配列番号２６の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号２７の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号２９の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号３０の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号３２の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号３３の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号３５の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号３６の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号３８の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号３９の少なくとも２１６個のアミノ酸、配列番号４１の少なくとも２９１個のアミノ酸、配列番号４２の少なくとも２９１個のアミノ酸、配列番号４４の少なくとも２１７個のアミノ酸、又は配列番号４５の少なくとも２１７個のアミノ酸を含む。
【０３６１】
一態様において、断片は、成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９８％、例えば配列番号２の少なくとも２２１個のアミノ酸、配列番号３の少なくとも２２１個のアミノ酸、配列番号５の少なくとも２２１個のアミノ酸、配列番号６の少なくとも２２１個のアミノ酸、配列番号８の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号９の少なくとも２１８個のアミノ酸、配列番号１１の少なくとも２９７個のアミノ酸、配列番号１２の少なくとも２９７個のアミノ酸、配列番号１４の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号１５の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号１７の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号１８の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号２０の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号２１の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号２３の少なくとも２２７個のアミノ酸、配列番号２４の少なくとも２２７個のアミノ酸、配列番号２６の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号２７の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号２９の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号３０の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号３２の少なくとも２２１個のアミノ酸、配列番号３３の少なくとも２２１個のアミノ酸、配列番号３５の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号３６の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号３８の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号３９の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号４１の少なくとも２９７個のアミノ酸、配列番号４２の少なくとも２９７個のアミノ酸、配列番号４４の少なくとも２２２個のアミノ酸、又は配列番号４５の少なくとも２２２個のアミノ酸を含む。
【０３６２】
一態様において、断片は、成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９９％、例えば配列番号２の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号３の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号５の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号６の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号８の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号９の少なくとも２２０個のアミノ酸、配列番号１１の少なくとも３００個のアミノ酸、配列番号１２の少なくとも３００個のアミノ酸、配列番号１４の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号１５の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号１７の少なくとも２２７個のアミノ酸、配列番号１８の少なくとも２２７個のアミノ酸、配列番号２０の少なくとも２２７個のアミノ酸、配列番号２１の少なくとも２２７個のアミノ酸、配列番号２３の少なくとも２２９個のアミノ酸、配列番号２４の少なくとも２２９個のアミノ酸、配列番号２６の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号２７の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号２９の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号３０の少なくとも２２５個のアミノ酸、配列番号３２の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号３３の少なくとも２２３個のアミノ酸、配列番号３５の少なくとも２２２個のアミノ酸、配列番号３６の少なくとも２２２個のアミノ酸、配列番号３８の少なくとも２２２個のアミノ酸、配列番号３９の少なくとも２２２個のアミノ酸、配列番号４１の少なくとも３００個のアミノ酸、配列番号４２の少なくとも３００個のアミノ酸、配列番号４４の少なくとも２２４個のアミノ酸、又は配列番号４５の少なくとも２２４個のアミノ酸を含む。
【０３６３】
融合ポリペプチド：用語「融合ポリペプチド」は、あるポリペプチドが本発明のポリペプチドのＮ末端又はＣ末端で融合されているポリペプチドである。融合ポリペプチドは、本発明のポリヌクレオチドに別のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを融合することによって生成される。融合ポリペプチドを生成する技術は、当技術分野で知られており、ポリペプチドをコードするコード配列を、それらがインフレームであり、且つ融合ポリペプチドの発現が同じプロモーター及びターミネーターの制御下にあるように結合することを含む。融合ポリペプチドは、融合ポリペプチドが翻訳後に形成されるインテイン技術を用いても構築され得る（Ｃｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３，ＥＭＢＯ  Ｊ．１２：２５７５−２５８３；Ｄａｗｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６６：７７６−７７９）。融合ポリペプチドは、２つのポリペプチド間の切断部位をさらに含むことができる。融合タンパク質の分泌時、その部位が切断されて２つのポリペプチドを放出する。切断部位の例としては、Ｍａｒｔｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００３，Ｊ．Ｉｎｄ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３：５６８−５７６；Ｓｖｅｔｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７６：２４５−２５１；Ｒａｓｍｕｓｓｅｎ−Ｗｉｌｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６３：３４８８−３４９３；Ｗａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １３：４９８−５０３；及びＣｏｎｔｒｅｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：３７８−３８１；Ｅａｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２５：５０５−５１２；Ｃｏｌｌｉｎｓ−Ｒａｃｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １３：９８２−９８７；Ｃａｒｔｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ，Ｆｕｎｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６：２４０−２４８；及びＳｔｅｖｅｎｓ，２００３，Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｗｏｒｌｄ  ４：３５−４８に開示される部位が挙げられるが、これらに限定されない。
【０３６４】
宿主細胞：用語「宿主細胞」は、本発明のポリヌクレオチドを含む核酸構築物又は発現ベクターによる形質転換、トランスフェクション、トランスダクションなどを受けやすい任意の細胞型を意味する。用語「宿主細胞」は、複製中に起こる変異に起因して親細胞と同一でない親細胞の任意の後代を包含する。
【０３６５】
ハイブリッドポリペプチド：用語「ハイブリッドポリペプチド」は、２つ以上のポリペプチドに由来するドメイン、例えば１つのポリペプチドに由来する結合ドメイン及びもう１つのポリペプチドに由来する触媒ドメインを含むポリペプチドを意味する。ドメインは、Ｎ末端又はＣ末端で融合され得る。
【０３６６】
単離された：用語「単離された」は、天然に存在しない形態の物質又はその物質が天然に存在しない環境中の物質を意味する。単離された物質の例としては、（１）天然に存在しない任意の物質、（２）限定されるものではないが、任意の酵素、変異体、核酸、タンパク質、ペプチド若しくは補因子を含む、天然で会合している天然に存在する成分の１つ以上又は全てから少なくとも部分的に取り出された任意の物質；（３）天然に見出される物質に対して人間の手により修飾された任意の物質；又は（４）天然で会合している他の成分に対する物質の量の増加（例えば、宿主細胞中の組換え体産生；物質をコードする遺伝子の多重コピー；及び物質をコードする遺伝子と天然で会合しているプロモーターよりも強力なプロモーターの使用）により修飾された任意の物質が挙げられる。
【０３６７】
リゾチーム活性：用語「リゾチーム活性」は、ペプチドグリカンにおけるＮ−アセチルムラミン酸とＮ−アセチル−Ｄ−グルコサミン残基との間の１，４−β−結合の加水分解により溶菌をもたらすことを意味する。リゾチームは、酵素クラスＥＣ３．２．１．１７に属する。リゾチーム活性は、通常、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｕｓ）ＡＴＣＣ  ４６９８のリゾチームの溶解作用によって測定される。適切な実験条件において、これらの変化は、培地中のリゾチームの量に比例する（国連食糧農業機構（ｗｗｗ．ｆａｏ．ｏｒｇ）の食品添加物規格総合概論（Ｃｏｍｂｉｎｅｄ  Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｆｏｏｄ  Ａｄｄｉｔｉｖｅ  Ｓｐｅｃｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）のＩＮＳ  １１０５を参照されたい）。本発明の目的のために、リゾチーム活性は、実施例１（「還元末端アッセイを使用するリゾチーム活性の測定」）に記載される還元末端アッセイに従って測定される。ポリペプチドは、それがミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｕｓ）ＡＴＣＣ  ４６９８に対して活性を示す場合にリゾチーム活性を有する。
【０３６８】
一態様において、本発明のポリペプチドは、少なくとも５０％、例えば好ましくは少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は最も好ましくは少なくとも１００％の配列番号１２のリゾチーム活性を有し、好ましくは、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。一態様において、本発明のポリペプチドは、少なくとも５０％、例えば好ましくは少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は最も好ましくは少なくとも１００％の配列番号１２のリゾチーム活性を有し、リゾチーム活性は、以下のとおりに測定される：ＬＹＳポリペプチド（リン酸緩衝液（５ｍＭ  クエン酸塩、５ｍＭ  Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％  ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、ｐＨ５．０）中において５０μＬの０．７μｇ／ｍＬ  ＬＹＳポリペプチド）をミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）溶液（ｍｉｌｌｉ−Ｑ水中において４５０μＬの１％凍結乾燥ミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ番号４６９８）と混合し、振盪させながら（５００ｒｐｍ）４０℃で４５分間インキュベートし；試料を遠心分離し（４０００ｇ、５分）；上清（１００μＬ）をＨＣｌ（５０μＬ  ３．２Ｍ）と混合し、９５℃で８０分間インキュベートし；ＮａＯＨ（５０μＬ、３．５Ｍ）を加え、１５０μＬの試料をＫ−Ｎａ酒石酸／ＮａＯＨ緩衝液（７５μＬの５０ｇ／Ｌ  Ｋ−Ｎａ酒石酸＋２０ｇ／Ｌ  ＮａＯＨ）中の４−ヒドロキシベンズヒドラジドに加え；混合物を９５℃で１０分間インキュベートし；光学密度を４０５ｎｍで測定する。
【０３６９】
成熟ポリペプチド：用語「成熟ポリペプチド」は、翻訳及びＮ末端プロセシング、Ｃ末端短縮化、グリコシル化、リン酸化などの任意の翻訳後修飾後の最終形態のポリペプチドを意味する。
【０３７０】
一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸１〜２２６であり、配列番号２のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸１〜２２６である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号５のアミノ酸１〜２２６であり、配列番号５のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号６のアミノ酸１〜２２６である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号８のアミノ酸１〜２２３であり、配列番号８のアミノ酸−２０〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸１〜２２３である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号１１のアミノ酸１〜３０４であり、配列番号１１のアミノ酸−２０〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号１２のアミノ酸１〜３０４である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号１４のアミノ酸１〜２２８であり、配列番号１４のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸１〜２２８である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号１７のアミノ酸１〜２３０であり、配列番号１７のアミノ酸−２０〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号１８のアミノ酸１〜２３０である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２０のアミノ酸１〜２３０であり、配列番号２０のアミノ酸−２１〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２１のアミノ酸１〜２３０である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２３のアミノ酸１〜２３２であり、配列番号２３のアミノ酸−２２〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２４のアミノ酸１〜２３２である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２６のアミノ酸１〜２２８であり、配列番号２６のアミノ酸−２０〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２７のアミノ酸１〜２２８である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号２９のアミノ酸１〜２２８であり、配列番号２９のアミノ酸−２０〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３０のアミノ酸１〜２２８である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３２のアミノ酸１〜２２６であり、配列番号３２のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸１〜２２６である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３５のアミノ酸１〜２２５であり、配列番号３５のアミノ酸−２０〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３６のアミノ酸１〜２２５である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３８のアミノ酸１〜２２５であり、配列番号３８のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号３９のアミノ酸１〜２２５である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号４１のアミノ酸１〜３０４であり、配列番号４１のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号４２のアミノ酸１〜３０４である。一態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号４４のアミノ酸１〜２２７であり、配列番号４４のアミノ酸−１９〜−１は、シグナルペプチドである。別の態様において、成熟ポリペプチドは、配列番号４５のアミノ酸１〜２２７である。
【０３７１】
宿主細胞が、同じポリヌクレオチドによって発現される２つ以上の異なる成熟ポリペプチド（すなわち異なるＣ末端及び／又はＮ末端アミノ酸を有する）の混合物を生成する場合があることが当技術分野で知られている。異なる宿主細胞がポリペプチドを別様にプロセシングし、それにより、ポリヌクレオチドを発現するある宿主細胞が、同じポリヌクレオチドを発現する別の宿主細胞と比較して異なる成熟ポリペプチド（例えば、異なるＣ末端及び／又はＮ末端アミノ酸を有する）を産生する場合があることも当技術分野で知られている。
【０３７２】
成熟ポリペプチドコード配列：用語「成熟ポリペプチドコード配列」は、リゾチーム活性を有する成熟ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。
【０３７３】
核酸構築物：用語「核酸構築物」は、天然に存在する遺伝子から単離されるか、又はそうでなければ天然に存在しないであろう様式の核酸のセグメントを含有するように修飾されるか又は合成的である、１つ以上の制御配列を含む一本鎖又は二本鎖のいずれかの核酸分子を意味する。
【０３７４】
〜から得られるか又は得ることができる：用語「〜から得られるか又は得ることができる」は、ポリペプチドが特定の分類学上のランクに由来する生物において見出され得ることを意味する。一実施形態において、ポリペプチドは、菌界から得られるか又は得ることができ、ここで、界という用語は、分類学上のランクである。好ましい実施形態において、ポリペプチドは、子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）から得られるか又は得ることができ、ここで、門という用語は、分類学上のランクである。別の好ましい実施形態において、ポリペプチドは、チャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができ、ここで、亜門という用語は、分類学上のランクである。
【０３７５】
ポリペプチドの分類学上のランクが知られていない場合、それは、ポリペプチドのＢＬＡＳＴＰ検索（例えば、国立生物工学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）（ＮＣＩＢ）のウェブサイトｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／を使用する）を実施し、それを最も近縁のホモログと比較することにより、当業者により容易に決定することができる。既知のポリペプチドの断片である未知のポリペプチドは、同じ分類学上の種のものであると見なされる。最大１０カ所で置換、欠失及び／又は挿入を含む未知の天然ポリペプチド又は人工変異体は、既知のポリペプチドと同じ分類学上の種のものであると見なされる。
【０３７６】
作動可能に連結される：用語「作動可能に連結される」は、制御配列が、コード配列の発現を誘導するようにポリペプチドのコード配列に対して適切な位置に置かれる配置を意味する。
【０３７７】
粗飼料：用語「粗飼料」は、種子及び穀物及び農作物の残余（茎葉、コプラ、わら、籾殻、サトウダイコンの廃棄物など）からの繊維、糠、穀皮などの高レベルの繊維を有する乾燥植物材料を意味する。
【０３７８】
配列同一性：２つのアミノ酸配列間又は２つのヌクレオチド配列間の関連性は、パラメーター「配列同一性」によって説明される。
【０３７９】
本発明の目的のために、２つのアミノ酸配列間の配列同一性は、好ましくは、バージョン５．０．０以降のＥＭＢＯＳＳパッケージ（ＥＭＢＯＳＳ：Ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｏｐｅｎ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｓｕｉｔｅ，Ｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｇｅｎｅｔ．１６：２７６−２７７）のＮｅｅｄｌｅプログラムにおいて実装されている、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３−４５３）を用いて判定される。用いられるパラメーターは、１０のギャップオープンペナルティ、０．５のギャップエクステンションペナルティ及びＥＢＬＯＳＵＭ６２（ＢＬＯＳＵＭ６２のＥＭＢＯＳＳバージョン）置換マトリックスである。Ｎｅｅｄｌｅ標識された「最長の同一性」（−ｎｏｂｒｉｅｆオプションを用いて得られる）の出力が同一性パーセントとして用いられ、以下のとおり算出される：
（同一の残基×１００）／（アラインメントの長さ−アラインメント中のギャップの総数）。
【０３８０】
本発明の目的のために、２つのデオキシリボヌクレオチド酸配列間の配列同一性は、好ましくは、バージョン５．０．０以降のＥＭＢＯＳＳパッケージ（ＥＭＢＯＳＳ：Ｔｈｅ  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｏｐｅｎ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ  Ｓｕｉｔｅ，Ｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０００、前出）のＮｅｅｄｌｅプログラムにおいて実装されている、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズム（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，１９７０、前出）を用いて判定される。用いられるパラメーターは、１０のギャップオープンペナルティ、０．５のギャップエクステンションペナルティ及びＥＤＮＡＦＵＬＬ（ＮＣＢＩ  ＮＵＣ４．４のＥＭＢＯＳＳバージョン）置換マトリックスである。Ｎｅｅｄｌｅ標識された「最長の同一性」（−ｎｏｂｒｉｅｆオプションを用いて得られる）の出力が同一性パーセントとして用いられ、以下のとおり算出される：
（同一のデオキシリボヌクレオチド×１００）／（アラインメントの長さ−アラインメント中のギャップの総数）。
【０３８１】
部分配列：用語「部分配列」は、成熟ポリペプチドコード配列の５’末端及び／又は３’末端で欠けている１つ以上（例えば、数個）のヌクレオチドを有するポリヌクレオチドを意味し、部分配列は、リゾチーム活性を有する断片をコードする。
【０３８２】
実質的に純粋なポリペプチド：用語「実質的に純粋なポリペプチド」は、最大１０重量％、最大８重量％、最大６重量％、最大５重量％、最大４重量％、最大３重量％、最大２重量％、最大１重量％及び最大０．５重量％の天然に又は組み換え的に結合した他のポリペプチド材料を含有する調製物を意味する。好ましくは、ポリペプチドは、調製物中に存在する全ポリペプチド材料の重量に対して少なくとも９２％純粋、例えば少なくとも９４％純粋、少なくとも９５％純粋、少なくとも９６％純粋、少なくとも９７％純粋、少なくとも９８％純粋、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％純粋及び１００％純粋である。本発明のポリペプチドは、実質的に純粋な形態であることが好ましい。これは、例えば、よく知られている組換え法又は古典的な精製方法によってポリペプチドを調製することにより達成され得る。
【０３８３】
変異体：用語「変異体」は、改変、すなわち１つ以上（例えば、数カ所）の位置での１つ以上（数個）のアミノ酸残基の置換、挿入及び／又は欠失を含むリゾチーム活性を有するポリペプチドを意味する。置換とは、ある位置のアミノ酸の異なるアミノ酸による置き換えを意味し；欠失とは、ある位置のアミノ酸の除去を意味し；また、挿入とは、ある位置のアミノ酸に隣接し、その直後に続いて１、２又は３個のアミノ酸を付加することを意味する。
【０３８４】
一態様において、本発明による変異体は、１〜５個；１〜１０個；１〜１５個；１〜２０個；１〜２５個；１〜３０個；１〜３５個；１〜４０個；１〜４５個；又は１〜５０個、すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０個の改変を含み得る。
【０３８５】
一態様において、本発明の変異体は、少なくとも５０％、例えば好ましくは少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は最も好ましくは少なくとも１００％の配列番号１２のリゾチーム活性を有し、好ましくは、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。一態様において、本発明の変異体は、少なくとも５０％、例えば好ましくは少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は最も好ましくは少なくとも１００％の配列番号１２のリゾチーム活性を有し、リゾチーム活性は、以下のとおりに測定される：ＬＹＳポリペプチド（リン酸緩衝液（５ｍＭ  クエン酸塩、５ｍＭ  Ｋ２ＨＰＯ４、０．０１％  ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、ｐＨ５．０）中において５０μＬの０．７μｇ／ｍＬ  ＬＹＳポリペプチド）をミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）溶液（ｍｉｌｌｉ−Ｑ水中において４５０μＬの１％凍結乾燥ミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ番号４６９８）と混合し、振盪させながら（５００ｒｐｍ）４０℃で４５分間インキュベートし；試料を遠心分離し（４０００ｇ、５分）；上清（１００μＬ）をＨＣｌ（５０μＬ  ３．２Ｍ）と混合し、９５℃で８０分間インキュベートし；ＮａＯＨ（５０μＬ、３．５Ｍ）を加え、１５０μＬの試料をＫ−Ｎａ酒石酸／ＮａＯＨ緩衝液（７５μＬの５０ｇ／Ｌ  Ｋ−Ｎａ酒石酸＋２０ｇ／Ｌ  ＮａＯＨ）中の４−ヒドロキシベンズヒドラジドに加え；混合物を９５℃で１０分間インキュベートし；光学密度を４０５ｎｍで測定する。
【０３８６】
一態様において、本発明による変異体は、１〜５個；１〜１０個；１〜１５個；１〜２０個；１〜２５個；１〜３０個；１〜３５個；１〜４０個；１〜４５個；又は１〜５０個、すなわち１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０個の改変を含み得、且つ少なくとも５０％、例えば好ましくは少なくとも６０％、好ましくは少なくとも７０％、より好ましくは少なくとも８０％、より好ましくは少なくとも９０％、さらにより好ましくは少なくとも９５％又は最も好ましくは少なくとも１００％の配列番号１２のリゾチーム活性を有し、好ましくは、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０３８７】
命名法
本発明の目的のために、命名法［Ｅ／Ｑ］は、この位置のアミノ酸がグルタミン酸（Ｇｌｕ、Ｅ）又はグルタミン（Ｇｌｎ、Ｑ）であり得ることを意味する。同様に、命名法［Ｖ／Ｇ／Ａ／Ｉ］は、この位置のアミノ酸がバリン（Ｖａｌ、Ｖ）、グリシン（Ｇｌｙ、Ｇ）、アラニン（Ａｌａ、Ａ）又はイソロイシン（Ｉｌｅ、Ｉ）であり得ることを意味し、本明細書に記載される他の組合せについても同様である。他でさらに限定されない限り、アミノ酸Ｘは、２０種の天然アミノ酸のいずれかであり得ると定義される。
【０３８８】
本発明の詳細な説明
本発明者らは、リゾチーム活性を有する完全に新しいクラスのポリペプチドを発見した。前記ポリペプチドは、既知のリゾチームと構造的に大きく異なる。下記の配列同一性マトリックスに示されるとおり、本発明のポリペプチドは、全て国際公開第２０１３／０７６２５９号パンフレットに開示される先行技術の配列に対して４５％未満の配列同一性を有し、これは、これらの新規のポリペプチドが既知のリゾチームと異なるフォールディングパターンを有し得ることを示唆している。
【０３８９】
【表１】
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【０３９０】
本発明のポリペプチドは、ミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）に対する従来のＯＤ低下アッセイ（実施例１４を参照されたい）又は基質としてミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）を用いる還元末端アッセイ（実施例１３を参照されたい）における活性など、典型的なリゾチーム活性を実証する。
【０３９１】
リゾチーム活性を有する本発明のポリペプチドは、本明細書においてＬＹＳポリペプチドと命名され、１つ以上のＬＡＤ（リゾチーム活性ドメイン）触媒ドメイン及び任意選択により１つ以上のリゾチーム強化ドメイン（ＬＥＤ）を含む。
【０３９２】
リゾチーム活性を有するポリペプチドを含む組成物
第１の態様において、本発明は、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇのＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ポリペプチドは、（ａ）リゾチーム活性を有し、且つ（ｂ）１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、組成物に関する。
【０３９３】
ある実施形態において、ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメイン（ＬＥＤ）をさらに含む。したがって、本発明は、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇのＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、
（ａ）ＬＹＳポリペプチドは、リゾチーム活性を有し；
（ｂ）ＬＹＳポリペプチドは、１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行され；
（ｃ）ポリペプチドは、１つ以上のＬＥＤドメインを含み、ＬＥＤは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、組成物にさらに関する。
【０３９４】
両方が参照により本明細書に組み込まれるＤｕｒｂｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ：ｐｒｏｂａｂｉｌｉｓｔｉｃ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ａｎｄ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９９８）及びＫｒｏｇｈ  ｅｔ  ａｌ．（１９９４  Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２３５：１５０１−１５３１）に記載されるプロファイルＨＭＭの背後にある理論は、タンパク質のセットのアラインメントにおける各々の位置で出現する各アミノ酸の確率に基づくタンパク質の組の特徴付けである。
【０３９５】
具体的には、プロファイルＨＭＭは、複数の配列アラインメント又はさらに単一の配列の統計モデルである。それらは、アラインメントの保存された各縦列がどのようなものかについて及びいずれの残基が適当であるかについての位置特異的な情報を捕捉する。全てのプロファイル法は、多かれ少なかれ多重配列アラインメントのコンセンサスの統計学的な記述である。それらは、アミノ酸又はヌクレオチド（残基）についての位置特異的なスコア及び挿入又は欠失を開放し、且つ伸長するための位置特異的なペナルティーを使用する。従来のペアワイズアラインメント（例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ又はＳｍｉｔｈ／Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズム）は、位置に依存しないスコアリングパラメーターを使用する。プロファイルのこの特性は、多重アラインメントにおける様々な位置での保存の程度並びにギャップ及び挿入が許容される異なる程度についての重要な情報を捕捉する。
【０３９６】
ＨＭＭを使用する利点は、ＨＭＭが形式的な確率的基盤を有することである。確率理論は、全てのスコアリングパラメーターがどのように設定されるべきかを導くために使用される。最も重要な側面の１つは、ＨＭＭが位置特異的ギャップ及び挿入スコアを設定するための一貫した理論を有することである。この方法は、一貫しており、したがって高度に自動化可能であり、数百のプロファイルＨＭＭを例えば全ゲノム分析に適用することができる。タンパク質ドメインモデルデータベースの例は、Ｐｆａｍ（Ｓｏｎｎｈａｍｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，“Ａ  ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｄａｔａｂａｓｅ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆａｍｉｌｉｅｓ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｓｅｅｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ”，Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，２８：４０５−４２０；Ｆｉｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，“Ｔｈｅ  Ｐｆａｍ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆａｍｉｌｉｅｓ  ｄａｔａｂａｓｅ”，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，３８：Ｄ２１１−Ｄ２２２）であり、これは、Ｉｎｔｅｒｐｒｏのタンパク質ドメインアノテーションシステムの重要な部分である。Ｐｆａｍの構築及び使用は、ＨＭＭＥＲソフトウェアパッケージと密接に結びついている（ｈｔｔｐｓ：／／ｅｎ．ｗｉｋｉｐｅｄｉａ．ｏｒｇ／ｗｉｋｉ／ＨＭＭＥＲを参照されたい）。
【０３９７】
ＬＡＤ触媒ドメインは、以下の様式で定義される。本明細書の「配列リストの概要」の節において説明されるＵｎｉｐｒｏｔエントリーの部分的な配列である配列番号４６〜１８７は、デフォルト設定でソフトウェアプログラムＭＵＳＣＬＥ  ｖ３．８．３１を使用して整列される。このアラインメントを使用して、隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）がＬＡＤ触媒ドメインについて構築される。ＨＭＭは、パッケージＨＭＭＥＲ  ３．０（２０１０年３月）（ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）のソフトウェアプログラム「ｈｍｍｂｕｉｌｄ」を使用して構築され、そのソフトウェアは、デフォルト設定を用いて発動される。
【０３９８】
ＬＡＤ触媒ドメインは、ｄｏｍＴスコアが少なくとも１７０である場合、デフォルト設定を用いてパッケージＨＭＭＥＲ  ３．０（２０１０年３月）（ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）のソフトウェアプログラム「ｈｍｍｓｃａｎ」を使用して前述のＨＭＭと適合するように定義される。好ましい実施形態において、ｄｏｍＴスコアは、少なくとも１７５、好ましくは少なくとも１８０、より好ましくは少なくとも１８５、さらにより好ましくは少なくとも１９０、さらにより好ましくは少なくとも１９５又は最も好ましくは少なくとも２００である。
【０３９９】
上記手順に従って配列番号４６〜１８７を用いて生成されるＬＡＤ触媒ドメインのＨＭＭプロファイルは、実施例１０において与えられる。ＨＭＭプロファイルは、引き続きソフトウェアプログラム「ｈｍｍｓｃａｎ」にロードされるテキストファイルにコピーすることができ、その結果、他のポリペプチドを、前記ポリペプチドが１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含むかどうかを参照するために試験することができる。
【０４００】
リゾチーム強化ドメイン（ＬＥＤ）は、以下の様式で定義される。本明細書の「配列リストの概要」の節において説明されるＵｎｉｐｒｏｔエントリーの部分的な配列である配列番号１８８〜３１６は、デフォルト設定でソフトウェアプログラムＭＵＳＣＬＥ  ｖ３．８．３１を使用して整列される。このアラインメントを使用して、隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）がＬＥＤについて構築される。ＨＭＭは、パッケージＨＭＭＥＲ  ３．０（２０１０年３月）（ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）のソフトウェアプログラム「ｈｍｍｂｕｉｌｄ」を使用して構築され、そのソフトウェアは、デフォルト設定を用いて発動される。
【０４０１】
ＬＥＤは、ｄｏｍＴスコアが少なくとも１００である場合、デフォルト設定を用いてパッケージＨＭＭＥＲ  ３．０（２０１０年３月）（ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）のソフトウェアプログラム「ｈｍｍｓｃａｎ」を使用して前述のＨＭＭと適合するように定義される。好ましい実施形態において、ｄｏｍＴスコアは、少なくとも１０３、好ましくは少なくとも１０６、より好ましくは少なくとも１０９、より好ましくは少なくとも１１２、より好ましくは少なくとも１１５、より好ましくは少なくとも１１８、さらにより好ましくは少なくとも１２１又は最も好ましくは少なくとも１２４である。
【０４０２】
上記手順に従って配列番号１８８〜３１６を用いて生成されるＬＥＤのＨＭＭプロファイルは、実施例１１において与えられる。ＨＭＭプロファイルは、引き続きソフトウェアプログラム「ｈｍｍｓｃａｎ」にロードされるテキストファイルにコピーすることができ、その結果、他のポリペプチドを、前記ポリペプチドが１つ以上のＬＥＤを含むかどうかを参照するために試験することができる。
【０４０３】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４０４】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０３のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０３のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０３のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０３のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０３のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０３のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４０５】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０６のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０６のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０６のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０６のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０６のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０６のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４０６】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０９のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０９のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０９のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０９のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０９のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１０９のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４０７】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１２のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１２のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１２のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１２のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１２のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１２のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４０８】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１５のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１５のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１５のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１５のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１５のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１５のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４０９】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１７５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１８のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１８のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１８５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１８のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９０のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１８のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも１９５のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１８のｄｏｍＴスコアを与える。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、少なくとも２００のｄｏｍＴスコアを与え、ＬＥＤは、少なくとも１１８のｄｏｍＴスコアを与える。
【０４１０】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０４１１】
第１の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ポリペプチドは、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇで投与され、且つ
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される、組成物に関する。
【０４１２】
第１の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ＬＹＳポリペプチドは、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇで投与され、且つ
（ａ）配列番号３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸８１〜２２０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１６１〜３０４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸８８〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸８７〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸９０〜２３２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸８３〜２２２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸８２〜２２５と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１６１〜３０３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸８５〜２２７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＡＤ触媒ドメインを含む、組成物に関する。
【０４１３】
第１の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ＬＹＳポリペプチドは、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇで投与され、且つ
（ａ）配列番号３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸８１〜２２０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１６１〜３０４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸８８〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸８７〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸９０〜２３２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸８３〜２２２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸８２〜２２５と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１６１〜３０３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸８５〜２２７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＡＤ触媒ドメインを含み；
ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１〜７２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸１〜７２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸９６〜１６７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸９６〜１６８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＥＤドメインを含む、組成物に関する。
【０４１４】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０４１５】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、ポリペプチドは、真菌起源のものである。ある実施形態において、ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる。
【０４１６】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、組成物は、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇ、例えば組成物１キログラム当たり少なくとも０．０２ｍｇ、０．０５ｍｇ、０．１０ｍｇ、０．２ｍｇ、０．５ｍｇ、１．０ｍｇ、２ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、２０ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、５００ｍｇ、１．０ｇ、２．５ｇ、５ｇ、７．５ｇ、１０ｇ、２５ｇ、５０ｇ、７５ｇ又は１００ｇのポリペプチド（酵素タンパク質）を含む。一実施形態において、組成物は、組成物１キログラム当たり最大で２５０ｇ、例えば組成物１キログラム当たり最大で１５０ｇ、１００ｇ、５０ｇ、４０ｇ、３０ｇ、２０ｇ、１０ｇ、７．５ｇ、５ｇ、２．５ｇ、１．０ｇ、７５０ｍｇ、５００ｍｇ、２５０ｍｇ、１００ｍｇ、５０ｍｇ、２５ｍｇ、１０ｍｇ、５ｍｇ、２．５ｍｇ又は１ｍｇのポリペプチドを含む。一実施形態において、組成物は、組成物１キログラム当たり０．０１ｍｇ〜２５０ｇ、例えば組成物１キログラム当たり０．０２ｍｇ、０．０５ｍｇ、０．１０ｍｇ、０．２ｍｇ、０．５ｍｇ、１．０ｍｇ、２ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、２０ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、５００ｍｇ、１．０ｇ、２．５ｇ、５ｇ、７．５ｇ、１０ｇ、２５ｇ、５０ｇ、７５ｇ若しくは１００ｇ〜組成物１キログラム当たり１５０ｇ、１００ｇ、５０ｇ、４０ｇ、３０ｇ、２０ｇ、１０ｇ、７．５ｇ、５ｇ、２．５ｇ、１．０ｇ、７５０ｍｇ、５００ｍｇ、２５０ｍｇ、１００ｍｇ、５０ｍｇ、２５ｍｇ、１０ｍｇ、５ｍｇ、２．５ｍｇ若しくは１ｍｇ又はこれらの任意の組合せのポリペプチド（酵素タンパク質）を含む。
【０４１７】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、組成物は、１つ以上の配合剤（本明細書に記載されるものなど）、好ましくはグリセロール、エチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、硫酸マグネシウム、チオ硫酸ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、デキストリン、グルコース、スクロース、ソルビトール、ラクトース、デンプン、カオリン、マルトデキストリン、シクロデキストリン、コムギ、ＰＶＡ、酢酸塩、リン酸塩及びセルロースからなるリストから選択され、好ましくは１，２−プロピレングリコール、１，３−プロピレングリコール、硫酸ナトリウム、デキストリン、セルロース、チオ硫酸ナトリウム、カオリン及び炭酸カルシウムからなるリストから選択される配合剤を含む。
【０４１８】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、組成物は、１つ以上の追加の酵素を含む。１つ以上の追加の酵素は、好ましくは、アセチルキシランエステラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、アラビノフラノシダーゼ、セロビオヒドロラーゼ、セルラーゼ、フェルロイルエステラーゼ、ガラクタナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルカナーゼ、β−グルコシダーゼ、リパーゼ、リゾホスホリパーゼ、リゾチーム、マンナナーゼ、α−マンノシダーゼ、β−マンノシダーゼ、フィターゼ、ホスホリパーゼＡ１、ホスホリパーゼＡ２、ホスホリパーゼＣ、ホスホリパーゼＤ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ペクチナーゼ、ペクチンリアーゼ、キシラナーゼ、β−キシロシダーゼ又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４１９】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、組成物は、１つ以上のプロバイオティクスを含む。１つ以上のプロバイオティクスは、好ましくは、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ポリミクサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、カルノバクテリウム属（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ファルシミナス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐ．）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、メガスファエラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｓｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４２０】
リゾチーム活性を有するポリペプチドを含む顆粒
第２の態様において、本発明は、ＬＹＳポリペプチドを含む顆粒であって、ポリペプチドは、（ａ）リゾチーム活性を有し、且つ（ｂ）１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、顆粒に関する。一実施形態において、顆粒は、コア粒子及び１つ以上のコーティングを含む。好ましい実施形態において、コーティングは、塩、及び／又はワックス、及び／又は小麦粉を含む。好ましい配合物は、下記の配合の節において開示される。
【０４２１】
ある実施形態において、ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメイン（ＬＥＤ）をさらに含む。したがって、本発明は、ＬＹＳポリペプチドを含む顆粒であって、
（ａ）ＬＹＳポリペプチドは、リゾチーム活性を有し；
（ｂ）ＬＹＳポリペプチドは、１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１７０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行され；
（ｃ）ポリペプチドは、１つ以上のＬＥＤドメインを含み、ＬＥＤは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、通常、問い合わせは、ＨＭＭによってリゾチーム強化ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、顆粒にさらに関する。
【０４２２】
一実施形態において、顆粒は、コア粒子及び１つ以上のコーティングを含む。好ましい実施形態において、コーティングは、塩、及び／又はワックス、及び／又は小麦粉を含む。好ましい配合物は、下記の配合の節において開示される。
【０４２３】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１７５、好ましくは少なくとも１８０、より好ましくは少なくとも１８５、さらにより好ましくは少なくとも１９０、さらにより好ましくは少なくとも１９５又は最も好ましくは少なくとも２００である。ある実施形態において、ＬＥＤのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１０３、好ましくは少なくとも１０６、より好ましくは少なくとも１０９、より好ましくは少なくとも１１２、より好ましくは少なくとも１１５、より好ましくは少なくとも１１８、さらにより好ましくは少なくとも１２１又は最も好ましくは少なくとも１２４である。ｄｏｍＴスコアの好ましい組合せは、本発明の第１の態様において開示される。
【０４２４】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０４２５】
第２の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む顆粒であって、ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される、顆粒に関する。
【０４２６】
一実施形態において、顆粒は、コア粒子及び１つ以上のコーティングを含む。好ましい実施形態において、コーティングは、塩、及び／又はワックス、及び／又は小麦粉を含む。好ましい配合物は、下記の配合の節において開示される。
【０４２７】
第２の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む顆粒であって、ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸８１〜２２０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１６１〜３０４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸８８〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸８７〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸９０〜２３２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸８３〜２２２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸８２〜２２５と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１６１〜３０３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸８５〜２２７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＡＤ触媒ドメインを含む、顆粒に関する。
【０４２８】
第２の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む顆粒であって、ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸８１〜２２０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１６１〜３０４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸８８〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸８７〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸９０〜２３２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸８３〜２２２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸８２〜２２５と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１６１〜３０３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸８５〜２２７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＡＤ触媒ドメインを含み；
ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１〜７２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸１〜７２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸９６〜１６７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸９６〜１６８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＥＤドメインを含む、顆粒に関する。
【０４２９】
一実施形態において、顆粒は、コア粒子及び１つ以上のコーティングを含む。好ましい実施形態において、コーティングは、塩、及び／又はワックス、及び／又は小麦粉を含む。好ましい配合物は、下記の配合の節において開示される。
【０４３０】
第２の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０４３１】
第２の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、ポリペプチドは、真菌起源のものである。ある実施形態において、ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる。
【０４３２】
第１の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、組成物は、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇ、例えば組成物１キログラム当たり少なくとも０．０２ｍｇ、０．０５ｍｇ、０．１０ｍｇ、０．２ｍｇ、０．５ｍｇ、１．０ｍｇ、２ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、２０ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、５００ｍｇ、１．０ｇ、２．５ｇ、５ｇ、７．５ｇ、１０ｇ、２５ｇ、５０ｇ、７５ｇ又は１００ｇのポリペプチド（酵素タンパク質）を含む。一実施形態において、組成物は、組成物１キログラム当たり最大で２５０ｇ、例えば組成物１キログラム当たり最大で１５０ｇ、１００ｇ、５０ｇ、４０ｇ、３０ｇ、２０ｇ、１０ｇ、７．５ｇ、５ｇ、２．５ｇ、１．０ｇ、７５０ｍｇ、５００ｍｇ、２５０ｍｇ、１００ｍｇ、５０ｍｇ、２５ｍｇ、１０ｍｇ、５ｍｇ、２．５ｍｇ又は１ｍｇのポリペプチドを含む。一実施形態において、組成物は、組成物１キログラム当たり０．０１ｍｇ〜２５０ｇ、例えば組成物１キログラム当たり０．０２ｍｇ、０．０５ｍｇ、０．１０ｍｇ、０．２ｍｇ、０．５ｍｇ、１．０ｍｇ、２ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、２０ｍｇ、５０ｍｇ、１００ｍｇ、２００ｍｇ、５００ｍｇ、１．０ｇ、２．５ｇ、５ｇ、７．５ｇ、１０ｇ、２５ｇ、５０ｇ、７５ｇ若しくは１００ｇ〜組成物１キログラム当たり１５０ｇ、１００ｇ、５０ｇ、４０ｇ、３０ｇ、２０ｇ、１０ｇ、７．５ｇ、５ｇ、２．５ｇ、１．０ｇ、７５０ｍｇ、５００ｍｇ、２５０ｍｇ、１００ｍｇ、５０ｍｇ、２５ｍｇ、１０ｍｇ、５ｍｇ、２．５ｍｇ若しくは１ｍｇ又はこれらの任意の組合せのポリペプチド（酵素タンパク質）を含む。
【０４３３】
第２の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、顆粒は、１つ以上の配合剤（本明細書に記載されるものなど）、好ましくはグリセロール、エチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、硫酸マグネシウム、チオ硫酸ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、デキストリン、グルコース、スクロース、ソルビトール、ラクトース、デンプン、カオリン、マルトデキストリン、シクロデキストリン、コムギ、ＰＶＡ、酢酸塩、リン酸塩及びセルロースからなるリストから選択され、好ましくは１，２−プロピレングリコール、１，３−プロピレングリコール、硫酸ナトリウム、デキストリン、セルロース、チオ硫酸ナトリウム、カオリン及び炭酸カルシウムからなるリストから選択される配合剤を含む。
【０４３４】
第２の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、顆粒は、コア粒子及び１つ以上のコーティングを含む。好ましい実施形態において、コーティングは、塩、及び／又はワックス、及び／又は小麦粉を含む。好ましい配合物は、下記の配合の節において開示される。
【０４３５】
第２の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、顆粒は、１つ以上の追加の酵素を含む。１つ以上の追加の酵素は、好ましくは、アセチルキシランエステラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、アラビノフラノシダーゼ、セロビオヒドロラーゼ、セルラーゼ、フェルロイルエステラーゼ、ガラクタナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルカナーゼ、β−グルコシダーゼ、リパーゼ、リゾホスホリパーゼ、リゾチーム、マンナナーゼ、α−マンノシダーゼ、β−マンノシダーゼ、フィターゼ、ホスホリパーゼＡ１、ホスホリパーゼＡ２、ホスホリパーゼＣ、ホスホリパーゼＤ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ペクチナーゼ、ペクチンリアーゼ、キシラナーゼ、β−キシロシダーゼ又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４３６】
第２の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、顆粒は、１つ以上のプロバイオティクスを含む。１つ以上のプロバイオティクスは、好ましくは、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ポリミクサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、カルノバクテリウム属（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ファルシミナス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐ．）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、メガスファエラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｓｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４３７】
リゾチーム活性を有するポリペプチドを含む液体配合物
第３の態様において、本発明は、液体配合物であって、
（ａ）０．０１％〜２５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドであって、
（ｉ）ＬＹＳポリペプチドは、リゾチーム活性を有し；
（ｉｉ）ＬＹＳポリペプチドは、１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１７０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、ＬＹＳポリペプチド；
（ｂ）２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオール；
（ｃ）０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤；及び
（ｄ）水
を含む液体配合物に関する。
【０４３８】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１７５、好ましくは少なくとも１８０、より好ましくは少なくとも１８５、さらにより好ましくは少なくとも１９０、さらにより好ましくは少なくとも１９５又は最も好ましくは少なくとも２００である。ある実施形態において、ＬＥＤのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１０３、好ましくは少なくとも１０６、より好ましくは少なくとも１０９、より好ましくは少なくとも１１２、より好ましくは少なくとも１１５、より好ましくは少なくとも１１８、さらにより好ましくは少なくとも１２１又は最も好ましくは少なくとも１２４である。ｄｏｍＴスコアの好ましい組合せは、本発明の第１の態様において開示される。
【０４３９】
ある実施形態において、ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメイン（ＬＥＤ）をさらに含む。したがって、本発明は、液体配合物であって、
（ａ）０．０１％〜２５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドであって、
（ｉ）ＬＹＳポリペプチドは、リゾチーム活性を有し；
（ｉｉ）ＬＹＳポリペプチドは、１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１７０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行され；
（ｉｉｉ）ＬＹＳポリペプチドは、１つ以上のＬＥＤドメインを含み、ＬＥＤは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってリゾチーム強化ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、ＬＹＳポリペプチド；
（ｂ）２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオール；
（ｃ）０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤；及び
（ｄ）水
を含む液体配合物にさらに関する。
【０４４０】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１７５、好ましくは少なくとも１８０、より好ましくは少なくとも１８５、さらにより好ましくは少なくとも１９０、さらにより好ましくは少なくとも１９５又は最も好ましくは少なくとも２００である。ある実施形態において、ＬＥＤのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１０３、好ましくは少なくとも１０６、より好ましくは少なくとも１０９、より好ましくは少なくとも１１２、より好ましくは少なくとも１１５、より好ましくは少なくとも１１８、さらにより好ましくは少なくとも１２１又は最も好ましくは少なくとも１２４である。ｄｏｍＴスコアの好ましい組合せは、本発明の第１の態様において開示される。
【０４４１】
第３の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む液体配合物であって、
（Ａ）０．０１％〜２５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドであって、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択されるＬＹＳポリペプチド；
（Ｂ）２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオール；
（Ｃ）０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤；及び
（Ｄ）水
を含む液体配合物に関する。
【０４４２】
第３の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む液体配合物であって、
（Ａ）０．０１％〜２５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドであって、
（ａ）配列番号３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸８１〜２２０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１６１〜３０４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸８８〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸８７〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸９０〜２３２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸８３〜２２２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸８２〜２２５と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１６１〜３０３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸８５〜２２７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＡＤ触媒ドメインを含むＬＹＳポリペプチド；
（Ｂ）２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオール；
（Ｃ）０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤；及び
（Ｄ）水
を含む液体配合物に関する。
【０４４３】
第３の態様の一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む液体配合物であって、
（Ａ）０．０１％〜２５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドであって、
（ａ）配列番号３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸８１〜２２０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１６１〜３０４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸８８〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸８７〜２３０と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸９０〜２３２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸８５〜２２８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸８４〜２２６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸８３〜２２２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸８２〜２２５と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１６１〜３０３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸８５〜２２７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＡＤ触媒ドメインを含み；
（Ｂ）（ａ）配列番号３のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸１〜７２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のアミノ酸１〜７２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のアミノ酸１〜７３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のアミノ酸９６〜１６７と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｎ）配列番号４２のアミノ酸９６〜１６８と少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド
からなる群から選択されるＬＥＤドメインを含む、ＬＹＳポリペプチド；
（Ｃ）２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオール；
（Ｄ）０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤；及び
（Ｅ）水
を含む液体配合物に関する。
【０４４４】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０４４５】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、ポリペプチドは、真菌起源のものである。ある実施形態において、ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる。
【０４４６】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、１つ以上の配合剤（本明細書に記載されるものなど）、好ましくはグリセロール、エチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、硫酸マグネシウム、チオ硫酸ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、デキストリン、グルコース、スクロース、ソルビトール、ラクトース、デンプン、ＰＶＡ、酢酸塩及びリン酸塩からなるリストから選択され、好ましくは１，２−プロピレングリコール、１，３−プロピレングリコール、硫酸ナトリウム、デキストリン、セルロース、チオ硫酸ナトリウム、カオリン及び炭酸カルシウムからなるリストから選択される配合剤を含む。
【０４４７】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、１つ以上のポリオール、好ましくはグリセロール、ソルビトール、プロピレングリコール（ＭＰＧ）、エチレングリコール、ジエチレングリコール、トリエチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、ジプロピレングリコール、約６００未満の平均分子量を有するポリエチレングリコール（ＰＥＧ）及び約６００未満の平均分子量を有するポリプロピレングリコール（ＰＰＧ）からなる群から選択される、より好ましくはグリセロール、ソルビトール及びプロピレングリコール（ＭＰＧ）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択されるポリオールを含む。
【０４４８】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、２０％〜８０％のポリオール（すなわちポリオールの総量）、好ましくは２５％〜７５％のポリオール、より好ましくは３０％〜７０％のポリオール、より好ましくは３５％〜６５％のポリオール又は最も好ましくは４０％〜６０％のポリオールを含む。第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、２０％〜８０％のポリオール、好ましくは２５％〜７５％のポリオール、より好ましくは３０％〜７０％のポリオール、より好ましくは３５％〜６５％のポリオール又は最も好ましくは４０％〜６０％のポリオールを含み、ポリオールは、グリセロール、ソルビトール、プロピレングリコール（ＭＰＧ）、エチレングリコール、ジエチレングリコール、トリエチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、ジプロピレングリコール、約６００未満の平均分子量を有するポリエチレングリコール（ＰＥＧ）及び約６００未満の平均分子量を有するポリプロピレングリコール（ＰＰＧ）を含む。第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、２０％〜８０％のポリオール（すなわちポリオールの総量）、好ましくは２５％〜７５％のポリオール、より好ましくは３０％〜７０％のポリオール、より好ましくは３５％〜６５％のポリオール又は最も好ましくは４０％〜６０％のポリオールを含み、ポリオールは、グリセロール、ソルビトール及びプロピレングリコール（ＭＰＧ）からなる群から選択される。
【０４４９】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、保存剤は、ソルビン酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、安息香酸ナトリウム及び安息香酸カリウム又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。一実施形態において、液体配合物は、０．０２％〜１．５％ｗ／ｗの保存剤、より好ましくは０．０５％〜１．０％ｗ／ｗの保存剤又は最も好ましくは０．１％〜０．５％ｗ／ｗの保存剤を含む。一実施形態において、液体配合物は、０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤（すなわち保存剤の総量）、好ましくは０．０２％〜１．５％ｗ／ｗの保存剤、より好ましくは０．０５％〜１．０％ｗ／ｗの保存剤又は最も好ましくは０．１％〜０．５％ｗ／ｗの保存剤を含み、保存剤は、ソルビン酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、安息香酸ナトリウム及び安息香酸カリウム又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４５０】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、０．０５％〜２０％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド、より好ましくは０．２％〜１５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド、より好ましくは０．５％〜１５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド又は最も好ましくは１．０％〜１０％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドを含む。
【０４５１】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、１つ以上の追加の酵素を含む。１つ以上の追加の酵素は、好ましくは、アセチルキシランエステラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、アラビノフラノシダーゼ、セロビオヒドロラーゼ、セルラーゼ、フェルロイルエステラーゼ、ガラクタナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルカナーゼ、β−グルコシダーゼ、リパーゼ、リゾホスホリパーゼ、リゾチーム、マンナナーゼ、α−マンノシダーゼ、β−マンノシダーゼ、フィターゼ、ホスホリパーゼＡ１、ホスホリパーゼＡ２、ホスホリパーゼＣ、ホスホリパーゼＤ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ペクチナーゼ、ペクチンリアーゼ、キシラナーゼ、β−キシロシダーゼ又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４５２】
第３の態様のいずれかの部分に対する一実施形態において、液体配合物は、１つ以上のプロバイオティクスを含む。１つ以上のプロバイオティクスは、好ましくは、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ポリミクサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、カルノバクテリウム属（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ファルシミナス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐ．）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、メガスファエラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｓｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０４５３】
リゾチーム活性を有するポリペプチド
第４の態様において、本発明は、配列番号２の成熟ポリペプチドと少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するリゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２の成熟ポリペプチドから最大１１個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１個のアミノ酸が異なる。
【０４５４】
第４の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３と少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するリゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３から最大１１個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１個のアミノ酸が異なる。
【０４５５】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって配列番号３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４５６】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号３のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号３のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号３のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号３の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸１〜２２６を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４５７】
第４の態様の続きにおいて、本発明は、少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列番号１の成熟ポリペプチドコード配列との配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４５８】
第４の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号３の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号３における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１１以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１である。ある実施形態において、配列番号３における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号３における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号３における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。
【０４５９】
第４の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４６０】
アミノ酸の変化は、タンパク質の折り畳み及び／又は活性に著しく影響を及ぼさない保存的アミノ酸置換又は挿入；典型的には１〜３０アミノ酸の小規模な欠失；アミノ末端メチオニン残基などの小規模なアミノ末端又はカルボキシル末端伸長；最大２０〜２５残基の小さいリンカーペプチド；又は正味の電荷又は別の機能を変えることにより精製を容易にする、ポリヒスチジン配列、抗原エピトープ又は結合ドメインなどの小規模な伸長である軽微なものであり得る。
【０４６１】
保存的置換の例は、塩基性アミノ酸（アルギニン、リジン及びヒスチジン）、酸性アミノ酸（グルタミン酸及びアスパラギン酸）、極性アミノ酸（グルタミン及びアスパラギン）、疎水性アミノ酸（ロイシン、イソロイシン及びバリン）、芳香族アミノ酸（フェニルアラニン、トリプトファン及びチロシン）並びに小さいアミノ酸（グリシン、アラニン、セリン、トレオニン及びメチオニン）の群に含まれる。概して比活性を変えないアミノ酸置換は、当技術分野で知られており、例えばＨ．  Ｎｅｕｒａｔｈ  ａｎｄ  Ｒ．Ｌ．Ｈｉｌｌ，１９７９，Ｉｎ，Ｔｈｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋによって記載されている。一般的な置換は、Ａｌａ／Ｓｅｒ、Ｖａｌ／Ｉｌｅ、Ａｓｐ／Ｇｌｕ、Ｔｈｒ／Ｓｅｒ、Ａｌａ／Ｇｌｙ、Ａｌａ／Ｔｈｒ、Ｓｅｒ／Ａｓｎ、Ａｌａ／Ｖａｌ、Ｓｅｒ／Ｇｌｙ、Ｔｙｒ／Ｐｈｅ、Ａｌａ／Ｐｒｏ、Ｌｙｓ／Ａｒｇ、Ａｓｐ／Ａｓｎ、Ｌｅｕ／Ｉｌｅ、Ｌｅｕ／Ｖａｌ、Ａｌａ／Ｇｌｕ，及びＡｓｐ／Ｇｌｙである。保存的置換の他の例は、ＧからＡ；ＡからＧ、Ｓ；ＶからＩ、Ｌ、Ａ、Ｔ、Ｓ；ＩからＶ、Ｌ、Ｍ；ＬからＩ、Ｍ、Ｖ；ＭからＬ、Ｉ、Ｖ；ＰからＡ、Ｓ、Ｎ；ＦからＹ、Ｗ、Ｈ；ＹからＦ、Ｗ、Ｈ；ＷからＹ、Ｆ、Ｈ；ＲからＫ、Ｅ、Ｄ；ＫからＲ、Ｅ、Ｄ；ＨからＱ、Ｎ、Ｓ；ＤからＮ、Ｅ、Ｋ、Ｒ、Ｑ；ＥからＱ、Ｄ、Ｋ、Ｒ、Ｎ；ＳからＴ、Ａ；ＴからＳ、Ｖ、Ａ；ＣからＳ、Ｔ、Ａ；ＮからＤ、Ｑ、Ｈ、Ｓ；ＱからＥ、Ｎ、Ｈ、Ｋ、Ｒである。
【０４６２】
ポリペプチドにおいて必須のアミノ酸は、部位特異的変異誘発又はアラニンスキャニング変異誘発などの当技術分野で知られる手順に従って同定され得る（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ  ａｎｄ  Ｗｅｌｌｓ，１９８９，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４４：１０８１−１０８５）。後者の技術は、１つのアラニン変異を分子のあらゆる残基に導入し、得られた変異体分子をリゾチーム活性について試験して、分子の活性に対して重大な意味を持つアミノ酸残基を同定する。Ｈｉｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７１：４６９９−４７０８も参照されたい。酵素の活性部位又は他の生物学的相互作用は、推定される接触部位アミノ酸の変異との組み合わせにより、核磁気共嗚、結晶構造解析、電子回折又は光親和性標識などの技術によって測定される構造の物理的分析によって判定することもできる。例えば、ｄｅ  Ｖｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５５：３０６−３１２；Ｓｍｉｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２４：８９９−９０４；Ｗｌｏｄａｖｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．３０９：５９−６４を参照されたい。必須アミノ酸の同一性は、関連するポリペプチドとのアライメントから推定することもできる。
【０４６３】
単一又は複数のアミノ酸の置換、欠失及び／又は挿入は、既知の変異誘発、組換え及び／又はシャッフリングの方法、続いてＲｅｉｄｈａａｒ−Ｏｌｓｏｎ  ａｎｄ  Ｓａｕｅｒ，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４１：５３−５７；Ｂｏｗｉｅ  ａｎｄ  Ｓａｕｅｒ，１９８９，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：２１５２−２１５６；国際公開第９５／１７４１３号パンフレット；又は国際公開第９５／２２６２５号パンフレットによって開示されるものなど、関連したスクリーニング手順を用いて実施及び試験され得る。使用することができる他の方法としては、エラープローンＰＣＲ、ファージディスプレイ（例えば、Ｌｏｗｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３０：１０８３２−１０８３７；米国特許第５，２２３，４０９号明細書；国際公開第９２／０６２０４パンフレット）及び領域特異的変異誘発（Ｄｅｒｂｙｓｈｉｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｇｅｎｅ  ４６：１４５；Ｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，ＤＮＡ  ７：１２７）が挙げられる。
【０４６４】
変異誘発／シャッフリング方法は、宿主細胞によって発現されるクローン化された変異誘発ポリペプチドの活性を検出するためのハイスループットの自動化されたスクリーニング方法と組み合わされ得る（Ｎｅｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  １７：８９３〜８９６）。活性ポリペプチドをコードする変異誘発ＤＮＡ分子を宿主細胞から回収し、当技術分野における標準的な方法を用いて迅速に配列決定することができる。これら方法は、ポリペプチドにおける個々のアミノ酸残基の重要性の迅速な決定を可能にする。
【０４６５】
ポリペプチドは、ハイブリッドポリペプチド又は融合ポリペプチドであり得る。
【０４６６】
第５の態様において、本発明は、配列番号５の成熟ポリペプチドと少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するリゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５の成熟ポリペプチドから最大１３個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３個のアミノ酸が異なる。
【０４６７】
第５の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号６と少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するリゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号６から最大１３個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３個のアミノ酸が異なる。
【０４６８】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号６と少なくとも９４％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号６と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４６９】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号６のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号６のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号６のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号６の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号６のアミノ酸１〜２２６を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４７０】
第５の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号４の少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の成熟ポリペプチドコード配列と配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４７１】
第５の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号６の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号６における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１３以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３である。ある実施形態において、配列番号６における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号６における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号６における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０４７２】
第５の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４７３】
第６の態様において、本発明は、配列番号８の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号８の成熟ポリペプチドから最大４４個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４個のアミノ酸が異なる。
【０４７４】
第６の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号９と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号９から最大４４個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４個のアミノ酸が異なる。
【０４７５】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号９と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号９と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号９と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号９と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４７６】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号８の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号９のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号９のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号９のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号９の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号９のアミノ酸１〜２２３を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４７７】
第６の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号７の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４７８】
第６の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号９の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号９における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４４以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４である。ある実施形態において、配列番号９における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号９における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号９における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０４７９】
第６の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４８０】
第７の態様において、本発明は、配列番号１１の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１１の成熟ポリペプチドから最大５０個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０個のアミノ酸が異なる。
【０４８１】
第７の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１２から最大５０個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０個のアミノ酸が異なる。
【０４８２】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１２と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１２と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１２と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１２と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４８３】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１１の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号１２のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号１２のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号１２のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号１２の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１２のアミノ酸１〜３０４を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４８４】
第７の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１０の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４８５】
第７の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号１２の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号１２における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、５０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０である。ある実施形態において、配列番号１２における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号１２における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号１２における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０４８６】
第７の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号１２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４８７】
第８の態様において、本発明は、配列番号１４の成熟ポリペプチドと少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１４の成熟ポリペプチドから最大２９個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９個のアミノ酸が異なる。
【０４８８】
第８の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１５と少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５から最大２９個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９個のアミノ酸が異なる。
【０４８９】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１５と少なくとも８７％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１５のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１５と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１５のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１５と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１５のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４９０】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１４の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号１５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号１５のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号１５のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号１５の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１５のアミノ酸１〜２２８を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４９１】
第８の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１３の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４９２】
第８の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号１５の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号１５における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、２９以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９である。ある実施形態において、配列番号１５における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号１５における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号１５における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０４９３】
第８の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号１５のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４９４】
第９の態様において、本発明は、配列番号１７の成熟ポリペプチドと少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１７の成熟ポリペプチドから最大４３個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２又は４３個のアミノ酸が異なる。
【０４９５】
第９の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１８と少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１８から最大４３個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２又は４３個のアミノ酸が異なる。
【０４９６】
第９の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１８と少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２３９から最大２８個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７又は２８個のアミノ酸が異なる。
【０４９７】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１８と少なくとも８１％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１８のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１８と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１８のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１８と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１８のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号１８と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号１８のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０４９８】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１７の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２３９の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号１８のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号１８のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号１８のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号１８の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１８のアミノ酸１〜２３０を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１８のアミノ酸１〜１４６を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０４９９】
第９の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１６の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５００】
第９の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号１８の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号１８における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４３以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２又は４３である。ある実施形態において、配列番号１８における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号１８における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号１８における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５０１】
第９の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号１８のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５０２】
第１０の態様において、本発明は、配列番号２０の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２０の成熟ポリペプチドから最大４５個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５個のアミノ酸が異なる。
【０５０３】
第１０の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号２１と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２１から最大４５個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５個のアミノ酸が異なる。
【０５０４】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２１と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２１のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２１と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２１のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２１と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２１のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２１と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２１のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５０５】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２０の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号２１のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号２１のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号２１のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号２１の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２１のアミノ酸１〜２３０を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５０６】
第１０の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号１９の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５０７】
第１０の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号２１の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号２１における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４５以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５である。ある実施形態において、配列番号２１における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号２１における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号２１における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５０８】
第１０の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号２１のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５０９】
第１１の態様において、本発明は、配列番号２３の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２３の成熟ポリペプチドから最大４６個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５又は４６個のアミノ酸が異なる。
【０５１０】
第１１の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号２４と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２４から最大４６個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５又は４６個のアミノ酸が異なる。
【０５１１】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２４と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２４のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２４と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２４のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２４と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２４のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２４と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２４のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５１２】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２３の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号２４のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号２４のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号２４のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号２４の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２４のアミノ酸１〜２３２を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５１３】
第１１の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号２２の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５１４】
第１１の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号２４の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号２４における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４６以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５又は４６である。ある実施形態において、配列番号２４における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号２４における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号２４における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５１５】
第１１の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号２４のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５１６】
第１２の態様において、本発明は、配列番号２６の成熟ポリペプチドと少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２６の成熟ポリペプチドから最大２９個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９個のアミノ酸が異なる。
【０５１７】
第１２の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号２７と少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２７から最大２９個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９個のアミノ酸が異なる。
【０５１８】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２７と少なくとも８７％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２７のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２７と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２７のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号２７と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号２７のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５１９】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２６の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号２７のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号２７のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号２７のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号２７の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２７のアミノ酸１〜２２８を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５２０】
第１２の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号２５の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５２１】
第１２の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号２７の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号２７における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、２９以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９である。ある実施形態において、配列番号２７における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号２７における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号２７における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５２２】
第１２の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号２７のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５２３】
第１３の態様において、本発明は、配列番号２９の成熟ポリペプチドと少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するリゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２９の成熟ポリペプチドから最大８個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７又は８個のアミノ酸が異なる。
【０５２４】
第１３の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３０と少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するリゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３０から最大８個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７又は８個のアミノ酸が異なる。
【０５２５】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３０と少なくとも９６％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３０のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５２６】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号２９の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号３０のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号３０のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号３０のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号３０の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３０のアミノ酸１〜２２８を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５２７】
第１３の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号２８の少なくとも９６％、例えば少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の成熟ポリペプチドコード配列と配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５２８】
第１３の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号３０の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号３０における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、８以下、例えば１、２、３、４、５、６、７又は８である。一実施形態において、配列番号３０における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、８以下、例えば１、２、３、４、５、６、７又は８である。さらなる実施形態において、配列番号３０における置換、好ましくは保存的置換の数は、８以下、例えば１、２、３、４、５、６、７又は８である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５２９】
第１３の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号３０のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５３０】
第１４の態様において、本発明は、配列番号３２の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３２の成熟ポリペプチドから最大４５個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５個のアミノ酸が異なる。
【０５３１】
第１４の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３３と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３３から最大４５個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５個のアミノ酸が異なる。
【０５３２】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３３と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３３と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３３と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３３と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５３３】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３２の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号３３のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号３３のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号３３のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号３３の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３３のアミノ酸１〜２２６を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５３４】
第１４の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３１の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５３５】
第１４の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号３３の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号３３における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４５以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５である。ある実施形態において、配列番号３３における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号３３における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号３３における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５３６】
第１４の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号３３のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５３７】
第１５の態様において、本発明は、配列番号３５の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３５の成熟ポリペプチドから最大４４個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４個のアミノ酸が異なる。
【０５３８】
第１５の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３６と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３６から最大４４個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４個のアミノ酸が異なる。
【０５３９】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３６と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３６と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３６と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３６と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５４０】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３５の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号３６のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号３６のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号３６のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号３６の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３６のアミノ酸１〜２２５を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５４１】
第１５の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３４の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５４２】
第１５の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号３６の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号３６における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４４以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４である。ある実施形態において、配列番号３６における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号３６における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号３６における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５４３】
第１５の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号３６のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５４４】
第１６の態様において、本発明は、配列番号３８の成熟ポリペプチドと少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３８の成熟ポリペプチドから最大４２個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１又は４２個のアミノ酸が異なる。
【０５４５】
第１６の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３９と少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３９から最大４２個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１又は４２個のアミノ酸が異なる。
【０５４６】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３９と少なくとも８１％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３９と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３９と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号３９と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号３９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５４７】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３８の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号３９のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号３９のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号３９のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号３９の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３９のアミノ酸１〜２２５を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５４８】
第１６の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号３７の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８１％、例えば少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５４９】
第１６の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号３９の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号３９における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、４２以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１又は４２である。ある実施形態において、配列番号３９における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号３９における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号３９における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５５０】
第１６の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号３９のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５５１】
第１７の態様において、本発明は、配列番号４１の成熟ポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４１の成熟ポリペプチドから最大５０個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０個のアミノ酸が異なる。
【０５５２】
第１７の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号４２と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４２から最大５０個のアミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０個のアミノ酸が異なる。
【０５５３】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号４２と少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号４２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号４２と少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号４２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号４２と少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号４２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号４２と少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号４２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５５４】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４１の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号４２のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号４２のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号４２のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号４２の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４２のアミノ酸１〜３０４を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５５５】
第１７の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号４０の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも８０％、例えば少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５５６】
第１７の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号４２の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号４２における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、５０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９又は５０である。ある実施形態において、配列番号４２における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。一実施形態において、配列番号４２における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。さらなる実施形態において、配列番号４２における置換、好ましくは保存的置換の数は、１０以下、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５５７】
第１７の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号４２のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５５８】
第１８の態様において、本発明は、配列番号４４の成熟ポリペプチドと少なくとも１００％、例えばすなわち１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４４の成熟ポリペプチドから０個に匹敵するアミノ酸、例えばすなわち１個のアミノ酸が異なる。
【０５５９】
第１８の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号４５と少なくとも１００％、例えばすなわち１００％の配列同一性を有する、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４５から０個に匹敵するアミノ酸、例えばすなわち１個のアミノ酸が異なる。
【０５６０】
一実施形態において、本発明は、リゾチーム活性を有し、且つ配列番号４５と少なくとも１００％の配列同一性を有するポリペプチドであって、配列番号４５のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有するポリペプチドに関する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５６１】
一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４４の成熟ポリペプチドを含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、好ましくは、配列番号４５のアミノ酸配列を含むか又はそれからなるか；配列番号４５のアミノ酸配列並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むか；配列番号４５のアミノ酸配列並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むか；又はリゾチーム活性を有し、且つ配列番号４５の長さの少なくとも９０％、例えば少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％又は少なくとも９９％を有するその断片である。一実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４５のアミノ酸１〜２２７を含むか又はそれからなる。一実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５６２】
第１８の態様の続きにおいて、本発明は、配列番号４３の成熟ポリペプチドコード配列と少なくとも１００％、例えばすなわち１００％の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、リゾチーム活性を有するポリペプチドに関する。さらなる実施形態において、ポリペプチドは、単離されている。
【０５６３】
第１８の態様の続きにおいて、本発明は、１つ以上（例えば、数カ所）の位置で１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む、リゾチーム活性を有する配列番号４５の変異体に関する。ある実施形態において、配列番号４５における１つ以上のアミノ酸置換、及び／又は１つ以上のアミノ酸欠失、及び／又は１つ以上のアミノ酸挿入又はこれらの任意の組合せを含む位置の数は、０以下、例えばすなわち１である。一実施形態において、配列番号４５における置換及び／又は欠失及び／又は挿入の数は、０以下、例えばすなわち１である。さらなる実施形態において、配列番号４５における置換、好ましくは保存的置換の数は、０以下、例えばすなわち１である。アミノ酸の変化及び保存的置換の例は、本発明の第４の態様において記載される。
【０５６４】
第１８の態様のある実施形態において、変異体は、配列番号４５のリゾチーム活性の少なくとも５０％、例えば少なくとも７５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％又は少なくとも１００％を有する。一実施形態において、リゾチーム活性は、実施例１に記載されるとおりに測定される。
【０５６５】
分類学上及び構造上のファミリー
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０５６６】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができ、配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されることが好ましい。
【０５６７】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上のユーロチウム菌綱（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）、好ましくは分類学上のユーロチウム目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）から得られるか又は得ることができ、配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０及び配列番号３６からなる群から選択されることがより好ましい。
【０５６８】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上のユーロチウム目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）、好ましくは分類学上のアスペルギルス科（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌａｃｅａｅ）から得られるか又は得ることができ、配列番号３、配列番号６、配列番号１２、配列番号１５、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７及び配列番号３０からなる群から選択されることがより好ましい。
【０５６９】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上のユーロチウム目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）、好ましくは分類学上のトリココマ科（Ｔｒｉｃｈｏｃｏｍａｃｅａｅ）から得られるか又は得ることができ、配列番号９及び配列番号３６からなる群から選択されることがより好ましい。
【０５７０】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上のフンタマカビ綱（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）から得られるか又は得ることができ、配列番号１８、配列番号３３、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されることが好ましい。
【０５７１】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上のアカパンカビ目（Ｓｏｒｄａｒｉａｌｅｓ）、好ましくは分類学上のケタマカビ科（Ｃｈａｅｔｏｍｉａｃｅａｅ）から得られるか又は得ることができ、配列番号１８、配列番号３３、配列番号３９及び配列番号４５からなる群から選択されることがより好ましい。
【０５７２】
一実施形態において、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、分類学上のヒポクレア目（Ｈｙｐｏｃｒｅａｌｅｓ）、好ましくはバッカクキン科（Ｃｌａｖｉｃｉｐｉｔａｃｅａｅ）から得られるか又は得ることができ、配列番号４２から選択されることがより好ましい。
【０５７３】
リゾチーム活性を有するポリペプチドの供給源
本発明のリゾチーム活性を有するポリペプチドは、任意の属の微生物から得ることができる。本発明の目的のために、所与の供給源と関連させて本明細書で使用する場合の用語「から得られる」は、ポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドが、供給源によって又は供給源に由来するポリヌクレオチドが挿入された株によって産生されることを意味するものとする。一態様において、所与の供給源から得られるポリペプチドは、細胞外に分泌される。
【０５７４】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、ユーロチウム目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）由来、又はアスペルギルス科（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌａｃｅａｅ）由来、又はペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）由来、すなわち種ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）、ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）、ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）若しくはペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）由来など、ユーロチウム菌綱（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５７５】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、ユーロチウム目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）由来、又はアスペルギルス科（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌａｃｅａｅ）由来、又はアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）由来、すなわち種アスペルギルス属ＸＺ２６６８（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＸＺ２６６８）若しくはアスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）由来など、ユーロチウム菌綱（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５７６】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、ユーロチウム目（Ｅｕｒｏｔｉａｌｅｓ）由来、又はトリココマ科（Ｔｒｉｃｈｏｃｏｍａｃｅａｅ）由来、又はタラロマイセス属（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）由来、すなわち種タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）若しくはタラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）由来など、ユーロチウム菌綱（Ｅｕｒｏｔｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５７７】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、ヒポクレア目（Ｈｙｐｏｃｒｅａｌｅｓ）由来、又はバッカクキン科（Ｃｌａｖｉｃｉｐｉｔａｃｅａｅ）由来、又はメタリジウム属（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ）由来、すなわち種メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）由来など、フンタマカビ綱（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５７８】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、アカパンカビ目（Ｓｏｒｄａｒｉａｌｅｓ）由来、又はケタマカビ科（Ｃｈａｅｔｏｍｉａｃｅａｅ）由来、又はオバトスポラ属（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ）由来、すなわち種オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）由来など、フンタマカビ綱（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５７９】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、アカパンカビ目（Ｓｏｒｄａｒｉａｌｅｓ）由来、又はケタマカビ科（Ｃｈａｅｔｏｍｉａｃｅａｅ）由来、又はケトミウム属（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ）由来、すなわち種ケトミウム属ＺＹ３６９（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．ＺＹ３６９）由来など、フンタマカビ綱（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５８０】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、アカパンカビ目（Ｓｏｒｄａｒｉａｌｅｓ）由来、又はケタマカビ科（Ｃｈａｅｔｏｍｉａｃｅａｅ）由来、又はトリコクラジウム属（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ）由来、すなわち種トリコクラジウム・アスペルム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）由来など、フンタマカビ綱（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５８１】
ポリペプチドは、真菌のポリペプチドであり得る。一態様において、ポリペプチドは、アカパンカビ目（Ｓｏｒｄａｒｉａｌｅｓ）由来、又はケタマカビ科（Ｃｈａｅｔｏｍｉａｃｅａｅ）由来、又はチエラビア属（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ）由来、すなわち種チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）由来など、フンタマカビ綱（Ｓｏｒｄａｒｉｏｍｙｃｅｔｅｓ）の真菌類に由来する、リゾチーム活性を有するポリペプチドである。
【０５８２】
前述の種に関して、本発明は、完全及び不完全な状態の両方並びにそれらが知られている種の名称にかかわらず、他の分類学上の均等物、例えばアナモルフを包含することが理解されるであろう。当業者であれば、適切な均等物の同一性を容易に認識するであろう。
【０５８３】
これらの種の株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、Ｄｅｕｔｓｃｈｅ  Ｓａｍｍｌｕｎｇ  ｖｏｎ  Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ  ｕｎｄ  Ｚｅｌｌｋｕｌｔｕｒｅｎ  ＧｍｂＨ（ＤＳＭＺ）、Ｃｅｎｔｒａａｌｂｕｒｅａｕ  Ｖｏｏｒ  Ｓｃｈｉｍｍｅｌｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＣＢＳ）及びＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ  Ｐａｔｅｎｔ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｒｅｇｉｏｎａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＮＲＲＬ）などのいくつかのカルチャーコレクションにおいて公共に容易に利用可能である。
【０５８４】
ポリペプチドを、上記のプローブを用いて、自然界（例えば、土壌、堆肥、水など）から単離される微生物又は天然の物質（例えば、土壌、堆肥、水など）から直接得られるＤＮＡ試料を含む他の供給源から同定し且つ得ることができる。自然の生育地から微生物及びＤＮＡを直接単離する技術は、当技術分野で知られている。次に、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、別の微生物のゲノムＤＮＡ若しくはｃＤＮＡライブラリー又は混合ＤＮＡ試料を同様にスクリーニングすることによって得ることができる。１つ又は複数のプローブを用いてポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを検出してから、当業者に知られる技術を利用することにより、ポリヌクレオチドを単離又はクローン化することができる（例えば、前出のＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９を参照されたい）。
【０５８５】
ポリヌクレオチド
本発明は、本明細書で記載されるとおり、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドにも関する。ある実施形態において、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、単離されている。
【０５８６】
ポリヌクレオチドの単離又はクローン化に使用される技術は、当技術分野で知られており、ゲノムＤＮＡ若しくはｃＤＮＡ又はその組合せからの単離を含む。ゲノムＤＮＡからのポリヌクレオチドのクローニングは、例えば、よく知られたポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）又は共有される構造的特徴を有するクローン化されたＤＮＡ断片を検出する発現ライブラリーの抗体スクリーニングを使用することによってもたらされ得る。例えば、Ｉｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，ＰＣＲ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋを参照されたい。リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、ライゲーション活性化転写（ＬＡＴ）及びポリヌクレオチドベースの増幅（ＮＡＳＢＡ）などの他の核酸増幅方法が使用され得る。ポリヌクレオチドは、トリコファエア属（Ｔｒｉｃｈｏｐｈａｅａ）の株若しくはトリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）の株又は関連の生物からクローン化され得、したがって例えばポリヌクレオチドのポリペプチドコード領域の対立遺伝子又は種変異体であり得る。
【０５８７】
本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの修飾は、そのポリペプチドに実質的に類似したポリペプチドを合成するのに必要であり得る。ポリペプチドに「実質的に類似した」という用語は、天然には存在しないポリペプチドの形態を指す。
【０５８８】
核酸構築物
本発明は、本発明のポリヌクレオチドを含む核酸構築物であって、ポリヌクレオチドは、制御配列と適合する条件下で好適な宿主細胞においてコード配列の発現を誘導する１つ以上の制御配列に作動可能に連結されている、核酸構築物にも関する。
【０５８９】
ポリヌクレオチドは、ポリペプチドの発現をもたらす様々な方法において操作され得る。ベクターに挿入する前のポリヌクレオチドの操作は、発現ベクターに応じて望ましいか又は必要であり得る。組換えＤＮＡ法を利用するポリヌクレオチドを修飾するための技術は、当技術分野で知られている。
【０５９０】
制御配列は、本発明のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの発現のための宿主細胞によって認識されるプロモーターのポリヌクレオチドであり得る。プロモーターは、ポリペプチドの発現を媒介する転写制御配列を含有する。プロモーターは、変異体、短縮型及びハイブリッドプロモーターを含む、宿主細胞において転写活性を示す任意のポリヌクレオチドであり得、宿主と同種又は異種のいずれかの細胞外又は細胞内ポリペプチドをコードする遺伝子から得ることができる。
【０５９１】
細菌宿主細胞において本発明の核酸構築物の転写を誘導するための好適なプロモーターの例は、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）のα−アミラーゼ遺伝子（ａｍｙＱ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）のα−アミラーゼ遺伝子（ａｍｙＬ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）のペニシリナーゼ遺伝子（ｐｅｎＰ）、バチルス・ステアロサーモフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）のマルトース生成アミラーゼ遺伝子（ａｍｙＭ）、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のレバンスクラーゼ遺伝子（ｓａｃＢ）、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のｘｙｌＡ及びｘｙｌＢ遺伝子、バチルス・チューリンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）のｃｒｙＩＩＩＡ遺伝子（Ａｇａｉｓｓｅ  ａｎｄ  Ｌｅｒｅｃｌｕｓ，１９９４，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  １３：９７−１０７）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）のｌａｃオペロン、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）のｔｒｃプロモーター（Ｅｇｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｇｅｎｅ  ６９：３０１−３１５）、ストレプトマイセス・コエリカラー（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）のアガラーゼ遺伝子（ｄａｇＡ）及び原核生物のβ−ラクタマーゼ遺伝子（Ｖｉｌｌａ−Ｋａｍａｒｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，１９７８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７５：３７２７−３７３１）並びにｔａｃプロモーター（ＤｅＢｏｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８０：２１−２５）から得られるプロモーターである。さらなるプロモーターは、Ｇｉｌｂｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９８０，Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  ２４２：７４−９４における「Ｕｓｅｆｕｌ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｆｒｏｍ  ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ｂａｃｔｅｒｉａ」；及び前出のＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９において記載される。タンデムプロモーターの例は、国際公開第９９／４３８３５号パンフレットにおいて記載される。
【０５９２】
糸状真菌宿主細胞において本発明の核酸構築物の転写を誘導するための好適なプロモーターの例は、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）のアセトアミダーゼ、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）の中性α−アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）の酸安定性α−アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）又はアスペルギルス・アワモリ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ａｗａｍｏｒｉ）のグルコアミラーゼ（ｇｌａＡ）、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のＴＡＫＡアミラーゼ、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のアルカリプロテアーゼ、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のトリオースリン酸イソメラーゼ、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）のトリプシン様プロテアーゼ（国際公開第９６／００７８７号パンフレット）、フザリウム・ベネナタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｅｎｅｎａｔｕｍ）アミログルコシダーゼ（国際公開第００／５６９００号パンフレット）、フザリウム・ベネナタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｅｎｅｎａｔｕｍ）のダリア（Ｄａｒｉａ）（国際公開第００／５６９００号パンフレット）、フザリウム・ベネナタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｅｎｅｎａｔｕｍ）のクイン（Ｑｕｉｎｎ）（国際公開第００／５６９００号パンフレット）、リゾムコール・ミーヘイ（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ）のリパーゼ、リゾムコール・ミーヘイ（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ）のアスパラギン酸プロテイナーゼ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のβ−グルコシダーゼ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のセロビオヒドロラーゼＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のセロビオヒドロラーゼＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＩＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＶ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のキシラナーゼＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のキシラナーゼＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のキシラナーゼＩＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のβ−キシロシダーゼ及びトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）の翻訳伸長因子に関する遺伝子から得られるプロモーター並びにＮＡ２−ｔｐｉプロモーター（非翻訳リーダーがアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）のトリオースリン酸イソメラーゼ遺伝子由来の非翻訳リーダーによって置き換えられたアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）の中性α−アミ���ーゼ遺伝子に由来する改変プロモーター；非限定的な例としては、非翻訳リーダーが、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）又はアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のトリオースリン酸イソメラーゼ遺伝子由来の非翻訳リーダーによって置き換えられたアスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）の中性α−アミラーゼ遺伝子に由来する改変プロモーターが挙げられる）；並びにその変異体、短縮型及びハイブリッドプロモーターである。他のプロモーターは、米国特許第６，０１１，１４７号明細書に記載されている。
【０５９３】
酵母宿主において、有用なプロモーターは、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のエノラーゼ（ＥＮＯ−１）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のガラクトキナーゼ（ＧＡＬ１）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のアルコール脱水素酵素／グリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素（ＡＤＨ１、ＡＤＨ２／ＧＡＰ）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のトリオースリン酸イソメラーゼ（ＴＰＩ）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のメタロチオネイン（ＣＵＰ１）及びサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の３−ホスホグリセリン酸キナーゼに関する遺伝子から得られる。酵母宿主細胞のための他の有用なプロモーターは、Ｒｏｍａｎｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２，Ｙｅａｓｔ  ８：４２３−４８８によって記載されている。
【０５９４】
制御配列は、宿主細胞によって認識される、転写を終結するための転写ターミネーターでもあり得る。ターミネーターは、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの３’末端に作動可能に連結される。宿主細胞において機能できる任意のターミネーターが本発明において使用され得る。
【０５９５】
細菌宿主細胞のために好ましいターミネーターは、バチルス・クラウシイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｌａｕｓｉｉ）のアルカリプロテアーゼ（ａｐｒＨ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）のα−アミラーゼ（ａｍｙＬ）及び大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）のリボソームＲＮＡ（ｒｒｎＢ）に関する遺伝子から得られる。
【０５９６】
糸状真菌宿主細胞のために好ましいターミネーターは、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）のアセトアミダーゼ、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）のアントラニル酸合成酵素、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）のグルコアミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）のα−グルコシダーゼ、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のＴＡＫＡアミラーゼ、フザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）のトリプシン様プロテアーゼ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のβ−グルコシダーゼ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のセロビオヒドロラーゼＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のセロビオヒドロラーゼＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＩＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のエンドグルカナーゼＶ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のキシラナーゼＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のキシラナーゼＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のキシラナーゼＩＩＩ、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のβ−キシロシダーゼ及びトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）の翻訳伸長因子に関する遺伝子から得られる。
【０５９７】
酵母宿主のために好ましいターミネーターは、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のエノラーゼ、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のシトクロムＣ（ＣＹＣ１）及びサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のグリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素に関する遺伝子から得られる。酵母宿主細胞のための他の有用なターミネーターは、前出のＲｏｍａｎｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２によって記載されている。
【０５９８】
制御配列は、プロモーターの下流及び遺伝子の発現を増大させる遺伝子のコード配列の上流のｍＲＮＡ安定化領域でもあり得る。
【０５９９】
好適なｍＲＮＡ安定化領域の例は、バチルス・チューリンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）のｃｒｙＩＩＩＡ遺伝子（国際公開第９４／２５６１２号パンフレット）及びバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＳＰ８２遺伝子（Ｈｕｅ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ  １７７：３４６５−３４７１）から得られる。
【０６００】
制御配列は、宿主細胞による翻訳に重要であるｍＲＮＡのリーダー非翻訳領域でもあり得る。リーダーは、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの５’末端に作動可能に連結される。宿主細胞において機能できる任意のリーダーが本発明において使用され得る。
【０６０１】
糸状真菌宿主細胞のために好ましいリーダーは、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のＴＡＫＡアミラーゼ及びアスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）のトリオースリン酸イソメラーゼに関する遺伝子から得られる。
【０６０２】
酵母宿主細胞のために好適なリーダーは、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のエノラーゼ（ＥＮＯ−１）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の３−ホスホグリセリン酸キナーゼ、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のα因子及びサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のアルコール脱水素酵素／グリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素（ＡＤＨ２／ＧＡＰ）に関する遺伝子から得られる。
【０６０３】
制御配列は、ポリアデニル化配列でもあり得、これは、ポリヌクレオチドの３’末端に作動可能に連結し、転写されると、転写されたｍＲＮＡにポリアデノシン残基を付加するためのシグナルとして宿主細胞に認識される配列である。宿主細胞において機能できる任意のポリアデニル化配列が使用され得る。
【０６０４】
糸状真菌宿主細胞のために好ましいポリアデニル化配列は、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）のアントラニル酸合成酵素、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）のグルコアミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）のα−グルコシダーゼ、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のＴＡＫＡアミラーゼ及びフザリウム・オキシスポルム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）のトリプシン様プロテアーゼに関する遺伝子から得られる。
【０６０５】
酵母宿主細胞のために有用なポリアデニル化配列は、Ｇｕｏ  ａｎｄ  Ｓｈｅｒｍａｎ，１９９５，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｂｉｏｌ．１５：５９８３−５９９０によって記載されている。
【０６０６】
制御配列は、ポリペプチドのＮ末端に連結されるシグナルペプチドをコードし、且つポリペプチドを細胞の分泌経路に導くシグナルペプチドコード領域でもあり得る。ポリヌクレオチドのコード配列の５’末端は、ポリペプチドをコードするコード配列のセグメントと共に、翻訳読み枠において本来連結されるシグナルペプチドコード配列を本質的に含有し得る。或いは、コード配列の５’末端は、コード配列に対して外来性のシグナルペプチドコード配列を含有し得る。コード配列がシグナルペプチドコード配列を本来含有していない場合、外来性のシグナルペプチドコード配列が必要とされる場合がある。或いは、外来性のシグナルペプチドコード配列により、ポリペプチドの分泌を増強するために天然のシグナルペプチドコード配列を単に置き換え得る。しかしながら、発現されたポリペプチドを宿主細胞の分泌経路に導く任意のシグナルペプチドコード配列が使用され得る。
【０６０７】
細菌宿主細胞のために効果的なシグナルペプチドコード配列は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）ＮＣＩＢ  １１８３７マルトース生成アミラーゼ、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）のサブチリシン、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）のβ−ラクタマーゼ、バチルス・ステアロサーモフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）のα−アミラーゼ、バチルス・ステアロサーモフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）の中性プロテアーゼ（ｎｐｒＴ、ｎｐｒＳ、ｎｐｒＭ）及びバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のｐｒｓＡに関する遺伝子から得られるシグナルペプチドコード配列である。さらなるシグナルペプチドは、Ｓｉｍｏｎｅｎ  ａｎｄ  Ｐａｌｖａ，１９９３，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  ５７：１０９−１３７によって記載されている。
【０６０８】
糸状真菌宿主細胞のために効果的なシグナルペプチドコード配列は、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）の中性アミラーゼ、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）のグルコアミラーゼ、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のＴＡＫＡアミラーゼ、フミコラ・インソレンス（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｉｎｓｏｌｅｎｓ）のセルラーゼ、フミコラ・インソレンス（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｉｎｓｏｌｅｎｓ）のエンドグルカナーゼＶ、フミコラ・ラヌギノーサ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｌａｎｕｇｉｎｏｓａ）のリパーゼ及びリゾムコール・ミーヘイ（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ）のアスパラギン酸プロテイナーゼに関する遺伝子から得られるシグナルペプチドコード配列である。
【０６０９】
酵母宿主細胞のために有用なシグナルペプチドは、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のα因子及びサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のインベルターゼに関する遺伝子から得られる。他の有用なシグナルペプチドコード配列は、前出のＲｏｍａｎｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２によって記載されている。
【０６１０】
制御配列は、ポリペプチドのＮ末端に位置するプロペプチドをコードするポリペプチドコード配列でもあり得る。得られたポリペプチドはプロ酵素又はプロポリペプチド（又は場合によりチモーゲン）として知られる。プロポリペプチドは、一般に不活性であり、プロポリペプチドからのプロペプチドの触媒的又は自己触媒的切断によって活性ポリペプチドに変換することができる。プロペプチドコード配列は、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のアルカリプロテアーゼ（ａｐｒＥ）、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）の中性プロテアーゼ（ｎｐｒＴ）、ミセリオフトラ・サーモフィラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）のラッカーゼ（国際公開第９５／３３８３６号パンフレット）、リゾムコール・ミーヘイ（Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ）のアスパラギン酸プロテイナーゼ及びサッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）のα因子に関する遺伝子から得ることができる。
【０６１１】
シグナルペプチド及びプロペプチド配列の両方が存在する場合、プロペプチド配列は、ポリペプチドのＮ末端の隣に位置し、シグナルペプチド配列は、プロペプチド配列のＮ末端の隣に位置する。
【０６１２】
宿主細胞の増殖に対してポリペプチドの発現を制御する制御配列を加えることが望ましい場合もある。制御配列の例は、制御化合物の存在を含む化学的刺激又は物理的刺激に対して応答して、遺伝子の発現をオン又はオフさせるものである。原核生物系における制御配列としては、ｌａｃ、ｔａｃ及びｔｒｐオペレーター系が挙げられる。酵母では、ＡＤＨ２系又はＧＡＬ１系が使用され得る。糸状真菌では、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）のグルコアミラーゼプロモーター、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のＴＡＫＡα−アミラーゼプロモーター及びアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のグルコアミラーゼプロモーター、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のセロビオヒドロラーゼＩプロモーター及びトリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）のセロビオヒドロラーゼＩＩプロモーターが使用され得る。制御配列の他の例は、遺伝子増幅を可能にするものである。真核生物系では、これらの制御配列として、メトトレキサートの存在下で増幅されるジヒドロ葉酸還元酵素及び重金属で増幅されるメタロチオネイン遺伝子が挙げられる。これらの場合、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを制御配列に作動可能に連結することになる。
【０６１３】
発現ベクター
本発明は、本発明のポリヌクレオチド、プロモーター並びに転写及び翻訳終止シグナルを含む組換え発現ベクターにも関する。種々のヌクレオチド及び制御配列が共に連結されて、１つ以上の好都合な制限部位をこのような部位でポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの挿入又は置換を可能とするために含み得る組換え発現ベクターが生成され得る。或いは、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチド又はポリヌクレオチドを含む核酸構築物を発現に適切なベクターに挿入することにより発現され得る。発現ベクターの形成において、コード配列は、コード配列が発現に適切な制御配列に作動可能に連結するようにベクター中に配置される。
【０６１４】
組換え発現ベクターは、組換えＤＮＡ法を都合よく受けることが可能であり、且つポリヌクレオチドの発現をもたらすことが可能である任意のベクター（例えば、プラスミド又はウイルス）であり得る。ベクターの選択は、通常、ベクターが導入される宿主細胞に対するベクターの適合性に依存することになる。ベクターは、直鎖状又は閉環状プラスミドであり得る。
【０６１５】
ベクターは、例えば、プラスミド、染色体外要素、ミニ染色体又は人工染色体など、自己複製ベクター、すなわち染色体外の実体として存在し、その複製が染色体複製に依存しないベクターであり得る。ベクターは、自己複製を確実なものにするための任意の手段を含有し得る。或いは、ベクターは、宿主細胞に導入される際にゲノム中に統合され、且つ内部に統合された１つ又は複数の染色体と共に複製されるものであり得る。さらに、単一のベクター若しくはプラスミド、又は宿主細胞のゲノムに導入される全ＤＮＡを共に含有する２つ以上のベクター若しくはプラスミド、又はトランスポゾンが使用され得る。
【０６１６】
ベクターは、形質転換、トランスフェクション、トランスダクションなどされた細胞の選択を容易にする１つ以上の選択マーカーを含有することが好ましい。選択マーカーは、その生成物が殺生物剤又はウイルス耐性、重金属に対する耐性、栄養要求体に対する原栄養性などをもたらす遺伝子である。
【０６１７】
細菌性選択マーカーの例は、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）若しくはバチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のｄａｌ遺伝子又はアンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、ネオマイシン、スペクチノマイシン若しくはテトラサイクリン耐性などの抗生物質耐性を付与するマーカーである。酵母宿主細胞のための好適なマーカーとしては、ＡＤＥ２、ＨＩＳ３、ＬＥＵ２、ＬＹＳ２、ＭＥＴ３、ＴＲＰ１及びＵＲＡ３が挙げられるが、これらに限定されない。糸状真菌宿主細胞において使用される選択マーカーとしては、ａｄｅＡ（ホスホリボシルアミノイミダゾール−サクシノカルボキサミド合成酵素）、ａｄｅＢ（ホスホリボシル−アミノイミダゾール合成酵素）、ａｍｄＳ（アセトアミダーゼ）、ａｒｇＢ（オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ）、ｂａｒ（ホスフィノスリシンアセチルトランスフェラーゼ）、ｈｐｈ（ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ）、ｎｉａＤ（硝酸レダクターゼ）、ｐｙｒＧ（オロチジン−５’−リン酸デカルボキシラーゼ）、ｓＣ（硫酸アデニルトランスフェラーゼ）及びｔｒｐＣ（アントラニル酸合成酵素）並びにこれらの均等物が挙げられるが、これらに限定されない。アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）細胞における使用に好適であるのは、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）又はアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のａｍｄＳ及びｐｙｒＧ遺伝子並びにストレプトマイセス・ハイグロスコピカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｙｇｒｏｓｃｏｐｉｃｕｓ）のｂａｒ遺伝子である。トリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）細胞における使用に好適であるのは、ａｄｅＡ、ａｄｅＢ、ａｍｄＳ、ｈｐｈ及びｐｙｒＧ遺伝子である。
【０６１８】
選択マーカーは、国際公開第２０１０／０３９８８９号パンフレットに記載される二重の選択マーカー系であり得る。一態様において、二重の選択マーカーは、ｈｐｈ−ｔｋの二重の選択マーカー系である。
【０６１９】
ベクターは、好ましくは、宿主細胞のゲノム中へのベクターの組込み又はゲノムとは独立して細胞内でのベクターの自律複製を可能にする１つ又は複数の要素を含有する。
【０６２０】
宿主細胞ゲノム中への組込みに関して、ベクターは、相同又は非相同組換えによるゲノム中への組込みのために、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列又はベクターの任意の他の要素に依存し得る。或いは、ベクターは、１つ又は複数の染色体中の正確な位置での宿主細胞のゲノム中への相同組換えによる組込みを誘導するために追加のポリヌクレオチドを含有し得る。正確な位置での組込みの可能性を増大させるために、組込みエレメントは、相同的組換えの可能性を高めるように対応する標的配列に対して高度の配列同一性を有する十分な数の核酸、例えば１００〜１０，０００塩基対、４００〜１０，０００塩基対及び８００〜１０，０００塩基対を含有すべきである。組込みエレメントは、宿主細胞のゲノム中の標的配列と相同な任意の配列であり得る。さらに、組込みエレメントは、非コード又はコードポリヌクレオチドであり得る。他方では、ベクターは、非相同組換えにより宿主細胞のゲノム中に組み込まれ得る。
【０６２１】
自律複製のために、ベクターは、対象の宿主細胞内でベクターの自律複製を可能にする複製起点をさらに含み得る。複製起点は、細胞内で機能する自律複製を媒介する任意のプラスミドレプリケーターであり得る。用語「複製起点」又は「プラスミドレプリケーター」は、インビボでプラスミド又はベクターの複製を可能にするポリヌクレオチドを意味する。
【０６２２】
細菌性複製起点の例は、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）における複製を可能にするプラスミドｐＢＲ３２２、ｐＵＣ１９、ｐＡＣＹＣ１７７及びｐＡＣＹＣ１８４並びにバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）における複製を可能にするｐＵＢ１１０、ｐＥ１９４、ｐＴＡ１０６０及びｐＡＭβ１の複製起点である。
【０６２３】
酵母宿主細胞において使用するための複製起点の例は、２ミクロン複製起点、ＡＲＳ１、ＡＲＳ４、ＡＲＳ１とＣＥＮ３との組合せ及びＡＲＳ４とＣＥＮ６との組合せである。
【０６２４】
糸状真菌細胞において有用な複製起点の例は、ＡＭＡ１及びＡＮＳ１である（Ｇｅｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｇｅｎｅ  ９８：６１−６７；Ｃｕｌｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８７，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：９１６３−９１７５、国際公開第００／２４８８３号パンフレット）。ＡＭＡ１遺伝子の単離及びこの遺伝子を含むプラスミド又はベクターの構築は、国際公開第００／２４８８３号パンフレットに開示される方法に従って実施することができる。
【０６２５】
本発明のポリヌクレオチドの２つ以上のコピーを宿主細胞内に挿入して、ポリペプチドの産生を増加させ得る。ポリヌクレオチドのコピー数の増加は、配列の少なくとも１つの追加のコピーを宿主細胞ゲノム中に組み込むことによるか、又はポリヌクレオチドと共に増幅可能選択マーカー遺伝子を含むことにより達成することができ、この場合、選択マーカー遺伝子の増幅されたコピー、それによってポリヌクレオチドの追加のコピーを含有する細胞は、適切な選択薬剤の存在下で細胞を培養することにより選択することができる。
【０６２６】
上記のエレメントを結合して本発明の組換え発現ベクターを構築するために使用される手順は、当業者によく知られている（例えば、前出のＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９を参照されたい）。
【０６２７】
宿主細胞
本発明は、本発明のポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞であって、ポリヌクレオチドは、本発明のポリペプチドの産生を誘導する１つ以上の制御配列に作動可能に連結されている、組換え宿主細胞にも関する。ポリヌクレオチドを含む構築物又はベクターは、構築物又はベクターが染色体組込み体として又は先に記載される自己複製染色体外ベクターとして維持されるように宿主細胞中に導入される。用語「宿主細胞」は、複製中に起こる変異に起因して親細胞と同一ではない親細胞の任意の後代を包含する。宿主細胞の選択は、ポリペプチドをコードする遺伝子及びその供給源に大きく依存することになる。
【０６２８】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、組換え宿主細胞に対して異種である。
【０６２９】
いくつかの実施形態において、１つ以上の制御配列の少なくとも１つは、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに対して異種である。
【０６３０】
いくつかの実施形態において、組換え宿主細胞は、少なくとも２つのコピー、例えば３つ、４つ又は５つの本発明のポリヌクレオチドを含む。
【０６３１】
宿主細胞は、本発明のポリペプチドの組換え体産生において有用な任意の細胞、例えば原核生物又は真核生物であり得る。
【０６３２】
原核生物の宿主細胞は、任意のグラム陽性細菌又はグラム陰性細菌であり得る。グラム陽性細菌としては、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、スタフィロコッカス属（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）が挙げられるが、これらに限定されない。グラム陰性細菌としては、カンピロバクター属（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、フラボバクテリウム属（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ヘリコバクター属（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）、イリオバクター属（Ｉｌｙｏｂａｃｔｅｒ）、ナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）、サルモネラ属（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）及びウレアプラズマ属（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０６３３】
細菌宿主細胞としては、限定されるものではないが、バチルス・アルカロフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｋａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・ブレビス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、バチルス・クラウシイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｌａｕｓｉｉ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・ファーマス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｉｒｍｕｓ）、バチルス・ロータス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｕｔｕｓ）、バチルス・レンタス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ステアロサーモフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）及びバチルス・チューリンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）の細胞を含む任意のバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）細胞であり得る。
【０６３４】
細菌宿主細胞は、限定されるものではないが、ストレプトコッカス・エクイシミリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｓｉｍｉｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・ユベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）及びストレプトコッカス・エクイ亜種ズーエピデミカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ  ｓｕｂｓｐ．Ｚｏｏｅｐｉｄｅｍｉｃｕｓ）の細胞を含む任意のストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）細胞でもあり得る。
【０６３５】
細菌宿主細胞は、限定されるものではないが、ストレプトマイセス・アクロモゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトマイセス・アベルミティリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｖｅｒｍｉｔｉｌｉｓ）、ストレプトマイセス・コエリカラー（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ）、ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｕｓ）及びストレプトマイセス・リビダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｌｉｖｉｄａｎｓ）の細胞を含む任意のストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）細胞でもあり得る。
【０６３６】
バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）細胞内へのＤＮＡの導入は、プロトプラスト形質転換（例えば、Ｃｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｃｏｈｅｎ，１９７９，Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．１６８：１１１−１１５を参照されたい）により、コンピテント細胞形質転換（例えば、Ｙｏｕｎｇ  ａｎｄ  Ｓｐｉｚｉｚｅｎ，１９６１，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．８１：８２３−８２９又はＤｕｂｎａｕ  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄｏｆｆ−Ａｂｅｌｓｏｎ，１９７１，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５６：２０９−２２１を参照されたい）、エレクトロポレーション（例えば、Ｓｈｉｇｅｋａｗａ  ａｎｄ  Ｄｏｗｅｒ，１９８８，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：７４２−７５１を参照されたい）又はコンジュゲーション（例えば、Ｋｏｅｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｔｈｏｒｎｅ，１９８７，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１６９：５２７１−５２７８を参照されたい）によって行われ得る。大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）細胞内へのＤＮＡの導入は、プロトプラスト形質転換（例えば、Ｈａｎａｈａｎ，１９８３，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１６６：５５７−５８０を参照されたい）又はエレクトロポレーション（例えば、Ｄｏｗｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１６：６１２７−６１４５を参照されたい）によって行われ得る。ストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）細胞内へのＤＮＡの導入は、プロトプラスト形質転換、エレクトロポレーション（例えば、Ｇｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００４，Ｆｏｌｉａ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．（Ｐｒａｈａ）４９：３９９−４０５を参照されたい）、コンジュゲーション（例えば、Ｍａｚｏｄｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７１：３５８３−３５８５を参照されたい）又はトランスダクション（例えば、Ｂｕｒｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００１，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：６２８９−６２９４を参照されたい）によって行われ得る。シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）細胞内へのＤＮＡの導入は、エレクトロポレーション（例えば、Ｃｈｏｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００６，Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ６４：３９１−３９７を参照されたい）又はコンジュゲーション（例えば、Ｐｉｎｅｄｏ  ａｎｄ  Ｓｍｅｔｓ，２００５，Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．７１：５１−５７を参照されたい）によって行われ得る。ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）細胞内へのＤＮＡの導入は、自然形質転換能（例えば、Ｐｅｒｒｙ  ａｎｄ  Ｋｕｒａｍｉｔｓｕ，１９８１，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．３２：１２９５−１２９７を参照されたい）、プロトプラスト形質転換（例えば、Ｃａｔｔ  ａｎｄ  Ｊｏｌｌｉｃｋ，１９９１，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｓ  ６８：１８９−２０７を参照されたい）、エレクトロポレーション（例えば、Ｂｕｃｋｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９，Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６５：３８００−３８０４を参照されたい）又はコンジュゲーション（例えば、Ｃｌｅｗｅｌｌ，１９８１，Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｒｅｖ．４５：４０９−４３６を参照されたい）によって行われ得る。しかしながら、宿主細胞内にＤＮＡを導入するための当技術��野で知られる任意の方法を使用することができる。
【０６３７】
宿主細胞は、真核生物、例えば哺乳動物、昆虫、植物又は真菌の細胞でもあり得る。
【０６３８】
宿主細胞は、真菌細胞であり得る。本明細書で使用する場合、「真菌」は、子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、担子菌門（Ｂａｓｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ）、ツボカビ門（Ｃｈｙｔｒｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ）及び接合菌門（Ｚｙｇｏｍｙｃｏｔａ）並びに卵菌門（Ｏｏｍｙｃｏｔａ）及び全ての不完全菌類（Ｈａｗｋｓｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎ，Ａｉｎｓｗｏｒｔｈ  ａｎｄ  Ｂｉｓｂｙ’ｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｆｕｎｇｉ，８ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９５，ＣＡＢ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＵＫにより定義される）を含む。
【０６３９】
真菌宿主細胞は、酵母細胞であり得る。本明細書で使用する場合、「酵母」は、子嚢酵母（エンドミケス目（Ｅｎｄｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ））、担子胞子酵母及び不完全菌類に属する酵母（不完全酵母菌綱（Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｔｅｓ））を含む。酵母の分類は、将来変更される可能性があるため、本発明の目的のために、酵母は、Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ａｃｔｉｖｉｔｉｅｓ  ｏｆ  Ｙｅａｓｔ（Ｓｋｉｎｎｅｒ，Ｐａｓｓｍｏｒｅ，ａｎｄ  Ｄａｖｅｎｐｏｒｔ，ｅｄｉｔｏｒｓ，Ｓｏｃ．Ａｐｐ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  Ｎｏ．９，１９８０）に記載されるとおりに定義されるものとする。
【０６４０】
酵母宿主細胞は、カンジダ属（Ｃａｎｄｉｄａ）、ハンゼヌラ属（Ｈａｎｓｅｎｕｌａ）、クルイベロマイセス属（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ）、ピキア属（Ｐｉｃｈｉａ）、サッカロマイセス属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）、シゾサッカロマイセス属（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）又はヤロウイア属（Ｙａｒｒｏｗｉａ）の細胞、例えばクルイベロマイセス・ラクティス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ）、サッカロマイセス・カールスベルゲンシス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｌｓｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、サッカロマイセス・ディアスタティカス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓ）、サッカロマイセス・ドウグラシー（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｄｏｕｇｌａｓｉｉ）、サッカロマイセス・クリュイベリ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ）、サッカロマイセス・ノルベンシス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｒｂｅｎｓｉｓ）、サッカロマイセス・オヴィフォルミス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）又はヤロウイア・リポリティカ（Ｙａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）の細胞であり得る。
【０６４１】
真菌宿主細胞は、糸状真菌細胞であり得る。「糸状真菌」は、細分類の真菌門（Ｅｕｍｙｃｏｔａ）及び卵菌門（Ｏｏｍｙｃｏｔａ）（前出のＨａｗｋｓｗｏｒｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，１９９５により定義される）の全ての糸状形態を含む。糸状真菌は、一般的に、キチン、セルロース、グルカン、キトサン、マンナン及び他の複合ポリサッカリドで構成される菌糸体壁により特徴付けられる。栄養生長は、菌糸伸長によるものであり、炭素異化は、偏性好気性である。対照的に、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）などの酵母による栄養生長は、単細胞葉状体の出芽によるものであり、炭素異化は、発酵性であり得る。
【０６４２】
糸状真菌宿主細胞は、アクレモニウム属（Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ）、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、アウレオバシジウム属（Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ）、ヤケイロタケ属（Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ）、セリポリオプシス属（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ）、クリソスポリウム属（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、コプリナス属（Ｃｏｐｒｉｎｕｓ）、カワラタケ属（Ｃｏｒｉｏｌｕｓ）、クリプトコッカス属（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、フィリバシジウム属（Ｆｉｌｉｂａｓｉｄｉｕｍ）、フザリウム属（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）、フミコラ属（Ｈｕｍｉｃｏｌａ）、マグナポルテ属（Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ）、ムコール属（Ｍｕｃｏｒ）、ミセリオフトラ属（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ）、ネオカリマスティクス属（Ｎｅｏｃａｌｌｉｍａｓｔｉｘ）、ニューロスポラ属（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ）、ペシロマイセス属（Ｐａｅｃｉｌｏｍｙｃｅｓ）、ペニシリウム属（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ）、ファネロカエテ属（Ｐｈａｎｅｒｏｃｈａｅｔｅ）、フレビア属（Ｐｈｌｅｂｉａ）、ピロミセス属（Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ）、ヒラタケ属（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ）、シゾフィラム属（Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ）、タラロマイセス属（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ）、サーモアスカス属（Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ）、チエラビア属（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ）、トリポクラディウム属（Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ）、ホウロクタケ属（Ｔｒａｍｅｔｅｓ）又はトリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）の細胞であり得る。
【０６４３】
例えば、糸状真菌宿主細胞は、アスペルギルス・アワモリ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ａｗａｍｏｒｉ）、アスペルギルス・フォティダス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｏｅｔｉｄｕｓ）、アスペルギルス・フミガタス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｕｍｉｇａｔｕｓ）、アスペルギルス・ジャポニカス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｊａｐｏｎｉｃｕｓ）、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）、ヤケイロタケ（Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ  ａｄｕｓｔａ）、セリポリオプシス・アネイリナ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ａｎｅｉｒｉｎａ）、セリポリオプシス・カレギエア（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｃａｒｅｇｉｅａ）、セリポリオプシス・ギルベッセンス（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｇｉｌｖｅｓｃｅｎｓ）、セリポリオプシス・パノンシンタ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｐａｎｎｏｃｉｎｔａ）、セリポリオプシス・リブロサ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｒｉｖｕｌｏｓａ）、セリポリオプシス・サブルファ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｕｂｒｕｆａ）、セリポリオプシス・サベルミスポラ（Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ  ｓｕｂｖｅｒｍｉｓｐｏｒａ）、クリソスポリウム・イノプス（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｉｎｏｐｓ）、クリソスポリウム・ケラチノフィラム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｋｅｒａｔｉｎｏｐｈｉｌｕｍ）、クリソスポリウム・ルクノウェンス（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｌｕｃｋｎｏｗｅｎｓｅ）、クリソスポリウム・メルダリウム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｍｅｒｄａｒｉｕｍ）、クリソスポリウム・パニコラ（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｐａｎｎｉｃｏｌａ）、クリソスポリウム・クイーンズランジカム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｑｕｅｅｎｓｌａｎｄｉｃｕｍ）、クリソスポリウム・トプロピカム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｔｒｏｐｉｃｕｍ）、クリソスポリウム・ゾナタム（Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ  ｚｏｎａｔｕｍ）、コプリナス・シネレウス（Ｃｏｐｒｉｎｕｓ  ｃｉｎｅｒｅｕｓ）、コリオラス・ハースタス（Ｃｏｒｉｏｌｕｓ  ｈｉｒｓｕｔｕｓ）、フザリウム・バクトリジオイデス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｂａｃｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ）、フザリウム・セレアリス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｃｅｒｅａｌｉｓ）、フザリウム・クロックウェレンズ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｃｒｏｏｋｗｅｌｌｅｎｓｅ）、フザリウム・クルモラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｃｕｌｍｏｒｕｍ）、フザリウム・グラミネアラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ）、フザリウム・グラミナム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｕｍ）、フザリウム・ヘテロスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｈｅｔｅｒｏｓｐｏｒｕｍ）、フザリウム・ネグンジ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｎｅｇｕｎｄｉ）、フザリウム・オキシスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、フザリウム・レチキュラタム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｒｅｔｉｃｕｌａｔｕｍ）、フザリウム・ロゼウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｒｏｓｅｕｍ）、フザリウム・サムブシヌム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓａｍｂｕｃｉｎｕｍ）、フザ���ウム・サルクロウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓａｒｃｏｃｈｒｏｕｍ）、フザリウム・スポロトリキオイデス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｉｏｉｄｅｓ）、フザリウム・スルフレウム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｓｕｌｐｈｕｒｅｕｍ）、フザリウム・トルロサム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｔｏｒｕｌｏｓｕｍ）、フザリウム・トリコセシオイデス（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｉｏｉｄｅｓ）、フザリウム・ベネナツム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｖｅｎｅｎａｔｕｍ）、フミコラ・インソレンス（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｉｎｓｏｌｅｎｓ）、フミコラ・ラヌギノーサ（Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｌａｎｕｇｉｎｏｓａ）、ムコール・ミーヘイ（Ｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉ）、ミセリオプソラ・サーモフィラ（Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、ネウロスポラ・クラサ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ  ｃｒａｓｓａ）、ペニシリウム・プルプロゲナム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｐｕｒｐｕｒｏｇｅｎｕｍ）、ファネロカエテ・クリソスポリウム（Ｐｈａｎｅｒｏｃｈａｅｔｅ  ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ）、フレビア・ラジアータ（Ｐｈｌｅｂｉａ  ｒａｄｉａｔａ）、プレウロツス・エリンギ（Ｐｌｅｕｒｏｔｕｓ  ｅｒｙｎｇｉｉ）、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）、トラメテス・ビロサ（Ｔｒａｍｅｔｅｓ  ｖｉｌｌｏｓａ）、トラメテス・ベルシカラー（Ｔｒａｍｅｔｅｓ  ｖｅｒｓｉｃｏｌｏｒ）、トリコデルマ・ハルジアナム（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｈａｒｚｉａｎｕｍ）、トリコデルマ・コニンギ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｋｏｎｉｎｇｉｉ）、トリコデルマ・ロンギブラキアタム（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ）、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）又はトリコデルマ・ビリデ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｖｉｒｉｄｅ）の細胞であり得る。
【０６４４】
真菌細胞は、それ自体知られている方法において、プロトプラストの形成、プロトプラストの形質転換及び細胞壁の再生を含む方法により形質転換され得る。アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）及びトリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）宿主細胞の形質転換のための好適な手順は、欧州特許第２３８０２３号明細書、Ｙｅｌｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８４、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：１４７０−１４７４及びＣｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１４１９−１４２２において記載される。フザリウム属（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）種を形質転換するための好適な方法は、Ｍａｌａｒｄｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９，Ｇｅｎｅ  ７８：１４７−１５６及び国際公開第９６／００７８７号パンフレットによって記載されている。酵母は、Ｂｅｃｋｅｒ  ａｎｄ  Ｇｕａｒｅｎｔｅ，Ｉｎ  Ａｂｅｌｓｏｎ，Ｊ．Ｎ．ａｎｄ  Ｓｉｍｏｎ，Ｍ．Ｉ．，ｅｄｉｔｏｒｓ，Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｙｅａｓｔ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅ  １９４，ｐｐ  １８２−１８７，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；Ｉｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９８３，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１５３：１６３；並びにＨｉｎｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９７８，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７５：１９２０によって記載される手順を用いて形質転換され得る。
【０６４５】
生成方法
本発明は、本発明のポリペプチドを生成する方法であって、（ａ）ポリペプチドの産生を促す条件下において、野生型形態でポリペプチドを産生する細胞を培養すること；及び任意選択により、（ｂ）ポリペプチドを回収することを含む方法にも関する。
【０６４６】
一態様において、細胞は、ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）の細胞である。一態様において、細胞は、ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）の細胞である。一態様において、細胞は、タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）の細胞である。一態様において、細胞は、アスペルギルス属ＸＺ２６６８（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＸＺ２６６８）の細胞である。一態様において、細胞は、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）の細胞である。一態様において、細胞は、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の細胞である。一態様において、細胞は、ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）の細胞である。一態様において、細胞は、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）の細胞である。一態様において、細胞は、ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）の細胞である。一態様において、細胞は、アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）の細胞である。一態様において、細胞は、ケトミウム属ＺＹ３６９（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．ＺＹ３６９）の細胞である。一態様において、細胞は、タラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）の細胞である。一態様において、細胞は、トリコクラジウム・アスペルム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）の細胞である。一態様において、細胞は、メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）の細胞である。一態様において、細胞は、チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）の細胞である。
【０６４７】
本発明は、本発明のポリペプチドを生成する方法であって、（ａ）ポリペプチドの産生を促す条件下において、本発明の組換え宿主細胞を培養すること；及び任意選択により、（ｂ）ポリペプチドを回収することを含む方法にも関する。
【０６４８】
宿主細胞は、当技術分野において知られる方法を用いるポリペプチドの産生に好適な栄養培地中で培養される。例えば、細胞は、好適な培地中において並びにポリペプチドの発現及び／又は単離が可能になる条件下での、実験用又は工業用発酵槽におけるフラスコ振盪培養又は小規模若しくは大規模発酵（連続、バッチ、流加又は固体発酵を含む）により培養され得る。培養は、当技術分野において知られる手順を用いて、炭素及び窒素源並びに無機塩を含む好適な栄養培地において行われる。好適な培地は、市販業者から入手可能であるか又は公開されている組成物に従って調製され得る（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎの目録中）。ポリペプチドが栄養培地に分泌される場合、ポリペプチドは、培地から直接的に回収することができる。ポリペプチドが分泌されない場合、それは、細胞可溶化物から回収することができる。
【０６４９】
ポリペプチドは、ポリペプチドに特異的である、当技術分野において知られる方法を用いて検出され得る。これらの検出法としては、特異抗体の使用、酵素生成物の形成又は酵素基質の消失が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、酵素アッセイを用いてポリペプチドの活性を判定し得る。
【０６５０】
ポリペプチドは、当技術分野において知られる方法を用いて回収され得る。例えば、ポリペプチドは、採取、遠心分離、濾過、抽出、噴霧乾燥、蒸発又は沈殿を含むが、これらに限定されない従来の手順によって発酵培地から回収され得る。一態様において、ポリペプチドを含む発酵ブロスが回収される。
【０６５１】
ポリペプチドは、実質的に純粋な変異体を得るための、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、親和性、疎水性、クロマトフォーカシング及びサイズ排除）、電気泳動法（例えば、分取等電点電気泳動）溶解度の相違（例えば、硫酸アンモニウム沈殿）、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ又は抽出（例えば、Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｊａｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｒｙｄｅｎ，ｅｄｉｔｏｒｓ，ＶＣＨ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９８９を参照されたい）を含むが、これらに限定されない、当技術分野において知られる様々な手順によって精製され得る。
【０６５２】
植物
本発明は、回収可能な量でポリペプチド又はドメインを発現及び産生するように本発明のポリヌクレオチドを含む単離された植物、例えばトランスジェニック植物、植物部分又は植物細胞にも関する。ポリペプチド又はドメインは、植物又は植物部分から回収され得る。或いは、ポリペプチド又はドメインを含有する植物又は植物部分は、例えば、食品又は飼料の品質を改善する、例えば栄養価、嗜好性及び流体学的性質を向上させるため又は非栄養因子を破壊するために使用され得る。
【０６５３】
トランスジェニック植物は、双子葉の（双子葉植物）又は単子葉の（単子葉植物）であり得る。単子葉植物の例は、ナガハグサ（ブルーグラス、ポア属（Ｐｏａ））などのイネ科牧草、フェツカ属（Ｆｅｓｔｕｃａ）、ロリウム属（Ｌｏｌｉｕｍ）などの飼料草、ヌカボ属（Ａｒｇｏｓｔｉｓ）などの寒地型イネ科牧草並びに穀類、例えばコムギ、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、イネ、モロコシ及びトウモロコシ（コーン）である。
【０６５４】
双子葉植物の例は、タバコ、ルピナスなどのマメ科植物、ジャガイモ、サトウダイコン、エンドウマメ、マメ及びダイズ、並びに例えばカリフラワー、ナタネなどのアブラナ科植物（アブラナ科（Ｂｒａｓｓｉｃａｃｅａｅ））、並びに密接に関係したモデル生物であるシロイロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ）である。
【０６５５】
植物部分の例は、茎、カルス、葉、根、果実、種子及び塊茎並びにこれらの部分を含む個々の組織、例えば表皮、葉肉、柔組織、維管束組織、分裂組織である。
【０６５６】
植物細胞及び特定の植物細胞区画、例えば葉緑体、アポプラスト、ミトコンドリア、液胞、ペルオキシソーム及び細胞質も植物部分であると見なされる。
【０６５７】
さらに、このような植物、植物部分及び植物細胞の後代も本発明の範囲に含まれる。
【０６５８】
当技術分野で知られる方法に従って、ポリペプチド又はドメインを発現するトランスジェニック植物又は植物細胞を構築し得る。
【０６５９】
本発明は、本発明のポリペプチド又はドメインを生成する方法であって、（ａ）ポリペプチド又はドメインの産生を促す条件下において、ポリペプチド又はドメインをコードするポリヌクレオチドを含むトランスジェニック植物若しくは植物部分を培養すること；及び（ｂ）ポリペプチド又はドメインを回収することを含む方法にも関する。
【０６６０】
発酵ブロス配合物又は細胞組成物
本発明は、本発明のポリペプチドを含む発酵ブロス配合物又は細胞組成物にも関する。発酵ブロス産物は、例えば、細胞（本発明のポリペプチドをコードする遺伝子を含有する宿主細胞であって、目的のポリペプチドの産生に使用される宿主細胞を含む）、細胞片、バイオマス、発酵培地及び／又は発酵産物などの発酵プロセスで用いられる追加の成分をさらに含む。いくつかの実施形態において、組成物は、１つ又は複数の有機酸、死細胞及び／又は細胞片並びに培養培地を含有する死滅した細胞の全ブロスである。
【０６６１】
用語「発酵ブロス」は、本明細書で使用する場合、回収及び／又は精製を全く行わないか又は最小限にのみ行う細胞発酵により産生される調製物を指す。例えば、発酵ブロスは、微生物培養物を飽和するまで増殖させ、炭素制限条件下でインキュベートしてタンパク質を合成させて（例えば、宿主細胞による酵素の発現）、細胞培養培地中に分泌させるときに作製される。発酵ブロスは、発酵の終了時に得られる発酵材料の未分画又は分画内容物を含有し得る。通常、発酵ブロスは、未分画であり、使用済みの培養培地及び微生物細胞（例えば、糸状真菌細胞）が例えば遠心分離により除去された後に存在する細胞片を含む。いくつかの実施形態において、発酵ブロスは、使用済みの細胞培養培地、細胞外酵素並びに生存及び／又は非生存微生物細胞を含有する。
【０６６２】
いくつかの実施形態において、発酵ブロス配合物及び細胞組成物は、少なくとも１つの１〜５炭素の有機酸及び／又はその塩を含む第１の有機酸成分並びに少なくとも１つの６炭素以上の有機酸及び／又はその塩を含む第２の有機酸成分を含む。いくつかの実施形態において、第１の有機酸成分は、酢酸、ギ酸、プロピオン酸、その塩又は前述の２つ以上の混合物であり、第２の有機酸成分は、安息香酸、シクロヘキサンカルボン酸、４−メチル吉草酸、フェニル酢酸、その塩又は前述の２つ以上の混合物である。
【０６６３】
一態様において、組成物は、１つ又は複数の有機酸を含有し、且つ任意選択により死細胞及び／又は細胞片をさらに含有する。いくつかの実施形態において、死細胞及び／又は細胞片は、死滅した細胞の全ブロスから除去されて、これらの成分を含まない組成物が提供される。
【０６６４】
発酵ブロス配合物又は細胞組成物は、限定されないが、ソルビトール、塩化ナトリウム、ソルビン酸カリウム及び当技術分野において知られる他のものを含む保存剤及び／又は抗菌剤（例えば、静菌剤）をさらに含み得る。
【０６６５】
死滅した細胞の全ブロス又は組成物は、発酵の終了時に得られる発酵材料の未分画内容物を含有し得る。通常、死滅した細胞の全ブロス又は組成物は、微生物細胞（例えば、糸状真菌細胞）を飽和するまで増殖させ、炭素制限条件下でインキュベートしてタンパク質を合成させた後に存在する使用済みの培養培地及び細胞片を含有する。いくつかの実施形態において、死滅した細胞の全ブロス又は組成物は、使用済みの細胞培養培地、細胞外酵素及び糸状真菌の死細胞を含有する。いくつかの実施形態において、死滅した細胞の全ブロス又は組成物中に存在する微生物細胞は、当技術分野において知られる方法を用いて透過処理及び／又は溶解され得る。
【０６６６】
本明細書に記載されるとおりの全ブロス又は細胞組成物は、通常、液体であるが、死細胞、細胞片、培養培地成分及び／又は１つ若しくは複数の不溶性酵素などの不溶性成分を含有し得る。いくつかの実施形態において、不溶性成分が除去されて清澄化された液体組成物が提供され得る。
【０６６７】
本発明の全ブロス配合物及び細胞組成物は、国際公開第９０／１５８６１号パンフレット又は国際公開第２０１０／０９６６７３号パンフレットに記載される方法によって作製され得る。
【０６６８】
酵素組成物
本発明は、本発明のポリペプチドを含む組成物にも関する。好ましくは、組成物は、本発明のポリペプチドにおいて濃縮される。用語「濃縮される」は、組成物のリゾチーム活性が、例えば少なくとも１．１、例えば少なくとも１．２、少なくとも１．３、少なくとも１．４、少なくとも１．５、少なくとも２．０、少なくとも３．０、少なくとも４．０、少なくとも５．０、少なくとも１０の濃縮倍率で増加していることを示す。
【０６６９】
好ましい実施形態において、組成物は、配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなるリストから選択される、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む。
【０６７０】
ある実施形態において、組成物は、以下に記載されるとおり、本発明のポリペプチド及び１つ以上の配合剤を含む。
【０６７１】
組成物は、フィターゼ、キシラナーゼ、ガラクタナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、プロテアーゼ、ホスホリパーゼＡ１、ホスホリパーゼＡ２、リゾホスホリパーゼ、ホスホリパーゼＣ、ホスホリパーゼＤ、アミラーゼ、リゾチーム、アラビノフラノシダーゼ、β−キシロシダーゼ、アセチルキシランエステラーゼ、フェルロイルエステラーゼ、セルラーゼ、セロビオヒドロラーゼ、β−グルコシダーゼ、プルラナーゼ及びβ−グルカナーゼ又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される１つ以上の（例えば、数個の）酵素など、複数の酵素活性をさらに含み得る。
【０６７２】
組成物は、１つ以上のプロバイオティクスをさらに含み得る。ある実施形態において、プロバイオティクスは、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ポリミクサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、カルノバクテリウム属（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ファルシミナス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐ．）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、メガスファエラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｓｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０６７３】
ある実施形態において、組成物は、本明細書に開示されるとおりの１つ以上の配合剤、好ましくはグリセロール、エチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、硫酸マグネシウム、チオ硫酸ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、デキストリン、グルコース、スクロース、ソルビトール、ラクトース、デンプン、カオリン、マルトデキストリン、シクロデキストリン、コムギ、ＰＶＡ、酢酸塩、リン酸塩、カオリン及びセルロースからなるリストから選択される化合物の１つ以上を含む。
【０６７４】
ある実施形態において、組成物は、ビタミン、ミネラル及びアミノ酸からなるリストから選択される１つ以上の成分を含む。
【０６７５】
配合物
本発明の酵素は、液体又は固体として配合され得る。液体配合物について、配合剤は、ポリオール（例えば、グリセロール、エチレングリコール又はプロピレングリコールなど）、塩（例えば、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウムなど）又は糖若しくは糖誘導体（例えば、デキストリン、グルコース、スクロース及びソルビトールなど）を含み得る。したがって、一実施形態において、組成物は、本発明のポリペプチド並びにグリセロール、エチレングリコール、１，２−プロピレングリコール、１，３−プロピレングリコール、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、デキストリン、グルコース、スクロース及びソルビトールからなるリストから選択される１つ以上の配合剤を含む液体組成物である。液体配合物は、飼料をペレット化した後にそれに噴霧され得るか、又は動物に与える飲用水に添加され得る。
【０６７６】
固体配合物について、配合物は、例えば、顆粒、噴霧乾燥粉末又は集塊物としてであり得る（例えば、国際公開第２０００／７００３４号パンフレットに開示されるとおり）。配合剤は、塩（有機又は無機亜鉛、ナトリウム、カリウム又はカルシウム塩、例えば酢酸カルシウム、安息香酸カルシウム、炭酸カルシウム、塩化カルシウム、クエン酸カルシウム、ソルビン酸カルシウム、硫酸カルシウム、酢酸カリウム、安息香酸カリウム、炭酸カリウム、塩化カリウム、クエン酸カリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸カリウム、酢酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、炭酸ナトリウム、塩化ナトリウム、クエン酸ナトリウム、硫酸ナトリウム、酢酸亜鉛、安息香酸亜鉛、炭酸亜鉛、塩化亜鉛、クエン酸亜鉛、ソルビン酸亜鉛、硫酸亜鉛）、デンプン又は糖若しくは糖誘導体（例えば、スクロース、デキストリン、グルコース、ラクトース、ソルビトールなど）を含み得る。
【０６７７】
一実施形態において、組成物は、本発明のＬＹＳポリペプチド並びに塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、硫酸マグネシウム、チオ硫酸ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、デキストリン、グルコース、スクロース、ソルビトール、ラクトース、デンプン、カオリン、マルトデキストリン、シクロデキストリン、コムギ、ＰＶＡ、酢酸塩、リン酸塩及びセルロースからなるリストから選択される１つ以上の配合剤を含む噴霧乾燥組成物などの固体組成物である。好ましい実施形態において、配合剤は、次の化合物：硫酸ナトリウム、デキストリン、セルロース、チオ硫酸ナトリウム、硫酸マグネシウム及び炭酸カルシウムの１つ以上から選択される。
【０６７８】
本発明は、本発明のＬＹＳポリペプチドを任意選択により１つ以上の追加の酵素と組み合わせて含む酵素顆粒／粒子にも関する。顆粒は、コア及び任意選択によりコアを取り囲む１つ以上のコーティング（外層）で構成される。
【０６７９】
通常、顆粒の顆粒／粒子サイズは、同等の球体直径（体積基準の平均粒径）として計測して、２０〜２０００μｍ、特に５０〜１５００μｍ、１００〜１５００μｍ又は２５０〜１２００μｍである。
【０６８０】
コアは、例えば、結晶化、沈殿、パンコーティング、流動層コーティング、流動層凝集、回転噴霧、押出、プリリング、球形化、破砕法、ドラム造粒及び／又は高せん断造粒などの造粒技術を含む方法により、原料のブレンドを造粒することにより調製することができる。
【０６８１】
コアの調製方法については、Ｃ．Ｅ．Ｃａｐｅｓ；Ｖｏｌｕｍｅ  １；１９８０；ＥｌｓｅｖｉｅｒによるＨａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｏｗｄｅｒ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ；Ｐａｒｔｉｃｌｅ  ｓｉｚｅ  ｅｎｌａｒｇｅｍｅｎｔにおいて見出すことができる。調製方法は、既知の飼料及び顆粒形成技術を含み、例えば、
ａ）噴霧乾燥生成物、ここで、液体酵素含有溶液は、噴霧乾燥塔で霧化されて小さい液滴を形成し、それらが乾燥塔内を下る間に乾燥して酵素含有粒子材料を形成する；
ｂ）積層生成物、ここで、酵素は、予め形成された不活性コア粒子の周りの層としてコーティングされ、通常、予め形成されたコア粒子が流動化されている流動層装置で酵素含有溶液が霧化され、酵素含有溶液がコア粒子に付着して乾ききると、コア粒子の表面上に乾燥酵素の層が残る。所望の粒径の有用なコア粒子を見出すことができる場合、このようにして所望の粒径の粒子を得ることができる。この種の生成物については、例えば、国際公開第９７／２３６０６号パンフレットに記載される；
ｃ）吸収コア粒子、ここで、酵素をコアの周りに層としてコーティングするというよりむしろ、酵素がコアの表面上及び／又はその中に吸収される。このようなプロセスは、国際公開第９７／３９１１６号パンフレットに記載されている。
ｄ）押出し又はペレット化された生成物、ここで、酵素含有ペーストが加圧によりペレット化されるか、又は圧力下で小さい開口を通じて押し出されて切断されることにより粒子となり、続いて乾燥される。押出し開口が作られる材料（通常、穿孔を有するプレート）が押出し開口に対する許容圧力降下を制限するため、このような粒子は、通常、かなりのサイズを有する。また、小さい開口を用いる場合に押出し圧力が極めて高くなると酵素ペーストの熱生成が増加し、これは、酵素にとって有害である；
ｅ）プリリング生成物、ここで、酵素含有粉末は、溶融ワックス中において懸濁され、この懸濁液が例えば回転ディスク噴霧器を通じて冷却チャンバー内へと噴霧され、そこで液滴が急速に固化する（Ｍｉｃｈａｅｌ  Ｓ．Ｓｈｏｗｅｌｌ（編者）；Ｐｏｗｄｅｒｅｄ  ｄｅｔｅｒｇｅｎｔｓ；Ｓｕｒｆａｃｔａｎｔ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｓｅｒｉｅｓ；１９９８；ｖｏｌ．７１；頁１４０−１４２；Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ）。得られる生成物は、酵素が不活性材料の表面に集中する代わりに、その全体にわたって均一に分布しているものである。また、米国特許第４，０１６，０４０号明細書及び米国特許第４，７１３，２４５号明細書がこの技術に関する文献である；
ｆ）ミキサー造粒生成物、ここで、例えば従来の造粒成分の乾燥粉末組成物に液体が添加され、酵素は、液体又は粉末のいずれか又は両方によって導入される。この液体と粉末とが混合され、液体の水分が乾燥粉末に吸収されるにつれて乾燥粉末の成分が付着して凝集し始めることになり、粒子が構築されて、酵素を含む顆粒が形成されることになる。このようなプロセスは、米国特許第４，１０６，９９１号明細書及び関連文献の欧州特許第１７０３６０号明細書、欧州特許第３０４３３２号明細書、欧州特許第３０４３３１号明細書、国際公開第９０／０９４４０号パンフレット及び国際公開第９０／０９４２８号パンフレットに記載されている。様々な高せん断ミキサーが造粒器として使用され得るこのプロセスの特定の生成物では、酵素としての酵素、充填剤及び結合剤などからなる顆粒をセルロース繊維と混合して粒子を強化することにより、いわゆるＴ−顆粒が得られる。より強固である強化粒子は、放出される酵素粉塵が少ない。
ｇ）破砕、ここで、酵素を含有する大きい粒子、ペレット、錠剤、ブリケットなどの粉砕又は破砕によってコアが作製される。求められるコア粒子画分は、粉砕又は破砕生成物を篩分けすることによって得られる。過大及び過小な粒径の粒子は、再利用することができる。破砕については、（Ｍａｒｔｉｎ  Ｒｈｏｄｅｓ（編者）；Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｐｏｗｄｅｒ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ；１９９０；Ｃｈａｐｔｅｒ  １０；Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ）に記載される；
ｈ）流動層造粒、これは、微粒子を気流中に懸濁させ、その流動化粒子にノズルを介して液体を噴霧することを伴う。噴霧液滴が当たった粒子は、湿って粘着性になる。この粘着性粒子が他の粒子に衝突してそれらに付着し、顆粒を形成する；
ｉ）コアは、流動層乾燥機などで乾燥に供され得る。飼料又は洗剤工業における顆粒を乾燥させるための他の既知の方法が当業者によって用いられ得る。乾燥は、好ましくは、２５〜９０℃の生成物温度で行われる。いくつかの酵素について、酵素を含むコアがコーティング前に少量の水を含有することが重要である。過剰な水が除去される前に感水性の酵素がコーティングされる場合、それがコア内に捕捉されることになり、酵素の活性に悪影響を及ぼし得る。乾燥後、コアは、好ましくは、０．１〜１０％ｗ／ｗの水を含有する。
【０６８２】
コアは、充填材、繊維材（セルロース又は合成繊維）、安定化剤、可溶化剤、懸濁剤、粘度調節剤、軽質量の球体、可塑剤、塩、潤滑剤及び芳香剤などの追加の材料を含み得る。
【０６８３】
コアは、合成ポリマー、ワックス、脂肪又は炭水化物などの結合剤を含み得る。
【０６８４】
コアは、多価カチオンの塩、還元剤、抗酸化剤、過酸化物分解触媒及び／又は酸性緩衝剤成分を、典型的には均質なブレンドとして含み得る。
【０６８５】
一実施形態において、コアは、塩（酢酸カルシウム、安息香酸カルシウム、炭酸カルシウム、塩化カルシウム、クエン酸カルシウム、ソルビン酸カルシウム、硫酸カルシウム、酢酸カリウム、安息香酸カリウム、炭酸カリウム、塩化カリウム、クエン酸カリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸カリウム、酢酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、炭酸ナトリウム、塩化ナトリウム、クエン酸ナトリウム、硫酸ナトリウム、酢酸亜鉛、安息香酸亜鉛、炭酸亜鉛、塩化亜鉛、クエン酸亜鉛、ソルビン酸亜鉛、硫酸亜鉛など）、デンプン又は糖若しくは糖誘導体（例えば、スクロース、デキストリン、グルコース、ラクトース、ソルビトールなど）、糖又は糖誘導体（例えば、スクロース、デキストリン、グルコース、ラクトース、ソルビトールなど）、有機小分子、デンプン、小麦粉、セルロース及びミネラル及び粘土鉱物（含水フィロケイ酸アルミニウムとしても知られる）からなる群から選択される材料を含む。一実施形態において、コアは、カオリナイト又はカオリンなどの粘土鉱物を含む。
【０６８６】
コアは、酵素が内部に吸収される不活性粒子又は例えば流動層コーティングにより酵素が表面に塗布される不活性粒子を含み得る。
【０６８７】
コアは、２０〜２０００μｍ、特に５０〜１５００μｍ、１００〜１５００μｍ又は２５０〜１２００μｍの直径を有し得る。
【０６８８】
例えば、貯蔵安定性を向上させるか、取り扱い中の粉塵形成を低減するか、又は顆粒を着色するために、コアを少なくとも１つのコーティングによって取り囲み得る。任意選択のコーティングは、塩、及び／若しくはワックス、及び／若しくは小麦粉コーティング又は他の好適なコーティング材料を含み得る。
【０６８９】
コーティングは、コアの少なくとも０．１重量％、例えば少なくとも０．５％、１％又は５％などの量で塗布され得る。この量は、最大１００％、７０％、５０％、４０％又は３０％であり得る。
【０６９０】
コーティングは、厚さが少なくとも０．１μｍ、特に少なくとも０．５μｍ、少なくとも１μｍ又は少なくとも５μｍであるのが好ましい。いくつかの実施形態において、コーティングの厚さは、１００μｍ未満、例えば６０μｍ未満又は４０μｍ未満である。
【０６９１】
コーティングは、実質的に連続した層を形成することにより、コアユニットを被包する必要がある。実質的に連続的な層とは、孔がほとんど又は全くないコーティングであり、そのため、コーティングされていない範囲がほとんど又は全くない状態でコアユニットが被包又は封入されるものと理解されるべきである。層又はコーティングは、特に、厚さが均一でなければならない。
【０６９２】
コーティングは、当技術分野で知られる他の材料、例えば充填材、固着防止剤、顔料、染料、可塑剤及び／又は結合剤、例えば二酸化チタン、カオリン、炭酸カルシウム又はタルクをさらに含有することができる。
【０６９３】
塩コーティングは、少なくとも６０重量％、例えば少なくとも６５重量％、少なくとも７０重量％、少なくとも７５重量％、少なくとも８０重量％、少なくとも８５重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％又は少なくとも９９重量％の塩を含み得る。
【０６９４】
塩は、塩を完全に溶解させた塩溶液又は微粒子が１０μｍ未満若しくは５μｍ未満など、５０μｍ未満である塩懸濁液から添加され得る。
【０６９５】
塩コーティングは、単一の塩又は３種以上の塩の混合物を含み得る。塩は、水溶性であり、特に２０℃で１００ｇの水中で少なくとも０．１ｇ、好ましくは水１００ｇ当たり少なくとも０．５ｇ、例えば水１００ｇ当たり少なくとも１ｇ、例えば水１００ｇ当たり少なくとも５ｇの溶解度を有し得る。
【０６９６】
塩は、無機塩、例えば硫酸塩、亜硫酸塩、リン酸塩、ホスホン酸塩、硝酸塩、塩化物若しくは炭酸塩の塩又はクエン酸塩、マロン酸塩若しくは酢酸塩などの単純な有機酸（炭素数１０未満、例えば炭素数６以下）の塩であり得る。これらの塩のカチオンの例は、アルカリ若しくはアルカリ土類金属イオン、ナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウム、亜鉛若しくはアルミニウムなどの第一遷移金属のアンモニウムイオン又は金属イオンである。アニオンの例としては、塩化物、臭化物、ヨウ化物、硫酸塩、亜硫酸塩、重亜硫酸塩、チオ硫酸塩、リン酸塩、一塩基リン酸塩、二塩基リン酸塩、次亜リン酸塩、ピロリン酸二水素、四ホウ酸塩、ホウ酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、メタケイ酸塩、クエン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、コハク酸塩、ソルビン酸塩、乳酸塩、ギ酸塩、酢酸塩、酪酸塩、プロピオン酸塩、安息香酸塩、酒石酸塩、アスコルビン酸塩又はグルコン酸塩が挙げられる。特に、硫酸塩、亜硫酸塩、リン酸塩、ホスホン酸塩、硝酸塩、塩化物若しくは炭酸塩のアルカリ若しくはアルカリ土類金属塩又はクエン酸塩、マロン酸塩若しくは酢酸塩などの単純な有機酸の塩が使用され得る。
【０６９７】
コーティング中の塩は、２０℃で６０％超、特に７０％超、８０％超若しくは８５％超の一定湿度を有するか、又はこのような塩の別の水和物形態（例えば、無水物）であり得る。塩コーティングは、国際公開第１９９７／０５２４５号パンフレット、国際公開第１９９８／５４９８０号パンフレット、国際公開第１９９８／５５５９９号パンフレット、国際公開第２０００／７００３４号パンフレット、国際公開第２００６／０３４７１０号パンフレット、国際公開第２００８／０１７６６１号パンフレット、国際公開第２００８／０１７６５９号パンフレット、国際公開第２０００／０２０５６９号パンフレット、国際公開第２００１／００４２７９号パンフレット、国際公開第１９９７／０５２４５号パンフレット、国際公開第２０００／０１７９３号パンフレット、国際公開第２００３／０５９０８６号パンフレット、国際公開第２００３／０５９０８７号パンフレット、国際公開第２００７／０３１４８３号パンフレット、国際公開第２００７／０３１４８５号パンフレット、国際公開第２００７／０４４９６８号パンフレット、国際公開第２０１３／１９２０４３号パンフレット、国際公開第２０１４／０１４６４７号パンフレット及び国際公開第２０１５／１９７７１９号パンフレットに記載されるとおりか、又は国際公開第２００１／０００４２号パンフレットに記載されるなどのポリマーコーティングであり得る。
【０６９８】
好適な塩の具体的な例は、ＮａＣｌ（ＣＨ２０℃＝７６％）、Ｎａ２ＣＯ３（ＣＨ２０℃＝９２％）、ＮａＮＯ３（ＣＨ２０℃＝７３％）、Ｎａ２ＨＰＯ４（ＣＨ２０℃＝９５％）、Ｎａ３ＰＯ４（ＣＨ２５℃＝９２％）、ＮＨ４Ｃｌ（ＣＨ２０℃＝７９．５％）、（ＮＨ４）２ＨＰＯ４（ＣＨ２０℃＝９３，０％）、ＮＨ４Ｈ２ＰＯ４（ＣＨ２０℃＝９３．１％）、（ＮＨ４）２ＳＯ４（ＣＨ２０℃＝８１．１％）、ＫＣｌ（ＣＨ２０℃＝８５％）、Ｋ２ＨＰＯ４（ＣＨ２０℃＝９２％）、ＫＨ２ＰＯ４（ＣＨ２０℃＝９６．５％）、ＫＮＯ３（ＣＨ２０℃＝９３．５％）、Ｎａ２ＳＯ４（ＣＨ２０℃＝９３％）、Ｋ２ＳＯ４（ＣＨ２０℃＝９８％）、ＫＨＳＯ４（ＣＨ２０℃＝８６％）、ＭｇＳＯ４（ＣＨ２０℃＝９０％）、ＺｎＳＯ４（ＣＨ２０℃＝９０％）及びクエン酸ナトリウム（ＣＨ２５℃＝８６％）である。他の例としては、ＮａＨ２ＰＯ４、（ＮＨ４）Ｈ２ＰＯ４、ＣｕＳＯ４、Ｍｇ（ＮＯ３）２、酢酸マグネシウム、酢酸カルシウム、安息香酸カルシウム、炭酸カルシウム、塩化カルシウム、クエン酸カルシウム、ソルビン酸カルシウム、硫酸カルシウム、酢酸カリウム、安息香酸カリウム、炭酸カリウム、塩化カリウム、クエン酸カリウム、ソルビン酸カリウム、酢酸ナトリウム、安息香酸ナトリウム、クエン酸ナトリウム、硫酸ナトリウム、酢酸亜鉛、安息香酸亜鉛、炭酸亜鉛、塩化亜鉛、クエン酸亜鉛及びソルビン酸亜鉛が挙げられる。
【０６９９】
塩は、無水形態であり得、又は水和塩、すなわち国際公開第９９／３２５９５号パンフレットに記載されているものなど、結晶化の結合水を含む結晶塩水和物であり得る。具体例としては、無水硫酸ナトリウム（Ｎａ２ＳＯ４）、無水硫酸マグネシウム（ＭｇＳＯ４）、硫酸マグネシウム七水和物（ＭｇＳＯ４．７Ｈ２Ｏ）、硫酸亜鉛七水和物（ＺｎＳＯ４．７Ｈ２Ｏ）、リン酸ナトリウム二塩基性七水和物（Ｎａ２ＨＰＯ４．７Ｈ２Ｏ）、硝酸マグネシウム六水和物（Ｍｇ（ＮＯ３）２（６Ｈ２Ｏ））、クエン酸ナトリウム二水和物及び酢酸マグネシウム四水和物が挙げられる。
【０７００】
好ましくは、塩は、例えば、流動層を用いて塩の溶液として塗布される。
【０７０１】
ワックスコーティングは、少なくとも６０重量％、例えば少なくとも６５重量％、少なくとも７０重量％、少なくとも７５重量％、少なくとも８０重量％、少なくとも８５重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％又は少なくとも９９重量％のワックスを含み得る。
【０７０２】
ワックスの具体例は、ポリエチレングリコール類；ポリプロピレン類；カルナウバ蝋；カンデリラ蝋；蜜蝋；水素添加植物油又は獣脂、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、メチルヒドロキシプロピルセルロース（ＭＨＰＣ）、ポリビニルアルコール（ＰＶＡ）、水素添加牛脂、水素添加パーム油、水素添加綿実及び／又は水素添加ダイズ油；脂肪酸アルコール類；モノグリセリド類及び／又はジグリセリド類、例えばステアリン酸グリセリル（ここでステアリン酸塩はステアリン酸とパルミチン酸との混合物である）；微結晶性ワックス；パラフィン；及び脂肪酸、例えば水素添加直鎖長鎖脂肪酸及びその誘導体である。好ましいワックスは、パーム油又は水素添加パーム油である。
【０７０３】
顆粒は、本発明のＬＹＳポリペプチドを含むコアと、１つ以上の塩コーティングと、１つ以上のワックスコーティングとを含み得る。複数のコーティングを伴う酵素顆粒の例は、国際公開第１９９３／０７２６３号パンフレット、国際公開第１９９７／２３６０６号パンフレット及び国際公開第２０１６／１４９６３６号パンフレットに示されている。
【０７０４】
非粉塵性顆粒は、例えば、米国特許第４，１０６，９９１号明細書及び同第４，６６１，４５２号明細書に開示されるとおり作製され得、任意選択により当技術分野において知られる方法によってコーティングされ得る。コーティング材料は、蝋様コーティング材料及び薄膜形成コーティング材料であり得る。ワックスコーティング材料の例は、平均モル重量が１０００〜２００００のポリ（エチレンオキシド）製品（ポリエチレングリコール、ＰＥＧ）；１６〜５０のエチレンオキシド単位を有するエトキシル化ノニルフェノール；アルコールが１２〜２０個の炭素原子を含有し、且つ１５〜８０のエチレンオキシド単位が存在するエトキシル化脂肪アルコール；脂肪アルコール；脂肪酸；並びに脂肪酸のモノ−及びジ−及びトリグリセリドである。流動層技術による用途に好適な薄膜形成コーティング材料の例は、英国特許第１４８３５９１号明細書に記載されている。
【０７０５】
顆粒は、１つ以上の酵素をさらに含み得る。その際、各酵素がより多くの顆粒に存在して、より均一な酵素分布を確保することになり、また粒径が異なることに起因する各種酵素の物理的な分離も減少する。多酵素の共顆粒を作製する方法は、ｉｐ．ｃｏｍ開示ＩＰＣＯＭ０００２００７３９Ｄに開示されている。
【０７０６】
共顆粒の使用による酵素配合物の別の例は、国際公開第２０１３／１８８３３１号パンフレットに開示されている。
【０７０７】
本発明は、欧州特許第２３８，２１６号明細書に開示される方法に従って作製される保護酵素にも関する。
【０７０８】
したがって、さらなる態様において、本発明は、
（ａ）本発明によるリゾチーム活性を有するＬＹＳプロテアーゼを含むコア、及び
（ｂ）コアを取り囲む１つ以上の層からなるコーティング
を含む顆粒を提供する。
【０７０９】
一実施形態において、コーティングは、本明細書に記載されるとおりの塩コーティングを含む。一実施形態において、コーティングは、本明細書に記載されるとおりのワックスコーティングを含む。一実施形態において、コーティングは、本明細書に記載されるとおりの塩コーティングに続くワックスコーティングを含む。
【０７１０】
動物用飼料添加物
本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料添加物にも関する。したがって、一実施形態において、本発明は、ＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料添加物であって、
（ａ）ポリペプチドは、リゾチーム活性を有し；
（ｂ）ポリペプチドは、１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み；及び
（ｃ）ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１７０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってリゾチーム強化ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、動物用飼料添加物に関する。
【０７１１】
ある実施形態において、ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメインをさらに含み、リゾチーム強化ドメインは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される。
【０７１２】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１７５、好ましくは少なくとも１８０、より好ましくは少なくとも１８５、さらにより好ましくは少なくとも１９０、さらにより好ましくは少なくとも１９５又は最も好ましくは少なくとも２００である。ある実施形態において、ＬＥＤのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１０３、好ましくは少なくとも１０６、より好ましくは少なくとも１０９、より好ましくは少なくとも１１２、より好ましくは少なくとも１１５、より好ましくは少なくとも１１８、さらにより好ましくは少なくとも１２１又は最も好ましくは少なくとも１２４である。ｄｏｍＴスコアの好ましい組合せは、本発明の第１の態様において開示される。
【０７１３】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０７１４】
別の態様において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料添加物であって、ポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８４％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８４％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８４％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される、動物用飼料添加物に関する。
【０７１５】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０７１６】
一実施形態において、ポリペプチドは、真菌起源のものである。ある実施形態において、ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる。
【０７１７】
ある実施形態において、動物用飼料添加物中の酵素の量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。
【０７１８】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上の配合剤を含む。
【０７１９】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上の追加の酵素を含む。
【０７２０】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上のプロバイオティクスを含む。
【０７２１】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上のビタミンを含む。
【０７２２】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上のミネラルを含む。
【０７２３】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上のアミノ酸を含む。
【０７２４】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上のプレバイオティクスを含む。
【０７２５】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上の有機酸を含む。
【０７２６】
ある実施形態において、動物用飼料添加物は、好ましくは、本明細書において上記のとおりの１つ以上の植物抽出物を含む。
【０７２７】
動物用飼料
本発明は、１つ以上の本発明のリゾチームを含む動物用飼料組成物にも関する。一実施形態において、本発明は、本明細書に記載される顆粒及び植物系材料を含む動物用飼料に関する。一実施形態において、本発明は、本明細書に記載される動物用飼料添加物及び植物系材料を含む動物用飼料に関する。
【０７２８】
動物用飼料組成物又は食餌は、比較的高い含量のタンパク質を有する。家禽及びブタの食餌は、国際公開第０１／５８２７５号パンフレットの表Ｂの列２〜３に示されるとおり特徴付けることができる。魚の食餌は、この表Ｂの列４に示されるとおり特徴付けることができる。さらに、このような魚の食餌は、通常、２００〜３１０ｇ／ｋｇの粗脂肪含量を有する。
【０７２９】
本発明による動物用飼料組成物は、５０〜８００ｇ／ｋｇの粗タンパク質含量を有し、且つ少なくとも１つの本明細書で特許請求されるとおりのリゾチーム活性を有するポリペプチドをさらに含む。
【０７３０】
さらに又は（上記に示される粗タンパク質含量の）代替として、本発明の動物用飼料組成物は、１０〜３０ＭＪ／ｋｇの代謝可能エネルギー含量；及び／又は０．１〜２００ｇ／ｋｇのカルシウム含量；及び／又は０．１〜２００ｇ／ｋｇの利用可能なリン含量；及び／又は０．１〜１００ｇ／ｋｇのメチオニン含量；及び／又は０．１〜１５０ｇ／ｋｇのメチオニン＋システイン含量；及び／又は０．５〜５０ｇ／のリジン含量を有する。
【０７３１】
特定の実施形態において、代謝可能エネルギー、粗タンパク質、カルシウム、リン、メチオニン、メチオニン＋システイン及び／又はリジンの含量は、国際公開第０１／５８２７５号パンフレットの表Ｂにある範囲２、３、４又は５（Ｒ．２〜５）のいずれか１つの範囲内である。
【０７３２】
粗タンパク質は、窒素（Ｎ）に係数６．２５を乗じることにより計算され、すなわち粗タンパク質（ｇ／ｋｇ）＝Ｎ（ｇ／ｋｇ）×６．２５である。窒素含量は、ケルダール法（Ａ．Ｏ．Ａ．Ｃ．，１９８４、Ｏｆｆｉｃｉａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｏｆ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  １４ｔｈ  ｅｄ．，Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｏｆｆｉｃｉａｌ  Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  ＤＣ）によって決定される。
【０７３３】
代謝可能エネルギーは、ＮＲＣ刊行物Ｎｕｔｒｉｅｎｔ  ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ  ｉｎ  ｓｗｉｎｅ，ｎｉｎｔｈ  ｒｅｖｉｓｅｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ  １９８８，ｓｕｂｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  ｓｗｉｎｅ  ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ，ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  ａｎｉｍａｌ  ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ，  ｂｏａｒｄ  ｏｆ  ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅ，ｎａｔｉｏｎａｌ  ｒｅｓｅａｒｃｈ  ｃｏｕｎｃｉｌ．Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．，ｐｐ．２−６及びＥｕｒｏｐｅａｎ  Ｔａｂｌｅ  ｏｆ  Ｅｎｅｒｇｙ  Ｖａｌｕｅｓ  ｆｏｒ  Ｐｏｕｌｔｒｙ  Ｆｅｅｄ−ｓｔｕｆｆｓ，Ｓｐｅｌｄｅｒｈｏｌｔ  ｃｅｎｔｒｅ  ｆｏｒ  ｐｏｕｌｔｒｙ  ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  ｅｘｔｅｎｓｉｏｎ，７３６１  ＤＡ  Ｂｅｅｋｂｅｒｇｅｎ，Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ．Ｇｒａｆｉｓｃｈ  ｂｅｄｒｉｊｆ  Ｐｏｎｓｅｎ＆ｌｏｏｉｊｅｎ  ｂｖ，Ｗａｇｅｎｉｎｇｅｎ．ＩＳＢＮ  ９０−７１４６３−１２−５に基づいて計算することができる。
【０７３４】
完全動物食餌中のカルシウム、利用可能リン及びアミノ酸の食餌含量は、Ｖｅｅｖｏｅｄｅｒｔａｂｅｌ  １９９７，ｇｅｇｅｖｅｎｓ  ｏｖｅｒ  ｃｈｅｍｉｓｃｈｅ  ｓａｍｅｎｓｔｅｌｌｉｎｇ，ｖｅｒｔｅｅｒｂａａｒｈｅｉｄ  ｅｎ  ｖｏｅｄｅｒｗａａｒｄｅ  ｖａｎ  ｖｏｅｄｅｒｍｉｄｄｅｌｅｎ，Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｖｅｅｖｏｅｄｅｒｂｕｒｅａｕ，Ｒｕｎｄｅｒｗｅｇ  ６，８２１９  ｐｋ  Ｌｅｌｙｓｔａｄ．ＩＳＢＮ  ９０−７２８３９−１３−７などの飼料表に基づいて計算される。
【０７３５】
特定の実施形態において、本発明の動物用飼料組成物は、上で定義されるとおりの少なくとも１つの植物性タンパク質を含有する。
【０７３６】
本発明の動物用飼料組成物は、肉骨粉、羽毛粉及び／又は魚粉などの動物性タンパク質を通常０〜２５％の量で含有することもできる。本発明の動物用飼料組成物は、可溶成分を含む乾燥蒸留穀物（ＤＤＧＳ）を通常０〜３０％の量で含むこともできる。
【０７３７】
またさらなる特定の実施形態において、本発明の動物用飼料組成物は、０〜８０％トウモロコシ；及び／又は０〜８０％モロコシ；及び／又は０〜７０％コムギ；及び／又は０〜７０％オオムギ；及び／又は０〜３０％カラスムギ；及び／又は０〜４０％ダイズミール；及び／又は０〜２５％魚粉；及び／又は０〜２５％肉骨粉；及び／又は０〜２０％乳清を含有する。
【０７３８】
動物用飼料は、植物性タンパク質を含み得る。特定の実施形態において、植物性タンパク質のタンパク質含量は、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０又は９０％（ｗ／ｗ）である。植物性タンパク質は、マメ科植物及び穀類、例えばマメ科（Ｆａｂａｃｅａｅ）（マメ科（Ｌｅｇｕｍｉｎｏｓａｅ））、アブラナ科（Ｃｒｕｃｉｆｅｒａｃｅａｅ）、アカザ科（Ｃｈｅｎｏｐｏｄｉａｃｅａｅ）及びイネ科（Ｐｏａｃｅａｅ）の植物からの材料、例えばダイズミール、ルピナスミール、ナタネミール及びこれらの組合せなどの植物性タンパク質供給源に由来し得る。
【０７３９】
特定の実施形態において、植物性タンパク質供給源は、マメ科（Ｆａｂａｃｅａｅ）の１つ以上の植物からの材料、例えばダイズ、ルピナス、エンドウマメ又はマメである。別の特定の実施形態において、植物性タンパク質供給源は、アカザ科（Ｃｈｅｎｏｐｏｄｉａｃｅａｅ）の１つ以上の植物からの材料、例えばテンサイ、サトウダイコン、ホウレンソウ又はキノアである。植物性タンパク質供給源の他の例は、ナタネ及びキャベツである。別の特定の実施形態において、ダイズは、好ましい植物性タンパク質供給源である。植物性タンパク質供給源の他の例は、オオムギ、コムギ、ライムギ、エンバク、トウモロコシ（コーン）、イネ及びモロコシなどの穀類である。
【０７４０】
動物の食餌は、例えばマッシュ飼料（非ペレット状）又はペレット状飼料として製造することができる。通常、粉砕飼料原料が混合され、目的の種に関する規格に従って十分な量の必須ビタミン及びミネラルが加えられる。酵素は、固体又は液体酵素配合物として加えることができる。例えば、マッシュ飼料について、固体又は液体酵素配合物は、原料混合工程前又はその間に加えられ得る。ペレット状飼料について、（液体又は固体）リゾチーム／酵素調製物も飼料原料工程前又はその間に加えられ得る。通常、液体リゾチーム／酵素調製物は、本発明のリゾチーム活性を有するポリペプチドを任意選択によりグリセロール、エチレングリコール又はプロピレングリコールなどのポリオールと共に含み、液体配合物をペレットに噴霧することによるなど、ペレット化工程後に加えられる。酵素も飼料添加物又はプレミックスに取り込まれ得る。
【０７４１】
或いは、リゾチーム活性を有するポリペプチドは、粉末ダイズミールなどの増量剤との液体酵素溶液の混合物を冷凍し、続いてその混合物を凍結乾燥することにより調製され得る。
【０７４２】
食餌中の最終的な酵素濃度は、食餌１ｋｇ当たり０．０１〜２００ｍｇの酵素タンパク質、好ましくは０．０５〜１００ｍｇ／ｋｇ食餌、より好ましくは０．１〜５０ｍｇ、さらにより好ましくは動物の食餌１ｋｇ当たり０．２〜２０ｍｇの酵素タンパク質の範囲内である。
【０７４３】
現在、酵素は、以下の量（投与量範囲）：０．０１〜２００；０．０５〜１００；０．１〜５０；０．２〜２０；０．１〜１；０．２〜２；０．５〜５；又は１〜１０（−  これらの範囲は、全て飼料１ｋｇ当たりのＬＹＳポリペプチドタンパク質のｍｇ（ｐｐｍ）である）の１つ以上で投与されることが企図される。
【０７４４】
飼料１ｋｇ当たりのＬＹＳポリペプチドタンパク質のｍｇを決定するために、ＬＹＳポリペプチドが飼料組成物から精製され、適切なアッセイを用いて精製ＬＹＳポリペプチドの比活性が決定される（リゾチーム活性の項を参照されたい）。したがって、飼料組成物のリゾチーム活性も同じアッセイを用いて決定され、これらの２つの決定に基づいて、飼料１ｋｇ当たりのリゾチームタンパク質のｍｇにおける投与量が計算される。
【０７４５】
特定の実施形態において、本発明の動物用飼料添加物は、動物の食餌又は飼料中に０．０１〜１０．０％；より詳細には０．０５〜５．０％；又は０．２〜１．０％（％は１００ｇの飼料当たりの添加物のｇを意味する）のレベルで含まれることが意図される（又は含まれる必要があると規定される）。したがって、これは、特にプレミックス用である。
【０７４６】
同じ原則が飼料添加物中のＬＹＳポリペプチドタンパク質のｍｇの決定に適用される。当然のことながら、飼料添加物又は飼料を調製するために使用されるＬＹＳポリペプチドの試料が利用可能である場合、比活性は、この試料から決定される（飼料組成物又は添加物からＬＹＳポリペプチドを精製する必要はない）。
【０７４７】
したがって、さらなる態様において、本発明は、リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチド及び植物系材料を含む動物用飼料にも関する。別の態様において、本発明は、本発明の動物用飼料添加物（本明細書において上記のとおり）及び植物系材料を含む動物用飼料にも関する。
【０７４８】
一実施形態において、本発明は、植物系材料及びＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料であって、ポリペプチドは、（ａ）リゾチーム活性を有し、且つ（ｂ）１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、動物用飼料に関する。
【０７４９】
ある実施形態において、ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメインをさらに含み、リゾチーム強化ドメインは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、リゾチームを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される。
【０７５０】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１７５、好ましくは少なくとも１８０、より好ましくは少なくとも１８５、さらにより好ましくは少なくとも１９０、さらにより好ましくは少なくとも１９５又は最も好ましくは少なくとも２００である。ある実施形態において、ＬＥＤのｄｏｍＴスコアは、少なくとも１０３、好ましくは少なくとも１０６、より好ましくは少なくとも１０９、より好ましくは少なくとも１１２、より好ましくは少なくとも１１５、より好ましくは少なくとも１１８、さらにより好ましくは少なくとも１２１又は最も好ましくは少なくとも１２４である。ｄｏｍＴスコアの好ましい組合せは、本発明の第１の態様において開示される。
【０７５１】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０７５２】
別の態様において、本発明は、植物系材料及びリゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料であって、ポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８４％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８４％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８４％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも９０％又は少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される、動物用飼料に関する。
【０７５３】
ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。ある実施形態において、ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み、ＬＥＤは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）を含む。
【０７５４】
一実施形態において、ポリペプチドは、真菌起源のものである。ある実施形態において、ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる。
【０７５５】
ある実施形態において、植物系材料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０７５６】
さらなる実施形態において、動物用飼料は、ペレット化されている。
【０７５７】
追加の酵素
別の実施形態において、本明細書に記載される組成物は、任意選択により１つ以上の酵素を含む。酵素は、ＮＣ−ＩＵＢＭＢ，１９９２）からのハンドブックＥｎｚｙｍｅ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅに基づいて分類することができ、インターネット：ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｃｈ／ｅｎｚｙｍｅ／のＥＮＺＹＭＥサイトも参照されたい。ＥＮＺＹＭＥは、酵素の命名法に関する情報のリポジトリである。これは、主として国際生化学分子生物学連合（ＩＵＢ−ＭＢ）の命名法委員会、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，１９９２の勧告に基づき、ＥＣ（酵素委員会）番号が付与された特徴付けられている各種酵素について記載している（Ｂａｉｒｏｃｈ  Ａ．Ｔｈｅ  ＥＮＺＹＭＥ  ｄａｔａｂａｓｅ，２０００，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ２８：３０４−３０５）。このＩＵＢ−ＭＢ酵素命名法は、その基質特異性に基づき、且つ場合によりその分子機構に基づき；このような分類は、これらの酵素の構造的特徴を反映しない。
【０７５８】
エンドグルカナーゼ、キシラナーゼ、ガラクタナーゼ、マンナナーゼ、デキストラナーゼ、リゾチーム及びガラクトシダーゼなどのある種のグリコシドヒドロラーゼ酵素の別の分類は、Ｈｅｎｒｉｓｓａｔ  ｅｔ  ａｌ，“Ｔｈｅ  ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ−ａｃｔｉｖｅ  ｅｎｚｙｍｅｓ  ｄａｔａｂａｓｅ（ＣＡＺｙ）  ｉｎ  ２０１３”，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．（１  Ｊａｎｕａｒｙ  ２０１４）４２（Ｄ１）：Ｄ４９０−Ｄ４９５に記載されている；ｗｗｗ．ｃａｚｙ．ｏｒｇも参照されたい。
【０７５９】
したがって、本発明の組成物は、フィターゼ（ＥＣ３．１．３．８又は３．１．３．２６）；キシラナーゼ（ＥＣ３．２．１．８）；ガラクタナーゼ（ＥＣ３．２．１．８９）；α−ガラクトシダーゼ（ＥＣ３．２．１．２２）；プロテアーゼ（ＥＣ３．４）；ホスホリパーゼＡ１（ＥＣ３．１．１．３２）；ホスホリパーゼＡ２（ＥＣ３．１．１．４）；リゾホスホリパーゼ（ＥＣ３．１．１．５）；ホスホリパーゼＣ（３．１．４．３）；ホスホリパーゼＤ（ＥＣ３．１．４．４）；例えば、α−アミラーゼ（ＥＣ３．２．１．１）などのアミラーゼ；アラビノフラノシダーゼ（ＥＣ３．２．１．５５）；β−キシロシダーゼ（ＥＣ３．２．１．３７）；アセチルキシランエステラーゼ（ＥＣ３．１．１．７２）；フェルロイルエステラーゼ（ＥＣ３．１．１．７３）；セルラーゼ（ＥＣ３．２．１．４）；セロビオヒドロラーゼ（ＥＣ３．２．１．９１）；β−グルコシダーゼ（ＥＣ３．２．１．２１）；プルラナーゼ（ＥＣ３．２．１．４１）、α−マンノシダーゼ（ＥＣ３．２．１．２４）、マンナナーゼ（ＥＣ３．２．１．２５）及びβ−グルカナーゼ（ＥＣ３．２．１．４又はＥＣ３．２．１．６）又はこれらの任意の混合物を含む群から選択される少なくとも１つの他の酵素も含み得る。
【０７６０】
特定の実施形態において、本発明の組成物は、フィターゼ（ＥＣ３．１．３．８又は３．１．３．２６）を含む。市販のフィターゼの例としては、Ｂｉｏ−Ｆｅｅｄ（商標）Ｐｈｙｔａｓｅ（Ｎｏｖｏｚｙｍｅｓ）、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）Ｐ、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）ＮＰ及びＲｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）ＨｉＰｈｏｓ（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）、Ｎａｔｕｐｈｏｓ（商標）（ＢＡＳＦ）、Ｎａｔｕｐｈｏｓ（商標）Ｅ（ＢＡＳＦ）、Ｆｉｎａｓｅ（登録商標）及びＱｕａｎｔｕｍ（登録商標）Ｂｌｕｅ（ＡＢ  Ｅｎｚｙｍｅｓ）、ＯｐｔｉＰｈｏｓ（登録商標）（Ｈｕｖｅｐｈａｒｍａ）、ＡｖｅＭｉｘ（登録商標）Ｐｈｙｔａｓｅ（Ａｖｅｖｅ  Ｂｉｏｃｈｅｍ）、Ｐｈｙｚｙｍｅ（登録商標）ＸＰ（Ｖｅｒｅｎｉｕｍ／ＤｕＰｏｎｔ）及びＡｘｔｒａ（登録商標）ＰＨＹ（ＤｕＰｏｎｔ）が挙げられる。他の好ましいフィターゼとしては、例えば、国際公開第９８／２８４０８号パンフレット、国際公開第００／４３５０３号パンフレット及び国際公開第０３／０６６８４７号パンフレットに記載されるものが挙げられる。
【０７６１】
特定の実施形態において、本発明の組成物は、キシラナーゼ（ＥＣ３．２．１．８）を含む。市販のキシラナーゼの例としては、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）ＷＸ（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）、Ｅｃｏｎａｓｅ（登録商標）ＸＴ及びＢａｒｌｅｙ（ＡＢ  Ｖｉｓｔａ）、Ｘｙｌａｔｈｉｎ（登録商標）（Ｖｅｒｅｎｉｕｍ）、Ｈｏｓｔａｚｙｍ（登録商標）Ｘ（Ｈｕｖｅｐｈａｒｍａ）、Ａｘｔｒａ（登録商標）ＸＢ（キシラナーゼ／β−グルカナーゼ、ＤｕＰｏｎｔ）及びＡｘｔｒａ（登録商標）ＸＡＰ（キシラナーゼ／アミラーゼ／プロテアーゼ、ＤｕＰｏｎｔ）、ＡｖｅＭｉｘ（登録商標）ＸＧ  １０（キシラナーゼ／グルカナーゼ）及びＡｖｅＭｉｘ（登録商標）０２  ＣＳ（キシラナーゼ／グルカナーゼ／ペクチナーゼ、Ａｖｅｖｅ  Ｂｉｏｃｈｅｍ）及びＮａｔｕｒｇｒａｉｎ（ＢＡＳＦ）が挙げられる。
【０７６２】
特定の実施形態において、本発明の組成物は、プロテアーゼ（ＥＣ３．４）を含む。市販のプロテアーゼの例としては、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）ＰｒｏＡｃｔ（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）が挙げられる。
【０７６３】
特定の実施形態において、本発明の組成物は、α−アミラーゼ（ＥＣ３．２．１．１）を含む。市販のα−アミラーゼの例としては、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）Ａ及びＲＯＮＯＺＹＭＥ（登録商標）ＲｕｍｉＳｔａｒ（商標）（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）が挙げられる。
【０７６４】
一実施形態において、本発明の組成物は、ＦＲＡ（登録商標）Ｏｃｔａｚｙｍｅ（Ｆｒａｍｅｌｃｏ）、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）Ｇ２、Ｒｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）ＶＰ及びＲｏｎｏｚｙｍｅ（登録商標）ＭｕｌｔｉＧｒａｉｎ（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）、Ｒｏｖａｂｉｏ（登録商標）Ｅｘｃｅｌ又はＲｏｖａｂｉｏ（登録商標）Ａｄｖａｎｃｅ（Ａｄｉｓｓｅｏ）などの多成分酵素製品を含む。
【０７６５】
ユーバイオティクス
ユーバイオティクスは、胃腸管内の健常なミクロフローラのバランスをもたらすように設計される化合物である。ユーバイオティクスは、以下にさらに詳細に記載されるプロバイオティクス、プレバイオティクス、植物抽出物（精油）及び有機酸など、いくつかの異なる飼料添加物を包含する。
【０７６６】
プロバイオティクス
ある実施形態において、動物用飼料組成物は、１つ以上の追加のプロバイオティクスをさらに含む。特定の実施形態において、動物用飼料組成物は、以下の属：ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ）、カルノバクテリウム属（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）及びメガスフェラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）の１つ以上からの細菌又はこれらの任意の組合せをさらに含む。
【０７６７】
好ましい実施形態において、動物用飼料組成物は、以下の株：バチルス・サブティルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ポリミクサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・コアギュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サーキュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス属種（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ）及びペディオコッカス属種（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ）、ビフィドバクテリウム属種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｓｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ファルシミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス亜種アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｓｓｐ．ａｎｉｍａｌｉｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス亜種サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ  ｓｓｐ．ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、メガスフェラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ  ｓｐ）の１つ以上からの細菌をさらに含む。
【０７６８】
より好ましい実施形態において、組成物、動物用飼料添加物又は動物用飼料は、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）の以下の株：３Ａ−Ｐ４（ＰＴＡ−６５０６）、１５Ａ−Ｐ４（ＰＴＡ−６５０７）、２２Ｃ−Ｐ１（ＰＴＡ−６５０８）、２０８４（ＮＲＲＬ  Ｂ−５００１３０）、ＬＳＳＡ０１（ＮＲＲＬ−Ｂ−５０１０４）、ＢＳ２７（ＮＲＲＬ  Ｂ−５０１  ０５）、ＢＳ  １８（ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６３３）、ＢＳ  ２７８（ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６３４）、ＤＳＭ  ２９８７０、ＤＳＭ  ２９８７１、ＤＳＭ  ３２３１５、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０１３６、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６０５、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６０６、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６２２及びＰＴＡ−７５４７の１つ以上からの細菌をさらに含む。
【０７６９】
より好ましい実施形態において、組成物、動物用飼料添加物又は動物用飼料は、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）の以下の株：ＮＲＲＬ  Ｂ−５００１６、ＡＴＣＣ  ７００３８５、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０８８５又はＮＲＲＬ  Ｂ−５０８８６の１つ以上からの細菌をさらに含む。
【０７７０】
より好ましい実施形態において、組成物、動物用飼料添加物又は動物用飼料は、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｆｏｒｍｉｓ）の以下の株：ＮＲＲＬ  Ｂ  ５００１５、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６２１又はＮＲＲＬ  Ｂ−５０６２３の１つ以上からの細菌をさらに含む。
【０７７１】
より好ましい実施形態において、組成物、動物用飼料添加物又は動物用飼料は、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）の以下の株：ＤＳＭ  ２９８６９、ＤＳＭ  ２９８６９、ＮＲＲＬ  Ｂ  ５０６０７、ＰＴＡ−７５４３、ＰＴＡ−７５４９、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０３４９、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０６０６、ＮＲＲＬ  Ｂ−５００１３、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０１５１、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０１４１、ＮＲＲＬ  Ｂ−５０１４７又はＮＲＲＬ  Ｂ−５０８８８の１つ以上からの細菌をさらに含む。
【０７７２】
動物用飼料組成物中の細菌株の各々の細菌数は、１×１０４〜１×１０１４ＣＦＵ／乾燥物質ｋｇ、好ましくは１×１０６〜１×１０１２ＣＦＵ／乾燥物質ｋｇ及びより好ましくは１×１０７〜１×１０１１ＣＦＵ／乾燥物質ｋｇである。より好ましい実施形態において、動物用飼料組成物中の細菌株の各々の細菌数は、１×１０８〜１×１０１０ＣＦＵ／乾燥物質ｋｇである。
【０７７３】
動物用飼料組成物中の細菌株の各々の細菌数は、１×１０５〜１×１０１５ＣＦＵ／動物／日、好ましくは１×１０７〜１×１０１３ＣＦＵ／動物／日及びより好ましくは１×１０８〜１×１０１２ＣＦＵ／動物／日である。より好ましい実施形態において、動物用飼料組成物中の細菌株の各々の細菌数は、１×１０９〜１×１０１１ＣＦＵ／動物／日である。一実施形態において、プロバイオティクスの量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。
【０７７４】
別の実施形態において、１つ以上の細菌株は、安定した胞子の形態で存在する。
【０７７５】
市販の製品の例は、Ｃｙｌａｃｔｉｎ（登録商標）（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）、Ａｌｔｅｒｉｏｎ（Ａｄｉｓｓｅｏ）、Ｅｎｖｉｖａ  ＰＲＯ（ＤｕＰｏｎｔ  Ａｎｉｍａｌ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）、Ｓｙｎｃｒａ（登録商標）（ミックス酵素＋プロバイオティクス、ＤｕＰｏｎｔ  Ａｎｉｍａｌ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）、Ｅｃｏｂｉｏｌ（登録商標）及びＦｅｃｉｎｏｒ（登録商標）（Ｎｏｒｅｌ／Ｅｖｏｎｉｋ）及びＧｕｔＣａｒｅ（登録商標）ＰＹ１（Ｅｖｏｎｉｋ）である。
【０７７６】
プレバイオティクス
プレバイオティクスは、宿主の良好な状態に寄与する微生物（例えば、細菌及び真菌）の増殖又は活性を誘導する物質である。プレバイオティクスは、通常、胃腸管の上部を消化されずに通過し、大腸に定着する有利な細菌の増殖又は活性を、それらのための基質として作用することにより刺激する難消化性繊維化合物である。通常、プレバイオティクスは、胃腸管内のビフィズス菌及び乳酸菌の数又は活性を増加させる。
【０７７７】
酵母派生物（不活化全酵母又は酵母細胞壁）もプレバイオティクスと見なすことができる。それらは、マンナンオリゴ糖、酵母βグルカン又はタンパク質内容物を含むことが多く、通常、酵母、サッカロマイセス・セレビシエ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）の細胞壁に由来する。
【０７７８】
一実施形態において、プレバイオティクスの量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。酵母製品の例は、Ｙａｎｇ（登録商標）及びＡｇｒｉｍｏｓ（Ｌａｌｌｅｍａｎｄ  Ａｎｉｍａｌ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）である。
【０７７９】
植物抽出物
植物抽出物は、ハーブ、香辛料又は他の植物に由来する、飼料添加物として使用される天然の成長促進物質又は非抗生物質系成長促進物質の群である。植物抽出物は、精油／抽出物から調製される単一の物質、精油／抽出物、単一の植物及び植物の混合物（ハーブ生成物）又は精油／抽出物／植物の混合物（特殊化された生成物）であり得る。
【０７８０】
植物抽出物の例は、ローズマリー、セージ、オレガノ、タイム、チョウジ及びレモングラスである。精油の例は、チモール、オイゲノール、メタクレゾール、バニリン、サリチル酸塩、レゾルシン、グアイアコール、ギンゲロール、ラベンダー油、イオノン類、イロン、ユーカリプトール、メントール、ハッカ油、α−ピネン；リモネン、アネトール、リナロール、ジヒドロジャスモン酸メチル、カルバクロール、プロピオン酸／プロピオン酸塩、酢酸／酢酸塩、酪酸／酪酸塩、ローズマリー油、チョウジ油、ゲラニオール、テルピネオール、シトロネロール、アミル及び／又はサリチル酸ベンジル、シンナムアルデヒド、植物性ポリフェノール（タンニン）、ターメリック並びにウコン抽出物である。
【０７８１】
一実施形態において、植物抽出物の量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。市販の製品の例は、Ｃｒｉｎａ（登録商標）（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）；Ｃｉｎｅｒｇｙ（商標）、Ｂｉａｃｉｄ（商標）、ＰｒｏＨａｃｉｄ（商標）Ｃｌａｓｓｉｃ及びＰｒｏＨａｃｉｄ（商標）Ａｄｖａｎｃｅ（商標）（全てＰｒｏｍｉｖｉ／Ｃａｒｇｉｌｌ）及びＥｎｖｉｖｏ  ＥＯ（ＤｕＰｏｎｔ  Ａｎｉｍａｌ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）である。
【０７８２】
有機酸
有機酸（Ｃ１〜Ｃ７）は、植物又は動物組織の通常の構成要素として自然界に広く分布している。それらは、主に大腸内の炭水化物の微生物発酵を通しても形成される。それらは、ニワトリの壊死性腸炎及び子ブタの大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）感染のような、腸の問題に対する予防効果を有するため、ブタ及び家禽生産において抗生物質系成長促進物質の代用品として使用されることが多い。有機酸は、単一成分又は通常２種若しくは３種の異なる有機酸の混合物として販売され得る。有機酸の例は、プロピオン酸、ギ酸、クエン酸、乳酸、ソルビン酸、リンゴ酸、酢酸、フマル酸、安息香酸、酪酸及び酒石酸又はそれらの塩（通常、二ギ酸カリウム又は酪酸ナトリウムなどのナトリウム塩又はカリウム塩）である。
【０７８３】
一実施形態において、有機酸の量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。市販の製品の例は、ＶｅｖｏＶｉｔａｌｌ（登録商標）（ＤＳＭ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎａｌ  Ｐｒｏｄｕｃｔｓ）、Ａｍａｓｉｌ（登録商標）、Ｌｕｐｒｉｓｉｌ（登録商標）、Ｌｕｐｒｏ−Ｇｒａｉｎ（登録商標）、Ｌｕｐｒｏ−Ｃｉｄ（登録商標）、Ｌｕｐｒｏ−Ｍｉｘ（登録商標）（ＢＡＳＦ）、ｎ−Ｂｕｔｙｒｉｃ  Ａｃｉｄ  ＡＦ（ＯＸＥＡ）及びＡｄｉｍｉｘ  Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ（Ｎｕｔｒｉａｄ）である。
【０７８４】
プレミックス
本明細書で上に例示されるとおりの飼料添加物の組成物の動物用飼料、例えば家禽飼料への取り込みは、実際には濃縮物又はプレミックスを使用して行われる。プレミックスは、１つ以上の微量原料と希釈剤及び／又は担体との好ましくは均一な混合物を意味する。プレミックスは、より大量の混合物中における微量原料の一様な分布を促進するために用いられる。本発明によるプレミックスは、飼料原料又は飲用水に固体として（例えば、水溶性粉末として）又は液体として加えることができる。
【０７８５】
アミノ酸
本発明の組成物は、１つ以上のアミノ酸をさらに含み得る。動物用飼料中に使用されるアミノ酸の例は、リジン、アラニン、β−アラニン、スレオニン、メチオニン及びトリプトファンである。一実施形態において、アミノ酸の量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。
【０７８６】
ビタミン及びミネラル
別の実施形態において、動物用飼料は、１つ以上の脂溶性ビタミン及び／又は１つ以上の水溶性ビタミンなど、１つ以上のビタミンを含み得る。別の実施形態において、動物用飼料は、任意選択により、１つ以上の微量ミネラル及び／又は１つ以上の大量のミネラルなど、１つ以上のミネラルを含み得る。
【０７８７】
通常、脂溶性及び水溶性ビタミン並びに微量ミネラルは、飼料への添加が意図されるいわゆるプレミックスの一部を形成する一方、多量ミネラルは、通常、飼料に別々に添加される。
【０７８８】
脂溶性ビタミンの非限定的な例としては、ビタミンＡ、ビタミンＤ３、ビタミンＥ及びビタミンＫ、例えばビタミンＫ３が挙げられる。
【０７８９】
水溶性ビタミンの非限定的な例としては、ビタミンＣ、ビタミンＢ１２、ビオチン及びコリン、ビタミンＢ１、ビタミンＢ２、ビタミンＢ６、ナイアシン、葉酸及びパントテン酸、例えばＣａ−Ｄ−パントテン酸が挙げられる。
【０７９０】
微量ミネラルの非限定的な例としては、ホウ素、コバルト、塩化物、クロム、銅、フッ化物、ヨウ素、鉄、マンガン、モリブデン、ヨウ素、セレン及び亜鉛が挙げられる。
【０７９１】
多量ミネラルの非限定的な例としては、カルシウム、マグネシウム、リン、カリウム及びナトリウムが挙げられる。
【０７９２】
一実施形態において、ビタミンの量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。一実施形態において、ミネラルの量は、組成物の重量を基準として０．００１％〜１０％である。
【０７９３】
これらの成分の（家禽及び子ブタ／ブタにより例示される）栄養所要量は、国際公開第０１／５８２７５号パンフレットの表Ａに挙げられている。栄養所要量とは、これらの成分が指定の濃度で食餌に供給される必要があることを意味する。
【０７９４】
代替として、本発明の動物用飼料添加物は、国際公開第０１／５８２７５号パンフレットの表Ａに指定される個別の成分の少なくとも１つを含む。少なくとも１つとは、１つ、又は２つ、又は３つ、又は４つなど、全てで最大１３又は全てで最大１５の個別の成分のいずれか、１つ又は２つ以上を意味する。より具体的には、この少なくとも１つの個別の成分は、表Ａの第４列、又は第５列、又は第６列に示される範囲内の飼料中濃度を提供するような量で本発明の添加物に含まれる。
【０７９５】
さらに別の実施形態において、本発明の動物用飼料添加物は、以下のビタミンの少なくとも１つを含み、好ましくは以下の表１に指定される範囲内の飼料中濃度を（それぞれ子ブタの食餌及びブロイラーの食餌について）提供する。
【０７９６】
【表２】
2020519253.tif 000003
【０７９７】
他の飼料原料
本発明の組成物は、着色剤、安定剤、成長向上添加物及びアロマ化合物／香味剤、多価不飽和脂肪酸（ＰＵＦＡ）；活性酸素発生種、抗酸化剤、抗菌ペプチド、抗真菌ポリペプチド及びマイコトキシン管理化合物をさらに含み得る。
【０７９８】
着色剤の例は、β−カロチン、アスタキサンチン及びルテインなどのカロテノイド類である。
【０７９９】
アロマ化合物／香味剤の例は、クレオソール、アネトール、デカラクトン、ウンデカラクトン及び／又はドデカラクトン、イオノン類、イロン、ギンゲロール、ピペリジン、プロピリデンフタライド（ｐｒｏｐｙｌｉｄｅｎｅ  ｐｈａｔａｌｉｄｅ）、ブチリデンフタライド（ｂｕｔｙｌｉｄｅｎｅ  ｐｈａｔａｌｉｄｅ）、カプサイシン及びタンニンである。
【０８００】
抗菌ペプチド（ＡＭＰ）の例は、国際公開第０３／０４４０４９号パンフレット及び国際公開第０３／０４８１４８号パンフレットに開示される化合物及びポリペプチドを含む、ＣＡＰ１８、ロイコシンＡ（Ｌｅｕｃｏｃｉｎ  Ａ）、トリトルプチシン、プロテグリン−１、タナチン、デフェンシン、ラクトフェリン、ラクトフェリシン及びノビスピリン（Ｒｏｂｅｒｔ  Ｌｅｈｒｅｒ，２０００）などのオビスピリン、プレクタシン類及びスタチン類並びに抗菌活性を保持する上記の変異体又は断片である。
【０８０１】
抗真菌ポリペプチド（ＡＦＰ）の例は、国際公開第９４／０１４５９号パンフレット及び国際公開第０２／０９０３８４号パンフレットに開示されるとおりの、アスペルギルス・ギガンテウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｇｉｇａｎｔｅｕｓ）及びアスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）ペプチド並びに抗真菌活性を保持するその変異体及び断片である。
【０８０２】
多価不飽和脂肪酸の例は、アラキドン酸、ドコサヘキサエン酸（ｄｏｃｏｓｏｈｅｘａｅｎｏｉｃ  ａｃｉｄ）、エイコサペンタエン酸及びγ−リノール酸など、Ｃ１８、Ｃ２０及びＣ２２多価不飽和脂肪酸である。
【０８０３】
活性酸素発生種の例は、過ホウ酸塩、過硫酸塩又は過炭酸塩などの化学物質；及びオキシダーゼ、オキシゲナーゼ又はシンテターゼ（ｓｙｎｔｅｔｈａｓｅ）などの酵素である。
【０８０４】
抗酸化剤を使用して、発生し得る活性酸素種の数を制限して、活性酸素種レベルを抗酸化剤と均衡させることができる。
【０８０５】
動物用飼料中にデオキシニバレノール、アフラトキシン、ゼアラレノン及びフモニシンなどのマイコトキシンが見出される場合があり、負の動物性能又は病気をもたらし得る。マイコトキシンの失活によるか、又はマイコトキシンの結合によるなどしてマイコトキシンレベルを管理することができる化合物を飼料に添加して、これらの負の効果を改善することができる。マイコトキシン管理化合物の例は、Ｖｉｔａｆｉｘ（登録商標）、Ｖｉｔａｆｉｘ  Ｕｌｔｒａ（Ｎｕｓｃｉｅｎｃｅ）、Ｍｙｃｏｆｉｘ（登録商標）、Ｍｙｃｏｆｉｘ（登録商標）Ｓｅｃｕｒｅ、ＦＵＭｚｙｍｅ（登録商標）、Ｂｉｏｍｉｎ（登録商標）ＢＢＳＨ、Ｂｉｏｍｉｎ（登録商標）ＭＴＶ（Ｂｉｏｍｉｎ）、Ｍｏｌｄ−Ｎｉｌ（登録商標）、Ｔｏｘｙ−Ｎｉｌ（登録商標）及びＵｎｉｋｅ（登録商標）Ｐｌｕｓ（Ｎｕｔｒｉａｄ）である。
【０８０６】
使用
動物用飼料における使用
本発明のＬＹＳポリペプチドは、動物用飼料でも使用され得、ここで、用語「動物」は、ヒトを除く全ての動物を指す。動物の例は、単胃動物、例えばブタ又はイノシシ（限定されないが、子ブタ、成長期ブタ及び雌ブタを含む）；家禽（限定されないが、家禽、シチメンチョウ、アヒル、ウズラ、ホロホロチョウ、ガチョウ、ハト、雛鳥、ニワトリ、ブロイラー、産卵鶏、若雌鶏及びヒヨコを含む）；魚類（限定されないが、ブリ、ピラルクー、バルブ、バス、アミキリ、ボカチコ、ブリーム、カジカ、コロソマ、コイ、ナマズ、カトラ、サバヒー、チャー、シクリッド、スギ、タラ、クラッピー、ヨーロッパヘダイ、ニベ、ウナギ、ハゼ、キンギョ、グーラミ、ハタ、グァポート、オヒョウ、ジャワ、ラベオ、イケカツオ、ドジョウ、サバ、ミルクフィッシュ、クロサギ、マッドフィッシュ、ボラ、パコ、パールスポット、ペヘレイ、パーチ、カワカマス、ポンパーノ、ローチ、サケ、ヒゲナガヒレナマズ、ソーガー、シーバス、タイ、シャイナー、カワアナゴ、スネークヘッド、フエダイ、アカメ、シタビラメ、アイゴ、チョウザメ、マンボウ、アユ、テンチ、テラー、テラピア、マス、マグロ、ターボット、シロマス、ウォールアイ及びホワイトフィッシュを含む）；並びに甲殻類（限定されないが、小エビ及びクルマエビを含む）である。
【０８０７】
本発明による使用において、ＬＹＳポリペプチドは、食餌前、その後又はそれと同時に動物に与えられ得る。後者が好ましい。
【０８０８】
特定の実施形態において、ＬＹＳポリペプチドが飼料に添加されるか、又は飼料添加物に含まれる場合の形態は、明確に定義される。明確に定義されるとは、ＬＹＳポリペプチド調製物が、サイズ排除クロマトグラフィーによって決定される場合に少なくとも５０％の純度であることを意味する（国際公開第０１／５８２７５号パンフレットの実施例１２を参照されたい）。他の特定の実施形態において、ＬＹＳポリペプチド調製物は、この方法によって決定される場合に少なくとも６０、７０、８０、８５、８８、９０、９２、９４又は少なくとも９５％の純度である。
【０８０９】
明確に定義されたＬＹＳポリペプチド調製物が有利である。例えば、他のリゾチームを本質的に妨害又は汚染しないＬＹＳポリペプチドを飼料に正確に投与することは、はるかに容易である。正確に投与するという用語は、特に、一貫して一定の結果を得る目的及び所望の効果に基づいて投与量を最適化する能力を指す。
【０８１０】
しかしながら、動物用飼料における使用に関して、ＬＹＳポリペプチドが純粋である必要はない。例えば、それは、他の酵素を含み得、その場合、それは、ＬＹＳポリペプチド調製物と称され得る。
【０８１１】
ＬＹＳポリペプチド調製物は、（ａ）飼料に直接添加され得るか、又は（ｂ）続いて飼料に添加される（又は処理過程で使用される）飼料添加物又はプレミックスなどの１つ以上の中間組成物の生産において使用され得る。上記の純度は、上記の（ａ）又は（ｂ）のいずれに従って使用されるかに関わらず、元のＬＹＳポリペプチド調製物の純度を指す。
【０８１２】
動物性能を向上させる方法
ある実施形態において、本発明は、動物の性能を向上させる方法であって、動物に本発明の動物用飼料又は動物用飼料添加物を投与することを含む方法にも関する。
【０８１３】
好ましい実施形態において、動物の性能を向上させる方法は、本発明のＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料又は動物用飼料添加物を動物に投与することを含む。一実施形態において、ＬＹＳポリペプチドは、配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択される。
【０８１４】
ある実施形態において、本発明は、動物の性能を向上させるための本発明の動物用飼料又は動物用飼料添加物の使用にも関する。別の実施形態において、本発明は、動物の性能を向上させるための本発明の１つ以上のリゾチームの使用に関する。
【０８１５】
一実施形態において、「動物の性能を向上させる」は、体重増加の上昇があることを意味する。別の実施形態において、「動物の性能を向上させる」は、飼料要求率の向上があることを意味する。さらなる実施形態において、「動物の性能を向上させる」は、飼料効率の上昇があることを意味する。さらなる実施形態において、「動物の性能を向上させる」は、体重増加の上昇、及び／又は飼料要求率の向上、及び／又は飼料効率の上昇があることを意味する。
【０８１６】
ある実施形態において、動物用飼料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される植物系材料を含む。
【０８１７】
動物用飼料を作製する方法
ある実施形態において、本発明は、動物用飼料を作製するための方法であって、１つ以上の動物用飼料原料に本発明の１つ以上のＬＹＳポリペプチドを添加することを含む方法を提供する。動物用飼料原料としては、濃縮物（本明細書で定義される）、飼草（本明細書で定義される）、酵素、生菌、ビタミン、ミネラル及びアミノ酸が挙げられるが、これらに限定されない。
【０８１８】
好ましい実施形態において、動物用飼料を作製する方法は、植物系材料と本発明のＬＹＳポリペプチドとを混合することを含む。一実施形態において、ＬＹＳポリペプチドは、配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択される。
【０８１９】
ある実施形態において、植物系材料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される。
【０８２０】
好ましい実施形態
本明細書では、本発明の好ましい実施形態のリストに従う。
【０８２１】
１．組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇのＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ポリペプチドは、（ａ）リゾチーム活性を有し、且つ（ｂ）１つ以上のＬＡＤ触媒ドメインを含み、ＬＡＤ触媒ドメインは、配列番号４６〜１８７及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデル（ＨＭＭ）を用いて問い合わせされるとき、少なくとも１８０のｄｏｍＴスコアを与え、好適には、問い合わせは、ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、組成物。
【０８２２】
２．ポリペプチドは、１つ以上のリゾチーム強化ドメインをさらに含み、リゾチーム強化ドメインは、配列番号１８８〜３１６及びｈｍｍｂｕｉｌｄソフトウェアプログラムを使用して作製されるプロファイル隠れマルコフモデルを用いて問い合わせされるとき、少なくとも１００のｄｏｍＴスコアを与え、問い合わせは、ゾチーム強化ドメインを決定する方法によってｈｍｍｓｃａｎソフトウェアプログラムを使用して実行される、項目１に記載の組成物。
【０８２３】
３．（ａ）ＬＡＤ触媒ドメインは、１つ以上のモチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）及び／又は１つ以上のモチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）を含み；及び／又は
（ｂ）リゾチーム強化ドメインは、１つ以上のモチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）
を含む、項目１〜２のいずれかに記載の組成物。
【０８２４】
４．リゾチーム活性を有する１つ以上のＬＹＳポリペプチドを含む組成物であって、ポリペプチドは、組成物１キログラム当たり少なくとも０．０１ｍｇのポリペプチドで投与され、且つ
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｒ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｓ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）又は（ｐ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される、組成物。
【０８２５】
５．ポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも８５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２又は３３位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体
からなる群から選択される、項目４に記載の組成物。
【０８２６】
６．ポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも９０％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１又は２２位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体
からなる群から選択される、項目４に記載の組成物。
【０８２７】
７．ポリペプチドは、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号４５のポリペプチドと少なくとも９５％の配列同一性を有するポリペプチド；及び
（ｐ）配列番号３、配列番号６、配列番号９、配列番号１２、配列番号１５、配列番号１８、配列番号２１、配列番号２４、配列番号２７、配列番号３０、配列番号３３、配列番号３６、配列番号３９、配列番号４２及び配列番号４５からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体
からなる群から選択される、項目４に記載の組成物。
【０８２８】
８．ＬＹＳポリペプチドは、
（ａ）モチーフＩ：ＡＧ［Ｉ／Ｌ］ＡＴ［Ａ／Ｇ］［Ｉ／Ｌ］［Ｔ／Ｖ］ＥＳ（配列番号３１７）；
（ｂ）モチーフＩＩ  Ｖ［Ｇ／Ａ］ＸＬＣＱＸＶＱＸＳＡＹＰ（配列番号３１８）；及び
（ｃ）モチーフＩＩＩ：［ＣＧＹ］［ＹＦ］［ＶＩＬ］［ＡＳＴＰ］［ＤＧ］Ｘ［ＹＦ］［ＶＩＴ］Ｘ［ＴＳ］［ＧＡＮ］（配列番号３１９）からなる群から選択される１つ以上のモチーフ
を含む、項目４〜７のいずれかに記載の組成物。
【０８２９】
９．ポリペプチドは、真菌起源のものである、項目１〜８のいずれかに記載の組成物。
【０８３０】
１０．ポリペプチドは、分類学上の子嚢菌門（Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ）、好ましくは分類学上のチャワンタケ亜門（Ｐｅｚｉｚｏｍｙｃｏｔｉｎａ）から得られるか又は得ることができる、項目１〜９のいずれかに記載の組成物。
【０８３１】
１１．ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸１〜２２６、配列番号３のアミノ酸１〜２２６、配列番号５のアミノ酸１〜２２６、配列番号６のアミノ酸１〜２２６、配列番号８のアミノ酸１〜２２３、配列番号９のアミノ酸１〜２２３、配列番号１１のアミノ酸１〜３０４、配列番号１２のアミノ酸１〜３０４、配列番号１４のアミノ酸１〜２２８、配列番号１５のアミノ酸１〜２２８、配列番号１７のアミノ酸１〜２３０、配列番号１８のアミノ酸１〜２３０、配列番号２０のアミノ酸１〜２３０、配列番号２１のアミノ酸１〜２３０、配列番号２３のアミノ酸１〜２３２、配列番号２４のアミノ酸１〜２３２、配列番号２６のアミノ酸１〜２２８、配列番号２７のアミノ酸１〜２２８、配列番号２９のアミノ酸１〜２２８、配列番号３０のアミノ酸１〜２２８、配列番号３２のアミノ酸１〜２２６、配列番号３３のアミノ酸１〜２２６、配列番号３５のアミノ酸１〜２２５、配列番号３６のアミノ酸１〜２２５、配列番号３８のアミノ酸１〜２２５、配列番号３９のアミノ酸１〜２２５、配列番号４１のアミノ酸１〜３０４、配列番号４２のアミノ酸１〜３０４、配列番号４４のアミノ酸１〜２２７、配列番号４５のアミノ酸１〜２２７を含むか又はそれからなる、項目１〜１０のいずれかに記載の組成物。
【０８３２】
１２．１つ以上の配合剤をさらに含む、項目１〜１１のいずれかに記載の組成物。
【０８３３】
１３．１つ以上の配合剤は、グリセロール、エチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、塩化ナトリウム、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、硫酸ナトリウム、硫酸カリウム、硫酸マグネシウム、チオ硫酸ナトリウム、炭酸カルシウム、クエン酸ナトリウム、デキストリン、グルコース、スクロース、ソルビトール、ラクトース、デンプン、カオリン、マルトデキストリン、シクロデキストリン、コムギ、ＰＶＡ、酢酸塩、リン酸塩及びセルロース又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目１２に記載の組成物。
【０８３４】
１４．１つ以上の追加の酵素をさらに含む、項目１〜１３のいずれかに記載の組成物。
【０８３５】
１５．１つ以上の追加の酵素は、アセチルキシランエステラーゼ、α−アミラーゼ、β−アミラーゼ、アラビノフラノシダーゼ、セロビオヒドロラーゼ、セルラーゼ、フェルロイルエステラーゼ、ガラクタナーゼ、α−ガラクトシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、β−グルカナーゼ、β−グルコシダーゼ、リパーゼ、リゾホスホリパーゼ、リゾチーム、マンナナーゼ、α−マンノシダーゼ、β−マンノシダーゼ、フィターゼ、ホスホリパーゼＡ１、ホスホリパーゼＡ２、ホスホリパーゼＣ、ホスホリパーゼＤ、プロテアーゼ、プルラナーゼ、ペクチナーゼ、ペクチンリアーゼ、キシラナーゼ、β−キシロシダーゼ又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目１４に記載の組成物。
【０８３６】
１６．１つ以上の微生物をさらに含む、項目１〜１５のいずれかに記載の組成物。
【０８３７】
１７．１つ以上の微生物は、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・アミロリケファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ポリミクサ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、カルノバクテリウム属（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス属（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス属（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・ファルシミナス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス属（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、ロイコノストック属（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｓｐ．）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、メガスファエラ属（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｓｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）及びストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目１６に記載の組成物。
【０８３８】
１８．１つ以上のビタミン；
１つ以上のミネラル；
１つ以上のアミノ酸；
１つ以上の植物抽出物；
１つ以上のプレバイオティクス；
１つ以上の有機酸；及び
１つ以上の他の飼料原料
からなるリストから選択される１つ以上の成分をさらに含む、項目１〜１７のいずれかに記載の組成物。
【０８３９】
１９．項目１〜１８のいずれかに記載の組成物を含む顆粒。
【０８４０】
２０．コーティングされている、項目１９に記載の顆粒。
【０８４１】
２１．コーティングは、塩、及び／又はワックス、及び／又は小麦粉を含む、項目２０に記載の顆粒。
【０８４２】
２２．項目１〜１８のいずれかに記載の組成物又は項目１９〜２１のいずれかに記載の顆粒を含む動物用飼料添加物。
【０８４３】
２３．植物系材料と、項目１〜１８のいずれかに記載の組成物、項目１９〜２１のいずれかに記載の顆粒又は項目２２に記載の動物用飼料添加物とを含む動物用飼料。
【０８４４】
２４．植物系材料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目２３に記載の動物用飼料。
【０８４５】
２５．植物系材料と、項目１〜１８のいずれかに記載の組成物、項目１９〜２１のいずれかに記載の顆粒又は項目２２に記載の動物用飼料添加物とを含むペレット状動物用飼料。
【０８４６】
２６．植物系材料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目２５に記載のペレット状動物用飼料。
【０８４７】
２７．項目１〜１８のいずれかに記載の組成物を含む液体配合物。
【０８４８】
２８．ＬＹＳポリペプチドは、０．０１％〜２５％ｗ／ｗの液体配合物、好ましくは０．０５％〜２０％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド、より好ましくは０．２％〜１５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド、より好ましくは０．５％〜１５％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチド又は最も好ましくは１．０％〜１０％ｗ／ｗのＬＹＳポリペプチドで投与される、項目２７に記載の液体配合物。
【０８４９】
２９．２０％〜８０％ｗ／ｗのポリオールをさらに含む、項目２７〜２８のいずれかに記載の液体配合物。
【０８５０】
３０．ポリオールは、グリセロール、ソルビトール、プロピレングリコール（ＭＰＧ）、エチレングリコール、ジエチレングリコール、トリエチレングリコール、１，２−プロピレングリコール又は１，３−プロピレングリコール、ジプロピレングリコール、約６００未満の平均分子量を有するポリエチレングリコール（ＰＥＧ）及び約６００未満の平均分子量を有するポリプロピレングリコール（ＰＰＧ）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目２９に記載の液体配合物。
【０８５１】
３１．０．０１％〜２．０％ｗ／ｗの保存剤をさらに含む、項目２７〜３０のいずれかに記載の液体配合物。
【０８５２】
３２．保存剤は、ソルビン酸ナトリウム、ソルビン酸カリウム、安息香酸ナトリウム及び安息香酸カリウム又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目３１に記載の液体配合物。
【０８５３】
３３．１つ以上の酵素；
１つ以上の微生物；
１つ以上のビタミン；
１つ以上のミネラル；
１つ以上のアミノ酸；
１つ以上の植物抽出物；
１つ以上のプレバイオティクス；
１つ以上の有機酸；及び
１つ以上の他の飼料原料
からなるリストから選択される１つ以上の成分をさらに含む、項目２７〜３２のいずれかに記載の液体配合物。
【０８５４】
３４．動物用飼料を作製する方法であって、項目２７〜３３のいずれかに記載の液体配合物を植物系材料上に塗布することを含む方法。
【０８５５】
３５．液体配合物は、スプレーによって塗布される、項目３４に記載の方法。
【０８５６】
３６．植物系材料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目３４〜３５のいずれかに記載の方法。
【０８５７】
３７．植物系材料は、ペレット化された形態である、項目３４〜３６のいずれかに記載の方法。
【０８５８】
３８．項目３４〜３７のいずれかに記載の方法を使用して作製されるペレット状動物用飼料。
【０８５９】
３９．動物の１つ以上の性能パラメーターを向上させる方法であって、項目１〜１８のいずれかに記載の組成物、項目１９〜２１のいずれかに記載の顆粒、項目２２に記載の動物用飼料添加物、項目２３〜２４のいずれかに記載の動物用飼料、項目２５〜２６若しくは３８のいずれかに記載のペレット状動物用飼料又は項目２７〜３３のいずれかに記載の液体配合物を１匹以上の動物に投与することを含む方法。
【０８６０】
４０．性能パラメーターは、体重増加（ＢＷＧ）、ヨーロッパ生産効率指数（ＥＰＥＦ）及び飼料要求率（ＦＣＲ）又はこれらの任意の組合せからなるリストから選択される、項目３９に記載の方法。
【０８６１】
４１．動物用飼料を作製する方法であって、項目１〜１８のいずれかに記載の組成物、項目１９〜２１のいずれかに記載の顆粒、項目２２に記載の動物用飼料添加物、項目２３〜２４のいずれかに記載の動物用飼料、項目２５〜２６若しくは３８のいずれかに記載のペレット状動物用飼料又は項目２７〜３３のいずれかに記載の液体配合物を植物系材料と混合することを含む方法。
【０８６２】
４２．植物系材料は、マメ科植物、穀類、カラスムギ、ライムギ、オオムギ、コムギ、トウモロコシ、コーン、モロコシ、スイッチグラス、キビ、トウジンビエ、アワ、ダイズ、野生ダイズ、マメ、ルピナス、テパリービーン、ベニバナインゲン、スリムジムビーン（ｓｌｉｍｊｉｍ  ｂｅａｎ）、ライマメ、サヤインゲン、ソラマメ（Ｂｒｏａｄ  ｂｅａｎ）（ソラマメ（ｆａｖａ  ｂｅａｎ））、ヒヨコマメ、レンズマメ、ピーナッツ、スパニッシュピーナッツ、キャノーラ、ナタネ（セイヨウアブラナ）、イネ、テンサイ、キャベツ、サトウダイコン、ホウレンソウ、キノア又はエンドウマメ、これらの加工形態（ダイズミール、ナタネミールなど）又はこれらの任意の組合せからなる群から選択される、項目４１に記載の方法。
【０８６３】
４３．項目１〜１８のいずれかに記載の組成物、項目１９〜２１のいずれかに記載の顆粒、項目２２に記載の動物用飼料添加物、項目２３〜２４のいずれかに記載の動物用飼料、項目２５〜２６若しくは３８のいずれかに記載のペレット状動物用飼料又は項目２７〜３３のいずれかに記載の液体配合物の使用であって、
動物用飼料における；
動物用飼料添加物における；
動物用飼料における使用のための組成物の作製における；
動物用飼料の栄養価を向上させるための；
動物用飼料の消化性を増大させるための；及び／又は
動物における１つ以上の性能パラメーターを向上させるための使用。
【０８６４】
４４．リゾチーム活性を有する単離ポリペプチドであって、
（ａ）配列番号３のポリペプチドと少なくとも９５％、例えば少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｂ）配列番号６のポリペプチドと少なくとも９４％、例えば少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｃ）配列番号９のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｄ）配列番号１２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｅ）配列番号１５のポリペプチドと少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｆ）配列番号１８のポリペプチドと少なくとも８１％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｇ）配列番号２１のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｈ）配列番号２４のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｉ）配列番号２７のポリペプチドと少なくとも８７％、例えば少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｊ）配列番号３０のポリペプチドと少なくとも９６．２％、例えば少なくとも９７％、少なくとも９７．５％、少なくとも９８％、少なくとも９８．５％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｋ）配列番号３３のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｌ）配列番号３６のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｍ）配列番号３９のポリペプチドと少なくとも８１％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｎ）配列番号４２のポリペプチドと少なくとも８０％、例えば少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％又は１００％の配列同一性を有するポリペプチド；
（ｏ）配列番号３のポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又は１１位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｐ）配列番号６のポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２又は１３位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｑ）配列番号９及び配列番号３６からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３又は４４位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体）；
（ｒ）配列番号１２、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３３及び配列番号４２からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｓ）配列番号１５及び配列番号２７からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８又は２９位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｔ）配列番号１８及び配列番号３９からなる群から選択されるポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１又は４２位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｕ）配列番号３０のポリペプチドの変異体であって、リゾチーム活性を有し、且つ１、２、３、４、５、６、７又は８位において１つ以上のアミノ酸置換、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸欠失、及び／若しくは１つ以上のアミノ酸挿入又はその任意の組合せを含む変異体；
（ｖ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）のポリペプチド並びにＮ末端及び／又はＣ末端のＨｉｓタグ及び／又はＨＱタグを含むポリペプチド；
（ｗ）（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）のポリペプチド並びに最大１０アミノ酸、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９又は１０アミノ酸のＮ末端及び／又はＣ末端伸長を含むポリペプチド；及び
（ｘ）リゾチーム活性を有し、且つ成熟ポリペプチドの長さの少なくとも９０％を有する、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｊ）、（ｋ）、（ｌ）、（ｍ）、（ｎ）、（ｏ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、（ｔ）又は（ｕ）のポリペプチドの断片
からなる群から選択される単離ポリペプチド。
【０８６５】
４５．配列番号２のアミノ酸１〜３１６、配列番号３のアミノ酸１〜３１６、配列番号４のアミノ酸１〜３２２、配列番号６のアミノ酸１〜３１８、配列番号７のアミノ酸１〜３１８、配列番号８のアミノ酸１〜３２６、配列番号１０のアミノ酸１〜３１６、配列番号１１のアミノ酸１〜３１６、配列番号１２のアミノ酸１〜３２４、配列番号１４のアミノ酸１〜３１６、配列番号１５のアミノ酸１〜３１６、配列番号１６のアミノ酸１〜３２４、配列番号１８のアミノ酸１〜３１６、配列番号１９のアミノ酸１〜３１６、配列番号２０のアミノ酸１〜３２４、配列番号２２のアミノ酸１〜３１６、配列番号２３のアミノ酸１〜３１６、配列番号２４のアミノ酸１〜３２４、配列番号２６のアミノ酸１〜５１６、配列番号２７のアミノ酸１〜５１６、配列番号２８のアミノ酸１〜５２４、配列番号３０のアミノ酸１〜３１７、配列番号３１のアミノ酸１〜３１７、配列番号３２のアミノ酸１〜３２５、配列番号３４のアミノ酸１〜３１６、配列番号３５のアミノ酸１〜３１６、配列番号３６のアミノ酸１〜３２４、配列番号３８のアミノ酸１〜３１６、配列番号３９のアミノ酸１〜３１６又は配列番号４０のアミノ酸１〜３２４を含むか又はそれからなる、項目４４に記載のポリペプチド。
【０８６６】
４６．項目４４〜４５のいずれかに記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド。
【０８６７】
４７．項目４６に記載のポリヌクレオチドを含む核酸構築物又は発現ベクターであって、ポリヌクレオチドは、発現宿主においてポリペプチドの産生を誘導する１つ以上の制御配列に作動可能に連結されている、核酸構築物又は発現ベクター。
【０８６８】
４８．項目４６に記載のポリヌクレオチドを含む組換え宿主細胞であって、ポリヌクレオチドは、ポリペプチドの産生を誘導する１つ以上の制御配列に作動可能に連結されている、組換え宿主細胞。
【０８６９】
４９．宿主は、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）、トリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）若しくはフザリウム属（Ｆｕｓａｒｉｕｍ）などの糸状真菌又はピキア属（Ｐｉｃｈｉａ）若しくはサッカロマイセス属（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）などの酵母である、項目４８に記載の組換え宿主細胞。
【０８７０】
５０．宿主は、アスペルギルス・アワモリ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ａｗａｍｏｒｉ）、アスペルギルス・フォティダス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｆｏｅｔｉｄｕｓ）、アスペルギルス・ジャポニカス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｊａｐｏｎｉｃｕｓ）、アスペルギルス・ニデュランス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓ）、アスペルギルス・ニガー（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ）又はアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）などのアスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）である、項目４９に記載の組換え宿主細胞。
【０８７１】
５１．宿主は、トリコデルマ・ハルジアヌム（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｈａｒｚｉａｎｕｍ）、トリコデルマ・コニンギ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｋｏｎｉｎｇｉｉ）、トリコデルマ・ロンギブラキアタム（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｌｏｎｇｉｂｒａｃｈｉａｔｕｍ）、トリコデルマ・リーゼイ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｒｅｅｓｅｉ）又はトリコデルマ・ビリデ（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ  ｖｉｒｉｄｅ）などのトリコデルマ属（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ）である、項目４９に記載の組換え宿主細胞。
【０８７２】
５２．宿主は、バチルス・アルカロフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｋａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・ブレビス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、バチルス・クラウシイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｌａｕｓｉｉ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・ファーマス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｉｒｍｕｓ）、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・ロータス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｕｔｕｓ）、バチルス・レンタス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・ステアロサーモフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）又はバチルス・チューリンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）である、項目４８に記載の組換え宿主細胞。
【０８７３】
５３．項目４４〜４５のいずれかに記載のポリペプチドを生成する方法であって、
（ａ）ポリペプチドの産生を促す条件下において、野生型形態でポリペプチドを産生する細胞を培養すること；及び
（ｂ）ポリペプチドを回収すること
を含む方法。
【０８７４】
５４．項目４４〜４５のいずれかに記載のポリペプチドを生成する方法であって、
（ａ）ポリペプチドの産生を促す条件下において、項目４８〜５２のいずれかに記載の組換え宿主細胞を培養すること；及び
（ｂ）ポリペプチドを回収すること
を含む方法。
【０８７５】
５５．項目４４〜４５のいずれかに記載のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドで形質転換されたトランスジェニック植物、植物部分又は植物細胞。
【０８７６】
５６．項目４４〜４５のいずれかに記載のポリペプチドを含む全ブロス配合物又は細胞培養組成物。
【０８７７】
本発明は、以下の実施例によりさらに記載され、これらは、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。
【実施例】
【０８７８】
株
Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）から購入した大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）Ｔｏｐ−１０株を使用して、ＬＹＳポリペプチドをコードする本発明者らの発現ベクターを増やした。
【０８７９】
アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）株ＭＴ３５６８は、ＬＹＳポリペプチドコード配列の異種発現のために使用された。Ａ．オリゼ（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８は、ｐｙｒＧ栄養要求性が、ｐｙｒＧ遺伝子によりＡ．オリゼ（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）のアセトアミダーゼ（ａｍｄＳ）遺伝子を破壊することによって回復されたアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）ＪａＬ３５５（国際公開第２００２／４０６９４号パンフレット）のａｍｄＳ（アセトアミダーゼ）破壊遺伝子派生体である。
【０８８０】
真菌株ＮＮ０４４１７５は、ＰＤＡ培地、ｐＨ７、２５Ｃによる希釈平板法によって１９９８年に中国から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０４４１７５は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）として同定された。
【０８８１】
真菌株ＮＮ０５３７４２は、ＰＤＡ培地、ｐＨ３、２５Ｃによる希釈平板法によって２０１１年に中国の湖北省から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５３７４２は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）として同定された。
【０８８２】
真菌株ＮＮ０５８２８５は、ＰＤＡ培地、ｐＨ３による希釈平板法によって２０１４年に中国の貴州省から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５８２８５は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）として同定された。
【０８８３】
真菌株ＮＮ０５３３３３は、ＰＤＡ培地、ｐＨ７、２５Ｃによる希釈平板法によって２０１０年に中国の湖南省から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５３３３３は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、アスペルギルス属ＸＺ２６６８（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＸＺ２６６８）として同定された。
【０８８４】
真菌株ＮＮ０５８６０５は、ＣＢＳ１００４９２のアクセス番号を有するＣＢＳに由来する。株ＮＮ０５８６０５は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）として同定された。
【０８８５】
真菌株ＮＮ０４７５２８は、ＹＧ培地、ｐＨ７、３７Ｃによる希釈平板法によって１９９８年に中国から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０４７５２８は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）として同定された。
【０８８６】
真菌株ＮＮ０５４７４９は、ＰＤＡ培地、ｐＨ７、１０Ｃによる希釈平板法によって２０１２年に中国のチベットから採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５４７４９は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）として同定された。
【０８８７】
真菌株ＮＮ０５４１２９は、素寒天、２４Ｃによる希釈平板法によって２０１１年にＳｗｅｄｅｎのＧｏｔｌａｎｄから採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５４１２９は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）として同定された。
【０８８８】
真菌株ＮＮ０５８６５０は、ＰＤＡ培地、ｐＨ３による希釈平板法によって２０１４年に中国の貴州省から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５８６５０は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）として同定された。
【０８８９】
真菌株ＮＮ０４６９４９は、ＹＧ培地、ｐＨ７、３７Ｃによる希釈平板法によって１９９８年に中国から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０４６９４９は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）として同定された。
【０８９０】
真菌株ＮＮ０５７９２１は、２０１４年にＣＡＳのＩｎｓｔｉｔｕｄｅ  ｏｆ  ＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙにおいてＣａｉ  Ｌｅｉ教授との共同研究を通して得られた。この株は、中国から採取された。これは、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、ケトミウム属ＺＹ３６９（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．ＺＹ３６９）として同定された。
【０８９１】
真菌株ＮＮ０５８４２７は、ＰＤＡ培地、ｐＨ３、２５Ｃによる希釈平板法によって２０１４年に中国の貴州省から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５８４２７は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、タラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）として同定された。
【０８９２】
真菌株ＮＮ０５３７７３は、２０１１年にＣＡＳのＩｎｓｔｉｔｕｄｅ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙとの共同研究を通して得られた。この株は、中国から採取され、ＰＤＡ培地、ｐＨ７、１０Ｃによる希釈平板法によって単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５３７７３は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、トリコクラジウム・アスペルム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）として同定された。
【０８９３】
真菌株ＮＮ０５８０８６は、ＰＤＡ培地、ｐＨ３、２５Ｃによる希釈平板法によって２０１４年に中国の貴州省から採取された土壌試料から単離された。続いて、これは、単一の分生子をＰＤＡ寒天プレート上に移すことによって精製された。株ＮＮ０５８０８６は、形態的特徴及びＩＴＳ  ｒＤＮＡ配列の両方に基づいて、メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）として同定された。
【０８９４】
株チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）株ＮＲＲＬ  ８１２６をＡＴＣＣから購入し、ＰＤＡプレート上に播種し、暗闇において３７℃で７日間インキュベートした。プレートから菌糸及び胞子を、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコ中に播種した。フラスコを１５０ｒｐｍで振盪させながら３７℃で６日間インキュベートした。
【０８９５】
培地及び溶液
ＤＡＰ４Ｃ−１培地は、１ｍＬのＫＵ６金属溶液が加えられた０．５ｇの酵母抽出物、１０ｇのマルトース、２０ｇのデキストロース、１１ｇの硫酸マグネシウム七水和物、１ｇのリン酸水素二カリウム、２ｇのクエン酸一水和物、５．２ｇのリン酸三カリウム一水和物、１ｍＬのＤｏｗｆａｘ  ６３Ｎ１０（消泡剤）、２．５ｇの炭酸カルシウム及び１０００ｍＬまでの脱イオンで構成された。
【０８９６】
ＫＵ６金属溶液は、６．８ｇのＺｎＣｌ２、２．５ｇのＣｕＳＯ４．５Ｈ２Ｏ、０．１３ｇのＮｉＣｌ２、１３．９ｇのＦｅＳＯ４．７Ｈ２Ｏ、８．４５ｇのＭｎＳＯ４．Ｈ２Ｏ、３ｇのＣ６Ｈ８Ｏ７．Ｈ２Ｏ及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。
【０８９７】
ＹＰ  ２％グルコース培地は、１０ｇの酵母抽出物、２０ｇのＢａｃｔｏ−ペプトン、２０ｇのグルコース及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。
【０８９８】
ＬＢプレートは、１０ｇのＢａｃｔｏ−トリプトン、５ｇの酵母抽出物、１０ｇの塩化ナトリウム、１５ｇのＢａｃｔｏ−寒天及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。
【０８９９】
ＬＢ培地は、１０ｇのＢａｃｔｏ−トリプトン、５ｇの酵母抽出物及び１０ｇの塩化ナトリウム並びに１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。
【０９００】
ＣＯＶＥ−スクロース−Ｔプレートは、３４２ｇのスクロース、２０ｇの寒天粉末、２０ｍＬのＣＯＶＥ塩溶液及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。培地は、１５ｐｓｉにおいて１５分間オートクレーブすることにより滅菌された（Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｍａｎｕａｌ、８ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ、Ｒｅｖｉｓｉｏｎ  Ａ、１９９８）。培地を６０℃に冷却し、１０ｍＭアセトアミド、Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００（５０μＬ／５００ｍＬ）を添加した。
【０９０１】
ＣＯＶＥ−Ｎ−寒天チューブは、２１８ｇのソルビトール、１０ｇのデキストロース、２．０２ｇのＫＮＯ３、２５ｇの寒天、５０ｍＬのＣｏｖｅ塩溶液及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。
【０９０２】
ＣＯＶＥ塩溶液は、２６ｇのＭｇＳＯ４・７Ｈ２Ｏ、２６ｇのＫＣＬ、２６ｇのＫＨ２ＰＯ４、５０ｍＬのＣＯＶＥ微量金属溶液及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。
【０９０３】
ＣＯＶＥ微量金属溶液は、０．０４ｇのＮａ２Ｂ４Ｏ７・１０Ｈ２Ｏ、０．４ｇのＣｕＳＯ４・５Ｈ２Ｏ、１．２ｇのＦｅＳＯ４・７Ｈ２Ｏ、０．７ｇのＭｎＳＯ４・Ｈ２Ｏ、０．８ｇのＮａ２ＭｏＯ４・２Ｈ２Ｏ、１０ｇのＺｎＳＯ４・７Ｈ２Ｏ及び１０００ｍＬまでの脱イオン水で構成された。ＹＰＭ培地は、１％の酵母抽出物、２％のペプトン及び２％のマルトースを含有した。
【０９０４】
実施例１：還元末端アッセイを用いるリゾチーム活性の測定
ＬＹＳポリペプチドをポリプロピレンチューブにおいてリン酸緩衝液（５ｍＭのクエン酸塩、５ｍＭのＫ２ＨＰＯ４、０．０１％のＴｒｉｔｏｎＸ−１００、ｐＨ５．０）で５０μｇ／ｍＬに希釈した。希釈されたＬＹＳポリペプチドを９６ウェルポリプロピレンマイクロタイタープレートにおいてリン酸緩衝液（５ｍＭのクエン酸塩、５ｍＭのＫ２ＨＰＯ４、０．０１％のＴｒｉｔｏｎＸ−１００、ｐＨ５．０）で５．０又は７．０μｇ／ｍＬの濃度にさらに希釈した。ポリプロピレンディープウェルプレートにおいて、５０μＬのＬＹＳポリペプチド希釈物を４５０μＬの１％ミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）溶液（ｍｉｌｌｉ−Ｑ水中で凍結乾燥されたミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ番号４６９８（Ｓｉｇｍａ  Ｍ３７７０）と混合し、振盪させながら（５００ｒｐｍ）４０℃で４５分間インキュベートした。インキュベーション後、ディープウェルプレートを遠心分離（４０００ｇ、５分）して、不溶性材料をペレット化し、１００μＬの上清を９６ウェルＰＣＲプレート中で５０μＬの３．２ＭのＨＣｌと混合し、９５℃で８０分間インキュベートした。５０μＬの３．５ＭのＮａＯＨをＰＣＲプレートの各ウェルに添加し、１５０μＬの各試料を、Ｋ−Ｎａ酒石酸／ＮａＯＨ緩衝液（５０ｇ／Ｌ  Ｋ−Ｎａ酒石酸＋２０ｇ／Ｌ  ＮａＯＨ）中の７５μＬ／ウェルの４−ヒドロキシベンズヒドラジド溶液を含有する新たなＰＣＲプレートに移した。プレートを９５℃で１０分間インキュベートした後、１００μＬ／試料を４０５ｎｍでの光学密度（ＯＤ）測定のために清浄な平底マイクロタイタープレートに移した。ＯＤ測定は、３倍希釈された試料（１００μＬのＭｉｌｌｉ−Ｑ水中において希釈された５０μＬの試料）で実施された。
【０９０５】
実施例２：ＯＤ低下アッセイを用いるリゾチーム活性の測定
凍結乾燥されたミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ番号４６９８（Ｓｉｇｍａ）を洗浄し、ｐＨ６．０の６０ｍＭのＫＨ２ＰＯ４緩衝液中において基質原液として最終濃度１％（ｗ／ｖ）で懸濁した。株の濃度を、ＯＤ４５０がおよそ１に達するまでクエン酸−Ｎａ２ＨＰＯ４緩衝液を添加することによって調整した。
【０９０６】
クエン酸−Ｎａ２ＨＰＯ４のｐＨ４の緩衝液を、６１．４５ｍｌの０．１Ｍのクエン酸及び３８．５５ｍｌの０．２ＭのＮａ２ＨＰＯ４をｐＨ４のために添加することによって調製した。５０μｇ／ｍＬの２０μＬの酵素及びｐＨ４のクエン酸−Ｎａ２ＨＰＯ４緩衝液中で希釈された２００μＬの細菌株溶液を９６ウェルプレートに添加し、混合し、ＯＤ４５０を読み取った。続いて、プレートを３００ｒｐｍ、３７℃で１時間インキュベートし、ＯＤ４５０を読み取った。１時間の時点から最初の読み取り中のＯＤの差は、ＬＹＳポリペプチドに関してＯＤ低下活性を示した。ブランクを２０ｕｌのＭＱ水又は対応する緩衝液を添加することによって設定し、各試料を三つ組で測定した。
【０９０７】
実施例３：ゲノムＤＮＡの抽出
ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）株ＮＮ０４４１７５をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で９日間インキュベートした。
【０９０８】
ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）株ＮＮ０５３７４２をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で３日間インキュベートした。
【０９０９】
タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）株ＮＮ０５８２８５をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で４日間インキュベートした。
【０９１０】
アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）株ＮＮ０５３３３３をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で５日間インキュベートした。
【０９１１】
ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）株ＮＮ０５８６０５をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で４日間インキュベートした。
【０９１２】
オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＮＮ０４７５２８をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で３７℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら３７℃で２日間インキュベートした。
【０９１３】
ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）株ＮＮ０５４７４９をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で１１日間インキュベートした。
【０９１４】
ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）株ＮＮ０５４１２９をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で４日間インキュベートした。
【０９１５】
ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）株ＮＮ０５８６５０をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で４日間インキュベートした。
【０９１６】
アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）株ＮＮ０４６９４９をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で３日間インキュベートした。
【０９１７】
ケトミウム属（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．）株ＮＮ０５７９２１をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で３７℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら３７℃で８日間インキュベートした。
【０９１８】
ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）株ＮＮ０５８６０５の菌糸体を、ＭＩＲＡＣＬＯＴＨ（登録商標）（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ、Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡ、ＵＳＡ）を通す濾過によって回収し、液体窒素下で凍結した。凍結された菌糸体を乳鉢と乳棒によって轢いて微粉末にし、ゲノムＤＮＡを、製造業者の指示書に従って土壌のためのＭＰ  Ｆａｓｔ  ＤＮＡスピンキット（ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ、Ｓａｎｔａ  Ａｎａ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）を用いて単離した。
【０９１９】
タラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）株ＮＮ０５８４２７をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で３日間インキュベートした。
【０９２０】
トリコクラジウム・アスペルム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）株ＮＮ０５３７７３をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で１５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら１５℃で４日間インキュベートした。
【０９２１】
メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）株ＮＮ０５８０８６をＰＤＡプレート上に播種し、暗闇で２５℃において７日間インキュベートした。いくつかの菌糸体−ＰＤＡプラグを、１００ｍｌのＹＰＧ培地を含有する５００ｍｌの振盪フラスコに播種した。フラスコを１６０ｒｐｍで振盪させながら２５℃で４日間インキュベートした。
【０９２２】
チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）の菌糸体を、ＭＩＲＡＣＬＯＴＨ（登録商標）（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ、Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡ、ＵＳＡ）を通す濾過によって回収し、液体窒素下で凍結した。凍結された菌糸体を乳鉢と乳棒によって轢いて微粉末にし、ゲノムＤＮＡを、製造業者の指示書に従ってＤＮｅａｓｙ（登録商標）Ｐｌａｎｔ  Ｍａｘｉキット（２４）（ＱＩＡＧＥＮ  ＧｍｂＨ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて単離した。
【０９２３】
他の全ての株の菌糸体を、ＭＩＲＡＣＬＯＴＨ（登録商標）を通す濾過によって回収し、液体窒素下で凍結した。凍結された菌糸体を乳鉢と乳棒によって轢いて微粉末にし、ゲノムＤＮＡを、製造業者の指示書に従ってＤＮｅａｓｙ（登録商標）Ｐｌａｎｔ  Ｍａｘｉキット（２４）（ＱＩＡＧＥＮ  ＧｍｂＨ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて単離した。
【０９２４】
実施例４：ゲノム配列決定、アセンブリー及びアノテーション
ペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）株ＮＮ０４４１７５の抽出されたゲノムＤＮＡ試料を、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＭｉＳｅｑシステム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）を用いるゲノム配列決定のためにＥｘｉｑｏｎ  Ａ／Ｓ（Ｄｅｎｍａｒｋ）に送付した。未加工の読み取りデータを、プログラムＩｂｄａを用いてＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄｅｎｍａｒｋでアセンブルした（Ｐｅｎｇ，Ｙｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ｉｎ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，６０４４：４２６−４４０．Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｂｅｒｌｉｎ  Ｈｅｉｄｅｌｂｅｒｇ）。
【０９２５】
タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）株ＮＮ０５８２８５、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）株ＮＮ０５８６０５、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）株ＮＮ０５４１２９、ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）株ＮＮ０５８６５０、アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）株ＮＮ０４６９４９、メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）株ＮＮ０５８０８６の抽出されたゲノムＤＮＡ試料を、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＭｉＳｅｑシステムを用いるゲノム配列決定のためにＥｘｉｑｏｎ  Ａ／Ｓに送付した。未加工の読み取りデータを、プログラムＳｐａｄｅｓを用いてＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄｅｎｍａｒｋでアセンブルした（Ａｎｔｏｎ  Ｂａｎｋｅｖｉｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９（５）：４５５−４７７）。
【０９２６】
ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）株ＮＮ０５３７４２、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＮＮ０４７５２８、トリコクラジウム・アスペルム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）株ＮＮ０５３７７３の抽出されたゲノムＤＮＡ試料を、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＨｉＳｅｑ  ２０００システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ，Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）を用いるゲノム配列決定のためにＦａｓｔｅｒｉｓ（Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）に送付した。未加工の読み取りデータを、プログラムＩｄｂａを用いてＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄｅｎｍａｒｋでアセンブルした。
【０９２７】
アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）株ＮＮ０５３３３３、ケトミウム属（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．）株ＮＮ０５７９２１及びタラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）株ＮＮ０５８４２７の抽出されたゲノムＤＮＡ試料を、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＭｉＳｅｑシステムを用いるゲノム配列決定のためにＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄａｖｉｓ（ＵＳＡ）に送付した。未加工の読み取りデータを、プログラムＳｐａｄｅｓを用いてＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄｅｎｍａｒｋでアセンブルした。
【０９２８】
ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）株ＮＮ０５４７４９の抽出されたゲノムＤＮＡ試料を、ＩＬＬＵＭＩＮＡ（登録商標）ＭｉＳｅｑシステムを用いるゲノム配列決定のためにＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄａｖｉｓに送付した。未加工の読み取りデータを、プログラムＩｄｂａを用いてＮｏｖｏｚｙｍｅｓ  Ｄｅｎｍａｒｋでアセンブルした。
【０９２９】
アセンブルされた配列を、遺伝子同定及び機能予測のための標準的なバイオインフォマティクスの方法を用いて分析した。ＧｅｎｅＭａｒｋ−ＥＳの真菌バージョン（Ｔｅｒ−Ｈｏｖｈａｎｎｉｓｙａｎ  Ｖ  ｅｔ  ａｌ．，２００８，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １８（１２）：１９７９−１９９０）を遺伝子予測のために使用した。Ｂｌａｓｔａｌｌバージョン２．２．１０（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ．２１５（３）：４０３-４１０、ｆｔｐ：／／ｆｔｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｂｌａｓｔ／ｅｘｅｃｕｔａｂｌｅｓ／ｒｅｌｅａｓｅ／２．２．１０／）及びＨＭＭＥＲバージョン２．１．１（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（ＮＣＢＩ）、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ、ＵＳＡ）を使用して、構造的相同性に基づいて機能を予測した。ＮＺ５ファミリーをＢｌａｓｔ結果の分析により直接的に同定した。Ａｇｅｎｅプログラム（Ｍｕｎｃｈ  ａｎｄ  Ｋｒｏｇｈ，２００６，ＢＭＣ  Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ７：２６３）及びＳｉｇｎａｌＰプログラム（Ｎｉｅｌｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  １０：１−６）を使用して開始コドンを同定した。ＳｉｇｎａｌＰプログラムをさらに使用して、シグナルペプチドを予測した。Ｐｅｐｓｔａｔｓ（Ｒｉｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ．１６（６）：２７６−２７７）を使用して、等電点及び分子量を予測した。
【０９３０】
実施例５：真菌ＮＺ５遺伝子（配列番号１、４、７、１０、１３、１６、１９、２２、２５、２８、３１、３４、３７及び４０）のクローニング、発現及び発酵
１４個の真菌ＬＹＳ野生型遺伝子であるＬＹＳ＿Ｐｅｓｉ（配列番号１）、ＬＹＳ＿Ｐｖ（配列番号４）、ＬＹＳ＿Ｔａｐｒ（配列番号７）、ＬＹＳ＿Ａｓｐ２６６８（配列番号１０）、ＬＹＳ＿Ｐｅａｎ（配列番号１３）、ＬＹＳ＿ｃｈｂｒ（配列番号１６）、ＬＹＳ＿Ｐｅｗｅ（配列番号１９）、ＬＹＳ＿Ｐｒ（配列番号２２）、ＬＹＳ＿Ｐｅｖｉｒ（配列番号２５）、ＬＹＳ＿ａｓｎｉ（配列番号２８）、ＬＹＳ＿ｃｈ３６９（配列番号３１）、ＬＹＳ＿Ｔａａｔ（配列番号３４）、ＬＹＳ＿Ｔｒａｓ（配列番号３７）、ＬＹＳ＿Ｍｅｃａ２（配列番号４０）をそれぞれペニシリウム・シンプリシシマム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｓｉｍｐｌｉｃｉｓｓｉｍｕｍ）株ＮＮ０４４１７５、ペニシリウム・バスコニアエ（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖａｓｃｏｎｉａｅ）株ＮＮ０５３７４２、タラロマイセス・プロテオリチカス（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）株ＮＮ０５８２８５、アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）株ＮＮ０５３３３３、ペニシリウム・アンタルクティカム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｍ）株ＮＮ０５８６０５、オバトスポラ・ブラジリエンシス（Ｏｖａｔｏｓｐｏｒａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）株ＮＮ０４７５２８、ペニシリウム・ウェリントネンス（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｗｅｌｌｉｎｇｔｏｎｅｎｓｅ）株ＮＮ０５４７４９、ペニシリウム・ロセオプルプレウム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｒｏｓｅｏｐｕｒｐｕｒｅｕｍ）株ＮＮ０５４１２９、ペニシリウム・ビルガツム（Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｖｉｒｇａｔｕｍ）株ＮＮ０５８６５０、アスペルギルス・ニーベウス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｖｅｕｓ）株ＮＮ０４６９４９、ケトミウム属（Ｃｈａｅｔｏｍｉｕｍ  ｓｐ．）株ＮＮ０５７９２１、タラロマイセス・アトリコーラ（Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ  ａｔｒｉｃｏｌａ）株ＮＮ０５８４２７、トリコクラジウム・アスペルム（Ｔｒｉｃｈｏｃｌａｄｉｕｍ  ａｓｐｅｒｕｍ）株ＮＮ０５３７７３、メタリジウム・コルネウム（Ｍｅｔａｒｈｉｚｉｕｍ  ｃａｒｎｅｕｍ）株ＮＮ０５８０８６からクローン化した。
【０９３１】
真菌ＬＹＳ遺伝子を、国際公開第２０１３０２９４９６号パンフレットに記載されるアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）発現ベクターｐＣａＨｊ５０５にクローン化した。天然の分泌シグナルを有するＬＹＳコード配列の転写は、アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）のα−アミラーゼ遺伝子プロモーターの制御下にあった。
【０９３２】
最終的な発現プラスミドであるｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｐｅｓｉ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｐｖ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｔａｐｒ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ａｓｐ２６６８、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｐｅａｎ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿ｃｈｂｒ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｐｅｗｅ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｐｒ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｐｅｖｉｒ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿ａｓｎｉ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿ｃｈ３６９、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｔａａｔ、ｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｔｒａｓ及びｐ５０５−ＬＹＳ＿Ｍｅｃａ２により、個別にアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）発現宿主を形質転換した。ＬＹＳ遺伝子は、形質転換時に相同組換えによってアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）宿主ゲノムに組み込まれた。各形質転換の４つの形質転換体を選択培地の寒天プレートから選択し、２４ウェルプレート中の３ｍｌのＹＰＭ又はＤａｐ４Ｃ培地に播種し、３０℃、１５０ｒｐｍでインキュベートした。３日間のインキュベーション後、各形質転換体からの２０μｌの上清を製造業者の指示書に従ってＮｕＰＡＧＥ  Ｎｏｖｅｘ  ４−１２％  Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ  Ｇｅｌ  ｗ／ＭＥＳ上で分析した。得られたゲルをＩｎｓｔａｎｔ  Ｂｌｕｅで染色した。培養物のＳＤＳ−ＰＡＧＥプロファイルは、全ての遺伝子がおよそ２８ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、３５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、２５ｋＤａ、３０ｋＤａで検出される１つのタンパク質バンドを有して発現されたことを示した。最も強力なタンパク質バンドを有する組換え体アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）株が振盪フラスコ培養のために選択された。組換え体株を、斜面培地から作製された斜面に播種し、３７Ｃで６〜７日間インキュベートした。株が良好に増殖して十分に胞子形成したとき、それらを、それぞれ４００ｍＬのＹＰＭ又はＤＡＰ４Ｃを含有する２Ｌの振盪フラスコ（各株について５〜６個のフラスコ）に播種した。フラスコを８０ｒｐｍ、３０Ｃで振盪した。培養物を３日目又は４日目に回収し、０．２２μｍのＤＵＲＡＰＯＲＥ膜を用いて濾過し、実施例９に記載されるとおりに精製した。
【０９３３】
実施例６：改善されたスプリットマーカーアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）宿主の構築
国際公開第２０１６０２６９３８Ａ１号パンフレットに開示される実施例５において記載されるものと同等の改善されたアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）宿主／ベクター系を構築した。改善がなされて、プラスミドｐＤＡｕ７２４のＰＡＲＴ−ＩＩに位置するＦＬＰａｓｅ発現カセット（国際公開第２０１６／０２６９３８号パンフレットの３４頁、図７及び配列番号３０を参照されたい）を宿主株のゲノムの組込み遺伝子座ａｍｙ２に移動することにより、形質転換ＤＮＡのサイズが低減された。ｐＤＡｕ７７０を得るためのｐＤＡｕ７２４からのＦＬＰａｓｅ発現カセットの増幅及びＦＲＴ−Ｆ３とｐＤＡｕ７０３のａｍｄＳ選択マーカーとの間におけるクローニングにより、ＦＬＰａｓｅ発現カセットのｐＤＡｕ７０３（国際公開第２０１６／０２６９３８号パンフレットの３２頁及び図６及び配列番号２９）へのクローニング（図１、配列番号３２０）が行われる。国際公開第２０１６／０２６９３８号パンフレットの３３頁に記載されるものと同じプロトコルを用いて、線状プラスミドｐＤＡｕ７７０によりＡ．オリゼ（Ａ．ｏｒｙｚａｅ）株Ｊａｌ１３３８（国際公開第２０１２／１６００９７号パンフレットに開示される）のプロトプラストを形質転換した。形質転換体をＡｍｄＳ選択プレート上で選択して、株ＤＡｕ７８５を得た。得られた組換え体宿主株ＤＡｕ７８５は、ＦＬＰａｓｅ発現カセットが追加されたＤＡＵ７１６（国際公開第２０１６／０２６９３８号パンフレット）におけるものと同等の改変されたａｍｙ２座位を有する（図２、最上段のパネル）。宿主株ＤＡｕ７８５は、ここで、ＦＬＰａｓｅ部位特異的リコンビナーゼを構成的に発現して、このカセットにおける形質転換ＤＮＡのＦＲＴ部位でのオーバラップエクステンションＰＣＲ反応（図２、中断及び最下段のパネル）によって得られ、且つ実施例７に記載されるＰＣＲ断片の組込みを可能にする。
【０９３４】
実施例７：オーバラップエクステンションＰＣＲクローニング（配列番号４３）
ＬＹＳポリペプチドをコードする配列番号４３のＰＣＲ増幅は、５０μＬ量の反応及び表２において開示されるプライマーにおいてＰｈｕｓｉｏｎ  Ｈｉｇｈ−Ｆｉｄｅｌｉｔｙ  ＤＮＡポリメラーゼ（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ、ＢｉｏＮｏｒｄｉｋａ  Ｄｅｎｍａｒｋ  Ａ／Ｓ、Ｈｅｒｌｅｖ、Ｄｅｎｍａｒｋ）を使用して実施された。
【０９３５】
【表３】
2020519253.tif 000004
【０９３６】
ＰＣＲ反応混合物は、１０μＬの反応緩衝液ＨＦ（５×）；１μＬのＰＣＲヌクレオチド混合物（１０ｍＭ）；２μＬのフォワードクローニングプライマー（２．５ｍＭ）；２μＬのリバースクローニングプライマー（２．５ｍＭ）；１μＬのＰｈｕｓｉｏｎ  Ｈｉｇｈ−Ｆｉｄｅｌｉｔｙ  ＤＮＡポリメラーゼ＃０５３０Ｌ（２０００Ｕ／ｍＬ）；及び５０μＬまでのＰＣＲグレード水からなった。ＰＣＲ反応を、次のプログラム：９８℃で２分間の初期変性後の９８℃で１０秒間、７２℃で２分間の３０サイクル及び最後に７２℃で１０分間の最終伸長を用いて、サーモサイクラーＴ１００（Ｂｉｏｒａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）上でインキュベートした。ＰＣＲ増幅産物を、Ｂｉｏｍｅｋ  ＦＸｐ液体処理装置（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｂｒｅａ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ、ＵＳＡ）に適応されたＡＭＰｕｒｅ  ＸＰビーズシステムキット（Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ、Ｂｅｖｅｒｌｙ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ、ＵＳＡ）を用いて精製した。
【０９３７】
ｐＤＡｕ７２４プラスミドをＤＮＡ鋳型として使用して、１０μＬのＫＡＰＡポリメラーゼ緩衝液５×、１μＬの１０ｍＭ  ＫＡＰＡ  ＰＣＲヌクレオチド混合物、１μＬの１０μＭの適切なフォワードプライマー（Ｆ１に関して配列番号３２３及びＦ３に関して配列番号３２５、表３）、１μＬの１０μＭの適切なリバースプライマー（Ｆ１に関して配列番号３２４及びＦ３に関して配列番号３２６、表３）、１〜１０ｎｇのｐＤＡｕ７２４プラスミド、１μＬのＫＡＰＡ  ＢｉｏｓｙｔｅｍｓポリメラーゼＫＫ２５０２（１ユニット）及び５０μＬまでのＰＣＲグレード水で構成される反応において、２つのＰＣＲ産物（Ｆ１及びＦ３）を増幅した。
【０９３８】
ＰＣＲ増幅反応は、９８℃で２分間、その後の９８℃で１０秒間及び７２℃で２分間の３５サイクル並びに７２℃で１０分間の１回の最終サイクルでプログラムされたＤＹＡＤ（登録商標）Ｄｕａｌ−Ｂｌｏｃｋサーマルサイクラー（ＭＪ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）上で実施された。
【０９３９】
５μＬのＰＣＲ反応物を、ＴＡＥ緩衝液を用いる１％のアガロースゲル電気泳動によって分析し、ここで、適切なサイズのＤＮＡバンドが観察された。残りのＰＣＲ反応物を、製造業者の指示書に従ってＩＬＬＵＳＴＲＡ（商標）ＧＦＸ（商標）ＰＣＲ  ＤＮＡ及びゲルバンド精製キットを用いて精製した。
【０９４０】
【表４】
2020519253.tif 000005
【０９４１】
チエラビア・テレストリス（Ｔｈｉｅｌａｖｉａ  ｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）のｇＤＮＡから増幅されたＬＹＳポリペプチド遺伝子をクローニングするためのオーバラップエクステンションＰＣＲ反応は、１０μＬのＫＡＰＡポリメラーゼ緩衝液（５×）、１μＬの１０ｍＭ  ＫＡＰＡ  ＰＣＲヌクレオチド混合物、５０ｎｇのＰＣＲ断片Ｆ１及び等モル量のＰＣＲ断片Ｆ３及び配列番号４５をコードするＬＹＳポリペプチド遺伝子、１μｌのＫＡＰＡ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓポリメラーゼＫＫ２５０２（１ユニット）並びに４８μＬまでのＰＣＲグレード水で構成された。反応は、９８℃で２分間；続いてそれぞれ９８℃で１０秒間、６８℃で３０秒間及び７２℃で５分間により構成される５サイクルで構成され、且つ７２℃で８分間の最終伸長により完了されるプログラムを用いて、ＤＹＡＤ（登録商標）Ｄｕａｌ−Ｂｌｏｃｋサーマルサイクラー（ＭＪ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）上でインキュベートされた。
【０９４２】
ＯＥ  ＰＣＲ反応中、断片Ｆ１と、配列番号４５をコードするＬＹＳポリペプチド遺伝子との間のアニーリングは、フォワードクローニングプライマー（ＫＫＳＣ０９７２−Ｆ）において含まれる配列番号３２７における重複によって確実にされ、断片Ｆ３と、配列番号４５をコードするＬＹＳポリペプチド遺伝子との間のアニーリングは、リバースクローニングプライマー（ＫＫＳＣ０９７２−Ｒ）において含まれる配列番号３２８を重複させることよって確実にされる。
【０９４３】
１μＬの１０ｍＭのプライマーＳＥＱ１及び１μＬの１０ｍＭのプライマーＳＥＱ４をＯＥ  ＰＣＲ反応物に添加し、反応は、９８℃で２分間；続いてそれぞれ９８℃で１０秒間及び７２℃で４分間から構成される２５サイクルで構成され、且つ７２℃で１０分間の最終伸長により完了されるプログラムを用いて、ＤＹＡＤ（登録商標）Ｄｕａｌ−Ｂｌｏｃｋサーマルサイクラー（ＭＪ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｃ．、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、ＵＳＡ）上でインキュベートされた。
【０９４４】
５μＬのＰＣＲ反応物を、ＴＡＥ緩衝液を用いる１％のアガロースゲル電気泳動によって分析し、ここで、適切なサイズのＤＮＡバンドが観察された。残りのＰＣＲ反応物を、６０℃でチューブを加熱することによって２０μＬに濃縮した。１０μＬのこの反応物をアスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）ＤＡｕ７８５プロトプラスト形質転換のために使用した。
プライマーが順方向に結合する配列番号３２７ＣＴＡＴＡＴＡＣＡＣＡＡＣＴＧＧＧＧＡＴＣＣＡＣＣ
プライマーが逆方向に結合する配列番号３２８ＴＡＧＡＧＴＣＧＡＣＣＣＡＧＣＣＧＣＧＣＣＧＧＣＣＡ
【０９４５】
実施例８：アスペルギルス属（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）プロトプラストの作製
アスペルギルス・オリゼ（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ）ＭＴ３５６８のプロトプラストは、国際公開第９５／００２０４３号パンフレットに従って作製された。１００μｌのプロトプラストをＯＥ  ＰＣＲ断片ＫＫＳＣ０９７２及び２５０μＬの６０％  ＰＥＧ４０００（Ａｐｐｌｉｃｈｅｍ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）（ポリエチレングリコール、分子量４，０００）、１０ｍＭのＣａＣｌ２並びに１０ｍＭのＴｒｉｓ−ＨＣｌ  ｐＨ７．５と混合し、緩やかに混合した。混合物を３７℃で３０分間インキュベートし、選択のためにプロトプラストをＣＯＶＥプレートに広げた。３７℃で４〜７日間のインキュベーション後、４個の形質転換体の胞子を９６ウェルマイクロタイタープレート中の０．２ｍＬのＹＰ＋２％グルコース又はＤＡＰ４Ｃ−１培地に播種した。３０℃での４日間の培養後、培養ブロスをＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析して、最大量のＬＹＳポリペプチドを産生する形質転換体を同定した。
【０９４６】
単一のコロニーを単離するために、形質転換からの最良の形質転換体の胞子を、０．０１％ＴＲＩＴＯＮ（登録商標）Ｘ−１００を含有するＣＯＶＥプレート上に広げた。スプレッディングを、１０ｍＭの硝酸ナトリウムを含有するＣＯＶＥプレート上において合計で２回繰り返した。続いて、胞子を、１００ｍＬのＹＰ＋２％のグルコースを含有する５００ｍＬの振盪フラスコ中に播種し、１００ｒｐｍで振盪させながら３０℃で４日間インキュベートした。培養ブロスを、０．２μｍのフィルターデバイスを使用して濾過することによって回収し、実施例９に記載されるとおりに精製した。
【０９４７】
実施例９：ＬＹＳポリペプチドの精製
精製手順のための活性検出
凍結乾燥された細菌株ミクロコッカス・リソデイキチカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｓｏｄｅｉｋｔｉｃｕｓ）ＡＴＣＣ番号４６９８（Ｓｉｇｍａ）及びイグジォバクテリウム属（Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）（土壌から単離された）を別個に洗浄し、ｐＨ６．０の６０ｍＭのＫＨ２ＰＯ４緩衝液中において基質原液として最終濃度１％（ｗ／ｖ）で懸濁した。活性検出前に基質の濃度を、ｐＨ６．０又はｐＨ４．０の６０ｍＭ  ＫＨ２ＰＯ４緩衝液によってＯＤ４５０で約０．７に相関する０．０３５％に希釈した。１０ｕＬのポリペプチド試料（又は高濃度の塩を含有する場合、５ｕｌのＭＱ水と５ｕｌの試料）及び１９０ｕｌの０．０３５％基質を９６ウェルプレートに添加し、続いてＯＤ４５０を読み取った。プレートを、室温又はサーモミキサーでの３７℃において３００ｒｐｍで３０又は６０分間インキュベートした。プレートを１０秒間振盪し、ＯＤ４５０を再度読み取った。ＯＤ低下がリゾチーム活性を示した。ブランクは、ｐＨ６．０又はｐＨ４．０の１０μｌの６０ｍＭ  ＫＨ２ＰＯ４緩衝液が添加され、各試料は、必要に応じて二つ組で測定された。
【０９４８】
配列番号３の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで透析した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで平衡化されたＳＰ  Ｆａｓｔ  Ｆｌｏｗカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、続いてさらなる評価のために濃縮した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９４９】
配列番号６の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１４０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．２Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ８．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．２Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。
【０９５０】
フロースルー及び１〜１５の画分を回収し、コンダクタンスを１８０ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて添加された１．８Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ８．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣカラムに再ロードした。１．８Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９５１】
配列番号９の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１７０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．５Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ７．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．５Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９５２】
配列番号１２の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１８５ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．８Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．８Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＢｉｓ−Ｔｒｉｓで透析濾過した。
【０９５３】
試料を、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＢｉｓ−Ｔｒｉｓで平衡化されたＭｏｎｏ  Ｑカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、続いてさらなる評価のために濃縮した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９５４】
配列番号１５の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１７０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．５Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｆａｓｔ  Ｆｌｏｗカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．５Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。
【０９５５】
フロースルー及びリゾチーム活性を有する画分を回収し、コンダクタンスを１９０ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて再度添加された１．５Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣカラムに再ロードした。１．５Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９５６】
配列番号１８の精製
ＬＹＳ＿ｃｈｂｒ（配列番号１６）の発現からの培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１７０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．８Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．８Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、画分を合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９５７】
完全な分子量による分析（ＭＡＸＩＳ  ＩＩエレクトロスプレー質量分析計（Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｋ  ＧｍｂＨ、Ｂｒｅｍｅｎ、ＤＥ））は、主要な産物が配列番号１８のアミノ酸１〜２３０に相当し（検出された質量２４１２８．３５Ｄａ、予測された質量２４１２８．２１Ｄａ）、微量の産物が配列番号１８の４〜２３０に相当する（検出された質量２３７６８．７９Ｄａ、予測された質量２３７６８．１６Ｄａ）ことを示した。
【０９５８】
配列番号３２９の精製
ＬＹＳ＿ｃｈｂｒ（配列番号１６）の発現からの培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いてｐＨ６．５の２０ｍＭのＰＢＳで透析した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いてｐＨ６．５の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＣａｐｔｏ  ＳＰカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、続いてさらなる評価のために濃縮した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９５９】
Ｎ末端配列決定（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの精密アミノ酸シークエンサーモデル４９４）及び完全な分子量（ＭＡＸＩＳ  ＩＩエレクトロスプレー質量分析計（Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｋ  ＧｍｂＨ、Ｂｒｅｍｅｎ、ＤＥ）による分析は、Ｎ末端ＬＥＤドメインが、ＬＡＤ触媒ドメインを残して切断されたこと及び分子が不均一なＮ末端を有したことを示した（表４を参照されたい）。主要な産物は、配列番号３２９として開示される残基８５〜２３０に相当した。
【０９６０】
【表５】
2020519253.tif 000006
【０９６１】
配列番号２１の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１４０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された２ＭのＮａＣｌを含むｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｆａｓｔ  Ｆｌｏｗカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。２Ｍ〜０の溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。
【０９６２】
フロースルー及びリゾチーム活性を有する画分を回収し、コンダクタンスを１８０ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて再度添加された４ＭのＮａＣｌを含むｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで平衡化されたＨＩＣカラムに再ロードした。４Ｍ〜０の溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分及び未結合試料をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、合わせてプールし、且つ濃縮した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９６３】
配列番号２４の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１７０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された４ＭのＮａＣｌを含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。４Ｍ〜０の溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。
【０９６４】
フロースルー及びリゾチーム活性を有する未結合画分を回収し、コンダクタンスを１９０ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて再度添加された１．８Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＨＩＣカラムに再ロードした。１．８Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９６５】
配列番号２７の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いてｐＨ５．５の２０ｍＭのＮａＡｃで透析した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いてｐＨ５．５の２０ｍＭのＮａＡｃで平衡化されたＣａｐｔｏ  ＳＰカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。リゾチーム活性を有する画分をプールし、濃縮したが、試料の分解は見出されなかった。
【０９６６】
試料のコンダクタンスを２００ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて再度添加された２．０Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラムに再ロードした。２．０Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９６７】
配列番号３０の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで透析した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで平衡化されたＣａｐｔｏ  ＳＰカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、続いてさらなる評価のために濃縮した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９６８】
配列番号３３の精製
Ｏ３３Ｘ７３の培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで透析した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡｃで平衡化されたＣａｐｔｏ  ＳＰカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、続いてさらなる評価のために濃縮した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９６９】
配列番号３６の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いてｐＨ７．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いてｐＨ７．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＣａｐｔｏ  Ｑカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。リゾチーム活性を有するフロースルー画分をさらなる精製のために選抜した。
【０９７０】
フロースルー画分のｐＨをｐＨ４．５に調整し、続いてｐＨ４．５の２０ｍＭのＮａＡＣで平衡化されたＣａｐｔｏ  ＳＰカラムに再ロードした。０〜１Ｍの溶出緩衝液としてＮａＣｌ濃度の勾配上昇を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析し、合わせてプールした。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９７１】
配列番号３９の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１７０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．５Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ６  Ｆａｓｔ  Ｆｌｏｗカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．５Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性は、フロースルー画分及び画分１〜１２において依然として見出され、それらは、さらなる精製のために合わせてプールされた。
【０９７２】
リゾチーム活性を有する試料のコンダクタンスを１９０ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて再度添加された１．８Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラムに再ロードした。１．８Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分析し、合わせてプールし、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過した。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９７３】
配列番号４２の精製
培養上清を最初に硫酸アンモニウム（８０％飽和）で沈殿させ、続いて沈殿物に水を加えて、コンダクタンスを約１７０ｍＳ／ｃｍに調整した。溶液を０．４５ｕｍのフィルターで濾過し、続いて添加された１．５Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラム（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）にロードした。１．５Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析したが、２つのバンドが見出された。リゾチーム活性を有する画分をさらなる精製のために合わせてプールした。
【０９７４】
画分のコンダクタンスを１４０ｍＳ／ｃｍに調整し、続いて再度添加された１．２Ｍの（ＮＨ４）２ＳＯ４を含むｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで平衡化されたＰｈｅｎｙｌ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  Ｈｉｇｈ  Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅカラムに再ロードした。１．２Ｍ〜０の溶出緩衝液として（ＮＨ４）２ＳＯ４濃度の勾配低下を適用し、続いて溶出画分及びフロースルー画分を回収して、リゾチーム活性を検出した。リゾチーム活性を有する画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥによって分析した。画分２９〜３７は、より小さい分子量を有し、合わせてプールされ、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過された。画分４３〜４５は、より大きい分子量を有し、合わせてプールされ、ｐＨ６．０の２０ｍＭのＰＢＳで透析濾過された。タンパク質濃度をＱｕｂｉｔ（登録商標）タンパク質アッセイキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログＱ３３２１２）によって決定した。
【０９７５】
Ｎ末端配列決定（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの精密アミノ酸シークエンサーモデル４９４）による分析は、産物が配列番号４２のアミノ酸１〜７に相当するＮ末端配列ＹＰＩＫＤＮＮで始まることを示した。
【０９７６】
完全な分子量による分析（ＭＡＸＩＳ  ＩＩエレクトロスプレー質量分析計（Ｂｒｕｋｅｒ  Ｄａｌｔｏｎｉｋ  ＧｍｂＨ、Ｂｒｅｍｅｎ、ＤＥ））は、主要な産物が配列番号４２のアミノ酸１〜３０４に相当することを示した（検出された質量３１７５５．５９Ｄａ、予測された質量３１７５４．９７Ｄａ）。第１のＬＥＤドメインがＮ末端で切断されることに起因して、配列番号４２のアミノ酸７６〜３０４に相当する少量の副次的な産物も存在した（検出された質量２３６１７．２３Ｄａ、予測された質量２３６１７．１５Ｄａ）。
【０９７７】
配列番号４５の精製
リゾチームを有する発酵上清を、０．２２μｍカットオフを有するＦａｓｔ  ＰＥＳ  Ｂｏｔｔｌｅ  ｔｏｐフィルターに通して濾過した。２５０ｍｌの濾過された発酵試料を２５０ｍｌのＭｉｌｌｉＱ水で希釈し、ｐＨを４．５に調整した。溶液を含有するリゾチームを、約１０ＣＶにわたる０〜１００％の勾配を用いる、緩衝液Ａとして５０ｍＭ  Ｎａ−酢酸  ｐＨ４．５、緩衝液Ｂとして５０ｍＭ  Ｎａ−酢酸＋２Ｍ  ＮａＣｌ  ｐＨ４．５を用いて、ＸＫ１６カラム中においておよそ３０ｍｌのＣａｐｔｏ  Ｓ上でのクロマトグラフィーにより精製した。カラムからの画分をクロマトグラム（２８０ｎｍ及び２５４ｎｍでの吸収）及びＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析に基づいてプールした。
【０９７８】
分子量をＳＤＳ−ＰＡＧＥから２５ｋＤａと推定し、純度は、＞９０％であった。
【０９７９】
実施例１０：ＨＭＭによってＬＡＤ触媒ドメインを決定する方法
配列番号４６〜１８７を、デフォルト設定によるソフトウェアプログラムＭＵＳＣＬＥ  ｖ３．８．３１を用いて整列させた。このアラインメントを用いて、ＨＭＭは、パッケージＨＭＭＥＲ  ３．０（２０１０年３月）（ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）のソフトウェアプログラム「ｈｍｍｂｕｉｌｄ」を使用して構築され、そのソフトウェアは、コマンド：ｈｍｍｓｃａｎ３  −−ｔｂｌｏｕｔ  ｏｕｔｐｕｔ．ｄａｔ  ｍｏｄｅｌ．ｈｍｍ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．ｆａｓｔａによってデフォルト設定を用いて発動された。続いて、ソフトウェアプログラム「ｈｍｍｓｃａｎ］にロードするためにそれによって生成されたＬＡＤ触媒ドメインのＨＭＭプロファイルが以下に示される。
【化１】
2020519253.tif 000007
【化２】
2020519253.tif 000008
【化３】
2020519253.tif 000009
【化４】
2020519253.tif 000010
【化５】
2020519253.tif 000011
【化６】
2020519253.tif 000012
【化７】
2020519253.tif 000013
【化８】
2020519253.tif 000014
【化９】
2020519253.tif 000015
【化１０】
2020519253.tif 000016
【化１１】
2020519253.tif 000017
【化１２】
2020519253.tif 000018
【化１３】
2020519253.tif 000019
【化１４】
2020519253.tif 000020
【化１５】
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【化１６】
2020519253.tif 000022
【化１７】
2020519253.tif 000023
【化１８】
2020519253.tif 000024
【化１９】
2020519253.tif 000025
【化２０】
2020519253.tif 000026
【化２１】
2020519253.tif 000027
【化２２】
2020519253.tif 000028
【化２３】
2020519253.tif 000029
【化２４】
2020519253.tif 000030
【化２５】
2020519253.tif 000031
【化２６】
2020519253.tif 000032
【化２７】
2020519253.tif 000033
【化２８】
2020519253.tif 000034
【化２９】
2020519253.tif 000035
【０９８０】
実施例１１：ＨＭＭによってリゾチーム強化ドメインを決定する方法
配列番号１８８〜３１６を、デフォルト設定によるソフトウェアプログラムＭＵＳＣＬＥ  ｖ３．８．３１を用いて整列させた。このアラインメントを用いて、ＨＭＭは、パッケージＨＭＭＥＲ  ３．０（２０１０年３月）（ｈｔｔｐ：／／ｈｍｍｅｒ．ｏｒｇ／）のソフトウェアプログラム「ｈｍｍｂｕｉｌｄ」を使用して構築され、そのソフトウェアは、コマンド：ｈｍｍｓｃａｎ３  −−ｔｂｌｏｕｔ  ｏｕｔｐｕｔ．ｄａｔ  ｍｏｄｅｌ．ｈｍｍ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ．ｆａｓｔａによってデフォルト設定を用いて発動された。続いて、ソフトウェアプログラム「ｈｍｍｓｃａｎ］にロードするためにそれによって生成されたリゾチーム強化ドメインのＨＭＭプロファイルが以下に示される。
【化３０】
2020519253.tif 000036
【化３１】
2020519253.tif 000037
【化３２】
2020519253.tif 000038
【化３３】
2020519253.tif 000039
【化３４】
2020519253.tif 000040
【化３５】
2020519253.tif 000041
【化３６】
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【化３７】
2020519253.tif 000043
【化３８】
2020519253.tif 000044
【化３９】
2020519253.tif 000045
【化４０】
2020519253.tif 000046
【化４１】
2020519253.tif 000047
【化４２】
2020519253.tif 000048
【化４３】
2020519253.tif 000049
【化４４】
2020519253.tif 000050
【化４５】
2020519253.tif 000051
【化４６】
2020519253.tif 000052
【０９８１】
実施例１２：ＤｏｍＴスコアの決定
本発明のＬＹＳポリペプチドのＬＡＤドメイン及びＬＥＤドメインに関するＤｏｍＴスコアは、本明細書で記載されるとおりの実施例１０からのＬＡＤ触媒ドメインＨＭＭ及び実施例１１からのリゾチーム強化ドメインＨＭＭを使用して決定され、下の表５において提示される。
【０９８２】
【表６】
2020519253.tif 000053
【０９８３】
特許請求されるＬＹＳポリペプチドの全ては、少なくとも１７０のＬＡＤ  ＤｏｍＴスコアを有し、ＬＡＤ  ＨＭＭモデルに対して十分な相同性を示す。同様に、特許請求されるＬＹＳポリペプチドの全ては、ＬＥＤを有し、少なくとも１００のＬＥＤ  ＤｏｍＴスコアを有し、ＬＥＤ  ＨＭＭモデルに対して十分な相同性を示す。
【０９８４】
実施例１３：還元末端アッセイを用いて測定されたＬＹＳポリペプチドの活性
本発明のＬＹＳポリペプチドは、２つの酵素濃度において実施例１に従って試験され、結果は、下の表６〜表８に示される。
【０９８５】
【表７】
2020519253.tif 000054
【０９８６】
【表８】
2020519253.tif 000055
【０９８７】
理解されるとおり、本発明のＬＹＳポリペプチドは、還元末端アッセイを用いて測定されるとおりのリゾチーム活性を示す。
【０９８８】
実施例１４：ＯＤ低下アッセイを用いて測定されたＬＹＳポリペプチドの活性
本発明のＬＹＡポリペプチドは、ｐＨ４において実施例２に従って試験され、結果は、下の表８及び９において示される。
【０９８９】
【表９】
2020519253.tif 000056
【０９９０】
【表１０】
2020519253.tif 000057
【０９９１】
理解されるとおり、本発明のＬＹＳポリペプチドは、Ｍ  ルテウス（Ｍ  ｌｕｔｅｕｓ）に対して従来のＯＤ低下アッセイを用いて測定されるとおりのリゾチーム活性を示す。
【０９９２】
実施例１９：ＬＹＳポリペプチドを含む動物用飼料及び動物用飼料添加物
動物用飼料添加物
０．０１ｇ〜１０ｇの酵素タンパク質を含有する本発明のＬＹＳポリペプチド（例えば、配列番号３、６、９、１２、１５、１８、２１、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２、４５又は２３９）を含む配合物は、以下のプレミックスに添加される（プレミックスの１キロ当たり）。
【０９９３】
【表１１】
2020519253.tif 000058
【０９９４】
動物用飼料
これは、上記の動物用飼料添加物を含む動物用飼料（ブロイラー飼料）の例である。
６２．５５％  トウモロコシ
３３．８％  ダイズミール（５０％粗タンパク質）
１．０％  ダイズ油
０．２％  ＤＬ−メチオニン
０．２２％  ＤＣＰ（リン酸二カルシウム）
０．７６％  ＣａＣＯ３（炭酸カルシウム）
０．３２％  砂
０．１５％  ＮａＣｌ（塩化ナトリウム）
１％の上記プレミックス
【０９９５】
成分が混合され、飼料が所望の温度、例えば６０、６５、７５、８０、８５、９０又はさらに９５℃でペレット化される。
【０９９６】
本明細書に記載され、且つ特許請求される本発明は、開示される本明細書の特定の態様による範囲に限定されるべきではなく、なぜなら、これらの態様は、本発明のいくつかの態様の例示であることが意図されているためである。任意の均等な態様が本発明の範囲内であることが意図される。実際に、本明細書に示され、記載されるものに追加した本発明の種々の変更形態が前述の記載から当業者に明らかとなるであろう。このような変更形態も添付の特許請求の範囲の範囲内に入ることが意図される。競合する場合、定義を含む本開示が優先されることとなる。
【図１】
2020519253.tif 000059
【図２】
2020519253.tif 000060
【配列表】
2020519253000001.app
【国際調査報告】
2020519253.tif 000061
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