【手続補正書】
【提出日】平成29年1月17日(2017.1.17)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド・ライブラリーであって、それぞれのポリヌクレオチドは、２つの天然起源の非相同の完全長オープンリーディングフレームをランダムな様式でインフレームで融合することにより形成される単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含み、
ここで１つのオープンリーディングフレームは、完全長オープンリーディングフレームの第一のポリヌクレオチド・コレクションに含まれるポリヌクレオチドの一つであり、ここで当該第一のコレクションは単一の生物の配列決定されたゲノムから同定および単離された完全長オープンリーディングフレームの少なくとも７５％を含み、そして当該第一のコレクション中の他の配列に対して非相同な配列を有する複数のポリヌクレオチドを含むものであり、そして
ここで１つのオープンリーディングフレームは、完全長オープンリーディングフレームの第二のポリヌクレオチド・コレクションに含まれるポリヌクレオチドの一つであり、ここで当該第二のコレクションは単一の生物の配列決定されたゲノムから同定および単離された完全長オープンリーディングフレームの少なくとも７５％を含み、そして当該第二のコレクション中の他の配列に対して非相同な配列を有する複数のポリヌクレオチドを含むものであり、
ここで当該２つの完全長非相同オープンリーディングフレームは、リンカー配列を介して連結されており、および
ここで当該第一のコレクションおよび第二のコレクションに関して当該単一の生物はサッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）、大腸菌（E. coli）またはシアノバクテリアである、
前記ポリヌクレオチド・ライブラリー。
【請求項２】
リンカーが、配列番号２５１０４に示されるアミノ酸をコードする、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
ポリヌクレオチドが、さらに単一の融合ポリペプチドをコードするオープンリーディングフレームの発現を制御する少なくとも１つの制御配列を含む、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項４】
少なくとも１つの制御配列がプロモーターである、請求項３に記載のライブラリー。
【請求項５】
少なくとも１つの制御配列がターミネーターである、請求項３に記載のライブラリー。
【請求項６】
第一および第二のポリヌクレオチド・コレクション中のオープンリーディングフレームが、５１〜３，０００ヌクレオチドの長さである、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項７】
第一および第二のポリヌクレオチド・コレクション中のオープンリーディングフレームの数が２，９２５〜５，０９５である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項８】
第一および第二のポリヌクレオチド・コレクションのオープンリーディングフレームが、配列番号１〜５０１９である、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項９】
請求項１に記載の単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含むベクター。
【請求項１０】
発現ベクターである、請求項９に記載のベクター。
【請求項１１】
請求項１に記載の単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含む宿主細胞。
【請求項１２】
請求項１に記載のライブラリーを製造する方法であって、以下：
（ａ）プライマーセットを用いて生物の完全長オープンリーディングフレームを増幅することにより、互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含む第一のコレクションを生成する、ここで当該プライマーセットは、発現ベクターのプロモーター領域に相補的な５’プライマーおよびリンカー配列に相補的な３’プライマーを含む；
（ｂ）プライマーセットを用いて生物の完全長オープンリーディングフレームを増幅することにより、互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含む第二のコレクションを生成する、ここで当該プライマーセットは、リンカー配列に相補的な５’プライマーおよび発現ベクターのターミネーター領域に相補的な３’プライマーを含む；および
（ｃ）工程（ａ）のコレクションを工程（ｂ）のコレクションとランダムな様式で融合して、互いに異なる配列を有する複数のランダムに組み合わされたポリヌクレオチドを含むライブラリーを生じる、ここでそれぞれのランダムに組み合わされたポリヌクレオチドはインフレームで連結された２つの完全長非同一オープンリーディングフレームを含む単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含み、ここで一つの完全長オープンリーディングフレームは工程（ａ）に由来し、そして一つのオープンリーディングフレームは工程（ｂ）に由来する；
前記方法。
【請求項１３】
増幅した完全長オープンリーディングフレームの第一のコレクションが単一の生物の配列決定されたゲノムから同定および単離された完全長オープンリーディングフレームの少なくとも７５％を含み、そして増幅した完全長オープンリーディングフレームの第二のコレクションが単一の生物の配列決定されたゲノムから同定および単離された完全長オープンリーディングフレームの少なくとも７５％を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
工程（ａ）のプライマーセットが、発現ベクターのプロモーター領域の一部である１６ヌクレオチドの配列を含む５’プライマー、および、リンカー配列の一部に相補的な１６ヌクレオチドの配列をその５’末端において含む３’プライマー、を含み；そして
工程（ｂ）のプライマーセットが、リンカー配列の一部である１６ヌクレオチドの配列を含む５’プライマー、および、発現ベクターのターミネーター領域に相補的な１６ヌクレオチドの配列をその５’末端において含む３’プライマー、を含む；
請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
工程（ｂ）の５’プライマーがさらに配列番号２５１０１に示される配列を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
工程（ｂ）の３’プライマーがさらに配列番号２５１０２に示される配列を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
工程（ａ）の３’プライマーがさらに配列番号２５１００に示される配列を含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１８】
工程（ａ）のプライマーセットが、配列番号２５０９９に示される配列を含む５’プライマーおよび配列番号２５１００に示される配列を含む３’プライマーを含み、そして工程（ｂ）のプライマーセットが、配列番号２５１０１に示される配列を含む５’プライマーおよび配列番号２５１０２に示される配列を含む３’プライマーを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１９】
工程（ａ）のプライマーセットが、配列番号２５１２７に示される配列を含む５’プライマーおよび配列番号２５１２８に示される配列を含む３’プライマーを含み、そして工程（ｂ）のプライマーセットが、配列番号２５１２９に示される配列を含む５’プライマーおよび配列番号２５１３０に示される配列を含む３’プライマーを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項２０】
新規表現型を産生する方法であって、以下：
（ａ）請求項１に記載のライブラリーをサッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）に導入する；および
（ｂ）同じ条件下で培養した同じ種の対照細胞と比較した際に、異なる表現型を示す細胞を単離する；
ことを含む、前記方法。
【請求項２１】
表現型がブタノール許容性である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
表現型が熱許容性である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２３】
互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド・ライブラリーであって、それぞれのポリヌクレオチドは、２つの非相同の完全長オープンリーディングフレームをランダムな様式でインフレームで融合することにより形成される単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含み、
ここで１つのオープンリーディングフレームは、完全長オープンリーディングフレームの第一のポリヌクレオチド・コレクションに含まれるポリヌクレオチドの一つであり、ここで当該第一のコレクションは、当該第一のコレクション中の他の配列のそれぞれに対して非相同な配列を有する複数のポリヌクレオチドを含む完全長のオープンリーディングフレームを含み、それは単一の生物の配列決定されたゲノムから同定および単離されたものであり、そして
ここで１つのオープンリーディングフレームは、完全長オープンリーディングフレームの第二のポリヌクレオチド・コレクションに含まれるポリヌクレオチドの一つであり、ここで当該第二のコレクションは、当該第二のコレクション中の他の配列のそれぞれに対して非相同な配列を有する複数のポリヌクレオチドを含む完全長のオープンリーディングフレームを含み、それは単一の生物の配列決定されたゲノムから同定および単離されたものであり、
当該第一のコレクションに含まれる１つのオープンリーディングフレームは、それが融合される当該第二のコレクションに含まれる１つのオープンリーディングフレームに対して上流側または下流側のいずれかに配置されており、ここで上流側のオープンリーディングフレームおよび下流側のオープンリーディングフレームは配列番号２５１０４に示されるアミノ酸配列をコードするリンカー配列を介して連結されている、
前記ポリヌクレオチド・ライブラリー。
【請求項２４】
第一のコレクションおよび第二のコレクションに関して単一の生物が、サッカロミセス・セレビシエ（Saccharomyces cerevisiae）、大腸菌（E. coli）またはシアノバクテリアである、請求項２３に記載のライブラリー。
【請求項２５】
互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド・ライブラリーであって、それぞれのポリヌクレオチドは、２つの天然起源の非相同の完全長オープンリーディングフレームをランダムな様式でインフレームで融合することにより形成される単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含み、ここで
（ａ）プライマーセットを用いて生物の完全長オープンリーディングフレームを増幅することにより、互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含む第一のコレクションが生成され、ここで当該プライマーセットは、発現ベクターのプロモーター領域に相補的な５’プライマーおよびリンカー配列に相補的な３’プライマーを含む；
（ｂ）プライマーセットを用いて生物の完全長オープンリーディングフレームを増幅することにより、互いに異なる配列を有する複数のポリヌクレオチドを含む第二のコレクションが生成され、ここで当該プライマーセットは、リンカー配列に相補的な５’プライマーおよび発現ベクターのターミネーター領域に相補的な３’プライマーを含む；そして
（ｃ）工程（ａ）のコレクションを工程（ｂ）のコレクションとランダムな様式で融合して、互いに異なる配列を有する複数のランダムに組み合わされたポリヌクレオチドを含むライブラリーを生じる、ここでそれぞれのランダムに組み合わされたポリヌクレオチドはインフレームで連結された２つの完全長非同一オープンリーディングフレームを含む単一の融合ポリペプチドをコードする単一のオープンリーディングフレームを含み、ここで一つの完全長オープンリーディングフレームは工程（ａ）に由来し、そして一つのオープンリーディングフレームは工程（ｂ）に由来する；
前記ポリヌクレオチド・ライブラリー。