【手続補正書】
【提出日】平成29年5月1日(2017.5.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
成分：サイトケラチン１型、サイトケラチン２型、ヒストン、コラーゲンａ１、コラーゲンａ２、コラーゲンａ３、ヘモグロビン、アクチン、βグロビン、ミオシン、フィブロネクチン、ダームシジン、およびビメンチンを含む、細胞外基質［ＥＣＭ］組成物。
【請求項２】
請求項１に記載の細胞外基質［ＥＣＭ］組成物を得るための方法であって、該方法が、以下の行為：
ａ．腫瘍組織を生化学的アッセイに供して、ＥＣＭの成分を同定すること；および
ｂ．ＥＣＭの成分：サイトケラチン１型、サイトケラチン２型、ヒストン、コラーゲンａ１、コラーゲンａ２、コラーゲンａ３、ヘモグロビン、アクチン、βグロビン、ミオシン、フィブロネクチン、ダームシジン、およびビメンチンを組み合わせて、ＥＣＭ組成物を得ること；
を含む、前記方法。
【請求項３】
腫瘍組織を培養するための腫瘍微小環境プラットフォームであって、該微小環境が、請求項１に記載のＥＣＭ組成物、培養培地を、任意に血清、血漿またはＰＢＭＣおよび薬物と共に含む、前記腫瘍微小環境プラットフォーム。
【請求項４】
腫瘍組織を培養するための、腫瘍微小環境プラットフォームを得るための方法であって、該方法が、プラットフォームを請求項１に記載のＥＣＭ組成物でコーティングすること、および培養培地を任意に血清、血漿またはＰＢＭＣおよび薬物と共にプラットフォームに加えて、腫瘍微小環境プラットフォームを得ること、の行為を含む、前記方法。
【請求項５】
腫瘍組織を器官培養する方法であって、腫瘍組織を請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム上で培養して器官培養物を得る行為を含む、前記方法。
【請求項６】
腫瘍対象の、１または２以上の薬物に対する反応を予測する方法であって、該方法が、以下の行為：
ａ．対象の腫瘍組織を請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム上で培養して、培養された腫瘍組織を得ること；
ｂ．培養された腫瘍組織を１または２以上の薬物で処理し、アッセイを行うこと；
ｃ．アッセイの読み取りを数値メトリックに変換して感受性指数を取得し、これにより、対象の１または２以上の薬物に対する反応を予測すること；および
ｄ．任意に、感受性指数と、前記１または２以上の薬物に対する対象の臨床反応との相関をとること、
を含む、前記方法。
【請求項７】
腫瘍対象の、１または２以上の薬物に対する反応を予測する方法であって、該方法が、以下の行為：
ａ．対象の腫瘍組織を請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム上で培養して、培養された腫瘍組織を得ること；
ｂ．培養された腫瘍組織を１または２以上の薬物で処理すること；
ｃ．薬物に対する腫瘍の反応を複数のアッセイにより評価して、複数のアッセイの各々についての評価スコアを得ること；
ｄ．複数のアッセイの各々に対して重みスコアを割り当てること；
ｅ．複数のアッセイの各々の評価スコアに、複数のアッセイの対応するアッセイの重みスコアを乗じて、複数のアッセイの各々についての独立アッセイスコアを得ること；
ｆ．複数のアッセイの各々の独立アッセイスコアを組み合わせて感受性指数を取得し、これにより、対象の１または２以上の薬物に対する反応を予測すること；および、
ｇ．任意に、感受性指数と、対象の１または２以上の薬物に対する臨床反応との相関をとること、
を含む、前記方法。
【請求項８】
抗癌剤をスクリーニングまたは開発する方法であって、該方法が、以下の行為：
ａ．対象の腫瘍組織を請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム上で培養して、培養された腫瘍組織を得ること；および
ｂ．培養された腫瘍組織を剤で処理し、剤に対する腫瘍の反応をアッセイにより評価して、前記剤の腫瘍細胞に対する効果を決定すること；
を含む、前記方法。
【請求項９】
腫瘍細胞を特定のマーカーについてスクリーニングするための方法であって、該方法が、以下の行為：
ａ．対象の腫瘍組織を請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム上で培養して、培養された腫瘍組織を得ること；
ｂ．培養された腫瘍組織を１または２以上の薬物で処理し、薬物に対する腫瘍の反応をアッセイにより評価すること；および
ｃ．マイクロアレイおよび核酸解析を行って、バイオマーカーについてスクリーニングすること；
を含む、前記方法。
【請求項１０】
腫瘍組織が、中枢神経系、骨髄、血液、脾臓、胸腺、心臓、乳腺、肝臓、膵臓、甲状腺、骨格筋、腎臓、肺、腸、胃、食道、卵巣、膀胱、精巣、子宮、間質組織および結合組織、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択されるソースから得られ；ならびに
腫瘍または腫瘍組織が、外科的にもしくは生検により、または異種移植片としてまたはそれらの任意の組み合わせで得られ；および前記腫瘍または腫瘍組織が、約１００μｍから約３０００μｍの切片の小さな断片に分割されている、
請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム。
【請求項１１】
腫瘍組織が、中枢神経系、骨髄、血液、脾臓、胸腺、心臓、乳腺、肝臓、膵臓、甲状腺、骨格筋、腎臓、肺、腸、胃、食道、卵巣、膀胱、精巣、子宮、間質組織および結合組織、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択されるソースから得られ；ならびに
腫瘍または腫瘍組織が、外科的にもしくは生検により、または異種移植片としてまたはそれらの任意の組み合わせで得られ；および前記腫瘍または腫瘍組織が、約１００μｍから約３０００μｍの切片の小さな断片に分割されている、
請求項２および４〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
腫瘍組織の培養が、約３０℃から約４０℃の範囲の温度、好ましくは約３７℃で；約２〜１０日の間、好ましくは約３〜７日；および約５％のＣＯ２で実施され；および
腫瘍微小環境プラットフォームが、プレート、ベース、フラスコ、ディッシュ、ペトリプレートおよびペトリ皿を含む群から選択される、
請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム。
【請求項１３】
腫瘍組織の培養が、約３０℃から約４０℃の範囲の温度、好ましくは約３７℃で；約２〜１０日の間、好ましくは約３〜７日；および約５％のＣＯ２で実施され；および
腫瘍微小環境プラットフォームが、プレート、ベース、フラスコ、ディッシュ、ペトリプレートおよびペトリ皿を含む群から選択される、
請求項４〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
腫瘍細胞のシグナリングネットワーク、無傷の組織の微小環境、細胞構造、および腫瘍−間質相互作用の完全性を維持するためのものである、請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム。
【請求項１５】
腫瘍細胞のシグナリングネットワーク、無傷の組織の微小環境、細胞構造、および腫瘍−間質相互作用の完全性を維持するためのものである、請求項４に記載の方法。
【請求項１６】
培養培地が、約６０％〜約１００％の範囲の濃度、好ましくは約８０％で２ｍｌのダルベッコ改変イーグル培地［ＤＭＥＭ］またはＲＰＭＩ１６４０［Roswell Park Memorial Institute Medium］；約０．１％〜約４０％の範囲の濃度、好ましくは約２％（重量／重量）の熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）；約１％〜約２％の範囲の濃度、好ましくは約１％（重量／重量）のペニシリン−ストレプトマイシン；約１０ｍＭ〜約５００ｍＭの範囲の濃度、好ましくは約１００ｍＭのピルビン酸ナトリウム；約１ｍＭ〜約１０ｍＭの範囲の濃度、好ましくは約５ｍＭのＬ−グルタミンである非必須アミノ酸；および約１ｍＭ〜約２０ｍＭの範囲の濃度、好ましくは約１０ｍＭのＨＥＰＥＳ（４−（２−ヒドロキシエチル）−１−ピペラジンエタンスルホン酸）またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択され；ならびに培養培地における血清が、約０．１％〜約１０％の範囲の濃度、好ましくは約２％である、請求項３に記載の腫瘍微小環境プラットフォーム。
【請求項１７】
培養培地が、約６０％〜約１００％の範囲の濃度、好ましくは約８０％で２ｍｌのダルベッコ改変イーグル培地［ＤＭＥＭ］またはＲＰＭＩ１６４０［Roswell Park Memorial Institute Medium］；約０．１％〜約４０％の範囲の濃度、好ましくは約２％（重量／重量）の熱不活性化ウシ胎児血清（ＦＢＳ）；約１％〜約２％の範囲の濃度、好ましくは約１％（重量／重量）のペニシリン−ストレプトマイシン；約１０ｍＭ〜約５００ｍＭの範囲の濃度、好ましくは約１００ｍＭのピルビン酸ナトリウム；約１ｍＭ〜約１０ｍＭの範囲の濃度、好ましくは約５ｍＭのＬ−グルタミンである非必須アミノ酸；および約１ｍＭ〜約２０ｍＭの範囲の濃度、好ましくは約１０ｍＭのＨＥＰＥＳ（４−（２−ヒドロキシエチル）−１−ピペラジンエタンスルホン酸）またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択され；ならびに培養培地における血清が、約０．１％〜約１０％の範囲の濃度、好ましくは約２％である、請求項４〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
腫瘍が、胃癌、結腸癌、頭頸部癌、脳の癌、口腔癌、乳癌、胃癌、胃腸の癌、食道癌、大腸癌、膵臓癌、肺癌、肝臓癌、腎臓癌、卵巣癌、子宮癌、骨の癌、前立腺癌、精巣癌、神経膠芽腫、星状細胞腫、黒色腫、甲状腺癌、膀胱癌、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、ならびにＡＭＬ［急性骨髄性白血病］、ＣＭＬ［慢性骨髄性白血病］、ＡＬＬ［急性リンパ性白血病］、ＴＡＬＬ［Ｔ細胞急性リンパ芽球性白血病］、ＮＨＬ［非ホジキンリンパ腫］、ＤＢＣＬ［びまん性Ｂ細胞性リンパ腫］、ＣＬＬ［慢性リンパ性白血病］、および多発性骨髄腫を含む血液の癌、またはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される、請求項２および４〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
アッセイが、細胞生存率、細胞死、細胞増殖、腫瘍の形態、腫瘍間質含量、細胞代謝、老化またはそれらの任意の組み合わせについてのアッセイを含む群から選択され；および
細胞生存率および細胞代謝についてのアッセイが、ＷＳＴアッセイ、ＡＴＰ取り込みアッセイ、およびグルコース取り込みアッセイを含む群から選択され；細胞死についてのアッセイが、ＬＤＨアッセイ、活性化カスパーゼ３アッセイ、活性化カスパーゼ８アッセイ、および酸化窒素合成酵素アッセイ、ＴＵＮＥＬを含む群から選択され；細胞増殖についてのアッセイが、Ｋｉ６７アッセイ、ＡＴＰ／ＡＤＰ比アッセイおよびグルコース取り込みアッセイを含む群から選択され；ならびに腫瘍の形態および腫瘍間質についてのアッセイが、Ｈ＆Ｅ［ヘマトキシリン＆エオシン染色］であるか；またはそれらの任意の組み合わせである、
請求項６〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
方法が、対象のための処置を、化学療法、標的療法、外科手術、放射線またはそれらの任意の組み合わせを含む群から決定するために使用され；および
感受性指数が６０より大、２０と６０の間、および２０より小の場合に、感受性指数がそれぞれ、完全臨床反応、部分的臨床反応、および臨床反応なしと相関する、
請求項６または７に記載の方法。
【請求項２１】
生化学的アッセイが、ＥＬＩＳＡ、ブロッティング技術、ＬＣＭＳ、ビーズベースアッセイ、免疫除去、クロマトグラフィーアッセイまたはそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される定量的アッセイまたは定性的アッセイである、請求項２に記載の方法。
【請求項２２】
複数アッセイの各々に対する重みスコアの割り当てが、用いる薬物の性質に基づく、請求項７に記載の方法。
【請求項２３】
ＤＮＡ、ＲＮＡまたはマイクロＲＮＡのマイクロアレイおよび核酸分析を実施して、薬物処置の前後の経路の調節を検出し；および
マイクロアレイおよび核酸分析を、リアルタイムＰＣＲ（ＲＴＰＣＲ）、免疫組織化学（ＩＨＣ）分析、およびホスホプロテオミクスプロファイリングを含む群から選択されるアッセイを用いて確認する、
請求項９に記載の方法。