【手続補正書】
【提出日】平成29年1月26日(2017.1.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号２のヌクレオチド１４３１からヌクレオチド１４６２までのヌクレオチド配列又はその相補体を含む、核酸分子。
【請求項２】
配列番号３のヌクレオチド２２０から２６１までのヌクレオチド配列又はその相補体を含む、核酸分子。
【請求項３】
配列番号２のヌクレオチド配列又はその相補体を含む、請求項１記載の核酸分子。
【請求項４】
配列番号３のヌクレオチド配列又はその相補体を含む、請求項２記載の核酸分子。
【請求項５】
配列番号１１のヌクレオチド配列、又は配列番号１１に対して少なくとも９９％配列同一性を有し、ＨＰＰＤ阻害剤及び／又はグリホセートに対する耐性をもたらすヌクレオチド配列を含む、核酸分子。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか一項に記載の核酸分子を含む、ダイズゲノムＤＮＡ。
【請求項７】
ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫であって、それぞれがＨＰＰＤ阻害剤及び／又はグリホセートに対して耐性であり、そしてそれぞれが配列番号２のヌクレオチド１４３１からヌクレオチド１４６２までのヌクレオチド配列および配列番号３のヌクレオチド２２０から２６１までのヌクレオチド配列をそのゲノム中に含む、前記ダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項８】
配列番号２および３の配列を含む、請求項７記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項９】
配列番号１１の配列を含む、請求項７記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫。
【請求項１０】
ダイズ植物、細胞、部分、又は種子であって、それぞれがＨＰＰＤ阻害剤及び／又はグリホセートに対して耐性であり、そしてそれぞれが優良イベントＥＥ−ＧＭ３をそのゲノム中に含み、ここで前記優良イベントは、寄託番号ＮＣＩＭＢ４１６５９の下にＮＣＩＭＢに寄託されているレファレンス種子中に見出される、キメラＨＰＰＤ  ＰｆＷ３３６コード遺伝子及びキメラ２ｍＥＰＳＰＳコード遺伝子を含む外来性ＤＮＡ並びに前記外来性ＤＮＡに直接隣接する５’及び３’フランキング配列を含む遺伝子座である、前記ダイズ植物、細胞、部分、又は種子。
【請求項１１】
請求項１０記載のダイズ植物、細胞、部分、又は種子の子孫植物、細胞、部分、又は種子であって、配列番号２のヌクレオチド１４３１からヌクレオチド１４６２までのヌクレオチド配列および配列番号３のヌクレオチド２２０から２６１までのヌクレオチド配列を含む、前記子孫植物、細胞、部分、又は種子。
【請求項１２】
請求項１０記載のダイズ植物、細胞、部分、又は種子、或いは該ダイズ植物の子孫であって、そのゲノムＤＮＡが、それぞれ配列番号４及び配列番号５のヌクレオチド配列を含む２つのプライマーによるＰＣＲを使用して分析した場合に、約２６３ｂｐのＤＮＡフラグメントを与える、前記ダイズ植物、細胞、部分、又は種子、或いは該ダイズ植物の子孫。
【請求項１３】
請求項７〜１２のいずれか一項に記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫から製造される、ダイズ製品。
【請求項１４】
ダイズ穀粉、粉砕種子、ダイズ粉末、若しくはダイズフレークであるか、又はそれを含む、請求項１３記載のダイズ製品。
【請求項１５】
イベントＥＥ−ＧＭ３に対して診断的又は特異的であるアンプリコンを生成する核酸を含む、請求項１３又は１４記載のダイズ製品。
【請求項１６】
請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ植物、又はその細胞、部分、種子若しくは子孫を得ること、及びそれからダイズ製品を製造することを含む、ダイズ製品を製造する方法。
【請求項１７】
前記ダイズ製品が、ダイズ穀粉、粉砕種子、ダイズ粉末、若しくはダイズフレークであるか、又はそれを含む、請求項１６記載の方法。
【請求項１８】
前記ダイズ製品が、イベントＥＥ−ＧＭ３に対して診断的又は特異的であるアンプリコンを生成する核酸を含む、請求項１６又は１７記載の方法。
【請求項１９】
雑草を抑制する方法であって、請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ種子を播種した圃場を、ダイズ植物が出芽する前であるが種子を播種した後に、ＨＰＰＤ阻害剤除草剤で処理することを含む、前記方法。
【請求項２０】
前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤がイソキサフルトールであり、ここで前記処理の後、グリホセート又はＨＰＰＤ阻害剤−グリホセート混合物を植物の上面から出芽後除草剤として適用する、請求項１９記載の方法。
【請求項２１】
雑草を抑制する方法であって、請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ植物を、ＨＰＰＤ阻害剤除草剤で当該植物の上面から処理することを含む、前記方法。
【請求項２２】
前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤が、グリホセートの処理と共に、その後、又はそれに先立って適用される、請求項２１記載の方法。
【請求項２３】
発芽成長中の請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ植物を雑草による競合から保護する方法であって、前記ダイズ植物を植栽すべき圃場を、前記ダイズ植物を植栽するか又は種子を播く前に、ＨＰＰＤ阻害剤除草剤で処理し、続いて、予備処理された前記圃場に前記ダイズ植物を植栽するか又は種子を播くことを含む、前記方法。
【請求項２４】
グリホセート又はＨＰＰＤ阻害剤−グリホセート混合物を植物の上面から出芽後除草剤として適用する、請求項２３記載の方法。
【請求項２５】
前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤がイソキサフルトール系除草剤である、請求項２３記載の方法。
【請求項２６】
請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ植物又は種子を植栽又は播種した圃場において雑草を抑制する方法であって、
前記圃場を、有効量のＨＰＰＤ阻害剤除草剤及び／又はグリホセートで処理することを含み、
前記ダイズ植物又は種子は、前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤及びグリホセートに耐性である、
前記方法。
【請求項２７】
請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ植物又は種子を植栽又は播種すべき圃場において雑草を抑制する方法であって、
前記植物又は種子を植栽又は播種すべき圃場を、有効量のＨＰＰＤ阻害剤除草剤及び／又はグリホセートで処理し、続いて、前記圃場に前記植物又は種子を植栽又は播種することを含み、
前記植物又は種子は、前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤及びグリホセートに耐性である、
前記方法。
【請求項２８】
雑草を抑制する方法であって、
請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ種子を播種した圃場を、ダイズ植物が出芽する前であるが種子を播種した後に、有効量のＨＰＰＤ阻害剤除草剤で処理することを含み、
前記植物は、前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤に耐性である、
前記方法。
【請求項２９】
前記ＨＰＰＤ阻害剤除草剤がイソキサフルトール系除草剤である、請求項２６〜２８のいずれか一項記載の方法。
【請求項３０】
グリホセート及び／又はイソキサフルトール除草剤に耐性であるダイズ植物を製造する方法であって、
ＨＰＰＤ阻害剤及び／又はグリホセートに対する耐性を欠く第１のダイズ植物を請求項７〜１２のいずれか一項記載のダイズ植物と交雑させることにより、ＨＰＰＤ阻害剤及び／又はグリホセートに対する耐性をダイズ植物のゲノム内に導入すること、および
グリホセート及び／又はイソキサフルトールに対して耐性である子孫植物を選択すること、を含む、
前記方法。
【請求項３１】
生物学的試料中の優良イベントＥＥ−ＧＭ３の存在又は非存在を検出する方法であって、
前記方法は、２つの特異的プライマーを用いた前記優良イベントの特異的領域の検出を含み、
該プライマーの一方は、前記優良イベントの５’又は３’フランキング領域内の配列を特異的に認識し、他方のプライマーは、前記５’又は３’フランキング領域に隣接する外来性ＤＮＡ内配列を特異的に認識し、或いは
前記方法は、前記優良イベントの５’又は３’フランキング領域の部分及びそれに隣接する外来性ＤＮＡの部分を特異的に認識する特異的プローブを用いた前記優良イベントの特異的領域の検出を含み、
前記５’フランキング領域は、配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列又はその相補体を含み、
前記３’フランキング領域は、配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までのヌクレオチド配列又はその相補体を含み、そして
前記外来性ＤＮＡは、配列番号２のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１８４３までのヌクレオチド配列若しくは配列番号３のヌクレオチド１からヌクレオチド２４０までのヌクレオチド配列又はそれらの相補体を含むか、或いは配列番号１１のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１６６３８までのヌクレオチド配列を含む、
前記方法。
【請求項３２】
請求項３１記載の方法であって、
少なくとも２つのプライマーを用いたポリメラーゼ連鎖反応を用いて前記生物学的試料中に存在する核酸から５０〜１０００ｂｐのＤＮＡフラグメントを増幅させることを含み、
前記プライマーの一方は、ＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’フランキング領域を認識するか、ここで前記５’フランキング領域は配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列を含む、またはＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの３’フランキング領域を認識し、ここで前記３’フランキング領域は配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までの相補体のヌクレオチド配列を含む、
前記プライマーの他方のプライマーは、配列番号２のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１８４３までの相補体のヌクレオチド配列または配列番号３のヌクレオチド１からヌクレオチド２４０までのヌクレオチド配列を含む、外来性ＤＮＡ内の配列を認識するか、あるいは、
前記プライマーの他方のプライマーは、配列番号１のヌクレオチド１８８からヌクレオチド７２５２までのヌクレオチド配列もしくはその相補体を含むか、または配列番号１１のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１６６３８までのヌクレオチド配列もしくはその相補体を含む、外来性ＤＮＡ内の配列を認識する、
前記方法。
【請求項３３】
請求項３２記載の方法であって、
５’フランキング領域を認識する前記プライマーは、その最３’末端において、配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列から選択される少なくとも１７個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、
ＥＥ−ＧＭ３の３’フランキング領域を認識する前記プライマーは、その最３’末端において、配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までのヌクレオチド配列の相補体のヌクレオチド配列から選択される少なくとも１７個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含み、
外来性ＤＮＡ内部の配列を認識する前記プライマーは、その最３’末端において、配列番号２のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１８４３までのヌクレオチド配列の相補体のヌクレオチド配列、または配列番号３のヌクレオチド１からヌクレオチド２４０までのヌクレオチド配列、または配列番号１のヌクレオチド１８８からヌクレオチド７２５２までのヌクレオチド配列もしくはその相補体、または配列番号１１のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１６６３８までのヌクレオチド配列もしくはその相補体から選択される少なくとも１７個の連続ヌクレオチドを含む、あるいは
前記プライマーは、それぞれ配列番号５および配列番号４の配列、または、それぞれ配列番号７および配列番号５の配列を含む、
前記方法。
【請求項３４】
ＥＥ−ＧＭ３の特異的検出における使用に適したプライマー対であって、
ＥＥ−ＧＭ３は、５’フランキング領域、外来性ＤＮＡおよび３’フランキング領域を含み、５’フランキング領域は外来性ＤＮＡの直近上流にありそれに近接しており、３’フランキング領域は外来性ＤＮＡの直近下流にありそれに近接しており、
前記プライマー対は、ＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’フランキング領域内の配列を認識する第１のプライマーおよび５’フランキング領域に近接する挿入された外来性ＤＮＡ内の配列を認識する第２のプライマーを含むか、またはＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの３’フランキング領域内の配列を認識する第１のプライマーおよび３’フランキング領域に近接する挿入された外来性ＤＮＡ内の配列を認識する第２のプライマーを含み、
ここで前記５’フランキング領域は配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列を含み、前記外来性ＤＮＡは配列番号１１のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１６６３８までのヌクレオチド配列を含み、そして前記３’フランキング領域は配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までのヌクレオチド配列を含む、
前記プライマー対。
【請求項３５】
前記プライマーの一方が、配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列から選択される１７から２００個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列、または配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までのヌクレオチド配列の相補体のヌクレオチド配列から選択される１７から２００個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む、請求項３４に記載のプライマー対。
【請求項３６】
前記プライマーの一方が、その３’末端において、配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列から選択される１７から２００個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列、または配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までのヌクレオチド配列の相補体のヌクレオチド配列から選択される１７から２００個の連続ヌクレオチドのヌクレオチド配列を含む、請求項３４に記載のプライマー対。
【請求項３７】
配列番号５の配列をその最３’末端に含む第１のプライマーおよび配列番号４の配列をその最３’末端に含む第２のプライマーを含む、請求項３４に記載のプライマー対。
【請求項３８】
請求項３１記載の方法であって、
生物学的試料の核酸を、優良イベントの５’または３’フランキング領域の部分およびそれに近接する外来性ＤＮＡの部分を含む領域に特異的にハイブリダイズするＥＥ−ＧＭ３特異的プローブとハイブリダイズさせることを含み、
前記特異的プローブは、ＥＥ−ＧＭ３の５’フランキング領域の部分または３’フランキング領域の部分およびそれに近接する外来性ＤＮＡの部分を含む配列あるいはその相補体と、少なくとも９０％配列同一性を有する、
前記方法。
【請求項３９】
生物学的試料中の優良イベントＥＥ−ＧＭ３を識別するための特異的プローブであって、
ＥＥ−ＧＭ３は、５’フランキング領域、外来性ＤＮＡおよび３’フランキング領域を含み、５’フランキング領域は外来性ＤＮＡの直近上流にありそれに近接しており、３’フランキング領域は外来性ＤＮＡの直近下流にありそれに近接しており、
該プローブは、ＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’フランキング配列の部分もしくは３’フランキング領域の部分およびそれに近接する外来性ＤＮＡの部分を含む配列またはその相補体と、少なくとも９０％配列同一性を有し、
ここで前記５’フランキング領域は配列番号２のヌクレオチド１からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列を含み、前記外来性ＤＮＡは配列番号１１のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１６６３８までのヌクレオチド配列を含み、そして前記３’フランキング領域は配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド１４０８までのヌクレオチド配列を含む、
前記プローブ。
【請求項４０】
ＥＥ−ＧＭ３を特異的に認識するプライマー対またはプローブを含むキットであって、
前記プライマー対は、請求項３４〜３７のいずれか一項に記載のプライマー対であり、
前記プローブは、請求項３９に記載のプローブである、
前記キット。
【請求項４１】
請求項３１記載の方法であって、
前記生物学的試料が種子試料であり、
種子の純度を確認するか、またはＥＥ−ＧＭ３の存在に関して種子をスクリーニングするためであり、
前記種子試料における、ＥＥ−ＧＭ３中の除草剤耐性遺伝子を含む外来性ＤＮＡの５’または３’フランキング領域を特異的に認識する特異的プライマーまたはプローブによるＥＥ−ＧＭ３特異的領域の検出を含む、
前記方法。
【請求項４２】
実質的に相補な標識された核酸プローブとのハイブリダイゼーションを介して生物学的試料中の優良イベントＥＥ−ＧＭ３の存在を検出する方法であって、
標的核酸配列の再利用を介して該標的核酸配列の検出シグナルが増幅され、
下記工程：
ａ）前記標的核酸配列を、配列番号２のヌクレオチド１４５２からヌクレオチド１４６９までのヌクレオチド配列もしくはその相補体を含む第１の核酸オリゴヌクレオチド、または配列番号３のヌクレオチド２２３からヌクレオチド２４０までのヌクレオチド配列もしくはその相補体を含む第１の核酸オリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせること；
ｂ）前記標的核酸配列を、配列番号２のヌクレオチド１４３４からヌクレオチド１４５１までのヌクレオチド配列もしくはその相補体を含む第２の核酸オリゴヌクレオチド、または配列番号３のヌクレオチド２４１からヌクレオチド２５８までのヌクレオチド配列もしくはその相補体を含む第２の核酸オリゴヌクレオチドにハイブリダイズさせること、ここで前記第１および第２のオリゴヌクレオチドは少なくとも１つのヌクレオチドで重複しており、そしてここで前記第１または該第２のオリゴヌクレオチドのいずれかが標識されて前記標識された核酸プローブとなる；
ｃ）デュプレックス解離をもたらす選択的プローブ切断を起こす酵素により、プローブ:標的核酸配列デュプレックス内の標識されたプローブのみを切断し、標的配列は未損傷のままとすること；
ｄ）工程（ａ）から（ｃ）を反復することにより標的核酸配列を再利用すること；および
ｅ)切断された標識されたプローブを検出することにより、標的核酸配列の存在を決定すること；
を含む、前記方法。