(57)【要約】本明細書では、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）（またはｉＰＳＣから形成された胚様体）から誘導された造血幹細胞（ＨＳＣ）株および／または血液前駆細胞株の管理され、インデックスが付けられたリポジトリが提供され、ＨＳＣ株、血液前駆細胞株、胚様体、および／またはｉＰＳＣ株の各々は、特徴づけられたＨＬＡ遺伝子座のセットを含む対応するデータを有する。前記対応するデータは、クエリ時に１つまたは複数の一致する物理的細胞株の検索のために検索可能なデータベースに保存される。リポジトリは、損傷した、罹患した、または他の異常な骨髄および／または免疫系を有する患者における造血機能を再確立するための移植に適した同種異系細胞株の同定および提供のための、一組のＨＬＡタイプの各々についてのｉＰＳＣ、胚様体、ＨＳＣ、および／または血液前駆細胞のＨＬＡインデックス付けされたバンクを含む。
2020515246.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被験者の治療に適した造血幹細胞（ｈｓｃ）の同定、産生、および／または検索のための、クエリされたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座のセットと一致するｈｌａ−インデックス付けされたデータベースのデータエントリを照会し、検索する方法であって、  
複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリを含むデータベースを、コンピューティングデバイスのプロセッサによって記憶するステップであって、複数の特徴づけされたｉｐｓｃラインの各々についてのデータエントリは、  
前記ｉｐｓｃラインに対応するｈｌａ遺伝子座を特徴とする、請求項に記載の方法  
プロセッサによって、ユーザからのクエリを受信するステップであって、クエリは、被験者についてのクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む  
プロセッサによって、データベースの１つ以上のデータエントリを検索し、各代表は、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致するｉｐｓｃラインを表す。
【請求項２】
データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々が、ｉｐｓｃセルラインに対応するリポジトリ内のリポジトリ及び／又はセルラインにおけるｉｐｓｃセルラインの代表である、請求項に記載の方法。
【請求項３】
前記データベースの前記１つ以上のデータエントリに対応する前記ｐｓｃラインの各々は、物理リポジトリに記憶される、請求項に記載の方法。
【請求項４】
請求項のいずれか１項に記載の方法であって、前記複数の特徴化されたｉｐｓｃ系の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも３個の所与の遺伝子座のセットの各々を含み、前記少なくとも３個の所与の遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂであることを特徴とする方法。
【請求項５】
複数の特徴付けられたｉｐｓｃ系統の各々に対応する特徴的なｈｌａ遺伝子座の組が、少なくとも９個の所与の遺伝子座を含み、少なくとも９個の所与の遺伝子座がｈｌａ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ｄｒｂｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１である、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
請求項のいずれか１項に記載の方法であって、前記複数の特徴化されたｉｐｓｃ系の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ｄｒｂｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１からなる群から選択される少なくとも３種の所与の遺伝子座を含むことを特徴とする方法。
【請求項７】
前記データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々が、前記被験者の問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致する、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
１つ以上の検索されたデータエントリに対応する物理リポジトリから１以上のセルを検索することをさらに含む、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリがａｂｏ血型をさらに含み、クエリがａｂｏ血型をさらに含み、検索ステップが、プロセッサによって１以上のデータエントリを検索することを含み、各ｉｐｓｃラインの各々が、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットとクエリされたａｂｏ血液型とを一致させることを特徴とする請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリがｒｈｄ血液群をさらに含み、該クエリがｒｈｄ血液群をさらに含み、前記検索ステップが、前記プロセッサによって、前記クエリされたｒｈｄ血液グループに一致するｉｐｓｃラインの各々を表す１つ以上のデータエントリと、前記クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットとを検索することを含む、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットがｈｌａ一致を必要とする対象に対応する、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記ｈｌａ一致が、前記被験者のクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致するデータベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々に対応する前記ｉｐｓｃラインの各々である、請求項に記載の方法。
【請求項１３】
ｈｌａ一致を必要とする対象からの生物学的サンプルを処理し分析することにより、問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットが決定される、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記物理的レポジトリから特徴付けられた細胞を検索することをさらに含む、請求項のいずれか１項に記載の方法であって、前記特徴づけられた細胞は、問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットに適合する１つ以上の検索されたデータエントリに対応することを特徴とする方法。
【請求項１５】
請求項のいずれか１項に記載の方法であって、さらに、問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットに一致する１つ以上の検索されたデータエントリに対応するｉｐｓｃラインから血液前駆細胞および／またはｈｓｃを生成することを含む方法。
【請求項１６】
請求項のいずれか１項に記載の方法であって、前記被験体に血液前駆細胞および／またはｈｓｃを投与することをさらに含み、前記血液前駆細胞および／またはｈｓｃは、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致する１つ以上の検索されたデータエントリに対応するｉｐｓｃラインから誘導されることを特徴とする方法。
【請求項１７】
請求項１６記載の方法において、前記投与工程は、前記被験体における既知の疾患または状態の治療のために、前記被験体に前記血液前駆体および／またはｈｓｃを投与することを含み、前記既知の疾患または状態は、急性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、骨髄増殖性障害、骨髄異常症候群、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン病、脂肪性貧血、純粋な赤−細胞ａ形成、パラオ病性侵害性ヘモグロビン尿、ファンコンヒ貧血、地中海貧血、鎌状赤血球貧血、重度の複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、Ｗｉｓｋｏｔｔ−ａｌｄｒｉｃｈｓｙｎｄｒｏｍｅ、血動物性リンパ球性リンパ球、代謝異常、骨芽腫、重篤な先天性好中球症、シャワアマン−ダイヤモンド症候群、ダイヤモンド−黒扇貧血、白血球付着性欠損症からなる群から選択されるメンバーである。
【請求項１８】
データベースは、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々に対応するデータエントリを含み、各スーパードナー細胞株に対するデータエントリは、スーパードナー細胞株に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む、請求項のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１９】
前記複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々は、前記被験者による免疫拒絶のリスクが低い被験者の治療のために使用される、請求項に記載の方法。
【請求項２０】
（１つ）または複数のスーパードナー個体の各々から収集された１つ以上の生物学的サンプルを処理し分析することによって、前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットを決定することをさらに含む、請求項に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数のｈｌａ遺伝子座の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットを決定するステップは、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座のセットを同定することを含み、前記少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである、請求項に記載の方法。
【請求項２２】
前記複数のｈｌａ遺伝子座の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットを決定するステップは、少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座のセットを同定することを含み、前記少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１である、請求項２０記載の方法。
【請求項２３】
前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１からなる群から選択される少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座を含む、請求項２２記載の方法。
【請求項２４】
前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂからなる群から選択される少なくとも３個のホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含む、請求項１８−２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
請求項２４記載の方法であって、特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のホモ接合性セットは、所与の集団の大部分と一致する所与の集団について、最も一般的なｈｌａ遺伝子座のセットに属することを特徴とする方法。
【請求項２６】
少なくとも（３つ）の主要部位におけるホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含み、該主要部位がｈｌａ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ｄｐｂからなる群から選択されるメンバーである、請求項（１８−２５）のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株が、被験体が由来する集団の少なくとも７０％に一致する、請求項１８−２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
被験者の治療に適した造血幹細胞（ｈｓｃ）の同定、産生、および／または検索のための、クエリされたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座のセットと一致するｈｌａ−インデックス付けされたデータベースのデータエントリを照会し、検索するシステム
特徴付けられた多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインに対応する複数の細胞を含む物理的レポジトリ  
プロセッサと、  
命令が記憶された非一時的なコンピュータ可読媒体であって、前記命令は、前記プロセッサによって実行されると、前記プロセッサに：  
前記データベースを記憶するステップであって、前記データベースは、前記物理リポジトリ内の前記複数の特徴付けされたｉｐｓｃラインの各々に対応するデータエントリを含み、前記複数の特徴付けられたｉｐｓｃラインの各々についてのデータエントリは、前記ｉｐｓｃラインに対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含み、  
ユーザからのクエリを受信するステップであって、クエリは、被験者についてのクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む  
プロセッサによって、データベースの１つ以上のデータエントリを検索し、各代表は、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致するｉｐｓｃラインを表す。
【請求項２９】
データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々は、ｉｐｓｃセルラインに対応する物理リポジトリ及び／又は物理リポジトリ内のセルラインにおけるｉｐｓｃセルラインの代表である、請求項に記載のシステム。
【請求項３０】
前記複数の特徴化されたｉｐｓｃ系の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットが、少なくとも３個の所与の遺伝子座のセットの各々を含み、前記少なくとも３個の所与の遺伝子座がｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである、請求項に記載のシステム。
【請求項３１】
請求項（２８）または請求項（２９）に記載のシステムにおいて、前記複数の特徴化されたｉｐｓｃ系統の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも９個の所与の遺伝子座を含み、前記少なくとも９個の所与の遺伝子座は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１である、請求項（２８）または請求項（２９）に記載のシステム。
【請求項３２】
前記複数の特徴付けされたｉｐｓｃ系統の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１およびｈｌａ−ＤＰＢ１からなる群から選択される少なくとも３種の所与の遺伝子座を含む、請求項３１記載のシステム。
【請求項３３】
データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々が、対象のクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致する、請求項（２８）乃至（３２）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項３４】
請求項（２８）乃至（３３）のいずれか１項に記載のシステムであって、前記複数の特徴づけされた誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリは、ａｂｏ血型をさらに含み、前記クエリは、ａｂｏ血型をさらに含み、前記プロセッサは、１以上のデータエントリを検索し、前記ｉｐｓｃラインの各々は、前記クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットと、前記クエリされたａｂｏ血液型とを一致させる。
【請求項３５】
複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリがｒｈｄ血液群をさらに含み、該クエリがｒｈｄ血液群をさらに含み、該プロセッサが、照会されたｒｈｄ血液群に一致するｉｐｓｃラインと、問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットとをそれぞれ表す１つ以上のデータエントリを検索する、請求項（２８）乃至（３４）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項３６】
照会されたｈｌａ遺伝子座のセットがｈｌａ一致を必要とする対象に対応する、請求項（２８）乃至（３５）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項３７】
前記ｈｌａ一致は、前記被験者のクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致するデータベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々に対応する前記ｉｐｓｃラインの各々である、請求項に記載のシステム。
【請求項３８】
前記物理リポジトリが１つ以上の液体窒素貯蔵タンクを含む、請求項のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項３９】
データベースは、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々に対応するデータエントリを含み、各スーパードナー細胞株に対するデータエントリは、スーパードナー細胞株に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む、請求項（２８）または（３８）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項４０】
前記複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々は、前記被験者による免疫拒絶のリスクが低い被験者の治療のために使用することができる、請求項に記載のシステム。
【請求項４１】
前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットが、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座のセットを含み、前記少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座がｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである、請求項のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項４２】
前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座のセットを含み、前記少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座は、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ｄｒｂｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１である、請求項に記載のシステム。
【請求項４３】
前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１およびｈｌａ−ＤＰＢ１からなる群から選択される少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座を含む、請求項に記載のシステム。
【請求項４４】
前記複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する前記特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂからなる群から選択される少なくとも３個のホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含む、請求項３９−４３記載のシステム。
【請求項４５】
特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のホモ接合性組は、所与の集団の大部分と一致する所与の集団について、最も一般的なｈｌａ遺伝子座のセットに属する、請求項に記載のシステム。
【請求項４６】
少なくとも（３つ）の主要部位におけるホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含み、該主要部位がｈｌａ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１からなる群から選択されるメンバーである、請求項（３９）乃至（４５）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項４７】
請求項（３９）乃至（４６）のいずれか１項に記載のシステムであって、前記複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株は、前記被験者が由来する集団の少なくとも７０％に一致することを特徴とするシステム。
【請求項４８】
物理的レポジトリ中の特徴付けられたｉｐｓｃラインに対応する複数の細胞は、培養、拡大、保存、部分的および／または完全に分化され、被験者に伝達されることができる、請求項（２８）乃至（４７）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項４９】
本発明の請求項（２８）乃至（４８）のいずれか１項に記載のシステムであって、前記物理的レポジトリは、生体試料を収集し、処理し、保存し、および／または分配するための生物学的なリポジトリであり、前記生体試料の各々は、ｉｐｒｓ、ｉｐｓｃ由来の細胞、およびｉｓｃｏｓから作成された組織からなる群から選択されたメンバーであることを特徴とするシステム。
【請求項５０】
前記物理リポジトリは、前記物理リポジトリ内の前記生体試料を識別し、位置決めし、かつ／または在庫するようにプログラムされた１つ以上のプロセッサと通信する、請求項のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項５１】
前記物理リポジトリが自動化されたサンプル処理のためのハードウェア及び／又はロボットを装備されている、請求項のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項５２】
スーパードナー細胞を特徴とする請求項（２８）乃至（５１）のいずれか１項に記載のシステム。
【請求項５３】
（１つ）または複数の臨床処置のための請求項のいずれか１項に記載のシステムの使用。
【請求項５４】
前記１つ以上の臨床処置の各々が、遺伝子治療、細胞移植、および組織移植からなる群から選択されるメンバーである、請求項に記載のシステムの使用。
【請求項５５】
（１つ）または複数の前臨床研究のための請求項のいずれか１項に記載のシステムの使用。
【請求項５６】
（１つ）または複数の前臨床試験の各々は、インビトロスクリーニング、ｉｎｖｉｖｏスクリーニング、薬物の効力試験、薬物の毒性試験、および個人化された薬剤における使用のための試験からなる群から選択されるメンバーである、請求項に記載のシステムの使用。
【請求項５７】
課題を解決するための手段課題を解決するための手段課題を解決するための手段本発明は、被験体を治療する方法であって、以下を含む  
被験者に血液前駆細胞および／またはｈｓｃを投与することを含み、前記血液前駆細胞および／またはｈｓｃは、１組のクエリされたｈｌａ遺伝子座に対応する１以上の回収されたデータエントリに対応するｉｐｓｃラインから生成され、前記ｉｐｓｃラインからのｉｐｓ細胞は、システム請求項（２８）乃至（５２）のいずれかの物理的レポジトリに保存され、かつ該物理的リポジトリから検索される。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の参照
本出願は、米国仮出願番号の利益を主張するものである  
６２    ２００６年３月１４日に出願された米国仮出願第６０／５１３３８０号、２０１７年５月３１日に出願された米国仮出願番号６２／５１３３８０、２００６年６月３１日に出願された米国仮出願第６０／５１３、３８０号、２０１７年６月１日に出願された米国仮出願第６０／５１３６６号、及び２０１７年６月９日に出願された米国仮出願６２／５１６、６００号を参照されたい。
【背景技術】
【０００２】
技術分野
本発明は、一般に、特徴付けられた多能性幹細胞（ｉｐｒｓ）のリポジトリ、それから誘導された細胞、および／または関連する細胞株に関する。さらに、特定の実施形態では、本発明は、一般に、ｉｓｃｓおよび／またはそれから誘導される細胞のリポジトリからの１つ以上のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座−整合された物理的細胞および／または細胞株の同定のための装置、システムおよび方法に関する  
【０００３】
背景技術
ヒト細胞は、各親から遺伝的に遺伝され、免疫細胞と通信し、それらを攻撃するのではなく、自分自身の細胞を無視するよう指示する２組のマーカーを有する。移植拒絶の可能性は、これらと完全又は密接に一致することによって低減される  
マーカー。残念ながら、良好な細胞または組織の一致を見出すことは、長年にわたって、臓器供与リスト上の長い待機期間によって利用されることがある  
【０００４】
ｉｐｒｓの自己移植は、拒絶された臓器移植の速度を低下させることを試みた。自己移植では、個々の個体ごとに細胞を調製しなければならず、それにより、プロセスは非常に高価であり、時間がかかる例えば、約６−９ヶ月以上）。他方、同種異系ｉｓｃｓは、多くの個体群について調製することができる。同種異系細胞は、予め作製されており、人が必要とするときに用意することができる    集団に役立つためには、より少ない同種異系線が必要である。さらに、ｉｐｓ細胞は胚幹細胞のように機能し、それらは様々な異なる細胞型に分化することができる  
【０００５】
”スーパードナー”という用語は、強力な拒絶反応を誘発しないヒト白血球抗原（ＨＬＡ）型（）またはそれらのｈｌａ型を有する個体）をいう。スーパードナーは、集団間で共通であり、特定の集団のかなりの部分と一致するｈｌａハプロタイプを有する。これは、血液タイプｏ−陰性を有するドナーから輸血を盛土することに類似し、これは、すべての血液タイプの患者によって許容され得る  
【０００６】
ヒトは、特定のｈｌａ遺伝子に対してほとんど常にヘテロ接合性である。すなわち、ヒトは、通常、（２つ）の異なる対立遺伝子を発現する。成功した移植のために、８個の（８）ｈｌａ対立遺伝子は、一致（ドナーおよびレシピエント染色体上の４個の対立遺伝子）に最も適している。ホモ接合ドナーでは、４個の対立遺伝子のみが整合されることが要求され、したがって、ドナーとの一致であろう受信者の数が増加する    拒絶手段を支配するすべての３つの鍵ｈｌａ対立遺伝子に対してホモ接合性である個体は、（６つ）の遺伝子の代わりに（３つ）の遺伝子のみを一致させる必要があることを意味する。したがって、これらのいわゆる”スーパードナー”から誘導されたｉｐｓｃ系を使用して、免疫原性を低下させることができる。約２００のこのようなｉｐｓｃラインは、高さをカバーすることができると考えられる  
（）例えば、少なくとも９０％、少なくとも９５％、またはそれ以上）、および約９０−１００のこのようなｉｐｓｃ系は、日本人口の高いパーセンテージ例えば、少なくとも９０％、少なくとも９５％）、またはそれ以上）をカバーすることができる  
【０００７】
骨髄移植は、一般に、損傷した骨髄を健康な骨髄幹細胞に置き換えることを含む。造血幹細胞（ｈｓｃ）は移植に用いることができ、骨髄、末梢血または臍帯血から誘導することができる。同種移植が必要とされる場合、移植拒絶のリスクを最小化し、成功の機会を最大にするために、適切なドナー（患者以外の誰か）を患者に発見しなければならない    骨髄ドナーレジストリは、同種異系移植を必要とする患者と登録ドナーを一致させることを追求するサービスである。ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）タイピングに基づくマッチングは、典型的には、適切なドナーを見出すために行われる。多くの異なるｈｌａタイプが存在するので、特に、患者のファミリーメンバーがｈｌａ−同一の一致である場合に、適切な一致を見出すことはしばしば困難である  
【０００８】
ドナーを患者に整合させるための既存のドナーレジストリシステムに対する代替の必要性が存在する  
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００９】
要約  
本明細書では、ドナーを患者にマッチングさせるための既存の非効率的なドナーレジストリシステムに対する代替法が記載されている。例えば、ｉｐｒｓのリポジトリは、集団の大きなパーセンテージに一致する所与の集団について、索引付けされたｈｌａハプロタイプを用いて組み立てられている。また、本明細書中に記載されているのは、例えば、ｉｐｓｃ由来ｈｓｃ移植に適した、索引付けされたｈｌａｉｓｃｒｓを同定する方法である。特定の実施形態では、ｉｓｃｓおよび他のリザーブを留保する  
ｉｐｓｃ由来の細胞（）例えば、造血幹細胞（ＨＳＣ）、血液前駆細胞、網膜色素上皮（ＲＰＥ）、軟骨細胞、間葉系幹細胞（ＭＳＣ）、胚様体）、ｉｐｓｃ系および他のｉｐｓｃ由来の細胞系（）例えば、ｈｓｃ線、血液前駆細胞系、ｒｐｅ系、ｍｓｃ線、胚様体）は、患者用の資源（）例えば、器官移植用ドナー）を提供するための管理された物理的レポジトリ（）例えば、バンク）に保存される    誘導多能性幹細胞（ｉｐｒｓ）またはｉｐｒｓから形成された胚様体）から誘導されたｈｓｃラインおよび／または血液前駆細胞株のこの管理されたリポジトリは、特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む対応する特徴付けデータを保存し、対応する特徴付けデータは、クエリ時に（１つ）または複数の一致する物理的細胞および／または細胞株の検索のために、検索可能なデータベースに保存される。このリポジトリは、ＨＬＡ−指標化された細胞のバンク（）例えば、を含む    、胚様体、ＨＳＣ、ＭＳＣ、ＲＰＥ、血液前駆細胞、軟骨細胞、及び／又は種々の他の細胞）及び／又は細胞系（）例えば、ｉｐｓｃ系、ｈｓｃ系、ｍｓｃ系、ｒｐｅ系、血液前駆細胞系、及び／又はｉｓｃｏｓ由来の種々の他の細胞系）。特定の実施形態では、細胞および細胞株は、ｉｐｒｓ、胚様体、ＨＳＣ、血液前駆細胞、ＭＳＣ、ＲＰＥ、  
１組のｈｌａタイプの各々について、ｉｓｃｏｓ由来の種々の他の細胞および／または細胞系。特定の実施形態において、ＨＬＡ−指標化された細胞および／または細胞株は、検索可能なデータベースを介して同定され得、損傷した、罹患した、または他の異常な骨髄および／または免疫系を有する患者における造血機能を再確立するために移植に適した同種異系細胞株の提供のために使用され得る  
【００１０】
さらに、本明細書中に記載されているのは、ＨＬＡ−指標化されたリポジトリからの一致するヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座を同定するためのシステムおよび方法である。より詳細には、特定の実施形態では、本発明は、特徴付けられた（）例えば、ＨＬＡ−索引付けされた、ＡＢＯ−索引付けされた、ｒｈｄ索引付けされた）多能性幹細胞（ｉＰＳＣｓ）および／またはｉｐｓ細胞株および／またはそれから誘導された細胞を特徴づけ（）例えば、ＨＬＡ−索引付けされた、ＡＢＯ−索引付けされた、ｒｈｄ索引付けされた）    、マッピングされ、索引付けされた）ｈｌａ遺伝子座を含み、前記対応するデータは、クエリ時に（１つ）または複数の一致する物理的細胞および／または細胞系の検索のために、検索可能なデータベースに保存される。特定の実施形態では、リポジトリ内のｉｐｓ細胞株は、ｈｌａマッピングを介してスーパードナー細胞株として特徴付けられ、指標化され（）例えば、ｈｌａタイピング及び／又はマッチング）。さらに、組成物、システム、および方法は、ｉｐｒｓおよび／またはｉｐｓ細胞株および／またはそれから誘導された細胞の完全に索引付けされたリポジトリを開示し、これは、再定量化され、そして無限に再問合せされ得る  
【００１１】
ｈｓｃ細胞及び／又は細胞系及び／又は血液前駆細胞及び／又は細胞系が、ｈｌａ型により特徴付けられ、索引付けされているので、ｈｓｃ細胞及び／又は細胞系及び／又は血液前駆細胞及び／又は細胞系は、ｈｓｃ移植拒絶の低い、減少した、又はゼロの機会を有する、適合性ｈｌａ型を有する所与の患者に適したものとして同定することができる。ある実施形態では、  
実施形態において、ｈｓｃおよび／または血液前駆細胞のバンクは、所与の集団のかなりの割合（）例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％）をカバーするｈｌａタイプによってインデックスされた、様々な幹細胞および／または幹細胞系（）例えば、ｉｓｃｓおよび／またはそれらから誘導された細胞）を含むという点で包括的である    特定の実施形態では、バンク内のｈｓｃ線および／または血液前駆体および／または、ｈｓｃおよび／または血液前駆体が誘導されるｉｐｓ細胞系および／または胚様体）は、スーパードナー細胞株（）例えば、ｈｌａマッピングを介して）として特徴付けられ、指標化される。したがって、移植のための適切な細胞が、ｉｐｒｓおよび／またはｉｐｓｃ系統および／またはそれから誘導された細胞のバンクから迅速に同定され得るので、骨髄保存の必要性を回避することが可能である    、ｈｓｃ及び／又は血液前駆体）  
一致する骨髄ドナーを識別する困難で時間のかかるプロセスを必要とせずに、要求に応じて、所与の集団の広いスワスにわたって患者に利用可能である。適切な細胞系の同定は、ｈｌａ型に加えて、患者のａｂｏ血型および／またはｒｈｄ血液群をｈｓｃ、血液前駆細胞、胚様体、および／またはｉｐｓｃ系統のそれと一致させることを含むことができる  
【００１２】
このバンクは、それから不死化されたｉｓｃｏｓの予約へのアクセスを提供することができる  
ｈｓｃおよび／または血液前駆細胞を誘導性ｈｓｃおよび／または血液前駆細胞に由来させることができ、かつ／または、一般的に使用された／整合されたｈｌａタイプ（）例えば、集団のより高いパーセンテージに適合するｈｌａスーパードナー）について予め調製して、必要に応じて細胞を直ちに利用できるようにすることができる。幹細胞及び／又は細胞株のｈｌａインデックス付けされたバンクから一致するｉｐｓｃラインを同定することにより、特定の患者についてｈｓｃを生成することもできる    さらに、特定の実施形態では、特徴付けられかつ索引付けされたｉｐｓｃラインに対応する胚様体の留保が、ＨＬＡ−インデックス付けされたバンクに保存される。特定の実施形態では、ｈｌａスーパードナー株は、胚様体によってバンク内で物理的に表される（特徴づけられ、ｈｌａスーパードナーラインとして索引付けされる）。これらの胚様体を用いてｈｓｃ及び／又は血液前駆体を作製することができる  
【００１３】
一態様では、本発明は、被験者の治療に適した造血幹細胞（ｈｓｃ）の同定、産生、および／または検索のための、クエリされたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座のセットと一致するｈｌａ−インデックス付けされたデータベースのデータエントリを照会し、検索する方法に関し、この方法は、コンピューティングデバイスのプロセッサ（）例えば、    複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ライン（）例えば、対応する胚様体）の各々に対応するデータエントリを含むデータベースであって、特徴付けられたｉｐｓｃ系の各々についてのｉｐｓ細胞が、各ｉｐｓｃライン及び／又は造血幹細胞（ｈｓｃ）及び／又は各ｉｐｓｃラインのための血液前駆体のための胚様体を形成するために使用され得ることを特徴とするデータベース    の各々に由来するｉｐｓ細胞および／または胚様体および／または造血幹細胞および／または造血幹細胞を、物理的レポジトリに保存することを特徴とする方法）に対応する１組の特徴づけられたｈｌａ遺伝子座（）例えば、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＲＢ（）例えば、ＨＬＡ−ＤＲＢ１））、例えば、少なくとも９個の所与の遺伝子座（）例えば、ＨＬＡ−ＤＲＢ１））を含む、複数の特徴付けられたｉｐｓｃ系統（）例えば、対応する胚様体）の各々についてのデータ入力    、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ｄｒ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ｄｒａ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ｄａｂ１）このグループから選択された少なくとも（３）、（４）、（５）、（６）、（７）、（８）または９員である）、プロセッサによって、ユーザからのクエリを受信するステップと、クエリを、対象についてのクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットを含むクエリと、プロセッサによって、データベースの（１つ）または複数のデータエントリを検索するステップとを含む    および／または胚様体および／またはｈｓｃ線および／またはｉｐｓｃライン（）例えば、物理的レポジトリ中の細胞）由来の血液前駆体ライン、および／または（）例えば、適合性のあるｈｌａタイプに適合するように同定された、正確に一致し、部分的に一致している）、等）を含む、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセット（）例えば、    、検索された一致データエントリの各々に対応するセルの対応するバーコードまたは他の識別子を決定することにより、リポジトリから所望の細胞を検索することを可能にし、および／または、クエリされたｈｌａ遺伝子座に一致する所望の細胞株に対応する識別情報の検索を可能にする  
【００１４】
特定の実施形態では、データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々は、（）例えば、胚様体、ＨＳＣ、間葉幹細胞（ＭＳＣ）、網膜色素からなる群から選択されたメンバー）に対応する（）例えば、）に対応するリポジトリ内のｉｐｓｃ細胞系、及び／又は（）例えば、）に対応するリポジトリ内の細胞株を表す  
上皮（ＲＰＥ）、血液前駆体、軟骨細胞、ニューロン、および心筋細胞）。特定の実施形態では、データベースの１つ以上のデータエントリに対応するｉｐｓｃラインの各々は、物理リポジトリに記憶される  
【００１５】
特定の実施形態では、複数の特徴化されたｉｐｓｃ系統の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座の組は、少なくとも（３つ）の所与の遺伝子座のセットの各々を含み、少なくとも（３つ）の所与の遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである。特定の実施形態では、複数の特徴付けられたｉｐｓｃ系統の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座の組は、少なくとも９個の所与の遺伝子座を含み、少なくとも９個の所与の遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４である    、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１。特定の実施形態では、複数の特徴化されたｉｐｓｃ系統の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも（３つ）の所与の遺伝子座（）例えば、少なくとも（３）、少なくとも（４）、少なくとも（５）、少なくとも（６）、少なくとも（７）、少なくとも（８）、または少なくとも（１つ）を含む９）ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１からなる群から選択される  
【００１６】
特定の実施形態では、この方法は、１つ以上の検索されたデータエントリに対応する物理リポジトリから１つ以上の細胞（）例えば、ｉｓｃｓ及び／又は胚様体及び／又は血液前駆細胞及び／又はｈｓｃ）を検索することを含む  
【００１７】
特定の実施形態では、複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリは、ａｂｏ血型をさらに含み、クエリは、さらに、ａｂｏ血型（ｈｌａ遺伝子座に加えて）をさらに含み、検索ステップは、プロセッサによって、１つ以上のデータエントリを検索することを含む  
クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットとクエリされたａｂｏ血液型とに一致するｉｐｓｃラインの代表  
【００１８】
特定の実施形態では、複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリは、ｒｈｄ血液群をさらに含み、クエリはｒｈｄ血液群をさらに含み、検索ステップは、プロセッサによって、クエリされたｒｈｄ血液グループに一致するｉｐｓｃラインの各々と、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセット例えば、クエリされたａｂｏ血液型）とをそれぞれ表す１つ以上のデータエントリを、プロセッサによって検索することを含む  
【００１９】
特定の実施形態では、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットは、ｈｌａ一致を必要とする被験体例えば、データベースに表されたまたは複数のサンプルに対応するｈｌａ一致）例えば、ｉｐｓ細胞および／または胚様体および／または血液前駆細胞および／または造血幹および／またはｈｓｃ由来細胞）が、被験体のｈｌａ遺伝子座と適合性である、例えば、適合性ｈｌａ型など）と適合性であると同定された、正確に一致し、部分的に一致することを含む    特定の実施形態では、ｈｌａ一致は、被験者のクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致するデータベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々に対応するｉｐｓｃラインの各々である  
【００２０】
特定の実施形態では、問い合わせされたｈｌａ遺伝子座および／またはａｂｏ血液型および／またはｒｈｄ血液群のセットは、ｈｌａ一致および／またはａｂｏ一致および／またはｒｈｄ一致を必要とする被験体からの生物学的サンプルを処理し分析することによって決定される  
【００２１】
特定の実施形態では、本方法は、物理的レポジトリから特徴付けられた細胞を検索することをさらに含み、特徴付けられた細胞は、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致するまたは複数の検索されたデータエントリに対応する  
【００２２】
特定の実施形態では、本方法は、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致する１つ以上の検索されたデータエントリに対応するｉｐｓｃラインから血液前駆細胞および／またはｈｓｃを生成することをさらに含む  
【００２３】
ある実施形態では、本方法は、被験者に血液前駆細胞および／またはｈｓｃを投与することをさらに含み、該血液前駆細胞および／またはｈｓｃは、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致する１つ以上の検索されたデータエントリに対応するｉｐｓｃライン（）例えば、ｉｐｓｃラインに対応する／生成された胚様体）から誘導され／生成される  
【００２４】
特定の実施形態では、本方法は、被験体における既知の疾患または状態の治療のために、被験体に血液前駆体および／またはｈｓｃを投与することを含み、既知の疾患または状態は、急性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、骨髄増殖性障害、骨髄障害性症候群、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン病からなる群から選択されるメンバーである    、脂肪性貧血、黄斑性貧血、地中海貧血大、鎌状赤血球貧血、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、Ｗｉｓｋｏｔｔ−ａｌｄｒｉｃｈ症候群、血動物性リンパ球性リンパ球、代謝異常、骨芽球性リンパ球、重篤な先天性好中球症、シャワアマン−ダイヤモンド症候群、ダイヤモンド−黒扇状貧血、白血球付着性欠損症等が挙げられる  
【００２５】
特定の実施形態では、データベースは、複数のｐｓｃスーパードナー細胞株の各々に対応するデータエントリを含み、例えば、胚様体細胞株またはスーパードナー細胞株は、例えば、各細胞株についてのデータベース内のｈｌａ遺伝子座がスーパードナー型（）例えば、    各細胞株に対するｈｌａ型は、複数の被験体における強い免疫拒絶反応を誘発せず、および／または各細胞株に対するｈｌａ型は、ホモ接合性ｈｌａ遺伝子の組合せを含む。ここで、各スーパードナー細胞株に対するデータ入力は、個体からの（）例えば、血清学、ｐｃｒによる）サンプルの処理および分析（）例えば、血清学による）に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む    、血液サンプル）およびｈｌａ−ｄｒｂ（）例えばｈｌａ−ｄｒｂｌ）の少なくとも（３つ）の所与の遺伝子座（）例えば、ｈｌａ−ａ、ｈｌａ−ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂ（）例えば、ｈｌａ−ｄｒｂｌ）のそれぞれのセットのうちの少なくとも（１つ）を含む）、例えば、ｈｌａ−ａ、ｈｌａ−ｂ、ｈｌａ−ｃ、ｈｌａ−ｄｒｂｌ、ｈｌａ−ｄｒｂ３、ｈｌａ−ｄｒｂ４、ｈｌａ−ｄｒｂ５、ｈｌａ−ｄｑｂ１、ｈｌａ−ｄｐｂ１）、例えば、９個の遺伝子座の群から選択される少なくとも（３）、（４）、（５）、（６）、（７）、（８）または９員の少なくとも（９）の遺伝子座を含む  
【００２６】
特定の実施形態では、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々は、被験者による免疫拒絶のリスクが低い被験者の治療のために使用される。ある実施形態では、本方法は、１つ以上のスーパードナー個体の各々から収集された１つ以上の生物学的サンプルを処理し分析することによって、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを決定することを含む    特定の実施形態では、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを決定するステップは、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座のセットを同定することを含み、少なくとも（３つ）のｈｌａ遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである。ある実施形態では、  
複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットを決定する工程は、少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座のセットを同定することを含み、少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ｄｒｂｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１である。特定の実施形態では、  
ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１からなる群から選択される少なくとも３個（）例えば、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個）のｈｌａ遺伝子を含むことを特徴とする    特定の実施形態では、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂからなる群から選択される少なくとも３つのホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含む。特定の実施形態では、特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のホモ接合性組は、所与の集団の大部分例えば、ｕｓ集団）と一致する所与の集団について、最も一般的なｈｌａ遺伝子座のセットに属する    特定の実施形態において、特徴付けられたｈｌａ遺伝子座のホモ接合性組は、少なくとも３個（）例えば、少なくとも（４）、または少なくとも（５）、または少なくとも（６）、または少なくとも（７）、または少なくとも（８）、または少なくとも（１つ）のホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含む９）主要部位がｈｌａ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１からなる群から選択されるメンバーである  
【００２７】
特定の実施形態では、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株例えば、胚様体細胞株）は、被験体が由来する集団の少なくとも７０％例えば、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％）を一致させる  
【００２８】
別の態様では、本発明は、照会されたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座に一致するデータベースのデータエントリを照会し、検索するためのシステムに関する  
被験体の治療に適した血液前駆細胞または造血幹細胞（ｈｓｃ）の同定および／または産生および／または回収のためのシステムであって、特徴付けられた胚様体および／または特徴付けられた分化多能性幹細胞（ｉＰＳＣｓ）  
特徴付けられた血液前駆細胞および／または特徴付けられたｈｓｃ（）例えば、ｉｓｃｓおよび／または胚様体に由来するｈｓｃ）、プロセッサ、およびその上に格納された命令を有する非一時的なコンピュータ可読媒体を含み、命令は、プロセッサによって実行されると、プロセッサに、本明細書に記載された方法のいずれかのステップを実行させる  
【００２９】
別の態様では、本発明は、被験者の治療に適した造血幹細胞（ｈｓｃ）の同定、産生、および／または検索のための、照会されたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座のセットと一致するｈｌａ−インデックス付けされたデータベースのデータエントリを照会し、検索するシステムに関し、このシステムは、特徴付けられた多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）    （）例えば、胚様体、ｈｓｃ、間葉幹細胞（ｍｓｃ）、網膜色素上皮（ｒｐｅ）、血液前駆体、軟骨細胞、ニューロン、および心筋細胞からなる群から選択される任意の１種以上のメンバー）；プロセッサ；プロセッサによって実行されたときに、プロセッサがプロセッサに実行させる命令を格納した非一時的なコンピュータ可読媒体    データベースを記憶するステップであって、前記データベースは、前記物理リポジトリ内の前記複数の特徴的なｉｐｓｃラインの各々に対応するデータエントリを含み、前記複数の特徴づけされたｉｐｓｃラインの各々についてのデータエントリは、前記ｉｐｓｃラインに対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含み、ユーザからクエリを受信し、前記クエリは、前記対象に対するクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットを含み、前記プロセッサによって、前記データベースの（１）または複数のデータエントリを検索する    の各々は、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセット（）例えば、物理リポジトリに保存されたｉｐｓｃライン）に一致するｉｐｓｃラインを表す  
【００３０】
特定の実施形態では、データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々は、ｉｐｓｃセルラインに対応する物理リポジトリ及び／又は物理リポジトリ内のセルラインにおけるｉｐｓｃセルラインの代表である。特定の実施形態では、複数の特徴化されたｉｐｓｃ系統の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座の組は、少なくとも３個の所与の遺伝子座のセットの各々を含み、少なくとも３つの所与の遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである    特定の実施形態において、特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセット  
少なくとも９個の所与の遺伝子座を含み、少なくとも９個の所与の遺伝子座はｈｌａ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ１である。特定の実施形態では、複数の特徴化されたｉｐｓｃラインの各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも（１つ）の（）例えば、    ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１からなる群から選択される少なくとも（１つ）の所定の遺伝子座から選択される少なくとも（１つ）、少なくとも（３）、少なくとも（４）、少なくとも（５）、少なくとも（７）、少なくとも（８）、または少なくとも９員が選択される  
【００３１】
特定の実施形態では、データベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々は、対象のクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致する。特定の実施形態では、複数の特徴化された多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリは、ａｂｏ血型をさらに含み、クエリは、さらに、ａｂｏ血型を含み、プロセッサは、１つ以上のデータエントリを検索する    の各々は、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットとクエリされたａｂｏ血液型とに一致するｉｐｓｃラインを表す。特定の実施形態では、複数の特徴づけされた多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）ラインの各々に対応するデータエントリは、ｒｈｄ血液群をさらに含み、  
クエリは、ｒｈｄ血液群をさらに含み、プロセッサは、クエリされたｒｈｄ血液グループに一致するｉｐｓｃラインと、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットとをそれぞれ表す１つ以上のデータエントリを検索する  
【００３２】
特定の実施形態では、問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ｈｌａ一致が必要とされる対象に対応する。特定の実施形態では、ｈｌａ一致は、被験者のクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに正確に一致または部分的に一致するデータベースの１つ以上の検索されたデータエントリの各々に対応するｉｐｓｃラインの各々である  
【００３３】
特定の実施形態において、血液前駆体および／またはｈｓｃは、被験体における既知の疾患または状態の対象治療に投与され、既知の疾患または状態は、急性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、  
骨髄増殖性疾患、骨髄障害症候群、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン病、脂肪性貧血、純粋な赤−細胞ａ形成、パラオ症性侵害性ヘモグロビン尿、ファンコンブ性貧血、地中海貧血大、鎌状赤血球貧血、重症複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィｓｋｏｔｔ−ａｌｄｒｉｃｈ症候群、血食道球性リンパ球性作用、代謝異常、落皮症、重度の先天性好中球症、シャワアマン−ダイヤモンド症候群、ダイヤモンド−黒ファン貧血    、および白血球付着欠陥。特定の実施形態では、物理的レポジトリは、１つ以上の液体窒素貯蔵タンク（）例えば、及び／又は他のフリーザーシステム）を含む  
【００３４】
特定の実施形態では、データベースは、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々に対応するデータエントリを含み、各スーパードナー細胞株に対するデータエントリは、スーパードナー細胞株に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む。特定の実施形態では、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株の各々は、被験者による免疫拒絶のリスクが低い被験者の治療のために使用することができる  
【００３５】
特定の実施形態では、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座のセットを含み、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒｂである。特定の実施形態では、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットは、少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座のセットを含み、少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座はｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４である    、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢｌ、ＨＬＡ−ＤＰＢｌ。特定の実施形態では、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ｄｑｂｌおよびｈｌａ−ｄｐｂｌからなる群から選択される少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座を含む  
【００３６】
特定の実施形態では、複数のスーパードナー細胞株の各々に対応する特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットは、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂからなる群から選択される少なくとも３つのホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含む。特定の実施形態では、特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のホモ接合性組は、所与の集団の大部分と一致する所与の集団について、最も一般的なｈｌａ遺伝子座のセットに属する    特定の実施形態において、特徴づけされたｈｌａ遺伝子座のホモ接合性組は、少なくとも３個の主要部位（）例えば、少なくとも４個、または少なくとも５個、または少なくとも（６）、または少なくとも（７）、または少なくとも（８）、または少なくとも９個の主要部位におけるホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含む）ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢｌ、ＨＬＡ−ｄｐｂｌからなる群から選択されるメンバーである特定の実施形態において、複数のｉｐｓｃスーパードナー細胞株は、少なくとも７０％（）例えば、少なくとも７０％）  
被験体が由来する集団の少なくとも７５％、少なくとも８０％＞、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％）を含む  
【００３７】
特定の実施形態では、物理的レポジトリ中の特徴付けられたｉｐｓｃラインに対応する複数の細胞は、培養、増殖、保存、部分的および／または完全に分化され、被験体例えば、一致するｈｌａ遺伝子座を有する被験体）に転移され得る。ここで、移入された細胞は、有意な免疫拒絶を誘導しない。この転写は、被験体に投与されるより低い用量の免疫抑制剤を必要とする    であって、前記移入された細胞は、前記被験体における免疫系の細胞による有意な浸潤を引き起こさない、請求項に記載の方法  
【００３８】
特定の実施形態では、物理的レポジトリは、バイオ検体を収集し、処理し、保存し、および／または分配するための生物学的なリポジトリであり、ここで、各生体試料は、ｉｐｒｓ、ｉｐｓｃ由来の細胞、およびｉｓｃｏｓから作成された組織からなる群から選択されたメンバーである  
【００３９】
特定の実施形態では、物理リポジトリは、物理リポジトリ内の生体試料を識別し、位置決めし、および／または在庫するようにプログラムされた（１つ）または複数のプロセッサと通信する。特定の実施形態では、物理的レポジトリは、自動化されたサンプル処理のためのハードウェア及び／又はロボットを装備している  
【００４０】
特定の実施形態では、このシステムは、特徴付けられたスーパードナー細胞を含む  
【００４１】
特定の実施形態では、システムは、または複数の臨床処置に使用される  
特定の実施形態では、１つ以上の臨床処置の各々は、遺伝子治療、細胞移植、および組織移植からなる群から選択されるメンバーである  
【００４２】
特定の実施形態では、システムは、１つ以上の前臨床研究に使用される  
特定の実施形態では、１つ以上の前臨床試験の各々は、インビトロスクリーニング、ｉｎｖｉｖｏスクリーニング、薬物の効力試験、薬物の毒性試験、および個人化された薬剤における使用のための試験からなる群から選択されるメンバーである  
【００４３】
別の態様では、本発明は、被験者に血液前駆細胞および／またはｈｓｃを投与することを含み、該方法は、問い合わせられたｈｌａ遺伝子座のセットに一致する１つ以上の検索されたデータエントリに対応するｉｐｓｃライン（）および／またはｉｐｓｃラインに対応する／生成された胚様体）から誘導される／生成される、血液前駆体および／またはｈｓｃを被験体に投与することを含む    に記載されたシステム及び方法のいずれかの物理的レポジトリから、ｉｐｓｃライン（）及び／又はｉｐｓｃラインに対応する／生成された胚様体）からのｉｐｓ細胞が保存され、かつ該物理的レポジトリから取り出される  
【００４４】
別の態様では、本発明は、特徴付けられた細胞および／または細胞株（）例えば、未分化細胞（）例えば、誘導多能性幹細胞（ｉｐｒｓ）のリポジトリを対象とする）、分化された細胞（）例えば、インビトロ、インビボで）、増殖された例えば、インビトロ、インビボで）、保存された例えば、凍結された）、部分的に非分化（）例えば、前駆細胞に）、分化された例えば、組織特異的細胞（）例えば、組織特異的細胞）    （）例えば、このような分化した細胞を必要とするヒト対象）に転移し、転写された細胞は、有意な免疫拒絶を誘発しない例えば、転写された細胞は、受容体中で破壊されず例えば、レシピエントの免疫系によって）、転写は、より低い用量の免疫抑制剤を必要とし、転写された細胞は、免疫系の細胞による有意な浸潤を引き起こさない（）例えば、    細胞、好酸球、血漿細胞、好中球など）を受容する（）例えば、リポジトリは、例えば、生物学的サンプル、ｉｐｏｄ、および／または、ｉｐｒｓから作成された細胞または組織のような生体試料を収集し、処理し、保存し、および／または分配するための生物学的サンプルであり、ここで、リポジトリは、例えば、リポジトリ内の生体試料を同定し、配置し、および／または在庫するようにプログラムされた（１つ）または複数のプロセッサと電気的に連絡している    であって、該リポジトリは、自動化されたサンプル処理のためのハードウェア、ロボット工学などを備えている）  
【００４５】
特定の実施形態において、細胞および／または細胞株は、ヒト白血球抗原（ｈｌａ）によって特徴づけられる）少なくとも（３）のマッピング、ｈｌａ−ａ、ｈｌａ−ｂ、ｈｌａ−ｃ、ｈｌａ−ｄｒｂｌ、ｈｌａ−ｄｒｂ３、ｈｌａ−ｄｒｂ４、ｈｌａ−ｄｒｂ５、ｈｌａ−ｄｑｂｌ、ｈｌａ−ｄｐｂｌ。からなる群から選択されるメンバーである特定の実施形態において、細胞および／または細胞株はｈｌａ対立遺伝子座（）例えば、ｈｌａ−ｄｒｂ、ｈｌａ−ｄｐｂ、ｈｌａ−ｄｐｂ、ｈｌａ−ｄｐｂ、    、Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤＲ、ＤＱ、及び／又はｄｐ）と、個々の特異性（）例えば、Ａｌ、Ｂ２７、ＤＲ８等）とを含む  
【００４６】
特定の実施形態では、特徴付けられた細胞および／または細胞株は、ａｂｏ血液型によって特徴付けられる。特定の実施形態において、特徴付けられた細胞および／または細胞株は、ｒｈｄ群によって特徴付けられる。特定の実施形態では、リポジトリは、  
少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座（）例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ＤＲＢ（）例えばｈｌａ−ＤＲＢｌ））においてホモ接合性であることを特徴とする細胞および／または細胞株  
【００４７】
特定の実施形態では、レポジトリは、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座においてホモ接合性であり、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢｌ、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ｄｑｂｌおよびｈｌａ−ＤＰＢ１からなる群から選択されるメンバーである、特徴づけされた細胞および／または細胞系を含む  
【００４８】
特定の実施形態では、レポジトリは、特徴付けられたスーパードナー細胞および／または細胞株例えば、スーパードナー細胞株を拒絶せずに複数の被験体の治療のために使用することができる）を特徴とし、各細胞株のｈｌａ遺伝子座はスーパードナー型であり例えば、各細胞株のｈｌａ型は複数の被験体における強い免疫拒絶反応をトリガーしない）、各細胞株に対するｈｌａ型はホモ接合性ｈｌａ遺伝子の組合せを含む）  
【００４９】
特定の実施形態において、ホモ接合性ｈｌａ遺伝子の組み合わせは、ホモ接合性ｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂ−１の組み合わせを含む。特定の実施形態において、ホモ接合性ｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂ−１の組み合わせは、所与の集団について、ホモ接合性ｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｄｒｂ−１の組み合わせのうちのを含む    特定の実施形態において、ホモ接合性ｈｌａ遺伝子の組み合わせは、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個の主要部位のホモ接合性ｈｌａ遺伝子座を含み、その主要部位は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ｄｐｂからなる群から選択されるメンバーである  
【００５０】
特定の実施形態では、リポジトリは、（１）または複数の個々のドナーの（１つ）または複数の生物学的サンプルから誘導される、特徴付けられた細胞および／または細胞株を含む。特定の実施形態では、レポジトリにおける特徴づけされた細胞および／または細胞株の各々は、細胞および／または細胞株の特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットを含む対応するデータを有し、対応するデータは、１つ以上のマッチング（）例えば、    、正確に一致し、部分的に一致し、（）例えば、適合性のあるｈｌａタイプなど）と適合性であると同定すること（）例えば、被験者のための問い合わせされたｈｌａ遺伝子座を有する））を、クエリ時に物理的な細胞株と一致させる  
【００５１】
本発明の一態様を含む実施形態の要素例えば、方法）は、本発明の他の態様例えば、システム）を含む実施形態で適用することができ、またその逆も同様である  
定義  
【００５２】
本開示がより容易に理解されるために、特定の用語を以下に最初に定義する。以下の用語および他の用語のさらなる定義は、本明細書全体にわたって記載されている  
【００５３】
本出願において、”または”の使用は、別段の記載がない限り、”および／または”を意味する。この出願において使用されるように、用語”含む”および”含む”および”含む”などの用語の変動は、他の添加剤、成分、整数または工程を排除することを意図するものではない。本出願で使用されるように、用語”約”および”約”は、均等物として使用される    この出願で使用される任意の数字は、関連技術の当業者によって認識される任意の通常の変動をカバーすることを意味する  
【００５４】
本明細書で使用される”サンプル”または”生物学的サンプル”という用語は、本明細書で使用されるとき、本明細書で説明されるように、目的のソースから得られまたは誘導される生物学的サンプルを意味する。特定の実施形態では、関心のある源は、微生物、植物、動物またはヒトのような生物を含む。特定の実施形態では、生物学的サンプルは、生物学的組織または流体を含むか、または生物学的組織または流体である    特定の実施形態では、生物学的サンプルは、骨髄、血液、血液細胞、腹水、組織または細針生検試料、細胞含有体液、遊離浮遊核酸（）例えば、無細胞ｄｎａ）、痰、唾液、尿、脳脊髄液、腹膜液、胸膜液、リンパ液、婦人科流体、皮膚スワブ、膣スワブ、口腔スワブ、鼻スワブ、洗浄または洗浄、ならびに吸引物、廃棄物、骨髄試料を含むことができる    ；組織生検試料；外科用試料；糞便、他の体液、分泌物および／または排泄物；および／またはそれらからの細胞などが挙げられる特定の実施形態において、生物学的サンプルは、個体から得られた細胞を含むか、または個体から得られる細胞である。特定の実施形態では、得られた細胞は、試料が得られる個体からの細胞を含むか、または含まれる。特定の実施形態では、試料は、任意の適切な手段によって目的源から直接得られる”一次試料”である    例えば、ある実施形態では、一次生物学的サンプルは、スワブ、生検（）例えば、細針吸引または組織生検）からなる群から選択される方法によって得られる）、手術、体液（）例えば、血液、リンパ液、糞便など）などの収集物を含む特定の実施形態では、文脈から明らかになるように、用語”試料”は、一次試料に１種以上の薬剤を添加することにより、および／または（１つ）または複数の薬剤を添加することによって）処理することによって得られる調製物を意味する    例えば、半透過性膜を用いた濾過。このような処理された”試料”は、例えば、試料から抽出された核酸またはタンパク質、または一次試料を、ｍｒｎａの増幅または逆転写、ある成分の単離および／または精製などの技術に供することによって得られる  
【００５５】
”遺伝子型分類データ”とは、本明細書で使用されるとき、”遺伝子型分類データ”という用語は、遺伝子型の測定から得られるデータをいう。特定の実施形態では、遺伝子型分類データは、個体の表現型を記述する。遺伝子型分類データは、特定の遺伝子（）例えば、個体の遺伝的配列の一部、例えば、ｄｎａ配列）、ｓｐｓ、またはｓｐｓの変異体の測定値であってもよい。特定の実施形態では、遺伝子型データは、マルチ遺伝子パネルから得られる    特定の実施形態では、個体による購入または要求に応答して遺伝子型打ちデータが生成される  
特定の実施形態では、遺伝子型分類データは、遺伝子型（）例えば、個体の）の一部についてのデータを含む。特定の実施形態では、遺伝子型分類データは、遺伝子型例えば、個体の）の全ての利用可能な測定値を含む  
【００５６】
”部分的に不差別化された”：本明細書で使用される場合、用語”部分的に”  
幹細胞の状態のように、幹細胞の状態と同様に、特定の種類の細胞に分化する傾向を有するが、幹細胞よりも既に特異的であるが、その”標的”細胞に分化するように押される生物学的細胞を記載する。例えば、幹細胞と前駆細胞との間の相違は、幹細胞が無期限に複製することができ、前駆細胞は限られた回数だけ分裂することができることである。部分的にｕｎ／分化した細胞の一例は、前駆細胞である  
【００５７】
本明細書で使用される”対象”または”個体”という用語は、本明細書で使用されるとき、用語”対象”または”個体”は、ヒトまたは他の動物または植物を意味する。特定の実施形態において、被験体はヒトおよび哺乳動物例えば、マウス、ラット、ブタ、ネコ、イヌ、ウマ、および霊長類）である。いくつかの実施形態では、被験体は、牛、ヒツジ、ヤギ、ウシ、ブタ等の家畜、ニワトリ、アヒル、ｇｅｓｅ、七面鳥などの家禽、および家畜、特に犬や猫などのペットである。いくつかの実施形態では（ｅ）    特に、研究状況において、哺乳動物は、例えば、げっ歯類例えば、マウス、ラット、ハムスター）、ウサギ、霊長類、または近交ブタなどの豚である  
【００５８】
”バンク”：本明細書で使用される”バンク”という用語は、遺伝物質および／または生物学的サンプルが保存されるシステム、装置、または場所を意味する。遺伝物質は、個体によって提供された生物学的サンプルから、バンクを所有および／または操作する組織に由来する（）例えば、抽出される）ことができる。特定の実施形態では、生物学的サンプルは、そこから抽出された遺伝子材料を貯蔵するバンクとは別個のバンクに貯蔵される  
【００５９】
”リザーブ”とは、本明細書で使用される場合、”リザーブ”という用語は、バンク内に貯蔵された生物学的材料（）例えば、細胞および／または細胞系）の量を意味する  
【００６０】
”変異体”：本明細書で使用される場合、”変異体”という用語は、生物のゲノムに存在する特異的なｓｐの特異的な変化を意味する。特定の実施形態では、変異体は、二倍体生物例えば、ヒト）に生じるように、個体の遺伝的物質の第１の複製の第１の対立遺伝子の特定の組み合わせ例えば、個体の父母ｄｎａに対応する）と、個体の遺伝物質例えば、個体の母体ｄｎａに対応する）の第２の複製の第２の対立遺伝子との特定の組み合わせである  
【００６１】
本明細書で使用される”細胞”または”細胞系”という用語は、本明細書で使用される場合、用語”細胞”または”細胞系”は、ヒトおよび／または非ヒトの試料に由来する細胞をいう。特定の実施形態において、細胞は、ｉｐｓｃ由来細胞のようなインビトロ培養細胞を含むことができる。特定の実施形態では、細胞は細胞株を含むことができる。例えば、細胞は、ｉｐｏｄ、および／または造血幹細胞（ｈｓｃ）および／または血液前駆細胞および／または間葉幹細胞（ｍｓｃ）および／または網膜色素を含むことができる  
上皮（ＲＰＥ）および／または軟骨細胞および／または胚様体、および／または任意の他のｉｐｓｃ由来細胞、および／または、ｉｐｓｃ系、および／またはｈｓｃ系、および／または血液前駆細胞系、および／または幹細胞系、および／またはｒｐｅ系および／またはｒｐｅ系、および／またはｉｐｓｃ系の胚様体、および／または任意の他のｉｐｓｃ由来の細胞系を含む。細胞および／または細胞株は不死化されていてもよいし、不死化されていなくてもよい  
【００６２】
本明細書中において、組成物は、特定の成分を含む、または含むものとして記載されているか、または特定の工程を含む、または含むものとして記載されているものとして記載されているが、それに加えて、  
本発明の組成物は、列挙された成分から本質的になるか、またはそれらから構成され、列挙された処理ステップから本質的に構成されるか、またはそれらからなる、本発明による方法が存在する  
【００６３】
ある作用を実行するためのステップまたは順序の順序は、本発明が動作可能である限り、重要でないことを理解すべきである。また、２段階以上の工程を同時に行ってもよい  
【００６４】
いずれの刊行物、例えば、背景部において言及されていることは、本明細書に提示された請求項のいずれかに関して、当該刊行物が先行技術として役立つことを容認するものではない。背景部は、明確化のために提示されており、いずれかの請求項に関する先行技術の説明を意味するものではない。ヘッダは、読者の便宜のために提供され、限定を意図するものではない  
【図面の簡単な説明】
【００６５】
以下の図面から構成される図面は、例示のためのものであり、限定のためのものではない。
【００６６】
【図１】図１は、本明細書に記載の方法およびシステムで使用するための例示的なネットワーク環境を示す。
【００６７】
【図２】図２は、本開示に記載された方法およびシステムで使用することができるコンピューティングデバイスおよびモバイルコンピューティングデバイスの例を示す
【００６８】
【図３】図３は、ａのデータエントリをクエリし、検索する方法のブロック図である    本発明の例示的な実施形態によれば、被験者の治療のために、照会されたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座に一致するｈｌａ−インデックス付けされたデータベース
【００６９】
【図４】図４は、本発明の例示的な実施形態による、被験体を治療する方法のブロック図である
【００７０】
本開示の特徴および利点は、図面を参照して以下に説明する詳細な説明からより明らかになるであろう。図面において、同様の参照符号は、全体にわたって対応する要素を識別する。図面において、同様の参照番号は、一般に、同一の、機能的に類似した、および／または構造的に類似した要素を示す  
【発明を実施するための形態】
【００７１】
詳細な説明  
本明細書に記載されているのは、誘導多能性幹細胞（ｉｐｒｓ）（）またはｉｐｒｓから形成された胚様体）から誘導された造血幹細胞（ＨＳＣ）系統及び／又は血液前駆細胞株の管理されたｈｌａ−指標化されたリポジトリであって、ｈｓｃ線、血液前駆細胞系、ｍｓｃ線、胚様体、および／またはｉｐｓｃ系の各々は、特徴づけられたｈｌａ遺伝子座のセットを含む対応するデータを有する    、前記対応するデータは、クエリ時に（１つ）または複数の一致する物理セルラインの検索のために検索可能なデータベースに記憶される。このリポジトリは、１組のインデックスされたｈｌａタイプの各々について、ｉｐｒｓ、胚様体、ｈｓｃ、および／または血液前駆細胞のバンクを含み、損傷した、罹患した、または他の異常な骨髄および／または免疫系を有する患者における造血機能を再確立するために移植に適した同種異系細胞株の同定および提供を目的とする  
ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）  
【００７２】
前記レポジトリに保存された前記特徴付けられたｉｐｓ細胞および／または細胞株は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）を用いて索引付けされる。特定の実施形態において、ｉｐｓ細胞および／またはそれから誘導された細胞は、ｈｌａマッピング（）例えば、ｈｌａタイピングおよび／またはマッチング）を介してスーパードナー細胞株として特徴付けられ、指標化される。特定の実施形態では、複数のｈｌａ遺伝子座は、様々なｉｐｓ細胞および／またはそれから誘導される細胞の各々について特徴付けられ、指標化され得る  
【００７３】
ヒトにおけるｈｌａｓは、免疫系を調節するように機能する主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）タンパク質である。ｈｌａ遺伝子は高度に多形性であり、クラスｉとクラスｉｉに大別され得る。例えば、ヒトにおけるクラスｉは、すべての有核細胞および血小板に見出され得る。一方、ｈｌａクラスｉｉ（構成的発現）は、例えば、免疫系の特殊細胞例えば、マクロファージ、ｂ細胞等）に限定され得る  
【００７４】
ｈｌａクラスｉは、例えばｈｌａ−Ａ、Ｂ、およびｃ遺伝子を含むことができる。特定の実施形態において、ｈｌａクラスｉは、細胞表面上で共支配的に発現され得、そして内部細胞タンパク質から誘導されたペプチドを、ＣＤ８ｔ細胞のｔ細胞受容体に提示することができる。例えば、これらのタンパク質は、細胞内寄生虫、ウイルス、および癌に対する免疫応答に関与し得る  
【００７５】
特定の実施形態において、ｈｌａクラスｉは、多型α鎖および共通のβ−２ミクログロブリンを有するヘテロ二量体タンパク質構造を有し得る。特定の実施形態では、α鎖は、３個の細胞外ドメイン：ａｌ、ａ２、およびａから構成され得る  
【００７６】
例えば、ｈｌａクラスｉｉは、ＤＲ、ＤＱ、およびｄｐ遺伝子を含むことができる。特定の実施形態において、ｈｌａクラスｉｉは、共支配的に発現され得る。特定の実施形態では、ｈｌａは、ｈｌａである  
クラスｉｉは、多形性β鎖およびはるかに少ない多形性α鎖を有するヘテロ二量体タンパク質構造を有することができる。ある実施形態では、両鎖は（２つ）の（２）細胞外ドメイン（ａｌ、ａ２、およびβ２、β２）から構成され得る。例えば、ａｌおよびβ融合ドメインは、処理されたペプチドを細胞外タンパク質からｃｄ４＋ｔ細胞に提示するペプチド結合溝を形成することができる。特定の実施形態において、ｈｌａクラスｉｉは、細胞外感染剤および非自己ｈｌａ分子に対する免疫応答に関与し得る  
【００７７】
特定の実施形態では、各ｈｌａ対立遺伝子は、文字によって識別され得る  
”遺伝子座”（）例えば、ａ、Ｂ、Ｃ、ＤＲ、ＤＱ、ＤＰ）を含み、個々の特異性は、遺伝子座（）例えば、Ａｌ、Ｂ２７、ＤＲ８等）の後の数によって定義され得る。抗血清（抗体）を用いて特異性を定義することができる。特定の実施形態では、ｈｌａタンパク質をコードする遺伝子の有無を同定することにより、遺伝子分析を用いてｈｌａ特異性を決定することもできる。例えば、クラスｉｉ分子特異性は、特定の鎖（ａまたはβ）をコードする遺伝子のレベルで同定され得る  
ｈｌａタイピング  
【００７８】
物理的レポジトリにインデックス付けされ記憶された幹細胞及び／又は幹細胞系（）例えば、ｉｐｏｄ、及び／又はそれから誘導された細胞）は、試料（）例えば、細胞）の様々な特性を使用して特徴付けられ、索引付けされ得る。特定の実施形態において、幹細胞および／またはそれから誘導された細胞は、ｈｌａ型を用いて特徴付けられ、索引付けされ得る    特定の実施形態において、幹細胞および／またはそれから誘導された細胞は、ａｂｏ血液群を用いて特徴付けられ、索引付けされ得る。特定の実施形態において、幹細胞および／またはそれから誘導された細胞は、ｒｈｄ血液型を用いて特徴付けられ、索引付けされ得る。例えば、幹細胞および／またはそれから誘導された細胞は、ｈｌａ型および／またはａｂｏ血液群および／またはｒｈｄ型を使用して、物理的レポジトリにおいて特徴付けられ、索引付けされ得る  
【００７９】
ｈｌａタイピングまたはｈｌａマッチングを用いて、個体のｈｌａタイプを決定する。ｈｌａ型の個体は、１組のｈｌａ遺伝子（）例えばｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ｄｒ遺伝子）に対応する、１対の共発現ハプロタイプを含む。特定の実施形態では、遺伝子組換えおよび環境因子は、ｈｌａ遺伝子の組合せの継承に関して連鎖不平衡をもたらす。例えば、ｈｌａ対立遺伝子の特定の組み合わせ例えば、    、ＨＬＡ−Ａ、−Ｂ、および−ｄｒ遺伝子の組み合わせが好ましいが、他の組合せも存在しない  
【００８０】
ｈｌａタイピングは、タンパク質レベルで行ってもよいが、タンパク質レベルで実施してもよい  
ｄｎａレベルは、例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を介してｄｎａを増幅することにより、または他のｄｎａ同定および増幅技術を使用して増幅することによって達成される。例えば、ｈｌａタイピングは、配列特異的オリゴヌクレオチド（ＳＳＯ）を用いて実施することができる。特定の実施形態では、ｓｓｏベースのｈｌａタイピングは、汎用プライマーを用いて、大量のｈｌａ対立遺伝子、例えばｈｌａ−ａをｐｃｒまたは他のｄｎａ増幅技術を介して増幅することができる    ｄｓｄｎａは単鎖に分離され、単鎖特異的オリゴヌクレオチドプローブと相互作用することが可能である。特定の実施形態では、このようなプローブは、固体マトリックスに結合され得る。例えば、結合されたプローブのパターンを用いて、試料のｈｌａタイプを決定することができる。特定の実施形態では、ｈｌａタイピングは、配列特異的プライマー（ＳＳＰ）を用いて実施することができる。例えば、ｓｓｐベースのｈｌａタイピングは、プライマーに一致するｄｎａを増幅する。抗体もまた使用され得る  
ｈｌａタイピングは、複数のｈｌａエピトープ（）例えばｈｌａ−Ａ２、Ａ９およびａ（２８）と交差反応するという欠点を有し得る  
ｈｌａタイピングの応用  
【００８１】
試料（）例えば、細胞、器官、および／または組織）のｈｌａ型は、器官ドナーとレシピエントとの間の適合性を決定する際に使用され得る。レシピエント（）例えば、患者）のｈｌａタイプに一致するサンプルは、サンプルがレシピエントに移植された後、免疫応答（）例えば拒絶）を不正にしない可能性が高い。特定の実施形態では、ｈｌａ遺伝子上の３以上の遺伝子座に基づいてマッチングを行い、移植後のレシピエントにおける強い免疫応答を防止する    特定の実施形態において、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座は、ドナーとレシピエントとの間で一致するために必要であり、移植後のレシピエントにおける強い免疫応答を防止する。特定の実施形態では、少なくとも３個、または少なくとも４個、または少なくとも５個、少なくとも６個、または少なくとも７個、または少なくとも８個、または少なくとも９個の主要部位（）例えば、遺伝子座）が、ドナーとレシピエントとの間で一致するために必要であり、レシピエントの移植後の強い免疫応答を防止する  
【００８２】
多くのレジストリドナーは、血清学的（）例えば、抗原を用いたｈｌａマッピング）によって試験されてきたが、多くの場合、どの抗原が試験されたかについての資料が含まれていない。造血前駆細胞移植候補の大部分は、分子（ｄｎａベース）法により試験されているが、抗原（血清学）および対立遺伝子（ＤＮＡ）の命名は、場合によっては一致しない場合がある。したがって、特徴づけされかつ索引付けされた例えば、ｈｌａインデックス付けされた（）例えば、）    （標準命名法を用いて）ｉｐｓ細胞および／またはそれから誘導された細胞を使用して、対応するデータベースを用いて効率的かつ正確に検索して、移植のための一致するｈｌａサンプルを迅速に見出すことができる。例えば、ｈｌａは、ｈｌａである  
指標化されかつ整合されたｉｐｓ細胞及び／又はそれから誘導された細胞系及び／又は細胞は、種々の疾患の治療に使用され得る。特定の実施形態において、これらの細胞および／または細胞株は、治療癌例えば、白血病、リンパ腫、骨癌など）で使用され得る。特定の実施形態において、これらの細胞および／または細胞株は、造血幹細胞において使用され得る  
移植  
【００８３】
ＨＬＡ−指標化されたリポジトリはまた、様々な目的のために使用されてもよい。例えば、ｈｌａタイピングの他の臨床的適用は、疾患リスク評価、薬ゲノム、免疫療法、感染性疾患ワクチン、および腫瘍ワクチンを含むことができる。特定の実施形態では、リポジトリ内で保存されかつ索引付けされた細胞および／または細胞株は、美容手術、例えば軟骨移植片に使用され得る    長期移植および移植片生存は、固体器官および骨髄移植の両方のｈｌａ抗原ミスマッチの程度に相関される  
【００８４】
ｈｌａ整合細胞および／または細胞株はまた、種々の疾患の治療に使用され得る。ある種の疾患は、特定の特定のｈｌａタイプとの強力な会合を有し得る。例えば、疾患とのｈｌａ関連性には、無呼吸性脊椎炎および急性前ブドウ膜炎（ＨＬＡ−Ｂ２７）；ｂｉｄｓｈｏｔ網膜症（ＨＬＡ−ａ２９）；ベーチェット病（ＨＬＡ−Ｂ５１）；乾癬（ＨＬＡ−Ｃｗ６）；ｃｅｌｉａｃ疾患（ＨＬＡ−ＤＱ２、（８）；ナコルｅｓｙ（ＨＬＡ−ＤＲ１５、ＤＱ６）；糖尿病（ＨＬＡ−ＤＲ３、４−ＤＱ２、（８）；および慢性関節リウマチ（ＨＬＡ−ＤＲ４）が挙げられる    特定の実施形態では、特定のサンプル例えば、物理レポジトリにおける細胞および／または細胞株）に対応するｈｌａデータベース内のデータエントリは、特定のｈｌａタイプに関する情報を組み込んで、特定の疾患とのそれらの強い関連性を認識することができる  
【００８５】
ｈｌａ型はまた、薬剤に対するアレルギーまたは過敏症と関連していてもよい  
例えば、Ｓｔｅｖｅｎｓ−ｊｏｈｎｓｏｎ症候群（ＳＪＳ）および毒性表皮壊死（ＴＥＮ）における薬物に対する重度のアレルギー性または過敏性反応は、ｈｌａ型に関連し得る。細胞および／または細胞系および対応するデータベースの物理的レポジトリを使用して、患者のアレルギーおよび感度（）例えば、患者に知られていない場合がある）を識別することができる。ある実施形態では、  
実施形態では、ｈｌａタイピングは、患者のリスク階層化を可能にする。特定の実施形態では、過敏性反応（）例えば、抗てんかん剤、アロプリノール、ネビサリン、オキソキシカムファミリーにおける抗炎症薬、及びスルホンアミド）に関連する薬物を、貯蔵所に貯蔵された細胞及び／又は細胞系及び／又はそれから誘導された細胞を用いて研究することができる。さらに、これらの研究は、移植前にインビトロおよび／またはｅｘｖｉｖｏで実施することができる  
【００８６】
ｈｌａタイピングはワクチン開発に用いることができる。本明細書に記載のｈｌａ−指標化細胞及び／又はそれから誘導された細胞を使用して、そのようなワクチンを開発することができる。特定の実施形態において、細胞免疫を産生するワクチンは、ペプチドｈｌａ結合を必要とする。例えば、ワクチン試験は、共通のｈｌａ対立遺伝子に結合するペプチドを使用する。主要な試験の後、試験は、他のｈｌａ対立遺伝子に結合するペプチドを含むことができる    特定の実施形態では、共通ｈｌａ対立遺伝子を有する細胞および他のｈｌａ対立遺伝子を有する細胞は、レポジトリに保存された幹細胞および／または細胞株の背部から選択され得る  
【００８７】
ｈｌａタイピングはまた、個体の適合性のために有益であり得る。例えば、研究は、外皮およびｗｉｖｅｓが予想よりもｈｌａの一致が少ないことを見出した。ｈｌａ遺伝子（ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ｄｒｂｌ）は免疫系を調節し、免疫系が攻撃する微生物を決定する    非限定的な例として、ｈｌａ遺伝子は、それに関連する非ヒト微生物を支配することにより、被験者のにおいを調節するので、特に、においに基づく被験者の間の引力に影響を与えることができる。ｈｌａ型と長期間の適合性との関連付けが与えられると、（２つ）の個体間での圧密船の尤度を予測することが可能である    いくつかの実施形態では、本開示は、他の個体を有する所与の被験者についての適合性または圧伸度のために、照会されたｈｌａ遺伝子座に一致するデータベースのデータエントリを照会し、検索する方法を教示する  
ＨＬＡ−インデックスされた誘導多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）バンク  
【００８８】
ｉｐｓ細胞および／またはそれから誘導された細胞（）例えばｈｓｃおよび／または血液前駆細胞）のバンクは、ｈｌａ型および／またはａｂｏ群および／またはｒｈｄ型によって索引付けされた所与の集団の有意な割合（）例えば、少なくとも８５％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％）をカバーする様々なｈｌａ型を含有するという点で、包括的なリポジトリである    特定の実施形態では、バンク内のｈｓｃ線および／または血液前駆体および／または、ｈｓｃおよび／または血液前駆体が誘導されるｉｐｓ細胞系および／または胚様体）は、スーパードナー細胞株例えば、ｈｌａマッピングを介して）として特徴付けることができる    したがって、移植のための適切な細胞を迅速に同定し、必要に応じて所与の集団の広いスワス上の患者に利用可能にすることができ、これにより、一致する骨髄ドナーを同定する困難な時間のかかる工程を伴わずに、移植のための適切な細胞を迅速に同定し、利用可能にすることができるので、骨髄レジストおよび／または他のドナーレジストを不要にすることが可能である    適切な細胞系の同定は、ｈｌａ型に加えて、患者のａｂｏ血型および／またはｒｈｄ血液群をｈｓｃ、血液前駆細胞、胚様体、および／またはｉｐｓｃ系統のそれと一致させることを含むことができる  
【００８９】
このバンクは、それから不死化されたｉｓｃｏｓの予約へのアクセスを提供することができる  
ｈｓｃおよび／または血液前駆細胞を誘導性ｈｓｃおよび／または血液前駆細胞に由来させることができ、かつ／または、一般的に使用された／整合されたｈｌａタイプ（）例えば、集団のより高いパーセンテージに適合するｈｌａスーパードナー）について予め調製して、必要に応じて細胞を直ちに利用できるようにすることができる。ｈｓｃｓはまた、一致するｉｐｓｃラインを識別すると、特定の患者に対して生成され得る。さらに、ある実施形態では、特徴付けられたｉｐｓｃラインに対応する胚様体の留保が、バンク内に記憶される    特定の実施形態では、ｈｌａスーパードナーラインは、胚様体（ｈｌａスーパードナーラインとして特徴付けられる）によってバンク内で物理的に表される。これらの胚様体を用いてｈｓｃ及び／又は血液前駆体を作製することができる  
【００９０】
誘導されたヒト多能性幹細胞（ｉｐｒｓ）は、血液試料のような生物学的試料から生成することができる。条件に応じて、インビトロｉｓｃｏｓは、それらの多能性を保持することができ、または、広範囲の特殊な細胞型および組織に分化するように誘導され得る    このような細胞型および組織は、外傷、糖尿病、変性神経疾患、心臓血管疾患、および代謝不全のような状態を有する患者における罹患組織または損傷組織の置換を含む用途に使用することができる  
【００９１】
ｔａｙｌｏｒｅｔａｌ、ｃｅｌｌｓｔｅｍｃｅｌｌ１１、Ａｕｇｕｓｔ、ｐｐ。本明細書中に参考として援用される、ＨＬＡ−ミスマッチｉｐｏｄは、免疫拒絶を引き起こす可能性があり、したがって、治療電位を制限する可能性がある。患者（自己のｉｐｒｓ）から直接由来するｉｐｒｓは、一致したｈｌａタイプをもたらし、移植拒絶のリスクを減少させることができる。しかし、個々の患者に対する自己のｉｓｃｏｓの生成は、コストが高く、時間がかかる  
あるいは、強力な反応をトリガーしないｈｌａ型を有する同種異系のｉｐｓｃ細胞株を調製し、多くの個体群に使用することができる  
【００９２】
”スーパードナー”という用語は、強い拒絶反応を引き起こさないｈｌａタイプを記述するために使用される用語である。このような同種異系（患者以外のドナー由来）ｉｐｓｃ系は、予め作製しておくことができ、必要に応じて使用することができる。集団に役立つためには、より少ない同種異系線が必要である。ｉｓｐは、ｈｌａマッチングの機会を最大にするように選択された、血液群ｏの健康なボランティアドナーから得ることができる    多数の被験者に使用するために臨床グレードのｉｐｓｃ系統を拡大して分化させることができる。ｎａｋａｊｉｍａｅｔａｌ、幹細胞（２５）、２００７、ｐｐ。（９８３）から（９８５）は、本明細書中に参考として援用され、日本集団におけるヒト胚幹細胞株の仮想バンクにおけるｈｌａ一致推定を論じ、そして、大きな割合の患者が、移植療法のためのｈｌａ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびｈｌａ−ｄｒのの遺伝子座において、少なくとも（１つ）のｈｌａ整合性ドナーを見出すことができることを計算した  
【００９３】
ｈｓｃ系および／または血液前駆細胞系のようなｉｐｓｃ由来の細胞系がｈｌａ型によって特徴付けられるので、ｈｓｃ系および／または血液前駆細胞系は、ｈｓｃ移植拒絶の低い、減少したまたはゼロの機会を有する、適合性ｈｌａ型を有する所与の患者に適したものとして同定することができる。胚幹細胞（）例えば、胚幹細胞）を含む胚様体    適切な培地の存在下で、造血幹細胞、造血前駆細胞、および成熟造血細胞などの造血細胞に分化させることができる。特定の実施形態では、物理バンクに含まれる特徴づけされた細胞タイプは、以下のいずれか１つ以上を含む：ｉｐｒｓ、胚様体、ｈｓｃ、血液前駆細胞、および／または成熟造血細胞  
【００９４】
一致するｈｌａ型は、例えば、照会されたｈｌａ遺伝子座に一致するデータベースのデータエントリを照会し、検索することを含むことができる。特定の実施形態では、これは、以下のものを含む  
コンピュータ装置（）例えば、サーバ）のプロセッサによって受信する）に対応する１組の特徴づけされたｈｌａ遺伝子座を含むデータ入力と、個体に対応する１組の特徴づけされたｈｌａ遺伝子座を含むデータ入力（）例えば、処理および分析（）例えば、血清学による）によって、ｐｃｒによって）を含む）例えば、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＤＲＢ（）例えばｈｌａ−ＤＲＢ（１））のセットの各々の個体（）例えば、血液サンプル）からの試料、例えば、少なくとも９個の所与の遺伝子座（）例えば、ＨＬＡ−ＤＲＢ１））    、ＨＬＡ−ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢｌ）（８）または９員のこの群から選択された少なくとも３、４、５、６、７、８または９員を含む）；および（ｉｉ）プロセッサーによって、（）例えば、適合性のあるｈｌａタイプに適合するように同定された、ｉｐｓ由来の細胞株由来の、物理的レポジトリおよび／またはｈｓｃ中のｉｐｓ細胞、またはｉｐｒｓ由来の細胞株由来のｈｓｃ）を表すデータベースのまたは複数のデータエントリを、（）例えば、適合性のあるｈｌａタイプに適合するように、正確に一致させ、部分的に一致させて）検索することを含む    は、データ入力に対応するｉｐｒｓおよび／またはｈｓｃに対する対応するバーコードまたは他の識別子を決定することにより、所望の造血幹細胞をリポジトリから検索することを可能にし、および／または、クエリされたｈｌａ遺伝子座に一致する所望のｈｓｃおよび／またはｉｐｓｃ細胞株に対応する識別情報を検索することを可能にする    ｈｓｃは、不死化されたｉｐｓｃ系統から生産され得、必要に応じて、必要に応じて、追加のｈｓｃを生成するために、サンプルの追加的な採取が必要とされないときに、すぐにアクセスするために利用可能である  
【００９５】
［図３］被験者の治療のためのクエリされたヒト白血球抗原（ＨＬＡ）遺伝子座のセットと一致するｈｌａ−インデックス付けされたデータベースのデータエントリを照会し、検索する方法のブロック図である。ステップ（３０２）において、コンピューティングデバイスのプロセッサは、複数の特徴付けられた幹細胞（）例えば、ｉｓｃｓ、胚様体、ｈｓｃ、ｍｓｃ、ｒｐｅ、および／または血液前駆細胞）および／または細胞株の各々に対応するデータエントリを含むデータベースを記憶する  
（）例えば、ｉｐｓｃ系、ｈｓｃ系、ｍｓｃ系、ｒｐｅ系、および／または血液前駆細胞系）、またはそれらから誘導される細胞を含む。特定の実施形態では、特徴付けられた幹細胞は、ｉｐｒｓ、ＨＳＣ、ＲＰＥ、血液前駆細胞、およびｍｓｃを含むことができる。特定の実施形態では、特徴付けられた幹細胞株は、ｉｐｓｃライン、ｈｓｃライン、ｒｐｅライン、血液前駆ライン、およびｍｓｃラインを含むことができる    特定の実施形態において、それに由来する細胞は、ｉｐｓｃ由来の心筋細胞、ｉｐｓｃ由来のニューロン、ｉｐｓｃ由来の軟骨細胞などを含むことができる。各ｉｐｓｃ、及び／又はｉｐｓｃライン、及び／又は対応する胚様体、及び／又はそれに由来する細胞例えば、ｈｓｃ、ｍｓｃ、ｒｐｅ、血液前駆細胞、心筋細胞、ニューロン、軟骨細胞等）のデータエントリーは、該ｉｐｓｃラインに対応する特徴的なｈｌａ遺伝子座のセットを含み、該細胞は、該細胞が由来することを特徴とする    ステップにおいて、コンピューティングデバイスのプロセッサは、クエリをユーザから受信し、クエリは、被験者についてのクエリされたｈｌａ遺伝子座のセットを含む。特定の実施形態では、クエリされた遺伝子座のセットは、少なくとも３個のｈｌａ遺伝子座を含む。特定の実施形態では、クエリされた遺伝子座のセットは、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、または少なくとも９個のｈｌａ遺伝子座を含む    コンピューティングデバイスのプロセッサは、次いで、データベースの（３０６）または複数のデータエントリを検索し（３０６）、それぞれが、ｉｐｓｃラインおよび／または胚様体および／またはｈｓｃラインおよび／またはｈｓｃラインおよび／または血液前駆体ラインおよび／またはｍｓｃライン、および／または、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致するｉｐｓｃラインから誘導されたｒｐｅラインを含む  
【００９６】
細胞のリポジトリ／バンクは、時間の間、細胞（）例えば、ｉｓｃｓ、胚様体、ｈｓｃ、血液前駆細胞、ｍｓｃ、ｒｐｅ、軟骨細胞、心筋細胞及び／又は成熟造血細胞）を保存するのに適した環境制御システム（温度、湿度、圧力等を制御するための）を備えた断熱容器を含む貯蔵システムを含むことができる。リポジトリ／バンクはまた、（１つ）または複数のプロセッサ（）例えば、（１つ）または複数）を含むことができる    、および／または、在庫を管理するための関連するソフトウェア、ならびに、マッチした細胞株からの細胞の同定／検索のためのサンプル位置システムおよび／または検索システムを提供する。ｉｐｓｃｓは、血液サンプルまたは他の生物学的物質サンプル、例えば唾液、血清、組織、頬細胞、頬のスワブ、尿、および／または毛髪を介して収集された細胞）から製造され、次いで（物理的および／またはデジタル的に）標識され、在庫データベースに記録され、進行中および／または将来の使用のためにリポジトリに保存される    ｈｓｃは、既知の方法を介してｉｐｒｓから製造することができ、ｈｓｃはまた、（物理的および／またはデジタル的に）標識されてもよく、在庫データベースに記録され、進行中および／または将来の使用のためにリポジトリに保存されてもよい  
【００９７】
細胞のリポジトリ／バンクは、骨髄移植を必要とする対象を治療するためのシステムおよび方法で使用することができる。例えば、細胞のリポジトリ／バンクは、ｉｐｓｃ系統に対応するｉｐｓｃ及び／又は胚様体を含む。ここで、ｈｓｃ及び／又は血液前駆体は、ｉｐｓｃ及び／又は胚様体から誘導され、産生され、ｈｓｃ及び／又は血液前駆体は、疾患及び／又は状態を有するか又はその状態を有する患者に投与される    急性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、骨髄増殖性疾患、骨髄障害症候群、多発性骨髄腫、非ホジキンリンパ腫、ホジキン病、脂肪性貧血、純粋な赤−細胞ａ形成、パラオ性侵害性ヘモグロビン尿、ファンコンヒ貧血、地中海貧血大、鎌状赤血球貧血、重度の複合免疫不全症（ＳＣＩＤ）、ウィｓｋｏｔｔ−ａｌｄｒｉｃｈ症候群、血食道リンパ球性リンパ球作用    、新陳代謝、新陳代謝、新陳代謝、重度の先天性ｎｅｕｔｒｏｐｅｎｉａ、ｓｈｗａｃｍａｎ−ｄｉａｍｏｎｄｓｙｎｄｒｏｍｅ、  
ダイヤモンド−黒扇貧血、および白血球付着欠陥  
【００９８】
図（４）は、被験者を処理する方法（４００）を示すブロック図である。ステップ  
４０２，    血液前駆体及び／又はｈｓｃを被験者に投与し、該一又はそれ以上の検索されたデータエントリーに対応するｉｐｓｃラインから生成された該血液前駆細胞及び／又はｈｓｃを、問合せされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致させ、該ｉｐｓｃラインからのｉｐｓ細胞を本明細書に記載の物理的レポジトリに保存し、そこから取り出す    特定の実施形態では、被験体に投与された血液前駆細胞および／またはｈｓｃは、クエリされたｈｌａ遺伝子座のセットに一致するまたは複数の検索されたデータエントリに対応するｉｐｓｃラインに対応する胚様体から生成される  
不死化ｉｓｃｓのための生成および分化プロトコル  
【００９９】
誘導多能性幹細胞（ｉｐｓｃ）の生成プロトコルは、例えば、ｈｔｔｐｐｓ／ｗｗｗ。ｔｈｅｒｍｏフィッシュｅｒ。ｃｏｍ／ｕｓ／ｅｎ／ｈｏｍｅ／ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ／ｐｒｏｔｏｏｌ／ｃｅｌｌ−ｃｕｔｅｒｅｌｓ。ｈｔｍｌに記載されており、その内容は、その全体が参照により本明細書に援用される。誘導多能性幹細胞（ｉｐｓｃ）の生成および分化プロトコルは、例えば、ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ。ｓｉｇｍａａｌｄｒｉｃｈ。ｃｏｍ／ｌｉｆｅ−ｓｃｉ／ｓｔｅｍｔｏ−ｃｅｌｌ−ｂｉｏｌｏｇｉｙ／ｉｐｓｃ／ｉｐｓｃ−プロトコルで記載されている    その内容は、その全体が参照により本明細書に援用される  
ｉｐｒｓの分化は、例えば、”成人ヒト線維芽細胞由来の多能性幹細胞の誘導”；ｔａｋａｈａｓｈｉｋ、ｔａｎａｂｅｋ、ｏｈｋｉｍ、ｎａｉｔａｍ、ｉｃｈｉｓａｋａｔ、断層像ｋ、ｙａｍａｎｋａｓ；ｃｅｌｌｖｏｌ１３１、８６１−８７２、Ｎｏｖｅｍｂｅｒ２００７”に見出すことができ、その内容は、その全体が参照により本明細書に援用される  
【０１００】
最近、ｈｓｃは、ｉｓｃｏｓから成功裏に製造されてきた。例えば、  
”遺伝子を形成することによる誘導多能性幹細胞からの移植可能な造血幹細胞の生成”ｍｏｌｔｈｅｒ。（１０３−３１）、（１４３−３１）、ｅｐｕｂは（１４３−３１）、ｅｐｕｂは（１４）、（２０１３）、”造血幹細胞は誘導多能性幹細胞技術、”ｈａｅｍａｔｏｌｏｇｕｃａ、２０１６Ｓｅｐ；１０１（（９）：９９９−１００１”、および”誘導多能性幹細胞由来の移植可能なヒト造血細胞のインビボ産生”、”血液、（２０１３）、２１；１２１（（８）；１２５５−６４；ｅｐｕｂｄｅｃ  ４  ２０１２    の内容は、本明細書中に参考として援用される。さらに、近年、被験者（）例えば、血球）の生体試料から採取された細胞からのｉｓｃｓの産生が著しく進歩している。例えば、ウイルスベクターを用いて、生物学的試料から収集された細胞に、幹細胞関連遺伝子例えば、Ｏｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、Ｋｌｆ４、およびｃ−Ｍｙｃ（またはｏｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、ナノｇ、およびｌｉｎ（２８）−のコピーを挿入することにより、ｉｐｒｓを作製することができる。例えば、ｋを参照されたい    Ｏｋｉｔａ、Ｔ。Ｉｃｈｉｓａｋａ、ａｎｄｓ。ｙａｍｏｋａ、”ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎｏｆ生殖系列−コンピテント誘導多能性幹細胞”、Ｎａｔｕｒｅ、ｖｏｌ。４４８、ｎｏ７１５１、ｐｐ。Ｋ。Ｏｋｉｔａ、Ｙ。Ｍａｔｓｕｍｕｒａ、Ｙ。ｓａｔｏｅｔａｌ、”ａｍｏｒｅｅｆｆｉｃｉｅｎｔｍｅｔｈｏｄｔｏ生成ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ−ｆｒｅｅｈｕｍａｎｉｐｓｃｅｌｌｓ”、ｎａｔｕｒｅｍｅｔｈｏｄｓ、ｖｏｌ。８、ｎｏ。５、ｐｐ。（４０９）乃至（４１２）、（２０１１）を参照されたいこれらの内容は、本明細書中に参考として援用される  
不死化ｉｓｃｓの保存  
【０１０１】
生物学的サンプル材料（）例えば、核酸）を格納するためのリポジトリ（２９０）（）例えば、核酸リポジトリなどのセルレポジトリ）は、液体窒素貯蔵タンク及び／又は他のフリーザーシステムを含むことができる。液体窒素タンクは、温度（）例えば、約−１９５℃）および／または湿度制御を提供し、例えば不死化された細胞株（）例えば、不死化ｉｓｃｓ）を長期間保存するために使用することができる。あるいは、生物学的材料（）例えば、    、核酸）は、より高い温度（）例えば、約−８０℃−約−２０℃）でフリーザーシステムに貯蔵することができる。追加の機器、バックアップシステム、ソフトウェア／在庫管理システム、サンプル位置システム、自動化されたサンプル回収などを、リポジトリ内に収容された生物学的サンプル材料の保管及び／又は維持のために使用することができる。説明されたセットアップは、バックアップシステム（）例えば、バックアップシステム）を可能にする    、所与のタンク及び／又は冷凍温度制御システム及び／又は湿度制御システムが故障した場合に使用される追加のリポジトリ（ｒｅｐｏｓｉｔｏｒｙ）を含む  
【０１０２】
さらに、提供されたシステムおよび方法は、グラフィカルユーザインターフェースを介して、遺伝子型データを生成するために使用される生物学的サンプル（）およびそこから抽出された生物学的材料）を記録し、追跡することができる。例えば、米国特許出願第６２／４８５７７８号に記載されている  １５    ２００６年１２月１９日に出願された”生物学的サンプルおよび生物学的物質のための生物学的物質の連鎖”と題する国際出願ｐｃｔ／ＵＳ１７／６７２７２号、および２００６年１２月１９日に出願された”生物学的サンプルおよび生物学的物質のための生物学的物質の鎖”と題する国際出願ｐｃｔ／ＵＳ１７／６７２７２号に記載されており、その内容は、その全体が参照により本明細書に援用される  
【０１０３】
例えば、生物学的サンプルをいくつかの段階で処理して生物学的物質を抽出し、遺伝子型決定試験を行うために、生物学的サンプル材料の処理中に使用されるウェルプレートと同様に、試料および試験を組織化するために、生物学的サンプル材料にｉｄを割り当てる。生物学的サンプル材料は、生物学的材料を抽出するのに使用するためのウェルプレートに割り当てられる    遺伝子型分類試験を実施する際に使用するための遺伝子型分類プレートに生物学的サンプル材料を割り当てる。生物学的サンプル材料に対応するｉｄを、ウェル。プレートまたは遺伝子型タイプ。プレートのｉｄに関連付けることにより、ユーザは、どの抽出および／またはテストを行う必要があるかを追跡することができ、また、グラフィカル。ユーザ。インターフェースを介して分析された生物学的サンプルが受信されたか、または遺伝子型分類されたかを記録することができる  
例示的なコンピュータネットワーク環境  
【０１０４】
図は、本明細書に記載の方法およびシステムで使用するための例示的なネットワーク環境を示す。概要を簡単に説明すると、ここで図を参照すると、例示的なクラウド。コンピューティング環境のブロック図が示され、説明される。クラウド。コンピューティング環境（１００）は、（１つ）または複数のリソース。プロバイダ（１０２ａ、）１０２ｂ、（１０２ｃ）（集合的に、（１０２）を含むことができる。各リソース。プロバイダは、コンピューティング。リソースを含むことができる    いくつかの実施形態では、コンピューティングシステム資源は、データを処理するために使用される任意のハードウェアおよび／またはソフトウェアを含むことができる。例えば、コンピューティング。リソースは、アルゴリズム、コンピュータ。プログラム、および／またはコンピュータ。アプリケーションを実行することができるハードウェアおよび／またはソフトウェアを含むことができる。いくつかの実施形態では、例示的なコンピューティングシステムは、記憶および検索機能を有するアプリケーションサーバおよび／またはデータベースを含むことができる    各リソース。プロバイダは、クラウド。コンピューティング環境１００内の任意の他のリソース。プロバイダに接続することができる。いくつかの実装形態では、リソース。プロバイダは、コンピュータ。ネットワークを介して接続することができ、各リソース。プロバイダは、コンピュータ。ネットワークを介して、または複数のコンピューティングデバイス１０４ｂ、１０４ｃ（集合的に、に接続することができる  
【０１０５】
クラウド。コンピューティング環境は、リソース。マネージャを含むことができ、リソース。マネージャは、コンピュータ。ネットワークを介してリソース。プロバイダおよびコンピューティング。デバイスに接続することができ、いくつかの実装形態では、リソース。マネージャは、または複数のリソース。プロバイダによる１つ以上のコンピューティングデバイスへのコンピューティング。リソースの提供を容易にすることができる    リソースマネージャ（１０６）は、特定のコンピューティング装置（１０４）からコンピュータリソースの要求を受信することができる。リソースマネージャ（１０６）は、コンピューティングデバイス（１０４）によって要求されたコンピューティング資源を提供することができる（１つ）または複数のリソースプロバイダ（１０２）を識別することができる。リソースマネージャ（１０６）は、リソースプロバイダ（１０２）を選択して、コンピューティング資源を提供することができる。リソースマネージャは、リソースプロバイダと特定のコンピューティングデバイスとの間の接続を容易にすることができる    いくつかの実施形態では、リソースマネージャは、特定のリソースプロバイダと特定のコンピューティングデバイスとの間の接続を確立することができる。いくつかの実施形態では、リソースマネージャは、特定のコンピューティングデバイスを、要求されたコンピューティングシステムと共に特定のリソースプロバイダにリダイレクトすることができる  
【０１０６】
図は、本開示に記載された方法およびシステムで使用することができるコンピューティング装置およびモバイルコンピューティングデバイスの例を示す。コンピューティングデバイスは、ラップトップ、デスクトップ、ワークステーション、パーソナルデジタルアシスタント、サーバ、ブレードサーバ、メインフレーム、および他の適切なコンピュータなどの様々な形態のデジタルコンピュータを表すことが意図される    モバイルコンピューティングデバイス（２５０）は、パーソナルデジタルアシスタント、携帯電話、スマートフォン、および他の同様のコンピューティングデバイスなどの様々な形態のモバイルデバイスを表すことを意図している。ここに示された構成要素、それらの接続および関係、およびそれらの機能は、例示に過ぎず、限定することを意図するものではない  
【０１０７】
演算装置（２００）は、プロセッサ（２０２）と、メモリ（２０４）と、記憶装置（２０６）と、メモリ（２０４）に接続された高速インタフェース（２０８）と、複数の高速拡張ポート（２１０）と、低速拡大ポート（２１４）と記憶装置（２０６）とを接続する低速インタフェース（２１２）とを備える    プロセッサ（２０２）、メモリ（２０４）、記憶装置（２０６）、高速インタフェース（２０８）、高速拡張ポート（２１０）、及び低速インタフェース（２１２）の各々は、様々なバスを用いて相互接続され、共通のマザーボード上に、あるいは適宜他の方法で実装することができる    プロセッサ（２０２）は、メモリ（２０４）または記憶装置２０６上に記憶された命令を含む、コンピューティング装置２００内で実行するための命令を処理して、高速インタフェース（２０８）に結合されたディスプレイ（２１６）などの外部入出力装置上のｇｕｉのためのグラフィカル情報を表示する。他の実装形態では、複数のプロセッサおよび／または複数のバスを、メモリの複数のメモリおよびタイプと共に、適宜、使用することができる    また、複数のコンピューティングデバイスを接続することができ、各デバイスは、必要な動作の一部例えば、サーババンク、ブレードサーバのグループ、またはマルチプロセッサシステム）を提供する  
【０１０８】
メモリ（２０４）は、コンピューティング装置２００内の情報を記憶する。いくつかの実装形態では、メモリ（２０４）は、揮発性メモリユニットまたはユニットである。いくつかの実装形態では、メモリ（２０４）は、不揮発性メモリユニットまたはユニットである。メモリは、磁気または光ディスクのような他の形態のコンピュータ可読媒体であってもよい  
【０１０９】
記憶装置（２０６）は、コンピュータ装置（２００）のための大容量記憶を提供することができる。いくつかの実施形態では、記憶装置（２０６）は、フロッピー（登録商標）ディスク装置、ハードディスク装置、光ディスク装置、またはテープ装置、フラッシュメモリまたは他の同様の固体メモリ装置、または記憶領域ネットワークまたは他の構成における装置を含む装置のアレイなどのコンピュータ可読媒体を含むことができる。命令は、情報担体に記憶することができる    命令は、１つ以上の処理装置（）例えば、プロセッサ（２０２）によって実行されると、上述のような１つ以上の方法を実行する。
［解決手段]
命令は、コンピュータ可読媒体（）例えば、メモリ（２０４）、記憶装置（２０６）、またはプロセッサ２０２上のメモリなど）のような１つ以上の記憶装置によって記憶することもできる  
【０１１０】
高速インタフェース（２０８）は、計算装置（２００）の帯域幅集約動作を管理し、低速インタフェース（２１２）は、より低い帯域幅集約動作を管理する。このような機能の割り当ては一例に過ぎない。いくつかの実装形態では、高速インタフェースは、メモリに結合され、ディスプレイは例えば、グラフィックスプロセッサまたはアクセラレータを介して）、高速拡張ポートに結合され、高速拡張ポートは、様々な拡張カード（図示せず）を受け入れることができる    この実施形態では、低速インタフェースは、記憶装置および低速拡張ポートに結合され、低速拡張ポートは、様々な通信ポート例えば、ＵＳＢ、ブルートゥース（登録商標）、イーサネット（登録商標）、無線イーサネット（登録商標））を含むことができる低速拡張ポートは、キーボード、ポインティング装置、スキャナ、またはスイッチまたはルータなどのネットワーク装置、例えばネットワークアダプタを介して、または複数の入出力装置に結合され得る  
【０１１１】
コンピューティングデバイス（２００）は、図に示すように、いくつかの異なる形態で実装することができる。例えば、それは、標準的なサーバ（２２０）として実装されてもよく、またはそのようなサーバのグループ内の複数回で実施されてもよい。加えて、それは、ラップトップコンピュータ（２２２．）のようなパーソナルコンピュータで実施されてもよい。これはまた、ラックサーバシステム（２２４）の一部として実装されてもよい    代替的に、コンピューティングデバイス（２００）からのコンポーネントは、モバイルコンピューティングデバイス（２５０）などのモバイルデバイス（図示せず）内の他のコンポーネントと組み合わせることができ、そのようなデバイスの各々は、コンピューティングデバイス（２００）およびモバイルコンピューティングデバイス（２５０）のうちの（１つ）または複数を含み得、システム全体は、互いに通信する複数のコンピューティングデバイスから構成され得る  
【０１１２】
モバイルコンピューティングデバイス（２５０）は、プロセッサ（２５２）と、メモリ（２６４）と、ディスプレイ（２５４）のような入出力デバイスと、通信インタフェース（２６６）と、トランシーバ（２６８）とを含む。モバイルコンピューティングデバイス（２５０）はまた、マイクロドライブまたは他のデバイスのような記憶装置を備えて、追加の記憶を提供することができる    プロセッサ（２５２）、メモリ（２６４）、ディスプレイ（２５４）、通信インタフェース（２６６）およびトランシーバ（２６８）の各々は、様々なバスを使用して相互接続され、いくつかの構成要素は、共通のマザーボード上に、または適宜他の方法で実装することができる  
【０１１３】
プロセッサ（２５２）は、モバイルコンピューティングデバイス内の命令を実行することができる  
２５０，    プロセッサ（２５２）は、別個の複数のアナログおよびデジタルプロセッサを含むチップセットとして実装することができる。プロセッサ（２５２）は、例えば、モバイルコンピューティングデバイス（２５０）の他のコンポーネントの調整、例えば、ユーザインタフェースの制御、モバイルコンピューティングデバイス（２５０）によって実行されるアプリケーション、およびモバイルコンピューティングデバイス（２５０）による無線通信を提供することができる  
【０１１４】
プロセッサ（２５２）は、制御インタフェース（２５８）およびディスプレイ（２５４）に結合された表示インタフェース（２５６）を介してユーザと通信することができる。ディスプレイ（２５４）は、例えば、ＴＦＴ（Ｔｈｉｎ−Ｆｉｌｍ−ｔｒａｎｓｉｓｔｏｒｌｉｑｕｉｄｃｒｙｓｔａｌｄｉｓｐｌａｙ）ディスプレイまたはｏｌｅｄ（ｏｒｇａｎｉｃｌｉｇｈｔｅｍｉｔｔｉｎｇｄｉｏｄｅ）ディスプレイ、または他の適切なディスプレイ技術であってもよい。ディスプレイインタフェースは、ディスプレイを駆動してグラフィカル及び他の情報をユーザに提示するための適切な回路を備えることができる    制御インタフェース（２５８）は、ユーザからのコマンドを受信し、それらをプロセッサ（２５２．）に提出するために変換することができる。さらに、外部インタフェース（２６２）は、他の装置とのモバイルコンピューティングデバイス（２５０）の近距離通信を可能にするように、プロセッサ（２５２）との通信を提供することができる。外部インターフェースは、例えば、いくつかの実装形態では有線通信のために、または他の実施形態では無線通信のために提供することができ、複数のインターフェースを使用することもできる  
【０１１５】
メモリ（２６４）は、モバイルコンピューティングデバイス２５０内の情報を記憶する  
メモリ（２６４）は、コンピュータ可読媒体または媒体、揮発性メモリユニットまたはユニット、または不揮発性メモリユニットまたはユニットの１つ以上として実装することができる。拡張メモリ（２７４）を、拡張インターフェース（２７２）を介してモバイルコンピューティングデバイス（２５０）に提供し、接続することもでき、拡張インターフェース（２７２）は、例えば、ＳＩＭＭ（ｓｉｎｇｌｅｉｎｌｉｎｅｍｅｍｏｒｙｍｏｄｕｌｅ）カードインターフェースを含むことができる    拡張メモリは、モバイルコンピューティングデバイスのための追加の記憶スペースを提供してもよく、または、モバイルコンピューティングデバイスのためのアプリケーションまたは他の情報を格納してもよく、具体的には、拡張メモリは、上述のプロセスを実行または補足するための命令を含むことができ、セキュアな情報も含むことができる    したがって、例えば、拡張メモリは、モバイルコンピューティングデバイスのためのセキュリティモジュールとして提供されてもよく、モバイルコンピューティングデバイスの安全な使用を可能にする命令でプログラムされてもよい  
【０１１６】
メモリは、例えば、フラッシュメモリ及び／又はｎｖｒａｍメモリを含むことができる  
（不揮発性ランダムアクセスメモリ）以下に説明する。いくつかの実装形態では、命令は、情報担体に記憶され、１つ以上の処理装置例えば、プロセッサ（２５２）によって実行されると、上述のような１つ以上の方法を実行する。命令は、または複数のコンピュータまたは機械可読媒体例えば、メモリ、拡張メモリ、またはプロセッサ２５２上のメモリなど）のようなまたは複数の記憶装置によって記憶することもできる    いくつかの実装形態では、命令は、例えば、トランシーバまたは外部インタフェースを介して、伝搬信号で受信されることができる  
【０１１７】
モバイルコンピューティングデバイス（２５０）は、通信インターフェース（２６６）を介して無線で通信することができ、通信インターフェース（２６６）は、必要な場合には、デジタル信号処理回路を含むことができる。通信インタフェース（２６６）は、ｇｓｍ音声呼（移動通信用グローバルシステム）、ＳＭＳ（ｓｈｏｒｔｍｅｓｓａｇｅｓｅｒｖｉｃｅ）、ＥＭＳ（ｅｎｈａｎｃｅｄｍｅｓｓａｇｉｎｇｓｅｒｖｉｃｅ）、ｍｍｓメッセージング（マルチメディアメッセージングサービス）、ＣＤＭＡ（ｃｏｄｅｄｉｖｉｓｉｏｎｍｕｌｔｉｐｌｅａｃｃｅｓｓ）    、ＴＤＭＡ（ｔｉｍｅｄｉｖｉｓｉｏｎｍｕｌｔｉｐｌｅａｃｃｅｓｓ）、ＰＤＣ（ｐｅｒｓｏｎａｌｄｉｇｉｔａｌｃｅｌｌｕｌａｒ）、ＷＣＤＭＡ（登録商標）（ｗｉｄｅｂａｎｄｃｏｄｅｄｉｖｉｓｉｏｎｍｕｌｔｉｐｌｅａｃｃｅｓｓ）、ＣＤＭＡ２０００、ＧＰＲＳ（ｇｅｎｅｒａｌｐａｃｋｅｔｒａｄｉｏｓｅｒｖｉｃｅ）などがある。このような通信は、例えば、無線周波数を用いてトランシーバ（２６８）を介して行うことができる。さらに、ブルートゥース（登録商標）、Ｗｉ−Ｆｉ（商標）、または他のそのようなトランシーバ（図示せず）を使用するなどの短距離通信が生じ得る    さらに、ＧＰＳ（グローバル。ポジショニング。システム）受信機モジュールは、モバイル。コンピューティング。デバイス２５０上で動作するアプリケーションによって適切に使用することができる、モバイル。コンピューティング。デバイスに追加のナビゲーションおよびロケーション関連のワイヤレス。データを提供することができる  
【０１１８】
モバイルコンピューティングデバイス（２５０）はまた、オーディオコーデック（２６０）を使用して可聴的に通信することができ、オーディオコーデック（２６０）は、ユーザからの話された情報を受信し、それを使用可能なデジタル情報に変換することができる。オーディオ。コーデックは同様に、例えばモバイル。コンピューティング。デバイスのハンドセット内のスピーカを介して、ユーザのための可聴音を生成することができ、そのような音は、  
音声電話コールからの音は、録音された音（）例えば、音声メッセージ、音楽ファイルなど）を含むことができ、また、モバイルコンピューティングデバイス（２５０）で動作するアプリケーションによって生成された音を含むことができる  
【０１１９】
モバイルコンピューティングデバイス（２５０）は、図に示すように、いくつかの異なる形態で実施することができる。例えば、携帯電話機（２８０）として実施することができ、スマートフォン（２８２）、携帯情報端末、または他の同様のモバイル装置の一部として実装することもできる  
【０１２０】
本明細書に記載のシステムおよび技術の様々な実施形態は、デジタル電子回路、集積回路、特別に設計されたａｓｉｃ（特定用途向け集積回路）、コンピュータハードウェア、ファームウェア、ソフトウェア、および／またはそれらの組合せで実現することができる    これらの様々な実施は、少なくとも（１つ）のプログラマブルプロセッサを含むプログラマブルシステム上で実行可能および／または解釈可能な（１つ）または複数のコンピュータプログラム内の実装を含むことができ、このプログラマブルプロセッサは、記憶システム、少なくとも（１つ）の入力デバイス、および少なくとも（１つ）の出力デバイスにデータおよび命令を受信し、データおよび命令を送信するように結合された、特別または汎用であり得る  
【０１２１】
これらのコンピュータプログラム（プログラム、ソフトウェア、ソフトウェアアプリケーションまたはコードとしても知られている）は、プログラマブルプロセッサ用の機械命令を含み、高レベルの手続き型および／またはオブジェクト指向のプログラミング言語および／またはアセンブリ／機械語で実施することができる。本明細書で使用されるように、機械可読媒体およびコンピュータ可読媒体という用語は、任意のコンピュータプログラム製品、装置および／または装置（）例えば、コンピュータプログラム製品）を指す    機械命令及び／又はデータをプログラマブルプロセッサに提供するために使用される磁気ディスク、光ディスク、メモリ、プログラマブルロジックデバイス（ｐｌｄ））  
機械可読信号として機械命令を受信する可読媒体。機械可読信号という用語は、機械命令及び／又はデータをプログラマブルプロセッサに提供するために使用される任意の信号を指す  
【０１２２】
ユーザとの対話を提供するために、ここで説明されるシステムおよび技術は、ユーザおよびキーボードに情報を表示するための表示装置（）例えば、ＣＲＴ（ｃａｔｈｏｄｅｒａｙｔｕｂｅ）またはｌｃｄ（ｌｉｑｕｉｄｃｒｙｓｔａｌｄｉｓｐｌａｙ）モニタ）と、ユーザがコンピュータに入力を提供することができるキーボードおよびポインティング装置（）例えば、マウスまたはトラックボール）とを有するコンピュータ上で実施することができる    他の種類の装置を使用して、ユーザとの相互作用を提供することができ、例えば、ユーザに提供されるフィードバックは、感覚フィードバック（）例えば、視覚フィードバック、聴覚フィードバック、または触覚フィードバック）のいずれかの形態であってもよく、ユーザからの入力は、音響、音声、または触覚入力を含む任意の形態で受信することができる  
【０１２３】
本明細書に記載されたシステムおよび技術は、バックエンドコンポーネント例えば、データサーバ）を含むコンピューティングシステム、またはミドルウェアコンポーネント例えば、アプリケーションサーバ）を含む、またはフロントエンドコンポーネント例えば、アプリケーションサーバ）を含むコンピューティングシステムで実装することができる    、ユーザが本明細書に記載されたシステムおよび技術の実施形態と対話することができるグラフィカルユーザインターフェースまたはウェブブラウザを有するクライアントコンピュータ、またはそのようなバックエンド、ミドルウェア、またはフロントエンドコンポーネントの任意の組み合わせを含む。システムの構成要素は、デジタルデータ通信（）例えば、通信ネットワーク）の任意の形態または媒体によって相互接続することができる。通信ネットワークの例は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、およびインターネットを含む  
【０１２４】
コンピューティングシステムは、クライアントおよびサーバを含むことができる。クライアントとサーバは、一般に互いに離れており、典型的には通信ネットワークを介して相互作用する。クライアントとサーバとの関係は、それぞれのコンピュータ上で実行され、互いにクライアント−サーバ関係を有するコンピュータプログラムによって生じる  
【０１２５】
特定の実施形態では、システムは、物理的なバイオリアクター（２９０）を含む  
（１）または複数の細胞貯蔵容器を含む）を、図（１）または図（２）のいずれかのコンピュータシステム構成と通信する  
【０１２６】
本発明のシステム、アーキテクチャ、デバイス、方法、およびプロセスは、本明細書に記載の実施形態からの情報を使用して開発された変形および適合を包含することが企図される。本明細書に記載されたシステム、アーキテクチャ、デバイス、方法、およびプロセスの適合および／または改変は、この説明によって企図されるように実施することができる  
【０１２７】
本明細書中において、物品、装置、システム、およびアーキテクチャは、特定の構成要素を含む、または含むものとして記載されているか、または特定の工程を含む、または含むものとして記載されている場合には、記載された構成要素から本質的に構成されるか、またはそれらからなる、本発明の物品、装置、システム、および構造があることが企図される    、および記載された処理ステップから本質的に構成されるか、またはそれらからなる本発明による方法および方法があることを理解すべきである  
【０１２８】
ある作用を実行するためのステップまたは順序の順序は、本発明が動作可能である限り、重要でないことを理解すべきである。また、２段階以上の工程を同時に行ってもよい  
【０１２９】
いずれの刊行物についても、例えば、背景部において言及することは、特許請求の範囲のいずれかに関して、出版物が先行技術として役立つことを容認するものではない  
本明細書では提示する。背景部は、明確化のために提示されており、いずれかの請求項に関する先行技術の説明を意味するものではない。ヘッダは、読者の便宜のために提供され、特許請求される主題について制限することを意図するものではない  
【０１３０】
文献は、言及したように、本明細書中に参考として援用される。特定の用語の意味に矛盾がある場合には、上記定義部で提供される意味が制御される  
【０１３１】
本発明の特定の実施形態を本明細書に記載する。しかし、本発明は、これらの実施形態に限定されるものではなく、むしろ、本明細書に明示的に記載されたものに対する追加及び修正も、本発明の範囲内に含まれることを意図している    さらに、本明細書に記載された様々な実施形態の特徴は、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、そのような組合せまたは置換が本明細書では示されていない場合でも、相互に排他的でなく、様々な組合せおよび置換に存在し得ることが理解されるべきである    事実、本明細書に記載されたものの変形、修正、および他の実施は、本発明の精神および範囲から逸脱することなく、当業者に想起されるであろう。したがって、本発明は、先行する説明のためだけに限定されるものではない  
したがって、本開示は、特定の実施に限定されるべきではなく、むしろ、特許請求の範囲の精神および範囲によってのみ限定されるべきである  
【実施例】
【０１３２】
例示  
実施例１：ＨＬＡ−索引付けされたセルレポジトリ（小胞）  
本実施例は、ＨＬＡ−指標化細胞リポジトリ、ならびにこのタイプのｈｌａ指標化セルレポジトリを生成する方法を記載する。このリポジトリ内の細胞をｉｐｒｓに形質転換することができ、これを培養し、増殖させ、分化させ、保存し、ｉｓｃｏｓが適合性であると判定された１つ以上の被験者に移すことができる  
【０１３３】
血液試料はボランティアドナーから収集された。これらの血液サンプルは、例えば、クローキングおよびメール。イン。血液試料を介して収集された。収集された血液試料を処理し、例えば、ｐｃｒを用いて、例えば、全ゲノム配列決定を用いて）分析した。さらに、異なる遺伝子座、例えば９個の異なる遺伝子座におけるｈｌａ遺伝子型を含む各サンプルに関連するデータを決定した    有効化された遺伝子座は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１を含む。各サンプルについて決定され検証された他の情報は、ａｂｏ血液型およびｒｈｄを含む  
【０１３４】
次いで、各サンプルについて決定されたデータをリビング。データベースに記憶した。生データベースは、決定されたときに新しい情報で更新されるデータベースである。各サンプルに記憶されたデータは、例えば、収集日、原因疾患、医療識別子番号、名前、連絡先情報、生年月日、サンプル収集日、地理的位置、ファミリーグループ、現在の薬物、ｈｌａ情報、ａｂｏ情報を含むが、これらに限定されない    、及びｒｈｄ情報。これらの各々は、データベースにフィールドとして記憶され、木構造に配置されてもよい。例えば、医療識別子番号は、データベース内のサンプルを識別する一意の名前タグであり、ドナーの名前、接触を含むがこれらに限定されないサンプルドナーのさらなる情報と関連付けられ得る  
情報及び誕生日。生体データベースは、追加のボランティアドナーから収集されたサンプルデータを用いて連続的に更新される  
【０１３５】
例えば、生データベースのエントリのサブセットを以下の表（１）に示す。表（１）の生きたデータベースエントリーは、各サンプルについて以下のデータを含む：バッチ識別番号、クライアント識別番号、ｈｌａハプロタイプ情報、血液型（ＡＢＯ）情報、及びｒｈｄ（ｒｈｄ）情報、及びサンプルタイプ。このデータベースにおけるｈｌａハプロタイプ情報は、９個（９）の異なる遺伝子座についてのハプロタイプ情報を含む    ハプロタイプ化され、有効化された遺伝子座は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ３、ＨＬＡ−ＤＲＢ４、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−ｄｑｂｌ、ＨＬＡ−ｄｐｂｌを含む。さらに、両対立遺伝子の遺伝子型情報が決定され、データベース中の各サンプルについて保存される。例えば、ＨＬＡ−ａ遺伝子座については、Ａ１およびａ（２）と標識された各対立遺伝子の遺伝子型情報が、データベース中の各サンプルについて保存される。様々なｈｌａ遺伝子座においてホモ接合性であるサンプルも同定され、保存された    例えば、特定のｈｌａ遺伝子座（）例えば、ＨＬＡ−ａ）に対してホモ接合性であるサンプルは、軌跡の遺伝子型を記憶するデータエントリ（）例えば、Ａｌ）の第１の対立遺伝子フィールドと、”−”（ハイフン）を記憶するデータエントリ（）例えば、ａ２）の第２の対立遺伝子フィールドとを有する生体データベースに記憶されている。例えば、表のクライアントｉｄ＃Ｂ５２８００７を有するサンプルはｈｌａ−ａにおいてホモ接合性である。さらに、特定のｈｌａ遺伝子座を含まないサンプル例えば、より低い共通のｄｇｂ１遺伝子座）が同定された    これらのサンプルについて、生体データベース内のデータエントリ（）例えばｄｐｂ１１、ＤＰＢ１２）の対応するフィールドは”ｘ”を記憶している。生データベースに示される試料は、細胞貯蔵所に複数の形態で保存することができる  
【０１３６】
生データベース内の各エントリ例えば、テーブル（１）の各行に対応する）は、各ドナーから収集された各元の血液サンプルに関連付けられ、または対応し、１以上の物理的な細胞のリザーブがバンクに記憶される。各ドナーから収集された各血液サンプルは、例えば、ｈｌａタイピング、ａｂｏタイピング、ｒｈｄタイピングにより）特徴付けられ、冷凍保存される。各血液サンプルの一部もｉｐｓｃに変換される。ｉｓｃｏｓは、インビトロで培養され、増殖され、凍結される    これらのｉｓｃｓは、他の細胞または組織型（）例えば、ｈｓｃ、ｍｓｃ、心筋細胞、神経細胞、皮膚細胞など）に分化することができる。これらのｈｌａインデックスｉｐｒｓおよび／または分化した細胞および／または組織は、広範囲の待ち時間を必要とせずに、幹細胞の治療および／または移植の必要性のある被験体例えば、ヒト例えば、ヒト例えば、ｈｌａ一致、ａｂｏ一致、および／またはｒｈｄ一致））に移す例えば、幹細胞移植）ことができる  
【０１３７】
完全な生存データベースは、少なくとも（３つ）の有意な遺伝子座（Ａ）、Ｂ、ＤＲＢ（）例えば、ｄｒｂ遺伝子のいずれか）についてホモ接合性であることが見出された少なくとも６９個のスーパードナーからの細胞株についてのデータエントリーを含む。これら６９個のスーパードナー細胞株に対応する生存データベースのエントリーが表（２）に示されている。生きているデータベース中の６９個のスーパードナー細胞株のうち、少なくとも（１２）は少なくとも６個の遺伝子座においてホモ接合性である    さらに、生きているデータベース内の６９個のスーパードナー細胞株のうち、少なくとも（３１）はユニバーサルドナー血液型であるｏ血液型を有する。さらに、生きたデータベースは、米国人口の少なくとも９０％のｈｌａ適合性マッチを含む（下記の構成例２参照）。さらに、生きたデータベースは、日本およびｕを含む他の集団のｈｌａ適合性一致を含む    ｋは、適合性のあるマッチのパーセンテージは、ｈｌａタイプとしてこれらの集団についてより小さく、集団中のそれらの発生は、倫理性によって変化することができる  
表１  生体データベースの一例  
【表１−１】
2020515246.tif 000003
【表１−１】
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表２：生きているデータベースのスーパードナー細胞株を列挙する表  
【表２−１】
2020515246.tif 000005
【表２−２】
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実施例２：集団ｈｌａマッチングを示す構築例  
【０１３８】
本発明の構築例は、ｈｌａハプロタイプを複数の集団に適合させることができることを実証する。このようなマルチ集団の一致したｈｌａタイプは、上述したように、ｈｌａインデックス付けされたセルレポジトリおよびリビングデータベースに保存することができる  
【０１３９】
アメリカン。人々と日本人との間のｈｌａタイプの重複を、公に入手可能なｈｌａデータセットを用いて分析した。アメリカ人のために、ｈｌａ型データは、ＢＥ−ｍａｔｃｈウェブサイト（ヒト免疫学（２００７）（６８）、（７７９）、（８８）から使用された。日本人ではｈｌａ型はｈｌａｌａｂｏｒａｔｏｒｙウェブサイトから使用された。２７、９９６アメリカ人のサンプルサイズから、のｈｌａタイプが存在することが確認された    同様に、８人、１３８人のサンプルサイズから、２、２、９６ｈｌａタイプが存在することが確認された。また、上記（２つ）のデータセットは、（７５１）の重複ｈｌａタイプを有し、アメリカンと日本の人々との間のｈｌａタイプにかなりの重複を示すことも確認された。米国人用の（６７７９）のｈｌａ型のうち、１５２ｈｌａ型は、集団の９０％を表すことが判明した。これらの１５２ｈｌａ型は、アメリカ人においてより一般的であることが判明した  
【０１４０】
細胞および／またはそれから誘導された細胞のｈｌａ−索引付けされたデータベースは、所与の集団（）例えば、ｕｓ、欧州、日本、中国など）のための最高順位のホモ接合性遺伝子座（）例えば、ＨＬＡ−ａ、−Ｂ、および−ＤＲＢ１）の組み合わせを有利に同定することができる    このようにして、移植、生物学的組織、および／または生物学的流体を必要とする所与の被験体に対するスーパードナー（）または他の適合した個々の細胞株）にそれぞれ対応する（１つ）または複数の細胞株を、被験者に対して非常に迅速に同定することができ、それによって、整合された器官ドナーのための待ち時間を有意に低減することができる  
均等物  
【０１４１】
本発明をその詳細な説明に関連して説明してきたが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を例示することを意図するものであり、本発明の範囲を限定するものではないことを理解すべきである。他の態様、利点、および修正は、以下の請求項の範囲内である  
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【国際調査報告】
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