(57)【要約】  本発明は、複数の保存ペプチド配列またはそのバリアントを含むポリペプチドをコードする核酸であって、ここで、前述の保存配列が、１以上のＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８にわたって保存されており；前述のポリペプチドが、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の保存ペプチド配列を含む、核酸；ならびに関連するワクチン、ウイルスベクター、処置、および予防に関する。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
複数の保存ペプチド配列またはそのバリアントを含むポリペプチドをコードする核酸であって、
ここで、前記保存配列が、１以上のＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８にわたって保存されており；
ここで、前記ポリペプチドが、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の保存ペプチド配列を含む、核酸。
【請求項２】
前記ポリペプチドが融合ポリペプチドである、請求項１に記載の核酸。
【請求項３】
前記ポリペプチドが完全な遺伝子配列を含まない、請求項１または請求項２に記載の核酸。
【請求項４】
前記ポリペプチドが、保存ペプチド配列、ペプチドアジュバント配列、およびその間の１以上のリンカーから本質的になる、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項５】
前記複数の保存ペプチド配列が、１０以上の保存ペプチド配列を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項６】
前記複数の保存ペプチド配列が、４０以上の保存ペプチド配列を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項７】
前記コードされたポリペプチドが、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項８】
前記複数の保存ペプチド配列が、相互に比較して配列の別個の配列に由来し、かつ野生型では天然に存在しない、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項９】
リンカー残基が、１以上か、全ての保存ペプチド配列の間に提供される、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１０】
前記リンカーは、Ｋ、Ｇ、Ｐ、もしくはＳアミノ酸残基、またはその組み合わせを含むか、これらからなる、請求項９に記載の核酸。
【請求項１１】
前記保存ペプチド配列が、配列番号１〜５９を含む群；そのバリアント、またはその組み合わせのうちのいずれかから任意の順序で選択される、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１２】
前記ポリペプチドが、配列番号１〜１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）；配列番号１２〜３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）；配列番号３６〜４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）；配列番号４５〜４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）；配列番号４８〜５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）；および配列番号５６〜５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１３】
前記ポリペプチドが、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、前記遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ１配列によって表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、前記遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ２配列によって表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、前記遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ４配列によって表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、前記遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ５配列によって表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、前記遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ６配列によって表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、前記遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ７配列によって表される、保存Ｅ７配列（複数可）
を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１４】
前記ポリペプチドが、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ１配列によって表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ２配列によって表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ４配列によって表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ５配列によって表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ６配列によって表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ７配列によって表される、保存Ｅ７配列（複数可）
を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１５】
前記核酸が、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり；または
前記核酸が、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、かつＴＰＡリード配列をコードせず；または
前記核酸が、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードし；または
前記核酸が、配列番号６５の配列またはそのバリアントを含むか、それからなる、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１６】
前記核酸が、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり；または
前記核酸が、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、かつＴＰＡリード配列をコードせず；または
前記核酸が、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１７】
前記核酸が、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり；または
前記核酸が、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、かつＴＰＡリード配列をコードせず；または
前記核酸が、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１８】
前記ポリペプチドが、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり；または
前記ポリペプチドが、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、かつＴＰＡリード配列を含まず；または
前記ポリペプチドが、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントを含み；または
前記ポリペプチドが、配列番号６６の配列またはそのバリアントを含むか、それからなる、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項１９】
前記ポリペプチドが、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり；または
前記ポリペプチドが、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、かつＴＰＡリード配列を含まず；または
前記ポリペプチドが、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含むか、それからなり、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントを含み；または
前記ポリペプチドが、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含むか、それからなる、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項２０】
前記保存ペプチド配列が、約７〜２５０アミノ酸長またはそれを超えるアミノ酸長である、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項２１】
前記ポリペプチドが、ペプチドアジュバントをさらに含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項２２】
前記核酸が、ワクチン接種のためのプラスミドベクターである、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項２３】
前記核酸がウイルスベクター配列を含む、前記請求項のいずれかに記載の核酸。
【請求項２４】
前記請求項のいずれかに記載の核酸を含む、ワクチン。
【請求項２５】
請求項１〜２０のいずれかに記載の異なるポリペプチドをコードする異なる核酸の組み合わせを含む、請求項２４に記載のワクチン。
【請求項２６】
別の治療または予防に有効な成分をさらに含む、請求項２４または２５に記載のワクチン。
【請求項２７】
アジュバントをさらに含む、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載のワクチン。
【請求項２８】
任意選択的に薬学的に許容され得る組成物である、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の複数の異なる核酸を含む、組成物。
【請求項２９】
請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸によってコードされる、ポリペプチド。
【請求項３０】
請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸を含む、ウイルスベクター。
【請求項３１】
前記ウイルスがアデノウイルスである、請求項３０に記載のウイルスベクター。
【請求項３２】
組成物であって、
−請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸
−請求項２９に記載のポリペプチド；および／または
−請求項３０または３１に記載のウイルスベクター
のうちの１つまたはそれ超を含む、組成物。
【請求項３３】
前記組成物が哺乳動物に免疫原性を示す、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】
薬学的に許容され得る担体をさらに含む、請求項３２または３３に記載の組成物。
【請求項３５】
ＨＰＶ感染の予防または処置で用いる、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸；請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のワクチン；請求項２９に記載のポリペプチド；請求項３０または３１に記載のウイルスベクター；または請求項２８もしくは請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項３６】
請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸；請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のワクチン；請求項２９に記載のポリペプチド；請求項３０または３１に記載のウイルスベクター；または請求項２８もしくは請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の組成物の投与を含む、ＨＰＶ感染を処置または予防する方法。
【請求項３７】
ＨＰＶ感染の予防または処置で用いる薬剤であって、請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸；請求項２９に記載のポリペプチド；請求項３０または３１に記載のウイルスベクターを含むか、これらからなる、薬剤。
【請求項３８】
初回刺激・追加免疫ワクチン接種キットであって、
−請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸；請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のワクチン；請求項２９に記載のポリペプチド；請求項２７または２８に記載のウイルスベクター；または請求項２８もしくは請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の組成物を含む初回刺激ワクチン接種；および
−請求項１〜２３のいずれか１項に記載の核酸；請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のワクチン；請求項２６に記載のポリペプチド；請求項３０または３１に記載のウイルスベクター；または請求項２８もしくは請求項３２〜３４のいずれか１項に記載の組成物を含む追加免疫ワクチン接種
を含む、初回刺激・追加免疫ワクチン接種キット。
【請求項３９】
前記初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種が異なる、請求項３８に記載の初回刺激・追加免疫ワクチン接種キット。
【請求項４０】
前記初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種が、コードされたポリペプチド配列が異なり、そして／または異なるウイルスベクターを含む、請求項３９に記載の初回刺激・追加免疫ワクチン接種キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＨＰＶ感染に対するワクチン接種で用いるウイルスベクター化ワクチンに関する。
【背景技術】
【０００２】
ヒトパピローマウイルス感染は、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）による感染である。ほとんどのＨＰＶ感染は無症状であり、自然に消失する。しかし、場合によっては感染が持続し、それにより、疣贅または前がん病変を発生させ得る。前がん病変は、子宮頸部、外陰、膣、陰茎、肛門、口腔、または咽頭の癌リスクを増加させる。
【０００３】
世界中で毎年発生するＨＰＶに起因する子宮頸癌の症例はおよそ５０万件あり、そのうちの半数超が致死性である。約８５％の症例が、処置が限られているか、処置できない中／低所得国で発生している。予防ワクチンを受けていない女性は、子宮頸部上皮内新形成（ＣＩＮ）を同定して処置するために３年毎のスクリーニングが必要である。スクリーニングのために英国国民保健サービスが負担する費用は年間およそ１億７５００万ポンドである。
【０００４】
現在のＣＩＮ治療は、電気焼灼または手術による異常な子宮頸部組織の切除である。現時点でＨＰＶウイルス感染を排除するのに利用可能な治療は存在しない。女性は、再発がないことを確認するために、処置後に追跡のための複数回の来院が必要である。治療は、早産リスクの増加にも関連する。
【０００５】
既存のＨＰＶ感染治療のために開発されたＨＰＶワクチンには、Ｉｎｏｖｉｏ−ＶＧＸ−３１００（Ｅ６、Ｅ７をコードするＤＮＡ）、類似物Ｇｅｎｅｘｉｎｅ（ＧＸ−１８８Ｅ）；Ｅ２、Ｅ６、Ｅ７融合タンパク質をコードするＪａｎｓｓｅｎ−Ａｄ２６／Ａｄ３５＋／−ＭＶＡ；合成長ペプチド（Ｅ６、Ｅ７）および類似物（例えば、ＰｅｐＣａｎ、ＧＴＬ００１）；Ａｄｖａｘｉｓ−ＡＤＸＳ−ＨＰＶ；およびＥ７をコードするＬ．Ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓが含まれる。しかし、かかる開発済みワクチンは、ＨＰＶ１６および１８のみを標的としており、安全性への懸念があり、そして／または低効率である。例えば、第ＩＩｂ相ランダム化対照試験におけるＶＧＸ−３１００の正味の有効性は、１８％であった（ワクチンアームで４８％対プラセボアームで３０％）。
【０００６】
これまでに試験された治療用ワクチン候補よりも安全であり、送達が容易であり、有効性がより高いワクチンが必要である。したがって、本発明の目的は、ＨＰＶ感染のための改良されたワクチンを提供することである。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００７】
本発明の第１の態様によれば、複数の保存ペプチド配列またはそのバリアントを含むポリペプチドをコードする核酸であって、
ここで、前述の保存配列が、１以上のＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８にわたって保存されており；
ここで、前述のポリペプチドが、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の保存ペプチド配列を含む、核酸を提供する。
【０００８】
本発明は、ビリオンの比較的保存された抗原に対してＴ細胞を誘導することができるワクチン接種の新規のより安全な代替アプローチを提供するのに有利である。非構造タンパク質由来の特別に設計された保存ウイルスセグメントを使用することにより、複数の重要な遺伝子型からの防御が可能である。
【０００９】
１つの実施形態では、ポリペプチドは融合ポリペプチドである。ポリペプチドは、野生型ポリペプチドでなくてよい。ポリペプチドは、合成／人工であってよく、例えば、ポリペプチドは、自然界に存在しなくてよい。１つの実施形態では、ポリペプチドは、完全な遺伝子配列を含まなくてよい。ポリペプチドは、保存ペプチド配列から本質的になってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列およびペプチドアジュバント配列から本質的になってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列およびその間の１以上のリンカーから本質的になってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列、ペプチドアジュバント配列、およびその間の１以上のリンカーから本質的になってよい。１つの実施形態では、ポリペプチドは、組換えポリペプチド（組換え融合ポリペプチドなど）である。
【００１０】
本明細書中で使用される用語「融合ポリペプチド」は、異なる遺伝子産物（例えば、異なるＨＰＶタンパク質）に由来する配列の組み合わせまたは同一の遺伝子産物（例えば、単一のＨＰＶタンパク質）に由来する配列（ここで、前述の配列は、野生型遺伝子産物の別個の／別々の領域に由来する）の組み合わせを含むポリペプチドを意味すると理解される。例えば、融合ポリペプチドは、野生型において通常は他の配列セグメントによって分離されている配列の組み合わせを含んでよく、前述の分離している配列（複数可）は除去されている。
【００１１】
本明細書中で使用される用語「保存ペプチド配列」または「保存セグメント」は、以下に定義されるように１以上の遺伝子型で保存されている配列と定義される。保存の評価前に、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８由来のＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の全ての利用可能な全長配列をＮＣＢＩタンパク質データベースから収集し（アクセス日付：２０１４）、本発明のアプローチのための入力データとして使用した。選択した保存ペプチド配列が確実に環境集団全体を等しく表すように全ての利用可能な配列を使用した（表１を参照のこと）。保存ペプチド配列を、「バリアント」アプローチを使用して同定した（図１Ａ）；全ての遺伝子型をアラインメントし、各遺伝子型内の配列を、保存評価前に確実に遺伝子型の多様性が等しく表されるように重み付けし、それにより、確実にワクチン候補は環境集団全体を代表していた。次いで、遺伝子型内の保存（遺伝子型内保存）を、１５アミノ酸スライディングウィンドウを使用して評価し、それにより、各ウィンドウについて、保存値をウィンドウ内のアミノ酸優先度の組み合わせに基づいて決定し、各配列の値を重み付けして各遺伝子型内で保存された断片を同定し、各ウィンドウについて正規化遺伝子型内コンセンサスを作製した。「正規化コンセンサス」は、重み付けした遺伝子型配列組を表すアミノ酸配列を意味し、各位置での最も一般的なアミノ酸ではない。保存と分類されるためには、ウィンドウは、タンパク質の全ウィンドウ保存値の第一四分位数内の保存値を持たなければならない。引き続いて、全ての遺伝子型にわたって同一の位置で保存された遺伝子型内ウィンドウを、遺伝子型間で共有された遺伝子型内正規化コンセンサスの同一率（遺伝子型間保存）と無関係に同定した。次いで、得られた領域の系統樹を作製し、系統樹内群配列を組み合わせてコンセンサス同一性の共有レベルが高い遺伝子型間コンセンサスを作製した。この場合、「遺伝子型間コンセンサス」は、各遺伝子型から作製した正規化コンセンサスを使用して作製したコンセンサスを指す。いくつかのシナリオでは、遺伝子型間の遺伝子型内正規化コンセンサスの同一性の共有率が６０％を超える、全タンパク質にわたって同一の位置で保存された遺伝子型内ウィンドウを同定した「改変バリアント」を作製した。
【００１２】
系統樹内群由来の同定された血清型間断片の同一率が６０％未満である場合、この配列を、バリアントアプローチで使用した「低不一致」配列に対比して、「高不一致」として分類した。遺伝子型間で高度に不一致のタンパク質については、「キメラ」アプローチを使用して、保存ペプチド配列を同定した（図１Ｂ）；系統樹を作製し、遺伝子型内群のみを相互にアラインメントし、遺伝子型内保存配列を評価した。したがって、遺伝子型間保存は、選択した遺伝子型にわたってコンセンサス同一性の共有率が６０％を超える内群と血清型内保存ウィンドウとの間のみで評価した。いくつかの場合、遺伝子型を「キメラ」として管理したが、遺伝子型間保存は評価しなかった（「キメラ−バリアント」）。
【００１３】
複数の保存ペプチド配列は、１０以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、１５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、２０以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、２５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、３０以上の保存ペプチド配列を含み得る。複数の保存配列は、３５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、４０以上の保存ペプチド配列を含み得る。複数の保存ペプチド配列は、４５以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、５０以上の保存ペプチド配列を含み得る。別の実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、５５以上の保存ペプチド配列を含み得る。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５６以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５７以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５８以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５９以上の保存ペプチド配列からなる。１つの実施形態では、複数の保存ペプチド配列は、約５９の保存ペプチド配列からなる。
【００１４】
コードされたポリペプチドは、各ＨＰＶタンパク質Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ５、Ｅ６、およびＥ７の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ５の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ７の少なくとも３つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００１５】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ７の少なくとも４つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００１６】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも５つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００１７】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも６つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００１８】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも７つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００１９】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の少なくとも８つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００２０】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも９つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも９つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の少なくとも９つの異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００２１】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも１０の異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも１０の異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００２２】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の少なくとも１１の異なる保存ペプチド配列を含み得る。コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも１１の異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００２３】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の少なくとも１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４の異なる保存ペプチド配列を含み得る。
【００２４】
コードされたポリペプチドは、ＨＰＶタンパク質Ｅ１の１１以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ２の２４以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ４の９以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ５の３以上の異なる保存ペプチド配列、ＨＰＶタンパク質Ｅ６の８以上の異なる保存ペプチド配列、およびＨＰＶタンパク質Ｅ７の４以上の異なる保存ペプチド配列を含み得るか、からなり得る。
【００２５】
複数の保存ペプチド配列は、相互に比較して別個の配列領域に由来し得る（すなわち、天然に存在しない）。例えば、「異なる保存ペプチド配列」という言及は、相互に比較して野生型配列の別個の領域に由来する配列を含み得る（すなわち、天然に存在しない）。例えば、野生型の遺伝子型では、保存配列は、野生型の遺伝子型において可変／非保存配列によって分離され得る。複数の保存ペプチド配列は、相互に重複しなくてよいか、有意に重複しなくてよい。複数の保存ペプチド配列のうちの２以上か、全ては、ポリペプチド中で相互に直接連結することができ、例えば、その間にいかなる非保存／可変残基も含まない。ポリペプチド配列は、自然界に見出されてなくてよい。ポリペプチドは、非保存配列または残基を含まなくてよい。例えば、保存ペプチド配列間にリンカー／接合残基が存在する実施形態では、保存ペプチド配列は、ポリペプチド配列において１、２、３、４、または５個を超える残基分離れていなくてもよい。あるいは、例えば、保存ペプチド配列間にリンカー／接合残基が存在する実施形態では、保存ペプチド配列は、ポリペプチド配列において６、７、８、９、または１０個を超える残基分離れていなくてもよい。ポリペプチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のアミノ酸より長い非保存配列を含まなくてよい。
【００２６】
１つの実施形態では、リンカー残基は、１以上か、全ての保存ペプチド配列の間に提供され得る（例えば、ポリペプチド中の保存ペプチド配列の間に接合部が提供される）。リンカー残基は、ランダムなアミノ酸配列、またはエピトープ予測コンピュータプログラムもしくは動物モデルにおける実験に基づいて非免疫原性であるように選択されたアミノ酸を含み得る。例えば、リンカーがエピトープであると予想されるか、知られている場合（すなわち、エピトープ（例えば、ＨＰＶで見出されない人工エピトープ）に対する免疫応答を回避するために）、リンカーは考慮されなくてよい。リンカーは、可動性であり得る。リンカーは、Ｋ、Ｇ、Ｐ、Ａ、もしくはＳアミノ酸残基、またはその組み合わせを含んでよいか、これらからなってよい。１つの実施形態では、リンカーは、Ｇおよび／またはＰアミノ酸残基を含んでよいか、これらからなってよい。１つの実施形態では、リンカーは、１以上のアラニン（Ａ）アミノ酸残基を含んでよいか、これらからなってよい。リンカー残基は、１アミノ酸長と１０アミノ酸長との間であってよい。別の実施形態では、リンカー残基は、２残基長と８残基長との間であってよい。別の実施形態では、リンカー残基は、１残基長と６残基長との間であってよい。例えば、保存ペプチド配列間にリンカー／接合残基が存在する実施形態では、保存ペプチド配列は、ポリペプチド配列において１残基分と１０残基分との間で離れていてよい。
【００２７】
１つの実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列および１以上のリンカーから本質的になってよく、任意選択的に、１以上のリンカーが隣接する保存ペプチド配列の間に配置されている。
【００２８】
保存ペプチド配列を、配列番号１〜５９を含む群、そのバリアント、または組み合わせのうちのいずれかから選択することができる。別の実施形態では、保存ペプチド配列を、配列番号１〜５９を含む群、そのバリアント、または組み合わせのうちのいずれかから任意の順序で選択することができる。１つの実施形態では、保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９を含む群からなってよい。
【００２９】
ポリペプチドは、配列番号１〜１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）；配列番号１２〜３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）；配列番号３６〜４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）；配列番号４５〜４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）；配列番号４８〜５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）；および配列番号５６〜５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３０】
ポリペプチドは、配列番号１〜１１のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ１配列（複数可）；配列番号１２〜３５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ２配列（複数可）；配列番号３６〜４４のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ４配列（複数可）；配列番号４５〜４７のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ５配列（複数可）；配列番号４８〜５５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ６配列（複数可）；および配列番号５６〜５９のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３１】
ポリペプチドは、配列番号１〜１１のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ１  配列（複数可）；配列番号１２〜３５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ２  配列（複数可）；配列番号３６〜４４のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ４  配列（複数可）；配列番号４５〜４７のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ５  配列（複数可）；配列番号４８〜５５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ６  配列（複数可）；および配列番号５６〜５９のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ７  配列（複数可）を含んでよい。
【００３２】
保存配列は、１以上のＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８にわたって保存されている。保存配列は、全てのＨＰＶ遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８にわたって保存されている。
【００３３】
ポリペプチドは、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ１配列によって表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ２配列によって表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ４配列によって表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ５配列によって表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ６配列によって表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ７配列によって表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３４】
ポリペプチドは、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ１配列によって表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ２配列によって表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ４配列によって表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ５配列によって表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ６配列によって表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれか１つから選択される１以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、少なくとも１つの保存Ｅ７配列によって表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３５】
ポリペプチドは、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３６】
ポリペプチドは、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれかから選択される２以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３７】
ポリペプチドは、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７から選択される３つの保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３８】
ポリペプチドは、以下：
配列番号１〜１１のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ１配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ１配列群内に表される、保存Ｅ１配列（複数可）；
配列番号１２〜３５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ２配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ２配列群内に表される、保存Ｅ２配列（複数可）；
配列番号３６〜４４のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ４配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ４配列群内に表される、保存Ｅ４配列（複数可）；
配列番号４５〜４７から選択される３つの保存Ｅ５配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ５配列群内に表される、保存Ｅ５配列（複数可）；
配列番号４８〜５５のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ６配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ６配列群内に表される、保存Ｅ６配列（複数可）；および
配列番号５６〜５９のうちのいずれかから選択される３以上の保存Ｅ７配列（複数可）であって、遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が、保存Ｅ７配列群内に表される、保存Ｅ７配列（複数可）を含んでよい。
【００３９】
「遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８の各々が表される」または「遺伝子型１６、１８、３１、５２、および５８の各々が表される」との言及は、同定された各遺伝子型が保存ペプチド配列の少なくとも１つのコンセンサス配列を定義するために使用されていることを意味することが意図される。したがって、所与の群は、各遺伝子型由来の保存ペプチドを含んでよいか、保存ペプチドは、２以上の遺伝子型のコンセンサスに由来し得る。配列同一性が十分に類似する場合、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８を、単一の保存ペプチド配列によって表すことができ、この配列は、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８のぞれぞれのコンセンサスであり得る。しかし、配列同一性の相違により、単一の保存ペプチドは、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８由来のコンセンサス配列を表すことができない可能性があり、その代わり、全ての遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８を対象とする／表すために２以上の保存ペプチド配列を必要とする。例えば（例示のみを目的とする）、１つの保存Ｅ６ペプチド配列は、Ｅ６遺伝子型１６および１８を表すことができ、別の保存Ｅ６ペプチド配列は、Ｅ６遺伝子型５２を表すことができ、第３の保存Ｅ６ペプチド配列は、Ｅ６遺伝子型５３および５８を表すことができ、その結果、群内の３つ全ての保存Ｅ６ペプチド配列は、全てのＥ６遺伝子型１６、１８、３１、５２、５３、および５８または１６、１８、３１、５２、および５８を表す。
【００４０】
核酸は、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、核酸は、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列をコードしない。別の実施形態では、核酸は、配列番号６０の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする。別の実施形態では、核酸は、配列番号６５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。
【００４１】
核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６０または６５と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。当業者は、核酸のバリアントが配列番号６０または６５と同一のペプチドをコードする縮重コドンバリアントを含み得ると理解するであろう。
【００４２】
核酸は、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、核酸は、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列をコードしない。別の実施形態では、核酸は、配列番号６２の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする。
【００４３】
核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９９．５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号６２と少なくとも９９．９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。当業者は、核酸のバリアントが配列番号６２と同一のウイルスベクターおよび／またはペプチドをコードする縮重コドンバリアントを含み得ると理解するであろう。
【００４４】
核酸は、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、核酸は、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列をコードしない。別の実施形態では、核酸は、配列番号７１、７３、または７５の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントをコードする。
【００４５】
核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９９．５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。核酸のバリアントは、配列番号７１、７３、または７５と少なくとも９９．９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。当業者は、核酸のバリアントが配列番号７１、７３、または７５と同一のウイルスベクターおよび／またはペプチドをコードする縮重コドンバリアントを含み得ると理解するであろう。
【００４６】
ポリペプチドは、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列を含まない。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号６１の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントを含む。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号６６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。
【００４７】
ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、かつＴＰＡリード配列を含まない。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよく、ＴＰＡリード配列よりもむしろ異なる／代替ペプチドアジュバントを含む。別の実施形態では、ポリペプチドは、配列番号７２、７４、または７６の配列またはそのバリアントを含んでよいか、それからなってよい。
【００４８】
１つの実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列およびペプチドアジュバントから本質的になってよい。１つの実施形態では、ポリペプチドは、保存ペプチド配列、１以上のリンカー、およびペプチドアジュバントから本質的になってよい。１以上のリンカーは、隣接する保存ペプチド配列の間に配置され得る。ペプチドアジュバントは、Ｎ末端であり得る。
【００４９】
ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも８０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。あるいは、ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも８５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９０％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９５％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９８％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。ポリペプチドのバリアントは、配列番号６１、６６、７２、７４、または７６と少なくとも９９％同一性を有する配列を含んでよいか、それからなってよい。
【００５０】
保存ペプチド配列のバリアントは、保存ペプチド配列の短縮配列を含んでよいか、それからなってよい。例えば、本明細書中の配列番号１〜５９の配列のうちのいずれか１以上を短縮しても、ポリペプチドにおいて免疫原性を提供することができる。短縮配列は、配列番号１〜５９の配列のうちのいずれか１つのうちの配列由来の認識可能なエピトープを形成するのに十分な数のアミノ酸（例えば、特異的Ｔ細胞認識のための少なくとも最小数の残基）を含んでよい。短縮配列は、配列番号１〜５９の配列の少なくとも７つのアミノ酸を含んでよい。あるいは、短縮配列は、配列番号１〜５９の配列の少なくとも８つのアミノ酸を含んでよい。あるいは、短縮配列は、配列番号１〜５９の配列の少なくとも９、１０、１１、または１２のアミノ酸を含んでよい。複数の短縮配列を、配列番号１〜５９の保存ペプチド配列のうちの１つに提供してよい。
【００５１】
１つの実施形態では、配列番号１〜５９の保存ペプチド配列のうちのいずれか１つを、例えば、残基の置換、付加、または欠失によって変化させることができる。別の実施形態では、配列番号１〜５９の保存ペプチド配列のうちのいくつかまたは全てを、例えば、残基の置換、付加、または欠失によって変化させることができる。変異保存ペプチド配列は、依然として認識可能なＨＰＶエピトープを提供するように機能し得る。当業者は、任意の所与の集団に自然変異が存在すること、および、これらのバリアントがコンセンサス配列（例えば、配列番号１〜５９中の提供された患者の配列）にいくらかの配列多様性をもたらし得ると理解するであろう。したがって、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも７０％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも７４％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも７５％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも７９％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも８０％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも８２％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも８３％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも８５％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも８８％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも９０％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも９２％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも９５％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも９８％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも９９％の配列同一性を有し得る。別の実施形態では、変異保存ペプチド配列は、配列番号１〜５９のうちのいずれか１つと少なくとも９９．５％の配列同一性を有し得る。
【００５２】
本明細書中で使用される配列「同一性」という言及は、標準的なＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴｐパラメーター（ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）を使用してアラインメントした２配列間の同一率を指し得る。
【００５３】
保存ペプチド配列は長さが変動してよく、最小長を、認識可能なエピトープを形成するために必要な最小残基数として定義する。したがって、保存ペプチド配列は、約７〜２５０アミノ酸長、またはそれを超えるアミノ酸長であってよい。例えば、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約７アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約８アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約１０アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約１５アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約２０アミノ酸長であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、少なくとも約３０アミノ酸長であってよい。１つの実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約２０アミノ酸長と約２２０アミノ酸長との間であってよい。１つの実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約３００アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約２５０アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約２００アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約１５０アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約１００アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約５５アミノ酸長以下であってよい。別の実施形態では、少なくとも１つの保存ペプチド配列は、約５４アミノ酸長以下であってよい。
【００５４】
保存ペプチド配列は、保存ペプチド配列集団における平均長が約１５アミノ酸と約５０アミノ酸との間であってよい。
【００５５】
本発明のいくつかの実施形態では、ポリペプチドは、ペプチドアジュバント（ＴＰＡ（組織プラスミノゲンアクチベーター）配列など）、またはその機能的バリアントをさらに含んでよい。ＴＰＡは、配列：ＭＤＡＭＫＲＧＬＣＣＶＬＬＬＣＧＡＶＦＶＳＰＳＱＥＩＨＡＲＦＲＲ（配列番号６３）、またはその機能的バリアントを含んでよいか、これらからなってよい。１つの実施形態では、ペプチドアジュバントは、例えば、配列ＳＬＬＷＧＧＶＴＶＬＡＡＭＬＩＡＧＱＶＡＳＳＶＶＦＬＶ（配列番号６４）のＳｈａｒｋインバリアント鎖またはその機能的バリアントを含んでよい。ペプチドアジュバントは、本発明のポリペプチドのＮ末端に存在してもよい。ペプチドアジュバントの機能的バリアントは、依然としてアジュバントとして機能することができる短縮または変異したペプチドバリアント（例えば、依然としてアジュバントとして機能するＴＰＡまたはｓｈａｒｋインバリアント鎖の短縮バリアントまたは変異バリアント）であってよい。当業者は、機能に影響を及ぼさずに１、２、３、４、５、またはそれを超えるアミノ酸残基を置換、付加、または除去することができると認識するであろう。例えば、保存的置換を考慮することができる。ペプチドアジュバントが提供される（または、適切にコードされる）実施形態では、ペプチドアジュバントと第１の保存ペプチド配列との間に提供される（またはコードされる）リンカー配列をさらに提供することができる。ペプチドアジュバントを含まない実施形態では、第１のリンカー配列は提供されてなくてもよい。
【００５６】
核酸の組み合わせは、本発明の異なるポリペプチドをコードすることができ、ワクチンとして提供され得る。例えば、初回刺激および／または追加免疫ワクチン製剤は、相互に比較して異なり得る２以上の本発明のポリペプチドをコードする核酸またはウイルスベクターを含んでよい。
【００５７】
核酸を、ワクチン中で別の治療または予防に有効な成分と組み合わせて使用してよい。核酸を、ワクチン中でアジュバントと組み合わせて使用してよい。
【００５８】
本発明の別の態様によれば、複数の異なる本発明の核酸を含む組成物を提供し、任意選択的に、組成物は薬学的に許容され得る組成物である。
【００５９】
本発明の別の態様によれば、本発明の核酸によってコードされるポリペプチドを本明細書中に提供する。
【００６０】
１つの実施形態では、ポリペプチドは、単離ポリペプチドである。ポリペプチド、ポリペプチドをコードする核酸、または関連するウイルス粒子を、薬学的に許容され得る担体中に提供してよい。
【００６１】
核酸は、ワクチン接種のためのプラスミドベクターであってよい。核酸は、ウイルスベクター配列を含んでよい。
【００６２】
本発明の別の態様によれば、本発明の核酸を含むウイルスベクターを本明細書中に提供する。
【００６３】
ウイルスベクターは、ウイルスを含んでよい。ウイルスベクターは、アデノウイルス（ヒトまたはサルアデノウイルスなど）を含んでよい。ウイルスベクターは、初回刺激・追加免疫レジメの初回刺激ワクチンで使用する場合にアデノウイルスを含んでよい。ウイルスベクターは、ＣｈＡｄＯｘ１（Ｅ群サルアデノウイルス、マラリア試験で安全に使用されるＡｄＣｈ６３ベクターなど）またはＣｈＡｄＯｘ２（Ｍｏｒｒｉｓ  ｅｔ  ａｌ  ２０１６．Ｆｕｔｕｒｅ  Ｖｉｒｏｌ  １１（９），ｐｐ．６４９−６５９に記載）を含んでよい。ＣｈＡｄＯｘ２配列は、本明細書中に記載の配列（例えば、配列番号６７＋６８）を含んでよいか、これらからなってよい。ウイルスベクターは、ＡｄＣｈ６３を含んでよい。ウイルスベクターは、ＡｄＣ３またはＡｄＨ６を含んでよい。ウイルスベクターは、ヒト血清型であってよい。ウイルスベクターは、改変ワクシニアアンカラ（ＭＶＡ）を含んでよい。ウイルスベクターは、Ｆ１１  ＭＶＡ（例えば、Ｆ１１遺伝子座に核酸構築物インサートを有するＭＶＡ）を含んでよい。本発明の核酸（ＨＰＶワクチン構築物インサート）を、例えば、ｐ７．５  ＭＶＡシャトルプラスミド（配列番号１５８）を用いた組換えによって、ｐ７．５プロモーターの調節下で親ＭＶＡウイルスのＴＫ遺伝子座に挿入することができる。核酸は、配列番号１５８中に提供した核酸ワクチン構築物インサート（下線部）を有するか、本発明の別の核酸ワクチン構築物を有する配列番号１５８の配列を本明細書中に含んでよい。別の実施形態では、本発明の核酸（ＨＰＶワクチン構築物インサート）を、例えば、Ｆ１１シャトルプラスミド（配列番号１５９）を用いた組換えによって、Ｆ１１プロモーターの調節下で親ＭＶＡウイルスのＦ１１遺伝子座に挿入することができる。核酸は、配列番号１５９中に提供した核酸ワクチン構築物インサート（下線部）を有するか、本発明の別の核酸ワクチン構築物を有する配列番号１５９の配列を本明細書中に含んでよい。ＭＶＡ配列は、本明細書中に記載される配列（例えば、配列番号６９＋７０）を含んでよいか、これからなってよい。ウイルスベクターは、初回刺激・追加免疫レジメにおけるワクチン追加免疫として使用する場合にＭＶＡを含んでよい。ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）またはレンチウイルスを含んでよい。ウイルスベクターは、弱毒化ウイルスベクターであってよい。本発明のポリペプチド配列を、良好な免疫応答を誘発することが公知の任意の適切なウイルスベクターにクローン化することができる。適切なウイルスベクターは、Ｄｉｃｋｓ  ｅｔ  ａｌ（Ｖａｃｃｉｎｅ．２０１５  Ｆｅｂ  ２５；３３（９）：１１２１−８．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｖａｃｃｉｎｅ．２０１５．０１．０４２．Ｅｐｕｂ  ２０１５  Ｊａｎ  ２５）、Ａｎｔｒｏｂｕｓ  ｅｔ  ａｌ（Ｍｏｌ  Ｔｈｅｒ．２０１４  Ｍａｒ；２２（３）：６６８−７４．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔ．２０１３．２８４．Ｅｐｕｂ  ２０１３  Ｄｅｃ  ３０．）、および（Ｗａｒｉｍｗｅ  ｅｔ  ａｌ．（Ｖｉｒｏｌ  Ｊ．２０１３  Ｄｅｃ  ５；１０：３４９．ｄｏｉ：１０．１１８６／１７４３−４２２Ｘ−１０−３４９）（本明細書中で参考として援��される）に記載されている。
【００６４】
本発明の別の態様によれば、以下：
−本発明のポリペプチド；
−本発明の核酸；および
−本発明のウイルスベクター
のうちの１以上を含む組成物を提供する。
【００６５】
組成物は、例えば、ヒトなどの哺乳動物において免疫原性を示し得る。組成物は、薬学的に許容され得る担体を含んでよい。組成物は、薬学的に許容され得る担体を含む医薬組成物であってよい。組成物は、ＨＰＶ感染の予防または処置で用いられるものであり得る。
【００６６】
本発明の別の態様によれば、ＨＰＶ感染を処置または予防する方法であって、以下：
−本発明のポリペプチド；
−本発明の核酸；
−本発明の組成物または
−本発明のウイルスベクター
の投与を含む方法を提供する。
【００６７】
ＨＰＶ感染を処置または予防する方法は、ワクチン接種方法であり得る。
【００６８】
本発明の別の態様によれば、ＨＰＶ感染の予防または処置で用いる薬剤であって、以下：
−本発明のポリペプチド；
−本発明の組成物；
−本発明の核酸；または
−本発明のウイルスベクター
を含むか、これからなる薬剤を提供する。
【００６９】
１つの実施形態では、ＨＰＶ感染の処置または予防は、肛門生殖器ＨＰＶ駆動病変（肛門、外陰、膣、または陰茎の上皮内新形成など）の処置または予防を含む。さらにまたはあるいは、ＨＰＶ感染の処置または予防は、ＨＰＶに原因する口腔咽頭病変の処置または予防を含む。
【００７０】
本発明の別の態様によれば、ワクチン中で、またはワクチンとして使用するための本発明のポリペプチド；本発明の組成物；本発明の核酸；または本発明のウイルスベクターを提供する。
【００７１】
本発明の別の態様によれば、本発明の核酸；本発明のポリペプチド；本発明の組成物；または本発明のウイルスベクターを含むワクチンを提供する。
【００７２】
ワクチンは、初回刺激ワクチンであってよい。ワクチンは追加免疫ワクチンであってよい。追加免疫ワクチンを初回刺激ワクチン後に提供する場合、ポリペプチドは異なっていてよい。例えば、ポリペプチドは、保存ペプチド配列の並べ替えた配列を含んでよい。保存ペプチド配列は同一であってよいが、ポリペプチドに提供される順序は変更してよい。したがって、本発明は、保存ペプチド配列が提供される順序を変更することができる本発明の配列／実施形態のいずれかを提供する。かかる実施形態には、並べ替えたか異なるリンカー／接合配列も含まれ得る。
【００７３】
有利には、初回刺激ワクチンと追加免疫ワクチンとの間のポリペプチドの保存ペプチド配列の並べ替えにより、１つの保存ペプチド配列の別の保存ペプチド配列との接合によって形成される「偽」エピトープの提供を回避することができる（すなわち、並べ替えたポリペプチドにおいては同一の接合が起こり得ない）。
【００７４】
本発明の別の態様によれば、ワクチン中で、またはワクチンとして使用するための本発明の核酸またはポリペプチドを提供する。
【００７５】
本発明の別の態様によれば、
−本発明の初回刺激ワクチン接種；
−本発明の追加免疫ワクチン接種
を含む、初回刺激・追加免疫ワクチン接種キットを提供する。
【００７６】
初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種は異なっていてよい。初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種は、ポリペプチド配列が異なっていてよい。初回刺激ワクチン接種および追加免疫ワクチン接種は、異なるウイルスベクター（すなわち、ＭＶＡ対アデノウイルスなどの異なるウイルスファミリーに由来する）を含んでよい。
【００７７】
本発明の別の態様によれば、本発明の核酸および薬学的に許容され得る担体を含む組成物を提供する。
【００７８】
組成物は、野生型ＨＰＶを含まなくてよい。組成物は、全長ＨＰＶタンパク質配列を含まなくてよい。ウイルスベクターまたは核酸は、ＨＰＶの非保存タンパク質／ペプチド配列をコードしなくてよい。
【００７９】
薬学的に許容され得る担体と共に使用してよい。さらにまたはあるいは、アジュバントと共に使用してよい。
【００８０】
用語「免疫原性」は、本発明の核酸、ポリペプチド、または組成物に適用する場合、ヒトまたは動物の体内で免疫応答を誘発することができることを意味する。免疫応答は防御的であってよい。
【００８１】
用語「防御的」は、疾患の予防、疾患の感染、伝播および／もしくは進行のリスクの低下、疾患の重症度の低下、容態もしくは疾患の治癒、症状の緩和、または疾患もしくは病徴の重症度の低下を意味する。
【００８２】
用語「予防」は、疾患の予防または予防的処置を意味する。予防には、疾患の感染、伝播および／もしくは進行のリスクの低下、または疾患の重症度の低下が含まれ得る。
【００８３】
用語「処置」は、容態もしくは疾患の治癒、症状の緩和、または疾患もしくは病徴の重症度の低下を意味する。
【００８４】
当業者は、本発明の１つの実施形態または態様の任意選択的な特徴を、適切な場合には、本発明の他の実施形態または態様に適用可能であり得ると理解するであろう。
【００８５】
ここで、本発明の実施形態を、ほんの一例として、添付の図面を参照して、より詳細に説明するであろう。
【図面の簡単な説明】
【００８６】
【図１】ＨＰＶ候補を作製するために使用したキメラ法およびバリアント法。
【図２】以下の得られたバリアントを有する保存領域。
【図３】Ａ）キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。Ｂ）改変バリアントの保存プロット。
【図４】Ａ）キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。Ｂ）バリアントの保存プロット。
【図５】キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。
【図６】キメラ−バリアントを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。
【図７】キメラを形成するために使用した２つの遺伝子型で保存されていたことが同定された領域。
【図８】ワクチン特異的Ｔ細胞は、初回刺激・追加免疫ワクチン接種後に高頻度で誘導される。ＩＦＮγＥｌｉｓｐｏｔを、ＤＮＡ−ＨＰＶ、ＭＶＡ−ＨＰＶ、またはＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３で筋肉内に初回刺激し、次いで、２週間後に異種または同種のワクチンで筋肉内に追加免疫したＣ５７ＢＬ／６マウス（６匹／群）由来のＰＢＭＣに対して行った。初回刺激の２週間後および追加免疫の１週間後および２週間後にＰＢＭＣを尾静脈出血によって回収した。
【図９】初回刺激・追加免疫ワクチン接種は、免疫原中のコードされた全ての抗原に対する応答を誘導することができる。ＰＢＭＣを２週間追加免疫時に回収し、タンパク質供給源に応じてプールした全免疫原配列にわたるペプチドを使用したＩＦＮγ  Ｅｌｉｓｐｏｔにおいて使用した。免疫原のＥ２領域にわたるペプチドを、ペプチドが多数であるので２つのプールに分割し、Ｅ４およびＥ５にわたる領域のペプチドを１つのプールに合わせた。
【図１０】ワクチン特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の６週間後に高頻度で検出することができる。１０ａ：追加免疫の２、３、４、および６週間後に尾静脈出血によって回収したＰＢＭＣを用いたＩＦＮγ  Ｅｌｉｓｐｏｔ（ＤＭ；ＤＮＡ−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫、ＣＭ；ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫）。１０ｂ：ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激、ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後および６週間後に得たＰＢＭＣに対してＩＣＳを行った。ＰＢＭＣを、Ｅ６およびＥ７ペプチドプールで刺激した。ＩＦＮ−γ、ＣＤ１０７、ＴＮＦ−α、およびＩＬ２を測定した。
【図１１】ＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は多機能であり、細胞毒性の可能性がある。ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後に回収した尾静脈出血由来のＰＢＭＣを、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにＥ６内の優性サブプールであるサブプール２２で刺激した。応答しているＣＤ８＋Ｔ細胞は、３つの機能（ＣＤ１０７、ＩＦＮγ、およびＴＮＦα）を優性に発現する。
【図１２】ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫はまた、ＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を初回刺激し、この応答は、追加免疫の６週間後にも依然として検出可能である。ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激、ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後および６週間後に得たＰＢＭＣに対してＩＣＳを行った。ＰＢＭＣをＥ６およびＥ７ペプチドプールで刺激した。ＩＦＮ−γ、ＣＤ１０７、ＴＮＦ−α、およびＩＬ２を測定した。
【図１３】ほとんどのＥ６およびＥ７特異的ＣＤ４＋Ｔ細胞が２つの機能を発現する。ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後に回収した尾静脈出血由来のＰＢＭＣを、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにＥ６内の優性サブプールであるサブプール２２で刺激した。応答しているＣＤ４＋Ｔ細胞は、２つの機能（ＣＤ１０７の減少＋単機能細胞）を優性に発現する。
【図１４】ＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞を、子宮頸部中に検出することができる。ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の２週間後にマウスから単離した頸膣リンパ球に対してＩＣＳを行い、免疫優性ペプチドプールＥ６および  Ｅ７ならびにサブプール２２で刺激した。ＩＦＮ−γ、ＣＤ１０７、ＴＮＦ−α、およびＩＬ２を測定した。
【図１５】頸膣ＨＰＶ  Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞応答は、多機能である。ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫の１週間後に回収した頸膣リンパ球を、免疫優性ペプチドプールＥ６およびＥ７ならびにＥ６内の優性サブプールであるサブプール２２で刺激した。応答しているＣＤ８＋Ｔ細胞は、３つの機能（ＣＤ１０７、ＩＦＮγ、およびＴＮＦα）を優性に発現する。
【図１６】子宮頸部内のワクチン誘導性Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞は、ほぼ例外なくエフェクター表現型である。ナイーブ：ＣＤ４４−ＣＤ６２Ｌ＋。抗原経験あり：セントラルメモリー−ＣＤ６２Ｌ＋、ＣＤ１２７＋；エフェクターメモリー−ＣＤ６２Ｌ−、ＣＤ１２７＋；エフェクター−  ＣＤ６２Ｌ−、ＣＤ１２７−。リンパ球数が少ないので、６匹のマウス由来の子宮頸部リンパ球を３つの対にプールした。
【図１７】子宮頸部と対照的に、脾臓内のワクチン誘導性Ｅ６およびＥ７特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞およびＣＤ４＋Ｔ細胞は、エフェクター集団およびエフェクターメモリー集団を含む。
【図１８】ＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３初回刺激、ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫でワクチン接種したマウスは、対照マウスよりも生存期間が増加した。マウスに、５×１０４個のＴＣ−１細胞を０日目に接種し、次いで、３日目に初回刺激し、１７日目に追加免疫した。腫瘍をデジタルカリパスで２日毎に測定し、腫瘍が任意の１つの方向において１０ｍｍに到達したときにマウスを屠殺した。
【図１９】非近交系ＣＤ１マウスのワクチン接種により、Ｔ細胞応答が高頻度で誘導される。ＩＦＮγ  Ｅｌｉｓｐｏｔを、ＤＮＡ−５ＧＨＰＶ３、ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３、またはＣｈＡｄＯｘ１−５ＧＨＰＶ３で筋肉内に初回刺激し、次いで、２週間後に異種または同種のワクチンで筋肉内に追加免疫したＣＤ１マウス（１０匹／群）由来のＰＢＭＣに対して行った。初回刺激の２週間後ならびに追加免疫の２週間後および３週間後にＰＢＭＣを尾静脈出血によって回収した。
【図２０】ワクチン接種したＣＤ１マウスにおけるＴ細胞応答は、免疫原全体に向かう。ＰＢＭＣを２週間追加免疫時に回収し、免疫原配列全体にわたるペプチドを使用したＩＦＮγ  Ｅｌｉｓｐｏｔで使用し、タンパク質供給源に応じてプールした。免疫原のＥ２領域にわたるペプチドを、ペプチドが多数であるので２つのプールに分割し、Ｅ４およびＥ５にわたる領域のペプチドを１つのプールに合わせた。
【図２１】上のパネル：１６〜２４歳の７６人の女性由来の末梢血単核球（ＰＢＭＣ）を、ｅｘ  ｖｉｖｏ  ＩＦＮ−γ  Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイにおいて高リスクＨＰＶ（ｈｒＨＰＶ）由来の初期タンパク質に基づいたペプチド認識について試験した。「インサート」は、ｈｒＨＰＶ導入遺伝子にわたって１１アミノ酸が重複した１５量体ペプチドのプールである。「基準」ペプチドは、以下のように組み合わせたＨＰＶ１６およびＨＰＶ５２由来の初期タンパク質に基づいたペプチドのプールであった：Ｅ１／Ｅ２、Ｅ４／Ｅ５、およびＥ６／Ｅ７。「ＦＥＣ」（ｆｌｕ、ＥＢＶ、およびＣＭＶ）ペプチドおよびＰＨＡ（フィトヘマグルチニン（ｐｈｙｔｏｈａｅｍａｇｌｕｔｉｎｎｉｎ））を、ポジティブコントロールとして使用した。示したデータは、ネガティブコントロール値（偽刺激細胞）を差し引いた後のペプチド刺激ウェルから得たスポット形成単位（ＳＦＵ）である。陽性反応のカットオフを、２５ＳＦＵ／百万個のＰＢＭＣ（全ドナー由来の偽刺激値の平均＋２標準偏差から導く）で設定した。膣試料採取時に女性をｈｒＨＰＶ  ＤＮＡについて同時に試験した：試験した女性の２６％が陽性であった。データは、現在ｈｒＨＰＶ感染しているか、過去に曝露されていた９／７６人の女性が導入遺伝子中にコードされたＨＰＶ配列を認識したことを示す。下のパネル：ＰＢＭＣをインサートプールのサブプール（左、ＳＦＵ／百万個のＰＢＭＣ）で試験し、その後にプール内の個別のペプチド（右、ＳＦＵ／ウェル）で試験し、それにより、真のＨＰＶ特異的応答の存在を確認することによって、応答する１ドナーにおけるインサートプールに対する応答をさらに調査した。ＳＦＵ−２００，０００ＰＢＭＣを含むウェルあたり、または百万個のＰＢＭＣあたり報告されたスポット形成単位。
【図２２】ＣｈＡｄＯＸ１−５Ｇ−ＨＰＶ３初回刺激ＭＶＡ−５ＧＨＰＶ３追加免疫後のＣ５７ＢＬ／６マウス（上のパネル）およびＣＤ１マウス（下のパネル）におけるサブプールマッピング。追加免疫の２週間後にマウスを屠殺し、脾細胞を単離した。脾細胞を、免疫原配列を対象とするサブプールを使用したＩＦＮγ  Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイで使用した。サブプール２１、２５、および２６（例えば）は、ＨＰＶ５３配列を含まず、かつ依然として高い応答が得られるため、ＨＰＶ５３セグメントを持たない配列は依然として免疫原性を示すという証拠が得られる。
【発明を実施するための形態】
【００８７】
ＨＰＶ免疫原のデザイン
ＨＰＶ免疫原は、保存されたアミノ酸断片から構成され、タンパク質レベルで世界的なＨＰＶ集団を地理的に代表している。各断片を、キメラまたはバリアントベースの断片のいずれかを作製するために利用されている保存アルゴリズムを使用して作製する。アルゴリズムの選択は、使用した各ＨＰＶタンパク質の特徴に依存する。
【００８８】
コア保存アルゴリズムは、コレクションバイアルを考慮した正規化法とスライディングウィンドウアプローチを組み合わせて使用して、遺伝子型の内部（遺伝子型内）および間（遺伝子型間）の両方で保存されているウィンドウを同定する。遺伝子型内保存ウィンドウを、配列全体についての全ウィンドウ保存値の和の１四分位数未満の保存値を有するウィンドウと分類する。このプロセス中の各遺伝子型についての典型的な正規化コンセンサス配列を作製する。引き続いて、遺伝子型間ウィンドウを、保存され、コンセンサス同一性の共有率が６０％を超える各遺伝子型内の同一の位置のウィンドウとして同定する。
【００８９】
各タンパク質領域について選択された全ての遺伝子型を表す配列の作製における主要な課題は、多数の遺伝子型が固有の系統発生的クラスタリングを示すことであった。遺伝子型にわたって保存された領域の同定とこれらの領域間のコンセンサス同一性の共有率レベルとの間のバランスが重要である。多くの場合、遺伝子型間の多様性は、コンセンサス同一性の共有率を犧牲にするほど極端であった。いくつかの遺伝子型は相互に非常に異なっているので、代表的な配列を作製するのは不可能であった。この問題を解決するために、生の配列データを以下の２つの方法のうちの１つにおけるコアアルゴリズムに入力した（図１）。（ｉ）バリアント；全ての遺伝子型の配列をアルゴリズムに入力し、遺伝子型間の保存領域を、コンセンサス同一性の共有率と無関係に同定する。得られた領域から系統樹を作製し、内群配列を組み合わせてコンセンサスの同一性の共有レベルが高いコンセンサスを作製した（図１ｂ）。（ｉｉ）キメラ；いくつかの場合、遺伝子型間に、遺伝子型が適切にアラインメントされないほどの距離がある。したがって、遺伝子型内群のみを共にアルゴリズムに入力し、コンセンサス同一性の共有率が６０％を超える内群間で保存された領域を同定する（図１ａ）。
【００９０】
ＨＰＶ候補
ＮＣＢＩタンパク質データベースから収集した入力配列を使用して６つのＨＰＶタンパク質（Ｅ１〜２、Ｅ４〜７）の候補配列を作製し、アラインメントし、手作業で監査して、不完全で低品質の配列を除去した（表１）。
【００９１】
【表１】
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【００９２】
【表２】
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【００９３】
ウィンドウを用いて同定したＥ１タンパク質内の５つの断片は、その各遺伝子型内の同一の位置に保存されていた。分岐分類により、コンセンサス同一性を高レベルで共有する最も適切な遺伝子型の組み合わせを同定した（図２）。
【００９４】
【表３】
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【００９５】
アラインメントの不一致により、系統樹に基づいて３つのキメラが作製された（１６および３１、５２および５８、５３および１８）（図３ａ）。さらに、全ての遺伝子型を類似の様式でアルゴリズムに入力してバリアントを作製したが、各遺伝子型から６０％を超えるコンセンサス同一性の共有率を有する保存ウィンドウのみを選択するためのプログラムのフィルタリングを無効にした。この同定された１つの断片を、「改変バリアント」と呼んだ（図３ｂ）。
【００９６】
【表４】
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【００９７】
４つのキメラを作製し、断片のうちの２つは遺伝子型特異的である（図４ａ）。さらに、バリアント解析により１つの領域を同定した（図４ｂ）。
【００９８】
【表５】
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【００９９】
３つのキメラを作製した（図５）。
【０１００】
【表６】
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【０１０１】
Ｅ６タンパク質は、遺伝子型にわたって保存が非常に制限されていた。その代わりとして内群を処理してコンセンサス同一性共有率のフィルターを用いずにキメラを生成したが、遺伝子型５２および５８を除いて、保存されたウィンドウを組み合わせずにコンセンサスを生成した（図６）。
【０１０２】
【表７】
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【０１０３】
遺伝子型１６および３１ならびに５２および５８のキメラを作製した（図７）。遺伝子型５３および１８はキメラバリアントである。
【０１０４】
【表８】
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【０１０５】
ＨＰＶ３ヌクレオチド配列（配列番号６０）
開始コドンを先頭にして、追加のリンカーと共にコードされるＴＰＡリーディング配列から始まっている（ＴＰＡおよびリンカーを、下線を引いた太字で示す）。
【化１】
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【化２】
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【０１０６】
ペプチドアジュバント／ＴＰＡをコードしていないＨＰＶ３ヌクレオチド配列（配列番号６５）
【化３】
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【化４】
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【化５】
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【０１０７】
ＨＰＶ３ポリペプチド配列（配列番号６１）
開始コドンを先頭にして、ＴＰＡリーディング配列から始まっている。
【化６】
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【０１０８】
ＴＰＡ／ペプチドアジュバント配列を持たないＨＰＶ３  ポリペプチド配列（配列番号６６）
【化７】
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【化８】
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【０１０９】
免疫原コード配列インサートを有するウイルスベクター配列ＣｈＡｄＯｘ１。
免疫原コード配列インサートの開始コドンおよび終止コドンに下線を引いている。リードＴＰＡ配列およびリンカーを太字で表している。
（配列番号６２）
【化９】
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【化１０】
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【化１１】
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【化１２】
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【化１３】
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【化１４】
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【化１５】
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【化１６】
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【化１７】
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【化１８】
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【化１９】
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【化２０】
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【化２１】
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【化２２】
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【化２３】
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【化２４】
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【化２５】
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【化２６】
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【０１１０】
ＣｈＡｄＯｘ２配列（配列番号６７＋６８）
免疫原カセットに対して５’側のＣｈＡｄＯｘ２配列を配列番号６７として提供し、免疫原カセットに対して３’側のＣｈＡｄＯｘ２配列を配列番号６８として提供する。
【０１１１】
ＭＶＡ配列（配列番号６９＋７０）
免疫原カセットに対して５’側のＭＶＡ配列を配列番号６９として提供し、免疫原カセットに対して３’側のＭＶＡ配列を配列番号７０として提供する。
【０１１２】
以下の２つの異なるシャトルプラスミドを使用してＭＶＡワクチンを作製した：
１．Ｐ７．５シャトルプラスミド。親ＭＶＡウイルス中のＴＫ遺伝子座領域に相同な上流および下流に隣接するＨＰＶインサート。ｐ７．５プロモーターの制御下のインサート。
２．Ｆ１１シャトルプラスミド。親ＭＶＡウイルス中のＦ１１遺伝子座領域に相同な上流および下流に隣接するＨＰＶインサート。Ｆ１１プロモーターの制御下のインサート。
【０１１３】
次いで、ニワトリ胚線維芽細胞にＭＶＡ親ウイルスを感染させ、ｐ７．５ＭＶＡシャトルプラスミドまたはＦ１１ＭＶＡシャトルプラスミドのいずれかでトランスフェクトして、ＭＶＡゲノムを用いた相同組換えを起こす。それにより、目的の遺伝子がＭＶＡゲノム内のＴＫ遺伝子座（ｐ７．５シャトルプラスミド）またはＦ１１遺伝子座（Ｆ１１シャトルプラスミド）のいずれかに挿入された親ＭＶＡが得られる。２つのＭＶＡワクチンバージョンが得られる。
【０１１４】
Ｐ７．５シャトルプラスミド（配列番号１５８）（インサートに下線を付す）
【化２７】
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【化２８】
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【化２９】
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【化３０】
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【化３１】
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【０１１５】
Ｆ１１−ＨＰＶシャトルプラスミド（配列番号１５９）（ワクチン構築物インサートに下線を付す）
【化３２】
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【化３３】
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【化３４】
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【化３５】
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【化３６】
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【０１１６】
ＨＰＶ２ランダム化ヌクレオチド配列（セグメントがランダムな順序で存在する）（下線を付したｔＰＡリーディング配列およびＨｉｎｄＩＩＩクローニングリンカーを含む）（配列番号７１）
【化３７】
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【化３８】
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【０１１７】
ＨＰＶ２ランダム化配列ポリペプチド（下線を付したｔＰＡリーディング配列およびＨｉｎｄＩＩＩクローニングリンカーを含む）（配列番号７２）
【化３９】
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【０１１８】
ＨＰＶ５３ｄｅｌヌクレオチド配列（ＨＰＶ５３由来のセグメントが除去されている）（下線を付したｔＰＡリーディング配列およびＨｉｎｄＩＩＩクローニングリンカーを含む）（配列番号７３）
【化４０】
2020536489.tif 000057
【化４１】
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【０１１９】
ＨＰＶ５３ｄｅｌポリペプチド配列（下線を付したｔＰＡリーディング配列およびＨｉｎｄＩＩＩクローニングリンカーを含む）（配列番号７４）
【化４２】
2020536489.tif 000059
【０１２０】
ＨＰＶ３−リンカーヌクレオチド配列（下線を付したｔＰＡリーディング配列およびＨｉｎｄＩＩＩクローニングリンカーを含む）（配列番号７５）
【化４３】
2020536489.tif 000060
【化４４】
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【化４５】
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【０１２１】
ＨＰＶ３−リンカーポリペプチド配列（下線を付したｔＰＡリーディング配列およびＨｉｎｄＩＩＩクローニングリンカーを含む）（配列番号７６）
【化４６】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
2020536489.tif 000068
【図５】
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【図６】
2020536489.tif 000070
【図７】
2020536489.tif 000071
【図８】
2020536489.tif 000072
【図９】
2020536489.tif 000073
【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
2020536489.tif 000075
【図１１】
2020536489.tif 000076
【図１２】
2020536489.tif 000077
【図１３】
2020536489.tif 000078
【図１４】
2020536489.tif 000079
【図１５】
2020536489.tif 000080
【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和2年4月20日(2020.4.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
2020536489.tif 000088
2020536489.tif 000089
2020536489.tif 000090
2020536489.tif 000091
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