(57)【要約】  特定のヒト白血球抗原（ＨＬＡ）アレルへのマイナー組織適合性抗原（ＭｉＨＡ）の結合が記載されている。これらのＭｉＨＡは、（ｉ）少なくとも０．０５のマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を備える遺伝子座によってコードされること、および（ｉｉ）適切な組織分布を有すること、という２つの特徴に基づいて選択された。これらのＭｉＨＡに関連する組成物、核酸、および細胞も記載されている。本出願はまた、例えば、白血病などの血液癌の治療のための癌免疫療法に関連する用途における、これらのＭｉＨＡ、ならびに関連する組成物、核酸、および細胞の使用を開示する。
2020508058.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のマイナー組織適合性抗原（ＭｉＨＡ）ペプチドであって、
Ｚ１−Ｘ１−Ｚ２（Ｉ）
式中、
Ｚ１が、アミノ末端修飾基であるか、または不在であり、
Ｘ１が、表Ｉに記載の、かつ図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡ番号３、１、２、および４〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１、２、および４〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちの１つの少なくとも８つの連続する残基を含む配列であり、
Ｚ２が、カルボキシ末端修飾基であるか、または不在である、マイナー組織適合性抗原（ＭｉＨＡ）ペプチド。
【請求項２】
Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちのいずれか１つからなる、請求項１に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項３】
Ｚ１が不在である、請求項１または２に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項４】
Ｚ２が不在である、請求項１〜３のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項５】
前記ＭｉＨＡペプチドが、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちのいずれか１つからなる、請求項１〜４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項６】
前記ＭｉＨＡが、少なくとも０．１のマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を有する遺伝子座に由来する、請求項１〜５のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項７】
前記ＭｉＨＡが、少なくとも０．２のマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を有する遺伝子座に由来する、請求項６に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項８】
前記ＭｉＨＡペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５、４７、および８１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項９】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３６および７７のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１０】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１、３、１３、３１、６１、６２、および６９のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１１】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３３、３９、４０、および７９のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１２】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２１の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１３】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５５の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１４】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８〜１２、２６、２８、４２、４３、４５、４６、４８、４９、５６〜５９、６５、６６、７０、７３、７４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１５】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２５、２７、および７１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１６】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６７の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１７】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１４、１５、および４４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１８】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３８、４０、７２、および７６のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項１９】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、２０、３４、４１、５０、５２、および５４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項２０】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１、３０、３２、３７、６５、および６８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項２１】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７５の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項２２】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、１９、２１、２２、２９、３４、３５、５２、および６４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項２３】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、４、６、７、１６〜２４、２９、３４、３５、５０〜５３、６３、６４、および７８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項２４】
前記ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３４の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、前記配列が、図示される多型アミノ酸を含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド。
【請求項２５】
請求項１〜２４のいずれか一項に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、前記ポリペプチドが以下の式Ｉａのものであり、
Ｚ１−Ｘ２−Ｘ１−Ｘ３−Ｚ２  （Ｉａ）
式中、
Ｚ１、Ｘ１、およびＺ２が、請求項１〜２４のいずれか一項に定義される通りであり、
Ｘ２およびＸ３が、各々独立して不在であるか、または１つ以上のアミノ酸の配列であり、
前記ポリペプチドが、天然タンパク質のアミノ酸配列を含まないか、またはこれからならず、細胞による前記ポリペプチドのプロセシングが、前記細胞によって発現されるＭＨＣクラスＩ分子のペプチド結合溝内への前記ＭｉＨＡペプチドの負荷をもたらす、ポリペプチド。
【請求項２６】
（ｉ）請求項１〜２４のいずれか一項に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも２つ、または（ｉｉ）請求項１〜２４のいずれか一項に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも１つおよび少なくとも１つの追加のＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドの組み合わせ。
【請求項２７】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド、または請求項２５に記載のポリペプチドをコードする、核酸。
【請求項２８】
プラスミドまたはベクター内に存在する、請求項２７に記載の核酸。
【請求項２９】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチドをそのペプチド結合溝内に含む、単離された主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
【請求項３０】
多量体の形態である、請求項２９に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【請求項３１】
前記多量体が四量体である、請求項３０に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【請求項３２】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド、請求項２５に記載のポリペプチド、請求項２６に記載のペプチドの組み合わせ、または請求項２７もしくは２８に記載の核酸を含む、単離された細胞。
【請求項３３】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド、または請求項２６に記載のペプチドの組み合わせを、それらのペプチド結合溝内に含む、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子をその表面に発現する、単離された細胞。
【請求項３４】
抗原提示細胞（ＡＰＣ）である、請求項３３に記載の細胞。
【請求項３５】
前記ＡＰＣが樹状細胞である、請求項３４に記載の細胞。
【請求項３６】
請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の単離されたＭＨＣクラスＩ分子、および／または請求項３２〜３５のいずれか一項に記載の細胞の前記表面に発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
【請求項３７】
請求項３６に記載のＴＣＲのアルファ鎖およびベータ鎖をコードする、１つ以上の核酸。
【請求項３８】
プラスミドまたはベクター内に存在する、請求項３７に記載の１つ以上の核酸。
【請求項３９】
請求項３６に記載のＴＣＲをその細胞表面に発現する、単離されたＣＤ８＋Ｔリンパ球。
【請求項４０】
請求項３７または３８に記載の１つ以上の核酸でトランスフェクトされているか、またはそれらを導入されている、請求項３９に記載のＣＤ８＋Ｔリンパ球。
【請求項４１】
請求項３９または４０に定義されるＣＤ８＋Ｔリンパ球の少なくとも０．５％を含む、細胞集団。
【請求項４２】
（ｉ）請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド、（ｉｉ）請求項２５に記載のポリペプチド、（ｉｉｉ）請求項２６に記載のペプチドの組み合わせ、（ｉｖ）請求項２７もしくは２８に記載の核酸、（ｉｖ）請求項２９〜３１のいずれか一項に記載のＭＨＣクラスＩ分子、（ｖ）３２〜３５のいずれか一項に記載の細胞、（ｖ）請求項３６に記載のＴＣＲ、（ｖｉ）請求項３７もしくは３８に記載の１つ以上の核酸、請求項３９もしくは４０に記載のＣＤ８＋Ｔリンパ球、および／または（ｖｉｉ）請求項４１に記載の細胞集団を含む、組成物。
【請求項４３】
緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または媒体をさらに含む、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４４】
前記組成物がワクチンであり、補助剤をさらに含む、請求項４２または４３に記載の組成物。
【請求項４５】
前記組成物が、請求項２６に記載のペプチドの組み合わせ、または前記ペプチドの組み合わせ内に存在する少なくとも２つのＭｉＨＡペプチドをコードする１つ以上の核酸を含む、請求項４２〜４４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４６】
請求項３２〜３５のいずれか一項に記載の細胞および請求項３８または３９に記載のＣＤ８＋Ｔリンパ球を含む、請求項４２〜４５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４７】
請求項１〜２４のいずれか一項に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上を特異的に認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球を拡大させる方法であって、ＣＤ８＋Ｔリンパ球の拡大に好適な条件下で、請求項３２〜３５のいずれか一項による細胞の存在下で、前記１つ以上のＭｉＨＡペプチドを発現しない候補ドナー由来のＣＤ８＋Ｔリンパ球を培養することを含む、方法。
【請求項４８】
癌を治療する方法であって、有効量の（ｉ）請求項３９もしくは４０に記載のＣＤ８＋Ｔリンパ球、（ｉｉ）請求項４１に記載の細胞集団、および／または（ｉｉｉ）（ｉ）もしくは（ｉｉ）を含む組成物を、それらを必要とする対象に投与することを含む、方法。
【請求項４９】
請求項４８に記載の方法であって、それを必要とする前記対象によって発現される１つ以上のＭｉＨＡ変異型を判定することをさらに含み、前記ＣＤ８＋Ｔリンパ球が、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示される前記１つ以上のＭｉＨＡ変異型を特異的に認識する、方法。
【請求項５０】
前記判定することが、前記ＭｉＨＡをコードする核酸を配列決定することを含む、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＣＤ８＋Ｔリンパ球が、請求項４７に記載の方法により調製される、エクスビボで拡大されたＣＤ８＋Ｔリンパ球である、請求項４８〜５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
前記方法が、請求項４７に記載の方法によりＣＤ８＋Ｔリンパ球を拡大させることをさらに含む、請求項４８〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
請求項４８〜５２のいずれか一項に記載の方法であって、それを必要とする前記対象が、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）レシピエントである、方法。
【請求項５４】
前記ＣＤ８＋Ｔリンパ球によって認識された有効量の前記ＭｉＨＡペプチド、および／または（ｉｉ）（ｉ）に定義される前記ＭｉＨＡペプチドをそれらのペプチド結合溝内に含む、ＭＨＣクラスＩ分子をその表面に発現する細胞を投与することをさらに含む、請求項４８〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
前記癌が血液癌である、請求項４８〜５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
前記血液癌が、白血病、リンパ腫、または骨髄腫である、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチド、または請求項２６に記載のペプチドの組み合わせを提示する、抗原提示細胞を模倣する、抗原提示細胞または人工構築物。
【請求項５８】
細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）をインビトロで生成するための方法であって、前記Ｔリンパ球を抗原特異的方法で活性化するのに十分な期間、抗原提示細胞を模倣する、好適な抗原提示細胞または人工構築物の表面上に発現された、請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチドまたは請求項２６に記載のペプチドの組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ  ＭＨＣ分子を、Ｔリンパ球と接触させることを含む、方法。
【請求項５９】
請求項５８に記載の方法によって得られる、活性化された細胞毒性Ｔリンパ球。
【請求項６０】
有効量の請求項５９に記載の細胞毒性Ｔリンパ球を患者に投与することを含む、血液癌を有する対象を治療する方法。
【請求項６１】
請求項１〜２４のいずれか一項に記載のＭｉＨＡペプチドまたは請求項２６に記載のペプチドの組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ  ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫反応を対象において作成する方法であって、請求項５９に記載の細胞毒性Ｔリンパ球を投与することを含む、方法。
【請求項６２】
請求項１〜２４のいずれか一項に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上、または請求項２６に記載のペプチドの組み合わせで人工的に負荷された、抗原提示細胞（ＡＰＣ）。
【請求項６３】
治療ワクチンとして使用するための請求項６２に記載のＡＰＣ。
【請求項６４】
免疫反応を対象において作成するための方法であって、同種Ｔリンパ球、および請求項１〜２４のいずれか一項に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上、または請求項２６に記載のペプチドの組み合わせを含む組成物を前記対象に投与することを含む、方法。
【請求項６５】
前記対象が、白血病、リンパ腫、および骨髄腫から選択される血液癌を有する、請求項６０、６１、および６４のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年２月２２日に出願された、米国仮特許出願第６２／４６２，０３５号の利益を主張し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本開示は、概して、組織適合性抗原に関し、より具体的には、マイナー組織適合性抗原（ＭｉＨＡ）および例えば免疫療法におけるそれらの使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
癌免疫療法に対していくつかの治療法が有効であると証明されているが、癌免疫療法士は、それらの治療器具において１つを超える強みが明らかに必要であろう。具体的には、高い突然変異負荷を有する腫瘍対低い突然変異負荷を有する腫瘍については、異なる手法が必要とされる。１発癌性物質によって誘発された固形腫瘍（例えば、黒色腫、肺癌）は、エクスビボで拡大された腫瘍浸潤リンパ球の注入およびチェックポイント分子に対する抗体の投与の２つの手法を使用して標的化することができる腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ）を作り出す多数の突然変異を発現する。１〜３しかしながら、ＴＳＡは、それらの非常に低い突然変異負荷のために、血液癌（ＨＣ）上では極めてまれであり、したがって、ＨＣの免疫療法に対する代替の標的が見出されなければならない。１改変キメラ抗原受容体を有するＣＤ１９またはＣＤ２０抗原標的に転嫁されたＴ細胞は、Ｂ細胞悪性腫瘍の治療に非常に有効であり、癌免疫療法における飛躍的進歩を表す。４、５しかしながら、キメラ抗原受容体が骨髄の悪性腫瘍の治療のために使用され得るかどうかは、いまだ推測の域を出ない。６
【０００４】
主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）分子は、ヒトの第６染色体上に位置する密接に関連した多型遺伝子座によってコードされた膜貫通糖タンパク質である。それらの主要な役割は、ペプチドをＴ細胞に結合させ、かつそれらをＴ細胞に提示することである。ＭＨＣ分子（ヒト白血球抗原またはヒトのＨＬＡ）は、ヒト細胞の表面に数千個のペプチドを提示する。これらのＭＨＣ関連ペプチド（ＭＡＰ）は、免疫ペプチドームとも称される。一卵性双生児（別名、同系個体）の自己タンパク質に由来する正常な免疫ペプチドームは一致している。対照的に、ＨＬＡ一致の非同系個体由来の細胞上に存在する自己タンパク質に由来するＭＡＰは、ｉ）不変のゲノム領域から生じ、したがって所与のＨＬＡ型を有するすべての個体内に存在する単形性ＭＡＰ、およびｉｉ）多型ゲノム領域によってコードされ、したがっていくつかの個体内に存在するが、他の個体内には不在である多型ＭＡＰ（別名ＭｉＨＡ）、の２つのカテゴリーに分類される。ＭｉＨＡは、Ｔ細胞の観点から見て、本質的に、遺伝的多型である。ＭｉＨＡは、典型的に、２アレルの遺伝子座によってコードされ、各アレルは、優性（ＭＡＰを作成する）または劣性（ＭＡＰを作成しない）であり得る。実際に、ＭＡＰコードゲノム配列における非同義の一塩基多型（ｎｓ−ＳＮＰ）は、ＭＡＰ作成（劣性アレル）を妨げるか、または変異型ＭＡＰ（優性アレル）を生成するかのいずれかであろう。癌免疫療法のために使用することができる別の戦略は、養子Ｔ細胞免疫療法（ＡＴＣＩ）である。「ＡＴＣＩ」という用語は、患者（自己輸血）、遺伝的に一致する双子のドナー（同系輸血）、または一致しないＨＬＡ適合性ドナー（同種輸血）から得られたＴリンパ球を患者に輸血することを指す。これまで、ＡＴＣＩは、ワクチンよりもはるかに高い癌の寛解および治癒率をもたらしており、最も広く使用される形態の癌ＡＴＣＩは、同種造血細胞移植（ＡＨＣＴ）である。同種造血細胞移植（ＡＨＣＴ）によって誘発される、いわゆる移植片対白血病（ＧＶＬ）効果は、主に、宿主ＭｉＨＡに対するＴ細胞反応に起因しており、ドナーが一卵性双生児である場合（レシピエントとのＭｉＨＡの差はない）、または移植片のＴリンパ球が欠乏している場合、ＧＶＬは無効にされるか、または有意に減少される。血液癌について治療される４００，０００人超の個体は、腫瘍を根絶するためのヒト免疫系の能力の最も顕著な兆候を現わすＭｉＨＡ依存性ＧＶＬ効果のおかげで命を救われている。同種ＧＶＴ効果は、本質的に、血液の悪性腫瘍を有する患者を治療するために使用されているが、予備的兆候は、固形腫瘍の治療にも有効であり得ることを示唆している。ＭｉＨＡ標的化癌免疫療法の高い潜在能力は、薬剤において適切に活用されていない。現在の医療行為では、ＭｉＨＡに基づく免疫療法は、「従来の」ＡＨＣＴ、すなわち、同種ＨＬＡ適合ドナー由来の造血細胞の注入に限定される。そのような同種リンパ球の非選択的注入は、ＭｉＨＡ標的化療法の非常に基礎的な形態である。第１に、それは特異性を欠いており、したがって、毒性が高く、非選択的な同種Ｔ細胞は、多数の宿主ＭｉＨＡに対して反応し、それにより、レシピエントの６０％において移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）を誘発する。ＧＶＨＤは、常に身体機能を奪い、高い頻度で致死的である。第２に、従来のＡＨＣＴは、ドナーＴ細胞が患者への注入前に癌細胞上に発現された特異的ＭｉＨＡに対して感作（予備活性化）されていないため、弱毒化された形態のＧＶＴ反応のみを誘発する。感作されたＴ細胞は耐性誘導に対する耐性を示すが、未感作Ｔ細胞は、腫瘍細胞によって寛容化され得る。ＡＨＣＴのマウスモデルにおいて、非選択的なドナーリンパ球を単一のＭｉＨＡに対して感作されたＣＤ８＋Ｔ細胞と置換することによって、ＧＶＨＤまたは任意の他の悪影響を引き起こすことなく、白血病および黒色腫を治癒することが可能であることが実証されている。成功は、新生細胞上に発現された免疫原性ＭｉＨＡの選択、およびＡＨＣＴの前の標的ＭｉＨＡに対するドナーＣＤ８＋Ｔ細胞の感作の２つの重要な要素に依存している。最近の報告では、ＭｉＨＡ標的化ＡＴＣＩがなぜこれほど有効であるのか、および診療所でのこの手法の翻訳が癌免疫療法８に対していかに多大な影響を有し得るかが考察されている。腫瘍を根絶することができる高結合能Ｔ細胞反応は、同種環境において作成され得る。血液の悪性腫瘍では、同種ＨＬＡ適合造血幹細胞移植（ＡＳＣＴ）は、Ｔ細胞媒介性移植片対腫瘍（ＧＶＴ）免疫反応の誘発による同種免疫療法のためのプラットフォームを提供する。同種環境における免疫療法は、レシピエントの自己抗原に対する低反応性のためにドナー起源のＴ細胞が選択されないという事実のために、有効なＴ細胞反応の誘発を可能にする。したがって、腫瘍特異的抗原またはレシピエント特異的抗原に対する高親和性Ｔ細胞は、ＡＳＣＴ中または後の患者に投与されるＴ細胞接種材料に見出され得る。腫瘍反応性Ｔ細胞反応の主な標的は、ドナーおよびレシピエントが異種、すなわちＭｉＨＡである、多型タンパク質である。しかしながら、ヒトにおけるＭｉＨＡ標的化免疫療法の実施は、主に分子的に定義されたヒトＭｉＨＡの不足によって制限されている。現在知られているＭｉＨＡに基づいて、白血病を有する患者の３３％のみが、ＭｉＨＡに基づくＡＴＣＩに対して適格であるだろう。ＭｉＨＡの発見は、標準的なゲノムおよびプロテオーム方法を使用して達成することができないため、困難な問題である。実際に、ｉ）１％未満のＳＮＰがＭｉＨＡを作成し、ｉｉ）現在の質量分析法は、ＭｉＨＡを検出することができない。よって、免疫療法で使用され得るＭｉＨＡを同定する必要がある。
【０００５】
本記載は、いくつかの文献を参照し、それらの内容は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【０００６】
本開示は、以下の項目１〜６５に関する。
１．式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のマイナー組織適合性抗原（ＭｉＨＡ）ペプチドであって、
Ｚ１−Ｘ１−Ｚ２  （Ｉ）
式中、
Ｚ１が、アミノ末端修飾基であるか、または不在であり、
Ｘ１が、表Ｉに記載の、かつ図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡ番号３、２、１、および４〜１３８、またはＭｉＨＡ番号３、２、１、および４〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちの１つの少なくとも８つの連続する残基を含む配列であり、
Ｚ２が、カルボキシ末端修飾基であるか、または不在である、マイナー組織適合性抗原（ＭｉＨＡ）ペプチド。
【０００７】
２．Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちのいずれか１つからなる、項目１のＭｉＨＡペプチド。
【０００８】
３．Ｚ１が不在である、項目１または２のＭｉＨＡペプチド。
【０００９】
４．Ｚ２が不在である、項目１〜３のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１０】
５．当該ＭｉＨＡペプチドが、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちのいずれか１つからなる、項目１〜４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１１】
６．当該ＭｉＨＡが、少なくとも０．１のマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を有する遺伝子座に由来する、項目１〜５のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１２】
７．当該ＭｉＨＡが、少なくとも０．２のマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を有する遺伝子座に由来する、項目６のＭｉＨＡペプチド。
【００１３】
８．当該ＭｉＨＡペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５、４７、および８１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１４】
９．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３６および７７のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１５】
１０．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１、３、１３、３１、６１、６２、および６９のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１６】
１１．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３３、３９、４０、および７９のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１７】
１２．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２１の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１８】
１３．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５５の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００１９】
１４．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８〜１２、２６、２８、４２、４３、４５、４６、４８、４９、５６〜５９、６５、６６、７０、７３、７４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２０】
１５．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２５、２７、および７１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２１】
１６．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６７の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２２】
１７．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１４、１５、および４４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２３】
１８．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３８、４０、７２、および７６のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２４】
１９．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、２０、３４、４１、５０、５２、および５４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２５】
２０．ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１、３０、３２、３７、６５、および６８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２６】
２１．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７５の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２７】
２２．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、１９、２１、２２、２９、３４、３５、５２、および６４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２８】
２３．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、４、６、７、１６〜２４、２９、３４、３５、５０〜５３、６３、６４、および７８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００２９】
２４．当該ペプチドが、ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１アレルの主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子に結合し、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３４の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、項目１〜７のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド。
【００３０】
２５．項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも１つのアミノ酸配列を含むポリペプチドであって、当該ポリペプチドが以下の式Ｉａのものであり、
Ｚ１−Ｘ２−Ｘ１−Ｘ３−Ｚ２  （Ｉａ）
式中、
Ｚ１、Ｘ１、およびＺ２が、項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義される通りであり、
Ｘ２およびＸ３が、各々独立して不在であるか、または１つ以上のアミノ酸の配列であり、
当該ポリペプチドが、天然タンパク質のアミノ酸配列を含まないか、またはこれからならず、細胞による当該ポリペプチドのプロセシングが、当該細胞によって発現されるＭＨＣクラスＩ分子のペプチド結合溝内へのＭｉＨＡペプチドの負荷をもたらす、ポリペプチド。
【００３１】
２６．（ｉ）項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも２つ、または（ｉｉ）項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも１つおよび少なくとも１つの追加のＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドの組み合わせ。
【００３２】
２７．項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド、または項目２５のポリペプチドをコードする、核酸。
【００３３】
２８．プラスミドまたはベクター内に存在する、項目２７の核酸。
【００３４】
２９．項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチドをそのペプチド結合溝内に含む、単離された主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子。
【００３５】
３０．多量体の形態である、項目２９の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【００３６】
３１．当該多量体が四量体である、項目３０の単離されたＭＨＣクラスＩ分子。
【００３７】
３２．項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド、項目２５のポリペプチド、項目２６のペプチドの組み合わせ、または項目２７もしくは２８の核酸を含む、単離された細胞。
【００３８】
３３．項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド、または項目２６のペプチドの組み合わせを、それらのペプチド結合溝内に含む、主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ分子をその表面に発現する、単離された細胞。
【００３９】
３４．抗原提示細胞（ＡＰＣ）である、項目３３の細胞。
【００４０】
３５．当該ＡＰＣが樹状細胞である、項目３４の細胞。
【００４１】
３６．項目２９〜３１のうちのいずれか１つの単離されたＭＨＣクラスＩ分子、および／または項目３２〜３５のうちのいずれか１つの細胞の表面に発現されたＭＨＣクラスＩ分子を特異的に認識する、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）。
【００４２】
３７．項目３６のＴＣＲのアルファ鎖およびベータ鎖をコードする、１つ以上の核酸。
【００４３】
３８．プラスミドまたはベクター内に存在する、項目３７の１つ以上の核酸。
【００４４】
３９．項目３６のＴＣＲをその細胞表面に発現する、単離されたＣＤ８＋Ｔリンパ球。
【００４５】
４０．項目３７または３８の１つ以上の核酸でトランスフェクトされているか、またはそれらを導入されている、項目３９のＣＤ８＋Ｔリンパ球。
【００４６】
４１．項目３９または４０に定義されるＣＤ８＋Ｔリンパ球の少なくとも０．５％を含む、細胞集団。
【００４７】
４２．（ｉ）項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド、（ｉｉ）項目２５のポリペプチド、（ｉｉｉ）項目２６のペプチドの組み合わせ、（ｉｖ）項目２７もしくは２８の核酸、（ｉｖ）項目２９〜３１のうちのいずれか１つのＭＨＣクラスＩ分子、（ｖ）３２〜３５のうちのいずれか１つの細胞、（ｖ）項目３６のＴＣＲ、（ｖｉ）項目３７もしくは３８の１つ以上の核酸、項目３９もしくは４０のＣＤ８＋Ｔリンパ球、および／または（ｖｉｉ）項目４１の細胞集団を含む、組成物。
【００４８】
４３．緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または媒体をさらに含む、項目４２の組成物。
【００４９】
４４．当該組成物がワクチンであり、補助剤をさらに含む、項目４２または４３の組成物。
【００５０】
４５．当該組成物が、項目２６のペプチドの組み合わせ、または当該ペプチドの組み合わせ内に存在する少なくとも２つのＭｉＨＡペプチドをコードする１つ以上の核酸を含む、項目４２〜４４のうちのいずれか１つの組成物。
【００５１】
４６．項目３２〜３５のうちのいずれか１つの細胞および項目３８または３９のＣＤ８＋Ｔリンパ球を含む、項目４２〜４５のうちのいずれか１つの組成物。
【００５２】
４７．項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上を特異的に認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球を拡大させる方法であって、ＣＤ８＋Ｔリンパ球の拡大に好適な条件下で、項目３２〜３５のうちのいずれか１つによる細胞の存在下で、当該１つ以上のＭｉＨＡペプチドを発現しない候補ドナー由来のＣＤ８＋Ｔリンパ球を培養することを含む、方法。
【００５３】
４８．癌を治療する方法であって、有効量の（ｉ）項目３９もしくは４０のＣＤ８＋Ｔリンパ球、（ｉｉ）項目４１の細胞集団、および／または（ｉｉｉ）（ｉ）もしくは（ｉｉ）を含む組成物を、それらを必要とする対象に投与することを含む、方法。
【００５４】
４９．項目４８に記載の方法であって、それを必要とする当該対象によって発現される１つ以上のＭｉＨＡ変異型を判定することをさらに含み、ＣＤ８＋Ｔリンパ球が、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示される当該１つ以上のＭｉＨＡ変異型を特異的に認識する、方法。
【００５５】
５０．当該判定することが、当該ＭｉＨＡをコードする核酸を配列決定することを含む、項目４９の方法。
【００５６】
５１．当該ＣＤ８＋Ｔリンパ球が、項目４７に記載の方法により調製される、エクスビボで拡大されたＣＤ８＋Ｔリンパ球である、項目４８〜５０のうちのいずれか１つの方法。
【００５７】
５２．当該方法が、項目４７の方法によりＣＤ８＋Ｔリンパ球を拡大させることをさらに含む、項目４８〜５１のうちのいずれか１つの方法。
【００５８】
５３．項目４８〜５２のうちのいずれか１つの方法であって、それを必要とする当該対象が、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）レシピエントである、方法。
【００５９】
５４．当該ＣＤ８＋Ｔリンパ球によって認識された有効量のＭｉＨＡペプチド、および／または（ｉｉ）（ｉ）に定義されるＭｉＨＡペプチドをそれらのペプチド結合溝内に含む、ＭＨＣクラスＩ分子をその表面に発現する細胞を投与することをさらに含む、項目４８〜５３のうちのいずれか１つの方法。
【００６０】
５５．当該癌が血液癌である、項目４８〜５４のうちのいずれか１つの方法。
【００６１】
５６．当該血液癌が、白血病、リンパ腫、または骨髄腫である、項目５５の方法。
【００６２】
５７．項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチド、または項目２６のペプチドの組み合わせを提示する、抗原提示細胞を模倣する、抗原提示細胞または人工構築物。
【００６３】
５８．細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）をインビトロで生成するための方法であって、Ｔリンパ球を抗原特異的方法で活性化するのに十分な期間、抗原提示細胞を模倣する、好適な抗原提示細胞または人工構築物の表面上に発現された、項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチドまたは項目２６のペプチドの組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ  ＭＨＣ分子を、Ｔリンパ球と接触させることを含む、方法。
【００６４】
５９．項目５８の方法によって得られる、活性化された細胞毒性Ｔリンパ球。
【００６５】
６０．有効量の項目５９の細胞毒性Ｔリンパ球を患者に投与することを含む、血液癌を有する対象を治療する方法。
【００６６】
６１．項目１〜２４のうちのいずれか１つのＭｉＨＡペプチドまたは項目２６のペプチドの組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ  ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫反応を対象において作成する方法であって、項目５９の細胞毒性Ｔリンパ球を投与することを含む、方法。
【００６７】
６２．項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上、または項目２６のペプチドの組み合わせで人工的に負荷された、抗原提示細胞（ＡＰＣ）。
【００６８】
６３．治療ワクチンとして使用するための項目６２のＡＰＣ。
【００６９】
６４．免疫反応を対象において作成するための方法であって、同種Ｔリンパ球、および項目１〜２４のうちのいずれか１つに定義されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上、または項目２６のペプチドの組み合わせを含む組成物を対象に投与することを含む、方法。
【００７０】
６５．当該対象が、白血病、リンパ腫、および骨髄腫から選択される血液癌を有する、項目６０、６１、および６４のうちのいずれか１つの方法。
【００７１】
本発明の他の目的、利点、および特徴は、例示のみの方法によって与えられる、それらの特定の実施形態の以下の非制限的な記載を読む際に、より明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００７２】
【図１Ａ】ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１６／１２７２４９号（図１Ａ）および同第ＷＯ／２０１４／０２６２７７号（図１Ｂ）、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓ，Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ＆Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ，２１（３）：５４３−５５７（図１Ｃ）、ならびにＡｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ，９８（８）：１１３９−１１４６，２００７（図１Ｄ）に記載されるＭｉＨＡペプチドを示す。図１Ｃは、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓの表１に由来する。図１Ｄは、Ａｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．の表１に由来する。
【図１Ｂ】ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１６／１２７２４９号（図１Ａ）および同第ＷＯ／２０１４／０２６２７７号（図１Ｂ）、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓ，Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ＆Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ，２１（３）：５４３−５５７（図１Ｃ）、ならびにＡｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ，９８（８）：１１３９−１１４６，２００７（図１Ｄ）に記載されるＭｉＨＡペプチドを示す。図１Ｃは、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓの表１に由来する。図１Ｄは、Ａｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．の表１に由来する。
【図１Ｃ】ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１６／１２７２４９号（図１Ａ）および同第ＷＯ／２０１４／０２６２７７号（図１Ｂ）、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓ，Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ＆Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ，２１（３）：５４３−５５７（図１Ｃ）、ならびにＡｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ，９８（８）：１１３９−１１４６，２００７（図１Ｄ）に記載されるＭｉＨＡペプチドを示す。図１Ｃは、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓの表１に由来する。図１Ｄは、Ａｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．の表１に由来する。
【図１Ｄ】ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１６／１２７２４９号（図１Ａ）および同第ＷＯ／２０１４／０２６２７７号（図１Ｂ）、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓ，Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ＆Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ，２１（３）：５４３−５５７（図１Ｃ）、ならびにＡｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ，９８（８）：１１３９−１１４６，２００７（図１Ｄ）に記載されるＭｉＨＡペプチドを示す。図１Ｃは、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓの表１に由来する。図１Ｄは、Ａｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．の表１に由来する。
【発明を実施するための形態】
【００７３】
本明細書で使用される遺伝学、分子生物学、生物化学、および核酸の用語および符号は、当該分野における標準的な論文および文章のもの、例えば、Ｋｏｒｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｂａｋｅｒ，ＤＮＡ  Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｂｏｏｋｓ，２００５）；Ｌｅｈｎｉｎｇｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，ｓｉｘｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗ  Ｈ  Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ（Ｓｄ），Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，２０１２）；Ｓｔｒａｃｈａｎ  ａｎｄ  Ｒｅａｄ、Ｈｕｍａｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）；Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，ｅｄｉｔｏｒ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  ａｎｄ  Ａｎａｌｏｇｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９１）；Ｇａｉｔ，ｅｄｉｔｏｒ，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８４）などに従う。すべての用語が、関連技術において構築された典型的な意味で理解されるべきである。
【００７４】
「ａ（１つ）」および「ａｎ（１つ）」という品目は、品目の文法的目的のうちの１つまたは１つ超（すなわち、少なくとも１つ）を指すために本明細書で使用される。例として、「１つの要素」とは、１つの要素または１つ超の要素を意味する。本明細書全体にわたって、文脈上他に要求されない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、および「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という語句は、述べられたステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を包含するが、任意の他のステップもしくは要素またはステップもしくは要素の群を除外しないことを暗に示すことが理解されるであろう。「対象」、「患者」、および「レシピエント」という用語は、本明細書において互換的に使用され、本明細書に記載される１つ以上のＭｉＨＡを使用した癌の治療を必要とする動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトを指す。「個体」という用語は、癌を有しない（すなわち、健康な）動物、好ましくは哺乳動物、最も好ましくはヒトを指す。これらの用語は、成人および子供の両方を包含する。「ドナー」は、癌患者（自家細胞輸血の場合）または健康な患者（同種細胞輸血の場合）のいずれかである。
【００７５】
ＭｉＨＡペプチドおよび核酸
一態様では、本開示は、ＭｉＨＡペプチドのアミノ酸配列を含むポリペプチド（例えば、単離または合成ポリペプチド）であって、当該ポリペプチドが以下の式Ｉａのものであり、
Ｚ１−Ｘ２−Ｘ１−Ｘ３−Ｚ２  （Ｉａ）
式中、
Ｚ１、Ｘ１、およびＺ２が以下に定義される通りであり、
Ｘ２およびＸ３が、各々独立して不在であるか、または１つ以上のアミノ酸の配列であり、
当該ポリペプチドが、天然タンパク質のアミノ酸配列（例えば、ＭｉＨＡペプチドが由来する天然タンパク質のアミノ酸配列）を含まないか、またはこれからならず、細胞（例えば、抗原提示細胞）による当該ポリペプチドのプロセシングが、当該細胞によって発現されるＭＨＣクラスＩ分子のペプチド結合溝内への配列Ｘ１のＭｉＨＡペプチドの負荷をもたらす、ポリペプチドを提供する。
【００７６】
一実施形態では、Ｘ２および／またはＸ３は、各々独立して、約１〜約５、１０、１５、２０、２５、３０、４０、５０、１００、２００、３００、４００、５００、または１０００個のアミノ酸の配列である。一実施形態では、Ｘ２は、ＭｉＨＡが由来する天然ポリペプチドにおけるＸ１の配列に対する直後のアミノ末端であるアミノ酸の配列である（本明細書に記載されるＭｉＨＡが由来する遺伝子に対応するＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤについて表ＩＩを参照されたい）。一実施形態では、Ｘ３は、ＭｉＨＡが由来する天然ポリペプチドにおけるＸ１の配列に対する直後のカルボキシ末端であるアミノ酸の配列である（表ＩＩを参照されたい）。例えば、ＭｉＨＡ番号２は、タンパク質Ｒａｓ関連ドメインファミリーメンバー１（ＲＡＳＳＦ１）に由来し、よってＸ２および／またはＸ３は、ＲＡＳＳＦ１中の配列Ａ／ＳＥＩＥＱＫＩＫＥＹに対する直後のアミノ末端および／またはカルボキシ末端である１つ以上のアミノ酸を含み得る（Ｅｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤ番号ＥＮＳＧ００００００６８０２８、ＮＣＢＩ参照配列：ＮＰ＿００９１１３）。よって、本明細書に記載されるＭｉＨＡの配列に対する直後のアミノ末端および／またはカルボキシ末端の配列は、例えば、以下の表ＩＩに提供されるＳＮＰ  ＩＤ番号および／またはＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤ番号を使用して検索され得る、Ｅｎｓｅｍｂｌ、ＮＣＢＩ、ＵｎｉＰｒｏｔなどの公開データベースにおいて入手可能な情報を使用して容易に同定され得る。本明細書に提供される（例えば、表ＩＩに）ＳＮＰ  ＩＤ番号およびＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子ＩＤ番号に対応するすべての転写産物およびコードされたポリペプチドの全配列を含む全体的な内容および情報は、参照により本明細書に組み込まれる。
【００７７】
別の実施形態では、Ｘ２および／またはＸ３は不在である。さらなる実施形態では、Ｘ２およびＸ３は共に不在である。
【００７８】
よって、別の態様では、本開示は、式Ｉの約８〜約１４個のアミノ酸のＭｉＨＡペプチド（例えば、単離または合成ペプチド）であって、
Ｚ１−Ｘ１−Ｚ２  （Ｉ）
式中、Ｚ１が、アミノ末端修飾基であるか、または不在であり、Ｘ１が、以下の表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちの１つの少なくとも８つの（好ましくは連続する）残基を含み、図示された（下線が引かれた、例えば、ＭｉＨＡ番号２について、Ｎ末端残基ＡまたはＳはＸ１に含まれ、ＭｉＨＡ番号３について、残基ＰまたはＨはドメインＸ１に含まれるなど）多型アミノ酸（変種）を含む配列であり、Ｚ２が、カルボキシ末端修飾基であるか、または不在である、ＭｉＨＡペプチドを提供する。ＭｉＨＡ番号１〜８１に対する参照は、図示される配列によって定義される変異型のうちの各々を包含する。例えば、「ＭｉＨＡ番号２」（
【化１】
2020508058.tif 000003
、配列番号４）という用語は、
【化２】
2020508058.tif 000004
（配列番号５）および／または
【化３】
2020508058.tif 000005
（配列番号６）を指す。
【表１】
2020508058.tif 000006
【表１−２】
2020508058.tif 000007
●アミノ酸は不在である
●ａこのＭｉＨＡが由来する遺伝子は、染色体Ｙ上に位置する。したがって、このＭｉＨａは、雄個体において存在するが、雌個体においては不在である。
●ｂＭｉＨＡの不在をもたらす欠失突然変異（ＣＧＣコドン）（ＳＮＰ  ｒｓ１５１０７５５９７）。
●イタリック体でのＭｉＨＡペプチドは、以前に報告されているが、他のＨＬＡアレルにおいて報告された。
【００７９】
別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のペプチド配列のうちの１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個のアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。
【００８０】
一実施形態では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０個以上を含むペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００８１】
別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａ
のＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号４９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ
１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１００の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１１９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ
１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１２９の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３０の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３１の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３２の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３３の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３４の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３５の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３６の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３７の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１３８の少なくとも８つのアミノ酸を含む配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＭｉＨＡペプチドを提供する。
【００８２】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ａ１分子（ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ａ１／ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５、４７、８１、８３、８５、８６、９０、９８、１０５、１１８、１１９、１２１、１２２、１２５、または１２７、好ましくはＭｉＨＡ番号５、４７、および８１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ａ１／ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ａ１／ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号５、４７、８１、８３、８５、８６、９０、９８、１０５、１１８、１１９、１２１、１２２、１２５、または１２７、好ましくはＭｉＨＡ番号５、４７、および８１の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ａ１／ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ａ＊０１：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００８３】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ａ３分子（ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ａ３／ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３６および７７のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ａ３／ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ａ３／ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号３６または７７の配列を含むか、またはこれからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ａ３／ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００８４】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ａ１１分子（ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ａ１１／ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１、３、１３、３１、６１、６２、６９、１３４、および１３６、好ましくはＭｉＨＡ番号１、３、１３、３１、６１、６２、および６９のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ａ１１／ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ａ１１／ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号１、３、１３、３１、６１、６２、６９、１３４、および１３６、好ましくはＭｉＨＡ番号１、３、１３、３１、６１、６２、または６９の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ａ１１／ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ａ１１／ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００８５】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ａ２４分子（ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ａ２４／ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３３、３９、４０、および７９のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ａ２４／ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ａ２４／ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号３３、３９、４０または７９の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ａ２４／ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ａ２４／ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００８６】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ａ２９分子（ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ａ２９／ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２１の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ａ２９／ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ａ２９／ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号２１の配列を含むか、またはこれからなる。
【００８７】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ａ３２分子（ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ａ３２／ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号５５の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ａ３２／ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ａ３２／ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号５５の配列を含むか、またはこれからなる。
【００８８】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ７分子（ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ７／ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号８〜１２、２６、２８、４２、４３、４５、４６、４８、４９、５６〜５９、６５、６６、７０、７３、７４、８０、８２、８７〜８９、９１、９３〜９７、９９〜１０３、１０９〜１１６、１２０、１２４、１２６、および１２８、好ましくはＭｉＨＡ番号８〜１２、２６、２８、４２、４３、４５、４６、４８、４９、５６〜５９、６５、６６、７０、７３、７４、および８０のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ７／ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ７／ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号８〜１２、２６、２８、４２、４３、４５、４６、４８、４９、５６〜５９、６５、６６、７０、７３、７４、８０、８２、８７〜８９、９１、９３〜９７、９９〜１０３、１０９〜１１６、１２０、１２４、１２６、および１２８、好ましくはＭｉＨＡ番号８〜１２、２６、２８、４２、４３、４５、４６、４８、４９、５６〜５９、６５、６６、７０、７３、７４、および８０の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ７／ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ７／ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００８９】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ８分子（ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ８／ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２５、２７、および７１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であって、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ８／ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ８／ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号２５、２７または７１の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ８／ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ８／ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９０】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ１３分子（ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ１３／ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号６７の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ１３／ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１３／ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号６７の配列を含むか、またはこれからなる。
【００９１】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ１４分子（ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ１４／ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１４、１５、および４４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ１４／ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１４／ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号１４、１５または４４の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ１４／ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ１４／ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９２】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ１５分子（ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ１５／ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３８、４０、７２、および７６のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ１５／ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１５／ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号３８、４０、７２または７６の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ１５／ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ１５／ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９３】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ１８分子（ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ１８／ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、２０、３４、４１、５０、５２、および５４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ１８／ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１８／ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号２、２０、３４、４１、５０、５２または５４の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ１８／ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ１８／ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９４】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ２７分子（ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ２７／ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１、３０、３２、３７、６５、および６８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ２７／ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ２７／ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号１、３０、３２、３７、６５または６８の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ２７／ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ２７／ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９５】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ３５分子（ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ３５／ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号７５の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ３５／ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ３５／ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号７５の配列を含むか、またはこれからなる。
【００９６】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ４０分子（ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ４０／ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、１９、２１、２２、２９、３４、３５、５２、６４、１３０、１３１、および１３３、好ましくはＭｉＨＡ番号２、１９、２１、２２、２９、３４、３５、５２、および６４のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ４０／ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ４０／ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号２、１９、２１、２２、２９、３４、３５、５２、６４、１３０、１３１、および１３３、好ましくはＭｉＨＡ番号２、１９、２１、２２、２９、３４、３５、５２、または６４の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ４０／ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ４０／ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９７】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ４４分子（ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２またはＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号２、４、６、７、１６〜２４、２９、３４、３５、５０〜５３、６３、６４、および７８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号２、４、６、７、１６〜２４、２９、３４、３５、５０〜５３、６３、６４、または７８の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号９２、１０６、１０８、１１７、１２３、１２９、１３２、１３５、１３７、および１３８のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号９２、１０６、１０８、１１７、１２３、１２９、１３２、１３５、１３７、および１３８の配列を含むか、またはこれらからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３結合ＭｉＨＡペプチドのうちの２、３、４つ以上を含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。さらなる実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるすべてのＨＬＡ−Ｂ４４／ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【００９８】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｂ５７分子（ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｂ５７／ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号３４の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｂ５７／ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ５７／ＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号３４の配列を含むか、またはこれからなる。
【００９９】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡ−Ｃ０７分子（ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２アレル）に結合することができるか、またはこれらによって提示され得る。別の態様では、本開示は、本明細書に定義される式Ｉの８〜１４個のアミノ酸のＨＬＡ−Ｃ０７／ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドであって、式中、Ｘ１が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１０４または１０７の少なくとも８つのアミノ酸の配列であり、当該配列が、図示される多型アミノ酸を含む、ＨＬＡ−Ｃ０７／ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＨＬＡ−Ｃ０７／ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡ番号１０４または１０７の配列を含むか、またはこれからなる。一実施形態では、本開示は、本明細書に定義されるＨＬＡ−Ｃ０７／ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２結合ＭｉＨＡペプチドを含む、ペプチドプールまたは組み合わせを提供する。
【０１００】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、遍在的発現を示さない遺伝子に由来する。「遍在的発現を示さない」という表現は、Ｆａｇｅｒｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ２０１４  １３：３９７−４０６からのデータに従って、同文献に開示される全２７個の組織においてＦＰＫＭ＞１０で発現されない遺伝子を指すために本明細書で使用される。
【０１０１】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および国立心肺血液研究所（ＮＨＬＢＩ）エキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）（表ＩＩに記載の）からのデータに従って判定される、少なくとも０．０５のマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．１のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．１のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．１５のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．１５のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．２のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．２のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．２５のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．２５のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．３のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．３のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．３５のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．３５のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．４のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）およびＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．４のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に定義される特徴または特性の任意の組み合わせ／部分的組み合わせを含むＭｉＨＡペプチド、例えば、本明細書に定義される式ＩのＭｉＨＡペプチドであって、ペプチドが、（ｉ）ＨＬＡ−Ａ２分子に結合し、（ｉｉ）遍在的発現を示さない遺伝子に由来し、かつ（ｉｉｉ）ｄｂＳＮＰデータベース（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）からのデータに従って判定される、少なくとも０．１のＭＡＦを有する遺伝子座に由来する、ＭｉＨＡペプチドを提供する。
【０１０３】
概して、ＨＬＡクラスＩの文脈で提示されるペプチドは、約７もしくは８〜約１５、または好ましくは８〜１４個のアミノ酸残基の長さにおいて変化する。本開示の方法のいくつかの実施形態では、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチド配列を含む、より長いペプチドは、細胞によってプロセシングされる抗原提示細胞（ＡＰＣ）などの細胞に人工的に負荷され、ＭｉＨＡペプチドは、ＡＰＣの表面でＭＨＣクラスＩ分子によって提示される。この方法では、１５個のアミノ酸残基より長いペプチド／ポリペプチド（すなわち、本明細書の式Ｉａによって定義されるものなど、ＭｉＨＡ前駆体ペプチド）は、ＡＰＣに負荷され得、ＡＰＣサイトゾル内のプロテアーゼによってプロセシングされ、提示のために本明細書に定義される対応するＭｉＨＡペプチドを提供する。いくつかの実施形態では、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドを作成するために使用される前駆体ペプチド／ポリペプチド（例えば、本明細書に定義される式Ｉａのポリペプチド）は、例えば、１０００、５００、４００、３００、２００、１５０、１００，７５、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、または１５個以下のアミノ酸である。よって、本明細書に記載されるＭｉＨＡペプチドを使用したすべての方法およびプロセスは、細胞（ＡＰＣ）によるプロセシング後の「最後の」８〜１４個のＭｉＨＡペプチドの提示を誘発するための、より長いペプチドまたはポリペプチド（天然タンパク質を含む）、すなわち、ＭｉＨＡ前駆体ペプチド／ポリペプチドの使用を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で述べられたＭｉＨＡペプチドは、ＨＬＡクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）において直接適合するのに十分小さい約８〜１４、８〜１３、または８〜１２個のアミノ酸長さ（例えば、８、９、１０、１１、１２または１３アミノ酸長さ）であるが、１２〜約２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０個のアミノ酸の間でより長い場合もあり、本明細書のＸ１によって定義されるドメインに対応するＭｉＨＡペプチドは、本明細書に説明されるように、プロテアソームおよび／または他のプロテアーゼによる細胞取り込みおよび細胞内プロセシング、ならびにＨＬＡクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）の溝内の提示前の運搬の後にのみＨＬＡ分子によって提示される。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、８〜１４個のアミノ酸、例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個のアミノ酸のアミノ酸配列からなり、配列が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１のうちのいずれか１つの配列である。別の態様では、本開示は、８〜１４個のアミノ酸、例えば、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４個のアミノ酸のアミノ酸配列からなるＭｉＨＡペプチドであって、当該アミノ酸配列が、ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１の配列からなる、ＭｉＨＡペプチドを提供する。一実施形態では、ＭｉＨＡ番号ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のうちの１つの少なくとも８つのアミノ酸は、連続するアミノ酸である。一実施形態では、Ｘ１が、ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のうちのいずれか１つの少なくとも８つのアミノ酸を含むドメインであり、当該配列は、図示される多型アミノ酸を含む。別の実施形態では、Ｘ１が、ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のうちのいずれか１つのアミノ酸を含むか、またはこれらからなる配列である。
【０１０４】
本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、ＭｉＨＡペプチドの合成アナログを調製するためのペプチド化学において使用される天然に生じるアミノ酸ならびに他のアミノ酸（例えば、天然に生じるアミノ酸、天然に生じないアミノ酸、核酸配列によってコードされないアミノ酸など）のＬ体およびＤ体の両方を含む。天然に生じるアミノ酸の例は、グリシン、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、セリン、トレオニンなどである。他のアミノ酸には、例えば、非遺伝子的にコードされた形態のアミノ酸、ならびにＬ−アミノ酸の保存的な置換が含まれる。天然に生じる非遺伝子的にコードされたアミノ酸には、例えば、ベータ−アラニン、３−アミノ−プロピオン酸，２，３−ジアミノプロピオン酸、アルファ−アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）、４−アミノ−酪酸、Ｎ−メチルグリシン（サルコシン）、ヒドロキシプロリン、オルニチン（例えば、Ｌ−オルニチン）、シトルリン、ｔ−ブチルアラニン、ｔ−ブチルグリシン、Ｎ−メチルイソロイシン、フェニルグリシン、シクロヘキシルアラニン、ノルロイシン（Ｎｌｅ）、ノルバリン、２−ナフチルアラニン、ピリジルアラニン、３−ベンゾチエニルアラニン、４−クロロフェニルアラニン、２−フルオロフェニルアラニン、３−フルオロフェニルアラニン、４−フルオロフェニルアラニン、ペニシラミン、１，２，３，４−テトラヒドロ−イソキノリン−３−カルボン酸、ベータ−２−チエニルアラニン、メチオニンスルホキシド、Ｌ−ホモアルギニン（Ｈｏａｒｇ）、Ｎ−アセチルリジン、２−アミノ酪酸、２−アミノ酪酸、２，４，−ジアミノ酪酸（Ｄ−またはＬ−）、ｐ−アミノフェニルアラニン、Ｎ−メチルバリン、ホモシステイン、ホモセリン（ＨｏＳｅｒ）、システイン酸、イプシロン−アミノヘキサン酸、デルタ−アミノバレリアン酸、または２，３−ジアミノ酪酸（Ｄ−またはＬ−）などが含まれる。これらのアミノ酸は、生物化学／ペプチド化学の技術分野においてよく知られている。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、天然に生じるアミノ酸のみ含む。
【０１０５】
実施形態では、本明細書に記載されるＭｉＨＡペプチドは、本明細書で述べられた配列と比較して、機能的に同等のアミノ酸残基の置換を含有する変更された配列を有するペプチドを含む。例えば、配列内の１つ以上のアミノ酸残基は、機能的等価物として作用する類似の極性（類似の物理化学的特性を有する）の別のアミノ酸と置換することができ、沈黙変更（ｓｉｌｅｎｔ  ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ）をもたらす。配列内のアミノ酸の置換は、アミノ酸が所属するクラスの他のメンバーから選択され得る。例えば、正電荷を持つ（塩基性）アミノ酸には、アルギニン、リジン、およびヒスチジン（ならびにホモアルギニンおよびオルニチン）が含まれる。無極性（疎水性）アミノ酸には、ロイシン、イソロイシン、アラニン、フェニルアラニン、バリン、プロリン、トリプトファン、およびメチオニンが含まれる。非電荷極性アミノ酸には、セリン、トレオニン、システイン、チロシン、アスパラギン、およびグルタミンが含まれる。負電荷（酸性）アミノ酸には、グルタミン酸およびアスパラギン酸が含まれる。アミノ酸グリシンは、無極性アミノ酸ファミリーまたは非電荷（中性）極性アミノ酸ファミリーのいずれかに含まれ得る。アミノ酸のファミリー内で行われた置換は、保存的な置換であると一般に理解されている。本明細書で述べられたＭｉＨＡペプチドは、あらゆるＬ−アミノ酸、あらゆるＤ−アミノ酸、またはＬ−アミノ酸とＤ−アミノ酸との混合物を含み得る。一実施形態では、本明細書で述べられたＭｉＨＡペプチドは、あらゆるＬ−アミノ酸を含む。
【０１０６】
一実施形態では、ＭｉＨＡ番号１〜１３８、またはＭｉＨＡ番号１〜８１の配列のうちの１つを含むＭｉＨＡペプチドの配列において、Ｔ細胞受容体との相互作用に実質的に寄与しないアミノ酸残基は、その組み込みがＴ細胞反応性に実質的に影響を与えず、関連するＭＨＣへの結合を除去しない、他のアミノ酸との置換によって修飾され得る。
【０１０７】
ＭｉＨＡペプチドはまた、分解を防いで、安定性、親和性、および／または取り込みを改善するために、Ｎ−および／またはＣ−末端封鎖または修飾され得る。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドのアミノ末端残基（すなわち、Ｎ末端の遊離アミノ基）は、例えば、部分／化学基（Ｚ１）の共有結合によって、修飾される（例えば、分解に対する保護のために）。Ｚ１が、１〜８つの炭素の直鎖もしくは分岐アルキル基、またはアシル基（Ｒ−ＣＯ−）であり得、式中、Ｒは、疎水性部分（例えば、アセチル、プロピオニル、ブタニル、イソ−プロピオニル、またはイソ−ブタニル）、またはアロイル基（Ａｒ−ＣＯ−）であり、式中、Ａｒは、アリール基である。一実施形態では、アシル基は、Ｃ１−Ｃ１６またはＣ３−Ｃ１６アシル基（直鎖または分岐、飽和または不飽和）であり、さらなる実施形態では、飽和Ｃ１−Ｃ６アシル基（直鎖または分岐）または不飽和Ｃ３−Ｃ６アシル基（直鎖または分岐）、例えば、アセチル基（ＣＨ３−ＣＯ−、Ａｃ）である。一実施形態では、Ｚ１は不在である。ＭｉＨＡペプチドのカルボキシ末端残基（すなわち、ＭｉＨＡペプチドのＣ−末端の遊離カルボキシ基）は、例えば、アミド化（ＮＨ２基によるＯＨ基の置換）によって修飾され得（例えば、分解に対する保護のために）、よって、そのような場合、Ｚ２はＮＨ２基である。一実施形態では、Ｚ２は、ヒドロキサメート基、ニトリル基、アミド（第１級、第２級、または第３級）基、メチルアミン、イソ−ブチルアミン、イソ−バレリルアミン、もしくはシクロヘキシルアミンなどの１〜１０個の炭素の脂肪族アミン、アニリン、ナフチルアミン、ベンジルアミン、シンナミルアミン、もしくはフェニルエチルアミンなどの芳香族もしくはアリールアルキルアミン、アルコール、またはＣＨ２ＯＨであり得る。一実施形態では、Ｚ２は不在である。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドが、表Ｉに記載の配列番号１〜１３８または１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のうちの１つを含む。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドが、表Ｉに記載の配列番号１〜１３８または１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のうちの１つからなり、すなわち、Ｚ１およびＺ２は不在である。
【０１０８】
本開示のＭｉＨＡペプチドは、ＭｉＨＡペプチド（組み換え発現）をコードする核酸を含む宿主細胞における発現によって、または化学合成（例えば、固相ペプチド合成）によって生成され得る。ペプチドは、当該技術分野でよく知られている手動および／または自動化固相手順によって容易に合成することができる。好適な合成は、例えば、「Ｔ−ｂｏｃ」または「Ｆｍｏｃ」手順を利用することによって行うことができる。固相合成のための技術および手順は、例えば、Ｓｏｌｉｄ  Ｐｈａｓｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｂｙ  Ｅ．Ａｔｈｅｒｔｏｎ  ａｎｄ  Ｒ．Ｃ．Ｓｈｅｐｐａｒｄ，ｐｕｂｌｉｓｈｅｄ  ｂｙ  ＩＲＬ，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９８９に記載されている。代替的に、ＭｉＨＡペプチドは、例えば、Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．３７：９３３−９３６，１９９６；Ｂａｃａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１７：１８８１−１８８７，１９９５；Ｔａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．４５：２０９−２１６，１９９５；Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ  ａｎｄ  Ｋｅｎｔ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２５６：２２１−２２５，１９９２；Ｌｉｕ  ａｎｄ  Ｔａｍ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１１６：４１４９−４１５３，１９９４；Ｌｉｕ  ａｎｄ  Ｔａｍ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：６５８４−６５８８，１９９４；ａｎｄ  Ｙａｍａｓｈｉｒｏ  ａｎｄ  Ｌｉ，Ｉｎｔ．Ｊ．Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ．３１：３２２−３３４，１９８８）に記載されるような、区分濃縮の方法によって調製され得る。ＭｉＨＡペプチドを合成するのに有用な他の方法は、Ｎａｋａｇａｗａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１０７：７０８７−７０９２，１９８５に記載されている。一実施形態では、式ＩまたはＩａのＭｉＨＡペプチドは、化学的に合成される（合成ペプチド）。本開示の別の実施形態は、天然に生じないペプチドであって、本明細書に定義されるアミノ酸配列からなるか、または本質的にこれらからなり、薬学的に許容可能な塩として合成により生成されている（例えば、合成されている）、天然に生じないペプチドに関する。本開示によるペプチドの塩は、インビボで作成されるペプチドが塩を有しないので、インビボでのそれらの状態（複数可）においてペプチドとは実質的に異なる。非天然塩形態のペプチドは、具体的には、ペプチド、例えば、本明細書に開示されるペプチドワクチンを含む医薬組成物の文脈において、ペプチドの溶解度を調節することができる。好ましくは、塩は、ペプチドの薬学的に許容可能な塩である。
【０１０９】
一実施形態では、本明細書で述べられたＭｉＨＡペプチドは、実質的に純粋である。化合物は、それを天然に伴う成分から分離されたときに「実質的に純粋」である。典型的に、化合物は、試料中の総材料の重量当たり、少なくとも６０％、より一般には、７５％、８０％、または８５％、好ましくは９０％超、およびより好ましくは９５％超であるときに実質的に純粋である。よって、例えば、組み換え技術によって化学的に合成または生成されるポリペプチドは、一般に、その天然に付随する成分、例えば、その源高分子の成分を実質的に含まないであろう。核酸分子は、核酸が由来する有機体の天然に生じるゲノムにおいて正常に連続しているコード配列と直後に連続しない（すなわち、共有結合されていない）ときに実質的に純粋である。実質的に純粋な化合物は、例えば、天然源からの抽出によるか、ペプチド化合物をコードする組み換え核酸分子の発現によるか、または化学合成によって得られ得る。純度は、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、ＨＰＬＣなどの任意の適切な方法を使用して測定することができる。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、溶液中にある。別の実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、固形形態であり、例えば、凍結乾燥されている。
【０１１０】
別の態様では、本開示は、本明細書で述べられたＭｉＨＡペプチドまたはＭｉＨＡ前駆体−ペプチドをコードする核酸（単離）をさらに提供する。一実施形態では、核酸は、約２１ヌクレオチド〜約４５ヌクレオチド、約２４〜約４５ヌクレオチド、例えば、２４、２７、３０、３３、３６、３９、４２または４５ヌクレオチドを含む。本明細書で使用される場合、「単離」とは、分子または天然に生じる源高分子の自然環境において存在する他の成分（例えば、他の核酸、タンパク質、脂質、砂糖などを含む）から分離されたペプチドまたは核分子を指す。本明細書で使用される場合、「合成」とは、例えば、組み換え技術を通して、または化学合成を使用して生成される、その天然源から単離されていないペプチドまたは核分子を指す。本開示の核酸は、本開示のＭｉＨＡペプチドの組み換え発現のために使用することができ、宿主細胞にトランスフェクトされ得るクローニングベクターまたは発現ベクターなどのベクターまたはプラスミド内に含まれ得る。一実施形態では、本開示は、本開示のＭｉＨＡペプチドをコードする核酸配列を含むクローニングもしくは発現ベクターまたはプラスミドを提供する。代替的に、本開示のＭｉＨＡペプチドをコードする核酸は、宿主細胞のゲノムに組み込まれ得る。いずれにしても、宿主細胞は、核酸によってコードされたＭｉＨＡペプチドまたはタンパク質を発現する。本明細書で使用される場合、「宿主細胞」という用語は、特定の対象細胞のみならず、そのような細胞の子孫または潜在的子孫を指す。宿主細胞は、本明細書に記載されるＭｉＨＡペプチドを発現することができる任意の原核細胞（例えば、大腸菌）または真核細胞（例えば、昆虫細胞，酵母菌、または哺乳動物細胞）であり得る。ベクターまたはプラスミドは、挿入されたコード配列の転写および翻訳のために必要な要素を含有し、耐性遺伝子、クローニング部位などの他の構成要素を含有し得る。当業者によく知られている方法を使用して、ペプチドまたはポリペプチドをコードする配列、ならびにこれに操作可能に結合された適切な転写および翻訳制御／調節要素を含有する発現ベクターを構築することができる。これらの方法には、インビトロで組み換えＤＮＡ技術、合成技術、およびインビボでの遺伝子組み換えが含まれる。そのような技術は、Ｓａｍｂｒｏｏｋ．ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ，Ｐｌａｉｎｖｉｅｗ，Ｎ．Ｙ．、およびＡｕｓｕｂｅｌ，Ｆ．Ｍ．ｅｔ  ａｌ．（１９８９）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．に記載されている。「操作可能に結合された」とは、成分の正常な機能を行うことができるような、成分の並置、特にヌクレオチド配列を指す。よって、調節配列に操作可能に結合されたコード配列は、コード配列が調節配列の調節制御、すなわち、転写および／または翻訳制御下で発現され得る、ヌクレオチド配列の構成を指す。本明細書で使用される場合、「調節／制御領域」または「調節／制御配列」とは、コード核酸の発現の調整��関わる非コードヌクレオチド配列を指す。よって、調節領域という用語は、プロモーター配列、調節タンパク質結合部位、上流活性化因子配列などを含む。
【０１１１】
別の態様では、本開示は、ＭｉＨＡペプチドを含む（すなわち、これを提示するか、またはこれに結合される）ＭＨＣクラスＩ分子を提供する。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ａ１分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ａ３分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ａ１１分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ａ２４分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ａ２９分子である。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ａ３２分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２またはＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ４４分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ７分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ８分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１３分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１４分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１５分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ１８分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ２７分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ３５分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｂ４０分子である。別の実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子は、ＨＬＡ−Ｃ＊０７：０２分子のさらなる実施形態では、ＨＬＡ−Ｃ０７分子である。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子に非共有結合される（すなわち、ＭｉＨＡペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子のペプチド結合溝／ポケットに負荷されるか、または非共有結合される）。別の実施形態では、ＭｉＨＡペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）に共有結合（ａｔｔａｃｈｅｄ）／結合（ｂｏｕｎｄ）される。そのような構築物において、ＭｉＨＡペプチドおよびＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）は、典型的には短い（例えば、５〜２０個の残基、好ましくは約８〜１２個、例えば、１０個）可動性リンカーまたはスペーサー（例えば、ポリグリシンリンカー）を有する、合成融合タンパク質として生成される。別の態様では、本開示は、ＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）に融合された本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドを含む融合タンパク質をコードする核酸を提供する。一実施形態では、ＭＨＣクラスＩ分子（アルファ鎖）−ペプチド複合体は多量体化される。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書で述べられたＭｉＨＡペプチドで負荷された（共有的にまたは非共有的に）ＭＨＣクラスＩ分子の多量体を提供する。そのような多量体は、多量体の検出を可能にするタグ、例えば蛍光タグに付着され得る。ＭＨＣ二量体、四量体、五量体、八量体などを含むＭＨＣ多量体の生成のために、多数の戦略が開発されている（Ｂａｋｋｅｒ  ａｎｄ  Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｏｐｉｎｉｏｎ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ２００５，１７：４２８−４３３で検討されている）。ＭＨＣ多量体は、例えば、抗原特異的Ｔ細胞の検出および精製に有用である。よって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドに特異的なＣＤ８＋Ｔリンパ球を検出または精製（単離、濃縮）するための方法であって、ＭｉＨＡペプチドで負荷された（共有的にまたは非共有的に）ＭＨＣクラスＩ分子の多量体と細胞集団を接触させること、およびＭＨＣクラスＩ多量体によって結合されたＣＤ８＋Ｔリンパ球を検出または単離することを含む、方法を提供する。ＭＨＣクラスＩ多量体によって結合されたＣＤ８＋Ｔリンパ球は、既知の方法、例えば、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）または磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）を使用して単離され得る。
【０１１２】
また別の態様では、本開示は、細胞（例えば、宿主細胞）、一実施形態では、本明細書で述べられた本開示の核酸、ベクター、またはプラスミド、すなわち、１つ以上のＭｉＨＡペプチドをコードする核酸またはベクターを含む、単離された細胞を提供する。別の態様では、本開示は、本開示によるＭｉＨＡペプチドに結合されるか、またはこれを提示するＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）をその表面に発現する細胞を提供する。一実施形態では、宿主細胞は、哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞、細胞株、または不死化細胞などの真核細胞である。別の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。一実施形態では、宿主細胞は、初代細胞、細胞株、または不死化細胞である。別の実施形態では、細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。核酸およびベクターは、従来の形質転換またはトランスフェクション技術を介して細胞に導入され得る。「形質転換」および「トランスフェクション」という用語は、リン酸カルシウムまたは塩化カルシウム共沈、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介性トランスフェクション、リポフェクション、電気穿孔、マイクロ注入、およびウイルス媒介性トランスフェクションを含む、外来核酸を宿主細胞に導入するための技術を指す。宿主細胞を形質転換またはトランスフェクトするのに好適な方法は、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（上記を参照）、および他の実験室マニュアルに見出され得る。核酸をインビボで哺乳動物細胞に導入するための方法も知られており、遺伝子療法のために本開示のベクターＤＮＡを対象に送達するために使用することができる。
【０１１３】
ＡＰＣなどの細胞は、当該技術分野で知られている様々な方法を使用して１つ以上のＭｉＨＡペプチドで負荷され得る。本明細書で使用される場合、ＭｉＨＡペプチドで「細胞を負荷する」とは、ＭｉＨＡペプチドをコードするＲＮＡもしくはＤＮＡ、もしくはＭｉＨＡペプチドが細胞にトランスフェクトされていること、または代替的に、ＡＰＣがＭｉＨＡペプチドをコードする核酸で形質転換されることを意味する。細胞はまた、細胞表面（例えば、ペプチドパルス細胞）に存在するＭＨＣクラスＩ分子に直接結合し得る外因性ＭｉＨＡペプチドと細胞を接触させることによって負荷され得る。ＭｉＨＡペプチドはまた、ＭＨＣクラスＩ分子によってその提示を促進するドメインまたはモチーフに、例えば、小胞体（ＥＲ）検索シグナル、Ｃ末端Ｌｙｓ−Ａｓｐ−Ｇｌｕ−Ｌｅｕ配列（Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００４  Ｄｅｃ；３４（１２）：３５８２−９４を参照されたい）に融合され得る。
【０１１４】
組成物
別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチド（または当該ペプチド（複数可）をコードする核酸）のうちのいずれか１つまたは任意の組み合わせを含む、組成物またはペプチドの組み合わせ／プールを提供する。一実施形態では、組成物は、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドの任意の組み合わせ（例えば、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１〜１３８または１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１の任意の組み合わせ）、または当該ＭｉＨＡペプチドをコードする核酸の組み合わせ）を含む。例えば、組成物は、ＭｉＨＡ番号１に対応する第１のＭｉＨＡペプチドおよびＭｉＨＡ番号２に対応する第２のＭｉＨＡペプチドを含み得る。本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドの任意の組み合わせ／部分的組み合わせを含む組成物が本開示によって包含される。別の実施形態では、組み合わせまたはプールは、ＰＣＴ公開第ＷＯ／２０１６／１２７２４９号および同第ＷＯ／２０１４／０２６２７７号、Ｓｐａａｐｅｎ  ａｎｄ  Ｍｕｔｉｓ，Ｂｅｓｔ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ＆Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ，２１（３）：５４３−５５７、ならびにＡｋａｔｓｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｃｉ，９８（８）：１１３９−１１４６，２００７に開示されるＭｉＨＡなどの１つ以上の既知のＭｉＨＡを含み得る（図１Ａ〜１Ｄを参照されたい）。一実施形態では、組成物またはペプチドの組み合わせ／プールは、少なくとも２、３、４、５、６，７、８、９、または１０個のＭｉＨＡペプチドを含み、当該ＭｉＨＡペプチドのうちの少なくとも１つは、ＭｉＨＡ番号１〜１３８または１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１を含む。一実施形態では、組成物またはペプチドの組み合わせ／プールは、同じＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）に結合する少なくとも２、３、４、５、６，７、８、９、または１０個のＭｉＨＡペプチドを含む。さらなる実施形態では、ＭｉＨＡペプチドを提示するＭＨＣクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）は、細胞、例えば、ＡＰＣの表面に発現される。一実施形態では、本開示は、ＭＨＣクラスＩ分子に結合された１つ以上のＭｉＨＡペプチドで負荷されるＡＰＣを提供する。またさらなる実施形態では、本開示は、単離されたＭＨＣクラスＩ／ＭｉＨＡペプチド複合体を提供する。
【０１１５】
よって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチド、およびＭＨＣクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）を発現する細胞のうちのいずれか１つまたは任意の組み合わせを含む、組成物を提供する。本開示に使用するためのＡＰＣは、特定のタイプの細胞に限定されるものではなく、ＣＤ８＋Ｔリンパ球によって認識されるように、それらの細胞表面上にタンパク質性抗原を提示することが知られている、樹状細胞（ＤＣ）、ランゲルハンス細胞、マクロファージ、およびＢ細胞などの専門的ＡＰＣを含む。例えば、ＡＰＣは、末梢血単球からＤＣを誘発し、次に、インビトロ、エクスビボまたはインビボのいずれかで、ＭｉＨＡペプチドに接触する（これを刺激する）ことによって得ることができる。ＡＰＣはまた、本開示のＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上が対象に投与されるＭｉＨＡペプチドをインビボで提示するように活性化され得、ＭｉＨＡペプチドを提示するＡＰＣは、対象の体内で誘発される。「ＡＰＣを含む」または「ＡＰＣを刺激する」という語句は、ＭｉＨＡペプチドがＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）によってその表面に提示されるように、１つ以上のＭｉＨＡペプチド、またはＭｉＨＡペプチドをコードする核酸と細胞を接触させるか、またはこれで細胞を負荷することを含む。本明細書で留意されるように、本開示によると、ＭｉＨＡペプチドは、例えば、ＭｉＨＡの配列を含むより長いペプチド／ポリペプチド（天然タンパク質を含む）を使用して間接的に負荷され得、次に、ＡＰＣの内側でプロセシングされて（例えば、プロテアーゼによって）、細胞の表面にＭｉＨＡペプチド／ＭＨＣクラスＩ複合体を作成する。ＡＰＣをＭｉＨＡペプチドで負荷し、ＡＰＣがＭｉＨＡペプチドを提示することを可能にした後、ＡＰＣをワクチンとして対象に投与することができる。例えば、エクスビボでの投与は、（ａ）第１の対象からＡＰＣを回収するステップと、（ｂ）ステップ（ａ）のＡＰＣをＭｉＨＡペプチドと接触／負荷させて、ＡＰＣの表面にＭＨＣクラスＩ／ＭｉＨＡペプチド複合体を形成するステップと、（ｃ）ペプチド負荷されたＡＰＣを、治療を必要とする第２の対象に投与するステップと、を含み得る。
【０１１６】
第１の対象および第２の対象は、同じ対象（例えば、自己ワクチン）であり得るか、または異なる対象（例えば、同種ワクチン）であり得る。代替的に、本開示によると、抗原提示細胞を誘発するための組成物（例えば、医薬組成物）を製造するための本明細書に記載されるＭｉＨＡペプチド（またはその組み合わせ）の使用が提供される。加えて、本開示は、抗原提示細胞を誘発するための医薬組成物を製造するための方法またはプロセスであって、方法またはプロセスが、ＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせを薬学的に許容可能な担体と混合または配合するステップを含む、方法またはプロセスを提供する。本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちのいずれか１つまたは任意の組み合わせで負荷されたＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）を発現するＡＰＣなどの細胞は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球、例えば、自己ＣＤ８＋Ｔリンパ球を刺激／増幅するために使用され得る。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチド（またはそれをコードする核酸もしくはベクター）、ＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、および／またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）およびＴリンパ球を発現する細胞、より具体的には、ＣＤ８＋Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球を含む細胞集団）のうちのいずれか１つまたは任意の組み合わせを含む組成物を提供する。
【０１１７】
一実施形態では、組成物は、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または媒体（例えば、培地）をさらに含む。さらなる実施形態では、緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または媒体は、薬学的に許容可能な緩衝液（複数可）、賦形剤（複数可）、担体（複数可）、希釈剤（複数可）、および／または媒体（培地）である。本明細書で使用される場合、「薬学的に許容可能な緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または媒体」には、生理学的に適合性であり、活性成分（複数可）の生物活性の有効性を阻害せず、対象に対して有毒でない、任意のあらゆる溶媒、緩衝液、結合剤、潤滑剤、充填剤、増粘剤、崩壊剤、可塑剤、被覆剤、障壁層配合物、潤滑剤、安定剤、放出遅延剤、分散媒質、被覆剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤などが含まれる。医薬活性物質のためのそのような培地および薬剤の使用は、当該技術分野でよく知られている（Ｒｏｗｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，２００３，４ｔｈ  ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ  ＵＫ）。任意の従来の培地または薬剤が活性化合物（ペプチド、細胞）と不適合である限りを除いて、本開示の組成物におけるそれらの使用が考えられる。一実施形態では、緩衝液、賦形剤、担体、および／または媒体は、天然に生じない緩衝液、賦形剤、担体、および／または媒体である。
【０１１８】
別の態様では、本開示は、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチド（または当該ペプチド（複数可）をコードする核酸）のうちのいずれか１つまたは任意の組み合わせ、ならびに緩衝液、賦形剤、担体、希釈剤、および／または媒体のうちの１つ以上を含む組成物を提供する。細胞（例えば、ＡＰＣ、Ｔリンパ球）を含む組成物について、組成物は、生細胞の維持を可能にする好適な媒体を含む。そのような培地の代表的な例としては、生理食塩水、Ｅａｒｌの緩衝塩類溶液（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））、またはＰｌａｓｍａＬｙｔｅ（登録商標）（Ｂａｘｔｅｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ（登録商標））が挙げられる。一実施形態では、組成物（例えば、医薬組成物）は、「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」、または「ワクチン」である。本明細書で使用される場合、「免疫原性組成物」、「ワクチン組成物」、または「ワクチン」という用語は、１つ以上のＭｉＨＡペプチドまたはワクチンベクターを含み、対象に投与されたときに内部に存在する１つ以上のＭｉＨＡペプチドに対する免疫反応を誘発することができる組成物または配合物を指す。哺乳動物における免疫反応を誘発するためのワクチン接種方法は、ワクチンの分野で知られている任意の従来の経路によって、例えば、粘膜（例えば、眼球、経鼻、経肺、経口、胃、腸管、直腸、膣、または尿路）表面を介して、非経口（例えば、皮下、皮内、筋肉内、静脈内、または腹腔内）経路を介して、または局所投与によって（例えば、パッチなどの経皮送達システムを介して）投与されるワクチンまたはワクチンベクターの使用を含む。一実施形態では、ＭｉＨＡペプチド（またはその組み合わせ）は、ＭｉＨＡペプチド（複数可）の免疫原性を増加させるために担体タンパク質（接合ワクチン）に接合される。よって、本開示は、ＭｉＨＡペプチド（またはその組み合わせ）および担体タンパク質を含む組成物（接合体）を提供する。例えば、ＭｉＨＡペプチド（複数可）は、トール様受容体（ＴＬＲ）リガンド（例えば、Ｚｏｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｄｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１２，１１４：１７７−２０１を参照されたい）またはポリマー／デンドリマー（例えば、Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．２０１３  Ａｕｇ  １２；１４（８）：２７９８−８０６を参照されたい）に接合され得る。一実施形態では、免疫原性組成物またはワクチンは、補助剤をさらに含む。「補助剤」とは、抗原などの免疫原性（本開示によるＭｉＨＡペプチドおよび／または細胞）に添加されたときに、混合物への曝露時に、宿主内の薬剤に対する免疫反応を非特異的に向上または増強する物質を指す。ワクチンの分野で現在使用されている補助剤の例としては、（１）無機塩（リン酸アルミニウムおよび水酸化アルミニウム、リン酸カルシウムゲルなどのアルミニウム塩）、スクアレン、（２）油乳剤および界面活性剤系配合物などの油系補助剤、例えば、ＭＦ５９（微小流体化された洗浄剤で安定化された水中油型乳剤）、ＱＳ２１（精製サポニン）、ＡＳ０２［ＳＢＡＳ２］（水中油型乳剤＋ＭＰＬ＋ＱＳ−２１）、（３）粒子状補助剤、例えば、ビロソーム（インフルエンザの血球凝集素を組み込む単層リポソームビヒクル）、ＡＳ０４（ＭＰＬを有する［ＳＢＡＳ４］アルミニウム塩）、ＩＳＣＯＭＳ（サポニンおよび脂質の構造複合体）、ポリラクチド−コ−グリコリド（ＰＬＧ）、（４）微生物誘導体（天然および合成）、例えば、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、デトックス（ＭＰＬ＋Ｍ．フレイ細胞壁骨格）、ＡＧＰ［ＲＣ−５２９］（合成アシル化単糖類）、ＤＣ＿Ｃｈｏｌ（リポソームに自己組織化することができるリポイド免疫刺激剤）、ＯＭ−１７４（脂質Ａ誘導体）、ＣｐＧモチーフ（免疫刺激ＣｐＧモチーフを含有する合成オリゴヌクレオチド）、修飾ＬＴおよびＣＴ（無毒補助剤効果を提供するように遺伝子組み換えされた細菌毒素）、（５）内因性ヒト免疫調節剤、例えば、ｈＧＭ−ＣＳＦもしくはｈＩＬ−１２（コードされたタンパク質またはプラスミドのいずれかとして投与され得るサイトカイン）、Ｉｍｍｕｄａｐｔｉｎ（Ｃ３ｄタンデムアレイ）、ならびに／または（６）金粒子などの不活性ビヒクルなどが挙げられる。
【０１１９】
一実施形態では、ＭｉＨＡペプチド（複数可）またはそれを含む組成物は、凍結乾燥形態である。別の実施形態では、ＭｉＨＡペプチド（複数可）またはそれを含む組成物は、液体組成物である。さらなる実施形態では、ＭｉＨＡペプチド（複数可）は、組成物中に約０．０１μｇ／ｍＬ〜約１００μｇ／ｍＬの濃度である。さらなる実施形態では、ＭｉＨＡペプチド（複数可）は、組成物中に約０．２μｇ／ｍＬ〜約５０μｇ／ｍＬ、約０．５μｇ／ｍＬ〜約１０、２０、３０、４０、もしくは５０μｇ／ｍＬ、約１μｇ／ｍＬ〜約１０μｇ／ｍＬ、または約２μｇ／ｍＬの濃度である。
【０１２０】
ＭｉＨＡ特異的ＴＣＲおよびＴリンパ球
本明細書で留意されるように、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチドのうちのいずれか１つまたは任意の組み合わせで負荷されるか、またはこれらに結合される、ＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、および／またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）を発現するＡＰＣなどの細胞は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球をインビボでまたはエクスビボで刺激／増幅するために使用され得る。したがって、別の態様では、本開示は、本明細書で述べられたＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体と相互作用または結合することができるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）分子、およびそのようなＴＣＲ分子をコードする核酸分子、ならびにそのような核酸分子を含むベクターを提供する。本開示によるＴＣＲは、ＭＨＣクラスＩ分子（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）上で負荷されるか、またはこれによって提示されるＭｉＨＡペプチドと、好ましくは生細胞の表面でインビトロまたはインビボで、特異的に相互作用するか、または結合することができる。ＴＣＲおよび具体的には本開示のＴＣＲをコードする核酸は、例えば、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）またはＭＨＣクラスＩ  ＭｉＨＡペプチド複合体を特異的に認識する新規Ｔリンパ球クローンを作成する他のタイプのリンパ球を遺伝子的に形質転換／修飾するために適用され得る。特定の実施形態では、患者から得られたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）は、ＭｉＨＡペプチドを認識する１つ以上のＴＣＲを発現するように形質転換され、形質転換された細胞は、患者に投与される（自己細胞輸血）。特定の実施形態では、ドナーから得られたＴリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）は、ＭｉＨＡペプチドを認識する１つ以上のＴＣＲを発現するように形質転換され、形質転換された細胞は、レシピエントに投与される（同種細胞輸血）。別の実施形態では、本開示は、Ｔリンパ球、例えば、ＭｉＨＡペプチド−特異的ＴＣＲをコードするベクターまたはプラスミドによって形質転換／トランスフェクトされたＣＤ８＋Ｔリンパ球を提供する。さらなる実施形態では、本開示は、ＭｉＨＡ特異的ＴＣＲで形質転換された自己細胞または同種細胞で患者を治療する方法を提供する。またさらなる実施形態では、癌を治療するための自己細胞または同種細胞の製造におけるＭｉＨＡ特異的ＴＣＲの使用が提供される。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、本開示の組成物（例えば、医薬組成物）で治療される患者は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＬ）、同種リンパ球点滴、または自己リンパ球点滴での治療前または後に治療される。本開示の組成物には、ＭｉＨＡペプチドに対してエクスビボで活性化された同種Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、ＭｉＨＡペプチドで負荷された同種もしくは自己ＡＰＣワクチン、ＭｉＨＡペプチドワクチンおよび同種もしくは自己Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）、またはＭｉＨＡ特異的ＴＣＲで形質転換されたリンパ球が含まれる。本開示によるＭｉＨＡペプチドを認識することができるＴリンパ球クローンを提供するための方法は、対象（例えば、移植片レシピエント）、例えば、ＡＳＣＴおよび／またはドナーリンパ球点滴（ＤＬＩ）レシピエントにおいてＭｉＨＡを発現する腫瘍細胞のために作成され得、これを特異的に標的とし得る。したがって、本開示は、ＭｉＨＡペプチド／ＭＨＣクラスＩ分子複合体を特異的に認識するか、またはこれに結合することができるＴ細胞受容体をコードおよび発現するＣＤ８＋Ｔリンパ球を提供する。当該Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球）は、組み換え（改変）または天然に選択されるＴリンパ球であり得る。よって、本明細書は、本開示のＣＤ８＋Ｔリンパ球を生成するための少なくとも２つの方法であって、インビトロで、またはインビボで（すなわち、ＡＰＣがＭｉＨＡペプチドで負荷されるＡＰＣワクチンを投与された患者内で、またはＭｉＨＡペプチドワクチンで治療された患者内で）行われ得る、Ｔ細胞活性化および拡大をトリガする導電性条件下で未分化リンパ球をＭｉＨＡペプチド／ＭＨＣクラスＩ分子複合体（典型的には、ＡＰＣなどの細胞の表面に発現される）と接触させるステップを含む、方法を提供する。ＭＨＣクラスＩ分子に結合されたＭｉＨＡペプチドの組み合わせまたはプールを使用して、複数のＭｉＨＡペプチドを認識することができる集団ＣＤ８＋Ｔリンパ球を作成することが可能である。代替的に、ＭｉＨＡ特異的または標的化Ｔリンパ球は、ＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡ複合体（すなわち、改変または組み換えＣＤ８＋Ｔリンパ球）に特異的に結合するＴＣＲ（より具体的には、アルファ鎖およびベータ鎖）をコードする１つ以上の核酸（遺伝子）をクローニングすることによって、インビトロで、またはエクスビボで生成／作成され得る。本開示のＭｉＨＡ特異的ＴＣＲをコードする核酸は、ＭｉＨＡペプチドに対して活性化されたＴリンパ球からエクスビボで（例えば、ＭｉＨＡペプチドで負荷されたＡＰＣにより）、またはペプチド／ＭＨＣ分子複合体に対して免疫反応を示す個体から、当該技術分野で知られている方法を使用して得られ得る。本開示のＭｉＨＡ特異的ＴＣＲは、移植片レシピエントまたは移植片ドナーから得られた宿主細胞および／または宿主リンパ球において組み換え発現され、任意選択的に、インビトロで分化されて、細胞毒性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）を提供し得る。ＴＣＲアルファ鎖およびベータ鎖をコードする核酸（複数可）（導入遺伝子（複数可））は、トランスフェクション（例えば、電気穿孔）または形質導入（例えば、ウイルスベクターを使用した）などの任意の好適な方法を使用して、Ｔ細胞（例えば、治療される対象または別の個体由来の）に導入され得る。ＭｉＨＡに特異的なＴＣＲを発現する改変ＣＤ８＋Ｔリンパ球は、よく知られている培養方法を使用して、インビトロで拡大され得る。
【０１２２】
本開示は、ＭｉＨＡペプチド（すなわち、細胞の表面に発現されたＭＨＣクラスＩ分子に結合されるＭｉＨＡペプチド）、またはＭｉＨＡペプチドの組み合わせによって、特異的に誘発、活性化、および／または増幅（拡大）される単離されたＣＤ８＋Ｔリンパ球を提供する。本開示はまた、本開示によるＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせ（すなわち、ＭＨＣクラスＩ分子に結合された１つ以上のＭｉＨＡペプチド）および当該ＭｉＨＡペプチド（複数可）を認識することができるＣＤ８＋Ｔリンパ球を含む組成物を提供する。別の態様では、本開示は、本明細書に記載される１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体（複数可）を特異的に認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球において濃縮された細胞集団または細胞培養（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球集団）を提供する。そのような濃縮された集団は、本明細書に開示されるＭｉＨＡペプチドのうちの１つ以上で負荷された（例えば、これらを提示する）ＭＨＣクラスＩ分子を発現するＡＰＣなどの細胞を使用して特異的Ｔリンパ球のエクスビボでの拡大を行うことによって得られ得る。本明細書で使用される場合、「濃縮された」とは、集団内のＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の比率が天然細胞集団と比較して有意に高い、すなわち、特異的Ｔリンパ球のエクスビボでの拡大のステップに供されないことを意味する。さらなる実施形態では、細胞集団内のＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の比率は、少なくとも約０．５％、例えば、少なくとも約１％、１．５％、２％、または３％である。いくつかの実施形態では、細胞集団内のＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の比率は、約０．５〜約１０％、約０．５〜約８％、約０．５〜約５％、約０．５〜約４％、約０．５〜約３％、約１％〜約５％、約１％〜約４％、約１％〜約３％、約２％〜約５％、約２％〜約４％、約２％〜約３％、約３％〜約５％、または約３％〜約４％である。対象となる１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ペプチド（ＭｉＨＡ）複合体（複数可）を特異的に認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球において濃縮されたそのような細胞集団または培養物（例えば、ＣＤ８＋Ｔリンパ球集団）が、以下に詳述されるように、ＭｉＨＡに基づく癌免疫療法において使用され得る。いくつかの実施形態では、ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の集団は、例えば、本明細書に定義されるＭｉＨＡペプチド（複数可）で負荷された（共有的にまたは非共有的に）ＭＨＣクラスＩ分子の多量体などの親和性に基づくシステムを使用して、さらに濃縮される。よって、本開示は、ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の精製または単離された集団であって、例えば、ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の比率が、少なくとも約５０％、６０％，７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％である、ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の精製または単離された集団を提供する。
【０１２３】
ＭｉＨＡに基づく癌免疫療法
本開示はさらに、任意のペプチド、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、および／もしくは本開示による組成物、または任意のそれらの組み合わせの、薬品としてのまたは薬品の製造における使用に関する。一実施形態では、薬品は、癌の治療のためのものであり、例えば、癌ワクチンである。本開示は、癌の治療における、例えば、癌ワクチンとしての使用のための、任意のペプチド、核酸、発現ベクター、Ｔ細胞受容体、細胞（例えば、Ｔリンパ球、ＡＰＣ）、および／もしくは本開示による組成物（例えば、ワクチン組成物）、または任意のそれらの組み合わせに関する。本明細書で同定されたＭｉＨＡペプチド配列は、ｉ）移植（ＡＨＣＴ）レシピエントに注入されるＭｉＨＡ特異的Ｔ細胞のインビトロでの感作および拡大のために、および／またはｉｉ）移植後のＭｉＨＡ特異的Ｔ細胞のレシピエントにおける移植片対腫瘍効果（ＧｖＴＥ）を強化するためのワクチンとして使用される合成ペプチドの生成のために使用され得る。本開示によって提供される治療方法であるＭｉＨＡ標的化癌免疫療法の潜在的な影響力は、顕著である。血液癌（例えば、白血病、リンパ腫、および骨髄腫）について、抗ＭｉＨＡＴ細胞の使用は、ＧｖＨＤを引き起こさずに、優れた抗腫瘍活性を提供することによって、従来のＡＨＣＴを置換し得る。それは、それらのリスク／利益（ＧｖＨＤ／ＧＶＴ）比が過度に高いため、従来のＡＨＣＴによっては治療することができない血液悪性腫瘍を有する多くの患者に有益であり得る。最後に、マウスにおける研究は、ＭｉＨＡ標的化免疫療法が固形腫瘍の治療のために有効であり得ることを示しているため、ＭｉＨＡに基づく癌免疫療法は、固形癌などの非血液癌のＭｉＨＡ標的化療法のために使用することができる。一実施形態では、癌は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、有毛細胞白血病（ＨＣＬ）、Ｔ細胞前リンパ球性白血病（Ｔ−ＰＬＬ）、大型顆粒リンパ球性白血病または成人Ｔ細胞白血病を含むがこれらに限定されない白血病である。別の実施形態では、癌は、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、バーキットリンパ腫、前駆体Ｔ細胞白血病／リンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、外套細胞リンパ腫、Ｂ細胞慢性リンパ球性白血病／リンパ腫またはＭＡＬＴリンパ腫を含むがこれらに限定されないリンパ腫である。さらなる実施形態では、癌は、形質細胞骨髄腫、骨髄腫症、およびカーレル病を含むがこれらに限定されない骨髄腫（多発性骨髄腫）である。
【０１２４】
別の態様では、本開示は、本明細書に記載されるＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせ（例えば、ペプチドプール）の、対象において癌を治療するためのワクチンとしての使用を提供する。本開示はまた、対象において癌を治療するためのワクチンとしての使用のための、本明細書に記載されるＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせ（例えば、ペプチドプール）を提供する。一実施形態では、対象は、ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球のレシピエントである。したがって、別の態様では、本開示は、癌を治療する（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷する）方法であって、１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体（ＡＰＣなどの細胞の表面に発現される）を認識する（すなわち、これらに結合するＴＣＲを発現する）有効量のＣＤ８＋Ｔリンパ球を、それを必要とする対象に投与（注入）することを含む、方法を提供する。一実施形態では、本方法は、有効量のＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせ、および／またはＭｉＨＡペプチド（複数可）で負荷されたＭＨＣクラスＩ分子（複数可）を発現する細胞（例えば、樹状細胞などのＡＰＣ）を、当該ＣＤ８＋Ｔリンパ球の投与／注入後に当該対象に投与することをさらに含む。またさらなる実施形態では、本方法は、１つ以上のＭｉＨＡペプチドで負荷された治療的に有効量の樹状細胞を、それを必要とする対象に投与することを含む。またさらなる実施形態では、本方法は、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示されたＭｉＨＡペプチドに結合する組み換えＴＣＲを発現する治療的に有効量の同種または自己細胞を、それを必要とする患者に投与することを含む。
【０１２５】
別の態様では、本開示は、対象において癌を治療する（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷する）ための、ＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球の使用を提供する。別の態様では、本開示は、対象において癌を治療するための（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷するための）薬品の調製／製造のための、ＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球の使用を提供する。別の態様では、本開示は、対象において癌の治療に使用するための（例えば、腫瘍細胞の数を低減する、腫瘍細胞を殺傷するための）、ＭｉＨＡペプチド、またはその組み合わせで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子（複数可）を認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球（細胞毒性Ｔリンパ球）を提供する。さらなる実施形態では、本使用は、当該ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球の使用後の、有効量のＭｉＨＡペプチド（またはその組み合わせ）、および／または式ＩのＭｉＨＡペプチドで負荷された（これを提示する）１つ以上のＭＨＣクラスＩ分子（複数可）を発現する細胞（例えば、ＡＰＣ）の使用をさらに含む。一実施形態では、ＭｉＨＡ特異的ＣＤ８  Ｔ細胞を注入されるか、またはこれで治療された対象は、ＡＨＣＴまたはドナーリンパ球点滴（すなわち、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示されたＭｉＨＡペプチドに対してインビトロで活性化されていないＴ細胞を含むリンパ球）による前治療を受けている。
【０１２６】
本開示はまた、対象において本明細書に開示されるＭｉＨＡペプチドのうちのいずれか、またはその組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ  ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫反応を作成する方法であって、ＭｉＨＡペプチドのＭｉＨＡペプチドまたは組み合わせで負荷されたクラスＩ  ＭＨＣ分子を特異的に認識する細胞毒性Ｔリンパ球を投与することを含む、方法を提供する。本開示はまた、ＭｉＨＡペプチドまたはその組み合わせで負荷されたヒトクラスＩ  ＭＨＣ分子を発現する腫瘍細胞に対する免疫反応を作成するための、本明細書に開示されるＭｉＨＡペプチドのＭｉＨＡペプチドのうちのいずれかまたは組み合わせで負荷されたクラスＩ  ＭＨＣ分子を特異的に認識する細胞毒性Ｔリンパ球の使用を提供する。
【０１２７】
さらなる実施形態では、癌は、血液癌、例えば、白血病、リンパ腫、および骨髄腫である。一実施形態では、癌は白血病である。
【０１２８】
治療およびドナー選択方法
本明細書に記載される同種治療細胞は、患者の（レシピエントの）腫瘍細胞によって提示されるが、ドナーの細胞によっては提示されないＭｉＨＡペプチドを認識するＴＣＲを発現する。本開示は、癌（例えば、血液癌）を有する患者に有効な治療組成物を選択する方法であって、（ａ）患者から生体試料を得ることと、（ｂ）表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩから選択される１つ以上のＳＮＰの存在または不在を判定することと、（ｃ）患者由来の腫瘍試料中の表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩにおいて提供されるＳＮＰのうちの１つ以上に対応するＲＮＡまたはタンパク質生成物の発現を判定することと、を含む、方法を提供する。同種細胞による治療について、（ａ）レシピエントの癌細胞によって発現されたＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるＭｉＨＡペプチドに対応する遺伝的変異体を発現しないドナー（すなわち、本明細書の表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩに提供されるもの）が選択され、（ｂ）リンパ球はドナーから得られ、（ｃ）提示されるＭｉＨＡペプチドに特異的なＣＤ８＋Ｔリンパ球は、本明細書に提供される方法を使用して調製され、患者に投与される。代替的に、選択されるドナーから得られた同種細胞であって、対象となるＭｉＨＡペプチドを発現しないものは、対象となるＭｉＨＡに対してＴＣＲを発現するように遺伝子的に形質転換することができ、患者に投与され得る。
【０１２９】
自己細胞による治療について、患者の癌細胞の細胞表面上に存在するＭＨＣクラスＩ分子によって提示された１つ以上のＭｉＨＡペプチド（複数可）を認識するＴＣＲを発現する自己Ｔリンパ球が投与される。本開示は、患者のためにＴリンパ球療法を選択する方法であって、（ａ）患者から生体試料を得ることと、（ｂ）表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩから選択される１つ以上のＳＮＰの存在または不在を判定することと、（ｃ）患者由来の腫瘍試料中の表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩに提供されたＳＮＰのうちの１つ以上に対応するＲＮＡまたはタンパク質生成物の発現を判定することと、を含む、方法を提供する。
【０１３０】
所与のＭｉＨＡのどの変異型が対象の治療において使用されるべきかを判定するために（例えば、ＭｉＨＡ番号２（
【化４】
2020508058.tif 000008
）を例として使用して、
【化５】
2020508058.tif 000009
のどちらが使用されるべきかを判定するために）、対象によって発現されるアレル変異型が最初に判定されるべきである。本明細書に記載されるＭｉＨＡ（表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩ）に対応する、タンパク質中のアミノ酸置換ならびに転写産物中のヌクレオチド置換は、例えば、公開データベースに提供される情報を使用して、当業者が容易に同定することができる。例えば、表ＩＩ、ＶＩ、およびＶＩＩは、ゲノム、転写産物、およびタンパク質のレベルでの変種に関する詳細な情報を提供する、ｄｂＳＮＰデータベース中のＭｉＨＡについての参照／識別番号を含む。この情報に基づいて、対象によって発現される変異体（多型または一塩基多型（ＳＮＰ））の判定は、当該技術分野で知られているいくつかの方法によって、試料上の核酸および／またはタンパク質のレベルで容易に行われ得る。表ＩＩはまた、ＭｉＨＡペプチドが由来する遺伝子についてのＥｎｓｅｍｂｌデータベースにおける参照ＩＤを含む。
【０１３１】
核酸レベルでの変更を検出するのに好適な方法の例には、対象となる核酸の関連する部分（変種を含む）（例えば、ＭｉＨＡをコードする、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、またはゲノムＤＮＡ）の配列決定、多型を含む（第１のアレル）対象となる核酸に特異的にハイブリダイズすることができ、多型を含まない（第２のアレル）対応する核酸にはハイブリダイズすることができない（またはより小さい範囲でハイブリダイズする）（厳しいハイブリダイゼーション条件などの比較可能なハイブリダイゼーション条件下で）、またはその逆も同様の核酸プローブのハイブリダイゼーション；制限断片長多型分析（ＲＦＬＰ）；断片長多型ＰＣＲ（ＡＦＬＰ−ＰＣＲ）の増幅；アレルの一方に特異的なプライマーを使用した核酸断片の増幅が含まれ、プライマーは、アレルが存在する場合に増幅された生成物を生成し、他方のアレルが増幅のための鋳型（例えば、アレル特異的ＰＣＲ）として使用される場合に同じ増幅された生成物を精製しない。他の方法には、インサイチュでのハイブリダイゼーション分析および一本鎖高次構造多型分析が含まれる。さらに、対象となる核酸は、本明細書で留意される検出方法の前に、またはこれと併せて、既知の方法（例えば、ポリメラーゼ鎖反応［ＰＣＲ］）を使用して増幅され得る。そのような増幅のための様々なプライマーの設計が当該技術分野で知られている。核酸（ｍＲＮＡ）はまた、分析前に、ｃＤＮＡに逆転写され得る。
【０１３２】
ポリペプチドレベルでの変更／多型を検出するのに好適な方法の例には、対象となるポリペプチドの関連する部分（変種を含む）の配列決定、ポリペプチドの消化、その後のペプチド断片のＨＰＬＣ分析の質量分析であって、対象となるポリペプチドの変種／多型が変更された質量分析またはＨＰＬＣスペクトルをもたらす、ポリペプチドの消化、その後のペプチド断片のＨＰＬＣ分析の質量分析；対応する変更（第２のアレル）を含まない天然ポリペプチドと比較して、変更（第１のアレル）を含むポリペプチドによる変更された免疫活性を示す免疫学的試薬（例えば、抗体、リガンド）を使用した、例えば、アミノ酸変種を含むエピトープを標的とすることによる免疫検出が含まれる。免疫検出は、抗タンパク質抗体または抗タンパク質抗体に結合する二次抗体のいずれかに取り付けられる酵素、色力、放射性、磁気、または発光ラベルの使用によって、ポリペプチド分子と抗タンパク質抗体との間の結合の量を測定することができる。加えて、他の高親和性リガンドを使用してもよい。使用することができる免疫アッセイには、例えば、ＥＬＩＳＡ法、ウエスタンブロット法、および当業者に知られている他の技術が含まれる（Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９９９  ａｎｄ  Ｅｄｗａｒｄｓ  Ｒ，Ｉｍｍｕｎｏｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ；Ｅｎｇｌａｎｄ，１９９９を参照されたい）。すべてのこれらの検出技術がまた、マイクロアレイ、タンパク質アレイ、抗体マイクロアレイ、組織マイクロアレイ、電子バイオチップまたはタンパク質チップに基づく技術の形態で用いられ得る（Ｓｃｈｅｎａ  Ｍ．，Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ  Ｂｉｏｃｈｉｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｅａｔｏｎ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ，Ｎａｔｉｃｋ，Ｍａｓｓ．，２０００を参照されたい）。
【０１３３】
一実施形態では、本開示は、（ａ）患者由来の癌細胞（例えば、血液癌細胞）からＭＨＣクラスＩ提示ペプチドを単離することと、（ｂ）当該ＭＨＣクラスＩ提示ペプチドの中でも特に表Ｉに図示される１つ以上のＭｉＨＡペプチドの存在または不在を同定することと、を含む、患者に有効な治療組成物を選択する方法を提供する。さらなる実施形態では、表Ｉに図示される１つ以上のＭｉＨＡペプチドの存在または不在の同定は、質量分析によって、および／または１つ以上のＭｉＨＡペプチドについて選択的である抗体検出試薬を使用して行われる。質量分析を使用したＭｉＨＡペプチドの検出または同定は、ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０２６２７７号および同第ＷＯ／２０１６／１２７２４９号に記載されているものなど、当該技術分野で知られている方法を使用して行うことができる。癌細胞の試料から単離された、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示されたＭｉＨＡペプチドの質量分析（ＭＳ）配列決定は、ＭｉＨＡペプチドについてコンピュータで演算されたスペクトルと単離および消化されたペプチドについて得られたＭＳスペクトルを比較することを伴う。癌を有する患者を治療するための本明細書に記載される治療同種Ｔリンパ球は、患者内の癌細胞によって発現されるが、ドナーの細胞によっては発現されない、１つ以上のＭｉＨＡペプチドを提示するＭＨＣクラスＩ分子を標的とする。このように、本開示の同種Ｔリンパ球を作成するための適切なドナーの選択が、表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩに提供される１つ以上の一塩基多型の存在または不在について候補ドナーの遺伝子型決定を行うことを伴う。
【０１３４】
一実施形態では、本開示は、癌を有する患者に有効な免疫療法治療（すなわち、ＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体標的）を選択する方法であって、患者由来の腫瘍細胞内のＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるＭｉＨＡペプチドの存在を判定することを含む、方法を提供する。別の実施形態では、本開示は、患者のための候補同種細胞ドナーをスクリーニングする方法であって、ドナー由来の生体試料内の表ＩＩに提供されるものから選択される１つ以上のＳＮＰの存在または不在を判定することを含む、方法を提供する。一実施形態では、患者から得られた癌細胞内のＭＨＣクラスＩ分子によって提示されることが知られているＭｉＨＡペプチドに対応するＳＮＰの存在または不在は、候補ドナーにおいて判定される。さらなる実施形態では、候補同種ドナーから得られた生体試料の遺伝子型決定を行って、患者によって担持されることが知られている１つ以上のＳＮＰの存在または不在を判定し、検出されるＳＮＰが、表ＩＩに提供されるものから選択される。さらなる実施形態では、本開示が、表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩから選択される複数のＳＮＰの検出のために固形表面に接合された複数のオリゴヌクレオチドプローブを含む、遺伝子型決定システムを提供する。
【０１３５】
例えば、ＭｉＨＡ番号２のどの変異型（
【化６】
2020508058.tif 000010
）が対象の治療に使用されるべきかを判定するために、（ｉ）ＲＡＳＳＦ１遺伝子からの転写産物が、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８（ＥＮＳＧ００００００６８０２８）の５２８位に対応する位置にＧもしくはＴを含むかどうか、（ｉｉ）ヒトゲノムアセンブリＧＲＣｈ３８．ｐ７内の染色体３の５０３２２１１５位に対応するヌクレオチドがＧもしくはＴであるかどうか、および／または（ｉｉｉ）ＲＡＳＳＦ１ポリペプチドが、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８によってコードされたポリペプチドの１３３位に対応する位置にアラニンもしくはセリン残基を含むかどうかについて、対象由来の試料上で任意の好適な方法（配列決定など）を使用して判定されるべきである。（ｉ）ＲＡＳＳＦ１遺伝子由来の転写産物が、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８の５２８位に対応する位置にＧを含む場合、（ｉｉ）ヒトゲノムアセンブリＧＲＣｈ３８．ｐ７内の染色体３の５０３２２１１５位に対応するヌクレオチドがＧである場合、および／または（ｉｉｉ）ＲＡＳＳＦ１ポリペプチドが、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８によってコードされたポリペプチドの１３３位に対応する位置にアラニン残基を含む場合、ＭｉＨＡ変異型
【化７】
2020508058.tif 000011
を使用するべきである。代替的に、（ｉ）ＲＡＳＳＦ１遺伝子由来の転写産物が、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８の５２８位に対応する位置にＴを含む場合、（ｉｉ）ヒトゲノムアセンブリＧＲＣｈ３８．ｐ７内の染色体３の５０３２２１１５位に対応するヌクレオチドがＴである場合、および／または（ｉｉｉ）ＲＡＳＳＦ１ポリペプチドが、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８によってコードされたポリペプチドの１３３位に対応する位置にセリン残基を含む場合、ＭｉＨＡ変異型
【化８】
2020508058.tif 000012
を使用するべきである。同じ手法を適用して、表ＩのＭｉＨＡ番号１および３〜１３８のうちのいずれかのどの変異型が所与の対象において使用されるべきかを判定することができる。ＭｉＨＡ番号４は、雄対象においてのみ使用することができる（コード遺伝子は染色体Ｙ上に位置するため、ＭｉＨＡは雄対象においてのみ発現される）。
【０１３６】
一実施形態では、本明細書で述べられたＣＤ８＋Ｔリンパ球は、本明細書に記載されるように、インビトロで、またはエクスビボで拡大されたＣＤ８＋Ｔリンパ球である。拡大されたＣＤ８＋Ｔリンパ球は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球の増殖（増幅）および／または分化を可能にする条件下で、一次ＣＤ８＋Ｔリンパ球（同種ドナー由来の）を培養することによって得られ得る。そのような条件は、典型的には、ＩＬ−２、ＩＬ−７、および／またはＩＬ−１５などの好適な媒体（造血／リンパ球細胞のための媒体、例えば、Ｘ−ＶＩＶＯ（商標）１５およびＡＩＭ−Ｖ（登録商標））の成長因子および／またはサイトカインの存在下で、対象となるＭｉＨＡペプチド（複数可）／ＭＨＣ複合体をそれらの表面に発現するＡＰＣなどの細胞とＣＤ８＋Ｔリンパ球を接触させることを含む（例えば、Ｍｏｎｔｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｌｉｎ  Ｅｘｐ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００５  Ｎｏｖ；１４２（２）：２９２−３０２を参照されたい）。次に、そのような拡大されたＣＤ８＋Ｔリンパ球を、例えば、静脈内点滴を通してレシピエントに投与する。養子免疫療法のために抗原特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球を増幅および調製するための方法および条件は、例えば、ＤｉＧｉｕｓｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｙｔｏｔｈｅｒａｐｙ  ２００７；９（７）：６１３−６２９  ａｎｄ  Ｂｏｌｌａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｙｔｏｔｈｅｒａｐｙ．２０１１  Ｍａｙ；１３（５）：５１８−５２２）に開示されている。抗原特異的ＣＤ８＋Ｔリンパ球を増幅するための標準的な操作手順（ＳＯＰ）は、ｔｈｅ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｂａｙｌｏｒ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｔｅｘａｓ  Ｃｈｉｌｄｒｅｎ’ｓ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｔｈｅ  Ｍｅｔｈｏｄｉｓｔ  Ｈｏｓｐｉｔａｌ，Ｈｏｕｓｔｏｎ，Ｔｅｘａｓ，ＵＳＡから入手可能である（Ｓｉｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｙｔｏｔｈｅｒａｐｙ．２０１２  Ｊａｎ；１４（１）：７−１１，Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ  Ｍａｔｅｒｉａｌを参照されたい）。一実施形態では、対象（レシピエント）は、同種幹細胞移植（ＡＳＣＴ）またはドナーリンパ球点滴（ＤＬＩ）レシピエントである。
【０１３７】
別の態様では、本開示は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球（例えば、養子Ｔ細胞免疫療法のために）を培養または拡大させる方法であって、（ａ）ＣＤ８＋Ｔリンパ球の拡大／増殖に好適な条件下で、ＭｉＨＡペプチドの当該変異型で負荷された、好適なＨＬＡアレル（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下、ＭｉＨＡペプチドの変異型を発現しない第１の個体からＣＤ８＋Ｔリンパ球を増殖することを含む、方法を提供する。別の態様では、本開示は、細胞免疫療法のために細胞を生成／製造する方法であって、ＭＨＣクラスＩ分子によって提示されたＭｉＨＡペプチドを含むＡＰＣの存在下でヒトリンパ球を培養することを含み、ＭＨＣクラスＩ分子が、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７サブタイプのものである、方法を提供する。本方法で使用されるヒトＴリンパ球は、同種細胞、すなわち、同種細胞でレシピエントを治療するために製造される、ドナーから得られる細胞である、別の態様では、本開示は、細胞免疫療法のために細胞を生成／製造する方法であって、（ａ）培養された細胞株からリンパ球（例えば、Ｔリンパ球）を得ることと、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体を含むＡＰＣの存在下で細胞を培養することと、を含み、ＭＨＣクラスＩ分子が、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４またはＨＬＡ−Ｂ５７サブタイプのものである、方法を提供する。本方法で使用されるヒトＴリンパ球は、好ましくは、同種細胞、すなわち、同種細胞でレシピエントを治療するために製造される、ドナーから得られる細胞である。さらなる実施形態では、本開示は、細胞免疫療法のために細胞を生成／製造する方法であって、（ａ）例えば、白血球除去輸血によって、ドナー、例えば、造血癌（例えば、白血病）を有する患者または健康な個体から細胞を得ることと、（ｂ）ＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体に結合する組み換えＴＣＲで細胞を形質転換することと、を含む、方法を提供する。さらなる実施形態では、本開示は、細胞免疫療法のために細胞を製造する方法であって、本明細書に定義されるＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体に結合する組み換えＴＣＲでヒト細胞株を形質転換することを含む、方法を提供する。
【０１３８】
別の態様では、本開示は、養子Ｔ細胞免疫療法のためにＣＤ８＋Ｔリンパ球を拡大させる方法であって、（ａ）ＭｉＨＡ番号１〜１３８または１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および７９〜８１のうちのいずれかのどの変異型が対象（レシピエント）によって発現されるかを判定することと、ＣＤ８＋Ｔリンパ球の拡大に好適な条件下で、対象によって発現されたＭｉＨＡ変異型で負荷された、好適なＨＬＡアレル（例えば、ＨＬＡ−Ａ１、ＨＬＡ−Ａ３、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２４、ＨＬＡ−Ａ２９、ＨＬＡ−Ａ３２、ＨＬＡ−Ｂ７、ＨＬＡ−Ｂ８、ＨＬＡ−Ｂ１３、ＨＬＡ−Ｂ１４、ＨＬＡ−Ｂ１５、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ２７、ＨＬＡ−Ｂ３５、ＨＬＡ−Ｂ４０、ＨＬＡ−Ｂ４４、またはＨＬＡ−Ｂ５７分子）のＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で、候補ドナーからＣＤ８＋Ｔリンパ球を培養することと、を含み、当該候補ドナーがＭｉＨＡ変異体（対象（レシピエント）によって発現される）を発現しない、方法を提供する。別の態様では、本開示は、癌、例えば、白血病を有する患者のための治療手法を選択する方法であって、（ａ）患者から得られた癌（例えば、白血病）細胞内に発現されるＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるＭｉＨＡペプチドの存在を検出することと、（ｂ）候補ドナーから得られた生体試料内の、表ＩＩに示されるような、ステップ（ａ）で検出されたＭｉＨＡペプチドに対応するＳＮＰの存在または不在を判定することと、を含む、方法を提供する。
【０１３９】
別の態様では、本開示は、白血病を有する患者のために治療組成物を調製する方法であって、（ａ）患者から得られた白血病細胞内に発現されるＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるＭｉＨＡペプチドの存在を検出することと、（ｂ）白血球除去輸血によって患者からリンパ球を得ることと、（ｃ）ステップ（ａ）で検出された提示されるＭｉＨＡペプチドを認識するＴＣＲで当該リンパ球を形質転換することと、を含む、方法を提供する。別の態様では、本開示は、例えば、白血病を有する患者のために治療組成物を調製する方法であって、（ａ）患者の遺伝子型決定を行って、表ＩＩ、ＶＩ、またはＶＩＩから選択される複数のＳＮＰの存在を判定することと、（ｂ）患者内のＳＮＰのうちの１つの存在を判定することと、（ｃ）白血球除去輸血によって患者から細胞を得ることと、（ｄ）当該患者内に存在するＳＮＰによってコードされた多型を含有するＭｉＨＡペプチドを含む、ＭＨＣクラスＩ分子／ＭｉＨＡペプチド複合体を発現するＡＰＣで当該細胞を培養することと、を含む、方法を提供する。
【０１４０】
再び、本方法を例示するためにＭｉＨＡ番号２を代表的な例として使用すると、対象由来の試料において、（ｉ）ＲＡＳＳＦ１遺伝子由来の転写産物が、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８の５２８位に対応する位置にＧを含むこと、（ｉｉ）ヒトゲノムアセンブリＧＲＣｈ３８．ｐ７内の染色体３の５０３２２１１５位に対応するヌクレオチドがＧであること、および／または（ｉｉｉ）ＲＡＳＳＦ１ポリペプチドが、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８によってコードされたポリペプチドの１３３位に対応する位置にアラニン残基を含むことが判定された場合、候補ドナー由来のＣＤ８＋Ｔリンパ球は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球の拡大に好適な条件下で、ＭｉＨＡ変異型
【化９】
2020508058.tif 000013
で負荷された、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ４０、および／またはＨＬＡ−Ｂ４４アレルのＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で培養される。代替的に、対象由来の試料において、（ｉ）ＲＡＳＳＦ１遺伝子由来の転写産物が、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８の５２８位に対応する位置にＴを含むこと、（ｉｉ）ヒトゲノムアセンブリＧＲＣｈ３８．ｐ７内の染色体３の５０３２２１１５位に対応するヌクレオチドがＴであること、および／または（ｉｉｉ）ＲＡＳＳＦ１ポリペプチドが、Ｅｎｓｅｍｂｌ転写産物ＩＤ番号ＥＮＳＴ０００００３５９３６５．８によってコードされたポリペプチドの１３３位に対応する位置にセリン残基を含むことが判定された場合、候補ドナー由来のＣＤ８＋Ｔリンパ球は、ＣＤ８＋Ｔリンパ球の拡大に好適な条件下で、ＭｉＨＡ変異型
【化１０】
2020508058.tif 000014
で負荷された、ＨＬＡ−Ｂ１８、ＨＬＡ−Ｂ４０および／またはＨＬＡ−Ｂ４４アレルのＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞の存在下で培養される。同じ手法を、本明細書に定義されるＭｉＨＡ番号１および３〜１３８のうちのいずれかに適用することができる。
【０１４１】
一実施形態では、本開示は、癌を治療する方法であって、（ｉ）本明細書に定義される方法による養子Ｔ細胞免疫療法のために式Ｉのペプチドで負荷されたＭＨＣクラスＩ分子を認識するＣＤ８＋Ｔリンパ球を拡大させることと、（ｉｉ）有効量の拡大されたＣＤ８＋Ｔリンパ球を、それらを必要とする対象に投与（注入）することと、含む、方法を提供する。一実施形態では、本方法は、式Ｉの有効量のペプチド、および／または式ＩのＭｉＨＡペプチドで負荷されたＭＨＣクラスＩ分子を発現する細胞（例えば、ＡＰＣ）を、当該ＣＤ８＋Ｔリンパ球の投与／注入後に当該対象に投与することをさらに含む。一実施形態では、本明細書で述べられた癌が、表Ｉに記載の、ＭｉＨＡ番号１〜１３８または１〜８１、好ましくはＭｉＨＡ番号３、５、８〜１５、２５〜２８、３０〜３３、３６〜４９、５４〜６１、６５〜６６、６８〜７７、および／または７９〜８１をコードする遺伝子、またはそれらの組み合わせを発現する腫瘍細胞を含む。
【０１４２】
本発明は、以下の非限定的な例によってさらに詳細に例示される。
【０１４３】
実施例１：材料および方法（実施例２および３について）
ＰＣＴ公開第ＷＯ２０１４／０２６２７７号および同第ＷＯ２０１６／１２７２４９号に記載されている方法／戦略に従って、ＭｉＨＡを同定した。
【０１４４】
細胞培養。以下の一般的なアレルＨＬＡ−Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２、およびＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１のうちの少なくとも１つを発現する、９人の健康な女性の被験者および９人の健康な男性の被験者の血液試料から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を単離した。エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）形質転換Ｂリンパ芽腫細胞株（Ｂ−ＬＣＬ）は、以前記載されているＦｉｃｏｌｌ−Ｐａｑｕｅ（商標）Ｐｌｕｓ（Ａｍｅｒｓｈａｍ）によるＰＢＭＣに由来した（Ｔｏｓａｔｏ  ａｎｄ  Ｃｏｈｅｎ，２００７）。１０％のウシ胎児血清、２５ｍＭのＨＥＰＥＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、およびペニシリン−ストレプトマイシン（すべてＩｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（登録商標）に由来する）を補充されたＲＰＭＩ  １６４０媒体内に、構築されたＢ−ＬＣＬを維持した。
【０１４５】
ＤＮＡ抽出。製造業者の指示に従って、ＰｕｒｅＬｉｎｋ（商標）ゲノムＤＮＡミニキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（登録商標））を使用して、５００万個のＢ−ＬＣＬからゲノムＤＮＡを抽出した。Ｔａｑｍａｎ（登録商標）ＲＮａｓｅ  Ｐ検出試薬キット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））を使用して、ＤＮＡを定量化および品質評価した。
【０１４６】
ＨＬＡ型別。Ｍａｉｓｏｎｎｅｕｖｅ−Ｒｏｓｅｍｏｎｔ  Ｈｏｓｐｉｔａｌで５００ｎｇのゲノムＤＮＡを使用して、高分解能ＨＬＡ遺伝子型決定を行った。
【０１４７】
ゲノムＤＮＡライブラリーの調製。製造業者のプロトコルに従って、Ｉｏｎ  ＡｍｐｌｉＳｅｑ（商標）エキソームＲＤＹライブラリー調製キット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））を使用して、２００ｎｇのゲノムＤＮＡからゲノムライブラリーを構築した。これには、以下のステップ：標的の増幅、プライマー配列の部分的消化、Ｉｏｎ  Ｘｐｒｅｓｓ（商標）バーコードアダプターのアンプリコンへの結紮、ＡＭＰｕｒｅ（登録商標）ＸＰ試薬（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ（登録商標））を使用したライブラリーの精製、およびｑＰＣＲによる非増幅ライブラリーの定量化が含まれた。次に、Ｉｏｎ  ＰＩ（商標）ＩＣ  ２００キットおよびＩｏｎ  Ｃｈｅｆ（商標）システムを使用して、Ｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｎ（商標）Ｉチップに、ライブラリーの鋳型を調製および負荷した。
【０１４８】
エキソーム配列決定および変異型呼び出し。ＡｍｐｌｉＳｅｑ（商標）エキソームライブラリーのデフォルトパラメータを使用して、Ｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｎ（商標）シーケンサー上にチップ当たり２つのエキソームライブラリーを配列した。Ｉｏｎリポーターソフトウエアの「ｇｅｒｍ  Ｌｉｎｅ  Ｐｒｏｔｏｎ−Ｌｏｗ  Ｓｔｒｉｎｇｅｎｃｙ」パラメータによる、Ｔｏｒｒｅｎｔ  Ｖａｒｉａｎｔ  Ｃａｌｌｅｒプラグインを使用して、変異型呼び出しを行った。
【０１４９】
ＲＮＡ抽出。製造業者の指示に従って、ＤＮａｓｅ  Ｉ治療（Ｑｉａｇｅｎ（登録商標））を含むＴＲｉｚｏｌ  ＲＮＡ試薬（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））を使用して、５００万個のＢ−ＬＣＬから総ＲＮＡを単離した。ＮａｎｏＤｒｏｐ（商標）２０００（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（登録商標））を使用して、総ＲＮＡを定量化し、２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（商標）（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（登録商標））を用いて、ＲＮＡ品質を評価した。
【０１５０】
トランスクリプトームライブラリーの調製。製造業者のプロトコルに従って、ＴｒｕＳｅｑ（商標）ＲＮＡ試料調製キット（ｖ２）（ＲＳ−９３０−１０２１、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標））を使用して、１μｇの総ＲＮＡからライブラリーを作成した。簡単に言うと、２つのラウンドの精製を使用したポリ−Ｔ  オリゴ付着磁気ビーズを使用して、ポリ−Ａ  ｍＲＮＡを精製した。ポリ−Ａ  ＲＮＡの第２の溶出中に、ＲＮＡを断片化し、ｃＤＮＡ合成のために感作した。ランダムプライマーおよびＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（商標）ＩＩ（ＩｎｖｉｔｒｏＧｅｎｅ（登録商標））を使用して、第１の鎖の逆転写（ＲＴ）を行った。第２のラウンドのＲＴも行って、二本鎖ｃＤＮＡを作成し、次に、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＡＭｐｕｒｅ（商標）ＸＰ  ＰＣＲ精製システム（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ（登録商標））を使用して、これを精製した。製造業者のプロトコルに従って、断片化されたｃＤＮＡの末端修復、３’末端のアデニル化、およびアダプターの結紮を行った。１５周期のＰＣＲ増幅ならびにＩｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）ＰＣＲミックスおよびプライマーカクテルを使用して、両末端上にアダプター分子を含有するＤＮＡ断片の濃縮を行った。
【０１５１】
全体的なトランスクリプトーム配列決定（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）。Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ２０００（商標）マシンランニングＴｒｕＳｅｑ（商標）ｖ３化学を使用して、対末端（２×１００ｂｐ）配列決定を行った。約６００〜８００ｋクラスタ／ｍｍ２のクラスタ密度を標的にした。レーン当たり２つのトランスクリプトームを配列した（スライド当たり８つのレーン）。Ｉｌｌｕｍｉｎａ配列決定技術の詳細は、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ／ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ／ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ｈｔｍｌに見出され得る。
【０１５２】
マッピングの読み取り。Ｉｌｕｍｉｎａ  Ｃａｓａｖａ（商標）１．８．１およびＥｌａｎｄ（商標）ｖ２マッピングソフトウエアを使用して、配列データをヒト参照ゲノム（ｈｇ１９、ＵＣＳＣ）にマッピングした。第１に、＊．ｂｃｌファイルを、圧縮されたＦＡＳＴＱファイルに変換し、その後、指標による個別の多重化配列実行の逆多重化を行った。次に、マルチシードおよびギャップドアラインメント方法を使用して、ミトコンドリアゲノムを含むヒト参照ゲノムに、単一の読み取り値をアラインメントした。２つ以上の場所（マルチリード）でマッピングされた読み取り値は、さらなる分析に含まれなかった。スライス接合部および不純物（リボソームＲＮＡ）に対して、追加のアラインメントを行った。
【０１５３】
トランスクリプトームにおける単一のヌクレオチド変種の同定。第１に、参照ゲノム（ＧＲＣｈ３７．ｐ２，ＮＣＢＩ）と個体の各々の配列されたトランスクリプトームとの間に観察されたすべての単一のヌクレオチド変種のリストを検索した。Ｉｌｕｍｉｎａ（登録商標）からのＳＮＰ呼び出しプログラムＣａｓａｖａ（商標）ｖ１．８．２を使用して、これを行った（ｈｔｔｐｓ：／／ｓｕｐｐｏｒｔ．ｉｌｌｕｍｉｎａ．ｃｏｍ／ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ／ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ＿ｓｏｆｔｗａｒｅ／ｃａｓａｖａ．ｈｔｍｌ）。少なくとも３つの読み取り値（範囲≧３）内で観察された、唯一の高い信頼度の単一のヌクレオチド変種（Ｑｍａｘ＿ｇｔ値＞２０）を検討した。この閾値未満のＱｍａｘ＿ｇｔ値を有するＳＮＶに、代わりに、参照ベースを割り当てた。この戦略を使用して、個体の各々と参照ゲノムとの間の転写産物レベルで単一のヌクレオチド変種を同定した。
【０１５４】
コンピュータでの翻訳トランスクリプトーム。各個体の同定された単一のヌクレオチド変種を含有する配列をさらにプロセシングした。各配列について、Ｅｎｓｅｍｂｌで報告されたすべての転写産物（ｈｔｔｐ：／／ｕｓｅａｓｔ．ｅｎｓｅｍｂｌ．ｏｒｇ／ｉｎｆｏ／ｄａｔａ／ｆｔｐ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌ，Ｆｌｉｃｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｎｓｅｍｂｌ  ２０１２，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２０１２  ４０  Ｄａｔａｂａｓｅ  ｉｓｓｕｅ：Ｄ８４−Ｄ９０）を検索し、社内ソフトウエアｐｙＧｅｎｏバージョン（ｐｙｔｈｏｎ  ｐａｃｋａｇｅ  ｐｙＧｅｎｏ  １．１．７，ｈｔｔｐｓ：／／ｐｙｐｉ．ｐｙｔｈｏｎ．ｏｒｇ／ｐｙｐｉ／ｐｙＧｅｎｏ／１．１．７），Ｇｒａｎａｄｏｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２（ＰＭＩＤ：２２４３８２４８））を使用して、タンパク質へとコンピュータで翻訳した。コンピュータで翻訳されたトランスクリプトームには、所与の位置に対して１つ超の非同義の多型が見出された場合が含まれた。大部分のＭＡＰが１１個のアミノ酸（３３ｂｐ）の最大長さを有することを考慮すると、ヘテロ接合位置の存在が、各ｎｓ−ＳＮＰに中央配置された２１（６６ｂｐ）アミノ酸のウィンドウにＭｉＨＡ変異型をもたらし得る。ウィンドウが１つ超のｎｓ−ＳＮＰを含有した場合、すべての可能な組み合わせを翻訳した。１つのｎｓ−ＳＮＰによって影響を受けた組み合わせの数を１０，２４０に制限して、ファイルのサイズを制限した。このように、ｎｓ−ＳＮＰによって影響を受けた最大１１個のアミノ酸のすべての可能な配列のリストが得られ、これがＭＡＰの同定のためにさらに使用された、個体特異的タンパク質データベースに含まれた。
【０１５５】
質量分析およびペプチド配列決定。Ｂ−ＬＣＬを指数関数的に成長させる、５−６×１０８の３〜４つの生物学的複製を各個体から調製した。ＭＨＣクラスＩ関連ペプチドを、弱酸治療によって放出し、ＨＬＢカートリッジで脱塩することによって事前処理し、以前に記載されている３，０００Ｄａのカットオフカラム（Ｃａｒｏｎ  ｅｔ  ａｌ．２０１１（ＰＭＩＤ：２１９５２１３６））で濾過した。２つの異なる方法に従って、試料をさらにプロセシングした。第１の方法では、試料を真空乾燥し、ＳＣＸ再溶解液（Ｐｒｏｔｅａ（登録商標）に再懸濁し、ＳＣＸスピンチップ（Ｐｒｏｔｅａ（登録商標））およびギ酸アンモニウム緩衝液ステップ勾配（５０、７５、１００、３００、６００、１５００ｍＭ）を使用して、６つの画分に分離した。真空乾燥された画分を、５％のアセトニトリル、０．２％のギ酸に再懸濁し、ＬＴＱ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ  ＥＬＩＴＥ（商標）質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｅｌｅｃｔｒｏｎ（登録商標））に連結されたＥｋｓｉｇｅｎｔ（登録商標）ＬＣシステムを使用して、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳによって分析した。６００ｎＬ／分の流量および５６分で５〜４０％の水性ＡＣＮ（０．２％のギ酸）の直鎖勾配を使用して、カスタムＣ１８逆相カラム（プレカラム：内径０．３ｍｍ×５ｍｍ、分析カラム：内径１５０μｍ×１００ｍｍ、Ｊｕｐｉｔｅｒ（登録商標）Ｃ１８、３μｍ、３００Å）上で、ペプチドを分離した。６０，０００の分解能で（ｍ／ｚ４００で）動作されたＯｒｂｉｔｒａｐ（登録商標）分析装置により、完全なマススペクトルを得た。質量較正は、内部ロックマス（プロトン化された（Ｓｉ（ＣＨ３）２Ｏ））６、ｍ／ｚ４４５．１２００２９）を使用し、ペプチド測定値の質量精度は、５ｐｐｍ以内であった。２８の正常化された衝突エネルギーを有するより高いエネルギー衝突解離で、ＭＳ／ＭＳスペクトルを得た。最大１０個の前駆イオンを、１００ｍｓの最大注入時間で５０，０００の標的値まで蓄積し、断片イオンを、ｍ／ｚ４００で６０，０００の分解能で動作するＯｒｂｉｔｒａｐ（登録商標）分析装置に移した。第２の方法では、試料を、３，０００Ｄａの濾過ステップ後に、２つの同一の技術的複製に分割し、真空乾燥した。一方の技術的複製を、３％のアセトニトリル、０．２％のギ酸に再懸濁し、Ｑ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ（商標）プラス質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（登録商標））に連結されたＥＡＳＹ−ｎＬＣ（登録商標）ＩＩシステムを使用して、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳによって分析した。ペプチドを、６００ｎｌ／分の流量、および１４６分で３〜２５％の水性ＡＣＮ（０．２％のギ酸）の直鎖勾配、その後、５分で２５〜４０％の直鎖勾配を使用して、第１の方法としてカスタムＣ１８逆相カラム上で分離した。７０，０００（ｍ／ｚ４００で）の分解能で動作されるＯｒｂｉｔｒａｐ（登録商標）分析装置により、完全なマススペクトルを得た。質量較正は、内部ロックマス（プロトン化された（Ｓｉ（ＣＨ３）２Ｏ））６、ｍ／ｚ４４５．１２００２９）を使用し、ペプチド測定値の質量精度は、５ｐｐｍ以内であった。２５の正常化された衝突エネルギーを有する、より高いエネルギー衝突解離で、ＭＳ／ＭＳスペクトルを得���。最大１２個の前駆イオンを、２００ｍｓの最大注入時間で１，０００，０００の標的値まで蓄積し、断片イオンを、ｍ／ｚ４００で１７，５００の分解能で動作するＯｒｂｉｔｒａｐ（登録商標）分析装置に移した。
【０１５６】
ＭＳ／ＭＳ配列決定およびペプチドクラスタリング。ＰＥＡＫＳ（登録商標）７（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  Ｉｎｃ．，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆｏｒ．ｃｏｍ／）を使用して、各個体に特異的なデータベース（「ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ−ｇｅｎｅｒａｔｅｄ  ｐｒｏｔｅｏｍｅ  ａｎｄ  ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ  ｄａｔａｂａｓｅｓ」の節を参照されたい）に対して、データベース検索を行った。前駆イオンおよび断片イオンのための質量公差を、それぞれ、５ｐ．ｐ．ｍ．および０．０２Ｄａに設定した。酵素特異性を有さずに、システイニル化、リン酸化（Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、およびＴｙｒ）、酸化（Ｍｅｔ）、および脱アミド（Ａｓｎ、Ｇｌｎ）のための変数変更により、検索を行った。原データファイルを、本明細書のすべての検出されたイオンについてのｍ／ｚ値、荷電状態、保持時間、および強度、ならびに３０，０００カウント値の閾値を含むペプチドマップに変換した。社内ソフトウエア（Ｐｒｏｔｅｏｐｒｏｆｉｌｅ）（Ｇｒａｎａｄｏｓ  ｅｔ  ａｌ．２０１４）を使用して、すべての同定されたペプチドイオンに対応するペプチドマップを一緒にアラインして、試料複製にわたるそれらの度数を相関させた。ＰＥＡＫＳデコイ融合手法を使用して、定量化された特殊なペプチド配列の偽発見率を計算した。Ｘｃａｌｉｂｕｒ（商標）ソフトウエアバージョン２．２  ＳＰ１．４８（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（登録商標））を使用して、個体のうちの少なくとも１つに検出されたＭＨＣクラスＩペプチドの最高スコア付けＭＳ／ＭＳスペクトルを手動で検証した。
【０１５７】
ＭｉＨＡの選択。ペプチドをそれらの長さで濾過し、正準ＭＡＰ長さ（典型的に、８〜１４量体）を有するそれらのペプチドを保持した。ＮｅｔＭＨＣバージョン３．４（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｓ．ｄｔｕ．ｄｋ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ＮｅｔＭＨＣ／，Ｌｕｎｄｅｇａａｒｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００８（ＰＭＩＤ：１８４１３３２９））を使用して、アレル生成物へのペプチドの予測される結合親和性（ＩＣ５０）を得た。５，０００ｎＭ未満のＩＣ５０を有するペプチドを、ＨＬＡ結合剤とみなした。
【０１５８】
以下の基準に従って、ＭｉＨＡを選択した。
ｉ）対応するペプチド（複数可）の表面発現をもたらす個体のペプチドコード領域内の報告された非同義のＳＮＰ（ｎｓＳＮＰ）の存在。これらは、個体と、報告されたＳＮＰについて代替アレルを保持する他の個体との間のＭｉＨＡ差を構成する。
ｉｉ）ＭｉＨＡの明確な起源。ゆえに、ＭｉＨＡは、個体のゲノム内に単一の遺伝子原因を有する。
ｉｉｉ）ＭｉＨＡは、これらの遺伝子が高度に多型であり、個体間で非常に変化しやすいため、免疫グロブリンまたはＨＬＡクラスＩもしくはクラスＩＩ遺伝子に由来していない。
ｉｖ）ＭｉＨＡは、ｄｂＳＮＰデータベース構築１３８（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）に従って、少なくとも０．０５の報告されたマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を有する。
【０１５９】
Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｖｉｅｗｅｒ  ｖ２．３．２５（Ｔｈｅ  Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）を使用して、ＭｉＨＡをコードするＲＮＡ（ｃＤＮＡ）およびＤＮＡ配列を手動で調査した。反復領域に対応する候補を棄却するために、ＵＣＳＣ  Ｒｅｐｅａｔ  Ｍａｓｋｅｒトラックを含めた。
【０１６０】
アレル頻度の判定。ｄｂＳＮＰデータベース構築１３８（ＮＣＢＩ）および／またはＮＨＬＢＩエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）から、各ｎｓ−ＳＮＰのマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）を得た。ＭＡＦの定義は、（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ＳＮＰ／ｄｏｃｓ／ｒｓ＿ａｔｔｒｉｂｕｔｅｓ．ｈｔｍｌに見出され得る。簡単に言うと、ｄｂＳＮＰは、デフォルトグローバル集団に含まれる各ｒｓについてのマイナーアレル頻度を報告している。これは一般的な多型とまれな変異型とを区別するために提供されているため、ＭＡＦは、実際に、第２の最も頻度の高いアレル値である。換言すると、０．５０、０．４９、および０．０１の頻度を有する３つのアレルがある場合、ＭＡＦは、０．４９として報告されるであろう。デフォルトグローバル集団は、２０１１年５月のデータセットにおいて放出された１０９４個の全世界個体からの１０００ゲノム相１遺伝子型データである。
【０１６１】
ＭｉＨＡ配列のＭＳ／ＭＳ検証。ＸｃａｌｉｂｕｒＴＭソフトウエアバージョン２．２ＳＰ１．４８（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（登録商標））を使用して、個体のうちの少なくとも１つの検出されたすべての候補ＭｉＨＡの最高スコア付けＭＳ／ＭＳスペクトルを手動で検証した。Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔによって合成された合成ＭｉＨＡバージョンを使用して、選択されたＭｉＨＡのＭＳ／ＭＳスペクトルをさらに検証した。続いて、生体試料を分析するのに使用されたものと同じパラメータを使用して、２５０〜５００ｆｍｏｌの各ペプチドを、ＬＴＱ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ  ＥＬＩＴＥ（商標）またはＱ−Ｅｘａｃｔｉｖｅ（商標）プラス質量分析計に注入した。
【０１６２】
遺伝子発現の組織分布の判定。同種Ｔ細胞は、造血／リンパ球器官におけるよりも他の場所で発現された多数の宿主ＭｉＨＡに対して反応し、ＧＶＨＤを誘発することができる。したがって、ＧＶＨＤを回避するために、ＭｉＨＡ発現は、ユビキタスであるべきではない。残念なことに、現在の技術的限界が、質量分析法によるこれらの組織におけるＭｉＨＡ発現を実験的に評価することを妨げている。代替として、ＭＡＰが、優先的に、豊富な転写産物に由来することが以前に示された（Ｇｒａｎａｄｏｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｂｌｏｏｄ  ２０１２）。よって、ＭｉＨＡをコードする転写産物の発現レベルは、ＭｉＨＡ発現の指標として使用することができるであろう。Ｆａｇｅｒｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ２０１４  １３：３９７−４０６から公開されているデータを使用し、これは、Ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｏｊｅｃｔ  Ａｔｌａｓ（ＴＨＰＡ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｒｏｔｅｉｎａｔｌａｓ．ｏｒｇ／ｔｉｓｓｕｅ，Ｕｈｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ（２０１０）．Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２８（１２）：１２４８−５０）の一部であり、３２個の組織についてヒト遺伝子の発現プロファイルを列挙している。このデータから、同定されたＭｉＨＡをコードする遺伝子の発現レベルを得た。次に、３２個の組織中に、＞１０の「Ｆｒａｇｍｅｎｔｓ  Ｐｅｒ  Ｋｉｌｏｂａｓｅ  ｏｆ  ｅｘｏｎｓ  ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ  ｍａｐｐｅｄ  ｒｅａｄｓ（ＦＰＫＭ）」で発現された場合、「ユビキタス」として分類し、または全３２個の組織中に、＞１０のＦＰＫＭで発現されない場合、「非ユビキタス」として、遺伝子を分類した。また、これらのデータを使用して、皮膚と比較した、骨髄におけるＭｉＨＡ遺伝子発現の比を計算した。注目すべきことに、Ｆａｇｅｒｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．（上記を参照）から使用される骨髄試料は、間質、脂肪細胞、骨、および血管の非造血成分、ならびに完全に分化された赤血球新生および骨髄造血集団の大部分を除去したＦｉｃｏｌｌ（商標）分離調製物であった（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｐｒｏｔｅｉｎａｔｌａｓ．ｏｒｇ／ｈｕｍａｎｐｒｏｔｅｏｍｅ／ｂｏｎｅ＋ｍａｒｒｏｗ）。ＴＣＧＡデータポータルバージョン３．１．６から、ＡＭＬ試料中のＭｉＨＡコード遺伝子のＲｅａｄｓ  Ｐｅｒ  Ｋｉｌｏｂａｓｅ  ｐｅｒ  Ｍｉｌｌｉｏｎ  ｍａｐｐｅｄ  ｒｅａｄｓ（ＲＰＫＭ）値を得た。ＡＭＬデータは、異なるサブタイプ：分類されない、１６  Ｍ０、４２  Ｍ１、４１  Ｍ２、１６  Ｍ３、３６  Ｍ４、２１  Ｍ５、２  Ｍ６、３  Ｍ７、２の１７９個の試料を含んだ。可視化のために、値をログ１０（１，０００ＲＰＫＭ＋１）に変換した。Ｙ染色体コード化ＵＴＹ遺伝子を除いた１７９個のＡＭＬを使用して、平均値を計算し、そのうち９５個の雄試料のみを検討した。
【０１６３】
個体当たりの同定されたＭｉＨＡの累積数。カスタムソフトウエアツールを使用して、研究される各追加の個体について予測される、ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３、またはＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１関連のＭｉＨＡの累積数を推定した。この数は、各個体に存在するＭｉＨＡ、および個体が分析される順序によって影響を受けるため、研究される個体群のすべての組み合わせおよび再配列において研究される各追加の個体について予測される新規に同定されたＭｉＨＡの数は、網羅的に列挙された。次に、研究される個体の各数についてのＭｉＨＡの平均数を演算した。最大２０個の個体に関するＭｉＨＡの累積数を近似するために、予測曲線をデータポイント上にマッピングした。「ｓｃｉｐｙ」Ｐｙｔｈｏｎライブラリーの「最適化」モジュールからの曲線＿フィットツールを使用して、曲線を関数上に合わせた（Ｊｏｎｅｓ  Ｅ，Ｏｌｉｐｈａｎｔ  Ｅ，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ  Ｐ，ｅｔ  ａｌ．ＳｃｉＰｙ：Ｏｐｅｎ  Ｓｏｕｒｃｅ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｔｏｏｌｓ  ｆｏｒ  Ｐｙｔｈｏｎ，２００１−，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｓｃｉｐｙ．ｏｒｇ／）。以下の方程式を使用して、同定されたＭｉＨＡの累積数を表した。
【数１】
2020508058.tif 000015
【０１６４】
治療ＭｉＨＡ不整合の頻度。治療ＭｉＨＡ不整合の数を推定するために、生物情報学的シミュレーション手法を使用した。３９個の最適ＭｉＨＡをコードする各ｎｓ−ＳＮＰについて、エキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）から、または入手不能な場合、「Ｔｈｅ  １，０００  Ｇｅｎｏｍｅｓ  Ｐｒｏｊｅｃｔ」（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．１０００ｇｅｎｏｍｅｓ．ｏｒｇ／）の欧州集団から、報告されたアレルを検索した。次に、ＭｉＨＡがＭＳによって検出されたか、もしくは免疫原性であると知られている場合、「優性」として、またはＭｉＨＡがＭＳによって検出されなかったか、もしくは免疫原性であるとも示されていない場合、「劣性」として、アレルをペプチドの観点からカテゴリー化した。注目すべきことに、いくつかの遺伝子座では、アレルの両方が相互優性であった。優性アレル存在が、常に、ＭｉＨＡの表面発現をもたらすことが想定された。同じｎｓ−ＳＮＰに由来するＭｉＨＡを重ね合わせる場合、ＭｉＨＡ遺伝子座を１回のみ検討した。このシミュレーションでは、ＭｉＨＡコードＳＮＰが独立した事象であることも想定された。Ｙ染色体由来のＭｉＨＡ（雌には不在）の場合、すべての雄レシピエント／雌ドナー対において、治療不整合が生じた。報告されたマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）に基づいて、すべてのＭｉＨＡコード遺伝子座において、「優性」または「劣性」ＭｉＨＡのアレル頻度を判定した。１：１の雌／雄比を想定して、１×１０６の非関連ドナー／レシピエント対をランダムに作成し、ＭｉＨＡのこのランク付けリストの増加するサブセット（１〜３０）を使用して、実質的に、遺伝子型決定を行った。よって、各ＭｉＨＡサブセットについて、１つの集団を作成した。各ＭｉＨＡのＭＡＦを確率として使用して、各個体の母系および父系ＭｉＨＡアレルを作成した。試験された各ＭｉＨＡサブセットについて、この手順により、個体当たり２つのセットのＭｉＨＡアレル（またはＭｉＨＡアレル）がもたらされた。各対に見られるＭｉＨＡ不整合の数を判定し、少なくとも１つ不整合が達成された場合、治療不整合と呼んだ。関連対について、試料採取集団が親集団の子孫に対応し、メンデル遺伝に従って作成されたことを除いて同じ手順を使用した。関連対および非関連対の両方について、この手順を１×１０６回繰り返した。
【０１６５】
統計分析およびデータ可視化。特に明記しない限り、ＲＳｔｕｄｉｏ（商標）バージョン０．９８．１０９１、Ｒバージョン３．１．２、およびＰｒｉｓｍ（商標）バージョン５．０ｄソフトウエアを使用して、分析および統計を行った。Ｗｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定を使用して、エキソンおよびエキソン−エキソン接合部、またはＭｉＨＡコード遺伝子、および非多型ＭＡＰをコードする遺伝子の多型指標分布を比較した。Ｒ内のｇｐｌｏｔｓパッケージを使用して、異なるＡＭＬサブタイプにおいて発現するＭｉＨＡ遺伝子の階層的クラスタリングおよびヒートマップを行った。ＡＮＯＶＡを使用して、その後、テューキーの多重比較検定を行って、ＡＭＬサブタイプ中のＭｉＨＡ遺伝子の平均発現を比較した。
【０１６６】
実施例２：ヒトＭｉＨＡの同定および特徴付け
ＭｉＨＡは、本質的に、ｎｓ−ＳＮＰを含有するゲノム領域によってコードされたＭＡＰである。１３、２１今日までに発見されたすべてのヒトＭｉＨＡが、２つの相互優性アレルまたは１つの優性および１つの劣性アレルのいずれかを有する２アレルの遺伝子座に由来する。２１、２６実際に、ＭＡＰコード配列におけるｎｓ−ＳＮＰは、ＭＡＰ作成を妨げるか、または変異型ＭＡＰを作成するかのいずれかであろう。１１ゆえに、ペプチドレベルで、各アレルは、優性（ＭＡＰを作成する）または劣性（ＭＡＰを作成しないヌルアレル）であり得る。この作業で報告されたすべてのＭｉＨＡは、ＭＳによって検出されたため、優性アレルによってコードされる。２つの特徴が、これらのＭｉＨＡのどれがＨＣの免疫療法に適切な標的を表しうるかを決定するべきであることは、理にかなっていた。第１に、ＭｉＨＡコードｎｓ−ＳＮＰのアレル頻度によって、ＭｉＨＡの有用性を判定する。実際に、同種Ｔ細胞によって認識されるために、ＭｉＨＡは、宿主細胞上に存在しなければならず、ドナー細胞内に不在してはならない（別様に、ドナーＴ細胞は、ＭｉＨＡを非自己として認識しないであろう）．この状況は、「治療不整合」と称される。治療不整合を有する確率は、標的ＭｉＨＡのアレル頻度が０．５であるときに最大であり、アレル頻度が０および１の２つの極値に近づいたときに減少する。１４よって、０．０１または０．９９のアレル頻度を有するＭｉＨＡは、低頻度の治療不整合を生じ、第１の場合、ＭｉＨＡ陽性レシピエントは、まれであり、第２の場合、ＭｉＨＡ陰性ドナーは、発見するのが困難であろう。原則として、ＭＡＦ≧０．０５を有する変異型のみを、一般的な平均のとれた遺伝的多型とみなす。３３よって、最も一般的でない（マイナー）アレルが＜０．０５の頻度を有する遺伝子座によってコードされたすべてのＭｉＨＡを除外した。第２に、ＭｉＨＡの組織分布は、ＭｉＨＡ標的化の有効性および無害の両方に関係している。ＨＣ免疫療法について、標的ＭｉＨＡは、造血細胞（ＨＣ細胞を含む）内に発現されるべきであるが、宿主組織によってユビキタス的に発現されるべきでない。
【０１６７】
以下のアレルのうちの少なくとも１つを発現する１８個の個体（９つの雌および９つの雄）由来のＢリンパ芽腫細胞株（ＢＬＣＬ）上で、プロテオゲノム分析を行った。ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２、およびＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１。ｎｓ−ＳＮＰを同定するために、各細胞株について、全体的なエキソームおよびトランスクリプトームの配列決定を行い、次に、ゲノム配列をコンピュータで翻訳して、個別化プロテオームを作り出した。続いて、各プロテオームを参照として使用して、高スループットＭＳによって、ＭＡＰの個体特異的レパートリーを配列した。２６ｎｓ−ＳＮＰによって作成されたいくつかのＭｉＨＡ候補を、ＭＳによって同定した。しかしながら、これらのｎｓ−ＳＮＰのうちのほとんどが、＜０．０５のＭＡＦを有するまれな変異型であったので、臨床的関心が限定的であった。さらなる分析は、ＭＡＦ≧０．０５を有する一般的な変異型に焦点を当てた。３３濾過および手動ＭＳ検証の後、いくつかの高頻度ＭｉＨＡを同定した（表ＩＩ）。
【表２】
2020508058.tif 000016
【表２−２】
2020508058.tif 000017
【表２−３】
2020508058.tif 000018
１太字で「／」によって分離される残基は、ＭｉＨＡ内に存在するアミノ酸変種（複数可）を示す。
ａこのＭｉＨＡが由来する遺伝子は、染色体Ｙ上に位置する。したがって、このＭｉＨａは、雄個体内に存在するが、雌個体内には不在である。
ｂＭｉＨＡの不在をもたらす欠失突然変異（ＣＧＣコドン）（ＳＮＰ  ｒｓ１５１０７５５９７）。
【０１６８】
以下の表ＩＩＩ−ａ〜ＩＩＩ−ｑは、ＨＬＡアレルによって分類される、本明細書で同定されたＭｉＨＡを図示する。本明細書で同定されたＭｉＨＡのうちのいくつかは、示されるように、他のＨＬＡアレルについて以前に報告されていた。
【表３】
2020508058.tif 000019
【表４】
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【表５】
2020508058.tif 000021
【表６】
2020508058.tif 000022
【表７】
2020508058.tif 000023
【０１６９】
実施例３：造血細胞に優先的に発現された遺伝子によって、同定されたＭｉＨＡをコードした。
造血癌（ＨＣ）免疫療法について、最適ＭｉＨＡは、標的ＨＣ細胞を含む、造血細胞上に発現されるべきであるが、理想的には、ユビキタス的には発現されるべきでないことが想定された。実際に、遍在的発現は、ＭｉＨＡ特異的Ｔ細胞の枯渇を引き起こすことによって、免疫療法の有効性を低減し、正常な宿主上皮細胞に向かう毒性のリスクを必然的に伴う（移植片対宿主病、ＧｖＨＤ）。ＭＡＰの度数は、その源転写産物の度数との良好な相関を示し、２２、３８−４０およびＲＮＡ−Ｓｅｑは現在、転写産物度数の評価のための最も正確な方法であるため、ＭｉＨＡコード転写産物の発現レベルを、ＲＮＡ−Ｓｅｑによって評価した。すべての解剖学的部位由来の精製された初代上皮細胞について、ＲＮＡ−Ｓｅｑデータは入手可能でないが、全体的に組織および器官について、この情報は入手可能である。したがって、異なる個体３０由来の２７個のヒト組織上の公開されているＲＮＡ−Ｓｅｑデータを使用して、ＨＬＡ−Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊０３：０１、ＨＬＡ−Ａ＊１１：０１、ＨＬＡ−Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ−Ａ＊２９：０２、ＨＬＡ−Ａ＊３２：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１３：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊２７：０５、ＨＬＡ−Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２、および／またはＨＬＡ−Ｂ＊５７：０１アレルによって提示されたＭｉＨＡをコードする遺伝子の発現プロファイルを評価した。造血対上皮細胞におけるＭｉＨＡコード遺伝子の関連する発現を評価するために、骨髄対皮膚細胞から得られたＲＮＡ−Ｓｅｑデータを使用した。皮膚細胞は、上皮細胞の純粋集団ではない（それらは単球および樹状細胞系譜の細胞を含有する）が、それにもかかわらず、造血細胞と比較して、上皮内で高度に濃縮されている。造血細胞における好ましい発現のための基準として、皮膚に対する骨髄における≧２の発現比を使用した。
【０１７０】
急性骨髄性白血病  （ＡＭＬ）は、ｔｈｅ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｌｏｏｄ  ａｎｄ  Ｍａｒｒｏｗ  Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＣＩＢＭＴＲ，ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｉｂｍｔｒ．ｏｒｇ）によれば最も一般的なＡＨＣＴの兆候である。よって、Ｔｈｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）から入手可能な１７９  ＡＭＬ試料からのＲＮＡ−Ｓｅｑデータを使用して、ＡＭＬ細胞における本明細書で同定されたＭｉＨＡをコードする遺伝子の発現を分析した。ＮｅｔＭＨＣ５８−６０を使用して、本明細書で同定されたＭｉＨＡの予測される結合親和性も判定した。これらの分析からの結果を表ＩＶに図示する。
【表８】
2020508058.tif 000024
【表８−２】
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【表８−３】
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ＭＡＦ  Ｇｌｏｂａｌ／ＥＡ：ｄｂＳＮＰによって報告されたＧｌｏｂａｌ  ＭＡＦ、およびエキソーム配列決定プロジェクト（ＥＳＰ）において報告されたＥｕｒｏｐｅａｎ  Ａｍｅｒｉｃａｎｓ（ＥＡ）におけるＭＡＦ；ＩＣ５０（ｎｍ）：ＮｅｔＭＨＣ（ｖ．３．４５８−６０による検出されたＭｉＨＡ変異型の予測されるＨＬＡ結合親和性（ＩＣ５０）；ＢＭ／皮膚割合：ＭｉＨＡコード転写産物の関連するＢＭ／皮膚発現。ＡＭＬ（ＲＰＫＭ）：ＴＣＧＡから得られた一次ＡＭＬ試料（ＲＰＫＭ）における平均ＭｉＨＡ遺伝子発現。
【０１７１】
実施例４：材料および方法（実施例５について）
試料の調製。エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）形質転換Ｂリンパ芽腫細胞株は、以前に記載されている［２６］末梢血単核細胞に由来した。ＨＥＰＥＳを含有し、１０％の熱失活されたウシ胎児血清、ペニシリン／ストレプトマイシン、およびＬ−グルタミンを補充されたＲＰＭＩ１６４０中に細胞を成長させ、ローラーボトル内で拡大させた。次に、細胞を回収し、ＰＢＳで洗浄し、新鮮な状態で使用するか、または−８０℃で保存するかのいずれかを行った。この研究で使用されるＢ−ＡＬＬ検体は、成人男性Ｂ−ＡＬＬ患者由来のものであり、モントリオールのＭａｉｓｏｎｎｅｕｖｅ−Ｒｏｓｅｍｏｎｔ  Ｈｏｓｐｉｔａｌのケベック白血病細胞バンクで回収および凍結保存された。以下のようにマウスに移植した後、Ｂ−ＡＬＬ細胞をインビボで拡大させた。ＮＯＤ  Ｃｇ−ＰｒｋｄｃｓｃｉｄＩｌ２ｒｇｔｍ１Ｗｊｌ／ＳｚＪ（ＮＳＧ）マウスをＪａｃｋｓｏｎ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙから購入し、特定の無菌の動物施設で繁殖させた。Ｂ−ＡＬＬ細胞を３７℃で解凍し、洗浄して、ＲＰＭＩ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）内で再懸濁した。合計１〜２×１０６個のＢ−ＡＬＬ細胞を、尾静脈を介して、８〜１２週齢の亜致死的に放射線を浴びた（２５０ｃＧｙ、１３７Ｃｓ−ガンマ線源）ＮＳＧマウスに移植した。疾患の兆候を示した場合、注入後３０〜６０日目にマウスを犠牲にした。脾臓を機械的に解離させ、白血病細胞をＦｉｃｏｌｌ（登録商標）勾配によって単離した。次に、試料の純度および生存率（通常、＞９０％）を、フローサイトメトリーによって評価した。Ｂ−ＡＬＬ細胞をヒトＣＤ４５＋ＣＤ１９＋として同定した。
【０１７２】
フローサイトメトリー。ＢＤ  Ｃａｎｔｏ  ＩＩ血球計算器（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）上で、データ取得を行った。ＢＤ  ＦＡＣＳＤｉｖａ（登録商標）４．１ソフトウエアを用いて分析を行った。使用される抗体は、抗ヒトＣＤ４５パシフィック・ブルー（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ  ３０４０２９）、抗ヒトＣＤ１９  ＰＥ−Ｃｙ７（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ５５７８３５）、抗マウスＣＤ４５．１  ＡＰＣ−ｅｆｌｕｏｒ  ７３０（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  ４７−０４５３−８２）、および抗ヒトＨＬＡ−ＡＢＣ  ＰＥ（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ  ＣＬＨＬＡ−０１ＰＥ）であった。製造業者の指示に従って、市販のＱＩＦＩＫＩＴ（登録商標）（Ｄａｋｏ）を使用して、精製された抗ヒトＨＬＡ−ＡＢＣ（クローンＷ６／３２、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ  １４−９９８３−８２）で間接的にラベルすることによって、ＭＨＣ  Ｉの絶対膜密度を評価した。
【０１７３】
細胞生存率アッセイ。１０μＬの再懸濁された細胞（ＭＡＥの前および後）を、１０μＬの０．４％のトリパンブルー溶液に添加した。混合した後、１０μＬをピペットで注入し、血球計算盤のスライドに移した。次に、無数自動化細胞計数盤（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、細胞生存率の判定を行った。
【０１７４】
免疫沈降によるペプチド単離。Ｗ６／３２抗体（ＢｉｏＸｃｅｌｌ）を、スラリーのｍＬ当たり１ｍｇの抗体の比で、ＰｕｒｅＰｒｏｔｅｏｍｅタンパク質Ａ磁気ビーズ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を用いて、室温で６０分間ＰＢＳ中で培養した。［６１］に記載されるジメチルピメリデートを使用して、抗体を磁気ビーズに共有結合的に架橋した。ビーズを、ｐＨ７．２のＰＢＳおよび０．０２％のＮａＮ３中に４℃で保存した。両細胞型由来の２×１０６、２０×１０６、および１００×１０６個の細胞ペレットの生物学的複製を、ｐＨ７．２の１ｍＬのＰＢＳに再懸濁し、ｐＨ７．２のＰＢＳを含有する１ｍＬの洗浄剤緩衝液、プロテアーゼ阻害剤カクテル（シグマ）を補充された１％（ｗ／ｖ）のＣＨＡＰＳ（シグマ）を添加することによって可溶化した。４℃でのタンブリングによる６０分間の培養の後、試料を、４℃で３０分間１００００ｇで遠心脱水させた。核除去後の上清を、１×１０６個の細胞当たり１０μｇのＷ６／３２抗体の比で、Ｗ６／３２抗体に連結された磁気ビーズを含有する新規管に移した。試料を、４℃で１８０分間タンブリングにより培養し、磁石上に置いて、磁気ビーズに結合されたＭＨＣ  Ｉ複合体を回復させた。磁気ビーズを、最初に４×１ｍＬのＰＢＳで、次に１×１ｍＬの０．１Ｘ  ＰＢＳで、最後に１×１ｍＬの水で洗浄した。０．２％のトリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）を使用した酸性治療によって、ＭＨＣ  Ｉ複合体を磁気ビーズから溶出させた。任意の残存する磁気ビーズを除去するために、溶出液を、２．０ｍＬのＣｏｓｔａｒ  ｍＬ  Ｓｐｉｎ−Ｘ遠心分離管フィルター（０．４５μｍ、Ｃｏｒｎｉｎｇ）に移し、３０００ｇで２分間遠心脱水した。２０個の直径１ｍｍのオクタデシル（Ｃ−１８）固相抽出ディスク（ＥＭＰＯＲＥ）で充填された自家製のステージチップを使用して、ペプチドを含有する濾液をＭＨＣ  Ｉサブユニット（ＨＬＡ分子およびβ−２マクログロブリン）から分離した。ステージチップを、最初にメタノールで、次に０．２％のＴＦＡ中の８０％のアセトニトリル（ＡＣＮ）で、最後に０．１％のギ酸（ＦＡ）で予め洗浄した。試料をステージチップに負荷し、ＨＬＡ分子およびβ−２マクログロブリンがフロースルー中に見出される間、ペプチドをステージチップ上に保持した。ステージチップを０．１％のＦＡで洗浄し、ペプチドを０．１％のＴＦＡ中の３０％のＡＣＮに溶出させた。真空遠心分離を使用して、ペプチドを乾燥させ、次に、ＭＳ分析まで−２０℃で保存した。
【０１７５】
弱酸溶出によるペプチド単離。両細胞型由来の２×１０６、２０×１０６、および１００×１０６個の細胞の生物学的複製を使用した。２×１０６および２０×１０６個の細胞試料に対して、１ｍＬのクエン酸ｐＨ３．３緩衝液を使用して、弱酸溶出によってペプチドを放出し、１００×１０６個の細胞試料に対して、１．５ｍＬのクエン酸ｐＨ３．３緩衝液を使用した。次に、ＨＬＢカートリッジを使用して、試料を脱塩し、以前［３８］に記載される３，０００Ｄａのカットオフカラムで濾過した。
【０１７６】
質量分析およびペプチド配列決定。真空乾燥された画分を、１７μＬの５％のＡＣＮ、０．２％のＦＡに再懸濁し、Ｑ  Ｅｘａｃｔｉｖｅ  ＨＦ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に連結されたＥａｓｙ  ｎＬＣ１０００を使用して、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳによって分析した。６００ｎＬ／分の流量、および５６分間の５〜３０％のＡＣＮ（０．２％のＦＡ）、続いて３．３分間の８０％のＡＣＮ（０．２％のＦＡ）の直鎖勾配を使用して、カスタムＣ１８逆相カラム（内径１５０μｍ×１００ｍｍ、Ｊｕｐｉｔｅｒ  Ｐｒｏｔｅｏ  ４μｍ、Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ）上で、ペプチドを分離した。１００ｍｓの最大注入時間で３×１０６の標的値で、３５０〜１２００ｍ／ｚのスキャン範囲にわたって、６０，０００（ｍ／ｚ２００で）の分解能で、Ｏｒｂｉｔｒａｐによりサーベイスキャン（ＭＳ１）を得た。質量較正は、内部ロックマス（プロトン化された（Ｓｉ（ＣＨ３）２Ｏ））６；ｍ／ｚ４４５．１２００２９）を使用し、ペプチド測定値の質量精度は、５ｐｐｍ以内であった。２５の正常化された衝突エネルギーを有する、より高いエネルギー衝突解離で、ＭＳ／ＭＳスペクトルを得た。最大２０個の前駆イオンを、１．６ｍ／ｚの前駆体単離ウィンドウ、５０ｍｓの最大注入時間を有する５×１０４の改良型ゲイン制御（ＡＧＣ）を用いて蓄積し、断片イオンを、ｍ／ｚ２００で３０，０００の分解能で動作するＯｒｂｉｔｒａｐ分析装置に移した。
【０１７７】
ペプチド同定およびラベルフリーの定量化。ＰＥＡＫＳ  ８（Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  Ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  Ｉｎｃ．）を使用して、データベース検索を行った。前駆体および断片イオンについての質量公差を、それぞれ、１０ｐｐｍおよび０．０２Ｄａに設定した。脱アミド（Ｎ、Ｑ）および酸化（Ｍ）について、酵素特異性を用いず、変数変更を用いて、検索を行った。Ｐｙｔｈｏｎスクリプト依存ｐｙＧｅｎｏ（ｖ１．２．９）［６２］を用いて、ＲＮＡｓｅｑによって検出された単一のアミノ酸多型（ＳＡＰ）を組み込む対象特異的タンパク質配列データベースを作成した。Ｂ−ＬＣＬおよびＢ−ＡＬＬ細胞について、それぞれ、Ｅｎｓｅｍｂｌ参照ゲノム放出７５（ＧＲＣｈ３７．ｐ１３）および８８（ＧＲＣｈ３８．ｐ１０）を使用した。Ｂ−ＡＬＬのためのＢ−ＬＣＬおよびＦｒｅｅＢａｙｅｓ［６３］について、Ｃａｓａｖａ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）によって多型を呼び出した。加えて、Ｂ−ＡＬＬのために、発現された転写産物を有する配列のみを保持した。ＭＨＣ  Ｉペプチド度数を試料にわたって比較するために、６ｐｐｍの質量公差および０．８分の保持時間ウィンドウを有するＰＥＡＫＳを使用して、ラベルフリー定量化を行った。同じ条件の複製についてのみ、ピーク領域を中央正規化した。
【０１７８】
生物情報工学的分析。以下の基準：ペプチド偽発見率を５％に限定、８〜１５個の残基のペプチド長さ、およびＮｅｔＭＨＣ  ４．０による上位２％のランク付けされた予測される配列の閾値を使用して、ＭＨＣ  Ｉペプチド選択を達成した。Ｊｕｐｙｔｅｒ／ＩＰｙｔｈｏｎノートブック（ｖ１．０．０／ｖ６．０．０）を使用してＰＥＡＫＳ結果ファイルをプロセシングし、統計分析および可視化を作成した。Ｐａｎｄａｓ（０．２０．１）、ＮｕｍＰｙ（ｖ１．１１．３）、およびＳｃｉＰｙ（ｖ０．１９．０）を使用して、データファイルを解析し、統計値を演算した。プロッティングのために、Ｈｏｌｏｖｉｅｗｓ（ｖ１．８．１）、Ｍａｔｐｌｏｔｌｉｂ（ｖ２．０．２）、およびｍａｔｐｌｏｔｌｉｂ−ｖｅｎｎ（ｖ０．１１．５）を使用した。ＭｉＨＡの同定および検証は、非同義の多型変異体を含有するＭＨＣ  Ｉペプチドを抽出するために、ｐｙＧｅｎｏ［６２］に基づくＰｙｔｈｏｎスクリプトを使用した。ペプチド配列が別のタンパク質中に存在してはならない（単一の遺伝子原因）、染色体Ｙ上に位置してはならない、ＨＬＡまたはＩｇＧ遺伝子に由来してはならない、およびマイナーアレル頻度（ＭＡＦ）が０．０５（ｄｂＳＮＰ構築１５０、一般的な）以上でなければならない、という基準を有するＪｙｐｙｔｅｒ／ＩＰｙｔｈｏｎノートブックを使用して、ＭｉＨＡの最後のリストを作成した。ＭｉＨＡのＭＳ／ＭＳを手動で検証した（必要とされる背景を超える４つの連続した断片）。実験的方法と細胞量との間の検出を比較するために、ＰＥＡＫＳラベルフリー定量化からＭｉＨＡペプチドについてのピーク領域を抽出した。
【０１７９】
実施例５：２つの単離方法を使用したＢ細胞リンパ芽球のＭＨＣ  Ｉ免疫ペプチドームレパートリー
共にＢ細胞に由来する、この研究のために選択されるヒト細胞。第１のモデルは、正常な末梢単核細胞から得られたエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）形質転換Ｂリンパ芽球性細胞株（Ｂ−ＬＣＬ）に対応している。この不死化細胞株を、典型的な細胞培養物条件（実施例４を参照されたい）下でインビトロで成長させ、これは以前に記載されている［２６、６１、６４〜６６］。第２のモデルは、白血病患者から得られたヒトＢ急性リンパ芽球性白血病（Ｂ−ＡＬＬ）細胞に由来している。Ｂ−ＡＬＬ細胞は、マウスへの注入および感染した動物の脾臓からの単離の後に、インビボでのみ拡大させることができるであろう。高分解能ＨＬＡ遺伝子型決定は、両Ｂリンパ芽球性細胞について得られ、それらの間で共有される２つのアロタイプ（Ａ＊０２：０１およびＢ＊４４：０３）を明らかにした（表Ｖ）。ＭＨＣ  Ｉペプチドの数は、ＭＨＣ  Ｉ分子の発現レベルに比例しているため、我々は、両細胞型について細胞表面で局所化されたＭＨＣ  Ｉ複合体の数も判定した。ＦＡＣＳ分析（表１）は、Ｂ−ＬＣＬ細胞が、Ｂ−ＡＬＬ細胞（細胞当たり５×１０５個の分子）と比較して、およそ６倍多くのＭＨＣ  Ｉ複合体（細胞当たり３×１０６個の分子）を発現することを明らかにした。
【表９】
2020508058.tif 000027
【０１８０】
ＭＡＥおよびＩＰ精製方法の両方を使用した、ＭＩＰの分析に使用されたワークフローは以下の通りである。ＭＡＥ手法について、低ｐＨでの生細胞の培養は、ＭＨＣ  Ｉ複合体を分断させ、β２−ミクログロブリンタンパク質およびペプチドを緩衝液中に放出し、膜結合性ＨＬＡ分子は、細胞表面を関連付けられたままである。ペプチドを脱塩し、次に、ＭＳ分析の前に限外濾過によってより大きいβ２−ミクログロブリンタンパク質から分離した。ＩＰ手法について、ＭＨＣ  Ｉ複合体を洗浄剤緩衝液中に可溶化し、次に、固形支持体に連結されたＷ６／３２抗体を使用して、免疫親和性によって捕捉した。このｐａｎ−ＭＨＣ  Ｉ抗体は、３  ＨＬＡクラスＩアレル（Ａ、Ｂ、およびＣ）を認識し、ＨＬＡ分子がβ２−ミクログロブリンおよびペプチドに関連付けられたとき、三元ＭＨＣ  Ｉ複合体についてのみ免疫適格性である。抗体／ＭＨＣ  Ｉ複合体を洗浄して、汚染タンパク質および洗浄剤を除去し、酸性治療によって変性させて、抗体およびＭＣＨ  Ｉ複合体を分断した。次に、ペプチドを、質量分析計でのＭＳ分析の前に、固相抽出によって、抗体、ＨＬＡ分子、およびβ２−ミクログロブリンから分離する。各細胞型に特異的なタンパク質配列データベースを使用して、ＰＥＡＫＳソフトウエアにより、ＭＳ／ＭＳスペクトルを調べた。
【０１８１】
生物製剤上のＩＰおよびＭＡＥ単離方法の再現性は、２００万、２０００万、および１億個の細胞の抽出物から３倍である。各ＬＣ−ＭＳ／ＭＳデータセットからのイオン強度を生物学的複製間で相関させた。２００万および２０００万個のＢ−ＬＣＬ細胞のＭＡＥ単離、および再現性がより低い２００万個のＢ−ＡＬＬ細胞のＩＰ単離を除いた大部分の細胞抽出物について、典型的には０．９を超えるピアソン係数による優れた再現性を得た。次に、すべての実験について同定されたペプチドの収率を調べた。両方法によって同定されたペプチドは、単離方法および細胞モデルの両方について、細胞数が漸進的に増加した。例えば、ＩＰ方法によって同定されたペプチドの数は、それぞれ、２００万〜１億個のＢ−ＬＣＬ細胞について、２０１６〜５０９３個のペプチドが増加した。平均して、Ｂ−ＡＬＬ細胞と比較して、Ｂ−ＬＣＬ細胞において同定されたペプチドの数が５．４倍増加し、これは細胞表面のＭＨＣ  Ｉ分子の度数と一致する（表Ｖ）。両細胞モデルについて同定されたペプチドの比較は、ＩＰ方法が、ＭＡＥ方法よりも多くの同定を一貫して提供することを示したが、この差は、細胞量の増加と共に徐々に減少した。これらの結果についてのより注意深い調査は、ＩＰ方法が、典型的に、ＭＡＥについて、８１〜９２％と比較して、９０〜９２％の範囲の濃縮レベルを有するＭＡＥと比較して、より高い比率のＭＩＰを提供することを明らかにした。
【０１８２】
すべての実験において、すべての同定されたペプチドのうちの９５％超が、長さ８〜１５個のアミノ酸からなるものであった。Ｂ−ＬＣＬ細胞について、ＭＩＰの関連する比率は、ＭＡＥまたはＩＰ方法のいずれかによって同定されたすべてのペプチドのうちのおよそ８０％に対応している。対照的に、Ｂ−ＡＬＬ細胞から、より低い比率のＭＩＰが単離され、ＭＡＥ方法について、４０％のみと比較して、同定されたすべてのペプチドのうちの７０％がＭＩＰに割り当てられた。各単離方法は、異なる収率のＭＩＰを提供したが、ＮｅｔＭＨＣ  ４．０によって定義されるペプチド親和性の分布は、Ｂ−ＬＣＬおよびＢ−ＡＬＬ細胞について、４０ｎＭの平均親和性を有する両方法について比較可能であった。ＨＬＡ遺伝子型決定（表１）から同定されたアレルによって好まれる結合モチーフに従って、各ＭＩＰを分類した。Ｂ−ＬＣＬ細胞のＩＰおよびＭＡＥ抽出物において同定された６０４８および３６８２  ＭＩＰから、それぞれ、ＭＨＣ  Ｉアレル生成物Ｂ＊４４：０３、Ｂ＊０７：０２、Ａ：０２：０１、およびＡ＊０１：０１によって、４１〜４２％、３２〜３４％、１１〜１３％、および１２％が提示された。Ｂ−ＡＬＬ細胞について、ＭＡＥ方法とＩＰ方法との間のアレル生成物の類似の分布も留意し、それぞれ、ＭＨＣ  Ｉアレル生成物Ｂ＊４０：０１、Ｂ＊４４：０３、Ａ＊１１：０１、およびＡ＊０２：０１によって、２９〜４１％、３３〜３４％、１５〜３１％、および７〜１１％が提示された。集合的に、これらの結果は、ＩＰおよびＭＡＥ方法が類似の親和性を有するアレル生成物の比較可能な分布を提供し、ＨＬＡ結合生成物における有意なバイアスが、これらの方法の間に存在しないことを示した。上記のように、合計６０５０および２３５０個の特殊なＭＡＰが、それぞれ、Ｂ−ＬＣＬおよびＢ−ＡＬＬ細胞において同定された。ｐｙＧｅｎｏを使用して、非同義の多型変異体を含有するＭＨＣ  Ｉペプチドを抽出し、６７６および２１４ペプチドのサブセットが、それぞれ、Ｂ−ＬＣＬおよびＢ−ＡＬＬ細胞における推定上のＭｉＨＡ候補に対応することを判定した。これらのペプチド変異型は、一般的に、所与のＨＬＡアレルを担持する対象におけるそれらの相対的な発生（すなわち、マイナーアレル頻度、ＭＡＦ）、およびよく定義された遺伝的多型［１１、１４、２１］に対するそれらの関連に従って定義される。よって、単一の遺伝子原因から生じるペプチドからの推定上のＭｉＨＡは、ＨＬＡまたはＩｇＧ遺伝子に由来するものではなく、選択される０．０５以上のＭＡＦ値を有する。同定されたＭｉＨＡのリストを、Ｂ−ＬＣＬおよびＢ−ＡＬＬ細胞において検出されたペプチド変異型について、それぞれ、表ＶＩおよびＶＩＩに提示する。すべての実験にわたって同定されたＭｉＨＡの数の比較は、それらの検出がまた、それぞれ、２×１０６〜１×１０８個のＢ−ＬＣＬ細胞から得られたＩＰおよびＭＡＥ抽出物について、細胞数に従って縮尺され、８〜１８ペプチドおよび１〜１５個のペプチドの範囲であることを示した。ＩＰ方法により観察されたＭｉＨＡの改善された同定は、ＭＡＥ方法と比較して、ＭＩＰの回復において全体的な増加を反映している。平均して、同定さ���たＭｉＨＡの相対的な比率は、ＭＩＰレパートリーのおよそ０．４％に対応しており、これは、Ｂ−ＬＣＬ細胞について以前に報告されたもの［２６、６７］と一致している。
【表１０】
2020508058.tif 000028
【表１０−２】
2020508058.tif 000029
【表１１】
2020508058.tif 000030
【０１８３】
特許請求の範囲の範囲は、実施例に記載の好ましい実施形態によって限定されるべきではないが、明細書全体と一致する最も広範囲の解釈が与えられるべきである。
参考文献
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１１．Ｒｏｏｐｅｎｉａｎ  Ｄ，Ｃｈｏｉ  ＥＹ，Ｂｒｏｗｎ  Ａ．Ｔｈｅ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｏｍｉｃｓ  ｏｆ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｖ．２００２；１９０：８６−９４．
１２．Ｍｕｌｌａｌｌｙ  Ａ，ＲｉｔｚＪ．Ｂｅｙｏｎｄ  ＨＬＡ：ｔｈｅ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｏｆ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  ａｌｌｏｇｅｎｅｉｃ  ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｓｔｅｍ  ｃｅｌｌ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ．Ｂｌｏｏｄ  ２００７；１０９：１３５５−１３６２．
１３．Ｇｒａｎａｄｏｓ  ＤＰ，Ｌａｕｍｏｎｔ  ＣＭ，Ｔｈｉｂａｕｌｔ  Ｐ，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ  Ｃ．Ｔｈｅ  ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｓｅｌｆ  ｆｏｒ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ−ａ  ｓｙｓｔｅｍｓ−ｌｅｖｅｌ  ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１５；３４：１−８．
１４．Ｗａｒｒｅｎ  ＥＨ，Ｚｈａｎｇ  ＸＣ，Ｌｉ  Ｓ，Ｆａｎ  Ｗ，Ｓｔｏｒｅｒ  ＢＥ，Ｃｈｉｅｎ  ＪＷ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｆｆｅｃｔ  ｏｆ  ＭＨＣ  ａｎｄ  ｎｏｎ−ＭＨＣ  ｄｏｎｏｒ／ｒｅｃｉｐｉｅｎｔ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｄｉｓｐａｒｉｔｙ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｏｕｔｃｏｍｅ  ｏｆ  ａｌｌｏｇｅｎｅｉｃ  ＨＣＴ．Ｂｌｏｏｄ  ２０１２；１２０：２７９６−２８０６．
１５．Ｂｌａｚａｒ  ＢＲ，Ｍｕｒｐｈｙ  ＷＪ，Ａｂｅｄｉ  Ｍ．Ａｄｖａｎｃｅｓ  ｉｎ  ｇｒａｆｔ−ｖｅｒｓｕｓ−ｈｏｓｔ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１２；１２：４４３−４５８．
１６．Ｆｏｎｔａｉｎｅ  Ｐ，Ｒｏｙ−Ｐｒｏｕｌｘ  Ｇ，Ｋｎａｆｏ  Ｌ，Ｂａｒｏｎ  Ｃ，Ｒｏｙ  ＤＣ，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ  Ｃ．Ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｔｒａｎｓｆｅｒ  ｏｆ  Ｔ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｔｏ  ａ  ｓｉｎｇｌｅ  ｉｍｍｕｎｏｄｏｍｉｎａｎｔ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｅｒａｄｉｃａｔｅｓ  ｌｅｕｋｅｍｉａ  ｃｅｌｌｓ  ｗｉｔｈｏｕｔ  ｃａｕｓｉｎｇ  ｇｒａｆｔ−ｖｅｒｓｕｓ−ｈｏｓｔ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２００１；７：７８９−７９４．
１７．Ｍｅｕｎｉｅｒ  ＭＣ，Ｄｅｌｉｓｌｅ  ＪＳ，Ｂｅｒｇｅｒｏｎ  Ｊ，Ｒｉｎｅａｕ  Ｖ，Ｂａｒｏｎ  Ｃ，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ  Ｃ．Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ａｇａｉｎｓｔ  ａ  ｓｉｎｇｌｅ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｃａｎ  ｃｕｒｅ  ｓｏｌｉｄ  ｔｕｍｏｒｓ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２００５；１１：１２２２−１２２９．
１８．Ｌｉ  Ｎ，Ｍａｔｔｅ−Ｍａｒｔｏｎｅ  Ｃ，Ｚｈｅｎｇ  Ｈ，Ｃｕｉ  Ｗ，Ｖｅｎｋａｔｅｓａｎ  Ｓ，Ｔａｎ  ＨＳ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｍｏｒｙ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｆｒｏｍ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ−ｖａｃｃｉｎａｔｅｄ  ａｎｄ  ｖｉｒｕｓ−ｉｍｍｕｎｅ  ｄｏｎｏｒｓ  ｉｍｐｒｏｖｅｓ  ＧＶＬ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｃｏｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎ．Ｂｌｏｏｄ  ２０１１；１１８：５９６５−５９７６．
１９．Ｂｌａｎｋｅｎｓｔｅｉｎ  Ｔ，Ｌｅｉｓｅｇａｎｇ  Ｍ，Ｕｃｋｅｒｔ  Ｗ，Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ  Ｈ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｃａｎｃｅｒ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｂｙ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｇｅｎｅ  ｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１５；３３：１１２−１１９．
２０．Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ  ＲＤ，Ｏｌｄ  ＬＪ，Ｓｍｙｔｈ  ＭＪ．Ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｅｄｉｔｉｎｇ：ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ‘ｓ  ｒｏｌｅｓ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ｐｒｏｍｏｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２０１１；３３１：１５６５−１５７０．
２１．Ｓｐｉｅｒｉｎｇｓ  Ｅ，Ｈｅｎｄｒｉｋｓ  Ｍ，Ａｂｓｉ  Ｌ，Ｃａｎｏｓｓｉ  Ａ，Ｃｈｈａｙａ  Ｓ，Ｃｒｏｗｌｅｙ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ  ｏｆ  ａｕｔｏｓｏｍａｌ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｄｉｓｐｌａｙ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ  ａｍｏｎｇ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．ＰＬｏＳ．Ｇｅｎｅｔ．２００７；３：ｅ１０３．
２２．Ｙａｄａｖ  Ｍ，Ｊｈｕｎｊｈｕｎｗａｌａ  Ｓ，Ｐｈｕｎｇ  ＱＴ，Ｌｕｐａｒｄｕｓ  Ｐ，Ｔａｎｇｕａｙ  Ｊ，Ｂｕｍｂａｃａ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ  ｔｕｍｏｕｒ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｂｙ  ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  ａｎｄ  ｅｘｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ  ２０１４；５１５：５７２−５７６．
２３．Ｂｌｅａｋｌｅｙ  Ｍ，Ｒｉｄｄｅｌｌ  ＳＲ．Ｅｘｐｌｏｉｔｉｎｇ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｏｒ  ｈｕｍａｎ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  ｌｅｕｋｅｍｉａ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．２０１１；８９：３９６−４０７．
２４．Ｈｏｍｂｒｉｎｋ  Ｐ，Ｈａｓｓａｎ  Ｃ，Ｋｅｓｔｅｒ  ＭＧ，Ｊａｈｎ  Ｌ，Ｐｏｎｔ  ＭＪ，ｄｅ  Ｒｕ  ＡＨ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｒｅｌｅｖａｎｔ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｗｉｔｈｉｎ  ｔｈｅ  Ｂ−ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ−ｄｅｒｉｖｅｄ  ＨＬＡ−ｌｉｇａｎｄｏｍｅ  ｕｓｉｎｇ  ａ  ｒｅｖｅｒｓｅ  ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ａｐｐｒｏａｃｈ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２０１５；２１：２１７７−２１８６．
２５．Ｖａｎ  Ｂｅｒｇｅｎ  ＣＡ，Ｒｕｔｔｅｎ  ＣＥ，Ｖａｎ  Ｄｅｒ  Ｍｅｉｊｄｅｎ  ＥＤ，Ｖａｎ  Ｌｕｘｅｍｂｕｒｇ−Ｈｅｉｊｓ  ＳＡ，Ｌｕｒｖｉｎｋ  ＥＧ，Ｈｏｕｗｉｎｇ−Ｄｕｉｓｔｅｒｍａａｔ  ＪＪ  ｅｔ  ａｌ．Ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  １０  ｎｅｗ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｂｙ  ｗｈｏｌｅ  ｇｅｎｏｍｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｓｃａｎｎｉｎｇ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２０１０；７０：９０７３−９０８３．
２６．Ｇｒａｎａｄｏｓ  ＤＰ，Ｓｒｉｒａｎｇａｎａｄａｎｅ  Ｄ，Ｄａｏｕｄａ  Ｔ，Ｚｉｅｇｅｒ  Ａ，Ｌａｕｍｏｎｔ  ＣＭ，Ｃａｒｏｎ−Ｌｉｚｏｔｔｅ  Ｏ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｍｐａｃｔ  ｏｆ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ．Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２０１４；５：３６００．
２７．Ｄｏｌａｎ  ＢＰ，Ｓｈａｒｍａ  ＡＡ，Ｇｉｂｂｓ  ＪＳ，Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ  ＴＪ，Ｂｅｎｎｉｎｋ  ＪＲ，Ｙｅｗｄｅｌｌ  ＪＷ．ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈｅｓ  ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｔｈｅｉｒ  ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｖｓ．ｖｉｒａｌ  ｍＲＮＡ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ  ２０１２；１０９：７０２５−７０３０．
２８．Ｙｅｗｄｅｌｌ  ＪＷ．ＤＲｉＰｓ  ｓｏｌｉｄｉｆｙ：ｐｒｏｇｒｅｓｓ  ｉｎ  ｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ  ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１１；３２：５４８−５５８．
２９．Ｎｅｓｖｉｚｈｓｋｉｉ  ＡＩ．Ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓ：ｃｏｎｃｅｐｔｓ，ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ．Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０１４；１１：１１１４−１１２５．
３０．Ｆａｇｅｒｂｅｒｇ  Ｌ，Ｈａｌｌｓｔｒｏｍ  ＢＭ，Ｏｋｓｖｏｌｄ  Ｐ，Ｋａｍｐｆ  Ｃ，Ｄｊｕｒｅｉｎｏｖｉｃ  Ｄ，Ｏｄｅｂｅｒｇ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｔｉｓｓｕｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｂｙ  ｇｅｎｏｍｅ−ｗｉｄｅ  ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃｓ  ａｎｄ  ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｂａｓｅｄ  ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ．２０１４；１３：３９７−４０６．
３１．Ｗｏｌｆｌ  Ｍ，Ｇｒｅｅｎｂｅｒｇ  ＰＤ．Ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ−ｆａｃｉｌｉｔａｔｅｄ  ｅｘｐａｎｓｉｏｎ  ｏｆ  ｎａｉｖｅ，ｈｕｍａｎ  ＣＤ８＋Ｔ  ｃｅｌｌｓ．Ｎａｔ  Ｐｒｏｔｏｃ．２０１４；９：９５０−９６６．
３２．Ｊａｎｅｌｌｅ  Ｖ，Ｃａｒｌｉ  Ｃ，Ｔａｉｌｌｅｆｅｒ  Ｊ，Ｏｒｉｏ  Ｊ，Ｄｅｌｉｓｌｅ  ＪＳ．Ｄｅｆｉｎｉｎｇ  ｎｏｖｅｌ  ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｏｐｔｉｍａｌ  ｐｒｉｍｉｎｇ  ａｎｄ  ｅｘｐａｎｓｉｏｎ  ｏｆ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  ｃｕｌｔｕｒｅ．Ｊ  Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．２０１５；１３：１２３．
３３．Ａｂｅｃａｓｉｓ  ＧＲ，Ａｌｔｓｈｕｌｅｒ  Ｄ，Ａｕｔｏｎ  Ａ，Ｂｒｏｏｋｓ  ＬＤ，Ｄｕｒｂｉｎ  ＲＭ，Ｇｉｂｂｓ  ＲＡ  ｅｔ  ａｌ．Ａ  ｍａｐ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ−ｓｃａｌｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｎａｔｕｒｅ  ２０１０；４６７：１０６１−１０７３．
３４．Ｓｐｉｅｒｉｎｇｓ  Ｅ．Ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ：ｐａｓｔ，ｐｒｅｓｅｎｔ，ａｎｄ  ｆｕｔｕｒｅ．Ｔｉｓｓｕｅ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  ２０１４；８４：３７４−６０．
３５．Ｍａｊｅｗｓｋｉ  Ｊ，ＯｔｔＪ．Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  ｅｌｅｍｅｎｔｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．２００２；１２：１８２７−１８３６．
３６．Ａｓａｋｕｒａ  Ｓ，Ｈａｓｈｉｍｏｔｏ  Ｄ，Ｔａｋａｓｈｉｍａ  Ｓ，Ｓｕｇｉｙａｍａ  Ｈ，Ｍａｅｄａ  Ｙ，Ａｋａｓｈｉ  Ｋ  ｅｔ  ａｌ．Ａｌｌｏａｎｔｉｇｅｎ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｎ  ｎｏｎ−ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ  ｒｅｄｕｃｅｓ  ｇｒａｆｔ−ｖｅｒｓｕｓ−ｌｅｕｋｅｍｉａ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｉｎ  ｍｉｃｅ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ  ２０１０；１２０：２３７０−２３７８．
３７．Ｆｌｕｔｔｅｒ  Ｂ，Ｅｄｗａｒｄｓ  Ｎ，Ｆａｌｌａｈ−Ａｒａｎｉ  Ｆ，Ｈｅｎｄｅｒｓｏｎ  Ｓ，Ｃｈａｉ  ＪＧ，Ｓｉｖａｋｕｍａｒａｎ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｏｎｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｂｌｏｃｋｓ  ｍｅｍｏｒｙ  ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ  ｏｆ  ａｌｌｏｒｅａｃｔｉｖｅ  ＣＤ８＋Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  ｄｒｉｖｅｓ  ｔｈｅｉｒ  ｅｖｅｎｔｕａｌ  ｅｘｈａｕｓｔｉｏｎ  ｉｎ  ｍｏｕｓｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｂｏｎｅ  ｍａｒｒｏｗ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ  ２０１０；１２０：３８５５−３８６８．
３８．Ｆｏｒｔｉｅｒ  ＭＨ，Ｃａｒｏｎ  Ｅ，Ｈａｒｄｙ  ＭＰ，Ｖｏｉｓｉｎ  Ｇ，Ｌｅｍｉｅｕｘ  Ｓ，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ  Ｃ  ｅｔ  ａｌ．Ｔｈｅ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ  ｉｓ  ｍｏｌｄｅｄ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．２００８；２０５：５９５−６１０．
３９．Ｈｏｏｆ  Ｉ，ｖａｎ  Ｂａａｒｌｅ  Ｄ，Ｈｉｌｄｅｂｒａｎｄ  ＷＨ，Ｋｅｓｍｉｒ  Ｃ．Ｐｒｏｔｅｏｍｅ  ｓａｍｐｌｉｎｇ  ｂｙ  ｔｈｅ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙ．ＰＬｏＳ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｂｉｏｌ．２０１２；８：ｅ１００２５１７．
４０．Ｇｒａｎａｄｏｓ  ＤＰ，Ｙａｈｙａｏｕｉ  Ｗ，Ｌａｕｍｏｎｔ  ＣＭ，Ｄａｏｕｄａ  Ｔ，Ｍｕｒａｔｏｒｅ−Ｓｃｈｒｏｅｄｅｒ  ＴＬ，Ｃｏｔｅ  Ｃ  ｅｔ  ａｌ．ＭＨＣ  Ｉ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｐｒｅｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ  ｄｅｒｉｖｅ  ｆｒｏｍ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ  ｂｅａｒｉｎｇ  ｍｉＲＮＡ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｅｌｅｍｅｎｔｓ．Ｂｌｏｏｄ  ２０１２；１１９：ｅ１８１−ｅ１９１．
４１．Ｃａｒｏｎ  Ｅ，Ｖｉｎｃｅｎｔ  Ｋ，Ｆｏｒｔｉｅｒ  ＭＨ，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ  ＪＰ，Ｂｒａｍｏｕｌｌｅ  Ａ，Ｈａｒｄｙ  ＭＰ  ｅｔ  ａｌ．Ｔｈｅ  ＭＨＣ  Ｉ  ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅ  ｃｏｎｖｅｙｓ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｃｅｌｌ  ｓｕｒｆａｃｅ  ａｎ  ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  ｖｉｅｗ  ｏｆ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ．Ｍｏｌ．Ｓｙｓｔ．Ｂｉｏｌ．２０１１；７：５３３．
４２．Ｂｅｎｎｅｔｔ  ＪＭ，Ｃａｔｏｖｓｋｙ  Ｄ，Ｄａｎｉｅｌ  ＭＴ，Ｆｌａｎｄｒｉｎ  Ｇ，Ｇａｌｔｏｎ  ＤＡ，Ｇｒａｌｎｉｃｋ  ＨＲ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｐｏｓｅｄ  ｒｅｖｉｓｅｄ  ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｃｕｔｅ  ｍｙｅｌｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ．Ａ  ｒｅｐｏｒｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｆｒｅｎｃｈ−Ａｍｅｒｉｃａｎ−Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐ．Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．１９８５；１０３：６２０−６２５．
４３．Ｃｈａｐｐｅｌｌ  Ｐ，Ｍｅｚｉａｎｅ  ＥＫ、Ｈａｒｒｉｓｏｎ  Ｍ，Ｍａｇｉｅｒａ  Ｌ，Ｈｅｒｍａｎｎ  Ｃ，Ｍｅａｒｓ  Ｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｌｅｖｅｌｓ  ｏｆ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ａｒｅ  ｉｎｖｅｒｓｅｌｙ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｐｒｏｍｉｓｃｕｉｔｙ  ｏｆ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｂｉｎｄｉｎｇ．Ｅｌｉｆｅ．２０１５；４：ｅ０５３４５．
４４．Ｓｃｈｅｌｌｅｎｓ  ＩＭ，Ｈｏｏｆ  Ｉ，Ｍｅｉｒｉｎｇ  ＨＤ，Ｓｐｉｊｋｅｒｓ  ＳＮ，Ｐｏｅｌｅｎ  ＭＣ，ｖａｎ  Ｇａａｎｓ−ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｒｉｎｋ  ＪＡ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｎａｔｕｒａｌｌｙ  ｐｒｏｃｅｓｓｅｄ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ：ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ＨＬＡ−Ａ  ａｎｄ  Ｂ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅ．ＰＬｏＳ．Ｏｎｅ．２０１５；１０：ｅ０１３６４１７．
４５．Ｃａｒｏｎ  Ｅ，Ｅｓｐｏｎａ  Ｌ，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ  ＤＪ，Ｓｃｈｕｓｔｅｒ  Ｈ，Ｔｅｒｎｅｔｔｅ  Ｎ，Ａｌｐｉｚａｒ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎ  ｏｐｅｎ−ｓｏｕｒｃｅ  ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  ａｎｄ  ｄａｔａ  ｒｅｓｏｕｒｃｅ  ｔｏ  ａｎａｌｙｚｅ  ｄｉｇｉｔａｌ  ｍａｐｓ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｏｐｅｐｔｉｄｏｍｅｓ．Ｅｌｉｆｅ．２０１５；４：
４６．Ｈｅａｔｈ  ＷＲ，Ｃａｒｂｏｎｅ  ＦＲ．Ｔｈｅ  ｓｋｉｎ−ｒｅｓｉｄｅｎｔ  ａｎｄ  ｍｉｇｒａｔｏｒｙ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｙｓｔｅｍ  ｉｎ  ｓｔｅａｄｙ  ｓｔａｔｅ  ａｎｄ  ｍｅｍｏｒｙ：ｉｎｎａｔｅ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ，ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ．Ｎａｔ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２０１３；１４：９７８−９８５．
４７．Ｂｏｌｌａｒｄ  ＣＭ，Ｂａｒｒｅｔｔ  ＡＪ．Ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  Ｔ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ  ｆｏｒ  ｌｅｕｋｅｍｉａ  ａｎｄ  ｌｙｍｐｈｏｍａ．Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｈｅｍａｔｏｌ．Ｅｄｕｃ．Ｐｒｏｇｒａｍ．２０１４；２０１４：５６５−５６９．
４８．Ｙｅｅ  Ｃ．Ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｆｏｒ  ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｔｒａｎｓｆｅｒ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ  ２０１４；２５７：２５０−２６３．
４９．Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ  Ｃ，Ｒｏｙ  ＤＣ，Ｆｏｒｔｉｎ  Ｃ．Ｉｍｍｕｎｏｄｏｍｉｎａｎｔ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ：  ｔｈｅ  ｍａｊｏｒ  ｏｎｅｓ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｔｏｄａｙ  １９９８；１９：６９−７４．
５０．Ｃｈｏｉ  ＥＹ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎｓｏｎ  ＧＪ，Ｙｏｓｈｉｍｕｒａ  Ｙ，Ｊｕｎｇ  Ｎ，Ｓｐｒｏｕｌｅ  ＴＪ，Ｍａｌａｒｋａｎｎａｎ  Ｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  Ｈ６０  ａｓ  ａ  ｍａｊｏｒ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｉｎ  ｍｕｒｉｎｅ  ｇｒａｆｔ−ｖｅｒｓｕｓ−ｈｏｓｔ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｂｌｏｏｄ  ２００２；１００：４２５９−４２６４．
５１．Ｋｉｍ  Ｊ，Ｒｙｕ  ＳＪ，Ｏｈ  Ｋ，Ｊｕ  ＪＭ，Ｊｅｏｎ  ＪＹ，Ｎａｍ  Ｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｍｏｒｙ  ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ  ｉｎ  ＣＤ８（＋）Ｔ−ｃｅｌｌ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｉｓ  ｉｎｔｒｉｎｓｉｃ  ａｎｄ  ｉｓ  ｎｏｔ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ  ｂｙ  ＣＤ４  ｈｅｌｐ．Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２０１５；６：７９９４．
５２．Ｒｏｓｉｎｓｋｉ  ＳＬ，Ｓｔｏｎｅ  Ｂ，Ｇｒａｖｅｓ  ＳＳ，Ｆｕｌｌｅｒ  ＤＨ，Ｄｅ  Ｒｏｓａ  ＳＣ，Ｓｐｉｅｓ  ＧＡ  ｅｔ  ａｌ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｖａｃｃｉｎｅ  ｒｅｇｉｍｅｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃａｎｉｎｅ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ  ｃｅｌｌ  ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ  ２０１５；９９：２０８３−２０９４．
５３．Ｔｕｒｔｌｅ  ＣＪ，Ｒｉｄｄｅｌｌ  ＳＲ．Ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ  ｒｅｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ＣＤ８＋ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  ｓｕｂｓｅｔｓ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１１；２３：２９９−３０５．
５４．Ｎａｕｅｒｔｈ  Ｍ，Ｗｅｉｓｓｂｒｉｃｈ  Ｂ，Ｋｎａｌｌ  Ｒ，Ｆｒａｎｚ  Ｔ，Ｄｏｓｓｉｎｇｅｒ  Ｇ，Ｂｅｔ  Ｊ  ｅｔ  ａｌ．ＴＣＲ−ｌｉｇａｎｄ  ｋｏｆｆ  ｒａｔｅ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ｃａｐａｃｉｔｙ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ＣＤ８＋Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｆｏｒ  ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｔｒａｎｓｆｅｒ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．２０１３；５：１９２ｒａ８７．
５５．Ｇｈｏｓｈ  Ａ，Ｈｏｌｌａｎｄ  ＡＭ，ｖａｎ  ｄｅｎ  Ｂｒｉｎｋ  ＭＲ．Ｇｅｎｅｔｉｃａｌｌｙ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  ｄｏｎｏｒ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｔｏ  ｏｐｔｉｍｉｚｅ  ｇｒａｆｔ−ｖｅｒｓｕｓ−ｔｕｍｏｒ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ａｃｒｏｓｓ  ＭＨＣ  ｂａｒｒｉｅｒｓ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ  ２０１４；２５７：２２６−２３６．
５６．Ｊｕｎｅ  ＣＨ，Ｒｉｄｄｅｌｌ  ＳＲ，Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ  ＴＮ．Ａｄｏｐｔｉｖｅ  ｃｅｌｌｕｌａｒ  ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ  ｒａｃｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｆｉｎｉｓｈ  ｌｉｎｅ．Ｓｃｉ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．２０１５；７：２８０ｐｓ７．
５７．Ｔｏｒｉｋａｉ  Ｈ，Ｒｅｉｋ  Ａ，Ｓｏｌｄｎｅｒ  Ｆ，Ｗａｒｒｅｎ  ＥＨ，Ｙｕｅｎ  Ｃ，Ｚｈｏｕ  Ｙ  ｅｔ  ａｌ．Ｔｏｗａｒｄ  ｅｌｉｍｉｎａｔｉｎｇ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｔｏ  ｇｅｎｅｒａｔｅ  ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ｃｅｌｌｓ  ｆｒｏｍ  ａｌｌｏｇｅｎｅｉｃ  ｄｏｎｏｒｓ．Ｂｌｏｏｄ  ２０１３；１２２：１３４１−１３４９．
５８．Ｉｎａｇｕｍａ  Ｙ，Ａｋａｈｏｒｉ  Ｙ，Ｍｕｒａｙａｍａ  Ｙ，Ｓｈｉｒａｉｓｈｉ  Ｋ，Ｔｓｕｚｕｋｉ−Ｉｂａ  Ｓ，Ｅｎｄｏｈ  Ａ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  Ｔ−ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ−ｌｉｋｅ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ａｎｄ  ＣＡＲ−Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｆｏｒ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎ  ＨＡ−１Ｈ．Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ．２０１４；２１：５７５−５８４．
５９．Ｎｉｅｌｓｅｎ  Ｍ，Ｌｕｎｄｅｇａａｒｄ  Ｃ，Ｗｏｒｎｉｎｇ  Ｐ，Ｌａｕｅｍｏｌｌｅｒ  ＳＬ，Ｌａｍｂｅｒｔｈ  Ｋ，Ｂｕｕｓ  Ｓ，Ｂｒｕｎａｋ  Ｓ，Ｌｕｎｄ  Ｏ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｃｉ．，２００３  １２：１００７−１７．
６０．Ａｎｄｒｅａｔｔａ  Ｍ，Ｎｉｅｌｓｅｎ  Ｍ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２０１６  Ｆｅｂ  １５；３２（４）：５１１−７．
６１．Ｌａｍｏｌｉａｔｔｅ，Ｆ．，ＭｃＭａｎｕｓ，Ｆ．Ｐ．，Ｍａａｒｉｆｉ，Ｇ．，Ｃｈｅｌｂｉ−Ａｌｉｘ，Ｍ．Ｋ．，Ｔｈｉｂａｕｌｔ，Ｐ．，Ｕｎｃｏｖｅｒｉｎｇ  ｔｈｅ  ＳＵＭＯｙｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｕｂｉｑｕｉｔｙｌａｔｉｏｎ  ｃｒｏｓｓｔａｌｋ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃｅｌｌｓ  ｕｓｉｎｇ  ｓｅｑｕｅｎｔｉａｌ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｉｍｍｕｎｏｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｎａｔ  Ｃｏｍｍｕｎ  ２０１７，８，１４１０９．
６２．Ｄａｏｕｄａ，Ｔ．，Ｐｅｒｒｅａｕｌｔ，Ｃ．，Ｌｅｍｉｅｕｘ，Ｓ．，ｐｙＧｅｎｏ：Ａ  Ｐｙｔｈｏｎ  ｐａｃｋａｇｅ  ｆｏｒ  ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃｓ．Ｆ１０００Ｒｅｓ  ２０１６，５，３８１．
６３．Ｇａｒｒｉｓｏｎ，Ｅ．，Ｇａｂｏｒ，Ｍ．，Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ−ｂａｓｅｄ  ｖａｒｉａｎｔ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  ｓｈｏｒｔ−ｒｅａｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ａｒＸｉｖ  ２０１２，１２０７．３９０７．
６４．Ｂａｓｓａｎｉ−Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ，Ｍ．，Ｐｌｅｔｓｃｈｅｒ−Ｆｒａｎｋｉｌｄ，Ｓ．，Ｊｅｎｓｅｎ，Ｌ．Ｊ．，Ｍａｎｎ，Ｍ．，Ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｐｅｐｔｉｄｏｍｅｓ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｓｔｒｏｎｇ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ａｂｕｎｄａｎｃｅ  ａｎｄ  ｔｕｒｎｏｖｅｒ  ｏｎ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ２０１５，１４，６５８−６７３．
６５．Ｈａｓｓａｎ，Ｃ．，Ｋｅｓｔｅｒ，Ｍ．Ｇ．，ｄｅ  Ｒｕ，Ａ．Ｈ．，Ｈｏｍｂｒｉｎｋ，Ｐ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ａｎｔｉｇｅｎ−ｐｒｅｓｅｎｔｅｄ  ｌｉｇａｎｄｏｍｅ  ｏｆ  Ｂ  ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅｓ．Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ  Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ  ２０１３，１２，１８２９−１８４３．
６６．Ｂｅｒｌｉｎ，Ｃ．，Ｋｏｗａｌｅｗｓｋｉ，Ｄ．Ｊ．，Ｓｃｈｕｓｔｅｒ，Ｈ．，Ｍｉｒｚａ，Ｎ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｍａｐｐｉｎｇ  ｔｈｅ  ＨＬＡ  ｌｉｇａｎｄｏｍｅ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｏｆ  ａｃｕｔｅ  ｍｙｅｌｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ：ａ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ａｐｐｒｏａｃｈ  ｔｏｗａｒｄ  ｐｅｐｔｉｄｅ−ｂａｓｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２０１５，２９，６４７−６５９．
６７．Ｇｒａｎａｄｏｓ，Ｄ．Ｐ．，Ｒｏｄｅｎｂｒｏｃｋ，Ａ．，Ｌａｖｅｒｄｕｒｅ，Ｊ．Ｐ．，Ｃｏｔｅ，Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｏｇｅｎｏｍｉｃ−ｂａｓｅｄ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  ｍｉｎｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ｗｉｔｈ  ｓｕｉｔａｂｌｅ  ｆｅａｔｕｒｅｓ  ｆｏｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｏｆ  ｈｅｍａｔｏｌｏｇｉｃ  ｃａｎｃｅｒｓ．Ｌｅｕｋｅｍｉａ  ２０１６，３０，１３４４−１３５４．
【図１Ａ】
2020508058.tif 000031
【図１Ｂ】
2020508058.tif 000032
【図１Ｃ】
2020508058.tif 000033
【図１Ｄ】
2020508058.tif 000034
【配列表】
2020508058000001.app
【国際調査報告】
2020508058.tif 000035
2020508058.tif 000036
2020508058.tif 000037
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2020508058.tif 000040