(57)【要約】  本発明は、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱させることが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）または保護キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）を調製するための標的を同定する方法を提供する。また、ｉＣＡＲ標的、ならびに核酸分子を含むベクターおよび形質導入エフェクター免疫細胞のリストが提供され、形質導入エフェクター免疫細胞を投与することを含む癌の治療のための方法がさらに提供される。【選択図】図２
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱させることが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）または保護キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）を調製するための標的を同定する方法であって、前記標的が、
（ｉ）細胞外多型エピトープを含むタンパク質をコードする、少なくとも２つの発現対立遺伝子を有する遺伝子を同定することと、
（ｉｉ）前記発現対立遺伝子のうちの少なくとも１つが、細胞外多型エピトープ参照配列と比較して、前記細胞外多型エピトープ配列においてアミノ酸配列変化を呈することを決定することと、
（ｉｉｉ）前記遺伝子が、腫瘍型におけるヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける染色体領域に位置することを決定することと、
（ｉｖ）前記染色体領域がＬＯＨを受けたことが見出された前記腫瘍型の原発組織で前記遺伝子が発現していることを決定することと、を含む方法によって同定される、方法。
【請求項２】
前記ＬＯＨ位置が、置換、欠失、および挿入からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＬＯＨ位置が、ＳＮＰである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ遺伝子である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｋ、ＨＬＡ−Ｌ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ＿ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲ遺伝子である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ａ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ｃ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項９】
細胞外多型エピトープを含む遺伝子がＨＬＡ−Ｇ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１０】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ｅ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１１】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ｆ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ｋ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１３】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−Ｌ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１４】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−ＤＭ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１５】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−ＤＯ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１６】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−ＤＰ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１７】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ＿ＤＱ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１８】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＨＬＡ−ＤＲ遺伝子である、請求項５に記載の方法。
【請求項１９】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２Ａからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２８】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３２】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３４】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３５】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３６】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項３７】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３８】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３９】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４０】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４１】
前記細胞外多型エピトープを含む前記遺伝子が、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４２】
前記腫瘍が、乳房腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、子宮頸部腫瘍、皮膚腫瘍、膵臓腫瘍、結腸直腸腫瘍、腎腫瘍、肝臓腫瘍、脳腫瘍、リンパ腫、白血病、肺腫瘍、神経膠腫からなる群から選択される、請求項１〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４３】
前記腫瘍が、副腎腫瘍、腎臓腫瘍、黒色腫、ＤＬＢＣ、乳房腫瘍、肉腫、卵巣腫瘍、肺腫瘍、膀胱腫瘍、および肝臓腫瘍からなる群から選択される、請求項１〜４１のいずれかに記載の方法。
【請求項４４】
前記副腎腫瘍が、副腎皮質癌腫である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記腎臓腫瘍が、嫌色素性腎細胞癌腫である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
前記黒色腫が、ブドウ膜黒色腫である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
（ｉ）請求項１〜４６のいずれかに記載のｉＣＡＲまたはｐＣＡＲと、（ｉｉ）活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）と、を発現している、安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項４８】
前記ａＣＡＲが、腫瘍関連抗原または非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する、請求項４７に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項４９】
前記ａＣＡＲが、腫瘍関連タンパク質、表１に列挙されているＣＡＲ標的、ｉＣＡＲも発現している腫瘍組織で発現する任意の細胞表面タンパク質に、向けられているかまたは特異的に結合する、請求項４７に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５０】
前記非多型細胞表面エピトープが、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ１０、ＣＤ７、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＡＩＸ  Ｉｇκ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＣＤ３０、ＬｅｗｉｓＹ、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ２８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ４４、ＣＤ４１、ＣＤ１３３、ＣＤ１３８、ＮＫＧ２Ｄ−Ｌ、ＣＤ１３９、ＢＣＭＡ、ＧＤ２，ＧＤ３、ｈＴＥＲＴ、ＦＢＰ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＦＲ−α、Ｌ１−ＣＡＭ、ＥｒｂＢ２，３，４、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＶＥＧＦＲ−２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＦＡＰ、メソテリン、ｃ−ＭＥＴ、ＰＳＭＡ、ＣＥＡ、ｋＲａｓ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＵＣ１ＭＵＣ１６、ＰＤＬ１、ＰＳＣＡ、ＥｐＣＡＭ、ＦＳＨＲ、ＡＦＰ、ＡＸＬ、ＣＤ８０、ＣＤ８９、ＣＤＨ１７、ＣＬＤ１８、ＧＰＣ３、ＴＥＭ８、ＴＧＦＢ１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＷＴ−１、およびＥＧＦＲからなる群から選択される、請求項４９に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５１】
前記安全なエフェクター免疫細胞が、自家または普遍的（同種）エフェクター細胞である、請求項４７〜５０のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５２】
前記安全なエフェクター免疫細胞が、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、およびサイトカイン誘導キラー細胞からなる群から選択される、請求項４７〜５１のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５３】
前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲの発現レベルが、前記ａＣＡＲの発現レベル以上である、請求項４７〜５２のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５４】
前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲが、第１のベクターによって発現され、前記ａＣＡＲが、第２のベクターによって発現される、請求項４７〜５３のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５５】
前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ、および前記ａＣＡＲの両方が、同じベクターによって発現される、請求項４７〜５３のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５６】
前記ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列が、前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の下流にある、請求項５５に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５７】
前記ヌクレオチド配列が、前記ａＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列と前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列との間に、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドを含む、請求項５５に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５８】
前記ウイルス自己開裂型２Ａペプチドが、ゾセアアシグナ（Ｔｈｏｓｅａ  ａｓｉｇｎａ）ウイルス（ＴａＶ）由来のＴ２Ａ、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来のＦ２Ａ、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）由来のＥ２Ａ、およびブタテッショウウイルス１（ＰＴＶ１）由来のＰ２Ａからなる群から選択される、請求項５７に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項５９】
前記ａＣＡＲをコードする前記ヌクレオチド配列が、柔軟なリンカーを介して前記ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲに連結されている、請求項５５に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項６０】
前記ａＣＡＲが、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む、請求項４７〜５９のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項６１】
エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する前記少なくとも１つのシグナル伝達要素が、例えばＣＤ３ζまたはＦｃＲγ鎖の免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）と相同である、請求項６０に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項６２】
エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する前記少なくとも１つのシグナル伝達要素が、ＫＩＲ２ＤＳおよびＫＩＲ３ＤＳなどの活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）と相同である、請求項６０に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項６３】
エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する前記少なくとも１つのシグナル伝達要素が、ＤＡＰ１２などのアダプター分子と相同であるか、またはアダプター分子である、請求項６０のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項６４】
エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する前記少なくとも１つのシグナル伝達要素が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、もしくはＧＩＴＲの共刺激シグナル伝達要素と相同であるか、またはそれらの共刺激シグナル伝達要素である、請求項６０に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【請求項６５】
ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、請求項１〜６４のいずれかに記載のｉＣＡＲを発現している安全なエフェクター免疫細胞を前記患者に投与することを含む、方法。
【請求項６６】
ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、請求項４７〜６４のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞を前記患者に投与することを含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年９月２８日出願の米国仮出願第６２／５６４，４５４号、および２０１８年３月２８日出願の米国仮出願第６２／６４９，４２９号の優先権を主張し、それらの各々が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる配列表を含む。２０１８年９月２７日作成の当該ＡＳＣＩＩの写しは、１２０５７５−５００３＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名称である。
【０００３】
ＡＳＣＩＩ表
本出願が優先権を主張している仮特許出願は、長い表セクションを含む。表の写しは、参照により本明細書に組み込まれ、本発明の実施に採用され得る、２０１８年３月２８日出願の米国仮出願第６２／６４９，４２９号の優先権とともにＡＳＣＩＩ形式のコンパクトディスクで米国特許商標庁に提出された。２０１８年３月２８日作成の当該ＡＳＣＩＩ表は、次のとおりである：１２０５７５−５００３−ＰＲ  ａｌｌＣａｎｄＥｘｔ１１６７Ｇｅｎｅｓ＿５００３＿ＰＲ．ｔｘｔ、２７２，７１９，８７０バイト。
【０００４】
本発明は、腫瘍細胞表面上に発現する抗原を認識する活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）、正常細胞によって発現されるがヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍によっては発現されない、同じかまたは他の細胞表面抗原の対立遺伝子多様体に向けられている、阻害性ＣＡＲ（ｉＣＡＲ）および保護ＣＡＲ（ｐＣＡＲ）を採用する養子細胞移植による癌免疫療法の分野に関する。
【背景技術】
【０００５】
腫瘍細胞によってのみ発現され、健康な組織によっては発現されない標的化可能な抗原の同定は、間違いなく今日の癌免疫療法における主要な課題である。Ｔ細胞が腫瘍細胞を根絶可能であることについての臨床的根拠は、Ｔ細胞を利用して癌を治療するための非常に多様なアプローチを評価する数多くの研究から来ている（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｒｅｓｔｉｆｏ，２０１５）。これらのアプローチは、ドナーリンパ球注入による骨髄移植、腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）の養子移植、ＣＡＲを介して事前に選択された抗原に遺伝子的に向き直されているＴ細胞（Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｅｓｈｈａｒ，２０１６ａ）もしくはＴ細胞受容体（ＴＣＲ）を用いる治療、または免疫チェックポイント阻害剤もしくは積極的なワクチン接種の使用を採用する。これらのうち、遺伝子操作されたＴ細胞の使用および能動免疫のための異なる戦略は、持続的な臨床応答を発揮するが副作用が最小限である可能性が高い候補抗原に関する既存の情報を伴う。さらに、Ｓ．Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇによる最近の考察のタイトルに述べられるように、「好適な標的を見つけることは、癌遺伝子療法の主要な障害である」（Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，２０１４）。
【０００６】
キメラ抗原受容体（またはＣＡＲ）を使用して、ＭＨＣに依存しない様式で選択した抗原に対してＴ細胞（またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞およびサイトカイン誘導キラー細胞などの免疫系の他のキラー細胞）を遺伝子的に向け直す概念は、１９８０年代後半にＧｒｏｓｓおよびＥｓｈｈａｒによって最初に導入された（Ｇｒｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）。それらは、柔軟なヒンジおよび膜貫通型の標準的なモチーフを通じて、Ｔ細胞の活性化が可能なＣＤ３−ζの免疫受容活性化チロシンモチーフまたはＦｃＲｙ鎖を含むシグナル伝達成分に融合した細胞外一本鎖抗体可変断片（ｓｃＦｖ）をコードする、キメラ遺伝子から合成的に生成される。現在、ＣＡＲは数十の臨床試験で検査されており、これまでにＢ細胞性悪性腫瘍に並みはずれて高い有効性を示している（Ｄｏｔｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４、Ｇｉｌｌ  ａｎｄ  Ｊｕｎｅ，２０１５、Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｅｓｈｈａｒ，２０１６ａ）。ＣＡＲ−Ｔ細胞療法の安全性は、主に、腫瘍と健康な組織とを区別するその能力によって決定される。臨床および前臨床研究で報告されている主要なリスクおよび有害な自己免疫効果の直接の原因は、標的抗原の腫瘍外発現から生じる腫瘍外の標的上への毒性である（最近の発明者らの考察（Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｅｓｈｈａｒ，２０１６ｂ）および（Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）で詳細に取り扱っている）。このリスクに関して、ＣＡＲ療法のために現在臨床的または前臨床的に試験されている共有の非変異細胞表面抗原は、一般にそれらの組織分布および発現機序に従って多数のカテゴリーに分けることができる。
−厳密に腫瘍特異的な抗原。おそらく、すでに臨床的に検査されているこの群の唯一のメンバーは、神経膠芽腫で頻繁に過剰発現し、非小細胞肺癌腫、ならびに前立腺、乳房、頭頸部、および卵巣癌にも見られるが正常組織では見られない上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲｖＩＩＩ）の多様体ＩＩＩである。
−腫瘍および重要でない健康な組織上に発現する表面抗原。この群で可能性のあるＣＡＲ抗原は、主にＢ細胞系列に限定される分化関連分子である。これら（および数多くの臨床試験での標的抗原）のうちで卓越しているのは、Ｂ細胞分化の非常に早期に獲得され、Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）によるシグナル伝達に関与する汎Ｂ細胞マーカーである、ＣＤ１９である。膜前立腺抗原は、このカテゴリーの抗原の別のクラスを構成する。
−非悪性腫瘍促進細胞によって典型的に発現される抗原。かかる抗原の１つは、線維芽細胞活性化タンパク質（ＦＡＰ）であり、これは様々な原発性および転移性癌の腫瘍関連線維芽細胞によってほぼ常に発現される細胞表面のセリンプロテアーゼである。別の抗原は、血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）であり、これは腫瘍の血管新生中に高度に発現し、多くの重要な臓器の血管およびリンパ管内皮細胞上に通常発現する。
−重要な健康な組織と共有される腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）。
【０００７】
現在前臨床および臨床研究で評価されている他のほとんどのＴＡＡは、腫瘍によって過剰発現されるが、より低いレベルで必須の正常組織上にも通常存在する。
【０００８】
ＣＡＲ  Ｔ細胞療法で自己免疫に取り組むために考案された広範な戦略は、損傷がすでに明らかであると移動するＴ細胞を排除または抑制しようとするもの（対応策）と、最初に潜在的な損傷を防止することを目的とするもの（事前対策）とに分けることができる（Ｇｒｏｓｓ  ａｎｄ  Ｅｓｈｈａｒ，２０１６ａ）。対応アプローチは、多くの場合、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（ＨＳＶ−ｔｋ）、ならびに短縮型ヒトカスパーゼ９および変異ＦＫ５０６結合タンパク質を含む融合ポリペプチドであるｉＣ９などの自殺遺伝子を使用する。他のアプローチは、最近実証されたように、無秩序になる人工細胞、またはＣＡＲ認識部分と細胞内シグナル伝達ドメインとのカップリングを制御するヘテロ二量体化小分子物質を、抗体を利用して選択的に除去する（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。いくつかの事前対策は、ＣＡＲ  Ｔ細胞のインビボでの持続性または機能を制限するように設計されているが（例えば、遺伝子送達のためのｍＲＮＡエレクトロポレーションの使用）、他の事前対応は、療法用ＣＡＲの抗原選択性を増加する重要な課題に直接対処して、非腫瘍組織への損傷を回避する。これらのうちの２つは、ＣＡＲ  Ｔ細胞が安全に標的とすることができる腫瘍抗原の範囲を拡大する可能性があり得るため、特に関心を集めている。
−コンビナトリアル（または「分割」）抗原認識。真の腫瘍特異的表面抗原はまれであるが、必ずしも所与の腫瘍によって共発現される腫瘍関連抗原として分類されない２つの異なる抗原の組み合わせによって、新しい腫瘍特異的シグネチャを定義することができる。ＣＡＲ  Ｔ細胞の活性をかかる抗原ペアに制限することによって、重要な安全規格を提供し、その結果、腫瘍特異的標的の範囲が拡張され、実質的な療法的価値があるものであり得る。第２および第３世代のＣＡＲは、ＣＡＲエンドドメインで２つ以上のシグナル伝達部分をつなぐことを通じて単一抗原に係合すると、療法用Ｔ細胞に活性化および共刺激シグナルを提供するように設計されている。しかしながら、活性化および共刺激が、同じＴ細胞の、各々異なる抗原に特異的な２つのＣＡＲ間で分割される場合、完全な応答には、２つの抗原の存在下でのみ達成することができる２つの相補的なシグナルの協働を必要とするであろう。この原理は、いくつかの前臨床研究で実証されている（Ｋｌｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３、Ｌａｎｉｔｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３、Ｗｉｌｋｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２、ＷＯ２０１６／１２６６０８）。
【０００９】
間違いなく興味をそそられる一方で、このアプローチは、活性化および共刺激シグナルの両方の大きさを綿密に滴定して、効果的な標的上の腫瘍上Ｔ細胞反応性のみを可能にするであろう最適なバランスに到達する必要性に未だ直面している。かかるバランスが臨床環境で日常的に達成することができるかどうかは、未だ疑問である。
【００１０】
２つの抗原の独特な組み合わせを発現する標的細胞のみにＴ細胞応答を制限するための、全く新しいアプローチが最近公開された（Ｒｏｙｂａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６ａ）。その中核的要素は、Ｎｏｔｃｈを含むいくつかの細胞表面受容体の作用機序を利用する「遺伝子的スイッチ」として機能する。かかる受容体のそのリガンドへの結合に続き、二重開裂を受け、その細胞内ドメインの遊離を生じ、これが細胞核に転位し、ここで転写因子として機能する。この原理の実施は、エフェクターＴ細胞への２つの遺伝子の共導入を伴う。第１の遺伝子は構成的に発現し、第１の抗原に向けられている認識部分を備えるかかる開裂可能なキメラ受容体をコードする。この抗原との標的細胞表面上での係合は、第２の抗原に向けられている従来のＣＡＲをコードする第２の遺伝子の発現を発動するであろう。標的細胞は、この第２の抗原も同様に共発現する場合にのみ、殺傷されるであろう。
【００１１】
阻害性ＣＡＲ。向き直されているＣＡＲキラー細胞の標的抗原が正常組織と共有されると、腫瘍外反応性が発生する。この正常組織が、腫瘍上に存在しない別の表面抗原を発現している場合、阻害性シグナル伝達部分が存在する、この非共有抗原を標的とする追加のＣＡＲを遺伝子改変細胞で共発現することによって、正常組織によるＴ細胞の活性化を防止することができる。
【００１２】
ｉＣＡＲは、活性化ドメイン（ＦｃＲｙまたはＣＤ３−ζなど）の代わりに、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、またはＮＫ阻害性受容体などのＴ細胞活性化に拮抗することができる阻害性受容体に由来するシグナル伝達ドメインを持つ。候補ａＣＡＲ抗原を腫瘍と共有する正常組織が、腫瘍と共有されない別の表面抗原を発現する場合、この非共有抗原を標的とする同じＴ細胞によって発現されるｉＣＡＲは、正常組織を保護することができる（図１）。
【００１３】
Ｔ細胞とは異なり、これらの各々は、体細胞で再構成された遺伝子セグメントによってコードされる独特の２鎖ＴＣＲを発現し、ＮＫ細胞は抗原特異的受容体を発現しない。代わりに、ＮＫ細胞は、感染した細胞および健康な細胞の細胞表面で、多数の活性化および阻害性リガンドをそれぞれ認識する、生殖系列にコードされる活性化および阻害性受容体のアレイを発現する。ＫＩＲ３ＤＬ１などのＮＫ阻害性受容体に基づくｉＣＡＲの保護能力について記載されている（ＵＳ９，７４５，３６８）。ＫＩＲ３ＤＬ１および他のＮＫ阻害性受容体は、免疫シナプスを迅速かつ包括的様式で解体することによって機能する。単一ＮＫ細胞が、阻害性および活性化リガンドの両方を発現している耐性細胞を生かし、さらに同時に係合する、活性化リガンドのみを発現する影響を受けやすい細胞を殺傷することができる、という説得力のある根拠がある（Ａｂｅｙｗｅｅｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１、Ｅｒｉｋｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９、Ｔｒｅａｎｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６、Ｖｙａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。この絶妙な能力は、結果的に細胞溶解性顆粒のエキソサイトーシスに影響を与える、それぞれの免疫シナプスの各々で形成されるシグナル伝達分子の異なる空間的構成によって制御される（考察については（Ｈｕｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）を参照されたい）。より最近では、Ｆｅｄｏｒｏｖら（Ｆｅｄｏｒｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａ、ＷＯ２０１５／１４２３１４）は、この目的のためにＰＤ−１およびＣＴＬＡ−４の細胞内ドメインの採用に成功した。ＮＫ阻害性受容体とは異なり、これらのｉＣＡＲの調節効果は細胞全体に影響を与えた。さらに、これらの効果は一時的であったが、ａＣＡＲ抗原のみを発現している標的細胞とのその後の遭遇時の、完全なＴ細胞活性化を可能にした。
【００１４】
ｉＣＡＲおよびａＣＡＲが標的とする抗原の組織分布は、臨床有効性を損なうことなく最大の安全性を与えるために必要な、ｉＣＡＲの最適な作用機序を決定する。例えば、腫瘍の解剖学的部位と保護される正常組織（複数可）とが交差しない場合、一過性の阻害（ＣＴＬＡ−４−またはＰＤ−１のような）でおそらく十分であろう。これらの部位が重複する場合でさえもなお、シナプスが制限する阻害（例えば、ＮＫ作用機序）のみによって、療法用細胞の一定の麻痺を防止し、その効果的な殺腫瘍活性を可能にするであろう。ｉＣＡＲを使用して標的上の腫瘍外反応性を低減するアプローチは、腫瘍細胞では下方制御されているが正常組織上に存在する抗原の極端な欠如を被る。
【００１５】
次世代シーケンシング（ＮＧＳ）は、所与の腫瘍生検における全てのタンパク質コード遺伝子（ゲノム全体の〜１％）のＤＮＡ配列を決定し、同じ患者の癌の「エクソーム」と健康な（通常は白血球に由来する）組織のものとの比較を可能にする。エクソームシーケンシングは、生検切除後数日以内に比較的低コストで完了することができる。トランスクリプトーム解析（ＲＮＡ−ｓｅｑ）は、並行して同じ細胞試料によって実際に発現される遺伝子に関する補足情報を提供することができる。
【００１６】
個々の腫瘍の各々の変異の状況が独特であることが、ますます明らかになっている（Ｌａｗｒｅｎｃｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３、Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。非同義変異の結果として、腫瘍細胞は、患者のＨＬＡ生成物のうちの１つ以上の免疫系に対して、自身のネオペプチドの組を提示する可能性があり得る。実際、患者自身のＣＤ８またはＣＤ４  Ｔ細胞レパートリーによって認識され、免疫療法の標的として機能することができる腫瘍特異的ネオエピトープを同定するために、近年、多大な努力が払われている（考察については、（Ｂｌａｎｋｅｎｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５、Ｖａｎ  Ｂｕｕｒｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４、Ｈｅｅｍｓｋｅｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３、Ｏｖｅｒｗｉｊｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３、Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ  ａｎｄ  Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，２０１５）を参照されたい）。しかしながら、累積的な知見は、ネオ抗原系Ｔ細胞免疫療法が、黒色腫および肺癌などの高い変異荷重を示す癌に効果的である可能性がより高いことを示唆しているが、多くの場合、変異が少ないほとんどの癌では利点を示し損なう場合がある（Ｓａｖａｇｅ，２０１４、Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ  ａｎｄ  Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，２０１５）。さらに、かなりの腫瘍内の不均一性（Ｂｕｒｒｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）は、いくつかの抗原の同時の共標的化を伴って、有用な免疫原性ネオペプチドの欠乏の観点からますます必要になるタスクである変異喪失多様体の出現を回避する。
【００１７】
概して、遺伝子的に向き直されているキラー細胞の養子移植を介した癌免疫療法の好適な標的を同定する緊急の必要性は、未だほとんど満たされていない。
【発明の概要】
【００１８】
いくつかの態様では、本発明は、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱させることが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）または保護キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）を調製するための標的を同定する方法を提供し、標的が、
（ｉ）細胞外多型エピトープを含むタンパク質をコードする、少なくとも２つの発現対立遺伝子を有する遺伝子を同定することと、
（ｉｉ）発現対立遺伝子のうちの少なくとも１つが、細胞外多型エピトープ参照配列と比較して、細胞外多型エピトープ配列においてアミノ酸配列変化を呈することを決定することと、
（ｉｉｉ）遺伝子が、腫瘍型におけるヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける染色体領域に位置することを決定することと、
（ｉｖ）染色体領域がＬＯＨを受けていることが見出された腫瘍型の原発組織で遺伝子が発現していることを決定することと、を含む方法によって同定される。
【００１９】
いくつかの実施形態では、ＬＯＨ位置は、置換、欠失、および挿入からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＬＯＨ位置は、ＳＮＰである。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ遺伝子である。
【００２０】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｋ、ＨＬＡ−Ｌ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ＿ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ａ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｃ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｇ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｅ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｆ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｋ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−Ｌ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−ＤＭ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＨＬＡ−ＤＯ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープは、ＨＬＡ−ＤＰ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープは、ＨＬＡ＿ＤＱ遺伝子である。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープは、ＨＬＡ−ＤＲ遺伝子である。
【００２１】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される。
【００２２】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２Ａからなる群から選択される。
【００２３】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第３染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される。
【００２４】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第４染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される。
【００２５】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第５染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される。
【００２６】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第６染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される。
【００２７】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第７染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される。
【００２８】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第８染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される。
【００２９】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第９染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される。
【００３０】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１０染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される。
【００３１】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１１染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される。
【００３２】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１２染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される。
【００３３】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１３染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される。
【００３４】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１４染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される。
【００３５】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１５染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される。
【００３６】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１６染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される。
【００３７】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１７染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される。
【００３８】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１８染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される。
【００３９】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１９染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される。
【００４０】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２０染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される。
【００４１】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２１染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される。
【００４２】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２２染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される。
【００４３】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、Ｘ染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される。
【００４４】
いくつかの実施形態では、腫瘍は、乳房腫瘍、前立腺腫瘍、卵巣腫瘍、子宮頸部腫瘍、皮膚腫瘍、膵臓腫瘍、結腸直腸腫瘍、腎腫瘍、肝臓腫瘍、脳腫瘍、リンパ腫、白血病、肺腫瘍、神経膠腫からなる群から選択される。
【００４５】
いくつかの実施形態では、腫瘍は、副腎腫瘍、腎臓腫瘍、黒色腫、ＤＬＢＣ、乳房腫瘍、肉腫、卵巣腫瘍、肺腫瘍、膀胱腫瘍、および肝臓腫瘍からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、副腎腫瘍は、副腎皮質癌腫である。いくつかの実施形態では、腎臓腫瘍は、嫌色素性腎細胞癌腫である。いくつかの実施形態では、黒色腫は、ブドウ膜黒色腫である。
【００４６】
本発明はまた、安全なエフェクター細胞を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、（ｉ）請求項１〜４６のいずれかに記載のｉＣＡＲまたはｐＣＡＲと、（ｉｉ）活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）と、を発現している、安全なエフェクター免疫細胞を提供する。
【００４７】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲが、腫瘍関連抗原または非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する、請求項４７に記載の安全なエフェクター免疫細胞。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲの保護効果に起因して、ａＣＡＲを、癌細胞上に発現する任意の表面タンパク質に向けることができる。
【００４８】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、腫瘍関連タンパク質、表１に列挙されているＣＡＲ標的、ｉＣＡＲも発現している腫瘍組織で発現する任意の細胞表面タンパク質に、向けられているかまたは特異的に結合する。
【００４９】
いくつかの実施形態では、非多型細胞表面エピトープは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ１０、ＣＤ７、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＡＩＸ  Ｉｇκ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＣＤ３０、ＬｅｗｉｓＹ、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ２８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ４４、ＣＤ４１、ＣＤ１３３、ＣＤ１３８、ＮＫＧ２Ｄ−Ｌ、ＣＤ１３９、ＢＣＭＡ、ＧＤ２，ＧＤ３、ｈＴＥＲＴ、ＦＢＰ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＦＲ−α、Ｌ１−ＣＡＭ、ＥｒｂＢ２，３，４、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＶＥＧＦＲ−２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＦＡＰ、メソテリン、ｃ−ＭＥＴ、ＰＳＭＡ、ＣＥＡ、ｋＲａｓ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、ＰＤＬ１、ＰＳＣＡ、ＥｐＣＡＭ、ＦＳＨＲ、ＡＦＰ、ＡＸＬ、ＣＤ８０、ＣＤ８９、ＣＤＨ１７、ＣＬＤ１８、ＧＰＣ３、ＴＥＭ８、ＴＧＦＢ１、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＷＴ−１、およびＥＧＦＲからなる群から選択される。
【００５０】
５１．安全なエフェクター免疫細胞が、自家または普遍的（同種）エフェクター細胞である、請求項４７〜５０のいずれかに記載の安全なエフェクター免疫細胞。
【００５１】
いくつかの実施形態では、安全なエフェクター免疫細胞は、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、およびサイトカイン誘導キラー細胞からなる群から選択される。
【００５２】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲの発現レベルは、ａＣＡＲの発現レベル以上である。
【００５３】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは、第１のベクターによって発現され、ａＣＡＲは、第２のベクターによって発現される。
【００５４】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ、およびａＣＡＲは、両方とも同じベクターによって発現される。
【００５５】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の下流にある。
【００５６】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列とｉＣＡＲまたはｐＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドを含む。
【００５７】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドは、ゾセアアシグナウイルス（ＴａＶ）由来のＴ２Ａ、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来のＦ２Ａ、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）由来のＥ２Ａ、およびブタテッショウウイルス１（ＰＴＶ１）由来のＰ２Ａからなる群から選択される。
【００５８】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、柔軟なリンカーを介してｉＣＡＲまたはｐＣＡＲに連結されている。
【００５９】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む。
【００６０】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素は、例えばＣＤ３ζまたはＦｃＲγ鎖の免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）と相同である。
【００６１】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素は、ＫＩＲ２ＤＳおよびＫＩＲ３ＤＳなどの活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）と相同である。
【００６２】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素は、ＤＡＰ１２などのアダプター分子と相同であるか、またはアダプター分子である。
【００６３】
安全なエフェクター免疫細胞のいくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、もしくはＧＩＴＲの共刺激シグナル伝達要素と相同であるか、またはそれらの共刺激シグナル伝達要素である。
【００６４】
本発明はまた、本明細書に記載のｉＣＡＲを発現している安全なエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含む、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法を提供する。
【００６５】
いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書に記載の安全なエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含む、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法をさらに提供する。
【００６６】
一態様では、本発明は、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱することが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して哺乳類の腫瘍細胞上には存在しないが、少なくとも関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上および重要な臓器上に存在する多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインと、エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインと、を含む、核酸分子を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ標的は、ａＣＡＲ標的が通常発現する全ての細胞上に発現する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ標的は、ａＣＡＲが発現する重要な臓器細胞で発現する。
【００６７】
さらなる態様では、本発明は、本明細書で定義される本発明の核酸分子と、核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターなどの少なくとも１つの制御要素とを含む、ベクターを提供する。
【００６８】
別の態様では、本発明は、本明細書で定義される本発明に従って、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱することが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）を調製する方法であって、方法が、（ｉ）既知の多様体の少なくとも１つのデータベースからの、タンパク質をコードする遺伝子のヒトゲノム多様体のリストを取得することと、（ｉｉ）（ａ）多様体を選択し、その対応する参照対立遺伝子と比較して、それぞれの遺伝子によってコードされるタンパク質にアミノ酸配列の多様性を生じること、（ｂ）アミノ酸配列の多様性が、コードされるタンパク質の細胞外ドメインにある、遺伝子の多様体を選択すること、（ｃ）少なくとも１つの腫瘍においてヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける遺伝子の多様体を選択すること、ならびに（ｄ）（ｃ）に従ってＬＯＨを受ける少なくとも１つの腫瘍の少なくとも原発組織で発現する遺伝子の多様体を選択し、それにより、ＬＯＨに起因して少なくとも１つの腫瘍において喪失した遺伝子、および少なくとも１つの腫瘍の少なくとも原発組織で発現する遺伝子のそれぞれによってコードされるタンパク質の細胞外ドメインに、アミノ酸配列の多様性を有する多様体のリストを得ること、によって、（ｉ）によって取得した多様体のリストをフィルタリングすることと、（ｉｉｉ）（ｉｉ）で得たリストから少なくとも１つの単一多様体を含む配列領域を定義し、少なくとも１つの単一多様体を含む配列領域および対応する参照対立遺伝子を含む配列領域をサブクローニングおよび発現し、それによりそれぞれのエピトープペプチドを得ることと、（ｉｖ）クローニングされた配列領域によってコードされるエピトープペプチド、または（ｉｉｉ）で得た対応する参照対立遺伝子によってコードされるエピトープペプチドのいずれかに特異的に結合するｉＣＡＲ結合ドメインを選択することと、（ｖｉｉ）各々が（ｉｖ）で定義されるｉＣＡＲ結合ドメインを含む、本明細書で定義されるｉＣＡＲを調製することと、を含む、方法を提供する。
【００６９】
なお別の態様では、本発明は、安全なエフェクター免疫細胞を調製するための方法であって、（ｉ）腫瘍関連抗原に向けられているＴＣＲ操作エフェクター免疫細胞を、本明細書で定義されるｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子でトランスフェクトするか、もしくは本明細書で定義されるベクターで細胞を形質導入すること、または（ｉｉ）ナイーブエフェクター免疫細胞を、本明細書で定義されるｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子、および本明細書で定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子でトランスフェクトするか、もしくはエフェクター免疫細胞を本明細書で定義されるベクターで形質導入すること、を含む、方法を提供する。
【００７０】
さらに別の態様では、本発明は、本明細書に記載の本発明の方法によって得られる安全なエフェクター免疫細胞を提供する。安全なエフェクター免疫細胞は、外因性ＴＣＲが、抗原の非多型細胞表面エピトープもしくは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に向けられ、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、もしくは少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有され、ｉＣＡＲが、本明細書で定義されるとおりである、外因性Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）およびｉＣＡＲを発現している向き直されているＴ細胞であり得るか、または安全なエフェクター免疫細胞は、ナチュラルキラー細胞、もしくは本明細書で定義されるｉＣＡＲおよびａＣＡＲを発現しているＴ細胞などの向き直されているエフェクター免疫細胞である。
【００７１】
さらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する対象のための個別化されたバイオマーカーを選択する方法であって、方法が、（ｉ）対象から腫瘍生検を得ることと、（ｉｉ）対象から正常組織の試料、例えば末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を得ることと、（ｉｉｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定し、それにより対象ための個別化されたバイオマーカーを同定することと、を含む、方法を提供する。
【００７２】
さらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、本明細書で定義されるエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含み、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、方法を提供する。
【００７３】
なおさらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の治療で使用するための、本明細書で定義される安全なエフェクター免疫細胞であって、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、患者の重要な臓器を含む、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、安全なエフェクター免疫細胞に関する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは、ａＣＡＲ標的が通常発現する全ての細胞上に発現する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは、ａＣＡＲが発現する重要な臓器細胞で発現する。
【００７４】
さらにさらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、（ｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することと、（ｉｉ）抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することであって、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または当該癌患者の少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される、情報を同定または受領することと、（ｉｉｉ）本明細書で定義されるｉＣＡＲを定義する少なくとも１つの核酸分子および本明細書で定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、または本明細書で定義される少なくとも１つのベクターを選択または受領することであって、ｉＣＡＲが、（ｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含み、ａＣＡＲが、（ｉｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含む、選択または受領することと、（ｉｖ）（ｉｉｉ）の核酸分子でエフェクター免疫細胞をトランスフェクトすること、または（ｉｉｉ）のベクターでエフェクター免疫細胞を形質導入することによって、安全な向き直されているエフェクター免疫細胞の少なくとも１つの集団を調製または受領することと、（ｖ）当該癌患者に、（ｉｖ）の安全な向き直されている免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を投与することと、を含む、方法に関する。
【００７５】
同様の態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための、安全な向き直されている免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団であって、安全な向き直されている免疫細胞が、（ｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することと、（ｉｉ）抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することであって、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または当該癌患者の少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される、情報を同定または受領することと、（ｉｉｉ）本明細書で定義されるｉＣＡＲを定義する少なくとも１つの核酸分子および本明細書で定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、または本明細書で定義される少なくとも１つのベクターを選択または受領することであって、ｉＣＡＲが、（ｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含み、ａＣＡＲが、（ｉｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含む、選択または受領することと、（ｉｖ）（ｉｉｉ）の核酸分子でエフェクター免疫細胞をトランスフェクトすること、または（ｉｉｉ）のベクターでエフェクター免疫細胞を形質導入することによって、安全な向き直されているエフェクター免疫細胞の少なくとも１つの集団を調製または受領することと、によって得られる、免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を提供する。
【００７６】
別の態様では、本発明は、２つ以上の核酸分子の組み合わせであって、各１つが、当該核酸分子が単一の連続核酸分子の一部であるかもしくはそれを形成する、制御されたエフェクター免疫細胞活性化系の異なるメンバーをコードするヌクレオチド配列を含むか、または２つ以上の別個の核酸分子を含み、制御されたエフェクター免疫活性化系がエフェクター免疫細胞に向けられて、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して１つ以上の染色体またはそれらの断片を喪失した腫瘍細胞を殺傷し、関連正常組織の細胞を生かし、（ａ）第１のメンバーが、抗原の非多型細胞表面エピトープまたは異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する第１の細胞外ドメインを含む活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）ポリペプチドを含み、当該非多型または多型細胞表面エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または関連する異常な哺乳類組織の細胞と正常な哺乳類組織の細胞とによって共有され、（ｂ）第２のメンバーが、ＬＯＨに起因して異常な哺乳類組織によって発現されないが、関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する第２の細胞外ドメインを含む調節ポリペプチドを含む、核酸分子の組み合わせに関する。
【図面の簡単な説明】
【００７７】
【図１】ｉＣＡＲの概念を示している（（Ｆｅｄｏｒｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ａから引用）。
【図２】ａＣＡＲ／ｐＣＡＲの分子設計および作用機序を示す。正常細胞上のその抗原へのｐＣＡＲの結合は、これらがａＣＡＲ抗原を発現しているかどうかに関係なく、迅速なＲＩＰおよびポリペプチドの３つの別個の断片への分解を生じることが予想される。
【図３Ａ】ＨＬＡクラスＩ遺伝子座をコードする染色体領域でＬＯＨを受けている腫瘍試料の割合を示す。ＴＣＧＡデータベースからの腫瘍型における、Ａ．ＨＬＡ−Ｇ、Ｂ．ＨＬＡ−Ａ、Ｃ．ＺＮＲＤ１。腎臓嫌色素性［ＫＩＣＨ］、副腎皮質癌腫［ＡＣＣ］、膵臓腺癌［ＰＡＡＤ］、肉腫［ＳＡＲＣ］、腎臓腎乳頭状細胞癌腫［ＫＩＲＰ］、食道癌腫［ＥＳＣＡ］、肺扁平上皮癌腫［ＬＵＳＣ］、腎臓腎淡明細胞癌腫［ＫＩＲＣ］、膀胱尿路上皮癌腫［ＢＬＣＡ］、卵巣漿液性嚢胞腺癌［ＯＶ］、胸腺腫［ＴＨＹＭ］、子宮頸部扁平上皮癌腫および子宮頸部腺癌［ＣＥＳＣ］、頭頸部扁平上皮癌腫［ＨＮＳＣ］、乳房浸潤癌腫［ＢＲＣＡ］、胃腺癌［ＳＴＡＤ］、リンパ性新生物びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫［ＤＬＢＣ］、多形膠芽腫［ＧＢＭ］、結腸腺癌［ＣＯＡＤ］、直腸腺癌［ＲＥＡＤ］、肺腺癌［ＬＵＡＤ］、精巣胚細胞腫瘍［ＴＧＣＴ］、中皮腫［ＭＥＳＯ］、胆管癌腫［ＣＨＯＬ］、子宮癌肉腫［ＵＣＳ］、皮膚皮膚黒色腫［ＳＫＣＭ］、子宮体部子宮内膜癌腫［ＵＣＥＣ］、脳低グレード神経膠腫［ＬＧＧ］、前立腺腺癌［ＰＲＡＤ］、肝臓肝細胞癌腫［ＬＩＨＣ］、甲状腺癌腫［ＴＨＣＡ］、褐色細胞腫および傍神経節腫［ＰＣＰＧ］、急性骨髄性白血病［ＬＡＭＬ］、ブドウ膜黒色腫［ＵＶＭ］
【図３Ｂ】ＨＬＡクラスＩ遺伝子座をコードする染色体領域でＬＯＨを受けている腫瘍試料の割合を示す。ＴＣＧＡデータベースからの腫瘍型における、Ａ．ＨＬＡ−Ｇ、Ｂ．ＨＬＡ−Ａ、Ｃ．ＺＮＲＤ１。腎臓嫌色素性［ＫＩＣＨ］、副腎皮質癌腫［ＡＣＣ］、膵臓腺癌［ＰＡＡＤ］、肉腫［ＳＡＲＣ］、腎臓腎乳頭状細胞癌腫［ＫＩＲＰ］、食道癌腫［ＥＳＣＡ］、肺扁平上皮癌腫［ＬＵＳＣ］、腎臓腎淡明細胞癌腫［ＫＩＲＣ］、膀胱尿路上皮癌腫［ＢＬＣＡ］、卵巣漿液性嚢胞腺癌［ＯＶ］、胸腺腫［ＴＨＹＭ］、子宮頸部扁平上皮癌腫および子宮頸部腺癌［ＣＥＳＣ］、頭頸部扁平上皮癌腫［ＨＮＳＣ］、乳房浸潤癌腫［ＢＲＣＡ］、胃腺癌［ＳＴＡＤ］、リンパ性新生物びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫［ＤＬＢＣ］、多形膠芽腫［ＧＢＭ］、結腸腺癌［ＣＯＡＤ］、直腸腺癌［ＲＥＡＤ］、肺腺癌［ＬＵＡＤ］、精巣胚細胞腫瘍［ＴＧＣＴ］、中皮腫［ＭＥＳＯ］、胆管癌腫［ＣＨＯＬ］、子宮癌肉腫［ＵＣＳ］、皮膚皮膚黒色腫［ＳＫＣＭ］、子宮体部子宮内膜癌腫［ＵＣＥＣ］、脳低グレード神経膠腫［ＬＧＧ］、前立腺腺癌［ＰＲＡＤ］、肝臓肝細胞癌腫［ＬＩＨＣ］、甲状腺癌腫［ＴＨＣＡ］、褐色細胞腫および傍神経節腫［ＰＣＰＧ］、急性骨髄性白血病［ＬＡＭＬ］、ブドウ膜黒色腫［ＵＶＭ］
【図３Ｃ】ＨＬＡクラスＩ遺伝子座をコードする染色体領域でＬＯＨを受けている腫瘍試料の割合を示す。ＴＣＧＡデータベースからの腫瘍型における、Ａ．ＨＬＡ−Ｇ、Ｂ．ＨＬＡ−Ａ、Ｃ．ＺＮＲＤ１。腎臓嫌色素性［ＫＩＣＨ］、副腎皮質癌腫［ＡＣＣ］、膵臓腺癌［ＰＡＡＤ］、肉腫［ＳＡＲＣ］、腎臓腎乳頭状細胞癌腫［ＫＩＲＰ］、食道癌腫［ＥＳＣＡ］、肺扁平上皮癌腫［ＬＵＳＣ］、腎臓腎淡明細胞癌腫［ＫＩＲＣ］、膀胱尿路上皮癌腫［ＢＬＣＡ］、卵巣漿液性嚢胞腺癌［ＯＶ］、胸腺腫［ＴＨＹＭ］、子宮頸部扁平上皮癌腫および子宮頸部腺癌［ＣＥＳＣ］、頭頸部扁平上皮癌腫［ＨＮＳＣ］、乳房浸潤癌腫［ＢＲＣＡ］、胃腺癌［ＳＴＡＤ］、リンパ性新生物びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫［ＤＬＢＣ］、多形膠芽腫［ＧＢＭ］、結腸腺癌［ＣＯＡＤ］、直腸腺癌［ＲＥＡＤ］、肺腺癌［ＬＵＡＤ］、精巣胚細胞腫瘍［ＴＧＣＴ］、中皮腫［ＭＥＳＯ］、胆管癌腫［ＣＨＯＬ］、子宮癌肉腫［ＵＣＳ］、皮膚皮膚黒色腫［ＳＫＣＭ］、子宮体部子宮内膜癌腫［ＵＣＥＣ］、脳低グレード神経膠腫［ＬＧＧ］、前立腺腺癌［ＰＲＡＤ］、肝臓肝細胞癌腫［ＬＩＨＣ］、甲状腺癌腫［ＴＨＣＡ］、褐色細胞腫および傍神経節腫［ＰＣＰＧ］、急性骨髄性白血病［ＬＡＭＬ］、ブドウ膜黒色腫［ＵＶＭ］
【図４】ゲノム内の全ての他のタンパク質コード遺伝子と比較した、ＨＬＡ−Ａの発現を示す。各遺伝子の値は、ＧＴＥＸ（ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ）から得た組織中央値の平均ＲＰＫＭ値を反映する
【図５】実施例５における、癌全体のＨＬＡタンパク質のヘテロ接合性の喪失の分析のために提案されたワークフローを示す。
【図６】ＡＢＳＯＬＵＴＥ処理されたコピー数データを使用したｐａｎｃａｎ１２のデータの組におけるＬＯＨの頻度を示す。線は、頻度の９５％二項信頼区間を表す。
【図７】ＨＬＡ−Ａで観察されたＬＯＨの種類を示す。ＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨの５８８エピソードのうち、ＨＬＡ−Ａ遺伝子内にブレークポイントが含まれるものはなかった。
【図８】ＨＬＡ−Ａを包含する欠失の長さ（塩基対）の分布を示す。これらの欠失の大部分は、染色体６ｐ超の長さである。
【図９】相対的にＨＬＡ−ＡのＬＯＨを有する患者の割合と、−０．１の閾値でのＡＢＳＯＬＵＴＥコピー数データとの間の相関性を示す。
【図１０Ａ】ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＣのＬＯＨの比率の３２の癌全体の比較によって、ほぼ同一のパターンのＬＯＨが明らかになることを示す。
【図１０Ｂ】ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＣのＬＯＨの比率の３２の癌全体の比較によって、ほぼ同一のパターンのＬＯＨが明らかになることを示す。
【図１０Ｃ】ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−ＣのＬＯＨの比率の３２の癌全体の比較によって、ほぼ同一のパターンのＬＯＨが明らかになることを示す。
【図１１】染色体６ｐの欠失で選別したＡＭＬコピー数プロファイルのＩＧＶスクリーンショットを示す。青は欠失を示し、赤は増幅を示す。ＨＬＡ−Ａの欠失はない。
【図１２】全てのＳＮＰについてＬＯＨを受けているブドウ膜黒色腫腫瘍の割合を示す。
【図１３】ＴＣＧＡ研究略号を提供する（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｄｃ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ−ｔｃｇａ−ｕｓｅｒｓ／ｔｃｇａ−ｃｏｄｅ−ｔａｂｌｅｓ／ｔｃｇａ−ｓｔｕｄｙ−ａｂｂｒｅｖｉａｔｉｏｎｓでも入手可能）。
【図１４】第１７染色体上にコードされる腫瘍抑制タンパク質ＴＰ５３に隣接する染色体領域の喪失を示す。ｉＣＡＲ標的として同定された、第１７染色体上にコードされている遺伝子は、患者ＲＣ００１の治療に使用することができる。
【図１５】ｉＣＡＲおよびａＣＡＲ構築物の概略図を提供する。
【図１６】ＥＬＩＳＡによって測定されたＩＬ−２分泌に関するデータを提供する。ｉＣＡＲは、ｉＣＡＲ標的を発現している標的細胞との相互作用により、ＩＬ−２分泌を特異的に阻害する。
【図１７】ＣＢＡによって測定された、ｉＣＡＲ標的を発現している標的細胞との相互作用により、ｉＣＡＲがＩＬ−２分泌を特異的に阻害することを示す。
【図１８】ＣＤ１９発現標的細胞による、ＣＤ１９  ａＣＡＲ  Ｊｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴの特異的活性化を示す。
【図１９】ＣＤ１９  ａＣＡＲ／ＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲ  Ｊｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴにおけるＮＦＡＴ活性化の特異的阻害を示す
【図２０】異なるＥ／Ｔ比でのＮＦＡＴ活性化の特異的阻害を示す。
【図２１−１】図１５のｉＣＡＲおよびａＣＡＲ構築物の配列を提供する。
【図２１−２】図１５のｉＣＡＲおよびａＣＡＲ構築物の配列を提供する。
【図２１−３】図１５のｉＣＡＲおよびａＣＡＲ構築物の配列を提供する。
【図２１−４】図１５のｉＣＡＲおよびａＣＡＲ構築物の配列を提供する。
【図２１−５】図１５のｉＣＡＲおよびａＣＡＲ構築物の配列を提供する。
【図２２−１】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−２】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−３】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−４】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−５】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−６】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−７】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−８】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２２−９】１１６７個の可能性のあるｉＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはａＣＡＲ標的を提供する。
【図２３−１】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−４】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−５】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−６】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−７】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−８】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−９】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１０】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１１】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１２】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１３】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１４】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１５】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１６】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１７】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１８】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−１９】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２０】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２１】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２２】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２３】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２４】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２５】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２６】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２７】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２８】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−２９】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３０】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３１】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３２】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３３】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３４】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３５】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３６】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３７】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３８】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−３９】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−４０】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【図２３−４１】図２２に列挙されている１１６７個の遺伝子からの３２８８個のＳＮＰを提供する。
【発明を実施するための形態】
【００７８】
Ｉ．緒論
ＡＧ  Ｋｎｕｄｓｏｎによって１９７１年に提唱された腫瘍抑制遺伝子（ＴＳＧ）の革新的な概念（Ｋｎｕｄｓｏｎ  Ｊｒ．，１９７１）に言及して、Ｄｅｖｉｌｅｅ、Ｃｌｅｔｏｎ−ＪａｎｓｅｎおよびＣｏｒｎｅｌｉｓｓｅは、「Ｅｖｅｒ  ｓｉｎｃｅ  Ｋｎｕｄｓｏｎ」（Ｄｅｖｉｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）と題した彼らのエッセイの冒頭の段落で、「多くの出版物は、多種多様な腫瘍における多くの異なる染色体上のＬＯＨを記録しており、多数のＴＳＧの存在を示唆している。Ｋｎｕｄｓｏｎの２段階侵襲説は、これらのＬＯＨ事象がＴＳＧの両方の対立遺伝子の不活性化における第２のステップであると予測している」と記載している。ヒトの癌における遺伝子的不安定性に関する彼らの独創的な考察（Ｌｅｎｇａｕｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）において、Ｌｅｎｇａｕｅｒ、Ｋｉｎｚｌｅｒ、およびＶｏｇｅｌｓｔｅｉｎは、「大部分の癌は、染色体が喪失または獲得されていることを核型研究は示しており、核型データはかかる変化の真の程度を実に過小評価していることを、分子研究は示している。ヘテロ接合性の喪失、すなわち、腫瘍における母方または父方の対立遺伝子の喪失は広範囲におよび、多くの場合反対の対立遺伝子の獲得を伴う。例えば、腫瘍は、父方の第８染色体を複製しながら、母方の第８染色体を喪失し得、細胞には正常な第８染色体の核型を有するが、異常な第８染色体の「対立遺伝子型」が残っている。結腸、乳房、膵臓、または前立腺の「平均的な」癌は、その対立遺伝子のうちの２５％を喪失している場合があり、腫瘍がその対立遺伝子の半分以上を喪失していることは珍しいことではない。」と記述した。その後、これらの観察は強化され、数多くの報告書において、事実上全ての癌腫を含むほぼ全てのヒトの癌に拡張された（考察については（ＭｃＧｒａｎａｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）を参照されたい）。ほぼ全ての個々の腫瘍が、完全な染色体、染色体腕全体、または異なるサイズのサブ染色体領域のうちの多数の喪失を呈することが、現在、明確に確立されている。エクソーム配列データに基づいて、任意の所与の細胞試料におけるＬＯＨプロファイルを決定するための新しいアルゴリズム（例えば、Ｓａｔｈｉｒａｐｏｎｇｓａｓｕｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１など）が迅速に開発されている。現在、統計的バイアスが一部の解釈の有効性について疑問を投げかける場合があるが（Ｔｅｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、かかるアルゴリズムによって、ＮＧＳ以前の時代にこの目的で採用されていた、ＬＯＨプロファイルを確立するための他のほとんどの方法論が改善され置き換えられる可能性が高い
【００７９】
早期のＬＯＨ事象は、同じ組織の前癌細胞で検出することができるが、周囲の正常細胞では検出することができない（Ｂａｒｒｅｔｔ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９）。ＬＯＨは不可逆的であり、事象は蓄積するのみであり得るため、腫瘍の不均一性は、腫瘍の進行全体にわたる喪失の蓄積を反映する。後期のＬＯＨ事象で異なる腫瘍サブクローンが発生し得るが、所与の患者における前癌細胞、推定腫瘍幹細胞、および全ての腫瘍サブクローンによって共有される最小限のＬＯＨシグネチャの存在が通例であることが予想される。この「幹の」ＬＯＨパターンから発する分岐は、同じ患者における全ての腫瘍細胞を一緒に網羅する、部分的に重複するシグネチャの限定的な組を依然として作製するであろう
【００８０】
総合的なＬＯＨ事象による不可避な結果は、欠失した染色体物質上にある他の全ての遺伝子の付随する喪失であり、これらには当然、膜貫通タンパク質をコードする多くの遺伝子が含まれる。それらの同一性に関して、３，７０２個の異なるヒト細胞表面タンパク質（「サーフェソーム」）のカタログが編集されている（Ｄａ  Ｃｕｎｈａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。サーフェソーム遺伝子のうちの≒４２％の発現は、広範な組織分布を示すが、≒８５個の遺伝子は、検査された全ての組織によって発現され、これはハウスキーピング遺伝子のホールマークである。これらの遺伝子は候補であり、それらの異なる多型多様体は、本発明のｉＣＡＲおよびａＣＡＲの標的として機能し得る。
【００８１】
より最近では、Ｂａｕｓｃｈ−Ｆｌｕｃｋら（Ｂａｕｓｃｈ−Ｆｌｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）は、彼らのケモプロテオーム細胞表面捕捉技術（Ｃｈｅｍｏｐｒｏｔｅｏｍｉｃ  Ｃｅｌｌ  Ｓｕｒｆａｃｅ  Ｃａｐｔｕｒｅ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）を適用して、４１種類のヒト細胞の１４９２個の細胞表面糖タンパク質を組み合わせた組を同定した。サーフェソームの大部分は、各々が固有のプロファイルを呈する、任意の所与の腫瘍によって発現されると予想されている。細胞表面タンパク質をコードする遺伝子は、他の全ての遺伝子よりも、それらのコード領域の単一ヌクレオチド多型（ＳＮＰ）がわずかに豊富であることが見出された（Ｄａ  Ｃｕｎｈａ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。まれである多型のフレーム内挿入および欠失は、多様体の数にさらに寄与し、ペプチド配列を変更する（非同義）ＳＮＰよりもポリペプチド生成物に、より強力な構造効果を発揮する可能性がある。まとめると、典型的なゲノムは、非同義の多様体を有する１０，０００〜１２，０００の部位、および１９０〜２１０のフレーム内挿入／欠失を含有する（Ａｂｅｃａｓｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０、Ａｕｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ＨＬＡ遺伝子座（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｉｍｇｔ／ｈｌａ／ｓｔａｔｓ．ｈｔｍｌ）またはある特定のＧタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）遺伝子（Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００３；Ｒａｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）などの高度に多型の遺伝子は、固有の多様体「ホットスポット」を作製するので、これらの多様体は、ゲノム全体にわたり均一に分布しない。ＬＯＨ関連ホットスポットの別の層は、ある特定の染色体、または異なる癌の染色体腕（例えば、小細胞肺癌腫の３ｐおよび１７ｐ（Ｌｉｎｄｂｌａｄ−Ｔｏｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）、結腸直腸癌の１７ｐおよび１８ｑ（Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）、乳癌の１７ｑおよび１９（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４、Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、黒色腫の９ｐ（Ｓｔａｒｋ  ａｎｄ  Ｈａｙｗａｒｄ，２００７）、膠芽腫の１０ｑ（Ｏｈｇａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）など）の頻繁な喪失から生じる。
【００８２】
表面タンパク質の対立遺伝子多様性のかなりの部分は、それぞれの遺伝子生成物の細胞外部分に影響を与え、原則的に、高度に特異的なｍＡｂによって他の多様体を認識および区別することができる、固有の対立遺伝子制限エピトープを作製する可能性がある。単一アミノ酸のみが異なる同じタンパク質の２つの多様体を区別するｍＡｂを単離することができることが十分に記録されている（例えば、優れた特異性でＲａｓ癌遺伝子の点変異生成物を認識するｍＡｂの早期の例（Ｃａｒｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６）を参照されたい）。興味深いことに、タンパク質エピトープの単一アミノ酸交換に特異的な２つのｍＡｂは、それらの重鎖および軽鎖Ｖ遺伝子プールとは構造的に異なる可変領域を使用することができることが示された（Ｓｔａｒｋ  ａｎｄ  Ｃａｔｏｎ，１９９１）。最近、Ｓｋｏｒａら（Ｓｋｏｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）は、変異ＫＲＡＳおよびＥＧＦＲタンパク質に由来するＨＬＡ−Ｉ結合ネオペプチドと、両方の場合で１つのアミノ酸が異なるそれらの野生型対応物とを区別することができる、ペプチド特異的ｓｃＦｖの単離を報告した。
【００８３】
全てを考慮すると、腫瘍細胞の独特の抗原シグネチャが出現し、これが個々の患者の全身における他の全ての細胞との明確な区別を可能にすることができる。これは、ＬＯＨのおかげで腫瘍細胞表面には存在しないが、これらの遺伝子を発現している原発癌組織または他の組織の正常細胞上に存在する対立遺伝子多様体によってコードされる、全ての膜貫通タンパク質を含む。当然、ＬＯＨによる影響を受ける各遺伝子は、真のハウスキーピング遺伝子を除き、固有のパターンの組織分布を特徴とするであろう。これらの遺伝子の大部分は、腫瘍形成または形質転換された表現型の維持に直接関与することは予想されず、この意味では、それらの喪失は「パッセンジャー」の性質のものである
【００８４】
独特な分子描写が、ほぼ全ての腫瘍のＬＯＨによって不可避に形作られており、正常細胞上に存在する数多くの多型表面構造が存在しないことを特徴とすることを、上で提示された理論的根拠は主張している。個々の腫瘍のこの自明のシグネチャを標的化可能な抗原エピトープの組に変換することは、特定の「存在しないこと」の認識を、標的細胞の殺傷を誘発することが可能な活性化の合図に翻訳するための、実用可能な免疫学的戦略を伴う。重要なことに、標的上の腫瘍外反応性が厳密に回避されることを確実にするための安全装置を組み込むことは、この戦略の将来の臨床的実施に非常に好ましいであろう。
【００８５】
本発明は、遺伝子の単一ペアの各療法的キラー細胞における共発現を通じて、この課題に取り組む。このペアの一方のパートナーは、活性化ＣＡＲ（ａＣＡＲ）をコードし、他方は保護ＣＡＲ（ｐＣＡＲ）または阻害性ＣＡＲ（ｉＣＡＲ）をコードする
【００８６】
ＩＩ．定義の選択
本明細書で使用される「核酸分子」という用語は、ＤＮＡまたはＲＮＡ分子を指す。
【００８７】
「コードする」という用語は、定義されたヌクレオチド配列（例えば、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡおよびｍＲＮＡ）のいずれかを有する生物学的プロセスにおける他のポリマーおよび高分子、または定義されたアミノ酸の配列を合成するためのテンプレートとして機能する遺伝子、ｃＤＮＡ、またはｍＲＮＡなどのポリヌクレオチドの特定のヌクレオチド配列の固有の特性、およびそれらから生じる生物学的特性を指す。したがって、その遺伝子に対応するｍＲＮＡの転写および翻訳によって、細胞または他の生物学的系においてタンパク質が生成される場合、遺伝子はタンパク質をコードする。ヌクレオチド配列がｍＲＮＡ配列のものと同一であり、通常は配列表に提供されているコード鎖、および遺伝子またはｃＤＮＡの転写のテンプレートとして使用される非コード鎖の両方は、その遺伝子またはｃＤＮＡのタンパク質または他の生成物をコードすると称することができる。
【００８８】
特に明記しない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」には、互いの縮重バージョンであり、同じアミノ酸配列をコードする全てのヌクレオチド配列が含まれる。タンパク質およびＲＮＡをコードするヌクレオチド配列には、イントロンが含まれ得る。
【００８９】
「内因性」という用語は、生物、細胞、組織、もしくは系から、またはそれらの内部で生成された任意の物質を指す。
【００９０】
「外因性」という用語は、生物、細胞、組織、もしくは系の外部から導入されるか、またはそれらの外部で生成される任意の物質を指す。
【００９１】
本明細書で使用される「発現」という用語は、そのプロモーターによって推進される特定のヌクレオチド配列の転写および／または翻訳として定義される。
【００９２】
「発現ベクター」は、発現するヌクレオチド配列に操作可能に連結された、発現制御配列を含む組み換えポリヌクレオチドを含むベクターを指す。発現ベクターは、発現に十分なシス作用要素を含み、発現のための他の要素は、宿主細胞によって、またはインビトロ発現系において供給することができる。発現ベクターには、組み換えポリヌクレオチドを組み込んだコスミド、プラスミド（例えば、裸のまたはリポソームに含有されている）、およびウイルス（例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、およびアデノ随伴ウイルス）などの当技術分野で既知の全てのものが含まれる。
【００９３】
本明細書で使用される「ゲノム多様体」という用語は、同じゲノム位置での参照またはコンセンサス配列と比較した、配列決定された試料におけるゲノムレベルでの少なくとも１つのヌクレオチドの変化を指す。
【００９４】
多様体に関して本明細書で使用される「対応する参照対立遺伝子」という用語は、多様体と同じゲノム位置の参照もしくはコンセンサス配列、またはヌクレオチドを意味する。
【００９５】
タンパク質に関して本明細書で使用される「細胞外ドメイン」という用語は、細胞膜の外側にあるタンパク質の領域を意味する。
【００９６】
本明細書で使用される「ヘテロ接合性の喪失」または「ＬＯＨ」という用語は、体細胞における２つの染色体のうちの１つのコピーにおける完全な染色体またはその一部などの染色体物質の喪失を意味する。
【００９７】
多様体または参照対立遺伝子に関して本明細書で使用される「配列領域」という用語は、多様体の位置から上流で始まり、下流で終わり、抗体によって認識され得る「エピトープペプチド」に翻訳され得る配列を意味する。
【００９８】
「ＣＡＲ」という用語は、その用語が本明細書で使用される場合、例えばＴ細胞またはＮＫ細胞由来の細胞免疫機能受容体またはアダプター分子と、構造的および機能的特性を共有するキメラポリペプチドを指す。ＣＡＲには、ＴＣＡＲおよびＮＫＲ−ＣＡＲが含まれる。同種抗原に結合すると、ＣＡＲは、ＣＡＲが配置されている細胞傷害性細胞を活性化もしくは不活性化するか、または細胞の抗腫瘍活性を調節するか、または細胞の免疫応答を調節することができる。
【００９９】
多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する、ｓｃＦｖなどの細胞外ドメインの文脈において、本明細書で使用される「特異的結合」という用語は、１つの対立遺伝子多様体へのｓｃＦｖの相対的結合、および同じ多型細胞表面エピトープの対応する異なる対立遺伝子多様体に結合し損なうことを指す。これは、アビディティ（Ｔ細胞上のＣＡＲコピーの数、標的細胞（または保護される細胞）の表面上の抗原分子の数、および使用される特定のＣＡＲの親和性に依存するので、機能的定義は、ＥＬＩＳＡにおいて、特定のｓｃＦｖが、それが特異的である多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に対して有意なシグナルを提供すること、またはＦＡＣＳアッセイにおいて、ｓｃＦｖを提示するＣＡＲでトランスフェクトされた細胞が、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体で明確に標識されるが、同じ多型細胞表面エピトープの対応する異なる対立遺伝子多様体を使用する同じアッセイでは、検出可能なシグナルは提供されないであろうことであろう。
【０１００】
本明細書で使用される「治療する」という用語は、所望の生理学的効果を得る手段を指す。その効果は、疾患および／または疾患に起因する症状を部分的または完全に治癒するという観点において療法的であり得る。この用語は、疾患を阻害すること、例えばその発症を阻止すること、または疾患を改善すること、例えば、疾患の退行を引き起こすことを指す。
【０１０１】
本明細書で使用される場合、「対象」または「個体」または「動物」または「患者」または「哺乳類」という用語は、診断、予後、または療法が望まれる任意の対象、特に哺乳類対象、例えばヒトを指す。
【０１０２】
「安全なエフェクター免疫細胞」または「安全なエフェクター細胞」という語句には、本明細書に記載の少なくとも１つのｉＣＡＲまたはｐＣＡＲを発現する、本発明によって記載される細胞が含まれる。いくつかの実施形態では、「安全なエフェクター免疫細胞」または「安全なエフェクター細胞」は、対象に投与可能である。いくつかの実施形態では、「安全なエフェクター免疫細胞」または「安全なエフェクター細胞」は、本明細書に記載のａＣＡＲをさらに発現する。いくつかの実施形態では、「安全なエフェクター免疫細胞」または「安全なエフェクター細胞」は、本明細書に記載のｉＣＡＲまたはｐＣＡＲをさらに発現する。いくつかの実施形態では、「安全なエフェクター免疫細胞」または「安全なエフェクター細胞」は、本明細書に記載のｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ、および本明細書に記載のａＣＡＲをさらに発現する。
【０１０３】
本発明に従って使用するための医薬組成物は、１つ以上の生理学的に許容可能な担体または賦形剤を使用して、従来の様式で製剤化することができる。担体（複数可）は、組成物の他の成分と適合し、そのレシピエントに有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。
【０１０４】
「有効量」または「療法的有効量」という語句は、本明細書では互換的に使用され、特定の生物学的結果を達成するのに有効な、本明細書に記載の化合物、製剤、物質、または組成物の量を指す。
【０１０５】
担体、投与モード、剤形などの次の例示は、本発明で使用するための担体、投与モード、剤形などを選択することができる既知の可能性として列挙されている。しかしながら、当業者は、選択された任意の所与の製剤および投与モードをまず試験して、それが所望の結果を達成することを決定すべきであることを理解するであろう。
【０１０６】
投与の方法には、限定されないが、非経口、例えば、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、粘膜（例えば、経口、鼻腔内、口腔、膣、直腸、眼内）、髄腔内、局所および皮内経路が含まれる。投与は、全身的または局所的であり得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、経口投与に適している。
【０１０７】
「担体」という用語は、活性剤とともに投与される希釈剤、アジュバント、賦形剤、またはビヒクルを指す。医薬組成物中の担体は、微結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン（ポリビドンまたはポビドン）、トラガカントガム、ゼラチン、デンプン、ラクトース、またはラクトース一水和物などの結合剤；アルギン酸、トウモロコシデンプンなどの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウムまたはラウリル硫酸ナトリウムなどの潤滑剤または界面活性剤；およびコロイド状二酸化ケイ素などの流動促進剤を含み得る。
【０１０８】
本明細書で使用される「末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）」という用語は、リンパ球、単球、またはマクロファージなどの円形の核を有する任意の血液細胞を指す。血液からＰＢＭＣを単離するための方法は、当業者には容易に明らかである。非限定的な例は、単球とリンパ球とで血漿の層の下でバフィーコートを形成して、血の層を分離する親水性多糖類であるフィコールを使用するか、または赤血球と、白血球の少ない血漿とをドナーに返血することによる白血球濃縮物の調製である、白血球除去法による、全血由来のこれらの細胞の抽出である。
【０１０９】
本明細書で使用される「癌」という用語は、異常な細胞の迅速かつ制御されない増殖を特徴とする疾患として定義される。癌細胞は、局所的に、または血流およびリンパ系を通じて身体の他の部分に広がり得る。様々な癌の例には、限定されないが、乳癌、前立腺癌、卵巣癌、子宮頸癌、皮膚癌、膵臓癌、結腸直腸癌、腎癌、肝臓癌、脳癌、リンパ腫、白血病、肺癌、神経膠腫などが含まれる。
【０１１０】
ＩＩＩ．ＣＡＲ−Ｔ  ＳＹＳＴＥＭ：ＩＣＡＲＳ、ＰＣＡＲＳ、およびＡＣＡＲＳ
本発明は、正常細胞を安全に保ちながら腫瘍細胞の特異的標的化を可能にする新しい手段を提供することを強調すべきである。本明細書に提示された概念は、ｉＣＡＲ（またはｐＣＡＲまたは保護ＣＡＲ）の新しい標的の同定を提供し、これらの標的は、それらがある染色体領域のＬＯＨに起因して腫瘍細胞から喪失しているが、正常組織で発現したままの、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を含むと定義される。多型多様性のため、２つの対立遺伝子を区別し、腫瘍細胞で欠落している対立遺伝子のみを標的とすることが可能である。さらに、標的抗原は、ＬＯＨによって喪失した領域にあるように選択され、したがってかかる遺伝子に単純に連結することができるので、それ自体が必ずしも腫瘍抑制遺伝子または癌に関与すると予測される遺伝子である必要はない。これは、腫瘍関連抗原または多型に関係なく腫瘍で下方制御された抗原を標的とする癌療法でこれまでに採用または提案された方法とは、概念的に異なる。本方法はまた、本明細書に記載のｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの共発現を通じて正常細胞の保護を与えることによって、腫瘍関連抗原を超えてａＣＡＲの選択を広げることを提供する。
【０１１１】
ＬＯＨはゲノム事象であり、腫瘍からの特定の多様体の総合的な喪失を生じ、喪失した対立遺伝子を取り戻す可能性は非常にまれであるため、この区別は非常に重要である。ＬＯＨ事象が腫瘍の発生の非常に早期に発生する場合、転移性腫瘍を含む初期の前悪性組織に由来する全ての腫瘍細胞では、標的シグネチャは確実に均質である。加えて、ＬＯＨはほぼ全ての種類の癌で発生し、したがってこの概念は、これら全ての癌の種類に関連するマーカーを開発するための普遍的なツールとして信頼することができる。ＬＯＨ事象はある程度ランダムであるので、本発明はさらに、その患者で発生した特定のＬＯＨ事象に基づいて、個々の癌患者各々に個別化された腫瘍マーカーの選択を提供する。この概念を実行するために信頼されるツールである、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲは周知であり、例えば、本明細書に完全に開示されているかのように参照により組み込まれる、ＷＯ２０１５／１４２３１４およびＵＳ９，７４５，３６８の両方で教示されているように、当技術分野で周知の方法を使用して簡単に調製することができる。
【０１１２】
１つの戦略によれば、各所与のペアの２つのＣＡＲは、ヘテロ接合である患者の同じ標的遺伝子の異なる対立遺伝子多様体の生成物を特異的に認識する。基本的な原理は次のとおりである：ａＣＡＲは、所与の腫瘍細胞によって発現され、ＬＯＨによって影響を受けない選択された細胞表面タンパク質の対立遺伝子多様体を標的とするが、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲは、ＬＯＨに起因してこれらの腫瘍細胞から喪失した同じ遺伝子の対立遺伝子多様体によってコードされる生成物を標的とする。当該遺伝子を発現するその個々の患者の他の正常組織では、両方の対立遺伝子が存在し、同等に機能的である、すなわち、発現は全ての組織で二対立遺伝子性であることが知られている（ランダムな単一対立遺伝子性の発現を呈し得る他の遺伝子とは対照的である（Ｃｈｅｓｓ，２０１２、Ｓａｖｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。１つのシナリオでは、２つのＣＡＲは、タンパク質生成物の同じ位置にある、１つまたは数個のみのアミノ酸が異なる２つの関連するエピトープを標的とする。別のシナリオでは、ａＣＡＲは同じタンパク質上の非多型エピトープを標的とするが、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲは、対立遺伝子特異的である。この場合、正常細胞上のａＣＡＲエピトープの密度は、一般にｉＣＡＲまたはｐＣＡＲのものよりも２倍高いであろう。いくつかの実施形態では、単一核酸ベクターは、ａＣＡＲ、およびｉＣＡＲまたはｐＣＡＲの両方をコードする。
【０１１３】
別の戦略は、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲがハウスキーピング遺伝子のタンパク質生成物を標的とすることを利用する。定義では、これらの遺伝子は体内の全ての細胞上に発現するので、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲの安全な標的である。すなわち、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲが、ヘテロ接合である所与の患者のハウスキーピング遺伝子の膜生成物を標的とする場合、ＬＯＨに起因してこの対立遺伝子を喪失した腫瘍細胞を除く、体内の全ての細胞が保護されるであろう。この戦略により、ａＣＡＲ標的遺伝子生成物を、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲのものから脱共役することを可能にする。実際、この場合のａＣＡＲ標的は、腫瘍によって発現される任意の非多型エピトープであり得る。この戦略の多様性は、例えば、臨床使用中または臨床試験中の検査下のａＣＡＲを、ヘテロ接合性であり、腫瘍の少なくとも原発組織、好ましくはａＣＡＲ標的抗原が発現する追加の重要な正常組織で発現する所与の患者の遺伝子の膜生成物に向けられているｉＣＡＲまたはｐＣＡＲと組み合わせた、非多型腫瘍関連抗原を標的とする既知のａＣＡＲを利用するであろう。
【０１１４】
ｉＣＡＲ／ｐＣＡＲ標的抗原からのａＣＡＲのものの脱共役を可能にする同じ理論的根拠に続き、後者は、必ずしもハウスキーピング遺伝子の生成物である必要はない。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲは、腫瘍に加えて、ａＣＡＲ標的抗原を発現している重要な正常組織を保護するために、その発現パターンが十分に広い任意の遺伝子生成物である。当然の結果として、ａＣＡＲ抗原は、ハウスキーピング遺伝子について主張されているように、既知の「腫瘍関連抗原」に限定されない、腫瘍によって発現される任意の非多型エピトープであり得、候補ａＣＡＲのリストを大幅に拡大することができる理由であり得る。一般に、ハウスキーピング遺伝子および非ハウスキーピング遺伝子の両方では、かかる正常な重要な組織の同定および発現レベルは、かかる候補ａＣＡＲ標的の優先順位付けにおける重要な基準として機能するであろう。
【０１１５】
ｉＣＡＲによって送信される阻害性シグナルが、ａＣＡＲシグナルを上回って厳密かつ永続的に優位であり、ｉＣＡＲとａＣＡＲとの間で取り違えた認識が発生しないことを確実にするための処置をとらなければならない。ｉＣＡＲの優位性により、両方の対立遺伝子を発現している正常細胞との遭遇時に、キラー細胞の活性化が防止されることが保証される。しかしながら、このデフォルトのブレーキは、腫瘍細胞との係合時に動作しないであろう：その標的抗原が存在しない場合、ｉＣＡＲは阻害性シグナルを送達せず、したがって期待されるａＣＡＲが媒介する細胞活性化およびその後の腫瘍細胞の溶解を解放するであろう。
【０１１６】
ｉＣＡＲ技術は、免疫チェックポイントに基づいてもよい。この点では、ＰＤ−１およびＣＴＬＡ−４の調節要素がｉＣＡＲシグナル伝達成分として組み込まれると、強力なＴ細胞阻害能力を持つという実証（Ｆｅｄｏｒｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ、ＷＯ２０１５／１４２３１４）は、期待の持てるものであったが、これらの観察の一般性は、最近疑問視された（Ｃｈｉｃａｙｂａｍ  ａｎｄ  Ｂｏｎａｍｉｎｏ，２０１４，２０１５）。さらに、これらのチェックポイントタンパク質によって誘発される正確な分子経路は完全には理解されていないが、それらの関与によって、近位および遠位の両方のメカニズムを通じてＴ細胞の活性化が減衰され、付随する活性化刺激にＴ細胞が応答しなくなる（Ｎｉｒｓｃｈｌ  ａｎｄ  Ｄｒａｋｅ，２０１３）。したがって、ＰＤ−１およびＣＴＬＡ−４のｉＣＡＲによって保護された不活性化状態は、確かに一時的かつ可逆的であるが（Ｆｅｄｏｒｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３ｂ）、ｉＣＡＲおよびａＣＡＲの両方の標的を発現している組織ではＴ細胞は活性化されないであろう。対照的に、活性化受容体を上回るＮＫ阻害性受容体の優位性は、時間的メカニズムではなく空間的メカニズムを通じて、健康な細胞がＮＫ細胞の攻撃から免れることを確実にする。（Ｌｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。単一ＮＫ細胞が、阻害性および活性化リガンドの両方を発現している耐性細胞を生かし、さらに同時に係合する、活性化リガンドのみを発現する影響を受けやすい細胞を殺傷することができる、という説得力のある根拠がある。この絶妙な能力は、結果的に細胞溶解性顆粒のエキソサイトーシスに影響を与える、それぞれの免疫シナプスの各々で形成されるシグナル伝達分子の異なる空間的構成によって制御される（例えば、Ａｂｅｙｗｅｅｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１、Ｅｒｉｋｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９、Ｔｒｅａｎｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００６、Ｖｙａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００１、ＵＳ９，７４５，３６８）。
【０１１７】
上に説明したように、ｉＣＡＲによって行使される制御に基づく戦略は、ａＣＡＲ活性を上回るｉＣＡＲ活性の優位性に依存する。いくつかの実施形態では、本発明は、シナプス選択的な様式でＣＡＲ  Ｔ細胞で動作し、共発現ａＣＡＲを上回る完全な優位性を保証するように設計されている、本明細書ではｐＣＡＲ（「保護ＣＡＲについては図２参照）と称されるこの種類のｉＣＡＲを提供する。いくつかの実施形態では、本発明によって提供されるｉＣＡＲは、本明細書で保護ＣＡＲ（ｐＣＡＲ）と称されるこの特定の種類のｉＣＡＲである。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、本発明のｐＣＡＲは、２つの技術的特色を統合する。第１に、ｐＣＡＲは、ａＣＡＲの活性化部分（ＦｃＲγ／ＣＤ３−ζ）を、認識ユニットおよび共刺激要素（例えば、ＣＤ２８、４−１ＢＢ、ＣＤ１３４（ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、ＩＬ２Ｒβ、およびＳＴＡＴ３結合モチーフ（ＹＸＸＱ））から、それらを２つの異なるポリペプチド生成物上に遺伝子的に配置することによって、脱共役を可能にする。これらの要素の再結合はａＣＡＲ機能に必須であり、ポリペプチドの各々に別個に組み込まれたそれぞれの結合部位を架橋することができるヘテロ二量体化薬物の添加によってのみ行われるであろう（図２Ｂ）。同様に分割された認識部分と活性化部分とを、ヘテロ二量体化薬物によって架橋することによる、完全に機能的なＣＡＲの再構築は、最近Ｗｕらによって報告されている（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。この目的のために、これらの著者らは、ＦＫ５０６結合タンパク質ドメイン（ＦＫＢＰ、１０４個のアミノ酸）、およびラパマイシン類似体ＡＰ２１９６７の存在下でヘテロ二量体化する（下記スキームＩ）ＦＫＢＰ−ラパマイシン結合ドメインのＴ２０８９Ｌ変異体（ＦＲＢ、８９個のアミノ酸）を使用した。この薬物は、ラパマイシンと比較して１０００分の１の免疫抑制活性しか持たず（Ｂａｙｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００６、Ｇｒａｅｆ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７、Ｌｉｂｅｒｌｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）、市販されている（ＡＲＧＥＮＴＴＭ、Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  Ｈｅｔｅｒｏｄｉｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ、ＡＲＩＡＤ）。いくつかの実施形態では、薬物は、経口投与される。
【化１】
2020535814.tif 000003
【０１１９】
第２に、ｐＣＡＲ認識ユニットおよび欠落している活性化ドメインをそれぞれ、２つの膜内開裂部位を含有するＲＩＰ制御受容体の膜貫通ドメインの２つの表面上に移植する（図２Ａ）。ｐＣＡＲをその抗原に結合することにより、まず細胞外ディスインテグリン、およびエクトドメインを除去するメタロプロテイナーゼ（ＡＤＡＭ）ファミリーのメンバーによって、次いでｐＣＡＲの細胞内ドメインを遊離させる細胞内γ−セクレターゼによって、コードされるポリペプチドの二重開裂が誘発されるであろう。この最初の開裂事象は、短縮型ａＣＡＲの能力を中断して、その欠落している活性化要素が、機能的に膜に固定された構成へのアクセスを獲得し、したがって操作モードを獲得すると予測される（図２Ｃ）。この原理は最近、ＣＡＲ  Ｔ細胞の活性の、腫瘍細胞上の２つの異なる抗原の同時認識を制限して、Ｎｏｔｃｈ受容体（Ｍｏｒｓｕｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６、Ｒｏｙｂａｌ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６ｂ）または上皮細胞接着分子（発明者の監督下での理学修士論文、ＥｐＣＡＭ、Ｐｉｚｅｍ，Ｙ．）のＲＩＰを通じて機能する２つのよく研究された受容体のいずれかを適用するように設計された新しい遺伝子スイッチの開発に利用された。これらの研究では、ＲＩＰ系ＣＡＲが１つの抗原に結合すると、遺伝子操作された細胞内ドメインが解放され、細胞核に転位して、第２のＣＡＲの発現を発動するであろう。保護抗原の存在下で、任意の可能性のあるａＣＡＲ活性を無力化するためのみに、このプロセスを利用する本発明とは異なり。いくつかの実施形態では、最初の開裂事象は、短縮型ａＣＡＲの能力を中断して、その欠落している活性化要素が、機能的に膜に固定された構成へのアクセスを獲得し、したがって操作モードを獲得する。
【０１２０】
上に提案された作用機序は、局所効果を発揮すると予測されているので、同じシナプスにあるａＣＡＲのみが影響を受け、抗原と生成して結合し、免疫シナプスを形成することがもはや不可能になる。結果として、ａＣＡＲと多数の非腫瘍細胞との相互作用が発生する可能性が高いときでさえ、細胞がさらなる相互作用を完全に行うことが可能なように、それらは一過性かつ非機能的であることがのみ予想される。
【０１２１】
ａＣＡＲの機能は完全にｐＣＡＲの存在に依存するので、それらのａＣＡＲの対応物を上回るｐＣＡＲの優位性は、この系に固有である。所与のＴ細胞におけるｐＣＡＲの相対的な不足は、活性化ドメインの欠如に起因して、ａＣＡＲを非機能的にするであろう。いくつかの実施形態では、所与のＴ細胞におけるｐＣＡＲの不足は、活性化ドメインの欠如に起因して、ａＣＡＲを非機能的にする。
【０１２２】
認識ドメインおよび活性化ドメインの両方が形質膜に局在していることが重要である（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。したがって、活性化ドメインを形質膜から切り離す第２の開裂によって、このドメインが非機能的になり、不要な細胞活性化が防止されるであろう。いくつかの実施形態では、認識ドメインおよび活性化ドメインが形質膜に局在している。いくつかの実施形態では、第２の開裂は、活性化ドメインを形質膜から切り離し、このドメインが非機能的になり、望ましくない細胞の活性化が防止される。
【０１２３】
ａＣＡＲおよびｐＣＡＲは、相互に排他的なメカニズムを介して機能するように設計されている。開裂を受けるｐＣＡＲの能力は、阻害性シグナル伝達の強さに依存しないので、シグナル伝達結果の完了は起こらないであろう。ｐＣＡＲが開裂する限り、ａＣＡＲは、それぞれの抗原との相互作用の相対的なアビディティに関係なく、別の重要なレベルの安全性を確保するシナリオを機能させることができない。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、哺乳類組織はヒト組織であり、他の実施形態では、関連する哺乳類正常組織は、腫瘍が発生した正常組織である。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞は、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、またはサイトカイン誘導キラー細胞である。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を阻害可能な少なくとも１つのシグナル伝達要素は、ＰＤ１；ＣＴＬＡ４；ＢＴＬＡ；２Ｂ４；ＣＤ１６０；ＣＥＡＣＡＭ１などのＣＥＡＣＡＭ；ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＬＩＲ１、ＬＩＲ２、ＬＩＲ３、ＬＩＲ５、ＬＩＲ８、およびＣＤ９４−ＮＫＧ２ＡなどのＫＩＲ；ＬＡＧ３；ＴＩＭ３；Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）；インターフェロン遺伝子の刺激因子（ＳＴＩＮＧ）；免疫受容阻害チロシンモチーフ（ＩＴＩＭ）含有タンパク質、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）、ならびにアデノシン受容体（例えばＡ２ａＲ）からなる群から選択される、免疫チェックポイントタンパク質などの免疫チェックポイントタンパク質のシグナル伝達要素と相同である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントタンパク質は、負の免疫調節因子である。いくつかの実施形態では、負の免疫調節因子は、２Ｂ４、ＬＡＧ−３、およびＢＴＬＡ−４からなる群から選択される。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントタンパク質は、ナチュラルキラー細胞阻害性受容体、例えば、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３などのＫＩＲ、またはＬＩＲ１、ＬＩＲ２、ＬＩＲ３、ＬＩＲ５、ＬＩＲ８などの白血球Ｉｇ様受容体、およびＣＤ９４−ＮＫＧ２Ａ、ＣＤ９４とヘテロ二量体を形成し、２つのＩＴＩＭを含有するＣ型レクチン受容体である。
【０１２８】
ｉＣＡＲでキラー細胞受容体を調製および使用するための方法は、本明細書に完全に開示されているかのように、参照により組み込まれる米国特許第９，７４５，３６８号に記載されている。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、上の実施形態のうちのいずれか１つの細胞外ドメインは、柔軟なヒンジおよび膜貫通型の標準的なモチーフを通じて、当該細胞内ドメインに融合されている。
【０１３０】
ｉ．対象の同定：ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよびｐＣＡＲ
本発明は、細胞外多型エピトープを有する候補遺伝子の同定に基づく、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ標的の同定のための方法を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、腫瘍組織上に発現する任意の細胞外タンパク質に向けることができる。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ標的は、非腫瘍組織上にさらに発現し、ｉＣＡＲ標的はまた、非腫瘍組織上に発現するが、腫瘍組織上には発現しない。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、候補遺伝子を同定する方法は、まず、遺伝子が細胞外多型エピトープを含む膜貫通タンパク質をコードすることを決定することを含む。いくつかの実施形態では、候補遺伝子を同定する方法は、遺伝子が少なくとも２つの発現する対立遺伝子を有することを決定することをさらに含む。いくつかの実施形態では、これらの対立遺伝子は、少なくとも１つの対立遺伝子多様性を呈する。いくつかの実施形態では、対立遺伝子多様性には、例えば、１つ以上のＳＮＰ、挿入、および／または欠失の存在が含まれる。いくつかの実施形態では、遺伝子に見られる対立遺伝子多様性は、タンパク質の細胞外領域の参照配列と比較してアミノ酸の変化を引き起こす。いくつかの実施形態では、遺伝子は、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける染色体領域に位置する。いくつかの実施形態では、遺伝子は、癌のヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける染色体領域に位置する。いくつかの実施形態では、遺伝子は、対応する領域がＬＯＨを受けたことが見出された腫瘍型の起源組織で発現する。いくつかの実施形態では、遺伝子は、ａＣＡＲが発現する少なくとも１つ以上の組織に発現する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ標的は、ａＣＡＲが発現する重要な臓器細胞に発現する。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、少なくとも１つの細胞外多型エピトープを有する遺伝子の同定に基づいて選択され、当該遺伝子が、少なくとも２つの発現対立遺伝子を有する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ヘテロ接合性の喪失を受ける染色体領域に位置する遺伝子の同定に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、癌のヘテロ接合性の喪失を受ける染色体領域に位置する遺伝子の同定に基づいて選択される。いくつかの実施形態では、理論上のＳＮＰのスコアが計算され、閾値限界が決定される。例えば、ＳＮＰのうちの３２％のみが染色体上に腫瘍抑制遺伝子を有する場合、腫瘍抑制遺伝子を有するパーセンタイルランクは、０．６８であろう。さらに、例えば、対立遺伝子が、０．４９（０．５が最も高い可能性である場合）のマイナー対立遺伝子の割合を有する場合、パーセンタイルランクは０．９９であろう。ＬＯＨの比率が０．１０であり、ＳＮＰのうちの７５％がそれを超えるＬＯＨを有する場合、パーセンタイルランクは０．２５であろう。組織全体の発現値の標準偏差対このＳＮＰが存在する遺伝子の中央値の比が１．３であり、それが他の遺伝子のうちの９０％より良好である場合、パーセンタイルランクは０．９である。このＳＮＰの合計スコアは、０．６８＊０．９９＊０．２５＊０．９＝０．１５であろう。いくつかの実施形態では、このＬＯＨ候補スコアは、候補遺伝子が、好適なｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ標的であるかを決定するための１つの方法として採用することができる。いくつかの実施形態では、このＬＯＨスコアに基づいて標的を選択することができる。いくつかの実施形態では、候補遺伝子は、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ標的として好適であると決定されている。０．４超のＬＯＨ候補スコアに基づいたＬＯＨ候補。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、少なくとも１つの細胞外多型エピトープを有する遺伝子から選択される。いくつかの実施形態では、標的は、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体、第１３染色体、第１４染色体、第１５染色体、第１６染色体、第１７染色体、第１８染色体、第１９染色体、第２０染色体、第２１染色体、第２２染色体、またはＸ染色体上に位置する遺伝子である。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２Ａからなる群から選択される。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第３染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第４染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第５染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第６染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第６染色体上に位置し、ＨＬＡ標的を含む。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇである。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＨＬＡ−Ａ２である。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第７染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第８染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第９染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１０染色体上に位置する。いくつかの例では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１１染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１２染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１３染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１４染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１５染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１６染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１７染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１８染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第１９染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２０染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２１染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、第２２染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、細胞外多型エピトープを含む遺伝子は、Ｘ染色体上に位置する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための標的は、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、癌を治療するために使用されるａＣＡＲは、標的タンパク質が発現する全ての正常組織上にｉＣＡＲが発現する限り、腫瘍組織上に発現する任意の膜タンパク質に、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、腫瘍関連タンパク質、腫瘍関連抗原、および／または臨床試験の抗原、表１に列挙されているＣＡＲ標的、ならびに本明細書に列挙されている基準に従って、標的の結合に関してｉＣＡＲと一致またはペアにすることができる腫瘍組織に発現する任意の細胞表面タンパク質に特異的に結合することができるか、または向けることができる。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲがａＣＡＲと同じ組織または任意の重要な組織に発現するが、腫瘍細胞では喪失されている限り、ａＣＡＲは、細胞外ドメインを有する任意の発現タンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、上に記載の癌の種類のうちのいずれか１つなどの癌を治療するために使用されるａＣＡＲは、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ標的は、細胞外ドメインを有する任意の標的である。いくつかの実施形態では、癌の治療に使用されるａＣＡＲは、限定されないが、次のリストの抗原：ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ１０、ＣＤ７、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＡＩＸ  Ｉｇκ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＣＤ３０、ＬｅｗｉｓＹ、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ２８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ４４、ＣＤ４１、ＣＤ１３３、ＣＤ１３８、ＮＫＧ２Ｄ−Ｌ、ＣＤ１３９、ＢＣＭＡ、ＧＤ２、ＧＤ３、ｈＴＥＲＴ、ＦＢＰ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＦＲ−α、Ｌ１−ＣＡＭ、ＥｒｂＢ２，３，４、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＶＥＧＦＲ−２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＦＡＰ、メソテリン、ｃ−ＭＥＴ、ＰＳＭＡ、ＣＥＡ、ｋＲａｓ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＵＣ１ＭＵＣ１６、ＰＤＬ１、ＰＳＣＡ、ＥｐＣＡＭ、ＦＳＨＲ、ＡＦＰ、ＡＸＬ、ＣＤ８０  ＣＤ８９、ＣＤＨ１７、ＣＬＤ１８、ＧＰＣ３、ＴＥＭ８、ＴＧＦＢ１、ＮＹ−ＥＳＯ−１  ＷＴ−１、およびＥＧＦＲ、から選択される非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ標的は、表１に列挙されている抗原である。
【表１−１】
2020535814.tif 000004
【表１−２】
2020535814.tif 000005
【表２】
2020535814.tif 000006
【０１５８】
ｉｉ．認識部分：ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよびｐＣＡＲ
本発明はまた、標的への特異的結合を提供するように設計された認識部分を提供する。認識部分は、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの特異的かつ標的化された結合の指示を可能にする。いくつかの実施形態では、標的への特異的結合を提供するように設計された認識部分は、細胞外多型エピトープへの特異的結合を提供する。いくつかの実施形態では、認識部分は、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインの一部である。いくつかの実施形態では、細胞外ドメインは、ヒト化抗体；ヒト抗体；抗体の機能的断片；ナノボディなどの単一ドメイン抗体；組み換え抗体；単一鎖可変断片（ＳｃＦｖ）などの抗体、それらの誘導体または断片を含む。いくつかの実施形態では、細胞外ドメインは、アフィボディ分子；アフィリン；アフィマー；アフィチン；アルファボディ；アンチカリン；アビマー；ＤＡＲＰｉｎ；ファイノマー（ｆｙｎｏｍｅｒ）；Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド；およびモノボディなどの抗体ミメティックを含む。いくつかの実施形態では、細胞外ドメインは、アプタマーを含む。
【０１５９】
一般に、任意の関連する技術を使用して、ａＣＡＲ、およびｐＣＡＲまたはｉＣＡＲにそれらの標的への特異的結合を与える認識部分を操作することができる。例えば、このｉＣＡＲ−ａＣＡＲライブラリーを構成する認識部分は、理想的にはコンビナトリアルディスプレイライブラリーから選択されたマスター認識部分プールから誘導することができるので、
−集合的に、選択された認識部分は、２２個のヒト常染色体全ての２つの腕の各々にある遺伝子アレイの細胞表面生成物を標的とする。隣接する遺伝子間の距離が短いほど、網羅範囲はより広く、したがって使用の普遍性がより大きい。
−選択した遺伝子の各々では、一組の対立遺伝子特異的認識部分が単離され、各々がヒト集団で一般的な異なる対立遺伝子多様体間の厳密な区別を可能にする。標的多様体の数が多いほど、患者に提供することができる療法用遺伝子ペアの数も多い。
【０１６０】
所与の対立遺伝子生成物は、各々の場合の特定のＬＯＨパターンに応じて、ある患者では可能性のあるｐＣＡＲまたはｉＣＡＲ標的になり得、同じ対立遺伝子が存在する別の患者では有用なａＣＡＲ標的になり得る。したがって、好適な認識部分遺伝子が同定されると、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲ、およびａＣＡＲ遺伝子の両方の足場に各々移植されるであろう。したがって、同じ遺伝子の対立遺伝子多様体に向けられている全ての認識部分が、同様の範囲の結合親和性を持つことが望ましい。認識部分のかかる所与の組内で、ｐＣＡＲ−ａＣＡＲまたはｉＣＡＲ−ａＣＡＲペアの全ての可能な組み合わせを事前に組み立てて、集団全体でその遺伝子の可能性のある対立遺伝子組成の最も高い網羅範囲を確実にすることができる。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、患者は、メジャー対立遺伝子およびマイナー対立遺伝子ではヘテロ接合性であり、その生成物は、非同義のＳＮＰ、または頻度は低いインデルの結果として、コードされるポリペプチドに沿った位置が１つ異なる。いくつかの他の実施形態では、２つの別個の位置で、メジャー対立遺伝子とは異なる２つのマイナー対立遺伝子の場合、患者は、ヘテロ接合性である。個々の患者の当該遺伝子が関与する特定のＬＯＨ事象に応じて、所与の多様体エピトープは、ある患者ではｉＣＡＲ標的として、別の患者ではａＣＡＲ標的として機能することができる。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ標的として機能することができる多様体エピトープは、メジャー対立遺伝子多様体ではない。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ標的として機能することができる多様体エピトープは、マイナー対立遺伝子である。
【０１６２】
変異体特異的ｍＡｂ（例えば、マイナー対立遺伝子「ａ」によってコードされるエピトープに特異的なｍＡｂ）の同定は、当技術分野で周知であり、原則的に、任意の従来の抗原決定基のｍＡｂの同定と同様であり、通常、例えば、ファージ（Ｂａｒｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）、リボソーム（Ｈａｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７）、または酵母（Ｃｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００６）ディスプレイ技術を利用する、組み換え抗体ｓｃＦｖライブラリーの高スループットスクリーニングを介して最も良好に達成することができる。ライブラリースクリーニングに採用される抗原は、２つの対立遺伝子間の多様性の位置にまたがる合成ペプチド（典型的には、長さが１５〜２０アミノ酸以上）、この分野で活動している多くの企業のうちの１つによって市販もしくは調整して合成されたかのいずれであってもよい組み換え全長ポリペプチド、またはさらには遺伝子トランスフェクション（例えば、ｐＧＥＭ４Ｚ／Ａ６４ベクターにインビトロｍＲＮＡ転写のテンプレートとしてクローニングされた全長ｃＤＮＡをコードするｍＲＮＡのエレクトロポレーション（Ｂｏｃｚｋｏｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０００））、続いてこの対立遺伝子を発現していない同じ細胞への減算ステップの実施によって、高レベルで当該対立遺伝子多様体を発現している細胞全体、のいずれかであり得る。これらの方法は周知であり、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ、Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｆｏｕｒｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）Ｇｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ），Ｅｄｉｔｅｄ  ｂｙ  Ｅｄｗａｒｄ  Ａ．Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１２  ＣＳＨ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｐｒｅｓｓ、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ  ｂｙ  Ｅｄ  Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｌａｎｅ，１９９９  ＣＳＨ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｐｒｅｓｓに記載されている。
【０１６３】
定義により、メジャー対立遺伝子（「Ａ」）によってコードされる対応するエピトープ（同じ位置）は、単一アミノ酸（ＳＮＰ）または長さ（インデル、例えば挿入または欠失）の同一性において「ａ」によって作製されるものとは異なる独特な抗原決定基を作製する。この決定基は、原則的に、同じまたは他の抗体ディスプレイスクリーニング技術によって同定されたｍＡｂの異なる組によって認識されることができる。例えば、最初の組からの抗体が、対立遺伝子「ａ」の生成物には結合するが「Ａ」のものには結合せず、第２の組からのＡｂが、補完的に「Ａ」には結合するが、「ａ」には結合しないという、同定された２つの組のｍＡｂの各々の固有のメンバーが、２つのエピトープまたは多様体を区別する能力は、ＥＬＩＳＡもしくはフローサイトメトリー（Ｓｋｏｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）などの従来の結合アッセイ、または細胞染色の他の技法を使用して決定することができる。あるいは、「Ａ」には結合しない「ａ」結合Ａｂが同定され、そのタンパク質配列が決定されると、算出方法を使用して、「ａ」ではなく「Ａ」に結合する「相補的」抗体ｓｃＦｖ配列を予測することができる可能性がある。かかる算出方法については、例えば（Ｓｅｌａ−Ｃｕｌａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５ａ，ｂ）を参照されたい。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、例えば、標的遺伝子としてのＨＬＡクラスＩ遺伝子座遺伝子ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびＨＬＡ−Ｃに関して、利用可能な数多くの対立遺伝子特異的モノクローナル抗体、例えば、限定されないが、実施例３に列挙されている抗体がある。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、認識部分の生成で使用するための標的は、少なくとも１つの細胞外多型エピトープを含む。いくつかの実施形態では、標的は、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１１染色体、第１２染色体、第１３染色体、第１４染色体、第１５染色体、第１６染色体、第１７染色体、第１８染色体、第１９染色体、第２０染色体、第２１染色体、第２２染色体、またはＸ染色体上に位置する遺伝子生成物である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第２染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２Ａからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第２染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２Ａからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第３染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第３染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第４染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第４染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第５染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第５染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第６染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第６染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第７染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第７染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第８染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第８染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第９染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第９染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１０染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１０染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１１染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１１染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１２染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１２染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１３染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１３染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１４染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１４染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１５染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９５】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１５染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９６】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１６染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１６染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１７染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１７染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２００】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１８染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１８染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０２】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第１９染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０３】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第１９染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０４】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第２０染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０５】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第２０染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０６】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第２１染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第２１染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０８】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、第２２染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、第２２染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、Ｘ染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２１１】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、Ｘ染色体から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２１２】
これらの抗体の可変領域をコードする配列は、関連するハイブリドーマから簡単にクローニングすることができ、例えば特定のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子エピトープ変異体のｓｃＦｖを含む、任意の所望の標的のｓｃＦｖをコードする遺伝子の構築に使用することができ、例えば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｆｏｕｒｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）Ｇｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ），Ｅｄｉｔｅｄ  ｂｙ  Ｅｄｗａｒｄ  Ａ．Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，２０１２  ＣＳＨ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｐｒｅｓｓ、Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｍａｎｕａｌ  ｂｙ  Ｅｄ  Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｌａｎｅ，１９９９  ＣＳＨ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  ｐｒｅｓｓに開示の広く利用可能なツールを使用して、ＣＡＲ構築物に組み込むのに好適であろう。
【０２１３】
本発明は、ＬＯＨに起因して腫瘍細胞で喪失され、細胞表面生成物をコードする多型変異体のＤＮＡ配列を含むデータベースを提供し、ＤＮＡ配列の多様性が、コードされるタンパク質の細胞外ドメインのアミノ酸配列の多様性を生じる。この情報は、とりわけ、多様な腫瘍型における遺伝子の相対コピー数を推定するために使用することができるデータを提供する、国立保健研究所のＴＣＧＡデータポータル（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｄｃ．ｃａｎｃｅｒ．ｇｏｖ／）で入手可能なＴＣＧＡなどの一般公開されているいくつかのデータベース、およびｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇのＴＣＧＡデータのためのｃｂｉｏポータル（Ｃｅｒａｍｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２、Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、とりわけ、様々な集団におけるＳＮＰ多様体の対立遺伝子頻度を提供するＥｘｏｍｅ  Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＥｘＡＣ）データベース（ｅｘａｃ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ，Ｌｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）、遺伝子の組織発現データを含むＧｅｎｏｔｙｐｅ−Ｔｉｓｓｕｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＧＴＥＸ）データベースｖ６ｐ（ｄｂＧａＰ受託番号ｐｈｓ０００４２４．ｖ６．ｐ１）（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／ｈｏｍｅ、Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ＧＴ．Ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｉｃｓ，２０１５）、およびＨｕｍａｎ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｔｌａｓ（Ｕｈｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）などのタンパク質の構造情報を提供するデータベース、細胞表面タンパク質アトラス（Ｂａｕｓｃｈ−Ｆｌｕｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、Ｎ−グリコシル化細胞表面タンパク質の質量分析に基づくデータベース、およびＵｎｉＰｒｏｔデータベース（ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｄｏｗｎｌｏａｄｓ）から取得された。
【０２１４】
本発明はさらに、ＬＯＨを受ける発現する細胞表面タンパク質をコードする遺伝子の、ゲノム全体の同定のための方法を提供する。同定された遺伝子は、次の基準：１）遺伝子は、膜貫通タンパク質をコードする−したがって細胞表面上に発現した、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲに結合することを可能にする部分を有する、２）遺伝子は、少なくとも２つの（チェックした少なくとも１つの民族集団における）発現対立遺伝子を有する、３）その遺伝子に見られる対立遺伝子多様性は、タンパク質の細胞外領域の参照配列と比較して、アミノ酸の変化を引き起こす、４）遺伝子は、癌でＬＯＨを受ける染色体領域に位置する、５）遺伝子は、対応する領域がＬＯＨを受けることが見出された腫瘍型の原発組織で発現する、を満たさなければならない。
【０２１５】
原則的に、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ結合の標的をコードするのに好適な上記の遺伝子は、データベースマイニングだけでなく、当技術分野で既知の任意の方法によって同定することができる。例えば、ＬＯＨの概念は新しいものではなく、特定の腫瘍の特定の遺伝子、染色体、またはゲノム／染色体領域に関するＬＯＨ情報はすでに文献に公開されており、したがって候補遺伝子は利用可能な出版物から導出することができる。あるいは、かかる情報は、マイクロサテライトプローブなどの染色体マーカーとの全ゲノムハイブリダイゼーション（Ｍｅｄｉｎｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０００，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．２０００  Ａｕｇ；１０（８）：１２１１−１２１８）または任意の他の好適な方法（Ｒａｍｏｓ  ａｎｄ  Ａｍｏｒｉｍ，２０１５，Ｊ．Ｂｒａｓ．Ｐａｔｏｌ．Ｍｅｄ．Ｌａｂ．５１（３）：１９８−１９６）によって見出すことができる。
【０２１６】
同様に、対立遺伝子多様体に関する情報は、様々なデータベースで一般的に利用可能であり、疑わしい領域のゲノムシーケンシングによって、個別化された症例についても簡単に得ることできる。また、タンパク質構造および発現パターンに関する情報は、一般的に利用可能であり、上記のように簡単にアクセス可能である。
【０２１７】
したがって、多くの遺伝子およびＳＮＰの様々な基準に関する情報は一般的に利用可能であり、それを取得する技法は一般に既知であるので、本明細書の主要な新規性は、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ認識の標的を選択するための基準としてＬＯＨを使用すること、および特定の患者で喪失した特定の対立遺伝子に基づいて治療を個別化するという概念である。
【０２１８】
非限定的な例として、本発明によれば、異なる頻度の非古典的ＨＬＡ−ＩおよびＨＬＡ−ＩＩ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ  ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、ＨＬＡ−ＤＲ  ＨＬＡ−ＫおよびまたはＨＬＡ−Ｌ）を含むＨＬＡ遺伝子ＬＯＨは、多くの腫瘍型において比較的頻繁な事象であり（図１０Ａ〜Ｃを参照）、本発明の目的では、これらの遺伝子は、ｉＣＡＲ／ｐＣＡＲ認識用の標的として使用するのに良好な候補となるであろうことが見出された。
【０２１９】
ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲ標的が存在しない場合、任意の健康な必須組織の正常細胞上でａＣＡＲ標的を認識することは有害であり、厳密に禁止されている。この点で、本明細書で提案されているように、ｐＣＡＲ−ａＣＡＲまたはｉＣＡＲ−ａＣＡＲペアの概念は、ｉ）選択された遺伝子を発現していない細胞（ａＣＡＲ、およびｐＣＡＲまたはｉＣＡＲが同じ遺伝子の異なる生成物を標的とする場合）、ａＣＡＲ標的抗原が存在しないことに起因して標的とされないであろう、ｉｉ）この同じ遺伝子を発現している正常細胞は、両方の対立遺伝子を共発現し、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲの優位性のおかげで標的とされないであろう、ｉｉｉ）ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲが多型ハウスキーピング遺伝子生成物を標的とする場合、体内の全ての細胞が保護されるであろう、ｉｖ）ａＣＡＲ標的を発現するがｐＣＡＲまたはｉＣＡＲ標的を発現しない腫瘍細胞のみが攻撃されるであろうような、フェイルセーフ活性化スイッチを構成する。いくつかの実施形態では、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲ標的が存在しない場合、任意の健康な必須組織の正常細胞上でａＣＡＲ標的を認識することは有害であろう。いくつかの実施形態では、（ａＣＡＲ、およびｐＣＡＲまたはｉＣＡＲが同じ遺伝子の異なる生成物を標的とする場合）選択された遺伝子を発現していない細胞は、ａＣＡＲ標的抗原が存在しないことに起因して標的とされないであろう。いくつかの実施形態では、この同じ遺伝子を発現している正常細胞は、両方の対立遺伝子を共発現し、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲの優位性のおかげで標的とされないだろう。いくつかの実施形態では、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲが多型ハウスキーピング遺伝子生成物を標的とするとき、体内の全ての細胞が保護されるであろう。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ標的を発現するが、ｐＣＡＲまたはｉＣＡＲ標的を発現しない腫瘍細胞のみが攻撃されるであろう。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲペアの両方の標的を発現する細胞、またはａＣＡＲ／ｐＣＡＲペアの両方の標的が保護されるであろう。
【０２２０】
上で強調されているように、本発明によれば、活性化シグナルを上回る、阻害性シグナルの永続的な優位性がなければならない。したがって、ｉＣＡＲパートナーが存在しない場合はいつでも、所与のキラー細胞でａＣＡＲ遺伝子が発現しないことを確認する必要がある。これは、一本鎖生成物としてこれらのｉＣＡＲ−ａＣＡＲ遺伝子ペアの縦一列のアセンブリを通じて、または、例えば、内部リボソーム進入部位、もしくはいくつかのウイルス自己開裂型２Ａペプチドのうちの１つに基づく好適なバイシストロニックなモダリティを介して実施することができる。バイシストロニックな発現について報告されている膨大なデータによって示唆されているように、ｉＣＡＲ遺伝子は、常にａＣＡＲパートナーの上流に位置して、好ましい化学量論性を保証するであろう。別の選択肢は、各構築物がａＣＡＲまたはｉＣＡＲ／ｐＣＡＲのいずれかをコードする２つの独立した構築物で、キラー細胞をトランスフェクトまたは形質導入することによって、ａＣＡＲ、およびｉＣＡＲまたはｐＣＡＲの両方を発現するようにキラー細胞を操作することであろう。もちろん、ｐＣＡＲ−ａＣＡＲ遺伝子ペアを使用するときには、これは問題ではない。いくつかの実施形態では、阻害性シグナルは、活性化シグナルを上回って優位である。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ、およびｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは、同じ細胞で同時に発現する。
【０２２１】
ｉＣＡＲの優位性を確実にするための別の魅力的な選択肢は、ａＣＡＲ認識部分をその活性化／共刺激部分から切り離すことであり、これにより、ヘテロ二量体化小分子の存在下でのみ、両方の要素を１つの機能的受容体に組み立てることができる。正確なタイミング、投与量、および位置によってかかる分割受容体の作動状態をしっかりと制御する能力は、抗腫瘍ＣＡＲの文脈で最近実証された（Ｗｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。
【０２２２】
加えて、予想される優位性はまた、選択されるａＣＡＲプラットフォームのシグナル伝達強度と「競合する」であろう、選択されるｉＣＡＲ設計の細胞内部分に組み込まれたｉＣＡＲシグナル伝達要素の特定の構成に固有である可能性が高い。この能力は、（上で取り扱った）それぞれの標的エピトープに対する２つの認識部分の相対的な親和性、およびそれらの相互作用の全体的なアビディティによっても影響されるであろう。後者に関して、提案されている戦略は、好ましいｉＣＡＲ／ａＣＡＲの化学量論性、および正常細胞上のそれぞれの標的エピトープのバランスのよい分布の両方を確保する。重ねて、ｐＣＡＲ−ａＣＡＲ遺伝子ペアを使用するときには、これは問題ではない。
【０２２３】
安全性をさらに確実にするために、自殺遺伝子の使用、または一過性の発現のためのｍＲＮＡエレクトロポレーションの使用など、ＣＡＲおよびＴＣＲ免疫療法の分野で現在実施されている他の従来の手段を採用することができる。
【０２２４】
多くの場合、ＬＯＨは、細胞に所与の遺伝子のうちの１つのみの対立遺伝子を残すが、残りの染色体または染色体部分の重複を頻繁に伴い、「コピー数に変化のない」−ＬＯＨを生じる（Ｌｏ  ｅｔ  ａｌ．，２００８、Ｏ’Ｋｅｅｆｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０、Ｓａｔｈｉｒａｐｏｎｇｓａｓｕｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。これらの状況下では、エピトープ喪失多様体の出現には、２つの独立した事象を必要とし、したがって可能性は低い。遺伝子改変細胞の異なる部分でいくつかのｐＣＡＲ−ａＣＡＲまたはｉＣＡＲ−ａＣＡＲペアが発現すると、標的の対立遺伝子の単一コピーのみが保持されている「コピー数喪失」ＬＯＨの場合でさえも、変異から逃れた遺伝子の出現が防止されるであろう。さらに、単一コピー遺伝子が必須になり得るので、それらの機能の喪失の可能性は、はるかに少ないであろう。
【０２２５】
上の観点では、一態様では、本発明は、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱することが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して哺乳類の腫瘍細胞上には存在しないが、少なくとも関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上、またはａＣＡＲを発現する重要な臓器上に存在する多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインと、エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインと、を含む、核酸分子を提供する。
【０２２６】
いくつかの実施形態では、腫瘍抑制遺伝子または腫瘍抑制遺伝子に遺伝子的に連結された遺伝子は、腫瘍におけるＬＯＨに起因して喪失されている可能性が高いので、多型細胞表面エピトープは、かかる遺伝子によってコードされる抗原の一部である。加えて、多型細胞表面エピトープは、多くの場合、限定されないが、染色体腕３ｐ、６ｐ、９ｐ、１０ｑ、１７ｐ、１７ｑ、もしくは１８ｑ、または染色体１９などの癌細胞でＬＯＨを受ける染色体または染色体腕上に通常ある遺伝子によってコードされる抗原の一部であり得る。これらのエピトープは、本明細書に記載の関連するデータベースで容易に同定することができる。
【０２２７】
いくつかの実施形態では、多型細胞表面エピトープは、未分類のＡＰ２Ｓ１、ＣＤ８１、ＧＰＡＡ１、ＬＧＡＬＳ９、ＭＧＡＴ２、ＭＧＡＴ４Ｂ、ＶＡＭＰ３；細胞接着タンパク質ＣＴＮＮＡ１  ＮＭ＿００１９０３、ＣＴＮＮＢ１、ＣＴＮＮＢＩＰ１  ＮＭ＿０２０２４８、ＣＴＮＮＢＬ１  ＮＭ＿０３０８７７、ＣＴＮＮＤ１  ＮＭ＿００１０８５４５８デルタカテニン；チャネルおよびトランスポーターＡＢＣＢ１０  ＮＭ＿０１２０８９、ＡＢＣＢ７  ＮＭ＿００４２９９、ＡＢＣＤ３  ＮＭ＿００２８５７、ＡＢＣＥ１  ＮＭ＿００２９３９、ＡＢＣＦ１  ＮＭ＿００１０９０、ＡＢＣＦ２  ＮＭ＿００５６９２、ＡＢＣＦ３  ＮＭ＿０１８３５８、ＣＡＬＭ１［１］［７］カルシウムイオン捕捉カルモジュリン、ＭＳＦＤ１０（別名ＴＥＴＲＡＮまたはテトラサイクリントランスポーター様タンパク質［１］）と同様のＭＦＳＤ１１  ＮＭ＿０２４３１１、ＭＦＳＤ１２  ＮＭ＿１７４９８３、ＭＦＳＤ３  ＮＭ＿１３８４３１、ＭＦＳＤ５  ＮＭ＿０３２８８９、ＳＬＣ１５Ａ４  ＮＭ＿１４５６４８、ＳＬＣ２０Ａ１  ＮＭ＿００５４１５、ＳＬＣ２５Ａ１１［１］ミトコンドリアオキソグルタル酸／マレイン酸担体、ＳＬＣ２５Ａ２６  ＮＭ＿１７３４７１、ＳＬＣ２５Ａ２８  ＮＭ＿０３１２１２、ＳＬＣ２５Ａ３  ＮＭ＿００２６３５、ＳＬＣ２５Ａ３２  ＮＭ＿０３０７８０、ＳＬＣ２５Ａ３８  ＮＭ＿０１７８７５、ＳＬＣ２５Ａ３９  ＮＭ＿０１６０１６、ＳＬＣ２５Ａ４４  ＮＭ＿０１４６５５、ＳＬＣ２５Ａ４６  ＮＭ＿１３８７７３、ＳＬＣ２５Ａ５  ＮＭ＿００１１５２、ＳＬＣ２７Ａ４  ＮＭ＿００５０９４、ＳＬＣ３０Ａ１  ＮＭ＿０２１１９４、ＳＬＣ３０Ａ５  ＮＭ＿０２２９０２、ＳＬＣ３０Ａ９  ＮＭ＿００６３４５、ＳＬＣ３５Ａ２  ＮＭ＿００５６６０、ＳＬＣ３５Ａ４  ＮＭ＿０８０６７０、ＳＬＣ３５Ｂ１  ＮＭ＿００５８２７、ＳＬＣ３５Ｂ２  ＮＭ＿１７８１４８、ＳＬＣ３５Ｃ２  ＮＭ＿０１５９４５、ＳＬＣ３５Ｅ１  ＮＭ＿０２４８８１、ＳＬＣ３５Ｅ３  ＮＭ＿０１８６５６、ＳＬＣ３５Ｆ５  ＮＭ＿０２５１８１、ＳＬＣ３８Ａ２  ＮＭ＿０１８９７６、ＳＬＣ３９Ａ１  ＮＭ＿０１４４３７、ＳＬＣ３９Ａ３  ＮＭ＿１４４５６４、ＳＬＣ３９Ａ７  ＮＭ＿００６９７９、ＳＬＣ４１Ａ３  ＮＭ＿０１７８３６、ＳＬＣ４６Ａ３  ＮＭ＿１８１７８５、ＳＬＣ４８Ａ１  ＮＭ＿０１７８４２、ランデュー−オスラー−ウェーバー症候群のＡＣＶＲＬ１  ＴＧＦベータ受容体ファミリーと同様の受容体ＡＣＶＲ１  ＮＭ＿００１１０５、ＡＣＶＲ１Ｂ  ＮＭ＿００４３０２、ＣＤ２３［１］ＦＣＥＲ２低親和性ＩｇＥ受容体（レクチン）；ならびにＲＮＡスプライシング、ＢＳＧベイシジン免疫グロブリンスーパーファミリー、細胞外メタロプロテイナーゼ、ＭＩＦマクロファージ遊走阻害因子、および／またはＴＡＰＢＰ［ウィキペディア］に関与するＨＬＡ／免疫グロブリン／細胞認識群ＢＡＴ１（別名ＤＤＸ３９Ｂ）、などのハウスキーピング遺伝子生成物のものである。いくつかの実施形態では、ハウスキーピング遺伝子は、ＨＬＡＩ型、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）、イオンチャネルまたは受容体チロシンキナーゼ、好ましくはＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃである。いくつかの実施形態では、ハウスキーピング遺伝子は、ＨＬＡ−Ａである。いくつかの実施形態では、ハウスキーピング遺伝子は、ＨＬＡ−Ｂである。いくつかの実施形態では、ハウスキーピング遺伝子は、ＨＬＡ−Ｃである。
【０２２８】
任意の関連する技術を使用して、ａＣＡＲ、およびｐＣＡＲまたはｉＣＡＲにそれらの標的への特異的結合を与える認識部分を操作することができる。いくつかの実施形態では、細胞外ドメインは、（ｉ）ヒト化抗体；ヒト抗体；抗体の機能的断片；ナノボディなどの単一ドメイン抗体；組み換え抗体；一本鎖可変断片（ＳｃＦｖ）などの抗体、その誘導体もしくは断片、（ｉｉ）アフィボディ分子；アフィリン；アフィマー；アフィチン；アルファボディ；アンチカリン；アビマー；ＤＡＲＰｉｎ；ファイノマー；Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド；およびモノボディなどの抗体模倣物；または（ｉｉｉ）アプタマーを含む。好ましくは、細胞外ドメインは、ＳｃＦｖを含む。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する、細胞外ドメインを含む、ａＣＡＲ。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ細胞外ドメインは、腫瘍関連抗原エピトープであるエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ細胞外ドメインは、腫瘍関連抗原であるエピトープに結合し、少なくとも関連する腫瘍と正常組織の細胞とによって共有され、細胞内ドメインは、エフェクター免疫細胞を活性化および／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む。いくつかの実施形態では、癌を治療するために使用されるａＣＡＲは、標的ａＣＡＲタンパク質が発現する全ての正常組織上でｉＣＡＲ標的が発現する限り、腫瘍組織上に発現する任意の膜タンパク質に、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、限定されないが、次のリストの抗原：ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ１０、ＣＤ７、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＡＩＸ  Ｉｇκ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＣＤ３０、ＬｅｗｉｓＹ、ＣＤ３３、ＣＤ３４，ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ２８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＤ４４、ＣＤ４１、ＣＤ１３３、ＣＤ１３８、ＮＫＧ２Ｄ−Ｌ、ＣＤ１３９、ＢＣＭＡ、ＧＤ２、ＧＤ３、ｈＴＥＲＴ、ＦＢＰ、ＥＧＰ−２、ＥＧＰ−４０、ＦＲ−α、Ｌ１−ＣＡＭ、ＥｒｂＢ２，３，４、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＶＥＧＦＲ−２、ＩＬ−１３Ｒα２、ＦＡＰ、メソテリン、ｃ−ＭＥＴ、ＰＳＭＡ、ＣＥＡ、ｋＲａｓ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＵＣ１ＭＵＣ１６、ＰＤＬ１、ＰＳＣＡ、ＥｐＣＡＭ、ＦＳＨＲ、ＡＦＰ、ＡＸＬ、ＣＤ８０  ＣＤ８９、ＣＤＨ１７、ＣＬＤ１８、ＧＰＣ３、ＴＥＭ８、ＴＧＦＢ１、ＮＹ−ＥＳＯ−１  ＷＴ−１、およびＥＧＦＲ、から選択される非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、ＣＤ１９に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、ＣＤ１９の非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、エフリン受容体（例えば、ＥＰＨＡ７）およびクローディンを含まない抗原の単一対立遺伝子多様体に、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、ＨＬＡ遺伝子（ＨＬＡ−Ａ遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子またはＨＬＡ−Ｃ遺伝子の単一対立遺伝子多様体によってコードされるエピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２３１】
ｉｉｉ．細胞内ドメイン：ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよびｐＣＡＲ
本発明はまた、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの一部として細胞内ドメインを提供する。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む。いくつかの実施形態では、細胞内ドメインは、エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む。
【０２３２】
一般に、任意の関連技術を使用して、ａＣＡＲ、およびｐＣＡＲまたはｉＣＡＲに、例えばエフェクター免疫細胞を阻害する能力、またはエフェクター免疫細胞を活性化もしくは共刺激する能力を含む細胞機能を誘導する能力を与えるシグナル伝達要素を操作することができる。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達要素は、エフェクター免疫細胞を阻害可能である。いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を阻害可能な少なくとも１つのシグナル伝達要素は、免疫チェックポイントタンパク質のシグナル伝達要素と相同である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントタンパク質は、ＰＤ１、ＣＴＬＡ４、ＢＴＬＡ、２Ｂ４、ＣＤ１６０、ＣＥＡＣＡＭ（例えばＣＥＡＣＡＭ１を含む）、ＫＩＲ（例えばＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＬＩＲ１、ＬＩＲ２、ＬＩＲ３、ＬＩＲ５、ＬＩＲ８、およびＣＤ９４を含む）、ＮＫＧ２Ａ；ＬＡＧ３；ＴＩＭ３；Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）；インターフェロン遺伝子の刺激因子（ＳＴＩＮＧ）；免疫受容阻害チロシンモチーフ（ＩＴＩＭ）含有タンパク質、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）、ならびにアデノシン受容体（例えば、Ａ２ａＲ）からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントタンパク質は、負の免疫調節因子である。いくつかの実施形態では、負の免疫調節因子は、２Ｂ４、ＬＡＧ−３、およびＢＴＬＡ−４からなる群から選択される。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、シグナル伝達要素は、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激可能である。いくつかの実施形態では、シグナル伝達要素は、活性化ドメインである。いくつかの実施形態では、シグナル伝達要素は、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激するシグナル伝達要素は、免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）、活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体、またはアダプター分子、および／または共刺激シグナル伝達要素と相同である。いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激するシグナル伝達要素は、免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）と相同である。いくつかの実施形態では、ＩＴＡＭは、限定されないが、ＣＤ３ζまたはＦｃＲγ鎖を含むがタンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激するシグナル伝達要素は、活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）と相同である。いくつかの実施形態では、ＫＩＲには、例えば、限定されないが、ＫＩＲ２ＤＳおよびＫＩＲ３ＤＳが含まれる。いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激するシグナル伝達要素は、アダプター分子と相同である。いくつかの実施形態では、アダプター分子には、例えば、限定されないが、ＤＡＰ１２が含まれる。いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激するシグナル伝達要素は、共刺激シグナル伝達要素と相同である。いくつかの実施形態では、共刺激シグナル伝達要素は、限定されないが、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ１３４（ＯＸ４０）、および／またはＧＩＴＲを含むタンパク質に由来する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、シグナル伝達要素を含む。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、細胞外ドメインは、柔軟なヒンジおよび膜貫通型の標準的なモチーフを通じて、当該細胞内ドメインに融合されている。
【０２３６】
いくつかの実施形態では、ｐＣＡＲの使用によって、認識ユニットおよび共刺激要素（例えば、ＣＤ２８、４−１ＢＢ）から、ａＣＡＲの活性化部分（ＦｃＲγ／ＣＤ３−ζ）を脱共役するための脱共役を可能にする。いくつかの実施形態では、これらの要素は、２つの異なるポリペプチド生成物に遺伝子的に配置される。いくつかの実施形態では、これらの要素の再結合はａＣＡＲ機能に必須であり、ポリペプチドの各々に別個に組み込まれたそれぞれの結合部位を架橋することができるヘテロ二量体化薬物の添加によってのみ行われるであろう。
【０２３７】
ｉＣＡＲは、活性化ドメイン（ＦｃＲｙまたはＣＤ３−ζなど）の代わりに、Ｔ細胞活性化に拮抗することができる阻害性受容体に由来するシグナル伝達ドメインを持つ。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、Ｔ細胞活性化に拮抗することができる阻害性受容体に由来するシグナル伝達ドメインを持つ。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲシグナル伝達ドメインは、例えば、限定されないが、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、またはＮＫ阻害性受容体を含む阻害性受容体に由来する。
【０２３８】
ｉｖ．ＣＡＲ−Ｔベクター構築（ａＣＡＲ、ｉＣＡＲ、ｐＣＡＲ）
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは第１の核酸ベクターによってコードされ、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは第２の核酸ベクターによってコードされる。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは第１の核酸ベクターによってコードされ、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは第２の核酸ベクターによってコードされる。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは第１の核酸ベクターによってコードされ、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは第２の核酸ベクターによってコードされる。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、第２のベクター上にある。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、本発明は、上の実施形態のうちのいずれか１つに定義される本発明の核酸分子と、核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターなどの少なくとも１つの制御要素とを含む、ベクターを提供する。
【０２４０】
いくつかの実施形態では、ベクターは、レンチウイルス（ＬＶ）ベクターである。いくつかの実施形態では、ＬＶベクターは、市販のＬＶベクターである。いくつかの実施形態では、ＬＶベクターには、限定されないが、ｐＬＶＸ−Ｐｕｒｏ、ｐＬＶＸ−ＩＲＥＳ−Ｐｕｒｏ／Ｎｅｏ／Ｈｙｇｒｏ、ｐＬＶｘ−ＥＦ１ａ−ＩＲＥＳ（ＴＡＫＡＲＡ）、および／またはｐｃＬＶ−ＥＦ１ａ（Ｓｉｒｉｏｎ）が含まれる。いくつかの態様では、ＬＶベクターは、ｐＬＶＸ−Ｐｕｒｏである。いくつかの態様では、ＬＶベクターは、ｐＬＶＸ−ＩＲＥＳ−Ｐｕｒｏ／Ｎｅｏ／Ｈｙｇｒｏである。いくつかの実施形態では、ＬＶベクターは、ｐＬＶｘ−ＥＦ１ａ−ＩＲＥＳ（ＴＡＫＡＲＡ）である。いくつかの実施形態では、ＬＶベクターは、ｐｃＬＶ−ＥＦ１ａ（Ｓｉｒｉｏｎ）である。
【０２４１】
いくつかの実施形態では、ベクターは、ＥＦ１プロモーターを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＣＭＶプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＰＧＫプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＣＤ８ヒンジを含む。いくつかの実施形態では、ベクターは、ＣＤ２８  ＴＭおよび４１ＢＢ共刺激ドメインを含む。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、ベクターは、抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインであって、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される、細胞外ドメインと、エフェクター免疫細胞を活性化および／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインと、を含むａＣＡＲをコードする、ヌクレオチド配列を含む核酸分子をさらに含む。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、ベクターに含まれる核酸によってコードされるａＣＡＲの細胞外ドメインは、抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合し、ｉＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、ベクターに含まれる核酸によってコードされるｉＣＡＲの細胞外ドメインは、例えばＨＬＡ−Ａ遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ｃ遺伝子を含むＨＬＡ遺伝子の単一対立遺伝子多様体、または表８に列挙されている遺伝子の単一対立遺伝子多様体に、向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、ベクターに含まれる核酸によってコードされるａＣＡＲの細胞外ドメインは、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ標的は、細胞外ドメインを有する任意の標的である。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、ベクターに含まれる核酸によってコードされるｉＣＡＲの細胞外ドメインは、例えばＨＬＡ−Ａ遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ｃ遺伝子を含むＨＬＡ遺伝子の単一対立遺伝子多様体、または表８に列挙されている遺伝子の単一対立遺伝子多様体に、向けられているかまたは特異的に結合し、ベクターに含まれる核酸によってコードされるａＣＡＲの細胞外ドメインは、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ標的は、細胞外ドメインを有する任意の標的である。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激するａＣＡＲの少なくとも１つのシグナル伝達要素は、例えばＣＤ３ζもしくはＦｃＲγ鎖の免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）；正に帯電したアミノ酸残基もしくは正に帯電した側鎖を含む、活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の膜貫通ドメイン、もしくは例えばＫＩＲ２ＤＳおよびＫＩＲ３ＤＳなどの活性化ＫＩＲ膜貫通ドメイン、もしくはＤＡＰ１２などのアダプター分子；または、例えばＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、もしくはＣＤ１３４（ＯＸ４０）の共刺激シグナル伝達要素と相同である。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲは第１のベクターによって発現され、ａＣＡＲは第２のベクターによって発現される。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲ、およびａＣＡＲは、両方とも同じベクターによって発現される。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、ベクターのヌクレオチド配列は、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列と、ｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含む。一般に、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列およびｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、任意の順序であってもよいが、特定の態様では、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、ｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の下流にある。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、単一ベクター上でコードされる。いくつかの実施形態では、ベクターは、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列とｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含む。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、ｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の下流にある。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列とｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に、位置するウイルス自己開裂型２Ａペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ベクターのヌクレオチド配列は、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列とｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドには、限定されないが、ゾセアアシグナウイルス（ＴａＶ）由来のＴ２Ａ、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来のＦ２Ａ、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）由来のＥ２Ａ、および／またはブタテッショウウイルス１（ＰＴＶ１）由来のＰ２Ａが含まれる。いくつかの実施形態では、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドは、ゾセアアシグナウイルス（ＴａＶ）由来のＴ２Ａである。いくつかの実施形態では、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドは、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来のＦ２Ａである。いくつかの実施形態では、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドは、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）由来のＥ２Ａである。いくつかの実施形態では、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドは、ブタテッショウウイルス−１（ＰＴＶ１）由来のＰ２Ａである。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、ベクターは、柔軟なリンカーを介して当該ｉＣＡＲに連結された構成的ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む。
【０２５２】
免疫細胞は、例えば、ＲＮＡトランスフェクションによって、または真核細胞もしくはウイルスベクターでの複製および／もしくは転写に適合したプラスミドへの組み込みによって、本明細書に記載の適切な核酸分子でトランスフェクトすることができる。いくつかの実施形態では、ベクターは、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターから選択される。
【０２５３】
カプシドタンパク質がヒト細胞を感染させるために機能するであろう場合、レトロウイルスベクターと適切なパッケージングラインとの組み合わせも使用することができる。ＰＡ１２（Ｍｉｌｌｅｒ、ｅｔ  ａｌ．（１９８５）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．ＢｉｏＩ．５：４３１−４３７）、ＰＡ３１７（Ｍｉｌｌｅｒ，ｅｔ  ａｌ．（１９８６）Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｉ．６：２８９５−２９０２）、およびＣＲＩＰ（Ｄａｎｏｓ，ｅｔ  ａｉ．（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｉ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：６４６０−６４６４）を含む、いくつかの両種指向性ウイルス生成細胞株が知られている。あるいは、ＶＳＶＧ、ＲＤ１１４、またはＧＡＬ  Ｖエンベロープでシュードタイプ化された粒子などの非両種指向性粒子を使用してもよい。細胞は、例えばＢｒｅｇｎｉ，ｅｔ  ａｉ．（１９９２）Ｂｌｏｏｄ  ８０：１４１８−１４２２の方法によるプロデューサー細胞との直接共培養、または例えばＸｕ，ｅｔ  ａｉ．（１９９４）Ｅｘｐ．Ｈｅｍａｔ．２２：２２３−２３０、およびＨｕｇｈｅｓ，ｅｔ  ａｉ．（１９９２）Ｊ  Ｃｌｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔ．８９：１８１７．の方法によるウイルス上清単独もしくは濃縮ベクター株との培養によって、さらに形質導入することができる。
【０２５４】
別の態様では、本発明は、上に定義される本発明に従って、エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱することが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）を調製する方法であって、方法が、（ｉ）既知の多様体の少なくとも１つのデータベースからの、タンパク質をコードする遺伝子のヒトゲノム多様体のリストを取得することと、（ｉｉ）（ａ）多様体を選択し、その対応する参照対立遺伝子と比較して、それぞれの遺伝子によってコードされるタンパク質にアミノ酸配列の多様性を生じること、（ｂ）アミノ酸配列の多様性が、コードされるタンパク質の細胞外ドメインにある、遺伝子の多様体を選択すること、（ｃ）少なくとも１つの腫瘍においてヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける遺伝子の多様体を選択すること、ならびに（ｄ）（ｃ）に従ってＬＯＨを受ける少なくとも１つの腫瘍の少なくとも原発組織で発現する遺伝子の多様体を選択し、それにより、ＬＯＨに起因して少なくとも１つの腫瘍において喪失した遺伝子、および少なくとも１つの腫瘍の少なくとも原発組織で発現する遺伝子のそれぞれによってコードされるタンパク質の細胞外ドメインに、アミノ酸配列の多様性を有する多様体のリストを得ること、によって、（ｉ）によって取得した多様体のリストをフィルタリングすることと、（ｉｉｉ）（ｉｉ）で得たリストから少なくとも１つの単一多様体を含む配列領域を定義し、少なくとも１つの単一多様体を含む配列領域および対応する参照対立遺伝子を含む配列領域をサブクローニングおよび発現し、それによりそれぞれのエピトープペプチドを得ることと、（ｉｖ）クローニングされた配列領域によってコードされるエピトープペプチド、または（ｉｉｉ）で得た対応する参照対立遺伝子によってコードされるエピトープペプチドのいずれかに特異的に結合するｉＣＡＲ結合ドメインを選択することと、（ｖｉｉ）各々が（ｉｖ）で定義されるｉＣＡＲ結合ドメインを含む、本明細書で上に定義されるｉＣＡＲを調製することと、を含む、方法を提供する。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、選択された遺伝子の候補変異体は、少なくとも２％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％の、ある特定の腫瘍型でＬＯＨを受ける。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、選択された各多様体のマイナー対立遺伝子頻度は、少なくとも１つの集団において１、２、３、４、または５％以上である。
【０２５７】
別の態様では、本発明は、２つ以上の核酸分子の組み合わせであって、各１つが、当該核酸分子が単一の連続核酸分子の一部であるかもしくはそれを形成する、制御されたエフェクター免疫細胞活性化系の異なるメンバーをコードするヌクレオチド配列を含むか、または２つ以上の別個の核酸分子を含み、制御されたエフェクター免疫活性化系がエフェクター免疫細胞に向けられて、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して１つ以上の染色体またはそれらの断片を喪失した腫瘍細胞を殺傷し、関連正常組織の細胞を生かし、（ａ）第１のメンバーが、抗原の非多型細胞表面エピトープまたは異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する第１の細胞外ドメインを含む活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）ポリペプチドを含み、当該非多型または多型細胞表面エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または関連する異常な哺乳類組織の細胞と正常な哺乳類組織の細胞とによって共有され、（ｂ）第２のメンバーが、ＬＯＨに起因して異常な哺乳類組織によって発現されないが、関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する第２の細胞外ドメインを含む調節ポリペプチドを含む、核酸分子の組み合わせに関する。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、第１のメンバーは、（ａ）エフェクター免疫細胞を活性化および／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインをさらに含む構成的ａＣＡＲ、ならびに（ｂ）ヘテロ二量体化小分子の結合部位の第１のメンバーを含む細胞内ドメイン、および任意選択的に少なくとも１つの共刺激シグナル伝達要素をさらに含むが、活性化シグナル伝達要素が欠如した条件付きａＣＡＲから選択され、第２のメンバーは、（ｃ）エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインをさらに含む阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）、または（ｄ）シェダーゼの基質を含む細胞外調節領域；膜内開裂プロテアーゼの基質を含む膜貫通型の標準的なモチーフ；ならびに細胞内ドメインであって、当該細胞内ドメインが、エフェクター免疫細胞を活性化および／もしくは共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素およびヘテロ二量体化小分子の結合部位の第２のメンバーを含む細胞内ドメインをさらに含む、保護キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）である。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、（ｉ）ｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、（ｉｉ）当該ｐＣＡＲもしくはｉＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ抗原の異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、または（ｉｉｉ）当該ｐＣＡＲもしくはｉＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ多型細胞表面エピトープの異なる単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する。
【０２６０】
いくつかのｐＣＡＲの実施形態では、シェダーゼの基質は、ディスインテグリン、およびメタロプロテイナーゼ（ＡＤＡＭ）、またはベータ−セクレターゼ１（ＢＡＣＥ１）の基質である。いくつかの実施形態では、基質は、細胞外ドメインの一部を形成し、Ｌｉｎ１２／ＮｏｔｃｈリピートおよびＡＤＡＭプロテアーゼ開裂部位を含む。
【０２６１】
ＡＤＡＭ開裂を予測する一貫した配列モチーフはないことが一般に認められているが、Ｃａｅｓｃｕら（Ｃａｅｓｃｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）は、多数のＡＤＡＭ１０および／またはＡＤＡＭ１７基質配列を、本明細書に完全に開示されているかのように参照によって本明細書に組み込まれる表３に開示しており、これは本発明のｐＣＡＲにおけるＡＤＡＭの基質として機能し得る。いくつかの実施形態では、ＡＤＡＭ基質配列は、アミロイド前駆体タンパク質、ＢＴＣ、ＣＤ２３、コラーゲン、ＤＩＩ−１、エボラ糖タンパク質、Ｅ−カドヘリン、ＥＧＦ、エピレグリン、Ｆａｓリガンド、成長ホルモン受容体、ＨＢ−ＥＧＦ、ＩＩ型インターロイキン−１受容体、ＩＬ−６受容体、Ｌ−セレクチン、Ｎ−カドヘリン、Ｎｏｔｃｈ、ｐ５５  ＴＮＦ受容体、ｐ７５  ＴＮＦ受容体、Ｐｍｅｌ１７、プリオンタンパク質、受容体型タンパク質チロシンホスファターゼＺ、ＴＧＦ−α、ＴＮＦ、またはＴＲ（Ｃａｅｓｃｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）のものである。
【０２６２】
ＡＤＡＭ１０は、例えば、リンパ球上に比較的高いレベルで構成的に存在するので、本発明のｐＣＡＲにおいてＡＤＡＭ１０開裂配列を使用することは有利であり得る。ＡＤＡＭ１０とは対照的に、近縁種のＴＡＣＥ／ＡＤＡＭ１７は、非刺激細胞上で低いレベルでのみ検出される。Ｔ細胞芽細胞上でのＡＤＡＭ１７の表面発現は、刺激によって迅速に誘導される（Ｅｂｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。
【０２６３】
Ｈｅｍｍｉｎｇら（Ｈｅｍｍｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）は、ＢＡＣＥ１の開裂を予測する一貫した配列モチーフは、非基質に対して基質において同定されていないが、ＢＡＣ１の開裂配列を有する多数のＢＡＣＥ１基質を、本明細書に完全に開示されているかのように参照によって本明細書に組み込まれる表１に開示しており、これは本発明のｐＣＡＲにおけるＢＡＣＥ１の基質として機能し得ることを報告している。
【０２６４】
いくつかのｐＣＡＲ実施形態では、膜内開裂プロテアーゼの基質は、ＳＰ２、γ−セクレターゼ、シグナルペプチドペプチダーゼ（ｓｐｐ）、ｓｐｐ様プロテアーゼ、またはロンボイドプロテアーゼの基質である。
【０２６５】
Ｒａｗｓｏｎら（Ｒａｗｓｏｎ，２０１３）は、ＳＰ２基質が、少なくとも１つの種類の２膜貫通ヘリックスを有し、ＳＰ２基質にＡｓｐ−Ｐｒｏモチーフなどのヘリックス不安定化モチーフを含むことを開示している。この論文は、ＳＰ２開裂配列を有する多数のＳＰ２基質を、本明細書に完全に開示されているかのように参照によって本明細書に組み込まれる表１に開示しており、これは本発明のｐＣＡＲにおけるＳＰ２の基質として機能し得る。
【０２６６】
ＨａａｐａｓａｌｏおよびＫｏｖａｃｓ（Ｈａａｐａｓａｌｏ  ａｎｄ  Ｋｏｖａｃｓ，２０１１）は、アミロイド−βタンパク質前駆体（ＡβＰＰ）が、プレセニリン（ＰＳ）依存性γ−セクレターゼ（ＰＳ／γ−セクレターゼ）の基質であり、少なくとも９０個の追加のタンパク質が、この酵素複合体によって同様のタンパク質分解を受けることが見出されたことを教示している。γ−セクレターゼ基質は、ほとんどの基質タンパク質は、Ｉ型膜貫通タンパク質である、（ＡＩＣＤを放出するＡβＰＰの＆開裂に対応する）ＰＳ／γ−セクレターゼが媒介するγ様開裂は、膜貫通ドメインと細胞質ドメインとの境界またはその付近で発生する、といういくつかの共通の特色を有する。＆様開裂部位は、リジンおよび／またはアルギニン残基に富む一連の疎水性アミノ酸配列に隣接している。ＰＳ／γ−セクレターゼ開裂は、開裂部位または隣接する特定のアミノ酸標的配列ではなく、おそらく膜貫通ドメインの立体構造状態に依存するように思われる。ＨａａｐａｓａｌｏおよびＫｏｖａｃｓはγ−セクレターゼ基質のリストを表１に開示しており、この開裂配列は、本明細書に完全に開示されているかのように参照によって本明細書に組み込まれ、これは本発明のｐＣＡＲにおけるγ−セクレターゼの基質として機能し得る。
【０２６７】
Ｖｏｓｓら（Ｖｏｓｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）は、ＧｘＧＤアスパルチルプロテアーゼ（ｓｐｐｓ）の基質内の一次配列要素に基づく共通の開裂部位については、これまで記載されていなかったことを教示している。膜タンパク質の膜貫通ドメインは、それらのペプチド結合がプロテアーゼにほとんどアクセスできないα−ヘリックス確認を優先的に採用する。したがって、膜貫通ドメインを膜内タンパク質分解の影響を受けやすくするために、それらのα−ヘリックス含有量は、ヘリックス不安定化アミノ酸によって低減される必要があると仮定した。この仮説と一致して、様々なシグナルペプチドがｈ領域内にヘリックス不安定化アミノ酸を含有し、ＳＰＰによるタンパク質分解処理に重要な影響を与えることが示されている。加えて、例えば、様々なＨＣＶ株のシグナルペプチド内のセリンおよびシステイン残基は、ＳＰＰ開裂に重要であるので、シグナルペプチドのｈ−領域内の極性残基は、ＳＰＰによる開裂に影響を与え得る。これらの極性残基はまた、単にシグナルペプチドのヘリックス含有量に影響を与えるか、または特にヒドロキシル基もしくはスルフヒドリル基がＳＰＰによる開裂を誘発するのに必要かどうかは、未だ完全には理解されていない。同様に、Ｂｒｉ２膜貫通ドメインのα−ヘリックス含有量が低減すると、ＳＰＰＬ２ｂによるＢｒｉ２膜貫通ドメインの開裂が有意に増加する。興味深いことに、推定ヘリックス不安定化効力を有する４つの残基のうちの１つのみのアミノ酸残基が、リン脂質系環境において、Ｂｒｉ２膜貫通ドメインのα−ヘリックス含有量を有意に低減した。これは、α−ヘリックス膜貫通ドメインの不安定化が、ある特定のアミノ酸残基によって単に引き起こされるのではないが、これらのアミノ酸の背景および位置が、ヘリックス不安定化の能力、したがって膜貫通ドメインの、ＳＰＰ／ＳＰＰＬによる膜内タンパク質分解へのアクセス能力を決定することを示唆している。Ｖｏｓｓらは、ｓｐｐおよびｓｐｐ様基質のリストを表１にさらに開示しており、これらの開裂配列は、本明細書に完全に開示されているかのように参照によって本明細書に組み込まれ、これは本発明のｐＣＡＲにおけるｓｐｐの基質として機能し得る。
【０２６８】
Ｂｅｒｇｂｏｌｄら（Ｂｅｒｇｂｏｌｄ  ａｎｄ  Ｌｅｍｂｅｒｇ，２０１３）は、ロンボイドプロテアーゼについて、基質認識のための２つの異なるモデルが提案されていることを教示している。第１のモデルでは、ロンボイド活性部位の近くで膜を貫通することと組み合わせた基質ペプチド骨格の立体構造的な柔軟性は、特異性を提供するのに十分である。特徴がはっきりしたＤｒｏｓｏｐｈｉｌａ基質Ｓｐｉｔｚの場合、グリシン−アラニンモチーフは、膜貫通ドメインをロンボイド活性部位に広げることを可能にするヘリックス展開（ｈｅｌｉｘ  ｂｒｅａｋ）として機能することが示されている。第２のモデルは、ロンボイドプロテアーゼが、最初に開裂部位の周囲の特定の配列を認識すること、および膜貫通ヘリックス不安定化残基が一部の基質のみに必要な二次的特色であることを示唆している。特定の配列は、未だ同定されていない。Ｂｅｒｇｂｏｌｄらは、ロンボイドプロテアーゼ基質のリストを表３に開示しており、この開裂配列は、本明細書に完全に開示されているかのように参照によって本明細書に組み込まれ、これは、本発明のｐＣＡＲにおけるロンボイドプロテアーゼの基質として機能し得る。
【０２６９】
上を考慮して、ほとんどの場合、膜内開裂プロテアーゼのコンセンサスモチーフは未だ確立されていないので、および膜内開裂プロテアーゼ基質を同定するためのアッセイは、上で本明細書に引用した文献に記載されるように当技術分野で周知であるので、ｐＣＡＲは、そのように同定されたアミノ酸配列を含んでもよく、膜貫通ヘリックス不安定化残基をさらに含んでもよい。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、基質は、膜貫通型の標準的なモチーフの一部を形成し、Ｎｏｔｃｈ、ＥｒｂＢ４、Ｅ−カドヘリン、Ｎ−カドヘリン、エフリン−Ｂ２、アミロイド前駆体タンパク質、またはＣＤ４４の膜貫通ドメインに相同である／これらに由来する。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、は、別個のタンパク質として、当該条件付きａＣＡＲの細胞外ドメインおよび細胞内ドメインをコードするヌクレオチド配列を含み、各ドメインが、膜貫通型の標準的なモチーフに独立して融合され、ヘテロ二量体化小分子の結合部位の異なるメンバーを含む。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、ヘテロ二量体化小分子の結合部位の第１および第２のメンバーのうちの各々１つは、（ｉ）タクロリムス（ＦＫ５０６）結合タンパク質（ＦＫＢＰ）およびＦＫＢＰ、（ｉｉ）ＦＫＢＰおよびカルシニューリン触媒サブユニットＡ（ＣｎＡ）、（ｉｉｉ）ＦＫＢＰおよびシクロフィリン、（ｉｖ）ＦＫＢＰおよびＦＫＢＰ−ラパマイシン関連タンパク質（ＦＲＢ）、（ｖ）ジャイレースＢ（ＧｙｒＢ）およびＧｙｒＢ、（ｖｉ）ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）およびＤＨＦＲ、（ｖｉｉ）ＤｍｒＢホモ二量体化ドメイン（ＤｍｒＢ）およびＤｍｒＢ、（ｖｉｉｉ）ＰＹＬタンパク質（別名アブシジン酸受容体およびＲＣＡＲ）およびＡＢＩ、ならびに（ｉｘ）ＧＡＩシロイヌナズナタンパク質（別名ジベレリン酸非感受性およびＤＥＬＬＡタンパク質ＧＡＩ、ＧＡＩ）およびＧＩＤ１シロイヌナズナタンパク質（ジベレリン受容体ＧＩＤ１としても知られている、ＧＩＤ１）から選択されるタンパク質に由来する。
【０２７３】
ｖ．エフェクター細胞の構築
なお別の態様では、本発明は、安全なエフェクター免疫細胞を調製するための方法であって、（ｉ）腫瘍関連抗原に向けられているＴＣＲ操作エフェクター免疫細胞を、本明細書で上に定義されるｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子でトランスフェクトするか、もしくはベクターで細胞を形質導入すること、または（ｉｉ）ナイーブエフェクター免疫細胞を、本明細書で上に定義されるｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子、および本明細書で上に定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子でトランスフェクトするか、もしくはエフェクター免疫細胞を、本明細書で上に定義されるベクターで形質導入すること、を含む、方法を提供する。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、操作で使用するための免疫細胞には、限定されないが、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、またはサイトカイン誘導キラー細胞が含まれる。いくつかの実施形態では、操作で使用するための免疫細胞には、限定されないが、ＪｕｒｋａｔＴ細胞、Ｊｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ  Ｔ細胞、および／または末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）が含まれる。
【０２７５】
さらに別の態様では、本発明は、上記の本発明の方法によって得られる安全なエフェクター免疫細胞を提供する。安全なエフェクター免疫細胞は、外因性ＴＣＲが、抗原の非多型細胞表面エピトープもしくは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に向けられ、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、もしくは少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有され、ｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲが、上に定義されるとおりである、外因性Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）、およびｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲを発現している向き直されているＴ細胞であり得るか、または安全なエフェクター免疫細胞は、ナチュラルキラー細胞、もしくは上に定義されるｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲ、およびａＣＡＲを発現しているＴ細胞などの向き直されているエフェクター免疫細胞である。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、安全なエフェクター免疫細胞は、その表面上に、抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する異なる抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲまたはｐＣＡＲとを発現する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ抗原の異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、または、ｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ多型細胞表面エピトープ領域の異なる単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するａＣＡＲの細胞外ドメインは、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、標的は、細胞外ドメインを有する任意の標的である。
【０２７８】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｋ、ＨＬＡ−Ｌ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ＿ＤＱ、もしくはＨＬＡ−ＤＲ遺伝子の単一対立遺伝子多様体、または表８に列挙されている遺伝子の単一対立遺伝子多様体に、向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２７９】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＨＬＡ−Ａ遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ｃ遺伝子の単一対立遺伝子多様体、または表８に列挙されている遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合し、細胞表面上に発現するａＣＡＲの細胞外ドメインは、例えば、限定されないが、表１に列挙されている抗原から選択されるＣＤ１９などの非多型細胞表面エピトープに向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ標的は、細胞外ドメインを有する任意の標的である。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲは、別個のタンパク質として細胞表面上に存在する。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の細胞表面上の発現レベルは、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の発現レベル以上である。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、少なくとも１つの細胞外多型エピトープの単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８３】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８４】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２Ａからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８８】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２８９】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９０】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９６】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで使用するための認識部分は、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される遺伝子からの遺伝子生成物における、少なくとも１つの細胞外多型エピトープへの特異性を提供する。
【０２９７】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９８】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０２９９】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３００】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３０１】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３０２】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３０３】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３０４】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３０５】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３０６】
いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＨＬＡ−Ａ２の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、細胞表面上に発現するｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの細胞外ドメインは、ＣＤ２０の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、ＨＬＡ−Ａ２に向けられるであろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、ＣＤ２０に向けられるであろう。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、ＣＤ１９に向けられるであろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲの組は、それぞれＨＬＡ−Ａ２およびＣＤ１９であろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲの組は、それぞれＣＤ２０およびＣＤ１９を含むであろう。
【０３０７】
ｖｉ．標的細胞の調製
いくつかの実施形態では、標的細胞は調製され、インビトロの系で試験される。いくつかの実施形態では、標的外細胞に対するａＣＡＲの活性を阻害する際のｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ構築物の機能性を試験するための、インビトロ組み換え系が確立されるであろう。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲエピトープ、ｉＣＡＲエピトープ、または両方を発現している標的細胞が生成されるであろう。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲエピトープ、ｐＣＡＲエピトープ、または両方を発現している標的細胞が生成されるであろう。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲエピトープを発現している組み換え細胞は、標的上の「腫瘍上の」細胞を表し、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲエピトープの両方を発現している細胞は、標的上の「腫瘍外」の健康な細胞を表すであろう。
【０３０８】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲの組は、それぞれＨＬＡ−Ａ２およびＣＤ１９であり、ＨＬＡ−Ａ２、ＣＤ１９、または両方を発現している組み換え細胞は、これらの遺伝子をコードする発現ベクターで細胞株（例えば、Ｈｅｌａ、Ｈｅｌａ−ルシフェラーゼ、またはＲａｊｉ）をトランスフェクトすることにより生成されるであろう。組み換えＣＤ１９およびＨＬＡ-Ａ２発現を検出するために、両方の遺伝子はタンパク質タグ（例えば、ＨＡ、またはＦｌａｇ、またはＭｙｃなど）に融合されるであろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲの標的の組は、ＣＤ２０／ＣＤ１９であり、組み換え細胞は、ＣＤ１９、ＣＤ２０、または両方を発現するであろう。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ標的の組を含む発現ベクターを、細胞にトランスフェクトする。いくつかの実施形態では、発現ベクターを細胞にトランスフェクトして、標的および腫瘍外効果を生じる。
【０３１０】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＣＡ４、ＡＤＡＭ３０、ＡＱＰ１０、ＡＳＴＮ１、Ｃ１ｏｒｆ１０１、ＣＡＣＮＡ１Ｓ、ＣＡＴＳＰＥＲ４、ＣＤ１０１、ＣＤ１６４Ｌ２、ＣＤ１Ａ、ＣＤ１Ｃ、ＣＤ２４４、ＣＤ３４、ＣＤ４６、ＣＥＬＳＲ２、ＣＨＲＮＢ２、ＣＬＣＡ２、ＣＬＤＮ１９、ＣＬＳＴＮ１、ＣＲ１、ＣＲ２、ＣＲＢ１、ＣＳＦ３Ｒ、ＣＳＭＤ２、ＥＣＥ１、ＥＬＴＤ１、ＥＭＣ１、ＥＰＨＡ１０、ＥＰＨＡ２、ＥＰＨＡ８、ＥＲＭＡＰ、ＦＣＡＭＲ、ＦＣＥＲ１Ａ、ＦＣＧＲ１Ｂ、ＦＣＧＲ２Ａ、ＦＣＧＲ２Ｂ、ＦＣＧＲ３Ａ、ＦＣＲＬ１、ＦＣＲＬ３、ＦＣＲＬ４、ＦＣＲＬ５、ＦＣＲＬ６、ＧＪＢ４、ＧＰＡ３３、ＧＰＲ１５７、ＧＰＲ３７Ｌ１、ＧＰＲ８８、ＨＣＲＴＲ１、ＩＧＳＦ３、ＩＧＳＦ９、ＩＬ２２ＲＡ１、ＩＬ２３Ｒ、ＩＴＧＡ１０、ＫＩＡＡ１３２４、ＫＩＡＡ２０１３、ＬＤＬＲＡＤ２、ＬＥＰＲ、ＬＧＲ６、ＬＲＩＧ２、ＬＲＰ８、ＬＲＲＣ５２、ＬＲＲＣ８Ｂ、ＬＲＲＮ２、ＬＹ９、ＭＩＡ３、ＭＲ１、ＭＵＣ１、ＭＸＲＡ８、ＮＣＳＴＮ、ＮＦＡＳＣ、ＮＯＴＣＨ２、ＮＰＲ１、ＮＴＲＫ１、ＯＰＮ３、ＯＲ１０Ｊ１、ＯＲ１０Ｊ４、ＯＲ１０Ｋ１、ＯＲ１０Ｒ２、ＯＲ１０Ｔ２、ＯＲ１０Ｘ１、ＯＲ１１Ｌ１、ＯＲ１４Ａ１６、ＯＲ１４Ｉ１、ＯＲ１４Ｋ１、ＯＲ２ＡＫ２、ＯＲ２Ｃ３、ＯＲ２Ｇ２、ＯＲ２Ｇ３、ＯＲ２Ｌ２、ＯＲ２Ｍ７、ＯＲ２Ｔ１２、ＯＲ２Ｔ２７、ＯＲ２Ｔ１、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ２９、ＯＲ２Ｔ３３、ＯＲ２Ｔ３４、ＯＲ２Ｔ３５、ＯＲ２Ｔ３、ＯＲ２Ｔ４、ＯＲ２Ｔ５、ＯＲ２Ｔ６、ＯＲ２Ｔ７、ＯＲ２Ｔ８、ＯＲ２Ｗ３、ＯＲ６Ｆ１、ＯＲ６Ｋ２、ＯＲ６Ｋ３、ＯＲ６Ｋ６、ＯＲ６Ｎ１、ＯＲ６Ｐ１、ＯＲ６Ｙ１、ＰＤＰＮ、ＰＥＡＲ１、ＰＩＧＲ、ＰＬＸＮＡ２、ＰＴＣＨ２、ＰＴＣＨＤ２、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＴＰＲＣ、ＰＴＰＲＦ、ＰＴＧＦＲＮ、ＰＶＲＬ４、ＲＨＢＧ、ＲＸＦＰ４、Ｓ１ＰＲ１、ＳＣＮＮ１Ｄ、ＳＤＣ３、ＳＥＬＥ、ＳＥＬＬ、ＳＥＬＰ、ＳＥＭＡ４Ａ、ＳＥＭＡ６Ｃ、ＳＬＡＭＦ７、ＳＬＡＭＦ９、ＳＬＣ２Ａ７、ＳＬＣ５Ａ９、ＴＡＣＳＴＤ２、ＴＡＳ１Ｒ２、ＴＩＥ１、ＴＬＲ５、ＴＭＥＭ８１、ＴＮＦＲＳＦ１４、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＴＲＡＢＤ２Ｂ、ＵＳＨ２Ａ、ＶＣＡＭ１、およびＺＰ４からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＣＧ５、ＡＬＫ、ＡＳＰＲＶ１、ＡＴＲＡＩＤ、ＣＤ２０７、ＣＤ８Ｂ、ＣＨＲＮＧ、ＣＬＥＣ４Ｆ、ＣＮＴＮＡＰ５、ＣＲＩＭ１、ＣＸＣＲ１、ＤＮＥＲ、ＤＰＰ１０、ＥＤＡＲ、ＥＰＣＡＭ、ＧＰＲ１１３、ＧＰＲ１４８、ＧＰＲ３５、ＧＰＲ３９、ＧＹＰＣ、ＩＬ１ＲＬ１、ＩＴＧＡ４、ＩＴＧＡ６、ＩＴＧＡＶ、ＬＣＴ、ＬＨＣＧＲ、ＬＲＰ１Ｂ、ＬＲＰ２、ＬＹ７５、ＭＡＲＣＯ、ＭＥＲＴＫ、ＮＲＰ２、ＯＲ６Ｂ２、ＰＬＡ２Ｒ１、ＰＬＢ１、ＰＲＯＫＲ１、ＰＲＯＭ２、ＳＣＮ７Ａ、ＳＤＣ１、ＳＬＣ２３Ａ３、ＳＬＣ５Ａ６、ＴＧＯＬＮ２、ＴＨＳＤ７Ｂ、ＴＭ４ＳＦ２０、ＴＭＥＦＦ２、ＴＭＥＭ１７８Ａ、ＴＰＯ、およびＴＲＡＢＤ２ＡＤ２Ａからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１２】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＣＫＲ２、ＡＬＣＡＭ、ＡＮＯ１０、ＡＴＰ１３Ａ４、ＢＴＬＡ、ＣＡＣＮＡ１Ｄ、ＣＡＣＮＡ２Ｄ２、ＣＡＣＮＡ２Ｄ３、ＣＡＳＲ、ＣＣＲＬ２、ＣＤ２００、ＣＤ２００Ｒ１、ＣＤ８６、ＣＤ９６、ＣＤＣＰ１、ＣＤＨＲ４、ＣＥＬＳＲ３、ＣＨＬ１、ＣＬＤＮ１１、ＣＬＤＮ１８、ＣＬＳＴＮ２、ＣＳＰＧ５、ＣＸ３ＣＲ１、ＣＸＣＲ６、ＣＹＰ８Ｂ１、ＤＣＢＬＤ２、ＤＲＤ３、ＥＰＨＡ６、ＥＰＨＢ３、ＧＡＢＲＲ３、ＧＰ５、ＧＰＲ１２８、ＧＰＲ１５、ＧＰＲ２７、ＧＲＭ２、ＧＲＭ７、ＨＥＧ１、ＨＴＲ３Ｃ、ＨＴＲ３Ｄ、ＨＴＲ３Ｅ、ＩＧＳＦ１１、ＩＬ１７ＲＣ、ＩＬ１７ＲＤ、ＩＬ１７ＲＥ、ＩＬ５ＲＡ、ＩＭＰＧ２、ＩＴＧＡ９、ＩＴＧＢ５、ＫＣＮＭＢ３、ＬＲＩＧ１、ＬＲＲＣ１５、ＬＲＲＮ１、ＭＳＴ１Ｒ、ＮＡＡＬＡＤＬ２、ＮＲＲＯＳ、ＯＲ５ＡＣ１、ＯＲ５Ｈ１、ＯＲ５Ｈ１４、ＯＲ５Ｈ１５、ＯＲ５Ｈ６、ＯＲ５Ｋ２、ＯＲ５Ｋ３、ＯＲ５Ｋ４、ＰＩＧＸ、ＰＬＸＮＢ１、ＰＬＸＮＤ１、ＰＲＲＴ３、ＰＴＰＲＧ、ＲＯＢＯ２、ＲＹＫ、ＳＥＭＡ５Ｂ、ＳＩＤＴ１、ＳＬＣ２２Ａ１４、ＳＬＣ３３Ａ１、ＳＬＣ４Ａ７、ＳＬＩＴＲＫ３、ＳＴＡＢ１、ＳＵＳＤ５、ＴＦＲＣ、ＴＬＲ９、ＴＭＥＭ１０８、ＴＭＥＭ４４、ＴＭＰＲＳＳ７、ＴＮＦＳＦ１０、ＵＰＫ１Ｂ、ＶＩＰＲ１、およびＺＰＬＤ１からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１３】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＮＴＸＲ２、ＢＴＣ、ＣＮＧＡ１、ＣＯＲＩＮ、ＥＧＦ、ＥＭＣＮ、ＥＮＰＥＰ、ＥＰＨＡ５、ＥＲＶＭＥＲ３４−１、ＥＶＣ２、ＦＡＴ１、ＦＡＴ４、ＦＧＦＲＬ１、ＦＲＡＳ１、ＧＰＲ１２５、ＧＲＩＤ２、ＧＹＰＡ、ＧＹＰＢ、ＫＤＲ、ＫＩＡＡ０９２２、ＫＬＢ、ＭＦＳＤ８、ＰＡＲＭ１、ＰＤＧＦＲＡ、ＲＮＦ１５０、ＴＥＮＭ３、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１、ＴＬＲ６、ＴＭＥＭ１５６、ＴＭＰＲＳＳ１１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｂ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｅ、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｆ、ＵＧＴ２Ａ１、およびＵＮＣ５Ｃからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１４】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＤＡＭ１９、ＡＤＲＢ２、ＢＴＮＬ３、ＢＴＮＬ８、ＢＴＮＬ９、Ｃ５ｏｒｆ１５、ＣＡＴＳＰＥＲ３、ＣＤ１８０、ＣＤＨ１２、ＣＤＨＲ２、ＣＯＬ２３Ａ１、ＣＳＦ１Ｒ、Ｆ２ＲＬ２、ＦＡＭ１７４Ａ、ＦＡＴ２、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ４、ＧＡＢＲＡ６、ＧＡＢＲＧ２、ＧＰＲ１５１、ＧＰＲ９８、ＧＲＭ６、ＨＡＶＣＲ１、ＨＡＶＣＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＩＬ６ＳＴ、ＩＬ７Ｒ、ＩＱＧＡＰ２、ＩＴＧＡ１、ＩＴＧＡ２、ＫＣＮＭＢ１、ＬＩＦＲ、ＬＮＰＥＰ、ＭＥＧＦ１０、ＮＩＰＡＬ４、ＮＰＲ３、ＮＲＧ２、ＯＲ２Ｖ１、ＯＲ２Ｙ１、ＯＳＭＲ、ＰＣＤＨ１２、ＰＣＤＨ１、ＰＣＤＨＡ１、ＰＣＤＨＡ２、ＰＣＤＨＡ４、ＰＣＤＨＡ８、ＰＣＤＨＡ９、ＰＣＤＨＢ１０、ＰＣＤＨＢ１１、ＰＣＤＨＢ１３、ＰＣＤＨＢ１４、ＰＣＤＨＢ１５、ＰＣＤＨＢ１６、ＰＣＤＨＢ２、ＰＣＤＨＢ３、ＰＣＤＨＢ４、ＰＣＤＨＢ５、ＰＣＤＨＢ６、ＰＣＤＨＧＡ１、ＰＣＤＨＧＡ４、ＰＤＧＦＲＢ、ＰＲＬＲ、ＳＥＭＡ５Ａ、ＳＥＭＡ６Ａ、ＳＧＣＤ、ＳＬＣ１Ａ３、ＳＬＣ２２Ａ４、ＳＬＣ２２Ａ５、ＳＬＣ２３Ａ１、ＳＬＣ３６Ａ３、ＳＬＣ４５Ａ２、ＳＬＣ６Ａ１８、ＳＬＣ６Ａ１９、ＳＬＣＯ６Ａ１、ＳＶ２Ｃ、ＴＥＮＭ２、ＴＩＭＤ４、およびＵＧＴ３Ａ１からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１５】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＢＡＩ３、ＢＴＮ１Ａ１、ＢＴＮ２Ａ１、ＢＴＮ２Ａ２、ＢＴＮ３Ａ１、ＢＴＮ３Ａ２、ＢＴＮＬ２、ＣＤ８３、ＤＣＢＬＤ１、ＤＬＬ１、ＤＰＣＲ１、ＥＮＰＰ１、ＥＮＰＰ３、ＥＮＰＰ４、ＥＰＨＡ７、ＧＡＢＢＲ１、ＧＡＢＲＲ１、ＧＣＮＴ６、ＧＦＲＡＬ、ＧＪＢ７、ＧＬＰ１Ｒ、ＧＰＲ１１０、ＧＰＲ１１１、ＧＰＲ１１６、ＧＰＲ１２６、ＧＰＲ６３、ＧＰＲＣ６Ａ、ＨＦＥ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＰＡ１、ＨＬＡ−ＤＰＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ１、ＨＬＡ−ＤＱＡ２、ＨＬＡ−ＤＱＢ１、ＨＬＡ−ＤＱＢ２、ＨＬＡ−ＤＲＢ１、ＨＬＡ−ＤＲＢ５、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｇ、ＩＬ２０ＲＡ、ＩＴＰＲ３、ＫＩＡＡ０３１９、ＬＭＢＲＤ１、ＬＲＦＮ２、ＬＲＰ１１、ＭＡＳ１Ｌ、ＭＥＰ１Ａ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＭＯＧ、ＭＵＣ２１、ＭＵＣ２２、ＮＣＲ２、ＮＯＴＣＨ４、ＯＰＲＭ１、ＯＲ１０Ｃ１、ＯＲ１２Ｄ２、ＯＲ１２Ｄ３、ＯＲ１４Ｊ１、ＯＲ２Ｂ２、ＯＲ２Ｂ６、ＯＲ２Ｊ１、ＯＲ２Ｗ１、ＯＲ５Ｖ１、ＰＤＥ１０Ａ、ＰＩ１６、ＰＫＨＤ１、ＰＴＣＲＡ、ＰＴＫ７、ＲＡＥＴ１Ｅ、ＲＡＥＴ１Ｇ、ＲＯＳ１、ＳＤＩＭ１、ＳＬＣ１６Ａ１０、ＳＬＣ２２Ａ１、ＳＬＣ４４Ａ４、ＴＡＡＲ２、ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭＬ１、およびＴＲＥＭＬ２からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＱＰ１、Ｃ７ｏｒｆ５０、ＣＤ３６、ＣＤＨＲ３、ＣＮＴＮＡＰ２、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＥＰＨＡ１、ＥＰＨＢ６、ＥＲＶＷ−１、ＧＨＲＨＲ、ＧＪＣ３、ＧＰＮＭＢ、ＧＲＭ８、ＨＵＳ１、ＨＹＡＬ４、ＫＩＡＡ１３２４Ｌ、ＬＲＲＮ３、ＭＥＴ、ＭＵＣ１２、ＭＵＣ１７、ＮＰＣ１Ｌ１、ＮＰＳＲ１、ＯＲ２Ａ１２、ＯＲ２Ａ１４、ＯＲ２Ａ２５、ＯＲ２Ａ４２、ＯＲ２Ａ７、ＯＲ２Ａ２、ＯＲ２ＡＥ１、ＯＲ２Ｆ２、ＯＲ６Ｖ１、ＰＩＬＲＡ、ＰＩＬＲＢ、ＰＫＤ１Ｌ１、ＰＬＸＮＡ４、ＰＯＤＸＬ、ＰＴＰＲＮ２、ＰＴＰＲＺ１、ＲＡＭＰ３、ＳＬＣ２９Ａ４、ＳＭＯ、ＴＡＳ２Ｒ１６、ＴＡＳ２Ｒ４０、ＴＡＳ２Ｒ４、ＴＦＲ２、ＴＨＳＤ７Ａ、ＴＭＥＭ２１３、ＴＴＹＨ３、ＺＡＮ、およびＺＰ３からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１７】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＤＡＭ１８、ＡＤＡＭ２８、ＡＤＡＭ３２、ＡＤＡＭ７、ＡＤＡＭ９、ＡＤＲＡ１Ａ、ＣＤＨ１７、ＣＨＲＮＡ２、ＣＳＭＤ１、ＣＳＭＤ３、ＤＣＳＴＡＭＰ、ＦＺＤ６、ＧＰＲ１２４、ＮＲＧ１、ＯＲ４Ｆ２１、ＰＫＨＤ１Ｌ１、ＰＲＳＳ５５、ＳＣＡＲＡ３、ＳＣＡＲＡ５、ＳＤＣ２、ＳＬＣ１０Ａ５、ＳＬＣ３９Ａ１４、ＳＬＣ３９Ａ４、ＳＬＣＯ５Ａ１、ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ、およびＴＮＦＲＳＦ１０Ｂからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１８】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＣＡ１、ＡＱＰ７、ＡＳＴＮ２、Ｃ９ｏｒｆ１３５、ＣＡ９、ＣＤ７２、ＣＮＴＮＡＰ３Ｂ、ＣＮＴＮＡＰ３、ＣＲＢ２、ＥＮＴＰＤ８、ＧＰＲ１４４、ＧＲＩＮ３Ａ、ＩＺＵＭＯ３、ＫＩＡＡ１１６１、ＭＡＭＤＣ４、ＭＥＧＦ９、ＭＵＳＫ、ＮＯＴＣＨ１、ＯＲ１３Ｃ２、ＯＲ１３Ｃ３、ＯＲ１３Ｃ５、ＯＲ１３Ｃ８、ＯＲ１３Ｃ９、ＯＲ１３Ｄ１、ＯＲ１３Ｆ１、ＯＲ１Ｂ１、ＯＲ１Ｊ２、ＯＲ１Ｋ１、ＯＲ１Ｌ１、ＯＲ１Ｌ３、ＯＲ１Ｌ６、ＯＲ１Ｌ８、ＯＲ１Ｎ１、ＯＲ１Ｎ２、ＯＲ１Ｑ１、ＯＲ２Ｓ２、ＰＣＳＫ５、ＰＤＣＤ１ＬＧ２、ＰＬＧＲＫＴ、ＰＴＰＲＤ、ＲＯＲ２、ＳＥＭＡ４Ｄ、ＳＬＣ３１Ａ１、ＴＥＫ、ＴＬＲ４、ＴＭＥＭ２、およびＶＬＤＬＲからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３１９】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＣＣ２、ＡＤＡＭ８、ＡＤＲＢ１、ＡＮＴＸＲＬ、ＡＴＲＮＬ１、Ｃ１０ｏｒｆ５４、ＣＤＨ２３、ＣＤＨＲ１、ＣＮＮＭ２、ＣＯＬ１３Ａ１、ＣＯＬ１７Ａ１、ＥＮＴＰＤ１、ＦＺＤ８、ＦＧＦＲ２、ＧＰＲ１５８、ＧＲＩＤ１、ＩＬ１５ＲＡ、ＩＬ２ＲＡ、ＩＴＧＡ８、ＩＴＧＢ１、ＭＲＣ１、ＮＲＧ３、ＮＰＦＦＲ１、ＮＲＰ１、ＯＰＮ４、ＰＣＤＨ１５、ＰＫＤ２Ｌ１、ＰＬＸＤＣ２、ＰＲＬＨＲ、ＲＥＴ、ＲＧＲ、ＳＬＣ１６Ａ９、ＳＬＣ２９Ａ３、ＳＬＣ３９Ａ１２、ＴＡＣＲ２、ＴＣＴＮ３、ＴＳＰＡＮ１５、ＵＮＣ５Ｂ、およびＶＳＴＭ４からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＭＩＣＡ１、ＡＮＯ１、ＡＮＯ３、ＡＰＬＰ２、Ｃ１１ｏｒｆ２４、ＣＣＫＢＲ、ＣＤ２４８、ＣＤ４４、ＣＤ５、ＣＤ６、ＣＤ８２、ＣＤＯＮ、ＣＬＭＰ、ＣＲＴＡＭ、ＤＣＨＳ１、ＤＳＣＡＭＬ１、ＦＡＴ３、ＦＯＬＨ１、ＧＤＰＤ４、ＧＤＰＤ５、ＧＲＩＫ４、ＨＥＰＨＬ１、ＨＴＲ３Ｂ、ＩＦＩＴＭ１０、ＩＬ１０ＲＡ、ＫＩＲＲＥＬ３、ＬＧＲ４、ＬＲＰ４、ＬＲＰ５、ＬＲＲＣ３２、ＭＣＡＭ、ＭＦＲＰ、ＭＭＰ２６、ＭＰＥＧ１、ＭＲＧＰＲＥ、ＭＲＧＰＲＦ、ＭＲＧＰＲＸ２、ＭＲＧＰＲＸ３、ＭＲＧＰＲＸ４、ＭＳ４Ａ４Ａ、ＭＳ４Ａ６Ａ、ＭＴＮＲ１Ｂ、ＭＵＣ１５、ＮＡＡＬＡＤ２、ＮＡＡＬＡＤＬ１、ＮＣＡＭ１、ＮＲＸＮ２、ＯＲ１０Ａ２、ＯＲ１０Ａ５、ＯＲ１０Ａ６、ＯＲ１０Ｄ３、ＯＲ１０Ｇ４、ＯＲ１０Ｇ７、ＯＲ１０Ｇ８、ＯＲ１０Ｇ９、ＯＲ１０Ｑ１、ＯＲ１０Ｓ１、ＯＲ１Ｓ１、ＯＲ２ＡＧ１、ＯＲ２ＡＧ２、ＯＲ２Ｄ２、ＯＲ４Ａ４７、ＯＲ４Ａ１５、ＯＲ４Ａ５、ＯＲ４Ｃ１１、ＯＲ４Ｃ１３、ＯＲ４Ｃ１５、ＯＲ４Ｃ１６、ＯＲ４Ｃ３、ＯＲ４Ｃ４６、ＯＲ４Ｃ５、ＯＲ４Ｄ６、ＯＲ４Ａ８Ｐ、ＯＲ４Ｄ９、ＯＲ４Ｓ２、ＯＲ４Ｘ１、ＯＲ５１Ｅ１、ＯＲ５１Ｌ１、ＯＲ５２Ａ１、ＯＲ５２Ｅ１、ＯＲ５２Ｅ２、ＯＲ５２Ｅ４、ＯＲ５２Ｅ６、ＯＲ５２Ｉ１、ＯＲ５２Ｉ２、ＯＲ５２Ｊ３、ＯＲ５２Ｌ１、ＯＲ５２Ｎ１、ＯＲ５２Ｎ２、ＯＲ５２Ｎ４、ＯＲ５２Ｗ１、ＯＲ５６Ｂ１、ＯＲ５６Ｂ４、ＯＲ５Ａ１、ＯＲ５Ａ２、ＯＲ５ＡＫ２、ＯＲ５ＡＲ１、ＯＲ５Ｂ１７、ＯＲ５Ｂ３、ＯＲ５Ｄ１４、ＯＲ５Ｄ１６、ＯＲ５Ｄ１８、ＯＲ５Ｆ１、ＯＲ５Ｉ１、ＯＲ５Ｌ２、ＯＲ５Ｍ１１、ＯＲ５Ｍ３、ＯＲ５Ｐ２、ＯＲ５Ｒ１、ＯＲ５Ｔ２、ＯＲ５Ｔ３、ＯＲ５Ｗ２、ＯＲ６Ａ２、ＯＲ６Ｔ１、ＯＲ６Ｘ１、ＯＲ８Ａ１、ＯＲ８Ｂ１２、ＯＲ８Ｂ２、ＯＲ８Ｂ３、ＯＲ８Ｂ４、ＯＲ８Ｄ１、ＯＲ８Ｄ２、ＯＲ８Ｈ１、ＯＲ８Ｈ２、ＯＲ８Ｈ３、ＯＲ８Ｉ２、ＯＲ８Ｊ１、ＯＲ８Ｊ２、ＯＲ８Ｊ３、ＯＲ８Ｋ１、ＯＲ８Ｋ３、ＯＲ８Ｋ５、ＯＲ８Ｕ１、ＯＲ９Ｇ１、ＯＲ９Ｇ４、ＯＲ９Ｑ２、Ｐ２ＲＸ３、ＰＴＰＲＪ、ＲＯＢＯ３、ＳＩＧＩＲＲ、ＳＬＣ２２Ａ１０、ＳＬＣ３Ａ２、ＳＬＣ５Ａ１２、ＳＬＣＯ２Ｂ１、ＳＯＲＬ１、ＳＴ１４、ＳＹＴ８、ＴＥＮＭ４、ＴＭＥＭ１２３、ＴＭＥＭ２２５、ＴＭＰＲＳＳ４、ＴＭＰＲＳＳ５、ＴＲＩＭ５、ＴＲＰＭ５、ＴＳＰＡＮ１８、およびＺＰ１からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２１】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＮＯ４、ＡＶＰＲ１Ａ、ＢＣＬ２Ｌ１４、ＣＡＣＮＡ２Ｄ４、ＣＤ１６３、ＣＤ１６３Ｌ１、ＣＤ２７、ＣＤ４、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＣＬＥＣ１Ｂ、ＣＬＥＣ２Ａ、ＣＬＥＣ４Ｃ、ＣＬＥＣ７Ａ、ＣＬＥＣＬ１、ＣＬＳＴＮ３、ＧＰＲ１３３、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＩＴＧＡ７、ＩＴＧＢ７、ＫＬＲＢ１、ＫＬＲＣ２、ＫＬＲＣ３、ＫＬＲＣ４、ＫＬＲＦ１、ＫＬＲＦ２、ＬＲＰ１、ＬＲＰ６、ＭＡＮＳＣ１、ＭＡＮＳＣ４、ＯＬＲ１、ＯＲ１０ＡＤ１、ＯＲ１０Ｐ１、ＯＲ２ＡＰ１、ＯＲ６Ｃ１、ＯＲ６Ｃ２、ＯＲ６Ｃ３、ＯＲ６Ｃ４、ＯＲ６Ｃ６、ＯＲ６Ｃ７４、ＯＲ６Ｃ７６、ＯＲ８Ｓ１、ＯＲ９Ｋ２、ＯＲＡＩ１、Ｐ２ＲＸ４、Ｐ２ＲＸ７、ＰＲＲ４、ＰＴＰＲＢ、ＰＴＰＲＱ、ＰＴＰＲＲ、ＳＣＮＮ１Ａ、ＳＥＬＰＬＧ、ＳＬＣ２Ａ１４、ＳＬＣ３８Ａ４、ＳＬＣ５Ａ８、ＳＬＣ６Ａ１５、ＳＬＣ８Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ａ２、ＳＬＣＯ１Ｂ１、ＳＬＣＯ１Ｂ７、ＳＬＣＯ１Ｃ１、ＳＳＰＮ、ＳＴＡＢ２、ＴＡＳ２Ｒ１０、ＴＡＳ２Ｒ１３、ＴＡＳ２Ｒ１４、ＴＡＳ２Ｒ２０、ＴＡＳ２Ｒ３０、ＴＡＳ２Ｒ３１、ＴＡＳ２Ｒ４２、ＴＡＳ２Ｒ４３、ＴＡＳ２Ｒ４６、ＴＡＳ２Ｒ７、ＴＭＥＭ１１９、ＴＭＥＭ１３２Ｂ、ＴＭＥＭ１３２Ｃ、ＴＭＥＭ１３２Ｄ、ＴＭＰＲＳＳ１２、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＳＰＡＮ８、およびＶＳＩＧ１０からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＴＰ４Ｂ、ＡＴＰ７Ｂ、ＦＬＴ３、ＦＲＥＭ２、ＨＴＲ２Ａ、ＫＬ、ＰＣＤＨ８、ＲＸＦＰ２、ＳＧＣＧ、ＳＨＩＳＡ２、ＳＬＣ１５Ａ１、ＳＬＩＴＲＫ６、およびＴＮＦＲＳＦ１９からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＤＡＭ２１、ＢＤＫＲＢ２、Ｃ１４ｏｒｆ３７、ＣＬＥＣ１４Ａ、ＤＬＫ１、ＦＬＲＴ２、ＧＰＲ１３５、ＧＰＲ１３７Ｃ、ＪＡＧ２、ＬＴＢ４Ｒ２、ＭＭＰ１４、ＯＲ１１Ｇ２、ＯＲ１１Ｈ１２、ＯＲ１１Ｈ６、ＯＲ４Ｋ１、ＯＲ４Ｋ１５、ＯＲ４Ｋ５、ＯＲ４Ｌ１、ＯＲ４Ｎ２、ＯＲ４Ｎ５、ＳＬＣ２４Ａ４、およびＳＹＮＤＩＧ１Ｌからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２４】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＮＰＥＰ、ＣＤ２７６、ＣＨＲＮＡ７、ＣＨＲＮＢ４、ＣＳＰＧ４、ＤＵＯＸ１、ＤＵＯＸ２、ＦＡＭ１７４Ｂ、ＧＬＤＮ、ＩＧＤＣＣ４、ＩＴＧＡ１１、ＬＣＴＬ、ＬＴＫ、ＬＹＳＭＤ４、ＭＥＧＦ１１、ＮＯＸ５、ＮＲＧ４、ＯＣＡ２、ＯＲ４Ｆ４、ＯＲ４Ｍ２、ＯＲ４Ｎ４、ＰＲＴＧ、ＲＨＣＧ、ＳＣＡＭＰ５、ＳＥＭＡ４Ｂ、ＳＥＭＡ６Ｄ、ＳＬＣ２４Ａ１、ＳＬＣ２４Ａ５、ＳＬＣ２８Ａ１、ＳＰＧ１１、ＳＴＲＡ６、ＴＲＰＭ１、およびＴＹＲＯ３からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２５】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＴＰ２Ｃ２、ＣＡＣＮＡ１Ｈ、ＣＤ１９、ＣＤＨ１１、ＣＤＨ１５、ＣＤＨ１６、ＣＤＨ３、ＣＤＨ５、ＣＮＧＢ１、ＣＮＴＮＡＰ４、ＧＤＰＤ３、ＧＰＲ５６、ＧＰＲ９７、ＩＦＴ１４０、ＩＬ４Ｒ、ＩＴＦＧ３、ＩＴＧＡＬ、ＩＴＧＡＭ、ＩＴＧＡＸ、ＫＣＮＧ４、ＭＭＰ１５、ＭＳＬＮＬ、ＮＯＭＯ１、ＮＯＭＯ３、ＯＲ２Ｃ１、ＰＩＥＺＯ１、ＰＫＤ１、ＰＫＤ１Ｌ２、ＱＰＲＴ、ＳＣＮＮ１Ｂ、ＳＥＺ６Ｌ２、ＳＬＣ２２Ａ３１、ＳＬＣ５Ａ１１、ＳＬＣ７Ａ６、ＳＰＮ、ＴＭＣ５、ＴＭＣ７、ＴＭＥＭ２０４、ＴＭＥＭ２１９、およびＴＭＥＭ８Ａからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＣＣ３、ＡＣＥ、ＡＯＣ３、ＡＲＬ１７Ｂ、ＡＳＧＲ２、Ｃ１７ｏｒｆ８０、ＣＤ３００Ａ、ＣＤ３００Ｃ、ＣＤ３００Ｅ、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＤ３００ＬＧ、ＣＨＲＮＢ１、ＣＬＥＣ１０Ａ、ＣＮＴＮＡＰ１、ＣＰＤ、ＣＸＣＬ１６、ＥＲＢＢ２、ＦＡＭ１７１Ａ２、ＧＣＧＲ、ＧＬＰ２Ｒ、ＧＰ１ＢＡ、ＧＰＲ１４２、ＧＵＣＹ２Ｄ、ＩＴＧＡ２Ｂ、ＩＴＧＡ３、ＩＴＧＡＥ、ＩＴＧＢ３、ＫＣＮＪ１２、ＬＲＲＣ３７Ａ２、ＬＲＲＣ３７Ａ３、ＬＲＲＣ３７Ａ、ＬＲＲＣ３７Ｂ、ＭＲＣ２、ＮＧＦＲ、ＯＲ１Ａ２、ＯＲ１Ｄ２、ＯＲ１Ｇ１、ＯＲ３Ａ１、ＯＲ３Ａ２、ＯＲ４Ｄ１、ＯＲ４Ｄ２、ＲＮＦ４３、ＳＣＡＲＦ１、ＳＣＮ４Ａ、ＳＤＫ２、ＳＥＣＴＭ１、ＳＥＺ６、ＳＨＰＫ、ＳＬＣ２６Ａ１１、ＳＬＣ５Ａ１０、ＳＰＡＣＡ３、ＴＭＥＭ１０２、ＴＭＥＭ１３２Ｅ、ＴＮＦＳＦ１２、ＴＲＰＶ３、ＴＴＹＨ２、およびＴＵＳＣ５からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＰＣＤＤ１、ＣＤＨ１９、ＣＤＨ２０、ＣＤＨ７、ＣＯＬＥＣ１２、ＤＣＣ、ＤＳＣ１、ＤＳＧ１、ＤＳＧ３、ＤＹＮＡＰ、ＭＥＰ１Ｂ、ＰＴＰＲＭ、ＳＩＧＬＥＣ１５、およびＴＮＦＲＳＦ１１Ａからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２８】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＣＡ７、ＡＣＰＴ、ＢＣＡＭ、Ｃ１９ｏｒｆ３８、Ｃ１９ｏｒｆ５９、Ｃ５ＡＲ１、ＣＡＴＳＰＥＲＤ、ＣＡＴＳＰＥＲＧ、ＣＤ２２、ＣＤ３２０、ＣＤ３３、ＣＤ９７、ＣＥＡＣＡＭ１９、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ２１、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＥＡＣＡＭ４、ＣＬＥＣ４Ｍ、ＤＬＬ３、ＥＭＲ１、ＥＭＲ２、ＥＭＲ３、ＥＲＶＶ−１、ＥＲＶＶ−２、ＦＡＭ１８７Ｂ、ＦＣＡＲ、ＦＦＡＲ３、ＦＰＲ１、ＦＸＹＤ５、ＧＦＹ、ＧＰ６、ＧＰＲ４２、ＧＲＩＮ３Ｂ、ＩＣＡＭ３、ＩＧＦＬＲ１、ＩＬ１２ＲＢ１、ＩＬ２７ＲＡ、ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＫＩＲＲＥＬ２、ＫＩＳＳ１Ｒ、ＬＡＩＲ１、ＬＤＬＲ、ＬＩＬＲＡ１、ＬＩＬＲＡ２、ＬＩＬＲＡ４、ＬＩＬＲＡ６、ＬＩＬＲＢ１、ＬＩＬＲＢ２、ＬＩＬＲＢ３、ＬＩＬＲＢ４、ＬＩＬＲＢ５、ＬＩＮＧＯ３、ＬＰＨＮ１、ＬＲＰ３、ＭＡＤＣＡＭ１、ＭＡＧ、ＭＥＧＦ８、ＭＵＣ１６、ＮＣＲ１、ＮＯＴＣＨ３、ＮＰＨＳ１、ＯＲ１０Ｈ１、ＯＲ１０Ｈ２、ＯＲ１０Ｈ３、ＯＲ１０Ｈ４、ＯＲ１Ｉ１、ＯＲ２Ｚ１、ＯＲ７Ａ１０、ＯＲ７Ｃ１、ＯＲ７Ｄ４、ＯＲ７Ｅ２４、ＯＲ７Ｇ１、ＯＲ７Ｇ２、ＯＲ７Ｇ３、ＰＬＶＡＰ、ＰＴＧＩＲ、ＰＴＰＲＨ、ＰＴＰＲＳ、ＰＶＲ、ＳＣＮ１Ｂ、ＳＨＩＳＡ７、ＳＩＧＬＥＣ１０、ＳＩＧＬＥＣ１１、ＳＩＧＬＥＣ１２、ＳＩＧＬＥＣ５、ＳＩＧＬＥＣ６、ＳＩＧＬＥＣ８、ＳＩＧＬＥＣ９、ＳＬＣ４４Ａ２、ＳＬＣ５Ａ５、ＳＬＣ７Ａ９、ＳＰＩＮＴ２、ＴＡＲＭ１、ＴＧＦＢＲ３Ｌ、ＴＭＣ４、ＴＭＥＭ９１、ＴＭＥＭ１６１Ａ、ＴＭＰＲＳＳ９、ＴＮＦＳＦ１４、ＴＮＦＳＦ９、ＴＲＰＭ４、ＶＮ１Ｒ２、ＶＳＩＧ１０Ｌ、ＶＳＴＭ２Ｂ、およびＺＮＲＦ４からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３２９】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＢＨＤ１２、ＡＤＡＭ３３、ＡＤＲＡ１Ｄ、ＡＰＭＡＰ、ＡＴＲＮ、ＣＤ４０、ＣＤ９３、ＣＤＨ２２、ＣＤＨ２６、ＣＤＨ４、ＦＬＲＴ３、ＧＣＮＴ７、ＧＧＴ７、ＪＡＧ１、ＬＲＲＮ４、ＮＰＢＷＲ２、ＯＣＳＴＡＭＰ、ＰＴＰＲＡ、ＰＴＰＲＴ、ＳＥＬ１Ｌ２、ＳＩＧＬＥＣ１、ＳＩＲＰＡ、ＳＩＲＰＢ１、ＳＩＲＰＧ、ＳＬＣ２４Ａ３、ＳＬＣ２Ａ１０、ＳＬＣ４Ａ１１、ＳＳＴＲ４、およびＴＨＢＤからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３３０】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＣＬＤＮ８、ＤＳＣＡＭ、ＩＣＯＳＬＧ、ＩＦＮＡＲ１、ＩＦＮＧＲ２、ＩＧＳＦ５、ＩＴＧＢ２、ＫＣＮＪ１５、ＮＣＡＭ２、ＳＬＣ１９Ａ１、ＴＭＰＲＳＳ１５、ＴＭＰＲＳＳ２、ＴＭＰＲＳＳ３、ＴＲＰＭ２、およびＵＭＯＤＬ１からなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３３１】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＣＡＣＮＡ１Ｉ、ＣＥＬＳＲ１、ＣＯＭＴ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＧＧＴ１、ＧＧＴ５、ＩＬ２ＲＢ、ＫＲＥＭＥＮ１、ＭＣＨＲ１、ＯＲ１１Ｈ１、Ｐ２ＲＸ６、ＰＫＤＲＥＪ、ＰＬＸＮＢ２、ＳＣＡＲＦ２、ＳＥＺ６Ｌ、ＳＳＴＲ３、ＳＵＳＤ２、ＴＭＰＲＳＳ６、およびＴＮＦＲＳＦ１３Ｃからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３３２】
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＡＴＰ６ＡＰ２、ＡＴＰ７Ａ、ＣＮＧＡ２、ＥＤＡ２Ｒ、ＦＭＲ１ＮＢ、ＧＬＲＡ４、ＧＰＲ１１２、ＧＵＣＹ２Ｆ、ＨＥＰＨ、Ｐ２ＲＹ１０、Ｐ２ＲＹ４、ＰＬＸＮＡ３、ＰＬＸＮＢ３、ＴＬＲ８、ＶＳＩＧ４、およびＸＧからなる群から選択される遺伝子をコードする。
【０３３３】
いくつかの実施形態では、癌を治療するために使用される上に定義される安全なエフェクター免疫細胞は、それらの表面上に、腫瘍関連抗原または抗原の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、上に列挙されるもののうちのいずれかなどの、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、腫瘍の少なくとも原発組織で発現する抗原の、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲと、を発現する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、ａＣＡＲが発現するのと同じ組織で発現する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲは、同じ遺伝子の異なる対立遺伝子である。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲは、異なるタンパク質であり、したがって異なる対立遺伝子である。
【０３３４】
Ａ．インビトロアッセイ
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲは、多様なアッセイを使用して、有効性および阻害する能力を含む、効果における活性について試験されるであろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの阻害効果は、インビトロおよび／またはインビボで試験されるであろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの阻害効果は、インビトロで試験されるであろう。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの阻害効果は、インビボで試験されるであろう。いくつかの実施形態では、インビトロアッセイは、サイトカイン分泌および／または細胞傷害性効果を測定する。いくつかの実施形態では、インビボアッセイは、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの阻害、ならびに標的上腫瘍外の異種移植片の保護を評価するであろう。いくつかの実施形態では、インビボアッセイは、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲの阻害、ならびに標的上腫瘍外の組織および／または重要な臓器の保護を評価するであろう。
【０３３５】
ｉ．ルシフェラーゼ細胞傷害性アッセイ
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲは、ルシフェラーゼ細胞傷害性アッセイを使用して評価される。一般に、ルシフェラーゼ細胞傷害性アッセイでは、組み換え標的細胞（「Ｔ」と称され得る）は、ホタルルシフェラーゼを発現するように操作されている。いくつかの実施形態では、市販のＨｅｌａ−Ｌｕｃ細胞は、標的タンパク質をコードするＤＮＡでトランスフェクトされ得る。インビトロルシフェラーゼアッセイは、Ｂｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、またはＢＰＳ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、または他の販売者から市販されている）に従って実施することができる。形質導入されたエフェクター（Ｅ）Ｔ細胞（ｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲとａＣＡＲとの両方、またはａＣＡＲ、またはモックＣＡＲで形質導入されている）は、ＨＬＡ−Ａ２、ＣＤ１９、またはＣＤ１９とＨＬＡ−Ａ２との両方、またはＣＤ２０、またはＣＤ２０とＣＤ１９との両方を発現している組み換え標的細胞と、２４〜４８時間培養して、異なるエフェクター対標的の比で試験することができる。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ、またはｐＣＡＲ／ａＣＡＲのペアは、上記の構成要素とともに、ａＣＡＲ、ｐＣＡＲおよび／またはｉＣＡＲのうちのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲのペアは、ＨＬＡ−Ａ２標的化ｉＣＡＲおよびＣＤ１９標的化ａＣＡＲを含む。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲのペアは、ＣＤ２０標的化ｉＣＡＲおよびＣＤ１９標的化ａＣＡＲを含む。細胞殺傷は、Ｂｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼ系を用いて生細胞数を推定することによって、間接的に定量化されるであろう。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、「腫瘍外」細胞傷害性は、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ発現レベルに従って、形質導入Ｔ細胞集団を選別することによって、または例えば少なくとも１つの細胞外多型エピトープをコードする遺伝子生成物の発現を含む、それらの標的発現に従って組み換え標的細胞のサブ集団を選択することによって最適化することができる。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ標的は、細胞外ドメインを有する任意の標的である。いくつかの実施形態では、選別は、ＣＤ１９またはＨＬＡ−Ａ２発現レベルに基づく。
【０３３７】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲは、ｉＣＡＲ形質導入Ｔ細胞が「腫瘍上」細胞（例えば、腫瘍細胞）と「腫瘍外」細胞（例えば、非腫瘍細胞）とを区別することができるかどうかを決定するためにインビトロで検査される。一般に、これは、１：１の比の「腫瘍上」細胞と「腫瘍外」細胞との混合物と培養して、形質導入Ｔ細胞の殺傷効果を検査することによって試験される。いくつかの実施形態では、比は、１：２、１：３、１：４、１：５、１：６、１：７、または１：８である。腫瘍上組み換え細胞は、一度に１つの細胞集団のみがルシフェラーゼ遺伝子を発現するように操作されるであろう実施形態では、ルシフェラーゼ発現によって「腫瘍外」組み換え細胞と区別することができる）。殺傷は、Ｂｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ）を使用して２４〜４８時間の共培養後に定量化することができる。
【０３３８】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ、および／またはｐＣＡＲ／ａＣＡＲ形質導入Ｔ細胞は、ａＣＡＲで形質導入されているがｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで形質導入されていないＴ細胞と比較して、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、および／または約９５％少ない腫瘍外細胞殺傷を呈する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ、および／またはｐＣＡＲ／ａＣＡＲ形質導入Ｔ細胞は、ａＣＡＲで形質導入されているがｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで形質導入されていないＴ細胞と比較して、約１分の１、約２分の１、約３分の１、約４分の１、約５分の１、または約１０分の１の腫瘍外細胞殺傷を呈する。
【０３３９】
ｉｉ．カスパーゼ３
いくつかの実施形態では、カスパーゼ３検出アッセイを採用して、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲを検査して、「腫瘍上」細胞（例えば、腫瘍細胞）および「腫瘍外」細胞（例えば、非腫瘍細胞）のアポトーシスのレベルをインビトロで決定する。いくつかの実施形態では、活性化開裂カスパーゼ３に対する抗体による細胞傷害性リンパ球（ＣＴＬ）誘導アポトーシスのカスパーゼ３検出を検査する。
【０３４０】
一般に、ＣＴＬが標的細胞を殺傷する経路のうちの１つは、Ｆａｓリガンドを通じてアポトーシスを誘導することによる。ＣＡＳＰ３タンパク質は、システイン−アスパラギン酸プロテアーゼ（カスパーゼ）ファミリーのメンバーである。典型的には、カスパーゼの連続的な活性化は、細胞アポトーシスの実行段階で重要な役割を果たし、そのため、プロカスパーゼ３からカスパーゼ３への開裂は、立体構造的変化および触媒活性の発現を生じる。開裂した活性化形態のカスパーゼ３は、モノクローナル抗体によって特異的に認識されることができる。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、形質導入Ｔ細胞は、「腫瘍上」（例えば、腫瘍を模倣する）および「腫瘍外」細胞（例えば、非腫瘍を模倣する）組み換え細胞のいずれかと培養され得る。いくつかの実施形態では、「腫瘍上」（例えば、腫瘍）および「腫瘍外」細胞（例えば、非腫瘍）組み換え細胞は、ＣＦＳＥ（（５（６）−カルボキシフルオレセインＮ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル））または他の細胞トレーサー色素（例えばＣｅｌｌＴｒａｃｅ  Ｖｉｏｌｅｔ）で事前に標識されている。いくつかの実施形態では、標的細胞とエフェクター細胞との共培養は、約１時間〜約６時間、約２時間〜約５時間、または約２〜約４時間行われる。いくつかの実施形態では、標的細胞アポトーシスは、フローサイトメトリーによって定量化される。細胞を透過処理し、内部染色キット（ＭｉｌｔｅｎｙｉまたはＢＤ  ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）によって固定し、活性化カスパーゼ３（ＢＤ  ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）の抗体で染色してもよい。
【０３４２】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ、および／またはｐＣＡＲ／ａＣＡＲ形質導入Ｔ細胞は、ａＣＡＲで形質導入されているがｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで形質導入されていないＴ細胞と比較して、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、および／または約９５％少ない腫瘍外細胞アポトーシスを誘導する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ、および／またはａＣＡＲ／ｐＣＡＲ形質導入Ｔ細胞は、ａＣＡＲで形質導入されているがｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲで形質導入されていないＴ細胞と比較して、約１分の１、約２分の１、約３分の１、約４分の１、約５分の１、または約１０分の１の腫瘍外細胞アポトーシスを誘導する。
【０３４３】
ｉｉｉ．経時的顕微鏡
経時的マイクロＣＴＬ−
標的結合を識別するために、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ形質導入Ｔ細胞の経時的顕微鏡法を採用することができる。いくつかの実施形態では、標的細胞は、レポーター遺伝子（例えば、限定されないが、ｍＣｈｅｒｒｙなどの蛍光タンパク質）で標識されるであろう。いくつかの実施形態では、形質導入Ｔ細胞は、「腫瘍上」または「腫瘍外」細胞のいずれかと最大５日間培養される。いくつかの実施形態では、経時的顕微鏡法を使用して、殺傷を視覚化することができる。いくつかの実施形態では、エンドポイント時点での標的細胞数を決定するために、生存細胞数染色およびＣｏｕｎｔＢｒｉｇｈｔビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用するフローサイトメトリー分析が行われるであろう。
【０３４４】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲまたはａＣＡＲ／ｐＣＡＲ形質導入Ｔ細胞がインビトロで標的を識別することができるかどうかを決定するために、各組み換え標的細胞（「腫瘍上」または「腫瘍外」）は、異なるレポータータンパク質（例えば、ＧＦＰおよびｍＣｈｅｒｒｙ）で標識される。いくつかの実施形態では、容易に区別可能な２つのレポーターをレポーターペアが含有する限り、任意のレポートタンパク質ペアが機能するであろう。いくつかの実施形態では、形質導入Ｔ細胞（エフェクター細胞）は、１：１のＥ／Ｔの比で、組み換え細胞（標的細胞）と共培養されるであろう。いくつかの実施形態では、エフェクター対標的の比率（Ｅ／Ｔ）には、限定されないが、１６：１、１２：１、１０：１、８：１、６：１、４：１、２：１、または１：１が含まれる。いくつかの実施形態では、次いで顕微鏡画像化によって細胞運命が検査される。
【０３４５】
ｉｖ．サイトカイン放出
Ｔ細胞の活性化を決定するために、サイトカインの放出を検査してもよい。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ、および／またはｐＣＡＲ／ａＣＡＲ形質導入Ｔ細胞を組み換え標的細胞と培養し、例えば、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄのＥＬＩＳＡ  ＭＡＸ（商標）デラックスセットキットに従って細胞培養上清中のサイトカイン分泌を測定することによって、またはサイトカインを生成するＴ細胞の割合のフローサイトメトリー分析によってのいずれかで、１つ以上のサイトカインのサイトカイン生成を定量化する。フローサイトメトリー分析では、一般に、サイトカインの分泌を防止するためにＧｏｌｇｉ  ｓｔｏｐが採用されている。いくつかの実施形態では、６時間および１８時間〜２４時間の形質導入Ｔ細胞の標的細胞との培養に続き、Ｔ細胞を透過処理し、内部染色キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ）によって固定し、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３およびＣＤ８）および１つ以上のサイトカインの抗体で染色するであろう。いくつかの実施形態では、サイトカインには、限定されないが、ＩＬ−２、ＩＮＦγ、および／またはＴＮＦαが含まれる。
【０３４６】
ｖ．ＣＤ１０７ａ染色
形質導入Ｔ細胞の細胞溶解活性を決定するために、ＣＤ１０７ａの染色も検査してもよい。一般に、Ｔ細胞の脱顆粒は、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ−１）であるＣＤ１０７ａの表面発現によって同定することができ、ＬＡＭＰ−１の表面発現は、ＣＤ８  Ｔ細胞の細胞傷害性と相関することが示されている。さらに、この分子は、リソソームの管腔側に位置する。典型的には、ＣＤ１０７ａは、活性化すると、活性化したリンパ球の細胞膜表面に移動する。さらに、ＣＤ１０７ａは、細胞表面上に一過性に発現し、エンドサイトーシス経路を介して迅速に再内部化される。したがって、理論に縛られるわけではないが、ＣＤ１０７ａの検出は、細胞刺激中の抗体染色によって、およびモネンシンの添加（例えば、エンドサイトーシスされたＣＤ１０７ａ抗体複合体の酸性化およびその後の分解を防止するため）によって最大化される。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ、および／またはａＣＡＲ／ｐＣＡＲ形質導入形質導入Ｔ細胞を、標的細胞と約６時間〜約２４時間培養し、ＣＤ８  Ｔ細胞上のＣＤ１０７ａの発現を検査する。いくつかの実施形態では、標的細胞は、（腫瘍細胞におけるように）ａＣＡＲによって認識される１つの標的タンパク質のみ、または（正常細胞におけるように）ａＣＡＲおよびｉＣＡＲによって認識される両方の標的タンパク質を発現している標的細胞を発現する。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ形質導入形質導入Ｔ細胞を、モネンシンの存在下で標的細胞と約６時間〜約２４時間培養し、ＣＤ８  Ｔ細胞上でのＣＤ１０７ａ発現後、Ｔ細胞表面マーカー（例えば、ＣＤ３およびＣＤ８）の共役抗体、およびＣＤ１０７ａの共役抗体を使用するフローサイトメトリーが続く。
【０３４８】
ｖｉ．分泌されたサイトカインのＥＬＩＳＡによる定量化
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方を発現している形質導入Ｔ細胞（Ｊｕｒｋａｔ、または一次Ｔ細胞）の改変標的細胞との共-培養に続き、ｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方の抗原をそれらの細胞表面上に発現している条件培地が収集され、サイトカインＥＬＩＳＡによってサイトカインの濃度が測定されるであろう。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＮＦγ、および／またはＴＮＦαからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＬ−２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＩＮＦγからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、サイトカインは、ＴＮＦαからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、または約９９％の減少が、二重ＣＡＲ（ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ）形質導入細胞で実証される。
【０３４９】
ｖｉｉ．サイトメトリービーズアレイ（ＣＢＡ）アッセイによって測定されるサイトカイン分泌
サイトメトリービーズアレイ（ＣＢＡ）を使用して、サイトカイン、ケモカイン、および成長因子を含む多様な可溶性および細胞内タンパク質を測定する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方の構築物で形質導入されたＴ細胞（一次Ｔ細胞またはＪｕｒｋａｔ細胞）（エフェクター細胞）は、細胞表面上にｉＣＡＲおよびａＣＡＲの両方、またはａＣＡＲもしくはｉＣＡＲ標的抗原を発現している改変標的細胞で刺激される。いくつかの実施形態では、エフェクター対標的比は、２０：１〜最大１：１の範囲である。いくつかの実施形態では、エフェクター対標的比は、２０：１、１９：１、１８：１、１７：１、１６：１、１５：１、１４：１、１３：１、１２：１、１１：１、１０：１、９：１、８：１、７：１、６：１、５：１、４：１、３：１、２：１、または１：１の範囲である。いくつかの実施形態では、数時間の共培養に続き、エフェクター細胞は、サイトカインを生成および分泌し、これはそれらのエフェクター状態を示す。いくつかの実施形態では、反応の上清を収集し、分泌されたＩＬ−２を測定し、マルチプレックスＣＢＡアッセイによって定量化した。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、同じエフェクター細胞の、１つのみの標的を発現している標的細胞との共培養から生じるＩＬ−２分泌と比較して、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、または約９９％の減少が、両方の標的抗原を発現している標的細胞と共培養された二重ＣＡＲ（ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ）形質導入細胞で実証される。いくつかの実施形態では、二重ＣＡＲ（ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ）形質導入細胞を両方の標的抗原を発現している標的細胞と共培養すると、同じエフェクター細胞の、１つのみの標的を発現している標的細胞との共培養から生じるＩＬ−２分泌と比較して、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、または約９９％のＩＬ−２分泌の減少が実証された。いくつかの実施形態では、８６％の減少。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲは、ＣＤ１９  ａＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、ＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲは、ＣＤ２０  ｉＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲペアは、ＣＤ１９  ａＣＡＲおよびＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲペアは、ＣＤ１９  ａＣＡＲおよびＣＤ２０  ｉＣＡＲである。
【０３５１】
ｖｉｉｉ．ＣＤ１０７ａ染色によって測定されるＴ細胞脱顆粒化アッセイ
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞の脱顆粒化は、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ−１）であるＣＤ１０７ａの表面発現によって同定することができる。いくつかの実施形態では、ＬＡＭＰ−１の表面発現は、ＣＤ８  Ｔ細胞の細胞傷害性と相関することが示されている。いくつかの実施形態では、顆粒化（ＣＤ１０７ａ）は、殺傷能力のマーカーである。
【０３５２】
Ｂ．インビボアッセイ
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ、および／またはｉＣＡＲ／ｐＣＡＲのペアは、インビボでの有効性について試験される。いくつかの実施形態では、ＮＯＤ／ＳＣＩＤ／γｃ−または同様のマウスに、腫瘍細胞を静脈内接種する。いくつかの実施形態では、腫瘍細胞は、ホタルルシフェラーゼを発現するように操作されたＣＤ１９陽性ＮＡＬＭ６（ＡＴＣＣ、ヒトＢ−ＡＬＬ細胞株）細胞である。いくつかの実施形態では、「標的上」細胞および「腫瘍外」細胞の確立および／または分化のために、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲエピトープを発現するようにＮＡＬＭ６を操作し、それにより健康な細胞を表すことができる。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲエピトープは、少なくとも１つの細胞外多型エピトープを含む。いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲエピトープは、ＨＬＡ−Ａ２またはＣＤ２０に由来する。これらのアッセイで採用してもよい他の細胞には、限定されないが、Ｒａｊｉ、または任意の他の組み換え細胞株が含まれる。いくつかの実施形態では、かかるアッセイは、ＰＤＸ（患者由来異種移植片）モデルであってもよい。
【０３５３】
アッセイでは、１つの群にはＮＡＬＭ６細胞が注射され、他方にはｉＣＡＲエピトープを発現しているＮＡＬＭ−６が注射されるであろう研究群に、マウスは分けられるであろう。数日後、マウスは、ａＣＡＲ、ａＣＡＲ／ｉＣＡＲで形質導入したＴ細胞、および非形質導入Ｔ細胞またはＴ細胞なしの対照群を静脈内注入されるであろう。マウスを犠牲にし、総フラックスに従って腫瘍負荷が定量化されるであろう。
【０３５４】
アッセイの一実施形態によれば、ｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲ構築物を発現しているＴ細胞が、同じ生物内のインビボで、標的細胞と標的外細胞とを区別することができるかどうかを試験するために、マウスに「腫瘍上／腫瘍外」ＮＡＬＭ−６細胞の１：１混合物を注射し、続いてａＣＡＲ単独またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方のいずれかを発現している形質導入Ｔ細胞を注射する。この実施形態では、マウスを犠牲する際に、フローサイトメトリーによって、２つのマーカー、ＣＤ１９およびｉＣＡＲエピトープでの脾臓および骨髄の「腫瘍上」および「腫瘍外細胞の存在が分析されるであろう。
【０３５５】
ｉ．ヒト異種移植片マウスモデルにおけるインビボＣＴＬアッセイ
いくつかの実施形態では、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲ構築物の両方を発現しているＴ細胞が、同じ生物内で、標的細胞と「標的外」細胞とを区別するかどうか、ならびに「標的外」細胞を生かしながら標的細胞を効果的に殺傷するかどうかの試験するためには、インビボＣＴＬアッセイによって評価されるであろう。
【０３５６】
いくつかの実施形態では、ｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはｉＣＡＲおよびａＣＡＲの両方で形質導入されたＴ細胞を、ナイーブＮＯＤ／ＳＣＩＤ／γｃ−または同様のマウスはｉ．ｖ．注射され、最大数時間後に、ｉＣＡＲ、ａＣＡＲまたは両方を発現している標的細胞を注射されるであろう。いくつかの実施形態では、これらの標的は、それらの間のさらなる区別を可能にするであろう、異なる濃度（高、中、および低）のＣＦＳＥ／ＣＰＤＥ、または同様の細胞のトレース色素のいずれかで標識されるであろう。いくつかの実施形態では、実施例５に記載されるように、特定の殺傷割合が計算されるであろう。
【０３５７】
ｉｉ．ヒト異種移植片マウスモデルにおける腫瘍成長動態
いくつかの実施形態では、腫瘍細胞は、ｉＣＡＲ標的、ａＣＡＲ標的、または両方のいずれかを発現する。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲ腫瘍細胞株は、ＣＤ１９陽性ＮＡＬＭ６（ＡＴＣＣ、ヒトＢＡＬＬ細胞株）であり得る。いくつかの実施形態では、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方を発現する腫瘍細胞（すなわち、「腫瘍外」細胞）は、ｉＣＡＲエピトープ（例えば、ＨＬＡ−Ａ２）を発現するように操作され、それにより健康な細胞を表すＮＡＬＭ６である。いくつかの実施形態では、ＮＡＬＭ６およびＮＡＬＭ６−ＨＬＡ−Ａ２はまた、容易な検出のために、レポーター遺伝子（例えば、ホタルルシフェラーゼ）を発現するように操作することができる。
【０３５８】
いくつかの実施形態では、モニタリングは、機械的手段（キャリパー）によって腫瘍体積を測定することによって、およびインビボ画像化システム（ＩＶＩＳ）を使用することによっても行われるであろう。いくつかの実施形態では、腫瘍負荷を定量化してもよく、浸潤性Ｔ細胞集団をＦＡＣＳによって分析してもよい。
【０３５９】
ｉｉｉ．トランスジェニックマウスモデルにおける毒性および腫瘍成長動態
いくつかの実施形態では、ヒトａＣＡＲおよびｉＣＡＲ標的を発現するトランスジェニックマウスも使用して、形質導入Ｔ細胞の有効性が決定されるであろう。いくつかの実施形態では、系によって、有効性および毒性の問題のモニタリングが可能になるであろう。
【０３６０】
Ｃ．インビボ使用：治療、バイオマーカー
さらに別の態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する対象のための個別化されたバイオマーカーを選択する方法であって、方法が、（ｉ）対象から腫瘍生検を得ることと、（ｉｉ）対象から正常組織の試料、例えばＰＢＭＣを得ることと、（ｉｉｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定し、それにより対象のための個別化されたバイオマーカーを同定することと、を含む、方法を提供する。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、対象の治療をカスタマイズするために使用されるので、方法は、上に定義されるエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含む、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するステップであって、ｉＣＡＲが、（ｉｉｉ）で同定された単一対立遺伝子多様体に向けられている、治療するステップをさらに含む。いくつかの実施形態では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する対象のための個別化されたバイオマーカーを選択する方法であって、方法が、（ｉ）対象から腫瘍生検を得ることと、（ｉｉ）対象から正常組織の試料、例えばＰＢＭＣを得ることと、（ｉｉｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を、ＬＯＨ候補スコアに基づいて同定することであって、対立遺伝子多様体が、対象のための個別化されたバイオマーカーとして同定される、同定することと、を含む、方法を提供する。
【０３６２】
さらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、上に定義されるエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含み、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、方法を提供する。
【０３６３】
同様の態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の腫瘍負荷を低減する方法であって、上に定義されるエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含み、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞、またはａＣＡＲを発現する少なくとも重要組織上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、方法を提供する。
【０３６４】
別の同様の態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の生存率を増加する方法であって、上に定義されるエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含み、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、方法を提供する。
【０３６５】
なおさらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の、治療、腫瘍負荷の低減、または生存率の増加で使用するための、上に定義される安全なエフェクター免疫細胞であって、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、安全なエフェクター免疫細胞に関する。
【０３６６】
さらにさらなる態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、（ｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することと、（ｉｉ）抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することであって、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または当該癌患者の少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される、情報を同定または受領することと、（ｉｉｉ）本明細書で上に定義されるｉＣＡＲを定義する少なくとも１つの核酸分子および本明細書で上に定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、または本明細書で上に定義される少なくとも１つのベクターを選択または受領することであって、ｉＣＡＲが、（ｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含み、ａＣＡＲが、（ｉｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含む、選択または受領することと、（ｉｖ）（ｉｉｉ）の核酸分子でエフェクター免疫細胞をトランスフェクトすること、または（ｉｉｉ）のベクターでエフェクター免疫細胞を形質導入することによって、安全な向き直されているエフェクター免疫細胞の少なくとも１つの集団を調製または受領することと、（ｖ）当該癌患者に、（ｉｖ）の安全な向き直されている免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を投与することと、を含む、方法に関する。
【０３６７】
同様の態様では、本発明は、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための、安全な向き直されている免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団であって、安全な向き直されている免疫細胞が、（ｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することと、（ｉｉ）抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定する情報を同定または受領することであって、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または当該癌患者の少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される、情報を同定または受領することと、（ｉｉｉ）本明細書で上に定義されるｉＣＡＲを定義する少なくとも１つの核酸分子および本明細書で上に定義されるａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの核酸分子、または本明細書で上に定義される少なくとも１つのベクターを選択または受領することであって、ｉＣＡＲが、（ｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含み、ａＣＡＲが、（ｉｉ）の細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含む、選択または受領することと、（ｉｖ）（ｉｉｉ）の核酸分子でエフェクター免疫細胞をトランスフェクトすること、または（ｉｉｉ）のベクターでエフェクター免疫細胞を形質導入することによって、安全な向き直されているエフェクター免疫細胞の少なくとも１つの集団を調製または受領することと、によって得られる、免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を提供する。
【０３６８】
癌の治療、または癌の治療で使用するための安全な免疫エフェクター細胞に関する上の実施形態のうちのいずれか１つを参照するいくつかの実施形態では、（ｉ）ｉＣＡＲの細胞外ドメインは、ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、（ｉｉ）当該ｉＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ抗原の異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、または（ｉｉｉ）ｉＣＡＲの細胞外ドメインは、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ多型細胞表面エピトープの異なる単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する。
【０３６９】
いくつかの実施形態では、（ｉｉｉ）のａＣＡＲを発現しているが、（ｉｉｉ）のｉＣＡＲが欠如している免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を癌患者に投与することを含む治療と比較して、治療は、低減された標的上腫瘍外反応性を生じる。
【０３７０】
いくつかの実施形態では、癌を治療するために使用される上に定義される安全なエフェクター免疫細胞は、それらの表面上に、腫瘍関連抗原または抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、腫瘍の少なくとも原発組織で発現する抗原の、またはハウスキーピングタンパク質の、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲと、を発現する。
【０３７１】
いくつかの実施形態では、癌を治療するために使用される上に定義される安全なエフェクター免疫細胞は、それらの表面上に、腫瘍関連抗原または抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、ＨＬＡ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｋ、ＨＬＡ−Ｌ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、またはＨＬＡ−ＤＲを含む）などの、腫瘍の少なくとも原発組織で発現する抗原の、またはハウスキーピングタンパク質の、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲと、を発現する。
【０３７２】
いくつかの実施形態では、癌を治療するために使用される上に定義される安全なエフェクター免疫細胞は、それらの表面上に、腫瘍関連抗原または抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、ＨＬＡ−Ａなどの、腫瘍の少なくとも原発組織で発現する抗原の、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲと、を発現する。
【０３７３】
いくつかの実施形態では、免疫エフェクター細胞の２つ以上の集団が投与され、異なる集団は、異なる遺伝子生成物の細胞表面エピトープへの特異的結合を有するａＣＡＲおよびｉＣＡＲの異なるペアを発現する。
【０３７４】
いくつかの実施形態では、癌を治療する方法で使用される安全なエフェクター免疫細胞は、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、またはサイトカイン誘導キラー細胞から選択される。いくつかの実施形態では、安全なエフェクター免疫細胞は、自家または普遍的（同種）エフェクター細胞である。いくつかの実施形態では、上に定義された癌を治療する方法のうちのいずれか１つで使用されるｉＣＡＲは、ａＣＡＲの標的−抗原が存在する患者の全ての組織に向けられ、ａＣＡＲの標的抗原が、抗原の非多型細胞表面エピトープであるか、または多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体が存在し、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される。
【０３７５】
いくつかの実施形態では、癌は、急性骨髄性白血病［ＬＡＭＬ］、副腎皮質癌腫［ＡＣＣ］、膀胱尿路上皮癌腫［ＢＬＣＡ］、脳低グレード神経膠腫［ＬＧＧ］、乳房浸潤癌腫［ＢＲＣＡ］、子宮頸部扁平上皮癌腫および子宮頸部腺癌［ＣＥＳＣ］、胆管癌腫［ＣＨＯＬ］、結腸腺癌［ＣＯＡＤ］、食道癌腫［ＥＳＣＡ］、多形膠芽腫［ＧＢＭ］、頭頸部扁平上皮癌腫［ＨＮＳＣ］、腎臓嫌色素性［ＫＩＣＨ］、腎臓腎淡明細胞癌腫［ＫＩＲＣ］、腎臓腎乳頭状細胞癌腫［ＫＩＲＰ］、肝臓肝細胞癌腫［ＬＩＨＣ］、肺腺癌［ＬＵＡＤ］、肺扁平上皮癌腫［ＬＵＳＣ］、リンパ性新生物びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫［ＤＬＢＣ］、中皮腫［ＭＥＳＯ］、卵巣漿液性嚢胞腺癌［ＯＶ］、膵臓腺癌［ＰＡＡＤ］、褐色細胞腫および傍神経節腫［ＰＣＰＧ］、前立腺腺癌［ＰＲＡＤ］、直腸腺癌［ＲＥＡＤ］、肉腫［ＳＡＲＣ］、皮膚皮膚黒色腫［ＳＫＣＭ］、胃腺癌［ＳＴＡＤ］、精巣胚細胞腫瘍［ＴＧＣＴ］、胸腺腫［ＴＨＹＭ］、甲状腺癌腫［ＴＨＣＡ］、子宮癌肉腫［ＵＣＳ］、子宮体部子宮内膜癌腫［ＵＣＥＣ］、ブドウ膜黒色腫［ＵＶＭ］から選択される。
【０３７６】
いくつかの実施形態では、癌の治療で使用するためのｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲは、本明細書に記載の任意のｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲである。いくつかの実施形態では、上に記載の癌の種類のうちのいずれか１つなどの癌を治療するために使用されるｉＣＡＲおよび／またはｐＣＡＲは、ＨＬＡ遺伝子（例えば、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＨＬＡ−Ｇ、ＨＬＡ−Ｅ、ＨＬＡ−Ｆ、ＨＬＡ−Ｋ、ＨＬＡ−Ｌ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯ、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＱ、もしくはＨＬＡ−ＤＲ、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子、またはＨＬＡ−Ｃ遺伝子を含む単一対立遺伝子多様体、または表８に列挙されている遺伝子の単一対立遺伝子多様体に向けられているかまたは特異的に結合する。いくつかの実施形態では、上に記載の癌の種類のうちのいずれか１つなどの癌を治療するために使用されるｉＣＡＲは、ＨＬＡ−Ａ遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ遺伝子、もしくはＨＬＡ−Ｃ遺伝子の単一対立遺伝子多様体、または表８に列挙されている遺伝子の単一対立遺伝子多様体に、向けられているかまたは特異的に結合し、上に列挙されている癌の種類のうちのいずれか１つなどの癌を治療するために使用されるａＣＡＲは、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに、向けられているかまたは特異的に結合する。
【０３７７】
経口投与では、医薬調製物は、液体形態、例えば、溶液、シロップ、もしくは懸濁液であってもよく、または使用前に水または他の好適なビヒクルで再構成するための薬物製品として提示してもよい。かかる液体調製物は、懸濁剤（例えば、ソルビトールシロップ、セルロース誘導体、または水素化食用脂肪）、乳化剤（例えば、レシチンまたはアカシア）、非水性ビヒクル（例えば、アーモンド油、油性エステル、または分別植物油）、および防腐剤（例えば、メチルもしくはプロピル−ｐ−ヒドロキシベンゾエート、またはソルビン酸）などの薬学的に許容可能な添加剤を用いて従来の手段によって調製することができる。医薬組成物は、例えば、結合剤（例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、またはヒドロキシプロピルメチルセルロース）、充填剤（例えば、ラクトース、微結晶性セルロース、またはリン酸水素カルシウム）、潤滑剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルク、またはシリカ）、崩壊剤（例えば、ジャガイモデンプンまたはデンプングリコール酸ナトリウム）、または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）などの薬学的に許容可能な賦形剤を用いて従来の手段によって調製された錠剤またはカプセルの形態をとってもよい。錠剤は、当技術分野で周知の方法によってコーティングしてもよい。
【０３７８】
経口投与用の調製物は、活性化合物の制御された放出を提供するように好適に製剤化されてもよい。
【０３７９】
口腔投与では、組成物は、従来の様式で製剤化された錠剤またはトローチの形態をとってもよい。
【０３８０】
組成物は、注射による、例えば、ボーラス注射または持続注入による非経口投与用に製剤化されてもよい。注射用の製剤は、保存剤が添加された、単位用量の形態で、例えば、アンプルまたは複数用量の容器内で、提示されてもよい。組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁液、溶液、または乳濁液などの形態をとってもよく、懸濁剤、安定剤、および／または分散剤などの処方剤を含有してもよい。あるいは、活性成分は、使用前に、好適なビヒクル、例えば無菌の発熱性物質を含まない水で構成するための粉末形態であってもよい。
【０３８１】
組成物はまた、例えば、カカオバターまたは他のグリセリドなどの従来の坐剤基剤を含有する、坐剤または停留浣腸などの直腸組成物に製剤化されてもよい。
【０３８２】
吸入による投与では、本発明に従って使用するための組成物は、好適な噴射剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素、または他の適切な気体を使用して、加圧パックまたは噴霧器からエアロゾルスプレーを提供する形態で利便性良く送達される。加圧エアロゾルの場合、投薬量単位は、計量された量を送達するためのバルブを提供することによって決定することができる。吸入器または注入器で使用するための、例えばゼラチンのカプセルおよびカートリッジは、化合物とラクトースまたはデンプンなどの好適な粉末基剤との粉末混合物を含有して製剤化してもよい。
【０３８３】
明確にする目的で、かつ教示の範囲を決して限定することなく、特に明記しない限り、本明細書に記載の量、割合または比率、および他の数値を表す全ての数は、全ての場合に「約」という用語が前にあるものとして解釈されるべきである。したがって、本明細書に記載の数値パラメータは、所望の結果に応じて変動し得る近似値である。例えば、各数値パラメータは、報告された有効数字の数を考慮して、および通常の端数処理を適用することによると解釈することができる。
【０３８４】
本明細書で使用される「約」という用語は、示された値の上下１０％未満の値も含まれることを意味する。
【０３８５】
例示的な実施形態
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、次の例示的な実施形態を提供する。
１．エフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱することが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）または保護キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子であって、ｉＣＡＲまたはｐＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して哺乳類の腫瘍細胞上には存在しないが、少なくとも関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインと、エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインと、を含む、核酸分子。
２．多型細胞表面エピトープが、ＨＬＡ遺伝子、Ｇタンパク質共役受容体（ＧＰＣＲ）、イオンチャネル、もしくは受容体チロシンキナーゼ、好ましくはＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、もしくはＨＬＡ−Ｃなどのハウスキーピング遺伝子生成物のもの、または表８から選択される遺伝子の多型細胞表面エピトープである、請求項１に記載の核酸分子。
３．当該細胞外ドメインが、（ｉ）ヒト化抗体；ヒト抗体；抗体の機能的断片；ナノボディなどの単一ドメイン抗体；組み換え抗体；一本鎖可変断片（ＳｃＦｖ）などの抗体、その誘導体もしくは断片、（ｉｉ）アフィボディ分子；アフィリン；アフィマー；アフィチン；アルファボディ；アンチカリン；アビマー；ＤＡＲＰｉｎ；ファイノマー；Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド；およびモノボディなどの抗体模倣物、または（ｉｉｉ）アプタマーを含む、請求項１に記載の核酸分子。
４．当該哺乳類組織がヒト組織であり、当該関連哺乳類正常組織が、腫瘍が発生した正常組織である、請求項１に記載の核酸分子。
５．当該エフェクター免疫細胞が、Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、またはサイトカイン誘導キラー細胞である、請求項１に記載の核酸分子。
６．エフェクター免疫細胞を阻害することが可能な当該少なくとも１つのシグナル伝達要素が、免疫チェックポイントタンパク質のシグナル伝達要素と相同である、請求項１に記載の核酸分子。
７．当該免疫チェックポイントタンパク質が、ＰＤ１；ＣＴＬＡ４；ＢＴＬＡ；２Ｂ４；ＣＤ１６０；ＣＥＡＣＡＭ１などのＣＥＡＣＡＭ；ＫＩＲ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、ＫＩＲ２ＤＬ３、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＫＩＲ２ＤＬ５Ａ、ＫＩＲ２ＤＬ５Ｂ、ＫＩＲ３ＤＬ１、ＫＩＲ３ＤＬ２、ＫＩＲ３ＤＬ３、ＬＩＲ１、ＬＩＲ２、ＬＩＲ３、ＬＩＲ５、ＬＩＲ８、およびＣＤ９４−ＮＫＧ２ＡなどのＫＩＲ；ＬＡＧ３；ＴＩＭ３；Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇ抑制因子（ＶＩＳＴＡ）；インターフェロン遺伝子の刺激因子（ＳＴＩＮＧ）；免疫受容阻害チロシンモチーフ（ＩＴＩＭ）含有タンパク質、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびＩＴＩＭドメイン（ＴＩＧＩＴ）、ならびにアデノシン受容体（例えばＡ２ａＲ）からなる群から選択される、請求項６に記載の核酸分子。
８．当該細胞外ドメインが、柔軟なヒンジおよび膜貫通型の標準的なモチーフを通じて、当該細胞内ドメインに融合されている、請求項１に記載の核酸分子。
９．請求項１〜８のいずれか一項に記載の核酸分子と、核酸分子に作動可能に連結されたプロモーターなどの少なくとも１つの制御要素とを含む、ベクター。
１０．抗原の非多型細胞表面エピトープまたは多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインであって、当該エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または少なくとも関連する腫瘍の細胞と正常組織の細胞とによって共有される、細胞外ドメインと、エフェクター免疫細胞を活性化および／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインと、を含むａＣＡＲをコードする、ヌクレオチド配列を含む核酸分子をさらに含む、請求項９に記載のベクター。
１１．ａＣＡＲの細胞外ドメインが、抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合し、ｉＣＡＲの細胞外ドメインが、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する、請求項１０に記載のベクター。
１２．ａＣＡＲの細胞外ドメインが、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する、請求項１０または１１に記載のベクター。
１３．エフェクター免疫細胞を活性化または共刺激する当該少なくとも１つのシグナル伝達要素が、例えばＣＤ３ζもしくはＦｃＲγ鎖の免疫受容活性化チロシンモチーフ（ＩＴＡＭ）；ＫＩＲ２ＤＳおよびＫＩＲ３ＤＳなどの活性化キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、もしくはＤＡＰ１２などのアダプター分子；または、例えばＣＤ２７、ＣＤ２８、ＩＣＯＳ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、もしくはＣＤ１３４（ＯＸ４０）の共刺激シグナル伝達要素と相同である、請求項１０に記載のベクター。
１４．ヌクレオチド配列が、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列とｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に、内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）を含む、請求項１０に記載のベクター。
１５．ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列が、ｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の下流にある、請求項１４に記載のベクター。
１６．ヌクレオチド配列が、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列とｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列との間に、ウイルス自己開裂型２Ａペプチドを含む、請求項１０に記載のベクター。
１７．ウイルス自己開裂型２Ａペプチドが、ゾセアアシグナウイルス（ＴａＶ）由来のＴ２Ａ、口蹄疫ウイルス（ＦＭＤＶ）由来のＦ２Ａ、ウマ鼻炎Ａウイルス（ＥＲＡＶ）由来のＥ２Ａ、およびブタテッショウウイルス１（ＰＴＶ１）由来のＰ２Ａからなる群から選択される、請求項１６に記載のベクター。
１８．柔軟なリンカーを介して当該ｉＣＡＲに連結された当該構成的ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む、請求項１０に記載のベクター。
１９．請求項１〜８に定義されるエフェクター免疫細胞の望ましくない活性化を防止または減弱することが可能な阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）を調製する方法であって、
（ｉ）既知の多様体の少なくとも１つのデータベースから、タンパク質をコードする遺伝子のヒトゲノム多様体のリストを取得することと、
（ｉｉ）
（ａ）多様体を選択し、その対応する参照対立遺伝子と比較して、それぞれの遺伝子によってコードされるタンパク質にアミノ酸配列の多様性を生じること、
（ｂ）アミノ酸配列の多様性が、コードされるタンパク質の細胞外ドメインにある、遺伝子の多様体を選択すること、
（ｃ）少なくとも１つの腫瘍においてヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受ける遺伝子の多様体を選択すること、ならびに
（ｄ）（ｃ）に従ってＬＯＨを受ける少なくとも１つの腫瘍の少なくとも原発組織で発現する遺伝子の多様体を選択し、それにより、ＬＯＨに起因して少なくとも１つの腫瘍において喪失した遺伝子、および少なくとも１つの腫瘍の少なくとも原発組織で発現する遺伝子のそれぞれによってコードされるタンパク質の細胞外ドメインに、アミノ酸配列の多様性を有する多様体のリストを得ること、によって、（ｉ）によって取得した多様体のリストをフィルタリングすることと、
（ｉｉｉ）（ｉｉ）で得たリストから少なくとも１つの単一多様体を含む配列領域を定義し、少なくとも１つの単一多様体を含む配列領域および対応する参照対立遺伝子を含む配列領域をサブクローニングおよび発現し、それによりそれぞれのエピトープペプチドを得ることと、
（ｉｖ）クローニングされた配列領域によってコードされるエピトープペプチド、または（ｉｉｉ）で得た対応する参照対立遺伝子によってコードされるエピトープペプチドのいずれかに特異的に結合するｉＣＡＲ結合ドメインを選択することと、
（ｖｉｉ）各々が（ｉｖ）で定義されるｉＣＡＲ結合ドメインを含む、請求項１〜８のいずれか一項で定義されたｉＣＡＲを調製することと、を含む、方法。
２０．各多様体のマイナー対立遺伝子頻度が１、２、３、４、または５％以上である、請求項１９に記載の方法。
２１．安全なエフェクター免疫細胞を調製するための方法であって、（ｉ）腫瘍関連抗原に向けられているＴＣＲ操作エフェクター免疫細胞を、請求項１〜８のいずれか一項に記載のｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子でトランスフェクトするか、もしくは請求項９に記載のベクターで細胞を形質導入すること、または（ｉｉ）ナイーブエフェクター免疫細胞を、請求項１〜８のいずれか一項に記載のｉＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子、および請求項１０〜１３のいずれか一項に定義されているａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子でトランスフェクトするか、もしくはエフェクター免疫細胞を、請求項１０〜１８のいずれか一項に記載のベクターで形質導入すること、を含む、方法。
２２．請求項２１に記載の方法によって得られる、安全なエフェクター免疫細胞。
２３．その表面上に、抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する異なる抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲとを発現している、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
２４．ａＣＡＲの細胞外ドメインが、ＣＤ１９などの表１に列挙されている抗原から選択される非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する、請求項２２または２３に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
２５．ａＣＡＲおよびｉＣＡＲが、別個のタンパク質として細胞表面上に存在する、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
２６．ｉＣＡＲをコードする当該ヌクレオチド配列の発現レベルが、ａＣＡＲをコードするヌクレオチド配列の発現レベル以上である、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
２７．ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する対象のための個別化されたバイオマーカーを選択する方法であって、
（ｉ）対象から腫瘍生検を得ることと、
（ｉｉ）対象から正常組織の試料、例えばＰＢＭＣを得ることと、
（ｉｉｉ）ＬＯＨに起因して腫瘍の細胞によっては発現されないが、正常組織の細胞によって発現される多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体を同定し、
それにより対象ための個別化されたバイオマーカーを同定することと、を含む、方法。
２８．ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の癌を治療するための方法であって、請求項２２に記載のエフェクター免疫細胞を患者に投与することを含み、ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、方法。
２９．ｉＣＡＲが、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して腫瘍の細胞には存在しないが、少なくとも患者の関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープをコードする、単一対立遺伝子多様体に向けられている、ＬＯＨを特徴とする腫瘍を有する患者の治療で使用するための、請求項２２に記載の安全なエフェクター免疫細胞。
３０．（ｉｉｉ）のａＣＡＲを発現しているが、（ｉｉｉ）のｉＣＡＲが欠如している免疫エフェクター細胞の少なくとも１つの集団を癌患者に投与することを含む治療と比較して、治療が、低減された標的上腫瘍外反応性を生じる、請求項２９に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
３１．それらの表面上に、腫瘍関連抗原または抗原の非多型細胞表面エピトープに特異的に結合する細胞外ドメインを含むａＣＡＲと、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、腫瘍の少なくとも原発組織で発現する抗原の、またはＨＬＡ−Ａなどのハウスキーピングタンパク質の、多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する細胞外ドメインを含むｉＣＡＲと、を発現している、請求項２９に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
３２．自家または普遍的（同種）エフェクター細胞である、請求項２８に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
３３．Ｔ細胞、ナチュラルキラー細胞、またはサイトカイン誘導キラー細胞から選択される、請求項２８〜３２のいずれか一項に記載の使用のための安全なエフェクター免疫細胞。
３４．各１つが、当該核酸分子が単一の連続核酸分子を形成する、制御されたエフェクター免疫細胞活性化系の異なるメンバーをコードするヌクレオチド配列を含むか、または２つ以上の別個の核酸分子を含み、制御されたエフェクター免疫活性化系がエフェクター免疫細胞に向けられて、ヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）に起因して１つ以上の染色体またはそれらの断片を喪失した腫瘍細胞を殺傷し、関連正常組織の細胞を生かす、２つ以上の核酸分子の組み合わせであって、
（ａ）第１のメンバーが、抗原の非多型細胞表面エピトープまたは異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する第１の細胞外ドメインを含む活性化キメラ抗原受容体（ａＣＡＲ）ポリペプチドを含み、当該非多型または多型細胞表面エピトープが、腫瘍関連抗原であるか、または関連する異常な哺乳類組織の細胞と正常な哺乳類組織の細胞とによって共有され、
（ｂ）第２のメンバーが、ＬＯＨに起因して異常な哺乳類組織によって発現されないが、関連する哺乳類の正常組織の全ての細胞上に存在する多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する第２の細胞外ドメインを含む調節ポリペプチドを含む、２つ以上の核酸分子の組み合わせ。
３５．第１のメンバーが、
（ａ）エフェクター免疫細胞を活性化および／または共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインをさらに含む構成的ａＣＡＲ、ならびに
（ｂ）ヘテロ二量体化小分子の結合部位の第１のメンバーを含む細胞内ドメイン、および任意選択的に少なくとも１つの共刺激シグナル伝達要素をさらに含むが、活性化シグナル伝達要素が欠如した条件付きａＣＡＲから選択され、第２のメンバーが、
（ｃ）エフェクター免疫細胞を阻害する少なくとも１つのシグナル伝達要素を含む細胞内ドメインをさらに含む阻害性キメラ抗原受容体（ｉＣＡＲ）、または
（ｄ）シェダーゼの基質を含む細胞外調節領域；膜内開裂プロテアーゼの基質を含む膜貫通型の標準的なモチーフ；ならびに細胞内ドメインであって、当該細胞内ドメインが、エフェクター免疫細胞を活性化および／もしくは共刺激する少なくとも１つのシグナル伝達要素およびヘテロ二量体化小分子の結合部位の第２のメンバーを含む細胞内ドメインをさらに含む、保護キメラ抗原受容体（ｐＣＡＲ）である、請求項３４に記載の組み合わせ。
３６．
（ｉ）ｉＣＡＲもしくはｐＣＡＲの細胞外ドメインが、ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合するものとは異なる抗原である、抗原の多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、
（ｉｉ）当該ｐＣＡＲもしくはｉＣＡＲの細胞外ドメインが、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ抗原の異なる多型細胞表面エピトープの単一対立遺伝子多様体に特異的に結合するか、または
（ｉｉｉ）当該ｐＣＡＲもしくはｉＣＡＲの細胞外ドメインが、当該ａＣＡＲの細胞外ドメインに結合する同じ多型細胞表面エピトープの異なる単一対立遺伝子多様体に特異的に結合する、請求項３４または３５に記載の組み合わせ。
３７．シェダーゼの当該基質が、ディスインテグリン、およびメタロプロテイナーゼ（ＡＤＡＭ）、またはベータ−セクレターゼ１（ＢＡＣＥ１）の基質である、請求項３４に記載の組み合わせ。
３８．当該基質が、細胞外ドメインの一部を形成し、Ｌｉｎ１２／ＮｏｔｃｈリピートおよびＡＤＡＭプロテアーゼ開裂部位を含む、請求項３７に記載の組み合わせ。
３９．膜内開裂プロテアーゼの当該基質が、ＳＰ２、ｙ−セクレターゼ、シグナルペプチドペプチダーゼ（ｓｐｐ）、ｓｐｐ様プロテアーゼ、またはロンボイドプロテアーゼの基質である、請求項３４に記載の組み合わせ。
４０．当該基質が、膜貫通型の標準的なモチーフの一部を形成し、Ｎｏｔｃｈ、ＥｒｂＢ４、Ｅ−カドヘリン、Ｎ−カドヘリン、エフリン−Ｂ２、アミロイド前駆体タンパク質、またはＣＤ４４の膜貫通ドメインに相同である／これらに由来する、請求項３９に記載の組み合わせ。
４１．別個のタンパク質として、当該条件付きａＣＡＲの細胞外ドメインおよび細胞内ドメインをコードするヌクレオチド配列を含み、各ドメインが、膜貫通型の標準的なモチーフに独立して融合され、ヘテロ二量体化小分子の結合部位の異なるメンバーを含む、請求項３４に記載の組み合わせ。
４２．ヘテロ二量体化小分子のための当該結合部位の当該第１および第２のメンバーのうちの各々１つが、
（ｉ）タクロリムス（ＦＫ５０６）結合タンパク質（ＦＫＢＰ）およびＦＫＢＰ、
（ｉｉ）ＦＫＢＰおよびカルシニューリン触媒サブユニットＡ（ＣｎＡ）、
（ｉｉｉ）ＦＫＢＰおよびシクロフィリン、
（ｉｖ）ＦＫＢＰおよびＦＫＢＰ−ラパマイシン関連タンパク質（ＦＲＢ）、
（ｖ）ジャイレースＢ（ＧｙｒＢ）およびＧｙｒＢ、
（ｖｉ）ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）およびＤＨＦＲ、
（ｖｉｉ）ＤｍｒＢホモ二量体化ドメイン（ＤｍｒＢ）およびＤｍｒＢ、
（ｖｉｉｉ）ＰＹＬタンパク質（別名アブシジン酸受容体およびＲＣＡＲ）およびＡＢＩ、
（ｉｘ）ＧＡＩシロイヌナズナタンパク質（別名ジベレリン酸非感受性およびＤＥＬＬＡタンパク質ＧＡＩ；ＧＡＩ）およびＧＩＤ１シロイヌナズナタンパク質（ジベレリン受容体ＧＩＤ１としても知られている、ＧＩＤ１）、から選択されるタンパク質に由来する、請求項３４に記載の組み合わせ。
【０３８６】
長い表
特許出願は、長い表セクションを含む。表のコピーは、ＣＤ−ＲＯＭで本明細書とともに提出される。
【実施例】
【０３８７】
実施例に関して、次の用語が採用される。
【０３８８】
染色体という用語が使用されるとき、これは一般に、ＳＮＰが存在する染色体を指す。ＳＮＰ分析では、位置は、ＳＮＰのゲノム位置（アセンブリＧＲＣｈ３７．ｐ１３）を指す。ｓｎｐ＿ｉｄは、使用されるときに、存在する場合のｄｂＳＮＰ  ｒｓ  ＩＤを指す。
【０３８９】
「ｒｅｆ」という用語は、参照ヌクレオチド対立遺伝子を指す。「ａｌｔ」という用語は、代替ヌクレオチド対立遺伝子を指す。
【０３９０】
「品質」という用語は、Ｅｘｏｍｅ  Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＥｘＡＣ）からの品質スコアを指す。「ｆｉｌｔｅｒ＿ｓｔａｔｕｓ」という用語は、ＥｘＡＣからのフィルター情報を指す。
【０３９１】
「ａｌｌｅｌｅ＿ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ」という用語は、ＥｘＡＣからの包括的な対立遺伝子頻度を指す。「ｍａｘ＿ａｌｌｅｌｅ＿ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ」という用語は、最も一般的な代替対立遺伝子の包括的な対立遺伝子頻度を指す（これは、一般に、ＳＮＰが同じ部位に３つ以上の代替対立遺伝子を有し、これが多くの場合いずれかのシーケンシングエラーを意味することできるときにのみ関連する）。
【０３９２】
「ｈｅｔ＿ａｌｌｅｌｅ＿ｃｏｕｎｔ」という用語は、ヘテロ接合体であったＥｘＡＣの関与数を指す。「ＡＦＲ＿ＡＦ」という用語は、アフリカ系のゲノムからのマイナー対立遺伝子頻度を指す。「ＡＭＲ＿ＡＦ」という用語は、ラテン系ゲノムにおけるマイナー対立遺伝子頻度を指す。「ＥＡＳ＿ＡＦ」という用語は、東アジア系のゲノムにおけるマイナー対立遺伝子頻度を指す。「ＦＩＮ＿ＡＦ」という用語は、フィンランド系のゲノムにおけるマイナー対立遺伝子頻度を指す。「ＮＦＥ＿ＡＦ」という用語は、フィンランド系ではない欧州系のゲノムにおけるマイナー対立遺伝子頻度を指す。「ＯＴＨ＿ＡＦ」という用語は、他のゲノムにおけるマイナー対立遺伝子頻度を指す。「ＳＡＳ＿ＡＦ」という用語は、南アジア系のゲノムにおけるマイナー対立遺伝子頻度を指す。
【０３９３】
「ｍａｘ＿ＡＦ」という用語は、ＥｘＡＣで分類された集団の中での最大のマイナー対立遺伝子頻度を指す（０．５は最大許容可能なアレル頻度である）。
【０３９４】
「遺伝子」という用語は、ＳＮＰが含まれる遺伝子のＨＵＧＯ記号を指す。
【０３９５】
「ｈｇｎｃ＿ＩＤ」という用語は、ＳＮＰが含まれる遺伝子のＨＵＧＯゲノム命名法委員会数値ＩＤを指す。
【０３９６】
「結果」という用語は、翻訳されたタンパク質生成物に対するＳＮＰの影響を指す。ｍｉｓｓｅｎｓｅ＿ｖａｒｉａｎｔ、ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ＿ｖａｒｉａｎｔ、ｉｎｆｒａｍｅ＿ｄｅｌｅｔｉｏｎ、ｓｔｏｐ＿ｇａｉｎｅｄを含む、いくつかのうちの１つであり得る。
【０３９７】
「ｐｒｏｔｅｉｎ＿ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅ」という用語は、参照タンパク質転写物（例えばｐＡｒｇ４８２Ｇｌｎ）上のアミノ酸置換およびその位置を報告する。
【０３９８】
「ａａ＿ａｆｆｅｃｔｅｄ」という用語は、コンセンサスタンパク質転写物上の影響を受けるアミノ酸の数値的な位置を指す。
【０３９９】
「対立遺伝子＿１」という用語は、参照対立遺伝子によってコードされるアミノ酸を指す。
【０４００】
「対立遺伝子＿２」という用語は、代替対立遺伝子によってコードされるアミノ酸を指す。
【０４０１】
「ｓｉｆｔ＿ｓｃｏｒｅ」という用語は、ＳＩＦＴアルゴリズムによるアミノ酸置換の予測される機能的効果のスコアおよび解釈を指す。バージョンｓｉｆｔ５．２．２を使用する。スコアの範囲は０〜１である。低いスコアは、アミノ酸置換が許容される可能性がより高いことを意味する。
【０４０２】
「ｐｏｌｙｐｈｅｎ＿ｓｃｏｒｅ」という用語は、ポリフェンアルゴリズムによるアミノ酸置換の予測される機能的効果のスコアおよび解釈を指す。ＰｏｌｙＰｈｅｎ（ｖ２．２．２）を使用する。スコアの範囲は０〜１である。低いスコアは、アミノ酸置換が有害である可能性がより高いことを意味する。
【０４０３】
「ｐｏｌｙｐｈｅｎ＿ｎｕｍｅｒｉｃ」という用語は、ポリフェンアルゴリズムから抽出された数値のみのスコアを指す。
【０４０４】
「ｐｒｏｔｅｉｎ＿ｄｏｍａｉｎｓ＿ａｆｆｅｃｔｅｄ」という用語は、次のアルゴリズム：Ｇｅｎｅ３Ｄ、ｈｍｍｐａｎｔｈｅｒ、Ｐｒｏｓｉｔｅに基づいて予測されるタンパク質ドメインを指す。
【０４０５】
「ＢＬＯＳＵＭ＿ｓｃｏｒｅ」という用語は、ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＩＥＢ／ＴｏｏｌＢｏｘ／Ｃ＿ＤＯＣ／ｌｘｒ／ｓｏｕｒｃｅ／ｄａｔａ／ＢＬＯＳＵＭ６２からのＢＬＯＳＵＭ６２マトリックスに基づくアミノ酸置換のスコアを指す。負のスコアは、時間の経過とともに進化の頻度の低下を生じた（タンパク質機能に影響する可能性がより高い）アミノ酸置換を示す。
【０４０６】
「ａｌｌｅｌｅ＿１＿ｏｎｅ＿ｌｅｔｔｅｒ」という用語は、参照アミノ酸対立遺伝子の１文字のアミノ酸コードを指す。
【０４０７】
「ａｌｌｅｌｅ＿２＿ｏｎｅ＿ｌｅｔｔｅｒ」という用語は、代替アミノ酸対立遺伝子の１文字のアミノ酸コードを指す。
【０４０８】
「ｍｏｎｏ＿ａｌｌｅｌｉｃ＿ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ」という用語は、ＳＮＰが含まれる遺伝子が、ヒトの単一対立遺伝子発現を受けるかどうかを指す。このアノテーション７には、Ｓａｖｏｖａらによって確立されたデータベースを使用した。この列のＡ１は、遺伝子が単一対立遺伝子発現を示すことを示す。この列のＡ０は、Ｓａｖｏｖａらのデータベースで遺伝子が単一対立遺伝子発現を示さなかったことを示す。この列のＮＡは、Ｓａｖｏｖａらの論文で遺伝子がアノテーションされなかったことを意味する。
【０４０９】
「細胞外」という用語は、影響を受けるタンパク質の細胞外ドメインにＳＮＰが含まれるかどうかを指す。この列のＡ１は、ＳＮＰが細胞外ドメインにあることを示し、０はそうでないことを示す。タンパク質ドメインのアノテーションに、Ｕｎｉｐｒｏｔを使用した。
【０４１０】
「Ｐｄｂ＿ｉｄ」という用語は、影響を受けるタンパク質が存在する場合、そのタンパク質データバンクＩＤを指す。１つのタンパク質に対して多くのタンパク質データバンクエントリが存在する場合、最初のＩＤのみが含まれる。
【０４１１】
「ａａ＿ｃｏｎｔｅｘｔ＿２１ａａ＿ａｌｌｅｌｅ＿１」という用語は、コンセンサスタンパク質配列上のＳＮＰアミノ酸の周囲のＡ２１アミノ酸ウィンドウを指す。配列は、コンセンサスタンパク質配列の前の部分から１０個のアミノ酸からなる。参照アミノ酸が、影響を受けた位置でコンセンサスタンパク質配列と一致することを確実にするためにチェックを行った。これら２つのアミノ酸が同じでない場合、エントリは、「コンセンサスアイソフォームに基づくｕｎｉｐｒｏｔ  ｆａｓｔａとの不一致」と表示される。
【０４１２】
用語「ａａ＿ｃｏｎｔｅｘｔ＿２１ａａ＿ａｌｌｅｌｅ＿２：上と同じアミノ酸ウィンドウであるが、中央へのアミノ酸対立遺伝子２の挿入。
【０４１３】
用語「ｇｔｅｘ＿ｍｅａｎ：組織全体の平均遺伝子発現（ＲＰＫＭ）。これは、ＧＴＥＸからの組織全体の中央ＲＰＫＭ値の平均値からなる。例えば、所与の遺伝子の値が肺（中央値）＝３、乳房（中央値）＝２、膵臓（中央値）＝５の場合、このエントリで報告される値は、３．３３であろう。
【０４１４】
用語「ｇｔｅｘ＿ｍｉｎ」：全ての組織全体の組織の最も低い遺伝子発現。この値は、全ての組織全体の遺伝子発現の中央値のリストから導出される。例えば、所与の遺伝子の値が肺（中央値）＝３、乳房（中央値）＝２、膵臓（中央値）＝５の場合、このエントリで報告される値は、２であろう。
【０４１５】
用語「ｇｔｅｘ＿ｍａｘ」：全ての組織全体の組織の最も高い遺伝子発現。この値は、全ての組織全体の遺伝子発現の中央値のリストから導出される。例えば、所与の遺伝子の値が肺（中央値）＝３、乳房（中央値）＝２、膵臓（中央値）＝５の場合、このエントリで報告される値は、５であろう。
【０４１６】
用語「ｇｔｅｘ＿ｓｔｄ＿ｄｅｖ」：所与の遺伝子の組織全体の遺伝子発現値の標準偏差。例えば、所与の遺伝子の値が肺（中央値）＝３、乳房（中央値）＝２、膵臓（中央値）＝５の場合、このエントリで報告される値は、１．５であろう。
【０４１７】
用語「ｃｅｌｌ＿ｓｕｒｆａｃｅ＿ｐｒｏｔｅｉｎ＿ａｔｌａｓ」：タンパク質が、細胞表面タンパク質アトラス（ｗｌａｂ．ｅｔｈｚ．ｃｈ／ｃｓｐａ／）で膜タンパク質としてアノテーションされたかどうかのバイナリマーカー。Ａ１は、このデータベースで、遺伝子が膜タンパク質としてアノテーションされたことを示す。
【０４１８】
用語「ｈｕｍａｎ＿ｐｒｏｔｅｉｎ＿ａｔｌａｓ＿ｍｅｍｂｒａｎｅ＿ｐｒｏｔｅｉｎｓ：タンパク質が、ヒトタンパク質アトラス（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｐｒｏｔｅｉｎａｔｌａｓ．ｏｒｇ／）で膜タンパク質としてアノテーションされたかどうかのバイナリマーカー。Ａ１は、このデータベースで、遺伝子が膜タンパク質としてアノテーションされたことを示す。
【０４１９】
用語「ｓｕｂｃｅｌｌｕｌａｒ＿ｍａｐ＿ｐｒｏｔｅｏｍｅ＿ｍｅｍｂｒａｎｅ＿ｐｒｏｔｅｉｎｓ：タンパク質が、プロテオームのサブ細胞マップ（ｈｔｔｐ：／／ｓｃｉｅｎｃｅ．ｓｃｉｅｎｃｅｍａｇ．ｏｒｇ／ｃｏｎｔｅｎｔ／ｅａｒｌｙ／２０１７／０５／１０／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｌ３３２１／）で、膜タンパク質としてアノテーションされたかどうかのバイナリマーカー。Ａ１は、このデータベースで、遺伝子が膜タンパク質としてアノテーションされたことを示す。
【０４２０】
用語「ｎ＿ｍｅｍｂｒａｎｅ＿ｄａｔａｂａｓｅｓ＿ｗ＿ｇｅｎｅ：細胞膜上に発現する遺伝子としてアノテーションされた遺伝子を含む、データベース総数。最大＝３、最小＝０。
【０４２１】
用語「ｍｅｍｂｒａｎｅ＿ｐｒｏｔｅｉｎ＿ｃａｌｌ：遺伝子が含まれる膜データベース数のテキストによる解釈。遺伝子が１つのデータベースに含まれる場合、呼び出しは「低い信頼性」の膜タンパク質である。遺伝子が２つのデータベースに含まれる場合、呼び出しは「中程度の信頼性」の膜タンパク質である。遺伝子が３つのデータベースに含まれる場合、呼び出しは「高い信頼性」の膜タンパク質である。
【０４２２】
用語「ｒａｔｉｏ＿ｇｔｅｘ＿ｓｔｄ＿ｄｅｖ＿ｔｏ＿ｍｅａｎ：組織全体の平均遺伝子発現を上回る組織全体の遺伝子発現の標準偏差の比である。例えば、所与の遺伝子の値が肺（中央値）＝３、乳房（中央値）＝２、膵臓（中央値）＝５の場合、このエントリで報告される値は、１．５／３．３３＝０．４５であろう。これは、組織全体の発現の均一性の尺度であることを意味する。低い値は、遺伝子が均一に発現していることを示す。高い値は、遺伝子が一部の組織で発現し、他の組織では発現しない傾向があることを示唆する。
【０４２３】
用語「ｕｎｉｖｅｒｓａｌｌｙ＿ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ：遺伝子が普遍的に発現していると思われるかどうかのバイナリマーカー。ｇｔｅｘ＿ｍｅａｎが＞１０の、ｇｔｅｘ＿ｍｉｎである場合、遺伝子は普遍的に発現すると言われる。用語「＞１、およびｒａｔｉｏ＿ｇｔｅｘ＿ｓｔｄ＿ｄｅｖ＿ｔｏ＿ｍｅａｎ＜１。この列のＡ１は、問題の遺伝子がこれらの基準を満たしていることを示す。
【０４２４】
用語「疾患：スプレッドシートのこの行のＬＯＨデータについて分析された疾患のＴＣＧＡバーコード。
【０４２５】
用語「ｍｅａｎ＿ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ＿ｉｎ＿ｔｉｓｓｕｅ：分析された組織における平均遺伝子発現。いくつかの組織分類は、単一ＴＣＧＡ腫瘍型にマッピングされる場合がある。ＧＴＥＸの組織からＴＣＧＡ腫瘍型へのマッピングは、ファイル「ｔｃｇａ＿ｄｉｓｅａｓｅ＿ｔｉｓｓｕｅ＿ｌｏｏｋｕｐ．ｔｘｔ」に提供されている。代表的な試料を以下に提供する。
【表３】
2020535814.tif 000007
【０４２６】
用語「ｍｅａｎ＿ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ＿ｉｎ＿ｏｔｈｅｒ＿ｔｉｓｓｕｅｓ：分析した組織を除く他の全ての組織における平均遺伝子発現。例えば、分析された遺伝子がＰＳＭＡ（前立腺特異的遺伝子）であった場合、分析された腫瘍型がＰＲＡＤ（前立腺腺癌）のときに、この値は非常に低くなるであろう。
【０４２７】
用語「ｃｏｈｅｎｓ＿ｄ：他の全ての組織に対する分析される組織での発現の分離のＣｏｈｅｎ’ｓ  ｄの尺度。これは、分析された組織において、この遺伝子がいかに一意的に発現するかの尺度を意味する。高いＣｏｈｅｎ’ｓ  ｄは、分析された組織において、この遺伝子が一意的に発現し、したがってａＣＡＲの良好な標的であり得ることを示唆するであろう。
【０４２８】
用語「ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ＿ｗ＿ＬＯＨ＿ｒｅｌａｔｉｖｅ：ＬＯＨの根拠を示す、分析された腫瘍型における腫瘍の割合。ＬＯＨを示唆するゲノムセグメントを呼び出すための閾値は、−０．１（相対コピー数単位）であった。セグメントの相対コピー数は、腫瘍のコピー数シグナルを、一致する正常細胞のコピー数シグナルによって除算したものの対数である。これらのデータは、ｃｂｉｏポータルから得られ、技法はパート１で検証された。
【０４２９】
用語「ＣＩ＿９５＿ｌｏｗ＿ｒｅｌａｔｉｖｅ：この遺伝子座でＬＯＨを受けている腫瘍の割合に対する９５％信頼区間の下限。この計算には、Ｒのｐｒｏｐ．ｔｅｓｔ関数を使用した。この関数は、イェーツの連続修正を用いて二項信頼区間を計算する。
【０４３０】
用語「ＣＩ＿９５＿ｈｉｇｈ＿ｒｅｌａｔｉｖｅ：この遺伝子座でＬＯＨを受けている腫瘍の割合に対する９５％信頼区間の上限。この計算には、Ｒのｐｒｏｐ．ｔｅｓｔ関数を使用した。この関数は、イェーツの連続修正を用いて二項信頼区間を計算する。
【０４３１】
用語「ｍｕｔｓｉｇ＿ｈｉｔｓ＿ｏｎ＿ｃｈｒ：癌のドライバーであることの統計的有意性（ｑ値＜０．２５）を満たす、ＳＮＰと同じ染色体上の遺伝子。Ｍｕｔｓｉｇ  ２．０アルゴリズムを使用した。フォーマットは、「Ｇｅｎｅ  ｓｙｍｂｏｌ，ｑ＝ｑ−ｖａｌｕｅ、Ｇｅｎｅ  ｓｙｍｂｏｌ  ２，…」である。
【０４３２】
用語「ｔｓｇ＿ｏｎ＿ｃｈｒ＿ｍｕｔａｔｅｄ＿ｉｎ＿ｄｉｓｅａｓｅ：ｍｕｔｓｉｇからの統計的に有意性を満たす遺伝子のうちの１つが腫瘍抑制遺伝子であるかどうかのバイナリインジケーター変数。このアノテーションに使用された腫瘍抑制遺伝子のリストは、Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎら９によって公開された表からのリストであった。この列のＡ１は、遺伝子が腫瘍抑制遺伝子としてアノテーションされていることを示す。
【０４３３】
用語「ｈａｌｌｍａｒｋ＿ｔｓｇ＿ｏｎ＿ｃｈｒ＿ｍｕｔａｔｅｄ＿ｉｎ＿ｄｉｓｅａｓｅ：分析された腫瘍型で有意に変異していると同定され、ＳＮＰと同じ染色体上の遺伝子のうちのいずれかが「ホールマーク」腫瘍抑制遺伝子であるかどうかのバイナリインジケーター変数。「ホールマーク」腫瘍抑制遺伝子は、腫瘍発生の初期に変異する可能性がより高い、十分に検証された腫瘍抑制遺伝子の小リストである。これらの遺伝子は、ＴＰ５３、ＰＴＥＮ、ＡＰＣ、ＭＬＬ３、ＭＬＬ２、ＶＨＬ、ＣＤＫＮ２Ａ、およびＲＢ１であった。この列のＡ１は、これらのホールマークＴＳＧのうちの１つが問題のＳＮＰと同じ染色体上に存在し、分析された腫瘍型で有意に変異していることを示す。
【０４３４】
用語「ｇｉｓｔｉｃ＿ｄｅｌｅｔｉｏｎ＿ｎ＿ｐｅａｋｓ：ＳＮＰが含まれる染色体上のＧＩＳＴＩＣピークの数。より高い数は、この染色体上の遺伝物質の喪失を推進する、より強い選択力があることを（大まかに）示唆する。
【０４３５】
用語「ｇｉｓｔｉｃ＿ｄｅｌｅｔｉｏｎ＿ｂｅｓｔ＿ｑ＿ｖａｌｕｅ」：ＳＮＰが含まれる染色体上のゲノム喪失の最も低いＧＩＳＴＩＣ  ｑ値。非常に低いｑ値は、染色体上のどこかにゲノム物質を喪失する、有意な選択圧があることを示唆する。
【０４３６】
用語「ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ＿ｏｆ＿ｐａｔｉｅｎｔｓ＿ｅｌｉｇｉｂｌｅ：ｉ）ＳＮＰの生殖系列ヘテロ接合性、およびｉｉ）腫瘍におけるＳＮＰのＬＯＨ、を有するであろう患者の推定される割合。ＳＮＰの生殖系列ヘテロ接合性を有する患者の割合の推定は、ヘテロ接合割合＝２ｐｑの等式を使用して、ハーディ−ワインベルグ平衡を推定する。式中、ｐは、ＳＮＰの全体的な対立遺伝子の割合であり、ｑ＝１−ｐである。
【０４３７】
用語「ｐｒｏｐｏｒｔｉｏｎ＿ｏｆ＿ｐａｔｉｅｎｔｓ＿ｅｌｉｇｉｂｌｅ＿ｍａｘ＿ｅｔｈｎｉｃｉｔｙ＿ｔａｒｇｅｔｅｄ：ｉ）ＳＮＰの生殖系列ヘテロ接合性、およびｉｉ）腫瘍におけるＳＮＰのＬＯＨ、を有するであろう患者の推定される割合。ＳＮＰの生殖系列ヘテロ接合性を有する患者の割合の推定は、ヘテロ接合割合＝２ｐｑの等式を使用して、ハーディ−ワインベルグ平衡を推定する。式中、ｐはＳＮＰの最大集団制限対立遺伝子の割合であり、ｑ＝１−ｐである。例えば、いくつかの場合では使用される集団はアフリカ系であり得、場合によっては南アジア系であり得る。
【０４３８】
用語「ｃｕｍｕｌａｔｉｖｅ＿ｓｃｏｒｅ：ＳＮＰがｉＣＡＲ標的の良好な候補である度合いを定量化するスコア。スコアの範囲は、０〜理論上の１である。このスコアの計算のさらなる情報については、「候補ＳＮＰをランク付けするための累積スコア」というタイトルのセクションを参照されたい。
【０４３９】
実施例１．癌全体のＨＬＡ遺伝子のＬＯＨの比率の評価
緒論：
癌細胞のゲノム喪失によって引き起こされる脆弱性に対処するための療法的戦略を提案する。提案される戦略は、活性化ＣＡＲ  Ｔ細胞（ａＣＡＲ）と阻害性ＣＡＲ  Ｔ細胞（ｉＣＡＲ）との組み合わせを使用して、母方および父方の対立遺伝子でヘテロ接合性の（すなわち、多型タンパク質のコード変化を伴う）細胞膜タンパク質をコードするゲノムセグメントを喪失した腫瘍をより安全に標的とする。
【０４４０】
ｉＣＡＲの標的が非腫瘍組織によってのみ発現される場合、ｉＣＡＲは、抗腫瘍有効性を減少させることなく、ＣＡＲ−Ｔ療法の腫瘍外毒性を減少させることができる。ｉＣＡＲ標的が非腫瘍細胞によってのみ発現される、１つのかかるシナリオは、腫瘍細胞で欠失したゲノムの一部分によってｉＣＡＲ抗原がコードされていると発生する。多型が高く、全ての細胞上に発現することが知られている１つの遺伝子ファミリーが、ＨＬＡである。
【０４４１】
ＨＬＡタンパク質は、哺乳類細胞によってほぼ普遍的に発現され、免疫系の細胞への非自己抗原の提示を可能にする。ＨＬＡ遺伝子はまた、量的に高度に発現される傾向があることにより、療法的標的化をより受け入れやすい。ＨＬＡ遺伝子のＲＮＡ発現は、ゲノムにおいて、他のタンパク質コード遺伝子のうちの９９．３％超である（図４）。ＨＬＡ遺伝子の平均組織発現およびそれらのゲノム位置は、表３、ならびにＣＤ−ＲＯＭで本明細書とともに提供される長い表に含まれている。
【０４４２】
このセクションの目的は、ＨＬＡ遺伝子が頻繁に欠失を受ける癌の種類を同定することである。二次分析は、ＨＬＡ遺伝子座でのゲノム喪失のドライバーを同定する試みを含む。
【０４４３】
ＨＬＡ遺伝子の頻繁なコピー喪失を推進する選択圧を用いて、癌を同定するための詳細な計画を実行した（図５）。
【０４４４】
ＡＢＳＯＬＵＴＥデータを使用した腫瘍型全体でのＨＬＡ喪失の頻度：
ＡＢＳＯＬＵＴＥアルゴリズムによって処理したＴＣＧＡからのコピー数プロファイルを使用して、ＨＬＡ−Ａの対立遺伝子喪失比率の実際のデータに基づいた推定値を評価した。一般的に利用可能なＡＢＳＯＬＵＴＥセグメント化コピー数データは、（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｓｙｎａｐｓｅ．ｏｒｇ／＃！Ｓｙｎａｐｓｅ：ｓｙｎ１７１０４６４．２）１からダウンロードした。ＡＢＳＯＬＵＴＥアルゴリズムは、単一癌ゲノム内の各対立遺伝子セグメントの整数コピーレベルを出力する。染色体６（ＨＬＡ遺伝子座に存在する）の単一コピーが喪失している場合、対立遺伝子のコピー数は、保持されたセグメントでは１、喪失したセグメントでは０であろう。コピー数に変化のないヘテロ接合性の喪失の場合、保持されたセグメントはコピー数２を有し、喪失したセグメントはコピー数０を有するであろう。ＡＢＳＯＬＵＴＥによって処理した一般的に入手可能なコピー数データは、１２の腫瘍型で利用可能であった（表４）。肺扁平上皮癌腫（ＬＵＳＣ）は、他の腫瘍型と比較して、最も高いＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨの頻度を有した（図６）。子宮／子宮内膜癌（ＵＣＥＣ）は、評価可能な全ての腫瘍のうち、最も低いＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨの頻度を有した（ＡＢＳＯＬＵＴＥデータが入手不可能であることに起因して、ＡＭＬ試料は含まなかった）。ＨＬＡ−Ａ遺伝子の５８８個の欠失のうち、遺伝子内ブレークポイントは１つもなかった（図７）。ＨＬＡ−Ａ遺伝子のほとんどの欠失は、染色体の大部分を包含した（図８）。ＡＢＳＯＬＵＴＥコピー数データはＡＭＬ試料では入手不可能であったが、これらの試料の相対コピー数データを手動で検査したところ、欠失はないことが明らかになった（図１１）。
【０４４５】
ＡＢＳＯＬＵＴＥコピー数データと比較した相対コピー数データの検証：
一般的に入手可能な、できる限り多くの腫瘍型のＬＯＨの頻度を得ようと努めた。しかしながら、これらのデータは、ＡＢＳＯＬＵＴＥによって処理されておらず、ＡＢＳＯＬＵＴＥによって処理する生データは一般的に入手不可能である。代わりに、ＴＣＧＡからの３２の腫瘍型の相対コピー数データを使用した（図１３）。これらのデータは、ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ（ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／ｄａｔａ＿ｓｅｔｓ．ｊｓｐ）からダウンロードした。相対コピー数データは、腫瘍試料のＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＳＮＰ  ６．０アレイから得た。
【０４４６】
ＬＯＨの正確な推定値を相対コピー数データから得ることができるかどうかを決定するために、ＡＢＳＯＬＵＴＥからのＬＯＨデータをすでに有していた腫瘍の相対データを用いてＬＯＨの比率を算出した。これらのデータは、セグメント化されたコピー数ファイルからなった。各セグメントには、相対コピー比が割り当てられている。コピー比は、（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘアレイで）一致した正常と比較した腫瘍のシグナル密度の比の対数として定義される。（通常は末梢血からの）一致する対照への正規化は、コピー数多様体の生殖系列を体細胞として誤って解釈されないように除去するのに役立つ。ゲノムセグメントの相対コピー数が所与の閾値を下回っている場合、そのセグメントはゲノム喪失を受けたと言われる。例えば、セグメント３２１の相対コピー数が−０．４であり、コピー喪失の閾値が−０．３である場合、セグメント３２１はコピー喪失を受けたと言われ、直接の対立遺伝子情報が欠如しているので、セグメント３２１は同様にＬＯＨを受けたと言われる。
【０４４７】
まず、相対コピー数セグメントを、ＬＯＨを受けたものとして標識付けするための最適なコピー数カットオフを決定しようと試みた。相対コピー数のカットオフが−０．１で、ＡＢＳＯＬＵＴＥコピー数およびＬＯＨの相対コピー数の推定値の一致率は最も高かった（表５および図９）。この閾値はまた偶然にも、ＴＣＧＡコピー数群によって、ＴＣＧＡ  Ｔｕｍｏｒｓｃａｐｅポータル（ｈｔｔｐ：／／ｐｏｒｔａｌｓ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｔｃｇａ／ｈｏｍｅ）でコピー喪失を定義するために使用する閾値でもある。ＡＢＯＳＬＵＴＥデータに対する相対データでのＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨを有する個人間の割合の相関は、０．５５であった。このかなり高い相関関係により、利用可能な相対コピー数データを用いて、全ての腫瘍型の分析を進めることが可能になった。
【０４４８】
相対コピー数データを使用した、３２の腫瘍型全体のＨＬＡ−ＬＯＨを有する患者の割合
ＴＣＧＡから入手可能な３２の腫瘍全てに対する、ＨＬＡ−ＡのＬＯＨを有した患者の一部分を算出した（図１０Ａ、ＣＯＡＤおよびＲＥＡＤは一緒に分析した）。ＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨの最も高い比率を有する腫瘍は、腎臓嫌色素性癌であった。ＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨの最も低い比率を有する腫瘍は、ブドウ膜黒色腫であった（表６）。これらの分析で導出したＬＯＨの比率がゲノム位置の小さな摂動に対して強固であることを確実にするために、ＨＬＡ−Ａの上流および下流遺伝子のＬＯＨの比率を分析して、ＨＬＡ−ＬＯＨの比率がＨＬＡ−Ａと同様であるかどうかを調べた。予想通り、上流および下流遺伝子、ＨＬＡ−ＧおよびＺＮＲＤ１のＬＯＨの比率は、それぞれＨＬＡ−Ａと全く同じであった。（図３Ａ〜Ｃ）。これらのデータは、ＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨ呼び出しが、ゲノム位置の小さな偏差に対して強固であることを実証している。次に、他のＨＬＡ遺伝子（Ａ、Ｂ、Ｃ）が，ＨＬＡ−Ａと比較して同様のＬＯＨの比率を有するかどうかを決定しようと努めた。これらの遺伝子は全て、染色体６ｐの１．３Ｍｂ領域内に含まれる。ゲノム距離では、これは小さな領域である。ＨＬＡ−ＢおよびＨＬＡ−ＣでＨＬＡ−Ａ分析を繰り返した。ＬＯＨのパターンは、分析した３２の腫瘍全体で３つのＨＬＡ遺伝子全てでほぼ同一であった（図１０Ａ〜Ｃ）。
【０４４９】
ＨＬＡ−Ａ  ＬＯＨ比率への選択圧の追加
腫瘍内のゲノムの不均一性は、これまでに分析されたほぼ全てのヒトの癌で、最近高く評価されている特色である２、３。腫瘍細胞の一部分にのみ存在する遺伝子的変更を標的とする療法は、当該変化がある腫瘍細胞にのみ影響を与え得る。腫瘍細胞上に存在しない抗原を標的とするｉＣＡＲ戦略は、抗原がクローン的に欠失していない場合、一部の腫瘍細胞をａＣＡＲ攻撃から保護する場合がある。したがって、ＨＬＡ遺伝子がクローンＬＯＨを受ける可能性が高い腫瘍を同定しようと努めた。進化の初期に発生するＬＯＨは、腫瘍の開始および／または維持における選択力によって推進される可能性が高い。したがって、３つの方式で第６染色体（ＨＬＡ遺伝子座に存在する）の腫瘍抑制因子を探した。第１に、評価された各腫瘍型の、第６染色体上で有意に変異している遺伝子を探した４。スプレッドシートでは、「ｃｈｒ６＿ｍｕｔｓｉｇ＿ｓｉｇ＿ｇｅｎｅｓ」列の下に第６染色体上に有意な変異を有する遺伝子が報告されている。
【０４５０】
第２に、欠失した可能性の高い腫瘍抑制因子を示す、有意に欠失した遺伝子の領域を探した。これらのデータに、ＧＩＳＴＩＣ２．０を実行した結果を使用した。スプレッドシートでは、第６染色体のＧＩＳＴＩＣ欠失ピークの数（ｑ＜０．２５）、およびこれらの欠失ピークの最も低いｑ値が報告されている。一般に、ＧＩＳＴＩＣ欠失ピークが多く、ｑ値が低いほど、選択圧は強い。しかしながら、１つの非常に強いＧＩＳＴＩＣピークが優位であり、ピークの数は少ないというシナリオを有することも可能であるが、ドライバーの重要性は確かである。一般に、最も低いｑ値は、所与の染色体上での腫瘍抑制因子ドライバーの存在と最も強く相関するはずである。
【０４５１】
第３に、各腫瘍において有意に変異した遺伝子の組を、既知の腫瘍抑制遺伝子のリストと重ねて、変異遺伝子のうちのいずれかが第６染色体の喪失を推進した可能性が高かったかを決定した５。可能性がある変異ドライバーを有する２つの腫瘍型を同定することができた。副腎皮質癌腫では、ＤＡＸＸ遺伝子が有意に変異し（ｑ＝．０５７１）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫では、ＴＮＦＡＩＰ３遺伝子が有意に変異していた（ｑ＝０．００２７８）。ＤＡＸＸはヒストンシャペロンをコードし、その変異は副腎皮質癌腫のより長いテロメアに関連している６。ＴＮＦＡＩＰ３は、ＮＦ−カッパＢシグナル伝達の負のレギュレーターをコードする。したがって、ＤＬＢＣＬで発生するこの遺伝子の変異は、ＮＦ−カッパＢシグナル伝達を増加させることが示されている７。
【表４】
2020535814.tif 000008
【表５】
2020535814.tif 000009
【表６】
2020535814.tif 000010
【表７】
2020535814.tif 000011
【０４５２】
上に基づいて、ＨＬＡ領域ＬＯＨは多くの腫瘍で一般的な事象であると結論付けたが、しかしながら、ＬＯＨの割合は腫瘍型間で変動する。したがって、ＨＬＡ遺伝子は、ｉＣＡＲ標的の良好な候補である。
実施例１の参考文献：
１．Ｚａｃｋ  ＴＩ，Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ  ＳＥ，Ｃａｒｔｅｒ  ＳＬ，Ｃｈｅｒｎｉａｃｋ  ＡＤ，Ｓａｋｓｅｎａ  Ｇ，Ｔａｂａｋ  Ｂ，Ｌａｗｒｅｎｃｅ  ＭＳ，Ｚｈｓｎｇ  ＣＺ，Ｗａｌａ  Ｊ，Ｍｅｒｍｅｌ  ＣＨ，Ｓｏｕｇｎｅｚ  Ｃ，Ｇａｂｒｉｅｌ  ＳＢ，Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ  Ｂ，Ｓｈｅｎ  Ｈ，Ｌａｉｒｄ  ＰＷ，Ｇｅｔｚ  Ｇ，Ｍｅｙｅｒｓｏｎ  Ｍ，Ｂｅｒｏｕｋｈｉｍ  Ｒ．Ｐａｎ−ｃａｎｃｅｒ  ｐａｔｔｅｒｎｓ  ｏｆ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｃｏｐｙ  ｎｕｍｂｅｒ  ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２０１３；４５：１１３４−１１４０
２．Ｇｉｂｓｏｎ  ＷＪ，Ｈｏｉｖｉｋ  ＥＡ，Ｈａｌｌｅ  ＭＫ，Ｔａｙｌｏｒ−Ｗｅｉｎｅｒ  Ａ，Ｃｈｅｒｎｉａｃｋ  ＡＤ，Ｂｅｒｇ  Ａ，Ｈｏｌｓｔ  Ｆ，Ｚａｃｋ  ＴＩ，Ｗｅｒｎｅｒ  ＨＭ，Ｓｔａｂｙ  ＫＭ，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  Ｍ，Ｓｔｅｆａｎｓｓｏｎ  ＩＭ，Ｋｕｓｏｎｍａｎｏ  Ｋ，Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ  Ａ，Ｍａｕｌａｎｄ  ＫＫ，Ｔｒｏｖｉｋ  Ｊ，Ｋｒａｋｓｔａｄ  Ｃ，Ｇｉａｎｎａｋｉｓ  Ｍ，Ｈｏｄｉｓ  Ｅ，Ｗｏｉｅ  Ｋ，Ｂｊｏｒｇｅ  Ｌ，Ｖｉｎｔｅｒｍｙｒ  ＯＫ，Ｗａｌａ  ＪＡ，Ｌａｗｒｅｎｃｅ  ＭＳ，Ｇｅｔｚ  Ｇ，Ｃａｒｔｅｒ  ＳＬ，Ｂｅｒｏｕｋｈｉｍ  Ｒ，Ｓａｌｖｅｓｅｎ  ＨＢ．Ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ａｎｄ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｅｎｄｏｍｅｔｒｉａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ａｂｄｏｍｉｎｏｐｅｌｖｉｃ  ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ．２０１６；４８：８４８−８５５
３．Ｇｅｒｌｉｎｇｅｒ  Ｍ，Ｒｏｗａｎ  ＡＪ，Ｈｏｒｓｗｅｌｌ  Ｓ，Ｍａｔｈ  Ｍ，Ｌａｒｋｉｎ  Ｊ，Ｅｎｄｅｓｆｅｌｄｅｒ  Ｄ，Ｇｒｏｎｒｏｏｓ  Ｅ，Ｍａｒｔｉｎｅｚ  Ｐ，Ｍａｔｔｈｅｗｓ  Ｎ，Ｓｔｅｗａｒｔ  Ａ，Ｔａｒｐｅｙ  Ｐ，Ｖａｒｅｌａ  Ｉ，Ｐｈｉｌｌｉｍｏｒｅ  Ｂ，Ｂｅｇｕｍ  Ｓ，ＭｃＤｏｎａｌｄ  ＮＱ，Ｂｕｔｌｅｒ  Ａ，Ｊｏｎｅｓ  Ｄ，Ｒａｉｎｅ  Ｋ，Ｌａｔｉｍｅｒ  Ｃ，Ｓａｎｔｏｓ  ＣＲ，Ｎｏｈａｄａｎｉ  Ｍ，Ｅｋｌｕｎｄ  ＡＣ，Ｓｐｅｎｃｅｒ−Ｄｅｎｅ  Ｂ，Ｃｌａｒｋ  Ｇ，Ｐｉｃｋｅｒｉｎｇ  Ｌ，Ｓｔａｍｐ  Ｇ，Ｇｏｒｅ  Ｍ，Ｓｚａｌｌａｓｉ  Ｚ，Ｄｏｗｎｗａｒｄ  Ｊ，Ｆｕｔｒｅａｌ  ＰＡ，Ｓｗａｎｔｏｎ  Ｃ．Ｉｎｔｒａｔｕｍｏｒ  ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ  ａｎｄ  ｂｒａｎｃｈｅｄ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｒｅｖｅａｌｅｄ  ｂｙ  ｍｕｌｔｉｒｅｇｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｔｈｅ  Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｍｅｄｉｃｉｎｅ．２０１２；３６６：８８３−８９２
４．Ｌａｗｒｅｎｃｅ  ＭＳ，Ｓｔｏｊａｎｏｖ  Ｐ，Ｍｅｒｍｅｌ  ＣＨ，Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ＪＴ，Ｇａｒｒａｗａｙ  ＬＡ，Ｇｏｌｕｂ  ＴＲ，Ｍｅｙｅｒｓｏｎ  Ｍ，Ｇａｂｒｉｅｌ  ＳＢ，Ｌａｎｄｅｒ  ＥＳ，Ｇｅｔｚ  Ｇ．Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｓａｔｕｒａｔｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  ｇｅｎｅｓ  ａｃｒｏｓｓ  ２１  ｔｕｍｏｕｒ  ｔｙｐｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１４；５０５：４９５−５０１
５．Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ  Ｂ，Ｐａｐａｄｏｐｏｕｌｏｓ  Ｎ，Ｖｅｌｃｕｌｅｓｃｕ  ＶＥ，Ｚｈｏｕ  Ｓ，Ｄｉａｚ  ＬＡ，Ｊｒ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ  ＫＷ．Ｃａｎｃｅｒ  ｇｅｎｏｍｅ  ｌａｎｄｓｃａｐｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１３；３３９：１５４６−１５５８
６．Ｚｈｅｎｇ  Ｓ，Ｃｈｅｒｎｉａｃｋ  ＡＤ，Ｄｅｗａｌ  Ｎ，Ｍｏｆｆｉｔｔ  ＲＡ，Ｄａｎｉｌｏｖａ  Ｌ，Ｍｕｒｒａｙ  ＢＡ，Ｌｅｒａｒｉｏ  ＡＭ，Ｅｌｓｅ  Ｔ，Ｋｎｉｊｎｅｎｂｕｒｇ  ＴＡ，Ｃｉｒｉｅｌｌｏ  Ｇ，Ｋｉｍ  Ｓ，Ａｓｓｉｅ  Ｇ，Ｍｏｒｏｚｏｖａ  Ｏ，Ａｋｂａｎｉ  Ｒ，Ｓｈｉｈ  Ｊ，Ｈｏａｄｌｅｙ  ＫＡ，Ｃｈｏｕｅｉｒｉ  ＴＫ，Ｗａｌｄｍａｎｎ  Ｊ，Ｍｅｔｅ  Ｏ，Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ  ＡＧ，Ｗｕ  ＨＴ，Ｒａｐｈａｅｌ  ＢＪ，Ｓｈａｏ  Ｌ，Ｍｅｙｅｒｓｏｎ  Ｍ，Ｄｅｍｅｕｒｅ  ＭＪ，Ｂｅｕｓｃｈｌｅｉｎ  Ｆ，Ｇｉｌｌ  ＡＪ，Ｓｉｄｈｕ  ＳＢ，Ａｌｍｅｉｄａ  ＭＱ，Ｆｒａｇｏｓｏ  Ｍ，Ｃｏｐｅ  ＬＭ，Ｋｅｂｅｂｅｗ  Ｅ，Ｈａｂｒａ  ＭＡ，Ｗｈｉｔｓｅｔｔ  ＴＧ，Ｂｕｓｓｅｙ  ＫＪ，Ｒａｉｎｅｙ  ＷＥ，Ａｓａ  ＳＬ，Ｂｅｒｔｈｅｒａｔ  Ｊ，Ｆａｓｓｎａｃｈｔ  Ｍ，Ｗｈｅｅｌｅｒ  ＤＡ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｎ，Ｈａｍｍｅｒ  ＧＤ，Ｇｉｏｒｄａｎｏ  ＴＪ，Ｖｅｒｈａａｋ  ＲＧＷ．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｐａｎ−ｇｅｎｏｍｉｃ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｄｒｅｎｏｃｏｒｔｉｃａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ．Ｃａｎｃｅｒ  ｃｅｌｌ．２０１６；２９：７２３−７３６
７．Ｃｏｍｐａｇｎｏ  Ｍ，Ｌｉｍ  ＷＫ，Ｇｒｕｎｎ  Ａ，Ｎａｎｄｕｌａ  ＳＶ，Ｂｒａｈｍａｃｈａｒｙ  Ｍ，Ｓｈｅｎ  Ｑ，Ｂｅｒｔｏｎｉ  Ｆ，Ｐｏｎｚｏｎｉ  Ｍ，Ｓｃａｎｄｕｒｒａ  Ｍ，Ｃａｌｉｆａｎｏ  Ａ，Ｂｈａｇａｔ  Ｇ，Ｃｈａｄｂｕｒｎ  Ａ，Ｄａｌｌａ−Ｆａｖｅｒａ  Ｒ，Ｐａｓｑｕａｌｕｃｃｉ  Ｌ．Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｇｅｎｅｓ  ｃａｕｓｅ  ｄｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｎｆ−ｋａｐｐａｂ  ｉｎ  ｄｉｆｆｕｓｅ  ｌａｒｇｅ  ｂ−ｃｅｌｌ  ｌｙｍｐｈｏｍａ．Ｎａｔｕｒｅ．２００９；４５９：７１７−７２１
【０４５３】
実施例２．ゲノム−ヘテロ接合性の喪失を受ける、発現した細胞表面タンパク質をコードする生殖系列対立遺伝子の広義な同定
緒論：
ｉＣＡＲの標的が非腫瘍組織によってのみ発現される場合、阻害性ＣＡＲ  Ｔ細胞は、抗腫瘍有効性を減少させることなく、ＣＡＲ−Ｔ療法の腫瘍外毒性を減少させることができる。ｉＣＡＲ標的が非腫瘍細胞によってのみ発現されるであろう、１つのかかるシナリオは、腫瘍細胞で欠失したゲノムの一部分によってｉＣＡＲ抗原がコードされている場合である。ワークフローのこのセクションの目的は、かかる対立遺伝子を同定することである。
【０４５４】
対立遺伝子の同定：
Ｅｘｏｍｅ  Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ（ＥｘＡＣ）データベースを分析の入力値として使用した（ｅｘａｃ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ）。ＥｘＡＣデータベースは、合計６０，７０６のエクソームの様々な集団レベルのシーケンシング研究からのエクソームをまとめたものである１。ＥｘＡＣは、代替対立遺伝子と比較した参照対立遺伝子の数（対立遺伝子頻度）を含む、各多様体に関する情報を含む。対立遺伝子頻度情報は、表７で詳述されるように、データベース内のサブ集団に拡張される。
表７．ＥｘＡＣデータベース内のサブ集団。注：ゲノムの全ての位置がエクソームで十分に網羅されていないので、この表に全ての個体を表している。出典：ｈｔｔｐ：／／ｅｘａｃ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｆａｑ．
【表８】
2020535814.tif 000012
【０４５５】
ＥｘＡＣデータベースからの多様体に次のフィルターを適用した：ｉ）多様体はコードされたタンパク質のアミノ酸組成に影響を与えなければならない、ｉｉ）多様体は、表６の集団のうちの少なくとも１つで０．０５（５％）超のマイナー対立遺伝子頻度を有さなければならない。マイナー対立遺伝子が０．５（５０％）超の対立遺伝子割合を有するシナリオでは、分析を修正した。１つの部位で４つ以上の対立遺伝子が観察された場合、最も一般的な置換を使用した（これらの部位は、多くの場合、シーケンシングエラーの部位であり、注意して解釈する必要がある）。
【０４５６】
ＳＮＰのうちのいずれかが次の多様体クラスのうちのいずれかを生成した場合、ＳＮＰはタンパク質の組成に影響を有するものとして数えた：「ｍｉｓｓｅｎｓｅ＿ｖａｒｉａｎｔ」、「ｉｎｆｒａｍｅ＿ｄｅｌｅｔｉｏｎ」、「ｓｔａｒｔ＿ｌｏｓｔ」、「ｓｔｏｐ＿ｇａｉｎｅｄ」、「ｉｎｆｒａｍｅ＿ｉｎｓｅｒｔｉｏｎ」、「ｓｔｏｐ＿ｒｅｔａｉｎｅｄ＿ｖａｒｉａｎｔ」、「ｆｒａｍｅｓｈｉｆｔ＿ｖａｒｉａｎｔ」、「ｓｔｏｐ＿ｌｏｓｔ」、「ｃｏｄｉｎｇ＿ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿ｖａｒｉａｎｔ」、「ｐｒｏｔｅｉｎ＿ａｌｔｅｒｉｎｇ＿ｖａｒｉａｎｔ」。
９，３６２，３１９個の多様体で分析を開始し、２９，９０４個の多様体はこれらの２つのフィルターを満たした。これらの多様体は、１０，３０２個の遺伝子に含まれた。これらの２つのフィルターに一致する全ての対立遺伝子を分析に含めた。
【０４５７】
発現した遺伝子の同定：
様々な組織の種類で発現する遺伝子の同定に、Ｇｅｎｏｔｙｐｅ−Ｔｉｓｓｕｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ＧＴＥＸ）データベースｖ６ｐ（ｄｂＧａＰ  受託番号ｐｈｓ０００４２４．ｖ６．ｐ１）（ｈｔｔｐｓ：／／ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／ｈｏｍｅ／）２を使用した。ＧＴＥＸデータベースは、多様な健康な組織の種類からの８，５５５個のヒト試料のＲＮＡシーケンシングからなる。このデータベースから、いくつかのアノテーションを得た。まず、全ての組織全体の各遺伝子の平均発現を決定した。各遺伝子の平均発現は、組織ごとの中央値の発現データを取得し、組織全体のこれらの値の平均を算出することによって計算した。これらのデータは、ｈｔｔｐｓ：／／ｇｔｅｘｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／ｈｏｍｅ／ｄａｔａｓｅｔｓから入手可能なＧＴＥｘ＿Ａｎａｌｙｓｉｓ＿ｖ６ｐ＿ＲＮＡ−ｓｅｑ＿ＲＮＡ−ＳｅＱＣｖ１．１．８＿ｇｅｎｅ＿ｍｅｄｉａｎ＿ｒｐｋｍ．ｇｃｔファイルから得た。
【０４５８】
各腫瘍型に対応する各遺伝子の平均発現も含めた。これらのデータを得るために、対応する正常組織に対して腫瘍型のマッピングを作成した。例えば、膵臓癌のＴＣＧＡデータは、ＧＴＥＸからの膵臓組織のアノテーションが付けられるであろう。場合によっては、マッピングはより大まかであった。例えば、神経膠芽腫の発現データは、ＧＴＥＸで脳としてアノテーションが付けられた全ての組織からマッピングした。これらのマッピングを含む表（表題ｔｃｇａ＿ｄｉｓｅａｓｅ＿ｔｉｓｓｕｅ＿ｌｏｏｋｕｐ．ｔｘｔ）は、各組織／腫瘍型の各遺伝子の均質性または過剰発現を評価するために算出されたいくつかの測定値が添付されている。各腫瘍型について、遺伝子の過剰発現の可能性を確立するためにｃｏｈｅｎ’ｓ−Ｄスコアを算出した。特定の組織で過剰発現した遺伝子は、良好なａＣＡＲ標的となる可能性が高い。逆に、組織全体の遺伝子発現の標準偏差を測定し、これを全ての組織全体の平均発現と比較した。この比が低いと、遺伝子は、全ての組織全体で均一に発現する。全ての組織全体に均一に発現する遺伝子は、より良好なｉＣＡＲ標的になる可能性が高い。
【０４５９】
次の基準を満たしている場合、遺伝子は「普遍的に発現している」と呼ばれる：（ｉ）組織全体の平均発現が１０ＲＰＫＭ超であった。（ｉｉ）発現が最も少ない組織は、１超のＲＰＫＭを有した。（ｉｉｉ）平均ＲＰＫＭと比較して、組織全体の中央ＲＰＫＭでの標準偏差の比は１未満であった。普遍的に発現されるとアノテーションされた遺伝子は、１，０９２個のみであった。
【０４６０】
候補は、ＵｎｉＰｒｏｔアノテーションのみに基づいて選択した。膜貫通タンパク質では、通常、細胞外にあるタンパク質のセグメントが明確に予測される。
【０４６１】
表８は、上の方法によって同定された、染色体位置に従って選別された細胞外多型エピトープを有する１１６７個の良好な候補遺伝子のリストを提供する。
【０４６２】
対立遺伝子のアノテーション
タンパク質機能への対立遺伝子の影響：
ｉＣＡＲが膜タンパク質の１つの対立遺伝子を喪失した癌細胞のみを効果的に認識するために、タンパク質の構造は、どの対立遺伝子がコードされているかに基づいて十分に異なる。得られたタンパク質への各ＳＮＰの効果を定量化するために、いくつかの測定を行った。まず、報告されたＳＮＰ多様体クラス（例えば、ミスセンス、ナンセンス）を、「結果」の列に報告した。コンセンサスタンパク質翻訳への影響は、「ｐｒｏｔｅｉｎ＿ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅ」（例、ｐ．Ａｒｇ４８２Ｇｌｎ）の列に含んだ。ＳＩＦＴアルゴリズムによって、タンパク質多様体がタンパク質の構造、およびしたがって機能への影響を有するかどうかを予測しようと試みる６。スコアは、０（有害）〜１（良性）の範囲であり得る。ＳＩＦＴスコア（バージョンｓｉｆｔ５．２．２）は、スコアが利用可能な全てのＳＮＰに含まれた。例えば、フレームシフト変異のスコアは利用不可能である。ＰｏｌｙＰｈｅｎ（ｖ２．２．２）もまた、多様体がタンパク質の構造および機能に影響を与え得る可能性を予測するために使用した。Ｐｏｌｙｐｈｅｎアルゴリズムは、スコア０は良性に対応し、スコア１は有害に対応する、ＳＩＦＴとは反対の様式でスコアを報告する。
【０４６３】
構造変化を誘導するアミノ酸置換確率の１つの古典的な尺度は、ＢＬＯＳＵＭ６２置換マトリックスを使用することである。ＢＬＯＳＵＭ６２マトリックスをｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ＩＥＢ／ＴｏｏｌＢｏｘ／Ｃ＿ＤＯＣ／ｌｘｒ／ｓｏｕｒｃｅ／ｄａｔａ／ＢＬＯＳＵＭ６２からダウンロードした。各ＳＮＰに、その置換に対応するＢＬＯＳＵＭ６２スコアでアノテーションした。
【０４６４】
タンパク質の細胞外部分に含まれる対立遺伝子の分類：
ｉＣＡＲが対立遺伝子を認識するためには、対立遺伝子がタンパク質の細胞外部分に含まれなければならない。各ＳＮＰについて、コンセンサス翻訳で影響を受けるアミノ酸の位置を抽出し、これをＵｎｉｐｒｏｔデータベースから細胞外としてアノテーションしたドメインと比較した。Ｕｎｉｐｒｏｔデータベースは、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｄｏｗｎｌｏａｄｓからダウンロードした。全てのタンパク質のドメインの特徴付けの欠如に起因して、多くの偽陰性が発生する可能性がある。１１６７個の遺伝子で、合計３２８８個のＳＮＰが細胞外としてアノテーションされた（表８）。
【０４６５】
ＳＮＰのペプチドの状況のアノテーション：
分析された対立遺伝子のペプチドの状況は、これらの配列を認識する抗体を生成しようとするときにおそらく問題になるであろう。参考までに、ＳＮＰによってコードされるアミノ酸の前後にある１０アミノ酸（合計２１アミノ酸配列）を含める。コンセンサスアミノ酸配列には、ｕｎｉｐｒｏｔデータベースを使用した。ｕｎｉｐｒｏｔデータベース配列が、予測された位置でいずれかのＳＮＰによってコードされるアミノ酸と一致しなかった場合の矛盾にアノテーションして、誤った配列を含めない。これらの２１個のアミノ酸配列は、ＢｅｐｉｐｒｅｄなどのＢ細胞エピトープ予測プログラムへの入力として有用であり得る。
【０４６６】
癌特異的アノテーション：
ＬＯＨを受けている腫瘍の割合
提案された療法が有益であり得る腫瘍を有する患者を見つけるには、腫瘍の大部分でヘテロ接合性の喪失（ＬＯＨ）を受けるＳＮＰであろう、ｉＣＡＲの標的が必要であろう。セグメントのコピー数ファイルは、ｃｂｉｏ癌ゲノミクスポータルｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ／からダウンロードした８。一例として、全てのＳＮＰについてＬＯＨを受けているブドウ膜黒色腫腫瘍の割合を、図１２に示す。
【０４６７】
候補ＳＮＰが存在する染色体上の可能性のあるドライバーの変更
抵抗性ゲノム標的化療法の可能なメカニズムの１つは、意図したゲノム変更のうちの１つが、癌細胞の一部分にのみ存在する場合である。腫瘍発生の最も初期の段階に存在する可能性が高い標的を同定しようと試みる１つのメカニズムは、各腫瘍のドライバー事象を同定することである。腫瘍抑制遺伝子の不活性化の最も頻繁なメカニズムは、変異およびその後の非変異染色体のＬＯＨである。ドライバー遺伝子、特に各腫瘍型におけるこのプロセスを受ける可能性の高い腫瘍抑制遺伝子（ＴＳＧ）を見出そうと試みた。この分析では、全ての腫瘍に対してＭＵＴＳＩＧ  ２．０を実行した結果を使用して、各腫瘍型で有意に変異した遺伝子を同定した。有意に変異した遺伝子のうちの１つが、ＴＰ５３、ＰＴＥＮ、ＡＰＣ、ＭＬＬ３、ＭＬＬ２、ＶＨＬ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＲＢ１を含む「ホールマーク」腫瘍抑制遺伝子のリストに含まれているかどうかで、アノテーションした。最後に、ＳＮＰと同じ染色体上に含まれる場合、ドライバー遺伝子、ＴＳＧ、および「ホールマーク」ＴＳＧのリストでは、ＳＮＰにアノテーションした。
【０４６８】
その後ＬＯＨを受けるドライバー遺伝子の変異は、腫瘍の進化の初期に発生する可能性が高い事象を示し得るメカニズムの１つであるが、腫瘍抑制遺伝子を含有するゲノムセグメントの局所的な欠失は別である。ＧＩＳＴＩＣアルゴリズムを使用して、平均よりも高い比率でゲノム欠失を受けるＤＮＡの領域を同定した。ＧＩＳＴＩＣアルゴリズムは、これらの領域に対する負の選択圧を示唆している、染色体腕に沿った統計的有意性の「ピーク」を同定する。各ＳＮＰについて、ＳＮＰが含まれる染色体上の欠失ピークの数を記録した。これらのピークのうちのいずれかの最も低いｑ値も記録した。ｑ値が低いほど、選択圧が強いことを示唆する。
【０４６９】
候補ＳＮＰをランク付けするための累積スコア：
候補のＳＮＰに継続的な「スコア」を提供するために、より良好なＳＮＰ候補に関連するはずのいくつかの異なる測定基準を組み合わせた。スコアは、次のうちの各々のパーセンタイルランクの成果からなる。
１．そのＳＮＰにＬＯＨを有する腫瘍の割合（高いほど良好である）、２．対立遺伝子の有病率（高いほど良好である）、３．組織全体の発現値の標準偏差対中央値の比（低いほど良好であり、より一貫性がある）、４．染色体上に腫瘍抑制遺伝子があるかどうか（有さないものよりも有するものがより良好である）
【０４７０】
実証するために、理論的なＳＮＰのスコアが計算されるであろう。ＳＮＰのうちの３２％のみが染色体上に腫瘍抑制遺伝子を有する場合、腫瘍抑制遺伝子を有するパーセンタイルランクは、０．６８であろう。対立遺伝子が、０．４９（０．５が最も高い可能性である場合）のマイナー対立遺伝子の割合を有する場合、パーセンタイルランクは０．９９であろう。ＬＯＨの比率が０．１０であり、ＳＮＰのうちの７５％がそれを超えるＬＯＨを有する場合、パーセンタイルランクは０．２５であろう。組織全体の発現値の標準偏差対このＳＮＰが存在する遺伝子の中央値の比が１．３であり、それが他の遺伝子のうちの９０％より良好である場合、パーセンタイルランクは０．９である。このＳＮＰの合計スコアは、０．６８＊０．９９＊０．２５＊０．９＝０．１５であろう。
【０４７１】
０．４超のスコアを有するＳＮＰは全て、「トップヒット」と見なした。
表８．例示的なｉＣＡＲ標的
【表９−１】
2020535814.tif 000013
【表９−２】
2020535814.tif 000014
【表９−３】
2020535814.tif 000015
【表９−４】
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【表９−５】
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【表９−６】
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【表９−７】
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【表９−８】
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【表９−９】
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【表９−１０】
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【表９−１１】
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【表９−１２】
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【表９−１３】
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【表９−１４】
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【表９−１５】
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【表９−１６】
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【表９−１７】
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【表９−１８】
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【表９−１９】
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【表９−２０】
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【表９−２１】
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【表９−２２】
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【表９−２３】
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【表９−２４】
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【表９−２５】
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【表９−２６】
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【表９−２７】
2020535814.tif 000039
【表９−２８】
2020535814.tif 000040
実施例２の参考文献：
１．Ｌｅｋ  Ｍ，Ｋａｒｃｚｅｗｓｋｉ  ＫＪ，Ｍｉｎｉｋｅｌ  ＥＶ，Ｓａｍｏｃｈａ  ＫＥ，Ｂａｎｋｓ  Ｅ，Ｆｅｎｎｅｌｌ  Ｔ，Ｏ’Ｄｏｎｎｅｌｌ−Ｌｕｒｉａ  ＡＨ，Ｗａｒｅ  ＪＳ，Ｈｉｌｌ  ＡＪ，Ｃｕｍｍｉｎｇｓ  ＢＢ，Ｔｕｋｉａｉｎｅｎ  Ｔ，Ｂｉｒｎｂａｕｍ  ＤＰ，Ｋｏｓｍｉｃｋｉ  ＪＡ，Ｄｕｎｃａｎ  ＬＥ，Ｅｓｔｒａｄａ  Ｋ，Ｚｈａｏ  Ｆ，Ｚｏｕ  Ｊ，Ｐｉｅｒｃｅ−Ｈｏｆｆｍａｎ  Ｅ，Ｂｅｒｇｈｏｕｔ  Ｊ，Ｃｏｏｐｅｒ  ＤＮ，Ｄｅｆｌａｕｘ  Ｎ，ＤｅＰｒｉｓｔｏ  Ｍ，Ｄｏ  Ｒ，Ｆｌａｎｎｉｃｋ  Ｊ，Ｆｒｏｍｅｒ  Ｍ，Ｇａｕｔｈｉｅｒ  Ｌ，Ｇｏｌｄｓｔｅｉｎ  Ｊ，Ｇｕｐｔａ  Ｎ，Ｈｏｗｒｉｇａｎ  Ｄ，Ｋｉｅｚｕｎ  Ａ，Ｋｕｒｋｉ  ＭＩ，Ｍｏｏｎｓｈｉｎｅ  ＡＬ，Ｎａｔａｒａｊａｎ  Ｐ，Ｏｒｏｚｃｏ  Ｌ，Ｐｅｌｏｓｏ  ＧＭ，Ｐｏｐｌｉｎ  Ｒ，Ｒｉｖａｓ  ＭＡ，Ｒｕａｎｏ−Ｒｕｂｉｏ  Ｖ，Ｒｏｓｅ  ＳＡ，Ｒｕｄｅｒｆｅｒ  ＤＭ，Ｓｈａｋｉｒ  Ｋ，Ｓｔｅｎｓｏｎ  ＰＤ，Ｓｔｅｖｅｎｓ  Ｃ，Ｔｈｏｍａｓ  ＢＰ，Ｔｉａｏ  Ｇ，Ｔｕｓｉｅ−Ｌｕｎａ  ＭＴ，Ｗｅｉｓｂｕｒｄ  Ｂ，Ｗｏｎ  ＨＨ，Ｙｕ  Ｄ，Ａｌｔｓｈｕｌｅｒ  ＤＭ，Ａｒｄｉｓｓｉｎｏ  Ｄ，Ｂｏｅｈｎｋｅ  Ｍ，Ｄａｎｅｓｈ  Ｊ，Ｄｏｎｎｅｌｌｙ  Ｓ，Ｅｌｏｓｕａ  Ｒ，Ｆｌｏｒｅｚ  ＪＣ，Ｇａｂｒｉｅｌ  ＳＢ，Ｇｅｔｚ  Ｇ，Ｇｌａｔｔ  ＳＪ，Ｈｕｌｔｍａｎ  ＣＭ，Ｋａｔｈｉｒｅｓａｎ  Ｓ，Ｌａａｋｓｏ  Ｍ，ＭｃＣａｒｒｏｌｌ  Ｓ，ＭｃＣａｒｔｈｙ  ＭＩ，ＭｃＧｏｖｅｒｎ  Ｄ，ＭｃＰｈｅｒｓｏｎ  Ｒ，Ｎｅａｌｅ  ＢＭ，Ｐａｌｏｔｉｅ  Ａ，Ｐｕｒｃｅｌｌ  ＳＭ，Ｓａｌｅｈｅｅｎ  Ｄ，Ｓｃｈａｒｆ  ＪＭ，Ｓｋｌａｒ  Ｐ，Ｓｕｌｌｉｖａｎ  ＰＦ，Ｔｕｏｍｉｌｅｈｔｏ  Ｊ，Ｔｓｕａｎｇ  ＭＴ，Ｗａｔｋｉｎｓ  ＨＣ，Ｗｉｌｓｏｎ  ＪＧ，Ｄａｌｙ  ＭＪ，ＭａｃＡｒｔｈｕｒ  ＤＧ，Ｅｘｏｍｅ  Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ  Ｃ．Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｄｉｎｇ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ６０，７０６  ｈｕｍａｎｓ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１６；５３６：２８５−２９１
２．Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ  ＧＴ．Ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｉｃｓ．Ｔｈｅ  ｇｅｎｏｔｙｐｅ−ｔｉｓｓｕｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（ｇｔｅｘ）ｐｉｌｏｔ  ａｎａｌｙｓｉｓ：Ｍｕｌｔｉｔｉｓｓｕｅ  ｇｅｎｅ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｈｕｍａｎｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５；３４８：６４８−６６０
３．
６．Ｎｇ  ＰＣ，Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  Ｓ．Ｓｉｆｔ：Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ  ｃｈａｎｇｅｓ  ｔｈａｔ  ａｆｆｅｃｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ  ｒｅｓｅａｒｃｈ．２００３；３１：３８１２−３８１４
７．
８．Ｃｅｒａｍｉ  Ｅ，Ｇａｏ  Ｊ，Ｄｏｇｒｕｓｏｚ  Ｕ，Ｇｒｏｓｓ  ＢＥ，Ｓｕｍｅｒ  ＳＯ，Ａｋｓｏｙ  ＢＡ，Ｊａｃｏｂｓｅｎ  Ａ，Ｂｙｒｎｅ  ＣＪ，Ｈｅｕｅｒ  ＭＬ，Ｌａｒｓｓｏｎ  Ｅ，Ａｎｔｉｐｉｎ  Ｙ，Ｒｅｖａ  Ｂ，Ｇｏｌｄｂｅｒｇ  ＡＰ，Ｓａｎｄｅｒ  Ｃ，Ｓｃｈｕｌｔｚ  Ｎ．Ｔｈｅ  ｃｂｉｏ  ｃａｎｃｅｒ  ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ｐｏｒｔａｌ：Ａｎ  ｏｐｅｎ  ｐｌａｔｆｏｒｍ  ｆｏｒ  ｅｘｐｌｏｒｉｎｇ  ｍｕｌｔｉｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ  ｃａｎｃｅｒ  ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ｄａｔａ．Ｃａｎｃｅｒ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．２０１２；２：４０１−４０４
実施例３．ＫＩＣＨ試料におけるＨＬＡ  ＬＯＨの検証のためのＤＮＡシーケンシング分析
ライブラリーの準備およびシーケンシング
目的−インシリコ分析に基づいて、ＨＬＡ  ＬＯＨ予測の湿式検証のための最初の腫瘍型として、ＫＩＣＨ癌を選択した。目的は、正常組織に由来するＤＮＡに基づいて、各患者のＨＬＡ遺伝子型を同定し、次いでＨＬＡ対立遺伝子のうちの１つの喪失の同定を試みて、癌組織のＨＬＡアロタイプを分析することであった。
【０４７２】
さらに言及すると、一致する６つの凍結ＫＩＣＨ試料（正常および癌）ＲＣ−００１−ＲＣ００３、ＴＮＥＡＢＡ１ｌ、ＴＮＥＡＢＮＷＥ、２ｒＤＦＲＡＵＢ、２ＲＤＦＲＮＱＧ、ＩＯＷＴ５ＡＶＪ、ＩＯＷＴ５Ｎ７４に由来するＤＮＡで、ＨＬＡアロタイプを決定した。加えて、一致する２つのＤＮＡ試料ＯＧ−００１−ＯＧ−００２（正常および癌）も分析した。試料のＨＬＡタイピングを同定するために、ＤＮＡライブラリーを準備し、配列分析を行った。一致する６つの凍結ＫＩＣＨ試料（正常および腫瘍）からＤＮＡを抽出し、ライブラリーを以下に記載のように準備した。
【０４７３】
Ｇｅｎｏｔｙｐｉｃ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｐｖｔ．Ｌｔｄ．，（Ｂａｎｇａｌｏｒｅ，Ｉｎｄｉａ）でＴｒｕＳｉｇｈｔ（登録商標）ＨＬＡ  ｖ２シーケンシングパネル（Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，Ｕ．Ｓ．Ａ．））を使用して、ＴｒｕＳｉｇｈｔ  ＨＬＡシーケンシングライブラリーを準備した。
【０４７４】
手短に言えば、ＨＬＡアンプリコンは、ＴｒｕＳｉｇｈｔ  ＨＬＡシーケンシングキットに提供されるプライマーを使用して生成した。アガロースゲル上でアンプリコンを確認後、続いてキットに提供されるＡａｍｐｌｅ精製ビーズを使用してアンプリコンをクリーンアップした。アンプリコンは、断片化（Ｔａｇｍｅｎｔａｔｉｏｎ）反応によって正規化および断片化した。断片化後、各個々の試料の異なるアンプリコンをプールし、増幅ＰＣＲに進めた。試料のバーコーディングは、Ｎｅｘｔｅｒａ  ＸＴインデックスキットｖ２（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用して、増幅ＰＣＲ中に行った。最終的なＰＣＲ生成物は、試料精製ビーズを使用して精製後、続いてライブラリーの品質管理チェックを行った。ライブラリーをＱｕｂｉｔ蛍光光度計（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（ＭＡ，ＵＳＡ））によって定量化し、その断片サイズ分布をＡｇｉｌｅｎｔ  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒで分析した。
Ｉｌｌｕｍｉｎａアダプター配列：
５’−ＡＡＴＧＡＴＡＣＧＧＣＧＡＣＣＡＣＣＧＡＧＡＴＣＴＡＣＡＣ［ｉ５］ＴＣＧＴＣＧＧＣＡＧＣＧＴＣ
５’−ＣＡＡＧＣＡＧＡＡＧＡＣＧＧＣＡＴＡＣＧＡＧＡＴ［ｉ７］ＧＴＣＴＣＧＴＧＧＧＣＴＣＧＧ
［ｉ５，ｉ７］−試料特有のシーケンシングデータを同定するための独特なデュアルインデックス配列
【０４７５】
以下の表は、上の試料のＨＬＡ遺伝子型を示している。
【０４７６】
以下に見られるように、喪失した対立遺伝子を分析から推定することができ、例えば、患者＃ＲＣ００１は、腫瘍試料でＨＬＡ−Ａ３０対立遺伝子の喪失を呈し、ＨＬＡ−３２に対してヘミ接合になり、患者＃ＲＣ００３は、腫瘍試料でＨＬＡ−１を喪失し、ＨＬＡ−３０に対してヘミ接合になる。同定された喪失した対立遺伝子は、各患者の関連するｉＣＡＲを決定するであろう。腫瘍試料が正常細胞で汚染されている場合、この方法ではＨＬＡ対立遺伝子の明確な喪失を呈する場合がある。
【表１０−１】
2020535814.tif 000041
【表１０−２】
2020535814.tif 000042
【０４７７】
エクソームシーケンシング
ＨＬＡシーケンシングに加えて、ＨＬＡ−ＬＯＨを確認し、ゲノム全体の追加のＬＯＨ事象を同定するために、エクソームシーケンシングも実施した
Ｉｌｌｕｍｉｎａのペアエンド生リード（１５０Ｘ２、ＨｉＳｅｑ）は、ＦａｓｔＱＣを使用して品質チェックした。Ｉｌｌｕｍｉｎａの生リードは、最小リード長５０ｂｐおよび最小ベース品質３０のパラメーターを使用して、アダプタークリッピングおよび低品質ベーストリミング用にＴｒｉｍ  Ｇａｌｏｒｅソフトウェアによって処理した。処理したリードは、Ｂｏｗｔｉｅ２を使用して参照ヒトゲノム（ｈｇ１９）にアラインメントした。次いで、試料の各々の整列させた．ｂａｍファイルを処理して、．ｂａｍファイルを除去した最終ＰＣＲ複製を得、Ｑｕａｌｉｍａｐを使用してアラインメントの品質をチェックした。
【０４７８】
ＳＡＭｔｏｏｌｓおよびＢＣＦｔｏｏｌｓを使用して、多様体を同定した。この場合、試料の各ペア（各正常および腫瘍ペア）の多様体を同定するために、ジョイントジェノタイピングを行う。したがって、各ペアについて、統合した．ｖｃｆが生成される。読み深度閾値＞２０およびマッピング品質＞３０を使用して、可能性のある多様体を、これらの統合された．ｖｃｆファイルの各々から同定する。フィルター処理し統合した．ｖｃｆの各ペアから、試料ごとの．ｖｃｆファイルを生成した。フィルター処理した多様体は、Ｖａｒｉａｎｔ  Ｓｔｕｄｉｏを使用して、遺伝子、タンパク質の変化、および多様性の影響についてさらにアノテーションした。
【０４７９】
以下の表は、上の試料の染色体喪失の程度を記載している。ＲＣ００１、ＲＣ００２、およびＲＣ００３は、ＨＬＡ遺伝子をコードする第６染色体を含む広範な染色体喪失を呈し、したがってこれらの試料では、ｉＣＡＲ標的、加えて、第１、第２、第３、第４（ＲＣ００２では）、第５、第６、第８（ＲＣ００３では）、第９（ＲＣ００１、ＲＣ００２）、第１０（ＲＣ００１、ＲＣ００３）、第１１（ＲＣ００３）、第１３（ＲＣ００１、ＲＣ００３）、第１４（ＲＣ００２）、第１７（ＲＣ００１、ＲＣ００３）、第１９（ＲＣ００１）、第２１（ＲＣ００１、ＲＣ００３）、第２２（ＲＣ００１、ＲＣ００２）染色体上のコードされた多くの他の標的として、ＨＬＡを使用することができる。
【表１１】
2020535814.tif 000043
【０４８０】
ＲＣ００１について、図１４は、第１７染色体上にコードされる腫瘍抑制タンパク質ＴＰ５３に隣接する染色体領域の喪失を示す。ｉＣＡＲ標的として同定された、第１７染色体上にコードされている遺伝子は、患者ＲＣ００１の治療に使用することができる。
略号：ＡＤＰ、アデノシン二リン酸；ＡＬＬ、急性リンパ芽球性白血病；ＡＭＬ、急性骨髄性白血病；ＡＰＲＩＬ、増殖誘導リガンド；ＢＡＦＦ、ＴＮＦファミリーのＢ細胞活性化因子；ＢＣＭＡ、Ｂ細胞成熟抗原；ＢＣＲ、Ｂ細胞受容体；ＢＭ、骨髄；ＣＡＩＸ、炭酸脱水酵素ＩＸ；ＣＡＲ、キメラ抗原受容体；ＣＥＡ、癌胎児性抗原；ＣＬＬ、慢性リンパ性白血病；ＣＮＳ、中枢神経系；ＣＳＰＧ４、コンドロイチン硫酸プロテオグリカン４；ＤＣ、樹状細胞；ＥＣＭ、細胞外マトリックス；ＥＧＦＲ、上皮成長因子受容体；ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＥＧＦＲの多様体ＩＩＩ；ＥｐｈＡ２、エリスロポエチン生成肝細胞癌腫Ａ２；ＦＡＰ、線維芽細胞活性化タンパク質；ＦＲ−α、葉酸受容体−アルファ；ＧＢＭ、多形膠芽腫；ＧＰＩ、グリコホスファチジルイノシトール；Ｈ＆Ｎ、頭頸部；ＨＬ、ホジキンリンパ腫；Ｉｇ、免疫グロブリン；Ｌ１−ＣＡＭ、Ｌ１細胞接着分子；ＭＭ、多発性骨髄腫；ＮＢ、神経芽細胞腫；ＮＦ−ＫＢ、核因子−ＫＢ；ＮＨＬ、非ホジキンリンパ腫；ＮＫ、ナチュラルキラー；ＮＫＧ２Ｄ−Ｌ、ＮＫＧ２Ｄリガンド；ＰＢＭＣ、末梢血単核細胞；ＰＣ、形質細胞；ＰＬＬ、前リンパ性白血病；ＰＳＣＡ、前立腺幹細胞抗原；ＰＳＭＡ、前立腺特異的膜抗原；ＲＣＣ、腎細胞癌腫；ＲＯＲ１、受容体チロシンキナーゼ様オーファン受容体１；ＴＣＬ、Ｔ細胞白血病／リンパ腫；Ｔｈ２、Ｔヘルパー２；ＴＮＢＣ、トリプルネガティブ乳癌；ＴＮＦＲ、腫瘍壊死因子受容体；ＶＥＧＦＲ−２、血管内皮増殖因子−２。
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Ｇｏｒｄｏｎ，Ｗ．Ｒ．，Ｚｉｍｍｅｒｍａｎ，Ｂ．，Ｈｅ，Ｌ．，Ｍｉｌｅｓ，Ｌ．Ｊ．，Ｈｕａｎｇ，Ｊ．，Ｔｉｙａｎｏｎｔ，Ｋ．，ＭｃＡｒｔｈｕｒ，Ｄ．Ｇ．，Ａｓｔｅｒ，Ｊ．Ｃ．，Ｐｅｒｒｉｍｏｎ，Ｎ．，Ｌｏｐａｒｏ，Ｊ．Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１５）．Ｍｅｃｈａｎｉｃａｌ  Ａｌｌｏｓｔｅｒｙ：Ｅｖｉｄｅｎｃｅ  ｆｏｒ  ａ  Ｆｏｒｃｅ  Ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｎｏｔｃｈ．Ｄｅｖ．Ｃｅｌｌ  ３３，７２９−７３６．
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Ｊｉｍｅｎｅｚ，Ｐ．，Ｃａｎｔｏｎ，Ｊ．，Ｃｏｌｌａｄｏ，Ａ．，Ｃａｂｒｅｒａ，Ｔ．，Ｓｅｒｒａｎｏ，Ａ．，Ｒｅａｌ，Ｌ．Ｍ．，Ｇａｒｃｉａ，Ａ．，Ｒｕｉｚ−Ｃａｂｅｌｌｏ，Ｆ．，ａｎｄ  Ｇａｒｒｉｄｏ，Ｆ．（１９９９）．Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ｌｏｓｓ  ｉｓ  ｔｈｅ  ｍｏｓｔ  ｆｒｅｑｕｅｎｔ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｎｇ  ｔｏ  ＨＬＡ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｌｏｓｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｔｕｍｏｒｓ．Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ  ８３，９１−９７．
Ｋｌｅｂａｎｏｆｆ，Ｃ．Ａ．，Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ，Ｓ．Ａ．，ａｎｄ  Ｒｅｓｔｉｆｏ，Ｎ．Ｐ．（２０１６）．Ｐｒｏｓｐｅｃｔｓ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅ−ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  ｓｏｌｉｄ  ｃａｎｃｅｒｓ．Ｎａｔ．Ｍｅｄ．２２，２６−３６．
Ｋｌｏｓｓ，Ｃ．Ｃ．，Ｃｏｎｄｏｍｉｎｅｓ，Ｍ．，Ｃａｒｔｅｌｌｉｅｒｉ，Ｍ．，Ｂａｃｈｍａｎｎ，Ｍ．，ａｎｄ  Ｓａｄｅｌａｉｎ，Ｍ．（２０１３）．Ｃｏｍｂｉｎａｔｏｒｉａｌ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｂａｌａｎｃｅｄ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐｒｏｍｏｔｅｓ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  ｔｕｍｏｒ  ｅｒａｄｉｃａｔｉｏｎ  ｂｙ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｅｄ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．３１，７１−７５．
Ｋｎｕｄｓｏｎ  Ｊｒ．，Ａ．Ｇ．（１９７１）．Ｍｕｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃａｎｃｅｒ：ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｒｅｔｉｎｏｂｌａｓｔｏｍａ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．６８，８２０−８２３．
Ｌａｎｉｔｉｓ，Ｅ．，Ｐｏｕｓｓｉｎ，Ｍ．，Ｋｌａｔｔｅｎｈｏｆｆ，Ａ．Ｗ．，Ｓｏｎｇ，Ｄ．，Ｓａｎｄａｌｔｚｏｐｏｕｌｏｓ，Ｒ．，Ｊｕｎｅ，Ｃ．Ｈ．，ａｎｄ  Ｐｏｗｅｌｌ  Ｊｒ，Ｄ．Ｊ．（２０１３）．Ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｗｉｔｈ  ｄｉｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｄｏｍａｉｎｓ  ｅｘｈｉｂｉｔ  ｆｏｃｕｓｅｄ  ａｎｔｉ−ｔｕｍｏｒ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｗｉｔｈ  ｒｅｄｕｃｅｄ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  ｔｏｘｉｃｉｔｙ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｒｅｓ．１，１０．１１５８／２３２６−６０６６．ＣＩＲ−１３−０００８．
Ｌａｗｒｅｎｃｅ，Ｍ．Ｓ．，Ｓｔｏｊａｎｏｖ，Ｐ．，Ｐｏｌａｋ，Ｐ．，Ｋｒｙｕｋｏｖ，Ｇ．Ｖ，Ｃｉｂｕｌｓｋｉｓ，Ｋ．，Ｓｉｖａｃｈｅｎｋｏ，Ａ．，Ｃａｒｔｅｒ，Ｓ．Ｌ．，Ｓｔｅｗａｒｔ，Ｃ．，Ｍｅｒｍｅｌ，Ｃ．Ｈ．，Ｒｏｂｅｒｔｓ，Ｓ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１３）．Ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｅａｒｃｈ  ｆｏｒ  ｎｅｗ  ｃａｎｃｅｒ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｇｅｎｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ  ４９９，２１４−２１８．
Ｌｅｅ，Ａ．，Ｒａｎａ，Ｂ．Ｋ．，Ｓｃｈｉｆｆｅｒ，Ｈ．Ｈ．，Ｓｃｈｏｒｋ，Ｎ．Ｊ．，Ｂｒａｎｎ，Ｍ．Ｒ．，Ｉｎｓｅｌ，Ｐ．Ａ．，ａｎｄ  Ｗｅｉｎｅｒ，Ｄ．Ｍ．（２００３）．Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｎｏｎｓｙｎｏｎｙｍｏｕｓ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｗｉｔｈｉｎ  ｔｈｅ  Ｇ−ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ｇｅｎｅ  ｆａｍｉｌｙ．Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ８１，２４５−２４８．
Ｌｅｋ  Ｍ，ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｏｍｅ  Ａｇｇｒｅｇａｔｉｏｎ  Ｃ．Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｄｉｎｇ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ６０，７０６  ｈｕｍａｎｓ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１６；５３６：２８５−２９１．
Ｌｅｎｇａｕｅｒ，Ｃ．，Ｋｉｎｚｌｅｒ，Ｋ．Ｗ．，ａｎｄ  Ｖｏｇｅｌｓｔｅｉｎ，Ｂ．（１９９８）．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｉｅｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃａｎｃｅｒｓ．Ｎａｔｕｒｅ  ３９６，６４３−６４９．
Ｌｉ，Ｈ．，Ｙａｎｇ，Ｂ．，Ｘｉｎｇ，Ｋ．，Ｙｕａｎ，Ｎ．，Ｗａｎｇ，Ｂ．，Ｃｈｅｎ，Ｚ．，Ｈｅ，Ｗ．，ａｎｄ  Ｚｈｏｕ，Ｊ．（２０１４）．Ａ  ｐｒｅｌｉｍｉｎａｒｙ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ  ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ  ｂｙ  ｕｓｉｎｇ  ｅｘｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．４．
Ｌｉｂｅｒｌｅｓ，Ｓ．Ｄ．，Ｄｉｖｅｒ，Ｓ．Ｔ．，Ａｕｓｔｉｎ，Ｄ．Ｊ．，ａｎｄ  Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ｓ．Ｌ．（１９９７）．Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｔｒａｎｓｌｏｃａｔｉｏｎ  ｕｓｉｎｇ  ｎｏｎｔｏｘｉｃ  ｌｉｇａｎｄｓ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｄ  ｂｙ  ａ  ｍａｍｍａｌｉａｎ  ｔｈｒｅｅ−ｈｙｂｒｉｄ  ｓｃｒｅｅｎ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４，７８２５−７８３０．
Ｌｉｎｄｂｌａｄ−Ｔｏｈ，Ｋ．，Ｔａｎｅｎｂａｕｍ，Ｄ．Ｍ．，Ｄａｌｙ，Ｍ．Ｊ．，Ｗｉｎｃｈｅｓｔｅｒ，Ｅ．，Ｌｕｉ，Ｗ．−Ｏ．，Ｖｉｌｌａｐａｋｋａｍ，Ａ．，Ｓｔａｎｔｏｎ，Ｓ．Ｅ．，Ｌａｒｓｓｏｎ，Ｃ．，Ｈｕｄｓｏｎ，Ｔ．Ｊ．，Ｊｏｈｎｓｏｎ，Ｂ．Ｅ．，ｅｔ  ａｌ．（２０００）．Ｌｏｓｓ−ｏｆ−ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｓｍａｌｌ−ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｕｓｉｎｇ  ｓｉｎｇｌｅ−ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ  ａｒｒａｙｓ．Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１８，１００１−１００５．
Ｌｏ，Ｋ．Ｃ．，Ｂａｉｌｅｙ，Ｄ．，Ｂｕｒｋｈａｒｄｔ，Ｔ．，Ｇａｒｄｉｎａ，Ｐ．，Ｔｕｒｐａｚ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｃｏｗｅｌｌ，Ｊ．Ｋ．（２００８）．Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ  ｅｖｅｎｔｓ  ｉｎ  ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  １００Ｋ  ＳＮＰ  ｍａｐｐｉｎｇ  ａｒｒａｙｓ  ａｎｄ  ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｗｉｔｈ  ｃｏｐｙ  ｎｕｍｂｅｒ  ａｂｎｏｒｍａｌｉｔｉｅｓ  ｄｅｆｉｎｅｄ  ｂｙ  ＢＡＣ  ａｒｒａｙ  ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｅｓ  Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍ．Ｃａｎｃｅｒ  ４７，２２１−２３７．
Ｌｏｎｇ，Ｅ．Ｏ．，Ｓｉｋ  Ｋｉｍ，Ｈ．，Ｌｉｕ，Ｄ．，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，Ｍ．Ｅ．，ａｎｄ  Ｒａｊａｇｏｐａｌａｎ，Ｓ．（２０１３）．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇ  ｎａｔｕｒａｌ  ｋｉｌｌｅｒ  ｃｅｌｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ：Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｉｇｎａｌｓ  ｆｏｒ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３１，２２７−２５８．
Ｍａｌｅｎｏ，Ｉ．，Ｌｏｐｅｚ−Ｎｅｖｏｔ，Ｍ．Ａ．，Ｃａｂｒｅｒａ，Ｔ．，Ｓａｌｉｎｅｒｏ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｇａｒｒｉｄｏ，Ｆ．（２００２）．Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ｇｅｎｅｒａｔｅ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｌｔｅｒｅｄ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ  ｉｎ  ｌａｒｙｎｇｅａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ：ｈｉｇｈ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ  ｏｆ  ＨＬＡ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｌｏｓｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ  ｉｎ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ｒｅｇｉｏｎ  ６ｐ２１．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５１，３８９−３９６．
Ｍａｌｅｎｏ，Ｉ．，Ｃａｂｒｅｒａ，Ｃ．Ｍ．，Ｃａｂｒｅｒａ，Ｔ．，Ｐａｃｏ，Ｌ．，Ｌｏｐｅｚ−Ｎｅｖｏｔ，Ｍ．Ａ．，Ｃｏｌｌａｄｏ，Ａ．，Ｆｅｒｒｏｎ，Ａ．，ａｎｄ  Ｇａｒｒｉｄｏ，Ｆ．（２００４）．Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｌｔｅｒｅｄ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ  ｉｎ  ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ：ｈｉｇｈ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ  ｏｆ  ＨＬＡ  ｈａｐｌｏｔｙｐｅ  ｌｏｓｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ  ｉｎ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  ｒｅｇｉｏｎ  ６ｐ２１．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５６，２４４−２５３．
Ｍａｌｅｎｏ，Ｉ．，Ｒｏｍｅｒｏ，Ｊ．Ｍ．，Ｃａｂｒｅｒａ，Ｔ．，Ｐａｃｏ，Ｌ．，Ａｐｔｓｉａｕｒｉ，Ｎ．，Ｃｏｚａｒ，Ｊ．Ｍ．，Ｔａｌｌａｄａ，Ｍ．，Ｌｏｐｅｚ−Ｎｅｖｏｔ，Ｍ．Ａ．，ａｎｄ  Ｇａｒｒｉｄｏ，Ｆ．（２００６）．ＬＯＨ  ａｔ  ６ｐ２１．３  ｒｅｇｉｏｎ  ａｎｄ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｌｔｅｒｅｄ  ｐｈｅｎｏｔｙｐｅｓ  ｉｎ  ｂｌａｄｄｅｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａｓ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５８，５０３−５１０．
Ｍａｌｅｎｏ，Ｉ．，Ａｐｔｓｉａｕｒｉ，Ｎ．，Ｃａｂｒｅｒａ，Ｔ．，Ｇａｌｌｅｇｏ，Ａ．，Ｐａｓｃｈｅｎ，Ａ．，Ｌｏｐｅｚ−Ｎｅｖｏｔ，Ｍ．Ａ．，ａｎｄ  Ｇａｒｒｉｄｏ，Ｆ．（２０１１）．Ｆｒｅｑｕｅｎｔ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  β２−ｍｉｃｒｏｇｌｏｂｕｌｉｎ  ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １５  ｉｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｈｕｍａｎ  ｔｕｍｏｒｓ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ６３，６５−７１．
ＭｃＧｒａｎａｈａｎ，Ｎ．，Ｂｕｒｒｅｌｌ，Ｒ．Ａ．，Ｅｎｄｅｓｆｅｌｄｅｒ，Ｄ．，Ｎｏｖｅｌｌｉ，Ｍ．Ｒ．，ａｎｄ  Ｓｗａｎｔｏｎ，Ｃ．（２０１２）．Ｃａｎｃｅｒ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  ｉｎｓｔａｂｉｌｉｔｙ：Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ａｎｄ  ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  ｃｈａｌｌｅｎｇｅｓ．ＥＭＢＯ  Ｒｅｐ．１３，５２８−５３８．
Ｍｏｒｓｕｔ，Ｌ．，Ｒｏｙｂａｌ，Ｋ．Ｔ．，Ｘｉｏｎｇ，Ｘ．，Ｇｏｒｄｌｅｙ，Ｒ．Ｍ．，Ｃｏｙｌｅ，Ｓ．Ｍ．，Ｔｈｏｍｓｏｎ，Ｍ．，ａｎｄ  Ｌｉｍ，Ｗ．Ａ．（２０１６）．Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  Ｃｕｓｔｏｍｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌ  Ｓｅｎｓｉｎｇ  ａｎｄ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｂｅｈａｖｉｏｒｓ  Ｕｓｉｎｇ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｎｏｔｃｈ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ．Ｃｅｌｌ  １６４，７８０−７９１．
Ｎｇ  ＰＣ，Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  Ｓ．Ｓｉｆｔ：Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ  ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ  ｃｈａｎｇｅｓ  ｔｈａｔ  ａｆｆｅｃｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄｓ  ｒｅｓｅａｒｃｈ．２００３；３１：３８１２−３８１４．
Ｎｉｒｓｃｈｌ，Ｃ．Ｊ．，ａｎｄ  Ｄｒａｋｅ，Ｃ．Ｇ．（２０１３）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｐａｔｈｗａｙｓ：Ｃｏｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ：Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ａｎｄ  ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１９，４９１７−４９２４．
Ｏ’Ｋｅｅｆｅ，Ｃ．，ＭｃＤｅｖｉｔｔ，Ｍ．Ａ．，ａｎｄ  Ｍａｃｉｅｊｅｗｓｋｉ，Ｊ．Ｐ．（２０１０）．Ｃｏｐｙ  ｎｅｕｔｒａｌ  ｌｏｓｓ  ｏｆ  ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙ：Ａ  ｎｏｖｅｌ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  ｌｅｓｉｏｎ  ｉｎ  ｍｙｅｌｏｉｄ  ｍａｌｉｇｎａｎｃｉｅｓ．Ｂｌｏｏｄ  １１５，２７３１−２７３９．
Ｏｈｇａｋｉ，Ｈ．，Ｄｅｓｓｅｎ，Ｐ．，Ｊｏｕｒｄｅ，Ｂ．，Ｈｏｒｓｔｍａｎｎ，Ｓ．，Ｎｉｓｈｉｋａｗａ，Ｔ．，Ｄｉ  Ｐａｔｒｅ，Ｐ．−Ｌ．，Ｂｕｒｋｈａｒｄ，Ｃ．，Ｓｃｈｕｌｅｒ，Ｄ．，Ｐｒｏｂｓｔ−Ｈｅｎｓｃｈ，Ｎ．Ｍ．，Ｍａｉｏｒｋａ，Ｐ．Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．（２００４）．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｐａｔｈｗａｙｓ  ｔｏ  ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ：ａ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ−ｂａｓｅｄ  ｓｔｕｄｙ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６４，６８９２−６８９９．
Ｏｖｅｒｗｉｊｋ，Ｗ．Ｗ．，Ｗａｎｇ，Ｅ．，Ｍａｒｉｎｃｏｌａ，Ｆ．Ｍ．，Ｒａｍｍｅｎｓｅｅ，Ｈ．Ｇ．，ａｎｄ  Ｒｅｓｔｉｆｏ，Ｎ．Ｐ．（２０１３）．Ｍｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ｍｕｔａｎｏｍｅ：ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ  ｈｉｇｈｌｙ  ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｉｅｓ  ｂａｓｅｄ  ｏｎ  ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｕｍｏｒｓ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ  １，１１．
Ｒａｎａ，Ｂ．Ｋ．，Ｓｈｉｉｎａ，Ｔ．，ａｎｄ  Ｉｎｓｅｌ，Ｐ．Ａ．（２００１）．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｖａｒｉａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ  ｏｆ  Ｇ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｃｏｕｐｌｅｄ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ：ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ  ａｎｄ  ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．４１，５９３−６２４．
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Ｙｅｕｎｇ，Ｊ．Ｔ．，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，Ｒ．Ｌ．，Ｏｈｎｉｓｈｉ，Ｋ．，Ｉｋｅｕｒａ，Ｍ．，Ｐｏｔｔｅｒ，Ｄ．Ｍ．，Ｎｉｋｉｆｏｒｏｖａ，Ｍ．Ｎ．，Ｆｅｒｒｏｎｅ，Ｓ．，Ｊａｋａｃｋｉ，Ｒ．Ｉ．，Ｐｏｌｌａｃｋ，Ｉ．Ｆ．，ａｎｄ  Ｏｋａｄａ，Ｈ．（２０１３）．ＬＯＨ  ｉｎ  ｔｈｅ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｒｅｇｉｏｎ  ａｔ  ６ｐ２１  ｉｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｓｈｏｒｔｅｒ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｉｎ  ｎｅｗｌｙ  ｄｉａｇｎｏｓｅｄ  ａｄｕｌｔ  ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ．Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．１９，１８１６−１８２６．
【０４８１】
実施例４．タンパク質レベルでのＬＯＨの検証
ＬＯＨは、対立遺伝子特異的抗体を使用して、腫瘍細胞試料に対して正常細胞試料を区別して染色することによって、タンパク質レベルで検出することができる。例えば、癌試料におけるＨＬＡ−ＬＯＨの検証は、患者のＨＬＡアロタイプに特異的な市販のＨＬＡ抗体を使用して行うことができる。以下の表１１は、使用することができる、利用可能な対立遺伝子特異的抗体の例を詳細に示す。
【０４８２】
試料は、以下のＩＨＣプロトコルで説明されているように、免疫組織化学（ＩＨＣ）染色を施されるであろう。
【表１２】
2020535814.tif 000044
【０４８３】
ＩＨＣプロトコル
凍結組織試料−
多くの場合、凍結組織は、ホルマリン系溶液で固定され、ＯＣＴ（最適切断温度化合物）に包埋されて、試料の凍結切断が可能である。ＯＣＴ中組織は、−８０℃で凍結保存される。凍結ブロックを切断前に、−８０℃のクライオスタットチャンバーから取り出し、平衡化し、薄い切片（多くの場合５〜１５μｍ厚）に切断する。切片は、組織学的スライドに載せる。スライドは、−２０℃〜−８０℃で保存することができる。
ＩＨＣ染色の前に、スライドを室温（ＲＴ）で１０〜２０分間解凍する。
【０４８４】
パラフィン包埋組織−
組織を、ホルムアルデヒド固定液に包埋する。パラフィンワックスを添加する前に、ＲＴで特定の時間および期間の間、エタノールの濃度を徐々に上げながら（７０％、９０％、１００％）キシレンとともに徐々に組織を浸漬することによって脱水する。次いで、組織をパラフィンワックスに包埋する。
【０４８５】
パラフィン包埋組織を、ミクロトームで５〜１５μｍ厚の切片に切断し、５６℃の水浴に浮遊させ、組織学的スライドに載せる。スライドはＲＴで保持することができる。
【０４８６】
ＩＨＣ染色の前に、パラフィン包埋切片には再水和ステップが必要である。再水和−切片を、キシレンへの浸漬（２Ｘ１０分）によって再水和した後、続いてエタノールの濃度を減少させる（１００％Ｘ２、各々１０分９５％エタノール−５分７０％エタノール−５分５０％エタノール−５分ｄＨ２Ｏ中ですすぎ）。
【０４８７】
免疫蛍光検出：
プロトコル：
１．スライドを洗浄緩衝液で１０分間再水和する（ＰＢＳＸ１）。洗浄緩衝液を排水する。
２．抗原取得を実施する−）必要な場合（熱誘導抗原取得または酵素による取得）。
３．細胞内抗原では、透過処理を実施する−ＰＢＳＸ１中０．１％のトリトンＸ−１００で、スライドをＲＴで１０分間培養する。
４．ブロッキング−ブロッキング緩衝液で、組織をＲＴで３０分間ブロックする。ブロッキング緩衝液は検出方法に依存する（通常ＰＢＳＸ１中５％の動物血清、またはＰＢＳＸ１中１％のＢＳＡ）。
５．一次抗体−抗体製造者の指示書に従って、一次抗体を培養緩衝液で希釈する（例えば、ＰＢＳ中１％ＢＳＡ、１％のロバ血清、他の培養緩衝液も使用してもよい）。希釈した一次抗体中で、組織を４℃で一晩培養する。一次抗体は、上で詳述したモノクローナル抗ＨＬＡ−Ａ、抗ＨＬＡ−Ｂ、または抗ＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子特異的抗体であり得る。
共役一次抗体を使用する場合、光から保護し、ステップ８に進む。
陰性対照として、一次抗体を含まない、培養緩衝液のみで組織を培養する。
また、実験で使用したモノクローナル抗体のアイソタイプに一致する対照にも実施する。
６．６．洗浄−スライドを洗浄緩衝液で洗浄する（−３Ｘ５〜１５分）。
７．７．二次抗体−抗体製造者の指示書に従って、二次抗体を培養緩衝液で希釈する。希釈した二次抗体中の組織を、ＲＴで３０〜６０分間培養する。光から保護する。
８．８．洗浄−スライドを洗浄緩衝液で洗浄する（−３Ｘ５〜１５分）。
９．９．ＤＡＰＩ染色−ＤＡＰＩ培養緩衝液を希釈する（〜３００ｎＭ〜３μＭ）。３００μｌのＤＡＰＩ溶液を各切片に添加する。ＲＴで５〜１０分間培養する。
１０．１０．洗浄−スライドをＸ１ＰＢＳで１回洗浄する。
１１．１１．退色防止用封入剤とともに載せる。
１２．１２．スライドを光から保護し続ける。
１３．１３．蛍光顕微鏡を使用して、スライドを視覚化する。
【０４８８】
色素原検出：
プロトコル：
１．１．スライドを洗浄緩衝液で１０分間再水和する（ＰＢＳＸ１）。洗浄緩衝液を排水する。
２．２．抗原取得を実施する−必要な場合、上を参照する。
３．３．ＨＲＰ試薬では、メタノール中３．０％の過酸化水素を用いて、内因性ペルオキシダーゼ活性を少なくとも１５分間ブロックする。
４．４．切片をｄＨ２Ｏ中に５分間浸漬することによって、洗浄する。
５．５．細胞内抗原では、透過処理を実施する−ＰＢＳＸ１中０．１％のトリトンＸ−１００で、スライドをＲＴで１０分間培養する。
６．６．ブロッキング−ブロッキング緩衝液で、組織をＲＴで３０分間ブロックする。ブロッキング緩衝液は検出方法に依存する（通常ＰＢＳＸ１中５％の動物血清、またはＰＢＳＸ１中１％のＢＳＡ）。
７．７．一次抗体−抗体製造者の指示書に従って、一次抗体を培養緩衝液で希釈する（例えば、ＰＢＳ中１％ＢＳＡ、１％のロバ血清、他の培養緩衝液も使用してもよい）。希釈した一次抗体中で、組織を４℃で一晩培養する
８．８．洗浄−スライドを洗浄緩衝液で洗浄する（−３Ｘ５〜１５分）。
９．９．ＲＴで３０〜６０分間、組織を二次抗体−ＨＲＰ共役二次抗体と培養する。
１０．１０．洗浄−スライドを洗浄緩衝液で洗浄する（３Ｘ５〜１５分）。
１１．１１．製造者のガイドラインに従って、ＡＢＣ−ＨＲＰ試薬を添加する。ＲＴで６０分間培養する。
１２．１２．製造者のガイドラインに従って、ＤＡＢ溶液（または他の色素原）を調製し、組織切片に適用する。色素原反応により、エピトープ部位が茶色に変わる（通常、数秒〜１０分）。シグナルの強度が画像化に適切であるときには、次のステップに進む
１３．１３．洗浄−スライドを洗浄緩衝液で洗浄する（−３Ｘ５〜１５分）。
１４．１４．スライドをｄＨ２Ｏで洗浄する（−２Ｘ５〜１５分）
１５．１５．核染色−ヘマトキシリン溶液を添加する。ＲＴで５分間培養する。
１６．１６．組織切片を脱水する（９５％エタノール−２Ｘ２分。１００％エタノール−２Ｘ２分。キシレン−２Ｘ２分）。
１７．１７．退色防止用封入剤とともに載せる
１８．１８．明視野照明を使用して、スライドを視覚化する
【０４８９】
実施例５．ＣＡＲ−Ｔの設計および構築
研究の目的は、ＣＡＲ−Ｔ療法の標的上の「腫瘍外」効果を阻害するであろう合成受容体を作製することである。その程度まで、活性化および阻害性ＣＡＲで構成されるＣＡＲ構築物のライブラリーを確立した。
【０４９０】
構築物の第１の組は、ＨＬＡ  Ｉ型配列に向けられた阻害性ＣＡＲ（ＨＬＡ−Ａ２）と、腫瘍抗原に向けられた活性化ＣＡＲ（ＣＤ１９）とを含んだ。概念実証のために使用される次の構築物の組は、ＣＤ１９に向けられた活性化ＣＡＲ配列と、ＣＤ２０に向けられた阻害性ＣＡＲ配列都を含む。将来のバイオインフォマティクス分析によって同定される、標的抗原に向けられた追加の構築物が構築されるであろう。標的候補は、示された基準に従って優先順位が付けられるであろう（例示的な基準には、限定されないが、標的発現パターン、標的発現レベル、抗原性などが含まれる）。ＣＤ１９  ａＣＡＲ、ＣＤ２０  ｉＣＡＲ、およびＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲは、図１５および２１に示されるように構築した。
【０４９１】
ｉＣＡＲ構築物は、市販のＤＮＡ合成を使用して設計および合成した。ＨＬＡ−Ａ２  ｓｃＦｖの下流に、ＰＤ−１の第１のアノテーション付き細胞外ドメインまでの膜貫通および細胞内ドメイン（アミノ酸１４５〜２８８）を融合した（ＨＬＡ−Ａ２をコードするＤＮＡ配列は、抗ＨＬＡ−Ａ２を生成する、ハイブリドーマＢＢ７．２から取得した（ＡＴＣＣカタログ＃：ＨＢ−８２））。
【０４９２】
ＣＴＬＡ４（アミノ酸１６１−２２３）または追加の負の免疫レギュレーター（例えば２Ｂ４、ＬＡＧ−３、およびＢＴＬＡ−４）に由来する他の配列を含む同様の構築物が設計され、ＨＬＡ−Ａ２  ｓｃＦｖの下流に、それらのシグナル伝達配列が融合されるであろう。
【０４９３】
図１５に図示されるように、ｉＣＡＲの検出および選別のために、ｉＣＡＲ配列の下流に、ＩＲＥＳ配列を介してレポーター遺伝子（例えばｅＧＦＰ）の後、続いてＰ２Ａ配列によって分離された抗生物質耐性遺伝子（すなわちハイグロマイシン）を統合した。
【０４９４】
ａＣＡＲ構築物では、ＣＤ１９  ｓｃＦＶを、ＣＤ８ヒンジ配列の後、続いてＣＤ２８膜貫通、ならびに４１ＢＢ共刺激１およびＣＤ３ζで構成される第２世代のＣＡＲ構築物に融合した。他のシグナル伝達または構造要素で構成される追加のａＣＡＲ構築物も設計および構築されるであろう（例えば、ＣＤ２８ヒンジ、ＣＤ２８シグナル伝達ドメイン、またはＣＤ２８および４１ＢＢシグナル伝達ドメインの両方）。ａＣＡＲの検出および選別のために、ＩＲＥＳ配列を介してＲＦＰレポーター遺伝子の後、続いてＰ２Ａ配列によって分離された抗生物質耐性遺伝子（ピューロマイシン耐性）をａＣＡＲ配列の下流に統合した（図１５）。
【０４９５】
ａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方の配列を、レンチウイルス移動ベクターにクローニングし、次いでＨＥＫ−２９３Ｔパッケージング細胞を使用して、ウイルス粒子の生成に使用した。
【０４９６】
実施例６．エフェクター細胞の生成
ＣＤ１９  ＣＡＲ活性化の調節に対するｉＣＡＲ構築物の効果を研究するために、以下の表１２に詳述されるように、組み換えＪｕｒｋａｔエフェクター細胞を構築した。Ｊｕｒｋａｔ（ＡＴＣＣ  ＴＩＢ１５２）、ＣＤ４＋Ｔ細胞株、およびＪｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ（ＮＦＡＴ応答要素の制御下でホタルルシフェラーゼタンパク質を発現するように操作されたＢＰＳ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入したＪｕｒｋａｔ細胞株）を、レトロネクチンでコーティングした（Ｔａｋａｒａ）レンチウイルスベクター結合プレートを使用して、またはポリブレンの存在下で形質導入した。形質導入された細胞に、さらに抗生物質選択を施して、表１２に記載の細胞株を得た。選択に続き、細胞にフローサイトメトリー分析を施して、各構築物にコードされたレポータータンパク質の発現を検証した。
【表１３】
2020535814.tif 000045
【０４９７】
加えて、健康なドナーから得た末梢血に由来する活性化Ｔ細胞は、異なる感染多重度（ＭＯＩ）でａＣＡＲ、ｉＣＡＲ、または両方をコードするウイルス粒子で形質導入されるであろう。レポーター遺伝子発現に基づくＦＡＣＳ選択は、異なるレベルのａＣＡＲ、ｉＣＡＲ、または両方を発現している細胞集団の選別および選択に使用されるであろう。
【０４９８】
実施例７．標的細胞の調製
標的外細胞に対するａＣＡＲの活性を阻害する際のｉＣＡＲ構築物の機能性を試験するための、インビトロ組み換え系を確立した。この目的のために、ａＣＡＲエピトープ、ｉＣＡＲエピトープ、または両方を発現している標的細胞を生成した。ａＣＡＲエピトープを発現している組み換え細胞は、「標的上」の「腫瘍上の」細胞を表し、ａＣＡＲおよびｉＣＡＲエピトープの両方を発現している細胞は、「標的上」の「腫瘍外」の健康な細胞を表す。
【０４９９】
第１のｉＣＡＲ／ａＣＡＲの組は、それぞれＨＬＡ−Ａ２およびＣＤ１９に基づくので、ＨＬＡ−Ａ２もしくはＣＤ１９、または両方を発現している組み換え細胞を、これらの遺伝子をコードする発現ベクターを用いて細胞株（例えば、Ｈｅｌａ、ＡＴＣＣ  ＣＲＭ−ＣＣＬ−２、Ｈｅｌａ−ルシフェラーゼ−ＧｅｎＴａｒｇｅｔＳＣＯ３２−Ｂｓｄ、またはＲａｊｉ−ＡＴＣＣ  ＣＣＬ−８６）をトランスフェクトすることによって生成した。
【０５００】
組み換えＨＬＡ  Ａ−２発現の検出のために、Ｍｙｃタグを挿入した。ＣＤ２０  ｉＣＡＲ／ＣＤ１９  ａＣＡＲで構成される第２のｉＣＡＲ／ａＣＡＲの組では、ＣＤ２０もしくはＣＤ１９、または両方を発現している組み換え細胞を構築した（標的細胞は表１５に詳述している）。
【表１４】
2020535814.tif 000046
【０５０１】
アッセイ−
ｉＣＡＲの阻害効果は、インビトロおよびインビボの両方で試験されるであろう。
【０５０２】
インビトロアッセイでは、サイトカイン分泌および細胞傷害性効果の測定に焦点が当てられ、インビボでは、「標的上腫瘍外」異種移植片へのｉＣＡＲ阻害および保護が評価されるであろう。レポーター遺伝子を使用して、Ｔ細胞をｉＣＡＲ／ａＣＡＲ二重陽性に選別することによって、ｉＣＡＲが欠如したＴ細胞が結果を汚染することが制限されるであろう。ｉＣＡＲブロッキング活性の陰性対照として、ｓｃＦｖドメインが欠如したＣＡＲで形質導入したＴ細胞を使用してもよい（モック形質導入）。
【０５０３】
実施例８．インビトロアッセイ
ルシフェラーゼ細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）アッセイ
ホタルルシフェラーゼおよび１つまたは２つのＣＡＲ標的抗原を発現するように操作された、上記のＨｅｌａ−Ｌｕｃ組み換え標的細胞を使用して、アッセイは実施されるであろう。インビトロルシフェラーゼアッセイは、Ｂｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイの製造者のプロトコル（Ｐｒｏｍｅｇａ）に従って、生物発光を読み取り値として実施されるであろう。
【０５０４】
Ｔ細胞（ｉＣＡＲおよびｐＣＡＲの両方、またはｉＣＡＲおよびａＣＡＲ、またはａＣＡＲもしくはモックＣＡＲで形質導入）は、ＨＬＡ−Ａ２もしくはＣＤ１９、またはＨＬＡ−Ａ２およびＣＤ１９もしくはＣＤ２０の両方、またはＣＤ２０およびＣＤ１９の両方を異なるエフェクター対標的の比で発現している組み換え標的細胞で２４〜４８時間培養されるであろう。細胞殺傷は、Ｂｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼ系で定量化されるであろう。
【０５０５】
「腫瘍外」の細胞傷害性は、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ発現レベルに従って形質導入Ｔ細胞集団を選別することによって、またはＣＤ１９、ＨＬＡ−Ａ２、もしくはＣＤ２０発現レベルに従って組み換え標的細胞のサブ集団を選択することによって最適化される。ｉＣＡＲ形質導入Ｔ細胞がインビトロで「腫瘍上」および「腫瘍外」細胞を区別することができるかどうかを試験するために、１：１以上の比の「腫瘍上」および「腫瘍外」細胞の混合物と培養した形質導入Ｔ細胞の殺傷効果が試験されるであろう。「腫瘍上」組み換え細胞は、（１つの細胞集団のみがルシフェラーゼ遺伝子を所与の回数発現するように操作されるであろう）ルシフェラーゼ発現によって、「腫瘍外」組み換え細胞とは区別されるであろう。共培養の２４〜４８時間後に、殺傷は定量化されるであろう。
【０５０６】
カスパーゼ３活性アッセイ−抗活性化カスパーゼ３（ＣＡＳＰ３）によるＣＴＬ誘導アポトーシスの検出。
細胞傷害性Ｔ細胞が標的細胞を殺傷する経路のうちの１つは、Ｆａｓリガンドを通じてアポトーシスを誘導することによる。カスパーゼの順次活性化は、細胞アポトーシスの実行段階で重要な役割を果たす。ｐｒｏ−カスパーゼ３からカスパーゼ３への開裂によって、立体構造的変化、および触媒活性の発現を生じる。開裂した活性化形態のカスパーゼ３は、モノクローナル抗体によって特異的に認識されることができる。
【０５０７】
形質導入Ｔ細胞は、事前にＣＦＳＥまたは他の細胞トレーサー色素（例えば、ＣｅｌｌＴｒａｃｅ  Ｖｉｏｌｅｔ）で標識された、「腫瘍上」または「腫瘍外」の組み換え細胞のいずれかと２〜４時間共培養されるであろう。活性化ＣＡＳＰ３は、内部染色キット（例えば、ＭｉｌｔｅｎｙｉまたはＢＤ  ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）による細胞透過処理および固定に続き、特異的抗体染色（ＢＤ  ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）によって検出され、アポトーシスの標的細胞は、フローサイトメトリーによって検出および定量化されるであろう。
【０５０８】
経時的顕微鏡ＣＴＬ
形質導入Ｔ細胞は、「腫瘍上」または「腫瘍外」細胞のいずれかと最大５日間培養されるであろう。経時的顕微鏡を使用して、殺傷が視覚化されるであろう。あるいは、エンドポイント時点での標的細胞数を決定するために、生存細胞数染色およびＣｏｕｎｔＢｒｉｇｈｔビーズ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用するフローサイトメトリー分析が行われるであろう。
【０５０９】
ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ形質導入Ｔ細胞が、インビトロで標的を識別することの有効性を実証するために、各組み換え標的細胞（「腫瘍上」または「腫瘍外」）は、異なるレポータータンパク質（例えば、ＧＦＰおよびｍＣｈｅｒｒｙ）で標識される。形質導入Ｔ細胞（エフェクター細胞）は、１つまたは２つの標的抗原（標的細胞）を異なるＥ／Ｔ比で発現している組み換え細胞の混合物と共培養されるであろう。各細胞株の運命の後、顕微鏡画像化が続くであろう。
【０５１０】
サイトカイン放出
Ｔ細胞が活性化されると、細胞は、定量化してＴ細胞の活性化および阻害を評価するために使用することができるサイトカインを分泌する。サイトカインは、フローサイトメトリーによって、またはＥＬＩＳＡもしくはサイトメトリービーズアレイ（ＣＢＡ）による培地中の分泌タンパク質の測定によって、細胞内で検出することができる。
【０５１１】
ＥＬＩＳＡによる分泌サイトカインの定量化
ｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方を発現している形質導入Ｔ細胞（Ｊｕｒｋａｔ、または一次Ｔ細胞）の改変標的細胞との共-培養に続き、ｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方の抗原をそれらの細胞表面上に発現している条件培地は収集され、製造指示書に従って（例えばＢｉｏＬｅｇｅｎｅｄまたは同様の）サイトカインＥＬＩＳＡ（ＩＬ−２、ＩＮＦγおよびまたはＴＮＦα）によって、および（Ｍｉｌｔｅｎｙｉまたは同様の）サイトメトリービーズアレイによってサイトカインの濃度を測定されるであろう。
【０５１２】
ＩＬ−２  ＥＬＩＳＡによって測定されるｉＣＡＲ特異的阻害
図１６Ａに図示されるように、Ｊｕｒｋａｔ  ＣＤ１９  ａＣＡＲおよびＪｕｒｋａｔ  ＣＤ１９  ａＣＡＲ／ＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲエフェクター細胞を、Ｒａｊｉ、Ｒａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２、およびＴｈｐ１標的細胞と共培養し、ＥＬＩＳＡによるＩＬ−２測定用に対応する上清を収集した。Ｊｕｒｋａｔ  ＣＤ１９−ａＣＡＲ／ＨＬＡ−Ａ２−ｉＣＡＲと、ＣＤ１９を発現しているＲａｊｉ標的細胞（「腫瘍」）との培養はＩＬ−２分泌を示したが、しかしながらこれらのエフェクター細胞と、ＣＤ１９およびＨＬＡ−Ａ２の両方を発現しているＲａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２標的細胞（「腫瘍外」）との培養は、ＩＬ−２分泌の８０％超の阻害を生じた。逆に、ＣＤ１９  ａＣＡＲ  Ｊｕｒｋａｔ細胞をＲａｊｉまたはＲａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２標的細胞と培養すると、ＩＬ−２分泌は影響を受けなかった（図１６Ｂ）。この結果は、以下で説明するＮＦＡＴ活性化アッセイと一緒に、腫瘍細胞では発現されない抗原を発現している正常細胞を特異的に保護するｉＣＡＲ構築物の効力を示唆している。
【０５１３】
フローサイトメトリーによるサイトカイン放出の定量化
細胞表面上にｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方の標的抗原を発現している組み換え標的細胞と、６〜２４時間共培養したｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方を発現している形質導入Ｔ細胞（Ｊｕｒｋａｔ、または一次Ｔ細胞）は、ゴルジ輸送ブロッカー（例えばブレフェルジンＡ、モネンシン）を受けて、サイトカインの細胞内蓄積を可能にするであろう。次いで、Ｔ細胞は浸透され、内部染色キット（例えばＭｉｌｔｅｎｙｉ）によって固定され、抗ＣＤ３およびＣＤ８、ならびにまたはＩＬ−２およびまたはＩＮＦγおよびまたはＴＮＦαで染色されるであろう。
【０５１４】
サイトメトリービーズアレイ（ＣＢＡ）アッセイによって測定されるサイトカイン分泌
サイトメトリービーズアレイ（ＣＢＡ）を使用して、サイトカイン、ケモカイン、および成長因子を含む多様な可溶性および細胞内タンパク質を測定する。
【０５１５】
ａＣＡＲ、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方の構築物（エフェクター細胞）で形質導入されたＴ細胞（一次Ｔ細胞またはＪｕｒｋａｔ細胞）は、細胞表面上にｉＣＡＲおよびａＣＡＲの両方、またはａＣＡＲもしくはｉＣＡＲ標的抗原を発現している改変標的細胞で刺激した（図１７Ａ）。数時間の共培養に続き、エフェクター細胞は、サイトカインを生成および分泌し、これはそれらのエフェクター状態を示す。反応の上清を収集し、分泌されたＩＬ−２を測定し、マルチプレックスＣＢＡアッセイによって定量化した。
【０５１６】
図１７Ｂに示されるように、両方の標的抗原を発現している標的細胞と共培養されたａＣＡＲ／ｉＣＡＲ形質導入ＪｕｒｋａｔＴ細胞での、ＩＬ−２分泌の特異的阻害が実証された。二重ＣＡＲ（ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ）形質導入細胞が、両方の標的抗原を発現している標的細胞と共培養されると、同じエフェクター細胞と、１つの標的のみを発現している標的細胞との共培養から生じるＩＬ−２分泌と比較して、ＩＬ−２分泌の８６％の減少が実証された。
【０５１７】
ＮＦＡＴ活性化アッセイ
ＮＦＡＴ活性化によって測定されるＴ細胞活性化の決定のために、表１２に詳述されるように、Ｊｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ細胞に、異なる組み合わせのａＣＡＲおよびｉＣＡＲを形質導入した。表１３に記載されているように、ＣＤ１９  ａＣＡＲ、ＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲ、または両方を発現しているエフェクターＪｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ細胞株を、ＣＤ１９（Ｒａｊｉ細胞−「標的上」）、ＣＤ１９およびＨＬＡ−Ａ２（Ｒａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２「腫瘍外」）またはＨＬＡ−Ａ２（Ｔｈｐ１「腫瘍外」）の両方、のいずれかを発現している標的細胞と共培養した。陽性対照として、エフェクター細胞をＰＭＡおよびイオノマイシンの存在下で刺激し、これによりＮＦＡＴシグナル伝達に必要なカルシウム放出を誘発した。３７ｏＣで１６時間の培養に続き、製造者の指示書に従ってＢＰＳ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓキット「ワンステップルシフェラーゼアッセイ系」を使用して、ルシフェラーゼを定量化した。予想通り、ＣＤ１９−ＣＡＲ構築物を発現しているＪｕｒｋａｔ  ＮＦＡＴ細胞株は、ＣＤ１９を発現しているＲａｊｉ細胞株の存在下で特異的に活性化されたが、これらの細胞がＣＤ１９を発現しないＴｈｐ１細胞株と共培養されると、活性化は示されなかった（図１８）。
【０５１８】
ＣＤ１９  ａＣＡＲ誘導ＮＦＡＴ活性化に対するＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲの阻害効果は、図２１に見ることができる。ＣＤ１９  ａＣＡＲおよびＨＬＡ−Ａ２  ｉＣＡＲの両方を発現しているＪｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ細胞株は、ＣＤ１９のみを発現しているＲａｊｉ細胞によって誘導される活性化と比較して、ＣＤ１９およびＨＬＡ−Ａ２を発現しているＲａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２と共培養されると、特異的に阻害された。対照的に、ＣＤ１９−ＣＡＲのみを発現しているＪｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ細胞株は、ＲａｊｉおよびＲａｊｉ−Ａ２細胞株の両方によって同様に活性化された。これらの条件下で、ＮＦＡＴ活性化の阻害は〜３０％と計算された（図１９）。
【０５１９】
異なるＥ／Ｔ比の影響を試験した。１０：１、５：１、１：１のＥ／Ｔ比で、アッセイを数回繰り返した。図２０に提供されている結果は、より高いＥ／Ｔ比で、増加した阻害効果を得ることができることを示している。結果は、「腫瘍外」の標的細胞との各エフェクター細胞株の共培養からの平均発光値対「標的上」の提示細胞との共培養からの平均値の比として提供される。示されているように、ＣＤ１９  ａＣＡＲおよびＨＬＡ−Ａ２の両方を発現しているＪｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ細胞株は、ＣＤ１９およびＨＬＡ−Ａ２タンパク質を発現しているＲａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２と共培養されると、特異的に阻害されたが、しかしながらこの細胞株は、ＣＤ１９のみを発現しているＲａｊｉ細胞株と共培養されると、阻害は検出されなかった。逆に、ＣＤ１９  ａＣＡＲを発現しているＪｕｒｋａｔ−ＮＦＡＴ細胞株は、共培養されたＣＤ１９を発現している標的細胞株が（ＲａｊｉまたはＲａｊｉ−ＨＬＡ−Ａ２）に関係なく、等しく活性化された。
【０５２０】
ＣＤ１０７ａ染色によって測定されるＴ細胞脱顆粒化アッセイ
Ｔ細胞の脱顆粒は、リソソーム関連膜タンパク質（ＬＡＭＰ−１）であるＣＤ１０７ａの表面発現によって同定することができる。ＬＡＭＰ−１の表面発現は、ＣＤ８  Ｔ細胞の細胞傷害性と相関することが示されている。この分子は、リソソームの管腔側に位置する。ＣＤ１０７ａは、活性化すると、活性化したリンパ球の細胞膜表面に移動する。ＣＤ１０７ａは、細胞表面上に一過性に発現し、エンドサイトーシス経路を介して迅速に再内部化される。したがって、ＣＤ１０７ａの検出は、細胞刺激中の抗体染色によって、およびモネンシンの添加（エンドサイトーシスされたＣＤ１０７ａ抗体複合体の酸性化およびその後の分解を防止するため）によって最大化される。
【０５２１】
形質導入Ｔ細胞は、モネンシンの存在下で標的細胞と約６時間〜約２４時間培養され、Ｔ細胞表面マーカー（ＣＤ３およびＣＤ８）の共役抗体、およびＣＤ１０７ａの共役抗体を使用するフローサイトメトリーによるＣＤ８  Ｔ細胞上でのＣＤ１０７ａ発現が続くであろう。
【０５２２】
殺傷能力のマーカーとしての顆粒化（ＣＤ１０７ａ）。細胞溶解性Ｔ細胞の最も重要な機能は、標的細胞を殺傷する能力である。細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔリンパ球は、パーフォリン−グランザイムが媒介するアポトーシスの活性化、およびｆａｓ−ｆａｓリガンドが媒介するアポトーシスの誘導の２つの主要な経路を介して標的細胞の殺傷を媒介する。これらの経路の誘導は、応答しているＣＤ８＋Ｔ細胞からの細胞溶解性顆粒の放出に依存する。脱顆粒化は、パーフォリン−グランザイムが媒介する殺傷の前提条件であり、抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞の応答によって媒介される即時の溶解機能に必要である。細胞傷害性は、エフェクターＣＤ８＋Ｔ細胞によるタンパク質のｄｅ  ｎｏｖｏ合成を必要としないが、代わりに、細胞質内に位置する事前に形成された溶解性顆粒が、標的細胞に向かって分極した様式で放出される。溶解性顆粒は、膜結合型の分泌性リソソームであり、パーフォリンおよびグランザイムを含む、様々なタンパク質で構成される高密度のコアを含有する。顆粒コアは、ＣＤ１０７ａ（ＬＡＭＰ−１）、ＣＤ１０７ｂ（ＬＡＭＰ−２）、およびＣＤ６３（ＬＡＭＰ−３）を含む、数多くのリソソーム関連膜糖タンパク質（ＬＡＭＰ）を含有する脂質二重層によって囲まれている。脱顆粒化のプロセスの間、溶解性顆粒膜は、活性化ＣＤ８＋Ｔ細胞の形質膜と融合し、次いで顆粒の内容物がＣＤ８＋Ｔ細胞と標的細胞との間の免疫学的シナプスに放出される。このプロセスの結果として、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、およびＣＤ６３糖タンパク質をその中に含む顆粒膜が、応答しているＣＤ８＋Ｔ細胞の形質膜に組み込まれる。コルヒチンなどの脱顆粒化阻害因子は、ＣＤ１０７ａおよびｂの細胞表面発現を劇的に低減するので、活性化Ｔ細胞の細胞表面上でのＣＤ１０７ａおよびｂの高レベル発現には脱顆粒化が必要である。重要なことに、これらのタンパク質は、休止Ｔリンパ球の表面上にはほとんど見られない。したがって、応答している細胞をＣＤ１０７ａおよびｂに対する抗体で標識し、フローサイトメトリーによってそれらの発現を測定することによって、脱顆粒化しているＣＤ８＋Ｔ細胞を直接同定することができる（Ｂｅｔｔｓ  ａｎｄ  Ｋｏｕｐ，２００４）。
【０５２３】
実験環境：
ｉＣＡＲ＋ａＣＡＲ／ａＣＡＲ構築物（エフェクター細胞）で形質導入されたＰＢＭＣは、ＰＭＡ＋イオノマイシン（陽性対照）または細胞表面上にｉＣＡＲ＋ａＣＡＲ／ａＣＡＲ／ｉＣＡＲ抗原を発現する改変標的細胞のいずれかで刺激する。共培養の数時間の間に、エフェクター細胞が脱顆粒化され、ＣＤ１０７ａが細胞表面上に検出されることができる。この発現は一過性であり、ＣＤ１０７ａはエンドサイトーシス経路を介して迅速に再内部化される。したがって、ＣＤ１０７ａの検出は、細胞刺激中の抗体染色によって、およびモネンシンの添加（エンドサイトーシスされたＣＤ１０７ａ抗体複合体の酸性化およびその後の分解を防止するため）によって最大化される。ＢＦＡは最適なサイトカイン発現に必要である。
【０５２４】
実施例９．インビボモデル
ヒト異種移植片マウスモデルにおけるインビボＣＴＬアッセイ
ａＣＡＲおよびｉＣＡＲ構築物の両方を発現しているＴ細胞が、同じ生物内で、標的細胞と「標的外」細胞とを区別することができるかどうか、ならびに「標的外」細胞を生かしながら標的細胞を効果的に殺傷するかどうかの試験は、インビボＣＴＬアッセイによって評価されるであろう。
【０５２５】
ｉＣＡＲもしくはａＣＡＲ、またはｉＣＡＲおよびａＣＡＲの両方で形質導入されたＴ細胞が、ナイーブＮＯＤ／ＳＣＩＤ／γｃ−または同様のマウスにｉ．ｖ．注射されるであろう。数時間後、ｉＣＡＲ、ａＣＡＲ、または両方を発現している標的細胞が注入されるであろう。これらの標的は、それらの間のさらなる区別を可能にするであろう、異なる濃度（高、中、および低）のＣＦＳＥ／ＣＰＤＥ、または同様の細胞のトレース色素のいずれかで標識されるであろう。標的注射の１８時間後、マウスを犠牲にし、脾臓を採取し、ＦＡＣＳによる特定の標的の排除が評価されるであろう。特定の殺傷の割合は、以下の式に従って計算されるであろう。
【数１】
2020535814.tif 000047
【０５２６】
ヒト異種移植片マウスモデルにおける腫瘍成長動態
ＮＯＤ／ＳＣＩＤ／γｃ−または同様のマウスは、腫瘍細胞を接種されるであろう。接種は、ｉｐ／ｉｖまたはｓｃであってもよい。腫瘍細胞は、ｉＣＡＲ標的、ａＣＡＲ標的、または両方のいずれかを発現するであろう。１つの例示的な可能性のあるａＣＡＲ腫瘍細胞株は、ＣＤ１９陽性ＮＡＬＭ６（ＡＴＣＣ、ヒトＢＡＬＬ細胞株）であり得る。例示的なａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方を発現する腫瘍細胞（すなわち、「腫瘍外」細胞）は、ｉＣＡＲエピトープ（例えば、ＨＬＡ−Ａ２）を発現するように操作され、それにより健康な細胞を表すＮＡＬＭ６である。ＮＡＬＭ６およびＮＡｌＭ６−ＨＬＡ−Ａ２はまた、容易な検出のために、レポーター遺伝子（例えば、ホタルルシフェラーゼ）を発現するように操作することができる。マウスは、標的細胞の可能な全ての組み合わせを接種したいくつかの研究群に分けられるであろう。一例として、１つの群にはＮＡＬＭ６細胞が注射され、他方にはｉＣＡＲエピトープを発現しているＮＡＬＭ−６が注射されるであろう。数日後、腫瘍がすでに確立されている間、マウスは、ａＣＡＲ、またはａＣＡＲ／ｉＣＡＲ、またはｉＣＡＲで形質導入されたＴ細胞を静脈内注入されるであろう。加えて、非形質導入Ｔ細胞の対照群、Ｔ細胞なし、またはシグナル伝達ドメインを含まない形質導入Ｔ細胞も含まれるであろう。腫瘍が実験の終点、すなわち最大許容腫瘍体積に達するまで、マウスはモニタリングされるであろう。モニタリングは、機械的手段（キャリパー）によって腫瘍体積を測定することによって、およびインビボ画像化システム（ＩＶＩＳ）を使用することによっても行われるであろう。終点日に、マウスを犠牲にし、腫瘍負荷を定量化し、浸潤Ｔ細胞集団がＦＡＣＳによって分析されるであろう。ｉＣＡＲ構築物を発現しているＴ細胞が同じ生物内の標的細胞と「標的外」細胞とを区別することができるかどうかを試験するために、いくつかの比の「腫瘍上」／「腫瘍外ＮＡＬＭ−６細胞のいくつかの可能な混合物の後、続いてａＣＡＲ単独、またはａＣＡＲおよびｉＣＡＲの両方のいずれかを発現している形質導入Ｔ細胞がマウスに注入されるであろう。マウスを犠牲にし、フローサイトメトリーによって、２つのマーカー、ＣＤ１９およびｉＣＡＲエピトープでの脾臓および骨髄の「腫瘍上」および「腫瘍外細胞の存在が分析されるであろう。
【０５２７】
トランスジェニックマウスモデルにおける毒性および腫瘍成長動態
ヒトａＣＡＲおよびｉＣＡＲ標的を発現するトランスジェニックマウスも使用して、形質導入Ｔ細胞の有効性が決定されるであろう。これらの環境下では、マウスは完全に機能する免疫系を有し、ｉＣＡＲ／ａＣＡＲ形質導入Ｔ細胞の潜在的な毒性を評価することができる。ＣＡＲ構築物はヒト抗原と一致するｓｃＦｖを含含有するが、シグナル伝達ドメインはマウスＴ細胞を活性化または阻害するように改変されるであろう。かかるモデルの１つの例は、ヒトＨＬＡ−Ａ２分子のみを発現するＨＨＤ−ＨＬＡ−Ａ２マウスであるが、他の全てのタンパク質はマウスのみのものである。この場合、ＣＤ１９  ａＣＡＲのｓｃＦｖは、マウスＣＤ１９ホモログに向けられるであろう。ＨＬＡ分子が欠如したヒト標的細胞（例えば、ＬＣＬ  ７２１．２２１細胞、またはＣ１Ｒ−ｎｅｏＡＴＣＣ（登録商標）ＣＲＬ−２３６９（商標）、または同様のもの）が使用されるであろう。マウスＣＤ１９を発現するように標的は改変されるであろう。この系によって、有効性および毒性の問題のモニタリングが可能になるであろう。
【０５２８】
ｍＡｂｓの生成
異なる腫瘍で同定された保存および喪失対立遺伝子多様体のいくつかのペアが選択され、ｍＡｂ生成技法を使用するそれらのポリペプチド生成物は、多様体特異的ｍＡｂの生成に役立つであろう。候補ｍＡｂの区別力は、選択された対立遺伝子を発現している組み換え細胞株への結合によって決定されるように、二重染色、およびフローサイトメトリー実験または免疫組織化学によってアッセイされるであろう。
【０５２９】
全ての見出しおよびセクションの指定は、明確さおよび参照目的のためだけに使用されているにすぎず、決して限定的であるとみなされるべきではない。例えば、当業者は、本明細書に記載の本発明の趣旨および範囲に従って、必要に応じて異なる見出しおよびセクションからの様々な態様を組み合わせることの有用性を認識するであろう。
【０５３０】
本明細書に引用された全ての参考文献は、あたかも各個々の刊行物または特許または特許出願が全ての目的のためにその全体が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されるのと同程度にそれらの全体が全ての目的のために本明細書に参照により組み込まれる。
【０５３１】
当業者には明らかなように、本出願の趣旨および範囲から逸脱することなく、本出願の多くの修正および変形をなすことができる。本明細書に記載された特定の実施形態および実施例は例としてのみ提供され、特許請求の範囲が権利を与えられる同等物の全範囲とともに、添付の特許請求の範囲の用語によってのみ限定されるべきである。
【図１】
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【図２】
2020535814.tif 000049
【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
2020535814.tif 000057
【図９】
2020535814.tif 000058
【図１０Ａ】
2020535814.tif 000059
【図１０Ｂ】
2020535814.tif 000060
【図１０Ｃ】
2020535814.tif 000061
【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
2020535814.tif 000065
【図１５】
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【図１６】
2020535814.tif 000067
【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１−１】
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【図２１−２】
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【図２１−３】
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【図２１−４】
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【図２１−５】
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【図２２−１】
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【図２２−２】
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【図２２−３】
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【図２２−４】
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【図２２−５】
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【図２２−６】
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【図２２−７】
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【図２２−８】
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【図２２−９】
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【図２３−１】
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【図２３−２】
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【図２３−３】
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【図２３−４】
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【図２３−５】
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【図２３−６】
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【図２３−７】
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【図２３−８】
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【図２３−９】
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【図２３−１０】
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【図２３−１１】
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【図２３−１２】
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【図２３−１３】
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【図２３−１４】
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【図２３−１５】
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【図２３−１６】
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【図２３−１７】
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【図２３−１８】
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【図２３−１９】
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【図２３−２０】
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【図２３−２１】
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【図２３−２２】
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【図２３−２３】
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【図２３−２４】
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【図２３−２５】
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【図２３−２６】
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【図２３−２７】
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【図２３−２８】
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【図２３−２９】
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【図２３−３０】
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【図２３−３１】
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【図２３−３２】
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【図２３−３３】
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【図２３−３４】
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【図２３−３５】
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【図２３−３６】
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【図２３−３７】
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【図２３−３８】
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【図２３−３９】
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【図２３−４０】
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【図２３−４１】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2020535814.tif 000128
2020535814.tif 000129
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