(57)【要約】  本発明は、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５（ＰＲＭＴ５）阻害剤による治療に応答する可能性がある患者を同定する方法であって、スプライソソームの改変の存在について患者からの生物学的試料を評価することを含み、任意の前記改変の存在は、任意の前記変異または改変が存在しない場合よりも、前記患者が前記ＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性が高いことを示す、方法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５（ＰＲＭＴ５）阻害剤による治療に応答する可能性がある患者を同定する方法であって、スプライソソームの改変の存在について前記患者からの生物学的試料を評価することを含み、任意の前記改変の存在は、任意の前記改変が存在しない場合よりも、前記患者が前記ＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性が高いことを示す、方法。
【請求項２】
前記スプライソソームの改変は、Ｕ２ＡＦ１、ＲＢＭ１０およびＫＩＡＡ１４２９からなる群から選択される遺伝子における変異を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記遺伝子は、Ｕ２ＡＦ１であり、および前記変異は、Ｓ３４Ｆである、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記遺伝子は、ＲＢＭ１０であり、および前記変異は、Ｉ６９６ｆｓ、Ｉ３４８Ｎ、Ｇ８４０ｆｓからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記遺伝子は、ＫＩＡＡ１４２９であり、および前記変異は、Ｌ８３７Ｖ、Ｆ１２６０Ｌ、Ｄ２５１ｉｆ、Ｔ１３３３Ｍ、Ｖ１５４８Ｌ、Ｇ３９７ＡおよびＱ９６２Ｅからなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記生物学的試料は、スプライソソームの改変を含み、および前記患者は、ＮＳＣＬＣを有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記ＰＲＭＴ５阻害剤は、化合物２または化合物８０である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本明細書では、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５阻害剤による治療に応答する可能性が高い患者を同定する方法およびその治療方法が提供される。
【背景技術】
【０００２】
Ｈｓｌ７、Ｊｂｐ１、Ｓｋｂ１、ＣａｐｓｕｌｅｅｎまたはＤａｒｔ５とも呼ばれるタンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５（ＰＲＭＴ５）は、アルギニンのモノメチル化および対称性ジメチル化に関与する主要なメチルトランスフェラーゼの１つである。ＰＲＭＴ５は、対称性Ａｒｇジメチルトランスフェラーゼ酵素ファミリーに属する。触媒活性は、肺発癌ドライバー経路の活性化（スプライシングおよびＷＮＴシグナル伝達）ならびに腫瘍サプレッサーおよび腫瘍免疫原性ケモカインのエピジェネティック抑制に関連する。タンパク質の濃度および局在化は、細胞のメチル化の増大、気管支上皮表現型の喪失および疾患進行の不良と相関する。
【０００３】
ヒストンおよび非ヒストンタンパク質上の翻訳後アルギニンメチル化は、ゲノム組織化、転写、分化、スプライソソーム機能、シグナル伝達および細胞周期進行の調節、幹細胞およびＴ細胞運命などの種々の生物学的プロセスに重要である。後生動物のＰＲＭＴ５は、Ｗｄｒ７７、アンドロゲン受容体共活性化因子ｐ４４およびＶａｌｏｉｓとも呼ばれるメチロソームタンパク質５０（ＭＥＰ５０）と機能的複合体を形成する。ＰＲＭＴ５−ＭＥＰ５０のタンパク質濃度の上昇と細胞質内蓄積との両方が癌の腫瘍形成に関与しており、近年、臨床転帰の不良と相関がとられている。ＰＲＭＴ５−ＭＥＰ５０複合体の触媒機能および足場機能の両方に対処する細胞レスキュー実験は、包括的な酵素学的研究の他に、タンパク質濃度、局在化および酵素機能間の発癌性関連を実証した。この相関は、ＰＲＭＴ５を癌および他の疾患に対する必須の小分子薬標的に変えている。
【０００４】
ＰＲＭＴ５は、Ｓ−アデノシルメチオニン（ＳＡＭ）を利用して、ヒストンおよび非ヒストンタンパク質基質上に対称性ジメチル化アルギニンを生成し、かつＳ−アデノシルホモシステイン（ＳＡＨ）を生成するＩＩ型ＰＲＭＴサブファミリーのメンバーである。ＰＲＭＴ５活性の調節は、多数の種々の結合パートナー、翻訳後修飾、ｍｉＲＮＡおよび細胞内局在化を介して起こる。Ａｒｇ３上のヒストンＨ２ＡおよびＨ４と、Ａｒｇ８上のヒストンＨ３とのメチル化は、分化、形質転換、細胞周期進行および腫瘍抑制に関与する遺伝子転写物の特異的抑制／活性化のためのクロマチン形成を調節する。さらに、Ａｒｇ３上のヒストンＨ４のＰＲＭＴ５媒介メチル化は、長期間の遺伝子サイレンシングのためにヒストンおよびＤＮＡメチル化に結合するように、ＤＮＡ−メチルトランスフェラーゼＤＮＭＴ３Ａを動員し得る。
【０００５】
非ヒストンのメチル化は、ＰＲＭＴ５の細胞局在化に応じて細胞質または核のいずれかで起こり得る。核スプライソソームの構築に必要なＳｍタンパク質Ｄ１およびＤ３のメチル化は、ＰＲＭＴ５を含有する「メチロソーム」の一部として細胞質中で起こる。ＰＲＭＴ５がスプライシングに関与するというさらなる証拠は、マウス神経幹細胞における条件付きＰＲＭＴ５ノックアウトによって提供された。ＰＲＭＴ５を欠損した細胞は、イントロンの選択的保持および弱い５’供与部位を有するエキソンのスキッピングを示した。スプライシングにおける役割に加えて、ＰＲＭＴ５は、ｐ５３、３０  ＥＧＦＲ、２６  ＣＲＡＦ、３  ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ、６４およびＮＦｋＢのような重要なシグナル伝達ノードの直接的なメチル化により、細胞運命および恒常性に関与する重要な経路に影響を与える。
【０００６】
ＰＲＭＴ５は、主要な対称性Ａｒｇジメチルトランスフェラーゼの１つであり、多くの細胞プロセスに関与しているため、タンパク質発現の増加は、その発癌性の重要な要因であると思われる。興味深いことに、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）におけるＰＲＭＴ５の翻訳は、ｍｉＲＮＡによって調節されているようである。ＭＣＬ細胞は、正常なＢリンパ球よりも少ないｍＲＮＡおよびより遅いＰＲＭＴ５の転写速度を示すが、ＰＲＭＴ５濃度と、Ｈ３Ｒ８およびＨ４Ｒ３のメチル化とは、著しく増加する。ＰＲＭＴ５の３’ＵＴＲ領域に結合するｍｉＲＮＡの再発現は、ＰＲＭＴ５タンパク質濃度を減少させる。驚くべきことに、ＰＲＭＴ５アンチセンスＲＮＡは、高いｍＲＮＡ発現量ではなく、特異的翻訳調節の仮説を支持するヒトＰＲＭＴ５遺伝子内に見出された。
【０００７】
ＰＲＭＴ５は、臨床に関連する標的と大いに見なされているが、選択的なＰＲＭＴ５阻害剤は、依然としてほとんど発表されていない。最近では、多発性ＭＣＬ異種移植モデル中で抗腫瘍活性を有する新規なナノモル濃度以下の強力なＰＲＭＴ５阻害剤（ＥＰＺ０１５６６６）は、ＰＲＭＴ５の生物学および癌における役割をさらに検証するのに適した最初の化学プローブであることが記載されている（Ｃｈａｎ−Ｐｅｎｅｂｒｅ  Ｅ，Ｋｕｐｌａｓｔ  ＫＧ，Ｍａｊｅｒ  ＣＲ，ｅｔ  ａｌ．Ａ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ＰＲＭＴ５  ｗｉｔｈ  ｉｎ  ｖｉｖｏ  ａｎｄ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ｐｏｔｅｎｃｙ  ｉｎ  ＭＣＬ  ｍｏｄｅｌｓ．Ｎａｔ  Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．Ｊｕｎ  ２０１５；１１（６）：４３２−４３７）。
【０００８】
国際公開第２０１４／１００６９５Ａ１号パンフレットは、ＰＲＭＴ５活性を阻害するのに有用な化合物を開示しており、ＰＲＭＴ５媒介性疾患を治療するためのその化合物の使用方法も記載されている。
【０００９】
国際公開第２０１４／１００７３０Ａ１号パンフレットは、ジヒドロイソキノリンまたはテトラヒドロイソキノリンを含有するＰＲＭＴ５阻害剤およびその使用を開示している。
【００１０】
Ｄｅｖｋｏｔａ，Ｋ．ｅｔ  ａｌ．，ＡＣＳ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ，２０１４．５：ｐ．２９３−２９７は、天然産物のシネフンギンの一連の類似体の合成およびこれらの類似体の、ＥＨＭＴ１およびＥＨＭＴ２に対する阻害能を記載している。
【００１１】
国際公開第２００３／０７０７３９号パンフレットは、Ａ１アデノシン受容体の部分的および完全なアゴニスト、それらの調製ならびにそれらの治療的使用を開示している。
【００１２】
国際公開第２０１２／０８２４３６号パンフレットは、ヒストンメチルトランスフェラーゼの調節剤としての、またヒストンメチルトランスフェラーゼ活性の調節によって影響を受ける疾患を治療するための化合物および組成物を開示している。
【００１３】
国際公開第２０１４／１００７１９号パンフレットは、ＰＲＭＴ５阻害剤およびその使用を開示している。
【００１４】
国際公開第０３／０７４０８３号パンフレットは、メチルチオアデノシンホスホリラーゼ欠損細胞を選択的に殺滅する併用療法を開示している。ＭＴＡの類似体は、抗毒性剤として本明細書に記載されている。
【００１５】
Ｋｕｎｇ，Ｐ．−Ｐ．ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ，２００５．１５：ｐ．２８２９−２８３３は、新規なヒト５’−デオキシ−５’−メチルチオアデノシンホスホリラーゼ（ＭＴＡＰ）基質の設計、合成および生物学的評価を記載している。
【００１６】
国際公開第２０１２／０７５５００号パンフレットは、ヒストンメチルトランスフェラーゼの７−デアザプリン調節剤を開示している。
【００１７】
国際公開第２０１４／０３５１４０号パンフレットは、ヒストンメチルトランスフェラーゼ活性を調節するための化合物および組成物を開示している。
【００１８】
国際公開第２０１５／２００６８０号パンフレットは、ＰＲＭＴ５阻害剤およびその使用を記載している。
【００１９】
国際公開第２０１７／０３２８４０号パンフレットおよび国際公開第２０１７／１５３１８６号パンフレットは、ＰＲＭＴ５阻害剤およびその使用も記載しており、これらは、参照により本明細書に組み込まれる。
【００２０】
ＰＲＭＴ５は、複数のメカニズムを介して肺癌に関連している。ＮＳＣＬＣにおけるＰＲＭＴ５およびＭＥＰ５０の発現の上昇は、生存率の低下と高い相関を有している。肺腺癌におけるこの発現の亢進に対する機構的洞察は、ＰＲＭＴ５の高い細胞質発現が、場合により上皮から間葉への移行およびヒストンメチル化を介して媒介される予後不良と直接相関するという研究によって示された。さらに、ＰＲＭＴ５の過剰発現は、ヌードマウスに腫瘍の形成を引き起こす。ＰＲＭＴ５の細胞形質転換能力の背後にあるメカニズムは、不明であるが、この酵素は、細胞死、細胞周期進行、スプライシング、細胞成長および増殖において役割を有すると仮定されている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００２１】
前臨床データは、ＰＲＭＴ５阻害が肺癌集団の一部の肺癌細胞死を引き起こすが、異なるサブセットではＰＲＭＴ５阻害剤の長期曝露によって影響されないことを示している。したがって、特定の患者のＰＲＭＴ５媒介性疾患がＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性が高いかどうかを決定するか、あるいはＮＳＣＬＣもしくはＳＣＬＣまたはＰＲＭＴ５によって媒介された他の疾患を有する患者の、ＰＲＭＴ５阻害剤による治療の薬力学的効果を測定するための薬力学的（ＰＤ）および／または予測バイオマーカーに対する明らかな必要性が存在する。そのようなバイオマーカーは、現在知られていない。
【課題を解決するための手段】
【００２２】
本明細書では、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５（ＰＲＭＴ５）阻害剤による治療に応答する可能性が高い患者を同定する方法が開示される。
【００２３】
ＰＲＭＴ５阻害剤は、天然基質のＳＡＭ（Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン）と競合的にＰＲＭＴ５酵素に結合して、そのような酵素を阻害することができる。
【００２４】
したがって、ＰＲＭＴ５阻害剤またはその医薬組成物は、血液疾患、代謝異常、自己免疫疾患、癌、炎症性疾患、心血管疾患、神経変性疾患、膵炎、多臓器不全、腎臓病、血小板凝集、精子運動性、移植拒絶反応、移植片拒絶、肺損傷などの疾患の治療または予防、特に治療に有用であり得ると予想される。
【００２５】
特に、ＰＲＭＴ５阻害剤またはその医薬組成物は、アレルギー、喘息、造血器癌、肺癌、前立腺癌、メラノーマ、代謝異常、糖尿病、肥満、血液疾患、鎌状赤血球貧血などの疾患の治療または予防、特に治療に有用であり得る。
【００２６】
ＰＲＭＴ５阻害剤またはその医薬組成物は、自己免疫疾患、癌、良性腫瘍または炎症性疾患などの増殖性障害などの疾患の治療または予防、特に治療に有用であり得る。
【００２７】
ＰＲＭＴ５阻害剤またはその医薬組成物は、糖尿病、肥満を含む代謝異常；癌、造血器癌、肺癌、前立腺癌、メラノーマまたは膵臓癌を含む増殖性障害；血液疾患；異常ヘモグロビン症；鎌状赤血球貧血；βサラセミア、炎症性疾患および自己免疫疾患、例えば関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、下痢、胃食道逆流症などの疾患の治療または予防、特に治療に有用であり得る。
【００２８】
いくつかの実施形態では、ＰＲＭＴ５の阻害は、以下の非限定的な癌の一覧の治療または予防、特に治療に有用であり得る：乳癌、肺癌、食道癌、膀胱癌、造血器癌、リンパ腫、髄芽腫、直腸腺癌、結腸腺癌、胃癌、膵臓癌、肝臓癌、腺様嚢胞癌、肺腺癌、頭頸部扁平上皮癌、脳腫瘍、肝細胞癌、腎細胞癌、メラノーマ、乏突起膠腫、卵巣明細胞癌および卵巣漿液性嚢胞腺腫。
【００２９】
治療または予防され得る代謝異常、特に治療され得る代謝異常の例としては、糖尿病または肥満が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３０】
治療または予防され得る血液疾患、特に治療され得る血液疾患の例としては、鎌状赤血球貧血またはβ−サラセミアなどの異常ヘモグロビン症が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３１】
治療または予防され得る癌、特に治療され得る癌の例としては、聴神経腫、腺癌、副腎癌、肛門癌、血管肉腫（例えば、リンパ管肉腫、リンパ管内皮肉腫、血管肉腫）、虫垂癌、良性単クローン性ガンマグロブリン血症、胆道癌（例えば、胆管細胞癌）、膀胱癌、乳癌（例えば、乳腺癌、乳頭癌、乳癌、乳房の髄様癌）、脳癌（例えば、髄膜腫；神経膠腫、例えば星状細胞腫；乏突起膠腫、髄芽腫）、気管支癌、カルチノイド腫瘍、子宮頸癌（例えば、子宮頚部腺癌）、脊索腫、絨毛癌、頭蓋咽頭腫、大腸癌（例えば、結腸癌、直腸癌、結腸直腸腺癌）、上皮癌、上衣腫、内皮肉腫（例えば、カポジ肉腫、多発性特発性出血性肉腫）、子宮内膜癌（例えば、子宮癌、子宮肉腫）、食道癌（例えば、食道腺癌、バレット腺癌）、ユーイング肉腫、眼腫瘍（例えば、眼内黒色腫、網膜芽細胞腫）、良く知られた過好酸球増加症、胆嚢癌、胃癌（例えば、胃腺癌）、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、頭頸部癌（例えば、頭頸部扁平上皮癌）、口腔癌（例えば、口腔扁平上皮癌（ＯＳＣＣ）、咽喉癌（例えば、咽頭癌、喉頭癌、鼻咽頭癌、口腔咽頭癌））、造血器癌（例えば、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）（例えば、Ｂ細胞ＡＬＬ、Ｔ細胞ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）（例えば、Ｂ細胞ＡＭＬ、Ｔ細胞ＡＭＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）（例えば、Ｂ細胞ＣＭＬ、Ｔ細胞ＣＭＬ）および慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）（例えば、Ｂ細胞ＣＬＬ、Ｔ細胞ＣＬＬ）などの白血病；ホジキンリンパ腫（ＨＬ）（例えば、Ｂ細胞ＨＬ、Ｔ細胞ＨＬ）および非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）（例えば、びまん性大細胞型リンパ腫（ＤＬＣＬ）（例えば、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）などのＢ細胞ＮＨＬ）、濾胞性リンパ腫、慢性リンパ性白血病／小リンパ球性リンパ腫（ＣＬＬ／ＳＬＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫（例えば、粘膜関連リンパ組織（ＭＡＬＴ）リンパ腫、節性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫、脾性辺縁帯Ｂ細胞リンパ腫）、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫、バーキットリンパ腫、リンパ形質細胞性リンパ腫（すなわち「ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症」）、免疫芽球性大細胞型リンパ腫、有毛細胞白血病（ＨＣＬ）、前駆Ｂリンパ芽球性リンパ腫および原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫；ならびに前駆Ｔリンパ芽球性リンパ腫／白血病、末梢Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）（例えば、皮膚Ｔ細胞リンパ腫（ＣＴＣＬ）（例えば、菌状息肉腫、セザリー症候群）、血管免疫芽球性Ｔ細胞リンパ腫、節外性ナチュラルキラーＴ細胞リンパ腫、腸管症型Ｔ細胞リンパ腫、皮下脂肪膵炎様Ｔ細胞リンパ腫、未分化大細胞リンパ腫）などのＴ細胞ＮＨＬなどのリンパ腫；上記の１種以上の白血病／リンパ腫の混合；ならびに多発性骨髄腫（ＭＭ）、重鎖病（例えば、アルファ鎖病、ガンマ鎖病、ミュー鎖病）、血管芽細胞種、炎症性筋線維芽細胞性腫瘍、免疫球性アミロイドーシス、腎臓癌（例えば、腎芽腫（別名ウィルムス腫瘍）、腎細胞癌）、肝臓癌（例えば、肝細胞癌（ＨＣＣ）、悪性ヘパトーマ）、肺癌（例えば、気管支癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、扁平上皮肺癌（ＳＬＣ）、肺腺癌、ルイス肺癌、肺神経内分泌腫瘍：定型カルチノイド、非定型カルチノイド、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）および大細胞神経内分泌腫瘍）、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）、肥満細胞症（例えば、全身性肥満細胞症）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、中皮腫、骨髄増殖性疾患（ＭＰＤ）（例えば、真性赤血球増加症（ＰＶ）、本態性血小板血症（ＥＴ）、原発性骨髄線維症（ＡＭＭ）（別名、骨髄線維症（ＭＦ））、慢性特発性骨髄線維症、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性好中球性白血病（ＣＮＬ）、好酸球増加症候群（ＨＥＳ））、神経芽細胞種、神経線維腫（例えば、神経線維腫症（ＮＦ）１型または２型、シュワノマトーシス）、神経内分泌癌（例えば、膵・消化管神経内分泌腫瘍（ＧＥＰ−ＮＥＴ）、カルチノイド腫瘍）、骨肉腫、卵巣癌（例えば、嚢胞腺癌、卵巣胚性癌、卵巣腺癌）、乳頭腺癌、膵臓癌（例えば、膵臓腺癌、膵管内乳頭粘液性腫瘍（ＩＰＭＮ）、膵島細胞腫瘍）、陰茎癌（例えば、陰茎および陰嚢のページェット病）、松果体腫、原始神経外胚葉性腫瘍（ＰＮＴ）、前立腺癌（例えば、前立腺腺癌）、直腸癌、横紋筋肉腫、唾液腺癌、皮膚癌（例えば、扁平上皮癌（ＳＣＣ）、角化棘細胞種（ＫＡ）、メラノーマ、基底細胞癌（ＢＣＣ））、小腸癌（例えば、虫垂体癌）、軟部肉腫（例えば、悪性線維組織球腫（ＭＦＨ）、脂肪肉腫、悪性末梢神経鞘腫瘍（ＭＰＮＳＴ）、軟骨肉腫、線維肉腫、粘液肉腫）、脂腺癌、汗腺癌、滑膜腫、精巣癌（例えば、精上皮腫、精巣胚性癌）甲状腺癌（例えば、甲状腺の乳頭癌、甲状腺乳頭癌（ＰＴＣ）、甲状腺髄様癌）、尿道癌、膣癌および外陰癌（例えば、外陰部のページェット病）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３２】
治療または予防され得る神経変性疾患、特に治療され得る神経変性疾患の例としては、運動ニューロン疾患、進行性核上麻痺、皮質基底膜変性、ピック病、アルツハイマー病、ＡＩＤＳ関連認知症、パーキンソン病、筋萎縮性側索硬化症、網膜色素変性症、脊髄筋萎縮症および小脳変性症が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３３】
治療または予防され得る心血管疾患、特に治療され得る心血管疾患の例としては、心臓肥大、再狭窄、アテローム性動脈硬化症および糸球体腎炎が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３４】
治療または予防され得る炎症性疾患、特に治療され得る炎症性疾患の例としては、にきびに関連する炎症、貧血（例えば、再生不良性貧血、溶血性自己免疫性貧血）、鼻炎、喘息、動脈炎（例えば、多発性動脈炎、側頭動脈炎、結節性動脈周囲炎、高安動脈炎）、関節炎（例えば、結晶性関節炎、変形性関節炎、乾癬性関節炎、痛風性関節炎、反応性関節炎、関節リウマチおよびライター関節炎）、上気道疾患、強直性脊椎炎、アミローシス、筋萎縮性側索硬化症、自己免疫疾患、アレルギーおよびアレルギー反応、アテローム性動脈硬化症、気管支炎、滑液包炎、慢性前立腺炎、結膜炎、シャーガス病、慢性閉塞性肺炎、憩室炎、皮膚筋炎、糖尿病（例えば、１型糖尿病、２型糖尿病）、皮膚疾患（例えば、乾癬、湿疹、過敏反応性湿疹、熱傷、皮膚炎、掻痒症（痒み））、子宮内膜症、ギラン・バレー症候群、感染症、虚血性心疾患、川崎病、糸球体腎炎、歯肉炎、過敏症、頭痛（例えば、片頭痛、緊張性頭痛）、腸閉塞（例えば、術後腸閉塞および敗血症における腸閉塞）、特発性血小板減少性紫斑病、間質性膀胱炎（疼痛膀胱症候群）、胃腸障害（例えば、消化性潰瘍、局所性腸炎、憩室炎、胃腸出血、好酸球性消化管疾患（例えば、好酸球性食道炎、好酸球性胃炎、好酸球性胃腸炎、好酸球性大腸炎）、胃炎、下痢、胃食道逆流性疾患（ＧＯＲＤまたはその同義語ＧＥＲＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、クローン病、潰瘍性大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置大腸炎、ベーチェット症候群、不確定大腸炎）および炎症性腸症候群（ＩＢＳ）から選択される）、狼瘡、限局性強皮症、重症筋無力症、心筋虚血、多発性硬化症、ネフローゼ症候群、尋常性天疱瘡、悪性貧血、消化性潰瘍、多発性筋炎、原発性胆汁性肝硬変、脳疾患関連神経炎症（例えば、パーキンソン病、ハンチントン病およびアルツハイマー病）、前立腺炎、頭蓋照射傷害関連慢性炎症、骨盤内炎症性疾患、再潅流傷害、限局性腸炎、リウマチ熱、全身性エリテマトーデス、強皮症、全身性硬化症、サルコイドーシス、脊椎関節症、シェーグレン症候群、甲状腺炎、移植拒絶反応、腱炎、外傷または傷害（例えば、凍傷、化学的刺激物質、毒素、瘢痕、熱傷、身体的傷害）、血管炎、白斑およびウェゲナー肉芽腫症が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３５】
特に、炎症性疾患は、急性炎症性疾患（例えば、例として感染から生じる炎症）であり得る。特に、炎症性疾患は、慢性炎症性疾患（例えば、喘息、関節炎および炎症性腸疾患から生じる状態）であり得る。ＰＲＭＴ５阻害剤は、外傷および非炎症性筋痛に関連する炎症の治療にも有用であり得る。本化合物は、癌に関連する炎症の治療にも有用であり得る。
【００３６】
治療または予防され得る自己免疫疾患、特に治療され得る自己免疫疾患の例としては、関節炎（関節リウマチ、脊椎関節症、痛風性関節炎、変形性関節炎などの変性関節疾患、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、強直性脊椎炎、未分化脊椎炎、ベーチェット病、自己免疫性溶血性貧血、筋萎縮性側索硬化症、アミローシス、多発性硬化症、急性肩関節痛、乾癬および若年性関節炎を含む）、喘息、アテローム性動脈硬化症、骨粗鬆症、気管支炎、腱炎、滑液包炎、皮膚疾患（例えば、乾癬、湿疹、過敏反応性湿疹、熱傷、皮膚炎、掻痒症（痒み））、遺尿症、好酸球性疾患、胃腸障害（例えば、消化性潰瘍、局所性腸炎、憩室炎、胃腸出血、好酸球性消化管疾患（例えば、好酸球性食道炎、好酸球性胃炎、好酸球性胃腸炎、好酸球性大腸炎）、胃炎、下痢、胃食道逆流性疾患（ＧＯＲＤまたはその同義語、ＧＥＲＤ）、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、クローン病、潰瘍性大腸炎、コラーゲン性大腸炎、リンパ球性大腸炎、虚血性大腸炎、空置大腸炎、ベーチェット症候群、不確定大腸炎）および炎症性腸症候群（ＩＢＳ）から選択される）および消化管運動促進薬によって改善される障害（例えば、腸閉塞、術後腸閉塞および胚血症における腸閉塞；胃食道逆流性疾患（ＧＯＲＤまたはその同義語ＧＥＲＤ）；好酸球性食道炎、糖尿病性胃不全麻痺などの胃不全麻痺；食物不耐性および食物アレルギーならびに非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ）および非心臓性胸痛（ＮＣＣＰ、肋軟骨炎を含む）などの他の機能性腸疾患）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３７】
特定の実施形態では、ＰＲＭＴ５阻害剤は、体細胞を幹細胞に再プログラミングするなど、体細胞再プログラミングにおいて有用であり得る。特定の実施形態では、ＰＲＭＴ５阻害剤は、生殖細胞の発生において有用であり得、したがって生殖技術および再生医療の分野において有用であると想定される。
【００３８】
治療または予防され得る他の疾患、特に治療され得る他の疾患としては、虚血傷害関連心筋梗塞、免疫学的疾患、脳卒中、不整脈、毒素誘発性またはアルコール関連肝疾患、アスピリン感受性副鼻腔炎、嚢胞性線維症、癌疼痛ならびに血液学的疾患、例えば慢性貧血および再生不良性貧血が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３９】
したがって、本発明は、タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５（ＰＲＭＴ５）阻害剤による治療に応答する可能性がある患者を同定する方法であって、以下：
・ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、
・スプライソソームの改変、
・サイクリンＤ１経路の増幅、および／または
・ＷＮＴ経路の改変
のいずれかの存在について患者からの生物学的試料を評価することを含む方法を含み、ここで、任意の前記変異または改変の存在は、任意の前記変異または改変が存在しない場合よりも、前記患者が前記ＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性が高いことを示す。
【００４０】
好ましい実施形態では、スプライソソームの改変は、Ｕ２ＡＦ１、ＲＢＭ１０およびＫＩＡＡ１４２９からなる群から選択される遺伝子の変異を含む。特定の実施形態では、遺伝子は、Ｕ２ＡＦ１であり、および変異は、Ｓ３４Ｆである。別の特定の実施形態では、遺伝子は、ＲＢＭ１０であり、および変異は、Ｉ６９６ｆｓ、Ｉ３４８Ｎ、Ｇ８４０ｆｓからなる群から選択される。さらに別の特定の実施形態では、遺伝子は、ＫＩＡＡ１４２９であり、および変異は、Ｌ８３７Ｖ、Ｆ１２６０Ｌ、Ｄ２５１ｉｆ、Ｔ１３３３Ｍ、Ｖ１５４８Ｌ、Ｇ３９７ＡおよびＱ９６２Ｅからなる群から選択される。他のスプライソソームの改変も、患者がＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性がより高いことを示し得る。
【００４１】
別の実施形態では、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異は、Ｈ１０４７Ｒ、ＰＧ１０６−Ｒ１０８ｄｅｌ、Ｔ１０２５ＡおよびＥ５４２Ｋからなる群から選択される。しかしながら、他の活性化変異も、患者がＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性がより高いことを示し得る。
【００４２】
別の実施形態では、サイクリンＤ１経路の増幅は、サイクリンＤ１、ＣＤＫ４またはＣＤＫ６発現の増幅である。しかしながら、他のサイクリンＤ１経路の増幅も、患者がＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性がより高いことを示し得る。
【００４３】
別の実施形態では、ＷＮＴ経路の改変は、自己分泌ＷＮＴのシグナル伝達を含む。好ましくは、ＷＮＴ経路の改変は、ＡＰＣまたはＣＴＮＮＢ１遺伝子の変異を含む。特定の実施形態では、遺伝子は、ＡＰＣであり、および変異は、Ｒ２１３Ｑ、Ｒ２６７３Ｇ、Ｉ１１７７ＭおよびＤ２７９６Ｇからなる群から選択される。別の特定の実施形態では、遺伝子は、ＣＴＮＮＢ１であり、および変異は、Ｙ６７０＊、Ｓ４５ＦおよびＴ４１Ａからなる群から選択される。しかしながら、他のＷＮＴ経路の改変も、患者がＰＲＭＴ５阻害剤による治療に応答する可能性がより高いことを示し得る。
【００４４】
特定の実施形態では、本発明による変異または改変は、スプライソソームの改変を含み、および患者は、ＮＳＣＬＣを有する。
【００４５】
別の特定の実施形態では、本発明による変異または改変は、サイクリンＤ１経路の増幅またはＷＮＴ経路の改変を含み、および患者は、ＮＳＣＬＣを有する。
【００４６】
別の特定の実施形態では、本発明による変異または改変は、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異を含み、および患者は、ＳＣＬＣを有する。
【００４７】
本発明の好ましい実施形態では、ＰＲＭＴ５阻害剤は、化合物２または化合物８０である。
【００４８】
本願は、ＳＣＬＣおよびスプライソソームの改変におけるＰＩ３Ｋ−アルファ活性化変異ならびにＮＳＣＬＣにおけるＷＮＴ経路のアップレギュレーションへの感受性リンクを開示する。サイクリンＤ１経路の増幅は、ＮＳＣＬＣにおけるＰＲＭＴ５阻害剤応答と関連する。
【００４９】
本明細書では、上記のような１つ以上の変異または改変の存在を生物学的試料中で同定するためのキットおよびプライマーがさらに提供される。
【００５０】
開示される方法、キットおよびプライマーは、本開示の一部を構成する添付の図面に関連してなされる以下の詳細な説明を参照することにより、より容易に理解され得る。開示される方法、キットおよびプライマーは、本明細書に記載されかつ／または示された特定の方法、キットおよびプライマーに限定されないこと、および本明細書で使用される用語は、単に例として特定の実施形態を記載する目的のものであり、特許請求の範囲に記載の方法、キットおよびプライマーを限定するものではないことが理解されるべきである。
【００５１】
特定の数値への言及は、文脈が明確に別段の指示をしない限り、少なくともその特定の値を含む。値の範囲が示される場合、別の実施形態は、１つの特定の値からおよび／または他の特定の値までを含む。さらに、範囲で記載された値への参照は、その範囲内のあらゆる値を含む。全ての範囲は、包括的であり、組み合わせ可能である。
【００５２】
明確にするために別個の実施形態の文脈で本明細書に記載されている、開示される方法、キットおよびプライマーのいくつかの特徴は、単一の実施形態において組み合わせて提供され得ることを理解されたい。逆に、簡潔にするために単一の実施形態の文脈で記載されている、開示される方法、キットおよびプライマーの種々の特徴も別々にまたは任意の下位の組み合わせで提供され得る。
【００５３】
本明細書では、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、複数形を含む。
【００５４】
本明細書では、「治療する」および類似の用語は、癌症状の重症度および／または頻度を低減すること、癌症状および／または前記症状の根底にある原因を排除すること、癌症状および／またはそれらの根底にある原因の頻度または可能性を低減すること、ならびに癌によって直接的または間接的に引き起こされる損傷を改善または修正することを指す。
【００５５】
「生物学的試料」は、癌細胞を得ることができ、かつＲＮＡを単離することができる、患者からの任意の試料を指す。好適な生物学的試料としては、血液、リンパ液、骨髄、固形の腫瘍試料またはそれらの任意の組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。
【００５６】
本明細書では、「予備増幅」は、増幅工程のための鋳型ｃＤＮＡの量を増加させるために増幅工程前に行われるＰＣＲ手順を指す。予備増幅工程は、例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）製品番号４３９１１２８）を用いて行うことができる。
【００５７】
本明細書では、「増幅すること」、「増幅する」および類似の用語は、核酸試料の多数の同一コピーを生成することを指す。核酸試料を増幅する好適な手法としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）およびリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、増幅工程は、ＲＴ−ＰＣＲを含む。
【００５８】
「次世代配列決定」または「ＮＧＳ」は、個々の核酸分子のヌクレオチド配列（例えば、単一分子配列決定）または個々の核酸分子のクローン的に拡大された代用物のいずれかをハイスループットの並行処理で決定する（例えば、１０３、１０４、１０５またはそれを超える分子を同時に配列決定することができる）任意の配列決定方法を指す。例示的な次世代シーケンシング手法としては、合成によるシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシングおよびハイブリダイゼーションによるシーケンシングが挙げられる。例示的な次世代シーケンシング方法としては、大規模並列シグネチャーシーケンシング（Ｌｙｎｘ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ）、４５４パイロシーケンシング（４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ／Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ）、固相可逆的ダイターミネーターシーケンシング（Ｓｏｌｅｘａ／Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、ＳＯＬｉＤテクノロジー（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、イオン半導体シーケンシング（Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ）およびＤＮＡナノボールシーケンシング（Ｃｏｍｐｌｅｔｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ）が挙げられる。下記にいくつかのＮＧＳプラットフォームの説明を見出すことができる：Ｓｈｅｎｄｕｒｅ，ｅｔ  ａｌ，「Ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ」，Ｎａｔｕｒｅ，２００８，ｖｏｌ．２６，Ｎｏ．１０，１１３５−１１４５。
【００５９】
ＮＧＳプラットフォーム
いくつかの実施形態では、ハイスループット、大規模並行シーケンシングは、可逆的ダイターミネーターを用いた合成によるシーケンシングを用いる。他の実施形態では、シーケンシングは、ライゲーションによるシーケンシングにより行われる。さらに他の実施形態では、シーケンシングは、単一分子シーケンシングである。次世代シーケンシング手法の例としては、パイロシーケンシング、可逆的ダイターミネーターシーケンシング、ＳＯＬｉＤシーケンシング、イオン半導体シーケンシング、Ｈｅｌｉｏｓｃｏｐｅ単一分子シーケンシングなどが挙げられるが、これらに限定されない。
【００６０】
Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ（商標）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）アンプリコンシーケンシングシステムは、ＤＮＡ複製における未改変ヌクレオチド組み込みの間の水素イオンの放出によって引き起こされるｐＨ変化を検出するフローベースの手法を使用する。このシステムで使用するために、最初に、シーケンシングアダプターが隣接したＤＮＡ断片を生成することによってシーケンスライブラリーが生成される。いくつかの実施形態では、これらの断片は、エマルジョンＰＣＲによって粒子上でクローン的に増幅することができる。その後、増幅されたテンプレートを有する粒子は、シリコン半導体配列決定チップに配置される。複製中、チップは、次々に流れてくるヌクレオチドで溢れ、ヌクレオチドがチップの特定のマイクロウェル中のＤＮＡ分子に相補的である場合、それが組み込まれる。ヌクレオチドがポリメラーゼによってＤＮＡ分子に組み込まれると、プロトンが自然に放出され、検出可能なｐＨの局所的変化をもたらす。その後、溶液のｐＨがそのウェル内で変化し、イオンセンサによって検出される。ホモポリマーの繰り返しがテンプレート配列に存在する場合、複数のヌクレオチドが単一サイクルで組み込まれる。これにより、対応する数の水素が放出され、それに比例してより高い電子信号がもたらされる。
【００６１】
４５４ＴＭ  ＧＳ  ＦＬＸ（商標）シーケンシングシステム（Ｒｏｃｈｅ、Ｇｅｒｍａｎｙ）は、大規模並列パイロシーケンシングシステムにおいて光に基づく検出方法を採用している。パイロシーケンシングは、ＤＮＡ重合を使用し、一度に１つのヌクレオチド種を添加し、結合したピロリン酸の放出によって放出される光を通して所与の位置に加えられたヌクレオチドの数を検出および定量する。４５４（商標）システムで使用するために、アダプターライゲーションされたＤＮＡ断片は、油中水型エマルジョン中で小さいＤＮＡ捕獲ビーズに固定され、ＰＣＲ（エマルジョンＰＣＲ）によって増幅される。各ＤＮＡ結合ビーズをピコタイタープレート上の１つのウェルに配置し、シーケンス試薬をプレートのウェルに送達する。シーケンシング実行中、固定された順序で４つのＤＮＡヌクレオチドをピコタイタープレートデバイスに順次添加する。ヌクレオチドの流れ中、それぞれのビーズに結合したＤＮＡの数百万のコピーが並行して配列決定される。テンプレート鎖に相補的なヌクレオチドがウェルに添加されると、ヌクレオチドは、存在するＤＮＡ鎖に組み込まれ、光シグナルを生成し、このシグナルは、機器中のＣＣＤカメラによって記録される。
【００６２】
可逆的ダイターミネーターに基づくシーケンシング技術：ＤＮＡ分子は、最初にスライド上のプライマーに付着され、局所クローンコロニーが形成されるように増幅される。４種類の可逆的ターミネーター塩基（ＲＴ塩基）を加え、取り込まれなかったヌクレオチドを洗い流す。パイロシーケンシングと異なり、ＤＮＡは、一度に１ヌクレオチドだけ伸長することができる。カメラは、蛍光標識されたヌクレオチドの画像を撮影し、次いで３’末端のブロッカーと共にＤＮＡから化学的に染料を除去し、次のサイクルを可能にする。
【００６３】
Ｈｅｌｉｃｏｓの単一分子シーケンシングは、フローセル表面に付着した、ポリＡテールアダプターが付加されたＤＮＡ断片を使用する。各サイクルにおいて、ＤＮＡポリメラーゼおよび蛍光標識ヌクレオチドの単一種を添加すると、表面固定化プライマー−テンプレートデュプレックスのテンプレート依存伸長を生じる。読み取りは、Ｈｅｌｉｏｓｃｏｐｅシーケンサーによって行われる。完全なアレイをタイリングした画像を取得した後、蛍光標識の化学的切断および放出により、その後の伸長および画像化のサイクルが可能になる。
【００６４】
合成によるシーケンシング（ＳＢＳ）は、「旧式の」ダイターミネーター電気泳動シーケンシングと同様に、塩基配列を決定するためにＤＮＡポリメラーゼによるヌクレオチドの取り込みに依存する。アダプターが付加されたＤＮＡライブラリーを一本鎖に変性してフローセルに接合し、続いてブリッジ増幅を行って、ガラスチップ上に高密度アレイのスポットを形成する。可逆ターミネーター法は、ダイターミネーターの可逆版を使用し、一度に１つのヌクレオチドを添加し、ブロッキング基を繰り返し除去することによって各位置で蛍光を検出し、別のヌクレオチドの重合を可能にする。ヌクレオチド取り込みのシグナルは、使用された蛍光標識ヌクレオチド、リン酸駆動光反応および水素イオン感知の全てにより変化し得る。ＳＢＳプラットフォームの例としては、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＧＡおよびＨｉＳｅｑ  ２０００が挙げられる。ＭｉＳｅｑ（登録商標）パーソナルシーケンシングシステム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｉｎｃ．）は、可逆的ターミネーター化学による合成のシーケンシングも使用する。
【００６５】
合成法によるシーケンシングとは対照的に、ライゲーション法によるシーケンシングは、標的配列を決定するためにＤＮＡリガーゼを使用する。このシーケンシング法は、テンプレートＤＮＡ鎖上の局所相補性を通して、隣接するオリゴヌクレオチドの酵素的連結に依存する。この技術は、配列決定された位置に従って標識された固定長の可能な全てのオリゴヌクレオチドのパーティションを使用する。オリゴヌクレオチドは、アニールされ、連結され、配列をマッチングさせるためのＤＮＡリガーゼによる優先的連結により、その位置において（オリゴに沿った既知の位置で既知のヌクレオチドに対応する蛍光標識プローブの放出を介して）、ジヌクレオチドがコードされた色空間シグナルを生じる。この方法は、主にＬｉｆｅ  ＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓのＳＯＬｉＤ（商標）シーケンサーによって使用される。シーケンシング前にエマルジョンＰＣＲによってＤＮＡを増幅する。得られたビーズは、それぞれ同じＤＮＡ分子のコピーのみを含み、固体平面基質上に堆積される。
【００６６】
ＳＭＲＴ（商標）シーケンシングは、合成手法によるシーケンシングをベースとする。ＤＮＡは、ウェルの底部に位置する捕捉ツールを有する、ゼロモード導波路（ＺＭＷ）という小さいウェル様容器中で合成される。シーケンシングは、未修飾ポリメラーゼ（ＺＭＷ底部に付着）および溶液状で自由に流れる蛍光標識ヌクレオチドを用いて行う。ウェルは、ウェルの底部で生じる蛍光のみが検出されるように構築されている。蛍光標識は、ＤＮＡ鎖への取り込み時にヌクレオチドから分離され、未修飾ＤＮＡ鎖を残す。
【００６７】
変異体を増幅するためのプライマー
当業者は、核酸の増幅には、増幅が求められる領域に隣接する核酸鎖の５’および３’領域に相補的であり、それに結合するプライマーが必要であることを知っている。本明細書では、「プライマー対」は、増幅工程で使用される順方向および逆方向プライマーを指す。
【００６８】
当業者は、既知の方法を使用して、上記のような特定の変異を増幅および検出するのに好適なプライマーを同定し得る。
【００６９】
ゲノミクスおよび解析
機能的ゲノミクスおよび転写解析は、標準的な手法およびプロトコルを使用して、経路および遺伝子の増幅を解析するために使用することができる。
【００７０】
開示の方法で使用するためのＰＲＭＴ５阻害剤
本明細書では、開示の方法で使用するのに好適なＰＲＭＴ５阻害剤が提供される。いくつかの実施形態では、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つ以上の変異または増幅が試料中に存在する場合、ＰＣＴ／欧州特許出願公開第２０１６／０７００９７号明細書（参照により本明細書に組み込まれる）で開示されたＰＲＭＴ５阻害剤（その任意の互変異性体または立体化学的異性形態を含む）およびそのＮ−オキシド、その薬学的に許容される塩またはその溶媒和物（好適なＲ基もＰＣＴ／欧州特許出願公開第２０１６／０７００９７号明細書に開示されている）により患者を治療することができる。例えば、いくつかの態様では、化合物２または化合物８０（その任意の互変異性体または立体化学異性形態を含む）およびそのＮ−オキシド、その薬学的に許容される塩またはその溶媒和物で患者を治療することができる。いくつかの態様では、薬学的に許容される塩は、ＨＣｌ塩である。
【００７１】
いくつかの実施形態では、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つまたは複数の変異または増幅が試料中に存在する場合、抗ＰＲＭＴ５抗体であるＰＲＭＴ５阻害剤で患者を治療することができる。
【００７２】
塩は、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓａｌｔｓ：Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｕｓｅ，Ｐ．Ｈｅｉｎｒｉｃｈ  Ｓｔａｈｌ（Ｅｄｉｔｏｒ），Ｃａｍｉｌｌｅ  Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ（Ｅｄｉｔｏｒ），ＩＳＢＮ：３−９０６３９−０２６−８，Ｈａｒｄｃｏｖｅｒ，３８８  ｐａｇｅｓ，Ａｕｇｕｓｔ  ２００２（参照により本明細書に組み込まれる）に記載されている方法などの従来の化学的方法により、塩基性または酸性部分を含有する親化合物から合成することができる。一般に、そのような塩は、これらの化合物の遊離酸形態または遊離塩基形態を水中もしくは有機溶媒中またはその２つの混合物中（一般にはエーテル、酢酸エチル、エタノール、イソプロパノールまたはアセトニトリルなどの非水性媒体が使用される）で適切な塩基または酸と反応させることにより調製することができる。開示される方法で使用するためのＰＲＭＴ５阻害剤は、塩が生成される酸のｐＫａに依存してモノ塩またはジ塩として存在し得る。
【００７３】
酸付加塩は、無機および有機の両方の多様な酸により生成し得る。酸付加塩の例には、限定されないが、酢酸、２，２−ジクロロ酢酸、アジピン酸、アルギン酸、アスコルビン酸（例えば、Ｌ−アスコルビン酸）、Ｌ−アスパラギン酸、ベンゼンスルホン酸、安息香酸、４−アセトアミド安息香酸、ブタン酸、（＋）ショウノウ酸、カンファー−スルホン酸、（＋）−（１Ｓ）−カンファー−１０−スルホン酸、カプリン酸、カプロン酸、カプリル酸、ケイ皮酸、クエン酸、シクラミン酸、ドデシル硫酸、エタン−１，２−ジスルホン酸、エタンスルホン酸、２−ヒドロキシエタンスルホン酸、ギ酸、フマル酸、ガラクタル酸、ゲンチジン酸、グルコヘプトン酸、Ｄ−グルコン酸、グルクロン酸（例えば、Ｄ−グルクロン酸）、グルタミン酸（例えば、Ｌ−グルタミン酸）、α−オキソグルタル酸、グリコール酸、馬尿酸、臭化水素酸、塩化水素酸、ヨウ化水素酸、イセチオン酸、乳酸（例えば、（＋）−Ｌ−乳酸、（±）−ＤＬ−乳酸）、ラクトビオン酸、マレイン酸、リンゴ酸、（−）−Ｌ−リンゴ酸、マロン酸、（±）−ＤＬ−マンデル酸、メタンスルホン酸、ナフタレンスルホン酸（例えば、ナフタレン−２−スルホン酸）、ナフタレン−１，５−ジスルホン酸、１−ヒドロキシ−２−ナフトエ酸、ニコチン酸、硝酸、オレイン酸、オロト酸、シュウ酸、パルミチン酸、パモ酸、リン酸、プロピオン酸、Ｌ−ピログルタミン酸、ピルビン酸、サリチル酸、４−アミノ−サリチル酸、セバシン酸、ステアリン酸、コハク酸、硫酸、タンニン酸、（＋）−Ｌ−酒石酸、チオシアン酸、トルエンスルホン酸（例えば、ｐ−トルエンスルホン酸）、ウンデシレン酸および吉草酸ならびにアシル化アミノ酸およびカチオン交換樹脂を含む酸により生成される塩が挙げられる。
【００７４】
ある特定の群の塩は、酢酸、塩化水素酸、ヨウ化水素酸、リン酸、硝酸、硫酸、クエン酸、乳酸、コハク酸、マレイン酸、リンゴ酸、イセチオン酸、フマル酸、ベンゼンスルホン酸、トルエンスルホン酸、メタンスルホン酸（メシレート）、エタンスルホン酸、ナフタレンスルホン酸、吉草酸、酢酸、プロパン酸、ブタン酸、マロン酸、グルクロン酸およびラクトビオン酸から生成された塩からなる。別の群の酸付加塩としては、酢酸、アジピン酸、アスコルビン酸、アスパラギン酸、クエン酸、ＤＬ−乳酸、フマル酸、グルコン酸、グルクロン酸、馬尿酸、塩化水素酸、グルタミン酸、ＤＬ−リンゴ酸、メタンスルホン酸、セバシン酸、ステアリン酸、コハク酸および酒石酸から生成された塩が挙げられる。
【００７５】
化合物がアニオン性であるか、またはアニオン性であり得る官能基を有する場合（例えば、−ＣＯＯＨは、−ＣＯＯ−であり得る）、塩は、好適なカチオンで生成され得る。好適な無機カチオンの例としては、Ｎａ＋およびＫ＋などのアルカリ金属イオン、Ｃａ２＋およびＭｇ２＋などのアルカリ土類金属カチオンならびにＡｌ３＋などの他のカチオンが挙げられるが、これらに限定されない。好適な有機カチオンの例としては、アンモニウムイオン（すなわちＮＨ４＋）および置換アンモニウムイオン（例えば、ＮＨ３Ｒ＋、ＮＨ２Ｒ２＋、ＮＨＲ３＋、ＮＲ４＋）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００７６】
いくつかの好適な置換アンモニウムイオンの例には、エチルアミン、ジエチルアミン、ジシクロヘキシルアミン、トリエチルアミン、ブチルアミン、エチレンジアミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、ピペラジン、ベンジルアミン、フェニルベンジルアミン、コリン、メグルミンおよびトロメタミンならびにリシンおよびアルギニンなどのアミノ酸から誘導されたものがある。一般的な四級アンモニウムイオンの一例は、Ｎ（ＣＨ３）４＋である。
【００７７】
化合物がアミン官能基を含む場合、これらは、当業者によく知られた方法により、例えばアルキル化剤との反応により四級アンモニウム塩を生成し得る。そのような四級アンモニウム化合物は、本開示の化合物の範囲内である。アミン官能基を含む化合物は、Ｎ−オキシドも生成し得る。アミン官能基を含む化合物への本明細書での言及は、Ｎ−オキシドも含む。化合物が数個のアミン官能基を含む場合、１つ以上の窒素原子が酸化されてＮ−オキシドを生成し得る。Ｎ−オキシドの特定の例は、三級アミンまたは窒素含有複素環の窒素原子のＮ−オキシドである。Ｎ−オキシドは、過酸化水素または過酸（例えば、ペルオキシカルボン酸）などの酸化剤による、対応するアミンの処理により形成することができ、例えばＪｅｒｒｙ  ＭａｒｃｈによるＡｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，４ｔｈＥｄｉｔｉｏｎ，Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，ｐａｇｅｓを参照されたい。より詳細には、Ｎ−オキシドは、Ｌ．Ｗ．Ｄｅａｄｙ（Ｓｙｎ．Ｃｏｍｍ．（１９７７），７，５０９−５１４）の手順に従って作ることができ、この手順では、アミン化合物は、例えば、ジクロロメタンのような不活性溶媒中でｍ−クロロペルオキシ安息香酸（ＭＣＰＢＡ）と反応する。
【００７８】
本明細書では、用語「溶媒和物」は、化合物と１つ以上の溶媒分子との物理的会合を意味する。この物理的会合は、水素結合を含む様々な程度のイオン結合および共有結合を含む。特定の場合、例えば１つ以上の溶媒分子が結晶性固体の結晶格子に取り込まれる場合、溶媒和物を単離することが可能である。用語「溶媒和物」は、溶液相および単離可能な溶媒和物の両方を包含するものとする。好適な溶媒和物の非限定的な例としては、水、イソプロパノール、エタノール、メタノール、ＤＭＳＯ、酢酸エチル、酢酸またはエタノールアミンなどと組み合わせた本開示の化合物が挙げられる。化合物は、溶液中でその生物学的効果を発揮し得る。
【００７９】
溶媒和物は、薬化学においてよく知られている。それらは、物質調製のプロセス（例えば、その精製に関連して）、物質の保存（例えば、その安定性）および物質の取り扱いの容易さにとって重要であり得、多くの場合、化学合成の単離段階または精製段階の一部として生成される。当業者は、標準的で長く利用された手法により、水和物または他の溶媒和物が、所与の化合物を調製するのに利用された単離条件または精製条件により生成されたかどうかを決定できる。そのような手法の例としては、熱重量分析（ＴＧＡ）、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）、Ｘ線結晶学（例えば、単結晶Ｘ線結晶学またはＸ線粉末回折）および固体ＮＭＲ（ＳＳ−ＮＭＲ、別名マジックアングルスピニングＮＭＲまたはＭＡＳ−ＮＭＲ）が挙げられる。そのような手法は、ＮＭＲ、ＩＲ、ＨＰＬＣおよびＭＳと同様に、熟練した化学者の標準的な分析道具一式の一部である。代わりに、当業者は、特定の溶媒和物に要する溶媒の量を含む結晶化条件を利用して、意図的に溶媒和物を生成することができる。その後、上述の標準的な方法を利用して、溶媒和物が生成したかどうかを確認することができる。ＰＲＭＴ５阻害剤のあらゆる錯体（例えば、シクロデキストリンなどの化合物との包接錯体もしくはクラスレートまたは金属との錯体）も包含される。
【００８０】
さらに、化合物は、１つ以上の多形（結晶質）または非晶質形態を有し得る。
【００８１】
化合物は、１つ以上の同位体置換を有する化合物を含み、特定の元素への言及は、その元素の全同位元素をその範囲内に含む。例えば、水素への言及は、その範囲内に１Ｈ、２Ｈ（Ｄ）および３Ｈ（Ｔ）を含む。同様に、炭素および酸素への言及は、その範囲内にそれぞれ１２Ｃ、１３Ｃおよび１４Ｃならびに１６Ｏおよび１８Ｏを含む。同位元素は、放射性または非放射性であり得る。一実施形態では、化合物は、放射性同位元素を含まない。そのような化合物は、治療用途に好ましい。しかし、別の実施形態では、化合物は、１つ以上の放射性同位元素を含み得る。そのような放射性同位元素を含む化合物は、診断に関連して有用であり得る。
【００８２】
いくつかの実施形態では、１つ以上のＵ２ＡＦ１変異体が試料中に存在する場合、患者は、化合物２もしくは化合物８０またはその薬学的に許容される塩もしくはその溶媒和物であるＰＲＭＴ５阻害剤で治療される。
【００８３】
患者の癌の治療方法
本明細書では、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つ以上の変異または増幅の存在について患者の生物学的試料を評価することと、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つ以上の変異または増幅が試料中に存在する場合、ＰＲＭＴ５阻害剤で患者を治療することとを含む、患者の癌を治療する方法が開示される。
【００８４】
開示される方法は、膀胱癌、転移性膀胱癌、卵巣癌、頭頸部癌、食道癌、非小細胞肺腺癌、非小細胞肺扁平上皮癌、前立腺癌、肺癌、胃癌、尿路上皮癌、小細胞肺癌、乳癌、子宮内膜癌、胆管癌、神経膠芽細胞腫、神経膠腫、結腸癌、肉腫、扁平上皮起源の固形腫瘍および多発性骨髄腫（これらに限定されない）を含む様々な種類の癌の治療に使用することができる。
【００８５】
いくつかの実施形態では、評価工程は、生物学的試料からＲＮＡを単離する工程と、単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成する工程と、ｃＤＮＡを予備増幅する工程と、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つ以上の変異に結合し、それを増幅するプライマーの対を用いて、予備増幅されたｃＤＮＡを増幅する工程とを含む。
【００８６】
生物学的試料からのＲＮＡの単離は、当業者に知られている多数の手順によって実施することができる。一実施形態では、ＱｉａｇｅｎのＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡ  ＦＦＰＥ  Ｋｉｔ（製品番号８０２３４）を使用して、生物学的試料からＲＮＡを単離することができる。
【００８７】
単離されたＲＮＡからのｃＤＮＡの合成は、当業者に知られている多数の手順によって実施することができる。一実施形態では、ＡＢＩのＲＮａｓｅ阻害剤を含むＨｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ  Ｋｉｔ（製品番号４３７４９６６）を使用して、単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成することができる。
【００８８】
ｃＤＮＡの予備増幅は、当業者に知られている多数の手順によって実施することができる。増幅手順は、当該技術分野でよく知られている。一実施形態では、ｃＤＮＡは、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（登録商標）製品番号４３９１１２８）を用いて予備増幅することができる。
【００８９】
治療法で使用するのに好適なＰＲＭＴ５には、先に本明細書で記載したものが含まれる。
【００９０】
タンパク質アルギニンＮ−メチルトランスフェラーゼ５（ＰＲＭＴ５）阻害剤による治療に応答する癌患者を同定する方法
変異または改変遺伝子の存在を同定するキット
生物学的試料の、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つ以上の変異または増幅の存在を同定するためのキットであって、それらの組み合わせの配列を有するプライマー対と、ＰＩＣ３ＣＡ活性化変異、スプライソソームの改変、サイクリンＤ１経路増幅および／またはＷＮＴ経路の改変を含む１つ以上の変異または増幅を検出するためのアッセイを実施するための使用説明書とを含むキットがさらに開示される。
【００９１】
概要および以下の詳細な説明は、添付の図面と併せて読むとさらに理解される。開示される方法、キットおよびプライマーを説明する目的で、方法、キットおよびプライマーの例示的な実施形態を図面に示すが、方法、キットおよびプライマーは、開示される特定の実施形態に限定されるものではない。
【発明を実施するための形態】
【００９２】
実施例で使用するＰＲＭＴ５阻害剤の化合物２および８０は、ＰＣＴ／欧州特許出願公開第２０１６／０７００９７号明細書にも例示されている。
【００９３】
以下では、用語「ｒｔ」、「ｒ．ｔ．」または「ＲＴ」は、室温を意味し、「Ｍｅ」は、メチルを意味し、「ＭｅＯＨ」は、メタノールを意味し、「Ｅｔ」は、エチルを意味し、「ＥｔＯＨ」は、エタノールを意味し、「ＮａＨ」は、水素化ナトリウムを意味し、「ＤＥＡＤ」は、アゾジカルボン酸ジエチルを意味し、「ＨＭＰＴ」は、ヘキサメチルリン酸トリアミドを意味し、「Ｂｏｃ２Ｏ」は、ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル無水物を意味し、「ＢｕｔＯＮＯ」は、亜硝酸ｔｅｒｔ−ブチルを意味し、「ＴｏｓＯＨ」は、４−メチルベンゼンスルホン酸を意味し、「ＴｏｓＣｌ」は、４−メチルベンゼンスルホニルクロリド（またｐ−トルエンスルホニルクロリド）を意味し、「ＣＭＢＰ」は、シアノメチレントリブチルホスホランを意味し、「ＤＢＡＤ」は、アゾジカルボン酸ジ−ｔｅｒｔ−ブチルを意味し、「ＬＡＨ」は、水素化アルミニウムリチウムを意味し、「ＮａＢＨ（ＡｃＯ）３」または「ＮａＢＨ（ＯＡｃ）３」は、トリアセトキシ水素化ホウ素ナトリウムを意味し、「ＥｔＯＡｃ」は、酢酸エチルを意味し、「ＴＥＡ」または「Ｅｔ３Ｎ」は、トリエチルアミンを意味し、「ＤＣＭ」は、ジクロロメタンを意味し、「ｑ．ｓ．」は、適量を意味し、「Ｉｎｔ．」は、中間体を意味し、「ＭｅＣＮ」または「ＡＣＮ」は、アセトニトリルを意味し、「ＤＭＦ」は、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミドを意味し、「ＤＭＡ」は、Ｎ，Ｎ−ジメチルアセトアミドを意味し、「ＤＭＦ−ＤＭＡ」は、Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミドジメチルアセタールを意味し、「Ｐｄ（ｄｐｐｆ）Ｃｌ２」は、［１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン］ジクロロパラジウム（ＩＩ）を意味し、「ＴＨＦ」は、テトラヒドロフランを意味し、「Ｃ３４Ｈ２８ＦｅＰ２．Ｃｌ２Ｐｄ」は、［１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン］ジクロロパラジウム（ｉｉ）を意味し、「ｉ−ＰｒＯＨ」または「ｉＰｒＯＨ」は、２−プロパノールを意味し、「ＬＣ」は、液体クロマトグラフィーを意味し、「ＬＣＭＳ」は、液体クロマトグラフィー／質量分析を意味し、「ＨＰＬＣ」は、高速液体クロマトグラフィーを意味し、「ｉｎｔ．」は、中間体を意味し、「ｐｒｅｐ−ＨＰＬＣ」は、分取高速液体クロマトグラフィーを意味し、「ｍ−ＣＰＢＡ」は、メタクロロペルオキシ安息香酸を意味し、「ＴＦＡ」は、トリフルオロ酢酸を意味し、「ｍ．ｐ．」は、融点を意味し、「ＲＰ」は、逆相を意味し、「ｍｉｎ」は、分を意味し、「ｈ」は、時間を意味し、「ＰＥ」は、石油エーテルを意味し、「ｖ／ｖ」は、体積／体積を意味し、「Ｃｅｌｉｔｅ（登録商標）」は、珪藻土を意味し、「ＤＭＳＯ」は、ジメチルスルホキシドを意味し、「ＳＦＣ」は、超臨界流体クロマトグラフィーを意味し、「ＤＩＰＥ」は、ジイソプロピルエーテルを意味し、「ｄｐｐｆ」または「ＤＰＰＦ」は、１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセンを意味し、「ＤＩＰＥＡ」または「ＤＩＥＡ」は、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミンを意味し、「ＰＰｈ３」は、トリフェニルホスフィンを意味し、「Ｅｔ２Ｏ」は、ジエチルエーテルを意味し、「Ｐｄ／Ｃ」は、パラジウム炭素を意味し、「Ｐｔ／Ｃ」は、プラチナ炭素を意味し、「Ｐｄ（ＯＨ）２／Ｃ」は、水酸化パラジウム炭素を意味し、「ＣＰＭＥ」は、シクロペンチルメチルエーテルを意味し、「Ｐｄ２（ｄｂａ）３は、トリス（ジベンジリデンアセトン）ジパラジウムを意味し、「ＤＩＡＤ」は、アゾジカルボン酸ジイソプロピルを意味し、「ＴＭＳＣＦ３」は、トリメチル（トリフルオロメチル）シランを意味し、「ＴＢＡＦ」は、フッ化テトラブチルアンモニウムを意味し、「ｐｓｉ」は、１平方インチ当たりのポンド力を意味し、「Ｅｔ４ＮＣｌ」は、塩化テトラエチルアンモニウムを意味し、「ｅｑ．」は、当量を意味し、「Ｐｄ（ＯＡｃ）２」は、酢酸パラジウム（ＩＩ）を意味し、「ＡｃＯＨ」は、酢酸を意味し、ＤＭＡＰ」は、４−（ジメチルアミノ）ピリジンを意味し、「ｔ−ＢｕＯＫ」、「ｔＢｕＯＫ」または「ＫＯｔＢｕ」は、カリウムｔｅｒｔ−ブトキシドを意味し、「デス−マーチンペリヨージナン」は、１，１，１−トリアセトキシ１，１−ジヒドロ−１，２−ベンゾヨードキソール−３（１Ｈ）−オンを意味し、「ＴＢＤＭＳＣｌ」は、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルクロリドを意味し、「ＰＰｈ３−ポリマー」または「ＰＰｈ３−ｐｏｌ」は、トリフェニルホスフィンポリマー担持を意味し、「Ｐｈ３ＰＣＨ３Ｂｒ」は、メチルトリフェニルホスホニウムブロミドを意味し、「Ｂｎ」は、ベンジルを意味し、「Ｂｚ」は、ベンゾイルを意味し、「ｐ−ＴＳＡ」は、４−メチルベンゼンスルホン酸を意味し、「ＢＦ３・Ｅｔ２Ｏ」は、ホウ素トリフルオリド−エチルエーテル錯体を意味し、「９−ＢＢＮ」は、９−ボラビシクロ［３．３．１］ノナンを意味し、「Ｐｄ−１１８」は、ジクロロ［１，１’−ビス（ジ−ｔｅｒｔ−ブチルホスフィノ）フェロセン］パラジウム（ＩＩ）を意味し、および「ＴＬＣ」は、薄層クロマトグラフィーを意味し、「ｐｒｅｐ−ＴＬＣ」は、分取ＴＬＣを意味する。
【００９４】
「ｐ−ＭｅＣ６Ｈ４ＳＯ３Ｈ・Ｈ２Ｏ」は、パラトルエンスルホン酸水和物を意味し、「ＰＭＢ」は、パラメトキシベンジルを意味し、「ＫＯＡｃ」は、酢酸カリウムを意味し、「ＰＴＳＡ」は、パラトルエンスルホン酸を意味し、「ＭＴＢＥ」は、メチルｔｅｒｔ．ブチルエーテルを意味し、Ｒｈ（ａｃａｃ）（ｅｔｈ）２」は、アセチルアセトナートビス（エチレン）ロジウム（Ｉ）を意味し、「（Ｓ）−ＭｏｎｏＰｈｏｓ」は、（Ｓ）−Ｎ，Ｎ−ジメチルジナフト［２，１−Ｄ：１’，２’−Ｆ］［１，３，２］ジオキサホスフェピン−４−アミンを意味し、「Ｔｆ２Ｏ」は、トリフルオロメタンスルホン酸無水物を意味し、「ＭｅＩ」は、ヨウ化メチルを意味し、「Ｍｅ２ＮＨ」は、ジメチルアミンを意味し、「Ｍｅ２ＮＨ・ＨＣｌ」は、ジメチルアミン塩酸を意味し、「Ｍｅ４ＮＣｌ」は、塩化テトラメチルアンモニウムを意味し、「ＭｅＯＮａ」は、ナトリウムメトキシドを意味し、「Ｔｓ」は、トシルを意味し、「ＭｓＣｌ」は、メシルクロリドを意味し、「ＤＩＢＡＨ」は、水素化ジイソブチルアルミニウムを意味する。
【００９５】
「ＴＢＤＭＳ」は、ｔｅｒｔブチルジメチルシリルを意味し、「Ｐｄ（ｄｐｐｆ）Ｃｌ２・ＣＨ２Ｃｌ２」は、［１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン］ジクロロパラジウム（ＩＩ）のジクロロメタンとの錯体を意味し、「ＰＰＡ」は、ポリリン酸を意味し、「ＮＨ２Ｂｎ」は、ベンジルアミンを意味し、「Ｐｄ（ＰＰｈ３）２Ｃｌ２」は、ジクロロビス（トリフェニルホスフィン）パラジウム（ＩＩ）を意味する。
【００９６】
次の反応工程で粗生成物または部分的に精製された中間体として使用する中間体について、推定モル量（場合により≒で示す）を下記反応プロトコルに示すか、または代わりに理論モル量を示す。
【００９７】
中間体１の調製
【化１】
2020508048.tif 000002
アセトン（３３０ｍＬ）中の６−クロロ−７−デアザプリンベータ−ｄ−リボシド（２５．０ｇ、８７．５ｍｍｏｌ）の混合物に２，２−ジメトキシプロパン（１８．２ｇ、１７５ｍｍｏｌ）および４−メチルベンゼンスルホン酸（ＴｏｓＯＨ）（１．５１ｇ、８．７５ｍｍｏｌ）をＮ２下、２５℃で一度に加えた。この混合物を６０℃で２時間撹拌した。混合物を２５℃に冷却した。飽和ＮａＨＣＯ３（１００ｍＬ）をゆっくりと加えて反応を停止させ、その後、酢酸エチル（１２５ｍＬ×５）で抽出した。有機相をまとめて飽和塩水（１２０ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、真空中で濃縮した。残留物をシリカゲルクロマトグラフィー（勾配溶離：ＤＣＭ／酢酸エチル（１：０〜２：１））により精製して、粗中間体１（３８．０ｇ）を淡黄色ガムとして得た。
【００９８】
中間体５９の調製
【化２】
2020508048.tif 000003
アゾジカルボン酸ジイソプロピル（０．２２１ｍＬ、１．１２５ｍｍｏｌ）を中間体１（０．２７ｇ、０．８０ｍｍｏｌ）、３−ブロモキノリン−７−オール（０．１８ｇ、０．８０ｍｍｏｌ）およびトリフェニルホスフィン樹脂（０．３７５ｇ、３ｍｍｏｌ／ｇ、１．１２５ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（８ｍｌ）懸濁液に撹拌しながら室温で滴下した。添加後、反応混合物を１８時間撹拌した。反応混合物をＤｉｃａｌｉｔｅ（登録商標）パッドでろ過した。残留物をメタノールで洗浄した。ろ液の溶媒を蒸発させた。残留物をそのまま次の工程で使用した。
【００９９】
中間体１０５の調製
【化３】
2020508048.tif 000004
粗中間体５９（ｑ．ｓ．、理論的には０．８３ｍｍｏｌ）をＭｅＯＨ（２０ｍＬ、７Ｍ、１４０ｍｍｏｌ）中、７ＭのＮＨ３に溶解した。得られた溶液を撹拌し、マイクロ波照射を用いて１３０℃で２時間加熱した。溶媒を蒸発させた。残渣をジクロロメタンに溶解し、Ｇｒａｃｅ  Ｒｅｖｅｌｅｒｉｓ  ＳＲＣ型、１２ｇ、Ｓｉ  ４０のＳｉＯ２カラム上、Ｇｒａｃｅ  Ｒｅｖｅｌｅｒｉｓ  Ｘ２精製システムにより、ジクロロメタンおよびメタノールを溶離液として用い、１００％ＤＣＭでの２０カラム容量から出発し、２０％ＭｅＯＨおよび８０％ＤＣＭでの２０カラム超の容量までの勾配で精製した。生成物を含有する画分を一緒にし、溶媒を蒸発させて、粗中間体１０５（１７５ｍｇ）を得、これをそのまま次の反応工程で使用した。
【０１００】
化合物２の調製
【化４】
2020508048.tif 000005
ジオキサン（０．７ｍＬ、２．９ｍｍｏｌ）中、４ＭのＨＣｌを中間体１０５（１７５．１ｍｇ、粗生成物、≒０．２９ｍｍｏｌ）のＭｅＯＨ（１０ｍＬ）溶液に撹拌しながら室温で加えた。この反応混合物を室温で１８時間撹拌した。ＭｅＯＨ中、７ＮのＮＨ３溶液１．５ｍＬを加えて反応を停止させた。溶媒を蒸発させた。残渣をＤＣＭに溶解した。沈殿物をろ別した。Ｇｒａｃｅ  Ｒｅｖｅｌｅｒｉｓ  ＳＲＣ型、１２ｇ、Ｓｉ  ４０のＳｉＯ２カラム上、Ａｒｍｅｎ  Ｓｐｏｔ  ＩＩ  Ｕｌｔｉｍａｔｅ精製システムにより、ＤＣＭおよびＭｅＯＨを溶離液として用い、１００％ＤＣＭから開始し、４０％ＭｅＯＨおよび６０％ＤＣＭで終了する勾配でろ液を精製した。生成物を含有する画分を一緒にし、溶媒を蒸発させて２４．５ｍｇの化合物２を得た。
【０１０１】
中間体１０の調製
【化５】
2020508048.tif 000006
プロパン−２−オール／Ｈ２Ｏ（２０８ｍＬ、７：１）中の４，６−ジクロロ−５−（２，２−ジエトキシエチル）ピリミジン（１４．０ｇ、５２．８ｍｍｏｌ）および（１Ｒ，２Ｓ，３Ｒ，５Ｒ）−３−アミノ−５−（ヒドロキシメチル）シクロペンタン−１，２−ジオール塩酸塩（１０．７ｇ、５８．１ｍｍｏｌ）の混合物にＥｔ３Ｎ（１３．４ｇ、１３２ｍｍｏｌ）をＮ２下、２５℃で一度に加えた。この混合物を９０℃で２３時間撹拌した。混合物を５０℃に冷却し、４ＭのＨＣｌ（２４ｍＬ、１０６ｍｍｏｌ）をゆっくりと加えた。続いて、残渣を５０℃で２時間撹拌した。反応混合物を２５℃に冷却し、ＮａＨＣＯ３（１４ｇ、１００ｍｍｏｌ）をゆっくりと加えた。酢酸エチル（２３０ｍＬ）を加えた後、半飽和ＮａＨＣＯ３溶液（ｑ．ｓ．）を加えた。有機相を単離し、水相を酢酸エチルで抽出した（２３０ｍＬ×２）。有機相をまとめて無水ＭｇＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、真空中で濃縮して、黄色固体として中間体９（１７．４ｇ、２工程の定量的収量）を得た。粗生成物をさらに精製することなくそのまま次の反応工程で直接使用した。
【０１０２】
【化６】
2020508048.tif 000007
アセトン（２５０ｍＬ）中の中間体９（１７．４ｇ、≒５２．７ミリモル）の混合物に２，２−ジメトキシプロパン（１１．０ｇ、１０５ミリモル）およびＴｓＯＨ・Ｈ２Ｏ（９０８ｍｇ、５．２７ミリモル）をＮ２下、２５℃で一度に加えた。この混合物を６０℃で２時間撹拌した。この混合物を２５℃に冷却し、溶液を真空中で濃縮し、飽和ＮａＨＣＯ３（１００ｍＬ）でゆっくりと反応を停止させ、その後、酢酸エチル（１００ｍＬ×３）で抽出した。有機相をまとめて飽和塩水（１００ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣をシリカゲルフラッシュクロマトグラフィー（勾配溶離：ＤＣＭ／酢酸エチル（１／０〜２／１））により精製して、中間体１０（１５．５ｇ、収率８９％）を淡黄色ガムとして得た。
【０１０３】
中間体３３の調製
【化７】
2020508048.tif 000008
ＤＣＭ（４０ｍＬ）中の中間体１（２．００ｇ、理論的には６．１８ｍｍｏｌ）の混合物にデス−マーチンペルヨージナン（５．２４ｇ、１２．３６ｍｍｏｌ）をＮ２下、０℃で一度に加えた。この混合物を０℃で３時間撹拌した。この混合物に飽和ＮａＨＣＯ３（２０ｍＬ）中のＮａ２Ｓ２Ｏ３（４ｇ）を加え、１０ｍｉｎ間撹拌した。水相をＤＣＭ（２０ｍＬ×３）で抽出した。有機相をまとめて飽和塩水（２０ｍＬ×２）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、真空中で濃縮し、淡黄色ガムとして中間体３３（１．８０ｇ、粗製）を得た。粗生成物をさらに精製することなくそのまま次の反応工程で直接使用した。
【０１０４】
下記中間体を、中間体３３の調製に使用したのと類似の反応プロトコルにより、適切な出発物質を用いて調製した（表７）。
【０１０５】
【表１】
2020508048.tif 000009
【０１０６】
中間体３８の調製：
方法１
【化８】
2020508048.tif 000010
ＴＨＦ（５００ｍＬ）中のメチルトリフェニルホスホニウムブロミド（４．８７ｇ、１３．６２ｍｍｏｌ）の混合物にｔ−ＢｕＯＫ（１１．４ｍＬ、ＴＨＦ中１Ｍ、１．２７ｇ、１１．３５ｍｍｏｌ）をＮ２下、０℃で滴下した。懸濁液は、鮮黄色に変化し、それを０℃で０．５ｈ撹拌し、その後、０．５ｈで２５℃にまで加温した。混合物を−４０℃に冷却した。中間体３５（１．４６ｇ、理論的に４．５４ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（１３０．０ｍＬ）溶液を滴下し、次いで−２０℃で１ｈ撹拌し、その後、混合物を２ｈで２５℃にまで加温した。この混合物に飽和ＮＨ４Ｃｌ（３００ｍｌ）を加え、１０ｍｉｎ間撹拌した。層を分離し、水相をＤＣＭ（３００ｍＬ×２）で抽出した。有機相をまとめて飽和塩水（５００ｍＬ）で洗浄し、無水ＭｇＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィー（ＩＳＣＯ（登録商標）；８０ｇ  ＳｅｐａＦｌａｓｈ（登録商標）シリカフラッシュカラム、勾配溶離：０％から１５％の酢酸エチル／石油エーテル）により精製した。所望の画分を回収し、溶媒を蒸発させた。オフホワイトの固体として中間体３８を得た（５３０ｍｇ、収率３６％）。
【０１０７】
方法２：
中間体３８
【化９】
2020508048.tif 000011
中間体３５（１０．０ｇ、理論的に３１．１ｍｍｏｌ）のＴＨＦ（１００ｍＬ）溶液をＮ２下、３０分間にわたってビス（ヨードジンシオ）メタンのＴＨＦ（１８０ｍＬ、０．３１Ｍ、５５．９ｍｍｏｌ、Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  ２００２，５８，８２５５〜８２６２に記載の手順に従って調製した）溶液に滴下し、完全に転化するまで（約２時間）撹拌を続けた。飽和ＮＨ４Ｃｌ水溶液をゆっくりと加えて反応混合物の反応を停止させ、その間、塩の生成が観察された。抽出（ＥｔＯＡｃ、２×２００ｍＬ）前に塩をアンモニア水溶液（２５％）の添加によって再度溶解させた。有機相をまとめて亜硫酸水素ナトリウム水溶液および塩水で洗浄し、無水ＭｇＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、真空中で濃縮した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィー（溶離液：ジクロロメタン／ＥｔＯＡｃ  ９５／５）により精製して、オフホワイトの固体として中間体３８を得た（６．９ｇ、６６％）。
【０１０８】
中間体１７４の調製
【化１０】
2020508048.tif 000012
３−ブロモ−７−ヨード−キノリン（５．９９ｇ、１７．７ｍｍｏｌ）をジクロロメタン（６０ｍＬ）に溶解し、次いでｍ−ＣＰＢＡ（４．５７ｇ、２６．５ｍｍｏｌ）を何回かに分けて加えた。この混合物を室温で４日間撹拌した。飽和Ｎａ２Ｓ２Ｏ３水溶液（４０ｍＬ）および飽和ＮａＨＣＯ３水溶液（ＰＨ６〜７へ）によって混合物の反応を停止させ、次いでジクロロメタン（５０ｍＬ×３）で抽出した。有機相をＨ２Ｏ（５０ｍＬ）で洗浄し、無水Ｎａ２ＳＯ４で乾燥させ、減圧下で蒸発させた。残渣をシリカゲルカラム（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１〜１／１）で精製し、所望の生成物中間体１７４（１．９ｇ、収率１４．１％）を黄色固体として得た。
【０１０９】
中間体１７５の調製
【化１１】
2020508048.tif 000013
中間体１７４（２．９ｇ、８．２９ｍｍｏｌ）のクロロホルム（６０ｍＬ）溶液にリン酸トリクロリド（８．３ｇ、５４．１ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を８０℃で１２ｈ撹拌した。混合物を減圧下で蒸発させて、粗生成物を得た。粗生成物をクロマトグラフィーカラム（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル＝１０／１〜１／１）により精製した。所望の画分を回収し、濃縮して、白色固体として生成物中間体１７５（１．３ｇ、収率４１．５％）を得た。
【０１１０】
中間体１７６の調製
【化１２】
2020508048.tif 000014
４−メトキシベンジルアミン（１．３４ｇ、９．７８ｍｍｏｌ）をエタノール（１０ｍｌ）中の中間体１７５混合物（０．８ｇ、≒１．９５ｍｍｏｌ）に加えた。密封管中、１００℃で１２ｈ、混合物を加熱した。混合物を真空下で蒸発させて、粗生成物を得た。これをクロマトグラフィーカラム（勾配溶離液：酢酸エチル／石油エーテル＝０／１〜１／１０）により精製した。所望の画分を回収し、濃縮して、油として生成物中間体１７６（６００ｍｇ、収率５１．６％）を得た。
【０１１１】
中間体１７７の調製
【化１３】
2020508048.tif 000015
９−ＢＢＮ（１．３ｍｌ、０．６９ｍｍｏｌ、ＴＨＦ中０．５Ｍ）中の中間体３８（４４ｍｇ、０．１３８ｍｍｏｌ）の混合物をＮ２下で１ｈ還流した。混合物を室温に冷却し、次いでＨ２Ｏ（１ｍＬ）中のＫ３ＰＯ４（８７ｍｇ、０．４１３ｍｍｏｌ）を加え、続いてＴＨＦ（５ｍｌ）、中間体１７６（１２２．７２７ｍｇ、≒０．２０６ｍｍｏｌ）および［１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン］ジクロロパラジウム（ＩＩ）（４．４８ｍｇ、０．００７ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を３時間還流した。混合物を濃縮した。残渣を酢酸エチル（４０ｍｌ）に溶解し、水（６ｍｌ）、塩水（６ｍｌ）で洗浄した。有機相をＮａ２ＳＯ４上で乾燥させ、ろ過し、濃縮して、粗中間体１７７画分１（１２０ｍｇ、収率７１．５％）を得た。
【０１１２】
９−ＢＢＮ（７．３１ｍｌ、３．６５ｍｍｏｌ、ＴＨＦ中０．５Ｍ）中の中間体３８の混合物（２３３．７ｍｇ、０．７３ｍｍｏｌ）をＮ２下で１ｈ還流した。混合物を室温に冷却し、次いでＨ２Ｏ（１ｍＬ）中のＫ３ＰＯ４（８７ｍｇ、０．４１３ｍｍｏｌ）を加え、続いてＴＨＦ（５ｍｌ）、中間体１７６（４７８ｍｇ、≒０．８０ｍｍｏｌ）および［１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン］ジクロロパラジウム（ＩＩ）（２３．８ｍｇ、０．０３７ｍｍｏｌ）を加えた。反応混合物を３時間還流した。混合物を濃縮した。残渣を酢酸エチル（４０ｍｌ）に溶解し、水（６ｍｌ）、塩水（６ｍｌ）で洗浄した。有機相をＮａ２ＳＯ４で乾燥させ、ろ過し、濃縮して、粗中間体１７７画分２（６００ｍｇ、収率６３．１％）を得た。２つの画分を一緒にして、クロマトグラフィーカラム（勾配溶離液：酢酸エチル／石油エーテル１／１０〜１／１）により精製した。所望の画分を回収し、濃縮して、固体として生成物中間体１７７（３００ｍｇ、収率６１．０％）を得た。
【０１１３】
中間体１７８の調製
【化１４】
2020508048.tif 000016
ジオキサン（１０ｍｌ）中の中間体１７７（３００ｍｇ、≒０．４４６ｍｍｏｌ）およびＮＨ３・Ｈ２Ｏ（１０ｍｌ）の混合物を密封管中において１２０℃で１４ｈ撹拌した。この反応物を真空下で蒸発させて、油として中間体１７８（２５０ｍｇ、収率８７．１％）を得た。
【０１１４】
中間体１７９の調製
【化１５】
2020508048.tif 000017
ＴＦＡ（５ｍｌ）中の中間体１７８（２５０ｍｇ、≒０．３８８ｍｍｏｌ）の混合物を５０℃で１ｈ撹拌した。この混合物を真空下で蒸発させて、油として中間体１７９（３５０ｍｇ、収率６３．４％）を得た。
【０１１５】
化合物８０の調製
【化１６】
2020508048.tif 000018
メタノール（３ｍＬ）中の中間体１７９（３５０ｍｇ）およびＫ２ＣＯ３（１０２ｍｇ、０．７４ｍｍｏｌ）の混合物を６０℃で１ｈ撹拌した。混合物をろ過し、真空下で蒸発させて、粗生成物を得た。粗生成物を分取−ＨＰＬＣ（カラム：Ｗａｔｅｒｓ  Ｘｂｒｉｄｇｅ  Ｐｒｅｐ  ＯＢＤ  Ｃ１８  １５０×３０ｍｍ、５μｍ、条件：勾配  水（０．０５％水酸化アンモニアｖ／ｖ）−ＡＣＮ）で精製した。所望の画分を回収し、溶媒を蒸発させて、白色固体として化合物８０（１１３．３ｍｇ、収率９４．９％）を得た。
【０１１６】
解析の部
ＮＭＲ
多くの化合物について、３６０ＭＨｚで稼働させたＢｒｕｋｅｒ  ＤＰＸ−３６０、６００ＭＨｚで稼働させたＢｒｕｋｅｒ  Ａｖａｎｃｅ  ６００、４００ＭＨｚで稼働させたＢｒｕｋｅｒ  Ａｖａｎｃｅ  ４００または４００ＭＨｚで稼働させたＶａｒｉａｎ  ４００ＭＲ分光計で１Ｈ  ＮＭＲスペクトルを記録した。溶媒として、クロロホルム−ｄ（重水素化クロロホルム、ＣＤＣｌ３）、メタノール−ｄ４またはＤＭＳＯ−ｄ６（重水素化ＤＭＳＯ、ジメチル−ｄ６スルホキシド）を使用した。化学シフト（δ）は、内部標準として使用したテトラメチルシラン（ＴＭＳ）に対する百万分率（ｐｐｍ）で報告する。
Ｃｏ．８０：１Ｈ  ＮＭＲ（６００ＭＨｚ，ＤＭＳＯ−ｄ６）δ  ｐｐｍ  １．５０−１．５６（ｍ，１Ｈ）１．６８−１．７５（ｍ，１Ｈ）１．８５−１．９２（ｍ，１Ｈ）１．９６（ｄｄｔ，Ｊ＝１３．０，９．０，６．５，６．５Ｈｚ，１Ｈ）２．２５（ｄｔ，Ｊ＝１２．７，７．９Ｈｚ，１Ｈ）２．６９−２．８０（ｍ，２Ｈ）３．７６（ｂｒ  ｔ，Ｊ＝４．７Ｈｚ，１Ｈ）４．２１（ｄｄ，Ｊ＝７．６，６．０Ｈｚ，１Ｈ）４．５７（ｂｒ  ｓ，１Ｈ）４．７２（ｂｒ  ｓ，１Ｈ）４．８０（ｄｔ，Ｊ＝１０．５，７．９Ｈｚ，１Ｈ）６．５０（ｂｒ  ｓ，２Ｈ）６．５９（ｄ，Ｊ＝３．５Ｈｚ，１Ｈ）７．０７（ｂｒ  ｓ，２Ｈ）７．１２（ｄｄ，Ｊ＝８．２，１．６Ｈｚ，１Ｈ）７．２９（ｄ，Ｊ＝３．６Ｈｚ，１Ｈ）７．３４（ｓ，１Ｈ）７．５８（ｄ，Ｊ＝８．１Ｈｚ，１Ｈ）８．０７（ｓ，１Ｈ）８．３１（ｓ，１Ｈ）．
【０１１７】
インビトロアッセイ（アッセイ１ａおよび１ｂ）の実験手順
試薬。
ＰＲＭＴ５−ＭＥＰ５０酵素は、Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ（Ａｒｇｅｎｔａ）から購入した。酵素複合体は、２種のバキュロウイルスを同時に感染させた昆虫細胞（Ｓｆ９）で産生した。１つのウイルスは、Ｎ末端にＦｌａｇタグを有する完全長ヒトＰＲＭＴ５を発現し、第２のウイルスは、Ｎ末端にＨｉｓ６−ＴＥＶ切断を有する完全長ＭＥＰ５０を発現する。３×ＦＬＡＧペプチドで溶出される抗Ｆｌａｇ（Ｍ２）ビーズ、続いて０．５Ｍのイミダゾールで溶出されるＨｉｓ−Ｓｅｌｅｃｔを用いてタンパク質をアフィニティー精製した。続いて、溶出したタンパク質を、２０％グリセロールおよび３ｍＭジチオトレイトール（ＤＴＴ）を含有するトリス緩衝化生理塩水（ＴＢＳ）（ｐＨ８．０）に対して透析した。
【０１１８】
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）で発現した完全長非タグ化ヒト組換えヒストンＨ２Ａ（残基１〜１３０、Ｇｅｎｂａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０２１０５２、ＭＷ＝１４．１ｋＤａ）をＲｅａｃｔｉｏｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（カタログ番号ＨＭＴ−１１−１４６）から購入した。トリス塩基（Ｓｉｇｍａ  カタログ番号Ｔ−１５０３）、ＮａＣｌ（Ｓｉｇｍａ  カタログ番号ＲＧＦ−３２７０）、ＭｇＣｌ２（Ｓｉｇｍａ  カタログ番号Ｍ０２５０）、ＤＴＴ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ  カタログ番号１５５０８−０１３）およびギ酸（Ｒｉｅｄｅｌ  ｄｅＨａｅｎ、カタログ番号３３０１５）を含む反応緩衝液の作製用または反応停止用試薬を購入した。
【０１１９】
ハイスループット質量分析アッセイ
ＰＲＭＴ５は、補基質Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン（ＡｄｏＭｅｔ、ＳＡＭ）を用いてタンパク質内のアルギニン残基のグアニジン基上の末端窒素原子の連続的メチル化を触媒して、モノメチル（ＭＭＡ）、対称性ジメチルアルギニン（ｓＤＭＡ）およびＳ−アデノシル−Ｌ−ホモシステイン（ＡｄｏＨｃｙ、ＳＡＨ）を生成する。ハイスループット質量分析（Ｓｃｉｅｘ  ４０００シリーズＱＴｒａｐ（登録商標）ｔｒｉｐｌｅ−ｑｕａｄ  ＭＳ／ＭＳに接続したＡｇｉｌｅｎｔ  Ｒａｐｉｄｆｉｒｅ  ３００  Ｓｙｓｔｅｍ）を用いて、生成物のＳＡＨ生成を追跡することにより酵素活性を決定した。反応緩衝液は、２０ｍＭトリス−ＨＣｌ、ｐＨ８．５、５０ｍＭ  ＮａＣｌ、５ｍＭ  ＭｇＣｌ２および１ｍＭ  ＤＴＴであった。１％ギ酸（最終濃度）を用いて反応活性を停止させた。
【０１２０】
阻害試験。各化合物について、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）で１：２に段階希釈した１１点投与系（点１２はＤＭＳＯ対照である）を用いてＩＣ５０試験を実施した。化合物をまずプレートにスポットした後、２μＭのＳＡＭおよび０．６μＭのＨ２Ａ（ヒストンＨ２Ａ）溶液混合物を加えた。同じ容量の酵素溶液を加えて、酵素反応を開始させた。反応の最終濃度は、１μＭのＳＡＭ、０．３μＭのＨ２Ａおよび１０ｎＭの酵素（アッセイ１ａ）または１．２５ｎＭの酵素（アッセイ１ｂ）である。１０ｎＭの酵素を使用した場合には６０分間（ｍｉｎ）および１．２５ｎＭの酵素を使用した場合には１２０ｍｉｎ間、３０℃で反応をインキュベートした。その後、１％の最終濃度になるまでギ酸を加えることによって反応を停止させた。化合物の存在下でのＳＡＨ形成の阻害を、阻害剤濃度の関数としての非阻害反応に対する対照のパーセンテージとして算出した。データを以下のようにフィッティングした。
Ｙ＝Ｂｏｔｔｏｍ＋（Ｔｏｐ−Ｂｏｔｔｏｍ）／（１＋１０＾（（ｌｏｇ  ＩＣ５０−Ｘ）＊ｈ））
式中、ＩＣ５０は、５０％阻害時の阻害濃度（Ｘと同じ単位）であり、ｈは、ヒル勾配である。Ｙは、阻害率であり、Ｘは、化合物濃度の対数である。ＢｏｔｔｏｍおよびＴｏｐは、Ｙと同じ単位のプラトーである。
【０１２１】
下表１のｐＩＣ５０値は、平均値である（Ｃｏ．Ｎｏ．は、化合物番号を意味する）。
【０１２２】
【表２】
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【０１２３】
実施例１：ＰＩＫ３ＣＡ活性化変異は、ＳＣＬＣのＰＲＭＴ５阻害剤感受性と関連している。
化合物２の細胞感受性プロファイルを広範な肺癌細胞株パネルのＳＣＬＣサブ分類で評価した。驚くべきことに、最も感受性の高い細胞株のいくつかは、ＰＩＫ３Ｃα遺伝子で異なる機能獲得変異を有し、それらは、表２で言及されている。標準治療（シスプラチン）または最新のＰＡＲＰ阻害剤生成のような標的薬剤に対する腫瘍応答としてのＰＩ３Ｋα経路（機能獲得変異または経路刺激）の活性化は、治療後のＳＣＬＣ患者の低い全生存と関連し得る耐性の過程での重要な役割を示唆する。
【０１２４】
【表３】
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【０１２５】
実施例２：スプライソソームの改変は、ＮＳＣＬＣのＰＲＭＴ５阻害剤感受性と関連する。
癌特異的スプライシングイベントは、悪性腫瘍を開始し、疾患進行にも寄与することが知られている。これまでのところ、スプライシングに関与する２つのタンパク質、Ｕ２ＡＦ１およびＲＢＭ１０がＮＳＣＬＣにおいて誤調節的であると記載されている。
【０１２６】
十分にキャラクタライズされたスプライシング因子であるＵ２ＡＦ１は、ＮＳＣＬＣ患者の３〜８％で機能獲得型のホットスポット変異（Ｓ３４Ｆ）を有する。最近では、スプライソソームの構築にも重要なＲＮＡ結合タンパク質ＲＢＭ１０は、主に喫煙歴のあるＮＳＣＬＣ患者（約８％）において、機能喪失変異によって不活性化される腫瘍抑制因子として分類されている。
【０１２７】
スプライソソームの構築に重要なＳｍタンパク質は、ＰＲＭＴ５の直接基質であり、したがって、ＰＲＭＴ５の機能は、スプライソソーム活性の調節と連結されていることが記載されている。
【０１２８】
Ｕ２ＡＦ１におけるＳ３４Ｆ機能獲得変異は、発癌性であることが確認されているため、Ｓ３４Ｆ変異を保有する市販のＮＳＣＬＣ細胞株の全ての小パネルを構築し、Ｕ２ＡＦ１−Ｓ３４ＦとＰＲＭＴ５阻害との間の潜在的な合成致死関係を分析した。
【０１２９】
このホットスポット変異を有する全ての（３つのうち３つの）ＮＳＣＬＣ細胞は、ＰＲＭＴ５阻害剤化合物２に対して増殖感受性である（表３を参照されたい）。
【０１３０】
【表４】
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【０１３１】
実施例３：サイクリンＤ１経路の増幅は、ＮＳＣＬＣでＰＲＭＴ５阻害剤感受性と関連する。
Ｇ１サイクリンファミリーの増幅および／または発現の増加は、ＮＳＣＬＣを含む複数の癌で報告されている。ＰＲＭＴ５と、サイクリンＤ１、ＣＤＫ４およびＣＤＫ６を含む細胞周期のモジュレーターの発現との間に相関が観察されており、ＰＲＭＴ５がＧ１期に調節効果を有し得ることを示唆している。化合物２処理した肺細胞株パネルの分析は、サイクリンＤ１／ＣＤＫ４／ＣＤＫ６増幅とＰＲＭＴ５ｉ感受性との間の有意な関連を明らかにし、サイクリン経路異常が患者選択のためのマーカーとして使用できることを示した。表４は、そうしたサイクリンＤ１／ＣＤＫ４／ＣＤＫ６増幅を有するＮＳＣＬＣ細胞株が化合物２での治療に対して感受性を有することを示す。
【０１３２】
【表５】
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【０１３３】
実施例４：ＷＮＴ経路の改変は、ＰＲＭＴ５阻害剤の感受性と関連する。
β−カテニンおよびＡＰＣを含む重要なＷｎｔシグナル伝達遺伝子に変異を有する細胞株は、表５に示すように、ＰＲＭＴ５ｉ治療に対して感受性を示す。
【０１３４】
【表６】
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【実施例】
【０１３５】
当業者であれば、本発明の好ましい実施形態に対する多数の変更形態および修正形態がなされ得、そのような変更形態および修正形態が本発明の趣旨から逸脱することなくなされ得ることを理解するであろう。したがって、添付の特許請求の範囲は、本発明の真の趣旨および範囲内に入る全ての均等な変形形態を包含することが意図される。
【０１３６】
本明細書に引用または記載された各特許、特許出願および刊行物の開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【国際調査報告】
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