(57)【要約】本明細書では、マイクロバイオームをモジュレートして、免疫チェックポイント遮断の有効性を増強することにより、がんを処置するための方法及び組成物が提供される。マイクロバイオームは、酪酸及び／又は酪酸産生菌を投与することによりモジュレートすることができる。本明細書ではまた、対象が、好適な微生物プロファイルを有するのかどうかを同定することにより、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を決定する方法も提供される。【選択図】  図１Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、及び／又はベイロネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物。
【請求項２】
ルミノコッカス科、クロストリジウム科、ラクノスピラ科、ミクロコッカス科、及び／又はベイロネラ科のうちの１又は複数に属する、少なくとも２つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物。
【請求項３】
前記細菌の集団の各々が、前記組成物において、少なくとも１０３ＣＦＵの濃度で存在する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項４】
生菌製品又は生バイオセラピューティック製品である、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項５】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、細菌の胞子として供給されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項６】
前記少なくとも１つの細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）第ＸＩＩ科及び／又はクロストリジウム目第ＸＩＩＩ科に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項７】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、ルミノコッカス科及び／又はクロストリジウム科に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項８】
ルミノコッカス科に属する前記細菌の集団が、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）に属する細菌の集団として、さらに規定される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項９】
ルミノコッカス属に属する前記細菌の集団が、ルミノコッカス・ブロミイ種（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）に属する細菌の集団として、さらに規定される、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
ルミノコッカス科に属する前記細菌の集団が、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）に属する細菌の集団として、さらに規定される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１１】
フィーカリバクテリウム属に属する前記細菌の集団が、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）に属する細菌の集団として、さらに規定される、請求項１０に記載の組成物。
【請求項１２】
ミクロコッカス科に属する前記細菌の集団が、ロチア属（Ｒｏｔｈｉａ）に属する細菌の集団として、さらに規定される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１３】
ポルフィロモナス・パステリ種（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｐａｓｔｅｒｉ）、クロストリジウム・フンガテイ種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｕｎｇａｔｅｉ）、ファスコラークトバクテリウム・フェシウム種（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｅｃｉｕｍ）、ペプトニフィルス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、及び／又はモリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）に属する細菌の集団をさらに含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１４】
バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）に属する細菌の集団を本質的に含まない、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１５】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、エンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５を超える、表１における種からなる群から選択される種、亜種、又は細菌株のうちの１又は複数に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１６】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、「ｅｉ」が１と等しい、表１における種からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１７】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、ＮＣＢＩタクソノミーＩＤ（ＮＣＢＩ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  ＩＤ）：７１７９５９、５８７、７５８８２３、６４９７５６、４４７４９、６７１２１８、１２６４、１１２２１３５、８５３、４８４０１８、４６５０３、５４５６５、２９００５２、２１６９３１、５７５９７８、４３３３２１、１７９６６４６、２１３８１０、２２８９２４、２９００５４、１５０９、１４６２９１９、２９３７５、３３７０９７、１２９８５９６、４８７１７４、６４２４９２、１７３５、１２９７４２４、７４２７６６、４６６８０、１３２９２５、４１１４６７、１３１８４６５、１８５２３６７、１８４１８５７、１６９６７９、１１７５２９６、２５９０６３、１７２９０１、３９４８８、５７１７２、２８１１８、１６６４８６、２８１３３、１５２９、６９４４３４、１００７０９６、８４０３０、５６７７４、１０２１４８、６２６９４７、２１６９３３、１３４８６１３、１４７２４１７、１００１７６、８２４、１４７１７６１、１２９７６１７、２８８９６６、１３１７１２５、２８１９７、３５８７４３、２６４６３９、１２６５、１３３５、６６２１９、６９４７３、１１５１１７、３４１２２０、１７３２、８７３５１３、３９６５０４、１７９６６１９、４５８５１、２７４１、１０５８４１、８６３３２、１３４９８２２、８４０３７、１８０３１１、５４２９１、１２１７２８２、７６２９８４、１１８５４１２、１５４０４６、６６３２７８、１５４３、３９８５１２、６９８２５、１８４１８６７、１５３５、１５１０、８４０２６、１５０２、１６１９２３４、３９４９７、１５４４、２９３４３、６４９７６２、３３２０９５、５３６６３３、１０３３７３１、５７４９３０、７４２８１８、１７７４１２、１１２１３０８、４１９２０８、１６７３７１７、５５７７９、２８１１７、６２６９３７、１８０３３２、１７７６３８２、４０５１９、３４０６２、４０５１８、７４４２６、１２１６０６２、２９３８２６、８５０、６４５４６６、４７４９６０、３６８３５、１１５５４４、１５１５、８８４３１、２１６９３２、１４１７８５２、３９４９２、１５８３、４２０２４７、１１８９６７、１６９４３５、３７６５８、１３８５９５、３１９７１、１００８８６、１１９７７１７、２３４９０８、５３７００７、３１９６４４、１６８３８４、９１５１７３、９５１５９、１８１６６７８、６２６９４０、５０１５７１、１７９６６２０、８８８７２７、１１４７１２３、３７６８０６、１２７４３５６、１２６７、３９４９５、４０４４０３、１３４８、２５３３１４、２５８５１５、３３０３３、１１１８０６１、３５７２７６、２１４８５１、３２０５０２、２１７７３１、２４６７８７、２９３７１、６４９７６４、９０１、２９３７４、３３０４３、３９７７８、６８２４００、８７１６６５、１６０４０４、７４５３６８、４０８、１５８４、３３３３６７、４７２４６、１０９６２４６、５３３４２、４３８０３３、３５１０９１、１７９６６２２、１７７６３８４、８１７、４８２５６、７２０５５４、５００６３２、３６８４９、３０１３０��、８７９９７０、６５５８１１、２６４４６３、１５３２、２８５、９９５、２４２７５０、２９５３９、１４３２０５２、６２２３１２、１７９６６３６、１３３７０５１、３２８８１４、２８４４６、１４９２、８２０、３９４９６、５２７８６、１５４９、１７９６６１８、５８２、４６５０７、１０９３２７、１５３１、１３８２、３３０３９、３１１４６０、２３０１４３、２１６９３５、５３９、３５５１９、１６８１、３２８８１３、２１４８５３、８９０１４、１１２１１１５、１５８５９７４、２９４６６、１３６３、２９２８００、２７０４９８、２１４８５６、１４２８７７、１３３９２６、２０９８８０、１７９６２８、１１２１１０２、１０５６１２、１７９６６１５、３９７７７、２９３５３、１５７９、１６３６６５、５３４４３、２６１２９９、１３０２、１１５０２９８、９３８２８９、３５８７４２、４７１８７５、９３８２７８、１７９６６１３、１１１８０５７、１０７７１４４、１７３７、２１８２０５、１１２１２９８、６８４０６６、４３３６５９、５２６９９、２０４５１６、７０６５６２、２５３２５７、３２８８１２、１２８０、１４７８０２、５８１３４、１３３５６１３、８９１、５８５３９４、１５８２、２３５９３１、３０８９９４、１５８９、１６８２、１７３６、２８１２９、１７８００１、５５１７８８、２０５１、８５６、１１８５６２、１０１０７０、５１５６１９、４０２１５、１８７９７９、８２９７９、２９３６３、１７７６３９１、１２８５１９１、８４１１２、１５７６８８、３８３０４、３６８５０、３４１６９４、２８７、７５６１２、８１８、３７１６７４、３３８１８８、８８１６４、５８８５８１、６７６９６５、５４６２７１、１２３６５１２、１７８３３８、８６２５１７、１５７６８７、１５８、５１０４８、１５８３３３１、５２９、８８８７４５、３９４３４０、４０５４５、８５５、５５３９７３、９３８２９３、９３０６３、７０８６３４、１７９９９５、１３５１、４７６６５２、１４６４０３８、５５５０８８、２３７５７６、８７９５６６、１８５２３７１、７４２７２７、１３７７、３５８３０、９９７３５３、２１８５３８、８３７７１、１６０５、２８１１１、１３１１０９、４６６０９、６９０５６７、４６２０６、１５５６１５、５１６１６、４０５４２、２０３、２９４、１０３４３４６、１５６４５６、８０８６６、５５４４０６、７９６９４２、１００２３６７、２９３４７、７９６９４４、６１５９２、４８７１７５、１０５０２０１、７６２９４８、１３７７３２、１２１１８１９、１０１９、２７２５４８、１７１７、３８４６３６、２１６９４０、２０８７、４５６３４、４６６１０７、１６８９、４７６７８、５７５、９７９６２７、８４０、１６６０、１２３６５１７、６１７１２３、５４６、２８１３５、８２１７１、４８３、５０１４９６、９９６５６、１３７９、８４０３２、３９４８３、１１０７３１６、５８４、２８１２４、１０３３７４４、６５７３０９、５３６４４１、７６１２３、１１１８０６０、８９１５２、７６１２２、３０３、１５４１、５０７７５１、５１５６２０、３８３０２、５３４１９、７２６、４０３２４、１７９６６１０、９８８９４６、１��５２３７０、１０１７、１１６８２８９、７６９３６、９４８６９、１１６１０９８、２１５５８０、１１２５７７９、３２７５７５、５４９、１４５０６４８及び４７８からなる群から選択されるＮＣＢＩタクソノミーＩＤにより同定される、細菌の１６Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド配列と少なくとも９０％同一な、１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）ヌクレオチド配列を含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１８】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、配列番号１〜８７６の配列と少なくとも８０％同一な、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む種、亜種、又は細菌株である、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項１９】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、クロストリジウム・アルデネンセ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｅｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アルドリチイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｒｉｃｈｉｉ）、クロストリジウム・アルカリセルロシ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｋａｌｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉ）、クロストリジウム・アミグダリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｙｇｄａｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・アスパラギフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・セルロシ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉ）、クロストリジウム・シトロニエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｉｔｒｏｎｉａｅ）、クロストリジウム・クラリフラブム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌａｒｉｆｌａｖｕｍ）ＤＳＭ  １９７３２、クロストリジウム・クロストリジオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・コリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・フィメタリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｉｍｅｔａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ヒラノニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓ）、クロストリジウム・フンガテイ、クロストリジウム・ヒレモネ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｙｌｅｍｏｎａｅ）ＤＳＭ  １５０５３、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ）、クロストリジウム・メチルペントスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、クロストリジウム・オロチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パピロソルベンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｐｙｒｏｓｏｌｖｅｎｓ）ＤＳＭ  ２７８２、クロストリジウム・ポプレティー（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｏｐｕｌｅｔｉ）、クロストリジウム・プロピオニクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）、クロストリジウム・サッカロリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・スキンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・ステルコラリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ストラミニソルベンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｒａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、クロストリジウム・スフラブム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｆｆｌａｖｕｍ）、クロストリジウム・テルミチジス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｒｍｉｔｉｄｉｓ）、クロストリジウム・テルモスクシノゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・ビリデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ）、クロストリジウム・キシラノリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、デスルフォトマクルム・ガットイデウム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｇｕｔｔｏｉｄｅｕｍ）、エウバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ）ＡＴＣＣ  ３３６５６、エウバクテリウム・ドリクム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ）、エウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ２７７５０、エウバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ）、エウバクテリウム・インフィルムム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆｉｒｍｕｍ）、エウバクテリウム・シレウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、エウバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ）、ルミノコッカス・トルケス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、アセタネロバクテリウム・エロンガツム（Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｏｎｇａｔｕｍ）、アセタチファクター・ムリス（Ａｃｅｔａｔｉｆａｃｔｏｒ  ｍｕｒｉｓ）、アセチビブリオ・セルロリティクス（Ａｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アセチビブリオ・エタノールギグネンス（Ａｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｅｔｈａｎｏｌｇｉｇｎｅｎｓ）、アコレプラズマ・ブラシセ（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ）０５０２、アコレプラズマ・パルブム（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｐａｒｖｕｍ）、アコレプラズマ・ビツリ（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｖｉｔｕｌｉ）、アシネトバクター・ユニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｕｎｉｉ）、アクチノバチルス・ポルシヌス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｒｃｉｎｕｓ）、アクチノミセス・ボウデニイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｗｄｅｎｉｉ）、アクチノミセス・デンタリス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｎｔａｌｉｓ）、アクチノミセス・オドントリティクス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アクタリバクター・ムリス（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、アエロコッカス・ビリダンス（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）、アエロミクロビウム・ファスチジオスム（Ａｅｒｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓｕｍ）、アリスチペス・フィネゴルジイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、アリスチペス・オベシ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｂｅｓｉ）、アリスチペス・オンデルドンキイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ）、アリスチペス・プトレジニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスチペス・シャヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、アリスチペス・シャヒイＷＡＬ  ８３０１、アリスチペス・チモネンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）ＪＣ１３６、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス（Ａｌｋａｌｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、アルカリフィルス・メタリレディゲンス（Ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ  ｍｅｎｔａｌｌｉｒｅｄｉｇｅｎｓ）ＱＹＭＦ、アリソネラ・ヒスタミニフォルマンス（Ａｌｌｉｓｏｎｅｌｌａ  ｈｉｓｔａｍ��ｎｉｆｏｒｍａｎｓ）、アロバクルム・ステルコリカニス（Ａｌｌｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｃａｎｉｓ）ＤＳＭ  １３６３３、アロプレボテラ・ラバ（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒａｖａ）、アロプレボテラ・タネレ（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔａｎｎｅｒａｅ）、アネロバクテリウム・カルチソルベンス（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈａｒｔｉｓｏｌｖｅｎｓ）、アネロビオスピリルム・トマシイ（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｔｈｏｍａｓｉｉ）、アネロビウム・アセテチリクム（Ａｎａｅｒｏｂｉｕｍ  ａｃｅｔｅｔｈｙｌｉｃｕｍ）、アネロコッカス・オクタビウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｃｔａｖｉｕｓ）ＮＣＴＣ  ９８１０、アネロコッカス・プロベンシエンシス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｖｅｎｃｉｅｎｓｉｓ）、アネロコッカス・バギナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）ＡＴＣＣ  ５１１７０、アネロコルムナ・ジェジュエンシス（Ａｎａｅｒｏｃｏｌｕｍｎａ  ｊｅｊｕｅｎｓｉｓ）、アネロフィルム・アジレ（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ  ａｇｉｌｅ）、アネロフスチス・ステルコリホミニス（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アネログロブス・ゲミナツス（Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ  ｇｅｍｉｎａｔｕｓ）、アネロマシリバチルス・セネガレンシス（Ａｎａｅｒｏｍａｓｓｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、アネロプラズマ・アバクトクラスチクム（Ａｎａｅｒｏｐｌａｓｍａ  ａｂａｃｔｏｃｌａｓｔｉｃｕｍ）、アネロハブヅス・フルコサ（Ａｎａｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ  ｆｕｒｃｏｓａ）、アネロスポロバクター・モビリス（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｏｂｉｌｉｓ）、アネロスチペス・ブチラティクス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｂｕｔｙｒａｔｉｃｕｓ）、アネロスチペス・カッセ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、アネロスチペス・ハヅルス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ）、アネロトルンクス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アネロボラクス・オドリムタンス（Ａｎａｅｒｏｖｏｒａｘ  ｏｄｏｒｉｍｕｔａｎｓ）、アノキシバチルス・ルピエンシス（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｐｉｅｎｓｉｓ）、アクアバクテリウム・リムノティクム（Ａｑｕａｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｎｏｔｉｃｕｍ）、アクロバクター・ブツレリ（Ａｒｃｏｂａｃｔｅｒ  ｂｕｔｚｌｅｒｉ）、アルトロスピラ・プラテンシス（Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓ）、アサッカロバクター・セラツス（Ａｓａｃｃｈａｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｅｌａｔｕｓ）、アトポビウム・パルブルム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｐａｒｖｕｌｕｍ）、バクテロイデス・カッセ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・セシムリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、バクテロイデス・セルロシリティクス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌａｒｕｓ）ＹＩＴ  １２０５６、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、バクテロイデス・エゲルティイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、バクテロイデス・フィネゴルジイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・ガリナルム（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、バクテロイデス・マシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・オレシプレヌス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｌｅｉｃｉｐｌｅｎｕｓ）ＹＩＴ  １２０５８、バクテロイデス・プレベイウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）ＤＳＭ  １７１３５、バクテロイデス・ロデンティクム（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｒｏｄｅｎｔｉｕｍ）ＪＣＭ  １６４９６、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・ウニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）ＸＢ１Ａ、バクテロイデス・キシラノリティクス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ベヅイニ・マシリエンシス（Ｂｅｄｕｉｎｉ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィヅム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロングム・インファンティス亜種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ｓｕｂｓｐ．ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ブラウティア・セシムリス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、ブラウティア・ココイデス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、ブラウティア・フェシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ブラウティア・グルセラセア（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ）、ブラウティア・ハンセニイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）ＤＳＭ  ２０５８３、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｌｕｔｉ）、ブラウティア・ル
ティＤＳＭ  １４５３４、ブラウティア・ウェクスレレ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｗｅｘｌｅｒａｅ）ＤＳＭ  １９８５０、ブドビシア・アクアティカ（Ｂｕｄｖｉｃｉａ  ａｑｕａｔｉｃａ）、ブチリシコッカス・プリセコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ブチリシモナス・パラビロサ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｐａｒａｖｉｒｏｓａ）、ブチリビブリオ・クロッソツス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、カルジコプロバクター・オーシマイ（Ｃａｌｄｉｃｏｐｒｏｂａｃｔｅｒ  ｏｓｈｉｍａｉ）、カロラマター・コールハーシイ（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ  ｃｏｏｌｈａａｓｉｉ）、カロラマター・プロテオクラスティクス（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ  ｐｒｏｔｅｏｃｌａｓｔｉｃｕｓ）、カロラマター・キムベイエンシス（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ  ｑｕｉｍｂａｙｅｎｓｉｓ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｇｒａｃｉｌｉｓ）、カンピロバクター・レクツス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、カンピロバクター・ウレオリティクス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）ＤＳＭ  ２０７０３、カプノサイトファーガ・ギンギバリス（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、カプノサイトファーガ・レッドベテリ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｌｅａｄｂｅｔｔｅｒｉ）、カプノサイトファーガ・スプチゲナ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、カサルテラ・マシリエンシス（Ｃａｓａｌｔｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、カタバクター・ホンコンゲンシス（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、カテニバクテリウム・ミツオカイ（Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ）、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ）、クリステンセネラ・チモネンシス（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、クリセオバクテリウム・タクリマカネンセ（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔａｋｌｉｍａｋａｎｅｎｓｅ）、シトロバクター・フロインディイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、クロアシバチルス・ポルコルム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｒｃｏｒｕｍ）、クロストリディオイデス・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）ＡＴＣＣ  ９６８９＝ＤＳＭ  １２９６、クロストリジウム・アミロリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ボウマニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｗｍａｎｉｉ）、クロストリジウム・ブチリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・カダベリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｄａｖｅｒｉｓ）、クロストリジウム・コリカニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｃａｎｉｓ）、クロストリジウム・ガシゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇａｓｉｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・レントセルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｎｔｏｃｅｌｌｕｍ）ＤＳＭ  ５４２７、クロストリジウム・オセアニクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｃｅａｎｉｃｕｍ）、クロストリジウム・オリゼ��Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｙｚａｅ）、クロストリジウム・パラプトリフィクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パスクイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｓｃｕｉ）、クロストリジウム・ペルフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・クイニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｑｕｉｎｉｉ）、クロストリジウム・サッカロブチリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｈｙｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・ベントリクリ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｃｕｌｉ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コマモナス・テストステロニ（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ  ｔｅｓｔｏｓｔｅｒｏｎｉ）、コプロバクター・ファスティディオスス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓｕｓ）ＮＳＢ１、コプロコッカス・エウタクタス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コリネバクテリウム・ジフテリエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、コリネバクテリウム・ヅルム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｕｒｕｍ）、コリネバクテリウム・ミセトイデス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｙｃｅｔｏｉｄｅｓ）、コリネバクテリウム・ピルビシプロヅセンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｒｕｖｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−１７４２、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、クルツロミカ・マシリエンシス（Ｃｕｌｔｕｒｏｍｉｃａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、クネアチバクター・セシムリス（Ｃｕｎｅａｔｉｂａｃｔｅｒ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、デフルビイタレア・サッカロフィラ（Ｄｅｆｌｕｖｉｉｔａｌｅａ  ｓａｃｃｈａｒｏｐｈｉｌａ）、デルフィチア・アシドボランス（Ｄｅｌｆｔｉａ  ａｃｉｄｏｖｏｒａｎｓ）、デスルフィトバクテリウム・クロロレスピランス（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｌｏｒｏｒｅｓｐｉｒａｎｓ）、デスルフィトバクテリウム・メタリレヅセンス（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｅｔａｌｌｉｒｅｄｕｃｅｎｓ）、デスルフォスポロシヌス・アシジヅランス（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ  ａｃｉｄｉｄｕｒａｎｓ）、デスルフォトマクルム・ハロフィルム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｈａｌｏｐｈｉｌｕｍ）、デスルフォトマクルム・イントリカツム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｉｎｔｒｉｃａｔｕｍ）、デスルフォトマクルム・トンゲンセ（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｔｏｎｇｅｎｓｅ）、デスルフォビブリオ・デスルフリカンス・デスルフリカンス亜種（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ  ｓｕｂｓｐ．ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ）、デスルフォビブリオ・アイダホネンシス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｉｄａｈｏｎｅｎｓｉｓ）、デスルフォビブリオ・リトラリス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｌｉｔｏｒａｌｉｓ）、デスルフォビブリオ・ピ���ル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ）、デスルフォビブリオ・シンプレクス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｓｉｍｐｌｅｘ）、デスルフォビブリオ・ゾステレ（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｚｏｓｔｅｒａｅ）、デスルフロモナス・アセトキシダンス（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｏｍｏｎａｓ  ａｃｅｔｏｘｉｄａｎｓ）、デチオバクター・アルカリフィルス（Ｄｅｔｈｉｏｂａｃｔｅｒ  ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ）ＡＨＴ  １、デチオスルファチバクター・アミノボランス（Ｄｅｔｈｉｏｓｕｌｆａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｍｉｎｏｖｏｒａｎｓ）、ジアリスター・インビスス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ）、ジアリスター・プロピオニシファシエンス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、ジエルマ・ファスチジオサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ジエツィア・アリメンタリア（Ｄｉｅｔｚｉａ  ａｌｉｍｅｎｔａｒｉａ）７２、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ジスゴノモナス・ガデイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｇａｄｅｉ）ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−２８６、ジスゴノモナス・モッシイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｍｏｓｓｉｉ）、エガセラ・レンタ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｌｅｎｔａ）、エイケネラ・コロンデンス（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ  ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ）、アイゼンバーギエラ・タイイ（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇｉｅｌｌａ  ｔａｙｉ）、エメルゲンシア・チモネンシス（Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、エノルマ・マシリエンシス（Ｅｎｏｒｍａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｐｈＩ、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロラブヅス・ムリス（Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ  ｍｕｒｉｓ）、エタノリゲネンス・ハルビネンセ（Ｅｔｈａｎｏｌｉｇｅｎｅｎｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｅ）ＹＵＡＮ−３、エウバクテリウム・コプロスタノリゲネス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｐｒｏｓｔａｎｏｌｉｇｅｎｅｓ）、エウバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ）、エウバクテリウム・オキシドレヅセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、エウバクテリウム・スルシ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｌｃｉ）ＡＴＣＣ  ３５５８５、エウバクテリウム・ウニフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｎｉｆｏｒｍｅ）、エウバクテリウム・ベントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、エウバクテリウム・キシラノフィルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｐｈｉｌｕｍ）、エクスティバクター・ムリス（Ｅｘｔｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、エザキエラ・ペルエンシス（Ｅｚａｋｉｅｌｌａ  ｐｅｒｕｅｎｓｉｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、フェカリコッカス・アシドフォルマンス（Ｆａｅｃａｌｉｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｆｏｒｍａｎｓ）、フェカリタレア・シリンドロイデス（Ｆａｅｃａｌｉｔａｌｅａ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、フィリファクター・ビロスス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ｖｉｌｌｏｓｕｓ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）、フリンチバクター・ブチリクス（Ｆｌｉｎｔｉｂ��ｃｔｅｒ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｓ）、フリシンギコッカス・セシムリス（Ｆｒｉｓｉｎｇｉｃｏｃｃｕｓ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、フコフィルス・フコイダノリティクス（Ｆｕｃｏｐｈｉｌｕｓ  ｆｕｃｏｉｄａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、フシカテニバクター・サッカリボランス（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｎｓ）、フソバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、フソバクテリウム・ヌクレアツム・ビンセンティイ亜種（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ  ｓｕｂｓｐ．ｖｉｎｃｅｎｔｉｉ）、フソバクテリウム・シミエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｍｉａｅ）、フソバクテリウム・バリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｒｉｕｍ）、ガルシエラ・ニトラチレヅセンス（Ｇａｒｃｉｅｌｌａ  ｎｉｔｒａｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ）、ゲメラ・ヘモリサンス（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ）、ゲミガー・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ゴルドニバクター・ウロリシンファシエンス（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ  ｕｒｏｌｉｔｈｉｎｆａｃｉｅｎｓ）、グラシリバクター・テルモトレランス（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｔｅｒ  ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）ＪＷ／ＹＪＬ−Ｓ１、グラヌリカテラ・エレガンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｅｌｅｇａｎｓ）、グッゲンハイメラ・ボビス（Ｇｕｇｇｅｎｈｅｉｍｅｌｌａ  ｂｏｖｉｓ）、ヘモフィルス・ヘモリティクス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ヘリコバクター・チフロニウス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｔｙｐｈｌｏｎｉｕｓ）、ヘスペリア・ステルコリスイス（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓｕｉｓ）、ホルデマネラ・ビフォルミス、ホルデマニア・マシリエンシス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ＡＰ２、ハワーデラ・ウレイリティカ（Ｈｏｗａｒｄｅｌｌａ  ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）、フンガテラ・エフルビイ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ  ｅｆｆｌｕｖｉｉ）、フンガテラ・ハセワイイ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ  ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、ヒドロゲノアネロバクテリウム・サッカロボランス（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、イフバクター・マシリエン
シス（Ｉｈｕｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、インテスティニバクター・バルトレッティ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、インテスティニモナス・ブチリシプロヅセンス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ  ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、イレグラリバクター・ムリス（Ｉｒｒｅｇｕｌａｒｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、キロニエラ・ラミナリエ（Ｋｉｌｏｎｉｅｌｌａ  ｌａｍｉｎａｒｉａｅ）ＤＳＭ  １９５４２、クロッペンステディア・グアンチョウエンシス（Ｋｒｏｐｐｅｎｓｔｅｄｔｉａ  ｇｕａｎｇｚｈｏｕｅｎｓｉｓ）、ラクノアネロバクルム・オラーレ（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｏｒａｌｅ）、ラクノアネロバクルム・ウメエンセ（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｕｍｅａｅｎｓｅ）、ラクノクロストリジウム・フィトフェルメンタンス（Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・アルギヅス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｇｉｄｕｓ）、ラクトバチルス・アニマリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ラクトバチルス・カセイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・フォルニカリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｏｒｎｉｃａｌｉｓ）、ラクトバチルス・イネルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ペントスス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロゴセ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｇｏｓａｅ）、ラクトコッカス・ガルビエエ（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ  ｌｏｎｇｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）、レプトトリキア・ブッカリス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｂｕｃｃａｌｉｓ）、レプトトリキア・ホフスタディイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ）、レプトトリキア・ホンコンゲンシス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、レプトトリキア・ワデイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｗａｄｅｉ）、レウコノストック・インヘ（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｉｎｈａｅ）、レビエラ・マシリエンシス（Ｌｅｖｙｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ロリエロプシス・カベルニコラ（Ｌｏｒｉｅｌｌｏｐｓｉｓ  ｃａｖｅｒｎｉｃｏｌａ）、ルチスポラ・テルモフィラ（Ｌｕｔｉｓｐｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、マリニラビリア・サルモニコロル（Ｍａｒｉｎｉｌａｂｉｌｉａ  ｓａｌｍｏｎｉｃｏｌｏｒ）ＪＣＭ  ２１１５０、マルビンブリアンチア・フォルマテキシゲンス（Ｍａｒｖｉｎｂｒｙａｎｔｉａ  ｆｏｒｍａｔｅｘｉｇｅｎｓ）、メソプラズマ・フォツリス（Ｍｅｓｏｐｌａｓｍａ  ｐｈｏｔｕｒｉｓ）、メタノブレビバクター・スミシイ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ）ＡＴＣＣ  ３５０６１、メタノマシリコッカス・ルミニエンシス（Ｍｅｔｈａｎｏｍａｓｓｉｌｉｉｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｍｉｎｙｅｎｓｉｓ）Ｂ１０、メチロバクテリウム・エクストルセンス（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｘｔｏｒｑｕｅｎｓ）、ミツオケラ・ジャラルンジニイ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｊａｌａｌｕｄｉｎｉｉ）、モビリタレア・シビリカ（Ｍｏｂｉｌｉｔａｌｅａ  ｓｉｂｉｒｉｃａ）、モビルンクス・クルティシイ（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ）、モギバクテリウム・プミルム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｕｍｉｌｕｍ）、モギバクテリウム・チミヅム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｉｍｉｄｕｍ）、ムーアレラ・グリセリニ（Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｇｌｙｃｅｒｉｎｉ）、ムーアレラ・フミフェレア（Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｈｕｍｉｆｅｒｒｅａ）、モラクセラ・ノンリンケファシエンス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、モラクセラ・オスロエンシス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ）、モルガネラ・モルガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）、モリエラ・インドリゲネス（Ｍｏｒｙｅｌｌａ  ｉｎｄｏｌｉｇｅｎｅｓ）、ムリバクルム・インテスティナーレ（Ｍｕｒｉｂａｃｕｌｕｍ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｅ）、ムリモナス・インテスティニ（Ｍｕｒｉｍｏｎａｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ）、ナトラネロビルガ・ペクチニボラ（Ｎａｔｒａｎａｅｒｏｖｉｒｇａ  ｐｅｃｔｉｎｉｖｏｒａ）、ネグレクタ・チモネンシス（Ｎｅｇｌｅｃｔａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、ナイセリア・シネレア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ）、ナイセリア・オラリス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｏｒａｌｉｓ）、ノカルジオイデス・メソフィルス（Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄｅｓ  ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｓ）、ノビバチルス・テルモフィルス（Ｎｏｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、オクロバクツルム・アントロピ（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ａｎｔｈｒｏｐｉ）、オドリバクター・スプラノクニクス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、オルセネラ・プロフーサ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｐｒｏｆｕｓａ）、オルセネラ・ウリ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｕｌｉ）、オリバクテリウム・アサッカロリティクム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ）ＡＣＢ７、オリバクテリウム・シヌス（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｎｕｓ）、オシリバクター・ルミナンティウム（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）ＧＨ１、オシリバクター・バレリシゲネス（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ）、オキソバクター・フェニジイ（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ  ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ）、パンテア・アグロメランス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）、パピリバクター・シナミボランス（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）、パラバクテロイデス・フェシス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆａｅｃｉｓ）、パラバクテロイデス・ゴールドスタイニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・メルデ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス��Ｐａｒａｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）、パラサテラ・エクスクレメンティホミニス（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｅｘｃｒｅｍｅｎｔｉｈｏｍｉｎｉｓ）、パラサテラ・セクンダ（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｅｃｕｎｄａ）、パルビモナス・ミクラ（Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｍｉｃｒａ）、ペプトコッカス・ニガー（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｉｇｅｒ）、ペプトニフィルス・ヅエルデニイ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｅｒｄｅｎｉｉ）ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−１６４０、ペプトニフィルス・グロセンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｇｒｏｓｓｅｎｓｉｓ）ｐｈ５、ペプトニフィルス・ケネネニエ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｋｏｅｎｏｅｎｅｎｉａｅ）、ペプトニフィルス・セネガレンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）ＪＣ１４０、ペプトストレプトコッカス・ストマティス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｔｏｍａｔｉｓ）、ファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）、フォセア・マシリエンシス（Ｐｈｏｃｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ポンティバクター・インディクス（Ｐｏｎｔｉｂａｃｔｅｒ  ｉｎｄｉｃｕｓ）、ポルフィロモナス・ベノニス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｂｅｎｎｏｎｉｓ）、ポルフィロモナス・エンドドンタリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｄｏｄｏｎｔａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・パステリ、プレボテラ・ベルゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ブッセ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｕｃｃａｅ）ＡＴＣＣ  ３３５７４、プレボテラ・デンティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・エネカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｆｕｓｃａ）ＪＣＭ  １７７２４、プレボテラ・レシェイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・ニグレスセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｉｓ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｌｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ７００８２１、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）ＤＳＭ  １８２０６、プレボテラマシリア・チモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｍａｓｓｉｌｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プロピオニスピラ・アルクアタ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｉｒａ  ａｒｃｕａｔａ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロビデンシア・レテゲリ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｅｔｔｇｅｒｉ）、シュードバクテロイデス・セルロソルベンス（Ｐｓｅｕｄｏｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ３５６０３＝ＤＳＭ  ２９３３、シュードブチリビブリオ・ルミニス（Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｒｕｍｉｎｉｓ）、シュードフラボニフラクター・カピロスス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）ＡＴＣＣ  ２９７９９、シュードモナス・エルギノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉ���ｏｓａ）、シュードモナス・フルオレスセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、シュードモナス・マンデリイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍａｎｄｅｌｉｉ）、シュードモナス・ニトロレヅセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ）、ラウルテラ・オルニチノリティカ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、ラウルテラ・プランティコラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、ラウルティバクター・マシリエンシス（Ｒａｏｕｌｔｉｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ  ｐｅｏｒｉｅｎｓｉｓ）、ロムブツィア・チモネンシス（Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、ロセブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ロセブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ２−１８３、ロゼブリア・インテスティナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロセブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）ＤＳＭ  １６８４１、ロチア・デントカリオーサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ）ＡＴＣＣ  １７９３１、ルミニクロストリジウム・テルモセルム（Ｒｕｍｉｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ）、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・カリヅス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・シャンパネレンシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅｎｓｉｓ）１８Ｐ１３  ＝ＪＣＭ  １７０４２、ルミノコッカス・フェシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｓ）ＪＣＭ  １５９１７、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカス・ゴブロイイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｕｖｒｅａｕｉｉ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）ＡＴＣＣ  ２９１７６、ルメリイバチルス・ピクヌス（Ｒｕｍｍｅｌｉｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｙ
ｃｎｕｓ）、サッカロフェルメンタンス・アセチゲネス（Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ  ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ）、スカルドビア・ウィッグシエ（Ｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｗｉｇｇｓｉａｅ）、シュレーゲレラ・テルモデプロイメランス（Ｓｃｈｌｅｇｅｌｅｌｌａ  ｔｈｅｒｍｏｄｅｐｏｌｙｍｅｒａｎｓ）、セディメンティバクター・ホンコンゲンシス（Ｓｅｄｉｍｅｎｔｉｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、セレノモナス・スプチゲナ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）ＡＴＣＣ  ３５１８５、スラキア・エクシグア（Ｓｌａｃｋｉａ  ｅｘｉｇｕａ）ＡＴＣＣ  ７００１２２、スラキア・ピリフォルミス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｐｉｒｉｆｏｒｍｉｓ）ＹＩＴ  １２０６２、ソリタレア・カナデンシス（Ｓｏｌｉｔａｌｅａ  ｃａｎａｄｅｎｓｉｓ）、ソロバクテリウム・ムーアレイ（Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｏｒｅｉ）、スフィンゴモナス・アクアチリス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ａｑｕａｔｉｌｉｓ）、スピロプラズマ・アレゲネンセ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ａｌｌｅｇｈｅｎｅｎｓｅ）、スピロプラズマ・チネンセ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｃｈｉｎｅｎｓｅ）、スピロプラズマ・クリソピコラ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｃｈｒｙｓｏｐｉｃｏｌａ）、スピロプラズマ・クリシコラ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｃｕｌｉｃｉｃｏｌａ）、スピロプラズマ・ラムピリジコラ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｌａｍｐｙｒｉｄｉｃｏｌａ）、スポロバクター・テルミチジス（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｔｅｒｍｉｔｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、ストマトバクルム・ロングム（Ｓｔｏｍａｔｏｂａｃｕｌｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ストレプトコッカス・アガラクチエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）ＡＴＣＣ  １３８１３、ストレプトコッカス・クリスタツス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｉｓｔａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・エクイヌス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、ストレプトコッカス・ラクタリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・パラウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｕｂｅｒｉｓ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、スクシニビブリオ・デキストリノソルベンス（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｘｔｒｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ステレラ・ステルコリカニス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｃａｎｉｓ）、ステレラ・ワーズワーセンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）、シントロフォコッカス・スクロミュータンス（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｒｏｍｕｔａｎｓ）、シントロフォモナス・ゼーンデリ（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｚｅｈｎｄｅｒｉ）ＯＬ−４、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｙｏｍｂｅｉ）、テルモレオフィルム・アルブム（Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｕｍ  ａｌｂｕｍ）、トレポネマ・デンティコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、トレポネマ・ソクランスキイ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｏｃｒａｎｓｋｉｉ）、ティゼレラ・ネクシリス（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ  ｎｅｘｉｌｉｓ）ＤＳＭ  １７８７、バリタレア・グエイマセンシス（Ｖａｌｌｉｔａｌｅａ  ｇｕａｙｍａｓｅｎｓｉｓ）、バリタレア・プロニエンシス（Ｖａｌｌｉｔａｌｅａ  ｐｒｏｎｙｅｎｓｉｓ）、バムピロビブリオ・クロレラボルス（Ｖａｍｐｉｒｏｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｌｏｒｅｌｌａｖｏｒｕｓ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ａｔｙｐｉｃａ）、ベイロネラ・デンティカリオーシ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃａｒｉｏｓｉ）、ベイロネラ・ジスパル（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、ビクチバリス・バデンシス（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌｉｓ  ｖａｄｅｎｓｉｓ）、ブルカニバチルス・モデスチカルヅス（Ｖｕｌｃａｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｄｅｓｔｉｃａｌｄｕｓ）、及びワイセラ・コンフーサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓａ）からなる群から選択される種、亜種、又は細菌株に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２０】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された集団が、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における種から選択される細菌種に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２１】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示され、０．１未満の未補正ｐ値を有する、表２における種からなる群から選択される細菌種に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２２】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、配列番号８７７〜９２６、配列番号９２７〜９７６、配列番号９７７〜１０２６、配列番号１０２７〜１０７６、配列番号１０７７〜１１２６、配列番号１１２７〜１１７６、配列番号１１７７〜１２２６、配列番号１２２７〜１２７６、配列番号１２７７〜１３２６、配列番号１３２７〜１３７６、配列番号１３７７〜１４２６、配列番号１４２７〜１４７６、配列番号１４７７〜１５２６、配列番号１５２７〜１５７６、配列番号１５７７〜１６２６、配列番号１６２７〜１６７６、配列番号１６７７〜１７２６、配列番号１７２７〜１７７６、配列番号１７７７〜１８２６、配列番号１８２７〜１８７６、配列番号１８７７〜１９２６、配列番号１９２７〜１９７６、配列番号１９７７〜２０２６、配列番号２０２７〜２０７６、配列番号２０７７〜２１２６、配列番号２１２７〜２１７６、配列番号２１７７〜２２２６、配列番号２２２７〜２２７６、配列番号２２７７〜２３２６、配列番号２３２７〜２３７６、配列番号２３７７〜２４２６、配列番号２４２７〜２４７６、配列番号２４７７〜２５２６、配列番号２５２７〜２５７６、配列番号２５７７〜２６２６及び配列番号２６２７〜２６７６からなる群から選択される共存遺伝子群（ＣＡＧ）配列に対する少なくとも８０パーセントの同一性を伴うヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株に属する、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２３】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、配列番号８７７〜９２６に対する少なくとも２９％の同一性、配列番号９２７〜９７６に対する少なくとも１６．５％の同一性、配列番号９７７〜１０２６に対する少なくとも４８．５％の同一性、配列番号１０２７〜１０７６に対する少なくとも２８％の同一性、配列番号１０７７〜１１２６に対する少なくとも９３．５％の同一性、配列番号１１２７〜１１７６に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号１１７７〜１２２６に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号１２２７〜１２７６に対する少なくとも９９％の同一性、配列番号１２７７〜１３２６に対する１００％の同一性、配列番号１３２７〜１３７６に対する少なくとも２１．５％の同一性、配列番号１３７７〜１４２６に対する１００％の同一性、配列番号１４２７〜１４７６に対する少なくとも９７％の同一性、配列番号１４７７〜１５２６に対する少なくとも５５．５％の同一性、配列番号１５２７〜１５７６に対する１００％の同一性、配列番号１５７７〜１６２６に対する少なくとも３４％の同一性、配列番号１６２７〜１６７６に対する少なくとも１４％の同一性、配列番号１６７７〜１７２６に対する１００％の同一性、配列番号１７２７〜１７７６に対する少なくとも９３％の同一性、配列番号１７７７〜１８２６に対する１００％の同一性、配列番号１８２７〜１８７６に対する少なくとも４５％の同一性、配列番号１８７７〜１９２６に対する少なくとも９９％の同一性、配列番号１９２７〜１９７６に対する少なくとも７４％の同一性、配列番号１９７７〜２０２６に対する１００％の同一性、配列番号２０２７〜２０７６に対する１００％の同一性、配列番号２０７７〜２１２６に対する少なくとも２０％の同一性、配列番号２１２７〜２１７６に対する少なくとも８４％の同一性、配列番号２１７７〜２２２６に対する少なくとも３５．５％の同一性、配列番号２２２７〜２２７６に対する少なくとも３２．５％の同一性、配列番号２２７７〜２３２６に対する少なくとも７０％の同一性、配列番号２３２７〜２３７６に対する１００％の同一性、配列番号２３７７〜２４２６に対する少なくとも７０．５％の同一性、配列番号２４２７〜２４７６に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号２４７７〜２５２６に対する少なくとも６８．５％の同一性、配列番号２５２７〜２５７６に対する１００％の同一性、配列番号２５７７〜２６２６に対する少なくとも９７．５％の同一性、又は配列番号２６２７〜２６７６に対する１００％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む種からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２４】
前記細菌が凍結乾燥又は冷凍乾燥されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２５】
経口送達のために製剤化されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２６】
経口送達のために製剤化された前記組成物が、錠剤又はカプセルである、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２７】
前記錠剤又はカプセルが、酸耐性腸溶性コーティングを含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２８】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団を含む前記組成物が、結腸鏡検査、経鼻胃管によるＳ状結腸鏡検査、又は注腸剤を介する直腸内投与のために製剤化されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項２９】
凍結乾燥又は冷凍されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項３０】
液体、懸濁液、ゲル、ゲルタブ、半固体、錠剤、小袋、トローチ、カプセルを含む最終送達、又は腸内製剤としての最終送達のために再製剤化することが可能である、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項３１】
複数回投与のために製剤化されている、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項３２】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、抗生剤耐性遺伝子を含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項３３】
前記少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は前記少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団が、酪酸産生菌の集団である、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項３４】
酪酸をさらに含む、請求項１又は２に記載の組成物。
【請求項３５】
対象におけるがんを処置又は防止する方法であって、前記対象へと、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
【請求項３６】
前記がんが、皮膚がんである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３８】
前記がんが、黒色腫である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３９】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む、請求項３５に記載の方法。
【請求項４１】
前記少なくとも１つのさらなる抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、又は生物学的療法である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記生物学的療法が、モノクローナル抗体、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、又は遺伝子治療である、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤及び／又は少なくとも１つのさらなる抗がん処置を、腫瘍内投与、動脈内投与、静脈内投与、血管内投与、胸腔内投与、腹腔内投与、気管内投与、髄腔内投与、筋内投与、内視鏡時投与、病変内投与、経皮投与、皮下投与、局部投与、定位投与、経口投与、又は直接的注射若しくは灌流により投与する、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】
対象におけるがんを処置又は防止する方法であって、前記対象へと、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を投与するステップを含む方法。
【請求項４５】
前記がんが、皮膚がんである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４７】
前記がんが、黒色腫である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項５０】
前記少なくとも１つのさらなる抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、又は生物学的療法である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記生物学的療法が、モノクローナル抗体、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、又は遺伝子治療である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤及び／又は少なくとも１つのさらなる抗がん処置を、腫瘍内投与、動脈内投与、静脈内投与、血管内投与、胸腔内投与、腹腔内投与、気管内投与、髄腔内投与、筋内投与、内視鏡時投与、病変内投与、経皮投与、皮下投与、局部投与、定位投与、経口投与、又は直接的注射若しくは灌流により投与する、請求項４９に記載の方法。
【請求項５３】
前記対象が腫瘍を有する、がんを処置する方法として規定された請求項４４に記載の方法。
【請求項５４】
前記対象が、がんを発症する危険性があると同定されている、がんを防止する方法として規定された請求項４４に記載の方法。
【請求項５５】
前記組成物の投与が、腫瘍におけるＣＤ８＋Ｔリンパ球の増大を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項５６】
前記Ｔリンパ球が、細胞傷害性Ｔリンパ球である、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
前記組成物の投与が、前記対象の全身循環又は末梢血における、エフェクターＣＤ４＋、ＣＤ８＋Ｔリンパ球、単球、及び／又は骨髄樹状細胞の増大を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項５８】
前記組成物の投与が、前記対象の全身循環又は末梢血における、Ｂ細胞、調節性Ｔ細胞、及び／又は骨髄由来サプレッサー細胞の減少を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項５９】
前記対象への前記組成物の投与が、腫瘍免疫浸潤物における、ＣＤ３、ＣＤ８、ＰＤ１、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、及び／又はＰＤ−Ｌ１の発現の増大を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項６０】
前記対象への前記組成物の投与が、腫瘍免疫浸潤物における、ＲＯＲγＴの発現の減少を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項６１】
前記対象への前記組成物の投与が、腫瘍における、ＣＤ４５＋、ＣＤ３＋／ＣＤ２０＋／ＣＤ５６＋、ＣＤ６８＋、及び／又はＨＬＡ−ＤＲ＋細胞の増大を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項６２】
前記対象への前記組成物の投与が、前記対象における、自然エフェクター細胞のレベルの上昇を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項６３】
前記自然エフェクター細胞が、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋細胞である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
前記対象への前記組成物の投与が、前記対象における、抑制性骨髄細胞のレベルの低下を結果としてもたらす、請求項４４に記載の方法。
【請求項６５】
抑制性骨髄細胞が、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋細胞である、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
前記組成物が、細菌であるフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項６７】
対象におけるがんを処置する方法であって、治療有効量の免疫チェックポイント阻害剤を、前記対象へと投与するステップを含み、前記対象が、請求項１又は２に記載の組成物の前記細菌集団のうちの１又は複数を有する腸管マイクロバイオームにおいて好適な微生物プロファイルを有することが決定されている方法。
【請求項６８】
前記がんが、皮膚がんである、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項６７に記載の方法。
【請求項７０】
前記がんが、黒色腫である、請求項６７に記載の方法。
【請求項７１】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む、請求項６７に記載の方法。
【請求項７３】
がんを有する患者における、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、前記患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、前記微生物プロファイルが、請求項１又は２に記載の組成物の前記細菌集団のうちの１又は複数を含む場合は、前記免疫チェックポイント阻害剤に対する応答が好適である方法。
【請求項７４】
前記がんが、皮膚がんである、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７６】
前記がんが、黒色腫である、請求項７３に記載の方法。
【請求項７７】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される場合に、前記患者に、免疫チェックポイント阻害剤を投与する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７９】
前記微生物プロファイルが、腸管微生物プロファイルである、請求項７３に記載の方法。
【請求項８０】
対象におけるがんを処置する方法であって、治療有効量の酪酸、単離若しくは精製された酪酸産生菌集団、及び／又は請求項１若しくは２に記載の組成物を、前記対象へと投与するステップを含み、前記対象が、免疫チェックポイント阻害剤を投与されている方法。
【請求項８１】
少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を投与するステップをさらに含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
１つを超えるチェックポイント阻害剤を投与する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
プレバイオティクス又はプロバイオティクスを投与するステップをさらに含む、請求項８１に記載の方法。
【請求項８４】
前記単離又は精製された酪酸産生菌集団が、抗生剤耐性遺伝子を含む細菌を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８５】
抗生剤耐性遺伝子を含む前記酪酸産生菌集団を投与するステップをさらに含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記抗生剤耐性遺伝子が耐性を付与する抗生剤を投与するステップをさらに含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
前記酪酸産生菌集団が、クロストリジウム目の、１又は複数の細菌種を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８８】
前記１又は複数の細菌種が、ルミノコッカス科、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジウム科、又はコリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に由来する、請求項８７に記載の方法。
【請求項８９】
前記１又は複数の細菌種が、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・ブロミイ、ルミノコッカス・カリヅス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・フェシス、ルミノコッカス・ゴブロイイ、ルミノコッカス・グナブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・ハンセニイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス、ルミノコッカス・ルティ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｉ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ）、ルミノコッカス・パルストリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）、ルミノコッカス・パスツーリイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉｉ）、ルミノコッカス・プロヅクツス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）、ルミノコッカス・シンキイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｈｉｎｋｉｉ）、ルミノコッカス・トルケス、サブドリグラヌルム・バリアビレ、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ロゼブリア・インテスティナリス、アネロスチペス・カッセ、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ  ｏｂｅｕｍ）、エウバクテリウム・ノダツム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｏｄａｔｕｍ）、及びエウバクテリウム・オキシドレヅセンスからなる群から選択される、請求項８７に記載の方法。
【請求項９０】
前記１又は複数の細菌種が、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイである、請求項８７に記載の方法。
【請求項９１】
前記酪酸産生菌集団が、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）の細菌種を含まない、請求項８０に記載の方法。
【請求項９２】
前記酪酸を投与するステップが、酪酸のプロドラッグ又は塩を投与するステップを含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項９３】
酪酸を投与するステップが、酪酸ナトリウム、酪酸アルギニン、乳酸エチルブチリル、トリブチリン、４−フェニル酪酸、ピバロイルオキシメチル酪酸（ＡＮ−９）、又はブチリデン二酪酸（ＡＮ−１０）を投与することを含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項９４】
前記酪酸又は酪酸産生菌集団を、経口投与、結腸鏡検査、Ｓ状結腸鏡検査、注腸剤を介する直腸内投与、又は直接的注射により投与する、請求項８０に記載の方法。
【請求項９５】
前記少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を、静脈内投与し、前記酪酸及び／又は前記酪酸産生菌集団を、経口投与する、請求項８１に記載の方法。
【請求項９６】
前記少なくとも１つのチェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＴＩＭ３、ＫＩＲ、又はＡ２ａＲの阻害剤から選択される、請求項８１に記載の方法。
【請求項９７】
前記少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤が、ヒトプログラム細胞死１（ＰＤ−１）軸結合性アンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項９８】
前記ＰＤ−１軸結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１結合性アンタゴニスト、ＰＤＬ１結合性アンタゴニスト、及びＰＤＬ２結合性アンタゴニストからなる群から選択される、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
前記ＰＤ−１軸結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１結合性アンタゴニストである、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ＰＤ−１の、ＰＤＬ１及び／又はＰＤＬ２への結合を阻害する、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
前記ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、モノクローナル抗体又はその抗原結合性断片である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
前記ＰＤ−１結合性アンタゴニストが、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、キーツルーダ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ）（登録商標）、ＡＭＰ−５１４、ＲＥＧＮ２８１０、ＣＴ−０１１、ＢＭＳ  ９３６５５９、ＭＰＤＬ３２８ＯＡ、又はＡＭＰ−２２４である、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０３】
前記少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤が、抗ＣＴＬＡ−４抗体である、請求項８１に記載の方法。
【請求項１０４】
前記抗ＣＴＬＡ−４抗体が、トレメリムマブ、イェルボイ（ＹＥＲＶＯＹ）（登録商標）、又はイピリムマブである、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤が、抗キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）抗体である、請求項８１に記載の方法。
【請求項１０６】
前記抗ＫＩＲ抗体が、リリルマブである、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記がんが、皮膚がんである、請求項８０に記載の方法。
【請求項１０８】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項８０に記載の方法。
【請求項１０９】
前記がんが、黒色腫である、請求項８０に記載の方法。
【請求項１１０】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１１】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項１１２】
前記少なくとも１つのさらなる抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、又は生物学的療法である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記生物学的療法が、モノクローナル抗体、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、又は遺伝子治療である、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤及び／又は少なくとも１つのさらなる抗がん処置を、腫瘍内投与、動脈内投与、静脈内投与、血管内投与、胸腔内投与、腹腔内投与、気管内投与、髄腔内投与、筋内投与、内視鏡時投与、病変内投与、経皮投与、皮下投与、局部投与、定位投与、経口投与、又は直接的注射若しくは灌流により投与する、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１５】
対象におけるがんを処置する方法であって、治療有効量の免疫チェックポイント阻害剤を、前記対象へと投与するステップを含み、前記対象が、腸管マイクロバイオームにおいて好適な微生物プロファイルを有することが決定されている方法。
【請求項１１６】
前記がんが、皮膚がんである、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１８】
前記がんが、黒色腫である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１９】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２１】
前記好適な微生物プロファイルを、（ａ）前記腸管マイクロバイオームの高いアルファ多様性；（ｂ）前記腸管マイクロバイオームにおける酪酸産生菌の高存在度；（ｃ）前記腸管マイクロバイオームにおけるエンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５を超える、表１における種からなる群から選択される１若しくは複数の細菌；又は（ｄ）前記腸管マイクロバイオームにおける、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数を有することとして、さらに規定する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２２】
前記好適な微生物プロファイルを、フィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、ルミノコッカス属、フィーカリバクテリウム属、ヒドロゲノアネロバクテリウム属（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、コリオバクテリウム綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、コリオバクテリウム目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、コリオバクテリウム科、アーキアドメイン（Ａｒｃｈａｅａ）、シアノバクテリア門（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ユーリアーキオータ門（Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ）、又はクリステンセネラ科の細菌の存在又は高存在度として、さらに規定する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２３】
前記好適な微生物プロファイルを、エシェリヒア・コリ種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、アネロトルンクス・コリホミニス種（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ベイロネラ科、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、バクテロイデス目、又はプレボテラ科の細菌の非存在又は低存在度として、さらに規定する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２４】
前記好適な微生物プロファイルを、クロストリジウム目の細菌の存在又は高存在度、及びバクテロイデス目の細菌の非存在又は低存在度として規定する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２５】
前記好適な微生物プロファイルを、酪酸産生菌の高存在度としてさらに規定し、前記酪酸産生菌が、ルミノコッカス属又はフィーカリバクテリウム属に由来する１又は複数の種を含む、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２６】
患者試料における前記マイクロバイオームを解析することにより、前記対象が、好適な微生物プロファイル又は好適な腸管マイクロバイオームを含むことが決定される、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２７】
前記患者試料が、糞便試料又は口内試料である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２８】
解析することが、１６Ｓリボソームシーケンシング及び／又はメタゲノミック全ゲノムシーケンシングを実施することを含む、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２９】
がんを有する患者における、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、前記患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、前記微生物プロファイルが、（ａ）高いアルファ多様性；（ｂ）酪酸産生菌の高存在度；（ｃ）エンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５を超える、表１における種からなる群から選択される１若しくは複数の細菌；又は（ｄ）レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数を含む場合は、前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される方法。
【請求項１３０】
前記がんが、皮膚がんである、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３１】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３２】
前記がんが、黒色腫である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３３】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項１３２に記載の方法。
【請求項１３４】
前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される場合に、前記患者に、免疫チェックポイント阻害剤を投与する、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３５】
前記患者に、第２の免疫チェックポイント阻害剤を投与する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記好適な微生物プロファイルが、好適な腸管微生物プロファイルである、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３７】
前記がんが、皮膚がんである、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１３８】
前記皮膚がんが、黒色腫又は転移性黒色腫である、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗ＰＤ１モノクローナル抗体又は抗ＣＴＬＡ４モノクローナル抗体である、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１４０】
前記酪酸産生菌集団が、クロストリジウム目の、１又は複数の細菌種を含む、請求項１２９に記載の方法。
【請求項１４１】
前記１又は複数の種が、ルミノコッカス科、クリステンセネラ科、クロストリジウム科、又はコリオバクテリウム科に由来する、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４２】
前記１又は複数の種が、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・ブロミイ、ルミノコッカス・カリヅス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・フェシス、ルミノコッカス・ゴブロイイ、ルミノコッカス・グナブス、ルミノコッカス・ハンセニイ、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス、ルミノコッカス・ラクタリス、ルミノコッカス・ルティ、ルミノコッカス・オベウム、ルミノコッカス・パルストリス、ルミノコッカス・パスツーリイ、ルミノコッカス・プロヅクツス、ルミノコッカス・シンキイ、ルミノコッカス・トルケス、サブドリグラヌルム・バリアビレ、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス、ロゼブリア・インテスティナリス、アネロスチペス・カッセ、ブラウティア・オベウム、エウバクテリウム・ノダツム、及びエウバクテリウム・オキシドレヅセンスからなる群から選択される、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４３】
前記１又は複数の種が、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイである、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４４】
前記免疫チェックポイント阻害剤が、抗ＰＤ１モノクローナル抗体又は抗ＣＴＬＡ４モノクローナル抗体である、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４５】
少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４６】
前記少なくとも１つのさらなる抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、又は生物学的療法である、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
前記少なくとも１つのさらなる抗がん処置が、酪酸及び／又は酪酸産生菌集団である、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４８】
プレバイオティクス又はプロバイオティクス組成物を投与するステップをさらに含む、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４９】
プロバイオティクス組成物が、請求項１又は２に記載の組成物である、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
がんを有する患者における、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、前記患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、前記微生物プロファイルが、（ａ）酪酸産生菌の低存在度；又は（ｂ）非レスポンダー（ＮＲ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数を含む場合は、前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される方法。
【請求項１５１】
前記患者が、前記免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される場合に、前記患者へと、請求項１又は２に記載のプロバイオティクス組成物を投与するステップをさらに含む、請求項１５０に記載の方法。
【請求項１５２】
免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される患者に、請求項１又は２に記載の組成物の投与の後で、免疫チェックポイント阻害剤を投与する、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
少なくとも１つの非免疫チェックポイント阻害剤である、さらなる抗がん処置を、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される前記対象へと投与するステップをさらに含む、請求項１５０に記載の方法。
【請求項１５４】
前記少なくとも１つの抗がん処置が、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、免疫チェックポイント阻害剤、第２の免疫チェックポイント阻害剤、又は生物学的療法である、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
前記少なくとも１つのさらなる抗がん処置が、酪酸及び／又は酪酸産生菌集団である、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５６】
抗がん治療が、プレバイオティクス又はプロバイオティクスである、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５７】
前記プロバイオティクスが、請求項１又は２に記載の組成物である、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
前記がんが、皮膚がんである、請求項１５０に記載の方法。
【請求項１５９】
前記皮膚がんが、黒色腫である、請求項１５８に記載の方法。
【請求項１６０】
前記がんが、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、黒色腫、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、又は血管肉腫である、請求項１５０に記載の方法。
【請求項１６１】
前記黒色腫が、転移性黒色腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である、請求項１５９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
[0002]本発明は、一般には、微生物学、免疫学、及び医学の分野に関する。より詳細には、本発明は、免疫チェックポイント遮断療法の有効性を改善するマイクロバイオームの使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
[0003]過去１０年以内に、黒色腫の処置では、ターゲティング療法及び免疫療法の使用により、大きな進歩がなされた。特に、免疫チェックポイント阻害剤の使用は、目覚ましい有望性を示し、Ｔリンパ球の表面における免疫調節分子を遮断する、いくつかの薬剤（例えば、抗ＣＴＬＡ−４抗体であるイピリムマブ、及び抗ＰＤ−１抗体であるニボルマブ、ペムブロリズマブ）に対する、ＦＤＡの承認をもたらした。免疫チェックポイントの遮断による処置は、長期にわたり持続する完全奏効を結果としてもたらしうるが、全奏効率は小さい（すなわち、ＣＴＬＡ−４の遮断による１５％、及びＰＤ−１の遮断による３０〜４０％）ことが重要である。
【０００３】
[0004]一方、免疫チェックポイント阻害剤は、実質的な毒性と関連する場合があり、利益を得る患者は、サブセットに限られうる。免疫チェックポイント遮断への応答におけるばらつきを、より良く理解するための取組みがなされつつあるが、これらの患者における、この応答の増強に、何が寄与しているのかは、依然として不明なままであり、全ての患者における治療への応答を改善するための、実行可能な戦略を同定することが火急に必要とされている。
【０００４】
[0005]がん治療への応答における、宿主マイクロバイオームの役割が、ますます察知されており、研究は、腫瘍及び腸管に存在する細菌が、治療応答に影響を与えうることを示唆する。また、健康及び疾患における免疫応答の形成に、消化管マイクロバイオームが果たす役割も、ますます察知されている。しかし、トランスレーショナルな知識のギャップは甚だしく、黒色腫及び他のがんにおける、免疫チェックポイントの遮断への応答を増強する治療戦略に対する必要は、満たされていない。
【発明の概要】
【０００５】
[0006]一実施形態では、本開示は、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、及び／又はベイロネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を提供する。他の実施形態では、組成物は、ルミノコッカス科、クロストリジウム科、ラクノスピラ科、ミクロコッカス科、及び／又はベイロネラ科のうちの１又は複数に属する、少なくとも２つの単離又は精製された細菌の集団を含む。ある特定の実施形態では、組成物は、生菌製品（ｌｉｖｅ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｐｒｏｄｕｃｔ）、生バイオセラピューティック製品（ｌｉｖｅ  ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ｐｒｏｄｕｃｔ）、又はプロバイオティクス組成物である。さらに他の実施形態では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、細菌の胞子として供給されている。別の実施形態では、少なくとも１つの細菌の集団は、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）第ＸＩＩ科及び／又はクロストリジウム目第ＸＩＩＩ科に属する。一部の態様では、組成物は、少なくとも２つの単離又は精製されたルミノコッカス科及び／又はクロストリジウム科に属する細菌の集団を含む。他の実施形態では、組成物は、ルミノコッカス科に属する、少なくとも１つの集団と、クロストリジウム科に属する、少なくとも１つの集団とを含む。一部の態様では、ルミノコッカス科に属する、２つの細菌集団を、ルミノコッカス属（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）に属する細菌の集団として、さらに規定する。ある特定の態様では、ルミノコッカス科に属する、少なくとも２つの単離又は精製された細菌の集団を、フィーカリバクテリウム属（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）に属する細菌の集団として、さらに規定する。ある特定の態様では、フィーカリバクテリウム属に属する細菌の集団を、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）に属する細菌の集団として、さらに規定する。ある特定の態様では、ルミノコッカス属に属する細菌の集団を、ルミノコッカス・ブロミイ種（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）に属する細菌の集団として、さらに規定する。一部の態様では、ミクロコッカス科に属する、少なくとも２つの単離又は精製された細菌の集団を、ロチア属（Ｒｏｔｈｉａ）に属する細菌の集団として、さらに規定する。さらなる態様では、組成物は、ポルフィロモナス・パステリ種（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｐａｓｔｅｒｉ）、クロストリジウム・フンガテイ種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｕｎｇａｔｅｉ）、ファスコラークトバクテリウム・フェシウム種（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｅｃｉｕｍ）、ペプトニフィルス属（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ）、及び／又はモリクテス綱（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ）に属する細菌の集団をさらに含む。ある特定の態様では、組成物は、バクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）に属する細菌の集団を含まない。
【０００６】
[0007]本開示の特定の実施形態は、対象におけるがんを防止する方法であって、実施形態の組成物を、対象へと投与するステップを含む方法を提供する。例えば、一部の態様では、がん（例えば、黒色腫）を発症する危険性がある対象におけるがんを防止するか、又は腫瘍を有する対象におけるがんを処置するための方法であって、対象へと、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を投与するステップを含み、組成物の投与が、腫瘍におけるＣＤ８＋Ｔリンパ球の増大を結果としてもたらす方法が提供される。特定の実施形態では、Ｔリンパ球は、細胞傷害性Ｔリンパ球である。さらに他の実施形態では、方法は、対象におけるがんを処置する方法であって、クロストリジウム綱、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を投与するステップを含み、組成物の投与が、対象の全身循環又は末梢血における、エフェクターＣＤ４＋、ＣＤ８＋Ｔリンパ球、単球、及び／又は骨髄樹状細胞の増大を結果としてもたらす方法である。一部の実施形態では、方法は、対象におけるがんを処置する方法であって、クロストリジウム綱、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、並びに／又はフィーカリバクテリウム属及び／若しくはルミノコッカス属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を投与するステップを含み、組成物の投与が、対象の全身循環又は末梢血における、Ｂ細胞、調節性Ｔ細胞、及び／又は骨髄由来サプレッサー細胞の減少を結果としてもたらす方法である。他の態様では、方法は、腫瘍を有する対象におけるがんを処置する方法であって、クロストリジウム綱、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を投与するステップを含み、対象への組成物の投与が、腫瘍免疫浸潤物における、ＣＤ３、ＣＤ８、ＰＤ１、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、及び／又はＰＤ−Ｌ１の発現の増大を結果としてもたらす方法である。さらに他の態様では、方法は、腫瘍を有する対象におけるがんを処置する方法であって、クロストリジウム綱、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物を投与するステップを含み、対象への組成物の投与が、腫瘍免疫浸潤物における、ＲＯＲγＴの発現の減少を結果としてもたらす方法である。また、がんを伴うと診断されるか、又はがんを有することが疑われる対象における腫瘍を処置する方法であって、クロストリジウム綱、モリクテス綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、及び／又はフィーカリバクテリウム属のうちの１又は複数に属する、少なくとも１つの単離又は精製された細菌���集団を含む組成物を投与するステップを含み、対象への組成物の投与が、腫瘍における、ＣＤ４５＋、ＣＤ３＋／ＣＤ２０＋／ＣＤ５６＋、ＣＤ６８＋、及び／又はＨＬＡ−ＤＲ＋細胞の増大を結果としてもたらす方法も記載される。一部の態様では、実施形態の組成物を、対象における自然エフェクター細胞のレベルを上昇させるのに十分な量で投与する。他の態様では、対象への組成物の投与は、対象における、自然エフェクター細胞のレベルの上昇を結果としてもたらす。例えば、組成物の投与は、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋細胞など、自然エフェクター細胞を増大させうる。一部の態様では、実施形態の組成物を、対象における抑制性骨髄細胞のレベルを低下させるのに十分な量で投与する。さらなる態様では、対象への組成物の投与は、対象における、抑制性骨髄細胞のレベルの低下を結果としてもたらす。例えば、組成物の投与は、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋細胞など、抑制性骨髄細胞のレベルを低下させうる。特定の実施形態では、組成物は、細菌であるフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイを含む。
【０００７】
[0008]別の実施形態は、対象におけるがんを処置する方法であって、治療有効量の免疫チェックポイント阻害剤を、前記対象へと投与するステップを含み、対象が、腸管マイクロバイオームにおいて好適な微生物プロファイルを有することが決定されている方法を提供する。一部の態様では、好適な微生物プロファイルを、実施形態のプロバイオティクス組成物又は生菌製品による組成物の細菌集団のうちの１又は複数を有することとして、さらに規定する。さらなる実施形態では、がんを有する患者における、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する（例えば、生存を予測する）方法であって、前記患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、微生物プロファイルが、実施形態のプロバイオティクス組成物又は生菌製品による組成物の細菌集団のうちの１又は複数を含む場合は、応答が好適である方法が提供される。特定の実施形態では、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される場合に、患者に、免疫チェックポイント阻害剤を投与する。ある特定の実施形態では、好適な微生物プロファイルは、好適な腸管微生物プロファイルである。
【０００８】
[0009]一部の実施形態では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、エンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５、０．６、０．７、０．８、又は０．９を超える、表１における種からなる群から選択される種、亜種、又は細菌株のうちの１又は複数に属する。特定の実施形態では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、「ｅｉ」が１と等しい、表１における種からなる群から選択される。
【０００９】
[0010]ある特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、ＮＣＢＩタクソノミーＩＤ（ＮＣＢＩ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  ＩＤ）：７１７９５９、５８７、７５８８２３、６４９７５６、４４７４９、６７１２１８、１２６４、１１２２１３５、８５３、４８４０１８、４６５０３、５４５６５、２９００５２、２１６９３１、５７５９７８、４３３３２１、１７９６６４６、２１３８１０、２２８９２４、２９００５４、１５０９、１４６２９１９、２９３７５、３３７０９７、１２９８５９６、４８７１７４、６４２４９２、１７３５、１２９７４２４、７４２７６６、４６６８０、１３２９２５、４１１４６７、１３１８４６５、１８５２３６７、１８４１８５７、１６９６７９、１１７５２９６、２５９０６３、１７２９０１、３９４８８、５７１７２、２８１１８、１６６４８６、２８１３３、１５２９、６９４４３４、１００７０９６、８４０３０、５６７７４、１０２１４８、６２６９４７、２１６９３３、１３４８６１３、１４７２４１７、１００１７６、８２４、１４７１７６１、１２９７６１７、２８８９６６、１３１７１２５、２８１９７、３５８７４３、２６４６３９、１２６５、１３３５、６６２１９、６９４７３、１１５１１７、３４１２２０、１７３２、８７３５１３、３９６５０４、１７９６６１９、４５８５１、２７４１、１０５８４１、８６３３２、１３４９８２２、８４０３７、１８０３１１、５４２９１、１２１７２８２、７６２９８４、１１８５４１２、１５４０４６、６６３２７８、１５４３、３９８５１２、６９８２５、１８４１８６７、１５３５、１５１０、８４０２６、１５０２、１６１９２３４、３９４９７、１５４４、２９３４３、６４９７６２、３３２０９５、５３６６３３、１０３３７３１、５７４９３０、７４２８１８、１７７４１２、１１２１３０８、４１９２０８、１６７３７１７、５５７７９、２８１１７、６２６９３７、１８０３３２、１７７６３８２、４０５１９、３４０６２、４０５１８、７４４２６、１２１６０６２、２９３８２６、８５０、６４５４６６、４７４９６０、３６８３５、１１５５４４、１５１５、８８４３１、２１６９３２、１４１７８５２、３９４９２、１５８３、４２０２４７、１１８９６７、１６９４３５、３７６５８、１３８５９５、３１９７１、１００８８６、１１９７７１７、２３４９０８、５３７００７、３１９６４４、１６８３８４、９１５１７３、９５１５９、１８１６６７８、６２６９４０、５０１５７１、１７９６６２０、８８８７２７、１１４７１２３、３７６８０６、１２７４３５６、１２６７、３９４９５、４０４４０３、１３４８、２５３３１４、２５８５１５、３３０３３、１１１８０６１、３５７２７６、２１４８５１、３２０５０２、２１７７３１、２４６７８７、２９３７１、６４９７６４、９０１、２９３７４、３３０４３、３９７７８、６８２４００、８７１６６５、１６０４０４、７４５３６８、４０８、１５８４、３３３３６７、４７２４６、１０９６２４６、５３３４２、４３８０３３、３５１０９１、１７９６６２２、１７７６３８４、８１７、４８２５６、７２０５５４、５００６３２、３６８��９、３０１３０２、８７９９７０、６５５８１１、２６４４６３、１５３２、２８５、９９５、２４２７５０、２９５３９、１４３２０５２、６２２３１２、１７９６６３６、１３３７０５１、３２８８１４、２８４４６、１４９２、８２０、３９４９６、５２７８６、１５４９、１７９６６１８、５８２、４６５０７、１０９３２７、１５３１、１３８２、３３０３９、３１１４６０、２３０１４３、２１６９３５、５３９、３５５１９、１６８１、３２８８１３、２１４８５３、８９０１４、１１２１１１５、１５８５９７４、２９４６６、１３６３、２９２８００、２７０４９８、２１４８５６、１４２８７７、１３３９２６、２０９８８０、１７９６２８、１１２１１０２、１０５６１２、１７９６６１５、３９７７７、２９３５３、１５７９、１６３６６５、５３４４３、２６１２９９、１３０２、１１５０２９８、９３８２８９、３５８７４２、４７１８７５、９３８２７８、１７９６６１３、１１１８０５７、１０７７１４４、１７３７、２１８２０５、１１２１２９８、６８４０６６、４３３６５９、５２６９９、２０４５１６、７０６５６２、２５３２５７、３２８８１２、１２８０、１４７８０２、５８１３４、１３３５６１３、８９１、５８５３９４、１５８２、２３５９３１、３０８９９４、１５８９、１６８２、１７３６、２８１２９、１７８００１、５５１７８８、２０５１、８５６、１１８５６２、１０１０７０、５１５６１９、４０２１５、１８７９７９、８２９７９、２９３６３、１７７６３９１、１２８５１９１、８４１１２、１５７６８８、３８３０４、３６８５０、３４１６９４、２８７、７５６１２、８１８、３７１６７４、３３８１８８、８８１６４、５８８５８１、６７６９６５、５４６２７１、１２３６５１２、１７８３３８、８６２５１７、１５７６８７、１５８、５１０４８、１５８３３３１、５２９、８８８７４５、３９４３４０、４０５４５、８５５、５５３９７３、９３８２９３、９３０６３、７０８６３４、１７９９９５、１３５１、４７６６５２、１４６４０３８、５５５０８８、２３７５７６、８７９５６６、１８５２３７１、７４２７２７、１３７７、３５８３０、９９７３５３、２１８５３８、８３７７１、１６０５、２８１１１、１３１１０９、４６６０９、６９０５６７、４６２０６、１５５６１５、５１６１６、４０５４２、２０３、２９４、１０３４３４６、１５６４５６、８０８６６、５５４４０６、７９６９４２、１００２３６７、２９３４７、７９６９４４、６１５９２、４８７１７５、１０５０２０１、７６２９４８、１３７７３２、１２１１８１９、１０１９、２７２５４８、１７１７、３８４６３６、２１６９４０、２０８７、４５６３４、４６６１０７、１６８９、４７６７８、５７５、９７９６２７、８４０、１６６０、１２３６５１７、６１７１２３、５４６、２８１３５、８２１７１、４８３、５０１４９６、９９６５６、１３７９、８４０３２、３９４８３、１１０７３１６、５８４、２８１２４、１０３３７４４、６５７３０９、５３６４４１、７６１２３、１１１８０６０、８９１５２、７６１２２、３０３、１５４１、５０７７５１、５１５６２０、３８３０２、５３４１９、７２６、４０３２４、１７９６６１０、��８８９４６、１８５２３７０、１０１７、１１６８２８９、７６９３６、９４８６９、１１６１０９８、２１５５８０、１１２５７７９、３２７５７５、５４９、１４５０６４８及び４７８からなる群から選択されるＮＣＢＩタクソノミーＩＤにより同定される種、亜種、又は細菌株に属する。詳細な態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、上記で列挙されたＮＣＢＩタクソノミーＩＤにより同定される種、亜種、又は細菌株と緊密に関連する。例えば、一部の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、上記で列挙された細菌（すなわち、表１に由来するセット１の細菌）又は表１に列挙された細菌のうちの１つの１６Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一であり、０．５を超えるか、又は１と等しいｅｉを有する、１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）ヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株に属する。
【００１０】
[0011]さらに他の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、クロストリジウム・アルデネンセ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｅｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アルドリチイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｒｉｃｈｉｉ）、クロストリジウム・アルカリセルロシ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｋａｌｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉ）、クロストリジウム・アミグダリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｙｇｄａｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・アスパラギフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・セルロシ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｃｅｌｌｕｌｏｓｉ）、クロストリジウム・シトロニエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｉｔｒｏｎｉａｅ）、クロストリジウム・クラリフラブム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌａｒｉｆｌａｖｕｍ）ＤＳＭ  １９７３２、クロストリジウム・クロストリジオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・コリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・フィメタリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｉｍｅｔａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ヒラノニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓ）、クロストリジウム・フンガテイ、クロストリジウム・ヒレモネ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｙｌｅｍｏｎａｅ）ＤＳＭ  １５０５３、クロストリジウム・インドリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・ラクタチフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ）、クロストリジウム・メチルペントスム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、クロストリジウム・オロチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パピロソルベンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｐｙｒｏｓｏｌｖｅｎｓ）ＤＳＭ  ２７８２、クロストリジウム・ポプレティー（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｏｐｕｌｅｔｉ）、クロストリジウム・プロピオニクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）、クロストリジウム・サッカロリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・スキンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・ステルコラリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ストラミニソルベンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｒａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、クロストリジウム・スフラブム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｆｆｌａｖｕｍ）、クロストリジウム・テルミチジス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｒｍｉｔｉｄｉｓ）、クロストリジウム・テルモスクシノゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・ビリデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ）、クロストリジウム・キシラノリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、デスルフォトマクルム・ガットイデウム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｇｕｔｔｏｉｄｅｕｍ）、エウバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ）ＡＴＣＣ  ３３６５６、エウバクテリウム・ドリクム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ）、エウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ２７７５０、エウバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ）、エウバクテリウム・インフィルムム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆｉｒｍｕｍ）、エウバクテリウム・シレウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、エウバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ）、ルミノコッカス・トルケス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、アセタネロバクテリウム・エロンガツム（Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｏｎｇａｔｕｍ）、アセタチファクター・ムリス（Ａｃｅｔａｔｉｆａｃｔｏｒ  ｍｕｒｉｓ）、アセチビブリオ・セルロリティクス（Ａｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アセチビブリオ・エタノールギグネンス（Ａｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｅｔｈａｎｏｌｇｉｇｎｅｎｓ）、アコレプラズマ・ブラシセ（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｂｒａｓｓｉｃａｅ）０５０２、アコレプラズマ・パルブム（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｐａｒｖｕｍ）、アコレプラズマ・ビツリ（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｖｉｔｕｌｉ）、アシネトバクター・ユニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｕｎｉｉ）、アクチノバチルス・ポルシヌス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｒｃｉｎｕｓ）、アクチノミセス・ボウデニイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｗｄｅｎｉｉ）、アクチノミセス・デンタリス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｎｔａｌｉｓ）、アクチノミセス・オドントリティクス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アクタリバクター・ムリス（Ａｃｕｔａｌｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、アエロコッカス・ビリダンス（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）、アエロミクロビウム・ファスチジオスム（Ａｅｒｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓｕｍ）、アリスチペス・フィネゴルジイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、アリスチペス・オベシ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｂｅｓｉ）、アリスチペス・オンデルドンキイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ）、アリスチペス・プトレジニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスチペス・シャヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、アリスチペス・シャヒイＷＡＬ  ８３０１、アリスチペス・チモネンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）ＪＣ１３６、アルカリバクター・サッカロフェルメンタンス（Ａｌｋａｌｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、アルカリフィルス・メタリレディゲンス（Ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ  ｍｅｎｔａｌｌｉｒｅｄｉｇｅｎｓ）ＱＹＭＦ、アリソネラ・ヒスタミニフォルマンス（Ａｌｌｉｓｏｎｅｌｌ���  ｈｉｓｔａｍｉｎｉｆｏｒｍａｎｓ）、アロバクルム・ステルコリカニス（Ａｌｌｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｃａｎｉｓ）ＤＳＭ  １３６３３、アロプレボテラ・ラバ（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒａｖａ）、アロプレボテラ・タネレ（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔａｎｎｅｒａｅ）、アネロバクテリウム・カルチソルベンス（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈａｒｔｉｓｏｌｖｅｎｓ）、アネロビオスピリルム・トマシイ（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｔｈｏｍａｓｉｉ）、アネロビウム・アセテチリクム（Ａｎａｅｒｏｂｉｕｍ  ａｃｅｔｅｔｈｙｌｉｃｕｍ）、アネロコッカス・オクタビウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｃｔａｖｉｕｓ）ＮＣＴＣ  ９８１０、アネロコッカス・プロベンシエンシス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｖｅｎｃｉｅｎｓｉｓ）、アネロコッカス・バギナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）ＡＴＣＣ  ５１１７０、アネロコルムナ・ジェジュエンシス（Ａｎａｅｒｏｃｏｌｕｍｎａ  ｊｅｊｕｅｎｓｉｓ）、アネロフィルム・アジレ（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ  ａｇｉｌｅ）、アネロフスチス・ステルコリホミニス（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アネログロブス・ゲミナツス（Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ  ｇｅｍｉｎａｔｕｓ）、アネロマシリバチルス・セネガレンシス（Ａｎａｅｒｏｍａｓｓｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、アネロプラズマ・アバクトクラスチクム（Ａｎａｅｒｏｐｌａｓｍａ  ａｂａｃｔｏｃｌａｓｔｉｃｕｍ）、アネロハブヅス・フルコサ（Ａｎａｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ  ｆｕｒｃｏｓａ）、アネロスポロバクター・モビリス（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｏｂｉｌｉｓ）、アネロスチペス・ブチラティクス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｂｕｔｙｒａｔｉｃｕｓ）、アネロスチペス・カッセ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、アネロスチペス・ハヅルス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ）、アネロトルンクス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アネロボラクス・オドリムタンス（Ａｎａｅｒｏｖｏｒａｘ  ｏｄｏｒｉｍｕｔａｎｓ）、アノキシバチルス・ルピエンシス（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｐｉｅｎｓｉｓ）、アクアバクテリウム・リムノティクム（Ａｑｕａｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｎｏｔｉｃｕｍ）、アクロバクター・ブツレリ（Ａｒｃｏｂａｃｔｅｒ  ｂｕｔｚｌｅｒｉ）、アルトロスピラ・プラテンシス（Ａｒｔｈｒｏｓｐｉｒａ  ｐｌａｔｅｎｓｉｓ）、アサッカロバクター・セラツス（Ａｓａｃｃｈａｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｅｌａｔｕｓ）、アトポビウム・パルブルム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｐａｒｖｕｌｕｍ）、バクテロイデス・カッセ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・セシムリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、バクテロイデス・セルロシリティクス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌａｒｕｓ）ＹＩＴ  １２０５６、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、バクテロイデス・エゲルティイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、バクテロイデス・フィネゴルジイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・ガリナルム（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、バクテロイデス・マシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・オレシプレヌス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｌｅｉｃｉｐｌｅｎｕｓ）ＹＩＴ  １２０５８、バクテロイデス・プレベイウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）ＤＳＭ  １７１３５、バクテロイデス・ロデンティクム（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｒｏｄｅｎｔｉｕｍ）ＪＣＭ  １６４９６、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・ウニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）ＸＢ１Ａ、バクテロイデス・キシラノリティクス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ベヅイニ・マシリエンシス（Ｂｅｄｕｉｎｉ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィヅム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ロングム・インファンティス亜種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ  ｓｕｂｓｐ．ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ブラウティア・セシムリス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、ブラウティア・ココイデス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、ブラウティア・フェシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ブラウティア・グルセラセア（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ）、ブラウティア・ハンセニイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）ＤＳＭ  ２０５８３、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｌｕｔｉ）
、ブラウティア・ルティＤＳＭ  １４５３４、ブラウティア・ウェクスレレ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｗｅｘｌｅｒａｅ）ＤＳＭ  １９８５０、ブドビシア・アクアティカ（Ｂｕｄｖｉｃｉａ  ａｑｕａｔｉｃａ）、ブチリシコッカス・プリセコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ブチリシモナス・パラビロサ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｐａｒａｖｉｒｏｓａ）、ブチリビブリオ・クロッソツス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、カルジコプロバクター・オーシマイ（Ｃａｌｄｉｃｏｐｒｏｂａｃｔｅｒ  ｏｓｈｉｍａｉ）、カロラマター・コールハーシイ（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ  ｃｏｏｌｈａａｓｉｉ）、カロラマター・プロテオクラスティクス（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ  ｐｒｏｔｅｏｃｌａｓｔｉｃｕｓ）、カロラマター・キムベイエンシス（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ  ｑｕｉｍｂａｙｅｎｓｉｓ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｇｒａｃｉｌｉｓ）、カンピロバクター・レクツス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、カンピロバクター・ウレオリティクス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）ＤＳＭ  ２０７０３、カプノサイトファーガ・ギンギバリス（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、カプノサイトファーガ・レッドベテリ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｌｅａｄｂｅｔｔｅｒｉ）、カプノサイトファーガ・スプチゲナ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、カサルテラ・マシリエンシス（Ｃａｓａｌｔｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、カタバクター・ホンコンゲンシス（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、カテニバクテリウム・ミツオカイ（Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ）、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ）、クリステンセネラ・チモネンシス（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、クリセオバクテリウム・タクリマカネンセ（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔａｋｌｉｍａｋａｎｅｎｓｅ）、シトロバクター・フロインディイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、クロアシバチルス・ポルコルム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｒｃｏｒｕｍ）、クロストリディオイデス・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）ＡＴＣＣ  ９６８９＝ＤＳＭ  １２９６、クロストリジウム・アミロリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ボウマニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｗｍａｎｉｉ）、クロストリジウム・ブチリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・カダベリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｄａｖｅｒｉｓ）、クロストリジウム・コリカニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｃａｎｉｓ）、クロストリジウム・ガシゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇａｓｉｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・レントセルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｎｔｏｃｅｌｌｕｍ）ＤＳＭ  ５４２７、クロストリジウム・オセアニクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｃｅａｎｉｃｕｍ）、クロス��リジウム・オリゼ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｙｚａｅ）、クロストリジウム・パラプトリフィクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パスクイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｓｃｕｉ）、クロストリジウム・ペルフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・クイニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｑｕｉｎｉｉ）、クロストリジウム・サッカロブチリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｈｙｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・ベントリクリ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｃｕｌｉ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コマモナス・テストステロニ（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ  ｔｅｓｔｏｓｔｅｒｏｎｉ）、コプロバクター・ファスティディオスス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓｕｓ）ＮＳＢ１、コプロコッカス・エウタクタス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ）、コリネバクテリウム・ジフテリエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、コリネバクテリウム・ヅルム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｕｒｕｍ）、コリネバクテリウム・ミセトイデス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｙｃｅｔｏｉｄｅｓ）、コリネバクテリウム・ピルビシプロヅセンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｒｕｖｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−１７４２、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、クルツロミカ・マシリエンシス（Ｃｕｌｔｕｒｏｍｉｃａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、クネアチバクター・セシムリス（Ｃｕｎｅａｔｉｂａｃｔｅｒ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、デフルビイタレア・サッカロフィラ（Ｄｅｆｌｕｖｉｉｔａｌｅａ  ｓａｃｃｈａｒｏｐｈｉｌａ）、デルフィチア・アシドボランス（Ｄｅｌｆｔｉａ  ａｃｉｄｏｖｏｒａｎｓ）、デスルフィトバクテリウム・クロロレスピランス（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｌｏｒｏｒｅｓｐｉｒａｎｓ）、デスルフィトバクテリウム・メタリレヅセンス（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｅｔａｌｌｉｒｅｄｕｃｅｎｓ）、デスルフォスポロシヌス・アシジヅランス（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ  ａｃｉｄｉｄｕｒａｎｓ）、デスルフォトマクルム・ハロフィルム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｈａｌｏｐｈｉｌｕｍ）、デスルフォトマクルム・イントリカツム（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｉｎｔｒｉｃａｔｕｍ）、デスルフォトマクルム・トンゲンセ（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｔｏｎｇｅｎｓｅ）、デスルフォビブリオ・デスルフリカンス・デスルフリカンス亜種（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ  ｓｕｂｓｐ．ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ）、デスルフォビブリオ・アイダホネンシス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｉｄａｈｏｎｅｎｓｉｓ）、デスルフォビブリオ・リトラリス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｌｉｔｏｒａｌｉｓ）、デス���フォビブリオ・ピゲル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ）、デスルフォビブリオ・シンプレクス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｓｉｍｐｌｅｘ）、デスルフォビブリオ・ゾステレ（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｚｏｓｔｅｒａｅ）、デスルフロモナス・アセトキシダンス（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｏｍｏｎａｓ  ａｃｅｔｏｘｉｄａｎｓ）、デチオバクター・アルカリフィルス（Ｄｅｔｈｉｏｂａｃｔｅｒ  ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ）ＡＨＴ  １、デチオスルファチバクター・アミノボランス（Ｄｅｔｈｉｏｓｕｌｆａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｍｉｎｏｖｏｒａｎｓ）、ジアリスター・インビスス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ）、ジアリスター・プロピオニシファシエンス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、ジエルマ・ファスチジオサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ジエツィア・アリメンタリア（Ｄｉｅｔｚｉａ  ａｌｉｍｅｎｔａｒｉａ）７２、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ジスゴノモナス・ガデイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｇａｄｅｉ）ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−２８６、ジスゴノモナス・モッシイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｍｏｓｓｉｉ）、エガセラ・レンタ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｌｅｎｔａ）、エイケネラ・コロンデンス（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ  ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ）、アイゼンバーギエラ・タイイ（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇｉｅｌｌａ  ｔａｙｉ）、エメルゲンシア・チモネンシス（Ｅｍｅｒｇｅｎｃｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、エノルマ・マシリエンシス（Ｅｎｏｒｍａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ｐｈＩ、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロラブヅス・ムリス（Ｅｎｔｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ  ｍｕｒｉｓ）、エタノリゲネンス・ハルビネンセ（Ｅｔｈａｎｏｌｉｇｅｎｅｎｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｅ）ＹＵＡＮ−３、エウバクテリウム・コプロスタノリゲネス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｐｒｏｓｔａｎｏｌｉｇｅｎｅｓ）、エウバクテリウム・リモスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ）、エウバクテリウム・オキシドレヅセンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、エウバクテリウム・スルシ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｌｃｉ）ＡＴＣＣ  ３５５８５、エウバクテリウム・ウニフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｎｉｆｏｒｍｅ）、エウバクテリウム・ベントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、エウバクテリウム・キシラノフィルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｐｈｉｌｕｍ）、エクスティバクター・ムリス（Ｅｘｔｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、エザキエラ・ペルエンシス（Ｅｚａｋｉｅｌｌａ  ｐｅｒｕｅｎｓｉｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、フェカリコッカス・アシドフォルマンス（Ｆａｅｃａｌｉｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｆｏｒｍａｎｓ）、フェカリタレア・シリンドロイデス（Ｆａｅｃａｌｉｔａｌｅａ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、フィリファクター・ビロスス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ｖｉｌｌｏｓｕｓ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）、フリンチバクター・ブチリク��（Ｆｌｉｎｔｉｂａｃｔｅｒ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｓ）、フリシンギコッカス・セシムリス（Ｆｒｉｓｉｎｇｉｃｏｃｃｕｓ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、フコフィルス・フコイダノリティクス（Ｆｕｃｏｐｈｉｌｕｓ  ｆｕｃｏｉｄａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、フシカテニバクター・サッカリボランス（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｎｓ）、フソバクテリウム・モルティフェルム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、フソバクテリウム・ヌクレアツム・ビンセンティイ亜種（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ  ｓｕｂｓｐ．ｖｉｎｃｅｎｔｉｉ）、フソバクテリウム・シミエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｍｉａｅ）、フソバクテリウム・バリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｒｉｕｍ）、ガルシエラ・ニトラチレヅセンス（Ｇａｒｃｉｅｌｌａ  ｎｉｔｒａｔｉｒｅｄｕｃｅｎｓ）、ゲメラ・ヘモリサンス（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ）、ゲミガー・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ゴルドニバクター・ウロリシンファシエンス（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ  ｕｒｏｌｉｔｈｉｎｆａｃｉｅｎｓ）、グラシリバクター・テルモトレランス（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｔｅｒ  ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）ＪＷ／ＹＪＬ−Ｓ１、グラヌリカテラ・エレガンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｅｌｅｇａｎｓ）、グッゲンハイメラ・ボビス（Ｇｕｇｇｅｎｈｅｉｍｅｌｌａ  ｂｏｖｉｓ）、ヘモフィルス・ヘモリティクス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ヘリコバクター・チフロニウス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｔｙｐｈｌｏｎｉｕｓ）、ヘスペリア・ステルコリスイス（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓｕｉｓ）、ホルデマネラ・ビフォルミス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｅｌｌａ  ｂｉｆｏｒｍｉｓ）、ホルデマニア・マシリエンシス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）ＡＰ２、ハワーデラ・ウレイリティカ（Ｈｏｗａｒｄｅｌｌａ  ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）、フンガテラ・エフルビイ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ  ｅｆｆｌｕｖｉｉ）、フンガテラ・ハセワイイ（Ｈｕｎｇａｔｅｌｌａ  ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、ヒドロゲノアネロバクテリウム・サッカロボランス（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ
ｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、イフバクター・マシリエンシス（Ｉｈｕｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、インテスティニバクター・バルトレッティ（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、インテスティニモナス・ブチリシプロヅセンス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ  ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、イレグラリバクター・ムリス（Ｉｒｒｅｇｕｌａｒｉｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｉｓ）、キロニエラ・ラミナリエ（Ｋｉｌｏｎｉｅｌｌａ  ｌａｍｉｎａｒｉａｅ）ＤＳＭ  １９５４２、クロッペンステディア・グアンチョウエンシス（Ｋｒｏｐｐｅｎｓｔｅｄｔｉａ  ｇｕａｎｇｚｈｏｕｅｎｓｉｓ）、ラクノアネロバクルム・オラーレ（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｏｒａｌｅ）、ラクノアネロバクルム・ウメエンセ（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｕｍｅａｅｎｓｅ）、ラクノクロストリジウム・フィトフェルメンタンス（Ｌａｃｈｎｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ラクトバチルス・アシドフィルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・アルギヅス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｇｉｄｕｓ）、ラクトバチルス・アニマリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ラクトバチルス・カセイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・デルブリュッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・フォルニカリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｏｒｎｉｃａｌｉｓ）、ラクトバチルス・イネルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ペントスス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロゴセ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｇｏｓａｅ）、ラクトコッカス・ガルビエエ（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ  ｌｏｎｇｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）、レプトトリキア・ブッカリス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｂｕｃｃａｌｉｓ）、レプトトリキア・ホフスタディイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ）、レプトトリキア・ホンコンゲンシス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、レプトトリキア・ワデイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｗａｄｅｉ）、レウコノストック・インヘ（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｉｎｈａｅ）、レビエラ・マシリエンシス（Ｌｅｖｙｅｌｌａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ロリエロプシス・カベルニコラ（Ｌｏｒｉｅｌｌｏｐｓｉｓ  ｃａｖｅｒｎｉｃｏｌａ）、ルチスポラ・テルモフィラ（Ｌｕｔｉｓｐｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、マリニラビリア・サルモニコロル（Ｍａｒｉｎｉｌａｂｉｌｉａ  ｓａｌｍｏｎｉｃｏｌｏｒ）ＪＣＭ  ２１１５０、マルビンブリアンチア・フォルマテキシゲンス（Ｍａｒｖｉｎｂｒｙａｎｔｉａ  ｆｏｒｍａｔｅｘｉｇｅｎｓ）、メソプラズマ・フォツリス（Ｍｅｓｏｐｌａｓｍａ  ｐｈｏｔｕｒｉｓ）、メタノブレビバクター・スミシイ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ）ＡＴＣＣ  ３５０６１、メタノマシリコッカス・ルミニエンシス（Ｍｅｔｈａｎｏｍａｓｓｉｌｉｉｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｍｉｎｙｅｎｓｉｓ）Ｂ１０、メチロバクテリウム・エクストルセンス（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｘｔｏｒｑｕｅｎｓ）、ミツオケラ・ジャラルンジニイ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｊａｌａｌｕｄｉｎｉｉ）、モビリタレア・シビリカ（Ｍｏｂｉｌｉｔａｌｅａ  ｓｉｂｉｒｉｃａ）、モビルンクス・クルティシイ（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ）、モギバクテリウム・プミルム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｕｍｉｌｕｍ）、モギバクテリウム・チミヅム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｉｍｉｄｕｍ）、ムーアレラ・グリセリニ（Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｇｌｙｃｅｒｉｎｉ）、ムーアレラ・フミフェレア（Ｍｏｏｒｅｌｌａ  ｈｕｍｉｆｅｒｒｅａ）、モラクセラ・ノンリンケファシエンス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｎｏｎｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、モラクセラ・オスロエンシス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ）、モルガネラ・モルガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）、モリエラ・インドリゲネス（Ｍｏｒｙｅｌｌａ  ｉｎｄｏｌｉｇｅｎｅｓ）、ムリバクルム・インテスティナーレ（Ｍｕｒｉｂａｃｕｌｕｍ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｅ）、ムリモナス・インテスティニ（Ｍｕｒｉｍｏｎａｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ）、ナトラネロビルガ・ペクチニボラ（Ｎａｔｒａｎａｅｒｏｖｉｒｇａ  ｐｅｃｔｉｎｉｖｏｒａ）、ネグレクタ・チモネンシス（Ｎｅｇｌｅｃｔａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、ナイセリア・シネレア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ）、ナイセリア・オラリス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｏｒａｌｉｓ）、ノカルジオイデス・メソフィルス（Ｎｏｃａｒｄｉｏｉｄｅｓ  ｍｅｓｏｐｈｉｌｕｓ）、ノビバチルス・テルモフィルス（Ｎｏｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、オクロバクツルム・アントロピ（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ａｎｔｈｒｏｐｉ）、オドリバクター・スプラノクニクス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、オルセネラ・プロフーサ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｐｒｏｆｕｓａ）、オルセネラ・ウリ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｕｌｉ）、オリバクテリウム・アサッカロリティクム（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ）ＡＣＢ７、オリバクテリウム・シヌス（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｎｕｓ）、オシリバクター・ルミナンティウム（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）ＧＨ１、オシリバクター・バレリシゲネス（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ）、オキソバクター・フェニジイ（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ  ｐｆｅｎｎｉｇｉｉ）、パンテア・アグロメランス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）、パピリバクター・シナミボランス（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）、パラバクテロイデス・フェシス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆａｅｃｉｓ）、パラバクテロイデス・ゴールドスタイニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・メルデ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏ��ｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（Ｐａｒａｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）、パラサテラ・エクスクレメンティホミニス（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｅｘｃｒｅｍｅｎｔｉｈｏｍｉｎｉｓ）、パラサテラ・セクンダ（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｅｃｕｎｄａ）、パルビモナス・ミクラ（Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｍｉｃｒａ）、ペプトコッカス・ニガー（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｉｇｅｒ）、ペプトニフィルス・ヅエルデニイ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｅｒｄｅｎｉｉ）ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−１６４０、ペプトニフィルス・グロセンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｇｒｏｓｓｅｎｓｉｓ）ｐｈ５、ペプトニフィルス・ケネネニエ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｋｏｅｎｏｅｎｅｎｉａｅ）、ペプトニフィルス・セネガレンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）ＪＣ１４０、ペプトストレプトコッカス・ストマティス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｔｏｍａｔｉｓ）、ファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）、フォセア・マシリエンシス（Ｐｈｏｃｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ポンティバクター・インディクス（Ｐｏｎｔｉｂａｃｔｅｒ  ｉｎｄｉｃｕｓ）、ポルフィロモナス・ベノニス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｂｅｎｎｏｎｉｓ）、ポルフィロモナス・エンドドンタリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｄｏｄｏｎｔａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・パステリ、プレボテラ・ベルゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ブッセ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｕｃｃａｅ）ＡＴＣＣ  ３３５７４、プレボテラ・デンティコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・エネカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｆｕｓｃａ）ＪＣＭ  １７７２４、プレボテラ・レシェイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・ニグレスセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｉｓ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｌｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ７００８２１、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）ＤＳＭ  １８２０６、プレボテラマシリア・チモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｍａｓｓｉｌｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プロピオニスピラ・アルクアタ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｉｒａ  ａｒｃｕａｔａ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロビデンシア・レテゲリ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｅｔｔｇｅｒｉ）、シュードバクテロイデス・セルロソルベンス（Ｐｓｅｕｄｏｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）ＡＴＣＣ  ３５６０３＝ＤＳＭ  ２９３３、シュードブチリビブリオ・ルミニス（Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｒｕｍｉｎｉｓ）、シュードフラボニフラクター・カピロスス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）ＡＴＣＣ  ２９７９９、シ���ードモナス・エルギノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、シュードモナス・フルオレスセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、シュードモナス・マンデリイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍａｎｄｅｌｉｉ）、シュードモナス・ニトロレヅセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ）、ラウルテラ・オルニチノリティカ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、ラウルテラ・プランティコラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、ラウルティバクター・マシリエンシス（Ｒａｏｕｌｔｉｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ  ｐｅｏｒｉｅｎｓｉｓ）、ロムブツィア・チモネンシス（Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、ロセブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ロセブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）Ａ２−１８３、ロゼブリア・インテスティナリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロセブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）ＤＳＭ  １６８４１、ロチア・デントカリオーサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ）ＡＴＣＣ  １７９３１、ルミニクロストリジウム・テルモセルム（Ｒｕｍｉｎｉｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ）、ルミノコッカス・ブロミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・カリヅス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・シャンパネレンシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅｎｓｉｓ）１８Ｐ１３  ＝ＪＣＭ  １７０４２、ルミノコッカス・フェシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｓ）ＪＣＭ  １５９１７、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカス・ゴブロイイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｕｖｒｅａｕｉｉ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）ＡＴＣＣ  ２９１７６、ル
メリイバチルス・ピクヌス（Ｒｕｍｍｅｌｉｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｙｃｎｕｓ）、サッカロフェルメンタンス・アセチゲネス（Ｓａｃｃｈａｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ  ａｃｅｔｉｇｅｎｅｓ）、スカルドビア・ウィッグシエ（Ｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｗｉｇｇｓｉａｅ）、シュレーゲレラ・テルモデプロイメランス（Ｓｃｈｌｅｇｅｌｅｌｌａ  ｔｈｅｒｍｏｄｅｐｏｌｙｍｅｒａｎｓ）、セディメンティバクター・ホンコンゲンシス（Ｓｅｄｉｍｅｎｔｉｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、セレノモナス・スプチゲナ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）ＡＴＣＣ  ３５１８５、スラキア・エクシグア（Ｓｌａｃｋｉａ  ｅｘｉｇｕａ）ＡＴＣＣ  ７００１２２、スラキア・ピリフォルミス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｐｉｒｉｆｏｒｍｉｓ）ＹＩＴ  １２０６２、ソリタレア・カナデンシス（Ｓｏｌｉｔａｌｅａ  ｃａｎａｄｅｎｓｉｓ）、ソロバクテリウム・ムーアレイ（Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｏｒｅｉ）、スフィンゴモナス・アクアチリス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ａｑｕａｔｉｌｉｓ）、スピロプラズマ・アレゲネンセ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ａｌｌｅｇｈｅｎｅｎｓｅ）、スピロプラズマ・チネンセ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｃｈｉｎｅｎｓｅ）、スピロプラズマ・クリソピコラ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｃｈｒｙｓｏｐｉｃｏｌａ）、スピロプラズマ・クリシコラ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｃｕｌｉｃｉｃｏｌａ）、スピロプラズマ・ラムピリジコラ（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｌａｍｐｙｒｉｄｉｃｏｌａ）、スポロバクター・テルミチジス（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｔｅｒｍｉｔｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、ステノトロフォモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、ストマトバクルム・ロングム（Ｓｔｏｍａｔｏｂａｃｕｌｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ストレプトコッカス・アガラクチエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）ＡＴＣＣ  １３８１３、ストレプトコッカス・クリスタツス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｉｓｔａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・エクイヌス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、ストレプトコッカス・ラクタリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・パラウベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｕｂｅｒｉｓ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、スクシニビブリオ・デキストリノソルベンス（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｘｔｒｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ステレラ・ステルコリカニス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｃａｎｉｓ）、ステレラ・ワーズワーセンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）、シントロフォコッカス・スクロミュータンス（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｒｏｍｕｔａｎｓ）、シントロフォモナス・ゼーンデリ（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｚｅｈｎｄｅｒｉ）ＯＬ−４、テリスポロバクター・マヨムベイ（Ｔｅｒｒｉｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｙｏｍｂｅｉ）、テルモレオフィルム・アルブム（Ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｐｈｉｌｕｍ  ａｌｂｕｍ）、トレポネマ・デンティコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、トレポネマ・ソクランスキイ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｏｃｒａｎｓｋｉｉ）、ティゼレラ・ネクシリス（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ  ｎｅｘｉｌｉｓ）ＤＳＭ  １７８７、バリタレア・グエイマセンシス（Ｖａｌｌｉｔａｌｅａ  ｇｕａｙｍａｓｅｎｓｉｓ）、バリタレア・プロニエンシス（Ｖａｌｌｉｔａｌｅａ  ｐｒｏｎｙｅｎｓｉｓ）、バムピロビブリオ・クロレラボルス（Ｖａｍｐｉｒｏｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｌｏｒｅｌｌａｖｏｒｕｓ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ａｔｙｐｉｃａ）、ベイロネラ・デンティカリオーシ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃａｒｉｏｓｉ）、ベイロネラ・ジスパル（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、ビクチバリス・バデンシス（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌｉｓ  ｖａｄｅｎｓｉｓ）、ブルカニバチルス・モデスチカルヅス（Ｖｕｌｃａｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｄｅｓｔｉｃａｌｄｕｓ）、及びワイセラ・コンフーサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓａ）からなる群から選択される種、亜種、又は細菌株に属する。
【００１１】
[0012]ある特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された集団は、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における種から選択される細菌種に属する。なおさらなる態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における種から選択される、細菌の１６Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一な、１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）ヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株に属する。特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示され、０．１、０．０９、０．０８、０．０７、０．０６、０．０５、０．０４、０．０３、０．０２、又は０．０１未満の未補正ｐ値を有する、表２における種からなる群から選択される、細菌の１６Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一な、１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）ヌクレオチド配列を含む。
【００１２】
[0013]ある特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示され、０．１、０．０９、０．０８、０．０７、０．０６、０．０５、０．０４、０．０３、０．０２、又は０．０１未満の未補正ｐ値を有する、表１における種からなる群から選択される、細菌の１６Ｓ  ｒＲＮＡヌクレオチド配列に対して少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一な、１６ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）ヌクレオチド配列を含む。特定の実施形態では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、配列番号１〜８７６の配列と少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％同一な、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列を含む種、亜種、又は細菌株である。
【００１３】
[0014]一部の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された集団は、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における種から選択される細菌種に属する。特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示され、０．１、０．０９、０．０８、０．０７、０．０６、０．０５、０．０４、０．０３、０．０２、又は０．０１未満の未補正ｐ値を有する、表２における種からなる群から選択される細菌種に属する。さらに他の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、配列番号８７７〜９２６、配列番号９２７〜９７６、配列番号９７７〜１０２６、配列番号１０２７〜１０７６、配列番号１０７７〜１１２６、配列番号１１２７〜１１７６、配列番号１１７７〜１２２６、配列番号１２２７〜１２７６、配列番号１２７７〜１３２６、配列番号１３２７〜１３７６、配列番号１３７７〜１４２６、配列番号１４２７〜１４７６、配列番号１４７７〜１５２６、配列番号１５２７〜１５７６、配列番号１５７７〜１６２６、配列番号１６２７〜１６７６、配列番号１６７７〜１７２６、配列番号１７２７〜１７７６、配列番号１７７７〜１８２６、配列番号１８２７〜１８７６、配列番号１８７７〜１９２６、配列番号１９２７〜１９７６、配列番号１９７７〜２０２６、配列番号２０２７〜２０７６、配列番号２０７７〜２１２６、配列番号２１２７〜２１７６、配列番号２１７７〜２２２６、配列番号２２２７〜２２７６、配列番号２２７７〜２３２６、配列番号２３２７〜２３７６、配列番号２３７７〜２４２６、配列番号２４２７〜２４７６、配列番号２４７７〜２５２６、配列番号２５２７〜２５７６、配列番号２５７７〜２６２６及び配列番号２６２７〜２６７６からなる群から選択される共存遺伝子群（ＣＡＧ）配列（表２Ａを参照されたい）に対する少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株に属する。
【００１４】
【表１】
2020500151.tif 000003
【００１５】
[0015]ある特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は２つの細菌の集団は、配列番号８７７〜９２６に対する少なくとも２９％の同一性、配列番号９２７〜９７６に対する少なくとも１６．５％の同一性、配列番号９７７〜１０２６に対する少なくとも４８．５％の同一性、配列番号１０２７〜１０７６に対する少なくとも２８％の同一性、配列番号１０７７〜１１２６に対する少なくとも９３．５％の同一性、配列番号１１２７〜１１７６に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号１１７７〜１２２６に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号１２２７〜１２７６に対する少なくとも９９％の同一性、配列番号１２７７〜１３２６に対する１００％の同一性、配列番号１３２７〜１３７６に対する少なくとも２１．５％の同一性、配列番号１３７７〜１４２６に対する１００％の同一性、配列番号１４２７〜１４７６に対する少なくとも９７％の同一性、配列番号１４７７〜１５２６に対する少なくとも５５．５％の同一性、配列番号１５２７〜１５７６に対する１００％の同一性、配列番号１５７７〜１６２６に対する少なくとも３４％の同一性、配列番号１６２７〜１６７６に対する少なくとも１４％の同一性、配列番号１６７７〜１７２６に対する１００％の同一性、配列番号１７２７〜１７７６に対する少なくとも９３％の同一性、配列番号１７７７〜１８２６に対する１００％の同一性、配列番号１８２７〜１８７６に対する少なくとも４５％の同一性、配列番号１８７７〜１９２６に対する少なくとも９９％の同一性、配列番号１９２７〜１９７６に対する少なくとも７４％の同一性、配列番号１９７７〜２０２６に対する１００％の同一性、配列番号２０２７〜２０７６に対する１００％の同一性、配列番号２０７７〜２１２６に対する少なくとも２０％の同一性、配列番号２１２７〜２１７６に対する少なくとも８４％の同一性、配列番号２１７７〜２２２６に対する少なくとも３５．５％の同一性、配列番号２２２７〜２２７６に対する少なくとも３２．５％の同一性、配列番号２２７７〜２３２６に対する少なくとも７０％の同一性、配列番号２３２７〜２３７６に対する１００％の同一性、配列番号２３７７〜２４２６に対する少なくとも７０．５％の同一性、配列番号２４２７〜２４７６に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号２４７７〜２５２６に対する少なくとも６８．５％の同一性、配列番号２５２７〜２５７６に対する１００％の同一性、配列番号２５７７〜２６２６に対する少なくとも９７．５％の同一性、又は配列番号２６２７〜２６７６に対する１００％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株からなる群から選択される。
【００１６】
[0016]ある特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は２つの細菌の集団は、配列番号８７７〜９２６に対応するフィーカリバクテリウム属種ＣＡＧ：７４の遺伝子に対する少なくとも２９％の同一性、配列番号９２７〜９７６に対応するクロストリジウム目菌ＮＫ３Ｂ９８の遺伝子に対する少なくとも１６．５％の同一性、配列番号９７７〜１０２６に対応するサブドリグラヌルム属（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）種４＿３＿５４Ａ２ＦＡＡの遺伝子に対する少なくとも４８．５％の同一性、配列番号１０２７〜１０７６に対応するフィーカリバクテリウム属種ＣＡＧ：７４の遺伝子に対する少なくとも２８％の同一性、配列番号１０７７〜１１２６に対応するオシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）種ＣＡＧ：１５５の遺伝子に対する少なくとも９３．５％の同一性、配列番号１１２７〜１１７６に対応するクロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）種ＣＡＧ：７の遺伝子に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号１１７７〜１２２６に対応するエウバクテリウム属（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種ＣＡＧ：８６の遺伝子に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号１２２７〜１２７６に対応するフィルミクテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）菌ＣＡＧ：１７６の遺伝子に対する少なくとも９９％の同一性、配列番号１２７７〜１３２６に対応するアッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）種ＣＡＧ：３４４の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号１３２７〜１３７６に対応するフィーカリバクテリウム属種ＣＡＧ：７４の遺伝子に対する少なくとも２１．５％の同一性、配列番号１３７７〜１４２６に対応するビフィドバクテリウム・シュードカテニュレイタム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）ＤＳＭ  ２０４３８＝ＪＣＭ  １２００＝ＬＭＧ  １０５０５の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号１４２７〜１４７６に対応するクロストリジウム属種ＪＣＣの遺伝子に対する少なくとも９７％の同一性、配列番号１４７７〜１５２６に対応するフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイＳＬ３／３の遺伝子に対する少なくとも５５．５％の同一性、配列番号１５２７〜１５７６に対応するクロストリジウム属種ＣＡＧ：２４２の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号１５７７〜１６２６に対応するクロストリジウム属種ＣＡＧ：２２６の遺伝子に対する少なくとも３４％の同一性、配列番号１６２７〜１６７６に対応するルミノコッカス属種ＣＡＧ：３８２の遺伝子に対する少なくとも１４％の同一性、配列番号１６７７〜１７２６に対応するビフィドバクテリウム・ビフィヅムＳ１７の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号１７２７〜１７７６に対応するロゼブリア属（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ）種ＣＡＧ：３０９の遺伝子に対する少なくとも９３％の同一性、配列番号１７７７〜１８２６に対応するアリスチペス・チモネンシスＪＣ１３６の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号１８２７〜１８７６に対応するフィルミクテス門菌ＣＡＧ：１０３の遺伝子に対する少なくとも４５％の同一性、配列番号１８７７〜１９２６に対応するアリスチペス・セネガレンシス（Ａｌｉｓ���ｉｐｅｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）ＪＣ５０の遺伝子に対する少なくとも９９％の同一性、配列番号１９２７〜１９７６に対応するフィルミクテス門菌ＣＡＧ：１７６の遺伝子に対する少なくとも７４％の同一性、配列番号１９７７〜２０２６に対応するホルデマネラ・ビフォルミスＤＳＭ  ３９８９の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号２０２７〜２０７６に対応するサブドリグラヌルム属種ＣＡＧ：３１４の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号２０７７〜２１２６に対応するクロストリジウム属種ＣＡＧ：２２６の遺伝子に対する少なくとも２０％の同一性、配列番号２１２７〜２１７６に対応するフィルミクテス門菌ＣＡＧ：１２４の遺伝子に対する少なくとも８４％の同一性、配列番号２１７７〜２２２６に対応するインテスティニモナス・ブチリシプロヅセンスの遺伝子に対する少なくとも３５．５％の同一性、配列番号２２２７〜２２７６に対応するクロストリジウム属種ＣＡＧ：２２６の遺伝子に対する少なくとも３２．５％の同一性、配列番号２２７７〜２３２６に対応するフィルミクテス門菌ＣＡＧ：１２４の遺伝子に対する少なくとも７０％の同一性、配列番号２３２７〜２３７６に対応するフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイＬ２−６の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号２３７７〜２４２６に対応するルミノコッカス科菌Ｄ１６の遺伝子に対する少なくとも７０．５％の同一性、配列番号２４２７〜２４７６に対応するクロストリジウム・スピロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）ＤＳＭ  １５５２の遺伝子に対する少なくとも９９．５％の同一性、配列番号２４７７〜２５２６に対応するインテスティニモナス・ブチリシプロヅセンスの遺伝子に対する少なくとも６８．５％の同一性、配列番号２５２７〜２５７６に対応するファスコラークトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）種ＣＡＧ：２０７の遺伝子に対する１００％の同一性、配列番号２５７７〜２６２６に対応するフィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイＬ２−６の遺伝子に対する少なくとも９７．５％の同一性、又は配列番号２６２７〜２６７６に対応するストレプトコッカス・パラサンギニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）ＡＴＣＣ  １５９１２の遺伝子に対する１００％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む種、亜種、又は株からなる群から選択される。
【００１７】
[0017]一部の態様では、細菌は、凍結乾燥又は冷凍乾燥されている。特定の態様では、組成物は、経口送達のために製剤化されている。例えば、経口送達のために製剤化された組成物は、錠剤又はカプセルである。特定の態様では、錠剤又はカプセルは、酸耐性腸溶性コーティングを含む。ある特定の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離又は精製された細菌の集団を含む組成物は、結腸鏡検査、経鼻胃管によるｓ状結腸鏡検査、又は注腸剤を介する直腸内投与のために製剤化されている。一部の態様では、組成物は、凍結乾燥又は冷凍されている。ある特定の態様では、組成物は、液体、懸濁液、ゲル、ゲルタブ、半固体、錠剤、小袋、トローチ、カプセルを含む最終送達、又は腸内製剤としての最終送達のために再製剤化することが可能である。一部の態様では、組成物は、複数回投与のために製剤化されている。一部の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、抗生剤耐性遺伝子を含む。一部の態様では、少なくとも１つの単離若しくは精製された細菌の集団、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団は、短鎖脂肪酸産生菌の集団である。ある特定の態様では、短鎖脂肪酸産生菌の集団は、酪酸産生菌の集団である。特定の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を、静脈内投与し、酪酸産生菌の集団を、経口投与する。
【００１８】
[0018]本開示の実施形態は、対象におけるがんを処置する方法であって、治療有効量の、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌集団などの短鎖脂肪酸産生菌集団を、前記対象へと投与するステップを含み、対象が、免疫チェックポイント阻害剤を投与されている方法を提供する。一部の態様では、方法は、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を投与するステップをさらに含む。ある特定の態様では、１つを超えるチェックポイント阻害剤を投与する。一部の態様では、方法は、プレバイオティクス又はプロバイオティクスを投与するステップをさらに含む。
【００１９】
[0019]一部の態様では、短鎖脂肪酸産生菌集団は、抗生剤耐性遺伝子を含む細菌を含む。一部の態様では、酪酸産生菌集団は、抗生剤耐性遺伝子を含む細菌を含む。一部の実施形態では、方法は、このような短鎖脂肪酸を産生する抗生剤耐性菌の集団、例えば、このような酪酸を産生する抗生剤耐性菌の集団を、がんを有する対象へと投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、酪酸を産生する抗生剤耐性菌の集団など、短鎖脂肪酸を産生する抗生剤耐性菌の集団が耐性である抗生剤を、対象へと投与するステップをさらに含み、この場合、抗生剤耐性遺伝子は、抗生剤に対する耐性を付与する。
【００２０】
[0020]一部の態様では、酪酸産生菌集団は、クロストリジウム目の、１又は複数の細菌種を含む。ある特定の態様では、１又は複数の細菌種は、ルミノコッカス科、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジウム科、又はコリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）に由来する。特定の態様では、１又は複数の細菌種は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・ブロミイ、ルミノコッカス・カリヅス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・フェシス、ルミノコッカス・ゴブロイイ、ルミノコッカス・グナブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・ハンセニイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス、ルミノコッカス・ルティ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｉ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ）、ルミノコッカス・パルストリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）、ルミノコッカス・パスツーリイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉｉ）、ルミノコッカス・プロヅクツス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ）、ルミノコッカス・シンキイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｈｉｎｋｉｉ）、ルミノコッカス・トルケス、サブドリグラヌルム・バリアビレ、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、ロゼブリア・インテスティナリス、アネロスチペス・カッセ、ブラウティア・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ  ｏｂｅｕｍ）、エウバクテリウム・ノダツム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｏｄａｔｕｍ）、及びエウバクテリウム・オキシドレヅセンスからなる群から選択される。詳細な一態様では、１又は複数の細菌種は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイである。特定の態様では、酪酸産生菌集団は、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）又はバクテロイデス目の細菌種を含まない。
【００２１】
[0021]ある特定の態様では、酪酸を投与するステップは、酪酸のプロドラッグ又は塩を投与するステップを含む。特定の態様では、酪酸を投与するステップは、酪酸ナトリウム、酪酸アルギニン、乳酸エチルブチリル、トリブチリン、４−フェニル酪酸、ピバロイルオキシメチル酪酸（ＡＮ−９）、又はブチリデン二酪酸（ＡＮ−１０）を投与するステップを含む。
【００２２】
[0022]一部の態様では、酪酸又は酪酸産生菌集団を、経口投与、結腸鏡検査、ｓ状結腸鏡検査、注腸剤を介する直腸内投与、又は直接的注射により投与する。特定の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を、静脈内投与し、酪酸及び／又は酪酸産生菌集団を、経口投与する。
【００２３】
[0023]一部の態様では、少なくとも１つのチェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＴＩＭ３、ＫＩＲ、又はＡ２ａＲの阻害剤から選択される。ある特定の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤は、ヒトプログラム細胞死１（ＰＤ−１）軸結合性アンタゴニストである。一部の態様では、ＰＤ−１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１結合性アンタゴニスト、ＰＤＬ１結合性アンタゴニスト、及びＰＤＬ２結合性アンタゴニストからなる群から選択される。ある特定の態様では、ＰＤ−１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１結合性アンタゴニストである。一部の態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１の、ＰＤＬ１及び／又はＰＤＬ２への結合を阻害する。特定の態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、モノクローナル抗体又はその抗原結合性断片である。詳細な態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、ピジリズマブ、キーツルーダ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ）（登録商標）、ＡＭＰ−５１４、ＲＥＧＮ２８１０、ＣＴ−０１１、ＢＭＳ  ９３６５５９、ＭＰＤＬ３２８ＯＡ、又はＡＭＰ−２２４である。一部の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。特定の態様では、抗ＣＴＬＡ−４抗体は、トレメリムマブ、イェルボイ（ＹＥＲＶＯＹ）（登録商標）、又はイピリムマブである。ある特定の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤は、抗キラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）抗体である。一部の態様では、抗ＫＩＲ抗体は、リリルマブである。
【００２４】
[0024]ある特定の態様では、がんは、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、又は黒色腫などの皮膚がんである。他の態様では、皮膚がんは、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、及び血管肉腫からなる群から選択される皮膚がんである。特定の態様では、黒色腫は、転移性黒色腫である。他の態様では、黒色腫は、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である。
【００２５】
[0025]ある特定の態様では、方法は、少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む。一部の態様では、少なくとも１つのさらなる抗がん処置は、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、又は生物学的療法である。一部の態様では、生物学的療法は、モノクローナル抗体、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、又は遺伝子治療である。
【００２６】
[0026]一部の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤、及び／又は少なくとも１つのさらなる抗がん処置を、腫瘍内投与、動脈内投与、静脈内投与、血管内投与、胸腔内投与、腹腔内投与、気管内投与、髄腔内投与、筋内投与、内視鏡時投与、病変内投与、経皮投与、皮下投与、局部投与、定位投与、経口投与、又は直接的注射若しくは灌流により投与する。特定の態様では、少なくとも１つの免疫チェックポイント阻害剤を、静脈内投与し、酪酸及び／又は酪酸産生菌集団を、経口投与する。
【００２７】
[0027]別の実施形態は、対象におけるがんを処置する方法であって、治療有効量の免疫チェックポイント阻害剤を、前記対象へと投与するステップを含み、対象が、腸管マイクロバイオームにおいて好適な微生物プロファイルを有することが決定されている方法を提供する。一部の態様では、好適な微生物プロファイルを、（ａ）腸管マイクロバイオームの高いアルファ多様性；（ｂ）腸管マイクロバイオームにおける、酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の高存在度；（ｃ）腸管マイクロバイオームにおけるエンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５、０．６、０．７、０．８、若しくは０．９を超えるか、又は１と等しい、表１における種からなる群から選択される１又は複数の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、又はこれを超える）細菌；（ｄ）腸管マイクロバイオームにおける、レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１又は複数（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、又はこれを超える細菌種）；及び／或いは（ｅ）ベータ多様性による（例えば、重み付けされたユニフラック距離による）Ｒ重心を中心とするクラスターを有することとして、さらに規定する。
【００２８】
[0028]一部の態様では、好適な微生物プロファイルを、フィルミクテス門、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、ルミノコッカス属、フィーカリバクテリウム属、ヒドロゲノアネロバクテリウム属（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、アクチノバクテリア門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、コリオバクテリウム綱（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、コリオバクテリウム目（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）、コリオバクテリウム科、アーキアドメイン（Ａｒｃｈａｅａ）、シアノバクテリア門（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ユーリアーキオータ門（Ｅｕｒｙａｒｃｈａｅｏｔａ）、又はクリステンセネラ科の細菌の存在又は高存在度として、さらに規定する。ある特定の態様では、好適な微生物プロファイルを、エシェリヒア・コリ種（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、アネロトルンクス・コリホミニス種（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ディアリスター属（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ）、ベイロネラ科、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）、バクテロイデス綱（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｉａ）、バクテロイデス目、又はプレボテラ科の細菌の非存在又は低存在度として、さらに規定する。特定の態様では、好適な微生物プロファイルを、クロストリジウム目の細菌の存在又は高存在度、及びバクテロイデス目の細菌の非存在又は低存在度として規定する。一部の態様では、好適な微生物プロファイルを、酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の高存在度として、さらに規定する。ある特定の態様では、酪酸産生菌は、ルミノコッカス属又はフィーカリバクテリウム属に由来する１又は複数の種を含む。
【００２９】
[0029]一部の態様では、患者試料におけるマイクロバイオームを解析することにより、対象が、好適な微生物プロファイル又は好適な腸管マイクロバイオームを含むことが決定された。ある特定の態様では、患者試料は、糞便試料又は口内試料である。一部の態様では、解析することは、１６Ｓリボソームシーケンシング及び／又はメタゲノミック全ゲノムシーケンシングを実施することを含む。
【００３０】
[0030]さらなる実施形態では、がんを有する患者における、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答（例えば、患者の生存）を予測する方法であって、前記患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、微生物プロファイルが、（ａ）高いアルファ多様性；（ｂ）酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の高存在度；（ｃ）エンリッチメントインデックス（ｅｉ）が０．５、０．６、０．７、０．８、若しくは０．９を超えるか、又は１と等しい、表１における種からなる群から選択される１又は複数の（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、又はこれを超える）細菌；（ｄ）レスポンダー（Ｒ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１又は複数（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、又はこれを超える細菌種）；（ｅ）バクテロイデス目の低存在度；及び／或いは（ｆ）ベータ多様性で重み付けされたユニフラック距離による、顕著に異なるクラスターを含む場合は、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される方法が提供される。特定の実施形態では、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される場合に、患者に、免疫チェックポイント阻害剤を投与する。ある特定の実施形態では、患者に、第２の免疫チェックポイント阻害剤を投与する。ある特定の実施形態では、好適な微生物プロファイルは、好適な腸管微生物プロファイルである。
【００３１】
[0031]ある特定の態様では、がんは、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、又は黒色腫などの皮膚がんである。他の態様では、皮膚がんは、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、及び血管肉腫からなる群から選択される皮膚がんである。他の態様では、黒色腫は、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である。特定の態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ１モノクローナル抗体又は抗ＣＴＬＡ４モノクローナル抗体である。
【００３２】
[0032]一部の態様では、酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌集団は、クロストリジウム目の、１又は複数の細菌種を含む。ある特定の態様では、１又は複数の種は、ルミノコッカス科、クリステンセネラ科、クロストリジウム科、又はコリオバクテリウム科に由来する。特定の態様では、１又は複数の種は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・ブロミイ、ルミノコッカス・カリヅス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・フェシス、ルミノコッカス・ゴブロイイ、ルミノコッカス・グナブス、ルミノコッカス・ハンセニイ、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス、ルミノコッカス・ラクタリス、ルミノコッカス・ルティ、ルミノコッカス・オベウム、ルミノコッカス・パルストリス、ルミノコッカス・パスツーリイ、ルミノコッカス・プロヅクツス、ルミノコッカス・シンキイ、ルミノコッカス・トルケス、サブドリグラヌルム・バリアビレ、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス、ロゼブリア・インテスティナリス、アネロスチペス・カッセ、ブラウティア・オベウム、エウバクテリウム・ノダツム、及びエウバクテリウム・オキシドレヅセンスからなる群から選択される。ある特定の態様では、１又は複数の種は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイである。
【００３３】
[0033]さらなる態様では、方法は、免疫チェックポイント阻害剤を、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示すことが予測される対象へと投与するステップをさらに含む。一部の態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＰＤ１モノクローナル抗体又は抗ＣＴＬＡ４モノクローナル抗体である。
【００３４】
[0034]一部の態様では、方法は、少なくとも１つのさらなる抗がん処置を投与するステップをさらに含む。ある特定の態様では、少なくとも１つのさらなる抗がん処置は、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、又は生物学的療法である。特定の態様では、少なくとも１つのさらなる抗がん処置は、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌集団などの短鎖脂肪酸産生菌集団である。詳細な態様では、少なくとも１つの抗がん処置は、実施形態の組成物である。一部の態様では、方法は、プレバイオティクス又はプロバイオティクスを投与するステップをさらに含む。
【００３５】
[0035]別の実施形態では、がんを有する患者における、免疫チェックポイント阻害剤に対する応答を予測する方法であって、前記患者から得られた試料における微生物プロファイルを検出するステップを含み、微生物プロファイルが、（ａ）酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の低存在度；（ｂ）非レスポンダー（ＮＲ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１又は複数；（ｃ）低いアルファ多様性；及び／又は（ｄ）高量のバクテロイデス目を含む場合は、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される方法が提供される。さらなる態様では、方法は、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される場合に、患者へと、実施形態のプロバイオティクス組成物又は生菌製品による組成物を投与するステップをさらに含む。なおさらなる態様では、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される患者に、実施形態のプロバイオティクス組成物又は生菌製品による組成物の投与の後で、免疫チェックポイント阻害剤を投与する。
【００３６】
[0036]さらなる態様では、方法は、少なくとも１つの非免疫チェックポイント阻害剤である、さらなる抗がん処置を、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される対象へと投与するステップをさらに含む。
【００３７】
[0037]さらなる態様では、方法は、少なくとも１つの抗がん処置を、対象へと投与するステップを含む。一部の態様では、少なくとも１つの抗がん処置は、外科的療法、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、免疫療法、低分子療法、受容体キナーゼ阻害剤療法、抗血管新生療法、サイトカイン療法、凍結療法、免疫チェックポイント阻害剤、第２の免疫チェックポイント阻害剤、又は生物学的療法である。特定の態様では、少なくとも１つのさらなる抗がん処置は、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌集団などの短鎖脂肪酸産生菌集団である。一部の態様では、抗がん治療は、プレバイオティクス又はプロバイオティクスである。詳細な態様では、プロバイオティクスは、実施形態のプロバイオティクス組成物である。
【００３８】
[0038]ある特定の態様では、がんは、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、又は黒色腫などの皮膚がんである。他の態様では、皮膚がんは、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、及び血管肉腫からなる群から選択される皮膚がんである。他の態様では、黒色腫は、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、又は線維形成性黒色腫である。
【００３９】
[0039]一部の態様では、微生物プロファイルが、非レスポンダー（ＮＲ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの１若しくは複数、又は高量のバクテロイデス目を含む場合は、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される。一部の態様では、微生物プロファイルが、非レスポンダー（ＮＲ）の応答状態を伴って表示された、表２における細菌種のうちの、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つ、１０、又はこれを超える細菌種を含む場合は、患者が、免疫チェックポイント阻害剤に対して好適な応答を示さないことが予測される。さらなる態様では、方法は、患者へと、実施形態のプロバイオティクス組成物又は生菌製品による組成物を投与するステップを含む。
【００４０】
[0040]本発明の、他の目的、特徴、及び利点については、以下の詳細な記載から明白であろう。しかし、詳細な記載及び具体例は、本発明の好ましい実施形態を指し示すが、本発明の精神及び範囲内の多様な変化及び改変は、この詳細な記載から、当業者に明白であるので、例示だけを目的とすることを理解されたい。
【００４１】
[0041]以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本発明のある特定の態様をさらに裏付けるように組み入れられる。本発明は、これらの図面のうちの１又は複数を、本明細書に提示される詳細な実施形態についての詳細な記載と組み合わせて参照することにより、より良く理解されうる。
【図面の簡単な説明】
【００４２】
【図１Ａ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ａ）試料の回収及び解析についての概略を示す図である。
【図１Ｂ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ｂ）１６Ｓ  ｒＲＮＡシーケンシングによる、口腔試料（ｎ＝１０９、上）及び糞便試料（ｎ＝５３、下）の目レベルにおける、一般的な細菌分類群（＞０．１％の存在度）の系統組成についての積上げ棒グラフである。
【図１Ｃ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ｃ）４８例の抗ＰＤ−１で処置された患者に由来する、マッチさせた口腔試料及び糞便試料についての、二部ネットワーク略図である。エッジは、種レベルのＯＴＵを、ＯＴＵが見出される試料ノードへと接続する。
【図１Ｄ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ｄ）マン−ホイットニー（ＭＷ）検定による、抗ＰＤ−１療法に対する、Ｒ（ｎ＝３０）及びＮＲ（ｎ＝１３）における、腸管マイクロバイオームについての、逆シンプソン多様性スコアを示す図である。
【図１Ｅ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ｅ）ベースラインの、科レベル（＞０．１％の存在度）における、３９例の糞便試料についての系統組成を示す図である。逆シンプソンスコアの三分位数を使用して、高度（＞１１．６３、ｎ＝１３）、中程度（７．４６〜１１．６３、ｎ＝１３）、及び低度（＜７．４６、ｎ＝１３）の多様性群を決定した。
【図１Ｆ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ｆ）糞便多様性ごとの、無進行生存（ＰＦＳ）についてのカプラン−マイヤー（ＫＭ）プロットであり、高度（中央値ＰＦＳの規定なし）、中程度（中央値ＰＦＳ＝２３２日間）、及び低度（中央値ＰＦＳ＝１８８日間）を示す図である。一変量コックスモデルによる、中程度の多様性と対比した高度の多様性（ＨＲ＝３．６０、９５％Ｃ．Ｉ．＝１．０２〜１２．７４）及び低度の多様性と対比した高度の多様性（低ＨＲ＝３．５７、９５％Ｃ．Ｉ．＝１．０２〜１２．５２）である。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１である。
【図１Ｇ】腸管マイクロバイオームの多様性の増大が、転移性黒色腫を伴う患者における、ＰＤ−１遮断に対する応答の増強と関連することを示す図である。（Ｇ）重み付けされたＵｎｉＦｒａｃ距離を使用する応答ごとの、糞便試料（ｎ＝４３）についての主座標分析を示す図である。
【図２Ａ】腸管マイクロバイオームにおける組成差が、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連することを示す図である。（Ａ）Ｒ（ｎ＝３０）及びＮＲ（ｎ＝１３）におけるＯＴＵ存在度についてのヒートマップである。列は、患者を描示し、行は、Ｒと対比したＮＲにおけるエンリッチメントに従い、３つのセットへと群分けされた細菌種を描示する。
【図２Ｂ】腸管マイクロバイオームにおける組成差が、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連することを示す図である。（Ｂ）目レベルにおける各セット内のＯＴＵの系統組成を示す図である。
【図２Ｃ】腸管マイクロバイオームにおける組成差が、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連することを示す図である。（Ｃ）糞便分類群における差違を示すＬＥｆＳｅによる分類学的クラドグラムを示す図である。ドットサイズは、分類群の存在度に比例する。
【図２Ｄ】腸管マイクロバイオームにおける組成差が、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連することを示す図である。（Ｄ）表示の、Ｒ及びＮＲの糞便マイクロバイオームにおける、存在度が示差的な分類群について計算されたＬＤＡスコアを示す図である。長さは、分類群と関連する効果量を指し示す。クラスカル−ワリス検定についてのｐ＝０．０５であり、ＬＤＡスコア＞３である。
【図２Ｅ】腸管マイクロバイオームにおける組成差が、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連することを示す図である。（Ｅ）全ての分類学的レベル内で、ＭＷ検定（ＦＤＲ補正した）により、ＮＲと対比したＲにおいて存在度が示差的な腸管細菌を示す図である。
【図２Ｆ】腸管マイクロバイオームにおける組成差が、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連することを示す図である。（Ｆ）２５例の糞便試料におけるメタゲノムＷＧＳにより同定された細菌種の存在度についての、対応のある比較：Ｒ（ｎ＝１４）、ＮＲ（ｎ＝１１）を示す図である。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１である。
【図３Ａ】腸管マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵの存在度が、ＰＤ−１遮断に対する応答を予測することを示す図である。（Ａ）４３例の糞便試料における、ｃｒＯＴＵ存在度の完全連結による、教師なしの階層的クラスター化を示す図である。
【図３Ｂ】腸管マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵの存在度が、ＰＤ−１遮断に対する応答を予測することを示す図である。（Ｂ）フィッシャー正確検定により、ｃｒＯＴＵのクラスターの、抗ＰＤ−１への応答との関連を示す図である。ｃｒＯＴＵのクラスター１（ｎ＝１４：Ｒ＝１４、ＮＲ＝０）；クラスター２（ｎ＝２９：Ｒ＝１６、ＮＲ＝１３）である。
【図３Ｃ】腸管マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵの存在度が、ＰＤ−１遮断に対する応答を予測することを示す図である。（Ｃ）ｃｒＯＴＵのクラスターごとの、ＰＦＳについてのＫＭプロットを示す図である。ｃｒＯＴＵのクラスター１（中央値ＰＦＳの規定なし）、ｃｒＯＴＵのクラスター２（中央値ＰＦＳ＝２４２日間）である。
【図３Ｄ】腸管マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵの存在度が、ＰＤ−１遮断に対する応答を予測することを示す図である。（Ｄ）全ての分類学的レベル内で、ＭＷ検定（ＦＤＲ補正した）により、ｃｒＯＴＵのクラスター２と対比したｃｒＯＴＵのクラスター１において存在度が示差的な糞便分類群を示す図である。
【図３Ｅ】腸管マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵの存在度が、ＰＤ−１遮断に対する応答を予測することを示す図である。（Ｅ）Ｆ．プラウスニッツィイ（Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）の存在度が高度（ｎ＝１９、中央値ＰＦＳの規定なし）若しくは低度（ｎ＝２０、中央値ＰＦＳ＝２４２日間）である患者（上）、又はバクテロイデス目の存在度が高度（ｎ＝２０、中央値ＰＦＳ＝１８８日間）若しくは低度（ｎ＝１９、中央値ＰＦＳ＝３９３日間）である患者（下）におけるＰＦＳを示す図である。
【図３Ｆ】腸管マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵの存在度が、ＰＤ−１遮断に対する応答を予測することを示す図である。（Ｆ）２５人の患者（Ｒ＝１４、ＮＲ＝１１）に由来する、２８例の糞便試料において予測される、ＭｅｔａＣｙｃパスウェイから推定される、パスウェイクラスの存在度の、教師なしの階層的クラスター化を示す図である。通常文字：生合成パスウェイ、太字：分解パスウェイである。＊ｐ＜０．０５である。
【図４Ａ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ａ）処置前における、ＣＤ８＋浸潤物についてのＩＨＣによる定量化であって、片側ＭＷ検定による、Ｒ（ｎ＝１５）及びＮＲ（ｎ＝６）における、１ｍｍ２当たりのカウント単位の定量化を示す図である。＊ｐ＝０．０４である。
【図４Ｂ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ｂ）ベースラインの糞便試料（ｎ＝１５）における、有意に異なる分類群と、マッチさせた腫瘍における、１ｍｍ２当たりのカウント単位の、ＣＤ３、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＦｏｘＰ３、ＧｚｍＢ、及びＲＯＲγＴの密度、並びにＨスコアによるＰＤ−Ｌ１とについての、対応のある、スピアマンのランク相関ヒートマップである。
【図４Ｃ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ｃ）腸管における、フィーカリバクテリウム属（白丸及び破線；ｒ２＝０．４２、ｐ＝０．００６７）及びバクテロイデス目（黒丸及び実線；ｒ２＝０．０５６、ｐ＝０．３８）の存在度と対比した、腫瘍における１ｍｍ２当たりのＣＤ８＋カウントについての一変量線形回帰を示す図である。
【図４Ｄ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ｄ）有意に異なる糞便分類群と、ベースラインの末梢血におけるフローサイトメトリーによる、ＣＤ４＋エフェクターＴ細胞、ＣＤ８＋  Ｔ細胞、骨髄樹状細胞、単球、Ｂ細胞、Ｔｒｅｇｓ、及びＭＤＳＣの頻度との間の、対応のある、スピアマンのランク相関ヒートマップである。
【図４Ｅ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ｅ）代表的画像を示すマルチプレックスＩＨＣを示す図である。
【図４Ｆ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ｆ）腸管に、高フィーカリバクテリウム属又は高バクテロイデス目を有する患者における、免疫細胞、リンパ系細胞、骨髄細胞、及びＭＨＣ  ＩＩの頻度を示す図である。
【図４Ｇ】好適な腸管マイクロバイオームが、全身性抗腫瘍免疫と関連することを示す図である。（Ｇ）好適な状態及び好適でない状態にある腸管マイクロバイオームの、腫瘍免疫に対する、提起された作用機構を示す図である。
【図５Ａ】ＰＤ−１遮断に対するＲ及びＮＲの突然変異ランドスケープでは、差違が観察されないことを示す図である。（Ａ）糞便マイクロバイオーム試料をマッチさせた患者（ｎ＝３例のＮＲと対比した７例のＲ）の腫瘍における、糞便マイクロバイオーム試料をマッチさせた患者（ｎ＝３例のＮＲと対比した７例のＲ）の腫瘍メガ塩基当たりの突然変異数、及び駆動性突然変異のランドスケープを示す図である。
【図５Ｂ】ＰＤ−１遮断に対するＲ及びＮＲの突然変異ランドスケープでは、差違が観察されないことを示す図である。（Ｂ）両側マン−ホイットニー（ＭＷ）検定による、入手可能な腫瘍（ｎ＝４例のＮＲと対比した８例のＲ、ｐ＝０．６８３）における、非同義突然変異性負荷の合計を示す図である。
【図６】口腔マイクロバイオームと、糞便マイクロバイオームとのコミュニティ構造の差違を示す図である。細菌１６Ｓ  ｒＲＮＡにより、１０９例の口内試料及び５３例の糞便試料から導出された操作的分類単位（ＯＴＵ）についての二部ネットワーク略図である。エッジは、種レベルのＯＴＵ（ダイアモンド）を、口腔（白丸）及び糞便（黒丸）に由来する試料ノードであって、ＯＴＵが見出される試料ノードへと接続する。
【図７Ａ】抗ＰＤ−１療法に対するＲでは、糞便マイクロバイオームの多様性が増大することを示す図である。Ｒ（ｎ＝３０、白丸）及びＮＲ（ｎ＝１３、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）シャノン指数、（Ｂ）シンプソン指数、及び（Ｃ）Ｃｈａｏ  １指数を使用する比較である。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１である。
【図７Ｂ】抗ＰＤ−１療法に対するＲでは、糞便マイクロバイオームの多様性が増大することを示す図である。Ｒ（ｎ＝３０、白丸）及びＮＲ（ｎ＝１３、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）シャノン指数、（Ｂ）シンプソン指数、及び（Ｃ）Ｃｈａｏ  １指数を使用する比較である。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１である。
【図７Ｃ】抗ＰＤ−１療法に対するＲでは、糞便マイクロバイオームの多様性が増大することを示す図である。Ｒ（ｎ＝３０、白丸）及びＮＲ（ｎ＝１３、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）シャノン指数、（Ｂ）シンプソン指数、及び（Ｃ）Ｃｈａｏ  １指数を使用する比較である。＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１である。
【図８Ａ】抗ＰＤ−１療法に対するＲ及びＮＲの間では、口腔マイクロバイオームの多様性の差違が観察されないことを示す図である。Ｒ（ｎ＝５４、白丸）及びＮＲ（ｎ＝３２、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）逆シンプソン指数（ｐ＝０．１０７）、（Ｂ）シャノン指数（ｐ＝０．１３９）、（Ｃ）シンプソン指数（ｐ＝０．１３６）、及び（Ｄ）Ｃｈａｏ  １指数（ｐ＝０．８２６）を使用する比較である。
【図８Ｂ】抗ＰＤ−１療法に対するＲ及びＮＲの間では、口腔マイクロバイオームの多様性の差違が観察されないことを示す図である。Ｒ（ｎ＝５４、白丸）及びＮＲ（ｎ＝３２、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）逆シンプソン指数（ｐ＝０．１０７）、（Ｂ）シャノン指数（ｐ＝０．１３９）、（Ｃ）シンプソン指数（ｐ＝０．１３６）、及び（Ｄ）Ｃｈａｏ  １指数（ｐ＝０．８２６）を使用する比較である。
【図８Ｃ】抗ＰＤ−１療法に対するＲ及びＮＲの間では、口腔マイクロバイオームの多様性の差違が観察されないことを示す図である。Ｒ（ｎ＝５４、白丸）及びＮＲ（ｎ＝３２、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）逆シンプソン指数（ｐ＝０．１０７）、（Ｂ）シャノン指数（ｐ＝０．１３９）、（Ｃ）シンプソン指数（ｐ＝０．１３６）、及び（Ｄ）Ｃｈａｏ  １指数（ｐ＝０．８２６）を使用する比較である。
【図８Ｄ】抗ＰＤ−１療法に対するＲ及びＮＲの間では、口腔マイクロバイオームの多様性の差違が観察されないことを示す図である。Ｒ（ｎ＝５４、白丸）及びＮＲ（ｎ＝３２、黒丸）における、アルファ多様性スコアの比較であって、両側ＭＷ検定により、（Ａ）逆シンプソン指数（ｐ＝０．１０７）、（Ｂ）シャノン指数（ｐ＝０．１３９）、（Ｃ）シンプソン指数（ｐ＝０．１３６）、及び（Ｄ）Ｃｈａｏ  １指数（ｐ＝０．８２６）を使用する比較である。
【図９Ａ】糞便マイクロバイオームの高多様性が、ＰＦＳの延長と関連することを示す図である。対象（ｎ＝３９）ごとの、ベースライン及び後続の処置経過における、腸管微生物叢である。（Ａ）水平バーは、各患者において、逆シンプソン指数により測定されたアルファ多様性スコアを表す図である。（Ｂ）治療を施されて経過した日数を示す時系列プロットを示す図である。最終回の追跡における、ｘ＝進行、ｏ＝進行なしである。
【図９Ｂ】糞便マイクロバイオームの高多様性が、ＰＦＳの延長と関連することを示す図である。対象（ｎ＝３９）ごとの、ベースライン及び後続の処置経過における、腸管微生物叢である。（Ａ）水平バーは、各患者において、逆シンプソン指数により測定されたアルファ多様性スコアを表す図である。（Ｂ）治療を施されて経過した日数を示す時系列プロットを示す図である。最終回の追跡における、ｘ＝進行、ｏ＝進行なしである。
【図１０Ａ】口腔マイクロバイオームの多様性が、ＰＦＳと関連しないことを示す図である。患者（ｎ＝８６）ごとの、後続の処置経過における、口腔微生物叢である。（Ａ）積上げバーは、ベースラインの科レベルにおける、各試料の系統組成を表す図である。全ての患者を、逆シンプソンスコアの三分位数に基づき、表示の通り、高度（＞６．１７）、中程度（３．２６〜６．１７）、及び低度（＜３．２６）の多様性群へと分類した。（Ｂ）表示の、口腔多様性についての三分位：高度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝２７９日間）、中程度（ｎ＝２８、中央値ＰＦＳの規定なし）、低度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝３４８日間）ごとの、無進行生存についてのカプラン−マイヤープロットを示す図である。ログランク検定による、中程度と対比した高度のｐ＝０．３４であり、低度と対比した高度のｐ＝０．５４である。（Ｃ）水平バーは、逆シンプソン指数により測定されたアルファ多様性スコアを表す図である。（Ｄ）治療を施されて経過した日数を示す時系列プロットを示す図である。最終回の追跡における、ｘ＝進行、ｏ＝進行なしである。
【図１０Ｂ】口腔マイクロバイオームの多様性が、ＰＦＳと関連しないことを示す図である。患者（ｎ＝８６）ごとの、後続の処置経過における、口腔微生物叢である。（Ａ）積上げバーは、ベースラインの科レベルにおける、各試料の系統組成を表す図である。全ての患者を、逆シンプソンスコアの三分位数に基づき、表示の通り、高度（＞６．１７）、中程度（３．２６〜６．１７）、及び低度（＜３．２６）の多様性群へと分類した。（Ｂ）表示の、口腔多様性についての三分位：高度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝２７９日間）、中程度（ｎ＝２８、中央値ＰＦＳの規定なし）、低度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝３４８日間）ごとの、無進行生存についてのカプラン−マイヤープロットを示す図である。ログランク検定による、中程度と対比した高度のｐ＝０．３４であり、低度と対比した高度のｐ＝０．５４である。（Ｃ）水平バーは、逆シンプソン指数により測定されたアルファ多様性スコアを表す図である。（Ｄ）治療を施されて経過した日数を示す時系列プロットを示す図である。最終回の追跡における、ｘ＝進行、ｏ＝進行なしである。
【図１０Ｃ】口腔マイクロバイオームの多様性が、ＰＦＳと関連しないことを示す図である。患者（ｎ＝８６）ごとの、後続の処置経過における、口腔微生物叢である。（Ａ）積上げバーは、ベースラインの科レベルにおける、各試料の系統組成を表す図である。全ての患者を、逆シンプソンスコアの三分位数に基づき、表示の通り、高度（＞６．１７）、中程度（３．２６〜６．１７）、及び低度（＜３．２６）の多様性群へと分類した。（Ｂ）表示の、口腔多様性についての三分位：高度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝２７９日間）、中程度（ｎ＝２８、中央値ＰＦＳの規定なし）、低度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝３４８日間）ごとの、無進行生存についてのカプラン−マイヤープロットを示す図である。ログランク検定による、中程度と対比した高度のｐ＝０．３４であり、低度と対比した高度のｐ＝０．５４である。（Ｃ）水平バーは、逆シンプソン指数により測定されたアルファ多様性スコアを表す図である。（Ｄ）治療を施されて経過した日数を示す時系列プロットを示す図である。最終回の追跡における、ｘ＝進行、ｏ＝進行なしである。
【図１０Ｄ】口腔マイクロバイオームの多様性が、ＰＦＳと関連しないことを示す図である。患者（ｎ＝８６）ごとの、後続の処置経過における、口腔微生物叢である。（Ａ）積上げバーは、ベースラインの科レベルにおける、各試料の系統組成を表す図である。全ての患者を、逆シンプソンスコアの三分位数に基づき、表示の通り、高度（＞６．１７）、中程度（３．２６〜６．１７）、及び低度（＜３．２６）の多様性群へと分類した。（Ｂ）表示の、口腔多様性についての三分位：高度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝２７９日間）、中程度（ｎ＝２８、中央値ＰＦＳの規定なし）、低度（ｎ＝２９、中央値ＰＦＳ＝３４８日間）ごとの、無進行生存についてのカプラン−マイヤープロットを示す図である。ログランク検定による、中程度と対比した高度のｐ＝０．３４であり、低度と対比した高度のｐ＝０．５４である。（Ｃ）水平バーは、逆シンプソン指数により測定されたアルファ多様性スコアを表す図である。（Ｄ）治療を施されて経過した日数を示す時系列プロットを示す図である。最終回の追跡における、ｘ＝進行、ｏ＝進行なしである。
【図１１Ａ】８６例の口腔マイクロバイオーム試料及び４３例の糞便マイクロバイオーム試料におけるＯＴＵについてのエンリッチメントインデックス（ｅｉ）スコア及び相対存在度の閾値を示す図である。セットごとの、（Ａ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｂ）口腔マイクロバイオーム試料の、種レベルにおける細菌ＯＴＵのエンリッチメントスコアの分布を示す図である。各セットの境界が表示される。（Ｃ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｄ）口腔マイクロバイオーム試料における種の、ｌｏｇ１０により相対存在度の分布を示す図である。各存在度の類別の範囲が表示される。
【図１１Ｂ】８６例の口腔マイクロバイオーム試料及び４３例の糞便マイクロバイオーム試料におけるＯＴＵについてのエンリッチメントインデックス（ｅｉ）スコア及び相対存在度の閾値を示す図である。セットごとの、（Ａ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｂ）口腔マイクロバイオーム試料の、種レベルにおける細菌ＯＴＵのエンリッチメントスコアの分布を示す図である。各セットの境界が表示される。（Ｃ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｄ）口腔マイクロバイオーム試料における種の、ｌｏｇ１０により相対存在度の分布を示す図である。各存在度の類別の範囲が表示される。
【図１１Ｃ】８６例の口腔マイクロバイオーム試料及び４３例の糞便マイクロバイオーム試料におけるＯＴＵについてのエンリッチメントインデックス（ｅｉ）スコア及び相対存在度の閾値を示す図である。セットごとの、（Ａ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｂ）口腔マイクロバイオーム試料の、種レベルにおける細菌ＯＴＵのエンリッチメントスコアの分布を示す図である。各セットの境界が表示される。（Ｃ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｄ）口腔マイクロバイオーム試料における種の、ｌｏｇ１０により相対存在度の分布を示す図である。各存在度の類別の範囲が表示される。
【図１１Ｄ】８６例の口腔マイクロバイオーム試料及び４３例の糞便マイクロバイオーム試料におけるＯＴＵについてのエンリッチメントインデックス（ｅｉ）スコア及び相対存在度の閾値を示す図である。セットごとの、（Ａ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｂ）口腔マイクロバイオーム試料の、種レベルにおける細菌ＯＴＵのエンリッチメントスコアの分布を示す図である。各セットの境界が表示される。（Ｃ）糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｄ）口腔マイクロバイオーム試料における種の、ｌｏｇ１０により相対存在度の分布を示す図である。各存在度の類別の範囲が表示される。
【図１２Ａ】エンリッチメントインデックス（ｅｉ）スコアにより、抗ＰＤ−１療法に対するＲ及びＮＲの間では、口腔マイクロバイオームのＯＴＵに有意差が存在しないことを示す図である。（Ａ）表示の通り、ｅｉスコアに基づき、細菌ＯＴＵのセットごとに、Ｒ（ｎ＝５２）及びＮＲ（ｎ＝３４）における、種の存在度についてのヒートマップである。各列は、患者を描示し、各行は、細菌ＯＴＵを描示する。高度、中程度、及び低度が表示される。（Ｂ）目レベルにおける各セット内の細菌ＯＴＵの系統組成を示す図である。
【図１２Ｂ】エンリッチメントインデックス（ｅｉ）スコアにより、抗ＰＤ−１療法に対するＲ及びＮＲの間では、口腔マイクロバイオームのＯＴＵに有意差が存在しないことを示す図である。（Ａ）表示の通り、ｅｉスコアに基づき、細菌ＯＴＵのセットごとに、Ｒ（ｎ＝５２）及びＮＲ（ｎ＝３４）における、種の存在度についてのヒートマップである。各列は、患者を描示し、各行は、細菌ＯＴＵを描示する。高度、中程度、及び低度が表示される。（Ｂ）目レベルにおける各セット内の細菌ＯＴＵの系統組成を示す図である。
【図１３Ａ】ＬＥｆＳｅを使用する、高次元クラス比較が、抗ＰＤ−１療法に対するＮＲの口腔マイクロバイオームにおける、バクテロイデス目の存在度の増大を明らかにすることを示す図である。（Ａ）口腔分類群における差違を示す、ＬＥｆＳｅによる分類学的クラドグラムを示す図である。Ｒ及びＮＲにおいてエンリッチされた分類群を、それぞれ、ドットサイズを、分類群の存在度に比例させて表示する。
【図１３Ｂ】ＬＥｆＳｅを使用する、高次元クラス比較が、抗ＰＤ−１療法に対するＮＲの口腔マイクロバイオームにおける、バクテロイデス目の存在度の増大を明らかにすることを示す図である。（Ｂ）Ｒの口腔マイクロバイオームとＮＲの口腔マイクロバイオームとの間で、存在度が示差的な分類群について計算したＬＤＡスコアのヒストグラムであって、バーの長さが、分類群と関連する効果量を指し示すヒストグラムを示す図である。クラスカル−ワリス検定についてのｐ＝０．０５であり、ＬＤＡスコア＞３である。
【図１４Ａ】腸管マイクロバイオームの多様性及び組成は、時間経過にわたり安定的である。（Ａ）縦断的な回収を伴う、３例の患者（Ｒ）において、時間経過にわたり、逆シンプソンにより、腸管マイクロバイオームのアルファ多様性を示す図である。（Ｂ）重み付けされないＵｎｉＦｒａｃ距離を使用する主成分分析を示す図である。（Ｃ）目レベルで、時間経過にわたり、患者における腸管マイクロバイオームの組成を示す積上げバーを示す図である。
【図１４Ｂ】腸管マイクロバイオームの多様性及び組成は、時間経過にわたり安定的である。（Ａ）縦断的な回収を伴う、３例の患者（Ｒ）において、時間経過にわたり、逆シンプソンにより、腸管マイクロバイオームのアルファ多様性を示す図である。（Ｂ）重み付けされないＵｎｉＦｒａｃ距離を使用する主成分分析を示す図である。（Ｃ）目レベルで、時間経過にわたり、患者における腸管マイクロバイオームの組成を示す積上げバーを示す図である。
【図１４Ｃ】腸管マイクロバイオームの多様性及び組成は、時間経過にわたり安定的である。（Ａ）縦断的な回収を伴う、３例の患者（Ｒ）において、時間経過にわたり、逆シンプソンにより、腸管マイクロバイオームのアルファ多様性を示す図である。（Ｂ）重み付けされないＵｎｉＦｒａｃ距離を使用する主成分分析を示す図である。（Ｃ）目レベルで、時間経過にわたり、患者における腸管マイクロバイオームの組成を示す積上げバーを示す図である。
【図１５Ａ】相対的ＯＴＵの存在度によるクラスター化が、抗ＰＤ−１療法への応答との関連を示さないことを示す図である。（Ａ）４３例の糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｂ）８６例の口腔マイクロバイオーム試料におけるＯＴＵ存在度に基づき、ユークリッド距離を使用する、完全連結による、教師なしの階層的クラスター化を示す図である。各列が、固有のマイクロバイオーム試料を表すのに対し、各行は、固有のＯＴＵを表す。
【図１５Ｂ】相対的ＯＴＵの存在度によるクラスター化が、抗ＰＤ−１療法への応答との関連を示さないことを示す図である。（Ａ）４３例の糞便マイクロバイオーム試料及び（Ｂ）８６例の口腔マイクロバイオーム試料におけるＯＴＵ存在度に基づき、ユークリッド距離を使用する、完全連結による、教師なしの階層的クラスター化を示す図である。各列が、固有のマイクロバイオーム試料を表すのに対し、各行は、固有のＯＴＵを表す。
【図１６Ａ】口腔マイクロバイオームのｃｒＯＴＵ存在度に基づくクラスターが、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連しないことを示す図である。（Ａ）ｃｒＯＴＵ存在度に基づく、８６例の口腔マイクロバイオーム試料の、完全連結による、教師なしの階層的クラスター化を示す図である。（Ｂ）応答ごとのクラスターの比較であって、ｃｒＯＴＵのクラスター１（ｎ＝１１、Ｒ＝９及びＮＲ＝２）及びクラスター２（ｎ＝７５、Ｒ＝４５及びＮＲ＝３０）を示す比較を示す図である。両側フィッシャー正確検定によるｐ＝０．２０である。
【図１６Ｂ】口腔マイクロバイオームのｃｒＯＴＵ存在度に基づくクラスターが、ＰＤ−１遮断に対する応答と関連しないことを示す図である。（Ａ）ｃｒＯＴＵ存在度に基づく、８６例の口腔マイクロバイオーム試料の、完全連結による、教師なしの階層的クラスター化を示す図である。（Ｂ）応答ごとのクラスターの比較であって、ｃｒＯＴＵのクラスター１（ｎ＝１１、Ｒ＝９及びＮＲ＝２）及びクラスター２（ｎ＝７５、Ｒ＝４５及びＮＲ＝３０）を示す比較を示す図である。両側フィッシャー正確検定によるｐ＝０．２０である。
【図１７】ＰＤ−１遮断に対するＲの腸管マイクロバイオームにおいて、ＮＲの腸管マイクロバイオームと対比して異なるＫＥＧＧオーソログに基づく代謝プロファイルを示す図である。ＫＥＧＧオーソログの相対存在度に従う、２５例の患者（ｎ＝１４例のＲ及び１１例のＮＲ）から得られた、２８例の糞便試料における、一般的な機能的パスウェイ（少なくとも２０例の試料において見出される）についての、教師なしの階層的クラスター化である。
【図１８Ａ】ＰＤ−１遮断に対するレスポンダーが、ベースラインにおいて、腫瘍免疫浸潤物のエンリッチメントを提示することを示す図である。（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＰＤ−１、（Ｃ）ＦｏｘＰ３、（Ｄ）ＧｚｍＢ、（Ｅ）ＰＤ−Ｌ１、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、抗ＰＤ−１に対するレスポンダー（Ｒ）及び非レスポンダー（ＮＲ）における、１ｍｍ２当たりのカウント又はＨスコアとしての、免疫組織化学的定量化、及び４０倍の拡大率における代表的画像である。
【図１８Ｂ】ＰＤ−１遮断に対するレスポンダーが、ベースラインにおいて、腫瘍免疫浸潤物のエンリッチメントを提示することを示す図である。（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＰＤ−１、（Ｃ）ＦｏｘＰ３、（Ｄ）ＧｚｍＢ、（Ｅ）ＰＤ−Ｌ１、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、抗ＰＤ−１に対するレスポンダー（Ｒ）及び非レスポンダー（ＮＲ）における、１ｍｍ２当たりのカウント又はＨスコアとしての、免疫組織化学的定量化、及び４０倍の拡大率における代表的画像である。
【図１８Ｃ】ＰＤ−１遮断に対するレスポンダーが、ベースラインにおいて、腫瘍免疫浸潤物のエンリッチメントを提示することを示す図である。（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＰＤ−１、（Ｃ）ＦｏｘＰ３、（Ｄ）ＧｚｍＢ、（Ｅ）ＰＤ−Ｌ１、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、抗ＰＤ−１に対するレスポンダー（Ｒ）及び非レスポンダー（ＮＲ）における、１ｍｍ２当たりのカウント又はＨスコアとしての、免疫組織化学的定量化、及び４０倍の拡大率における代表的画像である。
【図１８Ｄ】ＰＤ−１遮断に対するレスポンダーが、ベースラインにおいて、腫瘍免疫浸潤物のエンリッチメントを提示することを示す図である。（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＰＤ−１、（Ｃ）ＦｏｘＰ３、（Ｄ）ＧｚｍＢ、（Ｅ）ＰＤ−Ｌ１、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、抗ＰＤ−１に対するレスポンダー（Ｒ）及び非レスポンダー（ＮＲ）における、１ｍｍ２当たりのカウント又はＨスコアとしての、免疫組織化学的定量化、及び４０倍の拡大率における代表的画像である。
【図１８Ｅ】ＰＤ−１遮断に対するレスポンダーが、ベースラインにおいて、腫瘍免疫浸潤物のエンリッチメントを提示することを示す図である。（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＰＤ−１、（Ｃ）ＦｏｘＰ３、（Ｄ）ＧｚｍＢ、（Ｅ）ＰＤ−Ｌ１、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、抗ＰＤ−１に対するレスポンダー（Ｒ）及び非レスポンダー（ＮＲ）における、１ｍｍ２当たりのカウント又はＨスコアとしての、免疫組織化学的定量化、及び４０倍の拡大率における代表的画像である。
【図１８Ｆ】ＰＤ−１遮断に対するレスポンダーが、ベースラインにおいて、腫瘍免疫浸潤物のエンリッチメントを提示することを示す図である。（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＰＤ−１、（Ｃ）ＦｏｘＰ３、（Ｄ）ＧｚｍＢ、（Ｅ）ＰＤ−Ｌ１、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、抗ＰＤ−１に対するレスポンダー（Ｒ）及び非レスポンダー（ＮＲ）における、１ｍｍ２当たりのカウント又はＨスコアとしての、免疫組織化学的定量化、及び４０倍の拡大率における代表的画像である。
【図１９】フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者が、抗ＰＤ−１療法の前に、好適な抗腫瘍免疫浸潤物を提示することを示す図である。糞便マイクロバイオーム（ｎ＝１５）における、ＩＨＣによる、１ｍｍ２当たりのカウント単位の、ＧｚｍＢ、ＣＤ３、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＦｏｘＰ３、ＲＯＲγＴ、並びにＨスコアによるＰＤ−Ｌ１と、ルミノコッカス科内の全ての属の存在度とについての、スピアマンのランク相関ヒートマップである。正の相関、負の相関、及び相関なしが表示される。
【図２０Ａ】糞便マイクロバイオーム内の、フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度とが、ＰＤ−１遮断の前に、腫瘍免疫浸潤物と、顕著に異なる関連を有することを示す図である。フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度と、ベースラインの、抗ＰＤ−１で処置された患者の腫瘍における、ＩＨＣによる、（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＧｚｍＢ、（Ｃ）ＰＤ−１、（Ｄ）ＰＤ−Ｌ１、（Ｅ）ＦｏｘＰ３、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、１ｍｍ２当たりのカウントによる密度又はＨスコアとの間の線形回帰である。直線は、関連するｒ２及びｐ値を伴う、フィーカリバクテリウム属（細線、通常文字による値）及びバクテロイデス目（太線、太字による値）についての回帰を示す。
【図２０Ｂ】糞便マイクロバイオーム内の、フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度とが、ＰＤ−１遮断の前に、腫瘍免疫浸潤物と、顕著に異なる関連を有することを示す図である。フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度と、ベースラインの、抗ＰＤ−１で処置された患者の腫瘍における、ＩＨＣによる、（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＧｚｍＢ、（Ｃ）ＰＤ−１、（Ｄ）ＰＤ−Ｌ１、（Ｅ）ＦｏｘＰ３、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、１ｍｍ２当たりのカウントによる密度又はＨスコアとの間の線形回帰である。直線は、関連するｒ２及びｐ値を伴う、フィーカリバクテリウム属（細線、通常文字による値）及びバクテロイデス目（太線、太字による値）についての回帰を示す。
【図２０Ｃ】糞便マイクロバイオーム内の、フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度とが、ＰＤ−１遮断の前に、腫瘍免疫浸潤物と、顕著に異なる関連を有することを示す図である。フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度と、ベースラインの、抗ＰＤ−１で処置された患者の腫瘍における、ＩＨＣによる、（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＧｚｍＢ、（Ｃ）ＰＤ−１、（Ｄ）ＰＤ−Ｌ１、（Ｅ）ＦｏｘＰ３、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、１ｍｍ２当たりのカウントによる密度又はＨスコアとの間の線形回帰である。直線は、関連するｒ２及びｐ値を伴う、フィーカリバクテリウム属（細線、通常文字による値）及びバクテロイデス目（太線、太字による値）についての回帰を示す。
【図２０Ｄ】糞便マイクロバイオーム内の、フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度とが、ＰＤ−１遮断の前に、腫瘍免疫浸潤物と、顕著に異なる関連を有することを示す図である。フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度と、ベースラインの、抗ＰＤ−１で処置された患者の腫瘍における、ＩＨＣによる、（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＧｚｍＢ、（Ｃ）ＰＤ−１、（Ｄ）ＰＤ−Ｌ１、（Ｅ）ＦｏｘＰ３、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、１ｍｍ２当たりのカウントによる密度又はＨスコアとの間の線形回帰である。直線は、関連するｒ２及びｐ値を伴う、フィーカリバクテリウム属（細線、通常文字による値）及びバクテロイデス目（太線、太字による値）についての回帰を示す。
【図２０Ｅ】糞便マイクロバイオーム内の、フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度とが、ＰＤ−１遮断の前に、腫瘍免疫浸潤物と、顕著に異なる関連を有することを示す図である。フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度と、ベースラインの、抗ＰＤ−１で処置された患者の腫瘍における、ＩＨＣによる、（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＧｚｍＢ、（Ｃ）ＰＤ−１、（Ｄ）ＰＤ−Ｌ１、（Ｅ）ＦｏｘＰ３、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、１ｍｍ２当たりのカウントによる密度又はＨスコアとの間の線形回帰である。直線は、関連するｒ２及びｐ値を伴う、フィーカリバクテリウム属（細線、通常文字による値）及びバクテロイデス目（太線、太字による値）についての回帰を示す。
【図２０Ｆ】糞便マイクロバイオーム内の、フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度とが、ＰＤ−１遮断の前に、腫瘍免疫浸潤物と、顕著に異なる関連を有することを示す図である。フィーカリバクテリウム属の存在度と、バクテロイデス目の存在度と、ベースラインの、抗ＰＤ−１で処置された患者の腫瘍における、ＩＨＣによる、（Ａ）ＣＤ３、（Ｂ）ＧｚｍＢ、（Ｃ）ＰＤ−１、（Ｄ）ＰＤ−Ｌ１、（Ｅ）ＦｏｘＰ３、及び（Ｆ）ＲＯＲγＴの、１ｍｍ２当たりのカウントによる密度又はＨスコアとの間の線形回帰である。直線は、関連するｒ２及びｐ値を伴う、フィーカリバクテリウム属（細線、通常文字による値）及びバクテロイデス目（太線、太字による値）についての回帰を示す。
【図２１】抗ＰＤ−１療法で処置された患者における、末梢血についてのフローサイトメトリー解析のためのゲーティング戦略を示す図である。抗ＰＤ−１で処置された患者の、ベースラインにおけるＰＢＭＣを、ＣＤ１９＋Ｂ細胞、ＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ３＋ＣＤ４＋Ｔ細胞（ＣＤ３＋ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋調節性Ｔ細胞及びＣＤ３＋ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３−エフェクターＴ細胞）、単球（ＣＤ１４／ＨＬＡ−ＤＲに基づく）、及びＭＤＳＣ（ＣＤ３−ＣＤ１９−ＨＬＡＤＲＣＤ３３＋ＣＤ１１ｂ＋）についてのゲーティングにより解析した。
【図２２Ａ】フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者が、ベースラインにおける、ＰＤ−１遮断に対する応答に好適な、末梢サイトカインプロファイルと、治療に経過にわたる、サイトカイン応答の増強とを提示することを示す図である。（Ａ）クロストリジウム目、フィーカリバクテリウム属、ルミノコッカス科、及びバクテロイデス目の存在度と、マルチプレックスビーズアッセイによる、ｐｇ／ｍＬ単位によるサイトカインの末梢濃度との間の、スピアマンランク相関ヒートマップである。正の相関、負の相関、及び相関なしが表示される。比を対応させたｔ検定による、ベースラインからの倍数変化による、（Ｂ）ＩＰ−１０（それぞれ、ｐ＝０．０４２及びｐ＝０．３４４）、（Ｃ）ＭＩＰ−１β（それぞれ、ｐ＝０．０４３及びｐ＝０．８９８）、及び（Ｄ）ＩＬ−１７Ａ（それぞれ、ｐ＝０．０７２及びｐ＝０．８６２）についての、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（ｎ＝２）及び非レスポンダー（ｎ＝２）の血清におけるサイトカインの産生の変化である。
【図２２Ｂ】フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者が、ベースラインにおける、ＰＤ−１遮断に対する応答に好適な、末梢サイトカインプロファイルと、治療に経過にわたる、サイトカイン応答の増強とを提示することを示す図である。（Ａ）クロストリジウム目、フィーカリバクテリウム属、ルミノコッカス科、及びバクテロイデス目の存在度と、マルチプレックスビーズアッセイによる、ｐｇ／ｍＬ単位によるサイトカインの末梢濃度との間の、スピアマンランク相関ヒートマップである。正の相関、負の相関、及び相関なしが表示される。比を対応させたｔ検定による、ベースラインからの倍数変化による、（Ｂ）ＩＰ−１０（それぞれ、ｐ＝０．０４２及びｐ＝０．３４４）、（Ｃ）ＭＩＰ−１β（それぞれ、ｐ＝０．０４３及びｐ＝０．８９８）、及び（Ｄ）ＩＬ−１７Ａ（それぞれ、ｐ＝０．０７２及びｐ＝０．８６２）についての、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（ｎ＝２）及び非レスポンダー（ｎ＝２）の血清におけるサイトカインの産生の変化である。
【図２２Ｃ】フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者が、ベースラインにおける、ＰＤ−１遮断に対する応答に好適な、末梢サイトカインプロファイルと、治療に経過にわたる、サイトカイン応答の増強とを提示することを示す図である。（Ａ）クロストリジウム目、フィーカリバクテリウム属、ルミノコッカス科、及びバクテロイデス目の存在度と、マルチプレックスビーズアッセイによる、ｐｇ／ｍＬ単位によるサイトカインの末梢濃度との間の、スピアマンランク相関ヒートマップである。正の相関、負の相関、及び相関なしが表示される。比を対応させたｔ検定による、ベースラインからの倍数変化による、（Ｂ）ＩＰ−１０（それぞれ、ｐ＝０．０４２及びｐ＝０．３４４）、（Ｃ）ＭＩＰ−１β（それぞれ、ｐ＝０．０４３及びｐ＝０．８９８）、及び（Ｄ）ＩＬ−１７Ａ（それぞれ、ｐ＝０．０７２及びｐ＝０．８６２）についての、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（ｎ＝２）及び非レスポンダー（ｎ＝２）の血清におけるサイトカインの産生の変化である。
【図２２Ｄ】フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者が、ベースラインにおける、ＰＤ−１遮断に対する応答に好適な、末梢サイトカインプロファイルと、治療に経過にわたる、サイトカイン応答の増強とを提示することを示す図である。（Ａ）クロストリジウム目、フィーカリバクテリウム属、ルミノコッカス科、及びバクテロイデス目の存在度と、マルチプレックスビーズアッセイによる、ｐｇ／ｍＬ単位によるサイトカインの末梢濃度との間の、スピアマンランク相関ヒートマップである。正の相関、負の相関、及び相関なしが表示される。比を対応させたｔ検定による、ベースラインからの倍数変化による、（Ｂ）ＩＰ−１０（それぞれ、ｐ＝０．０４２及びｐ＝０．３４４）、（Ｃ）ＭＩＰ−１β（それぞれ、ｐ＝０．０４３及びｐ＝０．８９８）、及び（Ｄ）ＩＬ−１７Ａ（それぞれ、ｐ＝０．０７２及びｐ＝０．８６２）についての、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（ｎ＝２）及び非レスポンダー（ｎ＝２）の血清におけるサイトカインの産生の変化である。
【図２３】ベースラインの、ＰＤ−１遮断で処置された患者の腫瘍における、骨髄マルチプレックスＩＨＣのためのゲーティング戦略を示す図である。免疫細胞（ＣＤ４５＋）、リンパ系細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ３＋ＣＤ２０＋ＣＤ５６＋）、骨髄細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−）、マスト細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−ＨＬＡＤＲ−トリプターゼ＋）、顆粒球（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−ＨＬＡＤＲＣＤ６６ｂ＋）、Ｍ１腫瘍関連マクロファージ（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−ＨＬＡＤＲ＋ＣＳＦ１Ｒ＋ＣＤ１６３−）、Ｍ２腫瘍関連マクロファージ（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−ＨＬＡＤＲ＋ＣＳＦ１Ｒ＋ＣＤ１６３＋）、成熟樹状細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−ＨＬＡＤＲ＋ＣＳＦ１Ｒ−ＤＣＳＩＧＮ−）、及び未成熟樹状細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ３−ＣＤ２０−ＣＤ５６−ＨＬＡＤＲ＋ＣＳＦ１Ｒ−ＤＣＳＩＧＮ＋）を示す、骨髄マルチプレックス免疫組織化学ゲーティング戦略である。
【図２４Ａ】ベースラインにおける、フィーカリバクテリウム属の高存在度が、ＰＤ−１遮断の前における免疫浸潤物の増大と関連することを示す図である。（Ａ）拡大率を４０倍とする、代表的な骨髄免疫細胞染色を示す、マルチプレックス免疫組織化学を示す図である。
【図２４Ｂ】ベースラインにおける、フィーカリバクテリウム属の高存在度が、ＰＤ−１遮断の前における免疫浸潤物の増大と関連することを示す図である。（Ｂ）１ｍｍ２当たりのカウントとしての、ＣＤ４５、ＣＤ３／ＣＤ２０／ＣＤ５６、ＣＤ６８、ＣＤ６６ｂ、トリプターゼ、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１６３、及びＤＣ−ＳＩＧＮの定量化を示す図である。
【図２４Ｃ】ベースラインにおける、フィーカリバクテリウム属の高存在度が、ＰＤ−１遮断の前における免疫浸潤物の増大と関連することを示す図である。（Ｃ）フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者（ｎ＝２）又は高バクテロイデス目の存在度が高度である患者（ｎ＝２）における全ＣＤ４５＋免疫細胞の百分率としての、骨髄細胞、リンパ系細胞、マスト細胞、顆粒球、Ｍ１腫瘍関連マクロファージ及びＭ２腫瘍関連マクロファージ、未成熟樹状細胞、並びに成熟樹状細胞の定量化を示す図である。
【図２５Ａ】無菌（ＧＦ）マウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームによる、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）が、腫瘍の増殖を低減することを示す図である。（Ａ）無菌（ＧＦ）マウスにおける、ＦＭＴ１実験の実験デザインを示す図である。時間は、腫瘍注入日（腫瘍細胞８×１０−５個）と比べた日数（Ｄ）で表示する。（Ｂ）レスポンダー（Ｒ）−ＦＭＴ及び非レスポンダー（ＮＲ）−ＦＭＴマウス、又は対照マウスに植え込まれた腫瘍のサイズの差違を示す図である。腫瘍植込み後１４日目における腫瘍体積をプロットするが、各値は、単一のマウスを表す。
【図２５Ｂ】無菌（ＧＦ）マウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームによる、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）が、腫瘍の増殖を低減することを示す図である。（Ａ）無菌（ＧＦ）マウスにおける、ＦＭＴ１実験の実験デザインを示す図である。時間は、腫瘍注入日（腫瘍細胞８×１０−５個）と比べた日数（Ｄ）で表示する。（Ｂ）レスポンダー（Ｒ）−ＦＭＴ及び非レスポンダー（ＮＲ）−ＦＭＴマウス、又は対照マウスに植え込まれた腫瘍のサイズの差違を示す図である。腫瘍植込み後１４日目における腫瘍体積をプロットするが、各値は、単一のマウスを表す。
【図２６Ａ】好適なＦＭＴが、自然エフェクターを促進し、ＧＦマウスの脾臓への、骨髄サプレッサーの浸潤を低減したことを示す図である。（Ａ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２６Ｂ】好適なＦＭＴが、自然エフェクターを促進し、ＧＦマウスの脾臓への、骨髄サプレッサーの浸潤を低減したことを示す図である。（Ａ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２６Ｃ】好適なＦＭＴが、自然エフェクターを促進し、ＧＦマウスの脾臓への、骨髄サプレッサーの浸潤を低減したことを示す図である。（Ａ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓におけるＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２７Ａ】好適なＦＭＴが、ＧＦマウスの腸管及び腫瘍における、ＣＤ４５＋細胞及びＣＤ８＋を増大させることを示す図である。ＣＤ４５、ＣＤ８、及び核（ＤＡＰＩ）のＦＭＴ後のＧＦマウスのうちの、対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）に由来する、（Ａ）腫瘍及び（Ｂ）腸管についての、代表的な免疫蛍光染色である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（１２の領域にわたる、ｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４３３．５個）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（１２の領域にわたる、ＮＲ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞３２５個）及び対照マウス（９つの領域にわたる、ｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４１２個）（ｐ＝０．３０（対照と対比したＲ−ＦＭＴ））の腫瘍（上）、並びに腸管（下）（７つの領域にわたる、Ｒ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞６７個、５つの領域にわたる、ＮＲ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞２４個、１０の領域にわたる、対照のｎ＝＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４７個）（ｐ＝０．１７（対照と対比したＲ−ＦＭＴ））における、ＣＤ８＋細胞の密度の定量化を示す図である。
【図２７Ｂ】好適なＦＭＴが、ＧＦマウスの腸管及び腫瘍における、ＣＤ４５＋細胞及びＣＤ８＋を増大させることを示す図である。ＣＤ４５、ＣＤ８、及び核（ＤＡＰＩ）のＦＭＴ後のＧＦマウスのうちの、対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）に由来する、（Ａ）腫瘍及び（Ｂ）腸管についての、代表的な免疫蛍光染色である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（１２の領域にわたる、ｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４３３．５個）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（１２の領域にわたる、ＮＲ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞３２５個）及び対照マウス（９つの領域にわたる、ｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４１２個）（ｐ＝０．３０（対照と対比したＲ−ＦＭＴ））の腫瘍（上）、並びに腸管（下）（７つの領域にわたる、Ｒ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞６７個、５つの領域にわたる、ＮＲ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞２４個、１０の領域にわたる、対照のｎ＝＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４７個）（ｐ＝０．１７（対照と対比したＲ−ＦＭＴ））における、ＣＤ８＋細胞の密度の定量化を示す図である。
【図２７Ｃ】好適なＦＭＴが、ＧＦマウスの腸管及び腫瘍における、ＣＤ４５＋細胞及びＣＤ８＋を増大させることを示す図である。ＣＤ４５、ＣＤ８、及び核（ＤＡＰＩ）のＦＭＴ後のＧＦマウスのうちの、対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）に由来する、（Ａ）腫瘍及び（Ｂ）腸管についての、代表的な免疫蛍光染色である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（１２の領域にわたる、ｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４３３．５個）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（１２の領域にわたる、ＮＲ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞３２５個）及び対照マウス（９つの領域にわたる、ｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４１２個）（ｐ＝０．３０（対照と対比したＲ−ＦＭＴ））の腫瘍（上）、並びに腸管（下）（７つの領域にわたる、Ｒ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞６７個、５つの領域にわたる、ＮＲ−ＦＭＴのｎ＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞２４個、１０の領域にわたる、対照のｎ＝＝２、中央値＝ＨＰＦ１つ当たりの細胞４７個）（ｐ＝０．１７（対照と対比したＲ−ＦＭＴ））における、ＣＤ８＋細胞の密度の定量化を示す図である。
【図２８Ａ】ＧＦマウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームのＦＭＴは、腫瘍の増殖を低減し、抗ＰＤ−Ｌ１療法への応答を増強することを示す図である。（Ａ）無菌（ＧＦ）マウスにおける、ＦＭＴ２実験の実験デザインを示す図である。時間は、腫瘍注入日（腫瘍細胞２．５×１０−５個）と比べた日数（Ｄ）で表示する。
【図２８Ｂ】ＧＦマウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームのＦＭＴは、腫瘍の増殖を低減し、抗ＰＤ−Ｌ１療法への応答を増強することを示す図である。（Ｂ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ、四角）及びＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ、三角）、又は対照マウス（丸）に植え込まれた腫瘍のサイズの差違を示す図である。腫瘍植込み後１４日目における腫瘍体積をプロットするが、各値は、単一のマウスを表す。
【図２８Ｃ】ＧＦマウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームのＦＭＴは、腫瘍の増殖を低減し、抗ＰＤ−Ｌ１療法への応答を増強することを示す図である。（Ｃ）抗ＰＤ−Ｌ１処置された（３日間ごとのｉｐによる、３×１００μｇ）Ｒ−ＦＭＴマウス（四角、ｎ＝２、中央値腫瘍体積＝４０３．７ｍｍ３）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（三角、ｎ＝２、中央値腫瘍体積＝２３０１ｍｍ３）、及び対照マウス（丸、ｎ＝２、中央値腫瘍体積＝７７１．３５ｍｍ３）による、各ＧＦマウスについての腫瘍増殖曲線を示す図である。ｐ＝０．２０（ＮＲ−ＦＭＴと対比したＲ−ＦＭＴ）、ｐ＝０．３３（対照による両側ＭＷ検定と対比したＮＲ−ＦＭＴ）である。黒色点線は、抗ＰＤ−Ｌ１処置についての、腫瘍サイズカットオフ（５００ｍｍ３）をマークする。
【図２９Ａ】好適なＦＭＴにおける治療応答の増強が、自然エフェクターの増大及びＧＦマウスの腫瘍における骨髄サプレッサー浸潤の低減と相関することを示す図である。（Ａ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤するＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）における、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞、及び（Ｄ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性骨髄細胞についてのフローサイトメトリーの、代表的プロットを示す図である。（Ｃ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤する、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋自然エフェクター細胞、並びに（Ｅ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２９Ｂ】好適なＦＭＴにおける治療応答の増強が、自然エフェクターの増大及びＧＦマウスの腫瘍における骨髄サプレッサー浸潤の低減と相関することを示す図である。（Ａ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤するＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）における、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞、及び（Ｄ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性骨髄細胞についてのフローサイトメトリーの、代表的プロットを示す図である。（Ｃ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤する、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋自然エフェクター細胞、並びに（Ｅ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２９Ｃ】好適なＦＭＴにおける治療応答の増強が、自然エフェクターの増大及びＧＦマウスの腫瘍における骨髄サプレッサー浸潤の低減と相関することを示す図である。（Ａ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤するＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）における、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞、及び（Ｄ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性骨髄細胞についてのフローサイトメトリーの、代表的プロットを示す図である。（Ｃ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤する、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋自然エフェクター細胞、並びに（Ｅ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２９Ｄ】好適なＦＭＴにおける治療応答の増強が、自然エフェクターの増大及びＧＦマウスの腫瘍における骨髄サプレッサー浸潤の低減と相関することを示す図である。（Ａ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤するＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）における、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞、及び（Ｄ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性骨髄細胞についてのフローサイトメトリーの、代表的プロットを示す図である。（Ｃ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤する、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋自然エフェクター細胞、並びに（Ｅ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図２９Ｅ】好適なＦＭＴにおける治療応答の増強が、自然エフェクターの増大及びＧＦマウスの腫瘍における骨髄サプレッサー浸潤の低減と相関することを示す図である。（Ａ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤するＣＤ４５＋免疫細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。（Ｂ）対照マウス（左）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及びＲ−ＦＭＴマウス（右）における、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋自然エフェクター細胞、及び（Ｄ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性骨髄細胞についてのフローサイトメトリーの、代表的プロットを示す図である。（Ｃ）表示の通り、Ｒ−ＦＭＴマウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、及び対照マウスにおける、腫瘍に浸潤する、ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋自然エフェクター細胞、並びに（Ｅ）ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋抑制性細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図３０Ａ】ＮＲ−ドナーに由来するＦＭＴを施されるＧＦマウスが、Ｔｈ１７コンパートメントを高度に活性化させていることを示す図である。（Ａ）Ｒ−ＦＭＴマウス（右）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（中）、及び対照（左）マウスに由来する腫瘍における、レチノイン酸関連オ−ファン受容体ガンマｔ（ＲＯＲγＴ）の核受容体についてのＩＨＣ染色についての代表的な画像を示す図である。矢印は、ＲＯＲγＴ陽性細胞を指し示す。
【図３０Ｂ】ＮＲ−ドナーに由来するＦＭＴを施されるＧＦマウスが、Ｔｈ１７コンパートメントを高度に活性化させていることを示す図である。（Ｂ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の腫瘍における、１ｍｍ２当たりのカウントとしての、ＲＯＲγＴ＋Ｔｈ１７細胞の数を示す、ＩＨＣによる定量化を示す図である。
【図３０Ｃ】ＮＲ−ドナーに由来するＦＭＴを施されるＧＦマウスが、Ｔｈ１７コンパートメントを高度に活性化させていることを示す図である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓における、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋調節性Ｔ細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図３０Ｄ】ＮＲ−ドナーに由来するＦＭＴを施されるＧＦマウスが、Ｔｈ１７コンパートメントを高度に活性化させていることを示す図である。（Ｄ）Ｒ−ＦＭＴマウス（Ｒ）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（ＮＲ）、及び対照マウス（Ｃ）の脾臓における、ＣＤ４＋ＩＬ１７＋Ｔｈ１７細胞の頻度を示す、フローサイトメトリーによる定量化を示す図である。
【図３１Ａ】マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）による、ＮＲ−ＦＭＴと対比した、Ｒ−ＦＭＴを施されるマウスの腫瘍微小環境における、ＰＤ−Ｌ１の上方調節を示す図である。（Ａ）表示の通り、マスサイトメトリーによる、対照マウス、ＮＲを生着させたマウス、Ｒを生着させたマウスに由来する腫瘍から単離された、全生細胞（左）についてのｔ−ＳＮＥプロットである。ＣＤ４５（中）及びＰＤ−Ｌ１（右）の発現と重ね合わせた、全生細胞についてのｔ−ＳＮＥプロットである。各群から、同じ数の細胞を表示する。（Ｂ）（左上）表示の通り、ＣｙＴＯＦによる、対照マウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、Ｒ−ＦＭＴマウスに由来する腫瘍から単離された、全ＣＤ４５＋細胞についてのｔ−ＳＮＥプロットを示す図である。（右上）表示の実験群に由来する腫瘍から単離された、全ＣＤ４５＋細胞についての密度プロットである。（下）表示のマーカーの発現と重ね合わせた、全ＣＤ４５＋細胞についてのｔ−ＳＮＥプロットである。
【図３１Ｂ】マスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）による、ＮＲ−ＦＭＴと対比した、Ｒ−ＦＭＴを施されるマウスの腫瘍微小環境における、ＰＤ−Ｌ１の上方調節を示す図である。（Ａ）表示の通り、マスサイトメトリーによる、対照マウス、ＮＲを生着させたマウス、Ｒを生着させたマウスに由来する腫瘍から単離された、全生細胞（左）についてのｔ−ＳＮＥプロットである。ＣＤ４５（中）及びＰＤ−Ｌ１（右）の発現と重ね合わせた、全生細胞についてのｔ−ＳＮＥプロットである。各群から、同じ数の細胞を表示する。（Ｂ）（左上）表示の通り、ＣｙＴＯＦによる、対照マウス、ＮＲ−ＦＭＴマウス、Ｒ−ＦＭＴマウスに由来する腫瘍から単離された、全ＣＤ４５＋細胞についてのｔ−ＳＮＥプロットを示す図である。（右上）表示の実験群に由来する腫瘍から単離された、全ＣＤ４５＋細胞についての密度プロットである。（下）表示のマーカーの発現と重ね合わせた、全ＣＤ４５＋細胞についてのｔ−ＳＮＥプロットである。
【図３２Ａ】ＧＦマウスにおける、別のＲドナーに由来するＦＭＴが、好適な腸管マイクロバイオームの、腫瘍の増殖に対する影響を確認することを示す図である。（Ａ）無菌（ＧＦ）マウスにおける、ＦＭＴ２実験の実験デザインを示す図である。時間は、腫瘍注入日（腫瘍細胞２．５×１０−５個）と比べた日数（Ｄ）で表示する。
【図３２Ｂ】ＧＦマウスにおける、別のＲドナーに由来するＦＭＴが、好適な腸管マイクロバイオームの、腫瘍の増殖に対する影響を確認することを示す図である。（Ｂ）Ｒ−ＦＭＴマウス（四角）及びＮＲ−ＦＭＴマウス（三角）、又は対照マウス（丸）に植え込まれた腫瘍のサイズの差違を示す図である。腫瘍植込み後１４日目における腫瘍体積をプロットするが、各値は、単一のマウスを表す。
【図３２Ｃ】ＧＦマウスにおける、別のＲドナーに由来するＦＭＴが、好適な腸管マイクロバイオームの、腫瘍の増殖に対する影響を確認することを示す図である。（Ｃ）Ｒ−ＦＭＴマウス（四角、腫瘍体積＝４１４．３ｍｍ３）、ＮＲ−ＦＭＴマウス（三角、腫瘍体積＝１９０９．１ｍｍ３）、及び対照（丸、ｎ＝３、中央値腫瘍体積＝１０４９．３ｍｍ３）マウスに由来する各ＧＦマウスについての腫瘍増殖曲線を示す図である。
【図３３Ａ】遺伝子的に同一な、Ｊａｃｋｓｏｎ製のＣ５７／ＢＬ６マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製のＣ５７／ＢＬ６マウスが、マウス黒色腫腫瘍（ＢＲＡＦ突然変異体、ＰＴＥＮヌル）の植込みの後において、示差的な、腫瘍の増殖（Ｊａｃｋｓｏｎ製で早い）（Ａ）、生存（Ｔａｃｏｎｉｃ製で長い）（Ｂ〜Ｃ）、及びマイクロバイオームの組成（単独で飼育されたＴａｃｏｎｉｃ製：右上；単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製：右下）（Ｄ）を呈示することを示す図である。Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育が、同様な腫瘍の成長（Ｃ）を結果としてもたらし、主座標解析により、マイクロバイオームの類似性の増大が観察された（Ｄ）ことを示す図である。単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製マウスでは、属レベルにおける示差的存在度が観察されたが、共飼育の後では、差違が見られなかったことを示す図である（Ｅ）。酪酸の経口投与が、黒色腫を植え込まれたマウスにおける腫瘍成長を、有意に遅延させることを示す図である（Ｆ）。
【図３３Ｂ】遺伝子的に同一な、Ｊａｃｋｓｏｎ製のＣ５７／ＢＬ６マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製のＣ５７／ＢＬ６マウスが、マウス黒色腫腫瘍（ＢＲＡＦ突然変異体、ＰＴＥＮヌル）の植込みの後において、示差的な、腫瘍の増殖（Ｊａｃｋｓｏｎ製で早い）（Ａ）、生存（Ｔａｃｏｎｉｃ製で長い）（Ｂ〜Ｃ）、及びマイクロバイオームの組成（単独で飼育されたＴａｃｏｎｉｃ製：右上；単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製：右下）（Ｄ）を呈示することを示す図である。Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育が、同様な腫瘍の成長（Ｃ）を結果としてもたらし、主座標解析により、マイクロバイオームの類似性の増大が観察された（Ｄ）ことを示す図である。単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製マウスでは、属レベルにおける示差的存在度が観察されたが、共飼育の後では、差違が見られなかったことを示す図である（Ｅ）。酪酸の経口投与が、黒色腫を植え込まれたマウスにおける腫瘍成長を、有意に遅延させることを示す図である（Ｆ）。
【図３３Ｃ】遺伝子的に同一な、Ｊａｃｋｓｏｎ製のＣ５７／ＢＬ６マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製のＣ５７／ＢＬ６マウスが、マウス黒色腫腫瘍（ＢＲＡＦ突然変異体、ＰＴＥＮヌル）の植込みの後において、示差的な、腫瘍の増殖（Ｊａｃｋｓｏｎ製で早い）（Ａ）、生存（Ｔａｃｏｎｉｃ製で長い）（Ｂ〜Ｃ）、及びマイクロバイオームの組成（単独で飼育されたＴａｃｏｎｉｃ製：右上；単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製：右下）（Ｄ）を呈示することを示す図である。Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育が、同様な腫瘍の成長（Ｃ）を結果としてもたらし、主座標解析により、マイクロバイオームの類似性の増大が観察された（Ｄ）ことを示す図である。単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製マウスでは、属レベルにおける示差的存在度が観察されたが、共飼育の後では、差違が見られなかったことを示す図である（Ｅ）。酪酸の経口投与が、黒色腫を植え込まれたマウスにおける腫瘍成長を、有意に遅延させることを示す図である（Ｆ）。
【図３３Ｄ】遺伝子的に同一な、Ｊａｃｋｓｏｎ製のＣ５７／ＢＬ６マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製のＣ５７／ＢＬ６マウスが、マウス黒色腫腫瘍（ＢＲＡＦ突然変異体、ＰＴＥＮヌル）の植込みの後において、示差的な、腫瘍の増殖（Ｊａｃｋｓｏｎ製で早い）（Ａ）、生存（Ｔａｃｏｎｉｃ製で長い）（Ｂ〜Ｃ）、及びマイクロバイオームの組成（単独で飼育されたＴａｃｏｎｉｃ製：右上；単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製：右下）（Ｄ）を呈示することを示す図である。Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育が、同様な腫瘍の成長（Ｃ）を結果としてもたらし、主座標解析により、マイクロバイオームの類似性の増大が観察された（Ｄ）ことを示す図である。単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製マウスでは、属レベルにおける示差的存在度が観察されたが、共飼育の後では、差違が見られなかったことを示す図である（Ｅ）。酪酸の経口投与が、黒色腫を植え込まれたマウスにおける腫瘍成長を、有意に遅延させることを示す図である（Ｆ）。
【図３３Ｅ】遺伝子的に同一な、Ｊａｃｋｓｏｎ製のＣ５７／ＢＬ６マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製のＣ５７／ＢＬ６マウスが、マウス黒色腫腫瘍（ＢＲＡＦ突然変異体、ＰＴＥＮヌル）の植込みの後において、示差的な、腫瘍の増殖（Ｊａｃｋｓｏｎ製で早い）（Ａ）、生存（Ｔａｃｏｎｉｃ製で長い）（Ｂ〜Ｃ）、及びマイクロバイオームの組成（単独で飼育されたＴａｃｏｎｉｃ製：右上；単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製：右下）（Ｄ）を呈示することを示す図である。Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育が、同様な腫瘍の成長（Ｃ）を結果としてもたらし、主座標解析により、マイクロバイオームの類似性の増大が観察された（Ｄ）ことを示す図である。単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製マウスでは、属レベルにおける示差的存在度が観察されたが、共飼育の後では、差違が見られなかったことを示す図である（Ｅ）。酪酸の経口投与が、黒色腫を植え込まれたマウスにおける腫瘍成長を、有意に遅延させることを示す図である（Ｆ）。
【図３３Ｆ】遺伝子的に同一な、Ｊａｃｋｓｏｎ製のＣ５７／ＢＬ６マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製のＣ５７／ＢＬ６マウスが、マウス黒色腫腫瘍（ＢＲＡＦ突然変異体、ＰＴＥＮヌル）の植込みの後において、示差的な、腫瘍の増殖（Ｊａｃｋｓｏｎ製で早い）（Ａ）、生存（Ｔａｃｏｎｉｃ製で長い）（Ｂ〜Ｃ）、及びマイクロバイオームの組成（単独で飼育されたＴａｃｏｎｉｃ製：右上；単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製：右下）（Ｄ）を呈示することを示す図である。Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育が、同様な腫瘍の成長（Ｃ）を結果としてもたらし、主座標解析により、マイクロバイオームの類似性の増大が観察された（Ｄ）ことを示す図である。単独で飼育されたＪａｃｋｓｏｎ製マウス及びＴａｃｏｎｉｃ製マウスでは、属レベルにおける示差的存在度が観察されたが、共飼育の後では、差違が見られなかったことを示す図である（Ｅ）。酪酸の経口投与が、黒色腫を植え込まれたマウスにおける腫瘍成長を、有意に遅延させることを示す図である（Ｆ）。
【図３４Ａ】Ｒドナー及びＮＲドナー並びに無菌レシピエントマウスに由来する糞便試料についての１６Ｓ解析を示す図である。腫瘍注入後１４日目における、（Ａ）フィーカリバクテリウム属、（Ｂ）ルミノコッカス科、及び（Ｃ）バクテロイデス目の相対存在度の比較を示す図である。２つの独立の実験に由来するデータを提示する。＊＊ｐ＜０．０１である。
【図３４Ｂ】Ｒドナー及びＮＲドナー並びに無菌レシピエントマウスに由来する糞便試料についての１６Ｓ解析を示す図である。腫瘍注入後１４日目における、（Ａ）フィーカリバクテリウム属、（Ｂ）ルミノコッカス科、及び（Ｃ）バクテロイデス目の相対存在度の比較を示す図である。２つの独立の実験に由来するデータを提示する。＊＊ｐ＜０．０１である。
【図３４Ｃ】Ｒドナー及びＮＲドナー並びに無菌レシピエントマウスに由来する糞便試料についての１６Ｓ解析を示す図である。腫瘍注入後１４日目における、（Ａ）フィーカリバクテリウム属、（Ｂ）ルミノコッカス科、及び（Ｃ）バクテロイデス目の相対存在度の比較を示す図である。２つの独立の実験に由来するデータを提示する。＊＊ｐ＜０．０１である。
【発明を実施するための形態】
【００４３】
[0076]分子ターゲティング療法及び免疫療法の使用を介して、がん治療には、目覚ましい進歩がなされているが、応答は、可変的であり、常に持続的なわけではない。免疫チェックポイント阻害剤による処置は、広範な黒色腫を伴う患者における、１５〜４０％の応答率と関連し、チェックポイント阻害剤療法に対する応答を増強する戦略を同定しようとする取組みがなされつつある。こうして、治療応答を改善するほか、レスポンダーの数を増大させる方法が、火急に必要とされている。
【００４４】
[0077]本開示は、がん患者における、マイクロバイオームをモジュレートして、がんに対する免疫応答と、免疫チェックポイント阻害剤に対する治療応答とを改善する方法をもたらすことにより、現行の技術に関する問題を克服する。本開示における研究は、転移性黒色腫を伴う患者であって、全身処置を受ける患者の大規模なコホート（ｎ＝２３３）を使用し、このコホートのサブセットを、ＰＤ−１ベースの免疫療法で処置した（ｎ＝１１２）。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子シーケンシング及びメタゲノミック全ゲノムショットガンシーケンシングにより、これらの患者において、口腔マイクロバイオーム試料及び腸管マイクロバイオーム試料を特徴付けた。これらの解析の、免疫チェックポイント遮断療法に対する（例えば、ＰＤ−１ベースの治療に対する）レスポンダーでは、腸管マイクロバイオームの多様性及び組成に、非レスポンダーと対比した有意差が観察され、レスポンダーの腸管マイクロバイオームでは、多様性が、非レスポンダーと対比して、有意に大きく、特異的な細菌（例えば、クロストリジウム目内及びルミノコッカス科内の細菌）の存在度も、非レスポンダーと対比して、有意に大きかった。特に、レスポンダーでは、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種の存在度が高度であることが見出された。これらの細菌は、腸管内の特異的な細胞（すなわち、腸細胞）の完全性を保持する一助となり、免疫を増強しうる、酪酸などの短鎖脂肪酸を産生することが公知である。
【００４５】
[0078]興味深いことに、治療に対する非レスポンダーは、これらの細菌レベルが低く、一部の研究では、全身性免疫応答を下方調節することが示されている、バクテロイデス目の細菌レベルが、有意に高いことが注目された。全ゲノムショットガンシーケンシングを介するメタゲノミック解析を、これらの患者のサブセットにおいて実施することから、これらの知見を検証し、レスポンダーの細菌における代謝過程の、非レスポンダーと対比した差違を、さらに裏付けた。さらに、Ｔａｃｏｎｉｃ製のマウスと、Ｊａｃｋｓｏｎ製のマウスとの共飼育、及び短鎖脂肪酸（例えば、酪酸）の経口投与による、腸管マイクロバイオームのモジュレーションは、腸管マイクロバイオームが好適でないマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ製マウス）における腫瘍成長の遅延を結果としてもたらすことが裏付けられた。ヒト研究及びマウス研究からのこれらの結果は、腸管マイクロバイオームのモジュレーションを介して、免疫チェックポイントの遮断に対する応答を増強するのに、潜在的に、広範な射程を有する。
【００４６】
[0079]本研究は、腸管マイクロバイオームが「好適な」（多様性が大きく、クロストリジウム目及び／又はルミノコッカス科の細菌の存在度が高度である）患者は、リンパ節及び腫瘍のレベルにおける抗原提示の増強のほか、末梢及び腫瘍微小環境における、エフェクターＴ細胞機能の保存により媒介されて、全身免疫応答及び抗腫瘍免疫応答が増強されていることを示すことが重要である。これに対し、腸管マイクロバイオームが「好適でない」（多様性が小さく、バクテロイデス目の細菌の相対存在度が高度である）患者は、リンパ系要素及び骨髄要素の両方による腫瘍内浸潤の制限、抗原提示能の減退、及び末梢における、免疫調節性の細胞性要素及び体液性要素であって、Ｔｒｅｇ及びＭＤＳＣを含む要素へのスキューイングにより媒介されて、全身免疫応答及び抗腫瘍免疫応答が損なわれている。
【００４７】
[0080]マウス黒色腫モデル系でもまた、さらなる研究が企図された。これらの研究は、レスポンダー集団からの糞便微生物叢移植を施されたマウスが、腫瘍の増殖を減少させ、抗ＰＤＬ１療法への応答を増大させることを示した。さらに、レスポンダー微生物集団の移植を施されたマウスは、脾臓における、高百分率の自然エフェクター細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋を発現させる）、及び低頻度の抑制性骨髄細胞（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋を発現させる）を有したほか、腸管における、ＣＤ４５＋免疫細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の数を増大させた。これらの知見は、チェックポイント遮断の有効性を著明に増強する、腸管微生物叢の並列的なモジュレーションの潜在的可能性を強調し、臨床試験における早急な査定に正当性を与える。
【００４８】
[0081]これらの知見に基づき、本明細書では、がんの処置及び診断の方法が提供される。１つの方法では、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団を、免疫チェックポイントの遮断による処置中の患者へと投与して、治療応答を増強する。本明細書ではまた、腸管マイクロバイオームの多様性及び組成を、予測バイオマーカーとして使用して、免疫チェックポイントの遮断に対して好適な応答を示す患者を同定する方法も提供される。
Ｉ．定義
【００４９】
[0082]指定された構成要素に関して、本明細書で使用される「〜を本質的に含まない」とは、指定された構成要素のうちのいずれも、組成物へと、意図して製剤化されないこと、及び／又は夾雑物として、若しくは微量で存在するに過ぎないことを意味するように使用される。したがって、組成物への、任意の、意図されない夾雑から生じる、指定された構成要素の総量は、優に、０．０１％を下回る。標準的な解析法では、指定された構成要素の検出量がない組成物が最も好ましい。
【００５０】
[0083]本明細書で使用される「ある（ａ）」又は「ある（ａｎ）」は、「１つ又は１つを超える」を意味しうる。
【００５１】
[0084]特許請求の範囲における、「又は」という用語の使用は、代替物だけを指すか、又は代替物が互いに排他的であることを指すように明示的に指し示されない限りにおいて、「及び／又は」を意味するように使用されるが、本開示は、代替物だけを指す定義も、「及び／又は」を指す定義も支持する。本明細書で使用される「別の」という用語は、少なくとも第２のもの又はそれ以上のものを意味しうる。
【００５２】
[0085]本出願を通して、「約」という用語は、値が、値、又は研究対象の間に存在するばらつきを決定するのに援用されるデバイス、方法に固有の、誤差のばらつきを含むことを指し示すように使用される。
【００５３】
[0086]「有効量」又は「治療有効量」又は「十分量」という語句は、所望の結果をもたらすのに十分な、薬物又は薬剤の投与量を意味する。所望の結果は、腫瘍サイズの減少、がん細胞の増殖率の低下、転移の減少、腫瘍における、ＣＤ８＋Ｔリンパ球若しくは腫瘍免疫浸潤物の増大、腫瘍における、ＣＤ４５＋、ＣＤ３＋／ＣＤ２０＋／ＣＤ５６＋、ＣＤ６８＋、及び／若しくはＨＬＡ−ＤＲ＋細胞の増大、腫瘍免疫浸潤物における、ＣＤ３、ＣＤ８、ＰＤ１、ＦｏｘＰ３、グランザイムＢ、及び／若しくはＰＤ−Ｌ１の発現の増大、腫瘍免疫浸潤物における、ＲＯＲγＴの発現の減少、全身循環若しくは末梢血における、エフェクターＣＤ４＋、ＣＤ８＋Ｔ、単球、及び／若しくは骨髄樹状細胞の増大、対象の全身循環若しくは末梢血における、Ｂ細胞、調節性Ｔ細胞、及び／若しくは骨髄由来サプレッサー細胞の減少、又は上記の任意の組合せでありうる。
【００５４】
[0087]「腫瘍細胞」又は「がん細胞」という用語は、不適切な、調節されない増殖を顕示する細胞について描示する。「ヒト」腫瘍は、ヒト染色体を有する細胞から構成される。このような腫瘍は、ヒト患者における腫瘍と、非ヒト宿主動物への、ヒト染色体を有する悪性細胞株の導入から生じる腫瘍とを含む。
【００５５】
[0088]本明細書で使用される「抗体」という用語は、免疫グロブリン、特異的結合能を維持するこの誘導体、及び免疫グロブリンの結合ドメインと相同であるか、又はほぼ相同な結合ドメインを有するタンパク質を指す。これらのタンパク質は、天然供給源から導出することもでき、部分的に、又は完全に、合成により作製することもできる。抗体は、モノクローナル抗体の場合もあり、ポリクローナル抗体の場合もある。抗体は、ヒトクラス：ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＥのうちのいずれかを含む、任意の免疫グロブリンクラスのメンバーでありうる。本明細書で記載される方法及び組成物と共に使用される抗体は、一般に、ＩｇＧクラスの誘導体である。抗体という用語はまた、抗体の抗原結合性断片も指す。このような抗体断片の例は、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、ｓｃＦｖ断片、Ｆｖ断片、ｄｓＦｖダイアボディ断片、及びＦｄ断片を含むがこれらに限定されない。抗体断片は、任意の手段により作製することができる。例えば、抗体断片は、無傷抗体の断片化により、酵素的又は化学的に作製することもでき、部分的抗体配列をコードする遺伝子から、組換えにより作製することもでき、完全に、又は部分的に、合成により作製することもできる。抗体断片は、任意選択で、単鎖抗体断片でありうる。代替的に、断片は、例えば、ジスルフィド結合により一体に連結された、複数の鎖を含みうる。断片はまた、任意選択で、多分子複合体でもありうる。機能的抗体断片は、そのコグネイト抗原に、完全抗体と同等なアフィニティーで結合する能力を保持する。
【００５６】
[0089]本明細書で使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同質な抗体の集団から得られる抗体を指し、例えば、個々の抗体を含む集団は、可能な突然変異、例えば、少量で存在しうる、自然発生の突然変異を除き、同一である。したがって、「モノクローナル」という修飾語は、個別の抗体の混合物ではないものとしての抗体の特徴を指し示す。ある特定の実施形態では、このようなモノクローナル抗体は、典型的に、複数のポリペプチド配列からの、単一の標的結合性ポリペプチド配列の選択を含む工程により得られた、標的に結合するポリペプチド配列を含む抗体を含む。例えば、選択工程は、ハイブリドーマクローン、ファージクローン、又は組換えＤＮＡクローンのプールなど、複数のクローンからの、固有のクローンの選択でありうる。選択された標的結合性配列は、例えば、標的に対するアフィニティーを改善し、標的結合性配列をヒト化し、細胞培養物におけるその産生を改善し、ｉｎ  ｖｉｖｏにおけるその免疫原性を低減し、多特異性抗体を創出するようになど、さらに変更することができ、変更された標的結合性配列を含む抗体もまた、本開示のモノクローナル抗体であることを理解されたい。典型的に、異なる決定基（エピトープ）を指向する、いくつかの異なる抗体を含む、ポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は、抗原における単一の決定基を指向する。それらの特異性に加えて、モノクローナル抗体調製物は、典型的に、他の免疫グロブリンが夾雑していないという点で、有利である。
【００５７】
[0090]「医薬組成物」又は「薬理学的に許容可能な組成物」という語句は、必要に応じて、ヒトなどの動物へと投与された場合に、有害反応、アレルギー反応、又は他の望ましくない反応をもたらさない、分子的実体及び組成物を指す。本開示に照らして、当業者には、抗体又はさらなる有効成分を含む医薬組成物の調製が公知であろう。さらに、動物（例えば、ヒト）への投与のために、調製物は、ＦＤＡ  Ｏｆｆｉｃｅ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓにより要請される、無菌性、発熱性、一般的な安全性、及び純度の基準を満たすものとすることが理解されるであろう。
【００５８】
[0091]本明細書で使用される「薬学的に許容される担体」は、当業者に公知である通り、任意の水性溶媒及び全ての水性溶媒（例えば、水、アルコール／水溶液、生理食塩液、塩化ナトリウム及びリンゲルデキストロースなどの非経口媒体）、非水性溶媒（例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油、及びオレイン酸エチルなどの注射用有機エステル）、分散媒、コーティング、界面活性剤、抗酸化剤、防腐剤（例えば、抗菌剤又は抗真菌剤、抗酸化剤、キレート剤、及び不活性ガス）、等張剤、吸収遅延剤、塩、薬物、薬物安定化剤、ゲル、結合剤、賦形剤、崩壊剤、滑沢剤、甘味剤、香味剤、色素、体液及び栄養物補給剤、このような材料、並びにこれらの組合せを含む。医薬組成物における多様な成分のｐＨ及び正確な濃度は、周知のパラメータに従い調整することができる。
【００５９】
[0092]「単位用量」又は「投与量」という用語は、対象における使用に適する、物理的に個別の単位であって、各単位が、本明細書において、その投与、すなわち、適切な経路及び処置レジメンとの関連で論じられる所望の応答をもたらすように計算された、治療用組成物の所定の数量を含有する単位を指す。処置の回数及び単位用量の両方に従い投与される数量は、所望の効果に依存する。患者又は対象へと投与される、本実施形態の組成物の実際の投与量は、医師、並びに対象の体重、年齢、健康、及び性別、処置される疾患の種類、疾患侵入の程度、既往又は併用の治療介入、患者の特発性疾患、投与経路、並びに特定の治療物質の効力、安定性、及び毒性などの生理学的因子により決定されうる。例えば、用量はまた、投与１回当たり、体重１ｋｇ当たり約１μｇ〜体重１ｋｇ当たり約１０００ｍｇ（このような範囲は、中間の用量を含む）、又はこれを超える用量、及びその範囲の中で導出される任意の特定の用量も含みうる。本明細書で列挙される数から導出可能な範囲の非限定的な例では、体重１ｋｇ当たり約５μｇ〜体重１ｋｇ当たり約１００ｍｇ、体重１ｋｇ当たり約５μｇ〜体重１ｋｇ当たり約５００ｍｇなどの範囲を、投与することができる。いずれにせよ、投与に責任を負う従事者は、組成物における有効成分（複数可）の濃度及び個別の対象に適切な用量（複数可）を決定することになる。
【００６０】
[0093]「抗がん」剤は、例えば、がん細胞の殺滅を促進すること、がん細胞におけるアポトーシスを誘導すること、がん細胞の増殖速度を低減すること、転移の発生率若しくは数を低減すること、腫瘍サイズを低減すること、腫瘍の増殖を阻害すること、腫瘍若しくはがん細胞への血液供給を低減すること、がん細胞若しくは腫瘍に対する免疫応答を促進すること、がんの進行を防止若しくは阻害すること、又はがんを伴う対象の余命を延長することにより、対象におけるがん細胞／腫瘍に負の影響を与えることが可能である。
【００６１】
[0094]「免疫チェックポイント」という用語は、免疫反応を調節するために、その構成要素へと阻害シグナルをもたらす、免疫系の構成要素を指す。公知の免疫チェックポイントタンパク質は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、並びにそのリガンドである、ＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２と、加えて、ＬＡＧ−３、ＢＴＬＡ、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＴＩＭ３、ＫＩＲとを含む。ＬＡＧ３、ＢＴＬＡ、Ｂ７Ｈ３、Ｂ７Ｈ４、ＴＩＭ３、及びＫＩＲを伴う経路は、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１に依存する経路と同様の、免疫チェックポイント経路を構成することが当技術分野で認知されている（例えば、Ｐａｒｄｏｌｌ、２０１２、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ、１２：２５２〜２６４；Ｍｅｌｌｍａｎら、２０１１、Ｎａｔｕｒｅ、４８０：４８０〜４８９を参照されたい）。
【００６２】
[0095]「ＰＤ−１軸結合性アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ−１シグナル伝達軸におけるシグナル伝達から生じるＴ細胞の機能不全を除去する（結果は、Ｔ細胞の機能（例えば、増殖、サイトカインの産生、標的細胞の殺滅）を回復又は増強することである）ように、ＰＤ−１軸結合性パートナーの、その結合性パートナーのうちの１又は複数との相互作用を阻害する分子を指す。「ＰＤ−１軸」という用語は、ＰＤ−１免疫チェックポイントの任意の構成要素（例えば、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、及びＰＤ−Ｌ２）を指す。本明細書で使用される、ＰＤ−１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１結合性アンタゴニスト、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト、及びＰＤ−Ｌ２結合性アンタゴニストを含む。
【００６３】
[0096]「ＰＤ−１結合性アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ−１の、ＰＤ−Ｌ１及び／又はＰＤ−Ｌ２など、その結合性パートナーのうちの１又は複数との相互作用から生じるシグナル伝達を減殺、遮断、阻害するか、これを失効化させるか、又はこれに干渉する分子を指す。ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１の、その結合性パートナーのうちの１又は複数への結合を阻害する分子でありうる。詳細な態様では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１の、ＰＤ−Ｌ１及び／又はＰＤ−Ｌ２への結合を阻害する。例えば、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１の、ＰＤ−Ｌ１及び／又はＰＤ−Ｌ２との相互作用から生じるシグナル伝達を減殺、遮断、阻害するか、これを失効化させるか、又はこれに干渉する抗ＰＤ−１抗体、この抗原結合性断片、イムノアデシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及び他の分子を含む。例示的なＰＤ−１結合性アンタゴニストは、抗ＰＤ−１抗体である。例えば、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＭＤＸ−１１０６（ニボルマブ）、ＭＫ−３４７５（ペムブロリズマブ）、ＣＴ−０１１（ピジリズマブ）、又はＡＭＰ−２２４である。
【００６４】
[0097]「ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ−１の、ＰＤ−１又はＢ７−１など、その結合性パートナーのうちの１又は複数との相互作用から生じるシグナル伝達を減殺、遮断、阻害するか、これを失効化させるか、又はこれに干渉する分子を指す。例えば、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１の、その結合性パートナーへの結合を阻害する分子である。詳細な態様では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ１の、ＰＤ−１及び／又はＢ７−１への結合を阻害する。ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１の、ＰＤ−１又はＢ７−１など、その結合性パートナーのうちの１又は複数との相互作用から生じるシグナル伝達を減殺、遮断、阻害するか、これを失効化させるか、又はこれに干渉する抗ＰＤ−Ｌ１抗体、この抗原結合性断片、イムノアデシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及び他の分子を含みうる。例えば、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、機能不全性のＴ細胞の機能不全性を軽減する（例えば、抗原認識に対するエフェクター応答を増強する）ように、Ｔリンパ球において発現する細胞表面タンパク質に媒介されるか、又はこれらを経由して媒介される、負の共刺激シグナルを低減する。一例では、ＰＤ−Ｌ１結合性アンタゴニストは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、ＭＰＤＬ３２８０Ａ、又はＭＥＤＩ４７３６でありうる。
【００６５】
[0098]「ＰＤ−Ｌ２結合性アンタゴニスト」という用語は、ＰＤ−Ｌ２の、ＰＤ−１など、その結合性パートナーのうちの１又は複数との相互作用から生じるシグナル伝達を減殺、遮断、阻害するか、これを失効化させるか、又はこれに干渉する分子を指す。ＰＤ−Ｌ２結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２の、その結合性パートナーのうちの１又は複数への結合を阻害する分子でありうる。例えば、ＰＤ−Ｌ２の、ＰＤ−１など、その結合性パートナーのうちの１又は複数との相互作用から生じるシグナル伝達を減殺、遮断、阻害するか、これを失効化させるか、又はこれに干渉する抗ＰＤ−Ｌ２抗体、この抗原結合性断片、イムノアデシン、融合タンパク質、オリゴペプチド、及び他の分子を含むＰＤ−Ｌ２アンタゴニストなどのＰＤ−Ｌ２結合性アンタゴニストは、ＰＤ−Ｌ２の、ＰＤ−１への結合を阻害する。
【００６６】
[0099]「免疫チェックポイント阻害剤」とは、免疫チェックポイントタンパク質の機能を阻害する、任意の化合物を指す。阻害は、機能の低減及び完全な遮断を含む。特に、免疫チェックポイントタンパク質は、ヒト免疫チェックポイントタンパク質である。したがって、免疫チェックポイントタンパク質の阻害剤は、特に、ヒト免疫チェックポイントタンパク質の阻害剤である。
【００６７】
[00100]「対象」及び「患者」とは、霊長動物、哺乳動物、及び脊椎動物など、ヒト又は非ヒトを指す。特定の実施形態では、対象は、ヒトである。
【００６８】
[00101]本明細書で、疾患、障害、又は医学的状態に言及して使用される場合の「〜を処置する」、「処置」、「〜を処置すること」、又は「改善」という用語は、状態のための治療的処置であって、目的が、症状又は状態の進行又は重症度に拮抗するか、これを緩和、改善、阻害、緩徐化するか、又は停止させることである治療的処置を指す。「〜を処置すること」という用語は、少なくとも１つの有害作用又は状態の症状を低減又は緩和することを含む。処置は、一般に、１又は複数の症状又は臨床マーカーが低減される場合に「有効」である。代替的に、処置は、状態の進行が低減されるか又は止まる場合に「有効」である。すなわち、「処置」は、症状又はマーカーの改善だけではなく、また、処置の非存在下で予測される、症状の進行又は増悪の停止、又は少なくとも緩徐化も含む。有益な臨床結果又は所望の臨床結果は、１又は複数の症状の緩和、欠損の程度の減弱、腫瘍又は悪性腫瘍の状態の安定化（すなわち、非増悪）、腫瘍の増殖及び／又は転移の遅延又は緩徐化、並びに処置の非存在下で予測される余命と比較した余命の延長を含むがこれらに限定されない。
【００６９】
[00102]「腸管微生物叢」又は「腸管マイクロバイオーム」とは、対象の腸に生息する微生物の集団を指示する。
【００７０】
[00103]「アルファ多様性」という用語は、試料内の多様性についての尺度であり、試料内の全ての微生物叢の分布及び構成パターンを指し、各試料についてのスカラー値として計算される。「ベータ多様性」とは、試料間の多様性についての用語であり、各々が、各試料対間の距離又は相違についての尺度をもたらすように、試料の比較を伴う。
【００７１】
[00104]「相対存在度」ともまた称する「相対量」という用語は、特定の分類学的レベル（門〜種）の細菌数であって、生物学的試料における、このレベルの細菌の総数の百分率としての細菌数として規定される。この相対存在度は、例えば、試料に存在する１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列の百分率であって、これらの細菌へと割り当てられる百分率を測定することにより評価することができる。相対存在度は、当業者に公知の、任意の適切な技法であって、これらの特異的な細菌の１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子マーカーの、４５４パイロシーケンシング及び定量的ＰＣＲ、又は特異的な遺伝子の定量的ＰＣＲなどの技法により測定することができる。
【００７２】
[00105]本文献では、「レスポンダー」若しくは「応答性」患者ともまた呼ばれる、「処置に対する良好なレスポンダー」、又は、言い換えれば、この処置「から利益を得る」患者とは、がんに罹患し、この処置を施された後で、がんの、臨床的に有意な軽減を示すか又は示すことになる患者を指す。逆に、「良好でないレスポンダー」又は「非レスポンダー」とは、この処置を施された後で、がんの、臨床的に有意な軽減を示さないか又は示さないことになる患者である。処置への応答の減少は、免疫関連応答基準（ｉｒＲＣ）、ＷＨＯ基準、又はＲＥＣＩＳＴ基準など、当技術分野で認知された標準に従い評価することができる。
【００７３】
[00106]「単離された」という用語は、（１）当初産生された（天然であれ、実験環境においてであれ）ときに会合していた成分のうちの少なくとも一部から分離された細菌又は他の実体若しくは物質、並びに／或いは（２）人手により作製、調製、精製、及び／又は製造された、細菌又は他の実体若しくは物質を包摂する。単離された細菌は、当初会合していた他の成分のうちの少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又はこれを超える成分から分離されうる。一部の実施形態では、単離された細菌は、約８０％を超えて、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％を超えて純粋である。本明細書で使用される物質は、他の成分を実質的に含まない場合に「純粋」である。
【００７４】
[00107]「純度」、「〜を精製すること」、及び「精製された」という用語は、当初産生されるか若しくは発生した（例えば、天然であれ、実験環境においてであれ）とき、又はその初期産生後の任意の時点において会合していた成分のうちの少なくとも一部から分離された細菌又は他の材料を指す。細菌又は細菌集団は、産生のときに、又は産生の後で、細菌又は細菌集団を含有する材料又は環境からなど、単離されていれば、精製されていると考えられ、精製された細菌又は細菌集団は、他の材料を、最大で約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％を上回って含有することが可能であり、なおも、「単離されている」と考えられる。一部の実施形態では、精製された細菌及び細菌集団は、約８０％を超えて、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％を超えて純粋である。本明細書で提供される細菌組成物の場合、組成物に存在する１又は複数の細菌型は、細菌型を含有する材料又は環境において産生される、１若しくは複数の他の細菌、及び／又はここにおいて存在する、１若しくは複数の他の細菌から独立に精製することができる。細菌組成物及びその細菌成分は、一般に、残余の生息環境産物から精製される。
ＩＩ．精製細菌集団
【００７５】
[00108]本開示の実施形態は、免疫チェックポイント阻害剤を投与されるか、又はこれを投与されている対象におけるがんなどのがんの処置のための、酪酸を含有する組成物など、短鎖脂肪酸を含有する組成物、及び精製細菌集団（例えば、酪酸産生菌集団など、短鎖脂肪酸を含有する細菌集団）に関する。一部の実施形態では、酪酸産生菌についてエンリッチするように、対象に、プレバイオティクス及び／又はプロバイオティクスを投与する。ある特定の態様では、対象は、酪酸産生菌についてエンリッチするように、食餌の変化を経る。
【００７６】
[00109]ある特定の実施形態では、本開示は、免疫チェックポイント療法応答に有益な細菌集団を含む、プロバイオティクス組成物及び生菌製品を提供する。プロバイオティクス組成物は、フィルミクテス門の細菌を含みうる。細菌集団は、クロストリジウム綱、特に、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄａｌｅｓ）に属する場合もあり、１又は複数の細菌集団は、クロストリジウム科、ルミノコッカス科（例えば、特に、ルミノコッカス属又はフィーカリバクテリウム属）、ミクロコッカス科（例えば、特に、ロチア属）、ラクノスピラ科、及び／又はベイロネラ科に属する場合もある。さらなる態様では、細菌集団は、テネリクテス門（Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ）、特に、モリクテス綱に属しうる。細菌は、ペプトニフィルス属、特に、Ｐ．アサッカロリティクス種（Ｐ．ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、Ｐ．ゴルバキイ種（Ｐ．ｇｏｒｂａｃｈｉｉ）、Ｐ．ハレイ種（Ｐ．ｈａｒｅｉ）、Ｐ．イボリイ種（Ｐ．ｉｖｏｒｉｉ）、Ｐ．ラクリマリス種（Ｐ．ｌａｃｒｉｍａｌｉｓ）、及び／又はＰ．オルセニイ種（Ｐ．ｏｌｓｅｎｉｉ）に属しうる。プロバイオティクス組成物のための、さらに例示的な細菌集団は、ポルフィロモナス属（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、特に、ポルフィロモナス・パステリ種、クロストリジウム・フンガテイ種、ファスコラークトバクテリウム属、又はファスコラークトバクテリウム・フェシウム種に属する細菌集団を含みうる。
【００７７】
[00110]例えば、ルミノコッカス属の細菌集団は、ルミノコッカス・アルブス種、ルミノコッカス・ブロミイ種、ルミノコッカス・カリヅス種、ルミノコッカス・フラベファシエンス種、ルミノコッカス・シャンパネレンシス種、ルミノコッカス・フェシス種、ルミノコッカス・ゴブロイイ種、ルミノコッカス・グナブス種、ルミノコッカス・ハンセニイ種、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス種、ルミノコッカス・ラクタリス種、ルミノコッカス・ルティ種、ルミノコッカス・オベウム種、ルミノコッカス・パルストリス種、ルミノコッカス・パスツーリイ種、ルミノコッカス・プロヅクツス種、ルミノコッカス・シンキイ種、及び／又はルミノコッカス・トルケス種の細菌を含みうる。フィーカリバクテリウム属の細菌集団は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種の細菌を含みうる。
【００７８】
[00111]ロチア属の例示的な細菌集団は、Ｒ．エリア種（Ｒ．ａｅｒｉａ）、Ｒ．アマレ種（Ｒ．ａｍａｒａｅ）、Ｒ．デントカリオーサ種（Ｒ．ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ）、Ｒ．エンドフィティカ種（Ｒ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃａ）、Ｒ．ムシランギノーサ種（Ｒ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）、Ｒ．ナシムリウム種（Ｒ．ｎａｓｉｍｕｒｉｕｍ）、及び／又はＲ．テレ種（Ｒ．ｔｅｒｒａｅ）の細菌を含みうる。
【００７９】
[00112]プロバイオティクス組成物に組み入れるための、例示的な細菌集団は、フィルミクテス門、クロストリジウム綱、ルミノコッカス科、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種、ルミノコッカス属、ポルフィロモナス・パステリ種、ベイロネラ科、クロストリジウム・フンガテイ種、ファスコラークトバクテリウム属、ファスコラークトバクテリウム・フェシウム種、ペプトニフィルス属、ミクロコッカス科、モリクテス綱、及び／又はロチア属に属する細菌集団を含む。
【００８０】
[00113]特定の態様では、プロバイオティクス組成物又は生菌製品は、バクテロイデス属（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、特に、Ｂ．テタイオタオミクロン種（Ｂ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、Ｂ．フラジリス種（Ｂ．ｆｒａｇｉｌｉｓ）、Ｂ．ブルガツス種（Ｂ．ｖｕｌｇａｔｕｓ）、Ｂ．ディスタソニス種（Ｂ．ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、Ｂ．オバツス種（Ｂ．ｏｖａｔｕｓ）、Ｂ．ステルコリス種（Ｂ．ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、Ｂ．メルデ種（Ｂ．ｍｅｒｄａｅ）、Ｂ．ウニフォルミス種（Ｂ．ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．エガリティイ種（Ｂ．ｅｇｇｅｒｉｔｈｉｉ）、又はＢ．カッセ種（Ｂ．ｃａｃｃａｅ）など、バクテロイデス目の細菌集団を含まない。特に、プロバイオティクス組成物は、ガードネレラ属（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ）、又はコリンセラ・ステルコリス種（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、デスルフォビブリオ・アラスケンシス種（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ａｌａｓｋｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・メディテラネエンシス種（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｄｉｔｅｒｒａｎｅｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ヒスチコラ種（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、若しくはガードネレラ・バギナリス種（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）の細菌集団を含まない。
【００８１】
【表２】
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【００８２】
[00114]
【表３】
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【００８３】
[00115]
【表４】
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【００８４】
[00116]本開示はまた、上記で記載した、１又は複数の微生物の培養物を含む医薬組成物も提供する。したがって、細菌種は、乾燥形態であれ、凍結乾燥形態であれ、胞子化形態であれ、生菌としての剤形で存在する。これは、例えば、潜在的に、口腔処置のために、腸溶性コーティングを伴う、錠剤形態又は粉末形態で、適切な投与に適合させうることが好ましい。
【００８５】
[00117]特定の態様では、組成物を、口腔投与のために製剤化する。経口投与は、チュアブル製剤、溶解製剤、カプセル／コーティング製剤、多層トローチ（個別の有効成分並びに／又は有効成分及び賦形剤への）、徐放／持続放出製剤、又は当業者に公知の、他の適切な製剤を使用して達成することができる。本明細書では、「錠剤」という語を使用するが、製剤は、一般に、トローチ、丸剤、カプセルなど、他の用語で言及される、様々な物理的形態を取りうる。
【００８６】
[00118]本開示の組成物は、口腔投与のために製剤化することが好ましいが、皮下、筋内、皮内、経皮、眼内、腹腔内、経粘膜、膣内、直腸内、及び静脈内を含むがこれらに限定されない、他の投与経路も援用することができる。
【００８７】
[00119]本開示の組成物の、所望の用量は、１日を通して、適切な間隔で投与される、複数回の（例えば、２、３、４、５、６回、又はこれを超える回数の）部分用量で施すことができる。
【００８８】
[00120]一態様では、開示される組成物は、カプセルとして調製することができる。カプセル（すなわち、担体）は、ゼラチン、セルロース、炭水化物など、多様な物質から形成された、中空で、一般に、円筒形のカプセルでありうる。
【００８９】
[00121]別の態様では、開示される組成物は、坐剤として調製することができる。坐剤は、細菌と、ポリエチレングリコール、アカシア、アセチル化モノグリセリド、カルナバ蝋、酢酸フタル酸セルロース、トウモロコシデンプン、フタル酸ジブチル、ドクサートナトリウム、ゼラチン、グリセリン、酸化鉄、カオリン、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、メチルパラベン、薬用グレーズ、ポビドン、プロピルパラベン、安息香酸ナトリウム、モノオレイン酸ソルビタン、スクロース滑石、二酸化チタン、白色蝋、及び着色剤など、１又は複数の担体とを含みうるがこれらに限定されない。
【００９０】
[00122]一部の態様では、開示されるプロバイオティクスは、錠剤として調製することができる。錠剤は、細菌と、二塩基性リン酸カルシウム、ステアリン酸、クロスカルメロース、シリカ、セルロース、及びセルロースコーティングなど、１又は複数の錠剤化剤（すなわち、担体）とを含みうる。錠剤は、直接的な圧縮工程を使用して形成しうるが、当業者は、多様な技法を使用して、錠剤を形成しうることを察知するであろう。
【００９１】
[00123]他の態様では、開示されるプロバイオティクスは、食品又は飲料として形成することもでき、代替的に、食品又は飲料への添加剤であって、適切な数量の細菌を、食品又は飲料へと添加して、食品又は飲料を、担体とする添加剤として形成することもできる。
【００９２】
[00124]本開示のプロバイオティクス組成物は、ラクチトール、イヌリン、又はこれらの組合せなど、当技術分野で公知の、１又は複数のプレバイオティクスをさらに含みうる。
【００９３】
[00125]一部の実施形態では、実施形態の組成物は、短鎖脂肪酸をもたらす細菌種のうちの１又は複数を含む。特定の態様では、細菌種は、酪酸をもたらす。例えば、細菌集団は、クロストリジウム目の、１又は複数の細菌種を含みうる。クロストリジウム目の細菌は、実質的に胞子形態でありうる。特定の態様では、細菌種は、ルミノコッカス科、クリステンセネラ科、クロストリジウム科、又はコリオバクテリウム科に由来する。一部の実施形態では、クロストリジウム目の細菌は、第１の科及び第２の科を含む。一部の実施形態では、第１の科は、ルミノコッカス科、クリステンセネラ科、クロストリジウム科、及びコリオバクテリウム科からなる群から選択され、第２の科は、第１の科と同一ではない。細菌種の例は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・ブロミイ、ルミノコッカス・カリヅス、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス、ルミノコッカス・フェシス、ルミノコッカス・ゴブロイイ、ルミノコッカス・グナブス、ルミノコッカス・ハンセニイ、ルミノコッカス・ヒドロゲノトロフィクス、ルミノコッカス・ラクタリス、ルミノコッカス・ルティ、ルミノコッカス・オベウム、ルミノコッカス・パルストリス、ルミノコッカス・パスツーリイ、ルミノコッカス・プロヅクツス、ルミノコッカス・シンキイ、ルミノコッカス・トルケス、サブドリグラヌルム・バリアビレ、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス、ロゼブリア・インテスティナリス、アネロスチペス・カッセ、ブラウティア・オベウム、エウバクテリウム・ノダツム、及びエウバクテリウム・オキシドレヅセンスを含むがこれらに限定されない。特定の態様では、細菌種は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイである。ある特定の実施形態では、細菌集団は、バクテロイデス綱又はプレボテラ科の細菌種を含まない。
【００９４】
[00126]一部の実施形態では、細菌集団は、クロストリジウム目の細菌を、対象における免疫チェックポイント療法を増強することが可能な、１又は複数の代謝物を産生するのに有効な量又は十分な量で含む。一部の実施形態では、１又は複数の代謝物は、短鎖脂肪酸を含む。特定の態様では、短鎖脂肪酸は、酪酸である。一部の実施形態では、クロストリジウム目は、１又は複数の短鎖脂肪酸（例えば、酪酸）を、局所的な短鎖脂肪酸濃度を、２倍、４倍、５倍、１０倍、５０倍、１００倍、１０００倍、又は１０００倍を超えて増大させるのに有効な量で産生する。
【００９５】
[00127]一部の実施形態では、プロバイオティクス組成物は、対象の消化管に存在するクロストリジウム目の細菌の増殖を刺激するのに有効な食品又は栄養補助物質をさらに含みうる。一部の実施形態では、栄養補助物質は、健常ヒト腸管マイクロバイオームと関連する細菌により産生される。ある特定の実施形態では、栄養補助物質は、クロストリジウム目の細菌により産生される。ある特定の実施形態では、栄養補助物質は、短鎖脂肪酸を含む。ある特定の実施形態では、短鎖脂肪酸は、酪酸、プロピオン酸、又はこれらの組合せから選択される。特定の実施形態では、短鎖脂肪酸は、酪酸である。
【００９６】
[00128]したがって、本開示のある特定の実施形態は、酪酸のプロドラッグ又は塩を、免疫チェックポイント阻害剤を投与されている対象、又は現在これを投与されつつある対象へと投与することに関する。例えば、酪酸は、酪酸ナトリウム、酪酸アルギニン、乳酸エチルブチリル、トリブチリン、４−フェニル酪酸、ＡＮ−９、又はＡＮ−１０でありうる。酪酸のプロドラッグ及び塩については、開示が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第９６／１５６６０号及び米国特許出願第５，７６３，４８８号において記載されている。投与されうる、経口利用可能な、他の酪酸のプロドラッグ及び塩は、イソブチルアミド、１−オクチル酪酸、オルトニトロベンジル酪酸、モノ酪酸−３−モノアセトングルコース、モノ酪酸−１−モノアセトンマンノース、モノ酪酸キシリトール、イソブチルアミド、４−フェニル酪酸、及び４−フェニル酢酸を含むがこれらに限定されない。これらの化合物の各々は、投与すると、酪酸又は酪酸類似体を、血流へと放出する。酪酸の、１又は複数のアイソフォームは、ブチル酪酸、アミル酪酸、イソブチル酪酸、ベンジル酪酸、ａ−メチルベンジル酪酸、ヘキシル酪酸、ヘプチル酪酸、ペンチル酪酸、メチル酪酸、及び２−ヒドロキシ−３−メチルブタン酸を含みうる。
【００９７】
[00129]さらなる実施形態では、本開示は、マイクロバイオームプロファイルを得る方法であって、ｉ）対象（例えば、ヒト対象）から得られる試料を得るステップと、ｉｉ）１又は複数の細菌種を、試料から単離するステップと、ｉｉｉ）１又は複数の核酸を、少なくとも１つの細菌種から単離するステップと、ｉｖ）単離された核酸を、シーケンシングするステップと、ｖ）シーケンシングされた核酸を、基準核酸配列と比較するステップとを含む方法に関する。遺伝子型解析を必須とする方法を実施する場合は、任意の遺伝子型解析アッセイを使用することができる。例えば、これは、１６Ｓリボソームサブユニット又は２３Ｓリボソームサブユニットをシーケンシングすることにより行うこともでき、メタトランスクリプトミクスと関連する、メタゲノミックショットガンＤＮＡシーケンシングにより行うこともできる。生物学的試料は、全血液、血漿、尿、涙液、精液、唾液、口内粘膜、間質液、リンパ液、髄液、羊水、腺液、痰、糞便、汗、粘液、膣内分泌物、脳脊髄液、毛髪、皮膚、糞便材料、創傷滲出液、創傷ホモジネート、及び創傷液を含む群から選択することができる。特定の態様では、試料は、糞便材料又は口内試料である。
【００９８】
[00130]一部の実施形態では、マイクロバイオームプロファイルを、免疫チェックポイント療法に好適であると同定する。好適な微生物プロファイルであれば、フィルミクテス門、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、ルミノコッカス属、ヒドロゲノアネロバクテリウム属、フィーカリバクテリウム属、アクチノバクテリア門、コリオバクテリウム綱、コリオバクテリウム目、コリオバクテリウム科、アーキアドメイン、シアノバクテリア門、ユーリアーキオータ門、又はクリステンセネラ科に由来する１又は複数の細菌種の相対的存在度が高度であろう。好適な微生物プロファイルであれば、ディアリスター属、ベイロネラ科、バクテロイデス門、バクテロイデス綱、バクテロイデス目、又はプレボテラ科に由来する細菌の相対的存在度が低度であろう。したがって、好適な微生物プロファイルであれば、フィルミクテス門、クロストリジウム綱、クロストリジウム目、ルミノコッカス科、ルミノコッカス属、ヒドロゲノアネロバクテリウム属、アクチノバクテリア門、コリオバクテリウム綱、コリオバクテリウム目、コリオバクテリウム科、アーキアドメイン、シアノバクテリア門、ユーリアーキオータ門、又はクリステンセネラ科に由来する１又は複数の細菌種の相対的存在度が高度であり、ディアリスター属、ベイロネラ科、バクテロイデス門、バクテロイデス綱、バクテロイデス目、及び／又はプレボテラ科に由来する１又は複数の細菌種の存在度が低度であろう。
ＩＩＩ．免疫チェックポイントの遮断
【００９９】
[00131]本開示は、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は１若しくは複数の酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団を含む組成物を投与することによるなど、対象のマイクロバイオームをモジュレートすることにより、免疫チェックポイント遮断の有効性を増強する方法を提供する。免疫チェックポイントは、シグナル（例えば、共刺激分子）を強めるか、又はシグナルを弱める。免疫チェックポイントの遮断によりターゲティングされうる、阻害性免疫チェックポイント分子は、アデノシンＡ２Ａ受容体（Ａ２ＡＲ）、Ｂ７−Ｈ３（ＣＤ２７６としてもまた公知である）、Ｂ及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４；ＣＤ１５２としてもまた公知である）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、キラー細胞免疫グロブリン（ＫＩＲ）、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、プログラム死１（ＰＤ−１）、Ｔ細胞免疫グロブリンドメイン、及びムチンドメイン３（ＴＩＭ−３）、並びにＶドメインＩｇＴ細胞活性化抑制因子（ＶＩＳＴＡ）を含む。特に、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１軸及び／又はＣＴＬＡ−４をターゲティングする。
【０１００】
[00132]免疫チェックポイント阻害剤は、低分子、リガンド若しくは受容体、又は、ヒト抗体などの抗体の組換え形態などの薬物（例えば、国際特許公開第２０１５０１６７１８号；Ｐａｒｄｏｌｌ、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｃａｎｃｅｒ、１２（４）：２５２〜６４、２０１２；いずれも、参照により本明細書に組み込まれる）でありうる。免疫チェックポイントタンパク質又はその類似体の、公知の阻害剤を使用することができ、特に、抗体のキメラ化形態、ヒト化形態、又はヒト形態を使用することができる。当業者に公知である通り、本開示で言及されるある特定の抗体には、代替名及び／又は同等名を使用する場合がある。本発明の文脈では、このような代替名及び／又は同等名は、互換的である。例えば、ラムブロリズマブはまた、代替名及び同等名である、ＭＫ−３４７５及びペムブロリズマブの下でも公知である。
【０１０１】
[00133]当技術分野で、免疫応答を刺激することが公知である、免疫チェックポイント阻害剤のうちのいずれも使用しうることが想定される。これは、抗原特異的なＴリンパ球を、直接的又は間接的に刺激又は増強する阻害剤を含む。これらの免疫チェックポイント阻害剤は、限定せずに述べると、薬剤ターゲティング免疫チェックポイントタンパク質と、ＰＤ−Ｌ２、ＬＡＧ３、ＢＴＬＡ、Ｂ７Ｈ４、及びＴＩＭ３を伴う経路とを含む。例えば、当技術分野で公知のＬＡＧ３阻害剤は、可溶性ＬＡＧ３（国際公開第２００９０４４２７３号において開示されている、ＩＭＰ３２１又はＬＡＧ３−Ｉｇ）のほか、ヒトＬＡＧ３を遮断するマウス抗体又はヒト化抗体（例えば、国際公開第２００８１３２６０１号で開示されているＩＭＰ７０１）、又はヒトＬＡＧ３を遮断する完全ヒト抗体（欧州特許第２３２０９４０号で開示されているものなど）を含む。別の例は、ＢＴＬＡに対する遮断剤であって、限定せずに述べると、ヒトＢＴＬＡの、そのリガンドとの相互作用を遮断する抗体（国際公開第２０１１０１４４３８号で開示されている４Ｃ７など）を含む遮断剤の使用により提供される。さらに別の例は、Ｂ７Ｈ４を中和する薬剤であって、限定せずに述べると、ヒトＢ７Ｈ４に対する抗体（国際公開第２０１３０２５７７９号及び国際公開第２０１３０６７４９２号において開示されている）、又はＢ７Ｈ４の可溶性組換え形態（米国特許第２０１２０１７７６４５号で開示されているものなど）を含む薬剤の使用により提供される。さらに別の例は、Ｂ７−Ｈ３を中和する薬剤であって、限定せずに述べると、ヒトＢ７−Ｈ３を中和する抗体（例えば、米国特許出願第２０１２０２９４７９６号において、ＢＲＣＡ８４Ｄ及び誘導体として開示されているＭＧＡ２７１）を含む薬剤により提供される。さらに別の例は、ＴＩＭ３をターゲティングする薬剤であって、限定せずに述べると、ヒトＴＩＭ３をターゲティングする抗体（例えば、国際公開第２０１３００６４９０Ａ２号において開示されている抗体、又はＪｏｎｅｓら、Ｊ  Ｅｘｐ  Ｍｅｄ．、２００８、２０５（１２）：２７６３〜７９により開示されている、抗ヒトＴＩＭ３遮断抗体である、Ｆ３８−２Ｅ２）を含む薬剤により提供される。
Ａ．ＰＤ−１軸アンタゴニスト
【０１０２】
[00134]Ｔ細胞の機能不全又はアネルギーは、阻害性受容体である、プログラム死１ポリペプチド（ＰＤ−１）の誘導的発現及び持続的発現と同時に生じる。したがって、本明細書では、ＰＤ−１と、プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）及びプログラム死リガンド２（ＰＤ−Ｌ２）など、ＰＤ−１との相互作用を介してシグナル伝達する、他の分子とに対する治療的ターゲティングが提供される。ＰＤ−Ｌ１は、多くのがんにおいて過剰発現し、予後不良と関連することが多い（Ｏｋａｚａｋｉ  Ｔら、Ｉｎｔｅｒｎ．Ｉｍｍｕｎ．、２００７、１９（７）：８１３）。したがって、本明細書では、ＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−１間の相互作用を阻害することを、マイクロバイオームをモジュレートすることと組み合わせることによりがんを処置する、改善された方法が提供される。
【０１０３】
[00135]例えば、ＰＤ−１軸結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１結合性アンタゴニスト、ＰＤＬ１結合性アンタゴニスト、及びＰＤＬ２結合性アンタゴニストを含む。「ＰＤ−１」の代替名は、ＣＤ２７９及びＳＬＥＢ２を含む。「ＰＤＬ１」の代替名は、Ｂ７−Ｈ１、Ｂ７−４、ＣＤ２７４、及びＢ７−Ｈを含む。「ＰＤＬ２」の代替名は、Ｂ７−ＤＣ、Ｂｔｄｃ、及びＣＤ２７３を含む。一部の実施形態では、ＰＤ−１、ＰＤＬ１、及びＰＤＬ２は、ヒトＰＤ−１、ヒトＰＤＬ１、及びヒトＰＤＬ２である。
【０１０４】
[00136]一部の実施形態では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＰＤ−１の、そのリガンド結合性パートナーへの結合を阻害する分子である。詳細な態様では、ＰＤ−１リガンド結合性パートナーは、ＰＤＬ１及び／又はＰＤＬ２である。別の実施形態では、ＰＤＬ１結合性アンタゴニストは、ＰＤＬ１の、そのリガンド結合性パートナーへの結合を阻害する分子である。詳細な態様では、ＰＤＬ１結合性パートナーは、ＰＤ−１及び／又はＢ７−１である。別の実施形態では、ＰＤＬ２結合性アンタゴニストは、ＰＤＬ２の、そのリガンド結合性パートナーへの結合を阻害する分子である。詳細な態様では、ＰＤＬ２結合性パートナーは、ＰＤ−１である。アンタゴニストは、抗体、この抗原結合性断片、イムノアデシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドでありうる。例示的な抗体については、全てが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８７３５５５３号、米国特許第８３５４５０９号、及び米国特許第８００８４４９号において記載されている。本明細書で提供される方法における使用のための、他のＰＤ−１軸アンタゴニストも、全てが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願第２０１４０２９４８９８号、米国特許出願第２０１４０２２０２１号、及び米国特許出願第２０１１０００８３６９号において記載されているアンタゴニストなど、当技術分野で公知である。
【０１０５】
[00137]一部の実施形態では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、抗ＰＤ−１抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）である。一部の実施形態では、抗ＰＤ−１抗体は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及びＣＴ−０１１からなる群から選択される。一部の実施形態では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、イムノアデシン（例えば、定常領域（例えば、免疫グロブリン配列のＦｃ領域）へと融合させた、ＰＤＬ１又はＰＤＬ２の細胞外部分又はＰＤ−１結合性部分を含むイムノアデシン）である。一部の実施形態では、ＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＡＭＰ−２２４である。ＭＤＸ−１１０６−０４、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８、及びオプディーボ（ＯＰＤＩＶＯ）（登録商標）としてもまた公知のニボルマブは、国際公開第２００６／１２１１６８号において記載された抗ＰＤ−１抗体である。ＭＫ−３４７５、Ｍｅｒｃｋ  ３４７５、ラムブロリズマブ、キーツルーダ（登録商標）、及びＳＣＨ−９００４７５としてもまた公知のペムブロリズマブは、国際公開第２００９／１１４３３５号において記載された抗ＰＤ−１抗体である。ｈＢＡＴ又はｈＢＡＴ−１としてもまた公知のＣＴ−０１１は、国際公開第２００９／１０１６１１号において記載された抗ＰＤ−１抗体である。Ｂ７−ＤＣＩｇとしてもまた公知のＡＭＰ−２２４は、国際公開第２０１０／０２７８２７号及び国際公開第２０１１／０６６３４２号において記載されたＰＤＬ２−Ｆｃ融合可溶性受容体である。さらなるＰＤ−１結合性アンタゴニストは、ＣＴ−０１１、ＡＭＰ−５１４としてもまた公知のＭＥＤＩ０６８０、及びＲＥＧＮ２８１０としてもまた公知のピジリズマブを含む。
【０１０６】
[00138]一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＥＤＩ４７３６としてもまた公知のヅルバルマブ、ＭＰＤＬ３２８０Ａとしてもまた公知のアテゾリズマブ、又はＭＳＢ０００１０１１８Ｃとしてもまた公知のアベルマブなどのＰＤ−Ｌ１アンタゴニストである。ある特定の態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、ｒＨＩｇＭ１２Ｂ７などのＰＤ−Ｌ２アンタゴニストである。一部の態様では、免疫チェックポイント阻害剤は、ＩＭＰ３２１及びＢＭＳ−９８６０１６などであるがこれらに限定されない、ＬＡＧ−３アンタゴニストである。免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＢＦ−５０９などのアデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）アンタゴニストでありうる。
【０１０７】
[00139]一部の実施形態では、本明細書で記載される抗体（抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤＬ１抗体、又は抗ＰＤＬ２抗体など）は、ヒト定常領域又はマウス定常領域をさらに含む。なおさらなる態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、及びＩｇＧ４からなる群から選択される。なおさらに詳細な態様では、ヒト定常領域は、ＩｇＧ１である。なおさらなる態様では、マウス定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２Ａ、ＩｇＧ２Ｂ、及びＩｇＧ３からなる群から選択される。なおさらに詳細な態様では、抗体は、エフェクター機能が低減されているか、又は最小限のエフェクター機能を有する。なおさらに詳細な態様では、最小限のエフェクター機能は、原核細胞における産生から生じる。なおさらに詳細な態様では、最小限のエフェクター機能は、「エフェクターレスＦｃ突然変異」又は非グリコシル化から生じる。
【０１０８】
[00140]したがって、本明細書で使用される抗体は、非グリコシル化することができる。抗体のグリコシル化は、典型的に、Ｎ結合型又はＯ結合型である。Ｎ結合型とは、炭水化物部分の、アスパラギン残基の側鎖への接合を指す。トリペプチド配列である、アスパラギン−Ｘ−セリン及びアスパラギン−Ｘ−トレオニン［配列中、Ｘは、プロリン以外の任意のアミノ酸である］は、炭水化物部分の、アスパラギン側鎖への、酵素的接合のための認識配列である。したがって、ポリペプチドにおける、これらのトリペプチド配列の存在は、潜在的なグリコシル化部位を創出する。Ｏ結合型グリコシル化とは、糖である、Ｎ−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、又はキシロースのうちの１つの、最も一般には、セリン又はトレオニンであるが、５−ヒドロキシプロリン又は５−ヒドロキシリシンもまた使用されうる、ヒドロキシアミノ酸への接合を指す。グリコシル化部位の、抗体からの除去は、上記で記載したトリペプチド配列（Ｎ結合型グリコシル化部位）のうちの１つを除去するように、アミノ酸配列を変更することにより達せられるので好都合である。変更は、グリコシル化部位内の、アスパラギン残基、セリン残基、又はトレオニン残基の、別のアミノ酸残基への置換（例えば、グリシン、アラニンへの置換、又は保存的置換）により行うことができる。
【０１０９】
[00141]抗体又はその抗原結合性断片は、当技術分野で公知の方法を使用して、例えば、既に記載された抗ＰＤＬ１抗体、抗ＰＤ−１抗体、若しくは抗ＰＤＬ２抗体、又は抗原結合性断片のうちのいずれかをコードする核酸を含有する宿主細胞を、発現に適する形態で、このような抗体又は断片を作製するのに適する条件下で培養するステップと、抗体又は断片を回収するステップとを含む工程により作製することができる。
Ｂ．ＣＴＬＡ−４
【０１１０】
[00142]本明細書で提供される方法においてターゲティングされうる、別の免疫チェックポイントは、ＣＤ１５２としてもまた公知の、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）である。ヒトＣＴＬＡ−４の完全ｃＤＮＡ配列は、ゲンバンク（Ｇｅｎｂａｎｋ）受託番号：Ｌ１５００６を有する。ＣＴＬＡ−４は、Ｔ細胞の表面において見出され、抗原提示細胞の表面におけるＣＤ８０又はＣＤ８６に結合すると、「オフ」スイッチとして作用する。ＣＴＬＡ４は、ヘルパーＴ細胞の表面において発現する、免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーであり、阻害シグナルを、Ｔ細胞へと伝達する。ＣＴＬＡ４は、Ｔ細胞共刺激タンパク質であるＣＤ２８と類似し、いずれの分子も、抗原提示細胞における、それぞれ、Ｂ７−１及びＢ７−２ともまた呼ばれる、ＣＤ８０及びＣＤ８６に結合する。ＣＴＬＡ４が、Ｔ細胞へと、阻害シグナルを伝達するのに対し、ＣＤ２８は、刺激シグナルを伝達する。細胞内ＣＴＬＡ４はまた、調節性Ｔ細胞においても見出され、それらの機能に重要でありうる。Ｔ細胞受容体及びＣＤ２８を介する、Ｔ細胞の活性化は、Ｂ７分子の阻害性受容体である、ＣＴＬＡ−４の発現の増大をもたらす。
【０１１１】
[00143]一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体（例えば、ヒト抗体、ヒト化抗体、又はキメラ抗体）、この抗原結合性断片、イムノアデシン、融合タンパク質、又はオリゴペプチドである。
【０１１２】
[00144]当技術分野で周知の方法を使用して、本方法における使用に適する抗ヒトＣＴＬＡ−４抗体（又はこれに由来するＶＨドメイン及び／若しくはＶＬドメイン）を作出することができる。代替的に、当技術分野で認知された抗ＣＴＬＡ−４抗体を使用することもできる。例えば、本明細書で開示される方法では、米国特許出願第８，１１９，１２９号、国際公開第０１／１４４２４号、国際公開第９８／４２７５２号；国際公開第００／３７５０４号（ＣＰ６７５，２０６、トレメリムマブとしてもまた公知であるトレメリムマブ；旧称：チシリズマブ）、米国特許出願第６，２０７，１５６号；Ｈｕｒｗｉｔｚら、１９９８において開示されている抗ＣＴＬＡ−４抗体を使用することができる。前述の刊行物の各々の教示は、参照により本明細書に組み込まれる。ＣＴＬＡ−４への結合についてこれらの当技術分野で認知された抗体のうちのいずれかと競合する抗体もまた、使用することができる。例えば、ヒト化ＣＴＬＡ−４抗体については、全てが参照により本明細書に組み込まれる、国際特許出願公開第２００１０１４４２４号、国際公開第２００００３７５０４号、及び米国特許第８０１７１１４号において記載されている。
【０１１３】
[00145]例示的な抗ＣＴＬＡ−４抗体は、イピリムマブ（１０Ｄ１、ＭＤＸ−０１０、ＭＤＸ−１０１、及びイェルボイ（登録商標）としてもまた公知である）又はその抗原結合性断片及び変異体（例えば、国際公開第０１／１４４２４号を参照されたい）である。他の実施形態では、抗体は、イピリムマブの、重鎖及び軽鎖のＣＤＲ又はＶＲを含む。したがって、一実施形態では、抗体は、イピリムマブのＶＨ領域の、ＣＤＲ１ドメイン、ＣＤＲ２ドメイン、及びＣＤＲ３ドメイン、並びにイピリムマブのＶＬ領域の、ＣＤＲ１ドメイン、ＣＤＲ２ドメイン、及びＣＤＲ３ドメインを含む。別の実施形態では、抗体は、結合について、ＣＴＬＡ−４における、上述の抗体と同じエピトープと競合及び／又は（これに）結合する。別の実施形態では、抗体は、上述の抗体との、少なくとも約９０％の可変領域のアミノ酸配列の同一性（例えば、イピリムマブとの、少なくとも約９０％、９５％、又は９９％の可変領域の同一性）を有する。
【０１１４】
[00146]ＣＴＬＡ−４をモジュレートするための他の分子は、全てが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５８４４９０５号、米国特許第５８８５７９６号及び国際特許出願公開第１９９５００１９９４号、及び国際公開第１９９８０４２７５２号において記載されているものなどの可溶性のＣＴＬＡ−４リガンド及びＣＴＬＡ−４受容体、並びに参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８３２９８６７号において記載されているものなどのイムノアデシンを含む。
Ｃ．キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）
【０１１５】
[00147]本開示における使用のための、別の免疫チェックポイント阻害剤は、抗ＫＩＲ抗体である。当技術分野で周知の方法を使用して、本方法における使用に適する抗ヒトＫＩＲ抗体（又はこれに由来するＶＨドメイン及び／若しくはＶＬドメイン）を作出することができる。
【０１１６】
[00148]代替的に、当技術分野で認知された抗ＫＩＲ抗体を使用することもできる。抗ＫＩＲ抗体は、複数の阻害性ＫＩＲ受容体と交差反応性の可能性があり、これらの受容体のうちの１又は複数を保有するＮＫ細胞の細胞傷害作用を強化しうる。例えば、抗ＫＩＲ抗体は、ＫＩＲ２Ｄ２ＤＬ１、ＫＩＲ２ＤＬ２、及びＫＩＲ２ＤＬ３の各々に結合することが可能であり、これらのＫＩＲのいずれか又は全てにより媒介される、ＮＫ細胞による細胞傷害作用の阻害を低減、中和すること、及び／又はこれに拮抗することにより、ＮＫ細胞の活性を強化しうる。一部の態様では、抗ＫＩＲ抗体は、ＫＩＲ２ＤＳ４及び／又はＫＩＲ２ＤＳ３に結合しない。例えば、教示が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２００６／００３１７９号に記載されているモノクローナル抗体１−７Ｆ９（ＩＰＨ２１０１としてもまた公知である）、１４Ｆ１、１−６Ｆ１、及び１−６Ｆ５を使用することができる。ＫＩＲへの結合についてこれらの当技術分野で認知された抗体のうちのいずれかと競合する抗体もまた、使用することができる。当技術分野で認知されている、さらなる抗ＫＩＲ抗体であって、使用されうる抗ＫＩＲ抗体は、例えば、国際公開第２００５／００３１６８号、国際公開第２００５／００９４６５号、国際公開第２００６／０７２６２５号、国際公開第２００６／０７２６２６号、国際公開第２００７／０４２５７３号、国際公開第２００８／０８４１０６号、国際公開第２０１０／０６５９３９号、国際公開第２０１２／０７１４１１号及び国際公開第２０１２／１６０４４８号において開示されている抗ＫＩＲ抗体を含む。
【０１１７】
[00149]例示的な抗ＫＩＲ抗体は、リリルマブ（ＢＭＳ−９８６０１５又はＩＰＨ２１０２ともまた称する）である。他の実施形態では、抗ＫＩＲ抗体は、リリルマブの、重鎖及び軽鎖の相補性決定領域（ＣＤＲ）又は可変領域（ＶＲ）を含む。したがって、一実施形態では、抗体は、リリルマブの重鎖可変（ＶＨ）領域の、ＣＤＲ１ドメイン、ＣＤＲ２ドメイン、及びＣＤＲ３ドメイン、並びにリリルマブの軽鎖可変（ＶＬ）領域の、ＣＤＲ１ドメイン、ＣＤＲ２ドメイン、及びＣＤＲ３ドメインを含む。別の実施形態では、抗体は、リリルマブとの、少なくとも約９０％の可変領域アミノ酸配列の同一性を有する。
ＩＶ．処置法
【０１１８】
[00150]本明細書では、個体におけるがんを処置するか、又はその進行を遅延させるための方法であって、個体へと、有効量若しくは十分量の、酪酸などの短鎖脂肪酸を投与するステップ、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団を、免疫チェックポイント療法を投与されている対象、若しくは現在これを投与されつつある対象へと投与するステップを含む方法が提供される。本明細書ではまた、対象の微生物プロファイルについて評価し、好適な微生物プロファイルを有すると同定された対象へと、免疫チェックポイント阻害剤を投与することにより、免疫チェックポイント療法に、好適に応答する対象を選択する方法も提供される。
【０１１９】
[00151]一部の実施形態では、処置は、処置を中止した後でも、個体における持続的な応答を結果としてもたらす。本明細書で記載される方法は、がんの処置のために、腫瘍免疫原性を増大させることなど、免疫原性の増強が所望される状態の処置において使用されうる。本明細書ではまた、がんを有する個体などにおける免疫機能を増強する方法であって、個体へと、有効量の免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１軸結合性アンタゴニスト及び／又はＣＴＬＡ−４抗体）と、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団とを投与するステップを含む方法も提供される。一部の実施形態では、個体は、ヒトである。
【０１２０】
[00152]処置に想定されるがんの例は、肺がん、頭頸部がん、乳がん、膵臓がん、前立腺がん、腎臓がん、骨がん、精巣がん、子宮頸がん、消化器がん、リンパ腫、肺における前新生物性病変、結腸がん、黒色腫、転移性黒色腫、基底細胞皮膚がん、扁平上皮皮膚がん、隆起性皮膚線維肉腫、メルケル細胞癌、カポジ肉腫、ケラトアカントーマ、紡錘細胞腫瘍、脂腺癌、小嚢胞性付属器癌、乳房パジェット病、非定型線維黄色腫、平滑筋肉腫、及び血管肉腫、悪性黒子、悪性黒子型黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、末端性黒子型黒色腫、線維形成性黒色腫、並びに膀胱がんを含む。
【０１２１】
[00153]一部の実施形態では、個体は、１又は複数の抗がん治療に対して耐性である（耐性であることが裏付けられている）がんを有する。一部の実施形態では、抗がん治療に対する耐性は、がんの再発又は不応性がんを含む。再発とは、処置の後の、元の部位又は新たな部位における、がんの再出現を指す場合がある。一部の実施形態では、抗がん治療に対する耐性は、抗がん治療による処置中の、がんの進行を含む。一部の実施形態では、がんは、早期又は後期にある。
【０１２２】
[00154]個体は、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを発現させる（例えば、診断検査において、これを発現させることが示されている）がんを有しうる。一部の実施形態では、患者のがんは、低度のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを発現させる。一部の実施形態では、患者のがんは、高度のＰＤ−Ｌ１バイオマーカーを発現させる。ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーは、試料において、ＦＡＣＳ、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、免疫沈降、免疫組織化学、免疫蛍光、ラジオイムノアッセイ、ドットブロット法、免疫検出法、ＨＰＬＣ、表面プラズモン共鳴、光学分光法、質量分析、ＨＰＬＣ、ｑＰＣＲ、ＲＴ−ｑＰＣＲ、マルチプレックスｑＰＣＲ又はＲＴ−ｑＰＣＲ、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、マスアレイ（ＭａｓｓＡＲＲＡＹ）法、及びＦＩＳＨ、並びにこれらの組合せからなる群から選択される方法を使用して検出することができる。
【０１２３】
[00155]本開示の方法についての一部の実施形態では、がんは、低レベルのＴ細胞浸潤を有する。一部の実施形態では、がんは、検出可能なＴ細胞浸潤物を有さない。一部の実施形態では、がんは、非免疫原性がん（例えば、非免疫原性の結腸直腸がん及び／又は卵巣がん）である。理論に束縛されることを望まないが、組合せ処置は、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、メモリーＴ細胞）のプライミング、活性化、増殖、及び／又は浸潤を、組合せを投与する前と比べて増大させうる。
Ａ．投与
【０１２４】
[00156]本明細書で提供される治療は、免疫チェックポイント阻害剤、酪酸などの短鎖脂肪酸を含む、プレバイオティクス組成物若しくはプロバイオティクス組成物、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団の投与を含む。治療は、当技術分野で公知の、任意の適する形で投与することができる。例えば、免疫チェックポイント阻害剤（例えば、ＰＤ−１軸結合性アンタゴニスト及び／又はＣＴＬＡ−４抗体）、並びに酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団は、逐次的に（異なる時点）において投与することもでき、共時的に（同じ時点において）において投与することもできる。一部の実施形態では、１又は複数の免疫チェックポイント阻害剤は、プロバイオティクス療法として、別個の組成物にある。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤は、プロバイオティクス組成物として、同じ組成物にある。
【０１２５】
[00157]好ましい実施形態に従い、プロバイオティクス細菌組成物を、口腔投与のために製剤化する。当業者には、生存微生物を包摂する場合もあり、死滅微生物を包摂する場合もあり、食品サプリメント（例えば、丸剤、錠剤など）として存在する場合もあり、飲料又は発酵ヨーグルトなどの機能食品として存在する場合もある、様々な処方が公知である。
【０１２６】
[00158]１又は複数の免疫チェックポイント阻害剤、並びに酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団は、同じ投与経路により投与することもでき、異なる投与経路により投与することもできる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント阻害剤を、静脈内投与、筋内投与、皮下投与、局所投与、経口投与、経皮投与、腹腔内投与、眼窩内投与、植込みにより投与、吸入により投与、髄腔内投与、脳室内投与、又は鼻腔内投与する。一部の実施形態では、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団を、静脈内投与、筋内投与、皮下投与、局所投与、経口投与、経皮投与、腹腔内投与、眼窩内投与、植込みにより投与、吸入により投与、髄腔内投与、脳室内投与、又は鼻腔内投与する。特定の態様では、免疫チェックポイント阻害剤を、静脈内投与し、酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団を、経口投与する。有効量の免疫チェックポイント阻害剤、並びに酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団は、疾患の防止又は処置のために投与することができる。免疫チェックポイント阻害剤、並びに／又は酪酸などの短鎖脂肪酸、及び／若しくは酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団の適切な投与量は、処置される疾患の種類、疾患の重症度及び経過、個体の臨床状態、個体の臨床履歴及び処置への応答、並びに主治医の指示に基づき決定することができる。
【０１２７】
[00159]例えば、ヒトへと投与される、抗体などの免疫チェックポイント阻害剤及び／又は酪酸などの短鎖脂肪酸の治療有効量又は十分量は、単回投与であれ、複数回投与であれ、患者の体重１ｋｇ当たり、約０．０１〜約５０ｍｇの範囲であろう。一部の実施形態では、使用される抗体は、例えば、毎日投与される約０．０１〜約４５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約４０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約３５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約３０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜約５ｍｇ／ｋｇ、又は約０．０１〜約１ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態では、抗体を、１５ｍｇ／ｋｇで投与する。しかし、他の投与レジメンも、有用でありうる。一実施形態では、本明細書で記載される抗ＰＤＬ１抗体を、ヒトへと、２１日間のサイクルの１日目における、約１００ｍｇ、約２００ｍｇ、約３００ｍｇ、約４００ｍｇ、約５００ｍｇ、約６００ｍｇ、約７００ｍｇ、約８００ｍｇ、約９００ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１３００ｍｇ、又は約１４００ｍｇの用量で投与する。用量は、単回投与として投与することもでき、注入など、複数回投与（例えば、２又は３回の投与）として投与することもできる。この療法の進行は、従来の技法により、容易にモニタリングすることができる。
【０１２８】
[00160]例えば、ヒトへと投与される、実施形態のプロバイオティクス組成物又は生菌製品による組成物の、少なくとも１つの単離又は精製された細菌の集団の各々、又は少なくとも２つの単離若しくは精製された細菌の集団の各々の治療有効量又は十分量は、少なくとも約１×１０３コロニー形成単位（ＣＦＵ）の細菌、又は少なくとも約１×１０４（ＣＦＵ）であろう。一部の実施形態では、単回投与は、約１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５、又は１×１０１５ＣＦＵを超える細菌を含有するであろう。詳細な実施形態では、細菌を、胞子形態で供給するか、又は胞子化細菌として供給する。特定の実施形態では、単離又は精製された各細菌集団、例えば、各種、各亜種、又は各株の胞子の濃度は、組成物１グラム当たり、又は投与される用量当たり、１×１０４、１×１０５、１×１０６、１×１０７、１×１０８、１×１０９、１×１０１０、１×１０１１、１×１０１２、１×１０１３、１×１０１４、１×１０１５、又は１×１０１５ＣＦＵを超える生菌の胞子である。
【０１２９】
[00161]個別の腫瘍、充実性腫瘍、アクセス可能な腫瘍については、腫瘍内注入又は腫瘍血管系への注入が、詳細に想定される。局所投与、局部投与又は全身投与もまた、適切でありうる。＞４ｃｍの腫瘍については、投与される容量が、約４〜１０ｍｌ（特に、１０ｍｌ）であるのに対し、＜４ｃｍの腫瘍については、約１〜３ｍｌ（特に、３ｍｌ）の容量を使用する。単回投与として送達される頻回注入は、約０．１〜約０．５ｍｌの容量を含む。例えば、アデノウイルス粒子は、腫瘍への頻回注入を行うことにより接触させうると有利である。
【０１３０】
[00162]処置レジメンは、変動させる場合もあり、腫瘍型、腫瘍の場所、進行、並びに患者の健康及び年齢に依存することが多い。ある特定の種類の腫瘍は、より侵襲的な処置を要請することが明らかであるが、同時に、ある特定の患者は、負荷の大きなプロトコールを忍容しえない。臨床医は、治療用製剤の、公知の有効性及び毒性（存在する場合）に基づき、このような決定を下すのに、最も適任であろう。
【０１３１】
[00163]ある特定の実施形態では、処置される腫瘍は、少なくとも当初、切除可能でありえない。治療用ウイルス構築物による処置は、縁辺部における退縮に起因して、又はある特定の部分、特に、浸潤部分の消失により腫瘍の切除可能性を増大させうる。処置後、切除は、可能でありうる。切除に後続するさらなる処置は、腫瘍部位における、顕微鏡的遺残病変を消失させるのに用いられる。
【０１３２】
[00164]処置は、多様な「単位用量」を含みうる。単位用量を、所定の数量の治療用組成物を含有することとして規定する。投与される数量、並びに特定の経路及び製剤は、臨床技術分野における当業者の判定技術の範囲内にある。単位用量は、単回注射として投与される必要がなく、設定された期間にわたる連続注入を含みうる。
Ｂ．さらなる抗がん治療
【０１３３】
[00165]一部の実施形態では、本明細書で提供される、免疫チェックポイント阻害剤、酪酸などの短鎖脂肪酸を含む組成物、及び／又は酪酸産生菌など、短鎖脂肪酸産生菌の集団を含む組成物は、少なくとも１つのさらなる治療剤と組み合わせて投与することができる。さらなる治療は、放射線療法、手術、化学療法、遺伝子治療、ＤＮＡ療法、ウイルス療法、ＲＮＡ療法、免疫療法、骨髄移植、ナノ療法、モノクローナル抗体療法、又は前出の組合せなどのがん治療でありうる。さらなる治療は、アジュバント又はネオアジュバント治療の形態でありうる。
【０１３４】
[00166]一部の実施形態では、さらなるがん治療は、低分子酵素阻害剤又は抗転移剤の投与である。一部の実施形態では、さらなる治療は、副作用緩和剤（例えば、抗悪心剤など、処置の副作用の発生及び／又は重症度を軽減することを意図する薬剤）の投与である。一部の実施形態では、さらなるがん治療は、放射線療法である。一部の実施形態では、さらなるがん治療は、手術である。一部の実施形態では、さらなるがん治療は、放射線療法と手術との組合せである。一部の実施形態では、さらなるがん治療は、ガンマ線照射である。一部の実施形態では、さらなるがん治療は、ＰＢＫ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路をターゲティングする治療、ＨＳＰ９０阻害剤、チューブリン阻害剤、アポトーシス阻害剤、及び／又は化学予防剤である。さらなるがん治療は、当技術分野で公知の化学療法剤のうちの１又は複数でありうる。
【０１３５】
[00167]多様な組合せもまた、援用することができる。下記の例では、免疫チェックポイント阻害剤、酪酸、及び／又は酪酸産生菌集団は、「Ａ」であり、さらなるがん治療は、「Ｂ」である。
Ａ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ａ／Ｂ  Ｂ／Ｂ／Ａ  Ａ／Ａ／Ｂ  Ａ／Ｂ／Ｂ  Ｂ／Ａ／Ａ  Ａ／Ｂ／Ｂ／Ｂ  Ｂ／Ａ／Ｂ／Ｂ  Ｂ／Ｂ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ｂ／Ａ／Ｂ  Ａ／Ａ／Ｂ／Ｂ  Ａ／Ｂ／Ａ／Ｂ  Ａ／Ｂ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ｂ／Ａ／Ａ  Ｂ／Ａ／Ｂ／Ａ  Ｂ／Ａ／Ａ／Ｂ  Ａ／Ａ／Ａ／Ｂ  Ｂ／Ａ／Ａ／Ａ  Ａ／Ｂ／Ａ／Ａ  Ａ／Ａ／Ｂ／Ａ
【０１３６】
[00168]本実施形態の、任意の化合物又は治療の、患者への投与は、存在する場合、薬剤の毒性を考慮に入れ、このような化合物の投与のための、一般的なプロトコールに従う。したがって、一部の実施形態では、組合せ療法に帰せられる毒性をモニタリングするステップが存在する。
１．化学療法
【０１３７】
[00169]本実施形態に従い、多種多様な化学療法剤を使用することができる。「化学療法」という用語は、がんを処置する薬物の使用を指す。「化学療法剤」は、がんの処置において投与される化合物又は組成物を含意するように使用される。これらの薬剤又は薬物は、細胞内のそれらの活性方式、例えば、それらが、細胞周期に影響を及ぼすのかどうか、そして、どの段階で、細胞周期に影響を及ぼすのかにより類別される。代替的に、薬剤は、ＤＮＡを直接架橋するか、ＤＮＡに挿入されるか、又は核酸の合成に影響を与えることにより、染色体異常及び有糸分裂異常を誘導するその能力に基づき、特徴付けることができる。
【０１３８】
[00170]化学療法剤の例は、チオテパ及びシクロホスファミドなどのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファンなどのスルホン酸アルキル；ベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパなどのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド、及びトリメチロールメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメラミン；アセトゲニン（とりわけ、ブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体であるトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（アドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシンによるその合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体であるＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エレウテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンジスタチン；クロランブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビシン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロホスファミド、及びウラシルマスタードなどの窒素マスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチンなどのニトロソウレア；エネジイン抗生剤（例えば、カリケアミシン、とりわけ、カリケアミシンガンマＩＩ及びカリケアミシンオメガＩＩ）；ジネミシンＡを含むジネミシン；クロドロネートなどのビスホスホネート；エスペラミシンのほか、ネオカルジノスタチン発色団及び類縁の色素タンパク質である、エネジイン抗生剤発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、及びゾルビシンなどの抗生剤；メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの抗代謝物；デノプテリン、プテロプテリン、及びトリメトレキサートなどの葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、及びチオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、及びフロクスウリジンなどのピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、及びテストラクトンなどのアンドロ��ン；ミトタン及びトリロスタンなどの抗副腎剤；フォリン酸などの葉酸補充剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトレキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルフォルミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシン及びアンサマイトシンなどのメイスタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメト；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（とりわけ、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；タキソイド、例えば、パクリタキセル及びドセタキセル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチンなどの白金配位錯体；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼ阻害剤であるＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸などのレチノイド；カペシタビン；カルボプラチン、プロカルバジン、プリコマイシン、ゲムシタビン、ナベルビン、ファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤、トランス白金、並びに上記のうちのいずれかの、薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体を含む。
２．放射線治療
【０１３９】
[00171]ＤＮＡ損傷を引き起こし、広範に使用されている他の因子は、γ線、Ｘ線、及び／又は放射性同位元素の、腫瘍細胞へと方向付けられた送達として一般に公知の因子を含む。マイクロ波、プロトンビーム照射（米国特許第５，７６０，３９５号及び同第４，８７０，２８７号）、及びＵＶ照射など、ＤＮＡ損傷因子の他の形態もまた想定される。これらの因子の全ては、ＤＮＡ、ＤＮＡの前駆体、ＤＮＡの複製及び修復、並びに染色体のアセンブリー及び維持に対する、広範にわたる損傷に影響を及ぼす可能性が極めて高い。Ｘ線の線量範囲は、長期（３〜４週間）にわたる、毎日５０〜２００レントゲンの投与〜２０００〜６０００レントゲンの単回投与の範囲である。放射性同位元素の投与量範囲は、大きく変動し、同位元素の半減期、発せられる放射線の種類、及び新生物性細胞による取込みに依存する。
３．免疫療法
【０１４０】
[00172]当業者は、免疫療法を、本明細書で記載される方法と組み合わせて、又はこれと共に使用しうることを理解するであろう。がん処置の文脈では、免疫療法剤は、一般に、免疫エフェクター細胞と、がん細胞をターゲティングし、破壊する分子との使用に依拠する。リツキシマブ（リツキサン（ＲＩＴＵＸＡＮ）（登録商標））は、免疫療法の例である。免疫エフェクターは、例えば、腫瘍細胞の表面におけるマーカーに特異的な抗体でありうる。抗体は、治療のエフェクターとして、単独で用いられる場合もあり、細胞の殺滅を実行する他の細胞を動員する場合もある。抗体また、薬物又は毒素（化学療法剤、放射性核種、リシンＡ鎖、コレラ毒素、百日咳毒素など）へとコンジュゲートさせることができ、ターゲティング剤としても用いられうる。代替的に、エフェクターは、腫瘍細胞標的と直接的又は間接的に相互作用する表面分子を保有する、リンパ球でもありうる。多様なエフェクター細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞及びＮＫ細胞を含む。
【０１４１】
[00173]抗体−薬物コンジュゲートは、がん治療剤の開発へのブレークスルー法として現れた。抗体−薬物コンジュゲート（ＡＤＣ）は、細胞殺滅薬へと共有結合的に連結されたモノクローナル抗体（ＭＡｂ）を含む。この手法は、ＭＡｂの抗原標的に対する高度の特異性を、効力の大きな細胞傷害性薬物と組み合わせる結果として、ペイロード（薬物）を、エンリッチされたレベルの抗原を伴う腫瘍細胞へと送達する「武装」ＭＡｂをもたらす。薬物のターゲティングされた送達はまた、正常組織におけるその曝露も最小化する結果として、毒性の軽減及び治療指数の改善をもたらす。２つのＡＤＣ薬物である、２０１１年におけるアドセトリス（ＡＤＣＥＴＲＩＳ）（登録商標）（ブレンツキシマブ・ベドチン）、及び２０１３年におけるカドサイラ（ＫＡＤＣＹＬＡ）（登録商標）（トラスツズマブ・エムタンシン又はＴ−ＤＭ１）の、ＦＤＡによる承認は、手法の妥当性を確認した。現在、３０を超えるＡＤＣ薬の候補物質が、がん処置のための、多様な段階の臨床試験にかけられている。抗体の操作及びリンカー−ペイロードの最適化が、ますます成熟するにつれ、新たなＡＤＣの発見及び開発は、ますます、この手法及びターゲティングＭＡｂの作出に適する、新たな標的の同定及び検証に依存している。ＡＤＣ標的の２つの基準は、腫瘍細胞における上方調節／高レベルの発現及び頑健な内部化である。
【０１４２】
[00174]免疫療法についての一態様では、腫瘍細胞は、ターゲティングに適する一部のマーカーを持たなければならない、すなわち、他の細胞の大半では存在しない。多くの腫瘍マーカーが存在し、これらのうちのいずれかは、本実施形態の文脈で、ターゲティングに適しうる。一般的な腫瘍マーカーは、ＣＤ２０、癌胎児性抗原、チロシナーゼ（ｐ９７）、ｇｐ６８、ＴＡＧ−７２、ＨＭＦＧ、シアリルルイス抗原、ＭｕｃＡ、ＭｕｃＢ、ＰＬＡＰ、ラミニン受容体、ｅｒｂＢ、及びｐ１５５を含む。免疫療法の代替的態様は、抗がん効果を、免疫刺激効果と組み合わせることである。ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−１２、ＧＭ−ＣＳＦ、ガンマ−ＩＦＮなどのサイトカイン、ＭＩＰ−１、ＭＣＰ−１、ＩＬ−８などのケモカイン、及びＦＬＴ３リガンドなどの増殖因子を含む、免疫刺激分子もまた、存在する。
４．手術
【０１４３】
[00175]がんを伴う人のうちの約６０％は、予防的手術、診断的手術又は病期分類的手術、治癒的手術、及び緩和的手術を含む、ある種の手術を受けることになる。治癒的手術は、がん性組織の全部又は一部を物理的に除去する切除、これを摘出する切除、及び／又はこれを破壊する切除を含み、本実施形態の処置、化学療法、放射線治療、ホルモン療法、遺伝子治療、免疫療法、及び／又は代替療法など、他の治療と共に使用することができる。腫瘍の切除とは、腫瘍の少なくとも一部の物理的な除去を指す。腫瘍の切除に加えて、手術による処置は、レーザー手術、低温手術、電気手術、及び顕微鏡制御術（モース術）を含む。
【０１４４】
[00176]がん性細胞、がん性組織、又はがん性腫瘍の一部又は全部を摘出すると、身体に空隙が形成されうる。処置は、さらなる抗がん治療を伴う領域の灌流、直接的な注射、又は局所的な適用により達することができる。このような処置は、例えば、１、２、３、４、５、６、若しくは７日間ごと、又は１、２、３、４、及び５週間ごと、又は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、若しくは１２カ月間ごとに反復することができる。これらの処置は、投与量を変動させる処置でもありうる。
５．他の薬剤
【０１４５】
[00177]他の薬剤を、本実施形態の、ある特定の態様と組み合わせて使用して、処置の治療有効性を改善しうることが想定される。これらのさらなる薬剤は、細胞表面受容体及びギャップ結合の上方調節に影響を及ぼす薬剤、細胞増殖抑制剤及び分化剤、細胞接着の阻害剤、過剰増殖性細胞の、アポトーシス誘導剤への感受性を増大させる薬剤、又は他の生物学的薬剤を含む。ギャップ結合数の増大による、細胞間シグナル伝達の増大は、隣接する過剰増殖性細胞集団に対する、抗過剰増殖性効果を増大させるであろう。他の実施形態では、細胞増殖抑制剤及び分化剤を、本実施形態の、ある特定の態様と組み合わせて使用して、処置の抗過剰増殖性の有効性を改善することができる。細胞接着の阻害剤は、本実施形態の有効性を改善することが想定される。細胞接着阻害剤の例は、接着斑キナーゼ（ＦＡＫ）阻害剤及びロバスタチンである。過剰増殖性細胞の、アポトーシスへの感受性を増大させる、他の薬剤であって、抗体であるｃ２２５などの薬剤を、本実施形態の、ある特定の態様と組み合わせて使用して、処置の有効性を改善しうることも、さらに想定される。
【実施例】
【０１４６】
[00178]以下の例は、本発明の好ましい実施形態を裏付けるために組み入れられる。当業者は、後続の例で開示される技法が、本発明の実施において、十分に機能することが、本発明者により発見された技法を表し、したがって、その好ましい実施方式を構成すると考えうることを察知されたい。しかし、当業者は、本開示に照らして、本発明の精神及び範囲から逸脱しない限りにおいて、開示される詳細な実施形態において、多くの変化を施し、なおも、同様の結果又は類似する結果を得うることも察知されたい。
実施例１：黒色腫患者のマイクロバイオームの特徴付け
【０１４７】
[00179]がん患者における、免疫チェックポイントの遮断に応答するマイクロバイオームの役割を、より良く理解するために、マイクロバイオーム試料を、転移性黒色腫を伴う患者であって、ＰＤ−１遮断による処置を受けようとする患者（患者のｎ＝１１２例）から回収した。処置開始時に、口腔（口内）マイクロバイオーム試料及び腸管（糞便）マイクロバイオーム試料を回収し、ゲノムの変更のほか、腫瘍に浸潤する免疫細胞サブセット及び循環免疫細胞サブセットの密度及び表現型についての評価が実行可能な場合は、腫瘍生検及び血液試料も回収した（図１Ａ）。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子シーケンシングを介する分類学的プロファイリングは、全ての利用可能な経口試料及び腸管試料について、サブセットに対するメタゲノミック全ゲノムショットガンシーケンシング（ＷＧＳ）により実施した。患者を、ＲＥＣＩＳＴ  １．１基準（Ｓｃｈｗａｒｔｚら、２０１６）を介するイメージング解析に基づき、レスポンダー（Ｒ）又は非レスポンダー（ＮＲ）として分類した。Ｒ群における患者が、年齢、性別、正基準標本、既往治療、併用治療、及び血清ＬＤＨに関して、ＮＲ群における患者と対比して、比較的類似した（表３）ことは、注目に値する。特異的な黒色腫駆動性突然変異及び全突然変異性負荷の頻度もまた、群間で類似した（図５）（１７）。
【０１４８】
[00180]
【表５】
2020500151.tif 000152
2020500151.tif 000153
【０１４９】
[00181]まず、１６Ｓシーケンシング（Ｖ４領域）を介して、転移性黒色腫を伴う患者における、口腔微生物叢及び糞便微生物叢のランドスケープを評価したところ、いずれのコミュニティも、比較的多様であるが、口腔マイクロバイオームでは、ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）が高存在度であり、糞便マイクロバイオームでは、バクテロイデス目が高存在度である（図１Ｂ）ことが注目された。二部ネットワーク解析（Ｍｕｅｇｇｅら、２０１１）が、マッチング試料及び凝集物試料（図１Ｃ及び６）のいずれについても、口腔マイクロバイオームと糞便マイクロバイオームとの間の、コミュニティ構造の明確な分離を裏付けたことから、これらのコミュニティは、顕著に異なることが示唆される。
【０１５０】
[00182]多様性の喪失（腸内毒素症）は、長期にわたる健康状態（Ｔｕｒｎｂａｕｇｈら、２００８；Ｑｉｎら、２０１０）及びがん（Ｇａｒｒｅｔｔら、２０１５；Ｓｅｇｒｅら、２０１５；Ｄｒｅｗｅｓら、２０１６））と関連し、また、同種幹細胞移植を含む、ある特定の形態のがん治療に対する転帰不良とも関連する（Ｔａｕｒら、２０１４）。これらのデータに基づき、口腔マイクロバイオーム及び腸管マイクロバイオームの多様性について、ＰＤ−１遮断を施される患者において調べ、いくつかの指標を使用して、Ｒにおける腸管マイクロバイオームの多様性が、ＮＲと比較して、有意に大きいことを見出した（ｐ＝０．００９、図１Ｄ及び７）。口腔マイクロバイオームでは、有意差が観察されなかった（ｐ＝０．１１、図８）。コホートにおいて、多様性の、無進行生存（ＰＦＳ）との関係について調べたところ、糞便マイクロバイオームにおける多様性が高度である患者は、ＰＦＳが、多様性が中程度又は低度の患者と比較して、有意に延長されることが裏付けられた（それぞれ、ｐ＝０．０２１及び０．０４１；図１Ｅ〜１Ｆ及び９）。口腔マイクロバイオームの多様性を比較したところ、ＰＦＳの差違は見られなかった（図１０Ａ〜１０Ｄ）。
【０１５１】
[00183]マイクロバイオームの組成差はまた、がんの発生及び治療への応答にも影響を与える場合があるので（Ｓｉｖａｎら、２０１５；Ｉｉｄａら、２０１３；Ｖｉａｕｄら、２０１３；Ｖｅｔｉｚｏｕら、２０１５）、また、ＰＤ−１の遮断に対してＲの口腔マイクロバイオーム又は腸管マイクロバイオームにおける微生物叢の構成要素と、ＮＲの口腔マイクロバイオーム又は腸管マイクロバイオームにおける微生物叢の構成要素とに、差違が存在するのかどうかを決定しようともした。これについて調べるために、操作的分類単位（ＯＴＵ）のエンリッチメントインデックス（ｅｉ）を計算し、Ｒを、ＮＲと対比して比較することから、細菌の顕著に異なるセットが、抗ＰＤ−１療法に対する応答と関連し、腸管マイクロバイオームのＲにおけるクロストリジウム目のエンリッチメント、及びＮＲにおけるバクテロイデス目のエンリッチメントと関連することを裏付けた（ｐ＜０．００１、図２Ａ〜２Ｂ及び１１）。ＮＲの口腔マイクロバイオームと対比したＲの口腔マイクロバイオームでは、エンリッチメントの有意差は見られなかった（図１２Ａ〜１２Ｂ）。これらの知見についてさらに探索するために、エフェクトサイズの線形判別分析（ＬＥｆＳｅ）（Ｓｅｇａｔａら、２０１１）を介する、高次の分類比較を実施したところ、ここでもまた、ＰＤ−１の遮断に対する、ＮＲの糞便マイクロバイオームにおける細菌の存在度と対比した、Ｒの糞便マイクロバイオームにおける細菌の示差的な存在度であって、Ｒでは、クロストリジウム目／ルミノコッカス科がエンリッチされ、ＮＲでは、バクテロイデス目がエンリッチされる示差的な存在度が裏付けられた（図２Ｃ〜２Ｄ）。口腔マイクロバイオームでは、ＰＤ−１遮断に対するＮＲにおける高度のバクテロイデス目を除き、ＲとＮＲとの間で有意差は観察されなかった（図１３Ａ〜１３Ｂ）。次いで、応答により、全てのレベルで、細菌の分類群について、対応のある比較を実施した。既往の分類学的差違を確認することに加えて、これらの解析は、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ種を、Ｒにおいて有意にエンリッチされる種として同定した（図２Ｅ、表４）。メタゲノミックＷＧＳは、ＮＲでは、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、エシェリヒア・コリ、及びアネロトルンクス・コリホミニスがエンリッチされる一方で、Ｒにおける、アッカーマンシア属種を含む他の種に加えた、フィーカリバクテリウム属種のエンリッチメントをさらに明らかにした（図２Ｆ、表４）。限定数の縦断的な被験試料では、腸管マイクロバイオームが、時間経過にわたり、比較的安定的であると示された（図１４Ａ〜１４Ｃ）ことは、注目に値する。
【０１５２】
[00184]次に、これらの洞察に基づき、腸管マイクロバイオーム内及び／又は口腔マイクロバイオーム内の、細菌の組成及び存在度が、本発明者らのコホートにおける、ＰＤ−１遮断への応答を予測しうるのかどうかを問うた。これを行うために、配列アライメントデータからの系統樹の構築を介して、同定された全てのＯＴＵを、ｃｒＯＴＵ（ｃｌｕｓｔｅｒ  ｏｆ  ｒｅｌａｔｅｄ  ＯＴＵ）へと群分けした（Ｐｅｌｅｄら、２０１７）。この技法は、１６Ｓ配列の類似性に基づく、細菌の、異なる潜在的な群分けの、存在度の比較を伴い、この手法の非存在下で観察される、ＯＴＵ存在度の希少な分布に取り組む一助となる（図１５Ａ〜１５Ｂ）。次いで、腸管マイクロバイオーム内及び口腔マイクロバイオーム内のｃｒＯＴＵ存在度の、教師なしの階層的クラスター化を、応答データのインプットを伴わずに実施した。結果は、患者が、２つの顕著に異なるクラスターであって、一方のクラスター（クラスター１）が、完全にＲから構成され、他方のクラスター（クラスター２）が、Ｒ及びＮＲの混合から構成され（ｐ＝０．０２）、クラスター１では、クロストリジウム目がエンリッチされ、クラスター２では、バクテロイデス目がエンリッチされるクラスターへと分別されることを裏付けた（図３Ａ〜３Ｂ）。次いで、これらのクラスターの各々において、ＰＦＳを評価することから、クラスター１における患者の間では、ＰＤ−１遮断を施される場合の、進行までの時間が、クラスター２における患者と比較して、有意に短いことを裏付けた（ｐ＝０．０２）（図３Ｃ）。これらのクラスターにおける組成の差違をより良く理解するために、腸管微生物叢についての、対応のある比較を実施し、応答によるクラスター化の場合に見られたパターンと極めて類似するパターンであって、クラスター１では、クロストリジウム目／ルミノコッカス科がエンリッチされ、クラスター２では、バクテロイデス目がエンリッチされるパターンを同定した（図３Ｄ、表５）。口腔マイクロバイオームにおけるｃｒＯＴＵについての解析は、処置応答との明白な関係を明らかにしなかった（図１６Ａ〜１６Ｂ）。
【０１５３】
[00185]特異的な細菌分類群と、処置応答との関連について探索するために、本発明者らは、解析にわたり一貫して観察される「トップヒット」（ＲにおけるＦ．プラウスニッツィイ、及びＮＲにおけるバクテロイデス目）と関連するので、抗ＰＤ−１療法に対するＰＦＳを比較することから、腸管マイクロバイオームにおける、これらの分類群の中央値相対存在度に基づき、患者を、低存在度の類別と対比した、高存在度の類別へと二分した。Ｆ．プラウスニッツィイの存在度が高度である患者のＰＦＳは、存在度が低度である患者と対比して、有意に延長された（ｐ＝０．０３）。逆に、バクテロイデス目の存在度が高度である患者のＰＦＳは、存在度が低度である患者と対比して、有意に短縮された（ｐ＝０．０５）（図３Ｅ）。これは、ＣＴＬＡ−４遮断を施される患者の小型コホートにおいて、近年公表されたデータであって、腸管マイクロバイオームにおいて、フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者のＰＦＳが、バクテロイデス属の存在度が高度である患者と比較して、有意に延長されたデータと符合する（Ｃｈａｐｕｔら、２０１７））。加えて、本発明者らのコホートにおいて、コックス比例ハザード解析を実施したところ、ＰＤ−１遮断に対する応答についての、最も強力な予測因子は、糞便マイクロバイオームにおける、アルファ多様性（ＨＲ＝３．９４；９５％Ｃ．Ｉ．＝１．０２〜１２．５２）、Ｆ．プラウスニッツィイの存在度（ＨＲ＝２．９２；９５％Ｃ．Ｉ．＝１．０８〜７．８９）、及びｃｒＯＴＵのクラスター（ＨＲ＝３．８０；９５％Ｃ．Ｉ．＝１．０９〜１３．２１）であることが裏付けられた。これらの効果は、免疫療法による前処置について補正した後の多変量解析においても、有意性を維持した（表６）。
【０１５４】
[00186]
【表６】
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2020500151.tif 000155
【０１５５】
[00187]
【表７】
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【０１５６】
[00188]次に、腸管マイクロバイオームが、抗ＰＤ−１療法への応答に影響を与えうる機構への洞察を得ようと努め、まず、治療へのＮＲと対比した、ＲにおけるメタゲノムＷＧＳを介して、腸管マイクロバイオーム試料についての、機能的なゲノムプロファイリングを行った。生物特異的な遺伝子ヒットを、京都遺伝子ゲノム百科事典（Ｋｙｏｔｏ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅｓ）（ＫＥＧＧ）オントロジー（ＫＯ）へと割り当て、これらのアノテーションに基づき、メタシックヒエラルキーオフパスウェイクラシフィケーション（ＭｅｔａＣｙｃ  ｈｉｅｒａｒｃｈｙ  ｏｆ  ｐａｔｈｗａｙ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ）（Ｃａｓｐｉら、２００８；Ｋａｎｅｈｉｓａら、２０００）を使用して、各試料についてのメタゲノムを、代謝経路へと再構築した。ＫＯ及び予測される経路の両方についての相対的存在度に対する、教師なしの階層的クラスター化は、応答率を、７２．７％、５７．１％、及び４２．９％とする、患者試料の３つの群を同定した。これらの群にわたる遺伝子機能の存在度の比較は、代謝機能の変化であって、Ｒでは、宿主免疫を促進しうる（Ｂｌａｃｈｅｒら、２０１７）、アミノ酸生合成を含む同化機能が卓越する（図３Ｆ）変化を示す一方で、ＮＲでは、異化機能が卓越した（図３Ｆ、１７、表７）。
【０１５７】
[00189]前臨床モデルでは、腸管マイクロバイオームの示差的組成が、ＰＤ−１遮断に対する治療応答に、腫瘍微小環境のレベルで影響を与えうるという明確な証拠が見られる（Ｓｉｖａｎら、２０１５）ので、ＰＤ−１遮断を施される患者のコホートにおいて、腸管マイクロバイオームと、全身免疫応答及び抗腫瘍免疫応答との関係を精査した。これを行うために、マルチパラメータＩＨＣを介して、腫瘍と関連する免疫浸潤物を比較し、Ｒのベースライン試料における、ＮＲと対比して、高密度のＣＤ８＋Ｔリンパ球を観察したところ（ｐ＝０．０４）、既往の報告と符合した（図４Ａ及び１８Ａ〜１８Ｆ）（Ｔｕｍｅｈら、２０１４；Ｃｈｅｎら、２０１６）。次いで、Ｒ及びＮＲの腸管マイクロバイオームにおいてエンリッチされた、特異的な細菌分類群と、腫瘍微小環境における免疫マーカーとの間で、対応のある比較を使用してスペアマンのランク相関を実施することから、腸管におけるルミノコッカス科／フィーカリバクテリウム属の存在度と、腫瘍における細胞傷害性Ｔ細胞浸潤物との、強い正の相関、及びバクテロイデス目の場合の、強い負の相関を裏付けた（図４Ｂ〜４Ｃ及び１９〜２０）。フローサイトメトリー及びサイトカインアッセイを介する、全身性免疫応答についての解析は、腸管におけるルミノコッカス科の存在度が高度である患者は、全身循環におけるエフェクターＣＤ４＋Ｔ細胞及びエフェクターＣＤ８＋Ｔ細胞のレベルが高く、ＰＤ−１遮断に対するサイトカイン応答が保存されているのに対し、腸管マイクロバイオームにおけるバクテロイデス目の存在度が高度である患者は、全身循環における調節性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）及び骨髄由来サプレッサー細胞（ＭＤＳＣ）のレベルが高く、サイトカイン応答を鈍化させていることを明らかにした（図４Ｄ及び２１〜２２）。腸管マイクロバイオームにおける組成の差違の、腫瘍微小環境内の抗原プロセシング及び提示に対する影響をより良く理解するために、骨髄コンパートメントをターゲティングする、マルチプレックスＩＨＣを実施した（Ｔｓｕｊｉｋａｗａら、２０１７）。これらの研究では、腸管マイクロバイオームにおける、フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である患者は、バクテロイデス目の存在度が高度である患者と比較して、免疫細胞並びに抗原のプロセシング及び提示についてのマーカーの密度が高かった（図４Ｅ〜４Ｆ及び２３〜２４）ことから、腸管マイクロバイオームが、抗腫瘍免疫応答をモジュレートしうる、可能な機構が示唆される（Ｓｉｖａｎら、２０１５）。
【０１５８】
[00190]これらの洞察を、公表された文献の文脈に置くことから、腸管マイクロバイオームは、抗ＰＤ−１療法による処置への応答をモジュレートすることが提起された（図４Ｇ）。詳細に述べると、腸管マイクロバイオームが「好適な」（多様性が大きく、ルミノコッカス科／フィーカリバクテリウム属の存在度が高度である）患者は、リンパ節及び腫瘍のレベルにおける抗原提示の増強のほか、末梢及び腫瘍微小環境における、エフェクターＴ細胞機能の保存により媒介されて、全身免疫応答及び抗腫瘍免疫応答が増強されていることが提起された。これに対し、腸管マイクロバイオームが「好適でない」（多様性が小さく、バクテロイデス目の存在度が高度である）患者は、リンパ系要素及び骨髄要素の両方による腫瘍内浸潤の制限、抗原提示能の減退、及び末梢における、免疫調節性の細胞性要素及び体液性要素であって、Ｔｒｅｇ及びＭＤＳＣを含む要素へのスキューイングにより媒介されて、全身免疫応答及び抗腫瘍免疫応答が損なわれている。これらの知見は、チェックポイント遮断の有効性を著明に増強する、腸管マイクロバイオームの並列的なモジュレーションの潜在的可能性を強調する。
【０１５９】
[00191]
【表８】
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2020500151.tif 000159
【０１６０】
[00192]
【表９】
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【０１６１】
[00193]
【表１０】
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実施例２：材料及び方法
【０１６２】
[00194]患者コホート：本研究では、転移性黒色腫を伴う、１１２例の患者からなる初期コホートを組み入れた。これらの患者は、２０１５年４月〜２０１６年３月の間、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｔｅｘａｓ（ＵＴ）ＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒにおいて、抗ＰＤ１免疫チェックポイント遮断療法で処置され、治験審査委員会（ＩＲＢ）により承認されたプロトコールの下における、腫瘍試料、血液試料、及びマイクロバイオーム試料の回収及び解析についての、自発的な説明同意文書に署名した。ブドウ膜黒色腫を伴うと診断された患者（ｎ＝１０）、又はターゲティング剤療法若しくは養子Ｔ細胞移入療法と組み合わせて抗ＰＤ１を施された患者（ｎ＝８）、又は応答を決定できなかった患者（ｎ＝６）は、この解析から除外した。電子的診察カルテは、３名の治験責任医師が独立に検討して、臨床応答群を割り当て、他の臨床パラメータを記録した（表３）。臨床応答（レスポンダー）（Ｒ）の主要転帰は、少なくとも６カ月間にわたる、ＲＥＣＩＳＴ  １．１基準に従う、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は安定（ＳＤ）についての、Ｘ線写真によるエビデンスにより規定した。臨床応答の欠如（非レスポンダー）（ＮＲ）は、経時的ＣＴスキャンにおける進行（ＰＤ）、又は臨床有益性の持続が６カ月間（最小限の有益性）未満であることにより規定した。
【０１６３】
[00195]マイクロバイオーム試料の回収：口内試料は、キャッチ−オールサンプルコレクションスワブ（Ｃａｔｃｈ−Ａｌｌ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  Ｓｗａｂ）（Ｅｐｉｃｅｎｔｒｅ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を使用して、規定の処置前来院時に回収した。全ての患者にまた、外来用オムニジーンガットキット（ＯＭＮＩｇｅｎｅ  ＧＵＴ  ｋｉｔ）（ＯＭＲ−２００）（ＤＮＡ  Ｇｅｎｏｔｅｋ製の糞便試料回収キットであり、返送が求められる）も手渡された。このキットは、マイクロバイオームプロファイルの安定性を、室温で、最長６０日間にわたり維持する一助となることが重要である。全ての試料を、摂氏−８０度で凍結させてから、ＤＮＡの抽出及び解析を行った。
【０１６４】
[00196]最終コホートは、８７例の患者（このうち、５２例は、Ｒであり、３４例は、ＮＲであった）から回収された口内試料と、４３例の患者（このうち、３０例は、Ｒであり、１３例は、ＮＲであった）から回収された糞便試料とからなった。２例の口内試料及び２例の糞便試料以外の全ての試料は、ベースラインにおいて回収した。これらの試料を、このコホートにおける処置介入の後で変化を示さなかった、縦断的な試料についてのサブセット解析におけるベースラインサロゲートとして組み入れた。
【０１６５】
[00197]腫瘍試料及び血液試料の回収：マッチさせた処置前時点において利用可能な腫瘍試料（ｎ＝２３）は、ＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙアーカイブ、及びＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｂａｎｋから得た。試料を、ＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎの病理医による、腫瘍生存率パーセントについてのクォリティーコントロールにかけた後で、本発明者らは、Ｒからの１７例の試料と、ＮＲからの６例の試料を組み入れた。ベースラインにおいて、調査研究（既に列挙されたプロトコール）のために回収及び保存された血液試料（ｎ＝１１）もまた、研究への組み入れについて検討し、８例のＲ及び３例のＮＲに由来する試料を得た。
【０１６６】
[00198]ＤＮＡの抽出及び細菌についての１６Ｓシーケンシング：調製及びシーケンシングは、Ｂａｙｌｏｒ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅにおける、Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｓ  ａｎｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＣＭＭＲ）と共同して行った。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子シーケンシング法は、ＮＩＨ−Ｈｕｍａｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ（ヒトマイクロバイオーム調査研究のための枠組み、２０１２）のために開発された方法から適合させた。
【０１６７】
[00199]略述すると、ＭＯ  ＢＩＯパワーソイルＤＮＡアイソレーションキット（ＭＯ  ＢＩＯ  ＰｏｗｅｒＳｏｉｌ  ＤＮＡ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ）（ＭＯ  ＢＩＯ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ＵＳＡ）を使用して、細菌のゲノムＤＮＡを抽出した。１６Ｓ  ｒＤＮＡ  Ｖ４領域を、ＰＣＲにより増幅し、マイセック（ＭｉＳｅｑ）プラットフォーム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｉｎｃ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）において、２×２５０ｂｐのペアドエンドプロトコールを使用してシーケンシングすることから、ほぼ完全に重複するペアドエンドリードをもたらした。増幅のために使用されたプライマーは、マイセックシーケンシングのためのアダプターと、ＰＣＲ産物のプーリング及び直接的なシーケンシングを可能とする、単一末端バーコード（Ｃａｐｏｒａｓｏら、２０１２）とを含有した。
【０１６８】
[00200]オープンリファレンスＯＴＵピッキング（Ｅｄｇａｒ、２０１０；Ｒｏｇｎｅｓら、２０１６；Ｃａｐｏｒａｓｏら、２０１０）を使用して、クォリティーフィルタリングにかけられた、＞９７％の同一性を伴う配列を、操作的分類単位（ＯＴＵ）として公知のビンへとクラスター化し、ｎｃｂｉブラストプラスパッケージ２．５．０（ｎｃｂｉ−ｂｌａｓｔ＋  ｐａｃｋａｇｅ  ２．５．０）を使用して、１６Ｓの配列データベースである、ＮＣＢＩ  １６ＳリボソーマルＲＮＡ（ＮＣＢＩ  １６Ｓ  ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ＲＮＡ）に照らして、種レベルで分類した。系統分類は、ＮＣＢＩ  ｔａｘｏｎｏｍｙデータベースから得た。各ＯＴＵの相対存在度を、全ての試料について決定した。分類学的分類は、グリーンジーンズ（Ｇｒｅｅｎｇｅｎｅｓ）データベース、シルバ（ＳＩＬＶＡ）データベース、及びＲＤＰデータベースを使用して検証した。
【０１６９】
[00201]系統樹は、既に記載されている（Ｐｅｌｅｄら、２０１６）、ＱＩＩＭＥソフトウェアパッケージにおけるファーストツリー（ＦａｓｔＴｒｅｅ）アルゴリズム（Ｐｒｉｃｅら、２０１０）を使用して、経験的に構築した。略述すると、ツリーの全てのノードを、各ｃｒＯＴＵ存在度が、そのメンバーであるＯＴＵ存在度の総和である、ｃｒＯＴＵ（ｃｌｕｓｔｅｒ  ｏｆ  ｒｅｌａｔｅｄ  ＯＴＵ）と考えた。ツリーは、口腔の１１５２（１１８２のＯＴＵのうちの９７．５％）のマイクロバイオーム内、及び腸管の１４３４（１４５５のＯＴＵのうちの９８．６％）のマイクロバイオーム内の両方で観察された、全てのＯＴＵの配列アライメントから構築した。結果として得られる口腔マイクロバイオーム及び腸管マイクロバイオームのｃｒＯＴＵツリーは、それぞれ、１１５２及び１４３４のノードを含有した。
【０１７０】
[00202]分類学的アルファ多様性は、逆シンプソン指数を使用して推定した。希薄化限界は、解析された、全ての口腔試料（１３０００）及び糞便試料（８０００）における最小数のリードに基づいて設定した。ここで、
【数１】
2020500151.tif 000177
［式中、ｐｉは、全種Ｓのうち、種ｉが占める比率である］である。希薄化限界は、分類学的存在度分布の変動を捕捉するので、最も有意味で頑健な多様性計量の部類であると考えられることが多い（Ｓｈａｎｎｏｎら、２０１３）。
【０１７１】
[00203]口腔微生物叢と腸管微生物叢とを比較及び対比する二部ネットワーク：二部ネットワークは、デフォルトパラメータを使用するＱＩＩＭＥにおいて、メイクバイパータイトネットワークｐｙスクリプト（ｍａｋｅ＿ｂｉｐａｒｉｔｉｔｅ＿ｎｅｔｗｏｒｋ．ｐｙ  ｓｃｒｉｐｔ）を使用して構築し（Ｃａｐｏｒａｓｏら、２０１０）、次いで、エッジで重み付けされたスプリング（Ｓｐｒｉｎｇ）埋込み型レイアウトを使用するサイトスケープ（Ｃｙｔｏｓｃａｐｅ）により視覚化した。全ての口内試料及び糞便試料を使用し（図６）、両方の試料が、同じ患者から得られた場合は、対応のある試料だけを使用して（図１Ａ）、２つのネットワークを生成した。
【０１７２】
[00204]Ｒ及びＮＲの間における、口腔マイクロバイオーム及び腸管マイクロバイオームの差違を可視化するエンリッチメントインデックス：ＯＴＵ表示指数（ｒｉ）を使用して、Ｒにおける各種の表示（ｒｉＲ）、及びＮＲにおける各種の表示（ｒｉＮＲ）を、各群内の、特定の種についての存在度がゼロでなかった試料の比率として定量化した。ｒｉの値は、０（群内のいずれの試料においても、ＯＴＵは見出されない）〜１（群内の全ての試料において、ＯＴＵは見出される）の範囲であった。
【０１７３】
[00205]ＯＴＵエンリッチメントインデックス（ｅｉ）を使用して、Ｒにおける各ＯＴＵのエンリッチメントを、ＮＲにおける各ＯＴＵのエンリッチメントと対比して定量化し、比較したが、この場合、ｅｉ＝（ｒｉＲ−ｒｉＮＲ）／（ｒｉＲ＋ｒｉＮＲ）である。この指数は、−１〜＋１の範囲の値を取る。種が、全てのＲ試料において同定されるが、いかなるＮＲ試料においても同定されない場合、ｅｉ＝＋１である。ｅｉ＝−１については、逆のことが成り立つ。
【０１７４】
[00206]分布ｅｉスコアを使用して、全ての種を、３つのセットへと分類した：セット１：Ｒにおいて示差的にエンリッチされた、セット２：両方の群において見出された、及びセット３：ＮＲにおいて示差的にエンリッチされた。各セット内では、全てのＯＴＵを、存在度によりソートし、次いで、列として与えられる、全ての試料における、ｌｏｇ（１０）変換されたＯＴＵ存在度のヒートマップとして視覚化した。ＯＴＵ存在度の閾値（低度、中程度、及び高度）は、全てのＯＴＵについての存在度の分布から導出した。
【０１７５】
[00207]ＬＥｆＳｅを使用する、バイオマーカーについての統計学的評価：ＬＥｆＳｅ解析法はまず、αを０．０５とあらかじめ規定したクラスカル−ワリス検定を使用して、口腔マイクロバイオーム及び腸管マイクロバイオームにおけるＲ及びＮＲの間で、全ての細菌クレードの存在度を比較する。群間の存在度（例えば、フィーカリバクテリウム属の相対存在度）の比較から生じる、有意に異なるベクトルを、線形判別分析（ＬＤＡ）へのインプットとして使用し、これにより、効果量をもたらす（図２Ｂ）。従来の統計学的検定に対するＬＥｆＳｅの主要な利点は、ｐ値に加えて、効果量をもたらすことである。これは、群間の差違の大きさにより、複数の検定の結果をソートすることを可能とする。階層的に構成された細菌クレードの場合、属レベル及び種レベルでは、門レベル及び綱レベルと比較した場合、多数の比較を行う必要があるので、異なるレベルで考えられる仮説の数の差違に起因して、ｐ値と効果量との間では、相関が欠如する場合がある。
【０１７６】
[00208]メタゲノミック全ゲノムショットガン（ＷＧＳ）シーケンシング：これはまた、ＣＭＭＲ及びメタゲノポリス（Ｍｅｔａｇｅｎｏｐｏｌｉｓ）（ＭＧＰ）との共同でも行った。略述すると、メタゲノミックシーケンシングデータは、細菌、及び微生物のコレクション、特に、パンゲノム（シーケンシングの深度は、直接、カバレッジされるパンゲノム、特に、データセットの量に関する）ともまた称する試料のほぼ完全なゲノム含量についての、種レベルの分解をもたらす。
【０１７７】
[00209]全ゲノムショットガン（ＷＧＳ）シーケンシングは、１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子組成解析のために使用された、同じ抽出細菌ゲノムＤＮＡを活用する。しかし、ＷＧＳシーケンシングは、強力なシーケンシングプラットフォームを援用することにより、高深度のシーケンシングを達成する。各試料から、個別のライブラリーを構築し、ハイセック（ＨｉＳｅｑ）プラットフォーム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）へとロードし、２×１００ｂｐのペアドエンドリードプロトコールを使用してシーケンシングした。クォリティーフィルタリング、トリミング、及びマルチプレックス化解除の工程は、ファーストｑ（ｆａｓｔｑ）を作成するためのカサバ（Ｃａｓａｖａ）ｖ１．８．３（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、アダプター及びクォリティートリミングのためのトリムガロア（Ｔｒｉｍ  Ｇａｌｏｒｅ）及びカットアダプト（ｃｕｔａｄａｐｔ）、並びに試料のマルチプレックス化解除のためのプリンセック（ＰＲＩＮＳＥＱ）など、公開されているツールをアセンブルすることにより開発された自社製のパイプラインにより実行した。
【０１７８】
[00210]ＭＧＰにおいて開発された、定量的メタゲノミックパイプラインを使用して、腸管微生物叢解析を実施した。この手法は、遺伝子レベル及び種レベルにおける、微生物叢の解析を可能とする。高品質のリードを選択し、ヒトリードとして可能な夾雑物を除去するように、クリーニングした。まず、固有のマッピングリードを使用し、次いで、固有のリードを使用するそれらのマッピング比に従い、共通リードを属させる（カタログに由来する異なる遺伝子をマッピングする）、２ステップの手順を使用して、自社製のメテオールステュディオ（ＭＥＴＥＯＲ  Ｓｔｕｄｉｏ）パイプラインを使用する、メタヒット（ＭｅｔａＨＩＴ）ｈｓ＿９．９Ｍ遺伝子カタログ（Ｌｉら、２０１４）を使用して、これらを、マッピングし、カウントした。マッピングは、遺伝子の変動性及びカタログの非冗長的性格を説明するように、＞９５％の同一性閾値を使用して実施した。
【０１７９】
[00211]１４Ｍリードにおけるサイズ縮減ステップ（異なるシーケンシング深度について補正する）及び正規化（ＲＰＫＭ）の後、遺伝子頻度プロファイルマトリックスを得、これを、ＭＧＰにおいて開発され、大規模な定量的メタゲノミックデータセットの解析に特化する、一式のＲパッケージである、メタオマインＲ（ＭｅｔａＯＭｉｎｅＲ）を使用して解析を実施するための参照基準として使用した。
【０１８０】
[00212]ｈｓ＿９．９Ｍ遺伝子カタログを、１４３８のＭＧＳ（ＭｅｔａＧｅｎｏｍｉｃ  Ｓｐｅｃｉｅｓ、試料数百例の間で存在度が共変動し、したがって、同じ微生物の種に属する、＞５００遺伝子の群（Ｎｉｅｌｓｏｎら、２０１４））へとクラスター化した。既にシーケンシングされた生物（ｎｔによるデータバンク及びｗｇｓによるデータバンクに対して、ブラストＮ（ｂｌａｓｔＮ）を使用して）との遺伝子の相同性を使用して、ＭＧＳについての分類学的アノテーションを実施した。試料間のＭＧＳシグナルは、５０のマーカー遺伝子の平均値シグナル又は中央値シグナルとして計算した。ＭＧＳ頻度プロファイルマトリックスは、ＭＧＳ平均値シグナルを使用し、正規化（試料のＭＧＳ頻度の総和＝１）の後で構築した。
【０１８１】
[00213]ゲノムの座標が公知のＫＥＧＧオーソログと重複するリードを表にし、ＫＥＧＧモジュールを段階的に計算し、検出された種１つ当たり、かつ、メタゲノムについて、反応ステップのうちの６５％が存在すれば、完了と決定する。パスウェイは、各分類群及び各メタゲノムについて、存在する遺伝子オーソログから生じるＭｉｎＰａｔｈを経由する最小のセットを計算することにより構築した。
【０１８２】
[00214]パスウェイメタゲノムデータベース（ＰＧＤＢ）：パスウェイツールズ（Ｐａｔｈｗａｙ  Ｔｏｏｌｓ）ソフトウェアからのパソロジック（ＰａｔｈｏＬｏｇｉｃ）プログラム［ＰＭＩＤ：２６４５４０９４］を使用して、各ＷＧＳ試料について、データベースを作成した。プログラムへのインプットは、ＫＥＧＧオーソロジーに基づいて予測される遺伝子機能と、メタゲノムにおける、それらの分類系統への割当てとを使用して作製した。したがって、同じ機能（ＫＯ群）が、いくつかの分類学的アノテーションを有した場合は、アノテーションの各々を、個別の遺伝子と考えた。ＫＥＧＧにおけるＫＯ群の定義を、遺伝子機能として使用し、利用可能な場合、ＫＯ群の第１の名称を、遺伝子名として使用した。ＫＥＧＧにおける番号により、ＫＯ群のアノテーションに従い、ＥＣ番号を、遺伝子へと割り当てた。オプションのヘルプと共に、パスウェイツールズのマニュアルに記載されている通りに、自動モードで、代謝の再構成を行って、輸送反応を自動で予測した。ＰＧＤＢのための生物クラスとして、「ＴＡＸ−２（細菌）」の［ドメイン（ＤＯＭＡＩＮ）］値を使用し、［コドン−テーブル（ＣＯＤＯＮ−ＴＡＢＬＥ）］値を、１とした。パスウェイツールズを使用して、作成されたＰＧＤＢを集約し、比較した。作成されたＰＧＤＢは、要望に応じて、利用可能である。
【０１８３】
[00215]統計学的解析：ウィルコクソンランクサム検定又はマン−ホイットニー（ＭＷ）検定を使用して、アルファ多様性を、ＲとＮＲとの間で比較した。分布の三分位数に基づき、全ての患者を、高度、中程度、又は低度の多様性群へと分類した。ＭＷ検定を使用して、応答及びクラスターの両方により、分類学的存在度の、対応のある比較を行った。各レベル（門、綱、目、科、属、及び種）内で、存在度が低度であり（＜０．１％）、変動が小さい（＜０．００１）分類群を除外した。多重比較のための補正は、アルファレベルを０．０５とする偽発見率法を使用して行った。効果量は、各分類群について、Ｕ／√ｎ［式中、Ｕは、ＭＷ検定のための検定統計量であり、ｎは、全試料サイズ（ｎ＝４３）である］（Ｆｒｉｔｚら、２０１２）と推定し、ｙ軸におけるｌｏｇ１０（ＦＤＲ補正ｐ値）と、ｘ軸における中央値補正効果量とについて、ボルカノプロットを作成した。加えて、患者はまた、腸管マイクロバイオームにおけるこれらの分類群の中央値存在度に基づき、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ又はバクテロイデス目の存在度が高度又は低度の患者としても分類した。カプラン−マイヤー推定量を、各群について推定し、ログランク検定を使用して比較した。ハザード比は、コックス比例ハザードモデルを使用して推定した。
【０１８４】
[00216]一般に、二値転帰変数（ＮＲと対比したＲ）の間の比較のためには、ＭＷ検定を使用し、連続変数を比較するためには、スピアマン相関検定を使用した。加えて、二値変数の間で、比率を比較する場合には、フィッシャーの正確検定を使用した。仮説の検定は、必要に応じて、有意性レベルを９５％とする、片側検定及び両側検定の両方を使用して行った。全ての解析は、Ｒ及びＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ（Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡ）により行った。
【０１８５】
[00217]免疫組織化学：略述すると、切片（４μｍ厚さ）は、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織から調製した。腫瘍の存在は、病理医により、ヘマトキシリン／エオシン染色スライド（Ｈ＆Ｅ）において確認された。次いで、ライカボンドＲＸオートメイテッドスライドストレイナー（Ｌｅｉｃａ  Ｂｏｎｄ  ＲＸ  ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ｓｌｉｄｅ  ｓｔａｉｎｅｒ）（Ｌｅｉｃａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｂｕｆｆａｌｏ  Ｇｒｏｖｅ、ＩＬ）を使用して、スライドを、ＣＤ３（ｎ＝１７）（ＤＡＫＯ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ、１：１００）、ＣＤ８（ｎ＝２１）（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ、１：１００）、ＰＤ−１（ｎ＝１６）（Ａｂｃａｍ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＵＫ、１：２５０）、ＰＤ−Ｌ１（ｎ＝１５）（１：１００、Ｃｅｌｌ  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ、Ｄａｎｖｅｒｓ、ＭＡ）、ＧｚｍＢ（ｎ＝１７）、ＲＯＲγＴ（ｎ＝１４）（１：８００、ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ、ＭＡ）、ＦｏｘＰ３（ｎ＝１６）（１：５０、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）について染色し、ヘマトキシリンで対比染色した。次いで、自動式アペリオスライドスキャナー（Ａｐｅｒｉｏ  Ｓｌｉｄｅ  Ｓｃａｎｎｅｒ）（Ｌｅｉｃａ）を使用して、染色されたスライドを走査し、デフォルトの改変バージョンである「ニュークリア（Ｎｕｃｌｅａｒ）ｖ９」アルゴリズムを使用して、腫瘍領域における免疫浸潤物の密度を定量化し、ＣＤ３、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＦｏｘＰ３、及びＲＯＲγＴについては、１ｍｍ２当たりの陽性のカウントとして、ＰＤ−Ｌ１については、陽性細胞の百分率に、１〜３のスケールによる、それらの強度を乗じた、１〜３００の間のスコアを考慮に入れる、Ｈスコアとしてとして表した。
【０１８６】
[00218]末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）に対して、フローサイトメトリーを実施した。ＰＢＭＣを、ＣＤ３（ＵＣＨＴ１、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ４（ＳＫ３、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、ＣＤ８（ＲＰＡＴ８、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｍｉｓｓｉｓｓａｕｇａ、Ｃａｎａｄａ）、ＦｏｘＰ３（ＰＣＨ１０１、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＣＤ１２７（ＨＩＬ−７Ｒ〜７Ｍ２１、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ１９（ＨＩＢ−１９、ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）、ＣＤ１４（６１Ｄ３、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＨＬＡ−ＤＲ（Ｌ２４３、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ３３（ＷＭ５３、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ５６（ＮＣＡＭ１、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、及びＣＤ１１ｂ（ＩＣＲＦ４４、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で染色し、フォルテッサフローサイトメーター（Ｆｏｒｔｅｓｓａ  Ｆｌｏｗ  Ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ）（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）において、取得を実行した。解析は、フロージョーバージョン１０（ＦｌｏｗＪｏ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １０）（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ  Ｉｎｃ．、Ａｓｈｌａｎｄ、ＯＲ）により実施した。
【０１８７】
[00219]マルチプレックス免疫組織化学：１２マーカー連続マルチプレックス骨髄免疫組織化学は、既に記載されている（Ｔｓｕｊｉｋａｗａ、Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐｏｒｔｓ、２０１７）通りに実施した。略述すると、ＦＦＰＥ切片に、染色、走査、及び脱染の連続サイクルを施し、ＡＥＣを、色原体として使用し、アペリオスライドスキャナー（Ｌｅｉｃａ）で走査した。ヘマトキシリンにより、核、ＣＤ６８、トリプターゼ、ＣＳＦ１Ｒ、ＤＣ−ＳＩＧＮ、ＣＤ６６ｂ、ＣＤ８３、ＣＤ１６３、ＨＬＡ−ＤＲ、ＰＤ−Ｌ１、ＣＤ３／ＣＤ２０／ＣＤ５６、及びＣＤ４５について、染色及び走査した後、次いで、イメージスコープ（ＩｍａｇｅＳｃｏｐｅ）を使用して、全ての画像のＣＤ４５陽性領域を抽出し、セルプロファイラー（ＣｅｌｌＰｒｏｆｉｌｅｒ）を使用して、位置合わせし、重ね合わせ、分割し、解析及び定量化のために、ＦＣＳエクスプレス（ＦＣＳ  Ｅｘｐｒｅｓｓ）を使用して、画像層を、擬似カラー処理した。
【０１８８】
[00220]サイトカインのマルチプレックス処理：マルチプレックスビーズアッセイ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）を使用して、４１の血漿サイトカインレベルを評価した。定量化されるサイトカイン、ケモカイン、及び可溶性メディエーターは、ＩＬ−１ｂ、ＩＬ−１ｒａ、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１２（ｐ７０）、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＩＬ−１７、エオタキシン、塩基性ＦＧＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮ−ｇ、ＩＰ−１０、ＭＩＰ−１ａ、ＰＤＧＦ−ｂｂ、ＭＩＰ−１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、ＴＮＦ−ａ、ＶＥＧＦ、ＩＬ−２ｒａ、ＨＧＦ、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−１７Ｆ、ＩＬ−２３、ＳＤＦ１／ＣＸＣＬ１２、ＣＣＬ２２、ＭＣＰ−１／ＣＣＬ２、Ｇｒｏ−ａ／ＣＸＣＬ１、ＥＮＡ７８／ＣＸＣＬ５、ＥＧＦ、ＴＧＦ−ｂ１、ＴＧＦ−ｂ２、及びＴＧＦ−ｂ３を含んだ。
実施例３：腸管マイクロバイオームのモジュレーションは、マウス黒色腫モデルにおける抗腫瘍応答を増強する
【０１８９】
[00221]次に、ヒト研究から得られた洞察を使用して、腸管マイクロバイオームをモジュレートすることにより、マウス黒色腫モデルにおける抗腫瘍応答を増強しうるという仮説について調べようとした。短鎖脂肪酸産生菌についてエンリッチする、腸管マイクロバイオームのモジュレーションが、抗腫瘍応答を増強するのかどうかを決定するために、研究を実施した。
【０１９０】
[00222]これらの研究では、黒色腫において見出される、一般的な駆動性突然変異（ＢＲＡＦ）を伴うマウス腫瘍モデルを使用した。細胞を、２つの異なる販売元（Ｔａｃｏｎｉｃ  ｆａｒｍｓと対比したＪａｃｋｓｏｎ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）から購入された、遺伝子的に同一なマウス（Ｃ５７ＢＬ６）であって、それらのマイクロバイオームにおいて、著明に異なる（Ｔａｃｏｎｉｃ製マウスでは、短鎖脂肪酸産生菌がエンリッチされている）マウスへと植え込んだ。ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）／Ｐｔｅｎ−／−腫瘍細胞を、Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスへと植え込み、これらの遺伝子的に同一であるが、マイクロバイオームが異なるマウスにおける、腫瘍増殖（図３３Ａ）及び生存（図３３Ｂ）の実質的な差違を観察した。興味深いことに、Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスの共飼育（図３３Ｃ）（マウスは、正常では、食糞性であるので）又は糞便移植による腸管マイクロバイオームのモジュレーションが、これらの差違を無化したことから、腸管マイクロバイオームのモジュレーションは、ＢＲＡＦ突然変異体腫瘍モデルにおける腫瘍の増殖を変更しうることが示唆される。マウスは、食糞性であるので、共飼育は、個々のマイクロバイオームのいずれにも由来する、融合マイクロバイオームの出現をもたらす。１６Ｓシーケンシングを、共飼育のＴａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスと対比した、単独飼育のＴａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスにおいて実施することから、単独飼育マウス及び共飼育マウス（図３３Ｄ及び３３Ｅ）における、顕著に異なるマイクロバイオームを裏付け、これらのマウスにおける腸管マイクロバイオームのモジュレーションを確認した。
【０１９１】
[00223]ヒト患者におけるデータに基づき、酪酸（短鎖脂肪酸）の口腔投与が、好適な腸管マイクロバイオームを促進するのに十分な基質をもたらすことにより、抗腫瘍応答を増強するのかどうかについて調べた。これらの研究では、酪酸を、Ｔａｃｏｎｉｃ製マウス及びＪａｃｋｓｏｎ製マウスへと、経口投与した。これらの研究において、酪酸による処置は、抗腫瘍応答の増強と関連した（図３３Ｆ）ことから、腸管マイクロバイオームのモジュレーションは、抗腫瘍応答を増強しうることがさらに示唆される。
【０１９２】
[00224]したがって、これらの研究は、全身治療を施される、転移性黒色腫を伴う患者における、口腔マイクロバイオーム及び腸管マイクロバイオームについての多様性及び組成に関する新規のデータをもたらし、免疫チェックポイントの遮断（詳細には、ＰＤ−１ベースの治療）に対する、非レスポンダーと対比したレスポンダーにおいて、示差的な細菌「署名」が存在することを裏付けるので、重要である。
実施例４：糞便微生物叢移植
【０１９３】
[00225]無菌（ＧＦ）マウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームによる、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）は、腫瘍増殖（ＦＭＴ１）を低減する：「好適な」腸管マイクロバイオームと、免疫チェックポイント遮断への応答との因果連関について探索するために、無菌（ＧＦ）レシピエントマウスにおいて、糞便マイクロバイオーム移植（ＦＭＴ）実験を実施した。発がん性のＢＲＡＦＶ６００Ｅの発現及びＰＴＥＮの欠失（ＢＰ細胞）により駆動される、十分に確立された、注入型マウス黒色腫同系モデルを使用した。第１の実験（ＦＭＴ１）では、ＦＭＴが、腫瘍の増殖に影響を与えうるのかどうかを決定しようとした。ＧＦマウス（群１つ当たりのｎ＝３）に、強制経口投与により、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（Ｒ−ＦＭＴ群）又は非レスポンダー（ＮＲ−ＦＭＴ群）に由来する糞便を移植した。対照群マウスには、ＰＢＳ単独を移植した。ＦＭＴの２週間後、各マウスに、ＢＰ細胞８×１０５個を皮下注入し、毎週２回、腫瘍の増殖を点検した（図２５Ａ）。実験中の異なる時点において、血液及び糞便ペレットを回収した。
【０１９４】
[00226]ＦＭＴ１からの結果は、１４日目までに、Ｒ−ＦＭＴ群における腫瘍増殖の、抗ＰＤ−１に対するＮＲに由来する糞便を移植されたマウスと比較した遅延を有意に裏付けた（ｐ＝０．０４、図１Ｂ）。
【０１９５】
[00227]次に、マルチカラー蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）解析を使用して、ＦＭＴの、免疫系に対する全身性の影響について探索した。Ｒ−ＦＭＴを施されるマウスが、脾臓において、ＮＲ−ＦＭＴ群におけるマウスと比較して、高百分率の自然エフェクター細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋を発現させる）、及び低頻度の抑制性骨髄細胞（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋を発現させる）を有したことは注目に値する（図２６）。これらのデータは、自然免疫コンパートメントにおける特異的な亜集団が、ＧＦレシピエントマウスにおける、好適な腸管微生物叢の移植により誘発される抗腫瘍応答において、役割を果たすことを示唆した。
【０１９６】
[00228]この結論は、ＦＭＴを施されたマウスに由来する腸管及び腫瘍の切片に対する定量的共焦点イメージングにより、さらに確認された。実際、Ｒ−ＦＭＴを施されるマウスの腫瘍は、ＣＤ４５＋Ｔ細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の密度が、ＮＲ−ＦＭＴを施されるマウスより高度であった（図２７Ａ及び２７Ｃ上パネル）。さらに、Ｒに由来するＦＭＴは、腸管におけるＣＤ４５＋免疫細胞及びＣＤ８＋Ｔ細胞の数を、ＮＲ−ＦＭＴと比較して、局所的に増大させた（図２７Ｂ及び２７Ｃ下パネル）。
【０１９７】
[00229]加えて、１６Ｓシーケンシングを使用する、分類学的特徴付けは、糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）の前後における、無菌マウスの腸管マイクロバイオームの目覚ましい差違であって、バクテロイデス目分類群及びクロストリジウム目分類群が、大きく増大する差違を明らかにした。予測される通り、ＰＢＳを施された対照マウスは、それらの腸管マイクロバイオームにおいて、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（Ｒ−ＦＭＴ）又は非レスポンダー（ＮＲ−ＦＭＴ）に由来する糞便を施されたマウスと比較して、顕著に異なる分類群を保有した。さらに、Ｒ−ＦＭＴ及びＮＲ−ＦＭＴの腸管マイクロバイオームを施されるマウスは、移植後の時間経過にわたり、十分な安定性を維持した。
【０１９８】
[00230]ＧＦマウスにおける、好適な腸管マイクロバイオームのＦＭＴは、腫瘍の増殖を低減し、抗ＰＤ−Ｌ１療法への応答を増強する（ＦＭＴ２）：第２のＦＭＴ実験（ＦＭＴ２）では、Ｒ患者に由来するマイクロバイオームが、黒色腫のマウスモデルに移植された場合、免疫治療への応答を増強しうるのかどうかを問うた。この問題に取り組むために、ＧＦマウスに、強制経口投与により、抗ＰＤ−１療法に対するレスポンダー（ｎ＝２、Ｒ−ＦＭＴ群）又は非レスポンダー（ｎ＝３、ＮＲ−ＦＭＴ群）に由来する糞便を移植した。対照群マウス（ｎ＝２）には、ＰＢＳ単独を移植した。ＦＭＴの２週間後、各マウスに、ＢＰ細胞８×１０５個を注入し、毎週２回、腫瘍の増殖を点検した。腫瘍の体積が、２５０〜５００ｍｍ３に達したら、マウスを、腹腔内注射により投与される、抗ＰＤ−Ｌ１抗体で処置した（図２８Ａ）。
【０１９９】
[00231]ＦＭＴ２からの結果は、１４日目までに、Ｒ−ＦＭＴ群における腫瘍増殖の、抗ＰＤ−１に対するＮＲに由来する糞便を移植されたマウスと比較した遅延を有意に裏付けた（ｐ＝０．０４、図２８Ｂ）。Ｒ−ＦＭＴを移植されたマウスはまた、抗ＰＤ−Ｌ１療法への、ＮＲに由来する糞便を移植されたマウス（ＮＲ−ＦＭＴ）と比較して、改善された応答も呈示した（図２８Ｃ）ことが重要である。
【０２００】
[00232]次に、腸管マイクロバイオームが、全身免疫応答及び抗腫瘍免疫応答に影響を与えうる機構を決定した。腫瘍及び脾臓における免疫浸潤物についてのＦＡＣＳ解析は、Ｒ−ＦＭＴを施されるマウスが、ＮＲ−ＦＭＴ群におけるマウスと比較して、高百分率の、腫瘍に浸潤するＣＤ４５＋骨髄細胞を有することを裏付けた（図２９Ａ）。特に、Ｒ−ＦＭＴに由来する腫瘍免疫浸潤物では、ＮＲ−ＦＭＴと比較して、高百分率の自然エフェクター細胞（ＣＤ４５＋ＣＤ１１ｂ＋Ｌｙ６Ｇ＋を発現させる）、及び低頻度の抑制性骨髄細胞（ＣＤ１１ｂ＋ＣＤ１１ｃ＋を発現させる）が見出された（図２９Ｂ〜２９Ｅ）。これらのデータは、末梢レベル（ＦＭＴ１で示した）及び腫瘍レベルのいずれにおいても、自然免疫コンパートメントの特異的な亜集団を、Ｒ患者に由来するＦＭＴにより誘導される抗腫瘍応答と相関させた。
【０２０１】
[00233]ＮＲ−ＦＭＴマウスでは、腫瘍における、ＲＯＲγＴ＋Ｔｈ１７細胞の頻度の増大もまた検出された（図３０Ａ及び３０Ｂ）ことは、ＰＤ−１遮断に対して応答しなかった患者に由来する腫瘍においてなされる観察と符合する。さらに、ＮＲ−ＦＭＴを施されるマウスはまた、脾臓における、高レベルの調節性ＣＤ４＋ＦＯＸＰ３＋Ｔ細胞（図３０Ｃ）及びＣＤ４＋ＩＬ−１７＋細胞（図３１Ｄ）も裏付けたことから、宿主免疫応答が損なわれていることが示唆される。
【０２０２】
[00234]ｔ−ＳＮＥによる次元圧縮を使用するマスサイトメトリー（ＣｙＴＯＦ）解析を、マウスに由来する腫瘍に対して実施し、Ｒ−ＦＭＴを施されるマウスの腫瘍微小環境において、ＮＲ−ＦＭＴを施されるマウスと対比した、ＰＤ−Ｌ１の上方調節を裏付けた（図３１Ａ）ことから、「熱い」腫瘍微小環境の発生が示唆される。ＣｙＴＯＦ解析はまた、Ｒ−ＦＭＴ又は非レスポンダーであるＮＲ−ＦＭＴでは、顕著に異なる骨髄亜集団が、腫瘍に、優先的に浸潤することも確認した（図３１Ｂ）。
【０２０３】
[00235]ＦＭＴ２実験による糞便ペレットの、縦断的サンプリング及びマイクロバイオーム特徴付けは、腸管マイクロバイオームにおける、時間経過にわたる相対的安定性を伴い、ＦＭＴ１と同様の結果を示した。
【０２０４】
[00236]ＦＭＴの生着後の無菌マウスにおける、マイクロバイオームの安定性：ＰＤ−１遮断に応答しなかった患者と対比した、ＰＤ−１遮断に応答した患者に由来する糞便を施された無菌マウスから回収された、縦断的な糞便ペレットに対して、１６Ｓシーケンシングを実施した。目レベルにおける系統分類群の検討、及びベースラインペレットの、ＦＭＴ完了の２週間後に回収されたペレットとの比較は、生着の成功を明らかにした。さらに、存在度が最も高度である目の、時間経過にわたる存続は、生着したマイクロバイオームが、全実験を通して、安定的であることを示唆した。
【０２０５】
[00237]Ｒ−ＦＭＴマウスフローラ内の、ある特定の細菌が、腫瘍の増殖を緩徐化させる一助となり、ＮＲ−ＦＭＴマウスフローラ内の、ある特定の細菌が、腫瘍の増殖を刺激する一助となるという仮説に基づき、本発明者らは、Ｒ−ＦＭＴマウス又はＮＲ−ＦＭＴマウスだけに存在するＯＴＵ（又は対照マウスから逸失してもいるＯＴＵ）を比較した。これらは、２つのＦＭＴ実験の各群からの代表的マウスにおいて行った。本発明者らまた、いずれのＦＭＴ実験においても、一貫した移入結果を示すＯＴＵについても検討した。この解析は、アセタネロバクテリウム・エロンガツム、アリスチペス・チモネンシス、アネロコルムナ・ジェジュエンシス、アネロコルムナ・キシラノボランス（Ａｎａｅｒｏｃｏｌｕｍｎａ  ｘｙｌａｎｏｖｏｒａｎｓ）、バクテロイデス・フラジリス、バクテロイデス・ノルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｎｏｒｄｉｉ）、バクテロイデス・ステルコリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、ブラウティア・フェシス、ブラウティア・グルセラセア、ブラウティア・ハンセニイ、ブラウティア・オベウム、ブラウティア・シンキイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｓｃｈｉｎｋｉｉ）、カプロイシプロヅセンス・ガラクチトリボランス（Ｃａｐｒｏｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ  ｇａｌａｃｔｉｔｏｌｉｖｏｒａｎｓ）、クリステンセネラ・ミヌタ、クロストリジウム・アルデネンセ、クロストリジウム・アルカリセルロシ、クロストリジウム・アミグダリヌム、クロストリジウム・オロチクム、クロストリジウム・ポリサッカロリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・キシラノリティクム、コプロバチルス・カテニフォルミス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｔｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、エメルゲンシア・チモネンシス、エウバクテリウム・ハリイ、エクスティバクター・ムリス、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、イフバクター・マシリエンシス、ネグレクタ・チモネンシス、ノビバチルス・テルモフィルス、オシリバクター・ルミナンティウム、パピリバクター・シナミボランス、パラバクテロイデス・ジョンソニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス、ペプトコッカス・ニガー、シュードフラボニフラクター・カピロスス、ロビンソニエラ・ペオリエンシス、ルミノコッカス・ゴブロイイ、ルミノコッカス・グナブス、ルミノコッカス・トルケス、及びスラキア・ピリフォルミスとして分類されたＯＴＵが、いずれの実験でも、Ｒ−ＦＭＴマウスだけで見出されることを明らかにした。
【０２０６】
[00238]無菌ＧＦマウスにおける、異なるＲドナー及びＮＲドナーに由来するＦＭＴは、Ｒの微生物叢と、腫瘍増殖の低減との連関を確認する（ＦＭＴ３）。「好適な」腸管マイクロバイオームは、ＧＦマウスに移植されると、腫瘍の増殖を抑制するという知見を検証するために、異なるＲ患者及びＮＲ患者に由来する糞便を使用して、ＦＭＴ１と同様の実験を実施した。この第３の実験（ＦＭＴ３では）、ＧＦマウスに、強制経口投与により、抗ＰＤ−１療法に対する、１例のレスポンダー（ｎ＝１、Ｒ−ＦＭＴ群）、又は１例の非レスポンダー（ｎ＝１、ＮＲ−ＦＭＴ群）に由来する糞便を移植した。対照群マウスには、ＰＢＳ単独を移植した（ｎ＝３、対照群）。ＦＭＴの２週間後、各マウスに、ＢＰ細胞２．５×１０５個を皮下注入し、毎週２回、腫瘍の増殖を点検した（図３２Ａ）。実験中の異なる時点において、血液及び糞便ペレットを回収した。
【０２０７】
[00239]ＦＭＴ３からの結果は、１４日目までに、Ｒ−ＦＭＴ群における腫瘍増殖の、抗ＰＤ−１に対するＮＲに由来する糞便を移植されたマウスと比較した遅延を有意にした（図３２Ｂ）。この差違は、時間経過にわたり、終了時まで維持された（図３２Ｃ）ことが重要である。
実施例５：糞便微生物叢移植の方法
【０２０８】
[00240]糞便微生物叢移植（ＦＭＴ）：全ての動物研究は、ＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  ＣｅｎｔｅｒにおけるＡｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ、ＵＴにより承認され、Ｇｕｉｄｅ  ｆｏｒ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  ｏｆ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ａｎｉｍａｌｓに準拠した。マウス研究のためのＢ６無菌マウスは、Ｂａｙｌｏｒ  Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（Ｈｏｕｓｔｏｎ）のノトバイオート施設から購入した。全てのマウスは、オートクレーブ処理した専用ケージで輸送し、ＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒのマウス施設で飼育した。全てのケージ、止栓を伴うボトル、及び動物の飲用水は、使用の前にオートクレーブ処理した。飼料及び寝床は、２回にわたり照射し、実験において使用する前に、無菌性を確認するように調べた。各処置類別内で、対照群のマウスには、あらかじめ還元されたＰＢＳだけを施した。実験群からの他の全てのマウスには、Ｒドナー又はＮＲドナーに由来するＦＭＴを施し、各ドナー試料を、１匹、２匹、又は３匹のマウスへと送達した。１００μｍのストレーナーを使用して、１μｌ当たり０．１ｇのヒト糞便懸濁液から、２００μｌの清明化上清を得、１週間、３回にわたり、マウスへと強制経口投与するのに続き、１週間の休止期間を与えて、マイクロバイオームの確立を可能とした。次いで、マウスに、ＢＰ同系腫瘍細胞株を注入し（１４日目）、腫瘍が、約２５０〜５００ｍｍ３に達したら、動物を、抗ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体（精製された、低内毒素濃度の、機能的製剤であるＢ７−Ｈ１、ＣＤ２７４、Ｌｅｉｎｃｏ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．）で処置した。腫瘍の増殖／生存を評価した。糞便検体、血液、脾臓、及び腫瘍を、摘出し、さらなる解析のために加工した。
【０２０９】
[00241]マウスの腫瘍及び脾臓についてのフローサイトメトリー：腫瘍を、単離し、小片へとみじん切りにし、コラゲナーゼＡ（２ｍｇ／ｍＬ；Ｒｏｃｈｅ、型番１１０８８７９３００１）及びＤＮアーゼＩ（ＤＮａｓｅ  Ｉ）（４０単位／ｍＬ；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、型番Ｄ５０２５）を含有するＲＰＭＩにおいて、３７℃で、攪拌しながら、１時間にわたり消化した。細胞懸濁液を、細胞ストレーナーに通し、１Ｌ当たり２ミリモルのＥＤＴＡを補充した、２％のＲＰＭＩにおいて洗浄し、ＦＡＣＳ緩衝液（２ｍＭのＥＤＴＡを補充した、２％の熱不活化ＦＢＳを含有するＰＢＳ）に再懸濁させた。脾臓を、ＦＡＣＳ緩衝液において破砕し、ＡＣＫ緩衝液（Ｇｉｂｃｏ）における、室温で、２分間にわたるインキュベーションにより、赤血球を溶解させた。次いで、ペレットを、洗浄し、ＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁させた。細胞表面マーカーについての解析のために、以下の抗体：ＣＤ４５（３０−Ｆ１１、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ＣＤ１１ｂ（Ｍ１／７０、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、ＣＤ１１ｃ（ＨＬ３、ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｇｅｎ）、Ｌｙ６Ｇ（ＲＢ６〜８Ｃ５、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、Ｌｙ６Ｃ（ＡＬ−２１、ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、Ｆ４／８０（ＢＭ８、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用した。細胞を、リブ／デッドビアビリティーステイン（ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ  ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  ｓｔａｉｎ）（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で標識し、試料を、ＬＳＲフォルテッサＸ２０フローサイトメトリー（ＬＳＲ  Ｆｏｒｔｅｓｓａ  Ｘ２０  ｆｌｏｗ  ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ）（ＢＤ）において回収した。二重項は、ＦＳＣ面積を、ＦＳＣの高さと対比してプロットすることにより、弁別し、除外し、データは、フロージョーソフトウェア（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ）を使用して解析した。
【０２１０】
[00242]ＦＦＰＥ試料についての免疫蛍光法：まず異種移植腫瘍、マウスの腸管及び脾臓を採取し、１０％の緩衝ホルマリンにおいて固定し（室温で、４時間にわたり）、次いで、７０％エタノールへと切り替え、４℃で保存した。組織を、パラフィンに包埋し、５μｍの切片を、正に帯電させたスライドにマウントした。組織を脱パラフィン処理し、電子レンジを使用して、ｐＨ６．０のクエン酸緩衝液（Ｄａｋｏ）において、抗原賦活化を実施した。切片を、ブロッキング緩衝液（ＰＢＳに５％のヤギ血清／０．３％のＢＳＡ／０．０１％のトリトン（Ｔｒｉｔｏｎ））においてブロッキングするのに続き、４℃で一晩にわたり、一次抗体によるインキュベーションを行った。切片を洗浄し、次いで、アレクサ（Ａｌｅｘａ）コンジュゲート二次抗体（１：５００、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ）と共に、室温で、１時間にわたりインキュベートした。カバースリップを、ＰＢＳ／０．０１％のトリトンにおいて、３回に渡り洗浄し、次いで、ヘキスト（Ｈｏｅｃｈｓｔ）染料（１：５０００、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）において、室温で、１５分間にわたりインキュベートした。ＰＢＳにおける３回にわたる洗浄の後、試料を、プロログダイアモンドマウンティングメディア（ＰｒｏＬｏｇ  Ｄｉａｍｏｎｄ  ｍｏｕｎｔｉｎｇ  ｍｅｄｉａ）（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｐｒｏｂｅ）にマウントした。４つの固体レーザーシステム及び２０倍の対物レンズを装備したＮｉｋｏｎ  Ａ１Ｒ＋共焦点顕微鏡を使用して、画像を捕捉した。
【０２１１】
[00243]ＣｙＴＯＦ：腫瘍を、手作業で解離させ、リベラーゼＴＬ（Ｒｏｃｈｅ）及びＤＮアーゼＩを使用して、３７℃で、３０分間にわたり消化し、７０μｍのメッシュフィルターに通した。次いで、ヒストパック１１１９（Ｈｉｓｔｏｐａｑｕｅ  １１１９）（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）及びＲＭＰＩ培地による不連続勾配を使用して、試料を遠心分離した。最大で、試料１例当たりの細胞２．５×１０６個の単一細胞懸濁液のＦｃ受容体をブロッキングし、表面抗体混合物により、４℃で３０分間にわたり染色した。金属コンジュゲート抗体を、Ｆｌｕｉｄｉｇｍから購入するか、又は製造元のプロトコール（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）に従い、Ｘ８ポリマー抗体標識化キットを使用して、コンジュゲートさせた。２．５μＭの１９４Ｐｔ−シスプラチン（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を使用して、１分間にわたり、試料を染色し、２％のＦＣＳ  ＰＢＳで、２回にわたり洗浄した。製造元のプロトコール（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）に従い、パラジウム質量タグバーコード処理法を使用して、細胞をバーコード処理し、２％のＦＣＳ  ＰＢＳによる、２回にわたる洗浄の後で組み合わせた。次いで、細胞を、製造元のプロトコール（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）に従い、ＦｏｘＰ３転写因子染色キットを使用して、固定し、透過処理した。次いで、細胞内標的に対する抗体の混合物を使用して、試料を、室温で、３０分間にわたり染色した。試料を、２％のＦＣＳ  ＰＢＳにより、２回にわたり洗浄し、次いで、１．６％のＰＦＡ／１００ｎＭのイリジウム／ＰＢＳ溶液において、一晩にわたりインキュベートしてから、ヘリオスマスサイトメーター（Ｈｅｌｉｏｓ  ｍａｓｓ  ｃｙｔｏｍｅｔｅｒ）（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を使用して取得した。
【０２１２】
[00244]マスサイトメトリーデータは、ビーズで正規化し、Ｆｌｕｉｄｉｇｍ製のソフトウェアを使用して、脱バーコード処理した。フロージョーを使用して全生存ＣＤ４５＋細胞に、手作業でゲートをかけた。マットラブ（Ｍａｔｌａｂ）におけるＣｙｔパッケージを使用して、全生存ＣＤ４５＋細胞に対するｔ−ＳＮＥ解析を実施した。係数４を使用して、データを、逆双曲線関数変換し、試料１例当たりのイベント数５０，０００へと、ランダムにダウンサンプリングしてから、ｔ−ＳＮＥ解析にかけた。次いで、各群に由来する試料を融合し、各処置群に由来する、等しい数の、ランダムにダウンサンプリングされたイベント（５０，０００）を表示することにより、各実験群についてのｔ−ＳＮＥプロットを作成した。
【０２１３】
[00245]
【表１１】
2020500151.tif 000178
2020500151.tif 000179
【０２１４】
[00246]本明細書において開示され、特許請求される方法の全ては、本開示に照らして、不要な実験を伴わずに、実行することができる。本発明の組成物及び方法について、好ましい実施形態との関係で記載してきたが、当業者には、本発明の概念、精神、及び範囲から逸脱しない限りにおいて、本明細書において記載される方法、並びに方法のステップ又はステップの連鎖に、変動を適用しうることが明らかであろう。より詳細に述べると、同じ結果又は同様の結果を達成しながら、化学的にも、生理学的にも類縁である、ある特定の薬剤で、本明細書で記載される薬剤を代用しうることが明白であろう。当業者に明白な、全てのこのような同様の代用及び改変は、付属の特許請求の範囲により規定される、本発明の精神、範囲、及び概念の中にあるものと考えられる。
参考文献
以下の参考文献は、本明細書で明示される詳細に対して補完的である、例示的な手順上の詳細又は他の詳細を提供する程度において、参照により詳細に本明細書に組み込まれる。
【０２１５】
[0001]本出願は、各々が参照によりその全体において本明細書に組み込まれる、２０１６年９月２７日に出願された、米国特許仮出願第６２／４００，３７２号；２０１７年５月１９日に出願された、同第６２／５０８，８８５号；及び２０１７年９月１２日に出願された、同第６２／５５７，５６６号の利益を主張する。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図１Ｆ】
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【図１Ｇ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図２Ｄ】
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【図２Ｅ】
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【図２Ｆ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図３Ｅ】
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【図３Ｆ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図４Ｅ】
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【図４Ｆ】
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【図４Ｇ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
2020500151.tif 000207
【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図８Ｃ】
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【図８Ｄ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
2020500151.tif 000219
【図１０Ｃ】
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【図１０Ｄ】
2020500151.tif 000221
【図１１Ａ】
2020500151.tif 000222
【図１１Ｂ】
2020500151.tif 000223
【図１１Ｃ】
2020500151.tif 000224
【図１１Ｄ】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１５Ａ】
2020500151.tif 000233
【図１５Ｂ】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ】
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【図１７】
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【図１８Ａ】
2020500151.tif 000238
【図１８Ｂ】
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【図１８Ｃ】
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【図１８Ｄ】
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【図１８Ｅ】
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【図１８Ｆ】
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【図１９】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ】
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【図２０Ｃ】
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【図２０Ｄ】
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【図２０Ｅ】
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【図２０Ｆ】
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【図２１】
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【図２２Ａ】
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【図２２Ｂ】
2020500151.tif 000253
【図２２Ｃ】
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【図２２Ｄ】
2020500151.tif 000255
【図２３】
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【図２４Ａ】
2020500151.tif 000257
【図２４Ｂ】
2020500151.tif 000258
【図２４Ｃ】
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【図２５Ａ】
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【図２５Ｂ】
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【図２６Ａ】
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【図２６Ｂ】
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【図２６Ｃ】
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【図２７Ａ】
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【図２７Ｂ】
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【図２７Ｃ】
2020500151.tif 000267
【図２８Ａ】
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【図２８Ｂ】
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【図２８Ｃ】
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【図２９Ａ】
2020500151.tif 000271
【図２９Ｂ】
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【図２９Ｃ】
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【図２９Ｄ】
2020500151.tif 000274
【図２９Ｅ】
2020500151.tif 000275
【図３０Ａ】
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【図３０Ｂ】
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【図３０Ｃ】
2020500151.tif 000278
【図３０Ｄ】
2020500151.tif 000279
【図３１Ａ】
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【図３１Ｂ】
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【図３２Ａ】
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【図３２Ｂ】
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【図３２Ｃ】
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【図３３Ａ】
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【図３３Ｂ】
2020500151.tif 000286
【図３３Ｃ】
2020500151.tif 000287
【図３３Ｄ】
2020500151.tif 000288
【図３３Ｅ】
2020500151.tif 000289
【図３３Ｆ】
2020500151.tif 000290
【図３４Ａ】
2020500151.tif 000291
【図３４Ｂ】
2020500151.tif 000292
【図３４Ｃ】
2020500151.tif 000293
【配列表】
2020500151000001.app
【国際調査報告】
2020500151.tif 000294
2020500151.tif 000295
2020500151.tif 000296
2020500151.tif 000297
2020500151.tif 000298
2020500151.tif 000299
2020500151.tif 000300