(57)【要約】本開示は、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価する方法及びシステムに関する。具体的には、本開示は、簡易化した臨床リスク評価と遺伝リスク評価を統合してリスク分析を改良することに関する。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価する方法であって、
前記臨床リスク評価が女性対象の年齢、乳癌の家族歴、及び民族のうちの２つまたはすべてにのみ基づく前記女性対象の臨床リスク評価を実施すること、
前記女性対象由来の生体試料中、存在する乳癌に関連すると知られている少なくとも２つの一塩基多型を検出することを含む前記女性対象の遺伝リスク評価を実施すること、及び
前記臨床リスク評価を前記遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めることを含んでいる、前記方法。
【請求項２】
乳癌に関連することが知られている少なくとも３、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０個の一塩基多型の存在を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記一塩基多型が、共変量のない対数加法モデルの下でのロジスティック回帰によって乳癌との関連について個々に検定される、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記一塩基多型は、ｒｓ２９８１５８２、ｒｓ３８０３６６２、ｒｓ８８９３１２、ｒｓ１３３８７０４２、ｒｓ１３２８１６１５、ｒｓ４４１５０８４、ｒｓ３８１７１９８、ｒｓ４９７３７６８、ｒｓ６５０４９５０及びｒｓ１１２４９４３３からなる群、またはそれらの１つ以上の連鎖不均衡の一塩基多型より選択される、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
前記一塩基多型が表６から選択されるか、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項６】
乳癌に関連する少なくとも７２個の一塩基多型を検出することを含む請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法であって、ここで、少なくとも６７の前記一塩基多型は表７から選択されるか、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡の一塩基多型であり、残りの一塩基多型は表６から選択されるか、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型である、前記方法。
【請求項７】
前記女性対象が白人である場合、前記方法は、表９に示される少なくとも７２個の一塩基多型、またはそれらの一つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出することを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項８】
前記女性対象が白人である場合、前記方法は、表９に示される少なくとも７７の一塩基多型、またはそれらの一つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出することを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項９】
前記女性対象がネグロイドまたはアフリカ系アメリカ人である場合、前記方法は表１０に示される少なくとも７４の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡の一塩基多型を検出することを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１０】
前記女性対象がネグロイドまたはアフリカ系アメリカ人の場合、表１０に示す少なくとも７８の一塩基多型またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出することを含んでいる、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１】
前記女性対象がヒスパニックである場合、前記方法が表１１に示す少なくとも７８の一塩基多型またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出することを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２】
前記女性対象がヒスパニックである場合、前記方法は表１１に示す少なくとも８２個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型を検出することを含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１３】
臨床的リスク評価の結果により女性対象がより頻繁なスクリーニング及び／または予防的な抗乳癌治療を受けるべきであることが示される、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１４】
前記対象に乳癌発症リスクがあると決定される場合、前記対象は、エストロゲン阻害治療剤に対して非反応性ではなく反応性である可能性が高い、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１５】
前記乳癌は、エストロゲン受容性陽性またはエストロゲン受容体陰性である、請求項１〜１４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１６】
前記臨床リスク評価が、女性対象の年齢及び乳癌の家族歴のみに基づく、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１７】
前記臨床リスク評価と前記遺伝リスク評価とを組み合わせることにより、前記リスク評価を乗算して前記リスクスコアを提供することを含む、請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１８】
請求項１〜１６のいずれか１項に記載の方法であって、
前記臨床的リスク評価と前記遺伝リスク評価とを組み合わせることには以下の式：
絶対リスク＝ｍｏｒｔｓｕｖ（１−ｅｘｐ（−ＲＲ×ＳＮＰ（ｉｎｃｉｄ＿５−ｉｎｃｉｄ＿ａｇｅ）））
を使用することを含み、
式中ＲＲ＝乳癌の一等親血縁者を持つことに関連する相対リスク、ＳＮＰは複合ＳＮＰ相対リスク、ｉｎｃｉｄ＿ａｇｅは現在の（ベースライン）年齢での乳癌発生率、ｉｎｃｉｄ＿５はベースライン＋５年間での乳癌発生率、ｍｏｒｔｓｕｒｖは乳癌以外の原因による競合する死亡率である、前記方法。
【請求項１９】
ヒト女性対象の定期的な乳癌診断検査の必要性を決定する方法であって、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価することを含んでいる、前記方法。
【請求項２０】
約２０％の生涯リスクよりも高いリスクスコアは、前記対象がスクリーニング乳房ＭＲＩｃ及びマンモグラフィープログラムに登録すべきであることを示す、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ヒト女性対象の乳癌をスクリーニングする方法であって、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価すること、及び乳癌を発症するリスクがあると評価された場合は前記対象の乳癌について定期的にスクリーニングすることを含んでいる、前記方法。
【請求項２２】
ヒト女性対象に予防的抗乳癌治療剤が必要かどうかを決定する方法であって、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価することを含んでいる、前記方法。
【請求項２３】
約１．６６％の５年リスクよりも高いリスクスコアは、前記対象にエストロゲン受容体治療剤を勧めるべきであることを示している、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
ヒト女性対象の乳癌のリスクを予防するまたは低減す方法であって、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法を用いて前記対象の乳癌発症リスクを評価すること、及び乳癌を発症するリスクがあると評価された場合は前記対象に抗乳癌治療剤を投与することを含んでいる、前記方法。
【請求項２５】
前記治療剤はエストロゲンを阻害する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
乳癌のリスクがあるヒト女性対象の乳癌を予防するために使用される抗乳癌治療剤であって、前記対象は、請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法により、乳癌を発症するリスクがあると評価される、前記抗乳癌治療剤。
【請求項２７】
候補治療剤の臨床試験のためにヒト女性対象群を層別化する方法であって、前記対象が乳癌を発症する個別のリスクを請求項１〜１８のいずれか１項に記載の方法により評価すること、及び前記評価の結果を用いて前記治療剤に対し反応性がより高そうな前記対象を選別することを含んでいる、前記方法。
【請求項２８】
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するコンピューター実装方法であって、プロセッサー及びメモリーを含む電算システムで実行でき、
前記女性対象の臨床リスクデータ及び遺伝リスクデータを受信することであって、前記臨床リスクデータ及び遺伝リスクデータは、請求項１〜１８のいずれか１項に従う方法により得られ、
前記データを処理して前記臨床リスクデータを前記遺伝リスクデータと統合し、それによってヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めること、及び
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを出力することを含んでいる、前記コンピューター実装方法。
【請求項２９】
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するシステムであって、
請求項１〜１８のいずれか１項により前記女性対象の臨床リスク評価及び遺伝リスク評価を実施するためのシステム命令を実施するためのシステム命令、及び、
前記臨床リスク評価を前記遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めるためのシステム命令を含んでいる、前記システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価する方法及びシステムに関する。具体的に本開示は、簡易化した臨床リスク評価と遺伝リスク評価を統合して、リスク分析を改良することに関する。
【背景技術】
【０００２】
推定では、米国の女性のおよそ８人に１人が生涯のうちに乳癌を発症する。２０１３年の予測によると、２３万人を超える女性が浸潤性乳癌と診断され約４万人が乳癌で死亡する、とされる（ＡＣＳ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｆａｃｔｓ  ＆  Ｆｉｇｕｒｅｓ  ２０１３−１４）。したがって、どの女性が癌を発症するのかを予測し、予防策を講じることには大きな意義がある。
【０００３】
多くの研究が、年齢、家族の病歴、出産関連歴、及び良性乳房疾患といった表現型リスク因子に焦点を当てている。これらのリスク因子の様々な組合せを集約したものが、通常よく使用される２種のリスク予測アルゴリズム、Ｇａｉｌモデル（一般の集団向き）（乳癌リスク評価ツールＢＣＲＡＴ（Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｉｓｋ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  Ｔｏｏｌ）としても知られている）とＴｙｒｅｒ−Ｃｕｚｉｃｋモデル（乳癌患者が多い家系の女性向き）である。
【０００４】
これらのリスク予測アルゴリズムは、通常質問票によって得られる自己申告による臨床情報に大きく依存している。場合によっては、関連する臨床情報が提供されない。ある質問は数十年前の記憶（初潮）に頼っているものもあれば、患者側のある程度の医学的高度な知識及び／または実際の病理学的報告（異型過形成）を必要とするものもある。さらに、「不明」以外の回答を入力する質問については、アルゴリズムに入力されているデータセットの正確さが問題になる。例えば、異型過形成が存在したかどうかは、乳癌のリスク評価において重要な要素である（相対リスク＞４．０）。
【０００５】
近年、乳癌を発症するリスクを評価するための市販検査薬は、臨床的リスクスコアと遺伝リスクスコアを統合させることによって乳癌リスクを予測することが検討されている。しかしながら、これらの検査の臨床的リスク評価の要素は、自己申告の臨床情報に関する上記に参照される制限に左右される。したがって、乳癌リスク評価試験は改善する必要性がある。
【発明の概要】
【０００６】
本発明者らは、女性対象の乳癌リスクの改善された評価法を提供するために遺伝リスク評価と統合することができる簡易化した臨床的リスク評価を特定した。
【０００７】
一実施形態において、本開示は、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価する方法に関し、本方法は、
女性対象の臨床リスク評価を実施することであって、ここでその臨床リスク評価は女性対象の年齢、乳癌の家族歴及び民族性のうちの２つのみまたはすべてに基づくこと、
女性対象の遺伝リスク評価を実施することであって、ここで、遺伝リスク評価は、女性対象に由来する生物学的サンプルにおいて、乳癌に関連することが知られている少なくとも２個の一塩基多型の存在を検出することを含むこと、及び
その臨床リスク評価をその遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めることを含む。
【０００８】
例えば、遺伝リスク評価は、乳癌に関連していることが知られている少なくとも３、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０の一塩基多型の存在を検出することを含み得る。
【０００９】
一実施形態において、一塩基多型は、共変量のない対数加法モデルの下でのロジスティック回帰によって乳癌との関連について個々に検定される。
【００１０】
別の実施形態では、一塩基多型は、ｒｓ２９８１５８２、ｒｓ３８０３６６２、ｒｓ８８９３１２、ｒｓ１３３８７０４２、ｒｓ１３２８１６１５、ｒｓ４４１５０８４、ｒｓ３８１７１９８８、ｒｓ４９７３７６８、ｒｓ６５０４９５０、及びｒｓ１１２４９４３３からなる群、またはそれらの１つ以上と連結不均衡にある一塩基多型から選択される。別の実施形態において、一塩基多型は表６から選択されるか、またはそれらの１つ以上の連鎖不平衡にある一塩基多型である。
【００１１】
別の実施形態において、遺伝子リスク評価は乳癌に関連する少なくとも７２の一塩基多型を検出することを含んでおり、ここで一塩基多型のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型であり、残りの一塩基多型は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型である。
【００１２】
一実施形態では、遺伝リスク評価は、評価されている女性対象の民族性に基づいて変動し得る。例えば、女性対象が白人である場合、遺伝リスク評価は、表９に示される少なくとも７２個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出することを含む。別の例において、女性対象が白人である場合、遺伝リスク評価は、表９に示される少なくとも７７個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型を検出することを含む。別の例において、女性対象がネグロイドまたはアフリカ系アメリカ人である場合、遺伝リスク評価は、表１０に示される少なくとも７４の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を検出することを含む。別の例において、女性対象がネグロイドまたはアフリカ系アメリカ人である場合、遺伝リスク評価は、表１０に示される少なくとも７８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型を検出することを含む。別の例では、女性対象がヒスパニックである場合、遺伝リスク評価は表１１に示される少なくとも７８個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型を検出することを含む。別の例では、女性対象がヒスパニックである場合、遺伝リスク評価は表１１に示される少なくとも８２個の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型を検出することを含む。
【００１３】
一実施形態では、連鎖不平衡にある一塩基多型は、０．９を超える連鎖不平衡を有する。別の実施形態では、連鎖不平衡にある一塩基多型は、１を超える連鎖不平衡を有する。
【００１４】
一実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の年齢及び乳癌の家族歴のみに基づく。別の実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の年齢、乳癌の家族歴及び民族性のみに基づく。
【００１５】
別の実施形態では、臨床リスク評価と遺伝リスク評価とを統合することには、リスクスコアを提供するためにリスク評価を乗算することを含む。
【００１６】
一実施形態において、臨床リスク評価の結果は、女性対象がより頻繁なスクリーニング及び／または予防的抗乳癌治療を受けるべきであることを示している。
【００１７】
別の実施形態において、対象が乳癌を発症するリスクがあると決定された場合、対象は非応答性以上にエストロゲン阻害療法に応答する可能性が高い。
【００１８】
一実施形態では、乳癌は、エストロゲン受容性陽性またはエストロゲン受容体陰性であり得る。
【００１９】
別の実施形態では、本開示の方法は、乳癌についてのヒト女性対象の日常的な診断検査の必要性を決定するための方法に組み込まれてもよい。
【００２０】
一実施形態では、臨床的リスク評価を実施するには、乳癌を発症する絶対リスクを計算するモデルを使用する。例えば、乳癌を発症する絶対リスクは、乳癌発生率を用いて計算することができ、乳癌以外の他の原因で死亡するという競合するリスクを考慮に入れている。
【００２１】
別の実施形態では、臨床リスク評価は、乳癌を発症する５年間の絶対リスクを提供する。別の実施形態において、臨床リスク評価は、乳癌を発症する１０年間の絶対リスクを提供する。
【００２２】
別の実施形態では、臨床リスク評価を実施するには、乳癌を発症する生涯リスクを計算するモデルを使用する。一実施形態では、生涯リスク約２０％を超えるリスクスコアは、対象がスクリーニング乳房ＭＲＩｃ及びマンモグラフィープログラムに登録されるべきであることを示している。
【００２３】
別の実施形態では、本開示はヒト女性対象の乳癌をスクリーニングする方法を包含し、その方法には、本開示の方法を用いて対象が乳癌を発症するリスクを評価すること、及び対象が乳癌を発症するリスクを有すると評価された場合、対象において乳癌を日常的にスクリーニングすることを含む。
【００２４】
別の実施形態では、本開示の方法は、予防的な抗乳癌療法のためのヒト女性対象の必要性を決定するための方法に組み込まれ得る。一実施形態において、約１．６６％の５年リスクを超えるリスクスコアは、エストロゲン受容体療法を対象に提供すべきであることを示す。
【００２５】
別の実施形態では、本開示は、ヒト女性対象における乳癌のリスクを予防または軽減するための方法を包含し、その方法には本開示に記載の方法を用いて対象が乳癌を発症するリスクを評価すること、及び対象が乳癌を発症するリスクを有すると評価された場合に対象に抗乳癌治療を施すことを含む。一実施形態では、療法はエストロゲンを阻害する。
【００２６】
別の実施形態では、本開示は、それらのリスクがあるヒト女性対象における乳癌の予防に使用するための抗乳癌療法を包含し、その対象は本開示の方法に従って乳癌を発症するリスクを有すると評価される。
【００２７】
別の実施形態では、本開示は、候補療法の臨床試験のために一群のヒト女性対象の群を層別化するための方法を包含し、この方法は本開示による方法を用いて乳癌を発症する対象の個々のリスクを評価することを含み、その評価結果を用いて、治療に応答する可能性が高い対象を選択する。
【００２８】
別の実施形態では、本開示は、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価するコンピューター実装方法を包含し、本方法は、プロセッサー及びメモリーを含む電算システムで実行可能であり、その方法は
本開示による方法によって臨床的及び遺伝リスクデータが得られた、女性対象についての臨床リスクデータ及び遺伝リスクデータを受信すること、
そのデータを処理して臨床リスクデータを該遺伝リスクデータと統合し、それによってヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めること、及び
ヒト女性対象の乳癌発症リスクを出力することを含む。
【００２９】
別の実施形態では、本開示は、乳癌発症に対するヒト女性対象のリスクを評価するためのシステムを包含し、
本開示に従って女性対象の臨床リスク評価及び遺伝リスク評価を実行するためのシステム命令、及び
臨床的リスク評価と遺伝リスク評価を組み合わせて、乳癌発症に対するヒト女性対象のリスクを求めるためのシステムの説明書が含まれる。
【００３０】
本明細書中の任意の例は、他に具体的に明記されない限り、他の任意の例に必要な変更を加えて適用されるものとする。
【００３１】
本開示は、例示のみの目的を意図した、本明細書に記載の特定の実施例によって範囲が限定されるべきではない。機能的に等価な製品、組成物及び方法は本明細書に記載されるように、明らかに本開示の範囲内である。
【００３２】
本明細書を通して、特に別様に明記しない限り、または文脈が他に必要としない限り、単一のステップ、物質の組成、ステップ群または物質の組成物群への言及は、それらの１つ及び複数（すなわち１つ以上）のステップ、物質の組成、ステップ群または物質の組成物群を包含すると解釈され得る。
【００３３】
本明細書全体を通して、「ｃｏｍｐｒｉｓｅ（含む）」という語、または「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ」や「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ」といった変化形は、記載の要素、整数もしくはステップ、または要素、整数もしくはステップの群を包含するものであり、他の要素、整数もしくはステップ、または要素、整数もしくはステップの群を排除するものではない。  
【００３４】
次に、以下の非限定的実施例により、添付図面を参照しながら、本開示を説明する。
【図面の簡単な説明】
【００３５】
【図１】臨床リスク評価のためにＧａｉｌモデルを用いて５年間のリスクを統合した患者を示す。
【図２】図２（ａ）は、単一の臨床リスク（ＳＣＲ）モデル＋ＳＮＰ、またはＧａｉｌモデル＋ＳＮＰを使用した２，２８２人の米国患者の５年リスクスコアの箱ひげ図。円は異常値を表す。図２（ｂ）は５年分布の対数変換値及びｔ検定の結果を示す。ｔ検定は、ＳＣＲ＋ＳＮＰとＧａｉｌ＋ＳＮＰのスコアの平均値に差がないことを示す（Ｐ＞０．０５）。
【図３−１】（ａ）アフリカ系アメリカ人、（ｂ）白人、及び（ｃ）ヒスパニック女性におけるＳＮＰのみ、ＳＣＲモデルのみ、またはＳＣＲ＋リスクＳＮＰに対するリスク予測のＲＯＣプロット。ランダムリスク予測の基準線も示されている。
【図３−２】同上。
【図４】ＳＣＲモデルを使用した患者の５年絶対リスクを示す。
【発明を実施するための形態】
【００３６】
一般的な手法及び定義
特に断らない限り、本明細書で使用するすべての科学技術用語は、（たとえば、細胞培養、乳癌解析、分子遺伝学、免疫学、免疫組織化学、タンパク質化学、及び生化学の分野の）当業者により通常理解されるのと同じ意味を有する。
【００３７】
特に断らない限り、本開示で使用する分子学的及び免疫学的手法は、当業者には周知の標準的な手順である。そのような手法は、Ｊ．Ｐｅｒｂａｌ，Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９８４），Ｊ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｕｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ（１９８９），Ｔ．Ａ．Ｂｒｏｗｎ（編），Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  １  ａｎｄ  ２，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ（１９９１），Ｄ．Ｍ．Ｇｌｏｖｅｒ  ａｎｄ  Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ（編），ＤＮＡ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅｓ  １−４，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ（１９９５  ａｎｄ  １９９６）、及びＦ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．（編），Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂ．Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ（１９８８、現在までの改訂もすべて含む），Ｅｄ  Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｄａｖｉｄ  Ｌａｎｅ（編）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｕｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，（１９８８）、及びＪ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．（編）Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ（現在までの改訂もすべて含む）など参考資料内の文献で説明されている。
【００３８】
本開示は、特定の実施形態（当然ながら変化し得る）に限定されないことを理解されたい。また、本明細書内の術語は、特定の実施形態を説明するだけであり、限定する意図はないことも理解されたい。本明細書及び添付の請求項で使用される用語の単数形や単数形の「ａ」「ａｎ」「ｔｈｅ」といった冠詞は、たとえば、文脈として明白に複数が排除されるのでなければ、随意で複数形も包含する。したがって、たとえば、「ａ  ｐｒｏｂｅ」に言及する場合、随意で、複数のプローブ分子も含む。同様に、文脈によっては、「ａ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ」という用語を使用する際は、随意で、その核酸分子の多数のコピーを事実上含む。
【００３９】
本明細書では、特に断らない限り、「ａｂｏｕｔ（約）」という用語は、記載値の±１０％、より好ましくは±５％、さらに好ましくは±１％を指す。
【００４０】
本開示の方法は、乳癌を発症しているヒト女性対象がリスクを評価するために使用され得る。本明細書では、「ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（乳癌）」という用語は、女性対象で発症し得る任意のタイプの乳癌を包含する。たとえば、乳癌は、ルミナルＡ（ＥＲ＋及び／またはＰＲ＋、ＨＥＲ２−、低Ｋｉ６７）、ルミナルＢ（ＥＲ＋及び／またはＰＲ＋、ＨＥＲ２＋（または高Ｋｉ６７のＨＥＲ２−）、トリプルネガティブ／基底様（ＥＲ−、ＰＲ−、ＨＥＲ２−）またはＨＥＲ２タイプ（ＥＲ−、ＰＲ−、ＨＥＲ２＋）などと特徴づけられることがある。別の例では、乳癌は、アルキル化剤、白金剤、タキサン、ビンカ剤、抗エストロゲン薬、アロマターゼ阻害剤、卵巣機能抑制剤、エンドクリン／ホルモン剤、ビスホスホナート治療剤または標的化生体治療剤などの治療剤（単数または複数）に耐性があり得る。本明細書では、「乳癌」は、個人が乳癌を発症する素因を呈する表現型も包含する。乳癌の素因を呈する表現型は、たとえば、所与の環境的条件（食事、身体活動状況、地理的所在等）下では、相応する一般集団のメンバーよりも、その表現型をもっている人のほうがより乳癌を発症しやすいことを示し得る。
【００４１】
本明細書では、「ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓａｍｐｌｅ（生体試料）」は、ヒト患者のまたはヒト患者由来の、核酸、特にはＤＮＡを含む、任意の試料、たとえば、患者の体液（血液、唾液、尿等）、生検、組織、及び／または排泄物を指す。したがって、組織生検、便、痰、唾液、血液、リンパなど、基本的には適当な核酸を含むどの対象組織でも、容易にＳＮＰｓのスクリーニングができる。一実施形態では、生体試料は、頬の細胞試料である。これらの試料は、典型的には、標準的な医療検査学的方法により、患者のインフォームドコンセント後に採取される。試料は、患者から採取したままか、または少なくとも部分的に処理（精製）して少なくとも一部の非核酸物質を除去したものであり得る。
【００４２】
「ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（多形）」は、可変的な座位である。つまり、ある集団内で、ある多形のヌクレオチド配列は２種以上のバージョンまたはアレルを有する。多形の一例が「ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（一塩基多型）」であり、これはゲノム内の１つのヌクレオチド位置の多形である（この特定位置のヌクレオチドは、個体間または集団間で異なる）。
【００４３】
本明細書では、「ＳＮＰ」または「ｓｉｎｇｌｅ  ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ（一塩基多型）」という用語は、個体間の遺伝的バリエーション、たとえば、生物のＤＮＡにおける可変的な１つの窒素塩基位置を指す。本明細書では、「ＳＮＰｓ」はＳＮＰの複数形である。当然ながら、本明細書でＤＮＡに言及する場合は、そのアンプリコンやＲＮＡ転写物等のＤＮＡ誘導体も含み得る。
【００４４】
「ａｌｌｅｌｅ（アレル）」という用語は、特定の座位で生じるかもしくはコードされている２つ以上の異なるヌクレオチド配列、またはそのような座位によりコードされている２つ以上の異なるポリペプチド配列のうちの１つを指す。たとえば、第１のアレルは１本の染色体上に生じ得、第２のアレルは、たとえばヘテロ接合個体の異なる染色体で生じるように、またはある集団の異なるホモ接合個体またはヘテロ接合個体間で生じるように、第２の相同染色体上に生じる。アレルがある形質と連関しており、かつ、該アレルの存在が、該アレルを有する個体にその形質もしくは形質の形態が現れるという指標となる場合に、該アレルと該形質とは「ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｙ（正の）」相関関係にある。アレルがある形質と連関しており、かつ、該アレルの存在が、該アレルを有する個体にその形質もしくは形質の形態が現れないという指標となる場合に、該アレルと該形質とは「ｎｅｇａｔｉｖｅｌｙ（負の）」相関関係にある。
【００４５】
マーカー多形またはアレルは、特定の表現型（乳癌易罹患性等）と統計学的に連関（正または負）し得る場合に、その表現型と「ｃｏｒｒｅｌａｔｅｄ（相関）」または「ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ（関連）」している。多形またはアレルが統計学的に連関しているかどうかを決定する方法は、当業者には既知である。すなわち、特定の多形は、対照集団（たとえば乳癌ではない人の群）よりも症例集団（たとえば乳癌患者群）のほうにより一般的に生じる。この相関は、事実上の因果関係と推定されることが多いが、必ずしもそうである必要はなく、相関／関連が生じるには、表現型の原因となる形質の座位との遺伝的連関（関連）だけで十分である。
【００４６】
「ｌｉｎｋａｇｅ  ｄｉｓｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ連鎖不平衡」（ＬＤ）という語句は、２つの近接した多形遺伝子型の統計学的な相関関係を説明するのに用いられる。典型的には、ＬＤは、配偶子間のＨａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡（統計学的独立）を想定して、あるランダム配偶子の２つの座位のアレル間の相関関係を指す。ＬＤは、Ｌｅｗｏｎｔｉｎの関連パラメータ（Ｄ’）またはＰｅａｒｓｏｎの相関係数（ｒ）のいずれかで定量化される（Ｄｅｖｌｉｎ  ａｎｄ  Ｒｉｓｃｈ，１９９５）。ＬＤ値が１である２つの座位は、完全ＬＤといわれる。その反対に、ＬＤ値がゼロである２つの座位は、連鎖平衡にある、といわれる。連鎖不平衡は、期待値最大化アルゴリズム（ＥＭ）を用いたハプロタイプ頻度の推定に続いて計算される（Ｓｌａｔｋｉｎ  ａｎｄ  Ｅｘｃｏｆｆｉｅｒ，１９９６）。本開示において選択される近接する遺伝子型／座位のＬＤ値は、０．１よりも高く、好ましくは０．２よりも高く、より好ましくは０．５よりも高く、さらに好ましくは０．６よりも高く、さらに好ましくは０．７よりも高く、好ましくは０．８よりも高く、さらに好ましくは０．９よりも高く、理想的には約１．０である。
【００４７】
本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓを当業者が容易に特定できる別の方法は、２つの座位のＬＯＤスコアを決定することである。ＬＯＤとは「ｌｏｇａｒｉｔｈｍ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｏｄｄｓ（尤度対数）」の略であり、２つの遺伝子が、または１つの遺伝子と１つの疾患遺伝子とが、１本の染色体上で互いに近接しているかどうか、つまり共に遺伝する可能性があるかどうかの統計学的推定である。一般に、ＬＯＤスコアが約２〜３かそれよりも高い場合、その２つの遺伝子は染色体上で互いに近接している、とみなされる。本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にある様々なＳＮＰｓを表１〜４に示す。発明者らは、本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓの多くのＬＯＤスコアが約２〜５０であることを見出した。したがって、一実施形態では、本開示において選択される近接する遺伝子型／座位のＬＯＤ値の選択は、少なくとも２よりも高く、少なくとも３よりも高く、少なくとも４よりも高く、少なくとも５よりも高く、少なくとも６よりも高く、少なくとも７よりも高く、少なくとも８よりも高く、少なくとも９よりも高く、少なくとも１０よりも高く、少なくとも２０よりも高く少なくとも３０よりも高く、少なくとも４０よりも高く、少なくとも５０よりも高い。
【００４８】
別の実施形態では、本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓは、約２０センチモルガン（ｃＭ）以下または未満の特定の遺伝子組換え距離を有し得る。たとえば、１５ｃＭ以下、１０ｃＭ以下、９ｃＭ以下、８ｃＭ以下、７ｃＭ以下、６ｃＭ以下、５ｃＭ以下、４ｃＭ以下、３ｃＭ以下、２ｃＭ以下、１ｃＭ以下、０．７５ｃＭ以下、０．５ｃＭ以下、０．２５ｃＭ以下、または０．１ｃＭ以下。たとえば、１つの染色体セグメント内の２つの連鎖した座位は、減数分裂の間、約２０％、約１９％、約１８％、約１７％、約１６％、約１５％、約１４％、約１３％、約１２％、約１１％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％、約１％、約０．７５％、約０．５％、約０．２５％、または約０．１％以下または未満の頻度で、互いに組換えが生じ得る。
【００４９】
別の実施形態では、本開示のＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓは、互いから少なくとも１００ｋｂ（座位の組換え率にもよるが、ヒトでは約０．１ｃＭと相関）、少なくとも５０ｋｂ、少なくとも２０ｋｂ以内にある。
【００５０】
たとえば、特定のＳＮＰの代用マーカーを特定する手法として、目的のＳＮＰの周囲のＳＮＰｓは連鎖不平衡にあるため疾患易罹患性に関する情報を提供できる、とみなす簡単な方法がある。したがって、本明細書で説明するように、代用マーカーは、ＨＡＰＭＡＰなどの公に利用可能なデータベースから、科学界で好適な代用マーカー候補として選択されている、一定の基準を満たすＳＮＰｓを検索することによって、特定できる（たとえば表１〜４の凡例を参照のこと）。
【００５１】
「ａｌｌｅｌｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ（アレル頻度）」は、個体、系統または系統集団内で、ある座位にあるアレルが存在する頻度（割合または比率）を指す。たとえば、アレル「Ａ」に関して、遺伝子型「ＡＡ」「Ａａ」または「ａａ」の二倍体個体は、それぞれ１．０、０．５、または０．０のアレル頻度を有している。ある系統または集団（たとえば症例集団または対照集団）内でのアレル頻度は、その系統または集団の個体標本のアレル頻度を平均化すれば推定できる。同様に、系統集団内のアレル頻度は、その集団を構成している系統のアレル頻度を平均化することで計算できる。
【００５２】
一実施形態では、「ａｌｌｅｌｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ（アレル頻度）」という用語は、マイナーアレル頻度（ＭＡＦ）の定義に使用される。ＭＡＦは、所与の集団でもっとも珍しいアレルが生じる頻度を指す。
【００５３】
ある個体が所与の座位に１種類のアレルしかもっていない場合、その個体は「ホモ接合」である（たとえば、二倍体個体は、２本の相同染色体それぞれのある座位に、同じアレルのコピーを有している）。所与の座位に２種類以上のアレルが存在する場合、個体は「ヘテロ接合」である（たとえば、２種類のアレルのコピーを１つずつ有している二倍体個体）。「ｈｏｍｏｇｅｎｅｉｔｙ（均一性）」という用語は、ある群のメンバーが１つ以上の特定の座位に同じ遺伝子型を有することを指す。これに対して「ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ（不均一性）」という用語は、ある群内の個体が１つ以上の特定の座位に異なる遺伝子型を有することを指すのに使用される。
【００５４】
「ｌｏｃｕｓ（座位）」は、染色体上の位置（ｐｏｓｉｔｉｏｎ）又は領域である。たとえば、ある多形座位は、ある多形核酸、形質決定因子、遺伝子またはマーカーが存在する位置又は領域である。さらなる一例では、「ｇｅｎｅ  ｌｏｃｕｓ（遺伝子座位）」は、種ゲノム内の特定の染色体上の部位（ｌｏｃａｔｉｏｎ）（領域）であり、特定の遺伝子が見られ得る。
【００５５】
「ｍａｒｋｅｒ（マーカー）」「ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｍａｒｋｅｒ（分子マーカー）」または「ｍａｒｋｅｒ  ｎｕｃｌｅｉｃ  ａｃｉｄ（マーカー核酸）」は、座位または連鎖座位を特定する際の基準点として用いられるヌクレオチド配列またはそのコード化産物（たとえば、たんぱく質）を指す。マーカーは、ゲノムヌクレオチド配列または発現したヌクレオチド配列（たとえば、ＲＮＡ、ｎＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡなど）、またはコード化ポリペプチドに由来し得る。この用語はまた、マーカー配列を増幅できるプローブまたはプライマー対として用いられる核酸などの、マーカー配列に対して相補的なまたはマーカー配列の両側の核酸配列も指す。「ｍａｒｋｅｒ  ｐｒｏｂｅ（マーカープローブ）」は、マーカー座位の存在を特定するのに用いられ得る核酸配列または分子であり、たとえば、あるマーカー座位の配列に対して相補的な核酸プローブである。核酸は、たとえばワトソンとクリックの塩基対ルールによると、溶液中で特異的にハイブリダイズする場合に「ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｙ（相補的）」である。「ｍａｒｋｅｒ  ｌｏｃｕｓ（マーカー座位）」は、第２の連鎖座位の存在、たとえば、表現型形質の集団バリエーションをコードするかまたはそれに寄与している連鎖または相関する座位の存在を追跡するのに用いられ得る座位である。たとえば、マーカー座位は、マーカー座位と遺伝的または物理的に連鎖しているＱＴＬなどの座位でのアレルの分離を観察するのに用いられ得る。したがって、「ｍａｒｋｅｒ  ａｌｌｅｌｅ（マーカーアレル）」あるいは「ａｌｌｅｌｅ  ｏｆ  ａ  ｍａｒｋｅｒ  ｌｏｃｕｓ（マーカー座位のアレル）」は、あるマーカー座位に関して多形である集団において該マーカー座位に見られる複数の多形ヌクレオチド配列のうちの１つである。特定される各マーカーは、関連の表現型に寄与するたとえばＱＴＬなどの遺伝因子に対して物理的かつ遺伝的に近接している（したがって物理的及び／または遺伝的連鎖がある）と考えられる。集団のメンバー間の遺伝的多形に対応するマーカーは、当業界で確立されている諸方法により検出できる。これらの方法としては、たとえば、ＰＣＲベースの配列特異的増幅法、制限断片長多形（ＲＦＬＰ）の検出、アイソザイムマーカーの検出、アレル特異的ハイブリダイゼーション（ＡＳＨ）の検出、一塩基伸長の検出、ゲノムの増幅された可変配列の検出、自家持続配列複製の検出、単純反復配列（ＳＳＲｓ）の検出、一塩基多型（ＳＮＰｓ）の検出、または増幅断片長多形（ＡＦＬＰｓ）の検出が挙げられる。
【００５６】
核酸増幅の文脈における「ａｍｐｌｉｆｙｉｎｇ（増幅すること）」という用語は、選択された核酸（またはその転写体）の追加コピーが生産される任意のプロセスである。典型的な増幅法としては、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などの様々なポリメラーゼを用いる複製法、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）などのリガーゼ媒介法、及びＲＮＡポリメラーゼを用いる（たとえば転写による）増幅法が挙げられる。
【００５７】
「ａｍｐｌｉｃｏｎ（アンプリコン）」は、増幅された核酸であり、たとえば、任意の利用可能な増幅法（たとえば、ＰＣＲ、ＬＣＲ、転写など）により鋳型核酸を増幅して生産された核酸である。
【００５８】
「ｇｅｎｅ（遺伝子）」は、１つ以上の発現分子、たとえばＲＮＡ、またはポリペプチドを一緒にコード化している、ゲノム内の１つ以上のヌクレオチド配列である。遺伝子は、ＲＮＡへと転写されるコード化配列を含み得、ＲＮＡは次いでポリペプチド配列へと翻訳され得、該遺伝子の複製または発現を介助する関連の構造的または調節配列を含み得る。
【００５９】
「ｇｅｎｏｔｙｐｅ（遺伝子型）」は、１つ以上の遺伝子座位における個体（または個体群）の遺伝的構成である。遺伝子型は、個体の１つ以上の既知の座位のアレル（複数可）により、典型的には、両親から受け継いだアレルの集合により、定められる。
【００６０】
「ｈａｐｌｏｔｙｐｅ（ハプロタイプ）」は、１本のＤＮＡ鎖上の複数の遺伝子座位における個体の遺伝子型である。典型的には、ハプロタイプにより説明される遺伝子座位は、物理的及び遺伝的に連鎖しており、すなわち同じ染色体ストランド上に存在する。
【００６１】
マーカー、プローブ、またはプライマーの「ｓｅｔ（セット）」は、一般的な目的、たとえば特定の遺伝子型（たとえば、乳癌発症リスク）をもつ人の特定に用いられる、マーカー、プローブ、プライマーの集合または群、あるいはそれらから得られるデータを指す。マーカー、プローブ、もしくはプライマーに対応する、またはそれらを用いて得られるデータは、電子媒体に記憶されることが多い。あるセットの各メンバーは特定の目的に関して有用性があるが、セットならびに全部ではなく一部のマーカーを含む各サブセットから選択される個々のマーカーも、特定の目的を達成するのに有用である。
【００６２】
上述した多形や遺伝子、及び対応するマーカープローブ、アンプリコンまたはプライマーは、物理的な核酸として、または核酸の配列情報を含むシステム命令として、本明細書の任意のシステムで具現化され得る。たとえば、システムは、本明細書で説明する遺伝子または多形に対応する（あるいはその一部分を増幅する）プライマーまたはアンプリコンを含み得る。上述の方法と同様に、マーカープローブまたはプライマーのセットは、随意で、複数の該遺伝子または遺伝子座位の複数の多形を検出する。したがって、たとえば、マーカープローブまたはプライマーのセットは、これらの多形または遺伝子それぞれの、あるいは本明細書で説明する任意の他の多形、遺伝子または座位それぞれの、少なくとも１つの多形を検出する。そのようなプローブまたはプライマーはどれでも、任意のそのような多形または遺伝子、またはその相補的核酸、またはその転写産物（たとえば、ゲノム配列から、たとえば転写またはスプライシングによって生産されるｎＲＮＡまたはｍＲＮＡ）のヌクレオチド配列を含み得る。
【００６３】
本明細書では、「Ｒｅｃｅｉｖｅｒ  ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ  ｃｕｒｖｅｓ（ＲＯＣ）（受信者操作特性曲線）」は、二分類システムで区切り閾値を変化させながら（１−特異性）に対する感受性をプロットしたグラフを指す。ＲＯＣは、偽陽性の割合（ＦＰＲ＝偽陽性率）に対する真陽性の割合（ＴＰＲ＝真陽性率）をプロットすることでも同等に表すことができる。基準を変えながら２つの操作特性（ＴＰＲとＦＰＲ）を比較するので、相対操作特性曲線としても知られている。ＲＯＣ分析は、コストコンテキストまたはクラス分布から独立して（かつそれらを特定する前に）、最善であろうモデルを選択し、次善のモデルを破棄するツールを提供する。本開示の文脈で使用する方法は、当業者には明らかになろう。
【００６４】
本明細書では、「ｃｏｍｂｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｒｉｓｋ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｉｓｋ  ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｔｏ  ｏｂｔａｉｎ  ｔｈｅ  ｒｉｓｋ（臨床リスク評価を遺伝リスク評価と統合してリスクを求めること）」という用語は、これらの２つの評価の結果に依存する任意の好適な数学的分析を指す。たとえば、臨床リスク評価と遺伝リスク評価の各結果を足してもよいし、より好ましくは掛けてもよい。
【００６５】
本明細書では、「ｒｏｕｔｉｎｅｌｙ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  ｆｏｒ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（乳癌の定期的スクリーニング）」及び「ｍｏｒｅ  ｆｒｅｑｕｅｎｔ  ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ（より頻繁なスクリーニング）」という用語は、相対的な用語であり、乳癌発症リスクが特定されていない対象に勧められるスクリーニング頻度との比較に基づく。
【００６６】
臨床リスク評価
一実施形態では、臨床リスク評価手順は、女性対象から臨床情報を取得することを含む。他の実施形態では、これらの詳細はすでに確定されている（対象の医療記録などにおいて）。
【００６７】
一実施形態では、臨床リスク評価は少なくとも女性の年齢を考慮に入れる。別の実施形態では、臨床的リスク評価は、女性対象の年齢及び乳癌の家族歴のみに基づく。この実施形態では、臨床リスク評価は、場合によっては民族性も考慮に入れることができる。したがって、別の実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の乳癌の家族歴及び民族性のみに基づいている。別の実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の年齢及び民族性のみに基づいている。別の実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の年齢、乳癌の家族歴及び民族性のみに基づいている。
【００６８】
「乳癌の家族歴」は、本開示の文脈では、女性対象の一等親及び／または二等親血縁者の間の乳癌の病歴を指すのに使用される。例えば、「乳癌の家族歴」は、一等親血縁者のみの中での乳癌の病歴を指すのに使用される。別の言い方をすれば、臨床リスク評価手順は、一等親血縁者の中の女性対象の乳癌の家族歴を考慮に入れることができる。本開示の文脈において、「一等親血縁者」とは、その遺伝子の約５０％をその女性対象と共有する家族の一員である。一等親血縁者の例には、両親、子供、及び両親が同一である兄弟姉妹が含まれる。「二等親血縁者」とは、その遺伝子の約２５パーセントを女性の対象と共有している家族のことである。二等親血縁者の例には、叔父、叔母、甥、姪、祖父母、孫、及び片親が異なる兄弟姉妹が含まれる。
【００６９】
したがって、一実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の年齢及び一等親血縁者のうちの既知の乳癌歴にのみ基づく。別の実施形態では、臨床リスク評価は、女性対象の年齢、一等親血縁者のうちの既知の乳癌歴及び民族性に基づく。
【００７０】
本明細書で使用するとき、「に基づく」とは、値が、例えば対象の年齢及び乳癌の家族歴に割り当てられることを意味するが、臨床リスクを決定するために任意の適切な計算が行われる。
【００７１】
臨床情報は、女性対象によって自己申告され得る。例えば、対象は、年齢、一等親血縁者のうちの乳癌の病歴及び民族性などの臨床情報を得るように設計された質問表に記入する。別の例では、女性対象からインフォームドコンセントを得ることを条件として、臨床情報は、臨床情報を含む関連データベースを調べることによって医療記録から得ることができる。
【００７２】
一実施形態では、臨床リスク評価手順は、次の５年間にヒト女性対象が乳癌を発症するリスク（すなわち５年間リスク）の予測値を提供する。
【００７３】
別の実施形態では、臨床リスク評価手順は、ヒト女性対象が９０歳までに乳癌を発症するリスク（すなわち生涯リスク）の予測値を提供する。
【００７４】
別の実施形態において、臨床リスク評価の実施には乳癌を発症する絶対リスクを計算するモデルを使用する。例えば、乳癌を発症する絶対リスクは、乳癌以外の他の原因で死亡するという競合するリスクを考慮しながら、がん発症率を使用して計算することができる。
【００７５】
一実施形態において、臨床リスク評価は、乳癌を発症する５年間の絶対リスクを提供する。別の実施形態において、臨床リスク評価は、乳癌を発症する１０年間の絶対リスクを提供する。
【００７６】
遺伝リスク評価
一実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌に関連する一塩基多型に関する２つ以上の遺伝子座である。乳癌に関連する様々な例示的な一塩基多型が本開示において考察されている。これらの一塩基多型は、浸透度に関して様々であり、多くが低浸透度の一塩基多型であることは、当業者に理解されるであろう。
【００７７】
用語「浸透度」は、本開示の文脈において、特定の一塩基多型遺伝子型が乳癌の女性対象内に現れる頻度を指すために使用される。「高浸透度」一塩基多型は、乳癌の女性対象においてほとんど常に顕在化するが、「低浸透度」一塩基多型は頻繁ではなく顕在化し得る。一実施形態では、本開示による遺伝リスク評価の一部として評価されるＳＮＰは、低浸透度ＳＮＰである。
【００７８】
当業者が理解するように、乳癌を発症する危険性を増大させる各ＳＮＰは、１．０を超える乳癌との関連のオッズ比を有する。一実施形態では、オッズ比は１．０２より大きい。乳癌を発症するリスクを減少させる各ＳＮＰは、１．０未満の乳癌との関連のオッズ比を有する。一実施形態において、オッズ比は０．９８未満である。そのようなＳＮＰの例としては、表６〜１１に提供されるもの、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型が挙げられるが、これらに限定されない。一実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌を発症するリスクの増加に関連するＳＮＰを評価することを含む。別の実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌を発症するリスクの低下と関連するＳＮＰを評価することを含む。別の実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌を発症するリスクの増加に関連するＳＮＰ及び乳癌を発症するリスクの低下に関連するＳＮＰを評価することを含む。
【００７９】
一実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌に関連する一塩基多型について２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれ以上の遺伝子座で対象の遺伝子型を解析することによって行われる。乳癌リスクの評価に関連する例示的な一塩基多型には、ｒｓ２９８１５８２、ｒｓ３８０３６６２、ｒｓ８８９３１２、ｒｓ１３３８７０４２、ｒｓ１３２８１６１５、ｒｓ４４１５０８４、ｒｓ３８１７１９８、ｒｓ４９７３７６８、ｒｓ６５０４９５０及びｒｓ１１２４９４３３、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型が含まれる。
【００８０】
別の実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌に関連する一塩基多型について２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０以上の遺伝子座で対象の遺伝子型を解析することによって行われる。
【００８１】
一実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌に関連する一塩基多型について、７２個以上の遺伝子座での対象の遺伝子型を解析することによって行われる。
【００８２】
一実施形態では、乳癌のリスクを評価するために本開示の方法を実施するとき、少なくとも６７の一塩基多型が表７またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型から選択され、そして残りの一塩基多型は表６、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型から選択される。別の実施形態において、本開示の方法を実施するとき、少なくとも６８、少なくとも６９、少なくとも７０の一塩基多型は表７、またはそれらの１つ以上と連鎖不均衡にある一塩基多型から選択され、そして残り一塩基多型は表６から選択されるか、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡の一塩基多型である。一実施形態では、表６に示す一塩基多型のうち少なくとも７２、少なくとも７３、少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも７６、少なくとも７７、少なくとも７８、少なくとも７９、少なくとも８０、少なくとも８１、少なくとも８２、少なくとも８３、少なくとも８４、少なくとも８５、少なくとも８６、少なくとも８７、少なくとも８８が、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。さらなる実施形態では、表７に示す少なくとも６７、少なくとも６８、少なくとも６９、少なくとも７０の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。さらなる実施形態では、少なくとも７０、少なくとも７１、少なくとも７２、少なくとも７３、少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも７６、少なくとも７７、少なくとも７８、少なくとも７９、少なくとも８０、少なくとも８１、少なくとも８２、少なくとも８３、少なくとも８４、少なくとも８５、少なくとも８６、少なくとも８７、少なくとも８８の一塩基多型が評価され、ここで表７に示す少なくとも６７、少なくとも６８、少なくとも６９、少なくとも７０の一塩基多型、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型が評価され、残りの一塩基多型はすべて表６、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型から選択される。
【００８３】
本明細書で具体的に記載されているＳＮＰｓと連鎖不平衡にあるＳＮＰｓを特定することは、当業者にとっては容易である。そのようなＳＮＰｓの例としては、ｒｓ２９８１５８２と強い連鎖不平衡にあるｒｓ１２１９６４８及びｒｓ２４２０９４６（その他の可能な例を表１に記載）、ＳＮＰ  ｒｓ３８０３６６２と強い連鎖不平衡にあるｒｓ１２４４３６２１及びｒｓ８０５１５４２（その他の可能な例を表２に記載）、及びＳＮＰ  ｒｓ４４１５０８４と強い連鎖不平衡にあるｒｓ１０９４１６７９（その他の可能な例を表３に記載）が挙げられる。それに加えて、ｒｓ１３３８７０４２と連鎖不平衡にあるＳＮＰｓの例を表４に記載する。表６に挙げたその他のＳＮＰｓのそのような連鎖多形は、当業者であればＨＡＰＭＡＰデータベースを用いて極めて容易に特定できる。
【００８４】
表１．ＳＮＰ  ｒｓ２９８１５８２の代用マーカー。マーカー両側の間隔を１Ｍｂｐとして、ＨＡＰＭＡＰデータセット（ｈｔｔｐ：／／ｈａｐｍａｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）でｒｓ２９８１５８２に対するｒ２値が０．０５よりも大きいマーカーを選択した。相関ＳＮＰの名称、ｒｓ２９８１５８２に対するｒ２値とＤ’値、及び対応するＬＯＤ値、ならびにＮＣＢ  Ｂｕｉｌｄ  ３６における代用マーカーの位置を示す。
【００８５】
【表１】
2020508643.tif 000002
【００８６】
表２．ＳＮＰ  ｒｓ３８０３６６２の代用マーカー。マーカー両側の間隔を１Ｍｂｐとして、ＨＡＰＭＡＰデータセット（ｈｔｔｐ：／／ｈａｐｍａｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）でｒｓ３８０３６６２に対するｒ２値が０．０５よりも大きいマーカーを選択した。相関ＳＮＰの名称、ｒｓ３８０３６６２に対するｒ２値とＤ’値、及び対応するＬＯＤ値、ならびにＮＣＢ  Ｂｕｉｌｄ  ３６における代用マーカーの位置を示す。
【００８７】
【表２】
2020508643.tif 000003
【００８８】
表３．ＳＮＰ  ｒｓ４４１５０８４の代用マーカー。マーカー両側の間隔を１Ｍｂｐとして、ＨＡＰＭＡＰデータセット（ｈｔｔｐ：／／ｈａｐｍａｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）でｒｓ４４１５０８４に対するｒ２値が０．０５よりも大きいマーカーを選択した。相関ＳＮＰの名称、ｒｓ４４１５０８４に対するｒ２値とＤ’値、及び対応するＬＯＤ値、ならびにＮＣＢ  Ｂｕｉｌｄ  ３６における代用マーカーの位置を示す。
【００８９】
【表３】
2020508643.tif 000004
【００９０】
表４．ＳＮＰ  ｒｓ１３３８７０４２の代用マーカー。マーカー両側の間隔を１Ｍｂｐとして、ＨＡＰＭＡＰデータセット（ｈｔｔｐ：／／ｈａｐｍａｐ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）でｒｓ１３３８７０４２に対するｒ２値が０．０５よりも大きいマーカーを選択した。相関ＳＮＰの名称、ｒｓ１３３８７０４２に対するｒ２値とＤ’値、及び対応するＬＯＤ値、ならびにＮＣＢ  Ｂｕｉｌｄ  ３６における代用マーカーの位置を示す。
【００９１】
【表４】
2020508643.tif 000005
【００９２】
別の実施形態において、乳癌リスクを決定するとき、本開示の方法は、表６に示されるＳＮＰのすべて、またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型を評価することを包含する。
【００９３】
表６と表７に記載のＳＮＰｓには重複があるが、ＳＮＰｓを選択して評価する際に、同じＳＮＰを二度選択することはないことを理解されたい。表６のＳＮＰｓを表７と表８とに分けたのは便宜的な理由からである。表７は、白人、アフリカ系アメリカ人及びヒスパニックの集団に共通のＳＮＰｓのリストである。表８は、白人、アフリカ系アメリカ人及びヒスパニックの集団に共通しないＳＮＰｓのリストである。
【００９４】
さらなる一実施形態では、７２〜８８、７３〜８７、７４〜８６、７５〜８５、７６〜８４、７５〜８３、７６〜８２、７７〜８１、７８〜８０の一塩基多型が評価され、ここで少なくとも６０、少なくとも６１、少なくとも６２、少なくとも６３、少なくとも６４、少なくとも６５、少なくとも６６、少なくとも６７、少なくとも６８、少なくとも６９、少なくとも７０の表７に示されるＳＮＰｓまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型が評価され、残りのＳＮＰｓはすべて表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型である。
【００９５】
一実施形態では、評価されるＳＮＰｓの数は、純再分類指数（ＮＲＩ）を用いて計算されるリスク予測の純再分類改善度に基づく（Ｐｅｎｃｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。
【００９６】
一実施形態では、本開示の方法の純再分類改善度は０．０１よりも高い。
【００９７】
さらなる一実施形態では、本開示の方法の純再分類改善度は０．０５よりも高い。
【００９８】
さらに別の実施形態では、本開示の方法の純再分類改善度は０．１よりも高い。
【００９９】
別の実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌に関連する一塩基多型について９０以上の遺伝子座で対象の遺伝子型を解析することによって行われる。別の実施形態では、遺伝リスク評価は、乳癌に関連する一塩基多型について１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、５０００、１００００、５００００、１０００００以上の遺伝子座で対象の遺伝子型を解析することによって行われる。これらの実施形態では、ＳＮＰの１つ以上を表６〜１１から選択することができる。
【０１００】
民族的遺伝子型バリエーション
異なる集団間に遺伝子型のバリエーションが存在することは、当業者であれば知っている。この現象は、ヒト遺伝的バリエーションと呼ばれている。ヒト遺伝的バリエーションは、民族的背景が異なる集団間に認められることが多い。そのようなバリエーションは、めったに一致せず、環境及び生活スタイル要因の種々の組合せにより左右されがちである。遺伝的バリエーションの結果、民族的背景が異なる集団などの様々な集団間でも有益なＳＮＰｓなどの遺伝マーカーの集団を特定することは困難なことが多い。
【０１０１】
少なくとも３つの民族的背景に共通でありそして乳癌を発症するリスクを評価するための有益性を残すＳＮＰの選択が本明細書に開示される。
【０１０２】
一実施形態では、本開示の方法は、様々な民族的背景からのヒト女性対象において乳癌を発症するリスクを評価するために使用することができる。たとえば、女性は、形質人類学に基づきコーカソイド（白人）、アウストラロイド、モンゴロイド及びネグロイド（黒人）に分類され得る。
【０１０３】
一実施形態では、ヒト女性対象は、白人、アフリカ系アメリカ人、ヒスパニック、アジア系、インド系、またはラテン系であり得る。好ましい実施形態では、ヒト女性対象は白人、アフリカ系アメリカ人、またはヒスパニックである。したがって、臨床及び／または遺伝リスク評価の一部として民族性を考慮に入れることができる。
【０１０４】
一実施形態では、ヒト女性対象は白人であり、表９から選択される少なくとも７２、少なくとも７３、少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも７６、少なくとも７７の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。あるいは、表９から選択される少なくとも７７の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。
【０１０５】
別の実施形態では、ヒト女性対象は黒人であり得、表１０から選択される少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも７６、少なくとも７７、少なくとも７８の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。あるいは、表１０から選択される少なくとも７８の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。
【０１０６】
別の実施形態では、ヒト女性対象はアフリカ系アメリカ人であり得、表１０から選択される少なくとも７４、少なくとも７５、少なくとも７６、少なくとも７７、少なくとも７８の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。あるいは、表１０から選択される少なくとも７８の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。
【０１０７】
さらなる一実施形態では、ヒト女性対象はヒスパニックであり得、表１１から選択される少なくとも７８、少なくとも７９、少なくとも８０、少なくとも８１、少なくとも８２の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。あるいは、表１１から選択される少なくとも８２の一塩基多型またはそれらと連鎖不平衡にある一塩基多型が評価される。
【０１０８】
これまでに異なる民族起源同士の融合があったことは周知であるが、当業者が本発明を実施する能力に事実上影響はない。
【０１０９】
主にヨーロッパ系起源の女性対象のうち、家系的に直接的であれ間接的であれ肌の色が白い女性は、本開示の文脈では白人とみなす。白人は、たとえば、少なくとも７５％の白人祖先をもち得る（たとえば、限定ではないがその女性対象は、少なくとも３人の白人の祖父母を持つ）。
【０１１０】
家系的に直接的であれ間接的であれ中央または南アフリカ系起源が優勢である女性対象は、本開示の文脈では黒人とみなす。黒人は、たとえば、少なくとも７５％の黒人祖先をもち得る。黒人の家系が優勢であり、肌の色が黒いアメリカ人女性対象は、本開示の文脈ではアフリカ系アメリカ人とみなす。アフリカ系アメリカ人は、たとえば、少なくとも７５％の黒人祖先をもち得る。同様の理論が、たとえば他の国（たとえば英国、カナダ及びオランダ）に在住する黒人祖先をもつ女性にも適用される。
【０１１１】
家系的に直接的であれ間接的であれ、スペインまたは中央もしくは南アメリカなどのスペイン語圏の国を優勢的に起源とする女性対象は、本開示の文脈ではヒスパニックとみなす。ヒスパニックは、たとえば、少なくとも７５％のヒスパニック祖先をもち得る。
【０１１２】
発明者らは、対象自身が自らをどの人種／系統と考えているかに基づき、本発明を容易に実施できることを見出している。したがって、一実施形態では、ヒト女性対象の民族は自己申告である。一例として、女性対象に「あなたはどの民族グループに属していますか」という質問に答えてもらい、自身の民族を特定してもらうことができる。別の例では、女性対象の民族は、その対象から然るべき了承を得た後に、医療カルテから、または医師の意見や観察から、引き出される。
【０１１３】
複合的ＳＮＰ相対リスク「ＳＮＰリスク」の計算
個人の複合的ＳＮＰ相対リスクスコア（「ＳＮＰリスク」）は、評価される各ＳＮＰの遺伝子型相対リスクの積として定められ得る。その場合、対数加法リスクモデル（ｌｏｇ−ａｄｄｉｔｉｖｅ  ｒｉｓｋ  ｍｏｄｅｌ）を用いて、希少疾患モデルでの相対リスク値１、ＯＲ、及びＯＲ２を有する１つのＳＮＰについて３つの遺伝子型ＡＡ、ＡＢ、及びＢＢを定めることができ、ここでＯＲは、既に報告されている低リスクアレルＡに対する高リスクアレルＢの疾患オッズ比である。アレルＢが頻度（ｐ）を有する場合、これらの遺伝子型の集団内頻度は、Ｈａｒｄｙ-Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡を想定して、（１−ｐ）２、２ｐ（１−ｐ）、及びｐ２となる。次に、各ＳＮＰの遺伝子型の相対リスク値を、これらの頻度に基づき集団内平均相対リスクが１となるように、調整することができる。具体的には、次の調整前の集団内平均相対リスクが与えられたとすると、
（μ）＝（１−ｐ）２＋２ｐ（１−ｐ）ＯＲ＋ｐ２ＯＲ２
調整後のリスク値１／μ、ＯＲ／μ、及びＯＲ２／μが遺伝子型ＡＡ、ＡＢ、及びＢＢに用いられる。欠けている遺伝子型には相対リスク１が割り当てられる。
【０１１４】
非ＳＮＰ多形にも同様の計算を実施できる。
【０１１５】
統合臨床リスク×遺伝リスク
乳癌を発症することに対するヒト女性対象の「リスク」は、相対リスク（またはリスク比）または必要に応じて絶対リスクとして提供され得ることが想定される。別の実施形態では、臨床リスク評価を遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象が乳癌を発症する「ａｂｓｏｌｕｔｅ  ｒｉｓｋ（絶対リスク）」を求める。絶対リスクは、特定の期間内（たとえば５、１０、１５、２０年以上）にヒト女性対象が乳癌を発症する数値的確率である。絶対リスクは、様々なリスク要因を単独で考慮しない範囲で、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを反映している。
【０１１６】
臨床リスク評価と遺伝リスク評価を統合して乳癌を発症しているヒト女性対象の「絶対リスク」を求める例には、以下の式：
絶対リスク＝ｍｏｒｔｓｕｖ（１−ｅｘｐ（−ＲＲ×ＳＮＰ（ｉｎｃｉｄ＿５−ｉｎｃｉｄ＿ａｇｅ）））
を使用することが含まれ、
ここで、ＲＲ＝乳癌の一等親血縁者を持つことに関連する相対リスク、ＳＮＰは遺伝リスク評価によって決定された複合ＳＮＰ相対リスク、ｉｎｃｉｄ＿ａｇｅは現在の（ベースライン）年齢での乳癌の発生率、ｉｎｃｉｄ＿５はベースライン＋５年間の乳癌の発生率、ｍｏｒｔｓｕｒｖは乳癌以外の原因による競合する死亡率である。
【０１１７】
乳癌の発生率と競合する死亡率のデータは、さまざまな情報源から入手できる。一例では、これらのデータはＵｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ，Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ，ａｎｄ  Ｅｎｄ  Ｒｅｓｕｌｔｓ  Ｐｒｏｇｒａｍ（ＳＥＥＲ）データベースから得られる。
【０１１８】
一実施形態では、民族特異的乳癌発生率及び競合死亡率データが上記の式で使用される。一例では、民族特異的乳癌発生率及び競合死亡率データもまた、ＳＥＥＲデータベースから得ることができる。
【０１１９】
様々な適切なデータベースを使用して、女性対象の乳癌の家族歴に関連する相対リスクを計算することができる。その一例が、Ｃａｎｃｅｒ，Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐ  ｏｎ  Ｈｏｒｍｏｎａｌ  Ｆａｃｔｏｒｓ  ｉｎ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ（ＣＧｏＨＦｉＢ）によって提供されている。別の例では、関連する母集団統計はＳｅｅｒデータベースから入手することができる（Ｓｉｅｇｅｌ  ｅｔ  ａｌ．２０１６）。
【０１２０】
別の実施形態では、臨床リスク評価を遺伝リスク評価と統合して、ヒト女性対象が乳癌を発症する「ｒｅｌａｔｉｖｅ  ｒｉｓｋ（相対リスク）」を求める。特定の特徴（または曝露）のある人の発症率を、該特徴のない人の発症率で割った相対リスク（またはリスク比）は、その特定の曝露がリスクを高めるか減じるかを示す。相対リスクは疾患関連の特徴を特定するには有用であるが、リスク頻度（発症率）は消去されるためスクリーニングを行うかどうかの決定にはそれだけでは特に有用ではない。
【０１２１】
臨床リスク評価を遺伝リスク評価と統合してヒト女性対象の乳癌発症「リスク」を求める場合、次の式を用いることができる。
［リスク（すなわち臨床評価×ＳＮＰリスク）］＝［臨床評価リスク］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７，×ＳＮＰｘなど
【０１２２】
式中「臨床評価」は臨床評価により提供されたリスクスコアであり、ＳＮＰ１〜ＳＮＰｘは個々のＳＮＰｓの相対リスクスコアであり、上述したように集団内平均が１になるように、それぞれ調整されている。ＳＮＰリスクスコアは集団内平均リスクが１となるように「ｃｅｎｔｒｅｄ（中心化）」されているので、ＳＮＰｓ同士が独立していると想定するならば、統合スコアの全遺伝子型の集団内平均リスクは、その背後の「臨床評価」のリスク推定値と一致している。
【０１２３】
一実施形態では、ヒト女性対象の乳癌発症リスクは次式により計算される。
［５年年齢リスクスコア］×［一等親血縁者の５年間の乳癌家族歴］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７，×ＳＮＰｘ．・・・など
【０１２４】
別の実施形態では、乳癌を発症するヒト女性対象のリスクは、［生涯年齢リスクスコア］×［一等親血縁者間リスクスコア中の乳癌の生涯家族歴］×ＳＮＰ１×ＳＮＰ２×ＳＮＰ３×ＳＮＰ４×ＳＮＰ５×ＳＮＰ６×ＳＮＰ７，×ＳＮＰｘ等によって計算される。
【０１２５】
一実施形態では、リスク［臨床５年リスク×ＳＮＰリスク］は、対象のリスクを軽減するために対象に化学予防薬を提供すべきかどうかを判断するために使用される。例えば、リスク［臨床５年リスク×ＳＮＰリスク］は、対象のリスクを軽減するために対象にエストロゲン受容体療法を提供すべきかどうかを決定するために使用することができる。この実施形態では、リスクの閾値レベルは、好ましくは５年リスクについて＞１．６６％である。
【０１２６】
さらなる実施形態では、リスク［臨床生涯リスク×ＳＮＰリスク］を使用して、対象が乳房ＭＲＩｃスクリーニング及びマンモグラフィープログラムのスクリーニングに登録されるべきかどうかを決定する。この実施形態では、閾値レベルは好ましくは約（２０％の生涯リスク）より大きい。
【０１２７】
治療剤
本開示の方法を実施した後、対象は治療剤（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）を処方または投与され得る。
【０１２８】
したがって、一実施形態では、本開示の方法は、そのリスクのあるヒト対象における乳癌リスクを予防または軽減するのに使用するための抗癌療法に関する。
【０１２９】
当業者であれば、乳癌は、不均一な疾患であって予後も様々であることを理解しよう（Ｓｏｒｌｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。たとえば、当業界では、乳癌は、エストロゲン受容体陽性またはエストロゲン受容体陰性であり得ると論じられている。
【０１３０】
一実施形態では、本開示の方法は、特定のタイプまたはサブタイプの乳癌発症リスクを評価することに限定されないものとする。たとえば、本開示の方法は、エストロゲン受容体陽性またはエストロゲン受容体陰性の乳癌発症リスクの評価に用いることができるものとする。別の実施形態では、本開示の方法は、エストロゲン受容体陽性の乳癌発症リスクの評価に用いられる。別の実施形態では、本開示の方法は、エストロゲン受容体陰性の乳癌発症リスクの評価に用いられる。別の実施形態では、本開示の方法は、転移性乳癌の発症リスクの評価に用いられる。一例では、エストロゲンを阻害する治療剤（ｔｈｅｒａｐｙ）が対象に処方または投与される。
【０１３１】
別の例では、化学的予防剤が対象に処方または投与される。現在、乳癌の化学的予防には主として次の２種の薬物が使用されている。
（１）エストロゲン分子が関連の細胞受容体に結合するのを妨害する、選択的エストロゲン受容体調整剤（ＳＥＲＭｓ）。この種の薬物としては、たとえばタモキシフェンやラロキシフェンが挙げられる。
（２）アロマターゼ酵素によるアンドロゲンからエストロゲンへの変換を阻害する、すなわちエストロゲンの産生を減じるアロマターゼ阻害剤。この種の薬物としては、たとえばエキセメスタン、レトロゾール、アナストロゾール、ボロゾール、ホルメスタン、ファドロゾールが挙げられる。
【０１３２】
一例では、ＳＥＲＭまたはアロマターゼ阻害剤が対象に処方または投与される。
【０１３３】
一例では、タモキシフェン、ラロキシフェン、エキセメスタン、レトロゾール、アナストロゾール、ボロゾール、ホルメスタンまたはファドロゾールが対象に処方または投与される。
【０１３４】
一実施形態では、本開示の方法は、ヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価し、その乳癌発症リスクに適した治療剤を投与するのに用いられる。たとえば、本開示の方法を実施して乳癌の高リスクが示された場合、強度の化学的予防剤治療計画が立てられ得る。これに対して、本開示の方法を実施して乳癌の中程度のリスクが示された場合、さほど強度ではない化学的予防剤治療計画が立てられ得る。あるいは、本開示の方法を実施して乳癌の低リスクが示された場合、化学的予防剤治療計画を立てる必要はない。本開示の方法は、対象の乳癌発生リスクにしたがって治療計画を修正できるように、ある期間にわたって実施できるものとする。
【０１３５】
マーカー検出ストラテジー
本開示では、マーカー（たとえばマーカー座位）を増幅するための増幅プライマー、及びそのようなマーカーを検出するための、または複数のマーカーアレルに関して試料の遺伝子型を特定するための好適なプローブを用いることができる。たとえば、長域（ｌｏｎｇ−ｒａｎｇｅ）ＰＣＲ用のプライマーの選択がＵＳ１０／０４２，４０６及びＵＳ１０／２３６，４８０で説明されており、短域（ｓｈｏｒｔ−ｒａｎｇｅ）ＰＣＲ用のプライマーの選択についてはＵＳ１０／３４１，８３２に案内が記載されている。また、プライマー設計に利用できる「Ｏｌｉｇｏ」などの公に入手可能なプログラムもある。当業者であればこのような利用可能な選択されているプライマー及び設計ソフトウェア、公に入手可能なヒトゲノム配列及び多形位置を使って、ＳＮＰｓを増幅するためのプライマーを作製して本開示を実施することができる。さらに、ＳＮＰを含む核酸（たとえば、ＳＮＰを含むアンプリコン）の検出に用いられる具体的なプローブは様々であり得ることを理解されたい。たとえば、本開示に関しては、マーカーアンプリコンの検出対象領域を特定できるプローブであればどれでも用いることができる。さらに、当然ながら、検出プローブの構成も様々であり得る。したがって、本開示は本明細書で示す配列には限定されない。
【０１３６】
実際、増幅はマーカー検出の要件ではないことが理解されよう。たとえば、単にゲノムＤＮＡ試料をサザンブロットに供して、非増幅ゲノムＤＮＡを直接検出することもできる。
【０１３７】
典型的には、分子マーカーは、限定ではないが、アレル特異的ハイブリダイゼーション（ＡＳＨ）、一塩基伸長の検出、アレイハイブリダイゼーション（随意でＡＳＨも含む）、またはその他の一塩基多型（ＳＮＰｓ）の検出法、増幅断片長多形（ＡＦＬＰ）の検出法、増幅可変配列の検出法、ランダム増幅多形ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）の検出法、制限断片長多形（ＲＦＬＰ）の検出法、自家持続配列複製の検出法、単純配列反復（ＳＳＲ）の検出法、及び一本鎖高次構造多形（ＳＳＣＰ）の検出法などの、当業界で利用可能な任意の確立された方法により検出される。
【０１３８】
乳癌関連のＳＮＰｓを含む核酸を増幅するのに有用なオリゴヌクレオチドプライマーの例を表５に記載する。当業者であれば理解しようが、これらのオリゴヌクレオチドがハイブリダイズするゲノム領域の配列を用いてプライマーを設計でき、それらは５’及び／または３’末端がより長く、おそらくは（短縮バージョンでも増幅に用いることができるのならば）５’及び／または３’がより短く、１つまたは少数のヌクレオチド差がある（けれども増幅には使用可能である）か、または記載のものとは配列類似性をもたないが、準備された特定のオリゴヌクレオチドがハイブリダイズする場所近くのゲノム配列に基づき設計されており、なおも増幅には使用可能である。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、本開示のプライマーは、放射標識されているか、または任意の好適な手段（たとえば、非放射性蛍光タグを用いる）で標識されて、増幅反応後、何ら追加の標識ステップや可視化ステップを加えなくても、サイズが異なるアンプリコンをすぐに可視化できる。いくつかの実施形態では、プライマーは標識されていないが、アンプリコンはサイズ分解後、たとえばアガロースまたはアクリルアミドゲル電気泳動後に、可視化される。いくつかの実施形態では、サイズ分解後のＰＣＲアンプリコンの臭化エチジウム染色により、異なるサイズのアンプリコンが可視化できる。
【０１４０】
表５．本開示に有用なオリゴヌクレオチドプライマーの例
【０１４１】
【表５】
2020508643.tif 000006
【０１４２】
本開示のプライマーは、特定のサイズのアンプリコンの生産に限定されるものではない。たとえば、本明細書のマーカー座位及びアレルを増幅するのに用いられるプライマーは、関連座位の全領域またはサブ領域の増幅に限定されない。プライマーは、検出用に任意の好適な長さのアンプリコンを生成できる。いくつかの実施形態では、マーカー増幅により、少なくとも２０ヌクレオチド長の、あるいは少なくとも５０ヌクレオチド長の、あるいは少なくとも１００ヌクレオチド長の、あるいは少なくとも２００ヌクレオチド長のアンプリコンを生産する。本明細書で説明する様々な技術を用いてあらゆるサイズのアンプリコンを検出できる。塩基組成やサイズの違いは、電気泳動などの一般的な方法により検出できる。
【０１４３】
遺伝マーカーを検出するいくつかの手法は、プローブ核酸の遺伝マーカーに対応する核酸（たとえば、ゲノムＤＮＡを鋳型として生産された増幅核酸）へのハイブリダイゼーションを利用する。ハイブリダイゼーションのフォーマットとしては、限定ではないが、溶液相、固相、混合相が挙げられ、またはインサイツのハイブリダイゼーションアッセイがアレルの検出に有用である。核酸ハイブリダイゼーションについての詳細な説明が、Ｔｉｊｓｓｅｎ（１９９３）Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ−Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ  Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎｅｗ  ＹｏｒｋならびにＳａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．（前掲）に記載されている。
【０１４４】
本開示においては、一般に「ＴａｑＭａｎ（商標）」プローブと呼ばれる、二重標識された蛍光発生オリゴヌクレオチドプローブを用いてのＰＣＲ検出も実施できる。これらのプローブは、２種の異なる蛍光色素で標識された短い（たとえば２０〜２５塩基の）オリゴデオキシヌクレオチドで構成されている。各プローブの５’末端にはレポーター色素が、各プローブの３’末端にはクエンチング色素が見られる。オリゴヌクレオチドプローブ配列は、ＰＣＲアンプリコンに存在する内部標的配列と相補的である。プローブが無傷のとき、２種のフルオロフォア間でエネルギー移動が生じ、レポーターの発光はＦＲＥＴによりクエンチャーによって停止されている。ＰＣＲの伸長相の間、プローブは反応に用いられるポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性により切断され、それによってオリゴヌクレオチドクエンチャーからレポーターが解放されて、レポーターの発光強度が高まる。したがって、ＴａｑＭａｎ（商標）プローブは、標識とクエンチャーとを有するオリゴヌクレオチドであり、増幅に用いられるポリメラーゼのエキソヌクレアーゼ作用によって、標識が増幅中に解放される。こうして合成中に増幅をリアルタイムで測定できる。様々なＴａｑＭａｎ（商標）試薬が、たとえばＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ社（Ｄｉｖｉｓｉｏｎ  Ｈｅａｄｑｕａｒｔｅｒｓの所在地はカリフォルニア州フォスターシティ）や、様々な専門メーカー、たとえばＢｉｏｓｅａｒｃｈ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社から市販されている（たとえば、ブラックホールクエンチャープローブ）。二重標識プローブ法に関するさらなる詳細はたとえばＷＯ９２／０２６３８に記載されている。
【０１４５】
他の類似の方法としては、たとえば米国特許第６，１７４，６７０号で説明されている「ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）」フォーマットを用いる、たとえば２つの隣接ハイブリダイズ化プローブ間の蛍光共鳴エネルギー移動が挙げられる。
【０１４６】
アレイによる検出は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社（カリフォルニア州サンタクララ）または他のメーカーから市販されているアレイを用いて実施できる。核酸アレイの操作に関する文献としては、Ｓａｐｏｌｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）；Ｌｏｃｋｈａｒｔ（１９９８）；Ｆｏｄｏｒ（１９９７ａ）；Ｆｏｄｏｒ（１９９７ｂ）及びＣｈｅｅ  ｅｔ  ａｌ．（１９９６）が挙げられる。アレイによる検出は元来高収率な性質をもつため、試料中の本開示のマーカーを特定する好ましい方法である。
【０１４７】
分析対象の核酸試料は、単離され、増幅され、典型的にはビオチン及び／または蛍光レポーター基で標識される。標識された核酸試料は次に、流体工学的ステーション及びハイブリダイゼーションオーブンを用いて、アレイといっしょにインキュベートされる。アレイは検出方法に合わせて、洗浄、または染色もしくは対比染色され得る。ハイブリダイゼーション、洗浄及び染色が終わると、アレイはスキャナーに挿入されて、ハイブリダイゼーションのパターンが検出される。ハイブリダイゼーションデータは、この時点でプローブアレイに結合している標識された核酸に既に組み込まれている蛍光レポーター基の発光によって、収集される。標識された核酸ともっとも明確に適合するプローブは、ミスマッチを有するプローブよりも強い信号を生成する。アレイ上の各プローブの配列と位置はわかっているので、相補性によって、プローブアレイに供された核酸試料の同一性が特定できる。
【０１４８】
マーカーと表現型の相関関係の証明
このような相関関係の証明を実施することは、アレルと表現型、またはアレルの組合せと表現型の組合せの関係を特定できるどの方法ででも可能である。たとえば、本明細書で説明する遺伝子または座位のアレルは、１つ以上の乳癌表現型と相関し得る。もっとも典型的には、これらの方法には、多形のアレルと表現型の相関関係を収容するルックアップテーブルを参照することが含まれる。テーブルには、複数のアレル−表現型の関係のデータが含まれ得、たとえば、主成分分析、ヒューリスティックアルゴリズムなどの統計学的ツールを用いて複数のアレル−表現型の関係の加算的または他の高次の効果を考慮に入れることができる。
【０１４９】
マーカーと表現型の相関関係を証明することは、随意で、相関関係を証明する１つ以上の統計学的検定を実施することを含む。多くの統計学的検定が知られており、その大半はコンピューターで実行され容易に分析できる。表現型形質と生体マーカーの関連／相関を決定する様々な統計学的方法が知られており、それらを本開示に用いることができる。（Ｈａｒｔｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９８１）．  Ａ  ｖａｒｉｅｔｙ  ｏｆ  ａｐｐｒｏｐｒｉａｔｅ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ａｒｅ  ｄｅｓｃｒｉｂｅｄ  ｉｎ  Ｌｙｎｃｈ  ａｎｄ  Ｗａｌｓｈ（１９９８）で説明されている。これらのモデルにより、たとえば、遺伝子型と表現型の値の相関関係が証明でき、ある座位がある表現型に及ぼす影響を特徴づけ、環境と遺伝子型の環境を解明し、遺伝子の優性性や浸透性を決定し、母方の及び他の後成的影響を決定し、（主成分分析つまり「ＰＣＡ」により）分析で主成分を決定する、などが可能である。これらの図書に引用されている参考文献は、マーカーと表現型の相関関係を証明する統計学的モデルについてさらに詳述している。
【０１５０】
相関関係を決定する標準的な統計学的方法に加えて、遺伝的アルゴリズムを使用するなど、パターン認識やトレーニングによって相関関係を決定する方法も、マーカーと表現型の相関関係の決定に用いることができる。このことは、複数のアレルと複数の表現型の高次の相関関係を特定するのに特に有用である。例示すると、各種ニューラルネットワークアプローチを遺伝的アルゴリズムタイプのプログラミングと合わせて、構造−機能データスペースモデルをヒューリスティックに開発し、遺伝情報と表現型結果の相関関係を決定することができる。
【０１５１】
いずれの場合も、標準的なプログラミング法により、または統計学的分析を実行する様々な「既製の」ソフトウェアパッケージのいずれかを用いることによって、基本的にはどの統計学的検定でもコンピューター実装モデルに用いることができ、ソフトウェアパッケージとしては、たとえば、上述したもの、及び、たとえばパターン認識用ソフトウェアを提供する（たとえば、Ｐａｒｔｅｋ  Ｐｒｏ  ２０００  Ｐａｔｔｅｒｎ  Ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ  Ｓｏｆｔｗａｒｅを提供する）たとえばＰａｒｔｅｋ社（ミズーリ州セントピーターズ  ｗｗｗ．ｐａｒｔｅｋ．ｃｏｍ）の市販品が挙げられる。
【０１５２】
関連研究に関するさらなる詳細が、ＵＳ１０／１０６，０９７、ＵＳ１０／０４２，８１９、ＵＳ１０／２８６，４１７、ＵＳ１０／７６８，７８８、ＵＳ１０／４４７，６８５、ＵＳ１０／９７０，７６１、及び米国特許第７，１２７，３５５号に記載されている。
【０１５３】
上述の相関関係の証明を実施するためのシステムも、本開示の要素である。典型的には、システムは、アレルの存在または不存在（直接の検出でも、たとえば発現レベルによる検出でも）と予測される表現型の相関関係を証明するシステム命令を含むことになる。
【０１５４】
随意で、システム命令は、検出されたアレルのあらゆる情報に関連する診断情報、たとえば、関連のアレルを有する対象が特定の表現型を有しているという診断を受け付けるソフトウェアも含み得る。このソフトウェアは事実上ヒューリスティックであり得、そのような入力された関連情報を用いてルックアップテーブルの精度及び／またはシステムによるルックアップテーブルの解釈を改良する。そのような様々なアプローチ、たとえばニューラルネットワーク、Ｍａｒｋｏｖモデリングその他の統計学的分析は、上述したとおりである。
【０１５５】
多形プロファイリング
本開示は、本開示で概説するＳＮＰｓ（例えば表６）またはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にあるＳＮＰｓにおける、個人の多形プロファイルを決定する方法を提供する。
【０１５６】
多形プロファイルは、個人の様々な多形部位を占める多形形態（ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ  ｆｏｒｍｓ）を構成する。二倍体のゲノムでは、通常、同一であるかまたは互いに異なる２つの多形形態が各多形部位を占めている。したがって、ＸとＹという部位の多形プロファイルは、Ｘ形態（ｘ１，ｘ１）とＹ形態（ｙ１，ｙ２）で表すことができ、ここでｘ１，ｘ１はＸ部位を占めるｘ１アレルの２つのコピーを表し、ｙ１，ｙ２はＹ部位を占めるヘテロ接合アレルを表している。
【０１５７】
個人の多形プロファイルは、各部位に生じる乳癌の耐性または感受性に関する多形形態との比較によって、スコア付けされ得る。比較は、少なくとも、たとえば、１、２、５、１０、２５、５０、または全部の多形部位、及び随意で、それらと連鎖不平衡にあるその他について、実施され得る。多形部位は他の多形部位と併せて分析され得る。
【０１５８】
多形プロファイリングは、たとえば、所与の個人の乳癌の治療または予防に影響を及ぼす薬剤を選択するのに有用である。多形プロファイルが類似している人同士は、薬剤に対する反応が類似しやすい。
【０１５９】
多形プロファイリングはまた、乳癌または関連の状態を治療する能力を試験している薬剤の臨床試験において、対象を層別化するのにも有用である。そのような臨床試験は、類似または同一の多形プロファイル、たとえば個人が乳癌を発症する高いリスクを有していることを示す多形プロファイルを有する治療または対照集団に実施される（ＥＰ９９９６５０９５．５を参照のこと）。遺伝的に一致する集団を用いることで、遺伝的要因による治療結果のばらつきを排除または低減でき、候補薬物の効果をより正確に評価することにつながる。
【０１６０】
多形プロファイリングはまた、乳癌の素因のない人を臨床試験から除外するのにも有用である。そのような人を臨床試験に含めると、統計学的に有意な結果を得るのに必要な集団のサイズが大きくなる。乳癌の素因のない人は、上述したようにして、多形プロファイルにおける耐性及び感受性アレルの数を決定することにより特定できる。たとえば、対象の遺伝子型を、乳癌に関連のある本開示の１０の遺伝子の１０の部位で決定する場合、全部で２０のアレルを決定することになる。これらの５０％以上、あるいは６０％または７５％以上が耐性遺伝子である場合、その人は乳癌を発症し難いので、試験から除外され得る。
【０１６１】
他の実施形態では、臨床試験の対象を層別化することは、多形プロファイリングと他の層別化方法、たとえば、限定ではないが、リスクモデル（たとえば、Ｇａｉｌスコア、Ｃｌａｕｓモデル）、臨床的表現型（たとえば、異型病変、乳腺濃度）、及び特定の候補バイオマーカーを組み合わせて用いることにより、達成され得る。
【０１６２】
コンピューター実装方法
本開示の方法は、コンピューター実装方法など、システムにより実行され得るものとする。たとえば、システムは、メモリーに接続されている１つのまたは一緒に動作し得る複数のプロセッサー（便宜上「プロセッサー」と呼ぶ）を含むコンピューターシステムであり得る。メモリーは、ハードドライブ、ソリッドステートディスクまたはＣＤ−ＲＯＭなどの非一過性コンピューター読み取り可能媒体であり得る。ソフトウェア、すなわち実行可能な諸命令またはプログラムコード（コードモジュールにグループ化したプログラムコードなど）は、メモリーに記憶され得、プロセッサーにより実行されると、コンピューターシステムに諸機能を実行させることができる。諸機能とはたとえば、ヒト女性対象の乳癌発症リスクをユーザーが決定するのを支援するタスクを実行すべきと決定すること；女性対象が乳癌を発症する臨床リスク及び遺伝リスクを示すデータを受信することであって、該遺伝リスクは、女性対象由来の生体試料中、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多型を検出することで得られたものであり、ここで該一塩基多型のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型であり、残りの一塩基多型は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型である、データを受信すること；該データを処理して該臨床リスクデータを該遺伝リスクデータと統合し、それによってヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めること；ヒト女性対象の乳癌発症リスクを出力すること、が挙げられる。
【０１６３】
たとえば、メモリーは、プロセッサーにより実行されると、システムに、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多型を決定させ、ここで該一塩基多型のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型であり、残りの一塩基多型は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型であり、または、少なくとも７２の乳癌関連の一塩基多型を示すデータを受信させ、ここで該一塩基多型のうち少なくとも６７は表７から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型であり、残りの一塩基多型は表６から選択されるかまたはそれらの１つ以上と連鎖不平衡にある一塩基多型であり；該データを処理して該臨床リスクを該遺伝リスクデータと統合し、それによってヒト女性対象の乳癌発症リスクを求めさせ；ヒト女性対象の乳癌発症リスクを報告させる、プログラムコードを含み得る。
【０１６４】
別の実施形態では、システムは、ユーザー・インターフェースに接続されて、ユーザーからの情報を受信し、及び／または情報を出力もしくは表示することができる。たとえば、ユーザー・インターフェースは、グラフィックなユーザー・インターフェース、音声ユーザー・インターフェースまたはタッチスクリーンを含み得る。
【０１６５】
一実施形態では、プログラムコードは、システムに「ＳＮＰリスク」を決定させることもある。
【０１６６】
一実施形態では、プログラムコードは、システムに統合臨床評価×遺伝リスク（たとえばＳＮＰリスク）を決定させることもある。
【０１６７】
一実施形態では、システムは、無線通信ネットワークなどの通信ネットワークを通じて少なくとも１つの遠隔デバイスまたはサーバーと通信する構成であり得る。たとえば、システムは、通信ネットワークを通じて少なくとも１つの遠隔デバイスまたはサーバーから情報を受信し、通信ネットワークを通じて同じまたは別のデバイスまたはサーバーに情報を送信する構成であり得る。他の実施形態では、システムは、直接的なユーザーとの対話から隔絶され得る。
【０１６８】
別の実施形態では、本開示の方法を実施してヒト女性対象の乳癌発症リスクを評価することで、女性対象が乳癌を発症する臨床リスク及び遺伝リスクに基づき診断または予後のルールを作ることができる。たとえば、診断または予後のルールは、対照、標準または閾値レベルのリスクに対して相対的な統合臨床評価×ＳＮＰリスクスコアに基づき得る。
【０１６９】
一実施形態では、リスク閾値レベルは、アメリカがん協会（ＡＣＳ）のスクリーニング乳房ＭＲＩｃ及びマンモグラフィーのガイドラインで勧められるレベルである。この例では、閾値レベルは好ましくは約（２０％の生涯リスク）よりも高い。
【０１７０】
別の実施形態では、リスク閾値レベルは、米国臨床腫瘍学会（ＡＳＣＯ）が推す、対象のリスクを減じるためにエストロゲン受容体治療剤を勧めるレベルである。この実施形態では、リスク閾値レベルは好ましくは（５年リスクのＧＡＩＬ指数＞１．６６％）である。
【０１７１】
別の実施形態では、診断または予後のルールは、統計学的及び機械学習アルゴリズムの適用に基づく。そのようなアルゴリズムは、（既知の疾患状態を有する）トレーニングデータ内に見られるＳＮＰｓ集団と疾患状態の関係を用いて、次に未知のリスクを有する対象におけるヒト女性対象の乳癌発症リスクを決定するのに用いられる関係を推定する。ヒト女性対象の乳癌発症リスクを提供するアルゴリズムが用いられる。このアルゴリズムは、多変量または一変量分析関数を実行する。
【０１７２】
乳癌リスクを示す一塩基多型
乳癌リスクを示すＳＮＰの例を表６に示す。７７のＳＮＰｓが白人に有益であり、７８のＳＮＰｓがアフリカ系アメリカ人に有益であり、８２がヒスパニックに有益である。７０のＳＮＰｓが白人、アフリカ系アメリカ人及びヒスパニックに有益である（水平縞模様で示す；表７も参照のこと）。残りの１８のＳＮＰ（表８参照）は白人（濃い格子模様で示す；表９も参照）、アフリカ系アメリカ人（斜め下向き縞模様で示す；表１０も参照）及び／またはヒスパニック（薄い格子模様で示す；表１１も参照）のいずれかに有益である。
【０１７３】
表６．乳癌リスクを示すＳＮＰｓ（ｎ＝８８）
【０１７４】
【表６−１】
2020508643.tif 000007
【０１７５】
【表６−２】
2020508643.tif 000008
【０１７６】
【表６−３】
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【０１７７】
【表６−４】
2020508643.tif 000010
【０１７８】
【表６−５】
2020508643.tif 000011
【０１７９】
表７．白人、アフリカ系アメリカ人及びヒスパニックの集団に共通のＳＮＰｓ（ｎ＝７０）
【０１８０】
【表７−１】
2020508643.tif 000012
【０１８１】
【表７−２】
2020508643.tif 000013
【０１８２】
【表７−３】
2020508643.tif 000014
【０１８３】
【表７−４】
2020508643.tif 000015
【０１８４】
表８．白人、アフリカ系アメリカ人及びヒスパニックの集団に共通ではないＳＮＰｓ（ｎ＝１８）
【０１８５】
【表８−１】
2020508643.tif 000016
【０１８６】
【表８−２】
2020508643.tif 000017
【０１８７】
表９．白人のＳＮＰｓ（ｎ＝７７）。アレルをメジャー／マイナーとして表す（たとえばｒｓ６１６４８８の場合、Ａが一般的なアレルであり、Ｇは一般的ではないアレルである）。ＯＲマイナーアレルの数値が１未満であれば、そのマイナーアレルはリスクアレルではないことを意味するが、１よりも大きい数値は、そのマイナーアレルはリスクアレルであることを意味する。
【０１８８】
【表９−１】
2020508643.tif 000018
【０１８９】
【表９−２】
2020508643.tif 000019
【０１９０】
【表９−３】
2020508643.tif 000020
【０１９１】
【表９−４】
2020508643.tif 000021
【０１９２】
【表９−５】
2020508643.tif 000022
【０１９３】
表１０．アフリカ系アメリカ人のＳＮＰｓ（ｎ＝７８）。アレルをリスク／基準（非リスク）として表す（たとえばｒｓ６１６４８８の場合、Ａがリスクアレルである）。
【０１９４】
【表１０−１】
2020508643.tif 000023
【０１９５】
【表１０−２】
2020508643.tif 000024
【０１９６】
【表１０−３】
2020508643.tif 000025
【０１９７】
【表１０−４】
2020508643.tif 000026
【０１９８】
【表１０−５】
2020508643.tif 000027
【０１９９】
表１１．ヒスパニックのＳＮＰｓ（ｎ＝８２）。アレルをメジャー／マイナーとして表す（たとえばｒｓ６１６４８８の場合、Ａが一般的なアレルであり、Ｇは一般的ではないアレルである）。ＯＲマイナーアレルの数値が１未満であれば、そのマイナーアレルはリスクアレルではないことを意味するが、１よりも大きい数値は、そのマイナーアレルはリスクアレルであることを意味する。
【０２００】
【表１１−１】
2020508643.tif 000028
【０２０１】
【表１１−２】
2020508643.tif 000029
【０２０２】
【表１１−３】
2020508643.tif 000030
【０２０３】
【表１１−４】
2020508643.tif 000031
【０２０４】
【表１１−５】
2020508643.tif 000032
【実施例】
【０２０５】
実施例１  リスク閾値
乳癌リスク評価は、リスクが高く標的化スクリーニングまたは予防策の恩恵を受け得る女性の特定を可能にするので重要である（Ｄｅ  ｌａ  Ｃｒｕｚ，２０１４；Ａｄｖａｎｉ  ａｎｄ  Ｍｏｒｅｎａ−Ａｓｐｉｔｉａ，２０１４）。遺伝的因子及び環境的因子の両方が、乳癌の多因子易罹患性に関与していると考えられている（Ｌｉｃｈｔｅｎｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｍａｈｏｎｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。リスクを最適に評価するために、両方の構成要素が併せて考慮される。現在、乳癌リスクは、しばしば「Ｇａｉｌモデル」と呼ばれる米国国立癌研究所（ＮＣＩ）の乳癌リスク評価ツール（ＢＣＲＡＴ）を用いて評価されることが多い（Ｇａｉｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９；Ｃｏｓｔａｎｔｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｒｏｃｋｈｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，２００１）。ＢＣＲＡＴには、個人の病歴に関連するいくつかのリスク因子が組み込まれているほか、一部家族の病歴情報も組み込まれている。
【０２０６】
現在のモデルは、発注側医師から提供される情報を用いてＧａｉｌスコアを計算し、結果を患者の乳癌共通遺伝マーカーと統合して、患者の乳癌リスクの統合された生涯評価及び５年評価（図１に示す例）を生成する。患者は、検査結果の意味を説明する適切な遺伝的または臨床的カウンセリングを受けることを勧められる。アメリカがん協会（ＡＣＳ）のガイドラインでは、高リスクの女性（２０％の生涯リスク）に、スクリーニング乳房ＭＲＩｃ及びマンモグラフィーを勧めている。米国臨床腫瘍学会（ＡＳＣＯ）では、高リスクの女性（５年リスクのＧＡＩＬ指数＞１．６６％）に、リスクを減じるためにエストロゲン受容体治療剤を勧めてもよいと提案している。
【０２０７】
遺伝リスク評価は、頬細胞試料の遺伝情報を評価することによって、女性の乳癌発症リスクに関する追加の重要な情報を提供する。検査はＳＮＰｓを検出する。これらの個々の遺伝子部位が分析（遺伝子型を特定）され、その各々は個人の乳癌発症確率を変更することが再現性よく示されている。科学的実証研究によりＳＮＰリスクを統合する単純乗算モデルが支持されている（Ｍｅａｌｉｆｆｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０）。
【０２０８】
実施例２  ＳＮＰリスクスコアと選択した臨床情報の統合
よく利用されている乳癌リスク予測モデルとしては、乳癌及び卵巣癌の家系データに基づくＢＯＡＤＩＣＥＡ（Ａｎｔｏｎｉｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２００８  ａｎｄ  ２００９）及びＢＲＣＡＰＲＯ（Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｍａｚｚｏｌａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｐａｒｍｉｇｉａｎｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９８）、確立された乳癌リスク因子及び乳癌の第一度近親者の数で表される家族の病歴に基づくＧａｉｌモデル（ＢＣＲＡＴ）（Ｃｏｓｔａｎｔｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，１９９９；Ｇａｉｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９）、及び家族性及び本人の乳癌リスク因子に関する情報を統合するＴｙｒｅｒ−Ｃｕｚｉｃｋモデル（ＩＢＩＳ）（Ｔｙｒｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）が挙げられる。
【０２０９】
リスク予測アルゴリズムに入力されるデータポイントは、「ノイズ」を制限し、検定での信頼度を高めるためにできるだけ客観的であるべきである。ＳＮＰは客観的尺度であるが、患者は一般に上記の臨床評価についてリスクを自己申告する。
【０２１０】
性能向上検討は、（１）臨床検査試料のうち自己申告によるリスク因子の一貫性と信頼性を特定し確認すること、（２）ＳＮＰプロファイリングと組み合わせて最も信頼性の高い自己申告リスク因子のみを使用する検定（「拡張」検定）を検証する。
【０２１１】
Ｇａｉｌモデルの質問に入力されていない、または「不明」の情報は、過去にＢＲＥＶＡＧｅｎｐｌｕｓ（Ｐｈｅｎｏｇｅｎ  Ｓｃｉｅｎｃｅ）の市販の乳癌リスク評価検査で検査された２，２８２人のアフリカ系アメリカ人、白人、及びヒスパニック系アメリカ人女性からの匿名試験依頼フォームから得られた。
【０２１２】
表１２に、性能改善調査のデータを示す。Ｇａｉｌ固有の情報の約１６％（ｎ＝２，３３９）が欠落（または不明と回答）していた。最もよく欠落していた情報は初潮年齢であり、Ｇａｉｌモデルの質問票に回答した女性の４．４％が回答しなかった。２番目によく欠落（または不明）な情報を伴う質問は、その患者が非定型過形成を伴う生検を少なくとも１回受けたかどうかに関連していた。他のＧａｉｌの質問については、情報の欠落は４％未満であり、患者の年齢と民族性に欠落情報はなかった（表１２）。
【０２１３】
一部の質問は数十年前の記憶（最初の月経）に依存している一方で患者側に医学知識及び／または実際の病理報告（非定型過形成）が必要な質問があるため、情報の欠落が生じたかもしれない。さらに、「不明」ではなくデータを入力した人についてはアルゴリズムに入力されるデータの正確性に疑問が生じる。たとえば、非定型過形成が存在するかどうかは、乳癌リスク評価において重要な要素である（相対リスク＞４．０）。
【０２１４】
表１２．Ｇａｉｌモデルリスク因子フィールドの欠失データ
【０２１５】
【表１２】
2020508643.tif 000033
【０２１６】
すべてのＧａｉｌフィールドが臨床リスク評価で使用される場合、不完全なデータ、または間違いなく不正確なデータは、リスク評価スコアの性能に影響する。
【０２１７】
一部のＧａｉｌの質問に対する患者の入力した欠落／不明なデータに伴う限界を克服するために、患者の年齢と乳癌の家族歴のみを必要とする改訂モデルが採用された。このモデルは、単純臨床リスク（ＳＣＲ）モデルと呼ばれる。
【０２１８】
Ｇａｉｌモデル＋ＳＮＰリスクとＳＣＲモデル＋ＳＮＰリスクの間のリスク推定値の比較は、ＢＲＥＶＡＧｅｎｐｌｕｓリスク評価を受け、家族歴の質問に回答した２，２８２人の女性に対して実施した。
【０２１９】
乳癌の５年間の絶対臨床リスクは、罹患した一等親血縁者を持ち、乳癌以外の他の原因で死亡する競合リスクを考慮した公開相対リスク値に基づいて作成された。民族固有の乳癌発生率及び競合する死亡率データは、ＵＳ  ＳＥＥＲデータベースから得た（ＳＥＥＲ  ２０１３  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｄａｔａ）。
【０２２０】
ＳＮＰベースの（相対）リスクスコアは、アレルごとのオッズ比（ＯＲ）及びリスクＯＲアレル頻度（ｐ）の推定値を使用して計算され、対数ＯＲスケールで独立した付加的なリスクが想定される。各ＳＮＰについて、スケーリングされていない人口平均リスクは、μ＝（１−ｐ）２＋２ｐ（１−ｐ）ＯＲ＋ｐ２ＯＲ２として計算された。調整されたリスク値（１に等しい人口平均リスクは、リスクアレルの数（０、１、または２）によって定義される３つの遺伝子型について１／μ、ＯＲ／μ、及びＯＲ２／μとして計算した。次に、７７のＳＮＰのそれぞれについて補正したリスク値を乗じることにより、全体のＳＮＰベースのリスクスコアが計算される。
【０２２１】
臨床モデルのリスクスコア、公開された推定に基づくＳＮＰベースのスコア、及び組み合わせたリスクスコアは、すべての分析に対して対数変換した。ロジスティック回帰を使用して、対数変換した年齢補正５年リスクに対し、補正した標準偏差ごとのオッズ比を推定した。Ｇａｉｌモデル＋ＳＮＰリスクとＳＣＲモデル＋ＳＮＰリスクの５年リスク推定値の比較分析を、上記の２，２８２の患者サンプル（一等親血縁者の患者の応答が欠落または不明の患者を除く）で両側スチューデントのｔ検定を用いて実行した。
【０２２２】
ＳＣＲモデルのみ、ＳＮＰリスクのみ、及びＳＣＲモデル＋ＳＮＰリスクの識別力検出が、前述のように受信者操作特性曲線下面積（ＡＵＣ）を使用して、１，１５０人の白人女性、及び７，５３９人のアフリカ系アメリカ人及び３，３６３人のヒスパニック女性に対して行われた（Ａｌｌｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｉｔｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。
【０２２３】
Ｇａｉｌモデル＋ＳＮＰリスクの絶対５年リスク分布（中央スコア１．６０、図２ａ）は、ＳＣＲモデル＋ＳＮＰリスクの絶対５年リスク分布（中央スコア１．６１、図２ａ）と非常に類似しているが、Ｇａｉｌモデル＋ＳＮＰリスクの方がリスクスコアの範囲が広くなった（図２ａ）。両側ｔ検定では、各モデル間で平均リスクスコアに有意な差がない（Ｐ＝０．８４４１）ことを示す（図２ｂ）。これは、ＳＣＲモデルで使用される臨床情報量の減少が、Ｇａｉｌモデルと比較して乳癌リスク評価に有意に大きな影響を与えていないことを示唆している。
【０２２４】
これらのデータは、臨床情報を２つの臨床変数のみに切り捨ててもアルゴリズムの整合性が損なわれることはなく、そしてこの非常に単純な質問票により医師は患者データを非常に正確かつ効率的に記録することができる。リスク軽減に関する現在の米国予防医学専門委員会（ＵＳＰＳＴＦ）の勧告では、家族歴または他の高リスク因子（放射線への暴露など）に基づいてリスクがないとしても、すべての女性が乳癌リスク評価を受けるべきであると示唆しているため、この改良されたより効果的な患者スループットが重要である。
【０２２５】
米国臨床腫瘍学会は、５年リスクが１．６７％以上の女性をハイリスク女性と定義する一方で、ＵＳＰＳＴＦはハイリスク女性を定義するために３％の閾値を使用している（Ｖｉｓｖａｎａｔｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｍｏｙｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。Ｇａｉｌモデル及びＳＮＰリスクを使用した場合、米国のアフリカ系アメリカ人、白人、及びヒスパニックの２，２８２人の女性を分析した結果、４８．２％の患者が１．６７％の５年リスク閾値を超え、２１．９％が３．０％の５年リスク閾値を超えた（データは示さず）。同様に、２，２８２人のアフリカ系アメリカ人、白人、及びヒスパニックの女性の４８．２％及び１８．８％が、それぞれ１．６７％及び３．％の閾値に対し、ＳＣＲモデルとＳＮＰリスクを用いてハイリスクとして分類される。これらの発見は、スクリーニングを保証される多数の人々によるより効率的な患者スループットの重要性を重ねて強調している。
【０２２６】
実施例３  改良されたリスク評価の検証
ＳＣＲモデル予測にＳＮＰリスクを追加することで、ＳＣＲモデルのみを用いた予測と比べて乳癌予測を改善するかどうかを決定するためにＲＯＣ分析を行った。ＡＵＣはリスク予測にＳＮＰのみを使用した場合、アフリカ系アメリカ人については０．５５（９５％ＣＩ＝０．５３、０．５８）、白人については０．６１（９５％ＣＩ＝０．５８、０．６５）、ヒスパニックについては０．５９（９５％ＣＩ＝０．５４、０．６４）であった。（表１３）。ＡＵＣは、リスク予測にＳＣＲのみを使用する場合、アフリカ系アメリカ人については０．５３（９５％ＣＩ＝０．５０、０．５６）、白人については０．５９（９５％ＣＩ＝０．５５、０．６２）、そしてヒスパニックについては０．５５（９５％ＣＩ＝０．５０、０．５９）であった。しかし、ＳＮＰリスクと組み合わせてＳＣＲモデルを使用した場合、ＡＵＣはリスク予測で最も高く、アフリカ系アメリカ人では０．５７（９５％ＣＩ＝０．５４、０．６０）、白人では０．６４（９５％ＣＩ＝０．６１、０．６７）、そしてヒスパニックについては０．６０（９５％ＣＩ＝０．５５、０．６５）の値であった（表１３）。したがって、ＲＯＣ分析は、ＳＮＰリスクと組み合わされたＳＣＲモデルが、アフリカ系アメリカ人（図３ａ）、白人（図３ｂ）、及びヒスパニック（図３ｃ）の女性においてＳＣＲモデルのみの使用と比較してより高い識別を与えることを確認した。
【０２２７】
表１３．異なるモデルを使用したリスク予測の曲線下面積（ＡＵＣ）及び９５％信頼区間（ＣＩ）
【０２２８】
【表１３】
2020508643.tif 000034
【０２２９】
陽性尤度比（ＬＲ）は、陽性の検定結果を示した女性が乳癌を発症する可能性である。ＳＣＲモデルにＳＮＰリスクを加えて乳癌リスクを予測する能力のさらなる尺度として、３％のＵＳＰＳＴＦ高リスク閾値を乳癌陽性予測の閾値として用いて、陽性尤度比を計算した。アフリカ系アメリカ人、白人、及びヒスパニックは、それらが陽性の検定結果を有する場合、それぞれ乳癌を発症する可能性は１．５１倍、２．６９倍、及び２．５６倍高い。陽性尤度比は、閾値として５年リスク３．０％を用いて感度／１−特異度として計算した。
【０２３０】
当業者であれば、概説したように、本発明の精神と範囲を逸脱することなく、具体的な実施形態でも示したような多くの変化形態及び／または変更形態が本発明に加えられ得ることを理解しよう。したがって、本明細書の諸実施形態は、すべての点において、限定的ではなく例示的なものである。
【０２３１】
本出願は、２０１７年１月２４日に出願されたＡＵ２０１７９００２０８からの優先権を主張し、その開示は参照により本明細書に組み込まれる。
【０２３２】
本明細書で論じた、及び／または参照したすべての出版物は、その内容を参照により本明細書に援用する。
【０２３３】
本明細書に含まれるあらゆる文書、行為、物質、デバイス、記事などに関する記述は、本発明に文脈を提供するものに過ぎない。それらの一部または全部が本願の各請求項の優先日よりも前に存在したからといって、先行技術ベースの一部をなすとか、本発明の分野における共通の一般知識であったということを認めるものではない。
【０２３４】
参照文献
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【図１】
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【図２】
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【図３−１】
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【図３−２】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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