(57)【要約】  本実施形態は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、ＰＣＳＫ９発現の阻害に有用な方法、化合物、および組成物を提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項２】
配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項３】
配列番号３〜１５４０のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項４】
配列番号２の核酸塩基６３５６〜６３７１、１２８４３〜１２９４７、１２９０５〜１２９４８、１７６８１〜１７７００、１９６５３〜１９６７３、２７６２６〜２７６６９、２７８９５〜２７９４９、および２８１０５〜２８１３６内の相補的な８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２と少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物。
【請求項５】
配列番号２の核酸塩基６３５６〜６３７１、１２８４３〜１２９４７、１２９０５〜１２９４８、１７６８１〜１７７００、１９６５３〜１９６７３、２７６２６〜２７６６９、２７８９５〜２７９４９、および２８１０５〜２８１３６の等しい長さの一部と１００％相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基の一部を含む核酸塩基配列を有する、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２と少なくとも８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、化合物。
【請求項６】
配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＣＳＫ９核酸の核酸塩基６３５６〜６３７１、１２９０９〜１２９２４、１７６８５〜１７７００、１９６５８〜１９６７３、２７６４３〜２７６５８、２７９０６〜２７９２１、２７９１６〜２７９３１、２７９１７〜２７９３２、および２８１０７〜２８１２２の等しい一部と相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項７】
配列番号２の核酸塩基配列を有するＰＣＳＫ９核酸の核酸塩基６３５６〜６３７１、１２９０９〜１２９２４、１７６８５〜１７７００、１９６５８〜１９６７３、２７６４３〜２７６５８、２７９０６〜２７９２１、２７９１６〜２７９３１、２７９１７〜２７９３２、および２８１０７〜２８１２２の等しい長さの一部と相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基の一部を含む核酸塩基配列を有する、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドの前記核酸塩基配列は、配列番号２と相補的である、化合物。
【請求項８】
配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つの少なくとも８個の核酸塩基の一部を含む、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項９】
配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項１０】
配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物。
【請求項１１】
配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、８〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む、化合物。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドは、配列番号２に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１３】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１個の修飾糖、または少なくとも１個の修飾核酸塩基を含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１４】
前記修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項１３に記載の化合物。
【請求項１５】
前記修飾糖は、二環式糖である、請求項１３または１４に記載の化合物。
【請求項１６】
前記二環式糖は、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）、および４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（ｃＥｔ）からなる群から選択される、請求項１５に記載の化合物。
【請求項１７】
前記修飾糖は、２’−Ｏ−メトキシエチルである、請求項１３または１４に記載の化合物。
【請求項１８】
前記修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである、請求項１３〜１７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１９】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントおよび前記３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２０】
一本鎖である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２１】
二本鎖である、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２２】
リボヌクレオチドを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２３】
デオキシリボヌクレオチドを含む、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２４】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２５】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２６】
前記修飾オリゴヌクレオチドは、１５〜３０個の結合ヌクレオシドからなる、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２７】
配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する、１６個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、前記５’ウイングセグメントおよび前記３’ウイングセグメントは、ｃＥｔ糖を含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである、化合物。
【請求項２８】
以下の式：Ａｋｓ  Ａｋｓ  Ｔｋｓ  Ａｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｄｓ  Ａｄｓ  Ｔｄｓ  Ｇｄｓ  Ｔｄｓ  ｍＣｋｓ  Ａｋｓ  Ｇｋによる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５−メチルシトシン、
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｋ＝ｃＥｔ修飾ヌクレオシド、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、および
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合
である、化合物。
【請求項２９】
コンジュゲート部分およびコンジュゲートリンカーをさらに含む、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３０】
前記コンジュゲート基は、１〜３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むＧａｌＮＡｃクラスタを含む、請求項２９に記載の化合物。
【請求項３１】
前記コンジュゲートリンカーは、単結合からなる、請求項２９または３０に記載の化合物。
【請求項３２】
前記コンジュゲートリンカーは、開裂可能である、請求項３１に記載の化合物。
【請求項３３】
前記コンジュゲートリンカーは、１〜３個のリンカー−ヌクレオシドを含む、請求項３２に記載の化合物。
【請求項３４】
前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに付着されている、請求項２９〜３３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３５】
前記コンジュゲート基は、前記修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において前記修飾オリゴヌクレオチドに付着されている、請求項２９〜３３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３６】
以下の式：
【化１】
2020511155.tif 000124
による化合物。
【請求項３７】
修飾オリゴヌクレオチドおよびコンジュゲート基からなる化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシド長であり、かつ配列番号１０１６の配列からなり、前記修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
からなり、
前記ギャップセグメントは、前記５’ウイングセグメントと前記３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンであり、前記コンジュゲート基は、５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡＣ３であり、かつ前記修飾オリゴヌクレオチドの５’末端に位置する、化合物。
【請求項３８】
請求項１〜３７のいずれか一項に記載の化合物のいずれかの薬学的に許容可能な塩からなる化合物。
【請求項３９】
前記薬学的に許容可能な塩は、ナトリウム塩である、請求項３８に記載の化合物。
【請求項４０】
前記薬学的に許容可能な塩は、カリウム塩である、請求項３８に記載の化合物。
【請求項４１】
請求項１〜４０のいずれか一項に記載の化合物および薬学的に許容可能な担体を含む組成物。
【請求項４２】
治療法において使用される、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の化合物または修飾オリゴヌクレオチドを含む組成物。
【請求項４３】
個体におけるＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法であって、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物を前記個体に投与し、それにより前記疾患を治療、予防、または改善することを含む方法。
【請求項４４】
前記化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記疾患は、高コレステロール血症または脂質異常症である、請求項４３または４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記化合物を投与することは、ＬＤＬ−コレステロールレベルおよび総コレステロールレベルを阻害または低減させ、かつ肝臓ＬＤＬ受容体レベルの誘導を改善する、請求項４３〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
細胞中でのＰＣＳＫ９の発現を阻害する方法であって、前記細胞を、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物と接触させ、それにより前記細胞中でのＰＣＳＫ９の発現を阻害することを含む方法。
【請求項４８】
前記細胞は、個体の肝臓中にある、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記個体は、高コレステロール血症、脂質異常症、または混合型脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
ＰＣＳＫ９に関連する疾患を有するかまたは有するリスクがある個体におけるＬＤＬ−コレステロールレベルおよび総コレステロールレベルを低減または阻害する方法であって、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物を前記個体に投与し、それにより前記個体におけるＬＤＬ−コレステロールレベルおよび総コレステロールレベルを低減または阻害することを含む方法。
【請求項５１】
前記個体は、高コレステロール血症、脂質異常症、または混合型脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項４３〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
前記化合物は、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の化合物または請求項４１もしくは４２に記載の組成物である、請求項４３〜５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
前記化合物は、非経口投与される、請求項５２または５３に記載の方法。
【請求項５５】
ＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療、予防、または改善するための、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物の使用。
【請求項５６】
前記疾患は、高コレステロール血症、脂質異常症、または混合型脂質異常症である、請求項５５に記載の使用。
【請求項５７】
前記化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項５５または５６に記載の使用。
【請求項５８】
前記化合物は、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の化合物または請求項４１もしくは４２に記載の組成物である、請求項５５〜５７のいずれか一項に記載の使用。
【請求項５９】
ＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療、予防、または改善するための医薬品の製造における、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物の使用。
【請求項６０】
前記疾患は、高コレステロール血症、脂質異常症、または混合型脂質異常症である、請求項５９に記載の使用。
【請求項６１】
前記化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項５９または６０に記載の使用。
【請求項６２】
前記化合物は、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の化合物または請求項４１もしくは４２に記載の組成物である、請求項５９〜６１のいずれか一項に記載の使用。
【請求項６３】
ＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療、予防、または改善するための医薬品の調製における、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物の使用。
【請求項６４】
前記疾患は、高コレステロール血症、脂質異常症、または混合型脂質異常症である、請求項６３に記載の使用。
【請求項６５】
前記化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物である、請求項６３または６４に記載の使用。
【請求項６６】
前記化合物は、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の化合物または請求項４１もしくは４２に記載の組成物である、請求項６３〜６５のいずれか一項に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表
本出願は、電子形式の配列表とともに出願されている。配列表は、２０１８年２月１６日に作成された４３１ｋｂサイズの２００６１５−ＷＯ−ＰＣＴ−ＳｅｑｕｅｎｃｅＬｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔという名称のファイルとして提供される。配列表の電子形式の情報は、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本実施形態は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、プロタンパク質コンベルターゼサブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）発現の阻害、および特定の例において細胞または動物中のＰＣＳＫ９タンパク質の量の低減に有用な方法、化合物、および組成物を提供する。
【背景技術】
【０００３】
プロタンパク質コンベルターゼサブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）は、リポタンパク質代謝における重要な役割を有する酵素である。ＰＣＳＫ９の希少な機能獲得型突然変異は、高いＬＤＬ−Ｃレベルおよび未成熟冠動脈性心疾患をもたらす一方、機能喪失型バリアントは、低いＬＤＬ−Ｃレベルおよび冠動脈性心疾患の発生率の低減をもたらす（非特許文献１；非特許文献２）。したがって、ＰＣＳＫ９は、ＬＤＬ−コレステロール低下療法についての十分に検証された標的である（非特許文献３）。
【０００４】
ＰＣＳＫ９を遮断するための抗体であるアリロクマブおよびエボロクマブは、循環ＰＣＳＫ９レベルを低減させ、ＬＤＬ−コレステロールレベルを低下させることが実証されているが、短い作用持続を有し、高頻度の皮下注射が必要とされている（非特許文献４；非特許文献５）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００６，７９：５１４−５２３
【非特許文献２】Ｈｏｒｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓ．２００９，５０：Ｓｕｐｐｌ：Ｓ１７２−Ｓ１７７
【非特許文献３】Ｈｏｏｐｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｘｐｅｒｔ  Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｔｈｅｒ．２０１３，１３：４２９−４３５
【非特許文献４】Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ＢＭＣ  Ｍｅｄ．２０１５，１３：１２３
【非特許文献５】Ｎａｖａｒｅｓｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｉｎｔｅｒｎ．Ｍｅｄ．２０１５，１６３：４０−５１
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
したがって、本明細書の目的は、疾患、例えば心血管疾患、脂質異常症、混合型脂質異常症、および高コレステロール血症の改善された治療のための化合物、方法、および医薬組成物を提供することである。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
ＰＣＳＫ９ｍＲＮＡの量または活性を低減させ、かつ特定の実施形態において細胞または動物中のＰＣＳＫ９タンパク質の量を低減させるための化合物および方法が本明細書に提供される。特定の実施形態において、動物は、心血管疾患を有する。特定の実施形態において、疾患は、脂質異常症である。特定の実施形態において、疾患は、混合型脂質異常症である。特定の実施形態において、疾患は、高コレステロール血症である。本明細書に提供される特定の化合物は、動物中のＬＤＬ−コレステロールを低減させる化合物および組成物を対象とする。
【０００８】
本明細書に提供される特定の実施形態は、心血管疾患の治療、予防、改善またはその進行の減速に有用であり得る、ＰＣＳＫ９発現の阻害に有用な強力で忍容可能な化合物および組成物を対象とする。本明細書に提供される特定の実施形態は、公的に開示されている化合物よりも強力であるか、または大きい治療価値を有する化合物および組成物を対象とする。
【発明を実施するための形態】
【０００９】
上記の概要および以下の詳細な説明の両方は、例示的および説明的なものにすぎず、特許請求される実施形態を限定するものではないことを理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は、別途具体的に記述されない限り、複数形を含む。本明細書において使用される「または」の使用は、別途記述されない限り、「および／または」を意味する。さらに、用語「含んでいる」ならびに他の形態、例えば「含む」および「含まれる」の使用は限定的ではない。
【００１０】
本明細書において使用されるセクションの見出しは、構成目的のものにすぎず、記載される主題を限定するものと解釈すべきではない。本出願において引用される全ての文献または文献の一部、例として、限定されるものではないが、特許、特許出願、論説、書籍、論文、ならびにＧｅｎＢａｎｋおよびＮＣＢＩリファレンス配列記録は、参照により、本明細書において考察される文献の一部についておよび全体として本明細書に明示的に組み込まれる。
【００１１】
本明細書に収載される実施例におけるそれぞれの配列番号に記載される配列は、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基へのいかなる修飾からも独立していることが理解される。したがって、配列番号により定義される化合物は、独立して、糖部分、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基への１個以上の修飾を含み得る。ＩＳＩＳ番号により記載される化合物は、核酸塩基配列、化学修飾、およびモチーフの組合せを示す。
【００１２】
定義
別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
【００１３】
「２’−デオキシヌクレオシド」は、天然存在デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）中に見出される２’−Ｈ（Ｈ）フラノシル糖部分を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態において、２’−デオキシヌクレオシドは、修飾核酸塩基を含み得、またはＲＮＡ核酸塩基（ウラシル）を含み得る。
【００１４】
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥおよび２’−Ｏ（ＣＨ２）２−ＯＣＨ３とも称される）は、フラノシル環の２’位におけるＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
【００１５】
「２’−ＭＯＥヌクレオシド」（２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドとも称される）は、２’−ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【００１６】
「２’−置換ヌクレオシド」または「２−修飾ヌクレオシド」は、２’−置換または２’−修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。本明細書において使用される糖部分に関する「２’−置換」または「２−修飾」は、ＨまたはＯＨ以外の少なくとも１個の２’−置換基を含む糖部分を意味する。
【００１７】
「３’標的部位」は、特定の化合物の最も３’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
【００１８】
「５’標的部位」は、特定の化合物の最も５’側のヌクレオチドに相補的な標的核酸のヌクレオチドを指す。
【００１９】
「５−メチルシトシン」は、５位に付着されているメチル基を有するシトシンを意味する。
【００２０】
「約」は、値の±１０％以内を意味する。例えば、「化合物がＰＣＳＫ９の約７０％の阻害をもたらした」と記述される場合、ＰＣＳＫ９レベルが６０％および８０％の範囲内で阻害されることが意味される。
【００２１】
「投与」または「投与すること」は、本明細書に提供される化合物または組成物を個体に導入してその目的の機能を実施する経路を指す。使用することができる投与経路の一例としては、限定されるものではないが、非経口投与、例えば皮下、静脈内、または筋肉内注射または注入が挙げられる。
【００２２】
「改善」は、関連疾患、障害、または病態の少なくとも１つの指標、徴候、または症状の改善または緩和を指す。特定の実施形態において、改善としては、病態または疾患の１つ以上の指標の進行または重症度の遅滞化または減速が挙げられる。指標の進行または重症度は、当業者に公知の主観的または客観的尺度により決定することができる。
【００２３】
「動物」は、ヒトまたは非ヒト動物、例として、限定されるものではないが、マウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、および非ヒト霊長類、例として、限定されるものではないが、サルおよびチンパンジーを指す。
【００２４】
「アンチセンス活性」は、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能および／または計測可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的に対するアンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベルまたは標的タンパク質レベルと比較した、標的核酸またはそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
【００２５】
「アンチセンス化合物」は、オリゴヌクレオチドおよび任意選択的に１個以上の追加の特徴部、例えばコンジュゲート基または末端基を含む化合物を意味する。アンチセンス化合物の例としては、一本鎖および二本鎖化合物、例えばオリゴヌクレオチド、リボザイム、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、および占有を基礎とする（ｏｃｃｕｐａｎｃｙ−ｂａｓｅｄ）化合物が挙げられる。
【００２６】
「アンチセンス阻害」は、アンチセンス化合物の不存在下の標的核酸レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下での標的核酸レベルの低減を意味する。
【００２７】
「アンチセンス機序」は、ハイブリダイゼーションのアウトカムまたは効果が、例えば転写またはスプライシングを含む細胞機構が付随的に失速する標的分解または標的占有のいずれかである、化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションを含む全ての機序である。
【００２８】
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸またはその領域もしくはセグメントに相補的な核酸塩基配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸またはその領域もしくはセグメントに特異的にハイブリダイズ可能である。
【００２９】
「二環式ヌクレオシド」または「ＢＮＡ」は、二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。「二環式糖」または「二環式糖部分」は、２個の環を含む修飾糖部分（第２の環が、第１の環中の原子の２個を連結する架橋を介して形成されており、それにより、二環構造を形成している）を意味する。特定の実施形態において、二環式糖部分の第１の環は、フラノシル部分である。特定の実施形態において、二環式糖部分は、フラノシル部分を含まない。
【００３０】
「分枝鎖基」は、少なくとも３個の基への共有結合を形成し得る少なくとも３つの位置を有する原子団を意味する。特定の実施形態において、分枝鎖基は、コンジュゲートリンカーおよび／または開裂可能部分を介してテザー化リガンドをオリゴヌクレオチドに連結するための複数の反応性部位を提供する。
【００３１】
「細胞標的化部分」は、１つまたは複数の特定の細胞タイプに結合し得るコンジュゲート基またはコンジュゲート基の一部を意味する。
【００３２】
「ｃＥｔ」または「拘束エチル」は、４’−炭素および２’−炭素を連結する架橋を含む二環式フラノシル糖部分（架橋は、式：４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有する）を意味する。
【００３３】
「ｃＥｔヌクレオシド」は、ｃＥｔ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
【００３４】
化合物中の「化学修飾」は、そのような単位の元の状態に対するその化合物中の単位のいずれかの、化学反応を介した置換または変化を説明する。「修飾ヌクレオシド」は、修飾糖部分および／または修飾核酸塩基を独立して有するヌクレオシドを意味する。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、および／または修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
【００３５】
「化学的に区別される領域」は、ある意味で同一の化合物の別の領域と化学的に異なる化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオチドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有さないヌクレオチドを有する領域と化学的に区別される。
【００３６】
「キメラアンチセンス化合物」は、それぞれの位置が複数の下位単位を有する少なくとも２個の化学的に区別される領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
【００３７】
「開裂可能結合」は、分割され得る任意の化学結合を意味する。特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、ポリアミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、ジスルフィド、またはペプチドの中から選択される。
【００３８】
「開裂可能部分」は、生理学的条件下において例えば細胞、動物、またはヒト内部で開裂される結合または原子団を意味する。
【００３９】
オリゴヌクレオチドに関する「相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１個以上の領域の核酸塩基配列が、別のオリゴヌクレオチドまたは核酸またはその１個以上の領域の核酸塩基配列に、これら２個の核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチすることを意味する。本明細書に記載の核酸塩基マッチまたは相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対：アデニン（Ａ）およびチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）およびウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）およびグアニン（Ｇ）、ならびに５−メチルシトシン（ｍＣ）およびグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチドおよび／または核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有することを必要とせず、１個以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。対照的に、オリゴヌクレオチドに関する「完全に相補的」または「１００％相補的」は、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有することを意味する。
【００４０】
「コンジュゲート基」は、オリゴヌクレオチドに付着されている原子団を意味する。コンジュゲート基としては、コンジュゲート部分およびコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに付着させるコンジュゲートリンカーが挙げられる。
【００４１】
「コンジュゲートリンカー」は、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに連結する少なくとも１個の結合を含む原子団を意味する。
【００４２】
「コンジュゲート部分」は、コンジュゲートリンカーを介してオリゴヌクレオチドに付着されている原子団を意味する。
【００４３】
オリゴヌクレオチドに関する「連続」は、互いに直接隣接しているヌクレオシド、核酸塩基、糖部分、またはヌクレオシド間結合を指す。例えば、「連続核酸塩基」は、配列内で互いに直接隣接している核酸塩基を意味する。
【００４４】
「設計すること」または「〜するように設計される」は、選択核酸分子と特異的にハイブリダイズする化合物を設計するプロセスを指す。
【００４５】
「示差的に修飾されている」は、修飾の不存在を含む、互いに異なる化学修飾または化学置換基を意味する。したがって、例えば、ＭＯＥヌクレオシドおよび非修飾ＤＮＡヌクレオシドは、ＤＮＡヌクレオシドが非修飾であっても、「示差的に修飾されている」。同様に、ＤＮＡおよびＲＮＡは、両方が天然存在の非修飾ヌクレオシドであっても、「示差的に修飾されている」。異なる核酸塩基を含むことを除いて同一であるヌクレオシドは、示差的に修飾されていない。例えば、２’−ＯＭｅ修飾糖および非修飾アデニン核酸塩基を含むヌクレオシドと、２’−ＯＭｅ修飾糖および非修飾チミン核酸塩基を含むヌクレオシドとは、示差的に修飾されていない。
【００４６】
「二本鎖アンチセンス化合物」は、互いに相補的であり、二本鎖を形成する２つのオリゴマー化合物を含むアンチセンス化合物であって、前記２つのオリゴマー化合物の一方は、オリゴヌクレオチドを含むアンチセンス化合物を意味する。
【００４７】
「有効量」は、化合物が必要とされる個体における所望の薬理学的アウトカムをもたらすために十分な化合物の量を意味する。有効量は、治療される個体の健康および体調、治療される個体の分類群、組成物の配合、個体の医学的状態の評価、ならびに他の関連因子に応じて個体間で変動し得る。
【００４８】
「効力」は、所望の効果を生じさせる能力を意味する。
【００４９】
「発現」は、遺伝子のコード情報が、細胞中に存在し、細胞中で作動する構造に変換される全ての機能を含む。このような構造としては、限定されるものではないが、転写および翻訳の産物が挙げられる。
【００５０】
「ギャップマー」は、１個以上のヌクレオシドを有する外部領域間に位置するＲＮアーゼＨ開裂を支持する複数のヌクレオシドを有する内部領域を含むオリゴヌクレオチドであって、内部領域を含むヌクレオシドは、外部領域を含む１個または複数のヌクレオシドと化学的に区別される、オリゴヌクレオチドを意味する。内部領域は、「ギャップ」と称することができ、外部領域は、「ウイング」と称することができる。
【００５１】
「ハイブリダイゼーション」は、オリゴヌクレオチドおよび／または核酸のアニーリングを意味する。特定の機序に限定されない一方、ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、相補的核酸塩基間のワトソン・クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン型水素結合であり得る水素結合を含む。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、アンチセンス化合物および核酸標的が挙げられる。特定の実施形態において、相補的核酸分子としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチドおよび核酸標的が挙げられる。
【００５２】
「直接隣接している」は、直接隣接している同一種類の要素間に介在要素が存在しないことを意味する（例えば、直接隣接している核酸塩基間に介在核酸塩基が存在しない）。
【００５３】
「個体」は、治療または治療法のために選択されるヒトまたは非ヒト動物を意味する。
【００５４】
「発現または活性を阻害すること」は、非処理または対照試料中の活性の発現に対する発現または活性の低減または遮断を指し、必ずしも発現または活性の完全な排除を示すものではない。
【００５５】
「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチド中の隣接ヌクレオシド間の共有結合を形成する基または結合を意味する。「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然存在のホスフェートヌクレオシド間結合以外の任意のヌクレオシド間結合を意味する。非ホスフェート結合は、本明細書において修飾ヌクレオシド間結合と称される。
【００５６】
「延長オリゴヌクレオチド」は、本明細書に開示のオリゴヌクレオチド、例えば親オリゴヌクレオチドに対する１個以上の付加ヌクレオシドを有するものである。
【００５７】
「結合ヌクレオシド」は、ヌクレオシド間結合により一緒に結合している隣接ヌクレオシドを意味する。
【００５８】
「リンカー−ヌクレオシド」は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲート部分に結合するヌクレオシドを意味する。リンカー−ヌクレオシドは、化合物のコンジュゲートリンカー内に位置する。リンカー−ヌクレオシドは、それらがオリゴヌクレオチドと連続的である場合でも化合物のオリゴヌクレオチドの一部の成分とみなされない。
【００５９】
「ミスマッチ」または「非相補的」は、第１および第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基に相補的でない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基を意味する。例えば、核酸塩基、例として、限定されるものではないが、ユニバーサル核酸塩基、イノシン、およびヒポキサンチンは、少なくとも１個の核酸塩基とハイブリダイズし得るが、それがハイブリダイズした核酸塩基に対して依然としてミスマッチまたは非相補的である。別の例として、第１および第２のオリゴヌクレオチドをアラインした場合、第２のオリゴヌクレオチドまたは標的核酸の対応する核酸塩基にバイブリダイズし得ない第１のオリゴヌクレオチドの核酸塩基は、ミスマッチまたは非相補的核酸塩基である。
【００６０】
「モジュレートすること」は、細胞、組織、臓器または生物中の特徴を変化させ、または調整することを指す。例えば、ＰＣＳＫ９  ＲＮＡをモジュレートすることは、細胞、組織、臓器または生物中のＰＣＳＫ９  ＲＮＡおよび／またはＰＣＳＫ９タンパク質のレベルを増加または減少させることを意味し得る。「モジュレーター」は、細胞、組織、臓器または生物中の変化をもたらす。例えば、ＰＣＳＫ９化合物は、細胞、組織、臓器または生物中のＰＣＳＫ９  ＲＮＡおよび／またはＰＣＳＫ９タンパク質の量を減少させるモジュレーターであり得る。
【００６１】
「ＭＯＥ」は、メトキシエチルを意味する。
【００６２】
「モノマー」は、オリゴマーの単一単位を指す。モノマーとしては、限定されるものではないが、ヌクレオシドおよびヌクレオチドが挙げられる。
【００６３】
「モチーフ」は、オリゴヌクレオチド中の非修飾および／もしくは修飾糖部分、核酸塩基、ならびに／またはヌクレオシド間結合のパターンを意味する。
【００６４】
「天然」または「天然存在」は、天然で見出されるものを意味する。
【００６５】
「非二環式修飾糖」または「非二環式修飾糖部分」は、第２の環を形成するための糖の２個の原子間の架橋を形成しない修飾、例えば置換基を含む修飾糖部分を意味する。
【００６６】
「核酸」は、モノマーヌクレオチドから構成される分子を指す。核酸としては、限定されるものではないが、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、および二本鎖核酸が挙げられる。
【００６７】
「核酸塩基」は、別の核酸の塩基と対合し得る複素環式部分を意味する。本明細書において使用される「天然存在の核酸塩基」は、アデニン（Ａ）、チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、ウラシル（Ｕ）、およびグアニン（Ｇ）である。「修飾核酸塩基」は、化学修飾されている天然存在の核酸塩基である。「ユニバーサル塩基」または「ユニバーサル核酸塩基」は、天然存在の核酸塩基および修飾核酸塩基以外の核酸塩基であり、任意の核酸塩基と対合し得る。
【００６８】
「核酸塩基配列」は、いかなる糖またはヌクレオシド間結合からも独立した核酸またはオリゴヌクレオチド中の連続核酸塩基の順序を意味する。
【００６９】
「ヌクレオシド」は、核酸塩基および糖部分を含む化合物を意味する。核酸塩基および糖部分は、それぞれ独立して、非修飾であるかまたは修飾されている。「修飾ヌクレオシド」は、修飾核酸塩基および／または修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。修飾ヌクレオシドとしては、核酸塩基を欠く脱塩基ヌクレオシドが挙げられる。
【００７０】
「オリゴマー化合物」は、単一オリゴヌクレオチドおよび任意選択的に１個以上の追加の特徴部、例えばコンジュゲート基または末端基を含む化合物を意味する。
【００７１】
「オリゴヌクレオチド」は、互いに独立してそれぞれが修飾または非修飾であり得る結合ヌクレオシドのポリマーを意味する。別途示されない限り、オリゴヌクレオチドは、８〜８０個の結合ヌクレオシドからなる。「修飾オリゴヌクレオチド」は、少なくとも１個の糖、核酸塩基、またはヌクレオシド間結合が修飾されているオリゴヌクレオチドを意味する。「非修飾オリゴヌクレオチド」は、いかなる糖修飾も、核酸塩基修飾も、ヌクレオシド間修飾も含まないオリゴヌクレオチドを意味する。
【００７２】
「親オリゴヌクレオチド」は、配列が、異なる長さ、モチーフ、および／または化学構造を除いて類似する配列のより多くのオリゴヌクレオチドのための設計の基礎として使用されるオリゴヌクレオチドを意味する。新たに設計されるオリゴヌクレオチドは、親オリゴヌクレオチドと同一のまたは重複する配列を有し得る。
【００７３】
「非経口投与」は、注射または注入を介する投与を意味する。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば鞘内もしくは脳室内投与が挙げられる。
【００７４】
「薬学的に許容可能な担体または希釈剤」は、個体への投与における使用に好適な任意の物質を意味する。例えば、薬学的に許容可能な担体は、滅菌水溶液、例えばＰＢＳまたは注射水であり得る。
【００７５】
「薬学的に許容可能な塩」は、生理学的および薬学的に許容可能な化合物、例えばオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドの塩、すなわち親化合物の所望の生物学的活性を保持し、不所望な毒性効果を付与しない塩を意味する。
【００７６】
「医薬剤」は、個体に投与した場合に治療上の利益を提供する化合物を意味する。
【００７７】
「医薬組成物」は、個体への投与に好適な物質の混合物を意味する。例えば、医薬組成物は、１つ以上の化合物またはその塩および滅菌水溶液を含み得る。
【００７８】
「ホスホロチオエート結合」は、非架橋酸素原子の１個が硫黄原子により置き換えられている修飾ホスフェート結合を意味する。ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
【００７９】
「リン部分」は、リン原子を含む原子団を意味する。特定の実施形態において、リン部分は、モノ、ジ、もしくはトリホスフェート、またはホスホロチオエートを含む。
【００８０】
「一部」は、核酸の規定数の連続（すなわち結合）核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、一部は、標的核酸の規定数の連続塩基である。特定の実施形態において、一部は、オリゴマー化合物の規定数の連続核酸塩基である。
【００８１】
「予防する」は、疾患、障害、または病態の発症、発生または進行を数分間の期間から無期限で遅滞化するかまたは阻止することを指す。
【００８２】
「プロドラッグ」は、個体に投与した場合に体内またはその細胞内で別の形態に代謝される体外の形態の化合物を意味する。特定の実施形態において、代謝形態は、化合物（例えば、薬物）の活性またはより活性の形態である。典型的には、体内のプロドラッグの変換は、細胞もしくは組織中に存在する酵素（例えば、内因性またはウイルス酵素）または化学物質の作用により、および／または生理学的条件により容易にされる。
【００８３】
「低減させる」は、より小さい程度、サイズ、量、または数に減らすことを意味する。
【００８４】
「ＲｅｆＳｅｑ番号」は、配列が特定の標的転写産物（例えば、標的遺伝子）についてのものであることを示すために配列に割り当てられる文字および数字の固有の組合せである。標的遺伝子に関するこのような配列および情報（まとめて遺伝子記録）は、遺伝子配列データベースに見出すことができる。遺伝子配列データベースとしては、ＮＣＢＩ参照配列（ＮＣＢＩ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ）データベース、ＧｅｎＢａｎｋ、欧州ヌクレオチドアーカイブ（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ａｒｃｈｉｖｅ）、および日本ＤＮＡデータバンク（ＤＮＡ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ  ｏｆ  Ｊａｐａｎ）（最後の３つは、国際ヌクレオチド配列データベース共同体（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｄａｔａｂａｓｅ  Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｏｎ）またはＩＮＳＤＣを構成する）が挙げられる。
【００８５】
「領域」は、少なくとも１つの識別可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の一部として定義される。
【００８６】
「ＲＮＡｉ化合物」は、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣまたはＡｇｏ２を介するが、ＲＮアーゼＨを介さずに作用して標的核酸および／または標的核酸によりコードされるタンパク質をモジュレートするアンチセンス化合物を意味する。ＲＮＡｉ化合物としては、限定されるものではないが、二本鎖ｓｉＲＮＡ、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、およびマイクロＲＮＡ、例としてマイクロＲＮＡ模倣体が挙げられる。
【００８７】
「セグメント」は、核酸内の領域のより小さいまたは下位の一部として定義される。
【００８８】
「副作用」は、所望の効果以外の治療に起因する生理学的疾患および／または病態を意味する。特定の実施形態において、副作用としては、注射部位反応、腎機能試験異常、腎機能異常、肝毒性、腎毒性、中枢神経系異常、ミオパシー、および倦怠感が挙げられる。例えば、血清中のアミノトランスフェラーゼレベルの増加は、肝毒性または肝機能異常を示し得る。例えば、ビリルビンの増加は、肝毒性または肝機能異常を示し得る。
【００８９】
化合物に関する「一本鎖」は、化合物が１本のオリゴヌクレオチドのみを有することを意味する。「自己相補的」は、少なくとも部分的にそれ自体にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。１個のオリゴヌクレオチドからなり、オリゴヌクレオチドが自己相補的である化合物は、一本鎖化合物である。一本鎖化合物は、相補的化合物に結合して二本鎖を形成し得る。
【００９０】
「部位」は、標的核酸内のユニークな核酸塩基位置と定義される。
【００９１】
「特異的にハイブリダイズ可能」は、所望の効果を誘導するためのオリゴヌクレオチドと標的核酸との間の十分な相補性の程度を有する一方、非標的核酸への最小の効果を示すか、またはその効果を示さないオリゴヌクレオチドを指す。特定の実施形態において、特異的ハイブリダイゼーションは生理学的条件下で生じる。
【００９２】
標的核酸に関して「特異的に阻害する」は、標的核酸の発現を低減させるかまたは遮断する一方、非標的核酸の低減に対するより小さい効果を示し、最小の効果を示すか、またはその効果を示さない。低減は、必ずしも標的核酸発現の完全な排除を示さない。
【００９３】
「標準的細胞アッセイ」は、実施例に記載のアッセイおよびその妥当な変法を意味する。
【００９４】
「標準的インビボ実験」は、実施例に記載の手順およびその妥当な変法を意味する。
【００９５】
「糖部分」は、非修飾糖部分または修飾糖部分を意味する。「非修飾糖部分」または「非修飾糖」は、ＲＮＡ中に見出される２’−ＯＨ（Ｈ）フラノシル部分（「非修飾ＲＮＡ糖部分」）、またはＤＮＡ中に見出される２’−Ｈ（Ｈ）部分（「非修飾ＤＮＡ糖部分」）を意味する。非修飾糖部分は、１’、３’、および４’位のそれぞれにおける１個の水素、３’位における酸素、ならびに５’位における２個の水素を有する。「修飾糖部分」または「修飾糖」は、修飾フラノシル糖部分または糖代替物を意味する。「修飾フラノシル糖部分」は、非修飾糖部分の少なくとも１個の水素の代わりに非水素置換基を含むフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、修飾フラノシル糖部分は、２’−置換糖部分である。このような修飾フラノシル糖部分としては、二環式糖および非二環式糖が挙げられる。
【００９６】
「糖代替物」は、核酸塩基をオリゴヌクレオチド中の別の基、例えばヌクレオシド間結合、コンジュゲート基、または末端基に結合させ得るフラノシル部分以外のものを有する修飾糖部分を意味する。糖代替物を含む修飾ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチド内の１つ以上の位置に取り込むことができ、このようなオリゴヌクレオチドは、相補的化合物または核酸にハイブリダイズし得る。
【００９７】
「ＰＣＳＫ９」は、ＰＣＳＫ９の任意の核酸またはタンパク質を意味する。「ＰＣＳＫ９核酸」は、ＰＣＳＫ９をコードする任意の核酸を意味する。例えば、特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸としては、ＰＣＳＫ９をコードするＤＮＡ配列、ＰＣＳＫ９をコードするＤＮＡ（例として、イントロンおよびエクソンを含むゲノムＤＮＡ）から転写されるＲＮＡ配列、およびＰＣＳＫ９をコードするｍＲＮＡ配列が挙げられる。「ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡ」は、ＰＣＳＫ９タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。標的は、大文字または小文字のいずれかで称することができる。
【００９８】
「ＰＣＳＫ９特異的阻害剤」は、ＰＣＳＫ９  ＲＮＡおよび／またはＰＣＳＫ９タンパク質発現または活性を分子レベルにおいて特異的に阻害し得る任意の薬剤を指す。例えば、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤としては、ＰＣＳＫ９  ＲＮＡおよび／またはＰＣＳＫ９タンパク質の発現を阻害し得る核酸（例として、アンチセンス化合物）、ペプチド、抗体、小分子、および他の薬剤が挙げられる。
【００９９】
「標的遺伝子」は、標的をコードする遺伝子を指す。
【０１００】
「標的化すること」は、所望の効果を誘導するための、標的核酸への化合物の特異的ハイブリダイゼーションを意味する。
【０１０１】
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、「標的ＲＮＡ転写物」および「核酸標的」は、全て、本明細書に記載の化合物により標的化され得る核酸を意味する。
【０１０２】
「標的領域」は、１つ以上のアンチセンス化合物が標的化される標的核酸の一部を意味する。
【０１０３】
「標的セグメント」は、化合物が標的化される標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの最も５’側のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの最も３’側のヌクレオチドを指す。
【０１０４】
「末端基」は、オリゴヌクレオチドの末端に共有結合している化学基または原子団を意味する。
【０１０５】
「治療有効量」は、治療上の利益を個体に提供する化合物、医薬剤、または組成物の量を意味する。
【０１０６】
「治療する」は、化合物または医薬組成物を動物に投与してその動物における疾患、障害、または病態の変動または改善をもたらすことを指す。
【０１０７】
特定の実施形態
特定の実施形態は、ＰＣＳＫ９発現を阻害するための方法、化合物および組成物を提供する。
【０１０８】
特定の実施形態は、ＰＣＳＫ９核酸に標的化される化合物を提供する。特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸は、ＲｅｆＳｅｑまたはＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿１７４９３６．３およびヌクレオチド５５０３６００１〜５５０６８０００からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００１．１１（参照により組み込まれる、それぞれ本明細書において配列番号１および配列番号２として開示される）に記載の配列を有する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。
【０１０９】
特定の実施形態は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１０】
特定の実施形態は、９〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも９個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１１】
特定の実施形態は、１０〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１０個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１２】
特定の実施形態は、１１〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１１個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１１〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１３】
特定の実施形態は、１２〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも１２個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１４】
特定の実施形態において、化合物は、３０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。
【０１１５】
特定の実施形態は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１４〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１６】
特定の実施形態は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。
【０１１７】
特定の実施形態は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号２の核酸塩基６３５６〜６３７１、１２８４３〜１２９４７、１２９０５〜１２９４８、１７６８１〜１７７００、１９６５３〜１９６７３、２７６２６〜２７６６９、２７８９５〜２７９４９、および２８１０５〜２８１３６内の相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である、化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１８】
特定の実施形態は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号２の核酸塩基６３５６〜６３７１、１２８４３〜１２９４７、１２９０５〜１２９４８、１７６８１〜１７７００、１９６５３〜１９６７３、２７６２６〜２７６６９、２７８９５〜２７９４９、および２８１０５〜２８１３６の等しい長さの一部に相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基の一部を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む化合物であって、前記修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号２と少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または１００％相補的である、化合物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１１９】
特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９核酸の領域を標的化する。特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸の領域に標的化されるそのような化合物は、その領域の等しい長さの核酸塩基の一部に相補的な連続核酸塩基の一部を有する。例えば、一部は、本明細書に記載の領域の等しい長さの一部に相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部であり得る。特定の実施形態において、このような化合物は、配列番号２の以下のヌクレオチド領域を標的化する：６３５６〜６３７１、１２８４３〜１２９４７、１２９０５〜１２９４８、１７６８１〜１７７００、１９６５３〜１９６７３、２７６２６〜２７６６９、２７８９５〜２７９４９、および２８１０５〜２８１３６。特定の実施形態において、これらの化合物は、アンチセンス化合物、オリゴマー化合物、またはオリゴヌクレオチドである。
【０１２０】
特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号２のヌクレオチド６３５６〜６３７１、１２９０９〜１２９２４、１７６８５〜１７７００、１９６５８〜１９６７３、２７６４３〜２７６５８、２７９０６〜２７９２１、２７９１６〜２７９３１、２７９１７〜２７９３２、および２８１０７〜２８１２２内の等しい長さの一部に相補的な少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の連続核酸塩基の一部を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１２１】
特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号２のヌクレオチド６３５６〜６３７１、１２９０９〜１２９２４、１７６８５〜１７７００、１９６５８〜１９６７３、２７６４３〜２７６５８、２７９０６〜２７９２１、２７９１６〜２７９３１、２７９１７〜２７９３２、および２８１０７〜２８１２２内の相補的な修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１２２】
特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、または１６個の連続核酸塩基の一部を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１２３】
特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１２４】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。
【０１２５】
特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９に標的化される化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。下記の実施例セクションに記載のとおりスクリーニングした１５４０個超の化合物のうち、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１が上位リード化合物として浮上した。特に、ＩＳＩＳ８６３６３３は、１５４０個超の化合物のうち、効力および忍容性に関する特性の最良の組合せを示した。
【０１２６】
特定の実施形態において、上記修飾オリゴヌクレオチドのいずれも少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１個の修飾糖、および／または少なくとも１個の修飾核酸塩基を含む。
【０１２７】
特定の実施形態において、上記修飾オリゴヌクレオチドのいずれも少なくとも１個の修飾糖を含む。特定の実施形態において、少なくとも１個の修飾糖は、２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む。特定の実施形態において、少なくとも１個の修飾糖は、二環式糖、例えば４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’基、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’基、または４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’基である。
【０１２８】
特定の実施形態において、修飾糖は、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合、例えばホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。
【０１２９】
特定の実施形態において、上記修飾オリゴヌクレオチドのいずれも少なくとも１個の修飾核酸塩基、例えば５−メチルシトシンを含む。
【０１３０】
特定の実施形態において、上記修飾オリゴヌクレオチドのいずれも、
結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１４個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つに記載の配列からなる核酸塩基配列を有する。
【０１３１】
特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれかに記載の配列を含む核酸塩基配列を有する、１６〜８０個の結合核酸塩基長である修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６個の結合ヌクレオシドからなる。
【０１３２】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化１】
2020511155.tif 000002
を有するＩＳＩＳ８６３６３３またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１３３】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化２】
2020511155.tif 000003
を有するＩＳＩＳ８６３６３３またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１３４】
特定の実施形態において、化合物は、以下の化学構造：
【化３】
2020511155.tif 000004
を有するＩＳＩＳ８６３６３３のナトリウム塩を含むかまたはそれからなる。
【０１３５】
上記実施形態のいずれにおいても、化合物またはオリゴヌクレオチドは、ＰＣＳＫ９をコードする核酸に少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的であり得る。
【０１３６】
上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖であり得る。特定の実施形態において、化合物は、デオキシリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖であり、リボヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１３７】
上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、８〜８０、１０〜３０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、１６〜５０、１７〜３０、１７〜５０、１８〜２２、１８〜２４、１８〜３０、１８〜５０、１９〜２２、１９〜３０、１９〜５０、または２０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。
【０１３８】
特定の実施形態において、化合物は、本明細書に記載の修飾オリゴヌクレオチドおよびコンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの５’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドの３’末端において修飾オリゴヌクレオチドに結合している。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、少なくとも１個のＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、少なくとも２個のＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、または少なくとも３個のＮ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を含む。
【０１３９】
特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物または組成物は、修飾オリゴヌクレオチドの薬学的に許容可能な塩を含む。特定の実施形態において、塩は、ナトリウム塩である。特定の実施形態において、塩は、カリウム塩である。
【０１４０】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、５μＭ未満、４．５μＭ未満、４μＭ未満、３．５μＭ未満、３μＭ未満、２．５μＭ未満、２μＭ未満、１．５μＭ未満、１μＭ未満、０．９μＭ未満、０．８μＭ未満、０．７μＭ未満、０．６μＭ未満、０．５μＭ未満、０．４μＭ未満、０．３μＭ未満、０．２μＭ未満、または０．１μＭ未満のインビトロＩＣ５０の少なくとも１つを有するため、活性である。
【０１４１】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、食塩水処理動物に対して４倍、３倍、または２倍以下のアラニントランスアミナーゼ（ＡＬＴ）もしくはアスパラギン酸トランスアミナーゼ（ＡＳＴ）値の増加または対照処理動物と比較して３０％、２０％、１５％、１２％、１０％、５％、もしくは２％以下の肝臓、脾臓、もしくは腎臓重量の増加の少なくとも１つを有することにより実証されるとおり、高度に忍容可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、対照処理動物に対してＡＬＴの増加もＡＳＴの増加も有さないことにより実証されるとおり、高度に忍容可能である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物または組成物は、対照動物に対して肝臓の増加も、脾臓の増加も、腎臓重量の増加も有さないことにより実証されるとおり、高度に忍容可能である。
【０１４２】
特定の実施形態は、上記実施形態のいずれかの化合物または任意の薬学的に許容可能なその塩および薬学的に許容可能な担体または希釈剤の少なくとも１つを含む組成物を提供する。特定の実施形態において、組成物は、約４０センチポアズ（ｃＰ）未満、約３０センチポアズ（ｃＰ）未満、約２０センチポアズ（ｃＰ）未満、約１５センチポアズ（ｃＰ）未満、または約１０センチポアズ（ｃＰ）未満の粘度を有する。特定の実施形態において、上記の粘度のいずれかを有する組成物は、本明細書に提供される化合物を約１００ｍｇ／ｍＬ、約１２５ｍｇ／ｍＬ、約１５０ｍｇ／ｍＬ、約１７５ｍｇ／ｍＬ、約２００ｍｇ／ｍＬ、約２２５ｍｇ／ｍＬ、約２５０ｍｇ／ｍＬ、約２７５ｍｇ／ｍＬ、または約３００ｍｇ／ｍＬの濃度において含む。特定の実施形態において、上記粘度および／または化合物濃度のいずれかを有する組成物は、室温または約２０℃、約２１℃、約２２℃、約２３℃、約２４℃、約２５℃、約２６℃、約２７℃、約２８℃、約２９℃、または約３０℃の温度を有する。
【０１４３】
特定の指標
本明細書に提供される特定の実施形態は、個体におけるＰＣＳＫ９に関連する疾患の治療、予防、または改善に有用であり得る、ＰＣＳＫ９を標的化する化合物を投与することによってＰＣＳＫ９発現を阻害する方法に関する。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物、オリゴマー化合物、またはオリゴヌクレオチドであり得る。
【０１４４】
本明細書に提供される方法により治療可能、予防可能、および／または改善可能である、ＰＣＳＫ９に関連する疾患の例としては、心血管疾患、脂質異常症、混合型脂質異常症、高コレステロール血症、ＬＤＬコレステロールの低減、およびアテローム生成アポリポタンパク質（ａ）［Ｌｐ（ａ）］の低減が挙げられる。
【０１４５】
特定の実施形態において、個体におけるＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療、予防、または改善する方法は、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより疾患を治療、予防、または改善することを含む。特定の実施形態において、個体は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患を有するかまたは有するリスクがあることが同定されている。特定の実施形態において、疾患は、心血管疾患である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ−コレステロールレベルを低減させ、Ｌｐ（ａ）レベルを低減させ、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導し、ＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節する。
【０１４６】
特定の実施形態において、心血管疾患を治療、予防、または改善する方法は、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより心血管疾患を治療、予防、または改善することを含む。特定の実施形態において、心血管疾患は、脂質異常症または高コレステロール血症である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ−コレステロールレベルを低減させる。特定の実施形態において、化合物を投与することは、Ｌｐ（ａ）レベルを低減させる。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導する。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節する。
【０１４７】
特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９に関連する疾患を有するかまたは有するリスクがある個体におけるＰＣＳＫ９の発現を阻害する方法は、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を個体に投与し、それにより個体におけるＰＣＳＫ９の発現を阻害することを含む。特定の実施形態において、化合物を投与することは、肝臓中でのＰＣＳＫ９の発現を阻害する。特定の実施形態において、疾患は、心血管疾患である。特定の実施形態において、個体は、脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、高コレステロール血症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、混合型脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ−コレステロールレベルを低減させる。特定の実施形態において、化合物を投与することは、Ｌｐ（ａ）レベルを低減させる。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導する。特定の実施形態において、化合物を投与することは、ＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節する。
【０１４８】
特定の実施形態において、細胞中でのＰＣＳＫ９の発現を阻害する方法は、細胞を、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物と接触させ、それにより細胞中でのＰＣＳＫ９の発現を阻害することを含む。特定の実施形態において、細胞は、肝細胞である。特定の実施形態において、細胞は、肝臓中にある。特定の実施形態において、細胞は、心血管疾患を有するかまたは有するリスクがある個体の肝臓中にある。特定の実施形態において、細胞は、脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある個体の肝臓中にある。特定の実施形態において、細胞は、混合型脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある個体の肝臓中にある。特定の実施形態において、細胞は、高コレステロール血症を有するかまたは有するリスクがある個体の肝臓中にある。特定の実施形態において、化合物を投与することは、肝臓中でのＰＣＳＫ９の発現を阻害する。特定の実施形態において、個体は、心血管疾患を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、混合型脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、高コレステロール血症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１４９】
特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９に関連する疾患を有するかまたは有するリスクがある個体の肝臓中のＬＤＬ−コレステロールレベルを低減もしくは阻害するか、Ｌｐ（ａ）レベルを低減もしくは阻害するか、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導するか、またはＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節する方法は、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物を個体に投与し、それにより個体の肝臓中のＬＤＬ−コレステロールおよびＬｐ（ａ）レベルを低減または阻害し、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導し、ＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節することを含む。特定の実施形態において、個体は、心血管疾患を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、混合型脂質異常症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、個体は、高コレステロール血症を有するかまたは有するリスクがある。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。特定の実施形態において、個体は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患を有するかまたは有するリスクがあると同定されている。
【０１５０】
特定の実施形態は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患の治療に使用されるＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物を対象とする。特定の実施形態において、疾患は、心血管疾患である。特定の実施形態において、疾患は、脂質異常症である。特定の実施形態において、疾患は、混合型脂質異常症である。特定の実施形態において、疾患は、高コレステロール血症である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。特定の実施形態において、化合物は、個体に非経口投与される。
【０１５１】
特定の実施形態は、心血管疾患を有するかまたは有するリスクがある個体のＬＤＬ−コレステロールの低減または阻害、Ｌｐ（ａ）レベルの低減または阻害、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性の誘導、およびＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスの調節に使用されるＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物を対象とする。特定の実施形態において、心血管疾患は、脂質異常症または高コレステロール血症である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１５２】
特定の実施形態は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療するための医薬品の製造または調製のための、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態は、ＰＣＳＫ９に関連する疾患を治療するための医薬品の調製のための、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態において、疾患は、心血管疾患である。特定の実施形態において、疾患は、脂質異常症である。特定の実施形態において、疾患は、混合型脂質異常症である。特定の実施形態において、疾患は、高コレステロール血症である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１５３】
特定の実施形態は、心血管疾患を有するかまたは有するリスクがある個体のＬＤＬ−コレステロールレベルを低減または阻害し、Ｌｐ（ａ）レベルを低減または阻害し、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導し、ＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節するための医薬品の製造または調製のための、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態において、心血管疾患は、脂質異常症または高コレステロール血症である。特定の実施形態は、心血管疾患を有するかまたは有するリスクがある個体のＬＤＬ−コレステロールレベルを低減または阻害し、Ｌｐ（ａ）レベルを低減または阻害し、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬ−Ｒ）活性を誘導し、ＬＤＬ受容体−ＬＤＬ−コレステロールホメオスタシスを調節するための医薬品の調製のための、ＰＣＳＫ９特異的阻害剤を含む化合物の使用を対象とする。特定の実施形態において、心血管疾患は、脂質異常症または高コレステロール血症である。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるアンチセンス化合物を含む。特定の実施形態において、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、８〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０の核酸塩基配列のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列からなる修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する、１４〜８０個の結合ヌクレオシド長である修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つからなる核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含む。上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長であり得る。特定の実施形態において、化合物は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１である。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、一本鎖または二本鎖であり得る。上記実施形態のいずれにおいても、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物であり得る。
【０１５４】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、ＰＣＳＫ９に標的化することができる。特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチド、例えば８〜８０個の結合ヌクレオシド長、１０〜３０個の結合ヌクレオシド長、１２〜３０個の結合ヌクレオシド長、または２０個の結合ヌクレオシド長の修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば８〜８０個の結合ヌクレオシド、１０〜３０個の結合ヌクレオシド、１２〜３０個の結合ヌクレオシド、または１６個の結合ヌクレオシドからなるアンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、２、１５４５〜１５５０に記載の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１個の修飾糖および／または少なくとも１個の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントおよび３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
【０１５５】
上記実施形態のいずれにおいても、修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２４、１６〜２４、１７〜２４、１８〜２４、１９〜２４、２０〜２４、１９〜２２、２０〜２２、１６〜２０、または１７もしくは２０個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、配列番号１、２、１５４５〜１５５０に記載の核酸塩基配列のいずれかに少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％相補的である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合、少なくとも１個の修飾糖および／または少なくとも１個の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合であり、修飾糖は、二環式糖または２’−Ｏ−メトキシエチルであり、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、結合２’−デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメントを含み、ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントおよび３’ウイングセグメントに直接隣接してかつそれらの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
【０１５６】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、１４〜３０個の結合ヌクレオシド長であり、配列番号３〜１５４０のいずれか１つを含む核酸塩基配列を有する修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
結合２’−デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖を含む。
【０１５７】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、配列番号１０１６、１５２８、７６３、１０７１、１１４７、１１４９、１０１６、９５５、１１９５、および３５３のいずれか１つに記載の配列を含むかまたはそれからなる核酸塩基配列を有する、１６〜８０個の結合核酸塩基長である修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなり、修飾オリゴヌクレオチドは、
１０個の結合デオキシヌクレオシドからなるギャップセグメント、
３個の結合ヌクレオシドからなる５’ウイングセグメント、および
３個の結合ヌクレオシドからなる３’ウイングセグメント
を含み、
ギャップセグメントは、５’ウイングセグメントと３’ウイングセグメントとの間に位置し、それぞれのウイングセグメントのそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖を含み、それぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合であり、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜８０個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１６〜３０個の結合ヌクレオシド長である。
【０１５８】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、以下の化学構造：
【化４】
2020511155.tif 000005
を有するＩＳＩＳ８６３６３３またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１５９】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、以下の化学構造：
【化５】
2020511155.tif 000006
を有するＩＳＩＳ８６３６３３またはその塩を含むかまたはそれからなる。
【０１６０】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、以下の化学構造：
【化６】
2020511155.tif 000007
を有するＩＳＩＳ８６３６３３のナトリウム塩を含むかまたはそれからなる。
【０１６１】
上記方法または使用のいずれにおいても、化合物は、非経口投与することができる。例えば、特定の実施形態において、化合物は、注射または注入を介して投与することができる。非経口投与としては、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば鞘内もしくは脳室内投与が挙げられる。
【０１６２】
特定の化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物であり得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、オリゴマー化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
【０１６３】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、標的核酸の核酸塩基配列に相補的な核酸塩基配列を有する。
【０１６４】
特定の実施形態において、化合物またはアンチセンス化合物は、一本鎖である。このような一本鎖化合物またはアンチセンス化合物は、オリゴマー化合物を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、このようなオリゴマー化合物は、オリゴヌクレオチドおよび任意選択的にコンジュゲート基を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、一本鎖アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、自己相補的核酸塩基配列を含む。
【０１６５】
特定の実施形態において、化合物は、二本鎖である。このような二本鎖化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１の修飾オリゴヌクレオチドおよび第１の修飾オリゴヌクレオチドに相補的な領域を有する第２の修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡオリゴヌクレオチドである。このような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のチミン核酸塩基は、ウラシル核酸塩基により置き換えられている。特定の実施形態において、化合物は、コンジュゲート基を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの１個がコンジュゲートされている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの両方がコンジュゲートされている。特定の実施形態において、第１の修飾オリゴヌクレオチドがコンジュゲートされている。特定の実施形態において、第２の修飾オリゴヌクレオチドがコンジュゲートされている。特定の実施形態において、第１の修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０個の結合ヌクレオシド長であり、第２の修飾オリゴヌクレオチドは、１２〜３０個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの１個は、配列番号３〜１５４０のいずれかの少なくとも８個の連続核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する。
【０１６６】
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、二本鎖である。このような二本鎖アンチセンス化合物は、標的核酸に相補的な領域を有する第１のオリゴマー化合物および第１のオリゴマー化合物に相補的な領域を有する第２のオリゴマー化合物を含む。このような二本鎖アンチセンス化合物の第１のオリゴマー化合物は、典型的には、修飾オリゴヌクレオチドおよび任意選択的にコンジュゲート基を含むかまたはそれからなる。このような二本鎖アンチセンス化合物の第２のオリゴマー化合物のオリゴヌクレオチドは、修飾されていても修飾されていなくてもよい。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物のいずれかまたは両方は、コンジュゲート基を含み得る。二本鎖アンチセンス化合物のオリゴマー化合物は、非相補的重複ヌクレオシドを含み得る。
【０１６７】
一本鎖および二本鎖化合物の例としては、限定されるものではないが、オリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、マイクロＲＮＡ、標的化オリゴヌクレオチド、および一本鎖ＲＮＡｉ化合物、例えば小分子ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、一本鎖ｓｉＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）、およびマイクロＲＮＡ模倣体が挙げられる。
【０１６８】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、５’から３’方向で記述される場合、それが標的化される標的核酸の標的セグメントの逆相補鎖を含む核酸塩基配列を有する。
【０１６９】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１０〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１２〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１２〜２２個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１４〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１４〜２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１５〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１５〜２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１６〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１６〜２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１７〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１７〜２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１８〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１８〜２１個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１８〜２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、２０〜３０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。換言すると、このようなオリゴヌクレオチドは、それぞれ１２〜３０個の結合サブユニット、１４〜３０個の結合サブユニット、１４〜２０個のサブユニット、１５〜３０個のサブユニット、１５〜２０個のサブユニット、１６〜３０個のサブユニット、１６〜２０個のサブユニット、１７〜３０個のサブユニット、１７〜２０個のサブユニット、１８〜３０個のサブユニット、１８〜２０個のサブユニット、１８〜２１個のサブユニット、２０〜３０個のサブユニット、または１２〜２２個の結合サブユニット長である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１４個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１６個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１７個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１８個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１９個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、２０個の結合サブユニット長のオリゴヌクレオチドを含む。他の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、８〜８０、１２〜５０、１３〜３０、１３〜５０、１４〜３０、１４〜５０、１５〜３０、１５〜５０、１６〜３０、１６〜５０、１７〜３０、１７〜５０、１８〜２２、１８〜２４、１８〜３０、１８〜５０、１９〜２２、１９〜３０、１９〜５０、または２０〜３０個の結合サブユニットのオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態において、本明細書に記載の化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、もしくは８０個の結合サブユニット長、または上記値の任意の２つにより定義される範囲のオリゴヌクレオチドを含む。一部の実施形態において、結合サブユニットは、ヌクレオチド、ヌクレオシド、または核酸塩基である。
【０１７０】
特定の実施形態において、化合物は、オリゴヌクレオチドに付着されている追加の特徴部または要素、例えばコンジュゲート基をさらに含み得る。特定の実施形態において、このような化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、このような化合物は、オリゴマー化合物である。コンジュゲート基がヌクレオシド（すなわちコンジュゲート基をオリゴヌクレオチドに結合させるヌクレオシド）を含む実施形態において、コンジュゲート基のヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さにカウントされない。
【０１７１】
特定の実施形態において、化合物は、短縮またはトランケートされていてよい。例えば、単一サブユニットは、５’末端から（５’トランケーション）、あるいは３’末端から（３’トランケーション）欠失していてよい。ＰＣＳＫ９核酸に標的化される短縮またはトランケート化合物は、化合物の５’末端から２個のサブユニットが欠失していてよく、あるいは３’末端から２個のサブユニットが欠失していてよい。あるいは、欠失されるヌクレオシドは、化合物全体にわたり分散していてよい。
【０１７２】
単一の付加サブユニットが延長化合物中に存在する場合、付加サブユニットは、化合物の５’または３’末端に局在し得る。２個以上の付加サブユニットが存在する場合、付加サブユニットは、例えば、化合物の５’末端（５’付加）、あるいは３’末端（３’付加）に付加された２個のサブユニットを有する化合物中で互いに隣接し得る。あるいは、付加サブユニットは、化合物全体にわたり分散していてよい。
【０１７３】
活性を排除せずに、化合物、例えばオリゴヌクレオチドの長さを増加もしくは減少させ、および／またはミスマッチ塩基を導入することが可能である（Ｗｏｏｌｆ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １９９２，８９：７３０５−７３０９；Ｇａｕｔｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．Ｍａｒｃｈ  ２００１，９３：４６３−４７１；Ｍａｈｅｒ  ａｎｄ  Ｄｏｌｎｉｃｋ  Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１９９８，１６：３３４１−３３５８）。しかしながら、オリゴヌクレオチド配列、化学構造およびモチーフの一見小さい変化は、臨床開発に要求される多くの特性の１つ以上の大きい差異をもたらし得る（Ｓｅｔｈ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００９，５２，１０；Ｅｇｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１１，１３３，１６６４２）。
【０１７４】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、干渉ＲＮＡ化合物（ＲＮＡｉ）であり、それとしては、二本鎖ＲＮＡ化合物（短鎖干渉ＲＮＡまたはｓｉＲＮＡとも称される）および一本鎖ＲＮＡｉ化合物（またはｓｓＲＮＡ）が挙げられる。このような化合物は、少なくとも部分的に、ＲＩＳＣ経路を介して機能して標的核酸を分解および／または封鎖する（したがって、マイクロＲＮＡ／マイクロＲＮＡ模倣化合物が挙げられる）。本明細書において使用されるｓｉＲＮＡという用語は、配列特異的ＲＮＡｉを媒介し得る核酸分子、例えば短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、短鎖干渉オリゴヌクレオチド、短鎖干渉核酸、短鎖干渉修飾オリゴヌクレオチド、化学修飾ｓｉＲＮＡ、転写後遺伝子サイレンシングＲＮＡ（ｐｔｇｓＲＮＡ）などを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。さらに、本明細書において使用される「ＲＮＡｉ」という用語は、配列特異的ＲＮＡ干渉、例えば転写後遺伝子サイレンシング、翻訳阻害、またはエピジェネティクスを説明するために使用される他の用語と均等であることを意味する。
【０１７５】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、本明細書に記載のＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態において、化合物は、二本鎖であり得る。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部を含む第１の鎖および第２の鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの核酸塩基配列を含む第１の鎖および第２の鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、第１の鎖が配列番号３〜１５４０のいずれか１つのチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を有するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、（ｉ）配列番号３〜１５４０のいずれかが、標的化されるＰＣＳＫ９上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む第１の鎖、および（ｉｉ）第２の鎖を含む。特定の実施形態において、化合物は、糖中の２’位がハロゲン（例えば、フッ素基；２’−Ｆ）を含有するか、またはアルコキシ基（例えば、メトキシ基；２’−ＯＭｅ）を含有する１個以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、少なくとも１個の２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１個の２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態において、少なくとも１個の２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１個の２’−ＯＭｅ糖修飾は、ｄｓＲＮＡ化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基について交互パターンで配置される。特定の実施形態において、化合物は、天然存在ホスホジエステル結合以外の隣接ヌクレオチド間の１個以上の結合を含む。このような結合の例としては、ホスホラミド、ホスホロチオエート、およびホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示される化学修飾核酸分子でもあり得る。他の実施形態において、化合物は、例えば、２０００年４月１９日に出願された国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示される１または２個のキャップ鎖を含有する。
【０１７６】
特定の実施形態において、化合物の第１の鎖は、ｓｉＲＮＡガイド鎖であり、化合物の第２の鎖は、ｓｉＲＮＡパッセンジャー鎖である。特定の実施形態において、化合物の第２の鎖は、第１の鎖に相補的である。特定の実施形態において、化合物のそれぞれの鎖は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の結合ヌクレオシド長である。特定の実施形態において、化合物の第１または第２の鎖は、コンジュゲート基を含み得る。
【０１７７】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、本明細書に記載のＰＣＳＫ９に標的化されるオリゴヌクレオチド配列のいずれかを含み得る。特定の実施形態において、化合物は、一本鎖である。特定の実施形態において、このような化合物は、一本鎖ＲＮＡｉ（ｓｓＲＮＡｉ）化合物である。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１つの少なくとも８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基の一部を含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１個の核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれか１個のチミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）が存在するリボヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、配列番号３〜１５４０のいずれかが標的化されるＰＣＳＫ９上の部位に相補的な核酸塩基配列を含む。特定の実施形態において、化合物は、糖中の２’位がハロゲン（例えば、フッ素基；２’−Ｆ）を含有するか、またはアルコキシ基（例えば、メトキシ基；２’−ＯＭｅ）を含有する１個以上の修飾ヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、化合物は、少なくとも１個の２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１個の２’−ＯＭｅ糖修飾を含む。特定の実施形態において、少なくとも１個の２’−Ｆ糖修飾および少なくとも１個の２’−ＯＭｅ糖修飾は、化合物の鎖に沿って少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の連続核酸塩基について交互パターンで配置される。特定の実施形態において、化合物は、天然存在ホスホジエステル結合以外の隣接ヌクレオチド間の１個以上の結合を含む。このような結合の例としては、ホスホラミド、ホスホロチオエート、およびホスホロジチオエート結合が挙げられる。化合物は、米国特許第６，６７３，６６１号明細書に教示される化学修飾核酸分子でもあり得る。他の実施形態において、化合物は、例えば、２０００年４月１９日に出願された国際公開第００／６３３６４号パンフレットにより開示されるキャップ鎖を含有する。特定の実施形態において、化合物は、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、または２３個の結合ヌクレオシドからなる。特定の実施形態において、化合物は、コンジュゲート基を含み得る。
【０１７８】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の修飾オリゴヌクレオチドは、１個以上の不斉中心を有し、したがって、エナンチオマー、ジアステレオマー、および絶対立体化学に関して（Ｒ）もしくは（Ｓ）として、例えば糖アノマーについてαもしくはβとして、またはアミノ酸について（Ｄ）もしくは（Ｌ）としてなどで定義することができる他の立体異性配置を生じさせる。別途規定されない限り、全てのこのような考えられる異性体、例としてそれらのラセミ体および光学純粋形態が、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドに含まれる。同様に、全てのシスおよびトランス異性体ならびに互変異性体も含まれる。
【０１７９】
本明細書に記載の化合物は、１個以上の原子が示される元素の非放射性同位体または放射性同位体により置き換えられているバリエーションを含む。例えば、水素原子を含む本明細書の化合物は、１Ｈ水素原子のそれぞれについて全ての考えられる重水素置換を包含する。本明細書の化合物により包含される同位体置換としては、限定されるものではないが、１Ｈの代わりに２Ｈまたは３Ｈ、１２Ｃの代わりに１３Ｃまたは１４Ｃ、１４Ｎの代わりに１５Ｎ、１６Ｏの代わりに１７Ｏまたは１８Ｏ、および３２Ｓの代わりに３３Ｓ、３４Ｓ、３５Ｓ、または３６Ｓが挙げられる。特定の実施形態において、非放射性同位体置換は、治療または研究ツールとしての使用に有益な化合物に対する新たな特性を付与し得る。特定の実施形態において、放射性同位体置換は、化合物を研究または診断目的、例えばイメージングアッセイに好適であり得る。
【０１８０】
特定の機序
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、標的核酸にハイブリダイズし得、少なくとも１つのアンチセンス活性をもたらす。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、１個以上の標的核酸に選択的に影響する。このような化合物は、１個以上の標的核酸にハイブリダイズする核酸塩基配列を含み、１つ以上の所望のアンチセンス活性をもたらし、１個以上の非標的核酸にハイブリダイズせず、顕著に不所望なアンチセンス活性をもたらすような方式でも１個以上の非標的核酸にハイブリダイズしない。
【０１８１】
特定のアンチセンス活性において、標的核酸への本明細書に記載の化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらす。例えば、特定の本明細書に記載の化合物は、標的核酸のＲＮアーゼＨ媒介開裂をもたらす。ＲＮアーゼＨは、ＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖のＲＮＡ鎖を開裂させる細胞エンドヌクレアーゼである。このようなＲＮＡ：ＤＮＡ二本鎖中のＤＮＡは、非修飾ＤＮＡである必要はない。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、ＲＮアーゼＨ活性を誘発するために十分に「ＤＮＡ様」である。さらに、特定の実施形態において、ギャップマーのギャップ中１個以上の非ＤＮＡ様ヌクレオシドは、忍容される。
【０１８２】
特定のアンチセンス活性において、本明細書に記載の化合物または化合物の一部は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）中に積まれ、最終的に標的核酸の開裂をもたらす。例えば、特定の本明細書に記載の化合物は、Ａｒｇｏｎａｕｔｅによる標的核酸の開裂をもたらす。特定の実施形態において、ＲＩＳＣ中に積まれる化合物は、ＲＮＡｉ化合物である。ＲＮＡｉ化合物は、二本鎖（ｓｉＲＮＡ）または一本鎖（ｓｓＲＮＡ）であり得る。
【０１８３】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物の標的核酸へのハイブリダイゼーションは、標的核酸を開裂させるタンパク質のリクルートメントをもたらさない。特定のこのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸のスプライシングの変動をもたらす。特定の実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸とタンパク質または他の核酸との間の結合相互作用の阻害をもたらす。特定のこのような実施形態において、標的核酸への化合物のハイブリダイゼーションは、標的核酸の翻訳の変動をもたらす。
【０１８４】
アンチセンス活性は、直接または間接的に観察することができる。特定の実施形態において、アンチセンス活性の観察または検出は、標的核酸もしくはそのような標的核酸によりコードされるタンパク質の量の変化、核酸もしくはタンパク質のスプライスバリアントの比の変化、および／または細胞もしくは動物における表現型変化の観察または検出を含む。
【０１８５】
標的核酸、標的領域およびヌクレオチド配列
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、標的核酸に相補的な領域を含むオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、標的核酸は、内因性ＲＮＡ分子である。特定の実施形態において、標的核酸は、タンパク質をコードする。特定のこのような実施形態において、標的核酸は、ｍＲＮＡおよびプレｍＲＮＡ、例としてイントロン、エクソンおよび非翻訳領域から選択される。特定の実施形態において、標的ＲＮＡは、ｍＲＮＡである。特定の実施形態において、標的核酸は、プレｍＲＮＡである。特定のこのような実施形態において、標的領域は、完全にイントロン内に存在する。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン／エクソンジャンクションに跨る。特定の実施形態において、標的領域は、イントロン内に少なくとも５０％存在する。
【０１８６】
ＰＣＳＫ９をコードするヌクレオチド配列としては、限定されるものではないが、以下のもの：ＲｅｆＳＥＱ番号ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿１７４９３６．３（配列番号１）、ヌクレオチド５５０３６００１〜５５０６８０００からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００１．１１（配列番号２）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＡＫ１２４６３５．１（配列番号１５４５）、ヌクレオチド２５４７５０００〜２５５０４０００からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＴ＿０３２９７７．８（配列番号１５４６）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＤＡ０９２２３６．１（配列番号１５４７）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＤＡ８０３８３０．１（配列番号１５４８）、ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＤＣ３５２１３５．１（配列番号１５４９）、およびＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＲ＿１１０４５１．１（配列番号１５５０）が挙げられる。
【０１８７】
ハイブリダイゼーション
一部の実施形態において、ハイブリダイゼーションは、本明細書に開示の化合物と、ＰＣＳＫ９核酸との間で生じる。ハイブリダイゼーションの最も一般的な機序は、核酸分子の相補的核酸塩基間の水素結合（例えば、ワトソン・クリック、フーグスティーンまたは逆フーグスティーン型水素結合）を含む。
【０１８８】
ハイブリダイゼーションは、変動条件下で生じ得る。ハイブリダイゼーション条件は、配列依存的であり、ハイブリダイズされる核酸分子の性質および組成により決定される。
【０１８９】
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズするか否かを決定する方法は、当技術分野において周知である。特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物は、ＰＣＳＫ９核酸と特異的にハイブリダイズ可能である。
【０１９０】
相補性
オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドまたはその１個以上の領域の核酸塩基配列が別のオリゴヌクレオチドまたは核酸またはその１個以上の領域の核酸塩基配列に、この２個の核酸塩基配列を逆方向にアラインした場合にマッチする場合、別の核酸に相補的であると記載される。本明細書に記載の核酸塩基マッチまたは相補的核酸塩基は、別途規定されない限り、以下の対：アデニン（Ａ）およびチミン（Ｔ）、アデニン（Ａ）およびウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）およびグアニン（Ｇ）、ならびに５−メチルシトシン（ｍＣ）およびグアニン（Ｇ）に限定される。相補的オリゴヌクレオチドおよび／または核酸は、それぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基相補性を有する必要はなく、１個以上の核酸塩基ミスマッチを含み得る。オリゴヌクレオチドは、そのようなオリゴヌクレオチドがいかなる核酸塩基ミスマッチも有さずにそれぞれのヌクレオシドにおける核酸塩基マッチを有する場合、完全相補的または１００％相補的である。
【０１９１】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、化合物は、オリゴマー化合物を含む。化合物とＰＣＳＫ９核酸との間の非相補的核酸塩基は、化合物が依然として標的核酸に特異的にハイブリダイズし得る場合、忍容され得る。さらに、化合物は、介在または隣接セグメントがハイブリダイゼーションイベントに含まれないように、ＰＣＳＫ９核酸の１個以上のセグメント上にハイブリダイズし得る（例えば、ループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）。
【０１９２】
特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物またはその規定の一部は、ＰＣＳＫ９核酸、標的領域、標的セグメント、またはそれらの規定の一部に７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的であり、少なくとも７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的であり、または最大７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくは１００％相補的である。特定の実施形態において、本明細書に提供される化合物またはその規定の一部は、ＰＣＳＫ９核酸、標的領域、標的セグメント、またはその規定の一部に７０％〜７５％、７５％〜８０％、８０％〜８５％、８５％〜９０％、９０％〜９５％、９５％〜１００％、またはそれらの範囲間の任意数だけ相補的である。化合物と標的核酸との相補性パーセントは、定型的な方法を使用して決定することができる。
【０１９３】
例えば、化合物の２０個の核酸塩基の１８個が標的領域に相補的であり、したがって特異的にハイブリダイズする化合物は、９０パーセントの相補性を表す。この例において、残りの非相補的核酸塩基は相補的核酸塩基とクラスタ化するか、または相補的核酸塩基が散在していてよく、互いにも相補的核酸塩基にも連続的である必要はない。したがって、標的核酸と完全相補性の２個の領域に挟まれた４個の非相補的核酸塩基を有する１８個の核酸塩基長の化合物は、標的核酸に対して７７．８％の総相補性を有する。標的核酸の領域に対する化合物の相補性パーセントは、当技術分野において公知のＢＬＡＳＴプログラム（ベーシックローカルアラインメント検索ツール）およびＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３  ４１０；Ｚｈａｎｇ  ａｎｄ  Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９  ６５６）を使用して定型的に決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセントまたは配列相補性パーセントは、例えば、ＳｍｉｔｈおよびＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２  ４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８  ｆｏｒ  Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ．）のデフォルト設定を使用して決定することができる。
【０１９４】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物またはその規定の一部は、標的核酸またはその規定の一部に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えば、化合物は、ＰＣＳＫ９核酸、またはその標的領域、もしくは標的セグメントもしくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書において使用される「完全に相補的」は、化合物のそれぞれの核酸塩基が標的核酸の対応する核酸塩基に相補的であることを意味する。例えば、２０個の核酸塩基の化合物は、その化合物に完全に相補的な対応する標的核酸中の２０個の核酸塩基の一部が存在する限り、４００個の核酸塩基長の標的配列に完全に相補的である。第１および／または第２の核酸の規定の一部に関して、完全に相補的を使用することもできる。例えば、３０個の核酸塩基の化合物の２０個の核酸塩基の一部は、４００個の核酸塩基長の標的配列に「完全に相補的」であり得る。３０個の核酸塩基の化合物の２０個の核酸塩基の一部は、標的配列が対応する２０個の核酸塩基の一部（それぞれの核酸塩基は、化合物の２０個の核酸塩基の一部に相補的である）を有する場合、標的配列に完全に相補的である。同時に、３０個の核酸塩基の化合物全体は、標的配列に完全に相補的であってもなくてもよく、それは、化合物の残りの１０個の核酸塩基も標的配列に相補的であるか否かに依存する。
【０１９５】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、標的核酸に対して１個以上のミスマッチ核酸塩基を含む。特定のこのような実施形態において、標的に対するアンチセンス活性は、そのようなミスマッチにより低減されるが、非標的に対する活性は、より大きい量だけ低減される。したがって、特定のこのような実施形態において、化合物の選択性が改善される。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の５’末端から１、２、３、４、５、６、７、または８位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ギャップ領域の３’末端から９、８、７、６、５、４、３、２、１位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の５’末端から１、２、３、または４位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、ウイング領域の３’末端から４、３、２、または１位に存在する。特定の実施形態において、ミスマッチは、ギャップマーモチーフを有さないオリゴヌクレオチド内に特異的に位置する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位に存在する。
【０１９６】
非相補的核酸塩基の局在は、化合物の５’末端または３’末端におけるものであり得る。あるいは、１個または複数の非相補的核酸塩基は、化合物の内部位置に存在し得る。２個以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続的（すなわち結合している）または非連続的であり得る。一実施形態において、非相補的核酸塩基は、ギャップマーオリゴヌクレオチドのウイングセグメント中に局在する。
【０１９７】
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０個の核酸塩基長であり、または最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０個の核酸塩基長である本明細書に記載の化合物は、標的核酸、例えばＰＣＳＫ９核酸、またはその規定の一部に対して４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下の非相補的核酸塩基を含む。
【０１９８】
特定の実施形態において、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の核酸塩基長であり、または最大１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは３０個の核酸塩基長である本明細書に記載の化合物は、標的核酸、例えばＰＣＳＫ９核酸、またはその規定の一部に対して６個以下、５個以下、４個以下、３個以下、２個以下、または１個以下の非相補的核酸塩基を含む。
【０１９９】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物としては、標的核酸の一部に相補的なものも挙げられる。本明細書において使用される「一部」は、標的核酸の領域またはセグメント内の定義された数の連続（すなわち結合している）核酸塩基を指す。「一部」は、化合物の定義された数の連続核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも８個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも９個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１０個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１１個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１２個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１３個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１４個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１５個の核酸塩基の一部に相補的である。特定の実施形態において、化合物は、標的セグメントの少なくとも１６個の核酸塩基の一部に相補的である。標的セグメントの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個もしくはそれより多い核酸塩基の一部、またはそれらの値の任意の２つにより定義される範囲に相補的な化合物も企図される。
【０２００】
同一性
本明細書に提供される化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号もしくは規定のＩＯＮ番号により表される化合物またはそれらの一部に対する定義された同一性パーセントも有し得る。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドである。本明細書において使用される化合物は、それが同一の核酸塩基対合能を有する場合、本明細書に開示の配列と同一である。例えば、ウラシルおよびチミジンは両方ともアデニンと対合するため、開示ＤＮＡ配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、そのＤＮＡ配列と同一であるとみなされる。本明細書に記載の化合物の短縮型および延長型、ならびに本明細書に提供される化合物に対して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接していてよく、または化合物全体にわたり分散していてよい。化合物の同一性パーセントは、比較される配列に対して同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
【０２０１】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物またはその一部は、本明細書に開示される化合物もしくは配列番号またはそれらの一部の１つ以上と７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一であり、または少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％もしくは１００％同一である。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、特定のヌクレオチド配列、配列番号もしくは規定のＩＯＮ番号により表される化合物またはそれらの一部と少なくとも約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、もしくは９９％、またはそのような値間の任意の割合だけ同一であり、化合物は、１個以上のミスマッチ核酸塩基を有するオリゴヌクレオチドを含む。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの５’末端から１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位に存在する。特定のこのような実施形態において、ミスマッチは、オリゴヌクレオチドの３’末端から２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２位に存在する。
【０２０２】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、アンチセンス化合物を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の一部は、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の核酸塩基の一部は、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。
【０２０３】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドの一部は、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５個の核酸塩基の一部は、標的核酸の等しい長さの一部と比較される。
【０２０４】
特定の修飾化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、結合ヌクレオシドからなるオリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。オリゴヌクレオチドは、非修飾オリゴヌクレオチド（ＲＮＡまたはＤＮＡ）であり得、または修飾オリゴヌクレオチドであり得る。修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾ＲＮＡまたはＤＮＡに対して少なくとも１個の修飾を含む（すなわち少なくとも１個の修飾ヌクレオシド（修飾糖部分および／または修飾核酸塩基を含む）および／または少なくとも１個の修飾ヌクレオシド間結合を含む）。
【０２０５】
Ａ．修飾ヌクレオシド
修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分もしくは修飾核酸塩基または修飾糖部分および修飾核酸塩基の両方を含む。
【０２０６】
１．修飾糖部分
特定の実施形態において、糖部分は、非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、二環式または三環式糖部分である。特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。このような糖代替物は、修飾糖部分の他のタイプのものに対応する１個以上の置換を含み得る。
【０２０７】
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１個以上の非環式置換基、例として、限定されるものではないが、２’、４’、および／または５’位における置換基を有するフラノシル環を含む非二環式修飾糖部分である。特定の実施形態において、非二環式修飾糖部分の１個以上の非環式置換基は、分枝鎖である。非二環式修飾糖部分に好適な２’−置換基の例としては、限定されるものではないが、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３（「ＯＭｅ」または「Ｏ−メチル」）、および２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３（「ＭＯＥ」）が挙げられる。特定の実施形態において、２’−置換基は、ハロ、アリル、アミノ、アジド、ＳＨ、ＣＮ、ＯＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルコキシ、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０置換アルコキシ、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、Ｏ−Ｃ１〜Ｃ１０置換アルキル、Ｓ−アルキル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキル、Ｏ−アルケニル、Ｓ−アルケニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルケニル、Ｏ−アルキニル、Ｓ−アルキニル、Ｎ（Ｒｍ）−アルキニル、Ｏ−アルキレニル−Ｏ−アルキル、アルキニル、アルカリール、アラルキル、Ｏ−アルカリール、Ｏ−アラルキル、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）またはＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）の中から選択され、それぞれのＲｍおよびＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、ならびにＣｏｏｋらの米国特許第６，５３１，５８４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８５９，２２１号明細書；およびＣｏｏｋらの米国特許第６，００５，０８７号明細書に記載の２’−置換基である。これらの２’−置換基の特定の実施形態は、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ（ＮＯ２）、チオール、チオアルコキシ、チオアルキル、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニルおよびアルキニルの中から独立して選択される１個以上の置換基によりさらに置換されていてよい。直鎖非二環式修飾糖部分に好適な４’−置換基の例としては、限定されるものではないが、アルコキシ（例えば、メトキシ）、アルキル、およびＭａｎｏｈａｒａｎらの国際公開第２０１５／１０６１２８号パンフレットに記載のものが挙げられる。非二環式修飾糖部分に好適な５’−置換基の例としては、限定されるものではないが、５’−メチル（ＲまたはＳ）、５’−ビニル、および５’−メトキシが挙げられる。特定の実施形態において、非二環式修飾糖は、２個以上の非架橋糖置換基、例えば２’−Ｆ−５’−メチル糖部分ならびにＭｉｇａｗａらの米国特許出願公開第２０１０／１９０８３７号明細書およびＲａｊｅｅｖらの米国特許出願公開第２０１３／０２０３８３６号明細書に記載の修飾糖部分および修飾ヌクレオシドを含む。
【０２０８】
特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＮＨ２、Ｎ３、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）３ＮＨ２、ＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ＝ＣＨ２、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ（ＣＨ３）２、およびＮ−置換アセトアミド（ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ））から選択される直鎖２’−置換基を含む糖部分を含み、それぞれのＲｍおよびＲｎは、独立して、Ｈ、アミノ保護基、または置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキルである。
【０２０９】
特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＦ３、ＯＣＨ３、ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２ＯＮ（ＣＨ３）２、Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２Ｎ−（ＣＨ３）２、およびＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）ＣＨ３（「ＮＭＡ」）から選択される直鎖２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０２１０】
特定の実施形態において、２’−置換ヌクレオシドまたは２’−非二環式修飾ヌクレオシドは、Ｆ、ＯＣＨ３、およびＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３から選択される直鎖２’−置換基を含む糖部分を含む。
【０２１１】
修飾糖部分、例えば非二環式修飾糖部分を含むヌクレオシドは、ヌクレオシドの糖部分上の置換の位置により称される。例えば、２’−置換または２−修飾糖部分を含むヌクレオシドは、２’−置換ヌクレオシドまたは２−修飾ヌクレオシドと称される。
【０２１２】
特定の修飾糖部分は、二環式糖部分をもたらす第２の環を形成する架橋糖置換基を含む。特定のこのような実施形態において、二環式糖部分は、４’および２’フラノース環原子間の架橋を含む。このような４’から２’への架橋糖置換基の例としては、限定されるものではないが、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’（「ＬＮＡ」）、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（「ＥＮＡ」）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’（Ｓ立体配置の場合、「拘束エチル」または「ｃＥｔ」と称される）、４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（「拘束ＭＯＥ」または「ｃＭＯＥ」）およびそのアナログ（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第７，３９９，８４５号明細書、Ｂｈａｔらの米国特許第７，５６９，６８６号明細書、Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第７，７４１，４５７号明細書、およびＳｗａｙｚｅらの米国特許第８，０２２，１９３号明細書を参照されたい）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’およびそのアナログ（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２７８，２８３号明細書を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’およびそのアナログ（例えば、Ｐｒａｋａｓｈらの米国特許第８，２７８，４２５号明細書を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（例えば、Ａｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許第７，６９６，３４５号明細書およびＡｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許第８，１２４，７４５号明細書を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（例えば、Ｚｈｏｕ，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００９，７４，１１８−１３４を参照されたい）、４’−ＣＨ２−Ｃ（＝ＣＨ２）−２’およびそのアナログ（例えば、Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２７８，４２６号明細書を参照されたい）、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、および４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、それぞれのＲ、Ｒａ、およびＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキル（例えば、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第７，４２７，６７２号明細書を参照されたい）が挙げられる。
【０２１３】
特定の実施形態において、このような４’から２’への架橋は、独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、および−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１〜４個の結合基を含み；
式中、
ｘは、０、１、または２であり；
ｎは、１、２、３、または４であり；
それぞれのＲａおよびＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、複素環基、置換複素環基、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、置換Ｃ５〜Ｃ７脂環式基、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり；
それぞれのＪ１およびＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルケニル、Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２〜Ｃ１２アルキニル、Ｃ５〜Ｃ２０アリール、置換Ｃ５〜Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環基、置換複素環基、Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１〜Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
【０２１４】
追加の二環式糖部分は、当技術分野において公知であり、例えばＦｒｅｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、Ａｌｂａｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０、Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６；Ｋｏｓｈｋｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０；Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８；Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２；Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９；Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９，８３６２−８３７９；Ｅｌａｙａｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｉｎｖｅｎｓ．Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１；Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７；Ｏｒｕｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ  Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，０５３，２０７号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第６，２６８，４９０号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国特許第６，７７０，７４８号明細書、Ｉｍａｎｉｓｈｉらの米国再発行特許第４４，７７９号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第６，７９４，４９９号明細書、Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第６，６７０，４６１号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，０３４，１３３号明細書、Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，０８０，６４４号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，０３４，９０９号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第８，１５３，３６５号明細書；Ｗｅｎｇｅｌらの米国特許第７，５７２，５８２号明細書；およびＲａｍａｓａｍｙらの米国特許第６，５２５，１９１号明細書、Ｔｏｒｓｔｅｎらの国際公開第２００４／１０６３５６号パンフレット、Ｗｅｎｇｅｌらの国際公開第１９９９／０１４２２６号パンフレット；Ｓｅｔｈらの国際公開第２００７／１３４１８１号パンフレット；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，５４７，６８４号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，６６６，８５４号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，０８８，７４６号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第７，７５０，１３１号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，０３０，４６７号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，２６８，９８０号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５４６，５５６号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５３０，６４０号明細書；Ｍｉｇａｗａらの米国特許第９，０１２，４２１号明細書；Ｓｅｔｈらの米国特許第８，５０１，８０５号明細書；Ａｌｌｅｒｓｏｎらの米国特許出願公開第２００８／００３９６１８号明細書；およびＭｉｇａｗａらの米国特許出願公開第２０１５／０１９１７２７号明細書を参照されたい。
【０２１５】
特定の実施形態において、二環式糖部分およびそのような二環式糖部分を取り込むヌクレオシドは、異性体立体配置によりさらに定義される。例えば、ＬＮＡヌクレオシド（本明細書に記載）は、α−Ｌ立体配置またはβ−Ｄ立体配置であり得る。
【化７】
2020511155.tif 000008
α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）またはα−Ｌ−ＬＮＡ二環式ヌクレオシドがアンチセンス活性を示すオリゴヌクレオチド中に取り込まれている（Ｆｒｉｅｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。ここで、二環式ヌクレオシドの一般的説明としては、両方の異性体立体配置が挙げられる。規定の二環式ヌクレオシド（例えば、ＬＮＡまたはｃＥｔ）の位置が本明細書の例示実施形態で同定される場合、それらは、別途規定されない限り、β−Ｄ立体配置である。
【０２１６】
特定の実施形態において、修飾糖部分は、１個以上の非架橋糖置換基および１個以上の架橋糖置換基（例えば、５’−置換および４’−２’架橋糖）を含む。
【０２１７】
特定の実施形態において、修飾糖部分は、糖代替物である。特定のこのような実施形態において、糖部分の酸素原子は、例えば、硫黄、炭素または窒素原子により置き換えられている。特定のこのような実施形態において、このような修飾糖部分は、本明細書に記載の架橋および／または非架橋置換基も含む。例えば、特定の糖代替物は、４’−硫黄原子ならびに２’位（例えば、Ｂｈａｔらの米国特許第７，８７５，７３３号明細書およびＢｈａｔらの米国特許第７，９３９，６７７号明細書を参照されたい）および／または５’位における置換を含む。
【０２１８】
特定の実施形態において、糖代替物は、５個以外の原子を有する環を含む。例えば、特定の実施形態において、糖代替物は、６員テトラヒドロピラン（「ＴＨＰ」）を含む。このようなテトラヒドロピランは、さらに修飾または置換されていてよい。このような修飾テトラヒドロピランを含むヌクレオシドとしては、限定されるものではないが、ヘキシトール核酸（「ＨＮＡ」）、アニトール核酸（「ＡＮＡ」）、マニトール核酸（「ＭＮＡ」）（例えば、Ｌｅｕｍａｎｎ，ＣＪ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）、フルオロＨＮＡ：
【化８】
2020511155.tif 000009
（「Ｆ−ＨＮＡ」、例えばＳｗａｙｚｅらの米国特許第８，０８８，９０４号明細書；Ｓｗａｙｚｅらの米国特許第８，４４０，８０３号明細書；およびＳｗａｙｚｅらの米国特許第９，００５，９０６号明細書を参照されたい、Ｆ−ＨＮＡは、Ｆ−ＴＨＰまたは３’−フルオロテトラヒドロピランと称することもできる）、および式：
【化９】
2020511155.tif 000010
を有する追加の修飾ＴＨＰ化合物を含むヌクレオシドが挙げられ、式中、前記修飾ＴＨＰヌクレオシドのそれぞれについて、独立して、
Ｂｘは、核酸塩基部分であり；
Ｔ３およびＴ４は、それぞれ独立して、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であり、またはＴ３およびＴ４の一方は、修飾ＴＨＰヌクレオシドをオリゴヌクレオチドの残部に結合するヌクレオシド間結合基であり、Ｔ３およびＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、結合コンジュゲート基、または５’もしくは３’−末端基であり；ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７は、それぞれ独立して、Ｈ、Ｃ１〜Ｃ６アルキル、置換Ｃ１〜Ｃ６アルキル、Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２〜Ｃ６アルケニル、Ｃ２〜Ｃ６アルキニル、または置換Ｃ２〜Ｃ６アルキニルであり；Ｒ１およびＲ２のそれぞれは、水素、ハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、およびＣＮの中から独立して選択され、Ｘは、Ｏ、ＳまたはＮＪ１であり、それぞれのＪ１、Ｊ２、およびＪ３は、独立して、ＨまたはＣ１〜Ｃ６アルキルである。
【０２１９】
特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７がそれぞれＨである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７の少なくとも１つは、Ｈ以外である。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６およびｑ７の少なくとも１つは、メチルである。特定の実施形態において、Ｒ１およびＲ２の一方がＦである修飾ＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、Ｒ１は、Ｆであり、Ｒ２は、Ｈであり、特定の実施形態において、Ｒ１は、メトキシであり、Ｒ２は、Ｈであり、特定の実施形態において、Ｒ１は、メトキシエトキシであり、Ｒ２は、Ｈである。
【０２２０】
特定の実施形態において、糖代替物は、６個以上の原子および２個以上のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチド中でのその使用が報告されている（例えば、Ｂｒａａｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０およびＳｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，６９８，６８５号明細書；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，１６６，３１５号明細書；Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，１８５，４４４号明細書；およびＳｕｍｍｅｒｔｏｎらの米国特許第５，０３４，５０６号明細書を参照されたい）。本明細書において使用される用語「モルホリノ」は、以下の構造：
【化１０】
2020511155.tif 000011
を有する糖代替物を意味する。特定の実施形態において、モルホリノは、例えば、上記モルホリノ構造から置換基を付加するか、または変動させることにより修飾することができる。このような糖代替物は、本明細書において「修飾モルホリノ」と称される。
【０２２１】
特定の実施形態において、糖代替物は、非環式部分を含む。このような非環式糖代替物を含むヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドの例としては、限定されるものではないが、ペプチド核酸（「ＰＮＡ」）、非環式ブチル核酸（例えば、Ｋｕｍａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２０１３，１１，５８５３−５８６５を参照されたい）、ならびにＭａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２０１３／１３０３７８号明細書に記載のヌクレオシドおよびオリゴヌクレオチドが挙げられる。
【０２２２】
修飾ヌクレオシド中で使用することができる多くの他の二環式および三環式糖ならびに糖代替物環系が、当技術分野において公知である。
【０２２３】
２．修飾核酸塩基
核酸塩基（または塩基）の修飾または置換は、天然存在のまたは合成非修飾核酸塩基と構造的に区別可能であるが、機能的には天然存在のまたは合成非修飾核酸塩基と交換可能である。天然核酸塩基および修飾核酸塩基は、両方とも水素結合に関与し得る。このような核酸塩基修飾は、ヌクレアーゼ安定性、結合親和性または他の何らかの有益な生物学的特性をアンチセンス化合物に付与し得る。
【０２２４】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、非修飾核酸塩基を含む１個以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１個以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、脱塩基ヌクレオシドと称される核酸塩基を含まない１個以上のヌクレオシドを含む。
【０２２５】
特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、アルキルまたはアルキニル置換ピリミジン、アルキル置換プリン、ならびにＮ−２、Ｎ−６およびＯ−６置換プリンから選択される。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２−アミノプロピルアデニン、５−ヒドロキシメチルシトシン、５−メチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−Ｎ−メチルグアニン、６−Ｎ−メチルアデニン、２−プロピルアデニン、２−チオウラシル、２−チオチミンおよび２−チオシトシン、５−プロピニル（Ｃ≡Ｃ−ＣＨ３）ウラシル、５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン、６−アゾチミン、５−リボシルウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオールアルキル、８−ヒドロキシル、８−アザならびに他の８−置換プリン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、５−ハロウラシル、および５−ハロシトシン、７−メチルグアニン、７−メチルアデニン、２−Ｆ−アデニン、２−アミノアデニン、７−デアザグアニン、７−デアザアデニン、３−デアザグアニン、３−デアザアデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、２−Ｎ−イソブチリルグアニン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチル４−Ｎ−ベンゾイルウラシル、ユニバーサル塩基、疎水性塩基、広域塩基（ｐｒｏｍｉｓｃｕｏｕｓ  ｂａｓｅ）、サイズ拡張塩基（ｓｉｚｅ−ｅｘｐａｎｄｅｄ  ｂａｓｅ）、およびフッ素化塩基から選択される。さらなる修飾核酸塩基としては、三環式ピリミジン、例えば１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン、１，３−ジアザフェノチアジン−２−オンおよび９−（２−アミノエトキシ）−１，３−ジアザフェノキサジン−２−オン（Ｇ−クランプ）が挙げられる。修飾核酸塩基としては、プリンまたはピリミジン塩基が他の複素環により置き換えられているもの、例えば７−デアザ−アデニン、７−デアザグアノシン、２−アミノピリジンおよび２−ピリドンを挙げることもできる。さらなる核酸塩基としては、Ｍｅｒｉｇａｎらの米国特許第３，６８７，８０８号明細書に開示されているもの、Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  Ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０，８５８−８５９；Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３；Ｓａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，Ｅｄｓ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３，２７３−２８８に開示されているもの；およびＣｈａｐｔｅｒｓ  ６  ａｎｄ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｄｒｕｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｃｒｏｏｋｅ  Ｓ．Ｔ．，Ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，２００８，１６３−１６６  ａｎｄ  ４４２−４４３に開示されているものが挙げられる��
【０２２６】
上記の修飾核酸塩基の特定のものおよび他の修飾核酸塩基の調製を教示する刊行物としては、限定されるものではないが、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１５８４０３号明細書、Ｍａｎｏｈａｒａｎらの米国特許出願公開第２００３／０１７５９０６号明細書；Ｄｉｎｈらの米国特許第４，８４５，２０５号明細書；Ｓｐｉｅｌｖｏｇｅｌらの米国特許第５，１３０，３０２号明細書；Ｒｏｇｅｒｓらの米国特許第５，１３４，０６６号明細書；Ｂｉｓｃｈｏｆｂｅｒｇｅｒらの米国特許第５，１７５，２７３号明細書；Ｕｒｄｅａらの米国特許第５，３６７，０６６号明細書；Ｂｅｎｎｅｒらの米国特許第５，４３２，２７２号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，４３４，２５７号明細書；Ｇｍｅｉｎｅｒらの米国特許第５，４５７，１８７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５９，２５５号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，４８４，９０８号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，５０２，１７７号明細書；Ｈａｗｋｉｎｓらの米国特許第５，５２５，７１１号明細書；Ｈａｒａｌａｍｂｉｄｉｓらの米国特許第５，５５２，５４０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４６９号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，５９４，１２１号明細書；Ｓｗｉｔｚｅｒらの米国特許第５，５９６，０９１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６１４，６１７号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，６４５，９８５号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，６８１，９４１号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８１１，５３４号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，７５０，６９２号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，９４８，９０３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，５８７，４７０号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，４５７，１９１号明細書；Ｍａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第５，７６３，５８８号明細書；Ｆｒｏｅｈｌｅｒらの米国特許第５，８３０，６５３号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第５，８０８，０２７号明細書；Ｃｏｏｋらの米国特許第６，１６６，１９９号明細書；およびＭａｔｔｅｕｃｃｉらの米国特許第６，００５，０９６号明細書が挙げられる。
【０２２７】
特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸に標的化される化合物は、１個以上の修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、５−メチルシトシンである。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは、５−メチルシトシンである。
【０２２８】
３．修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡおよびＤＮＡの天然存在のヌクレオシド間結合は、３’から５’へのホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、１個以上の修飾、すなわち非天然存在のヌクレオシド間結合を有する本明細書に記載の化合物は、望ましい特性、例えば向上した細胞取り込み、標的核酸についての向上した親和性、およびヌクレアーゼの存在下の増加した安定性などのため、天然存在のヌクレオシド間結合を有する化合物よりも選択されることが多い。
【０２２９】
特定の実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸に標的化される化合物は、１個以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物のそれぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【０２３０】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドは、リン原子を保持するヌクレオシド間結合、およびリン原子を有さないヌクレオシド間結合を含む。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、およびホスホロチオエートが挙げられる。リン含有および非リン含有結合を調製する方法は、周知である。
【０２３１】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドは、任意のヌクレオシド間結合を使用して一緒に結合させることができる。ヌクレオシド間結合基の２つの主なクラスは、リン原子の存在または不存在により定義される。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホジエステル結合（「Ｐ＝Ｏ」）（非修飾または天然存在結合とも称される）を含有するホスフェート、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、およびホスホロチオエート（「Ｐ＝Ｓ」）、およびホスホロジチオエート（「ＨＳ−Ｐ＝Ｓ」）が挙げられる。代表的な非リン含有ヌクレオシド間結合基としては、限定されるものではないが、メチレンメチルイミノ（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−ＣＨ２−）、チオジエステル、チオノカルバメート（−Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）（ＮＨ）−Ｓ−）；シロキサン（−Ｏ−ＳｉＨ２−Ｏ−）；およびＮ，Ｎ’−ジメチルヒドラジン（−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｎ（ＣＨ３）−）が挙げられる。修飾ヌクレオシド間結合は、天然存在ホスフェート結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を変動させ、典型的には、増加させるために使用することができる。特定の実施形態において、キラル原子を有するヌクレオシド間結合は、ラセミ混合物として、または別個のエナンチオマーとして調製することができる。代表的なキラルヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、アルキルホスホネートおよびホスホロチオエートが挙げられる。リン含有および非リン含有ヌクレオシド間結合を調製する方法は、当業者に周知である。
【０２３２】
中性ヌクレオシド間結合としては、限定されるものではないが、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ＭＭＩ（３’−ＣＨ２−Ｎ（ＣＨ３）−Ｏ−５’）、アミド−３（３’−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｈ）−５’）、アミド−４（３’−ＣＨ２−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−５’）、ホルムアセタール（３’−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−５’）、メトキシプロピル、およびチオホルムアセタール（３’−Ｓ−ＣＨ２−Ｏ−５’）が挙げられる。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、シロキサン（ジアルキルシロキサン）、カルボキシレートエステル、カルボキサミド、スルフィド、スルホネートエステルおよびアミドを含む非イオン性結合が挙げられる（例えば、Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ；Ｙ．Ｓ．Ｓａｎｇｈｖｉ  ａｎｄ  Ｐ．Ｄ．Ｃｏｏｋ，Ｅｄｓ．，ＡＣＳ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  Ｓｅｒｉｅｓ  ５８０；Ｃｈａｐｔｅｒｓ  ３  ａｎｄ  ４，４０−６５を参照されたい）。さらなる中性ヌクレオシド間結合としては、混合Ｎ、Ｏ、ＳおよびＣＨ２構成成分を含む非イオン性結合が挙げられる。
【０２３３】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは修飾ヌクレオシド間結合モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、ヌクレオシド間結合は、ギャップ化モチーフで配置される。このような実施形態において、２個のウイング領域のそれぞれのヌクレオシド間結合は、ギャップ領域中のヌクレオシド間結合と異なる。特定の実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合であり、ギャップ中のヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合である。ヌクレオシドモチーフは、独立して選択されるため、ギャップヌクレオシド間結合モチーフを有するそのようなオリゴヌクレオチドは、ギャップヌクレオシドモチーフを有しても有さなくてもよく、ギャップヌクレオシドモチーフを有する場合、ウイング長およびギャップ長は、同一であっても同一でなくてもよい。
【０２３４】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、交互のヌクレオシド間結合モチーフを有する領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、均一修飾ヌクレオシド間結合の領域を含む。特定のこのような実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合により均一に結合している領域を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートにより均一に結合している。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルおよびホスホロチオエートから選択される。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステルおよびホスホロチオエートから選択され、少なくとも１個のヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである。
【０２３５】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個のホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６個の連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８個の連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２個連続のホスホロチオエートヌクレオシド間結合の少なくとも１個のブロックを含む。特定のこのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に局在する。特定のこのような実施形態において、少なくとも１個のそのようなブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端から３ヌクレオシド以内に局在する。
【０２３６】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１個以上のメチルホスポネート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合を含む。特定の実施形態において、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、１個または２個のメチルホスポネート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合を除く全てホスホロチオエート結合である結合モチーフを含む。特定の実施形態において、１個のメチルホスポネート（ｍｅｔｈｙｌｐｈｏｓｐｏｎａｔｅ）結合は、ギャップマーヌクレオシドモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央のギャップ中に存在する。
【０２３７】
特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合およびホスホジエステルヌクレオシド間結合の数は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数および位置ならびにホスホジエステルヌクレオシド間結合の数および位置は、ヌクレアーゼ耐性を維持するように配置することが望ましい。特定の実施形態において、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることができる。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を依然として維持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることができ、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることができる。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ耐性を保持したまま、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の数を減少させることが望ましい。特定の実施形態において、ヌクレアーゼ活性を保持したまま、ホスホジエステルヌクレオシド間結合の数を増加させることが望ましい。
【０２３８】
４．特定のモチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。オリゴヌクレオチドは、モチーフ、例えば非修飾および／もしくは修飾糖部分、核酸塩基、ならびに／またはヌクレオシド間結合のパターンを有し得る。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む１個以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含む１個以上の修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１個以上の修飾ヌクレオシド間結合を含む。このような実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの修飾、非修飾、および示差的修飾糖部分、核酸塩基、ならびに／またはヌクレオシド間結合が、パターンまたはモチーフを定義する。特定の実施形態において、糖部分、核酸塩基、およびヌクレオシド間結合のパターンは、それぞれ互いに独立している。したがって、修飾オリゴヌクレオチドは、その糖モチーフ、核酸塩基モチーフおよび／またはヌクレオシド間結合モチーフにより説明することができる（本明細書において使用される核酸塩基モチーフは、核酸塩基の配列とは独立した核酸塩基の修飾を説明する）。
【０２３９】
ａ．特定の糖モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたは糖モチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された１つ以上のタイプの修飾糖および／または非修飾糖部分を含む。特定の例において、このような糖モチーフとしては、限定されるものではないが、本明細書において考察される糖修飾のいずれかが挙げられる。
【０２４０】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、２個の外部領域または「ウイング」および中央または内部領域または「ギャップ」を含むギャップマーモチーフを有する領域を含むかまたはそれからなる。ギャップマーモチーフの３個の領域（５’−ウイング、ギャップ、および３’−ウイング）は、ヌクレオシドの連続配列を形成し、ウイングのそれぞれのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部は、ギャップのヌクレオシドの糖部分の少なくとも一部と異なる。具体的には、ギャップに最も近いそれぞれのウイングのヌクレオシドの少なくとも糖部分（５’−ウイングの最も３’側のヌクレオシドおよび３’−ウイングの最も５’側のヌクレオシド）は、隣接するギャップヌクレオシドの糖部分と異なり、したがって、ウイングとギャップとの間の境界（すなわちウイング／ギャップジャンクション）を定義する。特定の実施形態において、ギャップ内の糖部分は、互いに同一である。特定の実施形態において、ギャップは、ギャップの１個以上の他のヌクレオシドの糖部分と異なる糖部分を有する１個以上のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、２個のウイングの糖モチーフは、互いに同一である（対称ギャップマー）。特定の実施形態において、５’−ウイングの糖モチーフは、３’−ウイングの糖モチーフと異なる（非対称ギャップマー）。
【０２４１】
特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、１〜５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、２〜５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのウイングは、３〜５個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのヌクレオシドは、全て修飾ヌクレオシドである。
【０２４２】
特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７〜１２個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、７〜１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、８〜１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップは、１０個のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーのギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。
【０２４３】
特定の実施形態において、ギャップマーは、デオキシギャップマーである。このような実施形態において、それぞれのウイング／ギャップジャンクションのギャップ側上のヌクレオシドは非修飾２’−デオキシヌクレオシドであり、それぞれのウイング／ギャップジャンクションのウイング側上のヌクレオシドは修飾ヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、ギャップのそれぞれのヌクレオシドは、非修飾２’−デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、それぞれのウイングのそれぞれのヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。
【０２４４】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有し、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなり、領域のそれぞれのヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、完全修飾糖モチーフを有する領域を含むかまたはそれからなり、完全修飾領域内のそれぞれのヌクレオシドは、本明細書において均一修飾糖モチーフと称される同一の修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、完全修飾オリゴヌクレオチドは、均一修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、均一修飾のそれぞれのヌクレオシドは、同一の２’−修飾を含む。
【０２４５】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、それぞれ参照により全体として本明細書に組み込まれるＳｗａｙｚｅらの米国特許出願公開第２０１０／０１９７７６２号明細書；Ｆｒｅｉｅｒらの米国特許出願公開第２０１４／０１０７３３０号明細書；Ｆｒｅｉｅｒらの米国特許出願公開第２０１５／０１８４１５３号明細書；およびＳｅｔｈらの米国特許出願公開第２０１５／０２６７１９５号明細書に記載の糖モチーフを含み得る。
【０２４６】
ｂ．特定の核酸塩基モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾および／または非修飾核酸塩基を含む。特定の実施形態において、それぞれの核酸塩基は、修飾されている。特定の実施形態において、核酸塩基はいずれも修飾されていない。特定の実施形態において、それぞれのプリンまたはそれぞれのピリミジンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのアデニンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのグアニンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのチミンは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのウラシルは修飾されている。特定の実施形態において、それぞれのシトシンは修飾されている。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチド中のシトシン核酸塩基の一部または全部は、５−メチルシトシンである。
【０２４７】
特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基のブロックを含む。特定のこのような実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの３’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端に存在する。特定の実施形態において、ブロックは、オリゴヌクレオチドの５’末端の３ヌクレオシド以内に存在する。
【０２４８】
特定の実施形態において、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を含むヌクレオシドを含む。特定のこのような実施形態において、修飾核酸塩基を含む１個のヌクレオシドは、ギャップマーモチーフを有するオリゴヌクレオチドの中央ギャップに存在する。特定のこのような実施形態において、前記ヌクレオシドの糖部分は、２’−デオキシリボシル部分である。特定の実施形態において、修飾核酸塩基は、２−チオピリミジンおよび５−プロピンピリミジンから選択される。
【０２４９】
ｃ．特定のヌクレオシド間結合モチーフ
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、定義されたパターンまたはモチーフでオリゴヌクレオチドまたはその領域に沿って配置された修飾および／または非修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、本質的には、それぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスフェートヌクレオシド間結合（Ｐ＝Ｏ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）である。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合基は、ホスホロチオエートおよびホスフェートヌクレオシド間結合から独立して選択される。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドの糖モチーフは、ギャップマーであり、ギャップ内のヌクレオシド間結合は、全て修飾されている。特定のこのような実施形態において、ウイング中のヌクレオシド間結合の一部または全部は、非修飾ホスフェート結合である。特定の実施形態において、末端ヌクレオシド間結合は、修飾されている。
【０２５０】
５．特定の修飾オリゴヌクレオチド
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含む。特定の実施形態において、上記修飾（糖、核酸塩基、ヌクレオシド間結合）は、修飾オリゴヌクレオチド中に取り込まれる。特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、その修飾、モチーフ、および全長により特徴付けられる。特定の実施形態において、このようなパラメータは、互いにそれぞれ独立している。したがって、別途示されない限り、ギャップマー糖モチーフを有するオリゴヌクレオチドのそれぞれのヌクレオシド間結合は、修飾でも非修飾でもよく、糖修飾のギャップマー修飾パターンに従っても従わなくてもよい。例えば、糖ギャップマーのウイング領域内のヌクレオシド間結合は、互いに同一であっても異なっていてもよく、糖モチーフのギャップ領域のヌクレオシド間結合と同一であっても異なっていてもよい。同様に、このようなギャップマーオリゴヌクレオチドは、糖修飾のギャップマーパターンから独立した１個以上の修飾核酸塩基を含み得る。さらに、特定の例において、オリゴヌクレオチドは、全長または範囲により、および２個以上の領域（例えば、規定の糖修飾を有するヌクレオシドの領域）の長さまたは長さ範囲により記載され、このような状況において、規定の範囲外の全長を有するオリゴヌクレオチドをもたらすそれぞれの範囲についての数を選択することが可能であり得る。このような状況において、両方の要素が充足されなければならない。例えば、特定の実施形態において、修飾オリゴヌクレオチドは、１５〜２０個の結合ヌクレオシドからなり、３個の領域Ａ、Ｂ、Ｃからなる糖モチーフを有し、領域Ａは、規定の糖モチーフを有する２〜６個の結合ヌクレオシドからなり、領域Ｂは、規定の糖モチーフを有する６〜１０個の結合ヌクレオシドからなり、領域Ｃは、規定の糖モチーフを有する２〜６個の結合ヌクレオシドからなる。このような実施形態は、ＡおよびＣがそれぞれ６個の結合ヌクレオシドからなり、Ｂが１０個の結合ヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含まず（ヌクレオシドのそれらの数がＡ、Ｂ、およびＣの要件内に許容されても）、それは、そのようなオリゴヌクレオチドの全長が２２であり、修飾オリゴヌクレオチドの全長の上限（２０）を超過するためである。本明細書において、オリゴヌクレオチドの記載が１つ以上のパラメータに関して無記載である場合、そのようなパラメータは、限定されない。したがって、ギャップマー糖モチーフを有するとのみ記載され、さらなる記載を有さない修飾オリゴヌクレオチドは、任意の長さ、ヌクレオシド間結合モチーフ、および核酸塩基モチーフを有し得る。別途示されない限り、全ての修飾は、核酸塩基配列から独立している。
【０２５１】
特定のコンジュゲート化合物
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、オリゴヌクレオチド（修飾または非修飾）ならびに任意選択的に１個以上のコンジュゲート基および／または末端基を含むかまたはそれからなる。コンジュゲート基は、１個以上のコンジュゲート部分およびコンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに結合するコンジュゲートリンカーからなる。コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドのいずれかもしくは両方の末端および／または任意の内部位置に付着され得る。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドの２’位に付着されている。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドのいずれかまたは両方の末端に付着されているコンジュゲート基は、末端基である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基または末端基は、オリゴヌクレオチドの３’および／または５’末端に付着されている。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの３’末端に付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの３’末端付近に付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基（または末端基）は、オリゴヌクレオチドの５’末端に付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドの５’末端付近に付着されている。
【０２５２】
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、修飾されている。特定の実施形態において、化合物のオリゴヌクレオチドは、標的核酸に相補的な核酸塩基配列を有する。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的である。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、センス転写産物に相補的である。
【０２５３】
末端基の例としては、限定されるものではないが、コンジュゲート基、キャッピング基、ホスフェート部分、保護基、修飾または非修飾ヌクレオシド、および独立して修飾または非修飾である２個以上のヌクレオシドが挙げられる。
【０２５４】
Ａ．特定のコンジュゲート基
特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、１個以上のコンジュゲート基に共有結合により付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付着されるオリゴヌクレオチドの１つ以上の特性、例として、限定されるものではないが、薬力学、薬物動態、安定性、結合、吸収、組織分布、細胞分布、細胞取り込み、電荷およびクリアランスを改変する。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、付着されるオリゴヌクレオチドに新たな特性、例えばオリゴヌクレオチドの検出を可能とするフルオロフォアまたはレポーター基を付与する。
【０２５５】
特定のコンジュゲート基およびコンジュゲート部分は、既に報告されており、例えばコレステロール部分（Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８９，８６，６５５３−６５５６）、コール酸（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９４，４，１０５３−１０６０）、チオエーテル、例えばヘキシル−Ｓ−トリチルチオール（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，１９９２，６６０，３０６−３０９；Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９３，３，２７６５−２７７０）、チオコレステロール（Ｏｂｅｒｈａｕｓｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９２，２０，５３３−５３８）、脂肪族鎖、例えばドデカンジオールもしくはウンデシル残基（Ｓａｉｓｏｎ−Ｂｅｈｍｏａｒａｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１９９１，１０，１１１１−１１１８；Ｋａｂａｎｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．，１９９０，２５９，３２７−３３０；Ｓｖｉｎａｒｃｈｕｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ，１９９３，７５，４９−５４）、リン脂質、例えばジヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールもしくはトリエチル−アンモニウム１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホネート（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ．，１９９５，３６，３６５１−３６５４；Ｓｈｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，１９９０，１８，３７７７−３７８３）、ポリアミンもしくはポリエチレングリコール鎖（Ｍａｎｏｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９５，１４，９６９−９７３）、またはアダマンタン酢酸、パルミチル部分（Ｍｉｓｈｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｉｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ａｃｔａ，１９９５，１２６４，２２９−２３７）、オクタデシルアミンもしくはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分（Ｃｒｏｏｋｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．，１９９６，ｉ，９２３−９３７）、トコフェロール基（Ｎｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ，２０１５，４，ｅ２２０；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｍｔｎａ．２０１４．７２およびＮｉｓｈｉｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ，２００８，１６，７３４−７４０）、またはＧａｌＮＡｃクラスタ（例えば、国際公開第２０１４／１７９６２０号パンフレット）である。
【０２５６】
１．コンジュゲート部分
コンジュゲート部分としては、限定されるものではないが、インターカレーター、レポーター分子、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド、炭水化物（例えば、ＧａｌＮＡｃ）、ビタミン部分、ポリエチレングリコール、チオエーテル、ポリエーテル、コレステロール、チオコレステロール、コール酸部分、ホレート、脂質、リン脂質、ビオチン、フェナジン、フェナントリジン、アントラキノン、アダマンタン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン、フルオロフォア、および色素が挙げられる。
【０２５７】
特定の実施形態において、コンジュゲート部分は、活性薬物物質、例えばアスピリン、ワルファリン、フェニルブタゾン、イブプロフェン、スプロフェン、フェンブフェン、ケトプロフェン、（Ｓ）−（＋）−プラノプロフェン、カルプロフェン、ダンシルサルコシン、２，３，５−トリヨード安息香酸、フィンゴリモド、フルフェナム酸、フォリン酸、ベンゾチアジアジド、クロロチアジド、ジアゼピン、インドメチシン（ｉｎｄｏ−ｍｅｔｈｉｃｉｎ）、バルビツール酸塩、セファロスポリン、サルファ剤、抗糖尿病薬、抗菌薬または抗生物質を含む。
【０２５８】
２．コンジュゲートリンカー
コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートリンカーを介して付着されている。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、単一化学結合である（すなわち、コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドにコンジュゲートリンカーを介して単結合を介して付着されている）。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、鎖構造、例えばヒドロカルビル鎖、または繰り返し単位、例えばエチレングリコール、ヌクレオシド、もしくはアミノ酸単位のオリゴマーを含む。
【０２５９】
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテル、およびヒドロキシルアミノから選択される１個以上の基を含む。特定のこのような実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキル、アミノ、オキソ、アミドおよびエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびアミド基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１個のリン部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１個のホスフェート基を含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、少なくとも１個の中性結合基を含む。
【０２６０】
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカー、例として上記コンジュゲートリンカーは、二官能性結合部分、例えば親化合物、例えば本明細書に提供されるオリゴヌクレオチドへのコンジュゲート基の付着に有用であることが当技術分野において公知のものである。一般に、二官能性結合部分は、少なくとも２個の官能基を含む。官能基のあるものは、化合物の特定の部位に結合するように選択され、他方は、コンジュゲート基に結合するように選択される。二官能性結合部分中に使用される官能基の例としては、限定されるものではないが、求核基と反応するための求電子剤および求電子基と反応するための求核剤が挙げられる。特定の実施形態において、二官能性結合部分は、アミノ、ヒドロキシル、カルボン酸、チオール、アルキル、アルケニル、およびアルキニルから選択される１個以上の基を含む。
【０２６１】
コンジュゲートリンカーの例としては、限定されるものではないが、ピロリジン、８−アミノ−３，６−ジオキサオクタン酸（ＡＤＯ）、スクシンイミジル４−（Ｎ−メレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）および６−アミノヘキサン酸（ＡＨＥＸまたはＡＨＡ）が挙げられる。他のコンジュゲートリンカーとしては、限定されるものではないが、置換もしくは非置換Ｃ１〜Ｃ１０アルキル、置換もしくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルケニルまたは置換もしくは非置換Ｃ２〜Ｃ１０アルキニルが挙げられ、好ましい置換基の非限定的列記としては、ヒドロキシル、アミノ、アルコキシ、カルボキシ、ベンジル、フェニル、ニトロ、チオール、チオアルコキシ、ハロゲン、アルキル、アリール、アルケニルおよびアルキニルが挙げられる。
【０２６２】
特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１〜１０個のリンカー−ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、このようなリンカー−ヌクレオシドは、修飾ヌクレオシドである。特定の実施形態において、このようなリンカー−ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、リンカー−ヌクレオシドは、非修飾である。特定の実施形態において、リンカー−ヌクレオシドは、プリン、置換プリン、ピリミジンまたは置換ピリミジンから選択される任意選択的に保護されている複素環式塩基を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ウラシル、チミン、シトシン、４−Ｎ−ベンゾイルシトシン、５−メチルシトシン、４−Ｎ−ベンゾイル−５−メチルシトシン、アデニン、６−Ｎ−ベンゾイルアデニン、グアニンおよび２−Ｎ−イソブチリルグアニンから選択されるヌクレオシドである。典型的には、リンカー−ヌクレオシドは、それが標的組織に到達した後に化合物から開裂されることが望ましい。したがって、リンカー−ヌクレオシドは、典型的には、互いにおよび化合物の残部に開裂可能結合を介して結合している。特定の実施形態において、このような開裂可能結合は、ホスホジエステル結合である。
【０２６３】
本明細書において、リンカー−ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの成分であるとはみなされない。したがって、化合物が、規定の数もしくは範囲の結合ヌクレオシドおよび／または参照核酸との規定の相補性パーセントからなるオリゴヌクレオチドを含み、化合物が、リンカー−ヌクレオシドを含むコンジュゲートリンカーを含むコンジュゲート基も含む実施形態において、それらのリンカー−ヌクレオシドは、オリゴヌクレオチドの長さまでカウントされず、参照核酸についてのオリゴヌクレオチドの相補性パーセントの決定において使用されない。例えば、化合物は、（１）８〜３０個のヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドおよび（２）修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドと連続的な１〜１０個のリンカー−ヌクレオシドを含むコンジュゲート基を含み得る。このような化合物中の連続結合ヌクレオシドの総数は、３０超である。あるいは、化合物は、８〜３０個のヌクレオシドからなり、コンジュゲート基を有さない修飾オリゴヌクレオチドを含み得る。このような化合物中の連続結合ヌクレオシドの総数は、３０以下である。別途示されない限り、コンジュゲートリンカーは、１０個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、５個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、３個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、２個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、コンジュゲートリンカーは、１個以下のリンカー−ヌクレオシドを含む。
【０２６４】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、オリゴヌクレオチドから開裂されることが望ましい。例えば、特定の状況において、特定のコンジュゲート部分を含む化合物は、特定の細胞タイプにより、より良好に取り込まれるが、化合物が取り込まれると、コンジュゲート基が開裂されて、非コンジュゲートまたは親オリゴヌクレオチドが放出されることが望ましい。したがって、特定のコンジュゲートは、典型的には、コンジュゲートリンカー内に１個以上の開裂可能部分を含み得る。特定の実施形態において、開裂可能部分は、開裂可能結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、少なくとも１個の開裂可能結合を含む原子団である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、１、２、３、４、または５個以上の開裂可能結合を有する原子団を含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、細胞または細胞内コンパートメント、例えばリソソーム内部で選択的に開裂される。特定の実施形態において、開裂可能部分は、内因性酵素、例えばヌクレアーゼにより選択的に開裂される。
【０２６５】
特定の実施形態において、開裂可能結合は、アミド、エステル、エーテル、ホスホジエステルの一方または両方のエステル、リン酸エステル、カルバメート、またはジスルフィドの中から選択される。特定の実施形態において、開裂可能結合は、ホスホジエステルのエステルの一方または両方である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートまたはホスホジエステルを含む。特定の実施形態において、開裂可能部分は、オリゴヌクレオチドとコンジュゲート部分またはコンジュゲート基との間のホスフェート結合である。
【０２６６】
特定の実施形態において、開裂可能部分は、１個以上のリンカー−ヌクレオシドを含むかまたはそれからなる。特定のこのような実施形態において、１個以上のリンカー−ヌクレオシドは、互いにおよび／または化合物の残部に開裂可能結合を介して結合している。特定の実施形態において、このような開裂可能結合は、非修飾ホスホジエステル結合である。特定の実施形態において、開裂可能部分は、ホスフェートヌクレオシド間結合によりオリゴヌクレオチドの３’または５’末端ヌクレオシドのいずれかに付着されており、ホスフェートまたはホスホロチオエート結合によりコンジュゲートリンカーまたはコンジュゲート部分の残部に共有結合により付着されている２’−デオキシヌクレオシドである。特定のこのような実施形態において、開裂可能部分は、２’−デオキシアデノシンである。
【０２６７】
３．特定の細胞標的化コンジュゲート部分
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、細胞標的化コンジュゲート部分を含む。特定の実施形態において、コンジュゲート基は、一般式：
【化１１】
2020511155.tif 000012
（式中、ｎは、１〜約３であり、ｎが１である場合、ｍは、０であり、ｎが２以上である場合、ｍは、１であり、ｊは、１または０であり、ｋは、１または０である）
を有する。
【０２６８】
特定の実施形態において、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態において、ｎは、１であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、１であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態において、ｎは、２であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、２であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、０である。特定の実施形態において、ｎは、３であり、ｊは、０であり、ｋは、１である。特定の実施形態において、ｎは、３であり、ｊは、１であり、ｋは、１である。
【０２６９】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、少なくとも１個のテザー化リガンドを有する細胞標的化部分を含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合により付着されている２個のテザー化リガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、分枝鎖基に共有結合により付着されている３個のテザー化リガンドを含む。
【０２７０】
特定の実施形態において、細胞標的化部分は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテルおよびヒドロキシルアミノ基から選択される１個以上の基を含む分枝鎖基を含む。特定の実施形態において、分枝鎖基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミド、ジスルフィド、ポリエチレングリコール、エーテル、チオエーテルおよびヒドロキシルアミノ基から選択される基を含む分枝鎖脂肪族基を含む。特定のこのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノ、オキソ、アミドおよびエーテル基から選択される基を含む。特定のこのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキル、アミノおよびエーテル基から選択される基を含む。特定のこのような実施形態において、分枝鎖脂肪族基は、アルキルおよびエーテル基から選択される基を含む。特定の実施形態において、分枝鎖基は、単環系または多環系を含む。
【０２７１】
特定の実施形態において、細胞標的化部分のそれぞれのテザーは、アルキル、置換アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、ホスホジエステル、およびポリエチレングリコールから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、エーテル、チオエーテル、ジスルフィド、アミノ、オキソ、アミド、およびポリエチレングリコールから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、ホスホジエステル、エーテル、アミノ、オキソ、およびアミドから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、エーテル、アミノ、オキソ、およびアミドから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキル、アミノ、およびオキソから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキルおよびオキソから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、アルキルおよびホスホジエステルから選択される１個以上の基を任意の組合せで含む直鎖脂肪族基である。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、少なくとも１個のリン結合基または中性結合基を含む。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、約６〜約２０個の原子長の鎖を含む。特定の実施形態において、テザーは、約１０〜約１８個の原子長の鎖を含む。特定の実施形態において、それぞれのテザーは、約１０個の原子鎖長を含む。
【０２７２】
特定の実施形態において、細胞標的化部分のそれぞれのリガンドは、標的細胞上の受容体の少なくとも１つのタイプについての親和性を有する。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、哺乳動物肝細胞の表面上の受容体の少なくとも１つのタイプについての親和性を有する。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、肝アシアロ糖タンパク質受容体（ＡＳＧＰ−Ｒ）についての親和性を有する。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、炭水化物である。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、ガラクトース、Ｎ−アセチルガラクトースアミン（ＧａｌＮＡｃ）、マンノース、グルコース、グルコースアミンおよびフコースから独立して選択される。特定の実施形態において、それぞれのリガンドは、Ｎ−アセチルガラクトースアミン（ＧａｌＮＡｃ）である。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、２個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。特定の実施形態において、細胞標的化部分は、１個のＧａｌＮＡｃリガンドを含む。
【０２７３】
特定の実施形態において、細胞標的化部分のそれぞれのリガンドは、炭水化物、炭水化物誘導体、修飾炭水化物、多糖、修飾多糖、または多糖誘導体である。特定のこのような実施形態において、コンジュゲート基は、炭水化物クラスタを含む（例えば、Ｍａｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｄ  ｔｏ  ａ  Ｍｕｌｔｉｖａｌｅｎｔ  Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ  Ｃｌｕｓｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ，”Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００３，１４，１８−２９、またはＲｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  ｏｆ  Ｎｏｖｅｌ  Ｎ−Ａｃｅｔｙｌｇａｌａｃｔｏｓａｍｉｎｅ−Ｔｅｒｍｉｎａｔｅｄ  Ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄｓ  ｆｏｒ  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｏｆ  Ｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｈｅｐａｔｉｃ  Ａｓｉａｇｌｙｃｏｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ，”Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８−５８０８を参照されたく、これは参照により全体として本明細書に組み込まれる）。特定のこのような実施形態において、それぞれのリガンドは、アミノ糖またはチオ糖である。例えば、アミノ糖は、当技術分野において公知の任意数の化合物、例えばシアル酸、α−Ｄ−ガラクトサミン、β−ムラミン酸、２−デオキシ−２−メチルアミノ−Ｌ−グルコピラノース、４，６−ジデオキシ−４−ホルムアミド−２，３−ジ−Ｏ−メチル−Ｄ−マンノピラノース、２−デオキシ−２−スルホアミノｏ−Ｄ−グルコピラノースおよびＮ−スルホ−Ｄ−グルコサミン、ならびにＮ−グリコロイル−α−ノイラミン酸から選択することができる。例えば、チオ糖は、５−チオ−β−Ｄ−グルコピラノース、メチル２，３，４−トリ−Ｏ−アセチル−１−チオ−６−Ｏ−トリチル−α−Ｄ−グルコピラノシド、４−チオ−β−Ｄ−ガラクトピラノース、およびエチル３，４，６，７−テトラ−Ｏ−アセチル−２−デオキシ−１，５−ジチオ−α−Ｄ−グルコ−ヘプトピラノシドから選択することができる。
【０２７４】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
【化１２】
2020511155.tif 000013
を有する細胞標的化部分を含む。
【０２７５】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
【化１３】
2020511155.tif 000014
を有する細胞標的化部分を含む。
【０２７６】
特定の実施形態において、コンジュゲート基は、式：
【化１４】
2020511155.tif 000015
を有する細胞標的化部分を含む。
【０２７７】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、本明細書において「ＬＩＣＡ−１」と記載されるコンジュゲート基を含む。ＬＩＣＡ−１を、コンジュゲートリンカーの末端における任意選択の開裂可能部分なしで以下に示す。
【化１５】
2020511155.tif 000016
【０２７８】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、ＬＩＣＡ−１を含み、コンジュゲートリンカー内の開裂可能部分は、式：
【化１６】
2020511155.tif 000017
（式中、オリゴは、オリゴヌクレオチドである）
を有する。
【０２７９】
上記のコンジュゲート基およびコンジュゲート基を含む化合物、テザー、コンジュゲートリンカー、分枝鎖基、リガンド、開裂可能部分ならびに他の修飾の特定のものの調製を教示する代表的な刊行物としては、限定されるものではないが、米国特許第５，９９４，５１７号明細書、米国特許第６，３００，３１９号明細書、米国特許第６，６６０，７２０号明細書、米国特許第６，９０６，１８２号明細書、米国特許第７，２６２，１７７号明細書、米国特許第７，４９１，８０５号明細書、米国特許第８，１０６，０２２号明細書、米国特許第７，７２３，５０９号明細書、米国特許第９，１２７，２７６号明細書、米国特許第２００６／０１４８７４０号明細書、米国特許第２０１１／０１２３５２０号明細書、国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレットおよび国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット、Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９５，３８，１８４６−１８５２，Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ＆Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２０１１，１９，２４９４−２５００，Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００１，２７６，３７５７７−３７５８４，Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２００４，４７，５７９８−５８０８、Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．１９９９，４２，６０９−６１８、およびＶａｌｅｎｔｉｊｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９−７７０が挙げられ、それらのそれぞれは、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０２８０】
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、ギャップマーまたは完全修飾モチーフを含む修飾オリゴヌクレオチドと、少なくとも１個、２個、または３個のＧａｌＮＡｃリガンドを含むコンジュゲート基とを含む。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、以下の参照文献のいずれかに見出されるコンジュゲート基を含む：Ｌｅｅ，Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ  Ｒｅｓ，１９７８，６７，５０９−５１４；Ｃｏｎｎｏｌｌｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，１９８２，２５７，９３９−９４５；Ｐａｖｉａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔ  Ｊ  Ｐｅｐ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｒｅｓ，１９８３，２２，５３９−５４８；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ，１９８４，２３，４２５５−４２６１；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｊ，１９８７，４，３１７−３２８；Ｔｏｙｏｋｕｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ，１９９０，３１，２６７３−２６７６；Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１５３８−１５４６；Ｖａｌｅｎｔｉｊｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９７，５３，７５９−７７０；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ  Ｌｅｔｔ，１９９７，３８，３４８７−３４９０；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，１９９７，８，７６２−７６５；Ｋａｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌ，２００１，１１，８２１−８２９；Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ，２００１，２７６，３７５７７−３７５８４；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，２００３，３６２，３８−４３；Ｗｅｓｔｅｒｌｉｎｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｃｏｎｊ  Ｊ，２００４，２１，２２７−２４１；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ  Ｌｅｔｔ，２００６，１６（１９），５１３２−５１３５；Ｍａｉｅｒｈｏｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２００７，１５，７６６１−７６７６；Ｋｈｏｒｅｖ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２００８，１６，５２１６−５２３１；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２０１１，１９，２４９４−２５００；Ｋｏｒｎｉｌｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌｙｔ  Ｂｉｏｃｈｅｍ，２０１２，４２５，４３−４６；Ｐｕｊｏｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗ  Ｃｈｅｍｉｅ  Ｉｎｔ  Ｅｄ  Ｅｎｇｌ，２０１２，５１，７４４５−７４４８；Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，１９９５，３８，１８４６−１８５２；Ｓｌｉｅｄｒｅｇｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，１９９９，４２，６０９−６１８；Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２００４，４７，５７９８−５８０８；Ｒｅｎｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｒｔｅｒｉｏｓｃｌｅｒ  Ｔｈｒｏｍｂ  Ｖａｓｃ  Ｂｉｏｌ，２００６，２６，１６９−１７５；ｖａｎ  Ｒｏｓｓｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ，２００４，１１，４５７−４６４；Ｓａｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ，２００４，１２６，１４０１３−１４０２２；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｏｒｇ  Ｃｈｅｍ，２０１２，７７，７５６４−７５７１；Ｂｉｅｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＡＳＥＢ  Ｊ，２０００，１４，１７８４−１７９２；Ｒａｊｕｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，１９９７，８，９３５−９４０；Ｄｕｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ，２０００，３１３，２９７−３２１；Ｍａｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，２００３，１４，１８−２９；Ｊａｙａｐｒａｋａｓｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｏｒｇ  Ｌｅｔｔ，２０１０，１２，５４１０−５４１３；Ｍａｎｏｈａｒａｎ，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖ，２００２，１２，１０３−１２８；Ｍｅｒｗｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ  Ｃｈｅｍ，１９９４，５，６１２−６２０；Ｔｏｍｉｙａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ，２０１３，２１，５２７５−５２８１；国際公開出願の国際公開第１９９８／０１３３８１号パンフレット；国際公開第２０１１／０３８３５６号パンフレット；国際公開第１９９７／０４６０９８号パンフレット；国際公開第２００８／０９８７８８号パンフレット；国際公開第２００４／１０１６１９号パンフレット；国際公開第２０１２／０３７２５４号パンフレット；国際公開第２０１１／１２００５３号パンフレット；国際公開第２０１１／１００１３１号パンフレット；国際公開第２０１１／１６３１２１号パンフレット；国際公開第２０１２／１７７９４７号パンフレット；国際公開第２０１３／０３３２３０号パンフレット；国際公開第２０１３／０７５０３５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３１８５号パンフレット；国際公開第２０１２／０８３０４６号パンフレット；国際公開第２００９／０８２６０７号パンフレット；国際公開第２００９／１３４４８７号パンフレット；国際公開第２０１０／１４４７４０号パンフレット；国際公開第２０１０／１４８０１３号パンフレット；国際公開第１９９７／０２０５６３号パンフレット；国際公開第２０１０／０８８５３７号パンフレット；国際公開第２００２／０４３７７１号パンフレット；国際公開第２０１０／１２９７０９号パンフレット；国際公開第２０１２／０６８１８７号パンフレット；国際公開第２００９／１２６９３３号パンフレット；国際公開第２００４／０２４７５７号パンフレット；国際公開第２０１０／０５４４０６号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９３５２号パンフレット；国際公開第２０１２／０８９６０２号パンフレット；国際公開第２０１３／１６６１２１号パンフレット；国際公開第２０１３／１６５８１６号パンフレット；米国特許第４，７５１，２１９号明細書；同第８，５５２，１６３号明細書；同第６，９０８，９０３号明細書；同第７，２６２，１７７号明細書；同第５，９９４，５１７号明細書；同第６，３００，３１９号明細書；同第８，１０６，０２２号明細書；同第７，４９１，８０５号明細書；同第７，４９１，８０５号明細書；同第７，５８２，７４４号明細書；同第８，１３７，６９５号明細書；同第６，３８３，８１２号明細書；同第  ６，５２５，０３１号明細書；同第６，６６０，７２０号明細書；同第７，７２３，５０９号明細書；同第８，５４１，５４８号明細書；同第８，３４４，１２５号明細書；同第８，３１３，７７２号明細書；同第８，３４９，３０８号明細書；同第８，４５０，４６７号明細書；同第８，５０１，９３０号明細書；同第８，１５８，６０１号明細書；同第７，２６２，１７７号明細書；同第６，９０６，１８２号明細書；同第６，６２０，９１６号明細書；同第８，４３５，４９１号明細書；同第８，４０４，８６２号明細書；同第７，８５１，６１５号明細書；公開された米国特許出願公開の米国特許出願公開第２０１１／００９７２６４号明細書；米国特許出願公開第２０１１／００９７２６５号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０００４４２７号明細書；米国特許出願公開第２００５／０１６４２３５号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１４８７４０号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２８１０４４号明細書；米国特許出願公開第２０１０／０２４０７３０号明細書；米国特許出願公開第２００３／０１１９７２４号明細書；米国特許出願公開第２００６／０１８３８８６号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２０６８６９号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０２６９８１４号明細書；米国特許出願公開第２００９／０２８６９７３号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０２０７７９９号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１３６０４２号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１６５３９３号明細書；米国特許出願公開第２００８／０２８１０４１号明細書；米国特許出願公開第２００９／０２０３１３５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／００３５１１５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／００９５０７５号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１０１１４８号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１２８７６０号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０１５７５０９号明細書；米国特許出願公開第２０１２／０２３０９３８号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１０９８１７号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１２１９５４号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０１７８５１２号明細書；米国特許出願公開第２０１３／０２３６９６８号明細書；米国特許出願公開第２０１１／０１２３５２０号明細書；米国特許出願公開第２００３／００７７８２９号明細書；米国特許出願公開第２００８／０１０８８０１号明細書；および米国特許出願公開第２００９／０２０３１３２号明細書、それらのそれぞれは、参照により全体として組み込まれる。
【０２８１】
組成物および医薬組成物を配合する方法
本明細書に記載の化合物は、医薬組成物または配合物の調製のための薬学的に許容可能な活性または不活性物質と混合することができる。組成物および医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路または疾患の程度に依存的である。
【０２８２】
特定の実施形態は、１つ以上の化合物またはその塩を含む医薬組成物を提供する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。特定のそのような実施形態において、医薬組成物は、滅菌生理食塩水溶液および１つ以上の化合物を含む。特定の実施形態において、このような医薬組成物は、滅菌生理食塩水溶液および１つ以上の化合物からなる。特定の実施形態において、滅菌生理食塩水は、医薬グレードの生理食塩水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物および滅菌水を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つの化合物および滅菌水からなる。特定の実施形態において、滅菌水は、医薬グレードの水である。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物およびリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）を含む。特定の実施形態において、医薬組成物は、１つ以上の化合物および滅菌ＰＢＳからなる。特定の実施形態において、滅菌ＰＢＳは、医薬グレードのＰＢＳである。組成物および医薬組成物を配合する方法は、多数の基準、例として、限定されるものではないが、投与経路または疾患の程度に依存的である。
【０２８３】
ＰＣＳＫ９核酸に標的化される本明細書に記載の化合物は、この化合物と好適な薬学的に許容可能な希釈剤または担体とを組み合わせることにより医薬組成物中で利用することができる。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な希釈剤は、水、例えば注射に好適な滅菌水である。したがって、一実施形態において、ＰＣＳＫ９核酸に標的化される化合物および薬学的に許容可能な希釈剤を含む医薬組成物が、本明細書に記載の方法において用いられる。特定の実施形態において、薬学的に許容可能な希釈剤は、水である。特定の実施形態において、化合物は、本明細書に提供される修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。
【０２８４】
本明細書に提供される化合物を含む医薬組成物は、動物、例としてヒトへの投与時、生物学的に活性な代謝物質またはその残留物を（直接または間接的に）提供し得る任意の薬学的に許容可能な塩、エステル、またはそのようなエステルの塩、または任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。特定の実施形態において、化合物は、アンチセンス化合物またはオリゴマー化合物である。特定の実施形態において、化合物は、修飾オリゴヌクレオチドを含むかまたはそれからなる。したがって、例えば、本開示は、化合物の薬学的に許容可能な塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容可能な塩、および他の生物学的均等物も対象とする。好適な薬学的に許容可能な塩としては、限定されるものではないが、ナトリウムおよびカリウム塩が挙げられる。
【０２８５】
プロドラッグとしては、体内で内因性ヌクレアーゼにより開裂されて活性化合物を形成する化合物の一方または両方の末端における追加のヌクレオシドの取り込みを挙げることができる。特定の実施形態において、化合物または組成物は、薬学的に許容可能な担体または希釈剤をさらに含む。
【０２８６】
特定の選択化合物
種々の長さ、化学構造、およびモチーフの約１５４０個の新たに設計された化合物および少数の既に開示されている化合物を、ヒトＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡに対するそれらの効果についてインビトロでいくつかの細胞タイプにおいて試験した（実施例１〜２）。インビトロでの単一用量における効力について試験した１５４０個の化合物のうち、１８３個の選択化合物を用量依存的阻害についてＨｅｐＧ２細胞中で試験した（実施例２）。用量応答アッセイにより試験した１８３個の化合物のうち、１３４個のオリゴヌクレオチドをげっ歯類における単一用量インビボ忍容性のために選択した。これらの１３４個のオリゴヌクレオチドについて、その３’末端にＴＨＡ−Ｃ６−ＧａｌＮＡｃ３−（３Ｒ，５Ｓ）−５−（ヒドロキシメチル）ピロリジン−３−オールホスフェートエンドキャップ（以下、３’−ＴＨＡと称される）をコンジュゲートさせた。
【０２８７】
単一用量げっ歯類忍容性モデルにおいて、ＢＡＬＢ／ｃマウスに高濃度の３’−ＴＨＡオリゴヌクレオチドを投与し、肝機能マーカー、例えばアラニントランスアミナーゼおよびアスパラギン酸トランスアミナーゼを計測する（実施例３）。ＩＳＩＳ８６３４１３（配列番号１０９６）、ＩＳＩＳ８６３４１９（配列番号１４１９）、ＩＳＩＳ８６３４２４（配列番号１２９７）、ＩＳＩＳ８６３４２５（配列番号１５２８）、ＩＳＩＳ８６３４２７（配列番号１１４５）、ＩＳＩＳ８６３４３３（配列番号１２２３）、ＩＳＩＳ８６３４３４（配列番号３７７）、ＩＳＩＳ８６３４３６（配列番号７６３）、ＩＳＩＳ８６３４３７（配列番号９９４）、ＩＳＩＳ８６３４３８（配列番号１０７１）、ＩＳＩＳ８６３４３９（配列番号１１４７）、ＩＳＩＳ８６３４４１（配列番号１３０２）、ＩＳＩＳ８６３４４４（配列番号１１４９）、ＩＳＩＳ８６３４４５（配列番号４５５）、ＩＳＩＳ８６３４４８（配列番号１３８０）、ＩＳＩＳ８６３４５２（配列番号６９１）、ＩＳＩＳ８６３４７２（配列番号９２６）、ＩＳＩＳ８６３４７３（配列番号１２３３）、ＩＳＩＳ８６３４７４（配列番号６１９）、ＩＳＩＳ８６３４７５（配列番号３８８）、ＩＳＩＳ８６３４７７（配列番号１５４２）、ＩＳＩＳ８６３４７９（配列番号１１５８）、ＩＳＩＳ８６３４８０（配列番号１２３５）、ＩＳＩＳ８６３４８１（配列番号３８９）、ＩＳＩＳ８６３４８２（配列番号１３１２）、ＩＳＩＳ８６３４８３（配列番号１２４０）、ＩＳＩＳ８６３４８４（配列番号５４９）、ＩＳＩＳ８６３４８５（配列番号５５０）、ＩＳＩＳ８６３４８６（配列番号７８１）、ＩＳＩＳ８６３４８９（配列番号９３９）、ＩＳＩＳ８６３４９０（配列番号１０１６）、ＩＳＩＳ８６３４９１（配列番号１２４３）、ＩＳＩＳ８６３４９３（配列番号６２９）、ＩＳＩＳ８６３４９４（配列番号１０１７）、ＩＳＩＳ８６３４９５（配列番号１０９２）、ＩＳＩＳ８６３４９６（配列番号１２４４）、ＩＳＩＳ８６３４９７（配列番号５５４）、ＩＳＩＳ８６３４９８（配列番号４７８）、ＩＳＩＳ８６３４９９（配列番号１０９４）、ＩＳＩＳ８６３５０２（配列番号５６３）、ＩＳＩＳ８６３５０６（配列番号４１０）、ＩＳＩＳ８６３５０７（配列番号１４１１）、ＩＳＩＳ８６３５０９（配列番号７２１）、ＩＳＩＳ８６３５１０（配列番号１２５８）、ＩＳＩＳ８６３５１１（配列番号６４５）、ＩＳＩＳ８６３５１２（配列番号９５５）、ＩＳＩＳ８６３５１４（配列番号１４１３）、ＩＳＩＳ８６３５１６（配列番号８８１）、ＩＳＩＳ８６３５１７（配列番号６４８）、ＩＳＩＳ８６３５１８（配列番号７２５）、ＩＳＩＳ８６３５２０（配列番号１１１１）、ＩＳＩＳ８６３５２２（配列番号１１８８）、ＩＳＩＳ８６３５２４（配列番号８８５）、ＩＳＩＳ８６３５２５（配列番号５０４）、ＩＳＩＳ８６３５２６（配列番号１０４３）、ＩＳＩＳ８６３５２７（配列番号１１９５）、ＩＳＩＳ８６３５３１（配列番号４２６）、ＩＳＩＳ８６３５３３（配列番号４２７）、ＩＳＩＳ８６３５３６（配列番号５８５）、ＩＳＩＳ８６３５３７（配列番号１０４７）、ＩＳＩＳ８６３５３８（配列番号３５３）、ＩＳＩＳ８６３５３９（配列番号１３５２）、ＩＳＩＳ８６３５４１（配列番号１２０３）、ＩＳＩＳ８６３５４５（配列番号１５１６）、ＩＳＩＳ８６３５４７（配列番号１２１３）、ＩＳＩＳ８６３５４８（配列番号３６７）、ＩＳＩＳ８６３５４９（配列番号１０６１）、ＩＳＩＳ８６３５５０（配列番号５２３）、ＩＳＩＳ８６３５５２（配列番号８３１）、およびＩＳＩＳ８６３５５３（配列番号９０８）を本試験において忍容性とみなし、トランスジェニックマウスモデルにおけるさらなる評価のために選択した。
【０２８８】
ＰＣＳＫ９トランスジェニックマウス忍容性モデルにおいて、マウスに３’−ＴＨＡコンジュゲートオリゴヌクレオチドを投与し、アラニントランスアミナーゼ、アスパラギン酸トランスアミナーゼ、コレステロール、ＨＤＬ−コレステロール、ＬＤＬ−コレステロールおよびトリグリセリドの血漿レベルを計測した（実施例４）。ＩＳＩＳ８６３４３３、ＩＳＩＳ８６３４９０、ＩＳＩＳ８６３５１２、ＩＳＩＳ８６３５２７、ＩＳＩＳ８６３５３８、ＩＳＩＳ８６３４２５、ＩＳＩＳ８６３４３８、ＩＳＩＳ８６３４３９、ＩＳＩＳ８６３４４４、ＩＳＩＳ８６３４１３、ＩＳＩＳ８６３４３４、ＩＳＩＳ８６３４３６、ＩＳＩＳ８６３４９４、およびＩＳＩＳ８６３５３９が忍容性であることを見出した。選択されたオリゴヌクレオチド配列について、その５’末端にトリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡＣ３エンドキャップ（以下、５’−ＴＨＡと称される）をコンジュゲートさせ、ＣＤ−１マウスモデルにおいて試験した。５’ＴＨＡコンジュゲートオリゴヌクレオチドは、ＩＳＩＳ８４５２１９、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７６、ＩＳＩＳ８６３５７７、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６３７、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、ＩＳＩＳ８６３６８１、およびＩＳＩＳ８６３６８２である。
【０２８９】
ＣＤ−１マウス忍容性モデルにおいて、マウスに変動用量のアンチセンスオリゴヌクレオチドを６週間投与し、忍容性マーカー、例えば肝機能および腎機能マーカー（ＡＬＴ、ＡＳＴ、アルブミン、ＢＵＮ、クレアチニン、およびビリルビンの血漿レベル）、血液マーカー（ＲＢＣ、ＷＢＣ、血小板、好中球、リンパ球、および単球についての血球数、ならびにヘモグロビン、ヘマトクリット、およびＭＣＶ含有量）、および体重および臓器重量を計測した（実施例５）。ラットモデルにおけるさらなる評価のために、処理がアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理後に予測範囲内のそのようなマーカーの血漿レベルをもたらしたそれらのオリゴヌクレオチドのみを選択した。ラットモデルにおけるさらなる試験のためにＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７６、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１を選択した。
【０２９０】
Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットモデルにおいて、同様にラットにアンチセンスオリゴヌクレオチドを６週間投与し、忍容性マーカー、例えば肝機能マーカー（ＡＬＴ、ＡＳＴ、アルブミン、ＢＵＮ、クレアチニン、およびビリルビンの血漿レベル）、腎機能マーカー（クレアチニンおよび総タンパク質の尿レベル）、および週間体重、および最終臓器重量を計測した（実施例６）。
【０２９１】
これらのオリゴヌクレオチドをそれらの粘度についても試験し（実施例８）、試験基準下でそれらの粘度において全て最適であることを見出した。
【０２９２】
ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１をＰＣＳＫ９トランスジェニックマウスモデルにおいて用量依存的な４週間試験において効力について試験した（実施例７）。４週間の終了時、マウス肝をＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡ発現レベルについて分析し、ＥＤ５０を計算した。さらに、肝臓中のＰＣＳＫ９血漿タンパク質レベル、ＬＤＬ−コレステロール血漿レベル、およびＬＤＬ−受容体レベルを計測した。アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理がＰＣＳＫ９肝臓ｍＲＮＡ発現レベルの阻害、血漿中のＬＤＬ−コレステロールレベルの低減、および肝臓中のＬＤＬ受容体レベルの対応する増加をもたらすことが観察された。具体的には、ＩＳＩＳ８６３６３３処理が有効であることを見出した。
【０２９３】
ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１を活性、薬物動態プロファイルおよび忍容性についてカニクイザルの１２週間試験において試験した（実施例９）。アカゲザル遺伝子配列と完全に交差反応性である化合物による処理は、肝組織中のＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡ発現の低減を引き起こした。具体的には、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１による処理は、ＰＢＳ対照と比較して肝組織中のＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡ発現の低減を引き起こした。ＩＳＩＳ８６３６３３がＰＢＳ対照と比較してＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡ発現の最大低減を生じさせることが留意された。ＰＣＳＫ９タンパク質レベル、ＬＤＬ−コレステロールレベル、総コレステロールレベル、および肝臓ＬＤＬ−受容体レベルの変化は、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルの阻害の結果である。ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１による処理は、ＰＣＳＫ９タンパク質レベル、ＬＤＬ−コレステロールレベル、総コレステロールレベルの減少、および肝臓ＬＤＬ−受容体レベルの誘導を引き起こし、ＩＳＩＳ８６３６３３が最大変化を引き起こした。アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＨＤＬ−コレステロールレベルのいかなる変化もトリグリセリドレベルのいかなる変化も引き起こさなかった。したがって、活性に関して、ＩＳＩＳ８６３６３３は、サル試験において最も有効であった。化合物による処理、特にＩＳＩＳ８６３６３３による処理は、サルにおいて十分忍容された。
【０２９４】
新たな化合物を、インビトロで最も強力なアンチセンス化合物の一部であることが既に決定された既に設計された化合物、例としてＩＳＩＳ４０５８７９およびＩＳＩＳ４０５９９５（例えば、米国特許第８，０８４，４３７号明細書を参照されたい）、ならびに米国特許第９，１２７，２７６号明細書に既に記載されているＩＳＩＳ４３１１３１およびＩＳＩＳ４８０６０４と比較した（実施例１０）。直接比較は、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１が既に公的に開示されているオリゴヌクレオチドのいずれよりも有効であることを実証した。
【０２９５】
したがって、改善された特性のいずれか１つ以上を有する化合物が本明細書に提供される。特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、強力で忍容性である。
【実施例】
【０２９６】
以下の実施例は、ＰＣＳＫ９に標的化されるリード化合物を同定するスクリーニング法を記載する。スクリーニングした１５４０個超のオリゴヌクレオチドのうち、ＩＳＩＳ８６３５６８、ＩＳＩＳ８６３５７９、ＩＳＩＳ８６３５８１、ＩＳＩＳ８６３５８２、ＩＳＩＳ８６３５８７、ＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６５５、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１が上位リード化合物として浮上した。特に、ＩＳＩＳ８６３６３３は、１５４０個超のオリゴヌクレオチドのうち、効力および忍容性に関する特性の最良の組合せを示した。
【０２９７】
非限定的開示および参照による組み込み
本出願に添付される配列表は、必要に応じてそれぞれの配列を「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のいずれかと特定するが、実際には、それらの配列は、化学修飾の任意の組合せにより修飾されていてよい。当業者は、修飾オリゴヌクレオチドを説明するための「ＲＮＡ」または「ＤＮＡ」のそのような指定が、特定の例において、任意であることを容易に認識する。例えば、２’−ＯＨ糖部分およびチミン塩基を含むヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドは、修飾糖（ＤＮＡの天然２’−Ｈについては、２’−ＯＨ）を有するＤＮＡまたは修飾塩基（ＲＮＡの天然ウラシルについては、チミン（メチル化ウラシル））を有するＲＮＡと記載することができる。本明細書に提供されるとおり、ｍＲＮＡ阻害アッセイについての「０」の指定は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがｍＲＮＡ発現レベルを阻害しなかったことを示すにすぎない。
【０２９８】
したがって、本明細書に提供される核酸配列、例として、限定されるものではないが、配列表中のものは、天然または修飾ＲＮＡおよび／またはＤＮＡ、例として、限定されるものではないが、修飾核酸塩基を有するそのような核酸の任意の組合せを含有する核酸を包含するものとする。さらなる例として、限定されるものではないが、核酸塩基配列「ＡＴＣＧＡＴＣＧ」を有するオリゴヌクレオチドは、修飾であるかまたは非修飾であるかを問わず、そのような核酸塩基配列を有する任意のオリゴヌクレオチドを包含し、その例としては、限定されるものではないが、ＲＮＡ塩基を含むそのような化合物、例えば配列「ＡＵＣＧＡＵＣＧ」を有するもの、ならびにいくつかのＤＮＡ塩基およびいくつかのＲＮＡ塩基、例えば「ＡＵＣＧＡＴＣＧ」を有するもの、ならびに他の修飾核酸塩基、例えば「ＡＴｍＣＧＡＵＣＧ」（ｍＣは、５位におけるメチル基を含むシトシン塩基を示す）を有する化合物が挙げられる。
【０２９９】
本明細書に記載の特定の化合物、組成物および方法を特定の実施形態に従う具体性について記載してきた一方、以下の実施例は、本明細書に記載の化合物を説明するために機能するにすぎず、それを限定するものではない。本出願に引用される参照文献のそれぞれは、参照により全体として本明細書に組み込まれる。
【０３００】
実施例１：３−１０−３ｃＥｔギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＰＣＳＫ９のアンチセンス阻害
ＰＣＳＫ９核酸を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドを設計し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡに対するそのインビトロ効果について試験した。以下の表中のキメラアンチセンスオリゴヌクレオチドを３−１０−３ｃＥｔギャップマーと指定した。ギャップマーは、１６個のヌクレオシド長であり、中央ギャップセグメントは、１０個の２’−デオキシヌクレオシドを含み、それぞれ３個のヌクレオシドの５’末端および３’末端上のウイングセグメントによりフランキングされている。５’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドおよび３’ウイングセグメント中のそれぞれのヌクレオシドは、ｃＥｔ糖修飾を有する。それぞれのギャップマー全体にわたるヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート（Ｐ＝Ｓ）結合である。それぞれのギャップマー全体にわたる全てのシトシン残基は、５−メチルシトシンである。
【０３０１】
「開始部位」は、ヒト遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ギャップマーが標的化されるヒト遺伝子配列である最も３’側のヌクレオシドを示す。以下の表に列記されるそれぞれのギャップマーは、本明細書において配列番号１と指定されるヒトＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡ（ＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＭ＿１７４９３６．３）、または本明細書において配列番号２と指定されるヒトＰＣＳＫ９ゲノム配列（ヌクレオチド５５０３６００１〜５５０６８０００からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＣ＿０００００１．１１）のいずれかに標的化される。「ｎ／ａ」は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがその特定の遺伝子配列を１００％の相補性で標的化しないことを示す。
【０３０２】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。
【０３０３】
試験１
１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して１，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。国際公開第２０１４１７９６２０号パンフレットに既に開示されているＩＳＩＳ４３１１３１もベンチマークオリゴヌクレオチドとして本試験に含めた。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＡＢＩ（ＩＤ＃  Ｈｓ０３０３７３５５＿ｍ１）からのヒトＰＣＳＫ９プライマープローブセットを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害パーセントとして提示する。新たに設計したオリゴヌクレオチドのいくつかは、既に開示されているオリゴヌクレオチドＩＳＩＳ４３１１３１よりも強力であった。
【０３０４】
【表１】
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【０３０５】
【表２】
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【０３０６】
【表３】
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【０３０７】
【表４】
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【０３０８】
【表５】
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【０３０９】
【表６】
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【０３１０】
【表７】
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【０３１１】
【表８】
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【０３１２】
【表９】
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【０３１３】
【表１０】
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【０３１４】
【表１１】
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【０３１５】
【表１２】
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【０３１６】
試験２
１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して３，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＡＢＩ（ＩＤ＃  Ｈｓ０３０３７３５５＿ｍ１）からのヒトＰＣＳＫ９プライマープローブセットを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害パーセントとして提示する。
【０３１７】
【表１３】
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【０３１８】
【表１４】
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【０３１９】
【表１５】
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【０３２０】
【表１６】
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【０３２１】
試験３
１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度において培養したＨｅｐＧ２細胞に、エレクトロポレーションを使用して１，０００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。約２４時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＡＢＩ（ＩＤ＃  Ｈｓ０３０３７３５５＿ｍ１）からのヒトＰＣＳＫ９プライマープローブセットを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害パーセントとして提示する。
【０３２２】
【表１７】
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【０３２３】
【表１８】
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【０３２４】
【表１９】
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【０３２５】
【表２０】
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【０３２６】
【表２１】
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【０３２７】
【表２２】
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【０３２８】
【表２３】
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【０３２９】
【表２４】
2020511155.tif 000041
【０３３０】
【表２５】
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【０３３１】
【表２６】
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【０３３２】
【表２７】
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【０３３３】
【表２８】
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【０３３４】
【表２９】
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【０３３５】
【表３０】
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【０３３６】
【表３１】
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【０３３７】
【表３２】
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【０３３８】
【表３３】
2020511155.tif 000050
【０３３９】
【表３４】
2020511155.tif 000051
【０３４０】
【表３５】
2020511155.tif 000052
【０３４１】
【表３６】
2020511155.tif 000053
【０３４２】
【表３７】
2020511155.tif 000054
【０３４３】
【表３８】
2020511155.tif 000055
【０３４４】
【表３９】
2020511155.tif 000056
【０３４５】
【表４０】
2020511155.tif 000057
【０３４６】
【表４１】
2020511155.tif 000058
【０３４７】
【表４２】
2020511155.tif 000059
【０３４８】
【表４３】
2020511155.tif 000060
【０３４９】
【表４４】
2020511155.tif 000061
【０３５０】
【表４５】
2020511155.tif 000062
【０３５１】
【表４６】
2020511155.tif 000063
【０３５２】
【表４７】
2020511155.tif 000064
【０３５３】
【表４８】
2020511155.tif 000065
【０３５４】
【表４９】
2020511155.tif 000066
【０３５５】
【表５０】
2020511155.tif 000067
【０３５６】
【表５１】
2020511155.tif 000068
【０３５７】
【表５２】
2020511155.tif 000069
【０３５８】
【表５３】
2020511155.tif 000070
【０３５９】
【表５４】
2020511155.tif 000071
【０３６０】
【表５５】
2020511155.tif 000072
【０３６１】
【表５６】
2020511155.tif 000073
【０３６２】
実施例２：３−１０−３ｃＥｔギャップマーによるＨｅｐＧ２細胞中のヒトＰＣＳＫ９の用量依存的アンチセンス阻害
ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡのインビトロ阻害を示す実施例１から選択したギャップマーをＨｅｐＧ２細胞中で種々の用量において試験した。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、同様の培養条件を有する一連の実験において試験した。それぞれの実験についての結果を下記の別個の表に提示する。
【０３６３】
試験１
細胞を１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度においてプレーティングし、細胞にエレクトロポレーションを使用して以下の表中に規定される４６．８８ｎＭ、１８７．５ｎＭ、７５０ｎＭ、および３，０００ｎＭの濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。国際公開第２００８０６６７７６号パンフレットに既に開示されているＩＳＩＳ４０５８７９もベンチマークオリゴヌクレオチドとして本試験に含めた。約１６時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＡＢＩ（ＩＤ＃  Ｈｓ０３０３７３５５＿ｍ１）からのヒトＰＣＳＫ９プライマープローブセットを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害パーセントとして提示する。
【０３６４】
それぞれのオリゴヌクレオチドの最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞中で用量依存的に低減した。新たに設計したアンチセンスオリゴヌクレオチドのいくつかは、既に開示されているオリゴヌクレオチドＩＳＩＳ４０５８７９と比較して優れた効力を実証した。具体的には、ＩＳＩＳ８４８５４２、ＩＳＩＳ８４８５９３、ＩＳＩＳ８４８５９７、ＩＳＩＳ８４８５９８、ＩＳＩＳ８４８６３０、ＩＳＩＳ８４８８３３、ＩＳＩＳ８４９０４０、ＩＳＩＳ８４９１７１、およびＩＳＩＳ８４９２３６は、既に開示されているオリゴヌクレオチドＩＳＩＳ４０５８７９と比較して優れた効力を実証した。
【０３６５】
【表５７】
2020511155.tif 000074
【０３６６】
【表５８】
2020511155.tif 000075
【０３６７】
【表５９】
2020511155.tif 000076
【０３６８】
【表６０】
2020511155.tif 000077
【０３６９】
試験２
細胞を１ウェル当たり２０，０００個の細胞の密度においてプレーティングし、細胞にエレクトロポレーションを使用して以下の表中に規定される７８．１３ｎＭ、３１２．５ｎＭ、１，２５０ｎＭ、および５，０００ｎＭの濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを形質移入した。国際公開第２０１４１７９６２０号パンフレットに既に開示されているＩＳＩＳ４３１１３１も、ベンチマークオリゴヌクレオチドとして本試験に含めた。約１６時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＡＢＩ（ＩＤ＃  Ｈｓ０３０３７３５５＿ｍ１）からのヒトＰＣＳＫ９プライマープローブセットを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害パーセントとして提示する。
【０３７０】
それぞれのオリゴヌクレオチドの最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞中で用量依存的に低減した。新たに設計したアンチセンスオリゴヌクレオチドのいくつかは、既に開示されているオリゴヌクレオチドＩＳＩＳ４３１１３１と比較して優れた効力を実証した。
【０３７１】
【表６１】
2020511155.tif 000078
【０３７２】
実施例３：ＢＡＬＢ／ｃマウスにおけるヒトＰＣＳＫ９を標的化する３’−コンジュゲート３−１０−３ｃＥｔギャップマーの忍容性
上記試験から選択したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを３’−ＴＨＡ−Ｃ６−ＧａｌＮＡｃ３−（３Ｒ，５Ｓ）−５−（ヒドロキシメチル）ピロリジン−３−オールホスフェートエンドキャップ（以下、３’−ＴＨＡと称される）とコンジュゲートさせた。血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した１６２個の３’−ＴＨＡ−コンジュゲートＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドを以下の表に提示する。「親オリゴ」は、上記試験に記載し、３’−ＴＨＡとコンジュゲートさせ、本試験で試験したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを示す。
【０３７３】
【表６２】
2020511155.tif 000079
【０３７４】
【表６３】
2020511155.tif 000080
【０３７５】
【表６４】
2020511155.tif 000081
【０３７６】
【表６５】
2020511155.tif 000082
【０３７７】
ＢＡＬＢ／ｃマウスは、安全性および効力試験に高頻度で利用される多目的マウスモデルである。マウスに単一用量のオリゴヌクレオチドを投与した。自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外のＡＬＴおよび／またはＡＳＴのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。ＩＳＩＳ８６３４１３、ＩＳＩＳ８６３４１９、ＩＳＩＳ８６３４２４、ＩＳＩＳ８６３４２５、ＩＳＩＳ８６３４２７、ＩＳＩＳ８６３４３３、ＩＳＩＳ８６３４３４、ＩＳＩＳ８６３４３６、ＩＳＩＳ８６３４３７、ＩＳＩＳ８６３４３８、ＩＳＩＳ８６３４３９、ＩＳＩＳ８６３４４１、ＩＳＩＳ８６３４４４、ＩＳＩＳ８６３４４５、ＩＳＩＳ８６３４４８、ＩＳＩＳ８６３４５２、ＩＳＩＳ８６３４７２、ＩＳＩＳ８６３４７３、ＩＳＩＳ８６３４７４、ＩＳＩＳ８６３４７５、ＩＳＩＳ８６３４７７、ＩＳＩＳ８６３４７９、ＩＳＩＳ８６３４８０、ＩＳＩＳ８６３４８１、ＩＳＩＳ８６３４８２、ＩＳＩＳ８６３４８３、ＩＳＩＳ８６３４８４、ＩＳＩＳ８６３４８５、ＩＳＩＳ８６３４８６、ＩＳＩＳ８６３４８９、ＩＳＩＳ８６３４９０、ＩＳＩＳ８６３４９１、ＩＳＩＳ８６３４９３、ＩＳＩＳ８６３４９４、ＩＳＩＳ８６３４９５、ＩＳＩＳ８６３４９６、ＩＳＩＳ８６３４９７、ＩＳＩＳ８６３４９８、ＩＳＩＳ８６３４９９、ＩＳＩＳ８６３５０２、ＩＳＩＳ８６３５０６、ＩＳＩＳ８６３５０７、ＩＳＩＳ８６３５０９、ＩＳＩＳ８６３５１０、ＩＳＩＳ８６３５１１、ＩＳＩＳ８６３５１２、ＩＳＩＳ８６３５１４、ＩＳＩＳ８６３５１６、ＩＳＩＳ８６３５１７、ＩＳＩＳ８６３５１８、ＩＳＩＳ８６３５２０、ＩＳＩＳ８６３５２２、ＩＳＩＳ８６３５２４、ＩＳＩＳ８６３５２５、ＩＳＩＳ８６３５２６、ＩＳＩＳ８６３５２７、ＩＳＩＳ８６３５３１、ＩＳＩＳ８６３５３３、ＩＳＩＳ８６３５３６、ＩＳＩＳ８６３５３７、ＩＳＩＳ８６３５３８、ＩＳＩＳ８６３５３９、ＩＳＩＳ８６３５４１、ＩＳＩＳ８６３５４５、ＩＳＩＳ８６３５４７、ＩＳＩＳ８６３５４８、ＩＳＩＳ８６３５４９、ＩＳＩＳ８６３５５０、ＩＳＩＳ８６３５５２、およびＩＳＩＳ８６３５５３を本試験において忍容性とみなし、さらなる評価のために選択した。
【０３７８】
実施例４：トランスジェニックマウスモデルにおけるＰＣＳＫ９のアンチセンス阻害の効果
フォスミドＡＢＣ７−６１１７２２Ｇ２４中で含有され、全ゲノム配列ならびに８Ｋｂの５’および０．４Ｋｂの３’非コード配列を含有するＤＮＡ断片を産生するためのＮｈｅ１により制限されたヒトＰＣＳＫ９ゲノム構築物を使用してトランスジェニックマウスモデルをＵＣＩにおいて発生させた。マイクロ核インジェクション（ｍｉｃｒｏｎｕｃｌｅｕｓ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）を介するランダム挿入によりＰＣＳＫ９トランスジェニックマウスを産生した。子孫は肝臓中でヒトＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡを発現し、ヒトＰＣＳＫ９血漿タンパク質を分泌した。
【０３７９】
３’−ＴＨＡ−コンジュゲートＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効力をこのモデル（本明細書においてＴｇマウスと称される）において評価した。試験したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを以下の表に提示する。「親ＩＳＩＳ番号」は、上記試験に記載し、３’−ＴＨＡとコンジュゲートさせ、本試験において試験したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを示す。
【０３８０】
【表６６】
2020511155.tif 000083
【０３８１】
【表６７】
2020511155.tif 000084
【０３８２】
処理
ＰＣＳＫ９トランスジェニックマウスを１２時間の明／暗サイクルで維持し、普通Ｐｕｒｉｎａマウス通常食を自由給餌した。動物を実験開始前に研究施設中で少なくとも７日間馴化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で調製し、０．２ミクロンフィルターに通して濾過することにより滅菌した。注射のためにオリゴヌクレオチドを０．９％のＰＢＳ中で溶解させた。
【０３８３】
ＰＣＳＫ９トランスジェニックマウスは、２．５ｍｇ／ｋｇの用量におけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの皮下注射を２週間にわたり週２回受容した。マウスの２つの群は、ＰＢＳの皮下注射を２週間受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
【０３８４】
血漿化学マーカー
これらのマウスの肝機能および腎機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、トランスアミナーゼ（ＡＬＴおよびＡＳＴ）、コレステロール（ＣＨＯＬ）、ＨＤＬコレステロール（ＨＤＬ）、ＬＤＬコレステロール（ＬＤＬ）、およびトリグリセリド（ＴＲＩＧ）の血漿レベルを、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して１２日目に計測した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能または腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
【０３８５】
【表６８】
2020511155.tif 000085
【０３８６】
【表６９】
2020511155.tif 000086
【０３８７】
実施例５：ＣＤ１マウスにおけるヒトＰＣＳＫ９を標的化するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの忍容性
上記試験から選択したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを５’−トリスヘキシルアミノ−（ＴＨＡ）−Ｃ６ＧａｌＮＡＣ３エンドキャップ（以下、５’−ＴＨＡと称される）とコンジュゲートさせた。ＣＤ１（登録商標）マウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ，ＭＡ）は、安全性および効力試験に高頻度で利用される多目的マウスモデルである。マウスを、上記試験から選択し、５’−ＴＨＡとコンジュゲートさせたＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理し、種々の血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
【０３８８】
試験１
処理
雄ＣＤ１マウスの群に１５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを６週間にわたり週１回皮下注射した。雄ＣＤ１のマウスの１つの群にＰＢＳを６週間にわたり週１回皮下注射した。最後の投与の４８時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。
【０３８９】
試験したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを以下の表に提示する。「非コンジュゲート親ＩＳＩＳ番号」は、同一の配列を有する上記インビトロ試験に記載のＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを指す。「３’−ＴＨＡカウンターパートＩＳＩＳ番号」は、同一の配列を有し、上記トランスジェニックマウス試験において評価した３’ＴＨＡコンジュゲートオリゴヌクレオチドを指す。
【０３９０】
【表７０】
2020511155.tif 000087
【０３９１】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼ、ビリルビン、クレアチニン、およびＢＵＮの血漿レベルを計測した。結果を以下の表に提示する。ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドによる処理は、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能または腎機能マーカーのいずれのレベルのいかなる変化も引き起こさなかった。
【０３９２】
【表７１】
2020511155.tif 000088
【０３９３】
血液アッセイ
全てのマウス群から得た血液をＲＢＣ、ＷＢＣ、血小板、好中球、リンパ球、および単球数、ならびにヘモグロビン、ＨＣＴおよびＭＣＶレベルについて分析した。結果を以下の表に提示する。ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドによる処理は、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーのいずれのレベルのいかなる変化も引き起こさなかった。
【０３９４】
【表７２】
2020511155.tif 000089
【０３９５】
【表７３】
2020511155.tif 000090
【０３９６】
体重および臓器重量計測
動物の全身健康状態に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、体重および臓器重量を計測した。体重を毎週計測し、以下の表に提示する。臓器重量を計測し、そのデータも以下の表に提示する。結果は、体重および臓器重量に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理の効果がアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲内であったことを示す。
【０３９７】
【表７４】
2020511155.tif 000091
【０３９８】
【表７５】
2020511155.tif 000092
【０３９９】
試験２
処理
雄ＣＤ１マウスの群に１５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを６週間にわたり週１回皮下注射した。雄ＣＤ１マウスの１つの群にＰＢＳを６週間にわたり週１回皮下注射した。最後の投与の４８時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。
【０４００】
試験したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを以下の表に提示する。「非コンジュゲート親ＩＳＩＳ番号」は、同一の配列を有する上記インビトロ試験に記載のＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを指す。「３’−ＴＨＡカウンターパートＩＳＩＳ番号」は、同一の配列を有し、上記トランスジェニックマウス試験に記載の３’ＴＨＡコンジュゲートオリゴヌクレオチドを指す。
【０４０１】
【表７６】
2020511155.tif 000093
【０４０２】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼ、ビリルビン、クレアチニン、およびＢＵＮの血漿レベルを計測した。
【０４０３】
結果を以下の表に提示する。ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドによる処理は、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能または腎機能マーカーのいずれのレベルのいかなる変化も引き起こさなかった。
【０４０４】
【表７７】
2020511155.tif 000094
【０４０５】
血液アッセイ
全てのマウス群から得た血液をＲＢＣ、ＷＢＣ、血小板、好中球、リンパ球、および単球数、ならびにヘモグロビン、ＨＣＴおよびＭＣＶレベルについて分析した。結果を以下の表に提示する。ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドによる処理は、アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーのいずれのレベルのいかなる変化も引き起こさなかった。
【０４０６】
【表７８】
2020511155.tif 000095
【０４０７】
【表７９】
2020511155.tif 000096
【０４０８】
体重および臓器重量計測
動物の全身健康状態に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、体重および臓器重量を計測した。体重を毎週計測し、以下の表に提示する。臓器重量を計測し、そのデータも以下の表に提示する。結果は、体重および臓器重量に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理の効果がアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲内であったことを示す。
【０４０９】
【表８０】
2020511155.tif 000097
【０４１０】
【表８１】
2020511155.tif 000098
【０４１１】
試験３
処理
雄ＣＤ１マウスの群に５ｍｇ／ｋｇまたは１５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを６週間にわたり週１回皮下注射した。雄ＣＤ１マウスの１つの群にＰＢＳを６週間にわたり週１回皮下注射した。最後の投与の４８時間後にマウスを屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。
【０４１２】
試験したＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを以下の表に提示する。「非コンジュゲート親ＩＳＩＳ番号」は、同一の配列を有する上記インビトロ試験に記載のＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを指す。「３’−ＴＨＡカウンターパートＩＳＩＳ番号」は、同一の配列を有し、上記トランスジェニックマウス試験に記載の３’ＴＨＡコンジュゲートオリゴヌクレオチドを指す。
【０４１３】
【表８２】
2020511155.tif 000099
【０４１４】
血漿化学マーカー
肝機能および腎機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼ、ビリルビン、クレアチニン、およびＢＵＮの血漿レベルを計測した。
【０４１５】
結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能または腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
【０４１６】
【表８３】
2020511155.tif 000100
【０４１７】
血液アッセイ
全てのマウス群から得た血液をＲＢＣ、ＷＢＣ、血小板、好中球、リンパ球、および単球数、ならびにヘモグロビン、ＨＣＴおよびＭＣＶレベルについて分析した。結果を以下の表に提示する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。
【０４１８】
【表８４】
2020511155.tif 000101
【０４１９】
【表８５】
2020511155.tif 000102
【０４２０】
体重および臓器重量計測
動物の全身健康状態に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、体重および臓器重量を計測した。体重を毎週計測し、以下の表に提示する。臓器重量を計測し、そのデータも以下の表に提示する。結果は、体重および臓器重量に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理の効果がアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲内であったことを示す。
【０４２１】
【表８６】
2020511155.tif 000103
【０４２２】
【表８７】
2020511155.tif 000104
【０４２３】
実施例６：Ｓｐｒａｇｕｅ−ＤａｗｌｅｙラットにおけるヒトＰＣＳＫ９を標的化するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの忍容性
Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットは、安全性および効力評価に利用される多目的モデルである。ラットを上記実施例に記載の試験からのＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理し、種々の血漿化学マーカーのレベルの変化について評価した。
【０４２４】
処理
雄Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットを１２時間の明／暗サイクルで維持し、Ｐｕｒｉｎａ普通ラット通常食５００１を自由給餌した。４つのＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットの群それぞれに１５ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを６週間にわたり週１回皮下注射した。最後の投与の４８時間後にラットを屠殺し、さらなる分析のために臓器および血漿を回収した。
【０４２５】
肝機能
肝機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用してトランスアミナーゼの血漿レベルを計測した。ＡＬＴ（アラニントランスアミナーゼ）およびＡＳＴ（アスパラギン酸トランスアミナーゼ）の血漿レベルを計測し、結果を以下の表に提示し、ＩＵ／Ｌで表現する。同一の臨床化学分析装置を使用してビリルビン（ＴＢＩＬ）、ＢＵＮ、アルブミン（ＡＬＢ）、およびクレアチニン（ＣＲＥ）の血漿レベルも計測し、その結果も以下の表に提示し、ｍｇ／ｄＬで表現する。同一の臨床化学分析装置を使用してアルブミンの血漿レベルも計測し、その結果も以下の表に提示し、ｇ／ｄＬで表現する。
【０４２６】
【表８８】
2020511155.tif 000105
【０４２７】
腎機能
腎機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）を使用して血中クレアチニンおよび総タンパク質の尿レベルを計測した。結果を以下の表に提示し、ｍｇ／ｄＬで表現する。アンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の腎機能マーカーのいずれかのレベルの変化を引き起こしたＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、さらなる試験において排除した。「Ｎ／Ａ」は、データがその群に利用可能でないことを示す。
【０４２８】
【表８９】
2020511155.tif 000106
【０４２９】
体重および臓器重量
動物の全身健康状態に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、体重および臓器重量を計測した。体重を毎週計測し、以下の表に提示する。臓器重量を計測し、そのデータも以下の表に提示する。結果は、体重および臓器重量に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理の効果がアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲内であったことを示す。
【０４３０】
【表９０】
2020511155.tif 000107
【０４３１】
【表９１】
2020511155.tif 000108
【０４３２】
実施例７：トランスジェニックマウスモデルにおけるＰＣＳＫ９のアンチセンス阻害の効果
トランスジェニックマウスモデルをＵＣＩにおいて発生させ、それは、文献に記載されていない。フォスミドＡＢＣ７−６１１７２２Ｇ２４中に含有されるヒトＰＣＳＫ９ゲノム構築物をＮｈｅ１により制限して全ゲノム配列ならびに８Ｋｂの５’および０．４Ｋｂの３’非コード配列を含有するＤＮＡ断片を産生した。ＰＣＳＫ９トランスジェニックマウスを、マイクロ核インジェクション（ｍｉｃｒｏｎｕｃｌｅｕｓ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ）を介するランダム挿入により産生した。子孫は、肝臓中でヒトＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡを発現し、ヒトＰＣＳＫ９血漿タンパク質を分泌した。
【０４３３】
処理
トランスジェニックマウスを１２時間の明／暗サイクルで維持し、普通Ｐｕｒｉｎａマウス通常食を自由給餌した。動物を実験開始前に研究施設中で少なくとも７日間馴化させた。アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）を緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）中で調製し、０．２ミクロンフィルターに通して濾過することにより滅菌した。注射のためにオリゴヌクレオチドを０．９％のＰＢＳ中で溶解させた。
【０４３４】
Ｔｇマウスをそれぞれ３匹のマウスの２７個の群に分けた。群は、０．２５ｍｇ／ｋｇ、１．００ｍｇ／ｋｇ、または５．００ｍｇ／ｋｇの用量におけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの皮下注射を４週間にわたり週１回受容した。４匹のマウスの１つの群は、ＰＢＳの皮下注射を４週間にわたり週１回受容した。生理食塩水注射群は、オリゴヌクレオチド処理群を比較する対照群として機能した。
【０４３５】
ＲＮＡ分析
２６日目、ＰＣＳＫ９のｍＲＮＡ発現の計測のリアルタイムＰＣＲ分析のためにＲＮＡを肝臓から抽出した。結果を、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により正規化されたＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化パーセントとして提示する。以下の表に示すとおり、ＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡの有意な低減をもたらした。
【０４３６】
【表９２】
2020511155.tif 000109
【０４３７】
タンパク質分析
ヒト特異的ＥＬＩＳＡキット（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）によりＰＣＳＫ９血漿タンパク質を計測した。結果をＰＢＳ対照に対するタンパク質レベルの変化パーセントとして提示する。以下の表に示すとおり、ＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較してＰＣＳＫ９血漿タンパク質レベルの有意な低減をもたらした。
【０４３８】
【表９３】
2020511155.tif 000110
【０４３９】
ＬＤＬ−コレステロールレベル
血漿中のＬＤＬ−コレステロールのレベルを自動臨床化学分析装置（Ｈｉｔａｃｈｉ  Ｏｌｙｍｐｕｓ  ＡＵ４００ｅ，Ｍｅｌｖｉｌｌｅ，ＮＹ）により計測した。肝臓中のＬＤＬ受容体（ＬＤＬｒ）タンパク質のレベルも計測した。結果をＰＢＳ対照に対するレベルの変化パーセントとして提示する。以下の表に示すとおり、いくつかのＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、ＰＢＳ対照と比較して血漿中のＬＤＬ−コレステロールのレベルの有意な低減をもたらした。したがって、ＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理は、マウスにおける用量依存的な肝臓ＬＤＬｒタンパク質増加をもたらしたことが観察された。
【０４４０】
【表９４】
2020511155.tif 000111
【０４４１】
【表９５】
2020511155.tif 000112
【０４４２】
実施例８：ヒトＰＣＳＫ９を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度の計測
４０センチポアズ（ｃＰ）超の粘度を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを選別除外する目的で、上記試験からの選択アンチセンスオリゴヌクレオチドの粘度を計測した。４０ｃＰ超の粘度を有するオリゴヌクレオチドは、最適未満の粘度を有する。
【０４４３】
オリゴヌクレオチド（３２〜３５ｍｇ）をガラスバイアル中に秤量し、１２０μＬの水を添加し、バイアルを５０℃において加熱することによりアンチセンスオリゴヌクレオチドを溶液中に溶解させた。予熱した試料の一部（７５μＬ）をマイクロ粘度計（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ）にピペッティングした。マイクロ粘度計の温度を２５℃に設定し、試料の粘度を計測した。８５℃における２６０ｎｍにおけるＵＶ読取り（Ｃａｒｙ  ＵＶ機器）のために予熱した試料の別の一部（２０μＬ）を１０ｍＬの水中にピペッティングした。結果を以下の表に提示し、それぞれのアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、３５０ｍｇ／ｍｌであり、全てのアンチセンスオリゴヌクレオチド溶液が上記基準下でそれらの粘度において最適であったことを示す。
【０４４４】
【表９６】
2020511155.tif 000113
【０４４５】
実施例９：カニクイザルにおけるヒトＰＣＳＫ９を標的化するＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドの効果
カニクイザルを、上記実施例に記載の試験から選択したＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドにより処理した。アンチセンスオリゴヌクレオチドの効力および忍容性、ならびに肝臓および腎臓におけるそれらの薬物動態プロファイルを評価した。
【０４４６】
本試験を着手した時点で、カニクイザルゲノム配列は、国立生物工学情報センター（ＮＣＢＩ）データベースにおいて利用可能でなく、したがってカニクイザル遺伝子配列との交差反応性を確認することができなかった。代わりに、カニクイザルにおいて使用したＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列を相同性についてアカゲザル配列と比較した。アカゲザル配列との相同性を有するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドは、カニクイザル配列とも完全に交差反応性であることが予測される。試験したヒトアンチセンスオリゴヌクレオチドは、アカゲザルゲノム配列（ヌクレオチド８３４７４０００〜８３５０１０００からトランケートされたＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号ＮＷ＿００５０９２９６０．１の相補鎖、本明細書において配列番号１５４４と指定）と交差反応性である。ヒトオリゴヌクレオチドとアカゲザル配列との間の相補性が大きいほど、ヒトオリゴヌクレオチドがアカゲザル配列と交差反応し得る可能性が高くなる。配列番号１５４４に対するそれぞれのオリゴヌクレオチドの開始および終止部位を以下の表に提示する。「開始部位」は、アカゲザル遺伝子配列中でギャップマーが標的化される最も５’側のヌクレオチドを示す。
【０４４７】
【表９７】
2020511155.tif 000114
【０４４８】
処理
試験前、サルを隔離飼育し、その間、動物を全身健康状態について毎日観察した。サルは、２〜４年齢であり、２〜４ｋｇの体重であった。５つのランダムに割り当てられた雄カニクイザルの９つの群それぞれに対し、ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳを、サル背中上の４つの異なる部位（すなわち左側、右側、前方、および後方）間に時計回りでそれぞれの投与日に皮下注射し、１回の投与で１つの部位とした。サルに最初の２週間にわたり週２回（１、５、９、および１４日目）、次いで次の１０週間にわたり週１回（２１、２８、３５、４２、４９、５６、６３、７０、７７、および８４日目）、１０ｍｇ／ｋｇのＩＳＩＳオリゴヌクレオチドを投与した。５匹のカニクイザルの対照群に同様の様式でＰＢＳを注射し、それは、対照群として機能した。
【０４４９】
試験期間中、サルを疾病または苦痛の徴候について１日２回観察した。処理、損傷または疾病に起因する一時的または軽度を超える疼痛または苦痛が認められる任意の動物を、獣医スタッフにより、試験責任者との協議後に承認鎮痛薬または薬剤により処理して疼痛を緩和した。さらなるモニタリングおよび予定の屠殺のために不健康なまたは瀕死状態が考えられる任意の動物を同定した。８６日目、予定された動物の屠殺を深い麻酔下で溢血により投与の約４８時間後に実施した。本実施例に記載のプロトコルは、動物実験委員会（Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃａｒｅ  ａｎｄ  Ｕｓｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ）（ＩＡＣＵＣ）により承認された。
【０４５０】
標的低減
ＲＮＡ分析
８６日目、ＰＣＳＫ９のｍＲＮＡ発現の計測のリアルタイムＰＣＲ分析のためにＲＮＡを肝臓から抽出した。結果を、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により正規化されたＰＢＳ対照に対するｍＲＮＡの変化パーセントとして提示する。以下の表に示すとおり、アカゲザル遺伝子とミスマッチを有さないＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドのＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１による処理は、ＰＢＳ対照と比較してＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡの有意な低減をもたらした。
【０４５１】
【表９８】
2020511155.tif 000115
【０４５２】
タンパク質分析
−７日目（処理前）、１６、３０、５８、および８６日目（それぞれ１４、２８、５６、および８４日目の投与の約４８時間後）、約１ｍＬの血液を全ての利用可能な動物から回収し、ＥＤＴＡのカリウム塩を含有するチューブ中に装入した。チューブを遠心分離（４℃における１０分間にわたる３０００ｒｐｍ）して血漿を得た。結果を−７日目のレベル（処理前レベル）に対する増加または減少割合として以下の表に提示する。以下の表に示すとおり、アカゲザル遺伝子とミスマッチを有さないＩＳＩＳアンチセンスオリゴヌクレオチドのＩＳＩＳ８６３６３３、ＩＳＩＳ８６３６７０、およびＩＳＩＳ８６３６８１による処理は、ＰＢＳ対照と比較してＰＣＳＫ９タンパク質レベルの有意な低減をもたらした。
【０４５３】
肝組織を、ＬＤＬ受容体（ＬＤＬｒ）タンパク質誘導レベルについても分析した。結果を以下の表に提示する。データは、アカゲザルゲノム配列と相同性である３個のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理が処理の１２週間後に肝臓ＬＤＬｒタンパク質誘導をもたらしたことを実証する。
【０４５４】
【表９９】
2020511155.tif 000116
【０４５５】
【表１００】
2020511155.tif 000117
【０４５６】
血漿脂質レベル
総コレステロール、ＬＤＬ−コレステロール、ＨＤＬ−コレステロール、およびトリグリセリドレベルに対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、サルを採血前に一晩絶食させた。約１．７ｍＬの血液試料を全ての試験群から回収した。血清分離のために抗凝固剤を有さないチューブ中に血液を回収した。チューブを室温において最低９０分間保持し、次いで３，０００ｒｐｍにおいて室温において１０分間遠心分離して血清を得た。Ｔｏｓｈｉｂａ  ２００ＦＲ  ＮＥＯ化学分析装置（株式会社東芝、日本）を使用してレベルを計測した。データは、アカゲザルゲノム配列との相同性を有する３個のアンチセンスオリゴヌクレオチドによる処理が血漿総コレステロールおよびＬＤＬ−コレステロールの有意な低減をもたらしたことを実証する。予測のとおり、ヒトＰＣＳＫ９レベルの低減は血漿ＨＤＬ−コレステロールレベルにもトリグリセリドレベルにも影響しなかった。
【０４５７】
【表１０１】
2020511155.tif 000118
【０４５８】
忍容性試験
臨床化学パラメータ
肝機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、サルを採血前に一晩絶食させた。約１．７ｍＬの血液試料を全ての試験群から回収した。血清分離のために抗凝固剤を有さないチューブ中に血液を回収した。チューブを室温において最低９０分間保持し、次いで３，０００ｒｐｍにおいて室温において１０分間遠心分離して血清を得た。Ｔｏｓｈｉｂａ  ２００ＦＲ  ＮＥＯ化学分析装置（株式会社東芝、日本）を使用して総ビリルビン（ＴＢＩＬ）、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）、およびアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、およびアルブミン（ＡＬＢ）のレベルを計測した。結果は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の肝機能に対する効果を有さなかったことを示す。具体的には、ＩＳＩＳ８６３６３３は、十分忍容されることが観察された。
【０４５９】
【表１０２】
2020511155.tif 000119
【０４６０】
腎機能
腎機能に対するＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの効果を評価するため、サルを採血前に一晩絶食させた。約１．７ｍＬの血液試料を全ての試験群から回収した。血清分離のために抗凝固剤を有さないチューブ中に血液を回収した。チューブを室温において最低９０分間保持し、次いで３，０００ｒｐｍにおいて室温において１０分間遠心分離して血清を得た。Ｔｏｓｈｉｂａ  ２００ＦＲ  ＮＥＯ化学分析装置（株式会社東芝、日本）を使用してＢＵＮおよびクレアチニンのレベルを計測した。結果を以下の表にｍｇ／ｄＬで提示する。
【０４６１】
血漿化学データは、ＩＳＩＳオリゴヌクレオチドのほとんどがアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の腎機能に対するいかなる影響も有さなかったことを示す。具体的には、ＩＳＩＳ８６３６３３は、十分忍容されることが観察された。
【０４６２】
【表１０３】
2020511155.tif 000120
【０４６３】
血液検査
血液パラメータに対するカニクイザルにおけるＩＳＩＳオリゴヌクレオチドの任意の効果を評価するため、約０．５ｍＬの血液を利用可能な試験動物のそれぞれから、Ｋ２−ＥＤＴＡを含有するチューブ中に回収した。ＡＤＶＩＡ１２０血液分析装置（Ｂａｙｅｒ，ＵＳＡ）を使用して試料を赤血球（ＲＢＣ）数、白血球（ＷＢＣ）数、個々の白血球数、例えば単球、好中球、リンパ球のもの、ならびに血小板数、ヘモグロビン含有量およびヘマトクリットについて分析した。データを以下の表に提示する。
【０４６４】
データは、オリゴヌクレオチドがこの用量におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドについての予測範囲外の血液パラメータのいかなる変化も引き起こさなかったことを示す。具体的には、ＩＳＩＳ８６３６３３は、十分忍容されることが観察された。
【０４６５】
【表１０４】
2020511155.tif 000121
【０４６６】
【表１０５】
2020511155.tif 000122
【０４６７】
まとめると、試験の結果は、ＩＳＩＳ８６３６３３がＰＣＳＫ９の阻害について試験されたもののうちで最も強力であり、十分忍容される化合物であり、心血管疾患の治療、具体的にはＬＤＬ−コレステロールレベルの低下に重要な候補であることを示す。
【０４６８】
実施例１０：用量応答アッセイにおけるヒトＰＣＳＫ９を標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドの比較阻害
サル試験において試験したアンチセンスオリゴヌクレオチドの非コンジュゲート親オリゴヌクレオチドを、既に設計された化合物と比較した。ＩＳＩＳ８４８５４２、ＩＳＩＳ８４８５９３、ＩＳＩＳ８４８５９７、ＩＳＩＳ８４８５９８、ＩＳＩＳ８４８６３０、ＩＳＩＳ８４８８３３、ＩＳＩＳ８４９０４０、ＩＳＩＳ８４９１７１、およびＩＳＩＳ８４９２３６を、インビトロで最も強力なアンチセンス化合物の一部であることが既に決定されているＩＳＩＳ４０５８７９およびＩＳＩＳ４０５９９５（例えば、米国特許第８，０８４，４３７号明細書を参照されたい）、ならびに米国特許第９，１２７，２７６号明細書に既に記載されているＩＳＩＳ４３１１３１およびＩＳＩＳ４８０６０４による効力について試験した。
【０４６９】
細胞を１ウェル当たり１０，０００個の細胞の密度においてプレーティングし、３９．１ｎＭ、１５６．２５ｎＭ、６２５ｎＭ、２，５００ｎＭ、および１０，０００ｎＭの濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチドを細胞によるオリゴヌクレオチドの自然取り込みのために培地に添加した。約４８時間の処理期間後、ＲＮＡを細胞から単離し、ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルを定量的リアルタイムＰＣＲにより計測した。ＡＢＩ（ＩＤ＃  Ｈｓ０３０３７３５５＿ｍ１）からのヒトＰＣＳＫ９プライマープローブセットを使用してｍＲＮＡレベルを計測した。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により計測された総ＲＮＡ含有量に従って調整した。結果を非処理対照細胞に対するＰＣＳＫ９の阻害パーセントとして提示する。
【０４７０】
それぞれのオリゴヌクレオチドの最大阻害濃度の半数（ＩＣ５０）も提示する。ＰＣＳＫ９  ｍＲＮＡレベルはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理細胞中で用量依存的に低減した。ＩＳＩＳ８４８５４２、ＩＳＩＳ８４８５９３、ＩＳＩＳ８４８５９７、ＩＳＩＳ８４８５９８、ＩＳＩＳ８４８６３０、ＩＳＩＳ８４８８３３、ＩＳＩＳ８４９０４０、ＩＳＩＳ８４９１７１、およびＩＳＩＳ８４９２３６は、全ての既に開示されているオリゴヌクレオチドと比較して優れた効力を実証した。
【０４７１】
【表１０６】
2020511155.tif 000123
【配列表】
2020511155000001.app
【国際調査報告】
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2020511155.tif 000126
2020511155.tif 000127
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