(57)【要約】本発明は、広範囲の異なるがんに対するがん免疫療法に対する好ましい応答の可能性が、腫瘍（及び／または適切な免疫療法）についての腫瘍変異負荷閾値の定義を通じて予測され得る、という発見を包含する。【選択図】図４
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
以前の免疫療法を受けており、かつ免疫療法へ応答する統計学的に有意な確率と相関した閾値を超える腫瘍変異負荷を表示する対象に、免疫療法を投与するステップを含む、方法。
【請求項２】
がんが固形型腫瘍である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
がんが、膀胱癌、乳癌、食道胃癌、神経膠腫、頭頸部癌、黒色腫、非小細胞肺癌、腎細胞癌、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記免疫療法が、免疫チェックポイント調節因子の投与であるか、または免疫チェックポイント調節因子の投与を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記免疫療法が、抗体薬剤の投与であるか、または抗体薬剤の投与を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記免疫療法が、モノクローナル抗体の投与であるか、またはモノクローナル抗体の投与を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記免疫療法が、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記免疫療法が、ＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記免疫療法が、ＰＤ−１阻害療法及びＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の組み合わせである、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記免疫療法が、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記表示された腫瘍変異負荷が、標的化配列パネルの使用によって決定されるか、標的化配列パネルの使用によって決定された、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記対象における腫瘍変異負荷を測定するステップをさらに含み、前記測定するステップが、前記投与前、前記投与中、前記投与後、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される時点に実行される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記腫瘍変異負荷が、次世代シークエンシングによって測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記腫瘍変異負荷が、アクション可能ながん標的の変異プロファイリング（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）によって測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記対象が以下に含まれるがんを有し、免疫チェックポイント調節因子治療後の腫瘍変異負荷閾値が以下に示されるとおりである、請求項１に記載の方法。
【表Ｅ】
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【請求項１６】
前記対象が以下に含まれるがんを有し、免疫チェックポイント調節因子治療後の腫瘍変異負荷閾値が以下に示されるとおりである、請求項１に記載の方法。
【表Ｆ】
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【請求項１７】
前記免疫療法が、前記閾値を超える前記腫瘍変異負荷を表示する集団に投与された際、全生存を改善する統計学的に有意な確率を有することが示された療法であるか、または全生存を改善する統計学的に有意な確率を有することが示された療法を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記応答する統計学的に有意な確率が、全生存の統計学的に有意な改善を示すことによって確立されている、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
ＨＬＡクラスＩスーパータイプＢ４４を表示する対象に免疫療法を投与するステップを含む、方法。
【請求項２０】
ＨＬＡクラスＩスーパータイプＢ６２を表示する対象に免疫療法を投与するステップを含む、方法。
【請求項２１】
ＨＬＡクラスＩ異型接合性を表示する対象に免疫療法を投与するステップを含む、方法。
【請求項２２】
前記対象が、１つ以上のＨＬＡクラスＩ座位で異型接合性を表示する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記対象が、ＨＬＡクラスＩ座位で最大の異型接合性を表示する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＨＬＡクラスＩ異型接合性が、シークエンシングによって決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＨＬＡクラスＩ異型接合性が、ＨＬＡタイピングアッセイによって決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
前記免疫療法が、免疫チェックポイント調節因子の投与であるか、または免疫チェックポイント調節因子の投与を含む、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記免疫療法が、抗体薬剤の投与であるか、または抗体薬剤の投与を含む、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記免疫療法が、モノクローナル抗体の投与であるか、またはモノクローナル抗体の投与を含む、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記免疫療法が、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記免疫療法が、ＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記免疫療法が、ＰＤ−１阻害療法及びＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の組み合わせである、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記免疫療法が、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１９〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
以前の免疫療法を受けており、免疫療法へ応答する統計学的に有意な確率と相関した閾値を超える腫瘍変異負荷を表示し、かつＨＬＡクラスＩ異型接合性を表示する対象に、免疫療法を投与するステップを含む、方法。
【請求項３４】
前記対象が、１つ以上のＨＬＡクラスＩ座位で異型接合性を表示する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
前記対象が、ＨＬＡクラスＩ座位で最大の異型接合性を表示する、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＨＬＡクラスＩ異型接合性が、シークエンシングによって決定される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＨＬＡクラスＩ異型接合性が、ＨＬＡタイピングアッセイによって決定される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３８】
がんが固形型腫瘍である、請求項３３に記載の方法。
【請求項３９】
がんが、膀胱癌、乳癌、食道胃癌、神経膠腫、頭頸部癌、黒色腫、非小細胞肺癌、腎細胞癌、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項４０】
前記免疫療法が、免疫チェックポイント調節因子の投与であるか、または免疫チェックポイント調節因子の投与を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４１】
前記免疫療法が、抗体薬剤の投与であるか、または抗体薬剤の投与を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４２】
前記免疫療法が、モノクローナル抗体の投与であるか、またはモノクローナル抗体の投与を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４３】
前記免疫療法が、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４４】
前記免疫療法が、ＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項４５】
前記免疫療法が、ＰＤ−１阻害療法及びＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の組み合わせである、請求項３３に記載の方法。
【請求項４６】
前記免疫療法が、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項４７】
前記表示された腫瘍変異負荷が、標的化配列パネルの使用によって決定されるか、標的化配列パネルの使用によって決定された、請求項３３に記載の方法。
【請求項４８】
前記対象における腫瘍変異負荷を測定するステップをさらに含み、前記測定するステップが、前記投与前、前記投与中、前記投与後、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される時点に実行される、請求項３３に記載の方法。
【請求項４９】
前記腫瘍変異負荷が、次世代シークエンシングによって測定される、請求項３３に記載の方法。
【請求項５０】
前記腫瘍変異負荷が、アクション可能ながん標的の変異プロファイリング（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）によって測定される、請求項３３に記載の方法。
【請求項５１】
前記対象が以下に含まれるがんを有し、免疫チェックポイント調節因子治療後の腫瘍変異負荷閾値が以下に示されるとおりである、請求項３３に記載の方法。
【表Ｇ】
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【請求項５２】
前記対象が以下に含まれるがんを有し、免疫チェックポイント調節因子治療後の腫瘍変異負荷閾値が以下に示されるとおりである、請求項３３に記載の方法。
【表Ｈ】
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【請求項５３】
前記免疫療法が、前記閾値を超える前記腫瘍変異負荷を表示する集団に投与された際、全生存を改善する統計学的に有意な確率を有することが示された療法であるか、または全生存を改善する統計学的に有意な確率を有することが示された療法を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項５４】
前記応答する統計学的に有意な確率が、全生存の統計学的に有意な改善を示すことによって確立されている、請求項３３に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
がん免疫療法は、患者の免疫系によるがん細胞の攻撃に関与する。Ｔリンパ球の制御及び活性化は、Ｔ細胞受容体によるシグナル伝達、及び活性化のために正または負のシグナルを送達する受容体への共シグナル伝達にも依存する。Ｔ細胞による免疫応答は、免疫チェックポイントと呼ばれる共刺激及び抑制性シグナルのバランスによって制御される。世界的ながんの支出は、２０２０年までに＄１５００億を上回り、著しい部分が免疫療法薬開発による、と予測される。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００２】
近年では、免疫チェックポイント調節因子は、進行期固形腫瘍を有する患者の治療に革命をもたらしてきた。これらの薬剤は、免疫制御シグナルを調節することができるＣＴＬＡ−４阻害剤またはＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害剤として作用する抗体を含む。１
【０００３】
本開示は、免疫療法レジメンに関して生じ得る問題の原因を認識する。特に、持続的利益は多くの場合患者のサブセットのみで達成されることが観察された。
【０００４】
最近の研究は、がん免疫療法に対する好ましい応答の可能性が多くの場合予測され得ることを発見した。２本明細書に参照として組み込まれた、国際特許出願第ＷＯ２０１６／０８１９４７号のＭｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  ＣｅｎｔｅｒのＣｈａｎ  ｅｔ  ａｌを参照されたい。特に、腫瘍変異負荷がある特定のがんについて特定の治療（例えば、免疫療法に対する、かつ特に免疫チェックポイント調節因子療法に対する）に対する応答可能性と相関し得ることと、ある特定のがん細胞が患者の免疫系により非自己であると認識されることが可能なネオエピトープを生じる体細胞変異を保有することができることと、かかるネオエピトープの存在及び／または同一性が特定の療法に対する応答性と相関し得ることと、が示されている。さらに、特に多様なＨＬＡ分子を通じて免疫系にネオエピトープを提示する能力は、特定の療法に対する応答性と相関し得る。ある特定の特徴及び／または免疫療法に対する応答性を予測するために検出され得る突然変異「シグネチャー」は、定義されており、具体的には肺癌（例えば、小細胞もしくは非小細胞癌）及び黒色腫を含む。
【０００５】
本発明は、広範囲の異なるがんに対するがん免疫療法に対する好ましい応答の可能性が、腫瘍（及び／または適切な免疫療法）についての腫瘍変異負荷閾値の定義を通じて予測され得る、という発見を包含する。いくつかの実施形態では、本開示は、かかる閾値を定義し、及び／またはかかる定義を達成する技術を提供する。
【０００６】
そのうえ、いくつかの実施形態では、本発明は、がん免疫療法に対する（及び／または特効性の免疫療法薬剤及び／またはレジメンに対する）持続的応答性の可能性が以前の免疫療法で既に治療されている腫瘍について予測され得ることを確立する。特に、本開示は、腫瘍変異負荷閾値が、以前の免疫療法を既に受けており、継続する（及び／または追加的、延長された、または修正された）免疫療法に対する応答可能性を予測する腫瘍について定義され得ることを示す。
【０００７】
本発明は、広範囲の異なるがんに対するがん免疫療法に対する好ましい応答の可能性がＨＬＡ異型接合性を通じて予測され得るという発見を包含する。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ異型接合性単独は、がん免疫療法に対する好ましい応答の可能性を決定するのに十分である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ異型接合性及び腫瘍変異負荷は、がん免疫療法に対する好ましい応答の可能性を決定するために組み合わせて使用され得る。
【０００８】
とりわけ、いくつかの実施形態では、本開示は、がん免疫療法に対する進行中の応答性及び／または応答の持続性を予測する腫瘍変異負荷閾値（及び／または他の特徴−例えば、ネオ抗原変異の性質、レベル、及び／または頻度）を定義する技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、かかる閾値を定義する。そのうえ、いくつかの実施形態では、本開示は、例えば本明細書に記載の変異負荷特徴（すなわち、定義された閾値を超える腫瘍変異負荷及び／またはネオ抗原の性質、レベル、及び／または頻度）を表示するこれらの腫瘍にがん免疫療法を投与する（例えば、継続する、補完する、及び／または新しく開始する）ことにより、がん免疫療法に曝露されてきた腫瘍を治療するための技術を提供する。多くの実施形態では、がん免疫療法に対して応答する統計学的に有意な確率と相関した閾値を超える腫瘍変異負荷を表示する腫瘍は、かかる免疫療法で治療される。いくつかの実施形態では、腫瘍は、以前に（同じまたは異なる）免疫療法に曝露されている。
【０００９】
いくつかの実施形態では、本開示は、特定のＨＬＡクラスＩ遺伝子型またはＨＬＡクラスＩ異型接合性を有する対象における腫瘍を治療するための技術を提供する。追加的に、いくつかの実施形態では、本開示は、例えば本明細書に記載の変異負荷特徴（すなわち、定義された閾値を超える腫瘍変異負荷及び／またはネオ抗原の性質、レベル、及び／または頻度）を表示し、特定のＨＬＡクラスＩ遺伝子型またはＨＬＡクラスＩ異型接合性と共に対象中に存在するこれらの腫瘍にがん免疫療法を投与する（例えば、継続する、補完する、及び／または新しく開始する）ことにより、がん免疫療法に曝露されてきた腫瘍を治療するための技術を提供する。
【００１０】
いくつかの実施形態では、腫瘍変異負荷特徴は、（例えば、腫瘍変異負荷に加えてまたは代替して）患者の免疫系により非自己であると認識されることが可能なネオエピトープの性質（例えば、同一性もしくは型）、レベル、及び／または頻度を含むことができる。本開示は、免疫療法、特に免疫チェックポイント調節因子による療法に対する応答性（例えば、継続した応答性及び／または応答性の持続性）を予測するために検出され得る特定の腫瘍細胞（例えば、以前にがん免疫療法で処理された細胞）のある特定の特徴を定義する。とりわけ、本開示は、１つ以上の腫瘍変異負荷特徴（例えば、腫瘍変異負荷特徴、ネオエピトープの同一性、型、レベル、及び／または頻度等）を定義し、特徴付け、及び／または検出するために実際的に適用され得るツール及び技術を提供する。
【００１１】
いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩ異型接合性は、単一のＨＬＡクラスＩ座位、２つのＨＬＡクラスＩ座位、または３つのＨＬＡクラスＩ座位で異型接合性を含むことができる。いくつかの実施形態では、最大の異型接合性は、３つのＨＬＡクラスＩ座位（すなわち、Ａ、Ｂ、及びＣ）での異型接合性である。
【００１２】
とりわけ、本開示は、適切な腫瘍変異負荷が、標的化遺伝子パネル技術（例えば、次世代シークエンシングで評価される）を使用して決定及び／または検出されることができ、全エキソームシークエンシングを必ずしも必要としないことを示す。本開示は、腫瘍変異負荷を評価するためのある特定の以前の技術に伴う問題の原因を、日常的な臨床ケアの部分として典型的に広くは実行されない全エキソームシークエンシングを当てにする及び／または要求する程度、認識する。
【００１３】
本発明のいくつかの実施形態では、腫瘍変異負荷は、標的化配列パネルの使用により決定及び／または検出されるまたはされた。いくつかの実施形態では、腫瘍変異負荷は、次世代シークエンシングを使用して測定される。いくつかの実施形態では、腫瘍変異負荷は、アクション可能ながん標的の変異プロファイリング（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）アッセイを使用して測定される。８、１７
【００１４】
いくつかの実施形態では、決定するステップは、核酸シークエンシングにより少なくとも１つの突然変異を検出することを含む。いくつかの実施形態では、核酸シークエンシングは、全エキソームシークエンシングであるか、または全エキソームシークエンシングを含む。いくつかの実施形態では、核酸シークエンシングは、全エキソームシークエンシングに関与しない。いくつかの実施形態では、核酸シークエンシングは、次世代シークエンシングであるか、または次世代シークエンシングを含む。
【００１５】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象への免疫療法の投与に関する。いくつかの実施形態では、投与は、対象からのがん試料において腫瘍変異負荷特徴（例えば、閾値に対する腫瘍変異負荷レベル）を検出するステップと、対象を治療（例えば、継続した及び／または延長したまたは修正された治療）の候補とみなすステップとを含む。いくつかの実施形態では、腫瘍変異負荷閾値は、対象が免疫療法での治療（例えば、継続した治療及び／または延長したまたは修正された治療）の候補であるかどうかを決定するために使用される。いくつかの実施形態では、本発明は、対象からのがん試料において低腫瘍変異負荷、または定義された腫瘍変異負荷閾値未満の腫瘍変異負荷を検出する方法と、対象を免疫チェックポイント調節因子での治療の不十分な候補とみなす方法とを提供する。いくつかの実施形態では、検出するステップは、がん試料からの１つ以上のエキソームをシークエンシングすることを含む。いくつかの実施形態では、検出するステップは、１つ以上のエキソームをシークエンシングすることに関与しない。
【００１６】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象への免疫療法の投与に関する。いくつかの実施形態では、かかる免疫療法は、免疫チェックポイント調節療法であるか、または免疫チェックポイント調節療法を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、１つ以上の免疫調節剤の投与に関与する。いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、免疫チェックポイント調節因子であるか、または免疫調節因子を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、免疫チェックポイント標的を標的とする（すなわち、特異的に相互作用する）薬剤（例えば、抗体薬剤）である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント標的は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＯＸ４０、ＬＡＧ−３、ＫＩＲ、ＴＩＭ−３、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びＣＤ１３７のうちの１つ以上であるか、またはＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＯＸ４０、ＬＡＧ−３、ＫＩＲ、ＴＩＭ−３、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びＣＤ１３７のうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子療法は、１つ以上のかかるチェックポイント標的を標的とする抗体薬剤の投与であるか、または１つ以上のかかるチェックポイント標的を標的とする抗体薬剤の投与を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）もしくはそのリガンド、及び／またはプログラム死１（ＰＤ−１）もしくはそのリガンドと相互作用する。いくつかの実施形態では、抗体薬剤は、モノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片であるか、またはモノクローナル抗体もしくはその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、抗体は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００１７】
いくつかの実施形態では、がんは、膀胱癌、骨癌、乳癌、原発不明のがん、食道胃癌、消化器癌、神経膠腫、頭頸部癌、肝胆道癌、黒色腫、中皮腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、膵臓癌、前立腺癌、腎細胞癌、皮膚癌（非黒色腫）、小細胞肺癌、軟部組織肉腫、甲状腺癌、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００１８】
いくつかの実施形態では、がんは、膀胱癌、乳癌、食道胃癌、神経膠腫、頭頸部癌、黒色腫、非小細胞肺癌、腎細胞癌、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００１９】
以下の図は、例示のみの目的のために提示され、限定することが意図されるものではない。
【図面の簡単な説明】
【００２０】
【図１】分析のための患者選抜のフローを示す試験報告に関する統合基準（ＣＯＮＳＯＲＴ）図を示す。
【図２】免疫チェックポイント調節因子療法後の全生存に対する腫瘍変異負荷の効果を示す。カプランマイヤー曲線が、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査から特定された示された数の突然変異（１〜１５、１６〜２５、または２５超）を有する患者の数について示される。全生存は、免疫チェックポイント調節因子療法の最初の用量から決定される。Ｍ、月。全ての対比較についてＰ＜０．０５。
【図３】免疫チェックポイント調節因子（ＩＣＭ）療法を伴う（Ａ）及び伴わない（Ｂ）全がん（ｐａｎ−ｃａｎｃｅｒ）腫瘍変異負荷閾値に関連した全生存を示す。カプランマイヤー曲線は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査で特定された示された数の正規化変異を有するＩＣＭで治療されたまたはＩＣＭで治療されていない患者について示される。全生存は、ＩＣＭの最初の用量または任意の化学療法の最初の用量から開始して決定される。
【図４】ＩＣＭ療法後の全生存（Ａ）に対する腫瘍変異負荷の効果をがんサブタイプ及び薬物クラス毎に示す。フォレストプロットは、特定されたコホート（「全がん」）または個々のがんサブタイプにおける全ての患者について示される。患者及びハザード比に関する数が示される。水平線は、９５％信頼区間を表す。高腫瘍変異負荷を選択するための特定のサブタイプについてＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴからの正規化腫瘍変異負荷の使用された閾値は、高及び低腫瘍変異負荷生存曲線の比較のためのログランクｐ値と同様に示される。Ｎ＞３５の数の患者で検査された全てのがんの型が表示される。（Ｂ）は、ＩＣＭ療法を伴わないがんサブタイプ毎の全生存に対する腫瘍変異負荷の効果を示す。フォレストプロットは、ＩＣＭを受けていない患者のコホート（「全がん」）または個々のがんサブタイプにおける全ての患者について示される。患者及びハザード比に関する数が示される。水平線は、９５％信頼区間を表す。使用された閾値は、ＩＣＭコホートにおけるその特定のサブタイプについての最適なカットオフである。ログランクｐ値は、高及び低腫瘍変異負荷生存曲線の比較について示される。Ｎ＞３５の患者数で検査された全てのがんの型が示される。両方のパネルＡ及びＢにおいて、用語「カットオフ」は、本明細書に決定される腫瘍変異負荷閾値を表すために使用される。
【図５】分析のために使用された腫瘍変異負荷閾値の値を示す。（Ａ）は、ｘ軸及びｐ値に対する正規化腫瘍変異負荷の個々のカットポイントを伴う最適な閾値についての最大のカイ二乗分析の使用を示す。（Ｂ）は、各カットポイントでのハザード比を示す。
【図６−１】ＩＣＭ療法後の全生存に対する腫瘍変異負荷の効果をがんサブタイプ毎に示す。パネルＡ〜Ｈにおける第１の列は、腫瘍変異負荷のサブセットにわたる正規化腫瘍変異負荷頻度の分布を示す。パネルＡ〜Ｈにおける第２の列は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査で特定された示された数の正規化変異を有する、ＩＣＭ療法で治療された患者についてのカプランマイヤー曲線を示す。各パネルは、がんサブタイプを表し、（Ａ）膀胱癌、（Ｂ）乳癌、（Ｃ）食道胃癌、（Ｄ）神経膠腫、（Ｅ）頭頸部癌、（Ｆ）黒色腫、（Ｇ）非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、及び（Ｈ）腎細胞癌である。
【図６−２】同上。
【図６−３】同上。
【図６−４】同上。
【図７】全てのがんサブタイプについてのハザード比のファンネルプロットを示す。ファンネルプロットは、特定の組織学についての連続変数としての患者数の逆数（ｙ軸）及び正規化腫瘍変異負荷についてのハザード比（ｘ軸）である。
【図８−１】免疫チェックポイント調節因子で治療された患者における生存に対するＨＬＡクラスＩ同型接合性の効果を示す。（Ａ）ＩＣＭ療法で治療した黒色腫またはＮＳＣＬＣを有する３６９名の患者からなる、少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位での同型接合性とコホート１における低下した全生存との関連。（Ｂ）ＩＣＭ療法で治療した異なるがんの型を表す１，１６６名の患者からなる、少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位での同型接合性とコホート２における低下した全生存との関連。（Ｃ）１つ以上のクラスＩ座位及び個々の座位（ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、及びＨＬＡ−Ｃ）での同型接合性と１，５３５名の患者全てからの減少した全生存との関連。患者及びハザード比（ＨＲ）に関する数が示される。水平線は、９５％信頼区間を表す。ログランク検定を使用してＰ値を計算した。次のように患者を分けた。全ての３つのクラスＩ座位で異型接合であった個人、１つ以上のクラスＩ座位で同型接合の個人、指定された座位で同型接合であるがその他の２つの座位の両方において異型接合の個人、ならびに指定された座位及びその他の２つの座位のうち１つの１つで同型接合であるがその他の１つで異型接合である個人。ＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂでの同型接合性ならびにＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｃでの同型接合性はこれらの患者において希少であり、座位の組み合わせに関与する分析の解釈可能性を限定した。（Ｄ）少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位について同型接合でありかつ低腫瘍変異負荷を有する患者と比較した、全てのＨＬＡクラスＩ座位での異型接合性及び高腫瘍変異負荷を有するコホート１患者における改善した生存。全エキソームシークエンシングからの総非同義変異計数から変異負荷を算出した。ここで、高変異負荷は、１１３超の突然変異を有する腫瘍として定義される。（Ｅ）少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位において同型接合でありかつ低腫瘍変異負荷を有する患者と比較した、全てのＨＬＡクラスＩ座位での異型接合性及び高腫瘍変異負荷を有するコホート２患者における改善した生存。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴからの総非同義変異計数から変異負荷を算出した。ここで、高変異負荷は、１６．７２超の突然変異を有する腫瘍として定義される。（Ｆ及びＧ）患者の腫瘍変異負荷に基づき患者を層別化するためのカットオフの範囲を使用した生存分析から生じたハザード比の分布を図示する箱ひげ図。この分析は、全ての座位でのＨＬＡクラスＩ異型接合性及び変異負荷の改善した生存に対する組み合わせ効果がコホート１（Ｆ）及びコホート２（Ｇ）における腫瘍変異負荷単独を平易に考慮することと比較して大きかったことを示す。この分析のために、我々は、変異負荷の四分位数間でカットオフの範囲を使用した。ウィルコクソンの順位和検定を使用してＰ値を計算した。（Ｈ）生存分析は、異型接合生殖系列ＨＬＡクラスＩのＬＯＨがＩＣＭ免疫療法で治療した患者における減少した全生存と関連することを示す。全てのＨＬＡクラスＩ座位で異型接合生殖系列でありＬＯＨを伴わない患者の数は１９９である。全てのＨＬＡクラスＩ座位で異型接合生殖系列を有しＬＯＨを伴う患者の数は３２である。（Ｉ）異型接合生殖系列ＨＬＡクラスＩのＬＯＨの効果が、高変異負荷を有しＬＯＨを伴わない腫瘍と比較して低変異負荷を有する腫瘍において増強されることを示す生存分析。高変異負荷は、（Ｄ）のように、ここで定義される。各ＨＬＡクラスＩ座位で異型接合生殖系列でありＬＯＨを伴わず、高変異負荷を含有する腫瘍を有する患者の数は１４２である。全てのＨＬＡクラスＩ座位で異型接合生殖系列を有しＬＯＨを伴い、低変異負荷を有する腫瘍を有する患者の数は８である。
【図８−２】同上。
【図８−３】同上。
【図９−１】ＩＣＭで治療された進行性黒色腫を有する患者における生存に対するＨＬＡ  Ｂ４４スーパータイプの影響を示す。（Ａ）コホート１からの黒色腫を有する患者における異なるＨＬＡスーパータイプの有病率。（Ｂ）コホート２からの黒色腫を有する患者における異なるＨＬＡスーパータイプの有病率。（Ｃ及びＤ）コホート１（Ｃ）及びコホート２（Ｄ）からのＢ４４スーパータイプを有しない患者［Ｂ４４（−）］と比較した、Ｂ４４スーパータイプを保有するＩＣＭ療法で治療された進行黒色腫患者［Ｂ４４（＋）］の全生存を示す生存分析。（Ｅ及びＦ）コホート１（Ｅ）及びコホート２（Ｆ）からの、Ｂ４４スーパータイプ及び高変異負荷を有する患者対Ｂ４４を有せず低変異負荷を有する患者の生存分析。（Ｇ及びＨ）患者の腫瘍変異負荷に基づき患者を層別化するための異なるカットオフを使用した生存分析から生じたハザード比の分布を図示する箱ひげ図。この分析は、Ｂ４４及び変異負荷の増加した生存に対する組み合わせ効果が、コホート１（Ｇ）及びコホート２（Ｈ）からのＩＣＭで治療した黒色腫を有する患者における腫瘍変異負荷単独を平易に考慮することと比較して大きかったことを示す。この分析のために、我々は、変異負荷の四分位数間でカットオフの範囲を使用した。ウィルコクソンの順位和検定を使用してＰ値を計算した。（Ｉ）ＴＣＧＡコホートからのＢ４４スーパータイプを有する及び有しない黒色腫患者の生存分析。（Ｊ）左：利用可能な結晶構造に基づき（ＰＤＢ：１Ｍ６Ｏ）ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２と複合体でドッキングした、Ｂ４４  ＨＬＡ対立遺伝子の間で共通するペプチドモチーフの例。モチーフの５つの共通残基（Ｅ２、Ｉ３、Ｐ４、Ｖ６、及びＹ９）は、（４５）で報告された。ペプチド残基は、塩基性、酸性、極性、または疎水性のように、それらの特性に従って着色される。中央：文献において報告されたＢ４４モチーフに一致する例示的ペプチドの近接図。位置２及び９の残基は、ＨＬＡペプチド結合溝を固定するために特に重要である。右：Ｂ４４ペプチドモチーフ及び黒色腫により発現されたＢ４４スーパータイプ内の既知の免疫原性ネオ抗原（表８）。全てのネオエピトープは、位置２でのグルタミン酸を特徴とする。ネオ抗原は、１つもしくは２つの追加的位置でモチーフと同一であるか、または同様であるかのいずれかでもある。コホート１からの抗ＣＴＬＡ−４に対する長期的応答を有する黒色腫患者において、第２のネオ抗原（ＦＡＭ３Ｃ：ＴＥＳＰＦＥＱＨＩ）を特定した。標準的な残基クラス（ＧＡＶＬＩ、ＦＹＷ、ＣＭ、ＳＴ、ＫＲＨ、ＤＥＮＱ、及びＰ）を使用して配列類似性を決定した。
【図９−２】同上。
【図９−３】同上。
【図９−４】同上。
【図１０】ＩＣＭ療法で治療した黒色腫を有する患者における全生存に対するＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１の効果を示す。（Ａ）ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１対立遺伝子を有する及び有しないコホート１からのＩＣＭ治療黒色腫患者における低減した生存を示す生存分析。（Ｂ）ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１、薄紫；結合ペプチド、黄；結合溝、薄桃のペプチド結合溝の三次元構造の概略図。（Ｃ）結合ペプチド残基位置Ｐ２及びＰ３にわたる架橋分離（ｂｒｉｄｇｅ−ｓｅｑｕｅｓｔｒａｔｉｏｎ）効果の側面図。（Ｄ）単離されたＨＬＡ  Ｂ＊１５：０１分子及び９−ｍｅｒペプチドとのその複合体両方のＭＤシミュレーションスナップショット。５００ｎｓのシミュレーション時間の経過にわたって各軌跡を動作させた。（Ｅ）（Ｄ）において説明されたＭＤシミュレーションからのオブザーバブル。ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１分子及びＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１ペプチド複合体における平均架橋距離は同等である。残基位置根平均二乗ゆらぎ（ＲＭＳＦ）は、架橋残基の各々がペプチドの存在下においてより剛性になることを示す。
【図１１】それぞれ、コホート１及びコホート２における少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位で同型接合である患者と各クラスＩ座位で異型接合である患者との間の体細胞コーディング変異の数を示す。ウィルコクソンの順位和検定を使用してＰ値を計算した。
【図１２】ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２及びＨＬＡ−Ｂ＊５３：０１についての分子動力学シミュレーションを示す。（Ａ及びＣ）それぞれ、単離されたＨＬＡ  Ｂ＊０７：０２及びＨＬＡ  Ｂ＊５３：０１分子及び９−ｍｅｒペプチドとのそれらの複合体両方のＭＤシミュレーションスナップショット。３００ｎｓのシミュレーション時間の経過にわたって各軌跡を動作させた。（Ｂ及びＤ）（Ａ及びＣ）において説明されたＭＤシミュレーションからのオブザーバブル。ＨＬＡ  Ｂ＊０７：０２及びＨＬＡ  Ｂ＊５３：０１分子における、かつそれらの対応するＨＬＡペプチド複合体における平均架橋距離及び架橋残基ＲＭＳＦが示される。
【図１３】確証的コホートについての分析のための患者選抜のフローを示す試験報告に関する統合基準（ＣＯＮＳＯＲＴ）図を示す。
【図１４】ＩＣＩ治療後の全生存に対する変異負荷の効果を示す。Ａ．各組織学内の腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の描かれた十分位数に分類される腫瘍を有する患者についてのカプランマイヤー曲線。ＴＭＢは、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査で特定されたＭＢ当たりの正規化体細胞変異として定義される。全生存は、ＩＣＩの最初の用量からである。全ての患者についてのログランクｐ値が、下位８０％群と比較して、それぞれ、０．７６（９５％ＣＩ  ０．６２〜０．９４）及び０．５２（９５％ＣＩ  ０．４２〜０．６４）という１０〜２０％及び上位１０％群についての単変量コックス回帰ハザード比と共に示される。ｍ、月Ｂ．全てのがんサブタイプにわたるＭＢ当たりの変異で測定された腫瘍変異負荷（ＴＭＢ）の描かれたカットオフでの全生存についてのコックス回帰ハザード比。黒丸は、ｐ値＜０．０５でのハザード比を表す。
【図１５】図１４Ａにおいて示された群内のがんの型の分布を示す。
【図１６】がんの型にわたる分位数毎の高ＴＭＢ患者の全生存を示す。各がんの型からの患者の上部に示された百分率によって定義された高対低ＴＭＢのカプランマイヤー生存分析。Ｐ値は、ログランク検定を示す。
【図１７】がんの型及び薬物クラス毎のＩＣＩ治療後の全生存に対する非同義変異負荷の効果を示す。特定されたコホートまたは個々のがんサブタイプにおける全ての患者についてのフォレストプロット。各組織学内の上位２０パーセンタイルのＴＭＢにおける患者のＩＣＩ後の全生存を比較する患者の数及びハザード比が示される。水平線は、９５％信頼区間を表す。各がんの型についてのＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴからの正規化変異負荷の上位２０％を定義するカットオフが示されており、同様に高及び低変異負荷生存曲線の比較のためのログランクｐ値も示される。分析における全てのがんの型が表示される。
【図１８】コホート及び個々のがん組織学における全ての患者についてのフォレストプロットを示す。各組織学についてＴＭＢ上位≧１０％（Ａ）または３０％（Ｂ）を有する患者におけるＩＣＩ後の全生存を比較する患者の数及びハザード比が示される。水平線は、９５％信頼区間を表す。高変異負荷を選択するための特定のサブタイプについてＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴからの正規化変異負荷の使用されたカットオフは、高及び低変異負荷生存曲線の比較のためのログランクｐ値と同様に示される。
【図１９−１】がんの型毎の、ＩＣＩ治療後の、または非ＩＣＩ治療患者における全生存に対する非同義変異負荷の効果を示す。特定されたコホート（「全てのがんの型」）または個々のがんサブタイプにおける全ての患者についての個々のプロット。第１の列は、正規化変異負荷頻度の分布を示す。第２の列は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査で特定された各組織学内の上位２０％のＴＭＢを有する、ＩＣＩで治療された患者についてのカプランマイヤー曲線を示す。第３の列は、診断の日からＩＣＩで全く治療されていない患者のコホートにおける腫瘍の上位２０％を比較するＯＳを表す。
【図１９−２】同上。
【図１９−３】同上。
【図１９−４】同上。
【図１９−５】同上。
【図１９−６】同上。
【図２０】ＴＭＢについてのハザード比を連続変数として示す全てのがんの型及び個々の組織学にわたるコックス比例ハザードモデルを描くフォレストプロットを示す。
【図２１】ＩＣＩに対する臨床的応答の予測因子としてのＴＭＢを示す。Ａ．ＮＳＣＬＣ、Ｂ．頭頸部、Ｃ．食道胃癌における低及び高ＴＭＢを有する臨床的有用性（≧６か月の間のＸ線検査応答または安定的な疾患として定義される）を有する患者の相対的割合を示す円グラフ。示されたフィッシャーの正確検定ｐ値。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ配列決定ＮＳＣＬＣ患者におけるＴＭＢと腫瘍応答との間の関連についての同様のデータは、別個に刊行されてもいる。
【図２２−１】ＴＭＢが、示されたがんの型における高及び低ＴＭＢ（上位２０％）腫瘍を有する患者における無増悪生存無増悪生存（Ａ、Ｂ、Ｃ）または次の治療までの時間（Ｄ）を予測することを示す。示されたログランクｐ値。
【図２２−２】同上。
【図２３】ＩＣＩで治療されていない患者におけるがんサブタイプ毎のＯＳに対する非同義変異負荷の効果を示す。ＩＣＩを受けていない患者のコホート（「全てのがんの型」）または個々のがんサブタイプにおける全ての転移性患者についてのフォレストプロット。患者及びハザード比に関する数値が示される。水平線は、９５％信頼区間を表す。使用されたカットオフは、このコホートにおける上位２０％である。ログランクｐ値は、高及び低変異負荷生存曲線の比較について示される。
【図２４】ＩＣＩ治療及び非ＩＣＩ治療コホート両方における全ての患者のうちの上位２０％として代わりに定義されたＴＭＢカットオフによる、図１７及び図２３の修正バージョンを示す。
【図２５−１】ＩＣＩ治療及び非ＩＣＩ治療コホート両方における全ての患者のうちの上位２０％として代わりに定義されたＴＭＢカットオフによる、図１９の修正バージョンを示す。第１の列は、その組織学における組み合わされたＩＣＩ治療及び非ＩＣＩ治療コホートにわたる正規化変異負荷頻度の分布を示す。第２の列は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査で特定された各組織学内の上位２０％のＴＭＢ（組み合わせコホートにわたる）を有する、ＩＣＩで治療された患者についてのカプランマイヤー曲線を示す。第３の列は、診断の日からＩＣＩで全く治療されていない患者のコホートにおける上位２０％のＴＭＢ（組み合わせコホートにわたる）を比較するＯＳを表す。
【図２５−２】同上。
【図２５−３】同上。
【図２５−４】同上。
【図２５−５】同上。
【図２５−６】同上。
【発明を実施するための形態】
【００２１】
定義
本発明がより容易に理解されるために、ある特定の用語は、以下に定義される。当業者は、ある特定の用語の定義が、明細書の他の場所に提供され得ること、及び／または文脈から明らかになるであろうことを理解するであろう。
【００２２】
投与：本明細書で使用される場合、用語「投与」は、対象への組成物の投与を指す。投与は、任意の適切な経路によるものであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、投与は、気管支（気管支滴注によるものを含む）、口腔、経腸、皮膚間、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、経粘膜、経鼻、経口、直腸、皮下、舌下、局所、気管（気管内滴注によるものを含む）、経皮、膣内及び硝子体。
【００２３】
親和性：当業者に既知であるように、「親和性」は、特定のリガンドのそのパートナーとの結合の堅固さについての尺度である。親和性は、様々な方法で測定され得る。いくつかの実施形態では、親和性は、定量的アッセイによって測定される。いくつかのかかる実施形態では、結合パートナー濃度は、生理学的条件を模倣するようなリガンド濃度を超えて固定され得る。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、結合パートナー濃度及び／またはリガンド濃度は、変更され得る。いくつかのかかる実施形態では、親和性は同等の条件（例えば、濃度）下の参照と比較され得る。
【００２４】
アミノ酸：本明細書で使用される場合、用語「アミノ酸」は、その最も広い意味で、ポリペプチド鎖中に組み込まれることができる任意の化合物及び／または物質を指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ）−ＣＯＯＨを有する。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、天然に存在するアミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、合成アミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、ｄ−アミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、ｌ−アミノ酸である。「標準アミノ酸」は、天然に存在するペプチドにおいて一般的に見られる２０の標準ｌ−アミノ酸のうちのいずれかを指す。「非標準アミノ酸」は、それが合成的に調製されるかまたは天然源から得られるかどうかによらず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。本明細書で使用される場合、「合成アミノ酸」は、塩、アミノ酸誘導体（アミドのような）、及び／または置換を含むがこれらに限定されない、化学的に修飾されたアミノ酸を包含する。ペプチドにおいてカルボキシ及び／またはアミノ末端アミノ酸を含むアミノ酸は、それらの活性に悪影響することなくペプチドの循環半減期を変化させることができるメチル化、アミド化、アセチル化、保護基、及び／または他の化学基での置換により修飾され得る。アミノ酸は、ジスルフィド結合に関与することができる。アミノ酸は、１つ以上の化学的実体（例えば、メチル基、酢酸基、アセチル基、リン酸基、ホルミル部分、イソプレノイド基、硫酸基、ポリエチレングリコール部分、脂質部分、炭水化物部分、ビオチン部分など）のような、１つまたは翻訳後修飾を含むことができる。用語「アミノ酸」は、「アミノ酸残基」と交換可能に使用され、遊離アミノ酸及び／またはペプチドのアミノ酸残基を指すことができる。用語「アミノ酸」が遊離アミノ酸またはペプチドの残基を指すかどうかは、用語が使用される文脈から明らかであろう。
【００２５】
抗体薬剤：本明細書で使用される場合、用語「抗体薬剤」は、特定の抗原に特異的に結合する薬剤を指す。いくつかの実施形態では、用語は、特異的結合を付与するのに十分な免疫グロブリン構造的要素を有する任意のポリペプチドを包含する。好適な抗体は、ヒト抗体、霊長類化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、抱合抗体（すなわち、他のタンパク質、放射標識、細胞毒素に抱合または融合された抗体）、Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｄｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ（「ＳＭＩＰ（商標）」）、一本鎖抗体、ラクダ科抗体、及び抗体断片を含むが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、用語「抗体薬剤」は、それらが所望の生物学的活性を示す限り、インタクトなモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも２つの無傷の抗体から形成された単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲまたはその断片）、少なくとも２つの無傷の抗体から形成された多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体断片も含む。いくつかの実施形態では、用語はステープルドペプチドを包含する。いくつかの実施形態では、用語は、１つ以上の抗体様結合ペプチドミメティクスを包含する。いくつかの実施形態では、用語は、１つ以上の抗体様結合足場タンパク質を包含する。いくつかの実施形態では、用語は、モノボディまたはアドネクチンを包含する。多くの実施形態では、抗体薬剤は、そのアミノ酸配列が相補性決定領域（ＣＤＲ）として当業者に認識された１つ以上の構造的要素を含むポリペプチドであるか、そのアミノ酸配列が相補性決定領域（ＣＤＲ）として当業者に認識された１つ以上の構造的要素を含むポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、抗体薬剤は、そのアミノ酸配列が参照抗体で見られるものに実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲ（例えば、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲ及び／または少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ）を含むポリペプチドであるか、またはそのアミノ酸配列が参照抗体で見られるものに実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲ（例えば、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲ及び／または少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ）を含むポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、配列が同一であるか、または参照ＣＤＲと比較した場合１〜５のアミノ酸置換を含むかのいずれかであるという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、参照ＣＤＲとの８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を示すという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、参照ＣＤＲとの９６％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を示すという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、含まれたＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が参照ＣＤＲと比較した場合欠失、付加、または置換されるが、含まれたＣＤＲが参照ＣＤＲのものと他の点では同一であるアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、含まれたＣＤＲ内の１〜５のアミノ酸が参照ＣＤＲと比較した場合欠失、付加、または置換されるが、含まれたＣＤＲが参照ＣＤＲと他の点では同一であるアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、含まれたＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が参照ＣＤＲと比較した場合置換されるが、含まれたＣＤＲが参照ＣＤＲのものと他の点では同一であるアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、含まれたＣＤＲは、含まれたＣＤＲ内の１〜５のアミノ酸が参照ＣＤＲと比較した場合欠失、付加、または置換されるが、含まれたＣＤＲが参照ＣＤＲと他の点では同一であるアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲに実質的に同一である。いくつかの実施形態では、抗体薬剤は、そのアミノ酸配列が免疫グロブリン可変ドメインとして当業者に認識された構造的要素を含むポリペプチドであるか、またはそのアミノ酸配列が免疫グロブリン可変ドメインとして当業者に認識された構造的要素を含むポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、抗体薬剤は、免疫グロブリン結合ドメインに対して相同であるか、または大いに相同である結合ドメインを有するポリペプチドタンパク質である。
【００２６】
抗体ポリペプチド：本明細書で使用される場合、用語「抗体ポリペプチド」または「抗体」、または「その抗原結合断片」は、互換的に使用されることができ、エピトープに結合することができるポリペプチドを指す。いくつかの実施形態では、抗体ポリペプチドは、全長抗体であり、いくつかの実施形態では、全長未満であるが少なくとも１つの結合部位を含む（少なくとも１つ、かつ好ましくは少なくとも２つの配列を抗体「可変領域」と共に含む）。いくつかの実施形態では、用語「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメインに対して相同であるか、または大いに相同である結合ドメインを有する任意のタンパク質を包含する。特定の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメインとの少なくとも９９％の同一性を示す結合ドメインを有するポリペプチドを包含する。いくつかの実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメイン、例えば参照免疫グロブリン結合ドメインとの少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を示す結合ドメインを有する任意のタンパク質である。含まれた「抗体ポリペプチド」は、天然源で見られる抗体のものと同一のアミノ酸配列を有することができる。本発明に従う抗体ポリペプチドは、例えば、天然源もしくは抗体ライブラリからの単離、宿主系におけるもしくは宿主系による組換え産生、化学的合成など、またはそれらの組み合わせを含む任意の利用可能な手段により調製され得る。抗体ポリペプチドは、モノクローナルまたはポリクローナルであり得る。抗体ポリペプチドは、ヒトクラス：ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ及びＩｇＥのいずれかを含む、任意の免疫グロブリンのメンバーであり得る。ある特定の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ免疫グロブリンクラスのメンバーであり得る。本明細書で使用される場合、用語「抗体ポリペプチド」または「抗体の特徴的部分」は、互換的に使用され、目的のエピトープに結合する能力を保有する抗体の任意の誘導体を指す。ある特定の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、全長抗体の特異的結合能力の少なくとも著しい部分を保持する抗体断片である。抗体断片の例は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ二重特異性抗体、及びＦｄ断片を含むがこれらに限定されない。代替的または追加的に、抗体断片は、例えば、ジスルフィド結合によって一緒に連結された複数の鎖を含むことができる。いくつかの実施形態では、抗体ポリペプチドは、ヒト抗体であり得る。いくつかの実施形態では、抗体ポリペプチドは、ヒト化され得る。ヒト化抗体ポリペプチドは、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小限の配列を含有する、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、または抗体ポリペプチド（Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、もしくは抗体の他の抗原結合部分配列のような）を含みであり得る。一般的に、ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）の残基が、所望の特異性、親和性、及び能力を有するマウス、ラット、またはウサギのような非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲからの残基で置き換えられている、ヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。特定の実施形態では、本発明に従う使用のための抗体ポリペプチドは、免疫チェックポイント分子の上の特定のエピトープに結合する。
【００２７】
抗原：「抗原」は、抗体が結合する分子または実体である。いくつかの実施形態では、抗原は、ポリペプチドもしくはその部分であるか、またはポリペプチドもしくはその部分を含む。いくつかの実施形態では、抗原は、抗体によって認識される感染因子の一部である。いくつかの実施形態では、抗原は、免疫応答を誘発する薬剤であり、及び／または（ｉｉ）Ｔ細胞受容体によって結合される薬剤（例えば、ＭＨＣ分子によって提示された際の）、または生物に曝露もしくは投与された際の抗体（例えば、Ｂ細胞によって産生された）である。いくつかの実施形態では、抗原は、生物において液性応答（例えば、抗原特異的抗体を産生することを含む）を誘発する。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、抗原は、細胞性応答（例えば、その受容体が抗原と特異的に相互作用するＴ細胞を含む）を誘発する。特定の抗原が、標的生物種のうちの全てのメンバーでなく、標的生物（例えば、マウス、ウサギ、霊長類、ヒト）の１つまたはいくつかのメンバーにおいて免疫応答を誘発することができることを、当業者は理解するであろう。いくつかの実施形態では、抗原は、標的生物種のメンバーの少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％において免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、抗原は、抗体及び／またはＴ細胞受容体に結合し、生物における特定の生理学的応答を誘導することができるか、またはすることができない。いくつかの実施形態では、例えば、抗原は、かかる相互作用がインビボで起こるか起こらないかによらず、インビトロで抗体またはＴ細胞受容体に結合することができる。一般に、抗原は、低分子、核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂質、ポリマー［いくつかの実施形態では、生体高分子以外（例えば、核酸またはアミノ酸ポリマー以外）］などのような任意の化学的実体であり得るか、または低分子、核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂質、ポリマー［いくつかの実施形態では、生体高分子以外（例えば、核酸またはアミノ酸ポリマー以外）］などのような任意の化学的実体を含むことができる。いくつかの実施形態では、抗原は、ポリペプチドであるか、またはポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、抗原は、グリカンであるか、またはグリカンを含む。当業者は、一般に、抗原が、単離されたまたは純粋な形態で提供され得るか、代替的に粗製形態で（例えば、他の材料、例えば細胞抽出物または抗原含有供給源の他の比較的粗雑な調製物と一緒に）提供され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、本発明に従って利用される抗原は、粗雑形態で提供される。いくつかの実施形態では、抗原は、組換え抗原であるか、または組換え抗原を含む。
【００２８】
およそ：本明細書で使用される場合、用語「およそ」または「約」は、１つ以上の目的の値に適用される場合、述べられた参照値と同様の値を指す。ある特定の実施形態では、用語「およそ」または「約」は、別途記載のない限りまたは別途内容から明白でない限り（かかる数が可能な値の１００％を超えるような場合を除く）、述べられた参照値のいずれかの方向（上回るまたは下回る）において、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％またはそれ未満に入る値の範囲を指す。
【００２９】
「阻害剤」：本明細書で使用される用語「阻害剤」は、その存在またはレベルが示された標的のレベル及び／または活性の低下と相関する実体または事象を指す。したがって、例えば、「ＰＤ−１阻害剤」は、その存在がＰＤ−１のレベル及び／または活性の減少と相関する薬剤または事象である。いくつかのかかる実施形態では、ＰＤ−１の適切な活性は、そのリガンド（例えば、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２）及び／またはそれらの下流効果の多くのうちの１つとの相互作用であり得るか、またはそのリガンド（例えば、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２）及び／またはそれらの下流効果の多くのうちの１つとの相互作用を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ＰＤ−１及び／またはＰＤ−１リガンド（例えば、ＰＤ−Ｌ１及び／またはＰＤ−Ｌ２）及び／またはそれらの複合体を標的とする抗体薬剤のような薬剤の投与により達成され得る。いくつかの特定の実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ＰＤ−１に結合する抗体薬剤の投与を通じて達成され得る。いくつかの実施形態では、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、及び／またはデュルバルマブのうちの１つ以上の投与を通じて達成され得る。類似的に、「ＣＴＬ４阻害剤は、その存在がＣＴＬＡ−４のレベル及び／または活性の減少と相関する薬剤または事象である。いくつかのかかる実施形態では、ＣＴＬＡ−４の適切な活性は、そのリガンド（例えば、ＣＤ８０及び／またはＣＤ８６）及び／またはそれらの下流効果の多くのうちの１つとの相互作用であり得るか、またはそのリガンド（例えば、ＣＤ８０及び／またはＣＤ８６）及び／またはそれらの下流効果の多くのうちの１つとの相互作用を含むことができる。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、ＣＴＬＡ−４リガンド（例えば、ＣＤ８０及び／またはＣＤ８６）及び／またはそれらの複合体を標的とする抗体薬剤のような薬剤の投与により達成され得る。いくつかの特定の実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、ＣＴＬＡ−４に結合する抗体薬剤の投与を通じて達成され得る。いくつかの実施形態では、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブ及び／またはトレメリムマブのうちの１つ以上の投与を通じて達成され得る。
【００３０】
併用療法：本明細書で使用される用語「併用療法」は、対象が同時に両方の薬剤に露出されるように２つ以上の異なる薬学的薬剤が重複したレジメンにおいて投与されるこれらの状況を指す。併用療法において使用される場合、２つ以上の異なる薬剤は、同時にまたは別個に投与され得る。組み合わせたこの投与は、同じ剤形における２つ以上の薬剤の同時投与、別個の剤形における同時投与、及び別個の投与を含むことができる。すなわち、２つ以上の薬剤は、同じ剤形において一緒に製剤化され、同時に投与され得る。代替的に、２つ以上の薬剤は同時に投与されることができ、薬剤は別個の製剤中に存在する。別の代替案では、第１の薬剤は、１つ以上の追加的な薬剤の直前に投与され得る。別個の投与プロトコルでは、２つ以上の薬剤は、数分間隔で投与、または数時間間隔、または数日間隔で投与され得る。
【００３１】
同等：用語「同等」は、得られた結果または観察された現象の比較を可能にするために互いに十分に類似する条件、状況、個体、集団の２つ（またはそれ以上）のセットを記述するため本明細書で使用される。いくつかの実施形態では、条件、状況、個体、集団の同等のセットは、複数の実質的に同一の特徴及び１つまたは少数の変更された特徴により特徴付けられる。当業者は、状況、個体、集団の異なるセット下または状況、個体、集団の異なるセットと共に得られた結果または観察された現象における相違が、変更されたこれらの特徴における変動によって引き起こされるか、またはそれを示すという妥当な結論を保証するために十分な数及び種類の実質的に同一の特徴によって特徴付けられるとき、状況、個体、または集団のセットは互いに同等であることを、理解するであろう。当業者は、本明細書で使用される相対的言語（例えば、増強した、活性化した、低減した、抑制した、など）は、典型的には、同等の条件下でなされる比較を参照することを、理解するであろう。
【００３２】
コンセンサス配列：本明細書で使用される場合、用語「コンセンサス配列」は、生理的現象（例えば、免疫応答）を誘発するまたは引き起こすコア配列を指す。「コンセンサス配列」を感染因子の抗原と共有するがん細胞が、ＭＨＣ分子（直接的にまたはアロステリック的に）に影響するアミノ酸配列の一部分を共有する、及び／またはＴ細胞受容体による認識を促進することは、当業者により理解されるであろう。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列は、テトラペプチドである。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列は、ノナペプチドである。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列は、長さが４〜９アミノ酸である。いくつかの実施形態では、コンセンサス配列は、長さが９アミノ酸を超える。
【００３３】
診断情報：本明細書で使用される場合、診断情報または診断における使用のための情報は、患者が疾患または状態を有するかどうかを決定する、及び／または疾患または状態を表現型カテゴリ、または疾患もしくは状態、または疾患もしくは状態の治療に対する確からしい応答の予後について意味のある任意のカテゴリへと分類する際に有用である任意の情報である。同様に、診断は、対象が疾患または状態（がんのような）を有しそうであるかどうか、対象において明示されたような疾患または状態の様相、ステージまたは特徴、腫瘍の性質または分類に関連した情報、予後または適切な治療を選択する際に有用な情報を含むがこれらに限定されない任意の型の診断情報を提供することを指す。治療の選択は、特定の治療（例えば、化学療法）薬剤、または手術、放射線などのような他の治療モダリティ、療法を保留するか送達するかどうかについての選択、投薬レジメン（例えば、特定の治療薬剤または治療薬剤の組み合わせの１つ以上の用量の頻度またはレベル）などに関連する選択を含むことができる。
【００３４】
投薬レジメン：「投薬レジメン」（または「治療レジメン」）は、その用語が本明細書において使用される場合、典型的には期間で分離された、対象に個々に投与される単位用量（典型的には２つ以上）のセットである。いくつかの実施形態では、所与の治療薬剤は、１つ以上の用量に関与できる推奨された投薬レジメンを有する。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、その各々が同じ長さの期間で互いに分離された複数の用量を含む。いくつかの実施形態では、投薬レジメンは、複数の用量、及び個々の用量を分離する少なくとも２つの異なる期間を含む。いくつかの実施形態では、その投薬レジメンは、患者の集団にわたって投与された際、所望の治療アウトカムであるか、または所望の治療アウトカムと相関した。
【００３５】
持続的臨床的有用性：本明細書で使用される場合、用語「持続的臨床的有用性」（ＤＣＢ）は、当業者に理解された意味を有し、適切な期間の間続く臨床的有用性を指す。いくつかの実施形態では、かかる臨床的有用性は、腫瘍サイズの低減、無増悪生存の増加、全生存の増加、全体的な腫瘍負荷の減少、痛み、臓器不全、出血、骨格系への損傷、及び他の関連した転移性がんの後遺症、及びそれらの組み合わせのような腫瘍成長により引き起こされた症状の減少であるか、または腫瘍サイズの低減、無増悪生存の増加、全生存の増加、全体的な腫瘍負荷の減少、痛み、臓器不全、出血、骨格系への損傷、及び他の関連した転移性がんの後遺症、及びそれらの組み合わせのような腫瘍成長により引き起こされた症状の減少を含む。いくつかの実施形態では、適切な期間は、少なくとも１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１年、２年、３年、４年、５年、またはそれ以上である。いくつかの特定の実施形態では、適切な期間は、６か月である。
【００３６】
エキソーム：本明細書で使用される場合、用語「エキソーム」は、当業者に理解された意味に従って使用され、特定のゲノムで見られるエクソン配列のセットを指す。
【００３７】
好ましい応答：本明細書で使用される場合、用語「好ましい応答」は、疾患病態生理学における１つ以上の症状の頻度及び／または強度の低減、腫瘍負荷の低減、完全もしくは部分寛解、または他の改善を指す。症状は、特定の疾患、障害、または状態の１つ以上の症状が規模（例えば、強度、重症度など）及び／または頻度において低減された際、症状は低減される。明確さの目的のために、特定の症状の発症の遅延は、その症状の頻度を低減させる１つの形態とみなされる。より小さな腫瘍を有する多くのがん患者は、症状を有しない。本発明が、症状がなくなった場合に限定されることが意図されるものではない。本発明は、１つ以上の症状が完全に除外されることはなくとも低減される（そして対象の状態はそれにより「改善される」）ように、治療を具体的に企図する。いくつかの実施形態では、特定の治療レジメンが適切な群集にわたって投与され、統計学的に有意な効果を示した際に、好ましい応答は確立される。特定の個人における特定の結果の証明は要求されることができない。したがって、いくつかの実施形態では、その投与が適切な所望の効果と相関する際、特定の治療レジメンは、好ましい応答を有すると決定される。
【００３８】
相同性：本明細書で使用される場合、用語「相同性」は、重合性分子間、例えば核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）及び／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。いくつかの実施形態では、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である場合、重合性分子は互いに「相同」であるとみなされる。いくつかの実施形態では、それらの配列が少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同様である場合、重合性分子は互いに「相同」であるとみなされる。
【００３９】
同一性：本明細書で使用される場合、用語「同一性」は、重合性分子間、例えば核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）及び／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。２つの核酸配列の同一性パーセントの計算は、最適な比較目的のための２つの配列を整列させることにより実行され得る（例えば、最適なアラインメントのための第１及び第２の核酸配列の一方または両方にギャップが導入されることができ、比較目的のために非同一配列が無視され得る）。ある特定の実施形態では、比較目的のための整列した配列の長さは、参照配列の少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または実質的に１００％である。次に、対応するヌクレオチド位置でのヌクレオチドが比較される。第１の配列における位置が第２の配列における対応する位置と同じヌクレオチドによって占有される際、分子は、その位置で同一である。２つの配列間の同一性パーセントは、ギャップの数、及び２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要がある各ギャップの長さを考慮した配列によって共有される同一の位置の数の関数である。配列の比較及び２つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成され得る。例えば、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、Ｍｅｙｅｒｓ  ａｎｄ  Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）のアルゴリズムを使用して決定されることができ、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）にＰＡＭ１２０重量残差表、１２のギャップ長ペナルティ及び４のギャップペナルティを使用して組み込まれた。２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、代替的に、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを使用するＧＣＧソフトウェアパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して決定され得る。
【００４０】
免疫チェックポイント調節因子：本明細書で使用される場合、用語「免疫チェックポイント調節因子」は、免疫チェックポイントと直接的または間接的に相互作用する薬剤を指す。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、例えばＴ細胞活性化の正のシグナルを刺激することによって、免疫エフェクター応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を増加させる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、例えばＴ細胞活性化の負のシグナルを抑制することによって（脱抑制）、免疫エフェクター応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を増加させる。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、Ｔ細胞アネルギーのためのシグナルに干渉する。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、１つ以上の抗原に対する免疫寛容を低減、除去、または予防する。
【００４１】
長期的有用性：一般に、用語「長期的有用性」は、例えば、臨床的に適切な期間の間維持された目的の特定の治療または両方の投与後に観察された、望ましい臨床的アウトカムを指す。一例を挙げると、いくつかの実施形態では、がん療法の長期的有用性は、（１）疾患の無証拠（「ＮＥＤ」、例えば、Ｘ線検査評価に対する）及び／または（２）安定したまたは減少した疾患体積であるか、または（１）疾患の無証拠（「ＮＥＤ」、例えば、Ｘ線検査評価に対する）及び／または（２）安定したまたは減少した疾患体積を含む。いくつかの実施形態では、臨床的に適切な期間は、少なくとも１か月、少なくとも２か月、少なくとも３か月、少なくとも４か月、少なくとも５か月、またはそれ以上である。いくつかの実施形態では、臨床的に適切な期間は、少なくとも６か月である。いくつかの実施形態では、臨床的に適切な期間は、少なくとも１年である。
【００４２】
マーカー：マーカーは、本明細書で使用される場合、その存在またはレベルが特定の腫瘍またはその転移性疾患の特徴である薬剤を指す。例えば、いくつかの実施形態では、この用語は、特定の腫瘍、腫瘍サブクラス、腫瘍のステージなどの特徴である遺伝子発現産物を指す。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、特定のマーカーの存在またはレベルは、例えば、特定のクラスの腫瘍であり得る特定のシグナル伝達経路の活性（または活性レベル）と相関する。マーカーの存在または非存在の統計学的有意性は、特定のマーカーに依存して変化することができる。いくつかの実施形態では、マーカーの検出は、それが腫瘍が特定のサブクラスである高い確率を反映している点で、非常に特異的である。かかる特異性は、感度を犠牲にして生じ得る（すなわち、腫瘍がマーカーを発現することが期待される腫瘍である場合でも、負の結果が起こり得る）。逆に、感度の高いマーカーは、より特異的でなくより低い感度を有するものであり得る。本発明によると、有用なマーカーは、１００％の正確性で特定のサブクラスの腫瘍を区別する必要がない。
【００４３】
調節因子：用語「調節因子」は、目的の活性が観察される系におけるその存在が、調節因子が存在しない際に他の同等の条件下で観察されるものと比較して、その活性のレベル及び／または性質の変化に相関する実体を指すために使用される。いくつかの実施形態では、調節因子は、その活性が、調節因子が存在しない際に他の同等の条件下で観察されるものと比較して増加するという点で、活性化剤である。いくつかの実施形態では、調節因子は、その活性が、調節因子が存在しない際に他の同等の条件と比較して低減するという点で、阻害剤である。いくつかの実施形態では、調節因子は、その活性が目的である標的実体と直接的に相互作用する。いくつかの実施形態では、調節因子は、その活性が目的である標的実体と間接的に（すなわち、標的実体と相互作用する中間薬剤と直接的に）相互作用する。いくつかの実施形態では、調節因子は、目的の標的実体のレベルに影響する。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、調節因子は、標的実体のレベルに影響せずに目的の標的実体の活性に影響する。いくつかの実施形態では、調節因子は、目的の標的実体のレベル及び活性の両方に影響するため、活性の観察された差異は、レベルの観察された差異により全体的に説明されないか、またはレベルの観察された差異と等しくない。
【００４４】
突然変異：本明細書で使用される際、用語「突然変異」は、遺伝子を構成するＤＮＡ配列の永久的変化を指す。いくつかの実施形態では、突然変異は、単一のＤＮＡビルディングブロック（ＤＮＡ塩基）から、染色体の大規模な断片のサイズの範囲に及ぶ。いくつかの実施形態では、突然変異は、ミスセンス変異、フレームシフト変異、重複、挿入、ナンセンス変異、欠失及びリピート伸長を含むことができる。いくつかの実施形態では、ミスセンス変異は、遺伝子によって作製されるタンパク質内１つのアミノ酸の別のものへの置換を生じる１つのＤＮＡ塩基対の変化である。いくつかの実施形態では、ナンセンス変異は、１つのＤＮＡ塩基対の変化でもある。しかし、１つのアミノ酸を別のものに置換する代わりに、改変されたＤＮＡ配列は、タンパク質を組み立てることを停止するために細胞にシグナル伝達する。いくつかの実施形態では、挿入は、ＤＮＡの一片を添加することによって遺伝子におけるＤＮＡ塩基の数を変化させる。いくつかの実施形態では、欠失は、ＤＮＡの一片を除去することによって、遺伝子内のＤＮＡ塩基の数を変化させる。いくつかの実施形態では、小さな欠失は遺伝子内の１つまたは少数の塩基対を除去し得るが、大規模な欠失は遺伝子全体または近接する複数の遺伝子を除去し得る。いくつかの実施形態では、複製は、異常に１回以上コピーされた一片のＤＮＡからなる。いくつかの実施形態では、フレームシフト変異は、ＤＮＡ塩基の添加または消失が遺伝子のリーディングフレームを変更する際に起こる。リーディングフレームは、１つのアミノ酸について各々がコードする３つの塩基の群からなる。いくつかの実施形態では、フレームシフト変異は、これらの塩基のグルーピングをシフトし、アミノ酸のコードを変更する。いくつかの実施形態では、挿入、欠失、及び重複は、全てフレームシフト変異であり得る。いくつかの実施形態では、リピート伸長は、突然変異の別の型である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド反復は、続けていくつもの回数反復される短いＤＮＡ配列である。例えば、トリヌクレオチド反復は３塩基対配列で構成され、テトラヌクレオチド反復は４塩基対配列で構成される。いくつかの実施形態では、リピート伸長は、短いＤＮＡ配列が反復される回数を増加させる突然変異である。
【００４５】
「変異負荷」：用語「変異負荷」は、所与の時点での試料（例えば、腫瘍試料）において検出された突然変異の数を指すために本明細書中で使用される。当業者は、「変異負荷（ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｌｏａｄ）」も「変異負荷（ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｂｕｒｄｅｎ）」と称され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、変異負荷の評価に含まれる腫瘍は、ネオ抗原腫瘍（すなわち、ネオ抗原を引き起こす腫瘍）である。いくつかの実施形態では、変異負荷が評価される試料は、単一の腫瘍からのものである。いくつかの実施形態では、試料は、複数の腫瘍からプールされ、単一の個々の対象からか、または複数の対象からのいずれかである。
【００４６】
ネオエピトープ：「ネオエピトープ」は、特定の事象（例えば、特定の疾患、障害、または状態の発症または進行、例えば感染、がん、がんのステージなど）への曝露または特定の事象への発生の後に対象において発生または発症するエピトープを指すものとして、当業者に理解されている。本明細書で使用される場合、ネオエピトープは、その存在及び／またはレベルが事象への曝露または事象の発生と相関するものである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、（例えば、適切なレベルで）それを発現する細胞に対する免疫応答を誘発するものである。いくつかの実施形態では、ネオペピトープ（ｎｅｏｐｅｐｉｔｏｐｅ）は、（例えば、適切なレベルで）それを発現する細胞を殺滅または他のやり方で破壊する免疫応答を誘発するものである。いくつかの実施形態では、ネオエピトープを誘発する適切な事象は、細胞における体細胞変異であるか、または細胞における体細胞変異を含む。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、免疫応答（例えば、ネオエピトープを発現するがん細胞を標的とするのに十分な免疫応答）を誘発及び／または支持するレベルまで、及び／または様式で、非がん細胞において発現されない。いくつかの実施形態では、ネオエピトープは、ネオ抗原である。
【００４７】
有用性がない：本明細書で使用される場合、語句「有用性がない」は、臨床的有用性（例えば、目的の特定の療法または治療の投与に応答して）検出可能な臨床的有用性の非存在を指すために使用される。いくつかの実施形態では、臨床的有用性の非存在は、特定の疾患、障害、または状態の任意の特定の症状または特徴の統計学的に有意な変化の非存在を指す。いくつかの実施形態では、臨床的有用性の非存在は、例えば約６か月未満、約５か月未満、約４か月未満、約３か月未満、約２か月未満、約１か月未満、またはそれ未満のような短い期間のみ続く、疾患、障害、または状態の１つ以上の症状または特徴の変化を指す。いくつかの実施形態では、有用性がないとは、持続的有用性がないことを指す。
【００４８】
奏功：本明細書で使用される場合、語句「奏功」は、定義された量による、がん性塊のサイズ減少を指す。いくつかの実施形態では、がん性塊は、腫瘍である。いくつかの実施形態では、確定奏功は、治療後少なくとも４週間で確認された応答である。
【００４９】
奏効率：本明細書で使用される場合、用語「奏功率」（「ＯＲＲ」）は、当業者に理解された意味を有し、あらかじめ定義された量及び最小限の期間における腫瘍サイズ減少を有する患者の割合を指す。いくつかの実施形態では、応答の持続は、通常初期応答の時間から記録された腫瘍増悪まで測定される。いくつかの実施形態では、ＯＲＲは、部分的応答及び完全な応答の和に関与する。
【００５０】
患者：本明細書で使用される場合、用語「患者」または「対象」は、提供される組成物が、例えば、実験、診断、予防、化粧、及び／または療法の目的で投与されるまたは投与され得る任意の生物を指す。典型的な患者は動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及び／またはヒト）を含む。いくつかの実施形態では、患者は、ヒトである。いくつかの実施形態では、患者は、１つ以上の障害または状態に罹患しているか、または１つ以上の障害または状態の影響に感受性がある。いくつかの実施形態では、患者は、障害または状態の１つ以上の症状を表示する。いくつかの実施形態では、患者は、１つ以上の障害または状態と診断されている。いくつかの実施形態では、障害または状態は、がんあるいは１つ以上の腫瘍の存在であるか、またはがんあるいは１つ以上の腫瘍の存在を含む。いくつかの実施形態では、障害または状態は、転移性がんである。
【００５１】
ポリペプチド：本明細書で使用される場合、「ポリペプチド」は、一般的に言えば、ペプチド結合によって互いに結合した少なくとも２つのアミノ酸のストリングである。いくつかの実施形態では、ポリペプチドは、各々が少なくとも１つのペプチド結合によって他のものと結合した、少なくとも３〜５のアミノ酸を含むことができる。当業者は、ポリペプチドが、「非天然」アミノ酸またはそれにも関わらずポリペプチド鎖に組み込むことができる他の主体を時々含むことを理解するであろう。
【００５２】
予後と予測情報：本明細書で使用される場合、用語、予後及び予測情報は、治療の非存在下または存在下のいずれかにおいて、疾患または状態の経過の任意の態様を示すために使用され得る任意の情報を指すために互換的に使用される。このような情報は、以下に限定されないが、患者の平均余命、患者が所与の量の時間（例えば、６か月、１年、５年など）の間生存する可能性、患者が疾患から治る可能性、患者の疾患が特定の療法に応答する可能性（応答は種々の方法のうちのいずれかにおいて定義され得る）を含むことができるが、これらに限定されない。予後及び予測情報は、広いカテゴリの診断情報に含まれる。
【００５３】
無増悪生存：本明細書で使用される場合、用語「無増悪生存」（ＰＦＳ）は、当業者に理解された意味を有しており、がんのような疾患の治療中及び後の、患者が疾患と共に生存するが疾患が悪化しない時間の長さに関する。いくつかの実施形態では、無増悪生存を測定することは、新しい治療がどれほどよく効くのかについての評価として利用される。いくつかの実施形態では、ＰＦＳは、無作為化臨床試験で決定される。いくつかのかかる実施形態では、ＰＦＳは、無作為化から腫瘍増悪及び／または死までの時間を指す。
【００５４】
タンパク質：本明細書で使用される場合、用語「タンパク質」は、ポリペプチド（すなわち、ペプチド結合によって互いに連結された少なくとも２つのアミノ酸のストリング）を指す。タンパク質は、アミノ酸以外の部分を含むことができる（例えば、糖たんぱく質、プロテオグリカンなどであり得る）か、及び／または別途加工あるいは修飾され得る。当業者は、「タンパク質」が細胞によって産生される際に完全なポリペプチド鎖であり得るか、またはその特徴的部分であり得ることを理解するであろう。当業者は、タンパク質が、例えば、１つ以上のジスルフィド結合によって連結されるか、または他の手段によって関連付けられる２つ以上のポリペプチド鎖を含み得る場合があることを理解するであろう。ポリペプチドは、Ｌ−アミノ酸、Ｄ−アミノ酸、または両方を含有することができ、かつ当業者に既知の種々のアミノ酸修飾または類似体を含有することができる。有用な修飾は、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化などを含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、合成アミノ酸、及びそれらの組み合わせを含むことができる。用語「ペプチド」は、約１００アミノ酸未満、約５０アミノ酸未満、約２０アミノ酸未満、約１０アミノ酸未満の長さを有するポリペプチドを指すために一般に使用される。
【００５５】
参照：当業者は、本明細書に記載される多くの実施形態では、決定された値または目的の特徴は、適切な参照と比較されることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、参照値または特徴は、同等のコホート、個体、集団、またはサンプルについて決定されたものである。いくつかの実施形態では、参照値または特徴は、目的の特徴または値の検査または決定と実質的に同時に検査され、及び／または決定される。いくつかの実施形態では、参照特徴または値は、任意選択で有形媒体に具現化された歴史的参照であるか、または歴史的参照を含む。典型的には、当業者により理解され得るように、参照値または特徴は、目的の特徴または値を決定または分析するために使用されるものと同等な状況下で決定される。
【００５６】
応答：本明細書で使用される場合、用語「応答」は、治療の結果起こるまたは治療と相関する対象の状態における変化を指すことができる。いくつかの実施形態では、応答は、有用な応答であるか、または有用な応答を含む。いくつかの実施形態では、有用な応答は、状態の安定化（例えば、治療の非存在時に期待されたまたは起こることが典型的に観察された悪化の予防または遅延）、状態の１つ以上の症状の回復（例えば、頻度及び／または強度の低減）、及び／または状態の治癒についての見込みの改善などを含むことができる。いくつかの実施形態では、「応答」は、生物、臓器、組織、細胞、もしくは細胞構成要素の応答またはインビトロ系における応答を指すことができる。いくつかの実施形態では、応答は、臨床的応答であるか、または臨床的応答を含む。いくつかの実施形態では、応答の存在、程度、及び／または性質は、特定の基準に従って測定及び／または特徴付けされ得る。いくつかの実施形態では、かかる基準は、臨床的基準及び／または客観的基準を含むことができる。いくつかの実施形態では、応答を評価するための技術は、臨床試験、陽電子放射断層撮影、胸部Ｘ線ＣＴスキャン、ＭＲＩ、超音波、内視鏡、腹腔鏡、試料における特定のマーカーの存在またはレベル、細胞学、及び／または組織学を含むことができるが、これらに限定されない。目的の応答が療法に対する腫瘍の応答であるか、または療法に対する腫瘍の応答を含む場合、当業者は、例えば、腫瘍負荷、腫瘍サイズ、腫瘍ステージなどを決定するためのものを含む、かかる応答を評価するための種々の確立された技術を知るであろう。例えば、固形腫瘍の治療に対する応答を評価するためのある特定の技術は、Ｔｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ．ａｌ．，“Ｎｅｗ  ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  ｓｏｌｉｄ  ｔｕｍｏｒｓ”，Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｃａｎａｄａ，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，２０００，９２（３）：２０５−２１６において議論されている。当業者は、本開示に照らして、個々の腫瘍、腫瘍の型、患者の集団またはコホートについての特定の応答基準を決定するための、同様にそれゆえ適切な参照を決定するための戦略を知るであろう。
【００５７】
試料：本明細書で使用される場合、用語「試料」は、本明細書に記載のように、目的の供給源から得られたか、または目的の供給源から誘導された生物学的試料を典型的には指す。いくつかの実施形態では、目的の供給源は、動物またはヒトのような生物を含む。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、細胞学的組織もしくは流体であるか、または細胞学的組織もしくは流体を含む。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、骨髄、血液、血液細胞、腹水（ａｓｃｉｔｅ）、組織または細針生検試料、細胞含有体液、浮遊核酸、喀痰、唾液、尿、脳脊髄液、腹水（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ  ｆｌｕｉｄ）、胸水、糞便、リンパ、婦人科体液、皮膚スワブ、膣スワブ、口腔スワブ、鼻腔スワブ、そのような乳管洗浄液または気管支肺胞洗浄液のような洗液もしくは洗浄液、吸引液、擦過物、骨髄標本、組織生検標本、手術標本、糞便、他の体液、分泌物、及び／または排泄物、及び／またはそこからの細胞などであり得るか、またはこれらを含むことができる。いくつかの実施形態では、生物学的試料は、個体から得られた細胞であるか、または個体から得られた細胞を含む。いくつかの実施形態では、得られた細胞は、試料が得られた個体からの細胞であるか、または試料が得られた個体からの細胞を含む。いくつかの実施形態では、試料は、任意の適切な手段によって、目的の供給源から直接得られる「一次サンプル」である。例えば、いくつかの実施形態では、主要な生物学的試料は、生検（例えば、細針吸引または組織生検）、手術、体液（例えば、血液、リンパ、糞便など）の採取などからなる群から選択される方法により得られる。いくつかの実施形態では、文脈から明らかであるように、用語「試料」は、主要試料の加工（例えば、１つ以上の及び／または構成要素を除去すること、及び／または１つ以上の薬剤を添加すること）により得られる調製物を指す。例えば、半透膜を使用するろ過。かかる「加工試料」は、例えば、試料から抽出されたか、もしくはｍＲＮＡの増幅または逆転写、ある特定の構成要素の単離及び／または精製などのような技術に主要試料をさらすことにより得られた核酸またはタンパク質を含むことができる。
【００５８】
特異的：用語「特異的」は、活性を有する薬剤に関して本明細書で使用される際、薬剤が潜在的な標的実体または様相の間で分別することを意味すると当業者に理解される。例えば、いくつかの実施形態では、薬剤は、１つ以上の競合する代替的標的の存在下でその標的に優先的に結合する場合、その標的に「特異的に」結合すると言われる。多くの実施形態では、特定の相互作用は、標的実体の特定の構造的特徴（例えば、エピトープ、間隙、結合部位）の存在に依存する。特異性は絶対である必要がないことを理解されたい。いくつかの実施形態では、特異性は、１つ以上の他の潜在的な標的実体（例えば、競合者）のための結合剤のそれと比較して評価され得る。いくつかの実施形態では、特異性は、参照特異的結合剤のそれと比較して評価される。いくつかの実施形態では、特異性は、参照非特異的結合剤のそれと比較して評価される。いくつかの実施形態では、薬剤または実体は、その標的実体へ結合する条件下で、競合する代替的標的へ直接的に結合しない。いくつかの実施形態では、結合剤は、競合する代替的標的（複数可）と比較した場合、その標的実体により高いオンレート（ｏｎ−ｒａｔｅ）、より低いオフレート（ｏｆｆ−ｒａｔｅ）、増加した親和性、低下した解離、及び／または増加した安定性で結合する。
【００５９】
特異的結合：本明細書で使用される場合、用語「特異的結合」または「に対して特異的」または「に特異的」は、標的実体（例えば、標的タンパク質またはポリペプチド）と結合剤（例えば、提供された抗体）との間の相互作用を指す。当業者により理解されるように、相互作用は、相互作用が代替的相互作用の存在下において都合がよい場合、「特異的」であるとみなされる。多くの実施形態では、相互作用は、結合分子により認識される抗原決定基またはエピトープのような標的分子の特定の構造的特徴の存在に典型的に依存している。例えば、抗体がエピトープＡに特異的である場合、エピトープＡを含有するポリペプチドの存在または有利の標識されたＡ及びそれに対する抗体の両方を含有する反応において、有利の標識されていないＡは、抗体に結合する標識されたＡの量を低減させる。特異性は絶対である必要がないことを理解されたい。例えば、多数の抗体が標的分子において存在するものに加えて他のエピトープと交差反応することは、当該技術分野で周知である。かかる交差反応性は、抗体が使用される用途に依存して許容可能であり得る。特定の実施形態では、受容体チロシンキナーゼに特異的な抗体は、プロテアーゼ阻害剤（例えば、ＡＣＴ）と結合した受容体チロシンキナーゼと１０％未満の交差反応性を有する。当業者は、所与の用途（例えば、標的分子の検出のため、治療目的のためなど）において適切に実行するための十分な度合いの特異性を有する抗体を選択することができるであろう。特異性は、標的分子に対する結合分子の親和性対他の標的（例えば、競合者）に対する結合分子の親和性のような追加的因子の文脈で評価され得る。結合分子が標的分子に対して高い親和性を示す場合、検出することが望まれ、非に対する低い親和性
【００６０】
がんのステージ：本明細書で使用される場合、用語「がんのステージ」は、がんの進行のレベルの定性的または定量的評価を指す。がんのステージを決定するために使用される基準は、腫瘍のサイズ及び転移の程度（例えば、限局または遠隔）を含むが、これらに限定されない。
【００６１】
対象：本明細書で使用される場合、用語「対象」または「患者」は、本発明の実施形態が、例えば、実験、診断、予防、及び／または療法の目的で使用され得るか、または投与され得る任意の生物を指す。典型的な対象は、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒト、昆虫、虫など）を含む。
【００６２】
実質的に：本明細書で使用される場合、用語「実質的に」は、目的の特徴または属性の全または近完全（ｎｅａｒ−ｔｏｔａｌ）程度または度合いを示すという定量的状態を指す。生物学分野の当業者は、生物学的及び化学的現象が完了へ向かう及び／または完成へ進むまたは絶対的結果を達成もしくは避けることが、あるとしてもめったにないことを理解するであろう。したがって、用語「実質的に」は、多くの生物学的及び化学的現象に固有の完成の潜在的な欠如を捕捉するために使用される。
【００６３】
に罹患している：疾患、障害、または状態（例えば、がん）に「罹患している」個体は、疾患、障害、または状態の１つ以上の症状があると診断されたか、及び／または疾患、障害、または状態の１つ以上の症状を示す。いくつかの実施形態では、がんに罹患している個体は、がんを有するが、がんのいずれの症状を表示せず、及び／またはがんと診断されていない。
【００６４】
に感受性がある：疾患、障害または状態（例えば、がん）「に感受性がある」個体は、疾患、障害、または状態を発症する危険性がある。いくつかの実施形態では、疾患、障害、または状態に感受性がある個体は、疾患、障害、及び／または状態のいかなる症状を表示しない。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び／または状態に感受性である個体は、疾患、障害、及び／または状態があると診断されていない。いくつかの実施形態では、疾患、障害、または状態に感受性がある個体は、疾患、障害、または状態の発症に関連した状態を表示する個体である。いくつかの実施形態では、疾患、障害、及び／または状態を発症する危険性は、群集に基づく危険性である。
【００６５】
標的細胞または標的組織：本明細書で使用される場合、用語「標的細胞」または「標的組織」は、本明細書で記載される条件に影響され、処理される任意の細胞、組織、もしくは生物、または本明細書で記載される条件下に関与するタンパク質が発現される任意の細胞、組織、もしくは生物を指す。いくつかの実施形態では、標的細胞、標的組織、または標的生物は、検出可能な免疫チェックポイントシグナル及び／または活性があるこれらの細胞、組織、または生物を含む。いくつかの実施形態では、標的細胞、標的組織、または標的生物は、疾患関連病理学、症状、または特徴を表示する細胞、組織、または生物を含む。
【００６６】
治療レジメン：本明細書で使用される場合、用語「治療レジメン」は、特定の疾患、障害、及び／または状態の１つ以上の症状または特徴を部分的または完全に緩和、回復、軽減、抑制、予防、開始遅延、重症度低減、発生低減するために使用される任意の方法を指す。治療レジメンは、特定の効果、例えば、有害な状態またはがんのような疾患の低減または除去を達成するように設計された治療または一連の治療を含む。治療は、同じまたは異なる量の時間、同時に、連続して、または異なる回数でのいずれかでの１つ以上の化合物の投与を含むことができる。代替的にまたは追加的に、治療は、放射線への曝露、化学療法薬剤、ホルモン療法、または手術を含むことができる。加えて、「治療レジメン」は、遺伝子療法、遺伝子アブレーション、または特定の遺伝子または遺伝子由来ｍＲＮＡの翻訳を低減させることが知られている他の方法のような遺伝学的方法を含むことができる。
【００６７】
治療薬剤：本明細書で使用される場合、語句「治療薬剤」は、対象に投与された際に、治療効果を有し、所望の生物学的及び／または薬理学的効果を誘発する任意の薬剤を指す。
【００６８】
治療有効量：本明細書で使用される場合、用語「治療有効量」は、任意の医学処置に適用可能な合理的なベネフィット／リスク比で治療された対象に治療効果を付与する薬剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）の量を指す。治療効果は、客観的（すなわち、いくつかの検査またはマーカーによって測定可能）であっても、主観的（すなわち、対象が効果の指標となるか、または効果を感じる）あってもよい。特に、「治療有効量」は、所望の疾患もしくは状態を治療、回復、または予防すること、または疾患に関連した症状を回復させる、疾患の開始を予防または遅延させる、及び／または疾患の症状の重症度もしくは頻度を減らすような治療的もしくは予防的効果を示すことに有効な治療薬剤または組成物を指す。治療有効量は、一般的に、複数回単位用量を含み得る投薬レジメンにおいて投与される。任意の特定の治療薬剤について、治療有効量（及び／または有効な投薬レジメン内の適切な単位用量）は、例えば、投与経路、他の薬学的薬剤との組み合わせに依存して、変化することができる。また、任意の特定の患者についての特定の治療有効量（及び／または単位用量）は、治療されている障害及び障害の重症度、採用された特定の薬学的薬剤の活性、採用された特定の組成物、対象の年齢、体重、一般的な健康、性別、食事、投与の時間、投与の経路、及び／または排出の頻度または特定の採用された融合タンパク質の代謝、治療の継続、及び医学的分野の当業者に周知の因子などを含む、種々の因子に依存し得る。
【００６９】
治療：本明細書で使用される場合、用語「治療」（また、「治療する」または「治療」）は、特定の疾患、障害、及び／または状態（例えば、がん）の１つ以上の症状、特徴、及び／または原因を部分的または完全に緩和、回復、軽減、抑制、開始遅延、重症度低減、発生低減する物質（例えば、提供された組成物）の任意の投与を指す。かかる治療は、関連する疾患、障害、及び／または状態の徴候を示さない対象に関するか、及び／または疾患、障害、及び／または状態の初期徴候のみを示す対象に関するものであり得る。代替的にまたは付加的に、かかる治療は、関連する疾患、障害、及び／または状態の１つ以上の確立された徴候を示す対象に関するものであり得る。いくつかの実施形態では、治療は、関連する疾患、障害、及び／または状態に罹患していると診断された対象であり得る。いくつかの実施形態では、治療は、関連する疾患、障害、及び／または状態の発症の増加したリスクと統計学的に相関する１つ以上の感受性因子を有することが知られている対象であり得る。
【００７０】
野生型：本明細書で使用される場合、用語「野生型」は、「普通の」（突然変異体、病気の、改変されたなどに対する）様相または文脈において自然界で見られる構造及び／または活性を有する実体を指す、当業者に理解された意味を有する。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが多くの場合複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することを理解するであろう。
［発明を実施するための形態］
【００７１】
がん
いくつかの実施形態では、本発明はがんの治療に関する。いくつかの実施形態では、本開示に従って治療され得るある特定の例示的ながんは、例えば、副腎皮質癌、星細胞腫、基底細胞癌、カルチノイド、心臓の、胆管細胞癌、脊索腫、慢性骨髄増殖性腫瘍、頭蓋咽頭癌、非浸潤性乳管癌、上衣腫、眼球内黒色腫、消化管カルチノイド、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、妊娠性絨毛性疾患、神経膠腫、組織球症、白血病（例えば、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、有毛細胞白血病、骨髄性白血病、及び骨髄性白血病）、リンパ腫（例えば、バーキットリンパ腫（非ホジキンリンパ腫）、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、菌状息肉症、セザリー症候群、エイズ関連リンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫）、黒色腫、メルケル細胞癌腫、中皮腫、骨髄腫（例、多発性骨髄腫）、骨髄異形成症候群、乳頭腫症、傍神経節腫、褐色細胞腫、胸膜肺芽腫、網膜芽細胞腫、肉腫（例えば、ユーイング肉腫、カポジ肉腫、骨肉腫、横紋筋肉腫、子宮肉腫、脈管肉腫）、ウィルムス腫瘍、及び／または副腎皮質、肛門、虫垂、胆管、膀胱、骨、脳、乳房、気管支、中枢神経系、子宮頸部、結腸、子宮内膜、食道、目、卵管、胆嚢、消化管、生殖細胞、頭頸部、心臓、腸、腎臓（例えば、ウィルムス腫瘍）、喉頭、肝臓、肺（例えば、非小細胞肺癌、小細胞肺癌）、口、鼻腔、口腔、卵巣、膵臓、直腸、皮膚、胃、精巣、喉、甲状腺、陰茎、咽頭、腹膜、下垂体、前立腺、直腸、唾液腺、尿管、尿道、子宮、膣、または外陰のがんを含む。
【００７２】
いくつかの実施形態では、がんは、１つ以上の腫瘍に関与することができる。いくつかの実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍を含む。いくつかの実施形態では、固形腫瘍は、膀胱、乳房、中枢神経系、子宮頸部、結腸、食道、子宮内膜、頭頸部、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、皮膚、胃、子宮、または上気道の腫瘍を含むが、これらに限定されない。
【００７３】
いくつかの実施形態では、がんは、膀胱癌、骨癌、乳癌、原発不明のがん、食道胃癌、消化器癌、神経膠腫、頭頸部癌、肝胆道癌、黒色腫、中皮腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、膵臓癌、前立腺癌、腎細胞癌、皮膚癌（非黒色腫）、小細胞肺癌、軟部組織肉腫、甲状腺癌、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００７４】
いくつかの実施形態では、がんは、膀胱癌、乳癌、食道胃癌、神経膠腫、頭頸部癌、黒色腫、非小細胞肺癌、腎細胞癌、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００７５】
いくつかの実施形態では、本開示に従って治療され得るがんは、本明細書に記載の免疫療法に曝露されたものである。
【００７６】
いくつかの実施形態では、本開示に従って治療され得るがんは、いくつかの実施形態では１つ以上の免疫チェックポイント阻害剤調節因子を伴う療法であるか、または１つ以上の免疫チェックポイント阻害剤調節因子を伴う療法を含むことができる免疫療法に曝露されたものである。
【００７７】
いくつかの実施形態では、本開示に従って治療され得るがんは、本明細書に記載の高腫瘍変異負荷（すなわち、適切な閾値を超える腫瘍変異負荷）によって特徴付けられるものである。代替的にまたは付加的に、本開示に従って治療され得るがんは、ネオ抗原によって特徴付けられるものである。
【００７８】
いくつかの実施形態では、本開示に従って処置され得るがんは、免疫チェックポイント調節因子及び高腫瘍変異負荷の両方を含む免疫療法への曝露により特徴付けられる。いくつかのかかる実施形態では、がんは、免疫療法へのその曝露の前に存在していたより高い腫瘍変異負荷を示す。
免疫療法
【００７９】
いくつかの実施形態では、本開示は、対象への免疫療法の投与に関する。いくつかの実施形態では、免疫療法は、免疫チェックポイント調節療法であるか、または免疫チェックポイント調節療法を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、１つ以上の免疫調節剤の投与に関与する。いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、免疫チェックポイント調節因子であるか、または免疫調節因子を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、免疫チェックポイント標的を標的とする（すなわち、特異的に相互作用する）薬剤（例えば、抗体薬剤）である。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント標的は、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＯＸ４０、ＬＡＧ−３、ＫＩＲ、ＴＩＭ−３、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びＣＤ１３７のうちの１つ以上であるか、またはＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＯＸ４０、ＬＡＧ−３、ＫＩＲ、ＴＩＭ−３、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びＣＤ１３７のうちの１つ以上を含む。いくつかの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子療法は、１つ以上のかかるチェックポイント標的を標的とする抗体薬剤の投与であるか、または１つ以上のかかるチェックポイント標的を標的とする抗体薬剤の投与を含む。
【００８０】
いくつかの実施形態では、免疫チェックポイントは、自己寛容を維持し、生理学的免疫応答の継続及び振幅を調節する責任がある免疫系の抑制性経路を指す。ある特定のがん細胞は、特に腫瘍抗原に特異的なＴ細胞に関して、免疫耐性の主要機構としての免疫チェックポイント経路を利用することによって繁栄する。例えば、ある特定のがん細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞応答を抑制する責任がある１つ以上の免疫チェックポイントタンパク質を過剰発現することができる。したがって、とりわけ、免疫チェックポイント調節因子は、抑制性シグナルを克服し、がん細胞に対する免疫攻撃を許可及び／または増大させるために投与され得る。免疫チェックポイント調節因子は、負の免疫応答制御因子（例えば、ＣＴＬＡ−４）によるシグナル伝達を減少、抑制、もしくは抑止することによって、がん細胞に対する免疫細胞応答を促進することができるか、または免疫応答の正の制御因子（例えば、ＣＤ２８）のシグナル伝達を刺激もしくは増強することができる。
【００８１】
Ｔ細胞の活性化及び阻害ならびに免疫恒常性の分子機構の理解の進歩は、がんに対する免疫学的標的化療法の合理的開発を可能にした。これらのうち最もよく知られているものは、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１経路を抑制する、免疫チェックポイント調節因子モノクローナル抗体であり、通常の生理学的条件下でＴ細胞を完全かつ持続的な活性化及び増殖から抑える抑制チェックポイントを表している。ＣＴＬＡ−４及び／またはＰＤ−１経路の阻害剤は、悪性腫瘍の拡大スペクトルを有する患者のための持続的軽減を生じることができる。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与であるか、またはＣＴＬＡ−４阻害療法のうちの１つ以上の投与を含む。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＣＴＬＡ−４を標的とするイピルミマブ（ｉｐｉｌｕｍｉｍａｂ）及びトレメリムマブ、ＰＤ−１を標的とするペムブロリズマブ、ニボルマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、及びアテゾリズマブ、またはそれらの組み合わせのいずれかを含むことができる。
【００８２】
本開示の教示は、とりわけ、免疫チェックポイント調節因子に対する、特に免疫チェックポイント調節因子を標的とする治療モダリティまたはレジメンに対する応答性を予測する。本開示は、とりわけ、腫瘍変異負荷閾値が免疫チェックポイント調節因子に対する応答性と相関することを示す。いくつかの実施形態では、本開示は、腫瘍変異負荷閾値が免疫療法に対して（例えば、ＰＤ−１阻害剤に対して及び／またはＣＴＬＡ−４に対して）応答性のあるこれらのがんに対する免疫チェックポイント制御因子からの臨床的有効性の増加した確率と相関することを示す。いくつかの実施形態では、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法）は、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ−４）の阻害剤として作用する薬剤の投与に関与する。ある特定の実施形態では、免疫療法は、ＣＴＬＡ−４に関与する相互作用に干渉する薬剤での（例えば、ＣＤ８０またはＣＤ８６での）治療に関与する。いくつかの実施形態では、免疫療法は、トレメリムマブ及び／またはイピリムマブのうちの１つ以上の投与に関与する。いくつかの実施形態では、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法）は、プログラム細胞死１（ＰＤ−１）の阻害剤として作用する薬剤（例えば、抗体薬剤）の投与に関与する。ある特定の実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１に関与する相互作用に干渉する薬剤での（例えば、ＰＤ−Ｌ１での）で治療に関与する。いくつかの実施形態では、免疫療法は、ＰＤ−１とまたはＰＤ−Ｌ１と特異的に相互作用する薬剤（例えば、抗体薬剤）の投与に関与する。いくつかの実施形態では、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法）は、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、及び／またはデュルバルマブのうちの１つ以上の投与に関与する。
ＣＴＬＡ−４
【００８３】
ＣＴＬＡ−４は、活性化したＴ細胞によって発現され、Ｔ細胞に抑制性シグナルを伝達する免疫グロブリンスーパーファミリーのメンバーである。ＣＴＬＡ−４はＴ細胞共刺激タンパク質であるＣＤ２８と構造的に類似しており、両方の分子は抗原提示細胞上のＣＤ８０及びＣＤ８６と結合する。１８ＣＴＬＡ−４はＣＤ２８よりも大きな親和性でＣＤ８０及びＣＤ８６に結合し、したがってＣＴＬＡ−４はそのリガンドについてＣＤ２８を打ち負かす。１８ＣＴＬＡ−４はＴ細胞に抑制性シグナルを伝達する一方、ＣＤ２８は刺激シグナルを伝達する。Ｔ細胞受容体及びＣＤ２８を通じたＴ細胞活性化は、ＣＴＬＡ−４の増加した発現を引き起こす。
【００８４】
ＣＴＬＡ−４がＴ細胞で作用するメカニズムは、幾分理解しづらいままである。生化学的証拠は、ＣＴＬＡ−４がホスファターゼをＴ細胞受容体に動員し、シグナルを減衰させることを示唆する。また、ＣＴＬＡ−４が、抗原提示細胞の膜からＣＤ８０及びＣＤ８６を捕捉及び除去することによりインビボで機能し、したがってこれらの抗原をＣＤ２８を誘発することに利用できないようにすることが示唆された。
【００８５】
ＣＴＬＡ−４タンパク質は、細胞外Ｖドメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞質尾部を含有する。ＣＴＬＡ−４は、それが固有の触媒活性を持たず、かつＰＩ３Ｋ、ＰＰ２Ａ、及びＳＨＰ−２を結合することができる１つのＹＶＫＭモチーフを、ＳＨ３含有タンパク質を結合することができる１つのプロリンに富んだモチーフと同様に含有するという点で、ＣＤ２８のものと同様の細胞内ドメインを有する。ＣＴＬＡ−４のＴ細胞応答を抑制する１つの役割は、ＣＤ３及びＬＡＴのようなＴ細胞受容体近位シグナル伝達タンパク質のＳＨＰ−２及びＰＰ２Ａ脱リン酸に直接関与するように思われる。ＣＴＬＡ−４は、ＣＤ８０及び／またはＣＤ８６についてのＣＤ２８との競合を介して間接的にシグナル伝達に影響することもできる。
【００８６】
Ｔ細胞活性化の調節が有効な抗がん療法を生じることができるという第１の臨床的証拠は、ＣＴＬＡ−４阻害剤抗体イピリムマブの開発から由来した。１８いくつかの実施形態では、イピリムマブは、ＣＴＬＡ−４に対する特異性を有するヒトＩｇＧ１抗体である。いくつかの実施形態では、別のＣＴＬＡ−４阻害療法、トレメリムマブは、ヒトＩｇＧ２抗体である。
ＰＤ−１
【００８７】
ＰＤ−１は、Ｔ細胞、Ｂ細胞、及びある特定の骨髄細胞上で発現される。しかし、その役割は、Ｔ細胞において最も特徴付けられる。Ｔ細胞上のＰＤ−１発現は、抗原刺激によって誘導される。初期Ｔ細胞活性化を限定するＣＴＬＡ−４と異なり、ＰＤ−１は、Ｔ細胞がＰＤ−１リガンドに遭遇する抹消部においてＴ細胞に対するその抑制性効果を主に発揮する。ＰＤ−１の２つのリガンドは、これまでに特定されており、腫瘍細胞、単球由来骨髄樹状細胞、Ｔ細胞、及びＢ細胞を含む、大きな範囲の細胞の型によって発現されるＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２である。１８がんにおいて、腫瘍細胞及び骨髄細胞は、ＰＤ−１ライゲーションを通じたＴ細胞抑制を介在する主要な細胞の型であると考えられているＰＤ−１下流シグナル伝達に対するＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の効果が所与のリガンドを発現する細胞の型に依存するかどうかは、未だに不明である。そのうえ、ＰＤ−Ｌ１対ＰＤ−Ｌ２誘導効果の間に差異が存在しており、いまだ完全に明かされていないままである。
【００８８】
ＰＤ−１介在性Ｔ細胞抑制のいくつかの機構が提案されている。１８１つの機構は、ＰＤ−１ライゲーションがＴ細胞受容体会合時のみＴ細胞活性化を抑制することを示唆する。ＰＤ−１は、細胞内の「免疫受容体チロシンベース阻害モチーフ」または（ＩＴＩＭ）及び免疫受容体チロシンベーススイッチモチーフを有する。ＰＤ−１ライゲーションが、「ｓｒｃ相同性２ドメイン含有チロシンホスファターゼ」と呼ばれるホスファターゼまたはＳＨＰ−１及びＳＨＰ−２の免疫受容体チロシンベーススイッチモチーフへの動員を引き起こすことが示されている。そのうえ、ＰＤ−１ライゲーションは、Ｔ細胞増殖、サイトカイン分泌、及び代謝に重要なホスファチジルイノシトール−４，５−ビスリン酸３−キナーゼ及びＲａｓのようなシグナル伝達分子に干渉することが示されている。ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）特異的Ｔ細胞の分析は、Ｔ細胞機能を抑制するＰＤ−１依存性塩基ロイシンジッパー転写因子上方制御も示した。ＰＤ−１のライゲーションは、Ｔ細胞における代謝変化を誘導することが示されている。解糖から脂肪分解までのＴ細胞の代謝リプログラミングは、Ｔ細胞エフェクター機能のＰＤ−１介在性減損の結果である。さらに、ミトコンドリア呼吸及び解糖におけるＰＤ−１誘導性欠損は、ラパマイシン阻害の哺乳動物標的により逆転され得る減損されたＴ細胞エフェクター機能を引き起こす。ＰＤ−１介在性Ｔ細胞抑制の特定された機構のほとんどがインビトロまたはエクスビボ実験に基づいているため、これらの同じ機構がインビボのＴ細胞疲弊に責任があることは、示されていないままである。
【００８９】
ＰＤ−１は、２８８のアミノ酸のＩ型膜タンパク質であり、Ｔ細胞制御因子の拡張されたＣＤ２８／ＣＴＬＡ−４ファミリーのメンバーである。１９ＰＤ−１タンパク質構造は、膜貫通領域及び細胞内尾部の前に細胞外ＩｇＶドメインを含み、免疫受容体チロシンベース抑制性モチーフ（ＩＴＩＭ）及び免疫受容体チロシンベーススイッチモチーフに位置する２つのリン酸化部位を含有し、ＰＤ−１がＴ細胞受容体シグナルを負に制御することを示唆している。これは、ＳＨＰ−１及びＳＨＰ−２ホスファターゼのリガンド結合上のＰＤ−１細胞質尾部への結合と一致する。加えて、ＰＤ−１ライゲーションは、Ｔ細胞受容体下方調節を誘発するＥ３ユビキチンリガーゼＣＢＬ−ｂ及びｃ−ＣＢＬを上方制御する。ＰＤ−１は、活性化したＴ細胞、Ｂ細胞、及びマクロファージ上で発現され、ＣＴＬＡ−４と比較してＰＤ−１がより幅広く負に免疫応答を制御することを示唆している。
【００９０】
組み合わせたＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１
ＣＴＬＡ−４またはＰＤ−１遮断抗体での単独療法がある特定のがんを有する複数の患者の生存を有意に延長したものの、複数の患者が療法に応答しない場合が存在する。以前の研究は、イピリムマブ（ＣＴＬＡ−４阻害剤）及びニボルマブ（ＰＤ−１阻害剤）での組み合わせ治療がいずれか単独の治療よりも良い応答を誘導したことを示した。１８、２０いくつかの実施形態では、免疫療法は、本開示に従って、ＰＤ−１阻害療法及びＣＴＬＡ−４阻害療法の両方を含む。ある特定の実施形態では、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法）は、ＣＴＬＡ−４及び／またはＰＤ−１に関与する相互作用に干渉する薬剤（例えば、抗体薬剤）での治療に関与する。いくつかの実施形態では、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法）は、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のうちの１つ以上と特異的に相互作用する薬剤（例えば、抗体薬剤）の投与に関与する。いくつかの実施形態では、かかる療法は、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、及び／またはトレメリムマブのうちの１つ以上の投与に関与する。
【００９１】
腫瘍変異負荷
とりわけ、本開示は、腫瘍変異負荷がある特定のがんに対する免疫療法治療の臨床的有効性を予測できることを示す。本開示は、とりわけ、ある特定の場合、より高い腫瘍変異負荷を有する個体が、有意により低い腫瘍変異負荷を有する個体よりも免疫療法に正に応答しそうであることを確立する。本開示は、とりわけ、ある特定の場合、より高い腫瘍変異負荷を有し既に免疫療法を受けた個体が、有意により低い腫瘍変異負荷を有する個体よりも免疫療法に正に応答しそうであることを確立する。
【００９２】
いくつかの実施形態では、腫瘍変異負荷は、腫瘍ゲノムの領域内のいくつかの体細胞変異を含む。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、非生殖系列細胞におけるＤＮＡ改変を含み、かつ一般的にがん細胞で起こる。いくつかの実施形態では、体細胞変異は、ネオ抗原またはネオエピトープを生じる。がん細胞におけるある特定の体細胞変異が、いくつかの実施形態では一続きのアミノ酸を「自己」から「非自己」のように認識されることから移行させるネオエピトープの発現を生じることが発見されている。「非自己」抗原を保有するがん細胞は、典型的にはがん細胞に対する免疫応答をより誘発しそうである。本明細書に記載のがん試料における複数の突然変異の特定は、どのがん患者が免疫療法（例えば、継続した及び／または延長した免疫療法）に対して好ましく応答しそうであるかを決定するために有用であり得る。いくつかの実施形態では、かかる特定は、どのがん患者が特に免疫チェックポイント調節因子、及び／または他のＰＤ−１及び／またはＣＴＬＡ−４阻害剤での治療に対して応答しそうであるかを決定するために有用であり得る。
【００９３】
本開示は、とりわけ、ある特定のがんについて多数の体細胞変異または高腫瘍変異負荷を有する患者がより低い腫瘍変異負荷を有する患者よりも免疫チェックポイント調節因子の恩恵を受けそうであることを示す。いくつかの実施形態では、高腫瘍変異負荷を有する患者は、有意により低い腫瘍変異負荷を有するこれらの患者よりもＰＤ−１（プログラム細胞死１）阻害剤に対してより良く応答する。いくつかの実施形態では、高腫瘍変異負荷を有する個体は、低腫瘍変異負荷を有するこれらの個体よりも抗ＰＤ−１抗体での治療に対してより良く応答する。いくつかの実施形態では、高腫瘍変異負荷を有する個体は、低腫瘍変異負荷を有するこれらの個体よりもＣＴＬＡ−４阻害剤での治療に対してより良く応答する。いくつかの実施形態では、高腫瘍変異負荷を有する個体は、低腫瘍変異負荷を有するこれらの個体よりも抗ＣＴＬＡ−４抗体での治療に対してより良く応答する。
【００９４】
腫瘍変異負荷閾値
本開示は、とりわけ、意味のある制限ががん細胞の変異解析に課されることができ、そのうえ、かかる制限の使用が意外にも治療（例えば、継続した及び／または延長したまたは修正された免疫療法）に対する応答性を効果的に予測する腫瘍変異負荷閾値を定義及び／または提供するという洞察を包含する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の腫瘍変異負荷閾値は、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法、例えば、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ−４阻害剤）に対する応答に相関し、及び／または免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子療法、例えば、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ−４阻害剤）に対する応答を予測する。
【００９５】
そのうえ、とりわけ、本開示は、がん免疫療法（及び／または特定の免疫調節剤及び／またはレジメン）に対する応答の可能性を予測する腫瘍変異負荷閾値が以前の免疫療法を既に受けた腫瘍について定義され得るという発見を包含する。いくつかの実施形態では、所与の腫瘍における変異の数は、免疫療法に対する正の応答の予測と相関し、及び／または免疫療法に対する正の応答の予測である。そのうえ、本開示は、閾値に対する腫瘍変異負荷レベルは、検出され、多種多様ながんの腫瘍応答性を予測するために効果的に利用され得る。
【００９６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるように、本開示は、免疫療法（例えば、継続した及び／または延長したまたは修正された）、及び特に免疫チェックポイント調節因子療法に対する応答性を予測する腫瘍変異負荷閾値を定義するための技術を提供する。いくつかの実施形態では、治療応答性を予測するかかる閾値の有効な使用を説明及び／または確立する。
【００９７】
本開示は、特定の腫瘍の変異ランドスケープ及び／または腫瘍変異負荷閾値が免疫療法（例えば、ＰＤ−１阻害剤またはＣＴＬＡ−４阻害剤）からの臨床的有用性の可能性を予測できることを示す。本開示は、腫瘍変異負荷閾値が免疫チェックポイント調節因子での免疫療法への正の応答の可能性を予測できることも教示する。さらに、存在する体細胞変異の性質は、免疫チェックポイント調節因子での免疫療法に対する応答を予測することができる。
【００９８】
いくつかの実施形態では、閾値に対する腫瘍変異負荷レベルは、標的化遺伝子パネル技術（例えば、次世代シークエンシングで評価される）を使用して決定及び／または検出されることができ、全エキソームシークエンシングを必ずしも必要としない。
【００９９】
したがって、とりわけ、本開示は、これらのがんについての適切な閾値が、例えば以下であることを確立する。
【表Ａ】
2020535230.tif 000003
【０１００】
腫瘍変異負荷及び／またはネオエピトープの検出
がんは、種々の既知の技術のうちのいずれかを使用する本明細書に記載の突然変異及び／またはネオエピトープ（例えば、腫瘍変異負荷及び／またはネオエピトープ負荷及び／またはネオ抗原同一性、及び／またはネオエピトープの性質、レベル、及び／または頻度）を検出するために選別され得る。いくつかの実施形態では、特定の突然変異またはネオエピトープ、またはそれらの発現は、核酸レベルで（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡにおいて）検出される。当業者は、突然変異またはネオエピトープ、またはそれらの発現が、がん細胞からのＤＮＡまたはＲＮＡを含む試料において検出され得ることを認識するであろう。さらに、当業者は、がん細胞からのＤＮＡまたはＲＮＡを含む試料が、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）、細胞遊離ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）、細胞、組織、または臓器を含むがこれらに限定されないことを理解するであろう。いくつかの実施形態では、突然変異またはネオエピトープ、またはそれらの発現は、タンパク質レベルで検出される（例えば、がん細胞からのポリペプチドを含む試料におけるものであり、試料は、細胞、組織、または臓器を含むがこれらに限定されないポリペプチド複合体または他の高次構造体である）。
【０１０１】
いくつかの特定の実施形態では、検出は、核酸シークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、全エキソームシークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、イムノアッセイに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、マイクロアッセイに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、大規模並列エキソームシークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、ゲノムシークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、ＲＮＡシークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、標準ＤＮＡまたはＲＮＡシークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、質量分析法に関与する。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、検出は、次世代シークエンシング（ＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）に関与する。いくつかの実施形態では、検出は、ゲノムシークエンシング、ゲノムリシークエンシング、標的化シークエンシングパネル、トランスクリプトームプロファイリング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）、ＤＮＡ−タンパク質相互作用（ＣｈＩＰシークエンシング）、及び／またはエピゲノム特徴付けに関与する。いくつかの実施形態では、患者のゲノムのリシークエンシングは、例えば、ゲノム変動を検出するために利用され得る。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、検出は、ＥＬＩＳＡ、ウエスタントランスファ、イムノアッセイ、質量分析法、マイクロアレイ分析などのような技術を使用することに関与する。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、検出は、次世代シークエンシング（ＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）に関与する。いくつかの実施形態では、検出は、標的化遺伝子パネル（例えば、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴまたはＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ（登録商標））の次世代シークエンシングに関与する。いくつかの実施形態では、検出はゲノムプロファイリングに関与する。いくつかの実施形態では、検出は、統合化アクション可能ながん標的の変異プロファイリング（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）を使用するゲノムプロファイリングに関与する。８、１７ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴは、ハイブリダイゼーション捕捉及び複数のがん遺伝子及び腫瘍抑制因子遺伝子の全てのエクソン及び選択されたイントロンのディープシークエンシングに関与し、点変異、小規模及び大規模な挿入または欠失、及び再構成を可能にする包括的分子プロファイリングアッセイである。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴは、遺伝子間及びイントロンの単一ヌクレオチド多型も捕捉し、ゲノムにわたる間の空間を占め、ゲノム全体にわたるコピー数の正確な評価の助けともなる。いくつかの実施形態では、プローブは、メガベースを標的とすることができる。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、検出は、少なくとも１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００またはそれ以上の遺伝子（例えば、がん遺伝子及び／または腫瘍抑制遺伝子）からのエクソン及び／またはイントロン配列のシークエンシングに関与することができる。例えば、文献報告は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴが、４６８のがん遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子の全てのエクソン及び選択されたイントロンのディープシークエンシングを達成するために使用されたことを示した。
【０１０６】
代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、検出は、遺伝子間及び／またはイントロンの単一ヌクレオチド多型のシークエンシングに関与することができる。例えば、文献報告は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴが１０００超の遺伝子間及びイントロンの単一ヌクレオチド多型のディープシークエンシングを達成するために使用されたことを示す。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、以前の免疫療法を受けた対象に免疫療法を投与することは、免疫療法に応答する統計学的に有意な確率と相関した閾値長の腫瘍変異負荷を表示する。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、対象に免疫療法を投与することは、対象における閾値に対する腫瘍変異負荷レベルを測定するさらなるステップを含み、測定するステップは、投与前、投与中、投与後、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される時点に実行される。
【０１０９】
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術及び科学用語は、本発明が属する当業者により一般的に理解される同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと同様または同等の方法及び材料が本発明の実践または検査で使用され得るが、好適な方法及び材料が本明細書に記載される。
ヒト白血球抗原
【０１１０】
本開示の以前に、どのように宿主遺伝学ががん免疫療法の応答に影響するかの理解ほとんどなかった。細菌またはウイルス感染、炎症状態、及び自己免疫疾患中の免疫応答を調節することに繰り返し関連した１つの因子は、ＨＬＡクラスＩ遺伝子型（２１〜２９）である。ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）複合体は、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）タンパク質をコードする遺伝子複合体である。ヒトにおける主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩコード領域は、免疫応答の中心である。各ＨＬＡクラスＩ分子結合特異的ペプチドは、加工されＴＡＰタンパク質により小胞体中へ輸送された細胞内タンパク質に由来し、それらは細胞表面上での提示のためにＭＨＣクラスＩ分子に結合する（３０）。
【０１１１】
ＭＨＣ分子は非常に多型であり、千超の対立遺伝子バリアントは既にクラスＩＡ及びＢ座位で説明されている。多型のほとんどはペプチド結合領域に位置しており、結果として各バリアントはペプチドリガンドの独特なレパートリーを結合すると信じられている。この多型にも関わらず、ＨＬＡクラスＩ分子は、スーパータイプとして称され（スーパーファミリーとしても知られる）、重複するペプチド結合特異性を大いに共有する分子のセットを表す群にクラスター化され得る。例示的なスーパータイプは、Ａ０２、Ａ２４、Ａ０３、Ｂ０７、Ｂ２７、Ｂ４４を含むがこれらに限定されず、各スーパータイプは、対応するスーパータイプ内の分子により認識されるタイプは、Ａ０２、Ａ２４、Ａ０３、Ｂ０７、Ｂ２７、Ｂ４４を含むがこれらに限定されず、各スーパータイプは、対応するスーパータイプ内の分子により認識される広い主要アンカーモチーフ（ｂｒｏａｄ  ｍａｉｎ  ａｎｃｈｏｒ  ｍｏｔｉｆ）を反映するスーパーモチーフにより説明され得る。例えば、Ａ０２スーパータイプの分子は、位置２において及びＣ末端で脂肪族疎水性残基とペプチドに対する特異性を共有するが、Ａ０３スーパータイプ分子は、位置２における小さいまたは脂肪族残基及びＣ末端での塩基性残基でペプチドを認識する。
【０１１２】
典型的には、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩの場合、主要結合エネルギーは、それぞれ位置２及びペプチドのＣ末端における残基の、ＭＨＣ分子のＢ及びＦ結合ポケットとの相互作用により提供されるが、リガンド全体の側鎖は、結合能力への正または負の影響を有することができる。病原体または腫瘍由来エピトープが細胞表面上に提示されると、ＣＤ８＋Ｔ細胞は、その後に免疫応答を誘発しこれらの同じエピトープを負う細胞を除去するためにそれらを認識できるようになるはずである（３１、３２）。いくつかの腫瘍細胞は、ＨＬＡ座位における異型接合性の消失（ＬＯＨ）を生じる遺伝子改変により表面上にエピトープを提示するための低減した能力を有する。ＬＯＨは、遺伝子全体及び周囲の染色体領域の消失を生じる総染色体事象（ｇｒｏｓｓ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ  ｅｖｅｎｔ）である。免疫チェックポイント治療の抗腫瘍活性は、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＭＨＣクラスＩ依存性免疫活性に依存することが示されている（３３〜３５）。
【０１１３】
とりわけ、本開示は、ＨＬＡクラスＩ遺伝子型が、ある特定のがんについての免疫療法治療の臨床的有効性に影響を与えることができることを示す。本開示は、とりわけ、１つ以上のＨＬＡクラスＩ座位（例えば、Ａ、Ｂ、またはＣ）での異型接合性が、免疫療法治療の臨床的有効性に影響を与えることができることを確立する。いくつかの実施形態では、３つ全てのＨＬＡクラスＩ座位での異型接合性（すなわち、最大の異型接合性）は、免疫療法治療の臨床的有効性に影響を与えることができる。
【０１１４】
本開示は、とりわけ、ある特定の場合、１つ以上のＨＬＡクラスＩ座位（例えば、Ａ、Ｂ、またはＣ）で異型接合性を有する個体が、より免疫療法に正に応答しそうであることを確立する。いくつかの実施形態では、３つ全てのＨＬＡクラスＩ座位での異型接合性（すなわち、最大の異型接合性）を有する個体は、より免疫療法に正に応答しそうである。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、本開示は、特定のＨＬＡクラスＩスーパーファミリー対立遺伝子を有する個体が、より免疫療法に正に応答しそうであることを確立する。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩＢ４４対立遺伝子を有する個体は、より免疫療法に正に応答しそうである。いくつかの実施形態では、ＨＬＡクラスＩＢ６２対立遺伝子を有する個体は、より免疫療法に正に応答しそうである。
【０１１６】
さらに、本開示は、とりわけ、ある特定の場合、１つ以上のＨＬＡクラスＩ座位（例えば、Ａ、Ｂ、またはＣ）での異型接合性及び本明細書に記載のより高い腫瘍変異負荷を有する個体が、有意により低い腫瘍変異負荷及び／またはＨＬＡクラスＩ座位での全く存在しないもしくはより少ない異型接合性を有する個体よりも免疫療法に正に応答しそうであることを確立する。いくつかの実施形態では、３つ全てのＨＬＡクラスＩ座位での異型接合性及び本明細書に記載のより高い腫瘍変異負荷を有する個体は、有意により低い腫瘍変異負荷及び／またはＨＬＡクラスＩ座位での全く存在しないもしくはより少ない異型接合性を有する個体よりも免疫療法に正に応答しそうである。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、対象のＨＬＡクラスＩ遺伝子型は、決定されたシークエンシングであり得る。シークエンシングは、当該分野で既知の方法によって実行され得る。いくつかの実施形態では、例えば、ＨＬＡクラスＩ遺伝子型は、エキソームシークエンシングによって決定され得る。いくつかの実施形態では、対象のＨＬＡクラスＩ遺伝子型は、臨床的に実証されたＨＬＡタイピングアッセイを使用して決定され得る。
治療
【０１１８】
いくつかの実施形態では、本発明は、適切な閾値を超える腫瘍変異負荷を表示する腫瘍の治療に関する。いくつかの実施形態では、かかる腫瘍は、以前に免疫療法を受けている。いくつかの実施形態では、かかる免疫療法は、免疫チェックポイント調節因子である。
免疫チェックポイント調節因子の投与
【０１１９】
本発明のある特定の方法に従って、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、個体に投与されるか、または個体に投与された。いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）での治療は、単独療法として利用される。いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）での治療は、１つ以上の他の療法と組み合わせて使用される。
【０１２０】
当業者は、適切な製剤、適応、及び投薬レジメンが、典型的には米国における食品医薬品局のような政府の規制当局によって分析され承認されていることを理解するであろう。例えば、実施例４及び５は、それぞれ、ＰＤ−１及びＣＴＬＡ−４阻害剤レジメンについてのある特定のＦＤＡ承認投薬情報を提示する。いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、かかる承認されたプロトコルに従って本発明に従って投与される。しかし、本開示は、とりわけ、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）が望ましく投与され得る特定の患者を特定し、特徴付け、及び／または選抜するためのある特定の技術を提供する。いくつかの実施形態では、本開示によって提供される洞察は、本明細書に記載される特定された個体（例えば、ネオエピトープを発現するか、または閾値を超える腫瘍変異負荷を有する）及び他の個体の両方を含む群集研究に基づき推奨または承認されたものと比較して、より大きな頻度及び／またはより大きな個体用量（例えば、望ましくない効果に対する低減した感受性及び／または望ましくない効果の発生もしくは強度による）を有する所与の免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）の投薬を可能にする。いくつかの実施形態では、本開示によって提供される洞察は、本明細書に記載される特定された個体（例えば、ネオエピトープを発現するか、または閾値を超える腫瘍変異負荷を有する）及び他の個体の両方を含む群集研究に基づき推奨または承認されたものと比較して、低減した頻度及び／または低減した個体用量（例えば、増加した応答性による）を有する所与の免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）の投薬を可能にする。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、生理学的に許容される担体または賦形剤も含む医薬組成物でも投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、無菌である。多くの実施形態では、医薬組成物は、投与の特定の機序について製剤化される。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、好適な薬学的に許容される担体は、水、塩溶液（例えば、ＮａＣｌ）、生理食塩水、緩衝生理食塩水、アルコール、グリセロール、エタノール、アラビアゴム、植物油、ベンジルアルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトースのような炭水化物、アミロースまたはデンプン、マンニトール、ショ糖、またはその他のような糖、デキストロース、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、香油、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドンなど、同様にそれらの組み合わせを含むがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、所望の場合、有害に活性化合物と反応しないか、またはその活性に干渉しない１つ以上の助剤（例えば、潤滑剤、防腐剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を与えるための塩、緩衝液、着色料、香料及び／または芳香物質）を含むことができる。いくつかの実施形態では、静脈内投与に好適な水溶性の担体が使用される。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、医薬組成物または薬物は、所望の場合、湿潤剤または乳化剤、及び／またはｐＨ緩衝剤の量（典型的には少量）を含有することができる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、液体溶液、懸濁液、乳濁液、錠剤、丸剤、カプセル、徐放性製剤、または粉末であり得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、トリグリセリドなどの従来の結合剤及び担体と共に、座薬として製剤化され得る。いくつかの実施形態では、経口製剤は、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなどの医薬品等級のような標準的担体を含むことができる。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は、ヒトへの投与に適合した医薬組成物として経常的手順に従って製剤化され得る。例えば、いくつかの実施形態では、静脈内投与のための組成物は、典型的には、滅菌等張性水性緩衝材における溶液である。いくつかの実施形態では、必要な場合、組成物は、可溶化剤及び注射部位の痛みを和らげるための局所麻酔薬を含むことができる。いくつかの実施形態では、一般に、成分は、例えば、活性薬剤の量を示すアンプルもしくはサシェのような気密封止容器内に乾燥した凍結乾燥粉末または水不含濃縮物として、別々に供給されるか、または単位剤形で、一緒に混合されるかのいずれかで供給される。いくつかの実施形態では、組成物が注入により投与される場合、組成物は滅菌医薬品等級水、生理食塩水またはブドウ糖／水を含有する注入ボトルで分注され得る。いくつかの実施形態では、組成物が注射により投与される場合、注射のための滅菌水または生理食塩水のアンプルは、成分が投与前に混合され得るように提供され得る。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、が中性形態で製剤化され得る。いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、塩の形態で製剤化され得る。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される塩は、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などに由来するもののような遊離アミノ基で形成されるものと、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第二鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミノエタノール、プロカインなどに由来するもののような遊離カルボキシル基で形成されるものとを含む。
【０１２６】
本発明に従う使用のための医薬組成物は、任意の適切な経路によって投与され得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、静脈内投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、皮下投与される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、心臓または筋肉（例えば、筋肉内）、または神経系（例えば、脳内への直接注射、脳室内、髄腔内）のような標的組織への直接投与により投与される。代替的にまたは追加的に、いくつかの実施形態では、医薬組成物は、非経口、経皮、または経粘膜（例えば、経口または経鼻的）に投与される。所望の場合、２つ以上の経路が同時に使用され得る。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子（または免疫チェックポイント調節因子を含有する組成物もしくは薬物））は、単独で、または他の免疫調節剤と連結して投与され得る。用語「と連結して」は、第１の免疫チェックポイント調節因子が別の免疫チェックポイント調節因子の前、と同じ時間、または後に投与されることを示す。いくつかの実施形態では、第１の免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、１つ以上の異なる免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）を含有する組成物に混合され、それによって同時に投与され得る。代替的に、いくつかの実施形態では、薬剤は、混合（例えば、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）も投与される静脈ライン上の薬剤の「ピギーバック」送達、またはその逆によって）することなく、同時に投与され得る。いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、別々に投与され得る（例えば、混合せず）が、別の免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）の投与の短い時間枠内（例えば、２４時間以内）にある。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイントモジュレーター）で治療された対象は、投与された１つ以上の免疫抑制剤である。いくつかの実施形態では、１つ以上の免疫抑制剤は、望まれない自己免疫応答（腸炎、肝炎、皮膚炎（中毒性表皮壊死症を含む）、神経障害、及び／または内分泌疾患）、例えば、甲状腺機能低下症を減少、抑制、または予防するために投与される。いくつかの実施形態では、例示的な免疫抑制剤は、ステロイド、抗体、免疫グロブリン融合タンパク質などを含む。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤は、Ｂ細胞活性を阻害する（例えば、リツキシマブ）。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤は、デコイポリペプチド抗原である。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子（または免疫チェックポイント調節因子を含有する組成物または薬物））は、治療有効量（例えば、がんに関連した症状を回復させる、がんの発生を予防もしくは遅延させる、及び／またはがんの症状の重症度もしくは頻度を減らすような、適切な群集に投与された際にがんを治療するのに十分であると示された投薬量及び／または投薬レジメンに従って）で投与される。いくつかの実施形態では、長期臨床的有用性は、例えば、ペムブロリズマブのようなＰＤ−１阻害剤、イピリムマブのようなＣＴＬＡ−４阻害剤、及び／または他の薬剤を含む免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）での治療後に観察される。当業者は、所与の患者におけるがん治療のための治療的に有効である用量が、少なくともいくらかの程度はがんの性質と程度に依存することができ、かつ標準的な臨床的技術により決定され得ることを理解するであろう。いくつかの実施形態では、１つ以上のインビトロアッセイまたはインビボアッセイは、任意選択で最適な投薬範囲を特定する助けになるよう採用され得る。いくつかの実施形態では、所与の個体の治療において採用される特定の用量は、投与の経路、がんの程度、及び・または患者の状況に照らして開業医の判断において適切であると考えられた１つ以上の他の因子に依存し得る。いくつかの実施形態では、有効な用量は、インビトロまたは動物モデル試験系（例えば、米国保健福祉省、食品医薬品局、及び医薬品評価研究センターにより「Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ：Ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ  Ｍａｘｉｍｕｍ  Ｓａｆｅ  Ｓｔａｒｔｉｎｇ  Ｄｏｓｅ  ｉｎ  Ｉｎｉｔｉａｌ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｒｉａｌｓ  ｆｏｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ｉｎ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｖｏｌｕｎｔｅｅｒｓ」，Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ，Ｊｕｌｙ  ２００５において説明されるように）に由来する用量−応答曲線から外挿され得る。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）の治療有効量は、例えば、約０．０１ｍｇ／ｋｇ体重超、約０．０５ｍｇ／ｋｇ体重超、約０．１ｍｇ／ｋｇ体重超、約０．５ｍｇ／ｋｇ体重超、約１．０ｍｇ／ｋｇ体重超、約１．５ｍｇ／ｋｇ体重超、約２．０ｍｇ／ｋｇ体重超、約２．５ｍｇ／ｋｇ体重超、約５．０ｍｇ／ｋｇ体重超、約７．５ｍｇ／ｋｇ体重超、約１０ｍｇ／ｋｇ体重超、約１２．５ｍｇ／ｋｇ体重超、約１５ｍｇ／ｋｇ体重超、約１７．５ｍｇ／ｋｇ体重超、約２０ｍｇ／ｋｇ体重超、約２２．５ｍｇ／ｋｇ体重超、または約２５ｍｇ／ｋｇ体重超であり得る。いくつかの実施形態では、治療有効量は、約０．０１〜２５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜２０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜１５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜７．５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜４ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜３ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜２ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜１．５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜１．０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜０．５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重、約１〜２０ｍｇ／ｋｇ体重、約４〜２０ｍｇ／ｋｇ体重、約５〜１５ｍｇ／ｋｇ体重、約５〜１０ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。いくつかの実施形態では、治療有効量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．６ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ、約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．９ｍｇ／ｋｇ、約１．０ｍｇ／ｋｇ、約１．１ｍｇ／ｋｇ、約１．２ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ約１．４ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．８ｍｇ／ｋｇ、約１．９ｍｇ／ｋｇ、約２．０ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約３．０ｍｇ／ｋｇ、約４．０ｍｇ／ｋｇ、約５．０ｍｇ／ｋｇ、約６．０ｍｇ／ｋｇ、約７．０ｍｇ／ｋｇ、約８．０ｍｇ／ｋｇ、約９．０ｍｇ／ｋｇ、約１０．０ｍｇ／ｋｇ、約１１．０ｍｇ／ｋｇ、約１２．０ｍｇ／ｋｇ、約１３．０ｍｇ／ｋｇ、約１４．０ｍｇ／ｋｇ、約１５．０ｍｇ／ｋｇ、約１６．０ｍｇ／ｋｇ、約１７．０ｍｇ／ｋｇ、約１８．０ｍｇ／ｋｇ、約１９．０ｍｇ／ｋｇ、約２０．０ｍｇ／ｋｇ、体重、またはそれ以上である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、約３０ｍｇ／ｋｇ体重以下、約２０ｍｇ／ｋｇ体重以下、約１５ｍｇ／ｋｇ体重以下、約１０ｍｇ／ｋｇ体重以下、約７．５ｍｇ／ｋｇ体重以下、約５ｍｇ／ｋｇ体重以下、約４ｍｇ／ｋｇ体重以下、約３ｍｇ／ｋｇ体重以下、約２ｍｇ／ｋｇ体重以下、または約１ｍｇ／ｋｇ体重以下である。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、特定の個体についての投与用量は、個体のニーズに依存して、時間によって変更（例えば、増加または減少）される。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、治療組成物の負荷用量（例えば、初期のより高い用量）は、治療の経過の開始に与えられ、その後治療組成物の減少した維持用量（例えば、その後のより少ない用量）の投与がある。いかなる理論に束縛されるものではないが、負荷用量が、組織における（例えば、肝臓における）望ましくない材料（例えば、脂肪材料及び／または腫瘍細胞など）の初期の、かついくつかの場合には大きな集積を浄化することができ、維持用量が初期浄化後の脂肪材料の蓄積を遅延、低減、予防することができることが企図される。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、治療の負荷用量及び維持用量量、間隔、用量及び継続が、本明細書に例示されたもの及び当該技術分野で既知のもののような、任意の利用可能な方法によって決定され得ることが理解されるであろう。いくつかの実施形態では、負荷用量は、約０．０１〜１ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜１０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜２５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜３０ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜５ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜２ｍｇ／ｋｇ体重、約０．１〜１ｍｇ／ｋｇ体重、または約０．１〜０．５ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、維持用量は、約０〜１０ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜５ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜２ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜１ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．５ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．４ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．３ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．２ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、負荷用量は、所与の期間（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２か月またはそれ以上）、及び／または所与の用量回数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０またはそれ以上の用量）、規則的な間隔で個体に投与される。いくつかの実施形態では、維持用量は、約０〜２ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜１．５ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜１．０ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．７５ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．５ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．４ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．３ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．２ｍｇ／ｋｇ体重、約０〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重からの範囲である。いくつかの実施形態では、維持用量は、約０．０１、０．０２、０．０４、０．０６、０．０８、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．２、１．４、１．６、１．８、または２．０ｍｇ／ｋｇ体重である。いくつかの実施形態では、維持用量は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２か月、またはそれ以上の間投与される。いくつかの実施形態では、維持用量は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年、またはそれ以上の間投与される。いくつかの実施形態では、維持用量は、無期限に（例えば、余命の間）投与される。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤の治療有効量（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、１回用量として投与され得るか、またはがんの性質及び程度に依存して、かつ継続的に間をおいて投与され得る。本明細書で使用される「間隔」をおいた投与は、治療有効量が周期的に（１回用量と区別されるように）投与される。いくつかの実施形態では、間隔は、標準的な臨床的技術によって決定され得る。いくつかの実施形態では、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）は、隔月、毎月、月２回、３週間毎、隔週、毎週、週２回、週３回、または毎日投与される。いくつかの実施形態では、単一の個体に対する投与間隔は、固定された間隔である必要がないが、ニーズ及び個体の回復率に依存して、時間によって変更され得る。
【０１３５】
本明細書で使用される場合、当業者は、投薬レジメンを説明するために使用されるある特定の用語に精通している。例えば、用語「隔月」は、その当業者に理解された意味を有し、２か月当たり１回（例えば、各２か月に１回）の投与を指す。用語「毎月」は、月当たり１回の投与を意味する。用語「週３回」は、３週間当たり１回（例えば、各３週間に１回）の投与を意味する。用語「隔週」は、２週間当たり１回（例えば、各２週間に１回）の投与を意味する。用語「毎週」は、週当たり１回の投与を意味する。そして、用語「毎日」は、日当たり１回の投与を意味する。
【０１３６】
本発明は、とりわけ、本明細書に記載されるように、免疫調節剤（例えば、免疫チェックポイント調節因子）を含む医薬組成物に追加的に付随する。いくつかの実施形態では、がんの治療のための組成物の投与についての指示を含有するラベルを有する容器（例えば、バイアル、瓶、静脈内投与のためのバッグ、シリンジなど）における。
併用療法
【０１３７】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、がんのような疾患を治療するための別の治療薬剤と組み合わせて使用され得る。いくつかの実施形態では、免疫調節剤、または本明細書に記載の免疫療法を含む医薬組成物は、任意選択で、がん治療薬剤、例えば化学療法薬剤または生物剤のような１つ以上の追加的な治療薬剤を含有することができ、及び／またはがん治療薬剤、例えば化学療法薬剤または生物剤のような１つ以上の追加的な治療薬剤と組み合わせて投与され得る。追加的な薬剤は、例えば、免疫調節剤により治療されている疾患もしくは状態を治療するのに有用であると当業者に認識された治療薬剤、または治療されている疾患もしくは状態に関連した症状を回復させる薬剤であり得る。追加の薬剤は、治療組成物に有用な属性を与える薬剤（例えば、組成物の粘度に影響する薬剤）でもあり得る。例えば、いくつかの実施形態では、免疫療法は、別の治療薬剤またはモダリティ（例えば、化学療法薬剤、外科手術、放射線、またはそれらの組み合わせ）での療法を受けた、受けている、及び／または受けるであろう対象に投与される。
【０１３８】
本開示により提供される併用療法モダリティのいくつかの実施形態は、例えば、単独の医薬製剤における免疫調節剤及び追加的な薬剤（複数可）を提供する。いくつかの実施形態は、別個の医薬製剤における免疫調節剤の投与及び追加的な治療薬剤の投与を提供する。
【０１３９】
本明細書に記載される免疫調節剤と組み合わせて使用され得る化学療法薬剤の例は、プラチナ化合物（例えば、シスプラチン、カルボプラチン、及びオキサリプラチン）、アルキル化剤（例えば、シクロホスファミド、イホスファミド、クロラムブシル、ナイトロジェンマスタード、チオテパ、メルファラン、ブスルファン、プロカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、ダカルバジン、及びベンダムスチン）、抗腫瘍抗生物質（例えば、ダウノルビシン、ドキソルビシン、イダルビシン、エピルビシン、ミトキサントロン、ブレオマイシン、マイトマイシンＣ、プリカマイシン、及びダクチノマイシン）、タキサン（例えば、パクリタキセル及びドセタキセル）、代謝拮抗物質（例えば、５−フルオロウラシル、シタラビン、プレメトレキセド（ｐｒｅｍｅｔｒｅｘｅｄ）、チオグアニン、フロクスウリジン、カペシタビン、及びメトトレキサート）、ヌクレオシド類似体（例えば、フルダラビン、クロファラビン、クラドリビン、ペントスタチン、及びネララビン）、トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、トポテカン及びイリノテカン）、低メチル化剤（例えば、アザシチジン及びデシタビン）、プロテオソーム阻害剤（例えば、ボルテゾミブ）、エピポドフィロトキシン（例えば、エトポシド及びテニポシド）、ＤＮＡ合成阻害剤（例えば、ヒドロキシ尿素）、ビンカアルカロイド（例えば、ビクリスチン、ビンデシン、ビノレルビン、及びビンブラスチン）、チロシンキナーゼ阻害剤（例えば、イマチニブ、ダサチニブ、ニロチニブ、ソラフェニブ、及びスニチニブ）、ニトロソウレア（例えば、カルムスチン、フォテムスチン、及びロムスチン）、ヘキサメチルメラミン、ミトタン、血管新生阻害剤（例えば、サリドマイド及びレナリドマイド）、ステロイド（例えば、プレドニゾン、デキサメタゾン、及びプレドニゾロン）、ホルモン剤（例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、ロイプロリド、ビカルアトミド（ｂｉｃａｌｕａｔｍｉｄｅ）、グラニセトロン、及びフルタミド）、アロマターゼ阻害剤（例えば、レトロゾール及びアナストロゾール）、三酸化ヒ素、トレチノイン、非選択的シクロオキシゲナーゼ阻害剤（例えば、非ステロイド性抗炎症剤、サリチル酸塩、アスピリン、ピロキシカム、イブプロフェン、インドメタシン、ナプロシン、ジクロフェナク、トルメチン、ケトプロフェン、ナブメトン、オキサプロジン）、選択的シクロオキシゲナーゼ−２（ＣＯＸ−２）阻害剤、またはこれらの任意の組み合わせを含む。
【０１４０】
本明細書に記載される組成物及び方法において使用され得る生物剤の例は、モノクローナル抗体（例えば、リツキシマブ、セツキシマブ、パネツムマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、アレムツズマブ、ゲムツズマブオゾガミシン、ベバシズマブ、カツマキソマブ、デノスマブ、オビヌツズマブ、オフタムマブ、ラムシルマブ、ペルツズマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ニモツズマブ、ランブロリズマブ、ピジリズマブ、シルツキシマブ、ＢＭＳ−９３６５５９、ＲＧ７４４６／ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＭＥＤＩ４７３６、トレメリムマブ、または当業者に既知の他のもの）、酵素（例えば、Ｌ−アスパラギナーゼ）、サイトカイン（例えば、インターフェロン及びインターロイキン）、成長因子（例えば、コロニー刺激因子及びエリスロポエチン）、がんワクチン、遺伝子療法ベクター、またはこれらの任意の組み合わせを含む。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、免疫調節剤は、同じまたは異なる医薬組成物のいずれかにおいて、がんの治療のための別の薬剤と組み合わせて、免疫調節剤を必要とする対象に投与される。いくつかの実施形態では、追加的な薬剤は、抗がん剤である。いくつかの実施形態では、追加的な薬剤は、ヒストンアセチル化またはヒストンメチル化のようなヒストン修飾に影響（例えば、阻害）する。ある特定の実施形態では、追加的な抗がん剤は、化学療法剤（２ＣｄＡ、５−ＦＵ、６−メルカプトプリン、６−ＴＧ、アブラキサン（商標）、アキュタン（登録商標）、アクチノマイシンＤ、アドリアマイシン（登録商標）、アリムタ（登録商標）、オールトランスレチノイン酸、アメトプテリン、Ａｒａ−Ｃ、アザシタジン、ＢＣＮＵ、ブレノキサン（登録商標）、カンプトサール（登録商標）、ＣｅｅＮＵ（登録商標）、クロファラビン、クロラール（商標）、サイトキサン（登録商標）、ダウノルビシン塩酸塩、ダウノキソーム（登録商標）、ダコゲン（登録商標）、ＤＩＣ、ドキシル（登録商標）、エレンス（登録商標）、エロキサチン（登録商標）、Ｅｍｃｙｔ（登録商標）、リン酸エトポシド、フルダラ（登録商標）、ＦＵＤＲ（登録商標）、ジェムザール（登録商標）、グリベック、ヘキサメチルメラミン、ハイカムチン（登録商標）、ハイドレア（登録商標）、イダマイシン（登録商標）、イフェックス（登録商標）、イクサベピロン、イクゼンプラ（登録商標）、Ｌ−アスパラギナーゼ、ロイケラン（登録商標）、リポソームＡｒａ−Ｃ、Ｌ−ＰＡＭ、リソドレン、ムツレネ（Ｍａｔｕｌａｎｅ）（登録商標）、ミトラシン、マイトマイシンＣ、マイレラン（登録商標）、ナベルビン（登録商標）、ニュートレキシン（登録商標）、ニロチニブ、ニペント（登録商標）、窒素マスタード、ノバントロン（登録商標）、オンキャスパー（登録商標）、パンレチン（登録商標）、パラプラチン（登録商標）、プラチノール（登録商標）、カルムスチンインプラントを伴うプロリフェプロスパン２０、サンドスタチン（登録商標）、ターグレチン（登録商標）、タシグナ（登録商標）、タキソテール（登録商標）、テモダール（登録商標）、ＴＥＳＰＡ、トリセノックス（登録商標）、バルスター（登録商標）、ベルバン（登録商標）、ビダーザ（商標）、硫酸ビンクリスチン、ＶＭ  ２６、ゼローダ（登録商標）、及びザノザール（登録商標）のような）、生物製剤（アルファインターフェロン、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅｒｉｎ、ベクサー（登録商標）、カンパス（登録商標）、エルガミソール（登録商標）、エルロチニブ、ハーセプチン（登録商標）、インターロイキン−２、イレッサ（登録商標）、レナリドマイド、マイロターグ（登録商標）、オンタック（登録商標）、ペガシス（登録商標）、レブリミド（登録商標）、リツキサン（登録商標）、タルセバ（商標）、タロミッド（登録商標）、ベルケイド（登録商標）、及びゼバリン（商標）のような）、低分子（タイケルブ（登録商標）のような）、副腎皮質ステロイド（デキサメタゾンリン酸ナトリウム、デルタゾン（登録商標）、及びＤｅｌｔａ−Ｃｏｒｔｅｆ（登録商標）のような）、ホルモン療法（アリミデックス（登録商標）、アロマ��ン（登録商標）、カソデックス（登録商標）、シタドレン（登録商標）、エリガード（登録商標）、ユーレキシン（登録商標）、エビスタ（登録商標）、ファスロデックス（登録商標）、フェマラ（登録商標）、ハロテスチン（登録商標）、メガス（登録商標）、ニランドロン（登録商標）、ノルバデックス（登録商標）、プレナクシス（商標）、及びゾラデックス（登録商標）のような）、及び放射性医薬品（ヨードトープ（登録商標）、メタストロン（登録商標）、ホスホコール（登録商標）、及びサマリウムＳＭ−１５３のような）からなる群から選択される。
【０１４２】
上記に記載された免疫療法と組み合わせて使用され得る追加的な薬剤は、例示的な目的のためであり、限定することを意図するものではない。本開示に包含される組み合わせは、限定を伴わず、本明細書に提供されるか、またはその他の点で当業者に既知である１つ以上の免疫調節剤、及び上記の一覧から選択されるか、またはその他の点で本明細書に提供される１つの追加的な薬剤を含む。免疫調節剤は、１つまたは複数の追加的な薬剤、例えば、２、３、４、５、または６、またはそれ以上の追加的な薬剤と組み合わせて使用され得る。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される治療方法は、医学的状態に関する他の治療が失敗したか、または他の手段を通じた治療であまり成功しない対象、例えば、標準ケア治療に対して難治性のがんを有する対象において実行される。追加的に、本明細書に記載される治療方法は、医学的状態に関する１つ以上の追加的治療と組み合わせて、例えば、標準ケア治療に加え、または標準ケア治療と組み合わせて実行され得る。例えば、方法は、がんレジメン、例えば、骨髄非破壊化学療法、ホルモン療法、及び／または本明細書に記載される免疫調節剤の投与の前、実質的に同時、または後の放射線、またはそれらの組み合わせを投与することを含むことができる。ある特定の実施形態では、本明細書に記載される免疫調節剤を投与される対象は、抗生物質及び／または１つ以上の薬学的薬剤で治療されることもできる。
【実施例】
【０１４４】
実施例１．腫瘍変異負荷閾値の全がん分析及び免疫チェックポイント調節因子での免疫療法後の生存
本実施例は、標的化シークエンシングパネルによって測定された腫瘍変異負荷と免疫チェックポイント調節因子（ＩＣＭ）での治療後の全生存との関連を説明する。
【０１４５】
以前の研究では、腫瘍変異負荷のデータは、日常的な臨床ケアの一部として典型的ではあるが広くはなく実行される全エキソームシークエンシングに主に基づいていた。現在、最も幅広く使用される腫瘍学プラットフォームは、標的化遺伝子パネルの次世代シークエンシングを利用する。より高い腫瘍変異負荷とＩＣＭからの臨床的有用性との間の関連が、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１で治療された非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、黒色腫、及び膀胱癌患者５〜７と同様、ＣＴＬＡ４阻害剤で治療された黒色腫患者において観察された。３、４重要なことだが、腫瘍変異負荷が異なるヒトのがんにわたって臨床的有用性をどれほど広く予測するかは、未知のままである。
【０１４６】
Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒでは、１５，０００名超の患者が、「統合化アクション可能ながん標的の変異プロファイリング」（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）と称されたアッセイを使用するゲノムプロファイリングを経験し、腫瘍由来及びマッチされた生殖系列通常ＤＮＡの両方を使用して、３４１、４１０、またはその最新バージョンでは４６８のがん関連遺伝子のあらかじめ定義されたサブセットにおける体細胞エクソン変異を特定した。８、１７
【０１４７】
具体的には、以前にＩＣＭの少なくとも１つの用量を受けた１５３４名の患者のコホートをＭｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＭＳＫＣＣ）で分析するために、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴを使用した（図１）。アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブを単独療法または組み合わせとして以前に受けた患者を研究に含めた。全体で、１３０名の患者が抗ＣＴＬＡ−４免疫療法、１１６６名が抗ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１免疫療法、及び２２８名が抗ＣＴＬＡ−４及び抗ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１免疫療法の両方を受けた。体細胞変異の総数をコホート内の全ての患者試料について計算し、配列決定されたエクソンにおけるメガベースの合計数に正規化した。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴを含む次世代シークエンシング（ＮＧＳ）パネルによって測定される腫瘍変異負荷は、複数の研究者によって腫瘍の総腫瘍変異負荷を推定するための手段として以前に実証されている。９、１０、１１全生存（ＯＳ）は、最初のＩＣＭ治療の日から死亡または最後のフォローアップの時間まで測定された。中間値フォローアップは、１１か月であり、９８４名（６４％）の患者が最後のフォローアップで生存していた。
【０１４８】
患者の最大数は、ＩＣＭの使用がＦＤＡ承認である組織学を有する腫瘍を有した。３５１名の患者が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有し、３２３名が黒色腫を有し、１５５名が腎細胞癌（ＲＣＣ）、１２７名が膀胱癌、７８名が頭頸部扁平上皮細胞癌を有した（表１）。乳癌、神経膠腫、及び消化器癌のような他のがんの型を有する患者も、研究に含めた。コックス比例ハザード回帰を使用する全ての患者の多変量解析は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴを使用して発見された体細胞エクソン非同義変異の正規化数、または閾値に対する腫瘍変異負荷が、ＩＣＭのがんの型、年齢、及び薬物クラスについて調整すると、全生存と有意に関連した（連続変数：ＨＲ＝０．９８７、ｐ＝．００１、バイナリカットオフ：ＨＲ０．５２４、ｐ＝５．０×１０−５の場合）ことを示した（表２）。表において、用語「カットオフ」は、本明細書で使用されるように、腫瘍変異負荷閾値を意味するために使用される。当業者が理解するであろうように、生存分析におけるハザード比（ＨＲ）は、２つのレベルの説明変数により説明される条件に対応するハザード率の比である。例えば、薬物研究において、治療された集団が時間当たりの率で対照集団の２倍生存する場合、ハザード比は０．５となり、無治療による死のより高いハザードを示す。
【表１−１】
2020535230.tif 000004
【表１−２】
2020535230.tif 000005
【表２−１】
2020535230.tif 000006
【表２−２】
2020535230.tif 000007
【０１４９】
全がん分析において、より多数の体細胞変異または高腫瘍変異負荷は、改善した全生存に比例して関連していた（図２）。期待されたように、腫瘍変異負荷の分布は、多様な組織学にわたって変化した。１２より重要なことだが、最適な腫瘍変異負荷閾値は、最大カイ二乗分析を使用して、各がんサブタイプに対するＩＣＭの療法後の全生存率を予測すると特定された（図４Ａ及び５Ａ〜Ｂ）。１３有意な関連または強い傾向は、増加した腫瘍変異負荷、及び多くの組織学にわたる免疫療法治療からの改善した全生存で観察され、サブグループにおける患者の数と一致した（図６Ａ〜Ｈ及び７）。重要なことだが、ＩＣＭ療法を受けなかった患者（ｎ＝９１９６）において、より高い腫瘍変異負荷と改善した全生存との間に関連はなかった（図３Ｂ及び４Ｂ）。
【０１５０】
改善した全生存とより高い腫瘍変異負荷との有意な関連は、ＣＴＬＡ−４及びＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害剤標的化療法で確認され、一方で同様の有意でない傾向が併用療法で観察された。併用療法がアウトカムに対する腫瘍変異負荷の有意性を弱めるように見えることは興味深い。この関係は、複数の免疫チェックポイントを抑止することが、可能性のあるネオ抗原のより広いセットをより効果的に標的化するための免疫系を可能にし、より広い有効な抗腫瘍応答を確立する可能性を増加させることができることを示唆する。
【０１５１】
増加した腫瘍変異負荷では、神経膠腫は、本研究において外れ値となり（図４Ａ）、または高腫瘍変異負荷閾値はより不十分な全生存に向かう傾向と関連していた。これは、小児の二対立遺伝子ミスマッチ修復欠損に関連する神経膠芽腫の患者における免疫チェックポイント調節因子に対する劇的な反応の報告とは対照的である。１４この不一致は、ミスマッチ修復がこれらの患者におけるＧＢＭ及び腫瘍変異負荷において非常に希少である事実が、より免疫原性でないと示唆されたサブクローナル変異の拡大を促進すると示されたアルキル化剤テモゾロミドへの以前の曝露を反映することができることを反映することができる。１５大規模な全がん分析から予想されるように、含まれた患者は不均質であり、何名かは大幅に前治療されている一方で他では種々の組み合わせ療法で治療されていたことに注目されたい。
【０１５２】
これらの発見は、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ研究におけるより大規模なコホートの追加的な分析により確認される。コホートは、その腫瘍が次世代シークエンシングによってプロファイルされ、ＩＣＩ療法の少なくとも１つの用量を受けた１６６２名の患者を含み、分析のための十分な数の患者の種々のがんの型を表している（図１３）。アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブを単独療法または組み合わせとして受けた患者を研究に含めた。患者の大多数（１４４６名、神経膠腫を除く腫瘍の９４％）は、ステージＩＶまたは転移性疾患を有していた。少数の患者は、局所再発疾患を有している（ｎ＝１０）か、または局所的進行性切除不能疾患を有する黒色腫患者であった（ステージＩＩＩ、ｎ＝８９（表３）。合計で、１４６名が抗ＣＴＬＡ４を受け、１４４７名が抗ＰＤ１またはＰＤ−Ｌ１を受け、そして１８９名が両方を受けた。多数の患者は、ＩＣＩがＦＤＡ承認されたがんを有しており、３５０名のＮＳＣＬＣ、３２１名の黒色腫、１５１名の腎細胞癌（ＲＣＣ）、２１４名の膀胱癌、及び１３８名の頭頸部扁平上皮細胞癌を含む（表４）。変異負荷（ＴＭＢ）を計算するため、体細胞非同義変異の総数を、配列決定されたメガベースの合計数に対して正規化した。最初のＩＣＩ治療の日から死亡または最後のフォローアップの時間までＯＳを測定した。中間値フォローアップは１９か月であった（範囲０〜８０、最後のフォローアップで８３０名［５０％］の患者が生存し打ち切られた。
【表３−１】
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【表３−２】
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【表４−１】
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【０１５３】
各組織学内のパーセンタイルによってＴＭＢサブグループを定義した。変異負荷の中央値及び範囲が腫瘍の型にわたって変化することが示されているため、このアプローチを使用した１３。したがって、「高ＴＭＢ」についての普遍的なカットオフは、より高い変異負荷の腫瘍の型について濃縮されるであろう。コホート全体にわたって、組織学内ＴＭＢの十分位によって腫瘍を層別化することは、より多数の変異が改善したＯＳに関連することを明らかにした。組織学によって層別化されたこの有意な関連は、高ＴＭＢ群を定義するために選ばれた種々のカットポイントにわたって見られた（上位１０〜５０％、図１４Ａ、１５、１６）。増加するＴＭＢを伴い減少する死亡のハザード比（ＨＲ）に向かう明らかな傾向は、がんの型にわたって観察され、より高いＴＭＢでのＩＣＩからの増加する有用性を示している（図１４Ｂ、１６）。１３
【０１５４】
これらの結果が複数のがんの型にわたって存在したことを確認するために、２つの追加的な分析を実行した。まず、コックス比例ハザード回帰を使用した全体のコホートにわたる多変量解析は、がんの型、年齢、ＩＣＩの薬物クラス、ＩＣＩ開始の年について調整すると、腫瘍変異負荷が、連続変数（ＨＲ＝０．９８５、ｐ＝３．４×１０−７）としてのＯＳ両方と、かつバイナリカットオフ（各組織学の上位２０％、ＨＲ０．６１  ｐ＝１．３×１０−７）と有意に関連することを示した（表５）。さらに、この関連は、黒色腫及びＮＳＣＬＣ患者のコホートからの除外でも有意のままであり（表４）、この効果がこれらの組織学によって単独で引き起こされなかったことを示している。
【表５−１】
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【０１５５】
ＴＭＢ高群のような各組織学における高変異負荷五分位数（上位２０％）を選択することにより、各がんの型内の層別化分析も実行した。このアプローチを使用して、複数のがんの型にわたってより高いＴＭＢ（各組織学内の上位２０％）を有するより長いＯＳの同様の関連が観察された（図１７、１８）。おそらくより小さなサンプルサイズのため、いくつかの個々のがんについての効果は統計学的有意性に達しなかったが、神経膠腫を最も明らかな例外として、より良いＯＳ（ＨＲ＜１）の数量的傾向はほぼ全てのがんの型において観察された。まとめると、これらのデータは、ＴＭＢとＩＣＩ後の改善した生存率の改善との間の関連が、がん組織学の大部分において存在しそうであることを示す。
【０１５６】
組織学にわたって変化するＴＭＢの分布と一致して、各がんの型の上位２０％と関連したＴＭＢカットオフは著しく変化した（図１７、１９）。重要なことだが、このことは、全てのがんタイプにわたるＩＣＩに対する臨床的有用性の予測である高ＴＭＢを定義する普遍的な数が存在しそうにないことと、最適なカットポイントが異なるがんでは変化するようであることとを示唆する。
【０１５７】
同様の数値傾向は、サブグループにおける患者の数と一致して、多くの組織学にわたって、連続変数として測定されたＴＭＢを有するより長いＯＳについて観察された（図２０）。ＯＳにおける差異と一致して、ＴＭＢとＩＣＩまたは無増悪生存に対する臨床的有用性の率との間の同様の関連は、応答データが利用可能ながんの型−ＮＳＣＬＣ、黒色腫、食道胃、頭頸部、及び腎細胞癌を有する患者において観察された（図２１〜２２）。７２〜７４
【０１５８】
より高いＴＭＢ腫瘍を有する患者の間で観察された生存差異が高変異負荷の一般の予後有用性に単に起因できる可能性を調べるため、ＩＣＩとは無関係に、ＩＣＩを受けず、それらの腫瘍がＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴで配列決定された転移性がんを有する５３７１名の患者のアウトカムを測定した。これらの患者において、より高いＴＭＢと改善されたＯＳとの間には関連が存在しなかった（ＨＲ１．１２、ｐ＝０．１１）。予後有用性の欠如は、各組織学内でも観察された（図１７、２３）。
【０１５９】
注目すべきは、結腸直腸癌患者の上位２０％についてのＴＭＢカットポイントは高く（５２．２／ＭＢ）、ＩＣＩ治療を受けた多くのＭＳＩ高結腸直腸腫瘍と潜在的に一致する。例えば、臨床医がＩＣＩ両方により高いＴＭＢ患者をよりトリアージした場合、ＩＣＩ治療された患者のコホートがより高いＴＭＢを有する患者について濃縮され得る可能性を評価するために、生存分析を繰り返し、代わりに全ての（ＩＣＩ及び非ＩＣＩ治療の両方）患者の間でＴＭＢの上位２０％を計算した。他のがんの型におけるＴＭＢカットポイントはこの計算で変化せず、ＩＣＩ及び非ＩＣＩ治療のコホート両方において、各がんの型における生存との関連は非常に類似したままであった（図２４、２５）。
【０１６０】
他のがんの型とは異なり、神経膠腫を有する患者におけるより高いＴＭＢと改善した生存との間に関連はなかった。実際には、傾向はより不十分な生存に向かっていた。小児期の二対立遺伝子ミスマッチ修復欠損に関連した神経膠芽腫を有する患者におけるＩＣＩへの劇的な応答の症例報告があったが１４、ミスマッチ修復はＧＢＭにおいて非常にまれであり、多くの神経膠腫患者におけるより高いＴＭＢはより低い免疫原性サブクローナル変異の拡大を促進することができるアルキル化剤のテモゾロミドへの以前の曝露を反映することができる。１５代替的に、ＣＮＳにおける抗腫瘍免疫応答は、異なり、かつＴＭＢにより依存しないことができる。
【０１６１】
臨床ケアの部分として配列決定された腫瘍の大規模多数がん分析において期待されるであろうように、含まれた患者は、不均質であり、何名かは大幅に前治療されている一方で他では種々の組み合わせ療法で治療された。ＩＣＩ開始に対するＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査のタイミングも、変動した。それにも関わらず、不均質なコホートにおけるＯＳとの有意な関連の発見は、予測バイオマーカーとしてＴＭＢの頑健性を強調し、それが臨床的に意味がありそうであることを示唆している。
【０１６２】
組織学にわたるＴＭＢの可変閾値は、異なる腫瘍微小環境に起因しそうであり得るが、同様に多数の他の因子は、クローン性、免疫浸潤、免疫細胞の排除、ＨＬＡ遺伝子型及び改変、チェックポイント分子の発現レベル、同様に他のものを含むＩＣＩへの応答を個別に予測するために見える。１５、７５〜７８我々のデータは、ＴＭＢが用量依存的な様態で増加するＯＳと関連することを全体的に示唆する。本バイオマーカーの全がん性質は、ＩＣＩが機能する根本的な機構をおそらく反映する。我々のデータはまた、より高い変異負荷が、外来としての免疫認識及び高腫瘍応答の発生を促進するＭＨＣ分子上に提示されたより多数の腫瘍ネオ抗原に関連するという仮説にも一致する。７９、８０
【０１６３】
この発見は、ミスマッチ修復の結果超変異（ｈｙｐｅｒｍｕｔａｔｅｄ）腫瘍を有する患者が、マイクロサテライト不安定高またはミスマッチ修復欠如腫瘍に対する本薬剤のＦＤＡの組織／部位不可知承認を引き起こした発見である、ペムブロリズマブに対する高い応答率を有するという観察に即している６５。変異負荷は、多様な型のヒトのがんにわたる生存を予測することができ、抗ＣＴＬＡ４または抗ＰＤ１療法のいずれかで治療された患者において適切である。第二に、変異負荷とＩＣＩ後の生存との間の関連に関する以前の研究は小さなコホートを検討しており、したがって臨床的有用性に対するＴＭＢの効果は正確な様相で定量されることができなかった。本研究は、これまでのところＩＣＩで治療された患者の最大のコホートからのゲノムデータを提示し、かつより高いＴＭＢと優れたＯＳとの間の連続的な関連を示す。ＭＳＫ  ＩＭＰＡＣＴのような標的化パネルを使用してコードエキソームのたった３％を捕捉することは、ＩＣＩ治療が検討されている患者についての予測値を付与するための総腫瘍変異負荷の十分な推定を提供するように見える。最後に、ＴＭＢ高を定義する突然変異数は、がんの型にわたって変化するように見え、全ての組織学にわたるＩＣＩからの有用性の可能性を定義する普遍的数は存在しないようである。
実施例２：実施例１についての患者集団の選抜基準
【０１６４】
本実施例は、患者が腫瘍変異負荷閾値に基づいて全生存を予測する際の分析のために選抜される基準を説明する。
【０１６５】
Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒからの施設内審査委員会承認を受けた後、施設内薬局記録を使用し、免疫チェックポイント調節因子（例えば、テゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、イピリムマブ、ニボルマブ、ペムブロリズマブ、またはトレメリムマブ）の少なくとも１つの用量を受けた患者を特定するために使用し、その後日常的な臨床ケアの文脈でＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ検査を終了した患者と相互参照した。重要なことだが、末梢血からの生殖系列ＤＮＡの同時シークエンシングは、体細胞腫瘍変異を特定するために、全ての試料について実行される。アウトカムデータの刊行が禁止された進行中の臨床試験に参加した患者を除外した。他の先行するまたは同時の非ＩＣＭ治療は、記録されないか、または分析のために説明されなかった。ＩＣＭ投与に対するＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴが実行された組織病理学のタイミングは、ＩＣＭ投与後の検査を有する患者の小さな部分で不均質でもある。
【０１６６】
ＩＣＭを受けなかった患者の分析について、全ての組織学にわたってＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴデータが利用可能な全ての患者を含めた。最初の化学療法の開始から全生存分析を実行した。
【０１６７】
本研究は、免疫腫瘍学におけるいくつかの根本的に重要な問題に対処する。第一に、腫瘍変異負荷閾値がヒトのがんにわたる免疫チェックポイント調節因子からの臨床的有用性についてどれほど広く予測するか、以前は不明確であった。我々の研究は、ＣＴＬＡ−４阻害またはＰＤ−１阻害療法の両方で治療した患者において、腫瘍変異負荷閾値が多くの多様な型のヒトのがんにわたって生存を予測することができることを示唆する。第二に、腫瘍変異負荷とＩＣＭ療法後の生存との間の関連に関する以前の研究はより小さなコホートを検討しており、したがって臨床的有用性に対する腫瘍変異負荷の効果は正確な様相で定量されることができなかった。本研究は、これまでのところＩＣＭで治療された患者の最大のコホートからのゲノムデータを提示し（１５００名超の患者）、またより小規模の研究からの以前のデータを拡張及び実証する。最後に、ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ標的化パネルはコードエキソームの約３％を捕捉し、我々のデータは、このプロファイリング戦略がＩＣＭで治療された患者において予測値を有するために全腫瘍変異負荷の十分な表現を提供することを示す。まとめると、これらのデータは、腫瘍変異負荷及び腫瘍変異負荷閾値が、複数のヒトのがんの型にわたってＩＣＭ応答についての予測バイオマーカーであり、ＰＤ−Ｌ１免疫組織化学と共同して潜在的に価値を有することができることを合わせて示す。１６このバイオマーカーの全がん性質は、ＩＣＭが機能する根本的な機構を反映しそうである。したがって、我々のデータはまた、より高い腫瘍変異負荷が、外来としての免疫認識及び高腫瘍応答の発生を促進するＭＨＣ分子上に提示されたより多数の腫瘍ネオ抗原に関連することが前提となるという理論に一致する。
実施例３：実施例１についての腫瘍変異負荷閾値の計算
【０１６８】
本実施例は、腫瘍変異負荷が収集された患者データからどのように算出されるかについて説明する。
【０１６９】
目がベースにおけるそれぞれのＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴパネルのエクソン被覆に、特定された体細胞変異、または腫瘍変異負荷の合計数を正規化させた。任意のＩＣＭの最初の注入の日からＩＣＭ療法患者に対する全生存分析を実行した。複数のコースのＩＣＭを受けた患者について、最初の治療を分析のために使用した。最後に参加した予約の日で患者を打ち切った。非ＩＣＭ患者について、任意の化学療法の最初の用量の日を全生存分析のために使用した。
【０１７０】
カプランマイヤーを使用して生存分析を実行し、ログランクｐ値を報告した。コックス比例ハザード回帰を使用して多変量解析を実行した。これらのデータ分析方法は、当業者に既知である。腫瘍変異負荷の分布が組織学によって著しく変化したため、当業者に既知の最大カイ二乗分析によって、最適な腫瘍変異負荷カットオフまたは本明細書で使用される腫瘍変異負荷閾値を決定した。生存パッケージを使用してＲにおいて統計分析を実行した。
実施例４  ＨＬＡクラスＩ遺伝子型は免疫チェックポイント調節因子で生存に影響を与える
材料及び方法
研究デザインと患者セットの説明
【０１７１】
本研究で提示された分析のために、我々は、免疫チェックポイント阻害剤で治療されたがん患者の２つの異なるセットを使用した。コホート１について、我々は、抗ＣＴＬＡ−４または抗ＰＤ−１療法で治療された３７１名の患者からエキソームシークエンシングデータ及び臨床データを得た。２名の患者は全生存データを有せず、分析に含まれなかった。完全な臨床データを有する３６９名の患者のうち、２６９名の患者が進行性黒色腫を有し、１００名の患者は進行性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有していた。黒色腫データは、４つの以前に報告された研究からである（３、４、７、３６）。ＮＳＣＬＣデータは、主に抗ＰＤ−１単独療法で治療された転移性疾患を有する患者からのものである。患者は、我々が以前に報告した前向き試験から（５）及びＮｅｗＹｏｒｋ−Ｐｒｅｓｂｙｔｅｒｉａｎ／Ｃｏｌｕｍｂｉａ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｃｅｎｔｅｒからである。エキソームシークエンシングデータは、ＮＳＣＬＣを有する６７名の患者について利用できなかった。施設内審査が承認した前向きプロトコル下で全ての患者を治療した。コホート２について、我々は、標的化遺伝子パネル（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）及び施設内ＩＲＢ承認研究プロトコル（ＮＣＴ０１７７５０７２）上の異なるがんの型を表す１，１６６名の患者からの臨床データを使用して独立した次世代シークエンシングデータを得た。Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒで、抗ＣＴＬＡ−４、またはＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１阻害剤、または両方の薬物の組み合わせによりこれらの患者を治療した（３２）。患者コホートの臨床的特徴は、付属書１に提供される。生殖系列バリアントの分析のために、元のシークエンシングファイル及び関連する臨床データは、プロトコル設計に従って、元の患者の特定への研究者のアクセスなしに第三者によって匿名化された。これらの腫瘍に関する追加的な詳細は、元の出版物において見られ得る（３〜５、７、１１、３６）。ここで刊行された結果は、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ａｎｄ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅによって確立されたＴＣＧＡパイロットプロジェクトによって生成されたデータに部分的に基づいている。ＴＣＧＡならびにＴＣＧＡ研究ネットワークを構成する研究者及び機関についての情報は、ｃａｎｃｅｒｇｅｎｏｍｅ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／で見られ得る。Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）から黒色腫を有する患者についてのＴＣＧＡエキソームデータを得た（Ｎ＝３７８）。
全生存及び臨床的応答データ
【０１７２】
これらの分析において使用される臨床的エンドポイントは、治療開始から事象（生存または打ち切り）までの時間の長さとして定義される全生存であった。元の研究から全ての臨床データを得た（３〜５、７、１１、３６）。ＴＣＧＡデータポータルを通じて黒色腫を有するＴＣＧＡ患者の臨床データにアクセスした。
ＨＬＡクラスＩジェノタイピングデータ
【０１７３】
我々は、生殖系列通常ＤＮＡエキソームシークエンシングデータから直接、または臨床的に実証されたＨＬＡタイピングアッセイ（ＬａｂＣｏｒｐ）を使用して、高解像度ＨＬＡクラスＩジェノタイピングを実行した。患者エキソームデータまたは標的化遺伝子パネルを得て、十分に実証されたツールＰｏｌｙｓｏｌｖｅｒを使用して、デフォルトのパラメータ設定を有するＨＬＡクラスＩ対立遺伝子を特定した（３８）。Ｐｏｌｙｓｏｌｖｅｒが血清学的またはＰＣＲに基づく方法と比較して非常に正確であることは、以前に示されている（３７、３８）。品質保証について、これらの患者のサブセット（Ｎ＝２２）を、ＣＬＩＡ−ｃｅｒｔｉｆｉｅｄセンター（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ）で分子的にＨＬＡ分類し、Ｐｏｌｙｓｏｌｖｅｒを使用して分類した。Ｐｏｌｙｓｏｌｖｅｒと分子タイピングとの間の全体的な一致は９６％であった。一致は、［（６−Ｐｏｌｙｓｏｌｖｅｒと分子タイピングとの間の対立遺伝子ミスマッチの数）／６］×１００として定義される。さらに、２つの追加的計算ツール、ＯｐｔｉＴｙｐｅ及びＨＬＡ−ＳＯＡＰによって、Ｐｏｌｙｓｏｌｖｅｒによって検出されたＨＬＡクラスＩ同型接合性を確認した。（３９、４０）。利用可能なエキソームシークエンシングデータを有しないＮＳＣＬＣを有する６７名の患者について、ＬａｂＣｏｒｐでＨＬＡクラスＩ分子タイピングを行った。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ（ＣＬＩＡ認証ハイブリダイゼーション捕捉ベースアッセイ）捕捉ＨＬＡクラスＩの品質保証について（８、１１、４１）、我々は、我々がＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ及び全エキソームで配列決定した３７個の試料の間でＰｏｌｙｓｏｌｖｅｒによりＨＬＡクラスＩタイピングを比較した。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴパネルはうまくＨＬＡ−Ａ、−Ｂ、及び−Ｃを捕捉した。ＨＬＡクラスＩ遺伝子がＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴのｂａｍファイルにおいて十分な被覆を有することを確認するために、我々は、ＢＥＤフォーマットにおいて標的間隔と重複する複数の位置選別（ｐｏｓｉｔｉｏｎ−ｓｏｒｔｅｄ）及び指標化ＢＡＭファイルからのアラインメントの計数を報告するｂｅｄｔｏｏｌｓ  ｍｕｌｔｉｃｏｖツール（／／ｂｅｄｔｏｏｌｓ．ｒｅａｄｔｈｅｄｏｃｓ．ｉｏ／ｅｎ／ｌａｔｅｓｔ／ｃｏｎｔｅｎｔ／ｔｏｏｌｓ／ｍｕｌｔｉｃｏｖ．ｈｔｍｌ）を適用した。高品質の読み取り値のみ計数し、十分な被覆を有する試料のみを使用した。ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ試料とそれらのマッチされたＷＥＳ試料との間のクラスＩタイピングの全体的な一致は９６％であった。
統計学的分析
【０１７４】
我々は、カプランマイヤー推定量を使用して生存分析を実行した。特定の遺伝子型を有する患者とそれを有しない患者との間の生存分布の統計学的有意性を決定するために、ログランク検定を使用した。我々は、単変量または多変量コックス回帰を使用してハザード比を計算した。高及び低腫瘍変異負荷で２つのグループに患者を層別化するために、我々は、Ｒ関数ｍａｘｓｔａｔ．ｔｅｓｔ（／／ｃｒａｎ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／ｗｅｂ／ｐａｃｋａｇｅｓ／ｍａｘｓｔａｔ／ｖｉｇｎｅｔｔｅｓ／ｍａｘｓｔａｔ．ｐｄｆ）によって計算されたカットオフを使用した。図８Ｆ、図８Ｇ、図９Ｇ、及び図９Ｈにおいて、我々は、分析された特定のコホートの体細胞変異の数の分布の四分位数にわたってカットオフの範囲を使用した。２つのグループ、高または低腫瘍変異負荷に患者を層別化するため、及び複数のカットオフを使用して生存分析から生じたハザード比の分布を示す箱ひげ図を生成するために、カットオフを使用した。図８Ｆにおいて、我々は範囲［８０，５４２］を使用した。図８Ｇについて、我々は［５，６５］を使用した。図９Ｇについて、我々は範囲［１０８，５６９］を使用した。そして、図９Ｈについて、我々は［５，２５］を使用した。ウィルコクソンの順位和検定でＨＬＡクラスＩ同型接合体及び異型接合体群の間の体細胞変異の数の比較を実行した。Ｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  Ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ環境バージョン３．３．１（ｗｗｗ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）で、全ての統計学的分析を実行した。
変異解析パイプライン
【０１７５】
コホート１について、全てのデータセットについての全エキソームシークエンシングは、以前に完了された（３〜５、３６）。ＤｅＰｒｉｓｔｏ  ｅｔ  ａｌ．によって説明されたように分析を実行した。（４２、４３）前述のように（４２）、Ｂｕｒｒｏｗｓ−Ｗｈｅｅｌｅｒアライナー（ＢＷＡ、ｖ０．７．１０）を使用して参照ヒトゲノムＧＲＣｈ３７にＦＡＳＴＱ形式のペアエンド読み取り値を整列させた（４４）。ゲノム解析ツールキット（ＧＡＴＫ  ３．２．２）を使用して局所アラインメントを実行した。（４５）。Ｐｉｃａｒｄバージョン１．１１９を使用して重複した読み取り値を除去した。体細胞の一塩基バリアント（ＳＮＶ）を特定するため、我々は、４つの異なる突然変異コーラー（ｍｕｔａｔｉｏｎ  ｃａｌｌｅｒ）、ＭｕＴｅｃｔ  １．１．４、Ｓｔｒｅｌｋａ  １．０．３、１．０．４  ＳｏｍａｔｉｃＳｎｉｐｅｒ、及びＶａｒｓｃａｎ  ２．３．７からの突然変異コールを統合するパイプラインを使用した（４６〜４９）。デフォルト設定でＳｔｒｅｌｋａ  １．０．３を使用して挿入及び欠失を決定した（４２、４３）。４未満の対立遺伝子読み取り計数または７未満の読み取り値の対応する通常被覆を有するＳＮＶｓを選別した。コホート２について、相対的変異負荷を決定する実証された方法として標的化パネルに一致したＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴを使用して相対的変異負荷を決定した（８、１１、４１、５０）。
ＨＬＡクラスＩ分析の異型接合性の消失
【０１７６】
対立遺伝子特異的コピー数を決定するために、ＦＡＣＥＴＳ  ０．５．６（５１）を使用してコピー数変動解析を実行した。染色体６ｐ座位内の断片がＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、及びＨＬＡ−Ｃ座位を含有すると特定した。期待値最大化モデルを使用して、ＨＬＡ座位のいずれかについて０のマイナー対立遺伝子コピー数概算値として異型接合性の消失（ＬＯＨ）を定義した。
ＨＬＡクラスＩ構造解析及び分子動力学シミュレーション
【０１７７】
ＶＭＤミューテータープラグインを使用して、所望のＢ４４モチーフ（Ｆ３Ｉ、Ｐ４Ｇ、Ａ６Ｖ、Ｆ９Ｙ）に適合するように、ＰＤＢ  １Ｍ６Ｏに提示されたｐＨＬＡ複合体内のネオ抗原構造を変異導入した。ＶＭＤ  １．９．２ソフトウェアパッケージを使用して全ての画像をレンダリングした（５２）。
【０１７８】
最も高い利用可能な解像度、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１（ＰＤＢ  ＩＤ：１ＸＲ９）、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２（ＰＤＢ  ＩＤ：５ＥＯ０）、及びＨＬＡ−Ｂ＊５３：０１（ＰＤＢ  ＩＤ：１Ａ１Ｍ）での結晶構造から引き出された構成から、単離されたＨＬＡクラスＩ対立遺伝子及びＨＬＡ−ペプチド複合体の分子動力学（ＭＤ）シミュレーションを開始した。単離されたＨＬＡ構成を生成するため、結合したペプチドに対応する原子を除去した。水素原子とジスルフィド結合パッチの添加後、各系をＴＩＰ３Ｐ水分子に溶媒和させ、Ｎａ＋及びＣｌ−イオンの生理学的濃度（１５０ｍＭ）まで変化させた。我々の以前の研究で使用された同様のプロトコルに従い（５３〜５５）、生じたタンパク質−水系を、２５０００のステップについて最急降下法で最小化し、その後、別個の５ｎｓのシミュレーションにおいて高調波タンパク質抑制（ｈａｒｍｏｎｉｃ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｒｅｓｔｒａｉｎｔ）を用いてかつ用いずに平衡化した。平衡動作の端部から採取された構成を、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１について５００ｎｓの継続ならびにＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２及びＨＬＡ−Ｂ＊５３：０１について３００ｎｓの長さに延長された種子生産シミュレーションに使用した。全ての平衡化及び生産動作おいて、ランジュバンサーモスタット及びパリネロラーマンバロスタットを使用して温度ならびに圧力を３１０Ｋ及び１ａｔｍに制約した。ＮＡＭＤ  ２．１１シミュレーションパッケージで全てのＭＤシミュレーションを実施した（５６）。ＧＲＯＭＡＣＳ  ５．１ソフトウェアスイートに含まれる標準のユーティリティを使用して、残基間分離及び残基位置根平均二乗ゆらぎ（ＲＭＳＦ）を計算した（５７）。ＶＭＤでシミュレーションスナップショットを生成した（５２）。
結果
【０１７９】
我々は、２つの仮説、（ｉ）ＨＬＡクラスＩ遺伝子での異型接合性ががん患者における免疫チェックポイント阻害剤の投与での生存に対する選択的優位性を付与すること、及び（ｉｉ）個々のＨＬＡクラスＩ生殖系列対立遺伝子がＩＣＭ療法後の生存に対するそれらの影響の点において異なること、に対処するために生存及び遺伝子関連解析を行った。
【０１８０】
これらの仮説を検討するため、我々はＩＣＭ療法で治療されたがん患者の２つのセット（以後、コホート１及びコホート２と呼ぶ）を吟味した。コホート１は、エキソームシークエンシングデータ及び臨床データが得られた抗ＣＴＬＡ−４または抗ＰＤ−１薬物で治療された３６９名の患者から構成された。これら３６９名の患者のうち、２６９人の患者は、Ｓｎｙｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（３）、Ｖａｎ  Ａｌｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（４）、Ｈｕｇｏ  ｅｔ  ａｌ．（７）、及びＲｉａｚ  ｅｔ  ａｌ．（３６）によって以前に報告された進行性黒色腫を有しており、１００名の患者は進行性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）（５）を有していた（付属書１）。主に抗ＰＤ−１単独療法でＮＳＣＬＣを有する患者を治療した。コホート２は、腫瘍標的化に供した黒色腫及びＮＳＣＬＣ（付属書１）を含む異なるがんの型を表す１，１６６名の患者から構成されており、それらの腫瘍は標的化次世代シークエンシング（ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）を受けた（１１）。Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒで、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１、または両方の薬物の組み合わせを標的とする薬物によりこれらの患者を治療した（１１）。両方のコホートにおける全ての患者について、我々は、ＤＮＡシークエンシングデータまたは臨床的に実証されたＨＬＡタイピングアッセイ（ＬａｂＣｏｒｐ）を使用して、通常ＤＮＡから高解像度ＨＬＡクラスＩジェノタイピングを実行した。広範囲に実証されたＰｏｌｙｓｏｌｖｅｒを使用して、シークエンシングデータからＨＬＡタイピングを実行した（３３、３４）。品質保証について、これらの患者のサブセット（Ｎ＝２２）を、ＣＬＩＡ−ｃｅｒｔｉｆｉｅｄアッセイ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒ）を使用してＨＬＡ分類し、Ｐｏｌｙｓｏｌｖｅｒを使用して分類した（３８）。期待され以前に示されたように、ＰｏｌｙｓｏｌｖｅｒとＨＬＡタイピングアッセイとの間の全体的な一致は非常に高かった（９６％）。
【０１８１】
ＭＨＣクラスＩ分子は、多型性のほとんどがペプチド結合領域に位置しており極めて多型である。各バリアントは、ペプチドリガンドの選択レパートリー（ｓｅｌｅｃｔ  ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ）を結合する。そのため、少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位において同型接合である人は、各クラスＩ座位で異型接合である人と比べて細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）によって認識される腫瘍由来ペプチドのより少なくより多様でないレパートリーを提示すると予測されるだろう（３２）。したがって、我々は、抗原提示ＨＬＡクラスＩ分子のレパートリーにおけるより大きな多様性（異型接合性）が、ＩＣＭ治療後のより良い生存と関連するであろうと判断した。逆に、これらのクラスＩ遺伝子でのより不十分な多様性（同型接合性）は、より悪い生存と関連するであろう。我々は、個別にコホート１及びコホート２においてＨＬＡクラスＩ遺伝子（ＨＬＡ−Ａ、−Ｂ、及び−Ｃ）の各々でＨＬＡ接合性を検討することによって、本仮説を検証した。本分析について、我々は、全生存の確率を検討するためにコックス比例ハザード回帰モデルを採用した。結果は、ＩＣＭ療法で治療したコホート１からの３６９名の患者におけるＨＬＡクラスＩ同型接合性と低減した生存との間の統計学的に有意な関連を示した（図８Ａ）。少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位が同型接合であった際、関連は明らかであった（コホート１、Ｐ＝０．０３６、ＨＲ＝１．４０、９５％ＣＩ  １．０２〜１．９、図８Ａ）。我々は、ＩＣＭ療法で治療された１，１６６名の患者の独立したコホートにおいて本発見を実証した（コホート２、Ｐ＝０．０２８、ＨＲ＝１．３１、９５％ＣＩ  １．０３〜１．７０、図８Ｂ）。腫瘍における体細胞変異の数は、コホート１（ウィルコクソンの順位和検定Ｐ＝０．０９、図１１Ａ）またはコホート２（ウィルコクソンの順位和検定Ｐ＝０．７、図１１Ｂ）のいずれかにおける同型接合体及び異型接合体患者の間で統計学的に異ならなかった。コホート１（Ｐ＝０．０２、ＨＲ＝１．５０、９５％ＣＩ  １．０７〜２．１０）（表４）及びコホート２（Ｐ＝０．０２８、ＨＲ＝１．３１、９５％ＣＩ  １．０３〜１．６７）（表５）における変異負荷、腫瘍ステージ、年齢、及び薬物クラスを含めると、同型接合性と低減した生存との関連は、多変量コックス回帰モデリングにおいて有意なままであった。
【表４−２】
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【表４−３】
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【表５−２】
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【０１８２】
ＨＬＡクラスＩ制限Ｔ細胞応答の生成は、免疫療法で治療されたがん患者の臨床的応答に重要であることが示されている（３、５、３４、３５）。これらの結果は、Ｔ細胞に提示され得るＨＬＡクラスＩ制限腫瘍由来エピトープの数を限定することによって、ＨＬＡ同型接合性が、抗腫瘍免疫に必要な抗原が提示されるであろう機会を減少させることによってＩＣＭ療法後の患者の生存を減損させ得ることを示唆する。興味深いことに、これらのデータは、ＨＬＡクラスＩ同型接合性を有するＨＩＶ感染患者のエイズへの急速な増悪の関連（２２、２５）、持続的なＢ型肝炎ウイルス感染とのＨＬＡクラスＩＩの関連（５８）と一致している。
【０１８３】
次に、我々は、同型接合性の効果が単一のクラスＩ座位または異なる座位の組み合わせによることができるかどうかを決定するために、合わせてコホート１及び２からの全ての１，５３５名の患者を調べた。この分析は、１つのＨＬＡクラスＩ座位（Ａ、またはＢ、またはＣ）での同型接合性が全生存の有意な低減と関連したことを明らかにした（Ｐ＝０．００３、ＨＲ＝１．３８、９５％ＣＩ  １．１１〜１．７０、図８Ｃ）。興味深いことに、特定のＨＬＡクラスＩ座位による生存に対する同型接合性の効果は、主にＨＬＡ−Ｂ（Ｐ＝０．０５２、ＨＲ＝１．６６、９５％ＣＩ  ０．９３〜２．９４、図８Ｃ）及びＨＬＡ−Ｃ（Ｐ＝０．００４、ＨＲ＝１．６０、９５％ＣＩ  １．１６〜２．２１、図８Ｃ）と関連するように見えた。注目すべきは、利用可能な患者の数は、おそらく座位の組み合わせに関与する分析の解釈可能性を限定した（ＨＬＡ−Ａ及び−Ｂなど）。
【０１８４】
いかなる理論に束縛されるものではないが、ＨＬＡ−Ｂでの同型接合性の減少した生存との有意な関連について、２つの可能な説明がある。第一に、ＨＬＡ−ＢはＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｃよりも細胞表面上でより高いレベルで発現され、ＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子はより多様なペプチドに結合する（５９、６０）。ＨＬＡ−Ａ対立遺伝子のＢポケットに結合するアミノ酸は、広く疎水性残基である。対照的に、ＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子のＢポケットは、より多様な残基（プロリン、正及び負に荷電した残基、ならびにヒスチジン及びグルタミン）を収容することができる（６０）。ＨＬＡ−Ｂ多様性の主要な供給源は、主にＦ、Ｃ、及びＤポケットに影響するエクソン３内の座位内組換え事象から生じ（６０）、ＨＬＡ−Ｂ座位は、ＨＩＶ及びマラリアのような感染症における臨床的アウトカムを決定する際に支配的である（２１〜２８）。同様に、ＨＬＡ−Ｃ座位での異型接合性は、より高いペプチドリガンド多様性を可能にする。ＨＬＡ−Ｃが細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞にペプチドを提示する能力も有するが、抗原提示細胞（ＡＰＣ）は、他の細胞の型より高いレベルのＨＬＡ−Ｃを細胞表面上に発現する（６１）。ＨＬＡ−Ｃ分子がエフェクター機能の獲得に対して上方制御される抑制性キラー細胞免疫グロブリン受容体（ＫＩＲ）に結合するため（６２）、異型接合ＨＬＡ−Ｃ座位は、交差提示ＡＰＣのＣＴＬ溶解をより効果的に限定することができる。したがって、このことは、ＩＣＭ療法での治療中にナイーブＣＴＬの連続的なプライミングを容易にすることができる（６３）。
【０１８５】
以前の報告は、がんゲノムにおける体細胞コーディング変異の合計数がＩＣＭ療法に対する応答と相関することを示した（６、３〜５、６５）。本観察についての説明は、腫瘍によって提示されたネオペプチドの数が体細胞変異の数によって増加し、逆にＣＤ８＋Ｔ細胞がＩＣＭ療法後のネオエピトープを認識することである（６４）。したがって、我々は、変異負荷との組み合わされたＨＬＡクラスＩ座位での接合性の効果を評価した。この分析は、ＨＬＡクラスＩの同型接合性と低い突然変異負荷が、各クラスＩ座位で異型接合でありかつそれらの腫瘍が高変異負荷を有する患者と比べて、減少した生存と強く関連したことを明らかにした。この効果は、コホート１（Ｐ＝０．００３、ＨＲ＝２．０３、９５％ＣＩ  １．２７〜３．３０、図８Ｄ）及びコホート２（Ｐ＜０．０００１、ＨＲ＝２．９８、９５％ＣＩ  １．８４〜４．８２、図８Ｅ）の両方において見られた。特に、ＨＬＡクラスＩ異型接合性及び変異負荷の生存に対する組み合わせ効果は、コホート１及びコホート２の両方における変異負荷単独と比べてより大きかった（図８、Ｆ及びＧ）。
【０１８６】
以前の研究は、がんにおけるＨＬＡクラスＩ遺伝子の異型接合の消失（ＬＯＨ）の存在を報告している（６６）。したがって、我々は、腫瘍におけるＨＬＡクラスＩのＬＯＨが、生殖系列ＨＬＡクラスＩの同型接合性の場合のように、ＩＣＭ療法後の生存アウトカムに対して同様の効果を有することができるかどうか検討した。我々は、コホート１からの全ての腫瘍エキソームを分析し、全てのＨＬＡクラスＩ座位で異型接合であったがそれらの腫瘍に少なくとも１つのＨＬＡクラスＩ座位を有していた３２名の患者を特定した（付属書１）。我々は、ＨＬＡクラスＩのＬＯＨを有する患者が、各ＨＬＡクラスＩ座位で異型接合でありＬＯＨを有しない患者と比べて、低減した生存と関連していたことを発見した（Ｐ＝０．０５、ＨＲ＝１．６０、９５％ＣＩ  １．０３〜２．４３、図８Ｈ）。上記の結果と一致して、生存に対するＨＬＡクラスＩのＬＯＨの効果は、全てのＨＬＡクラスＩ座位で異型接合であり、ＬＯＨを有せず、かつそれらの腫瘍が高変異負荷を有した患者に比べて、それらの腫瘍が低変異負荷を含有した患者において増強された（Ｐ＝０．０００６、ＨＲ＝３．６８、９５％ＣＩ  １．６４〜８．２３、図８Ｉ）。まとめると、これらの結果は、腫瘍における抗原提示ＨＬＡクラスＩ分子及び変異負荷の患者特異的多様性が、細胞表面上に提示される免疫原性ネオ抗原の数に共に影響し、逆にＩＣＭ療法に対する応答に影響を与えることを示す。さらに、生殖系列及び体細胞レベル両方でＩＣＭ療法で治療された患者におけるＨＬＡクラスＩの異型接合性に対する有意な生存優位性の証明は、動的な抗腫瘍免疫応答及びその回避におけるその重要性を強調する。
【０１８７】
抗ＰＤ−１または抗ＣＴＬＡ−４療法後の個々のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子の臨床的関連性を調べるために、我々は、ＩＣＭ治療後の全生存に対するＨＬＡクラスＩスーパータイプの効果を検討した。個々のＨＬＡクラスＩ対立遺伝子は、１２個の分離したスーパータイプ（またはスーパーファミリー）に分類される（６７、６８）。同じスーパータイプ内のＨＬＡ対立遺伝子は同様のペプチドを提示することが期待されており、この分類は異なるＨＬＡクラスＩ分子によりペプチド結合モチーフの共有された提示についての強力な証拠によって支持される（２５、６７、６８）。重要なことだが、これらのスーパータイプは、共に異なる集団で見られるほとんどのＨＬＡ−Ａ及びＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子を扱う（６７、６８）。
【０１８８】
ＨＬＡ対立遺伝子の多様性が存在すれば我々は意味深い分析のための２つの患者のセットにおいて十分な患者を有したので、生存に対するＨＬＡスーパータイプの効果を評価するため、我々は、黒色腫患者に集中した。スーパータイプの生物学的な定義に基づいて、我々は、黒色腫を有する患者において存在する２７のＨＬＡ−Ａ対立遺伝子を６つのＡスーパータイプに、かつ５０のＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子を６つのＢスーパータイプに分類した（付属書１及び図９Ａ）。我々は、各ＨＬＡスーパーファミリーがＩＣＭ治療後の生存と関連したかどうかを決定した。驚くべきことに、この分析は、抗ＣＴＬＡ−４で治療された進行性黒色腫を有する患者において生存アウトカムと関連した２つのスーパータイプ、両方ともＢスーパータイプを特定した。Ｂ４４スーパーファミリー対立遺伝子を有する患者は有意により良い全生存を有し（Ｐ＝０．０１、ＨＲ＝０．６１、９５％ＣＩ  ０．４２〜０．８９）（表３）Ｂ６２対立遺伝子を有する患者は有意により減少した生存を有した（Ｐ＝０．０００７、ＨＲ＝２．２９、９５％ＣＩ  １．４０〜３．７）（表３）。これらの患者において、Ｂ４４スーパータイプは、４５％の有病率で存在し、Ｂ６２スーパータイプは１５％であった（図９Ａ）。我々は、おそらく限定されたサンプルサイズにより、ＮＳＣＬＣを有する患者において全生存に有意に関連したいかなるスーパータイプも発見しなかった。
【表３−３】
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【表３−４】
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【０１８９】
次に、我々は、これらのスーパータイプの関連が特定のコンポーネントＨＬＡクラスＩ対立遺伝子の存在による影響を受けたかどうかを検討した。Ｂ４４の関連は、ＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０５、及びＨＬＡ−Ｂ＊５０：０１による影響を受けた（Ｐ＝０．００１、ＨＲ＝０．４９、９５％ＣＩ  ０．３２〜０．７６、図９Ｃ）（表３）。そして、Ｂ６２の関連は、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１により有意に引き起こされた（Ｐ＝０．００２、ＨＲ＝２．２１、９５％ＣＩ  １．３３〜３．７、図１０Ａ）（表３）。多重比較のための保守的なボンフェローニ補正後、これらのＢ４４及びＢ６２スーパータイプ対立遺伝子の関連の両方が統計学的に有意だった（それぞれ、Ｐ＝０．０１及びＰ＝０．０２）。
【０１９０】
患者の個々のセット、コホート２において、Ｂ４４スーパータイプ対立遺伝子を有し抗ＰＤ−１または抗ＣＴＬＡ−４で治療された黒色腫患者は、有意により良い全生存を有した（Ｐ＝０．０５、ＨＲ＝０．３２、９５％ＣＩ  ０．０９〜１．１、図９、Ｂ及びＤ）。変異負荷、腫瘍ステージ、年齢、及び薬物クラス（抗ＣＴＬＡ−４または抗ＰＤ−１）をコホート１（表６）及びコホート２（表７）の両方に含めた際、Ｂ４４の増加した生存との関連は、多変量解析において有意のままであった。腫瘍における体細胞変異負荷も考慮された際、Ｂ４４の延長した生存に対する効果が増強された。Ｂ４４を保有する黒色腫を有し、それらの腫瘍が高変異負荷を含有する患者は、コホート１（Ｐ＜０．０００１、ＨＲ＝０．２３、９５％ＣＩ  ０．１３〜０．４１、図９Ｅ）及びコホート２（Ｐ＝０．０２３、ＨＲ＝０．１３、９５％ＣＩ  ０．０２〜１．０７、図９Ｆ）において、Ｂ４４を運搬せず、かつ低変異負荷を含有する腫瘍を有する患者と比べて、有意に長引いた生存を有した。Ｂ４４及び変異負荷の組み合わせ効果は、コホート１及びコホート２の両方において変異負荷単独を単に考慮するよりも大きかった（図９、Ｇ及びＨ）。我々は、一般に、ＩＣＭ療法を受けかつＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴのため我々のプロトコルに生じた患者がより長く生存したため、コホート２における黒色腫患者のアウトカムが、コホート１におけるよりも良い傾向があったことに注目した。しかし、この傾向にも関わらず、我々は、Ｂ４４スーパーファミリー対立遺伝子からの有意な効果を観察した。特に、Ｂ４４スーパータイプは、Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）からの黒色腫を有する患者における全生存と関連せず、Ｂ４４の存在がＩＣＭ両方に対する応答の予測であるが予後でないことを示唆している（図９Ｉ）。
【表６】
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【表７−１】
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【表７−２】
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【０１９１】
Ｂ４４スーパータイプのメンバーは、Ｎ末端近傍のアンカー位置Ｐ２（Ｇｌｕ）での負荷電残基及びＣ末端での極性残基と、ペプチドに対する嗜好性を共有する（６９）（図９Ｊ）。黒色腫により発現されいくつもの以前に特定された免疫原性抗原は、ＨＬＡ−Ｂ＊４４：０３及びＨＬＡ−Ｂ＊１８：０１（共にＢ４４のメンバー）に制限されると示された精巣抗原ＭＡＧＥＡ３エピトープと、コホート１からのＣＴＬＡ−４阻害剤に対する長期的応答を誘導した黒色腫患者において特定された免疫原性クローンネオ抗原（ＦＡＭ３Ｃ：ＴＥＳＰＦＥＱＨＩ）（表８）とを含むＨＬＡ−Ｂ４４制限である（図９Ｊ及び表８）、（３、１５）。追加的に、腫瘍を発現するＮＹ−ＥＳＯ−１における自発的免疫応答とのＢ４４の関連は、最近報告された。（７０）。まとめると、これらのデータは、Ｂ４４が、ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される腫瘍由来抗原の提示を容易にすることができ、逆にＩＣＭ療法後の改善した生存アウトカムに貢献することを示唆する。
【表８】
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ＷＴスコア及びネオ抗原スコアは、ＮｅｔＭＨＣバージョン４．０によって予測される、それぞれ、野生型ペペチド及びその変異ペプチドの結合強度を指す（７３）。
【０１９２】
対照的に、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１対立遺伝子によって引き起こされる乏しい生存とのＢ６２の関連は、興味深かった（図１０Ａ）（表３）。探索的分析において、我々は、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１対立遺伝子における任意の分子的特徴が免疫療法後の生存に対するその効果と関連するかどうか決定しようと努めた。三次元構造分析のために利用可能であった全てのＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子から（Ｎ＝１１９、付属書２）、我々は、位置６２，６６、１６３でペプチド結合溝における構造的架橋を保有する、３つの対立遺伝子、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１（ＰＤＢ  ＩＤ：１ＸＲ９）、ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２（ＰＤＢ  ＩＤ：５ＥＯ０）、及びＨＬＡ−Ｂ＊５３：０１（ＰＤＢ  ＩＤ：１Ａ１Ｍ）をそれらの最高解像度で特定した。ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１における架橋は、どうやら結合ペプチド残基位置Ｐ２及びＰ３を隔離する（図１０、Ｂ及びＣ）。
【０１９３】
著しいペプチド提示が本対立遺伝子について報告されているため、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１対立遺伝子に関連した乏しい生存は、本ペプチドへの単純な不全を反映することができない（７１）。したがって、我々は、この特定の構造的特徴がＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１分子上に提示されたネオエピトープの効果的なＴ細胞認識を調節できることを仮定した。本仮説の妥当性を評価するために、我々は、以前の研究で使用された同様のプロトコルに従って、以下のこれらの３つのＨＬＡクラスＩ分子に対して分子動力学（ＭＤ）シミュレーションを実施した（５３〜５５）。
【０１９４】
ＨＬＡ−Ｂ＊０７：０２及びＨＬＡ−Ｂ＊５３：０１の場合、分子動力学シミュレーションは、結合ペプチドが効果的に架橋を破壊してそれぞれのＨＬＡ結合間隙を拡張することを示した（図１２、Ａ〜Ｄ）。逆に、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１分子において、架橋は存在するペプチドと共に大いに維持され、そして架橋残基もはるかにより低い可動性となされた（図１０、Ｄ及びＥ）。図１０Ｄは、単離されたＨＬＡ  Ｂ＊１５：０１分子及び９−ｍｅｒＵＢＣＨ６ペプチドとのその複合体両方のＭＤシミュレーションスナップショットを示し、各々は５００ｎｓの動力学の経過にわたる。両方の場合、架橋残基（Ａｒｇ６２、Ｉｌｅ６６、及びＬｅｕ１６３）は、それらの結晶座標が緩和され、トラジェクトリが進行するにつれ架橋残基位置がゆらぐ際、多少分離した。しかし、結晶構造において見られる一般的な架橋構成は、我々のシミュレートされたコンホメーションアンサンブルにおいて保存された（図１０、Ｄ及びＥ）。図１０Ｅに示すように、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１におけるペプチド結合溝の占有は、架橋残基動力学を抑止する効果を有した。平均架橋分離はＨＬＡ  Ｂ＊１５：０１の両方の系においてほぼ一定（約６Å）のままであったが（図１０Ｅ）、この距離のゆらぎはペプチド結合複合体においてより劇的でなかった。残基位置根平均二乗ゆらぎ（ＲＭＳＦ）は、架橋残基の各々がペプチドの存在でより剛性であったことを示す（図１０Ｅ）。要するに、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１分子のこれらの独特な構造的かつ動力学的要素は、ＨＬＡ−Ｂ＊１５：０１ネオエピトープとＴ細胞受容体との間の有効な抗原認識のための相互作用の総強度を損なう。しかし、さらなる実験作業は、本仮説を検証するために必要となるであろう。
【０１９５】
したがって、ここで示される結果は、ＨＬＡクラスＩ遺伝子がＩＣＭ療法での生存アウトカムに影響を与えることを示す。我々のデータは、患者特異的ＨＬＡクラスＩ遺伝子型及び体細胞改変は、組み合わせてまたは代替において、腫瘍においてＩＣＭ療法後の臨床的アウトカムに影響することを示す。どちらも、将来の臨床試験及び／または推奨される治療投薬の設計中に考慮され得る。Ｂ４４スーパーファミリーが延長した全生存と関連するという観察は、黒色腫によって発現される免疫優性ＨＬＡ−Ｂ４４制限ネオ抗原を潜在的に標的とする治療ワクチンの開発のための機会を提供することができる。追加的に、我々の発見は、ＨＬＡクラスＩ同型接合性及びＨＬＡクラスＩのＬＯＨが免疫療法の有効性を増強すると考えられ得る遺伝的障壁を表すことを示唆する。
実施例５：承認されたＰＤ−１免疫チェックポイント調節因子のための例示的投薬レジメン
本実施例は、示された免疫チェックポイント調節因子薬剤について米国食品医薬品局によって承認されたある特定の投薬レジメンを記載する。アテゾリズマブ（ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ（商標））
【０１９６】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０１９７】
ＴＥＣＥＮＴＲＩＱは、プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）阻害抗体であって、該抗体が、局所進行性または転移性尿路上皮癌を有する患者の治療のために適応しており、該患者が、
【０１９８】
白金含有化学療法中または白金含有化学療法後に疾患増悪を有し、
【０１９９】
白金含有化学療法でのネオアジュバントまたはアジュバント治療の１２か月以内の疾患増悪を有する、抗体である。
【０２００】
本適応は、腫瘍応答率と応答の持続に基づいて迅速承認の下で承認される。本適応のための継続的な承認は、検証試験における臨床的有用性検証及び説明を条件とすることができる。
【０２０１】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２０２】
３週間毎に６０分にわたって静脈内注入として１２００ｍｇを投与する。
【０２０３】
静脈内注入前に希釈する。
【０２０４】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬形態及び強度−−−−−−−−−−−−−−
【０２０５】
注入：単一用量バイアルにおける１２００ｍｇ／２０ｍＬ（６０ｍｇ／ｍＬ）溶液。
【０２０６】
−−−−−−−−−−−−−−−−禁忌−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２０７】
なし。
【０２０８】
−−−−−−−−−−−−−−警告及び使用上の注意−−−−−−−−−−−−−−
【０２０９】
免疫関連間質性肺炎：中等度の間質性肺炎については控え、重度のまたは重篤な間質性肺炎については永久に中止する。（５．１）
【０２１０】
免疫関連肝炎：肝機能の変化を監視する。中等度のトランスアミナーゼまたは総ビリルビンの上昇については控え、重度のまたは重篤なトランスアミナーゼまたは総ビリルビンの上昇については永久に中止する。
【０２１１】
免疫関連大腸炎：中等度のまたは重度の大腸炎については控え、重篤な大腸炎については永久に中止する。
【０２１２】
免疫関連内分泌疾患：
【０２１３】
下垂体炎：中等度のまたは重度の下垂体炎については控え、重篤な下垂体炎については永久に中止する。
【０２１４】
甲状腺障害：甲状腺機能の変化を監視する。症候性甲状腺疾患については控える。
【０２１５】
副腎不全：症候性副腎不全については控える。
【０２１６】
１型糖尿病：≧グレード３の高血糖については控える。
【０２１７】
免疫関連筋無力症候群／重症筋無力症、ギランバレーまたは髄膜脳炎：任意のグレードについては永久に中止する。
【０２１８】
眼球炎症性毒性：中等度の眼球炎症性毒性については控え、重度の眼球炎症性毒性については永久に中止する。
【０２１９】
免疫関連膵炎：中等度のまたは重度の膵炎については控え、重篤な膵炎または任意のグレードの再発性膵炎については永久に中止する。
【０２２０】
感染：重度のまたは重篤な感染については控える。
【０２２１】
注入反応：軽度のまたは中等度の注入反応については中断するか、または注入速度を遅らせ、重度のまたは重篤な注入反応については中止する。
【０２２２】
胚−胎児毒性：ＴＥＣＥＮＴＲＩＱは胎児の害を引き起こし得る。胎児に対する潜在的なリスク及び効果的な避妊法の使用について生殖能力のある女性にアドバイスする。
アベルマブ（ＢＡＶＥＮＣＩＯ（登録商標））
【０２２３】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２２４】
ＢＡＶＥＮＣＩＯは、転移性メルケル細胞癌（ＭＣＣ）を有する大人及び１２歳以上の小児の治療のために適応した、プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）阻害抗体である。
【０２２５】
本適応は、迅速承認の下で承認されている。本適応のための継続的な承認は、検証試験における臨床的有用性検証及び説明を条件とすることができる。
【０２２６】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２２７】
２週間毎に６０分にわたって静脈内注入として１０ｍｇ／ｋｇを投与する。
【０２２８】
最初の４つの注入及び必要に応じその後、アセトアミノフェン及び抗ヒスタミン薬で前投与する。
【０２２９】
−−−−−−−−−−−−−−−投薬形態及び強度−−−−−−−−−−−−−−−
【０２３０】
注入：単一用量バイアルにおける２００ｍｇ／１０ｍＬ（２０ｍｇ／ｍＬ）溶液。
【０２３１】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−禁忌−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２３２】
なし。（４）
【０２３３】
−−−−−−−−−−−−−−警告及び使用上の注意−−−−−−−−−−−−−−
【０２３４】
免疫介在性間質性肺炎：中等度の間質性肺炎については控え、重度の、重篤な、または再発性間質性肺炎については永久に中止する。
【０２３５】
免疫介在性肝炎：肝機能の変化を監視する。中等度の肝炎については控え、重度のまたは重篤な肝炎については永久に中止する。
【０２３６】
免疫介在性大腸炎：中等度または重度の大腸炎については控え、重篤なまたは再発性大腸炎については永久に中止する。
【０２３７】
免疫介在性内分泌疾患：重度のまたは重篤な内分泌疾患については控える。
【０２３８】
免疫介在性腎炎及び腎機能障害：中等度のまたは重度の腎炎及び腎機能障害については控え、重篤な腎炎及び腎機能障害については永久に中止する。
【０２３９】
注入関連反応：軽度のまたは中等度の注入関連反応については中断するか、または注入速度を遅らせる。重度のまたは重篤な注入関連反応については注入を停止しＢＡＶＥＮＣＩＯを永久に中止する。
【０２４０】
胚−胎児毒性：ＢＡＶＥＮＣＩＯは胎児の害を引き起こし得る。胎児に対する潜在的なリスク及び効果的な避妊法の使用についてアドバイスする。
デュルバルマブ（ＩＭＦＩＮＺＩ（商標））
【０２４１】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２４２】
ＩＭＦＩＮＺＩは、プログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）阻害抗体であって、該抗体が患者の治療のために適応しており、該患者が、
【０２４３】
局所進行性または転移性尿路上皮癌を有し、
【０２４４】
白金含有化学療法中または白金含有化学療法後に疾患増悪を有し、
【０２４５】
白金含有化学療法でのネオアジュバントまたはアジュバント治療の１２か月以内の疾患増悪を有する、抗体である。
【０２４６】
本適応は、腫瘍応答率と応答の持続に基づいて迅速承認の下で承認される。本適応のための継続的な承認は、検証試験における臨床的有用性検証及び説明を条件とすることができる。
【０２４７】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２４８】
２週間毎に６０分にわたって静脈内注入として１０ｍｇ／ｋｇを投与する。
【０２４９】
最初の４つの注入及び必要に応じその後、アセトアミノフェン及び抗ヒスタミン薬で前投与する。
【０２５０】
−−−−−−−−−−−−−−−投薬形態及び強度−−−−−−−−−−−−−−−
【０２５１】
２週間毎に６０分にわたって静脈内注入として１０ｍｇ／ｋｇを投与し、静脈内投与前に希釈する。
【０２５２】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−禁忌−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２５３】
なし。
【０２５４】
−−−−−−−−−−−−−−警告及び使用上の注意−−−−−−−−−−−−−−
【０２５５】
免疫介在性間質性肺炎：中等度の間質性肺炎については控え、重度のまたは重篤な間質性肺炎については永久に中止する。
【０２５６】
免疫介在性肝炎：肝機能の変化を監視する。
【０２５７】
中等度のトランスアミナーゼまたは総ビリルビンの上昇については控え、重度のまたは重篤なトランスアミナーゼまたは総ビリルビンの上昇については永久に中止する。
【０２５８】
免疫介在性大腸炎：中等度の大腸炎については控え、重度のまたは重篤な大腸炎については永久に中止する。
【０２５９】
免疫介在性内分泌疾患：副腎不全、下垂体炎、または１型糖尿病：中等度の、重度の、または重篤なものについては控える。
【０２６０】
免疫介在性腎炎：腎機能の変化を監視する。中等度の腎炎については控え、重度のまたは重篤な腎炎については永久に中止する。
【０２６１】
感染：重度または重篤な感染については控える。
【０２６２】
注入関連反応：軽度のまたは中等度の注入関連反応については注入を中断するか、または注入速度を遅らせ、重度のまたは重篤な注入関連反応については永久に中止する。
【０２６３】
胚−胎児毒性：胎児の害を引き起こし得る。胎児に対する潜在的なリスク及び効果的な避妊法の使用について生殖能力のある女性にアドバイスする。
ニボルマブ（ＯＰＤＩＶＯ（登録商標））
【０２６４】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２６５】
ＯＰＤＩＶＯは、切除不能または転移性黒色腫を有する患者の、イピリムマブ及びＢＲＡＦ  Ｖ６００突然変異が陽性の場合にＢＲＡＦ阻害剤の後の治療に適応したヒトプログラム死受容体−１（ＰＤ−１）阻害抗体である。
【０２６６】
本適応は、腫瘍応答率と応答の持続性に基づいて迅速承認の下で承認される。本適応のための継続的な承認は、検証試験における臨床的有用性検証及び説明を条件とすることができる。（１、１４）
【０２６７】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２６８】
２週間毎に６０分にわたって静脈内注入として３ｍｇ／ｋｇを投与する。
【０２６９】
−−−−−−−−−−−−−−−投薬形態及び強度−−−−−−−−−−−−−−−
【０２７０】
注入：単回使用バイアルにおける４０ｍｇ／４ｍＬ及び１００ｍｇ／１０ｍＬ溶液。
【０２７１】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−禁忌−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２７２】
なし。
【０２７３】
−−−−−−−−−−−−−−警告及び使用上の注意−−−−−−−−−−−−−−
【０２７４】
免疫関連有害反応：反応の重症度に基づいてコルチコステロイドを投与する。
【０２７５】
免疫介在性間質性肺炎：中等度の間質性肺炎については控え、重度のまたは重篤な間質性肺炎については永久に中止する。
【０２７６】
免疫関連大腸炎：中等度のまたは重度の大腸炎については控え、重篤な大腸炎については永久に中止する。
【０２７７】
免疫介在性肝炎：肝機能の変化を監視する。中等度のトランスアミナーゼまたは総ビリルビンの上昇については控え、重度のまたは重篤なトランスアミナーゼまたは総ビリルビンの上昇については永久に中止する。
【０２７８】
免疫介在性腎炎及び腎機能障害：腎機能の変化を監視する。中等度の血漿クレアチニンの上昇については控え、重度のまたは重篤な血漿クレアチニンの上昇については永久に中止する。
【０２７９】
免疫介在性甲状腺機能低下症及び甲状腺機能亢進症：甲状腺機能の変化を監視する。必要に応じて甲状腺ホルモン補充を開始する。
【０２８０】
胚胎児毒性：胎児の害を引き起こし得る。胎児に対する潜在的なリスク及び効果的な避妊法の使用についてアドバイスする。
ペムブロリズマブ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標））
【０２８１】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２８２】
ＫＥＹＴＲＵＤＡは、切除不能または転移性黒色腫を有する患者の、イピリムマブ及びＢＲＡＦ  Ｖ６００突然変異が陽性の場合にＢＲＡＦ阻害剤の後の治療に適応したヒトプログラム死受容体−１（ＰＤ−１）阻害抗体である。
【０２８３】
本適応は、腫瘍応答率と応答の持続性に基づいて迅速承認の下で承認される。生存または疾患関連症状の改善は、いまだ確立されていない。本適応のための継続的な承認は、検証試験における臨床的有用性検証及び説明を条件とすることができる。
【０２８４】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２８５】
３週間毎に３０分にわたって静脈内注入として２ｍｇ／ｋｇを投与する。
【０２８６】
静脈内注入前に再構成し希釈する。
【０２８７】
−−−−−−−−−−−−−−−投薬形態及び強度−−−−−−−−−−−−−−−
【０２８８】
注射用：５０ｍｇ、再構成のための単回使用バイアルにおける凍結乾燥粉末。
【０２８９】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−禁忌−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０２９０】
なし。
【０２９１】
−−−−−−−−−−−−−−警告及び使用上の注意−−−−−−−−−−−−−−
【０２９２】
免疫関連有害反応：反応の重症度に基づいてコルチコステロイドを投与する。
【０２９３】
免疫介在性間質性肺炎：中等度の間質性肺炎については控え、重度のまたは重篤な間質性肺炎については永久に中止する。
【０２９４】
免疫関連大腸炎：中等度のまたは重度の大腸炎については控え、重篤な大腸炎については永久に中止する。
【０２９５】
免疫介在性肝炎：肝機能の変化を監視する。肝酵素の上昇の重症度に基づき、保留または中止する。
【０２９６】
免疫介在性下垂体炎：中等度の下垂体炎については控え、重度の下垂体炎については控えるかまたは中止し、重篤な下垂体炎については永久に中止する。
【０２９７】
免疫介在性腎炎：腎機能の変化を監視する。中等度の腎炎については控え、重度のまたは重篤な腎炎については永久に中止する。
【０２９８】
免疫介在性甲状腺機能亢進症及び甲状腺機能低下症：甲状腺機能の変化を監視する。重度の甲状腺機能亢進症については控え、重篤な甲状腺機能亢進症については永久に中止する。
【０２９９】
胚胎児毒性：ＫＥＹＴＲＵＤＡは、胎児の害を引き起こし得る。胎児に対する潜在的なリスクについて生殖能力のある女性にアドバイスする。
実施例６：承認されたＣＴＬＡ−４免疫チェックポイント調節因子のための例示的投薬レジメン
本実施例は、示された免疫チェックポイント調節因子薬剤について米国食品医薬品局によって承認されたある特定の投薬レジメンを記載する。
イピリムマブ（ＹＥＲＶＯＹ（商標））
【０３００】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３０１】
ＹＥＲＶＯＹは、以下に適応したヒト細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）阻害抗体である：
【０３０２】
切除不能または転移性黒色腫の治療。
【０３０３】
１ｍｍ超のリンパ節の領域リンパ節の病理学的関与を有する皮膚黒色腫を有し、リンパ節全摘出術を含む感染切除を経験した患者のアジュバント治療。
【０３０４】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３０５】
切除不能または転移性黒色腫：３ｍｇ／ｋｇが合計４つの用量について３週間毎に９０分にわたって静脈内投与される。
【０３０６】
アジュバント黒色腫：１０ｍｇ／ｋｇが４つの用量について３週間毎に９０分にわたって静脈内投与され、その後１０ｍｇ／ｋｇが１２週毎に最長３年間または記録された疾患再発もしくは許容できない毒性まで投与される。
【０３０７】
重篤な有害反応については永久に中止する。
【０３０８】
−−−−−−−−−−−−−−−投薬形態及び強度−−−−−−−−−−−−−−−
【０３０９】
注射：５０ｍｇ／１０ｍＬ（５ｍｇ／ｍＬ）
【０３１０】
注射：２００ｍｇ／４０ｍＬ（５ｍｇ／ｍＬ）
【０３１１】
−−−−−−−−−−−−−−−−−−禁忌−−−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３１２】
なし。
【０３１３】
−−−−−−−−−−−−−−警告及び使用上の注意−−−−−−−−−−−−−−
【０３１４】
免疫介在性有害反応：重篤な反応については永久に中止する。中等度免疫介在性有害反応については、ベースライン、軽度の重症度への改善、または完全な回復に戻るまで控え、患者は日当たり７．５ｍｇプレドニゾンまたは等量未満を受ける。重度の、慢性、または再発性免疫介在性反応については、全身高用量コルチコステロイドを投与する。
【０３１５】
免疫介在性肝炎：ＹＥＲＶＯＹの各用量前に肝機能検査を評価する。
【０３１６】
免疫介在性内分泌疾患：各用量前に臨床的化学物質、ＡＣＴＨレベル、及び甲状腺機能検査を監視する。内分泌疾患の徴候及び症状について各来院時に評価する。必要に応じてホルモン補充療法を実施する。
【０３１７】
胚−胎児毒性：胎児の害を引き起こし得る。胎児に対する潜在的なリスク及び効果的な避妊法の使用についてアドバイスする。
トレメリムマブ
【０３１８】
−−−−−−−−−−−−−−−−適応及び使用−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３１９】
トレメリムマブは、ヒト細胞傷害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ−４）阻害抗体であり、未だに以下、
【０３２０】
頭頸部癌、ＨＲ＋／ＨＥＲ２乳癌、悪性中皮腫、黒色腫、転移性腎細胞癌、切除不能悪性黒色腫、尿路上皮癌、ＮＳＣＬＣなどの治療について臨床試験中である。
【０３２１】
−−−−−−−−−−−−−−−−投薬及び投与−−−−−−−−−−−−−−−−
【０３２２】
１つ以上の他の薬物との組み合わせで、トレメリムマブは、月に１回治療レジメンのうち３つを繰り返す投薬サイクルの２９日目に１時間にわたってＩＶを介して与えられる。用量は、６ｍｇ／ｋｇ〜１５ｍｇ／ｋｇの範囲である。代替的に、１つ以上の他の薬物との組み合わせでまたは単独で与えられ、トレメリムマブは、１５ｍｇ／ｋｇの濃度で４つのサイクルの間９０日毎にＩＶを介して与えられるか、または１６週目での追加的用量を有する４つのサイクルについて１２週の間３週毎にＩＶを介して与えられる。
付属書１  コホート１
【表Ｂ−１】
2020535230.tif 000021
【表Ｂ−２】
2020535230.tif 000022
【表Ｂ−３】
2020535230.tif 000023
【表Ｂ−４】
2020535230.tif 000024
【表Ｂ−５】
2020535230.tif 000025
【表Ｂ−６】
2020535230.tif 000026
【表Ｂ−７】
2020535230.tif 000027
【表Ｂ−８】
2020535230.tif 000028
【表Ｂ−９】
2020535230.tif 000029
【表Ｂ−１０】
2020535230.tif 000030
【表Ｂ−１１】
2020535230.tif 000031
【表Ｂ−１２】
2020535230.tif 000032
【表Ｂ−１３】
2020535230.tif 000033
【表Ｂ−１４】
2020535230.tif 000034
【表Ｂ−１５】
2020535230.tif 000035
【表Ｂ−１６】
2020535230.tif 000036
【表Ｂ−１７】
2020535230.tif 000037
【表Ｂ−１８】
2020535230.tif 000038
【表Ｂ−１９】
2020535230.tif 000039
【表Ｂ−２０】
2020535230.tif 000040
【表Ｂ−２１】
2020535230.tif 000041
【表Ｂ−２２】
2020535230.tif 000042
【表Ｂ−２３】
2020535230.tif 000043
【表Ｂ−２４】
2020535230.tif 000044
【表Ｂ−２５】
2020535230.tif 000045
【表Ｂ−２６】
2020535230.tif 000046
【表Ｂ−２７】
2020535230.tif 000047
【表Ｂ−２８】
2020535230.tif 000048
【表Ｂ−２９】
2020535230.tif 000049
【表Ｂ−３０】
2020535230.tif 000050
【表Ｂ−３１】
2020535230.tif 000051
【表Ｂ−３２】
2020535230.tif 000052
【表Ｂ−３３】
2020535230.tif 000053
【表Ｂ−３４】
2020535230.tif 000054
【表Ｂ−３５】
2020535230.tif 000055
【表Ｂ−３６】
2020535230.tif 000056
【表Ｂ−３７】
2020535230.tif 000057
【表Ｂ−３８】
2020535230.tif 000058
【表Ｂ−３９】
2020535230.tif 000059
【表Ｂ−４０】
2020535230.tif 000060
【表Ｂ−４１】
2020535230.tif 000061
【表Ｂ−４２】
2020535230.tif 000062
【表Ｂ−４３】
2020535230.tif 000063
【表Ｂ−４４】
2020535230.tif 000064
【表Ｂ−４５】
2020535230.tif 000065
【表Ｂ−４６】
2020535230.tif 000066
【表Ｂ−４７】
2020535230.tif 000067
【表Ｂ−４８】
2020535230.tif 000068
【表Ｂ−４９】
2020535230.tif 000069
【表Ｂ−５０】
2020535230.tif 000070
【表Ｂ−５１】
2020535230.tif 000071
【表Ｂ−５２】
2020535230.tif 000072
付属書１  コホート２
【表Ｃ−１】
2020535230.tif 000073
【表Ｃ−２】
2020535230.tif 000074
【表Ｃ−３】
2020535230.tif 000075
【表Ｃ−４】
2020535230.tif 000076
【表Ｃ−５】
2020535230.tif 000077
【表Ｃ−６】
2020535230.tif 000078
【表Ｃ−７】
2020535230.tif 000079
【表Ｃ−８】
2020535230.tif 000080
【表Ｃ−９】
2020535230.tif 000081
【表Ｃ−１０】
2020535230.tif 000082
【表Ｃ−１１】
2020535230.tif 000083
【表Ｃ−１２】
2020535230.tif 000084
【表Ｃ−１３】
2020535230.tif 000085
【表Ｃ−１４】
2020535230.tif 000086
【表Ｃ−１５】
2020535230.tif 000087
【表Ｃ−１６】
2020535230.tif 000088
【表Ｃ−１７】
2020535230.tif 000089
【表Ｃ−１８】
2020535230.tif 000090
【表Ｃ−１９】
2020535230.tif 000091
【表Ｃ−２０】
2020535230.tif 000092
【表Ｃ−２１】
2020535230.tif 000093
【表Ｃ−２２】
2020535230.tif 000094
【表Ｃ−２３】
2020535230.tif 000095
【表Ｃ−２４】
2020535230.tif 000096
【表Ｃ−２５】
2020535230.tif 000097
【表Ｃ−２６】
2020535230.tif 000098
【表Ｃ−２７】
2020535230.tif 000099
【表Ｃ−２８】
2020535230.tif 000100
【表Ｃ−２９】
2020535230.tif 000101
【表Ｃ−３０】
2020535230.tif 000102
【表Ｃ−３１】
2020535230.tif 000103
【表Ｃ−３２】
2020535230.tif 000104
【表Ｃ−３３】
2020535230.tif 000105
【表Ｃ−３４】
2020535230.tif 000106
【表Ｃ−３５】
2020535230.tif 000107
【表Ｃ−３６】
2020535230.tif 000108
【表Ｃ−３７】
2020535230.tif 000109
【表Ｃ−３８】
2020535230.tif 000110
【表Ｃ−３９】
2020535230.tif 000111
【表Ｃ−４０】
2020535230.tif 000112
【表Ｃ−４１】
2020535230.tif 000113
【表Ｃ−４２】
2020535230.tif 000114
【表Ｃ−４３】
2020535230.tif 000115
【表Ｃ−４４】
2020535230.tif 000116
【表Ｃ−４５】
2020535230.tif 000117
【表Ｃ−４６】
2020535230.tif 000118
【表Ｃ−４７】
2020535230.tif 000119
【表Ｃ−４８】
2020535230.tif 000120
【表Ｃ−４９】
2020535230.tif 000121
【表Ｃ−５０】
2020535230.tif 000122
【表Ｃ−５１】
2020535230.tif 000123
【表Ｃ−５２】
2020535230.tif 000124
【表Ｃ−５３】
2020535230.tif 000125
【表Ｃ−５４】
2020535230.tif 000126
【表Ｃ−５５】
2020535230.tif 000127
【表Ｃ−５６】
2020535230.tif 000128
【表Ｃ−５７】
2020535230.tif 000129
【表Ｃ−５８】
2020535230.tif 000130
【表Ｃ−５９】
2020535230.tif 000131
【表Ｃ−６０】
2020535230.tif 000132
【表Ｃ−６１】
2020535230.tif 000133
【表Ｃ−６２】
2020535230.tif 000134
【表Ｃ−６３】
2020535230.tif 000135
【表Ｃ−６４】
2020535230.tif 000136
【表Ｃ−６５】
2020535230.tif 000137
【表Ｃ−６６】
2020535230.tif 000138
【表Ｃ−６７】
2020535230.tif 000139
【表Ｃ−６８】
2020535230.tif 000140
【表Ｃ−６９】
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【表Ｃ−７０】
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【表Ｃ−７１】
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【表Ｃ−７２】
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【表Ｃ−７３】
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【表Ｃ−７４】
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【表Ｃ−７５】
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【表Ｃ−７６】
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【表Ｃ−７７】
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【表Ｃ−７８】
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【表Ｃ−７９】
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【表Ｃ−８０】
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【表Ｃ−８１】
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【表Ｃ−８２】
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【表Ｃ−８３】
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【表Ｃ−８４】
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【表Ｃ−８５】
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【表Ｃ−８６】
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【表Ｃ−８７】
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【表Ｃ−８８】
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【表Ｃ−８９】
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【表Ｃ−９０】
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【表Ｃ−９１】
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【表Ｃ−９２】
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【表Ｃ−９３】
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【表Ｃ−９４】
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【表Ｃ−９５】
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【表Ｃ−９６】
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【表Ｃ−９７】
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【表Ｃ−９８】
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【表Ｃ−９９】
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【表Ｃ−１００】
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【表Ｃ−１０１】
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【表Ｃ−１０２】
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【表Ｃ−１０３】
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【表Ｃ−１０４】
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【表Ｃ−１０５】
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【表Ｃ−１０６】
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【表Ｃ−１０７】
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【表Ｃ−１０８】
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【表Ｃ−１０９】
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【表Ｃ−１１０】
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【表Ｃ−１１１】
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【表Ｃ−１１２】
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付属書２
【表Ｄ−１】
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【表Ｄ−２】
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【表Ｄ−３】
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【表Ｄ−４】
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【表Ｄ−５】
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【表Ｄ−６】
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【表Ｄ−７】
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【表Ｄ−８】
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【表Ｄ−９】
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【表Ｄ−１０】
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【表Ｄ−１１】
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【表Ｄ−１２】
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【表Ｄ−１３】
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【表Ｄ−１４】
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【表Ｄ−１５】
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【表Ｄ−１６】
2020535230.tif 000200
［参照文献］
１．Ｃａｌｌａｈａｎ  ＭＫ，Ｐｏｓｔｏｗ  ＭＡ，Ｗｏｌｃｈｏｋ  ＪＤ．Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｔ  Ｃｅｌｌ  Ｃｏ−ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ．２０１６；４４（５）：１０６９−１０７８．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｉｍｍｕｎｉ．２０１６．０４．０２３．
２．Ｇｉｂｎｅｙ  ＧＴ，Ｗｅｉｎｅｒ  ＬＭ，Ａｔｋｉｎｓ  ＭＢ．Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  ｆｏｒ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ−ｂａｓｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ．２０１６；１７（１２）：ｅ５４２−ｅ５５１．ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ１４７０−２０４５（１６）３０４０６−５．
３．Ｓｎｙｄｅｒ  Ａ，Ｍａｋａｒｏｖ  Ｖ，Ｍｅｒｇｈｏｕｂ  Ｔ，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ｂａｓｉｓ  ｆｏｒ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ＣＴＬＡ−４  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ．２０１４；３７１（２３）：２１８９−２１９９．ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ１４０６４９８．
４．Ｖａｎ  Ａｌｌｅｎ  ＥＭ，Ｍｉａｏ  Ｄ，Ｓｃｈｉｌｌｉｎｇ  Ｂ，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｏｆ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ＣＴＬＡ−４  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５；３５０（６２５７）：２０７−２１１．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｄ００９５．
５．Ｒｉｚｖｉ  ＮＡ，Ｈｅｌｌｍａｎｎ  ＭＤ，Ｓｎｙｄｅｒ  Ａ，ｅｔ  ａｌ．Ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ｔｏ  ＰＤ−１  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  ｎｏｎ−ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５；３４８（６２３０）：１２４−１２８．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａａ１３４８．
６．Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ＪＥ，Ｈｏｆｆｍａｎ−Ｃｅｎｓｉｔｓ  Ｊ，Ｐｏｗｌｅｓ  Ｔ，ｅｔ  ａｌ．Ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｌｏｃａｌｌｙ  ａｄｖａｎｃｅｄ  ａｎｄ  ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  ｕｒｏｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｗｈｏ  ｈａｖｅ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｅｄ  ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  ｐｌａｔｉｎｕｍ−ｂａｓｅｄ  ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ：ａ  ｓｉｎｇｌｅ−ａｒｍ，ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｒｅ，ｐｈａｓｅ  ２  ｔｒｉａｌ．Ｌａｎｃｅｔ．２０１６；３８７（１００３１）：１９０９−１９２０．ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ０１４０−６７３６（１６）００５６１−４．
７．Ｈｕｇｏ  Ｗ，Ｚａｒｅｔｓｋｙ  ＪＭ，Ｓｕｎ  Ｌ，ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｏｍｉｃ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｉｃ  Ｆｅａｔｕｒｅｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ａｎｔｉ−ＰＤ−１  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｉｎ  Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｃｅｌｌ．２０１６；１６５（１）：３５−４４．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０１６．０２．０６５．
８．Ｃｈｅｎｇ  ＤＴ，Ｍｉｔｃｈｅｌｌ  ＴＮ，Ｚｅｈｉｒ  Ａ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ−Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ｍｕｔａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  Ａｃｔｉｏｎａｂｌｅ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔａｒｇｅｔｓ  （ＭＳＫ−ＩＭＰＡＣＴ）：Ａ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｃａｐｔｕｒｅ−Ｂａｓｅｄ  Ｎｅｘｔ−Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ａｓｓａｙ  ｆｏｒ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｄｉａｇｎ．２０１５；１７（３）：２５１−２６４．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｍｏｌｄｘ．２０１４．１２．００６．
９．Ｆｒａｍｐｔｏｎ  ＧＭ，Ｆａｂｒｉｚｉｏ  Ｄ，Ｃｈａｌｍｅｒｓ  ＺＲ，ｅｔ  ａｌ．Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｕｍｏｒ  ｍｕｔａｔｉｏｎ  ｂｕｒｄｅｎ  ｆｒｏｍ＞６０，０００  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｃａｎｃｅｒ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｕｓｉｎｇ  ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ．Ｉｎ：Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ，Ｖｏｌ  ３４．２０１６．１１５５８
１０．Ｊｏｈｎｓｏｎ  ＤＢ，Ｆｒａｍｐｔｏｎ  ＧＭ，Ｒｉｏｔｈ  ＭＪ，ｅｔ  ａｌ．Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｎｅｘｔ  Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  Ｍａｒｋｅｒｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ＰＤ−１  Ｂｌｏｃｋａｄｅ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｓ．２０１６；４（１１）：９５９−９６７．ｄｏｉ：１０．１１５８／２３２６−６０６６．ＣＩＲ−１６−０１４３．
１１．Ｚｅｈｉｒ  Ａ，Ｂｅｎａｙｅｄ  Ｒ，Ｓｈａｈ  ＲＨ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｏｆ  Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｖｅａｌｅｄ  ｆｒｏｍ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｏｆ  １０，０００  Ｐａｔｉｅｎｔｓ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ．Ｓｕｂｍｉｔｔｅｄ．
１２．Ａｌｅｘａｎｄｒｏｖ  ＬＢ，Ｎｉｋ−Ｚａｉｎａｌ  Ｓ，Ｗｅｄｇｅ  ＤＣ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｏｆ  ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｐｒｏｃｅｓｓｅｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔｕｒｅ．２０１３；５００（７４６３）：４１５−４２１．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎａｔｕｒｅ１２４７７．
１３．Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ  ＴＮ，Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ  ＲＤ．Ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１５；３４８（６２３０）：６９−７４．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａａ４９７１．
１４．Ｂｏｕｆｆｅｔ  Ｅ，Ｌａｒｏｕｃｈｅ  Ｖ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ  ＢＢ，ｅｔ  ａｌ．Ｉｍｍｕｎｅ  Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｈｙｐｅｒｍｕｔａｎｔ  Ｇｌｉｏｂｌａｓｔｏｍａ  Ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｅ  Ｒｅｓｕｌｔｉｎｇ  Ｆｒｏｍ  Ｇｅｒｍｌｉｎｅ  Ｂｉａｌｌｅｌｉｃ  Ｍｉｓｍａｔｃｈ  Ｒｅｐａｉｒ  Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．２０１６；３４（１９）：２２０６−２２１１．ｄｏｉ：１０．１２００／ＪＣＯ．２０１６．６６．６５５２．
１５．ＭｃＧｒａｎａｈａｎ  Ｎ，Ｆｕｒｎｅｓｓ  ＡＪＳ，Ｒｏｓｅｎｔｈａｌ  Ｒ，ｅｔ  ａｌ．Ｃｌｏｎａｌ  ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ  ｅｌｉｃｉｔ  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｍｍｕｎｏｒｅａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ｔｏ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｂｌｏｃｋａｄｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．２０１６；３５１（６２８０）：１４６３−１４６９．ｄｏｉ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．ａａｆ１４９０．
１６．Ｂｏｒｇｈａｅｉ  Ｈ，Ｐａｚ−Ａｒｅｓ  Ｌ，Ｈｏｒｎ  Ｌ，ｅｔ  ａｌ．Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ  ｖｅｒｓｕｓ  Ｄｏｃｅｔａｘｅｌ  ｉｎ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｎｏｎｓｑｕａｍｏｕｓ  Ｎｏｎ−Ｓｍａｌｌ−Ｃｅｌｌ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ．２０１５；３７３（１７）：１６２７−１６３９．ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ１５０７６４３．
１７．Ｒｏｓｓ  ＤＳ，Ｚｅｈｉｒ  Ａ，Ｃｈｅｎｇ  ＤＴ，ｅｔ  ａｌ．Ｎｅｘｔ−Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ  ２  （ＥＲＢＢ２）  Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｓｔａｔｕｓ：Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｃｏｎｔｅｘｔ  ｏｆ  ａ  Ｈｙｂｒｉｄ  Ｃａｐｔｕｒｅ−Ｂａｓｅｄ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｓｏｌｉｄ  Ｔｕｍｏｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  Ａｓｓａｙ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｄｉａｇｎ．２０１７；１９（２）：２４４−２５４．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｊｍｏｌｄｘ．２０１６．０９．０１０
１８．Ｄｙｃｋ  Ｌ，Ｍｉｌｌｓ，ＫＨＧ．Ｉｍｍｕｎｅ  Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔｓ  ａｎｄ  ｔｈｅｉｒ  Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ．Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１７；４７（５）：７６５−７７９．ｄｏｉ：１０．１００２／ｅｊｉ．２０１６４６８７５．
１９．  Ｒｉｌｅｙ  ＪＬ．ＰＤ−１  Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ  ｉｎ  Ｐｒｉｍａｒｙ  Ｔ  Ｃｅｌｌｓ．Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｖ．２００９；２２９（１）：１１４−１２５．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１６００−０６５Ｘ．２００９．００７６７．ｘ．
２０．Ｌａｒｋｉｎ  Ａ，Ｃｈｉａｒｉｏｎ−Ｓｉｌｅｎｉ  Ｖ，Ｇｏｎｚａｌｅｚ  Ｅ，ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｍｂｉｎｅｄ  Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ  ａｎｄ  Ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ  ｏｒ  Ｍｏｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｉｎ  Ｕｎｔｒｅａｔｅｄ  Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ２０１５；３７３（１）：２３−３４．ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｏａ１５０４０３０．
２１．Ｈ．Ｉ．Ｖ．Ｃ．Ｓ．Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｈｅ  ｍａｊｏｒ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｏｆ  ＨＩＶ−１  ｃｏｎｔｒｏｌ  ａｆｆｅｃｔ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｐｅｐｔｉｄｅ  ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３３０，１５５１−１５５７（２０１０）．
２２．Ｍ．Ｃａｒｒｉｎｇｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＨＬＡ  ａｎｄ  ＨＩＶ−１：ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｔｅ  ａｄｖａｎｔａｇｅ  ａｎｄ  Ｂ＊３５−Ｃｗ＊０４  ｄｉｓａｄｖａｎｔａｇｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８３，１７４８−１７５２（１９９９）．
２３．Ｊ．Ｆｅｌｌａｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ａ  ｗｈｏｌｅ−ｇｅｎｏｍｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｍａｊｏｒ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｆｏｒ  ｈｏｓｔ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  ＨＩＶ−１．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１７，９４４−９４７  （２００７）．
２４．Ｘ．Ｊ．Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｆｆｅｃｔ  ｏｆ  ａ  ｓｉｎｇｌｅ  ａｍｉｎｏ  ａｃｉｄ  ｃｈａｎｇｅ  ｉｎ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｒａｔｅ  ｏｆ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ  ｔｏ  ＡＩＤＳ．Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ３４４，１６６８−１６７５（２００１）．
２５  Ｅ．Ｔｒａｃｈｔｅｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｄｖａｎｔａｇｅ  ｏｆ  ｒａｒｅ  ＨＬＡ  ｓｕｐｅｒｔｙｐｅ  ｉｎ  ＨＩＶ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｏｎ．Ｎａｔ  Ｍｅｄ  ９，９２８−９３５（２００３）．
２６．Ｐ．Ｊ．Ｒ．Ｇｏｕｌｄｅｒ，Ｂ．Ｄ．Ｗａｌｋｅｒ，ＨＩＶ  ａｎｄ  ＨＬＡ  Ｃｌａｓｓ  Ｉ：Ａｎ  Ｅｖｏｌｖｉｎｇ  Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ．Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ３７，４２６−４４０  （２０１２）．
２７．Ａ．Ｖ．Ｓ．Ｈｉｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｍｏｎ  Ｗｅｓｔ  Ａｆｒｉｃａｎ  Ｈｌａ  Ａｎｔｉｇｅｎｓ  Ａｒｅ  Ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  Ｓｅｖｅｒｅ  Ｍａｌａｒｉａ．Ｎａｔｕｒｅ  ３５２，５９５−６００（１９９１）．
２８．Ｐ．Ｋｉｅｐｉｅｌａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｏｍｉｎａｎｔ  ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ＨＬＡ−Ｂ  ｉｎ  ｍｅｄｉａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｃｏ−ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ＨＩＶ  ａｎｄ  ＨＬＡ．Ｎａｔｕｒｅ  ４３２，７６９−７７４（２００４）．
２９．Ｔ．Ｊ．Ｔ．ＰＩ．，ＨＬＡ  ａｎｄ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎｓ．（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ＆  Ｂｕｓｉｎｅｓｓ  Ｍｅｄｉａ，２０１２）．
３０．Ｐ．Ｐａｒｈａｍ，Ｔ．Ｏｈｔａ，Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ  ｂｙ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２７２，６７−７４（１９９６）．
３１．Ｄ．Ｃｈｏｗｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．，ＴＣＲ  ｃｏｎｔａｃｔ  ｒｅｓｉｄｕｅ  ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃｉｔｙ  ｉｓ  ａ  ｈａｌｌｍａｒｋ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃ  ＣＤ８（＋）  Ｔ  ｃｅｌｌ  ｅｐｉｔｏｐｅｓ．Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ  １１２，Ｅ１７５４−Ｅ１７６２（２０１５）．
３２．Ｐ．Ｃ．Ｄｏｈｅｒｔｙ，Ｒ．Ｍ．Ｚｉｎｋｅｒｎａｇｅｌ，Ａ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ｒｏｌｅ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｍａｊｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｌａｎｃｅｔ  １，１４０６−１４０９（１９７５）．
３３．Ｍ．Ｍ．Ｇｕｂｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｔａｒｇｅｔｓ  ｔｕｍｏｕｒ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｍｕｔａｎｔ  ａｎｔｉｇｅｎｓ．Ｎａｔｕｒｅ  ５１５，５７７−５８１（２０１４）．
３４．Ｅ．Ｔｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｉｃｉｔｙ  ｏｆ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｃａｎｃｅｒｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３５０，１３８７−１３９０（２０１５）．
３５．Ｅ．Ｔｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔ−Ｃｅｌｌ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｍｕｔａｎｔ  ＫＲＡＳ  ｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３７５，２２５５−２２６２（２０１６）．
３６．Ｎ．Ｒｉａｚ，Ｊ．Ｊ．Ｈａｖｅｌ，Ｖ．Ｍａｋａｒｏｖ，ｅ．ａｌ．，Ｔ．Ａ．Ｃｈａｎ，Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｏｍｉｃ  Ｄｉｓｓｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  ａｎｄ  Ｍｉｃｒｏｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｄｕｒｉｎｇ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｗｉｔｈ  Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ．Ｉｎ  Ｒｅｖｉｅｗ，（２０１７）．
３７．Ｋ．Ｋｉｙｏｔａｎｉ，Ｔ．Ｈ．Ｍａｉ，Ｙ．Ｎａｋａｍｕｒａ，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｅｘｏｍｅ−ｂａｓｅｄ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  ｔｏｏｌｓ：ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｌａｔｆｏｒｍ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  ｅｒｒｏｒｓ．Ｊ  Ｈｕｍ  Ｇｅｎｅｔ，（２０１６）．
３８．Ｓ．Ａ．Ｓｈｕｋｌａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ＨＬＡ  ｇｅｎｅｓ．Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ３３，１１５２−１１５８（２０１５）．
３９．Ｈ．Ｃａｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎ  ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ｔｏｏｌ  ｔｏ  ｓｔｕｄｙ  ＭＨＣ  ｒｅｇｉｏｎ：ａｃｃｕｒａｔｅ  ＳＮＶ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ＨＬＡ  ｇｅｎｅｓ  ｔｙｐｉｎｇ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ＭＨＣ  ｒｅｇｉｏｎ  ｕｓｉｎｇ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．ＰＬｏＳ  Ｏｎｅ  ８，ｅ６９３８８（２０１３）．
４０．Ａ．Ｓｚｏｌｅｋ  ｅｔ  ａｌ．，ＯｐｔｉＴｙｐｅ：ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  ＨＬＡ  ｔｙｐｉｎｇ  ｆｒｏｍ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ３０，３３１０−３３１６（２０１４）．
４１．Ｄ．Ｍ．Ｈｙｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ａｔ  Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ：ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｅｎａｂｌｉｎｇ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｔｈｅｒａｐｙ  ｔｒｉａｌｓ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  Ｔｏｄａｙ  ２０，１４２２−１４２８（２０１５）．
４２．Ｎ．Ｒｉａｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  ＳＥＲＰＩＮＢ３  ａｎｄ  ＳＥＲＰＩＮＢ４  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｈｏ  ｒｅｓｐｏｎｄ  ｔｏ  ａｎｔｉ−ＣＴＬＡ４  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４８，１３２７−１３２９（２０１６）．
４３．Ｍ．Ａ．ＤｅＰｒｉｓｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ａ  ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｆｏｒ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ  ｕｓｉｎｇ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ４３，４９１−＋（２０１１）．
４４．Ｈ．Ｌｉ，Ｒ．Ｄｕｒｂｉｎ，Ｆａｓｔ  ａｎｄ  ａｃｃｕｒａｔｅ  ｓｈｏｒｔ  ｒｅａｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  Ｂｕｒｒｏｗｓ−Ｗｈｅｅｌｅｒ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２５，１７５４−１７６０（２００９）．
４５．Ａ．ＭｃＫｅｎｎａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｔｈｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌｋｉｔ：ａ  ＭａｐＲｅｄｕｃｅ  ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｆｏｒ  ａｎａｌｙｚｉｎｇ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ  ２０，１２９７−１３０３（２０１０）．
４６．Ｋ．Ｃｉｂｕｌｓｋｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ  ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｐｏｉｎｔ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｉｍｐｕｒｅ  ａｎｄ  ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｏｕｓ  ｃａｎｃｅｒ  ｓａｍｐｌｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ３１，２１３−２１９（２０１３）．
４７．Ｄ．Ｃ．Ｋｏｂｏｌｄｔ  ｅｔ  ａｌ．，ＶａｒＳｃａｎ  ２：Ｓｏｍａｔｉｃ  ｍｕｔａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｃｏｐｙ  ｎｕｍｂｅｒ  ａｌｔｅｒａｔｉｏｎ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｂｙ  ｅｘｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２２，５６８−５７６（２０１２）．
４８．Ｄ．Ｅ．Ｌａｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＳｏｍａｔｉｃＳｎｉｐｅｒ：ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｐｏｉｎｔ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｗｈｏｌｅ  ｇｅｎｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２８，３１１−３１７（２０１２）．
４９．Ｃ．Ｔ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｔｒｅｌｋａ：ａｃｃｕｒａｔｅ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｓｍａｌｌ−ｖａｒｉａｎｔ  ｃａｌｌｉｎｇ  ｆｒｏｍ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ  ｔｕｍｏｒ−ｎｏｒｍａｌ  ｓａｍｐｌｅ  ｐａｉｒｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２８，１８１１−１８１７（２０１２）．
５０．Ｚ．Ｒ．Ｃｈａｌｍｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  １００，０００  ｈｕｍａｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｇｅｎｏｍｅｓ  ｒｅｖｅａｌｓ  ｔｈｅ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｏｆ  ｔｕｍｏｒ  ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｂｕｒｄｅｎ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｍｅｄ  ９，３４（２０１７）．
５１．Ｒ．Ｌ．Ｓｈｅｎ，Ｖ．Ｅ．Ｓｅｓｈａｎ，ＦＡＣＥＴＳ：ａｌｌｅｌｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｃｏｐｙ  ｎｕｍｂｅｒ  ａｎｄ  ｃｌｏｎａｌ  ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｈｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ＤＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４４，（２０１６）．
５２．Ｗ．Ｈｕｍｐｈｒｅｙ，Ａ．Ｄａｌｋｅ，Ｋ．Ｓｃｈｕｌｔｅｎ，ＶＭＤ：Ｖｉｓｕａｌ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｄｙｎａｍｉｃｓ．Ｊ  Ｍｏｌ  Ｇｒａｐｈ  Ｍｏｄｅｌ  １４，３３−３８（１９９６）．
５３．Ｐ．Ｌｉｕ，Ｘ．Ｈ．Ｈｕａｎｇ，Ｒ．Ｈ．Ｚｈｏｕ，Ｂ．Ｊ．Ｂｅｒｎｅ，Ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｄｅｗｅｔｔｉｎｇ  ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｏｌｌａｐｓｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｍｅｌｉｔｔｉｎ  ｔｅｔｒａｍｅｒ．Ｎａｔｕｒｅ  ４３７，１５９−１６２（２００５）．
５４．Ｙ．Ｔｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｅｓｔｒｕｃｔｉｖｅ  ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｈｏｓｐｈｏｌｉｐｉｄｓ  ｆｒｏｍ  Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ｍｅｍｂｒａｎｅｓ  ｂｙ  ｇｒａｐｈｅｎｅ  ｎａｎｏｓｈｅｅｔｓ．Ｎａｔ  Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌ  ８，５９４−６０１（２０１３）．
５５．Ｒ．Ｈ．Ｚｈｏｕ，Ｘ．Ｈ．Ｈｕａｎｇ，Ｃ．Ｊ．Ｍａｒｇｕｌｉｓ，Ｂ．Ｊ．Ｂｅｒｎｅ，Ｈｙｄｒｏｐｈｏｂｉｃ  ｃｏｌｌａｐｓｅ  ｉｎ  ｍｕｌｔｉｄｏｍａｉｎ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆｏｌｄｉｎｇ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３０５，１６０５−１６０９（２００４）．
５６．Ｊ．Ｃ．Ｐｈｉｌｌｉｐｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃａｌａｂｌｅ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｗｉｔｈ  ＮＡＭＤ．Ｊ  Ｃｏｍｐｕｔ  Ｃｈｅｍ  ２６，１７８１−１８０２（２００５）．
５７．Ｍ．Ｊ．Ａｂｒａｈａｍ，Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ  ｅｎｈａｎｃｅｍｅｎｔｓ  ｆｏｒ  ＧＲＯＭＡＣＳ  ｎｏｎｂｏｎｄｅｄ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｏｎ  ＢｌｕｅＧｅｎｅ．Ｊ  Ｃｏｍｐｕｔ  Ｃｈｅｍ  ３２，２０４１−２０４６（２０１１）．
５８．Ｍ．Ｒ．Ｔｈｕｒｓｚ，Ｈ．Ｃ．Ｔｈｏｍａｓ，Ｂ．Ｍ．Ｇｒｅｅｎｗｏｏｄ，Ａ．Ｖ．Ｈｉｌｌ，Ｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｔｅ  ａｄｖａｎｔａｇｅ  ｆｏｒ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ−ＩＩ  ｔｙｐｅ  ｉｎ  ｈｅｐａｔｉｔｉｓ  Ｂ  ｖｉｒｕｓ  ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  １７，１１−１２（１９９７）．
５９．Ｄ．Ｓｎａｒｙ，Ｃ．Ｊ．Ｂａｒｎｓｔａｂｌｅ，Ｗ．Ｆ．Ｂｏｄｍｅｒ，Ｍ．Ｊ．Ｃｒｕｍｐｔｏｎ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎｔｉｇｅｎｓ：ｔｈｅ  ＨＬＡ−Ｃ  ｓｅｒｉｅｓ．Ｅｕｒ  Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ７，５８０−５８５（１９７７）．
６０．Ｓ．Ｇ．Ｍａｒｓｈ，Ｐａｒｈａｍ，Ｐ．ａｎｄ  Ｂａｒｂｅｒ，Ｌ．Ｄ．，Ｔｈｅ  ＨＬＡ  ｆａｃｔｓｂｏｏｋ．（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９）．
６１．Ｍ．Ｒ．Ｓｃｈａｅｆｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａ  ｎｏｖｅｌ  ｔｒａｆｆｉｃｋｉｎｇ  ｓｉｇｎａｌ  ｗｉｔｈｉｎ  ｔｈｅ  ＨＬＡ−Ｃ  ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ  ｔａｉｌ  ａｌｌｏｗｓ  ｒｅｇｕｌａｔｅｄ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｕｐｏｎ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｍａｃｒｏｐｈａｇｅｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １８０，７８０４−７８１７（２００８）．
６２．Ｎ．Ａｎｆｏｓｓｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｅｄ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  Ｉｇ−ｌｉｋｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ  ａｎｄ  ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃ  ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ＣＤ８＋Ｔ  ｃｅｌｌｓ．Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  １７３，７２２３−７２２９（２００４）．
６３．Ｄ．Ｓ．Ｃｈｅｎ，Ｉ．Ｍｅｌｌｍａｎ，Ｅｌｅｍｅｎｔｓ  ｏｆ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｃａｎｃｅｒ−ｉｍｍｕｎｅ  ｓｅｔ  ｐｏｉｎｔ．Ｎａｔｕｒｅ  ５４１，３２１−３３０（２０１７）．
６４．Ｔ．Ｎ．Ｓｃｈｕｍａｃｈｅｒ，Ｒ．Ｄ．Ｓｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎｓ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４８，６９−７４（２０１５）．
６５．Ｄ．Ｔ．Ｌｅ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＤ−１  Ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  Ｔｕｍｏｒｓ  ｗｉｔｈ  Ｍｉｓｍａｔｃｈ−Ｒｅｐａｉｒ  Ｄｅｆｉｃｉｅｎｃｙ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３７２，２５０９−２５２０（２０１５）．
６６．Ｎ．Ａｐｔｓｉａｕｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｅ  ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ  ｉｎ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍｅｄ  ｃｅｌｌｓ．Ｉｎｔ  Ｒｅｖ  Ｃｙｔｏｌ  ２５６，１３９−１８９（２００７）．
６７．Ａ．Ｓｅｔｔｅ，Ｊ．Ｓｉｄｎｅｙ，Ｎｉｎｅ  ｍａｊｏｒ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｓｕｐｅｒｔｙｐｅｓ  ａｃｃｏｕｎｔ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｖａｓｔ  ｐｒｅｐｏｎｄｅｒａｎｃｅ  ｏｆ  ＨＬＡ−Ａ  ａｎｄ  −Ｂ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ．Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ  ５０，２０１−２１２（１９９９）．
６８．Ｊ．Ｓｉｄｎｅｙ，Ｂ．Ｐｅｔｅｒｓ，Ｎ．Ｆｒａｈｍ，Ｃ．Ｂｒａｎｄｅｒ，Ａ．Ｓｅｔｔｅ，ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｓｕｐｅｒｔｙｐｅｓ：ａ  ｒｅｖｉｓｅｄ  ａｎｄ  ｕｐｄａｔｅｄ  ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ．ＢＭＣ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ９，１（２００８）．
６９．Ｍ．Ｄｉｂｒｉｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｍｏｔｉｆ  ｆｏｒ  Ｈｌａ−Ｂ４４，Ｏｎｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｍｏｓｔ  Ｃｏｍｍｏｎ  Ｈｌａ−Ｂ  Ａｌｌｅｌｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｃａｕｃａｓｉａｎ  Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ−Ｕｓ  ３４，１０１３０−１０１３８（１９９５）．
７０．Ｊ．Ｂ．Ｓｚｅｎｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＨＬＡ  ｓｕｐｅｒｆａｍｉｌｙ  ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ  ｉｓ  ａ  ｐｒｅｄｉｃｔｏｒ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｅｓｔｉｓ  ａｎｔｉｇｅｎｓ  ａｎｄ  ｓｕｒｖｉｖａｌ  ｉｎ  ｏｖａｒｉａｎ  ｃａｎｃｅｒ．Ｇｙｎｅｃｏｌ  Ｏｎｃｏｌ  １４２，１５８−１６２（２０１６）．
７１．Ｈ．Ｐｅａｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＭＨＣ  ｃｌａｓｓ  Ｉ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｄｅｒｉｖｅ  ｆｒｏｍ  ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  ｒｅｇｉｏｎｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｈｕｍａｎ  ｇｅｎｏｍｅ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  １２６，４６９０−４７０１（２０１６）．
７２．Ｊｏｒｄａｎ，Ｅ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｌｕｎｇ  Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａｓ  ｆｏｒ  Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｐａｔｉｅｎｔ  Ｍａｔｃｈｉｎｇ  ｔｏ  Ａｐｐｒｏｖｅｄ  ａｎｄ  Ｅｍｅｒｇｉｎｇ  Ｔｈｅｒａｐｉｅｓ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ  ７，５９６−６０９（２０１７）．
７３．Ｊａｎｊｉｇｉａｎ，Ｙ．Ｙ．ｅｔ  ａｌ．Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ｐｒｅｄｉｃｔｏｒｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｉｎ  Ｅｓｏｐｈａｇｏｇａｓｔｒｉｃ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ（２０１７）．ｄｏｉ：１０．１１５８／２１５９−８２９０．ＣＤ−１７−０７８７
７４．Ｈｅｌｌｍａｎｎ，Ｍ．Ｄ．ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ  ｏｆ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ａｎｄ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｔｏ  ａｎｔｉ−ＰＤ−（Ｌ）１  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ＮＳＣＬＣ  ｐｒｏｆｉｌｅｄ  ｗｉｔｈ  ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  （ＮＧＳ）．Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．３５，９０１５−９０１５（２０１７）．
７５．Ｃｈｏｗｅｌｌ，Ｄ．ｅｔ  ａｌ．Ｐａｔｉｅｎｔ  ＨＬＡ  ｃｌａｓｓ  Ｉ  ｇｅｎｏｔｙｐｅ  ｉｎｆｌｕｅｎｃｅｓ  ｃａｎｃｅｒ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｓｃｉｅｎｃｅ  ６２，ｅａａｏ４５７２（２０１７）．
７６．Ｂａｌａｃｈａｎｄｒａｎ，Ｖ．Ｐ．ｅｔ  ａｌ．Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｕｎｉｑｕｅ  ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ  ｑｕａｌｉｔｉｅｓ  ｉｎ  ｌｏｎｇ−ｔｅｒｍ  ｓｕｒｖｉｖｏｒｓ  ｏｆ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｃａｎｃｅｒ．Ｎａｔｕｒｅ  ５５１，５１２−５１６（２０１７）．
７７．Ｒｏｏｎｅｙ，Ｍ．Ｓ．，Ｓｈｕｋｌａ，Ｓ．Ａ．，Ｗｕ，Ｃ．Ｊ．，Ｇｅｔｚ，Ｇ．＆  Ｈａｃｏｈｅｎ，Ｎ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ａｎｄ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ  ｏｆ  ｔｕｍｏｒｓ  ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ｗｉｔｈ  ｌｏｃａｌ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｙｔｏｌｙｔｉｃ  ａｃｔｉｖｉｔｙ．Ｃｅｌｌ  １６０，４８−６１（２０１５）．
７８．Ｔｏｐａｌｉａｎ，Ｓ．Ｌ．ｅｔ  ａｌ．Ｓａｆｅｔｙ，ａｃｔｉｖｉｔｙ，ａｎｄ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｏｆ  ａｎｔｉ−ＰＤ−１  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｉｎ  ｃａｎｃｅｒ．Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６６，２４４３−２４５４（２０１２）．
７９．Ｓｅｇａｌ，Ｎ．Ｈ．ｅｔ  ａｌ．Ｅｐｉｔｏｐｅ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ａｎｄ  ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ  ｃａｎｃｅｒ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．６８，８８９−８９２（２００８）．
８０．Ｖｅｒｄｅｇａａｌ，Ｅ．Ｍ．Ｅ．ｅｔ  ａｌ．Ｎｅｏａｎｔｉｇｅｎ  ｌａｎｄｓｃａｐｅ  ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｄｕｒｉｎｇ  ｈｕｍａｎ  ｍｅｌａｎｏｍａ−Ｔ  ｃｅｌｌ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．Ｎａｔｕｒｅ  ５３６，９１−９５（２０１６）．
均等物
【０３２３】
発明を実施するための形態に関連して本発明を説明してきたが、前述の説明は例示を意図しており、添付の特許請求の範囲によって定義される本発明の範囲を限定するものではないことを理解されたい。他の態様、利点、及び変更形態は、以下の特許請求の範囲内である。
【図１】
2020535230.tif 000205
【図２】
2020535230.tif 000206
【図３】
2020535230.tif 000207
【図４】
2020535230.tif 000208
【図５】
2020535230.tif 000209
【図６−１】
2020535230.tif 000210
【図６−２】
2020535230.tif 000211
【図６−３】
2020535230.tif 000212
【図６−４】
2020535230.tif 000213
【図７】
2020535230.tif 000214
【図８−１】
2020535230.tif 000215
【図８−２】
2020535230.tif 000216
【図８−３】
2020535230.tif 000217
【図９−１】
2020535230.tif 000218
【図９−２】
2020535230.tif 000219
【図９−３】
2020535230.tif 000220
【図９−４】
2020535230.tif 000221
【図１０】
2020535230.tif 000222
【図１１】
2020535230.tif 000223
【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９−１】
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【図１９−２】
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【図１９−３】
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【図１９−４】
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【図１９−５】
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【図１９−６】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２−１】
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【図２２−２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５−１】
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【図２５−２】
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【図２５−３】
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【図２５−４】
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【図２５−５】
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【図２５−６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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