(57)【要約】  本発明は、Ｔｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原（ＣＤ１７５）またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原、ＣＤ１７５ｓ）に対する抗体またはその機能的断片の産生のための組成物を提供する。本明細書で開示される組成物は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片、およびそのような抗体または機能的断片の重鎖および／または軽鎖可変ドメインをコードするポリヌクレオチドを含む。また、本発明は、がんまたは腫瘍形成等の疾患を処置または予防する方法であって、抗体または機能的断片が、本明細書で提供されるアミノ酸配列を有する可変重鎖ドメインと可変軽鎖ドメインとを含む、方法を提供する。本発明は、局在化剤、検出可能剤または治療剤にコンジュゲートまたは組換え融合された抗体またはその機能的断片のコンジュゲート、およびそれを必要とする対象において疾患を処置、予防または診断する方法をさらに提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｔｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原）に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、
（ａ）（ｉ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３と
を含む可変重鎖（ＶＨ）ドメイン、
および／または
（ｂ）（ｉ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３と
を含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメイン
を含む抗体またはその機能的断片。
【請求項２】
前記ＶＨドメインが、
（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、
（ｂ）配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、
（ｃ）配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３と
を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項３】
前記ＶＬドメインが、
（ａ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、
（ｂ）配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、
（ｃ）配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３と
を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項４】
ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、
（ａ）前記ＶＨドメインが、
（ｉ）配列番号２および８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号１４および２０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号２６および３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３と
を含み、且つ
（ｂ）前記ＶＬドメインが、
（ｉ）配列番号４０および４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号５４および５９からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号６６のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３と
を含む、
請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項５】
ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、
（ａ）前記ＶＨドメインが、
（ｉ）配列番号５および１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号１７、２３、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号３０、３７および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３と
を含み、且つ
（ｂ）前記ＶＬドメインが、
（ｉ）配列番号４４および５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号５３および６３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号７０のアミノ酸を有するＶＬ  ＣＤＲ３と
を含む、
請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項６】
ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、
（ａ）前記ＶＨドメインが、
（ｉ）配列番号６および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号１８および２４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号３１および３８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３と
を含み、且つ
（ｂ）前記ＶＬドメインが、
（ｉ）配列番号４５および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、
（ｉｉ）配列番号５３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、
（ｉｉｉ）配列番号７１のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３と
を含む、
請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項７】
ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、
（ｉ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｉｉ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４９のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｉｉｉ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｉｖ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５０のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｖ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５１のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｖｉ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５２のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｖｉｉ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５３のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｖｉｉｉ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４９のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または
（ｉｘ）前記ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５０のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、
請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項８】
前記ＶＨドメインが、配列番号１０１、１０５、１０６、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項９】
前記ＶＬドメインが、配列番号１０８、１１２および１１３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１０】
前記ＶＨドメインが、配列番号１０１のアミノ酸配列を含み、前記ＶＬドメインが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１１】
前記ＶＨドメインが、配列番号１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１２】
前記ＶＨドメインが、配列番号１０６のアミノ酸配列を含み、且つ前記ＶＬドメインが、配列番号１１３のアミノ酸配列を含む、請求項１に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１３】
前記ＶＨドメインが、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、
（ａ）位置１７におけるセリンまたはフェニルアラニン、
（ｂ）位置３７におけるバリンまたはイソロイシン、
（ｃ）位置５５におけるアスパラギン酸、ヒスチジンまたはアラニン、
（ｄ）位置６１におけるアスパラギン酸またはチロシン、
（ｅ）位置６３におけるバリンまたはメチオニン、
（ｆ）位置８２Ｂにおけるセリンまたはアスパラギン、
（ｇ）位置８７におけるトレオニンまたはアラニン、
（ｈ）位置１００Ｂにおけるアラニンまたはトレオニン、
（ｉ）位置１０５におけるグルタミンまたはリジン、および
（ｊ）位置１１０におけるトレオニンまたはイソロイシン
からなる群から選択されるアミノ酸バリアントのうちの１つまたは複数を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１４】
前記ＶＨドメインが、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、
（ａ）位置３０におけるセリン、トレオニンまたはアルギニン、
（ｂ）位置５６におけるグリシン、
（ｃ）位置５７におけるアスパラギンまたはトレオニン、
（ｄ）位置６２におけるグルタミン、
（ｅ）位置６３におけるリジン、および
（ｆ）位置９８におけるリジン
からなる群から選択されるアミノ酸バリアントのうちの１つまたは複数を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１５】
前記ＶＬドメインが、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、
（ａ）位置３１におけるアスパラギンまたはリジン、および
（ｂ）位置４１におけるグリシン
からなる群から選択されるアミノ酸バリアントのうちの１つまたは複数を含む、請求項１〜１２のいずれか１項に記載の単離された抗体または機能的断片。
【請求項１６】
前記機能的断片が、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）2、ｓｃＦｖ、ディアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディおよびｓｄＡＢからなる群から選択される、請求項１〜５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項１７】
前記抗体が、モノクローナル抗体である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項１８】
二重特異性抗体、多重特異性抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト化抗体および完全ヒト抗体の構成成分である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項１９】
前記二重特異性抗体が、Ｔｎ抗原および腫瘍抗原に結合する、請求項１８に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２０】
前記二重特異性抗体が、Ｔｎ抗原、およびＴリンパ球によって発現されたタンパク質、好ましくはＣＤ３、ナチュラルキラー細胞によって発現されたタンパク質、好中球によって発現されたタンパク質、白血球によって発現されたタンパク質、単球によって発現されたタンパク質、マクロファージによって発現されたタンパク質または骨髄由来サプレッサー細胞によって発現されたタンパク質に結合する、請求項１８に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２１】
前記二重特異性抗体が、Ｔｎ抗原および共阻害性分子または共刺激性分子に結合する、請求項１８に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２２】
前記抗体が、ヒト抗体である、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２３】
前記抗体が、ＩｇＧまたはＩｇＭアイソタイプである、請求項１〜１５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２４】
前記ＩｇＧ抗体が、ＩｇＧ１サブクラスである、請求項２３に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２５】
２つのＴｎ抗原分子に結合する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２６】
１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する、請求項１〜２４のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２７】
前記２つのＴｎ抗原分子が、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、前記２つのＴｎ抗原分子が、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、請求項２６に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２８】
前記２つのＴｎ抗原分子が、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、請求項２６に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項２９】
シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティを有する、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３０】
Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティを有する、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３１】
酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３２】
酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、請求項１〜２８のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３３】
Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３４】
Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３５】
Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、請求項１〜３２のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３６】
前記Ｔｎ抗原が、
（ａ）合成Ｔｎ抗原、
（ｂ）Ｔｎ改変ペプチドの部分、または
（ｃ）細胞によって発現されるＴｎ改変タンパク質の部分
である、請求項３２〜３５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３７】
前記抗体が、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する、請求項３２〜３５のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３８】
Ｔｎ抗原が、がん細胞によって発現される、請求項３７に記載の単離された抗体またはその機能的断片。
【請求項３９】
請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体またはその機能的断片のＶＨドメイン、ＶＬドメイン、またはＶＨドメインおよびＶＬドメインの両方をコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項４０】
請求項３９に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
【請求項４１】
請求項３９に記載のベクターを含む単離された宿主細胞。
【請求項４２】
原核細胞または真核細胞である、請求項４１に記載の宿主細胞。
【請求項４３】
Ｔｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原）に結合する抗体またはその機能的断片を製造する方法であって、
（ａ）請求項４１または４２に記載の宿主細胞を培地中で培養することと、
（ｂ）その中で発現する前記抗体または機能的断片を得ることと
を含む方法。
【請求項４４】
局在化剤、検出可能剤または治療剤にコンジュゲートまたは組換え融合された請求項１〜３８のいずれか１項に記載の単離された抗体またはその機能的断片を含むコンジュゲート。
【請求項４５】
局在化剤を含む、請求項４４に記載のコンジュゲート。
【請求項４６】
前記局在化剤が、好適な基質による形式的環化付加を受けることができるアルケンまたはアルキンである、請求項４５に記載のコンジュゲート。
【請求項４７】
前記アルケンまたはアルキンが、歪みのあるアルケンまたは歪みのあるアルキンである、請求項４６に記載のコンジュゲート。
【請求項４８】
前記歪みのあるアルケンが、シクロアルカンである、請求項４７に記載のコンジュゲート。
【請求項４９】
前記シクロアルカンが、トランス−シクロアルケンである、請求項４８に記載のコンジュゲート。
【請求項５０】
前記トランス−シクロアルケンが、シクロペンテン、シクロヘキセン、トランス−シクロヘプタン、トランス−シクロオクテンまたはオキサノルボルナジエンである、請求項４９に記載のコンジュゲート。
【請求項５１】
前記好適な基質が、アジド、テトラジンまたはテトラゾールである、請求項４６に記載のコンジュゲート。
【請求項５２】
前記形式的環化付加が、クリック反応である、請求項４６に記載のコンジュゲート。
【請求項５３】
前記形式的環化付加が、レトロ形式的環化付加によって追従される、請求項４６に記載のコンジュゲート。
【請求項５４】
検出可能剤を含む、請求項４４に記載のコンジュゲート。
【請求項５５】
前記検出可能剤が、陽電子放出放射性核種またはガンマ線放出放射性核種である、請求項５４に記載のコンジュゲート。
【請求項５６】
前記陽電子放出放射性核種または前記ガンマ線放出放射性核種が、78Ｂｒ、14Ｃ、11Ｃ、57Ｃｏ、64Ｃｕ、51Ｃｒ、18Ｆ、68Ｇａ、67Ｇａ、68Ｇｅ、153Ｇｄ、159Ｇｄ、3Ｈ、166Ｈｏ、131Ｉ、125Ｉ、124Ｉ、123Ｉ、121Ｉ、115Ｉｎ、113Ｉｎ、112Ｉｎ、111Ｉｎ、140Ｌａ、177Ｌｕ、54Ｍｎ、99Ｍｏ、13Ｎ、15Ｏ、32Ｐ、103Ｐｄ、142Ｐｒ、149Ｐｍ、186Ｒｅ、188Ｒｅ、82Ｒｂ、105Ｒｈ、97Ｒｕ、35Ｓ、47Ｓｃ、75Ｓｅ、153Ｓｍ、113Ｓｎ、117Ｓｎ、85Ｓｒ、94mＴｃ、99Ｔｃ、201Ｔｉ、133Ｘｅ、86Ｙ、90Ｙ、169Ｙｂ、175Ｙｂ、65Ｚｎおよび89Ｚｒからなる群から選択される、請求項５５に記載のコンジュゲート。
【請求項５７】
前記検出可能剤が、検出可能な反応を触媒する酵素、補欠分子族、蛍光物質、発光物質、生物発光物質または非放射性常磁性金属イオンである、請求項５４に記載のコンジュゲート。
【請求項５８】
治療剤を含む、請求項４４に記載のコンジュゲート。
【請求項５９】
前記治療剤が、所与の生物学的応答を改変する剤、または細胞毒素である、請求項５８に記載のコンジュゲート。
【請求項６０】
所与の生物学的応答を改変する前記剤が、毒素、アポトーシス剤、抗血管新生剤、サイトカイン、増殖因子、凝固剤およびキメラ抗原受容体からなる群から選択される、請求項５９に記載のコンジュゲート。
【請求項６１】
前記細胞毒素が、化学療法剤である、請求項５９に記載のコンジュゲート。
【請求項６２】
前記化学療法剤が、アントラサイクリン、タキサン、代謝拮抗薬、アルキル化剤、抗生物質、オーリスタチン分子、ホルモン、ヌクレオシドアナログ、ＤＮＡ修復酵素阻害剤、キナーゼ阻害剤、細胞傷害剤、ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、トポイソメラーゼ阻害剤、ＤＮＡ副溝結合剤、アデノシンデアミナーゼ阻害剤および微小管破壊剤からなる群から選択される、請求項６１に記載のコンジュゲート。
【請求項６３】
前記細胞毒素が、アルファ線放出放射性核種またはベータ線放出放射性核種である、請求項５９に記載のコンジュゲート。
【請求項６４】
前記アルファ線放出放射性核種が、211Ａｔ、212Ｂｉ、213Ｂｉ、225Ａｃ、223Ｒａ、212Ｐｂ、227Ｔｈおよび149Ｔｂからなる群から選択される、請求項６３に記載のコンジュゲート。
【請求項６５】
前記ベータ線放出放射性核種が、90Ｙ、131Ｉ、109Ｐｄ、131Ｌｕおよび177Ｌｕからなる群から選択される、請求項６３に記載のコンジュゲート。
【請求項６６】
請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体またはその機能的断片と薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項６７】
請求項４４〜６５のいずれか１項に記載のコンジュゲートと薬学的に許容される担体とを含む医薬組成物。
【請求項６８】
疾患の処置または予防のための方法であって、Ｔｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原）に結合し、且つ、以下の（ａ）〜（ｊ）：
（ａ）２つのＴｎ抗原分子に結合する、ここで、前記２つのＴｎ抗原分子が、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、且つ前記２つのＴｎ抗原分子が、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、
（ｂ）２つのＴｎ抗原分子に結合する、ここで、前記２つのＴｎ抗原分子が、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、
（ｃ）シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティである、
（ｄ）Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティである、
（ｅ）酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、
（ｆ）酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、
（ｇ）Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
（ｈ）Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、および
（ｉ）Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
（ｊ）１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する
からなる群から選択される１つまたは複数の特色を有する、抗体またはその機能的断片を治療有効量投与することを含む方法。
【請求項６９】
疾患の処置または予防における使用のためのＴｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原）に結合する抗体またはその機能的断片であって、前記抗体が、以下の（ａ）〜（ｊ）：
（ａ）２つのＴｎ抗原分子に結合する、ここで、前記２つのＴｎ抗原分子が、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、且つ前記２つのＴｎ抗原分子が、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、
（ｂ）２つのＴｎ抗原分子に結合する、ここで、前記２つのＴｎ抗原分子が、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、
（ｃ）シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティである、
（ｄ）Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティである、
（ｅ）酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、
（ｆ）酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、
（ｇ）Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
（ｈ）Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、および
（ｉ）Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
（ｊ）１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する
からなる群から選択される１つまたは複数の特色を含む、抗体またはその機能的断片。
【請求項７０】
疾患の処置または予防のための医薬の製造におけるＴｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原）に結合する抗体またはその機能的断片の使用であって、前記抗体が、以下の（ａ）〜（ｊ）：
（ａ）２つのＴｎ抗原分子に結合する、ここで、前記２つのＴｎ抗原分子が、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、且つ前記２つのＴｎ抗原分子が、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、
（ｂ）２つのＴｎ抗原分子に結合する、ここで、前記２つのＴｎ抗原分子が、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、
（ｃ）シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティである、
（ｄ）Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティである、
（ｅ）酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、
（ｆ）酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、
（ｇ）Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
（ｈ）Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、および
（ｉ）Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
（ｊ）１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する
からなる群から選択される１つまたは複数の特色を含む、使用。
【請求項７１】
治療有効量の請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体もしくはその機能的断片、請求項４４〜６５のいずれか１項に記載のコンジュゲート、または請求項６６または６７に記載の医薬組成物をそれを必要とする対象に投与することを含む疾患を処置または予防するための方法。
【請求項７２】
それを必要とする対象における疾患の処置または予防での使用のための請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体もしくはその機能的断片、請求項４４〜６５のいずれか１項に記載のコンジュゲート、または請求項６６または６７に記載の医薬組成物。
【請求項７３】
疾患の処置または予防のための医薬の製造における請求項１〜３８のいずれか１項に記載の抗体もしくはその機能的断片、請求項４４〜６５のいずれか１項に記載のコンジュゲート、または請求項６６または６７に記載の医薬組成物の使用。
【請求項７４】
前記疾患が、がんまたは腫瘍形成であり、前記がんまたは前記腫瘍の細胞が、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を含むタンパク質をその表面上に発現する、請求項６８または７１に記載の方法。
【請求項７５】
前記がんまたは腫瘍が、乳がん、卵巣がん、結腸がん、肺がん、前立腺がん、胃がん、子宮内膜がんおよび膵がんからなる群から選択される、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記がんまたは腫瘍が、乳がんである、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記乳がんが、トリプルネガティブ乳がんである、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
第２の治療剤を同時に、または逐次的に投与することをさらに含む請求項６８、７１、７４、７５、７６または７７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項７９】
前記第２の治療剤が、化学療法剤または免疫療法剤である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
有効量の請求項４４〜６５のいずれか１項に記載のコンジュゲートを対象に投与することを含むそれを必要とする前記対象における腫瘍を検出するための方法。
【請求項８１】
前記疾患が、がんまたは腫瘍形成であり、前記がんまたは前記腫瘍の細胞が、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を含むタンパク質をその表面上に発現する、請求項６９または７２に記載の使用のための抗体、コンジュゲートまたは医薬組成物。
【請求項８２】
前記がんまたは腫瘍が、乳がん、卵巣がん、結腸がん、肺がん、前立腺がん、胃がん、子宮内膜がんおよび膵がんからなる群から選択される、請求項８１に記載の使用のための抗体、コンジュゲートまたは医薬組成物。
【請求項８３】
前記がんまたは腫瘍が、乳がん、好ましくはトリプルネガティブ乳がんである、請求項８２に記載の使用のための抗体、コンジュゲートまたは医薬組成物。
【請求項８４】
第２の治療剤、好ましくは化学療法剤または免疫療法剤との組合せで使用される、請求項６９、７２、８１、８２または８３のいずれか１項に記載の使用のための抗体、コンジュゲートまたは医薬組成物。
【請求項８５】
前記疾患が、がんまたは腫瘍形成であり、前記がんまたは前記腫瘍の細胞が、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を含むタンパク質をその表面上に発現する、請求項７０または７３に記載の使用。
【請求項８６】
前記がんまたは腫瘍が、乳がん、卵巣がん、結腸がん、肺がん、前立腺がん、胃がん、子宮内膜がんおよび膵がんからなる群から選択される、請求項８５に記載の使用。
【請求項８７】
前記がんまたは腫瘍が、乳がん、好ましくはトリプルネガティブ乳がんである、請求項８６に記載の使用。
【請求項８８】
前記抗体、コンジュゲートまたは医薬組成物が、第２の治療剤、好ましくは化学療法剤または免疫療法剤との組合せで使用される、請求項７０、７３、８５、８６または８７のいずれか１項に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は概して、炭水化物抗原に対する抗体、特にＴｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ（Ｔｎ）抗原またはそのシアル酸付加形態（ｓＴｎ抗原）に結合する抗体またはその断片、およびそれに関連する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
がん発症中の腫瘍特異的抗原に対する抗体の受動的投与は、腫瘍細胞および初期転移を除去し得る。この処置は、がん再発に対しても顕著な影響を有し得る。腫瘍特異的炭水化物に対する抗体は、このがん処置において有用な候補物質であり得る。例えば、ヒトがん細胞によるマウスの免疫化から得られる多くの腫瘍限定モノクローナル抗体は、糖脂質、糖タンパク質またはプロテオグリカンとして細胞表面で発現する炭水化物抗原を対象とすることが示されている。
Ｔｎ抗原は、広範な腫瘍タイプアレイに存在するが、正常組織の細胞表面には見られない炭水化物抗原である。Ｔｎ抗原の密接に関連するシアル酸付加形態であるｓＴｎ抗原も、有望な腫瘍抗原である。Ｔｎは、Ｏ−グリコシル化の第１段階中にセリンまたはトレオニンに付加される単糖残基である。通常、次の糖が付加されて複雑な成熟グリカンになる。しかしながら、多くのがんにおいては、未熟なＴｎ前駆体を伴うＯ−糖タンパク質が細胞表面にたどり着き、そこでそれらは腫瘍抗原として利用され得る。
したがって、がんの処置のため、および悪性病変および転移を検出するための、ＴｎおよびｓＴｎ等の腫瘍特異的炭水化物を特異的に認識する抗体を特定および生成する必要がある。本出願は、この必要性を満たし、関連する利益を提供する、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原等の炭水化物抗原に対するヒト抗体を開示する。
【発明の概要】
【０００３】
本発明に従って、抗体またはその機能的断片を炭水化物抗原にターゲティングするため、特にＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原にターゲティングするための組成物および方法が本明細書で提供される。本明細書で開示される組成物は、単離された抗体またはその機能的断片であって、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片を含む。本明細書で開示される方法は、本明細書で提供される単離された抗体またはその機能的断片を製造する方法、本明細書で提供される単離された抗体、その機能的断片またはコンジュゲートを使用してＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原と関連付けられる疾患を処置または予防する方法、および本明細書で提供されるコンジュゲートを使用して対象において細胞表面上にＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原を有する腫瘍を検出するための方法を含む。
【０００４】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、本明細書で提供されるＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２およびＶＨ  ＣＤＲ３領域を有するＶＨドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。他の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、本明細書で提供されるアミノ酸配列を有するＶＨドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、本明細書で提供されるＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２およびＶＬ  ＣＤＲ３領域を有するＶＬドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。他の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、本明細書で提供されるアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインの両方を含み、ＶＨドメインおよびＶＬドメインが、それぞれ、本明細書で提供される各々のＶＨおよびＶＬドメインについてのアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【０００５】
一部の実施形態では、本明細書で提供される抗体またはその機能的断片は、別個の特色を有する。例えば、一部の態様では、抗体またはその機能的断片は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合し、以下の特色のうちの１つまたは複数を有する。
・２つのＴｎ抗原分子に結合し、２つのＴｎ抗原分子は、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、２つのＴｎ抗原分子は、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、
・２つのＴｎ抗原分子に結合し、２つのＴｎ抗原分子は、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、
・シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティ(avidity)、
・Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティ、
・酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、
・酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、
・Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、
・Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、または
・Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に優先的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に特異的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に優先的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、がん細胞上に存在し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン（ｓｅｉｎｅ）残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に特異的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、がん細胞上に存在し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン（ｓｅｉｎｅ）残基上に存在する。
【０００６】
本明細書で提供される組成物は、本明細書で提供される抗体またはその機能的断片のＶＨドメイン、ＶＬドメインまたはＶＨおよびＶＬドメインの両方をコードする単離されたポリヌクレオチド、そのようなポリヌクレオチドを含む発現ベクター、およびそのような発現ベクターを含有する宿主細胞も含む。本明細書で提供される抗体または機能的断片を製造するためにそのような組成物を使用する方法も提供される。そのような方法は、本明細書で提供される宿主細胞を培地中で培養することと、その中で発現する抗体または機能的断片を得ることとを含み得る。
【０００７】
一部の実施形態では、本発明は、局在化剤、検出可能剤または治療剤にコンジュゲートまたは組換え融合された本明細書で提供される抗体または機能的断片を有するコンジュゲートを提供する。本明細書で開示される一部の態様では、局在化剤または検出可能剤を含む本明細書で開示されるコンジュゲートは、対象において腫瘍形成を検出および／または診断するための方法において使用することができる。そのような方法は、有効量のコンジュゲートを、それを必要とする対象に投与することを含み得る。
【０００８】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で開示される１つまたは複数の抗体または機能的断片と薬学的に許容される担体とを有する医薬組成物を提供する。一部の実施形態では、本発明は、本明細書で開示される１つまたは複数のコンジュゲートと薬学的に許容される担体とを有する医薬組成物を提供する。一部の態様では、本発明は、本明細書で開示される治療的有効量の医薬組成物を投与することによる、それを必要とする対象において疾患を処置または予防するための方法も提供する。また別の態様では、本発明は、第２の治療剤を本明細書で開示される抗体または機能的断片と同時に、または逐次的に投与することを提供する。
【図面の簡単な説明】
【０００９】
【図１】７つの最初に特定された抗体クローン単離物２Ｆ３（配列番号７７）、３Ａ７（配列番号７８）、１Ｇ１０（配列番号７５）、２Ａ８（配列番号７６）、１Ｅ２ｂ（配列番号７４）、１Ａ４（配列番号７３）および１Ａ１２ｂ（配列番号７２）についての可変重鎖ドメインを有するＦａｂアミノ酸配列の整列を示す図である。網掛けした残基はＫａｂａｔ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表し、一方で、囲み内の残基はＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。
【図２】７つの最初に特定された抗体クローン単離物２Ｆ３（配列番号８４）、３Ａ７（配列番号８５）、１Ｇ１０（配列番号８２）、２Ａ８（配列番号８３）、１Ｅ２ｂ（配列番号８１）、１Ａ４（配列番号８０）および１Ａ１２ｂ（配列番号７９）についての可変軽鎖ドメインを有するＦａｂアミノ酸配列の整列を示す図である。網掛けした残基はＫａｂａｔ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表し、一方で、囲み内の残基はＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。
【図３】クローン単離物２Ｆ３（配列番号１０５）および２Ｆ３の復帰生殖細胞系バリアント２８９番（配列番号１１４）の可変重鎖アミノ酸配列の整列を示す図である。囲み内の残基は、ＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。残基の番号付けは、Ｋａｂａｔシステムによる。
【図４】いくつかの例示的な２Ｆ３バリアント（２７番（配列番号１１５）、５１番（配列番号１１６）、１７番（配列番号１１７）、３３番（配列番号１１８）、８０番（配列番号１１９）、７５番（配列番号１２０）、５０番（配列番号１２１）、２８９番（配列番号１１４）および６番（配列番号１２２））の可変重鎖アミノ酸配列の整列を示す図である。囲み内の残基は、ＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。網掛けした残基は、整列した配列にわたるバリアントアミノ酸残基を表す。残基の番号付けは、Ｋａｂａｔシステムによる。
【図５】２Ｆ３バリアント１７番（２Ｆ３  １７番）（配列番号１１７）および２Ｆ３バリアント１７番の変形型２（２Ｆ３  １７ｖ２番）（配列番号１２３）の整列を示す図である。囲み内の残基は、ＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。残基の番号付けは、Ｋａｂａｔシステムによる。
【図６】Ｋａｂａｔ番号付けシステムによる位置５５における特異的ＶＨ  ＣＤＲ２アミノ酸バリアントＲ（配列番号１２４）、Ｙ（配列番号１２５）またはＦ（配列番号１２６）を有する２Ｆ３バリアント、および他の２Ｆ３バリアント（２Ｆ３  ２８９番（配列番号１１４）、２Ｆ３  ６番（配列番号１２２）および２Ｆ３  １７ｖ２番（配列番号１２３））の整列を示す図である。囲み内の残基は、ＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。残基の番号付けは、Ｋａｂａｔシステムによる。網掛けした残基は、整列した配列にわたるバリアントアミノ酸残基を表す。
【図７】いくつかの２Ｆ３バリアント（１７３３番（配列番号１２７）、１７ｖ２番（配列番号１２３）、６８０番（配列番号１２８）、８０番（配列番号１１９）、１７８０番（配列番号１２９）、２８９番（配列番号１１４）、６３３番（配列番号１３０）、６番（配列番号１２２）および３３ｖ２番（配列番号１５８））の整列を示す図である。囲み内の残基は、ＩＭＧＴ番号付けシステムによるＣＤＲ配列を表す。網掛けした残基は、整列した配列にわたるバリアントアミノ酸残基を表す。残基の番号付けは、Ｋａｂａｔシステムによる。
【図８】Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に対する有力なヒトモノクローナル抗体の選択を示す図である。試験した７つの陽性ハイブリドーマからの上清は、ＴｎまたはｓＴｎと相互作用した。これらのハイブリドーマからＶ遺伝子を単離し、ヒトＩｇＧ１または３／カッパ配列のコンテクストにクローニングした。精製した抗体を、１パネルの炭水化物抗原との反応性についてスクリーニングして、特異性の幅を決定した。抗原をＥＬＩＳＡプレート上に固定化した。第１の組の抗原についての溶媒であるＰＢＳを、陰性対照として試験した。第２の組の抗原についての溶媒であるＥｔＯＨを、第２の陰性対照として試験した。相互作用の特異性を「ＥＬＩＳＡによる特異性」カラムに示し、これらの特異性を示すＯＤ数を右側の１５個のカラムに示す。
【図９】親和性最適化のための、リード抗体である２Ｆ３のうちの１つの選択を示す図である。エラープローンＰＣＲを使用して変異体を生成し、変異体をＥＬＩＳＡによりスクリーニングした。非精製細胞上清を定量し、Ｔｎ−ＰＡＡに結合するために使用して、結合に対する変異の影響を決定した。
【図１０】人為的配列を除去するため、または２つの好ましい変異体を単一の構築物に組み合わせるための、１サブセットのリード最適化重鎖の改変を示す図である。多数の精製バッチをＥＬＩＳＡによってアッセイし、それらの結合親和性について親分子と比較した。
【図１１】バリアント６および１７におけるエラープローンＰＣＲ変異プロセスによる２つの好ましい変異を含有することが分かった位置Ｈ５５（Ｋａｂａｔ）への、この位置をコードするコドンについての配列をランダム化することによる追加の変異導入を示す図である。クローンを選択し、配列決定して、この位置における全てのアミノ酸のサンプリングを達成し、変異抗体を生成し、親２Ｆ３と比較したＴｎ−ＰＡＡへの結合親和性に対する変異の影響について試験した。
【図１２】モデル抗原への親和性成熟結合プロファイルからの好ましい変異体の要約表を示す図である。
【図１３−１】図１３Ａ〜１３Ｄは、選択し、モデル抗原に結合させた５つの変異体についての、親に優る相対的改善の決定、および特異性に対する増大した親和性の影響を示す図である。任意のバリアントによるＴＦ−ＰＡＡ、ＧａｌＮａｃ−ベータ−ＰＡＡ（ＴｎがＧａｌＮａｃ−アルファ結合である）、モノマーＴｎおよびモノマーｓＴｎへの結合がないことについては、データを示さなかった。
【図１３−２】図１３Ａ〜１３Ｄは、選択し、モデル抗原に結合させた５つの変異体についての、親に優る相対的改善の決定、および特異性に対する増大した親和性の影響を示す図である。任意のバリアントによるＴＦ−ＰＡＡ、ＧａｌＮａｃ−ベータ−ＰＡＡ（ＴｎがＧａｌＮａｃ−アルファ結合である）、モノマーＴｎおよびモノマーｓＴｎへの結合がないことについては、データを示さなかった。
【図１３−３】図１３Ａ〜１３Ｄは、選択し、モデル抗原に結合させた５つの変異体についての、親に優る相対的改善の決定、および特異性に対する増大した親和性の影響を示す図である。任意のバリアントによるＴＦ−ＰＡＡ、ＧａｌＮａｃ−ベータ−ＰＡＡ（ＴｎがＧａｌＮａｃ−アルファ結合である）、モノマーＴｎおよびモノマーｓＴｎへの結合がないことについては、データを示さなかった。
【図１３−４】図１３Ａ〜１３Ｄは、選択し、モデル抗原に結合させた５つの変異体についての、親に優る相対的改善の決定、および特異性に対する増大した親和性の影響を示す図である。任意のバリアントによるＴＦ−ＰＡＡ、ＧａｌＮａｃ−ベータ−ＰＡＡ（ＴｎがＧａｌＮａｃ−アルファ結合である）、モノマーＴｎおよびモノマーｓＴｎへの結合がないことについては、データを示さなかった。
【図１４】図１４Ａ〜１４Ｂは、親およびバリアントＴｎ抗体の高親和性結合のために、多数のＴｎ分子との緊密な相互作用が必要であることを示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１（配列番号１５６）は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１（配列番号１５５）は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。
【図１５−１】図１５Ａ〜１５Ｄは、元の２Ｆ３親および選択された親和性バリアントの、ＦＡＣＳ分析により実証されるＴｎ陽性Ｔ４７−Ｄ細胞への結合を示し、ＥＣ５０値の下方へのシフトはより高い結合親和性を示し、最大結合の上方へのシフトは平衡においてより多くの使用可能部位を占有する能力を示す図である。
【図１５−２】図１５Ａ〜１５Ｄは、元の２Ｆ３親および選択された親和性バリアントの、ＦＡＣＳ分析により実証されるＴｎ陽性Ｔ４７−Ｄ細胞への結合を示し、ＥＣ５０値の下方へのシフトはより高い結合親和性を示し、最大結合の上方へのシフトは平衡においてより多くの使用可能部位を占有する能力を示す図である。
【図１５−３】図１５Ａ〜１５Ｄは、元の２Ｆ３親および選択された親和性バリアントの、ＦＡＣＳ分析により実証されるＴｎ陽性Ｔ４７−Ｄ細胞への結合を示し、ＥＣ５０値の下方へのシフトはより高い結合親和性を示し、最大結合の上方へのシフトは平衡においてより多くの使用可能部位を占有する能力を示す図である。
【図１５−４】図１５Ａ〜１５Ｄは、元の２Ｆ３親および選択された親和性バリアントの、ＦＡＣＳ分析により実証されるＴｎ陽性Ｔ４７−Ｄ細胞への結合を示し、ＥＣ５０値の下方へのシフトはより高い結合親和性を示し、最大結合の上方へのシフトは平衡においてより多くの使用可能部位を占有する能力を示す図である。
【図１６−１】図１６Ａ〜１６Ｄは、元の２Ｆ３抗体およびバリアント２Ｆ３抗体の、ＦＡＣＳにより実証される追加の多数のＴｎ陽性細胞種への結合を示す図である。
【図１６−２】図１６Ａ〜１６Ｄは、元の２Ｆ３抗体およびバリアント２Ｆ３抗体の、ＦＡＣＳにより実証される追加の多数のＴｎ陽性細胞種への結合を示す図である。
【図１６−３】図１６Ａ〜１６Ｄは、元の２Ｆ３抗体およびバリアント２Ｆ３抗体の、ＦＡＣＳにより実証される追加の多数のＴｎ陽性細胞種への結合を示す図である。
【図１６−４】図１６Ａ〜１６Ｄは、元の２Ｆ３抗体およびバリアント２Ｆ３抗体の、ＦＡＣＳにより実証される追加の多数のＴｎ陽性細胞種への結合を示す図である。
【図１７】図１７は、５時間の期間中の２Ｆ３親およびバリアントの内部移行スクリーニングを示し、結合した抗体の全量は、内部移行され得る量を決定する。点線は、全蛍光および内部移行された蛍光についてのバックグラウンドレベルを示す図である。
【図１８】図１８Ａ〜１８Ｂは、以前の内部移行アッセイにおいて選択された最も高い内部移行パーセントを有する最も高い結合リードについて内部移行を測定するための、直交法（ｏｒｔｈｏｇｏｎａｌ  ｍｅｔｈｏｄ）を使用する内部移行経時変化研究を示す図である。細胞をＡＦ４８８直接コンジュゲート抗体とインキュベートし、洗浄し、３７℃に移して、指示された時間の間、内部移行を可能にした。二次抗体により外部シグナルをクエンチするか、またはクエンチされていない蛍光を測定した。内部移行パーセントを、時間の関数として計算した。
【図１９−１】図１９Ａ〜１９Ｃは、時間の関数として内部移行パーセントを計算するために使用される第２の方法を示す図である。ｐＨＡｂは、ｐＨ５．５未満で効率的に蛍光を発するが、中性ｐＨでは蛍光を発しない蛍光色素である。抗体を、ｐＨＡｂ色素と直接コンジュゲートし、時間の関数として内部移行させた。細胞をｐＨ７でインキュベートすると、内部移行された抗体のみが蛍光を発する。細胞をｐＨ５．５でインキュベートすると、内部および外部抗体画分の両方が蛍光を発する（全量）。したがって、比は、内部移行した蛍光のパーセントを表す。
【図１９−２】図１９Ａ〜１９Ｃは、時間の関数として内部移行パーセントを計算するために使用される第２の方法を示す図である。ｐＨＡｂは、ｐＨ５．５未満で効率的に蛍光を発するが、中性ｐＨでは蛍光を発しない蛍光色素である。抗体を、ｐＨＡｂ色素と直接コンジュゲートし、時間の関数として内部移行させた。細胞をｐＨ７でインキュベートすると、内部移行された抗体のみが蛍光を発する。細胞をｐＨ５．５でインキュベートすると、内部および外部抗体画分の両方が蛍光を発する（全量）。したがって、比は、内部移行した蛍光のパーセントを表す。
【図２０−１】図２０Ａ〜２０Ｂは、２Ｆ３およびバリアントの、細胞傷害剤を細胞へと方向付ける能力についてのスクリーニングを示す図である。タンパク質Ａ−ＭＭＡＥコンジュゲートと複合体化させた親およびバリアント２Ｆ３抗体を使用して細胞を処理し、３日後に細胞生存能を測定して、標的細胞死滅の有効性に対する影響を決定した。細胞傷害剤を装備した二次抗体は、一次抗体のより高次の複合体も生成し、一部の場合、一次抗体より効率的な内部移行を駆動することは典型的に、それ自体で達成する場合があるので、抗体複合体の順序を可能性として変更し得る細胞傷害剤を避けるように注意した。
【図２０−２】図２０Ａ〜２０Ｂは、２Ｆ３およびバリアントの、細胞傷害剤を細胞へと方向付ける能力についてのスクリーニングを示す図である。タンパク質Ａ−ＭＭＡＥコンジュゲートと複合体化させた親およびバリアント２Ｆ３抗体を使用して細胞を処理し、３日後に細胞生存能を測定して、標的細胞死滅の有効性に対する影響を決定した。細胞傷害剤を装備した二次抗体は、一次抗体のより高次の複合体も生成し、一部の場合、一次抗体より効率的な内部移行を駆動することは典型的に、それ自体で達成する場合があるので、抗体複合体の順序を可能性として変更し得る細胞傷害剤を避けるように注意した。
【図２１】親和性バリアントの、エフェクター細胞の存在下における腫瘍細胞に対する細胞傷害効果を媒介する能力を評価するための、抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ：ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ｃｅｌｌ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｃｙｔｏｔｏｘｉｃｉｔｙ）アッセイの結果を示す図である。
【図２２】様々な組織タイプにおけるＴｎ抗原の広範な発現を実証する、文献および内部腫瘍マイクロアレイ研究からの証拠を示し、特に、卵巣がん、乳がん（トリプルネガティブ乳がん（ＴＮＢＣ：ｔｒｉｐｌｅ  ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ）を含む）および結腸がんにおける原発性ヒト腫瘍の約５０％またはそれよりも高い染色を表す図である。左の表は、２つのｓＴｎおよび１つのＴｎ抗体を多様な腫瘍タイプのパネルをプロファイリングするために使用した、Zhang et al, IJC 73:50-56 (1997)から得られた染色結果を要約する。範囲は、この組の抗体にわたる最低および最高陽性パーセントを示す図である。内部データも得た。
【図２３−１】図２３Ａ〜Ｆは、２Ｆ３Ｇ１変異体の合成抗原への結合を示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。図２３Ｄは、配列番号１５６を開示する。図２３Ｅは、配列番号１５７を開示する。図２３Ｆは、配列番号１５５を開示する。
【図２３−２】図２３Ａ〜Ｆは、２Ｆ３Ｇ１変異体の合成抗原への結合を示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。図２３Ｄは、配列番号１５６を開示する。図２３Ｅは、配列番号１５７を開示する。図２３Ｆは、配列番号１５５を開示する。
【図２３−３】図２３Ａ〜Ｆは、２Ｆ３Ｇ１変異体の合成抗原への結合を示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。図２３Ｄは、配列番号１５６を開示する。図２３Ｅは、配列番号１５７を開示する。図２３Ｆは、配列番号１５５を開示する。
【図２３−４】図２３Ａ〜Ｆは、２Ｆ３Ｇ１変異体の合成抗原への結合を示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。図２３Ｄは、配列番号１５６を開示する。図２３Ｅは、配列番号１５７を開示する。図２３Ｆは、配列番号１５５を開示する。
【図２３−５】図２３Ａ〜Ｆは、２Ｆ３Ｇ１変異体の合成抗原への結合を示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。図２３Ｄは、配列番号１５６を開示する。図２３Ｅは、配列番号１５７を開示する。図２３Ｆは、配列番号１５５を開示する。
【図２３−６】図２３Ａ〜Ｆは、２Ｆ３Ｇ１変異体の合成抗原への結合を示す図である。ジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１は、Ｔｎ改変が１２個の非改変残基により分離されたムチン−１由来のペプチドであり、一方で、１−５Ｇ  Ｍｕｃ１は、隣接する残基における多数のＴｎ改変を有するペプチドである。図２３Ｄは、配列番号１５６を開示する。図２３Ｅは、配列番号１５７を開示する。図２３Ｆは、配列番号１５５を開示する。
【図２４】２Ｆ３親抗体ならびにバリアント６および１７ｖ２についての糖ペプチド（ｇｌｙｏｐｅｐｔｉｄｅ）アレイを示す図である。
【図２５】２Ｆ３親抗体ならびにバリアント６および１７ｖ２についてのグリカンアレイを示す図である。
【図２６】５μｇ／ｍＬおよび５０μｇ／ｍＬの抗体濃度を使用する、２Ｆ３親抗体ならびにバリアント６および１７ｖ２についてのグリカンアレイを示す図である。
【図２７】Ｔｎ−ＳｅｒおよびＴｎ−Ｔｈｒ間の構造変動を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００１０】
腫瘍細胞表面上に発現する炭水化物は、がん免疫療法の標的であり得る。本明細書で提供される組成物は、少なくとも部分的には、１）他の抗原（グロボＨ、ＧＭ２およびペプチドアセンブルＴＦクラスター）の存在下でのＴｎ改変Ｍｕｃ１キーホールリンペットヘモシアニン（Ｔｎ改変−Ｍｕｃ１−ＫＬＨ）コンジュゲートワクチンおよびベバシズマブによる処置、または２）全てＫＬＨにコンジュゲートされたグロボＨ、ＧＭ２、ｓＴｎ、ＴＦおよびＴｎを含む単分子ワクチンのいずれかで免疫化された個体のＢ細胞から生成したヒト抗体の特定および特徴付けに基づく。少なくとも７つの候補抗体（１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３および３Ａ７と命名されたクローン単離物）を特定し、組換え抗体として発現させ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイにおいてさらに特徴付けた。特定した抗体の各々は、本明細書で開示されるある特定の抗原に優先的に結合し、ある特定のクローン単離物は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原についての特異的な優先性を有する（１Ａ４、２Ｆ３および３Ａ７）。特定および試験されたこれらの抗体のうち、１つの抗体（２Ｆ３）をさらなる最適化のために選択し、改善されたアビディティ、細胞傷害性、および／またはＴｎおよび／またはｓＴｎ抗原を有する細胞への内部移行を含む改善された特色を有するいくつかの２Ｆ３バリアントをもたらした。
【００１１】
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、特定の分子抗原に結合することができ、ポリペプチド鎖の２つの同一の対からなり、各対が１つの重鎖（約５０〜７０ｋＤａ）および１つの軽鎖（約２５ｋＤａ）を有し、各鎖の各アミノ末端部分が約１００〜約１３０またはそれよりも多いアミノ酸の可変領域を含み、各鎖の各カルボキシ末端部分が定常領域を含む、免疫グロブリンクラスのポリペプチド内のＢ細胞のポリペプチド産物を意味すると意図される（Borrebaeck (ed.) (1995) Antibody Engineering, Second Edition, Oxford University Press.；Kuby (1997) Immunology, Third Edition, W.H. Freeman and Company, New Yorkを参照のこと）。本発明の文脈において、本明細書で開示される抗体の結合を受け得る特異的分子抗原は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を含む。
【００１２】
「抗原」は、抗体が選択的に結合し得る所定の抗原である。標的抗原は、ポリペプチド、炭水化物、核酸、脂質、ハプテンまたは他の天然化合物もしくは合成化合物であり得る。ある特定の実施形態の文脈において、標的抗原は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原である。一部の実施形態では、標的抗原は、セリン残基上のＴｎまたはｓＴｎ抗原である。
抗体またはその機能的断片に関して使用される場合、「二重特異性」という用語は、２つの異なる構造、エピトープまたは抗原決定基について特異性を有する抗体またはその機能的断片を指す。二重特異性抗体は、２つの異なる構造、エピトープまたは抗原決定基に同時に結合することができる。
【００１３】
抗体またはその機能的断片に関して使用される場合、「ヒト」という用語は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に対応するヒト可変領域、および適用可能である場合、ヒト定常領域またはその部分を有する抗体またはその機能的断片を指す。そのようなヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列は、Kabat et al. (1991) Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242によって説明されている。本発明の文脈におけるヒト抗体は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合し、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン核酸配列の天然細胞バリアントである核酸配列によってコードされる抗体を含み得る。ヒト抗体を産生させる例示的な方法は、本明細書で提供される実施例で提供されるが、当業者に周知の任意の方法を使用することができる。
【００１４】
「モノクローナル抗体」という用語は、単一細胞クローンもしくはハイブリドーマまたは単一細胞由来の細胞集団の産物である抗体を指す。また、モノクローナル抗体は、単一分子免疫グロブリン種を産生させるために免疫グロブリン遺伝子をコードする重鎖および軽鎖から組換え法により産生された抗体を指すと意図される。モノクローナル抗体調製物中の抗体のアミノ酸配列は、実質的に均一であり、そのような調製物中の抗体の結合活性は、実質的に同じ抗原結合活性を示す。対照的に、ポリクローナル抗体は、集団内の様々なＢ細胞から得られ、それらは特異的抗原に結合する免疫グロブリン分子の組合せである。ポリクローナル抗体の各免疫グロブリンは、同じ抗原の異なるエピトープに結合し得る。モノクローナル抗体およびポリクローナル抗体の両方を産生させるための方法は、当該技術分野において周知である（Harlow and Lane., Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press  (1989)およびBorrebaeck (ed.), Antibody Engineering: A Practical Guide, W.H. Freeman and Co., Publishers, New York, pp. 103-120 (1991)）。
【００１５】
本明細書で使用される場合、「機能的断片」という用語は、抗体に関して使用されるとき、その断片が由来する抗体としての結合活性の一部または全てを保持する重鎖および／または軽鎖ポリペプチドを含む抗体の一部を指すと意図される。そのような機能的断片は、例えば、Ｆｄ、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）2、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ディアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディおよびシングルドメイン抗体（ｓｄＡＢ）を含み得る。他の機能的断片は、そのような機能的断片が結合活性を保持する限り、例えば、重鎖もしくは軽鎖ポリペプチド、可変領域ポリペプチドもしくはＣＤＲポリペプチド、またはその部分を含み得る。そのような抗体結合断片は、例えば、Harlow and Lane, Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, New York (1989)；Myers (ed.), Molec. Biology and Biotechnology: A Comprehensive Desk Reference, New York:  VCH Publisher, Inc.；Huston et al., Cell Biophysics, 22:189-224 (1993)；Pluckthun and Skerra, Meth. Enzymol., 178:497-515 (1989)およびDay, E.D., Advanced Immunochemistry, Second Ed., Wiley-Liss, Inc., New York, NY (1990)で説明されていることを見出すことができる。
【００１６】
抗体に関して使用される場合、「重鎖」という用語は、約５０〜７０ｋＤａのポリペプチド鎖を指し、アミノ末端部分が約１２０〜１３０個またはそれよりも多いアミノ酸の可変領域を含み、カルボキシ末端部分が定常領域を含む。定常領域は、重鎖定常領域のアミノ酸配列に基づいて、アルファ（α）、デルタ（δ）、イプシロン（ε）、ガンマ（γ）およびミュー（μ）と呼ばれる５つの別個の種類のうちの１つであり得る。別個の重鎖は大きさが異なり、α、δおよびγは約４５０個のアミノ酸を含有し、一方で、μおよびεは約５５０個のアミノ酸を含有する。軽鎖と組み合わせると、これらの別個の種類の重鎖は、それぞれ、５つの周知の抗体クラス、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭを生じ、これは４つのＩｇＧサブクラス、つまりＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４を含む。さらに、ＩｇＡおよびＩｇＭは、Ｊ鎖と関連し得る。重鎖は、ヒト重鎖であり得る。
【００１７】
抗体に関して使用される場合、「軽鎖」という用語は、約２５ｋＤａのポリペプチド鎖を指し、アミノ末端部分が約１００〜約１１０個またはそれよりも多いアミノ酸の可変領域を含み、カルボキシ末端部分が定常領域を含む。軽鎖のおよその長さは、２１１〜２１７個のアミノ酸である。定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）またはラムダ（λ）と呼ばれる２つの別個の種類がある。軽鎖アミノ酸配列は、当該技術分野において周知である。軽鎖は、ヒト軽鎖であり得る。
【００１８】
「可変ドメイン」または「可変領域」という用語は、概して軽鎖または重鎖のアミノ末端に位置し、重鎖において約１２０〜１３０個のアミノ酸および軽鎖において約１００〜１１０個のアミノ酸の長さを有し、各特定の抗体のその特定の抗原に対する結合および特異性において使用される、抗体の軽鎖または重鎖の一部を指す。可変ドメインは、様々な抗体間で配列が広範に異なる。配列の変動性はＣＤＲに集中しており、一方で、可変ドメイン内のより変動性でない部分はフレームワーク領域（ＦＲ：ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｒｅｇｉｏｎ）と呼ばれる。軽鎖および重鎖のＣＤＲは主に、抗体の抗原との相互作用の原因である。本明細書で使用されるアミノ酸位置の番号付けは、Kabat et al. (1991) Sequences of proteins of immunological interest.  (U.S. Department of Health and Human Services, Washington, D.C.) 5th edのように、ＥＵ指数による。可変領域は、ヒト可変領域であり得る。
【００１９】
「相補性決定領域」または「ＣＤＲ」は、免疫グロブリン（Ｉｇまたは抗体）ＶＨβ−シートフレームワークの非フレームワーク領域内の３つの超可変領域（Ｈ１、Ｈ２またはＨ３）のうちの１つ（それぞれ、ＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２またはＶＨ  ＣＤＲ３とも本明細書で呼ばれる）、または抗体ＶＬβ−シートフレームワークの非フレームワーク領域内の３つの超可変領域（Ｌ１、Ｌ２またはＬ３）のうちの１つ（それぞれ、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２またはＶＬ  ＣＤＲ３とも本明細書で呼ばれる）を指す。したがって、ＣＤＲは、フレームワーク領域配列内に散在する可変領域配列である。ＣＤＲ配列は当業者に周知であり、例えば、抗体可変（Ｖ）ドメイン内の最も超可変性の領域としてＫａｂａｔにより定義されている（Kabat et al., J. Biol. Chem. 252:6609-6616 (1977)；Kabat, Adv. Prot. Chem. 32:1-75 (1978)）。また、ＣＤＲ配列は、保存されたβ−シートフレームワークの部分ではなく、したがって、様々なコンフォメーションに適合させることができる残基としてＣｈｏｔｈｉａにより構造的に定義されている（Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。両方の技術用語は、当該技術分野において十分に認識されている。また、ＣＤＲ配列は、ＡｂＭ、ＣｏｎｔａｃｔおよびＩＭＧＴにより定義されている。本明細書で開示される抗体に適用可能なＣＤＲ配列を、図１〜７および表２〜４に例示する。標準的な抗体可変領域内のＣＤＲの位置は、多くの構造の比較によって決定されている（Al-Lazikani et al., J. Mol. Biol. 273:927-948 (1997)；Morea et al., Methods 20:267-279 (2000)）。超可変領域内の残基数は異なる抗体で変動するので、標準的な位置に対する追加の残基は慣例的に、標準的な可変領域番号付けスキームにおける残基番号の次にａ、ｂ、ｃ等で番号付けされる（Al-Lazikani et al.、上記(1997)）。そのような命名法は同様に、当業者に周知である。
【００２０】
本明細書で使用される場合、超可変領域、ＨＶＲまたはＨＶという用語は、配列が超可変性である抗体可変領域の領域および／または構造的に定義されたループを形成する抗体可変領域の領域を指す。一般的に、抗体は、６つの超可変領域を含み、３つはＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、３つはＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）に存在する。本明細書で、いくつかの超可変領域の描写が使用され、包含される。Ｋａｂａｔの相補性決定領域（ＣＤＲ：Ｃｏｍｐｌｅｍｅｎｔａｒｉｔｙ  Ｄｅｔｅｒｍｉｎｉｎｇ  Ｒｅｇｉｏｎ）は配列変動性に基づき、最も頻繁に使用されている（例えば、Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)を参照のこと）。Ｃｈｏｔｈｉａは、それよりも構造ループの場所について言及している（例えば、Chothia and Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)を参照のこと）。Ｋａｂａｔ番号付け慣例を使用して番号付けした場合、Ｃｈｏｔｈｉａ  ＣＤＲ−Ｈ１ループの末端は、ループの長さによってＨ３２〜Ｈ３４で変動する（これは、Ｋａｂａｔ番号付けスキームがＨ３５ＡおよびＨ３５Ｂで挿入を入れるためであり、３５Ａも３５Ｂも存在しない場合ループは３２で終了し、３５Ａのみが存在する場合ループは３３で終了し、３５Ａおよび３５Ｂの両方が存在する場合ループは３４で終了する）。ＡｂＭ超可変領域は、Ｋａｂａｔ  ＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとの間の折衷案を表し、Ｏｘｆｏｒｄ  ＭｏｌｅｃｕｌａｒのＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアによって使用されている（例えば、Martin, Antibody Engineering, Vol. 2, Chapter 3, Springer Verlagを参照のこと）。「ｃｏｎｔａｃｔ」超可変領域は、利用可能な複雑な結晶構造の解析に基づく（Honegger and Pluckthun, J. Mol. Biol. 309: 657-670 (2001)）。これらの超可変領域またはＣＤＲの各々からの残基を以下に示す。
【００２１】
近年、ユニバーサル番号付けシステムが開発され、広く採用されている（ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ（ＩＭＧＴ）Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（登録商標））（Lafranc et al., Dev. Comp. Immunol. 27(1):55-77 (2003)）。ＩＭＧＴは、ヒトおよび他の脊椎動物の免疫グロブリン（ＩＧ：ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ）、Ｔ細胞受容体（ＴＲ：Ｔ  ｃｅｌｌ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）および主要組織適合抗原（ＭＨＣ：ｍａｊｏｒ  ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ）専門の統合型情報系である。ここでは、ＣＤＲは、アミノ酸配列および軽鎖または重鎖内の場所の両方の点で言及される。免疫グロブリン可変ドメインの構造内のＣＤＲの「場所」は、種間で保存されており、ループと呼ばれる構造に存在するので、構造特色にしたがって可変ドメイン配列を整列する番号付けシステムを使用することによって、ＣＤＲおよびフレームワーク残基は、容易に特定される。この情報は、１つの種の免疫グロブリンからのＣＤＲ残基の、典型的にヒト抗体からのアクセプターフレームワークへの移植および置換において使用され得る。追加の番号付けシステム（ＡＨｏｎ）は、ＨｏｎｅｇｇｅｒおよびＰｌｕｃｋｔｈｕｎ（上記）により開発されている。例えば、Ｋａｂａｔ番号付けおよびＩＭＧＴユニーク番号付けシステムを含む番号付けシステム間の対応は、当業者に周知であり（例えば、Kabat、上記；Chothia and Lesk、上記；Martin、上記；Lefranc et al.、上記）、図１〜７にも例示する。様々な系により定義される例示的なＣＤＲ残基を、表１に示す。
【００２２】
【表１】
2020536569.tif 000002
【００２３】
超可変領域は、以下のような「延長された超可変領域」：ＶＬにおける２４〜３６または２４〜３４（Ｌ１）、４６〜５６または５０〜５６（Ｌ２）および８９〜９７または８９〜９６（Ｌ３）、ならびにＶＨにおける２６〜３５または２６〜３５Ａ（Ｈ１）、５０〜６５または４９〜６５（Ｈ２）および９３〜１０２、９４〜１０２または９５〜１０２（Ｈ３）を含み得る。本明細書で使用される場合、「ＨＶＲ」および「ＣＤＲ」という用語は、互換的に使用される。
【００２４】
定常領域または定常ドメインという用語は、抗体の抗原への結合に直接的に関与しないが、Ｆｃ受容体との相互作用等の様々なエフェクター機能を示す、軽鎖および重鎖のカルボキシ末端部分を指す。この用語は、免疫グロブリンの他の部分である抗原結合部位を含有する可変領域と比較してより保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常領域は、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３領域、ならびに軽鎖のＣＬ領域を含有し得る。
フレームワークまたはＦＲ残基という用語は、ＣＤＲに隣接する可変領域残基である。ＦＲ残基は、例えば、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、ドメイン抗体、ディアボディおよび二重特異性抗体において存在する。
【００２５】
本明細書で使用される場合、「単離された」という用語は、抗体、抗体機能的断片またはポリヌクレオチドに関して使用されるとき、言及される分子が、それが天然に見出されるときの少なくとも１つの成分も含まないことを意味すると意図される。この用語は、それがその天然環境において見出されるときの一部の、または全ての他の成分から除去された抗体、抗体機能的断片またはポリヌクレオチドを含む。抗体の天然環境の成分には、例えば、赤血球、白血球、血小板、血漿、タンパク質、核酸、塩および栄養素が含まれる。単離された抗体機能的断片またはポリヌクレオチドの天然環境の成分には、例えば、脂質膜、細胞小器官、タンパク質、核酸、塩および栄養素が含まれる。また、本明細書で開示される抗体、抗体機能的断片またはポリヌクレオチドは、これらの成分、またはそれが単離されたか、またはそれが組換え産生された細胞の他の任意の成分の全てを含まないか、または完全に実質的に含まない場合がある。
【００２６】
本明細書で使用される場合、「アイソタイプ」とは、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラスを指す。所与の抗体または機能的断片の重鎖は、その抗体または機能的断片のクラス：ＩｇＭ、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＤまたはＩｇＥを決定する。各クラスは、κまたはλ軽鎖のいずれかを有し得る。「サブクラス」という用語は、サブクラスを区別する重鎖のアミノ酸配列におけるより小さい相違を指す。ヒトにおいて、２つのＩｇＡサブクラス（サブクラスＩｇＡ１およびＩｇＡ２）が存在し、４つのＩｇＧサブクラス（サブクラスＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４）が存在する。そのようなクラスおよびサブクラスは、当業者に周知である。
本明細書で使用される場合、「結合する」または「結合すること」という用語は、複合体を形成する分子間の相互作用を指す。相互作用は、例えば、水素結合、イオン性結合、疎水性相互作用および／またはファンデルワールス相互作用を含む非共有相互作用であり得る。複合体は、共有もしくは非共有結合、相互作用または力によって結合された２つまたはそれよりも多い分子の結合も含み得る。抗体またはその機能的断片の結合は、例えば、酵素結合免疫吸着アッセイ、本明細書で提供される実施例で提供される方法、または当業者に周知のいくつかの方法の任意の１つを使用して検出することができる。
【００２７】
抗体または機能的断片上の単一の抗原結合部位とＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原等の標的分子の単一のエピトープとの間の非共有相互作用の合計の強度は、抗体または機能的断片のそのエピトープに対する「親和性」である。抗体またはその機能的断片の一価の抗原に対する結合（ｋ1）対解離（ｋ-1）の比（ｋ1／ｋ-1）は、親和性の測定値である平衡解離定数Ｋである。Ｋの値は、抗体または機能的断片と抗原との様々な複合体について変動し、ｋ1およびｋ-1の両方に依存する。本明細書で開示される抗体または機能的断片についての解離定数Ｋは、本明細書で提供される任意の方法または当業者に周知の他の任意の方法を使用して決定することができる（例えば、Hearty et al. 2012. Methods Mol Biol. 907:411-42）。
【００２８】
１つの結合部位における親和性は、抗体または機能的断片と抗原との間の相互作用の真の強度を必ずしも反映しない。多価Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原等の多数の反復抗原決定基を含有する複雑な抗原が、多数の結合部位を含有する抗体と接触した場合、１つの部位における抗体または機能的断片の抗原との相互作用は、第２の部位における反応の可能性を増大させる。多価抗体と抗原との間のそのような多数の相互作用の強度は、「アビディティ」と呼ばれる。抗体または機能的断片のアビディティは、その個々の結合部位の親和性よりも、その結合能のより優れた測定値であり得る。例えば、ＩｇＧより低い親和性を有し得るが、その多価から生ずるＩｇＭの高いアビディティによりそれが抗原に有効に結合することが可能になる、五量体または六量体ＩｇＭ抗体について見られることがあるように、高いアビディティは低い親和性を補償し得る。本明細書で使用される場合、「アビディティ」という用語は、免疫グロブリン集団と抗原との間の複合体の全体的な安定性、すなわち、抗原を伴う免疫グロブリン混合物の累積強度を指す。アビディティは、集団中の個々の抗体分子の特異的エピトープとの親和性、およびまた免疫グロブリンと抗原との結合価の両方に関連する。
【００２９】
抗体またはその機能的断片の特異性とは、個々の抗体またはその機能的断片の、ただ１つの抗原と反応する能力を指す。抗体または機能的断片は、それが、抗原または抗原のアイソマー形態の一次、二次または三次構造における相違を区別することができる場合、特異的であると考えることができる。抗体は、結合エピトープが他の抗原上に存在する場合、交差反応性であり得る。
【００３０】
例えば、本明細書で説明される実施形態のいずれかにおいて、最も有効な抗体は、その抗体、抗体断片または抗原結合ユニットがＴｎ抗原、ｓＴｎ抗原またはこれらの両方に結合する機能的親和性および／またはアビディティに基づいて決定され得る。一実施形態では、例えば、１つのＴｎ／ｓＴｎ抗体の機能的親和性またはアビディティは、Ｔｎ／ｓＴｎ抗原を発現する細胞の応答性が抗体結合に際して影響を受けるように、別のＴｎ／ｓＴｎ抗体と比較して比較的より高いか、またはより低くてもよい。相対的アビディティは、当業者に一般的に公知の方法によって、例えば、ＳＤ５０値が最大特異的溶解を達成するために必要とされる抗体濃度に相関するクロム放出アッセイによりアッセイすることができる。より高いアビディティを有する抗体は、例えば、より低いＳＤ５０を有する抗体であり得る、すなわち、より低濃度の抗体が最大特異的溶解を達成するために必要とされる。Ｔｎ／ｓＴｎ抗体のアビディティは、抗Ｔｎ／ｓＴｎ抗体エピトープの特異的Ｔｎ／ｓＴｎ抗体との親和性、およびまた抗体のＴｎ／ｓＴｎエピトープとの結合時間の両方の関数であり得る。
【００３１】
さらに、本発明による抗体は、得られる抗体が出発材料または改変前のＣＤＲ領域と機能的に同等である限り、それらのＣＤＲ配列において１つまたは複数のアミノ酸の置換、欠失、付加および／または挿入を含んでもよい。本発明において、「機能的に同等」という用語は、Ｔｎ／ｓＴｎ抗原に対する機能的親和性および／またはアビディティにおいて同等であることを指す。本発明において、「同等」という用語は、特許請求の範囲の抗体と比較して、少なくとも５０％、好ましくは７０％、より好ましくは９０％またはそれよりも高い活性を有することを指す。
【００３２】
潜在的な治療用抗体候補物質を抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ）活性についてスクリーニングして、最も有力な抗がん能を有する候補物質を見出す。当業者は、様々な方法を使用して本発明のＴｎ／ｓＴｎ抗体および／またはＴｎ／ｓＴｎ−ＣＤ３エンゲージャー結合タンパク質によって媒介される細胞傷害性を測定することができることを理解する。ＡＤＣＣ活性を査定するために、目的のバリアントタンパク質を、抗原抗体複合体によって活性化され、標的細胞の細胞溶解をもたらし得る免疫エフェクター細胞と組み合わせて、標的細胞に添加する。細胞溶解は一般的に、溶解された細胞からの標識（例えば、放射性物質、蛍光色素または天然細胞内タンパク質）の放出によって検出される。そのようなアッセイのために有用なエフェクター細胞には、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ：ｐｅｒｉｐｈｅｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｍｏｎｏｎｕｃｌｅａｒ  ｃｅｌｌ）およびナチュラルキラー（ＮＫ：Ｎａｔｕｒａｌ  Ｋｉｌｌｅｒ）細胞が含まれる。ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ＡＤＣＣアッセイの具体例は、Wisecarver et al., 1985 79:277-282；Bruggemann et al., 1987, J Exp Med 166:1351-1361；Wilkinson et al., 2001, J Immunol Methods 258:183-191；Patel et al., 1995 J Immunol Methods 184:29-38において説明されている。また、目的のＦｃバリアントタンパク質のＡＤＣＣ活性は、ｉｎ  ｖｉｖｏで、例えば、Clynes et. al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95:652-656において開示されるような動物モデルにおいて査定され得る。
【００３３】
本発明の実施形態では、バリアントタンパク質は、同等の分子と比較して向上したＡＤＣＣ活性を有すると説明され、例えば、バリアントタンパク質は、同等の分子のＡＤＣＣ活性よりも少なくとも２倍、または少なくとも３倍、または少なくとも５倍、または少なくとも１０倍、または少なくとも５０倍、または少なくとも１００倍大きいＡＤＣＣ活性を有する。
一例において、細胞傷害性は、カルセイン−ＡＭ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して測定することができる。かなり一般的に、Ｔｎ／ｓＴｎ陽性細胞株を、増大する濃度のＴｎ／ｓＴｎ  Ａｂおよび／またはＴｎ／ｓＴｎ−ＣＤ３結合タンパク質を伴うエフェクター細胞とともに、エフェクター対標的細胞比、例えば２０：１で３〜２４時間共培養する。エフェクター細胞は、例えば、刺激もしくは非刺激（ヒトまたはカニクイザル）Ｔ細胞もしくはそれらのサブセット（例えば、ＣＤ４、ＣＤ８）、または非刺激（ヒトまたはカニクイザル）末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）であり得る。標的細胞はＴｎ／ｓＴｎを発現し、ヒト卵巣腺癌細胞株ＣＡＯＶ３等の内因性（天然）Ｔｎ／ｓＴｎ発現を有する細胞であり得る。Ｔｎ／ｓＴｎおよび／またはＴｎ／ｓＴｎ−ＣＤ３結合分子の細胞傷害活性は、例えば、特異的抗体の存在下でのエフェクター細胞とのインキュベーションの２〜４８時間後の蛍光色素カルセインＡＭの放出で決定される。細胞傷害性の決定のために使用されるインキュベーション時間およびリードアウトの改変は可能であり、当業者に公知である。
【００３４】
「ポリヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドまたはそのアナログのいずれかの、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を指す。ポリヌクレオチドの配列は、４つのヌクレオチド塩基：アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）およびポリヌクレオチドがＲＮＡである場合チミンについてウラシル（Ｕ）からなる。したがって、「ヌクレオチド配列」または「核酸配列」という用語は、ポリヌクレオチドのアルファベット表記である。ポリヌクレオチドは、遺伝子または遺伝子断片（例えば、プローブ、プライマー、ＥＳＴまたはＳＡＧＥタグ）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたＤＮＡ、任意の配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブおよびプライマーを含み得る。また、ポリヌクレオチドは、二本鎖および一本鎖分子の両方を指す。別に指定または要求されない限り、ポリヌクレオチドである本発明の任意の実施形態は、二本鎖形態、および二本鎖形態を構成することが公知であるか、または予想される２つの相補的一本鎖形態の各々の両方を包含する。本明細書で説明される単離されたポリヌクレオチドおよび核酸は、非天然ポリヌクレオチドおよび核酸、または非天然ポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列と組み立てられるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを対象とすると理解される。非天然ポリヌクレオチドおよび核酸には、ｃＤＮＡおよび化学合成分子が含まれ得るが、これらに限定されない。
【００３５】
「コードする」という用語またはその文法的均等物は、それがポリヌクレオチドに関して使用される場合、天然状態で、または当業者に周知の方法によって操作されたとき、転写されてｍＲＮＡを産生することができ、その後、そのｍＲＮＡがポリペプチドおよび／またはその断片に翻訳され得るポリヌクレオチドを指す。アンチセンス鎖はそのようなポリヌクレオチドの相補体であり、コード配列はそこから推測することができる。
【００３６】
「第２の治療剤」という句は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原の発現と関連付けられる疾患および／またはそれに関連する症状の処置、管理または改善において使用され得る任意の薬剤を指す。ある特定の実施形態では、第２の治療剤は、本明細書で開示される抗体または機能的断片を指す。他の実施形態では、第２の治療剤は、本明細書で開示される抗体または機能的断片以外の剤を指す。第２の治療剤は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原の発現と関連付けられる疾患および／またはそれに関連する１つまたは複数の症状の処置、管理または改善のために有用であることが周知であるか、またはそのために使用されてきたか、もしくはそのために現在使用されている剤であり得る。本明細書で開示される実施形態で、または本明細書で開示される実施形態とともに使用され得る第２の治療剤の非限定的な例には、化学療法剤および免疫療法剤が含まれる。
【００３７】
「トリプルネガティブ乳がん」または「ＴＮＢＣ」という句は、エストロゲン受容体についての検査が陰性（ＥＲ-）、プロゲステロン受容体についての検査が陰性（ＰＲ-）およびＨＥＲ２についての検査が陰性（ＨＥＲ２-）である乳がんの形態を指す。
【００３８】
「Ｔｈｏｍｓｅｎ−ｎｏｕｖｅｌｌｅ抗原」または「Ｔｎ抗原」という用語は、単糖構造Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）がグリコシド結合によってセリンまたはトレオニンに結合したもの（ＧａｌＮＡｃα−Ｏ−セリン／トレオニン）または他の生体由来高分子を指す。
「ｓＴｎ抗原」という用語は、Ｔｎ抗原の、ガラクトースではなくシアル酸による延長により形成されるＴｎ抗原のシアル酸付加形態を指す（ＮｅｕＡｃａ２→６ＧａｌＮＡｃα−Ｏ−セリン／トレオニン）。
「Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ抗原」、「ＴＦ抗原」、「Ｔ抗原」または「コア１」という用語は、二糖抗原を創出する、追加のガラクトース単糖を伴うＴｎ抗原を指す（Ｇａｌβ１→３ＧａｌＮＡｃα−Ｏ−セリン／トレオニン）。
【００３９】
「ガングリオシド」という用語は、糖鎖上で結合した１つまたは複数のシアル酸（例えば、ｎ−アセチルノイラミン酸、ＮＡＮＡ）を伴うスフィンゴ糖脂質（セラミドおよびオリゴ糖）からなる分子を指す。６０を超えるガングリオシドが公知であり、それらは主にＮＡＮＡ残基の位置および数において互いに異なる。ガングリオシドの非限定的な例には、１つのＮＡＮＡを有するガングリオシド（ｇａｎｇｌｉｓｉｄｅｓ）（例えば、フコシル−ＧＭ１（Ｆ−ＧＭ１）を含むＧＭ１、ＧＭ２およびＧＭ３）、２つのＮＡＮＡを有するガングリオシド（例えば、ＧＤ１ａ、ＧＤ１ｂ、ＧＤ２およびＧＤ３）、３つのＮＡＮＡを有するガングリオシド（例えば、ＧＴ１ｂおよびＧＴ３）および４つのＮＡＮＡを有するガングリオシド（例えば、ＧＱ１）が含まれる。
「グロボＨ」または「グロボヘキサオシルセラミド」という用語は、五糖前駆体、ＳＳＥＡ３（ステージ特異的胎児抗原３）から形成される六糖を指す。グロボＨは、糖脂質および糖タンパク質のようにがん細胞の表面上に発現する抗原炭水化物ファミリーのメンバーである。
【００４０】
「シアリルＬｅa」（ｓＬｅa）という用語は、シアリル−Ｌｅｗｉｓa、シアリル−Ｌｅｗｉｓ  Ａ、シアル酸付加Ｌｅｗｉｓ  ａおよびＣＡ  １９．９としても公知であり、Ｃ31Ｈ52Ｎ2Ｏ23の分子式および８２０．７４ｇ／モルのモル質量を有する四糖である。ｓＬｅaの構造は、Ｎｅｕ５Ａｃα２−３Ｇａｌβ１−３（Ｆｕｃα１−４）ＧｌｃＮＡｃβおよびＮｅｕ５Ｇｃα２−３Ｇａｌβ１−３（Ｆｕｃα１−４）ＧｌｃＮＡｃβを含み得る。ｓＬｅaは、胃腸管の腫瘍に広く発現しており、膵がんおよび結腸がんの腫瘍マーカーとして使用される。また、ｓＬｅaは、内皮細胞白血球付着分子（ＥＬＡＭ：ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ａｄｈｅｓｉｏｎ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ）としても公知の、Ｅ−選択のための公知のリガンドである。
【００４１】
「局在化剤」という句は、疾患の診断または処置において補助する、対象に投与される物質を指す。そのような物質は、疾患を引き起こすプロセスの局在を明らかにし、正確に示し、および／または規定するために使用され得る。そのような物質は、第２の治療剤を、局在化剤を含むコンジュゲートが結合する場所に局在化させるためにも使用され得る。ある特定の実施形態では、局在化剤は、本明細書で開示される抗体または機能的断片にコンジュゲートされ、対象に投与されるか、または対象からの試料と接触された場合、がんまたは腫瘍形成の診断または処置において補助する物質を含む。
「検出可能剤」という句は、試料または対象における、本明細書で開示される抗体または機能的断片等の所望の分子の実在または存在を確認するために使用され得る物質を指す。検出可能剤は、可視化することができる物質、または別の方法で（例えば、定量化によって）決定および／または測定することができる物質であり得る。
【００４２】
「治療剤」という句は、コンジュゲートに関して使用される場合、本明細書で開示される抗体または機能的断片とコンジュゲートまたは組換え融合されたとき、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原の発現と関連付けられる疾患および／またはそれに関連する症状の処置、管理または改善において、抗体または機能的断片とともに使用され得る任意の薬剤を指す。
「有効量」は、有益な結果または所望の結果をもたらすために十分な量である。有効量は、１回または複数回の投与、適用または投与量で投与され得る。そのような送達は、個々の投与単位が使用されるべき期間、剤のバイオアベイラビリティ、投与経路等を含む、いくつかの変数に依存する。
「治療有効量」という句は、本明細書で使用される場合、所与の疾患および／またはそれに関連する症状の重症度および／または持続期間を安定化、低減および／または改善するために十分な治療剤（例えば、本明細書で提供される抗体もしくは機能的断片、または本明細書で提供される他の任意の治療剤）の量を指す。治療剤の治療有効量は、所与の疾患の前進もしくは進行の安定化、低減もしくは改善のため、所与の疾患の再発、発症もしくは開始の低減もしくは改善のため、および／または別の治療（例えば、本明細書で提供される抗体または機能的断片の投与以外の治療）の予防もしくは治療効果を改善もしくは向上させるために必要な量であり得る。
【００４３】
「腫瘍抗原」という用語は、宿主において免疫応答を誘発し得るか、または免疫学的医薬剤によってターゲティングされ得る、腫瘍細胞内または腫瘍細胞上で産生される抗原物質を指す。例示的な腫瘍抗原には、変異のために異常な構造を有する腫瘍細胞内で産生される任意のタンパク質またはその改変、癌原遺伝子および腫瘍サプレッサーによって引き起こされる異常なタンパク質産生、腫瘍形成に関連しない他の遺伝子の変異によって引き起こされる腫瘍関連抗原、組織分化抗原、変異タンパク質抗原、発癌性ウイルス抗原、がん精巣抗原、血管または間質特異的抗原、腫瘍胎児性抗原、ならびに腫瘍細胞において異常な構造を有する細胞表面糖脂質および糖タンパク質のような他の物質が含まれる。
【００４４】
「共阻害分子」（「ネガティブチェックポイントレギュレータ（ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ）」または「ＮＣＲ」としても公知）とは、リガンドまたはカウンター受容体によるそれらのエンゲージメント後のＴ細胞への負のシグナルの送達によって免疫応答（例えば、Ｔ細胞活性化）をダウンレギュレートする分子を指す。共阻害分子の例示的な機能は、不相当な免疫活性化を予防すること、付随的損傷を最小限にすることおよび／または末梢自己寛容を維持することである。一部の態様では、共阻害分子は、抗原提示細胞またはＴ細胞によって発現されるリガンドまたは受容体である。態様では、共阻害分子は、抗原提示細胞およびＴ細胞の両方によって発現されるリガンドまたは受容体である。
「共刺激分子」とは、リガンドまたはカウンター受容体によるそれらのエンゲージメント後のＴ細胞への正のシグナルの送達によって免疫応答（例えば、Ｔ細胞活性化）をアップレギュレートする分子を指す。Ｔ細胞が完全に活性化されるためには、２つのシグナルが必要とされる。１）抗原提示細胞上のペプチド−ＭＨＣ分子と相互作用するＴ細胞受容体を通して抗原特異的シグナルが提供され、２）抗原提示細胞の膜上に発現する共刺激分子とＴ細胞との間の相互作用によって抗原非特異的な共刺激シグナルが提供される。Ｔ細胞共刺激は、Ｔ細胞増殖、分化および生存を提供する。一部の態様では、共刺激分子は、抗原提示細胞またはＴ細胞によって発現されるリガンドまたは受容体である。一部の態様では、共刺激分子は、抗原提示細胞およびＴ細胞の両方によって発現されるリガンドまたは受容体である。
【００４５】
「投与する」または「投与」という用語は、粘膜、皮内、静脈内、筋内送達および／または本明細書で説明されるか、または当該技術分野で公知の他の任意の物理的送達法によるような、物質（例えば、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片）を、それが体外に存在するとき、患者に注射または別の方法で物理的に送達する行為を指す。疾患が処置される場合、物質の投与は典型的に、疾患の開始後に起こる。疾患が予防される場合、物質の投与は典型的に、その疾患の発症前に起こる。
【００４６】
「ＥＣ５０」または「有効濃度の最大半量」という用語は、特定の曝露濃度後に基線と最大値との間の中間の応答を誘導する、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片の濃度を指す。
「合成Ｔｎ抗原」という用語は、グリコシド結合によって任意の基質に結合された、Ｔｎ抗原の単糖構造Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を指す。非限定的な例示的合成Ｔｎ抗原には、α−ＧａｌＮＡｃ−Ｏ（ＣＨ2）3ＮＨＣＯ（ＣＨ2）5ＮＨ−ビオチン（ＧｌｙｃｏＴｅｃｈ；カタログ番号０２−０１０）およびα−ＧａｌＮＡｃ−ＰＡＡ−ビオチン（ＧｌｙｃｏＴｅｃｈ；カタログ番号０１−００１、ＰＡＡはポリアクリルアミド骨格である）が含まれる。別の例示的な合成Ｔｎ抗原は、以下の構造によるＴｎ「クラスター」であり、ＫＬＨは、Ｔｎ抗原の部分を形成しないキーホールリンペットヘモシアニンを示す。
【００４７】
【化１】
2020536569.tif 000003
【００４８】
本発明による「Ｔｎ改変ペプチド」という用語は、グリコシド結合によって結合された単糖構造Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を有するように改変された、２個またはそれよりも多いセリンまたはトレオニン残基、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９もしくは１０個のセリンもしくはトレオニン残基、または例えば、約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０〜約６０、７５、８０、９０、９５、１００個のセリンもしくはトレオニン残基、または例えば、約３、４、５、６、７、８、９〜約１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０個のセリンもしくはトレオニン残基を有する単離されたペプチドを指し、改変されたセリンまたはトレオニン残基は、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって、例えば、２、３、４、５、６、７、８または９個の連続するアミノ酸残基によって分離されており、ＴｎまたはｓＴｎ抗原を形成するように改変されたセリンまたはトレオニン残基は、互いに隣接して位置し得、例えば、セリンの次にトレオニン、またはトレオニンの次にセリンであり得る。Ｔｎ改変ペプチドの非限定的な例は、以下のアミノ酸配列：ＨＧＶＴＳＡＰＤＴＲＰＡＰＧＳＴＡＰＰＡ（配列番号１５５）を有するＭｕｃ１−１−５Ｇペプチドであり、太字および下線テキストの残基はＴｎ抗原になるように改変されている。
【００４９】
本発明による「Ｔｎ改変タンパク質」という用語は、細胞によって発現されるタンパク質に関して使用される場合、グリコシド結合によって結合された単糖構造Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）を有するように改変された２つまたはそれよりも多いセリンまたはトレオニン残基を有する、細胞によって発現されるタンパク質を指し、改変されたセリンまたはトレオニン残基は、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されており、これは、改変された少なくとも２つのアミノ酸残基が互いに隣接することを含む。そのような改変は、培養中の細胞が増殖し、その結果、そのような細胞によって発現される酵素が、細胞表面上で改変されたタンパク質を産生することによって起こり得る。
【００５０】
一部の実施形態では、本発明は、抗体重鎖もしくは軽鎖またはその機能的断片が、本明細書で説明される１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７および２Ｆ３バリアントと命名されたクローン単離物からのＣＤＲのうちの１つまたは複数を有する、単離された抗体またはその機能的断片を提供する。したがって、一部の態様では、抗体重鎖もしくは軽鎖またはその機能的断片は、表２〜４および図１〜７で示されるＣＤＲのうちの１つまたは複数を有する。表２〜４および図１〜７で示されるＣＤＲのうちの１つまたは複数を含む抗体またはその機能的断片は、特に本明細書で説明されるＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原等の、本明細書で説明される標的抗原に特異的に結合し得る。ＣＤＲのうちの１つまたは複数、特にＣＤＲ３を含む本発明による抗体またはその機能的断片は、本明細書で説明されるＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に特異的に結合し得る。Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原への特異的な結合は、本明細書で提供される本発明の抗体のいずれかについて本明細書で提供される実施例で提供される特異性、親和性および／またはアビディティを含み得る。一部の実施形態では、本発明の抗体は、トレオニンおよび／またはセリン残基上のＴｎまたはｓＴｎに結合する。一部の実施形態では、抗体は、セリン残基上のＴｎまたはｓＴｎに優先的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、セリン残基上のＴｎまたはｓＴｎに特異的に結合する。優先的または特異的結合を示すそのような抗Ｔｎまたは抗ｓＴｎ抗体には、例えば、抗体２Ｆ３およびバリアント２８９番、６番、１７３３番、６３３番、６８０−４番、１７８０−２番および１７ｖ２番が含まれる。特異的結合は、トレオニン結合ＴｎまたはｓＴｎと比較して、セリン結合ＴｎまたはｓＴｎ抗原の一次、二次または三次構造を区別することを含む。結合の区別が大きければ大きいほど、抗体はセリン結合ＴｎまたはｓＴｎについてより特異的である。優先的結合は、セリン特異的ＴｎまたはｓＴｎ抗体を含むが、トレオニン結合ＴｎまたはｓＴｎとの交差反応性も示し得る。
【００５１】
【表２】
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【表３】
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【表４】
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【００５２】
一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片は、以下の特色のうちの１つまたは複数を有する。
・２つのＴｎ抗原分子に結合し、２つのＴｎ抗原分子は、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、２つのＴｎ抗原分子は、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、
・２つのＴｎ抗原分子に結合し、２つのＴｎ抗原分子は、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、
・シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティ、
・Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティ、
・酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、
・酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、
・Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、
・Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、
・Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、または
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に優先的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に特異的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に優先的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、がん細胞上に存在し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に特異的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、がん細胞上に存在し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する。
【００５３】
一部の態様では、本明細書で開示される本発明の抗体またはその機能的断片について上記に説明される特色は、合成Ｔｎ抗原、Ｔｎ改変ペプチドの部分、または細胞によって発現されるＴｎ改変タンパク質の部分であるＴｎ抗原を使用して決定される。一部の態様では、Ｔｎ抗原は、がん細胞によって発現される。本明細書で説明される抗体またはその機能的断片の上記の特色のいずれかを査定するための方法は、当該技術分野で周知であり、例示的な方法は本明細書で提供される。
本発明は、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する抗体またはその機能的断片をさらに含む。１つまたは複数のセリン残基上のＴｎまたはｓＴｎへのこの優先的または特異的結合は、例えば、正常免疫細胞等の非標的細胞に対して、がん等の標的細胞を区別することを促進し得る。加えて、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎまたはｓＴｎへの優先性または特異性を有する本明細書で提供される抗体は、例えばＩｇＭアイソタイプと比較して区別できる特徴を有する、ＩｇＧ１アイソタイプを含むＩｇＧアイソタイプである。それゆえ、一部の実施形態では、本発明は、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する抗体またはその機能的断片を使用して、例えば、標的対非標的選択性を提供することを促進し得る。ある特定の実施形態では、本発明は、トレオニン結合ＴｎまたはｓＴｎと比較してセリン結合ＴｎまたはｓＴｎをターゲティングすることを通して、Ｔｎ抗原を発現するがん細胞を特異的にターゲティングする方法を提供する。
【００５４】
一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片は、６つ未満のＣＤＲを含む。一部の実施形態では、抗体またはその機能的断片は、ＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３からなる群から選択される１、２、３、４または５つのＣＤＲを含む。特定の実施形態では、抗体またはその機能的断片は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７のＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３からなる群から選択される１、２、３、４または５つのＣＤＲを含む。そのようなＣＤＲは、表２〜４および図１〜７で示される。
【００５５】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と；配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と；配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含むＶＨドメイン、および／または（ｂ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と；配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と；配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含むＶＬドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
【００５６】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と；配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と；配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含むＶＨドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
【００５７】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、（ａ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と；配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と；配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含むＶＬドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
【００５８】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号２および８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４および２０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号２６および３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４０および４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５４および５９からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号６６のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００５９】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号５および１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７、２３、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０、３７および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４４および５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３および６３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のアミノ酸を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００６０】
一部の実施形態では、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片は、ＶＨおよびＶＬドメインを含み、（ｉ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｉ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４９のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｉｉ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｖ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５０のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５１のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖｉ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５２のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖｉｉ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５３のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖｉｉｉ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４９のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｘ）ＶＨドメインは、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５０のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインは、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含む。
【００６１】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号６および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１８および２４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３１および３８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４５および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７１のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００６２】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインのアミノ酸配列を有するＶＨドメインを有する単離された抗体または機能的断片を提供する。そのようなＶＨドメイン配列を、表５および６ならびに図１および３〜７に示す。
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＬドメインのアミノ酸配列を有するＶＬドメインを有する単離された抗体または機能的断片を提供する。そのようなＶＨドメイン配列を、表５および図２に示す。
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインおよびＶＬドメインのアミノ酸配列を有するＶＨドメインおよびＶＬドメインを有する単離された抗体または機能的断片を提供する。そのようなＶＨドメインおよびＶＬドメイン配列を、表５および６ならびに図１〜７に示す。
【００６３】
【表５】
2020536569.tif 000007
【００６４】
【表６】
2020536569.tif 000008
2020536569.tif 000009
【００６５】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、配列番号１０１、１０５、１０６、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２９、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、配列番号１０８、１１２および１１３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む抗体またはその機能的断片を提供する。
【００６６】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０１のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００６７】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１１４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１１５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００６８】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１１６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１１７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０５および１１４〜１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１１８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００６９】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１１９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０５および１１４〜１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００７０】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００７１】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００７２】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００７３】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００７４】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１２９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する単離された抗体またはその機能的断片であって、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０６のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１３のアミノ酸配列を含む、抗体またはその機能的断片を提供する。
【００７５】
また別の実施形態では、本発明は、選択位置において１つまたは複数のアミノ酸残基置換を有するＶＨドメインを有する本明細書で説明される単離された抗体またはその機能的断片を提供する。したがって、一部の態様では、本明細書で説明される本発明の単離された抗体またはその機能的断片は、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、位置１７におけるセリンもしくはフェニルアラニン；位置３７におけるバリンもしくはイソロイシン；位置５５におけるアスパラギン酸、ヒスチジンもしくはアラニン；位置６１におけるアスパラギン酸もしくはチロシン；位置６３におけるバリンもしくはメチオニン；位置８２Ｂにおけるセリンもしくはアスパラギン；位置８７におけるトレオニンもしくはアラニン；位置１００Ｂにおけるアラニンもしくはトレオニン；位置１０５におけるグルタミンもしくはリジン；または位置１１０におけるトレオニンもしくはイソロイシンから選択される１つまたは複数のアミノ酸バリアントを有するＶＨドメインを有する。また追加の実施形態では、ＶＨドメインは、本明細書で説明されるバリアントのうちの２つもしくはそれよりも多く、３つもしくはそれよりも多く、４つもしくはそれよりも多く、５つもしくはそれよりも多く、６つもしくはそれよりも多く、７つもしくはそれよりも多く、８つもしくはそれよりも多く、９つもしくはそれよりも多く、または１０個全てを含む。
【００７６】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体重鎖もしくは軽鎖またはその機能的断片が、本明細書で説明される１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７および２Ｆ３バリアントと命名されたクローン単離物からのＣＤＲのうちの１つまたは複数を有する、単離されたポリヌクレオチドを提供する。したがって、一部の態様では、単離されたポリヌクレオチドは、表２〜４および図１〜７で示されるＣＤＲのうちの１つまたは複数を有する抗体重鎖もしくは軽鎖またはその機能的断片をコードする。
一部の実施形態では、本明細書で提供される本発明による単離されたポリヌクレオチドは、６つ未満のＣＤＲを含む本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードする。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドによってコードされる抗体または機能的断片は、ＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３からなる群から選択される１、２、３、４または５つのＣＤＲを含む。特定の実施形態では、本発明のポリヌクレオチドによってコードされる抗体またはその機能的断片は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７のＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３からなる群から選択される１、２、３、４または５つのＣＤＲを含む。そのようなＣＤＲは、表２〜４および図１〜７に示される。
【００７７】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と；配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と；配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含む可変重鎖（ＶＨ）ドメイン、および／または（ｂ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と；配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と；配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメインを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００７８】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と；配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と；配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含む可変重鎖（ＶＨ）ドメインを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００７９】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、（ａ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と；配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と；配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメインを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００８０】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号２および８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４および２０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号２６および３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４０および４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５４および５９からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号６６のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００８１】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号５および１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７、２３、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０、３７および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４４および５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３および６３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のアミノ酸を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００８２】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号６および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１８および２４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３１および３８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４５および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７１のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインのアミノ酸配列を有するＶＨドメインを有する抗体または機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。そのようなＶＨドメイン配列を、表５および６ならびに図１および３〜７に示す。
【００８３】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＬドメインのアミノ酸配列を有するＶＬドメインを有する抗体または機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。そのようなＶＬドメイン配列を、表５および図２に示す。
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインおよびＶＬドメインのアミノ酸配列を有するＶＨドメインおよびＶＬドメインを有する抗体または機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。そのようなＶＨドメインおよびＶＬドメイン配列を、表５および６ならびに図１〜７に示す。
【００８４】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、配列番号１０１、１０５、１０６および１１４〜１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨドメインを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、配列番号１０８、１１２および１１３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０１のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００８５】
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２９、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
一部の実施形態では、本発明は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、抗体またはその機能的断片が、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０６のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１３のアミノ酸配列を含む、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
【００８６】
また別の実施形態では、本発明は、選択位置において１つまたは複数のアミノ酸残基を有するＶＨドメインを有する本明細書で説明される抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドを提供する。したがって、一部の態様では、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドは、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、位置１７におけるセリンもしくはフェニルアラニン；位置３７におけるバリンもしくはイソロイシン；位置５５におけるアスパラギン酸、ヒスチジンもしくはアラニン；位置６１におけるアスパラギン酸もしくはチロシン；位置６３におけるバリンもしくはメチオニン；位置８２Ｂにおけるセリンもしくはアスパラギン；位置８７におけるトレオニンもしくはアラニン；位置１００Ｂにおけるアラニンもしくはトレオニン；位置１０５におけるグルタミンもしくはリジン；または位置１１０におけるトレオニンもしくはイソロイシンから選択される１つまたは複数のアミノ酸バリアントを有するＶＨドメインを有する。したがって、また他の実施形態では、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドは、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、位置３０におけるセリン、トレオニンまたはアルギニン；位置５６におけるグリシン；位置５７におけるアスパラギンまたはトレオニン；位置６２におけるグルタミン；位置６３におけるリジン；および位置９８におけるリジンから選択されるアミノ酸バリアントのうちの１つまたは複数を有するＶＨドメインを有する。また追加の実施形態では、ＶＨドメインは、本明細書で説明されるバリアントのうちの２つもしくはそれよりも多く、３つもしくはそれよりも多く、４つもしくはそれよりも多く、５つもしくはそれよりも多く、６つもしくはそれよりも多く、７つもしくはそれよりも多く、８つもしくはそれよりも多く、９つもしくはそれよりも多く、または１０個全てを含む。
【００８７】
別の実施形態では、本明細書で説明される抗体またはその機能的断片をコードする単離されたポリヌクレオチドは、Ｋａｂａｔ番号付けに基づいて、位置３１におけるアスパラギンまたはリジン；および位置４１におけるグリシンからなる群から選択されるアミノ酸バリアントのうちの１つまたは複数を有するＶＬドメインを有する。また追加の態様では、ＶＬドメインは、本明細書で説明されるバリアントのうちの１つまたはそれよりも多くを含む。ポリヌクレオチドバリアントは、アミノ酸変化をコードし、したがってさらに、様々なクローンのアミノ酸バリアントとして反映される。
別の実施形態では、本発明は、本明細書で提供されるポリヌクレオチドのバリアントを提供する。バリアントは、ポリヌクレオチドに関して使用される場合、非限定的にメチル化ヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログ等の、１つまたは複数の改変されたヌクレオチドを有するポリヌクレオチドを含む。加えて、バリアントポリヌクレオチドは、非ヌクレオチド成分によって割り込まれたポリヌクレオチドを含み得る。ポリヌクレオチドへの改変は、当業者に周知の方法を使用して、ポリヌクレオチドの組立て前または後に与えられ得る。例えば、ポリヌクレオチドは、重合後に、酵素技術または化学技術のいずれかを使用する標識化成分とのコンジュゲーションによって改変され得る（例えば、Gottfried and Weinhold, 2011, Biochem. Soc. Trans., 39(2):523-628；Paredes et al., 2011, Methods, 54(2):251-259で説明される）。
【００８８】
当該技術分野で周知の任意の方法によって、ポリヌクレオチドを得、ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定することができる。特定されたクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７および２Ｆ３バリアント（例えば、表５および６）の可変重鎖および軽鎖ドメインのアミノ酸配列は本明細書で説明されているので、抗体およびこれらの抗体の改変された変形型をコードするヌクレオチド配列は、当該技術分野で周知の方法を使用して決定することができる、すなわち、特定のアミノ酸をコードすることが公知のヌクレオチドコドンは、抗体をコードする核酸を生成するように組み立てられる。抗体をコードするそのようなポリヌクレオチドは、化学合成オリゴヌクレオチドから組み立てることができ（例えば、Kutmeier et al., 1994, BioTechniques 17:242で説明される）、これは、簡潔に述べると、抗体、その断片またはバリアントをコードする配列の部分を含有する重複オリゴヌクレオチドの合成、それらのオリゴヌクレオチドのアニーリングおよびライゲーション、ならびにその後のＰＣＲによるライゲートしたオリゴヌクレオチドの増幅を含む。
【００８９】
本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードするポリヌクレオチドは、クローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７および２Ｆ３バリアント（例えば、表５および６）の可変重鎖および／または軽鎖ドメインの核酸配列を使用して生成することができる。抗体または機能的断片をコードする核酸は、化学合成されるか、または好適な供給源（例えば、抗体またはその機能的断片を発現するように選択されたハイブリドーマ細胞等の、抗体またはその機能的断片を発現する細胞から単離されたｃＤＮＡ）からその配列の３’および５’末端にハイブリダイズ可能な合成プライマーを使用するＰＣＲ増幅によって、または特定の核酸配列に特異的なオリゴヌクレオチドプローブを使用するクローニングによって得ることができる。その後、ＰＣＲによって生成した増幅した核酸は、当該技術分野で周知の任意の方法を使用して複製可能なクローニングベクターにクローニングすることができる。
【００９０】
遺伝暗号の縮重のために、本明細書で示されるポリペプチド配列の各々は、提供されるポリヌクレオチド配列の他に、多数の他のポリヌクレオチド配列によってもコードされることが当業者によって理解される。例えば、単一のアミノ酸は２つ以上のコドンによってコードされ得るので、本明細書で提供される重鎖可変ドメインは、他のポリヌクレオチド配列に加えて、本明細書で説明される特定のポリヌクレオチド配列によってコードされ得る。したがって、本出願は、各抗原結合タンパク質をコードする各縮重ヌクレオチド配列についての十分な明細および実施可能要件を提供する。アミノ酸配列への改変をもたらさないヌクレオチド配列の変化はサイレントであり、それゆえ、「バリアント」とは考えられない。他方で、「バリアント」として本明細書で説明される配列は、元の単離された「親クローン」配列に対してポリヌクレオチド変化を有する。親配列になされ、機能的特徴の変更を有する結合分子を産生した改変は、コードされるアミノ酸配列が変えられているので「バリアント」としてさらに研究した。したがって、「バリアント」は、ポリヌクレオチドおよびアミノ酸配列における変化の両方を説明するために使用することができるが、一般的には変えられた機能的特徴または「バリアント」特徴を有するタンパク質をコードする配列に結び付けられる。
【００９１】
本明細書で開示される一部の実施形態では、単離された抗体またはその機能的断片は、モノクローナル抗体である。本明細書で開示される一部の態様では、本明細書で提供される単離された抗体またはその機能的断片は、ＩｇＧまたはＩｇＭアイソタイプである。本明細書で開示されるさらなる態様では、抗体またはその機能的断片は、ＩｇＧ１サブクラスの抗体である。本明細書で開示されるさらなる態様では、抗体またはその機能的断片は、例えばＩｇＧ１サブクラスを含むＩｇＧの抗体であり、がん細胞上のＴｎまたはｓＴｎに結合する。
【００９２】
本明細書で開示される一部の実施形態では、単離された抗体またはその機能的断片は、二重特異性抗体である。二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なるエピトープについて結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異性抗体は、２つの異なるエピトープに結合し、例えば、細胞防御機構の焦点をＴｎ／ｓＴｎ発現細胞に合わせるために、Ｔｎ／ｓＴｎ結合アームは、Ｔ細胞受容体分子（例えば、ＣＤ２またはＣＤ３）等の白血球上の誘発分子、またはＩｇＧについてのＦｃ受容体（ＦｃγＲ）に結合するアームと組み合わせてもよい。また、二重特異性抗体は、Ｔｎ／ｓＴｎ発現細胞に細胞傷害剤（例えば、サポリン、抗インターフェロン−α、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトラ・エキセート（ｍｅｔｈｏｌａ−ｅｘａｔｅ）または放射性同位体ハプテン）を局在化させるために使用してもよい。二重特異性抗体は、全長抗体または抗体断片（例えば、Ｆ（ａｂ’）：二重特異性抗体）として調製することができる。
【００９３】
二重特異性抗体を製造するための方法は、当該技術分野で公知である。（例えば、Millstein et al., Nature, 305:537-539 (1983)；Traunecker et al., EMBO J., 10:3655-3659 (1991)；Suresh et al., Methods in Enzymology, 121:210 (1986)；Kostelny et al., J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)；Hollinger et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)；Gruber et al., J. Immunol., 152:5368 (1994)；米国特許第４，４７４，８９３号；同第４，７１４，６８１号；同第４，９２５，６４８号；同第５，５７３，９２０号；同第５，６０１，８１号；同第９５，７３１，１６８号；同第４，６７６，９８０号；および同第４，６７６，９８０号；ＷＯ９４／０４６９０；ＷＯ９１／００３６０；ＷＯ９２／２００３７３；ＷＯ９３／１７７１５；ＷＯ９２／０８８０２；ならびにＷＯ９６／２７０１１を参照されたい。）
【００９４】
したがって、一部の実施形態では、本明細書で提供される本発明の単離された抗体またはその機能的断片は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合するのみではなく、第２の抗原にも結合する。第２の抗原は、抗体またはその機能的断片を所望の標的（例えば、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原）にさらにターゲティングするため、および／または所望の標的に追加の成分（例えば、免疫調節細胞）を補充するために好適な任意の抗原であり得る。したがって、一部の態様では、本明細書で提供される二重特異性抗体は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原および腫瘍抗原に結合する。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１ＡＩ、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＩＮＧ−４、ＣＡＬＣＡ、ＣＤ４５、ＣＰＳＦ、サイクリンＤ１、ＤＫＫ１、ＥＮＡＨ（ｈＭｃｎａ）、Ｇａ７３３（ＥｐＣＡＭ）、ＥｐｈＡ３、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、グリピカン−３、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、アルファ−フェトプロテイン、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、Ｍｅｌｏｅ、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ｐ５３（非変異）、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ＰＲＡＭＥ、ＰＳＭＡ、ＲＡＧＥ、ＲＡＧＥ−１、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、セセルニン１、ＳＯＸ１０、ＳＴＥＡＰ１（前立腺の６回膜貫通上皮抗原１）、サバイビン（ｓｕｒｖｉｖｉｎｎ）、テロメラーゼ、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＥＧＦ−Ｒ、ＣＥＡ、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ５２、糖タンパク質１００（ＧＰ１００またはｇｐ１００タンパク質）、ＭＥＬＡＮＡ／ＭＡＲＴ１、ＭＡＲＴ２、ＮＹ−ＥＳＯ−１、ｐ５３、ＭＡＧＥ  Ａ１、ＭＡＧＥ  Ａ３、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ＣＤＫ４、アルファ−アクチニン−４、ＡＲＴＣ１、ＢＣＲ−ＡＢＬ、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質（ｂ３ａ２）、Ｂ−ＲＡＦ、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ベータ−カテニン、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＴＶ６−ＡＭＬ、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮｌ、ＧＰＮＭＢ、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、ＮＦＹＣ、ＯＧＴ、ＯＳ−９、ｐｍｌ−ＲＡＲアルファ融合タンパク質、ＰＲＤＸ５、ＰＴＰＲＫ、Ｈ−ｒａｓ、Ｋ−ｒａｓ（Ｖ−Ｋｉ−ｒａｓ２  Ｋｉｒｓｔｅｎラット肉腫ウイルス癌遺伝子）、Ｎ−ｒａｓ、ＲＢＡＦ６００、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＳＸ、ＳＳＸ２、ＳＹＴ−ＳＳＸ１もしくは−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＧＦ−ベータＲＩＩ、トリオースリン酸イソメラーゼ、ｏｒｍｄｍ−２、ＬＭＰ２、ＨＰＶ  Ｅ６／Ｅ７、ＥＧＦＲｖＩＩＩ（上皮増殖因子バリアントＩＩＩ）、イディオタイプ、Ｒａｓ−変異体、ｐ５３（変異体）、プロテイナーゼ３（ＰＲ１）、チロシナーゼ、ＰＳＡ、ｈＴＥＲＴ、肉腫転座切断点、ＥｐｈＡ２、前立腺酸性ホスファターゼＰＡＰ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＭＬ−ＩＡＰ、ＡＦＰ、ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２  ＥＴＳ融合遺伝子）、ＮＡ１７、ＰＡＸ３、ＡＬＫ、アン��ロゲン受容体、サイクリンＢ１、ポリシアル酸、ＭＹＣＮ、ＴＲＰ２、ＴＲＰ２−Ｉｎｔ２、フコシルＧＭ１、メソテリン、ＰＳＣＡ、ｓＬｅ（ａ）、ｃｙｐ１Ｂ１、ＰＬＡＣ１、ＢＯＲＩＳ、グロボＨ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＡＲＴ３、炭酸脱水酵素ＩＸ、ＯＹ−ＴＥＳ１、精子タンパク質１７、ＬＣＫ、高分子量黒色腫関連抗原（ＨＭＷＭＡＡ：ｈｉｇｈ  ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｗｅｉｇｈｔ  ｍｅｌａｎｏｍａ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ  ａｎｔｉｇｅｎ）、ＡＫＡＰ−４、ＳＳＸ２、ＸＡＧＥ  １、Ｂ７Ｈ３、レグマイン、Ｔｉｅ  ２、Ｐａｇｅ４、ＶＥＧＦＲ２、ＭＡＤ−ＣＴ−１、ＦＡＰ、ＰＤＧＦＲ−ベータ、ＭＡＤ−ＣＴ−２、Ｆｏｒ関連抗原１、ＴＲＰ１、ＣＡ−１２５、ＣＡ１９−９、カルレチニン、上皮膜抗原（ＥＭＡ：ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｍｅｍｂｒａｎｅ  ａｎｔｉｇｅｎ）、上皮腫瘍抗原（ＥＴＡ：ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｔｕｍｏｒ  ａｎｔｉｇｅｎ）、ＣＤ１９、ＣＤ３４、ＣＤ９９、ＣＤ１１７、クロモグラニン、サイトケラチン、デスミン、グリア線維酸性タンパク質（ＧＦＡＰ：ｇｌｉａｌ  ｆｉｂｒｉｌｌａｒｙ  ａｃｉｄｉｃ  ｐｒｏｔｅｉｎ）、ＧＣＤＦＰ（ｇｒｏｓｓ  ｃｙｓｔｉｃ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｆｌｕｉｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ）−１５、ＨＭＢ−４５抗原、Ｍｙｏ−Ｄ１、筋特異的アクチン（ＭＳＡ：ｍｕｓｃｌｅ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｃｔｉｎ）、ニューロフィラメント、ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ：ｎｅｕｒｏｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｅｎｏｌａｓｅ）、胎盤性アルカリホスファターゼ、シナプトフィジン（ｓｙｎａｐｔｏｐｈｙｓｉｓ）、サイログロブリン、甲状腺転写因子−１、ピルビン酸キナーゼアイソザイムＭ２型の二量形態（腫瘍Ｍ２−ＰＫ）、ＢＡＧＥ  ＢＡＧＥ−１、ＣＡＧＥ、ＣＴＡＧＥ、ＦＡＴＥ、ＧＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ＧＡＧＥ−３、ＧＡＧＥ−４、ＧＡＧＥ−５、ＧＡＧＥ−６、ＧＡＧＥ−７、ＨＣＡ６６１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＭＡＧＥＡ、ＭＡＧＥＢ、ＭＡＧＥＣ、ＮＡ８８、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＳＰＡＮＸＢ１、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ、ＳＹＣＰ１、ＴＰＴＥ、炭水化物、グリカン、Ｌｅa、シアリルＬｅa、Ｌｅb、Ｌｅx、ポリフコシル−Ｌｅx、Ｌｅy、ガングリオシド、ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２、ＧＤ３、ＣＡ  １５−３（ＣＡ  ２７．２９／ＢＣＡＡ）、ＣＡ  １９５、ＣＡ  ２４２、ＣＡ  ５０、ＣＡＭ  ４３、ＣＥＡ、ＥＢＮＡ、ＥＦ２、エプスタイン・バーウイルス抗原、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＳＰ７０−２、ＫＩＡＡＯ２０５、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシンクラスＩ、ＧｎＴＶ、Ｈｅｒｖ−Ｋ−ｍｅｌ、ＬＡＧＥ−１、ＬＡＧＥ−２、精子タンパク質（ＳＰ：ｓｐｅｒｍ  ｐｒｏｔｅｉｎ）１７、ＳＣＰ−１、Ｐ１５（５８）、Ｈｏｍ／Ｍｅｌ−４０、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、ＴＳＰ−１８０、Ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＴＡＧ−７２、ＴＡＧ−７２−４、ＣＡ−７２−４、ＣＡＭ  １７．１、ＮｕＭａ、１３−カテニン、Ｐ１６、ＴＡＧＥ、ＣＴ７、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、１３ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＤ６８／ＫＰ１、ＣＯ−０２９、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０、ＴＡＡＬ６、ＴＬＰ、ＴＰＳ、ＣＤ２２、ＣＤ２７、ＣＤ３０、ＣＤ７０、ＣＤ７３（５’−ＮＴ；エクト−５’−ヌクレオチダーゼ；ＮＴ５Ｅ）、ｐｒｏｓｔｅｉｎ、ＴＡＲＰ（Ｔ細胞受容体ガンマ選択的リーディングフレームタンパク質）、Ｔｒｐ−ｐ８、インテグリンαｖβ３（ＣＤ６１）、ガラクチン、もしくはＲａｌ−Ｂ、ＣＤ１２３、ＣＬＬ−１、ＣＤ３８、ＣＳ−１、ＣＤ１３８、インターフェロン遺伝子タンパク質の刺激薬（ＳＴＩＮＧ：ｓｔｉｍｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ  ｇｅｎｅｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ）アゴニスト、またはＲＯＲ１である。
【００９５】
別の態様では、本明細書で提供される二重特異性抗体は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原、およびＴリンパ球、ナチュラルキラー細胞、好中球、白血球、単球、マクロファージまたは骨髄由来サプレッサー細胞によって発現されるタンパク質に結合する。一部の実施形態では、そのようなタンパク質は、ＣＤ１６、Ｔ細胞受容体のタンパク質（ＣＤ３δ／ε、ＣＤ３γ／εおよびＣＤ２４７ζ／ζまたはζ／η）、Ｃ２、ＣＤ４、ＣＤ８、ＬＦＡ−１、ＣＤ４５、ＦａｓＬ、ＴＲＡＩＬ、ＴＮＦ、ＰＲＴＮ３、ＭＰＯ、ＢＰＩ、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、ＣＤ１４、ＩＬ−１２、ＣＤ４０、ＣＤ２３、ＣＤ３１、ＣＤ３８、ＣＤ４４、ＣＤ４５、ＣＤ６９、ＬＦＡ−３、ＡＲＧ１、ＮＯＳ２、ＣＤ１１ｂ、ＰＤ−Ｌ１、ＰＳＧＬ−１、ＬＹ−６Ｇ、ＣＣＲ２、ＣＣＲ２、ＣＤ４３またはＬ−セレクチンである。一部の実施形態では、本明細書で提供される二重特異性抗体は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原、およびＣＤ３（例えば、ＣＤ３δ／ε、ＣＤ３γ／ε）に結合する。Ｔ細胞上のＣＤ３および腫瘍細胞に同時に結合することを通して、そのような二重特異性抗体は、２つの細胞間の細胞溶解シナプスの形成を強い、それによって、Ｔ細胞活性をターゲティングされた腫瘍細胞へと選択的に再方向付けする。例えば、二重特異性抗体は、（ｉ）クローン単離物１Ａ４、３Ａ７ならびに２Ｆ３およびそのバリアントのＣＤＲおよび／またはＶＨ／ＶＬ配列（例えば、クローン単離物１Ａ４、３Ａ７ならびに２Ｆ３およびそのバリアントについて表２、３、４、５および６で示されるＣＤＲおよび／またはＶＨ／ＶＬ配列）によって定義されるＶＨおよびＶＬドメインの任意の１つを介してＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に、および（ｉｉ）ＣＤ３（例えば、ＣＤ３δ／ε、ＣＤ３γ／ε）に結合する。
【００９６】
Ｔ細胞の再方向付けは化学療法に対する抵抗性によって影響を受けず、細胞表面上の低い発現レベルはこの作用様式にとってはあまり重要でないので、Ｔｎ／ｓＴｎを二重特異的Ｔ細胞エンゲージメント手法によりターゲティングすることは、ＡＤＣ手法に優る利点を提供することが予想される。Ｔエフェクター細胞および腫瘍細胞への同時の結合を通して、Ｔ細胞エンゲージャーは、２つの細胞間の細胞溶解シナプスの形成を強い、それにより、Ｔ細胞活性をターゲティングされた腫瘍細胞へと選択的に再方向付けする。
【００９７】
一態様では、本発明は、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の抗原結合ユニットとＣＤ３に特異的に結合する第２の抗原結合ユニットとを含む多重特異性結合タンパク質（例えば、二重特異性抗体）であって、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する前記第１の抗原結合ユニットが、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインおよびＶＬドメインのアミノ酸配列を有する第１の軽鎖可変（ＶＬ）ドメインおよび第１の重鎖可変（ＶＨ）ドメインを含む、多重特異性結合タンパク質を提供する。
【００９８】
本発明の実施形態では、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の抗原結合ユニットは、それぞれ対のＶＬおよびＶＨドメインから選択され、
（ｉ）ＶＬドメインは、例えば、表５および７ならびに図２で示される、２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＬドメインのアミノ酸配列を有し、かつ／または
（ｉｉ）ＶＬドメインは、例えば、表３または図１〜７で示される、ＶＬ  ＣＤＲのうちの任意の１つのアミノ酸配列を有する１、２または３つのＶＬ  ＣＤＲ（ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３）を含み、かつ
（ｉｉｉ）ＶＨドメインは、例えば、表５もしくは６または図１もしくは３〜７で示される、２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインのアミノ酸配列を有し、かつ／または
（ｉｖ）ＶＨドメインは、例えば、表２または４で示される、ＶＨ  ＣＤＲのうちの任意の１つのアミノ酸配列を有する１、２または３つのＶＨ  ＣＤＲ（ＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３）を含む。
【００９９】
一態様では、本発明は、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の抗原結合ユニットとＣＤ３に特異的に結合する第２の抗原結合ユニットとを含む多重特異性結合タンパク質（例えば、二重特異性抗体）であって、Ｔｎ／ｓＴｎに結合する第１の抗原結合ユニットが、配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＶＨドメインと、配列番号１０８のアミノ酸配列を含むＶＬドメインとを含む、多重特異性結合タンパク質を提供する。
【０１００】
別の実施形態では、本発明は、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の抗原結合ユニットとＣＤ３に特異的に結合する第２の抗原結合ユニットとを含む多重特異性結合タンパク質（例えば、二重特異性抗体）であって、Ｔｎ／ｓＴｎに結合する第１の抗原結合ユニットが、ＶＨおよびＶＬドメインを含み、（ｉ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｉ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４９のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｉｉ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｖ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５０のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５１のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖｉ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５２のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖｉｉ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５３のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｖｉｉｉ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４９のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含むか、または（ｉｘ）ＶＨドメインが、配列番号５のＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１５０のＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号１５４のＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、かつＶＬドメインが、配列番号４４のＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３のＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、多重特異性結合タンパク質を提供する。
【０１０１】
また別の実施形態では、本発明は、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の抗原結合ユニットとＣＤ３に特異的に結合する第２の抗原結合ユニットとを含む多重特異性結合タンパク質（例えば、二重特異性抗体）であって、Ｔｎ／ｓＴｎに結合する第１の抗原結合ユニットが、配列番号１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨドメインと、配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＶＬドメインとを含む、多重特異性結合タンパク質を提供する。
また別の実施形態では、本発明は、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の抗原結合ユニットとＣＤ３に特異的に結合する第２の抗原結合ユニットとを含む多重特異性結合タンパク質（例えば、二重特異性抗体）であって、Ｔｎ／ｓＴｎに結合する第１の抗原結合ユニットが、配列番号１０６のアミノ酸配列を含むＶＨドメインと、配列番号１１３のアミノ酸配列を含むＶＬドメインとを含む、多重特異性結合タンパク質を提供する。
【０１０２】
したがって、二重特異性抗体の非限定的な一例では、本発明は、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１のポリペプチド鎖と第２のポリペプチド鎖とを含むタンパク質であって、第１の鎖が、第１のリンカーに共有結合する第１の軽鎖を含み、第１のリンカーそれ自体が第１の重鎖に共有結合し、ＣＤ３に特異的に結合する第２の鎖が、第２のリンカーに共有結合する第２の軽鎖を含み、第２のリンカーそれ自体が第２の重鎖に共有結合する、タンパク質を提供する。
【０１０３】
例示的な一実施形態では、第１の鎖は、そのＮ末端から出発して、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的に結合する第１の軽鎖可変領域（例えば、配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＶＬドメイン）と、第１の軽鎖定常領域と、第１のリンカーと、Ｔｎ／ｓＴｎに特異的な第１の重鎖可変領域（例えば、配列番号１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＶＨドメイン）と、第１の重鎖定常領域とを含む。一部の実施形態では、第２の鎖は、そのＮ末端から出発して、ＣＤ３に特異的に結合する第２の軽鎖可変領域と、第２の軽鎖定常領域と、第２のリンカーと、ＣＤ３についての第２の重鎖可変領域と、第２の重鎖定常領域とを含む。
【０１０４】
上記の二重特異的な実施形態は多価結合分子を達成するための１つの例示的な組合せであるが、一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体機能的断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）2、ｓｃＦｖ、ディアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディおよびシングルドメイン抗体（ｓｄＡＢ）であってもよいが、これらに限定されず、Ｔｎ／ｓＴｎおよびＣＤ３の両方ならびに／または任意の他の共阻害性もしくは共刺激性分子に対する特異性を有する抗体結合分子を達成するために多くの様々な構成を組み合わせてもよいことが当業者によって理解される。
【０１０５】
また別の態様では、本明細書で提供される二重特異性抗体は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原および共阻害性分子または共刺激性分子に結合する。一部の実施形態では、共阻害性分子は、ＶＩＳＴＡ、ＣＤ８６、ＣＤ８０、ＰＤＬ−１、ＰＤＬ−２、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ１、ＬＡＧ３、ＢＴＮＬ２、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ブチロフィリン、ＣＤ４８、ＣＤ２４４、ＴＩＭ−３、ＣＤ２００Ｒ、ＣＤ２００、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、ＨＶＥＭ、ＬＡＩＲ１、ＴＩＭ１、ガレクチン９、ＴＩＭ３、ＣＤ４８、２Ｂ４、ＣＤ１５５、ＣＤ１１２、ＣＤ１１３およびＴＩＧＩＴからなる群から選択される。一部の実施形態では、共刺激性分子は、ＣＤ１５４、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＧＩＴＲ、４−１ＢＢ（ＴＮＦＲＳＦ９、ＣＤ１３７）、ＯＸ４０、ＣＤ２７、ＴＭＩＧＤ２、ＩＣＯＳ、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＴＬ１Ａ、ＧＩＴＲＬ、４１ＢＢＬ、ＯＸ４０Ｌ、ＣＤ７０、ＨＨＬＡ２、ＩＣＯＳＬ、サイトカイン、ＬＩＧＨＴ、ＨＶＥＭ、ＣＤ３０、ＣＤ３０Ｌ、Ｂ７−Ｈ２、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０Ｌ、ＴＩＭ４、ＴＩＭ１、ＳＬＡＭ、ＣＤ４８、ＣＤ５８、ＣＤ１５５、ＣＤ１１２、ＤＲ３、ＧＩＴＲ、ＣＤ２およびＣＤ２２６からなる群から選択される。
【０１０６】
そのような二重特異性抗体を生成するための方法は、当該技術分野で周知である（例えば、Tomlinson and Holliger, Methods in Enzymology, 326: 461-479 (2000)；Doppalapudi et al., PNAS, 107(52):22611-22616 (2010)およびＥＰ特許第２６０６０６４号を参照のこと）。
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片を産生する方法を提供する。本明細書で開示される方法は、本明細書で開示されるポリヌクレオチドを宿主細胞に導入することと、本明細書で開示される抗体または機能的断片のコードされる重鎖および／または軽鎖を産生する条件下で、これを産生するために十分な期間、宿主細胞を培養することと、抗体または機能的断片の重鎖および／または軽鎖を精製することとを含み得る。他の実施形態では、本発明は、本明細書で開示される抗体または機能的断片をコードするポリヌクレオチドを有する組換え細胞を提供する。一部の態様では、抗体またはその機能的断片は、クローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７および２Ｆ３バリアントの可変重鎖ドメインおよび可変軽鎖ドメイン（例えば、表５および６）を有する。
【０１０７】
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示される抗体またはその機能的断片の組換え発現は、本明細書で開示される抗体または機能的断片の重鎖および／または軽鎖をコードするポリヌクレオチドを含有する発現ベクターの構築を含み得る。本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードするポリヌクレオチド（好ましくは重鎖および／または軽鎖可変ドメインを含有するが、必ずしも含有しない）が得られると、抗体または機能的断片の産生のためのベクターは、当該技術分野で周知の技術を使用する組換えＤＮＡ技術によって産生することができる。抗体またはその機能的断片をコードするヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドを発現することによってタンパク質を調製するための方法は、本明細書で説明される。
【０１０８】
当業者に周知の方法を使用して、抗体またはその機能的断片をコードする配列ならびに適切な転写および翻訳制御シグナルを含有する発現ベクターを構築することができる。これらの方法は、例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ組換えＤＮＡ技術、合成技術およびｉｎ  ｖｉｖｏ遺伝子組換えを含む。したがって、本発明は、プロモーターに作動可能に連結された、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードするヌクレオチド配列を含む複製可能なベクターを提供する。そのようなベクターは、抗体分子の定常領域をコードするヌクレオチド配列を含んでもよく（例えば、国際公開ＷＯ８６／０５８０７およびＷＯ８９／０１０３６ならびに米国特許第５，１２２，４６４号を参照のこと）、抗体の可変ドメインは、重鎖全体、軽鎖全体または重鎖および軽鎖両方の全体の発現のためにそのようなベクターにクローニングすることができる。
【０１０９】
発現ベクターは、従来技術によって宿主細胞に移行することができ、その後、トランスフェクトした細胞を従来技術によって培養して、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片を産生する。したがって、本発明は、異種のプロモーターに作動可能に連結された、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードするポリヌクレオチドを含有する宿主細胞を含む。二本鎖抗体の発現のための一部の実施形態では、以下に詳述するように、免疫グロブリン分子全体の発現のために、重鎖および軽鎖の両方をコードするベクターを宿主細胞において共発現することができる。
【０１１０】
様々な宿主−発現ベクター系を利用して、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片を発現することができる（例えば、米国特許第５，８０７，７１５号を参照のこと）。そのような宿主−発現系は、目的のコード配列を産生し、次に精製することができる媒体を意味するが、適切なヌクレオチドコード配列で形質転換されたか、またはトランスフェクトされた場合、ｉｎ  ｓｉｔｕで本明細書にて開示される抗体分子を発現することができる細胞も意味する。これらには、抗体コード配列を含有する組換えバクテリオファージＤＮＡ、プラスミドＤＮＡまたはコスミドＤＮＡ発現ベクターで形質転換した細菌（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）および枯草菌（Ｂ. ｓｕｂｔｉｌｉｓ））、抗体コード配列を含有する組換え酵母発現ベクターで形質転換した酵母（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  Ｐｉｃｈｉａ）等の微生物；抗体コード配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えば、バキュロウイルス）に感染させた昆虫細胞系；抗体コード配列を含有する組換えウイルス発現ベクター（例えば、カリフラワーモザイクウイルス、ＣａＭＶ；タバコモザイクウイルス、ＴＭＶ）に感染させたか、または組換えプラスミド発現ベクター（例えば、Ｔｉプラスミド）で形質転換した植物細胞系；または哺乳動物細胞のゲノム由来のプロモーター（例えば、メタロチオネインプロモーター）または哺乳動物ウイルス由来のプロモーター（例えば、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス７．５Ｋプロモーター）を含有する組換え発現構築物を有する哺乳動物細胞系（例えば、ＣＯＳ、ＣＨＯ、ＢＨＫ、２９３、ＮＳ０および３Ｔ３細胞）が含まれるが、これらに限定されない。一部の態様では、大腸菌等の細菌細胞、または真核細胞は、とりわけ組換え抗体全体の発現のために、組換え抗体または機能的断片の発現のために使用される。例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ：Ｃｈｉｎｅｓｅ  ｈａｍｓｔｅｒ  ｏｖａｒｙ）細胞等の哺乳動物細胞は、ヒトサイトメガロウイルスからの主要な最初期遺伝子プロモーターエレメント等のベクターとともに、抗体の有効な発現系である（Foecking et al., 1986, Gene 45:101；およびCockett et al., 1990, Bio/Technology 8:2）。一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体またはその断片は、ＣＨＯ細胞において産生される。一部の実施形態では、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードするヌクレオチド配列の発現は、構成的プロモーター、誘導的プロモーターまたは組織特異的プロモーターによって調節される。
【０１１１】
細菌系では、発現される抗体分子について意図される使用によって、いくつかの発現ベクターを有利に選択することができる。例えば、抗体分子の医薬組成物の生成のために、大量のそのような抗体が産生されるべき場合、容易に精製される高レベルの融合タンパク質産物の発現を指示するベクターは望ましい場合がある。そのようなベクターには、融合タンパク質が産生されるように抗体コード配列がｌａｃＺコード領域とインフレームでベクターに個々にライゲートされ得る大腸菌発現ベクターｐＵＲ２７８（Ruther et al., 1983, EMBO 12:1791）；ｐＩＮベクター（Inouye & Inouye, 1985, Nucleic Acids Res. 13:3101-3109；Van Heeke & Schuster, 1989, J. Biol. Chem. 24:5503-5509）等が含まれるが、これらに限定されない。ｐＧＥＸベクターを使用して、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ  ５−ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）（ＧＳＴ：ｇｌｕｔａｔｈｉｏｎｅ  Ｓ−ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）を伴う融合タンパク質として外来性ポリペプチドを発現することができる。一般的に、そのような融合タンパク質は可溶性であり、マトリックスグルタチオンアガロースビーズへの吸着および結合、その後の遊離グルタチオンの存在下での溶離によって溶解した細胞から容易に精製することができる。ｐＧＥＸベクターは、クローニングされた標的遺伝子産物がＧＳＴ部分から放出され得るように、トロンビンまたは第Ｘａ因子プロテアーゼ切断部位を含むように設計される。
【０１１２】
昆虫系では、キンウワバ科（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ：Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ  ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ  ｎｕｃｌｅａｒ  ｐｏｌｙｈｅｄｒｏｓｉｓ  ｖｉｒｕｓ）は、外来遺伝子を発現するためのベクターとして使用される。ウイルスは、ヨトウガ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）細胞内で増殖する。抗体または機能的断片コード配列は、ウイルスの非本質的領域（例えば、ポリヘドリン遺伝子）に個々にクローニングされ、ＡｃＮＰＶプロモーター（例えば、ポリヘドリンプロモーター）の制御下に置かれ得る。
【０１１３】
哺乳動物宿主細胞では、いくつかのウイルスベース発現系を利用することができる。アデノウイルスが発現ベクターとして使用される場合、目的の抗体コード配列は、アデノウイルス転写／翻訳制御複合体、例えば、後期プロモーターおよび三要素リーダー配列にライゲートされ得る。その後、このキメラ遺伝子は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏ組換えによってアデノウイルスゲノムに挿入され得る。ウイルスゲノムの非本質的領域（例えば、領域Ｅ１またはＥ３）内への挿入は、感染した宿主において生存可能、かつ抗体分子を発現することができる組換えウイルスをもたらす（例えば、Logan & Shenk, 1984, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 8 1:355-359を参照のこと）。また、特定の開始シグナルは、挿入された抗体コード配列の効率的な翻訳のために使用することができる。これらのシグナルは、ＡＴＧ開始コドンおよび隣接する配列を含む。さらに、開始コドンは、挿入物全体の翻訳を確実にするために、所望のコード配列のリーディングフレームと同位相でなければならない。これらの外因性翻訳制御シグナルおよび開始コドンは、天然および合成の両方の様々な起源のものであってもよい。発現効率は、適切な転写エンハンサーエレメント、転写ターミネーター等を含めることによって向上させることができる（例えば、Bittner et al., 1987, Methods in Enzymol. 153:51-544を参照のこと）。
【０１１４】
加えて、挿入された配列の発現を調節するか、または所望の特定の様式で遺伝子産物を改変およびプロセシングする宿主細胞株を選択してもよい。タンパク質産物のそのような改変（例えば、グリコシル化）およびプロセシング（例えば、切断）は、抗体または機能的断片の機能に重要であり得る。様々な宿主細胞は、タンパク質および遺伝子産物の翻訳後プロセシングおよび改変のための特徴的かつ特異的機構を有する。適切な細胞株または宿主系を選択して、発現する外来性タンパク質の正確な改変およびプロセシングを確実にすることができる。この目的のために、主要な転写産物の適切なプロセシング、遺伝子産物のグリコシル化およびリン酸化のための細胞機構を有する真核宿主細胞を使用することができる。そのような哺乳動物宿主細胞には、ＣＨＯ、ＶＥＲＹ、ＢＨＫ、Ｈｅｌａ、ＣＯＳ、ＭＤＣＫ、２９３、３Ｔ３、Ｗ１３８、ＢＴ４８３、Ｈｓ５７８Ｔ、ＨＴＢ２、ＢＴ２ＯおよびＴ４７Ｄ、ＮＳ０（任意の免疫グロブリン鎖を内因的に産生しないマウス骨髄腫細胞株）、ＣＲＬ７Ｏ３ＯならびにＨｓＳ７８Ｂｓｔ細胞が含まれるが、これらに限定されない。
【０１１５】
組換えタンパク質の長期高収率産生のために、安定な発現は好ましい。例えば、本明細書で開示される抗体または機能的断片を安定に発現する細胞株を操作設計してもよい。ウイルス複製起点を含有する発現ベクターを使用するのではなく、適切な発現制御エレメント（例えば、プロモーター、エンハンサー、配列、転写ターミネーター、ポリアデニル化部位等）および選択可能マーカーによって制御されるＤＮＡで宿主細胞を形質転換してもよい。外来ＤＮＡの導入後、操作設計した細胞を富化培地で１〜２日間増殖させてもよく、その後、選択培地に変える。組換えプラスミド中の選択可能マーカーは、選択に対する抵抗性を与え、細胞がプラスミドをそれらの染色体に安定に統合し、増殖して増殖巣を形成することを可能にし、次に、増殖巣はクローニングされ、細胞株に拡張され得る。この方法は、抗体分子を発現する細胞株を操作設計するために有利に使用することができる。
【０１１６】
非限定的に、単純ヘルペスウイルスチミジンキナーゼ（Wigler et al., 1977, Cell 11:223）、ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Szybalska & Szybalski, 1992, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 48:202）およびアデニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（Lowy et al., 1980, Cell 22:8-17）遺伝子を含む、いくつかの選択系を使用してもよく、それぞれ、ｔｋ−細胞、ｈｇｐｒｔ−細胞またはａｐｒｔ−細胞において使用することができる。また、以下の遺伝子：メトトレキセートに対する抵抗性を与えるｄｈｆｒ（Wigler et al., 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. 77(6):3567-70；O’Hare et al., 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:1527）；グルタメートおよびアンモニアを使用するグルタミンの生合成の原因である酵素であるグルタミン合成酵素（ＧＳ：ｇｌｕｔａｍｉｎｅ  ｓｙｎｔｈｅｔａｓｅ）（Bebbington et al., 1992, Biuotechnology 10:169）；ミコフェノール酸に対する抵抗性を与えるｇｐｔ（Mulligan & Berg, 1981, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78:2072）；アミノグリコシドＧ−４１８に対する抵抗性を与えるｎｅｏ（Wu and Wu, 1991, Biotherapy 3:87-95；Tolstoshev, 1993, Ann. Rev. Pharmacol. Toxicol. 32:573-596；Mulligan, 1993, Science 260:926-932；およびMorgan and Anderson, 1993, Ann. Rev. Biochem. 62:191-217；May, 1993, TIB TECH 11(5):155-215）；およびハイグロマイシンに対する抵抗性を与えるｈｙｇｒｏ（Santerre et al., 1984, Gene 30:147）についての選択の基礎として代謝拮抗薬抵抗性を使用することができる。組換えＤＮＡ技術の当該技術分野で周知の方法は、所望の組換えクローンを選択するためにルーチンに適用することができ、そのような方法は、例えば、Ausubel et al. (eds.), Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, NY (1993)；Kriegler, Gene Transfer and Expression, A Laboratory Manual, Stockton Press, NY (1990)；およびChapters 12 and 13, Dracopoli et al. (eds.), Current Protocols in Human Genetics, John Wiley & Sons, NY (1994)；Colberre-Garapin et al., 1981, J. Mol. Biol. 150:1で説明されており、当該文献はそれらの全体を参照により本明細書に組み込む。
【０１１７】
抗体分子の発現レベルは、ベクター増幅によって増大することができる（概略については、Bebbington and Hentschel, The use of vectors based on gene amplification for the expression of cloned genes in mammalian cells in DNA cloning, Vol. 3 (Academic Press, New York, 1987)を参照のこと）。抗体またはその機能的断片を発現するベクター系のマーカーが増幅可能である場合、宿主細胞の培養物中に存在する阻害剤レベルを増大させると、マーカー遺伝子のコピー数が増大する。増幅した領域は抗体遺伝子を伴うので、抗体の産生もまた増大する（Crouse et al., 1983, Mol. Cell. Biol. 3:257）。
【０１１８】
本明細書で開示される２つの発現ベクターで宿主細胞をコトランスフェクトしてもよく、第１のベクターは重鎖由来ポリペプチドをコードし、第２のベクターは軽鎖由来ポリペプチドをコードする。２つのベクターは、重鎖および軽鎖ポリペプチドの等しい発現を可能にする同一の選択可能マーカーを含有し得る。あるいは、重鎖および軽鎖ポリペプチドの両方をコードし、かつこれらの両方を発現することができる単一のベクターを使用してもよい。そのような状況では、過剰な毒性のない重鎖を避けるために、軽鎖を重鎖の前に入れてもよい（Proudfoot, 1986, Nature 322:52；およびKohler, 1980, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:2197-2199）。重鎖および軽鎖のコード配列は、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡを含み得る。
【０１１９】
加えて、本明細書で開示される抗体または機能的断片の重鎖および／または軽鎖をコードするポリヌクレオチドは、所望の宿主細胞における本明細書で開示される抗体または機能的断片の最適化発現を達成するために、当該技術分野で周知の技術を使用するコドン最適化に供してもよい。例えば、コドン最適化の１つの方法において、ネイティブコドンは、参照の組の遺伝子からの最も頻繁なコドンよって置換され、ここでは、各アミノ酸についてのコドン翻訳速度が高くなるように設計される。本明細書で開示される抗体または機能的断片の重鎖および／または軽鎖に適用することができる、所望のタンパク質の発現のためのコドン最適化ポリヌクレオチドを生成するための追加の例示的な方法は、Kanaya et al., Gene, 238:143-155 (1999)；Wang et al., Mol. Biol. Evol., 18(5):792-800 (2001)；米国特許第５，７９５，７３７号、米国特許出願公開第２００８／００７６１６１号およびＷＯ２００８／０００６３２で説明されている。
【０１２０】
本明細書で開示される抗体分子を組換え発現によって産生すると、免疫グロブリン分子の精製のための当該技術分野で公知の任意の方法によって、例えば、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換クロマトグラフィー、親和性クロマトグラフィー、特にタンパク質Ａの後の特異的抗原に対する親和性によるクロマトグラフィー、およびサイズ分類カラムクロマトグラフィー）、遠心分離、溶解性の差異によって、またはタンパク質精製のための他の任意の標準技術によってそれを精製することができる。さらに、本発明の抗体または機能的断片は、精製を促進するために、本明細書で提供されるか、または別に当該技術分野で公知の異種のポリペプチド配列に融合してもよい。例えば、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、数ある中で、市販されているポリヒスチジンタグ（Ｈｉｓタグ）、ＦＬＡＧタグ、ヘマグルチニンタグ（ＨＡタグ）またはｍｙｃタグを組換え付加し、当業者に周知の精製方法を利用することを通して精製することができる。
一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体機能的断片は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）2、ｓｃＦｖ、ディアボディ、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディまたはシングルドメイン抗体（ｓｄＡＢ）であり得るが、これらに限定されない。抗体およびその機能的断片について、様々な形態、変更および改変が当該技術分野で周知である。本明細書で開示されるＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原特異的抗体断片は、そのような様々な抗体形態、変更および改変のいずれかを含み得る。そのような様々な形態および用語の例は、それらが当該技術分野で公知である通り、以下に示される。
【０１２１】
Ｆａｂ断片は、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価の断片を指し；Ｆ（ａｂ’）2断片は、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって結合された２つのＦａｂ断片を含む二価の断片であり；Ｆｄ断片は、ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなり；Ｆｖ断片は、抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなり；ｄＡｂ断片（Ward et al., Nature 341:544-546, (1989)）は、ＶＨドメインからなる。
抗体は、１つまたは複数の結合部位を有し得る。２つ以上の結合部位が存在する場合、結合部位は、互いに同一であってもよく、異なっていてもよい。例えば、天然免疫グロブリンは２つの同一の結合部位を有し、単鎖抗体またはＦａｂ断片は１つの結合部位を有し、一方で、「二重特異性」または「二機能性」抗体は２つの異なる結合部位を有する。
単鎖抗体（ｓｃＦｖ）とは、ＶＬおよびＶＨ領域がリンカー（例えば、アミノ酸残基の合成配列）を介して接合されて、連続するポリペプチド鎖を形成する抗体を指し、リンカーは、タンパク質鎖がそれ自体で折り返し、一価の抗原結合部位を形成することを可能にするために十分に長い（例えば、Bird et al., Science 242:423-26 (1988)およびHuston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-83 (1988)を参照のこと）。ディアボディとは、２つのポリペプチド鎖を含む二価抗体を指し、各ポリペプチド鎖は、同じ鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするには短すぎるので各ドメインが別のポリペプチド鎖上の相補的ドメインと対形成することを可能にするリンカーによって接合される、ＶＨおよびＶＬドメインを含む（例えば、Holliger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-48 (1993)、およびPoljak et al., Structure 2:1121-23 (1994)を参照のこと）。ディアボディの２つのポリペプチド鎖が同一である場合、それらの対形成から生ずるディアボディは、２つの同一の抗原結合部位を有する。異なる配列を有するポリペプチド鎖は、２つの異なる抗原結合部位を有するディアボディを製造するために使用することができる。同様に、トリアボディおよびテトラボディは、それぞれ、同じであってもよく、異なっていてもよい３つおよび４つのポリペプチド鎖を含み、かつそれぞれ、同じであってもよく、異なっていてもよい３つおよび４つの抗原結合部位を形成する抗体である。
【０１２２】
本発明は、本明細書で開示される１Ａ４、２Ｆ３、３Ａ７または２Ｆ３バリアントの抗体またはその機能的断片誘導体であって、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体または機能的断片も提供する。例えば、アミノ酸置換をもたらす部位特異的変異誘発およびＰＣＲ媒介変異誘発を含む、当業者に周知の標準技術を使用して、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片をコードするヌクレオチド配列において変異を導入することができる。一部の態様では、誘導体は、元の分子と比較して２５個未満のアミノ酸置換、２０個未満のアミノ酸置換、１５個未満のアミノ酸置換、１０個未満のアミノ酸置換、５個未満のアミノ酸置換、４個未満のアミノ酸置換、３個未満のアミノ酸置換または２個未満のアミノ酸置換を含む。
【０１２３】
一部の実施形態では、本発明は、抗体または機能的断片が本明細書で定義される機能活性を保持する限り、天然アミノ酸の改変形態、保存的置換、非天然アミノ酸、アミノ酸アナログおよびミメティクスを有するそのような抗体またはその機能的断片を提供する。一実施形態では、誘導体は、１つまたは複数の予想される非必須アミノ酸残基で行われる保存的アミノ酸置換を有する。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が類似する電荷を有する側鎖を有するアミノ酸残基で置換されているアミノ酸置換である。類似する電荷を有する側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当該技術分野で定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖を有するアミノ酸（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖を有するアミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、ベータ−分岐側鎖を有するアミノ酸（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖を有するアミノ酸（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）が含まれる。あるいは、変異は、例えば飽和変異誘発によって、コード配列の全てまたは部分に沿ってランダムに導入してもよく、得られる変異体は、活性を保持する変異体を特定するために生理活性についてスクリーニングしてもよい。変異誘発後、コードされる抗体またはその機能的断片を発現させてもよく、抗体または機能的断片の活性を決定してもよい。
【０１２４】
一部の実施形態では、本発明は、本明細書で開示される抗体または機能的断片内に含有されるＦｃ断片のフコシル化、ガラクトシル化および／またはシアル酸付加が改変されている抗体またはその機能的断片を提供する。Ｆｃ断片のそのような改変は、Peipp et al., Blood, 112(6):2390-2399 (2008)で説明されているように、Ｆｃ受容体媒介活性に影響を及ぼし得る。例えば、Ｆｃ  Ｎ−グリカンからの核フコース残基を欠く糖について操作設計した治療用抗体は、フコシル化相対物と比較して、より低濃度でもっと高い有効性を有する強いＡＤＣＣを示す。Shields et al., J. Biol. Chem., 277(30):26733-40 (2002)；Okazaki et al.,  J Mol Biol., 336:1239-1249 (2004)；Natsume et al., J. Immunol. Methods., 306:93-103 (2005)。抗体の機能的断片のための抗体のフコシル化、ガラクトシル化および／またはシアル酸付加を改変するための方法は、当該技術分野で周知である。例えば、脱フコシル化手法は、Yamane-Ohnuki et al., MAbs., 1(3):230-236 (2009)で説明されているように、３つの方法：（１）非哺乳動物細胞のＮ−グリコシル化経路の「ヒト化」非フコシル化経路への変換、（２）哺乳動物細胞のＮ−グリカンフコシル化経路の不活性化、および（３）非フコシル化Ｎ−糖タンパク質のｉｎ  ｖｉｔｒｏ化学合成またはＮ−グリカンの非フコシル化形態への酵素的改変に分類することができる。これらの方法の任意の１つまたは当該技術分野で周知の他の任意の方法は、フコシル化、ガラクトシル化および／またはシアル酸付加が改変されている抗体またはその機能的断片を産生するために使用することができることが理解される。
【０１２５】
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示される抗体またはその機能的断片は、抗体合成についての当該技術分野で公知の任意の方法によって、特に、化学合成によって、または組換え発現技術によって産生することができる。本明細書で開示される実施は、別に示されない限り、分子生物学、微生物学、遺伝子解析、組換えＤＮＡ、有機化学、生化学、ＰＣＲ、オリゴヌクレオチド合成および改変、核酸ハイブリダイゼーションならびに当該技術分野の技術の範囲内の関連分野の従来技術を使用する。これらの技術は、本明細書で引用される参考文献で説明されており、文献で完全に説明されている。例えば、Maniatis et al. (1982) Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press；Sambrook et al. (1989),  Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press；Sambrook et al. (2001) Molecular Cloning:  A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY；Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons (1987 and annual updates)；Current Protocols in Immunology, John Wiley & Sons (1987 and annual updates)  Gait (ed.) (1984) Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach, IRL Press；Eckstein (ed.) (1991) Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, IRL Press；Birren et al. (eds.) (1999) Genome Analysis: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press；Borrebaeck (ed.) (1995) Antibody Engineering, Second Edition, Oxford University Press；Lo (ed.) (2006) Antibody Engineering: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology); Vol. 248, Humana Press, Incを参照されたく、当該参考文献の各々は、その全体を参照により本明細書に組み込む。
【０１２６】
モノクローナル抗体は、ハイブリドーマおよび組換え技術またはそれらの組合せの使用を含む当該技術分野で公知の多種多様な技術を使用して調製することができる。例えば、モノクローナル抗体は、当該技術分野で公知の、例えば、Harlow et al., Antibodies: A Laboratory Manual, (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2nd ed. 1988)；Hammerling et al., Monoclonal Antibodies and T-Cell Hybridomas 563 681 (Elsevier, N.Y., 1981)で教示されている技術を含むハイブリドーマ技術を使用して産生することができ、当該参考文献の各々は、その全体を参照により本明細書に組み込む。モノクローナル抗体は、ハイブリドーマ技術を通して産生された抗体に限定されない。モノクローナル抗体を産生する他の例示的な方法は、当該技術分野で公知である。モノクローナル抗体を産生する追加の例示的な方法は、本明細書で提供される実施例で提供される。
【０１２７】
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する抗体機能的断片は、当業者に周知の任意の技術によって生成することができる。例えば、本明細書で開示されるＦａｂおよびＦ（ａｂ’）2断片は、パパイン（Ｆａｂ断片を産生する）またはペプシン（Ｆ（ａｂ’）2断片を産生する）等の酵素を使用して、免疫グロブリン分子のタンパク質溶解切断によって産生することができる。Ｆ（ａｂ’）2断片は、可変領域、軽鎖定常領域および重鎖のＣＨ１ドメインを含有する。
【０１２８】
本明細書で開示される抗体機能的断片は、当該技術分野で公知の様々なファージディスプレイ法を使用して生成することもできる。例えば、ファージディスプレイ法では、本明細書で提供される１、２、３、４、５または６つのＣＤＲを有する重鎖および／または軽鎖可変領域等の機能的抗体ドメインは、それらをコードするポリヌクレオチド配列を有するファージ粒子の表面上に提示される。ＶＨおよびＶＬドメインをコードするＤＮＡは、ＰＣＲによってｓｃＦｖリンカーを伴って組み換えられ、ファージミドベクターにクローニングされる。ベクターを大腸菌にエレクトロポレーションし、大腸菌にヘルパーファージを感染させる。これらの方法で使用されるファージは典型的に、ｆｄおよびＭ１３を含む繊維状ファージであり、ＶＨおよびＶＬドメインは通常、ファージ遺伝子ＩＩＩまたは遺伝子ＶＩＩＩのいずれかに組換え融合される。Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原等の特定の抗原に結合する抗原結合ドメインを発現するファージは、例えば、標識化抗原、または固体表面またはビーズに結合または捕捉された抗原を使用して、抗原で選択または特定することができる。本発明の抗体機能的断片を製造するために使用することができるファージディスプレイ法の例には、Brinkman et al., 1995, J. Immunol. Methods 182:41-50；Ames et al., 1995, J. Immunol. Methods 184:177-186；Kettleborough et al., 1994, Eur. J. Immunol. 24:952-958；Persic et al., 1997, Gene 187:9-18；Burton et al., 1994, Advances in Immunology 57:191-280；ＰＣＴ出願ＰＣＴ／ＧＢ９１／０１１３４；国際公開ＷＯ９０／０２８０９、ＷＯ９１／１０７３７、ＷＯ９２／０１０４７、ＷＯ９２／１８６１９、ＷＯ／９３／１１２３６、ＷＯ９５／１５９８２、ＷＯ９５／２０４０１およびＷＯ９７／１３８４４；ならびに米国特許第５，６９８，４２６号、同第５，２２３，４０９号、同第５，４０３，４８４号、同第５，５８０，７１７号、同第５，４２７，９０８号、同第５，７５０，７５３号、同第５，８２１，０４７号、同第５，５７１，６９８号、同第５，４２７，９０８号、同第５，５１６，６３７号、同第５，７８０，２２５号、同第５，６５８，７２７号、同第５，７３３，７４３号および同第５，９６９，１０８号が含まれ、当該参考文献の各々は、その全体を参照により本明細書に組み込む。
【０１２９】
上記の参考文献において説明されるように、ファージ選択後、ファージからの抗体コード領域を単離し、ヒト抗体を含む抗体全体または他の任意の所望の抗原結合断片を生成するために使用し、例えば、本明細書で説明されるように、哺乳動物細胞、昆虫細胞、植物細胞、酵母および細菌を含む任意の所望の宿主で発現することができる。
【０１３０】
ＰＣＴ公開ＷＯ９２／２２３２４；Mullinax et al., 1992, BioTechniques 12(6):864-869；Sawai et al., 1995, AJRI 34:26-34；およびBetter et al., 1988, Science 240:1041-1043で開示される方法等の当該技術分野で公知の方法を使用して、Ｆａｂ、Ｆａｂ’およびＦ（ａｂ’）2断片を組換え産生するための技術を使用することもでき、当該参考文献の各々は、その全体を参照により本明細書に組み込む。
【０１３１】
抗体全体を生成するために、ＶＨまたはＶＬヌクレオチド配列、制限酵素部位および制限酵素部位を保護するための隣接する配列を含むＰＣＲプライマーを使用して、ｓｃＦｖクローンにおいてＶＨまたはＶＬ配列を増幅してもよい。当業者に周知のクローニング技術を利用して、ＰＣＲ増幅したＶＨドメインをＶＨ定常領域、例えばヒトガンマ１定常領域を発現するベクターにクローニングすることができ、ＰＣＲ増幅したＶＬドメインをＶＬ定常領域、例えばヒトカッパまたはラムダ定常領域を発現するベクターにクローニングすることができる。ＶＨおよびＶＬドメインは、必要な定常領域を発現する１つのベクターにクローニングすることもできる。その後、当業者に周知の技術を使用して、重鎖変換ベクターおよび軽鎖変換ベクターを細胞株にコトランスフェクトして、全長抗体、例えばＩｇＧを発現する安定な、または一過性の細胞株を生成する。
【０１３２】
一部の実施形態では、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、１つまたは複数の局在化剤、検出可能剤もしくは治療剤または他の任意の所望の分子にコンジュゲート（共有または非共有コンジュゲーション）または組換え融合される。コンジュゲートまたは組換え融合された抗体または機能的断片は、特定の治療の有効性を決定すること等の臨床試験手技の部分として、がんまたは腫瘍形成等の、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原の発現と関連付けられる疾患の開始、発症、進行および／または重症度をモニターまたは診断するために有用であり得る。
【０１３３】
一部の態様では、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片は、局在化剤とコンジュゲートされる。抗体は局在化剤（例えば、置換されるアルケン）を付加することができ、その後、それは検出可能剤（例えば、陽電子放出放射性核種またはガンマ線放出放射性核種）または治療剤（例えば、アルファ線放出またはベータ線放出放射性核種）を付加した好適な基質（例えば、アジド、テトラジンまたはテトラゾール）と「クリック」様式（形式的環化付加）で選択的に反応して、その後、抗体に検出可能剤または治療剤を結合することができることが、当該技術分野で周知である。クリック化学反応を使用するそのようなターゲティング療法の例は、例えば、Houghton et. al., Mol Cancer Ther 16(1):124 (2017)、米国特許第８，３９８，９５６号および同第８，９９２，９３１号で開示されている。
【０１３４】
したがって、一部の実施形態では、局在化剤は、好適な基質による形式的環化付加を受けることができるアルケンまたはアルキンである。一部の態様では、アルケンまたはアルキンは、歪みのあるアルケンまたは歪みのあるアルキンである。一部の態様では、歪みのあるアルケンは、シクロアルカンである。一部の態様では、シクロアルカンは、トランス−シクロアルケンである。一部の態様では、トランス−シクロアルケンは、シクロペンテン、シクロヘキセン、トランス−シクロヘプタン、トランス−シクロオクテンまたはオキサノルボルナジエンである。一部の態様では、好適な基質は、アジド、テトラジンまたはテトラゾールである。またさらなる態様では、形式的環化付加は、クリック反応であり、それは、レトロ形式的環化付加によって追従され得る。
【０１３５】
一部の態様では、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片は、検出可能剤とコンジュゲートされる。検出および診断は、例えば、本明細書で開示される抗体または機能的断片を、陽電子放出放射性核種またはガンマ線放出放射性核種（例えば、78Ｂｒ、14Ｃ、11Ｃ、57Ｃｏ、64Ｃｕ、51Ｃｒ、18Ｆ、68Ｇａ、67Ｇａ、68Ｇｅ、153Ｇｄ、159Ｇｄ、3Ｈ、166Ｈｏ、131Ｉ、125Ｉ、124Ｉ、123Ｉ、121Ｉ、115Ｉｎ、113Ｉｎ、112Ｉｎ、111Ｉｎ、140Ｌａ、177Ｌｕ、54Ｍｎ、99Ｍｏ、13Ｎ、15Ｏ、32Ｐ、103Ｐｄ、142Ｐｒ、149Ｐｍ、186Ｒｅ、188Ｒｅ、82Ｒｂ、105Ｒｈ、97Ｒｕ、35Ｓ、47Ｓｃ、75Ｓｅ、153Ｓｍ、113Ｓｎ、117Ｓｎ、85Ｓｒ、94mＴｃ、99Ｔｃ、201Ｔｉ、133Ｘｅ、86Ｙ、90Ｙ、169Ｙｂ、175Ｙｂ、65Ｚｎまたは89Ｚｒ）等の放射性物質；検出可能な反応を触媒する酵素（例えば、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、ベータ−ガラクトシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼ）；補欠分子族（例えば、ストレプトアビジン／ビオチンまたはアビジン／ビオチン）；蛍光物質（例えば、インドシアニングリーン（ＩＣＧ：ｉｎｄｏｃｙａｎｉｎｅ  ｇｒｅｅｎ）、ＩＲＤｙｅ蛍光色素（例えば、ＩＲＤｙｅ８００）、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート（ｉｓｏｔｈｉｏｃｙｎａｔｅ）、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリドまたはフィコエリトリン）；発光物質（例えば、ルミノール）；生物発光物質（例えば、ルシフェラーゼ、ルシフェリンまたはエクオリン）；および非放射性常磁性金属イオンを含む検出可能な物質とカップリングすることによって達成することができる。
【０１３６】
本発明は、１つまたは複数の治療剤にコンジュゲート（共有または非共有コンジュゲーション）または組換え融合された本明細書で開示される抗体または機能的断片の治療的使用をさらに包含する。これに関連して、例えば、抗体は、細胞毒素（例えば、細胞増殖抑制剤または細胞破壊剤）等の治療剤にコンジュゲートまたは組換え融合され得る。細胞毒素または細胞傷害剤には、細胞に有害な任意の剤が含まれる。細胞毒素は、アルファ線放出放射性核種（例えば、211Ａｔ、212Ｂｉ、213Ｂｉ、225Ａｃ、223Ｒａ、212Ｐｂ、227Ｔｈおよび149Ｔｂ）またはベータ線放出放射性核種（例えば、90Ｙ、131Ｉ、109Ｐｄ、131Ｌｕおよび177Ｌｕ）等の放射性核種であり得る。細胞毒素は、非限定的に、アントラサイクリン（例えば、ドキソルビシンおよびダウノルビシン（以前のダウノマイシン））；タキサン（例えば、パクリタキセル（Ｔａｘｏｌ）およびドセタキセル（Ｔａｘｏｔｅｒｅ））；代謝拮抗薬（例えば、メトトレキセート、６−メルカプトプリン、６−チオグアニン、シタラビン、５−フルオロウラシルおよびダカルバジン）；アルキル化剤（例えば、メクロレタミン、チオテパ（ｔｈｉｏｅｐａ）、クロラムブシル、メルファラン、カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、シクロホスファミド（ｃｙｃｌｏｔｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、ブスルファン、ジブロモマンニトール、ストレプトゾトシン、マイトマイシンＣ、シスジクロロジアンミン白金（ＩＩ）（ＤＤＰ：ｃｉｓｄｉｃｈｌｏｒｏｄｉａｍｉｎｅ  ｐｌａｔｉｎｕｍ（ＩＩ）））；抗生物質（例えば、アクチノマイシンＤ、ブレオマイシン、ミトラマイシンおよびアントラマイシン（ＡＭＣ：ａｎｔｈｒａｍｙｃｉｎ））；オーリスタチン分子（例えば、オーリスタチンＰＨＥ、ブリオスタチン１、ソラスタチン１０、モノメチルオーリスタチンＥ（ＭＭＡＥ：ｍｏｎｏｍｅｔｈｙｌ  ａｕｒｉｓｔａｔｉｎ  Ｅ）およびモノメチルオーリスタチンＦ（ＭＭＡＦ：ｍｏｎｏｍｅｔｈｙｌａｕｒｉｓｔａｔｉｎ  Ｆ））；ホルモン（例えば、グルココルチコイド、プロゲスチン、アンドロゲンおよびエストロゲン）；ヌクレオシドアナログ（例えば、ゲムシタビン）、ＤＮＡ修復酵素阻害剤（例えば、エトポシドおよびトポテカン）、キナーゼ阻害剤（例えば、化合物ＳＴ１５７１、Ｇｌｅｅｖｅｃまたはイマチニブメシレートとしても公知）；細胞傷害剤（例えば、マイタンシン、パクリタキセル、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、エチジウムブロマイド、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン（ｃｏｌｃｈｉｃｉｎ）、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラセンジオン（ｄｉｈｙｄｒｏｘｙ  ａｎｔｈｒａｃｉｎ  ｄｉｏｎｅ）、ミトキサントロン、ミトラマイシン、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド（ｇｌｕｃｏｒｔｉｃｏｉｄ）、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、ピューロマイシンおよびそれらのアナログもしくはホモログ、ならびに米国特許第６，２４５，７５９号、同第６，３９９，６３３号、同第６，３８３，７９０号、同第６，３３５，１５６号、同第６，２７１，２４２号、同第６，２４２，１９６号、同���６，２１８，４１０号、同第６，２１８，３７２号、同第６，０５７，３００号、同第６，０３４，０５３号、同第５，９８５，８７７号、同第５，９５８，７６９号、同第５，９２５，３７６号、同第５，９２２，８４４号、同第５，９１１，９９５号、同第５，８７２，２２３号、同第５，８６３，９０４号、同第５，８４０，７４５号、同第５，７２８，８６８号、同第５，６４８，２３９号、同第５，５８７，４５９号で開示される化合物）；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（例えば、Ｒ１１５７７７、ＢＭＳ−２１４６６２、および例えば、米国特許第６，４５８，９３５号、同第６，４５１，８１２号、同第６，４４０，９７４号、同第６，４３６，９６０号、同第６，４３２，９５９号、同第６，４２０，３８７号、同第６，４１４，１４５号、同第６，４１０，５４１号、同第６，４１０，５３９号、同第６，４０３，５８１号、同第６，３９９，６１５号、同第６，３８７，９０５号、同第６，３７２，７４７号、同第６，３６９，０３４号、同第６，３６２，１８８号、同第６，３４２，７６５号、同第６，３４２，４８７号、同第６，３００，５０１号、同第６，２６８，３６３号、同第６，２６５，４２２号、同第６，２４８，７５６号、同第６，２３９，１４０号、同第６，２３２，３３８号、同第６，２２８，８６５号、同第６，２２８，８５６号、同第６，２２５，３２２号、同第６，２１８，４０６号、同第６，２１１，１９３号、同第６，１８７，７８６号、同第６，１６９，０９６号、同第６，１５９，９８４号、同第６，１４３，７６６号、同第６，１３３，３０３号、同第６，１２７，３６６号、同第６，１２４，４６５号、同第６，１２４，２９５号、同第６，１０３，７２３号、同第６，０９３，７３７号、同第６，０９０，９４８号、同第６，０８０，８７０号、同第６，０７７，８５３号、同第６，０７１，９３５号、同第６，０６６，７３８号、同第６，０６３，９３０号、同第６，０５４，４６６号、同第６，０５１，５８２号、同第６，０５１，５７４号および同第６，０４０，３０５号によって開示されるもの）；トポイソメラーゼ阻害剤（例えば、カンプトテシン、イリノテカン、ＳＮ−３８、トポテカン、９−アミノカンプトテシン、ＧＧ−２１１(ＧＩ１４７２１１)、ＤＸ−８９５１ｆ、ＩＳＴ−６２２、ルビテカン、ピラゾロアクリジン、ＸＲ−５０００、サントピン（ｓａｉｎｔｏｐｉｎ）、ＵＣＥ６、ＵＣＥ１０２２、ＴＡＮ−１５１８Ａ、ＴＡＮ１５１８Ｂ、ＫＴ６００６、ＫＴ６５２８、ＥＤ−１１０、ＮＢ−５０６、ＥＤ−１１０、ＮＢ−５０６、ファガロニン、コラリン（ｃｏｒａｌｙｎｅ）、ベータ−ラパコンおよびレベッカマイシン）；ＤＮＡ副溝結合剤（ＤＮＡマイナーグローブバインダー）（例えば、ピロロベンゾジアゼピン、Ｈｏｅｓｃｈｔ色素３３３４２およびＨｏｅｓｃｈｔ色素３３２５８）；アデノシンデアミナーゼ阻害剤（例えば、フルダラビンフォスフェートおよび２−クロロデオキシアデノシン）；微小管破壊剤（例えば、メイタンシノイド）；またはそれらの薬学的に許容される塩、溶媒和物、包接体もしくはプロドラッグ等の化学療法剤であり得る。本明細書で説明される細胞傷害剤は、細胞内への進入に際し��酵素的に切断されてその細胞傷害活性を媒介するリンカーを含む、当該技術分野で周知の化学リンカーと結合され得る。
【０１３７】
さらに、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、所与の生物学的応答を改変する剤である治療剤にコンジュゲート（共有または非共有コンジュゲーション）または組換え融合され得る。したがって、治療剤は、古典的な化学療法剤に限定されるとは解釈されるべきでない。例えば、治療剤は、所望の生理活性を有するタンパク質、ペプチドまたはポリペプチドであり得る。そのようなタンパク質には、例えば、毒素（例えば、α−アマニチン、アブリン、リシンＡ、緑膿菌（ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）外毒素、コレラ毒素およびジフテリア毒素）；腫瘍壊死因子、γ−インターフェロン、α−インターフェロン、神経増殖因子、血小板由来増殖因子、組織プラスミノーゲンアクチベーター、アポトーシス剤（例えば、ＴＮＦ−γ、ＡＩＭ  Ｉ、ＡＩＭ  ＩＩ、ＦａｓリガンドおよびＶＥＧＦ）、抗血管新生剤（例えば、アンギオスタチン、エンドスタチン、および組織因子等の凝固経路の成分）等のタンパク質；生物学的応答改変剤（例えば、インターフェロンガンマ、インターロイキン−１、インターロイキン−２、インターロイキン−５、インターロイキン−６、インターロイキン−７、インターロイキン−９、インターロイキン−１０、インターロイキン−１２、インターロイキン−１５、インターロイキン−２３、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子および顆粒球コロニー刺激因子等のサイトカイン）；増殖因子（例えば、成長ホルモン）、凝固剤（例えば、カルシウム、ビタミンＫ、非限定的にハーゲマン因子（第ＸＩＩ因子）等の組織因子、高分子量キニノーゲン（ＨＭＷＫ：ｈｉｇｈ−ｍｏｌｅｃｕｌａｒ−ｗｅｉｇｈｔ  ｋｉｎｉｎｏｇｅｎ）、プレカリクレイン（ＰＫ：ｐｒｅｋａｌｌｉｋｒｅｉｎ）、凝固タンパク質因子ＩＩ（プロトロンビン）、第Ｖ因子、第ＸＩＩａ因子、第ＶＩＩＩ因子、第ＸＩＩＩａ因子、第ＸＩ因子、第ＸＩａ因子、第ＩＸ因子、第ＩＸａ因子、第Ｘ因子、リン脂質およびフィブリンモノマー）、またはＴ細胞によって発現され、ＣＡＲ  Ｔ細胞療法で使用され得るキメラ抗原受容体（ＣＡＲ：ｃｈｉｍｅｒｉｃ  ａｎｔｉｇｅｎ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ）（例えば、Posey et al., Immunity, 44(6):1444-1451 (2016)を参照のこと）が含まれ得る。
【０１３８】
本発明は、コンジュゲートを生成するために異種のタンパク質またはポリペプチドに組換え融合または化学コンジュゲート（共有または非共有コンジュゲーション）された本明細書で開示される抗体または機能的断片を包含する。一部の態様では、そのようなポリペプチドは、長さが約１０、約２０、約３０、約４０、約５０、約６０、約７０、約８０、約９０または約１００個のアミノ酸であり得る。一部の態様では、本発明は、本明細書で開示される抗体の機能的断片（例えば、Ｆａｂ断片、Ｆａｂ’断片、Ｆ（ａｂ’）2断片、ＶＨドメイン、ＶＨ  ＣＤＲ、ＶＬドメインまたはＶＬ  ＣＤＲ）と異種のタンパク質またはポリペプチドとを有するコンジュゲートを提供する。一実施形態では、抗体または機能的断片が融合された異種のタンパク質またはポリペプチドは、抗体または機能的断片を、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を発現する細胞等の特定の細胞種にターゲティングするために有用である。
【０１３９】
本明細書で開示されるコンジュゲートされたものは、局在化剤、検出可能剤または治療剤にコンジュゲート（共有または非共有コンジュゲーション）または組換え融合された本明細書で開示される任意の抗体または機能的断片を含む。一実施形態では、本明細書で開示されるコンジュゲートされたものは、本明細書で説明されるクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７または２Ｆ３バリアントのＣＤＲ、ＶＨおよび／またはＶＬドメインを有する抗体またはその機能的断片と、局在化剤、検出可能剤または治療剤とを含む。
【０１４０】
一部の実施形態では、本発明のコンジュゲートされたものは、表２〜４で示されるＶＨ  ＣＤＲの任意の１つのアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＶＨ  ＣＤＲと、局在化剤、検出可能剤または治療剤とを含む。別の実施形態では、コンジュゲートされたものは、表２〜４または図１〜７で示されるＶＬ  ＣＤＲの任意の１つのアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＶＬ  ＣＤＲと、局在化剤、検出可能剤または治療剤とを含む。
一部の他の態様では、本明細書で開示されるコンジュゲートされたものは、表５もしくは６または図１もしくは３〜７で示されるアミノ酸配列を有するＶＨドメインと、局在化剤、検出可能剤または治療剤とを含む。
【０１４１】
一部の他の態様では、本明細書で開示されるコンジュゲートされたものは、表５または図２で示されるアミノ酸配列を有するＶＬドメインと、局在化剤、検出可能剤または治療剤とを含む。
一部の実施形態では、本明細書で開示されるコンジュゲートされたものは、ＶＨドメインおよびＶＬドメインと、局在化剤、検出可能剤または治療剤とを含み、ＶＨドメインは、表５もしくは６または図１もしくは３〜７および配列番号４０で示されるアミノ酸配列を有し、ＶＬドメインは、表５または図２で示されるアミノ酸配列を有する。
【０１４２】
局在化剤、検出可能剤または治療剤（ポリペプチドを含む）を抗体に融合またはコンジュゲートするための方法は周知であり、例えば、Arnon et al., “Monoclonal Antibodies For Immunotargeting Of Drugs In Cancer Therapy”, in Monoclonal Antibodies And Cancer Therapy, Reisfeld et al. (eds.), pp. 243-56 (Alan R. Liss, Inc. 1985)；Hellstrom et al., “Antibodies For Drug Delivery”, in Controlled Drug Delivery (2nd Ed.), Robinson et al. (eds.), pp. 623-53 (Marcel Dekker, Inc. 1987)；Thorpe, “Antibody Carriers Of Cytotoxic Agents In Cancer Therapy:  A Review”, in Monoclonal Antibodies 84: Biological And Clinical Applications, Pinchera et al. (eds.), pp. 475-506 (1985)；“Analysis, Results, And Future Prospective Of The Therapeutic Use Of Radiolabeled Antibody In Cancer Therapy”, in Monoclonal Antibodies For Cancer Detection And Therapy, Baldwin et al. (eds.), pp. 303-16 (Academic Press 1985)；Thorpe et al., 1982, Immunol. Rev. 62:119-58；米国特許第５，３３６，６０３号、同第５，６２２，９２９号、同第５，３５９，０４６号、同第５，３４９，０５３号、同第５，４４７，８５１号、同第５，７２３，１２５号、同第５，７８３，１８１号、同第５，９０８，６２６号、同第５，８４４，０９５号、同第５，１１２，９４６号、同第７，９８１，６９５号、同第８，０３９，２７３号、同第８，１４２，７８４号；米国特許出願公開第２００９／０２０２５３６号、同第２０１０／００３４８３７号、同第２０１１／０１３７０１７号、同第２０１１／０２８０８９１号、同第２０１２／０００３２４７号；ＥＰ３０７，４３４；ＥＰ３６７，１６６；ＥＰ３９４，８２７；ＰＣＴ公開ＷＯ９１／０６５７０、ＷＯ９６／０４３８８、ＷＯ９６／２２０２４、ＷＯ９７／３４６３１およびＷＯ９９／０４８１３；Ashkenazi et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88: 10535-10539, 1991；Traunecker et al., Nature, 331:84-86, 1988；Zheng et al., J. Immunol., 154:5590-5600, 1995；Vil et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:11337-11341, 1992；ならびにSenter, Current Opinion in Chemical Biology, 13:235-244 (2009)を参照されたく、当該参考文献は、それらの全体を参照により本明細書に組み込む。
【０１４３】
別の態様では、局在化剤、検出可能剤または治療剤は、ジスルフィド結合形成を介して還元された抗体成分のヒンジ領域で結合することができる。あるいは、そのような剤は、Ｎ−スクシニル３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）等のヘテロ二機能性架橋結合剤を使用して抗体成分に結合することができる。Yu et al., Int. J. Cancer 56: 244 (1994)。そのようなコンジュゲーションのための一般的な技術は、当該技術分野で周知である。例えば、Wong, CHEMISTRY OF PROTEIN CONJUGATION AND CROSS-LINKING (CRC Press 1991)；Upeslacis et al., “Modification of Antibodies by Chemical Methods,” in MONOCLONAL ANTIBODIES: PRINCIPLES AND APPLICATIONS, Birch et al. (eds.), pages 187-230 (Wiley-Liss, Inc. 1995)；Price, “Production and Characterization of Synthetic Peptide-Derived Antibodies,” in MONOCLONAL ANTIBODIES: PRODUCTION, ENGINEERING AND CLINICAL APPLICATION, Ritter et al. (eds.), pages 60-84 (Cambridge University Press 1995)を参照されたい。
【０１４４】
あるいは、局在化剤、検出可能剤または治療剤は、抗体のＦｃ領域の炭水化物部分を介してコンジュゲートすることができる。抗体炭水化物部分を介して抗体成分にペプチドをコンジュゲートするための方法は、当業者に周知である。例えば、Shih et al., Int. J. Cancer. 41:832-839 (1988)；Shih et al., Int. J. Cancer. 46:1101-1106 (1990)；およびＳｈｉｈらの米国特許第５，０５７，３１３号を参照されたく、当該文献の全ては、それらの全体を参照により本明細書に組み込む。一般的な方法は、酸化炭水化物部分を有する抗体成分を、少なくとも１つの遊離アミン官能基を有し、かつ複数のペプチドをロードした担体ポリマーと反応させることを含む。この反応は開始シッフ塩基（イミン）結合をもたらし、これは第２アミンへの還元によって安定化されて最終的なコンジュゲートを形成することができる。
【０１４５】
しかしながら、Ｆｃ領域が非存在である場合、例えば、本明細書で提供される抗体機能的断片が望ましい場合、局在化剤、検出可能剤または治療剤を結合することはそれでも可能である。炭水化物部分は、全長抗体または抗体断片の軽鎖可変領域に導入され得る。例えば、Leung et al., J. Immunol., 154: 5919 (1995)；米国特許第５，４４３，９５３号および同第６，２５４，８６８号を参照されたく、当該参考文献の全ては、それらの全体を参照により組み込む。操作設計された炭水化物部分は、局在化剤、検出可能剤または治療剤を結合するために使用される。
【０１４６】
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示される抗体または機能的断片にコンジュゲートまたは組換え融合された治療剤は、所望の予防効果または治療効果を達成するように選択され得る。どの治療剤を本明細書で開示される抗体または機能的断片にコンジュゲートまたは組換え融合するかを決定する場合、以下のこと：疾患の性質、疾患の重症度および患者の状態を考慮することは臨床医または他の医療関係者の技術レベルの範囲内であることが理解される。
【０１４７】
本明細書で提供されるように検出可能に標識化され、かつＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示されるコンジュゲートは、疾患を引き起こすか、または疾患と関連付けられる細胞がＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原を発現する疾患を検出、診断またはモニターする診断目的のために使用することができる。本明細書で提供されるように治療剤とコンジュゲートまたは融合され、かつＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示されるコンジュゲートは、疾患を引き起こすか、または疾患と関連付けられる細胞がＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原を発現する疾患を処置または予防するために使用することができる。例えば、本明細書で提供されるように、非限定的に乳がん、卵巣がん、結腸がん、肺がん、前立腺がん、胃がん、子宮内膜がんおよび膵がん等の、がん細胞および腫瘍は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を発現することが示されている。Ｔｎ抗原またはｓＴｎを発現することが示されている特定の種類の乳がんは、トリプルネガティブ乳がんである。
【０１４８】
本発明は、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する抗体またはその機能的断片をさらに含む。１つまたは複数のセリン残基上のＴｎまたはｓＴｎへのこの優先的または特異的結合は、例えば、正常免疫細胞等の非標的細胞に対して、がん等の標的細胞を区別することを促進し得る。加えて、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎまたはｓＴｎへの優先性または特異性を有する本明細書で提供される抗体は、例えば、ＩｇＭアイソタイプと比較して区別できる特徴を有する、ＩｇＧ１アイソタイプを含むＩｇＧアイソタイプである。それゆえ、一部の実施形態では、本発明は、１つまたは複数のセリン残基上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原に優先的または特異的に結合する抗体またはその機能的断片を使用して、例えば、標的対非標的選択性を提供することを促進し得る。ある特定の実施形態では、本発明は、トレオニン結合ＴｎまたはｓＴｎと比較してセリン結合ＴｎまたはｓＴｎをターゲティングすることを通して、Ｔｎ抗原を発現するがん細胞を特異的にターゲティングする方法を提供する。
【０１４９】
したがって、本発明は、有効量の本明細書で開示される抗体、その機能的断片またはコンジュゲートをそれを必要とする対象に投与することによって、対象においてがんまたは腫瘍形成を検出するための方法を提供する。一部の態様では、検出法は、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する本明細書で開示される１つまたは複数のコンジュゲートまたは融合抗体もしくは機能的断片を使用し；かつＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原のレベルを対照レベル、例えば、正常組織試料（例えば、疾患を有しない対象からの試料、または疾患開始前の同じ対象からの試料）中のレベルと比較して、対象の細胞または組織試料上のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原の発現をアッセイすることをさらに含んでもよく、それによって、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原の対照レベルと比較したＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原のアッセイしたレベルの増大が、疾患を示す。そのような診断法は、医療従事者が予防的手段または積極的処置を使用することをそのような診断法を使用しない場合に可能であるよりも早く可能にし、それによって、疾患の発症またはさらなる進行を予防することができる。
【０１５０】
また、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、本明細書で提供されるか、または当業者に周知の古典的な免疫組織学的方法を使用して、生物学的試料中のＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原レベルをアッセイするために使用することができる（例えば、Jalkanen et al., 1985, J. Cell. Biol. 101:976-985；およびJalkanen et al., 1987, J. Cell . Biol. 105:3087-3096を参照のこと）。Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を検出するために有用な他の抗体ベース方法は、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ：ｅｎｚｙｍｅ  ｌｉｎｋｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｓｏｒｂｅｎｔ  ａｓｓａｙ）および放射免疫アッセイ（ＲＩＡ：ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ）等の免疫アッセイを含む。好適な抗体アッセイ標識は当該技術分野で公知であり、グルコースオキシダーゼ等の酵素標識；ヨウ素（125Ｉ、121Ｉ）、炭素（14Ｃ）、硫黄（35Ｓ）、トリチウム（3Ｈ）、インジウム（121Ｉｎ）およびテクネチウム（99Ｔｃ）等の放射性同位体；ルミノール等の発光標識；およびフルオレセインおよびローダミン等の蛍光標識；ならびにビオチンを含む。
【０１５１】
一態様では、本発明は、ヒトにおける疾患の検出および診断を提供する。一実施形態では、診断は、ａ）Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合する有効量の本明細書で開示されるコンジュゲートまたは融合タンパク質を対象に（例えば、非経口で、皮下に、または腹腔内に）投与することと、ｂ）コンジュゲートまたは融合タンパク質が対象におけるＴｎ抗原またはｓＴｎ抗原が発現される部位で優先的に濃縮すること（および一部の態様では、非結合コンジュゲートまたは融合タンパク質がバックグラウンドレベルまで除去されること）を可能にするために投与後のある時間間隔の間待つことと、ｃ）バックグラウンドレベルを決定することと、ｄ）バックグラウンドレベルを超えるコンジュゲートまたは融合タンパク質の検出が、対象が疾患を有することを示すように、対象においてコンジュゲートまたは融合タンパク質を検出することとを含む。バックグラウンドレベルは、検出されるコンジュゲートまたは融合タンパク質の量を、特定の系について以前に決定された標準値と比較することを含む、様々な方法によって決定することができる。
【０１５２】
対象のサイズおよび使用される画像化系は、診断画像を産生するために必要とされる画像化部分の量を決定し、当業者によって容易に決定され得ることが理解される。例えば、本明細書で開示される抗体または機能的断片にコンジュゲートされた放射性同位体の場合、ヒト対象について、注射される放射活性の量は通常、約５〜２０ミリキュリーの９９Ｔｃの範囲である。その後、コンジュゲートは、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原を発現する細胞の場所で優先的に蓄積する。ｉｎ  ｖｉｖｏ腫瘍画像化は、S.W. Burchiel et al., “Immunopharmacokinetics of Radiolabeled Antibodies and Their Fragments.” (Chapter 13, Tumor Imaging:  The Radiochemical Detection of Cancer, S.W. Burchiel and B.A. Rhodes, eds., Masson Publishing Inc. (1982)で説明されている。
【０１５３】
使用される検出可能剤の種類および投与様式を含む、いくつかの変数に依存して、コンジュゲートが対象における部位で優先的に濃縮することおよび非結合コンジュゲートがバックグラウンドレベルまで除去されることを可能にするための投与後の時間間隔は、６〜４８時間または６〜２４時間または６〜１２時間である。別の実施形態では、投与後の時間間隔は、５〜２０日間または５〜１０日間である。一実施形態では、疾患のモニタリングは、本明細書で提供される診断のための方法を、例えば最初の診断の１カ月後、最初の診断の６カ月後、最初の診断の１年後またはそれよりも長い期間後に繰り返すことによって行われる。
【０１５４】
コンジュゲートまたは融合タンパク質の存在は、ｉｎ  ｖｉｖｏスキャニングのための当該技術分野で公知の方法を使用して対象において検出することができる。これらの方法は、使用される検出可能剤の種類に依存する。当業者は、特定の検出可能剤を検出するための適切な方法を決定することができる。本明細書で開示される診断方法において使用され得る方法およびデバイスには、コンピュータ断層撮影法（ＣＴ：ｃｏｍｐｕｔｅｄ  ｔｏｍｏｇｒａｐｈｙ）、陽電子放出断層撮影法（ＰＥＴ：ｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｅｍｉｓｓｉｏｎ  ｔｏｍｏｇｒａｐｈｙ）等の全身スキャン、磁気共鳴画像法（ＭＲＩ：ｍａｇｎｅｔｉｃ  ｒｅｓｏｎａｎｃｅ  ｉｍａｇｉｎｇ）および超音波検査法が含まれるが、これらに限定されない。一実施形態では、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、放射性同位体にコンジュゲートされ、放射感応性外科器具を使用して対象において検出される。別の実施形態では、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、蛍光化合物にコンジュゲートされ、蛍光感応性スキャニング器具を使用して対象において検出される。別の実施形態では、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、ジルコニウム（89Ｚｒ）または本明細書で提供されるか、または陽電子放出断層撮影法によって検出可能であることが当該技術分野で周知の他の任意の陽電子放出金属等の陽電子放出金属にコンジュゲートされ、陽電子放出断層撮影法を使用して対象において検出される。また別の実施形態では、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、常磁性標識にコンジュゲートされ、磁気共鳴画像化法（ＭＲＩ）を使用して対象において検出される。
【０１５５】
一実施形態では、本発明は、本明細書で開示される抗体または機能的断片と薬学的に許容される担体とを有する医薬組成物を提供する。本明細書で開示される医薬組成物において使用され得る薬学的に許容される担体は、リン酸緩衝食塩水、水、および油と水とのエマルション等のエマルション、ならびに様々な種類の湿潤剤等の当該技術分野で公知の標準の医薬担体のいずれかを含む。これらの医薬組成物は、液体単位用量形態、または本明細書で開示される抗体または機能的断片の、処置の必要のある対象の標的領域への送達のために十分な他の任意の投与形態で調製することができる。例えば、医薬組成物は、選択された投与様式、例えば、静脈内、筋内、皮下、腹腔内等のために適切な任意の様式で調製することができる。他の任意の成分、例えば、医薬グレードの安定剤、緩衝液、保存剤、賦形剤等は、当業者によって容易に選択することができる。医薬組成物の調製は、ｐＨ、等張性、安定性等に鑑みて、当業者のレベルの範囲内である。
【０１５６】
本明細書で提供される本明細書で開示される１つまたは複数の抗体または機能的断片を含有する医薬製剤は、所望の程度の純度を有する抗体を、任意の生理学的に許容される担体、賦形剤または安定剤と混合することによって（Remington’s Pharmaceutical Sciences (1990) Mack Publishing Co., Easton, PA）、凍結乾燥製剤または水溶液の形態で、保存のために調製することができる。許容される担体、賦形剤または安定剤は、使用される投与量および濃度で受容者に非毒性であり、ホスフェート、シトレートおよび他の有機酸等の緩衝液；アスコルビン酸およびメチオニンを含む抗酸化物質；保存剤（例えば、オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロリド；ヘキサメトニウムクロリド；ベンザルコニウムクロリド、ベンゼトニウムクロリド；フェノール、ブチルまたはベンジルアルコール；メチルまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；およびｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満の）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニンまたはリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノースまたはデキストリンを含む単糖、二糖および他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロースまたはソルビトール等の糖；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属複合体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；ならびに／またはＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ：ｐｏｌｙｅｔｈｙｌｅｎｅ  ｇｌｙｃｏｌ）等の非イオン性界面活性剤を含む。
【０１５７】
一部の実施形態では、本発明は、それを必要とする対象において疾患を処置または予防するための方法を提供する。本明細書で開示される方法は、治療有効量の本明細書で提供される医薬組成物を対象に投与することを含み得る。例えば、医薬組成物は、１つまたは複数の本明細書で提供される抗体または機能的断片を含み得る。本明細書で開示される方法を使用して処置または予防され得る疾患には、がん、腫瘍形成および／または転移が含まれる。特に、本明細書で開示される方法は、がん細胞または腫瘍が、Ｔｎ抗原および／またはｓＴｎ抗原を有するタンパク質を有する、がんまたは腫瘍形成を処置するために有用である。本明細書で開示される方法を使用して処置または予防され得るがんまたは腫瘍の非限定的な例には、乳がん、卵巣がん、結腸がん、肺がん、前立腺がん、胃がん、子宮内膜がんおよび膵がんが含まれる。特定の実施形態では、本明細書で開示される方法は、トリプルネガティブ乳がんを処置するために有用である。特定の実施形態では、本明細書で開示される方法は、がん細胞を特異的にターゲティングするために有用である。
【０１５８】
一部の実施形態では、疾患の処置または予防のための方法であって、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に結合し、また、以下の特色のうちの１つまたは複数を含む治療有効量の抗体またはその機能的断片を投与することを含む方法が、本明細書で提供される。
・２つのＴｎ抗原分子に結合し、２つのＴｎ抗原分子は、各々、タンパク質のアミノ酸残基上に位置し、２つのＴｎ抗原分子は、１０個またはそれよりも少ない連続するアミノ酸残基によって分離されている、
・２つのＴｎ抗原分子に結合し、２つのＴｎ抗原分子は、タンパク質の隣接するアミノ酸残基上に位置する、
・シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドの１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティ、
・Ｔｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）抗原の１０倍を超える、Ｔｎ抗原に対するアビディティ、
・酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、シアリルＬｅa、グロボＨ、またはＦ−ＧＭ１、ＧＭ２、ＧＭ３、ＧＤ２およびＧＤ３からなる群から選択されるガングリオシドに結合しない、
・酵素結合免疫吸着アッセイにおいてバックグラウンド対照を超えて、ＴＦ抗原に結合しない、
・Ｔｎ抗原への結合について５０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、
・Ｔｎ抗原への結合について２０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有するか、または
・Ｔｎ抗原への結合について１０ｎＭ未満のＥＣ５０値を有する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に優先的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に特異的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に優先的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、がん細胞上に存在し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する、
・ＴｎまたはｓＴｎ抗原に特異的に結合し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、がん細胞上に存在し、ＴｎまたはｓＴｎ抗原は、セリン残基上に存在する。
【０１５９】
したがって、一部の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することによって、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法であって、抗体重鎖もしくは軽鎖またはその機能的断片が、本明細書で説明される１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３、３Ａ７および２Ｆ３バリアントと命名されたクローン単離物からのＣＤＲのうちの１つまたは複数を有する、方法を提供する。したがって、一部の態様では、抗体重鎖もしくは軽鎖またはその機能的断片は、表２〜４および図１〜７で示されるＣＤＲのうちの１つまたは複数を有する。
【０１６０】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、本明細書で開示される抗体またはその機能的断片が、６つ未満のＣＤＲを含む、投与することを含む。一部の実施形態では、抗体もしくは機能的断片またはコンジュゲートは、ＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３からなる群から選択される１、２、３、４または５つのＣＤＲを含む。特定の実施形態では、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートは、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７のＶＨ  ＣＤＲ１、ＶＨ  ＣＤＲ２、ＶＨ  ＣＤＲ３、ＶＬ  ＣＤＲ１、ＶＬ  ＣＤＲ２および／またはＶＬ  ＣＤＲ３からなる群から選択される１、２、３、４または５つのＣＤＲを含む。そのようなＣＤＲは、表２〜４および図１〜７で示される。
【０１６１】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と；配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と；配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含む可変重鎖（ＶＨ）ドメイン、および／または（ｂ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と；配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と；配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメインを含む、投与することを含む。
【０１６２】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、（ａ）配列番号２、５、６、８、１１および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と；配列番号１４、１７、１８、２０、２３、２４、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と；配列番号２６、３０、３１、３３、３７、３８および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含む可変重鎖（ＶＨ）ドメインを含む、投与することを含む。
【０１６３】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、（ａ）配列番号４０、４４、４５、４７、５１および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と；配列番号５４、５３、５９、６３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と；配列番号６６、７０および７１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む可変軽鎖（ＶＬ）ドメインを含む、投与することを含む。
【０１６４】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号２および８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１４および２０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号２６および３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４０および４７からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５４および５９からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号６６のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、投与することを含む。
【０１６５】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号５および１１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１７、２３、１４９、１５０、１５１、１５２および１５３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３０、３７および１５４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４４および５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３および６３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７０のアミノ酸を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、投与することを含む。
【０１６６】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号６および１２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ１と、配列番号１８および２４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ２と、配列番号３１および３８からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨ  ＣＤＲ３とを含み、ＶＬドメインが、配列番号４５および５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ１と、配列番号５３および６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ２と、配列番号７１のアミノ酸配列を有するＶＬ  ＣＤＲ３とを含む、投与することを含む。
【０１６７】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくは機能的断片またはコンジュゲートが、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインのアミノ酸配列を有するＶＨドメインを有する、投与することを含む。そのようなＶＨドメイン配列を、表５および６ならびに図１および３〜７に示す。
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくは機能的断片またはコンジュゲートが、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＬドメインのアミノ酸配列を有するＶＬドメインを有する、投与することを含む。そのようなＶＬドメイン配列を、表５および図２に示す。
【０１６８】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくは機能的断片またはコンジュゲートが、本明細書で説明される２Ｆ３バリアントを含むクローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３または３Ａ７についてのＶＨドメインおよびＶＬドメインのアミノ酸配列を有するＶＨドメインおよびＶＬドメインを有する、投与することを含む。そのようなＶＨドメインおよびＶＬドメイン配列を、表５および６ならびに図１〜７に示す。
【０１６９】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、配列番号１０１、１０５、１０６および１１４〜１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＨドメインを含む、投与することを含む。
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくは機能的断片またはそのコンジュゲートが、配列番号１０８、１１２および１１３からなる群から選択されるアミノ酸配列を有するＶＬドメインを含む、投与することを含む。
【０１７０】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０１のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１０８のアミノ酸配列を含む、投与することを含む。
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０５、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２２、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９および１３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１２のアミノ酸配列を含む、投与することを含む。
【０１７１】
一部の実施形態では、それを必要とする対象においてがんまたは腫瘍形成を処置するための方法は、本明細書で説明される抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートを有する治療有効量の医薬組成物を投与することであって、抗体もしくはその機能的断片またはコンジュゲートが、ＶＨドメインおよびＶＬドメインを含み、ＶＨドメインが、配列番号１０６のアミノ酸配列を含み、ＶＬドメインが、配列番号１１３のアミノ酸配列を含む、投与することを含む。
したがって、本発明の実施形態は、疾患を処置または予防するための方法であって、治療有効量の上記に説明される抗体またはその機能的断片のいずれか、上記のうちの任意の１つのコンジュゲート、または上記のいずれかの医薬組成物をそれを必要とする対象に投与することを含む方法を含む。
【０１７２】
本発明の実施形態は、それを必要とする対象における疾患の処置または予防における使用のための、本発明の上記に説明される抗体（例えば、二重特異性抗体）のいずれかの抗体またはその機能的断片、上記のうちの任意の１つのコンジュゲート、または上記のいずれかの医薬組成物も含む。
本発明のさらなる態様は、疾患の処置または予防のための医薬の製造における、本発明の上記に説明される抗体（例えば、二重特異性抗体）のいずれかの抗体またはその機能的断片、上記のうちの任意の１つのコンジュゲート、または上記のいずれかの医薬組成物の使用も含む。
本明細書で説明される製剤等の製剤は、処置される特定の疾患に必要な２つ以上の活性化合物を含有することもできる。ある特定の実施形態では、製剤は、本明細書で開示される抗体または機能的断片と、互いに悪影響を及ぼさない相補的な活性を有する１つまたは複数の活性化合物とを含む。そのような分子は、意図される目的に有効な量で組合せにて好適に存在する。例えば、本明細書で開示される抗体または機能的断片は、１つまたは複数の他の治療剤と組み合わせることができる。そのような組合せ療法は、同時に、または逐次的に対象に投与することができる。
したがって、一部の実施形態では、本発明は、治療有効量の本明細書で提供される医薬組成物をそれを必要とする対象に投与することによる疾患の処置または予防のための方法であって、医薬組成物が、本明細書で開示される抗体または機能的断片と第２の治療剤とを含む、方法を提供する。適切な第２の治療剤は、本明細書で説明されるように、当業者により容易に決定することができる。一態様では、第２の治療剤は、化学療法剤または免疫療法剤である。免疫療法剤は、セツキシマブ、ベバシズマブ、ハーセプチン（ｈｅｃｅｐｔｉｎ）またはリツキシマブであり得るが、これらに限定されない。
【０１７３】
本明細書で提供される医薬組成物は、薬学的に許容される担体中に、治療有効量の本明細書で提供される本明細書で開示される抗体のうちの１つまたは複数と、任意に１つまたは複数の追加の治療剤とを含有する。そのような医薬組成物は、がんまたは腫瘍形成等の疾患、またはその症状の１つもしくは複数の予防、処置、管理または改善において有用である。
医薬組成物は、本明細書で開示される１つまたは複数の抗体または機能的断片を含有し得る。一実施形態では、抗体または機能的断片は、非経口投与のための滅菌溶液または懸濁液等の好適な医薬調製物に製剤化される。一実施形態では、本明細書で提供される抗体または機能的断片は、当該技術分野で周知の技術および手技を使用して医薬組成物に製剤化される（例えば、Ansel (1985) Introduction to Pharmaceutical Dosage Forms, 4th Ed., p. 126を参照のこと）。
【０１７４】
本明細書で開示される抗体または機能的断片は、処置される対象に対する望ましくない副作用の非存在下で、治療的に有用な効果を発揮するために十分な治療有効量にて医薬組成物中に含まれ得る。治療有効濃度は、ルーチン法を使用してｉｎ  ｖｉｔｒｏおよびｉｎ  ｖｉｖｏ系で化合物を試験することによって経験的に決定し、その後、ヒトのための投与量についてそこから外挿することができる。医薬組成物中の抗体または機能的断片の濃度は、例えば、抗体または機能的断片の物理化学特徴、投与スケジュールおよび投与される量ならびに当業者に周知の他の因子に依存する。
一実施形態では、治療有効投与量は、約０．１ｎｇ／ｍｌ〜約５０〜１００μｇ／ｍｌの抗体または機能的断片の血清濃度を産生する。別の実施形態では、医薬組成物は、１日当たり体重１ｋｇ当たり約０．００１ｍｇ〜約５００ｍｇの抗体の投与量を提供する。医薬投与単位形態は、投与単位形態当たり約０．０１ｍｇ、０．１ｍｇまたは１ｍｇ〜約３０ｍｇ、１００ｍｇまたは５００ｍｇ、一実施形態では、約１０ｍｇ〜約５００ｍｇの抗体もしくは機能的断片、および／または他の任意の本質的成分の組合せを提供するように調製され得る。
【０１７５】
本明細書で開示される抗体または機能的断片は一度に投与してもよく、いくつかのより小さな用量に分割して時間間隔で投与してもよい。正確な投与量および処置の持続期間は、処置される疾患の関数であり、公知の試験プロトコールを使用して経験的に、またはｉｎ  ｖｉｖｏまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ試験データからの外挿によって決定することができることが理解される。また、濃度および投与量値は、緩和するべき状態の重症度とともに変動し得ることに留意するべきである。任意の特定の対象について、特定の投与量レジメンを、個々の要求、および組成物を投与するか、または組成物の投与を監督する人の専門的判断にしたがって経時的に調節してもよいこと、および本明細書で示される濃度範囲は単に例示であり、特許請求の範囲の組成物の範囲または実施を限定するとは意図されないことがさらに理解されるべきである。
【０１７６】
本明細書で開示される抗体または機能的断片の混合または添加に際して、得られる混合物は、溶液、懸濁液その他であり得る。得られる混合物の形態は、意図される投与様式、および選択された担体または媒体中の化合物の溶解度を含む、いくつかの因子に依存する。有効濃度は、処置される疾患、障害または状態の症状を改善するために十分であり、経験的に決定され得る。
【０１７７】
医薬組成物は、好適な量の化合物またはその薬学的に許容される誘導体を含有する滅菌非経口溶液または懸濁液等の単位投与形態で、ヒトおよび動物への投与のために提供される。一実施形態では、抗体または機能的断片は、単位投与形態または多投与形態で製剤化および投与され得る。単位用量形態とは、ヒトおよび動物対象に好適な、当該技術分野で公知であるように個々に包装された物理的に個別の単位を指す。各単位用量は、必要とされる医薬担体、媒体または希釈剤とともに、所望の治療効果を産生するために十分な、所定の量の本明細書で開示される抗体または機能的断片を含有する。単位用量形態の例には、アンプルおよびシリンジが含まれる。単位用量形態は、小部分または多数の小部分で投与され得る。多用量形態は、分離した単位用量形態で投与される、単一の容器に包装された複数の同一の単位投与形態である。多用量形態の例には、バイアル、またはパイント瓶もしくはガロン瓶が含まれる。それゆえ、多用量形態は、包装において分離していない多数の単位用量である。
【０１７８】
一実施形態では、本明細書で開示される１つまたは複数の抗体または機能的断片は、液体医薬製剤で存在する。液体の薬学的に投与可能な組成物は、例えば、水、食塩水、水性デキストロース、グリセロール、グリコール、エタノール等の担体中で、例えば、本明細書で提供される抗体または機能的断片および任意の医薬補助剤を溶解、分散または別の方法で混合して、それによって、溶液を形成することによって調製され得る。所望の場合、投与される医薬組成物は、湿潤剤、乳化剤、可溶化剤、ｐＨ緩衝剤等の少量の非毒性補助物質、例えば、アセテート、クエン酸ナトリウム、シクロデキストリン誘導体、ソルビタンモノラウレート、トリエタノールアミン酢酸ナトリウム、トリエタノールアミンオレエート、アミノ酸（例えば、ヒスチジン）および他のそのような剤も含有し得る。そのような投与形態を調製する実際の方法は、当業者に公知であるか、または当業者に明らかであり、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences (1990) Mack Publishing Co., Easton, PAを参照されたい。
【０１７９】
本明細書で開示される医薬組成物を投与するための方法は、当該技術分野で周知である。医薬組成物の適切な投与経路は、熟練した臨床医によって容易に決定され得ることが理解される。例示的な投与経路には、静脈内注射、筋内注射、皮内注射または皮下注射が含まれる。さらに、医薬組成物の製剤は、投与経路に適応させるために容易に調節され得ることが理解される。また、本発明は、本明細書で開示される医薬組成物の投与後に、本明細書で提供される１つまたは複数の医薬組成物の遅延投与量、逐次的投与量および／または反復投与量が対象に投与され得ることを提供する。
【０１８０】
疾患を処置するための本明細書で開示される方法は、（１）疾患を予防すること、すなわち、疾患にかかりやすくなっている場合があるが、疾患の症状をまだ経験していないか、または示していない対象において疾患の臨床症状が発症しないようにすること、（２）疾患を阻害すること、すなわち、疾患またはその臨床症状の発症を阻止または低減すること、または（３）疾患を軽減すること、すなわち、疾患またはその臨床症状の退縮を引き起こすことを含むと意図される。疾患を予防するための本明細書で開示される方法は、がんまたは腫瘍形成を示す臨床症状を未然に防ぐことを含むと意図される。そのような未然に防ぐことには、例えば、対象における正常な生理学的インジケータの維持が含まれる。それゆえ、予防することは、対象を腫瘍転移の発生から保護するための対象の予防的処置を含み得る。
本明細書で開示される方法において使用される医薬組成物の治療有効量は、使用される医薬組成物、疾患およびその重症度、ならびに処置される対象の年齢、体重等に依存して変動し、それらの全ては、看護する臨床医の技術の範囲内である。本明細書で開示される方法によって処置され得る対象は、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを含む。
本発明の様々な実施形態の活性に実質的に影響を及ぼさない改変も、本明細書で提供される本明細書で開示される定義内に提供されることが理解される。したがって、以下の実施例は、本発明を例示すると意図されるが、本発明を限定するとは意図されない。
【実施例】
【０１８１】
（実施例Ｉ）
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原への有力なヒトモノクローナル抗体の生成および選択
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原は、広範なスペクトルのヒト腫瘍において発見されている。したがって、本明細書で説明されるように、Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原に対する完全ヒトモノクローナル抗体（ｍＡｂ）を生成した。いくつかのｍＡｂを、Ｔｎ  ＥＬＩＳＡに基づいてハイブリドーマから選択し、炭水化物特異性についてさらに特徴付け、精製した。
【０１８２】
抗Ｔｎ  ｍＡｂ産生ハイブリドーマの生成
２つの進行中のワクチン治験において患者から血液試料を得た。第１の治験では、患者に、他の抗原（グロボＨ、ＧＭ２およびペプチドアセンブルＴＦクラスター）およびベバシズマブによる処置の存在下でＴｎ改変Ｍｕｃ１−ＫＬＨをワクチン接種した（ＮＣＴ０１２２３２３５）。第２の治験では、全てＫＬＨにコンジュゲートしたグロボＨ、ＧＭ２、ｓＴｎ、ＴＦおよびＴｎを含む単分子ワクチンを使用した（ＮＣＴ０１２４８２７３）。両方の治験は、ＭＳＫＣＣ承認およびＦＤＡ承認ＩＲＢプロトコールおよびＩＮＤの下、ＭＳＫＣＣにおいて行われた。３〜５回のワクチン接種後、２８人の患者（各治験から１４人の患者）から血液標本を回収し、これらはＴｎに対して０〜１／１２８０の抗体タイターを示した。Ｈｉｓｔｏｐａｑｕｅ−１０７７（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）上での勾配遠心分離によって、約８０〜９０ｍＬの血液から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を単離した。ＥａｓｙＳｅｐ  Ｍｅｍｏｒｙ  Ｂ細胞単離キット（ＳｔｅｍＣｅｌｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、ＰＢＭＣからＢ細胞を単離した。
Ｂ細胞を、Ｌ−グルタミン、非必須アミノ酸、ピルビン酸ナトリウム、ビタミン、ペニシリン／ストレプトマイシン、１０％ＦＢＳ（Ｏｍｅｇａ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）、１０ｎｇ／ｍＬ  ＩＬ−１０、２０００Ｕ／ｍＬ  ＩＬ２、５μｇ／ｍＬ  Ｒ−８４８および１μｇ／ｍＬ抗ＣＤ４０  ｍＡｂ（Ｇ２８−５ハイブリドーマ上清；ＡＴＣＣ）を補充したＲＰＭＩ−１６４０培地中で培養した。２４〜４８時間後のＢ９５−８培養上清を、Ｂ細胞に添加した（３０％  Ｖ／Ｖ）。活性化Ｂ細胞を、電気融合によってＰ３ｘ６３Ａｇ８．６５３骨髄腫細胞に融合した。
【０１８３】
Ｔｎ  ＥＬＩＳＡによる抗Ｔｎ  ｍＡｂ産生ハイブリドーマのスクリーニング
Ｔｎ  ＥＬＩＳＡのために、Ｎｅｕｔｒ−アビジンコーティングし、かつ０．２５％ＢＳＡで遮断したプレート上に捕捉した５μｇ／ｍＬの多価ビオチニル化Ｔｎ−ＰＡＡにより、プレートをコーティングした。Ｎｅｕｔｒ−アビジンコーティングしたウェルを対照として使用した。ハイブリドーマ上清（１００μＬ／ウェル）を室温で１時間インキュベートし、０．０５％Ｔｗｅｅｎ／ＰＢＳで３回洗浄した。結合した抗体を最初にホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ：ｈｏｒｓｅｒａｄｉｓｈ  ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ）標識ヤギ抗ヒトＩｇＧ＋Ｍ（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）で検出し、次に、陽性ウェルをＩｇＧ−Ｆｃ特異的二次抗体またはＩｇＭ特異的二次抗体でプローブしてアイソタイプを決定した。
【０１８４】
ＥＬＩＳＡによる炭水化物特異性分析
多価または一価のビオチニル化合成炭水化物（Ｔｎ、ｓＴｎ、ＴＦ、Ｔｎクラスター、グロボＨ、ＧＤ２、ＧＭ２およびＧＤ３）を、Ｎｅｕｔｒ−アビジンコーティングし、かつ０．２５％ＢＳＡで遮断したプレート上に捕捉した。ＭＵＣ１−ペプチド（配列番号１５７）、ＭＵＣ１−ジ−Ｔｎペプチド（配列番号１５６）、ＭＵＣ１−１−５Ｇペプチド（配列番号１５５）およびＢＳＭ（ウシ顎下腺ムチン）でプレートを直接コーティングし、０．２５％ＢＳＡで遮断した。様々な濃度の精製ｍＡｂ（１００μＬ／ウェル）を室温で１時間インキュベートし、０．５％Ｔｗｅｅｎ／ＰＢＳで３回洗浄した。結合した抗体を、０．０５％Ｔｗｅｅｎ／ＰＢＳで４回洗浄した後、ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）標識ヤギ抗ヒトＩｇＧ−Ｆｃ（Ｊａｃｋｓｏｎ  ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ）で、基質としてＯＰＤを使用して検出した。ガングリオシドＧＤ２、ＧＤ３、フコシル−ＧＭ１、ＧＭ２およびＧＭ３を、５μｇ／ｍＬでＥｔＯＨ中に希釈し、プレートが乾燥するまでインキュベートした。プレートを２％ヒト血清アルブミンで遮断し、ＰＢＳで洗浄した。精製ｍＡｂを室温で１時間インキュベートし、ＰＢＳで２回洗浄した。０．０２５％Ｔｗｅｅｎ／ＰＢＳによる３回の洗浄後、結合した抗体をアルカリホスファターゼコンジュゲート抗ヒトＩｇＧ−Ｆｃ（ＫＰＬ）で、基質としてｄＮＰＰを使用して検出した。
【０１８５】
免疫グロブリンｃＤＮＡクローニングおよび組換え抗体発現
以前に説明されるように、個々のハイブリドーマ細胞株からＲＴ−ＰＣＲによってヒトｍＡｂ重鎖および軽鎖ｃＤＮＡの可変領域を回復し、ＩｇＧ１もしくはＩｇＭ重鎖またはＩｇＫもしくはＩｇＬ軽鎖発現ベクターにサブクローニングした。Sawada-Hirai et al., J. Immune Based Ther. Vaccines, 2:5 (2004)。抗体クローン単離物１Ａ１２ｂ、１Ａ４、１Ｅ２ｂ、１Ｇ１０、２Ａ８、２Ｆ３および３Ａ７のＦａｂ重鎖および軽鎖のアミノ酸配列およびポリヌクレオチド配列を、それぞれ、以下の表７および８に示す。組換えｍＡｂを、Ｅｘｐｉ−ＣＨＯ発現キット（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を使用して一過的に発現させた。
【０１８６】
ヒトｍＡｂ精製
Ｕｎｉｃｏｒｎ  ５．０ソフトウェアを使用するＡｋｔａ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）系を使用して、抗体を精製した。血清非含有培養培地上清を、遠心分離および濾過によって浄化し、使用するまで冷蔵保存した。適切なサイズのタンパク質Ａカラム上で１０ｍｍｏｌ／Ｌ  ＰＢＳおよび１５０ｍｍｏｌ／Ｌ  ＮａＣｌランニング緩衝液を使用してヒトＩｇＧ抗体を精製した。ヒドロキシアパタイトカラム上でヒトＩｇＭ抗体を精製し、ＩｇＭを５００ｍｍｏｌ／Ｌホスフェートの勾配で溶離した。抗体濃度を、ＩｇＧおよびＩｇＭについてそれぞれ、１．４および１．１８のＥ１％を使用するＯＤ２８０、およびタンパク質Ａ  ＨＰＬＣによって決定した。各調製物の純度を、還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析（１レーン当たり１〜５μｇ）によって評価した。サイズ排除クロマトグラフィーを使用して、凝集を査定した。
【０１８７】
ヒトがん組織マイクロアレイ（ＴＭＡ：Ｔｉｓｓｕｅ  Ｍｉｒｒｏａｒｒａｙ）染色
ＵＳ  Ｂｉｏｍａｘ，Ｉｎｃから４つの腫瘍マイクロアレイを得、２Ｆ３−Ｇ３で染色し、結合についてスコア付けした。小細胞肺がん（ＳＣＬＣ：ｓｍａｌｌ  ｃｅｌｌ  ｌｕｎｇ  ｃａｎｃｅｒ）アレイ（カタログ番号ＬＣ８１８）は、８０症例を含有し、１症例当たり単一のコアを有した。３５症例の漿液性腺癌、１５症例の明細胞癌、１５症例の子宮体部類内膜腺癌、１０症例の粘液性腺癌、５症例のがん隣接組織を含有する卵巣がんアレイ（カタログ番号ＯＶ８０１１）は、全部で８０症例からの単一のコアを有した。対照としてがん隣接乳房組織を伴う乳がん組織アレイ（カタログ番号ＢＲ１５０４ｂ）は、ＴＮＭ、臨床段階、病理グレードおよびＩＨＣマーカー（ＥＲ、ＰＲ、Ｈｅｒ−２、ＡＲおよびＫｉ６７）結果を含み、様々な７５症例からの２つ組のコアを含有した。これらの症例のうちの１１症例は、両方のコアにおいてトリプルネガティブであり、これらを２Ｆ３染色についてさらに分析した。少なくとも１つのコアにおける２Ｆ３染色は、その症例について陽性と考えられた。最後に、各２０症例の腺癌および転移性癌、各５症例の腺腫およびポリープ、４症例のクローン病、１症例の結核、５症例の結腸炎、各１０症例の隣接正常結腸組織および正常組織を含有する結腸疾患スペクトル組織マイクロアレイ（カタログ番号ＢＣ０５００２ａ）を染色した。
【０１８８】
２Ｆ３ｖ３Ｇ３抗体の、ヒト組織のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ：ｆｏｒｍａｌｉｎ  ｆｉｘｅｄ，ｐａｒａｆｆｉｎ  ｅｍｂｅｄｄｅｄ）切片および腫瘍マイクロアレイへの結合を、Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓで行われた免疫組織化学によって評価した。ＵＳ  Ｂｉｏｍａｘから、結腸がん（ＢＣ０５００２ａ）、乳がん（ＢＲ１５０４ｂ）、卵巣がん（ＯＶ８０１１）および小細胞肺がん（ＬＣ８１８）患者からの８０個の組織を各々含有するＴＭＡスライドを取得した。スライドを脱脂し、抗原回復のためにシトレート溶液（ｐＨ６．０）による短時間処理を使用した。２Ｘホスフェート緩衝塩溶液中で０．５％カゼイン、１％ＢＳＡ、１．５％ロバ血清により、非特異的タンパク質結合を遮断し、残留のペルオキシダーゼ活性を３％Ｈ2Ｏ2により遮断した。各ＴＭＡスライドを、２ｍｇ／ｍｌの２Ｆ３Ｖ３Ｇ３またはヒトＩｇＧ１アイソタイプ対照抗体と２時間インキュベートした。洗浄後、事前複合体化ビオチニル化Ｆ（ａｂ’）２ロバ抗ヒトＩｇＧ（Ｆｃ特異的）を使用して１：１．５の一次抗体：二次抗体比で、２Ｆ３のＴＭＡへの結合を検出した。ビオチニル化二次抗体による免疫組織化学検出のための高感度法であるアビジン−ビオチン複合体（ＡＢＣ：ａｖｉｄｉｎ−ｂｉｏｔｉｎ  ｃｏｍｐｌｅｘ）技術を使用して、結合を検出した。簡潔に述べると、スライドをＰＢＳで２回すすぎ、その後、アビジンおよびビオチニル化ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）を含有するＥｌｉｔｅ  ＡＢＣ試薬で３０分間処理し、ＰＢＳで２回すすぎ、その後、ペルオキシダーゼ反応のための基質として３，３’−ジアミノベンジジン（ＤＡＢ：ｄｉａｍｉｎｏｂｅｎｚｉｄｉｎｅ）で４分間処理した。全てのスライドを水道水ですすぎ、対比染色し、脱水し、載せた。ＰＢＳ＋１％ＢＳＡは、全ての抗体およびＡＢＣ試薬の希釈剤として機能した。熟練した研究病理学者によって、染色したスライドを評価した。
【０１８９】
結果
腫瘍マイクロアレイからのデータは、文献からの証拠とともに、様々な腫瘍組織タイプにおけるＴｎ抗原の広範な発現を実証した。特に、卵巣がん、乳がんおよび結腸がんの全ては、原発性ヒト腫瘍の約５０％またはそれよりも高い染色を実証する。（図２２）。全ての１１症例のトリプルネガティブ乳がんは、２Ｆ３について陽性染色され、１１症例のうちの１０症例は、両方のコアにおいて陽性染色された。
【０１９０】
Ｔｎ抗原の腫瘍発現プロファイルを考慮して、抗Ｔｎ  ｍＡｂを産生するハイブリドーマを生成した。試験した７つの陽性ハイブリドーマからの上清は、ＴｎまたはｓＴｎと相互作用した。これらのハイブリドーマからＶ遺伝子を単離し、ヒトＩｇＧ１または３／カッパ配列のコンテクストにクローニングした。抗体クローン単離物２Ｆ３、３Ａ７および１Ａ４ならびに他の４つの単離物のＦａｂ重鎖および軽鎖のアミノ酸配列およびポリヌクレオチド配列を、それぞれ、以下の表７および８に示す。精製した抗体を、１パネルの炭水化物抗原との反応性についてスクリーニングして、特異性の幅を決定した（図８）。方法の節で説明されるように、ＥＬＩＳＡプレート上に抗原を固定した。第１の組の抗原のための溶媒であるＰＢＳを、陰性対照として試験した。第２の組の抗原のための溶媒であるＥｔＯＨを、第２の陰性対照として試験した。相互作用の特異性は、図８の「ＥＬＩＳＡによる特異性」のカラムで示され、これらの特異性を示すＯＤ数は、図８の右側の１５個のカラムに示される。２Ｆ３は、ＴｎおよびＳＴｎに対する最も優れた選択性を示した。３Ａ７および１Ａ４も、この組の抗原について優れた選択性を示した。
【０１９１】
【表７】
2020536569.tif 000010
2020536569.tif 000011
【０１９２】
【表８】
2020536569.tif 000012
2020536569.tif 000013
2020536569.tif 000014
【０１９３】
（実施例ＩＩ）
Ｔｎ抗原またはｓＴｎ抗原への有力なヒトモノクローナル抗体のバリアント、２Ｆ３の生成および最適化
実施例Ｉで生成および特定したリード抗体の１つである２Ｆ３を、さらなるバリアントの生成および最適化のために選択した。エラープローンＰＣＲを使用して２Ｆ３抗体の変異体を生成し、次に、部位特異的変異誘発および組換え法を使用して、生成した２Ｆ３変異体をさらに最適化した。一連の親和性成熟試験において、ＥＬＩＳＡおよびＦＡＣＳによって、好ましい変異抗体をモデルＴｎ抗原へのそれらの改善した結合親和性についてスクリーニングした。
【０１９４】
エラープローンＰＣＲを使用する２Ｆ３変異体の生成
以前に説明されるように（Sawada-Hirai et al., J. Immune Based Ther. Vaccines, 2:5 (2004)）、プライマーとしてＶＨＦおよびＣγＲを使用するＧｅｎｅＭｏｒｐｈＩＩポリメラーゼ（Ａｇｉｌｅｎｔ）によるＰＣＲによって、２Ｆ３  ＶＨ領域を増幅した。ＶＨ断片を精製し、ＩｇＧ発現ベクターにサブクローニングした。個々のクローンからのプラスミドＤＮＡを精製し、配列決定した。野生型２Ｆ３軽鎖を伴う変異体重鎖を使用して、Ｃｏｓ１細胞またはＥｘｐｉ−ＣＨＯ細胞をコトランスフェクトした。Ｔｎ陽性細胞株（Ｔ−４７ＤおよびＪｕｒｋａｔ）およびＴｎ陰性細胞株（ＳＫ−ＭＥＬ２８）で、Ｔｎ特異的ＥＬＩＳＡおよびフローサイトメトリーによって上清を評価した。
【０１９５】
部位特異的変異誘発および組換え法による２Ｆ３変異体の生成
オーバーラッピングＰＣＲ（ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ  ＰＣＲ）によって、ＣＤＲにおける点変異を生成した。ＰＣＲにより最初の５’および３’断片を別々に増幅した。Ｎ末端断片についてのリバースプライマーおよびＣ末端断片についてのフォワードプライマーは、中間のＣＤＲ位置をターゲティングするためのＮＮＮ配列との重複相補配列を有する。その後、混合鋳型として５’および３’断片を使用するＶＨＦおよびＣγＲプライマーによるＰＣＲによって、ＶＨ領域全体を増幅した。精製したＶＨ断片をＩｇＧ発現カセットにサブクローニングし、発現させ、上記に説明されるように精製した。
断片間の接合がＣＤＲ２とＣＤＲ３との間のＦＲ３に存在する５’断片および３’断片によるオーバーラップＰＣＲを行うことによって、ＣＤＲ２とＣＤＲ３との間の変異体組合せバリアントを同様に生成した。２つの断片を混合し、鋳型として使用して、ＶＨＦおよびＣγＲプライマーにより２つの変異を有するＶＨ領域を増幅した。精製したＶＨ断片をＩｇＧ発現カセットにサブクローニングし、発現させ、上記に説明されるように精製した。
【０１９６】
フローサイトメトリー
Ｔｎ陽性（Ｔ−４７Ｄ、ＯＶＣＡＲ３、ＭＣＦ７またはＪｕｒｋａｔ）腫瘍細胞株（状態当たり細胞０．５ｘ１０6個）をＰＢＳ／２％ＦＢＳ（ＰＢＳＦ）中で洗浄した。様々な濃度の試験または対照ヒトｍＡｂを細胞に添加し、氷上で３０分間インキュベートした（Gilewski et al., Clin Cancer Res, 6:1693-701 (2000)；Gilewski et al. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 98:3270-5 (2001)）。ＰＢＳＦ中で洗浄後、細胞をＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ−４８８抗ヒトＩｇＧ−Ｆｃγまたは抗ヒトＩｇＭ−μ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）と氷上で３０分間インキュベートした。細胞をＰＢＳＦ中で２回洗浄し、Ｇｕａｖａ  Ｐｅｒｓｏｎａｌ  Ｃｅｌｌ  Ａｎａｌｙｓｉｓ−９６（ＰＣＡ−９６）系（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を使用するフローサイトメトリーによって蛍光データを取得し、Ｇｕａｖａ  ＥｘｐｒｅｓｓＰｒｏソフトウェアにより解析した。
【０１９７】
結果
リード抗体の１つである２Ｆ３を、親和性最適化のために選択した。エラープローンＰＣＲを使用して変異体を生成し、変異体をＥＬＩＳＡによってスクリーニングした（図９）。未精製細胞上清を定量し、Ｔｎ−ＰＡＡに結合させるために使用して、結合に対する変異の影響を決定した。この回において、バリアント１７、３３および７５は、親配列と比較して顕著に改善した結合を示した。
さらに、１サブセットのリード最適化重鎖をわずかに改変して、人為的結果の配列を除去し（クローン１７）、ある場合には、２つの好ましい変異体を組み合わせて単一の構築物にした（クローン１７３３）（図１０）。ＥＬＩＳＡによって多数の精製バッチをアッセイし、親分子と比較した。図１０の表で示されるように、全ての最適化バリアントは、親分子に優る結合を示し、試験したバリアントの中でクローン１７３３、１７ｖ２および６は、Ｔｎ抗原への最も強い結合体であった。
【０１９８】
位置Ｈ５５（Ｋａｂａｔ）は、バリアント６および１７においてエラープローンＰＣＲ変異プロセスによる２つの好ましい変異を含有することが分かった。したがって、この位置をコードするコドンについての配列をランダム化することによって、これらの位置で追加の変異を作製した。クローンを選択し、この位置の全てのアミノ酸のサンプリングを達成するために配列決定し、変異抗体を生成し、Ｔｎ−ＰＡＡ抗原への結合に対する変異の影響について試験した。図１１の表で示されるように、この位置での大多数の改変は、親２Ｆ３と比較して優れた結合を達成した。図１２は、モデル抗原への親和性成熟結合プロファイルからの好ましい２Ｆ３変異体についてのＥＬＩＳＡデータを要約する。
【０１９９】
親に優る相対的改善を決定するため、および親和性の増大が特異性に対して任意の影響を有するかどうかを決定するために、５つの変異体を選択し、ＥＬＩＳＡアッセイにおいてモデル抗原（Ｔｎ−ＰＡＡ、ｓＴＮ−ＰＡＡ、ＴｎクラスターおよびｄＢＳＭ）に結合させた（図１３Ａ〜１３Ｄ）。バリアント６、１７３３および６３３の全ては、全てのオンターゲット抗原への最も優れた結合体であった。他方で、ＴＦ−ＰＡＡ、ＧａｌＮａｃ−ベータ−ＰＡＡ（ＴｎがＧａｌＮａｃ−アルファ結合である）、モノマーＴｎおよびモノマーｓＴｎについては、いずれのバリアントによっても結合が観察されなかった（データは示していない）。
【０２００】
加えて、Ｔｎ抗体の結合が多数のＴｎ分子との緊密な相互作用を必要とするかどうかを確認するために、ＥＬＩＳＡアッセイにおいてＭｕｃ１ペプチドの２つの異なる形態をモデルとして試験した。Ｔｎ改変が１２個の非改変残基によって分離されているムチン−１由来のペプチドであるジ−Ｔｎ  Ｍｕｃ１（ＰＡＰＧＳＴＡＰＰＡＨＧＶＴＳＡＰＤＴＲＰＡＰＧ（配列番号１５６））は、２Ｆ３バリアントのいずれかによる結合を示さなかったが（図１４Ａ）、一方で、隣接する残基におけるＴｎ改変を含む多数のＴｎ改変を有する類似するＭｕｃ１ペプチド（Ｍｕｃ１−１−５Ｇ；ＨＧＶＴＳＡＰＤＴＲＰＡＰＧＳＴＡＰＰＡ（配列番号１５５））は、高親和性で２Ｆ３およびその誘導体による結合を示した（図１４Ｂ）。
【０２０１】
２Ｆ３およびバリアント抗体の、様々な細胞株によって生理的条件下で内因的に発現されるＴｎ抗原への結合を確認するために、元の２Ｆ３親および選択された親和性バリアントを、ＦＡＣＳ分析によって試験した。試験した２Ｆ３バリアントの全ては、２Ｆ３親と比較してＥＣ５０値における強いシフトを伴って、Ｔｎ陽性Ｔ４７−Ｄ細胞に結合することが示された（図１５Ａ〜１５Ｄ）。加えて、バリアント６および１７は、最大結合におけるシフトを示し、平衡においてより使用可能な部位を占有するそれらの能力を示した（図１５Ａおよび１５Ｃ）。同様に、ＦＡＣＳによって、元の分子およびバリアント２Ｆ３分子は、追加の多数のＴｎ陽性細胞種に結合することが示された（図１６Ａ〜１６Ｄ）。
【０２０２】
（実施例ＩＩＩ）
２Ｆ３抗体バリアントの機能的特徴付け
抗がん治療等の治療適用に好適な２Ｆ３抗体バリアントの細胞機能性および生理機能性を査定するために、様々な機能アッセイを行って、蛍光色素のコンジュゲーション；細胞内部移行プロファイルの経時変化；細胞傷害薬の特定の細胞種への送達；および抗体依存性細胞媒介細胞傷害性（ＡＤＣＣ）を測定した。
【０２０３】
抗体の蛍光色素へのコンジュゲーション
抗体を最初に、ＰＥＧ化Ｎ−スクシンイミジルＳ−アセチルチオアセテート（ＳＡＴ（ＰＥＧ）４）とのコンジュゲーションによって官能化した。Ｚｅｂａスピンカラム（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）を介して抗体を５０ｍＭ  ＮａＨＣＯ３に脱塩し、その後、４当量のＰＥＧ化Ｎ−スクシンイミジルＳ−アセチルチオアセテート（ＳＡＴ（ＰＥＧ）４）（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  ２６０９９）で１時間を超えて処理した。反応を完了した後、Ｚｅｂａスピンカラムを介して反応混合物を１ＸＰＢＳ  ｐＨ７．４まで脱塩し、１０体積％の脱保護緩衝液で処理し、室温で２時間反応させ、Ｚｅｂａスピンカラムを使用して１ＸＰＢＳに緩衝液交換して脱保護ＰＥＧチオールを得た。
ＡＦ４８８マレイミドとのコンジュゲーション
ＰＥＧチオール抗体を、マレイミド基を有する４．４当量のＡＦ４８８（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）で室温にて１時間を超えて処理した。反応が完了した後、Ｚｅｂａスピンカラムを使用して材料を１ＸＰＢＳ  ｐＨ７．４に緩衝液交換した。
ｐＨＡｂマレイミドとのコンジュゲーション。
ＰＥＧチオール抗体を、マレイミド基を有する４．４当量のｐＨＡｂ（Ｐｒｏｍｅｇａ）で室温にて１時間を超えて処理した。反応が完了した後、Ｚｅｂａスピンカラムを使用して材料を１ＸＰＢＳ  ｐＨ７．４に緩衝液交換した。
【０２０４】
ｐＨＡｂ−色素内部移行パーセントアッセイによる２Ｆ３変異体のスクリーニング
１００ｍＬのＴ−４７Ｄ細胞（ＲＰＭＩ  １６４０＋１０％ＦＢＳ中の細胞１ｘ１０6個／ｍＬ、細胞０．５ｘ１０6個／ｍＬの最終濃度）を等体積のｐＨＡｂコンジュゲートｍＡｂ（ＰＢＳ中の４０μｇ／ｍＬ、２０μｇ／ｍＬの最終濃度）と３７℃で５時間インキュベートした。細胞を２回洗浄し、２つの管に分割した。細胞を２００μＬのｐＨ７培地（内部移行されたｍＡｂのみを検出する）またはｐＨ５．５培地（全ｍＡｂを検出する）に再懸濁し、氷上で維持した。Ｇｕａｖａ  ＰＣＡ−９６系によって試料データを取得し、Ｇｕａｖａ  ＥｘｐｒｅｓｓＰｒｏソフトウェアにより解析した。内部移行％＝ＭＦＩ（ｐＨ７）／ＭＦＩ（ｐＨ５．５）*１００（ＭＦＩ値はバックグラウンドについて補正した）。
【０２０５】
内部移行経時変化／バリアント６番
ｐＨＡｂ色素を使用すること。
Ｔ−４７Ｄ細胞（細胞０．５ｘ１０6個／培地ｍＬ）を２０μｇ／ｍＬのｐＨＡｂコンジュゲート２Ｆ３  ６番と４℃で３０分間インキュベートした。細胞を２回洗浄し、同じ体積に再懸濁し、３７℃でインキュベートした。示される時点で、２００μＬの細胞を回収し、遠心分離した。細胞を、１０ｍＭ  ＮａＮ３および５ｍＭ  ２−デオキシグルコースを含有する２００μＬの培地に再懸濁し、２つのウェルに分割し（１００μＬ／ウェル）、氷上で維持した。２４０分間のインキュベーション期間での最終回収後、１００μＬ／ウェルの培地を添加して、各試料についてｐＨ７．０またはｐＨ５．５のいずれかに調節した。Ｇｕａｖａ  ＰＣＡ−９６系によって試料データを取得し、Ｇｕａｖａ  ＥｘｐｒｅｓｓＰｒｏソフトウェアにより解析した。内部移行％＝ＭＦＩ（ｐＨ７）／ＭＦＩ（ｐＨ５．５）*１００（ＭＦＩ値はバックグラウンドについて補正した）。
【０２０６】
ＡＦ４８８クエンチャーを使用すること。
Ｔ−４７Ｄ細胞（細胞０．５ｘ１０6個／培地ｍＬ）を２μｇ／ｍＬのＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ−４８８コンジュゲート２Ｆ３  ６番と４℃で１時間インキュベートした。細胞を２回洗浄し、同じ体積に再懸濁し、３７℃でインキュベートした。示される時点で、２００μＬの細胞を回収し、２つのウェルに分割した。ＡＦ４８８クエンチャー抗体を伴うか、または伴わない１０ｍＭ  ＮａＮ３を含有する１００ｍＬの培地（２５μｇ／ｍＬの最終濃度、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）をウェルに添加した。細胞を最終回収まで氷上で維持した（３７℃で１８０分間、その後、４℃で３０分間）。Ｇｕａｖａ  ＰＣＡ−９６系によって試料データを取得し、Ｇｕａｖａ  ＥｘｐｒｅｓｓＰｒｏソフトウェアにより解析した。内部移行％＝ＭＦＩ（ｗ／クエンチャー）／ＭＦＩ（ｗ／ｏクエンチャー）*１００（ＭＦＩ値はバックグラウンドについて補正した）。
【０２０７】
細胞傷害性アッセイ
９６ウェルプレートにＪｕｒｋａｔ細胞を、１０％ＦＢＳ、Ｌ−ＧｌｕおよびＰ／Ｓを含むＲＰＭＩ  １６４０培地中に細胞１ｘ１０5個／ｍＬ（細胞０．５ｘ１０4個／５０μＬ／ウェル）にて播種した。様々な濃度の精製ｍＡｂ（別々の９６ウェルプレート中で培地により希釈した）を２００ｎＭのタンパク質Ａ−ＭＭＡＥ（ＬＥＶ−ＡＭＥ−１００）と室温で２０分間インキュベートした。５０ｍＬのｍＡｂとタンパク質Ａ−ＭＭＡＥとの複合体を各ウェルに添加し、３７℃で３日間インキュベートした。ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ（７０μＬ／ウェル、Ｐｒｏｍｅｇａ）を各ウェルに添加し、室温で５分間インキュベートした。Ｇｅｎ５ソフトウェアを使用して化学発光シグナルを測定した。
【０２０８】
ＡＤＣＣアッセイ
健康なドナーの血液試料からフィコール密度勾配遠心分離によってＰＢＭＣを調製した。ＣＡＯＶ３細胞をカルセイン−ＡＭ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）により３７℃で３０分間標識した。培地による洗浄後、標識した細胞を９６ウェルプレートに細胞１０，０００個／ウェルで添加した。ＰＢＭＣ（Ｅ／Ｔ  ２０：１）および様々な濃度の２Ｆ３バリアントをウェルに添加し、３７℃で３時間インキュベートした。蛍光光度計を使用して蛍光シグナルを測定した。細胞傷害性％＝（試料ＲＦＩ−最小放出ＲＦＩ）／（最大放出ＲＦＩ−最小放出ＲＦＩ）＊１００、ＮＰ４０で溶解したＣＡＯＶ３を最大放出として使用した。ＰＢＭＣのみを有するＣＡＯＶ３細胞を自発的（最小）放出として使用した。
【０２０９】
結果
ｐＨ７．０でＴ−４７Ｄ細胞株に内部移行される蛍光色素とコンジュゲートしたバリアント抗体の蛍光強度中央値（ＭＦＩ：ｍｅｄｉａｎ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｉｎｔｅｎｓｉｔｙ）の、ｐＨ７．０での内部移行され得る抗体の全量に対する比を測定することによって、２Ｆ３バリアントの細胞内部移行パーセントを評価した（図１７）。結果は、全ての２Ｆ３バリアントは５時間で７４％〜９５％の結合抗体を内部移行したこと、および内部移行アッセイにおいてバリアント６および１７３３は最も優れた結合体および内部移行薬であることを示した。最も高い内部移行パーセントを有する最も高い結合リードである２Ｆ３バリアントクローン６について、３時間の期間にわたる内部移行を測定する直交法を使用することによって、内部移行経時変化研究をさらに行った（図１８Ａ）。時間の関数として計算される内部移行パーセントは、Ｔｎ抗原を内因的に発現する細胞株に内部移行されたバリアント抗体の部分における比例的増大を実証した（図１８Ｂ）。
【０２１０】
ｐＨ５．５未満で効率的に蛍光を発するが中性ｐＨでは蛍光を発しない蛍光色素であるｐＨＡｂで、時間の関数として内部移行パーセントを計算することによって、第２の直交法を使用して上記の結果を確認した。図１９Ａ〜１９Ｃで示されるように、抗体をｐＨＡｂ色素と直接コンジュゲートし、時間の関数として内部移行させた場合、ｐＨ７では内部移行した抗体のみからの蛍光が観察され、一方で、ｐＨ５．５では内部および外部抗体画分両方からの蛍光（全量）が観察された。したがって、前者の後者に対する比は、内部移行された蛍光パーセントを表し、図１８で説明される蛍光脱クエンチング研究から得た結果と非常に類似する結果を示した。
次に、治療薬を結合し、それを内部移行する特定の細胞種に細胞傷害薬をターゲティングする前記治療薬について、抗Ｔｎ抗体の内部移行を評価した。細胞傷害剤を細胞へと方向付け得る２Ｆ３バリアントについてスクリーニングするために、タンパク質Ａ−ＭＭＡＥコンジュゲートと抗体との複合体を使用して細胞を処理し、３日後に細胞生存能を測定した（図２０Ａ〜２０Ｂ）。多くのバリアントからのデータは、効率的な死滅を実証し、多くの場合、親クローンによる死滅を３〜１０倍超えた。
最後に、エフェクター細胞の存在下で腫瘍細胞に対する細胞傷害性効果を媒介する親和性バリアントの能力を実証するために、ＡＤＣＣアッセイを行った（図２１）。バリアント１７、８０および６は、特に高いＡＤＣＣを実証し、クローン８０は最も高い効力を実証する。この結果から動機付けられ、クローン８０とクローン６および１７との間の組合せ変異体を生成した。
【０２１１】
（実施例ＩＶ）
２Ｆ３抗Ｔｎ／ｓＴｎ抗体はＳｅｒ残基上のＴｎを優先的に認識する
２Ｆ３抗体およびそのバリアントが結合するグリカンエピトープを決定するために、上記に説明されるように、ＥＬＩＳＡアッセイを使用して一連の実験を行った。上記に説明される実験と一致して、Ｔｎ−ＰＡＡ以外の合成抗原に対する２Ｆ３バリアントの結合は観察されなかった。例えば、２Ｆ３Ｇ１変異体のＴｈｏｍｓｅｎ−Ｆｒｉｅｄｅｎｒｅｉｃｈ（ＴＦ）−ポリアクリルアミド（ＰＡＡ）糖コンジュゲート（ＴＦ−ＰＡＡ）、Ｔｎ−β−ＰＡＡまたはＴｎ−ＳＰへの結合は観察されなかった（図２３Ａ〜Ｃ）。Ｍｕｃ１上のエピトープを決定するために、基質として、Ｔｎ抗原がトレオニン（Ｔｈｒ）残基に連結されたジ−Ｔｎ−ＭＵＣ１ペプチド（ＰＡＰＧＳＴ*ＡＰＰＡＨＧＶＴＳＡＰＤＴ*ＲＰＡＰＧ）（配列番号１５６）を使用して、２Ｆ３Ｇ１変異体の結合を査定した。結果は、抗体はジ−Ｔｎ−ＭＵＣ１ペプチドに結合しないことを実証し、２Ｆ３Ｇ１変異体はＴｈｒ改変ＭＵＣ１に結合しないことを示した（図２３Ｄ）。
【０２１２】
次に、Ｓｅｒ残基へのＴｎ改変の効果を試験した。この趣旨で、２Ｆ３Ｇ１変異体の非改変ＭＵＣ１ペプチド（ＨＧＶＴＳＡＰＤＴＲＰＡＰＧＳＴＡＰＰＡ（配列番号１５７））への結合、またはＴｈｒおよびＳｅｒ残基上でペプチドに結合された５つのＴｎグリカンを有するＭＵＣ１ペプチド（ＨＧＶＴ*Ｓ*ＡＰＤＴ*ＲＰＡＰＧＳ*Ｔ*ＡＰＰＡ）（配列番号１５５）への結合。２Ｆ３Ｇ１変異体の非改変残基を含有するＭＵＣ１ペプチドへの結合は観察されなかったが、改変ＭＵＣ１ペプチドにおいては強い結合が観察された（図２３Ｅ〜Ｆ）。Ｔｈｒ改変残基を有するＭＵＣ１への結合がなく、かつＳｅｒおよびＴｈｒ改変残基の存在下で強い結合があるとすると、これらの結果は、２Ｆ３Ｇ１変異体は、Ｓｅｒ残基上でＴｎによって改変されたＭＵＣ１ペプチドに結合することを示す。
【０２１３】
このことを、Ｔｎグリカンアレイ分析によってさらに確認した。糖ペプチドマイクロアレイを、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ：Ｎ−ｈｙｄｒｏｘｙｓｕｃｃｉｎｉｍｉｄｅ）スライドガラス（Ｓｃｈｏｔｔ  Ｎｅｘｔｅｒｉｏｎ）上に調製し、アミン官能基を通してペプチドおよび糖ペプチドの固定を達成した。プリンティング緩衝液（３００ｍＭリン酸ナトリウム、ｐＨ８．５）中で１００μＭに調節した濃度で、圧電式プリンターを使用して、０．３３ｎＬの各溶液を点に配置した。マイクロアレイを６つの反復点にプリントした。アレイをモノクローナル抗Ｔｎ抗体２Ｆ３親、２Ｆ３Ｖバリアント６または２Ｆ３バリアント１７−２について問い合わせ、示されるように蛍光標識二次抗体およびストレプトアビジンで検出した。ＰｒｏＳｃａｎＡｒｒａｙスキャナーおよびＳｃａｎＡｒｒａｙ  Ｅｘｐｒｅｓｓソフトウェア（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ）によりスキャニングおよび定量を行った。アッセイにより１パネルの約５０個のＴｎ糖ペプチドを調査し、スペーシング、Ｔｎ改変の数、改変された特定の残基または配列コンテクストが２Ｆ３による結合の特異性に寄与したかどうかに取り組んだ。Ｓｅｒ−Ｔｎを含有するペプチド、および固形マトリックスへの結合点から少なくとも５つのアミノ酸であるペプチドへの効率的な結合が観察された。遊離末端近くのＳｅｒ−Ｔｎ、および単一ペプチド中の多数のＳｅｒ−Ｔｎは結合を増大した。２Ｆ３親抗体（「親」）、バリアント６およびバリアント１７を使用して、抗体の１パネルの様々な糖タンパク質への結合をアッセイして、２Ｆ３および２Ｆ３Ｇ１バリアントによって認識される好ましいＴｎコンテクストを決定した。上記に説明されるＥＬＩＳＡアッセイと一致して、親２Ｆ３および２Ｆ３Ｇ１バリアントは、糖ペプチドがセリン残基上で改変された場合、強い結合を示した（図２４）。重要なことに、Ｔｈｒ残基への改変は、ほとんど乃至全く結合を向上させなかった。しかしながら、単一のＳｅｒ残基のみへの連結は、結合を顕著に増大することができた。例えば、試験した全ての３つの抗体の結合は、Ｓｅｒ改変ペプチドＩｇＡ−Ｐｅｐ１７（Ｈ２Ｎ−ＫＰＳＴＰＰＴＰＳＰＳ*Ｃ−ＯＨ（配列番号１５９））について、同じ配列ペプチドＩｇＡ−Ｐｅｐ１８と比較して大いに向上したが、Ｔｈｒ改変ペプチド（Ｈ２Ｎ−ＫＰＳＴ*ＰＰＴＰＳＰＳＣ−ＯＨ（配列番号１６０））では向上しなかった（表９）。さらに、Ｓｅｒ−Ｔｎを含有するペプチドへの結合のみでなく、特に固形マトリックスへの結合点から少なくとも５つのアミノ酸であるペプチドへの結合も観察された。遊離末端近くのＳｅｒ−Ｔｎ、および単一ペプチド中の多数のＳｅｒ−Ｔｎは結合を増大した。
【０２１４】
加えて、６００個の様々な哺乳動物グリカンからなるグリカンアレイ分析（バージョン５．３）は、Ｔｎ／ｓＴｎに対する高い特異性を実証し、哺乳動物において見られる６００個近いグリカン構造への有意な結合は観察されなかった（図２５）。２つの最も強いヒットはスペーサーアームに接続されたＴｎであり、また、セリンに接続されたＴｎへの有意な結合が見られた。高い抗体濃度でさえも、非関連複合体Ｎ−連結グリカンへの非常に弱い結合が観察された（図２６）。このことは、様々な濃度の抗体を使用してさらに支持することができた（図２６）。さらに、親２Ｆ３抗体の親和性成熟は２つのバリアント（２Ｆ３  ６番および２Ｆ３  １７ｖ２番）をもたらし、これらは特異性を失うことなくＴｎおよびｓＴｎへの劇的に増大した親和性を示した（図２６）。
【０２１５】
抗体を５μｇ／ｍＬ（この群からのデータは示していない）または５０μｇ／ｍＬ（棒グラフおよび表９にデータを示す）の濃度で糖ペプチドアレイに適用した。
【０２１６】
Ｔｎ−Ｓｅｒ残基とＴｎ−Ｔｈｒ残基との間の差の構造解析は、Ｔｎ−Ｓｅｒ残基は、Ｔｎ−Ｔｈｒ残基よりも様々なコンフォメーションをとることを示す（図２７）。Ｔｎ−Ｓｅｒについての好ましいコンフォメーションはペプチド骨格に平行であるが、Ｔｎ−Ｔｈｒについての好ましいコンフォメーションは垂直である。この差により、結合に使用可能なＴｎ分子の面がシフトする。合わせると、これらの結果は、２Ｆ３抗Ｔｎ／ｓＴｎ抗体が、アクセス可能なコンテクストにあるＳｅｒ残基上のＴｎを優先的に認識することを実証する。
【０２１７】
【表９】
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【０２１８】
本出願全体を通して、様々な刊行物が引用されている。これらの刊行物の開示は、本発明が属する技術分野の状態をより完全に説明するために、それらの全体を本出願において参照により本明細書に組み込む。本発明は上記に提供される実施例に関して説明されているが、本発明の趣旨から逸脱することなく、様々な改変を行うことができることを理解するべきである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３−１】
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【図１３−２】
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【図１３−３】
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【図１３−４】
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【図１４】
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【図１５−１】
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【図１５−２】
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【図１５−３】
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【図１５−４】
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【図１６−１】
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【図１６−２】
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【図１６−３】
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【図１６−４】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９−１】
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【図１９−２】
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【図２０−１】
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【図２０−２】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３−１】
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【図２３−２】
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【図２３−３】
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【図２３−４】
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【図２３−５】
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【図２３−６】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【配列表】
2020536569000001.app
【国際調査報告】
2020536569.tif 000061
2020536569.tif 000062
2020536569.tif 000063
2020536569.tif 000064
2020536569.tif 000065
2020536569.tif 000066
2020536569.tif 000067