(57)【要約】着目化合物に関する第１のＭＲＭ遷移測定値内の干渉が、第１のＭＲＭ遷移内に前駆イオンの同位体を含む、第２のＭＲＭ遷移を使用することによって判定される。両方の遷移は、同一のプロダクトイオンを含む。第１の強度が、第１のＭＲＭ遷移に関して測定され、第２の強度が、第２のＭＲＭ遷移に関して測定される。第１の強度と第２の強度の比率が、計算される。第１の前駆イオンと第２の前駆イオンの数の理論比が、それらの同位体関係に従って計算される。比率と理論比との間の差異が、計算され、閾値と比較される。差異が閾値未満である場合、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度は、着目化合物のための干渉を含むものとして識別される。
2020535599.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
着目化合物に関する多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するためのシステムであって、
着目化合物をイオン化し、１つ以上の前駆イオンのイオンビームを生産する、イオン源デバイスと、
質量フィルタと、断片化デバイスと、質量分析器とを含み、かつ前記イオン源デバイスから前記イオンビームを受光する、タンデム質量分析計であって、前記質量フィルタは、前記イオンビームから前駆イオンの同位体を分解させることが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合され、前記タンデム質量分析計は、前記質量フィルタを使用して前記ＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、前記断片化デバイスを使用して前記前駆イオンを断片化し、前記質量分析器を使用して前記ＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合される、タンデム質量分析計と、
前記タンデム質量分析計と通信するプロセッサであって、前記プロセッサは、
前記タンデム質量分析計に、第１の前駆イオンと、第１のプロダクトイオンとを含む、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を測定するように命令することと、
前記タンデム質量分析計に、第２の前駆イオンと、同一の第１のプロダクトイオンとを含む、第２のＭＲＭ遷移の第２の強度を、前記第１のＭＲＭ遷移として測定するように命令することであって、前記第２の前駆イオンは、前記第１の前駆イオンの同位体である、ことと、
前記第１の強度と前記第２の強度の比率を計算することと、
第１の前駆イオンと前記第２の前駆イオンの数の理論比を、それらの同位体関係に従って計算することと、
前記比率と前記理論比との間の差異を計算することと、
前記差異を閾値と比較することと、
前記差異が前記閾値未満である場合、前記第１のＭＲＭ遷移の前記第１の強度を、前記着目化合物のための干渉を含むものとして識別することと
を行う、プロセッサと
を備える、システム。
【請求項２】
前記質量フィルタは、０．２ｍ／ｚ未満の幅の質量選択ウィンドウを生産するように適合される、請求項１に記載のシステム。
【請求項３】
前記質量フィルタは、０．１５ｍ／ｚ未満の幅の質量選択ウィンドウを生産するように適合される、請求項１に記載のシステム。
【請求項４】
前記質量フィルタは、四重極を備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項５】
前記質量フィルタは、イオントラップを備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項６】
前記質量フィルタは、ノッチフィルタを備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項７】
前記質量フィルタは、ロッドの双曲線セットを備える、請求項１に記載のシステム。
【請求項８】
着目化合物に関する多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための方法であって、
プロセッサを使用して、タンデム質量分析計に、イオンビームから、第１の前駆イオンと、第１のプロダクトイオンとを含む、着目化合物に関して、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を測定するように命令することであって、前記タンデム質量分析計は、質量フィルタと、断片化デバイスと、質量分析器とを含み、かつイオン源デバイスから前記イオンビームを受光し、前記質量フィルタは、前記イオンビームから前駆イオンの同位体を分解させることが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合され、前記タンデム質量分析計は、前記質量フィルタを使用して前記ＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、前記断片化デバイスを使用して前記前駆イオンを断片化し、前記質量分析器を使用して前記ＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合され、前記イオンビームは、前記着目化合物をイオン化する、イオン源デバイスによって生産される、ことと、
前記プロセッサを使用して、前記タンデム質量分析計に、前記イオンビームから、第２の前駆イオンと、同一の第１のプロダクトイオンとを含む、前記着目化合物に関して、第２のＭＲＭ遷移の第２の強度を、前記第１のＭＲＭ遷移として測定するように命令することであって、前記第２の前駆イオンは、前記第１の前駆イオンの同位体である、ことと、
前記プロセッサを使用して、前記第１の強度と前記第２の強度の比率を計算することと、
前記プロセッサを使用して、第１の前駆イオンと前記第２の前駆イオンの数の理論比を、それらの同位体関係に従って計算することと、
前記プロセッサを使用して、前記比率と前記理論比との間の差異を計算することと、
前記プロセッサを使用して、前記差異を閾値と比較することと、
前記差異が前記閾値未満である場合、前記プロセッサを使用して、前記第１のＭＲＭ遷移の前記第１の強度を、前記着目化合物のための干渉を含むものとして識別することと
を含む、方法。
【請求項９】
前記質量フィルタは、０．２ｍ／ｚ未満の幅の質量選択ウィンドウを生産するように適合される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記質量フィルタは、０．１５ｍ／ｚ未満の幅の質量選択ウィンドウを生産するように適合される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
前記質量フィルタは、四重極を備える、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記質量フィルタは、イオントラップを備える、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記質量フィルタは、ノッチフィルタを備える、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記質量フィルタは、ロッドの双曲線セットを備える、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
非一過性かつ有形のコンピュータ可読記憶媒体を備えるコンピュータプログラム製品であって、前記コンピュータ可読記憶媒体のコンテンツは、着目化合物に関する多重反応モニタリング（ＭＲＭ）遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための方法を実施するように、プロセッサ上で実行されている命令を伴うプログラムを含む、前記方法は、
システムを提供することであって、前記システムは、１つ以上の明確に異なるソフトウェアモジュールを備え、前記明確に異なるソフトウェアモジュールは、測定モジュールと、分析モジュールとを含む、ことと、
タンデム質量分析計に、前記測定モジュールを使用して、イオンビームから、第１の前駆イオンと、第１のプロダクトイオンとを含む、着目化合物に関して、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を測定するように命令することであって、前記タンデム質量分析計は、質量フィルタと、断片化デバイスと、質量分析器とを含み、かつイオン源デバイスから前記イオンビームを受光し、前記質量フィルタは、前記イオンビームから前駆イオンの同位体を分解させることが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合され、前記タンデム質量分析計は、前記質量フィルタを使用して前記ＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、前記断片化デバイスを使用して前記前駆イオンを断片化し、前記質量分析器を使用して前記ＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合され、前記イオンビームは、前記着目化合物をイオン化する、イオン源デバイスによって生産される、ことと、
前記タンデム質量分析計に、前記測定モジュールを使用して、前記イオンビームから、第２の前駆イオンと、同一の第１のプロダクトイオンとを含む、前記着目化合物に関して、第２のＭＲＭ遷移の第２の強度を、前記第１のＭＲＭ遷移として測定するように命令することであって、前記第２の前駆イオンは、前記第１の前駆イオンの同位体である、ことと、
前記分析モジュールを使用して、前記第１の強度と前記第２の強度の比率を計算することと、
前記分析モジュールを使用して、第１の前駆イオンと前記第２の前駆イオンの数の理論比を、それらの同位体関係に従って計算することと、
前記分析モジュールを使用して、前記比率と前記理論比との間の差異を計算することと、
前記分析モジュールを使用して、前記差異を閾値と比較することと、
前記差異が前記閾値未満である場合、前記分析モジュールを使用して、前記第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を、前記着目化合物のための干渉を含むものとして識別することと
を含む、コンピュータプログラム製品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願）
本願は、その内容全体が、参照することによって本明細書に組み込まれる、２０１７年９月２９日に出願された、米国特許出願第６２／５６５，１４０号の利益を主張する。
【０００２】
（導入）
本明細書における教示は、質量分析計によって行われる多重反応モニタリング（ＭＲＭ）測定値が、干渉を含むかどうかを判定するためのシステムおよび方法に関する。より具体的には、本明細書における教示は、第１の前駆イオンの、第１のプロダクトイオンへの第１の遷移に関する、第１のＭＲＭ測定値を得るため、第１の前駆イオンの同位体である第２の前駆イオンの、同一の第１のプロダクトイオンへの第２の遷移に関する、第２のＭＲＭ測定値を得るため、および２つの測定値の比率を、第１の前駆イオンと第２の前駆イオンの理論同位体比と比較し、第１のＭＲＭ測定値が、干渉を含むかどうかを判定するための、システムならびに方法に関する。本明細書のシステムおよび方法は、図１のコンピュータシステム等の、プロセッサ、コントローラ、またはコンピュータシステムと併せて実施されることができる。
【背景技術】
【０００３】
（背景）
多くの用途において、ＭＲＭ比は、液体クロマトグラフィピーク、すなわち、ＬＣピークの純度を査定するために使用される、重要なパラメータである。これは、典型的には、それぞれが、分析物毎に異なるプロダクトイオンを含む、２つ以上のＭＲＭ信号を監視し、ＭＲＭ比を、標準または分析物に関して取得されるデータのライブラリと比較することによって実施される。本プロセスでは、同一の前駆イオンが、単位分解能（またはより低い分解能）においてＭＲＭ毎に選択され、複数の異なるプロダクトイオンが、異なるＭＲＭのそれぞれにおいて使用される。本シナリオでは、複数のＭＲＭ測定値の相関が、分析物の信号が純粋であるかどうかを判定することにおいて重要である。本アプローチは、小分子に関して幅広く使用され、近年では、ペプチドに関しても使用されている。
【０００４】
本シナリオの１つの欠点は、これが、標準のセットが分析物毎に取得されることも要求することである。標準はまた、衝突誘起解離（ＣＩＤ）の変動性を説明するために使用される、各質量分析システムにも固有である必要がある。言い換えると、本技法は、質量分析システム毎の、各分析物の標準サンプルに関する測定値のライブラリの収集に依存している。
【０００５】
結果として、標準サンプルから構築されるライブラリとの比較に依存しない、ＭＲＭ測定値内の干渉を判定するためのシステムおよび方法の必要性が、存在する。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
（要約）
着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が、干渉を含むかどうかを判定するためのシステム、方法、およびコンピュータプログラム製品が、提供される。干渉は、着目化合物に関するＭＲＭ遷移の強度と、着目化合物に関する別のＭＲＭ遷移の強度の比率を計算することによって判定される。２つのＭＲＭ遷移は、異なる前駆イオンを含む。一方の前駆イオンは、他方の前駆イオンの同位体である。両方のＭＲＭ遷移は、同一のプロダクトイオンを含む。前駆イオンの数とその同位体の数の理論比が、それらの同位体関係に従って計算される。比率と理論比との間の差異が、計算される。本差異が、閾値と比較される。差異が閾値未満である場合、ＭＲＭ遷移は、着目化合物のための干渉を含むものとして識別される。
【０００７】
本システムは、タンデム質量分析計と、プロセッサとを含む。タンデム質量分析計は、イオン源デバイスと、質量フィルタと、断片化デバイスと、質量分析器とを含む。タンデム質量分析計は、着目化合物をイオン化する、イオン源デバイスからイオンビームを受光する。質量フィルタは、イオンビームから前駆イオンの同位体を分解させることが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合される。タンデム質量分析計は、質量フィルタを使用してＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、断片化デバイスを使用して前駆イオンを断片化し、質量分析器を使用してＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合される。
【０００８】
本出願人の教示のこれらおよび他の特徴が、本明細書に記載される。
【０００９】
当業者は、下記に説明される図面が、例示目的のみのためであることを理解するであろう。図面は、本教示の範囲をいかようにも限定することを意図されるものではない。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステムを図示するブロック図である。
【００１１】
【図２】図２は、従来の多重反応モニタリング（ＭＲＭ）において使用され、前駆イオンを選択する、質量選択ウィンドウを示す、強度対質量電荷比（ｍ／ｚ）の例示的プロットである。
【００１２】
【図３】図３は、従来のＭＲＭにおいて使用され、選択された前駆イオンの特定のプロダクトイオンに関して監視する、質量ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの例示的プロットである。
【００１３】
【図４】図４は、一連の保持時間にわたって得られた複数のＭＲＭ測定値から形成されるＬＣピークを示す、強度対時間の例示的プロットである。
【００１４】
【図５】図５は、同一の選択された前駆イオンの２つの異なるプロダクトイオン、および２つの別個のＭＲＭに関して測定された２つのＭＲＭプロダクトイオン強度に関する質量ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの例示的プロットである。
【００１５】
【図６】図６は、種々の実施形態による、２つの異なるＭＲＭ遷移において使用される同位体前駆イオンを選択するために使用される、２つの質量選択ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの例示的プロットである。
【００１６】
【図７】図７は、種々の実施形態による、２つの別個のＭＲＭにおいて選択される２つの異なる同位体前駆イオンから断片化される、同一のプロダクトイオンを測定するための質量ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの２つの整合されたプロットの図である。
【００１７】
【図８】図８は、種々の実施形態による、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための、システムの概略図である。
【００１８】
【図９】図９は、種々の実施形態による、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための方法を示すフローチャートである。
【００１９】
【図１０】図１０は、種々の実施形態による、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための方法を実施する、１つ以上の明確に異なるソフトウェアモジュールを含む、システムの概略図である。
【発明を実施するための形態】
【００２０】
本教示の１つ以上の実施形態が詳細に説明される前に、当業者は、本教示が、それらの用途において、以下の発明を実施するための形態に記載される、または図面に図示される、構成の詳細、構成要素の配列、およびステップの配列に限定されないことを理解するであろう。また、本明細書に使用される語法および専門用語は、説明の目的のためのものであり、限定するものとして見なされるべきではないことも理解されたい。
【００２１】
（様々な実施形態の説明）
（コンピュータ実装システム）
図１は、本教示の実施形態が実装され得る、コンピュータシステム１００を図示するブロック図である。コンピュータシステム１００は、情報を通信するための、バス１０２または他の通信機構と、情報を処理するための、バス１０２と結合される、プロセッサ１０４とを含む。コンピュータシステム１００はまた、プロセッサ１０４によって実行されるべき命令を記憶するための、バス１０２に結合される、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）または他の動的記憶デバイスであり得る、メモリ１０６を含む。メモリ１０６はまた、プロセッサ１０４によって実行されるべき命令の実行の間、一時変数または他の中間の情報を記憶するために使用されてもよい。コンピュータシステム１００はさらに、プロセッサ１０４のための静的情報および命令を記憶するための、バス１０２に結合される、読取専用メモリ（ＲＯＭ）１０８または他の静的記憶デバイスを含む。磁気ディスクまたは光ディスク等の記憶デバイス１１０が、情報および命令を記憶するために提供され、バス１０２に結合される。
【００２２】
コンピュータシステム１００は、コンピュータユーザに情報を表示するために、バス１０２を介して、陰極線管（ＣＲＴ）または液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）等のディスプレイ１１２に結合されてもよい。英数字および他のキーを含む入力デバイス１１４が、プロセッサ１０４に情報ならびにコマンド選択を通信するために、バス１０２に結合される。別のタイプのユーザ入力デバイスは、プロセッサ１０４に方向情報およびコマンド選択を通信するため、ならびにディスプレイ１１２上でカーソル移動を制御するための、マウス、トラックボール、またはカーソル方向キー等のカーソル制御部１１６である。本入力デバイスは、典型的には、デバイスが平面内の位置を指定することを可能にする、２つの軸、すなわち、第１の軸（すなわち、ｘ）および第２の軸（すなわち、ｙ）における、２自由度を有する。
【００２３】
コンピュータシステム１００は、本教示を実施することができる。本教示のある実装と一貫して、結果が、メモリ１０６内に含有される１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスを実行するプロセッサ１０４に応答して、コンピュータシステム１００によって提供される。そのような命令は、記憶デバイス１１０等の別のコンピュータ可読媒体からメモリ１０６の中に読み取られてもよい。メモリ１０６内に含有される命令のシーケンスの実行は、プロセッサ１０４に、本明細書に説明されるプロセスを実施させる。代替として、ソフトウェア命令の代わりに、またはそれとの組み合わせにおいて、有線回路が、使用され、本教示を実装してもよい。したがって、本教示の実装は、ハードウェア回路およびソフトウェアのいかなる具体的な組み合わせにも限定されない。
【００２４】
種々の実施形態では、コンピュータシステム１００は、ネットワークを横断して、コンピュータシステム１００のような１つ以上の他のコンピュータシステムに接続され、ネットワーク化されたシステムを形成することができる。ネットワークは、プライベートネットワーク、またはインターネット等のパブリックネットワークを含むことができる。ネットワーク化されたシステムでは、１つ以上のコンピュータシステムが、データを記憶し、他のコンピュータシステムに提供することができる。データを記憶および提供する１つ以上のコンピュータシステムは、クラウドコンピューティングシナリオでは、サーバまたはクラウドと称され得る。１つ以上のコンピュータシステムは、例えば、１つ以上のウェブサーバを含むことができる。サーバまたはクラウドにデータを送信し、そこからデータを受信する他のコンピュータシステムは、例えば、クライアントまたはクラウドデバイスと称され得る。
【００２５】
本明細書において使用されるような用語「コンピュータ可読媒体」は、プロセッサ１０４に実行のための命令を提供することに関与する、任意の媒体を指す。そのような媒体は、限定ではないが、不揮発性媒体、揮発性媒体、および伝送媒体を含む、多くの形態をとり得る。不揮発性媒体は、例えば、記憶デバイス１１０等の光学または磁気ディスクを含む。揮発性媒体は、メモリ１０６等の動的メモリを含む。伝送媒体は、バス１０２を備えるワイヤを含む、同軸ケーブル、銅ワイヤ、および光ファイバを含む。
【００２６】
コンピュータ可読媒体またはコンピュータプログラム製品の一般的な形態は、例えば、フロッピーディスク、フレキシブルディスク、ハードディスク、磁気テープ、もしくは任意の他の磁気媒体、ＣＤ−ＲＯＭ、デジタルビデオディスク（ＤＶＤ）、Ｂｌｕ−ｒａｙ（登録商標）ディスク、任意の他の光学媒体、サムドライブ、メモリカード、ＲＡＭ、ＰＲＯＭ、およびＥＰＲＯＭ、ＦＬＡＳＨ−ＥＰＲＯＭ、任意の他のメモリチップまたはカートリッジ、もしくはコンピュータが読み取り得る任意の他の有形媒体を含む。
【００２７】
種々の形態のコンピュータ可読媒体が、プロセッサ１０４に実行のための１つ以上の命令の１つ以上のシーケンスを搬送することに関与し得る。例えば、命令は、最初に、遠隔コンピュータの磁気ディスク上に搬送されてもよい。遠隔コンピュータは、その動的メモリの中に命令をロードし、モデムを使用して電話回線を経由して命令を送信することができる。コンピュータシステム１００にローカルなモデムが、電話回線上でデータを受信し、赤外線伝送機を使用し、データを赤外線信号に変換することができる。バス１０２に結合される赤外線検出器が、赤外線信号で搬送されるデータを受信し、バス１０２上にデータを置くことができる。バス１０２は、メモリ１０６にデータを搬送し、そこから、プロセッサ１０４が、命令を読み出し、実行する。メモリ１０６によって受信される命令は、随意に、プロセッサ１０４による実行の前または後のいずれかに、記憶デバイス１１０上に記憶されてもよい。
【００２８】
種々の実施形態によると、プロセッサによって実行され、方法を実施するように構成される命令が、コンピュータ可読媒体上に記憶される。コンピュータ可読媒体は、デジタル情報を記憶するデバイスであり得る。例えば、コンピュータ可読媒体は、ソフトウェアを記憶するために当分野において公知であるような、コンパクトディスク読取専用メモリ（ＣＤ−ＲＯＭ）を含む。コンピュータ可読媒体は、実行されるように構成される命令を実行するために好適なプロセッサによってアクセスされる。
【００２９】
本教示の種々の実装の以下の説明は、例証および説明の目的のために提示されている。これは、包括的ではなく、本教示を開示される精密な形態に限定するものではない。修正および変形例が、上記の本教示に照らして可能性として考えられる、または本教示の実践から得られ得る。加えて、説明される実装は、ソフトウェアを含むが、本教示は、ハードウェアおよびソフトウェアの組み合わせとして、またはハードウェアのみで実装され得る。本教示は、オブジェクト指向および非オブジェクト指向のプログラミングシステムの両方を用いて実装され得る。
【００３０】
（同位体ＭＲＭ遷移）
上記に説明されるように、多くの用途において、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）比は、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）ピークの純度を査定するために使用される、重要なパラメータである。これは、典型的には、それぞれが、分析物毎に異なるプロダクトイオンを含む、２つ以上のＭＲＭ信号を監視し、信号のＭＲＭ比を標準または分析物に関して取得される、データのライブラリと比較することによって実施される。
【００３１】
一般的に、タンデム質量分析法、すなわち、質量分析／質量分析法（ＭＳ／ＭＳ）は、化合物を分析するための周知の技法である。タンデム質量分析法は、サンプルからの１つ以上の化合物のイオン化と、１つ以上の化合物の１つ以上の前駆イオンの選択と、１つ以上の前駆イオンの断片またはプロダクトイオンへの断片化と、プロダクトイオンの質量分析とを伴う。
【００３２】
タンデム質量分析法は、定性的および定量的情報の両方を提供することができる。プロダクトイオンスペクトル内のプロダクトイオンが、着目分子を同定するために使用されることができる。１つ以上のプロダクトイオンの強度が、サンプル内に存在する化合物の量を定量化するために使用されることができる。
【００３３】
多数の異なるタイプの実験方法またはワークフローが、タンデム質量分析計を使用して実施されることができる。ワークフローの１つのタイプは、ターゲット取得と呼ばれる。
【００３４】
ターゲット取得法では、前駆イオンのプロダクトイオンへの１つ以上の遷移が、着目化合物に関して事前定義される。サンプルが、タンデム質量分析計の中に導入されるにつれて、１つ以上の遷移が、複数の時間周期もしくはサイクルの各時間周期またはサイクルの間、照会される。言い換えると、質量分析計は、各遷移の前駆イオンを選択および断片化し、遷移のプロダクトイオンに関するターゲット質量分析を実施する。結果として、強度（プロダクトイオン強度）が、遷移毎に生産される。ターゲット取得法は、限定ではないが、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）および選択的反応モニタリング（ＳＲＭ）を含む。
【００３５】
図２は、従来のＭＲＭにおいて使用され、前駆イオンを選択する、質量選択ウィンドウを示す、強度対質量電荷比（ｍ／ｚ）の例示的プロット２００である。図２では、質量選択ウィンドウ２１０が、前駆イオン２２０を選択するために使用される。質量選択ウィンドウ２１０は、典型的には、単位分解能または約１ｍ／ｚにおいて前駆イオン２２０を選択する。言い換えると、質量選択ウィンドウ２１０の幅は、１ｍ／ｚである。
【００３６】
プロット２００は、前駆イオンの質量スペクトルを描写する。しかしながら、ＭＲＭにおいて前駆イオン質量スペクトルを測定することは、必要ではない。ＭＲＭでは、前駆体イオンが、単に、選択され、断片化される。また、ＭＲＭにおいてプロダクトイオン質量スペクトルを測定することも、必要ではない。代わりに、別の質量ウィンドウまたは分解能ウィンドウが、単に、予期されるプロダクトイオンに関して監視される。
【００３７】
図３は、従来のＭＲＭにおいて使用され、選択された前駆イオンの特定のプロダクトイオンに関して監視する、質量ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの例示的プロット３００である。図３では、質量ウィンドウ３１０が、プロダクトイオン３２０に関して監視するために使用される。プロダクトイオン３２０は、例えば、図２の前駆イオン２２０のプロダクトイオンである。図３の質量ウィンドウ３１０の幅は、典型的には、前駆体イオン質量選択ウィンドウより幅広く、約３ｍ／ｚである。
【００３８】
プロダクトイオン３２０の強度は、図２の前駆イオン２２０から図３のプロダクトイオン３２０へのＭＲＭ遷移に関して得られる測定値である。ＭＲＭはまた、ＬＣ等の分離技法と併せて実施されることができる。この場合、特定のＭＲＭ遷移が、例えば、溶出時間または保持時間として公知である分離の間に、数回測定され得る。これらの複数のＭＲＭ測定値から、ＬＣピークが、判定されることができる。
【００３９】
図４は、一連の保持時間にわたって得られた複数のＭＲＭ測定値から形成されるＬＣピークを示す、強度対時間の例示的プロット４００である。図４では、ＬＣピーク４１０が、点４２０においてＭＲＭ測定値から形成される。点４２０におけるＭＲＭ測定値の各々は、異なる溶出時間において得られる。ＬＣピーク４２０等のＬＣピークの形状が、分析物または着目化合物を同定もしくは定量化するために使用されることができる。しかしながら、ＭＲＭ測定値内のいかなる干渉も、ＬＣピークの形状を変化または歪曲させ、同定もしくは定量化を混乱させ得る。
【００４０】
結果として、随意に、他のＭＲＭ遷移に関する１つ以上の他のＭＲＭ測定値が、同一の保持時間において得られる。他のＭＲＭ遷移は、同一の前駆イオンを含むが、異なるプロダクトイオンを含む。相互に異なる遷移からのこれらのＭＲＭ測定値の比率が、次いで、同一の質量分析システムによって着目化合物の標準サンプルから得られる測定値のライブラリ内で収集される、標準比率と比較される。
【００４１】
図５は、同一の選択された前駆イオンの２つの異なるプロダクトイオン、および２つの別個のＭＲＭに関して測定された２つのＭＲＭプロダクトイオン強度に関する質量ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの例示的プロット５００である。図５では、質量ウィンドウ３１０が、第１のＭＲＭのプロダクトイオン３２０の強度を監視するために使用され、質量ウィンドウ５１０が、第２のＭＲＭのプロダクトイオン５２０の強度を監視するために使用される。挿入部５３０は、第１のＭＲＭ遷移および第２のＭＲＭ遷移が両方とも、前駆イオン２２０を含むことを示す。
【００４２】
第１のＭＲＭが干渉を含むかどうかを判定するために、プロダクトイオン３２０の強度とプロダクトイオン５２０の強度の比率が、同一の質量分析システムによって着目化合物の標準サンプルから得られた測定値のライブラリから得られる、標準比率と比較される。挿入部５４０は、プロダクトイオン３２０および５２０の強度の比率を示す。比率と標準比率との間の差異が、閾値を下回る場合、第１のＭＲＭ測定値は干渉を含まないことが、判定される。同様に、差異が、閾値を上回るまたはそれに等しい場合、第１のＭＲＭ測定値は干渉を含むことが、判定される。
【００４３】
本方法の１つの欠点は、これが、特定の質量分析計に関しても標準サンプルから得られる測定値のライブラリを要求することである。結果として、標準サンプルから構築されるライブラリとの比較に依存しない、ＭＲＭ測定値内の干渉を判定するためのシステムおよび方法の必要性が、存在する。
【００４４】
種々の実施形態では、干渉を判定するために複数の異なるプロダクトイオンに依拠する代わりに、異なる同位体前駆イオンが、使用される。これは、より高分解能前駆イオン質量選択ウィンドウ（０．２ｍ／ｚ未満（＜）の四重極１（Ｑｌ）分離）を使用することによって可能にされる。２つ以上のＭＲＭ遷移が、使用されることができる。各ＭＲＭでは、同一のプロダクトイオンが、約３ｍ／ｚの分解能ウィンドウを使用して監視される。この様式で取得される少なくとも２つのＭＲＭ測定値の比率を比較することによって、比率は、前駆イオンの理論同位体比と整合することが予期され、したがって、ＭＲＭ比または標準のライブラリを取得する必要性を排除する。理論比からのいかなる逸脱も、ＭＲＭ信号と関連付けられる汚染または不確実性を示す。
【００４５】
本方法は、任意のタイプの化合物に適用されることができる。しかしながら、特に、ペプチドのプロダクトイオンは、典型的には、断片化の再配列に起因して、いかなる干渉もない。ペプチドに関して、「再配列がない」プロダクトイオンの選択が、典型的には、前駆イオンｍ／ｚを上回るプロダクトイオンに依拠することによって単純化され、実験の処理および準備を単純化する。
【００４６】
図６は、種々の実施形態による、２つの異なるＭＲＭ遷移において使用される同位体前駆イオンを選択するために使用される、２つの質量選択ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの例示的プロット６００である。図６では、第１のＭＲＭ遷移に関して、質量選択ウィンドウ６１０が、第１の前駆イオン６２０を選択するために使用される。第２のＭＲＭ遷移に関して、質量選択ウィンドウ６３０が、前駆イオン６２０の同位体である、第２の前駆イオン６４０を選択するために使用される。質量選択ウィンドウ６１０および６３０は、同位体前駆イオンを区別するために、従来のＭＲＭにおいて使用されるウィンドウよりはるかに狭いまたは高い分解能を有する。質量選択ウィンドウ６１０および６３０はそれぞれ、例えば、０．２ｍ／ｚ未満の幅を有する。
【００４７】
質量選択ウィンドウ６１０は、第１のＭＲＭの一部として、前駆イオン６２０を選択するために使用される。前駆イオン６２０が、次いで、断片化され、プロダクトイオンの強度が、第１のＭＲＭに関して測定される。同様に、質量選択ウィンドウ６３０が、第２のＭＲＭの一部として、前駆イオン６４０を選択するために使用される。前駆イオン６４０が、次いで、断片化され、第１のＭＲＭ遷移において使用された、同一のプロダクトイオンの強度が、第２のＭＲＭに関して測定される。
【００４８】
図７は、種々の実施形態による、２つの別個のＭＲＭにおいて選択された２つの異なる同位体前駆イオンから断片化された、同一のプロダクトイオンを測定するための質量ウィンドウを示す、強度対ｍ／ｚの２つの整合されたプロットの図７００である。図７では、質量ウィンドウ７１０が、第１のＭＲＭのプロダクトイオン７２０の第１の強度を監視するために使用され、質量ウィンドウ７３０が、第２のＭＲＭの同一のプロダクトイオン７２０の第２の強度を監視するために使用される。挿入部７３０は、第１のＭＲＭ遷移が、前駆イオン６２０を含み、第２のＭＲＭ遷移が、前駆イオン６２０の同位体前駆イオンである、前駆イオン６４０を含むことを示す。
【００４９】
第１のＭＲＭが干渉を含むかどうかを判定するために、プロダクトイオン７２０の第１の強度とプロダクトイオン７２０の第２の強度の比率が、前駆イオン６２０および６４０の数の理論比と比較される。挿入部７４０は、プロダクトイオン７２０の第１の強度と第２の強度の比率を示す。比率と理論比との間の差異が、閾値を下回る場合、第１のＭＲＭ測定値は干渉を含まないことが、判定される。同様に、差異が、閾値を上回るまたはそれに等しい場合、第１のＭＲＭ測定値は干渉を含むことが、判定される。
【００５０】
図５および７の比較は、異なるプロダクトイオンを伴うＭＲＭ遷移を使用する、従来の方法と、異なる同位体前駆イオンを伴うＭＲＭ遷移を採用する、本方法との間の差異を示す。異なるプロダクトイオンを伴うＭＲＭ遷移を使用する、従来の方法では、各遷移は、同一の前駆イオンおよび異なるプロダクトイオンを使用する。異なる同位体前駆イオンを伴うＭＲＭ遷移を採用する、本方法では、各遷移は、異なる同位体前駆体イオンを使用するが、同一のプロダクトイオンを使用する。
【００５１】
加えて、従来の方法では、２つの異なるプロダクトイオンの強度の比率が、標準ライブラリから見出される比率と比較される。対照的に、同位体ＭＲＭ遷移法では、２つの異なる遷移からの同一のプロダクトイオンの強度の比率が、同位体前駆イオンの数の理論比と比較される。
【００５２】
（ＭＲＭ干渉を判定するためのシステム）
図８は、種々の実施形態による、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するためのシステム８００の概略図である。システム８００は、タンデム質量分析計８０１と、プロセッサ８５０とを含む。タンデム質量分析計８０１は、イオン源デバイス８１０と、質量フィルタ８２０と、断片化デバイス８３０と、質量分析器８４０とを含む。
【００５３】
種々の実施形態では、タンデム質量分析計８０１はさらに、サンプル導入デバイス８６０を含むことができる。サンプル導入デバイス８６０は、例えば、経時的に、サンプルからイオン源デバイス８１０に１つ以上の着目化合物を導入する。サンプル導入デバイス８６０は、限定ではないが、注入、液体クロマトグラフィ、ガスクロマトグラフィ、キャピラリ電気泳動、またはイオン移動度を含む技法を実施することができる。
【００５４】
システム８００では、質量フィルタ８２０、断片化デバイス８３０、および質量分析器が、別個の段階として示される。種々の実施形態では、これらの段階のいずれかまたは全てが、１つもしくは２つの段階に組み合わせられることができる。
【００５５】
イオン源デバイス８１０は、着目化合物を変換またはイオン化し、１つ以上の前駆イオンのイオンビームを生産する。イオン源デバイス８１０は、限定ではないが、マトリクス支援レーザ脱離イオン化（ＭＡＬＤＩ）またはエレクトロスプレーイオン化（ＥＳＩ）を含む、イオン化技法を実施することができる。
【００５６】
タンデム質量分析計８０１は、イオン源デバイスからイオンビームを受光する。タンデム質量分析計８０１の質量フィルタ８２０が、イオンビームから前駆イオンの同位体を分解することが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合される。種々の実施形態では、質量フィルタ８２０は、０．２ｍ／ｚ未満またはさらに０．１５ｍ／ｚ未満の幅の質量選択ウィンドウを生産するように適合される。種々の実施形態では、質量フィルタ８２０は、限定ではないが、四重極、イオントラップ、ノッチフィルタ、またはロッドの双曲線セットを含むことができる。
【００５７】
タンデム質量分析計８０１は、質量フィルタ８２０を使用してＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、断片化デバイス８３０を使用して前駆イオンを断片化し、質量分析器８４０を使用してＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合される。図８では、断片化デバイス８３０が、四重極として示され、質量分析器８４０が、飛行時間（ＴＯＦ）デバイスとして示される。当業者は、これらの段階のうちのいずれかが、限定ではないが、四重極、イオントラップ、オービトラップ、またはフーリエ変換イオンサイクロトロン共鳴（ＦＴ−ＩＣＲ）デバイスを含む、他のタイプの質量分析デバイスを含み得ることを理解し得る。
【００５８】
プロセッサ８５０は、限定ではないが、コンピュータ、マイクロプロセッサ、図１のコンピュータシステム、またはタンデム質量分析計に制御信号およびデータを送信し、かつそこから制御信号およびデータを受信し、データを処理することが可能である、任意のデバイスであることができる。プロセッサ８５０は、タンデム質量分析計８０１と通信する。
【００５９】
プロセッサ８５０は、タンデム質量分析計８０１に、第１の前駆イオンと、第１のプロダクトイオンとを含む、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を測定するように命令する。これは、タンデム質量分析計８０１に、第２の前駆イオンと、同一の第１のプロダクトイオンとを含む、第２のＭＲＭ遷移の第２の強度を、第１のＭＲＭ遷移として測定するように命令する。第２の前駆イオンは、第１の前駆イオンの同位体である。
【００６０】
プロセッサ８５０は、次いで、いくつかの計算を実施する。これは、第１の強度と第２の強度の比率を計算する。これは、第１の前駆イオンと第２の前駆イオンの数の理論比を、それらの同位体関係に従って計算する。これは、比率と理論比との間の差異を計算する。最後に、これは、差異を閾値と比較する。差異が、閾値未満である場合、これは、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を、着目化合物のための干渉を含むものとして識別する。
【００６１】
種々の実施形態では、差異は、品質測定基準として使用されることができる。本品質測定基準は、次いで、例えば、強度値を評価するために使用されることができる。
【００６２】
（ＭＲＭ干渉を判定するための方法）
図９は、種々の実施形態による、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための方法９００を示すフローチャートである。
【００６３】
方法９００のステップ９１０では、タンデム質量分析計が、プロセッサを使用して、イオンビームから、第１の前駆イオンと、第１のプロダクトイオンとを含む、着目化合物に関して、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を測定するように命令される。タンデム質量分析計は、質量フィルタと、断片化デバイスと、質量分析器とを含む。タンデム質量分析計は、イオン源デバイスからイオンビームを受光する。質量フィルタが、イオンビームから前駆イオンの同位体を分解することが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合される。タンデム質量分析器が、質量フィルタを使用してＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、断片化デバイスを使用して前駆イオンを断片化し、質量分析器を使用してＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合される。イオンビームが、着目化合物をイオン化する、イオン源デバイスによって生産される。
【００６４】
ステップ９２０では、タンデム質量分析計が、プロセッサを使用して、イオンビームから、第２の前駆イオンと、同一の第１のプロダクトイオンとを含む、着目化合物に関する第２のＭＲＭ遷移の第２の強度を、第１のＭＲＭ遷移として測定するように命令される。第２の前駆イオンは、第１の前駆イオンの同位体である。
【００６５】
ステップ９３０では、第１の強度と第２の強度の比率が、プロセッサを使用して計算される。
【００６６】
ステップ９４０では、第１の前駆イオンと第２の前駆イオンの数の理論比が、プロセッサを使用して、それらの同位体関係に従って計算される。
【００６７】
ステップ９５０では、比率と理論比との間の差異が、プロセッサを使用して計算される。
【００６８】
ステップ９６０では、差異が、プロセッサを使用して閾値と比較される。
【００６９】
ステップ９７０では、差異が、閾値未満である場合、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度が、プロセッサを使用して、着目化合物のための干渉を含むものとして識別される。
【００７０】
（ＭＲＭ干渉を判定するためのコンピュータプログラム製品）
種々の実施形態では、コンピュータプログラム製品は、そのコンテンツが、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が、干渉を含むかどうかを判定するための方法を実施するように、プロセッサ上で実行されている命令を伴うプログラムを含む、有形のコンピュータ可読記憶媒体を含む。本方法は、１つ以上の明確に異なるソフトウェアモジュールを含む、システムによって実施される。
【００７１】
図１０は、種々の実施形態による、着目化合物に関するＭＲＭ遷移測定値が干渉を含むかどうかを判定するための方法を実施する、１つ以上の明確に異なるソフトウェアモジュールを含む、システム１０００の概略図である。システム１０００は、測定モジュール１０１０と、分析モジュール１０２０とを含む。
【００７２】
測定モジュール１０１０は、タンデム質量分析計に、イオンビームから、第１の前駆イオンと、第１のプロダクトイオンとを含む、着目化合物に関して、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を測定するように命令する。タンデム質量分析計は、質量フィルタと、断片化デバイスと、質量分析器とを含む。タンデム質量分析計は、イオン源デバイスからイオンビームを受光する。質量フィルタは、イオンビームから前駆イオンの同位体を分解することが可能である、質量選択ウィンドウを生産するように適合される。タンデム質量分析計は、質量フィルタを使用して、ＭＲＭ遷移の前駆イオンを選択し、断片化デバイスを使用して前駆イオンを断片化し、質量分析器を使用して、ＭＲＭ遷移のプロダクトイオンの強度を測定することによって、ＭＲＭ遷移の強度を測定するように適合される。イオンビームは、着目化合物をイオン化する、イオン源デバイスによって生産される。
【００７３】
測定モジュール１０１０はまた、タンデム質量分析計に、イオンビームから、第２の前駆イオンと、同一の第１のプロダクトイオンとを含む、着目化合物に関して、第２のＭＲＭ遷移の第２の強度を、第１のＭＲＭ遷移として測定するように命令する。第２の前駆イオンは、第１の前駆イオンの同位体である。
【００７４】
分析モジュール１０２０は、いくつかの計算を実施する。これは、第１の強度と第２の強度の比率を計算する。これは、第１の前駆イオンと第２の前駆イオンの数の理論比を、それらの同位体関係に従って計算する。これは、比率と理論比との間の差異を計算する。これは、差異を閾値と比較する。最後に、差異が、閾値未満である場合、これは、第１のＭＲＭ遷移の第１の強度を、着目化合物のための干渉を含むものとして識別する。
【００７５】
本教示は、種々の実施形態と併せて説明されているが、本教示は、そのような実施形態に限定されることが意図されるものではない。むしろ、本教示は、当業者によって理解されるであろうように、種々の代替、修正、および均等物を包含する。
【００７６】
さらに、種々の実施形態を説明することにおいて、本明細書は、方法および／またはプロセスを、特定のシーケンスのステップとして提示している場合がある。しかしながら、本方法またはプロセスが、本明細書に記載されるステップの特定の順序に依拠しない限り、本方法またはプロセスは、説明される特定のシーケンスのステップに限定されるべきではない。当業者が理解するであろうように、他のシーケンスのステップもまた、可能性として考えられ得る。したがって、本明細書に記載されるステップの特定の順序は、請求項に関する限定として解釈されるべきではない。加えて、本方法および／またはプロセスを対象とする請求項は、記載される順序におけるそれらのステップの性能に限定されるべきではなく、当業者は、シーケンスが、変更され、依然として、種々の実施形態の精神ならびに範囲内にあるままであり得ることを容易に理解することができる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【国際調査報告】
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