(57)【要約】本開示は、冠状動脈疾患（ＣＡＤ）に対する防御に関連する変異型ヒト溶質キャリアファミリー１４メンバー１（ＳＬＣ１４Ａ１）タンパク質をコードする変異を含む、ｃＤＮＡを含めた核酸分子を提供する。本開示はまた、そのような変異の同定に基づいて凝血症状を発症するリスクを有する対象を分類する方法も提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ヒト溶質キャリアファミリー１４メンバー１（ＳＬＣ１４Ａ１）タンパク質をコードするｃＤＮＡであって、
配列番号９と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列であって、前記核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードすることを条件する、前記核酸配列、またはその相補体を含む、前記ｃＤＮＡ。
【請求項２】
前記核酸配列が配列番号９を含む請求項１に記載のｃＤＮＡ。
【請求項３】
ヒト溶質キャリアファミリー１４メンバー１（ＳＬＣ１４Ａ１）タンパク質をコードするｃＤＮＡであって、
配列番号１０と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列であって、前記核酸配列が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードすることを条件とする、前記核酸配列、またはその相補体を含む、前記ｃＤＮＡ。
【請求項４】
前記核酸配列が配列番号１０を含む請求項３に記載のｃＤＮＡ。
【請求項５】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のｃＤＮＡを含むベクター。
【請求項６】
さらに、外来性ドナー配列を含む請求項５に記載のベクター。
【請求項７】
前記ベクターがプラスミドを含む請求項５または６に記載のベクター。
【請求項８】
前記ベクターがウイルスを含む請求項５または６に記載のベクター。
【請求項９】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のｃＤＮＡと担体とを含む組成物。
【請求項１０】
請求項５〜８のいずれか１項に記載のベクターと担体とを含む組成物。
【請求項１１】
請求項１〜４のいずれか１項に記載のｃＤＮＡを含む宿主細胞。
【請求項１２】
請求項５〜８のいずれか１項に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１３】
前記ｃＤＮＡが前記宿主細胞にて活性があるプロモーターに作動可能に連結される請求項１１または１２に記載の宿主細胞。
【請求項１４】
前記プロモーターが誘導性プロモーターである請求項１３に記載の宿主細胞。
【請求項１５】
前記宿主細胞が細菌細胞、酵母細胞、または昆虫細胞である請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項１６】
前記宿主細胞が哺乳類細胞である請求項１１〜１４のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項１７】
少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、且つＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成する単離された変異特異的なプローブまたはプライマーであって、
前記変異特異的なプローブまたはプライマーが、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、前記ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列の部分、またはその相補体と相補性である核酸配列を含む、前記単離された変異特異的なプローブまたはプライマー。
【請求項１８】
少なくとも約１５のヌクレオチドを含み、且つＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成する単離された変異特異的なプローブまたはプライマーであって、
前記変異特異的なプローブまたはプライマーが、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、前記ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列の部分、またはその相補体と相補性である核酸配列を含む、前記単離された変異特異的なプローブまたはプライマー。
【請求項１９】
単離された変異特異的なプローブまたはプライマーであって、
配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを有するＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列と相補性である、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを有するＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列と相補性である核酸配列を含み、
前記変異特異的なプローブまたはプライマーが、配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置を含む核酸配列の部分、もしくはその相補体と相補性である核酸配列を含む；配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む核酸配列の部分、もしくはその相補体と相補性である核酸配列を含む；配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む核酸配列の部分、もしくはその相補体と相補性である核酸配列を含む；配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む核酸配列の部分、もしくはその相補体と相補性である核酸配列を含む；または配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む核酸配列の部分、もしくはその相補体と相補性である核酸配列を含む、前記変異特異的なプローブまたはプライマー。
【請求項２０】
ヒト対象がヒト対象にてＳＬＣ１４Ａ１変異型の核酸分子を保有するかどうかを判定する方法であって、
対象から得られた試料をアッセイして、前記試料における核酸分子が、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうか、及び／または前記試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうかを判定することを含む、前記方法。
【請求項２１】
前記試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、及び／または前記試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、前記ヒト対象は凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症するリスクが低いと分類される請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、及び／または前記試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、前記ヒト対象は凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが高いと分類される請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記凝血症状が、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される請求項２１または２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記アッセイが
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置を含む、前記決定すること；
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、前記決定すること；
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、前記決定すること；
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、前記決定すること；及び／または
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、前記決定すること
を含む請求項２０〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２５】
前記アッセイが
（ａ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の一部；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の部分；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの位置に最も近い、ｍＲＮＡから得られるＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の部分とハイブリッド形成するプライマーに前記試料を接触させることと；
（ｂ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の位置；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の位置；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；
（ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、（ｉ）配列番号２に係るＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の６９６３位〜６９６５位に相当する；（ｉｉ）配列番号５に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の３９４位〜３９６位に相当する；または（ｉｉｉ）配列番号９に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の３９４位〜３９６位に相当する位置にて、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むかどうかを判定すること
とを含む請求項２０〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２６】
前記アッセイが、
ストリンジェントな条件下でＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノム核酸配列、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡ核酸配列またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｃＤＮＡ核酸配列と特異的にハイブリッド形成し、且つ対応する野生型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸配列とはハイブリッド形成しないプライマーまたはプローブに前記試料を接触させることであって、前記ＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノム核酸配列、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡ核酸配列またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｃＤＮＡ核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする、前記接触させることと
ハイブリッド形成が生じているかどうかを判定することとを含む請求項２０〜２３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２７】
前記方法が試験管内の方法である請求項２０〜２６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項２８】
ヒト対象がＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ７６Ｉｌｅタンパク質及び／またはＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ１３２Ｉｌｅタンパク質を保有するかどうかを判定する方法であって、
ヒト対象から得られた試料に対してアッセイを行い、前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定することを含む、前記方法。
【請求項２９】
前記試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、及び／または前記試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、前記ヒト対象は凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症するリスクが低いと分類される請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、及び／または前記試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、前記ヒト対象は凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが高いと分類される請求項２８または２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記凝血症状が、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される請求項２９または３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するために酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）が使用される請求項２８〜３１のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３３】
前記方法が試験管内の方法である請求項２８〜３２のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３４】
凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法であって、
（ａ）前記ヒト対象から得られた試料をアッセイして、前記試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうか、及び／または前記試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうかを判定することと；
（ｂ）前記試料おける核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、及び／または前記試料おける核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが低いとヒト対象を分類すること、または
前記試料おける核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、及び／または前記試料おける核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類すること
とを含む、前記方法。
【請求項３５】
前記アッセイが
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置を含む、前記決定すること；
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、前記決定すること；
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、前記決定すること；
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、前記決定すること；及び／または
前記試料にてＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される前記一部が配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、前記決定すること
を含む請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記アッセイが、
（ａ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の部分；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の部分；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの位置に最も近い、ｍＲＮＡから得られるＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の部分とハイブリッド形成するプライマーに前記試料を接触させることと；
（ｂ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の位置；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の位置；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の位置を少なくとも介して前記プライマーを伸長させることと；
（ｃ）前記プライマーの前記伸長産物が、（ｉ）配列番号２に係るＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の６９６３位〜６９６５位に相当する；（ｉｉ）配列番号５に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の３９４位〜３９６位に相当する；または（ｉｉｉ）配列番号９に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の３９４位〜３９６位に相当する位置にて、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むかどうかを判定すること
とを含む請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
前記アッセイが
ストリンジェントな条件下でＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノム核酸配列、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡ核酸配列またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｃＤＮＡ核酸配列と特異的にハイブリッド形成し、且つ対応する野生型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸配列とはハイブリッド形成しないプライマーまたはプローブに前記試料を接触させることであって、その際、前記ＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノム核酸配列、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡ核酸配列またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｃＤＮＡ核酸が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする、前記接触せることと
ハイブリッド形成が生じているかどうかを判定することとを含む請求項３４に記載の方法。
【請求項３８】
前記凝血症状が、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される請求項３４〜３７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項３９】
さらに、凝血症状を発症する高いリスクを有する対象のために前記凝血症状を治療するまたは抑制する治療剤を投与することを含む請求項３４〜３８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４０】
さらに、ＣＡＤを発症する高いリスクを有する対象のためにＣＡＤを治療するまたは抑制する治療剤を投与することを含む請求項３４〜３９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４１】
前記方法が試験管内の方法である請求項３４〜４０のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４２】
凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法であって、
（ａ）ヒト対象から得られた試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するために前記試料をアッセイすることと；
（ｂ）前記試料おけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む場合、及び／または前記試料おけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む場合、凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが低いとヒト対象を分類すること、または
前記試料おけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない場合、及び／または前記試料おけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まない場合、凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類すること
とを含む、前記方法。
【請求項４３】
前記凝血症状が、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または前記試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するために酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）が使用される請求項４２または４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記方法が試験管内の方法である請求項４２〜４４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４６】
さらに、凝血症状を発症する高いリスクを有する対象のために前記凝血症状を治療するまたは抑制する治療剤を投与することを含む請求項４２〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４７】
さらに、ＣＡＤを発症する高いリスクを有する対象のためにＣＡＤを治療するまたは抑制する治療剤を投与することを含む請求項４２〜４５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項４８】
細胞に発現ベクターを導入することを含む前記細胞を修飾する方法であって、
前記発現ベクターが、配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含むヌクレオチド配列を含む組換えＳＬＣ１４Ａ１遺伝子を含む、前記方法。
【請求項４９】
前記方法が試験管内の方法である請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
細胞に発現ベクターを導入することを含む前記細胞を修飾する方法であって、
前記発現ベクターが、配列番号１３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子を含む、前記方法。
【請求項５１】
前記方法が試験管内の方法である請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
細胞に発現ベクターを導入することを含む前記細胞を修飾する方法であって、
前記発現ベクターが、配列番号１４と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子を含む、前記方法。
【請求項５３】
前記方法が試験管内の方法である請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドまたはその断片を細胞に導入することを含む前記細胞を修飾する方法であって、
前記ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが配列番号１３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、前記方法。
【請求項５５】
前記方法が試験管内の方法である請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドまたはその断片を細胞に導入することを含む前記細胞を修飾する方法であって、
前記ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが配列番号１４と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む、前記方法。
【請求項５７】
前記方法が試験管内の方法である請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
単離された核酸分子であって、
核酸配列が配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含むという条件で、配列番号２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である前記核酸配列またはその相補体を含む、前記単離された核酸分子。
【請求項５９】
前記核酸配列が配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含む請求項５８に記載の単離された核酸分子。
【請求項６０】
前記核酸配列が配列番号２を含む請求項５８または５９に記載の単離された核酸分子。
【請求項６１】
請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
【請求項６２】
さらに、外来性ドナー配列を含む請求項６１に記載のベクター。
【請求項６３】
前記ベクターがプラスミドを含む請求項６１または６２に記載のベクター。
【請求項６４】
前記ベクターがウイルスを含む請求項６１または６２に記載のベクター。
【請求項６５】
請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の単離された核酸分子と担体とを含む組成物。
【請求項６６】
請求項６１〜６４のいずれか１項に記載のベクターと担体とを含む組成物。
【請求項６７】
請求項５８〜６０のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項６８】
請求項６１〜６４のいずれか１項に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項６９】
前記単離された核酸分子が前記宿主細胞にて活性があるプロモーターに作動可能に連結される請求項６７または６８に記載の宿主細胞。
【請求項７０】
前記プロモーターが誘導性プロモーターである請求項６９に記載の宿主細胞。
【請求項７１】
前記宿主細胞が細菌細胞、酵母細胞、または昆虫細胞である請求項６７〜７０のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項７２】
前記宿主細胞が哺乳類細胞である請求項６７〜７０のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項７３】
単離された核酸分子であって、
核酸配列であって、配列番号５と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、前記核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードすることを条件とする、前記核酸配列、またはその相補体を含む、前記単離された核酸分子。
【請求項７４】
前記核酸配列が配列番号５の配列を含む請求項７３に記載の単離された核酸分子。
【請求項７５】
単離された核酸分子であって、
配列番号６と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列であって、前記核酸配列が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードすることを条件とする、前記核酸配列、またはその相補体を含む、前記単離された核酸分子。
【請求項７６】
前記核酸配列が配列番号６の配列を含む請求項７５に記載の単離された核酸分子。
【請求項７７】
請求項７３〜７６のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
【請求項７８】
さらに、外来性ドナー配列を含む請求項７７に記載のベクター。
【請求項７９】
前記ベクターがプラスミドを含む請求項７７または７８に記載のベクター。
【請求項８０】
前記ベクターがウイルスを含む請求項７７または７８に記載のベクター。
【請求項８１】
請求項７３〜７６のいずれか１項に記載の単離された核酸分子と担体とを含む組成物。
【請求項８２】
請求項７７〜８０のいずれか１項に記載のベクターと担体とを含む組成物。
【請求項８３】
請求項７３〜７６のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項８４】
請求項７７〜８０のいずれか１項に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項８５】
前記単離された核酸分子が前記宿主細胞にて活性があるプロモーターに作動可能に連結される請求項８３または８４に記載の宿主細胞。
【請求項８６】
前記プロモーターが誘導性プロモーターである請求項８５に記載の宿主細胞。
【請求項８７】
前記宿主細胞が細菌細胞、酵母細胞、または昆虫細胞である請求項８３〜８６のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項８８】
前記宿主細胞が哺乳類細胞である請求項８３〜８６のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項８９】
単離された核酸分子であって、
配列番号１３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるポリペプチドをコードする核酸配列であって、前記ポリペプチドが配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むことを条件とする、前記核酸配列、またはその相補体を含む、前記単離された核酸分子。
【請求項９０】
前記核酸配列が配列番号１３に係るポリペプチド配列をコードする請求項８９に記載の単離された核酸分子。
【請求項９１】
単離された核酸分子であって、
配列番号１４と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるポリペプチドをコードする核酸配列であって、前記ポリペプチドが配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むことを条件とする、前記核酸配列、またはその相補体を含む、前記単離された核酸分子。
【請求項９２】
前記核酸配列が配列番号１４に係るポリペプチド配列をコードする請求項９１に記載の単離された核酸分子。
【請求項９３】
請求項８９〜９２のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
【請求項９４】
さらに、外来性ドナー配列を含む請求項９３に記載のベクター。
【請求項９５】
前記ベクターがプラスミドを含む請求項９３または９４に記載のベクター。
【請求項９６】
前記ベクターがウイルスを含む請求項９３または９４に記載のベクター。
【請求項９７】
請求項８９〜９２のいずれか１項に記載の単離された核酸分子と担体とを含む組成物。
【請求項９８】
請求項９３〜９６のいずれか１項に記載のベクターと担体とを含む組成物。
【請求項９９】
請求項８９〜９２のいずれか１項に記載の単離された核酸分子を含む宿主細胞。
【請求項１００】
請求項９３〜９６のいずれか１項に記載のベクターを含む宿主細胞。
【請求項１０１】
前記単離された核酸分子が前記宿主細胞にて活性があるプロモーターに作動可能に連結される請求項９９または１００に記載の宿主細胞。
【請求項１０２】
前記プロモーターが誘導性プロモーターである請求項１０１に記載の宿主細胞。
【請求項１０３】
前記宿主細胞が細菌細胞、酵母細胞、または昆虫細胞である請求項９９〜１０２のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項１０４】
前記宿主細胞が哺乳類細胞である請求項９９〜１０２のいずれか１項に記載の宿主細胞。
【請求項１０５】
少なくとも約１５のヌクレオチドを含む核酸配列を含む単離されたプローブまたはプライマーであって、
配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを有するヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を有する核酸分子と特異的にハイブリッド形成する、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを有するヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を有する核酸分子と特異的にハイブリッド形成する、またはこれらの核酸分子の少なくとも１つの相補体と特異的にハイブリッド形成する、前記単離されたプローブまたはプライマー。
【請求項１０６】
前記プローブまたはプライマーがＤＮＡを含む請求項１０５に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項１０７】
前記プローブまたはプライマーがＲＮＡを含む請求項１０５に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項１０８】
前記プローブまたはプライマーが、ストリンジェントな条件下でＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列またはその相補体と特異的にハイブリッド形成する請求項１０５〜１０７のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項１０９】
前記プローブまたはプライマーが標識を含む請求項１０５〜１０８のいずれか１項に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項１１０】
前記標識が、蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである請求項１０９に記載のプローブまたはプライマー。
【請求項１１１】
請求項１０５〜１１０のいずれか１項に記載のプローブが連結される基材を含む支持体。
【請求項１１２】
前記支持体がマイクロアレイである請求項１１１に記載の支持体。
【請求項１１３】
凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定するための、請求項１０５〜１１０のいずれか１項に記載の単離されたプローブもしくはプライマー、または請求項１７〜１９のいずれか１項に記載の単離された変異特異的なプローブまたはプライマーの使用。
【請求項１１４】
単離されたポリペプチドであって、
配列番号１３のアミノ酸配列を有するＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列を含み、前記ポリペプチドが配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むことを条件とする、前記単離されたポリペプチド。
【請求項１１５】
前記ＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドが配列番号１３のアミノ酸配列を含む請求項１１４に記載のポリペプチド。
【請求項１１６】
単離されたポリペプチドであって、
配列番号１４のアミノ酸配列を有するＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列を含み、前記ポリペプチドが配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むことを条件とする、前記単離されたポリペプチド。
【請求項１１７】
前記ＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドが配列番号１４のアミノ酸配列を含む請求項１１６に記載のポリペプチド。
【請求項１１８】
前記ポリペプチドが異種ペプチドとさらに融合される請求項１１４〜１１７のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項１１９】
前記異種分子が、免疫グロブリンＦｃドメイン、ペプチド精製タグ、蛍光タンパク質、または形質導入ドメインを含む請求項１１８に記載のポリペプチド。
【請求項１２０】
前記ポリペプチドがさらに標識に連結される請求項１１４〜１１７のいずれか１項に記載のポリペプチド。
【請求項１２１】
前記標識が、ポリエチレングリコール、ポリシアル酸、またはグリコール酸を含む請求項１２０に記載のポリペプチド。
【請求項１２２】
前記標識が、検出可能な蛍光標識または放射性標識を含む請求項１２０に記載のポリペプチド。
【請求項１２３】
請求項１１４〜１２２のいずれか１項に記載のポリペプチドと担体または賦形剤とを含む組成物。
【請求項１２４】
請求項１１４〜１２２のいずれか１項に記載のポリペプチドを発現する宿主細胞。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表への言及
本出願は、１０１キロバイトのサイズの２０１８年９月６日に作成した、１８９２３８００９０２ＳＥＱという名称のテキストファイルとして電子提出した配列表を含む。配列表は参照によって本明細書に組み入れられる。
【０００２】
分野
本開示は一般に遺伝学の分野に関する。さらに詳しくは、本開示は、たとえば、冠状動脈疾患（ＣＡＤ）に対する防御に関連する溶質キャリアファミリー１４メンバー１（ＳＬＣ１４Ａ１）における遺伝子変異及びポリペプチド変異型に関する。
【背景技術】
【０００３】
特許、特許出願、受入番号、技術論文及び学術論文を含む種々の参考文献が本明細書全体を通して引用されている。各参考文献はあらゆる目的でその全体が参照によって本明細書に組み入れられる。
【０００４】
冠状動脈疾患（ＣＡＤ）は、心臓に血液、酸素及び栄養を供給する冠状動脈が損傷を受けるまたは罹患すると発症する。ＣＡＤの一般的な原因はコレステロール含有沈着物（プラーク）及び炎症である。プラークの蓄積は冠状動脈を狭くするので、心臓への血流の低下を生じる。場合によっては、血流の低下は胸痛（狭心症）、息切れまたは他の冠状動脈疾患の兆候及び症状を引き起こし得る。完全な閉塞は心筋梗塞を引き起こし得る。
【０００５】
深部静脈血栓症（ＤＶＴ）と肺塞栓症とから成る静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）は静脈内での血栓の形成を特徴とする再発性で消耗性の疾患である。家族に基づいた研究は遺伝子変異がＶＴＥのリスクの主要な寄与因子であることを示唆している。しかしながら、ＶＴＥは複雑な病因を有し、ＧＷＡＳを介して同定された多型はＶＴＥの遺伝性成分の５％を説明し、疾患の遺伝的基礎への限定された見識を提供している。ＶＴＥのリスクに影響を及ぼす新規の遺伝子変異型の同定は新しい治療標的を明らかする可能性があり、ＶＴＥの予防及び治療のための現在の治療法に対するさらに安全で且つさらに有効な代替法へ導く可能性がある。
【発明の概要】
【０００６】
本開示は、ＳＬＣ１４Ａ１の生物学を理解するのに役立ち、凝血症状及びＣＡＤの診断及び治療を助けるであろうＳＬＣ１４Ａ１の変異型を提供する。本開示は、凝血障害及びＣＡＤからの防御に関連すると本明細書で実証されているＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドをコードする核酸分子（すなわち、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ及びｃＤＮＡ）、及びＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドを提供する。
【０００７】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体を含む単離された核酸分子も提供する。
【０００８】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体を含むゲノムＤＮＡ分子も提供する。
【０００９】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体を含むｍＲＮＡ分子も提供する。
【００１０】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部をコードする核酸配列もしくは核酸配列の相補体を含むｃＤＮＡ分子も提供する。
【００１１】
本開示はまた、本明細書で開示されている単離された核酸分子のいずれかを含むベクターも提供する。
【００１２】
本開示はまた、本明細書で開示されている単離された核酸分子またはベクターのいずれかと担体とを含む組成物も提供する。
【００１３】
本開示はまた、本明細書で開示されている単離された核酸分子またはベクターのいずれかを含む宿主細胞も提供する。
【００１４】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部もしくは核酸配列の相補体、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の少なくとも一部もしくは核酸配列の相補体を含む単離されたまたは組換えのポリペプチドも提供する。
【００１５】
本開示はまた、本明細書で開示されている単離されたまたは組換えのポリペプチドのいずれかと担体とを含む組成物も提供する。
【００１６】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むもしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成する、または配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むもしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列の相補体とハイブリッド形成する少なくとも約５のヌクレオチドを含む核酸配列を含むプローブまたはプライマーも提供する。
【００１７】
本開示はまた、本明細書で開示されているプローブのいずれかがハイブリッド形成する基材を含む支持体も提供する。
【００１８】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列に対して相補性である核酸配列を含む変異特異的なプローブまたはプライマーも提供し、変異特異的なプローブまたはプライマーは配列番号１３に係る７６位をコードする、または配列番号１４に係る１３２位をコードする核酸分子の一部に対して相補性である核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたはプライマーは配列番号１３に係る７６位に相当する位置をコードする核酸分子の一部と特異的にハイブリッド形成し、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置をコードする核酸分子の一部と特異的にハイブリッド形成し、またはこれら核酸分子の少なくとも１つの相補体と特異的にハイブリッド形成する。変異特異的なプローブまたはプライマーは野生型のＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を有する核酸分子とはハイブリッド形成しない。
【００１９】
本開示はまた、凝血症状もしくは凝血症状を発症するリスク、または冠状動脈疾患もしくは冠状動脈疾患を発症するリスクを有するヒト対象を特定する方法も提供し、該方法は、対象から得られた試料にて、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の存在または非存在を検出することを含み、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の非存在は、対象が凝血症状または凝血症状を発症するリスク、または冠状動脈疾患または冠状動脈疾患を発症するリスクを有することを示す。
【００２０】
本開示はまた、ヒト対象から得られたＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子にて変異の存在または非存在を検出することであって、変異は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする、検出することと；対象が変異を欠き、且つ凝血症状もしくは冠状動脈疾患の１以上の症状を有する場合、ヒト対象を凝血症状もしくは冠状動脈疾患であると診断すること、または対象が変異を欠き、且つ凝血症状もしくは冠状動脈疾患の１以上の症状を有さない場合、ヒト対象を凝血症状もしくは冠状動脈疾患のリスクがあると診断することとを含む、ヒト対象にて凝血症状を診断する、凝血症状を発症するリスク、冠状動脈疾患または冠状動脈疾患を発症するリスクを検出する方法も提供する。
【００２１】
本開示はまた、患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られたＤＮＡ試料に対して遺伝子型アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝的変異型を有する場合、凝血症状を予防する、治療するまたは抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、凝血症状を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で凝血症状の患者を治療する方法も提供する。
【００２２】
本開示はまた、患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られたタンパク質試料に対してアッセイを実施することまたは実施していることによって患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝的変異型を有する場合、凝血症状を予防する、治療するまたは抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、凝血症状を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で凝血症状の患者を治療する方法も提供する。
【００２３】
本開示はまた、患者が冠状動脈疾患（ＣＡＤ）に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られたＤＮＡ試料に対して遺伝子型アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝的変異型を有する場合、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で冠状動脈疾患の患者を治療する方法も提供する。
【００２４】
本開示はまた、患者が冠状動脈疾患（ＣＡＤ）に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られたタンパク質試料にてアッセイを実施することまたは実施していることによって患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝的変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝的変異型を有する場合、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で冠状動脈疾患の患者を治療する方法も提供する。
【００２５】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を有する、ヒト対象における凝血症状の治療で使用するための凝血の阻害剤も提供する。
【００２６】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を有する、ヒト対象におけるＣＡＤの治療で使用するための作用物質も提供する。
【００２７】
本明細書に組み込まれ、その一部を構成する添付の図は幾つかの態様を説明し、記載と一緒に本開示の原理を説明するのに役立つ。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１】活性化部分トロンボプラスチン時間（ａＰＴＴ）についての遺伝子関連試験のグラフによる結果を示す。
【図２】解析におけるａＰＴＴとの新規の関連を示す図である。
【図３】ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ７６ＩｌｅについてのａＰＴＴメタ解析のＦｏｒｅｓｔプロットを示す図である。
【図４】ａＰＴＴとのＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ７６Ｉｌｅのメタ解析関連についての領域プロットを示す図である。
【図５−１】ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖ７６ＩについてのＣＡＤメタ解析のＦｏｒｅｓｔプロットを示す図である。
【図５−２】ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖ７６ＩについてのＣＡＤメタ解析のＦｏｒｅｓｔプロットを示す図である。
【図６】解析におけるａＰＴＴとの新規の関連を示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００２９】
本開示の追加の利点は、後に続く説明にてある程度述べられるであろうし、説明からある程度明らかであろう、または本明細書で開示されている実施形態の実践によって精通することができる。本開示の利点は、添付のクレームで特に指摘される要素及び組み合わせによって実現され、達成される。前述の一般的な説明及び以下の詳細な説明の双方は例示及び説明的なもののみであり、請求項に係るような実施形態の制約ではないことが理解されるべきである。
【００３０】
説明
本開示の態様に関係する種々の用語が本明細書及びクレームの全体を通して使用されている。そのような用語は、特に指示されない限り、当該技術における普通の意味を与えられるものとする。他の特定的に定義された用語は本明細書で提供されている定義と一致するように解釈されるものとする。
【００３１】
明示的に述べられない限り、本明細書に記述されているいかなる方法または態様も、そのステップが特定の順序で実施されることを必要とすると解釈されることを全く意図するものではない。従って、方法クレームがクレームまたは説明にてステップが特定の順序に限定されるべきであると具体的に述べていない場合、順序が推察されることはどんな点でも全く意図されるものではない。このことは、ステップもしくは操作上の流れの配置に関する論理の問題、文法構成もしくは句読点に由来する明白な意味、または本明細書に記載されている態様の数もしくは種類を含む、解釈についての考えられる不明確な基準に対して成り立つ。
【００３２】
本明細書で使用されるとき、単数形態「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が明瞭に指示しない限り、複数の指示対象を含む。
【００３３】
本明細書で使用されるとき、用語「対象」及び「患者」は相互交換可能に使用される。対象には哺乳類を含む任意の動物が含まれてもよい。哺乳類には限定しないで、家畜（たとえば、ウマ、ウシ、ブタ）、愛玩動物（たとえば、イヌ、ネコ）、実験動物（たとえば、マウス、ラット、ウサギ）及び非ヒト霊長類が挙げられる。一部の実施形態では、対象はヒトである。
【００３４】
本明細書で使用されるとき、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」または「オリゴヌクレオチド」は任意の長さのヌクレオチドの高分子形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含んでもよく、一本鎖、二本鎖または多重鎖であることができる。核酸の一本鎖はその相補体も指す。
【００３５】
本明細書で使用されるとき、語句「に相当する」という表現または文法的なその変形は、所与のアミノ酸配列または核酸配列または位置の番号付けの文脈で使用される場合、所与のアミノ酸配列または核酸配列が参照配列（たとえば、本明細書の参照配列は（野生型または完全長の）ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子またはポリペプチドである）と比較される場合の特定された参照配列の番号付けを指す。言い換えれば、所与のポリマーの残基（たとえば、アミノ酸またはヌクレオチド）の数または残基（たとえば、アミノ酸またはヌクレオチド）の位置は、所与のアミノ酸または核酸の配列の範囲内での残基の実際の数的な位置によるのではなく参照配列に関して指定される。たとえば、所与のアミノ酸配列は、ギャップを導入して２つの配列間での残基の一致を最適化することによって参照配列に対してアラインメントを行うことができる。これらの場合、ギャップが存在するが、所与のアミノ酸または核酸の配列における残基の番号付けはそれがアラインメントされている参照配列に関して行われる。
【００３６】
たとえば、「配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質」という表現（及び類似の表現）は、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質のアミノ酸配列が配列番号１３の配列に対してアラインメントされると、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを持つことを意味する。本明細書では、そのようなタンパク質を「変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質」または「ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ７６Ｉｌｅ」とも呼ぶ。
【００３７】
配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は、所与のＳＬＣ１４Ａ１タンパク質と配列番号１３のアミノ酸配列との間で配列アラインメントを行うことによって容易に同定することができる。同様に、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は、所与のＳＬＣ１４Ａ１タンパク質と配列番号１４のアミノ酸配列との間で配列アラインメントを行うことによって容易に同定することができる。配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを同定するために、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを同定するために配列アラインメントを行うのに使用することができる種々のコンピューターアルゴリズムが存在する。たとえば、ＮＣＢＩ  ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｎｕｃ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２５，３３８９−３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ，ｅｔ  ａｌ．，２０１４，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，１０７９，１０５−１１６）を使用することによって配列比較を行ってもよい。しかしながら、配列は手動でアラインメントすることもできる。
【００３８】
ＳＬＣ１４Ａ１における特定の変異が長い出血時間（たとえば、血液凝固の低下）に関連し得、冠状動脈疾患に対して防御するように役立ち得ることが本開示に従って観察されている。ＳＬＣ１４Ａ１におけるこれらの変異はさらに、凝血症状に対する防御を提供し得ると考えられる。ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子またはタンパク質におけるいかなる変異型もヒトにおける冠状動脈疾患に関係するそのような防御機能との以前から知られた関連を有さないと考えられる。罹患した家族の成員において、冠状動脈疾患に対する防御の表現型を伴って分離するＳＬＣ１４Ａ１遺伝子の稀な変異型が本開示に従って同定されている。ＳＬＣ１４Ａ１の核酸におけるそのような防御的変異は、機能喪失のＳＬＣ１４Ａ１タンパク質またはＳＬＣ１４Ａ１低次形態（たとえば、部分的機能喪失）タンパク質を生じる。たとえば、配列番号１３に係る７６位に相当する位置でのバリンのイソロイシンによる置換を生じる遺伝子変異は、そのような変異を有するヒトが冠状動脈疾患に対する防御を持ち得る、または冠状動脈疾患を発症するリスクが小さくあり得ることを示すことが観察されている。
【００３９】
要するに、本明細書に記載されている遺伝的解析は驚くべきことに、機能喪失または部分的機能喪失を有するＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を生じるＳＬＣ１４Ａ１遺伝子における変異型は冠状動脈疾患に対する易罹患性の低下に関連することを示し、身体における凝血に基づく事象に対する易罹患性の低下に関連すると考えられることを示している。従って、凝血症状または冠状動脈疾患に対する防御と関連するＳＬＣ１４Ａ１の変異を持たないヒト対象は、凝血症状または冠状動脈疾患が抑制され、その症状が軽減され、及び／または症状の発生が抑制されるように治療されてもよい。従って、本開示は、単離されたまたは組換えのＳＬＣ１４Ａ１変異型の核酸分子、たとえば、遺伝子、ｍＲＮＡ及びｃＤＮＡ、ならびに単離されたまたは組換えのＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドを提供する。さらに、本開示は、対象におけるそのような変異型の同定を活用して、リスクのある対象または疾患活動期の対象が治療され得るように凝血症状または冠状動脈疾患を発症するそのような対象におけるリスクを同定するもしくは階層化する、または凝血症状または冠状動脈疾患を有すると対象を診断する方法を提供する。
【００４０】
２つの野生型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質のアミノ酸配列が配列番号１１及び配列番号１２に記述されている。配列番号１１を有する野生型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は３８９アミノ酸長であるのに対して、配列番号１２を有する野生型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は４４５アミノ酸長である。配列番号１１は７６位にてバリンを含み、配列番号１２は１３２位にてバリンを含む。
【００４１】
本開示は、凝血症状または冠状動脈疾患に対する防御に関連するＳＬＣ１４Ａ１変異型タンパク質をコードする核酸分子を提供する。たとえば、本開示は、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む単離された核酸分子を提供し、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は機能喪失タンパク質または部分的機能喪失タンパク質である。特に、本開示は、タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列または核酸配列の相補体を含む単離された核酸分子を提供する。
【００４２】
一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列を有するヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列または核酸配列の相補体を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、核酸分子は配列番号１３をコードしない。本明細書では、配列同一性パーセントが参照される場合、高いパーセントの配列同一性が低いものより好ましい。
【００４３】
一部の実施形態では、本開示は、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列または核酸配列の相補体を含む単離された核酸分子を提供する。
【００４４】
一部の実施形態では、核酸分子は、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列を有するヒトＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列または核酸配列の相補体を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、核酸分子は配列番号１４をコードしない。本明細書では、配列同一性パーセントが参照される場合、高いパーセントの配列同一性が低いものより好ましい。
【００４５】
野生型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡの核酸配列は配列番号１に記述されている。配列番号１を含む野生型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは２８，３９４のヌクレオチド長である。配列番号１を参照して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡの６９６３位はグアニンである。
【００４６】
本開示は変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ分子を提供する。一部の実施形態では、ゲノムＤＮＡ分子は機能喪失タンパク質または部分的機能喪失タンパク質である変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００４７】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡが配列番号１３をコードする核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００４８】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡが配列番号１４をコードする核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００４９】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは配列番号１に係る６９６３位に相当する位置にてグアニンを含む。一部の実施形態では、ゲノムＤＮＡは、配列番号２に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、ゲノムＤＮＡは配列番号２に係る核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、ゲノムＤＮＡは、ゲノムＤＮＡが配列番号２に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号２に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００５０】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは、核酸配列が配列番号２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含むことを条件とする、核酸配列、またはその相補体を含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは配列番号２を含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡは配列番号２と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含むことを条件とし、且つ変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡが配列番号２を含まないことを条件とする、核酸配列、またはその相補体を含む。
【００５１】
一部の実施形態では、単離された核酸分子はゲノムＤＮＡ全体の配列に満たないものを含む。一部の実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号２の少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、少なくとも約５０００、少なくとも約６０００、少なくとも約７０００、少なくとも約８０００、少なくとも約９０００、少なくとも約１００００、少なくとも約１１０００、少なくとも約１２０００、少なくとも約１３０００、少なくとも約１４０００、少なくとも約１５０００、少なくとも約１６０００、少なくとも約１７０００、少なくとも約１８０００、少なくとも約１９０００、少なくとも約２００００、少なくとも約２１０００、少なくとも約２２０００、少なくとも約２３０００、少なくとも約２４０００、少なくとも約２５０００、少なくとも約２６０００、少なくとも約２７０００、または少なくとも約２８０００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号２の少なくとも約１０００〜少なくとも約２０００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。
【００５２】
一部の実施形態では、単離された核酸分子はゲノムＤＮＡ全体の配列に満たないものを含む。一部の実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号２の少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、または少なくとも約３０００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、そのような連続するヌクレオチドは連続するヌクレオチドの他の核酸分子と組み合わせて本明細書に記載されているｃＤＮＡ分子を作り出してもよい。
【００５３】
そのような単離された核酸分子を使用して、たとえば、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ及びタンパク質を、または外因性のドナー配列として発現させることができる。集団内での遺伝子配列は、たとえば、ＳＮＰのような遺伝子多型に起因して変化し得ることが理解される。本明細書で提供されている例は単に例となる配列であり、他の配列も可能である。
【００５４】
一部の実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号１３または配列番号１４をコードする１以上の非必須のセグメントが対応する野生型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡに関して欠失している変異型ＳＬＣ１４Ａ１のミニ遺伝子を含む。一部の実施形態では、欠失した非必須のセグメント（複数可）は１以上のイントロン配列を含む。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１のミニ遺伝子は配列番号１３または配列番号１４の一部に対して少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％の配列同一性を有し、ミニ遺伝子は配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを有する核酸配列を含む。
【００５５】
２つの野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの核酸配列が配列番号３及び配列番号４に記述されている。配列番号３を含む野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは１１７０のヌクレオチド長である。配列番号３を参照して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの２２６位はグアニンである。配列番号４を含む野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは１３３８のヌクレオチド長である。配列番号４を参照して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの３９４位はグアニンである。
【００５６】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ分子も提供する。一部の実施形態では、ｍＲＮＡ分子は機能喪失タンパク質または部分的機能喪失タンパク質である変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００５７】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡが配列番号１３をコードする核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００５８】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡが配列番号１４をコードする核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００５９】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてグアニンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＧＵＣを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号５に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らない。
【００６０】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、配列番号５に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡが配列番号５に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号５に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００６１】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードするという条件で、配列番号５と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列、またはその相補体を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号５に係る核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードするという条件で、配列番号５と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列、またはその相補体を含む、またはそれから成り、また変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡが配列番号５に係る核酸配列、またはその相補体を含まない、またはそれから成らないことを条件とする。
【００６２】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてグアニンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＧＵＣを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らない。
【００６３】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡが配列番号６に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号６に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００６４】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、核酸配列が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードするという条件で、配列番号６と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列またはその相補体を含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは配列番号６に係る核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡが配列番号６に係る核酸配列を含まないという条件で、配列番号６と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一である核酸配列またはその相補体を含み、核酸配列が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードすることを条件とする。
【００６５】
一部の実施形態では、単離された核酸分子はＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ全体の配列に満たないヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号５の少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、または少なくとも約１２００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号５の少なくとも約２００〜少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｍＲＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号５の少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、または少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｍＲＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、そのようなｍＲＮＡ分子は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含む。一部の実施形態では、そのようなｍＲＮＡ分子は配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む。一部の実施形態では、そのようなｍＲＮＡ分子は配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む。
【００６６】
一部の実施形態では、単離された核酸分子はＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ全体の配列に満たないヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号６の少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、または少なくとも約１３００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号６の少なくとも約２００〜少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｍＲＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号６の少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、または少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｍＲＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、そのようなｍＲＮＡ分子は配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含む。一部の実施形態では、そのようなｍＲＮＡ分子は配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む。一部の実施形態では、そのようなｍＲＮＡ分子は配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む。
【００６７】
２つの野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの核酸配列は配列番号７及び配列番号８に記述されている。配列番号７を含む野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは停止コドンを含めて長さ１１７３ヌクレオチドである。配列番号７を参照して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの２２６位はグアニンである。配列番号８を含む野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは停止コドンを含めて長さ１３４１のヌクレオチドである。配列番号８を参照して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの３９４位はグアニンである。
【００６８】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子も提供する。一部の実施形態では、変異型ｃＤＮＡ分子は機能喪失タンパク質または部分的機能喪失タンパク質である変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１３または配列番号１４に係る変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含まない、またはそれから成らない。
【００６９】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡが配列番号１３に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００７０】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡが配列番号１４に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００７１】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてグアニンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＧＵＣを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らない。
【００７２】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡが配列番号９に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００７３】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするという条件で、配列番号９と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９同一である核酸配列またはその相補体を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号９に係る核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするという条件で、配列番号９と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９同一である核酸配列またはその相補体を含む、またはそれから成り、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡが配列番号９に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないことを条件とする。
【００７４】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてグアニンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。それに対して、野生型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＧＵＣを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らない。
【００７５】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡが配列番号１０に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないという条件で、配列番号１０に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る。
【００７６】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、核酸配列が配列番号１０に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするという条件で、配列番号１０と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９同一である核酸配列またはその相補体を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは配列番号１０に係る核酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡは、核酸配列が配列番号１０に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするという条件で、配列番号１０と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９同一である核酸配列またはその相補体を含む、またはそれから成り、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡが配列番号１０に係る核酸配列を含まない、またはそれから成らないことを条件とする。
【００７７】
一部の実施形態では、単離された核酸分子はＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ全体の配列に満たないヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号９の少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、または少なくとも約１２００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号９の少なくとも約２００〜少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｃＤＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号９の少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、または少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｃＤＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、そのようなｃＤＮＡ分子は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含む。一部の実施形態では、そのようなｃＤＮＡ分子は配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む。一部の実施形態では、そのようなｃＤＮＡ分子は配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む。
【００７８】
一部の実施形態では、単離された核酸分子はＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ全体の配列に満たないヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、単離された核酸分子は、配列番号１０の少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１２、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約１１００、少なくとも約１２００、または少なくとも約１３００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号１０の少なくとも約２００〜少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｃＤＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、単離された核酸分子は配列番号１０の少なくとも約５０、少なくとも約６０、少なくとも約７０、少なくとも約８０、少なくとも約９０、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、または少なくとも約５００の連続するヌクレオチドを含む、またはそれから成る。この点で、長いｃＤＮＡ分子が短いものより好ましい。一部の実施形態では、そのようなｃＤＮＡ分子は配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含む。一部の実施形態では、そのようなｃＤＮＡ分子は配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む。一部の実施形態では、そのようなｃＤＮＡ分子は配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む。
【００７９】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ（たとえば、配列番号２）、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のミニ遺伝子、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ（たとえば、配列番号５及び／または配列番号６）、及び／または変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ（たとえば、配列番号９及び／または配列番号１０）とハイブリッド形成する単離された核酸分子も提供する。一部の実施形態では、そのような単離された核酸分子は少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約２００、少なくとも約３００、少なくとも約４００、少なくとも約５００、少なくとも約６００、少なくとも約７００、少なくとも約８００、少なくとも約９００、少なくとも約１０００、少なくとも約２０００、少なくとも約３０００、少なくとも約４０００、少なくとも約５０００、少なくとも約６０００、少なくとも約７０００、少なくとも約８０００、少なくとも約９０００、少なくとも約１００００、少なくとも約１１０００、または少なくとも約１２０００のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は少なくとも約１５〜少なくとも約３５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、そのような単離された核酸分子はストリンジェントな条件下で変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ（たとえば、配列番号２）、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のミニ遺伝子、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ（たとえば、配列番号５及び／または配列番号６）、及び／または変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ（たとえば、配列番号９及び／または配列番号１０）とハイブリッド形成する。そのような単離された核酸分子は、本明細書に記載されているまたは例示されているようなプローブとして、プライマーとして、または変異特異的なプローブもしくはプライマーとして使用されてもよい。
【００８０】
一部の実施形態では、単離された核酸分子は、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ（たとえば、配列番号２）、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のミニ遺伝子、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ（たとえば、配列番号５及び／または配列番号６）、及び／または変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ（たとえば、配列番号９及び／または配列番号１０）と少なくとも約７０％、少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または１００％同一である核酸分子の少なくとも約１５の連続するヌクレオチドとハイブリッド形成する。一部の実施形態では、単離された核酸分子は、約１５〜約１００のヌクレオチド、または約１５〜約３５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は約１５〜約１００のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、単離された核酸分子は約１５〜約３５のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。
【００８１】
一部の実施形態では、本明細書で開示されている核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子のいずれも精製することができ、たとえば、少なくとも約９０％純粋である。一部の実施形態では、本明細書で開示されている核酸分子のいずれか、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子は精製することができ、たとえば、少なくとも約９５％純粋である。本明細書で開示されている核酸分子のいずれか、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子は精製することができ、たとえば、少なくとも約９９％純粋である。精製は人の手によるものであり、人工の精製技法による。
【００８２】
本開示はまた、本明細書で開示されている単離された核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子のいずれかの断片も提供する。一部の実施形態では、断片は本明細書で開示されている核酸配列のいずれかの少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、または少なくとも約１００の連続する残基またはその任意の相補体を含む、またはそれから成る。この点で、長い断片が短いものより好ましい。一部の実施形態では、断片は少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、または少なくとも約５０の連続する残基を含む、またはそれから成る。この点で、長い断片が短いものより好ましい。一部の実施形態では、断片は少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、または少なくとも約３５の連続する残基を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、断片は少なくとも約２０の連続する残基を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、断片は少なくとも約２５の連続する残基を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、断片は少なくとも約３０の連続する残基を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、断片は少なくとも約３５の連続する残基を含む、またはそれから成る。断片は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸分子の一部を含む、またはそれから成ることが想定される。そのような断片は、本明細書に記載されているまたは例示されているようなプローブとして、プライマーとして、または対立遺伝子特異的なプライマーとして使用されてもよい。
【００８３】
本開示はまた、プローブ及びプライマーも提供する。本開示のプローブまたはプライマーは、本明細書で開示されている核酸分子のいずれかと特異的にハイブリッド形成する核酸配列またはその相補体を有する。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーはストリンジェントな条件下にて本明細書で開示されている核酸分子のいずれかと特異的にハイブリッド形成する。本開示はまた、中度の条件下で、本明細書で開示されている核酸分子のいずれかとハイブリッド形成する核酸配列またはその相補体を有する核酸分子も提供する。本開示に係るプローブまたはプライマーは好ましくは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸コドンまたはその相補体を包含する。本開示に係るプローブまたはプライマーは好ましくは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸コドンまたはその相補体を包含する。従って、好ましい実施形態では、本開示は本明細書の上記及び以下でさらに詳細に定義されている変異特異的なプライマーを提供する。
【００８４】
本開示に係るプローブを使用して変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質（たとえば、配列番号１３及び／または配列番号１４に係る）をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子（たとえば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ及び／またはｃＤＮＡ）を検出してもよい。加えて、本開示に係るプライマーを使用して変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子またはその断片を増幅してもよい。本開示はまた、上記に記載されているプライマーの１つを含むプライマーの対も提供する。
【００８５】
本明細書で開示されている核酸分子は天然に存在するＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡ転写物の核酸配列を含むことができ、または天然に存在しない配列を含むことができる。一部の実施形態では、天然に存在する配列は同義突然変異またはコードされているＳＬＣ１４Ａ１のポリペプチドに影響を与えない突然変異に起因して天然に存在しない配列とは異なることができる。たとえば、配列は同義突然変異またはコードされているＳＬＣ１４Ａ１のポリペプチドに影響を与えない突然変異を除いて同一であることができる。同義突然変異または同義置換は、生じるアミノ酸配列が修飾されないようにタンパク質をコードする遺伝子のエクソンにて１つのヌクレオチドを別のものに置換することである。これは、一部のアミノ酸が１を超える３塩基対コドンによってコードされる、遺伝子コードの縮重のゆえに可能である。同義置換は、たとえば、コドンの最適化の過程で使用される。本明細書で開示されている核酸分子はコドンで最適化することができる。
【００８６】
開示されている核酸分子と相互作用することができる機能性ポリヌクレオチドも、本明細書で提供される。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子と結合すること、または特定の反応を触媒することなどの特定の機能を有する核酸分子である。機能性ポリヌクレオチドの例には、アンチセンス分子、アプタマー、リボザイム、三重鎖形成分子、及び外部ガイド配列が挙げられるが、これらに限定されない。機能性ポリヌクレオチドは、標的分子が持つ特定の活性のエフェクター、阻害剤、調節剤及び刺激剤として作用することができ、または機能性ポリヌクレオチドは任意の他の分子と独立したデノボ活性を持つことができる。
【００８７】
アンチセンス分子は、標準的なまたは非標準的な塩基対合を介して標的核酸分子と相互作用するように設計される。アンチセンス分子と標的分子の相互作用は、たとえば、ＲＮＡ分解酵素Ｈが介在するＲＮＡ・ＤＮＡハイブリッド分解を介した標的分子の破壊を促進するように設計される。あるいは、アンチセンス分子は、正常では標的分子で行われる処理機能、たとえば、転写または複製を妨害するように設計される。アンチセンス分子は標的分子の配列に基づいて設計することができる。標的分子の最もアクセスできる領域を特定することによってアンチセンスの効率を最適化する多数の方法が存在する。例となる方法には、試験管内選択実験及びＤＭＳやＤＥＰＣを用いたＤＮＡ修飾試験が挙げられるが、これらに限定されない。アンチセンス分子は一般に、約１０−６以下、約１０−８以下、約１０−１０以下または約１０−１２以下の解離定数（ｋｄ）で標的分子と結合する。アンチセンス分子の設計及び使用に役立つ方法及び技法の代表的な例は、以下に非限定で列挙する米国特許にて見いだすことができる：５，１３５，９１７；５，２９４，５３３；５，６２７，１５８；５，６４１，７５４；５，６９１，３１７；５，７８０，６０７；５，７８６，１３８；５，８４９，９０３；５，８５６，１０３；５，９１９，７７２；５，９５５，５９０；５，９９０，０８８；５，９９４，３２０；５，９９８，６０２；６，００５，０９５；６，００７，９９５；６，０１３，５２２；６，０１７，８９８；６，０１８，０４２；６，０２５，１９８；６，０３３，９１０；６，０４０，２９６；６，０４６，００４；６，０４６，３１９；及び６，０５７，４３７。アンチセンス分子の例には、アンチセンスＲＮＡ、小分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、及び短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００８８】
本明細書で開示されている単離された核酸分子はＲＮＡ、ＤＮＡまたはＲＮＡとＤＮＡの双方を含むことができる。単離された核酸分子は、たとえば、ベクターにおける異種核酸配列、または異種標識に連結する、または融合することができる。たとえば、本明細書で開示されている単離された核酸分子は、単離された核酸分子及び異種核酸分子を含むベクターまたは外因性ドナー配列に存在することができる。単離された核酸分子はまた、異種標識、たとえば、蛍光標識に連結する、または融合することもできる。標識の他の例は本明細書の別の部分で開示されている。
【００８９】
標識は直接検出可能であることができ（たとえば、蛍光色素分子）、または間接的に検出可能であることができる（たとえば、ハプテン、酵素または蛍光消光剤）。そのような標識は、分光分析、光化学、生化学、免疫化学または化学の手段によって検出可能であることができる。そのような標識には、たとえば、放射線計数装置で測定することができる放射性標識；視覚的に観察するまたは分光光度計で測定することができる色素、染料または他の色原体；スピン標識分析器で測定することができるスピン標識；及び出力シグナルが好適な分子付加体の励起によって生成され、染料によって吸収される光による励起によって視覚化することができる、または標準の蛍光計もしくは画像化システムで測定することができる蛍光標識（たとえば、蛍光色素分子）が挙げられる。標識は、たとえば、出力シグナルがシグナル化合物の化学修飾によって生成される化学発光物質；金属含有物質；または、たとえば、無色の基質からの着色した生成物の形成のようなシグナルの酵素依存性の二次生成が発生する酵素であることができる。「標識」という用語は、続いて基質と共に加えられるとコンジュゲートされた分子を用いて検出可能なシグナルを生成するようにコンジュゲートされた分子に選択的に結合することができる「タグ」またはハプテンを指すこともできる。たとえば、ビオチンをタグとして用い、次いで西洋ワサビのペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）のアビジンまたはストレプトアビジンのコンジュゲートを用いてタグに結合し、次いで比色基質（たとえば、テトラメチルベンジジン（ＴＭＢ）または蛍光発生基質を用いてＨＲＰの存在を検出することができる。タグとして使用されて精製を助けることができる例となる標識には、ｍｙｃ、ＨＡ、ＦＬＡＧまたは３×ＦＬＡＧ、６×Ｈｉｓまたはポリヒスチジン、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、マルトース結合タンパク質、エピトープタグ、または免疫グロブリンのＦｃ部分が挙げられるが、これらに限定されない。多数の標識が知られており、それらには、たとえば、粒子、蛍光色素分子、ハプテン、酵素及びその比色性、蛍光性及び化学発光性の基質及び他の標識が挙げられる。
【００９０】
開示されている核酸分子は、たとえば、ヌクレオチド、非天然のヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチド、たとえば、ヌクレオチド類似体またはヌクレオチド置換体を含むことができる。そのようなヌクレオチドには、修飾された塩基、糖もしくはリン酸基を含有する、またはその構造に非天然の部分を組み込んでいるヌクレオチドが挙げられる。非天然のヌクレオチドには、ジデオキシヌクレオチド、ビオチン化された、アミノ化された、脱アミノ化された、アルキル化された、ベンジル化された、及び蛍光標識されたヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
【００９１】
本明細書で開示されている核酸分子はまた、１以上のヌクレオチドの類似体または置換体も含むことができる。ヌクレオチド類似体は塩基、糖またはリン酸の部分のいずれかに修飾を含有するヌクレオチドである。塩基部分への修飾には、Ａ、Ｃ、Ｇ及びＴ／Ｕの天然の及び合成の修飾、ならびに、たとえば、シュードウリジン、ウラシル−５−イル、ヒポキサンチン−９−イル（Ｉ）、及び２−アミノアデニン−９−イルのような様々なプリン塩基またはピリミジン塩基が挙げられるが、これらに限定されない。修飾された塩基には、５−メチルシトシン（５−ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−メチルアデニン及び６−メチルグアニン及びアデニン及びグアニンの他のアルキル誘導体、２−プロピルアデニン及び２−プロピルグアニン及びアデニン及びグアニン他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及び５−ハロシトシン、５−プロピニルウラシル及び５−プロピニルシトシン、６−アゾウラシル、６−アゾシトシン及び６−アゾチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル及び他の８−置換されたアデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル及び他の５−置換されたウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン及び３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンが挙げられるが、これらに限定されない。たとえば、５−置換されたピリミジン、６−アザピリミジン、及び２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル、５−プロピニルシトシン及び５−メチルシトシンを含むが、これらに限定されないＮ−２、Ｎ−６及びＯ−６置換されたプリンのような、ある特定のヌクレオチド類似体は二本鎖形成の安定性を高めることができる。塩基修飾は、たとえば、糖修飾、たとえば、２’−Ｏ−メトキシエチルと組み合わせて、たとえば、高い二本鎖安定性のような独特の特性を達成できることが多い。
【００９２】
ヌクレオチド類似体は糖部分の修飾も含むことができる。糖部分に対する修飾には、リボース及びデオキシリボースの天然の修飾ならびに合成の修飾が挙げられるが、これらに限定されない。糖部分の修飾には、２’位での以下の修飾：ＯＨ；Ｆ；Ｏ−、Ｓ−、またはＮ−アルキル；Ｏ−、Ｓ−、またはＮ−アルケニル；Ｏ−、Ｓ−またはＮ−アルキニル；またはＯ−アルキル−Ｏ−アルキルが挙げられるが、これらに限定されず、その際、アルキル、アルケニル、及びアルキニルは置換されたまたは非置換のＣ１−１０アルキルまたはＣ２−１０アルケニル、及びＣ２−１０アルキニルであってもよい。例となる２’糖修飾には、−Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、−Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）ｎ−ＯＮＨ２、及び−Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３）］２も挙げられるが、これらに限定されず、その際、ｎ及びｍは１〜約１０である。
【００９３】
２’位における他の修飾には、Ｃ１−１０アルキル、置換された低級アルキル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリルまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリル、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換されたシリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を改善する基、またはオリゴヌクレオチドの薬力学特性を改善する基、及び類似の特性を有する他の置換基が挙げられるが、これらに限定されない。同様の修飾は、糖の他の位置、特に３’末端ヌクレオチドまたは２’−５’連結したオリゴヌクレオチドの糖の３’位及び５’末端ヌクレオチドの５’位で行われてもよい。修飾された糖には架橋環の酸素での修飾、たとえば、ＣＨ２及びＳを含有するものが挙げることもできる。ヌクレオチドの糖類似体は、たとえば、ペントフラノシル糖の代わりのシクロブチル部分のような糖模倣体を有することもできる。
【００９４】
ヌクレオチド類似体はリン酸部分でも修飾することができる。修飾されたリン酸部分には、２つのヌクレオチド間の結合がホスホロチオエート、キラルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホトリエステル、アミノアルキルホスホトリエステル、３’−アルキレンホスホネート及びキラルホスホネートを含むメチル及び他のアルキルホスホネート、ホスフィネート、３’−アミノホスホルアミデート及びアミノアルキルホスホルアミデートを含むホスホルアミデート、チオノホスホルアミデート、チオノアルキルホスホネート、チオノアルキルホスホトリエステル，及びボラノホスフェートを含有するように修飾することができるものが挙げられるが、これらに限定されない。２つのヌクレオチド間のこれらのリン酸結合または修飾されたリン酸結合は３’−５’結合または２’−５’結合を介することができ、結合は、たとえば、３’−５’から５’−３’にまたは２’−５’から５’−２’に反転した極性を含有することができる。種々の塩、混合塩及び遊離酸の形態も含まれる。
【００９５】
ヌクレオチド置換体には、ヌクレオチドと類似の官能特性を有するが、リン酸部分、たとえば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含有しない分子が含まれる。ヌクレオチド置換体には、Ｗａｔｓｏｎ・ＣｒｉｃｋまたはＨｏｏｇｓｔｅｅｎの方法で核酸を認識するが、リン酸部分以外の部分を介して一緒に連結される分子が含まれる。ヌクレオチド置換体は、適切な標的核酸と相互作用する場合、二重らせん型構造に従うことができる。
【００９６】
ヌクレオチド置換体には、リン酸部分または糖部分が置き換えられているヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体も含まれる。一部の実施形態では、ヌクレオチド置換体は標準のリン原子を含有しなくてもよい。リン酸に対する置換体は、たとえば、短鎖アルキルもしくはシクロアルキルヌクレオチド間結合、混合ヘテロ原子とアルキルもしくはシクロアルキルヌクレオチド間結合、または１以上の短鎖ヘテロ原子もしくは複素環のヌクレオチド間結合であることができる。これらには、モルフォリノ結合（部分的にヌクレオシドの糖部分から形成される）；シロキサン主鎖；スルフィド、スルホキシド及びスルホンの主鎖；ホルムアセチル及びチオホルムアセチルの主鎖；メチレンホルムアセチル及びチオホルムアセチルの主鎖；アルケン含有主鎖；スルファミン酸主鎖；メチレンイミノ及びメチレンヒドラジノの主鎖；スルホネート及びスルホンアミドの主鎖；アミド主鎖；ならびに混合されたＮ、Ｏ、Ｓ及びＣＨ２の成分部分を有するその他を有するものが挙げられる。
【００９７】
ヌクレオチド置換体では、ヌクレオチドの糖部分及びリン酸部分の双方が、たとえば、アミド型結合（アミノエチルグリシン）（ＰＮＡ）によって置き換えることができることも理解される。
【００９８】
分子の他の型（コンジュゲート）をヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体に連結して、たとえば、細胞の取り込みを高めることも可能である。コンジュゲートはヌクレオチドまたはヌクレオチド類似体に化学的に連結することができる。そのようなコンジュゲートには、たとえば、コレステロール部分のような脂質部分、コール酸、ヘキシル−Ｓ−トリチルチオールのようなチオエーテル、チオコレステロール、ドデカンジオールまたはウンデシルの残基のような脂肪族鎖、ジ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロールまたは１，２−ジ−Ｏ−ヘキサデシル−ｒａｃ−グリセロ−３−Ｈ−ホスホン酸トリエチルアンモニウムのようなリン脂質、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、またはオクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分が挙げられる。
【００９９】
本開示はまた、本明細書で開示されている１以上の核酸分子を含むベクターも提供する。一部の実施形態では、ベクターは本明細書で開示されている１以上の核酸分子と異種核酸とを含む。ベクターは核酸分子を輸送することができるウイルスベクターまたは非ウイルスベクターであることができる。一部の実施形態では、ベクターはプラスミドまたはコスミド（たとえば、追加のＤＮＡセグメントをライゲーションすることができる環状二本鎖ＤＮＡ）である。一部の実施形態では、ベクターはウイルスベクターであり、追加のＤＮＡセグメントをウイルスゲノムにライゲーションすることができる。一部の実施形態では、ベクターはそれが導入される宿主細胞にて自己複製することができる（たとえば、細菌の複製開始点を有する細菌ベクター及びエピソーム性哺乳類ベクター）。一部の実施形態では、ベクター（たとえば、非エピソーム性哺乳類ベクター）は宿主細胞への導入の際、宿主細胞のゲノムに組み込むことができ、それによって宿主ゲノムと共に複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結される遺伝子の発現を誘導することができる。そのようなベクターは本明細書では「組換え発現ベクター」または「発現ベクター」と呼ばれる。そのようなベクターはターゲティングベクター（すなわち、外来性ドナー配列）であることもできる。
【０１００】
一部の実施形態では、本明細書で開示されている種々の遺伝子変異型によってコードされるタンパク質は、開示されている種々の遺伝子変異型をコードする核酸分子を発現ベクターに挿入することによって発現され、それにより遺伝子は発現制御配列、たとえば、転写及び翻訳の制御配列に作動可能に連結される。発現ベクターには、プラスミド、コスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、植物ウイルス、たとえば、カリフラワーモザイクウイルス及びタバコモザイクウイルス、酵母人工染色体（ＹＡＣ）、エプステイン−バー（ＥＢＶ）由来のエピソーム、及び当該技術で既知の他の発現ベクターが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、ベクター内の転写及び翻訳の制御配列が遺伝子変異型の転写及び翻訳を調節するその意図される機能を果たすように、開示されている遺伝子変異型を含む核酸分子をベクターにライゲーションすることができる。発現ベクター及び発現制御配列は使用される発現宿主細胞と適合性であるように選択される。開示されている遺伝子変異型を含む核酸配列を、変異型の遺伝情報として別のベクターにまたは同じ発現ベクターに挿入することができる。開示されている遺伝子変異型を含む核酸配列を常法（たとえば、開示されている遺伝子変異型を含む核酸とベクターにおける相補性制限部位のライゲーション、または制限部位が存在しなければ平滑末端のライゲーション）によって発現ベクターに挿入することができる。
【０１０１】
開示されている遺伝子変異型を含む核酸配列に加えて、組換え発現ベクターは宿主細胞における遺伝子変異型の発現を制御する調節配列を保有することができる。発現ベクターの設計は、調節配列の選択を含めて、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現のレベル、等のような要因に依存し得る。哺乳類宿主細胞の発現にとって望ましい調節配列には、たとえば、哺乳類細胞でのタンパク質発現の高いレベルを誘導するウイルス要素、たとえば、レトロウイルスＬＴＲ、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）（たとえば、ＣＭＶのプロモーター／エンハンサー）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）（たとえば、ＳＶ４０のプロモーター／エンハンサー）、アデノウイルス（たとえば、アデノウイルス主要後期プロモーター（ＡｄＭＬＰ））、ポリオーマに由来するプロモーター及び／またはエンハンサー、ならびに、たとえば、天然の免疫グロブリン及びアクチンのプロモーターのような強力な哺乳類プロモーターを挙げることができる。細菌細胞または真菌細胞（たとえば、酵母細胞）にてポリペプチドを発現させる方法も周知である。
【０１０２】
プロモーターは、たとえば、構成的に活性があるプロモーター、条件付きプロモーター、誘導性プロモーター、時間的に制約されるプロモーター（たとえば、発生上調節されるプロモーター）、または空間的に制約されるプロモーター（たとえば、細胞特異的なまたは組織特異的なプロモーター）であることができる。プロモーターの例は、たとえば、ＷＯ２０１３／１７６７７２にて見いだすことができる。
【０１０３】
誘導性プロモーターの例には、たとえば、化学的に調節されるプロモーター及び物理的に調節されるプロモーターが挙げられる。化学的に調節されるプロモーターには、たとえば、アルコール調節プロモーター（たとえば、アルコール脱水素酵素（ａｌｃＡ）遺伝子のプロモーター）、テトラサイクリン調節プロモーター（たとえば、テトラサイクリン応答性プロモーター、テトラサイクリンオペレーター配列（ｔｅｔＯ）、ｔｅｔ−Ｏｎプロモーター、またはｔｅｔ−Ｏｆｆプロモーター）、ステロイド調節プロモーター（たとえば、ラットのグルココルチコイド受容体、エストロゲン受容体のプロモーター、またはエクジソン受容体のプロモーター）、または金属調節プロモーター（たとえば、メタロプロテイン受容体）が挙げられる。物理的に調節されるプロモーターには、たとえば、温度で調節されるプロモーター（たとえば、熱ショックプロモーター）及び光で調節されるプロモーター（たとえば、光誘導性のプロモーター、または光抑制性プロモーター）が挙げられる。
【０１０４】
組織特異的なプロモーターは、たとえば、ニューロン特異的なプロモーター、グリア特異的なプロモーター、筋肉細胞特異的なプロモーター、心臓細胞特異的なプロモーター、腎臓細胞特異的なプロモーター、骨細胞特異的なプロモーター、内皮細胞特異的なプロモーター、または免疫細胞特異的なプロモーター（たとえば、Ｂ細胞プロモーターまたはＴ細胞プロモーター）であることができる。
【０１０５】
発生上調節されるプロモーターには、たとえば、発生の胚形成期の間のみ、または成人細胞でのみ活性があるプロモーターが挙げられる。
【０１０６】
開示されている遺伝子変異型を含む核酸配列及び調節配列に加えて、組換え発現ベクターは、追加の配列、たとえば、宿主細胞におけるベクターの複製を調節する配列（たとえば、複製開始点）及び選択可能なマーカー遺伝子を保有することができる。選択可能なマーカー遺伝子はベクターが導入されている宿主細胞の選択を助けることができる（たとえば、米国特許４，３９９，２１６；４，６３４，６６５；及び５，１７９，０１７を参照のこと）。たとえば、選択可能なマーカー遺伝子はベクターが導入されている宿主細胞にて、たとえば、Ｇ４１８、ハイグロマイシンまたはメソトレキセートのような薬剤に対する耐性を付与することができる。例となる選択可能なマーカー遺伝子には、ジヒドロ葉酸還元酵素（ＤＨＦＲ）遺伝子（メソトレキセート選択／増幅によりｄｈｆｒ−宿主細胞で使用するための）、ネオ遺伝子（Ｇ４１８選択のために）、及びグルタミン酸合成酵素（ＧＳ）遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１０７】
追加のベクターは、たとえば、全体が参照によって本明細書に組み入れられる２０１６年７月２８日に出願された米国仮特許出願番号６２／３６７，９７３に記載されている。
【０１０８】
本開示はまた、本明細書で開示されている単離された核酸分子、ゲノムＤＮＡ分子、ｃＤＮＡ分子またはｍＲＮＡ分子の１以上を含む組成物も提供する。一部の実施形態では、組成物は医薬組成物である。
【０１０９】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドも提供する。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは機能喪失ポリペプチドまたは部分的機能喪失ポリペプチドである。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは配列番号１３または配列番号１４を含まない、またはそれから成らない。
【０１１０】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは、配列番号１３に係るアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが配列番号１３に係るアミノ酸配列を含まないまたはそれから成らないという条件で、配列番号１３に係るアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む。
【０１１１】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは、配列番号１４に係るアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは配列番号１４に係るアミノ酸配列を含む、またはそれから成る。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが配列番号１４に係るアミノ酸配列を含まないまたはそれから成らないという条件で、配列番号１４に係るアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む。
【０１１２】
本開示はまた、本明細書で開示されているポリペプチドのいずれかの断片も提供する。一部の実施形態では、断片は、コードされているポリペプチド（たとえば、配列番号１３及び／または配列番号１４のアミノ酸配列を有するポリペプチド）の少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、少なくとも約１００、少なくとも約１５０、少なくとも約２００、少なくとも約２５０、少なくとも約３００、または少なくとも約３５０の連続するアミノ酸残基を含む。この点で、長い断片が短いものより好ましい。一部の実施形態では、断片はコードされているポリペプチドの少なくとも約１０、少なくとも約１５、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、または少なくとも約１００の連続するアミノ酸残基を含む。この点で、長い断片が短いものより好ましい。
【０１１３】
本開示はまた、本明細書で開示されているポリペプチドのいずれかから選択される、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドを含む単離されたポリペプチドを含む二量体も提供する。
【０１１４】
一部の実施形態では、本明細書で開示されている単離されたポリペプチドは異種ポリペプチドまたは異種分子または標識に連結され、または融合され、その多数の例は本明細書の別の部分で開示されている。たとえば、タンパク質は高い安定性または低い安定性を提供する異種ポリペプチドに融合することができる。融合されたドメインまたは異種ポリペプチドはポリペプチドのＮ末端、Ｃ末端またはポリペプチド内の内部に位置することができる。融合相手は、たとえば、Ｔヘルパーエピトープを提供するのを助けてもよく（免疫的融合相手）、またはネイティブの組換えポリペプチドよりも高い収率でタンパク質を発現するのを助けてもよい（発現増強剤）。ある特定の融合相手は免疫的融合相手及び発現増強融合相手の双方である。他の融合相手を選択してポリペプチドの溶解性を高めてもよく、または細胞内の所望の区画にポリペプチドを向けるのを促してもよい。一部の融合相手には、ポリペプチドの精製を円滑にする親和性タグが含まれる。
【０１１５】
一部の実施形態では、融合タンパク質は異種分子に直接融合される、またはペプチドリンカーのようなリンカーを介して異種分子に連結される。好適なリンカー配列は、たとえば、以下の要因に基づいて選択されてもよい：（１）柔軟性の拡張する構成を採用する能力；（２）第１及び第２のポリペプチドにおける機能的なエピトープと相互作用し得る二次構造を採用することに対する抵抗性；及び（３）ポリペプチドの機能的なエピトープと反応し得る疎水性残基または荷電残基の欠如。たとえば、ペプチドリンカー配列はＧｌｙ、Ａｓｎ及びＳｅｒの残基を含有してもよい。たとえば、Ｔｈｒ及びＡｌａのような他の中性に近いアミノ酸もリンカー配列で使用されてもよい。リンカーとして有用に採用されてもよいアミノ酸配列には、たとえば、Ｍａｒａｔｅａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ，１９８５，４０，３９−４６；Ｍｕｒｐｈｙ，ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９８６，８３，８２５８−８２６２；及び米国特許４，９３５，２３３及び４，７５１，１８０で開示されているものが挙げられる。リンカー配列は一般に、たとえば、長さ１〜約５０のアミノ酸であってもよい。第１及び第２のポリペプチドが、機能的なドメインを分離し、立体干渉を阻止するのに使用することができる非必須のＮ末端アミノ酸領域を有する場合、リンカー配列は一般に必要とされない。
【０１１６】
一部の実施形態では、ポリペプチドは細胞膜透過性ドメインに作動可能に連結される。たとえば、細胞膜透過性ドメインはＨＩＶ−１  ＴＡＴタンパク質、ヒトＢ型肝炎ウイルス由来のＴＬＭ細胞膜透過性モチーフ、ＭＰＧ、Ｐｅｐ−１、ＶＰ２２、単純ヘルペスウイルス由来の細胞膜透過性ペプチド、またはポリアルギニンペプチド配列から得ることができる。たとえば、ＷＯ２０１４／０８９２９０を参照のこと。細胞膜透過性ドメインは、タンパク質のＮ末端、Ｃ末端、またはタンパク質内のどこでも位置することができる。
【０１１７】
一部の実施形態では、ポリペプチドは追跡または精製の容易さのために異種ポリペプチド、たとえば、蛍光タンパク質、精製タグまたはエピトープタグに作動可能に連結される。蛍光タンパク質の例には、緑色蛍光タンパク質（たとえば、ＧＦＰ、ＧＦＰ−２、タグＧＦＰ、ターボＧＦＰ、ｅＧＦＰ、Ｅｍｅｒａｌｄ、Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、単量体Ａｚａｍｉ  Ｇｒｅｅｎ、ＣｏｐＧＦＰ、ＡｃｅＧＦＰ、ＺｓＧｒｅｅｎｌ）、黄色蛍光タンパク質（たとえば、ＹＦＰ、ｅＹＦＰ、Ｃｉｔｒｉｎｅ、Ｖｅｎｕｓ、ＹＰｅｔ、ＰｈｉＹＦＰ、ＺｓＹｅｌｌｏｗｌ）、青色蛍光タンパク質（たとえば、ｅＢＦＰ、ｅＢＦＰ２、Ａｚｕｒｉｔｅ、ｍＫａｌａｍａｌ、ＧＦＰｕｖ、Ｓａｐｐｈｉｒｅ、Ｔ−ｓａｐｐｈｉｒｅ）、シアン蛍光タンパク質（たとえば、ｅＣＦＰ、Ｃｅｒｕｌｅａｎ、ＣｙＰｅｔ、ＡｍＣｙａｎｌ、Ｍｉｄｏｒｉｉｓｈｉ−Ｃｙａｎ）、赤色蛍光タンパク質（たとえば、ｍＫａｔｅ、ｍＫａｔｅ２、ｍＰｌｕｍ、ＤｓＲｅｄ単量体、ｍＣｈｅｒｒｙ、ｍＲＦＰ１、ＤｓＲｅｄ−Ｅｘｐｒｅｓｓ、ＤｓＲｅｄ２、ＤｓＲｅｄ−単量体、ＨｃＲｅｄ−Ｔａｎｄｅｍ、ＨｃＲｅｄｌ、ＡｓＲｅｄ２、ｅｑＦＰ６１１、ｍＲａｓｐｂｅｒｒｙ、ｍＳｔｒａｗｂｅｒｒｙ、Ｊｒｅｄ）、橙色蛍光タンパク質（たとえば、ｍＯｒａｎｇｅ、ｍＫＯ、Ｋｕｓａｂｉｒａ−Ｏｒａｎｇｅ、単量体Ｋｕｓａｂｉｒａ−Ｏｒａｎｇｅ、ｍＴａｎｇｅｒｉｎｅ、ｔｄＴｏｍａｔｏ）、及び任意の他の好適な蛍光タンパク質が挙げられるが、これらに限定されない。タグの例には、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、キチン結合タンパク質（ＣＢＰ）、マルトース結合タンパク質、チオレドキシン（ＴＲＸ）、ポリ（ＮＡＮＰ）、タンデムアフィニティ精製（ＴＡＰ）タグ、ｍｙｃ、ＡｃＶ５、ＡＵ１、ＡＵ５、Ｅ、ＥＣＳ、Ｅ２、ＦＬＡＧ、血球凝集素（ＨＡ）、ｎｕｓ、Ｓｏｆｔａｇ１、Ｓｏｆｔａｇ３、Ｓｔｒｅｐ、ＳＢＰ、Ｇｌｕ−Ｇｌｕ、ＨＳＶ、ＫＴ３、Ｓ、Ｓ１、Ｔ７、Ｖ５、ＶＳＶ−Ｇ、ヒスチジン（Ｈｉｓ）、ビオチンカルボキシルキャリアタンパク質（ＢＣＣＰ）、及びカルモジュリンが挙げられるが、これらに限定されない。一部の実施形態では、異種分子は免疫グロブリンＦｃドメイン、ペプチド精製タグ、形質導入ドメイン、ポリ（エチレングリコール）、ポリシアル酸、またはグリコール酸である。
【０１１８】
一部の実施形態では、単離されたポリペプチドは非天然のまたは修飾されたアミノ酸またはペプチドの類似体を含む。たとえば、Ｄ−アミノ酸または天然に存在するアミノ酸とは異なる機能性置換基を有するアミノ酸が多数存在する。天然に存在するペプチドの対向する立体異性体、ならびにペプチド類似体の立体異性体が開示されている。最適なアミノ酸をｔＲＮＡ分子に委ね、たとえば、アンバーコドンを利用して部位特異的な方法で類似体のアミノ酸をペプチド鎖に挿入する遺伝子構築物を操作することによって、これらのアミノ酸をポリペプチド鎖に容易に組み込むことができる。
【０１１９】
一部の実施形態では、単離されたポリペプチドは、ペプチド模倣体であり、これらはペプチドに類似するように作ることができるが、天然のペプチド結合を介して接続されない。たとえば、アミノ酸またはアミノ酸類似体のための結合には、−ＣＨ２ＮＨ−、−ＣＨ２Ｓ−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−（シス及びトランス）、−ＣＯＣＨ２−、−ＣＨ（ＯＨ）ＣＨ２−、及び−ＣＨＨ２ＳＯ−が挙げられるが、これらに限定されない。ペプチド類似体は、たとえばｂ−アラニン、ｇ−アミノ酪酸等のような結合原子間で１を超える原子を有することができる。アミノ酸類似体及びペプチド類似体は、増強された特性または望ましい特性、たとえば、さらに経済的な製造、さらに大きな化学的安定性、増強された薬理学的特性（半減期、吸収、効力、有効性、等）、変化した特異性（たとえば、生物活性の広いスペクトル）、低下した抗原性、及び他の望ましい特性を有することが多い。
【０１２０】
一部の実施形態では、単離されたポリペプチドはＤ−アミノ酸を含み、Ｄ−アミノ酸はペプチダーゼによって認識されないので、さらに安定したペプチドを生成するのにそれを使用することができる。コンセンサス配列の１以上のアミノ酸を同じ種類のＤ−アミノ酸で系統的に置換することを用いてさらに安定なペプチドを生成することができる。システイン残基を用いて２以上のペプチドを一緒に環化するまたは連結することができる。これはペプチドを特定の構造に制約するのに有益である（たとえば、Ｒｉｚｏ及びＧｉｅｒａｓｃｈ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９９２，６１，３８７を参照のこと）。
【０１２１】
本開示はまた、本明細書で開示されているポリペプチドのいずれかをコードする核酸分子も提供する。これには、特定のポリペプチドに関する縮重配列すべて（特定のポリペプチド１つをコードする配列を有する核酸すべて、ならびにタンパク質配列の開示されている変異型及び誘導体をコードする縮重核酸を含む核酸すべて）が含まれる。従って、各特定の核酸配列が本明細書で列挙していないかもしれないが、各配列及びあらゆる配列が開示されているポリペプチド配列を介して実際、本明細書で開示され、記載されている。
【０１２２】
核酸内の核酸配列またはポリペプチド内のアミノ酸配列の特定の区間の間での同一性パーセント（または相補性パーセント）は、ＢＬＡＳＴプログラム（基礎的な局所配列比較検索ツール）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３−４１０；Ｚｈａｎｇ及びＭａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９−６５６）を用いて、またはＳｍｉｔｈ及びＷａｔｅｒｍａｎ（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２−４８９）のアルゴリズムを使用する初期設定を用いたＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ  ８  ｆｏｒ  Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ．）を使用することによって日常的に決定することができる。本明細書では、配列同一性パーセントが言及される場合、配列同一性の高いパーセントが低いものより好ましい。
【０１２３】
本開示はまた、本明細書で開示されている核酸分子の１以上及び／またはポリペプチドの１以上と、担体及び／または賦形剤とを含む組成物も提供する。一部の実施形態では、担体は核酸分子及び／またはポリペプチドの安定性を高める（たとえば、保存の所与の条件下（たとえば、−２０℃、４℃または常温）で分解産物が閾値を下回る、たとえば、出発核酸もしくは出発タンパク質の０．５重量％を下回ったままである期間を延長する、または生体内での安定性を高める）。担体の例には、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）ミクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ−乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）ミクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエート及び脂質微小管が挙げられるが、これらに限定されない。担体は、たとえば、ＰＢＳ、ＨＢＳＳ、等のような緩衝化塩溶液を含んでもよい。
【０１２４】
本開示はまた、本明細書で開示されているポリペプチドまたはその断片を製造する方法も提供する。そのようなポリペプチドまたはその断片は好適な方法によって製造することができる。たとえば、ポリペプチドまたはその断片は、そのようなポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子（たとえば、組換え発現ベクター）を含む宿主細胞から製造することができる。そのような方法は、ポリペプチドまたはその断片を製造するのに十分な条件下でポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子（たとえば、組換え発現ベクター）を含む宿主細胞を培養し、それによってポリペプチドまたはその断片を産生させることを含む。核酸は宿主細胞で活性があるプロモーターに作動可能に連結することができ、培養はそれによって核酸が発現される条件下で実施することができる。そのような方法はさらに、発現されたポリペプチドまたはその断片を回収することを含むことができる。回収することはポリペプチドまたはその断片を精製することをさらに含むことができる。
【０１２５】
タンパク質発現のための好適な系の例には、宿主細胞、たとえば、細菌細胞発現系（たとえば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、酵母細胞発現系（たとえば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ）、昆虫細胞発現系（たとえば、バキュロウイルスが介在するタンパク質発現）及び哺乳類細胞発現系が挙げられる。
【０１２６】
ポリペプチドまたはその断片をコードする核酸分子の例は本明細書の別の部分でさらに詳細に開示されている。一部の実施形態では、核酸分子は宿主細胞での発現についてコドンで最適化される。一部の実施形態では、核酸分子は宿主細胞にて活性があるプロモーターに作動可能に連結される。プロモーターは異種プロモーター（天然に存在するプロモーターではないプロモーター）であることができる。Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉにとって好適なプロモーターの例には、アラビノースプロモーター、ｌａｃプロモーター、ｔａｃプロモーター及びＴ７プロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓにとって好適なプロモーターの例には、Ｐ１７０プロモーター及びナイシンプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅにとって好適なプロモーターの例には、たとえば、アルコール脱水素酵素（ＡＤＨＩ）もしくはエノラーゼ（ＥＮＯ）のプロモーターのような構成的なプロモーター、または、たとえば、ＰＨＯ、ＣＵＰ１、ＧＡＬ１及びＧ１０のような誘導性のプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓにとって好適なプロモーターの例には、アルコールオキシダーゼＩ（ＡＯＸＩ）のプロモーター、グリセルアルデヒド３リン酸脱水素酵素（ＧＡＰ）のプロモーター、及びグルタチオン依存性ホルムアルデヒド脱水素酵素（ＦＬＤＩ）のプロモーターが挙げられるが、これらに限定されない。バキュロウイルス介在系にとって好適なプロモーターの例は、後期ウイルス強力ポリヘドリンのプロモーターである。
【０１２７】
一部の実施形態では、核酸分子はポリペプチドまたはその断片と共にインフレームでタグをコードしてタンパク質精製を助ける。タグの例は本明細書の別の部分で開示されている。そのようなタグは、たとえば、タグ付けされたタンパク質が他のタンパク質（たとえば、宿主細胞のタンパク質）から単離され得るように（たとえば、樹脂上に不動化された）相手リガンドに結合することができる。アフィニティークロマトグラフィー、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）及びサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）は発現されたタンパク質の純度を改善するのに使用することができる方法の例である。
【０１２８】
他の方法を用いてポリペプチドまたはその断片を製造することもできる。たとえば、タンパク質化学の技法によって２以上のペプチドまたはポリペプチドを一緒に連結することができる。たとえば、Ｆｍｏｃ（９−フルオレニルメチルオキシカルボニル）またはＢｏｃ（ｔｅｒｔ−ブチルオキシカルボニル）の化学的性質を用いてペプチドまたはポリペプチドを化学的に合成することができる。そのようなペプチドまたはポリペプチドは標準の化学反応によって合成することができる。たとえば、ペプチドまたはポリペプチドが合成され、その合成樹脂から切断できないのに対して、ペプチドまたはタンパク質の他の断片は合成され、その後、樹脂から切断することができ、それによって、他の断片で機能的に遮断されている末端基を曝露する。ペプチド縮合反応によって、これら２つの断片をそれぞれそのカルボキシル末端及びアミノ末端にてペプチド結合を介して共有結合することができる。あるいは、ペプチドまたはポリペプチドは本明細書に記載されているように生体内で独立して合成することができる。いったん単離されると、これらの独立したペプチドまたはポリペプチドは類似のペプチド縮合反応を介して連結されてペプチドまたはその断片を形成し得る。
【０１２９】
一部の実施形態では、クローニングしたまたは合成のペプチドセグメントの酵素的ライゲーションは、相対的に短いペプチド断片が連結されてさらに大きなペプチド断片、ポリペプチド、またはタンパク質全体のドメインを作り出せるようにする（Ａｂｒａｈｍｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９９１，３０，４１５１）。あるいは、合成ペプチドの天然の化学的ライゲーションを利用して短いペプチド断片から大きいペプチドまたはポリペプチドを合成で構築することができる。この方法は２ステップの化学反応から成り得る（Ｄａｗｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９４，２６６，７７６−７７９）。最初のステップは、最初の共有結合生成物としてチオエステル連結の中間体を得るための保護されていない合成ペプチド−チオエステルのアミノ末端Ｃｙｓ残基を含有する別の保護されていないペプチドセグメントとの化学選択反応であることができる。反応条件を変えないで、この中間体は自然発生する迅速な分子内反応を受けてライゲーション部位で天然のペプチド結合を形成することができる。
【０１３０】
一部の実施形態では、保護されていないペプチドセグメントを化学的に連結することができ、その際、化学的ライゲーションの結果としてペプチドセグメント間で形成される結合は非天然の（非ペプチド）結合である（Ｓｃｈｎｏｌｚｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１９９２，２５６，２２１）。
【０１３１】
一部の実施形態では、ポリペプチドは、たとえば、グリコシル化、アセチル化及びリン酸化のような発現後修飾、ならびに天然に存在する及び天然に存在しないの双方での当該技術で既知の他の修飾を持つことができる。ポリペプチドはタンパク質全体またはその部分配列であってもよい。
【０１３２】
本開示はまた、本明細書で開示されているポリペプチドの１以上をコードすることができるポリヌクレオチドを含む核酸分子またはその相補体を含む組換え発現ベクターを含む宿主細胞を培養し、それによってポリペプチドを産生させることを含む、本明細書で開示されているポリペプチドのいずれかを製造する方法も提供する。
【０１３３】
本開示はまた、本明細書で開示されている核酸分子を含むベクターを含む核酸分子のいずれか１以上及び／または本明細書で開示されているポリペプチドのいずれか１以上を含む細胞（たとえば、組換え宿主細胞）も提供する。細胞は試験管内、生体外または生体内にあることができる。核酸分子はプロモーター及び他の調節配列に連結することができる、それにより、それらが発現されてコードされたタンパク質を生じる。そのような細胞の細胞株がさらに提供される。
【０１３４】
一部の実施形態では、細胞は分化全能細胞または多能性細胞（たとえば、胚性幹（ＥＳ）細胞、たとえば、齧歯類のＥＳ細胞、マウスのＥＳ細胞またはラットのＥＳ細胞）である。分化全能細胞はどんな細胞型も生じることができる未分化の細胞を含み、多能性細胞は１を超える分化した細胞型に発生する能力を持つ未分化の細胞を含む。そのような多能性細胞及び／または分化全能細胞は、たとえば、ＥＳ細胞、またはＥＳ様細胞、たとえば、人工多能性幹（ｉＰＳ）細胞であることができる。ＥＳ細胞には、胚に導入された際、発生している胚のどんな組織にも寄与することができる、胚に由来する分化全能性細胞または多能性細胞が挙げられる。ＥＳ細胞は胚盤胞の内部細胞塊から得ることができ、３つの脊椎動物胚葉（内胚葉、外胚葉及び中胚葉）のいずれかの細胞に分化することが可能である。本開示によれば、胚性幹細胞は非ヒト胚性幹細胞であってもよい。
【０１３５】
一部の実施形態では、細胞は初代体細胞である、または初代体細胞ではない細胞である。体細胞には、配偶子、生殖細胞、母細胞、または未分化の幹細胞ではない任意の細胞を挙げることができる。一部の実施形態では、細胞は初代細胞であることもできる。初代細胞には、生物、臓器または組織から直接単離されている細胞または細胞の培養物が挙げられる。初代細胞は形質転換されず、不死でもない細胞を含む。初代細胞は、組織培養で以前継代されなかった、または組織培養で以前継代されたことがあるが、組織培養で無限に継代できない生物、臓器または組織から得られる任意の細胞を含む。そのような細胞は従来の技法によって単離することができ、それらには、たとえば、体細胞、造血細胞、内皮細胞、上皮細胞、繊維芽細胞、間葉細胞、角化細胞、メラニン細胞、単球、単核細胞、脂肪細胞、前脂肪細胞、ニューロン、グリア細胞、肝細胞、骨格筋芽細胞、及び平滑筋細胞が挙げられる。たとえば、初代細胞は結合組織、筋組織、神経系組織または上皮組織から得ることができる。
【０１３６】
一部の実施形態では、細胞は、普通は無限に増殖し得ないが、突然変異または変異のせいで正常な細胞老化を回避している場合があり、代わりに細胞分裂を繰り返し受け続けることができる。そのような突然変異または変異は自然に発生することができ、または意図的に誘導することができる。不死化細胞の例には、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ヒト胚性腎臓細胞（たとえば、ＨＥＫ２９３細胞）、及びマウス胚性線維芽細胞（たとえば、３Ｔ３細胞）が挙げられるが、これらに限定されない。多数の種類の不死化細胞が周知である。不死化細胞または初代細胞には、組換えの遺伝子またはタンパク質を培養するために、または発現させるために通常使用される細胞が挙げられる。一部の実施形態では、細胞は、たとえば、肝臓細胞（たとえば、ヒト肝臓細胞）のような分化した細胞である。
【０１３７】
細胞はどんな供給源に由来することもできる。たとえば、細胞は真核細胞、動物細胞、植物細胞または真菌（たとえば、酵母）細胞であることができる。そのような細胞は魚細胞または鳥細胞であることができ、またはそのような細胞は、たとえば、ヒト細胞、非ヒト哺乳類細胞、齧歯類細胞、マウス細胞またはラット細胞のような哺乳類細胞であることができる。哺乳類には、ヒト、非ヒト霊長類、サル、類人猿、ネコ、イヌ、ウマ、オスウシ、シカ、野牛、ヒツジ、齧歯類（たとえば、マウス、ラット、ハムスター、モルモット）、家畜（たとえば、乳牛、去勢オス牛のようなウシ種；羊、山羊等のようなヒツジ種；ならびに豚及びオス豚のようなブタ種）が挙げられるが、これらに限定されない。鳥類には、ニワトリ、シチメンチョウ、ダチョウ、ガチョウ、アヒル、等が挙げられるが、これらに限定されない。家畜化された動物及び農業用動物も含まれる。「非ヒト動物」という用語はヒトを除外する。
【０１３８】
追加の宿主細胞は、たとえば、全体が参照によって本明細書に組み入れられる２０１６年７月２８日に出願された米国仮特許出願番号６２／３６７，９７３に記載されている。
【０１３９】
本明細書で開示されている核酸分子及びポリペプチドは任意の手段によって細胞に導入することができる。形質移入のプロトコール、ならびに細胞に核酸またはタンパク質を導入するためのプロトコールは様々であり得る。非限定の形質移入法には、リポソーム、ナノ粒子、カルシウム、デンドリマー、及びたとえば、ＤＥＡＥ−デキストランまたはポリエチレンイミンのようなカチオン性ポリマーを用いた化学作用に基づいた形質移入法が挙げられる。非化学的方法には、エレクトロポレーション、ソノポレーション、及び光学形質移入が挙げられる。粒子に基づく形質移入には、遺伝子銃の使用、または磁石支援の形質移入が挙げられる。形質移入にはウイルス法も使用することができる。
【０１４０】
核酸またはタンパク質の細胞への導入は、エレクトロポレーション、細胞質内注入、ウイルス感染、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レンチウイルス、形質移入、脂質介在性の形質移入、またはヌクレオフェクションを介して行うこともできる。ヌクレオフェクションは、核酸基質が細胞質だけでなく、核膜を介して及び核に送達されるのを可能にする改善されたエレクトロポレーション法である。加えて、本明細書で開示されている方法におけるヌクレオフェクションの使用は通常、普通のエレクトロポレーションよりもはるかに少ない細胞しか必要としない（たとえば、普通のエレクトロポレーションによる７００万個と比べて約２００万個のみ）。一部の実施形態では、ヌクレオフェクションはＬＯＮＺＡ（登録商標）ＮＵＣＬＥＯＦＥＣＴＯＲ（商標）システムを用いて実施される。
【０１４１】
核酸またはタンパク質の細胞への導入は微量注入によっても達成することができる。ｍＲＮＡの微量注入は普通、細胞質の中に注入する（たとえば、ｍＲＮＡを翻訳装置に直接送達する）が、タンパク質またはＤＮＡの微量注入は普通、核の中に注入する。あるいは、微量注入は核及び細胞質双方の中への注入によって実施することができる。すなわち針を先ず核に導入することができ、第１の量を注入し、針を核から取り出しながら、第２の量を細胞質に注入することができる。ヌクレアーゼ剤タンパク質が細胞質に注入される場合、タンパク質は核局在シグナルを含んで核／前核への送達を確保してもよい。
【０１４２】
核酸またはタンパク質を細胞に導入する他の方法には、たとえば、ベクター送達、粒子介在送達、エクソーム介在送達、脂質・ナノ粒子介在送達、細胞膜透過性ペプチド介在送達、または埋め込み可能な装置が介在する送達を挙げることができる。核酸またはタンパク質を対象に投与して生体内で細胞を修飾する方法は本明細書の別の部分で開示されている。核酸及びタンパク質の細胞への導入は流体力学的送達（ＨＤＤ）によっても達成することができる。
【０１４３】
核酸またはタンパク質を細胞に導入する他の方法には、たとえば、ベクター送達、粒子介在送達、エクソーム介在送達、脂質・ナノ粒子介在送達、細胞膜透過性ペプチド介在送達、または埋め込み可能な装置が介在する送達を挙げることができる。一部の実施形態では、核酸またはタンパク質は、担体、たとえば、ポリ（乳酸）（ＰＬＡ）ミクロスフェア、ポリ（Ｄ，Ｌ−乳酸−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）ミクロスフェア、リポソーム、ミセル、逆ミセル、脂質コクリエートまたは脂質微小管にて細胞に導入することができる。
【０１４４】
本開示はまた、プローブ及びプライマーも提供する。プローブ及びプライマーの例はたとえば、上記に開示されている。本開示は本明細書で開示されている核酸分子のいずれかと特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含むプローブ及びプライマーを提供する。たとえば、プローブまたはプライマーは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする本明細書に記載されている核酸分子のいずれかとハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含んでもよい。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１３または配列番号１４に係る変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする、本明細書に記載されている核酸分子のいずれかとハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含んでもよい。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１３に係る変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする、本明細書に記載されている核酸分子のいずれかとハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含んでもよい。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１４に係る変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１４５】
一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１３に係るアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１３に係るアミノ酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１４６】
一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１４に係るアミノ酸配列に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、プローブまたはプライマーは、配列番号１４に係るアミノ酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子とハイブリッド形成する、または核酸分子の相補体とハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１４７】
プローブまたはプライマーは任意の好適な長さを含んでもよく、その非限定例には、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、または少なくとも約２５のヌクレオチド長が挙げられる。好ましい実施形態では、プローブまたはプライマーは少なくとも約１８ヌクレオチド長を含む。プローブまたはプライマーは、約１０〜約３５、約１０〜約３０、約１０〜約２５、約１２〜約３０、約１２〜約２８、約１２〜約２４、約１５〜約３０、約１５〜約２５、約１８〜約３０、約１８〜約２５、約１８〜約２４、または約１８〜約２２のヌクレオチド長を含んでもよい。好まれる実施形態では、プローブまたはプライマーは約１８〜約３０のヌクレオチド長である。
【０１４８】
本開示はまた、変異特異的なプローブ及び変異特異的なプライマーも提供する。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列、またはその相補体と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列、またはその相補体と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１４９】
本開示の文脈では、「特異的にハイブリッド形成する」は、プローブまたはプライマー（たとえば、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマー）が野生型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子とハイブリッド形成しないことを意味する。一部の実施形態では、変異特異的なプローブは配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸コドン、またはその相補体と特異的にハイブリッド形成する。一部の実施形態では、変異特異的なプライマーまたはプライマー対は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンがそれから生じる転写物内に包含されるように変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の領域（複数可）と特異的にハイブリッド形成する。一部の実施形態では、変異特異的なプローブは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸コドン、またはその相補体と特異的にハイブリッド形成する。一部の実施形態では、変異特異的なプライマーまたはプライマー対は、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンがそれから生じる転写物内に包含されるように変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の領域（複数可）と特異的にハイブリッド形成する。
【０１５０】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列またはその相補体と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列またはその相補体と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５１】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５２】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５３】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号２に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはハイブリッド形成するまたは特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号２に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５４】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５５】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５６】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５７】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号５に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号５に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５８】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号６に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号６に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１５９】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１６０】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１６１】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１６２】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号９に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号９に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１６３】
一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１０に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。一部の実施形態では、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーは、配列番号１０に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子と相補性である及び／またはそれとハイブリッド形成する、または特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。
【０１６４】
本開示はまた、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成する少なくとも約１５ヌクレオチドを含む変異特異的なプローブまたはプライマーも提供し、変異特異的なプローブまたはプライマーは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、ＳＬＣ１４Ａ１をコードする核酸配列の一部またはその相補体と相補性である核酸配列を含む。
【０１６５】
本開示はまた、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成する少なくとも約１５ヌクレオチドを含む変異特異的なプローブまたはプライマーも提供し、その際、変異特異的なプローブまたはプライマーは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、ＳＬＣ１４Ａ１をコードする核酸配列の一部またはその相補体と相補性である核酸配列を含む。
【０１６６】
本開示はまた、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むという条件で、配列番号１３のアミノ酸配列を有するＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドも提供する。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドは配列番号１３のアミノ酸配列を含む。
【０１６７】
本開示はまた、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むという条件で、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドと少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であるアミノ酸配列を含む単離されたポリペプチドも提供する。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１変異型ポリペプチドは配列番号１４のアミノ酸配列を含む。
【０１６８】
本開示はまた、凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症することに対するヒト対象の易罹患性を決定するための、本明細書に記載されている単離されたプローブまたはプライマーまたは本明細書に記載されている単離された変異特異的なプローブまたはプライマーのいずれかの使用も提供する。
【０１６９】
本開示のプローブまたはプライマーに関して上記に記載されている長さは本開示の変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーにも必要な変更を加えて適用される。
【０１７０】
本開示はまた、上記に記載されているような変異特異的なプライマーの２つを含む変異特異的なプライマーの対も提供する。
【０１７１】
一部の実施形態では、プローブまたはプライマー（たとえば、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマー）はＤＮＡを含む。一部の実施形態では、プローブまたはプライマー（たとえば、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマー）はＲＮＡを含む。一部の実施形態では、プローブまたはプライマー（たとえば、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマー）は、たとえば、高ストリンジェントな条件のようなストリンジェントな条件下で変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列とハイブリッド形成する。
【０１７２】
一部の実施形態では、プローブは標識を含む。一部の実施形態では、標識は蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである。一部の実施形態では、プローブの長さは上記に記載されている。あるいは、一部の実施形態では、プローブは、少なくとも約２０、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、少なくとも約５０、少なくとも約５５、少なくとも約６０、少なくとも約６５、少なくとも約７０、少なくとも約７５、少なくとも約８０、少なくとも約８５、少なくとも約９０、少なくとも約９５、または少なくとも約１００のヌクレオチドを含む、またはそれから成る。プローブ（たとえば、対立遺伝子特異的なプローブ）は、たとえば、本明細書で開示されている核酸分子のいずれかを検出するのに使用されてもよい。好まれる実施形態では、プローブは長さ少なくとも約１８のヌクレオチドを含む。プローブは、長さ約１０〜約３５、約１０〜約３０、約１０〜約２５、約１２〜約３０、約１２〜約２８、約１２〜約２４、約１５〜約３０、約１５〜約２５、約１８〜約３０、約１８〜約２５、約１８〜約２４、または約１８〜約２２のヌクレオチドを含んでもよい。好ましい実施形態では、プローブは長さ約１８〜約３０のヌクレオチドである。
【０１７３】
本開示はまた、本明細書で開示されているプローブのいずれか１以上が連結される基材を含む支持体も提供する。固体支持体は、たとえば、本明細書で開示されているプローブのいずれかような分子が会合することができる固体状態の基材または支持体である。固体支持体の一形態はアレイである。固体支持体の別の形態はアレイ検出器である。アレイ検出器は複数の異なるプローブがアレイ、格子または他の組織化されたパターンで連結されている固体支持体である。
【０１７４】
固体支持体で使用するための固体状態の基材には、分子を連結することができる固体物質を挙げることができる。これには、たとえば、アクリルアミド、アガロース、セルロース、ニトロセルロース、ガラス、ポリスチレン、ポリエチレン酢酸ビニル、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、酸化ポリエチレン、ポリシリケート、ポリカーボネート、テフロン、フルオロカーボン、ナイロン、シリコンゴム、ポリ無水物、ポリグリコール酸、ポリ乳酸、ポリオルソエステル、ポリプロピルフメレート、コラーゲン、グリコサミノグリカン及びポリアミノ酸のような物質が挙げられる。固体状態の基材は、薄膜、膜、ビン、皿、繊維、織り繊維、成形ポリマー、粒子、ビーズ、微粒子または組み合わせを含む任意の有用な形態を有することができる。固体状態の基材及び固体の支持体は多孔性または非多孔性であることができる。固体状態の基材の一形態は、たとえば、標準の９６穴型のようなマイクロタイターディッシュである。一部の実施形態では、通常ウェル当たりアレイ１つを含有するマルチウェルのガラススライドを採用することができる。この特長は、アッセイ再現性のさらに大きな制御、高いスループット及び試料取り扱い、ならびに自動化の容易さを可能にする。一部の実施形態では、支持体はマイクロアレイである。
【０１７５】
本明細書で開示されているポリペプチドのいずれも１以上の置換（たとえば、保存的なアミノ酸置換）、挿入または欠失をさらに有することができる。挿入には、たとえば、アミノ末端またはカルボキシル末端の融合、ならびに単一のまたは複数のアミノ酸残基の配列内挿入が挙げられる。既知の配列を有するＤＮＡにて所定の部位で置換を行う技法は周知であり、たとえば、Ｍ１３プライマー変異誘発及びＰＣＲ変異誘発である。アミノ酸置換は通常、単一残基であるが、同時に多数の異なる位置で生じることができ、挿入は普通、約１〜１０アミノ酸残基の桁であろうし、欠失は約１から３０残基に及ぶであろう。欠失または挿入は隣接する対で行うことができ、すなわち、２つの残基の欠失または２つの残基の挿入である。置換、欠失、挿入またはそれらの組み合わせを組み合わせて最終構築物に達してもよい。一部の実施形態では、突然変異は配列をリーディングフレームの外に配置せず、二次ｍＲＮＡ構造を生じ得る相補性領域を作り出さない。
【０１７６】
本開示はまた、組成物を作り、本明細書に記載されている方法を利用するためのキットも提供する。本明細書に記載されているキットは対象の試料にて１以上の遺伝子変異型を検出するためのアッセイ（単数）またはアッセイ（複数）を含むことができる。
【０１７７】
一部の実施形態では、ヒトＳＬＣ１４Ａ１変異型の同定用のキットは上記に記載されている組成物及び方法を利用する。一部の実施形態では、基本的キットは、本明細書で開示されている核酸分子（たとえば、配列番号２、配列番号５、配列番号６、配列番号９、及び／または配列番号１０）のいずれかにおける遺伝子座についての少なくとも１対のオリゴヌクレオチドのプライマーまたはプローブ、たとえば、変異特異的なプローブまたは変異特異的なプライマーを有する容器を含むことができる。キットはまた、任意で使用のための説明書も含むことができる。キットはまた、他の任意のキット成分、たとえば、増幅される遺伝子座のそれぞれに向けられた対立遺伝子ラダー、増幅用の十分な量の酵素、増幅を助けるための増幅緩衝液、酵素活性を促進するための二価カチオンの溶液、増幅中の鎖の伸長のためのｄＮＴＰ、増幅した物質の電気泳動用の調製のための負荷溶液、鋳型対照としてのゲノムＤＮＡ、分離媒体にて物質が予想どおりに移動するのを確保するためのサイズマーカー、及びユーザーに情報を与え、使用中の誤りを限定するためのプロトコールやマニュアルの１以上も含むことができる。キットにおける種々の試薬の量は、たとえば、処理の最適感度のような多数の要因に応じて変化し得る。手動適用で使用するための検査キットまたは自動化された試料調製、反応の設定、検出器または分析器で使用するための検査キットを提供することはこれらの教示の範囲内にある。
【０１７８】
一部の実施形態では、キットは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子またはその相補体の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号２を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１７９】
一部の実施形態では、キットは、配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号２に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号２に係る６９６３位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号２に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８０】
一部の実施形態では、キットは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８１】
一部の実施形態では、キットは、配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号５に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号５に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号５に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８２】
一部の実施形態では、キットは、配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号６に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号６に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号６に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８３】
一部の実施形態では、キットは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１３に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１４に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１３を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１４を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８４】
一部の実施形態では、キットは、配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号９に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号９に係る２２６位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号９に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８５】
一部の実施形態では、キットは、配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置にてコドンＡＵＣを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１０に対して少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の配列同一性を有し、且つ配列番号１０に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを含む核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。一部の実施形態では、キットは、配列番号１０に係る核酸配列を含む、またはそれから成る変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ分子の増幅用の少なくとも１対のオリゴヌクレオチドプライマー（たとえば、変異特異的なプライマー）、または検出用の少なくとも１つの標識されたオリゴヌクレオチドプローブ（たとえば、変異特異的なプローブ）を含む。
【０１８６】
一部の実施形態では、本明細書で開示されているキットのいずれかはさらに、ヌクレオチドラダー、プロトコール、酵素（たとえば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような増幅に使用される酵素）、ｄＮＴＰ、緩衝剤、塩（単数）または塩（複数）、及び対照核酸試料のいずれか１以上を含んでもよい。一部の実施形態では、本明細書で開示されているキットのいずれかはさらに、検出可能な標識、アニーリング反応を行うのに必要とされる製品や試薬、及び説明書のいずれか１以上を含んでもよい。
【０１８７】
一部の実施形態では、本明細書で開示されているキットは、配列番号２の６９６３位に相当する位置にて、配列番号５及び／または配列番号９の２２６位に相当する位置にて、または配列番号６及び／または配列番号１０の３９４位に相当する位置にてアデニンと直接ハイブリッド形成する３’末端ヌクレオチドを含むプライマーまたはプローブまたは変異特異的なプライマーまたは変異特異的なプローブを含むことができる。
【０１８８】
当業者は採用される検出法が一般に限定的ではないことを理解する。むしろ、それらでアンプリコンの存在または非存在を判定できるという条件で、多種多様な検出手段は開示されている方法及びキットの範囲内である。
【０１８９】
一部の態様では、キットは本明細書で開示されているプライマーまたはプローブの１以上を含むことができる。たとえば、キットは開示されている遺伝子変異型の１以上とハイブリッド形成する１以上のプローブを含むことができる。
【０１９０】
一部の態様では、キットは開示されている細胞または細胞株の１つを含むことができる。一部の態様では、キットはトランスジェニックな細胞または細胞株を作成するのに必要な物質を含むことができる。たとえば、一部の態様では、キットは、細胞と、開示されている遺伝子変異型の１以上を含む核酸配列を含むベクターとを含むことができる。キットはさらに細胞培養用の培地を含むことができる。
【０１９１】
本開示はまた、対象ヒトに由来する生体試料にてＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及び／またはポリペプチドの存在を検出する方法も提供する。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ及び／またはｃＤＮＡは、機能喪失または部分的機能喪失を有する変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドを生じる。集団内の遺伝子配列及びｍＲＮＡ及びそのような遺伝子によってコードされるタンパク質は一塩基多型のような遺伝子多型に起因して変化することができることが理解される。ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びポリペプチドについて本明細書で提供されている配列は単に例となる配列である。ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びポリペプチドについての他の配列も可能である。
【０１９２】
本開示はまた、対象から得られる試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうか、及び／または試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうかを判定するために試料をアッセイすることを含む、ヒト対象がＳＬＣ１４Ａ１変異型の核酸分子を保有するかどうかを判定する方法も提供する。一部の実施形態では、試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、及び／または試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、ヒト対象は凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症するリスクが低いと分類される。一部の実施形態では、試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、及び／または試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む核酸分子が同定される場合、ヒト対象は凝血症状またはＣＡＤを発症するリスクが高いと分類される。一部の実施形態では、凝血症状は、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される。
【０１９３】
本開示はまた、ヒト対象から得られる試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するために試料に対してアッセイを行うことを含む、ヒト対象がＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ７６Ｉｌｅタンパク質及び／またはＳＬＣ１４Ａ１  Ｖａｌ１３２Ｉｌｅタンパク質を保有するかどうかを判定する方法も提供する。一部の実施形態では、試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、及び／または試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、ヒト対象は凝血症状または冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症するリスクが低いと分類される。一部の実施形態では、試料にて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、及び／または試料にて配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が同定される場合、ヒト対象は凝血症状またＣＡＤを発症するリスクが高いと分類される。一部の実施形態では、凝血症状は、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される。一部の実施形態では、試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するのに酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）が使用される。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０１９４】
生体試料は対象由来の細胞、組織または生体液から得ることができる。試料は、任意の臨床的に関連する組織、たとえば、骨髄試料、腫瘍生検、微細針吸引物、または、たとえば、血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ液、腹水、嚢胞液または尿のような体液の試料を含んでもよい。場合によっては、試料は頬内スワブを含む。本明細書で開示されている方法で使用される試料は、アッセイ構成、検出方法の性質、及び試料として使用される組織、細胞または抽出物に基づいて変化するであろう。生体試料は採用されるアッセイに応じて異なって処理することができる。たとえば、変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡについて試料を単離するまたは濃縮するように考案された予備処理を採用することができる。種々の既知の技法がこの目的に使用されてもよい。変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡのレベルを検出する場合、様々な技法を用いてｍＲＮＡを伴う生体試料を濃縮することができる。ｍＲＮＡの存在もしくはレベルまたは特定の変異型ゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出する種々の方法を使用することができる。
【０１９５】
本開示はまた、ヒト対象にてＳＬＣ１４Ａ１変異型の核酸分子を検出する方法も提供し、その際、ＳＬＣ１４Ａ１変異型の核酸分子は機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする。一部の実施形態では、ヒト対象にてＳＬＣ１４Ａ１変異型の核酸分子を検出する方法は、対象から得られる試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列を含むかどうか、または試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列を含むかどうかを判定するために試料をアッセイすることを含む。
【０１９６】
本開示はまた、ヒト対象にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の存在または非存在を検出する方法も提供し、その際、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質である。一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質の存在または非存在を検出する方法は、タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするアミノ酸配列を含むかどうかを判定するために生体試料におけるタンパク質の少なくとも一部を配列決定することを含む。
【０１９７】
一部の実施形態では、本開示は、核酸が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうかを判定するために生体試料にて核酸の少なくとも一部を配列決定することを含む、変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子の存在または非存在を検出する方法を提供する。本明細書で開示されている変異型核酸分子のいずれかは本明細書に記載されているプローブ及びプライマーのいずれかを用いて検出することができる。
【０１９８】
一部の実施形態では、対象にて凝血症状に関連する変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子またはＣＡＤに関連する変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子（たとえば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生体試料にてアッセイを行うことを含み、そのアッセイは生体試料における核酸分子が機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子を含むかどうかを判定する。
【０１９９】
一部の実施形態では、対象にて凝血症状に関連する変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子またはＣＡＤに関連する変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子（たとえば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）の存在または非存在を検出する方法は、対象から得られた生体試料に対してアッセイを行うことを含み、そのアッセイは生体試料における核酸分子が本明細書で開示されている変異型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸配列のいずれか（たとえば、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子）を含むかどうかを判定する。一部の実施形態では、生体試料は細胞または細胞溶解物を含む。そのような方法はさらに、たとえば、ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡを含む生体試料を対象から得ることと、ｍＲＮＡの場合、任意でｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することと、ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡの一部が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードしているかどうかを判定するアッセイを生体試料で行うこととを含むことができる。そのようなアッセイは、たとえば、特定のＳＬＣ１４Ａ１の核酸分子のこれらの位置が何であるかを判定することを含むことができる。一部の実施形態では、対象はヒトである。
【０２００】
一部の実施形態では、アッセイは、対象に由来する生体試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１ゲノムＤＮＡ配列の少なくとも一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含み、もしくは配列決定される一部が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含む、配列決定すること；対象に由来する生体試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１ｍＲＮＡ配列の少なくとも一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含み、もしくは配列決定される一部が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含む、配列決定すること；または対象に由来する生体試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１ｃＤＮＡ配列の少なくとも一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含み、もしくは配列決定される一部が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含む、配列決定ことを含む。
【０２０１】
一部の実施形態では、アッセイは、（ａ）（ｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置でのＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列の部分、もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置でのＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列の部分；（ｉｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置でのＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の部分もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置でのＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の部分；または（ｉｉｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置でのＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の部分もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置でのＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の部分とハイブリッド形成するプライマーに生体試料を接触させることと、（ｂ）（ｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを越えたヌクレオチドの位置に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列の位置もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを越えたヌクレオチドの位置に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列の位置；（ｉｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを越えたヌクレオチドの位置に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の位置もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを越えたヌクレオチドの位置に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の位置；または（ｉｉｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを越えたヌクレオチドの位置に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の位置もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを越えたヌクレオチドの位置に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと、（ｃ）プライマーの伸長産物が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むかどうかを判定すること、またはプライマーの伸長産物が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むかどうかを判定することとを含む。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡだけが分析される。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡだけが分析される。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡから得られるＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡだけが分析される。
【０２０２】
一部の実施形態では、アッセイは、（ａ）（ｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列の一部もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列の部分；（ｉｉ）配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の一部もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の部分；または配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の部分もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の部分とハイブリッド形成する変異特異的なプライマーに生体試料を接触させることと、（ｂ）変異特異的なポリメラーゼ連鎖反応法を用いてプライマーを伸長させることと、（ｃ）伸長が生じたかどうかを判定することとを含む。変異特異的なポリメラーゼ連鎖反応法を用いて核酸配列における欠失のような突然変異を検出することができる。鋳型とのミスマッチが存在する場合、ＤＮＡポリメラーゼは伸長されないので変異特異的なプライマーが使用される。技量のある熟練者は、基本的な変異特異的ポリメラーゼ連鎖反応法の多数の変形を自由に使用することができる。
【０２０３】
変異特異的なプライマーは、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列または核酸配列に対する相補体に対して相補性である核酸配列を含んでもよい。たとえば、変異特異的なプライマーは配列番号１３をコードする核酸配列またはこの核酸配列に対する相補体に対して相補性である核酸配列を含んでもよい。あるいは、変異特異的なプライマーは配列番号１４をコードする核酸配列またはこの核酸配列に対する相補体に対して相補性である核酸配列を含んでもよい。変異特異的なプライマーは好ましくは、核酸配列が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする場合、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列と特異的にハイブリッド形成する。
【０２０４】
一部の実施形態では、アッセイは、試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置を含む、配列決定すること；試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、配列決定すること；試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、配列決定すること；試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、配列決定すること；及び／または試料にて核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、配列決定することを含む。
【０２０５】
一部の実施形態では、アッセイは、（ａ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の部分；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の部分；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の部分とハイブリッド形成するプライマーに試料を接触させることと、（ｂ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の位置；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の位置；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと、（ｃ）プライマーの伸長産物が、（ｉ）配列番号２に係るＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列のイソロイシンをコードする６９６３位〜６９６５位に相当する；（ｉｉ）配列番号５に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列のイソロイシンをコードする２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列のイソロイシンをコードする３９４位〜３９６位に相当する；または（ｉｉｉ）配列番号９に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列のイソロイシンをコードする２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列のイソロイシンをコードする３９４位〜３９６位に相当する位置にて、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含むかどうかを判定することとを含む。
【０２０６】
一部の実施形態では、アッセイは、ストリンジェントな条件下で変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ配列、ｍＲＮＡ配列またはｃＤＮＡ配列と特異的にハイブリッド形成し、対応する野生型ＳＬＣ１４Ａ１配列とはハイブリッド形成しないプライマーまたはプローブに生体試料を接触させることと、ハイブリッド形成が生じているかどうかを判定することとを含む。
【０２０７】
一部の実施形態では、アッセイはＲＮＡの配列決定（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）を含む。一部の実施形態では、アッセイは逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）を介してｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することも含む。
【０２０８】
一部の実施形態では、方法は、標的核酸配列に結合し、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを含むポリヌクレオチドを特異的に検出する及び／または同定するのに十分なヌクレオチド長さのプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリッド形成の条件または反応条件はこの結果を達成するように操作者が決定することができる。このヌクレオチド長は、本明細書に記載されているまたは例示されているアッセイを含めて最適な検出方法で使用するのに十分である任意の長さであってもよい。一般に、たとえば、約８、約１０、約１１、約１２、約１４、約１５、約１６、約１８、約２０、約２２、約２４、約２６、約２８、約３０、約４０、約５０、約７５、約１００、約２００、約３００、約４００、約５００、約６００、または約７００のヌクレオチド以上、または約１１〜約２０、約２０〜約３０、約３０〜約４０、約４０〜約５０、約５０〜約１００、約１００〜約２００、約２００〜約３００、約３００〜約４００、約４００〜約５００、約５００〜約６００、約６００〜約７００、または約７００〜約８００以上のヌクレオチド長を有するプライマーまたはプローブが使用される。好ましい実施形態では、プローブまたはプライマーは少なくとも約１８ヌクレオチド長を含む。プローブまたはプライマーは約１０〜約３５、約１０〜約３０、約１０〜約２５、約１２〜約３０、約１２〜約２８、約１２〜約２４、約１５〜約３０、約１５〜約２５、約１８〜約３０、約１８〜約２５、約１８〜約２４、または約１８〜約２２のヌクレオチド長を含んでもよい。好ましい実施形態では、プローブまたはプライマーは約１８〜約３０のヌクレオチド長である。
【０２０９】
そのようなプローブ及びプライマーは、高ストリンジェントなハイブリッド形成条件下で標的配列と特異的にハイブリッド形成することができる。プローブ及びプライマーは連続するヌクレオチドの標的配列との完全な核酸配列同一性を有し得るが、標的核酸配列とは異なり、標的核酸配列を特異的に検出する及び／または同定する能力を保持するプローブが従来の方法で設計されてもよい。従って、プローブ及びプライマーは標的核酸分子に対して約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を共有することができる。
【０２１０】
一部の実施形態では、変異型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座及び／またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡまたはｃＤＮＡを増幅するのに特異的なプライマーを使用して、特異的なプローブとして使用することができる、または生体試料にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座を同定するために、もしくは特異的なＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡのレベルを測定するためにそれ自体検出され得るアンプリコンを作り出すことができる。ＳＬＣ１４Ａ１変異型の遺伝子座を用いて配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に相当する位置を含むゲノム核酸配列を示すことができる。核酸分子へのプローブの結合を可能にする条件下でプローブが生体試料における核酸分子とハイブリッド形成する場合、この結合を検出することができ、生体試料にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座の存在または変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡもしくはｃＤＮＡの存在もしくはレベルを示すことを可能にする。結合されたプローブのそのような同定が記載されている。特異的なプローブは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１遺伝子の特定の領域と少なくとも約８０％、約８０％〜約８５％、約８５％〜約９０％、約９０％〜約９５％、及び約９５％〜約１００％同一の（または相補性の）配列を含んでもよい。特異的なプローブは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの特定の領域と少なくとも約８０％、約８０％〜約８５％、約８５％〜約９０％、約９０％〜約９５％、及び約９５％〜約１００％同一の（または相補性の）配列を含んでもよい。特異的なプローブは、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの特定の領域と少なくとも約８０％、約８０％〜約８５％、約８５％〜約９０％、約９０％〜約９５％、及び約９５％〜約１００％同一の（または相補性の）配列を含んでもよい。
【０２１１】
一部の実施形態では、生体試料の核酸相補体が変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする（たとえば、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする）核酸配列を含むかどうかを判定するために、生体試料を、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に隣接する５’隣接配列に由来する第１のプライマーと、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置に隣接する３’隣接配列に由来する第２のプライマーとを含むプライマー対を用いた核酸増幅法に供し、配列番号９に係る１８６位に相当する位置にてセリンをコードする位置でのヌクレオチドの存在について診断に用いるアンプリコンを作成する。一部の実施形態では、アンプリコンの長さの範囲は、プライマー対にヌクレオチド塩基対１つを加えて合わせた長さからＤＮＡ増幅プロトコールによって生産可能なアンプリコンの任意の長さに及んでもよい。この距離はヌクレオシド塩基対１つから増幅反応の限界まで、または約２０，０００のヌクレオシド塩基対まで及ぶことができる。任意で、プライマー対は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置及び配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする位置の各側での少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０以上のヌクレオチドを含む領域に隣接する。類似のアンプリコンはｍＲＮＡ及び／またはｃＤＮＡの配列から生成することができる。
【０２１２】
プローブ及びプライマーを調製し、使用する代表的な方法は、たとえば、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ  Ｅｄ．，Ｖｏｌ．１−３，ｅｄ．Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．１９８９（以後，“Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，１９８９”）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｅｄ．Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｒｅｅｎｅ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  ａｎｄ  Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９２（定期的更新で）（以後，“Ａｕｓｕｂｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２”）；及びＩｎｎｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ：Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，１９９０）に記載されている。ＰＣＲのプライマー対は、その目的を対象とするコンピュータープログラム、たとえば、Ｖｅｃｔｏｒ  ＮＴＩ  バージョン１０（Ｉｎｆｏｒｍａｘ  Ｉｎｃ．，Ｂｅｔｈｅｓｄａ  Ｍｄ．）；ＰｒｉｍｅｒＳｅｌｅｃｔ（ＤＮＡＳＴＡＲ  Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）；及びＰｒｉｍｅｒ３（バージョン０．４．０．ＣＯＰＹＲＧＴ．，１９９１，Ｗｈｉｔｅｈｅａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）におけるＰＣＲプライマー解析ツールを使用することによって既知の配列から導き出すことができる。さらに、配列は視覚的に走査することができ、プライマーは既知のガイドラインを用いて手作業で同定することができる。
【０２１３】
核酸のハイブリッド形成または増幅または配列決定の方法を用いて、変異型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座の存在及び／または変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡから生産されるｃＤＮＡのレベルを特異的に検出することができる。一部の実施形態では、核酸分子をプライマーとして用いてＳＬＣ１４Ａ１の核酸の領域を増幅することができるか、または核酸分子を、たとえば、ストリンジェントな条件下で変異型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座を含む核酸分子または変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡもしくはｍＲＮＡから作られるｃＤＮＡを含む核酸分子と特異的にハイブリッド形成するプローブとして使用することができる。
【０２１４】
たとえば、核酸の配列決定、核酸のハイブリッド形成、及び核酸の増幅を含む種々の技法が当該技術で利用できる。核酸の配列決定法の説明に役立つ例には、連鎖停止剤（Ｓａｎｇｅｒ）配列決定及びダイターミネーター配列決定が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２１５】
他の方法には、精製したＤＮＡ、増幅したＤＮＡ及び固定細胞調製物（蛍光原位置ハイブリッド形成（ＦＩＳＨ））に対して向けられた標識したプライマーまたはプローブを使用することが含まれる、配列決定以外の核酸ハイブリッド形成法が含まれる。一部の方法では、検出に先立って、または検出と同時に標的核酸が増幅されてもよい。核酸増幅法の説明に役立つ例には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）及び核酸配列に基づく増幅（ＮＡＳＢＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。他の方法には、リガーゼ連鎖反応、鎖置換増幅及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２１６】
たとえば、ハイブリッド形成保護アッセイ（ＨＰＡ）、リアルタイムでの増幅プロセスの定量的評価、及び試料に当初存在するが、リアルタイム増幅に基づかない標的配列の量を決定することを含む任意の方法を、増幅されなかったまたは増幅されたポリヌクレオチドを検出するのに使用することができる。
【０２１７】
必ずしも配列の増幅を必要とせず、たとえば、染色体物質のサザン（ＤＮＡ：ＤＮＡ）ブロットハイブリッド形成、原位置ハイブリッド形成（ＩＳＨ）、及び蛍光原位置ハイブリッド形成（ＦＩＳＨ）の既知の方法に基づく核酸を同定する方法も提供される。サザンブロッティングを用いて特定の核酸配列を検出することができる。そのような方法では、試料から抽出された核酸を断片化し、マトリクスゲル上で電気泳動にて分離し、膜フィルターに移す。フィルターに結合した核酸を、対象とする配列と相補性の標識されたプローブとのハイブリッド形成に供する。フィルターに結合したハイブリッド形成したプローブが検出される。そのような方法では、プロセスは本明細書で記載されているまたは例示されているプローブのいずれかを使用するハイブリッド形成を含むことができる。
【０２１８】
ハイブリッド形成法では、プローブまたはプライマーがその標的と特異的にハイブリッド形成するようにストリンジェントな条件を採用することができる。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、他の配列（たとえば、対応する野生型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座、野生型ｍＲＮＡまたは野生型ｃＤＮＡ）よりも、たとえば、バックグラウンドより１０倍を超えて含めてバックグラウンドより少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍以上検出可能に高い程度にその標的配列（たとえば、変異型ＳＬＣ１４Ａ１の遺伝子座、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡまたは変異型ＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ）とハイブリッド形成する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、他の配列よりも少なくとも２倍検出可能に高い程度にその標的配列とハイブリッド形成する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、他の配列よりも少なくとも３倍検出可能に高い程度にその標的配列とハイブリッド形成する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、他の配列よりも少なくとも４倍検出可能に高い程度にその標的配列とハイブリッド形成する。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドのプライマーまたはプローブは、ストリンジェントな条件下で、他の配列よりもバックグラウンドより１０倍を超えて検出可能に高い程度にその標的配列とハイブリッド形成する。ストリンジェントな条件は配列に依存し、様々な状況で異なる。ハイブリッド形成のストリンジェントな条件及び／または洗浄条件を制御することによって、プローブと１００％相補性である標的配列を同定することができる（相同プロービング）。あるいは、ストリンジェントな条件を調整して低い程度の同一性が検出される（非相同プロービング）ように配列における幾つかのミスマッチを許すことができる。
【０２１９】
ＤＮＡのハイブリッド形成を促進する適当なストリンジェントな条件、たとえば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）とそれに続く５０℃での２×ＳＳＣの洗浄が既知であり、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６にて見いだすことができる。通常、ハイブリッド形成及び検出のためのストリンジェントな条件は、塩濃度がｐＨ７．０〜８．３で約１．５Ｍ未満のＮａイオン、通常、約０．０１〜１．０ＭのＮａ（または他の塩）イオン濃度及び温度が短いプローブ（たとえば、１０〜５０ヌクレオチド）については少なくとも約３０℃及び長いプローブ（５０ヌクレオチドを超える）については少なくとも約６０℃である。ストリンジェントな条件は、たとえば、ホルムアミドのような不安定化剤の添加によっても達成されてもよい。例となる低ストリンジェントの条件は、３７℃での３０〜３５％のホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳ（ドデシル硫酸ナトリウム）の緩衝溶液におけるハイブリッド形成、及び５０〜５５℃での１×〜２×ＳＳＣ（２０×ＳＳＣ＝３．０ＭのＮａＣｌ／０．３Ｍのクエン酸ナトリウム）における洗浄が挙げられる。例となる中程度のストリンジェントの条件には、３７℃での４０〜４５％のホルムアミド、１.０ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳにおけるハイブリッド形成、及び５５〜６０℃での０．５×〜１×ＳＳＣにおける洗浄が挙げられる。例となる高ストリンジェントの条件には、３７℃での５０％のホルムアミド、１ＭのＮａＣｌ、１％ＳＤＳにおけるハイブリッド形成、及び６０〜６５℃での０．１×ＳＳＣにおける洗浄が挙げられる。任意で、洗浄緩衝液は約０．１％〜約１％のＳＤＳを含んでもよい。ハイブリッド形成の持続時間は一般に約２４時間未満であり、普通、約４〜約１２時間である。洗浄時間の継続は平衡に達するのに少なくとも十分な時間の長さであろう。
【０２２０】
ハイブリッド形成反応では、特異性は通常、ハイブリッド形成後の洗浄の関数であり、決定的な要因は最終洗浄溶液のイオン強度及び温度である。ＤＮＡ−ＤＮＡのハイブリッドについては、ＴｍはＭｅｉｎｋｏｔｈ及びＷａｈｌ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９８４，１３８，２６７−２８４の方程式、すなわちＴｍ＝８１．５℃＋１６．６（ｌｏｇ  Ｍ）＋０．４１（％ＧＣ）−０．６１（％ホルム）−５００／Ｌから近似させることができ、式中、Ｍは一価のカチオンのモル濃度であり、％ＧＣはＤＮＡにおけるグアノシンとシトシンのヌクレオチドの割合（％）であり、％ホルムはハイブリッド形成溶液におけるホルムアミドの割合（％）であり、Ｌは塩基対におけるハイブリッドの長さである。Ｔｍは、相補性の標的配列の５０％が完全に一致するプローブとハイブリッド形成する温度（定義されたイオン強度及びｐＨのもとでの）である。Ｔｍは各１％のミスマッチについて約１℃低下する。従って、Ｔｍ、ハイブリッド形成及び／または洗浄の条件を調整して所望の同一性の配列とハイブリッド形成させることができる。たとえば、９０％以上の同一性の配列が求められる場合、Ｔｍを１０℃下げることができる。一般に、ストリンジェントな条件は、定義されたイオン強度及びｐＨにて特定の配列とその相補体について熱融点（Ｔｍ）より約５℃低いように選択される。しかしながら、厳密にストリンジェントな条件は熱融点（Ｔｍ）より１℃、２℃、３℃または４℃低いハイブリッド形成及び洗浄を利用することができ、中程度にストリンジェントな条件は熱融点（Ｔｍ）より６℃、７℃、８℃、９℃または１０℃低いハイブリッド形成及び洗浄を利用することができ、低ストリンジェントの条件は熱融点（Ｔｍ）より１１℃、１２℃、１３℃、１４℃、１５℃または２０℃低いハイブリッド形成及び洗浄を利用することができる。方程式、ハイブリッド形成及び洗浄の組成及び所望のＴｍを用いて、当業者は、ハイブリッド形成及び／または洗浄溶液のストリンジェントな条件での変動が本質的に記載されていることを理解するであろう。所望の程度のミスマッチが４５℃（水溶液）または３２℃（ホルムアミド溶液）に満たないＴｍを生じる場合、さらに高い温度が使用できるようにＳＳＣの濃度を上げることが最適である。
【０２２１】
たとえば、タンパク質の配列決定及び免疫アッセイを含む、生体試料にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドの存在を検出するまたはそのレベルを定量する方法も提供される。一部の実施形態では、ヒト対象にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質（たとえば、機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質）の存在を検出する方法は、ヒト対象由来の生体試料にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質（たとえば、機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質）の存在を検出するアッセイを生体試料で実施することを含む。一部の実施形態では、ヒト対象にて変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質（たとえば、配列番号１３及び／または配列番号１４）の存在を検出する方法は、ヒト対象由来の生体試料にてＳＬＣ１４Ａ１タンパク質（たとえば、配列番号１３及び／または配列番号１４）の存在を検出するアッセイを生体試料で実施することを含む。
【０２２２】
タンパク質の配列決定法の説明に役立つ非限定例には、質量分光分析及びＥｄｍａｎ分解が挙げられるが、これらに限定されない。免疫アッセイの説明に役立つ例には、免疫沈降、ウエスタンブロット、免疫組織化学、ＥＬＩＳＡ、免疫細胞化学、フローサイトメトリー、及び免疫ＰＣＲが挙げられるが、これらに限定されない。種々の既知の技法（たとえば、比色性、蛍光性、化学発光性または放射性）を用いて検出可能に標識したポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体は免疫アッセイでの使用に好適である。
【０２２３】
本開示はまた、発現ベクターを細胞に導入することを含む、細胞を修飾する方法も提供し、発現ベクターは機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１遺伝子を含む。
【０２２４】
本開示はまた、発現ベクターを細胞に導入することを含む、細胞を修飾する方法も提供し、発現ベクターは、配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチド配列を含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１遺伝子を含む。一部の実施形態では、発現ベクターは、配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当する位置にてイソロイシンをコードするコドンを含むヌクレオチド配列を含む組換えＳＬＣ１４Ａ１遺伝子を含む。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２２５】
本開示はまた、発現ベクターを細胞に導入することを含む、細胞を修飾する方法も提供し、発現ベクターは、配列番号１３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子を含む。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２２６】
本開示はまた、発現ベクターを細胞に導入することを含む、細胞を修飾する方法も提供し、発現ベクターは、配列番号１４と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドをコードする核酸分子を含む。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２２７】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドまたはその断片を細胞に導入することを含む、細胞を修飾する方法も提供し、ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは、配列番号１３と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２２８】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドまたはその断片を細胞に導入することを含む、細胞を修飾する方法も提供し、ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドは、配列番号１４と少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％同一であり、且つ配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２２９】
本開示はまた、凝血症状またはＣＡＤを発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法も提供する。一部の実施形態では、方法は、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡから得られるｃＤＮＡの存在を検出することを含み、変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡから得られるｃＤＮＡは機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする。
【０２３０】
一部の実施形態では、方法は、対象から得られた生体試料から得られる変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｍＲＮＡから得られるｃＤＮＡの存在を検出することを含む。集団内での遺伝子配列及びそのような遺伝子によってコードされるｍＲＮＡは、たとえば、一塩基多型（ＳＮＰ）のような遺伝子多型に起因して変化し得ることが理解される。変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ及びポリペプチドについて本明細書で提供されている配列は単に例となる配列であって、追加のＳＬＣ１４Ａ１の対立遺伝子を含む他のそのような配列も可能である。
【０２３１】
一部の実施形態では、方法は、（ａ）対象から得られた試料における核酸分子が機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうか判定するために試料をアッセイすることと、（ｂ）核酸分子が機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質もしくは部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが低いとヒト対象を分類することと、または核酸分子が機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質もしくは部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含んでいない場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類することとを含む。
【０２３２】
一部の実施形態では、方法は、（ａ）対象から得られた試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列を含むかどうかを判定するために試料をアッセイすることと、（ｂ）核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列を含む場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが低いとヒト対象を分類することと、または核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列を含んでいない場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類することとを含む。
【０２３３】
一部の実施形態では、アッセイは、試料における核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号２に係る６９６３位〜６９３５位の相当する位置を含む、配列決定すること；試料における核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、配列決定すること；試料における核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、配列決定すること；試料における核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当する位置を含む、配列決定すること；及び／または試料における核酸分子のＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の一部を配列決定することであって、その際、配列決定される一部は配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当する位置を含む、配列決定することを含む。本明細書で開示されている核酸分子（たとえば、ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ）のいずれをも配列決定することができる。一部の実施形態では、検出するステップは核酸分子全体を配列決定することを含む。
【０２３４】
一部の実施形態では、検出するステップは、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することであって、その際、増幅された核酸分子は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする、増幅することと；検出可能な標識で核酸分子を標識することと；プローブを含む支持体に標識した核酸を接触させることであって、その際、プローブが、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードするまたは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列とストリンジェントな条件下でハイブリット形成する核酸配列を含む、接触させることと；検出可能な標識を検出することとを含む。本明細書で開示されている核酸分子のいずれをも増幅することができる。たとえば、本明細書で開示されているゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの分子のいずれをも増幅することができる。一部の実施形態では、核酸分子はｍＲＮＡであり、方法はさらに、増幅するステップに先立ってｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含む。
【０２３５】
一部の実施形態では、アッセイは、（ａ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のゲノム配列の部分；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡの位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ配列の部分；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡの位置に最も近いＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ配列の部分とハイブリッド形成するプライマーに試料を接触させることと、（ｂ）（ｉ）配列番号２に係る６９６３位〜６９６５位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の位置；（ｉｉ）配列番号５に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の位置；または（ｉｉｉ）配列番号９に係る２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係る３９４位〜３９６位に相当するＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の位置を少なくとも介してプライマーを伸長させることと、（ｃ）（ｉ）配列番号２に係るＳＬＣ１４Ａ１のゲノム核酸配列の６９６３位〜６９６５位に相当する；（ｉｉ）配列番号５に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号６に係るＳＬＣ１４Ａ１のｍＲＮＡ核酸配列の３９４位〜３９６位に相当する；または（ｉｉｉ）配列番号９に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の２２６位〜２２８位に相当するもしくは配列番号１０に係るＳＬＣ１４Ａ１のｃＤＮＡ核酸配列の３９４位〜３９６位に相当する位置にて、プライマーの伸長産物が、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードするヌクレオチドを含むかどうかを判定することとを含む。
【０２３６】
一部の実施形態では、アッセイは、ストリンジェントな条件下で、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノム核酸配列、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡ核酸配列、またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｃＤＮＡ核酸配列と特異的にハイブリッド形成し、且つ対応する野生型ＳＬＣ１４Ａ１の核酸配列とはハイブリッド形成しないプライマーまたはプローブに試料を接触させることと、ハイブリッド形成が生じているかどうかを判定することとを含む。一部の実施形態では、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のゲノム核酸配列、ＳＬＣ１４Ａ１変異型のｍＲＮＡ核酸配列、またはＳＬＣ１４Ａ１変異型のｃＤＮＡ核酸は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２３７】
本開示はまた、（ａ）ヒト対象から得られた試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するために試料をアッセイすることと、（ｂ）試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含んでいる場合、及び／または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含んでいる場合、凝血症状もしくは冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症するリスクが低いとヒト対象を分類すること、または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含んでいない場合、及び／または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含んでいない場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類することとを含む、凝血症状またはＣＡＤを発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法も提供する。一部の実施形態では、試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、及び／または試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するのに酵素連結免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）が使用される。一部の実施形態では、方法は試験管内の方法である。
【０２３８】
方法の一部の実施形態では、検出するステップは、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部を配列決定することを含む。配列決定される核酸分子は機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードし得る。一部の実施形態では、配列決定される核酸分子は配列番号１３に係る７６位に相当する位置を含む、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置を含むアミノ酸配列をコードし得る。配列番号２（たとえば、ゲノムＤＮＡ）に係る６９６３位に相当する位置、または配列番号５もしくは配列番号９（たとえば、ｍＲＮＡ）に係る２２６位に相当する位置、または配列番号６もしくは配列番号１０（たとえば、ｃＤＮＡ）に係る３９４位に相当する位置におけるアデニンの存在はそれぞれ、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を生じる。検出するステップは、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質全体をコードする核酸分子を配列決定することを含んでもよい。
【０２３９】
方法の一部の実施形態では、検出するステップは、ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子の少なくとも一部を増幅することと、検出可能な標識で核酸分子を標識することと、プローブを含む支持体に標識された核酸分子を接触させることとであって、プローブは、たとえば、ストリンジェントな条件を含めて、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンをコードする核酸配列（または配列番号２（たとえば、ゲノムＤＮＡ）に係る６９６３位に相当する位置、または配列番号５もしくは配列番号９（たとえば、ｍＲＮＡ）に係る２２６位に相当する位置、または配列番号６もしくは配列番号１０（たとえば、ｃＤＮＡ）に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを有する核酸配列）と特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む、接触させることと、検出可能な標識を検出することとを含む。増幅される核酸分子は、好ましくは配列番号１３に係る７６位に相当する位置を含むアミノ酸配列をコードする、または好ましくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置を含むアミノ酸配列をコードする。核酸分子がｍＲＮＡを含む場合、方法はさらに、増幅するステップに先立ってｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含んでもよい。一部の実施形態では、判定するステップは、検出可能な標識を含むプローブに核酸分子を接触させることと、検出可能な標識を検出することとを含む。プローブは好ましくは、たとえば、ストリンジェントな条件下を含めて、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする核酸配列または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むアミノ酸配列をコードする核酸配列（または配列番号２（たとえば、ゲノムＤＮＡ）に係る６９６３位に相当する位置、または配列番号５もしくは配列番号９（たとえば、ｍＲＮＡ）に係る２２６位に相当する位置、または配列番号６もしくは配列番号１０（たとえば、ｃＤＮＡ）に係る３９４位に相当する位置にてアデニンを有する核酸配列）と特異的にハイブリッド形成する核酸配列を含む。核酸分子はヒト対象から得られる細胞内に存在してもよい。
【０２４０】
本明細書で開示されている方法にて使用することができる他のアッセイには、たとえば、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）または定量的ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられる。本明細書で開示されている方法にて使用することができるさらに他のアッセイには、たとえば、ＲＮＡの配列決定（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）とその後の生体試料における変異型のｍＲＮＡまたはｃＤＮＡの存在及び量の検出が挙げられる。
【０２４１】
本明細書で開示されている方法は、試験管内で、生体外で、または生体内で実施されてもよい。
【０２４２】
本開示はまた、（ａ）ヒト対象から得られた試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が機能喪失タンパク質または部分的機能喪失タンパク質であるかどうかを判定するために試料にてアッセイを行うことと、（ｂ）ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが機能喪失タンパク質もしくは部分的機能喪失タンパク質である場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが低いとヒト対象を分類すること、またはＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが機能喪失タンパク質もしくは部分的機能喪失タンパク質ではない場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類することとを含む、凝血症状またはＣＡＤを発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法も提供する。
【０２４３】
本開示はまた、（ａ）ヒト対象から得られた試料におけるＳＬＣ１４Ａ１タンパク質が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうか、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むかどうかを判定するために試料にてアッセイを行うことと、（ｂ）ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含む、もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含む場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが低いとヒト対象を分類すること、またはＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドが配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、もしくは配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まない場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類することとを含む、凝血症状またはＣＡＤを発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法も提供する。一部の実施形態では、ヒト対象はそのような判定を必要としている。一部の実施形態では、ヒト対象は凝血症状またはＣＡＤを有する血縁者を有し得る。
【０２４４】
本開示はまた、（ａ）対象から得られる試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうか、及び／または試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含むかどうかを判定するために試料をアッセイすることと、（ｂ）試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、及び／または試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸配列を含む場合、凝血症状もしくは冠状動脈疾患（ＣＡＤ）を発症するリスクが低いとヒト対象を分類すること、または試料における核酸分子が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする場合、及び／または試料における核酸分子が配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする場合、凝血症状もしくはＣＡＤを発症するリスクが高いとヒト対象を分類することとを含む、凝血症状またはＣＡＤを発症することに対するヒト対象の易罹患性を判定する方法も提供する。
【０２４５】
本明細書に記載されている方法のいずれも、凝血症状を有するまたは凝血症状を発症する高いリスクを有する対象のために、凝血症状を（部分的にまたは完全に）予防する、治療するまたは抑制する治療剤を投与することをさらに含んでもよい。一部の実施形態では、抗凝固剤は、ヘパリン、ワーファリン（ＣＯＵＭＡＤＩＮ（登録商標）及びＪＡＮＴＯＶＥＮ（登録商標））、リバロキサバン（ＸＡＲＥＬＴＯ（登録商標））、ダビガトラン（ＰＲＡＤＡＸＡ（登録商標））、アピキサバン（ＥＬＩＱＵＩＳ（登録商標））、エドキサバン（ＳＡＶＡＹＳＡ（登録商標））、エノキサパリン（ＬＯＶＥＮＯＸ（登録商標））、フォンダパリヌクス（ＡＲＩＸＴＲＡ（登録商標））、ダルテパリン（ＦＲＡＧＭＩＮ（登録商標））、ビバリルジン（ＡＮＧＩＯＭＡＸ（登録商標））、アルガトロバン（ＡＣＯＶＡ（登録商標））、またはアンチトロンビンＩＩＩ（ＴＨＲＯＭＢＡＴＥ  ＩＩＩ（登録商標））である。一部の実施形態では、抗凝固剤は本明細書に記載されている変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドのいずれかである。
【０２４６】
本明細書に記載されている方法のいずれも、ＣＡＤを有するまたはＣＡＤを発症する高いリスクを有する対象のために、ＣＡＤを（部分的にまたは完全に）予防する、治療する、または抑制する治療剤を投与することをさらに含んでもよい。一部の実施形態では、作用物質は、コレステロールを緩和する薬物（たとえば、スタチン、ナイアシン、フィブラート、または胆汁酸吸着剤）、アスピリン、ベータブロッカー、ニトログリセリン、アンギオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、及び／またはアンギオテンシンＩＩ受容体ブロッカー（ＡＲＢ）である。
【０２４７】
本開示はまた、患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られるＤＮＡ試料で遺伝子型アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が凝血症状に関連する遺伝子変異型の１以上を有する場合、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤で凝血症状の患者を処置する方法も提供する。凝血症状に関連する遺伝子変異型は本明細書で開示されている、そのような活性を持つ変異型のいずれかであることができる。一部の実施形態では、凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子である。遺伝子型アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定することは本明細書に記載されている方法のいずれかを包含することができる。一部の実施形態では、遺伝子型アッセイが、凝血症状の患者が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子を含むことを示す場合、凝血症状の患者は、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤で治療されるが、凝血症状の患者が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子を含む場合よりも低いまたは頻度が少ない（たとえば、約１０％低いまたは頻度が少ない、約２０％低いまたは頻度が少ない、約３０％低いまたは頻度が少ない、約４０％低いまたは頻度が少ない、約５０％低いまたは頻度が少ない、約６０％低いまたは頻度が少ない、または約７０％低いまたは頻度が少ない）用量の治療剤で治療される。一部の実施形態では、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤は、ヘパリン、ワーファリン（ＣＯＵＭＡＤＩＮ（登録商標）及びＪＡＮＴＯＶＥＮ（登録商標））、リバロキサバン（ＸＡＲＥＬＴＯ（登録商標））、ダビガトラン（ＰＲＡＤＡＸＡ（登録商標））、アピキサバン（ＥＬＩＱＵＩＳ（登録商標））、エドキサバン（ＳＡＶＡＹＳＡ（登録商標））、エノキサパリン（ＬＯＶＥＮＯＸ（登録商標））、フォンダパリヌクス（ＡＲＩＸＴＲＡ（登録商標））、ダルテパリン（ＦＲＡＧＭＩＮ（登録商標））、ビバリルジン（ＡＮＧＩＯＭＡＸ（登録商標））、アルガトロバン（ＡＣＯＶＡ（登録商標））、またはアンチトロンビンＩＩＩ（ＴＨＲＯＭＢＡＴＥ  ＩＩＩ（登録商標））である。
【０２４８】
本開示はまた、患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られたタンパク質試料に対してアッセイを実施することまたは実施していることによって患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が凝血症状に関連する遺伝子変異型の１以上を有する場合、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤で凝血症状の患者を治療する方法も提供する。凝血症状に関連する遺伝子変異型は本明細書で開示されている、そのような活性を持つ変異型のいずれかであることができる。一部の実施形態では、凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質である。アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が凝血症状に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定することは、本明細書に記載されている方法のいずれかを包含することができる。一部の実施形態では、アッセイが、凝血症状の患者は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を含むことを示す場合、凝血症状の患者は、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤で治療されるが、凝血症状の患者が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を含む場合よりも低いまたは頻度が少ない（たとえば、約１０％低いまたは頻度が少ない、約２０％低いまたは頻度が少ない、約３０％低いまたは頻度が少ない、約４０％低いまたは頻度が少ない、約５０％低いまたは頻度が少ない、約６０％低いまたは頻度が少ない、または約７０％低いまたは頻度が少ない）用量の治療剤で治療される。一部の実施形態では、凝血症状を予防する、治療する、または抑制する治療剤は、ヘパリン、ワーファリン（ＣＯＵＭＡＤＩＮ（登録商標）及びＪＡＮＴＯＶＥＮ（登録商標））、リバロキサバン（ＸＡＲＥＬＴＯ（登録商標））、ダビガトラン（ＰＲＡＤＡＸＡ（登録商標））、アピキサバン（ＥＬＩＱＵＩＳ（登録商標））、エドキサバン（ＳＡＶＡＹＳＡ（登録商標））、エノキサパリン（ＬＯＶＥＮＯＸ（登録商標））、フォンダパリヌクス（ＡＲＩＸＴＲＡ（登録商標））、ダルテパリン（ＦＲＡＧＭＩＮ（登録商標））、ビバリルジン（ＡＮＧＩＯＭＡＸ（登録商標））、アルガトロバン（ＡＣＯＶＡ（登録商標））、またはアンチトロンビンＩＩＩ（ＴＨＲＯＭＢＡＴＥ  ＩＩＩ（登録商標））である。
【０２４９】
本開示はまた、患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られたＤＮＡ試料で遺伝子型アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するステップと、患者が冠状動脈疾患に関連する遺伝子変異型の１以上を有する場合、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で冠状動脈疾患（ＣＡＤ）の患者を治療する方法も提供する。冠状動脈疾患に関連する遺伝子変異型は本明細書で開示されている、そのような活性を持つ変異型のいずれかであることができる。一部の実施形態では、冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子である。遺伝子型アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定することは本明細書に記載されている方法のいずれかを包含することができる。一部の実施形態では、遺伝子型アッセイが、冠状動脈疾患の患者は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子を含むことを示す場合、冠状動脈疾患の患者は、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で治療されるが、冠状動脈疾患の患者が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子、及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子を含む場合よりも低いまたは頻度が少ない（たとえば、約１０％低いまたは頻度が少ない、約２０％低いまたは頻度が少ない、約３０％低いまたは頻度が少ない、約４０％低いまたは頻度が少ない、約５０％低いまたは頻度が少ない、約６０％低いまたは頻度が少ない、または約７０％低いまたは頻度が少ない）用量の治療剤で治療される。一部の実施形態では、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤は、コレステロールを緩和する薬物、アスピリン、ベータブロッカー、ニトログリセリン、アンギオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、及び／またはアンギオテンシンＩＩ受容体ブロッカー（ＡＲＢ）である。一部の実施形態では、コレステロールを緩和する薬物は、スタチン、ナイアシン、フィブラート、または胆汁酸吸着剤である。
【０２５０】
本開示はまた、患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するために患者から得られるタンパク質試料に対してアッセイを実施することまたは実施していることによって患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定するステップと；患者が冠状動脈疾患に関連する遺伝子変異型の１以上を有する場合、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤を患者に投与するステップとを含む、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で冠状動脈疾患（ＣＡＤ）の患者を治療する方法も提供する。冠状動脈疾患に関連する遺伝子変異型は、本明細書で開示されている、そのような活性を持つ変異型のいずれかであることができる。一部の実施形態では、冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質である。アッセイを実施することまたは実施していることによって患者が冠状動脈疾患に関連する１以上の遺伝子変異型を有するかどうかを判定することは本明細書に記載されている方法のいずれかを包含することができる。一部の実施形態では、アッセイが、冠状動脈疾患の患者は配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含むＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を含むことを示す場合、冠状動脈疾患の患者は、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤で治療されるが、冠状動脈疾患の患者が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を含むことを示す場合よりも低いまたは頻度が少ない（たとえば、約１０％低いまたは頻度が少ない、約２０％低いまたは頻度が少ない、約３０％低いまたは頻度が少ない、約４０％低いまたは頻度が少ない、約５０％低いまたは頻度が少ない、約６０％低いまたは頻度が少ない、または約７０％低いまたは頻度が少ない）用量の治療剤で治療される。一部の実施形態では、冠状動脈疾患を予防する、治療するまたは抑制する治療剤は、コレステロールを緩和する薬物、アスピリン、ベータブロッカー、ニトログリセリン、アンギオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、及び／またはアンギオテンシンＩＩ受容体ブロッカー（ＡＲＢ）である。一部の実施形態では、コレステロールを緩和する薬物は、スタチン、ナイアシン、フィブラート、または胆汁酸吸着剤である。
【０２５１】
治療剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻内または筋肉内を含むが、これらに限定されない好適な経路によることができる。投与のための医薬組成物は望ましくは無菌であり、且つ実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は単位剤形（すなわち、単回投与用の投与量）で提供することができる。医薬組成物は、１以上の生理学的に且つ薬学上許容できる担体、希釈剤、賦形剤または補助剤を用いて製剤化することができる。製剤化は選択される投与の経路に依存する。「薬学上許容できる」という用語は、担体、希釈剤、賦形剤または補助剤が製剤の他の成分に適合しており、且つそのレシピエントに対して実質的に有害ではないことを意味する。
【０２５２】
本明細書に記載されている実施形態のいずれにおいても、方法は、凝血症状及び／またはＣＡＤを有するまたはそれを有するリスクがある対象の検出、診断、特定及び／または治療に使用することができる。本明細書に記載されている実施形態のいずれにおいても、方法は、凝血症状を有するまたはそれを有するリスクがある対象の検出、診断、特定及び／または治療に使用することができる。本明細書に記載されている実施形態のいずれにおいても、方法は、ＣＡＤを有するまたはそれを有するリスクがある対象の検出、診断、特定及び／または治療に使用することができる。一部の実施形態では、凝血症状は、血栓症、肺塞栓症、心筋梗塞（ＭＩ）、静脈血栓塞栓症（ＶＴＥ）、深部静脈血栓症（ＤＶＴ）、脳動脈瘤、及び脳卒中から選択される。一部の実施形態では、方法は、造血状態を有するまたはそれを有するもしくは必要とするリスクがある対象の検出、診断、特定及び／または治療には使用されない。
【０２５３】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を有するヒト対象における凝血症状の治療で使用するための抗凝固剤も提供し、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質である。一部の実施形態では、抗凝固剤は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まない変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を有するヒト対象における凝血症状の治療で使用するためのものである。一部の実施形態では、ヒト対象は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質について及び／またはＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子について検査で陽性とされている。一部の実施形態では、治療は、ヒト対象が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／またはＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子を有するかどうかを判定するステップを含む。一部の実施形態では、ヒト対象は、本明細書に記載されている方法のいずれかを使用することによって凝血症状を有するまたは凝血症状を発症するリスクを有すると特定されている。一部の実施形態では、抗凝固剤は、ヘパリン、ワーファリン（ＣＯＵＭＡＤＩＮ（登録商標）及びＪＡＮＴＯＶＥＮ（登録商標））、リバロキサバン（ＸＡＲＥＬＴＯ（登録商標））、ダビガトラン（ＰＲＡＤＡＸＡ（登録商標））、アピキサバン（ＥＬＩＱＵＩＳ（登録商標））、エドキサバン（ＳＡＶＡＹＳＡ（登録商標））、エノキサパリン（ＬＯＶＥＮＯＸ（登録商標））、フォンダパリヌクス（ＡＲＩＸＴＲＡ（登録商標））、ダルテパリン（ＦＲＡＧＭＩＮ（登録商標））、ビバリルジン（ＡＮＧＩＯＭＡＸ（登録商標））、アルガトロバン（ＡＣＯＶＡ（登録商標））、またはアンチトロンビンＩＩＩ（ＴＨＲＯＭＢＡＴＥ  ＩＩＩ（登録商標））である。一部の実施形態では、抗凝固剤は本明細書に記載されている変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドのいずれかである。
【０２５４】
本開示はまた、凝血症状を発症することに対する対象の易罹患性を判定するための、本明細書で開示されているいずれかの変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ポリペプチド、及びハイブリッド形成核酸分子の使用も提供する。
【０２５５】
本開示はまた、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を有するヒト対象におけるＣＡＤの治療で使用するための作用物質も提供し、変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質は機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質または部分的機能喪失ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質である。一部の実施形態では、抗ＣＡＤ剤は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まない変異型ＳＬＣ１４Ａ１タンパク質を有するヒト対象におけるＣＡＤの治療で使用するためのものである。一部の実施形態では、ヒト対象は、配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質について、及び／またはＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子について検査で陽性とされている。一部の実施形態では、治療は、ヒト対象が配列番号１３に係る７６位に相当する位置にてイソロイシンを含まない、または配列番号１４に係る１３２位に相当する位置にてイソロイシンを含まないＳＬＣ１４Ａ１タンパク質及び／またはＳＬＣ１４Ａ１タンパク質をコードする核酸分子を有するかどうかを判定するステップを含む。一部の実施形態では、ヒト対象は本明細書に記載されている方法のいずれかを使用することによってＣＡＤを有するまたはＣＡＤを発症するリスクを有すると特定されている。一部の実施形態では、作用物質は、コレステロールを緩和する薬物（たとえば、スタチン、ナイアシン、フィブラート、または胆汁酸吸着剤）、アスピリン、ベータブロッカー、ニトログリセリン、アンギオテンシン変換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、及び／またはアンギオテンシンＩＩ受容体ブロッカー（ＡＲＢ）である。一部の実施形態では、作用物質は本明細書に記載されている変異型ＳＬＣ１４Ａ１ポリペプチドのいずれかである。
【０２５６】
本開示はまた、凝血症状を発症することに対する対象の易罹患性を判定するための、本明細書で開示されているいずれかの変異型ＳＬＣ１４Ａ１のゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ポリペプチド、及びハイブリッド形成核酸分子の使用も提供する。
【０２５７】
上記または以下で引用されている特許文書、ウエブサイト、他の出版物、受入番号等はすべて、各個々の項目が具体的に且つ個々に参照によってそのように組み入れられるように指示されたかのようにと同じ程度にあらゆる目的でそれらの全体が参照によって組み入れられる。異なる時点で配列の異なるバージョンが受入番号に関連する場合、本出願の有効出願日での受入番号に関連したバージョンが意図される。有効出願日は実際の出願日、または該当する場合、受入番号に言及する優先出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、出版物、ウエブサイト等の異なるバージョンが異なる時点で公開される場合、指示されない限り、出願の優先出願日で最も新しく公開されたバージョンが意図される。本開示のいかなる特長、ステップ、要素、実施形態または態様も、別様に指示されていない限り、いかなる他の特長、ステップ、要素、実施形態または態様とも組み合わせて使用することができる。本開示は明瞭さ及び理解の目的で説明及び例示を手段として多少詳細に記載されているが、ある特定の変更及び修正が添付のクレームの範囲内で実践されてもよいことが明らかであろう。
【０２５８】
本明細書で列挙されているヌクレオチド配列及びアミノ酸配列はヌクレオチド塩基については標準の文字略記及びアミノ酸については一文字コードを用いて示される。ヌクレオチド配列は配列の５’末端で開始して３’末端に向かって進む（すなわち、各列で左から右へ）標準の慣例に従う。各ヌクレオチド配列の一方の鎖のみを示すが、相補鎖は示された鎖を参照することにより含められていると理解される。アミノ酸配列は配列のアミノ末端で開始してカルボキシ末端に向かって進む（すなわち、各列で左から右へ）標準の慣例に従う。
【０２５９】
以下の実施例を提供して実施形態をさらに詳細に説明する。それらは請求項に係る実施形態を説明するように意図され、限定することを意図するものではない。
【実施例】
【０２６０】
以下の実施例は本明細書で請求項に係る化合物、組成物、物品、装置及び／または方法がどのように為され、評価されるかの完全な開示及び説明を当業者に提供するように提示され、純粋な例示であることが意図され、本発明者らがその発明と見なすものの範囲を限定するようには意図されない。数（たとえば、量、温度、等）に関して正確さを確保するように努力されているが、若干の誤差及び偏差が考慮されるべきである。別様に指示されない限り、部分は重量部であり、温度は℃であり、または周囲温度であり、圧力は大気圧またはほぼ大気圧である。
【０２６１】
実施例１：治験被験者募集及び表現型決定
ＭｙＣｏｄｅコミュニティ健康イニシアチブは、匿名化された電子カルテ（ＥＨＲ）及び研究目的でのゲノム情報へのアクセスを提供することに同意している１２５，０００人を超えるＧｅｉｓｉｎｇｅｒ医療制度（ＧＨＳ）の患者のコホートである。Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ遺伝学センターとＧＨＳの間でのＤｉｓｃｏｖＥＨＲ共同研究の一部として、大部分が欧州系の９０，０００人を超えるＧＨＳの参加者における全エクソームの配列決定を完了した。この凝固試験の第１段階では、内因性凝固経路の生体外測定である活性化部分トロンボプラスチン時間についての遺伝子関連づけ試験を１７，６３０人の欧州系の個人において完了した（図１を参照）。多数の患者で複数のａＰＴＴ測定が記録されたので、各患者についてａＰＴＴの最少有効期間の測定値を選択し（抗凝固剤使用の影響の可能性を最小にするため）、静脈血栓塞栓症の既往歴がある個人はすべて解析から除外した。この発見解析の知見を再現するためにａＰＴＴを追加の５，８９２人の欧州系のＧＨＳ参加者において解析した。凝固性亢進は静脈及び動脈の血栓形成の潜在的なリスク因子なので、我々は、９６，１８０人（ＧＨＳ及びＲｅｇｅｎｅｒｏｎ遺伝学センターで配列決定した２つの追加の試験から集めたアフリカ系アメリカ人及び欧州系の個人）における冠状動脈疾患（ＣＡＤ）に対するＳＬＣ１４Ａ１  Ｖ７６Ｉの寄与、ならびにＲｅｇｅｎｅｒｏｎ遺伝学センターで同様に配列決定した１３，９６３人の台湾人におけるＣＡＤリスクに対するＳＬＣ１４Ａ１の予測された機能喪失変異型（ｃ．５１０−１Ｇ＞Ａ）の寄与も評価した。
【０２６２】
実施例２：ゲノム試料
ゲノムＤＮＡを末梢血試料から抽出し、全エクソーム配列決定のためにＲｅｇｅｎｅｒｏｎ遺伝学センター（ＲＧＣ）に転送し、自動化バイオタンクにて−８０℃で保存した。蛍光に基づく定量を行って、配列決定目的のための適切なＤＮＡの量と質を確保した。
【０２６３】
１μｇのＤＮＡを１５０塩基対の平均断片長さに切断し（ＣｏｖａｒｉｓＬＥ２２０）、Ｋａｐａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓの特注の試薬キットでエクソーム捕捉用に調製した。ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ  ＳｅｑＣａｐ  ＶＣＲｏｍｅ  ２．１またはＩｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ｘＧｅｎのエクソーム標的設計を用いて試料を捕捉した。試料をバーコード化し、プールし、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ  ２５００  ｗｉｔｈ  ｖ４  ｃｈｅｍｉｓｔｒｙにて７５ｂｐペアエンド配列決定を用いて配列決定するために多重化した。捕捉した断片を配列決定し、２０×以上の網羅度で網羅した最低８５％の標的塩基を獲得した。配列決定に続いて、ＤＮＡｎｅｘｕｓ及びＡＷＳを使用するＲＧＣで開発されたクラウドベースのパイプラインを用いてデータを処理し、試料レベルのデータの生成及び解析のための標準的なツールを実行した。手短には、配列データを生成し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＣＡＳＡＶＡソフトウェアを用いて脱多重化した。配列リードマッピングし、ＢＷＡ−ｍｅｍを用いてＧＲＣｈ３８ヒトゲノム参照アセンブリに対してアラインメントを行った。アラインメントの後、重複リードをマークし、Ｐｉｃａｒｄツールを用いてフラグを付け、ＧＡＴＫを用いてインデルを再アラインメントして変異型コールの質を改善した。ＧＡＴＫのＨａｐｌｏｔｙｐｅＣａｌｌｅｒを用いてＳＮＰ及びインデルの変異型及び遺伝子型をコールし、ＧＡＴＫの変異型品質スコア再較正（ＶＱＳＲ）を適用して変異型品質スコア全体に注釈をつけた。各試料について配列決定及びデータの品質のメトリック統計を取得し、取得性能、アラインメント性能及び変異型コールを評価した。
【０２６４】
実施例３：ゲノムデータの解析
最小読み取り深度（１０超）、遺伝子型品質（３０超）及び対立遺伝子バランス（１５％超）に対する標準の品質管理フィルターをコールした変異型に適用した。ＲＧＣが開発した注釈及び解析パイプラインを用いて、合格した変異型を分類し、それらの潜在的な機能的効果（同義、非同義、スプライス、フレームシフトまたは非フレームシフトの変異型であるかどうか）に基づいて注釈をつけた。遺伝子データからの家系同一性（ＩＢＤ）に由来する測定基準を介して家族関係を検証し、ＰＲＩＭＵＳ（Ｓｔａｐｌｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍｅｒ．Ｊ．Ｈｕｍａｎ  Ｇｅｎｅｔ．，２０１４，９５，５５３−５６４）及びこの家族について報告された家系図との相互参照を用いてコホートにおける近縁性及び関係性を推測した。
【０２６５】
我々の発見コホートにおけるａＰＴＴについてエクソーム全体の関連解析（ｅｘＷＡＳ）を、遺伝の加法モデル（０、１、または２コピーのリスク対立遺伝子）を想定して行った。我々は、家系図の混合モデル解析（ＭＭＡＰ）を用いて、マイナー対立遺伝子カウントが８以上の変異型すべてについて、線形混合モデルを、集団の層別化を考慮するために年齢、年齢の２乗、性別及び最初の４つの主成分について共変量調整して実施した。１回目の解析について、シグナルを、それらがＰ≦１×１０−６を有する場合に、追跡するために選択した。ａＰＴＴについての幾つかの十分に確立した関連シグナルを再生することに加えて、欧州人では稀であるが（ＭＡＦ＝０．００２）、アフリカ系アメリカ人ではより一般に見いだされる（ＭＡＦ＝０．０７）ＳＬＣ１４Ａ１のミスセンス変異型（Ｖ７６Ｉ）で新規の関連（Ｐ＝８．４×１０−７）が同定された（図１及び２）
【０２６６】
この知見についての追加の支持を提供するために、我々は、５，８９２人の欧州系のＧＨＳ参加者の独立したサブセットで解析を実施し、ＰＬＩＮＫｖ１．９を用いて、固定効果逆分散加重を用いて発見コホート及び反復コホートについて関連統計のメタ解析を行った。我々は、反復コホートにおける名目上有意な関連（Ｐ＝０．０３５）及びメタ解析全体において上昇した凝固時間との関連（Ｐ＝１．１×１０−７）についての強い証拠を認めた（図３及び４）。
【０２６７】
ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖ７６Ｉの臨床的関連性を評価するために、我々は遺伝子型及び表現型のデータを有する９６，１８０人の多民族の人々にて血栓症（ＣＡＤ）の測定との関連についてフィッシャーの正確確率検定を行った。ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖ７６ＩのＣＡＤとの関連を、７つの異なるデータセット（１：ＧＨＳデータセットに由来する２，１７８／２４，４０７の欧州系ＣＡＤ症例／対照、２：ＧＨＳデータセットに由来する１３，７１３／３８，００５の追加の欧州系のＣＡＤ症例／対照、３：ＧＨＳデータセットに由来する１８／７６５のアフリカ系アメリカ人ＣＡＤ症例／対照、４：３，８９６／３，５７５の独立した欧州系症例／対照、５：８８７／１，１４２の独立したアフリカ系アメリカ人症例／対照、６：４，６２０／１，４９６の独立した欧州系症例／対照、７：９２５／５５３の独立したアフリカ系アメリカ人症例／対照）にて独立して評価し、ＰＬＩＮＫｖ１．９による固定効果逆分散加重を用いて要約統計量をメタ解析した。全体的に見て、ＳＬＣ１４Ａ１  Ｖ７６Ｉは、これら７つのコホートにわたってＣＡＤについて防御的な効果を示した（Ｐ＝０．０１６、Ｂ＝０．８１）（図５）。さらに、我々は、ロジスティック回帰を用いて台湾人コホート（ｃ.５１０−１Ｇ＞Ａ、３７４のヘテロ接合型、１のマイナー対立遺伝子ホモ接合型）におけるＣＡＤとＳＬＣ１４Ａ１の予測された機能喪失変異型との間の関連を評価した。我々は、ＳＬＣ１４Ａ１  ｃ.５１０−１Ｇ＞Ａ保有者が、非保有者と比べてＣＡＤのリスクが低いことを確認した（Ｐ＝０．０２、ＯＲ＝０．７１）（図６）。
【０２６８】
実施例４：検出
対象におけるある特定の遺伝子変異型の存在は、対象が凝血障害または冠状動脈疾患を有するまたは発症する高いリスクを有することを示すことができる。血液試料のような試料を対象から得ることができる。一般的な核酸抽出キットを用いて試料から核酸を単離することができる。対象から得られた試料から核酸を単離した後、遺伝子変異型が存在するかどうかを判定するために核酸を配列決定する。核酸の配列を対照配列（野生型配列）と比べることができる。対象から得られた試料から得られた核酸と対照配列との間で差異を見いだされることは、遺伝子変異型の存在を示す。これらのステップは上記の実施例にて及び本開示の全体を通して記載されているように実施することができる。１以上の遺伝子変異型の存在は、血栓事象または冠状動脈疾患を有するまたは発症する対象の高いリスクを示すものである。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５−１】
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【図５−２】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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