(57)【要約】  マイクロバイオータを査定する方法が開示されている。マイクロバイオータを査定する例示的な方法は、患者から糞便サンプルを採取することと、糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、マイクロバイオーム健康指数を患者の病状と相関させることと、を含む。【特許請求の範囲】
【請求項１】
マイクロバイオータを査定する方法であって、
患者から糞便サンプルを採取することと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、
前記選択された分類学的綱グループからの前記細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記マイクロバイオーム健康指数を前記患者の病状と相関づけることと、を含む方法。
【請求項２】
前記選択された分類学的綱グループは、バクテロイディア綱の細菌を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記選択された分類学的綱グループは、クロストリジウム綱の細菌を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記選択された分類学的綱グループは、ガンマプロテオバクテリア綱の細菌を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記選択された分類学的綱グループは、バチルス綱の細菌を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
マイクロバイオーム健康指数を算出することは、第１分類学的綱の細菌の第１相対存在量と第２分類学的綱の細菌の第２相対存在量との合計に等しい第１の合計相対細菌存在量を決定することと、
第３分類学的綱の細菌の第３相対存在量と第４分類学的綱の細菌の第４相対存在量との合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定することと、
前記第１の合計相対細菌存在量を前記第２の合計相対細菌存在量で除算すること
とを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記細菌の第１相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記細菌の第２相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量である、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記細菌の第３相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量である、請求項６〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記細菌の第４相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である、請求項６〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
医学的治療を査定するための方法であって、
患者の医学的障害を治療することと、
前記患者の前記医学的障害を治療した後の所定期間、患者から糞便サンプルを採取することと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、
前記選択された分類学的綱グループからの前記細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記患者の前記医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む方法。
【請求項１２】
前記選択された分類学的綱グループは、バクテロイディア綱の細菌を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記選択された分類学的綱グループは、クロストリジウム綱の細菌を含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記選択された分類学的綱グループは、ガンマプロテオバクテリア綱の細菌を含む、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記選択された分類学的綱グループは、バチルス綱の細菌を含む、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
マイクロバイオーム健康指数を算出することは、第１分類学的綱の細菌の第１相対存在量と第２分類学的綱の細菌の第２相対存在量との合計に等しい第１の合計相対細菌存在量を決定することと、
第３分類学的綱の細菌の第３相対存在量と第４分類学的綱の細菌の第４相対存在量との合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定することと、
前記第１の合計相対細菌存在量を前記第２の合計相対細菌存在量で除算することとを含む、
請求項１１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記細菌の第１相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記細菌の第２相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記細菌の第３相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記細菌の第４相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
医学的障害を有する患者を治療することは、前記患者の胃腸障害を治療することを含む、請求項１１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
医学的障害を有する患者を治療することは、前記患者にマイクロバイオータ修復療法用組成物を投与することを含む、請求項１１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記マイクロバイオータ修復療法用組成物は、治療後の糞便サンプルと、生理食塩水中３０〜９０ｇ／Ｌの濃度のポリエチレングリコールを含む希釈剤とを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者の前記医学的障害を治療した後の前記所定期間は７日から３０日の範囲である、請求項１１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記患者の前記医学的障害を治療した後の前記所定期間は７日以上である、請求項１１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
医学的治療のための方法であって、
医学的障害を有する患者を識別することと、
マイクロバイオータ修復療法用組成物を前記患者に投与することと、
前記マイクロバイオータ修復療法用組成物を前記患者に投与してから少なくとも７日後に患者から糞便サンプルを採取することと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、
前記患者の治療の成功を査定するために、前記選択された分類学的綱グループからの前記細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、を含み、
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる方法。
【請求項２７】
マイクロバイオータを査定するための方法であって、
患者から糞便サンプルを採取することと、
選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記マイクロバイオーム健康指数を前記患者の病状と相関させることと、を含む方法。
【請求項２８】
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
医学的治療を査定するための方法であって、
患者の医学的障害を治療することと、
前記患者の前記医学的障害を治療した後の所定期間、患者から糞便サンプルを採取することと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記患者の前記医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む方法。
【請求項３０】
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
医学的治療のための方法であって、
医学的障害を有する患者を識別することと、
マイクロバイオータ修復療法用組成物を前記患者に投与することと、
前記マイクロバイオータ修復療法用組成物を前記患者に投与してから少なくとも７日後に患者から糞便サンプルを採取することと、
前記患者の治療の成功を査定するために、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、を含み、
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる方法。
【請求項３２】
マイクロバイオータを査定するための方法であって、
患者から糞便サンプルを採取することと、
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記マイクロバイオーム健康指数を前記患者の病状と相関させることと、を含む方法。
【請求項３３】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的門の細菌の相対存在量に基づいて前記マイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的綱の細菌の相対存在量に基づいて前記マイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的目の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３６】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的科の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３７】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的属の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３８】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的種の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３９】
医学的治療を査定するための方法であって、
患者の医学的障害を治療することと、
所定期間にわたり前記患者の前記医学的障害を治療した後、患者から糞便サンプルを採取することと、
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記患者の前記医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む方法。
【請求項４０】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的門の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的綱の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的目の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４３】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的科の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４４】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的属の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４５】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的種の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、腸管のマイクロバイオーム（microbiome）に関する。より具体的には、本開示は、マイクロバイオームのバランスをとること、マイクロバイオームを治療すること、マイクロバイオームを検査することによって医学的障害を査定すること、および／またはマイクロバイオームを検査することによって医学的治療を査定することに関する。
【背景技術】
【０００２】
さまざまな医学的障害および／または病状が腸管のマイクロバイオームに関連している場合がある。
【発明の概要】
【０００３】
マイクロバイオータ（microbiota）を査定する方法が開示されている。この方法は、糞便サンプルを採取することと、糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、算出されたマイクロバイオーム健康指数を検討し、糞便サンプルのマイクロバイオータを査定することと、を含む。
【０００４】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプルは、１人の人または複数の人に由来し得る。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、バクテロイディア綱（Bacteroidia）の細菌を含む。
【０００５】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、クロストリジウム綱（Clostridia）の細菌を含む。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、ガンマプロテオバクテリア綱（Gammaproteobacteria）の細菌を含む。
【０００６】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、バチルス綱（Bacilli）の細菌を含む。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオーム健康指数の算出は、第１分類学的綱の細菌の第１相対存在量と第２分類学的綱の細菌の第２相対存在量との合計に等しい第１の合計相対細菌存在量を決定することと、第３分類学的綱の細菌の第３相対存在量と第４分類学的綱の細菌の第４相対存在量との合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定することと、第１の合計相対細菌存在量を第２の合計相対細菌存在量で除算することとを含む。
【０００７】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第１の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量である。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第２の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量である。
【０００８】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第３の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量である。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第４の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である。
【０００９】
医学的治療を査定するための方法が開示されている。この方法は、患者の医学的障害を治療すること、治療後に、患者から治療後の糞便サンプルを採取すること、治療後の糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出すること、マイクロバイオーム健康指数を検討して、患者の医学的障害の治療の有効性を評価することと、を含む。
【００１０】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、医学的治療を査定するための方法は、糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することをさらに含む。
【００１１】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、治療前に患者から治療前の糞便サンプルを採取し、治療前の糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいて別のマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。さらにいくつかの実施形態では、前記方法はさらに、治療の有効性を評価するために、治療前の糞便サンプルのマイクロバイオーム健康指数を治療後の糞便サンプルのマイクロバイオーム健康指数と比較することを含む。
【００１２】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、バクテロイディア綱の細菌を含む。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、クロストリジウム綱の細菌を含む。
【００１３】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、ガンマプロテオバクテリア綱の細菌を含む。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループは、バチルス綱の細菌を含む。
【００１４】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオーム健康指数を算出することは、第１分類学的綱の細菌の第１相対存在量と第２分類学的綱の細菌の第２相対存在量との合計に等しい第１の合計相対細菌存在量を決定することと、第３分類学的綱の細菌の第３相対存在量と第４分類学的綱の細菌の第４相対存在量との合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定することと、第１の合計相対細菌存在量を第２の合計相対細菌存在量で除算することとを含む。
【００１５】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第１の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量である。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第２の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量である。
【００１６】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第３の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量である。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、細菌の第４の相対存在量は、糞便サンプル中の分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である。
【００１７】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、医学的障害を有する患者を治療することは、胃腸障害の患者を治療することを含む。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、医学的障害を有する患者を治療することは、患者にマイクロバイオータ修復療法用組成物を投与することを含む。
【００１８】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオータ修復療法用組成物は、治療後の糞便サンプルと、生理食塩水中３０〜９０ｇ／Ｌの濃度のポリエチレングリコールを含む希釈剤とを含む。
【００１９】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオータ修復療法用組成物は、治療前および治療後の糞便サンプルのマイクロバイオーム健康指数よりも高いマイクロバイオーム健康指数（組成物における選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいて算出される）を有する。
【００２０】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、治療後の糞便サンプルは、患者が医学的障害について７日から３０日の範囲の期間、治療された後に採取される。
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、治療後の糞便サンプルは、患者が医学的障害について７日以上治療された後に採取される。
【００２１】
医学的治療のための方法が開示されている。前記方法は、マイクロバイオータ修復療法用組成物を医学的障害のある患者に投与することと、マイクロバイオータ修復療法用組成物を患者に投与してから少なくとも７日後に患者から糞便サンプルを採取することと、糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、治療の有効性を査定するために、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、を含み、選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる。
【００２２】
患者のマイクロバイオータを査定するための方法が開示されている。この方法は、患者から糞便サンプルを採取することと、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、算出されたマイクロバイオーム健康指数に基づいて患者のマイクロバイオータを査定することを含む。
【００２３】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる。
【００２４】
医学的治療を査定するための方法が開示されている。この方法は、患者の医学的障害を治療することと、患者の医学的障害を治療した後の一定期間、患者から糞便サンプルを採取し、糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、算出されたマイクロバイオーム健康指数を考慮して患者の医学的障害の治療の成功を評価することを含む。
【００２５】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる。
【００２６】
医学的治療の方法が開示されている。この方法は、マイクロバイオータ修復療法用組成物を医学的障害のある患者に投与することと、マイクロバイオータ修復療法用組成物を患者に投与してから少なくとも７日後に患者から糞便サンプルを採取することと、患者の治療の成功を査定するために、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、を含み、選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる。
【００２７】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、算出されたマイクロバイオーム健康指数が所定の閾値より低い場合、第２のマイクロバイオータ修復療法用組成物を患者に投与する。
【００２８】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、医学的治療の方法は、治療前に患者から治療前の糞便サンプルを採取することと、治療前の糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいて別のマイクロバイオーム健康指数を算出することとをさらに含む。
【００２９】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、治療後の糞便サンプル中の患者のマイクロバイオーム健康指数が、治療前の糞便サンプル中のマイクロバイオーム健康指数とほぼ同じかまたは実質的に高くない場合には（例えば、桁数で１、２、３、または４未満）、患者に第２のマイクロバイオータ修復療法用組成物を投与する。
【００３０】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオータ修復療法用組成物は、患者の治療前の糞便サンプルのマイクロバイオーム健康指数よりも（例えば少なくとも１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍）高いマイクロバイオーム健康指数（例えば、組成物中の選択された分類学的綱グループの細菌の相対存在量に基づいて算出される）を有する。
【００３１】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオータ修復療法用組成物は、患者の治療後の糞便サンプルのマイクロバイオーム健康指数よりも（例えば少なくとも１０倍、１５倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、または１００倍）高いマイクロバイオーム健康指数（例えば、組成物中の選択された分類学的綱グループの細菌の相対存在量に基づいて算出される）を有する。
【００３２】
マイクロバイオータを査定するための方法が開示されている。この方法は、患者から糞便サンプルを採取することと、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、マイクロバイオーム健康指数を患者の病状と相関させることを含む。
【００３３】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオーム健康指数を患者の病状と相関させることは、マイクロバイオーム健康指数が所定の閾値を下回っているかどうかを決定することを含み得る。
【００３４】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオーム健康指数が所定の閾値を下回っているどうかを決定することは、バランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームを有するものとして患者を識別することを含み得る。
【００３５】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオーム健康指数を患者の病状と相関させることは、マイクロバイオーム健康指数が所定の閾値を上回っているか否かを決定することを含み得る。
【００３６】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、マイクロバイオーム健康指数が所定の閾値を上回っているかどうかを決定することは、バランスが取れた／健康なマイクロバイオームを有するものとして患者を識別することを含み得る。
【００３７】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的門の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００３８】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的綱の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００３９】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的目の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４０】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的科の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４１】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的属の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４２】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的種の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４３】
医学的治療を査定するための方法が開示されている。この方法は、患者の医学的障害を治療することと、患者の医学的障害を治療した後の所定の期間、患者から糞便サンプルを採取することと、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、患者の医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む。
【００４４】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的門の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４５】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的綱の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４６】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的目の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４７】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的科の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４８】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的属の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００４９】
上記の実施形態のいずれかの代替または追加として、糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的種の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む。
【００５０】
いくつかの実施形態の上記の要約は、本開示の開示された各実施形態またはすべての実行を説明することを意図していない。以下の詳細な説明は、これらの実施形態をより具体的に例示する。
【発明を実施するための形態】
【００５１】
以下の定義された用語について、特許請求の範囲または本明細書の他の場所で異なる定義が与えられない限り、これらの定義が適用されるものとする。
本明細書では、すべての数値は、明示的に示されているかどうかにかかわらず、「約」という用語によって修正されると想定される。「約」という用語は、一般に、当業者が列挙された値と同等であると考える（例えば、同じ機能または結果を有する）数値の範囲を指す。多くの場合、「約」という用語には、最も近い有効数字に四捨五入された数値が含まれる場合がある。
【００５２】
端点による数値範囲の列挙は、その範囲内のすべての数を含む（例えば、１から５は、１、１．５、２、２．７５、３、３．８０、４および５を含む）。
本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、内容が明らかにそうでないことを示さない限り、複数の指示対象を含む。本明細書および添付の特許請求の範囲で使用される場合、用語「または」は、内容が明確に他のことを指示しない限り、「および／または」を含む意味で一般に使用される。
【００５３】
本明細書における「実施形態」、「いくつかの実施形態」、「他の実施形態」などへの言及は、記載された実施形態が１つまたは複数の特定の特徴、構造、および／または特性を含み得ることを示すことに留意されたい。しかしながら、そのような列挙は、すべての実施形態が特定の特徴、構造、および／または特性を含むことを必ずしも意味しない。さらに、特定の特徴、構造、および／または特性が一実施形態に関連して説明されている場合、そのような特徴、構造、および／または特性は、それとは反対に明確に述べられていない限り、明示的に記載されているかどうかにかかわらず、他の実施形態に関連して使用されてもよいことを理解されたい。
【００５４】
胃腸管内および／または胃腸管に沿った腸内マイクロバイオータ（例えば、細菌、真菌、ファージ、ウイルスなどを含むがこれらに限定されない微生物の集合）、および／またはマイクロバイオータの崩れは、多くの状態と相関していると見なされる場合がある。これらの状態の一部は、クロストリジウムディフィシル（Clostridium difficile）感染症、潰瘍性大腸炎、炎症性腸疾患、腸内毒素症（dysbiosis）、他の障害および／または消化管の疾患、（たとえば、消化管に沿った）癌などと密接に関連している。腸内マイクロバイオータに関連することのある他の病状には、糖尿病、癌（例えば消化管に沿った場所以外の癌を含む）、自閉症、肝性脳症などがある。これらの例は、包括的ではなく、例示を目的としている。
【００５５】
微生物の膨大な数および／またはマイクロバイオータを構成する微生物間の多様性のために、臨床医がマイクロバイオータの変化を査定し、病状を査定／診断すること、医学的治療の査定、またはマイクロバイオータと臨床的に意味のある病状と相関づけることを可能にする方法でマイクロバイオータを特徴付けることは困難なことがある。本明細書に開示されているのは、腸内マイクロバイオータを特徴付けるための方法である。本方法は、臨床医が病状を査定すること、病状／医学的障害を診断すること、医学的治療の成功を評価すること、それらの組み合わせなどを行えるようにすることができ、および／または、それ以外に臨床的に意味のある情報を臨床医に提供し得る。
【００５６】
少なくともいくつかの例では、マイクロバイオーム健康指数（ＭＨＩ）と呼ばれる一次元指数などの指数が、患者の腸内マイクロバイオータについて算出／決定され得る。ＭＨＩは、腸内マイクロバイオータにおける１つまたは複数の分類学的分類階級（例えば、門、綱、目、科、属、種、亜種など）からの細菌の相対存在量に基づいて決定され得る。そのような細菌の相対存在量は定量化され、ＭＨＩを決定する算出に使用されることができる。例えば、ＭＨＩは、腸内マイクロバイオータに存在する選択された分類学的綱グループ（例えば、１つまたは複数の綱）からの細菌の相対存在量に基づいて決定でき、そのような細菌の相対存在量は、定量化され、ＭＨＩを決定する算出に使用できる。ＭＨＩの大きさは、算出／決定されると、病状と関連付けられ、患者の健康状態の査定に使用され、医学的治療の成功の査定に使用され、マイクロバイオータの特徴付けに、および／または臨床的に関連する情報を提供する他の特徴付けに使用されてよい。
【００５７】
少なくともいくつかの例では、ＭＨＩの算出／決定は、患者からの糞便サンプルの収集、および糞便サンプル中の細菌の相対存在量の決定／定量化（例えば、選択された分類学的綱からの細菌の相対存在量の定量化）を含み得る。選択された分類学的綱からの細菌の相対存在量の決定／定量化には、１６ｓ  ｒＲＮＡまたは全ゲノム配列決定などの適切な方法論の使用が含まれる場合がある。他の方法も考えられる。
【００５８】
ＭＨＩを算出／決定することはまた、第１の合計相対細菌存在量を決定／定量化することを含み得る。（たとえば、糞便サンプル中の細菌の母集団全体に対する）第１の合計細菌存在量は、ある分類学的分類階級（たとえば、門、綱、目、科、属、種、亜種など）からの細菌の第１の相対存在量と、その分類学的分類階級（たとえば、門、綱、目、科、属、種、亜種など）からの細菌の第２の相対存在量との合計であるかそうでなければ当該合計と等しいと理解することができる。例えば、第１の合計細菌存在量は、第１の分類学的綱の細菌の第１の相対存在量と、第２の分類学的綱の細菌の第２の相対存在量との合計に等しくてもよい。この例では、第１の合計細菌存在量には、２つの分類学的綱からの細菌の相対存在量の定量化が含まれる場合がある。しかしながら、これは限定を意図するものではない。他の例では、第１の合計細菌存在量は、２つより多いまたは少ない細菌の分類学的綱からの細菌の相対存在量の定量化を含み得る。さらに、上記の例では、第１の合計細菌存在量を構成するすべての細菌は、同じ分類学的分類階級（例：綱）に由来する。これは限定を意図するものではない。第１の合計細菌存在量には、異なる分類学的分類階級からの細菌の相対存在量の定量化が含まれる場合がある。
【００５９】
ＭＨＩを算出／決定することはまた、第２の合計相対細菌存在量を決定／定量化することを含み得る。（たとえば、糞便サンプル中の細菌の母集団全体に対する）第２の合計細菌存在量は、前記分類学的分類階級（たとえば、門、綱、目、科、属、種、亜種など）からの細菌の第３の相対存在量と、前記分類学的分類階級（たとえば、門、綱、目、科、属、種、亜種など）からの細菌の第３の相対存在量との合計であるかそうでなければ当該合計と等しいと理解することができる。例えば、第２の合計細菌存在量は、第３の分類学的綱の細菌の第３の相対存在量と第４の分類学的綱の細菌の第４の相対存在量との合計であるかそうでなければ当該合計と等しいと理解することができる。前の例のように、第２の合計細菌存在量には、２つの分類学的綱からの細菌の相対存在量の定量化が含まれる場合がある。しかしながら、これは限定を意図するものではない。他の例において、第２の合計細菌存在量は、２つより多いまたは少ない細菌の分類学的綱からの細菌の相対存在量の定量化を含み得る。さらに、第２の合計細菌存在量は、同じまたは異なる分類学的分類階級からの細菌の相対存在量の定量化を含み得る。
【００６０】
最後に、ＭＨＩを算出することは、第１の合計相対細菌存在量を第２の合計相対細菌存在量で除算することを含み得る。
いくつかの分類学的綱の細菌の増加したレベルは、健康なまたは改善されたマイクロバイオータと関連していることがある。例えば、分類学的バクテロイディア綱および／またはクロストリジウム綱からの細菌の相対存在量は、多くの消化器病状の治療の成功と相関していることがある。逆に、分類学的ガンマプロテオバクテリア綱および／またはバチルス綱からの細菌が高レベルであると、マイクロバイオータの崩れまたは腸内毒素症と関連していることがある。これらの観察に基づいて、少なくともいくつかの例では、ＭＨＩを算出／決定することは、分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量と分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量の合計に等しい（たとえば、糞便サンプル中の）第１の合計相対細菌存在量を決定／定量化することを含む。ＭＨＩを算出／決定することはまた、分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量と分類学的綱のバチルス綱からの細菌の相対存在量の合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定／定量化することも含み得る。最後に、ＭＨＩを算出することは、第１の合計相対細菌存在量を第２の合計相対細菌存在量で除算することを含み得る。
【００６１】
ＭＨＩを算出した結果は、値（例えば、数）である。少なくともいくつかの例において、ＭＨＩの大きさは、病状の査定、病状／医学的障害の診断、医学的治療の成功の評価、それらの組み合わせなど、および／またはそうでなければ臨床医に臨床的に意味のある情報の提供に使用することができる。例えば、ＭＨＩの大きさが所定の閾値を下回っている場合、臨床医は、マイクロバイオータをバランスが取れていない、不健康などとして査定／診断することができる。場合によっては、閾値は、約１〜２０程度、または約１〜１０、または約５〜１０、または約５〜８、または約７〜７．２、または約７．１であり得る。たとえば、所定の閾値が７．１に設定されている場合、算出されたＭＨＩが１の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を下回っている）は、バランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと識別される。一方、算出されたＭＨＩが１０の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を上回っている）は、バランスの取れた／健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスの取れた／健康なマイクロバイオームと識別される。したがって、ＭＨＩを使用して、患者が健康なまたは不健康なマイクロバイオームを有するかどうかを臨床的に評価または決定することができ、この評価を臨床医が使用して、必要に応じて患者に対する適切な介入／治療を決定することができる。他の例では、閾値は、約１〜２０程度、または約１〜１０、または約５〜１０、または約６〜９、または約８〜８．５、または約８．２であり得る。たとえば、所定の閾値が８．２に設定されている場合、算出されたＭＨＩが１の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を下回っている）は、バランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと識別される。一方、算出されたＭＨＩが１０の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を上回っている）は、バランスの取れた／健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスの取れた／健康なマイクロバイオームと識別される。他の例では、閾値は、約１〜２０程度、または約１〜１０、または約５〜１０、または約６〜９、または約８〜８．５、または約８．４であり得る。たとえば、所定の閾値が８．２に設定されている場合、算出されたＭＨＩが１の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を下回っている）は、バランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと識別される。一方、算出されたＭＨＩが１０の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を上回っている）は、バランスの取れた／健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスの取れた／健康なマイクロバイオームと識別される。他の例では、閾値は、約１〜５０程度、または約１〜４０、または約５〜４０、または約３０〜３５、または約３１であり得る。例えば、所定の閾値が３１に設定されている場合、算出されたＭＨＩが１の糞便サンプル（たとえば、所定の閾値を下回っている）は、バランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるかまたはバランスが取れていない／不健康なマイクロバイオームと識別され、算出されたＭＨＩが４０の糞便サンプル（例えば、所定の閾値を上回っている）は、バランスの取れた／健康なマイクロバイオームと相関していると見なされるおよび／またはバランスの取れた／健康なマイクロバイオームと識別される。したがって、ＭＨＩを使用して、患者が健康なまたは不健康なマイクロバイオームを有するかどうかを臨床的に評価または決定することができ、この評価を臨床医が使用して、必要に応じて患者に対する適切な介入／治療を決定することができる。
【００６２】
いくつかの例では、ＭＨＩは、医学的治療の成功を査定するために使用されてもよい。例えば、クロストリジウムディフィシル感染症などの胃腸障害に罹患している患者では、患者はマイクロバイオータ修復療法用組成物（例えば、米国特許第９，６２９，８８１号、米国特許第９，６７５，６４８号、米国特許出願公開第２０１６／０３６１２６３号、および米国特許出願第１６／００９，１５７号（これらの全開示は参照により本明細書に組み入れられる）に記載／開示されているものなど）で治療することができる。治療後の１つまたは複数の期間で、糞便サンプルが患者から収集され得、ＭＨＩが算出され得る。ＭＨＩの大きさが所定の閾値（例えば、本明細書に開示されているものなど）を下回っている場合、臨床医は、治療が成功したかどうかを決定することができる。たとえば、所定の閾値が８．２に設定されている場合、算出されたＭＨＩが１（たとえば、所定の閾値を下回っている）の糞便サンプル（治療後の適切な期間に収集）は、治療が失敗したことを示し、算出されたＭＨＩが１０である（たとえば、所定の閾値を上回っている）糞便サンプル（治療後の適切な期間に収集された）は、治療が成功したことを示し得る。場合によっては、期間（例えば、マイクロバイオータ修復療法用組成物での治療後の日数）は、治療後約１〜６０日程度、または約７〜６０日、または約７〜３０日、または約７〜１５日、または約７日、または約７日以上であり得る。
【００６３】
代替的または追加的に、多くの方法が考えられる。これらの方法のいくつかには、患者のマイクロバイオータを査定して、患者が「健康」（たとえば、健康であると考えられる（たとえば、疾患や病気がない）他の人々と一致している腸内マイクロバイオータを有する）か、「不健康」（たとえば、「不健康」であると考えられる（たとえば、１つまたは複数の疾患または病気を伴う）他の人々と一致する腸内マイクロバイオータを有する）かを決定する。これには、患者からの糞便サンプルの収集とＭＨＩの決定が含まれる場合がある。ＭＨＩが事前の閾値を下回っていると決定された場合、患者は「不健康」または疾患または病気を患っていると見なされ、マイクロバイオータ修復療法用組成物で治療され得る。ＭＨＩが所定の閾値を上回っている場合、それ以上の治療は不要であり得る。
【００６４】
代替的または追加的に、多くの方法が考えられる。これらの方法のいくつかは、患者のマイクロバイオータを経時的に査定することを含む場合がある。これは、１つまたは複数の期間に患者から糞便サンプルを収集すること、およびその期間にＭＨＩを決定することを含み得る。経時的なＭＨＩの変動は、病状と相関関係づけられてよい。
【００６５】
代替的または追加的に、多くの方法が考えられる。これらの方法のいくつかは、マイクロバイオータ修復療法用組成物の製造を含み得る。マイクロバイオータ修復療法用組成物の製造は、新鮮なヒト糞便サンプルを収集することと、希釈剤を新鮮な人間の糞便サンプルに加えて希釈サンプルを形成することと、希釈サンプルを濾過してマイクロバイオータ修復療法用組成物を含む濾液を形成することとを含み得る。場合によっては、希釈剤は、生理食塩水中３０〜９０ｇ／Ｌのポリエチレングリコールを含んでもよい。これらのいくつかおよび他の例において、ＭＨＩは、医学的障害を有する患者の糞便サンプルにおいて測定され得る。これらのいくつかおよび他の例において、患者は、マイクロバイオータ修復療法用組成物で治療され得る。これらのいくつかおよび他の例において、ＭＨＩは、治療後の様々な期間（例えば、治療後７日、治療後３０日、治療後６０日など）における患者の糞便サンプルで測定され得る。ＭＨＩが所定の閾値を下回っている場合、患者は、２回目のマイクロバイオータ修復療法用組成物（例えば、同じまたは異なるサンプル、同じドナーまたは異なるドナーなどに由来し得る）治療され得る。これらのいくつかおよび他の例において、ＭＨＩは、２回目の治療後の様々な期間（例えば、治療後７日、治療後３０日、治療後６０日など）における患者の糞便サンプルで測定され得る。
【００６６】
実施例
本開示は、いくつかの実施形態を例示するのに役立ち、決して本開示を限定するものではない以下の実施例を参照することにより、さらに明確にすることができる。
【００６７】
実施例１  ＭＨＩは、「健康な」マイクロバイオームと「不健康な」マイクロバイオームとを区別することができる。
ＭＨＩは、（グループＡ）抗生物質療法を受けたクロストリジウムディフィシル感染症と診断された患者から収集された糞便サンプル、（グループＢ）健康な個体から収集され、マイクロバイオータ修復療法用組成物に加工された糞便サンプルＲｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたＲＢＸ２６６０、および（グループＣ）Ｈｕｍａｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔのプロトコルの下で調製された糞便移植材料に対して算出された。この例では、ＭＨＩは以下の式１を使用して算出された。
式１：ＭＨＩ＝（ＲＡバクテロイディア綱＋ＲＡクロストリジウム綱）／（ＲＡガンマプロテオバクテリア綱＋ＲＡバチルス綱）
ここで、
ＲＡバクテロイディア綱は、分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量であり、
ＲＡクロストリジウム綱は、分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量であり、
ＲＡガンマプロテオバクテリア綱は分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量であり、
ＲＡバチルス綱は、分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である。
【００６８】
相対存在量の値は、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑプラットフォームを使用した１６ｓｒＲＮＡ分析を使用して算出された。グループＡは「不健康」に分類され、グループＢおよびグループＣは「健康」に分類された。結果は、グループＡのＭＨＩ値の平均が０．７８、中央値が０．００２であり、グループＢのＭＨＩ値が平均２６０、中央値が２００であり、グループＣのＭＨＩ値が平均１５００で中央値８６８であることを示した。「不健康」と「健康」のＭＨＩを区別するための統計的に有意なカットオフポイントは７．１と決定された（感度＝０．９６、特異度＝０．９９、尤度比＝０．８）。
【００６９】
実施例２  ＭＨＩは、Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたＲＢＸ２６６０として知られているマイクロバイオータ修復療法用組成物による治療後の成功した治療応答と失敗した治療応答との間で異なる。
【００７０】
ＭＨＩは、Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたＲＢＸ２６６０として知られているマイクロバイオータ修復療法用組成物による治療前に、クロストリジウムディフィシル感染症と診断された（および抗生物質治療を受けた）患者から収集された糞便サンプルに基づいて式１を使用して算出された。Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．製のＲＢＸ２６６０として知られるマイクロバイオータ修復療法用組成物による治療７日後、治療後３０日後、治療後６０日にクロストリジウムディフィシル感染症の（および抗生物質治療を受けた）患者からサンプルを再度収集した。ＭＨＩ決定の結果は、治療が臨床的に成功であると決定された患者グループと、治療が失敗であると臨床的に決定された患者グループで比較された。結果を表１にまとめる。
【００７１】
【表１】
2020536548.tif 000002
ＢＬ＝ベースライン、マイクロバイオータ修復療法用組成物による治療の前にクロストリジウムディフィシル感染症と診断された患者。ＲＢＸ２６６０＝Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたマイクロバイオータ修復療法用組成物。
【００７２】
実施例３  成功した患者は、継続的なＭＨＩの増加を示す。
クロストリジウムディフィシル感染症と診断された患者からの糞便サンプル中のＭＨＩは、Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたＲＢＸ２６６０として知られるマイクロバイオータ修復療法用組成物での治療後のいくつかの期間で式１を使用して決定された。治療が成功したと臨床的に決定された患者では、治療の７日後、治療の３０日後、および治療の６０日後に測定すると、ＭＨＩの値が継続的に増加していた（ベースラインと比較したサインペアワイズ検定でｐ＜０．００１）。治療が失敗したと臨床的に決定された患者では、治療の７日後と３０日後に測定した場合、ＭＨＩの値は継続的に増加していなかった（治療後７日のＭＨＩは成功と失敗で有意差がなかった；ｐ＝０．２４、コルモゴロフ−スミルノフ検定）。
【００７３】
実施例４  成功ＭＨＩはＲＢＸ２６６０  ＭＨＩに接近する。
受信者動作特性（ＲＯＣ）分析は、治療後の時間の増加に伴い、応答者（例えば、Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたＲＢＸ２６６０として知られるマイクロバイオータ修復療法用組成物によって臨床的に成功裏に治療されたと見なされた患者）とＲＢＸ２６６０との間でＭＨＩを区別する能力が低下したことを示した。
【００７４】
実施例５  ＰＵＮＣＨ  ＣＤ２試験との比較してＭＨＩはＰＵＮＣＨオープンラベル試験における応答者間でＭＨＩが大幅に増加した。
ＭＨＩは、Ｒｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．によって製造されたＲＢＸ２６６０として知られているマイクロバイオータ修復療法用組成物での治療前にクロストリジウムディフィシル感染症と診断された（および抗生物質治療を受けた）患者から収集された糞便サンプルに基づいて式１を使用して算出された。およびＲｅｂｉｏｔｉｘ，Ｉｎｃ．製のＲＢＸ２６６０として知られるマイクロバイオータ修復療法用組成物で治療後７日、治療後３０日に、クロストリジウムディフィシル感染症の（および抗生物質治療を受けた）患者からサンプルを再度収集した。この実験では、実施例２からのデータは、追加の患者結果（ＰＵＮＣＨ  ＣＤ２試験）で更新される。さらに、ＰＵＮＣＨ  Ｏｐｅｎ−Ｌａｂｅｌ試験の結果とプールされた結果（そこにはＰＵＮＣＨ  ＣＤ２試験とＰＵＮＣＨ  Ｏｐｅｎ−Ｌａｂｅｌ試験のデータが結合／プールされる）も含まれる。治療が臨床的に成功であると決定された患者グループと、治療が失敗であると臨床的に決定された患者グループとでＭＨＩ測定の結果が比較された。結果を表２にまとめる。
【００７５】
【表２】
2020536548.tif 000003
受信者動作特性（ＲＯＣ）分析は、その後の開発の基礎となる母集団を最大化するためにプールされた両方の試験からのＭＨＩを伴って、ベースライン対ＲＢＸ２６６０サンプルについて行われた。ＲＯＣ分析は、曲線下面積（ＡＵＣ）が高いと、分析された２つの母集団の間でより判別性の高い診断またはバイオマーカーを示す（ＧｒｕｎｄおよびＳａｂｉｎ、２０１０年）ことを踏まえ、二項分類システムの判別カットポイントの変化に従って、二項分類システムの診断能力を査定する。ＲＯＣ分析は、ＭＨＩが腸内毒素症のレシピエントマイクロバイオームと健康なドナーマイクロバイオームを区別するのに非常に効果的であったことを示している（ＡＵＣ＝０．９９６；図２Ｃ）。ＲＯＣ分析を使用して、７．４のＭＨＩ値が、プールされたデータの最適な有効性カットポイント（感度＝０．９６、特異度＝０．９９、尤度比＝１２５）として決定された。その後の分析により、２つのＲＢＸ２６６０とベースラインの母集団を個別または共同で検討すると、同様の分析値と予測能力（ｐ＝．３３５）が得られることが確認された。ＰＵＮＣＨ  ＣＤ２試験の最適効力カットポイントは、（例えば、実施例５から）８．２であると決定され、ＰＵＮＣＨオープンラベル試験の最適効力カットポイントは、３１であると決定されたことに留意されたい。
【００７６】
ＰＵＮＣＨ  ＣＤ２およびＰＵＮＣＨオープンラベル試験の中央ベースラインＭＨＩ値は、それぞれ、０．００２（０．００１２〜０．００３３、下限および上限信頼区間）および０．００３（０．００１２〜０．００６３）であった（図２Ａ、表２）。ＰＵＮＣＨ  ＣＤ２トライアルからのサンプルは１６Ｓメソッドでシーケンスされたのに対し、ＰＵＮＣＨ  Ｏｐｅｎ−Ｌａｂｅｌトライアルからのサンプルはシャローショットガンメソッド（ｓｈａｌｌｏｗ−ｓｈｏｔｇｕｎ  ｍｅｔｈｏｄ）でシーケンスされたため、トライアル間のベースラインＭＨＩ値の類似性が顕著である。結果の類似性は、どのシーケンス方法を使用しても、堅実なＭＨＩ算出が得られることを示唆している。
【００７７】
実施例６  ＲＢＸ７４５５によるｒＣＤＩの治療／予防。
患者をスクリーニングし、その後、再発性クロストリジウムディフィシル感染症（ｒＣＤＩ）を防止するためにＲＢＸ７４５５（本明細書および／またはその全体の内容は参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第ＵＳ２０１６／０３６１２６３号および／または米国特許出願第１６／００９，１５７号に開示されているようなマイクロバイオータ修復療法用組成物）の使用について、第１相臨床試験に供された。２４〜４８時間の抗生物質ウォッシュアウト期間の後、患者を治療した。ＲＢＸ７４５５参加者のベースラインでのＭＨＩ（０．００９５）は、ベースラインでＲＢＸ２６６０参加者と同様だった（０．００２；たとえば、実施例５を参照）。ＲＢＸ７４５５治療が成功した３０日後のＭＨＩは３３．３（例えば８．２を上回っている）であり、ＲＢＸ２６６０参加者と一致する（ＲＢＸ２６６０参加者は、治療が成功した３０日後にＭＨＩが１４．６であった。実施例５を参照）。ＲＢＸ７４５５は、ＭＨＩの中央値が１１５（平均は１０９）であると判断された。
【００７８】
この開示は、多くの点で、単なる例示であることを理解されたい。本開示の範囲を越えることなく、詳細、特に形状、サイズ、およびステップの構成に関して変更を加えることができる。これは、適切な範囲で、他の実施形態で使用されている１つの例示的な実施形態の特徴のいずれかの使用を含み得る。本発明の範囲は、当然、添付の特許請求の範囲が表現される言語で定義される。
【手続補正書】
【提出日】令和2年5月26日(2020.5.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
マイクロバイオータを査定する方法であって、
患者から採取された糞便サンプルを受け取ることと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、
前記選択された分類学的綱グループからの前記細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記マイクロバイオーム健康指数を前記患者の病状と相関づけることと、を含む方法。
【請求項２】
前記選択された分類学的綱グループは、バクテロイディア綱の細菌を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記選択された分類学的綱グループは、クロストリジウム綱の細菌を含む、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記選択された分類学的綱グループは、ガンマプロテオバクテリア綱の細菌を含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記選択された分類学的綱グループは、バチルス綱の細菌を含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
マイクロバイオーム健康指数を算出することは、第１分類学的綱の細菌の第１相対存在量と第２分類学的綱の細菌の第２相対存在量との合計に等しい第１の合計相対細菌存在量を決定することと、
第３分類学的綱の細菌の第３相対存在量と第４分類学的綱の細菌の第４相対存在量との合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定することと、
前記第１の合計相対細菌存在量を前記第２の合計相対細菌存在量で除算すること
とを含む、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記細菌の第１相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量である、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記細菌の第２相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量である、請求項６または７に記載の方法。
【請求項９】
前記細菌の第３相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量である、請求項６〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記細菌の第４相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である、請求項６〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
医学的治療を査定するための方法であって、
医学的障害を有する可能性があり前記医学的障害に対する治療を受けた患者から、前記治療から所定期間の経過後に採取された糞便サンプルを受け取ることと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量を定量化することと、
前記選択された分類学的綱グループからの前記細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記患者の前記医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む方法。
【請求項１２】
前記選択された分類学的綱グループは、バクテロイディア綱の細菌を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記選択された分類学的綱グループは、クロストリジウム綱の細菌を含む、請求項１１または１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記選択された分類学的綱グループは、ガンマプロテオバクテリア綱の細菌を含む、請求項１１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記選択された分類学的綱グループは、バチルス綱の細菌を含む、請求項１１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
マイクロバイオーム健康指数を算出することは、第１分類学的綱の細菌の第１相対存在量と第２分類学的綱の細菌の第２相対存在量との合計に等しい第１の合計相対細菌存在量を決定することと、
第３分類学的綱の細菌の第３相対存在量と第４分類学的綱の細菌の第４相対存在量との合計に等しい第２の合計相対細菌存在量を決定することと、
前記第１の合計相対細菌存在量を前記第２の合計相対細菌存在量で除算することとを含む、
請求項１１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記細菌の第１相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バクテロイディア綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記細菌の第２相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的クロストリジウム綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記細菌の第３相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的ガンマプロテオバクテリア綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記細菌の第４相対存在量は、前記糞便サンプル中の分類学的バチルス綱からの細菌の相対存在量である、請求項１６〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記医学的障害は、胃腸障害を含む、請求項１１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記患者は、マイクロバイオータ修復療法用組成物の投与を受けた、請求項１１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記マイクロバイオータ修復療法用組成物は、治療後の糞便サンプルと、生理食塩水中３０〜９０ｇ／Ｌの濃度のポリエチレングリコールを含む希釈剤とを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記患者の前記医学的障害を治療した後の前記所定期間は７日から３０日の範囲である、請求項１１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記患者の前記医学的障害を治療した後の前記所定期間は７日以上である、請求項１１〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
マイクロバイオータを査定するための方法であって、
患者から採取された糞便サンプルを受け取ることと、
選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記マイクロバイオーム健康指数を前記患者の病状と相関させることと、を含む方法。
【請求項２７】
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
医学的治療を査定するための方法であって、
医学的障害を有する可能性があり前記医学的障害に対する治療を受けた患者から、前記治療から所定期間の経過後に採取された糞便サンプルを受け取ることと、
前記糞便サンプル中の選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記患者の前記医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む方法。
【請求項２９】
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
医学的治療のための方法であって、
医学的障害を有すると識別され、マイクロバイオータ修復療法用組成物の投与を受けた患者から、前記マイクロバイオータ修復療法用組成物を前記患者に投与してから少なくとも７日後に採取された糞便サンプルを受け取ることと、
前記患者の治療の成功を査定するために、選択された分類学的綱グループからの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、を含み、
前記選択された分類学的綱グループには、バクテロイディア綱、クロストリジウム綱、ガンマプロテオバクテリア綱、およびバチルス綱が含まれる方法。
【請求項３１】
マイクロバイオータを査定するための方法であって、
患者から採取された糞便サンプルを受け取ることと、
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記マイクロバイオーム健康指数を前記患者の病状と相関させることと、を含む方法。
【請求項３２】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的門の細菌の相対存在量に基づいて前記マイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的綱の細菌の相対存在量に基づいて前記マイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的目の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的科の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３６】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的属の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３７】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的種の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３８】
医学的治療を査定するための方法であって、
医学的障害を有する可能性があり前記医学的障害に対する治療を受けた患者から、前記治療から所定期間の経過後に採取された糞便サンプルを受け取ることと、
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することと、
前記患者の前記医学的障害の治療の成功を決定することと、を含む方法。
【請求項３９】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的門の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的綱の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的目の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的科の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的属の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４４】
前記糞便サンプル中の１つまたは複数の分類学的分類階級からの細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することは、１つまたは複数の分類学的種の細菌の相対存在量に基づいてマイクロバイオーム健康指数を算出することを含む、請求項３８に記載の方法。
【国際調査報告】
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