(57)【要約】対象のトリプタミン濃度を変化させるための組成物及び方法を提供する。一般に、組成物は微生物を含む。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変える方法であって、前記方法が、表１、表２、表３、表４、表５または表６から選択される、少なくとも１つの細菌種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項２】
前記対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの前記濃度を増大させる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株１）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ＿ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株２）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｎｅｘｉｌｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿６＿１＿６３ＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿５８ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｌｄｅｎｅｎｓｅ＿ＳＣ１１４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ＿ｐｌａｕｔｉｉ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ＿ｐａｒｖｕｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｓｐ＿ＣＡＧ＿２５７＿ＳＣ１４６、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｏｌｔｅａｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
Ｂｌａｕｔｉａ＿ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿４６ＦＡＡ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿ｓｐ＿ＨＰＰ００４８、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ＿ｔａｎａｋａｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ＿ａｕｒｅｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿４＿１＿３７ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｌａｖａｌｅｎｓｅ＿ＳＣ４３、及びＨｏｌｄｅｍａｎｉａ＿ｆｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記列挙した種のうちの少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記対象に、表６の組成物１〜４７のうちの１つ以上を含む、組成物を投与することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記対象に、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象に、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記炎症性腸疾患が、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
表１、表２、表３、表４、表５または表６から選択される、少なくとも１つの細菌種の生存可能個体群を含む、医薬製剤。
【請求項１４】
Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株１）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ＿ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株２）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｎｅｘｉｌｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿６＿１＿６３ＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項１５】
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項１６】
Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿５８ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｌｄｅｎｅｎｓｅ＿ＳＣ１１４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項１７】
Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ＿ｐｌａｕｔｉｉ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ＿ｐａｒｖｕｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｓｐ＿ＣＡＧ＿２５７＿ＳＣ１４６、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｏｌｔｅａｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項１８】
Ｂｌａｕｔｉａ＿ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿４６ＦＡＡ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿ｓｐ＿ＨＰＰ００４８、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ＿ｔａｎａｋａｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ＿ａｕｒｅｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿４＿１＿３７ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｌａｖａｌｅｎｓｅ＿ＳＣ４３、及びＨｏｌｄｅｍａｎｉａ＿ｆｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項１９】
前記列挙した種のうちの少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の生存可能個体群を含む、請求項１４に記載の医薬製剤。
【請求項２０】
表６の組成物１〜４７のうちの１つ以上を含む、組成物を含む、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項２１】
薬学的に許容される賦形剤を含む、またはカプセル中に含まれる、請求項１３に記載の医薬製剤。
【請求項２２】
対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変える方法であって、前記方法が、請求項１３に記載の医薬製剤の有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項２３】
前記対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの前記濃度を増大させる、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度が、前記対象の糞便中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
前記トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度が、前記対象の血液、血清、血漿、尿または脳脊髄液（ＣＳＦ）中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度である、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
低濃度のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの存在により特徴づけられる疾患または状態がある対象を治療する方法であって、前記方法が、請求項１３に記載の医薬製剤の治療上有効な量を、前記疾患と診断されるまたはその危険性がある対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項２７】
前記対象に、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記対象に、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
前記炎症性腸疾患が、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
対象の制御性Ｔ細胞の濃度または活性を増大させる方法であって、前記方法が、請求項１３に記載の医薬製剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項３１】
対象の腸管恒常性を回復させるもしくはそれを改善する、または対象の腸癌もしくは結腸癌を予防するもしくはそれを治療する方法であって、前記方法が、請求項１３に記載の医薬製剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【請求項３２】
（ｉ）組み合わせと同じ濃度のトリプトファンの存在下で、（ｉｉ）前記組み合わせと同じ濃度のトリプトファンの存在下で特定の期間にわたり、（ｉｉｉ）ｉｎ  ｖｉｖｏシステムに投与されるとき、または（ｉｖ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏでモデルシステムに投与されるとき、各種が単独で生成するトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度と比較して、組み合わせて、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を増大させることができる、少なくとも２つの異なる細菌種を含む組成物。
【請求項３３】
前記組成物が、請求項１３に記載の医薬製剤の細菌種を含む組成物である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】
対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変えるために使用する、請求項１３に記載の製剤または組成物。
【請求項３５】
前記対象に、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある、請求項３４に記載の製剤または組成物。
【請求項３６】
前記対象に、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある、請求項３４に記載の製剤または組成物。
【請求項３７】
前記炎症性腸疾患が、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される、請求項３６に記載の製剤または組成物。
【請求項３８】
対象の制御性Ｔ細胞の濃度または活性を増大させる際に使用するためである、請求項３６に記載の製剤または組成物。
【請求項３９】
対象の腸管恒常性を回復させる際に使用するため、または腸癌もしくは結腸癌を予防するもしくはそれを治療するためである、請求項３６に記載の製剤または組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、微生物組成物を使用するトリプトファン代謝の操作に関する。
【背景技術】
【０００２】
タンパク質合成での使用に加えて、トリプトファンは、例えばセロトニン（５−ヒドロキシトリプタミン）、メラトニン、キヌレニン及びトリプタミンの産生をもたらす多くの経路で重要である。トリプトファン及びその代謝産物は、例えば、免疫抑制、免疫機能、癌、炎症性疾患、上皮バリア機能、腸管運動性、神経機能及び感染に影響を及ぼす場合がある。
【０００３】
特定のトリプトファン経路生成物は、アリール炭化水素受容体（Ａｈｒ）作動薬として機能することを示した。代謝産物は、例えば、インドール−３アルデヒド、インドール−３アセテート、インドール−３プロピオン酸、インドール、インドール−３アセトアルデヒド、インドールアクリル酸、インドール−３アセトニトリル、６−ホルミルインドロ［３，２−ｂ］カルバゾール（ＦＩＣＺ）及びトリプタミンを含む。Ａｈｒは、特異的Ｔ細胞下位集団の分化及び活性を制御する際に役割を果たす。報告によれば、それは、Ｔ細胞及び抗原提示細胞（ＡＰＣ）の両方に対する効果を通して適応免疫応答に影響を及ぼすことができる。Ａｈｒは、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋Ｔ制御性細胞（Ｔｒｅｇ）ならびにＦｏｘＰ３−ＩＬ−１０＋ＣＤ４＋Ｔｒ１の発生及び維持、ならびにＴｈ１７細胞の誘発に関与していると思われる。
【０００４】
トリプタミンは、トリプトファンの脱炭酸によって生成される。トリプタミンは神経系にも影響を及ぼすことができ、例えば報告によれば、それは、胃腸の運動に関与している腸筋層間神経叢に影響を及ぼす（Ｔａｋａｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｓｃｉｅｎｃｅ１６：２２３−２４０，１９８５）。
【０００５】
胃腸マイクロバイオームは、患者（例えば、再発性Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症を患っている患者）に糞便物質を導入することによる、少なくとも包括的な方法で操作可能なことを示した。トリプトファン関連効果の治療的操作は通常、上流の代謝物質の化学処理に限られていた。出願人の発見及び発明は、ヒトのマイクロバイオームに由来する細菌を使用して、より標的をしぼった方法で特定機能の操作を可能にする。
【発明の概要】
【０００６】
本発明は、トリプタミン及び／または５−ヒドロキシトリプタミン（セロトニン）濃度に影響を及ぼすことができる（例えば、増大させる）細菌種の識別に関する。したがって、本発明は、トリプタミン及び／または５−ヒドロキシトリプタミン濃度を調節する１つ以上の細菌種を含む組成物、ならびにこのような組成物を投与することによってトリプタミン及び／または５−ヒドロキシトリプタミン濃度を調節する方法に関する。種々の実施形態で、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの濃度は、本発明の方法または組成物を使用することによる治療前の濃度と比較して変化する（例えば、増大する）。
【０００７】
本発明は、対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変える方法を提供し、前記方法は、表１、表２、表３、表４、表５または表６から選択される、少なくとも１つの細菌種の生存可能個体群を対象に投与することを含む。種々の実施形態で、対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの濃度は増大する。例えば濃度は、上述の細菌の生存可能個体群を投与する前と比べて増大し得る。
【０００８】
いくつかの実施形態で、方法は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株１）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ＿ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株２）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｎｅｘｉｌｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿６＿１＿６３ＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を対象に投与することを含む。
【０００９】
いくつかの実施形態で、方法は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を対象に投与することを含む。
【００１０】
いくつかの実施形態で、方法は、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿５８ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｌｄｅｎｅｎｓｅ＿ＳＣ１１４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を対象に投与することを含む。
【００１１】
いくつかの実施形態で、方法は、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ＿ｐｌａｕｔｉｉ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ＿ｐａｒｖｕｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｓｐ＿ＣＡＧ＿２５７＿ＳＣ１４６、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｏｌｔｅａｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を対象に投与することを含む。
【００１２】
いくつかの実施形態では、方法は、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿４６ＦＡＡ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿ｓｐ＿ＨＰＰ００４８、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ＿ｔａｎａｋａｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ＿ａｕｒｅｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿４＿１＿３７ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｌａｖａｌｅｎｓｅ＿ＳＣ４３、及びＨｏｌｄｅｍａｎｉａ＿ｆｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を対象に投与することを含む。
【００１３】
上述の種々の実施形態で、方法は、列挙した種のうちの少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の生存可能個体群を対象に投与することを含む（上限は、上述の群の種の数である）。
【００１４】
更に、いくつかの実施形態で、方法は、表６の組成物１〜４７のうちの１つ以上を含有するまたはそれからなる組成物を、対象に投与することを含む。
【００１５】
いくつかの実施形態で、本発明の方法は、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態を有する対象に使用することができる。
【００１６】
いくつかの実施形態で、対象には、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患（例えば、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線性大腸炎及び顕微鏡的大腸炎）、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある。
【００１７】
本発明は、表１、表２、表３、表４、表５または表６から選択される少なくとも１つの細菌種の生存可能個体群を含む医薬製剤も提供する。
【００１８】
いくつかの実施形態で、医薬製剤は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株１）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ＿ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株２）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｎｅｘｉｌｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿６＿１＿６３ＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む。
【００１９】
いくつかの実施形態で、医薬製剤は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む。
【００２０】
いくつかの実施形態で、医薬製剤は、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿５８ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｌｄｅｎｅｎｓｅ＿ＳＣ１１４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む。
【００２１】
いくつかの実施形態で、医薬製剤は、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ＿ｐｌａｕｔｉｉ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ＿ｐａｒｖｕｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｓｐ＿ＣＡＧ＿２５７＿ＳＣ１４６、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｏｌｔｅａｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む。
【００２２】
いくつかの実施形態で、医薬製剤は、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿４６ＦＡＡ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿ｓｐ＿ＨＰＰ００４８、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ＿ｔａｎａｋａｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ＿ａｕｒｅｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿４＿１＿３７ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｌａｖａｌｅｎｓｅ＿ＳＣ４３、及びＨｏｌｄｅｍａｎｉａ＿ｆｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む。
【００２３】
上述の種々の実施形態で、医薬製剤は、列挙した種のうちの少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の生存可能個体群を含む（上限は、上述の群の種の数である）。
【００２４】
更に、いくつかの実施形態では、医薬製剤は、表６の組成物１〜４７のうちの１つ以上を含む、またはそれからなる。
【００２５】
種々の実施形態で、医薬製剤は、例えば本明細書に記載されているように、薬学的に許容される賦形剤を含む。
【００２６】
いくつかの実施形態で、医薬製剤はカプセルである。例えば、いつくかの実施形態で、医薬製剤は、経腸的に吸収されるようにコーティングされたカプセル中にあることができる。
【００２７】
本発明は、対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変える方法も提供し、前記方法は、本明細書に記載の医薬製剤（例えば、上述を参照）の有効量を対象に投与することを含む。
【００２８】
いくつかの実施形態で、対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの濃度は増大する。
【００２９】
いくつかの実施形態では、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度は、対象の糞便中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度である。
【００３０】
いくつかの実施形態では、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度は、対象の血液、血清、血漿、尿または脳脊髄液（ＣＳＦ）中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度である。
【００３１】
本発明は、低濃度のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの存在により特徴づけられる疾患または状態がある対象を治療する方法を更に提供し、前記方法は、本明細書に記載の医薬製剤（例えば、上述を参照）の治療上有効な量を、疾患と診断されるまたはその危険性がある対象に投与することを含む。
【００３２】
いくつかの実施形態で、対象には、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある。
【００３３】
いくつかの実施形態で、対象には、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患（例えば、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線性大腸炎及び顕微鏡的大腸炎）、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある。
【００３４】
本発明は、対象の制御性Ｔ細胞の濃度または活性を増大させる方法も提供し、前記方法は、本明細書に記載の医薬製剤（例えば、上述を参照）を対象に投与することを含む。
【００３５】
更に、本発明は、対象の腸管恒常性を回復させるもしくはそれを改善する、または対象の腸癌もしくは結腸癌を予防するもしくはそれを治療する方法を提供し、前記方法は、本明細書に記載の医薬製剤（例えば、上述を参照）を対象に投与することを含む。
【００３６】
本発明は、本発明は、（ｉ）組み合わせと同じ濃度のトリプトファンの存在下で、（ｉｉ）組み合わせと同じ濃度のトリプトファンの存在下で特定の期間にわたり、（ｉｉｉ）ｉｎ  ｖｉｖｏシステムに投与されるとき、及び／または（ｉｖ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏでモデルシステムに投与されるとき、各種が単独で生成するトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度と比較して、組み合わせて、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を増大させることができる、少なくとも２つの異なる細菌種を含む組成物も提供する。
【００３７】
いくつかの実施形態で、組成物は、本明細書に記載の医薬製剤（例えば、上述を参照）の細菌種を含む組成物である。
【００３８】
本発明は、本明細書の上述及び他の部分で記載のとおり、対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変えるために使用する、製剤または組成物も提供する。
【００３９】
いくつかの実施形態で、対象には、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある。
【００４０】
いくつかの実施形態で、対象には、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患（感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線性大腸炎及び顕微鏡的大腸炎）、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある。
【００４１】
いくつかの実施形態で、製剤または組成物は、対象の制御性Ｔ細胞の濃度または活性を増大させる際に使用するものである。
【００４２】
いくつかの実施形態で、製剤または組成物は、対象の腸管恒常性を回復させる際に使用するために、または対象の腸癌もしくは結腸癌を予防するもしくはそれを治療するためにある。
【００４３】
本発明は、本明細書の上記及び他の部分で記載される方法で表される目的のために、ならびにそのための薬剤の調製のために、本明細書に記載されるような組成物及び製剤の使用を含む。
【００４４】
本明細書で参照される各特許文献及び科学論文のすべての開示、ならびにそれにより引用されるそれらの特許文献及び科学論文は、すべての目的のために本明細書に明示的に組み込まれる。
【００４５】
本発明の追加の特徴及び効果を、更に具体的に後述する。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
【図１】１、２または３つの種の存在下で、高濃度のトリプタミン及びトリプタミン濃度に関連する３つの種の解析の結果を示すグラフである。Ｌｂ＝Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｒｇ＝Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｒｔ＝Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓ、０は種が存在しないことを示し、１は種が存在することを示す。Ｒｔのみ：低濃度のトリプタミン、Ｒｇのみ：中濃度のトリプタミン、３種のうちの２つ：中濃度〜高濃度のトリプタミン、３種すべて：高濃度のトリプタミン、注意：１つの試料だけはＬｂ＝１、Ｒｇ＝０、Ｒｔ＝０であり、それは表示されていない。
【図２】微生物種ｐａｎ−ｇｅｎｏｍｅデータベースに対するトリプトファンデカルボキシラーゼ（配列番号７３及び７５）のＢｌａｓｔｐの結果を示すグラフである。
【図３】対象の糞便中の試料の存在が２つの臨床試験で種中の高濃度のトリプタミン（種を欠いている対象と比較して）を予測する、種の識別を示すグラフである。丸で囲んだ種は、その存在が２つの臨床試験でより高濃度のトリプタミンをそれぞれに予測するものを示す。
【図４】２つの臨床試験、ＳＥＲＥＳ−１０１（潰瘍性大腸炎の緩解の維持に関連）及びＳＥＲＥＳ−００４（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症の再発の防止に関連）でトリプタミンを調節する種の豊富さを示す一組のグラフである。
【図５】本発明で使用できる選択した細菌ＯＴＵの１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列（配列番号１〜７２）、及び特定のトリプトファンデカルボキシラーゼ配列（配列番号７３〜７５）のリストである。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
出願人は、トリプタミンの存在と関連するヒト胃腸（ＧＩ）管の細菌種を識別した。いくつかの種の同一性は予想外であり、例えば場合によっては、種は、トリプタミンの調節に関与するとして、以前は同定されていなかった。更に、場合によっては、種の組み合わせは相乗作用を提示する。いかなる特定の理論にも束縛されるものではないが、これは、細菌の様々な種が、異なる生態的地位を占有して及び／またはＧＩ管のトリプタミンの調節で異なっている役割を果たすことを示唆する。
【００４８】
出願人は、５−ヒドロキシトリプタミン濃度（５ＨＴ）を増大させることと関連する細菌種も識別した。５ＨＴまたはセロトニンは、腸管運動性及び血小板凝集、免疫反応、心機能ならびに骨の発達でのその効果のため、宿主の生理機能に広範な影響を有する脳神経伝達物質である。身体の５ＨＴの約９５％は腸に存在し、腸マイクロバイオームは宿主の５ＨＴ濃度を調節することを示した（Ｙａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ１６１：２６４−２７６，２０１５、Ｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｔｒａｎｓｌ．Ｍｅｄ．１５：１３，２０１７）。５ＨＴの調節不全は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症を含む、広範囲のヒト疾患に関係している。
【００４９】
本発明は、例えば、哺乳動物（例えば、ヒト）の血液または消化管中のトリプトファン及び／またはトリプトファン代謝物質（例えば、トリプタミン）の調節により利益を得ることができる、疾患及び状態を治療するために使用する組成物及び方法を提供する。いくつかの実施形態で、トリプタミン濃度は、哺乳動物の血液または腸で増大する。いくつかの実施形態で、トリプトファン濃度は、哺乳動物の血液またはＧＩ管で低下する。
【００５０】
いくつかの実施形態で、本開示は、トリプタミンの産生のために１つ以上の酵素をコードする、少なくとも１つの遺伝子または遺伝子カセットを含む、細菌を提供する。いくつかの実施形態で、細菌は、トリプトファンデカルボキシラーゼ（Ｔｒｐデカルボキシラーゼ）をコードする遺伝子配列を含む。いくつかの実施形態で、本開示は、トリプタミンの産生のために１つ以上の酵素（例えば、トリプトファンデカルボキシラーゼ）をコードする、少なくとも１つの遺伝子または遺伝子カセットを含む、１つ以上の細菌を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態で、本発明は、トリプタミン濃度を変える（例えば、増大させる）ためにこのような組成物を使用する方法を提供する。
【００５１】
トリプタミン（ＴＡ）組成物
本明細書に開示される本発明に有用な組成物は、トリプトファン代謝物質（例えば、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン）の濃度を調節（例えば、増大）できる１つ以上（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２またはそれ以上）の微生物を含有する。場合によっては、有用な微生物は、トリプトファンをトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンへと代謝できる。場合によっては、微生物は、トリプトファンデカルボキシラーゼまたは他の酵素（例えば、トリプトファンをトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンへと代謝することもできる、チロシンカルボキシラーゼまたはフェニルアラニンカルボキシラーゼ）を発現することができる。いくつかの実施形態で、１つ以上の細菌種は組成物中に含有されており、組み合わせは、１つだけまたは残りの種が培養にまたは対象に提供されたときの濃度と比べて、例えば培養のまたは対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの量を増大させることができる。
【００５２】
本明細書に開示される本発明の使用に適している微生物の非限定的な例は、表１〜５に列挙されるものを含む。本発明は、これらの微生物のうちの任意の１つ、またはこれらの微生物のうちの例えば２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２もしくはそれ以上の組み合わせを含む組成物、及びそれを使用することを含む方法を提供する。組み合わせに関して、表６（組成物１〜４７）に示すように、本発明は、コンソーシアム１〜４７のうちの任意の１つ以上を含む、またはそれからなる組成物を提供する。本発明は、本明細書に記載されるように、これらの組成物を使用する方法を更に含む。
【００５３】
表１は、これらの種ならびに関連する種及び菌株の追加の例を同定するために使用することができる、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列への参照と同様に、本発明の組成物に含有され得る種の非限定的な例を提供する。表１に挙げられる種は、２つの臨床試験でトリプタミンを予測するとわかった（例えば、実施例２、図３及び表９を参照）。本発明の組成物は、本明細書で示される（例えば、異なる表の）互いとのまたは他の種との任意の組み合わせで、表１に挙げられる種のうちの１、２、３、４、５、６または７つを含むことができる。本発明の組成物及び方法で有用なこれらの種及び他の種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列情報を図５に示す。
【００５４】
【表１】
2020536865.tif 000002
【００５５】
表２は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏスクリーニングにより同定したこれらの種ならびに関連する種及び菌株の追加の例を同定するために使用することができる、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列への参照と同様に、本発明の組成物及び方法で使用され得る種の追加の非限定的な例を提供する。本発明の組成物は、本明細書で示される（例えば、異なる表の）互いとのまたは他の種との任意の組み合わせで、表２に挙げられる種のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０または１１を含むことができる。本発明の組成物及び方法で有用なこれらの種及び他の種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列情報を図５に示す。これらの配列は、これらの及び関連する種ならびに菌株を識別するために使用できる。
【００５６】
【表２】
2020536865.tif 000003
【００５７】
表３は、これらの種ならびに関連する種及び菌株の追加の例を同定するために使用することができる、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列への参照と同様に、本発明の組成物及び方法で使用され得る種の追加の非限定的な例を提供する。本発明の組成物は、本明細書で示される（例えば、異なる表の）互いとのまたは他の種との任意の組み合わせで、表３に挙げられる種のうちの１、２、３または４つを含むことができる。本発明の組成物及び方法で有用なこれらの種及び他の種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列情報を図５に示す。これらの配列は、これらの及び関連する種及び菌株を識別するために使用できる。
【００５８】
【表３】
2020536865.tif 000004
【００５９】
表４は、これらの種ならびに関連する種及び菌株の追加の例を同定するために使用することができる、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列への参照と同様に、本発明の組成物及び方法で使用され得る種の追加の非限定的な例を提供する。本発明の組成物は、本明細書で示される（例えば、異なる表の）互いとのまたは他の種との任意の組み合わせで、表４に挙げられる種のうちの１、２、３または４つを含むことができる。本発明の組成物及び方法で有用なこれらの種及び他の種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列情報を図５に示す。これらの配列は、これらの及び関連する種及び菌株を識別するために使用できる。
【００６０】
【表４】
2020536865.tif 000005
【００６１】
表５は、これらの種ならびに関連する種及び菌株の追加の例を同定するために使用することができる、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列への参照と同様に、本発明の組成物及び方法で使用され得る種の追加の非限定的な例を提供する。本発明の組成物は、本明細書で示される（例えば、異なる表の）互いとのまたは他の種との任意の組み合わせで、表５に挙げられる種のうちの１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２を含むことができる。本発明の組成物及び方法で有用なこれらの種及び他の種の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列情報を図５に示す。これらの配列は、これらの及び関連する種及び菌株を識別するために使用できる。
【００６２】
【表５】
2020536865.tif 000006
【００６３】
上述のように、本発明は、本明細書に記載されるように細菌種の組み合わせを含む組成物、トリプタミン濃度を変える（例えば、増大させる）ためにこれらの組成物を使用する方法、ならびにトリプタミン濃度を変える（例えば、増大させる）ことが有利である疾患及び状態を治療する方法を含む。このような組み合わせ組成物のうちの４７の特定の非限定的な例を、表６に記載する。
【００６４】
【表６】
2020536865.tif 000007
【００６５】
本発明で有用であり得る追加の微生物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｒｇｅｎｔｉｎｅｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｏｌｙｍｙｘａ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ  ｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｒｎｏｓｕｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｒｕｖｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｕｃｕｒｏｎｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｔｒｏｐｈａｅｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｗｅｉｈｅｎｓｔｅｐｈａｎｅｎｓｉｓ、及び非病原性Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓである。所望により、これらの追加の微生物のうちの１つ以上は、直前の段落に記載されている組み合わせのいずれかと組み合わせて使用できる。
【００６６】
いくつかの実施形態で、有用な微生物は、参照Ｔｒｐデカルボキシラーゼ配列（全長またはトリプトファン結合領域）に対して、少なくとも９３％の同一性を有するタンパク質をコードすることが予測されるＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態で、微生物は、参照Ｔｒｐデカルボキシラーゼ配列に対して、少なくとも４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９２％、９３％、９４％、９５％、９８％、９９％または１００％の同一性を有するタンパク質をコードすることが予測されるＤＮＡ配列を含む。参照配列の非限定的な例は、ＧｅｎＢａｎｋ：ＥＤＵ３５９１５．１（配列番号７３）、ＧｅｎＢａｎｋ：ＥＤＮ７８２２２．１（配列番号７４）、ＧｅｎＢａｎｋ  ＺＰ＿０２０４０７６２（配列番号７５）である。
【００６７】
いくつかの実施形態で、有用な微生物は、本明細書で挙げられる種（例えば、表１〜表６のうちの１つ以上に挙げられる種のうちの１つ以上、例えば、図５及び配列番号１〜６６を参照）のうちの１つ以上の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列に対して、配列同一性を共有する１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態で、種は、１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列のすべてまたは一部の配列同一性（例えば、少なくとも９０％、９３％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の同一性）により同定される。参照配列と問い合わせ配列の間の同一性パーセントは、当技術分野で既知の方法を使用して決定できる。このような決定のための方法の非限定的な例を、以下に提供する。本明細書で使用する場合、２つのヌクレオチド配列の間の相関性は、パラメーター「同一性」により説明される。
【００６８】
一実施形態にて、問い合わせ配列と参照配列の間の配列同一性の程度は、１）デフォルトのスコア配列及びデフォルトのギャップペナルティを使用する任意の好適なアラインメントプログラムにより、２つの配列を配列比較することと、２）完全一致の数を同定することであって、そこで完全一致とは、アラインメントプログラムがアラインメントの所定の位置上の２つの配列比較した配列の同一のヌクレオチドを識別したところである、前記同定することと、３）完全一致の数を参照配列の長さで分割することと、により決定される。
【００６９】
別の実施形態にて、問い合わせ配列と参照配列の間の配列同一性の程度は、１）デフォルトのスコア配列及びデフォルトのギャップペナルティを使用する任意の好適なアラインメントプログラムにより、２つの配列を配列比較することと、２）完全一致の数を同定することであって、そこで完全一致とは、アラインメントプログラムがアラインメントの所定の位置上の２つの配列比較した配列の同一のヌクレオチドを識別したところである、前記同定することと、３）完全一致の数を２つの配列のうちの最長の長さで分割することと、により決定される。
【００７０】
別の実施形態にて、問い合わせ配列と参照配列の間の配列同一性の程度は、１）デフォルトのスコア配列及びデフォルトのギャップペナルティを使用する任意の好適なアラインメントプログラムにより、２つの配列を配列比較することと、２）完全一致の数を同定することであって、そこで完全一致とは、アラインメントプログラムがアラインメントの所定の位置上の２つの配列比較した配列の同一のアミノ酸またはヌクレオチドを識別したところである、前記同定することと、３）完全一致の数を「アラインメント長さ」で分割することであって、そこでアラインメント長さとは、配列のギャップ及び突出部を含むアラインメント全体の長さである、前記分割することと、により決定される。
【００７１】
配列同一性の比較は、通常、配列比較プログラムを使用して行われる。これらの市販のまたは一般に公開されているコンピュータプログラムは、複雑な比較アルゴリズムを使用して、２つ以上の配列の間の違い（複数可）をもたらし得る進化の過程を最も反映する、２つ以上の配列を配列比較する。したがって、これらのアルゴリズムは、同一または類似のアミノ酸のアラインメントに報いて、非類似アミノ酸のギャップの挿入、ギャップ伸長及びアラインメントにペナルティを課すスコアシステムで操作する。比較アルゴリズムのスコアシステムは、
ｉ）ギャップが挿入されるたびにペナルティスコアを割り当てる（ギャップペナルティスコア）、
ｉｉ）既存のギャップが余分の位置で伸長されるたびにペナルティスコアを割り当てる（伸長ペナルティスコア）、
ｉｉｉ）同一のアミノ酸のアラインメントへのハイスコアの割り当て、及び
ｉｖ）同一でないアミノ酸のアラインメントへの変数スコアの割り当て、を含む。
【００７２】
一般に、アラインメントプログラムのデフォルト値を、配列比較のために使用する。同一性を決定するのに有用な好適なコンピュータプログラムは、例えば、ＢＬＡＳＴ（ｂｌａｓｔ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ）を含む。
【００７３】
本発明の実施形態にて、アラインメントプログラムは、選択した配列の全長（例えば、全長、Ｖ４またはＶ６  １６Ｓ  ｒＤＮＡ配列）上のアラインメントを最適化する。例えば、包括的なアラインメントプログラムは、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムに基づく（Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３−４５３，１９７０）。このようなプログラムの非限定的な例は、ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／Ｔｏｏｌｓ／ｐｓａ／で利用可能なＥＭＢＯＳＳ  Ｎｅｅｄｌｅ及びＥＭＢＯＳＳ  Ｓｔｒｅｔｃｈｅｒプログラムである。
【００７４】
一実施形態にて、配列は、包括的なアラインメントプログラムによって配列比較されて、配列同一性は「アラインメント長さ」によって分割されるプログラムにより同定される完全一致の数を同定することにより算出されて、そこで、アラインメント長さとは、配列のギャップ及び突出部を含むアラインメント全体の長さである。更なる実施形態にて、包括的なアラインメントプログラムはＮｅｅｄｌｅｍａｎ−Ｗｕｎｓｃｈアルゴリズムを使用し、配列同一性は「アラインメント長さ」によって分割されるプログラムにより同定される完全一致の数を同定することにより算出されて、そこで、アラインメント長さとは、配列のギャップ及び突出部を含むアラインメント全体の長さである。
【００７５】
別の更なる実施形態で、包括的なアラインメントプログラムはＥＭＢＯＳＳ  Ｎｅｅｄｌｅ及びＥＭＢＯＳＳ  ｓｔｒｅｔｃｈｅｒからなる群から選択され、配列同一性は「アラインメント長さ」によって分割されるプログラムにより同定される完全一致の数を同定することにより算出されて、そこで、アラインメント長さとは、配列のギャップ及び突出部を含むアラインメント全体の長さである。
【００７６】
ソフトウェアが配列比較を作成すると、類似性パーセント（％）及び配列同一性％を算出できる。
【００７７】
いくつかの実施形態で、組成物の少なくとも１つの微生物は、トリプトファンデカルボキシラーゼを発現できる。いくつかの実施形態で、組成物の少なくとも１つの微生物は、トリプタミンを分泌できる。トリプタミン分泌を分析する方法は、当技術分野で既知である（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  Ｍｉｃｒｏｂｅ１６：４９５−５０３，２０１４）。他の実施形態にて、組成物の少なくとも１つの微生物は、ＧＩ通過アッセイで作用を示す（例えば、Ｙａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ１６１：２６４−２７６，２０１５を参照）。
【００７８】
特定の実施形態で、ＴＡ組成物は、トリプトファンデカルボキシラーゼを発現できる、またはそれを発現するように誘発され得る、１０ｅ２と１０ｅ１２の間（例えば、１０ｅ８〜１０ｅ１１または１０ｅ９〜１０ｅ１０）の生存可能な細菌及び／または胞子を含む。
【００７９】
いくつかの実施形態で、ＴＡ組成物は、ヒトまたは非ヒトの動物（例えば、マウス、ラット、モルモット、イヌ、ネコ、ブタ、ヒツジ、または非ヒトの霊長類）のトリプタミン濃度の増加を誘発できる。
【００８０】
一般に、本発明に有用な１つ以上の微生物は、通性嫌気性菌または偏性嫌気性菌である。場合によっては、１つ以上の微生物は、耐気性を示す偏性嫌気性菌である。微生物は、胞子を形成する（本明細書で「胞子形成菌」と称される）のが可能または非胞子形成菌であり得る。胞子形成菌は、胞子、栄養細胞、または胞子と栄養細胞の組み合わせとして実質的に組成物中に存在してもよい。
【００８１】
トリプタミンを分析する方法
本発明のいくつかの実施形態で、トリプタミンの存在、及び場合によってはその濃度は決定される。トリプタミンは、当技術分野で既知の方法を使用して分析され得る。例えば、トリプタミンは、サーモＴＳＱクアンタムマックストリプル四重極型質量分析計を使用して、タンデム質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）に連結した液体クロマトグラフィを用いて分析され得る。他の有用な方法は、多重反応モニタリング及び情報依存型モニタリングを含む（Ｓｒｉｄｈａｒａｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ５：５４９２，２０１４）。
【００８２】
対象のトリプタミン濃度は、例えばＴＡ組成物の投与前及びその後に、血液、血漿、血清、大便、尿または脳脊髄液を使用して分析され得る。
【００８３】
トリプトファンデカルボキシラーゼ
いくつかの実施形態で、組成物は、トリプトファンデカルボキシラーゼ遺伝子をコードする、少なくとも１つの細菌種を含む。このような遺伝子を同定する方法は、当技術分野で既知である（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓら（上述）を参照）。実施例にて説明するように、予測したタンパク質構造の配列分析、及び周知の微生物トリプトファンデカルボキシラーゼ配列との比較は、細菌ゲノムの遺伝子を同定するために使用できる。場合によっては、トリプトファンデカルボキシラーゼ遺伝子の全配列は分析で使用される、及び／またはトリプトファンの予測結合部位の配列が使用される。
【００８４】
疾患の治療
本発明の実施形態で、マイクロバイオーム組成物は、治療を必要とする対象の疾患の徴候または症状を寛解させることを含む、疾患または状態を治療する、または予防するために使用する。いくつかの実施形態で、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏ、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ及び／またはｉｎ  ｖｉｖｏの方法は、対象のトリプタミン濃度を変えることで治療の有効性を決定するために使用できる。
【００８５】
トリプタミンは、Ａｈｒ作動薬である。報告によれば、Ａｈｒ活性は、ＦｏｘＰ３及びＩＬ−１７発現に影響を及ぼし、大腸炎を寛解させ、発がんのリスクを低減させることができ、他の効果は当技術分野で既知である。報告されたトリプタミン効果は、腸上皮細胞によるイオン分泌を促進して、腸管運動性を増加させることを含む（Ｂｈａｔｔａｒａｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  Ｍｉｃｒｏｂｅ２３（６）：７７５−７８５，２０１８）。トリプタミンは、制御性Ｔ細胞を増加させるための薬剤としても示唆されている（Ｔｒｅｇ、米国特許第９，０２８，７９８号）。したがって、トリプタミンを増加させることができる組成物は、例えば、腸管恒常性を回復させるもしくは改善する、大腸炎を治療する、腸癌を治療するもしくは予防する、及び／または胃腸の運動を改善するために有用である。一般に、トリプタミン濃度を上昇させることができるＴＡ組成物は、アリール炭化水素受容体の活性を調節するのに有用である。ＴＡ組成物は、Ｔｒｅｇを増加させるためにも使用できる。
【００８６】
本発明の組成物は、５−ヒドロキシトリプタミンまたはセロトニンを調節する（例えば、増大させる）ためにも使用できる。したがって、本発明の組成物及び方法は、腸管運動性、腸管恒常性、血小板凝集、免疫応答及び心機能、ならびにうつ、不安、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、心血管疾患及び骨粗鬆症に関する疾患及び状態の治療で使用できる。
【００８７】
患者
いくつかの実施形態では、ＴＡ組成物による治療に適した対象は、例えば糞便、血液、血漿、血清、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）または他の体液中の、異常なまたは望ましくない低濃度のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンを有するとして識別される。ＴＡ組成物による効果的な治療は、選択した体液、組織または糞便中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を増大させる。通常、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの増大した濃度は、治療した対象の消化管中のＴＡ組成物からの少なくとも１つの種の検出可能な存在と関連している。いくつかの実施形態で、ＴＡ組成物からの細菌の少なくとも１つの種または菌株の存在は、治療した対象の大便で検出される。いくつかの実施形態で、ＴＡ組成物の少なくとも１つの種または菌株は、ＴＡ組成物での治療の後、少なくとも１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週間、２週間、３週間、４週間、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、８か月または１年後に検出されることができる。投与された種のこのような持続性（例えば、治療前、その種の不存在または低濃度で）は、「生着」と称される。いくつかの実施形態で、投与された種は、限られた期間、持続または生着することができず、そのような種はＴＡ組成物の反復投与で投与され得る。
【００８８】
本発明の方法に従って治療される対象には、変化した腸管運動性を特徴とする疾患または状態があり得る。種々の例で、本発明の方法に従って治療される対象には、例えば、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患（例えば、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎）ならびに便秘からなる群から選択される、胃腸疾患または状態があり得る（上述も参照のこと）。
【００８９】
定義
「相乗作用」とは、組み合わせ要素の予想される追加の効果より大きい、例えば異なる微生物（例えば、異なる菌株、異なる種または異なるクレード）の組み合わせによって生成される効果を指す。本明細書で使用する場合「相乗作用」または「相乗的相互作用」とは、それらの別個の効果の総量より大きい複合効果を生成する、２つ以上の微生物の相互作用または協調を意味する。前記効果は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｉｎ  ｖｉｖｏでの観測に基づき得る。
【００９０】
本明細書に記載のＴＡ組成物の「治療上有効な量」は、要因（例えば、個人の疾患状態、年齢、性別及び体重）、ならびに個人の所望の応答を誘発する化合物の能力（例えば、少なくとも１つの障害パラメーターの回復、または障害の少なくとも１つの症状の回復（及び所望により、投与されている任意の追加の薬剤の効果））に従って変化できる。治療上有効な量は、治療上有益な効果が、組成物の任意の毒性または有害効果を上回るものでもある。本明細書に記載の組成物は、通常、治療上有効な量で投与される。
【００９１】
「微生物生着」または「生着」という用語は、治療前、治療される対象に存在しない、検出不可能である、または望ましくない低濃度で存在する、標的ニッチの治療用微生物組成物（例えば、細菌組成物）に投与される、１つ以上の菌株、ＯＴＵまたは種の定着を指す。生着生態を含む微生物は、治療用微生物組成物中に存在し、対象の微生物生態の構成物として定着する。生着ＯＴＵは、治療用微生物組成物による治療後の対象に定植する微生物生態に、一時的な期間定着し得る、または長期的な安定性を示し得る。生着は、株もしくは分類群特異的プライマーによる、または株もしくは分類群特異的ＤＮＡプローブによる、全メタゲノムシーケンシング（ＷＭＳ）、ＰＣＲまたはｑＰＣＲを含むが、これらに限定されない、当技術分野において周知の種々の分子技術を使用することにより検出されることができる。全メタゲノムシーケンシング（ＷＭＳ）データにより、生着は、これに限定されないが１つのヌクレオチド変異体（ＳＮＶ）を含む、株特異的ゲノム変異体を使用して定量化されることができる。全メタゲノムシーケンシング（ＷＭＳ）データにより、株、種または他の分類群の生着は、株、種または他の分類群特異的ゲノムマーカーに基づき定量化されることもできる。全メタゲノムシーケンシング（ＷＭＳ）データにより、生着の検出は、全ゲノムアセンブリによって支援されることもできる。このようなデータが作成された後、生着は、対象レベル及び／または個体群レベルで統計学的に評価されることができる。対象レベルで、株または分類群特異的存在量、相対的存在量または検出は、ベースラインまたは所定のバックグラウンドノイズレベルでより大きくなければならない。個体群レベルで、株または分類群特異的存在量、相対的存在量または検出信号は、参照プラセボアームもしくは参照背景集団、またはデータセットより大きくなければならない。
【００９２】
検出限界（ＬＯＤ）は、当技術分野で理解されているように、例えば、分析下の特定の試料種類（例えば、大便試料及びその含水量）、検出されている種及び使用するアッセイによって変化できる。種々の実施例で、本発明で使用するＬＯＤは、約１０ｅ５〜１０ｅ７の範囲である。１つの具体例で、使用されるＬＯＤは、約１．７５ｅ６（例えば、１．７５ｅ６）である。
【００９３】
「操作的分類単位」「ＯＴＵ」（複数可）は系統樹の先端葉を指し、核酸配列（例えば、全ゲノムまたは特定遺伝子配列）、ならびに種のレベルでこの核酸配列と配列同一性を共有するすべての配列により定義される。いくつかの実施形態で、特定遺伝子配列は、１６Ｓ配列、または可変領域などの１６Ｓ配列の一部（例えば、Ｖ４領域）である。他の実施形態で、２つの実体の全ゲノムは、配列決定され、比較される。別の実施形態で、選定領域（例えば、多遺伝子座配列タグ（ＭＬＳＴ）、特定遺伝子または遺伝子の組）は、遺伝的に比較され得る。１６Ｓの実施形態で、全１６Ｓまたは１６Ｓのいくつかの可変領域上で９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵとみなされる（例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ３８：ｅ２００，２０１０；Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｈｉｌｏｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｒ  Ｓｏｃ  Ｌｏｎｄ  Ｂ  Ｂｉｏｌ  Ｓｃｉ３６１：１９２９−１９４０，２００６を参照）。完全ゲノム、ＭＬＳＴ、特定遺伝子または遺伝子の組を含む実施形態で、９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵとみなされる（例えば、Ａｃｈｔｍａｎ  ａｎｄ  Ｗａｇｎｅｒ，Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１−４４０，２００８を参照）。いくつかの実施形態で、ＯＴＵは、生物間の配列を比較することにより区別されることができる。一般的に、９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの一部を構成するとはみなされない。ＯＴＵは、ヌクレオチドマーカーまたは遺伝子（特に、高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）またはその組み合わせ）の任意の組み合わせも特徴とし得る。このような特性決定は、例えば、ＷＧＳデータまたは全ゲノム配列を使用する。本明細書で使用する場合「種」及び「ＯＴＵ」という用語は、文脈上別段に区別されない限り、同じように使用される。
【００９４】
製剤
本明細書に記載のＴＡ組成物は、当技術分野において周知の方法を用いて調製されて、投与されることができる。一般に、組成物は、任意の好適な方法を使用できるが、経口、結腸鏡または経鼻投与用に調製される。
【００９５】
ＴＡ製剤は、このような製剤の調製に適した１つ以上の医薬賦形剤を含有できる。いくつかの実施形態で、製剤は液体製剤である。いくつかの実施形態で、ＴＡ組成物を含む製剤は、界面活性剤、補助剤、緩衝剤、酸化防止剤、張度調整剤、増粘剤または粘度調整剤などのうちの１つ以上を含むことができる。
【００９６】
いくつかの実施形態で、治療は、薬学的に許容される担体を含む、製剤中の医薬ＴＡ組成物を投与することを含む。いくつかの実施形態で、賦形剤は、カプセル、または経口投与剤形としてＴＡ組成物を提供するのに適している他の形状を含む。賦形剤が希釈剤として機能する場合、活性成分用のビヒクル、担体または媒質として作用する、固体、半固体または液体材料であり得る。したがって製剤は、錠剤、丸剤、散剤、糖衣錠、サシェ剤、カシェ剤、エリキシル剤、懸濁剤、乳剤、液剤、シロップ剤、ソフトもしくはハードカプセル剤、坐剤または包装された粉末の形態であり得る。
【００９７】
好適な賦形剤のいくつかの例としては、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアガム、リン酸カルシウム、アルギネート、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、微結晶セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、シロップ、ポリエチレングリコール、グリセロール及びメチルセルロースが挙げられる。組成物は、当技術分野において既知の手順を用いることによって患者に投与した後、活性成分の迅速、持続または遅延放出を提供するように調製され得る。
【００９８】
ＴＡ組成物は、単位投与形態で調製されることができる。一般に、投与量は、約１０ｅ２〜１０ｅ９の生存可能なコロニー形成単位（ｃｆｕ）を含む。「単位投与形態」という用語は、ヒト対象及び／または他の哺乳動物のための単位投与量として好適な物理的に個別の単位を指し、各単位は、好適な薬学的賦形剤に関連して、所望の治療効果を生み出すように算出された既定量の活性物質を含有する。投与量は、複数の送達ビヒクル（例えば、複数の丸剤またはカプセル剤）で投与され得る。
【００９９】
患者に投与されるＴＡ組成物の量及び頻度は、投与されるもの、予防または治療などの投与の目的、患者の状態、投与の様式などに応じて変化する。治療的用途では、組成物は、疾患及びその合併症の症状を治癒させる、または少なくとも部分的にそれを停止させるのに十分な量で、すでにその疾患に罹患している患者に投与され得る。有効用量は、治療される疾患病態、ならびに疾患の重症度、患者の年齢、体重及び一般状態などの因子に基づく担当医師の判断に依存する。
【０１００】
投与量は、例えば各個々の種もしくは株のｃｆｕの総数を指すことができる、または用量中の微生物の総数を意味することができる。投与量中の微生物の数を測定することが正確ではなく、存在する生物の数を測定するために使用する方法に依存できることは、当技術分野で理解されている。例えば、組成物中の胞子の数は、ジピコリン酸アッセイを用いて決定され得る。場合によっては、微生物の数は、培養アッセイを使用して決定され得る。胞子が存在するとき、培養方法に基づくアッセイの能力は、胞子の効果的な成長に依存できる。定量的核酸方法は、生育不能な微生物からの核酸が十分に低減されるかまたは除去されるかに依存できる。
【０１０１】
有効量は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏまたは動物モデル試験系から生成される用量反応曲線から推定できる。
【０１０２】
等価物
すべての技術的特徴は、そのような特徴のすべての可能な組み合わせに個別に組み込まれることができる。
【０１０３】
本発明は、その趣旨または本質的な特性から逸脱することなく、他の特定の形態で実施することができる。したがって、上述の実施形態は、本明細書に記載の本発明を限定するものではなく、あらゆる点において例示であるとみなされるべきである。
【実施例】
【０１０４】
以下の非限定的な実施例は、本明細書に記載の本発明の実施形態を例示する。
実施例１：ヒト糞便のゲノム及びメタボロミック分析
マイクロバイオーム組成物の第ＩＩ相試験に参加している対象から入手したヒト糞便試料は、マイクロバイオーム組成物の安全性及び有効性を評価するように設計された、カプセル封止された精製真正細菌胞子（ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ、ＮＣＴ０２４３７４８７）から構成される。試料は、治療を受けた対象及びプラセボを受けた対象の両方からの試料を含む、ＮＣＴ０２４３７４８７試験の対象から入手した。トリプタミンの存在に関する試料のメタボロミック分析は、Ｍｅｔａｂｏｌｏｎ（Ｍｏｒｒｉｓｖｉｌｌｅ、ＮＣ）で行われた。メタボロミックデータは、大便の質量当たりのトリプタミン濃度を含んだ（濃度に比例するピークＡＵＣ、及びアッセイの線形動力学を仮定）。試料は更に、ＭｅｔａＰｈｌＡｎ２データベースに基づく種特異的ゲノムマーカーに基づいて示される、全メタゲノミクスショットガンシーケンシング及び種名を使用して配列決定された（Ｔｒｕｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ１２：９０２−９０３，２０１５）。
【０１０５】
種−代謝物質の関係の識別
対の分類及びメタボロミックプロファイルの標準分析は多くの場合、存在量が代謝物質の存在量と相関している種を同定するための、種と代謝物質の存在量の間のペアワイズ相関（例えば、スピアマンまたはピアソン相関）を含む。このような相関分析は、コホート及びインターベンション試験の両方で示したように、通常、代謝物質の大きな群と相関性がある種の大きな群を示す。これは、標準的な相関分析が、どの種が選択した代謝機能に本当に機構的に関与しているかを適切に識別しないことを意味する。
【０１０６】
この問題を解決するために、出願人は新規な方法を使用して、対の分類及びメタボロミックプロファイルの特異的種−代謝物質の関係を識別する。コンピュータ解析は、トリプタミンの存在及び濃度と、個々の細菌種及び細菌種の組み合わせの存在の間の関係を分析することを実施した。更に解析は、細菌種及びトリプタミンの相対的な存在量を評価することを実施した。
【０１０７】
前記方法で、それらの試料で測定される種プロファイルから患者試料の代謝物質濃度を予測することを学習することができる、モデルを開発した。代謝物質濃度は、根底にある種−代謝物質関係を学習することに基づいて予測される。トレーニングデータセットは、当技術分野において周知の方法による相互検証法を用いて開発された。
【０１０８】
代謝物質濃度が少数の種で正しく測定されるとき、このモデリング法は、種−代謝物質関係の疎なセットを回復させる。それに対し、これらのデータに適用される標準的な相関分析は、非疎な関係を回復させて、特定の代謝機能の根底にある特定の種を同定する能力（治療用微生物組成物を設計するのに必要）を妨げる。
【０１０９】
根底にある種−代謝物質関係が識別されると、評価は、ａ）同定された種がどれだけ適切にｉｎ  ｖｉｖｏ代謝物質濃度を予測できるか、及びｂ）どのくらいの種がｉｎ  ｖｉｖｏ代謝物質濃度を予測するために必要であるか（すなわち、多数のまたは少数の種がｉｎ  ｖｉｖｏ代謝物質濃度の変化を推進する場合）から作成された。（ａ）に関して、いくつかの代謝物質が、種プロファイルにより適切に予測され、したがって微生物コンソーシアムにより調節される可能性があり得るが、一方で他の代謝物質はそうではなく、したがって外部のまたは宿主の要因が優位を占める可能性が高いことがわかった。（ｂ）に関して、いくつかの代謝物質については、ｉｎ  ｖｉｖｏ代謝物質濃度の変化が少数の種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８または２０の種）の存在／不存在により説明されることができるが、他の代謝物質については、多数の種（例えば、２０〜５０超の種）の存在／不存在が、ｉｎ  ｖｉｖｏ代謝物質濃度を説明するのに必要であることがわかった。
【０１１０】
このように作成したデータにより、トリプタミンが、その変化が少数の種の存在／不存在により適切に予測される代謝物質であることが明らかになった。したがって、ｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度は、トリプタミン濃度と関連する少数の種の治療的投与に基づいて操作されることができる。更に、トリプタミン濃度がわずかな細菌種から影響を受けないので、限定された数の細菌種だけが、治療的微生物コンソーシアムによりトリプタミンを標的化するために使用できる可能性が高い。
【０１１１】
実施例２：ｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度を予測する細菌種
実施例１に記載されているトリプタミンに関連する解析は、その存在が糞便試料中のトリプタミンの存在に関連した少数の種を同定した。表７は、トリプタミンの存在に最も強く関連した３つの種のランク分けリスト（１とランク付けされる、トリプタミンの存在に最も強く関連したものから順に記載）を提供し、最高濃度のトリプタミンと関連した３つの種は、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  Ｂａｃｔｅｒｉｕｍ９＿１＿４３ＢＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  Ｔｏｒｑｕｅｓであった。
【０１１２】
【表７】
2020536865.tif 000008
【０１１３】
図１は、１、２または３つの種の存在下で、最高濃度のトリプタミン及びその相対的トリプタミン濃度に関連する３つの種の解析である。バーは、単独でまたは種々の組み合わせで試料に存在するとき、示した種と関連するトリプタミンの相対濃度中央値を表す。多くの種がある場合、より高濃度のトリプタミン濃度になる傾向があるが、結果は明らかな相加効果にはならず、その代わりに、各種の存在に基づいて相乗的である。これらのデータは、トリプタミン濃度上の種の影響が、他の種の組み合わせの存在／不存在にも依存していることを示す。
【０１１４】
これらのデータは、ｉｎ  ｖｉｖｏデータのこのような解析が、対象のトリプタミン濃度に影響を及ぼすことができる細菌の組み合わせを明らかにできることを示す。
【０１１５】
ホモロジー検索
初期の研究で、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ（ｕｎｉｐｒｏｔ  ｉｄ、Ａ７Ｂ１Ｖ０＿ＲＵＭＧＮ）及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ（ｕｎｉｐｒｏｔ  ｉｄ、Ｊ７ＳＺ６４＿ＣＬＯＳＧ）分離株（Ｗｉｌｌｉａｍｓら、上述）からのすでに同定されたトリプトファンデカルボキシラーゼ遺伝子を、他の配列決定した細菌ゲノムの相同体を検索するための問い合わせ配列として使用した。１１５５のヒト腸関連の細菌ゲノムのデータベース（ＷＧＳ情報を使用してアセンブル）は、ＢＬＡＳＴＰによる相同物検索ためにアセンブルされた。配置した残基の対は、ＢＬＯＳＵＭ６２アラインメントスコアマトリックスを使用してスコア化された。２４の種は、いずれかの問い合わせ配列に対して１ｅ〜１００未満と報告されているアラインメントＥ−ｖａｌｕｅを有するタンパク質相同体を含むと同定された（完全残基一致％、アラインメント長さ及びｅ−ｖａｌｕｅと共に。表８を参照）。同定した２４の相同体の中で、同一残基の割合は３８〜９９．４％の範囲であり、アラインメント長さは４０７〜４７７の範囲だった。これらの解析で、驚くような発見があった。
【０１１６】
第１に、トリプタミンの存在と関連する上位９つの種のうち、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ（トリプタミンランク＝３）を含む、そのうちの４つは、周知の細菌性トリプトファンデカルボキシラーゼに有意な相同性を有する配列を持たない。これらのデータは、トリプタミン濃度の調節が、周知のトリプトファンデカルボキシラーゼに関連するものの他に、追加の酵素及び／または機構により制御され得ることを示す。
【０１１７】
第２に、トリプトファンデカルボキシラーゼに有意な相同性を有する配列を有すると同定されるそれらの種について、それらの種とトリプタミン濃度の関連（表８を参照、トリプタミンランク：下位ランク番号はトリプタミンとの最高の関連を示す）は、「真正」細菌トリプトファンデカルボキシラーゼとの同一性％に対応しない。
【０１１８】
第３に、任意の単一種の有病率の試験により、有病率がトリプタミンランクを予測しないことがわかった。
【０１１９】
第４に、トリプトファンデカルボキシラーゼに相同性を有する配列を含むとして同定された種のリストがｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度を予測する種のリストとかなり重複する一方で、例外がある。例えば、Ｒ．ｔｏｒｑｕｅｓはトリプタミン濃度へのｉｎ  ｖｉｖｏ影響は３番めに位置づけられているが、トリプトファンデカルボキシラーゼ関連配列の相同体は、代表的なＲ．ｔｏｒｑｕｅｓゲノムで識別されなかった。Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓは、それがトリプトファンデカルボキシラーゼ遺伝子を担持することを示す公開データにもかかわらず、ｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度を予測するとは言えなかった。
【０１２０】
第５には、公開されたＣ．ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓトリプトファンデカルボキシラーゼ配列を有する少なくとも１００の残基のアラインメント長さ上で約３０％超の予測されたタンパク質配列同一性を有する配列はないことがわかった。
【０１２１】
総合すれば、出願人のデータは、トリプタミンの存在と以前に関連していない種が、消化管のトリプタミン産生に影響を及ぼすことができ、それにより他の組織のトリプタミン濃度に影響を及ぼし得ることを示す。
【０１２２】
【表８】
2020536865.tif 000009
【０１２３】
更に、これらのデータは、種の有病率、及び特性決定したトリプトファンデカルボキシラーゼタンパク質との相同性の程度が、種とトリプタミン濃度のヒトｉｎ  ｖｉｖｏ関係の強さに関連しないことを証明する。まとめると、データは、トリプトファンデカルボキシラーゼ配列または関連する配列の単なる存在は、対象のトリプタミン濃度を上昇させる種を選択するのに十分に有益ではないことを示し、ここに提供されている解析は、トリプタミン濃度に影響を及ぼしかつ組成物で使用される種の識別が、対象のトリプタミン濃度を上昇させる実験的証拠を提供できる。
【０１２４】
更なる試験で、より大きい細菌のパンゲノムデータベースに対するトリプトファンデカルボキシラーゼのＢｌａｓｔｐ（ｂｉｔｂｕｃｋｅｔ．ｏｒｇ／ｂｉｏｂａｋｅｒｙ／ｈｕｍａｎｎ２／ｗｉｋｉ／Ｈｏｍｅ；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．Ｄ６１７−２４，２０１４）は、推定上のトリプタミン産生株を同定した（図２）。これらの試験で、その存在が２つの臨床試験上でより高濃度のトリプタミンを予測する７つの種が同定された（図３、表９）。７つの同定された種のうちの５つは、識別したトリプトファンデカルボキシラーゼ相同体を備える菌株を有する。相同体のない１つの種（未分類Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ）は、評価のための関連ゲノムを有しない。
【０１２５】
【表９】
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【０１２６】
表９〜表１２について、列の項目に関する詳細は、以下のとおりである。
ｓ００４＿ａｖｇ＿ｃｏｅｆｆ：ＳＥＲＥＳ−００４（Ｃ  ｄｉｆｆ）試験のトリプタミン濃度を、種がどれくらい予測するかを示すスコア。
ｓ１０１＿ａｖｇ＿ｃｏｅｆｆ：ＳＥＲＥＳ−１０１（ＵＣ）試験のトリプタミン濃度を、種がどれくらい予測するかを示すスコア。
ｓ００４＿ｐｒｅｖａｌａｎｃｅ：ＳＥＲＥＳ−００４（Ｃ  ｄｉｆｆ）試験の種の有病率（試料の一部）。
ｓ１０１＿ｐｒｅｖａｌａｎｃｅ：ＳＥＲＥＳ−１０１（ＵＣ）試験の種の有病率（試料の一部）。
ｍｉｎ＿ｂｌａｓｔ＿ｌｏｇ１０＿ｅｖａｌｕｅ：トリプトファンデカルボキシラーゼに対する相同体の有意性（小さい数がよい、−２００が最少［すなわち、ベストヒット］）。ｂｌａｓｔｐからのｅ−ｖａｌｕｅの−ｌｏｇ１０。
ｂｌａｓｔ＿ｈｉｔ：使用した問い合わせトリプトファンデカルボキシラーゼの識別子。
【０１２７】
４つの追加の種は、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅを処理する臨床試験のトリプタミン濃度を予測するとして同定された（表１０）。
【０１２８】
【表１０】
2020536865.tif 000011
【０１２９】
４つの追加の種は、潰瘍性大腸炎を治療する臨床試験のトリプタミン濃度を予測するとして同定された（表１１）。
【０１３０】
【表１１】
2020536865.tif 000012
【０１３１】
他の種は、トリプトファンデカルボキシラーゼ相同体を有すると同定されたが、試験した条件下でｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度を予測しなかった（表１２及び表１３）。これらの種について、相同体は、基質としてトリプトファン上の活性を有することができない（Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｈｏｓｔ  Ｍｉｃｒｏｂｅ１６（４）：４９５−５０３，２０１４）、または種は、低レベルでｉｎ  ｖｉｖｏ蔓延もしくは豊富であり得る。
【０１３２】
表１２は、両方の試験で５％未満の有病率を有する種を列挙する（しかし、いずれかの試験の少なくとも１回は検出された）。これらの種は、ｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度に影響を及ぼす可能性があり得るが、これらの試験した集団の低い有病率は、それらが試験した集団のトリプタミン中の相当な変化を説明することができないことを意味する。表１３は、両方の試験で５％超の有病率を有する種を列挙する。これらの種は、試験した集団の相当な有病率にもかかわらず、ｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度での変化を説明しない。それらは、実際、基質としてトリプトファン上の活性を有することができない、または活性の菌の可変性を示すことができる。
【０１３３】
【表１２】
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【０１３４】
【表１３】
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【０１３５】
更なる解析にて、潰瘍性大腸炎及びＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ臨床試験で、表１に列挙される７つの種のうちの１つ超の組み合わせを有するコンソーシアムが、同定された（図４）。これらのコンソーシアムは、例えば、ＴＡ組成物で使用することができ、単一の種だけを上回ってｉｎ  ｖｉｖｏトリプタミン濃度に影響を及ぼす。
【０１３６】
実施例２：上澄み中のトリプトファン代謝物質の検出
方法
出願人は、それらの上澄み中のトリプトファン代謝物質の存在について、種々の細菌種を試験した。トリプトファン代謝物質の存在は、インドール化合物（インドール試薬、Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）の検出のための比色アッセイを使用して判定した。比色インドールアッセイによるＴｒｐ代謝物質の産生株として同定された選択された株の上澄みは、ＧＣ−ＭＳによって更に解析されて、産生される特定の代謝物質を識別した。
【０１３７】
結果
いくつかの種は、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン（５ＨＴ）を生成することを示した。特に、トリプタミンを生成する種は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓを含み、３つの種のうちの２つは、ヒト糞便試料中のトリプタミンの存在と相関していることがわかった（表１４）。５ＨＴを生成する種は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓを含む。
【０１３８】
表１４は、異なる細菌種、及び種により生成される選択されたトリプトファン代謝物質のリストである。＜ＬＯＤとは、代謝物質が検出下限より低かったことを示す。細菌増殖用培地のバックグラウンド代謝物質濃度を示す。ＡＴＣＣカタログ番号は、適用するとき、外部菌株について示される。
【０１３９】
【表１４】
2020536865.tif 000015
【０１４０】
本発明のいくつかの実施形態は、以下の番号をつけた段落の範囲内である。
【０１４１】
１．対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変える方法であって、前記方法が、表１、表２、表３、表４、表５または表６から選択される、少なくとも１つの細菌種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【０１４２】
２．前記対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの前記濃度を増大させる、段落１に記載の方法。
【０１４３】
３．Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株１）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ＿ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株２）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｎｅｘｉｌｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿６＿１＿６３ＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、段落１または２に記載の方法。
【０１４４】
４．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、段落１または２に記載の方法。
【０１４５】
５．Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿５８ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｌｄｅｎｅｎｓｅ＿ＳＣ１１４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、段落１または２に記載の方法。
【０１４６】
６．Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ＿ｐｌａｕｔｉｉ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ＿ｐａｒｖｕｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｓｐ＿ＣＡＧ＿２５７＿ＳＣ１４６、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｏｌｔｅａｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、段落１または２に記載の方法。
【０１４７】
７．Ｂｌａｕｔｉａ＿ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿４６ＦＡＡ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿ｓｐ＿ＨＰＰ００４８、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ＿ｔａｎａｋａｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ＿ａｕｒｅｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿４＿１＿３７ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｌａｖａｌｅｎｓｅ＿ＳＣ４３、及びＨｏｌｄｅｍａｎｉａ＿ｆｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、段落１または２に記載の方法。
【０１４８】
８．前記列挙した種のうちの少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の生存可能個体群を前記対象に投与することを含む、段落３〜７のいずれか１つに記載の方法。
【０１４９】
９．前記対象に、表６の組成物１〜４７のうちの１つ以上を含む、組成物を投与することを含む、段落１〜８のいずれか１つに記載の方法。
【０１５０】
１０．前記対象に、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある、段落１〜９のいずれか１つに記載の方法。
【０１５１】
１１．前記対象に、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある、段落１〜１０のいずれか１つに記載の方法。
【０１５２】
１２．前記炎症性腸疾患が、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される、段落１１に記載の方法。
【０１５３】
１３．表１、表２、表３、表４、表５または表６から選択される、少なくとも１つの細菌種の生存可能個体群を含む、医薬製剤。
【０１５４】
１４．Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株１）、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿９＿１＿４３ＢＦＡＡ、Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ＿ｕｎｃｌａｓｓｉｆｉｅｄ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｇｎａｖｕｓ（菌株２）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｎｅｘｉｌｅ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿６＿１＿６３ＦＡＡ及びＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ＿ｔｏｒｑｕｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、段落１３に記載の医薬製剤。
【０１５５】
１５．Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、段落１３に記載の医薬製剤。
【０１５６】
１６．Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿５８ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｌｄｅｎｅｎｓｅ＿ＳＣ１１４、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｉｔｒｏｎｉａｅ、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、段落１３に記載の医薬製剤。
【０１５７】
１７．Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ＿ｐｌａｕｔｉｉ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ＿ｐａｒｖｕｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ＿ｓｐ＿ＣＡＧ＿２５７＿ＳＣ１４６、及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｏｌｔｅａｅからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、段落１３に記載の医薬製剤。
【０１５８】
１８．Ｂｌａｕｔｉａ＿ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿２＿１＿４６ＦＡＡ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ＿ｓｐ＿ＨＰＰ００４８、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ＿ｔａｎａｋａｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ＿ａｕｒｅｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ＿ｂａｃｔｅｒｉｕｍ＿４＿１＿３７ＦＡＡ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｌａｖａｌｅｎｓｅ＿ＳＣ４３、及びＨｏｌｄｅｍａｎｉａ＿ｆｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓからなる群のうちの少なくとも２つの種の生存可能個体群を含む、段落１３に記載の医薬製剤。
【０１５９】
１９．前記列挙した種のうちの少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１または１２の生存可能個体群を含む、段落１４〜１８のいずれか１つに記載の医薬製剤。
【０１６０】
２０．表６の組成物１〜４７のうちの１つ以上を含む、組成物を含む、段落１３〜１９のいずれか１つに記載の医薬製剤。
【０１６１】
２１．薬学的に許容される賦形剤を含む、及び／またはカプセル（例えば、経腸的に吸収されるようにコーティングされたカプセル）中にある、段落１３〜２０のいずれか１つに記載の医薬製剤。
【０１６２】
２２．対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変える方法であって、前記方法が、段落１３〜２１のいずれか１つに記載の医薬製剤の有効量を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【０１６３】
２３．前記対象のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの前記濃度を増大させる、段落２２に記載の方法。
【０１６４】
２４．前記トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度が、前記対象の糞便中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度である、段落２２または２３に記載の方法。
【０１６５】
２５．前記トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度が、前記対象の血液、血清、血漿、尿または脳脊髄液（ＣＳＦ）中のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度である、段落２２または２３に記載の方法。
【０１６６】
２６．低濃度のトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミンの存在により特徴づけられる疾患または状態がある対象を治療する方法であって、前記方法が、段落１３〜２１のいずれか１つに記載の医薬製剤の治療上有効な量を、前記疾患と診断されるまたはその危険性がある対象に投与することを含む、前記方法。
【０１６７】
２７．前記対象に、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある、段落２６に記載の方法。
【０１６８】
２８．前記対象に、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある、段落２６または２７に記載の方法。
【０１６９】
２９．前記炎症性腸疾患が、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される、段落２８に記載の方法。
【０１７０】
３０．対象の制御性Ｔ細胞の濃度または活性を増大させる方法であって、前記方法が、段落１３〜２１のいずれか１つに記載の医薬製剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【０１７１】
３１．対象の腸管恒常性を回復させるもしくはそれを改善する、または対象の腸癌もしくは結腸癌を予防するもしくはそれを治療する方法であって、前記方法が、段落１３〜２１のいずれか１つに記載の医薬製剤を前記対象に投与することを含む、前記方法。
【０１７２】
３２．（ｉ）組み合わせと同じ濃度のトリプトファンの存在下で、（ｉｉ）前記組み合わせと同じ濃度のトリプトファンの存在下で特定の期間にわたり、（ｉｉｉ）ｉｎ  ｖｉｖｏシステムに投与されるとき、または（ｉｖ）ｉｎ  ｖｉｔｒｏでモデルシステムに投与されるとき、各種が単独で生成するトリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度と比較して、組み合わせて、トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を増大させることができる、少なくとも２つの異なる細菌種を含む組成物。
【０１７３】
３３．前記組成物が、段落１３〜２１のいずれか１つに記載の医薬製剤の前記細菌種を含む組成物からなる群から選択される、段落３２に記載の組成物。
【０１７４】
３４．対象の前記トリプタミンまたは５−ヒドロキシトリプタミン濃度を変えるために使用する、段落１３〜２１、３２または３３のいずれか１つに記載の製剤または組成物。
【０１７５】
３５．前記対象に、変化した腸管運動性、血小板凝集、免疫応答、心機能または骨の発達を特徴とする疾患または状態がある、段落３４に記載の製剤または組成物。
【０１７６】
３６．前記対象に、過敏性腸症候群、炎症性腸疾患、便秘、うつ、不安、心血管疾患及び骨粗鬆症からなる群から選択される疾患または状態がある、段落３４または３５に記載の製剤または組成物。
【０１７７】
３７．前記炎症性腸疾患が、感染性大腸炎、潰瘍性大腸炎、クローン病、虚血性大腸炎、放射線大腸炎及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される、段落３６に記載の製剤または組成物。
【０１７８】
３８．対象の制御性Ｔ細胞の濃度または活性を増大させる際に使用するためである、段落３６に記載の製剤または組成物。
【０１７９】
３９．対象の腸管恒常性を回復させる際に使用するため、または腸癌もしくは結腸癌を予防するもしくはそれを治療するためである、段落３６に記載の製剤または組成物。
【０１８０】
他の実施形態は、以下の特許請求の範囲内である。
【図１】
2020536865.tif 000016
【図２】
2020536865.tif 000017
【図３】
2020536865.tif 000018
【図４】
2020536865.tif 000019
【図５−１】
2020536865.tif 000020
【図５−２】
2020536865.tif 000021
【図５−３】
2020536865.tif 000022
【図５−４】
2020536865.tif 000023
【図５−５】
2020536865.tif 000024
【図５−６】
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【図５−７】
2020536865.tif 000026
【図５−８】
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【図５−９】
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【図５−１０】
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【図５−１１】
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【図５−１２】
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【図５−１３】
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【図５−１４】
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【図５−１５】
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【図５−１６】
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【図５−１７】
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【図５−１８】
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【図５−１９】
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【図５−２０】
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【図５−２１】
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【図５−２２】
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【図５−２３】
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【図５−２４】
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【図５−２５】
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【図５−２６】
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【図５−２７】
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【図５−２８】
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【図５−２９】
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【図５−３０】
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【図５−３１】
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【図５−３２】
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【図５−３３】
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【図５−３４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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