(57)【要約】  本発明は、化学療法による処置を行わない抗ＨＥＲ２治療の（１）前又は（２）前と間のいずれかの、患者の単離された生物学的試料中のＨＥＲ２の発現の検出及び／又は定量を含む、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者において化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法に関する。本発明は、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏマーカとして、あるいは代わりに、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の代替の医療レジメンを開始するかどうかを決定又は推奨するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏマーカとしての、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の使用にも関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者から単離した試料における、抗ＨＥＲ２治療の開始前のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量を含む、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのインビトロ方法。
【請求項２】
ＨＥＲ２の遺伝子発現産物が過剰発現されている場合には、それが、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性の指標となる、請求項１に記載のインビトロ方法。
【請求項３】
以下を含む、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのインビトロ方法：
（ａ）患者の単離された生物学的試料中のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量：
（ａ．ｉ）抗ＨＥＲ２治療の開始前、及び
（ａ．ｉｉ）抗ＨＥＲ２治療の開始後。
【請求項４】
工程（ａ．ｉ）と比較して工程（ａ．ｉｉ）で検出又は定量した遺伝子発現産物との間に減少が存在する場合には、それが、抗ＨＥＲ２治療の有効性の指標となる、請求項３に記載のＨＥＲ２陽性乳癌の患者の化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのインビトロ方法。
【請求項５】
以下を含む、抗ＨＥＲ２治療の代替の医療レジメンを開始するかどうかＨＥＲ２陽性乳癌の患者について決定する又は推奨するためのインビトロ方法：
（ａ）患者の単離された生物学的試料中のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量：
（ａ．ｉ）抗ＨＥＲ２治療の開始前、及び
（ａ．ｉｉ）抗ＨＥＲ２治療の開始後。
【請求項６】
代替の医療レジメンが、化学療法、外科手術、放射線治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項５に記載の代替の医療レジメンを開始するかどうかを決定又は推奨するためのインビトロ方法。
【請求項７】
医療レジメンが化学療法である、請求項６に記載の代替の医療レジメンを開始するかどうかを決定又は推奨するためのインビトロ方法。
【請求項８】
化学療法が、パクリタキセル、ドセタキセル、カルボプラチン、ドキソルビシン、エピルビシン、ｎａｂ−パクリタキセル、ビノレルビン、カペシタビン、及びエリブリン、又はそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項７に記載の代替の医療レジメンを開始するかどうかを決定又は推奨するためのインビトロ方法。
【請求項９】
工程（ａ．ｉｉ）で検出又は定量された産物の間での遺伝子発現の比が工程（ａ．ｉ）での比よりも高い場合には、それが、代替の医療レジメンが必要であることの指標となる、請求項５〜８のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１０】
化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量が、抗ＨＥＲ２治療の開始後５〜２０日目に行われ、好ましくは９〜１９日目の間に、より好ましくは、抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われる、請求項３〜９のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１１】
ＨＥＲ２の遺伝子発現産物がｍＲＮＡである、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１２】
ＨＥＲ２の遺伝子発現産物がｍＲＮＡであり、それが増幅技術により定量される、請求項１〜１１に記載のインビトロ方法。
【請求項１３】
遺伝子発現産物が配列番号１である、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１４】
検出及び／又は定量される配列が配列番号３である、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１５】
遺伝子発現産物が配列番号２である、請求項１〜１０に記載のインビトロ方法。
【請求項１６】
抗ＨＥＲ２治療が、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、ペルツズマブ、ａｄｏ−トラスツズマブ、エムタンシン、又はそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項１〜１５のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１７】
抗ＨＥＲ２治療がトラスツズマブとラパチニブである、請求項１６に記載のインビトロ方法。
【請求項１８】
試料が単離された乳房組織試料である、請求項１〜１７のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項１９】
患者が女性である、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項２０】
患者がホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）患者である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項２１】
患者がホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）患者であり、抗ＨＥＲ２治療が内分泌療法と組み合わせられる、請求項２０に記載のインビトロ方法。
【請求項２２】
内分泌療法が、タモキシフェン、トレミフェン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、フルベストラント、ゴセレリン、ロイプロリド、及び／又はトリプトレリン、あるいはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項２１に記載のインビトロ方法。
【請求項２３】
内分泌療法がレトロゾール又はタモキシフェンである、請求項２２に記載のインビトロ方法。
【請求項２４】
患者がホルモン受容体陰性（ＨＲ−）患者である、請求項１〜２０のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項２５】
前記方法が乳癌について被験者を画像撮影することもまた含む、請求項１〜２４のいずれか１項に記載のインビトロ方法。
【請求項２６】
ＨＥＲ２陽性乳癌の患者において化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのインビトロマーカとして、あるいは代わりに、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療を受ける前のＨＥＲ２陽性乳癌の患者において抗ＨＥＲ２治療の代替の医療レジメンを開始するかどうかを決定又は推奨するためのインビトロマーカとしての、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の使用。
【請求項２７】
代替の医療レジメンが、化学療法、外科手術、放射線治療、又はそれらの任意の組み合わせである、請求項２６に記載の使用。
【請求項２８】
代替の医療レジメンが化学療法である、請求項２７に記載の使用。
【請求項２９】
代替の医療レジメンが、パクリタキセル、ドセタキセル、カルボプラチン、ドキソルビシン、エピルビシン、ｎａｂ−パクリタキセル、ビノレルビン、カペシタビン、及びエリブリン、又はそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される化学療法である、請求項２８に記載の使用。
【請求項３０】
ＨＥＲ２の遺伝子発現産物がｍＲＮＡである、請求項２６〜２９のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３１】
遺伝子発現産物が配列番号１である、請求項２６〜２９のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３２】
遺伝子発現産物が配列番号２である、請求項２６〜２９のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３３】
抗ＨＥＲ２治療が、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、ペルツズマブ、ａｄｏ−トラスツズマブ、エムタンシン、又はそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項２６〜３２のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３４】
抗ＨＥＲ２治療がトラスツズマブとラパチニブである、請求項３３に記載の使用。
【請求項３５】
患者が女性である、請求項２６〜３４のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３６】
患者がホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）患者である、請求項２６〜３５のいずれか１項に記載の使用。
【請求項３７】
患者がホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）患者であり、抗ＨＥＲ２治療が内分泌療法と組み合わせられる、請求項３６に記載の使用。
【請求項３８】
内分泌療法が、タモキシフェン、トレミフェン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、フルベストラント、ゴセレリン、ロイプロリド、及び／又はトリプトレリン、あるいはそれらの任意の組み合わせからなる群より選択される、請求項３７に記載の使用。
【請求項３９】
内分泌療法がレトロゾール又はタモキシフェンである、請求項３８に記載のインビトロ方法。
【請求項４０】
患者がホルモン受容体陰性（ＨＲ−）患者である、請求項２６〜３６のいずれか１項に記載の使用。
【請求項４１】
請求項１〜２５のいずれか１項で定義された方法のいずれかにおける、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の存在を決定する又は定量するための手段の使用。
【請求項４２】
遺伝子発現産物がｍＲＮＡである、請求項４１に記載の手段の使用。
【請求項４３】
遺伝子発現産物が配列番号１である、請求項４１に記載の手段の使用。
【請求項４４】
遺伝子発現産物が配列番号２である、請求項４１に記載の手段の使用。
【請求項４５】
前記手段がキットの一部を構成する、請求項４１〜４４のいずれか１項に記載の手段の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、医療の分野、具体的には、乳癌、特に、化学療法を受けていないＨＥＲ２陽性乳癌患者において、ＨＥＲ２に対する治療に対する反応を予測するための新規の方法に関する。この方法は、上記ＨＥＲ２陽性乳癌患者の臨床管理及びモニタリングにおいて潜在的用途がある。
【背景技術】
【０００２】
ＩＨＣ／ＦＩＳＨ（標準定義）（非特許文献１）により定義されるＨＥＲ２陽性乳癌は全ての乳腺腫の約２０％を占める。最初は予後バイオマーカとして確立され、今日、その最大の価値は、トラスツズマブの有用性の予測因子として及びＨＥＲ２経路を標的とする他の因子としてである。トラスツズマブでの治療の導入により、ＨＥＲ２陽性に伴う予後不良が著しく改善された（非特許文献２）。その後の耐性機構の同定及びＨＥＲ２をより良好に又は異なって遮断する新規の薬物を取り入れることにより、転移の状況における生存性の結果が改善した（非特許文献３、非特許文献４）。初期段階では、新規の抗ＨＥＲ２剤を取り入れることによって、一致しない結果が生じた。一方、局所的に進行した、且つ大きな手術可能な腫瘍は、標準的な腫瘍免疫賦活薬トラスツズマブと化学療法の組み合わせに対してラパチニブ又はペルツズマブを取り入れた場合に、病理学的完全奏効率（ｐＣＲ）の劇的な上昇を示した。ＨＥＲ２陽性疾患の患者における無病生存期間（ＤＦＳ）についてのサロゲートエンドポイントとして確認されたｐＣＲ（非特許文献５）によって、ペルツズマブは欧州医薬品庁（ＥＭＡ）及びアメリカ食品医薬品局（ＦＤＡ）によってこの集団について承認された。他方、標準的な免疫賦活剤トラスツズマブと化学療法の併用に対してラパチニブを加えることにより、ＤＦＳにおいて４．５年で２％の範囲で、統計学的には有意ではない絶対的な有用性がもたらされた（非特許文献６）。同じ状況においてトラスツズマブに対してペルツズマブを取り入れた第２の大きな研究による結果が期待される。しかし、この集団における臨床的に関連する研究成果による制約は、トラスツズマブと化学療法の高い有効性に続く低−中度のリスクである。実際、１年間のトラスツズマブとともに１２週間にわたる免疫賦活剤である低強度の１週間に１回のパクリタキセルを調べた、主にステージＩのＨＥＲ２陽性乳癌（即ち、Ｔ１かつリンパ節転移陰性又はＮ１  ｍｉｃ）の患者の単群処置の研究では、３年で９８．７％のＤＦＳが得られた（非特許文献７）。
【０００３】
処置を最適化する及び段階的に縮小するために、早期ＨＥＲ２陽性乳癌における新しいストラテジーが必要である。ＨＥＲ２陰性疾患／ＨＲ陽性疾患では、遺伝子発現に基づくアッセイが、リスクを一人一人に合わせるために、並びに最も重要なのは、免疫賦活剤による化学療法の有用性及び必要性を立証するために組み入れられている。ＨＥＲ２陽性の状況についてはいずれの予測ツールも存在しないことが、不利な状況にある免疫賦活剤の研究において数年間にわたり着手された課題である。
【０００４】
これまでの腫瘍免疫賦活薬の３つの研究で、ＥＲＢＢ２  ｍＲＮＡの発現だけがＨＥＲ２陽性疾患の患者における化学療法及び抗ＨＥＲ２治療後のより高いｐＣＲの可能性と関係していることが示された（非特許文献８〜１０）。ＮｅｏＡＬＴＴＯの研究（非特許文献１１）では、（含まれる４５５人の患者のうちの）２５４のベースライン試料のＲＮＡ配列決定を評価した（非特許文献８）。ＮｅｏＡＬＴＴＯにより、６週間にわたるトラスツズマブ、ラパチニブ、又は組み合わせ、それに続く１２週間にわたる１週間に１回パクリタキセルの添加に対して、ＨＥＲ２陽性早期乳癌の４５５人の女性を無作為化した。全身的な処置の後、患者に外科手術を受けさせた（非特許文献１１）。結果は、高いＥＲＢＢ２  ｍＲＮＡ発現が全ての処置群においてｐＣＲと関係があることを示した（非特許文献８）。ＮｅｏＡＬＴＴＯの試行による別の回顧的な研究では、ＨＥＲ２タンパク質の発現だけがより高いｐＣＲの可能性と関係していることも明らかになった（非特許文献１２）。２回目の臨床的試行、ＣＡＬＧＢ４０６０１では、ステージＩＩ〜ＩＩＩのＨＥＲ２陽性乳癌の患者を、化学療法（即ち、パクリタキセル）とトラスツズマブを単独での、又は外科手術前１６週間にわたるラパチニブの添加と組み合わせた化学療法（即ち、パクリタキセル）とトラスツズマブに無作為に割り当てた（非特許文献９）。回顧的な分析により、集団全体において、ｍＲＮＡによるＥＲＢＢ２の高い発現がｐＣＲと関係していることが明らかになった（非特許文献９）。最後に、Ｔｒｙｐｈａｅｎａの非盲検ＩＩ相試験では、手術可能な局所的に進行した、又は炎症性のＨＥＲ２陽性乳癌の患者を、トラスツズマブ及びペルツズマブと組み合わせた、３種類の異なる多剤化学療法計画の６回の腫瘍免疫賦活剤のサイクルを受けるように、１：１：１に無作為に分けた（非特許文献１０）。全ての群によるデータをプールすると、分析した様々な分子バイオマーカのうち、ＨＥＲ２レベル（タンパク質及びｍＲＮＡ）がｐＣＲ率と関係していることが示された。
【０００５】
ベースラインのＥＲＢＢ２  ｍＲＮＡ又はタンパク質の、抗ＨＥＲ２治療後のｐＣＲとのこれまでの関係については特別の検討が必要である。実際、３種類の臨床的試行（即ち、ＮｅｏＡＬＴＴＯ、ＣＡＬＧＢ４０６０１、及びＴｒｙｐｈａｅｎａ）には、それらの全ての処置群に基幹である化学療法が含まれていた。このように、化学療法に関してＥＲＢＢ２発現の予測効果を識別することはできない。実際、免疫賦活剤の状況におけるこれまでの大きな研究により、ＨＥＲ２陽性（ＩＨＣ及び／又はＦＩＳＨを使用する定義された標準的な基準として）とパクリタキセルの有用性との間で有意な相互関係が観察された（非特許文献１３）。この研究では、リンパ節転移陽性乳癌の１５００人の女性を、ドキソルビシン（体表面積１平方メートルあたり６０、７５、又は９０ｍｇ）とシクロホスファミド（１平方メートルあたり６００ｍｇ）を４サイクル投与し、続いてパクリタキセル（１平方メートルあたり１７５ｍｇ）を４サイクル投与するか、あるいは観察するように無作為に割り当てた。これらの１５００人の女性の１３２２の組織ブロックを得ることができた（非特許文献１３）。ＨＥＲ２に対するＣＢ１１モノクローナル抗体を用いた、又はポリクローナル抗体検出キットを用いた、ＨＥＲ２についてのこれらの組織検体の免疫組織化学分析と、ＨＥＲ２の増幅についての蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行った。ＨＥＲ２陽性と処置にパクリタキセルを加えたこととの間での相互関係は、０．５９の再発についてのハザード比と関係していた（Ｐ＝０．０１）（非特許文献１３）。ＨＥＲ２陽性乳癌の患者には、エストロゲン受容体の状態とは無関係にパクリタキセルが有効であったが、ＨＥＲ２陰性エストロゲン受容体陽性癌の患者にはパクリタキセルは有効ではなかった。従って、ＥＲＢＢ２の高いベースラインレベルもまた、化学療法の有用性の予測となる、あるいは、２つの処置法（即ち、化学療法と抗ＨＥＲ２治療、単独又は二重）の間での相乗効果の予測となる可能性、何か、化学療法が行われていない患者を含まないので、ＮｅｏＡＬＴＴＯ、ＣＡＬＧＢ４０６０１、及びＴｒｙｐｈａｅｎａが除外できないものを排除することができない。更に、これらの研究はいずれも、２週間の処置後のＥＲＢＢ２  ｍＲＮＡの発現の変化の予測値を評価しなかった。
【０００６】
二重のＨＥＲ２の遮断により単剤ＨＥＲ２治療の有効性が改善すると仮定すると、生じる臨床的論点は、二重の遮断により患者の亜集団における化学療法の必要性を排除することができるかどうかである。排他的な二重のＨＥＲ２の遮断は、転移性の原発性ＨＥＲ２陽性乳癌の患者の群において高い活性が示されている（非特許文献１４〜１６）。トラスツズマブで以前に処置されたＨＥＲ２陽性転移性乳癌では、トラスツズマブにペルツズマブ又はラパチニブを加えることにより、ペルツズマブ又はラパチニブのいずれかの単独の場合よりも高い臨床的恩恵が得られる（非特許文献１６）。原発性ＨＥＲ２陽性乳癌では、化学療法無治療での腫瘍免疫賦活薬トラスツズマブ−ラパチニブ又はトラスツズマブ−ペルツズマブの組み合わせにより、乳癌のｐＣＲ率が１７〜２７％に達した（非特許文献１４、非特許文献１５）。全体的には、結果は、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者の亜集団が、二重の抗ＨＥＲ２の遮断に対してより高い感度があり、細胞毒性治療を用いることなく処置できる可能性があることを示唆している。
【０００７】
今日の主要な課題は、化学療法を用いることのない二重のＨＥＲ２の遮断に対してより感度が高い患者を同定するバイオマーカを発見することである。今日までのところ、免疫組織化学染色（ＩＨＣ）によるホルモン受容体陽性が、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断に対する反応を予測するための唯一の分子バイオマーカである。ＴＢＣＲＣ００６の試行では、エストロゲン受容体陽性疾患におけるｐＣＲ率は、ラパチニブとトラスツズマブ（と、腫瘍がＥＲ陽性である場合には内分泌療法）での１２週間の処置後のＥＲ陰性疾患における３６％に対して、２１％であった（非特許文献１５）。ＮｅｏＳｐｈｅｒｅの試行では、エストロゲン受容体（ＥＲ）陽性又はプロゲステロン受容体（ＰＲ）陽性疾患におけるｐＣＲ率は、ペルツズマブとトラスツズマブでの１２週間の処置（Ｃ群）後のＥＲ陰性疾患又はＰＲ陰性疾患における２７．３％に対して５．９％であった（非特許文献１４）。しかし、このバイオマーカは、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断により最高の恩恵を得る患者を同定するには十分ではない。現在、ＨＥＲ２陽性（ＨＥＲ２＋）乳癌の患者の３０％には、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断が実質的に有効である。しかし、処置前及び処置の間にこれらの患者を同定する必要がある。
【０００８】
最近は、抗ＨＥＲ２ダブレット（ｄｏｕｂｌｅｔｓ）（ラパチニブ＋トラスツズマブ又はペルツズマブ＋トラスツズマブのいずれか）の最適な多剤化学療法計画との組み合わせにより、約６０％の範囲のｐＣＲ率が得られており（非特許文献１０）、具体的に、ペルツズマブが、＞２ｃｍの原発性腫瘍を持つＨＥＲ２陽性早期乳癌又はリンパ節転移陽性疾患の患者について、ＦＤＡ及びＥＭＡにより承認されている。一方、ステージＩのＨＥＲ２陽性疾患の患者については、１週間に１回のパクリタキセルの１２服用量に加えた１回の抗ＨＥＲ２（即ち、トラスツズマブ）が選択してよい計画と考えられる（非特許文献７）。この処置方針によっては２９％から４６％までの範囲のｐＣＲ率が得られる（非特許文献１１）。
【０００９】
最近は、乳癌の処置のためのより適切な治療法を選択するために必要とされているものはホルモン受容体の状態についての試験であり、乳癌細胞がホルモンであるエストロゲン及びプロゲステロンの受容体を有しているかどうかを問う試験である。ＩＨＣにより１％を上回る腫瘍細胞がＥＲを発現している場合は、癌は、エストロゲン受容体陽性（即ち、ＥＲ＋）と呼ばれる。このことは、癌細胞が正常な乳房細胞と同様に、それらの増殖を促進することができるエストロゲンからシグナルを受容できることを示唆している。ＩＨＣにより１％を上回る腫瘍細胞がＥＲを発現している場合には、癌はプロゲステロン受容体陽性（ＰＲ＋）である。しかし、ＩＨＣによるホルモン受容体の状態についての試験は、受容体の正確な情報を提供することはできておらず、乳癌の症例のうちいくつかの特定の症例では、残念なことに、これによって、より適切な治療プロトコルの決定において医師が誤った決定を行うことが起こり得る。
【００１０】
努力はなされているものの、乳癌と診断された患者へのその投与の前に特定の治療法の成功についての正確な予測情報を提供する生物学的マーカが必要とされている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【００１１】
【非特許文献１】Ｗｏｌｆｆ  ＡＣ，Ｈａｍｍｏｎｄ  ＭＥＨ，Ｈｉｃｋｓ  ＤＧ，ｅｔ  ａｌ．Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ２  Ｔｅｓｔｉｎｇ  ｉｎ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ：Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｓｏｃｉｅｔｙ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ／Ｃｏｌｌｅｇｅ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔｓ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅ  Ｕｐｄａｔｅ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ２０１３；３１（３１）：３９９７−４０１３
【非特許文献２】Ｓｌａｍｏｎ  Ｄ，Ｅｉｅｒｍａｎｎ  Ｗ，Ｒｏｂｅｒｔ  Ｎ，ｅｔ  ａｌ．Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｉｎ  ＨＥＲ２−Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２０１１；３６５（１４）：１２７３−８３
【非特許文献３】Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  ＫＬ，Ｂｕｒｓｔｅｉｎ  ＨＪ，Ｓｔｏｒｎｉｏｌｏ  ＡＭ，ｅｔ  ａｌ．Ｏｖｅｒａｌｌ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ｂｅｎｅｆｉｔ  Ｗｉｔｈ  Ｌａｐａｔｉｎｉｂ  ｉｎ  Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｆｏｒ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ２−Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ：Ｆｉｎａｌ  Ｒｅｓｕｌｔｓ  Ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  ＥＧＦ１０４９００Ｓｔｕｄｙ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２０１２；  ３０（２１）：２５８５−９２
【非特許文献４】Ｂａｓｅｌｇａ  Ｊ，Ｃｏｒｔｅｓ  Ｊ，Ｋｉｍ  Ｓ−Ｂ，ｅｔ  ａｌ．Ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ  ｐｌｕｓ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｐｌｕｓ  Ｄｏｃｅｔａｘｅｌ  ｆｏｒ  Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２０１２；３６６（２）：１０９−１９
【非特許文献５】Ｃｏｒｔａｚａｒ  Ｐ，Ｚｈａｎｇ  Ｌ，Ｕｎｔｃｈ  Ｍ，ｅｔ  ａｌ．Ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ  ｃｏｍｐｌｅｔｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ａｎｄ  ｌｏｎｇ−ｔｅｒｍ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｂｅｎｅｆｉｔ  ｉｎ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ：ｔｈｅ  ＣＴＮｅｏＢＣ  ｐｏｏｌｅｄ  ａｎａｌｙｓｉｓ．Ｔｈｅ  Ｌａｎｃｅｔ；３８４（９９３８）：１６４−７２
【非特許文献６】Ｐｉｃｃａｒｔ−Ｇｅｂｈａｒｔ  Ｍ，Ｈｏｌｍｅｓ  Ｅ，Ｂａｓｅｌｇａ  Ｊ，ｅｔ  ａｌ．Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ｌａｐａｔｉｎｉｂ  ａｎｄ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｆｏｒ  Ｅａｒｌｙ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ２−Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ：Ｒｅｓｕｌｔｓ  Ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  Ｐｈａｓｅ  ＩＩＩ  Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ｌａｐａｔｉｎｉｂ  ａｎｄ／ｏｒ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  Ｔｒｉａｌ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ２０１６；３４（１０）：１０３４−４２
【非特許文献７】Ｔｏｌａｎｅｙ  ＳＭ，Ｂａｒｒｙ  ＷＴ，Ｄａｎｇ  ＣＴ，ｅｔ  ａｌ．Ａｄｊｕｖａｎｔ  Ｐａｃｌｉｔａｘｅｌ  ａｎｄ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｆｏｒ  Ｎｏｄｅ−Ｎｅｇａｔｉｖｅ，ＨＥＲ２−Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２０１５；３７２（２）：１３４−４１
【非特許文献８】Ｆｕｍａｇａｌｌｉ  Ｄ，Ｖｅｎｅｔ  Ｄ，Ｉｇｎａｔｉａｄｉｓ  Ｍ，ｅｔ  ａｌ．Ｒｎａ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｔｏ  ｐｒｅｄｉｃｔ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔ  ａｎｔｉ−ｈｅｒ２  ｔｈｅｒａｐｙ：Ａ  ｓｅｃｏｎｄａｒｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｎｅｏａｌｔｔｏ  ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  ｃｌｉｎｉｃａｌ  ｔｒｉａｌ．ＪＡＭＡ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ２０１６
【非特許文献９】Ｃａｒｅｙ  ＬＡ，Ｂｅｒｒｙ  ＤＡ，Ｃｉｒｒｉｎｃｉｏｎｅ  ＣＴ，  ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｈｅｔｅｒｏｇｅｎｅｉｔｙ  ａｎｄ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ２  Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｉｎ  ＣＡＬＧＢ  ４０６０１，ａ  Ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  ＰｈａｓｅＩＩＩ  Ｔｒｉａｌ  ｏｆ  Ｐａｃｌｉｔａｘｅｌ  Ｐｌｕｓ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  Ｗｉｔｈ  ｏｒ  Ｗｉｔｈｏｕｔ  Ｌａｐａｔｉｎｉｂ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２０１５
【非特許文献１０】Ｓｃｈｎｅｅｗｅｉｓｓ  Ａ，Ｃｈｉａ  Ｓ，Ｈｉｃｋｉｓｈ  Ｔ，ｅｔ  ａｌ．Ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ  ｐｌｕｓ  ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｉｎ  ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ｓｔａｎｄａｒｄ  ｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔ  ａｎｔｈｒａｃｙｃｌｉｎｅ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ  ａｎｄ  ａｎｔｈｒａｃｙｃｌｉｎｅ−ｆｒｅｅ  ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  ｒｅｇｉｍｅｎｓ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ＨＥＲ２−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｅａｒｌｙ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ：ａ  ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  ｐｈａｓｅ  ＩＩ  ｃａｒｄｉａｃ  ｓａｆｅｔｙ  ｓｔｕｄｙ  （ＴＲＹＰＨＡＥＮＡ）．Ａｎｎａｌｓ  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ２０１３；２４（９）：２２７８−８４
【非特許文献１１】Ｂａｓｅｌｇａ  Ｊ，Ｂｒａｄｂｕｒｙ  Ｉ，Ｅｉｄｔｍａｎｎ  Ｈ，ｅｔ  ａｌ．Ｌａｐａｔｉｎｉｂ  ｗｉｔｈ  ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｆｏｒ  ＨＥＲ２−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｅａｒｌｙ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（ＮｅｏＡＬＴＴＯ）：ａ  ｒａｎｄｏｍｉｓｅｄ，ｏｐｅｎ−ｌａｂｅｌ，ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｒｅ，ｐｈａｓｅ３  ｔｒｉａｌ．Ｔｈｅ  Ｌａｎｃｅｔ２０１２；３７９（９８１６）：６３３−４０
【非特許文献１２】Ｓｃａｌｔｒｉｔｉ  Ｍ，Ｎｕｃｉｆｏｒｏ  Ｐ，Ｂｒａｄｂｕｒｙ  Ｉ，ｅｔ  ａｌ．Ｈｉｇｈ  ＨＥＲ２  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｃｏｒｒｅｌａｔｅｓ  ｗｉｔｈ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｌａｐａｔｉｎｉｂ  ａｎｄ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ．Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ２０１５；２１（３）：５６９−７６
【非特許文献１３】Ｈａｙｅｓ  ＤＦ，Ｔｈｏｒ  ＡＤ，Ｄｒｅｓｓｉｅｒ  ＬＧ，ｅｔ  ａｌ．ＨＥＲ２  ａｎｄ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  Ｐａｃｌｉｔａｘｅｌ  ｉｎ  Ｎｏｄｅ−Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  ２００７；３５７（１５）：１４９６−５０６
【非特許文献１４】Ｇｉａｎｎｉ  Ｌ，Ｐｉｅｎｋｏｗｓｋｉ  Ｔ，Ｉｍ  Ｙ−Ｈ，ｅｔ  ａｌ．Ｅｆｆｉｃａｃｙ  ａｎｄ  ｓａｆｅｔｙ  ｏｆ  ｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔ  ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ  ａｎｄ  ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｉｎ  ｗｏｍｅｎ  ｗｉｔｈ  ｌｏｃａｌｌｙ  ａｄｖａｎｃｅｄ，ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ，ｏｒ  ｅａｒｌｙ  ＨＥＲ２−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｂｒｅａｓｔ  ｃａｎｃｅｒ（ＮｅｏＳｐｈｅｒｅ）：ａ  ｒａｎｄｏｍｉｓｅｄ  ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｒｅ，ｏｐｅｎ−ｌａｂｅｌ，ｐｈａｓｅ２  ｔｒｉａｌ．Ｔｈｅ  Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２０１２；１３（１）：２５−３２
【非特許文献１５】Ｒｉｍａｗｉ  ＭＦ，Ｍａｙｅｒ  ＩＡ，Ｆｏｒｅｒｏ  Ａ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｅｒ  ＰｈａｓｅＩＩ  Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ｎｅｏａｄｊｕｖａｎｔ  Ｌａｐａｔｉｎｉｂ  ａｎｄ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  Ｗｉｔｈ  Ｈｏｒｍｏｎａｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ａｎｄ  Ｗｉｔｈｏｕｔ  Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ  ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ２−Ｏｖｅｒｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ：ＴＢＣＲＣ００６．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  ２０１３；３１（１４）：１７２６−３１
【非特許文献１６】Ｃｏｒｔｅｓ  Ｊ，Ｆｕｍｏｌｅａｕ  Ｐ，Ｂｉａｎｃｈｉ  ＧＶ，ｅｔ  ａｌ．Ｐｅｒｔｕｚｕｍａｂ  Ｍｏｎｏｔｈｅｒａｐｙ  Ａｆｔｅｒ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ−Ｂａｓｅｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｓｕｂｓｅｑｕｅｎｔ  Ｒｅｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ：Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  Ｔｏｌｅｒａｂｉｌｉｔｙ  ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｅｐｉｄｅｒｍａｌ  Ｇｒｏｗｔｈ  Ｆａｃｔｏｒ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ２−Ｐｏｓｉｔｉｖｅ  Ｂｒｅａｓｔ  Ｃａｎｃｅｒ．Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ２０１２；３０（１４）：１５９４−６００
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１２】
本発明者らは、ＥＲＢＢ２遺伝子産物の発現（特に、ｍＲＮＡレベル）が、ＨＥＲ２陽性乳癌と既に診断された、何らかの治療が行われる前の患者において定量される場合には、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の投与に対する陽性の反応又は陰性の反応についての有用な情報をもたらす可能性があることを見出した（図５を参照のこと）。
【００１３】
以下に提供されるデータから、バイオマーカとしてＥＲＢＢ２を使用することにより、病理学的完全奏効率（「ｐＣＲ」）について提供される情報が、ホルモン受容体の状態の決定に基づく医師が現在選択することができるプロトコルと比較して、実質的に更に正確であるという事実は驚くべきことである（以下の表４を参照のこと）。
【００１４】
本発明のＥＲＢＢ２バイオマーカにより、ＨＥＲ２陽性疾患の患者の集団について、抗ＨＥＲ２治療を受け、そして化学療法を回避する候補であり得るという情報が提供されることは驚くべきことである。上記で指摘されたように、ＥＲＢＢ２が化学療法の効果に影響を及ぼす可能性があり、これまでの研究では抗ＨＥＲ２治療に対して化学療法を伴うＥＲＢＢ２バイオマーカの効果を区別することができなかったとの理由から、これは極めて重要である。
【００１５】
したがって、本発明は、治療を開始する前に、ＨＥＲ２陽性乳癌と既に診断された患者が化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療に対して陽性の反応をし得るかどうかを正確に予測することにおける大幅な進歩を意味する。これは、疾患をうまく克服するための最良の治療方針を決定する目的について医師にとって大きな意義があり得る。
【課題を解決するための手段】
【００１６】
本発明の第１の態様は、抗ＨＥＲ２治療の開始前の患者由来の単離された試験試料におけるＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量を含む、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのインビトロ（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）方法に関する。
【００１７】
上記に加えて、本発明はまた、抗ＨＥＲ２治療の開始前及び抗ＨＥＲ２治療の開始時点より後のＥＲＢＢ２遺伝子産物（ＥＲＢＢ２  ｐｒｏｄｕｃｔ  ｇｅｎｅ）の発現の比の決定が、これもまた、ＨＥＲ２陽性乳癌と既に診断された患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性の予測に役立ち得ることも見出した。
【００１８】
以下に示されるように、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始前及び化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始の１５日後に決定されたＥＲＢＢ２レベルにより、ホルモン受容体の状態と比較して処置の有効性を予測する（以下の表６を参照のこと）。これに加えて、抗ＨＥＲ２治療の間のこれらの２つの時点（即ち、前及び１５日後）間でのＥＲＢＢ２遺伝子産物の発現レベルの決定により、抗ＨＥＲ２治療を中止するべきかどうか決定するための有用な情報が得られる。
【００１９】
従って、本発明の第２の態様は、以下を含む、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者の化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのｉｎ  ｖｉｔｒｏ方法に関する：
（ａ）患者の単離された生物学的試料中のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量：
（ａ．ｉ）抗ＨＥＲ２治療の開始前、及び
（ａ．ｉｉ）抗ＨＥＲ２治療の開始後。
【００２０】
本明細書中で提供される結果は、ＥＲＢＢ２  ｍＲＮＡの発現レベルに基づいて患者を選択した後の化学療法無治療の二重のＨＥＲ２の遮断についての長期生存率の結果を評価するＨＥＲ２陽性乳癌における更なる研究に門戸を開く。
【００２１】
本発明の第２の態様の方法を用いると、高いベースラインＥＲＢＢ２発現、又は２週間の時点とベースラインの時点との間でＥＲＢＢ２発現の高い比を有している、化学療法を行わない二重のＨＥＲ２の遮断で処置された患者の群において、６４．９％〜７５．０％のｐＣＲ率が観察され、これは、全てのＨＥＲ２陽性患者のうちの約２５％（即ち、４分の１）を占める患者の亜集団において化学療法を回避することができることを示唆している。これらのｐＣＲ率には、現在は、患者の選択が考慮されない場合には、二重のＨＥＲ２の遮断と組み合わせて多剤化学療法を用いた場合に到達する。
【００２２】
本発明の第３の態様は、以下を含む、抗ＨＥＲ２治療の代替の医療レジメンを開始するかどうかＨＥＲ２陽性乳癌の患者について決定する又は推奨するためのインビトロ方法に関する：
（ａ）患者の単離された生物学的試料中のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量：
（ａ．ｉ）化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始前、及び
（ａ．ｉｉ）化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後。
【００２３】
本発明の第４の態様は、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者における化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性を決定するためのインビトロマーカとしての、あるいは代わりに、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療を受ける前のＨＥＲ２陽性乳癌の患者において抗ＨＥＲ２治療の代替の医療レジメンを開始するかどうか決定又は推奨するためのインビトロマーカとしての、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の使用に関する。
【００２４】
本発明の第５の態様は、本発明の方法においてＨＥＲ２遺伝子発現産物の存在を決定する又はＨＥＲ２遺伝子発現産物を定量するための手段の使用に関する。
【図面の簡単な説明】
【００２５】
【図１】ＰＡＭＥＬＡの試行の概要である。
【図２】ＰＡＭＥＬＡの試行についての患者情報をまとめる図を示す。
【図３】様々な数の遺伝子（ベースラインで測定された）、並びに分類及び変数選択の様々な方法を使用する、バランスのとれた精度解析を記載する。ｄｌｄａ（対角線形判別分析）；Ｉｄａ（線形判別分析）；ｑｄａ（二次判別分析）；ｒｆ（ランダムフォレスト）；ｒｆｅ（再帰的特徴量削減）；ｔ．ｔｅｓｔ（Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定）；ｗｅｌｃｈ．ｔｅｓｔ（Ｗｅｌｃｈのｔ検定）。
【図４】１、２、３、４、５、及び１０種類の遺伝子の選択後の、ベースライン試料だけを使用する交差検証法による曲線下面積（ＡＵＣ）の分析を示す。
【図５】ベースライン試料のデータセット全体（ｎ＝１５１）におけるＥＲＢＢ２発現のｐＣＲとの関係を記載する。Ａ：交差検証法による曲線下面積（ＡＵＣ）の分析；Ｂ：ｐＣＲに達しなかった患者（非ｐＣＲ（ｎｏｎ−ｐＣＲ））におけるＥＲＢＢ２発現に対するｐＣＲに達した患者におけるＥＲＢＢ２発現の箱ひげ図。
【図６】ペア試料のデータセット全体（ｎ＝１４４）においてｐＣＲを予測するためのＥＲＢＢ２発現のＡＵＣ分析（ベースラインで測定された、２週目／ベースラインの比、又は２週目）を示している。
【図７】様々な数の遺伝子（２週目／ベースラインの比）、並びに分類及び変数選択の様々な方法を使用する、バランスのとれた精度解析である。ｄｌｄａ（対角線形判別分析）；Ｉｄａ（線形判別分析）；ｑｄａ（二次判別分析）；ｒｆ（ランダムフォレスト）；ｒｆｅ（再帰的特徴量削減）；ｔ．ｔｅｓｔ（Ｓｔｕｄｅｎｔのｔ検定）；ｗｅｌｃｈ．Ｔｅｓｔ（Ｗｅｌｃｈのｔ検定）。
【図８】１、２、３、４、５、及び１０種類の遺伝子の選択後の２週目／ベースライン比を使用するＡＵＣ分析を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
ＨＥＲ２（ＨＥＲ２陽性）乳癌は、ヒト上皮成長因子受容体２（ＨＥＲ２）と呼ばれるタンパク質について陽性と診断される乳癌である。ＨＥＲ２の発現を決定するための臨床試験の実施に使用される技術は当該分野の専門家に周知であり、例えば、免疫組織化学染色によるタンパク質の検出によるか、あるいは蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、ＳＰｏＴ−Ｌｉｇｈｔ  ＨＥＲ２  ＣＩＳＨ検定（Ｓｕｂｔｒａｃｔｉｏｎ  Ｐｒｏｂｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ  Ｉｎ  Ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）によるか又はＩｎｆｏｒｍ  ＨＥＲ２  Ｄｕａｌ  ＩＳＨ  ｔｅｓｔ（Ｉｎｆｏｒｍ  Ｄｕａｌ  Ｉｎ  Ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）によるコピー数の検出による。
【００２７】
遺伝子「ＨＥＲ２」（「ＥＲＢＢ２」、ｖ−ｅｒｂ−ｂ２鳥類赤芽球性白血病ウイルス癌遺伝子ホモログ２）（ＧｅｎｅＩＤ：６４）は、受容体型チロシンキナーゼの上皮成長因子（ＥＧＦ）受容体ファミリーのメンバーをコードする。この遺伝子の増幅及び／又は過剰発現は、乳房及び卵巣の腫瘍を含む多数の癌において報告されている。遺伝子の異名は以下のとおりである：ＣＤ３４０；ＨＥＲ−２；ＨＥＲ−２／ｎｅｕ；ＨＥＲ２；ＭＬＮ１９；ＮＥＵ；ＮＧＬ；及びＴＫＲ１。
【００２８】
配列番号１（ＥＲＢＢ２）（ＮＭ＿００１００５８６２．１、２０１４年１月１９日付）は、ヒト変異体２（Ｈｏｍｏ  ｓａｐｉｅｎｓ  ｖａｒｉａｎｔ  ２）のｍＲＮＡをコードする相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に相当する。
【００２９】
選択的スプライシングは、いくつかのさらなる転写変異体（いくつかは異なるイソ型をコードしている）を生じる。アミノ酸位置での対立遺伝子変異体が報告されている。
【００３０】
ＨＥＲ２タンパク質のＩＤは以下である：「ＮＰ＿００１００５８６２．１」（配列番号２）。
【００３１】
好ましい実施形態での検出及び／又は定量のためのＥＲＢＢ２の標的配列は配列番号３（ＡＣＡＧＡＣＡＣＧＴＴＴＧＡＧＴＣＣＡＴＧＣＣＣＡＡＴＣＣＣＧＡＧＧＧＣＣＧＧＴＡＴＡＣＡＴＴＣＧＧＣＧＣＣＡＧＣＴＧＴＧＴＧＡＣＴＧＣＣＴＧＴＣＣＣＴＡＣＡＡＣＴＡＣＣＴＴＴＣＴＡＣＧＧＡＣＧＴＧＧ）である。
【００３２】
本発明では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量が、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の前及び間に、ＨＥＲ２陽性乳癌の患者において行われた。
【００３３】
従って、本発明の方法の好ましい実施形態では、加えて、患者は、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量の前にいずれの化学療法も受けていない。
【００３４】
本発明の第１の態様の１つの実施形態では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物が過剰発現されている場合には、これが、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の有効性の指標となる。過剰発現は参照試料との比較であり、参照試料は健常者の正常な乳房組織である。
【００３５】
本発明の第１の態様の１つの実施形態では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の量が高度に発現されている（例えば、最大２５％の百分位数、又は≧３．２２のＥＲＢＢ２遺伝子発現スコアと定義される）場合には、これが、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の高い有効性の指標となる。
【００３６】
本発明では、用語「遺伝子発現産物」は、メッセンジャーリボ核酸（メッセンジャーＲＮＡ、即ちｍＲＮＡ）又はタンパク質をいう。
【００３７】
１つの実施形態では、遺伝子発現産物はｍＲＮＡである。「ｍＲＮＡ」には、ｍＲＮＡ配列全体及びその断片の両方が含まれる。
【００３８】
別の実施形態では、用語「遺伝子発現産物」はＨＥＲ２タンパク質をいう。「ＨＥＲ２タンパク質」には、配列番号２のＨＥＲ２タンパク質全体及びその機能的断片（例えば、その免疫学的断片）、あるいは、配列番号２と少なくとも７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００パーセントの配列同一性、好ましくは１００％の同一性の同一性百分率を有している配列を持つタンパク質が含まれる。
【００３９】
本発明では、用語「同一性」は、配列が最適にアラインメントされた場合に２つの配列において同一である残基の百分率をいう。最適なアラインメントにおいて、第１の配列中の１つの位置が第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基により占められている場合は、これらの配列はその位置に関して同一性を示す。２つの配列間での同一性のレベル（即ち、「配列同一性百分率」）は、配列の大きさに対するそれらの配列が共有している同一である一の数の比として（即ち、配列同一性百分率＝［同一である位置の数／位置の総数］×１００）として測定される。
【００４０】
２以上の配列の間で最適なアラインメントを迅速に得、そして同一性を計算するための多数の数学的アルゴリズムが知られており、多数の利用することができるソフトウェアプログラムに組み込まれている。そのようなプログラムの例として、ＭＡＴＣＨ−ＢＯＸ、ＭＵＬＴＡＩＮ、ＧＣＧ、ＦＡＳＴＡ、及びアミノ酸配列の分析のためのＲＯＢＵＳＴプログラムなどが挙げられる。好ましいソフトウェア分析プログラムとして、ＡＬＩＧＮ、ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗ、及びＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ  ２．１、ＢＬ２ＳＥＱ、及びそれらの後のバージョン）が挙げられる。
【００４１】
アミノ酸配列の分析には、ＢＬＯＳＵＭマトリックス（例えば、ＢＬＯＳＵＭ４５、ＢＬＯＳＵＭ５０、ＢＬＯＳＵＭ６２、及びＢＬＯＳＵＭ８０マトリックス）、Ｇｏｎｎｅｔマトリックス、又はＰＡＭマトリックス（例えば、ＰＡＭ３０、ＰＡＭ７０、ＰＡＭ１２０、ＰＡＭ１６０、ＰＡＭ２５０、及びＰＡＭ３５０マトリックス）のような重み行列が同一性の決定に使用される。
【００４２】
ＢＬＡＳＴプログラムは、データベース（例えば、ＧｅｎＳｅｑ）中の複数の配列に対して選択した配列をアラインメントすることによるか、又は２つの選択した配列の間でＢＬ２ＳＥＱを用いてのいずれかによる、少なくとも２つのアミノ酸配列の分析を提供する。ＢＬＡＳＴプログラムは、ＤＵＳＴ又はＳＥＧプログラムのような低複雑性フィルタリング（ｌｏｗ  ｃｏｍｐｌｅｘｉｔｙ  ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）プログラムによって改良されることが好ましく、これらは、ＢＬＡＳＴプログラム動作に組み込まれることが好ましい。ギャップ存在コスト（又はギャップスコア）が用いられる場合、ギャップ存在コストは、好ましくは、約−５〜−１５の間である。類似するギャップパラメータを、適宜、他のプログラムと共に使用することができる。ＢＬＡＳＴプログラム及びこれらの基礎となる原理は、例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，「Ｂａｓｉｃ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｓｅａｒｃｈ  ｔｏｏｌ」，１９９０，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ，ｖ．２１５，ｐａｇｅｓ  ４０３−４１０に更に記載されている。
【００４３】
複数の配列の分析には、ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗプログラムを使用することができる。ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗプログラムは、（「ファスト（ｆａｓｔ）」に対して）「ダイナミック（ｄｙｎａｍｉｃ）」設定を使用して実行されることが望ましい。アミノ酸配列は、配列間の同一性のレベルに応じてＢＬＯＳＵＭマトリックスの可変のセットを使用して評価される。ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｗプログラム及びこれらの基礎となる原理は、例えば、Ｈｉｇｇｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，「ＣＬＵＳＴＡＬ  Ｖ：ｉｍｐｒｏｖｅｄ  ｓｏｆｔｗａｒｅ  ｆｏｒ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ」，１９９２，ＣＡＢＩＯＳ，８（２），ｐ．１８９−１９１に更に記載されている。
【００４４】
上記又は下記で提供される任意の実施形態が随意に組み合わせられる本発明の１つの実施形態では、遺伝子発現産物はｍＲＮＡ（メッセンジャーＲＮＡ）である（好ましい実施形態では、配列番号１である）。別の実施形態では、検出及び／又は定量される配列は配列番号３である。
【００４５】
本発明の好ましい実施形態では、ＨＥＲ２の発現産物が定量される。より好ましい実施形態では、ＨＥＲ２のｍＲＮＡが定量される。より好ましい実施形態では、配列番号１が定量される。
【００４６】
本発明の好ましい実施形態では、ＨＥＲ２の発現産物が増幅技術により定量される。
【００４７】
本発明のより好ましい実施形態では、ＨＥＲ２のｍＲＮＡが、特異的プライマー及び／又はプローブを使用して定量される。
【００４８】
当該分野の専門家は、検出技術に更なる工程を加えることにより、定量を行えることを知っている。
【００４９】
検出及び／又は定量は、その方法により生物学的試料中のｍＲＮＡを検出又は定量できる限りは、当業者に公知の任意の方法により行うことができる。これらの手法の例としては、特に、ＰＣＲ、定量的リアルタイムＰＣＲ（ＱＰＣＲ）、マルチプレックスＰＣＲ、ＮＡＳＢＡ、ＬＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮＡ配列決定、アレイハイブリダイゼーション（ａｒｒａｙ  ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ）、又は「ノーザン」トランスファ、あるいはこれらの組み合わせが挙げられる。好ましい実施形態では、ｍＲＮＡの決定は、ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォーム（Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）により行われる。ほとんどの手法で、目的のｍＲＮＡの検出及び／又は定量のためにはプライマー及び／又はプローブの使用が必要である。当業者は、ＨＥＲ２のｍＲＮＡの配列から、使用することができるプライマー及び／又はプローブの配列を容易に、そして直接得ることができる。
【００５０】
上記ＲＮＡの検出及び定量のほとんどの方法では、この手法が実施される前に、ＲＮＡを相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）に変換することが必要である。この変換は、中でも逆転写のような当業者に公知の技術により行われる。
【００５１】
本発明により提供される任意の方法の１つの実施形態では、抗ＨＥＲ２治療の開始後のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量は、抗ＨＥＲ２治療の開始後５日目から２０日目まで（５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、又は２０日目）に行われる。別の実施形態では、抗ＨＥＲ２治療の開始後のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量は、５日目から１９日目まで、より好ましくは、１０日目から１６日目までに行われる。別の実施形態では、抗ＨＥＲ２治療の開始後のＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は定量は、抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われる。
【００５２】
本発明の方法の好ましい実施形態では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡであり、これが、少なくとも１対のプライマー及び／又はプローブにより定量される。本発明の好ましい実施形態では、プローブが配列番号３を検出し、特定の実施形態では、２つのプローブが配列番号３を検出する。
【００５３】
本発明では、病理学的完全奏効率（ｐＣＲ）は、ＨＥＲ２陽性乳癌の処置（好ましくは、二重のＨＥＲ２の遮断により、より好ましくはラパチニブとトラスツズマブが用いられる）後の外科手術時の原発性腫瘍の顕微鏡検査で、浸潤性の腫瘍性細胞が存在しないことが完了することである。
【００５４】
本発明では、用語「抗ＨＥＲ２治療の開始後」は、上記処置を既に受けた、又は上記処置を受けている（処置が進行中である）被験者を意味する。
【００５５】
抗ＨＥＲ２治療は、本発明では、化学療法との組み合わせでは提供されない。従って、抗ＨＥＲ２治療は、化学療法が行われていない患者に（化学療法を行わずに）提供される。
【００５６】
知られている抗ＨＥＲ２治療（処置）として、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、ネラチニブ（ＨＫＩ−２７２）、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ（登録商標））、及びａｄｏ−トラスツズマブエムタンシン（Ｋａｄｃｙｌａ（登録商標））が挙げられる。本発明により提供されるインビトロ方法の１つの実施形態では、抗ＨＥＲ２治療は、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、ペルツズマブ及び／又はａｄｏ−トラスツズマブエムタンシン、あるいはこれらの任意の組み合わせからなるリストより選択される。トラスツズマブとラパチニブが好ましい。
【００５７】
従って、患者にトラスツズマブとラパチニブが投与されている場合は、上記方法は、好ましくは、ｍＲＮＡを定量及び／又は検出することによって、上記治療の開始後に、ＨＥＲ２の遺伝子発現が基底発現（上記治療の投与前）と比較して低下している場合に、上記医学的レジメンが有効であることを決定する。このように、上記患者の処置結果は良好である。対照的に、上記比較が、遺伝子発現が低下していないことを示している場合は、上記医学的レジメンは有効性が低いか、又は無効である。このように、上記患者の処置結果は悪い。その場合、本発明の方法は、上記医学的レジメンを変更するように、及び特に、別の処置を開始するように決定又は推奨するために有用であり、従って、ＨＥＲ２陽性乳癌の特定の患者についての最良の処置レジメンを決定するために有用である。
【００５８】
上記医学的レジメンとして使用することができる化学療法（細胞毒性治療）は、パクリタキセル、ドセタキセル、カルボプラチン、ドキソルビシン、エピルビシン、ｎａｂ−パクリタキセル、ビノレルビン、カペシタビン、及びエリブリンである。
【００５９】
本発明では、用語「有効性」は、ＨＥＲ２陽性乳癌のｐＣＲに関係し、従って、外科手術時の原発性腫瘍の顕微鏡検査時に浸潤性の腫瘍性細胞が存在しないことが、この処置が有効であることの指標となる。
【００６０】
本発明の好ましい実施形態では、有効性はｐＣＲである。
【００６１】
有効性は腫瘍の大きさの幾分かの減少として観察することもでき、ここでは、画像化技術が使用される。
【００６２】
用語「生物学的試料」には、当業者に公知であるその目的のために設計された任意の方法により得られた、個体由来の生物学的組織及び／又は体液が含まれるが、これらに限定されない。生物学的試料には、ＨＥＲ２をコードする遺伝子の発現産物が含まれる。
【００６３】
本発明により提供されるインビトロ方法の１つの実施形態では、試料は、乳房組織、血液、血清、又は血漿である。好ましい実施形態では、乳癌組織由来の生検試料である。本発明では、生物学的試料は、新鮮なもの、凍結されたもの、固定化されたもの、又は固定化されパラフィンに包埋されたものである。好ましい実施形態では、試料は固定化されパラフィンに包埋された乳癌組織である。生物学的試料は、当該分野の専門家に公知である任意の手段により、例えば、乳房の針生検により収集することができる。
【００６４】
本発明では、用語「患者」、「被験者」、及び「個体」は互換的に使用される。
【００６５】
本発明では、患者は哺乳類、例えば、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、霊長類、又はヒトであり、好ましくはヒトであり、より好ましくは女性である。患者は、任意の年齢、性別、又は人種であり得る。
【００６６】
本発明の第１、第２、及び第３のインビトロ方法の別の好ましい実施形態では、患者は女性である。
【００６７】
本発明では、患者は、抗ＨＥＲ２治療の開始前には、いずれの癌治療も（化学療法も）受けていない。
【００６８】
本発明のインビトロ方法の別の好ましい実施形態では、ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）患者において、抗ＨＥＲ２治療が内分泌療法と組み合わせられる。
【００６９】
患者はまた、ホルモン受容体陰性（ＨＲ−）患者であってもよい。
【００７０】
当該分野の専門家に公知である内分泌療法は、例えば、以下である：選択的エストロゲン受容体反応モジュレーター（ＳＥＲＭ）（例えば、タモキシフェン又はトレミフェン）、アロマターゼ阻害薬（例えば、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール）、エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）（例えば、フルベストラント）、及び黄体形成ホルモン放出ホルモン剤（ＬＨＲＨ）（例えば、ゴセレリン、ロイプロリド、及びトリプトレリン）。本発明の方法及び本発明の使用の好ましい実施形態では、内分泌療法は以下からなるリストより選択される：選択的エストロゲン受容体反応モジュレーター、アロマターゼ阻害薬、エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）、及び／又は黄体形成ホルモン放出ホルモン剤、あるいはそれらの任意の組み合わせ。より好ましい実施形態では、内分泌療法は以下からなるリストより選択される：タモキシフェン、トレミフェン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、フルベストラント、ゴセレリン、ロイプロリド、及び／又はトリプトレリン、あるいはそれらの任意の組み合わせ。より好ましい実施形態では、レトロゾール又はタモキシフェンである。
【００７１】
このように、本発明の方法の好ましい実施形態は、抗ＨＥＲ２治療がトラスツズマブとラパチニブである方法について言及する。より好ましい実施形態では、加えて、患者には化学療法は行われていない。より好ましい実施形態では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡであり、好ましい実施形態では、配列番号１である。好ましい実施形態では、患者はＨＲ陰性患者である。別の好ましい実施形態では、患者はＨＲ陽性患者であり、ＨＥＲ２治療がレトロゾール又はタモキシフェンと組み合わせられる。本発明の第２及び第３の態様の方法に関しては、好ましい実施形態に加えて、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後のｍＲＮＡの検出及び／又は定量が、抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われる。
【００７２】
このように、本発明の方法の好ましい実施形態は、抗ＨＥＲ２治療がトラスツズマブとラパチニブであり、患者がＨＲ陰性患者であり、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物がｍＲＮＡであり、そして好ましい実施形態では配列番号１である方法について言及する。本発明の第２及び第３の態様の方法に関しては、好ましい実施形態に加えて、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後のｍＲＮＡの検出及び／又は定量が、抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われる。好ましい実施形態では、加えて、患者には、ＨＥＲ２の検出／定量の前には化学療法は行われていない。
【００７３】
本発明の方法の好ましい実施形態は、抗ＨＥＲ２治療がトラスツズマブとラパチニブであり、患者がＨＲ陽性患者であり、ＨＥＲ２治療がレトロゾール又はタモキシフェンと組み合わせられ、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物がｍＲＮＡであり、そして好ましい実施形態では配列番号１である方法について言及する。本発明の第２及び第３の態様の方法に関しては、好ましい実施形態に加えて、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後のｍＲＮＡの検出及び／又は定量が、抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われる。好ましい実施形態では、加えて、患者には、ＨＥＲ２の検出／定量の前には化学療法は行われていない。
【００７４】
このように、本発明の第３の態様の好ましい実施形態では、抗ＨＥＲ２治療はトラスツズマブとラパチニブであり、患者はＨＲ陰性患者であり、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡであり、そしてより好ましい実施形態では配列番号１であり、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後のｍＲＮＡの検出及び／又は定量が抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われ、そして代替のレジメンは化学療法である。好ましい実施形態では、加えて、患者には、ＨＥＲ２の検出／定量の前には化学療法は行われていない。
【００７５】
本発明の第３の態様の好ましい実施形態では、抗ＨＥＲ２治療はトラスツズマブとラパチニブであり、患者はＨＲ陽性患者であり、ＨＥＲ２治療がレトロゾール又はタモキシフェンと組み合わせられ、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡであり、より好ましい実施形態では配列番号１であり、化学療法を行わない抗ＨＥＲ２治療の開始後のｍＲＮＡの検出及び／又は定量が、抗ＨＥＲ２治療の開始後１４日目に行われ、そして代替のレジメンは化学療法である。好ましい実施形態では、加えて、患者には、ＨＥＲ２の検出／定量の前には化学療法は行われていない。
【００７６】
本発明のインビトロ方法の好ましい実施形態では、方法には、例えば、超音波による、乳癌についての被験者の画像化もまた含まれる。画像化は本発明の方法において任意の順序で、従って、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物の検出及び／又は測定の前に行うことができる。癌の大きさの縮小はＨＥＲ２治療の有効性と関係がある。
【００７７】
本発明はまた、疾患と診断された被験者における有効性及びＨＥＲ２陽性乳癌の処置を決定するための方法にも言及する。上記方法には以下の工程が含まれる：
ａ）抗ＨＥＲ２治療の開始前の被験者から、乳癌の組織生検試料を含有している第１の試料を得る工程；
ｂ）第１の試料をＨＥＲ２のｍＲＮＡに結合する第１の試薬（好ましくは、プローブ）と接触させる工程；
ｃ）第１の試料中の第１の試薬に結合したＨＥＲ２のｍＲＮＡの量
を測定する工程；
ｄ）工程ｃ）において第１の試薬に結合したＨＥＲ２のｍＲＮＡの量を、抗ＨＥＲ２治療の開始後の被験者由来の乳癌の組織生検試料を含有している第２の試料から得られたＨＥＲ２のｍＲＮＡと比較する工程；
ｅ）被験者について処置結果を決定し、被験者を処置する工程であって、ここでは：
（ｉ）工程ｃ）において第１の試薬に結合したＨＥＲ２のｍＲＮＡの量が第２の試料についてのＨＥＲ２値のｍＲＮＡの量より多い場合は、抗ＨＥＲ２処置がより有効であるか又は有効性が高く；そして
（ｉｉ）工程ｃ）において第１の試薬に結合したＨＥＲ２のｍＲＮＡの量が第２の試料についてのＨＥＲ２値のｍＲＮＡの量よりも少ない場合は、抗ＨＥＲ２処置があまり有効ではない又は無効であり、そして処置は、乳癌の切除、経過観察、化学療法、放射線治療、及びこれらの組み合わせからなる群より選択される。
【００７８】
本発明の第４の態様の１つの実施形態では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡである。より好ましくは、ここでは、遺伝子発現産物は配列番号１である。
【００７９】
本発明の第４の態様の好ましい実施形態では、遺伝子発現産物がタンパク質であり、好ましい実施形態では、配列番号２である使用について言及される。
【００８０】
本発明の第４の態様の好ましい実施形態では、抗ＨＥＲ２治療が、トラスツズマブ、ラパチニブ、ネラチニブ、ペルツズマブ、ａｄｏ−トラスツズマブエムタンシン、又はこれらの組み合わせからなる群より選択され、好ましくは、トラスツズマブとラパチニブである使用について言及される。
【００８１】
本発明の第４の態様の好ましい実施形態では、患者は女性であり、好ましくは、ホルモン受容体陽性（ＨＲ＋）患者である。患者は、ＨＲ陽性患者又は受容体陰性（ＨＲ−）患者である。ここでは、患者はＨＲ陽性患者であり、抗ＨＥＲ２治療は内分泌療法と組み合わせることができる。より好ましい実施形態では、内分泌療法は以下からなるリストより選択される：タモキシフェン、トレミフェン、アナストロゾール、エキセメスタン、レトロゾール、フルベストラント、ゴセレリン、ロイプロリド、及び／又はトリプトレリン、あるいはそれらの任意の組み合わせ。より好ましい実施形態では、レトロゾール又はタモキシフェンである。
【００８２】
本発明の第４の態様の好ましい実施形態では、抗ＨＥＲ２治療はトラスツズマブとラパチニブであり、患者はＨＲ陰性患者であり、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡであり、好ましい実施形態では、配列番号１である。好ましい実施形態では、加えて、患者には、ＨＥＲ２の検出／定量の前には化学療法は行われていない。
【００８３】
本発明の第４の態様の好ましい実施形態では、抗ＨＥＲ２治療はトラスツズマブとラパチニブであり、患者はＨＲ陽性患者であり、ＨＥＲ２治療はレトロゾール又はタモキシフェンと組み合わせられ、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物はｍＲＮＡであり、好ましい実施形態では、配列番号１である。好ましい実施形態では、加えて、患者には、ＨＥＲ２の検出／定量の前には化学療法は行われていない。
【００８４】
本発明の第５の態様の好ましい実施形態では、遺伝子発現産物はｍＲＮＡ（好ましくは、配列番号１）であるか、又はタンパク質（好ましくは、配列番号２）である。
【００８５】
本発明の第５の態様の好ましい実施形態では、手段はキットの一部を構成する。
【００８６】
本発明の別の態様では、ＨＥＲ２の遺伝子発現産物（好ましくは、そのｍＲＮＡ）の存在又は存在しないことを検出するため、あるいはその量を定量するための特別な手段を含む、本発明の方法で使用されるキットについて言及される。特定の実施形態では、キットには、特異的プライマー及び／又はプローブ、抗体、あるいはそれらの組み合わせが含まれる。特定の実施形態では、キットには、配列番号１を検出及び／又は定量するため、より具体的な実施形態では、配列番号３を検出及び／又は定量するための特異的プライマー及び／又はプローブが含まれる。
【００８７】
明細書及び特許請求の範囲を通じて、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」とその用語のバリエーションは、他の技術的特徴、付加的なもの、成分、又は工程を排除するようには意図されない。更に、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」には、「からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ）」の場合が含まれる。本発明の更なる目的、利点、及び特徴は、明細書の例に基づいて当業者に明らかになるか、あるいは本発明の実施によって理解されるであろう。以下の実施例及び図面は説明のために提供され、これらは本発明を限定するように意図されるものではない。図面に関連付けられた、請求項の中で括弧書きされた参照記号は、請求項の明瞭性を高めるためのものに過ぎず、その請求項の範囲を限定するように解釈されるべきではない。更に、本発明は、本明細書中に記載される特定の好ましい実施形態の全ての可能な組み合わせを網羅する。
【実施例】
【００８８】
実施例１：細胞毒性治療を行わない二重のＨＥＲ２の遮断に対する反応の予測因子としてのＥＲＢＢ２
【００８９】
材料及び方法：
【００９０】
研究の設計及び患者：
ＰＡＭＥＬＡ（ＮＣＴ０１９７３６６０）は、ＨＥＲ２陽性乳癌の女性における、無作為化されていない、多施設で行われる、期待される非盲検の第２相試験である（図１）。全ての適格である患者は、一元的に確認されたＨＥＲ２、免疫組織化学染色により一元的に行われたエストロゲン受容体及びプロゲステロン受容体、直径が１ｃｍより大きい原発性腫瘍を持つステージＩ〜ＩＩＩＡの乳癌を有しており、１８歳以上の年齢であり、これまでにいずれの癌治療も受けていなかった。腫瘍はＨＥＲ２免疫組織化学染色３＋又は２＋を有していなければならず、インサイチュ（ｉｎ−ｓｉｔｕ）ハイブリダイゼーションでは色素生産性について陽性でなければならなかった。注目に値するのは、ＨＥＲ２、ＥＲ、及びＰＲの試験をＩＳ０１５１８９の認定のもとで行ったことである。
【００９１】
他の主要な組み入れ基準は以下であった：０〜２のベースラインのＥａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ（ＥＣＯＧ）の全身状態、心エコー検査又はマルチゲート収集（ＭＵＧＡ）により測定した場合の５０％以上のベースライン左室駆出分画率（ＬＶＥＦ）。重要な除外基準は、多中心性の腫瘍、手術不可能なステージＩＩＩの疾患、ステージＩＶの疾患、両側性乳癌、他の悪性腫瘍、不十分な骨髄機能又は腎機能、肝機能障害、心臓機能の障害、管理不良高血圧、妊娠、及び避妊を使用することに対する拒絶とした。
【００９２】
本研究は、医薬品の臨床試験の実施の基準についてのガイドライン及び世界医師会によるヘルシンキ宣言に従って行った。全ての患者について書面でのインフォームドコンセントを行った。研究プロトコルについての承認を独立する倫理委員会から得た。
【００９３】
手順：
ラパチニブを１０００ｍｇの１日量で経口投与した。トラスツズマブは、８ｍｇ／ｋｇの負荷投与量で３週間おきに、続いて６ｍｇ／ｋｇをＩＶ投与した。ＨＲ陽性の患者には、閉経状態に従ってレトロゾール（１日２．５ｍｇ）又はタモキシフェン（１日２０ｍｇ）を投与した。全処置期間は１８週間であった。２週目に、コア針生検（ｃｏｒｅ−ｎｅｅｄｌｅ  ｂｉｏｐｓｙ）を強制的に行った。６週目に、超音波による初期反応の評価を強制的に行った。この研究の間に、又は６週目で腫瘍の大きさがいくらか増大していることを処置の失敗とみなし、患者を主要エンドポイント（即ち、二重の遮断を用いたｐＣＲ）について反応しないと分類した。これらの患者を、トラスツズマブと、１２服用量の１週間に１回の８０ｍｇ／ｍ２のパクリタキセル、及び７５０ｍｇのラパチニブで、経口で処置した。二重のＨＥＲ２の遮断の最後の用量の後１週間から３週間の間、又はパクリタキセルの最後の用量の後２週間から３週間の間に、外科手術を行った。医師の裁量にしたがって標準的な免疫賦活剤による化学療法を投与した。
【００９４】
遺伝子発現の分析：
ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）乳房組織の切片を、浸潤性の腫瘍細胞の存在（≧１０％）を確認するため、及び最小の腫瘍表面積（＞４ｍｍ２）を決定するために、ヘマトキシリン及びエオシン染色で最初に試験した。遺伝子発現の分析のための最小限の組織要件が満たされない限りは、患者を入れることはできなかった。浸潤性の腫瘍細胞を含まなかった１５日目の試料についてもまた、プロファイリングを行った。ＲＮＡ精製（Ｒｏｃｈｅ（登録商標）Ｈｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＦＦＰＥＴ  ＲＮＡ単離キット）には、≧１〜５の１０μｍのＦＦＰＥスライドを各腫瘍検体について使用し、必要である場合には通常の汚染を避けるためにマクロダイセクションを行った。最低限約１００ｎｇのトータルＲＮＡ（ｔｏｔａｌ  ＲＮＡ）を、ｎＣｏｕｎｔｅｒプラットフォーム（Ｎａｎｏｓｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ，ＵＳ）を用いて乳癌について選択した５５５種類の遺伝子及び５種類のハウスキーピング遺伝子（ＡＣＴＢ、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＲＰＬＰ０、及びＳＦ３Ａ１）の発現を測定するために使用した。データを底２の対数に変換した。５種類のハウスキーピング遺伝子の幾何平均を各試料について得、各試料中の各遺伝子について正規化係数として使用した。標的配列を含む５６０のコードセット（ＣｏｄｅＳｅｔ）の設計は表８に見ることができる。
【００９５】
統計学的分析：
主要エンドポイントは、外科手術時の原発性腫瘍の顕微鏡検査で浸潤性の腫瘍性細胞が存在しないこととして定義される、乳房におけるｐＣＲであった。インサイチュ病変が残っていることは許容した。
【００９６】
結果：
【００９７】
ＰＡＭＥＬＡの臨床試験：
２０１３年１０月から２０１５年１２月まで、１５１人の患者をスペインの１９の場所に集めた。集めた１５１人の患者のうち、１３７人の患者は計画したとおり処置を完了し、１４人の患者は処置を中断した（図２）。視触診での乳房検診によるベースラインの腫瘍の大きさの中央値は２．４ｃｍであり、ほとんどの患者は陰性の腋窩を有しており（６４．９％）、閉経後であった（５９．６％）（表１）。ＨＲ陽性疾患の患者（ｎ＝７７）のうち、５２％及び４８％に、閉経状態に従ってタモキシフェン及びレトロゾールをそれぞれ、投与した。外科手術を行った全ての患者が病理学的反応について有効な評価を有していた。
【００９８】
表１．ベースラインでの患者の人口統計
【表１】
2020500543.tif 000002
【００９９】
乳房のｐＣＲは１５１人の女性のうち４６人で記録された（３０．５％、９５％ＣＩ  ２３．４−３８．５）。これまでの知見と一致して、ＨＲ陰性の腫瘍と比較して、ＨＲ陽性の腫瘍においてはより低いｐＣＲが記録された（４３．２％に対して１８．２％；ｐ＝０．００１）。処置を中断した１４人の患者のうち、６人は処置に失敗した（全患者のうちの４．０％）。処置の失敗は、ＨＲ陽性疾患においては（ｎ＝２）、そしてＨＲ陰性疾患においては（ｎ＝４）で起こった。処置に失敗した６人のうちの５人の患者には、プロトコルにより腫瘍免疫賦活薬であるパクリタキセル、ラパチニブ、及びトラスツズマブを投与し、いずれもｐＣＲに到達しなかった。
【０１００】
評価した様々な臨床的病理学的変数（年齢、腫瘍の大きさ、腫瘍のステージ、閉経状態、リンパ節転移の状態、及びホルモン受容体［ＨＲ］の状態）のうち、ＨＲの状態だけがｐＣＲと有意な関係があることが明らかになった（表２）。
【０１０１】
表２．処置に対する病理学的反応についてのロジスティック回帰モデルによる分析
【表２】
2020500543.tif 000003
【０１０２】
＊ＯＲ、オッズ比
【０１０３】
ベースライン試料からの遺伝子発現を用いたｐＣＲの予測：
５５５種類の乳癌関連遺伝子及び５種類のハウスキーピング遺伝子の発現は、全てのベースライン試料中で良好に行われていた（ｎ＝１５１）（表８を参照のこと）。最良のモデルを選択するために、４種類の変数選択方法（ｔ検定、Ｗｅｌｃｈのｔ検定、ランダムフォレスト［ｒｆ］、及び再帰的特徴量削減［ｒｆｅ］）、様々な数の選択した遺伝子（１、２、３、４、５、１０、１２、１５、２０、及び３０種類）、並びに３種類の分類方法（対角線形判別分析［ｄｌｄａ］、線形判別分析［Ｉｄａ］、及び二次判別分析［ｑｄａ］）を使用して交差検証法による分析（１０分割、２５回の繰り返し）を行った。図３及び表３に示すように、最良の「バランスのとれた精度解析」（分類性能の尺度）を、１つの遺伝子を用いて得た。１つの遺伝子は行った全ての分析においてＥＲＢＢ２であった。
【０１０４】
表３．様々な分類方法及び遺伝子選択方法を使用する１０分割交差検証法で選択した遺伝子
【表３】
2020500543.tif 000004
【０１０５】
「分類方法（Ｃｌａｓｓ．Ｍｅｔｈｏｄ）」：分類方法；Ｎ：選択した遺伝子の数；「間違った分類（Ｍｉｓｃｌａｓｓ．）」：間違った分類
【０１０６】
次に、交差検証法による分析（１０分割、２５回の繰り返し）及びｑｄａ法を使用して、１、２、３、４、５、及び１０種類の遺伝子を選択した場合の受信者動作特性（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ）（ＲＯＣ）分析（即ち、ＲＯＣ曲線下面積［ａｕＲＯＣ］）を使用した予測能力を評価した。図４に示すように、１つの単一の遺伝子（これは全ての場合においてＥＲＢＢ２であった）は最も高いａｕＲＯＣを示した。
【０１０７】
ベースライン試料からのＥＲＢＢ２発現を用いたｐＣＲの予測：
全体として、このデータは、５５５種類の乳癌関連遺伝子のうち、ＥＲＢＢ２が、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断後の反応を予測するための最も力強い遺伝子であることを示唆していた。その後、ベースラインの腫瘍試料を用いて、１５１人の患者のデータセット全体においてｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２発現の能力を調べた。まず、ｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２の能力を推定した（図５）。結果は０．８０４のＡＵＣを示した。
【０１０８】
第二に、ｐＣＲに到達しなかった患者（非ｐＣＲ）におけるＥＲＢＢ２の発現に対してｐＣＲに到達した患者におけるＥＲＢＢ２の発現を評価した（図５）。結果は、ｐＣＲ群のＥＲＢＢ２の発現の中央値が３．２４であり、非ｐＣＲ群のＥＲＢＢ２の発現の中央値が１．８３であったことを示していた。差は１．４２であり、これは２．６８倍の差に相当していた。第三に、ＥＲＢＢ２発現にしたがってｐＣＲ率を調べた。三分位（２．９３及び１．６１のＥＲＢＢ２スコアのカットオフ）を使用した場合は、最も高い、中間、及び最も低い三分位におけるｐＣＲ率は、それぞれ、５８．８％、２４％、及び８％であった。四分位（３．２１、２．４５、及び０．９７のＥＲＢＢ２スコアのカットオフ）を使用した場合は、最も高い、中間（合わせて１つの群にした２つの中間の四分位）、及び最も低い四分位におけるｐＣＲ率は、それぞれ、６４．９％、２３．７％、及び１０．５％であった。
【０１０９】
ＨＲの状態と比較してｐＣＲを予測するベースラインでのＥＲＢＢ２の能力：
ＨＲの状態は、今日までのところ、細胞毒性治療を行わない二重のＨＥＲ２の遮断後のｐＣＲを予測するための唯一の分子予測因子であった。ここでは、ＨＲの状態を上回るｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２の能力を評価した。ＨＲの状態とＥＲＢＢ２発現を含む二変量分析のロジスティック回帰モデル（表４）において、ＥＲＢＢ２はなおもｐＣＲと有意な関係があったが、一方、ＨＲの状態はその統計学的有意性を失っていることが観察された。この結果は、ＥＲＢＢ２がＨＲの状態よりも更により予測となる情報を提供することを示唆している。
【０１１０】
表４．ＥＲＢＢ２ベースライン及びＨＲのｐＣＲとの関係
【表４】
2020500543.tif 000005
【０１１１】
ベースライン、２週目でのＥＲＢＢ２の発現、及び２週目とベースラインとの間での比を用いたｐＣＲの予測：
全部で１４４のペア試料を、集めた１５１人の患者からＰＡＭＥＬＡにおいて得た。これは、全ての入手できた試料の９５％を占める。従って、このペアのデータセットから、ベースラインで、２週目で測定したＥＲＢＢ２の発現と、２つの時点の間でのＥＲＢＢ２発現の比の予測能力を比較することができた。能力を比較するために、３種類のバイオマーカの間のＡＵＣを比較した（図６）。結果は、２週目及びベースラインの時点でのＥＲＢＢ２発現の比が、ｐＣＲについての最良の予測因子であり（図６）、ＡＵＣが０．８７８であったことを示していた。
【０１１２】
第二に、２週目及びベースラインの時点の間でのＥＲＢＢ２発現の比にしたがって、ｐＣＲ率を調べた。三分位（−３．０４及び−０．３５のＥＲＢＢ２比スコアのカットオフ）を使用した場合は、最も低い、中間、及び最も高い三分位におけるｐＣＲ率は、それぞれ、６４．６％、２５％、及び２％であった。四分位（−３．８８、−１．３７、及び０．００９のＥＲＢＢ２比スコアのカットオフ）を使用した場合は、最も低い、中間（合わせて１つの群にした２つの中間の四分位）、及び最も高い四分位におけるｐＣＲ率は、それぞれ、７５％、２２．２％、及び２．７％であった。
【０１１３】
全体として、このデータは、ｐＣＲの最良の予測因子が２週目とベースラインの時点の間でのＥＲＢＢ２発現の比であることを示唆していた。しかし、これを複数の遺伝子を加えることにより改善できるかどうかは明らかではなかった。従って、５５５種類の乳癌関連遺伝子を使用して、本発明者らはｐＣＲを予測することについて遺伝子発現の最良の比を評価した。そのために、各々の遺伝子について２週目とベースラインの時点との間での発現の比（即ち、２週目／ベースライン）を計算した。ベースライン試料のみが用いられたこれまでの分析と同様に、本発明者らは、４種類の変数選択方法（ｔ検定、Ｗｅｌｃｈのｔ検定、ランダムフォレスト［ｒｆ］、及び再帰的特徴量削減［ｒｆｅ］）、様々な数の選択した遺伝子（１、２、３、４、５、１０、１２、１５、２０、及び３０種類）、並びに３種類の分類方法（対角線形判別分析［ｄｌｄａ］、線形判別分析［Ｉｄａ］、及び二次判別分析［ｑｄａ］）を使用して交差検証法による分析（１０分割、２５回の繰り返し）を行った。図７及び表５に示すように、類似する「バランスのとれた精度解析」が様々な数の遺伝子を用いて得られた。注目すべきは、分類及び変数選択の様々な方法を使用した場合に、ＥＲＢＢ２がｐＣＲと関係がある最も重要な遺伝子であることが明らかになったことである。これらの結果は、新しい遺伝子を加えることによってはＥＲＢＢ２を超える高い予測能力が得られなかったことを示唆していた。
【０１１４】
表５．様々な分類方法及び遺伝子選択方法を使用する１０分割交差検証法で選択した遺伝子
【表５】
2020500543.tif 000006
【０１１５】
「分類方法（Ｃｌａｓｓ．Ｍｅｔｈｏｄ）」：分類方法；「変数選択方法（Ｖａｒｉａｂｌｅ  Ｓｅｌ．Ｍｅｔｈｏｄ）」：変数選択方法；「選択した遺伝子の数（Ｎ．ｇｅｎｅｓ  Ｓｅｌ．）」：選択した遺伝子の数；「Ｍ．」：間違った分類；「バランスのとれた精度解析（Ｂ．ａｃｃ）」：バランスのとれた精度解析
【０１１６】
更に、交差検証法による分析（１０分割、２５回の繰り返し）及びｑｄａ法を使用して、１、２、３、４、５、及び１０種類の遺伝子を選択した場合の受信者動作特性（Ｒｅｃｅｉｖｅｒ  Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ）（ＲＯＣ）分析（即ち、ＲＯＣ曲線下面積［ａｕＲＯＣ］）を使用した予測能力を評価した。図８に示すように、１つの単一の遺伝子（これは全ての場合においてＥＲＢＢ２であった）は最も高いＡＵＣの１つを示した。実際、２遺伝子モデル（これにはＥＲＢＢ２とＧＲＢ７が含まれる（即ち、ｋ＝２））は、これらが数の上ではより高いＡＵＣを示したが、ＥＲＢＢ２単独の場合と比較して、ＡＵＣを有意には改善しなかった。全体的には、このデータは、５５５種類の乳癌関連遺伝子のうち、２週目とベースラインの時点の間でのＥＲＢＢ２発現の比が、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断後の反応を予測することについて最も強力であったことを示唆していた。
【０１１７】
ＨＲの状態と比較したｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２の能力：
ＨＲの状態は、今日までのところ、細胞毒性治療を行わない二重のＨＥＲ２の遮断後のｐＣＲを予測するための唯一の分子予測因子であった。ここでは、ＨＲの状態を上回るｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２比の能力を評価した。ＨＲの状態とＥＲＢＢ２比を含む二変量分析のロジスティック回帰モデル（表６）において、ＥＲＢＢ２比はなおもｐＣＲと有意な関係があったが、一方、ＨＲの状態はその統計学的有意性を失っていることが観察された。この結果は、ＥＲＢＢ２比がＨＲの状態よりも更により予測となる情報を提供することを示唆していた。
【０１１８】
表６．ＥＲＢＢ２比及びＨＲのｐＣＲとの関係
【表６】
2020500543.tif 000007
【０１１９】
ＥＲＢＢ２ベースラインと比較してｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２比の能力：
ここでは、１４４のペア試料において、ＥＲＢＢ２ベースラインと比較してｐＣＲを予測するＥＲＢＢ２比の能力を比較した。ＥＲＢＢ２のベースラインと比を含む二変量分析のロジスティック回帰モデル（表７）において、ＥＲＢＢ２比はなおもｐＣＲと有意な関係があったが、一方、ＥＲＢＢ２ベースラインはその統計学的有意性を失っていることが観察された。この結果は、ＥＲＢＢ２比がＥＲＢＢ２ベースラインよりも更により予測となる情報を提供することを示唆している。これは先のＡＵＣの結果と一致している。
【０１２０】
表７．ＥＲＢＢ２比及びＥＲＢＢ２ベースラインのｐＣＲとの関係
【表７】
2020500543.tif 000008
【０１２１】
結論：
本研究では、ＥＲＢＢ２の発現が単独で、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断後のｐＣＲについての最良の予測因子であることが示されている。このバイオマーカは、ベースラインで、処置の２週目で、又は両方でのいずれでも評価することができる。これらの結果は、ベースラインＥＲＢＢ２発現の予測能力が２週目のＥＲＢＢ２発現と同様であるが、両方の時点によるＥＲＢＢ２発現データを組み合わせること（即ち、ＥＲＢＢ２比）が上記３つのうちの最良の予測因子であることを示唆している。従って、臨床的な将来の見通しから、ＥＲＢＢ２発現は、ベースラインのみ（即ち、処置開始前）、又は２週目での生検を行うことができる場合は両方の時点（即ち、ＥＲＢＢ２比）でのいずれを使用することもできる。いずれにしても、いずれの予測因子も、化学療法を用いない二重のＨＥＲ２の遮断で処置される場合には、症例の６４．９〜７５％においてｐＣＲに到達するであろうＨＥＲ２陽性疾患の患者の約２５％（上位四分位）を同定することができる。重要であるのは、ベースライン時点でのＥＲＢＢ２又はＥＲＢＢ２比が、化学療法を行わない二重のＨＥＲ２の遮断後のＨＥＲ２陽性乳癌においてｐＣＲと関係があることが今日まで一貫して明らかにされてきた唯一の分子予測因子であるＨＲの状態と比較して、独立した更なる情報を提供することである。
【０１２２】
参照：
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【０１２３】
表８．５６０種類の遺伝子についてのｎＣｏｕｎｔｅｒ（商標）ＣｏｄｅＳｅｔ  Ｄｅｓｉｇｎ
【表８】
2020500543.tif 000009
2020500543.tif 000010
2020500543.tif 000011
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2020500543.tif 000016
【０１２４】
「標的領域（Ｔ．ｒｅｇｉｏｎ）」：標的領域；「ｈ．」：仮想タンパク質；「ｓ．サイトケラチン−８（ｓ．Ｃｙｔｏｋｅｒａｔｉｎ−８）」：ケラチンタイプＩＩ細胞骨格８（Ｋｅｒａｔｉｎ  ｔｙｐｅＩＩ  ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔａｌ８）（Ｃｙｔｏｋｅｒａｔｉｎ−８）（ＣＫ−８）（Ｋｅｒａｔｏｎ−８）（Ｋ８）に類似する；「ｈ．ＭＧＣ１８２１６」：仮想タンパク質ＭＧＣ１８２１６。
【図１】
2020500543.tif 000017
【図２】
2020500543.tif 000018
【図３】
2020500543.tif 000019
【図４】
2020500543.tif 000020
【図５Ａ】
2020500543.tif 000021
【図５Ｂ】
2020500543.tif 000022
【図６】
2020500543.tif 000023
【図７】
2020500543.tif 000024
【図８】
2020500543.tif 000025
【配列表】
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【国際調査報告】
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