(57)【要約】本願は、式Ｉの化合物及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種を含む医薬組成物、並びにそれを調製及び使用する方法に関する。
2020509001.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
式Ｉ
【化１１】
2020509001.tif 000043
の化合物、又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、
Ｒ１は、非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７はそれぞれに独立してＨ又はヒドロキシルであり；
Ｒ８は、Ｈ又は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈ、又はＯＳＯ３Ｈであり；
ｍは１、２又は３であり；且つ
ｎは、１、２又は３である）
及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種、並びに薬学的に許容される担体を含む医薬組成物。
【請求項２】
Ｒ１がメチル又はエチルである、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
Ｒ１がエチルである、請求項１又は２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
Ｒ２がＨである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５】
Ｒ２がヒドロキシルである、請求項１〜３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６】
Ｒ３がＨである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項７】
Ｒ３がヒドロキシルである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
Ｒ４がヒドロキシルであり、且つＲ５がＨである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項９】
Ｒ４がＨであり、且つＲ５がヒドロキシルである、請求項１〜７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
Ｒ６がヒドロキシルであり、且つＲ７がＨである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
Ｒ６がＨであり、且つＲ７がヒドロキシルである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
Ｒ８がＨである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
Ｒ８がメチル又はエチルである、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
Ｒ８がメチルである、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
Ｘが、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ＣＯ２Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）２ＳＯ３Ｈ、又はＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）２ＣＯ２Ｈである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
ＸがＣ（Ｏ）ＯＨである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
ＸがＯＳＯ３Ｈである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
前記化合物が、式Ｉｂ−１又はＩｂ−２：
【化１２】
2020509001.tif 000044
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
前記化合物が、式Ｉｃ：
【化１３】
2020509001.tif 000045
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２０】
前記化合物が：
【化１４】
2020509001.tif 000046
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
前記化合物が：
【化１５】
2020509001.tif 000047
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２２】
前記化合物が：
【化１６】
2020509001.tif 000048
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２３】
前記化合物が：
【化１７】
2020509001.tif 000049
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項２４】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種が：アクチノミセス科（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、ボゴリエラ科（Ｂｏｇｏｒｉｅｌｌａｃｅａｅ）、ブレビバクテリウム科（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、セルロモナス科（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、アコレプラズマ科（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、アシドチオバシラス科（Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、アルカニヴォラックス科（Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｃａｃｅａｅ）、アルテロモナス科（Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラッタバクテリウム科（Ｂｌａｔｔａｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、カルジオバクテリウム科（Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クラミジア科（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｃｅａｅ）、クロマチウム科（Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）ファミリーＸＩＩＩ．（所属不明）、シクロバクテリウム科（Ｃｙｃｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デハロコッコイデス科（Ｄｅｈａｌｏｃｏｃｃｏｉｄａｃｅａｅ）、デスルフォバクター科（Ｄｅｓｕｌｆｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、デスルフォバルブス科（Ｄｅｓｕｌｆｏｂｕｌｂａｃｅａｅ）、エクトチオロドスピラ科（Ｅｃｔｏｔｈｉｏｒｈｏｄｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、エルシミクロビウム科（Ｅｌｕｓｉｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、エントモプラズマ科（Ｅｎｔｏｍｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、エリスロバクター科（Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ガリオネラ科（Ｇａｌｌｉｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、ハロアナエロビウム科（Ｈａｌａｎａｅｒｏｂｉａｃｅａｅ）、ヨネシア科（Ｊｏｎｅｓｉａｃｅａｅ）、コフレリア科（Ｋｏｆｌｅｒｉａｃｅａｅ）、レプトスピラ科（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、メタノバクテリウム科（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、メチロコッカス科（Ｍｅｔｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、メチロフィルス科（Ｍｅｔｈｙｌｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、ミクソコッカス科（Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ニトロソモナス科（Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ニトロスピラ科（Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、オセアノスピリルム科（Ｏｃｅａｎｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、オシロスピラ科（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ピスキリケッチア科（Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリア科（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、シュードアルテロモナス科（Ｐｓｅｕｄｏａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プニセイコッカス科（Ｐｕｎｉｃｅｉｃｏｃｃａｃｅａｅ）、リケッチア科（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ）、ルブロバクター科（Ｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、シェワネラ科（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ）、スピロヘータ科（Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔａｃｅａｅ）、スピロプラズマ科（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、ステレラセアエ科（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、シントロフォモナス科（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、テルムス科（Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ）、コリネバクテリア科（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デルマバクター科（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ディエジア科（Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ）、ゲオデルマトフィラス科（Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、ゴルドニア科（Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ）、イントラスポランギウム科（Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ）、ミクロバクテリウム科（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ミクロモノスポラ科（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）、マイコバクテリア科（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ノカルジア科（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、プロミクロモノスポラ科（Ｐｒｏｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリウム亜目（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）、ストレプトマイセス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、マイクロコッカス亜目（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉｎｅａｅ）、ビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカス科（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ハロバクテロイデス科（Ｈａｌｏｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、アリシクロバシラス科（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、バチルス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、バチルス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）（所属不明）ＸＩ、リステリア科（Ｌｉｓｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パエニバシラス科（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、プラノコッカス科（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スタフィロコッカス科（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、アエロコッカス科（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、カルノバクテリウム科（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ファミリーＸＩＩＩ（所属不明）、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ファミリーＸＩ（所属不明）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ユウバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩ、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩ、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩＩ、アキダミノコッカス科（Ａｃｉｄｉａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、リケネーラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、サイトファーガ科（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、フラボバクテリウム科（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キチノファガ科（Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、スフィンゴバクテリウム科（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、レプトトリキア科（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ヴィクチヴァリス科（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌａｃｅａｅ）、プランクトミケス科（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、カウロバクター科（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アウランチモナス科（Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラジリゾビウム科（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、ブルセラ科（Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ）、ヒフォミクロビウム科（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、メチロバクテリウム科（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フィロバクテリア科（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビウム科（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、キサントバクター科（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクター科（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アセトバクター科（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドスピリラム科（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、スフィンゴモナス科（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）、バークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）、コマモナス科（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、オキサロバクター科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ステレラ科（Ｓｕｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、ナイセリア科（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ロドシクルス科（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、カンピロバクター科（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ヘリコバクター科（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アエロモナス科（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、サクシニビブリオ科（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パスツレラ科（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、モラクセラ科（Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ）、シュードモナス科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ビブリオ科（Ｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、シノバクター科（Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、キサントモナス科（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラキスピラ科（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａｃｅａｅ）、シネルギステス科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）、マイコプラズマ科（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、及びウェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）から選択されるファミリーにおけるメンバーである、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２５】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種がグラム陽性である、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２６】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種が、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ペディオコッカス・ペントサセウス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ルミノコッカス・ブローミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、未分類のアナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、未分類のサブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ブラウティア（ルミノコッカス）・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ  （Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）  ｏｂｅｕｍ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ユウバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌５＿１＿６３ＦＡＡ、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１、及びラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌８＿１＿５７ＦＡＡ、未分類のコプロバチルス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、クロストリジウム・スパイロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、ベイロネラ・パルブーラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、及び未分類のベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）から選択される、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２７】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種がグラム陰性である、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種が、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス目ｐｈ８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｐｈ８）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、パラプレボテーラ・クララ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｌａｒａ）、未分類のパラプレボテーラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスティペス・シャーヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、及びアッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）から選択される、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２９】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種が、内因性胆汁酸による増殖阻害に感受性である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種が、ヒト腸内マイクロバイオーム種である、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３１】
前記化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩が、前記医薬組成物中において５〜２５ｍｇの量で存在する、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３２】
前記医薬組成物が、１００〜１０１２コロニー形成単位の量の前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種を含む、請求項１〜３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３３】
前記化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩が、経口、非経口、又は局所投与のために製剤化される、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３４】
前記化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩が、経口投与のために製剤化される、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３５】
前記１種以上の腸内マイクロバイオーム種が、経口投与のために製剤化される、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３６】
ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は前記腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する方法であって、それを必要とする対象に、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の医薬組成物を投与することを含む方法。
【請求項３７】
式Ｉ：
【化１８】
2020509001.tif 000050
の化合物、又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、
Ｒ１は、非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７はそれぞれに独立してＨ又はヒドロキシルであり；
Ｒ８は、Ｈ又は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈ、又はＯＳＯ３Ｈであり；
ｍは１、２又は３であり；且つ
ｎは、１、２又は３である）であって、
ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は前記腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する際に１種以上の腸内マイクロバイオーム種と組み合わせて使用するための、化合物、又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体。
【請求項３８】
式Ｉ：
【化１９】
2020509001.tif 000051
の化合物、又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、
Ｒ１は、非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７はそれぞれに独立してＨ又はヒドロキシルであり；
Ｒ８は、Ｈ又は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈ、又はＯＳＯ３Ｈであり；
ｍは１、２又は３であり；且つ
ｎは、１、２又は３である）の使用であって、
ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は前記腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態の治療又は予防のための１種以上の腸内マイクロバイオーム種との併用療法ための医薬の製造における使用。
【請求項３９】
式Ｉ：
【化２０】
2020509001.tif 000052
の化合物、又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、
Ｒ１は、非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７はそれぞれに独立してＨ又はヒドロキシルであり；
Ｒ８は、Ｈ又は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈ、又はＯＳＯ３Ｈであり；
ｍは１、２又は３であり；且つ
ｎは、１、２又は３である）の使用であって、
ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は前記腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する際の１種以上の腸内マイクロバイオーム種との組み合わせにおける使用。
【請求項４０】
疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドの有効性を増強する方法であって、それを必要とする対象に１種以上の腸内マイクロバイオーム種を投与することを含む方法。
【請求項４１】
疾患又は病態を治療又は予防する際にＦＸＲリガンドの有効性を増強することに使用するための、１種以上の腸内マイクロバイオーム種。
【請求項４２】
疾患又は病態の治療又は予防におけるＦＸＲリガンドの有効性を増強するための医薬の製造における、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の使用。
【請求項４３】
疾患又は病態を治療又は予防する際にＦＸＲリガンドの有効性を増強する際の、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の使用。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
哺乳動物宿主及び腸内細菌叢は共進化してきており、前者は、後者によって生成された生理的な利点の見返りとして独特に適した環境をもたらしている。後者の例としては、宿主によって利用される短鎖脂肪酸を生成する難消化性糖質の発酵、コンジュゲートされた胆汁酸の生体内分解、ある種のビタミンの合成、食物由来のシュウ酸塩の分解、及び粘膜免疫系の教育が挙げられる。腸内マイクロバイオームの代謝特性は、様々な薬剤の応答において重要である。近年の報告では、グルコース恒常性などの代謝結果を予測するためのモダリティとしてヒト腸内マイクロバイオームの特徴付けを使用する有用性を実証している。腸内マイクロバイオームを評価すること及びそのメタボロームは、臨床上関連する転帰を予測するのを助ける場合がある。
【０００２】
小腸細菌叢の組成物は、日々の周期的変動を受けており、これは食事の変動に対する反応によって推進されている可能性がある。異なるサンプリング方法を使用した複数の報告が、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．）の優勢を示している（４５４−ピロシーケンスリードの１９％を占める）。その他の優勢な属としては、ベイロネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．）（１３％）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．）（１２％）、ロティア属（Ｒｏｔｈｉａ  ｓｐｐ．）（６．４％）、ヘモフィルス属（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｐ．）（５．７％）、アクチノバチルス属（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｐ．）（５．５％）、エシェリキア属（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐｐ．）（４．６％）、及びフソバクテリウム属（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）（４．３％）が挙げられる。門レベルでは、分布は：ファーミキューテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ）（４３％）、プロバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）（２３％）、バクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）（１５％）、放線菌門（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）（９．３％）、及びフソバクテリウム門（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）（７％）である。培養に基づく方法では、回腸瘻造設術流出物におけるストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（Ｓ．サリバリウス（Ｓ．ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びＳ．パラサングイニス（Ｓ．ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ））並びにベイロネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（Ｖ．ディスパー（Ｖ．ｄｉｓｐａｒ）、Ｖ．パルブーラ（Ｖ．ｐａｒｖｕｌａ）、Ｖ．ロゴサエ（Ｖ．ｒｏｇｏｓａｅ）、及びＶ．アティピカ（Ｖ．ａｔｙｐｉｃａ））の特定の種を同定した。ピロシーケンスは、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（０．４〜８８．３％の範囲の相対的寄与）及びベイロネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ）（＜０．１〜１０．１％の範囲の相対的寄与）の存在量が時間帯に高度に依存することを明らかにした。治療及び予防方法の両方において、ヒトにおける疾患の病因に影響を及ぼす可能性と相まって小腸の腸内細菌叢の食事に誘導される変動性は、本分野において特に関心のある領域である小腸の組成物又は微生物生物体量のいずれかを変化させる。食事及び胆汁酸は、哺乳動物の生理機能に関連する小腸における特に重要な経路において相互作用する。胆汁酸は、小腸性の栄養吸収において重要な役割を果たし、そのため、食事中の栄養が、小腸への胆汁酸の送達において著しい変化をもたらし得る。さらに、腸内細菌叢は、胆汁酸の構造を生化学的に変化させる固有の能力を有する。それにより、胆汁酸は、細菌の生物相に大きな影響を与えることができ、それらは、腸内細菌叢の組成を形づくる一助となることが示されている。したがって、胆汁酸又はその誘導体、及び治療薬としての１種以上の腸微生物を含む新規の組成物、並びに疾患若しくは障害を治療又は予防するための１種以上の腸微生物と組み合わせた胆汁酸又はその誘導体を使用する方法の必要性が存在する。本願は、その必要性に対処するものである。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本願は、式Ｉ：
【化１】
2020509001.tif 000003
の化合物又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｘ、ｍ、及びｎは、それぞれ本明細書で定義されるとおりである）、及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種、並びに薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に関する。
【０００４】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する方法であって、それを必要とする対象に、本願の化合物、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩、及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種を投与することを含む方法に関する。一実施形態では、本願は、治療する方法に関する。一実施形態では、本願は、予防する方法に関する。
【０００５】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する際に１種以上の腸内マイクロバイオーム種と組み合わせて使用するための、本願の化合物、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０００６】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態の治療又は予防のための１種以上の腸内マイクロバイオーム種を用いる併用療法のための医薬の製造における、本願の化合物、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０００７】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する際の１種以上の腸内マイクロバイオーム種との組み合わせにおける、本願の化合物、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０００８】
本願は又、疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドの有効性を増強する方法であって、それを必要とする対象に１種以上の腸内マイクロバイオーム種を投与することを含む方法に関する。一実施形態では、本願は、治療する方法に関する。一実施形態では、本願は、予防する方法に関する。
【０００９】
本願は又、疾患又は病態を治療又は予防する際にＦＸＲリガンドの有効性を増強することに使用するための、１種以上の腸内マイクロバイオーム種に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【００１０】
本願は又、疾患又は病態の治療又は予防におけるＦＸＲリガンドの有効性を増強するための医薬の製造における、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【００１１】
本願は又、疾患又は病態を治療又は予防する際にＦＸＲリガンドの有効性を増強する際の、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【００１２】
本願の詳細を以下の添付の説明において示す。本願の実施又は試験において、本明細書に記載するものに類似の又は等価な方法及び材料を使用することができるが、例示的な方法及び材料がここで説明される。矛盾がある場合、定義を含む本明細書が優先されることとなる。さらに、材料、方法及び実施例は単なる例示であり、限定するものではない。この説明から、又特許請求の範囲から、本願の他の特徴、目的、及び利点も明らかとなるであろう。本明細書及び添付の特許請求の範囲では、別途文脈が明白に規定していない限り、単数形は複数も含む。別段の定めがない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本願が属する技術分野の当業者に広く理解されているものと同じ意味を有する。
【００１３】
本願を通して引用された全ての参考文献（参考文献、発行された特許、出願公開公報、及び同時係属特許出願）の内容は、それらの全体が参照により本明細書に明示的に組み込まれる。本明細書中で引用する参考文献は、本願に対する先行技術であることを認めるものではない。
【図面の簡単な説明】
【００１４】
【図１】指定の用量のＯＣＡ（５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇ）により処置されたヒトから収集された糞便試料における、経時的なグラム陽性ラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）（左側のプロット）及びグラム陽性ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）（右側のプロット）の相対的存在量を示す箱ひげ図。
【図２】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じヒトから収集された試料における経時的な血漿Ｃ４（７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン、胆汁酸前駆体）のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図３】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じヒトから収集された試料における経時的な血漿Ｃ４のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図４】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陰性アリスティペス・シャーヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図５】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陰性オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図６】最も差次的に豊富な遺伝子を経時的に示す多次元尺度法（ＭＤＳ）のプロット（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ（偽陽性率）＜０．０１）。
【図７Ａ】最も差次的に豊富な遺伝子を経時的に示すヒートマップ（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。距離は、１−ケンドール相関によって計算された。
【図７Ｂ】トランスポザーゼのＵｎｉＲｅｆ検索の結果及びそれらの特定の細菌分類群との関連を示す表。
【図８】最も差次的に豊富なＭｅｔａＣｙｃ経路を経時的に示すＭＤＳプロット（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。
【図９】最も差次的に豊富なＭｅｔａＣｙｃ経路を経時的に示すヒートマップ（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。距離は、１−ケンドール相関によって計算された。
【図１０】最も差次的に豊富なＫＥＧＧ経路を経時的に示すＭＤＳプロット（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。
【図１１】最も差次的に豊富なＫＥＧＧ経路を経時的に示すヒートマップ（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。距離は、１−ケンドール相関によって計算された。
【図１２】ＦＧＦ１９（線維芽細胞増殖因子１９）の存在量及び５ｍｇ又は１０ｍｇのＯＣＡ用量でＦＧＦ１９と関連する上位２つの遺伝子を経時的に示す箱ひげ図。
【図１３】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図１４】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図１５】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なアリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図１６】５ｍｇ又は１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトに由来する試料におけるＦＧＦ１９レベルの変化を示すグラフ。
【図１７】５ｍｇ（上段のグラフ）又は１０ｍｇ（下段のグラフ）のＯＣＡで処置されたヒトに由来する試料におけるＦＧＦ１９レベルの変化を示すグラフ。
【図１８】指定の用量のＯＣＡ（５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇ）で処置されたヒトから収集された試料における、経時的なバクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）（左側のプロット）及びストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）（右側のプロット）の相対的存在量を示す箱ひげ図。
【図１９】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２０】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性の未分類のコプロバチルス属（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２１】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２２】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２３】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陰性Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２４】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陰性アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２５】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ルミノコッカス・ブローミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２６】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２７】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２８】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陰性バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図２９】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陽性ラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図３０】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なグラム陰性の未分類のベイロネラ属（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）の相対的存在量（左側のグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＦＧＦ１９のレベル（右側のグラフ）を示すグラフ。
【図３１】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌５＿１＿６３ＦＡＡの相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３２】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３３】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３４】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３５】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的な未分類のサブドリグラヌルム属（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３６】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３７】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３８】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なバクテロイデス目（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ）細菌ｐｈ８の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図３９】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４０】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なバクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４１】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４２】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なパラプレボテーラ・クララ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｌａｒａ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４３】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なクロストリジウム・スパイロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４４】１０ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的な未分類のパラプレボテーラ属（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４５】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なバクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４６】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４７】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４８】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図４９】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なユウバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図５０】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的な未分類のアナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図５１】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌８＿１＿５７ＦＡＡの相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図５２】５ｍｇのＯＣＡで処置されたヒトから収集された試料における経時的なコプロコッカス属（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ）ＡＲＴ５５−１の相対的存在量（左側の２つのグラフ）、及び同じ対象から収集された試料における経時的なＣ４のレベル（右側の２つのグラフ）を示すグラフ。
【図５３Ａ】図５３Ａ−５３Ｄ：対照（胆汁酸処置なし）、異なる濃度のＧＣＤＣＡ（図５３Ａ）、ＧＣＡ（図５３Ｂ）、ＴＣＡ（図５３Ｃ）、及びＯＣＡ（図５３Ｄ）による処置と比較して、指定の株の増殖における減少のパーセンテージを示すヒートマップ。破線の枠内の株はグラム陽性であり、破線の枠外の株はグラム陰性である。推定される内因性の胆汁酸の生理的に適切な小腸管腔濃度を「＊」で標識し、マウスにおける推定されるＯＣＡの生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／ｋｇ／日）を「＃」で標識し、且つヒトにおける推定される生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／日）を「＄」で標識する。
【図５３Ｂ】図５３Ａ−５３Ｄ：対照（胆汁酸処置なし）、異なる濃度のＧＣＤＣＡ（図５３Ａ）、ＧＣＡ（図５３Ｂ）、ＴＣＡ（図５３Ｃ）、及びＯＣＡ（図５３Ｄ）による処置と比較して、指定の株の増殖における減少のパーセンテージを示すヒートマップ。破線の枠内の株はグラム陽性であり、破線の枠外の株はグラム陰性である。推定される内因性の胆汁酸の生理的に適切な小腸管腔濃度を「＊」で標識し、マウスにおける推定されるＯＣＡの生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／ｋｇ／日）を「＃」で標識し、且つヒトにおける推定される生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／日）を「＄」で標識する。
【図５３Ｃ】図５３Ａ−５３Ｄ：対照（胆汁酸処置なし）、異なる濃度のＧＣＤＣＡ（図５３Ａ）、ＧＣＡ（図５３Ｂ）、ＴＣＡ（図５３Ｃ）、及びＯＣＡ（図５３Ｄ）による処置と比較して、指定の株の増殖における減少のパーセンテージを示すヒートマップ。破線の枠内の株はグラム陽性であり、破線の枠外の株はグラム陰性である。推定される内因性の胆汁酸の生理的に適切な小腸管腔濃度を「＊」で標識し、マウスにおける推定されるＯＣＡの生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／ｋｇ／日）を「＃」で標識し、且つヒトにおける推定される生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／日）を「＄」で標識する。
【図５３Ｄ】図５３Ａ−５３Ｄ：対照（胆汁酸処置なし）、異なる濃度のＧＣＤＣＡ（図５３Ａ）、ＧＣＡ（図５３Ｂ）、ＴＣＡ（図５３Ｃ）、及びＯＣＡ（図５３Ｄ）による処置と比較して、指定の株の増殖における減少のパーセンテージを示すヒートマップ。破線の枠内の株はグラム陽性であり、破線の枠外の株はグラム陰性である。推定される内因性の胆汁酸の生理的に適切な小腸管腔濃度を「＊」で標識し、マウスにおける推定されるＯＣＡの生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／ｋｇ／日）を「＃」で標識し、且つヒトにおける推定される生理的に適切な小腸管腔濃度（１０ｍｇ／日）を「＄」で標識する。
【図５４】対照（メチルセルロース）若しくはＯＣＡ（１０ｍｇ／ｋｇ／日）で１４日間処置した後、さらに１４日間処置しなかったマウスから収集した試料における、近位小腸、遠位小腸、又は糞便中のタウロコール酸及びタウロデオキシコール酸の濃度を示す棒グラフ。両側スチューデントのｔ検定に基づく統計的に有意な差は、ｐ＜０．０５（＊）及びｐ＜０．０１（＊＊）と記述される。
【図５５Ａ−５５Ｄ】線形プロット及び箱ひげ図：（図５５Ａ、図５５Ｃ）血漿Ｃ４レベル及び（図５５Ｂ、図５５Ｄ）１０ｍｇのＯＣＡ群におけるＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）の相対的存在量。
【図５６Ａ−５６Ｅ】ＯＣＡ投与と関連する糞便のマイクロバイオームのゲノム特性。図５６Ａは、試験の日数に基づくＯＣＡ投与に対応する時間依存的効果を伴う７８２個の遺伝子に由来するケンドールランク相関係数に基づく試料の多次元尺度法（ＭＤＳ）プロット（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）を示す。図５６Ｂは、細菌の分類学による７８２個の遺伝子の分布を示す。図５６Ｃは、選択されたトランスポサーゼ（Ｖ８ＬＹＵ６、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）由来）の経時的な存在量を示す。図５６Ｄは、３種のＯＣＡ用量の各々に対応する有意な時間依存性を有する試料において同定された合計３９４個のトランスポサーゼのうちの３２個のトランスポサーゼの平均存在量を示す。図５６Ｅは、トランスポサーゼ及び血漿Ｃ４についてのＲＯＣ曲線を示す。
【図５７Ａ】図５７Ａ−５７Ｃ：ＯＣＡ投与に関連する細菌の代謝経路。図５７Ａは、細菌の分類群によって分類される、ＯＣＡ投与に有意に関連した（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）１３５の代謝経路を示す。図５７Ｂは、ＯＣＡ投与と有意な関連を示す１３５の代謝経路に由来するケンドールランク相関係数に基づく試料のＭＤＳプロットを示す。図５７Ｃは、時間及び用量によって分類された３つの主要な細菌種において有意に変化した代謝経路のヒートマップを示す。
【図５７Ｂ】図５７Ａ−５７Ｃ：ＯＣＡ投与に関連する細菌の代謝経路。図５７Ａは、細菌の分類群によって分類される、ＯＣＡ投与に有意に関連した（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）１３５の代謝経路を示す。図５７Ｂは、ＯＣＡ投与と有意な関連を示す１３５の代謝経路に由来するケンドールランク相関係数に基づく試料のＭＤＳプロットを示す。図５７Ｃは、時間及び用量によって分類された３つの主要な細菌種において有意に変化した代謝経路のヒートマップを示す。
【図５７Ｃ−１】図５７Ａ−５７Ｃ：ＯＣＡ投与に関連する細菌の代謝経路。図５７Ａは、細菌の分類群によって分類される、ＯＣＡ投与に有意に関連した（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）１３５の代謝経路を示す。図５７Ｂは、ＯＣＡ投与と有意な関連を示す１３５の代謝経路に由来するケンドールランク相関係数に基づく試料のＭＤＳプロットを示す。図５７Ｃは、時間及び用量によって分類された３つの主要な細菌種において有意に変化した代謝経路のヒートマップを示す。
【図５７Ｃ−２】図５７Ａ−５７Ｃ：ＯＣＡ投与に関連する細菌の代謝経路。図５７Ａは、細菌の分類群によって分類される、ＯＣＡ投与に有意に関連した（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）１３５の代謝経路を示す。図５７Ｂは、ＯＣＡ投与と有意な関連を示す１３５の代謝経路に由来するケンドールランク相関係数に基づく試料のＭＤＳプロットを示す。図５７Ｃは、時間及び用量によって分類された３つの主要な細菌種において有意に変化した代謝経路のヒートマップを示す。
【図５７Ｃ−３】図５７Ａ−５７Ｃ：ＯＣＡ投与に関連する細菌の代謝経路。図５７Ａは、細菌の分類群によって分類される、ＯＣＡ投与に有意に関連した（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）１３５の代謝経路を示す。図５７Ｂは、ＯＣＡ投与と有意な関連を示す１３５の代謝経路に由来するケンドールランク相関係数に基づく試料のＭＤＳプロットを示す。図５７Ｃは、時間及び用量によって分類された３つの主要な細菌種において有意に変化した代謝経路のヒートマップを示す。
【図５８Ａ】図５８Ａ−５８Ｂ：２つの内因性胆汁酸及びＯＣＡによる処置に対応する選択されたグラム陽性細菌種の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）。図５８Ａは、好気条件及び嫌気条件の両方において、ヒト小腸において見出される２種の支配的なコンジュゲートされた一次胆汁酸であるグリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ）及びグリココール酸（ＧＣＡ）による処置に対応する、ＯＣＡの使用に最も強く関連する選択されたグラム陽性細菌種のＭＩＣを示す。各測定当たりＮ＝３。図５８Ｂは、ＯＣＡによる処置に対応する同じ細菌分類群のＭＩＣを示す。各測定当たりＮ＝３。
【図５８Ｂ】図５８Ａ−５８Ｂ：２つの内因性胆汁酸及びＯＣＡによる処置に対応する選択されたグラム陽性細菌種の最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）。図５８Ａは、好気条件及び嫌気条件の両方において、ヒト小腸において見出される２種の支配的なコンジュゲートされた一次胆汁酸であるグリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ）及びグリココール酸（ＧＣＡ）による処置に対応する、ＯＣＡの使用に最も強く関連する選択されたグラム陽性細菌種のＭＩＣを示す。各測定当たりＮ＝３。図５８Ｂは、ＯＣＡによる処置に対応する同じ細菌分類群のＭＩＣを示す。各測定当たりＮ＝３。
【図５９Ａ−５９Ｅ】マウス小腸及び糞便における管腔の胆汁酸濃度に対するＯＣＡ投与の効果。図５９Ａ−５９Ｃは、水（対照、Ｎ＝５）、０．５％メチルセルロース（ＭＣ、Ｎ＝１０）、又は１０ｍｇ／ｋｇオベチコール酸を含む０．５％メチルセルロース（ＯＣＡ、Ｎ＝１０）のいずれかによる１４日間の経管栄養後の、近位小腸内腔（図５９Ａ）；遠位小腸内腔（図５９Ｂ）；及びマウスの糞便（図５９Ｃ）における胆汁酸の総量（内因性胆汁酸及びＯＣＡ）、内因性胆汁酸の総量、一次胆汁酸の総量、及び二次胆汁酸の総量を示す。平均＋ＳＥ、＊ｐ＜０．０５、＊＊ｐ＜０．０１、＊＊＊ｐ＜０．００１。図５９Ｄ−５９Ｅは、近位小腸（図５９Ｄ）及び遠位小腸（図５９Ｅ）における管腔の胆汁酸濃度のヒートマップを示す。
【図６０】１６Ｓタグシークエンシングに基づくマウスの近位及び遠位の小腸、並びに糞便の細菌叢の組成に対するＯＣＡの効果。
【図６１Ａ−６１Ｃ】未処置（１日目及び３７日目）に対するＯＣＡ処置（１６日目）を判別するための細菌種の相対的存在量の判別力であって、各種の判別力は、ロジスティック回帰モデルによって評価された。図６１Ａは、３種のＯＣＡ用量のＲＯＣ分析に基づく最も高いＡＵＣ値を有する３つの種を示す。図６１Ｂは、最も高いＡＵＣ値を有する３つの種のうちのいずれか２種の組み合わせを用いるＲＯＣ分析に基づくＡＵＣ値を示す。図６１Ｃは、ロジスティック回帰分析に基づく１日目と１６日目及び３７日目と１６日目についての別々のＲＯＣ分析に基づくＡＵＣ値を示す。
【図６２Ａ−６２Ｂ】オベチコール酸（ＯＣＡ）の薬物動態を評価するための非盲検、無作為抽出の単回投与及び反復投与試験の計画。図６２Ａは試験の計画を示し、３つの群は、５、１０、又は２５ｍｇ／日のＯＣＡを受容した（各群に無作為化された、８名の健常ヒト対照、４名の男性及び４名の女性）。図６２Ｂは、１０ｍｇのＯＣＡ群における経時的な血漿Ｃ４レベルを示す。
【図６３】２つの対照に対するＯＣＡによる処置に対応するマウスの遠位小腸における差次的に豊富な分類群の箱ひげ図。Ｓ２４−７、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、及びツリバクター（Ｔｕｒｉｂａｃｔｅｒ）は、ＭＣ及びＯＣＡ群間で差次的に豊富であり（それぞれ、ｆｄｒ＝０．１７５９、０．０４５０３、及び０．２３３２）；ステレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）及びアッカーマンシア（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）は、対照及びＯＣＡ群間で差次的に豊富である（両者に関して、ｆｄｒ＝０．３１９９）。
【図６４Ａ−６４Ｆ】ＯＣＡ処置を予測するための血漿Ｃ４レベルの能力。図６４Ａ−６４Ｆは、２つのＯＣＡ用量群（図６４Ａ及び図６４Ｂ）、５ｍｇのＯＣＡ群（図６４Ｃ及び図６４Ｄ）、並びに１０ｍｇのＯＣＡ群（図６４Ｅ及び図６４Ｆ）に対する血漿Ｃ４レベルのＲＯＣ分析の結果を示す。
【発明を実施するための形態】
【００１５】
ヒト腸内マイクロバイオーム（微生物、それらのゲノム、及びそれらの環境）並びに細菌叢（微生物のみ）は、ヒトの腸に生育する微生物集団を説明する。腸内細菌叢は、３００万個を超える遺伝子を有する少なくとも１０００種の異なる種の既知の細菌を含む、数十兆の微生物（例えば、細菌、ウイルス、真菌、及び古細菌）を含有する。腸内マイクロバイオームは、身体が植物及び動物に由来する食事性のグリカンを消化するのを助けるグリカンの生分解、健康な腸上皮細胞のための栄養分として機能する短鎖脂肪酸の産生、ビタミン（Ｂ及びＫ）並びに必須アミノ酸の産生、侵入している病原性微生物の定着及び異常増殖を阻害する定着抵抗性、並びに免疫系の調節を含む重要な生理的機能を果たす。
【００１６】
腸内細菌叢の組成は、生涯の初期において確立され、出産の周産期の状態、摂食状態、食事、遺伝的性質、細菌の定着に影響を及ぼす腸のムチングリコシル化、及び環境を含む多くの要因によって影響される。一旦確立されると、門レベルでの細菌叢は、成人期を通してかなり安定したままであり、食事、感染、抗生物質及び他の薬物療法、外科手術又は他の生活様式の変化により変化する。成人期において認識される２つの支配的な細菌門は、フィルミクテス門（Ｆｒｉｍｉｃｕｔｅｓ）及びバクテロイデス門（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ）であるが、それらの相対的な比率は、個体において変動する。各個体内の多様性は、細菌種のレベルであり、環境要因及び宿主の遺伝的性質に影響される。加えて、様々な微小環境が腸内に存在する。管腔の細菌叢を代表する糞便試料において検出される細菌叢は、粘膜表面に関連する微生物集団とは異なる。健康な細菌叢からの変化（ディスバイオシス）は、疾患状態と関連し得る。加えて、成人が加齢し、病気になるとき、又は施設における研修期間の間、そららのマイクロバイオームは変化する可能性があり、且つ多様性が低下することがある。
【００１７】
多くの研究が、腸内細菌叢に対するプレバイオティクス及びプロバイオティクスの有益な効果を実証している。有益な細菌のための「食物」として機能するとき、プレバイオティクスは、細菌叢の機能を向上させることを助ける一方で、一部の「優良な」細菌の増殖及び活性を可能にする。ヨーグルトなどの一部の発酵製品に存在するプロバイオティクスは、腸内細菌叢がそのバランス、完全性及び多様性を維持することを助ける。プロバイオティクスは、投与される場合、宿主に健康上の利益を付与する生きている微生物である。大部分は、レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｏｃｉ）、乳酸菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ）、大腸菌（Ｅｓｈｅｒｉｃｈｉａ）、及びビフィズス菌（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ）などのいくつかの属に属する通性嫌気性菌である。大部分は、場合によりわずかな健康上の利益を有し、というのもそれらが、糞便試料の分析に基づけば、腸管内での強固な生態的地位を確立できないためである。しかしながら、これらの同じ属の多くが、マウス及びヒトの小腸内での優勢な細菌分類群であると説明されてきたため、それらは小腸においてより高い比率の存在量で存在し得ることが可能である。比率の存在量はこれらの生物について高い場合があるが、絶対的存在量は非常に少なく、小腸においては結腸よりも少なくとも６対数は少ない可能性がある。都合の悪いことに、ヒト小腸細菌叢の組成、生物体量、及び動態については非常に限られた情報しか特徴付けされていない。小腸細菌叢が、特にバリア機能の破壊を伴う疾患の病因に非常に重要である可能性があるという証拠が増加している。
【００１８】
腸内細菌叢と胆汁酸の間には両方向性の相互作用がある：胆汁酸は静菌的な効果を有することができ、腸内細菌叢は一次胆汁酸を二次胆汁酸へと改変することができる。胆汁酸は、腸微生物に対する直接的な抗菌効果、及びＦＸＲから誘導される抗菌ペプチドを介する間接的な効果の両方を有することが示されている。例えば、抗菌剤としてのデオキシコール酸（ＤＣＡ）の効力は、その疎水性及び細菌の膜に対する界面活性特性のために、コール酸（ＣＡ）よりも一桁高い。実際に、腸内マイクロバイオームにおける複雑で著しい変化が、ラットに胆汁酸を与える場合に観察される。
【００１９】
オベチコール酸（ＯＣＡ）は、改変された胆汁酸であり、且つ内因性ＦＸＲアゴニストのＣＤＣＡよりも１００倍効力のあるファルネソイドＸ受容体（ＦＸＲ）アゴニストであり、胆汁酸合成の抑制を含むそのＦＸＲ介在性の効果のために、胆汁うっ滞性肝疾患、ＮＡＦＬＤ、及びＮＡＳＨなどのＦＸＲ介在性疾患又は病態のための魅力的な新規の治療薬になっている。
【００２０】
胆汁酸合成の抑制は又、７α−ヒドロキシ−４−コレステン−３−オン（Ｃ４）の血漿レベルにおける減少によって定量化することができる。胆汁酸吸収に応答して回腸において合成される線維芽細胞増殖因子１９（ＦＧＦ１９）は、門脈静脈循環に入り、肝臓における新たな胆汁酸合成を阻害し、それにより負のフィードバックをもたらす。
【００２１】
本願は、式Ｉ：
【化２】
2020509001.tif 000004
の化合物、又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、
Ｒ１は、非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｒ２は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ３は、Ｈ又はヒドロキシルであり；
Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、及びＲ７はそれぞれに独立してＨ又はヒドロキシルであり；
Ｒ８は、Ｈ又は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり；
Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈ、又はＯＳＯ３Ｈであり；
ｍは１、２又は３であり；且つ
ｎは、１、２又は３である）
及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種、並びに薬学的に許容される担体を含む医薬組成物に関する。
【００２２】
一実施形態では、Ｒ１は、メチル、エチル、プロピル（例えば、ｎ−プロピル又はｉ−プロピル）、ブチル（例えば、ｉ−ブチル、ｓ−ブチル、又はｔ−ブチル）、ペンチル、又はヘキシルである。一実施形態では、Ｒ１は、メチル、エチル、又はプロピル（例えば、ｎ−プロピル又はｉ−プロピル）である。一実施形態では、Ｒ１は、メチル又はエチルである。一実施形態では、Ｒ１は、エチルである。
【００２３】
一実施形態では、Ｒ２はＨである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルである。
【００２４】
一実施形態では、Ｒ３はＨである。一実施形態では、Ｒ３はヒドロキシルである。
【００２５】
一実施形態では、Ｒ４はＨであり、且つＲ５はヒドロキシルである。一実施形態では、Ｒ４はヒドロキシルであり、且つＲ５はＨである。一実施形態では、Ｒ４及びＲ５は、それぞれＨである。
【００２６】
一実施形態では、Ｒ６はＨであり、且つＲ７はヒドロキシルである。一実施形態では、Ｒ６はヒドロキシルであり、且つＲ７はＨである。一実施形態では、Ｒ６及びＲ７は、それぞれＨである。
【００２７】
一実施形態では、Ｒ８はＨである。一実施形態では、Ｒ８は、メチル、エチル、プロピル（例えば、ｎ−プロピル又はｉ−プロピル）、ブチル（例えば、ｉ−ブチル、ｓ−ブチル、又はｔ−ブチル）、ペンチル、又はヘキシルである。一実施形態では、Ｒ８は、メチル、エチル、又はプロピル（例えば、ｎ−プロピル又はｉ−プロピル）である。一実施形態では、Ｒ８は、メチル又はエチルである。一実施形態では、Ｒ８はメチルである。
【００２８】
一実施形態では、Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、又はＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈである。一実施形態では、Ｘは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ＳＯ３Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ＣＯ２Ｈ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）２ＳＯ３Ｈ、又はＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）２ＣＯ２Ｈである。一実施形態では、ＸはＣ（Ｏ）ＯＨである。一実施形態では、ＸはＯＳＯ３Ｈである。
【００２９】
一実施形態では、ｍは１である。一実施形態では、ｍは２である。一実施形態では、ｍは３である。
【００３０】
一実施形態では、ｎは１である。一実施形態では、ｎは２である。一実施形態では、ｎは３である。
【００３１】
一実施形態では、式Ｉの化合物は、式Ｉａ：
【化３】
2020509001.tif 000005
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ８、Ｘ、ｍ、及びｎは、それぞれ式Ｉにおいて上記で定義されるとおりである）である。
【００３２】
一実施形態では、式Ｉの化合物は、式Ｉｂ−１又はＩｂ−２：
【化４】
2020509001.tif 000006
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、Ｒ３、Ｒ８、Ｘ、ｍ、及びｎは、それぞれ式Ｉにおいて上記で定義されるとおりである）である。
【００３３】
一実施形態では、式Ｉの化合物は、式Ｉｃ：
【化５】
2020509001.tif 000007
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体（式中、Ｒ２、Ｘ、ｍ、及びｎは、それぞれ式Ｉにおいて上記で定義されるとおりである）である。
【００３４】
本明細書で記載される式のいずれか１つにおいて、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｘ、ｍ、及びｎのいずれかについての上記の置換のいずれかは、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ４、Ｒ５、Ｒ６、Ｒ７、Ｒ８、Ｘ、ｍ、及びｎの残部についての上記の置換のいずれかと組み合わされ得る。
【００３５】
一実施形態では、Ｒ２はＨであり、且つＲ３はＨである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、且つＲ１は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１は、非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、且つＲ８はＨである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、且つＲ１はメチル又はエチルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、且つＲ８はＨである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はＨであり、且つＸは、Ｃ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、又はＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はＨであり、且つＸはＣ（Ｏ）ＯＨである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はＨであり、且つＸはＯＳＯ３Ｈである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、式Ｉｂ−２の化合物であり、且つＸは、本段落において本明細書で定義されるとおりである。
【００３６】
一実施形態では、Ｒ２はＨであり、且つＲ３はヒドロキシルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、且つＲ１は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、Ｒ１は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、且つＲ８は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、且つＲ１はメチル又はエチルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、且つＲ８は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、Ｒ１は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、且つＲ８はメチルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、且つＲ８はメチルである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はメチルであり、且つＸはＣ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、又はＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈである。一実施形態では、Ｒ２はＨであり、Ｒ３はヒドロキシルであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はメチルであり、且つＸはＣ（Ｏ）ＯＨである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、式Ｉｂ−１の化合物であり、且つＲ３、Ｒ８、及びＸは、本段落において本明細書で定義されるとおりである。
【００３７】
一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、且つＲ３はＨである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、Ｒ３はＨであり、且つＲ１は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１は非置換Ｃ１〜Ｃ６アルキルであり、且つＲ８はＨである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、Ｒ３はＨであり、且つＲ１はメチル又はエチルである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、且つＲ８はＨである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はＨであり、且つＸはＣ（Ｏ）ＯＨ、Ｃ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｍＳＯ３Ｈ、又はＣ（Ｏ）ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣＯ２Ｈである。一実施形態では、Ｒ２はヒドロキシルであり、Ｒ３はＨであり、Ｒ１はメチル又はエチルであり、Ｒ８はＨであり、且つＸはＣ（Ｏ）ＯＨである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、式Ｉｃの化合物であり、且つＲ２及びＸは、本段落において本明細書で定義されるとおりである。
【００３８】
一実施形態では、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ８、及びＸは、先行する段落において適宜定義され且つ組み合わされ、且つＲ１はエチルである。
【００３９】
一実施形態では、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｒ８、及びＸは、先行する段落において適宜定義され且つ組み合わされ、且つＲ４はヒドロキシルであり、Ｒ５はＨであり、Ｒ６はヒドロキシルであり、且つＲ７はＨである。
【００４０】
一実施形態では、本願の化合物は：
【化６】
2020509001.tif 000008
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である。
【００４１】
一実施形態では、本願の化合物は：
【化７】
2020509001.tif 000009
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である。
【００４２】
一実施形態では、本願の化合物は：
【化８】
2020509001.tif 000010
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である。
【００４３】
一実施形態では、本願の化合物は：
【化９】
2020509001.tif 000011
又はその薬学的に許容される塩若しくはアミノ酸抱合体である。
【００４４】
一実施形態では、本願の化合物は薬学的許容される塩である。一実施形態では、薬学的に許容される塩はナトリウム塩（例えば、ＯＳＯ３−Ｎａ＋）である。一実施形態では、薬学的に許容される塩はトリエチルアミン塩（例えば、ＸはＯＳＯ３−ＮＨＥｔ３＋）である。
【００４５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アクチノミセス科（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、ボゴリエラ科（Ｂｏｇｏｒｉｅｌｌａｃｅａｅ）、ブレビバクテリウム科（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、セルロモナス科（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、アコレプラズマ科（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、アシドチオバシラス科（Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、アルカニヴォラックス科（Ａｌｃａｎｉｖｏｒａｃａｃｅａｅ）、アルテロモナス科（Ａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラッタバクテリウム科（Ｂｌａｔｔａｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、カルジオバクテリウム科（Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、クラミジア科（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｃｅａｅ）、クロマチウム科（Ｃｈｒｏｍａｔｉａｃｅａｅ）、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）ファミリーＸＩＩＩ．（所属不明）、シクロバクテリウム科（Ｃｙｃｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デハロコッコイデス科（Ｄｅｈａｌｏｃｏｃｃｏｉｄａｃｅａｅ）、デスルフォバクター科（Ｄｅｓｕｌｆｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、デスルフォバルブス科（Ｄｅｓｕｌｆｏｂｕｌｂａｃｅａｅ）、エクトチオロドスピラ科（Ｅｃｔｏｔｈｉｏｒｈｏｄｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、エルシミクロビウム科（Ｅｌｕｓｉｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、エントモプラズマ科（Ｅｎｔｏｍｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、エリスロバクター科（Ｅｒｙｔｈｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ガリオネラ科（Ｇａｌｌｉｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、ハロアナエロビウム科（Ｈａｌａｎａｅｒｏｂｉａｃｅａｅ）、ヨネシア科（Ｊｏｎｅｓｉａｃｅａｅ）、コフレリア科（Ｋｏｆｌｅｒｉａｃｅａｅ）、レプトスピラ科（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、メタノバクテリウム科（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、メチロコッカス科（Ｍｅｔｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、メチロフィルス科（Ｍｅｔｈｙｌｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、ミクソコッカス科（Ｍｙｘｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ニトロソモナス科（Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ニトロスピラ科（Ｎｉｔｒｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、オセアノスピリルム科（Ｏｃｅａｎｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、オシロスピラ科（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ピスキリケッチア科（Ｐｉｓｃｉｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリア科（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、シュードアルテロモナス科（Ｐｓｅｕｄｏａｌｔｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プニセイコッカス科（Ｐｕｎｉｃｅｉｃｏｃｃａｃｅａｅ）、リケッチア科（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｃｅａｅ）、ルブロバクター科（Ｒｕｂｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、シェワネラ科（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａｃｅａｅ）、スピロヘータ科（Ｓｐｉｒｏｃｈａｅｔａｃｅａｅ）、スピロプラズマ科（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、ステレラセアエ科（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、シントロフォモナス科（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、テルムス科（Ｔｈｅｒｍａｃｅａｅ）、コリネバクテリア科（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デルマバクター科（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ディエジア科（Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ）、ゲオデルマトフィラス科（Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、ゴルドニア科（Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ）、イントラスポランギウム科（Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ）、ミクロバクテリウム科（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ミクロモノスポラ科（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）、マイコバクテリア科（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ノカルジア科（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、プロミクロモノスポラ科（Ｐｒｏｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリウム亜目（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）、ストレプトマイセス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、マイクロコッカス亜目（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉｎｅａｅ）、ビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカス科（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ハロバクテロイデス科（Ｈａｌｏｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、アリシクロバシラス科（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、バチルス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、バチルス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）（所属不明）ＸＩ、リステリア科（Ｌｉｓｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パエニバシラス科（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、プラノコッカス科（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スタフィロコッカス科（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、アエロコッカス科（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、カルノバクテリウム科（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ファミリーＸＩＩＩ（所属不明）、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ファミリーＸＩ（所属不明）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ユウバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩ、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩ、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩＩ、アキダミノコッカス科（Ａｃｉｄｉａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、リケネーラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、サイトファーガ科（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、フラボバクテリウム科（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キチノファガ科（Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、スフィンゴバクテリウム科（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、レプトトリキア科（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ヴィクチヴァリス科（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌａｃｅａｅ）、プランクトミケス科（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、カウロバクター科（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アウランチモナス科（Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラジリゾビウム科（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、ブルセラ科（Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ）、ヒフォミクロビウム科（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、メチロバクテリウム科（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フィロバクテリア科（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビウム科（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、キサントバクター科（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクター科（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アセトバクター科（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドスピリラム科（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、スフィンゴモナス科（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）、バークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）、コマモナス科（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、オキサロバクター科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ステレラ科（Ｓｕｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、ナイセリア科（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ロドシクルス科（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、カンピロバクター科（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ヘリコバクター科（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アエロモナス科（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、サクシニビブリオ科（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パスツレラ科（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、モラクセラ科（Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ）、シュードモナス科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ビブリオ科（Ｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、シノバクター科（Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、キサントモナス科（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラキスピラ科（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａｃｅａｅ）、シネルギステス科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）、マイコプラズマ科（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、及びウェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）から選択されるファミリーにおけるメンバーである。
【００４６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種がグラム陽性である。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アクチノミセス科（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、ボゴリエラ科（Ｂｏｇｏｒｉｅｌｌａｃｅａｅ）、ブレビバクテリウム科（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、セルロモナス科（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、コリネバクテリア科（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デルマバクター科（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ディエジア科（Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ）、ゲオデルマトフィラス科（Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）、ゴルドニア科（Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ）、イントラスポランギウム科（Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ）、ミクロバクテリウム科（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ミクロモノスポラ科（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）、マイコバクテリア科（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ノカルジア科（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、プロミクロモノスポラ科（Ｐｒｏｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）、プロピオニバクテリウム亜目（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）、ストレプトマイセス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、マイクロコッカス亜目（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉｎｅａｅ）、ビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、コリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカス科（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ハロバクテロイデス科（Ｈａｌｏｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、アリシクロバシラス科（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、バチルス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、バチルス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）（所属不明）ＸＩ、リステリア科（Ｌｉｓｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パエニバシラス科（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、プラノコッカス科（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、スタフィロコッカス科（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、アエロコッカス科（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、カルノバクテリウム科（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ファミリーＸＩＩＩ（所属不明）、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ファミリーＸＩ（所属不明）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ユウバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩ、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩ、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩＩ、アシダミノコッカス科（Ａｃｉｄｉａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、及びベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）から選択されるファミリーにおけるメンバーである。
【００４７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種がグラム陰性である。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、リケネーラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、サイトファーガ科（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、フラボバクテリウム科（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キチノファガ科（Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ）、スフィンゴバクテリウム科（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、レプトトリキア科（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ヴィクチヴァリス科（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌａｃｅａｅ）、プランクトミケス科（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）、カウロバクター科（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アウランチモナス科（Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラジリゾビウム科（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、ブルセラ科（Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ）、ヒフォミクロビウム科（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）、メチロバクテリウム科（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フィロバクテリア科（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビウム科（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、キサントバクター科（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクター科（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アセトバクター科（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドスピリラム科（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）、スフィンゴモナス科（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）、バークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）、コマモナス科（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、オキサロバクター科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ステレラ科（Ｓｕｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、ナイセリア科（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）ロドシクルス科（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、カンピロバクター科（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ヘリコバクター科（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アエロモナス科（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、サクシニビブリオ科（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パスツレラ科（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）、モラクセラ科（Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ）、シュードモナス科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ビブリオ科（Ｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）、シノバクター科（Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、キサントモナス科（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ブラキスピラ科（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａｃｅａｅ）、シネルギステス科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）、マイコプラズマ科（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）、及びウェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）から選択されるファミリーにおけるメンバーである。
【００４８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アクチノミセス科（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アクチノマイセス・カニス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｃａｎｉｓ）、アクチノマイセス・カーディフェンシス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｄｉｆｆｅｎｓｉｓ）、アクチノマイセス・ゲオルギアエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｏｒｇｉａｅ）、アクチノマイセス・グラエベニッツィイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｅｖｅｎｉｔｚｉｉ）、アクチノマイセス・グロッセンシス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｏｓｓｅｎｓｉｓ）、アクチノミセス・ネスルンディ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｎａｅｓｌｕｎｄｉｉ）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アクチノマイセス・オリス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｒｉｓ）、アクチノマイセス・ラディンガエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｒａｄｉｎｇａｅ）、アクチノマイセス・ツリセンシス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｔｕｒｉｃｅｎｓｉｓ）、アクチノマイセス・ビスコーサス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｓｃｏｓｕｓ）、アクチノマイセス・ウロゲニタリス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｕｒｏｇｅｎｉｔａｌｉｓ）、アルカノバクテリウム・ヘモリティクム（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、アルカノバクテリウム・ピオゲネス（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、モビルンカス・クルティシイ（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ）、バリバキュラム・カンブリエンス（Ｖａｒｉｂａｃｕｌｕｍ  ｃａｍｂｒｉｅｎｓｅ）、及びトゥルエペレラ・ベルナルディアエ（Ｔｒｕｅｐｅｒｅｌｌａ  ｂｅｒｎａｒｄｉａｅ）。
【００４９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ボゴリエラ科（Ｂｏｇｏｒｉｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ジョーゲニア・ムラリス（Ｇｅｏｒｇｅｎｉａ  ｍｕｒａｌｉｓ）であり得る。
【００５０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ブレビバクテリウム科（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ブレビバクテリウム・カセイ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｓｅｉ）、ブレビバクテリウム・エビデルミディス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、ブレビバクテリウム・ハロトレランス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、ブレビバクテリウム・イオディナム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｏｄｉｎｕｍ）、ブレビバクテリウム・リネンス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｎｅｎｓ）、ブレビバクテリウム・マスシリエンス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｅ）、ブレビバクテリウム・ピティオカンパエ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｉｔｙｏｃａｍｐａｅ）、ブレビバクテリウム・レベンスパージェンス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｖｅｎｓｐｕｒｇｅｎｓｅ）、及びブレビバクテリウム・セネガレンス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｅ）。
【００５１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、セルロモナス科（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：セルロモナス・コンポスチ（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｓ  ｃｏｍｐｏｓｔｉ）、セルロモナス・デンヴェレンシス（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｓ  ｄｅｎｖｅｒｅｎｓｉｓ）、セルロモナス・マスシリエンシス（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、及びセルロモナス・パラホミニス（Ｃｅｌｌｕｌｏｍｏｎａｓ  ｐａｒａｈｏｍｉｎｉｓ）。
【００５２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、コリネバクテリア科（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：コリネバクテリウム・アンモニアゲネス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｍｍｏｎｉａｇｅｎｅｓ）、コリネバクテリウム・アフェルメンタンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、コリネバクテリウム・アミコラツム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ）、コリネバクテリウム・アペンディシス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｐｐｅｎｄｉｃｉｓ）、コリネバクテリウム・アウリムコスム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ）、コリネバクテリウム・コイレアエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｙｌｅａｅ）、コリネバクテリウム・デュルム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｕｒｕｍ）、コリネバクテリウム・フレネイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｎｅｙｉ）、コリネバクテリウム・グラウカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌａｕｃｕｍ）、コリネバクテリウム・グルクロノリチカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｕｃｕｒｏｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋｒｏｐｐｅｎｓｔｅｄｔｉｉ）、コリネバクテリウム・ミヌティシマム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｉｓｓｉｍｕｍ）、コリネバクテリウム・ムシファシエンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、コリネバクテリウム・プロピンクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ）、コリネバクテリウム・シュードジフテリカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・サングイニス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、コリネバクテリウム・シミュランス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｍｕｌａｎｓ）、コリネバクテリウム・ストリアツム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｔｒｉａｔｕｍ）、コリネバクテリウム・スンドスバレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｎｄｓｖａｌｌｅｎｓｅ）、コリネバクテリウム・ツベルクロステアリカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・アルセランス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ）、コリネバクテリウム・ウレイセレリボランス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｒｅｉｃｅｌｅｒｉｖｏｒａｎｓ）、及びコリネバクテリウム・ゼローシス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｅｒｏｓｉｓ）。
【００５３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、デルマバクター科（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ラキバクテリウム・パラコングロメラツム（Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｃｏｎｇｌｏｍｅｒａｔｕｍ）、デルマバクター・ホミニス（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、ダーマコッカス・ニシノミヤエンシス（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ  ｎｉｓｈｉｎｏｍｉｙａｅｎｓｉｓ）、キトコッカス・シュロエテリ（Ｋｙｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｈｒｏｅｔｅｒｉ）、及びキトコッカス・セデンタリウス（Ｋｙｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｅｄｅｎｔａｒｉｕｓ）。
【００５４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ディエジア科（Ｄｉｅｔｚｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ディエジア・シンナメア（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｃｉｎｎａｍｅａ）、ディエジア・マリス（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｍａｒｉｓ）、及びディエジア・ナトロノリムナエア（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｎａｔｒｏｎｏｌｉｍｎａｅａ）。
【００５５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ゲオデルマトフィラス科（Ｇｅｏｄｅｒｍａｔｏｐｈｉｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ブラストコッカス・マスシリエンシス（Ｂｌａｓｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）であり得る。
【００５６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ゴルドニア科（Ｇｏｒｄｏｎｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ゴルドニア・ルブリペルティンクタ（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｒｕｂｒｉｐｅｒｔｉｎｃｔａ）及びゴルドニア・テラエ（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｔｅｒｒａｅ）。
【００５７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、イントラスポランギウム科（Ｉｎｔｒａｓｐｏｒａｎｇｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ジャニバクター・リモーサス（Ｊａｎｉｂａｃｔｅｒ  ｌｉｍｏｓｕｓ）及びジャニバクター・テラエ（Ｊａｎｉｂａｃｔｅｒ  ｔｅｒｒａｅ）。
【００５８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ミクロバクテリウム科（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アグロコッカス・ジェジュエンシス（Ａｇｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｊｅｊｕｅｎｓｉｓ）、アグロコッカス・テレウス（Ａｇｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｅｒｒｅｕｓ）、カートバクテリウム・フラクムファシエンス（Ｃｕｒｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｌａｃｃｕｍｆａｃｉｅｎｓ）、ミクロバクテリウム・オーラム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｕｒｕｍ）、ミクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、ミクロバクテリウム・フォリオーラム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｏｌｉｏｒｕｍ）、ミクロバクテリウム・グビーネンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｕｂｂｅｅｎｅｎｓｅ）、ミクロバクテリウム・ハイドロカルボノキシダンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎｏｘｙｄａｎｓ）、ミクロバクテリウム・ラクチカム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｔｉｃｕｍ）、ミクロバクテリウム・ルテオーラム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｕｔｅｏｌｕｍ）、ミクロバクテリウム・オレイボランス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｌｅｉｖｏｒａｎｓ）、ミクロバクテリウム・パラオキシダンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｏｘｙｄａｎｓ）、ミクロバクテリウム・ファイロスファエラエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈｙｌｌｏｓｐｈａｅｒａｅ）、ミクロバクテリウム・シュライフェリ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ）、シュードクラビバクター・マスシリエンス（Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｅ）、及びヨンガパーキア・アルカリフィラ（Ｙｏｎｇｈａｐａｒｋｉａ  ａｌｋａｌｉｐｈｉｌａ）。
【００５９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アルスロバクター・アルブス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｌｂｕｓ）、アルスロバクター・カステリー（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｓｔｅｌｌｉ）、アルスロバクター・オキシダンス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｏｘｙｄａｎｓ）、アルスロバクター・ポリクロモゲネス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｐｏｌｙｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ）、コクリア・ハロトレランス（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｈａｌｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、コクリア・クリスティナエ（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｋｒｉｓｔｉｎａｅ）、コクリア・マリーナ（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｍａｒｉｎａ）、コクリア・パルストリス（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）、コクリア・リゾフィラ（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ）、コクリア・ロゼア（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｏｓｅａ）、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｕｓ）、ミクロコッカス・ライラエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｌａｅ）、ロシア・アエリア（Ｒｏｔｈｉａ  ａｅｒｉａ）、ロシア・デントカリオーサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ）、及びロシア・ムシラジノーサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）。
【００６０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ミクロモノスポラ科（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ミクロモノスポラ・オーランティアカ（Ｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）であり得る。
【００６１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、マイコバクテリア科（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）、マイコバクテリウム・フロレンティナム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｌｏｒｅｎｔｉｎｕｍ）、及びマイコバクテリウム・フォルトゥイタム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｏｒｔｕｉｔｕｍ）。
【００６２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ノカルジア科（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ロドコッカス・エクイ（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ）、ロドコッカス・エリスロポリス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｌｉｓ）、及びロドコッカス・ロドクラウス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｒｈｏｄｏｃｈｒｏｕｓ）。
【００６３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、プロミクロモノスポラ科（Ｐｒｏｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：プロミクロモノスポラ・フラーバ（Ｐｒｏｍｉｃｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｆｌａｖａ）及びセルロシミクロビウム・セルランス（Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌａｎｓ）。
【００６４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、プロピオニバクテリウム亜目（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｎｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アエロミクロビウム・マスシリエンス（Ａｅｒｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｅ）、プロピオニバクテリウム・アシディプロピオニッチ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、プロピオニバクテリウム・アビダム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｄｕｍ）、プロピオニバクテリウム・フリューデンレイッヒイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・ジェンセニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、及びプロピオニバクテリウム・プロピオニカム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）。
【００６５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ストレプトマイセス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ストレプトマイセス・マスシリエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ストレプトマイセス・ミシオネンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍｉｓｉｏｎｅｎｓｉｓ）、ストレプトマイセス・サーモブルガリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｖｕｌｇａｒｉｓ）、及びストレプトマイセス・サーモビオラセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｖｉｏｌａｃｅｕｓ）。
【００６６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、マイクロコッカス亜目（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｉｎｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：トロフェリマ・ホイップレイ（Ｔｒｏｐｈｅｒｙｍａ  ｗｈｉｐｐｌｅｉ）及びティモネラ・セネガレンシス（Ｔｉｍｏｎｅｌｌａ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）。
【００６７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｇｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマーリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ボウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・コリネフォルメ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｒｙｎｅｆｏｒｍｅ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇａｌｌｉｃｕｍ）、ビフィドバクテリウム・カシワノヘンス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋａｓｈｉｗａｎｏｈｅｎｓｅ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・モンゴリエンス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｎｇｏｌｉｅｎｓｅ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ルミナンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｃａｒｄｏｖｉｉ）、ビフィドバクテリウム・スターコリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）、ビフィドバクテリウム・サーマシドフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｍ）及びスカルドビア・イノピナータ（Ｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｉｎｏｐｉｎａｔａ）。
【００６８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、コリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アサッカロバクター・セラタス（Ａｓａｃｃｈａｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｅｌａｔｕｓ）、アドレクロウチア・エクオリファシエンス（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ  ｅｑｕｏｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、アトポビウム・ミヌタム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｕｍ）、アトポビウム・パルブルム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｐａｒｖｕｌｕｍ）、アトポビウム・リマエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｒｉｍａｅ）、コリンゼラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コリンゼラ・インテスティナリス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、コリンゼラ・スターコリス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、コリンゼラ・タナカエイ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｔａｎａｋａｅｉ）、クリプトバクテリウム・カーツム（Ｃｒｙｐｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｕｒｔｕｍ）、エガセラ・レンタ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｌｅｎｔａ）、エノーマ・マスシリエンシス（Ｅｎｏｒｍａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ゴードニバクター・パメラエアエ（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ  ｐａｍｅｌａｅａｅ）、オルセネラ・プロフューザ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｐｒｏｆｕｓａ）、オルセネラ・ウリ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｕｌｉ）、パラエゲセエラ・ホンコンエンシス（Ｐａｒａｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、セネガレマッシリア・アナエロビア（Ｓｅｎｅｇａｌｅｍａｓｓｉｌｉａ  ａｎａｅｒｏｂｉａ）、スラッキア・エクオリファシエンス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｅｑｕｏｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、スラッキア・エキシグア（Ｓｌａｃｋｉａ  ｅｘｉｇｕａ）、スラッキア・イソフラボニコンバーテンス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｉｓｏｆｌａｖｏｎｉｃｏｎｖｅｒｔｅｎｓ）、及びスラッキア・ピリフォルミス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｐｉｒｉｆｏｒｍｉｓ）。
【００６９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、デイノコッカス科（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、デイノコッカス・アクアティカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｑｕａｔｉｃｕｓ）であり得る。
【００７０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ハロバクテロイデス科（Ｈａｌｏｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ハラナエロバクラム・ツニシエンス（Ｈａｌａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｔｕｎｉｓｉｅｎｓｅ）であり得る。
【００７１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アリシクロバシラス科（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、チューメバチルス・パーマネンティフリゴリス（Ｔｕｍｅｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｒｍａｎｅｎｔｉｆｒｉｇｏｒｉｓ）であり得る。
【００７２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、バチルス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：エアリバチルス・パリダス（Ａｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｌｌｉｄｕｓ）、バチルス・アルティチュジニス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｔｉｔｕｄｉｎｉｓ）、バチルス・アミロリクエファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・アルセニカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｒｓｅｎｉｃｕｓ）、バチルス・アトロファエウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｔｒｏｐｈａｅｕｓ）、バチルス・バディウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｄｉｕｓ）、バチルス・ベイジンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｅｉｊｉｎｇｅｎｓｉｓ）、バチルス・ベンゾエボランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｅｎｚｏｅｖｏｒａｎｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・サークランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、バチルス・クラウシイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｌａｕｓｉｉ）、バチルス・エンドフィティカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルス・ファーマス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｉｒｍｕｓ）、バチルス・フレクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｌｅｘｕｓ）、バチルス・フォルディイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｏｒｄｉｉ）、バチルス・ハロデュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ）、バチルス・アイドリエンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｄｒｉｅｎｓｉｓ）、バチルス・インファンティス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、バチルス・リケニフォルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・マリスフラビ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｒｉｓｆｌａｖｉ）、バチルス・マーセイロアノレクシカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｒｓｅｉｌｌｏａｎｏｒｅｘｉｃｕｓ）、バチルス・マシリオセネガレンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｏｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・モジャベンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｊａｖｅｎｓｉｓ）、バチルス・マイコイデス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、バチルス・ネアルソニイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎｅａｌｓｏｎｉｉ）、バチルス・ナイアシニ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎｉａｃｉｎｉ）、バチルス・ポリファーメンチカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、バチルス・シュードファーマス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｆｉｒｍｕｓ）、バチルス・プミルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・シュレゲリイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｃｈｌｅｇｅｌｉｉ）、バチルス・セネガレンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、バチルス・シンプレックス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｍｐｌｅｘ）、バチルス・シラリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｒａｌｉｓ）、バチルス・ソノレンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｏｎｏｒｅｎｓｉｓ）、バチルス・サブティリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・サーモアミロボランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ）、バチルス・チューリンギエンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅ��ｓｉｓ）、バチルス・チモネンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、バチルス・バリスモルティス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｌｌｉｓｍｏｒｔｉｓ）、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ゲオバチルス・ブルカニ（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｕｌｃａｎｉ）、オセアノバチルス・カエニー（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｅｎｉ）、オセアノバチルス・マスシリエンシス（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、及びバルジバチルス・プローミイ（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｒｏｏｍｉｉ）。
【００７３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、バチルス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）ファミリーＸＩ（所属不明）内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：エキシグオバクテリウム・アウランティアクム（Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｕｒａｎｔｉａｃｕｍ）、ゲメラ・ヘモリサンス（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、及びゲメラ・サングイニス（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）。
【００７４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、リステリア科（Ｌｉｓｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ブロコトリックス・サーモスファクタ（Ｂｒｏｃｈｏｔｈｒｉｘ  ｔｈｅｒｍｏｓｐｈａｃｔａ）から選択され得る。
【００７５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、パエニバシラス科（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アネウリニバチルス・アネウリニリティカス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｅｕｒｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、アネウリニバチルス・ミグラヌス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｉｇｕｌａｎｕｓ）、ブレビバチルス・アグリ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｒｉ）、ブレビバチルス・ボルステレンシス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｏｒｓｔｅｌｅｎｓｉｓ）、ブレビバチルス・ブレービス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ブレビバチルス・マスシリエンシス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アルベイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｖｅｉ）、パエニバチルス・アンチビオティコフィラ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｏｐｈｉｌａ）、パエニバチルス・バルキノネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｒｃｉｎｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・バレンゴルトジ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｒｅｎｇｏｌｔｚｉｉ）、パエニバチルス・テジョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄａｅｊｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・ダラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｕｒｕｓ）、パエニバチルス・グルカノリティカス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇｌｕｃａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、パエニバチルス・グラミニス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇｒａｍｉｎｉｓ）、パエニバチルス・イリノイセンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｌｌｉｎｏｉｓｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・ラクティス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、パエニバチルス・ロータス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｕｔｕｓ）、パエニバチルス・プロベンセンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｒｏｖｅｎｃｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・プエリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｅｒｉ）、パエニバチルス・リゾスファエラエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈｉｚｏｓｐｈａｅｒａｅ）、パエニバチルス・セネガレンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・チアミノリティカス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｉａｍｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、及びパエニバチルス・チモネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）。
【００７６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、プラノコッカス科（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：カルシア・ギブソニイ（Ｋｕｒｔｈｉａ  ｇｉｂｓｏｎｉｉ）、カルシア・マスシリエンシス（Ｋｕｒｔｈｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、カルシア・セネガレンシス（Ｋｕｒｔｈｉａ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、カルシア・チモネンシス（Ｋｕｒｔｈｉａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、リジニバチルス・フシフォルミス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｓｉｆｏｒｍｉｓ）、リジニバチルス・マスシリエンシス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、リジニバチルス・スファエリカス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、プラノコッカス・リフィエトエンシス（Ｐｌａｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｒｉｆｉｅｔｏｅｎｓｉｓ）、プラノミクロビウム・チャイネンス（Ｐｌａｎｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｃｈｉｎｅｎｓｅ）、スポロサルシナ・コレエンシス（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、ウレイバチルス・スウォネンシス（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｗｏｎｅｎｓｉｓ）、及びウレイバチルス・サーモスファエリカス（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）。
【００７７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、スタフィロコッカス科（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：スタフィロコッカス・アーレッタエ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｒｌｅｔｔａｅ）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、スタフィロコッカス・アウリクラーリス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ）、スタフィロコッカス・カピティス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｉｔｉｓ）、スタフィロコッカス・カプラエ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｒａｅ）、スタフィロコッカス・コーニイ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｈｎｉｉ）、スタフィロコッカス・コンディメンティ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｄｉｍｅｎｔｉ）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・エクオルム（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｏｒｕｍ）、スタフィロコッカス・ヘモリティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、スタフィロコッカス・インターメディウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、スタフィロコッカス・クルーシイ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｋｌｏｏｓｉｉ）、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ）、スタフィロコッカス・パステウリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉ）、スタフィロコッカス・ペッテンコフェリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｔｔｅｎｋｏｆｅｒｉ）、スタフィロコッカス・サッカロリティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・サプロフィティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・シュライフェリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ）、スタフィロコッカス・シウリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ）、スタフィロコッカス・シミュランス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｍｕｌａｎｓ）、スタフィロコッカス・サクシヌス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｕｓ）、スタフィロコッカス・ビツリヌス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｔｕｌｉｎｕｓ）、スタフィロコッカス・ワーネリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｗａｒｎｅｒｉ）、及びスタフィロコッカス・キシローサス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｘｙｌｏｓｕｓ）。
【００７８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アエロコッカス科（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アビトロフィア・デフェクティバ（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ  ｄｅｆｅｃｔｉｖａ）、アビトロフィア・パラ−アディアセンス（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ  ｐａｒａ−ａｄｉａｃｅｎｓ）、アエロコッカス・ビリダンス（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）、及びファクラミア・タバシナサリス（Ｆａｃｋｌａｍｉａ  ｔａｂａｃｉｎａｓａｌｉｓ）。
【００７９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、カルノバクテリウム科（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：グラニュリカテラ・アディアセンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ａｄｉａｃｅｎｓ）及びグラニュリカテラ・エレガンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｅｌｅｇａｎｓ）。
【００８０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、エンテロコッカス科（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：エンテロコッカス・アシニ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ａｓｉｎｉ）、エンテロコッカス・アビウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ａｖｉｕｍ）、エンテロコッカス・カカエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｃｃａｅ）、エンテロコッカス・カセリフラブス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｓｓｅｌｉｆｌａｖｕｓ）、エンテロコッカス・セコルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｅｃｏｒｕｍ）、エンテロコッカス・ディスパー（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｉｓｐａｒ）、エンテロコッカス・デュランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・ガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｉｒａｅ）、エンテロコッカス・フォエニクリコーラ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｈｏｅｎｉｃｕｌｉｃｏｌａ）、エンテロコッカス・シュードアビウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｏａｖｉｕｍ）、エンテロコッカス・サッカロリティクス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、及びテトラジェノコッカス・ソリタリウス（Ｔｅｔｒａｇｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｏｌｉｔａｒｉｕｓ）。
【００８１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・アリメンタリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・アミロボラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｖｏｒｕｓ）、ラクトバチルス・アニマリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ラクトバチルス・アントリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｒｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・ブフネリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｃｈｎｅｒｉ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・コレオホミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・コリニフォルミス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ）、ラクトバチルス・クリスパータス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・カルバータス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ）、ラクトバチルス・デルブレッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ガストリカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｔｒｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・ヘルベティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・カリゼンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋａｌｉｘｅｎｓｉｓ）、ラクトバチルス・レイクマニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｉｉ）、ラクトバチルス・ムコーサエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ）、ラクトバチルス・オリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｒｉｓ）、ラクトバチルス・パラブフネリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｕｃｈｎｅｒｉ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ロイテリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ルミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・サニビリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｎｉｖｉｒｉ）、ラクトバチルス・セニオリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｉｏｒｉｓ）、ラクトバチルス・シャーピアエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｈａｒｐｅａｅ）、ラクトバチルス・アルチュネンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｕｌｔｕｎｅｎｓｉｓ）、ラクトバチルス・バギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス・ダムノサス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ）、及びペディオコッカス・ペントサセウス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）。
【００８２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ロイコノストック・アーゲンティニウム／ラクティス（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ａｒｇｅｎｔｉｎｉｕｍ／ｌａｃｔｉｓ）、ロイコノストック・ゲリダム（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｇｅｌｉｄｕｍ）、ロイコノストック・メセンテロイデス（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｍｅｓｅｎｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ワイセラ・シバリア（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｉｂａｒｉａ）、ワイセラ・コンフューザ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓａ）、及びワイセラ・パラメセンテロイデス（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｐａｒａｍｅｓｅｎｔｅｒｏｉｄｅｓ）。
【００８３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ラクトコッカス・ガルビエアエ（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス・プランタラム（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトコッカス・ラフィノラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｆｆｉｎｏｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・アガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・アラクトリティカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アンギノーサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・アウストラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｓｔｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｏｖｉｓ）、ストレプトコッカス・コンステラタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・クリスタタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｉｓｔａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・ディスガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・エクイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ）、ストレプトコッカス・エクイナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ガロリティカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、ストレプトコッカス・インファンタリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・インファンティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ストレプトコッカス・ルテティエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｔｉｅｎｓｉｓ）、ストレプトコッカス・ミティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ）、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・パラユベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ペロリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｒｏｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ストレプトコッカス・ソーラルテンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｏｒａｌｔｅｎｓｉｓ）、ストレプトコッカス・ユベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ベスティブラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｅｓｔｉｂｕｌａｒｉｓ）、及びストレプトコッカス・ビリダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）。
【００８４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、クリステンセネラ科（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ）及びカタバクター・ホンコンジェンシス（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）。
【００８５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、クロストリジウム科（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：クロストリジウム・アセトブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・アノレクシカマスシリエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｎｏｒｅｘｉｃａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アスパラギホルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・バラティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒａｔｉｉ）、クロストリジウム・ベイジェリンキイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）、クロストリジウム・ボツリヌム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・カダベリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｄａｖｅｒｉｓ）、クロストリジウム・セラツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌａｔｕｍ）、クロストリジウム・カルタタビダム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｈａｒｔａｔａｂｉｄｕｍ）、クロストリジウム・ショウベイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｈａｕｖｏｅｉ）、クロストリジウム・コクレアリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・ディスポリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｓｐｏｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ファラックス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆａｌｌａｘ）、クロストリジウム・フェルシネウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｅｌｓｉｎｅｕｍ）、クロストリジウム・リモサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・マレノミナツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ）、クロストリジウム・ネオナタール（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｏｎａｔａｌｅ）、クロストリジウム・パラピュトリフィカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パラパーフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・プトレファシェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ）、クロストリジウム・サッカロパーブチルアセトニカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｐｅｒｂｕｔｙｌａｃｅｔｏｎｉｃｕｍ）、クロストリジウム・サルディニエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ）、クロストリジウム・サルタゴフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・セネガレンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｅ）、クロストリジウム・セプティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｅｐｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・サブターミナレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ）、クロストリジウム・ターティウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｒｔｉｕｍ）、クロストリジウム・チロブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｙｒ��ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ビンセンティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｎｃｅｎｔｉｉ）、ユウバクテリウム・ブデイイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｕｄａｙｉ）、ユウバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ）、ユウバクテリウム・モニリフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｅ）、ユウバクテリウム・マルチフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｅ）、ユウバクテリウム・ニトリトゲネス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｉｔｒｉｔｏｇｅｎｅｓ）、サルシナ・マキシマ（Ｓａｒｃｉｎａ  ｍａｘｉｍａ）、及びサルシナ・ベントリクリ（Ｓａｒｃｉｎａ  ｖｅｎｔｒｉｃｕｌｉ）。
【００８６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アセトアナエロバクテリウム・エロンガツム（Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｏｎｇａｔｕｍ）、アナエロフィルム・ペントソボランス（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ  ｐｅｎｔｏｓｏｖｏｒａｎｓ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ブチリシコッカス・プリカエコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、クロストリジウム・アノレクシカス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｎｏｒｅｘｉｃｕｓ）（インテスティニモナス・ブチリシプロデュセンス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ  ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ））、クロストリジウム・セロビオパルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｏｂｉｏｐａｒｕｍ）、クロストリジウム・クラリフラブム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌａｒｉｆｌａｖｕｍ）、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ）、クロストリジウム・メチルベントーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・ビリデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ）、ユウバクテリウム・デスモランス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｓｍｏｌａｎｓ）、ユウバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）、ゲンミゲル・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ハイドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、オシリバクター・バレリシゲネス（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ）、パピリバクター・シンナミボランス（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ）、ルミノコッカス・ブローミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・チャンパネレンシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅｎｓｉｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、ソーレアフェレア・マスシリエンシス（Ｓｏｌｅａｆｅｒｒｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎ��ｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、未分類のアナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、及び未分類のサブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）。
【００８７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）ファミリーＸＩＩＩ（所属不明）内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ユウバクテリウム・ブラキー（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒａｃｈｙ）、ユウバクテリウム・サフェヌム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｐｈｅｎｕｍ）、ユウバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、ユウバクテリウム・サルシ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｌｃｉ）、モギバクテリウム・ダイバーサム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｖｅｒｓｕｍ）、モギバクテリウム・ネグレクタム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｇｌｅｃｔｕｍ）、モギバクテリウム・チミダム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｉｍｉｄｕｍ）、及びモギバクテリウム・ベスカム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｓｃｕｍ）。
【００８８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アノキシナトロヌム・シビリクム（Ａｎｏｘｙｎａｔｒｏｎｕｍ  ｓｉｂｉｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・バートレティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、クロストリジウム・バイフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ゴニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ）、クロストリジウム・グライコリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ヒラノニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓ）、クロストリジウム・イレギュラレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ）、クロストリジウム・リツセブレンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｔｕｓｅｂｕｒｅｎｓｅ）、クロストリジウム・ソルデリイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ）、クロストリジウム・スティックランディイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｉｃｋｌａｎｄｉｉ）、ユウバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ）、フィリファクター・アロキス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ａｌｏｃｉｓ）、フィリファクター・ビロサス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ｖｉｌｌｏｓｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ）、及びペプトストレプトコッカス・ストマティス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｔｏｍａｔｉｓ）。
【００８９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）ファミリーＸＩ（所属不明）内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アナエロコッカス・ハイドロゲナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｙｄｒｏｇｅｎａｌｉｓ）、アナエロコッカス・オベシエンシス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｓｉｅｎｓｉｓ）、アナエロコッカス・オクタビウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｃｔａｖｉｕｓ）、アナエロコッカス・プレボティイ（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｅｖｏｔｉｉ）、アナエロコッカス・セネガレンシス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、アナエロコツカス・バギナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、フィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）、カルリピガ・マスシリエンシス（Ｋａｌｌｉｐｙｇａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パルビモナス・ミクラ（Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｍｉｃｒａ）、ペプトニフィラス・アサッカロリチカス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ペプトニフィラス・グロセンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｇｒｏｓｓｅｎｓｉｓ）、ペプトニフィラス・ハレイ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｈａｒｅｉ）、ペプトニフィラス・インドリカス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ）、ペプトニフィラス・ラクリモリス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｌａｃｒｉｍａｌｉｓ）、ペプトニフィラス・オベシエンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｏｂｅｓｉｅｎｓｉｓ）、ペプトニフィラス・セネガレンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、ペプトニフィラス・チモネンシス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、及びティセレラ・プラエアキュータ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ）。
【００９０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アナエロスティペス・ブチラティカス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｂｕｔｙｒａｔｉｃｕｓ）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、アナエロスティペス・コリ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃｏｌｉ）、アナエロスティペス・ラムノーサス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、アナエロスティペス・ハドラス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ）、アノクシスティペス・コントルタム（Ａｎｏｘｙｓｔｉｐｅｓ  ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ）、アノクシスティペス・フィシカテナ（Ａｎｏｘｙｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ）、アノクシスティペス・オロティカム（Ａｎｏｘｙｓｔｉｐｅｓ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、バクテロイデス・ペクチノフィルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｅｃｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ）、ブラウティア・コッコイデス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、ブラウティア・ファエシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ブラウティア・グルセラセア（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ）、ブラウティア・ハンセニイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｌｕｔｉ）、ブラウティア（ルミノコッカス）・マスシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ブラウティア（ルミノコッカス）・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・プロドゥクタ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｐｒｏｄｕｃｔａ）、ブラウティア・スターコリス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、ブラウティア・ワクスレレ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｗｅｘｌｅｒａｅ）、ブチリビブリオ・クロッソツス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、セルロシライティカム・レントセルム（Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｍ  ｌｅｎｔｏｃｅｌｌｕｍ）、クロストリジウム・アミノバレリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｖａｌｅｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・アルデネンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｅｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アスパラギホルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・ボルテアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｌｔｅａｅ）、クロストリジウム・シトロニアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｉｔｒｏｎｉａｅ）、クロストリジウム・クロストリディオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・ハービボランス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｅｒｂｉｖｏｒａｎｓ）、クロストリジウム・ハイレモンアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｙｌｅｍｏｎａｅ）、クロストリジウム・インドーリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・ラクタティフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ラバレンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｖａｌｅｎｓｅ）、クロストリジウム・メソオキシベンゾボランス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｏｘｙｂｅｎｚｏｖｏｒａｎｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ポプレティ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｏｐｕｌｅｔｉ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・スフェノイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ）、コプロコッカス・オイタクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ドレア・マスシリエンシス（Ｄｏｒｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ユウバクテリウム・セルロソルベンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ）、ユウバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ）、ユウバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ）、ユウバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ）、ユウバクテリウム・ルミナンティウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユウバクテリウム・ベントリオサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、フシカテニバクター・サッカリボランス（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｎｓ）、ヘスペリア・ポルチーナ（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ  ｐｏｒｃｉｎａ）、ヘスペリア・ステアコリスイス（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓｕｉｓ）、ハワーデラ・ウレイリティカ（Ｈｏｗａｒｄｅｌｌａ  ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）、ラクノアナエロバクラム・サブレウム（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓａｂｕｒｒｅｕｍ）、ラクノアナエロバクラム・ウメアエンス（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｕｍｅａｅｎｓｅ）、バクテロイデス・ガラクチュロニカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇａｌａｃｔｕｒｏｎｉｃｕｓ）、ラクノスピラ・ペクチノスチザ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｐｅｃｔｉｎｏｓｃｈｉｚａ）、ラクトバチルス・ロゴサエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｇｏｓａｅ）、ラクチノファクター・ロンゴビフォルミス（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ  ｌｏｎｇｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）、ラクノバクテリウム・ボビス（Ｌａｃｈｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｖｉｓ）、マーバインブリアンティア・フォーマテキシゲンス（Ｍａｒｖｉｎｂｒｙａｎｔｉａ  ｆｏｒｍａｔｅ��ｉｇｅｎｓ）、モリエラ・インドリゲネス（Ｍｏｒｙｅｌｌａ  ｉｎｄｏｌｉｇｅｎｅｓ）、オリバクテリウム・シナス（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｎｕｓ）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（Ｐａｒａｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ  ｐｅｏｒｉｅｎｓｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・インテスティナーリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ルミノコッカス・ガウブレアウイイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｕｖｒｅａｕｉｉ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・ファエシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌５＿１＿６３ＦＡＡ、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１、及びラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌８＿１＿５７ＦＡＡ。
【００９１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ユウバクテリウム科（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アナエロフスティス・ステルコリホミニス（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ユウバクテリウム・バーケリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂａｒｋｅｒｉ）、ユウバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）、ユウバクテリウム・リモサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ）、及びシュードラミバクター・アラクトリティクス（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ  ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）。
【００９２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ツリシバクター・サングイニス（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）であり得る。
【００９３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：クロストリジウム・イノキュウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、ユウバクテリウム・ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ）、ユウバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユウバクテリウム・ドリクム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ）、ユウバクテリウム・トーツオサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｏｒｔｕｏｓｕｍ）、ディエルマ・ファスティディオーサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、及びストレプトコッカス・プレオモルフス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｌｅｏｍｏｒｐｈｕｓ）。
【００９４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩ内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：カテニバクテリウム・ミツオカイ（Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ）、コプロバチルス・カテニフォルミス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｔｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、未分類のコプロバチルス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エガーシア・カテナフォルミス（Ｅｇｇｅｒｔｈｉａ  ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ）、カンドレリア・ヴィツリナ（Ｋａｎｄｌｅｒｉａ  ｖｉｔｕｌｉｎａ）、及びストックエフィカス・マスシリエンシス（Ｓｔｏｑｕｅｆｉｃｈｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）。
【００９５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、エリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩＩ内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アナエロラブダス・フルコサ（Ａｎａｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ  ｆｕｒｃｏｓａ）、ブレイディア・エクストルクタ（Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ  ｅｘｔｒｕｃｔａ）、クロストリジウム・コクレアツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｌｅａｔｕｍ）、クロストリジウム・ラモーザム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・サッカログミア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ）、クロストリジウム・スパイロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、ホールディマニア・フィリフォルミス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｆｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、ホールディマニア・マスシリエンシス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、及びサロバクテリウム・ムーレイ（Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｏｒｅｉ）。
【００９６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アシダミノコッカス科（Ａｃｉｄｉａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アシダミノコッカス・フェルメンタンス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、アシダミノコッカス・インテスティニー（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｅｃｉｕｍ）、及びファスコラークトバクテリウム・スクシナテュテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）。
【００９７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ペプトコッカス・ニガー（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｉｇｅｒ）及びデスルフィトバクテリウム・フラピエリ（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒａｐｐｉｅｒｉ）。
【００９８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アリソネラ・ヒスタミニフォルマンス（Ａｌｌｉｓｏｎｅｌｌａ  ｈｉｓｔａｍｉｎｉｆｏｒｍａｎｓ）、ディアリスター・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ）、ディアリスター・ニューモシンテス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｎｅｕｍｏｓｉｎｔｅｓ）、ディアリスター・サクシナティフィラス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎａｔｉｐｈｉｌｕｓ）、メガモナス・ファニフォーミス（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、メガモナス・ハイパーメガーレ（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、ミツオケラ・ジャラルディニイ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｊａｌａｌｕｄｉｎｉｉ）、ミツオケラ・マルトアシダ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｍｕｌｔａｃｉｄａ）、ネガティビコッカス・サクシニシボランス（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｉｃｉｖｏｒａｎｓ）、セレノモナス・ルミナンティウム（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ａｔｙｐｉｃａ）、ベイロネラ・ディスパー（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）、ベイロネラ・パルブーラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、ベイロネラ・ラッティ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｒａｔｔｉ）、ベイロネラ・ロゴサエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｒｏｇｏｓａｅ）、及び未分類のベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）。
【００９９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、バクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：バクテロイデス・カカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・セルロシリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌａｒｕｓ）、バクテロイデス・コプロコーラ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｃｏｌａ）、バクテロイデス・コプロフィラス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ）、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、バクテロイデス・ファインゴールディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、バクテロイデス・フラクサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｌｕｘｕｓ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・グラミニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｒａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、バクテロイデス・インテスティナーリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、バクテロイデス・マスシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・ノルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｎｏｒｄｉｉ）、バクテロイデス・オレイシプレヌス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｌｅｉｃｉｐｌｅｎｕｓ）、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、バクテロイデス・ピオゲネス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、バクテロイデス・セイリヤーシアエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ）、バクテロイデス・スターコリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・チモネンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・ブルガータス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、及びバクテロイデス目ｐｈ８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｐｈ８）。
【０１００】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ブチリシモナス・シネルギスティカ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｉｃａ）、ブチリシモナス・ビローサ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｖｉｒｏｓａ）、ディスゴノモナス・ガデイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｇａｄｅｉ）、オドリバクター・ラネウス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｌａｎｅｕｓ）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ジョンソニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・メルダエ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ）、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、ポルフィロモナス・エンドドンタリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｄｏｄｏｎｔａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・ソメラエ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｏｍｅｒａｅ）、ポルフィロモナス・ウエノニス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｕｅｎｏｎｉｓ）、及びタンネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）。
【０１０１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アロプレボテーラ・タンネラエ（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテーラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・アムニオチカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｍｎｉｏｔｉｃａ）、プレボテーラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｉｖｉａ）、プレボテーラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテーラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｕｃｃａｅ）、プレボテーラ・ブライアンティイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｒｙａｎｔｉｉ）、プレボテーラ・コンセプチオネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｎｃｅｐｔｉｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｐｒｉ）、プレボテーラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテーラ・デンティコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテーラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテーラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｅｎｏｅｃａ）、プレボテーラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテーラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテーラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテーラ・ナンセイエンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテーラ・オーロラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｕｌｏｒａ）、プレボテーラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、プレボテーラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテーラ・ルミニコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテーラ・シャーヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｈａｈｉｉ）、プレボテーラ・スターコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテーラ・チモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）、パラプレボテーラ・クララ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｌａｒａ）、パラプレボテーラ・キシラニフィラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｘｙｌａｎｉｐｈｉｌａ）、及び未分類のパラプレボテーラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）。
【０１０２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、リケネーラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アリスティペス・ファインゴールディイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、アリスティペス・インディスティンクタス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓ）、アリスティペス・マルセイロアノレクシカス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｍａｒｓｅｉｌｌｏａｎｏｒｅｘｉｃｕｓ）、アリスティペス・オベシ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｂｅｓｉ）、アリスティペス・オンデルドンキイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ）、アリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスティペス・セネガレンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、アリスティペス・シャーヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、及びアリスティペス・チモネンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）。
【０１０３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、サイトファーガ科（Ｃｙｔｏｐｈａｇａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ディアドバクター・ベイジンゲンシス（Ｄｙａｄｏｂａｃｔｅｒ  ｂｅｉｊｉｎｇｅｎｓｉｓ）、ディアドバクター・フェルメンタンス（Ｄｙａｄｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ヒメノバクター・リグイ（Ｈｙｍｅｎｏｂａｃｔｅｒ  ｒｉｇｕｉ）、ルダネラ・ルテア（Ｒｕｄａｎｅｌｌａ  ｌｕｔｅａ）、及びスピロソーマ・リングアレ（Ｓｐｉｒｏｓｏｍａ  ｌｉｎｇｕａｌｅ）。
【０１０４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、フラボバクテリウム科（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：カプノサイトファガ・グラヌロサ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｇｒａｎｕｌｏｓａ）、カプノサイトファガ・オクラセア（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｏｃｈｒａｃｅａ）、カプノサイトファガ・スプーティゲナ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、クリセオバクテリウム・ホミニス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、クロアシバクテリウム・ノルマネンス（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｏｒｍａｎｅｎｓｅ）、フラボバクテリウム・バンパクエンス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂａｎｐａｋｕｅｎｓｅ）、フラボバクテリウム・チェニアエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｅｎｉａｅ）、フラボバクテリウム・リンダニトレランス（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｎｄａｎｉｔｏｌｅｒａｎｓ）、フラボバクテリウム・オンコルヒュンチー（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｎｃｏｒｈｙｎｃｈｉ）、フラボバクテリウム・サカエラティカ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｋａｅｒａｔｉｃａ）、及びワウテルシエラ・ファルセニイ（Ｗａｕｔｅｒｓｉｅｌｌａ  ｆａｌｓｅｎｉｉ）。
【０１０５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、キチノファガ科（Ｃｈｉｔｉｎｏｐｈａｇａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ビフィッシオ・スパルティナエ（Ｂｉｆｉｓｓｉｏ  ｓｐａｒｔｉｎａｅ）であり得る。
【０１０６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、スフィンゴバクテリウム科（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：スフィンゴバクテリウム・マルチボラム（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｌｔｉｖｏｒｕｍ）及びペドバクター・デジョネンシス（Ｐｅｄｏｂａｃｔｅｒ  ｄａｅｊｅｏｎｅｎｓｉｓ）。
【０１０７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、フソバクテリア科（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：セトバクテリウム・ソメラエ（Ｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｏｍｅｒａｅ）、クロストリジウム・レクツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒｅｃｔｕｍ）、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｏｎｉｄｉａｆｏｒｍａｎｓ）、フソバクテリウム・モルティフェラム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、フソバクテリウム・ナビフォルメ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｃｒｏｇｅｎｅｓ）、フソバクテリウム・ネクロフォーラム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｃｒｏｐｈｏｒｕｍ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、フソバクテリウム・ペリオドンティカム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｃｕｍ）、フソバクテリウム・ルッシイ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉｉ）、及びフソバクテリウム・バリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｒｉｕｍ）。
【０１０８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、レプトトリキア科（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：レプトトリキア・アムニオニー（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ａｍｎｉｏｎｉｉ）及びレプトトリキア・ブカリス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｂｕｃｃａｌｉｓ）。
【０１０９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ヴィクチヴァリス科（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ビクチバリス・バデンシス（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌｉｓ  ｖａｄｅｎｓｉｓ）であり得る。
【０１１０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、プランクトミケス科（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、シュレスネリア・パルディコーラ（Ｓｃｈｌｅｓｎｅｒｉａ  ｐａｌｕｄｉｃｏｌａ）であり得る。
【０１１１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、カウロバクター科（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ブレブンディモナス・バクテロイデス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ  ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ブレブンディモナス・ディミヌタ（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ  ｄｉｍｉｎｕｔａ）、ブレブンディモナス・テラエ（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ  ｔｅｒｒａｅ）、ブレブンディモナス・ベシキュラリス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ  ｖｅｓｉｃｕｌａｒｉｓ）、及びフェニロバクテリウム・ハエマトフィルム（Ｐｈｅｎｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍａｔｏｐｈｉｌｕｍ）。
【０１１２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アウランチモナス科（Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、アウランティモナス・アルタミレンシス（Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｓ  ａｌｔａｍｉｒｅｎｓｉｓ）であり得る。
【０１１３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ブラジリゾビウム科（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ブラディリゾビウム・デニトリフィカンス（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、ブラディリゾビウム・エルカニイ（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ  ｅｌｋａｎｉｉ）、ブラディリゾビウム・ジャポニカム（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ  ｊａｐｏｎｉｃｕｍ）、及びアフィピア・ビルギアエ（Ａｆｉｐｉａ  ｂｉｒｇｉａｅ）。
【０１１４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ブルセラ科（Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：オクロバクトラム・アンスロピ（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ａｎｔｈｒｏｐｉ）及びオクロバクトラム・インターメディウム（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｍ）。
【０１１５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ヒフォミクロビウム科（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）内にあり、ペドミクロビウム・フェルギネウム（Ｐｅｄｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｆｅｒｒｕｇｉｎｅｕｍ）であり得る。
【０１１６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、メチロバクテリウム科（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：メチロバクテリウム・アドハエシブム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｈａｅｓｉｖｕｍ）、メチロバクテリウム・ジェトガリ（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｊｅｏｔｇａｌｉ）、メチロバクテリウム・メソフィリカム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｅｓｏｐｈｉｌｉｃｕｍ）、メチロバクテリウム・ポプリ（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｏｐｕｌｉ）、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｄｉｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、メチロバクテリウム・ザトマニイ（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｚａｔｍａｎｉｉ）、及びミクロヴィルガ・マスシリエンシス（Ｍｉｃｒｏｖｉｒｇａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）。
【０１１７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、フィロバクテリア科（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：メソリゾビウム・ロティ（Ｍｅｓｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ  ｌｏｔｉ）及びフィロバクテリウム・ミルシナセアルム（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｙｒｓｉｎａｃｅａｒｕｍ）。
【０１１８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、リゾビウム科（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ）であり得る。
【０１１９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、キサントバクター科（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、アンサイロバクター・ポリモーフス（Ａｎｃｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｕｓ）であり得る。
【０１２０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ロドバクター科（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：パラコッカス・カロティニファシエンス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｃａｒｏｔｉｎｉｆａｃｉｅｎｓ）、パラコッカス・マリヌス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｍａｒｉｎｕｓ）、パラコッカス・イーイ（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｙｅｅｉ）、及びアマリコッカス・カプリセンシス（Ａｍａｒｉｃｏｃｃｕｓ  ｋａｐｌｉｃｅｎｓｉｓ）。
【０１２１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アセトバクター科（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ロゼオモナス・ミュコーサ（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｍｕｃｏｓａ）であり得る。
【０１２２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ロドスピリラム科（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、スカーマネラ・アエロラータ（Ｓｋｅｒｍａｎｅｌｌａ  ａｅｒｏｌａｔａ）であり得る。
【０１２３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、スフィンゴモナス科（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：スフィンゴモナス・ナタトリア（Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ  ｎａｔａｔｏｒｉａ）、スフィンゴモナス・パニー（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｐａｎｎｉ）、スフィンゴモナス・シュードサングイニス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｐｓｅｕｄｏｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、スフィンゴモナス・パウシモビリス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｐａｕｃｉｍｏｂｉｌｉｓ）、及びスフィンゴモナス・アドハエシバ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ａｄｈａｅｓｉｖａ）。
【０１２４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アルカリゲネス科（Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アクロモバクター・デニトリフィカンス（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、アクロモバクター・キシロソキシダンス（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｘｙｌｏｓｏｘｉｄａｎｓ）、アルカリゲネス・フェーカリス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、ボルデテラ・ヒンジイ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｈｉｎｚｉｉ）、及びケルステルシア・ジオラム（Ｋｅｒｓｔｅｒｓｉａ  ｇｙｉｏｒｕｍ）。
【０１２５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、バークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｐａｃｉａ）、キュープリアビダス・メタリデュランス（Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｍｅｔａｌｌｉｄｕｒａｎｓ）、ロートロピア・ミラビリス（Ｌａｕｔｒｏｐｉａ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、リムノバクター・チオオキシダンス（Ｌｉｍｎｏｂａｃｔｅｒ  ｔｈｉｏｏｘｉｄａｎｓ）、及びラルストニア・マンニトリリティカ（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｍａｎｎｉｔｏｌｉｌｙｔｉｃａ）。
【０１２６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、コマモナス科（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アシドボラクス・ファシリス（Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ  ｆａｃｉｌｉｓ）、アクアバクテリウム・コムムネ（Ａｑｕａｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｍｍｕｎｅ）、コマモナス・カースタシイ（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ  ｋｅｒｓｔｅｒｓｉｉ）、コマモナス・テストステロニ（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ  ｔｅｓｔｏｓｔｅｒｏｎｉ）、デルフチア・アシドボランス（Ｄｅｌｆｔｉａ  ａｃｉｄｏｖｏｒａｎｓ）、ペロモナス・サッカロフィラ（Ｐｅｌｏｍｏｎａｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｐｈｉｌａ）、及びバリオボラックス・ボロニカムランス（Ｖａｒｉｏｖｏｒａｘ  ｂｏｒｏｎｉｃｕｍｕｌａｎｓ）。
【０１２７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、オキサロバクター科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ハーバスピリラム・マスシリエンス（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｅ）、マシリア・オーレア（Ｍａｓｓｉｌｉａ  ａｕｒｅａ）、及びオキサロバクター・フォルミゲネス（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）。
【０１２８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ステレラ科（Ｓｕｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：パラステレラ・エクスクレメンティホミニス（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｅｘｃｒｅｍｅｎｔｉｈｏｍｉｎｉｓ）、パラステレラ・セクンダ（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｅｃｕｎｄａ）、ステレラ・パルビルブラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｐａｒｖｉｒｕｂｒａ）、ステレラ・ステルコリカニス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｃａｎｉｓ）、及びステレラ・ワズワースエンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）。
【０１２９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ナイセリア科（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：エイケネラ・コローデンス（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ  ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ）、ラリバクター・ホンコンゲンシス（Ｌａｒｉｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、キンゲラ・オラリス（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、ナイセリア・シネレア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ）、ナイセリア・エロンガタ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｅｌｏｎｇａｔａ）、ナイセリア・フラーバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｆｌａｖａ）、ナイセリア・フラベッセンス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ）、ナイセリア・マカカエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍａｃａｃａｅ）、ナイセリア・ムコーサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・ペルフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｐｅｒｆｌａｖａ）、及びナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）。
【０１３０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ロドシクルス科（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、メチロバーサチリス・ユニバーサリス（Ｍｅｔｈｙｌｏｖｅｒｓａｔｉｌｉｓ  ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｓ）であり得る。
【０１３１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、デスルホビブリオ科（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：デスルホビブリオ・デスルフリカンス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ）、デスルホビブリオ・フェアフィールデンシス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｆａｉｒｆｉｅｌｄｅｎｓｉｓ）、デスルホビブリオ・ピゲル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ）、及びビロフィラ・ワーズワーシア（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ）。
【０１３２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、カンピロバクター科（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アルコバクター・ブツレリ（Ａｒｃｏｂａｃｔｅｒ  ｂｕｔｚｌｅｒｉ）、アルコバクター・クライアエロフィラス（Ａｒｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃｒｙａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、バクテロイデス・ウレオリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）、カンピロバクター・コリ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・コンシサス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｎｃｉｓｕｓ）、カンピロバクター・カーブス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｕｒｖｕｓ）、カンピロバクター・フェーカリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、カンピロバクター・フェタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｇｒａｃｉｌｉｓ）、カンピロバクター・ホミニス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、カンピロバクター・ハイオインテスティナリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｈｙｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）、カンピロバクター・ラリ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ）、カンピロバクター・レクタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、カンピロバクター・ショウアエ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｈｏｗａｅ）、及びカンピロバクター・ウプサリエンシス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｕｐｓａｌｉｅｎｓｉｓ）。
【０１３３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ヘリコバクター科（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：フレキシスピラ・ラッピーニ（Ｆｌｅｘｉｓｐｉｒａ  ｒａｐｐｉｎｉ）、ヘリコバクター・カナデンシス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｎａｄｅｎｓｉｓ）、ヘリコバクター・シナエディ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎａｅｄｉ）、ヘリコバクター・プロラム（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｕｌｌｏｒｕｍ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）、及びヘリコバクター・ウィンガメンシス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｗｉｎｇｈａｍｅｎｓｉｓ）。
【０１３４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、アエロモナス科（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アエロモナス・アロサッカロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ａｌｌｏｓａｃｃｈａｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ベスチアルム（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｂｅｓｔｉａｒｕｍ）、アエロモナス・カビアエ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｃａｖｉａｅ）、アエロモナス・エンテロペロゲネス（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｔｅｒｏｐｅｌｏｇｅｎｅｓ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ジャンダエイ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｊａｎｄａｅｉ）、アエロモナス・メディア（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｍｅｄｉａ）、アエロモナス・テクタ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｔｅｃｔａ）、アエロモナス・トロタ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｔｒｏｔａ）、及びアエロモナス・ベロニイ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｖｅｒｏｎｉｉ）。
【０１３５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、サクシニビブリオ科（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アナエロビオスピリルム・トマシイ（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｔｈｏｍａｓｉｉ）、アナエロビオスピリルム・サクシニシプロデュセンス（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｓｕｃｃｉｎｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、サクシナティモナス・ヒッペイ（Ｓｕｃｃｉｎａｔｉｍｏｎａｓ  ｈｉｐｐｅｉ）、及びサクシニビブリオ・デキストリノソルベンス（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｘｔｒｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ）。
【０１３６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アベリエラ・ダルハウジエンシス（Ａｖｅｒｙｅｌｌａ  ｄａｌｈｏｕｓｉｅｎｓｉｓ）、セデセア・ダヴィスアエ（Ｃｅｄｅｃｅａ  ｄａｖｉｓａｅ）、サイトロバクター・アマロナティカス（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ）、サイトロバクター・ブラアキイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｂｒａａｋｉｉ）、サイトロバクター・ファルメリ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｒｍｅｒｉ）、サイトロバクター・インターメディウス（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、サイトロバクター・コセリ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｋｏｓｅｒｉ）、サイトロバクター・フレウンディイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、サイトロバクター・ギレニイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｇｉｌｌｅｎｉｉ）、サイトロバクター・ムルリニアエ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｌｉｎｉａｅ）、サイトロバクター・セドラキイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｅｄｌａｋｉｉ）、サイトロバクター・ベルクマニイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｗｅｒｋｍａｎｉｉ）、サイトロバクター・ヤンガエ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｙｏｕｎｇａｅ）、サイトロバクター・サカザキイ（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｓａｋａｚａｋｉｉ）、エドワージエラ・タルダ（Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ  ｔａｒｄａ）、エンテロバクター・アエロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、エンテロバクター・アスブリアエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ）、エンテロバクター・カンセロゲナス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｕｓ）、エンテロバクター・クロアカエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ）、エンテロバクター・ホルメシェイ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ）、エンテロバクター・ルドウィギイ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｌｕｄｗｉｇｉｉ）、エンテロバクター・マスシリエンシス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、エシェリキア・アルベルティイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ａｌｂｅｒｔｉｉ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、エシェリキア・ファグソニイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ）、エシェリキア・ハーマンニイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｈｅｒｍａｎｎｉｉ）、ハフニア・アルベイ（Ｈａｆｎｉａ  ａｌｖｅｉ）、クレブシエラ・オキシトカ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ）、クレブシエラ・ニューモニアエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、クライベラ・アスコルバータ（Ｋｌｕｙｖｅｒａ  ａｓｃｏｒｂａｔａ）、レミノレラ・グリモンティイ（Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ  ｇｒｉｍｏｎｔｉｉ）、レミノレラ・リチャーディイ（Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ  ｒｉｃｈａｒｄｉｉ）、モエレレラ・ウィスコンセンシス（Ｍｏｅｌｌｅｒｅｌｌａ  ｗｉｓｃｏｎｓｅｎｓｉｓ）、モーガネラ・モーガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）、パントエア・アグロメランス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）��プレシオモナス・シゲロイデス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロテウス・ペンネリ（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｐｅｎｎｅｒｉ）、プロテウス・ブルガリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓ）、プロビデンシア・アルカリファシエンス（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ａｌｃａｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、プロビデンシア・レットゲリ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｅｔｔｇｅｒｉ）、プロビデンシア・ラスティジアニイ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｕｓｔｉｇｉａｎｉｉ）、プロビデンシア・スチュアーティイ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉ）、ラオウルテラ・プランティコーラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、ラオウルテラ・テリジェナ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｔｅｒｒｉｇｅｎａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、セラチア・フィカリア（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｆｉｃａｒｉａ）、セラチア・フォンティコーラ（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｆｏｎｔｉｃｏｌａ）、セラチア・リクファシエンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、セラチア・マルセッセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、シゲラ・ディセンテリアエ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ）、シゲラ・フレクスネリ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、シゲラ・ソンネイ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ）、テイタメラ・ティセオス（Ｔａｔｕｍｅｌｌａ  ｐｔｙｓｅｏｓ）、トラブルシエラ・グアメンシス（Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ  ｇｕａｍｅｎｓｉｓ）、エルシニア・アレクシシアエ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ａｌｅｋｓｉｃｉａｅ）、エルシニア・ベルコビエリ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｂｅｒｃｏｖｉｅｒｉ）、エルシニア・エンテロコリティカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、エルシニア・フレデリクセニイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ）、エルシニア・クリステンセニイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｋｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、エルシニア・シュードツベルクローシス（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、エルシニア・ローデイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｒｏｈｄｅｉ）、及びヨケネラ・レジェンスブルゲイ（Ｙｏｋｅｎｅｌｌａ  ｒｅｇｅｎｓｂｕｒｇｅｉ）。
【０１３７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、パスツレラ科（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アクチノバチルス・プルロニューモニアエ（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｐｈｒｏｐｈｉｌｕｓ）、ヘモフィラス・ヘモリティカス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ヘモフィラス・インフルエンザエ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘモフィラス・パラインフルエンザエＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘモフィラス・クエンティーニ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｑｕｅｎｔｉｎｉ）、及びヘモフィラス・スプトルム（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｕｔｏｒｕｍ）。
【０１３８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、モラクセラ科（Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：アシネトバクター・バウマンニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アシネトバクター・カルコアセチカス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ）、アシネトバクター・ヘモリティカス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アシネトバクター・ジョンソニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、アシネトバクター・ジュニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｕｎｉｉ）、アシネトバクター・ルヴォフィイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｌｗｏｆｆｉｉ）、アシネトバクター・ピッティイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｐｉｔｔｉｉ）、アシネトバクター・レイディオレジステンス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｒａｄｉｏｒｅｓｉｓｔｅｎｓ）、アシネトバクター・セプティカス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｅｐｔｉｃｕｓ）、モラクセラ・カタラリス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）、モラクセラ・オスロエンシス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ）、及びサイクロバクター・アレノサス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｒｅｎｏｓｕｓ）。
【０１３９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、シュードモナス科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：シュードモナス・アルカリフィラ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｌｃａｌｉｐｈｉｌａ）、シュードモナス・エルジノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、シュードモナス・フルオレッセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、シュードモナス・モンテイリイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍｏｎｔｅｉｌｉｉ）、シュードモナス・ニトロレデュセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｎｉｔｒｏｒｅｄｕｃｅｎｓ）、シュードモナス・オレオボランス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｏｌｅｏｖｏｒａｎｓ）、シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ）、及びシュードモナス・スタッツェリ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｔｕｔｚｅｒｉ）。
【０１４０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ビブリオ科（Ｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：グリモンチア・ホリザエ（Ｇｒｉｍｏｎｔｉａ  ｈｏｌｌｉｓａｅ）、ビブリオ・フラビアリス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ）、ビブリオ・ファーニッシイ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｕｒｎｉｓｓｉｉ）、ビブリオ・ミミカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｍｉｍｉｃｕｓ）、及びビブリオ・パラヘモリティカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）。
【０１４１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、シノバクター科（Ｓｉｎｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、ネヴスキア・ラモーザ（Ｎｅｖｓｋｉａ  ｒａｍｏｓａ）であり得る。
【０１４２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、キサントモナス科（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：リソバクター・ソリ（Ｌｙｓｏｂａｃｔｅｒ  ｓｏｌｉ）、シュードキサントモナス・メキシカナ（Ｐｓｅｕｄｏｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｍｅｘｉｃａｎａ）、ロダノバクター・ギンセノシディミュータンス（Ｒｈｏｄａｎｏｂａｃｔｅｒ  ｇｉｎｓｅｎｏｓｉｄｉｍｕｔａｎｓ）、シラニモナス・レンタ（Ｓｉｌａｎｉｍｏｎａｓ  ｌｅｎｔａ）、ステノトロホモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、及びステノトロホモナス・リゾフィラ（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ）。
【０１４３】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ブラキスピラ科  （Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：ブラキスピラ・アアルボルギ（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ａａｌｂｏｒｇｉ）及びブラキスピラ・ピロシコリ（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ｐｉｌｏｓｉｃｏｌｉ）。
【０１４４】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、シネルギステス科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：クロアシバチルス・エブリエンシス（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｅｖｒｙｅｎｓｉｓ）及びピラミドバクター・ピスコレンス（Ｐｙｒａｍｉｄｏｂａｃｔｅｒ  ｐｉｓｃｏｌｅｎｓ）。
【０１４５】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、マイコプラズマ科（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：マイコプラズマ・ニューモニアエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、ウレアプラズマ・ウレアリティカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、及びウレアプラズマ・パルハム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｐａｒｖｕｍ）。
【０１４６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ウェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）ファミリー内にあり、以下のうちの１種以上から選択され得る：プロシェコバクター・フルビアティリス（Ｐｒｏｓｔｈｅｃｏｂａｃｔｅｒ  ｆｌｕｖｉａｔｉｌｉｓ）及びアッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）。
【０１４７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種はグラム陽性であり、
ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｇｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマーリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ボウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・コリネフォルメ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｒｙｎｅｆｏｒｍｅ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇａｌｌｉｃｕｍ）、ビフィドバクテリウム・カシワノヘンス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋａｓｈｉｗａｎｏｈｅｎｓｅ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・モンゴリエンス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｎｇｏｌｉｅｎｓｅ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ルミナンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｃａｒｄｏｖｉｉ）、ビフィドバクテリウム・スターコリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、ビフィドバクテリウム・サーモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）、ビフィドバクテリウム・サーマシドフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｍ）及びスカルドビア・イノピナータ（Ｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｉｎｏｐｉｎａｔａ）から選択されるビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、
ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・アリメンタリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・アミロボラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｖｏｒｕｓ）、ラクトバチルス・アニマリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ラクトバチルス・アントリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｒｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・ブフネリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｃｈｎｅｒｉ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・コレオホミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・コリニフォルミス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ）、ラクトバチルス・クリスパータス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・カルバータス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ）、ラクトバチルス・デルブレッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ガストリカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｔｒｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・ヘルベティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ジェンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・カリゼンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋａｌｉｘｅｎｓｉｓ）、ラクトバチルス・レイクマニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｉｉ）、ラクトバチルス・ムコーサエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ）、ラクトバチルス・オリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｒｉｓ）、ラクトバチルス・パラブフネリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｕｃｈｎｅｒｉ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ロイテリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ルミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・サニビリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｎｉｖｉｒｉ）、ラクトバチルス・セニオリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｉｏｒｉｓ）、ラクトバチルス・シャーピ��エ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｈａｒｐｅａｅ）、ラクトバチルス・アルチュネンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｕｌｔｕｎｅｎｓｉｓ）、ラクトバチルス・バギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス・ダムノサス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｄａｍｎｏｓｕｓ）、及びペディオコッカス・ペントサセウス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）から選択されるラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、
ラクトコッカス・ガルビエアエ（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス・プランタラム（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトコッカス・ラフィノラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｆｆｉｎｏｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・アガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・アラクトリティカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アンギノーサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・アウストラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｓｔｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｏｖｉｓ）、ストレプトコッカス・コンステラタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・クリスタタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｉｓｔａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・ディスガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・エクイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ）、ストレプトコッカス・エクイナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ガロリティカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、ストレプトコッカス・インファンタリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・インファンティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ストレプトコッカス・ルテティエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｔｉｅｎｓｉｓ）、ストレプトコッカス・ミティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ）、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・パラユベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ペロリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｒｏｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ストレプトコッカス・ソーラルテンシ��（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｏｒａｌｔｅｎｓｉｓ）、ストレプトコッカス・ユベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ベスティブラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｅｓｔｉｂｕｌａｒｉｓ）、及びストレプトコッカス・ビリダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）から選択されるストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、
アセトアナエロバクテリウム・エロンガツム（Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｏｎｇａｔｕｍ）、アナエロフィルム・ペントソボランス（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ  ｐｅｎｔｏｓｏｖｏｒａｎｓ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ブチリシコッカス・プリカエコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、クロストリジウム・アノレクシカス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｎｏｒｅｘｉｃｕｓ）（インテスティニモナス・ブチリシプロデュセンス（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ  ｂｕｔｙｒｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ））、クロストリジウム・セロビオパルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｏｂｉｏｐａｒｕｍ）、クロストリジウム・クラリフラブム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌａｒｉｆｌａｖｕｍ）、クロストリジウム・レプツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ）、クロストリジウム・メチルベントーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・ビリデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ）、ユウバクテリウム・デスモランス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｓｍｏｌａｎｓ）、ユウバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、フラボニフラクター・プラウティイ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）、ゲンミゲル・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ハイドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、オシリバクター・バレリシゲネス（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ）、パピリバクター・シンナミボランス（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ）、ルミノコッカス・ブローミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・チャンパネレンシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅｎｓｉｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、ソーレアフェレア・マスシリエンシス（Ｓｏｌｅａｆｅｒｒｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、未分類のアナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、及び未分類のサブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）から選択されるルミノコッカス科（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、
アノキシナトロヌム・シビリクム（Ａｎｏｘｙｎａｔｒｏｎｕｍ  ｓｉｂｉｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・バートレティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、クロストリジウム・バイフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ゴニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ）、クロストリジウム・グライコリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ヒラノニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓ）、クロストリジウム・イレギュラレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ）、クロストリジウム・リツセブレンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｔｕｓｅｂｕｒｅｎｓｅ）、クロストリジウム・ソルデリイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ）、クロストリジウム・スティックランディイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｉｃｋｌａｎｄｉｉ）、ユウバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ）、フィリファクター・アロキス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ａｌｏｃｉｓ）、フィリファクター・ビロサス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ｖｉｌｌｏｓｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ）、及びペプトストレプトコッカス・ストマティ（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｔｏｍａｔｉ）から選択されるペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、
アナエロスティペス・ブチラティカス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｂｕｔｙｒａｔｉｃｕｓ）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、アナエロスティペス・コリ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃｏｌｉ）、アナエロスティペス・ラムノーサス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、アナエロスティペス・ハドラス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ）、アノクシスティペス・コントルタム（Ａｎｏｘｙｓｔｉｐｅｓ  ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ）、アノクシスティペス・フィシカテナ（Ａｎｏｘｙｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ）、アノクシスティペス・オロティカム（Ａｎｏｘｙｓｔｉｐｅｓ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、バクテロイデス・ペクチノフィルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｅｃｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ）、ブラウティア・コッコイデス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、ブラウティア・ファエシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ブラウティア・グルセラセア（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ）、ブラウティア・ハンセニイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｌｕｔｉ）、ブラウティア（ルミノコッカス）・マスシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ブラウティア（ルミノコッカス）・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）  ｏｂｅｕｍ）、ブラウティア・プロドゥクタ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｐｒｏｄｕｃｔａ）、ブラウティア・スターコリス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、ブラウティア・ワクスレレ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｗｅｘｌｅｒａｅ）、ブチリビブリオ・クロッソツス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、セルロシライティカム・レントセルム（Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｍ  ｌｅｎｔｏｃｅｌｌｕｍ）、クロストリジウム・アミノバレリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｖａｌｅｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・アルデネンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｅｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アスパラギホルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・ボルテアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｌｔｅａｅ）、クロストリジウム・シトロニアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｉｔｒｏｎｉａｅ）、クロストリジウム・クロストリディオフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・グリシルリジニリチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・ハービボランス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｅｒｂｉｖｏｒａｎｓ）、クロストリジウム・ハイレモンアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｙｌｅｍｏｎａｅ）、クロストリジウム・インドーリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・ラクタティフェルメンタ���ス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ラバレンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｖａｌｅｎｓｅ）、クロストリジウム・メソオキシベンゾボランス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｏｘｙｂｅｎｚｏｖｏｒａｎｓ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ポプレティ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｏｐｕｌｅｔｉ）、クロストリジウム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・スフェノイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ）、コプロコッカス・オイタクツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ドレア・マスシリエンシス（Ｄｏｒｅａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ユウバクテリウム・セルロソルベンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ユウバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ）、ユウバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ）、ユウバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ）、ユウバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ）、ユウバクテリウム・ルミナンティウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユウバクテリウム・ベントリオサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、フシカテニバクター・サッカリボランス（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｎｓ）  、ヘスペリア・ポルチーナ（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ  ｐｏｒｃｉｎａ）、ヘスペリア・ステアコリスイス（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓｕｉｓ）、ハワーデラ・ウレイリティカ（Ｈｏｗａｒｄｅｌｌａ  ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）、ラクノアナエロバクラム・サブレウム（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓａｂｕｒｒｅｕｍ）、ラクノアナエロバクラム・ウメアエンス（Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｕｍｅａｅｎｓｅ）、バクテロイデス・ガラクチュロニカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇａｌａｃｔｕｒｏｎｉｃｕｓ）、ラクノスピラ・ペクチノスチザ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｐｅｃｔｉｎｏｓｃｈｉｚａ）、ラクトバチルス・ロゴサエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｇｏｓａｅ）、ラクチノファクター・ロンゴビフォルミス（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ  ｌｏｎｇｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）、ラクノバクテリウム・ボビス（Ｌａｃｈｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｖｉｓ）、マーバインブリアンティア・フォーマテキシゲンス（Ｍａｒｖｉｎｂｒｙａｎｔｉａ  ｆｏｒｍａｔｅｘｉｇｅｎｓ）、モリエラ・インドリゲネス（Ｍｏｒｙｅｌｌａ  ｉｎｄｏｌｉｇｅｎｅｓ）、オリバクテリウム・シナス（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｎｕｓ）、パラス���ロバクテリウム・パウシボランス（Ｐａｒａｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ  ｐｅｏｒｉｅｎｓｉｓ）、ロゼブリア・フェシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・インテスティナーリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ルミノコッカス・ガウブレアウイイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｕｖｒｅａｕｉｉ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・ファエシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｓ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌５＿１＿６３ＦＡＡ、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１、及びラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌８＿１＿５７ＦＡＡから選択されるラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、
カテニバクテリウム・ミツオカイ（Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ）、コプロバチルス・カテニフォルミス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｔｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、未分類のコプロバチルス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、エガーシア・カテナフォルミス（Ｅｇｇｅｒｔｈｉａ  ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ）、カンドレリア・ヴィツリナ（Ｋａｎｄｌｅｒｉａ  ｖｉｔｕｌｉｎａ）、及びストックエフィカス・マスシリエンシス（Ｓｔｏｑｕｅｆｉｃｈｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）から選択されるエリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩ、
アナエロラブダス・フルコサ（Ａｎａｅｒｏｒｈａｂｄｕｓ  ｆｕｒｃｏｓａ）、ブレイディア・エクストルクタ（Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ  ｅｘｔｒｕｃｔａ）、クロストリジウム・コクレアツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｌｅａｔｕｍ）、クロストリジウム・ラモーザム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・サッカログミア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ）、クロストリジウム・スパイロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、ホールディマニア・フィリフォルミス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｆｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、ホールディマニア・マスシリエンシス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、及びサロバクテリウム・ムーレイ（Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｏｒｅｉ）から選択されるエリシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）ＸＶＩＩＩ、並びに
アリソネラ・ヒスタミニフォルマンス（Ａｌｌｉｓｏｎｅｌｌａ  ｈｉｓｔａｍｉｎｉｆｏｒｍａｎｓ）、ディアリスター・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ）、ディアリスター・ニューモシンテス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｎｅｕｍｏｓｉｎｔｅｓ）、ディアリスター・サクシナティフィラス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎａｔｉｐｈｉｌｕｓ）、メガモナス・ファニフォーミス（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、メガモナス・ハイパーメガーレ（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、ミツオケラ・ジャラルディニイ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｊａｌａｌｕｄｉｎｉｉ）、ミツオケラ・マルトアシダ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｍｕｌｔａｃｉｄａ）、ネガティビコッカス・サクシニシボランス（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｉｃｉｖｏｒａｎｓ）、セレノモナス・ルミナンティウム（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ａｔｙｐｉｃａ）、ベイロネラ・ディスパー（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）、ベイロネラ・パルブーラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、ベイロネラ・ラッティ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｒａｔｔｉ）、ベイロネラ・ロゴサエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｒｏｇｏｓａｅ）、及び未分類のベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）から選択されるベイヨネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）のファミリーから選択される。
【０１４８】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・ロングム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ペディオコッカス・ペントサセウス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ルミノコッカス・ブローミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、未分類のアナエロツルンカス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、未分類のサブドリグラヌルム（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、ブラウティア（ルミノコッカス）・オベウム（Ｂｌａｕｔｉａ  （Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）  ｏｂｅｕｍ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ユウバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａ）細菌５＿１＿６３ＦＡＡ、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１、及びラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）細菌８＿１＿５７ＦＡＡ、未分類のコプロバチルス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、クロストリジウム・スパイロフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、ベイロネラ・パルブーラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、及び未分類のベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）から選択される。
【０１４９】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種はグラム陰性であり、
バクテロイデス・カカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・セルロシリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・クラルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌａｒｕｓ）、バクテロイデス・コプロコーラ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｃｏｌａ）、バクテロイデス・コプロフィラス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ）、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、バクテロイデス・ファエシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、バクテロイデス・ファインゴールディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、バクテロイデス・フラクサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｌｕｘｕｓ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・グラミニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｒａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、バクテロイデス・インテスティナーリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、バクテロイデス・マスシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・ノルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｎｏｒｄｉｉ）、バクテロイデス・オレイシプレヌス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｌｅｉｃｉｐｌｅｎｕｓ）、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、バクテロイデス・ピオゲネス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、バクテロイデス・セイリヤーシアエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ）、バクテロイデス・スターコリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・チモネンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・ブルガータス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、及びバクテロイデス目ｐｈ８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｐｈ８）から選択されるバクテロイデス科（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｃｅａｅ）、
バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、ブチリシモナス・シネルギスティカ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｉｃａ）、ブチリシモナス・ビローサ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｖｉｒｏｓａ）、ディスゴノモナス・ガデイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｇａｄｅｉ）、オドリバクター・ラネウス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｌａｎｅｕｓ）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ジョンソニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・メルダエ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ）、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、ポルフィロモナス・エンドドンタリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｄｏｄｏｎｔａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・ソメラエ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｏｍｅｒａｅ）、ポルフィロモナス・ウエノニス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｕｅｎｏｎｉｓ）、及びタンネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）から選択されるポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、
バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アロプレボテーラ・タンネラエ（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテーラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・アムニオチカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｍｎｉｏｔｉｃａ）、プレボテーラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｉｖｉａ）、プレボテーラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテーラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｕｃｃａｅ）、プレボテーラ・ブライアンティイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｒｙａｎｔｉｉ）、プレボテーラ・コンセプチオネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｎｃｅｐｔｉｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｐｒｉ）、プレボテーラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテーラ・デンティコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテーラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテーラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｅｎｏｅｃａ）、プレボテーラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテーラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテーラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテーラ・ナンセイエンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテーラ・オーロラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｕｌｏｒａ）、プレボテーラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、プレボテーラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテーラ・ルミニコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテーラ・シャーヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｈａｈｉｉ）、プレボテーラ・スターコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテーラ・チモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテーラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）、パラプレボテーラ・クララ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｌａｒａ）、パラプレボテーラ・キシラニフィラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｘｙｌａｎｉｐｈｉｌａ）、及び未分類のパラプレボテーラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）から選択されるプレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、
アリスティペス・ファインゴールディイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、アリスティペス・インディスティンクタス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓ）、アリスティペス・マルセイロアノレクシカス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｍａｒｓｅｉｌｌｏａｎｏｒｅｘｉｃｕｓ）、アリスティペス・オベシ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｂｅｓｉ）、アリスティペス・オンデルドンキイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ）、アリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスティペス・セネガレンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｅｎｅｇａｌｅｎｓｉｓ）、アリスティペス・シャーヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、及びアリスティペス・チモネンシス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）から選択されるリケネーラ科（Ｒｉｋｅｎｅｌｌａｃｅａｅ）、
アベリエラ・ダルハウジエンシス（Ａｖｅｒｙｅｌｌａ  ｄａｌｈｏｕｓｉｅｎｓｉｓ）、セデセア・ダヴィスアエ（Ｃｅｄｅｃｅａ  ｄａｖｉｓａｅ）、サイトロバクター・アマロナティカス（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ）、サイトロバクター・ブラアキイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｂｒａａｋｉｉ）、サイトロバクター・ファルメリ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｒｍｅｒｉ）、サイトロバクター・インターメディウス（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、サイトロバクター・コセリ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｋｏｓｅｒｉ）、サイトロバクター・フレウンディイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、サイトロバクター・ギレニイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｇｉｌｌｅｎｉｉ）、サイトロバクター・ムルリニアエ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｌｉｎｉａｅ）、サイトロバクター・セドラキイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｅｄｌａｋｉｉ）、サイトロバクター・ベルクマニイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｗｅｒｋｍａｎｉｉ）、サイトロバクター・ヤンガエ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｙｏｕｎｇａｅ）、サイトロバクター・サカザキイ（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｓａｋａｚａｋｉｉ）、エドワージエラ・タルダ（Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ  ｔａｒｄａ）、エンテロバクター・アエロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、エンテロバクター・アスブリアエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ）、エンテロバクター・カンセロゲナス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｕｓ）、エンテロバクター・クロアカエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ）、エンテロバクター・ホルメシェイ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ）、エンテロバクター・ルドウィギイ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｌｕｄｗｉｇｉｉ）、エンテロバクター・マスシリエンシス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、エシェリキア・アルベルティイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ａｌｂｅｒｔｉｉ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、エシェリキア・ファグソニイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ）、エシェリキア・ハーマンニイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｈｅｒｍａｎｎｉｉ）、ハフニア・アルベイ（Ｈａｆｎｉａ  ａｌｖｅｉ）、クレブシエラ・オキシトカ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ）、クレブシエラ・ニューモニアエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、クライベラ・アスコルバータ（Ｋｌｕｙｖｅｒａ  ａｓｃｏｒｂａｔａ）、レミノレラ・グリモンティイ（Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ  ｇｒｉｍｏｎｔｉｉ）、レミノレラ・リチャーディイ（Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ  ｒｉｃｈａｒｄｉｉ）、モエレレラ・ウィスコンセンシス（Ｍｏｅｌｌｅｒｅｌｌａ  ｗｉｓｃｏｎｓｅｎｓｉｓ）、モーガネラ・モーガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）、パントエア・アグロメランス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）、プレシオモナス・シゲロイデス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロテウス・ペンネ���（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｐｅｎｎｅｒｉ）、プロテウス・ブルガリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓ）、プロビデンシア・アルカリファシエンス（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ａｌｃａｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、プロビデンシア・レットゲリ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｅｔｔｇｅｒｉ）、プロビデンシア・ラスティジアニイ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｕｓｔｉｇｉａｎｉｉ）、プロビデンシア・スチュアーティイ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉ）、ラオウルテラ・プランティコーラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、ラオウルテラ・テリジェナ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｔｅｒｒｉｇｅｎａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、セラチア・フィカリア（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｆｉｃａｒｉａ）、セラチア・フォンティコーラ（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｆｏｎｔｉｃｏｌａ）、セラチア・リクファシエンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、セラチア・マルセッセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、シゲラ・ディセンテリアエ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ）、シゲラ・フレクスネリ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、シゲラ・ソンネイ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ）、テイタメラ・ティセオス（Ｔａｔｕｍｅｌｌａ  ｐｔｙｓｅｏｓ）、トラブルシエラ・グアメンシス（Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ  ｇｕａｍｅｎｓｉｓ）、エルシニア・アレクシシアエ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ａｌｅｋｓｉｃｉａｅ）、エルシニア・ベルコビエリ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｂｅｒｃｏｖｉｅｒｉ）、エルシニア・エンテロコリティカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、エルシニア・フレデリクセニイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ）、エルシニア・クリステンセニイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｋｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、エルシニア・シュードツベルクローシス（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、エルシニア・ローデイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｒｏｈｄｅｉ）、及びヨケネラ・レジェンスブルゲイ（Ｙｏｋｅｎｅｌｌａ  ｒｅｇｅｎｓｂｕｒｇｅｉ）から選択される腸内細菌科（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、並びに
プロシェコバクター・フルビアティリス（Ｐｒｏｓｔｈｅｃｏｂａｃｔｅｒ  ｆｌｕｖｉａｔｉｌｉｓ）及びアッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）から選択されるウェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）のファミリーから選択される。
【０１５０】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス目ｐｈ８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｐｈ８）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、パラプレボテーラ・クララ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｌａｒａ）、未分類のパラプレボテーラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、アリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスティペス・シャーヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、エシェリキア・コリ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、及びアッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）から選択される。
【０１５１】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、本明細書で記載される種のいずれかから選択されるヒト腸内マイクロバイオーム種である。
【０１５２】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＣＤＣＡ、ＬＣＡなどの内因性胆汁酸による増殖抑制に感受性がある。一実施形態では、胆汁酸による増殖抑制に感受性がある１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、本明細書に記載されるグラム陽性種である。
【０１５３】
一実施形態では、医薬組成物は、０．１〜１５００ｍｇ、０．２〜１２００ｍｇ、０．３〜１０００ｍｇ、０．４〜８００ｍｇ、０．５〜６００ｍｇ、０．６〜５００ｍｇ、０．７〜４００ｍｇ、０．８〜３００ｍｇ、１〜２００ｍｇ、１〜１００ｍｇ、１〜５０ｍｇ、１〜３０ｍｇ、４〜２６ｍｇ、又は５〜２５ｍｇの量において、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩を含む。一実施形態では、医薬組成物は、５〜２５ｍｇの量において、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩を含む。
【０１５４】
一実施形態では、医薬組成物は、１００〜１０１２コロニー形成単位（ＣＦＵ）、１００〜１０９ＣＦＵ、１００〜１０６ＣＦＵ、１００〜１０５ＣＦＵ、１００〜１０４ＣＦＵ、又は１００〜１０３ＣＦＵ、又は１０３〜１０１２ＣＦＵ、１０３〜１０９ＣＦＵ、１０３〜１０６ＣＦＵ、１０３〜１０５ＣＦＵ、又は１０３〜１０４ＣＦＵ、又は１０４〜１０１２ＣＦＵ、１０４〜１０９ＣＦＵ、１０４〜１０６ＣＦＵ、又は１０４〜１０５ＣＦＵ、又は１０５〜１０１２ＣＦＵ、１０５〜１０９ＣＦＵ、又は１０５〜１０６ＣＦＵ、又は１０６〜１０１２ＣＦＵ、１０６〜１０１１ＣＦＵ、１０６〜１０１０ＣＦＵ、１０６〜１０９ＣＦＵ、１０６〜１０８ＣＦＵ、又は１０６〜１０７ＣＦＵ、又は１０７〜１０１２ＣＦＵ、１０７〜１０１１ＣＦＵ、１０７〜１０１０ＣＦＵ、１０７〜１０９ＣＦＵ、又は１０７〜１０８ＣＦＵ、又は１０８〜１０１２ＣＦＵ、１０８〜１０１１ＣＦＵ、１０８〜１０１０ＣＦＵ、又は１０８〜１０９ＣＦＵ、又は１０９〜１０１２ＣＦＵ、１０９〜１０１１ＣＦＵ、又は１０９〜１０１０ＣＦＵの量において、１種以上の腸内マイクロバイオーム種を含む。
【０１５５】
一実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、経口、非経口、又は局所投与のために製剤化される。一実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、経口投与のために製剤化される。一実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、固体形態で製剤化される。一実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、錠剤又はカプセル剤として製剤化される。
【０１５６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、経口投与のために製剤化される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、液体培養液として製剤化される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、凍結乾燥固体（例えば、粉末）として製剤化される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ゲルとして製剤化される。
【０１５７】
実施形態のうちの１つにおいて、本願は、バイオマーカーとしての腸内マイクロバイオームの特徴を使用する方法に関する。
【０１５８】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する方法であって、それを必要とする対象に、ＯＣＡ、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩、及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種を投与することを含む方法に関する。一実施形態では、本願は、治療する方法に関する。一実施形態では、本願は、予防する方法に関する。一実施形態では、本願は、治療する方法に関する。一実施形態では、本願は、予防する方法に関する。
【０１５９】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する際に１種以上の腸内マイクロバイオーム種と組み合わせて使用するための、ＯＣＡ、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０１６０】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態の治療又は予防のための１種以上の腸内マイクロバイオーム種を用いる併用療法のための医薬の製造における、ＯＣＡ、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０１６１】
本願は又、ＦＸＲ介在性の疾患若しくは病態、又は腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患若しくは病態を治療又は予防する際の１種以上の腸内マイクロバイオーム種との組み合わせにおける、ＯＣＡ、又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０１６２】
本願は又、疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドの有効性を増強する方法であって、それを必要とする対象に１種以上の腸内マイクロバイオーム種を投与することを含む方法に関する。一実施形態では、本願は、治療する方法に関する。一実施形態では、本願は、予防する方法に関する。
【０１６３】
本願は又、疾患又は病態を治療又は予防する際にＦＸＲリガンドの有効性を増強することに使用するための、１種以上の腸内マイクロバイオーム種に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０１６４】
本願は又、疾患又は病態の治療又は予防におけるＦＸＲリガンドの有効性を増強するための医薬の製造における、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０１６５】
本願は又、疾患又は病態を治療又は予防する際にＦＸＲリガンドの有効性を増強する際の、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の使用に関する。一実施形態では、本願は治療に関する。一実施形態では、本願は予防に関する。
【０１６６】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の前に、それと同時に、又はその後に投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の前及びそれと同時に投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の前及び後に投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与と同時に、及びその後に投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の前又は後に、１回、２回、３回、又はそれ以上の回数で投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の前及びそれと同時に、１回、２回、３回、又はそれ以上の回数で投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の前に１回、２回、３回、又はそれ以上の回数、及びその後に１回、２回、３回、又はそれ以上の回数で投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与と同時に及びその後に１回、２回、３回、又はそれ以上の回数で投与される。
【０１６７】
一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の１０分、３０分、１時間、２時間、４時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１８時間、２４時間、３６時間、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、２週間、３週間、４週間、又はそれ以上前に、１回、２回、３回、又はそれ以上の回数で投与される。一実施形態では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、ＦＸＲリガンドの投与の１０分、３０分、１時間、２時間、４時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間、１８時間、２４時間、３６時間、２日、３日、４日、５日、６日、７日、１０日、２週間、３週間、４週間、又はそれ以上後に、１回、２回、３回、又はそれ以上の回数で投与される。
【０１６８】
一実施形態では、疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドの有効性は、ＥＣ５０値によって決定される。一実施形態では、疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドの有効性は、ＩＣ５０値によって決定される。一実施形態では、本明細書で記載される１種以上の腸内マイクロバイオーム種の投与は、疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドのＥＣ５０値を、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％、又はそれ以上低下させる。一実施形態では、本明細書で記載される１種以上の腸内マイクロバイオーム種の投与は、疾患又は病態を治療又は予防する際のＦＸＲリガンドのＩＣ５０値を、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％、又はそれ以上低下させる。
【０１６９】
一実施形態では、ＦＸＲリガンドは、内因性ＦＸＲリガンドである。一実施形態では、内因性ＦＸＲリガンドは、内因性ＦＸＲアゴニストである。一実施形態では、内因性ＦＸＲアゴニストは、ＣＤＣＡ、ＬＣＡなどである。一実施形態では、ＦＸＲリガンドは、ＦＸＲアゴニストである。一実施形態では、ＦＸＲアゴニストは、ＯＣＡである。
【０１７０】
一実施形態では、疾患又は病態は、ＦＸＲ介在性疾患又は病態である。ＦＸＲ介在性疾患又は病態の例としては、胆汁うっ滞性肝疾患などの肝疾患、例えば、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、門脈圧亢進症、胆汁酸下痢、慢性肝疾患、非アルコール性脂肪肝疾患（ＮＡＦＬＤ）、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、アルコール性肝疾患、進行性線維症による肝損傷及び肝臓線維症が挙げられるが、これらに限定されない。ＦＸＲ介在性疾患の例としては又、高血糖症、糖尿病、肥満症、インスリン抵抗性、高脂血症、高ＬＤＬ−コレステロール、高ＨＤＬ−コレステロール、高トリグリセリド、循環器疾患、及び線維症が挙げられる。
【０１７１】
ＮＡＦＬＤは、肝臓における脂肪の蓄積（脂肪浸潤と呼ばれる）によって特徴付けられる医学的状態である。ＮＡＦＬＤは、慢性肝疾患の最も一般的な原因の１つであり、肝細胞における脂質沈着を伴う一連の病態を包含する。これは、脂肪症（単なる脂肪肝）から、非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）まで、進行した線維症及び硬変までの範囲にわたる。この疾患は、主として無症候性であり、多くの場合、偶発的に上昇した肝臓酵素レベルを通して発見される。ＮＡＦＬＤは、肥満症及びインスリン抵抗性と強く関連しており、現在、多くの人々によってメタボリックシンドロームの肝臓要素と考えられている。
【０１７２】
非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）は、肝臓における炎症、並びに脂肪及び線維（瘢痕）組織の蓄積を引き起こす病態である。血液中の肝臓酵素レベルは、非アルコール性脂肪肝（ＮＡＦＬ）で見られる穏やかな上昇よりも高い可能性がある。類似の病態は、アルコールを乱用している人において発生する可能性があるが、ＮＡＳＨは、アルコールをほとんど又はまったく飲まない人において発生する。ＮＡＳＨは、米国人の２〜５パーセントが罹患し、次の状態のうちの１つ以上を有する人において最も頻繁に見られる：肥満症、糖尿病、高脂血症、インスリン抵抗性、特定の医薬品の使用、及び毒素への曝露。ＮＡＳＨは、世界中でますます一般的な慢性肝疾患の原因になっており、硬変が存在せずとも肝臓関連の死亡率及び肝細胞癌の増加と関連性がある。ＮＡＳＨは、罹患した個人の１５〜２０％において硬変に進行し、現在、米国における肝臓移植の主要な適応症の１つである。現在のところ、ＮＡＳＨのための認可された治療法は存在しない。
【０１７３】
線維症は、組織又は器官における過剰な線維性結合組織、例えば瘢痕組織の発達を伴う病態を指す。このような瘢痕組織の生成は、疾患、外傷、化学的毒性などによる器官の感染、炎症又は損傷に反応して起こり得る。線維症は、肝臓、腎臓、腸、肺、心臓などを含む種々の異なる組織及び器官において発症し得る。
【０１７４】
一実施形態では、線維症は、肝線維症、腎線維症、及び腸管線維症からなる群から選択される。
【０１７５】
一実施形態では、肝線維症は、Ｂ型肝炎；Ｃ型肝炎；寄生虫性肝疾患；移植後の細菌、ウイルス及び真菌感染症；アルコール性肝疾患（ＡＬＤ）；非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）；非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）；メトトレキサート、イソニアジド、オキシフェニスタチン、メチルドパ、クロルプロマジン、トルブタミド又はアミオダロンにより誘発される肝疾患；自己免疫性肝炎；サルコイドーシス；ウィルソン病；ヘモクロマトーシス；ゴーシェ病；ＩＩＩ、ＩＶ、ＶＩ、ＩＸ及びＸ型糖原病；α１−アンチトリプシン欠損症；ツェルウェーガー症候群；チロシン血症；果糖血症；ガラクトース血症；バッド・キアリ症候群、静脈閉塞症又は門脈血栓症を伴う血管障害；並びに先天性肝線維症からなる群から選択される疾患と関連する。
【０１７６】
別の実施形態では、腸管線維症は、クローン病、潰瘍性大腸炎、放射線照射後の大腸炎、及び顕微鏡的大腸炎からなる群から選択される疾患と関連する。
【０１７７】
別の実施形態では、腎線維症は、糖尿病性腎症、高血圧性腎硬化症、慢性糸球体腎炎、慢性移植糸球体症、慢性間質性腎炎、及び多発性嚢胞腎からなる群から選択される疾患と関連する。
【０１７８】
原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）は、肝臓の小胆管のゆっくりした進行性の破壊によって示される肝臓の自己免疫疾患であり、小葉内管（Ｈｅｒｉｎｇ管）が、疾患の初期に冒される。これらの管が損傷を受けると、胆汁が肝臓内で蓄積して（胆汁うっ滞）、経時的に組織に損傷を与える。これは、瘢痕化、線維症、及び肝硬変を引き起こし得る。原発性胆汁性肝硬変は、小葉間胆管の破壊によって特徴付けられる。原発性胆汁性肝硬変の病理組織学的な所見としては：上皮内リンパ球によって特徴付けられる胆管の炎症、及び管周囲類上皮肉芽腫が挙げられる。ＰＢＣには４つのステージがある。
ステージ１−門脈ステージ：正常なサイズの三管；門脈炎症、わずかな胆管の損傷。肉芽腫が多くの場合、このステージにおいて検出される。
ステージ２−門脈周囲ステージ：拡大した三管；門脈周囲線維症及び／又は炎症。典型的に、このステージは、小胆管の増殖の所見によって特徴付けられる。
ステージ３−隔壁ステージ：活動性及び／又は受動性の繊維性隔壁。
ステージ４−胆汁性肝硬変：小結節が存在する；ガーランド
【０１７９】
原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）は、肝内（肝臓の内側）レベル及び肝外（肝臓の外側）レベルの双方で、胆管の炎症及びその後の閉塞症を引き起こす胆管の疾患である。炎症は、腸への胆汁の流れを妨げ、これは最終的に、肝硬変、肝不全、及び肝癌を引き起こし得る。
【０１８０】
本明細書で使用する場合、「胆汁うっ滞性病態」は、肝臓からの胆汁排出に障害があるか又はそれが遮断されるいずれかの疾患又は病態を指し、これは、肝臓内又は胆管内で起こり得る。肝内胆汁うっ滞及び肝外胆汁うっ滞は、胆汁うっ滞性病態の２つのタイプである。（肝臓内で起こる）肝内胆汁うっ滞は、原発性胆汁性肝硬変、原発性硬化性胆管炎、敗血症（全身感染）、急性アルコール性肝炎、薬物毒性、（静脈内供給される）完全静脈栄養、悪性腫瘍、嚢胞性線維症及び妊娠で最もよく見られる。（肝臓の外側で起こる）肝外胆汁うっ滞は、胆管腫瘍、狭窄、嚢胞、憩室、総胆管での結石、膵炎、膵腫瘍又は仮性嚢胞、及び近くの器官における腫瘤又は腫瘍による圧迫により引き起こされ得る。
【０１８１】
一実施形態では、胆汁うっ滞性病態は、アルカリホスファターゼ、γ−グルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）及び／又は５’ヌクレオチダーゼの血清レベルが異常に上昇しているものとして定義される。別の実施形態では、胆汁うっ滞性病態は、少なくとも１つの臨床症状を呈することとしてさらに定義される。一実施形態では、この症状は、かゆみ（そう痒）である。別の実施形態では、胆汁うっ滞性病態は、原発性胆汁性肝硬変（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＢＳ）、薬物誘導性胆汁うっ滞、遺伝性胆汁うっ滞、及び妊娠性肝内性胆汁うっ滞からなる群から選択される。
【０１８２】
胆汁うっ滞性病態の臨床症状及び徴候としては、かゆみ（そう痒）、疲労、皮膚又は眼の黄疸、ある種の食物の消化不能、悪心、嘔吐、白色便、暗色尿及び右上腹部痛が挙げられる。胆汁うっ滞性病態の患者は、患者の血清中におけるアルカリホスファターゼ、γ−グルタミルトランスペプチダーゼ（ＧＧＴ）、５’ヌクレオチダーゼ、ビリルビン、胆汁酸及びコレステロールのレベルの測定を含む一連の標準的な臨床検査試験に基づいて診断され、臨床的に経過観察され得る。一般に、患者は、アルカリホスファターゼ、ＧＧＴ及び５’ヌクレオチダーゼの３つ全ての診断マーカーの血清レベルが異常に上昇していると考えられる場合、胆汁うっ滞性病態を有するものと診断される。これらのマーカーの正常な血清レベルは、試験プロトコルに依存して、検査室間及び手順間である程度変動し得る。したがって、医師は、具体的な検査室及び検査手順に基づいて、各マーカーに対して異常に高い血液レベルが何であるかを決定可能である。例えば、胆汁うっ滞性病態に罹患している患者は、一般に、血中でアルカリホスファターゼが約１２５ＩＵ／Ｌを超え、ＧＧＴが約６５ＩＵ／Ｌを超え、５’ヌクレオチダーゼが約１７ＮＩＬを超える。血清マーカーレベルに変動性があるため、胆汁うっ滞性病態は、かゆみ（そう痒）などの上記の症状の少なくとも１つに加えて、これら３種類のマーカーの異常なレベルに基づいて診断され得る。
【０１８３】
一実施形態では、対象は、原発性肝臓及び胆道癌、転移性癌、敗血症、長期にわたる完全静脈栄養、嚢胞性線維症、及び肉芽腫性肝疾患からなる群から選択される疾患又は病態を伴う胆汁うっ滞性病態に罹患していない。実施形態において、治療又は予防される線維症は、ＦＸＲが発現される器官で発生する。
【０１８４】
一実施形態では、疾患又は病態は、腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患又は病態である。腸内マイクロバイオームの異常な組成が関与する疾患又は病態の例としては、自己免疫疾患、セリアック病、アレルギー性胃腸症、アレルギー、Ｉ型糖尿病、甲状腺炎、関節リウマチ、視神経脊髄炎、過敏性腸疾患、腸機能障害、炎症性腸疾患、クローン病、心血管疾患（例えば、高血圧、卒中、末梢動脈疾患、うっ血性心不全、及び冠動脈疾患）、癌（例えば、胃癌、腸癌、及び大腸癌）、代謝障害（例えば、高脂血症、高ＬＤＬ−コレステロール、高ＨＤＬ−コレステロール、高トリグリセリド、高血糖症、糖尿病、及び肥満症）、微生物性感染（例えば、抗生物質の使用に関連した感染、Ｃ．ディフィシル（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）感染）、並びに抗生物質に関連した下痢症が挙げられる。
【０１８５】
一実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、同時に投与される。例えば、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、単一の医薬組成物中において薬学的に許容される担体とともに投与される。別の実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、順次投与される。例えば、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の前又は後に投与される。
【０１８６】
一実施形態では、医薬組成物は、経口、非経口又は局所投与される。別の実施形態では、医薬組成物は経口投与される。
【０１８７】
本願の方法及び使用において、活性物質が、１日単回用量で、又は１日当たり２、３、４回、若しくはそれ以上の同一若しくは異なる分割用量で投与されてよく、これらは１日の間で同時に投与されてもよいし、異なる時点にて投与されてもよい。通常、活性物質は同時に、より一般的には単一の複合剤形で、投与されることになる。
【０１８８】
一態様では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、それらがそれぞれの単剤療法において投与される投与量と実質的に同じ投与量で投与される。一態様では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、その単剤療法の投与量よりも少ない（例えば、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、又は１０％未満）投与量で投与される。一態様では、１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、その単剤療法の投与量よりも少ない（例えば、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、又は１０％未満）投与量で投与される。一態様では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、それらのそれぞれの単剤療法の投与量よりも少ない（例えば、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、又は１０％未満）投与量で投与される。
【０１８９】
本願の医薬組成物は、経口投与に好都合な任意の形態、例えば錠剤、カプセル剤、粉末、ロゼンジ、ピル、トローチ、エリキシル、凍結乾燥した粉末、溶液、顆粒、懸濁液、エマルジョン、シロップ、又はチンキであってもよい。徐放性の形態又は遅延放出性の形態は又、例えば、コーティングされた粒子、多層錠剤、カプセル内カプセル、カプセル内錠剤、又は微粒剤の形態で調製されてもよい。
【０１９０】
経口投与用の固体形態は、薬学的に許容される結合剤、甘味料、崩壊剤、希釈剤、香味剤、コーティング剤、防腐剤、潤滑剤、及び／又は時間遅延剤を含有してもよい。好適な結合剤としては、アカシアゴム、ゼラチン、コーンスターチ、トラガカントゴム、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルエルロース（ｃａｒｂｏｘｙｍｅｔｈｙｌｅｌｌｕｌｏｓｅ）又はポリエチレングリコールが挙げられる。好適な甘味料として、スクロース、ラクトース、グルコース、アスパルテーム、又はサッカリンが挙げられる。好適な崩壊剤として、コーンスターチ、メチルセルロース、ポリビニルピロリドン、キサンタンゴム、ベントナイト、アルギン酸、又は寒天が挙げられる。好適な希釈剤として、ラクトース、ソルビトール、マニトール、デキストロース、カオリン、セルロース、炭酸カルシウム、ケイ酸カルシウム、又はリン酸二カルシウムが挙げられる。好適な香味剤として、ペパーミント油、冬緑油、チェリー、オレンジ、又はラズベリー香料が挙げられる。好適なコーティング剤として、ポリマー若しくはコポリマー、アクリル酸及び／若しくはメタクリル酸、並びに／又はそれらのエステル、ワックス、脂肪アルコール、ゼイン、セラック、若しくはグルテンが挙げられる。好適な防腐剤として、安息香酸ナトリウム、ビタミンＥ、アルファ−トコフェロール、アスコルビン酸、メチルパラベン、プロピルパラベン、又は亜硫酸水素ナトリウムが挙げられる。好適な潤滑剤として、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、オレイン酸ナトリウム、塩化ナトリウム、又はタルクが挙げられる。好適な時間遅延剤として、モノステアリン酸グリセリル又はジステアリン酸グリセリルが挙げられる。
【０１９１】
経口投与用の液体形態は、上記の剤に加えて、液体担体を含有してもよい。好適な液体担体としては、水、油、例えばオリーブ油、ピーナツ油、ゴマ油、ヒマワリ油、ベニバナ油、ラッカセイ油、ヤシ油、流動パラフィン、エチレングリコール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、エタノール、プロパノール、イソプロパノール、グリセロール、脂肪アルコール、トリグリセリド又はそれらの混合物が挙げられる。
【０１９２】
経口投与用の懸濁液としてさらに、分散剤及び／又は懸濁剤が挙げられ得る。好適な懸濁剤として、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、アルギン酸ナトリウム、又はセチルアルコールが挙げられる。好適な分散剤として、レシチン、脂肪酸、例えばステアリン酸のポリオキシエチレンエステル、ポリオキシエチレンソルビトールモノ−又はジ−オレエート、−ステアレート又は−ラウレート、ポリオキシエチレンソルビタンモノ−又はジ−オレエート、−ステアレート又は−ラウレートなどが挙げられる。
【０１９３】
経口投与用のエマルジョンとしてさらに、１つ以上の乳化剤が挙げられ得る。好適な乳化剤として、先で例示される分散剤又は天然ゴム、例えばアラビアゴム若しくはトラガカントゴムが挙げられる。
【０１９４】
本願の医薬組成物は、選択された賦形剤、担体、補助剤及び／又は希釈剤とともに、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び／又は１種以上の腸内マイクロバイオーム種を配合、粉砕、均質化、懸濁、溶解、乳化、分散及び／又は混合することによって調製され得る。錠剤又はカプセル剤の形態における本願の医薬組成物の１種は、（ａ）任意の所望の賦形剤、担体、補助剤及び／又は希釈剤とともに、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩から選択される少なくとも１つの活性物質を含む第１の錠剤を調製し、且つ（ｂ）第２の錠剤又はカプセル剤であって、第２の錠剤又はカプセル剤が、残りの活性物質（すなわち、１種以上の腸内マイクロバイオーム種）及び第１の錠剤を含む第２の錠剤又はカプセル剤を調製することによって調製され得る。カプセル剤の形態における本願の医薬組成物の別の種類は、（ａ）任意の所望の賦形剤、担体、補助剤及び／又は希釈剤とともに、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩から選択される少なくとも１つの活性物質を含む第１のカプセル剤を調製し、且つ（ｂ）第２のカプセル剤であって、第２のカプセル剤が、残りの活性物質（すなわち、１種以上の腸内マイクロバイオーム種）及び第１のカプセル剤を含む第２のカプセル剤を調製することによって調製され得る。錠剤の形態における本願の医薬組成物のさらなる種類は、（ａ）任意の所望の賦形剤、担体、補助剤及び／又は希釈剤とともに、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩から選択される少なくとも１つの活性物質を含むカプセル剤を調製し、且つ（ｂ）錠剤であって、錠剤が、残りの活性物質（すなわち、１種以上の腸内マイクロバイオーム種）及びカプセル剤を含む錠剤を調製することによって調製され得る。
【０１９５】
一実施形態では、本願の医薬組成物は、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩を、０．１〜１５００ｍｇ、０．２〜１２００ｍｇ、０．３〜１０００ｍｇ、０．４〜８００ｍｇ、０．５〜６００ｍｇ、０．６〜５００ｍｇ、０．７〜４００ｍｇ、０．８〜３００ｍｇ、１〜２００ｍｇ、１〜１００ｍｇ、１〜５０ｍｇ、１〜３０ｍｇ、４〜２６ｍｇ、又は５〜２５ｍｇの量で含む剤形である。
【０１９６】
一実施形態では、本願の医薬組成物は、１００〜１０１２ＣＦＵ、１００〜１０９ＣＦＵ、１００〜１０６ＣＦＵ、１００〜１０５ＣＦＵ、１００〜１０４ＣＦＵ、又は１００〜１０３ＣＦＵ、又は１０３〜１０１２ＣＦＵ、１０３〜１０９ＣＦＵ、１０３〜１０６ＣＦＵ、１０３〜１０５ＣＦＵ、又は１０３〜１０４ＣＦＵ、又は１０４〜１０１２ＣＦＵ、１０４〜１０９ＣＦＵ、１０４〜１０６ＣＦＵ、又は１０４〜１０５ＣＦＵ、又は１０５〜１０１２ＣＦＵ、１０５〜１０９ＣＦＵ、又は１０５〜１０６ＣＦＵ、又は１０６〜１０１２ＣＦＵ、１０６〜１０１１ＣＦＵ、１０６〜１０１０ＣＦＵ、１０６〜１０９ＣＦＵ、１０６〜１０８ＣＦＵ、又は１０６〜１０７ＣＦＵ、又は１０７〜１０１２ＣＦＵ、１０７〜１０１１ＣＦＵ、１０７〜１０１０ＣＦＵ、１０７〜１０９ＣＦＵ、又は１０７〜１０８ＣＦＵ、又は１０８〜１０１２ＣＦＵ、１０８〜１０１１ＣＦＵ、１０８〜１０１０ＣＦＵ、又は１０８〜１０９ＣＦＵ、又は１０９〜１０１２ＣＦＵ、１０９〜１０１１ＣＦＵ、又は１０９〜１０１０ＣＦＵの量において、１種以上の腸内マイクロバイオーム種を含む剤形である。
【０１９７】
本明細書で使用する場合、用語「オベチコール酸」又は「ＯＣＡ」は、化学構造：
【化１０】
2020509001.tif 000012
を有する化合物を指す。
【０１９８】
オベチコール酸は又、オベチコール酸形態１、ＩＮＴ−７４７、３α，７α−ジヒドロキシ−６α−エチル−５β−コラン−２４−酸、６α−エチル−ケノデオキシコール酸、６−エチル−ＣＤＣＡ、６ＥＣＤＣＡ、コラン−２４−酸、６−エチル−３，７−ジヒドロキシ−，（３α，５β，６α，７α）とも呼ばれ、米国特許出願公開第２００９／００６２５２６Ａ１号明細書、米国特許第７，１３８，３９０号明細書、及び国際公開第２００６／１２２９７７号パンフレットに記載される方法によって調製され得る。オベチコール酸のＣＡＳ登録番号は、４５９７８９−９９−２である。
【０１９９】
本明細書で使用する場合、用語「アミノ酸抱合体」は、本願の化合物の、任意の好適なアミノ酸との抱合体を指す。例えば、本願の化合物のこのような好適なアミノ酸抱合体は、胆汁又は腸液中での完全性が向上するというさらなる利点を有することになる。好適なアミノ酸として、グリシン及びタウリンが挙げられるが、これらに限定されない。したがって、本願は、ＯＣＡのグリシン及びタウリン抱合体を包含する。他の抱合体はサルコシンを含む。
【０２００】
本明細書で定義する場合、用語「代謝産物」は、本明細書に記載される化合物の、グルクロン酸抱合誘導体及び硫酸化誘導体を指し、ここで、１つ以上のグルクロン酸部分又は硫酸部分が本発明の化合物に結合している。グルクロン酸部分は、化合物のヒドロキシル基（例えば、３−ヒドロキシル、７−ヒドロキシル、１１−ヒドロキシル、及び／又はＲ７基のヒドロキシル）とのグリコシド結合によって化合物に結合され得る。化合物の硫酸化誘導体は、ヒドロキシル基（例えば、３−ヒドロキシル、７−ヒドロキシル、１１−ヒドロキシル、及び／又はＲ７基のヒドロキシル）の硫酸化によって形成され得る。代謝産物の例として、以下に限定されるものではないが、本明細書に記載の化合物の、３−Ｏ−グルクロニド、７−Ｏ−グルクロニド、１１−Ｏ−グルクロニド、３−Ｏ−７−Ｏ−ジグルクロニド、３−Ｏ−１１−Ｏ−トリグルクロニド、７−Ｏ−１１−Ｏ−トリグルクロニド及び３−Ｏ−７−Ｏ−１１−Ｏ−トリグルクロニド、並びに本明細書に記載の化合物の、３−スルファート、７−スルファート、１１−スルファート、３，７−ビスルファート、３，１１−ビスルファート、７，１１−ビスルファート及び３，７，１１−トリスルファートが挙げられる。
【０２０１】
特に明記しない限り、不斉炭素原子から生じる異性体（例えば、全てのエナンチオマー及びジアステレオマー）が、本願の範囲内に含まれることが理解されるべきである。このような異性体は、古典的な分離技術により、又立体化学的に制御される合成により、実質的に純粋な形態で得ることができる。
【０２０２】
「メタゲノミクス」は、環境試料から直接回収された遺伝子材料の研究を指す。腸内細菌叢の研究において適用される場合、それは培養の必要性を有しない細菌集団の包括的な調査を可能にする。実験室において増殖した個々の細菌株のゲノムを調査し、続いて微生物の集団を再構成しようとすることに代えて、メタゲノムの手法は、微生物を培養する必要を有しないで微生物集団から直接回収された遺伝子材料の分析を可能にする。
【０２０３】
「ショットガンメタゲノミクス」は、ショットガンシークエンシングを介するメタゲノミクスの研究を指す。
【０２０４】
「ショットガンシークエンシング」は、ＤＮＡを無作為に多数の小さなセグメントに細分化し、連鎖停止法によってシークエンシングしてリードを得ることによってＤＮＡをシークエンシングするために使用される方法を指す。複数回のラウンドの断片化及びシークエンシングを実施することによって得られる標的ＤＮＡに関する複数の重複したリードを使用して、異なるリードの重複末端の分析を介して、連続的なＤＮＡ配列を構築する。
【０２０５】
腸内マイクロバイオームの「異常な組成」は、１種以上の腸内マイクロバイオーム種の量が、正常な条件下（すなわち、腸内マイクロバイオームが乱されていないとき）での１種異常の種の平均量とは異なる腸内マイクロバイオームの組成を指す。一実施形態では、量は、正常な条件下での量より、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも２００％、少なくとも３００％、又は少なくとも５００％多いか又は少ない。
【０２０６】
「治療する」は、病態、疾患、障害などの改善をもたらすあらゆる効果、例えば、緩和、軽減、調節、又は消失を含む。疾患状態を「治療する」又は「治療」は、以下を含む：疾患状態を阻害すること、すなわち、疾患状態若しくはその臨床症状の進行を阻止すること、又は疾患状態を軽減すること、すなわち、疾患状態若しくはその臨床症状の一時的若しくは永続的な後退を引き起こすこと。
【０２０７】
疾患状態を「予防すること」には、疾患状態に曝され得るか又は罹患しやすい場合があるが、疾患状態の症状を依然として経験していないか又は呈していない対象において、疾患状態の臨床症状を発症させないようにすることが含まれる。
【０２０８】
用語「阻害すること」又は「阻害」は、本明細書で使用する場合、疾患又は病態の発症又は進行に対する何らかの検出可能な正の効果を指す。このような正の効果には、疾患又は病態の少なくとも１つの症状又は徴候の開始の遅延又は予防、症状又は徴候の緩和又は回復、及び症状又は徴候のさらなる悪化の遅延又は予防が含まれ得る。
【０２０９】
「疾患状態」とは、任意の疾患、障害、病態、症状又は徴候を意味する。
【０２１０】
用語「有効量」又は「治療有効量」は、本明細書で使用する場合、単独又は併用での適切な用量の投与時に急性又は慢性的な治療効果を生み出す、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種の量を指す。一実施形態では、有効量又は治療有効量の本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩は、１種以上の腸内マイクロバイオーム種と組み合わせた適切な用量の投与時に急性又は慢性的な治療効果を生み出す。その効果には、疾患／病態（例えば、肝臓、腎臓又は腸の線維症）及び関連する合併症の、症状、徴候及び基礎病理の、あらゆる検出可能な程度までの予防、矯正、阻害又は回復が含まれる。「有効量」又は「治療有効量」は、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩、１種以上の腸内マイクロバイオーム種、疾患及びその重症度、並びに治療しようとする対象の年齢、体重などに依存して変動することになる。
【０２１１】
本明細書で使用する場合、「薬理学的効果」は、療法の意図される目的を達成する、対象においてもたらされる効果を包含する。一実施形態では、薬理学的効果は、治療される対象の主要な適応症が予防、緩和、又は軽減されることを意味する。例えば、薬理学的効果は、治療される対象における主要な適応症の予防、緩和、又は軽減をもたらすものであろう。別の実施形態では、薬理学的効果は、治療される対象の主要な適応症の障害又は症状が予防、緩和、又は軽減されることを意味する。例えば、薬理学的効果は、治療される対象における障害又は症状の予防、緩和又は軽減を生じさせるものである。
【０２１２】
「医薬組成物」は、対象への投与に好適な形態における、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種などの治療薬を含有する製剤である。一実施形態では、医薬組成物は、バルク又は単位剤形である。投与を容易にし、投与量を均一にするために、組成物を単位剤形に製剤化することが有利であり得る。単位剤形とは、本明細書で使用する場合、治療されることになる対象への単位投与量として適した物理的に個別の単位を指し、各単位は、必要な医薬担体と共同して所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性な試薬を含有する。本願の単位剤形についての仕様は、活性剤の固有の特性、及び達成されることになる特定の治療効果、並びに個体の治療のためにそのような活性剤を調合する、当技術分野における固有の制限によって規定され、且つこれらに直接的に依存する。
【０２１３】
用語「単位剤形」は、各単位が、本明細書で記載されるとおりの好適な医薬賦形剤を伴って所望の治療効果を生じさせるために計算された所定量の活性物質を含有する、ヒト及び他の哺乳動物に対する単位投与量として好適な物理的に個別の単位を指す。
【０２１４】
単位剤形は、例えば、カプセル剤、ＩＶバッグ、錠剤、エアゾール吸入器の単一ポンプ又はバイアルを含む種々の形態のいずれかである。組成物の単位用量中の本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩、及び／又は１種以上の腸内マイクロバイオーム種の量は有効量であり、関与する特定の治療に従って変動する。当業者は、患者の年齢及び病態に応じて、投与量に日常的な変更を行うことが時として必要であることを理解するであろう。投与量は、投与経路にも依存するであろう。経口、経肺、経直腸、非経口、経皮、皮下、静脈内、筋肉内、腹腔内、吸入、バッカル、舌下、胸膜内、くも膜下腔内及び鼻腔内などを含む種々の経路が企図される。本願の化合物の局所投与又は経皮投与用の剤形としては、散剤、スプレー剤、軟膏剤、ペースト剤、クリーム剤、ローション剤、ゲル剤、液剤、貼付剤及び吸入剤が挙げられる。一実施形態では、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種は、必要とされる薬学的に許容される担体、及び任意の保存剤、緩衝液、又は噴霧剤と混合される。
【０２１５】
用語「フラッシュ用量」は、迅速に分散する剤形である製剤を指す。
【０２１６】
用語「即時放出」は、比較的短い期間、一般に最大約６０分での、剤形からの治療薬（例えば、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩及び１種以上の腸内マイクロバイオーム種）の放出と定義される。用語「調節放出」は、遅延放出、徐放、及びパルス化放出を含むと定義される。用語「パルス化放出」は、剤形からの薬物の一連の放出と定義される。用語「持続放出性」又は「徐放」は、長期間にわたる剤形からの治療薬の連続的放出と定義される。
【０２１７】
「対象」としては、哺乳類、例えば、ヒト、ペット（例えば、イヌ、ネコ、鳥類など）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ、ウマ、家禽など）、及び実験動物（例えば、ラット、マウス、モルモット、鳥類など）が挙げられる。一実施形態では、対象は、ヒトである。一態様では、対象は女性である。一態様では、対象は男性である。
【０２１８】
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される」という表現は、健全な医学的判断の範囲内において、ヒト及び動物の組織と接触させて使用するのに好適であり、過剰な毒性、刺激、アレルギー応答又は他の問題若しくは合併症を起こさず、合理的な利益／危険比で釣り合った化合物、材料、組成物、担体、及び／又は剤形を指す。
【０２１９】
「薬学的に許容される担体又は賦形剤」は、概して安全な、非毒性の、生物学的にも、それ以外においても不所望でない医薬組成物を調製するのに有用な担体又は賦形剤を意味し、獣医学的用途及びヒト医薬用途について許容される賦形剤が挙げられる。「薬学的に許容される賦形剤」は、本明細書及び特許請求の範囲で使用する場合、１種及び２種以上のこのような賦形剤の両方を含む。
【０２２０】
製剤化を伴わずに直接的に本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩、及び／又は１種以上のマイクロバイオーム種を投与することが可能であるが、本願の化合物又はその薬学的に許容されるアミノ酸抱合体若しくは塩、及び／又は１種以上のマイクロバイオーム種は、薬学的に許容される賦形剤を含む医薬製剤の形態において投与されてもよい。この製剤は、経口、口腔内、直腸、鼻腔内、経皮、皮下、静脈内、筋肉内、及び鼻腔内を含む種々の経路によって投与され得る。
【０２２１】
本明細書で引用される全ての刊行物及び特許文献は、このような刊行物又は文献のそれぞれが具体的且つ個別に参照により本明細書に組み込まれるように指示されているかのように、参照により本明細書に組み込まれる。刊行物及び特許文献の引用は、いずれも関連先行技術であると認めることを意図するものではなく、又、その内容又は日付に関しても何ら受け入れを構成するものではない。ここまで本願を書面の記載によって説明してきたが、当業者は、本願を種々の実施形態で実施し得ることと、上記の記載及び下記の実施例が説明を目的とし、続く特許請求の範囲の限定ではないことを理解するであろう。
【０２２２】
本明細書において、文脈上明らかに他の意味に解するべき場合を除き、単数形は、複数も含む。別段の定めがない限り、本明細書で使用する全ての技術用語及び科学用語は、本願が属する技術分野の当業者に広く理解されているものと同じ意味を有する。矛盾がある場合、本明細書が優先する。
【０２２３】
本明細書で使用する全てのパーセンテージ及び比は、別段の指示がない限り、重量に基づく。
【実施例】
【０２２４】
本願を以下の実施例によってさらに例示するが、これは、本願をその範囲又は趣旨において本明細書に記載した特定の手順に限定するものと解釈されるべきではない。これらの実施例は、特定の実施形態を例示するために提供されること、又、本願の範囲に対する限定は意図されないことが理解されるであろう。本願の趣旨及び／又は添付の特許請求の範囲の範囲から逸脱せずに、当業者が想到することができる様々な他の実施形態、改変形態、及びこれらの均等物を行使することができることをさらに理解されたい。
【０２２５】
実施例１：材料及び方法
試料の収集
２４名の適格な対象が登録され、且つ１：１：１の処置比において３つの処置群（５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇ）のうちの１つに無作為化された。試験は単回投与期及び反復投与期を含んだ。単回投与期において投与される無作為化された用量は、反復投与期のための対象の用量レベルであった。単回用量のＯＣＡ（５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇ）を１日目に投与した。４日目に、同じ用量レベル（５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇ）で反復投与期を開始し、対象は１４日間１日１回のＯＣＡを受容した。最後の投与は、１７日目に対象に対して行われた。対象は、０日目から３０日目の午前まで入院患者の試験場所に滞在し、試料の収集のために３５、３７、３９、及び４４日目に試験場所に戻った。
【０２２６】
細菌叢ゲノム試験のための糞便試料を、０日目にそれらを提出する２日前までに、同日にそれらを提出する前の１５、１６、又は１７日目、及び３７日目にそれらを提出する２日前までに収集した。１日目に、投与前の血液試料を収集し、１日目の投与の後、１日目〜３日目に連続的な血液試料を得た（表１を参照のこと）。反復投与期は４日目に開始され、１７日目まで続いたが、その間対象は１日１回のＯＣＡ（５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇ）を受容し、投与前の血液試料が採取された（表１を参照のこと）。１７日目の後、血液試料を、３０日目まで表１に示されるとおりに収集した。
【０２２７】
ＦＧＦ１９の分析は、列１（試験日）及び２（収集時間）に示される時点に従って５ｍｇ及び１０ｍｇの用量群においてなされ；各用量群における対象の数は、列３の括弧内に含まれる。メタゲノミクス分析は、上述の３つの時点で収集された糞便試料に対して５、１０、及び２５ｍｇの用量群でなされた。
【０２２８】
【表１】
2020509001.tif 000013
【０２２９】
マイクロバイオーム分析に関して、糞便試料は、０日目、１５日目又は１６日目、及び３７日目に収集された。
【０２３０】
ＦＧＦ１９及びＣ４
ＦＧＦ１９とマイクロバイオームの関連性を試験するために、ＦＧＦ１９レベルを、１日目と１７日目において１時間毎に、４日目から７日目まで日毎に、並びに１８日目から３０日目まで及び４４日目に日毎に、５ｍｇと１０ｍｇのＯＣＡ用量群に対して測定した。１日目の投与前のＦＧＦ１９レベルを、１日目のマイクロバイオーム測定の比較対象として使用した。４日目から１７日目の投与前のＦＧＦ１９値の平均値を、１５日目又は１６日目のマイクロバイオーム測定の比較対象として計算した。３０日目と４４日目のＦＧＦ１９の平均値レベルを、３７日目のマイクロバイオームの比較対象として使用した。複数の時点の平均値を取得して、マイクロバイオーム測定の３つの時点と比べた。
Ｃ４レベルを、５ｍｇと１０ｍｇのＯＣＡ用量群に対して測定した。１日目の投与前のＣ４を、１日目のマイクロバイオーム測定の比較対象として使用した。４日目から１７日目の投与前のＣ４の平均値を、１５日目又は１６日目のマイクロバイオーム測定の比較対象として計算した。３０日目と４４日目のＣ４の平均値レベルを、３７日目のマイクロバイオームの比較対象として使用した。複数の時点の平均値を取得して、マイクロバイオーム測定の３つの時点と比べた。
【０２３１】
細菌組成物
種レベルでの細菌存在量を、ＭｅｔａＰｈｌＡｎ２（Ｓｅｇａｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ９，８１１（２０１２））から生成した。データセットから、３４１種を同定した。
【０２３２】
メタゲノムシークエンシング
アダプター、ヒトのリード混入物、及び低品質配列を、ソフトウェアｋｎｅａｄｄａｔａを用いて生のシークエンシングデータから取り除いた。Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ（Ｂｏｌｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ３０，２１１４（２０１４））を、アダプター配列、低品質塩基のトリミング、及び低品質リードの除去のためにｋｎｅａｄｄａｔａによって実施した。Ｂｏｗｔｉｅ（Ｌａｎｇｍｅａｄ及びＳａｌｚｂｅｒｇ，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ９，３５７（２０１２））を、ヒトのリード検出のためにｋｎｅａｄｄａｔａによって実施した。
・シークエンシングノイズの除去：各試料について、１つの種の存在量が試料中の全ての種の最大存在量の０．０５％より小さい場合、それはノイズとみなされ、試料中のこの種の存在量は０に設定された。
・欠測値（すなわち、０）の入力：さらなる分析においてｌｏｇ２変換が必要であったため、補正因子（ε）を存在量マトリクスに加えた（εは、最小の０ではない全ての試料の存在量値の５０％に等しい）。
・低存在量種の除去：相対的存在量が試料の＞＝９５％において０．１％未満である場合、種を除去した。１２８の種をさらなる分析のために残した。
【０２３３】
機能プロファイル
ＨＵＭＡｎＮ２（Ａｂｕｂｕｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｃｏｍｐｕｔ．Ｂｉｏｌ．８，ｅ１００２３５８（２０１２））を使用して、メタゲノムのシークエンシングデータから遺伝子及び経路の存在量を計算した。Ｕｎｉｒｅｆ５０（ＵｎｉＰｒｏｔ（登録商標）Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．４３，Ｄ２０４（２０１５））を、遺伝子ファミリー定義のために使用した。ＭｅｔａＣｙｃ（Ｃａｓｐｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．４２，Ｄ４５９（２０１４））及びＫＥＧＧ（Ｋａｎｅｈｉｓａ及びＧｏｔｏ，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２８，２７（２０００）；Ｋａｎｅｈｉｓａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．４４，Ｄ４５７（２０１６））を、経路分析のために使用した。
・遺伝子ファミリー同定：最初に、９８９２５１個の遺伝子ファミリーをＨＵＭＡｎＮ２によるデータセットから同定した。変位値の正規化を実行した。各試料について、ＲＰＫ値を全ての遺伝子の９０％パーセンタイルまで加えた（正規化因子、ｎｆ）。次に、各試料における各遺伝子のＲＰＫ値を試料のｎｆで割り、全ての試料のｎｆの平均値を乗じた。特徴付けされていない６８３２７０個の遺伝子を取り除いた。９０％超の試料において検出されていない遺伝子（１０１９９４個）を取り除いた。２０３９８７個の遺伝子を残した。同定された非常に多くの遺伝子のために、２５％の最も変化する遺伝子をさらなる分析のために選択した。最も変化する遺伝子は、ｌｏｇ２変換値の変動係数（ｃｖ＝ｓｄ／平均）によって定義された。
・ＭｅｔａＣｙｃ経路の同定：ＨＵＭＡｎＮ２により、データセットから５６７個のＭｅｔａＣｙｃ経路を同定した。次に、変位値の正規化を実施した。各試料について、存在量値を全ての経路の９０％パーセンタイルまで加えた（正規化因子、ｎｆ）。各試料における各経路の存在量を試料のｎｆで割り、続いて全ての試料についてｎｆの平均値を乗じた。全ての試料の９０％を超えて検出されなかった、低存在量経路（５２）を取り除いた。５１５個の高品質のＭｅｔａＣｙｃ経路をさらなる分析のために残した。
・ＫＥＧＧ経路の同定：ＨＵＭＡｎＮ２により、データセットから１６０個のＫＥＧＧ経路を同定した。変位値の正規化を行い、低存在量の経路を取り除いた。６６個の高品質のＫＥＧＧ経路をさらなる分析のために残した。
統計分析
・種特異的な存在量分析：ＯＣＡ処置の時間効果を、フリードマン順位検定を用いて別々に３つのＯＣＡ用量群に対して試験した。ＯＣＡ処置の用量効果を、３つの時点で別々に試験し、クラスカル−ウォリス検定を使用した。
・遺伝子特異的な存在量分析：最も変化する遺伝子の各々について、反復測定ＡＮＯＶＡを実施して、遺伝子存在量変化に対する時間効果及びＯＣＡ用量効果を試験した。
遺伝子存在量〜ａｏｖ（日数×ＯＣＡ用量＋誤差（対象ＩＤ））
・経路特異的な存在量分析：同定された経路の各々について、反復測定ＡＮＯＶＡも又実施して、経路存在量変化に対する時間効果及びＯＣＡ用量効果を試験した。
経路存在量〜ａｏｖ（日数×ＯＣＡ用量＋誤差（対象ＩＤ））
・ＦＧＦ１９分析：経時的なマイクロバイオーム、遺伝子ファミリー、及び経路存在量の変化とのＦＧＦ１９変化の関連性を試験するために、ＧＥＥモデルを適用した。ＲパッケージのｇｅｅｐａｃｋからのＲ関数ｇｅｅｇｌｍを、ｇｅｅモデリングのために使用した。ＦＧＦ１９レベル及び種／遺伝子／経路の相対的存在量の両方を、ＧＥＥモデルに適用する前にｌｏｇ２変換した。
Ｇｅｅｇｌｍ（ｙ．ｌｏｇ２〜ｆｇｆ１９．ｌｏｇ２、ｉｄ＝ｓＩＤ、ｃｏｒｓｔｒ＝「交換可能」）
・ＦＧＦ１９変化に対するＯＣＡ処置の用量及び時間（時間）効果を、ＧＥＥモデルを使用して試験した。
Ｇｅｅｇｌｍ（ｆｇｆ１９．ｌｏｇ２〜時間＋用量＋時間：用量、ｉｄ＝ｓＩＤ、ｃｏｒｓｔｒ＝「交換可能」）
・Ｃ４分析：ＧＥＥモデルを、Ｃ４及びマイクロバイオーム種の関連試験において適用した。Ｃ４及び種の相対的存在量の両方を、ＧＥＥモデルに適用する前にｌｏｇ２変換した。
Ｇｅｅｇｌｍ（種．ｌｏｇ２〜Ｃ４．ｌｏｇ２、ｉｄ＝ｓＩＤ、ｃｏｒｓｔｒ＝「交換可能」）
【０２３４】
実施例２：腸内マイクロバイオーム種に対するＯＣＡ処置の時間効果
腸内マイクロバイオーム種に対するＯＣＡ処置の時間効果を、３つのＯＣＡ用量群で別々に試験した（表１において示される）。糞便試料の分析により、様々な種の経時的な異なる存在量が明らかになった（フリードマン順位検定、ｐ＜０．０５）（表２）。表２は、３つの全てのＯＣＡ用量群（図１）において経時的に差次的に豊富であった胆汁酸による増殖阻害に感受性があるグラム陽性生物であるラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）及びストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）を示し、それらの数はＯＣＡの中断時に減少した。同様の関連は、グラム陰性生物のいずれにおいても観察されなかった。加えて、図２〜図５、図１９〜図２５、及び図４５〜図５２は、５ｍｇのＯＣＡ用量群の分析に基づく種の選択されたリストを示し、図１３〜図１５及び図２６〜図４４は、１０ｍｇのＯＣＡ用量群の分析に基づく種の選択されたリストを示す。
【０２３５】
【表２】
2020509001.tif 000014
【０２３６】
実施例３：遺伝子及び経路に対するＯＣＡ処置の時間効果
遺伝子特異的な存在量分析
遺伝子存在量に対するＯＣＡ処置の時間及び用量効果を、反復測定ＡＮＯＶＡを用いて試験した（実施例１を参照のこと）。ＯＣＡ用量効果又はＯＣＡ用量×日数の相互作用は、データセットに対して観察されなかった（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０５）。したがって、１１２個の遺伝子が、経時的に差次的に豊富なものとして同定された（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０５）。表３は、３３個の最も差次的に豊富な遺伝子を列記する（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。３３個の最も差次的に豊富な遺伝子（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）のＭＤＳプロット（図６）及びヒートマップ（図７Ａ）は、日数間で試料の明白な分離を示す。遺伝子の表出は、ＯＣＡの投与により表出が増加する同じグラム陽性細菌分類群（例えば、ストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ））のゲノムにおける、移動性ＤＮＡエレメントを示す可能性のあるトランスポサーゼのロバストな存在量を示した。加えて、乳酸菌におけるエキソポリサッカライド形成に寄与し得るグリコシルトランスフェラーゼ遺伝子は、ＯＣＡの存在下で有意に増加した。
【０２３７】
【表３】
2020509001.tif 000015
【０２３８】
ＭｅｔａＣｙｃ経路の分析
５１５個のＭｅｔａＣｙｃ経路の各々について、ＯＣＡ処置の時間及び用量効果を、反復測定ＡＮＯＶＡを使用して試験した（実施例１を参照のこと）。ＯＣＡ用量効果又はＯＣＡ用量×日数の相互作用は、データセットに対して観察されなかった（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０５）。５１５個のうち４１個のＭｅｔａＣｙｃ経路が、経時的に差次的に豊富なものとして同定された（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０５）。表４は、１７個の最も差次的に豊富な経路を示す（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。しかしながら、１７個の最も差次的に豊富なＭｅｔａＣｙｃ経路のＭＤＳプロット（図８）及びヒートマップ（図９）は、日数間で試料の明白な分離を示さない。
【０２３９】
【表４】
2020509001.tif 000016
【０２４０】
ＫＥＧＧ経路の分析
６６個のＫＥＧＧ経路の各々について、ＯＣＡ処置の時間及び用量効果を試験した（実施例１を参照のこと）。ＯＣＡ用量又は用量×日数の相互作用は、観察されなかった（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０５）。２６個のＫＥＧＧ経路が、経時的に差次的に豊富なものとして同定された（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０５）。表５は、１５個の最も差次的に豊富なＫＥＧＧ経路を示す（反復測定ＡＮＯＶＡ、時間効果に関するＦＤＲ＜０．０１）。
【０２４１】
【表５】
2020509001.tif 000017
【０２４２】
ＦＧＦ１９分析
ＦＧＦ１９とマイクロバイオーム種の関連
種の変化とＦＧＦ１９レベルの関連性を、２つのＯＣＡ用量群（５ｍｇ及び１０ｍｇ）に対して別々にＧＥＥモデル（実施例１を参照のこと）を使用して試験した。表６は、各ＯＣＡ用量群におけるＦＧＦ１９の変化（ＧＥＥ、ｐ＜０．０５）に関連する種を示す。しかしながら、種レベルでは２つの用量群間で重複は見出されなかった。
【０２４３】
【表６】
2020509001.tif 000018
【０２４４】
ＦＧＦ１９と遺伝子の関連
ＧＥＥモデルを適用してＦＧＦ１９と最も変化する遺伝子ファミリーの関連を試験した。２２９４８６５個の最も変化する遺伝子の各々について、ＦＧＦ１９と遺伝子存在量の関連を、各ＯＣＡ用量群において別々に分析した（実施例１を参照のこと）。表７は、異なるカットオフで同定された意味のある遺伝子の数を示し、表８は、両ＯＣＡ用量群においてＦＧＦ１９と有意に関連する３７個の遺伝子を示す（ＧＥＥ、ｐ＜０．０１）。図１２は、５ｍｇ又は１０ｍｇのＯＣＡ用量で経時的に２つの遺伝子（Ｄ−異性体特異的２−ヒドロキシ酸デヒドロゲナーゼ  ＮＡＤ−結合及びＡＢＣ型硝酸塩／スルホン酸塩／炭酸水素塩輸送系、ＡＴＰアーゼ成分）とＦＧＦ１９の関連を示す。
【０２４５】
【表７】
2020509001.tif 000019
【０２４６】
【表８】
2020509001.tif 000020
【０２４７】
ＦＧＦ１９とＭｅｔａＣｙｃ経路の関連
５１５個のＭｅｔａＣｙｃ経路の各々について、ＧＥＥモデルを適用してＦＧＦ１９とＭｅｔａＣｙｃ経路の存在量の関連を試験した（実施例１を参照のこと）。表９は、異なるカットオフで同定された意味のあるＭｅｔａＣｙｃ経路の数を示し、表１０は、両ＯＣＡ用量群においてＦＧＦ１９と有意に関連するＭｅｔａＣｙｃ経路を示す。
【０２４８】
【表９】
2020509001.tif 000021
【０２４９】
【表１０】
2020509001.tif 000022
【０２５０】
Ｃ４分析
Ｃ４とマイクロバイオーム種の関連
Ｃ４とマイクロバイオーム種の関連を、２つのＯＣＡ用量群に対して別々に分析した。５ｍｇのＯＣＡ群において、８個の種が、経時的なＣ４の変化と有意に（ｐ＜０．０５）関連して同定された（表１１）。１０ｍｇのＯＣＡ群において、１７個の種が、経時的なＣ４の変化と有意に（ｐ＜０．０５）関連して同定された（表１２）。図１３〜図１５及び図３１〜図４４は、１０ｍｇのＯＣＡ用量群においてＣ４と有意に関連する種の選択されたリストを示す。加えて、図４５〜図５２は、５ｍｇのＯＣＡ用量群においてＣ４と有意に関連する種の選択されたリストを示す。統計的に有意な相反性の関連が、Ｃ４レベルと２つのグラム陽性小腸性の分類群であるＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びＬ．カゼイ−パラカゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ−ｐａｒａｃａｓｅｉ）の存在量の間で観察されたが、これは、ＯＣＡによる内因性の産生の抑制が、胆汁酸感受性小腸性グラム陽性細菌分類群の増殖に有利であるという仮説を支持している。
【０２５１】
【表１１】
2020509001.tif 000023
【０２５２】
【表１２】
2020509001.tif 000024
【０２５３】
ＯＣＡ用量効果
・ＦＧＦ１９に対するＯＣＡ用量効果
ＦＧＦ１９レベルに対するＯＣＡ処置の用量及び時間（時間）効果を、ＧＥＥモデルを使用して試験した（実施例１を参照のこと）。時間効果のｐ値は、４．８６７×１０−８であり、時間：ＯＣＡのｐ値は、３．１４２×１０−３である。図１６及び１７も参照されたい。
【０２５４】
・腸内マイクロバイオーム種に対するＯＣＡ用量効果
ＯＣＡ用量効果を、各時点において別々に試験した。クラスカル−ウォリス検定を使用して、マイクロバイオーム種の存在量に対するＯＣＡ用量効果を確認した。バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）及びストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）は、１６日目と３７日目の両方（表１３及び図１８）において用量群間で有意に異なった（クラスカル−ウォリス検定、ｐ＜０．０５）。
【０２５５】
【表１３】
2020509001.tif 000025
【０２５６】
ＦＧＦ１９と関連する酵素
表１４は、ＥＣ番号にマッピングされ得るＦＧＦ１９と関連した遺伝子を示す。
【０２５７】
【表１４】
2020509001.tif 000026
【０２５８】
実施例４：臨床試験
５、１０又は２５ｍｇのＯＣＡを受容する２４名の１８歳〜５５歳の健常な男性又は女性の対象におけるオベチコール酸（ＯＣＡ）の薬物動態を評価するための非盲検、無作為抽出の単回投与及び反復投与試験を実施した。細菌叢ゲノム試験のための糞便試料は、０日目（Ｔ０）、１３又は１４日目（Ｔ１）、及び３７日目（Ｔ２）の２日前までに対象によって収集された。試料を、以下を評価するための統計分析にかけた：
・ＯＣＡ処置後に経時的に存在量を変化させる細菌の分類群及び遺伝子又は経路
・ＦＧＦ１９レベルと関連する細菌の分類群又は属／機能群
・ＦＧＦ１９レベル及びマイクロバイオーム組成に対する様々なＯＣＡ用量レベルの効果
・真菌の存在量の変化及びそれらのＯＣＡ処置後のＦＧＦ１９レベルとの関連
・ＯＣＡ処置後の様々な存在量及びＦＧＦ１９レベルと関連するＥＣを示す酵素番号（ＥＣ）
【０２５９】
ショットガンメタゲノムデータは、ベースラインＴ０での２４名の対象、及びそれに続く２つのデータポイント（Ｔ１及びＴ２）での２２名の対象から得られた。３つの時点でのＣ４、ＦＧＦ１９及び他の胆汁酸の測定値も又、様々な分類学及び機能レベルでの統計分析のために収集された。
【０２６０】
微生物集団の組成を定量化するための主要な分析ツールは、ＭｅｔａＰｈｌＡｎ（Ｓｅｇａｔａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ９，８１１（２０１２））であり、これは、様々な分類学的レベルでの細菌の相対的存在量の推定値を提供する。因子として３つの時点及びＯＣＡ用量レベルを有する距離に基づくＰＥＲＭＡＮＯＶＡを用いて、ＯＣＡ処置後のマイクロバイオーム組成の全体的な変化を調査し、ここで、重み付きジャッカード距離は、試料の全てのペアについて計算され、且つ応答として使用された。ＭＤＳプロットを、データにおいていずれかのクラスターを探索するために使用した。順列を使用して、ＯＣＡ処置後の経時的なマイクロバイオーム組成の変化の統計的有意性を評価した。同じＰＥＲＭＡＮＯＶＡフレームワークを適用して、全てのデータポイントからのデータを使用して腸内マイクロバイオーム組成とＦＧＦ１９レベルとの間の関連を試験したが、ここで、ＦＧＦ１９レベルは、連続的な共変数として使用され、個々の対象は、反復測定を説明するために、層変数として使用された。
【０２６１】
ＯＣＡ処置後に経時的に存在量を変化させる、種、属及び門レベルを含む様々な分類学的レベルでの細菌の分類群を同定した。これらの分類群を同定するために新たに開発された順位に基づく統計検定を適用した。標準的な対順位和検定と比較して、新たな検定は、分類学上の組成データにおいて観察されることが多いゼロの集団を効率的に取り扱うことができる。Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇの手順を制御する偽陽性率（ＦＤＲ）を使用して、多重比較を説明した。加えて、フリードマン順位に基づく反復測定ＡＮＯＶＡを実行して、因子としての様々な用量レベル、時点及びＯＣＡ用量レベルについて別々にＯＣＡに対して反応する細菌の分類群並びに反応変数としての細菌の分類群が存在するかどうかを調査した。一般化推定方程式（ＧＥＥ）法を適用して、全ての時点からのデータを使用してＦＧＦ１９レベルと関連した細菌の分類群を同定したが、ここで、経時的なＦＧＦ１９レベルは、転帰として処理され、経時的な所与の分類群の存在量は、時間依存的予測因子として処理された。ＧＥＥを使用して、様々な時点にわたって測定されたデータの依存性を説明した。同様の分析を、ＦＧＦ１９レベルの変化及び分類群の存在量の変化について実施した。
【０２６２】
ＨＵＭＡｎＮパッケージ（Ａｂｕｂｕｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＬｏＳ  Ｃｏｍｐｕｔ．Ｂｉｏｌ．８，ｅ１００２３５８（２０１２））を使用して、メタゲノムデータから、存在／非存在並びに微生物経路の存在量及び集団における各オルソロガスな遺伝子ファミリーの存在量を決定した。同様の分析を実施して、ＯＣＡ処置後に経時的に存在量を変化させた微生物遺伝子及び代謝経路を、改変された順位に基づく検定を使用して同定するために、分類学上の存在量を評価した。ＧＥＥを使用して、ＦＧＦ１９レベルと関連した経路及び遺伝子を同定したが、ここで、経時的なＦＧＦ１９レベルは転帰として処理され、所与の遺伝子又は経路の経時的な存在量は、時間依存的予測因子として処理された。Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ及びＨｏｒｃｈｂｅｒｇを使用して、多重比較のために調整した。
【０２６３】
ＯＣＡ生物学における二次胆汁酸の代謝の重要性のために、細菌ゲノムに関してコードされた酵素を試験した。ＫＥＧＧ酵素番号（ＥＣ）に対してメタゲノムのシークエンシングリードによりＢｌａｓｔを実施した。ＥＣ番号は、酵素を特定しないが、酵素に触媒される反応を特定する。異なる酵素（例えば、異なる生物由来）が同じ反応を触媒する場合、それらは同じＥＣ番号を受け入れる。改変されたクラスカル−ウォリス順位検定を使用して、ＯＣＡ処置後に様々な存在量を示したＥＣを同定して、このような存在量データにおいて観察されることが多いゼロの集団を説明する。ＧＥＥを使用して、ＦＧＦ１９レベルと関連したＥＣを同定したが、ここで、経時的なＦＧＦ１９レベルは、転帰として処理され、経時的なＥＣの存在量は、時間依存的予測因子として処理された。Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ及びＨｏｃｈｂｅｒｇを、多重比較についての対照のために使用した。
【０２６４】
分類群の存在量とＥＣ番号の間の関連を探索して、ある種の酵素反応と関連した細菌の分類群を同定した。順位に基づく相関分析及びヒートマップを適用して、そのような関連を同定した。
【０２６５】
細菌に加えて、メタゲノムデータも又、真菌及び他の微生物を試験するための固有のデータソースを提供した。真菌の存在量が評価され、以前に概説された細菌の分類群として同様の分析を用いてＯＣＡ処置及びＦＧＦ１９レベルに関連付けられた。
【０２６６】
機械学習法のランダムフォレスト（Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  ４５，５，（２００１））を適用して、ＴＯで測定された分類群の存在量、機能及び経路情報並びにＥＣ番号を使用して、ＯＣＡ処置後のＦＧＦ１９レベルに関する予測モデルを構築した。アウト・オブ・バッグ試料を使用して、予測性能を評価することになり、最も重要な予測因子が同定されることになる。あるいは、ランダムフォレストを使用して、分類群及び経路の存在量の変化に基づいて、Ｔ０からＴ１又はＴ２でのＦＧＦ１９レベルの変化を予測した。
【０２６７】
ＯＣＡの効果を評価するショットガンメタゲノムデータセットの分析は、ＯＣＡ後にベースラインまで減少したＯＣＡ（１６日目）の使用と関連した低存在量のグラム陽性生物の一貫した増加が、中断されたことを示した（３７日目）。このパターンは、血漿のＣ４、胆汁酸前駆体のレベルと逆相関した。例えば、２種のグラム陽性小腸性の分類群であるストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ−ｐａｒａｃａｓｅｉ）は、それぞれ１．０３ｅ−５及び２．４４ｅ−０２のＦＤＲを用いた多重比較のための補正後に統計的に有意な関連を示した。対照的に、グラム陰性生物のいずれにおいても、そのような関連は観察されなかった。ＯＣＡ処置により表出が増加される移動性ＤＮＡエレメント（すなわち、トランスポサーゼ）の遺伝子の表出は、様々なストレプトコッカス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ  ｓｐｐ）のゲノムにおいて見出された。ＯＣＡ処置によるグラム陰性分類群の増殖の欠如は、大部分が胆汁酸耐性を呈するため、この見解と一致する。正常な小腸細菌叢の成分としての胆汁酸感受性グラム陽性生物の特徴付けは、ショットガンメタゲノムリードに基づくそれらの相対的に低い存在量、並びに食品製造及び市販のプロバイオティクスとしても使用されているストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びラクトバチルス・カゼイ・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ−ｐａｒａｃａｓｅｉ）を含むいくつかの種と一致する。
【０２６８】
実施例５：ヒト小腸において見出される細菌株の増殖に対するＯＣＡの効果
様々な腸内マイクロバイオーム種に対するいくつかの胆汁酸の毒性が調査された。代表的な種は、好気又は嫌気条件下のいずれかで様々な濃度で各種胆汁酸に暴露され、これらの濃度での種の増殖が、培養液の光学密度を決定することによって測定された。
【０２６９】
ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）ＣＰを、Ｌ・カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）のＣｕｓｔｏｍ  Ｐｒｏｂｉｏｔｉｃ粉末（１６Ｓ遺伝子のサンガーシークエンシングによって確認された株）としてＣｕｓｔｏｍ  Ｐｒｏｂｉｏｔｉｃｓ  Ｉｎｃ．（Ｇｌｅｎｄａｌｅ、ＣＡ）から購入した。ペディオコッカス・ペントサセウス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）ＫＥ−９９を、ＫＥ−９９  ＬＡＣＴＯ錠剤（１６Ｓ遺伝子のサンガーシークエンシングによって確認された株）としてＰｒｏｂｉｏｈｅａｌｔｈ（Ｂｅｖｅｒｌｙ  Ｈｉｌｌｓ、ＣＡ）から購入した。Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）３９３、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｃｏｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）ＬＭＤ−９、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）Ｍｕｃ、及びベイロネラ・パルブーラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）Ｔｅ３を、アメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ）（ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）から購入した。ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）ＮＺ９０００を、ＢＯＣＡ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  （Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，ＦＬ）から購入した。エシェリキア・コリ・ニッスル（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｓｌｅ）を、Ｍａｒｋ  Ｇｏｕｌｉａｎ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｐｅｎｎｓｙｌｖａｎｉａ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、ＰＡ）から得た。
【０２７０】
Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）、Ｐ．ペンタサセウス（Ｐ．ｐｅｎｔａｓａｃｅｕｓ）、及びＬ．ラクティス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）は、ｄｅ  Ｍａｎ、Ｒｏｇｏｓａ、及びＳｈａｒｐｅ（ＭＲＳ）培地（Ａｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｏｒｇａｎ  Ｈｉｌｌ、ＣＡ）において増殖させられ；Ｅ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、溶原培地（ＬＢ）培地（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＳＡ）において増殖させられ、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びＡ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）は、脳心臓浸出物（ＢＨＩ）培地（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＳＡ及びＡｎａｅｒｏｂｅ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｏｒｇａｎ  Ｈｉｌｌ、ＣＡ）において増殖させられ、且つ；Ｖ．パルブーラ（Ｖ．ｐａｒｖｕｌａ）は、強化クロストリジウム培地（Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、ＵＳＡ）において増殖させられた。好気培養液を３７℃でインキュベートし；嫌気培養液を、嫌気グローブボックス（Ｃｏｙ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｇｒａｓｓ  Ｌａｋｅ、ＭＩ）において３７℃でインキュベートした。
【０２７１】
グリコケノデオキシコール酸、グリココール酸、及びタウロコール酸をＳｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）から購入した。オベチコール酸は、Ｉｎｔｅｒｃｅｐｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ）によって提供された。
【０２７２】
胆汁酸による細菌増殖の阻害は、マイクロブロス希釈法によって測定された。プレートを、適切な濃度の胆汁酸を含有する１００ｕＬの培地で調製した。ウェルに１ｕＬの一晩培養液で播種し、被覆し、一晩インキュベートした（緩慢な増殖の生物であるＡ．ムシニフィラ（Ａ．ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）及びＶ．パルブーラ（Ｖ．ｐａｒｖｕｌａ）については３日）。増殖は、６３０ｎｍでの光学密度を介して測定され、測定値は、細菌を含まない適切な胆汁酸レベルを含有するウェルに対して零点規正した。全ての試験を３回実施した。データは、対照（すなわち、胆汁酸なし）に対して計算された増殖の減少パーセント（％）として表される。様々な濃度の胆汁酸に対する代表的な種の反応は、図５３Ａ〜５３Ｄにおいて示されるヒートマップによって示される。
【０２７３】
図５３Ａ〜５３Ｃにおいて示されるとおり、グラム陽性細菌の様々な株に対するコンジュゲートされた（ＧＣＤＣＡ及びＧＣＡ）胆汁酸及びコンジュゲートされていない（ＴＣＡ）胆汁酸の特異的な増殖阻害が観察されたが、これは株特異的効果を示している。例えば、Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）株は、全部で３種の内因性胆汁酸に対する増殖阻害に相対的に耐性であるが、Ｌ．カゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ）３９３株はより感受性である。一般に、内因性胆汁酸の増殖阻害効果は、好気条件と比較して嫌気条件下でより顕著である。小腸環境の酸化還元電位はその全長を通して非常に変わりやすい場合があるため、増殖細菌に対する胆汁酸の効果における酸素の効果が考慮される必要がある。さらに、グラム陰性通性嫌気性菌であるＥ．コリ（Ｅ．ｃｏｌｉ）は、一般に、好気及び嫌気条件下の両方で、内因性胆汁酸による増殖阻害に対してより耐性である。これらの効果は、ヒト小腸における内因性胆汁酸の生理的に適切なレベルで生じた。高濃度のＯＣＡは又、いくつかの株に対する増殖阻害効果を有するが、ヒト小腸において生じるであろう計算された生理的レベルでは、好気的又は嫌気的に試験される任意の株に対して効果を有しなかった（およそ１２マイクロモル、図５３Ｄ）。
【０２７４】
実施例６：腸管の全体を通した胆汁酸レベルに対するＯＣＡの効果
マウス小腸を通して及び糞便における一次及び二次タウリンコンジュゲート胆汁酸、タウロコール酸及びタウロデオキシコール酸それぞれの濃度に対するＯＣＡの効果が、図５４において示される。ＯＣＡによる処置の２週間後（１４日目）、両方の胆汁酸のレベルの減少が、近位及び遠位の小腸の両方において観察されたが、結腸（糞便）においては観察されなかった。ＯＣＡ処置の休止後２週間目（２８日目）では、両方の胆汁酸のレベルの継続的な減少が、近位小腸においてのみ観察された。これらの結果は、内因性胆汁酸の小腸への送達に対するＯＣＡ処置の局所阻害効果を示す。これらの効果の特異性は小腸に限定されたが、特に、近位小腸において、ＯＣＡ休止の２週間後であっても続いており、ここで、これらの胆汁酸のレベルは最も高く、小腸において特異的な胆汁酸抑制の結果として、腸内マイクロバイオームに対するＯＣＡの分類学上の効果と一致する。
【０２７５】
実施例７：ＯＣＡ合成による小腸胆汁酸レベルの抑制による特定のグラム陽性通性嫌気性細菌の増加は、Ｃ４の血漿レベルにおける減少によって定量化した。
ＯＣＡによる処置は、内因性胆汁酸の合成を阻害し、且つヒト糞便において検出可能ないくつかの低レベルのグラム陽性細菌分類群の相対的存在量を増加させる。
【０２７６】
ＯＣＡによるＦＸＲの活性化及び胆汁酸依存的機構を介した小腸細菌叢に対するその後の効果は、種々の疾患の予防及び／又は治療のために、小分子アゴニストの投与に関する精密医療を向上させるだけでなく、さらに信頼性の高いバイオマーカーを開発し、且つ小腸を標的化する現在及び将来において利用可能なプロバイオティクスを利用するための様々な新しい可能性を明らかにした。
【０２７７】
２４名の健常対象は、３つの用量群（１日当たり５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇのＯＣＡ）のうちの１つに無作為に割り当てられ、各用量群は、８名の対象を含んだ（４名の女性及び４名の男性）。治療の帰属に応じて、５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇの錠剤の単回経口ＯＣＡ用量を、１日目に投与した。反復投与期において、割り当てられた治療と一致する５ｍｇ、１０ｍｇ、又は２５ｍｇの錠剤の単回経口ＯＣＡ用量を、４〜１７日目までの１４日間、１日１回経口投与した。患者は、３０日目まで試験場所に滞在し、４４日目の最終訪問まで経過観察が行われた（図６２Ａ）。糞便試料を、ベースライン（０日目）、反復投与期の最後（１７日目）、及び試験の最後（３７日目）で収集した。薬物動態血液試料を、投与前及び１〜３、１７、３５、３７、３９、及び４４日目に評価した。血漿Ｃ４、コレステロールから胆汁酸の合成における中間体（Ｇａｌｍａｎ，ｅｔ．ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｌｉｐｉｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ４４，８５９−８６６（２００３））の連続的な定量化は、ＯＣＡ処置に対応して時間依存的減少を示した（反復測定ＡＮＯＶＡ、ｐ＝４．７７×１０−５）（図６２Ｂ）。したがって、血漿Ｃ４レベルは、ＯＣＡによるＦＸＲ活性化に対する宿主応答の信頼性が高い動的な指標であり、これは、内因性胆汁酸合成の抑制をもたらす（Ｈｉｒｓｃｈｆｉｅｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １４８，７５１−７６１  ｅ７５８（２０１５）；Ｍｕｄａｌｉａｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ  １４５，５７４−５８２  ｅ５７１（２０１３））。腸内マイクロバイオームの特徴は、Ｃ４の血漿レベルの変化に適合し、これは、０日目（ＯＣＡ投与前）と比較して試験の１６日目において最大限に抑制され、３７日目に正常に戻った（ＯＣＡのない最大限の時間）（図５５Ａ及び５５Ｃ）。１５種の同定された細菌種は、Ｃ４レベルと時間依存的な相関を示した（一般化推定方程式（ＧＥＥ）、ｐ＜０．０５；表１５）；これらの種のうちの５つは、多重比較のための補正後に統計的に有意なままであった（ＦＤＲ＜０．０５）。最大の増加を示す種であるストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）に対するＯＣＡの時間依存的効果は、これが糞便細菌叢において相対的に低い存在量の分類群であり、大部分の対象において、ＯＣＡ処置がない場合は検出されなかったため、顕著であった（図５５Ｂ及び５５Ｄ）。２つの例外はあるが、グラム陽性細菌属は、ＯＣＡ処置後に存在量の増加を示した。全てのグラム陰性細菌の存在量は、表１５において示されるとおり減少した。
【０２７８】
表１５：経時的な血漿Ｃ４増減に変化を有する細菌種の相関。血漿Ｃ４レベルと有意に（ＧＥＥ、Ｐ値＜０．０５）相関した１５の種が、１０ｍｇのＯＣＡで処置された対象から同定された。
【０２７９】
【表１５】
2020509001.tif 000027
【０２８０】
ＯＣＡによる処置により誘導された細菌のゲノムの表出によって、細菌の増殖と一致してストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）により支配された特性を同定する。
Ｕｎｉｒｅｆ９０の高い厳密性のゲノム分析を使用して、存在量がＯＣＡ処置及びＯＣＡ処置に応答する有意な時間依存的効果を有する８の細菌種に割り当てられた７８２個の同定遺伝子と関連付けられた細菌の分類学上の特性に対して、特異的な遺伝子を割り当てた（図５６Ａ及び５６Ｂ）。これらのほぼ８６％が、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）に属した。最も大きな単一の分類の遺伝子が、ゲノム全体及び自然界で最も豊富であり遍在するクラスの遺伝子の中の移動性ＤＮＡエレメントの移動に重要な酵素であるＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）及びＬ．ラクティス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）細菌のトランスポサーゼ（超幾何分布検定、ｐ＝４．０７１×１０−１８）（表１６及び図５６Ｃ）と関連付けられた（Ａｚｉｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ，３８，４２０７−４２１７（２０１０））。この遺伝子ファミリーは、３種全てのＯＣＡ用量での表出においてロバストな増加を示した（図５６Ｄ）。トランスポサーゼの存在量を使用して、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線分析に基づいて、血漿Ｃ４レベルよりも高い正確度でＯＣＡ処置を予測することができる（図５６Ｅ）。分析を実施して、ＯＣＡ処置と関連した細菌の代謝経路を同定した。反復測定ＡＮＯＶＡにより、有意な時間効果（ＦＤＲ＜０．０１）を有する１３５個のＭｅｔａＣｙｃ経路を同定した。有意な関連を示す１３５個の経路の大部分は、３種の細菌種に属した：ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、及びラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ／ｐａｒａｃａｓｅｉ）（図５７Ａ）；これらは、ＯＣＡ処置により有意に増加したグラム陽性細菌である（表１５）。多次元尺度法プロットにおいて可視化されたこれらの経路の複合的な観点（図５７Ｂ）は、１日目及び３７日目の経路の存在量が、１６日目と比較して互いにより類似しているため、ＯＣＡの効果及びその可逆性を示した（図５７Ｃ）。任意の所与の種について、特定の遺伝子及び／又は経路の表出は、集団における分類群の相対的存在量を単に反映している可能性があり、そのため、機能的関連性は不明瞭である。トランスポサーゼとＯＣＡ処置の間の関連は、図５６Ｃ〜５６Ｅ及び表１６において示される）。
【０２８１】
表１６は、ＯＣＡに応答する有意な（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）時間効果を有するトランスポサーゼを示す。
【０２８２】
【表１６】
2020509001.tif 000028
【０２８３】
【表１７】
2020509001.tif 000029
【０２８４】
ＯＣＡに応答するいくつかの種にわたって保存される経路は、機能的相互作用を示す場合がある。上位３種の細菌分類群に関する統計的に有意な経路のヒートマップは、ＯＣＡに対するロバストな時間依存的応答を示し；その関連は、ＯＣＡの最も低い試験用量で最大になる（図５７Ｃ）。これらの３種、及び図５７Ａにおいて同定された他の分類群の間で共通の遺伝子経路（表１７）は、ヌクレオチドに関連する経路を示し、アミノ酸生合成は、ＯＣＡ処置によって豊富になる；これは、細菌の増殖と一致する）。
【０２８５】
表１７は、ＯＣＡに応答する有意な（反復測定ＡＮＯＶＡ、ＦＤＲ＜０．０１）時間効果を有するＭｅｔａＣｙｃ経路を示す。
【０２８６】
【表１８】
2020509001.tif 000030
【０２８７】
【表１９】
2020509001.tif 000031
【０２８８】
【表２０】
2020509001.tif 000032
【０２８９】
【表２１】
2020509001.tif 000033
【０２９０】
【表２２】
2020509001.tif 000034
【０２９１】
【表２３】
2020509001.tif 000035
【０２９２】
【表２４】
2020509001.tif 000036
【０２９３】
【表２５】
2020509001.tif 000037
【０２９４】
【表２６】
2020509001.tif 000038
【０２９５】
【表２７】
2020509001.tif 000039
【０２９６】
【表２８】
2020509001.tif 000040
【０２９７】
【表２９】
2020509001.tif 000041
【０２９８】
【表３０】
2020509001.tif 000042
【０２９９】
生理的に適切なレベルの内因性腸管胆汁酸は、好気及び嫌気条件の両方で細菌増殖の有意な阻害をもたらす。
グラム陽性細菌は、一般に、胆汁酸による増殖阻害に対してグラム陰性細菌よりも感受性であり（Ｂｅｇｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ．２９，６２５−６５１（２００５））、実施されたゲノム分析は、特定のグラム陽性分類群が、増殖の亢進のためにＯＣＡ投与中に比例的により豊富になるという見解と一致する。ＯＣＡによる内因性胆汁酸合成のＦＸＲ依存的阻害は、通常胆汁酸に感受性であるグラム陽性細菌種に対する増殖阻害効果を低減し得る。ＯＣＡと関連する経路の最大の表出を有する３種の細菌種（図５７Ａ）が胆汁酸に感受性であるかを判定するために、ヒト小腸における２種の最も優勢な胆汁酸であるグリコケノデオキシコール酸（ＧＣＤＣＡ）及びグリココール酸（ＧＣＡ）の種特異的な最小発育阻止濃度（ＭＩＣ）を決定した（図５８Ａ）。小腸内腔の環境は、全長にわたって好気状態から嫌気状態に遷移する場合があるため（Ｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｃａｄｅｍｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  ｏｆ  Ａｍｅｒｉｃａ，９６，４５８６−４５９１（１９９９））、ＭＩＣを、好気及び嫌気条件の両方において決定した。各々の種は、好気及び嫌気条件の両方において２種の胆汁酸に対する可変の増殖阻害を示し、３つ全ての種の増殖は、小腸において通常見出される胆汁酸の生理的に適切な濃度（ミリモル範囲）で有意に阻害された（Ｎｏｒｔｈｆｉｅｌｄ  ａｎｄ  ＭｃＣｏｌｌ，Ｇｕｔ，１４，５１３−５１８（１９７３））。酵素を脱コンジュゲートする胆汁酸は、胆汁酸耐性を亢進することが示された（Ｂｅｇｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ．２９，６２５−６５１（２００５））。この見解と一致して、胆汁酸耐性を亢進することができる（Ｂｅｇｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ  Ｒｅｖ．２９，６２５−６５１（２００５））哺乳動物の腸における常在細菌に特有の酵素である胆汁酸塩ヒドロラーゼ（ＢＳＨ）は、Ｓ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）のゲノムから失われるが、これはＯＣＡにより誘導される。それは、これらの種が、小腸で見出される生理的に適切な濃度のコンジュゲートされた胆汁酸に暴露されるとき、インビトロでの増殖阻害に感受性であることを示すことによって支持される。対照的に、増殖阻害は、ＯＣＡに暴露された際に観察されなかったが、これは、内因性胆汁酸分泌のＦＸＲ依存的阻害が、腸内細菌叢において観察される変化に関与し、ＯＣＡの直接的効果ではないことを示唆している。図５８Ａに示されるとおり、酵素を脱コンジュゲートする胆汁酸は、全ての利用可能な参照ゲノムのＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）で欠けており、この所見は、インビトロで観察される胆汁酸感受性と一致する。ＯＣＡは、細菌増殖を場合により阻害することができる胆汁酸類似体であるため、同じ細菌種に関するＯＣＡのＭＩＣが決定された（図５８Ｂ）。ＯＣＡは又、３種全ての細菌種の増殖を阻害することもできたが、ヒト小腸において到達されるように計算されたＯＣＡ濃度（１０ｍｇ／日の用量で約４０ｍＭ）での増殖を阻害しない最小値���存在した（Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｈａｒｍａｃｏｌ  Ｒｅｓ  Ｐｅｒｓｐｅｃｔ，５（２０１７））。これらの所見は、ＯＣＡ処置が、内因性胆汁酸合成を抑制することによって胆汁酸感受性の細菌分類群の増殖の増加をもたらすという見解を支持する。
【０３００】
マウスにおけるＯＣＡ処置は、内因性の管腔胆汁酸レベルを阻害し、特に小腸において、グラム陽性細菌の増大をもたらす。
ＯＣＡ処置時に最も顕著に増加する細菌種は、小腸細菌叢の有意な比率を示すが、糞便において非常に微量な成分であることが報告されている。例えば、レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｉ）は、１６Ｓタグシークエンシングによれば、ヒト小腸細菌叢の２０％にもなる（Ｄｌｕｇｏｓｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉ  Ｒｅｐ−Ｕｋ，５（２０１５））；Ｅｌ  Ａｉｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，３２，１４−２０（２０１５））。これらの細菌のいくつかは、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、及びラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）を含む、食事により小腸に導入される食物の製造において使用される環境生物である（Ｂｒｉｇｉｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｆｏｏｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，８１，２０３−２０９（２００３）；Ｄｅｒｒｉｅｎ  ａｎｄ  ｖａｎ  Ｈｙｌｃｋａｍａ  Ｖｌｉｅｇ，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，２３，３５４−３６６（２０１５）；Ｓｔｉｌｅｓ  ａｎｄ  Ｈｏｌｚａｐｆｅｌ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｆｏｏｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，３６，１−２９（１９９７））。ＯＣＡ処置が小腸において特異的な腸内細菌叢組成を代えることができるかを判定するために、マウスを１４日間ＯＣＡで処置し、近位及び遠位の小腸並びに糞便における細菌叢組成、並びに定量化した胆汁酸を特徴付けた。ＯＣＡをメチルセルロース中で調製したため、糞便の胆汁酸レベルに対する以前に記載された効果のために（Ｃｏｘ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＡＳＥＢ  Ｊ  ２７，６９２−７０２（２０１３））、追加のメチルセルロース対照群が含まれた。管腔の胆汁酸濃度の定量化により、近位小腸において最大であったが、遠位小腸においても観察された内因性一次胆汁酸の有意な減少を明らかにしたが、糞便中においては効果を有しなかった（図５９Ａ〜５９Ｃ）。最大の均一な減少が、一次胆汁酸であるコール酸及びタウロコール酸において観察され、より少ない胆汁酸のいくつかにおいては、より小さく且つより低い均一さの減少を有した（図５９Ｄ及び５９Ｅ）。ＯＣＡは、処置されたマウスの小腸内腔において検出可能であり、ここで、それは、胆汁酸の総濃度に対して最小限に寄与した（図５９Ａ〜５９Ｅ）。小腸における管腔胆汁酸の絶対レベルにおける定量的な差（糞便中よりもおよそ１００倍大きい、図５９Ａ〜５９Ｃ）も又注目すべきであり；これは、小腸の回腸末端部において胆汁酸の９５％を超える腸肝再吸収と一致する（ｄｅ  Ａｇｕｉａｒ  Ｖａｌｌｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，１７，６５７−６６９（２０１３））。１６Ｓタグシークエンシングにより分析されたＯＣＡ群における小腸細菌叢の全体の組成は、対照群の両方と異なった。これは、ＯＣＡ処置マウスの糞便中ではなく近位及び遠位小腸の両方におけるクロストリジウム科ファミリーのファーミキューテス（Ｆｉ��ｍｉｃｕｔｅｓ）の存在量の増加に起因した（図６０及び６３（水（対照）、０．５％メチルセルロース（ＭＣ）、又は１０ｍｇ／ｋｇオベチコール酸（ＯＣＡ）を含む０．５％メチルセルロースのいずれかによる経管栄養の１４日後のマウスの近位小腸（ＰＳＩ）、遠位小腸（ＤＳＩ）、及び糞便における細菌叢組成）。一括して、これらの結果は、マウスにおけるＯＣＡによる処置が、小腸において特異的に管腔胆汁酸濃度の有意な減少をもたらすこと実証し、ここで、グラム陽性細菌が同時に増加する。これらの変化は糞便試料においては観察されなかったが、これは、ＯＣＡによるＦＸＲの活性化及び結果として生じる内因性胆汁酸合成の阻害が、小腸細菌叢に影響を与えることを示している。これらの結果は、小腸において優勢であることが知られる細菌分類群の存在量に対するＯＣＡ処置の効果と組み合わせて、ヒト小腸細菌叢の動態におけるＦＸＲの役割に関する有力な証拠を提供する。
【０３０１】
ヒト腸内マイクロバイオームにおけるＦＸＲ活性化に関するロバストな分類学上の特性
増えつつある証拠は、腸内マイクロバイオームの組成が、個別化医療のための薬物代謝（Ｋｌａａｓｓｅｎ  ａｎｄ  Ｃｕｉ，Ｄｒｕｇ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ａｎｄ  Ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ：ｔｈｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｆａｔｅ  ｏｆ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ，４３，１５０５−１５２１（２０１５））及び食事（Ｚｅｅｖｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６３，１０７９−１０９４（２０１５））に関するバイオマーカーとしての値を有する可能性があることを示唆し、又、感染（Ｂｕｆｆｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，５１７，２０５−２０８（２０１５））、肝疾患（Ｌｏｏｍｂａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌ  Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，２５，１０５４−１０６２  ｅ１０５５（２０１７）；Ｑｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，５１３，５９−６４（２０１４））、及び炎症性腸疾患（Ｂａｒｂｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｍ．Ｊ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．，１１１，１８１６−１８２２（２０１６））を含む特定の疾患プロセスを分類するための特徴的な指標が開発された。ＯＣＡ処置に対する細菌分類群のロバスト且つ可逆的な応答は、特定の細菌種が、単独で又は組み合わされて、胆汁酸合成のＦＸＲ依存的阻害を予測する場合があることを示唆する。ＲＯＣ曲線が生成され、発明者らのショットガンメタゲノムデータセットにおいて特徴付けられた各々の種に関して、ロジスティック回帰からＲＯＣ曲線下面積（ＡＵＣ）が計算された。個別に又は組み合わされた３種の用量のＯＣＡによる処置を最も正確に予測した分類群は、Ｌ．カゼイ−パラカゼイ（Ｌ．ｃａｓｅｉ−ｐａｒａｃａｓｅｉ）、Ｌ．ラクティス（Ｌ．ｌａｃｔｉｓ）、及びＳ．サーモフィルス（Ｓ．ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）であった（図６１Ａ）。少なくとも１種のモデルからの高いＡＵＣ値（ＡＵＣ＞０．８）を有する種が示される。擬似検証ＡＵＣは、１日目対１６日目のデータセット（すなわち、トレーニングセット）から１６日目対３７日目のデータセット（すなわち、検証セット）に由来するロジスティックモデルを適用することによって得られた。これらの種の各々について、最も高いＡＵＣが、ＯＣＡ５ｍｇ用量で観察された。これらの３種のうちのいずれか２種の組み合わせにより、５ｍｇのＯＣＡ用量について「１」に近いＡＵＣを得る（図６１Ｂ）。この分類学上の特性は、５ｍｇ用量でのＯＣＡ投与の予測因子としてのＣ４の性能を超える（図６４）。ＲＯＣ分析を、これらの３種、及びいくつかの追加の分類群について実施して、独立及び組み合わせの両方で、５、１０、２５ｍｇでのＡＵＣを決定した。モデルの予測性の評価を提供するために、０〜１７日目のデータをトレーニングセットとして、１７〜３７日目のデータを擬似検証セットとして使用した（図６１Ｃ）。一般に、これらの２つの区間のＡＵＣは非常に類似しており、これらの関連のロバスト且つ再現可能な性質を実証している。ＲＯＣ分析において使用した個々のうちの同じセットから、３つの時点にわたってデータを測定した。図６１Ａに記載される３種全てが、５ｍｇ用量のＯＣＡで最も高いＡＵＣを有したが、２種は用量依存的なＡＵＣの増加を示した。フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）及びバクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）の両方が、５ｍｇ用量でおよそ０．５、１０ｍｇ用量で０．７、及び２５ｍｇ用量で０．８５のＡＵＣを有した。最終的に、より動的な用量依存的な関連を示す、他と組み合わせた最小用量のＯＣＡに対して最大限に感受性である分類学上の特性は、ＯＣＡ及びおそらく他のＦＸＲアゴニストにより誘導される臨床効果を予測するのに有用であると判明し得る。
【０３０２】
実施例１〜７は、本開示のある種の実施形態を説明するために提供される（Ｇａｒｙ  Ｄ．Ｗｕ，Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｕｔ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ｂｙ  ｔｈｅ  Ｂｉｌｅ  Ａｃｉｄ  Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ  Ｏｂｅｔｉｃｈｏｌｉｃ  Ａｃｉｄ，ａｂｓｔｒａｃｔ  ａｎｄ  ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ  ａｔ  Ｋｅｙｓｔｏｎｅ  Ｓｙｍｐｏｓｉａ，Ｍａｒｃｈ  ３−７，２０１７，Ｍｏｎｔｅｒｅｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，ＵＳＡ；ＦＸＲ−Ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｍａｌｌ  Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ（２９２２４１７）は、２０１８年６月２〜５日にＷａｓｈｉｎｇｔｏｎ，Ｄ．Ｃ．のｔｈｅ  Ｗａｌｔｅｒ  Ｅ．Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｃｏｎｖｅｎｔｉｏｎ  ＣｅｎｔｅｒでのＤｉｇｅｓｔｉｖｅ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｗｅｅｋ（登録商標）（ＤＤＷ）中の講義プレゼンテーションのために選択された；Ｆｒｉｅｄｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ＦＸＲ−Ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  Ｍｏｄｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｍａｌｌ  Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  ｂｙ  ｔｈｅ  Ｂｉｌｅ  Ａｃｉｄ  Ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅ  Ｏｂｅｔｉｃｈｏｌｉｃ  Ａｃｉｄ．；原稿は出版のために提出されている）。
【０３０３】
均等物
当業者であれば、ごく通常の実験を用いて、本明細書に記載の特定の実施形態及び方法に対する多くの均等物を認識するか、或いは確認することができるであろう。そのような均等物は、本願の範囲に包含されることを意図している。本明細書に引用する特許、特許出願及び参照文献は全て、本明細書に明示的に組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０】
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【図３１】
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【図３２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７】
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【図３８】
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【図３９】
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【図４０】
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【図４１】
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【図４２】
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【図４３】
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【図４４】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０】
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【図５１】
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【図５２】
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【図５３Ａ】
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【図５３Ｂ】
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【図５３Ｃ】
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【図５３Ｄ】
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【図５４】
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【図５５Ａ−５５Ｄ】
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【図５６Ａ−５６Ｅ】
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【図５７Ａ】
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【図５７Ｂ】
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【図５７Ｃ−１】
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【図５７Ｃ−２】
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【図５７Ｃ−３】
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【図５８Ａ】
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【図５８Ｂ】
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【図５９Ａ−５９Ｅ】
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【図６０】
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【図６１Ａ−６１Ｃ】
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【図６２Ａ−６２Ｂ】
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【図６３】
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【図６４Ａ−６４Ｆ】
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【国際調査報告】
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