(57)【要約】  本発明は、生物学的プロセスを、例えば、プレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）への結合を通して、調節することができる化合物（例えば、大環状化合物）に関する。これらの化合物は、内在性細胞内プレゼンタータンパク質、例えばＦＫＢＰまたはシクロフィリンと結合し、結果得られる二元複合体は、細胞内標的タンパク質と選択的に結合し、その活性を調節する。プレゼンタータンパク質、化合物、及び標的タンパク質間での三分子複合体の形成は、タンパク質−化合物及びタンパク質−タンパク質相互作用の両方により推進され、両方とも標的とされるタンパク質の活性の調節に必要とされる。【特許請求の範囲】
【請求項１】
１４〜４０個の環原子を含む大環状化合物であって、
（ａ）哺乳類標的タンパク質相互作用部分、及び
（ｂ）プレゼンタータンパク質結合部分を含み、
前記化合物及びプレゼンタータンパク質が、標的タンパク質に特異的に結合する複合体を形成し、前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質のそれぞれが、前記複合体の形成の不在下では、前記標的タンパク質に実質的に結合しない、もしくは
前記化合物及びプレゼンタータンパク質が、前記複合体の形成の不在下での前記標的タンパク質に対する前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質のそれぞれの親和性よりも少なくとも５倍大きい親和性で標的タンパク質に結合する複合体を形成する、前記化合物、
またはその薬学的に許容され得る塩。
【請求項２】
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、５〜２０個の環原子を含む、請求項１に記載の化合物。
【請求項３】
前記化合物が、１４〜１７個の環原子からなる、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項４】
前記化合物が、１４〜２０個の原子からなる、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項５】
前記化合物が、２１〜２６個の環原子からなる、請求項１または２に記載の化合物。
【請求項６】
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、式Ｉ：
【化１】
2020513036.tif 000119
の構造を含み、
式中、ｎが、０または１であり、
Ｘ１及びＸ３が、それぞれ独立して、Ｏ、Ｓ、ＣＲ３Ｒ４、またはＮＲ５であり、
Ｘ２が、Ｏ、Ｓ、またはＮＲ５であり、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４が、それぞれ独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ１、Ｒ２、Ｒ３、もしくはＲ４のうちのいずれか２つが、それらが結合する１個もしくは複数の原子と一緒になって、任意選択で置換されたカルボシクリル、任意選択で置換されたヘテロシクリル、任意選択で置換されたアリール、もしくは任意選択で置換されたヘテロアリールを形成し、
各Ｒ５が、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ５及びＲ１、Ｒ２、Ｒ３、もしくはＲ４のうちの１つが、それらが結合する１個もしくは複数の原子と一緒になって、任意選択で置換されたヘテロシクリルもしくは任意選択で置換されたヘテロアリールを形成する、請求項１〜５のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項７】
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、式ＩＩ〜ＩＶ：
【化２】
2020513036.tif 000120
のいずれか１つの構造を含み、
式中、ｏ、及びｐが、独立して、０、１、または２であり、
ｑが、０〜７の間の整数であり、
ｒが、０〜４の間の整数であり、
Ｘ４及びＸ５がそれぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、またはＮＲ１１であり、
各Ｒ６及びＲ７が、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ６及びＲ７が、それらが結合する炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成し、
各Ｒ８が、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、または２つのＲ８が組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
Ｒ９及びＲ１１が、独立して、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１０が、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１２及びＲ１３がそれぞれ、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項８】
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、式Ｖ：
【化３】
2020513036.tif 000121
の構造を含み、
式中、Ｒ１４が、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである、請求項７に記載の化合物。
【請求項９】
前記プレゼンタータンパク質結合部分が、式ＶＩまたはＶＩＩ：
【化４】
2020513036.tif 000122
の構造を含み、
式中、ｓ及びｔがそれぞれ、独立して、０〜７の整数であり、
Ｘ６及びＸ７がそれぞれ、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、またはＮＲ１９であり、
Ｒ１５及びＲ１７がそれぞれ、独立して、水素ヒドロキシル、または任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１６及びＲ１８がそれぞれ、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１９が、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ａｒが、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールまたは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールである、請求項８に記載の化合物。
【請求項１０】
前記標的相互作用部分が、式ＩＸ：
【化５】
2020513036.tif 000123
の構造を含み、
式中、ｕが、１〜２０の整数であり、
各Ｙが、独立して、任意のアミノ酸、Ｏ、ＮＲ、Ｓ、Ｓ（Ｏ）ＳＯ２であるか、または式Ｘ〜ＸＩＩＩ：
【化６】
2020513036.tif 000124
のいずれか１つの構造を有し、
式中、各Ｒ２０が、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ１９が、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２１及びＲ２２が、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノであるか、またはＲ２０及びＲ２１が組み合わさって、＝Ｏ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルを形成するか、またはＲ２１もしくはＲ２２が、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、及びＲ２６が、独立して、水素、ヒドロキシルであるか、またはＲ２２及びＲ２３が組み合わさって、＝Ｏを形成するか、またはＲ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、もしくはＲ２６が、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、及びＲ３０が、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０が、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１１】
前記化合物が、式ＸＩＶ〜ＸＶＩＩＩ：
【化７】
2020513036.tif 000125
のいずれか１つの構造を有する、請求項１０に記載の化合物。
【請求項１２】
前記標的タンパク質への結合に関与する各環原子を含む分子の部位が、２より大きいｃＬｏｇＰを有する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１３】
前記標的タンパク質への結合に関与する各環原子を含む分子の部位が、３５０Å未満の極性表面積を有する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１４】
前記標的タンパク質への結合に関与する各環原子を含む分子の部位が、構造：
【化８−１】
2020513036.tif 000126
【化８−２】
2020513036.tif 000127
を有さない、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１５】
少なくとも１つのＹが、Ｎ−アルキル化アミノ酸である、請求項１０〜１４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１６】
少なくとも１つのＹが、Ｄ−アミノ酸である、請求項１０〜１５のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１７】
少なくとも１つのＹが、非天然アミノ酸である、請求項１０〜１６のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１８】
少なくとも１つのＹが、デプシ連結を含む、請求項１０〜１７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項１９】
前記化合物が、構造：
【化９】
2020513036.tif 000128
を含まない、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２０】
前記化合物が、４００〜２０００ダルトンの分子量を有する、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２１】
前記化合物が、偶数個の環原子を有する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２２】
前記化合物が、細胞透過性である、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２３】
前記化合物が、実質的に純粋である、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２４】
前記化合物が、単離されている、請求項１〜２３のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２５】
前記化合物が、操作された化合物である、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２６】
前記化合物が、非天然に生じる、請求項１〜２５のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２７】
前記複合体が、前記標的タンパク質に、前記複合体がｍＴＯＲ及び／またはカルシニューリンのそれぞれに結合するよりも、少なくとも５倍大きい親和性で結合する、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２８】
前記複合体が、前記標的タンパク質に、前記化合物が前記プレゼンタータンパク質との複合体において結合していないときの前記標的に対する前記化合物の親和性よりも、少なくとも５倍大きい親和性で結合する、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項２９】
前記複合体が、前記標的タンパク質に、前記プレゼンタータンパク質が前記化合物との複合体において結合していないときの前記標的に対する前記プレゼンタータンパク質の親和性よりも、少なくとも５倍大きい親和性で結合する、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３０】
前記複合体が、前記標的タンパク質及び前記標的タンパク質に特異的に結合するリガンド間の天然に生じる相互作用を阻害する、請求項１〜２９のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３１】
前記プレゼンタータンパク質が、プロリルイソメラーゼである、請求項１〜３０のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３２】
前記プレゼンタータンパク質が、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１である、請求項１〜３１のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３３】
ＦＫＢＰファミリーの前記メンバーが、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ２５、またはＦＫＢＰ５２である、請求項３２に記載の化合物。
【請求項３４】
シクロフィリンファミリーの前記メンバーが、ＰＰＩＡＬ４Ａ、ＰＰＩＡＬ４Ｂ、ＰＰＩＡＬ４Ｃ、ＰＰＩＡＬ４Ｄ、またはＰＰＩＡＬ４Ｇである、請求項３３に記載の化合物。
【請求項３５】
前記哺乳類標的タンパク質が、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、または古典的なタンパク質−タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質である、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の化合物。
【請求項３６】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物及びプレゼンタータンパク質を含むプレゼンタータンパク質／化合物複合体。
【請求項３７】
前記プレゼンタータンパク質が、表１に記載の遺伝子のいずれか１つによってコードされるタンパク質である、請求項３６に記載の複合体。
【請求項３８】
前記プレゼンタータンパク質が、プロリルイソメラーゼである、請求項３６に記載の複合体。
【請求項３９】
前記プロリルイソメラーゼが、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１である、請求項３８に記載の複合体。
【請求項４０】
ＦＫＢＰファミリーの前記メンバーが、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ２５、またはＦＫＢＰ４である、請求項３８に記載の複合体。
【請求項４１】
シクロフィリンファミリーの前記メンバーが、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、またはＰＰＷＤ１である、請求項３８に記載の複合体。
【請求項４２】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物及び薬学的に許容され得る賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項４３】
単位剤形である、請求項４２に記載の医薬組成物。
【請求項４４】
標的タンパク質を調節する方法であって、前記標的タンパク質を、調節量の請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物、請求項３６〜４１のいずれか一項に記載のプレゼンタータンパク質／化合物複合体、または請求項４２もしくは４３に記載の組成物と接触させることを含む、前記方法。
【請求項４５】
標的タンパク質を調節する方法であって、請求項３６〜４１のいずれか一項に記載のプレゼンタータンパク質／化合物複合体を細胞内で、前記細胞を有効量の請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物または請求項４２もしくは４３に記載の組成物と接触させることにより、形成することを含む、前記方法。
【請求項４６】
標的タンパク質を調節する方法であって、前記標的タンパク質を、請求項３６〜４１のいずれか一項に記載のプレゼンタータンパク質／化合物複合体と接触させることを含む、前記方法。
【請求項４７】
プロリルイソメラーゼ活性を阻害する方法であって、前記プロリルイソメラーゼを発現する細胞を、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物または請求項４２もしくは４３に記載の組成物と、前記化合物及び前記プロリルイソメラーゼ間の複合体の形成を可能とする条件下で、接触させることを含み、それによりプロリルイソメラーゼ活性を阻害する、前記方法。
【請求項４８】
請求項３６に記載のプレゼンタータンパク質／化合物複合体を細胞内で形成する方法であって、前記プレゼンタータンパク質を発現する細胞を、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物または請求項４２もしくは４３に記載の組成物と、前記化合物及び前記プレゼンタータンパク質間の複合体の形成を可能とする条件下で、接触させることを含む、前記方法。
【請求項４９】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物の調製のための方法であって、前記化合物を生成するように改変されているＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属の細菌株を培養すること、及び前記化合物を発酵ブロスから単離することを含む、前記方法。
【請求項５０】
請求項１〜３５のいずれか一項に記載の化合物の調製のための方法であって、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属の細菌株を、前記株が前記化合物を生成する条件下で培養すること、及び前記化合物を発酵ブロスから単離することを含む、前記方法。
【請求項５１】
（ｉ）哺乳類標的タンパク質及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質／化合物複合体を含み、前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体が、プレゼンタータンパク質及び請求項１〜３５のいずれか一項に記載の大環状化合物を含む、三分子複合体。
【請求項５２】
前記標的タンパク質が、従来型の結合ポケットを有さない、請求項５１に記載の三分子複合体。
【請求項５３】
前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体が、前記標的タンパク質上の平坦表面部位にて結合する、請求項５１または５２に記載の三分子複合体。
【請求項５４】
前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体内の前記大環状化合物が、前記標的タンパク質上の疎水性表面部位にて結合する、請求項５１〜５３のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項５５】
前記標的タンパク質上の前記疎水性表面部位が、少なくとも５０％疎水性残基を含む、請求項５４に記載の三分子複合体。
【請求項５６】
前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体が、前記標的タンパク質に、前記標的タンパク質及び前記標的タンパク質と特異的に結合するタンパク質間の天然に生じるタンパク質−タンパク質相互作用の部位にて結合する、請求項５１〜５５のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項５７】
前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体が、前記標的タンパク質の活性部位にて結合しない、請求項５１〜５６のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項５８】
前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体が、前記標的タンパク質の活性部位にて結合する、請求項５１〜５６のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項５９】
前記標的タンパク質が、アンドラッガブル標的である、請求項５１〜５６のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６０】
前記大環状化合物の構造組織が、前記プレゼンタータンパク質／化合物複合体にあるが前記三分子複合体にはない前記大環状化合物と比較して、前記三分子複合体において実質的に変化していない、請求項５１〜５９のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６１】
前記標的タンパク質の総埋没表面積のうちの少なくとも２０％が、前記大環状化合物への結合に関与する１個または複数の原子を含む、請求項５１〜６０のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６２】
前記標的タンパク質の総埋没表面積のうちの少なくとも２０％が、前記プレゼンタータンパク質への結合に関与する１個または複数の原子を含む、請求項５１〜６１のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６３】
前記大環状化合物が、総結合自由エネルギーのうちの少なくとも１０％に寄与する、請求項５１〜６２のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６４】
前記プレゼンタータンパク質が、総結合自由エネルギーのうちの少なくとも１０％に寄与する、請求項５１〜６３のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６５】
前記大環状化合物の１個または複数の原子及び前記標的タンパク質の１個または複数の原子間の結合相互作用のうちの少なくとも７０％が、ファンデルワールス相互作用及び／またはπ効果相互作用である、請求項５１〜６４のいずれか一項に記載の三分子複合体。
【請求項６６】
１４〜４０個の環原子、哺乳類標的タンパク質相互作用部分、及びプレゼンタータンパク質結合部分からなる大環状化合物を含む化合物集合体であって、前記大環状化合物が、プレゼンタータンパク質と一緒になって、標的タンパク質に特異的に結合する複合体を形成し、前記大環状化合物及び前記プレゼンタータンパク質が、前記複合体の形成の不在下では、前記標的タンパク質に実質的に結合しない、前記化合物集合体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、協同的結合に関与する化合物及びその使用に関する。
【背景技術】
【０００２】
低分子薬物の大多数は、標的タンパク質上の機能的に重要なポケットと結合することにより作用し、それにより、そのタンパク質の活性を調節する。例えば、コレステロール低下薬物のスタチンは、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼの酵素活性部位と結合し、ゆえに、酵素がその基質に結合することを防ぐ。多くのこのような薬物／標的相互作用対が知られているという事実から、適正量の時間、労力、及び資源をかければ全てではないにしてもほとんどのタンパク質に対する低分子モジュレータを発見可能であるという誤った考えに導かれる者が現れ得る。これは事実からはほど遠い。現在の推定値によれば、全ヒトタンパク質の約１０％のみが低分子により標的可能である。残りの９０％は、低分子薬物の発見が難しいまたは困難であると現在考えられている。このような標的は、一般に「アンドラッガブル」と称される。これらのアンドラッガブル標的には、医学的に重要なヒトタンパク質の莫大なほとんど未開発の宝庫が含まれる。ゆえに、このようなアンドラッガブル標的の機能を調節することができる新しい分子モダリティーを発見することに大きな関心が存在する。
【発明の概要】
【０００３】
本発明は、生物学的プロセスを、例えば、プレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質への結合を通して、調節することができる化合物（例えば、大環状化合物）に関する。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、細胞内タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、哺乳類タンパク質である。いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、細胞、例えば、哺乳類細胞内の三分子プレゼンタータンパク質／化合物／標的タンパク質複合体に関与する。いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、疾患及び障害、例えばがん、炎症、または感染の処置において有用であり得る。
【０００４】
一態様では、本発明は、化合物（例えば、１４〜４０個の環原子を含む大環状化合物）に関する。該化合物は、（ａ）標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用（ｉｎｔｅｒａｃｉｎｇ）部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）、及び（ｂ）プレゼンタータンパク質結合部分を含み、化合物及びプレゼンタータンパク質は、標的タンパク質に特異的に結合する複合体を形成し、化合物及びプレゼンタータンパク質のそれぞれは、複合体の形成の不在下では、標的タンパク質に実質的に結合しない、もしくは化合物及びプレゼンタータンパク質は、前記複合体の形成の不在下での標的タンパク質に対する化合物及びプレゼンタータンパク質のそれぞれの親和性よりも少なくとも５倍大きい親和性で標的タンパク質に結合する複合体を形成する、またはその薬学的に許容され得る塩を含む。
【０００５】
いくつかの実施形態では、化合物は、大環状化合物である。ある特定の実施形態では、化合物は、非環式化合物である。
いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、１つまたは複数のリンカー部分を含む。いくつかの実施形態では、リンカー部分は、プレゼンタータンパク質結合部分（またはその部位）及び標的タンパク質相互作用部分（またはその部位）を接続する。
【０００６】
いくつかの実施形態では、化合物は、構造：
【０００７】
【化１】
2020513036.tif 000002
を有し、
式中、Ａは、哺乳類標的タンパク質相互作用部分を含み、
Ｂは、プレゼンタータンパク質結合部分を含み、
Ｌ１及びＬ２は、独立して、最大で１０個までの原子の結合及び直鎖から選択され、独立して、炭素、窒素、酸素、硫黄またはリン原子から選択され、鎖内の各原子は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、クロロ、ヨード、ブロモ、フルオロ、ヒドロキシル、アルコキシ、アリールオキシ、カルボキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アシルアミノ、カルボキシアミド、シアノ、オキソ、チオ、アルキルチオ、アリールチオ、アシルチオ、アルキルスルホネート、アリールスルホネート、ホスホリル、及びスルホニルから独立して選択される１つまたは複数の置換基を用いて任意選択で置換されており、鎖内の任意の２個の原子は、そこに結合する置換基と一緒になって、環を形成し得、その環は、１つもしくは複数の任意選択で置換された環状炭素、複素環、アリール環、またはヘテロアリール環にさらに置換され得る及び／または縮合され得る。
【０００８】
いくつかの実施形態では、化合物は、構造：
【０００９】
【化２】
2020513036.tif 000003
を有し、
式中、Ｚ１及びＺ２のそれぞれは、独立して、水素またはヒドロキシルである。
【００１０】
他の実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、Ｚ１、及び／またはＺ２の少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質への結合に関与する。ある特定の実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、Ｚ１、及び／またはＺ２の少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質または標的タンパク質への結合に関与しない。
【００１１】
いくつかの実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、Ｚ１、及び／またはＺ２は、プレゼンタータンパク質への及び／または標的タンパク質への結合に関与する１個または複数の原子を含む。いくつかの実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、Ｚ１、及び／またはＺ２のうちの１つまたは複数の少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び／または標的タンパク質への結合に関与する。ある特定の実施形態では、Ｌ１、Ｌ２、Ｚ１、及び／またはＺ２のうちの１つまたは複数の少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び／または標的タンパク質への結合に関与しない。
【００１２】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、５〜２０個の環原子（例えば、５〜１０、７〜１２、１０〜１５、１２〜１７、または１５〜２０個の環原子）を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、化合物は、１４〜２０個の環原子（例えば、１４〜１６、１４〜１７、１５〜１８、１６〜１９、もしくは１７〜２０個の環原子または１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０個の環原子）からなる。ある特定の実施形態では、化合物は、２１〜２６個の環原子（例えば、２１〜２３、２２〜２４、２３〜２５、もしくは２４〜２６個の環原子または２１、２２、２３、２４、２５、２６個の環原子）からなる。いくつかの実施形態では、化合物は、２７〜４０個の環原子（例えば、２７〜３０、２９〜３４、３３〜３８、３７〜４０個の環原子または２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、もしくは４０個の環原子）からなる。
【００１４】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式Ｉ：
【００１５】
【化３】
2020513036.tif 000004
の構造を含み、
式中、ｎは、０または１であり、
Ｘ１及びＸ３は、それぞれ独立して、Ｏ、Ｓ、ＣＲ３Ｒ４、またはＮＲ５であり、
Ｘ２は、Ｏ、Ｓ、またはＮＲ５であり、
Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、及びＲ４は、それぞれ独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ１、Ｒ２、Ｒ３、もしくはＲ４のうちのいずれか２つは、それらが結合する１個もしくは複数の原子と一緒になって、任意選択で置換されたカルボシクリル、任意選択で置換されたヘテロシクリル、任意選択で置換されたアリール、もしくは任意選択で置換されたヘテロアリールを形成し、
各Ｒ５は、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ５及びＲ１、Ｒ２、Ｒ３、もしくはＲ４のうちの１つは、それらが結合する１個もしくは複数の原子と一緒になって、任意選択で置換されたヘテロシクリルもしくは任意選択で置換されたヘテロアリールを形成する。
【００１６】
いくつかの実施形態では、Ｘ１は、Ｌ１に接続し、Ｘ３は、Ｌ２に接続する。いくつかの実施形態では、Ｘ１は、Ｌ２に接続し、Ｘ３は、Ｌ１に接続する。
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式Ｉａ：
【００１７】
【化４】
2020513036.tif 000005
の構造を含む。
【００１８】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式ＩＩ〜ＩＶ：
【００１９】
【化５】
2020513036.tif 000006
のいずれか１つの構造であるまたはこれを含み、
式中、ｏ及びｐは、独立して、０、１、または２であり、
ｑは、０〜７の間の整数であり、
Ｘ４及びＸ５はそれぞれ、独立して、存在しない、ＣＨ２、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、またはＮＲ１３であり、
各Ｒ６及びＲ７は、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ６及びＲ７は、それらが結合する炭素原子と組み合わさって、Ｃ＝Ｏを形成するか、またはＲ６及びＲ７は組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリルもしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルを形成し、
各Ｒ８は、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、または２つのＲ８は組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
Ｒ９及びＲ１１は、独立して、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１０は、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１２及びＲ１３はそれぞれ、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００２０】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式ＩＶｂ：
【００２１】
【化６】
2020513036.tif 000007
の構造であるまたはこれを含み、
式中、ｒは、０〜４の間の整数であり、
各Ｒ７’は、独立して、ヒドロキシル、シアノ、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル（例えば、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール）、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキル（例えば、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル）である。
【００２２】
いくつかの実施形態では、Ｌ１は、プレゼンタータンパク質結合部分の左側に接続し、Ｌ２は、プレゼンタータンパク質結合部分の右側に接続する。いくつかの実施形態では、Ｌ１は、プレゼンタータンパク質結合部分の右側に接続し、Ｌ２は、プレゼンタータンパク質結合部分の左側に接続する。
【００２３】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式ＩＩａ〜ＩＶａ：
【００２４】
【化７】
2020513036.tif 000008
のいずれか１つの構造であるまたはこれを含む。
【００２５】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式Ｖ：
【００２６】
【化８】
2020513036.tif 000009
の構造であるまたはこれを含み、
式中、Ｒ１４は、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００２７】
ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式ＶＩ、ＶＩＩ、またはＶＩＩＩ：
【００２８】
【化９】
2020513036.tif 000010
の構造であるまたはこれを含み、
式中、ｓ及びｔはそれぞれ、独立して、０〜７の整数であり、
Ｘ６及びＸ７はそれぞれ、独立して、Ｏ、Ｓ、ＳＯ、ＳＯ２、またはＮＲ１９であり、
Ｒ１５及びＲ１７はそれぞれ、独立して、水素、ヒドロキシル、または任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１６及びＲ１８はそれぞれ、独立して、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ｒ１９は、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
Ａｒは、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールまたは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールである。
【００２９】
ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：
【００３０】
【化１０−１】
2020513036.tif 000011
【００３１】
【化１０−２】
2020513036.tif 000012
【００３２】
【化１０−３】
2020513036.tif 000013
であるまたはこれを含む。
【００３３】
ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：
【００３４】
【化１１】
2020513036.tif 000014
であるまたはこれを含む。
【００３５】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：
【００３６】
【化１２−１】
2020513036.tif 000015
【００３７】
【化１２−２】
2020513036.tif 000016
であるまたはこれを含む。
【００３８】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：
【００３９】
【化１３】
2020513036.tif 000017
であるまたはこれを含む。
【００４０】
ある特定の実施形態では、標的相互作用部分は、式ＩＸ：
【００４１】
【化１４】
2020513036.tif 000018
の構造であるまたはこれを含み、
式中、ｕは、１〜２０の整数であり、
各Ｙは、独立して、任意のアミノ酸、Ｏ、ＮＲ２０、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、ＳＯ２であるか、または式Ｘ〜ＸＩＩＩ：
【００４２】
【化１５】
2020513036.tif 000019
のいずれか１つの構造を有し、
式中、各Ｒ２０は、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ２０は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２１及びＲ２２は、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノであるか、またはＲ２１及びＲ２２は組み合わさって、＝Ｏ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルを形成するか、またはＲ２１もしくはＲ２２は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、またはＲ２６は、独立して、水素、ヒドロキシルであるか、またはＲ２３及びＲ２４は組み合わさって、＝Ｏを形成するか、またはＲ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、もしくはＲ２６は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、及びＲ３０は、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成する。
【００４３】
いくつかの実施形態では、化合物は、架橋基を（例えば、標的相互作用部分内に）含む。
いくつかの実施形態では、架橋基は、スルフヒドリル反応性架橋基（例えば、架橋基は、混合ジスルフィド、マレイミド、ビニルスルホン、ビニルケトン、またはハロゲン化アルキルを含む）、アミノ反応性架橋基、カルボキシル反応性架橋基、カルボニル反応性架橋基、またはトリアゾール形成架橋基である。
【００４４】
いくつかの実施形態では、架橋基は、混合ジスルフィドを含み、例えば、架橋基は、式Ｉａ：
【００４５】
【化１６】
2020513036.tif 000020
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ａは、０、１、または２であり、
ＲＡは、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールである。
【００４６】
いくつかの実施形態では、ＲＡは、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール（例えば、ピリジル）である。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００４７】
【化１７】
2020513036.tif 000021
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００４８】
いくつかの実施形態では、ＲＡは、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル（例えば、Ｎ，Ｎ−ジメチルエチル）である。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００４９】
【化１８】
2020513036.tif 000022
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００５０】
【化１９】
2020513036.tif 000023
を含む。
【００５１】
いくつかの実施形態では、ＲＡは、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル（例えば、メチル）である。いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００５２】
【化２０】
2020513036.tif 000024
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００５３】
いくつかの実施形態では、架橋基は、炭素系架橋基（例えば、チオールとの反応の際に、炭素−スルフィド結合を形成する架橋基）を含む。
いくつかの実施形態では、架橋基は、マレイミドを含み、例えば、架橋基は、式Ｉｂ、Ｉｃ、Ｉｄ、またはＩｅ：
【００５４】
【化２１】
2020513036.tif 000025
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ＸＡは、−Ｃ（Ｏ）−または−ＳＯ２−であり、
ＸＢは、−Ｃ（Ｏ）−またはＣＲＥＲＦであり、
ＲＢ及びＲＣは、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＤは、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＥ及びＲＦは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００５５】
いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｂの構造を含む。いくつかの実施形態では、ＸＡは、−Ｃ（Ｏ）−である。いくつかの実施形態では、ＸＢは、−Ｃ（Ｏ）−である。いくつかの実施形態では、ＲＢ及びＲＣは、水素または任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル（例えば、メチル）である。
【００５６】
いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００５７】
【化２２】
2020513036.tif 000026
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００５８】
いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００５９】
【化２３】
2020513036.tif 000027
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００６０】
いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｆ、Ｉｇ、Ｉｈ、またはＩｉ：
【００６１】
【化２４】
2020513036.tif 000028
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ＸＣは、−Ｃ（Ｏ）−または−ＳＯ２−であり、
ＸＤは、存在しない、ＮＲＪＲＫ、またはＯＲＬであり、
ＲＧ、ＲＨ、及びＲＩは、独立して、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＪ、ＲＫ、及びＲＬは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００６２】
いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｆの構造を含む。いくつかの実施形態では、ＸＤは、存在しない。いくつかの実施形態では、ＲＧ、ＲＨ、及びＲＩは、水素である。いくつかの実施形態では、ＸＣは、−Ｃ（Ｏ）−である。いくつかの実施形態では、ＸＣは、−ＳＯ２−である。
【００６３】
いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルスルホンを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００６４】
【化２５】
2020513036.tif 000029
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００６５】
いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルスルホンを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００６６】
【化２６】
2020513036.tif 000030
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００６７】
いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルケトンを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００６８】
【化２７】
2020513036.tif 000031
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００６９】
いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルケトンを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００７０】
【化２８】
2020513036.tif 000032
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００７１】
いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルケトンを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００７２】
【化２９】
2020513036.tif 000033
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００７３】
いくつかの実施形態では、架橋基は、イノン、例えば式ＩｊまたはＩｋ：
【００７４】
【化３０】
2020513036.tif 000034
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ＸＥは、存在しない、ＮＲＮＲＯ、またはＯＲＰであり、
ＲＭは、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＮ、ＲＯ、及びＲＰは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００７５】
いくつかの実施形態では、架橋基は、ビニルケトンを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００７６】
【化３１】
2020513036.tif 000035
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００７７】
いくつかの実施形態では、架橋基は、式ＩｍまたはＩｎ：
【００７８】
【化３２】
2020513036.tif 000036
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ＸＦは、存在しない、ＮＲＳＲＴ、またはＯＲＵであり、
ＸＧは、存在しないまたは−Ｃ（Ｏ）−であり、
Ｙは、脱離基であり、
ＲＱ及びＲＲは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＳ、ＲＴ、及びＲＵは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００７９】
いくつかの実施形態では、Ｙは、ハロゲン（例えば、フルオロ、クロロ、ブロモ、またはヨード）、メシレート、トシレート、またはトリフレートである。いくつかの実施形態では、Ｙは、ニトリルである。いくつかの実施形態では、ＸＦ及びＸＧは、存在しない。いくつかの実施形態では、ＲＱ及びＲＲは、水素である。いくつかの実施形態では、架橋基は、ハロゲン化アルキル、例えば塩化アルキルを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００８０】
【化３３】
2020513036.tif 000037
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。いくつかの実施形態では、架橋基は、ハロゲン化アルキル、例えば塩化アルキルまたはフッ化アルキルを含み、例えば、架橋基は、構造：
【００８１】
【化３４】
2020513036.tif 000038
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００８２】
いくつかの実施形態では、架橋基は、エポキシドを含み、例えば、架橋基は、式Ｉｏ：
【００８３】
【化３５】
2020513036.tif 000039
の構造を含み
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ＲＶ、ＲＷ、及びＲＸは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００８４】
いくつかの実施形態では、架橋基は、式Ｉｐ：
【００８５】
【化３６】
2020513036.tif 000040
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
点線は、該構造が芳香族となるために必要に応じて含まれる任意選択の二重結合を表し、
ｂは、０、１、または２であり、
Ｙは、脱離基であり、
ＲＹ及びＲＺは、独立して、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＸＨ、ＸＩ、ＸＪ、ＸＫ、及びＸＬのそれぞれは、独立して、存在しない、ＮＲＡＡ、またはＣＲＡＢであり、ＸＨ、ＸＩ、ＸＪ、ＸＫ、及びＸＬのうちの少なくとも５つは、ＮＲＡＡ、またはＣＲＡＢであり、
ＲＡＡは、存在しない、または水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＡＢは、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００８６】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＲＡＢは、電子吸引基である。いくつかの実施形態では、１〜３つのＲＡＢは、電子吸引基である。
いくつかの実施形態では、Ｙは、ニトリルである。いくつかの実施形態では、Ｙは、ハロゲン（例えば、フルオロ、クロロ、ブロモ、またはヨード）、メシレート、トシレート、またはトリフレートである。
【００８７】
いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００８８】
【化３７】
2020513036.tif 000041
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００８９】
いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００９０】
【化３８】
2020513036.tif 000042
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００９１】
いくつかの実施形態では、架橋基は、構造：
【００９２】
【化３９】
2020513036.tif 000043
を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示する。
【００９３】
いくつかの実施形態では、架橋基は、内的架橋基であり、例えば、架橋基は、式Ｉｑ、Ｉｒ、またはＩｓ：
【００９４】
【化４０】
2020513036.tif 000044
の構造を含み、
式中、波線は、架橋基の、化合物の残部への付着点を図示し、
ＸＭは、−Ｃ（Ｏ）−または−ＳＯ２−であり、
ＸＮは、存在しない、ＮＲＡＥ、またはＯであり、
ＲＡＣ及びＲＡＤは、独立して、水素、ニトリル、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであり、
ＲＡＥは、水素、ヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノ、ハロゲン、チオール、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６ヘテロアルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６ヘテロアルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルである。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ＸＮは、ＮＲＡＥであり、ＲＡＥは、水素である。いくつかの実施形態では、ＲＡＣ及びＲＡＤは、水素である。いくつかの実施形態では、ＸＭは、−Ｃ（Ｏ）−である。いくつかの実施形態では、ＸＭは、−ＳＯ２−である。
【００９６】
いくつかの実施形態では、標的相互作用部分は、構造：
【００９７】
【化４１】
2020513036.tif 000045
を含む。
【００９８】
ある特定の実施形態では、標的相互作用部分は、式ＩＸ：
【００９９】
【化４２】
2020513036.tif 000046
の構造であるまたはこれを含む。
【０１００】
いくつかの実施形態では、化合物は、式ＸＩＶ〜ＸＶＩＩＩ：
【０１０１】
【化４３】
2020513036.tif 000047
のいずれか１つの構造を有する。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、化合物は、構造：
【０１０３】
【化４４−１】
2020513036.tif 000048
【０１０４】
【化４４−２】
2020513036.tif 000049
を含まない。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、標的相互作用部分は、構造：
【０１０６】
【化４５−１】
2020513036.tif 000050
【０１０７】
【化４５−２】
2020513036.tif 000051
であるまたはこれを含む。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＹは、Ｎ−アルキル化アミノ酸（例えば、Ｎ−メチルアミノ酸）である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＹは、Ｄ−アミノ酸である。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのＹは、非天然アミノ酸である。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのＹは、デプシ連結を含む。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、化合物は、構造：
【０１１０】
【化４６】
2020513036.tif 000052
を含まない。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質への結合に関与する各環原子を含む分子の部位は、２より大きい（例えば、３より大きい、４より大きい、５より大きい、６より大きい）ｃＬｏｇＰを有する。ある特定の実施形態では、標的タンパク質への結合に関与する各環原子を含む分子の部位は、３５０Å２未満（例えば、３００Å２未満、２５０Å２未満、２００Å２未満、１５０Å２未満、１２５Å２未満）の極性表面積を有する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質への結合に関与する各環原子を含む分子の部位は、少なくとも１個の原子のリンカーを含む。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、化合物は、４００〜２０００ダルトン（例えば、４００〜６００、５００〜７００、６００〜８００、７００〜９００、８００〜１０００、９００〜１１００、１０００〜１２００、１１００〜１３００、１２００〜１４００、１３００〜１５００、１４００〜１６００、１５００〜１７００、１６００〜１８００、１７００〜１９００、または１８００〜２０００ダルトン）の分子量を有する。ある特定の実施形態では、化合物は、偶数個の環原子（例えば、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、または４０個の環原子）を有する。いくつかの実施形態では、化合物は、細胞透過性である。いくつかの実施形態では、化合物は、実質的に純粋である（例えば、化合物は、混入物、例えば他の化合物及び／または細胞ライセートの成分を実質的に含まない調製物において提供される。ある特定の実施形態では、化合物は、単離されている。いくつかの実施形態では、化合物は、操作された化合物である。いくつかの実施形態では、化合物は、非天然に生じる。
【０１１３】
ある特定の実施形態では、複合体は、標的タンパク質（例えば、（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に、複合体がｍＴＯＲ及び／またはカルシニューリンに結合するよりも、少なくとも５倍大きい（例えば、少なくとも１０倍大きい、少なくとも２０倍大きい、少なくとも５０倍大きい、少なくとも１００倍大きい）親和性で結合する。いくつかの実施形態では、複合体は、標的タンパク質に、化合物がプレゼンタータンパク質との複合体において結合していないときの標的タンパク質に対する化合物の親和性よりも、少なくとも５倍大きい（例えば、少なくとも１０倍大きい、少なくとも２０倍大きい、少なくとも５０倍大きい、少なくとも１００倍大きい）親和性で結合する。いくつかの実施形態では、複合体は、標的タンパク質に、プレゼンタータンパク質が化合物との複合体において結合していないときの標的タンパク質に対するプレゼンタータンパク質の親和性よりも、少なくとも５倍大きい（例えば、少なくとも１０倍大きい、少なくとも２０倍大きい、少なくとも５０倍大きい、少なくとも１００倍大きい）親和性で結合する。ある特定の実施形態では、複合体は、標的タンパク質及び標的タンパク質と特異的に結合するリガンド間の天然に生じる相互作用を阻害する。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、プロリルイソメラーゼ（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、例えばＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ２５、もしくはＦＫＢＰ５２、シクロフィリンファミリーのメンバー、例えばＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、ＰＰＷＤ１、またはＰＩＮ１）である。
【０１１５】
ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、真核生物標的タンパク質である。いくつかの実施形態では、真核生物標的タンパク質は、哺乳類標的タンパク質、例えばＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、もしくは古典的なタンパク質−タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを伴うタンパク質、または疾患、障害もしくは状態に関連する生物学的経路に関与する任意の他のタンパク質である。いくつかの実施形態では、真核生物標的タンパク質は、真菌類標的タンパク質である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質である。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、化合物は、図１に記載の化合物のいずれか１つ、またはその立体異性体、もしくは薬学的に許容され得る塩である。
ある特定の実施形態では、化合物は、図２に記載の化合物のいずれか１つ、またはその立体異性体、または薬学的に許容され得る塩である。
【０１１７】
いくつかの態様では、本発明は、本発明の化合物のいずれか及びプレゼンタータンパク質を含む、プレゼンタータンパク質／化合物複合体に関する。
プレゼンタータンパク質／化合物複合体のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、表１に記載の遺伝子のいずれか１つまたはそのホモログによってコードされるタンパク質である。プレゼンタータンパク質／化合物複合体のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、プロリルイソメラーゼ（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、例えばＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ２５、もしくはＦＫＢＰ５２、シクロフィリンファミリーのメンバー、例えばＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、ＰＰＷＤ１、またはＰＩＮ１）である。
【０１１８】
いくつかの態様では、本発明は、本発明の化合物または複合体のいずれか及び薬学的に許容され得る賦形剤を含む医薬組成物に関する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、単位剤形である。
【０１１９】
いくつかの態様では、本発明は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）を調節する方法に関する。いくつかの実施形態では、かかる方法は、標的タンパク質を、調節（例えば、正または負の調節）量の本発明の化合物のいずれか（例えば、プレゼンタータンパク質の存在下）、プレゼンタータンパク質／化合物複合体、または組成物と接触させるステップを含む。
【０１２０】
いくつかの態様では、本発明は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）を調節する（例えば、正または負に調節する）方法に関する。いくつかの実施形態では、かかる方法は、標的タンパク質を発現する細胞及びプレゼンタータンパク質を、有効量の本発明の化合物または組成物と、化合物がプレゼンタータンパク質と複合体を形成することができる及び結果得られる複合体が標的タンパク質に結合することができる条件下で接触させるステップを含み、それにより、標的タンパク質を調節する（例えば、正または負に調節する）。
【０１２１】
いくつかの態様では、本発明は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）を調節する（例えば、正または負に調節する）方法に関する。いくつかの実施形態では、かかる方法は、標的タンパク質を、本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体と接触させるステップを含み、それにより、標的タンパク質を調節する。
【０１２２】
いくつかの態様では、本発明は、プロリルイソメラーゼ活性を阻害する方法に関する。いくつかの実施形態では、かかる方法は、プロリルイソメラーゼを発現する細胞を、本発明の化合物または組成物と、化合物及びプロリルイソメラーゼ間の複合体の形成を可能とする条件下で、接触させることを含み、それによりプロリルイソメラーゼ活性を阻害する。
【０１２３】
いくつかの態様では、本発明は、プレゼンタータンパク質／化合物複合体を細胞内で形成する方法に関する。いくつかの実施形態では、かかる方法は、プレゼンタータンパク質を発現する細胞を、本発明の化合物または組成物と、化合物及びプレゼンタータンパク質間の複合体の形成を可能とする条件下で、接触させるステップを含む。
【０１２４】
いくつかの態様では、本発明は、本発明の化合物の調製のための方法に関する。いくつかの実施形態では、かかる方法は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属の細菌株を培養する及び化合物を発酵ブロスから単離するステップを含む。いくつかの実施形態では、細菌株は、操作された株である。いくつかの実施形態（ｅｍｂｏｄｍｉｅｎｔｓ）では、細菌株は、化合物を生成する及び／または化合物をブロス中に分泌するように改変されている点で操作されている。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載の化合物を調製するための方法であって、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ属の細菌株を、該株が化合物を生成し、それを発酵ブロス中に放出する条件下で培養する、及び化合物を発酵ブロスから単離するステップを含む、前記方法を提供する。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、本発明が提供する方法は、本明細書に記載の化合物を発酵ブロスから単離することを含む。
いくつかの態様では、本発明は、（ｉ）標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）及び（ｉｉ）プレゼンタータンパク質／化合物複合体を含み、該プレゼンタータンパク質／化合物複合体がプレゼンタータンパク質及び本発明の化合物のいずれかを含む、三分子複合体に関する。
【０１２７】
三分子複合体のいくつかの実施形態では、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）は、従来型の結合ポケットを有さない。三分子複合体のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質上の平坦表面部位にて結合する。三分子複合体のある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体内の化合物（例えば、大環状化合物）は、標的タンパク質上の疎水性表面部位（例えば、少なくとも３０％、例えば少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、または少なくとも９５％、疎水性残基を含む標的タンパク質上の疎水性表面部位）にて結合する。三分子複合体のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質に、標的タンパク質及び前記標的タンパク質と特異的に結合するタンパク質間の天然に生じるタンパク質−タンパク質相互作用の部位にて結合する。三分子複合体のいくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質の活性部位にて結合しない。三分子複合体のある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質の活性部位にて結合する。三分子複合体のいくつかの実施形態では、標的タンパク質は、アンドラッガブル標的である。
【０１２８】
三分子複合体のいくつかの実施形態では、化合物（例えば、大環状化合物）の構造組織は、プレゼンタータンパク質／化合物複合体にあるが三分子複合体にはない化合物（例えば、大環状化合物）と比較して、三分子複合体において実質的に変化していない。
【０１２９】
三分子複合体のある特定の実施形態では、三分子複合体内の標的タンパク質の総埋没表面積のうちの少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％）は、化合物（例えば、大環状化合物）への結合に関与する１個または複数の原子を含む。三分子複合体のいくつかの実施形態では、三分子複合体内の標的タンパク質の総埋没表面積のうちの少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％）は、プレゼンタータンパク質への結合に関与する１個または複数の原子を含む。
【０１３０】
三分子複合体のいくつかの実施形態では、化合物（例えば、大環状化合物）は、三分子複合体の総結合自由エネルギーのうちの少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％）に寄与する。三分子複合体のある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、三分子複合体の総結合自由エネルギーのうちの少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％）に寄与する。
【０１３１】
三分子複合体のいくつかの実施形態では、化合物（例えば、大環状化合物）の１個または複数の原子及び標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）の１個または複数の原子間の結合相互作用の少なくとも７０％（例えば、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％）は、ファンデルワールス相互作用及び／またはπ効果相互作用である。
【０１３２】
別の態様では、本発明は、複数の化合物（例えば、本明細書に記載の大環状化合物）を含む化合物集合体に関する。いくつかの実施形態では、化合物集合体は、互いの変異体である複数の化合物を含む。
化学用語
当業者であれば、本明細書に記載されるある特定の化合物が、１つもしくは複数の異なる異性体（例えば、立体異性体、幾何異性体、互変異性体）及び／または同位体（１個または複数の原子をその原子の異なる同位体で置換したもの、例えば、水素をジュウテリウムで置換したもの）の形態で存在できることを、理解するだろう。別段の指定がない限りまたは文脈から明らかでない限り、示される構造は、任意のかかる異性体または同位体の形態を個別または組み合わせで表すものと理解されることができる。
【０１３３】
本明細書に記載の化合物は、非対称であることができる（例えば、１つまたは複数のステレオ中心を有する）。別段の指定がない限り、全ての立体異性体、例えばエナンチオマー及びジアステレオマーが意図される。非対称置換炭素原子を含有する本開示の化合物は、光学活性形またはラセミ形で単離可能である。光学活性出発材料から光学活性形をいかに調製するかに関する方法は、当該技術分野で公知であり、例えば、ラセミ混合物の分割によるものまたは立体選択的合成によるものがある。オレフィン、Ｃ＝Ｎ二重結合などの多くの幾何異性体もまた、本明細書に記載の化合物中に存在可能であり、かかる安定な異性体は全て本開示で企図される。本開示の化合物のシス及びトランス幾何異性体は記載されており、異性体の混合物としてまたは分離された異性体形態として単離され得る。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、本明細書に示される１つまたは複数の化合物は、様々な互変異性体形態で存在し得る。文脈から明らかとなり得るように、明示的に除外されない限り、かかる化合物への言及は、かかる互変異性体形態を全て包含する。いくつかの実施形態では、互変異性体形態は、単結合と隣接二重結合の交換及びそれに付随するプロトンの移動から生じる。ある特定の実施形態では、互変異性体形態は、参照形態と同一の実験式及び全電荷を有する異性プロトン化状態のプロトトロピー互変異性体であり得る。プロトトロピー互変異性体形態を伴う部分の例は、ケトン−エノール対、アミド−イミド酸対、ラクタム−ラクチム対、アミド−イミド酸対、エナミン−イミン対、及びプロトンがヘテロ環系の２つ以上の位置を占有可能である環状形、例えば、１Ｈ−及び３Ｈ−イミダゾール、１Ｈ−、２Ｈ−、及び４Ｈ−１，２，４−トリアゾール、１Ｈ−及び２Ｈ−イソインドール、ならびに１Ｈ−及び２Ｈ−ピラゾールである。いくつかの実施形態では、互変異性体形態は、平衡状態であり得るかまたは適切な置換により１つの形態に立体的にロックされ得る。ある特定の実施形態では、互変異性体形態は、アセタール相互変換、例えば、下記スキーム：
【０１３５】
【化４７】
2020513036.tif 000053
に例示される相互変換から生じる。
【０１３６】
当業者であれば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の化合物の同位体を、本発明に従って調製及び／または利用してよいことを理解するだろう。「同位体」とは、同一の原子番号を有するが、原子核中の中性子数が異なるために異なる質量数を有する原子を指す。例えば、水素の同位体には、トリチウム及びジュウテリウムが含まれる。いくつかの実施形態では、同位体置換（例えば、ジュウテリウムを用いる水素の置換）は、代謝及び／またはキラル中心のラセミ化速度などの分子の物理化学的特性を変化させ得る。
【０１３７】
当該技術分野で公知のように、多くの化学実体（特に、多くの有機分子及び／または多くの低分子）は、例えばアモルファス形態及び／または結晶形態などの多種多様な固体形（例えば、多形体、水和物、溶媒和化合物など）をとり得る。いくつかの実施形態では、かかる実体は、任意の固体形を含む任意の形態で利用され得る。いくつかの実施形態では、かかる実体は、特定の形態、例えば特定の固体形で利用される。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載及び／または示す化合物は、塩形態で提供及び／または利用され得る。
ある特定の実施形態では、本明細書に記載及び／または示す化合物は、水和物形または溶媒和化合物の形態で提供及び／または利用され得る。
【０１３９】
本明細書の様々な箇所にて、本開示の化合物の置換基がグループまたは範囲で開示される。本開示は、かかるグループ及び範囲のメンバーのあらゆる個別の部分的組み合わせを含むことを具体的に意図する。例えば、「Ｃ１−６アルキル」という用語は、メチル、エチル、Ｃ３アルキル、Ｃ４アルキル、Ｃ５アルキル、及びＣ６アルキルを個別に開示することを具体的に意図する。さらに、化合物がグループまたは範囲で置換が開示される複数の位置を含む場合、別段の指定がない限り、本開示は、各位置にメンバーのあらゆる個別の部分的組み合わせを含有する個別の化合物及び化合物のグループ（例えば、族及び亜族）を対象とすることを意図する。
【０１４０】
本明細書では、「任意選択で置換されたＸ」（例えば、任意選択で置換されたアルキル）という形の語句は、「Ｘであり、Ｘが任意選択で置換されている」（例えば、「アルキルであり、前記アルキルが任意選択で置換されている」）と等しいことが意図される。それは、特徴「Ｘ」（例えばアルキル）自体が任意選択的であることを意味することを意図するものではない。
【０１４１】
「アルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、１〜２０（例えば、１〜１０または１〜６）個の炭素を含有する飽和炭化水素基を指す。いくつかの実施形態では、アルキル基は、非分岐状（すなわち、直鎖状）であり、いくつかの実施形態では、アルキル基は、分岐状である。アルキル基は、メチル、エチル、ｎ−及びｉｓｏ−プロピル、ｎ−、ｓｅｃ−、ｉｓｏ−、及びｔｅｒｔ−ブチル、ネオペンチルなどにより例示され、（１）Ｃ１−６アルコキシ、（２）Ｃ１−６アルキルスルフィニル、（３）本明細書に定義されるアミノ（例えば、非置換アミノ（すなわち、−ＮＨ２）または置換アミノ（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）２（式中、ＲＮ１は、アミノに対して定義した通りである））、（４）Ｃ６−１０アリールＣ１−６アルコキシ、（５）アジド、（６）ハロ、（７）（Ｃ２−９ヘテロシクリル）オキシ、（８）Ｏ−保護基により任意選択で置換されたヒドロキシル、（９）ニトロ、（１０）オキソ（例えば、カルボキシアルデヒドまたはアシル）、（１１）Ｃ１−７スピロシクリル、（１２）チオアルコキシ、（１３）チオール、（１４）Ｏ−保護基により任意選択で置換された−ＣＯ２ＲＡ’（式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１５）−Ｃ（Ｏ）ＮＲＢ’ＲＣ’（式中、ＲＢ’及びＲＣ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１６）−ＳＯ２ＲＤ’（式中、ＲＤ’は、（ａ）Ｃ１−６アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、（ｃ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）ヒドロキシルからなる群から選択される）、（１７）−ＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’（式中、ＲＥ’及びＲＦ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１８）−Ｃ（Ｏ）ＲＧ’（式中、ＲＧ’は、（ａ）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１９）−ＮＲＨ’Ｃ（Ｏ）ＲＩ’（式中、ＲＨ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、ＲＩ’は、（ａ２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６−１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（２０）−ＮＲＪ’Ｃ（Ｏ）ＯＲＫ’（式中、ＲＪ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ１−６アルキルからなる群より選択され、ＲＫ’は、（ａ２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６−１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群より選択される）、（２１）アミジン、ならびに（２２）トリメチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、トリイソプロピルシリルなどのシリル基からなる群から独立して選択される、１、２、３個の置換基、または２個以上の炭素のアルキル基の場合は、４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ１−アルカリールのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基を得ることができる。
【０１４２】
「アルキレン」という用語及び「アルク−」という接頭辞は、本明細書で用いる場合、２個の水素原子を除去することにより直鎖状または分岐状飽和炭化水素から誘導される飽和二価炭化水素基を表し、メチレン、エチレン、イソプロピレンなどにより例示される。「Ｃｘ−ｙアルキレン」という用語及び「Ｃｘ−ｙアルク−」という接頭辞は、ｘ〜ｙ個の炭素を有するアルキレン基を表す。ｘの例示的な値は、１、２、３、４、５、及び６であり、ｙの例示的な値は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１４、１６、１８、または２０である（例えば、Ｃ１−６、Ｃ１−１０、Ｃ２−２０、Ｃ２−６、Ｃ２−１０、またはＣ２−２０アルキレン）。いくつかの実施形態では、アルキレンは、アルキル基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。
【０１４３】
「アルケニル」という用語は、本明細書で用いる場合、別段の指定がない限り、１個または複数の炭素−炭素二重結合を含有する２〜２０個の炭素（例えば、２〜６または２〜１０個の炭素）の１価の直鎖状または分岐状の基を表し、エテニル、１−プロペニル、２−プロペニル、２−メチル−１−プロペニル、１−ブテニル、２−ブテニルなどにより例示される。アルケニルは、シス及びトランスの両方の異性体を含む。アルケニル基は、本明細書に定義されるアミノ、アリール、シクロアルキル、もしくはヘテロシクリル（例えばヘテロアリール）または本明細書に記載される例示的なアルキル置換基のいずれかから、独立して、選択される１、２、３、または４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。
【０１４４】
「アルキニル」という用語は、本明細書で用いる場合、炭素−炭素三重結合を含有する２〜２０個の炭素原子（例えば、２〜４、２〜６、または２〜１０個の炭素）の１価の直鎖状または分岐状の基を表し、エチニル、１−プロピニルなどにより例示される。アルキニル基は、本明細書に定義される、アリール、シクロアルキル、もしくはヘテロシクリル（例えばヘテロアリール）または本明細書に記載される例示的なアルキル置換基のいずれかから、独立して、選択される１、２、３、または４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。
【０１４５】
「アミノ」という用語は、本明細書で用いる場合、−Ｎ（ＲＮ１）２（式中、各ＲＮ１は、独立して、Ｈ、ＯＨ、ＮＯ２、Ｎ（ＲＮ２）２、ＳＯ２ＯＲＮ２、ＳＯ２ＲＮ２、ＳＯＲＮ２、Ｎ−保護基、アルキル、アルケニル、アルキニル、アルコキシ、アリール、アルカリール、シクロアルキル、アルクシクロアルキル、カルボキシアルキル（例えば、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基や本明細書に記載されるいずれかなどのＯ−保護基を用いて任意選択で置換されたもの）、スルホアルキル、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、または本明細書に記載される他のもの）、アルコキシカルボニルアルキル（例えば、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基や本明細書に記載されるいずれかなどのＯ−保護基を用いて任意選択で置換されたもの）、ヘテロシクリル（例えばヘテロアリール）、もしくはアルクヘテロシクリル（例えばアルクヘテロアリール）であり、これらの列挙されたＲＮ１基のそれぞれは、各基に対して本明細書に定義されるように任意選択で置換可能であるか、または２つのＲＮ１は組み合わさって、ヘテロシクリルもしくはＮ−保護基を形成し、各ＲＮ２は、独立して、Ｈ、アルキル、またはアリールである）を表す。本発明のアミノ基は、非置換アミノ（すなわち、−ＮＨ２）または置換アミノ（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）２）であり得る。好ましい実施形態では、アミノは、−ＮＨ２または−ＮＨＲＮ１（式中、ＲＮ１は、独立して、ＯＨ、ＮＯ２、ＮＨ２、ＮＲＮ２２、ＳＯ２ＯＲＮ２、ＳＯ２ＲＮ２、ＳＯＲＮ２、アルキル、カルボキシアルキル、スルホアルキル、アシル（例えば、アセチル、トリフルオロアセチル、または本明細書に記載される他のもの）、アルコキシカルボニルアルキル（例えば、ｔ−ブトキシカルボニルアルキル）、またはアリールであり、各ＲＮ２は、Ｈ、Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、またはＣ６−１０アリールであり得る）である。
【０１４６】
「アミノ酸」という用語は、本明細書で記載される場合、側鎖、アミノ基、及び酸基（例えば、−ＣＯ２Ｈのカルボキシ基または−ＳＯ３Ｈのスルホ基）を有する分子を指し、アミノ酸は、側鎖、アミノ基、または酸基（例えば側鎖）により親分子基に付着する。本明細書で用いる場合、最広義の「アミノ酸」という用語は、例えば、１つまたは複数のペプチド結合の形成を通してポリペプチド鎖中に組込み可能な任意の化合物及び／または物質を指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ）−ＣＯＯＨを有する。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、天然に生じるアミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、合成アミノ酸であり、いくつかの実施形態では、アミノ酸は、Ｄ−アミノ酸であり、いくつかの実施形態では、アミノ酸は、Ｌ−アミノ酸である。「標準アミノ酸」とは、天然に生じるペプチドに共通して見いだされる２０種の標準Ｌ−アミノ酸のいずれかを指す。「非標準アミノ酸」とは、合成により調製されるかまたは天然源から取得されるかにかかわらず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、ポリペプチド中にカルボキシ末端及び／またはアミノ末端のアミノ酸を含み、上記の一般構造と比較して、構造修飾を含有することができる。例えば、いくつかの実施形態では、アミノ酸は、一般構造と比較して、メチル化、アミド化、アセチル化、及び／または置換により修飾され得る。いくつかの実施形態では、かかる修飾は、例えば、それ以外は同一である未修飾アミノ酸を含有するものと比較して、修飾アミノ酸を含有するポリペプチドの循環半減期を変化させ得る。いくつかの実施形態では、かかる修飾は、それ以外は同一である未修飾アミノ酸を含有するものと比較して、修飾アミノ酸を含有するポリペプチドの関連活性を有意に変化させない。文脈から明らかとなり得るように、いくつかの実施形態では、「アミノ酸」という用語は、遊離アミノ酸を指すように用いられる、いくつかの実施形態では、それはポリペプチドのアミノ酸残基を指すように用いられる。いくつかの実施形態では、アミノ酸は、カルボニル基により親分子基に付着し、この場合側鎖またはアミノ基がカルボニル基に付着する。いくつかの実施形態では、アミノ酸はα−アミノ酸である。ある特定の実施形態では、アミノ酸はβ−アミノ酸である。いくつかの実施形態では、アミノ酸はγ−アミノ酸である。例示的な側鎖としては、任意選択で置換されたアルキル、アリール、ヘテロシクリル、アルカリール、アルクヘテロシクリル、アミノアルキル、カルバモイルアルキル、及びカルボキシアルキルが挙げられる。例示的なアミノ酸としては、アラニン、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、ヒドロキシノルバリン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、ピロリシン、セレノシステイン、セリン、タウリン、トレオニン、トリプトファン、チロシン及びバリンが挙げられる。アミノ酸基は、（１）Ｃ１−６アルコキシ、（２）Ｃ１−６アルキルスルフィニル、（３）本明細書に定義されるアミノ（例えば、非置換アミノ（すなわち、−ＮＨ２）または置換アミノ（すなわち、−Ｎ（ＲＮ１）２（式中、ＲＮ１は、アミノに対して定義した通りである））、（４）Ｃ６−１０アリールＣ１−６アルコキシ、（５）アジド、（６）ハロ、（７）（Ｃ２−９ヘテロシクリル）オキシ、（８）ヒドロキシル、（９）ニトロ、（１０）オキソ（例えば、カルボキシアルデヒドまたはアシル）、（１１）Ｃ１−７スピロシクリル、（１２）チオアルコキシ、（１３）チオール、（１４）−ＣＯ２ＲＡ’（式中、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１５）−Ｃ（Ｏ）ＮＲＢ’ＲＣ’（式中、ＲＢ’及びＲＣ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１６）−ＳＯ２ＲＤ’（式中、ＲＤ’は、（ａ）Ｃ１−６アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、（ｃ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）ヒドロキシルからなる群から選択される）、（１７）−ＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’（式中、ＲＥ’及びＲＦ’のそれぞれは、独立して、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１８）−Ｃ（Ｏ）ＲＧ’（式中、ＲＧ’は、（ａ）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、（ｄ）水素、（ｅ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’はＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（１９）−ＮＲＨ’Ｃ（Ｏ）ＲＩ’（式中、ＲＨ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ１−６アルキルからなる群から選択され、ＲＩ’は、（ａ２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６−１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群から選択される）、（２０）−ＮＲＪ’Ｃ（Ｏ）ＯＲＫ’（式中、ＲＪ’は、（ａ１）水素及び（ｂ１）Ｃ１−６アルキルからなる群より選択され、ＲＫ’は、（ａ２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル）、（ｂ２）Ｃ２−２０アルケニル（例えば、Ｃ２−６アルケニル）、（ｃ２）Ｃ６−１０アリール、（ｄ２）水素、（ｅ２）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（ｆ２）アミノ−Ｃ１−２０アルキル、（ｇ２）−（ＣＨ２）ｓ２（ＯＣＨ２ＣＨ２）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＯＲ’（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、Ｒ’は、ＨまたはＣ１−２０アルキルである）のポリエチレングリコール、及び（ｈ２）−ＮＲＮ１（ＣＨ２）ｓ２（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｓ１（ＣＨ２）ｓ３ＮＲＮ１（式中、ｓ１は、１〜１０（例えば、１〜６または１〜４）の整数であり、ｓ２及びｓ３のそれぞれは、独立して、０〜１０（例えば、０〜４、０〜６、１〜４、１〜６、または、１〜１０）の整数であり、各ＲＮ１は、独立して、水素または任意選択で置換されたＣ１−６アルキルである）のアミノ−ポリエチレングリコールからなる群より選択される）、ならびに（２１）アミジンからなる群から独立して選択される、１、２、３個の置換基、または２個以上の炭素のアミノ酸基の場合は、４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。
【０１４７】
「Ｎ−アルキル化アミノ酸」という用語は、本明細書で用いる場合、ペプチド結合を形成するアミノ酸の窒素上に任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキルを含有するアミノ酸を指す。Ｎ−アルキル化アミノ酸としては、限定されるものではないが、Ｎ−メチルアミノ酸、例えばＮ−メチル−アラニン、Ｎ−メチル−トレオニン、Ｎ−メチル−フェニルアラニン、Ｎ−メチル−アスパラギン酸、Ｎ−メチル−バリン、Ｎ−メチル−ロイシン、Ｎ−メチル−グリシン、Ｎ−メチル−イソロイシン、Ｎ（α）−メチル−リジン、Ｎ（α）−メチル−アスパラギン、Ｎ（α）−メチル−グルタミンが挙げられる。
【０１４８】
「アリール」という用語は、本明細書で用いる場合、１または２個の芳香環を有する単環式、二環式、または多環式炭素環系を表し、フェニル、ナフチル、１，２−ジヒドロナフチル、１，２，３，４−テトラヒドロナフチル、アントラセニル、フェナントレニル、フルオレニル、インダニル、インデニルなどにより例示され、（１）Ｃ１−７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）、（２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルコキシ−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキルスルフィニル−Ｃ１−６アルキル、アミノ−Ｃ１−６アルキル、アジド−Ｃ１−６アルキル、（カルボキシアルデヒド）−Ｃ１−６アルキル、ハロ−Ｃ１−６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ−Ｃ１−６アルキル、ニトロ−Ｃ１−６アルキル、またはＣ１−６チオアルコキシ−Ｃ１−６アルキル）、（３）Ｃ１−２０アルコキシ（例えば、Ｃ１−６アルコキシ、例えばペルフルオロアルコキシ）、（４）Ｃ１−６アルキルスルフィニル、（５）Ｃ６−１０アリール、（６）アミノ、（７）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（８）アジド、（９）Ｃ３−８シクロアルキル、（１０）Ｃ１−６アルク−Ｃ３−８シクロアルキル、（１１）ハロ、（１２）Ｃ１−１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１−１２ヘテロアリール）、（１３）（Ｃ１−１２ヘテロシクリル）オキシ、（１４）ヒドロキシル、（１５）ニトロ、（１６）Ｃ１−２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ１−６チオアルコキシ）、（１７）−（ＣＨ２）ｑＣＯ２ＲＡ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１−６アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、（ｃ）水素、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１８）−（ＣＨ２）ｑＣＯＮＲＢ’ＲＣ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＢ’及びＲＣ’は、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から独立して選択される）、（１９）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＲＤ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＤ’は、（ａ）アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｃ）アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（２０）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＥ’及びＲＦ’のそれぞれは、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から独立して選択される）、（２１）チオール、（２２）Ｃ６−１０アリールオキシ、（２３）Ｃ３−８シクロアルコキシ、（２４）Ｃ６−１０アリール−Ｃ１−６アルコキシ、（２５）Ｃ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロアリール）、（２６）Ｃ２−２０アルケニル、ならびに（２７）Ｃ２−２０アルキニルからなる群から独立して選択される１、２、３、４、または５個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ１−アルカリールまたはＣ１−アルクヘテロシクリルのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基及び（ヘテロシクリル）オイル置換基を得ることができる。
【０１４９】
「アリールアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるアリール基を表す。例示的な非置換アリールアルキル基は、７〜３０個の炭素（例えば、７〜１６または７〜２０個の炭素、例えばＣ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、Ｃ１−１０アルク−Ｃ６−１０アリール、またはＣ１−２０アルク−Ｃ６−１０アリール）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びアリールはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。「アルク−」という接頭辞が前に付いた他の基も同様に定義され、この場合、「アルク」は、別段の注記がない限り、Ｃ１−６アルキレンを指し、付着する化学構造は、本明細書に定義される通りである。
【０１５０】
「アジド」という用語は、−Ｎ３基を表し、−Ｎ＝Ｎ＝Ｎとして表すことも可能である。
「炭素環式」及び「カルボシクリル」という用語は、本明細書で用いる場合、環が炭素原子により形成される任意選択で置換されたＣ３−１２単環式、二環式、または三環式非芳香環構造を指す。炭素環式構造としては、シクロアルキル基、シクロアルケニル基、及びシクロアルキニル基が挙げられる。
【０１５１】
「カルボシクリルアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義される炭素環式基を表す。例示的な非置換カルボシクリルアルキル基は、７〜３０個の炭素（例えば、７〜１６または７〜２０個の炭素、例えばＣ１−６アルク−Ｃ６−１０カルボシクリル、Ｃ１−１０アルク−Ｃ６−１０カルボシクリル、またはＣ１−２０アルク−Ｃ６−１０カルボシクリル）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びカルボシクリルはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。「アルク−」という接頭辞が前に付いた他の基も同様に定義され、この場合、「アルク」は、別段の注記がない限り、Ｃ１−６アルキレンを意味し、付着する化学構造は、本明細書に定義される通りである。
【０１５２】
「カルボニル」という用語は、本明細書で用いる場合、Ｃ（Ｏ）基を表し、Ｃ＝Ｏとして表すことも可能である。
「カルボキシ」という用語は、本明細書で用いる場合、−ＣＯ２Ｈを意味する。
【０１５３】
「シアノ」という用語は、本明細書で用いる場合、−ＣＮ基を表す。
「シクロアルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、別段の指定がない限り、３〜８個の炭素の１価の飽和または不飽和の非芳香環式炭化水素基を表し、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、二環ヘプチルなどにより例示される。シクロアルキル基が１つの炭素−炭素二重結合を含む場合、シクロアルキル基は「シクロアルケニル」基と称することができる。例示的なシクロアルケニル基としては、シクロペンテニル、シクロヘキセニルなどが挙げられる。本発明のシクロアルキル基は、（１）Ｃ１−７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）、（２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルコキシ−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキルスルフィニル−Ｃ１−６アルキル、アミノ−Ｃ１−６アルキル、アジド−Ｃ１−６アルキル、（カルボキシアルデヒド）−Ｃ１−６アルキル、ハロ−Ｃ１−６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ−Ｃ１−６アルキル、ニトロ−Ｃ１−６アルキル、またはＣ１−６チオアルコキシ−Ｃ１−６アルキル）、（３）Ｃ１−２０アルコキシ（例えば、Ｃ１−６アルコキシ、例えばペルフルオロアルコキシ）、（４）Ｃ１−６アルキルスルフィニル、（５）Ｃ６−１０アリール、（６）アミノ、（７）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（８）アジド、（９）Ｃ３−８シクロアルキル、（１０）Ｃ１−６アルク−Ｃ３−８シクロアルキル、（１１）ハロ、（１２）Ｃ１−１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１−１２ヘテロアリール）、（１３）（Ｃ１−１２ヘテロシクリル）オキシ、（１４）ヒドロキシル、（１５）ニトロ、（１６）Ｃ１−２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ１−６チオアルコキシ）、（１７）−（ＣＨ２）ｑＣＯ２ＲＡ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１−６アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、（ｃ）水素、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１８）−（ＣＨ２）ｑＣＯＮＲＢ’ＲＣ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＢ’及びＲＣ’は、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ６−１０アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から、独立して、選択される）、（１９）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＲＤ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＤ’は、（ａ）Ｃ６−１０アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｃ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（２０）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＥ’及びＲＦ’のそれぞれは、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ６−１０アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から、独立して、選択される）、（２１）チオール、（２２）Ｃ６−１０アリールオキシ、（２３）Ｃ３−８シクロアルコキシ、（２４）Ｃ６−１０アリールＣ１−６アルコキシ、（２５）Ｃ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロアリール）、（２６）オキソ、（２７）Ｃ２−２０アルケニル、ならびに（２８）Ｃ２−２０アルキニルを用いて任意選択で置換可能である。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ１−アルカリールまたはＣ１−アルクヘテロシクリルのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基及び（ヘテロシクリル）オイル置換基を得ることができる。
【０１５４】
「シクロアルキルアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基（例えば、１〜４、１〜６、１〜１０、または１〜２０個の炭素のアルキレン基）を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるシクロアルキル基を表す。いくつかの実施形態では、アルキレン及びシクロアルキルはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。
【０１５５】
「ジアステレオマー」という用語は、本明細書で用いる場合、互いに鏡像でなく互いに重ね合わせることができない立体異性体を意味する。
「エナンチオマー」という用語は、本明細書で用いる場合、少なくとも８０％（すなわち、一方のエナンチオマーが少なくとも９０％、他方のエナンチオマーが多くとも１０％）、好ましくは少なくとも９０％、より好ましくは少なくとも９８％の光学純度またはエナンチオマー過剰率（当該技術分野の標準的方法により決定される）を有する、本発明の化合物の各個別の光学活性形態を意味する。
【０１５６】
「ハロ」という用語は、本明細書で用いる場合、臭素、塩素、ヨウ素、またはフッ素から選択されるハロゲンを表す。
「ヘテロアルキル」という用語は、本明細書で用いる場合、構成炭素原子の１または２個がそれぞれ窒素、酸素、または硫黄により置き換えられている、本明細書に定義されるアルキル基を指す。いくつかの実施形態では、ヘテロアルキル基は、アルキル基に対して本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。「ヘテロアルケニル」及びヘテロアルキニル」という用語は、本明細書で用いる場合、それぞれ、構成炭素原子の１または２個がそれぞれ窒素、酸素、または硫黄により置き換えられている、本明細書に定義されるアルケニル基及びアルキニル基を意味する。いくつかの実施形態では、ヘテロアルケニル基及びヘテロアルキニル基は、アルキル基に対して本明細書に記載される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。
【０１５７】
「ヘテロアリール」という用語は、本明細書で用いる場合、芳香族である本明細書に定義されるヘテロシクリルのサブセットを表す。すなわち、それらは単環内または多環系内に４ｎ＋２個のパイ電子を含有する。例示的な非置換ヘテロアリール基は、１〜１２（例えば、１〜１１、１〜１０、１〜９、２〜１２、２〜１１、２〜１０、または２〜９）個の炭素である。ある実施形態では、ヘテロアリールは、ヘテロシクリル基に対して定義される１、２、３、または４個の置換基を用いて置換される。
【０１５８】
「ヘテロアリールアルキル」という用語は、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるヘテロアリール基を指す。例示的な非置換ヘテロアリールアルキル基は、２〜３２個の炭素（例えば、２〜２２、２〜１８、２〜１７、２〜１６、３〜１５、２〜１４、２〜１３、または２〜１２個の炭素、例えばＣ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロアリール、Ｃ１−１０アルク−Ｃ１−１２ヘテロアリール、またはＣ１−２０アルク−Ｃ１−１２ヘテロアリール）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びヘテロアリールはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。ヘテロアリールアルキル基は、ヘテロシクリルアルキル基のサブセットである。
【０１５９】
「ヘテロシクリル」という用語は、本明細書で用いる場合、別段の指定がない限り、窒素、酸素、及び硫黄からなる群から独立して選択される１、２、３、または４個のヘテロ原子を含有する、５員、６員、または７員の環を表す。５員環は、０〜２個の二重結合を有し、６及び７員環は、０〜３個の二重結合を有する。例示的な非置換ヘテロシクリル基は、１〜１２（例えば、１〜１１、１〜１０、１〜９、２〜１２、２〜１１、２〜１０、または２〜９）個の炭素である。「ヘテロシクリル」という用語は、１個または複数の炭素及び／またはヘテロ原子が単環の２つの非隣接員を架橋する、架橋多環構造を有するヘテロ環化合物、例えば、キヌクリジニル基も表す。「ヘテロシクリル」という用語は、上記のヘテロ環のいずれかが、１、２、または３個の炭素環、例えば、アリール環、シクロヘキサン環、シクロヘキセン環、シクロペンタン環、シクロペンテン環、または他の単環式ヘテロ環、例えばインドリル、キノリル、イソキノリル、テトラヒドロキノリル、ベンゾフリル、ベンゾチエニルなどに縮合した、二環式、三環式、及び四環式の基を含む。縮合ヘテロシクリルの例としては、トロパン及び１，２，３，５，８，８ａ−ヘキサヒドロインドリジンが挙げられる。ヘテロ環化合物としては、ピロリル、ピロリニル、ピロリジニル、ピラゾリル、ピラゾリニル、ピラゾリジニル、イミダゾリル、イミダゾリニル、イミダゾリジニル、ピリジル、ピペリジニル、ホモピペリジニル、ピラジニル、ピペラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、オキサゾリル、オキサゾリジニル、イソオキサゾリル、イソオキサゾリジニル、モルホリニル、チオモルホリニル、チアゾリル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、イソチアゾリジニル、インドリル、インダゾリル、キノリル、イソキノリル、キノキサリニル、ジヒドロキノキサリニル、キナゾリニル、シンノリニル、フタラジニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、ベンゾオキサゾリル、ベンゾチアジアゾリル、フリル、チエニル、チアゾリジニル、イソチアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサジアゾリル（例えば、１，２，３−オキサジアゾリル）、プリニル、チアジアゾリル（例えば、１，２，３−チアジアゾリル）、テトラヒドロフラニル、ジヒドロフラニル、テトラヒドロチエニル、ジヒドロチエニル、ジヒドロインドリル、ジヒドロキノリル、テトラヒドロキノリル、テトラヒドロイソキノリル、ジヒドロイソキノリル、ピラニル、ジヒドロピラニル、ジチアゾリル、ベンゾフラニル、イソベンゾフラニル、ベンゾチエニルなどが挙げられ、これには、１つまたは複数の二重結合が還元され、水素を用いて置き換えられているそれらのジヒドロ及びテトラヒドロ形態が含まれる。なおも他の例示的なヘテロシクリルとしては、２，３，４，５−テトラヒドロ−２−オキソ−オキサゾリル、２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−イミダゾリル、２，３，４，５−テトラヒドロ−５−オキソ−１Ｈ−ピラゾリル（例えば、２，３，４，５−テトラヒドロ−２−フェニル−５−オキソ−１Ｈ−ピラゾリル）、２，３，４，５−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−１Ｈ−イミダゾリル（例えば、２，３，４，５−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−５−メチル−５−フェニル−１Ｈ−イミダゾリル）、２，３−ジヒドロ−２−チオキソ−１，３，４−オキサジアゾリル（例えば、２，３−ジヒドロ−２−チオキソ−５−フェニル−１，３，４−オキサジアゾリル）、４，５−ジヒドロ−５−オキソ−１Ｈ−トリアゾリル（例えば、４，５−ジヒドロ−３−メチル−４−アミノ５−オキソ−１Ｈ−トリアゾリル）、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソピリジニル（例えば、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３，３−ジエチルピリジニル）、２，６−ジオキソ−ピペリジニル（例えば、２，６−ジオキソ−３−エチル−３−フェニルピペリジニル）、１，６−ジヒドロ−６−オキソピリジミニル、１，６−ジヒドロ−４−オキソピリミジニル（例えば、２−（メチルチオ）−１，６−ジヒドロ−４−オキソ−５−メチルピリミジン−１−イル）、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソピリミジニル（例えば、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３−エチルピリミジニル）、１，６−ジヒドロ−６−オキソ−ピリダジニル（例えば、１，６−ジヒドロ−６−オキソ−３−エチルピリダジニル）、１，６−ジヒドロ−６−オキソ−１，２，４−トリアジニル（例えば、１，６−ジヒドロ−５−イソプロピル−６−オキソ−１，２，４−トリアジニル）、２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−インドリル（例えば、３，３−ジメチル−２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−インドリル及び２，３−ジヒドロ−２−オキソ−３，３’−スピロプロパン−１Ｈ−インドール−１−イル）、１，３−ジヒドロ−１−オキソ−２Ｈ−イソ−インドリル、１，３−ジヒドロ−１，３−ジオキソ−２Ｈ−イソ−インドリル、１Ｈ−ベンゾピラゾリル（例えば、１−（エトキシカルボニル）−１Ｈ−ベンゾピラゾリル）、２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−ベンゾイミダゾリル（例えば、３−エチル−２，３−ジヒドロ−２−オキソ−１Ｈ−ベンゾイミダゾリル）、２，３−ジヒドロ−２−オキソ−ベンゾオキサゾリル（例えば、５−クロロ−２，３−ジヒドロ−２−オキソベンゾオキサゾリル）、２，３−ジヒドロ−２−オキソ−ベンゾオキサゾリル、２−オキソ−２Ｈ−ベンゾピラニル、１，４−ベンゾジオキサニル、１，３−ベンゾジオキサニル、２，３−ジヒドロ−３−オキソ，４Ｈ−１，３−ベンゾチアジニル、３，４−ジヒドロ−４−オキソ−３Ｈ−キナゾリニル（例えば、２−メチル−３，４−ジヒドロ−４−オキソ−３Ｈ−キナゾリニル）、１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３Ｈ−キナゾリル（例えば、１−エチル−１，２，３，４−テトラヒドロ−２，４−ジオキソ−３Ｈ−キナゾリル）、１，２，３，６−テトラヒドロ−２，６−ジオキソ−７Ｈ−プリニル（例えば、１，２，３，６−テトラヒドロ−１，３−ジメチル−２，６−ジオキソ−７Ｈ−プリニル）、１，２，３，６−テトラヒドロ−２，６−ジオキソ−１Ｈ−プリニル（例えば、１，２，３，６−テトラヒドロ−３，７−ジメチル−２，６−ジオキソ−１Ｈ−プリニル）、２−オキソベンズ［ｃ，ｄ］インドリル、１，１−ジオキソ−２Ｈ−ナフト［１，８−ｃ，ｄ］イソチアゾリル、及び１、８−ナフチレンジカルボキサミドが挙げられる。追加のヘテロ環化合物としては、３，３ａ，４，５，６，６ａ−ヘキサヒドロ−ピロロ［３，４−ｂ］ピロール−（２Ｈ）−イル、及び２，５−ジアザビシクロ［２．２．１］ヘプタン−２−イル、ホモピペラジニル（またはジアゼパニル）、テトラヒドロピラニル、ジチアゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾチエニル、オキセパニル、チエパニル、アゾカニル、オキセカニル、及びチオカニルが挙げられる。ヘテロ環式基としてはまた、式
【０１６０】
【化４８】
2020513036.tif 000054
の基も挙げられ、
式中、
Ｅ’は、−Ｎ−及び−ＣＨ−からなる群から選択され、Ｆ’は、−Ｎ＝ＣＨ−、−ＮＨ−ＣＨ２−、−ＮＨ−Ｃ（Ｏ）−、−ＮＨ−、−ＣＨ＝Ｎ−、−ＣＨ２−ＮＨ−、−Ｃ（Ｏ）−ＮＨ−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−ＣＨ２−、−ＣＨ２ＣＨ２−、−ＣＨ２Ｏ−、−ＯＣＨ２−、−Ｏ−、及び−Ｓ−からなる群から選択され、Ｇ’は、−ＣＨ−及び−Ｎ−からなる群から選択される。本明細書に述べたヘテロシクリル基はいずれも、（１）Ｃ１−７アシル（例えば、カルボキシアルデヒド）、（２）Ｃ１−２０アルキル（例えば、Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルコキシ−Ｃ１−６アルキル、Ｃ１−６アルキルスルフィニル−Ｃ１−６アルキル、アミノ−Ｃ１−６アルキル、アジド−Ｃ１−６アルキル、（カルボキシアルデヒド）−Ｃ１−６アルキル、ハロ−Ｃ１−６アルキル（例えば、ペルフルオロアルキル）、ヒドロキシ−Ｃ１−６アルキル、ニトロ−Ｃ１−６アルキル、またはＣ１−６チオアルコキシ−Ｃ１−６アルキル）、（３）Ｃ１−２０アルコキシ（例えば、Ｃ１−６アルコキシ、例えばペルフルオロアルコキシ）、（４）Ｃ１−６アルキルスルフィニル、（５）Ｃ６−１０アリール、（６）アミノ、（７）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリール、（８）アジド、（９）Ｃ３−８シクロアルキル、（１０）Ｃ１−６アルク−Ｃ３−８シクロアルキル、（１１）ハロ、（１２）Ｃ１−１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ２−１２ヘテロアリール）、（１３）（Ｃ１−１２ヘテロシクリル）オキシ、（１４）ヒドロキシル、（１５）ニトロ、（１６）Ｃ１−２０チオアルコキシ（例えば、Ｃ１−６チオアルコキシ）、（１７）−（ＣＨ２）ｑＣＯ２ＲＡ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＡ’は、（ａ）Ｃ１−６アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、（ｃ）水素、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（１８）−（ＣＨ２）ｑＣＯＮＲＢ’ＲＣ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＢ’及びＲＣ’は、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から独立して選択される）、（１９）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＲＤ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＤ’は、（ａ）Ｃ１−６アルキル、（ｂ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｃ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から選択される）、（２０）−（ＣＨ２）ｑＳＯ２ＮＲＥ’ＲＦ’（式中、ｑは、０〜４の整数であり、ＲＥ’及びＲＦ’のそれぞれは、（ａ）水素、（ｂ）Ｃ１−６アルキル、（ｃ）Ｃ６−１０アリール、及び（ｄ）Ｃ１−６アルク−Ｃ６−１０アリールからなる群から、独立して、選択される）、（２１）チオール、（２２）Ｃ６−１０アリールオキシ、（２３）Ｃ３−８シクロアルコキシ、（２４）アリールアルコキシ、（２５）Ｃ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロシクリル（例えば、Ｃ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロアリール）、（２６）オキソ、（２７）（Ｃ１−１２ヘテロシクリル）イミノ、（２８）Ｃ２−２０アルケニル、ならびに（２９）Ｃ２−２０アルキニルからなる群から独立して選択される１、２、３、４、または５個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。いくつかの実施形態では、これらの基のそれぞれは、本明細書に記載されるようにさらに置換可能である。例えば、Ｃ１−アルカリールまたはＣ１−アルクヘテロシクリルのアルキレン基は、オキソ基を用いてさらに置換して、それぞれのアリーロイル置換基及び（ヘテロシクリル）オイル置換基を得ることができる。
【０１６１】
「ヘテロシクリルアルキル」基は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義されるアルキレン基を通して親分子基に付着した本明細書に定義されるヘテロシクリル基を表す。例示的な非置換ヘテロシクリルアルキル基は、２〜３２個の炭素（例えば、２〜２２、２〜１８、２〜１７、２〜１６、３〜１５、２〜１４、２〜１３、または２〜１２個の炭素、例えばＣ１−６アルク−Ｃ１−１２ヘテロシクリル、Ｃ１−１０アルク−Ｃ１−１２ヘテロシクリル、またはＣ１−２０アルク−Ｃ１−１２ヘテロシクリル）である。いくつかの実施形態では、アルキレン及びヘテロシクリルはそれぞれ、それぞれの基に対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基を用いてさらに置換可能である。
【０１６２】
「炭化水素」という用語は、本明細書で用いる場合、炭素原子及び水素原子のみからなる基を表す。
「ヒドロキシル」という用語は、本明細書で用いる場合、−ＯＨ基を表す。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル基は、アルキルに対して本明細書に定義される１、２、３、または４個の置換基（例えばＯ−保護基）を用いて置換可能である。
【０１６３】
「異性体」という用語は、本明細書で用いる場合、本発明の任意の化合物の任意の互変異性体、立体異性体、エナンチオマー、またはジアステレオマーを意味する。本発明の化合物は、１つまたは複数のキラル中心及び／または二重結合を有することができ、それゆえ、立体異性体、例えば二重結合異性体（すなわち、幾何Ｅ／Ｚ異性体）またはジアステレオマー（例えば、エナンチオマー（すなわち、（＋）または（−））またはシス／トランス異性体）として存在することができると認識される。本発明によると、本明細書で描かれる化学構造、及びそれゆえ本発明の化合物は、全ての対応する立体異性体、つまり、立体異性体的に純粋な（例えば、幾何学的に純粋な、エナンチオマー的に純粋な、またはジアステレオマー的に純粋な）形態ならびにエナンチオマー混合物及び立体異性体混合物、例えばラセミ体の両方を包含する。本発明の化合物のエナンチオマー混合物及び立体異性体混合物は、典型的には、キラル相ガスクロマトグラフィー、キラル相高性能液体クロマトグラフィー、キラル塩錯体としての化合物の結晶化、キラル溶媒中での化合物の結晶化などの周知の方法により、それらの成分のエナンチオマーまたは立体異性体に分割することができる。エナンチオマー及び立体異性体はまた、周知の不斉合成法により立体異性体的またはエナンチオマー的に純粋な中間体、試薬、及び触媒から取得可能である。
【０１６４】
「Ｎ−保護アミノ」という用語は、本明細書で用いる場合、本明細書に定義される１または２つのＮ−保護基に付着した本明細書に定義されるアミノ基を指す。
「Ｎ−保護基」という用語は、本明細書で用いる場合、合成手順中の望ましくない反応からアミノ基を保護するように意図された基を表す。一般に使用されるＮ−保護基は、参照により本明細書に組み込まれる、Ｇｒｅｅｎｅ，“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，”３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）に開示されている。Ｎ−保護基としては、アシル基、アリーロイル基、またはカルバミル基、例えばホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、ｔ−ブチルアセチル、２−クロロアセチル、２−ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、ｏ−ニトロフェノキシアセチル、α−クロロブチリル、ベンゾイル、４−クロロベンゾイル、４−ブロモベンゾイル、４−ニトロベンゾイル、及びキラル補助剤、例えば保護または脱保護Ｄ、Ｌ、またはＤ，Ｌ−アミノ酸、例えばアラニン、ロイシン、フェニルアラニンなど、スルホニル含有基、例えばベンゼンスルホニル、ｐ−トルエンスルホニルなど、カルバメート形成基、例えばベンジルオキシカルボニル、ｐ−クロロベンジルオキシカルボニル、ｐ−メトキシベンジルオキシカルボニル、ｐ−ニトロベンジルオキシカルボニル、２−ニトロベンジルオキシカルボニル、ｐ−ブロモベンジルオキシカルボニル、３，４−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、３，５−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、２，４−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、４−メトキシベンジルオキシカルボニル、２−ニトロ−４，５−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、３，４，５−トリメトキシベンジルオキシカルボニル、１−（ｐ−ビフェニリル）−１−メチルエトキシカルボニル、α，α−ジメチル−３，５−ジメトキシベンジルオキシカルボニル、ベンズヒドリルオキシカルボニル、ｔ−ブチルオキシカルボニル、ジイソプロピルメトキシカルボニル、イソプロピルオキシカルボニル、エトキシカルボニル、メトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、２，２，２，−トリクロロエトキシカルボニル、フェノキシカルボニル、４−ニトロフェノキシカルボニル、フルオレニル−９−メトキシカルボニル、シクロペンチルオキシカルボニル、アダマンチルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、フェニルチオカルボニルなど、アルカリール基、例えばベンジル、トリフェニルメチル、ベンジルオキシメチルなど、ならびにシリル基、例えば、トリメチルシリルなどが挙げられる。好ましいＮ−保護基は、ホルミル、アセチル、ベンゾイル、ピバロイル、ｔ−ブチルアセチル、アラニル、フェニルスルホニル、ベンジル、ｔ−ブチルオキシカルボニル（Ｂｏｃ）、及びベンジルオキシカルボニル（Ｃｂｚ）である。
【０１６５】
「ニトロ」という用語は、本明細書で用いる場合、−ＮＯ２基を表す。
「Ｏ−保護基」という用語は、本明細書で用いる場合、合成手順中の望ましくない反応から酸素含有（例えば、フェノール、ヒドロキシル、またはカルボニル）基を保護するように意図された基を表す。一般に使用されるＯ−保護基は、参照により本明細書に組み込まれるＧｒｅｅｎｅ，“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，”３ｒｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，１９９９）、に開示されている。例示的なＯ−保護基としては、アシル基、アリーロイル基、またはカルバミル基、例えばホルミル、アセチル、プロピオニル、ピバロイル、ｔ−ブチルアセチル、２−クロロアセチル、２−ブロモアセチル、トリフルオロアセチル、トリクロロアセチル、フタリル、ｏ−ニトロフェノキシアセチル、α−クロロブチリル、ベンゾイル、４−クロロベンゾイル、４−ブロモベンゾイル、ｔ−ブチルジメチルシリル、トリ−ｉｓｏ−プロピルシリルオキシメチル、４，４’−ジメトキシトリチル、イソブチリル、フェノキシアセチル、４−イソプロピルフェノキシアセチル、ジメチルホルムアミジノ、及び４−ニトロベンゾイル、アルキルカルボニル基、例えばアシル、アセチル、プロピオニル、ピバロイルなど、任意選択で置換されたアリールカルボニル基、例えばベンゾイル、シリル基、例えばトリメチルシリル（ＴＭＳ）、ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、トリ−ｉｓｏ−プロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）など、ヒドロキシルとのエーテル形成基、例えばメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、トリチルなど、アルコキシカルボニル、例えばメトキシカルボニル、エトキシカルボニル、イソプロポキシカルボニル、ｎ−イソプロポキシカルボニル、ｎ−ブチルオキシカルボニル、イソブチルオキシカルボニル、ｓｅｃ−ブチルオキシカルボニル、ｔ−ブチルオキシカルボニル、２−エチルヘキシルオキシカルボニル、シクロヘキシルオキシカルボニル、メチルオキシカルボニルなど、アルコキシアルコキシカルボニル基、例えばメトキシメトキシカルボニル、エトキシメトキシカルボニル、２−メトキシエトキシカルボニル、２−エトキシエトキシカルボニル、２−ブトキシエトキシカルボニル、２−メトキシエトキシメトキシカルボニル、アリルオキシカルボニル、プロパルギルオキシカルボニル、２−ブテノキシカルボニル、３−メチル−２−ブテノキシカルボニルなど、ハロアルコキシカルボニル、例えば２−クロロエトキシカルボニル、２−クロロエトキシカルボニル、２，２，２−トリクロロエトキシカルボニルなど、任意選択で置換されたアリールアルコキシカルボニル基、例えばベンジルオキシカルボニル、ｐ−メチルベンジルオキシカルボニル、ｐ−メトキシベンジルオキシカルボニル、ｐ−ニトロベンジルオキシカルボニル、２，４−ジニトロベンジルオキシカルボニル、３，５−ジメチルベンジルオキシカルボニル、ｐ−クロロベンジルオキシカルボニル、ｐ−ブロモベンジルオキシ−カルボニル、フルオレニルメチルオキシカルボニルなど、及び任意選択で置換されたアリールオキシカルボニル基、例えば���フェノキシカルボニル、ｐ−ニトロフェノキシカルボニル、ｏ−ニトロフェノキシカルボニル、２，４−ジニトロフェノキシカルボニル、ｐ−メチル−フェノキシカルボニル、ｍ−メチルフェノキシカルボニル、ｏ−ブロモフェノキシカルボニル、３，５−ジメチルフェノキシカルボニル、ｐ−クロロフェノキシカルボニル、２−クロロ−４−ニトロフェノキシ−カルボニルなど）、置換アルキル、アリール、及びアルカリールエーテル（例えば、トリチル、メチルチオメチル、メトキシメチル、ベンジルオキシメチル、シロキシメチル、２，２，２，−トリクロロエトキシメチル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、エトキシエチル、１−［２−（トリメチルシリル）エトキシ］エチル、２−トリメチルシリルエチル、ｔ−ブチルエーテル、ｐ−クロロフェニル、ｐ−メトキシフェニル、ｐ−ニトロフェニル、ベンジル、ｐ−メトキシベンジル、及びニトロベンジル）、シリルエーテル（例えば、トリメチルシリル、トリエチルシリル、トリイソプロピルシリル、ジメチルイソプロピルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリベンジルシリル、トリフェニルシリル、及びジフェニルメチルシリル）、カーボネート（例えば、メチル、メトキシメチル、９−フルオレニルメチル、エチル、２、２、２−トリクロロエチル、２−（トリメチルシリル）エチル、ビニル、アリル、ニトロフェニル、ベンジル、メトキシベンジル、３，４−ジメトキシベンジル、及びニトロベンジル）、カルボニル保護基（例えば、アセタール基及びケタール基、例えばジメチルアセタール、１，３−ジオキソランなど、アシラール基、及びジチアン基、例えば１，３−ジチアン、１，３−ジチオランなど）、カルボン酸保護基（例えば、エステル基、例えばメチルエステル、ベンジルエステル、ｔ−ブチルエステル、オルトエステルなど）、ならびにオキサゾリン基が挙げられる。
【０１６６】
「オキソ」という用語は、本明細書で用いる場合、＝Ｏを表す。
「ペルフルオロ」という接頭辞は、本明細書で用いる場合、アルキル基に結合した各水素ラジカルがフッ化物ラジカルにより置換されている、本明細書に定義されるアニル基を表す。例えば、ペルフルオロアルキル基は、トリフルオロメチル、ペンタフルオロエチルなどによって例示される。
【０１６７】
「保護ヒドロキシル」という用語は、本明細書で用いる場合、Ｏ−保護基に結合した酸素原子を表す。
「スピロシクリル」という用語は、本明細書で用いる場合、両方の末端が親基の同一の炭素原子に結合してスピロ環基を形成するＣ２−７アルキレンジラジカル、及びさらに両方の末端が同一の原子に結合された、Ｃ１−６ヘテロアルキレンジラジカルを表す。スピロシクリル基を形成するヘテロアルキレンラジカルは、窒素、酸素、及び硫黄からなる群から独立して選択される１、２、３、または４個のヘテロ原子を含有することができる。いくつかの実施形態では、スピロシクリル基は、ジラジカルが付着した炭素原子を除いて、１〜７個の炭素を含む。本発明のスピロシクリル基は、シクロアルキル基及び／またはヘテロシクリル基に関して任意選択の置換基として本明細書に提供される１、２、３、または４個の置換基を用いて任意選択で置換され得る。
【０１６８】
「立体異性体」という用語は、本明細書で用いる場合、化合物（例えば、本明細書に記載される任意の式の化合物）が有し得る、考え得る全ての異なる異性体ならびに立体配座形態、特に、考え得る全ての立体化学異性体形態及び配座異性体形態、基本的分子構造のあらゆるジアステレオマー、エナンチオマー、及び／または配座異性体を指す。本発明のいくつかの化合物は、異なる互変異性体形態で存在し得、これらの互変異性体形態は全て本発明の範囲内に含まれる。
【０１６９】
「スルホニル」という用語は、本明細書で用いる場合、−Ｓ（Ｏ）２−基を表す。
「チオール」という用語は、本明細書で用いる場合、−ＳＨ基を表す。
定義
本出願では、文脈からそうでないと明らかでない限り、（ｉ）「ａ」という用語は、「少なくとも１つ」を意味すると理解されてよく、（ｉｉ）「または」という用語は、「及び／または」を意味すると理解されてよく、（ｉｉｉ）「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」及び「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語は、それ自体で、または１つもしくは複数の追加の構成要素もしくはステップとともに提示されるかどうかにかかわらず、明細に示した構成要素またはステップを包含すると理解されてよく、（ｉｖ）「約」及び「おおよそ」という用語は、当業者により理解され得るように、標準偏差を許容にすると理解されてよく、（ｖ）範囲が提供される場合、端点は含まれる。
【０１７０】
本明細書で用いる場合、「π効果相互作用」という用語は、芳香環間の求引性、非共有結合的相互作用を指す。
本明細書で用いる場合、「活性部位」という用語は、基質分子が結合して化学反応を起こすタンパク質（例えば、酵素）上の位置を指す。「活性部位にて結合しない」とは、化合物または複合体の原子が活性部位内の残基（例えば、天然基質分子への結合に関与する残基）との結合に実質的に関与しないことを意味する。
【０１７１】
本明細書で用いる場合、「投与」という用語は、対象または系への、組成物（例えば、本明細書に記載の化合物または複合体を含む化合物、複合体または調製物）の投与を指す。動物対象（例えば、ヒト）への投与は、適切な経路によるものであってよい。例えば、いくつかの実施形態では、投与は経気管支（気管支点滴によるものを含む）、頬側、経腸、皮間（ｉｎｔｅｒｄｅｒｍａｌ）、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、経粘膜、経鼻、経口、経直腸、皮下、舌下、局所、経気管（気管内点滴によるものを含む）、経皮、経腟、及び経硝子体であってよい。
【０１７２】
当該技術分野で公知のように、「親和性」とは、特定のリガンドがそのパートナーに結合する緊密性の尺度である。親和性は様々な方法で測定可能である。いくつかの実施形態では、親和性は、定量的アッセイにより測定される。いくつかのかかる実施形態では、結合パートナー濃度は、生理学的条件を模倣するように、過剰なリガンド濃度にて固定され得る。あるいはまたは加えて、いくつかの実施形態では、結合パートナー濃度及び／またはリガンド濃度は変化し得る。いくつかのかかる実施形態では、親和性は、同等な条件（例えば、濃度）下で参照と比較され得る。
【０１７３】
本明細書で用いる場合、「類似体」という用語は、１つまたは複数の特定の構造的特色、要素、構成要素、または部分を参照物質と共有する物質を指す。典型的には、「類似体」は、参照物質と著しい構造類似性を示し、例えば、コア構造またはコンセンサス構造を共有するが、ある特定の個別の点で異なる。いくつかの実施形態では、類似体は、参照物質の化学的操作により参照物質から生成することができる物質である。いくつかの実施形態では、類似体は、参照物質を生成するプロセスに実質的に類似する（例えば、複数のステップを共有する）合成プロセスの実施を通して生成することができる物質である。いくつかの実施形態では、類似体は、参照物質を生成するために使用されたプロセスとは異なる合成プロセスの実施を通して生成されるまたは生成することができる。
【０１７４】
本明細書で用いる場合、「動物」という用語は、動物界の任意のメンバーを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階のヒトを指す。いくつかの実施形態では、「動物」は、任意の発生段階の非ヒト動物を指す。いくつかの実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類（例えば、齧歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、及び／またはブタ）である。いくつかの実施形態では、動物は、限定されないが、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、及び／または蠕虫を含む。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子操作動物、及び／またはクローンであり得る。
【０１７５】
本明細書で用いる場合、「アンタゴニスト」という用語は、ｉ）標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）の作用を阻害、低減もしくは低下させる、及び／またはｉｉ）１つもしくは複数の生物学的事象を阻害、低減、低下もしくは遅延させる化合物を指す。アンタゴニストは、直接的（この場合、その標的に直接的にその影響を及ぼす）、または間接であり得る（この場合、その標的への結合以外により、その影響を及ぼす、例えば、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）のレギュレータと相互作用することにより、例えば、標的タンパク質のレベルまたは活性を変える）。
【０１７６】
本明細書で用いる場合、「おおよそ」及び「約」という用語は、関連する文脈上適切であれば、当業者により理解され得る通常の統計的変動を包含することをそれぞれ意図する。ある特定の実施形態では、「おおよそ」または「約」という用語は、別段の記載がない限り、または文脈からそうでないと明確（例えば、かかる数字が可能な値の１００％を超え得る場合）でない限り、記載値（を超えるまたは未満）のいずれかの方向で２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満に入る値の範囲をそれぞれ指す。
【０１７７】
「関連する」という用語を本明細書で用いる場合、一方の存在、レベル及び／または形態が他方のものと相関していれば、２つの事象または実体は互いに「関連する」。例えば、特定の実体（例えば、ポリペプチド）は、その存在、レベル及び／または形態が、特定の疾患、障害、または状態（例えば、関連性のある集団全体）の発生率及び／または感受性と相関している場合に、その疾患、障害、または状態と関連するとみなされる。いくつかの実施形態では、２つ以上の実体は、それらが、直接的または間接的に、相互作用して、互いに物理的に近接する及び近接したままである場合に、互いに物理的に「関連する」。いくつかの実施形態では、互いに物理的に関連する２つ以上の実体は、互いに共有結合的に連結している、いくつかの実施形態では、互いに物理的に関連する２つ以上の実体は、互いに共有結合的に連結していないが、例えば水素結合、ファンデルワールス相互作用、疎水性相互作用、磁性、及びそれらの組み合わせの手段によって、非共有結合的に関連している。
【０１７８】
「結合」という用語は、本明細書で用いる場合、典型的には、２つ以上の実体間または中の会合（例えば、非共有結合または共有結合）を指すことが理解されるだろう。「直接」結合は、実体間または部分間の物理的接触を必然的に含み、間接結合は、１つまたは複数の中間実体との物理的接触による物理的相互作用を伴う。２つ以上の実体間の結合は、典型的には、相互作用する実体または部分を、単離にてまたはより複雑な系の状況にて（例えば、担体実体と共有結合または別様に会合している状態で及び／または生物学系もしくは細胞中で）研究する場合を含む、様々な状況のいずれかで評価することができる。
【０１７９】
分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、一般的には、解離定数（ＫＤ）により表すことができる。親和性は、本明細書に記載のものを含めて当該技術分野で公知の通常の方法により測定できる。結合親和性を測定するための特定の例示的及び例としての実施形態を以下に記載する。「ＫＤ」という用語は、本明細書で用いる場合、特定の化合物−タンパク質または複合体−タンパク質相互作用の解離平衡定数を指すと意図される。典型的には、本発明の化合物は、例えば、プレゼンタータンパク質をアナライトとして及び化合物をリガンドとして用いて表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術により決定したとき、約１０−６Ｍ未満、例えばおおよそ１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、もしくは１０−１０Ｍ、またはさらにそれ以下の解離平衡定数（ＫＤ）で、プレゼンタータンパク質に結合する。本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、例えば、標的タンパク質をアナライトとして及び複合体をリガンドとして用いて表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術により決定したとき、約１０−６Ｍ未満、例えばおおよそ１０−７Ｍ、１０−８Ｍ、１０−９Ｍ、もしくは１０−１０Ｍ、またはさらにそれ以下の解離平衡定数（ＫＤ）で、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に結合する。
【０１８０】
本明細書で用いる場合、「結合自由エネルギー」という用語は、複合体の結合状態と未結合状態との間のエネルギーにおける差異を指す。結合自由エネルギーは、当該技術分野で公知の方法により決定されてよく、それには、実験により導出された解離定数、Ｋｄを用いる等式ΔＧ＝−ＲＴｌｎＫを使用することが含まれる。結合自由エネルギーは、当該技術分野で公知の計算アルゴリズム、例えば、分子動力学シミュレーション、自由エネルギー摂動またはモンテカルロプロトコルを使用して計算することができ、これらは市販のソフトウェア、例えばＡＭＢＥＲ（Ｃｏｒｎｅｌｌ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１９９５，１１７，５１７９）ＣＨＡＲＭＭ（Ｂｒｏｏｋｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｃｏｍｐ．Ｃｈｅｍ．１９８３，４，１８７）、またはＤｅｓｍｏｎｄ（Ｂｏｏｗｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｃ．ＡＣＭ／ＩＥＥＥ  Ｃｏｎｆ．Ｓｕｐｅｒｃｏｍｐｕｔｉｎｇ，２００６，ＳＣＯ６）に実装されている。
【０１８１】
本明細書で用いる場合、「埋没表面積」という用語は、溶媒に曝露されないタンパク質または複合体の表面積を指す。埋没表面積は、溶媒への非接触性を計算することを含む当該技術分野で公知の方法により決定され得る。溶媒への非接触性は、ＰＤＢｅＰＩＳＡリリースバージョン１．４８（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｅｂｉ．ａｃ．ｕｋ／ｐｄｂｅ／ｐｉｓａ／）などのプログラムを使用して、１．４Ａのローリングプローブを用いて計算的に算出され得る。
【０１８２】
本明細書で用いる場合、「細胞透過性」という用語は、細胞の環境に加えたときに、細胞を死滅させることなく細胞内ドメインに進入ことができる化合物を指す。化合物が細胞透過性であるか否かは、当該技術分野で公知の任意の方法、例えば、本明細書に記載のバイオセンサー法を使用して、決定され得る。
【０１８３】
本明細書で用いる場合、「特徴的な部位」という用語は、最広義において、存在（または非存在）が、物質の特定の特色、特質、または活性の存在（または非存在）と相関する、物質の部位を指すために使用される。いくつかの実施形態では、物質の特徴的な部位は、特定の特色、特質または活性を共有している物質及び関係する物質には見いだされるが、特定の特色、特質または活性を共有していないものには見いだされない部位である。ある特定の実施形態では、特徴的な部位は、少なくとも１つの機能的特徴を、インタクトな物質と共有する。例えば、いくつかの実施形態では、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的な部位」は、一緒になってタンパク質またはポリペプチドの特徴となるアミノ酸の連続するストレッチ、またはアミノ酸の連続するストレッチの集合体を含有する部位である。いくつかの実施形態では、このような連続するストレッチはそれぞれ、一般に、少なくとも２、５、１０、１５、２０、５０、またはそれを超える数のアミノ酸を含有する。一般に、物質（例えば、タンパク質、抗体等）の特徴的な部位は、上に特定した配列及び／または構造の同一性に加えて、少なくとも１つの機能的特徴を、関連性のあるインタクトな物質と共有する部位である。いくつかの実施形態では、特徴的な部位は、生物学的に活性であり得る。
【０１８４】
本明細書で用いる場合、「特徴的な配列エレメント」という語句は、ポリマー（例えば、ポリペプチドまたは核酸）に見いだされる配列エレメントを指し、これはそのポリマーの特徴的な部分を表す。いくつかの実施形態では、特徴的な配列エレメントの存在は、ポリマーの特定の活性または特性の存在またはレベルと相関する。いくつかの実施形態では、特徴的な配列エレメントの存在（または不在）は、特定のポリマーを、かかるポリマーの特定のファミリーまたは群のメンバー（またはメンバーでない）として定義する。特徴的な配列エレメントは、典型的には、少なくとも２個のモノマー（例えば、アミノ酸またはヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、特徴的な配列エレメントは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０個、またはそれ以上のモノマー（例えば、連続して連結したモノマー）を含む。いくつかの実施形態では、特徴的な配列エレメントは、配列エレメントを共有するポリマーにわたって長さが変動してもしなくてもよい１つまたは複数のスペーサー領域により離間した連続するモノマーの少なくとも第一及び第二のストレッチを含む。ある特定の実施形態では、特定の特徴的な配列エレメントは、「モチーフ」と称される場合がある。
【０１８５】
本明細書で用いる場合、「ｃｌｏｇＰ」という用語は、分子または分子の部位の計算された分配係数を指す。分配係数は、平衡時の２つの非混和性相（例えば、オクタノール及び水）の混合物中の化合物の濃度の比率であり、化合物の疎水性または親水性の尺度となる。様々な方法が、ｃｌｏｇＰを決定するために当該技術分野で利用可能である。例えば、いくつかの実施形態では、ｃｌｏｇＰは、当該技術分野で公知の定量的構造−物性相関アルゴリズムを使用して（例えば、重複しない分子フラグメントの合計を決定することにより化合物のｌｏｇＰを予測するフラグメントに基づく予測方法を使用して）、決定することができる。ｃｌｏｇＰを算出するためのいくつかのアルゴリズムが当該技術分野で公知であり、それには、分子編集ソフトウェア、例えばＣＨＥＭＤＲＡＷ（登録商標）Ｐｒｏ、バージョン１２．０．２．１０９２（Ｃａｍｒｂｒｉｄｇｅｓｏｆｔ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）及びＭＡＲＶＩＮＳＫＥＴＣＨ（登録商標）（ＣｈｅｍＡｘｏｎ，Ｂｕｄａｐｅｓｔ，Ｈｕｎｇａｒｙ）により使用されるものが含まれる。化合物は、上記の方法のうちの少なくとも１つにおいてその閾値を満たせば、閾値ｃＬｏｇＰを満たしているとみなされる。
【０１８６】
本明細書で用いる場合、「集合体」という用語は、２、５、１０、１０２、１０３、１０４、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、またはそれ以上の異なる分子の群を指す。いくつかの実施形態では、集合体内の化合物の少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または１００％）は、本明細書に記載の化合物（例えば、大環状化合物）である。
【０１８７】
本明細書で用いる場合、「併用療法」という用語は、対象が２つ以上の治療レジメン（例えば、２つ以上の化合物、例えば大環状化合物）に同時に曝露される状況を指す。いくつかの実施形態では、２つ以上の化合物は、同時に投与され得る、いくつかの実施形態では、かかる化合物は、逐次的に投与され得る、いくつかの実施形態では、かかる化合物は、重複する投与レジメンにおいて投与される。
【０１８８】
「同等」という用語は、本明細書で用いる場合、互いに同一でなくてもよいが、それらの間で比較できるのに十分類似しており、従って、観察された差異または類似性に基づいて合理的に結論を引き出すことができる、２つ以上の化合物、実態、状況、条件の組等を指す。いくつかの実施形態では、条件、環境、個体、または集団の同等の組は、複数の実質的に同一の特色、及び１つのまたは少数の変化した特色によって特徴付けられる。当業者は、文脈において、２つ以上のこのような化合物、実体、状況、条件の組等が任意の所与の環境において比較できるとみなされるのに、どれほどの同一性の度合いが必要とされるかを理解する。例えば、当業者は、環境、個体、または集団の異なる組の下でまたはそれらによって得られた結果または観察された現象の差異が、変化する特色の変動によって引き起こされているまたはその変動を示しているという妥当な結論を保証するのに十分な数及びタイプの実質的に同一の特色によって特徴付けられる場合に、環境、個体、または集団は、互いに同等であると理解する。
【０１８９】
本明細書で用いる場合、「複合体」という用語は、結合相互作用（例えば、非共有結合的相互作用、例えば疎水効果相互作用、静電相互作用、ファンデルワールス相互作用、π効果相互作用）を通して結合一体化された２つ以上の化合物及び／またはタンパク質の群を指す。複合体の例は、プレゼンタータンパク質に結合した本発明の化合物を含む「プレゼンタータンパク質／化合物複合体」である。
【０１９０】
本明細書で用いる場合、「に対応する」という用語は、適切な参照化合物に存在する構造エレメントまたは部分と、ある位置（例えば、三次元空間における、または別のエレメントもしくは部分に対する）を共有する、関心対象の化合物における構造エレメントまたは部分を示すためにしばしば使用される。例えば、いくつかの実施形態では、この用語は、ポリペプチドにおけるアミノ酸残基または核酸におけるヌクレオチド残基などの、ポリマーにおける残基の位置／同一性を指すために使用される。当業者は、このようなポリマーにおける残基が、単純化の目的で、正準のナンバリング系を使用して関係する参照ポリマーに基づいてしばしば指定され、従って、例えば参照ポリマーの１９０位にある残基「に対応する」第一のポリマーの残基は、実際に第一のポリマーにおける１９０番目の残基である必要はないが、参照ポリマーにおける１９０番目の位置に見いだされる残基に対応することを、当業者は理解する。当業者は、ポリマー配列の比較のために特別に設計された１つまたは複数の市販のアルゴリズムの使用を含む、「対応する」アミノ酸を同定する方法を、容易に理解する。
【０１９１】
本明細書で用いる場合、「架橋基」という用語は、タンパク質または他の分子上の特定の官能基（例えば、第一級アミン、スルフヒドリル）に化学的に付着することができる反応性官能基を含む基を指す。「アミノ酸と化学選択的に反応することができる部分」は、本明細書で用いる場合、天然または非天然アミノ酸の官能基（例えば、第一級及び第二級アミン、スルフヒドリル、アルコール、カルボキシル基、カルボニル、またはトリアゾール形成官能基、例えばアジドまたはアルキン）に化学的に付着することができる反応性官能基を含む部分を指す。架橋基の例としては、スルフヒドリル反応性架橋基（例えば、マレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、チオスルホネート、またはビニルスルホンを含む基）、アミン反応性架橋基（例えば、エステル、例えばＮＨＳエステル、イミドエステル、及びペンタフルオロフェニルエステル、またはヒドロキシメチルホスフィンを含む基）、カルボキシル反応性架橋基（例えば、第一級もしくは第二級アミン、アルコール、またはチオールを含む基）、カルボニル反応性架橋基（例えば、ヒドラジドまたはアルコキシアミンを含む基）、及びトリアゾール形成架橋基（例えば、アジドまたはアルキンを含む基）が挙げられる。
【０１９２】
本明細書で用いる場合、「設計された」という用語は、（ｉ）構造が人の手によって選択されるもしくは選択された化合物、（ｉｉ）人の手を必要とするプロセスによって生成される化合物、ならびに／または（ｉｉｉ）天然物質及び他の公知の化合物とは異なる化合物を指す。
【０１９３】
本明細書に記載される多くの方法論は、「決定」ステップを含む。当業者は、本明細書を読めば、このような「決定」は、当業者に利用可能な様々な技術のいずれかを利用することができるまたはその使用を通して達成することができることを、理解するだろう。それには、例えば、本明細書で明示的に言及される特定の技術が含まれる。いくつかの実施形態では、決定は、物理的試料の操作を伴う。いくつかの実施形態では、決定は、データもしくは情報の考慮及び／または操作を伴い、例えば、関連する分析を実行するように適合されたコンピュータまたは他のプロセシングユニットを利用する。いくつかの実施形態では、決定は、関連情報及び／または材料を供給源から受け取ることを伴う。いくつかの実施形態では、決定は、試料または実態の１つまたは複数の特色を同等の参照物と比較することを伴う。
【０１９４】
本明細書で用いる場合、「デプシ連結」という用語は、アミド結合のエステル結合との置き換えを指す。
本明細書で用いる場合、「剤形」という用語は、対象に投与するための活性化合物（例えば、治療または診断剤）の物理的に個別の単位を指す。各単位は、所定量の活性剤を含有する。いくつかの実施形態では、このような量は、関連性のある集団に投与されたときに、所望のまたは有益な転帰と相関することが決定付けられた投与レジメンに（すなわち、治療投与レジメンに）従った投与に適した、単位投与量（またはその画分全体）である。当業者は、特定の対象に投与される治療組成物または化合物の総量は、１人または複数の担当医によって決定され、複数の剤形の投与を伴う場合があることを、理解する。
【０１９５】
本明細書で用いる場合、「投与レジメン」という用語は、典型的に一定期間を空けて、対象に個々に投与される一群の単位用量（典型的に２つ以上）を指す。いくつかの実施形態では、所与の治療化合物は、１つまたは複数の投与を伴い得る、推奨投与レジメンを有する。いくつかの実施形態では、投与レジメンは、複数の投与を含み、そのそれぞれは、同じ長さの期間によって互いに隔てられ、いくつかの実施形態では、投与レジメンは、複数の投与を含み、少なくとも２つの異なる期間によって個々の投与が隔てられる。いくつかの実施形態では、投与レジメン内の全ての投与は、同じ単位投与量である。いくつかの実施形態では、投与レジメン内の異なる投与は、異なる量である。いくつかの実施形態では、投与レジメンは、第一の投与量で第一の投与を行い、その後、第一の投与量とは異なる第二の投与量で、１回または複数回の追加の投与を行うことを含む。いくつかの実施形態では、投与レジメンは、第一の投与量で第一の投与を行い、その後、第一の投与量と同じ第二の投与量で１回または複数回の追加の投与を行うことを含む。いくつかの実施形態では、投与レジメンは、関連性のある集団全体に投与された場合に、所望のまたは有益な転帰と相関する（すなわち治療投与レジメンである）。
【０１９６】
本明細書で用いる場合、「電子吸引基」という用語は、π系から電子密度を除去する官能基を指す。電子吸引基の例としては、これらに限定されないが、ハロゲン化物（例えば、フッ化物、塩化物、臭化物、ヨウ化物）、アルデヒド、ケトン、カルボン酸、塩化アシル、エステル、アミド、三ハロゲン化物（例えば、トリフルオロメチル、トリクロロメチル）、ニトリル、スルホネート、及びニトロ基が挙げられる。
【０１９７】
本明細書で用いる場合、「操作された」という用語は、設計及び／または生成が人の手の作用を伴う化合物を説明するために使用される。例えば、いくつかの実施形態では、「操作された」化合物は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ化学合成により調製される。いくつかの実施形態では、「操作された」化合物は、参照野生型細胞に対して遺伝子操作されている細胞により生成される。いくつかの実施形態では、「操作された」化合物は、培養物中の細胞により生成される。いくつかの実施形態では、「操作された」化合物は、化合物の生成を亢進するように特別に改変された培養条件で細胞により生成される。いくつかの実施形態では、「操作された」化合物は、ｉｎ  ｓｉｌｉｃｏモデリングにより設計されたまたは選択された構造を有する。
【０１９８】
本明細書で用いる場合、「平坦表面部位」という用語は、当該技術分野で理解されるように、比較的平坦な特徴を有するタンパク質構造の表面上の部位（例えば、５００Å２を超える面積、４００Å３を超える体積、１３Åを超える深度を伴う明確なポケットまたはキャビティを含まない部位）を指す。いくつかの実施形態では、当該技術分野で公知の市販のアルゴリズム（ａｌｇｏｒｉｔｈｉｍ）を利用することにより部位は平坦であると決定されてよく、例えば、ＣＡＳＴ（Ｌｉａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｐｒｏｔ．Ｓｃｉ．１９９８，７：１８８４）またはＳｉｔｅｍａｐ（Ｈａｌｇｒｅｎ  Ｊ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｆ．Ｍｏｄｅｌ．２００９，４９：３７７）により決定して、５００Å２を超える面積、４００Å３を超える体積、１３Åを超える深度を伴う明確なポケットまたはキャビティを含まない場合に、部位は平坦であると決定されてよい。当業者は、平坦の概念を熟知しており、さらには、「ドラッガビリティー」とのその関係を認識している。いくつかの実施形態では、タンパク質は、それが本明細書に定義する通りにアンドラッガブルである、例えば、プログラムＤＯＧＳＩＴＥＳＣＯＲＥＲ（登録商標）を使用してアンドラッガブルであると決定される場合に、平坦表面部位を有するとみなされる。
【０１９９】
本明細書で用いる場合、「疎水性残基」という用語は、プロリン以上のハイドロパシーインデックス値を有するアミノ酸を指す。疎水性残基の例は、バリン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、アラニン、グリシン、及びシステインである。
【０２００】
本明細書で用いる場合、「疎水性表面部位」という用語は、少なくとも３０％疎水性残基を含むタンパク質構造の表面上の部位を指す）。
本明細書で用いる場合、「同一性」という用語は、高分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／またはＲＮＡ分子）間及び／またはポリペプチド分子間の全体的な関連性を指す。２つの核酸配列の同一性パーセントの計算は、例えば、２つの配列を最適な比較を目的として整列させることにより、行うことができる（例えば、最適に整列するために第一及び第二の核酸配列の一方または両方にギャップを導入することができ、比較目的のために、同一でない配列は無視することができる）。ある特定の実施形態では、比較目的のために整列した配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または実質的に１００％である。次いで、対応するヌクレオチド位置にあるヌクレオチドを比較する。第一の配列のある位置が第二の配列の対応する位置と同じヌクレオチドにより占有される場合、分子はその位置で同一である。２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列を最適に整列するために導入する必要がある、ギャップの数、及び各ギャップの長さを考慮した、配列により共有される同一位置の数の関数である。配列の比較及び２つの配列間の同一性パーセントの決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。例えば、２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、Ｍｅｙｅｒｓ及びＭｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）のアルゴリズムを使用して決定することができ、これはＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれており、ＰＡＭ１２０重み残基表、１２のギャップ長ペナルティー、及び４のギャップペナルティーを使用する。２つのヌクレオチド配列間の同一性パーセントは、あるいは、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを使用して、ＧＣＧソフトウェアパッケージのＧＡＰプログラムを使用して決定することができる。
【０２０１】
本明細書で用いる場合、「単離された」という用語は、（１）（天然で及び／または実験設定において）最初に生成されたときに付随していた構成要素の少なくとも一部から分離されている、ならびに／または（２）人の手によって設計、生成、調製、及び／もしくは製造されている物質及び／または実体を指す。単離された物質及び／または実体は、最初に付随していた他の構成要素の約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超から分離され得る。いくつかの実施形態では、単離された化合物は、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または約９９％超純粋である。本明細書で用いる場合、物質は、それが他の構成要素を実質的に含まない場合に、「純粋」である。いくつかの実施形態では、当業者により理解され得るように、物質は、ある特定の他の構成要素、例として、例えば、１つもしくは複数の担体または賦形剤（例えば、緩衝剤、溶媒、水等）と組み合わされた後でも、依然として「単離された」またはさらには「純粋」であるとみなされ得る、このような実施形態では、物質の単離または純度の割合（％）は、かかる担体または賦形剤を含まずに算出される。いくつかの実施形態では、単離は、（例えば、より長いポリペプチドからポリペプチドドメインを単離するため及び／またはより長いオリゴヌクレオチドもしくは核酸からヌクレオチド配列エレメントを単離するために）共有結合の破壊を伴うまたは必要とする。
【０２０２】
本明細書で用いる場合、「脱離基」という用語は、ヘテロリティック結合開裂で電子の対と共に離れる分子フラグメントを指す。脱離基の例としては、これらに限定されないが、ハロゲン化物（例えば、フッ化物、塩化物、臭化物、ヨウ化物）、カルボキシレート、トシレート、メシレート、ペルフルオロアルキルスルホネート（例えば、トリフレート）、硝酸塩、及びリン酸塩が挙げられる。
【０２０３】
「大環状化合物」という用語は、本明細書で用いる場合、９個以上の環原子を有する環を含有する低分子化合物を指す。大環状化合物は、マクロライド、大環状ラクトンを含有する低分子の群、例えばエリスロマイシン、ラパマイシン、及びＦＫ５０６を含む。いくつかの実施形態では、大環状化合物は、低分子中の非水素原子の２５％超（例えば、３０％超、３５％超、４０％超、４５％超）が、単環構造または縮合環構造内に含まれる低分子である。いくつかの実施形態では、大環状化合物は、その構造が参照により組み込まれる、Ｂｅｎｊａｍｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｉｓｃｏｖ．２０１１，１０（１１），８６８−８８０またはＳｗｅｅｎｅｙ，Ｚ．Ｋ．ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２０１４，ｅｐｕｂ  ａｈｅａｄ  ｏｆ  ｐｒｉｎｔ，に記載されている化合物ではない。
【０２０４】
「標的タンパク質相互作用部分」という用語は、本明細書で用いる場合、化合物がプレゼンタータンパク質との複合体であるときに、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に特異的に結合する、環原子の群及びそこに付着する部分（例えば、例えば、環原子の２０個の原子以内の原子、例えば、環原子の１５個の原子以内の原子、環原子の１０個の原子以内の原子、環原子の５個の原子以内の原子）を指す。
【０２０５】
「モジュレータ」という用語は、関心対象の活性が観察される系における存在またはレベルが、モジュレータが存在しないときに、それ以外は同等の条件下で観察された活性と比較して、その活性のレベル及び／または性質の変化と相関する実体を指すために使用される。いくつかの実施形態では、モジュレータは、活性が、モジュレータが存在しないときに、それ以外は同等の条件下で観察された活性と比較して、その存在が増加するという点で、活性化因子である。いくつかの実施形態では、モジュレータは、活性が、モジュレータが存在しないときに、それ以外は同等の条件と比較してその存在が低下するという点で、アンタゴニストまたは阻害剤である。いくつかの実施形態では、モジュレータは、活性が関心対象である標的実体と直接的に相互作用する。いくつかの実施形態では、モジュレータは、活性が関心対象である標的実体と間接的に（すなわち、標的実体と相互作用する中間化合物と直接的に）相互作用する。いくつかの実施形態では、モジュレータは、関心対象の標的実体のレベルに影響し、あるいはまたはさらには、いくつかの実施形態では、モジュレータは、関心対象の標的実体の活性に影響するが、標的実体のレベルには影響しない。いくつかの実施形態では、モジュレータは、関心対象の標的実体のレベルと活性の両方に影響し、従って活性において観察される差異は、レベルにおいて観察される差異によっては完全には説明されない、またはレベルにおいて観察される差異と等しくない。いくつかの実施形態では、モジュレータは、アロステリックなモジュレータ、例えばアロステリックなアゴニストである。
【０２０６】
本明細書で用いる場合、「結合に関与する」原子は、それが結合する実体の４Å以内にあるか、またはそれが結合する実体の４Å以内にある原子に接続する。
本明細書で用いる場合、「医薬組成物」という用語は、１つまたは複数の薬学的に許容され得る担体と一緒に製剤化された活性化合物を指す。いくつかの実施形態では、活性化合物は、関連性のある集団に投与される場合に所定の治療効果を達成する統計学的に有意な確率を示す治療レジメンにおける投与に適した単位投与量で存在する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、経口投与、例えば水薬（水性または非水性溶液または懸濁液）、錠剤、例えば、頬側、舌下及び全身吸収を標的としたもの、ボーラス剤、散剤、顆粒剤、舌に適用するためのペースト剤、非経口投与、例えば、皮下、筋肉内、静脈内もしくは硬膜外注射、例えば、無菌の溶液もしくは懸濁液、または徐放製剤によるもの、局所適用、例えばクリーム剤、軟膏剤、または皮膚、肺もしくは口腔に適用される制御放出パッチもしくはスプレー剤、膣内または直腸内、例えばペッサリー、クリーム剤またはフォーム、舌下、眼、経皮、または経鼻、肺、及び他の粘膜表面に適合されたものを含む、固体形態または液体形態での投与のために、特別に製剤化され得る。
【０２０７】
「薬学的に許容され得る賦形剤」は、本明細書で用いる場合、対象において非毒性及び非炎症性の特性を有する任意の不活性成分（例えば、活性化合物を懸濁または溶解することができるビヒクル）を指す。典型的な賦形剤としては、例えば、抗接着剤、抗酸化剤、結合剤、コーティング剤、圧縮助剤、崩壊剤、色素（着色剤）、皮膚軟化剤、乳化剤、充填剤（希釈剤）、膜形成剤もしくはコーティング剤、風味剤、香料、滑剤（流動促進剤）、滑沢剤、保存剤、印刷インク、吸着剤、懸濁剤もしくは分散剤、甘味剤、または水和水が挙げられる。賦形剤としては、限定されるものではないが、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム（第二）、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶セルロース、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、ポビドン、予めゼラチン化したデンプン、プロピルパラベン、パルミチン酸レチニル、シェラック、二酸化ケイ素、カルボキシメチルセルロースナトリウム、クエン酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ソルビトール、デンプン（トウモロコシ）、ステアリン酸、ステアリン酸、スクロース、タルク、二酸化チタン、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＣ、及びキシリトールが挙げられる。当業者は、賦形剤として有用な各種の薬剤及び材料を熟知している。
【０２０８】
「薬学的に許容され得る塩」という用語は、本明細書で用いる場合、健全な医学的判断の範囲内で、過度の毒性、刺激、アレルギー反応などを伴うことなくヒト及び動物の組織に接触させて使用するのに好適であり、妥当なベネフィット／リスク比に見合う本明細書に記載の化合物の塩を指す。薬学的に許容され得る塩は、当該技術分野で周知である。例えば、薬学的に許容され得る塩は、Ｂｅｒｇｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ  ６６：１−１９，１９７７、及びＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓａｌｔｓ：  Ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ，ａｎｄ  Ｕｓｅ，（Ｅｄｓ．Ｐ．Ｈ．Ｓｔａｈｌ  ａｎｄ  Ｃ．Ｇ．Ｗｅｒｍｕｔｈ），Ｗｉｌｅｙ−ＶＣＨ，２００８に記載されている。塩は、本明細書に記載の化合物の最終単離時及び精製時にｉｎ  ｓｉｔｕで調製することができる、または遊離塩基基と好適な有機酸を反応させることにより別々に調製することができる。
【０２０９】
本発明の化合物は、薬学的に許容され得る塩として調製することができるようにイオン性基を有し得る。これらの塩は、無機酸もしくは有機酸を伴う酸付加塩であり得るか、または塩は、本発明の化合物の酸形の場合、無機塩基もしくは有機塩基から調製され得る。多くの場合、化合物は、薬学的に許容され得る酸または塩基の付加生成物として調製された薬学的に許容され得る塩として調製または使用される。好適な薬学的に許容され得る酸及び塩基は、当該技術分野で周知であり、例えば、酸付加塩を形成するための塩酸、硫酸、臭化水素酸、酢酸、乳酸、クエン酸、または酒石酸、及び塩基塩を形成するための水酸化カリウム、水酸化ナトリウム、水酸化アンモニウム、カフェイン、様々なアミンなどである。適切な塩の調製方法は、当該技術分野で十分に確立されている。
【０２１０】
代表的な酸付加塩としては、酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、カンファー酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプトン酸塩、ヘキサン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化水素酸塩、２−ヒドロキシエタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３−フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。代表的なアルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなど、ならびに非毒性のアンモニウム、第４級アンモニウム、及びアミンカチオン、例えば、限定されるものではないが、アンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、エチルアミンなどが挙げられる。
【０２１１】
「極性表面積」という用語は、付着水素を含む、分子または分子の部位の全ての極性原子を覆う表面合計を指す。極性表面積は、ＣＨＥＭＤＲＡＷ（登録商標）Ｐｒｏ、バージョン１２．０．２．１０９２（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅｓｏｆｔ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）などのプログラムを使用して計算的に決定される。
【０２１２】
「プレゼンタータンパク質」という用語は、低分子に結合して、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に結合する及びその活性を調節する複合体を形成するタンパク質を指す。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、比較的豊富なタンパク質である（例えば、プレゼンタータンパク質は、三分子複合体への関与が、細胞内でのプレゼンタータンパク質の生物学的機能及び／または細胞の生存力もしくは他の特質に実質的に影響を及ぼさない程度に十分に豊富である）。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内でシャペロン活性を有するタンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内で複数の天然の相互作用パートナーを有するタンパク質である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、低分子と結合して、標的タンパク質に結合する及びその生物学的活性を調節することが知られているかまたはそのように推定される二元複合体を形成すると知られているものである。
【０２１３】
「プレゼンタータンパク質結合部分」という用語は、プレゼンタータンパク質への結合に関与する環原子の群及びそこに付着した部分（例えば、環原子の２０個の原子以内の原子、例えば環原子の１５個の原子以内の原子、環原子の１０個の原子以内の原子、環原子の５個の原子以内の原子）を指し、化合物は、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫＤで、前記プレゼンタータンパク質に特異的に結合するか、または例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ５０で、プレゼンタータンパク質のペプチジル−プロリルイソメラーゼ活性を阻害する。プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質と相互作用する化合物中の全原子を必ずしも包含しないことが理解されるだろう。プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子が標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）内にあり得ることも理解されるだろう。
【０２１４】
「純粋」という用語は、実質的に純粋である、または望ましくない成分（例えば、他の化合物及び／または細胞ライセートの他の成分）、材料汚染、混合物もしくは欠陥を含まないことを意味する。
【０２１５】
「参照」という用語は、多くの場合、関心対象の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値と比較される標準または対照の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値を記述するために本明細書で用いる。いくつかの実施形態では、参照化合物、個体、集団、試料、配列、または値は、関心対象の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値の検査または決定と実質的に同時に検査及び／または決定される。いくつかの実施形態では、参照化合物、個体、集団、試料、配列、または値は、有形媒体において任意選択で具現化された履歴参照である。典型的には、当業者により理解され得るように、参照化合物、個体、集団、試料、配列、または値は、関心対象の化合物、個体、集団、試料、配列、もしくは値の決定または特徴決定に利用されるものと同等の条件下で決定または特徴決定される。
【０２１６】
「環原子」という用語は、環の最も内側の部位を含む環式化合物の原子を指す。例えば、この方法を使用すると、ＦＫ５０６は２１個の環原子を有し、ラパマイシンは２９個の環原子を有する。
【０２１７】
「天然に生じるタンパク質−タンパク質相互作用の部位」という用語は、タンパク質の天然環境においてタンパク質及び別のタンパク質間の結合に関与する原子を含むタンパク質の構造の表面上の位置を指す。
【０２１８】
「低分子」という用語は、低分子量の有機化合物及び／または無機化合物を意味する。一般に、「低分子」は、サイズが約５キロダルトン（ｋＤ）未満の分子である。いくつかの実施形態では、低分子は、約４ｋＤ、３ｋＤ、約２ｋＤ、または約１ｋＤ未満である。いくつかの実施形態では、低分子は、約８００ダルトン（Ｄ）、約６００Ｄ、約５００Ｄ、約４００Ｄ、約３００Ｄ、約２００Ｄ、または約１００Ｄ未満である。いくつかの実施形態では、低分子は、約２０００ｇ／ｍｏｌ未満、約１５００ｇ／ｍｏｌ未満、約１０００ｇ／ｍｏｌ未満、約８００ｇ／ｍｏｌ未満、または約５００ｇ／ｍｏｌ未満である。いくつかの実施形態では、低分子は、ポリマーではない。いくつかの実施形態では、低分子は、ポリマー部分を含まない。いくつかの実施形態では、低分子は、タンパク質またはポリペプチドではない（例えば、オリゴペプチドまたはペプチドではない）。いくつかの実施形態では、低分子は、ポリヌクレオチドではない（例えば、オリゴヌクレオチドではない）。いくつかの実施形態では、低分子は、多糖体ではない。いくつかの実施形態では、低分子は、多糖体を含まない（例えば、糖タンパク質、プロテオグリカン、糖脂質等ではない）。いくつかの実施形態では、低分子は、脂質ではない。いくつかの実施形態では、低分子は、調節化合物である。いくつかの実施形態では、低分子は、生物学的に活性である。いくつかの実施形態では、低分子は、検出可能である（例えば、少なくとも１つの検出可能な部分を含む）。いくつかの実施形態では、低分子は、治療剤である。
【０２１９】
当業者は、本開示を読めば、本明細書に記載のある特定の低分子化合物が、例えば、塩形態、保護形態、プロドラッグ形態、エステル形態、異性体形態（例えば、光学異性体及び／または構造異性体）、同位体形態等の様々な形態のいずれかにて提供及び／または利用され得ることを理解するだろう。いくつかの実施形態では、特定の化合物への言及は、その化合物の特定の形態に関連し得る。いくつかの実施形態では、特定の化合物への言及は、任意の形態のその化合物に関連し得る。いくつかの実施形態では、化合物が天然に存在するまたは見いだされるものである場合、その化合物は、天然に存在するまたは見いだされるものとは異なる形態にて本発明に従って提供及び／または利用され得る。当業者は、化合物の参照調製物または供給源（例えば、天然供給源）とは異なるレベル、量、または割合の１つまたは複数の個別の形態を含む化合物調製物が、本明細書に記載の化合物の異なる形態であるとみなされ得ることを理解するだろう。ゆえに、いくつかの実施形態では、例えば、化合物の単一の立体異性体の調製物は、化合物のラセミ混合物とは異なる形態の化合物であるとみなされ得る、化合物の特定の塩は、化合物の別の塩形態とは異なる形態であるとみなされ得る、二重結合のうちの一方の配座異性体（（Ｚ）または（Ｅ））を含有する調製物は、二重結合の他方の配座異性体（（Ｅ）または（Ｚ））を含有するものとは異なる形態であるとみなされ得る、参照調製物に存在するものとは１個または複数の原子が異なる同位体である調製物は、異なる形態であるとみなされ得る、等。
【０２２０】
本明細書で用いる場合、「特異的結合」または「に特異的」または「に対して特異的」という用語は、結合剤及び標的実体間の相互作用を指す。当業者により理解され得るように、相互作用は、代替相互作用の存在下で有利である場合、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫＤで結合する場合、「特異的」であるとみなされる。多くの実施形態では、特異的相互作用は、標的実体（例えば、エピトープ、クレフト、結合部位）の特定の構造的特徴の存在に依存する。特異性が絶対的である必要はないことが理解されたい。いくつかの実施形態では、特異性は、１つまたは複数の他の潜在的な標的実体（例えば、競合因子）に対する結合剤の特異性と対比して評価され得る。いくつかの実施形態では、特異性は、参照特異的結合剤の特異性と対比して評価される。いくつかの実施形態では、特異性は、参照非特異的結合剤の特異性と対比して評価される。
【０２２１】
「特異的」という用語は、活性を有する化合物に関連して用いる場合、化合物が潜在的標的実体または状態を識別することを意味するものと当業者により理解される。例えば、いくつかの実施形態では、化合物は、１つまたは複数の競合する代替標的の存在下でその標的に優先的に結合する場合に、その標的に「特異的」に結合すると言われる。多くの実施形態では、特異的相互作用は、標的実体（例えば、エピトープ、クレフト、結合部位）の特定の構造的特徴の存在に依存する。特異性が絶対的である必要はないことが理解されたい。いくつかの実施形態では、特異性は、１つまたは複数の他の潜在的な標的実体（例えば、競合因子）に対する結合剤の特異性と対比して評価され得る。いくつかの実施形態では、特異性（ｓｐｅｉｃｉｆｃｉｔｙ）は、参照特異的結合剤の特異性と対比して評価される。いくつかの実施形態では、特異性は、参照非特異的結合剤の特異性と対比して評価される。いくつかの実施形態では、作用剤または実体は、その標的実体への結合の条件下で競合する代替標的に検出可能に結合しない。いくつかの実施形態では、結合剤は、競合する代替標的（複数可）と比較して、より高いオン速度、より低いオフ速度、増加した親和性、低減した解離、及び／または増加した安定性を伴って、その標的実体に結合する。
【０２２２】
「構造組織」という用語は、分子の原子及び結合の平均的な三次元配置を指す。「実質的に変化していない構造組織」とは、２つの整列させた構造の平均二乗偏差（ＲＭＳＤ）が１未満であることを意味する。ＲＭＳＤは、例えば、ＰｙＭＯＬバージョン１．７ｒｃ１（Ｓｃｈｒｏｄｉｎｇｅｒ  ＬＬＣ）のアラインコマンドを使用することにより算出することができる。あるいは、ＲＭＳＤは、アルゴリズムＬｉｇＡｌｉｇｎ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ  ａｎｄ  Ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ  ２０１０，２９，９３−１０１）からのＥｘｅｃｕｔｉｖｅＲＭＳパラメータを使用して算出することができる。
【０２２３】
「実質的」という用語は、関心対象の特徴または特性の全体またはほぼ全体の程度または度合いを呈する定性的条件を指す。生物学技術分野の当業者であれば、生物学的及び化学的な現象が、最終状態に達すること及び／または完全まで進行することまたは絶対的結果を達成もしくは回避することは、あっても稀であるものと理解するだろう。従って、「実質的」という用語は、多くの生物学的及び化学的な現象に固有の完全性の欠如の可能性を取り込むように本明細書で用いる。
【０２２４】
特定のタンパク質に「実質的に結合しない」という用語は、本明細書で用いる場合、例えば、標的に対して、１０−４Ｍ以上、代替的に１０−５Ｍ以上、代替的に１０−６Ｍ以上、代替的に１０−７Ｍ以上、代替的に１０−８Ｍ以上、代替的に１０−９Ｍ以上、代替的に１０−１０Ｍ以上、代替的に１０−１１Ｍ以上、代替的に１０−１２Ｍ以上のＫＤ、または１０−４Ｍ〜１０−１２Ｍもしくは１０−６Ｍ〜１０−１０Ｍもしくは１０−７Ｍ〜１０−９Ｍの範囲内のＫＤを有する分子または分子の部位により表すことができる。
【０２２５】
「実質的な構造類似性」という用語は、共有の構造的特色、例えば特定の位置での特定のアミノ酸の存在及び／または同一性の存在を指す（「共有の配列相同性」及び「共有の配列同一性」の定義を参照されたい）。いくつかの実施形態では、「実質的な構造類似性」という用語は、構造エレメント（例えば：ループ、シート、ヘリックス、Ｈ結合ドナー、Ｈ結合アクセプター、グリコシル化パターン、塩橋、及びジスルフィド結合）の存在及び／または同一性の存在を指す。いくつかの（ｓｏｍｅ  ｓｏｍｅ）実施形態では、「実質的な構造類似性」という用語は、互いに対する原子または部分の三次元構成及び／または配向（例えば、関心対象の作用物質及び参照作用物質間または内のそれらの距離及び／または角度）を指す。
【０２２６】
「標的タンパク質」という用語は、本明細書に記載の低分子／プレゼンタータンパク質／化合物複合体と結合するが、単独では低分子またはプレゼンタータンパク質のいずれにも実質的に結合しない、ｍＴＯＲまたはカルシニューリンではないタンパク質を指す。いくつかの実施形態では、低分子／プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、ｍＴＯＲまたはカルシニューリンに実質的に結合しない。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、疾患、障害または状態に関連する生物学的経路に関与する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、天然に生じるタンパク質であり、いくつかのかかる実施形態では、標的タンパク質は、ある特定の哺乳類細胞（例えば、哺乳類標的タンパク質）、菌類細胞（例えば、菌類標的タンパク質）、細菌細胞（例えば、細菌標的タンパク質）、または植物細胞（例えば、植物標的タンパク質）に天然に見いだされる。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、１つまたは複数の天然プレゼンタータンパク質／天然低分子複合体との天然相互作用を特徴とする。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、複数の異なる天然プレゼンタータンパク質／天然低分子複合体との天然相互作用を特徴とし、いくつかのかかる実施形態では、複合体の一部または全部は、同一のプレゼンタータンパク質（及び異なる低分子）を利用する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、シクロスポリン、ラパマイシン、またはＦＫ５０６及びプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ）の複合体に実質的に結合しない。標的タンパク質は、天然に生じる、例えば、野生型であることができる。あるいは、標的タンパク質は、野生型タンパク質とは異なり得るが、例えば、対立遺伝子変異体、スプライス突然変異体、または生物学的に活性なフラグメントとして、生物学的機能を依然として維持する。例示的な哺乳類標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ、ＧＴＰアーゼ活性化タンパク質、グアニンヌクレオチド交換因子、熱ショックタンパク質、イオンチャネル、コイルドコイルタンパク質、キナーゼ、ホスファターゼ、ユビキチンリガーゼ、転写因子、クロマチン修飾因子／再構成因子、古典的なタンパク質−タンパク質相互作用ドメイン及びモチーフを有するタンパク質、または疾患、障害もしくは状態に関連する生物学的経路に関与する任意の他のタンパク質である。
【０２２７】
「標的タンパク質相互作用部分」という用語は、化合物がプレゼンタータンパク質との複合体であるとき、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）への結合に関与する環原子の群、及びそこに付着した部分（例えば、環原子の２０個の原子以内の原子、例えば、環原子の１５個の原子以内の原子、環原子の１０以内の原子、環原子の５個の原子以内の原子）を指す。標的タンパク質相互作用部分が、標的タンパク質と相互作用する化合物中の原子全体を包含するとは限らないことが、理解されるだろう。プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子が、標的タンパク質相互作用部分にも存在し得ることもまた、理解されるだろう。
【０２２８】
「治療レジメン」は、関連性のある集団全体への投与が、所望のまたは有益な治療転帰と相関する投与レジメンを指す。
「治療有効量」という用語は、疾患、障害、及び／または状態に罹患しているまたは感受性である集団に、治療投与レジメンに従って投与したときに、疾患、障害、及び／または状態を処置するのに十分な量を意味する。いくつかの実施形態では、治療有効量は、疾患、障害、及び／または状態の１つまたは複数の症状の発生率及び／もしくは重症度を低下させる、ならびに／または発症を遅延させるものである。当業者は、「治療有効量」という用語が、実際に特定の個体において治療の成功が達成されることを必要としないことを理解するだろう。むしろ、治療有効量は、かかる処置を必要とする患者に投与したときに、特定の所望の薬理学的反応を有意な数の対象において、提供する量であり得る。特定の対象が、実際は、「治療有効量」に対して「抵抗性」であり得ることを特に理解されたい。一例を挙げると、抵抗性の対象は、バイオアベイラビリティが低く、そのため臨床的有効性が得られない。いくつかの実施形態では、治療有効量への言及は、１つまたは複数の特定の組織（例えば、疾患、障害または状態に罹患した組織）または体液（例えば、血液、唾液、血清、汗（ｓｗｅａｒｔ）、涙、尿、等）において測定された量への言及であり得る。当業者は、いくつかの実施形態では、治療有効量は、単一用量において製剤化及び／または投与され得ることを理解するだろう。いくつかの実施形態では、治療有効量は、複数の用量において、例えば、投与レジメンの一部として製剤化及び／または投与され得る。
【０２２９】
「従来型の結合ポケット」という用語は、活性が１個または複数の低分子により調節されたタンパク質に匹敵する生理化学的及び／または幾何学的な特性を有するタンパク質構造上のキャビティまたはポケットを指す。いくつかの実施形態では、従来型の結合ポケットは、１０００Ａ３超の体積を有する明確に規定されたポケットである。当業者であれば、従来型の結合ポケットの概念を熟知しており、さらにそれと「ドラッガビリティー」との関係を認識している。ある特定の実施形態では、タンパク質は、本明細書に定義されるように、アンドラッガブルであれば、従来型の結合ポケットを有していないとみなされる。
【０２３０】
「処置」（さらに「処置する」または「処置すること」）という用語は、その最広義において、特定の疾患、障害及び／または状態の１つまたは複数の症状、特色及び／もしくは原因を、部分的または完全に軽減する、寛解させる、和らげる、阻害する、その発症を遅延させる、その重症度を低下させる、及び／またはその発生率を低下させる物質（例えば、本発明が提供する組成物）の任意の投与を指す。いくつかの実施形態では、このような処置は、関連性のある疾患、障害及び／もしくは状態の徴候を呈していない対象、ならびに／または疾患、障害及び／もしくは状態の初期徴候のみを呈している対象に施してよい。あるいはまたは加えて、いくつかの実施形態では、処置は、関連性のある疾患、障害及び／または状態の１つまたは複数の確立された徴候を呈している対象に施してよい。いくつかの実施形態では、処置は、関連性のある疾患、障害及び／または状態に罹患していると診断されている対象のものであってよい。いくつかの実施形態では、処置は、関連性のある疾患、障害及び／または状態が発生するリスクの増加に統計学的に相関している、１つまたは複数の感受性因子を有することが知られている対象のものであってよい。
【０２３１】
「アンドラッガブル標的」という用語は、薬物により標的されることが知られているタンパク質ファミリーのメンバーでない及び／または低分子への高親和性結合に好適な結合部位を有さないタンパク質を指す。標的タンパク質がアンドラッガブルであるか否かを決定する方法は、当該技術分野で公知である。例えば、標的タンパク質がアンドラッガブルであるか否かは、体積、表面積、親油性表面積、深度、及び／または疎水性比を含むタンパク質上の結合ポケットに対して計算されたパラメータに基づいてドラッガビリティーを評価するＤＯＧＳＩＴＥＳＣＯＲＥＲ（登録商標）（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔａｔ  Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｈａｍｂｕｒｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）というプログラムにより用いられるような構造ベースのアルゴリズムを用いて決定し得る。
【０２３２】
本明細書で用いる場合、「ファンデルワールス相互作用」という用語は、共有結合、静電相互作用、水素結合に起因しない、原子間の引力または斥力を意味する。
「変異体」という用語は、参照実体と著しい構造的同一性を示すが、参照実体と比較して１つまたは複数の化学部分の存在またはレベルにおいて参照実体と構造的に異なる実体を指す。多くの実施形態では、変異体は、その参照実体と機能的にも異なる。一般に、特定の実体が、参照実体の「変異体」であると適正にみなされるか否かは、参照実体との構造的同一性の度合いに基づく。当業者により理解され得るように、任意の生物学的または化学的な参照実体は、ある特定の特徴的な構造エレメントを有する。変異体は、定義によれば、１つまたは複数のかかる特徴的な構造エレメントを共有する別個の化学実体である。少しであるが例を挙げると、低分子は、特徴的なコア構造エレメント（例えば、大環状コア）及び／または１つもしくは複数の特徴的なペンデント部分を有し得、そのため低分子の変異体は、コア構造エレメント及び特徴的なペンデント部分を共有するが、他のペンデント部分において及び／またはコア内に存在する結合のタイプ（単対二重、Ｅ対Ｚなど）において異なり、ポリペプチドは、線状または三次元空間内に互いに対する指定位置を有する複数のアミノ酸から構成される及び／または特定の生物学的機能に寄与する特徴的な配列エレメントを有し得、核酸は、線状または三次元空間内に互いに（ｏｎ  ａｎｏｔｈｅｒ）対する指定位置を有する複数のヌクレオチド残基から構成される特徴的な配列エレメントを有し得る。例えば、変異体ポリペプチドは、アミノ酸配列における１つまたは複数の差異及び／またはポリペプチド骨格に共有結合的に付着した化学部分（例えば、炭水化物、脂質等）における１つまたは複数の差異の結果として、参照ポリペプチドと異なり得る。いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは、少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９９％である参照ポリペプチドとの全体的な配列同一性を示す。あるいはまたは加えて、いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと少なくとも１つの特徴的な配列エレメントを共有しない。いくつかの実施形態では、参照ポリペプチドは、１つまたは複数の生物学的活性を有する。いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドの生物学的活性の１つまたは複数を共有する。いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドの生物学的活性の１つまたは複数を欠く。いくつかの実施形態では、変異体ポリペプチドは、参照ポリペプチドと比較して、低下したレベルの１つまたは複数の生物学的活性を示す。多くの実施形態では、関心対象のポリペプチドは、関心対象のポリペプチドが、特定の位置での少数の配列変化以外は、親のものと同一であるアミノ酸配列を有する場合に、親または参照ポリペプチドの「変異体」であるとみなされる。典型的には、親と比較して、変異体の残基の２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％未満が置換されている。いくつかの実施形態では、変異体は、親と比較して、１０、９、８、７、６、５、４、３、２、または１個の置換残基を有する。多くの場合、変異体は、ごく少数（例えば、５、４、３���２または１個未満）の置換官能性残基（すなわち、特定の生物学的活性に関与する残基）を有する。さらには、変異体は、典型的には、親と比較して、５、４、３、２、または１つ以下の付加または欠失を有し、多くの場合は、付加や欠失を有さない。さらに、付加または欠失はいずれも、典型的には、約２５、約２０、約１９、約１８、約１７、約１６、約１５、約１４、約１３、約１０、約９、約８、約７、約６個未満であり、一般的には、約５、約４、約３、または約２個未満の残基である。いくつかの実施形態では、親または参照ポリペプチドは天然に見いだされるものである。当業者により理解され得るように、関心対象の特定のポリペプチドの複数の変異体は、一般的には天然に見いだされ得る。
【０２３３】
「野生型」という用語は、（突然変異体、罹患したもの、改変されたものなどとは対照的に）「通常」の状態または状況で、天然に見いだされる構造及び／または活性を有する実体を指す。当業者は、野生型遺伝子及びポリペプチドが、しばしば複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することを、理解するだろう。
【図面の簡単な説明】
【０２３４】
【図１−１】図１は、本発明の例示的な化合物の表である。
【図１−２】図１の続き。
【図１−３】図１の続き。
【図１−４】図１の続き。
【図１−５】図１の続き。
【図１−６】図１の続き。
【図１−７】図１の続き。
【図１−８】図１の続き。
【図２−１】図２は、本発明の例示的な化合物の表である。
【図２−２】図２の続き。
【図２−３】図２の続き。
【図２−４】図２の続き。
【図２−５】図２の続き。
【図２−６】図２の続き。
【図２−７】図２の続き。
【図２−８】図２の続き。
【図２−９】図２の続き。
【図２−１０】図２の続き。
【図２−１１】図２の続き。
【図２−１２】図２の続き。
【図２−１３】図２の続き。
【図２−１４】図２の続き。
【図２−１５】図２の続き。
【図２−１６】図２の続き。
【図２−１７】図２の続き。
【図２−１８】図２の続き。
【図２−１９】図２の続き。
【図２−２０】図２の続き。
【図２−２１】図２の続き。
【図２−２２】図２の続き。
【図２−２３】図２の続き。
【図２−２４】図２の続き。
【図２−２５】図２の続き。
【図２−２６】図２の続き。
【図２−２７】図２の続き。
【図２−２８】図２の続き。
【図２−２９】図２の続き。
【図２−３０】図２の続き。
【図２−３１】図２の続き。
【図２−３２】図２の続き。
【図２−３３】図２の続き。
【図２−３４】図２の続き。
【図２−３５】図２の続き。
【発明を実施するための形態】
【０２３５】
低分子は、標的とのその相互作用が接着力により推進され、その強さは接触表面積に概ね比例するため、その標的化能力において制限されている。それらのサイズが小さいために、低分子が標的タンパク質と効果的に相互作用するのに十分な分子間接触表面積を構築する唯一の方法は、文字通りそのタンパク質により取り込まれることである。実際に、多数の実験及び計算上のデータの両方が、それらの表面上に疎水性「ポケット」を有するタンパク質のみが、低分子と結合できるという見解を支持する。その場合、結合は取り込みにより可能となる。
【０２３６】
自然は、低分子が、疎水性ポケット以外の部位にて標的タンパク質と相互作用することを可能とする戦略を進化させてきた。この戦略は、天然に生じる免疫抑制薬であるシクロスポリンＡ、ラパマイシン、及びＦＫ５０６により例示される。これらの薬物の生物学的活性は、低分子と小さな提示タンパク質との高親和性複合体の形成に関与する。低分子及び提示タンパク質の複合表面は、標的に会合する。ゆえに、例えば、シクロスポリンＡ及びシクロフィリンＡ間で形成される二元複合体は、高親和性及び特異性を伴ってカルシニューリンを標的とするが、シクロスポリンＡもシクロフィリンＡも単独では測定可能な親和性を伴ってカルシニューリンに結合しない。
【０２３７】
多くの重要な治療標的は、他のタンパク質との複合体化によりそれらの機能を発揮する。これらの系の多くにおけるタンパク質／タンパク質相互作用表面は、極性残基の広い環に取り囲まれた疎水性側鎖の内側コアを含有する。疎水性残基は、エネルギー的に有利な接触のほぼ全てに寄与し、そのためこのクラスターは、タンパク質−タンパク質相互作用における会合のための「ホットスポット」として指定されてきた。重要なことに、天然に生じる低分子と小さい提示タンパク質との前述の複合体では、低分子は、ホットスポットと類似の疎水性機能のクラスターを提供し、タンパク質は、主に極性の残基の環を提供する。言い換えれば、提示された低分子系は、天然のタンパク質／タンパク質相互作用系で広く利用される表面構築を模倣する。
【０２３８】
自然は、提示された低分子−−ポータブルホットスポット−の標的特異性を進化の多様化により再プログラムする能力を実証してきた。最も良好に特徴決定された例では、ＦＫ５０６結合タンパク質（ＦＫＢＰ）及びＦＫ５０６間で形成された複合体は、カルシニューリンを標的とする。しかしながら、ＦＫＢＰは、関連分子のラパマイシンとも複合体を形成することができ、その複合体は、まったく異なる標的ＴｏｒＣ１と相互作用する。これまでのところ、アンドラッガブルであると以前にみなされた他の標的タンパク質と相互作用し、それを調節できるように、プレゼンタータンパク質／リガンド界面の結合及び調節能力を再プログラムする方法は、開発されていない。
【０２３９】
加えて、いくつかの薬物候補物質は、意図された標的及び他の意図されていないタンパク質の両方の活性を同様に調節するために、うまく機能しないことが十分に確立されている。この問題は、標的タンパク質の薬物結合部位が非標的タンパク質の結合部位に類似している場合に、特に困難なものとなる。ＡＴＰ結合ポケットが非標的インスリン受容体（ＩＲ）の結合ポケットに構造的に類似しているインスリン様成長因子受容体（ＩＧＦ−１Ｒ）は、そのような一例である。ＩＧＦ−１Ｒを標的とするように設計された低分子開発候補物質は、典型的には、インスリン受容体も調節するという許容できない副作用を有する。しかしながら、ＡＴＰ結合ポケットの周囲の領域には、これらの２つのタンパク質間の構造の非類似性が存在する。かかる知見にもかかわらず、こうした差異の利点を生かしてＩＲよりもＩＧＦ−１Ｒに特異的である薬物を開発する方法は、これまでのところ存在しない。
【０２４０】
本発明は、生物学的プロセスを、例えばプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質への結合を通して調節することができる化合物（例えば、大環状化合物）に関する。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、細胞内タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的及び／またはプレゼンタータンパク質は、哺乳類タンパク質である。いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、細胞、例えば、哺乳類細胞内の三分子プレゼンタータンパク質／化合物／標的タンパク質複合体に関与する。いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、疾患及び障害、例えばがん、炎症、または感染の処置において有用であり得る。
化合物
本発明は、生物学的プロセスを、例えばプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）及び標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）への結合を通して、調節することができる化合物（例えば、大環状化合物）に関する。簡潔には、これらの化合物は、内在性細胞内プレゼンタータンパク質、例えばＦＫＢＰと結合し、結果得られる二元複合体が、細胞内標的タンパク質と選択的に結合し、その活性を調節する。いずれの特定の理論によっても束縛されることを望まないが、本発明者らは、プレゼンタータンパク質、化合物、及び標的タンパク質の間での三分子複合体の形成が、タンパク質−化合物及びタンパク質−タンパク質相互作用の両方により推進されること、ならびに標的とするタンパク質の活性の調節（例えば、正または負の調節）に両方ともが必要とされることを提唱した。いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、通常はプレゼンタータンパク質に結合しないまたは化合物の存在下で大幅に亢進される結合を有さないタンパク質標的へのプレゼンタータンパク質の結合を「再プログラム」することにより、これらの新しい標的の活性を調節する（例えば、正または負に調節する）能力をもたらす。
【０２４１】
本明細書に記載するように、本発明の化合物は、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質相互作用部分を含む。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質相互作用部分は、環構造の別々の部位であり、例えば、それらは重ならない。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質相互作用部分は、片側または両側でリンカーにより互いに接続される。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、本明細書に記載するように、複合体の形成の不在下では、標的タンパク質に実質的に結合しない。いくつかの実施形態では、本発明の化合物及びプレゼンタータンパク質の複合体は、標的タンパク質に、複合体の形成の不在下での標的タンパク質に対する化合物の親和性より、少なくとも５倍（少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍）大きい親和性で結合し、これは本明細書に記載する通りである。ある特定の実施形態では、本発明の化合物は、プレゼンタータンパク質との複合体の形成の不在下では、標的タンパク質の活性を実質的に調節しない。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、１０μＭ超（例えば、２０μＭ超、５０μＭ超、１００μＭ超、５００μＭ超）のＩＣ５０で標的タンパク質の活性を阻害する。あるいは、本発明の化合物は、１０μＭ超（例えば、２０μＭ超、５０μＭ超、１００μＭ超、５００μＭ超）のＡＣ５０で標的タンパク質の活性を亢進する。ある特定の実施形態では、化合物及びプレゼンタータンパク質の複合体は、化合物単独よりも少なくとも５倍活性である（すなわち、５倍低いＩＣ５０またはＡＣ５０を有する）。
【０２４３】
本発明の化合物（例えば、大環状化合物）は、概して、プレゼンタータンパク質に強く結合する。例えば、いくつかの実施形態では、本発明の化合物（例えば、大環状化合物）は、プレゼンタータンパク質に、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫＤで結合する、またはプレゼンタータンパク質のペプチジル−プロリルイソメラーゼ活性を、例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ５０で阻害する。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、本発明は、本明細書に記載の、式ＸＩＶ〜ＸＶＩＩＩ：
【０２４５】
【化４９】
2020513036.tif 000055
に従う構造を有する化合物を含む。
【０２４６】
ある特定の実施形態では、化合物は、図１または図２に記載の化合物のいずれかの構造を有する。
いくつかの実施形態では、化合物は、天然化合物である（例えば、遺伝子改変されていない細菌株により合成される）。いくつかの実施形態では、化合物は、天然化合物の変異体（例えば、半合成化合物）である。いくつかの実施形態では、変異体は、参照天然化合物と環サイズを共有する。いくつかの実施形態では、変異体は、１つまたは複数の置換基の同一性によってのみ参照天然化合物と異なる（例えば、少なくとも１つの位置に関して、変異体は、適切な参照化合物の対応する位置にて見いだされるものとは異なる置換基（ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｅｎｔ）または置換基のセットを有する）。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、本発明の化合物（例えば、本発明の大環状化合物）は、１２〜４０個の環原子（例えば、１２〜２０個の環原子、１４〜２０個の環原子、１７〜２５環原子、２１〜２６個の環原子、２０〜３０個の環原子、２５〜３５個の環原子、３０〜４０個の環原子）を含む。いくつかの実施形態では、かかる化合物は、１９個の環原子を含む。いくつかの実施形態では、かかる化合物は、偶数個の環原子を有する。ある特定の実施形態では、化合物内の原子の少なくとも２５％（例えば、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％）は、単環または縮合環系に含まれる。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、環原子が、炭素原子、水素原子、窒素原子、酸素原子、硫黄原子、リン原子、ケイ素原子、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される環（例えば、大環状分子）を含み、いくつかの実施形態では、化合物内の環原子は全て、この群から選択される。いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、環原子が、炭素原子、水素原子、窒素原子、酸素原子、及びそれらの組み合わせからなる群からのみ選択される環（例えば、大環状分子）を含み、いくつかの実施形態（ｅｍｂｏｄｍｉｅｎｔｓ）では、化合物内の環原子は全て、炭素原子、水素原子、窒素原子、酸素原子、及びそれらの組み合わせからなる群からのみ選択される。
【０２４９】
ある特定の実施形態では、本発明が提供する化合物（例えば、大環状化合物）における環連結は、ケトン、エステル、アミド、エーテル、チオエステル、尿素、アミジンまたは炭化水素を含む。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、非ペプチド性である。ある特定の実施形態では、本発明が提供する化合物は、１つまたは複数のアミノ酸残基を含む。いくつかの実施形態では、本発明が提供する化合物は、アミノ酸残基のみを含む。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、本発明の化合物の分子量は、４００〜２０００ダルトン（例えば、４００〜６００ダルトン、５００〜７００ダルトン、６００〜８００ダルトン、７００〜９００ダルトン、８００〜１０００ダルトン、９００〜１１００ダルトン、１０００〜１２００ダルトン、１１００〜１３００ダルトン、１２００〜１４００ダルトン、１３００〜１５００ダルトン、１４００〜１６００ダルトン、１５００〜１７００ダルトン、１６００〜１８００ダルトン、１７００〜１９００ダルトン、１８００〜２０００ダルトン、４００〜１０００ダルトン、１０００−２０００ダルトン）である。いくつかの実施形態では、本発明の化合物の分子量は、２０００ダルトン未満（例えば、５００ダルトン未満、６００ダルトン未満、７００ダルトン未満、８００ダルトン未満、９００ダルトン未満、１０００ダルトン未満、１１００ダルトン未満、１２００ダルトン未満、１３００ダルトン未満、１４００ダルトン未満、１５００ダルトン未満、１６００ダルトン未満、１７００ダルトン未満、１８００ダルトン未満、１９００ダルトン未満）である。
【０２５２】
ある特定の実施形態では、本発明が提供する化合物の分子は、疎水性である。例えば、いくつかの実施形態では、化合物は、２以上（例えば、２．５以上、３．０以上、３．５以上、４以上、４．５以上、５以上、５．５以上、６以上、６．５以上、７以上）のｃＬｏｇＰを有する。あるいは、いくつかの実施形態では、化合物は、２〜７（例えば、２〜４、３．５〜４．５、４〜５、４．５〜５．５、５〜６、５．５〜６．５、６〜７、４〜７、４〜６、４〜５．５）のｃＬｏｇＰを有する。本発明が提供する化合物は、水中での溶解度が低いことによっても疎水性と特徴決定され得る。例えば、いくつかの実施形態では、化合物は、水中で１μＭ超（例えば、１μＭ超、２μＭ超、５μＭ超、１０μＭ超、２０μＭ超、３０μＭ超、４０μＭ超、５０μＭ超、７５μＭ超、１００μＭ超）の溶解度を有する。あるいは、いくつかの実施形態では、化合物は、水中で１〜１００μＭ（例えば、１〜１０μＭ、５〜１０μＭ、５〜２０μＭ、１０〜５０μＭ、５〜５０μＭ、２０〜１００μＭ）の溶解度を有する。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、細胞透過性である（例えば、それらは細胞を死滅させることなく細胞の細胞内ドメインに進入することができる及び／または細胞外周囲との接触時に細胞間ドメインに進入することができる）。
【０２５４】
本発明の化合物は、天然に生じるものであってもなくてもよい。いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、天然に生じない。ある特定の実施形態では、本発明の化合物は、操作されている。操作された化合物は、設計及び／または生成が人の手の作用を伴う化合物（例えば、化学合成により調製される化合物、参照野生型細胞に対して遺伝子操作されている細胞により調製される化合物、化合物の生成を亢進するように改変された培養条件で細胞により生成される化合物）である。
【０２５５】
ある特定の実施形態では、本発明が提供する化合物（例えば、大環状化合物）は、その構造が参照により本明細書に組み込まれる、Ｂｅｎｊａｍｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｄｒｕｇ．Ｄｉｓｃｏｖ．２０１１，１０（１１），８６８−８８０もしくはＳｗｅｅｎｅｙ，Ｚ．Ｋ．ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２０１４，ｅｐｕｂ  ａｈｅａｄ  ｏｆ  ｐｒｉｎｔに（ｉｎ  ｉｎ）記載されている化合物及び／またはその構造を有する化合物ではない。
プレゼンタータンパク質結合部分
本発明の化合物は、プレゼンタータンパク質結合部分を含む。この部分は、プレゼンタータンパク質への結合に関与する環原子の群（例えば、５〜２０個の環原子、５〜１０個の環原子、１０〜２０個の環原子）及び、そこに付着した部分（例えば、環原子の２０個の原子以内の原子、例えば環原子の１５個の原子以内の原子、環原子の１０個の原子以内の原子、環原子の５個の原子以内の原子）を含み、提供される化合物は、例えば、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫＤで、前記プレゼンタータンパク質に特異的に結合するか、または例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ５０で、プレゼンタータンパク質のペプチジル−プロリルイソメラーゼ活性を阻害する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質と相互作用する、提供される化合物中の全原子を包含しない。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子は、標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）内にあり得る。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の１個または複数の原子は、プレゼンタータンパク質と相互作用しない。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ−アシルプロリン部分、Ｎ−アシル−ピペコリン酸部分、Ｎ−アシル３−モルフォリノ−カルボン酸部分、及び／またはＮ−アシルピペルジン酸部分を含む（例えば、いずれかの窒素原子がアシル化されている。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ−アシル−ピペコリン酸部分を含む。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ−アシルプロリン部分を含む。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ−アシル３−モルフォリノ−カルボン酸部分を含む。いくつかの実施形態（ｅｍｏｂｏｄｉｍｅｎｔｓ）では、プレゼンタータンパク質結合部分は、Ｎ−アシルピペルジン酸部分を含む。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の少なくとも１個の原子は、ＦＫＢＰ１２のＴｙｒ２７、Ｐｈｅ３７、Ａｓｐ３８、Ａｒｇ４１、Ｐｈｅ４７、Ｇｌｎ５４、Ｇｌｕ５５、Ｖａｌ５６、Ｉｌｅ５７、Ｔｒｐ６０、Ａｌａ８２、Ｔｒｙ８３、Ｈｉｓ８８、Ｉｌｅ９２、及び／またはＰｈｅ１００のうちの１つまたは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５）との結合に関与する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分の少なくとも１個の原子（ａｔ  ｌｅａｓｔ  ｏｎｅ  ａｔ  ｏｆ）は、ＦＫＢＰ１２のＡｒｇ４１、Ｇｌｎ５４、Ｇｌｕ５５、及び／またはＡｌａ８２の少なくとも１つ（例えば、２、３、または４）との結合に関与する。
【０２５８】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式Ｉ〜ＶＩＩＩ：
【０２５９】
【化５０】
2020513036.tif 000056
に従う構造を有する。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、式Ｉａ〜ＩＶａ：
【０２６１】
【化５１】
2020513036.tif 000057
に従う構造を有する。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：
【０２６３】
【化５２−１】
2020513036.tif 000058
【０２６４】
【化５２−２】
2020513036.tif 000059
【０２６５】
【化５２−３】
2020513036.tif 000060
、またはその立体異性体を含む、またはからなる。
【０２６６】
ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質結合部分は、構造：
【０２６７】
【化５３】
2020513036.tif 000061
であるまたはこれを含む。
標的タンパク質相互作用部分
本発明の化合物は、標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）を含む。この部分は、化合物がプレゼンタータンパク質との複合体であるとき、標的タンパク質に特異的に結合する環原子の群（例えば、５〜２０個の環原子、５〜１０個の環原子、１０〜２０個の環原子）及びそこに付着した部分（例えば環原子の２０個の原子以内の原子、例えば環原子の１５個の原子以内の原子、環原子の１０個の原子以内の原子、環原子の５個の原子以内の原子）を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、標的タンパク質と相互作用する化合物内の複数の原子を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分の１個または複数の原子は、プレゼンタータンパク質結合部分内にあり得る。ある特定の実施形態では、標的タンパク質相互作用部分の１個または複数の原子は、標的タンパク質と相互作用しない。
【０２６８】
標的タンパク質は、標的タンパク質相互作用部分内の環原子に結合することができる。あるいは、標的タンパク質は、標的タンパク質相互作用部分内の２個以上の環原子に結合することができる。別の代替では、標的タンパク質は、標的タンパク質相互作用部分内の１個または複数の環原子に付着した置換基に結合することができる（ｂｉｎｄ  ｃａｎ）。別の代替では、標的タンパク質は、標的タンパク質相互作用部分内の環原子に、及び標的タンパク質相互作用部分内の１個または複数の環原子に付着した置換基に結合することができる。別の代替では、標的タンパク質は、標的タンパク質の天然リガンドを模倣する基に結合し、ここで、標的タンパク質の天然リガンドを模倣する基は、標的タンパク質相互作用部分に付着している。なおも別の代替では、標的タンパク質はプレゼンタータンパク質に結合し、二元複合体内のプレゼンタータンパク質に対する標的タンパク質の親和性は、複合体の不在下でのプレゼンタータンパク質に対する標的タンパク質の親和性に対比して増加する。これらの例における結合は、典型的には、限定されないが、標的タンパク質相互作用部分への標的タンパク質の非共有結合的相互作用による。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、疎水性である。例えば、いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、２以上（例えば、２．５以上、３以上、３．５以上、４以上、４．５以上、５以上、５．５以上、６以上、６．５以上、７以上）のｃＬｏｇＰを有する。あるいは、いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、２〜７（例えば、２〜４、２．５〜４．５、３〜５、３．５〜５．５、４〜６、４．５〜６．５、５〜７、３〜６、３〜５、３〜５．５）のｃＬｏｇＰを有する。標的タンパク質相互作用部分は、低い極性表面積を有することによっても疎水性として特徴決定され得る。例えば、いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、３５０Å２未満（例えば、３００Å２未満、２５０Å２未満、２００Å２未満、１５０Å２未満、１２５Å２未満）の極性表面積を有する。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、１つまたは複数の疎水性ペンダント基（例えば、１つまたは複数のメチル基、エチル基、イソプロピル基、フェニル基、ベンジル基、及び／またはフェネチル基）を含む。いくつかの実施形態では、ペンダント基は、３０個未満の総原子（例えば、２５個未満の総原子、２０個未満の総原子、１５個未満の総原子、１０個未満の総原子）を含む。あるいは、いくつかの実施形態では、ペンダント基は、１０〜３０個の総原子（例えば、１０〜２０個の総原子、１５〜２５個の総原子、２０〜３０個の総原子）を含む。ある特定の実施形態では、ペンダント基は、２００ダルトン未満（例えば、１５０ダルトン未満、１００ダルトン未満、７５ダルトン未満、５０ダルトン未満）の分子量を有する。あるいは、いくつかの実施形態では、ペンダント基は、５０〜２００ダルトン（例えば、５０〜１００ダルトン、７５〜１５０ダルトン、１００〜２００ダルトン）の分子量を有する。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、炭化水素系である（例えば、この部分は主に炭素−炭素結合を含む）。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、炭化水素系であり、任意選択で１つまたは複数の二重結合を含む、主に炭素及び水素からなる、線状二価Ｃ４−Ｃ３０（例えば、Ｃ６−Ｃ２０、Ｃ６−Ｃ１５）脂肪族基を含む。いくつかの実施形態では、二価脂肪族基はまた、標的タンパク質に結合する天然リガンドを模倣する基を用いて置換することができる。例としては、ホスホチロシンミミック及びＡＴＰミメティックが挙げられる。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系である（例えば、この部分は、ペプチド結合を含む）。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系であり、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のアラニン残基、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のバリン残基、１個もしくは複数のイソロイシン（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）の残基、１個もしくは複数のロイシン（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）の残基、１個もしくは複数のメチオニン（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）の残基、１個もしくは複数のフェニルアラニン（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）の残基、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のチロシン残基、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のトリプトファン残基、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のグリシン残基、及び／または１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のプロリン残基を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系であり、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のアルギニン残基または１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のリジン残基を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系であり、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）の非天然アミノ酸、１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のＤ−アミノ酸、及び／または１個もしくは複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のＮ−アルキル化アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系であり、主にＤ−アミノ酸を含む（例えば、アミノ酸の少なくとも５０％がＤ−アミノ酸である、アミノ酸の少なくとも７５％がＤ−アミノ酸である、アミノ酸の１００％がＤ−アミノ酸である）。ある特定の実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系であり、主にＮ−アルキル化アミノ酸を含む（例えば、アミノ酸の少なくとも５０％がＮ−アルキル化アミノ酸である、アミノ酸の少なくとも７５％がＮ−アルキル化アミノ酸である、アミノ酸の１００％がＮ−アルキル化アミノ酸である）。ある特定の実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、ペプチド系であり、１個または複数（例えば、２、３、４、５、６、７、または８個）のデプシ連結を含む。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）は、式ＩＸ：
【０２７４】
【化５４】
2020513036.tif 000062
に従う構造を有し、
式中、ｕは、１〜２０の整数であり、
各Ｙは、独立して、任意のアミノ酸、Ｏ、ＮＲ２０、Ｓ、Ｓ（Ｏ）、ＳＯ２であるか、または式Ｘ〜ＸＩＩＩ：
【０２７５】
【化５５】
2020513036.tif 000063
のいずれか１つの構造を有し、
式中、各Ｒ２０は、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたアリール、Ｃ３−Ｃ７カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、及び任意選択で置換されたＣ３−Ｃ７カルボシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ１９は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２１及びＲ２２は、独立して、水素、ハロゲン、任意選択で置換されたヒドロキシル、任意選択で置換されたアミノであるか、またはＲ２０及びＲ２１は組み合わさって、＝Ｏ、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルを形成するか、またはＲ２１もしくはＲ２２は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、または任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、及びＲ２６は、独立して、水素、ヒドロキシルであるか、またはＲ２３及びＲ２４は組み合わさって、＝Ｏを形成するか、またはＲ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、もしくはＲ２６は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成し、
各Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、及びＲ３０は、独立して、水素、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ６アルキニル、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールＣ１−Ｃ６アルキル、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリルＣ１−Ｃ６アルキルであるか、またはＲ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０は、任意のＲ２０、Ｒ２１、Ｒ２２、Ｒ２３、Ｒ２４、Ｒ２５、Ｒ２６、Ｒ２７、Ｒ２８、Ｒ２９、もしくはＲ３０と組み合わさって、任意選択で置換されたＣ３−Ｃ１０カルボシクリル、任意選択で置換されたＣ６−Ｃ１０アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロシクリル、もしくは任意選択で置換されたＣ２−Ｃ９ヘテロアリールを形成する。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質相互作用部分は、式ＩＸａ：
【０２７７】
【化５６】
2020513036.tif 000064
に従う構造を有する。
【０２７８】
ある特定の実施形態では、標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）は、構造：
【０２７９】
【化５７】
2020513036.tif 000065
を含まない。
リンカー
本発明の化合物は、リンカー（例えば、プレゼンタータンパク質結合部分及び標的タンパク質相互作用部分（例えば、真核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば哺乳類標的タンパク質相互作用部分もしくは真菌類標的タンパク質相互作用部分または原核生物標的タンパク質相互作用部分、例えば細菌標的タンパク質相互作用部分）を接続する２つのリンカー）を含む。本発明のリンカー構成要素は、その最も単純なものでは、結合であるが、２つの部分を共有結合的に連結しているペンダント基を有する直鎖状、環状、または分岐状分子の骨格も提供し得る。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、リンカーの少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び／または標的タンパク質への結合に関与する。ある特定の実施形態では、リンカーの少なくとも１個の原子は、プレゼンタータンパク質及び／または標的タンパク質への結合に関与しない。
【０２８１】
ゆえに、いずれかの部分上に位置する１つまたは複数の官能基との結合形成を伴って、共有結合的手段によって２つの部分の連結が達成される。この目的のために採用され得る化学反応性官能基の例としては、限定されないが、アミノ、ヒドロキシル、スルフヒドリル、カルボキシル、カルボニル、炭水化物基、隣接ジオール、チオエーテル、２−アミノアルコール、２−アミノチオール、グアニジニル、イミダゾリル、及びフェノール基が挙げられる。
【０２８２】
２つの部分のかかる共有結合的連結は、いずれかの部分に存在するかかる官能基と反応することができる反応性部分を含有するリンカーを使用して、もたらされ得る。例えば、部分のアミン基は、リンカーのカルボキシル基、またはその活性化誘導体と反応し得、２つを連結するアミドの形成をもたらす。
【０２８３】
スルフヒドリル基と反応することができる部分の例としては、ＸＣＨ２ＣＯ−（式中、Ｘ＝Ｂｒ、Ｃｌ、またはＩ）タイプのα−ハロアセチル化合物が挙げられ、これは、スルフヒドリル基に対して特定の反応性を示すだけでなく、イミダゾリル基、チオエーテル基、フェノール基、及びアミノ基を修飾するためにも使用することができ、これはＧｕｒｄ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１１：５３２（１９６７）に記載されている。Ｎ−マレイミド誘導体もまた、スルフヒドリル基に対して選択的であるとみなされるが、加えて、ある特定の条件下でアミノ基とのカップリングに有用であり得る。アミノ基の変換を通してチオール基を導入する、２−イミノチオランなどの試薬（Ｔｒａｕｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ１２：３２６６（１９７３））は、連結がジスルフィド架橋の形成を通して生じる場合に、スルフヒドリル試薬とみなされ得る。
【０２８４】
アミノ基と反応することができる反応性部分の例としては、例えば、アルキル化剤及びアシル化剤が挙げられる。代表的なアルキル化剤としては：
（ｉ）α−ハロアセチル化合物、これは、反応性チオール基の不在下でアミノ基に対して特異性を示し、ＸＣＨ２ＣＯ−（式中、Ｘ＝Ｂｒ、Ｃｌ、またはＩ）タイプである、これは例えば、Ｗｏｎｇ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ２４：５３３７（１９７９）に記載される、
（ｉｉ）Ｎ−マレイミド誘導体、これは、マイケル型反応を通してまたは環カルボニル基への付加によるアシル化を通してアミノ基と反応し得る、これは例えば、Ｓｍｙｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８２：４６００（１９６０）及びＢｉｏｃｈｅｍ．Ｊ．９１：５８９（１９６４）に記載される、
（ｉｉｉ）ハロゲン化アリール、例えば、反応性ニトロハロ芳香族化合物、
（ｉｖ）ハロゲン化アルキル、これは例えば、ＭｃＫｅｎｚｉｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｈｅｍ．７：５８１（１９８８）に記載される、
（ｖ）アミノ基とシッフ塩基を形成することができるアルデヒド及びケトン、形成される付加物は、通常、還元を通して安定化して、安定したアミンを得る、
（ｖｉ）エポキシド誘導体、例えばエピクロロヒドリンやビスオキシラン、これはアミノ基、スルフヒドリル基、またはフェノール性ヒドロキシル基と反応し得る、
（ｖｉｉ）ｓ−トリアジンの塩素含有誘導体、これはアミノ基、スルフヒドリル基、ヒドロキシル基などの求核剤に対して非常に反応性である、
（ｖｉｉｉ）上に詳述したｓ−トリアジン化合物に基づくアジリジン、例えば、Ｒｏｓｓ，Ｊ．Ａｄｖ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ．２：１（１９５４）に記載されており、これは開環によりアミノ基などの求核剤と反応する、
（ｉｘ）スクアリン酸ジエチルエステル、これはＴｉｅｔｚｅ，Ｃｈｅｍ．Ｂｅｒ．１２４：１２１５（１９９１）に記載される、ならびに
（ｘ）α−ハロアルキルエーテル、これは、エーテル酸素原子により引き起こされる活性化に起因して、通常のハロゲン化アルキルよりも高反応性のアルキル化剤である、これはＢｅｎｎｅｃｈｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．２８：４６３（１９９３）に記載される、
が挙げられる。
【０２８５】
代表的なアミノ反応性アシル化剤としては、
（ｉ）イソシアネート及びイソチオシアネート、特に芳香族誘導体、これはそれぞれ安定な尿素誘導体及びチオ尿素誘導体を形成する、
（ｉｉ）スルホニルクロリド、これはＨｅｒｚｉｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ  ２：３４９（１９６４）に記載されている、
（ｉｉｉ）酸ハロゲン化物、
（ｉｖ）活性エステル、例えばニトロフェニルエステルまたはＮ−ヒドロキシスクシンイミジルエステル、
（ｖ）酸無水物、例えば混合型、対称型、またはΝ−カルボキシ無水物、
（ｖｉ）アミド結合形成に関する他の有用な試薬、例えば、Ｍ．Ｂｏｄａｎｓｋｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，１９８４に記載される、
（ｖｉｉ）アシルアジド、例えば、このアジド基は、亜硝酸ナトリウムを用いて事前に形成されたヒドラジド誘導体から生成される、これはＷｅｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５８：３４７（１９７４）に記載される、
（ｖｉｉｉ）イミドエステル、これは、アミノ基との反応の際に安定なアミジンを形成する、これは例えば、Ｈｕｎｔｅｒ  ａｎｄ  Ｌｕｄｗｉｇ，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８４：３４９１（１９６２）に記載される、ならびに
（ｉｘ）ハロヘテロアリール基、例えばハロピリジンまたはハロピリミジンが挙げられる。
【０２８６】
アルデヒド及びケトンは、アミンと反応してシッフ塩基を形成し得、これは還元的アミノ化を通して有利に安定化され得る。アルコキシルアミノ部分は、ケトン及びアルデヒドと容易に反応して安定なアルコキサミンを生成する、これは例えば、Ｗｅｂｂ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇａｔｅ  Ｃｈｅｍ．１：９６（１９９０）において記載される。
カルボキシル基と反応することができる反応性部分の例としては、ジアゾ化合物、例えばジアゾアセテートエステル及びジアゾアセトアミドが挙げられ、これらは、高い特異性で反応してエステル基を生成する、これは例えば、Ｈｅｒｒｉｏｔ，Ａｄｖ．Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｃｈｅｍ．３：１６９（１９４７）に記載される。Ｏ−アシルウレア形成及びそれに続くアミド結合形成を通して反応するカルボキシル修飾試薬、例えばカルボジイミドも、利用可能である。
例えば、追加の反応性または選択性を付与するために、いずれかの部分の官能基を、所望の場合、反応の前に他の官能基に変換してよいことを理解されたい。この目的のために有用な方法の例としては、ジカルボン酸無水物などの試薬を用いるカルボキシルへのアミンの変換、Ｎ−アセチルホモシステインチオラクトン、Ｓ−アセチルメルカプトコハク酸無水物、２−イミノチオラン、またはチオール含有スクシンイミジル誘導体などの試薬を用いるチオールへのアミンの変換、α−ハロアセテートなどの試薬を用いるカルボキシルへのチオールの変換、エチレンイミンまたは２−ブロモエチルアミンなどの試薬を用いるアミンへのチオールの変換、カルボジイミド続いてジアミンなどの試薬を用いるアミンへのカルボキシルの変換、ならびに塩化トシルなどの試薬の使用、続いてチオアセテートを用いたエステル交換反応、及び酢酸ナトリウムを用いたチオールへの加水分解による、チオールへのアルコールの変換が挙げられる。
【０２８７】
いわゆる、長さゼロのリンカーは、追加の連結物を導入することなく、一方の部分の反応性化学基と他方の反応性化学基との直接的な共有結合的接合を伴い、所望の場合、本発明に従って使用され得る。
【０２８８】
より一般的には、しかしながら、リンカーは、上記のように、スペーサーエレメントにより接続した２つ以上の反応性部分を含むだろう。かかるスペーサーの存在により、二官能性リンカーをいずれかの部分内の特定の官能基と反応させることが可能となり、２つの間に共有結合的連結がもたらされる。リンカー内の反応性部分は、同一（ホモ二官能性リンカー）または異なっていてもよく（ヘテロ二官能性リンカー、または、いくつかの非類似反応性部分が存在する場合は、ヘテロ多官能性リンカー）、２つの部分間に共有結合的付着をもたらし得る多様な潜在的試薬を提供する。
【０２８９】
リンカー内のスペーサーエレメントは、典型的には、直鎖または分岐鎖からなり、Ｃ１−１０アルキル、Ｃ２−１０アルケニル、Ｃ２−１０アルキニル、Ｃ２−６ヘテロシクリル、Ｃ６−１２アリール、Ｃ７−１４アルカリール、Ｃ３−１０アルクヘテロシクリル、Ｃ２−Ｃ１００ポリエチレングリコール、またはＣ１−１０ヘテロアルキルを含み得る。
【０２９０】
いくつかの例では、リンカーは、式Ｖにより記される。
本発明のコンジュゲートの調製に有用なホモ二官能性リンカーの例としては、限定されないが、エチレンジアミン、プロピレンジアミン及びヘキサメチレンジアミン、エチレングリコール、ジエチレングリコール、プロピレングリコール、１，４−ブタンジオール、１，６−ヘキサンジオール、シクロヘキサンジオール、及びポリカプロラクトンジオールから選択されるジアミン及びジオールが挙げられる。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、リンカーは、結合であるか、または炭素、窒素、酸素、硫黄、もしくはリン原子から独立して選択される最大で１０個までの原子の直鎖であり、鎖内の各原子は、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、クロロ、ヨード、ブロモ、フルオロ、ヒドロキシル、アルコキシ、アリールオキシ、カルボキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アシルアミノ、カルボキサミド、シアノ、オキソ、チオ、アルキルチオ、アリールチオ、アシルチオ、アルキルスルホネート、アリールスルホネート、ホスホリル、及びスルホニルから独立して選択される１つまたは複数の置換基を用いて任意選択で置換され、鎖内の任意の２個の原子は、それらに結合した置換基と一緒になって環を形成し得、環は、さらに置換され得る及び／または１つもしくは複数の任意選択で置換された炭素環、ヘテロ環、アリール環、またはヘテロアリール環に縮合し得る。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、リンカーは、式ＸＩＸ：
Ａ１−（Ｂ１）ａ−（Ｃ１）ｂ−（Ｂ２）ｃ−（Ｄ）−（Ｂ３）ｄ−（Ｃ２）ｅ−（Ｂ４）ｆ−Ａ２
式ＸＩＸ
の構造を有し、
式中、Ａ１は、リンカー及びプレゼンタータンパク質結合部分間の結合であり、Ａ２は、哺乳類標的相互作用部分及びリンカー間の結合であり、Ｂ１、Ｂ２、Ｂ３、及びＢ４は、それぞれ、独立して、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ２アルキル、任意選択で置換されたＣ１−Ｃ３ヘテロアルキル、Ｏ、Ｓ、及びＮＲＮから選択され、ＲＮは、水素、任意選択で置換されたＣ１−４アルキル、任意選択で置換されたＣ３−４アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−４アルキニル、任意選択で置換されたＣ２−６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６−１２アリール、または任意選択で置換されたＣ１−７ヘテロアルキルであり、Ｃ１及びＣ２は、それぞれ、独立して、カルボニル、チオカルボニル、スルホニル、またはホスホリルから選択され、ａ、ｂ、ｃ、ｄ、ｅ、及びｆは、それぞれ、独立して、０または１であり、Ｄは、任意選択で置換されたＣ１−１０アルキル、任意選択で置換されたＣ２−１０アルケニル、任意選択で置換されたＣ２−１０アルキニル、任意選択で置換されたＣ２−６ヘテロシクリル、任意選択で置換されたＣ６−１２アリール、任意選択で置換されたＣ２−Ｃ１０ポリエチレングリコール、もしくは任意選択で置換されたＣ１−１０ヘテロアルキルであるか、またはＡ１−（Ｂ１）ａ−（Ｃ１）ｂ−（Ｂ２）ｃ−を−（Ｂ３）ｄ−（Ｃ２）ｅ−（Ｂ４）ｆ−Ａ２に連結する化学結合である。
架橋基
いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、架橋基を含む。架橋基は、タンパク質または他の分子上の特定の官能基（例えば、第一級アミン、スルフヒドリル）に化学的に付着することができる反応性官能基を含む基を指す。架橋基の例としては、スルフヒドリル反応性架橋基（例えば、マレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、チオスルホネート、またはビニルスルホンを含む基）、アミン反応性架橋基（例えば、エステル、例えばＮＨＳエステル、イミドエステル、及びペンタフルオロフェニルエステル、またはヒドロキシメチルホスフィンを含む基）、カルボキシル反応性架橋基（例えば、第一級もしくは第二級アミン、アルコール、またはチオールを含む基）、カルボニル反応性架橋基（例えば、ヒドラジドまたはアルコキシアミンを含む基）、及びトリアゾール形成架橋基（例えば、アジドまたはアルキンを含む基）が挙げられる。
【０２９３】
例示的な架橋基としては、２’−ピリジルジスルフィド、４’−ピリジルジスルフィドヨードアセチル、マレイミド、チオエステル、アルキルジスルフィド、アルキルアミンジスルフィド、ニトロ安息香酸ジスルフィド、無水物、ＮＨＳエステル、アルデヒド、塩化アルキル、アルキン、マイケルアクセプター基（例えば、α，β−非置換ケトンまたはスルホン）、エポキシド、ヘテロアリールニトリル及びアジドが挙げられる。
化合物特徴
薬物動態パラメータ
化合物の予備曝露特徴を、例えば、ｉｎ  ｖｉｖｏラット早期薬物動態（ＥＰＫ）研究デザインを使用して評価して、バイオアベイラビリティを示すことができる。例えば、雄のＳｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットに、特定の製剤で経口（ＰＯ）強制投与を介して投薬することができる。次いで、血液試料を、投薬後４時間まで６つの時点で動物から採取することができる。次いで、薬物動態分析を、各化合物の各時点に関してＬＣＭＳ／ＭＳ測定濃度で行うことができる。
細胞透過性
いくつかの実施形態では、化合物は、細胞透過性である。化合物の細胞透過性を決定するために、当該技術分野で公知の任意の方法、例えば本明細書に記載のバイオセンサーアッセイを採用してよい。
タンパク質
プレゼンタータンパク質
プレゼンタータンパク質は、低分子に結合して複合体を形成することができ、この複合体は、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）に結合してその活性を調節することができる。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、哺乳類プレゼンタータンパク質（例えば、ヒトプレゼンタータンパク質）である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、真菌類プレゼンタータンパク質である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細菌プレゼンタータンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、植物プレゼンタータンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、比較的豊富なタンパク質である（例えば、プレゼンタータンパク質は、三分子複合体における関与が、細胞内でのプレゼンタータンパク質の生物学的機能及び／または細胞の生存もしくは他の特質に実質的に悪影響を及ぼさない程度に十分に豊富である）。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、標的タンパク質よりも豊富である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内でシャペロン活性を有するタンパク質である。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、細胞内で複数の天然相互作用パートナーを有する。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、低分子に結合して、標的タンパク質に結合してその生物学的活性を調節すると知られているまたはそのように推定される二元複合体を形成することが知られているタンパク質である。イムノフィリンは、これらの機能を有すると知られているプレゼンタータンパク質のクラスであり、ＦＫＢＰ及びシクロフィリンを含む。いくつかの実施形態では、参照プレゼンタータンパク質は、ペプチジルプロリルイソメラーゼ活性を呈する、いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、参照プレゼンタータンパク質に匹敵する活性を示す。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質は、ＦＫＢＰファミリーのメンバー（例えば、ＦＫＢＰ１２、ＦＫＢＰ１２．６、ＦＫＢＰ１３、ＦＫＢＰ１９、ＦＫＢＰ２２、ＦＫＢＰ２３、ＦＫＢＰ２５、ＦＫＢＰ３６、ＦＫＢＰ３８、ＦＫＢＰ５１、ＦＫＢＰ５２、ＦＫＢＰ６０、ＦＫＢＰ６５、及びＦＫＢＰ１３３）、シクロフィリンファミリーのメンバー（例えば、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、ＰＰＷＤ１、ＰＰＩＡＬ４Ａ、ＰＰＩＡＬ４Ｂ、ＰＰＩＡＬ４Ｃ、ＰＰＩＡＬ４Ｄ、またはＰＰＩＡＬ４Ｇ）、またはＰＩＮ１である。「ＦＫＢＰファミリー」は、プロリルイソメラーゼ活性を有するタンパク質のファミリーであり、プロリン残基を含有するタンパク質に対してタンパク質の折りたたみシャペロンとして機能する。このファミリーのタンパク質をコードする遺伝子としては、ＡＩＰ、ＡＩＰＬ１、ＦＫＢＰ１Ａ、ＦＫＢＰ１Ｂ、ＦＫＢＰ２、ＦＫＢＰ３、ＦＫＢＰ４、ＦＫＢＰ５、ＦＫＢＰ６、ＦＫＢＰ７、ＦＫＢＰ８、ＦＫＢＰ９、ＦＫＢＰ９Ｌ、ＦＫＢＰ１０、ＦＫＢＰ１１、ＦＫＢＰ１４、ＦＫＢＰ１５、及びＬＯＣ５４１４７３が挙げられる。
【０２９４】
「シクロフィリンファミリー」は、シクロスポリンに結合するタンパク質のファミリーである。このファミリーのタンパク質をコードする遺伝子としては、ＰＰＩＡ、ＰＰＩＢ、ＰＰＩＣ、ＰＰＩＤ、ＰＰＩＥ、ＰＰＩＦ、ＰＰＩＧ、ＰＰＩＨ、ＳＤＣＣＡＧ−１０、ＰＰＩＬ１、ＰＰＩＬ２、ＰＰＩＬ３、ＰＰＩＬ４、Ｐ２７０、ＰＰＷＤ１、及びＣＯＡＳ−２が挙げられる。例示的なシクロフィリンとしては、ＰＰ１Ａ、ＣＹＰＢ、ＣＹＰＣ、ＣＹＰ４０、ＣＹＰＥ、ＣＹＰＤ、ＮＫＴＲ、ＳＲＣｙｐ、ＣＹＰＨ、ＣＷＣ２７、ＣＹＰＬ１、ＣＹＰ６０、ＣＹＰＪ、ＰＰＩＬ４、ＰＰＩＬ６、ＲＡＮＢＰ２、ＰＰＷＤ１、ＰＰＩＡＬ４Ａ、ＰＰＩＡＬ４Ｂ、ＰＰＩＡＬ４Ｃ、ＰＰＩＡＬ４Ｄ、及びＰＰＩＡＬ４Ｇが挙げられる。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、シャペロンタンパク質、例えばＧＲＰ７８／ＢｉＰ、ＧＲＰ９４、ＧＲＰ１７０、カルネキシン、カルレティキュリン、ＨＳＰ４７、ＥＲｐ２９、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＰＤＩ）、及びＥＲｐ５７である。
【０２９６】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、本明細書に開示のＦＫＢＰまたはシクロフィリンの対立遺伝子変異体またはスプライス変異体である。
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質は、アミノ酸配列が、ｉ）参照プレゼンタータンパク質のアミノ酸配列との有意な同一性を示す、ｉｉ）参照プレゼンタータンパク質の対応する部位との有意な同一性を示す部位を含む、及び／またはｉｉｉ）プレゼンタータンパク質に見いだされる少なくとも１つの特徴的な配列を含む、ポリペプチドである。多くの実施形態では、同一性は、それが、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％を超える、またはそれより高い場合に、プレゼンタータンパク質の定義上目的に関して「有意」であるとみなされる。いくつかの実施形態では、有意な同一性を示す部位は、少なくとも５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、３００、３５０、４５０、５００、５５０、６００個のアミノ酸またはそれ以上の長さを有する。
【０２９７】
代表的なプレゼンタータンパク質は、表３に列挙された遺伝子またはそのホモログによりコードされる、いくつかの実施形態では、参照プレゼンタータンパク質は、表１に示される遺伝子セットによりコードされる。また、当業者であれば、表１を参照して、一般にプレゼンタータンパク質、及び／またはプレゼンタータンパク質の特定のサブセットに特徴的な配列を容易に同定することができる。
【０２９８】
【表１−１】
2020513036.tif 000066
【０２９９】
【表１−２】
2020513036.tif 000067
標的タンパク質
標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）は、疾患状態または疾患状態の症状を媒介するタンパク質である。このため、その活性を調節（阻害または増加）することにより、望ましい治療効果を達成することができる。本発明の複合体及び方法に有用な標的タンパク質としては、プレゼンタータンパク質と天然では会合しないもの、例えば、本発明の化合物との二元複合体の不在下でプレゼンタータンパク質に対して、１μＭ超、好ましくは５μＭ超、より好ましくは１０μＭ超の親和性を有するものが挙げられる。あるいは、プレゼンタータンパク質と天然では会合しない標的タンパク質は、二元複合体の不在下で本発明の化合物に対して、１μＭ超、好ましくは５μＭ超、より好ましくは１０μＭ超の親和性を有するものである。他の代替では、プレゼンタータンパク質と天然では会合しない標的タンパク質は、シクロスポリン、ラパマイシン、またはＦＫ５０６とプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ）との二元複合体に対して、１μＭ超、好ましくは５μＭ超、より好ましくは１０μＭ超の親和性を有するものである。さらに別の代替では、プレゼンタータンパク質と天然では会合しない標的タンパク質は、カルシニューリンやｍＴＯＲ以外のものである。本発明の複合体及び方法に好適な標的タンパク質の選択は、プレゼンタータンパク質に依存し得る。例えば、シクロフィリンに対して低親和性を有する標的タンパク質は、ＦＫＢＰに対して高親和性を有し得、後者と一緒には使用されないであろう。
【０３００】
標的タンパク質は、天然に生じる、例えば、野生型であることができる。あるいは、標的タンパク質は、野生型タンパク質とは異なり得るが、例えば、対立遺伝子変異体、スプライス突然変異体、または生物学的に活性なフラグメントとして、生物学的機能を依然として維持する。
【０３０１】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、膜貫通タンパク質である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、コイルドコイル構造を有する。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、二量体複合体の一方のタンパク質である。
【０３０２】
いくつかの実施形態では、本発明の標的タンパク質は、１つまたは複数の表面部位（例えば、平坦表面部位）を含み、プレゼンタータンパク質／化合物複合体の形成の不在下で、低分子が、典型的に、その部位（複数可）に対して低いまたは検出不可能な結合を示すことを特徴とする。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、１つまたは複数の表面部位（例えば、平坦表面部位）を含み、プレゼンタータンパク質／化合物複合体の形成の不在下で、それに対して特定の低分子（例えば、化合物）が、低いまたは検出不可能な結合（例えば、同一の化合物を含むプレゼンタータンパク質／化合物複合体で観察される結合の少なくとも１／２、１／３、１／４、１／５、１／６、１／７、１／８、１／９、１／１０、１／２０、１／３０、１／４０、１／５０、１／１００、（ｆｄｏｌｄ）またはそれ以下の結合）を示す。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、任意の従来型の結合ポケット、例えば、１個または複数の低分子により活性が調節されているタンパク質に匹敵する生理化学的及び／または幾何学的な特性を有するタンパク質構造上のキャビティまたはポケットが欠如した１つまたは複数の部位を特徴とする表面（いくつかの実施形態では、表面全体）を有する。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、従来型の結合ポケット及びタンパク質−タンパク質相互作用のための部位を有する。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、アンドラッガブル標的であり、例えば、標的タンパク質は、薬物により標的されると知られているタンパク質のメンバーではない及び／または低分子への結合に好適であると予想される（例えば、本明細書に記載のように、当該技術分野で受け入れられている理解に従う）結合部位を有さない。
【０３０３】
いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ、例えばＤＩＲＡＳ１、ＤＩＲＡＳ２、ＤＩＲＡＳ３、ＥＲＡＳ、ＧＥＭ、ＨＲＡＳ、ＫＲＡＳ、ＭＲＡＳ、ＮＫＩＲＡＳ１、ＮＫＩＲＡＳ２、ＮＲＡＳ、ＲＡＬＡ、ＲＡＬＢ、ＲＡＰ１Ａ、ＲＡＰ１Ｂ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＡＰ２Ｂ、ＲＡＰ２Ｃ、ＲＡＳＤ１、ＲＡＳＤ２、ＲＡＳＬ１０Ａ、ＲＡＳＬ１０Ｂ、ＲＡＳＬ１１Ａ、ＲＡＳＬ１１Ｂ、ＲＡＳＬ１２、ＲＥＭ１、ＲＥＭ２、ＲＥＲＧ、ＲＥＲＧＬ、ＲＲＡＤ、ＲＲＡＳ、ＲＲＡＳ２、ＲＨＯＡ、ＲＨＯＢ、ＲＨＯＢＴＢ１、ＲＨＯＢＴＢ２、ＲＨＯＢＴＢ３、ＲＨＯＣ、ＲＨＯＤ、ＲＨＯＦ、ＲＨＯＧ、ＲＨＯＨ、ＲＨＯＪ、ＲＨＯＱ、ＲＨＯＵ、ＲＨＯＶ、ＲＮＤ１、ＲＮＤ２、ＲＮＤ３、ＲＡＣ１、ＲＡＣ２、ＲＡＣ３、ＣＤＣ４２、ＲＡＢ１Ａ、ＲＡＢ１Ｂ、ＲＡＢ２、ＲＡＢ３Ａ、ＲＡＢ３Ｂ、ＲＡＢ３Ｃ、ＲＡＢ３Ｄ、ＲＡＢ４Ａ、ＲＡＢ４Ｂ、ＲＡＢ５Ａ、ＲＡＢ５Ｂ、ＲＡＢ５Ｃ、ＲＡＢ６Ａ、ＲＡＢ６Ｂ、ＲＡＢ６Ｃ、ＲＡＢ７Ａ、ＲＡＢ７Ｂ、ＲＡＢ７Ｌ１、ＲＡＢ８Ａ、ＲＡＢ８Ｂ、ＲＡＢ９、ＲＡＢ９Ｂ、ＲＡＢＬ２Ａ、ＲＡＢＬ２Ｂ、ＲＡＢＬ４、ＲＡＢ１０、ＲＡＢ１１Ａ、ＲＡＢ１１Ｂ、ＲＡＢ１２、ＲＡＢ１３、ＲＡＢ１４、ＲＡＢ１５、ＲＡＢ１７、ＲＡＢ１８、ＲＡＢ１９、ＲＡＢ２０、ＲＡＢ２１、ＲＡＢ２２Ａ、ＲＡＢ２３、ＲＡＢ２４、ＲＡＢ２５、ＲＡＢ２６、ＲＡＢ２７Ａ、ＲＡＢ２７Ｂ、ＲＡＢ２８、ＲＡＢ２Ｂ、ＲＡＢ３０、ＲＡＢ３１、ＲＡＢ３２、ＲＡＢ３３Ａ、ＲＡＢ３３Ｂ、ＲＡＢ３４、ＲＡＢ３５、ＲＡＢ３６、ＲＡＢ３７、ＲＡＢ３８、ＲＡＢ３９、ＲＡＢ３９Ｂ、ＲＡＢ４０Ａ、ＲＡＢ４０ＡＬ、ＲＡＢ４０Ｂ、ＲＡＢ４０Ｃ、ＲＡＢ４１、ＲＡＢ４２、ＲＡＢ４３、ＲＡＰ１Ａ、ＲＡＰ１Ｂ、ＲＡＰ２Ａ、ＲＡＰ２Ｂ、ＲＡＰ２Ｃ、ＡＲＦ１、ＡＲＦ３、ＡＲＦ４、ＡＲＦ５、ＡＲＦ６、ＡＲＬ１、ＡＲＬ２、ＡＲＬ３、ＡＲＬ４、ＡＲＬ５、ＡＲＬ５Ｃ、ＡＲＬ６、ＡＲＬ７、ＡＲＬ８、ＡＲＬ９、ＡＲＬ１０Ａ、ＡＲＬ１０Ｂ、ＡＲＬ１０Ｃ、ＡＲＬ１１、ＡＲＬ１３Ａ、ＡＲＬ１３Ｂ、ＡＲＬ１４、ＡＲＬ１５、ＡＲＬ１６、ＡＲＬ１７、ＴＲＩＭ２３、ＡＲＬ４Ｄ、ＡＲＦＲＰ１、ＡＲＬ１３Ｂ、ＲＡＮ、ＲＨＥＢ、ＲＨＥＢＬ１、ＲＲＡＤ、ＧＥＭ、ＲＥＭ、ＲＥＭ２、ＲＩＴ１、ＲＩＴ２、ＲＨＯＴ１、またはＲＨＯＴ２である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ＧＴＰアーゼ（ＧＴＰａｓ）活性化タンパク質、例えばＮＦ１、ＩＱＧＡＰ１、ＰＬＥＸＩＮ−Ｂ１、ＲＡＳＡＬ１、ＲＡＳＡＬ２、ＡＲＨＧＡＰ５、ＡＲＨＧＡＰ８、ＡＲＨＧＡＰ１２、ＡＲＨＧＡＰ２２、ＡＲＨＧＡＰ２５、ＢＣＲ、ＤＬＣ１、ＤＬＣ２、ＤＬＣ３、ＧＲＡＦ、ＲＡＬＢＰ１、ＲＡＰ１ＧＡＰ、ＳＩＰＡ１、ＴＳＣ２、ＡＧＡＰ２、ＡＳＡＰ１、またはＡＳＡＰ３である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、グアニンヌクレオチド交換因子、例えばＣＮＲＡＳＧＥＦ、ＲＡＳＧＥＦ１Ａ、ＲＡＳＧＲＦ２、ＲＡＳＧＲＰ１、ＲＡＳＧＲＰ４、ＳＯＳ１、ＲＡＬＧＤＳ、ＲＧＬ１、ＲＧＬ２、ＲＧＲ、ＡＲＨＧＥＦ１０、ＡＳＥＦ／ＡＲＨＧＥＦ４、ＡＳＥＦ２、ＤＢＳ、ＥＣＴ２、ＧＥＦ−Ｈ１、ＬＡＲＧ、ＮＥＴ１、ＯＢＳＣＵＲＩＮ、Ｐ−ＲＥＸ１、Ｐ−ＲＥＸ２、ＰＤＺ−ＲＨＯＧＥＦ、ＴＥＭ４、ＴＩＡＭ１、ＴＲＩＯ、ＶＡＶ１、ＶＡＶ２、ＶＡＶ３、ＤＯＣＫ１、ＤＯＣＫ２、ＤＯＣＫ３、ＤＯＣＫ４、ＤＯＣＫ８、ＤＯＣＫ１０、Ｃ３Ｇ、ＢＩＧ２／ＡＲＦＧＥＦ２、ＥＦＡ６、ＦＢＸ８、またはＧＥＰ１００である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、タンパク質−タンパク質相互作用ドメインを有するタンパク質、例えばＡＲＭ、ＢＡＲ、ＢＥＡＣＨ、ＢＨ、ＢＩＲ、ＢＲＣＴ、ＢＲＯＭＯ、ＢＴＢ、Ｃ１、Ｃ２、ＣＡＲＤ、ＣＣ、ＣＡＬＭ、ＣＨ、ＣＨＲＯＭＯ、ＣＵＥ、ＤＥＡＴＨ、ＤＥＤ、ＤＥＰ、ＤＨ、ＥＦ−ｈａｎｄ、ＥＨ、ＥＮＴＨ、ＥＶＨ１、Ｆ−ｂｏｘ、ＦＥＲＭ、ＦＦ、ＦＨ２、ＦＨＡ、ＦＹＶＥ、ＧＡＴ、ＧＥＬ、ＧＬＵＥ、ＧＲＡＭ、ＧＲＩＰ、ＧＹＦ、ＨＥＡＴ、ＨＥＣＴ、ＩＱ、ＬＲＲ、ＭＢＴ、ＭＨ１、ＭＨ２、ＭＩＵ、ＮＺＦ、ＰＡＳ、ＰＢ１、ＰＤＺ、ＰＨ、ＰＯＬＯ−Ｂｏｘ、ＰＴＢ、ＰＵＦ、ＰＷＷＰ、ＰＸ、ＲＧＳ、ＲＩＮＧ、ＳＡＭ、ＳＣ、ＳＨ２、ＳＨ３、ＳＯＣＳ、ＳＰＲＹ、ＳＴＡＲＴ、ＳＷＩＲＭ、ＴＩＲ、ＴＰＲ、ＴＲＡＦ、ＳＮＡＲＥ、ＴＵＢＢＹ、ＴＵＤＯＲ、ＵＢＡ、ＵＥＶ、ＵＩＭ、ＶＨＬ、ＶＨＳ、ＷＤ４０、ＷＷ、ＳＨ２、ＳＨ３、ＴＲＡＦ、ブロモドメイン、またはＴＰＲである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、熱ショックタンパク質、例えばＨｓｐ２０、Ｈｓｐ２７、Ｈｓｐ７０、Ｈｓｐ８４、アルファＢクリスタリン、ＴＲＡＰ−１、ｈｓｆ１、またはＨｓｐ９０である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、イオンチャネル、例えばＣａｖ２．２、Ｃａｖ３．２、ＩＫＡＣｈ、Ｋｖ１．５、ＴＲＰＡ１、ＮＡｖ１．７、Ｎａｖ１．８、Ｎａｖ１．９、Ｐ２Ｘ３、またはＰ２Ｘ４である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、コイルドコイルタンパク質、例えばジェミニン、ＳＰＡＧ４、ＶＡＶ１、ＭＡＤ１、ＲＯＣＫ１、ＲＮＦ３１、ＮＥＤＰ１、ＨＣＣＭ、ＥＥＡ１、ビメンチン、ＡＴＦ４、Ｎｅｍｏ、ＳＮＡＰ２５、シンタキシン１ａ、ＦＹＣＯ１、またはＣＥＰ２５０である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、キナーゼ、例えばＡＢＬ、ＡＬＫ、ＡＸＬ、ＢＴＫ、ＥＧＦＲ、ＦＭＳ、ＦＡＫ、ＦＧＦＲ１、２、３、４、ＦＬＴ３、ＨＥＲ２／ＥｒｂＢ２、ＨＥＲ３／ＥｒｂＢ３、ＨＥＲ４／ＥｒｂＢ４、ＩＧＦ１Ｒ、ＩＮＳＲ、ＪＡＫ１、ＪＡＫ２、ＪＡＫ３、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＰＤＧＦＲＡ、ＰＤＧＦＲＢ、ＲＥＴＲＯＮ、ＲＯＲ１、ＲＯＲ２、ＲＯＳ、ＳＲＣ、ＳＹＫ、ＴＩＥ１、ＴＩＥ２、ＴＲＫＡ、ＴＲＫＢ、ＫＤＲ、ＡＫＴ１、ＡＫＴ２、ＡＫＴ３、ＰＤＫ１、ＰＫＣ、ＲＨＯ、ＲＯＣＫ１、ＲＳＫ１、ＲＫＳ２、ＲＫＳ３、ＡＴＭ、ＡＴＲ、ＣＤＫ１、ＣＤＫ２、ＣＤＫ３、ＣＤＫ４、ＣＤＫ５、ＣＤＫ６、ＣＤＫ７、ＣＤＫ８、ＣＤＫ９、ＣＤＫ１０、ＥＲＫ１、ＥＲＫ２、ＥＲＫ３、ＥＲＫ４、ＧＳＫ３Ａ、ＧＳＫ３Ｂ、ＪＮＫ１、ＪＮＫ２、ＪＮＫ３、ＡｕｒＡ、ＡＲｕＢ、ＰＬＫ１、ＰＬＫ２、ＰＬＫ３、ＰＬＫ４、ＩＫＫ、ＫＩＮ１、ｃＲａｆ、ＰＫＮ３、ｃ−Ｓｒｃ、Ｆａｋ、ＰｙＫ２、またはＡＭＰＫである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、ホスファターゼ、例えばＷＩＰ１、ＳＨＰ２、ＳＨＰ１、ＰＲＬ−３、ＰＴＰ１Ｂ、またはＳＴＥＰである。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、ユビキチンリガーゼ、例えばＢＭＩ−１、ＭＤＭ２、ＮＥＤＤ４−１、ベータ−ＴＲＣＰ、ＳＫＰ２、Ｅ６ＡＰ、またはＡＰＣ／Ｃである。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、クロマチン修飾因子／再構成因子、例えば遺伝子ＢＲＧ１、ＢＲＭ、ＡＴＲＸ、ＰＲＤＭ３、ＡＳＨ１Ｌ、ＣＢＰ、ＫＡＴ６Ａ、ＫＡＴ６Ｂ、ＭＬＬ、ＮＳＤ１、ＳＥＴＤ２、ＥＰ３００、ＫＡＴ２Ａ、またはＣＲＥＢＢＰによりコードされるクロマチン修飾因子／再構成因子である。いくつかの実施形態では、標的タンパク質は、転写因子、例えば遺伝子ＥＨＦ、ＥＬＦ１、ＥＬＦ３、ＥＬＦ４、ＥＬＦ５、ＥＬＫ１、ＥＬＫ３、ＥＬＫ４、ＥＲＦ、ＥＲＧ、ＥＴＳ１、ＥＴＶ１、ＥＴＶ２、ＥＴＶ３、ＥＴＶ４、ＥＴＶ５、ＥＴＶ６、ＦＥＶ、ＦＬＩ１、ＧＡＶＰＡ、ＳＰＤＥＦ、ＳＰＩ１、ＳＰＩＣ、ＳＰＩＢ、Ｅ２Ｆ１、Ｅ２Ｆ２、Ｅ２Ｆ３、Ｅ２Ｆ４、Ｅ２Ｆ７、Ｅ２Ｆ８、ＡＲＮＴＬ、ＢＨＬＨＡ１５、ＢＨＬＨＢ２、ＢＨＬＢＨＢ３、ＢＨＬＨＥ２２、ＢＨＬＨＥ２３、ＢＨＬＨＥ４１、ＣＬＯＣＫ、ＦＩＧＬＡ、ＨＡＳ５、ＨＥＳ７、ＨＥＹ１、ＨＥＹ２、ＩＤ４、ＭＡＸ、ＭＥＳＰ１、ＭＬＸ、ＭＬＸＩＰＬ、ＭＮＴ、ＭＳＣ、ＭＹＦ６、ＮＥＵＲＯＤ２、ＮＥＵＲＯＧ２、ＮＨＬＨ１、ＯＬＩＧ１、ＯＬＩＧ２、ＯＬＩＧ３、ＳＲＥＢＦ２、ＴＣＦ３、ＴＣＦ４、ＴＦＡＰ４、ＴＦＥ３、ＴＦＥＢ、ＴＦＥＣ、ＵＳＦ１、ＡＲＦ４、ＡＴＦ７、ＢＡＴＦ３、ＣＥＢＰＢ、ＣＥＢＰＤ、ＣＥＢＰＧ、ＣＲＥＢ３、ＣＲＥＢ３Ｌ１、ＤＢＰ、ＨＬＦ、ＪＤＰ２、ＭＡＦＦ、ＭＡＦＧ、ＭＡＦＫ、ＮＲＬ、ＮＦＥ２、ＮＦＩＬ３、ＴＥＦ、ＸＢＰ１、ＰＲＯＸ１、ＴＥＡＤ１、ＴＥＡＤ３、ＴＥＡＤ４、ＯＮＥＣＵＴ３、ＡＬＸ３、ＡＬＸ４、ＡＲＸ、ＢＡＲＨＬ２、ＢＡＲＸ、ＢＳＸ、ＣＡＲＴ１、ＣＤＸ１、ＣＤＸ２、ＤＬＸ１、ＤＬＸ２、ＤＬＸ３、ＤＬＸ４、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６、ＤＭＢＸ１、ＤＰＲＸ、ＤＲＧＸ、ＤＵＸＡ、ＥＭＸ１、ＥＭＸ２、ＥＮ１、ＥＮ２、ＥＳＸ１、ＥＶＸ１、ＥＶＸ２、ＧＢＸ１、ＧＢＸ２、ＧＳＣ、ＧＳＣ２、ＧＳＸ１、ＧＳＸ２、ＨＥＳＸ１、ＨＭＸ１、ＨＭＸ２、ＨＭＸ３、ＨＮＦ１Ａ、ＨＮＦ１Ｂ、ＨＯＭＥＺ、ＨＯＸＡ１、ＨＯＸＡ１０、ＨＯＸＡ１３、ＨＯＸＡ２、ＨＯＸＡＢ１３、ＨＯＸＢ２、ＨＯＸＢ３、ＨＯＸＢ５、ＨＯＸＣ１０、ＨＯＸＣ１１、ＨＯＸＣ１２、ＨＯＸＣ１３、ＨＯＸＤ１１、ＨＯＸＤ１２、ＨＯＸＤ１３、ＨＯＸＤ８、ＩＲＸ２、ＩＲＸ５、ＩＳＬ２、ＩＳＸ、ＬＢＸ２、ＬＨＸ２、ＬＨＸ６、ＬＨＸ９、ＬＭＸ１Ａ、ＬＭＸ１Ｂ、ＭＥＩＳ１、ＭＥＩＳ２、ＭＥＩＳ３、ＭＥＯＸ１、ＭＥＯＸ２、ＭＩＸＬ１、ＭＮＸ１、ＭＳＸ１、ＭＳＸ２、ＮＫＸ２−３、ＮＫＸ２−８、ＮＫＸ３−１、ＮＫＸ３−２、ＮＫＸ６−１、ＮＫＸ６−２、ＮＯＴＯ、ＯＮＥＣＵＴ１、ＯＮＥＣＵＴ２、ＯＴＸ１、ＯＴＸ２、ＰＤＸ１、ＰＨＯＸ２Ａ、ＰＨＯＸ２Ｂ、ＰＩＴＸ１、ＰＩＴＸ３、ＰＫＮＯＸ１、ＰＲＯＰ１、ＰＲＲＸ１、ＰＲＲＸ２、ＲＡＸ、ＲＡＸＬ１、ＲＨＯＸＦ１、ＳＨＯＸ、ＳＨＯＸ２、ＴＧＩＦ１、ＴＧＩＦ２、ＴＧＩＦ２ＬＸ、ＵＮＣＸ、ＶＡＸ１、ＶＡＸ２、ＶＥＮＴＸ、ＶＳＸ１、ＶＳＸ２、ＣＵＸ１、ＣＵＸ２、ＰＯＵ１Ｆ１、ＰＯＵ２Ｆ１、ＰＯＵ２Ｆ２、ＰＯＵ２Ｆ３、ＰＯＵ３Ｆ１、ＰＯＵ３Ｆ２、ＰＯＵ３Ｆ３、ＰＯＵ３Ｆ４、ＰＯＵ４Ｆ１、ＰＯＵ４Ｆ２、ＰＯＵ４Ｆ３、ＰＯＵ５Ｆ１Ｐ１、ＰＯＵ６Ｆ２、ＲＦＸ２、ＲＦＸ３、ＲＦＸ４、ＲＦＸ５、ＴＦＡＰ２Ａ、ＴＦＡＰ２Ｂ、ＴＦＡＰ２Ｃ、ＧＲＨＬ１、ＴＦＣＰ２、ＮＦＩＡ、ＮＦＩＢ、ＮＦＩＸ、ＧＣＭ１、ＧＣＭ２、ＨＳＦ１、ＨＳＦ２、ＨＳＦ４、ＨＳＦＹ２、ＥＢＦ１、ＩＲＦ３、ＩＲＦ４、ＩＲＦ５、ＩＲＦ７、ＩＲＦ８、ＩＲＦ９、ＭＥＦ２Ａ、ＭＥＦ２Ｂ、ＭＥＦ２Ｄ、ＳＲＦ、ＮＲＦ１、ＣＰＥＢ１、ＧＭＥＢ２、ＭＹＢＬ１、ＭＹＢＬ２、ＳＭＡＤ３、ＣＥＮＰＢ、ＰＡＸ１、ＰＡＸ２、ＰＡＸ９、ＰＡＸ３、ＰＡＸ４、ＰＡＸ５、ＰＡＸ６、ＰＡＸ７、ＢＣＬ６Ｂ、ＥＧＲ１、ＥＧＲ２、ＥＧＲ３、ＥＧＲ４、ＧＬＩＳ１、ＧＬＩＳ２、ＧＬＩ２、ＧＬＩＳ３、ＨＩＣ２、ＨＩＮＦＰ１、ＫＬＦ１３、ＫＬＦ１４、ＫＬＦ１６、ＭＴＦ１、ＰＲＤＭ１、ＰＲＤＭ４、ＳＣＲＴ１、ＳＣＲＴ２、ＳＮＡＩ２、ＳＰ１、ＳＰ３、ＳＰ４、ＳＰ８、ＹＹ１、ＹＹ２、ＺＢＥＤ１、ＺＢＴＢ７Ａ、ＺＢＴＢ７Ｂ、ＺＢＴＢ７Ｃ、ＺＩＣ１、ＺＩＣ３、ＺＩＣ４、ＺＮＦ１４３、ＺＮＦ２３２、ＺＮＦ２３８、ＺＮＦ２８２、ＺＮＦ３０６、ＺＮＦ４１０、ＺＮＦ４３５、ＺＢＴＢ４９、ＺＮＦ５２４、ＺＮＦ７１３、ＺＮＦ７４０、ＺＮＦ７５Ａ、ＺＮＦ７８４、ＺＳＣＡＮ４、ＣＴＣＦ、ＬＥＦ１、ＳＯＸ１０、ＳＯＸ１４、ＳＯＸ１５、ＳＯＸ１８、ＳＯＸ２、ＳＯＸ２１、ＳＯＸ４、ＳＯＸ７、ＳＯＸ８、ＳＯＸ９、ＳＲＹ、ＴＣＦ７Ｌ１、ＦＯＸＯ３、ＦＯＸＢ１、ＦＯＸＣ１、ＦＯＸＣ２、ＦＯＸＤ２、ＦＯＸＤ３、ＦＯＸＧ１、ＦＯＸＩ１、ＦＯＸＪ２、ＦＯＸＪ３、ＦＯＸＫ１、ＦＯＸＬ１、ＦＯＸＯ１、ＦＯＸＯ４、ＦＯＸＯ６、ＦＯＸＰ３、ＥＯＭＥＳ、ＭＧＡ、ＮＦＡＴ５、ＮＦＡＴＣ１、ＮＦＫＢ１、ＮＦＫＢ２、ＴＰ６３、ＲＵＮＸ２、ＲＵＮＸ３、Ｔ、ＴＢＲ１、ＴＢＸ１、ＴＢＸ１５、ＴＢＸ１９、ＴＢＸ２、ＴＢＸ２０、ＴＢＸ２１、ＴＢＸ４、ＴＢＸ５、ＡＲ、ＥＳＲ１、ＥＳＲＲＡ、ＥＳＲＲＢ、ＥＳＲＲＧ、ＨＮＦ４Ａ、ＮＲ２Ｃ２、ＮＲ２Ｅ１、ＮＲ２Ｆ１、ＮＲ２Ｆ６、ＮＲ３Ｃ１、ＮＲ３Ｃ２、ＮＲ４Ａ２、ＲＡＲＡ、ＲＡＲＢ、ＲＡ
ＲＧ、ＲＯＲＡ、ＲＸＲＡ、ＲＸＲＢ、ＲＸＲＧ、ＴＨＲＡ、ＴＨＲＢ、ＶＤＲ、ＧＡＴＡ３、ＧＡＴＡ４、もしくはＧＡＴＡ５によりコードされる転写因子、またはＣ−ｍｙｃ、Ｍａｘ、Ｓｔａｔ３、アンドロゲン受容体、Ｃ−Ｊｕｎ、Ｃ−Ｆｏｘ、Ｎ−Ｍｙｃ、Ｌ−Ｍｙｃ、ＭＩＴＦ、Ｈｉｆ−１アルファ、Ｈｉｆ−２アルファ、Ｂｃｌ６、Ｅ２Ｆ１、ＮＦ−カッパＢ、Ｓｔａｔ５、またはＥＲ（ｃｏａｃｔ）である。ある特定の実施形態では、標的タンパク質は、ＴｒｋＡ、Ｐ２Ｙ１４、ｍＰＥＧＳ、ＡＳＫ１、ＡＬＫ、Ｂｃｌ−２、ＢＣＬ−ＸＬ、ｍＳＩＮ１、ＲＯＲγｔ、ＩＬ１７ＲＡ、ｅＩＦ４Ｅ、ＴＬＲ７Ｒ、ＰＣＳＫ９、ＩｇＥＲ、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、Ｓｈｎ−３、ＴＮＦＲ１、ＴＮＦＲ２、ＩＬ３１ＲＡ、ＯＳＭＲ、ＩＬ１２ベータ１、２、Ｔａｕ、ＦＡＳＮ、ＫＣＴＤ６、ＫＣＴＤ９、Ｒａｐｔｏｒ、Ｒｉｃｔｏｒ、ＲＡＬＧＡＰＡ、ＲＡＬＧＡＰＢ、アネキシンファミリーメンバー、ＢＣＯＲ、ＮＣＯＲ、ベータカテニン、ＡＡＣ１１、ＰＬＤ１、ＰＬＤ２、Ｆｒｉｚｚｌｅｄ７、ＲａＬＰ、、ＭＬＬ−１、Ｍｙｂ、Ｅｚｈ２、ＲｈｏＧＤ１２、ＥＧＦＲ、ＣＴＬＡ４Ｒ、ＧＣＧＣ（ｃｏａｃｔ）、アディポネクチンＲ２、ＧＰＲ８１、ＩＭＰＤＨ２、ＩＬ−４Ｒ、ＩＬ−１３Ｒ、ＩＬ−１Ｒ、ＩＬ２−Ｒ、ＩＬ−６Ｒ、ＩＬ−２２Ｒ、ＴＮＦ−Ｒ、ＴＬＲ４、Ｎｒｌｐ３、またはＯＴＲである。
複合体
プレゼンタータンパク質／化合物複合体
天然に生じるタンパク質−タンパク質相互作用では、結合事象は、２つのタンパク質の平坦表面部位上の疎水性残基により主に推進され、これは、タンパク質上のキャビティまたはポケット内の低分子間の相互作用により推進される多くの低分子−タンパク質相互作用とは対照的である。平坦表面部位上の疎水性残基は、２つの相互作用するタンパク質上で疎水性ホットスポットを形成し、ここで、２つのタンパク質間の結合相互作用の大部分は、ファンデルワールス相互作用である。低分子を、複合体（例えば、プレゼンタータンパク質／化合物複合体）の形成を通して１つ（例えば、プレゼンタータンパク質）を欠いているタンパク質のポータブルホットスポットとして使用して、疑似タンパク質−タンパク質相互作用（例えば、標的タンパク質との三分子複合体の形成）に関与し得る。
【０３０４】
多くの哺乳類タンパク質は、複数の異なるパートナーのいずれかに結合可能であり、いくつかの場合には、かかる代替結合相互作用は、タンパク質の生物学的活性に寄与する。こうしたタンパク質の多くは、ホットスポットタンパク質領域の固有可変性に適合して様々な構造状況で同一の残基を提示する。より具体的には、タンパク質−タンパク質相互作用は、真菌類及び細菌種の選択群により生成される天然生成物のクラスにより媒介することができる。これらの分子は、共通の構造組織、及びタンパク質−タンパク質相互作用を調節する能力を提供する、結果得られる機能の両方を呈する。これらの分子は、高度に保存されたプレゼンタータンパク質結合部分及び異なる天然生成物間で高度の可変性を呈する標的タンパク質相互作用部分を含有する。プレゼンタータンパク質結合部分は、プレゼンタータンパク質に対する特異性を付与し、分子をプレゼンタータンパク質に結合させて二元複合体を形成させる、哺乳類標的タンパク質相互作用部分は、標的タンパク質に対する特異性を付与し、二元複合体を標的タンパク質に結合させて、典型的にはその活性を調節する（例えば、正または負に調節する）。
【０３０５】
これらの天然生成物は、プレゼンタータンパク質、例えばＦＫＢＰ及びシクロフィリンにより提示され、タンパク質−タンパク質相互作用に対する拡散性、細胞透過性、経口で生物学的に利用可能なアダプターとして作用する。例としては、周知であり、臨床的に関連する分子、例えばラパマイシン（シロリムス）、ＦＫ５０６（タクロリムス）、及びシクロスポリンが挙げられる。簡潔には、これらの分子は、内在性細胞内プレゼンタータンパク質、ＦＫＢＰ、例えば、ラパマイシン及びＦＫ５０６またはシクロフィリン、例えば、希釈剤と結合し、結果として得られるプレゼンタータンパク質と結合した分子の二元複合体は、細胞内標的タンパク質と選択的に結合し、その活性を阻害する。プレゼンタータンパク質、分子、及び標的タンパク質間の三分子複合体の形成は、タンパク質−分子及びタンパク質−タンパク質相互作用の両方により推進され、両方とも標的タンパク質の阻害に必要とされる。ＦＫＢＰ−ラパマイシン複合体の例では、細胞内標的は、セリン−トレオニンキナーゼｍＴＯＲであり、一方でＦＫＢＰ−ＦＫ５０６複合体に関しては、細胞内標的は、ホスファターゼカルシニューリンである。先行する２つの例において特に興味深いのは、ＦＫＢＰ１２が、パートナー提示タンパク質として、ラパマイシン及びＦＫ５０６提示リガンドの両方により利用されることである。さらには、ＦＫＢＰ１２への結合を担うラパマイシン及びＦＫ５０６の下部構造の構成要素は、構造的に密接に関連している、すなわち、いわゆる「保存領域」であるが、非ＦＫＢＰ１２結合領域においてはラパマイシン及びＦＫ５０６間で著しい構造の差異がある、すなわち「可変領域」であり、これはそれぞれ、２つの別個の細胞内タンパク質、ｍＴＯＲ及びカルシニューリンの特異的標的化をもたらす。このようにして、ラパマイシン及びＦＫ５０６の可変領域は、プレゼンタータンパク質−標的タンパク質相互作用を可能とするのに必要な結合エネルギーへの寄与因子として機能する。
【０３０６】
いくつかの実施形態では、本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質に、複合体がｍＴＯＲ及び／またはカルシニューリンのそれぞれに結合するよりも、少なくとも５倍（例えば、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍）大きい親和性で結合する。
【０３０７】
いくつかの実施形態では、本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質に、化合物がプレゼンタータンパク質との複合体において結合していないときの標的タンパク質に対する化合物の親和性よりも、少なくとも５倍（例えば、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍）大きい親和性で結合する。
【０３０８】
ある特定の実施形態では、本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質に、プレゼンタータンパク質が化合物との複合体において結合していないときの標的タンパク質に対するプレゼンタータンパク質の親和性よりも、少なくとも５倍（例えば、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも３０倍、少なくとも４０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍）大きい親和性で結合する。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質及びリガンド、例えば標的タンパク質に特異的に結合するタンパク質または低分子間の天然に生じる相互作用を阻害する。
【０３１０】
ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質がプロリルイソメラーゼであるとき、プロリルイソメラーゼ活性は、プレゼンタータンパク質／化合物複合体の形成により阻害される。本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体のいくつかの実施形態では、化合物は、前記プレゼンタータンパク質に、１０μＭ未満（例えば、５μＭ未満、１μＭ未満、５００ｎＭ未満、２００ｎＭ未満、１００ｎＭ未満、７５ｎＭ未満、５０ｎＭ未満、２５ｎＭ未満、１０ｎＭ未満）のＫＤで特異的に結合するまたはプレゼンタータンパク質のペプチジル−プロリルイソメラーゼ活性を、例えば、１μＭ未満（例えば、０．５μＭ未満、０．１μＭ未満、０．０５μＭ未満、０．０１μＭ未満）のＩＣ５０で阻害する。
三分子複合体
低分子薬物の大部分は、標的タンパク質上の機能的に重要な部位と結合することにより作用し、それによりそのタンパク質の活性を調節する（例えば、正または負に調節する）。例えば、コレステロール低下薬物のスタチンは、ＨＭＧ−ＣｏＡレダクターゼの酵素活性部位と結合し、ゆえに、酵素がその基質に結合することを防ぐ。多くのこのような薬物／標的相互作用対が知られているという事実から、適正量の時間、労力、及び資源をかければ全てではないにしてもほとんどのタンパク質に対する低分子モジュレータを発見可能であるという誤った考えに導かれる者が現れ得る。これは事実からはほど遠い。現在の推定値によれば、全ヒトタンパク質の約１０％のみが低分子により標的可能である。残りの９０％は、低分子薬物の発見が難しいまたは困難であると現在考えられている。このような標的は、一般に「アンドラッガブル」と称される。これらのアンドラッガブル標的には、医学的に重要なヒトタンパク質の莫大なほとんど未開発の宝庫が含まれる。ゆえに、このようなアンドラッガブル標的の機能を調節することができる新しい分子モダリティーを発見することに大きな関心が存在する。
【０３１１】
本発明は、低分子が、標的とのその相互作用が接着力により推進され、その強さは接触表面積に概ね比例するため、典型的には、その標的化能力において制限されているとの認識を包含する。それらのサイズが小さいために、低分子が標的タンパク質と効果的に相互作用するのに十分な分子間接触表面積を構築する唯一の方法は、文字通りそのタンパク質により取り込まれることである。実際に、多数の実験及び計算上のデータの両方が、それらの表面上に疎水性「ポケット」を有するタンパク質のみが、低分子と結合できるという見解を支持する。その場合、結合は取り込みにより可能となる。疎水性ポケットの外側のタンパク質に高親和性で結合する小分子は一例も存在しない。
【０３１２】
自然は、低分子が、疎水性ポケット以外の部位にて標的タンパク質と相互作用することを可能とする戦略を進化させてきた。この戦略は、天然に生じる免疫抑制薬であるシクロスポリンＡ、ラパマイシン、及びＦＫ５０６により例示される。これらの薬物の生物学的活性は、低分子と小さな提示タンパク質との高親和性複合体の形成に関与する。低分子及び提示タンパク質の複合表面は、次いで標的に会合する。ゆえに、例えば、シクロスポリンＡ及びシクロフィリンＡ間で形成される二元複合体は、高親和性及び特異性を伴ってカルシニューリンを標的とするが、シクロスポリンＡもシクロフィリンＡも単独では測定可能な親和性を伴ってカルシニューリンに結合しない。
【０３１３】
多くの重要な治療標的は、他のタンパク質との複合体化によりそれらの機能を発揮する。これらの系の多くにおけるタンパク質／タンパク質相互作用表面は、極性残基の広い環に取り囲まれた疎水性側鎖の内側コアを含有する。疎水性残基は、エネルギー的に有利な接触のほぼ全てに寄与し、そのためこのクラスターは、タンパク質−タンパク質相互作用における会合のための「ホットスポット」として指定されてきた。重要なことに、天然に生じる低分子と小さい提示タンパク質との前述の複合体では、低分子は、ホットスポットと類似の疎水性機能のクラスターを提供し、タンパク質は、主に極性の残基の環を提供する。言い換えれば、提示された低分子系は、天然のタンパク質／タンパク質相互作用系で広く利用される表面構築を模倣する。
【０３１４】
本発明の化合物（例えば、大環状化合物）は、生物学的プロセスを、例えば、プレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰファミリーのメンバー、シクロフィリンファミリーのメンバー、またはＰＩＮ１）への結合により、上記のようなプレゼンタータンパク質／化合物複合体を形成し、これが標的タンパク質に結合して、三分子複合体を形成することにより、調節することができる。これらの三分子複合体の形成は、従来型の結合ポケットを有さない及び／またはアンドラッガブルであるとみなされるタンパク質の調節を可能とする。プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、生物学的プロセスを、化合物及びプレゼンタータンパク質間の協同的結合を通して調節することができる。化合物及びプレゼンタータンパク質は両方とも、単独では標的タンパク質に対しては低い親和性を有するが、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質に対して高い親和性を有する。協同的結合は、化合物及び／もしくはプレゼンタータンパク質からの原子を含む標的タンパク質の埋没表面積の測定により、ならびに／または化合物及び／もしくはプレゼンタータンパク質の自由結合エネルギー寄与の測定により決定することができる。結合は、化合物及びプレゼンタータンパク質のそれぞれからの少なくとも１個の原子が標的タンパク質との結合に関与する場合に、協同的であるとみなされる。
【０３１５】
プレゼンタータンパク質／化合物複合体及び標的タンパク質の結合は、プレゼンタータンパク質または化合物いずれか単独では可能ではないとされる親和性の増加を可能とする、プレゼンタータンパク質及び化合物の両方からの残基を含む組み合わせ結合部位の形成を通して達成される。例えば、三分子複合体内の標的タンパク質の総埋没表面積の少なくとも２０％（例えば、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％）は、化合物への結合に関与する１個または複数の原子を含む、及び／または三分子複合体内の標的タンパク質の総埋没表面積の少なくとも２０％（例えば、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％）は、プレゼンタータンパク質への結合に関与する１個または複数の原子を含む。あるいは、化合物は、三分子複合体の総結合自由エネルギーの少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％）に寄与する、及び／またはプレゼンタータンパク質は、三分子複合体の総結合自由エネルギーの少なくとも１０％（例えば、少なくとも２０％少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％）に寄与する。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質上の平坦表面部位にて結合する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体内の化合物（例えば、大環状化合物）は、標的タンパク質上の疎水性表面部位、例えば、少なくとも５０％疎水性残基を含む部位にて結合する。いくつかの実施形態では、化合物の原子の１個または複数及び標的タンパク質の１個または複数の原子間の結合相互作用の少なくとも７０％は、ファンデルワールス及び／またはπ効果相互作用である。ある特定の実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質に、標的タンパク質及び標的タンパク質と特異的に結合するタンパク質間の天然に生じるタンパク質−タンパク質相互作用の部位にて結合する。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質の活性部位にて結合しない。いくつかの実施形態では、プレゼンタータンパク質／化合物複合体は、標的タンパク質の活性部位にて結合する。
【０３１７】
プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質と三分子複合体を形成する本発明の化合物の特徴は、三分子複合体と比較して、プレゼンタータンパク質／化合物複合体において主要な構造の再組織化が欠如していることである。この主要な構造の再組織化の欠如は、一度プレゼンタータンパク質／化合物複合体が形成されると、三分子複合体の形成に有利な配置へと再組織化するエントロピーコストが低くする。例えば、ＲＭＳＤの閾値定量は、ＰｙＭＯＬバージョン１．７ｒｃ１（Ｓｃｈｒｏｄｉｎｇｅｒ  ＬＬＣ）のアラインコマンドを使用して測定することができる。あるいは、ＲＭＳＤは、アルゴリズムＬｉｇＡｌｉｇｎ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｇｒａｐｈｉｃｓ  ａｎｄ  Ｍｏｄｅｌｌｉｎｇ  ２０１０，２９，９３−１０１）からのＥｘｅｃｕｔｉｖｅＲＭＳパラメータを使用して算出することができる。いくつかの実施形態では、化合物の構造組織（すなわち、分子の原子及び結合の平均三次元配置）は、標的タンパク質に結合する前のプレゼンタータンパク質／化合物複合体にある化合物と比較して、三分子複合体において実質的に変化していない。例えば、２つの整列させた構造の平均二乗偏差（ＲＭＳＤ）は、１未満である。
有用性及び投与
本明細書に記載の化合物及びプレゼンタータンパク質／化合物複合体は、本発明の方法において有用であり、理論により束縛されないが、プレゼンタータンパク質及び標的タンパク質との相互作用を通して、標的タンパク質（例えば、真核生物標的タンパク質、例えば哺乳類標的タンパク質もしくは真菌類標的タンパク質または原核生物標的タンパク質、例えば細菌標的タンパク質）の活性を調節する（例えば、正にまたは負に調節する）能力を通してその望ましい効果を発揮すると考えられている。
キット
いくつかの実施形態では、本発明は、本発明に係る方法を好都合に及び効果的に実施するためのキットに関する。一般に、医薬パックまたはキットは、本発明の医薬組成物の成分のうちの１つまたは複数が充填された１つまたは複数の容器を含む。かかるキットは、錠剤やカプセル剤などの固形経口製剤の送達にとりわけ適している。かかるキットは、好ましくは、いくつかの単位投与量を含み、その意図される使用順序に沿った投与量を記したカードも含み得る。所望により、例えば、対象がアルツハイマー病に罹患している場合、例えば、数字、文字、もしくは他の表示の形式で、または投与量を投与することができる日程を処置スケジュール内で指定するカレンダーの挿入を伴って、記憶の補助を提供することができる。あるいは、プラセボ投与量、またはカルシウム食事サプリメントを、医薬組成物の投与量に類似したまたはそれとは異なる形で含めて、投与量が毎日摂取されるキットを提供することができる。かかる容器（複数可）に任意選択で付随するものは、医薬品の製造、使用、または販売を規制する政府機関により指定された形態の注意書きであることができ、この注意書きは、ヒト投与に関する製造、使用、または販売が監督官庁により認可されたことを反映するものである。
医薬組成物
ヒト及び動物対象の処置としての使用に関して、本発明の化合物は、医薬組成物または獣医学組成物として製剤化することができる。処置される対象、投薬の様式、望ましい処置のタイプ、例えば、防止、予防、または治療、に依存して、化合物は、これらのパラメータに合致した方法で製剤化される。かかる技術の概要は、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ，（２００５）、及びＥｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ｅｄｓ．Ｊ．Ｓｗａｒｂｒｉｃｋ  ａｎｄ  Ｊ．Ｃ．Ｂｏｙｌａｎ，１９８８−１９９９，Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋに見いだされ、このそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。
【０３１８】
本明細書に記載の化合物は、組成物の全重量の１〜９５重量％の合計量で存在し得る。組成物は、関節内、経口、非経口（例えば、静脈内、筋肉内）、経直腸、皮膚、皮下、局所、経皮、舌下、経鼻、経腟、小胞内、尿道内、髄腔内、硬膜外、経耳、または経眼の投与に、あるいは注射、吸入、または鼻、泌尿生殖器、生殖器、もしくは口腔粘膜との直接接触による投与に好適な剤形にて提供され得る。ゆえに、医薬組成物は、例えば、錠剤、カプセル剤、丸剤、散剤、顆粒剤、懸濁剤、エマルジョン剤、溶液剤、ヒドロゲル剤を含むゲル剤、ペースト剤、軟膏剤、クリーム剤、硬膏剤、ドレンチ剤、浸透圧送達デバイス、坐剤、浣腸剤、注射剤、インプラント、スプレー剤、イオン泳動送達に好適な調製物、またはエアロゾル剤の形をとり得る。組成物は、従来の薬務に従って製剤化され得る。
【０３１９】
一般に、処置での使用に関しては、本明細書に記載の化合物は、単独で、または１つもしくは複数の他の活性剤と組み合わせて使用され得る。本明細書に記載の化合物と組み合わせる他の医薬品の例としては、同じ適応症の処置のための医薬品が挙げられるだろう。本明細書に記載の化合物と組み合わせる考え得る医薬品の別の例としては、異なるとはいえ付随するまたは関連する症状または適応症の処置のための医薬品が挙げられるだろう。投与の様式に依存して、化合物は、容易な送達を可能とするのに好適な組成物へと製剤化されるだろう。併用療法の各化合物は、当該技術分野で公知の様々な方法にて製剤化され得る。例えば、併用療法の第一及び第二の作用物質は、一緒にまたは別々に製剤化され得る。望ましくは、第一及び第二の作用物質は、作用物質の同時投与またはほぼ同時投与のために一緒に製剤化される。
【０３２０】
本発明の化合物は、当該技術分野で周知のように、有効量の本明細書に記載の化合物及び薬学的に許容され得る担体または賦形剤を含む医薬組成物として調製及び使用され得る。いくつかの実施形態では、組成物は、少なくとも２種の異なる薬学的に許容され得る賦形剤または担体を含む。
【０３２１】
製剤は、全身投与または局所性もしくは局所投与に好適な方式にて調製され得る。全身用製剤は、注射（例えば、筋肉内、静脈内、皮下注射）用に設計されたものを含むか、または経皮、経粘膜、もしくは経口用に調製され得る。製剤は、一般に、希釈剤、ならびに、いくつかの場合には、補助剤、緩衝剤、保存剤などを含むだろう。化合物は、リポソーム組成物にてまたはマイクロエマルジョン剤として投与することもできる。
【０３２２】
注射に関しては、製剤は、溶液剤もしくは懸濁剤としてまたは注射前に液体中に溶解もしくは懸濁させるのに好適な固体製剤としてまたはエマルジョン剤として従来の形態で調製することができる。好適な賦形剤には、例えば、水、生理食塩水、デキストロース、グリセロールなどが含まれる。かかる組成物は、様々な量の非毒性補助物質、例えば湿潤剤または乳化剤、ｐＨ緩衝剤など、例えば例として、酢酸ナトリウム、ソルビタンモノラウレートなども含有し得る。
【０３２３】
薬物に関する様々な持続放出系も考案されてきた。例えば、米国特許第５，６２４，６７７号を参照されたく、これは参照により本明細書に組み込まれる。
全身投与には、比較的非侵襲性の方法、例えば坐剤、経皮パッチの使用、経粘膜送達、及び鼻腔内投与も含まれ得る。経口投与もまた本発明の化合物に好適である。好適な形には、当該技術分野で理解されているように、シロップ剤、カプセル剤、及び錠剤が含まれる。
【０３２４】
併用療法の各化合物は、本明細書に記載される場合、当該技術分野で公知の様々な方法で製剤化され得る。例えば、併用療法の第一及び第二の作用物質は、一緒にまたは別々に製剤化され得る。
【０３２５】
個別にまたは別々に製剤化された作用物質は、キットとして一緒に包装することができる。非限定例としては、限定されないが、例えば、２種類の丸剤、丸剤及び散剤、坐剤及び液体剤を含むバイアル、２種類の局所クリーム剤などを含有するキットが挙げられる。キットは、対象への単位用量の投与を補助する任意選択的の構成要素、例えば、散剤形を再構成するためのバイアル、注入用のシリンジ、カスタマイズされたＩＶ送達系、吸入器などを含むことができる。加えて、単位用量キットは、組成物の調整及び投与のための使用説明書を含有することができる。キットは、一対象用の単回使用単位用量として、特定対象用の複数回使用として（一定用量でまたは治療の進行に合わせて個別の化合物の効力が変動する）製造され得る、またはキットは、複数対象への投与に好適な複数用量を含有し得る（「バルクパッケージング」）。キットの構成要素は、カートン、ブリスターパック、ボトル、チューブなどにて組み立てられ得る。
【０３２６】
経口用途のための製剤には、非毒性の薬学的に許容され得る賦形剤との混合物内に有効成分（複数可）を含有する錠剤が含まれる。これらの賦形剤は、例えば、不活性希釈剤または充填剤（例えば、スクロース、ソルビトール、糖、マンニトール、微結晶セルロース、ジャガイモデンプンを含むデンプン、炭酸カルシウム、塩化ナトリウム、ラクトース、リン酸カルシウム、硫酸カルシウム、またはリン酸ナトリウム）、顆粒化剤及び崩壊剤（例えば、微結晶セルロースを含むセルロース誘導体、ジャガイモデンプンを含むデンプン、クロスカルメロースナトリウム、アルギン酸塩、またはアルギン酸）、結合剤（例えば、スクロース、グルコース、ソルビトール、アカシア、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、ゼラチン、デンプン、予めゼラチン化したデンプン、微結晶セルロース、ケイ酸マグネシウムアルミウニム、カルボキシメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、エチルセルロース、ポリビニルピロリドン、またはポリエチレングリコール）、ならびに滑沢剤、流動促進剤、及び接着防止剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸亜鉛、ステアリン酸、シリカ、硬化植物油、またはタルク）であり得る。他の薬学的に許容され得る賦形剤は、着色剤、風味剤、可塑剤、保水剤、緩衝剤などであり得る。
【０３２７】
２つ以上の化合物は、錠剤、カプセル、もしくは他のビヒクル内に一緒に混合され得るか、または分割され得る。一例として、第一の化合物を錠剤の内側に、そして第二の化合物を外側に含有することで、第二の化合物の実質的部分を、第一の化合物の放出前に放出させる。
【０３２８】
経口用途のための製剤はまた、咀嚼錠剤として、または有効成分が不活性固体希釈剤（例えば、ジャガイモデンプン、ラクトース、微結晶セルロース、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、またはカオリン）と混合されるハードゼラチンカプセル剤として、または有効成分が水もしくは油性媒体、例えば、ピーナッツ油、流動パラフィン、もしくはオリーブ油と混合されるソフトゼラチンカプセル剤としても提供され得る。散剤、顆粒剤、及びペレット剤は、例えば、ミキサー、流動床装置、またはスプレードライ装置を使用する従来の様式にて、錠剤及びカプセルについての上述の成分を使用して調製され得る。
【０３２９】
溶解または拡散制御放出は、化合物の錠剤、カプセル剤、ペレット剤、もしくは顆粒剤に適切なコーティングを施すことにより、または適切なマトリックス内に化合物を組み込むことにより達成することができる。制御放出コーティング剤は、上述のコーティング物質の１つもしくは複数、ならびに／または、例えば、シェラック、ビーワックス、グリコワックス、カスターワックス、カルナウバワックス、ステアリルアルコール、モノステアリン酸グリセリル、ジステアリン酸グリセリル、グリセロールパルミトステアレート、エチルセルロース、アクリル樹脂、ｄｌポリ乳酸、酢酸セルロースブチレート、ポリ塩化ビニル、ポリ酢酸ビニル、ビニルピロリドン、ポリエチレン、ポリメタクリレート、メチルメタクリレート、２−ヒドロキシメタクリレート、メタクリレートヒドロゲル、１，３−ブチレングリコール、エチレングリコールメタクリレート、及び／もしくはポリエチレングリコールを含む。制御放出マトリックス製剤では、マトリックス材料はまた、例えば、水和メチルセルロース、カルナウバワックス及びステアリルアルコール、カーボポール９３４、シリコーン、トリステアリン酸グリセリル、アクリル酸メチル−メタクリル酸メチル、ポリ塩化ビニル、ポリエチレン、及び／またはハロゲン化フルオロカーボンを含み得る。
【０３３０】
本発明の化合物及び組成物を、経口投与のために中に組み込むことができる液体形態には、溶液剤、好適に風味付けされたシロップ剤、水性または油性懸濁剤、及び風味付けされたエマルジョン剤が含まれ、これらは食用油、例えば綿実油、ゴマ油、ヤシ油、またはピーナッツオイル油、ならびにエリキシル剤及び類似する薬剤ビヒクルを伴う。
【０３３１】
一般に、ヒトに投与する場合、本発明の組み合わせの化合物のいずれかの経口投与量は、化合物の性質に依存することになり、当業者により容易に決定可能である。典型的には、かかる投与量は、通常１日当たり約０．００１ｍｇ〜２０００ｍｇ、望ましくは、１日当たり約１ｍｇ〜１０００ｍｇ、より望ましくは一日当たり約５ｍｇ〜５００ｍｇである。１日当たり最大で２００ｍｇまでの投与量が必要であり得る。
【０３３２】
併用療法における各薬物の投与は、本明細書で記載する場合、独立して、一日１〜４回を、１日〜１年間であることができ、さらには対象の一生涯にわたる可能性がある。慢性の、長期投与が必要となり得る。
【０３３３】
以下の実施例は、代表的な数の化合物の合成ならびに走化性及び抗菌活性の誘発のためのこれらの化合物の使用を例示することを意図する。従って、実施例は、本発明を例示するが、限定しないことを意図する。具体的に例示されていない追加の化合物は、本明細書に記載の方法と組み合わせて従来の方法を使用して合成され得る。
【実施例】
【０３３４】
実施例１．一般的発酵及び単離プロトコル
細菌株により合成した化合物を、以下の一般的プロトコルを使用して発酵及び単離し得る。
一般的発酵プロトコル
株：ＦＫＢＰリガンド（例：Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３または構造的に類似する化合物及びその類似体）を生成する細菌株、例えばＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｌａｙｓｉｅｎｓｉｓ  ＤＳＭ４１６９７、他の生成種または遺伝子改変された誘導体を、固体培地（例：ＩＳＰ４）上で無菌的に増殖させた。
【０３３５】
ワーキングセルバンク：３０℃にて３〜１４日間にわたり固体培地プレート上で成長させた培養物に由来する胞子または菌糸体を使用して、液体培養物（例：２５０ｍｌエルレンマイヤーフラスコ内の４０ｍｌ  ＡＴＣＣ１７２液体培地）に接種した。培養物を、３０℃にて２〜３日間にわたり振とうしながらインキュベートした。得られた細胞懸濁液を、無菌５０％グリセロールと混合して、１５〜２５％グリセロールの最終濃度を含有する混合物を得た。さらなる使用まで、グリセロール−菌糸体混合物のアリコート（約１ｍｌ）を−８０℃にて無菌クライオバイアル内で保管した。
【０３３６】
一次種培養：一次種培養物（例：２５０ｍＬエルレンマイヤーフラスコ内の４０ｍＬ  ＡＴＣＣ１７２培地）に、１ｍＬワーキングセルバンク懸濁液を接種した。培養物を、３０℃にて２〜３日間にわたり２００〜２２０ｒｐｍにて２インチスローで振とう機上でインキュベートした。
【０３３７】
二次種培養：二次種培養物（例：５００ｍＬエルレンマイヤーフラスコ内の１００〜２００ｍＬ  ＡＴＣＣ１７２）に一次種培養物（５％ｖ／ｖ）を接種し、様々なインキュベーション時間（例：１８〜４８時間）で上記のようにインキュベートした。
【０３３８】
フラスコ内での生成物発酵：生成物発酵を、これらの化合物の生合成を支持する０．５Ｌ生成物培地（例：培地８４３０またはその派生物）を含有する１．８Ｌフェルンバッハまたはエルレンマイヤーフラスコ内で行った。培養物に、上記の通りに調製された種培養物を２〜５％（ｖ／ｖ）で接種し、上記の条件の通りに３〜７日間にわたりインキュベートした。
【０３３９】
バイオリアクター内での生成物発酵：生成物発酵を、ＢｉｏＦｌｏ  ３００モジュールにより制御されたバイオリアクター（７．５Ｌ容量、Ｎｅｗ  Ｂｒｕｎｓｗｉｃｋ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，ＮＪ，ＵＳＡ）内で行った。５Ｌの滅菌培地（例：８４３０及びその派生物）を含有するバイオリアクターに、種培養物（２〜５％、ｖ／ｖ）を接種し、溶存酸素量（例：１０〜５０％）、プロペラスピード（例：２００〜５００ｒｐｍ）、ｐＨ（例：ｐＨ４．５〜７．０）、温度（例：２５〜３５℃）、適切であれば栄養供給などの制御パラメータを用いてまたは用いずに、３〜７日間にわたりインキュベートした。
【０３４０】
ＩＳＰ４（１リットル当たり）
可溶性デンプン．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．１０．０ｇ
リン酸二カリウム．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．１．０ｇ
硫酸マグネシウムＵＳＰ．．．．．．．．．．．．．．．．．．１．０ｇ
塩化ナトリウム．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．１．０ｇ
硫酸アンモニウム．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．２．０ｇ
炭酸カルシウム．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．２．０ｇ
硫酸第一鉄．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．１．０ｍｇ
塩化マンガン．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．１．０ｍｇ
硫酸亜鉛．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．１．０ｍｇ
寒天．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．２０．０ｇ
【０３４１】
【表２】
2020513036.tif 000068
【０３４２】
【表３】
2020513036.tif 000069
【０３４３】
【表４】
2020513036.tif 000070
一般的単離プロトコル
特定の化合物を生成する株の発酵ブロスを、遠心分離により上清及び微生物ペレットに分離した。上清内の標的化合物は、ジクロロメタン（ＤＣＭ）、酢酸エチル（ＥｔＯＡｃ）等の水非混和性溶媒を使用する分配抽出を用いて、またはＨＰ２０、ＨＰ２０ｓｓ等の非極性樹脂と混合することによる固相抽出を用いて、抽出することができる。ペレット内の標的化合物は、エチルＥｔＯＡｃ−メタノール（９：１、ｖ／ｖ）を使用して繰り返し（４回）抽出することができる。微生物抽出物を、真空下での濃縮に備えてプールする。この抽出物に、ＨＰ２０ビーズ（メタノール（ＭｅＯＨ）、ＤＣＭ、アセトニトリル、イソプロパノール（ＩＰＡ）等の有機溶媒を使用する）及び／または元の上清の液／液抽出の有機相から溶出した物質を加えることができる。
【０３４４】
組み合わせた抽出物を、セライトを通して濾過し、真空下で乾燥させて、一次粗製物を得て、この物質を秤量する。一次粗製物を最小限の１００％ＭｅＯＨまたはＤＣＭ及びテトラヒドロフラン（ＴＨＦ）の混合物に溶解する。これに、結合培地、例えばシリカゲル粉末をフラスコにて加え、真空下で再度乾燥させて、順相シリカゲルカラムクロマトグラフィーを行う。カラム床内の粗製物とシリカゲルの比率は、好ましくは約１：５（ｗｔ／ｗｔ）である。粗物質を、ステップ勾配、リニア勾配、またはアイソクラティック溶出条件を使用して、ＲｅｄｉＳｅｐ（登録商標）順相シリカフラッシュカラム上で、分画することができる。溶出溶媒には、ヘキサン、ヘプタン、酢酸エチル、エタノール、アセトン、イソプロパノール、もしくは他の有機溶媒または組み合わせを含むことができる。富化標的化合物（複数可）を有する画分をプールし、乾燥させて、ＬＣ／ＭＳ分析及び／または薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）分析の後、さらに精製する。
【０３４５】
さらなる精製は、順相または特定の分取ＨＰＬＣカラム、例えばＷａｔｅｒｓ  Ｓｐｈｅｒｉｓｏｒｂ  ＣＮ、Ｗａｔｅｒｓ  Ｐｒｅｐ  ＳｉｌｉｃａまたはＫｒｏｍａｃｉｌ  ６０−５ＤＩＯＬを介して達成することができる。溶出溶媒には、また、ヘキサン、ヘプタン、酢酸エチル、エタノール、アセトン、イソプロパノール、もしくは他の有機溶媒、または組み合わせを含むことができる。富化されたまたは純粋な標的化合物（複数可）を有する画分をプールし、乾燥させて、ＬＣ／ＭＳ分析及び／または薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）分析後、さらに精密に検査する。
【０３４６】
追加の精製は、富化物質及び標的化合物の特性、例えば極性、溶解度等の複雑性に応じて各種の逆相分取ＨＰＬＣで達成することができる。分離に使用した逆相分取ＨＰＬＣカラムには、Ｗａｔｅｒｓ  Ｓｕｎｆｉｒｅ  Ｐｒｅｐ  Ｃ１８  ＯＢＤ、Ｗａｔｅｒｓ  Ｘｂｒｉｄｇｅ  Ｐｒｅｐ  Ｃ１８  ＯＢＤ、Ｋｒｏｍａｃｉｌ  Ｃ４、Ｔｈｅｒｍｏ  Ａｃｃｌａｉｍ  Ｐｏｌａｒ  Ａｄｖａｎｔａｇｅ  ２、及びＰｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｌｕｎａ  Ｃ１８が含まれる。共通溶媒系は、０．１％ギ酸または０．０１％トリフルオロ酢酸調整剤または２５ｍＭギ酸アンモニウム緩衝剤を伴うまたは伴わない水及びアセトニトリルまたはメタノールの混合物である。溶出様式は、リニア勾配またはアイソクラティックのいずれかであることができる。純粋な標的化合物（複数可）を有する画分をプールし、乾燥させて、ＬＣ／ＭＳ分析及び／または薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ）分析後、さらに精密に検査する。
【０３４７】
純粋な化合物を含有する画分を、精密検査及び乾燥プロセスに供して、純粋な固体物質を得る。ある特定の標的化合物は、逆相カラムクロマトグラフィー精製後、酢酸エチルまたはジクロロメタンを用いて水性マトリックスから抽出することができる。溶媒除去及び乾燥技術には、ロタバップ、スピードバック、及び凍結乾燥が含まれる。精製した標的化合物の純度及び化学構造は、ＬＣ−ＭＳ（／ＭＳ）及びＮＭＲ技術により決定される。
実施例２．Ｆ２及びＦ３の単離
Ｆ１（標的質量５９５）、Ｆ２（標的質量６０９）、及び化合物３（標的質量６２３）を生成するＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｍａｌａｙｓｉｅｎｓｉｓ（ＮＲＲＬ  Ｂ−２４３１３、ＡＴＣＣ  ＢＡＡ−１３、ＤＳＭ  ４１６９７、ＪＣＭ  １０６７２、ＫＣＴＣ  ９９３４、ＮＢＲＣ  １６４４６、ＣＧＭＣＣ  ４．１９００、ＩＦＯ  １６４４８）の１０Ｌ発酵ブロスを、遠心分離により分離した。Ｆ１及びＦ２は、清澄ブロス及び微生物ペレットの両方に存在する。上清内の標的化合物を、ＥｔＯＡｃを用いて体積比（１：１、ｖ／ｖ）にて１回抽出した。ペレットを、１．５ＬのＥｔＯＡｃ−ＭｅＯＨ（９：１、ｖ／ｖ）を用いて、各抽出に関して１時間〜１．５時間にわたりオーバーヘッド撹拌機で撹拌しながら３回抽出した。有機抽出物を、セライトを通して濾過した。組み合わせた濾液を、乾燥するまで３５℃にて蒸発させて、約３０ｇの粗抽出物を得た。次いで、残渣を、９０ｍＬのＤＣＭ−ＴＨＦ（８０：２０、ｖ／ｖ）に溶解し、これに６０ｇのシリカゲルを加え、真空下３５℃にて乾燥させた。乾燥させた残渣／シリカ混合物を１２０ｇ  ＲｅｄｉＳｅｐシリカゴールドカートリッジに負荷した。化合物を、１００％ヘプタン〜ヘプタン−ＥｔＯＡｃ（６：４、ｖ／ｖ）でリニア勾配を用いて３０分間かけて８５ｍＬ／分で溶出し、Ｔｅｌｅｄｙｎｅ  ＩＳＣＯ  Ｃｏｍｂｉｆｌａｓｈ  Ｒｆ装置で５０ｍＬ／画分で収集した。
【０３４８】
ＴＬＣにより、Ｆ２富化画分を、ヘプタン中２０％〜３０％ＥｔＯＡｃにて溶出した。次いで、プールした画分を、３５℃にて濃縮して、９００ｍｇの富化Ｆ２物質を得て、これをシリカゲルカートリッジでさらに再精製した。約１ｍＬのＤＣＭを使用して、画分を溶解し、１．８ｇのシリカゲルを加えた。乾燥混合物を、８０ｇ  ＲｅｄｉＳｅｐシリカゴールドカートリッジに負荷した。化合物を、１００％ヘプタン〜ヘプタン−ＥｔＯＡｃ（６：４、ｖ／ｖ）でリニア勾配を用いて３０分間かけて６０ｍＬ／分で溶出し、５０ｍＬ／画分で収集した。ＴＬＣにより、純粋な画分２５〜２８を組み合わせて真空下３５℃にて溶媒を除去し、３００ｍｇの純粋なＦ２（ベータ形）を得て、構造解明及び生物学的検査を行った。
Ｆ２：１Ｈ  ＮＭＲ  （５００  ＭＨｚ，  ベンゼン−ｄ６）  δ  ７．２０−７．１３  （ｍ，  ４Ｈ），  ７．０  −７．０５  （ｍ，  １Ｈ），  ５．８２  （ｓ，  １Ｈ），  ５．７９−５．６９  （ｍ，  ２Ｈ），  ５．５１  （ｍ，  １Ｈ），  ５．４６−５．３５  （ｍ，  ３Ｈ），  ４．６０  （ｄ，  Ｊ  ＝  １２  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．９８−３．９０  （ｍ，  １Ｈ），  ３．６３  （ｄｑｄ，  Ｊ  ＝  １３，  ６．５，  ３．０  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．２２  （ｄ，    Ｊ  ＝  ３．６  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．０７  （ｔｄ，  Ｊ  ＝  １２，  ２．８  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．００  （ｔ，  Ｊ  ＝  ９．９  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．９３  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １３，  ４．４  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．６３−２．５４  （ｍ，  ３Ｈ），  ２．２０  （ｄ，  Ｊ  ＝  １３  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．１１−２．０３  （ｍ，  １Ｈ），  １．９９−１．８６  （ｍ，  ２Ｈ），  １．７９−１．７１  （ｍ，  １Ｈ），  １．６８−１．６０  （ｍ，  １Ｈ），  １．５１−１．４７  （ｍ，  １Ｈ），  １．４５  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．６  Ｈｚ，  ３Ｈ），  １．３７  （ｍ，  ４Ｈ），  １．３１  （ｍ，  １Ｈ），  １．３０  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．６  Ｈｚ，  ３Ｈ），  １．２９−１．２２  （ｍ，  ２Ｈ），  １．１６−１．０８  （ｍ，  １Ｈ），  １．０４−０．９４  （ｍ，  １Ｈ），  ０．８２  （ｔ，  Ｊ  ＝  ７．４  Ｈｚ，  ３Ｈ），  ０．６９  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．７  Ｈｚ，  ３Ｈ）．    １３Ｃ  ＮＭＲ  （１２５  ＭＨｚ，  ベンゼン−ｄ６）  δ  ２０９．９，  １６９．７，  １６７．５，  １４１．３，  １３２．２，  １２９．６，  １２９．４，  １２８．７，  １２８．０，  １２７．７，  １２６．４，  ９８．２，  ７９．７，  ７５．５，  ７１．１，  ５１．９，  ４６．９，  ４４．２，  ４４．０，  ４０．４，  ３６．２，  ３５．３，  ３５．３，  ３５．２，  ３４．０，  ３３．３，  ２５．４，  ２５．３，  ２２．５，  ２１．１，  １７．４，  １７．１，  １１．６，  ９．７。ＨＲ−ＭＳ［Ｍ＋Ｎａ］＋：計算値［Ｃ３６Ｈ５１ＮＯ７＋Ｎａ］＋６３２．３５６３、観測値６３２．３５６９。
【０３４９】
ＴＬＣ及びＬＣ−ＭＳ分析により、化合物３富化画分を、ヘプタン中３０％〜４０％ＥｔＯＡｃにて溶出した。次いで、プールした画分を、３５℃にて濃縮して、５００ｍｇの富化化合物３物質を得て、これをＴｈｅｒｍｏ  Ｐｏｌａｒ  Ａｄｖａｎｔａｇｅ  ＩＩカラム（５μｍ、２５０×２１．２ｍｍ）で逆相分取ＨＰＬＣによりさらに再精製した。分取ＨＰＬＣ条件には、水中７０％アセトニトリルプラス０．１％ギ酸、アイソクラティック溶出様式を１５ｍＬ／分にて、２５４ｎｍを含んだ。富化化合物３試料を、繰り返し可能な１０回の注射のために、１０ｍＬメタノールに溶解した。２３．５分での標的化合物３ピークを回収した。分取ＨＰＬＣプール画分からＥｔＯＡｃで抽出し、真空下で有機溶媒を除去した後、２５０ｍｇの純粋な化合物３を得た。続いて、その化学構造を、各種のＬＣ−ＭＳ及びＮＭＲ技術により決定した。
Ｆ３：１Ｈ  ＮＭＲ  （５００  ＭＨｚ，ベンゼン−ｄ６，回転異性体の１：１混合物）  δ  ７．３０  （ｍ，  １Ｈ），  ７．２０−７．１０  （ｍ，  ６Ｈ），  ７．１０−７．０６  （ｍ，  ３Ｈ），  ７．００  （ｍ，  ２Ｈ），  ５．６５−５．５５  （ｍ，  ２Ｈ），  ５．４５  （ｍ，  １Ｈ），  ５．２５−５．１５  （ｍ，  ２Ｈ），  ４．９８  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １５，  ７．３  Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．８９  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  ８．９，  ５．０  Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．６７  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １５，  ８．８  Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．４５  （ｍ，  ２Ｈ），  ４．２０  （ｍ，  １Ｈ），  ４．１３  （ｍ，  １Ｈ），  ３．８７  （ｍ，  １Ｈ），  ３．５７  （ｍ，  ２Ｈ），  ３．３５−３．０５  （ｍ，  ３Ｈ），  ２．７２  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．６５−２．５０  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．５０−２．３０  （ｍ，  ６Ｈ），  ２．０８  （ｍ，  １Ｈ），  １．９３  （ｍ，  １Ｈ），  １．８０−０．９０  （ｍ，  ５０Ｈ）  ［１．７１  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．８  Ｈｚ，  ３Ｈ），  １．５４  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．８  Ｈｚ，  ３Ｈ）］，  １．２４  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．５  Ｈｚ，  ３Ｈ），  １．１８  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．６  Ｈｚ，  ３Ｈ），  １．０８  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．８  Ｈｚ，  ３Ｈ），  １．０１  （ｍ，  Ｊ  ＝  ６．７  Ｈｚ，  ３Ｈ）］，  ０．７３  （ｔ，  Ｊ  ＝  ７．５  Ｈｚ，  ３Ｈ），  ０．６９  （ｔ，  Ｊ  ＝  ７．５  Ｈｚ，  ３Ｈ）．    １３Ｃ  ＮＭＲ  （１２５  ＭＨｚ，ベンゼン−ｄ６）  δ  ２０１．５，  １９９．９，  １９７．８，  １９１．６，  １７０．４，  １６９．５，  １６６．８，  １６６．６，  １４５．４，  １４４．８，  １４０．６，  １４０．５，  １３３．９，  １３１．３，  １２９．７，  １２９．４，  １２９．３，  １２８．８，  １２８．８，  １２８．４，  １２８．３，  １２６．６，  １２６．５，  １２６．０，  １００．０，  ９９．３，  ８０．６，  ７８．２，  ７３．１，  ７２．４，  ７１．７，  ７０．６，  ５７．１，  ５２．６，  ５１．９，  ５１．１，  ４５．８，  ４５．４，  ４４．２，  ４２．５，  ４２．２，  ３９．８，  ３５．８，  ３５．７，  ３５．６，  ３４．１，  ３３．６，  ３３．４，  ２９．９，  ２９．９，  ２９．３，  ２８．２，  ２７．４，  ２７．１，  ２５．１，  ２５．１，  ２２．３，  ２２．２，  ２１．３，  ２１．２，  １６．６，  １６．２，  １４．６，  １３．７，  １１．２，  １１．１，  １０．６，  ９．５。ＨＲ−ＭＳ［Ｍ＋Ｈ］＋：計算値［Ｃ３６Ｈ４９ＮＯ８＋Ｈ］＋６２４．３５３６、観測値６２４．３５４７。
実施例３．Ｆ２２の単離
組み換え株Ｓ１８０６から生成された１０Ｌの発酵ブロスを遠心分離して、ペレット及び上清を得た。ペレットを、１．５ＬのＥｔＯＡｃ−ＭｅＯＨ（９：１、ｖ／ｖ）を用いて３回抽出した。有機溶媒を組み合わせて、真空下で濃縮して、１．８ｇの粗抽出物を得た。これに、２ｍＬのヘプタン−ＴＨＦ（４：１、ｖ／ｖ）を加えて溶解し、次いで２ｇのセライトを加えて、３０℃にてロータリーエバポレータで溶媒を除去した後、乾燥混合物を得た。乾燥残渣／セライト混合物を、４０ｇ  ＲｅｄｉＳｅｐシリカゴールドカートリッジに負荷して、カラムクロマトグラフィーを行った。化合物を、１００％ｎ−ヘプタン〜ヘプタン中４０％ＥｔＯＡｃ（ｖ／ｖ）のリニア勾配溶出を、２５分間にわたって２０ｍＬ／分にて用いて分画し、５０ｍＬ／画分で収集した。Ｆ２２（標的質量６０７）を、ＬＣ−ＭＳ分析により同定された画分１４で主に富化した。次いで、画分１４を３０℃にて真空下で乾燥させて、１７．８ｍｇの固体物質を得て、これをＴｈｅｒｍｏ  Ｐｏｌａｒ  Ａｄｖａｎｔａｇｅ  ＩＩカラム（５μｍ、２５０×２１．２ｍｍ）で分取ＨＰＬＣによりさらに精製した。分取ＨＰＬＣ条件には、水中９０％アセトニトリルプラス０．１％ギ酸、アイソクラティック溶出様式を１５ｍＬ／分にて、２５４ｎｍを含んだ。試料を、繰り返し可能な５回の注射のために、１．７８ｍＬメタノールに溶解した、１１．５分での標的Ｆ２２ピークを回収した。真空下で溶媒を除去した後、３．６４ｍｇの純粋なＦ２２を得た。続いて、その化学構造を各種のＬＣ−ＭＳ／ＭＳ及びＮＭＲ技術により決定した。
実施例４．選択された化合物の合成
計装：
精製は、Ａｇｉｌｅｎｔ  ＳＤ−１システムを使用する分取ＨＰＬＣで行った。
【０３５０】
エレクトロスプレーＬＣ／ＭＳ分析を、Ａｇｉｌｅｎｔ  １２６０シリーズＬＣポンプを備えたＡｇｉｌｅｎｔ  １２６０  Ｉｎｆｉｎｉｔｙシステムを使用して行った。使用した方法は以下の通りである。
分析ＨＰＬＣ法１：
Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｚｏｒｂａｘ  Ｅｘｔｅｎｄ  Ｃ−１８逆相カラム（２．１×５０ｍｍ）、１．８μｍ：
溶媒Ａ：水＋０．１％ギ酸
溶媒Ｂ：アセトニトリル＋０．１％ギ酸
流量：０．５ｍＬ／分
注入容量：５μＬ
カラム温度：４０℃
勾配：
【０３５１】
【表５】
2020513036.tif 000071
分析ＨＰＬＣ法２：
ＴｈｅｒｍｏＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｃｃｌａｉｍ、Ｐｏｌａｒ  Ａｄｖａｎｔａｇｅ  ＩＩ、４．６×１５０ｍｍ、５μｍ
溶媒Ａ：水＋０．１％ギ酸
溶媒Ｂ：アセトニトリル＋０．１％ギ酸
流量：０．８ｍＬ／分
注入容量：５μＬ
カラム温度：４０℃
アイソクラティック：
【０３５２】
【表６】
2020513036.tif 000072
エレクトロスプレーＵＨＰＬＣ／ＭＳを、Ａｇｉｌｅｎｔ  １２９０シリーズＬＣポンプを備えたＡｇｉｌｅｎｔ  １２９０  Ｉｎｆｉｎｉｔｙシステムを使用して行った。使用したカラムは同じであった。
分析ＵＨＰＬＣ法１：
Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｚｏｒｂａｘ  Ｅｘｔｅｎｄ  Ｃ−１８逆相カラム（２．１×５０ｍｍ）、１．８μｍ：
溶媒Ａ：水＋０．１％ギ酸
溶媒Ｂ：アセトニトリル＋０．１％ギ酸
流量：０．５ｍＬ／分
注入容量：５μＬ
カラム温度：４０℃
勾配：
【０３５３】
【表７】
2020513036.tif 000073
精製方法Ａ：ＡＣＣＬＡＩＭ  Ｐｏｌａｒ  Ａｄｖａｎｔａｇｅ  ＩＩ（２１．２×２５０ｍｍ）カラムを使用して行った。流量１７ｍＬ／分、アイソクラティック７０％Ｂ。溶媒Ａは、０．１％ギ酸水溶液とし、溶媒Ｂは、０．１％ギ酸を含有する１００％アセトニトリルとした。
Ｆ１１の合成
（２Ｓ）−１−（（４Ｒ，７Ｓ）−７−（（２Ｒ，３Ｓ，４Ｒ，１１Ｓ，１２Ｒ）−１２−ベンジル−３，１１−ジヒドロキシ−４−メチルテトラデカン−２−イル）−２−ヒドロキシ−４−メチル−３−オキソオキセパン−２−カルボニル）ピぺリジン−２−カルボン酸Ｃ−１１ラクトンの合成。Ｆ１１
【０３５４】
【化５８】
2020513036.tif 000074
窒素下の（２Ｓ）−１−（（４Ｒ，７Ｓ）−７−（（２Ｒ，３Ｓ，４Ｒ，６Ｅ，９Ｅ，１１Ｒ，１２Ｒ）−１２−ベンジル−３，１１−ジヒドロキシ−４−メチルテトラデカ−６，９−ジエン−２−イル）−２−ヒドロキシ−４−メチル−３−オキソオキセパン−２−カルボニル）ピぺリジン−２−カルボン酸Ｃ−１１ラクトン（５ｍｇ、８．２ｕｍｏｌ）及び１０％パラジウム炭素（２ｍｇ）及び撹拌ビーズの混合物に、酢酸エチル（１ｍＬ）を加えた。フラスコに、水素を充填し、１．５時間激しく撹拌した。水素の雰囲気を窒素で置き換え、反応物を、セライトを通して濾過した。セライトパッドを、さらなる酢酸エチルを用いて洗浄し、溶媒を真空下で蒸発させた。残渣を、勾配溶出酢酸エチル：ヘキサン４０：６０〜１００：０でシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して、主題の化合物を得た。
１Ｈ  ＮＭＲ  （ＣＤＣｌ３，  ５００  ＭＨｚ）：  δ  ７．２８  （ｍ，  ２Ｈ），  ７．１９  （ｍ，  １Ｈ），  ７．１３  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．９８  Ｈｚ，  ２Ｈ），  ５．６５  （ｓ，  １Ｈ），  ５．２６  （ｄ，  Ｊ  ＝  ４．９２  Ｈｚ，  １Ｈ），  ５．１１  （ｍ，  １Ｈ），  ４．６７  （ｄ，  Ｊ  ＝  １３．０２  Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．０２  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １０．６７，  １．１３  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．３５  （ｍ，  １Ｈ），  ３．２３−３．１０  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．７２  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １３．８５，  ５．５０  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．５０  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １３．９３，  ９．２５  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．３９  （ｍ，  １Ｈ），  １．９５−１．７３  （ｍ，  ５Ｈ），  １．７１−１．１５  （ｍ，  ２５Ｈ），  １．０３  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．７１  Ｈｚ，  ３Ｈ），  ０．８５  （ｔ，  Ｊ  ＝  ７．４２  Ｈｚ，  ３Ｈ），  ０．７９  （ｄ，  Ｊ  ＝  ６．８２  Ｈｚ，  ３Ｈ）  ｐｐｍ。
１３Ｃ  ＮＭＲ  （ＣＤＣｌ３，  ５００  ＭＨｚ）：  δ  ２１０．５，  １７０．３，  １６７．４，  １４０．５，  １２９．０，  １２８．３，  １２６．０，  ９７．８，  ７９．１，  ７６．９，  ７１．１，  ５２．０，  ４５．９，  ４３．９，  ４３．５，  ３９．９，  ３６．３，  ３５．１，  ３３．１，  ３２．３，  ３１．９，  ２９．１，  ２７．９，  ２７．１，  ２５．８，  ２５．１，  ２３．４，  ２２．１，  ２１．１，  ２０．０，  １７．０，  １６．６，  １１．５，  ８．９  ｐｐｍ。
ＭＳ（ＥＳＩ）：（Ｃ３６Ｈ５５ＮＯ７＋Ｈ）＋に対する計算値６１４．４０５７、実測値６１４．４０６６。
Ｆ２４の合成
（Ｓ）−１−（２−（（２Ｒ，３Ｒ，６Ｓ）−６−（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，６Ｅ，９Ｅ，１１Ｒ，１２Ｒ）−１２−ベンジル−３，１１−ジヒドロキシ−４−メチル−５−オキソテトラデカ−６，９−ジエン−２−イル）−２−ヒドロキシ−３−メチルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−２−イル）−２−オキソアセチル）ピぺリジン−２−カルボン酸Ｃ−１１ラクトンの合成。
【０３５５】
【化５９】
2020513036.tif 000075
窒素下の酢酸エチル（１ｍＬ）中のＦ３（２４．２ｍｇ、３６．７μｍｏｌ）の溶液に、１０％Ｐｄ／Ｃ（１２ｍｇ、５０％ｗ／ｗ）を加えた。フラスコに、水素を充填し、懸濁液を室温にて３０分間撹拌した。水素を窒素で置き換え、次いで、反応混合物を、セライトを通して濾過した。濾過液を、真空下で濃縮して、２４ｍｇの粗生成物を得て、そのうちの、一部分を、方法Ａを使用して精製して、テトラヒドロＷＤＢ−００３を白色固体として得た（１１ｍｇ、４７．８％）。ＴＬＣ：（５０／５０ヘプタン／酢酸エチル）Ｒｆ＝０．４５。
１Ｈ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  Ｃ６Ｄ６，回転異性体の１：０．３混合物，アスタリスク（＊）は、副異性体に関連するピークを表す）  δ  ７．２５−７．０  （ｍ，  ５Ｈ），  ６．１８＊  （ｓ，  １Ｈ），  ５．３３−５．２８（ｍ，  ２Ｈ），  ５．１１＊  （ｄ，  Ｊ  ＝  １２Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．９２＊  （ｍ，  １Ｈ），  ４．４５＊  （ｄ，  Ｊ  ＝  １２Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．２４  （ｍ，  １Ｈ），  ４．０６＊  （ｔｄ，  Ｊ  ＝  ８Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．４０（ｄｄ，  Ｊ  ＝  ４Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．８８  （ｔ，  Ｊ  ＝  ８Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．６５  （ｄ，  Ｊ  ＝  １２Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．３０  （ｔｄ，  Ｊ  ＝  １２Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．０２＊  （ｔｄ，  Ｊ  ＝  １２，  ４  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．８４＊  （ｍ，  １Ｈ），  ２．７４  （ｄｄ，  １６，  ８  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．６５  （ｑ，  ８Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．６１−２．４８  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．３８−２．０９  （ｍ，  ５Ｈ），  １．７３−１．５４  （ｍ，  ６Ｈ），  １．４７−１．０２  （ｍ，  ２８Ｈ），  ０．９０  （ｍ，  ４Ｈ），  ０．８０  （ｔ，  Ｊ  ＝  ８Ｈｚ，  ３Ｈ），  ０．７３＊  （ｔ，  Ｊ  ＝  ８Ｈｚ，  ３Ｈ）  ｐｐｍ。
１３Ｃ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  Ｃ６Ｄ６）  δ：  ２１２．５９，  １９７．５１，  １７０．６４，  １６６．７０，  １４０．９３，  １２９．３９，  １２８．７７，  １２８．１７，  １２７．９４，  １２６．４３，  ９９．３０，  ７６．５４，  ７２．６４，  ７１．６１，  ５２．４６，  ５１．２４，  ４６．４６，  ４５．３０，  ４１．６２，  ４０．８２，  ３６．２０，  ３５．３１，  ３２．０９，  ２９．９６，  ２９．４７，  ２７．６７，  ２６．１７，  ２５．７１，  ２４．９２，  ２２．５７，  ２１．７８，  ２１．５９，  １６．５９，  １３．６８，  １１．４９，  １０．３７  ｐｐｍ。ＭＳ（ＥＳＩ）：（Ｃ３６Ｈ５３ＮＯ８＋Ｎａ）＋に対する計算値６５０．３７、実測値６５０．３。
Ｆ２５の合成
（２Ｓ）−１−（（４Ｒ，７Ｓ）−７−（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，１１Ｓ，１２Ｒ）−１２−ベンジル−３，１１−ジヒドロキシ−４−メチル−５−オキソテトラデカン−２−イル）−２−ヒドロキシ−４−メチル−３−オキソオキセパン−２−カルボニル）ピぺリジン−２−カルボン酸Ｃ−１１ラクトンの合成。
【０３５６】
【化６０】
2020513036.tif 000076
ｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルトリフルオロメタンスルホン酸（６．９μＬ、３０．１μｍｏｌ）を、シリンジにより窒素下のジクロメタン（２ｍＬ）中の（Ｓ）−１−（２−（（２Ｒ，３Ｒ，６Ｓ）−６−（（２Ｒ，３Ｒ，４Ｓ，６Ｅ，９Ｅ，１１Ｒ，１２Ｒ）−１２−ベンジル−３，１１−ジヒドロキシ−４−メチル−５−オキソテトラデカ−６，９−ジエン−２−イル）−２−ヒドロキシ−３−メチルテトラヒドロ−２Ｈ−ピラン−２−イル）−２−オキソアセチル）ピぺリジン−２−カルボン酸Ｃ−１１ラクトン−Ｆ２４（１８．８ｍｇ、３０．１μＬ）及びトリエチルアミン（４．０μＬ、３０．１μＬ）の氷冷溶液に加えた。得られた溶液を、０℃にて１５分間撹拌し、次いで、室温まで２時間自然昇温させた。反応物を０℃まで冷却し、第二の部分のトリエチルアミン（４．０μＬ、３０．１μＬ）及びｔｅｒｔ−ブチルジメチルシリルトリフルオロメタンスルホン酸（６．９μＬ、３０．１μｍｏｌ）を加えた。反応物を、再度室温まで自然昇温させ、窒素下で１６時間撹拌した。ジクロロメタン（１０ｍＬ）及び０．５Ｍ炭酸水素ナトリウム水溶液（１０ｍＬ）を加え、有機層を分離し、５％ブライン溶液（１０ｍＬ）を用いて洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、濾液を真空下で濃縮した。粗生成物を、方法Ａを使用して精製して、出発物質を白色固体（２．５２ｍｇ）として、及び主題の化合物（４．５１ｍｇ）を白色固体として得た。
１Ｈ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  Ｃ６Ｄ６）  δ  ７．２６−７．１６  （ｍ，  ４Ｈ），  ７．０７  （ｔｔ，  Ｊ  ＝  ６．４，  ２  Ｈｚ，  １Ｈ），  ５．５８  （ｓ，  １Ｈ），  ５．３９  （ｄ，  Ｊ  ＝  ４．８  Ｈｚ，  １Ｈ），  ５．１７  （ｍ，  １Ｈ），  ４．６７  （ｄ，  Ｊ  ＝  １２．４  Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．２９  （ｄ，  Ｊ  ＝  １０．８  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．４２  （ｍ，  １Ｈ），  ３．０６  （ｔｄ，  Ｊ  ＝  １１．２，  ２．８  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．９２  （ｔ，  Ｊ  ＝  １０Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．８５  （ｍ，  １Ｈ），  ２．７５  （ｓ，  １Ｈ），  ２．６６  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １４，  ５．６  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．５２  （ｄｄ，  Ｊ  ＝  １４，  ９．２  Ｈｚ，  １Ｈ），  ２．３５  （ｍ，  １Ｈ），  ２．２８  （ｍ，  １Ｈ），  １．８４  （ｍ，  ２Ｈ），  １．６８−１．５９  （ｍ，  ２Ｈ），  １．４６−１．０６  （ｍ，  ２３Ｈ），  ０．８８  （ｍ，  ４Ｈ），  ０．８２  （ｔ，  ３Ｈ，  Ｊ  ＝  ７．２  Ｈｚ）  ｐｐｍ。
１３Ｃ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  Ｃ６Ｄ６）  δ：  ２２６．１５，  ２１０．５３，  ２０９．８，  １７９．０３，  １６７．５９，  １４０．８４，  １２９．４０，  １２８．７７，  １２８．１８，  １２７．９，  １２６．４５，  ９８．１６，  ７９．２１，  ７６．８５，  ７０．４８，  ５２．２０，  ４６．０７，  ４４．４６，  ４３．８８，  ４２．７６，  ３６．６７，  ３５．３０，  ３５．１４，  ３２．８８，  ３０．５３，  ２７．９４，  ２５．４９，  ２５．３２，  ２４．５７，  ２２．３９，  ２１．３６，  ２０．７２，  １６．９８，  １５．１６，  １１．６８，  ９．０８  ｐｐｍ。
ＭＳ（ＥＳＩ）：（Ｃ３６Ｈ５３ＮＯ８＋Ｎａ）＋に対する計算値６５０．３７、実測値６５０．３。
実施例５．シクロスポリン類似体の合成
一般的プロトコル
シクロスポリンの２，０００を超える類似体が、液相ペプチド合成を使用して、例えば、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ  ２０００（６５），２９５１の方法に従って、作成されている。シクロスポリンのアミノ酸配列：シクロ−（Ｄ−Ａｌａ８−ＭｅＬｅｕ９−ＭｅＬｅｕ１０−ＭｅＶａｌ１１−ＭｅＬｅｕ１−Ｎｖａ２−Ｓａｒ３−ＭｅＬｅｕ４−Ｖａｌ５−ＭｅＬｅｕ６−Ａｌａ７）では、Ｄ−Ａｌａ８〜Ｓａｒ３のポリペプチドストレッチは、シクロフィリンＡとの結合の大部分を担う「定常」領域であるとみなすことができる。それゆえ、シクロフィリン結合を保存するシクロスポリン類似体は、ＭｅＬｅｕ４−Ｖａｌ５−ＭｅＬｅｕ６−Ａｌａ７フラグメントに関するテトラペプチドサロゲートの合成、次いで伸長及び環化により作成することができる。
【０３５７】
シクロ−（Ｄ−Ａｌａ８−ＭｅＬｅｕ９−ＭｅＬｅｕ１０−ＭｅＶａｌ１１−ＭｅＬｅｕ１−Ｎｖａ２−Ｓａｒ３−Ｇｌｙ４−Ｇｌｙ５−Ｇｌｙ６−Ｇｌｙ７）の合成に関する特定の実施形態では、Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ−ＯＨ及びＡｌａ−ＯＢｚｌを、２，６−ルチジン及びＢＤＭＰ（５−（１Ｈ−ベンゾトリアゾール−１−イルオキシ）−３，４−ジヒドロ−１−メチル２Ｈ−ピロリウムヘキサクロロアンチモン酸）の存在下でカップリングして、Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−ＯＢｚｌを得る。ジエチルアミンを用いたＦｍｏｃ基の除去及び後続の（ＢＤＭＰにより促進される）Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ−ＯＨとのカップリングにより、Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−ＯＢｚｌを得る。Ｆｍｏｃ除去及びＦｍｏｃ−Ｇｌｙ−ＯＨカップリングをさらに繰り返して、Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−Ｇｌｙ−ＯＢｚｌを得る。この好適に保護されたテトラペプチドを、シクロスポリン類似体であるシクロ−（Ｄ−Ａｌａ８−ＭｅＬｅｕ９−ＭｅＬｅｕ１０−ＭｅＶａｌ１１−ＭｅＬｅｕ１−Ｎｖａ２−Ｓａｒ３−Ｇｌｙ４−Ｇｌｙ５−Ｇｌｙ６−Ｇｌｙ７）へと、Ｌｉ  ｅｔ  ａｌにより提供される方法に従って、産生することができる。
実施例６．本発明の環状ペプチド化合物の合成
一般的プロトコル
Ｉｓｈｉｚａｗａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２０１３（１３５），５４３３により記載される一般的方法を使用することができる。合成定常領域を調製し、その末端はカルボン酸、及び（２−クロロアセトアミド）−アシル化アミン（いずれかの配向）で終わる。続いて、ペプチド可変領域を、標準的なＦｍｏｃ固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）を使用して、Ｆｍｏｃ−Ｇｌｙ−Ｗａｎｇ樹脂から出発して調製する。後の大環状化を生じるように、システイン残基を内側位置にて組み込む。線状ポリペプチドを合成定常領域とカップリングさせ、次いで、トリフルオロ酢酸を使用して樹脂から切断する。大環状化を促進するために、ペプチドを、ＤＭＳＯ中のトリエチルアミンで処理する。
実施例７．シクロフィリンＡへの化合物の結合
シクロフィリンＡへの本発明の化合物の結合を、以下のプロトコルを使用して決定することができる。
一般的プロトコル
このプロトコルは、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒｓ  ＡｌｐｈａＬＩＳＡ技術プラットフォームを利用して、ＦＬＡＧタグ付きシクロフィリンＡへのビオチン化シクロスポリンＡの結合の阻害を測定することにより、シクロスポリン類似体を検出する。
【０３５８】
試薬：１０×ＴＢＳＴ緩衝液（Ｂｏｓｔｏｎ  ＢｉｏＰｒｏｄｕｃｔｓ  ＩＢＢ−１８１）、ビオチン化シクロスポリンＡ（自社製）、ＦＬＡＧタグ付きシクロフィリンＡ（自社製）、抗ＦＬＡＧドナービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＳ１０３）及びストレプトアビジンアクセプタービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＬ１２５）、ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、シクロスポリンＡ（ＬＣ  Ｌａｂｓカタログ番号Ｃ−６０００）。
【０３５９】
装置：Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆリピートピペッター
備品：ホワイト９６ウェルＣｏｒｎｉｎｇハーフエリアプレート（カタログ番号３６４２）、９６ウェルポリプロピレンフルスカート（１８０ｕｌ）ＰＣＲプレート、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター用の９６ウェルＶｉａｆｌｏｗ  Ｐ２０チップ。
【０３６０】
実験プロトコル／アッセイの説明：２０ｕＬの６ｎＭビオチン化ＣｓＡ作業ストックを９６ウェルプレートの各ウェルに加える。１ｕＬの試験化合物（１００％ＤＭＳＯ）をプレートの各ウェルにＪａｎｕｓ  ＭＴＤヘッド及びＰ２０チップを使用して加える（対照ウェルは除く）。１ｕＬのＤＭＳＯを陰性対照ウェルに、そして１ｕＬの５００ｕＭシクロスポリンＡ溶液を陽性対照ウェルに加える。暗所にて、２０ｕＬの組み合わせたドナー／アクセプタービーズを各ウェルに加える。暗所にて３０分間室温でインキュベートする。暗所にて、１０ｕＬの２５ｎＭ  Ｆｌａｇタグ付きＣｙｐＡ作業ストックを各ウェルに加える。暗所にて６０分間室温でインキュベートする。Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２プレートリーダー、Ａｌｐｈａｌｉｓａ９６ウェルプロトコル（６８０励起／６１５発光）で読み取るまで光からプレートを保護する。
【０３６１】
結果：シクロフィリンＡに対する１０４シクロスポリン類似体の結合親和性は、表５に示すように決定した。
【０３６２】
【表８−１】
2020513036.tif 000077
【０３６３】
【表８−２】
2020513036.tif 000078
実施例８．ＦＫＢＰ１２への化合物の結合
ＦＫＢＰ１２への本発明の化合物の結合を、以下のプロトコルを使用して決定することができる。
一般的プロトコル
このプロトコルは、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒｓ  ＡｌｐｈａＬＩＳＡ技術プラットフォームを利用して、ＦＬＡＧタグ付きＦＫＢＰ１２へのビオチン化ＦＫ５０６の結合の阻害を測定することにより、ＦＫＢＰ結合因子を検出する。
【０３６４】
試薬：１０×ＴＢＳＴ緩衝液（Ｂｏｓｔｏｎ  ＢｉｏＰｒｏｄｕｃｔｓ  ＩＢＢ−１８１）、ビオチン化ＦＫ５０６（自社製）、ＦＬＡＧタグ付きＦＫＢＰ（自社製）、抗ＦＬＡＧドナービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＳ１０３）及びストレプトアビジンアクセプタービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＬ１２５）、ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、ＦＫ５０６。
【０３６５】
装置：Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆリピートピペッター
備品：白色９６ウェルＣｏｒｎｉｎｇハーフエリアプレート（カタログ番号３６４２）、９６ウェルポリプロピレンフルスカート（１８０ｕｌ）ＰＣＲプレート、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター用の９６ウェルＶｉａｆｌｏｗ  Ｐ２０チップ。
【０３６６】
実験プロトコル／アッセイの説明：２０ｕＬの１２．５ｎＭ  ＦＫＢＰ−ＦＬＡＧ作業ストックを９６ウェルプレートの各ウェルに加える。１ｕＬの試験化合物（１００％ＤＭＳＯ）をプレートの各ウェルにＪａｎｕｓ  ＭＴＤヘッド及びＰ２０チップを使用して加える（対照ウェルは除く）。１ｕＬのＤＭＳＯを陰性対照ウェルに、そして１ｕＬの５０ｕＭ  ＦＫ５０６溶液を陽性対照ウェルに加える。暗所にて、２０ｕＬの組み合わせたドナー／アクセプタービーズを各ウェルに加える。暗所にて３０分間室温でインキュベートする。暗所にて、１０ｕＬの５ｎＭビオチン化ＦＫ５０６作業ストックを各ウェルに加える。暗所にて６０分間室温でインキュベートする。Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２プレートリーダー、Ａｌｐｈａｌｉｓａ  ９６−ウェルプロトコル（６８０励起／６１５発光）で読み取るまで光からプレートを保護する。
【０３６７】
結果：選択された化合物に関するＦＫＢＰ１２結合を、表６に示すように決定した。
【０３６８】
【表９】
2020513036.tif 000079
実施例９．ＦＫＢＰ１２への化合物の結合を測定するためのＳＰＲプロトコル
このプロトコルは、固定化されたＦＫＢＰ１２（リガンド）への化合物（分析物）の結合に関する速度論（ＫＤ、Ｋａ、Ｋｄ）を決定する方法として表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を利用する。
【０３６９】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、１０×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１００６−７１）、アッセイ緩衝液（１×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液、１％ＤＭＳＯ）、１２×ＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２（自社製）。
【０３７０】
装置：ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）Ｘ１００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
備品：ＮＴＡセンサーチップ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１０００−３４）
実験プロトコル：実験を、２５℃にて行う。１２ＸＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２のストック溶液を、アッセイ緩衝液中で１００ｎＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。おおよそ５００〜６００ＲＵのＦＫＢＰ１２を、活性化ＮＴＡチップの２つのフローセルのうちの１つ上に固定化する。第２のフローセルは、センサーチップへの分析物の非特異的相互作用についての参照として活性化しない。変動濃度の化合物（１ｎＭ〜１μＭ範囲）を、同じアッセイ緩衝液（最終１％ＤＭＳＯ）に段階希釈し、１０μｌ／分の流量でＦＫＢＰ１２表面及び参照表面上に注入する。表面を、３５０ｍＭ  ＥＤＴＡを用いて分析物の注入の間に再生する。
【０３７１】
データフィッティング：データフィッティングのためにＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアプログラムを使用する。全てのデータは、参照フローセル及び緩衝液注入の両方に対して参照を差し引く。速度論的分析のために、データは１：１相互作用モデルにローカルフィッティングする。
【０３７２】
【表１０】
2020513036.tif 000080
実施例１０．ＳＰＲによるＦＫＢＰ１２へのＦ２及びＦ１１の結合の決定
このプロトコルは、固定化されたＦＫＢＰ１２（リガンド）へのＦ２及びＦ１１（分析物）の結合に関する速度論（ＫＤ、Ｋａ、Ｋｄ）を決定する方法として表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を利用する。
【０３７３】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＦ２及びＦ１１（自社製）、１０×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１００６−７１）、アッセイ緩衝液（１×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液、１％ＤＭＳＯ）、１２×ＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２（自社製）。
【０３７４】
装置：ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）Ｘ１００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
備品：ＮＴＡセンサーチップ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１０００−３４）
実験プロトコル：実験を、２５℃にて行う。１２ＸＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２のストック溶液を、アッセイ緩衝液中で１００ｎＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。おおよそ５００〜６００ＲＵのＦＫＢＰ１２を、活性化ＮＴＡチップの２つのフローセルのうちの１つ上に固定化する。第２のフローセルは、センサーチップへの分析物の非特異的相互作用についての参照として活性化しない。変動濃度のＦ２またはＦ１１（１ｎＭ〜１μＭ範囲）を、同じアッセイ緩衝液（最終１％ＤＭＳＯ）に段階希釈し、１０μｌ／分の流量でＦＫＢＰ１２表面及び参照表面上に注入する。表面を、３５０ｍＭ  ＥＤＴＡを用いて分析物の注入の間に再生する。
【０３７５】
データフィッティング：データフィッティングのためにＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアプログラムを使用する。全てのデータは、参照フローセル及び緩衝液注入の両方に対して参照を差し引く。速度論的分析のために、データは１：１相互作用モデルにローカルフィッティングする。
【０３７６】
結果：ＦＫＢＰ１２へのＦ２の結合に関する値は：Ｋａ（１／Ｍｓ）：４．５０×１０４、Ｋｄ（１／ｓ）：５．９４×１０−４、及びＫＤ：１３．２ｎＭである。
ＦＫＢＰ１２へのＦ１１の結合に関する値は：Ｋａ（１／Ｍｓ）：５．６７×１０５、Ｋｄ（１／ｓ）：８．８×１０−３、及びＫＤ：１５．６ｎＭである。
実施例１１．化合物の細胞透過性の決定
化合物の細胞透過性を、以下のプロトコルを使用して決定することができる。
一般的プロトコル
このプロトコルは、改変ＦＫＢＰまたはシクロフィリン不安定化突然変異体を利用して、全細胞アッセイにおいて、ＦＫＢＰ結合化合物またはシクロフィリン結合化合物の生物活性を決定する。
【０３７７】
試薬：ＤＭＥＭ、フェノールレッドを含まないＤＭＥＭ、１０％ＦＢＳ、１×ピルビン酸ナトリウム、１×グルタマックス。化合物を伴う１２５μｌの培地をウェル毎に加える。
【０３７８】
装置：Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆリピートピペッター
備品：白色９６ウェルＣｏｒｎｉｎｇハーフエリアプレート（カタログ番号３６４２）、９６ウェルポリプロピレンフルスカート（１８０ｕｌ）ＰＣＲプレート、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター用の９６ウェルＶｉａｆｌｏｗ  Ｐ２０チップ。
【０３７９】
実験プロトコル／アッセイの説明：ＨｅＬａ−ＦＫＢＰ１２細胞（ＦＫＢＰ結合化合物に関する）またはＨｅＬａ−シクロフィリンＡ細胞（シクロフィリン結合化合物に関する）をプレーティングし、５ｋ／ウェルで一晩播種する（おおよそ約１８時間）。マルチチャネルピペットを使用して、古い培地を取り出し、化合物を伴う約１２５ｕｌの新しい培地を加える。化合物を、フェノールレッドを含まないＤＭＥＭ、１０％ＦＢＳ、１×ピルビン酸ナトリウム、１×グルタマックスを使用して希釈する。化合物を伴う１２５μｌの培地をウェル毎に加える。細胞を、化合物を濃度：３０、１０、３．３３、１．１１、０．３７、０．１２、０．０４及び０．０１３ｕＭにて用いて処理する。時点を７２時間で取得し、プレートを、プレートリーダーを使用して励起／発光：５７５／６２０で読み取る。
【０３８０】
計算：細胞結合／透過性を、変化倍率で計算する（処理試料の総ＲＦＵ／ＤＭＳＯ処理試料の総ＲＦＵまたはバックグラウンドを超える総ＲＦＵ（総ＲＦＵからＤＭＳＯ処理試料の総ＲＦＵを減算する）。
【０３８１】
結果：細胞透過性データを、表８に示すように、選択された化合物に関してまとめた。
【０３８２】
【表１１】
2020513036.tif 000081
実施例１２．標的タンパク質へのプレゼンタータンパク質／化合物複合体の結合
標的タンパク質への本発明のプレゼンタータンパク質／化合物複合体の結合を、以下のプロトコルを使用して決定することができる。
シクロフィリンＡ複合体に関する一般的プロトコル
このプロトコルは、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒｓ  ＡｌｐｈａＬＩＳＡ技術プラットフォームを利用して、６×ＨＩＳタグ付き標的タンパク質＋ＦＬＡＧタグ付きシクロフィリンＡ及びシクロスポリン化合物の結合を測定することにより、シクロスポリン類似体を検出する。
【０３８３】
試薬：１０×ＴＢＳＴ緩衝液（Ｂｏｓｔｏｎ  ＢｉｏＰｒｏｄｕｃｔｓ  ＩＢＢ−１８１）、ＭｇＣｌ２（Ｓｉｇｍａｎ）、６×ＨＩＳタグ付き標的タンパク質（自社製）、ＦＬＡＧタグ付きシクロフィリンＡ（自社製）、抗ＦＬＡＧドナービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＳ１０３）及びストレプトアビジンアクセプタービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＬ１２５）、ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、シクロスポリンＡ（ＬＣ  Ｌａｂｓカタログ番号Ｃ−６０００）。
【０３８４】
装置：Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆリピートピペッター。
備品：白色９６ウェルＣｏｒｎｉｎｇハーフエリアプレート（カタログ番号３６４２）、９６ウェルポリプロピレンフルスカート（１８０ｕｌ）ＰＣＲプレート、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター用の９６ウェルＶｉａｆｌｏｗ  Ｐ２０チップ。
【０３８５】
実験プロトコル／アッセイの説明：２０ｕＬの２５０ｎＭ  ６×ＨＩＳタグ付き標的タンパク質作業ストックを、９６ウェルプレートの各ウェルに加える。１ｕＬの試験化合物（１００％ＤＭＳＯ）をプレートの各ウェルにＪａｎｕｓ  ＭＴＤヘッド及びＰ２０チップを使用して加える（対照ウェルは除く）。１ｕＬのＤＭＳＯを対照ウェルに加える。暗所にて、２０ｕＬの組み合わせたドナー／アクセプタービーズを各ウェルに加える。暗所にて３０分間室温でインキュベートする。暗所にて、１０ｕＬの１０ｕＭ  Ｆｌａｇタグ付きＣｙｐＡ作業ストックを各ウェルに加える。暗所にて６０分間室温でインキュベートする。Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２プレートリーダー、Ａｌｐｈａｌｉｓａ  ９６−ウェルプロトコル（６８０励起／６１５発光）で読み取るまで光からプレートを保護する。
ＦＫＢＰ１２複合体に関する一般的プロトコル
このプロトコルは、Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒｓ  ＡｌｐｈａＬＩＳＡ技術プラットフォームを利用して、６×ＨＩＳタグ付き標的タンパク質＋ＦＬＡＧタグ付きＦＫＢＰ１２及びＦＫＢＰ結合化合物の結合を測定することにより、化合物を検出する。
【０３８６】
試薬：１０×ＴＢＳＴ緩衝液（Ｂｏｓｔｏｎ  ＢｉｏＰｒｏｄｕｃｔｓ  ＩＢＢ−１８１）、ＭｇＣｌ２（Ｓｉｇｍａｎ）、６×ＨＩＳタグ付き標的タンパク質（自社製）、ＦＬＡＧタグ付きＦＫＢＰ１２（自社製）、抗ＦＬＡＧドナービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＳ１０３）及びストレプトアビジンアクセプタービーズ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ  ＡＬ１２５）、ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、ＦＫ５０６。
【０３８７】
装置：Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター、Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆリピートピペッター。
備品：白色９６ウェルＣｏｒｎｉｎｇハーフエリアプレート（カタログ番号３６４２）、９６ウェルポリプロピレンフルスカート（１８０ｕｌ）ＰＣＲプレート、Ｊａｎｕｓ  ＭＴＤヘッドピペッター用の９６ウェルＶｉａｆｌｏｗ  Ｐ２０チップ。
【０３８８】
実験プロトコル／アッセイの説明：２０ｕＬの２５０ｎＭ  ６×ＨＩＳタグ付き標的タンパク質作業ストックを、９６ウェルプレートの各ウェルに加える。１ｕＬの試験化合物（１００％ＤＭＳＯ）をプレートの各ウェルにＪａｎｕｓ  ＭＴＤヘッド及びＰ２０  チップを使用して加える（対照ウェルは除く）。１ｕＬのＤＭＳＯを対照ウェルに加える。暗所にて、２０ｕＬの組み合わせたドナー／アクセプタービーズを各ウェルに加える。暗所にて３０分間室温でインキュベートする。暗所にて、１０ｕＬの１０ｕＭ  Ｆｌａｇタグ付きＦＫＢＰ１２作業ストックを各ウェルに加える。暗所にて６０分間室温でインキュベートする。Ｂｉｏｔｅｋ  Ｓｙｎｅｒｇｙ２プレートリーダー、Ａｌｐｈａｌｉｓａ  ９６−ウェルプロトコル（６８０励起／６１５発光）で読み取るまで光からプレートを保護する。
実施例１３．ＳＰＲによる標的タンパク質へのプレゼンタータンパク質／化合物複合体の結合の決定
このプロトコルは、固定化されたＦＫＢＰ１２−化合物二元複合体（リガンド）への哺乳類標的タンパク質（分析物）の結合に関する速度論（ＫＤ、Ｋａ、Ｋｄ）を決定する方法として表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を利用する。
【０３８９】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、１０×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１００６−７１）、アッセイ緩衝液（１×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液、１％ＤＭＳＯ、１μＭ  Ｆ２）、１２×ＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２（自社製）、哺乳類標的タンパク質（自社製）。
【０３９０】
装置：ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）Ｘ１００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
備品：ＮＴＡセンサーチップ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１０００−３４）
実験プロトコル：実験を、２５℃にて行う。１２ＸＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２のストック溶液を、１μＭ化合物を含有するアッセイ緩衝液中で１００ｎＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。おおよそ２００〜４００ＲＵのＦＫＢＰ１２を、活性化ＮＴＡチップの２つのフローセルのうちの１つ上に固定化する。第２のフローセルは、センサーチップへの分析物の非特異的相互作用についての参照として活性化しない。変動濃度の標的タンパク質（１ｎＭ〜１μＭ範囲）を、１μＭ化合物（最終１％ＤＭＳＯ）を含有する同じアッセイ緩衝液に段階希釈し、１０μｌ／分の流量でＦＫＢＰ１２表面及び参照表面上に注入する。表面を、３５０ｍＭ  ＥＤＴＡを用いて分析物の注入の間に再生する。
【０３９１】
データフィッティング：データフィッティングのためにＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアプログラムを使用する。全てのデータは、参照フローセル及び緩衝液注入の両方に対して参照を差し引く。速度論的分析のために、データは１：１相互作用モデルにローカルフィッティングする。
実施例１４．ＳＰＲによるＣＥＰ２５０へのＦＫＢＰ１２／Ｆ２複合体の結合の決定
このプロトコルは、固定化されたＦＫＢＰ１２−Ｆ２二元複合体（リガンド）へのＣＥＰ２５０（分析物）の結合に関する速度論（ＫＤ、Ｋａ、Ｋｄ）を決定する方法として表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）を利用する。
【０３９２】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＦ２（自社製）、１０×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１００６−７１）、アッセイ緩衝液（１×ＨＢＳ−Ｐ＋緩衝液、１％ＤＭＳＯ、１μＭ  Ｆ２）、１２×ＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２（自社製）、ＣＥＰ２５０２９．２（残基１９８２〜２２３１）及びＣＥＰ２５０１１．４（残基２１３４〜２２３１）（自社製）。
【０３９３】
装置：ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）Ｘ１００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
備品：ＮＴＡセンサーチップ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ  ＢＲ−１０００−３４）
実験プロトコル：実験を、２５℃にて行う。１２ＸＨＩＳタグ付きＦＫＢＰ１２のストック溶液を、１μＭ  Ｆ２を含有するアッセイ緩衝液中で１００ｎＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。おおよそ２００〜４００ＲＵのＦＫＢＰ１２を、活性化ＮＴＡチップの２つのフローセルのうちの１つ上に固定化する。第２のフローセルは、センサーチップへの分析物の非特異的相互作用についての参照として活性化しない。変動濃度のＣＥＰ２５０（１ｎＭ〜１μＭ範囲）を、１μＭ  Ｆ２（最終１％ＤＭＳＯ）を含有する同じアッセイ緩衝液に段階希釈し、１０μｌ／分の流量でＦＫＢＰ１２表面及び参照表面上に注入する。表面を、３５０ｍＭ  ＥＤＴＡを用いて分析物の注入の間に再生する。
【０３９４】
データフィッティング：データフィッティングのためにＢｉａＥｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアプログラムを使用する。全てのデータは、参照フローセル及び緩衝液注入の両方に対して参照を差し引く。速度論的分析のために、データは１：１相互作用モデルにローカルフィッティングする。
【０３９５】
結果：ＣＥＰ２５０１１．４及びＣＥＰ２５０２９．２へのＦＫＢＰ１２／Ｆ２複合体の結合に関するｋ値は：それぞれ、Ｋａ（１／Ｍｓ）：５．７１×１０５、Ｋｄ（１／ｓ）：３．０９×１０−３、及びＫＤ：５．４ｎＭ及びＫａ（１／Ｍｓ）：３．１１×１０５、Ｋｄ（１／ｓ）：９．２５×１０−５、及びＫＤ：０．２９ｎＭである。
実施例１５．ＩＴＣによる標的タンパク質へのプレゼンタータンパク質／化合物複合体の結合の決定
一般的プロトコル
このプロトコルは、等温滴定型熱量測定（ＩＴＣ）を利用して、標的タンパク質へのプレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ、シクロフィリン）−化合物二元複合体の結合に関連する熱変化を直接測定する。熱変化の測定は、会合定数（Ｋａ）、反応化学量論（Ｎ）、及び結合エンタルピーの変化（ΔＨ）の正確な決定を可能とする。
【０３９６】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、タンパク質緩衝液（１０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、７５ｍＭ  ＮａＣｌ、０．５ｍＭ  ＴＣＥＰ）、アッセイ緩衝液（タンパク質緩衝液＋１％ＤＭＳＯ）、プレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ、シクロフィリン）（自社製）、標的タンパク質（自社製）。
【０３９７】
装置：ＭｉｃｒｏＣａｌ（商標）ＩＴＣ２００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
実験プロトコル：プレゼンタータンパク質（例えば、ＦＫＢＰ、シクロフィリン）ストック溶液を、アッセイ緩衝液中１０μＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。化合物をプレゼンタータンパク質に加えて、２０μＭとし（最終１％ＤＭＳＯ）、５〜１０分のプレインキュベーション時間の後、二元複合体をＩＴＣデバイスの反応セルに充填する。標的タンパク質ストックを、アッセイ緩衝液中５０μＭに希釈し、２０μＭ化合物を補充し（最終１％ＤＭＳＯ）、その後、注入シリンジに充填する。化合物の不在下での対照実験も行って、シリンジから反応セルへと注入する際、操作のアーチファクト及び滴定剤の希釈に伴う熱を決定する。データ収集及び分析は、ＣＥＰ２５０へのＦＫＢＰ１２−Ｆ２及びＦＫＢＰ１２−Ｆ１１二元複合体の結合に関して記載する通りである。
実施例１６．ＩＴＣによるＣＥＰ２５０へのＦＫＢＰ１２／Ｆ２及びＦＫＢＰ１２／Ｆ２複合体の結合の決定
このプロトコルは、等温滴定型熱量測定（ＩＴＣ）を利用して、ＣＥＰ２５０へのＦＫＢＰ１２−Ｆ２及びＦＫＢＰ１２−Ｆ１１二元複合体の結合に関連する熱変化を直接測定する。熱変化の測定は、会合定数（Ｋａ）、反応化学量論（Ｎ）、及び結合エンタルピーの変化（ΔＨ）の正確な決定を可能とする。
【０３９８】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＦ２及びＦ１１（自社製）、タンパク質緩衝液（１０ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、７５ｍＭ  ＮａＣｌ、０．５ｍＭ  ＴＣＥＰ）、アッセイ緩衝液（タンパク質緩衝液＋１％ＤＭＳＯ）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、ＣＥＰ２５０２９．４（残基１９８２〜２２３１）及びＣＥＰ２５０１１．４（残基２１３４〜２２３１）（自社製）。
【０３９９】
装置：ＭｉｃｒｏＣａｌ（商標）ＩＴＣ２００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
実験プロトコル：ＦＫＢＰ１２ストック溶液を、アッセイ緩衝液中１０μＭに希釈する（最終１％ＤＭＳＯ）。化合物をＦＫＢＰ１２に加えて、２０μＭとし（最終１％ＤＭＳＯ）、５〜１０分のプレインキュベーション時間の後、二元複合体をＩＴＣデバイスの反応セルに充填する。ＣＥＰ２５０タンパク質ストックを、アッセイ緩衝液中５０μＭに希釈し、２０μＭ化合物を補充し（最終１％ＤＭＳＯ）、その後、注入シリンジに充填する。化合物の不在下での対照実験も行って、シリンジから反応セルへと注入する際、操作のアーチファクト及び滴定剤の希釈に伴う熱を決定する。より詳細な実験パラメータを、下記の表１１及び１２に示す。
【０４００】
【表１２】
2020513036.tif 000082
【０４０１】
【表１３】
2020513036.tif 000083
データフィッティング：以下の手順に従って、Ｏｒｉｇｉｎ  ＩＴＣ２００ソフトウェアを用いてデータのフィッティングを行った。
１）生データの読込み
２）「ｍＲａｗＩＴＣ」：積分ピーク及びベースラインを調整して、全てのピークを積分する
３）「デルタＨ」−データコントロール：不良データを除去し（注入番号１及び他のアーチファクト）、直線を差し引く（バックグラウンド差し引き）。
４）「デルタＨ」−モデルフィッティング：部位モデルの１セットを選択し、カイ二乗がさらに低下しなくなるまで、レーベンバーグ−マーカートアルゴリズムを用いてフィッティングを行い、「ｄｏｎｅ」で終了する（パラメータＮ、Ｋａ、及びΔΗは、フィッティングに基づいて算出される）。
【０４０２】
ＣＥＰ２５０へのＦＫＢＰ１２−Ｆ２及びＦＫＢＰ１２−Ｆ１１二元複合体の結合に関するＩＴＣ測定値を、下記の表１１にまとめる。
【０４０３】
【表１４】
2020513036.tif 000084
結果：全体として、ＣＥＰ２５０１１．４及びＣＥＰ２５０２９．４に結合するＦＫＢＰ１２−Ｆ２及びＦＫＢＰ１２−Ｆ１１二元複合体に関するデータは、類似の相互作用パラメータを示す。Ｋｄ値は全ての組み合わせで類似していた。全ての相互作用は、ほとんど同一の熱力学的プロファイルを示し、ここで結合は、純粋エンタルピー結合モードにより特徴付けられる（−Ｔ＊ΔＳ項は正であり、ギブズ自由エネルギーに寄与しない）。全ての相互作用に関する結合化学量論は、Ｎ＝０．５〜０．６であり、ＣＥＰ２５０１１．４／化合物１／ＦＫＢＰ１２の結晶構造において証明されるように、１つのＣＥＰ２５０ホモ二量体が２つのＦＫＢＰ１２分子に結合する１：２の結合比を支持する。
実施例１７．三元複合体の結晶学的な構造決定
一般的プロトコル
このプロトコルは、特定のＦＫＢＰ１２−化合物−標的タンパク質三元複合体の結晶化、及びこの三元複合体の構造に関する構造決定方法を記載する。
【０４０４】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中の化合物（自社製）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、及び哺乳類標的タンパク質（自社製）。
装置：Ｓｕｐｅｒｄｅｘ  ２００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
実験プロトコル：３：１過剰モルの化合物を、１２．５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ  ｐＨ７．４、７５ｍＭ  ＮａＣｌ緩衝液中のＦＫＢＰ１２に加え、一晩４℃にてインキュベートした。３：１過剰モルのＦＫＢＰ１２−化合物二元複合体を、標的タンパク質に加え、４℃にて一晩インキュベートして、三元複合体形成を完了する。純粋な三元複合体を、１２．５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ  ｐＨ７．４、７５ｍＭ  ＮａＣｌ中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ  ２００カラム上でゲル濾過精製によって単離する。精製した複合体（１０〜２０ｍｇ／ｍｌ）を、様々な緩衝液、界面活性剤及び塩類溶液を使用して、シッティングドロップ蒸気拡散法を使用して、２２℃にて結晶化に供する。データ収集のために、結晶を、２０〜２５％グリセロールを補充した母液を含有する溶液に移し、次いで、液体窒素中で冷凍する。回折データセットを、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｐｈｏｔｏｎ  Ｓｏｕｒｃｅ（ＡＰＳ）にて収集し、ＨＫＬプログラムで処理する。分子置換溶液を、ＣＣＰ４スイートのプログラムＰＨＡＳＥＲを使用して、ＦＫＢＰ１２（ＰＤＢ−ＩＤ  １ＦＫＤ）の公開構造を検索モデルとして使用して得る。それに続くモデル構築及び精密化は、ソフトウェアパッケージＣＣＰ４及びＣＯＯＴを用いて標準的なプロトコルに従って行う。
実施例１８．ＣＥＰ２５０とＦＫＢＰ１２／Ｆ２及びＦＫＢＰ１２／Ｆ１１複合体の三元複合体の結晶学的な構造決定
このプロトコルは、ＦＫＢＰ１２−化合物（Ｃｏｍｏｕｎｄ）２−ＣＥＰ２５０及びＦＫＢＰ１２−Ｆ１１−ＣＥＰ２５０三元複合体の結晶化、及びこの三元複合体の構造に関する構造決定方法を記載する。
【０４０５】
試薬：１００％ＤＭＳＯ中のＦ２及びＦ１１（自社製）、ＦＫＢＰ１２（自社製）、及びＣＥＰ２５０１１．４（残基２１３４〜２２３１）（自社製）。
装置：Ｓｕｐｅｒｄｅｘ  ２００（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）
実験プロトコル：３：１過剰モルのＦ２またはＦ１１を、１２．５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ  ｐＨ７．４、７５ｍＭ  ＮａＣｌ緩衝液中のＦＫＢＰ１２に加え、一晩４℃にてインキュベートする。３：１過剰モルのＦＫＢＰ１２−Ｆ２またはＦＫＢＰ１２−Ｆ１１二元複合体をＣＥＰ２５０１１．４に加え、４℃にて一晩インキュベートして、三元複合体形成を完了する。純粋な三元複合体を、１２．５ｍＭ  ＨＥＰＥＳ  ｐＨ７．４、７５ｍＭ  ＮａＣｌ中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ  ２００カラム上でゲル濾過精製によって単離する。精製した複合体（１０〜２０ｍｇ／ｍｌ）を、シッティングドロップ蒸気拡散法を使用して２２℃にて結晶化に供する。ＦＫＢＰ１２−Ｆ２−ＣＥＰ２５０結晶を、０．２Ｍマロン酸ナトリウム、０．１Ｍ  ＨＥＰＥＳ７．０、２１％ＰＥＧ  ３３５０を含有するウェル溶液中で成長させる。ＦＫＢＰ１２−Ｆ１１−ＣＥＰ２５０結晶を、０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ  ｐＨ８．５、０．２ＭトリメチルアミンＮ−オキシド、２２〜２４％ＰＥＧ２０００  ＭＭＥを含有するウェル溶液中で成長させる。データ収集のために、結晶を、２０〜２５％グリセロールを補充した母液を含有する溶液に移し、次いで、液体窒素中で冷凍する。回折データセットを、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｐｈｏｔｏｎ  Ｓｏｕｒｃｅ（ＡＰＳ）にて収集し、ＨＫＬプログラムで処理する。分子置換溶液を、ＣＣＰ４スイートのプログラムＰＨＡＳＥＲを使用して、ＦＫＢＰ１２（ＰＤＢ−ＩＤ  １ＦＫＤ）の公開構造を検索モデルとして使用して得る。それに続くモデル構築及び精密化は、ソフトウェアパッケージＣＣＰ４及びＣＯＯＴを用いて標準的なプロトコルに従って行う。
【０４０６】
結果：ＦＫＢＰ１２−Ｆ２−ＣＥＰ２５０の全体構造：ＦＫＢＰ１２とＣＥＰ２５０がＦ２と複合体である構造では、２つのＦＫＢＰ１２モノマーが、ＣＥＰ２５０のホモ二量体に結合している。２つのＣＥＰ２５０モノマーは、コイルドコイル構造を形成する。非対称単位上に４つのヘテロ二量体が存在し、全体的な立体配座は基本的には同じである。モデルは、ＦＫＢＰ１２の残基Ｍｅｔ１〜Ｇｌｕ１０８及びＣＥＰ２５０のＡｓｐ２１４２〜Ｈｉｓ２２２８を含む。電子密度は、リガンドの配向及び立体配座を含む、リガンドＦ２に関する明確な結合様式を示す。
【０４０７】
Ｆ２の結合に関与するＣＥＰ２５０残基は、Ｌ２１９０、Ｑ２１９１、Ｖ２１９３、Ａ２１９４、Ｍ２１９５、Ｆ２１９６、Ｌ２１９７、及びＱ２１９８である。ＦＫＢＰ１２への結合に関与するＣＥＰ２５０残基は、Ａ２１８５、Ｓ２１８６、Ｓ２１８９、Ｑ２１９１、Ｍ２１９５、Ｑ２１９８、Ｖ２２０１、Ｌ２２０２、Ｒ２２０４、Ｄ２２０５、Ｓ２２０６、Ｑ２２０８、Ｑ２２０９、及びＱ２２１２である。
【０４０８】
三元複合体の総埋没表面積は、１７５９Å２である。ＣＥＰ２５０の総埋没表面積は、８６５Å２であり、そのうち６６３Å２はＦＫＢＰ１２が寄与し、２３２Å２はＦ２が寄与する。
【０４０９】
Ｆ２及びＣＥＰ２５０間の三元複合体における結合相互作用の１００％は、ファンデルワールスまたはパイ−パイ相互作用である。比較して、ラパマイシン及びｍＴＯＲ間の結合相互作用の１００％は、ファンデルワールスまたはパイ−パイ相互作用であり、ＦＫ５０６及びカルシニューリン間の結合相互作用の８９％は、ファンデルワールスまたはパイ−パイ相互作用であり、残りの１１％は、水素結合である（Ｃ１３及びＣ１５  ＯＭｅからＴｒｐ  ３５２  Ｎ−Ｈへの２つのＨ結合）。
【０４１０】
ＦＫＢＰ１２−Ｆ１１−ＣＥＰ２５０の全体構造：ＦＫＢＰ１２とＣＥＰ２５０がＦ１１と複合体である構造では、１つのＦＫＢＰ１２モノマーが、ＣＥＰ２５０のホモ二量体に結合している。２つのＣＥＰ２５０モノマーは、コイルドコイル構造を形成する。結晶は、ヘテロ三量体（１つのＦＫＢＰ１２及び２つのＣＥＰ２５０）を非対称単位にて含有する。モデルは、ＦＫＢＰ１２の残基Ｍｅｔ１〜Ｇｌｕ１０８及びＣＥＰ２５０のＳｅｒ２１４３〜Ｈｉｓ２２２８を含む。ＦＫＢＰ１２の１つの短いループ領域（１８〜１９）は、電子密度によって完全に規定されず、モデルに含んでいない。電子密度は、リガンドの配向及び立体配座を含む、リガンドＦ１１に関する明確な結合様式を示す。
【０４１１】
Ｆ２の結合に関与するＣＥＰ２５０残基は、Ｌ２１９０、Ｑ２１９１、Ｖ２１９３、Ａ２１９４、Ｍ２１９５、Ｆ２１９６、Ｌ２１９７、及びＱ２１９８である。ＦＫＢＰ１２への結合に関与するＣＥＰ２５０残基は、Ｑ２１８２、Ａ２１８５、Ｓ２１８６、Ｓ２１８９、Ｑ２１９１、Ｍ２１９５、Ｑ２１９８、Ｖ２２０１、Ｌ２２０２、Ｒ２２０４、Ｄ２２０５、Ｓ２２０６、Ｑ２２０８、Ｑ２２０９、及びＱ２２１２である。
【０４１２】
三元複合体の総埋没表面積は、１６４８Å２である。ＣＥＰ２５０の総埋没表面積は、８３１Å２であり、そのうち５９０Å２はＦＫＢＰ１２が寄与し、２４１Å２はＦ２が寄与する。
【０４１３】
最終構造の統計を、下記の表１２及び１３に列挙する。
【０４１４】
【表１５】
2020513036.tif 000085
【０４１５】
【表１６】
2020513036.tif 000086
実施例１９．架橋基を含む化合物の合成
アクリルアミド含有シクロスポリン類似体の合成
【０４１６】
【化６１】
2020513036.tif 000087
全ての試薬及び溶媒は、Ｓｉｎｏｐｈａｒｍ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅａｇｅｎｔ  Ｃｏ．Ｌｔｄから購入した。Ｆｍｏｃ−アミノ酸、ＨＡＴＵ、ＨＯＡＴ、Ｈ−Ａｌａ−２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）樹脂（０．３６ｍｍｏｌ／ｇ）、Ｈ−Ｌｅｕ−２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）樹脂（０．３０ｍｍｏｌ／ｇ）、Ｈ−Ｐｈｅ−２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）樹脂（０．３５ｍｍｏｌ／ｇ）及びＨ−Ｔｈｒ（ｔＢｕ）−２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）樹脂（０．３６ｍｍｏｌ／ｇ）は、ＧＬ  Ｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓｈａｎｇｈａｉ）Ｌｔｄから購入した。
【０４１７】
直鎖ペプチドのカップリングを、自動合成機上で標準のＦｍｏＣ  ＳＰＳＳ手順を使用して実行した。
一般方法Ａ：直鎖ペプチドを、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機を０．０２５ｍｍｏｌの樹脂のスケールで使用することにより合成した。一般的プロトコルは以下の通りである：２×ＮＭＰ、３０秒、ＮＭＰ中１×２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ピペリジン、１５分、５×ＮＭＰ、３０秒、ＮＭＰ中アミノ酸（３当量）溶液を、樹脂を含有する容器へと加え、その後、ＤＭＦ中のＨＡＴＵ及びＤＩＥＡの溶液をそれぞれ加え、４５分間カップリングした、３×ＮＭＰ、３０秒。二重カップリング戦略を全てのアミノ酸に適用した。
一般方法Ｂ：Ｂｏｃ−７ｍｅｒの付加
カップリングを、Ｂｏｃ−７ｍｅｒの量が１．５当量であることを除いてアミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。１回のカップリングのみが必要であった。
一般方法Ｃ：ｉｖＤｄｅ保護基の除去。
【０４１８】
Ｄａｐ側鎖上のｉｖＤｄｅ保護基の除去を、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。一般的プロトコル：ＮＭＰ中の２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ヒドラジン一水和物の溶液を、樹脂を含有する容器に加えた。容器を、３０分間振とうした。樹脂を排出し、５×５ｍＬ（３０秒）のＮＭＰを用いてすすいだ。
一般方法Ｄ：Ｄａｐの側鎖アミノ基上のアクリル酸の付加。
【０４１９】
カップリングを、アミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。二重カップリング戦略を適用した。
一般方法Ｅ：側鎖保護基の脱保護及び樹脂からの最終切断。
【０４２０】
全体的な脱保護及び樹脂からの切断を、ＴＦＡカクテルにより１〜２時間室温にて達成した。切断カクテル（ＴＦＡ／ＴＩＰＳ／Ｈ２Ｏ、９５／２．５／２．５）または（ＴＦＡ／ＤＣＭ／ＴＩＰＳ、４０：６０：１）を最終切断のために使用することができる。大半の溶媒を減圧下で除去し、残渣を真空下で濃縮して微量溶媒を除去した。得られた残渣をさらに精製せずに次の環化で直接使用した。
一般方法Ｆ：直鎖ペプチドの環化
粗直鎖ペプチドを、乾燥ＤＣＭに溶解して、最終濃度を０．１Ｍとした。次いで、ＨＡＴＵ（３当量）、ＨＯＡｔ（３当量）及びＤＩＥＡ（６当量）を加えた。反応混合物を一晩撹拌し、次いで、ＥＳＩ−ＬＣＭＳによりモニターした。溶媒を減圧下で濃縮し、残渣をＮＭＰに溶解し、分取ＨＰＬＣにより精製した。シクロ−ペプチドを、ＥＳＩ−ＬＣＭＳにより同定した。
【０４２１】
逆相ＨＰＬＣ。Ａｃｃｕｃｏｒｅ  Ｃ１８カラム（２．６μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ）を流量１ｍＬ／分で、分析ＲＰ−ＨＰＬＣに使用した。ＸｓｅｌｅｃｔペプチドＣＳＨカラム（５ｕｍ、１９ｍｍ×１５０ｍｍ）を、分取ＲＰ−ＨＰＬＣに使用した。移動相Ａ：水（０．１％ギ酸）、移動相Ｂ：ＡＣＮ、流量：２０ｍＬ／分、勾配：１６分で２５％Ｂから９５％Ｂ。
シクロ［７ｍｅｒ−ＮＭＡＬＡ−Ｄａｐ−ｄ−ｎｍａｌａ−ＬＥＵ］の合成：
【０４２２】
【化６２】
2020513036.tif 000088
線状ペプチド鎖のアセンブリを、上記の一般方法を使用して、８５０ｍｇのＨ−Ｌｅｕ−２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）樹脂（０．３ｍｍｏｌ／ｇ、０．０２５ｍｍｏｌスケール）を用いて行った。Ｄ−Ｎ−メチルＡｌａ、Ｄａｐ及びＬ−Ｎ−メチルＡｌａ残基を、一般方法Ａを使用して付加した。次いで、Ｂｏｃ−７ｍｅｒを、一般方法Ｂを用いて組み立てた。側鎖ｉｖＤｄｅ保護基の除去を、一般方法Ｃを使用することにより達成した。次いで、アクリル酸を、Ｄａｐの側鎖の遊離アミノ基上に、一般方法Ｄを用いて付加した。全体的な脱保護及び樹脂からの切断を１ステップで行った（一般方法Ｅ）後、粗直鎖ペプチドを、環化に供した（一般方法Ｆ）。最終の分取ＨＰＬＣの後、１７ｍｇの最終化合物を、白色固体として得た（樹脂充填量により算出して５６．６％）。ＥＳＩ−ＭＳ：  ［Ｍ＋１］＋＝１２０２，  ［Ｍ＋Ｎａ］＋＝１２２４，  ［Ｍ／２  ＋  １］＋＝６０２。
シクロ［７ｍｅｒ−ＮＭＡＬＡ−Ｄａｐ−ｄ−ｎｍａｌａ−ＰＨＥ］の合成：
【０４２３】
【化６３】
2020513036.tif 000089
２．８ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して９．１％）が、これには、シクロ［７ｍｅｒ−ＮＭＡＬＡ−Ｄａｐ−ｄ−ｎｍａｌａ−ＬＥＵ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ−ＭＳ：  ［Ｍ＋１］＋＝１２３６，  ［Ｍ＋Ｎａ］＋＝１２５８，  ［Ｍ／２  ＋  １］＋＝６１９。
シクロ［７ｍｅｒ−ＮＭＡＬＡ−Ｄａｐ−ｄ−ｎｍａｌａ−ＴＨＲ］の合成：
【０４２４】
【化６４】
2020513036.tif 000090
３．４ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１１．４％）が、これには、シクロ［７ｍｅｒ−ＮＭＡＬＡ−Ｄａｐ−ｄ−ｎｍａｌａ−ＬＥＵ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ−ＭＳ：  ［Ｍ＋１］＋＝１１９０，  ［Ｍ＋Ｎａ］＋＝１２１２，  ［Ｍ／２  ＋  １］＋＝５９６。
アクリルアミド含有ＦＫＢＰ１２リガンドの合成
【０４２５】
【化６５】
2020513036.tif 000091
全ての試薬及び溶媒は、Ｓｉｎｏｐｈａｒｍ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｒｅａｇｅｎｔ  Ｃｏ．Ｌｔｄから購入した。Ｆｍｏｃ−アミノ酸、ＨＡＴＵ、ＨＯＡＴ、２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）−Ｃｌ樹脂（活性部位に基づいて０．９ｍｍｏｌ／ｇ）及びＡｌａ負荷２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）−Ｃｌ樹脂（０．３６ｍｍｏｌ／ｇ）は、ＧＬ  Ｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓｈａｎｇｈａｉ）Ｌｔｄから購入した。
２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）−Ｃｌ樹脂上に第一のアミノ酸を付加する。
【０４２６】
ＳＰＳＳの容器にて、５ｇの樹脂を５０ｍＬの乾燥ＮＭＰ中で４０分間膨潤させた。樹脂を排出し、ＤＣＭ（５×３０ｍＬ）を用いて、次いでＮＭＭ２％／ＤＣＭ（３×３０ｍＬ）を用いてすすぐ。５０ｍＬのＤＣＭ中のＮＭＭ（４ｍｍｏｌ、４００ｍｇ）を伴うＦｍｏｃ−Ｄａｐ（ｉｖＤｄｅ）−ＯＨ（３．０ｍｍｏｌ、１．６ｇ）の溶液を加えた。容器を一晩振とうした。次いで、２ｍＬの２５％ＮＭＭ／ＭｅＯＨの溶液を加え、容器をさらに１時間振とうした。樹脂を排出し、ＤＣＭ、ＮＭＰ、ＭｅＯＨ及びＥｔＯＨ（それぞれ３×５０ｍＬ）を用いてすすいだ。樹脂を、真空下、室温にて乾燥させた。
【０４２７】
充填量を、Ｆｍｏｃ切断光度測定により測定した（０．３２ｍｍｏｌ／ｇ）。直鎖ペプチドのカップリングは、標準のＦｍｏｃ  ＳＰＳＳ手順を自動合成機上で使用して実行した。
【０４２８】
一般方法Ａ：直鎖ペプチドを、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機を０．０２５ｍｍｏｌの樹脂のスケールで使用することにより合成した。一般的プロトコルは以下の通りである：２×ＮＭＰ、３０秒、ＮＭＰ中１×２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ピペリジン、１５分、５×ＮＭＰ、３０秒、ＮＭＰ中アミノ酸（３当量）溶液を、樹脂を含有する容器へと加え、その後、ＤＭＦ中のＨＡＴＵ及びＤＩＥＡの溶液をそれぞれ加え、４５分間カップリングした、３×ＮＭＰ、３０秒。二重カップリング戦略を全てのアミノ酸に適用した。
一般方法Ｂ：Ｂｏｃ−３ｍｅｒの付加
カップリングを、Ｂｏｃ−３ｍｅｒの量が１．５当量であることを除いてアミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。１回のカップリングのみが必要であった。
一般方法Ｃ：ｉｖＤｄｅ保護基の除去。
【０４２９】
Ｄａｐ側鎖上のｉｖＤｄｅ保護基の除去を、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。一般的プロトコル：ＮＭＰ中の２０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）ヒドラジン一水和物の溶液を、樹脂を含有する容器に加えた。容器を、３０分間振とうした。樹脂を排出し、５×５ｍＬ（３０秒）のＮＭＰを用いてすすいだ。
一般方法Ｄ：Ｄａｐの側鎖アミノ基上のアクリル酸の付加。
【０４３０】
カップリングを、アミノ酸カップリングに関するものと同じ一般的プロトコルを使用することによって、ＴＥＴＲＡＳ（商標）合成機上で達成した。二重カップリング戦略を適用した。
一般方法Ｅ：側鎖保護基の脱保護及び樹脂からの最終切断。
【０４３１】
全体的な脱保護及び樹脂からの切断を、ＴＦＡカクテルにより１〜２時間室温にて達成した。切断カクテル（ＴＦＡ／ＴＩＰＳ／Ｈ２Ｏ、９５／２．５／２．５）または（ＴＦＡ／ＤＣＭ／ＴＩＰＳ、４０：６０：１）を最終切断のために使用することができる。大半の溶媒を減圧下で除去し、残渣を真空下で濃縮して微量溶媒を除去した。得られた残渣をさらに精製せずに次の環化で直接使用した。
一般方法Ｆ：直鎖ペプチドの環化
粗直鎖ペプチドを、乾燥ＤＣＭに溶解して、最終濃度を０．１Ｍとした。次いで、ＨＡＴＵ（３当量）、ＨＯＡｔ（３当量）及びＤＩＥＡ（６当量）を加えた。反応混合物を一晩撹拌し、次いで、ＥＳＩ−ＬＣＭＳによりモニターした。溶媒を減圧下で濃縮し、残渣をＮＭＰに溶解し、分取ＨＰＬＣにより精製した。シクロ−ペプチドを、ＥＳＩ−ＬＣＭＳにより同定した。
【０４３２】
逆相ＨＰＬＣ。Ａｃｃｕｃｏｒｅ  Ｃ１８カラム（２．６μｍ、２．１ｍｍ×５０ｍｍ）を流量１ｍＬ／分で、分析ＲＰ−ＨＰＬＣに使用した。ＸｓｅｌｅｃｔペプチドＣＳＨカラム（５ｕｍ、１９ｍｍ×１５０ｍｍ）を、分取ＲＰ−ＨＰＬＣに使用した。移動相Ａ：水（０．１％ギ酸）、移動相Ｂ：ＡＣＮ、流量：２０ｍＬ／分、勾配：１６分で２５％Ｂから９５％Ｂ。
シクロ［ジアミン−Ｄａｐ−ＡＬＡ−ＡＬＡ］の合成：
【０４３３】
【化６６】
2020513036.tif 000092
線状ペプチド鎖のアセンブリを、上記の一般方法を使用して、７００ｍｇのＨ−Ａｌａ−２−Ｃｌ−（Ｔｒｔ）樹脂（０．０２５ｍｍｏｌスケール）を用いて行った。Ａｌａ及びＤａｐ残基を、一般方法Ａを使用して付加した。次いで、Ｂｏｃ−３ｍｅｒを、一般方法Ｂを用いて組み立てた。側鎖ｉｖＤｄｅ保護基の除去を、一般方法Ｃを使用することにより達成した。次いで、アクリル酸を、Ｄａｐの側鎖の遊離アミノ基上に、一般方法Ｄを用いて付加した。全体的な脱保護及び樹脂からの切断を１ステップで行った（一般方法Ｅ）後、粗直鎖ペプチドを、環化に供した（一般方法Ｆ）。最終の分取ＨＰＬＣの後、３．１ｍｇの最終化合物を、白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１４．５％）。ＥＳＩ−ＭＳ：  ［Ｍ＋１］＋＝８５７，  ［Ｍ＋Ｎａ］＋＝８７９。
シクロ［ジアミン−ＡＬＡ−ＡＬＡ−Ｄａｐ］の合成
【０４３４】
【化６７】
2020513036.tif 000093
２．２ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１０．３％）が、これには、シクロ［ジアミン−Ｄａｐ−ＡＬＡ−ＡＬＡ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ−ＭＳ：  ［Ｍ＋１］＋＝８５７，  ［Ｍ＋Ｎａ］＋＝８７９。
シクロ［ジアミン−Ｄａｐ−ＡＬＡ］の合成：
【０４３５】
【化６８】
2020513036.tif 000094
２．７ｍｇの最終化合物を白色固体として得た（樹脂充填量により算出して１２．６％）が、これには、シクロ［ジアミン−Ｄａｐ−ＡＬＡ−ＡＬＡ］の合成と同様の方法を用いた。ＥＳＩ−ＭＳ：  ［Ｍ＋１］＋＝７８６。
サングレフェーリン（ｓａｎｇｌｅｆｅｈｒｉｎ）類似体の合成：
【０４３６】
【化６９】
2020513036.tif 000095
方法Ａを使用して、下記のスキーム１に示すように式ＩＶの化合物を調製し得る。
【０４３７】
【化７０】
2020513036.tif 000096
式中、Ｒ７、Ｒ８、Ｚ５、及びＺ６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基であり、Ｘは、ＯＨ、Ｃｌ、Ｆ、または置き換えまたは活性化とそれに続く置き換えに好適な何らかの他の基のいずれかである。
【０４３８】
典型的な手順では、保護アミンＩＶを、当業者が熟知している適切な試薬と反応させて、保護基ＰＧ１を除去する。単離された粗生成物を、アシル化剤Ｚ５Ｃ（Ｏ）Ｘと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させ得る。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。
【０４３９】
あるいは、脱保護アミンを、アシル化試薬Ｚ５Ｃ（Ｏ）Ｘ、式中Ｘはハロゲンである、と、好適な溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、ＤＭＥ、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ピリジン、ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、−７８℃〜約１２０℃、好ましくは−２０℃〜５０℃の温度範囲内で、直接反応させ得る。
【０４４０】
スキーム１の式ＩＶｂの化合物は、下記のスキーム２に示すように調製され得る。
【０４４１】
【化７１】
2020513036.tif 000097
式中、Ｒ７、Ｒ８、及びＺ６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ１及びＰＧ２は、それぞれ独立して、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。
【０４４２】
典型的な手順では、保護アミンＩＶｃを、当業者が熟知している適切な試薬と反応させて、保護基ＰＧ２を除去して、対応するアミンを生成し、次いで、これを適切なアミノ酸と、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて組み合わせて、式ＩＶｂの化合物を得る。
【０４４３】
スキーム２の式ＩＶｃの化合物を、下記のスキーム３に示すように調製し得る。
【０４４４】
【化７２】
2020513036.tif 000098
式中、Ｒ７及びＺ６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ２は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。
【０４４５】
典型的な手順では、保護アミンＩＶｄを、ピペラジン酸誘導体ＩＶｅと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。
【０４４６】
あるいは、式ＩＶｂの化合物を、スキーム４に記載のように式ＩＩ−Ｂの化合物から合成し得る。
【０４４７】
【化７３】
2020513036.tif 000099
式中、Ｒ７、Ｒ８、及びＺ６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基であり、ＰＧ３は、当業者に公知の方法により除去することができる、メチル、エチル、ベンジル、アリル、フェニルなどを含んだがこれらに限定されないアルキルまたはアリール基である。
【０４４８】
典型的な手順では、化合物ＩＶｅを、室温にて、加水分解条件下で、塩基（例えば、水酸化リチウム、水酸化ナトリウム、炭酸ナトリウム）を、水を伴うまたは伴わない有機（例えば、メタノール、ＴＨＦ、ジオキサン）から構成される溶媒系中で使用して、反応させる。当業者であれば、ＰＧ３の同一性に依存して、ＰＧ３の除去が、水素化分解条件下で適切な触媒を使用して、または脱アリル化条件下でパラジウム触媒、例えばＰｄ（ＰＰｈ３）４及び塩基捕捉剤（例えば、ピぺリジン、モルホリン、ピぺリジン）を使用しても生じ得ることを理解するだろう。結果得られるカルボン酸を得るための脱保護に続いて、Ｚ６を、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、導入し得る。カルボン酸及びカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて組み合わせて、生成物ＩＶｂを得る。
【０４４９】
あるいは、式ＩＶｂの化合物を、下記のスキーム５に示すように合成し得る。
【０４５０】
【化７４】
2020513036.tif 000100
式中、Ｒ７、Ｒ８、及びＺ６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。
【０４５１】
典型的な手順では、保護アミンＶＩを、試薬Ｖと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、ＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。
中間体Ｉ−８の合成
【０４５２】
【化７５】
2020513036.tif 000101
ＤＭＦ（１３ｍＬ）中の中間体Ｉ−１（２．００ｇ、７．１１ｍｍｏｌ）の室温の溶液に、炭酸セシウム（４．７５ｇ、１４．５８ｍｍｏｌ）及びベンジルブロミド（２．４９ｇ、１４．５８ｍｍｏｌ、１．７３ｍＬ）を２５℃で加えた。反応混合物を、２時間撹拌し、次いで、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、ブライン（５０ｍＬ×３）で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗残渣を得た。粗生成物を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→２０：１〜１０：１）、中間体Ｉ−２（３．２０ｇ、９６％収率）を、無色油状物として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ７．４５  −  ７．３０  （ｍ，  １０  Ｈ），  ７．２０  −  ７．１０  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．９５  −  ６．８５  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．７４  （ｓ，  １  Ｈ），  ６．７０  −  ６．６０  （ｍ，  １  Ｈ），  ５．２０  −  ５．１０  （ｍ，  ２  Ｈ），  ４．９９  （ｓ，  ２  Ｈ），  ４．７０  −  ４．６０  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．１５  −  ３．０５  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．４３  （ｓ，  ９  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ＝４８４．１  ［Ｍ＋Ｎａ］＋、算出分子量：４６１．５５。
【０４５３】
テトラヒドロフラン（１５ｍＬ）中の中間体Ｉ−２（３．２０ｇ、６．９３ｍｍｏｌ）の溶液に、水酸化リチウム（水中１Ｍ、１０ｍＬ）を０℃で加えた。反応混合物を、室温にて１時間撹拌した。反応混合物を、ＨＣｌ（水中１Ｍ）を用いて０℃にてｐＨ約６に調整し、酢酸エチル（１００ｍＬ×３）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗残渣を得た。粗生成物を、炭酸水素ナトリウム水溶液（７ｍＬ）に溶解し、ＭＴＢＥ（１００ｍＬ×３）で抽出した。水層を、塩酸（Ｈ２Ｏ中１Ｍ）を用いてｐＨ約６に調整し、酢酸エチル（５０ｍＬ×３）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（５０ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、中間体Ｉ−３（２．２７ｇ、８８％収率）を無色油状物として得た。１ＨＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ７．４５  −  ７．３０  （ｍ，  ５  Ｈ），  ７．２５  −  ７．１８  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．９０  −  ６．８５  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．８３  −  ６．７５  （ｍ，  ２  Ｈ），  ５．０５  （ｓ，  ２  Ｈ），  ４．９４  （ｄ，  Ｊ＝８．００  Ｈｚ，  １Ｈ），  ４．６０  −  ４．５０  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．２０  −  ３．１２  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．１０  −  ３．００  （ｍ，  １  Ｈ），  １．４３  （ｓ，  ９  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ３９４．３  ［Ｍ＋Ｎａ］＋、算出分子量：３７１．４３
ジクロロメタン（１５ｍＬ）中の中間体Ｉ−３（８８８ｍｇ、２．３９ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｎ−メチルモルホリン（９６７ｍｇ、９．５６ｍｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（６５ｍｇ、４７８ｕｍｏｌ）、（Ｓ）−メチルヘキサヒドロピリダジン−３−カルボキシレートをＴＦＡ塩（８９０ｍｇ、２．３９ｍｍｏｌ）として、及びＥＤＣＩ（９１７ｍｇ、４．７８ｍｍｏｌ）を０℃で加えた。反応混合物を、０℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、ジクロロメタン（５０ｍＬ）で希釈し、５％クエン酸水溶液を用いてｐＨ約６に調整した。水層を、ジクロロメタン（２０ｍＬ×２）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（５０ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。粗生成物を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→１０：１、５：１〜３：１）、中間体Ｉ−４（９１０ｍｇ、７７％収率）を無色油状物として得た。１ＨＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ７．５０  −  ７．３５  （ｍ，  ５  Ｈ），  ７．２０  −  ７．１３  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．９０  −  ６．８０  （ｍ，  ３  Ｈ），  ５．６０  −  ５．５０  （ｍ，  １  Ｈ），  ５．３０  −  ５．２０  （ｍ，  １  Ｈ），  ５．０５  −  ５．００  （ｍ，  ２  Ｈ），  ４．４０  −  ４．３０  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．６５  （ｓ，  ３  Ｈ），  ３．５５  （ｄ，  Ｊ＝１１．２０  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．００  −  ２．９３  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．９０  −  ２．８０  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．７５  −  ２．６５  （  ｍ，  １  Ｈ），  ２．３５  −  ２．２５  （ｍ，  １  Ｈ），  １．８０  −  １．７２  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．４２  （ｓ，  ９  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ５２０．１  ［Ｍ＋Ｎａ］＋。算出分子量：４９７．５８
酢酸エチル（４ｍＬ）中の中間体Ｉ−４（４５０ｍｇ、９０４ｕｍｏｌ）溶液に、酢酸エチル中の塩酸（４Ｍ、８．００ｍＬ）を０℃にて加えた。反応混合物を、２５℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、減圧下で濃縮して、中間体Ｉ−５のＨＣｌ塩（３９０ｍｇ、１００％収率）を、淡黄色固体として得て、これを精製せずに次のステップに使用した。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ３９８．０  ［Ｍ＋Ｈ］＋，  ４２０．０  ［Ｍ＋Ｎａ］＋、算出分子量：３９７．４７。
【０４５４】
ジクロロメタン（５．００ｍＬ）中の中間体Ｉ−５（１９５ｍｇ、８９９ｕｍｏｌ）の溶液に、Ｎ−メチルモルホリン（２７３ｍｇ、２．７０ｍｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（２４．２９ｍｇ、１７９．７５ｕｍｏｌ）、（Ｓ）−メチル１−（（Ｓ）−２−アミノ−３−（３−（ベンジルオキシ）フェニル）プロパノイル）ヘキサヒドロピリダジン−３−カルボキシレートのＨＣｌ塩（３９０ｍｇ、８９９ｕｍｏｌ）及びＥＤＣＩ（３４５ｍｇ、１．８０ｍｍｏｌ）を、０℃にて加えた。反応混合物を、０℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、ジクロロメタン（２０ｍＬ）で希釈し、５％クエン酸（ｃｒｉｔｉｃ  ａｃｉｄ）水溶液でｐＨ約６に調整した。水層を、ジクロロメタン（２０ｍＬ×２）で抽出した。合一した有機層を、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、粗生成物を得た。粗生成物を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→５：１、２：１、１：１）、中間体Ｉ−６（７５０ｍｇ、７０％収率）を白色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ７．５０  −  ７．３５  （ｍ，  ５  Ｈ），  ７．２３  −  ７．１５  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．９０  −  ６．８０  （ｍ，  ３  Ｈ），  ６．１３  −  ６．０８  （ｍ，  １  Ｈ），  ５．８３  −  ５．７３  （ｍ，  １  Ｈ），  ５．１０  −  ５．００  （ｍ，  ３  Ｈ），  ４．３０  −  ４．２０  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．００  −  ３．９０  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．６５  （ｓ，  ３  Ｈ），  ３．５０  （ｄ，  Ｊ＝１１．２０  Ｈｚ，  １Ｈ），  ３．０５  −  ２．９７  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．９３  −  ２．８３  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．８０  −  ２．７０  （  ｍ，  １  Ｈ），  ２．３５  −  ２．２５  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．１５  −  ２．１０  （ｍ，  １  Ｈ），  １．７５  −  １．６５  （ｍ，  ４  Ｈ），  １．４５  （ｓ，  ９  Ｈ），  ０．９４  （ｄ，  Ｊ＝６．８０  Ｈｚ，  ３Ｈ），  ０．８８  （ｄ，  Ｊ＝６．８０  Ｈｚ，  ３Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ５９７．１  ［Ｍ＋Ｈ］＋。算出分子量：５９６．７１。
【０４５５】
メタノール（３００ｍＬ）中の中間体Ｉ−６（３．００ｇ、６．０３ｍｍｏｌ）の溶液に、パラジウム炭素（２グラム、１０％負荷）を窒素雰囲気下で加えた。懸濁液を、脱気し、水素ガスでパージし、混合物を、水素下（１気圧）、２０℃にて３時間撹拌した。混合物を濾過し、減圧下で濃縮して、中間体Ｉ−７（２．３ｇ、５．６４ｍｍｏｌ、９４％収率）を、白色固体として得た。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ４３０．１  ［Ｍ＋Ｎａ］＋。算出分子量：４０７．４６。
【０４５６】
ジオキサン（１０ｍＬ）中の中間体Ｉ−７（２．３ｇ、５．６４ｍｍｏｌ）の混合物に、ジオキサン中の塩酸（４Ｍ、３０ｍＬ）を一度で２０℃にて加えた。混合物を、２０℃にて３時間撹拌した。混合物を、飽和ＮａＨＣＯ３水溶液でｐＨ約７〜８に調整し、酢酸エチル（１００ｍＬ×３）で抽出した。合一した有機相を、ブライン（１００ｍＬ×２）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、真空下で濃縮して、中間体Ｉ−８（１．３ｇ、３．６３ｍｍｏｌ、６４％収率、８６％純度）を、淡黄色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ７．１５−７．０２  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．７５−６．５  （ｍ，  ３  Ｈ），  ４．９０−４．７７  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．５０−４．３７  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．００−３．９０  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．８０−３．７０  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．６８−３．６５  （ｍ，  ３  Ｈ），  ２．９５−２．８０  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．７７−２．６２  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．５０−２．３５  （ｍ，  １  Ｈ），  １．９７−１．８５  （ｍ，  １  Ｈ），  １．８２−１．７０  （ｍ，  １  Ｈ），  １．６０  −  １．４５  （ｍ，  １  Ｈ），  １．４２−１．２８  （ｍ，  １  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ３０８．２  ［Ｍ＋Ｎａ］＋。算出分子量：３０７．３４。
中間体Ｉ−１１の合成
【０４５７】
【化７６】
2020513036.tif 000102
メタノール（１０ｍＬ）中の２−（ジメチルアミノ）エタンチオールＩ−９（５００ｍｇ、３．５３ｍｍｏｌ）の溶液に、メタノール（１０ｍＬ）中の１，２−ジ（ピリジン−２−イル）ジスルフィド（１．１７ｇ、５．３ｍｍｏｌ）の溶液を０℃にて加えた。混合物を、２５℃にて１５時間撹拌した。反応混合物を、真空下で濃縮した。残渣を、シリカゲルカラム（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→３：１、１：１、次いで、ジクロロメタン／酢酸エチル→２：１、次いで、ジクロロメタン／メタノール→１０：１）により精製し、これを、前のバッチと組み合わせて、中間体Ｉ−１０（１．０５ｇ、５８％収率）を、淡黄色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤ３ＯＤ）  δ  ８．５６  （ｄ，  Ｊ＝４．０  Ｈｚ，  １  Ｈ），  ７．８５−７．７５  （ｍ，  １  Ｈ），  ７．６９  （ｄ，  Ｊ＝８．０  Ｈｚ，  １  Ｈ），  ７．３６−７．２６  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．４８−３．４０  （ｍ，  ２  Ｈ），  ３．２８−３．２０  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．９３  （ｓ，  ６  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ２１４．９  ［Ｍ＋Ｈ］＋。算出分子量：２１４．３５。
【０４５８】
メタノール（１ｍＬ）中の４−メルカプトブタン酸（５０ｍｇ、４１６ｕｍｏｌ）の溶液に、メタノール（１．５ｍＬ）中の中間体Ｉ−１０（１２５ｍｇ、４９９ｕｍｏｌ）の溶液を、２５℃にて加えた。混合物を、２５℃にて１５時間撹拌した。反応混合物を、低圧で濃縮した。残渣を、シリカゲルを用いてカラムクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→２：１、１：１、次いで、ジクロロメタン／メタノール→１０：１）、中間体Ｉ−１１（８０ｍｇ、８６％収率）を、白色ゴムとして得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤ３ＯＤ）  δ  ３．５５−３．４５  （ｍ，  ２  Ｈ），  ３．０８−３．００  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．９３  （ｓ，  ６Ｈ），  ２．８３  （ｔ，  Ｊ＝７．２  Ｈｚ，  ２  Ｈ），  ２．４３  （ｔ，  Ｊ＝７．２  Ｈｚ，  ２  Ｈ），  ２．０５−１．９４  （ｍ，  ２  Ｈ）。
中間体Ｉ−１５の合成
【０４５９】
【化７７】
2020513036.tif 000103
Ｎ，Ｎ−ジメチルホルムアミド（１５ｍＬ）中のｔｅｒｔ−ブチル２−メルカプト酢酸Ｉ−１２（８００ｍｇ、５．４ｍｍｏｌ）の溶液に、炭酸カリウム（１．４９ｇ、１０．８ｍｍｏｌ）及び１−ブロモ−２−クロロエタン（２．３２ｇ、１６．２ｍｍｏｌ）を加えた。混合物を、２５℃にて２時間撹拌した。混合物を、酢酸エチル（１００ｍＬ）で希釈し、水（５０ｍＬ×３）で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して、中間体Ｉ−１３（１．００ｇ、７９％収率）を、無色油状物として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ３．６４  −  ３．７１  （ｍ，  ２  Ｈ），  ３．１４  −  ３．１７  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．９５  −  ３．０１  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．４７  （ｓ，  ９  Ｈ）。
【０４６０】
ジクロロメタン（１０ｍＬ）中の中間体Ｉ−１３（１．００ｇ、４．７５ｍｍｏｌ）の溶液に、ジクロロメタン（１０ｍＬ）中のｍ−ＣＰＢＡ（４．６１ｇ、２１．４ｍｍｏｌ、８０％純度）の溶液を、０℃にて加えた。混合物を室温まで温め、２時間撹拌した。混合物を、ジクロロメタン（８０ｍＬ）で希釈し、飽和亜硫酸ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）及び飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）で洗浄した。有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して、粗残渣を得て、これをシリカゲルクロマトグラフィーにより精製して（溶離液：石油エーテル／酢酸エチル→５／１）中間体Ｉ−１４（７００ｍｇ、６０％収率）を、無色油状物として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ３．９９  （ｓ，  ２  Ｈ），  ３．９０  −  ３．９５  （ｍ，  ２  Ｈ），  ３．６９  −  ３．７５  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．５０  −  １．５３  （ｍ，  ９  Ｈ）。
【０４６１】
ジクロロメタン（１２ｍＬ）中の中間体Ｉ−１４（６５０ｍｇ、２．６８ｍｍｏｌ）の溶液に、トリフルオロ酢酸（６．００ｍＬ）を加えた。混合物を、４５℃で２時間撹拌した。次いで、混合物を濃縮して、中間体Ｉ−１５（３６０．００ｍｇ、７２％収率）を、白色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  ＤＭＳＯ−ｄ６） δ  ４．３４  （ｓ，  ２  Ｈ），  ３．８９  −  ４．０１  （ｍ，  ２  Ｈ），  ３．７１  −  ３．８１  （ｍ，  ２  Ｈ）。
化合物−１の合成
【０４６２】
【化７８】
2020513036.tif 000104
ジクロロメタン（１．５ｍＬ）中の中間体Ｉ−８のＨＣｌ塩（３１ｍｇ、１１９ｕｍｏｌ）及び中間体Ｉ−１１（４４ｍｇ、９９ｕｍｏｌ）の溶液に、ＨＯＢｔ（１．３４ｍｇ、９．９ｕｍｏｌ）、Ｎ−メチルモルホリン（３８．２μＬ）及びＥＤＣＩ（２７ｍｇ、１３９ｕｍｏｌ）を加えた。混合物を、２５℃にて１時間撹拌した。反応混合物を、ジクロロメタン（１０ｍＬ）で希釈し、水（５ｍＬ）で洗浄した。水層を、ジクロロメタン（５ｍＬ×２）で抽出した。合一した有機層を、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、濃縮した。残渣を、逆相ＨＰＬＣ（ＨＣｌ添加）により精製し、逆相ＨＰＬＣ（ＨＣＯＯＨ添加）を使用して再精製し、凍結乾燥して、化合物−１（５．８ｍｇ、９％収率）を淡黄色油状物として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＭｅＯＤ）  δ  ８．５３  （ブロード一重項，  １  Ｈ），  ７．１２−７．０４  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．７２−６．６２  （ｍ，  ３Ｈ），  ５．７５  −５．６５  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．２０−４．１０  （ｍ，  ２Ｈ），  ３．７０  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．０８−  ３．００  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．９５−２．７６  （ｍ，  ５  Ｈ），  ２．７６−２．７０  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．６０  （ｓ，  ６  Ｈ），  ２．４２−２．３２  （ｍ，  ３  Ｈ），  ２．１０−１．９８  （ｍ，  ３  Ｈ），１．８５−１．７０  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．５５−１．４０  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．０２−０．８５  （ｍ，  ６  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ６１２．１  ［Ｍ＋Ｈ］＋，  ６３４．５  ［Ｍ＋Ｎａ］＋。算出分子量：６１１．８２。
化合物−２の合成
【０４６３】
【化７９】
2020513036.tif 000105
ジクロロメタン中の中間体Ｉ−８（２７ｍｇ、６０ｕｍｏｌ）の溶液を、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（２４ｍｇ、１８０ｕｍｏｌ）、中間体Ｉ−１６（１４ｍｇ、６０ｕｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（１．６ｍｇ、２ｕｍｏｌ）で、次いで最後にＥＤＣＩ（１８ｍｇ、９０ｕｍｏｌ）で処理した。１５時間撹拌した後、溶液を、水及び酢酸エチルに注いだ。層を分離し、水層を酢酸エチルで抽出した。有機層を硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を真空下で除去した。逆相ＨＰＬＣによる精製（０．１％ギ酸を含む水中のアセトニトリル）及び凍結乾燥により、化合物−２（１６ｍｇ、４２％収率）を白色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  ８．４７  （ｄ，  １Ｈ），  ８．１６  （ブロード一重項，  １Ｈ），  ７．６９−７．６６  （ｍ，  １Ｈ），  ７．６３−７．６０  （ｍ，  １Ｈ），  ７．１３  （見かけの三重項，  １Ｈ），  ７．０９−７．０５  （ｍ，  １Ｈ），  ５．８５−５．７９  （ｍ，  １Ｈ），  ４．７２  （ｍ，  １Ｈ），  ４．３１  （ブロード一重項，  １Ｈ），  ３．７０  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．４２  （ｄ，  １Ｈ），  ３．００  （ｄｄ，  １Ｈ），  ２．８７−２．７８  （ｍ，  ３Ｈ），  ２．５２−２．４３  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．２８  （ブロード一重項，  １Ｈ），  ２．１４  −２．０４  （ｍ，  ３Ｈ），  １．８３−１．７３  （ｍ，  ２Ｈ），  １．６２−１４３  （ｍ，  ５Ｈ），  ０．９５  （ｄ，  ３Ｈ），  ０．９０  （ｄ，  ３Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ６１７．９  ［Ｍ＋Ｈ］＋。算出分子量：６１７．７８。
化合物−３の合成
【０４６４】
【化８０】
2020513036.tif 000106
ＤＣＭ（０．７５ｍＬ）中の中間体Ｉ−１５のＨＣｌ塩（３１．８ｍｇ、０．１７ｍｍｏｌ）、ＨＯＢｔ（２．３ｍｇ、０．０１７ｍｍｏｌ）及びＮＭＭ（５４μＬ、０．５４ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｉ−８（８６ｍｇ、０．１７ｍｍｏｌ、）のＨＣｌ塩及びＥＤＣＩ（７６ｍｇ、０．３４ｍｍｏｌ）を室温にて加えた。反応混合物を、室温にて２時間撹拌した。混合物を、ジクロロメタン（２ｍＬ）で希釈し、クエン酸（ｐＨ約３、２ｍＬ）、飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（２ｍＬ）、及び飽和塩化ナトリウム水溶液（２ｍＬ）で洗浄し、無水硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で１５℃にて濃縮して、生成物を黄色油状物として得た。残渣を、シリカゲルを用いて分取ＴＬＣにより（溶離液：ＤＣＭ／ＭｅＯＨ→１０：１）、続いて分取ＨＰＬＣにより精製して（カラム：Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ  Ｇｅｍｉｎｉ  Ｃ１８  ２５０×５０  １０ｕ、移動相：［水（０．２２５％ＦＡ）−ＡＣＮ］、Ｂ％：２６％〜５６％、１１．２分）、化合物−３（８．５ｍｇ、８％収率）を白色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００  ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ９．０２  （ｓ，  １  Ｈ），  ８．８０  （ｓ，  １  Ｈ），  ８．４２  （ｓ，  １  Ｈ），  ７．０１  −  ７．０８  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．８２  （ｄｄ，  Ｊ＝１６．３，  ９．９  Ｈｚ，  １  Ｈ），  ６．７４  （ｄ，  Ｊ＝７．５  Ｈｚ，  １  Ｈ），  ６．６４  −  ６．７０  （ｍ，  ２  Ｈ），  ６．３６  （ｄ，  Ｊ＝１６．５  Ｈｚ，  １  Ｈ），  ６．１２  −  ６．１６  （ｍ，  ２  Ｈ），  ４．８１  −  ４．８５  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．４０  −  ４．４６  （ｍ，  ２  Ｈ），  ４．２１  −  ４．２５  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．０９  −  ４．１３  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．５７  （ｓ，  ３  Ｈ），  ２．８１  −  ３．０８  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．６３  −  ２．  ６５  （ｍ，  １  Ｈ），  ２．１５  −  ２．１９  （ｍ，  １  Ｈ），  １．２１  −  １．６０  （ｍ，  ４  Ｈ），  ０．８８  −  ０．９２  （ｍ，  ６  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ５３９．１  ［Ｍ＋Ｈ］＋。算出分子量：５３８．６１。
化合物−４の合成
【０４６５】
【化８１】
2020513036.tif 000107
化合物−４を、化合物−３の調製において記載した通りに、中間体Ｉ−８のＨＣｌ塩（３４ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）及び２−（３−メチル−２，５−ジオキソ−２，５−ジヒドロ−１Ｈ−ピロール−１−イル）酢酸Ｉ−１７（１３ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）を出発物質として使用することにより調製した。得られた粗生成物を、前に合成した粗物質と合一し、精製して、凍結乾燥後に、化合物−４（２９．０ｍｇ、５１．２８ｕｍｏｌ、４５％収率）を白色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ８．５５−８．４０  （ｓ，  １  Ｈ），  ８．２０−８．０７  （ｍ，  １  Ｈ），  ７．１０−６．９７  （ｍ，  ２  Ｈ），  ６．８０−６．７３  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．７３−６．６３  （ｍ，  １Ｈ），  ６．６３−６．５０  （ｍ，  １  Ｈ），  ６．４７−６．３７  （ｍ，  １  Ｈ），  ５．９０−５．７５  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．８０−４．６７  （ｍ，  １  Ｈ），  ４．３５−４．１５  （ｍ，  ３  Ｈ），  ３．７０−３．５７  （ｍ，  ３  Ｈ），  ３．４５−３．３０  （ｄ，  １  Ｈ），  ３．１０−３．００  （ｍ，  １  Ｈ），  ３．００−２．７０  （ｍ，  ２  Ｈ），  ２．２０−２．００  （ｍ，  ５  Ｈ），  １．８５−１．６０  （ｍ，  ２  Ｈ），  １．６０−１．４５  （ｍ，  １  Ｈ），  １．４５−１．３０  （ｍ，  １  Ｈ），  １．０５−０．８０  （ｍ，  ６  Ｈ）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ５５８．３  ［Ｍ＋Ｈ］＋、算出分子量：５５７．６０。
化合物−５の合成
【０４６６】
【化８２】
2020513036.tif 000108
化合物−５を、化合物−３の調製において記載した通りに、中間体Ｉ−８（３４ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）のＨＣｌ塩及び２−（２，５−ジオキソ−２，５−ジヒドロ−１Ｈ−ピロール−１−イル）酢酸Ｉ−１８（１３ｍｇ、７７ｕｍｏｌ）を出発物質として使用することにより調製して、化合物−５を得た。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ５４４．０  ［Ｍ＋Ｈ］＋、算出分子量：５４３．５８。
化合物−６の合成
【０４６７】
【化８３】
2020513036.tif 000109
化合物−６を、中間体Ｉ−１９で出発して調製し、化合物−６を得た。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ６３１．０  ［Ｍ＋Ｈ］＋、算出分子量：６３０．８２。
式ＩＶｆの化合物の合成
式ＩＶｆの化合物の合成は、下記のスキーム６に示すように合成され得る。
【０４６８】
【化８４】
2020513036.tif 000110
式中、Ｒ７、Ｒ８、及びＺ６は、以前に定義した通りであり、ＰＧ１は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基であり、ＰＧ４は、メチル、エチル、ベンジル、アリル、及びフェニルを含んだがこれらに限定されないアルキルまたはアリール基であり、これは当業者に公知の方法により除去することができる。
【０４６９】
典型的な手順では、化合物ＩＶｄを、試薬ＩＶｇと、当業者が熟知している標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。アミド形成の後、保護基ＰＧ４を次いで、式ＩＶｅの化合物のＰＧ３の除去に関して記載した条件（スキーム４）を使用して除去する。
【０４７０】
【化８５】
2020513036.tif 000111
方法Ｂを使用して、下記のスキーム７に示すように式ＩＩａの化合物を調製し得る。
【０４７１】
【化８６】
2020513036.tif 000112
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｘ１、Ｘ２、Ｚ１及びＺ２は、以前に定義した通りである。
【０４７２】
典型的な手順では、カルボン酸ＩＩｃを、中間体ＸＩと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸ＩＩｃ及びカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、ＤＣＥ、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。
【０４７３】
下記のスキーム８に示すように式ＩＩｃの化合物を合成し得る。
【０４７４】
【化８７】
2020513036.tif 000113
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｘ１、及びＺ２は、以前に定義した通りであり、ＰＧ５は、メチル、エチル、ベンジル、アリル、及びフェニルを含んだがこれらに限定されないアルキルまたはアリール基であり、当業者に公知の方法により除去することができ、ＬＧ１は、化合物ＩＩｅのアミンにより活性化及び置き換えることができる基、例えばＯＨである。あるいは、ＬＧ１は、求核剤により置き換えることができる、適切なハロゲン化合物（例えば、Ｆ、Ｃｌ、及びＢｒ）であり得る。
【０４７５】
典型的な手順では、ＩＩｅを、ＩＩｆ（ＬＧ１＝ハロゲン化合物）と、好適な塩基（ピリジン、トリエチルアミン、ＤＩＰＥＡ、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下、適切な溶媒（ＴＨＦ、ＤＣＭ、及びＤＭＦを含むがこれらに限定されない）中、−７８℃〜１２０℃の範囲、しかし最適には−２０℃〜５０℃の温度範囲にて、反応させる。あるいは、ＬＧ１がＯＨである場合、ＸＩＩを、試薬ＩＩｆと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びアミンカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。化合物ＩＩｆ（ＬＧ１＝ハロゲン化合物）が、好適なハロゲン化試薬を用いた処理により対応するカルボン酸から容易に作製され得ることは、当業者であれば理解するだろう。ＩＩｅ及びＩＩｆ間でのアミド形成の後、保護基ＰＧ５を、次いで、式ＩＶｅの化合物のＰＧ３の除去に関して記載した条件（スキーム４）を使用して除去して、化合物ＩＩｃを得た。
【０４７６】
方法Ｂ−２を使用して、下記のスキーム９に示すように式ＩＩａの化合物を調製し得る。
【０４７７】
【化８８】
2020513036.tif 000114
式中、Ｒ１、Ｒ２、Ｒ３、Ｘ１、Ｘ２、Ｚ１及びＺ２は、以前に定義した通りである。反応は、化合物ＩＩｇ及び化合物ＩＩｆ間のカップリング反応に関して記載した条件（スキーム８）下で実行され得る。
【０４７８】
式ＩＩｇの化合物は、下記のスキーム１１に示すように調製され得る。
【０４７９】
【化８９】
2020513036.tif 000115
式中、Ｒ３、Ｘ１、Ｘ２、Ｚ１は、以前に定義した通りであり、ＰＧ６は、Ｂｏｃ、Ｃｂｚ、Ａｌｌｏｃ、及びＦｍｏｃを含むがこれらに限定されない好適なアミン保護基である。
【０４８０】
典型的な手順では、カルボン酸ＩＩｇを、−Ｘ２−Ｚ１部分を含有する適切なカップリングパートナーと、当業者に公知の標準的なカップリング剤（例えば、ＥＤＣ／ＨＯＢＴ、ＤＣＣ、ＰｙＢＯＰ、ＰｙＢＲＯＰ、ＨＡＴＵ、ＨＢＴＵ、ＣＯＭＵ）の存在下で、反応させる。酸及びカップリングパートナーを、カップリング剤と、有機溶媒（ＤＭＦ、ジクロロメタン、アセトニトリル、及びテトラヒドロフランを含むがこれらに限定されない）中、塩基（ＤＩＰＥＡ、トリエチルアミン、及びＮＭＭを含むがこれらに限定されない）の存在下で、室温または少し上昇した温度にて、組み合わせる。ＰＧ６を、次いで、得られた中間体を当業者が熟知している適切な試薬と反応させることにより除去する。
化合物−７の合成
【０４８１】
【化９０】
2020513036.tif 000116
テトラヒドロフラン（１．２ｍＬ）中の中間体Ｉ−２４（１８ｍｇ、０．０８５ｍｍｏｌ）の溶液に、Ｎ−メチルモルホリン（１０μＬ、０．０８５ｍｍｏｌ）を加えた。溶液を、−２０℃まで冷却し、次いで、クロロぎ酸イソブチル（１１μＬ、０．０８５ｍｍｏｌ）を滴下添加した。溶液を、すぐに０℃まで温めた。４５分間０℃にて撹拌した後、中間体Ｉ−２３のＴＦＡ塩（３７ｍｇ、０．０５７ｍｍｏｌ）を、無水テトラヒドロフラン（０．５ｍＬ）中のＮ−メチルモルホリン（７μＬ、０．０５７ｍｍｏｌ）と混合し、５分間にわたって混合無水物の０℃溶液に滴下添加した。得られた溶液を、１．５時間０℃にて撹拌し、その時点でメタノール（１ｍＬ）を加え、溶液をすぐに室温まで温め、５分間撹拌した。この溶液を、ジクロロメタン（７５ｍＬ）及び飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（５０ｍＬ）で希釈した。層を分離し、水層を、ジクロロメタン（２×３０ｍＬ）で抽出した。有機層を合一し、ブライン（２０ｍＬ）で洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を、真空下で除去した。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中０〜８０％酢酸エチル）によって精製し、化合物７を白色泡状物として得た（２０ｍｇ、５０％収率）。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ９．４９  （ｓ，  １Ｈ），  ８．５５  （ｄ，  １Ｈ），  ７．７７  （見かけの三重項，  １Ｈ），  ７．７１−７．６５  （ｍ，  ２Ｈ），  ７．６０−７．５８  （ｍ，  １Ｈ），  ７．２０−７．１７  （ｍ，  １Ｈ），  ７．０１  （ｄ，  １Ｈ），  ６．７８−６．７６  （ｍ，  １Ｈ）  ６．７０−６．６７  （ｍ，  ２Ｈ），  ５．７７  （ｄｄ，  １Ｈ），  ５．３３  （ｄ，  １Ｈ），  ３．８６  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．８５  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．３５  （ｄ，  １Ｈ），  ３．２５  （ｔ，  ２Ｈ），  ３．１５  （ｄｔ，  １Ｈ），  ２．９２  （ｔ，  ２Ｈ），  ２．６４−２．５０  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．３８  （ｄ，  １Ｈ），  ２．２９−２．１５  （ｍ，  １Ｈ），  ２．１０−２．００  （ｍ，  １Ｈ），  １．７８−１．６３  （ｍ，  ３Ｈ），  １．５３−１．３７  （ｍ，  ３Ｈ），  １．２２  （ｓ，  ６Ｈ），  ０．８９  （ｔ，  ３Ｈ，回転異性体１），  ０．８０  （ｔ，  ３Ｈ，回転異性体２）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ７２２．０  ［Ｍ＋Ｈ］＋，  ７４４．０  ［Ｍ＋Ｎａ］＋、算出分子量：７２１．９３。
化合物−８の合成
【０４８２】
【化９１】
2020513036.tif 000117
ジクロロメタン（０．５ｍＬ）中の化合物７（２２ｍｇ、０．０３１ｍｍｏｌ）の溶液に、トリエチルアミン（６２μＬ、０．５５ｍｍｏｌ）、続いて２−（ジメチルアミノ）エタンチオール（０．ｍＬ、０．０５００ｍｍｏｌ）（４．８ｍｇ、０．０４６ｍｍｏｌ）を加えた。室温にて３０分間撹拌した後、溶液を、ジクロロメタン（３０ｍＬ）及び飽和炭酸水素ナトリウム水溶液（３０ｍＬ）へと注いだ。層を分離し、水層を、ジクロロメタン（２×２０ｍＬ）で抽出した。有機層を、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を、真空下で除去した。シリカゲルクロマトグラフィー（ジクロロメタン中０〜１０％メタノール）によって精製し、不純物質を得て、これを逆相ＨＰＬＣ（０．１％ギ酸を含む水中のアセトニトリル）によって再精製して、化合物−８（７．１ｍｇ、２１％収率）のギ酸塩を白色固体として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  １２．５３  （ブロード一重項，  １Ｈ），  ９．５０  （ｓ，  １Ｈ），  ８．００  （ｓ，  １Ｈ），  ７．７５  （ｄ，  １Ｈ），  ７．６８  （ｓ，  １Ｈ），  ７．２９  （ｔ，  １Ｈ），  ７．０２  （ｄ，  １Ｈ），  ６．７９−６．７７  （ｍ，  １Ｈ），  ６．７０−６．６７  （ｍ，  ２Ｈ），  ５．７６  （ｄｄ，  １Ｈ），  ５．２９  （ｄ，  １Ｈ），  ３．８６  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．８５  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．３６−３．２７  （ｍ，  ２Ｈ），  ３．２３−３．１１  （ｍ，  ４Ｈ），  ２．９０  （ｔ，  ２Ｈ），  ２．７９−２．７１  （ｍ，  ８Ｈ），  ２．６２−２．５０  （ｍ，  ２Ｈ），  ２．５５  （ｄ，  １Ｈ），  ２．２８−２．１７  （ｍ，  １Ｈ），  ２．１２−２．０３  （ｍ，  １Ｈ），  １．７２−１．６１  （ｍ，  ３Ｈ），  １．４９−１．３６  （ｍ，  ３Ｈ），  １．２２  （ｓ，  ３Ｈ），  １．２１  （ｓ，  ３Ｈ），  ０．８８  （ｔ，  ３Ｈ，回転異性体１），  ０．７９  （ｔ，  ３Ｈ，回転異性体２）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ７１６．１  ［Ｍ＋Ｈ］＋、算出分子量：７１５．９７。
化合物−９の合成
【０４８３】
【化９２】
2020513036.tif 000118
ジクロロメタン中の中間体Ｉ−２３（１５ｍｇ、０．０２９ｍｍｏｌ）、３−（２，５−ジオキソピロール−１−イル）プロパン酸（５．８ｍｇ、０．０３４ｍｍｏｌ）、及びＤＭＡＰ（０．４ｍｇ、０．００３ｍｍｏｌ）の室温の溶液に、Ｎ，Ｎ’−ジシクロヘキシルカルボジイミド（９．４ｍｇ、０．０４６ｍｍｏｌ）を加えた。室温にて１５時間撹拌した後、得られた固体を、シリンジフィルターを通して濾過し、ジクロロメタンで洗浄した。溶媒を、真空下で除去し、得られた残渣を、酢酸エチルに入れた。−２０℃まで冷却した後、懸濁液を、シリンジフィルターを通して濾過し、冷酢酸エチルで洗浄した。濾液を、酢酸エチル（３０ｍＬ）及び水（３０ｍＬ）で希釈した。層を分離し、水層を、酢酸エチル（２×２０ｍＬ）で抽出した。有機層を、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、溶媒を、真空下で除去した。シリカゲルクロマトグラフィー（ヘキサン中０〜９０％酢酸エチル）によって精製して、化合物−９（１１ｍｇ、６０％収率）を油状物として得た。１Ｈ  ＮＭＲ  （４００ＭＨｚ，  ＣＤＣｌ３）  δ  ８．２５  （ブロード一重項，  １Ｈ），  ７．７９  （ｄ，  １Ｈ），  ７．３８  （ｓ，  １Ｈ），  ７．２９  （ｔ，  １Ｈ），  ６．９８  （ｄ，  １Ｈ），  ６．８２  （ｓ，  ２Ｈ），  ６．７８−６．７６  （ｍ，  １Ｈ），  ６．７０−６．６６  （ｍ，  ２Ｈ），  ５．８３  （ｄｄ，  １Ｈ），  ５．３７  （ｄ，  １Ｈ），  ４．４３  （ｄ，  １Ｈ），  ４．３７  （ｄ，  １Ｈ），  ３．８６  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．８５  （ｓ，  ３Ｈ），  ３．３２  （ｄ，  １Ｈ），  ２．９６  （ｔ，  １Ｈ），  ２．５５  （ｔ，  ２Ｈ），  ２．３５  （ｄ，  １Ｈ），  ２．２９−２．１５  （ｍ，  １Ｈ），  ２．１１−２．０１  （ｍ，  １Ｈ），  １．８１−１．６０  （ｍ，  ４Ｈ），  １．４９−１．４２  （ｍ，  ３Ｈ），  １．２７  （ｓ，  ３Ｈ），  １．２５  （ｓ，  ３Ｈ），  ０．９３  （ｔ，  ３Ｈ，回転異性体１），  ０．８２  （ｔ，  ３Ｈ，回転異性体２）。ＥＳＩ−ＭＳ  ｍ／ｚ  ＝  ６６２．０  ［Ｍ＋Ｈ］＋、算出分子量：６６１．７５。
ここまで本発明をその特定の実施形態に関連させて説明してきたが、本発明は、さらなる修正が可能であり、本出願は、本開示からの逸脱で、本発明が属する技術分野において既知のまたは慣例的な実施の範囲内に収まるもの及び本明細書でここまでに記載した本質的な特徴に当てはまり得るものを含め、本発明の原理に全般的に従った、本発明のあらゆる変形、使用または適応を包含することを意図するものであることが理解されたい。
【０４８４】
全ての出版物、特許、及び特許出願は、各個別の出版物、特許、または特許出願が、その全体が参照により組み込まれることが具体的及び個別に示されている場合と同程度に、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【図１−１】
2020513036.tif 000129
【図１−２】
2020513036.tif 000130
【図１−３】
2020513036.tif 000131
【図１−４】
2020513036.tif 000132
【図１−５】
2020513036.tif 000133
【図１−６】
2020513036.tif 000134
【図１−７】
2020513036.tif 000135
【図１−８】
2020513036.tif 000136
【図２−１】
2020513036.tif 000137
【図２−２】
2020513036.tif 000138
【図２−３】
2020513036.tif 000139
【図２−４】
2020513036.tif 000140
【図２−５】
2020513036.tif 000141
【図２−６】
2020513036.tif 000142
【図２−７】
2020513036.tif 000143
【図２−８】
2020513036.tif 000144
【図２−９】
2020513036.tif 000145
【図２−１０】
2020513036.tif 000146
【図２−１１】
2020513036.tif 000147
【図２−１２】
2020513036.tif 000148
【図２−１３】
2020513036.tif 000149
【図２−１４】
2020513036.tif 000150
【図２−１５】
2020513036.tif 000151
【図２−１６】
2020513036.tif 000152
【図２−１７】
2020513036.tif 000153
【図２−１８】
2020513036.tif 000154
【図２−１９】
2020513036.tif 000155
【図２−２０】
2020513036.tif 000156
【図２−２１】
2020513036.tif 000157
【図２−２２】
2020513036.tif 000158
【図２−２３】
2020513036.tif 000159
【図２−２４】
2020513036.tif 000160
【図２−２５】
2020513036.tif 000161
【図２−２６】
2020513036.tif 000162
【図２−２７】
2020513036.tif 000163
【図２−２８】
2020513036.tif 000164
【図２−２９】
2020513036.tif 000165
【図２−３０】
2020513036.tif 000166
【図２−３１】
2020513036.tif 000167
【図２−３２】
2020513036.tif 000168
【図２−３３】
2020513036.tif 000169
【図２−３４】
2020513036.tif 000170
【図２−３５】
2020513036.tif 000171
【国際調査報告】
2020513036.tif 000172
2020513036.tif 000173