(57)【要約】  本発明は、対象の前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法であって、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含み、前記試料が前記対象から得られている、方法に関する。
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象の前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法であって、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含み、試料が対象から得られている、方法。
【請求項２】
対照レベル及び／又は化学組成と比較して変化した試料中のコンドロイチン硫酸（ＣＳ）及び／又はヘパラン硫酸（ＨＳ）及び／又はヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び／又は化学組成が、対象のがんを示す、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
化学組成の決定が、試料中のＣＳ又はＨＳ二糖の具体的な硫酸化又は非硫酸化形態、存在する全ＨＳ二糖（チャージＨＳ）のうちのＨＳの硫酸化二糖の割合、存在する全ＣＳ二糖（チャージＣＳ）のうちのＣＳの硫酸化二糖の割合、ＣＳの総濃度、ＨＳの総濃度及びＨＡの総濃度の１つ又は複数からなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
化学組成の決定が、試料中の０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル及び０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル；存在する全ＨＳ二糖のうちのＨＳの硫酸化二糖の割合（チャージＨＳ）；存在する全ＣＳ二糖のうちのＣＳの硫酸化二糖の割合（チャージＣＳ）；ＣＳの総濃度（ＣＳ  ｔｏｔ）；ＨＳの総濃度（ＨＳ  ｔｏｔ）；及びＨＡの総濃度（ＨＡ  ｔｏｔ）からなる群から選択されるＣＳ又はＨＳ二糖の具体的な硫酸化又は非硫酸化形態からなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
場合により総ＣＳ及び／又はチャージＣＳと合わせて、硫酸化及び非硫酸化ＣＳ形態の最大８つ又は８つ全て：０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ及びトリスＣＳのレベルを決定するステップを含む、及び／又は
場合により総ＨＳ及び／又はチャージＨＳと合わせて、硫酸化及び非硫酸化ＨＳ形態の最大８つ又は８つ全て：０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ  及びトリスＨＳのレベルを決定するステップを含む、及び／又は
ＨＡの総濃度を決定するステップを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
化学組成の決定が、試料中の６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、４ｓ  ＣＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
体液が血液試料であり、化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＣＳの１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
体液が尿試料であり、化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性Ｎｓ２ｓ  Ｈｓ及び４ｓ  ＣＳの一方又は両方のレベルを決定することを含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳの１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
体液が血液試料であり、化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、Ｎｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から７又は９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
体液が尿試料であり、化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳの１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から６、８又は９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
体液試料が血液試料であり、対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ及びチャージＣＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの上昇が、対象のがんを示す、請求項１から７、９又は１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
体液試料が血液試料であり、対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ又はＮｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの低下が、対象のがんを示す、請求項１から７、９、１０又は１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
体液試料が尿試料であり、対照レベルと比較した、チャージＨＳのレベルの上昇が、対象のがんを示す、請求項１から６、８、９又は１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
体液試料が尿試料であり、４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ又は０ｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの低下が、対象のがんを示す、請求項１から６、８、９、１１又は１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
体液試料が血液であり、試料中のＧＡＧ特性チャージＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
体液試料が血液であり、試料中のＧＡＧ特性チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
体液試料が血液であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数のレベルの変化が、対象のがんを示す、請求項１から５又は１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
体液試料が血液であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ又は比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳの１つ又は複数のレベルの上昇が、対象のがんを示す、請求項１から５、１７又は１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
体液試料が血液であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ又は比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳの１つ又は複数のレベルの低下が、対象のがんを示す、請求項１から５、１７又は１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
がんが前立腺がんである、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
化学組成の決定が、試料中の４ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳ、総ＨＡ及びＮｓ２ｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数のレベルを決定することを含む、請求項１から５又は１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
体液試料が血液試料であり、化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性４ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＣＳの一方又は両方のレベルを決定することを含む、請求項１から５又は１６又は１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
体液試料が尿試料であり、化学組成の決定が、試料中のＧＡＧ特性４ｓ  ＣＳ、ＨＡの総濃度及びＮｓ２ｓ  ＨＳの１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む、請求項１から５又は１６又は１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
体液試料が血液試料であり、化学組成の決定が、試料中の０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む、請求項１から５又は１６又は１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
体液試料が血液試料であり、対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの上昇が、対象の前立腺がんを示す、請求項１から５又は１６、１７、１８又は２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
体液試料が血液試料であり、対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ、総ＣＳ及び２ｓ６ｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの低下が、対象の前立腺がんを示す、請求項１から５又は１６、１７、１８又は２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
体液試料が尿試料であり、化学組成の決定が、試料中の４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＨＳ、ＨＳ  ｔｏｔ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及び総ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む、請求項１から５又は１６、１７又は１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
体液試料が尿試料であり、対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ、チャージＨＳ、総ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及び総ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの上昇が、対象の前立腺がんを示す、請求項１から５又は１６、１７、１９又は２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
体液試料が尿試料であり、対照レベルと比較した、４ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ及び２ｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルの低下が、対象の前立腺がんを示す、請求項１から５又は１６、１７、１９、２３又は２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
体液が血液であり、化学組成の決定が、試料中の０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む；或いは
体液が尿であり、化学組成の決定が、試料中の２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む、
請求項１から５又は１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
体液が血液であり、化学組成の決定が、試料中の２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む；或いは
体液が尿であり、化学組成の決定が、試料中の２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数又は全部のレベルを決定することを含む、
請求項１から５又は１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
がんが黒色腫であり、試料中のＧＡＧ特性６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、総ＣＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
がんが黒色腫であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、総ＣＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の黒色腫を示す、請求項１から５又は３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
がんが黒色腫であり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、総ＣＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の黒色腫を示す、請求項１から５、３３又は３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
がんが結腸がん又は直腸がんであり、試料中のＧＡＧ特性２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
がんが結腸がん又は直腸がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の結腸がん又は直腸がんを示す、請求項１から５又は３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
がんが結腸がん又は直腸がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の結腸がん又は直腸がんを示す、請求項１から５、３６又は３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
がんが神経内分泌腫瘍、好ましくは消化管神経内分泌腫瘍であり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
がんが神経内分泌腫瘍、好ましくは消化管神経内分泌腫瘍であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の神経内分泌腫瘍、好ましくは消化管神経内分泌腫瘍を示す、請求項１から５又は３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
がんが神経内分泌腫瘍、好ましくは消化管神経内分泌腫瘍であり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の神経内分泌腫瘍、好ましくは消化管神経内分泌腫瘍を示す、請求項１から５、３９又は４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
がんが血液がん、好ましくは慢性リンパ性白血病であり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
がんが血液がん、好ましくは慢性リンパ性白血病であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の血液がん、好ましくは慢性リンパ性白血病を示す、請求項１から５又は４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
がんが血液がん、好ましくは慢性リンパ性白血病であり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の血液がん、好ましくは慢性リンパ性白血病を示す、請求項１から５、４２又は４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
がんが膀胱がんであり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
がんが膀胱がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の膀胱がんを示す、請求項１から５又は４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
がんが膀胱がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ及びＮｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の膀胱がんを示す、請求項１から５、４５又は４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
がんが乳がんであり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
がんが乳がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の乳がんを示す、請求項１から５又は４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
がんが乳がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の乳がんを示す、請求項１から５、４８又は４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
がんが卵巣がんであり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
がんが卵巣がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の卵巣がんを示す、請求項１から５又は５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
がんが卵巣がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ及び比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳの一方又は両方のレベルの低下
が、対象の卵巣がんを示す、請求項１から５、５１又は５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
がんが子宮がん、好ましくは子宮内膜がんであり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
がんが子宮がん、好ましくは子宮内膜がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の子宮がん、好ましくは子宮内膜がんを示す、請求項１から５又は５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
がんが子宮がん、好ましくは子宮内膜がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ及び比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳの一方又は両方のレベルの低下
が、対象の子宮がん、好ましくは子宮内膜がんを示す、請求項１から５、５４又は５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
がんが子宮がん、好ましくは子宮頸がんであり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
がんが子宮がん、好ましくは子宮頸がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の子宮がん、好ましくは子宮頸がんを示す、請求項１から５又は５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５９】
がんが子宮がん、好ましくは子宮頸がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ及び比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳの一方又は両方のレベルの低下
が、対象の子宮がん、好ましくは子宮頸がんを示す、請求項１から５、５７又は５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
がんが血液がん、好ましくは非ホジキンリンパ腫であり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
がんが血液がん、好ましくは非ホジキンリンパ腫であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の血液がん、好ましくは非ホジキンリンパ腫を示す、請求項１から５又は６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
がんが血液がん、好ましくは非ホジキンリンパ腫であり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の血液がん、好ましくは非ホジキンリンパ腫を示す、請求項１から５、６０又は６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
がんが脳がん、好ましくはびまん性神経膠腫であり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
がんが脳がん、好ましくはびまん性神経膠腫であり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の脳がん、好ましくはびまん性神経膠腫を示す、請求項１から５又は６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
がんが脳がん、好ましくはびまん性神経膠腫であり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の脳がん、好ましくはびまん性神経膠腫を示す、請求項１から５、６３又は６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
がんが肺がんであり、試料中のＧＡＧ特性０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルを決定するステップを含む、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６７】
がんが肺がんであり、対照レベルと比較した、ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの変化が、対象の肺がんを示す、請求項１から５又は６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
がんが肺がんであり、
対照レベルと比較した、
ＧＡＧ特性：２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇；並びに／或いは
ＧＡＧ特性：０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数のレベルの低下
が、対象の肺がんを示す、請求項１から５、６６又は６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
ＧＡＧ特性の２つ以上のレベルを決定するステップを含む、請求項１から６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
ＧＡＧ特性の２つ以上、３つ以上、４つ以上又は全部のレベルを決定するステップを含む、請求項１から６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
がんを診断するために使用される、請求項１から７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
がんの予後診断、がんの発生のリスクがある対象の監視、対象のがんの進行の監視、がんの臨床的重症度の決定、がんの療法もしくは外科手術に対する対象の応答の予測、がんを治療するために使用している治療的もしくは外科的レジメンの有効性の決定、がんの再発もしくは再燃の検出、患者選択もしくは治療選択、又はがんと疑われる小型腫瘤の非悪性疾患との識別に使用される、請求項１から７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前立腺がんが前立腺腺がんである、請求項１から３２又は６９から７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
対象が、がんを発症するリスクがあるもしくはがんの発生のリスクがある対象である、又はがんを有するもしくは有する疑いがある対象である、請求項１から７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
体液試料が尿である、請求項１から６、８、９、１１、１４、１５、２１、２２、２４又は２８から７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
体液試料が血液である、請求項１から７、９、１０、１２、１３、１６から２３、２５から２７又は３１から７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
ＧＡＧ又はＧＡＧ特性のレベル又は化学組成が、電気泳動又はＨＰＬＣ及び質量分析によって決定される、請求項１から７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
電気泳動がキャピラリー電気泳動、好ましくはレーザー誘起蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動である、及び／又はＨＰＬＣがエレクトロスプレーイオン化−質量分析と組み合わせられる、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
ＣＳ又はＨＳ二糖の具体的な硫酸化又は非硫酸化形態の１つ又は複数のレベルが決定され、ＧＡＧが分析用の二糖単位を得るための処理ステップに供される、請求項３から７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
療法又は外科手術によってがんを治療するステップをさらに含む、請求項１から７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
対象のがんをスクリーニングする方法であって、
試料中の
ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＹ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ７、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ３、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２
からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含み；
試料が対象から得られており；
対照レベルと比較した、試料中の遺伝子の１つ又は複数の発現産物のレベル変化が、対象のがんを示す、方法。
【請求項８２】
がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん及び腎臓がんからなる群から選択される、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される、請求項８１又は８２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明はがんのバイオマーカー及びがんをスクリーニングする方法に関する。このような方法は、対象のがんを示すあるバイオマーカーのレベル及び／又は組成を決定するステップを含む。
【０００２】
がんの症例数は近い将来大幅に増加すると予測される。増大しているがん人口が、がんについての現在の診断状況を改善するための緊急の必要性を決定している。特に、がん診断のための手ごろな価格で実用的なツールは、典型的にはより好ましい臨床成績と相関する高リスクがんの早期検出において医療専門家を支援するために、又は現在のがん患者の治療を導くために必要とされる。
【０００３】
循環バイオマーカーは、個体の入手可能な体液、例えば血液又は尿で測定することができ、そのレベルが、診断及び／又は予後診断及び／又は治療に対する反応の予測を補助するのに有用な分子である。広く使用されているバイオマーカーの例は、前立腺がんに対する前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、結腸直腸がんに対するがん胎児性抗原（ＣＥＡ）、及び卵巣がんに対する炭水化物抗原１２５である。しかしながら、がんを診断するためのこれらのバイオマーカーの臨床的価値が大いに議論されている。例えば、平均リスクがある５０歳以上の男性の前立腺腺がんを検出するための標準ＰＳＡ検査では、４ｎｇ／ｍｌに等しいカットオフ値を仮定すると、感度及び特異度の標準値はそれぞれ２１％（グリソンスコアが８以上である高悪性度病変については５１％）及び９１％である（Ｗｏｌｆら、２０１０）。
【０００４】
当技術分野で必要とされているものは、がんをスクリーニングする（例えば、がんを診断する）新しい方法である。がんのための新規なバイオマーカーの特定は、多数の患者にとっての臨床的意味を潜在的に有し、重要な臨床的進歩となるだろう。ここで、本発明者らは、がんを検出するための高度に特異的で感受性の高いアッセイに使用することができるがんの血液及び／又は尿マーカーの証拠を提供する。そのため、有利には、このような方法は、非侵襲性であり、容易に得ることができる試料に対して行われるのと同時に、非常に正確である。本発明者らはまた、一定の遺伝子の発現レベルががんの指標となることを認めた。
【０００５】
このような検査が利用可能であることはまた、例えば新たに診断されたがんにおける進行のリスクを決定するため；不確かな臨床リスクがあるがん患者の治療選択肢を導くため；外科手術又は薬物治療の前後にがんを監視するため；患者が典型的に治癒したと宣言されるまでのより長期間にわたって疾患の再燃を排除するため；遺伝的素因のある個人、もしくは危険因子を示す個人、もしくは症状を示す個人などのリスクのある集団におけるがんの発生を評価するため；転移が特定のがんによるものであるかどうかを確認するため；早期がん患者の再発もしくは再燃を予測するため；がんの疑いがある病変を非悪性疾患と識別するため；又は一般集団のがんをスクリーニングするためにいくつかの医学的決定をするために価値がある。
【０００６】
これに関して、本発明者らは、一定のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、すなわちコンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）並びに前記ＧＡＧの化学組成が、対照の対象と比較してがん患者の体液試料において異なるレベルで見られることを特定した。ＧＡＧ  ＣＳもしくはＨＳもしくはＨＡのこれらの異なるレベル、又はＧＡＧ  ＣＳもしくはＨＳもしくはＨＡの異なる化学組成（ＧＡＧプロファイル）は、がんのバイオマーカーとして作用することができ、よって、対象のがんのスクリーニングに有用である。したがって、本発明者らは、入手可能な流体からのＧＡＧプロファイルが、がんのバイオマーカー／診断マーカーとして使用するのに適していることを決定した。
【０００７】
驚くべきことに、また有利には、本発明者らは、ＧＡＧ  ＣＳ及びＨＳ及びＨＡのレベルの変化が、がん患者の入手可能な体液で観察され、これらのＧＡＧプロファイルが、がんのバイオマーカーとして使用するのに適していることを見出した。本発明者らはまた、ＣＳ及びＨＳ及びＨＡの全体（総）レベル又は濃度に加えて、化学組成、例えばＣＳ及びＨＳの具体的な二糖硫酸化パターンの他の変化もがん試料と正常試料との間で観察され、がんを診断するために極めて有効に使用することができることを示した。
【０００８】
明らかに、がん診断を対象から入手可能な体液試料、例えば血液又は尿で行うことができるという発見は極めて有利である。ここで、本発明者らは、がんに付随するＧＡＧ組成の全身変化を観察した。
【０００９】
有利には、本発明者らはまた、がんの発生の特色を示し、入手可能な体液の測定値に基づいて計算される特定されたマーカーが、疾患の正確で堅牢な予測因子となることを示した。
【発明の概要】
【００１０】
したがって、一態様では、本発明は、対象の前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法であって、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含み、前記試料が前記対象から得られている、方法を提供する。
【００１１】
文脈から他に明らかでない限り、本明細書における「がん」へのその後の言及は、上の段落に示される２０種類のがんの１つ又は複数を指す。
【００１２】
一態様では、本発明は、対象の前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法であって、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含み、前記試料が前記対象から得られている、方法を提供する。
【００１３】
いくつかの実施形態では、本発明は、対象の前立腺がん、肺がん、頭頸部がん又は膀胱がんをスクリーニングする方法を提供する。
【００１４】
いくつかの実施形態では、本発明は、前立腺がん、黒色腫（例えば、皮膚黒色腫又はブドウ膜黒色腫）、皮膚がん、結腸がん又は直腸がん（これらを結腸直腸がんと総称することがある）、神経内分泌腫瘍（例えば、消化管神経内分泌腫瘍）、血液がん（例えば、慢性リンパ性白血病又は非ホジキンリンパ腫）、膀胱がん、乳がん、卵巣がん、子宮がん（例えば、子宮内膜がん又は子宮頸がん）、脳がん（例えば、びまん性神経膠腫）及び肺がんをスクリーニングする方法を提供する。
【００１５】
特に好ましい実施形態では、本発明は、対象の前立腺がんをスクリーニングする方法を提供する。したがって、好ましい態様では、本発明は、対象の前立腺がんをスクリーニングする方法であって、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含み、前記試料が前記対象から得られている、方法を提供する。
【００１６】
いくつかの実施形態では、本発明は、対象の前立腺がん、甲状腺がん、直腸がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法を提供する。したがって、いくつかの実施形態では、乳がん、結腸がん、頭頸部がん、肺がん及び／又は子宮がんがスクリーニングされない。
【００１７】
いくつかの実施形態では、本発明は、対象の前立腺がん、甲状腺がん、直腸がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法を提供する。したがって、いくつかの実施形態では、乳がん、結腸がん、頭頸部がん、肺がん及び／又は子宮がんがスクリーニングされない。
【００１８】
いくつかの実施形態では、本発明は、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、血液がん及び卵巣がんからなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法を提供する。したがって、いくつかの実施形態では、がんが皮膚がんでも、肺がんでも、脳がんでも、乳がんでもない。
【００１９】
いくつかの実施形態では、本発明は、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、血液がん、卵巣がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択されるがんをスクリーニングする方法を提供する。したがって、いくつかの実施形態では、がんが皮膚がんでも、肺がんでも、脳がんでも、乳がんでもない。
【００２０】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが頭頸部がんではない。
【００２１】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが頭頸部がんではない。
【００２２】
いくつかの実施形態では、がんが、甲状腺がん、直腸がん、膀胱がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが、血液がんでも、脳がんでも、子宮がんでも、膵臓がんでも、結腸がんでも、乳がんでも、肝臓がんでも、胃がんでも、肺がんでも、前立腺がんでもない。
【００２３】
いくつかの実施形態では、がんが、甲状腺がん、直腸がん、膀胱がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが、血液がんでも、脳がんでも、子宮がんでも、膵臓がんでも、結腸がんでも、乳がんでも、肝臓がんでも、胃がんでも、肺がんでも、前立腺がんでもない。
【００２４】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが胃がんではない。
【００２５】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが胃がんではない。
【００２６】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが結腸がんでも、直腸がんでも、膵臓がんでも、胃がんでもない。
【００２７】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが結腸がんでも、直腸がんでも、膵臓がんでも、胃がんでもない。
【００２８】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが乳がんではない。
【００２９】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが乳がんではない。
【００３０】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが結腸がんでも、直腸がんでもない。
【００３１】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが結腸がんでも、直腸がんでもない。
【００３２】
いくつかの実施形態では、がんが、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが前立腺がんではない。
【００３３】
いくつかの実施形態では、がんが、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが前立腺がんではない。
【００３４】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが膀胱がんではない。
【００３５】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが膀胱がんではない。
【００３６】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが血液がんでも、卵巣がんでも、乳がんでも、結腸がんでもない。
【００３７】
いくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが血液がんでも、卵巣がんでも、乳がんでも、結腸がんでもない。
【００３８】
いくつかの実施形態では、がんが、甲状腺がん、子宮がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが、肝臓がんでも、前立腺がんでも、膵臓がんでも、肺がんでも、乳がんでも、胃がんでも、膀胱がんでも、直腸がんでも、卵巣がんでも、結腸がんでもない。
【００３９】
いくつかの実施形態では、がんが、甲状腺がん、子宮がん、胆管がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、皮膚がん、黒色腫及び神経内分泌腫瘍からなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが、肝臓がんでも、前立腺がんでも、膵臓がんでも、肺がんでも、乳がんでも、胃がんでも、膀胱がんでも、直腸がんでも、卵巣がんでも、結腸がんでもない。
【００４０】
本発明の好ましい方法では、対照レベル及び／又は組成と比較して変化した前記試料中のコンドロイチン硫酸（ＣＳ）及び／又はヘパラン硫酸（ＨＳ）及び／又はヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び／又は組成が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００４１】
本発明の好ましい方法では、レベルと化学組成の両方が決定される。本発明の他の好ましい方法では、化学組成のみが決定され、又は他の好ましい方法では、ＣＳ及び／又はＨＳ及び／又はＨＡのレベル（総レベル又は総濃度）のみが決定される。
【００４２】
上記のように、本発明の方法は、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含む。いくつかの実施形態では、前記ＧＡＧの１つのレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、へパラン硫酸（ＨＳ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、前記ＧＡＧの２つのレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）及びヘパラン硫酸（ＨＳ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、ヒアルロン酸（ＨＡ）及びヘパラン硫酸（ＨＳ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。いくつかの実施形態では、前記ＧＡＧの３つ全てのレベル及び／又は化学組成が決定される、すなわちコンドロイチン硫酸（ＣＳ）及びヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び／又は化学組成が決定される。
【００４３】
グリコサミノグリカン（ＧＡＧ）は、セリン残基上でタンパク質に結合している、すなわちプロテオグリカンの一部を形成することができる糖含有分子である。これらは、硫酸化することができる単糖の直鎖又は非分岐鎖（すなわち、多糖）から形成される。ヘパラン硫酸（ＨＳ）、コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ケラタン硫酸（ＫＳ）、ヒアルロン酸（ＨＡ）及びヘパリンは、ＧＡＧの一般的な型であり、その中でＨＳ及びＣＳは硫酸化ＧＡＧの例である。異なる型のＧＡＧは、異なる反復二糖単位によって識別される。しかしながら、全ての型がタンパク質のセリン残基に結合した同じ四糖コアを有する。
【００４４】
したがって、例として、例えば、ＣＳ及びＨＳは、コアタンパク質との結合において共通の生合成経路を共有するＧＡＧであるが、その後、ＣＳ反復二糖は反復Ｎ−アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）及びグルクロン酸（ＧｌｃＡ）残基で構成される一方で、ＨＳの反復二糖は、典型的には反復Ｎ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）及びグルクロン酸（ＧｌｃＡ）残基で構成されるという点で、その重合において異なる。各単糖は、ＧＡＧ合成に対して複数のレベルの調節を可能にする特異的酵素によって結合される。
【００４５】
本明細書で言及されるＨＳ又はＣＳ又はＨＡの「レベル」は、一般に、試料中に存在するＨＳ又はＣＳ又はＨＡの総レベル又は量（例えば、濃度）を指す。試料中のＣＳ及び／又はＨＳ及び／又はＨＡのレベルは、当技術分野で周知であり、記載される任意の適切な方法によって測定又は決定することができる。好ましい方法は、電気泳動、特にキャピラリー電気泳動、例えば、蛍光検出、例えばレーザー誘起蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動を含む。他の適切な方法は、場合により質量分析（ＨＰＬＣ−ＭＳ）と組み合わせた、ゲル電気泳動、例えば、アガロースゲル電気泳動（例えば、ＦＡＣＥ、発蛍光団援用炭水化物電気泳動）又は質量分析又は液体クロマトグラフィー、例えば、ＨＰＬＣである。好都合には、これらのレベルは、例えば、１ｍｌ当たりのマイクログラム数（μｇ／ｍｌ）として、濃度として測定することができる。しかしながら、任意の適切なレベルの尺度を使用することもできる。
【００４６】
本発明の方法では、ＨＳ又はＣＳ又はＨＡのレベルが、別々に又は個別に決定される。換言すれば、この方法は、試料中の総ＧＡＧレベルの測定又は組み合わせて存在する全てのＧＡＧの総レベルの測定を含まないが、個々のＧＡＧ  ＨＳ又はＣＳ又はＨＡの１つ又は複数のレベルの測定を含む。
【００４７】
特定の実施形態では、ＣＳ及び／又はＨＳ及び／又はＨＡのレベル（例えば、総レベル又は濃度）を、例えば、血液又は尿試料で決定することができる。
【００４８】
本発明のいくつかの実施形態では、尿試料中のＣＳのレベル（又は濃度）上昇及び／又は尿試料中のＨＳのレベル（又は濃度）上昇及び／又は尿試料中のＨＡのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示し、本明細書の他の箇所に記載されるように対象をスクリーニング、診断等するために使用することができる。
【００４９】
本発明のいくつかの実施形態では、血液試料中のＨＳのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示し、本明細書の他の箇所に記載されるように対象をスクリーニング、診断等するために使用することができる。
【００５０】
特定の実施形態では、尿試料中のＣＳのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００５１】
特定の実施形態では、血液試料中のＣＳのレベル（又は濃度）低下が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００５２】
特定の実施形態では、血液試料中のＨＳのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００５３】
特定の実施形態では、尿試料中のＨＳのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００５４】
特定の実施形態では、尿試料中のＨＡのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００５５】
特定の実施形態では、血液試料中のＨＡのレベル（又は濃度）上昇が、前記対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す。
【００５６】
ＣＳ及びＨＳを構成する個々の単糖単位は、硫酸分子の位置及び硫酸分子の量／数に関して異なる硫酸化パターンを有することができる。ＣＳについては、硫酸化がＧｌｃＡの２位並びにＧａｌＮＡｃの４位及び６位の１つ又は複数に最も一般的に生じ得る。ＨＳについては、硫酸化がＩｄｏＡ（イズロン酸）へのエピマー化後のＧｌｃＡの２位、ＧｌｃＮＡｃの３位及び６位、並びにＧｌｃＮＡｃのＮ−硫酸化の１つ又は複数で生じ得る。したがって、ＧＡＧ鎖中の各個々の二糖は、０（すなわち、非硫酸化）、１、２、３又は４（ＨＳのみ）硫酸化形態を有することができ、これが次に硫酸化レベル及び具体的な二糖硫酸化パターンの点で異なるＧＡＧ鎖の全体化学組成を生じる。
【００５７】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の好ましい実施形態は、ＣＳ、ＨＳ及びＨＡの１つ、２つ又は３つの化学組成の決定を含む。本明細書で使用される「化学組成」という用語は、ＧＡＧのレベル並びにＧＡＧの二糖硫酸化組成の両方を指すことができる。特に、この用語は、ＣＳ又はＨＳ  ＧＡＧを構成する二糖の１つ又は複数の特定の形態、例えば硫酸化形態の決定を含む。言い換えると、「化学組成」という用語は、ＣＳ又はＨＳ二糖の種々の硫酸化及び／又は非硫酸化形態の１つ又は複数の量又はレベル、並びに例えば存在する個々のＧＡＧのいくつかの他の特性、例えば総ＨＳもしくはＣＳもしくはＨＡ  ＧＡＧレベル、又はＧＡＧ硫酸化に関連する他の特性、例えば本明細書の他の箇所に記載されるＨＳチャージもしくはＣＳチャージを指す。本発明において分析又は決定されるこのような化学組成を、本明細書ではＧＡＧプロファイル、ＧＡＧ形態、ＧＡＧ特徴又はＧＡＧ特性とも呼ぶことができる。これに関して、いくつかの実施形態では、以下により詳細に記載される最大２２個の異なるＧＡＧ特性（最大２０種の独立した特性を含む）を本発明の方法で測定することができ、特定の試料から採取されたこれらの測定値の収集物又は群（例えば、２つ以上）をＧＡＧプロファイルと呼ぶことができる。本発明のいくつかの好ましい実施形態では、最大２１個の異なるＧＡＧ特性（最大１９個の独立した特性を含む）を測定することができる（以下により詳細に記載されるように）。
【００５８】
したがって、例えば、本明細書で使用される「化学組成」という用語は、ＣＳ及び／又はＨＳを構成する二糖の硫酸化パターン（例えば、硫酸化形態の１つ又は複数）の決定又は分析を指し得る。
【００５９】
例えば、ＣＳについては、０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ又はＣＳ  Ｏ単位とも呼ばれる）、２ｓ  ＣＳ（コンドロイチン−２−硫酸とも呼ばれる）、４ｓ  ＣＳ（コンドロイチン−４−硫酸又はＣＳ  Ａ単位とも呼ばれる）、６ｓ  ＣＳ（コンドロイチン−６−硫酸又はＣＳ  Ｃ単位とも呼ばれる）、２ｓ４ｓ  ＣＳ（コンドロイチン−２−４−硫酸とも呼ばれる）、２ｓ６ｓ  ＣＳ（コンドロイチン−２−６−硫酸又はＣＳ  Ｄ単位とも呼ばれる）、４ｓ６ｓ  ＣＳ（コンドロイチン−４−６−硫酸又はＣＳ  Ｅ単位とも呼ばれる）及びトリスＣＳ（コンドロイチン−２−４−６−硫酸又は三硫酸化ＣＳとも呼ばれる）である８つの主な硫酸化及び非硫酸化形態（硫酸化パターン、二糖硫酸化形態）が存在する。
【００６０】
上記の各々が、本発明の方法において測定され得るＣＳ  ＧＡＧの形態（ＣＳ  ＧＡＧ形態又は特性）である。これらの形態の１つ又は複数を測定することができ、例えばこれらの硫酸化形態の最大８つ、例えば１、２、３、４、５、６、７又は８つ全てを測定することができる。いくつかの実施形態では、これらの硫酸化形態の８つ全ての測定が好ましい。本発明の方法において測定され得るＣＳについての別のＧＡＧ特性は、ＣＳの総濃度（本明細書ではＣＳ  ｔｏｔ又はＴｏｔ  ＣＳ又は総ＣＳとも呼ばれる）又はＣＳの総レベルである。これは、典型的には本明細書の他の箇所に記載されるように、例えばμｇ／ｍｌの濃度として測定される。ＣＳの総濃度がＧＡＧ特性の１つとして測定される本発明の実施形態では、少なくとも１つの他のＧＡＧ特性又はＣＳ特性、例えば存在する他の個々のＧＡＧの総レベル（例えば、総ＨＳでも総ＨＡでもない）に基づかない特性が測定されることが好ましい。いくつかの実施形態では、ＣＳの総濃度が測定されない。いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＣＳ  ＧＡＧ特性の測定が好ましい。
【００６１】
「チャージＣＳ」は、例えば、ＧＡＧプロファイルの一部として、本発明で測定され得る別のＧＡＧ形態又は特性である。「チャージＣＳ」は、ＣＳの硫酸化二糖の総割合、すなわち、試料中に存在する又は測定される全ＣＳ二糖の中の試料中に存在する又は測定されるＣＳの硫酸化二糖の割合（すなわち、硫酸化ＣＳ二糖／硫酸化＋非硫酸化ＣＳ二糖）を指す。
【００６２】
例えば、試料が血液試料である場合、ＣＳ（０ｓ  ＣＳ）の非硫酸化形態に加えて、チャージＣＳ（４ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ＋０ｓ  ＣＳ）を計算するために、（例えば、ＣＳの硫酸化形態の全部を測定する代わりに）４ｓ  ＣＳを主な硫酸化形態として測定することもできる。或いは、例えば、試料が尿試料である場合、ＣＳ（０ｓ  ＣＳ）の非硫酸化形態に加えて、チャージＣＳ（４ｓ  ＣＳ＋６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ＋６ｓ  ＣＳ＋０ｓ  ＣＳ）を計算するために、（例えば、ＣＳの硫酸化形態の全部を測定する代わりに）４ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳを主な硫酸化形態として測定することもできる。
【００６３】
「チャージＣＳ」の測定値は他の特性、すなわち硫酸化及び非硫酸化ＣＳ二糖のレベルの測定値に依存するので、この特性は本明細書では独立したＧＡＧ特性又はＣＳ特性と呼ばれない。したがって、総ＣＳと合わせて、上で列挙される８つの硫酸化形態及び非硫酸化形態である最大９つの独立したＣＳ特性を本発明の方法で測定することができる。いくつかの実施形態では、これらの独立したＣＳ特性の９つ全てが測定される。
【００６４】
いくつかの実施形態では、総ＣＳ及びチャージＣＳと合わせて、ＣＳ硫酸化形態（すなわち、硫酸化及び非硫酸化形態）の最大８つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つもしくは８つ）又は８つ全てを測定することが好ましい。
【００６５】
例えば、ＨＳについては、０ｓ  ＨＳ（非硫酸化ＨＳとも呼ばれる）、２ｓ  ＨＳ（ＧｌｃＡの２位で硫酸化されている）、Ｎｓ  ＨＳ（ＧｌｃＮＡｃのＮ位で硫酸化されている）、６ｓ  ＨＳ（ＧｌｃＮＡｃの６位で硫酸化されている）、２ｓ６ｓ  ＨＳ（ＧｌｃＡの２位及びＧｌｃＮＡｃの６位で硫酸化されている）、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ（ＧｌｃＮＡｃの６位及びＮ位で硫酸化されている）、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ（ＧｌｃＡの２位及びＧｌｃＮＡｃのＮ位で硫酸化されている）、トリスＨＳ（ＧｌｃＡの２位並びにＧｌｃＮＡｃの６位及びＮ位で硫酸化されている、三硫酸化ＨＳとも呼ばれる）である８つの主な硫酸化及び非硫酸化形態（硫酸化パターン、二糖硫酸化形態）が存在する。ＧｌｃＮＡｃの３位の硫酸化も可能であるが、めったに観察されないことに留意されたい。
【００６６】
上記の各々が、本発明の方法において測定又は決定され得るＨＳ  ＧＡＧの形態（ＨＳ  ＧＡＧ形態又は特性）である。しかし、その希少性ゆえに、本発明の好ましい実施形態では、ＧｌｃＮＡｃの３位に硫酸化を有する硫酸化形態が測定されない。したがって、本発明の方法では、これらの９つ（又は好ましくは８つ）の形態の１つ又は複数を測定することができ、例えばこれらの硫酸化形態の最大９つ（又は好ましくは最大８つ）、例えば１、２、３、４、５、６、７、８又は９つ全てを測定することができる。いくつかの実施形態では、これらの硫酸化形態の８つ全て（ＧｌｃＮＡｃの３位に硫酸化を有する硫酸化形態を除く）の測定が好ましい。本発明の方法において測定され得るＨＳについての別のＧＡＧ特性は、ＨＳの総濃度（本明細書ではＨＳ  ｔｏｔ又はＴｏｔ  ＨＳ又は総ＨＳとも呼ばれる）又はＨＳの総レベルである。これは、典型的には本明細書の他の箇所に記載されるように、例えばμｇ／ｍｌの濃度として測定される。ＨＳの総濃度がＧＡＧ特性の１つとして測定される本発明の実施形態では、少なくとも１つの他のＧＡＧ特性又はＨＳ特性、例えば存在する他の個々のＧＡＧの総レベル（例えば、総ＣＳでも総ＨＡでもない）に基づかない特性が測定されることが好ましい。いくつかの実施形態では、ＨＳの総濃度が測定されない。例えば、試料が血液又は尿である場合、特に試料が尿試料である場合には、１つ又は複数のＨＳ  ＧＡＧ特性の測定が本発明の方法において好ましい。
【００６７】
「チャージＨＳ」は、例えば、ＧＡＧプロファイルの一部として、本発明で測定され得る別のＧＡＧ形態又は特性である。チャージＨＳは、ＨＳの硫酸化二糖の総割合、すなわち、試料中に存在する又は測定される全ＨＳ二糖の中の試料中に存在する又は測定されるＨＳの硫酸化二糖の割合（すなわち、硫酸化ＨＳ二糖／硫酸化＋非硫酸化ＨＳ二糖）を指す。
【００６８】
例えば、試料が血液又は尿試料である場合、ＨＳ（０ｓ  ＨＳ）の非硫酸化形態に加えて、チャージＨＳ（例えば、Ｎｓ  ＨＳ＋６ｓ  ＨＳ／Ｎｓ  ＨＳ＋６ｓ  ＨＳ＋０ｓ  ＨＳ）を計算するために、（例えば、ＨＳの硫酸化形態の全てを測定する代わりに）Ｎｓ  ＨＳ及び／又は６ｓ  ＨＳを主な硫酸化形態として測定することもできる。
【００６９】
「チャージＨＳ」の測定値は他の特性、すなわち硫酸化及び非硫酸化ＨＳ二糖の測定値に依存するので、この特性は本明細書では独立したＧＡＧ特性又はＨＳ特性と呼ばれない。したがって、総ＨＳと合わせて、上で列挙される９つの硫酸化及び非硫酸化形態（好ましくはＧｌｃＮＡｃの３位に硫酸化を有する硫酸化形態を除く）である最大１０個の独立したＨＳ特性を本発明の方法で測定することができる。したがって、いくつかの実施形態では、９つの独立したＨＳ特性が測定される（８つの主な硫酸化及び非硫酸化ＨＳ形態＋総ＨＳ）。
【００７０】
いくつかの実施形態では、総ＨＳ及びチャージＨＳと合わせて、ＨＳ主硫酸化形態（すなわち、ＧｌｃＮＡｃの３位に硫酸化を有する硫酸化形態を除く、上で列挙される硫酸化及び非硫酸化形態）の最大８つ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つもしくは８つ）又は８つ全てを測定することが好ましい。
【００７１】
いくつかの実施形態では、９つの独立したＨＳ特性が測定され（８つの主な硫酸化及び非硫酸化ＨＳ形態＋総ＨＳ）、９つの独立したＣＳ特性が測定される、すなわち１８個の独立したＧＡＧ特性が測定される。
【００７２】
上記のように、いくつかの実施形態では、ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び／又は化学組成を体液試料で決定することができる。ヒアルロン酸（ＨＡ）は典型的には硫酸化されていない。したがって、ＨＡが本発明によって測定される場合、これは典型的に及び好ましくは測定されるＨＡのレベル（総レベル又は総濃度）（本明細書ではＨＡ  ｔｏｔ又はＴｏｔ  ＨＡ又は総ＨＡとも呼ばれる）である。これは、典型的には本明細書の他の箇所に記載されるように、例えばμｇ／ｍｌの濃度として測定される。ＨＡの総濃度がＧＡＧ特性の１つとして測定される本発明のいくつかの実施形態では、少なくとも１つの他のＧＡＧ特性（例えば、ＣＳ及び／又はＨＳ特性）、例えば存在する他の個々のＧＡＧの総レベル（例えば、総ＣＳでも総ＨＳでもない）に基づかない特性が測定されることが好ましい。いくつかの実施形態では、ＨＡが測定されない。いくつかの実施形態では、ＨＡが尿で測定されない。いくつかの実施形態では、ＨＡが血液で測定されない。
【００７３】
いくつかの実施形態では、９つの独立したＨＳ特性が測定され（８つの主な硫酸化及び非硫酸化ＨＳ形態＋総ＨＳ）、９つの独立したＣＳ特性が測定され、総ＨＡが測定される、すなわち１９個の独立したＧＡＧ特性が測定される。
【００７４】
これらのＧＡＧ特性又はＧＡＧ形態、例えば、二糖硫酸化形態（総ＣＳ又は総ＨＳを除く）は、絶対レベル又は濃度としてではなく、分割数又は分数もしくは割合又は相対測定値として測定され得、例えば、試料中で測定される全ての硫酸化形態（又は全ての主な硫酸化形態）のレベルに応じて１未満の値が与えられる、又は１に正規化される。換言すれば、所望の各硫酸化形態のレベルを独立して測定し、次いで１に正規化する。換言すれば、所望の各硫酸化形態のレベルを独立して測定し、次いでその質量分率又は体積分率又はモル分率を計算する。これらの分率を百分率として表すこともできる。換言すれば、これらの分率を１００に正規化することもできる。例えば、いくつかの実施形態では、所与の硫酸化ＣＳ形態又は非硫酸化ＣＳ形態の分割数を、所与の硫酸化ＣＳ形態又は非硫酸化ＣＳ形態のレベルを測定し、これを試料中の測定される（又は存在する）全ての硫酸化ＣＳ形態（又は全ての主な硫酸化形態）と非硫酸化ＣＳ形態のレベルの合計で割ることによって決定することができる。いくつかの実施形態では、所与の硫酸化ＨＳ形態又は非硫酸化ＨＳ形態の分割数を、所与の硫酸化ＨＳ形態又は非硫酸化ＨＳ形態のレベルを測定し、これを試料中の測定される（又は存在する）全ての硫酸化ＨＳ形態（又は主な硫酸化形態）と非硫酸化ＨＳ形態のレベルの合計で割ることによって決定することができる。このような分数を計算する場合、特定の個々の硫酸化形態の割合を１に正規化することができるように、少なくともＣＳ又はＨＳの主な硫酸化形態を測定することが好ましい。いくつかの実施形態では、好ましくは、少なくともＨＳ又はＣＳの非硫酸化形態が主な硫酸化形態として測定される。試料が血液試料である場合、ＣＳの非硫酸化形態に加えて、４ｓ  ＣＳも主要な硫酸化形態として測定することができる。試料が尿試料である場合、ＣＳの非硫酸化形態に加えて、４ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳも主な硫酸化形態として測定することができる。試料が血液又は尿試料である場合、ＨＳの非硫酸化形態に加えて、Ｎｓ  ＨＳ及び／又は６ｓ  ＨＳも主な硫酸化形態として測定することができる。
【００７５】
一例として、分数の測定値を得るために、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳのレベルを試料で個々に測定し、次いで、３つの測定値の合計で割る。相対的測定値がより解釈し易いために一般的に好ましく、例えば、０．６の０ｓ  ＣＳの測定値は、ＣＳ二糖の６０％が硫酸化されていないことを示す。しかしながら、絶対レベルも測定することができる。
【００７６】
本発明のいくつかの好ましい実施形態では、ＣＳ及び／又はＨＳを構成する二糖の１つ又は複数の二糖組成（例えば、具体的硫酸化パターン（例えば、硫酸化形態））が測定又は決定される。より好ましい実施形態では、ＣＳ及び／又はＨＳの１つ又は複数の硫酸化特性又は形態、例えば上で概説されるもの（例えば、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ等）が測定又は決定される。これを行うための適切な方法は、当業者に周知であり、これらのいずれも使用することができるだろう。しかしながら、二糖組成又は適切な特性又はＣＳもしくはＨＳの形態のこのような定量化（及び二糖形態の分離）を達成する簡便な方法は、電気泳動、特にキャピラリー電気泳動、好ましくは蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動、例えばレーザー誘起蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動（ＣＥ−ＬＩＦ）を使用するものである。別の方法は、液体クロマトグラフィー、好ましくはＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）、例えばＳＡＸ  ＨＰＬＣである。好ましくは、質量分析法（例えば、ＨＰＬＣ−ＭＳ）、例えばエレクトロスプレーイオン化質量分析法（ＥＳＩ−ＭＳ）も使用される。或いは、質量分析は、クロマトグラフィー、例えば液体クロマトグラフィーを用いないで使用され得る。特に好ましい方法を例で概説する。特に好ましい方法の一例は、レーザー誘起蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動である。特に好ましい方法の別の例は、ＨＰＬＣ  ＥＳＩ−ＭＳである。
【００７７】
１つ又は複数の個々の二糖形態のレベルが測定される本発明のいくつかの方法では、ＧＡＧを処理ステップ、例えば化学的消化又は例えばコンドロイチナーゼＡＢＣもしくはコンドロイチナーゼＢによる酵素処理による、例えば断片化又は切断又は消化のステップに供して二糖単位を得て、次いで、これを分析する。
【００７８】
本発明のいくつかの方法では、試料中のＧＡＧを抽出（例えば、プロテイナーゼＫなどのプロテアーゼを使用する）及び／又は精製（例えば、陰イオン交換樹脂を使用する）のステップに供する。
【００７９】
本発明のいくつかの方法では、試料中のＧＡＧ（例えば、試料中の種々の異なるＧＡＧ形態）を、本明細書の他の箇所に記載される分離及び／又は定量化のステップに供する。
【００８０】
使用され得る他の方法は、当技術分野で公知である。しかしながら、例には、種々のＧＡＧ形態に対する抗体の使用を伴う分析技術、例えばウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡもしくはＦＡＣＳなどの技術、又はアガロースゲル電気泳動（例えば、発蛍光団援用炭水化物電気泳動（ＦＡＣＥ））もしくはポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）を含む方法がある。
【００８１】
本発明の好ましい方法は、対象のがん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法であって、体液試料中のＣＳ又はＨＳ二糖の種々の硫酸化及び／又は非硫酸化形態の１つ又は複数の量又はレベル（換言すれば、ＧＡＧ硫酸化パターンを決定する）、ＨＳ又はＣＳの硫酸化二糖の総割合（すなわち、チャージＨＳ又はチャージＣＳ）、或いはＣＳ又はＨＳ又はＨＡの総濃度を決定又は測定するステップを含む方法を提供する。ＣＳについては、これは、チャージＣＳ、ＣＳ  ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ及びトリスＣＳからなる群から選択されるＣＳの形態の１つ又は複数（又は全部）を決定することを含み得る。ＨＳについては、これは、チャージＨＳ、ＨＳ  ｔｏｔ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳからなる群から選択されるＨＳの形態の１つ又は複数（又は全部）を決定することを含み得る。ＨＡの場合、これは、ＨＡの総濃度、すなわちＨＡ  ｔｏｔを決定することを含み得る。
【００８２】
したがって、いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、ＧｌｃＮＡｃの３位で硫酸化されたＨＳ、総ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＡからなる群から選択される最大２２個のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。本明細書の他の箇所に記載されるように、好ましくはＧｌｃＮＡｃの３位で硫酸化されたＨＳは測定も決定もされない。したがって、いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、総ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＡからなる群から選択される最大２１個のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。いくつかの実施形態では、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数が測定又は決定され得る：６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）。したがって、いくつかの実施形態では、最大２５個のＧＡＧ特性又は最大２４個のＧＡＧ特性が測定又は決定され得る。
【００８３】
いくつかの実施形態では、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ。
【００８４】
いくつかの実施形態では、血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数が測定又は決定され得る：０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ。
【００８５】
いくつかの実施形態では、尿試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ。
【００８６】
いくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ又はチャージＣＳの１つ又は複数（又は両方）のレベルの上昇が、前記対象のがんを示す。
【００８７】
いくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ又はＮｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの低下が、前記対象のがんを示す。
【００８８】
いくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＨＳのレベルの上昇が、前記対象のがんを示す。
【００８９】
いくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ又は０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの低下が、前記対象のがんを示す。
【００９０】
いくつかの実施形態では、血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳ。
【００９１】
いくつかの実施形態では、尿試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は両方）が測定又は決定され得る：Ｎｓ２ｓ、ＨＳ、４ｓ  ＣＳ。
【００９２】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：チャージＣＳ、総ＣＳ又は総ＨＳ。いくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した、チャージＣＳ、総ＣＳ又は総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象のがんを示す。
【００９３】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ又は６ｓ  ＣＳ。いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ又は６ｓ  ＣＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、前記対象のがんを示す。いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳのレベルの低下が、前記対象のがんを示す。いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、４ｓ  ＣＳ又は６ｓ  ＣＳの一方（又は両方）のレベルの上昇が、前記対象のがんを示す。
【００９４】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：チャージＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  Ｈｓ。
【００９５】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ特性が測定又は決定され得る：比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ＋６ｓ  ＣＳ（もしくは反比４ｓ  ＣＳ＋６ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＨＳに対する２ｓ  ＨＳの相対レベル（例えば、比２ｓ  ＨＳ／０ｓ  ＨＳもしくは反比０ｓ  ＨＳ／２ｓ  ＨＳ）。
【００９６】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ特性が測定又は決定され得る：０ｓ  ＨＳに対する２ｓ  ＨＳの相対レベル（例えば、比２ｓ  ＨＳ／０ｓ  ＨＳもしくは反比０ｓ  ＨＳ／２ｓ  ＨＳ）。
【００９７】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、２ｓ  ＨＳが測定又は決定され得る。
【００９８】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：総ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＨＳに対する２ｓ  ＨＳの相対レベル（例えば、比２ｓ  ＨＳ／０ｓ  ＨＳもしくは反比０ｓ  ＨＳ／２ｓ  ＨＳ）。いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：総ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ又は６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）。
【００９９】
いくつかの実施形態では、血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）。
【０１００】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、前記対象のがんを示す。
【０１０１】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ又は比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象のがんを示す。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ又は比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの低下が、前記対象のがんを示す。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は総ＨＳ。
【０１０４】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、以下のＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定され得る：６ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は総ＨＳ。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、前記対象のがんを示す。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、例えば血液試料について、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、前記対象のがんを示す。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ及び／又は６ｓ  ＣＳが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが頭頸部がんである場合、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ及び／又は６ｓ  ＣＳが決定されない。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ及び／又はＨＳ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＨＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが血液がん、脳がん、子宮がん、膵臓がん、結腸がん、乳がん、肝臓がん、胃がん、肺がん又は前立腺がんである場合、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ及び／又はＨＳ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが血液がん、脳がん、子宮がん、膵臓がん、結腸がん、乳がん、肝臓がん、胃がん、肺がん又は前立腺がんである場合、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＨＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが結腸がん、直腸がん、胃がん又は膵臓がんである場合、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが乳がんである場合、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＳ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが結腸がん又は直腸がんである場合、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＳ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、ＨＳ  Ｔｏｔ、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが膀胱がんである場合、ＨＳ  Ｔｏｔ、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが血液がん、卵巣がん、乳がん又は結腸がんである場合、ＨＳ  Ｔｏｔ、ＣＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＨＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。いくつかの実施形態では、がんが前立腺がんである場合、ＣＳ  Ｔｏｔ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＨＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、ＨＳ  Ｔｏｔ及び／又はＨＡ  Ｔｏｔが決定されない。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、血液試料について、０ｓ  ＣＳが決定される。
【０１１６】
上に示されるように、本発明による特に好ましいがんは前立腺がんである。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、Ｎｓ  ＨＳ及び／又は０ｓ  ＨＳが決定されない。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、０ｓ  Ｈｓが決定されない。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、２ｓ６ｓ  ＨＳが決定されない。
【０１２０】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、前記試料中の２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＨＡ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベル上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。いくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記試料中の０ｓ  ＨＳのレベル低下が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、前記試料中のＮｓ２ｓ  ＨＳのレベル上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１２２】
本発明の前立腺がんをスクリーニングする方法で測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態は、４ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳ、総ＨＡ及びＮｓ２ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０１２３】
本発明の方法（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）で測定される他の好ましいＧＡＧ形態は、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）である。
【０１２４】
本発明の方法（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）で測定又は決定される他の好ましいＧＡＧ形態は、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）である。本発明の方法（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）で測定される他の好ましいＧＡＧ形態は、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、ＨＡ  ｔｏｔ、ＣＳ  ｔｏｔ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、トリスＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ、ＨＳ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）である。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＨＡ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１２７】
血液試料については、本発明の好ましい実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法が、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１２８】
血液試料については、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、硫酸化形態のＣＳ又は総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の増加が、前立腺がんを示す。特に、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）の増加が、前記対象の前立腺がんを示す。血液試料については、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ又は総ＣＳの１つ又は複数（又は両方）の減少が、前記対象の前立腺がんを示す。したがって、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、硫酸化形態のＣＳ又は総ＣＳの１つ又は複数の変化が、前立腺がんを示す。
【０１２９】
血液試料については、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の低下が、前記対象の前立腺がんを示す。前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、６ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は４ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば比率０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の低下が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１３０】
したがって、これらのマーカーは、本発明の方法（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）で個別に使用することができるが、これらを組み合わせて、例えばマルチマーカーアッセイの形態で使用することもできる。比は特に好ましいマーカーである（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ又は６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）。いくつかの実施形態（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）では、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ又は０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）が好ましいマーカーである。
【０１３１】
血液試料については、本発明の前立腺がんをスクリーニングする方法の好ましい実施形態では、本方法が、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ又は総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。特に、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ又は総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。或いは、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した２ｓ６ｓ  ＨＳのレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。本発明の（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、本方法が、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、硫酸化形態のＨＳ又は総ＨＳの１つ又は複数の変化が、前立腺がんを示す。これらのマーカーは、本発明の方法（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）で個別に使用することができるが、これらを組み合わせて、例えばマルチマーカーアッセイの形態で使用することもできる。
【０１３２】
血液試料については、いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、ＨＡ  ｔｏｔ（総ＨＡ）が測定され得る。前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較したＨＡ  ｔｏｔレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＨＡ、総ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法で、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、４ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１３５】
尿試料については、前立腺がんをスクリーニングする方法の好ましい実施形態では、本方法が、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。いくつかの好ましい実施形態では、本方法（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）が４ｓ  ＣＳの決定を含む。
【０１３６】
例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料で、例えば対照レベルと比較した、硫酸化形態のＣＳ又は総ＣＳの１つ又は複数のレベルの上昇が、前立腺がんを示す。特に、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）又は４ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。或いは、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した、尿試料中の硫酸化形態のＣＳの１つ又は複数のレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。特に、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）のレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。したがって、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、硫酸化形態のＣＳ又は総ＣＳの１つ又は複数の変化が、前立腺がんを示す。
【０１３７】
これらのマーカーは、本発明の方法で個別に使用することができるが、これらを組み合わせて、例えばマルチマーカーアッセイの形態で使用することもできる。これらの比は特に好ましいマーカーである。
【０１３８】
尿試料については、本発明の前立腺がんをスクリーニングする方法の好ましい実施形態では、本方法が、チャージＨＳ、ＨＳ  ｔｏｔ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。本発明の（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、本方法が、トリスＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及びチャージＨＳの１つ又は複数の決定を含む。本発明（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法）のいくつかの好ましい実施形態では、本方法がＮｓ２ｓ  ＨＳの決定を含む。
【０１３９】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料で、例えば対照レベルと比較した、硫酸化形態のＨＳ又は総ＨＳの１つ又は複数のレベルの上昇が、前立腺がんを示す。特に、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した、チャージＨＳ、ＨＳ  ｔｏｔ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。或いは、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した、尿試料中の硫酸化形態のＨＳの１つ又は複数のレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。特に、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較した２ｓ  ＨＳのレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。したがって、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、硫酸化形態のＨＳ又は総ＨＳの１つ又は複数の変化が、前立腺がんを示す。
【０１４０】
これらのマーカーは、本発明の方法で個別に使用することができるが、これらを組み合わせて、例えばマルチマーカーアッセイの形態で使用することもできる。
【０１４１】
尿試料については、いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、ＨＡ  ｔｏｔ（総ＨＡ）が測定され得る。前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、例えば対照レベルと比較したＨＡ  ｔｏｔレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、単一のＧＡＧ形態のレベル（ＧＡＧ特性）が決定される。例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の一実施形態では、本方法が、前立腺がんと健康な試料との間で有意に変化するものとして本明細書の表Ｂで特定される１つ又は複数のＧＡＧ特徴（ＧＡＧ特性）、すなわち、５．００未満の「ＲＯＰＥ％」（実質的に等価な範囲）を有する特徴の試料中のレベルを決定するステップを含む。
【０１４３】
本発明の他の実施形態では、ＧＡＧ形態の２つ以上のレベル（ＧＡＧ特性）が決定される（例えば、２つ以上のＧＡＧ形態、又は３つ以上のＧＡＧ形態、又は４つ以上のＧＡＧ形態、又は５つ以上のＧＡＧ形態のレベルが決定される）。「２つ以上の」とは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等．．．２１、２２、２４又は２５（２〜２１又は２〜２２又は２〜２４又は２〜２５の間の全ての整数を含む）を意味する。本明細書で提供されるマーカー又はＧＡＧ特性の任意のリストにおいて、全てが測定されるのが好ましい実施形態である。また、ＧＡＧ形態の各々の及び全ての可能な組合せのレベルの決定を行うことができる。
【０１４４】
したがって、いくつかの実施形態では、マルチマーカー法が行われる。ＧＡＧ形態の複数のレベル（バイオマーカー多重化）の決定は、スクリーニング（例えば、診断）精度を改善し得る。
【０１４５】
好ましい実施形態では、明言されるＧＡＧ形態の２つのレベルが決定される。別の好ましい実施形態では、明言されるＧＡＧ形態の３つのレベルが決定される。さらに別の好ましい実施形態では、明言されるＧＡＧ形態の４つ又は５つのレベルが決定される。
【０１４６】
血液の場合、前立腺がんスクリーニングのために決定される特に好ましいマーカーは、４ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＣＳの一方又は両方（好ましくは両方）である。したがって、これらのＧＡＧ形態の一方又は両方が、本発明の方法で測定され得る。
【０１４７】
血液の場合、精度でランク付けされた以下のＧＡＧ形態（特性）のレベルを決定することによって、前立腺がんについての最高精度に達した：４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比（例えば、４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、ＨＳ  ｔｏｔ、６ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比（例えば、６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、４ｓ６ｓ  ＣＳ。したがって、これらのＧＡＧ形態の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上又は好ましくは全てが、本発明の方法で測定され得る。好ましい実施形態では、最も正確な形態、すなわち４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比（例えば、４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）が最初に使用される。他の形態を追加する場合、好ましくはリストに示される順序でこれらを追加する、すなわち次に０ｓ  ＣＳ等である。他の実施形態では、４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比（例えば、４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）が測定されない。
【０１４８】
前立腺がんスクリーニングのための血液中の他の好ましいＧＡＧ形態は、表Ｂで５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００もしくは１．００未満又はさらには０．００の値のＲＯＰＥ値の％を有するとして特定することができる。
【０１４９】
尿の場合、前立腺がんスクリーニングのために決定される特に好ましいマーカーは、総ＨＡ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び４ｓＣＳの１つ又は複数、又は全部である。したがって、これらのＧＡＧ形態の１つ以上、２つ以上又は好ましくは全てが、本発明の方法において測定され得る。
【０１５０】
尿の場合、精度でランク付けされた以下のＧＡＧ形態（特性）のレベルを決定することによって、前立腺がんについての最高精度に達した：Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、４ｓ  ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、ＨＡ  ｔｏｔ、４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比（例えば、４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）。したがって、これらのＧＡＧ形態の１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上又は好ましくは全てが、本発明の方法で測定され得る。好ましい実施形態では、最も正確な形態、すなわちＮｓ２ｓ  ＨＳが最初に使用される。他の形態を追加する場合、好ましくはリストに示される順序でこれらを追加する、すなわち次にトリスＨＳ等である。他の実施形態では、Ｎｓ２ｓ  ＨＳが測定されない。
【０１５１】
前立腺がんスクリーニングのための尿中の他の好ましいＧＡＧ形態は、表Ｂで５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００もしくは１．００未満又はさらには０．００の値のＲＯＰＥ値の％を有するとして特定することができる。
【０１５２】
本発明のいくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法が、血液試料の０ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、Ｔｏｔ  ＣＳ、トリスＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１５３】
本発明のいくつかの実施形態では、前立腺がんをスクリーニングする方法が、尿試料の２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ又は６ｓ  Ｃｓに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１５４】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、例えば尿試料で、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）を本発明の方法で測定又は決定することができる。いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、例えば尿試料で、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１５５】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、例えば尿試料で、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）を本発明の方法で測定又は決定することができる。いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、例えば尿試料で、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１５６】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１５７】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１５８】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、例えば尿試料で、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１５９】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、例えば尿試料で、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、チャージＨＳ及びＨＡ  ｔｏｔからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１６０】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１６１】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１６２】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、ＣＳ  ｔｏｔ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、チャージＨＳ及びＨＳ  ｔｏｔからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１６３】
いくつかの実施形態では（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法では）、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、ＣＳ  ｔｏｔ、ＨＳ  ｔｏｔ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びチャージＨＳからなる群から選択される１つ又は複数（又は全部）のＧＡＧ特性を本発明の方法で測定又は決定することができる。
【０１６４】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１６５】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数の決定を含む。
【０１６６】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１６７】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１６８】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１６９】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１７０】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７１】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ、ＣＳ  ｔｏｔ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７２】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７３】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、ＣＳ  ｔｏｔ及びＨＡ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７４】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）又は４ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７５】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）又は４ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７６】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、４ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７７】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、４ｓ  ＣＳに対する０ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、ＣＳ  ｔｏｔ、ＨＳ  ｔｏｔ、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７８】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１７９】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、尿試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、ＣＳ  ｔｏｔ、ＨＳ  ｔｏｔ、チャージＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及びトリスＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１８０】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の増加が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１８１】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ又はＨＳ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）の増加が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１８２】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の増加が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１８３】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ又はＨＳ  ｔｏｔの１つ又は複数（又は全部）の増加が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１８４】
例えば尿試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、ＣＳ及びＨＳの相対レベルが決定されない（例えば、比ＣＳ／ＨＳ又は反比ＨＳ／ＣＳが決定されない）。
【０１８５】
（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、複数（例えば、２つ又は３つ）の硫酸化部位を有する１つ又は複数のＧＡＧ形態が測定又は決定される（例えば、尿試料で）。したがって、いくつかの実施形態では、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  Ｈｓ及び２ｓ６ｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定又は決定される。いくつかの実施形態では、複数（例えば、２つ又は３つ）の硫酸化部位を有するＣＳの１つ又は複数の形態が測定又は決定される（例えば、尿試料で）。
【０１８６】
例えば血液試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１８７】
例えば血液試料で、前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、本方法が、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０１８８】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）又は０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１８９】
前立腺がんをスクリーニングする方法のいくつかの実施形態では、血液試料について、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ又は６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０１９０】
場合により、（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、本方法が、（例えば、本明細書の他の箇所に記載又は列挙される他のＧＡＧ特性の１つもしくは複数又はＧＡＧ特性の群に加えて）０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ、ＨＳ  Ｔｏｔ及びＨＡ  Ｔｏｔからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）を測定する（又は決定する）ステップをさらに含み得る。
【０１９１】
例えば尿試料で、（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ及びＨＳ  Ｔｏｔからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。例えば尿試料で、（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ、ＨＳ  Ｔｏｔ及びＨＡ  Ｔｏｔからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。例えば尿試料で、（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、ＣＳ  Ｔｏｔ、ＨＳ  Ｔｏｔ及びＨＡ  Ｔｏｔからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。したがって、（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、４ｓ  ＣＳが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、６ｓ  ＣＳが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、ＣＳ  ｔｏｔが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、ＨＳ  ｔｏｔが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、ＨＡ  ｔｏｔが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、０ｓ  ＣＳが測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、Ｔｏｔ  ＣＳ、Ｔｏｔ  ＨＳ及びＴｏｔ  ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。（例えば、前立腺がんをスクリーニングする方法の）いくつかの実施形態では、６ｓ  ＣＳが測定も決定もされない。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、６ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル、Ｎｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び４ｓ  ＣＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。いくつかの実施形態では、例えば血漿試料で、６ｓ  ＣＳ、ＣＳ  Ｔｏｔ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル及びＮｓ  ＨＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。いくつかの実施形態では、例えば尿試料で、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び４ｓ  ＣＳからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、血漿試料で、２ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳもしくは反比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、０ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、総ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、尿試料で、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、０ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、総ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＡからなる群から選択されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）が測定も決定もされない。
【０１９５】
がん患者（例えば、前立腺がん患者）対健康な患者の種々のＧＡＧ形態のレベルで観察された変化に基づいて、所望であれば、例えば、値又はスコアの形態で、後に診断に使用することができる指標に達するために、このような種々のＧＡＧ形態のレベルを使用するスコアリング方法、スコアリングシステム、マーカー又は式を設計することができる。測定される適切なスコアリングシステム及びパラメータ（例えば、ＧＡＧ形態）は、本明細書に、例えば、表Ｂに記載されるデータに基づいて、例えば、表Ｂに示される特定の試料（血液又は尿）で有意な差を示す個々のＧＡＧ特徴又は特性の１つ又は複数に基づいて容易に設計することができる。特に、前立腺がん試料と健康な試料との間で最も異なる表ＢのＧＡＧ特性（例えば、好ましくは、ＲＯＰＥ値％が０．００又は０．００に近い１つ又は複数又は全部の特性、例えば、ＲＯＰＥ値％が５．００又は４．００又は３．００又は２．００又は１．００に等しい又は未満である１つ又は複数又は全部の特性）が選択され得る。
【０１９６】
表Ｂを参照すると、血液試料で前立腺がんと健康な対象で最も差がある血液ＧＡＧ特性の２つの例は、４ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＣＳである。いくつかの実施形態では、本発明の方法に使用するための単純な式は、これらの２つの特性の比に基づく：
【数１】
2020511643.tif 000003
【０１９７】
この式で使用するための適切な閾値又はカットオフ値（試料が陽性又は陰性であると宣言するために使用される）は、当業者によって設計され得る。例えば、本発明者はカットオフ値０．２５１１を使用し、このカットオフを上回るスコアは、試料を９８％の精度及び０．９９７のＡＵＣで前立腺がんとして分類する。
【０１９８】
本明細書の例節では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、前立腺がんの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｂに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。
【０１９９】
いくつかの好ましい及び代表的なスコアリングシステム又は方法（式）が本明細書で提供される。
【０２００】
したがって、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす前立腺がんのための好ましいスコアリングシステムは、
【数２】
2020511643.tif 000004
である。
【０２０１】
対象の尿を分析する場合の前立腺がんのための好ましいスコアリングシステムは、
【数３】
2020511643.tif 000005
である。
【０２０２】
血液と尿試料の両方を分析する場合に使用される前立腺がんのための好ましいスコアリングシステムは、
【数４】
2020511643.tif 000006
である。
【０２０３】
上記スコアリングシステムにおいて、括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態の割合を表し、［ＨＡ］はＨＡの総濃度（μｇ／ｍＬ）である。他の実施形態では、これらの具体的な式が使用されない。
【０２０４】
本明細書の例２に記載されるように、がん対象と健康な対象を識別することができ、よってがんのスクリーニング（例えば、がんの診断等）に使用され得るスコアもまた設計されている。これらのＧＡＧスコアは以下の通りである：
【数５】
2020511643.tif 000007
【０２０５】
上記スコアリングシステムにおいて、括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態の割合（質量分率）を表す。いくつかの実施形態では、例２の上記スコア（式）が好ましい。他の実施形態では、これらの具体的な式が使用されない。
【０２０６】
これらの式で使用するための適切な閾値又はカットオフ値（試料が陽性又は陰性であると宣言するために使用される）は、当業者によって設計され得る。
【０２０７】
一実施形態では、上記血液スコア（又は式、例２の血液スコア）が使用され、カットオフスコアが０．９６１であり、このカットオフスコアを上回るスコアはがんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはがんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９６１よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、がんを示す。いくつかの実施形態では、０．９６１よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２０８】
一実施形態では、上記尿スコア（又は式、例２の尿スコア）が使用され、カットオフスコアが０．９４２であり、このカットオフスコアを上回るスコアはがんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはがんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９４２よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、がんを示す。いくつかの実施形態では、０．９４２よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２０９】
一実施形態では、上記組合せスコア（又は式、例２の組合せスコア）が使用され、カットオフスコアが０．９９８であり、このカットオフスコアを上回るスコアはがんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはがんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９９８よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、がんを示す。いくつかの実施形態では、０．９９８よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２１０】
例２に記載されるように、３つのスコアを各試料について計算すると、がん（症例）試料が対照試料に対して反回性に上昇するスコアを有することが観察された。探索したがん（症例）と対照との間のＧＡＧスコアの差は、各ＧＡＧスコアについて作成されたＲＯＣ曲線が、血液について０．９６１、尿について０．９４２、及び組合せについて０．９９８に等しいＡＵＣを有するという点で非常に高い精度で対象を識別することができた。
【０２１１】
全体として、これらの結果は、がん型にかかわらずがんを検出するために特定のＧＡＧ特性の血液及び／又は尿の測定値からスコアを設計することができることを示している。
【０２１２】
本明細書の例１５に記載されるように、血液試料でがん対象と健康な対象を識別することができ、よってがんのスクリーニング（例えば、がんの診断等）に使用され得る代替スコア（式）もまた設計されている。本明細書でがんＧＡＧスコア番号２（又はがん血液スコア番号２）とも呼ばれるこのＧＡＧスコアは、以下の通りである：
【数６】
2020511643.tif 000008
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。いくつかの実施形態では、がんＧＡＧスコア番号２が好ましい。例１５に記載されるように、このＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９８６であることが分かった。このスコアに対して１．３９に等しい最適カットオフを特定した。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが１．３９であり、このカットオフスコアを上回るスコアはがんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはがんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、１．３９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、がんを示す。いくつかの実施形態では、１．３９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２１３】
上記スコアリングシステムにおいて、括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態の割合（質量分率）を表す。他の実施形態では、これらの具体的な式が使用されない。
【０２１４】
これらの好ましいスコアリングシステムが好ましい例として与えられ、高いスコアはがん（例えば、前立腺がん）の存在についての陽性スクリーニング、診断等をもたらすことに留意すべきである。しかしながら、スコアにも診断結果にも有意な影響を及ぼさずに、特定の試料で測定されたこれらの式及び／又はパラメータ（ＧＡＧ特性、ＧＡＧ形態）に対する小さな変化をもたらすことができることが明らかである。
【０２１５】
高いスコアががん（例えば、前立腺がん）の存在を示すスコアリングシステムを提供することが目的である場合、好都合には、前記スコアリングシステムを比又は分数として設計することができ、ここで分子はがん（例えば、前立腺がん）に関連する１つ又は複数のＧＡＧ特性（ＧＡＧ形態）に関連する値の和であり、分母は健康な状態に関連する１つ又は複数のＧＡＧ特性（ＧＡＧ形態）に関連する値の和である。
【０２１６】
当然、上に論じられるように、例えば、分子が健康状態に関連する１つ又は複数のＧＡＧ特性（ＧＡＧ形態）に関連する値の和であり、分母ががん（例えば、前立腺がん）に関連する１つ又は複数のＧＡＧ特性（ＧＡＧ形態）に関連する値の和であり、低いスコアががん（例えば、前立腺がん）の存在を示す代替スコアリングシステム（式）を等しく設計することができるだろう。
【０２１７】
例えば、値又はスコアの形態で、後にがん（例えば、前立腺がん）の診断に使用することができる指標に達するために、ＧＡＧ特性の任意の適切な組合せを含む代替スコアリング方法、スコアリングシステム、マーカー又は式を使用することができる。例えば、前記方法等は、値又はスコアの形態で、後にがん（例えば、前立腺がん）の診断に使用することができる指標に達するために、試料のパターン認識を行うための入力としてのＧＡＧ特性の任意の適切な組合せを含むアルゴリズムであり得る。このようなアルゴリズムの非限定的な例としては、分類を実施する機械学習アルゴリズム（アルゴリズム分類器）、例えば線形分類器（例えば、フィッシャー線形判別、ロジスティック回帰、単純ベイズ分類器、パーセプトロン）；サポートベクターマシン（例えば、最小二乗サポートベクターマシン）；二次分類器；カーネル推定（例えば、ｋ近傍法）；ブースティング；決定木（例えば、ランダムフォレスト）；ニューラル・ネットワーク；学習ベクトル量子化が挙げられる。
【０２１８】
このような分類器、例えば機械学習分類器、例えばランダムフォレスト分類器の使用は当業者の技能の範囲内であるだろう。例えば、このような分類器を、試料の訓練セットからのＧＡＧ特性について簡便に訓練し、次いで、試料の試験セットに対する精度に関して試験することができる。分類器は、最も重要なＧＡＧ特性について訓練されたブラックボックスモデルを作成し、よって、これを使用して、がん（例えば、前立腺がん）の正確な診断に達するために使用することができる最も重要なＧＡＧ特性を特定することができる。
【０２１９】
ランダムフォレスト分類器を使用することにより、血液での正確な前立腺がん診断のための５つの最も重要なＧＡＧ特性は、（順に）：４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比、０ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ及び総ＨＳであった。血液で次の９つの最も重要なＧＡＧ特性は、（順に）：６ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比、２ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ及び２ｓ４ｓ  ＣＳであった（図８参照）。したがって、これらのＧＡＧ形態の１つ以上、２つ以上、３つ以上等又は５つ全て又は１４個全てが、本発明の方法において測定され得る。好ましい実施形態では、最も正確な形態、すなわち４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比が最初に使用される。他の形態を追加する場合、好ましくはリストに示される順序でこれらを追加する、すなわち次に０ｓ  ＣＳ等である。いくつかの実施形態では、上位４つの最も正確な形態が使用される。
【０２２０】
ランダムフォレスト分類器を使用することにより、尿での正確な前立腺がん診断のための５つの最も重要なＧＡＧ特性は、（順に）：Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、総ＨＡ及び４ｓ  ＣＳであった。尿で次の１１の最も重要なＧＡＧ特性は、（順に）：４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比、総ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ、４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳの比、２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、総ＨＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＨＳであった（図８参照）。したがって、これらのＧＡＧ形態の１つ以上、２つ以上、３つ以上等又は５つ全て又は１６個全てが、本発明の方法において測定され得る。好ましい実施形態では、最も正確な形態、すなわちＮｓ２ｓ  ＨＳが最初に使用される。他の形態を追加する場合、好ましくはリストに示される順序でこれらを追加する、すなわち次に比トリスＨＳ等である。いくつかの実施形態では、上位２つの最も正確な形態が使用される。
【０２２１】
上に示される３つの具体的な前立腺がんスコア（血液、尿及び組合せスコア）の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を用いて評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が、組合せスコアの場合には、１（すなわち、完全な分類器）であり、血液スコアについては０．９９７及び尿スコアについては０．９９４であることが分かった。これを図５及び表Ｃに示す。まとめると、これらの所見は、前立腺がんで起こる血液及び尿ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは前立腺がん個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。
【０２２２】
上に示される３つの具体的ながんスコア（例２のがんスコア）（血液、尿及び組合せスコア）の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を用いて評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が、血液については０．９６１、尿については０．９４２及び組合せについては０．９９８であることが分かった。これを図１５に示す。まとめると、これらの所見は、がんで起こる血液及び尿ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアはがん個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。
【０２２３】
本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。このようなカットオフスコア又は値を使用して、試料を陽性又は陰性と宣言することができる。したがって、例えば、本明細書の例１では、上に論じられる３つの具体的な前立腺がんマーカーシステムについて、健康な対象に対する前立腺がん対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、前立腺がんでない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は前立腺がんである確率が最大である。これらのカットオフスコアは０．６３（血液マーカースコアについて）、０．１９（尿マーカースコアについて）及び０．４７（組合せマーカースコアについて）であった。図５を参照されたい。閾値を決定するこの方法は、本明細書に記載されるマーカーのいずれにも使用することができるだろう。そのため、このような閾値（カットオフ）スコアを好都合に使用して対象の適切な試料を評価し、診断に達することができる。上記のカットオフを使用して、前立腺がん対象を、血液スコア又は尿スコアを使用して９７．４％の精度で、及び組合せスコアを使用して１００％の精度で健康な個体と識別することができた。適切なカットオフ値又は閾値（試料を陽性又は陰性であると宣言するために使用）を使用すると、上に論じられるスコアは、３つのマーカースコア全てについて１００％の感度並びに１００％（組合せマーカースコアについて）、９６％（血液マーカースコアについて）及び９６％（尿マーカースコアについて）の特異度で優れた結果（組合せスコアについてはＡＵＣ１、血液スコアについてはＡＵＣ０．９９７及び尿スコアについてはＡＵＣ０．９９４）を示す。表Ｃを参照されたい。したがって、これらの結果は、上記発明が、個体における前立腺がんの存在の正確な診断を可能にする単純で利用可能な試験を提供することを示している。
【０２２４】
一実施形態では、前立腺がん血液スコア（式）
【数７】
2020511643.tif 000009
が使用され、カットオフスコアは０．６３であり、このカットオフスコアを上回るスコアは前立腺がんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアは前立腺がんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．６３よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、前立腺がんを示す。いくつかの実施形態では、０．６３よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、前立腺がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２２５】
一実施形態では、前立腺がん尿スコア（式）
【数８】
2020511643.tif 000010
が使用され、カットオフスコアは０．１９であり、このカットオフスコアを上回るスコアは前立腺がんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアは前立腺がんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．１９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、前立腺がんを示す。いくつかの実施形態では、０．１９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、前立腺がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２２６】
一実施形態では、前立腺がん組合せスコア（式）
【数９】
2020511643.tif 000011
が使用され、カットオフスコアは０．４７であり、このカットオフスコアを上回るスコアは前立腺がんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアは前立腺がんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．４７よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、前立腺がんを示す。いくつかの実施形態では、０．４７よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、前立腺がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２２７】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは黒色腫（例えば、皮膚黒色腫又はブドウ膜黒色腫）である。
【０２２８】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、４ｓ６ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ、０ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ及び２ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。このような実施形態では、測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０２２９】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、本方法が、６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、総ＣＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、黒色腫を示す。
【０２３０】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、本方法が、６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２３１】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、本方法が、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２３２】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の黒色腫を示す。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の黒色腫を示す。
【０２３４】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＳの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の黒色腫を示す。
【０２３５】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの一方又は両方の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の黒色腫を示す。
【０２３６】
（例えば、血液試料での）黒色腫スクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＭでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０２３７】
いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、健康と比較して黒色腫で増加した値を有するとして表Ｍで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、黒色腫を示し得る。いくつかの実施形態では、黒色腫をスクリーニングする方法で、健康と比較して黒色腫で減少した値を有するとして表Ｍで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、黒色腫を示し得る。
【０２３８】
いくつかの実施形態では、黒色腫を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、総ＣＳ及び２ｓ  ＨＳの一方（又は両方）の決定を含む。
【０２３９】
本明細書の例３では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、黒色腫の存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｍに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、黒色腫をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０２４０】
黒色腫について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
黒色腫スコアリング式番号１
【数１０】
2020511643.tif 000012
である。
【０２４１】
黒色腫について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす別の好ましいスコアリングシステムは、
黒色腫スコアリング式番号２
【数１１】
2020511643.tif 000013
である。
【０２４２】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、［Ｔｏｔ  ＣＳ］はＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、［Ｔｏｔ  ＨＡ］はＨＡの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０２４３】
上に示される黒色腫スコアリング式番号１の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９７３であることが分かった。これは例３に記載されている。
【０２４４】
上に示される黒色腫スコアリング式番号２の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９３３であることが分かった。これは例３に記載されている。
【０２４５】
これらの所見は、黒色腫で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは黒色腫個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、黒色腫をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０２４６】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられる黒色腫マーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する黒色腫対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、黒色腫でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は黒色腫である確率が最大である。
【０２４７】
最適カットオフスコアは、黒色腫スコアリング式番号１について０．９２であった。したがって、一実施形態では、黒色腫スコアリング式番号１が使用され、カットオフスコアが０．９２であり、このカットオフスコアを上回るスコアは黒色腫を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは黒色腫ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９２よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、黒色腫を示す。いくつかの実施形態では、０．９２よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、黒色腫がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２４８】
最適カットオフスコアは、黒色腫スコアリング式番号２について１．１９であった。したがって、一実施形態では、黒色腫スコアリング式番号２が使用され、カットオフスコアが１．１９であり、このカットオフスコアを上回るスコアは黒色腫を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは黒色腫ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、１．１９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、黒色腫を示す。いくつかの実施形態では、１．１９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、黒色腫がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２４９】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは結腸がん及び直腸がんを含む。これらのがんを結腸直腸がんと総称することもある。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がん（又は結腸がんもしくは直腸がん）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓＣＳ、６ｓＨＳ、２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、本方法が、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、結腸直腸がんを示す。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、本方法が、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２５３】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の結腸直腸がんを示す。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の結腸直腸がんを示す。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の結腸直腸がんを示す。
【０２５７】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の結腸直腸がんを示す。
【０２５８】
（例えば、血液試料での）結腸直腸がんスクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＯでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、健康と比較して結腸直腸がんで増加した値を有するとして表Ｏで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、結腸直腸がんを示し得る。いくつかの実施形態では、結腸直腸がんをスクリーニングする方法で、健康と比較して結腸直腸がんで減少した値を有するとして表Ｏで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、結腸直腸がんを示し得る。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、結腸直腸がんを（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、トリスＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び２ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０２６１】
本明細書の例４では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、結腸直腸がんの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｏに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、結腸直腸がんをスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０２６２】
結腸直腸がんについて、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数１２】
2020511643.tif 000014
である。
【０２６３】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０２６４】
上に示される結腸直腸がん疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９９８であることが分かった。これは例４に記載されている。これらの所見は、結腸直腸がんで起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは結腸直腸がん個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、結腸直腸がんをスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０２６５】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられる結腸直腸がんマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する結腸直腸がん対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、結腸直腸がんでない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は結腸直腸がんである確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．７４であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．７４であり、このカットオフスコアを上回るスコアは結腸直腸がんを示し、このカットオフスコアを下回るスコアは結腸直腸がんではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．７４よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、結腸直腸がんを示す。いくつかの実施形態では、０．７４よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、結腸直腸がんがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２６６】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは神経内分泌腫瘍（例えば、消化管神経内分泌腫瘍、ＧＮＥＴ）である。
【０２６７】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、２ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示す。
【０２６９】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）及びチャージＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２７０】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ血液、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２７１】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）及びチャージＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示す。
【０２７２】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示す。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示す。
【０２７４】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示す。
【０２７５】
（例えば、血液試料での）神経内分泌腫瘍スクリーニング（好ましくは、ＧＮＥＴ）に使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＱでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍スクリーニング（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＧＮＥＴで増加した値を有するとして表Ｑで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、神経内分泌腫瘍（例えば、ＧＮＥＴ）を示し得る。いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍スクリーニング（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＧＮＥＴで減少した値を有するとして表Ｑで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、神経内分泌腫瘍（例えば、ＧＮＥＴ）を示し得る。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍スクリーニング（好ましくは、ＧＮＥＴ）を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び２ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０２７８】
本明細書の例５では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、神経内分泌腫瘍、特にＧＮＥＴの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｑに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０２７９】
神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数１３】
2020511643.tif 000015
である。
【０２８０】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷である。
【０２８１】
上に示されるＧＮＥＴ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例５に記載されている。これらの所見は、神経内分泌腫瘍対象（特に、ＧＮＥＴ対象）で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは神経内分泌腫瘍個体（特に、ＧＮＥＴ）を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、神経内分泌腫瘍（例えば、ＧＮＥＴ）をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０２８２】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＧＮＥＴマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する神経内分泌腫瘍（特に、ＧＮＥＴ）対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、神経内分泌腫瘍（特に、ＧＮＥＴ）でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は神経内分泌腫瘍（特に、ＧＮＥＴ）である確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９０であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９０であり、このカットオフスコアを上回るスコアは神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９０よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）を示す。いくつかの実施形態では、０．９０よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、神経内分泌腫瘍（好ましくは、ＧＮＥＴ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０２８３】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは血液がん（例えば、慢性リンパ性白血病、ＣＬＬ）である。
【０２８４】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。いくつかの実施形態では、測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、６ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳ（及び場合により４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ））の１つ又は複数（又は全部）である。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。
【０２８６】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２８７】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０２８８】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。
【０２８９】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。
【０２９０】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。
【０２９２】
（例えば、血液試料での）血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）スクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＳでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＣＬＬで増加した値を有するとして表Ｓで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示し得る。いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＣＬＬで減少した値を有するとして表Ｓで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示し得る。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び２ｓ  ＨＳの一方（又は両方）の決定を含む。
【０２９５】
本明細書の例６では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、血液がん、特にＣＬＬの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｓに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０２９６】
血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
ＣＬＬスコアリング式番号１
【数１４】
2020511643.tif 000016
【０２９７】
血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす別の好ましいスコアリングシステムは、
ＣＬＬスコアリング式番号２
【数１５】
2020511643.tif 000017
である。
【０２９８】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、［Ｔｏｔ  ＨＳ］はＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、チャージＣＳはＣＳの加重電荷である。
【０２９９】
上に示されるＣＬＬスコアリング式番号１の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９７４であることが分かった。これは例６に記載されている。
【０３００】
上に示されるＣＬＬスコアリング式番号２の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９７４であることが分かった。これは例６に記載されている。
【０３０１】
これらの所見は、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは血液がん（特に、ＣＬＬ）個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０３０２】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＣＬＬマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する血液がん（特に、ＣＬＬ）対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、血液がん（特に、ＣＬＬ）でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は血液がん（特に、ＣＬＬ）である確率が最大である。
【０３０３】
最適カットオフスコアは、ＣＬＬスコアリング式番号１について０．２５であった。したがって、一実施形態では、ＣＬＬスコアリング式番号１が使用され、カットオフスコアが０．２５であり、このカットオフスコアを上回るスコアは血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．２５よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。いくつかの実施形態では、０．２５よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３０４】
最適カットオフスコアは、ＣＬＬスコアリング式番号２について０．２３であった。したがって、一実施形態では、ＣＬＬスコアリング式番号２が使用され、カットオフスコアがＣＬＬであり、このカットオフスコアを上回るスコアは血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．２３よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）を示す。いくつかの実施形態では、０．２３よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、血液がん（好ましくは、ＣＬＬ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３０５】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは膀胱がん（ＢＣａ）である。
【０３０６】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、尿試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０３０７】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ、総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、尿試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、膀胱がんを示す。
【０３０８】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）及びチャージＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、尿試料での）決定を含む。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、本方法が、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、尿試料での）決定を含む。
【０３１０】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）及びチャージＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、尿試料での）増加が、前記対象のＢＣａを示す。
【０３１１】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及びトリスＣＳの一方（又は両方）の（例えば、尿試料での）減少が、前記対象のＢＣａを示す。
【０３１２】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、尿試料での）増加が、前記対象のＢＣａを示す。
【０３１３】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ  ＨＳの（例えば、尿試料での）減少が、前記対象のＢＣａを示す。
【０３１４】
（例えば、尿試料での）ＢＣａスクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＴでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０３１５】
いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、健康と比較してＢＣａで増加した値を有するとして表Ｔで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、尿試料での）増加が、ＢＣａを示し得る。いくつかの実施形態では、ＢＣａをスクリーニングする方法で、健康と比較してＢＣａで減少した値を有するとして表Ｔで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、尿試料での）減少が、ＢＣａを示し得る。
【０３１６】
いくつかの実施形態では、ＢＣａを（例えば、尿試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、２ｓ  ＣＳの決定を含む。
【０３１７】
本明細書の例７では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、ＢＣａの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｔに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、ＢＣａをスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０３１８】
ＢＣａについて、対象の尿試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数１６】
2020511643.tif 000018
である。
【０３１９】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０３２０】
上に示されるＢＣａ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１．０であることが分かった。これは例７に記載されている。これらの所見は、ＢＣａで起こる（例えば、尿試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアはＢＣａ個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、ＢＣａをスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０３２１】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＢＣａマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対するＢＣａ対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、ＢＣａでない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料はＢＣａである確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９２であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９２であり、このカットオフスコアを上回るスコアはＢＣａを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはＢＣａではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９２よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、ＢＣａを示す。いくつかの実施形態では、０．９２よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、ＢＣａがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３２２】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは乳がん（ＢＣ）である。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）である。いくつかのこのような実施形態では、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ又は反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）が測定又は決定される。
【０３２４】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、乳がんを示す。
【０３２５】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３２６】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＢＣを示す。
【０３２８】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象のＢＣを示す。
【０３２９】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＢＣを示す。
【０３３０】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象のＢＣを示す。
【０３３１】
（例えば、血液試料での）ＢＣスクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＶでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０３３２】
いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、健康と比較してＢＣで増加した値を有するとして表Ｖで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、ＢＣを示し得る。いくつかの実施形態では、ＢＣをスクリーニングする方法で、健康と比較してＢＣで減少した値を有するとして表Ｖで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、ＢＣを示し得る。
【０３３３】
いくつかの実施形態では、ＢＣを（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、総ＣＳ及び６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０３３４】
本明細書の例８では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、ＢＣの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｖに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、ＢＣをスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０３３５】
ＢＣについて、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数１７】
2020511643.tif 000019
である。
【０３３６】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０３３７】
上に示されるＢＣ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例８に記載されている。これらの所見は、ＢＣで起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアはＢＣ個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、ＢＣをスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０３３８】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＢＣマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対するＢＣ対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、ＢＣでない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料はＢＣである確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９４であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９４であり、このカットオフスコアを上回るスコアはＢＣを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはＢＣではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９４よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、ＢＣを示す。いくつかの実施形態では、０．９４よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、ＢＣがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３３９】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは卵巣がん（ＯＶ）である。
【０３４０】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数（又は全部）である。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、卵巣がんを示す。
【０３４２】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３４３】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、本方法が、総ＨＳの（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３４４】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、本方法が、総ＨＡの（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３４５】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＯＶを示す。
【０３４６】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象のＯＶを示す。
【０３４７】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＡの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＯＶを示す。
【０３４８】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＳの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＯＶを示す。
【０３４９】
（例えば、血液試料での）ＯＶスクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＸでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、健康と比較してＯＶで増加した値を有するとして表Ｘで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、ＯＶを示し得る。いくつかの実施形態では、ＯＶをスクリーニングする方法で、健康と比較してＯＶで減少した値を有するとして表Ｘで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、ＯＶを示し得る。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、ＯＶを（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ及び総ＣＳの一方（又は両方）の決定を含む。
【０３５２】
本明細書の例９では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、ＯＶの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｘに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、ＯＶをスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０３５３】
ＯＶについて、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数１８】
2020511643.tif 000020
である。
【０３５４】
上記のスコアリングシステムにおいて、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、Ｔｏｔ  ＨＡはＨＡの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０３５５】
上に示されるＯＶ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例９に記載されている。これらの所見は、ＯＶで起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアはＯＶ個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、ＯＶをスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０３５６】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＯＶマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対するＯＶ対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、ＯＶでない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料はＯＶである確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９９であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９９であり、このカットオフスコアを上回るスコアはＯＶを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはＯＶではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、ＯＶを示す。いくつかの実施形態では、０．９９よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、ＯＶがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３５７】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは子宮がん（例えば、子宮内膜がん、ＥＣ）である。
【０３５８】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、総ＣＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０３５９】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示す。
【０３６０】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、本方法が、総ＨＳの（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３６２】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、本方法が、総ＨＡの（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３６３】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示す。
【０３６４】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示す。
【０３６５】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＡの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示す。
【０３６６】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＳの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示す。
【０３６７】
（例えば、血液試料での）子宮がん（好ましくは、ＥＣ）スクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＺでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０３６８】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＥＣで増加した値を有するとして表Ｚで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示し得る。いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＥＣで減少した値を有するとして表Ｚで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示し得る。
【０３６９】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ及び総ＣＳの一方（又は両方）の決定を含む。
【０３７０】
本明細書の例１０では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）の存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表Ｚに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０３７１】
子宮がん（好ましくは、ＥＣ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数１９】
2020511643.tif 000021
である。
【０３７２】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０３７３】
上に示されるＥＣ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例１０に記載されている。これらの所見は、子宮がん（特に、ＥＣ）で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは子宮がん（特に、ＥＣ）個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０３７４】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＥＣマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する子宮がん（特に、ＥＣ）対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、子宮がん（特に、ＥＣ）でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は子宮がん（特に、ＥＣ）である確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９７であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９７であり、このカットオフスコアを上回るスコアは子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは子宮がん（好ましくは、ＥＣ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９７よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）を示す。いくつかの実施形態では、０．９７よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、子宮がん（好ましくは、ＥＣ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３７５】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは子宮がん（例えば、子宮頸がん、本明細書でＣＳＴとも呼ばれる）である。
【０３７６】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０３７７】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示す。
【０３７８】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３７９】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３８０】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、本方法が、総ＨＡの（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３８１】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示す。
【０３８２】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示す。
【０３８３】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＡの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示す。
【０３８４】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示す。
【０３８５】
（例えば、血液試料での）子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）スクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＡＢでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０３８６】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、健康と比較して子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）で増加した値を有するとして表ＡＢで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示し得る。いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする方法で、健康と比較して子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）で減少した値を有するとして表ＡＢで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示し得る。
【０３８７】
いくつかの実施形態では、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、総ＣＳ及び６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０３８８】
本明細書の例１１では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、子宮がん、特にＣＳＴの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表ＡＢに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０３８９】
子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数２０】
2020511643.tif 000022
である。
【０３９０】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０３９１】
上に示されるＣＳＴ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例１１に記載されている。これらの所見は、子宮がん（特に、ＣＳＴ）で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは子宮がん（特に、ＣＳＴ）個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０３９２】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＣＳＴマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する子宮がん（特に、ＣＳＴ）対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、子宮がん（特に、ＣＳＴ）でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は子宮がん（特に、ＣＳＴ）である確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．７１であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．７１であり、このカットオフスコアを上回るスコアは子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．７１よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）を示す。いくつかの実施形態では、０．７１よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、子宮がん（好ましくは、ＣＳＴ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０３９３】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは血液がん（例えば、非ホジキンリンパ腫、ＮＨＬ）である。
【０３９４】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０３９５】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示す。
【０３９６】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３９７】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、本方法が、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０３９８】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示す。
【０３９９】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示す。
【０４００】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、トリスＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示す。
【０４０１】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＨＳの（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示す。
【０４０２】
（例えば、血液試料での）血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）スクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＡＤでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０４０３】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＮＨＬで増加した値を有するとして表ＡＤで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示し得る。いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする方法で、健康と比較してＮＨＬで減少した値を有するとして表ＡＤで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示し得る。
【０４０４】
いくつかの実施形態では、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＣＳ、トリスＨＳ及び６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０４０５】
本明細書の例１２では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、血液がん、特にＮＨＬの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表ＡＤに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０４０６】
血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数２１】
2020511643.tif 000023
である。
【０４０７】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、チャージＨＳはＨＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０４０８】
上に示されるＮＨＬ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例１２に記載されている。これらの所見は、血液がん（特に、ＮＨＬ）で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは血液がん（特に、ＮＨＬ）個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０４０９】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＮＨＬマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する血液がん（特に、ＮＨＬ）対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、血液がん（特に、ＮＨＬ）でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は血液がん（特に、ＮＨＬ）である確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９７であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９７であり、このカットオフスコアを上回るスコアは血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９７よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）を示す。いくつかの実施形態では、０．９７よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、血液がん（好ましくは、ＮＨＬ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０４１０】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは脳がん（例えば、びまん性神経膠腫、ＤＧ）である。
【０４１１】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ、６ｓ  ＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）である。
【０４１２】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ、総ＨＳ及び総ＨＡの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。
【０４１３】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０４１４】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０４１５】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、本方法が、総ＨＡの（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０４１６】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。
【０４１７】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象の脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。
【０４１８】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、総ＨＡの（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。
【０４１９】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。
【０４２０】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＨＳの（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。
【０４２１】
（例えば、血液試料での）脳がん（好ましくは、ＤＧ）スクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、表ＡＦでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０４２２】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、健康と比較して脳がん（好ましくは、ＤＧ）で増加した値を有するとして表ＡＦで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示し得る。いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする方法で、健康と比較して脳がん（好ましくは、ＤＧ）で減少した値を有するとして表ＡＦで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示し得る。
【０４２３】
いくつかの実施形態では、脳がん（好ましくは、ＤＧ）を（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、総ＣＳ及び６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０４２４】
本明細書の例１３では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、脳がん、特にＤＧの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表ＡＦに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０４２５】
脳がん（好ましくは、ＤＧ）について、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
【数２２】
2020511643.tif 000024
である。
【０４２６】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、総ＨＡはＨＡの総濃度（μｇ／ｍｌ）である。
【０４２７】
上に示されるＤＧ疾患スコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。これは例１３に記載されている。これらの所見は、脳がん（特に、ＤＧ）で起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアは脳がん（特に、ＤＧ）個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、脳がん（好ましくは、ＤＧ）をスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０４２８】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＤＧマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対する脳がん（特に、ＤＧ）対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、脳がん（特に、ＤＧ）でない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料は脳がん（特に、ＤＧ）である確率が最大である。この最適なカットオフスコアは０．９５であった。したがって、一実施形態では、カットオフスコアが０．９５であり、このカットオフスコアを上回るスコアは脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示し、このカットオフスコアを下回るスコアは脳がん（好ましくは、ＤＧ）ではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．９５よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、脳がん（好ましくは、ＤＧ）を示す。いくつかの実施形態では、０．９５よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、脳がん（好ましくは、ＤＧ）がないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０４２９】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは肺がん（ＬＣ）である。
【０４３０】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、本発明の方法で（好ましくは、血液試料で）測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、総ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、０ｓ  ＨＳ及びチャージＣＳの１つ又は複数（又は全部）である（また場合により６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）が測定又は決定される）。このような実施形態では、測定又は決定される特に好ましいＧＡＧ形態が、チャージＣＳ及び総ＣＳの一方（又は両方）である。
【０４３１】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数（又は全部）のレベルの変化が、肺がんを示す。
【０４３２】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０４３３】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。
【０４３４】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した２ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ及び総ＣＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＬＣを示す。
【０４３５】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び６ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）の一方（又は両方）の（例えば、血液試料での）低下が、前記対象のＬＣを示す。
【０４３６】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象のＬＣを示す。
【０４３７】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象のＬＣを示す。
【０４３８】
（例えば、血液試料での）ＬＣスクリーニングに使用され得る好ましいＧＡＧ形態（又は特性）は、ＡＨでＲＯＰＥ値％が５．００未満、例えば４．００、３．００、２．００、１．００未満又は０．００の値でさえあると特定されるＧＡＧ形態である。
【０４３９】
いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、健康と比較してＬＣで増加した値を有するとして表ＡＨで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、ＬＣを示し得る。いくつかの実施形態では、ＬＣをスクリーニングする方法で、健康と比較してＬＣで減少した値を有するとして表ＡＨで示されるＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、ＬＣを示し得る。
【０４４０】
いくつかの実施形態では、ＬＣを（例えば、血液試料で）スクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、トリスＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ及び６ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の決定を含む。
【０４４１】
本明細書の例１４では、スコアリングシステム（式）が、高いスコア（又は上昇したスコア）が陽性診断（すなわち、ＬＣの存在の発見）をもたらすように複数のＧＡＧ形態の測定値を用いて設計されているが、同等に当業者であれば、低い（又は減少した）スコアが陽性診断をもたらすようにスコアリング方法及びこのようなスコアリング方法に使用されるパラメータを容易に設計及び選択することができるだろう。このようなスコアリングシステムで分析される関連する特徴も、例えば表ＡＨに提示されるデータを用いて、分析される試料型に基づいて選択することができる。スコアリングシステムは本明細書の他の箇所で議論されており、その議論は、必要な変更を加えて、ＬＣをスクリーニングする（例えば診断する）方法に適用され得る。
【０４４２】
ＬＣについて、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす好ましいスコアリングシステムは、
ＬＣスコアリング式番号１
【数２３】
2020511643.tif 000025
である。
【０４４３】
ＬＣについて、対象の血液試料を分析する場合にスコアをもたらす別の好ましいスコアリングシステムは、
ＬＣスコアリング式番号２
【数２４】
2020511643.tif 000026
である。
【０４４４】
上記スコアリングシステムにおいて、角括弧内の項は、（本明細書の他の箇所に記載されるように）関連する特定のＧＡＧ形態（対応するＧＡＧに対する二糖）の割合（質量分率）を表し、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍｌ）であり、チャージＣＳはＣＳの加重電荷である。
【０４４５】
上に示されるＬＣスコアリング式番号１の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９８６であることが分かった。これは例１４に記載されている。
【０４４６】
上に示されるＬＣスコアリング式番号２の性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９９７であることが分かった。これは例１４に記載されている。
【０４４７】
これらの所見は、ＬＣで起こる（例えば、血液試料での）ＧＡＧ化学組成の変化をスコアに要約することができることを示している。同様に、これらのスコアはＬＣ個体を健康な個体と正確に識別し、よって、スクリーニング、診断等に使用することができる。スコアリングシステムに関連した本明細書の他の箇所での議論は、必要な変更を加えて、ＬＣをスクリーニングする（例えば、診断する）本発明の実施形態に適用され得る。
【０４４８】
本明細書の他の箇所に記載されるように、本発明の方法では、適切な閾値又はカットオフスコアもしくは値を、本発明の方法に使用するために、当技術分野で公知の方法、例えばＲＯＣ曲線から計算することができる。上に論じられるＬＣマーカー（スコアリング）システムについて、健康な対象に対するＬＣ対象の分類における精度を最大化する最適な閾値（カットオフ）スコアを決定／選択した、すなわち、マーカースコアがこの閾値（カットオフ）値未満である試料は、ＬＣでない可能性が最大である、又は言い換えると、マーカースコアがこのカットオフ値より上である試料はＬＣである確率が最大である。
【０４４９】
最適カットオフスコアは、ＬＣスコアリング式番号１について０．８３であった。したがって、一実施形態では、ＬＣスコアリング式番号１が使用され、カットオフスコアが０．８３であり、このカットオフスコアを上回るスコアはＬＣを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはＬＣではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．８３よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、ＬＣを示す。いくつかの実施形態では、０．８３よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、ＬＣがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０４５０】
最適カットオフスコアは、ＬＣスコアリング式番号２について０．８８であった。したがって、一実施形態では、ＬＣスコアリング式番号２が使用され、カットオフスコアが０．８８であり、このカットオフスコアを上回るスコアはＬＣを示し、このカットオフスコアを下回るスコアはＬＣではないことを示す（例えば、正常又は健康な試料であることを示す）。いくつかの実施形態では、０．８８よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上高いスコアが、ＬＣを示す。いくつかの実施形態では、０．８８よりも少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％又はそれ以上低いスコアが、ＬＣがないことを示す（例えば、正常な又は健康な対象を示す）。
【０４５１】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは血液がん（例えば、ＣＬＬ又はＮＨＬ）である。
【０４５２】
いくつかの実施形態では、血液がんをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、０ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数のレベルの変化が、血液がんを示す。
【０４５３】
いくつかの実施形態では、血液がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ６ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、Ｎｓ  ＨＳ、６ｓ  ＨＳ、チャージＨＳ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の血液がんを示す。
【０４５４】
いくつかの実施形態では、血液がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ及び０ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の血液がんを示す。
【０４５５】
いくつかのこのような実施形態では、ＮＨＬをスクリーニングする方法で、本方法が、トリスＣＳ、トリスＨＳ及びＮｓ２ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定をさらに含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、これらのＧＡＧ特性の１つ又は複数（又は全部）の増加が、ＮＨＬを示す。
【０４５６】
いくつかのこのような実施形態では、ＣＬＬをスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ６ｓ  ＨＳ、２ｓ６ｓ  ＨＳ及び２ｓ  ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定をさらに含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、２ｓ  ＨＳの増加並びに／或いはＮｓ６ｓ  ＨＳ及び２ｓ６ｓ  ＨＳの一方又は両方の減少が、ＣＬＬを示す。
【０４５７】
上に示されるように、本発明による好ましいがんは子宮がん（例えば、ＥＣ又はＣＳＴ）である。
【０４５８】
いくつかの実施形態では、子宮がんをスクリーニングする方法で、本方法が、０ｓ  ＣＳ、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳもしくは反比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する６ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳ）、０ｓ  ＣＳに対する４ｓ  ＣＳの相対レベル（例えば、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳもしくは反比０ｓ  ＣＳ／４ｓ  ＣＳ）、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（好ましくは、血液試料での）決定を含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、前記ＧＡＧ形態の１つ又は複数のレベルの変化が、子宮がんを示す。
【０４５９】
いくつかの実施形態では、子宮がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、６ｓ  ＣＳ、４ｓ  ＣＳ、２ｓ４ｓ  ＣＳ、４ｓ６ｓ  ＣＳ、比６ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、比４ｓ  ＣＳ／０ｓ  ＣＳ、チャージＣＳ、総ＣＳ、総ＨＡ及び総ＨＳの１つ又は複数（又は全部）の（例えば、血液試料での）増加が、前記対象の子宮がんを示す。
【０４６０】
いくつかの実施形態では、子宮がんをスクリーニングする方法で、例えば対照レベルと比較した、０ｓ  ＣＳ及び比４ｓ  ＣＳ／６ｓ  ＣＳの１つ又は複数（又は両方）の（例えば、血液試料での）減少が、前記対象の子宮がんを示す。
【０４６１】
いくつかのこのような実施形態では、ＣＳＴをスクリーニングする方法で、本方法が、Ｎｓ２ｓ  ＨＳ及び６ｓ  ＨＳの一方（又は両方）の（好ましくは、血液試料での）決定をさらに含む。いくつかのこのような実施形態では、例えば対照レベルと比較した、これらのＧＡＧ特性の一方（又は両方）の増加が、ＣＳＴを示す。
【０４６２】
上記のように、いくつかの実施形態では、がん試料と健康な試料（したがって、がん対象と健康な対象）を識別するために、記載されるカットオフスコアと組み合わせて、ＧＡＧスコア（又は式又はスコアリング式）を使用することができる。いくつかの他の実施形態では、これらの正確なＧＡＧスコアが使用されないが、本発明の他の実施形態では使用され、それは例えば代替のＧＡＧスコアを使用し得る又は実際にＧＡＧスコア（式）を全く使用しない。いくつかのこのような他の実施形態では、関連する特定のＧＡＧスコア（及び場合により関連するカットオフスコア）が使用された（すなわち、代わりに使用された）場合に、がんを示すような、がんをスクリーニングする（例えば、診断する）方法が提供される。
【０４６３】
別の態様では、本発明は、対象のがんをスクリーニングする方法であって、
試料中の
ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＹ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ７、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ３、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２
からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含み；
前記試料が前記対象から得られており；
対照レベルと比較した、前記試料中の前記遺伝子の１つ又は複数の発現産物のレベル変化が、前記対象のがんを示す方法を提供する。
【０４６４】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法で、「がん」への言及は、最も広義で、任意のがんを含む（すなわち、最も広義で、本明細書の他の箇所に記載される特定のがんに限定されない）。
【０４６５】
しかしながら、試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、好ましいがんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん、皮膚がん及び腎臓がんからなる群から選択される。
【０４６６】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、好ましいがんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、肺がん、子宮がん、乳がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。
【０４６７】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、がんが、腎臓がんではない（例えば、腎明細胞がん（また転移性腎明細胞がん）、乳頭状腎細胞がん又は色素嫌性腎細胞がん（ｃｈｒｏｍｐｈｏｂｅ  ｒｅｎａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）などの腎細胞がんではない）。
【０４６８】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、がんが、対象の前立腺がん、甲状腺がん、直腸がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、脳がん、血液がん、卵巣がん及び皮膚がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが、乳がんでも、結腸がんでも、頭頸部がんでも、肺がんでも、子宮がんでもない。
【０４６９】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、がんが、前立腺がん、甲状腺がん、結腸がん、直腸がん、子宮がん、膵臓がん、膀胱がん、肝臓がん、胆管がん、胃がん、食道がん、頭頸部がん、血液がん及び卵巣がんからなる群から選択される。したがって、いくつかの実施形態では、がんが皮膚がんでも、肺がんでも、脳がんでも、乳がんでもない。
【０４７０】
本発明の他の方法（例えば、１つ又は複数のグリコサミノグリカンのレベル及び／又は化学組成を決定するステップを含む本発明の方法）と関連して本明細書の他の箇所に記載される特定のがん型（又はがんの群）も、試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法に関連して好ましいがんであり得る。
【０４７１】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの好ましい実施形態では、がんが前立腺がんである。
【０４７２】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、前記１つ又は複数の遺伝子が、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＤＳＥ、ＵＳＴ、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＧＬＣＥ、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＮＤＳＴ３、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＳ３ＳＴ５及びＣＨＳＴ３の１つ又は複数の発現産物のレベルが決定されない。
【０４７３】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが腎臓がん（例えば、腎明細胞がん）である場合、前記１つ又は複数の遺伝子が、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが腎臓がん（例えば、腎明細胞がん）である場合、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＤＳＥ、ＵＳＴ、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＧＬＣＥ、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＮＤＳＴ３、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＳ３ＳＴ５及びＣＨＳＴ３の１つ又は複数の発現産物のレベルが決定されない。
【０４７４】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、前記１つ又は複数の遺伝子が、ＵＳＴ、ＤＳＥ、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＨＳ３ＳＴ５、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＴ１２、ＣＨＳＹ１、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ２ＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ３及びＨＳ６ＳＴ１の１つ又は複数の発現産物のレベルが決定されない。
【０４７５】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが腎臓がん、頭頸部がん、乳がん、結腸がん、肺がん又は子宮がんである場合、前記１つ又は複数の遺伝子が、ＵＳＴ、ＤＳＥ、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＨＳ３ＳＴ５、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、スクリーニングされているがんが腎臓がん、頭頸部がん、乳がん、結腸がん、肺がん又は子宮がんである場合、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＴ１２、ＣＨＳＹ１、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ２ＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ３及びＨＳ６ＳＴ１の１つ又は複数の発現産物のレベルが決定されない。
【０４７６】
いくつかの実施形態では、ＣＨＰＦ２、ＨＳ６ＳＴ２又はＥＸＴＬ１の１つ又は複数が決定されない（例えば、スクリーニングされているがんが、腎明細胞がんなどの腎臓がんである場合）。
【０４７７】
いくつかの実施形態では、ＮＤＳＴ２が決定されない。
【０４７８】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、前記１つ又は複数の遺伝子が、コンドロイチン硫酸生合成経路の１つ又は複数の遺伝子である。試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、前記１つ又は複数の遺伝子が、ヘパラン硫酸生合成経路の１つ又は複数の遺伝子である。
【０４７９】
試料中の１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、前記１つ又は複数の遺伝子が、ＣＨＰＦ２、ＣＨＰＦ、Ｂ４ＧＡＬＴ７、ＢＧＡＴ３、ＥＸＴＬ１及びＨＰＳＥ１からなる群から選択される。
【０４８０】
いくつかの実施形態では、皮膚がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＧＮＳ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の皮膚がんを示す。
【０４８１】
いくつかの実施形態では、皮膚がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＧＮＳ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の皮膚がんを示す。
【０４８２】
いくつかの実施形態では、卵巣がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＮＤＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の卵巣がんを示す。
【０４８３】
いくつかの実施形態では、卵巣がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＮＤＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の卵巣がんを示す。
【０４８４】
いくつかの実施形態では、血液がんで、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１５、ＥＸＴ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１．１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の血液がんを示す。
【０４８５】
いくつかの実施形態では、血液がんで、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１５、ＥＸＴ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の血液がんを示す。
【０４８６】
いくつかの実施形態では、膀胱がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１２、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＮＡＧＬＵ、ＨＥＸＡ、Ｂ３ＧＡＴ２、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の膀胱がんを示す。
【０４８７】
いくつかの実施形態では、膀胱がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１２、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＮＡＧＬＵ、ＨＥＸＡからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の膀胱がんを示す。
【０４８８】
いくつかの実施形態では、膀胱がんで、Ｂ３ＧＡＴ２、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の膀胱がんを示す。
【０４８９】
いくつかの実施形態では、乳がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ３ＧＡＴ２、ＤＳＥ、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＰＳＥ２、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の乳がんを示す。
【０４９０】
いくつかの実施形態では、乳がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の乳がんを示す。
【０４９１】
いくつかの実施形態では、乳がんで、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ３ＧＡＴ２、ＤＳＥ、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＰＳＥ２、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の乳がんを示す。
【０４９２】
いくつかの実施形態では、結腸がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１３、ＨＳ３ＳＴ５、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＰＳＥ、ＨＰＳＥ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の結腸がんを示す。
【０４９３】
いくつかの実施形態では、結腸がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の結腸がんを示す。
【０４９４】
いくつかの実施形態では、結腸がんで、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１３、ＨＳ３ＳＴ５、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ、ＨＰＳＥ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の結腸がんを示す。
【０４９５】
いくつかの実施形態では、脳がん（例えば、多形性膠芽腫）では、Ｂ４ＧＡＬＴ７、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ２、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢ、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の脳がん（例えば、多形性膠芽腫）を示す。
【０４９６】
いくつかの実施形態では、脳がん（例えば、多形性膠芽腫）では、Ｂ４ＧＡＬＴ７、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ２、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の脳がん（例えば、多形性膠芽腫）を示す。
【０４９７】
いくつかの実施形態では、脳がん（（例えば、多形性膠芽腫）で、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の脳がん（例えば、多形性膠芽腫）を示す。
【０４９８】
いくつかの実施形態では、頭頸部がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＧＮＳ、ＧＡＬＮＳ、ＨＥＸＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢ、ＸＹＬＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ４からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の頭頸部がんを示す。
【０４９９】
いくつかの実施形態では、頭頸部がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＧＮＳ、ＧＡＬＮＳ、ＨＥＸＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の頭頸部がんを示す。
【０５００】
いくつかの実施形態では、頭頸部がんで、ＸＹＬＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ４からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の頭頸部がんを示す。
【０５０１】
いくつかの実施形態では、肺扁平上皮がんで、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ３、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ２、ＩＤＵＡ、ＨＥＸＢ、ＩＤＳ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の肺扁平上皮がんを示す。
【０５０２】
いくつかの実施形態では、肺扁平上皮がんで、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ３、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の肺扁平上皮がんを示す。
【０５０３】
いくつかの実施形態では、肺扁平上皮がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ２、ＩＤＵＡ、ＨＥＸＢ、ＩＤＳ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の肺扁平上皮がんを示す。
【０５０４】
いくつかの実施形態では、肺腺がんで、ＸＹＬＴ２、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ３、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ１、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の肺腺がんを示す。
【０５０５】
いくつかの実施形態では、肺腺がんで、ＸＹＬＴ２、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ３からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の肺腺がんを示す。
【０５０６】
いくつかの実施形態では、肺腺がんで、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ１、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の肺腺がんを示す。
【０５０７】
いくつかの実施形態では、膵臓がんで、ＣＨＰＦ、ＨＳ３ＳＴ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の膵臓がんを示す。
【０５０８】
いくつかの実施形態では、膵臓がんで、ＣＨＰＦ、ＨＳ３ＳＴ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の膵臓がんを示す。
【０５０９】
いくつかの実施形態では、直腸がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＹ１、ＣＨＰＦ２、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＩＤＵＡ、ＣＨＳＴ１５、ＵＳＴ、ＥＸＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＰＳＥ、ＨＰＳＥ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の直腸がんを示す。
【０５１０】
いくつかの実施形態では、直腸がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＹ１、ＣＨＰＦ２、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＩＤＵＡからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の直腸がんを示す。
【０５１１】
いくつかの実施形態では、直腸がんで、ＣＨＳＴ１５、ＵＳＴ、ＥＸＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＰＳＥ、ＨＰＳＥ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の直腸がんを示す。
【０５１２】
いくつかの実施形態では、子宮がん（例えば、子宮体部子宮内膜がんなどの子宮内膜がん）で、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、ＸＹＬＴ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１、ＨＧＳＮＡＴ、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の子宮がん（例えば、子宮体部子宮内膜がんなどの子宮内膜がん）がんを示す。
【０５１３】
いくつかの実施形態では、子宮がん（例えば、子宮体部子宮内膜がんなどの子宮内膜がん）で、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＰＦ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の子宮がん（例えば、子宮体部子宮内膜がんなどの子宮内膜がん）がんを示す。
【０５１４】
いくつかの実施形態では、子宮がん（例えば、子宮体部子宮内膜がんなどの子宮内膜がん）で、ＸＹＬＴ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１、ＨＧＳＮＡＴ、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の子宮がん（例えば、子宮体部子宮内膜がんなどの子宮内膜がん）を示す。
【０５１５】
いくつかの実施形態では、胆管がん（例えば、胆管細胞がん）で、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＮＤＳＴ２、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ２、ＨＧＳＮＡＴ、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＩＤＳ、ＡＲＳＢ  ＣＨＳＴ１３、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＹＡＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の胆管がん（例えば、胆管細胞がん）を示す。
【０５１６】
いくつかの実施形態では、胆管がん（例えば、胆管細胞がん）で、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＮＤＳＴ２、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ２、ＨＧＳＮＡＴ、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＩＤＳ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の胆管がん（例えば、胆管細胞がん）を示す。
【０５１７】
いくつかの実施形態では、胆管がん（例えば、胆管細胞がん）で、ＣＨＳＴ１３、ＨＹＡＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の胆管がん（例えば、胆管細胞がん）を示す。
【０５１８】
いくつかの実施形態では、食道がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＩＤＳ、Ｂ３ＧＡＴ１、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ３、ＨＰＳＥ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の食道がんを示す。
【０５１９】
いくつかの実施形態では、食道がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＤＳＥ、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＨＹＡＬ３、ＧＡＬＮＳ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の食道がんを示す。
【０５２０】
いくつかの実施形態では、食道がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ３、ＨＰＳＥ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の食道がんを示す。
【０５２１】
いくつかの実施形態では、色素嫌性腎細胞がんで、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ２、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＮＤＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ１、ＨＥＸＡ、ＩＤＳ、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ３、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の色素嫌性腎細胞がんを示す。
【０５２２】
いくつかの実施形態では、色素嫌性腎細胞がんで、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ２、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＮＤＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ１、ＨＥＸＡ、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の色素嫌性腎細胞がんを示す。
【０５２３】
いくつかの実施形態では、色素嫌性腎細胞がんで、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ３、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＹＡＬ２、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の色素嫌性腎細胞がんを示す。
【０５２４】
いくつかの実施形態では、腎明細胞がんで、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ２、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＨＳ３ＳＴ２、ＧＵＳＢ、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、Ｂ３ＧＡＴ１、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ３、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ２、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ４、ＨＹＡＬ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の腎明細胞がんを示す。
【０５２５】
いくつかの実施形態では、腎明細胞がんで、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ２、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ７、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＨＳ３ＳＴ２、ＧＵＳＢ、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の腎明細胞がんを示す。
【０５２６】
いくつかの実施形態では、腎明細胞がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＮＤＳＴ３、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ２、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ４、ＨＹＡＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の腎明細胞がんを示す。
【０５２７】
いくつかの実施形態では、乳頭状腎細胞がんで、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＴ１２、ＨＳ３ＳＴ１、ＧＵＳＢ、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ４、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の乳頭状腎細胞がんを示す。
【０５２８】
いくつかの実施形態では、乳頭状腎細胞がんで、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＴ１２、ＨＳ３ＳＴ１、ＧＵＳＢ、ＧＡＬＮＳ、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の乳頭状腎細胞がんを示す。
【０５２９】
いくつかの実施形態では、乳頭状腎細胞がんで、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＮＤＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ４、ＨＹＡＬ１、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の乳頭状腎細胞がんを示す。
【０５３０】
いくつかの実施形態では、肝臓がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、８５０９（Ｅｎｔｒｅｚ  ＩＤ）、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ２、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢ、Ｂ３ＧＡＴ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＮＤＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の肝臓がんを示す。
【０５３１】
いくつかの実施形態では、肝臓がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、ＸＹＬＴ２、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ３、ＣＨＳＴ１２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ１、８５０９（Ｅｎｔｒｅｚ  ＩＤ）、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＧＬＢ１、ＨＹＡＬ３、ＧＮＳ、ＨＹＡＬ２、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の肝臓がんを示す。
【０５３２】
いくつかの実施形態では、肝臓がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＴ７、ＵＳＴ、ＮＤＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の肝臓がんを示す。
【０５３３】
いくつかの実施形態では、胃がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＥＸＴＬ２、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＧＮＳ、ＧＡＬＮＳ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢ、Ｂ３ＧＡＴ１、ＵＳＴ、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の胃がんを示す。
【０５３４】
いくつかの実施形態では、胃がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＹ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ１３、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＥＸＴ２、ＥＸＴ１、ＧＬＣＥ、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＥＸＴＬ２、ＨＰＳＥ、ＧＬＢ１、ＧＵＳＢ、ＧＮＳ、ＧＡＬＮＳ、ＨＥＸＢ、ＨＥＸＡ、ＡＲＳＢ、からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の胃がんを示す。
【０５３５】
いくつかの実施形態では、胃がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＵＳＴ、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ３、ＥＸＴＬ１、ＨＰＳＥ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の胃がんを示す。
【０５３６】
いくつかの実施形態では、甲状腺がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ２、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ２、ＣＨＳＴ１４、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の甲状腺がんを示す。
【０５３７】
いくつかの実施形態では、甲状腺がんで、Ｂ３ＧＡＴ１、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＰＦ２、ＣＨＳＴ７、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＨＳ６ＳＴ２、ＨＰＳＥ、ＨＹＡＬ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の甲状腺がんを示す。
【０５３８】
いくつかの実施形態では、甲状腺がんで、ＸＹＬＴ１、Ｂ３ＧＡＴ２、ＣＨＳＴ１４、ＵＳＴ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＥＸＴ１、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ６ＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の甲状腺がんを示す。
【０５３９】
いくつかの実施形態では、前立腺がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＧＵＳＢ、ＨＹＡＬ３、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨ、ＤＳＥ、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＥＸＴ１、ＧＬＣＥ、ＥＸＴＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの変化が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０５４０】
いくつかの実施形態では、前立腺がんで、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ１、Ｂ３ＧＡＴ３、ＣＨＰＦ、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ６ＳＴ３、ＧＵＳＢ、ＨＹＡＬ３、ＩＤＵＡ、ＳＧＳＨからなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの上昇が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０５４１】
いくつかの実施形態では、前立腺がんで、ＤＳＥ、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＥＸＴ１、ＧＬＣＥ、ＥＸＴＬ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、ＨＰＳＥ、ＨＰＳＥ２、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルの低下が、前記対象の前立腺がんを示す。
【０５４２】
その発現産物が本発明によって決定され得る他の好ましい遺伝子（又は遺伝子群）は、本明細書中の表Ｋ及び／又は図１６から容易に決定され得る（例えば、本明細書で論じられる特定のがん型において変化、増加又は減少を示す遺伝子）。表Ｋ及び図１６は、がんの略語を使用する。これらの略語に対応するがん型及び亜型は、本明細書の表Ｇに示される。例えば、いくつかの実施形態では、その発現レベルが少なくとも５、少なくとも１０又は少なくとも１５のがん型（例えば、５〜１７、１０〜１７又は１５〜１７）で変化する遺伝子が好まれ得る。
【０５４３】
いくつかの実施形態では、単一遺伝子の発現産物のレベルが決定される。他の実施形態では、２つ以上の遺伝子の発現産物のレベルが決定される（例えば、２つ以上、又は３つ以上、又は４つ以上の発現産物のレベルが決定される）。「２つ以上の」とは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等．．．６０（２〜６０の間の全ての整数を含む）を意味する。いくつかの実施形態では、少なくとも１０、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、又は６０個全ての遺伝子のレベルが決定され得る。本明細書に記載される遺伝子のありとあらゆる可能な組合せについての発現産物レベルの決定を行うことができる。
【０５４４】
本発明の方法では、レベルが決定される発現産物の各々のレベルが、対象でがんの徴候があるために対照レベルと比較して変化している必要はない。言い換えると、対照レベルと比較して１つ又は複数の発現産物のレベルが変化していない（又は有意には変化していない）試料も、依然として「がん」試料であり得る（例えば、１つ又は複数の他の遺伝子のレベルが対照レベルと比較して変化していれば）。
【０５４５】
本明細書で論じられるように、本発明の方法は、本明細書に示される一定の具体的なＧＡＧ形態（又はＧＡＧ形態群）「からなる群から選択される」１つ又は複数の具体的なＧＡＧ形態（又はＧＡＧ形態群）を決定又は測定することステップを含み得る、或いは、本明細書に示される一定の具体的な遺伝子（又は遺伝子群）から「なる群から選択される」１つ又は複数の具体的な遺伝子（又は遺伝子群）の発現産物のレベルを決定又は測定するステップを含み得る。疑義を避けるために、本明細書で論じられる１つもしくは複数の具体的なＧＡＧ形態（もしくはＧＡＧ形態の群）又は１つもしくは複数の具体的な遺伝子（もしくは遺伝子群）が測定又は決定されるいくつかの実施形態では、１つもしくは複数の他の（もしくは別個の）ＧＡＧ形態又は１つもしくは複数の他の（もしくは別個の）遺伝子及び／又は１つもしくは複数の他のバイオマーカーをさらに測定又は決定することができる。したがって、「からなる群から選択される」は、「オープンな」用語であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書で論じられる１つ又は複数の具体的なＧＡＧ形態（又はＧＡＧ形態の群）のみが測定又は決定される（例えば、他のＧＡＧ形態も他のバイオマーカーも測定も決定もされない）。いくつかの実施形態では、本明細書で論じられる１つ又は複数の具体的な遺伝子（又は遺伝子群）のみが測定又は決定される（例えば、他の遺伝子も他のバイオマーカーも測定も決定もされない）。
【０５４６】
上に論じられるように、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）を診断する方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の予後診断（がん、例えば前立腺がんの将来の重症度、経過及び／又は成績の予後診断）の方法を提供する。或いは、本発明は、リスクがある対象のがん（例えば、前立腺がん）の発生を監視する方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の進行を監視する方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の臨床的重症度を決定する方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の進行のリスクを決定する方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）のリスク評価に基づいて治療を導く方法を提供する。或いは、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）の療法に対する対象の応答を予測する方法を提供する。或いは、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）のための治療的又は外科的レジメンの有効性を決定する方法を提供する。或いは、本発明は、（例えば、早期がん、例えば前立腺がんの患者で）がん（例えば、前立腺がん）の再発又は再燃を検出する方法を提供する。或いは、本発明は、例えば、それががん（例えば、前立腺がん）ではない、例えば非悪性の、良性の又は低悪性度腫瘤である（ただし、いくらかの問題のある症状、例えば前立腺症状を示し、がん、例えば前立腺がんであると疑われ得る）小型がん性腫瘤を有する患者を、がん（例えば、前立腺がん）有する患者と識別する手段を提供するので、患者選択又は治療選択の方法を提供する。したがって、或いは、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）を非悪性疾患と識別する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、転移が前立腺がんによるものであるかどうかを判定する方法を提供する。或いは、本発明は、転移が所与のがん（例えば、前立腺がん）から予想されるかどうかを予測する方法を提供する。或いは、本発明は、一般集団でがん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法を提供する。或いは、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）を有する又は発症するリスクがある集団（例えば、遺伝的素因のある個人、もしくは危険因子を示す個人、もしくは症状を示す個人）でがん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法を提供する。
【０５４７】
したがって、本発明によるがん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法は、例えばがん（例えば、前立腺がん）の診断、がん（例えば、前立腺がん）の予後診断、リスクがある対象でのがん（例えば、前立腺がん）の発生の監視、がん（例えば、前立腺がん）の進行の監視、がん（例えば、前立腺がん）の臨床的重症度の決定、がん（例えば、前立腺がん）の療法に対する対象の応答の予測、がん（例えば、前立腺がん）を治療するために使用している治療的もしくは外科的レジメンの有効性の決定、がん（例えば、前立腺がん）の再発もしくは再燃の検出、患者選択もしくは治療選択、がん（例えば、前立腺がん）と疑われる小型がん性腫瘤（例えば、前立腺腫瘤）の他の悪性でない疾患との識別、転移が所与のがん（例えば、前立腺がん）によるものであるかどうかの判定、一般集団でのがん（例えば、前立腺がん）のスクリーニング又は前立腺がんを有するもしくは発症するリスクがある集団（例えば、遺伝的素因のある個人、もしくは危険因子を示す個人、もしくは症状を示す個人）でのがん（例えば、前立腺がん）のスクリーニングに使用することができる。
【０５４８】
したがって、一態様では、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）を診断する方法を提供する。いくつかの実施形態では、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルが対照レベルと比較して変化している（場合によって上昇又は低下している）場合、陽性診断（すなわち、がん、例えば前立腺がんの存在）が行われる。上昇したレベルががん（例えば、前立腺がん）を示す（例えば、診断する）ＧＡＧ形態（又は発現産物）は、本明細書の他の箇所に記載されている。低下したレベルががん（例えば、前立腺がん）を示す（例えば、診断する）ＧＡＧ形態（又は発現産物）は、本明細書の他の箇所に記載されている。或いは、いくつかの異なるＧＡＧ形態又は特性（又は発現産物）を、例えばスコアリングシステム又は方法を用いて、本明細書の他の箇所に記載されるように分析して、診断に到達する。本発明の方法を使用して、転移が所与のがん型（例えば、前立腺がん）によるものであるかどうかを確認することもできる。
【０５４９】
別の態様では、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の予後診断の方法を提供する。このような方法では、試料中の上に論じられる１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルが、がん（例えば、前立腺がん）の将来の重症度、経過及び／又は成績を示す。例えば、対照レベルと比較した試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルの変化（場合により上昇又は低下）が予後不良を示し得る。例えば対照レベル（又はスコア）と比較して高度に変化したレベル（又はスコア）は、特に予後不良を示し得る。
【０５５０】
したがって、いくつかの実施形態では、上昇したレベルががん（例えば、前立腺がん）を示す１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）の上昇したレベルが予後不良を示唆する（すなわち、示す）。いくつかの実施形態では、低下したレベルががん（例えば、前立腺がん）を示す１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）の低下したレベルが予後不良を示唆する（すなわち、示す）。逆に、１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）が変化しないレベル（又は本質的に変化しないレベル）を有する場合、それは良好な予後を示し得る。
【０５５１】
本発明による１つ又は複数のＧＡＧ形態（バイオマーカー）（又は発現産物）のレベルの連続的（周期的）測定を、経時的に上昇又は低下するレベル（又はスコア）を探す予後診断目的に使用することもできる。いくつかの実施形態では、（対照レベルと比較した、例えば対照レベルからさらに遠ざかるレベル）経時的な１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）の変化するレベル（適宜、上昇又は低下）が、悪化する予後を示し得る。いくつかの実施形態では、（対照レベルと比較した、例えば対照レベルに近づくレベル）経時的な１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）の変化するレベル（適宜、上昇又は低下）が、改善する予後を示し得る。
【０５５２】
一態様では、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）を発症するリスクがある対象のがん（例えば、前立腺がん）の発生を監視する方法を提供する。このような方法及び測定されるＧＡＧ形態（又は発現産物）は、本明細書に記載される診断方法に類似であるが、がん（例えば、前立腺がん）を発症する特定のリスクがある対象に対して行われ、よって、より注意深い監視から利益を得ることができる。このような「リスクがある」対象は、当業者によって容易に特定されるが、例えば、がん（例えば、前立腺がん）の家族歴もしくはがん（例えば、前立腺がん）への遺伝的素因を有する対象、又はがん（例えば、前立腺がん）から寛解した対象、又はがん（例えば、前立腺がん）の認識される危険因子を有する対象を含むだろう。例えば、前立腺がんの認識される危険因子は年齢、例えば４０歳以上、又は５０歳以上、又は５５歳以上、又は好ましくは６５歳以上、例えば４０〜６５歳、又は５０〜６５歳、又は５５〜６５歳、又は６０〜６５歳、又は７０〜７５歳、又は４０〜７５歳、又は５０〜７５歳、又は５５〜７５歳、又は６０〜７５歳、又は６５〜７５歳（例えば、６６〜７１歳）、又は７０〜７５歳、又は４０〜８５歳、又は５０〜８５歳、又は５５〜８５歳、又は６０〜８５歳、又は６５〜８５歳、又は７０〜８５歳の男性である。
【０５５３】
このように、本発明のいくつかの実施形態では、本方法を「健康な」患者（対象）又は少なくともがん（例えば、前立腺がん）の臨床症状を示さない患者（対象）、例えば非常に初期もしくは前臨床段階のがん（例えば、前立腺がん）を有する患者、例えば原発腫瘍が非常に小さいために評価も検出できない患者、又は細胞ががん（例えば、前立腺がん）に関連する前がん変化を受けているが、まだ悪性になっていない患者に対して行うことができる。
【０５５４】
よって、本発明の方法を使用して疾患進行を監視することもできる。このような監視は、外科手術又は療法、例えば薬学的療法によるがん（例えば、前立腺がん）の治療前、治療中又は治療後に行うことができる。よって、別の態様では、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の進行を監視する方法を提供する。
【０５５５】
本発明の方法は、外科手術にも療法にも供されていない患者の能動的監視、例えば未治療患者のがん（例えば、前立腺がん）の進行を監視するために使用することができる。繰り返しになるが、連続測定により、がん（例えば、前立腺がん）が悪化しているか否か、又はその程度の評価が可能になり、例えば、治療的又は外科的介入が必要であるか賢明であるかについてのより筋の通った決定を行うことが可能になり得る。
【０５５６】
上に論じられるように、がん（例えば、前立腺がん）の初期の、理想的には前臨床的な指標を得るために、監視を例えば個体、例えばがん（例えば、前立腺がん）を発症するリスクがあると考えられる健康な個体で行うこともできる。
【０５５７】
別の態様では、本発明は、対象のがん（例えば、前立腺がん）の臨床的重症度を決定する方法を提供する。このような方法では、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルが、がん（例えば、前立腺がん）の重症度との関連を示す。したがって、１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルは、がん（例えば、前立腺がん）の重症度を示す。いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベル（又はスコア）が対照レベルと比較して変化する（場合により、上昇又は低下）ほど、がん（例えば、前立腺がん）の重症型の可能性が高くなる。よって、いくつかの実施形態では、本発明の方法を、療法のための患者の選択に使用することができる。
【０５５８】
経時的に上昇又は低下するレベルを探す、１つ又は複数のＧＡＧ形態（バイオマーカー）（又は発現産物）のレベル（又はスコア）の連続的（周期的）測定を、がん（例えば、前立腺がん）の重症度を監視するために使用することもできる。変化したレベル（場合により上昇又は低下）の観察を使用して、無症状性疾患の設定、すなわち治療もしくは外科手術前、例えば薬学的療法もしくは外科手術の開始前の「注意深い経過観察」の状況においても、又は療法の失敗のサインを探すために治療中もしくは治療後においても療法を導き、監視することができる。
【０５５９】
よって、本発明はまた、療法又は外科手術に対する対象の応答を予測する方法を提供する。例えば、本発明による試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルによって決定される、がん（例えば、前立腺がん）のあまり重症でない形態又は初期段階を有する対象は、一般に、療法又は外科手術、特に外科手術に応答性である可能性が高い。このような方法では、療法又は外科手術の選択は、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルの知識によって導かれ得る。療法又は外科手術に対する対象の応答を予測する方法のいくつかの実施形態では、ＨＡのレベルが測定も決定もされない。
【０５６０】
本発明はまた、高リスクがん（例えば、前立腺がん）を有する患者を低リスクがん（例えば、前立腺がん）を有する患者と識別する手段を提供するので、患者選択又は治療選択の方法も提供する。したがって、或いは、本発明の方法は、高リスクがんと低リスクがん（例えば、前立腺がん）を識別する方法を提供し、適切な治療を導き得る。
【０５６１】
いくつかの実施形態では、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）と診断された（例えば最近診断された、例えば診断から１ヶ月未満、又は６ヶ月未満、又は１年未満）対象で、高（又はより高）リスクがん（例えば、グリソンスコアが８以上の前立腺がん）と低（又はより低）リスクがん（例えば、グリソンスコアが６以下の前立腺がん）を識別する方法を提供する。高リスク及び低リスクは本明細書の他の箇所で論じられている。高（又はより高）リスクは、対象が悪い（又はより悪い）予後を有することを意味し、低（又はより低）リスクは、対象が良い（又はより良い）予後を有することを意味し得る。中リスクの対象（例えば、グリソンスコアが７の前立腺がん対象）もまた特定され得る。いくつかの実施形態では、本発明は、中リスク（例えば、グリソンスコアが７）の前立腺がん対象を高（又はより高）リスク前立腺がんとして分類する方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、中リスク（例えば、グリソンスコアが７）の前立腺がん対象を低（又はより低）リスク前立腺がんとして分類する方法を提供する。本発明の方法を使用して、がん（例えば、前立腺がん）と診断された（例えば、最近診断された）対象の重症度、侵攻性、転移能又はリスクレベルを評価することができる。
【０５６２】
いくつかの実施形態では、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）を有する対象（例えば、がん、例えば前立腺がんについて治療している対象）を監視する（例えば、継続的に監視する又は積極的監視を行う）方法を提供する。このような監視は、どの治療を使用すべきか、又は治療が与えられるべきでないかどうかを導き得る。
【０５６３】
いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベル（又はスコア）が対照レベル（又はスコア）と比較して変化する（場合により、上昇又は低下する）ほど、高リスクがん（例えば、前立腺がん）の可能性が高くなる（又は低リスクがん、例えば前立腺がんの可能性が低くなる）。逆に、いくつかの実施形態では、１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベル（又はスコア）が対照レベル（又はスコア）と比較して変化しない（場合により、あまり上昇しない又はあまり低下しない）ほど、高リスクがん（例えば、前立腺がん）の可能性が低くなる（又は低リスクがん、例えば前立腺がんの可能性が高くなる）。
【０５６４】
いくつかの実施形態では、低（又はより低）リスク患者が、注意深い経過観察又は積極的監視下に置かれてもよく、治療（例えば、薬物療法又は外科手術）を受けなくてもよい。いくつかの実施形態では、高（又はより高）リスク患者が治療、例えば切除（例えば前立腺切除術）、放射線療法、ホルモン療法又は他の治療（例えば本明細書の他の箇所に詳述されている）を受けてもよい。
【０５６５】
本発明はまた、がん（例えば、前立腺がん）を治療するために使用されている治療的レジメンの有効性を決定する（又は監視する）、換言すれば治療に対する応答をフォロー又は監視する方法を提供する。このような方法では、本発明による１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベル（又はスコア）の変化（場合により上昇又は低下）が、使用されている治療的レジメンの有効性を示す。例えば、上昇したレベル（又はスコア）ががん（例えば、前立腺がん）を示す１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルが療法中（又は後）に低下した場合、これは有効な治療的レジメンを示す。逆に、例えば、低下したレベル（又はスコア）ががん（例えば、前立腺がん）を示す１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルが療法中（又は後）に上昇した場合、これは有効な治療的レジメンを示す。このような方法では、経時的な１つ又は複数のＧＡＧ形態（バイオマーカー）（又は発現産物）のレベルの連続（周期的）測定を使用して、使用されている治療的レジメンの有効性を決定することもできる。同様の方法を用いて、がん（例えば、前立腺がん）を治療するために使用されている外科的レジメンの有効性を決定（又は監視）する方法を提供することができる。
【０５６６】
本発明はまた、例えばがん（例えば、前立腺がん）を以前に有していたが、例えば外科手術又は療法（例えば、薬学的療法）によってうまく治療された対象のがん（例えば、前立腺がん）の再発（再燃）を検出して、結果として彼らが寛解もしくは治癒していると判断する、又は例えばフォローアップ中に患者における転移性再発を予測する方法を提供する。このような対象は「リスクがある」カテゴリーを形成し、がん（例えば、前立腺がん）の定期的な監視から十分に利益を得ることができる。がん（例えば、前立腺がん）の再発（又は再燃）を検出するこのような方法は、がん（例えば、前立腺がん）の存在又は非存在を検出するために、本明細書に記載される診断方法を使用する。
【０５６７】
本発明はまた、がん（例えば、前立腺がん）を有する患者を非悪性疾患、例えば非悪性前立腺疾患を有する患者と識別する手段を提供するので、患者選択又は治療選択の方法も提供する。したがって、或いは、本発明の方法は、がん（例えば、前立腺がん）を非悪性疾患と識別する方法を提供する。
【０５６８】
このような患者選択もしくは治療選択の方法又はがん（例えば、前立腺がん）を非悪性疾患と識別する方法は、がん（例えば、前立腺がん）の存在又は非存在を検出するために、本明細書に記載される診断方法を使用する。
【０５６９】
がん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法（例えば、測定するための好ましいＧＡＧ形態もしくは発現産物又はそれらの組合せ）に関連する本明細書の特徴及び議論を、本発明の他の関連する方法（例えば、がん（例えば、前立腺がん）を診断する方法等）に準用する。
【０５７０】
一実施形態では、本発明は、がん（例えば、前立腺がん）の他の既知のスクリーニング、診断又は予後診断方法、例えば、放射線イメージング（例えば、コンピュータ断層撮影、ＣＴ、スキャン）、又は磁気共鳴画像法（ＭＲＩスキャン）、又は例えば腫瘍生検を用いた組織学的評価、又はＰＳＡ（前立腺特異抗原）検査、又はＤＲＥ（直腸診）検査、又はＰｒｏｓｔａｔｅ  Ｃｏｒｅ  Ｍｉｔｏｍｉｃ  Ｔｅｓｔ（商標）と合わせた本発明の方法（例えば、本明細書に記載される、スクリーニング、診断又は予後診断方法）の使用を提供する。したがって、例えば、本発明の方法を使用して、対象のがん（例えば、前立腺がん）の診断を確認することができる。いくつかの実施形態では、本発明の方法を単独で使用する。
【０５７１】
当のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルは、適切な手段によって対象から得られた、又は取り出された試料を分析することによって決定又は測定することができる。この決定は、典型的にはインビトロで行われる。
【０５７２】
試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は発現産物）のレベルは、そのいくつかが周知であり、当技術分野で文書化されている任意の適切なアッセイによって測定（決定）することができる。本明細書の他の箇所に記載されるように、電気泳動、例えば、質量分析法（ＭＳ）と組み合わせたアガロースゲル電気泳動又はキャピラリー電気泳動（特に、ＣＥ−ＬＩＦなどの蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動）又は液体クロマトグラフィー、特にＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）が、本発明による１つ又は複数のＧＡＧ形態のレベルを測定（決定）するための好ましい技術である。
【０５７３】
適切な電気泳動、例えば、適切な質量分析法（及び関連するデータ処理技術）と合わせたキャピラリー電気泳動、及び液体クロマトグラフィー、例えば、ＧＡＧ形態分析のためのＨＰＬＣ技術は、当技術分野で周知であり、文書化されている。
【０５７４】
試料中の１つ又は複数のＧＡＧ形態のレベルを決定するための特に好ましい方法は、本明細書の例に記載されている。本発明で使用される好ましい方法は、レーザー誘起蛍光検出、ＣＥ−ＬＩＦ（例えば、Ｇａｌｅｏｔｔｉら、２０１４、Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ３５：８１１〜８１８；及びＫｏｔｔｌｅｒら、２０１３、Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ３４：２３２３〜２３３６）を伴うキャピラリー電気泳動である。例えば、Ｖｏｌｐｉ  ２００６、Ｃｕｒｒ  Ｐｈａｒｍ  Ｄｅｓ  １２：６３９〜６５８に記載されるように、ポストカラム誘導体化及び蛍光検出法と組み合わせたＨＰＬＣも使用することができ、例えばＶｏｌｐｉ及びＬｉｎｈａｒｄｔ、２０１０、Ｎａｔｕｒｅ  ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ５：９９３〜１００４に記載されるように、ＥＳＩ−ＭＳ（エレクトロスプレーイオン化−質量分析）と組み合わせたＨＰＬＣも使用することができ、例えばＧａｌｅｏｔｔｉ及びＶｏｌｐｉ、２０１１、Ａｎａｌ  Ｃｈｅｍ  ８３：６７７０〜６７７７又はＶｏｌｐｉら、２０１４、Ｎａｔｕｒｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ９：５４１〜５５８に記載されるように、蛍光検出法と組み合わせたものも使用することができる。アガロースゲル電気泳動、例えばＶｏｌｐｉ及びＭａｃｃａｒｉ、２００６、Ａｎａｌｙｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌ  Ｂｉｏｍｅｄ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉ、８３４：１〜１３；並びにＶｏｌｐｉ及びＭａｃｃａｒｉ、２００２、Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ  ２３：４０６０〜４０６６に記載されるＦＡＣＥ（発蛍光団援用炭水化物電気泳動）を使用することもできる。
【０５７５】
試料調製のための適切な方法、例えば、ＧＡＧの抽出及び精製はまた、公知であり、当技術分野、例えばＶｏｌｐｉ及びＭａｃｃａｒｉ、２００５、Ｂｉｏｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ  ６：３１７４〜３１８０並びにＣｌｉｎ  Ｃｈｉｍ  Ａｃｔａ  ３５６：１２５〜１３３、Ｃｏｐｐａら、２０１１  Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ  ２１：２９５〜３０３．に記載されている。
【０５７６】
いくつかの実施形態では、ＨＰＬＣ及び質量分析（及び関連するデータ処理技術）を使用して、総量と比較した、試料中の１つ又は複数の特定のＧＡＧ形態（例えば、硫酸化又は非硫酸化二糖形態）のレベルの分数を得る。例えば、試料調製後、ＧＡＧを酵素を用いて消化し、ＨＰＬＣカラムで分離し、ＭＳを用いて特徴付けることができる。本明細書の他の箇所に記載されるように、１つ又は複数の個々のＧＡＧ形態（例えば、特に硫酸化又は非硫酸化二糖形態）の量を、測定される個々のＧＡＧ形態の全量の和によって好都合に正規化し（すなわち、割り）、分数を得る。
【０５７７】
本発明によると、１つ又は複数のＧＡＧ形態のレベルの定量的、半定量的又は定性的評価（決定）を行うことができる。
【０５７８】
これを行うための適切な方法は、当業者に周知であり、これらのいずれも使用することができるだろう。しかしながら、二糖組成又は適切な特性又はＣＳもしくはＨＳの形態のこのような定量化（及び二糖形態の分離）を達成する簡便な方法は、電気泳動、特にキャピラリー電気泳動、好ましくは蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動、例えばレーザー誘起蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動（ＣＥ−ＬＩＦ）を使用するものである（例えば、Ｇａｌｅｏｔｔｉ  ２０１４、上記又はＫｏｔｔｌｅｒ  ２０１３、上記に記載される）。代替方法は、液体クロマトグラフィー、好ましくはＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）、例えばＳＡＸ  ＨＰＬＣを使用すること、又は例えばＶｏｌｐｉ  ２００６、上記、Ｇａｌｅｏｔｔｉ及びＶｏｌｐｉ  ２０１１、上記、Ｖｏｌｐｉら、２０１４、上記もしくはＶｏｌｐｉ及びＬｉｎｈａｒｄｔ、２０１０、上記に記載される通りである。好ましくは、質量分析法（ＨＰＬＣ−ＭＳ）、例えばエレクトロスプレーイオン化質量分析法（ＥＳＩ−ＭＳ）、例えばＨＰＬＣ  ＥＳＩ−ＭＳも使用される。特に好ましい方法を例で概説する。よって、特に好ましい方法の一例は、キャピラリー電気泳動（例えば、レーザー誘起蛍光検出を伴うキャピラリー電気泳動）である。別の例は、ＨＰＬＣ、引き続いてＭＳ（ＨＰＬＣ−ＭＳ）、例えば、ＨＰＬＣ  ＥＳＩ−ＭＳであるだろう。或いは、質量分析は、クロマトグラフィー、例えば液体クロマトグラフィーを用いないで使用され得る。
【０５７９】
一般に、本発明によるＧＡＧ特性又は形態の決定は、対象の体液中に見られるのと正確に同じ形態のＧＡＧ分子の測定を含まない（例えば、ＧＡＧの天然形態の測定を含まない）。例えば、このような野生型又は天然ＧＡＧ分子は、通常、タンパク質に結合した長い糖鎖の形態で見られるが、本発明により決定されるレベルについては、一般に、このようなＧＡＧ分子は、これらが結合しているタンパク質から少なくとも分離又は抽出され、さらに処理されなければならない。したがって、一般に、本発明の方法は、何らかの方法で処理された試料（例えば、野生型試料ではなく人工）に実施される。
【０５８０】
よって、いくつかの実施形態では、本発明の方法が、試料の処理ステップを含み得る。よって、いくつかの実施形態では、本発明の方法が、このような処理された試料又はこのような処理された試料に由来する材料に行われ得る。処理ステップには、それだけに限らないが、試料からのＧＡＧの抽出又は精製、例えばプロテアーゼ（プロテイナーゼＫなど）の使用を通した、例えばＧＡＧが結合しているタンパク質からＧＡＧを分離又は抽出又は除去する手段としての、試料中に存在するタンパク質の断片化又は切断又は消化のステップ、例えば陰イオン交換樹脂を用いたＧＡＧの精製、試料からの細胞の単離、試料からの細胞成分の単離、試料からのタンパク質／ペプチド及び／又は核酸分子（ＤＮＡもしくはＲＮＡ）の抽出が含まれる。よって、前記処理ステップを体液試料に行って、分析のためにこれを調製することができ、例えば、血液試料の場合、このようなステップは、分析に適した血液成分、例えば血漿又は血清を調製するステップを含み得る、又は尿試料の場合、細胞又は他の不純物の除去を含み得る。処理ステップは、消化、抽出、精製、沸騰、濾過、凍結乾燥、分画、遠心分離、濃縮、希釈、干渉成分の不活性化、試薬の添加、誘導体化、錯化などのうちの１つ又は複数を含み得る。代表的な処理ステップは例に記載される。
【０５８１】
一定の個々の二糖形態のレベルが測定される本発明のいくつかの方法では、ＧＡＧ、例えば全長ＧＡＧ分子又はセリン残基上でタンパク質に結合しているＧＡＧ分子、又はＧＡＧの重合化多糖鎖、又はＧＡＧの反復二糖単位の鎖を処理ステップ、例えば化学的消化又は例えばコンドロイチナーゼＡＢＣもしくはコンドロイチナーゼＢによる酵素処理による、例えば断片化又は切断又は消化のステップに供して二糖単位を得て、次いで、これを分析する。
【０５８２】
使用され得るＧＡＧのレベル又は組成を決定するための他の方法は、当技術分野で公知である。しかしながら、例には、種々のＧＡＧ形態に対する抗体の使用を伴う分析技術、例えばウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡもしくはＦＡＣＳなどの技術、又はアガロースゲル電気泳動（例えば、発蛍光団援用炭水化物電気泳動（ＦＡＣＥ））もしくはポリアクリルアミドゲル電気泳動（ＰＡＧＥ）を含む方法がある。
【０５８３】
したがって、いくつかの実施形態では、ＧＡＧ形態を検出するために使用されている試薬と会合した（例えば、物理的会合又は複合体化又は誘導体化した）１つ又は複数のＧＡＧ形態（例えば、断片化、切断もしくは消化によって全長ＧＡＧ分子又はＧＡＧ分子の反復二糖単位の鎖から得られたＣＳ又はＨＳ二糖の具体的な硫酸化又は非硫酸化形態）のレベルが決定される。よって、いくつかの実施形態では、ＧＡＧ形態と、ＧＡＧ形態を検出するために使用される試薬の複合体のレベルが決定される。特定のＧＡＧ形態を検出するのに適した試薬は、本明細書の他の箇所で議論されるが、抗体、又は例えば、ＧＡＧ形態を蛍光光度計（又は他の検出装置）によって検出可能にするための、当のＧＡＧ形態に結合した（又は誘導体化するために使用される）ある種の発蛍光団（又は他の検出可能な標識又は色素）を含む。よって、純粋に一例として、いくつかの実施形態では、抗体又は発蛍光団などと会合した（例えば、複合体化又は誘導体化した）ＧＡＧ形態のレベルを決定することができる。
【０５８４】
上記のように、本発明の一定の方法では、試料中の一定の遺伝子の１つ又は複数の発現産物のレベルが決定される。
【０５８５】
本明細書で言及されるように、遺伝子の「発現産物」は、その遺伝子から転写されたｍＲＮＡ分子又はその遺伝子によってコードされるポリペプチド（タンパク質）を含む。当のｍＲＮＡ又はポリペプチド（タンパク質）のレベルは、適切な手段によって対象から得られた、又は取り出された試料を分析することによって決定することができる。この決定は、典型的にはインビトロで行われる。
【０５８６】
本発明が関連する遺伝子のヌクレオチド及びアミノ酸配列は当技術分野で公知であり、例えばこのような配列はＵｎｉｐｒｏｔデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／）で提供されている。本発明の方法が関連する遺伝子の公式の遺伝子記号及び公式の（承認された）遺伝子名（例えば、Ｈｕｇｏ  Ｇｅｎｅ  Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ、ＨＧＮＣによる）を本明細書の表Ｈに示す。
【０５８７】
ｍＲＮＡ分子がウラシルを含む一方で、ｍＲＮＡが転写されたＤＮＡ分子は代わりに対応する位置にチミンを含むことを除いて、ｍＲＮＡ分子はそれが転写されたＤＮＡ分子と同じ配列を含むことが理解されよう。
【０５８８】
一実施形態では、本発明の方法によって検出される発現産物がｍＲＮＡ分子である。本明細書の他の箇所に論じられるように、全ｍＲＮＡ分子（すなわち、全ｍＲＮＡヌクレオチド配列）の存在を検出する必要はなく、ｍＲＮＡ分子のフラグメント又は部分の存在を検出することで、全ｍＲＮＡ分子の存在を示すことができる。
【０５８９】
別の実施形態では、本発明の方法によって検出される発現産物がポリペプチドである。本明細書の他の箇所に論じられるように、全ポリペプチド（すなわち、ポリペプチドの全アミノ酸配列）の存在を検出する必要はなく、ポリペプチドのフラグメント又は部分の存在を検出することで、全ポリペプチドの存在を示すことができる。
【０５９０】
核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を検出するいくつかの異なる方法が知られており、文献に記載されており、これらのいずれも本発明に従って使用することができる。最も簡単には、核酸を、プローブ（例えば、オリゴヌクレオチドプローブ）へのハイブリダイゼーションによって検出することができ、多くのそのようなハイブリダイゼーションプロトコルが記載されている（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ、第３版、２００１年、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ、コールドスプリングハーバー、ニューヨーク州参照）。典型的には、検出はハイブリダイゼーションステップ及び／又はインビトロ増幅ステップを含む。
【０５９１】
一実施形態では、試料中の標的核酸を、目的の核酸配列にハイブリダイズすることができる、結合した標識を有するオリゴヌクレオチドを使用することによって検出することができる。このような標識オリゴヌクレオチドによって、直接的手段又は間接的手段による検出が可能になる。換言すれば、このようなオリゴヌクレオチドを、単に従来のオリゴヌクレオチドプローブとして使用することができる。ハイブリダイゼーションを可能にする条件下で、典型的には未結合標識オリゴヌクレオチド及び／又は非特異的結合オリゴヌクレオチドを除去するための１つ（又は複数の）ステップの後にこのようなプローブを試料と接触させた後、試料から発するプローブの標識からのシグナルを検出することができる。好ましい実施形態では、プローブがその標的にハイブリダイズした場合にのみ標識が検出可能であるように標識を選択する。
【０５９２】
別の実施形態では、試料中の標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ）を、その標的配列にハイブリダイズした場合にのみ標識されるオリゴヌクレオチドプローブ（すなわち、プローブは選択的に標識され得る）を使用することによって決定することができる。簡便には、標識ヌクレオチドを使用して、すなわち標識を担持するヌクレオチドのオリゴヌクレオチドプローブへの組み込みによって、選択的標識を達成することができる。換言すれば、選択的標識は、標識ヌクレオチド、好ましくは標識ジデオキシヌクレオチド（例えば、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＣＴＰ、ｄｄＧＴＰ、ｄｄＴＴＰ、ｄｄＵＴＰ）を組み込んだポリメラーゼ酵素を使用したオリゴヌクレオチドプローブの鎖伸長によって起こり得る。特定のヌクレオチド配列を検出するためのこのアプローチは時々プライマー伸長分析と呼ばれる。適切なプライマー伸長分析技術、例えば、その内容が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第９９／５０４４８号パンフレットに開示されている技術は当業者に周知である。
【０５９３】
本発明の一実施形態では、ｍＲＮＡ遺伝子産物、又はそのフラグメントの存在及びレベルを、プライマー依存性核酸増幅反応によって検出する。増幅反応を、十分な量の増幅産物を産生する期間（例えば、サイクル数）及び条件下で進行させる。最も簡便には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用するが、当業者であれば他の技術を知っているであろう。例えば、ＬＡＲ／ＬＣＲ、ＳＤＡ、ループ媒介等温増幅及び核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）／３ＳＲ（自家持続配列複製法）を使用することができる。ｍＲＮＡ遺伝子産物を検出するべきである場合、これを一般に最初に逆転写酵素を使用した逆転写によってｃＤＮＡ分子に変換して、ｃＤＮＡ分子を生成する。逆転写反応が完了したら、ｃＤＮＡをプライマー依存性核酸増幅反応の鋳型として使用することができる。当業者であれば、ｍＲＮＡ分子からｃＤＮＡ分子を生成する方法をよく知っているだろう。
【０５９４】
例えばリアルタイムＰＣＲ（定量的ＰＣＲ、ｑＰＣＲとしても知られている）、ホットスタートＰＣＲ、競合的ＰＣＲなど、多くの種類のＰＣＲが開発されており、これらは全て当業者の必要に応じて使用することができる。
【０５９５】
ＰＣＲベース増幅を使用する１つの基本的な実施形態では、オリゴヌクレオチドプライマーを、適切な緩衝液中に標的配列及び遊離ヌクレオチドを含有する又は潜在的に含有する反応混合物と接触させる。得られた混合物をＤＮＡポリメラーゼの存在下で熱サイクルさせると、プライマー間の配列が増幅される。
【０５９６】
ＰＣＲプロセスの最適性能は、サイクルの各ステップについての温度、温度での時間、及び温度間の時間の長さの選択によって影響を受ける。当業者であればこれを容易に行うことができる。
【０５９７】
本発明の方法は、利用可能な標準的なマスターミックス及び酵素のいずれかを用いて行うことができる。
【０５９８】
増幅されている鋳型に関する定量的情報を提供することができるｑＰＣＲ（リアルタイムＰＣＲ）などの基本的なＰＣＲ法の修正が開発されている。２つの最も一般的な技術は二本鎖ＤＮＡ結合蛍光色素又は選択的蛍光レポータープローブを使用するが、多数のアプローチがとられてきた。
【０５９９】
二本鎖ＤＮＡ結合蛍光色素、例えばＳＹＢＲグリーンは、それが生成されると増幅産物と会合し、会合すると色素が蛍光を発する。したがって、全てのＰＣＲサイクル後に蛍光を測定することによって、増幅産物の相対量をリアルタイムで監視することができる。内部標準及び対照の使用を通して、この情報を反応の開始時の鋳型の量に関する定量的データに翻訳することができる。
【０６００】
ｑＰＣＲに使用される蛍光レポータープローブは、一端に蛍光レポーター分子、他端に消光剤分子を有する（例えば、レポーター分子が５’末端にあり、消光剤分子が３’末端にある、又は逆もまた同様である）配列特異的オリゴヌクレオチド、典型的にはＲＮＡ又はＤＮＡであり得る。プローブは、レポーターが消光剤によって消光されるように設計される。プローブはまた、鋳型中に存在し得る相補的配列の特定の領域に選択的にハイブリダイズするように設計される。これらの領域がアニーリングされたＰＣＲプライマーの間にある場合、ポリメラーゼは、それがエキソヌクレアーゼ活性を有する場合には、それが重合している新生核酸鎖を伸長するにつれて結合プローブを分解（解重合）する。これにより消光が緩和され、蛍光が上昇する。したがって、全てのＰＣＲサイクル後に蛍光を測定することによって、増幅産物の相対量をリアルタイムで監視することができる。内部標準及び対照の使用を通して、この情報を定量的データに翻訳することができる。
【０６０１】
増幅産物を検出することができ、増幅産物の量（レベル）を任意の簡便な手段によって決定することができる。膨大な数の技術が標準的な実験室技術として日常的に使用されており、文献にはより特殊なアプローチの説明がある。最も単純には、反応の最後又は所望の時点で反応混合物を目視検査することによって、増幅産物を検出することができる。典型的には、増幅産物は、増幅産物に優先的に結合し得る標識を用いて分割される。典型的には、色素物質、例えば、比色分析色素、染色小粒蛍光色素又は発光色素（例えば、臭化エチジウム又はＳＹＢＲグリーン）が使用される。他の実施形態では、増幅産物に優先的に結合する標識オリゴヌクレオチドプローブが使用される。
【０６０２】
いくつかの実施形態では、マイクロアレイを使用して、１つ又は複数の遺伝子の核酸発現産物のレベルを決定することができる。
【０６０３】
いくつかの実施形態では、次世代シーケンシングによるＲＮＡ−ｓｅｑを使用して、１つ又は複数の遺伝子の核酸発現産物のレベルを決定することができる。ＲＮＡ−ｓｅｑ（ＲＮＡ配列決定）は、時々全トランスクリプトームショットガン配列決定（ＷＴＳＳ）と呼ばれる。ＲＮＡ−ｓｅｑは、次世代シーケンシングの能力を使用して、所与の瞬間におけるゲノムからのＲＮＡの存在及び量のスナップショットを明らかにする。いくつかの場合、ＲＮＡを、配列決定の前に（逆転写を介して）ｃＤＮＡに変換することができる。他の場合、ＲＮＡを、ｃＤＮＡへの変換なしに直接配列決定することができる。いくつかの場合、配列決定の前にｃＤＮＡにアダプター連結を行う。その後、ＲＮＡ又はｃＤＮＡをＰＣＲによって増幅して、配列決定の前に十分な量のフラグメントを生成する。いくつかの場合、ｄＵＴＰを、第２の草地のｃＤＮＡ合成中に組み込んで、ＰＣＲ増幅を妨げ、レベル決定でＰＣＲによって導入される偏りを減らす。いくつかの場合、公知の配向の異なるアダプターを第２の鎖のｃＤＮＡ合成中に組み込む。
【０６０４】
適切なマイクロアレイプラットホーム又は機械及び適切なＲＮＡ−ｓｅｑプラットホーム又は機械が当技術分野で公知であり、本発明に使用することができる。適切なプラットホーム又は機械には、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ａｇｉｌｅｎｔ、Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ、Ａｒｒａｙｉｔ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、及びＰａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓを含む製造業者製のもの、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＧｅｎｅＣｈｉｐシステム、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉｎｉＳｅｑシステム、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑシリーズ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＮｅｘｔＳｅｑシステム、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑシリーズ、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＰａｃＢｉｏ  ＲＳ  ＩＩ又はＰａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｓｅｑｕｅｌシステムなどのプラットホーム又は機械が含まれる。
【０６０５】
本発明のいくつかの好ましい実施形態では、１つ又は複数の発現産物のレベルを測定することが、核酸（ＤＮＡ／ＲＮＡ）ベース法によるものであり、好ましくは核酸増幅を含む。
【０６０６】
試料中の１つ又は複数のポリペプチドのレベルは、そのいくつかが周知であり、当技術分野で文書化されており、そのいくらかが商業的に入手可能である任意の適切なアッセイによって測定（決定）することができる。例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）又は蛍光イムノアッセイなどのイムノアッセイ、免疫沈降及び免疫ブロット法（例えばウエスタンブロット法）又は酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によって、１つ又は複数のポリペプチド（タンパク質／バイオマーカー）のレベルを決定することができる。イムノアッセイは、本発明により１つ又は複数のポリペプチドのレベルを決定するための好ましい技術である。
【０６０７】
好ましいアッセイはＥＬＩＳＡベースアッセイであるが、ＲＩＡベースアッセイも有効に使用することができる。ＥＬＩＳＡベース法とＲＩＡベース法の両方とも、当技術分野で標準的であり、当業者に周知である方法によって行うことができる。このような方法は一般に、調査中の関連ポリペプチド又はそのフラグメントに対する抗体の使用を含み、これを試料とインキュベートして、試料中の前記ポリペプチド（又はそのフラグメント）の検出を可能にする。任意の適切な抗体を使用することができる。例えば、調査中のポリペプチドに対する適切な抗体、又は前記ポリペプチドの特定のエピトープを認識する抗体を、標準的な技術によって、例えば当業者に公知の実験動物の免疫化によって調製することができる。調査中の所与のポリペプチド又はそのフラグメントに対する同じ抗体を、標識等に関して抗体に適切な修正をして、一般にＲＩＡベースアッセイ又はＥＬＩＳＡベースアッセイのいずれかにおいて前記ポリペプチドを検出するために使用することができる、例えばＥＬＩＳＡアッセイでは、抗体を一般的に酵素に連結して検出を可能にするだろう。任意の適切な形態のアッセイを使用することができ、例えば、アッセイはサンドイッチ型アッセイ又は競合アッセイであり得る。
【０６０８】
簡単に言えば、ＥＬＩＳＡでは、未知の量の抗原を表面に付着させ、次いで特異的抗体を、抗原に結合できるように表面上に洗い流す。この抗体は酵素に結合しており、最終ステップで、酵素がある検出可能なシグナルに変換することができる物質を添加する。したがって、蛍光ＥＬＩＳＡの場合、適切な波長の光を試料に照射すると、任意の抗原／抗体複合体が蛍光を発するので、試料中の抗原の量を蛍光の大きさを通して決定することができる。ＲＩＡでは、既知量の抗原を、しばしばチロシンに結合したヨウ素のガンマ放射性同位元素で標識することによって放射性にする。次いで、この放射標識抗原をその抗原に対する既知量の抗体と混合し、結果として、この２つが互いに化学的に結合する。次いで、未知の量のその同じ抗原を含有する患者由来の試料を添加する。これにより、試料からの非標識（又は「寒冷」）抗原が、抗体結合部位について放射標識抗原と競合する。「寒冷」抗原の濃度が増加するにつれて、そのより多くが抗体に結合し、放射標識変異体を置換し、遊離放射標識抗原に対する抗体結合放射標識抗原の比率を減少させる。次いで、結合抗原を未結合のものから分離し、上清中に残っている遊離抗原の放射活性を測定する。次いで、結合曲線をプロットすることができ、患者の試料中の抗原の正確な量を決定することができる。測定は通常、比較のために既知濃度のマーカー（抗原）を用いて標準試料に対しても行う。
【０６０９】
いくつかの実施形態では、適切な抗体を用いた免疫組織化学を行うことができる。
【０６１０】
免疫ブロット法（例えば、ウエスタンブロット法）の使用も本発明により１つ又は複数のポリペプチドのレベルを測定するために使用することができる。
【０６１１】
本発明により１つ又は複数のポリペプチドのレベルを決定するのに使用するための好ましい薬剤は抗体（レベルが決定されるべきポリペプチドに対する抗体）である。
【０６１２】
他の好ましい実施形態では、試料中の１つ又は複数のポリペプチドのレベルを、質量分析法によって測定（決定）することができる。適切な質量分析法（及び関連するデータ処理技術）は、当技術分野で周知であり、文書化されている。いくつかの実施形態では、質量分析法（及び関連するデータ処理技術）を使用して、対照と比較した試料中のポリペプチドのレベルの比率を得る。いくつかの実施形態では、質量分析と組み合わせたクロマトグラフィーを用いてタンパク質フラグメントを定量化することができる。
【０６１３】
そのレベルが本発明により決定される「ポリペプチド」への本明細書における言及は、その誘導体、変異体及び類似体、特にそのフラグメント又はポリペプチドもしくはそのフラグメントの修飾形態を含む、対象中に存在し得る前記ポリペプチドの全ての形態（必要に応じて）への言及を含む。例示的で好ましい修飾形態には、グリコシル化又はリン酸化などの翻訳後修飾を受けたこれらの分子の形態が含まれる。いくつかの実施形態では、ポリペプチド（又はそのフラグメント）の未修飾形態のレベルが決定される。
【０６１４】
試料中のポリペプチド（タンパク質）の存在を検出する場合、全長ポリペプチド（すなわち、全ポリペプチド配列）の存在を検出する必要はなく、ポリペプチドのフラグメント（又は部分）の存在を検出することで、全ポリペプチド（タンパク質）の存在を示すことができることが当技術分野で十分理解されている。
【０６１５】
したがって、本明細書に記載される本発明の方法の一定の実施形態では、ポリペプチドの任意のフラグメント（又は部分）、特に天然フラグメントを、ポリペプチド自体（全長ポリペプチド）の代替として分析することができる。分析に適したフラグメントは全長ポリペプチド（タンパク質）に特徴的であるべきである。適切なフラグメントは、少なくとも６連続アミノ酸長であり得る。例えば、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも５０、少なくとも７５、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００又は少なくとも５００連続アミノ酸長である。適切なフラグメントは、全長ポリペプチド（タンパク質）の長さの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％を表し得る。
【０６１６】
いくつかの実施形態では、全長ポリペプチドのレベルが決定される。
【０６１７】
試料中のｍＲＮＡの存在を検出する場合、全ｍＲＮＡ分子（すなわち、全ｍＲＮＡヌクレオチド配列）の存在を検出する必要はなく、ｍＲＮＡ分子のフラグメント（又は部分）の存在を検出することで、全ｍＲＮＡ分子の存在を示すことができることも当技術分野で十分理解されている。
【０６１８】
したがって、本明細書に記載される本発明の方法の一定の実施形態では、ｍＲＮＡの任意のフラグメント（又は部分）を全長ｍＲＮＡの代替として分析することができる。分析に適したフラグメントは全長ｍＲＮＡに特徴的であるべきである。適切なフラグメントは少なくとも１７ヌクレオチド長であり得る。例えば、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも７５、少なくとも１００、少なくとも１５０、少なくとも２００又は少なくとも５００連続ヌクレオチド長である。適切なフラグメントは、全長ｍＲＮＡ分子の長さの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％を表し得る。
【０６１９】
いくつかの実施形態では、全長ｍＲＮＡ分子のレベルが決定される。
【０６２０】
いくつかの実施形態では、発現産物を検出するために使用されている試薬と会合する（例えば、物理的に会合する又は複合体を形成する）発現産物のレベルが決定される。したがって、いくつかの実施形態では、発現産物と発現産物を検出するために使用される試薬の複合体のレベルが決定される。発現産物を検出するのに適した試薬は、本明細書の他の箇所で論じられている。純粋に例として、いくつかの実施形態では、プライマー（もしくは伸長プライマー）又はプローブ（例えば、蛍光レポータープローブ）又は色素などと会合する（例えば、複合体を形成する）核酸（ＤＮＡ又はＲＮＡ）発現産物のレベルが決定され得る。別の例として、いくつかの実施形態では、抗体と会合する（例えば、複合体を形成する）ポリペプチド発現産物のレベルが決定され得る。
【０６２１】
いくつかの実施形態では、１つ又は複数の発現産物のレベルが、例えば血液試料（もしくは本明細書に記載される他の種類の試料）などの試料から単離されるがん細胞（例えば、転移性がん細胞）のレベルである、又はいくつかの実施形態では、１つ又は複数の発現産物のレベルが、エキソソーム試料（例えば、がん由来エキソソーム試料）中のレベルである。いくつかのこのような実施形態では、がん細胞（例えば、転移性がん細胞）又はエキソソーム（例えば、がん由来エキソソーム）中の１つ又は複数の発現産物（例えば、核酸発現産物）のレベルが、アレイ（例えば、マイクロアレイ）を使用して決定され得る。特に好ましいがんは前立腺がんである。
【０６２２】
一態様では、本発明は、本明細書に記載される１つもしくは複数の遺伝子又は遺伝子群の発現産物（例えば、核酸発現産物）の存在又はレベルを検出することができる１つ又は複数のプローブ（例えば、核酸プローブ）の群を含む固体支持体（例えば、チップ）を提供する。いくつかの実施形態では、１つ又は複数のプローブの前記群が、少なくとも５個、少なくとも１０個、少なくとも２０個、少なくとも３０個、少なくとも４０個、少なくとも５０個又は６０個のプローブ（例えば、５〜６０個又は１０〜６０個又は２０〜６０個又は３０〜６０個又は４０〜６０個又は５０〜６０個）を含む又はからなる。
【０６２３】
本明細書に記載される１つ又は複数のＧＡＧ形態（ＧＡＧ特性）又は発現産物の変化したレベル（又は組成）には、当のＧＡＧ形態又は発現産物を対照レベルと比較した場合の、当のＧＡＧ形態（バイオマーカー）又は発現産物の任意の測定可能な変更又は変化が含まれる。変化したレベルには、上昇又は低下したレベルが含まれる。好ましくは、レベルが、適切な対照試料又は対象で見られるレベルと比較して、有意に変化する。より好ましくは、有意に変化したレベルが統計的に有意であり、好ましくはｐ値＜０．０５又はＲＯＰＥ値％≦５．００である。
【０６２４】
いくつかの実施形態では、適切な対照試料又は対象又は集団で見られるレベルと比較して（すなわち、対照レベルと比較した場合）、２％以上、３％以上、５％以上、１０％以上、２５％以上、５０％以上、７５％以上、１００％以上、２００％以上、３００％以上、４００％以上、５００％以上、６００％以上、７００％以上、８００％以上、９００％以上、１０００％以上、２０００％以上、５０００％以上又は１００００％以上の（例えば、発現産物の）レベルの変化が、がん（例えば、前立腺がん）の存在を示し得る。
【０６２５】
本明細書に記載される１つ又は複数のＧＡＧ形態（ＧＡＧ特性）又は発現産物のレベルの「上昇」又は「上昇した」レベルには、当のＧＡＧ形態又は発現産物を対照レベルと比較した場合の、当のＧＡＧ形態（バイオマーカー）又は発現産物の任意の測定可能な増加又は上昇が含まれる。好ましくは、レベルが、適切な対照試料又は対象で見られるレベルと比較して、有意に上昇する。より好ましくは、有意に上昇したレベルが統計的に有意であり、好ましくはｐ値＜０．０５又はＲＯＰＥ値％≦５．００である。
【０６２６】
いくつかの実施形態では、適切な対照試料又は対象又は集団で見られるレベルと比較して（すなわち、対照レベルと比較した場合）、２％以上、３％以上、５％以上、１０％以上、２５％以上、５０％以上、７５％以上、１００％以上、２００％以上、３００％以上、４００％以上、５００％以上、６００％以上、７００％以上、８００％以上、９００％以上、１０００％以上、２０００％以上、５０００％以上又は１００００％以上の（例えば、発現産物の）レベルの上昇が、がん（例えば、前立腺がん）の存在を示し得る。
【０６２７】
本明細書に記載される１つ又は複数のＧＡＧ形態（ＧＡＧ特性）又は発現産物のレベルの「低下」又は「低下した」レベルには、当のＧＡＧ形態又は発現産物を対照レベルと比較した場合の、当のＧＡＧ形態（バイオマーカー）又は発現産物の任意の測定可能な減少又は低下が含まれる。好ましくは、レベルが、適切な対照試料又は対象で見られるレベルと比較して、有意に低下する。より好ましくは、有意に低下したレベルが統計的に有意であり、好ましくはｐ値＜０．０５又はＲＯＰＥ値％≦５．００である。
【０６２８】
いくつかの実施形態では、適切な対照試料又は対象又は集団で見られるレベルと比較して（すなわち、対照レベルと比較した場合）、２％以上、３％以上、５％以上、１０％以上、２５％以上、５０％以上、７５％以上、１００％以上、２００％以上、３００％以上、４００％以上、５００％以上、６００％以上、７００％以上、８００％以上、９００％以上、１０００％以上、２０００％以上、５０００％以上又は１００００％以上の（例えば、発現産物の）レベルの低下が、がん（例えば、前立腺がん）の存在を示す。
【０６２９】
「対照レベル」は、対照の対象又は集団中（例えば、対照の対象又は集団から得られた試料中）のＧＡＧ形態（ＧＡＧ特性）又は発現産物のレベルである。本発明の方法に使用するための適切な対照の対象又は試料は、当業者によって容易に特定され、例えば適切な対照群が例に記載される。このような対象は、「正常な」対象又は参照集団と呼ぶこともできる。対照の対象の適切な集団の例としては、健康な対象、例えば、前立腺疾患（例えば、前立腺がん）の任意の形態の病歴を有しておらず、他の併発症も有さない個体、又は前立腺疾患の任意の形態を患っておらず、好ましくは患った病歴を有さない対象、特に前立腺がんを患っておらず、好ましくは患った病歴を有さない個体が挙げられる。他の好ましい対照の対象には、がんを患っていない、好ましくはがんの病歴を有さない（例えば、本明細書で言及されるいずれのがん型も患っておらず、好ましくはその病歴も有さない）個体が含まれるだろう。対照の対象の適切な集団の他の例としては、健康な対象、例えば、腎疾患（例えば、ＲＣＣ）の任意の形態の病歴を有しておらず、他の併発症も有さない個体、又は腎疾患の任意の形態をラズらっておらず、好ましくは患った病歴を有さない対象、特に腎がん又はＲＣＣを患っておらず、好ましくは患った病歴を有さない個体が挙げられる。好ましくは、このような対照の対象はまた、肝がんを患っておらず、より好ましくは患った病歴を有さない。好ましくは、このような対照の対象はまた、炎症病状に罹患していない。好ましくは、対照の対象は、任意の薬物の愛用者でない。好ましい実施形態では、対照の対象が健康な対象である。
【０６３０】
対照レベルは、適切な対照の対象又は試料中の同等のＧＡＧ形態のレベルに対応し得る、例えば対照又は参照集団に見られるカットオフレベル又は範囲に対応し得る。或いは、前記対照レベルは、（例えば、その対象の「ベースライン」レベルと比較して）より早い時点で測定された同じ個々の対象又は前記対象からの試料中の当のマーカー（ＧＡＧ形態又は発現産物）のレベルに対応し得る。この種の対照レベル（すなわち、個々の対象からの対照レベル）は、健康又は病気の、個体の１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は１つ又は複数の発現産物）の連続又は周期的測定をして、１つ又は複数のＧＡＧ形態（又は１つ又は複数の発現産物）のレベルの変化を探す本発明の実施形態に特に有用である。これに関して、適切な対照レベルは、一般対照集団に見られる対照又はカットオフレベルと対照的に、個体自身のベースライン、安定値、無、以前の値又はありのままの値（適宜）である。対照レベルはまた、「正常」レベル又は「参照」レベルとも呼ばれ得る。対照レベルは、離散的な数字又は範囲であってもよい。
【０６３１】
比較のための対照レベルは、対照の対象の適切なセットを試験することによって導き出すことができるが、本発明の方法は、本発明の方法の一部として対照の対照に対する能動試験を行うことを必ずしも含まず、一般的に対照の対象から以前決定された、本発明の方法を行う者に知られている対照レベルとの比較を含むだろう。
【０６３２】
１つ又は複数の発現産物のレベルの決定を含む本発明の方法については、対照レベル及び対象は、必要な変更を加えて、本明細書の他の箇所で論じられる通りであり得る。或いは、１つ又は複数の発現産物のレベルの決定を含む本発明の方法に関して、対照レベルは、対照の対象又は集団の健康な組織試料（対照組織試料）中の発現産物のレベルであり得る。したがって、対照組織試料（例えば、前立腺組織試料）は、スクリーニングされている試験試料（すなわち、潜在的にがん性の試料、例えば潜在的にがん性の前立腺試料）と同じ組織に由来し得る。したがって、対照組織試料は、試験組織試料（潜在的にがん性の試料）に適合する正常組織試料であり得る。
【０６３３】
本発明のスクリーニング、診断等の方法はがんに関するものである。本発明が関連する特定のがんは、本明細書の他の箇所に記載されている。好ましい実施形態では、前立腺がん亜型が前立腺腺がん（本明細書ではＰＲＡＤとも呼ばれる）である。いくつかの実施形態では、甲状腺がん亜型が甲状腺がんである。いくつかの実施形態では、結腸がん亜型が結腸腺がんである。いくつかの実施形態では、直腸がん亜型が直腸腺がんである。したがって、いくつかの実施形態では、がんが結腸直腸腺がんである。結腸がん及び直腸がんを結腸直腸がんと総称することがある。いくつかの実施形態では、結腸直腸がんがＴＮＭステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ又はＩＶのものである。いくつかの実施形態では、肺がん亜型が肺扁平上皮がん又は肺腺がん又は非小細胞肺がんである。いくつかの実施形態では、肺がんがＴＮＭステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ又はＩＶのものである。いくつかの実施形態では、子宮がん亜型が子宮体部子宮内膜がん又は子宮頸がん又は子宮内膜がんである。いくつかの実施形態では、子宮がん亜型が子宮頸がん又は子宮内膜がんである。いくつかの実施形態では、子宮がん（例えば、子宮頸がん又は子宮内膜がん）がＦＩＧＯステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ又はＩＶのものである。いくつかの実施形態では、乳がん亜型が乳房浸潤がんである。いくつかの実施形態では、膵臓がん亜型が膵臓腺がんである。いくつかの実施形態では、膀胱がん亜型が膀胱がんである。いくつかの実施形態では、肝臓がん亜型が肝臓肝細胞がんである。いくつかの実施形態では、胆管がん亜型が胆管細胞がんである。いくつかの実施形態では、胃がん亜型が胃腺がんである。いくつかの実施形態では、食道がん亜型が食道がんである。いくつかの実施形態では、頭頸部がん亜型が頭頸部扁平上皮がんである。いくつかの実施形態では、脳がん亜型が多形性膠芽腫又はびまん性神経膠腫（例えば、星状細胞腫、多形性膠芽腫又は乏突起星細胞腫）である。いくつかの実施形態では、血液がん亜型が末梢Ｔ細胞リンパ腫又は非ホジキンリンパ腫又は慢性リンパ性白血病である。いくつかの実施形態では、血液がん亜型が非ホジキンリンパ腫又は慢性リンパ性白血病である。いくつかの実施形態では、慢性リンパ性白血病がＢｉｎｅｔステージＡ、Ｂ又はＣのものである。いくつかの実施形態では、非ホジキンリンパ腫の血液がん亜型がびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である。いくつかの実施形態では、非ホジキンリンパ腫がＡｎｎ  ＡｒｂｏｒステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ又はＩＶのものである。いくつかの実施形態では、卵巣がん亜型が漿液性卵巣腺がんである。いくつかの実施形態では、卵巣がんがＦＩＧＯステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ又はＩＶのものである。いくつかの実施形態では、皮膚がん亜型が皮膚黒色腫（例えば、悪性黒色腫）である。いくつかの実施形態では、黒色腫が皮膚黒色腫又はブドウ膜黒色腫（例えば、悪性皮膚黒色腫又はブドウ膜黒色腫）である。いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍が消化管神経内分泌腫瘍である。いくつかの実施形態では、神経内分泌腫瘍（例えば、消化管神経内分泌腫瘍）がＥＮＥＴＳグレードＧ１又はＧ２のものである。いくつかの実施形態では、腎臓がんが腎明細胞がん、乳頭状腎細胞がん又���色素嫌性腎細胞がんなどの腎細胞がんである。本発明の方法は、任意のステージのがん（例えば、前立腺がん）に対して行うことができ、例えば早期もしくは初期ステージのがん（例えば、前立腺がん）又は進行もしくは後期ステージのがん疾患（例えば、前立腺がん）に使用することができる。
【０６３４】
所与のステージのがん（例えば、前立腺がん）の分類は、当技術分野で認識され、受け入れられている定義によって行うことができる。
【０６３５】
所与のリスクのがん（例えば、前立腺がん）の分類は、当技術分野で認識され、受け入れられている定義によって行うことができる。例えば、前立腺がんの場合、直腸診、又は診断時の血中ＰＳＡレベルの評価、又は臨床診断時のグリソンスコアの決定、又は病理診断時のグリソンスコアの決定、又は前立腺生検結果の評価（例えば、腫瘍サイズ、及び／又は腫瘍悪性度、及び／又は腫瘍体積の評価）、又はＴＮＭシステムによるステージの決定、又は他の検査の結果（Ｘ線、ＣＴ及び／又はＭＲＩスキャン、及び骨スキャン）の評価、又は上記の任意の組み合わせによって、リスクを評価することができる。当業者であれば、例えばグリソンスコアが６以下であれば低リスクを、グリソンスコアが７であれば中リスクを、またグリソンスコアが８以上であれば高リスクを決定することによって、上記評価の１つ又は複数に基づいてリスクを容易に決定することができる。
【０６３６】
いくつかの実施形態では、がん（例えば、前立腺がん）が非転移型のがん（例えば、前立腺がん）であり得る。いくつかの実施形態では、がん（例えば、前立腺がん）が転移型のがん（例えば、前立腺がん）（限局性又は制限されたがん、例えば前立腺がんと反対）であり得る。
【０６３７】
いくつかの実施形態では、がんが低ステージ／悪性度疾患（がん）であり得る。低ステージ／悪性度の疾患（がん）は、ＣＲＣ及びＬＣについてはＴＮＭステージＩ〜ＩＩＩ、ＣＳＴについてはＦＩＧＯステージＩ、ＥＣ及びＯＶについてはＦＩＧＯステージＩ〜ＩＩ、ＤＧについては非グレードＩＶ神経膠腫、ＧＮＥＴについてはＥＮＥＴＳグレードＧ１、ＬＬについてはＢｉｎｅｔステージＡ又はＢ、ＮＨＬについてはＡｎｎ  ＡｒｂｏｒステージＩ〜ＩＩ及びＰＣａについてはグリソングレード＜７として定義され得る。
【０６３８】
本発明の方法は、任意の適切な体液試料に対して行うことができる。この点に関して、本発明は血液及び尿で例示されているが、他の型の体液試料で測定される適切なＧＡＧ形態（又は発現産物）が、本明細書に提供される教示に従って当業者によって決定され得るだろう。典型的には、試料は対象（例えば、本明細書の他の箇所に記載されるように、好ましくはヒト対象（典型的には、前立腺がんスクリーニングの場合はヒト男性対象））から得られた（取り出された）。他の態様では、本方法が、対象から試料を得るステップをさらに含む。
【０６３９】
本明細書における「体液」への言及は、対象の身体から得られる全ての流体への言及を含む。代表的な流体には、血液（全ての血液由来成分、例えば血漿、血清等を含む）、尿、唾液、涙、気管支分泌物又は粘液が含まれる。好ましくは、体液が循環液（特に血液又は血液成分）又は尿である。特に好ましい体液は血液又は尿である。いくつかの好ましい実施形態では、試料が血液試料（例えば、血漿又は血清試料）である。いくつかの好ましい実施形態では、試料が血漿試料である。いくつかの好ましい実施形態では、血漿試料が乏血小板血漿試料である。いくつかの好ましい実施形態では、試料が血清試料である。いくつかの好ましい実施形態では、試料が尿試料である。いくつかの実施形態では、試料が尿試料ではない。体液又は試料は液体生検の形態であり得る。
【０６４０】
「試料」という用語は、体液試料を処理することによって得られる（例えば、血液又は尿試料を処理することによって得られる）任意の材料も包含する。試験試料を得るための生物学的試料の処理は、例えば本明細書の他の箇所に記載されるように、以下の１つ又は複数を含み得る：例えば、本明細書の他の箇所に記載される、消化、沸騰、濾過、蒸留、遠心分離、凍結乾燥、分画、抽出、濃縮、希釈、精製、干渉成分の不活性化、試薬の添加、誘導体化、錯体化など。
【０６４１】
尿又は血液（例えば、血清もしくは血漿）試料を単離する任意の適切な方法を使用することができる。
【０６４２】
遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法は、任意の適切な試料に対して行うことができる。典型的には、試料を、対象、好ましくはヒト対象（典型的には、前立腺がんをスクリーニングする場合は男性ヒト対象）から得た（取り出した）。他の態様では、本方法が、対象から試料を得るステップをさらに含む。遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含む本発明の方法のいくつかの実施形態では、試料が対象からの組織試料（例えば、がん性であると疑われる組織からの組織生検）である。いくつかの実施形態では、体液試料を使用することができる（例えば、本明細書の他の箇所で論じられているように）。
【０６４３】
疑われるがん（例えば、腫瘍）によって直接的又は間接的に影響を受ける任意の試料を使用することができる。いくつかの実施形態では、試料が血液又は血漿である。血液（例えば、血漿又は血清）試料は、循環腫瘍細胞由来のＤＮＡ及び／又はＲＮＡ、並びに／或いは腫瘍（例えば、前立腺腫瘍）から拡散したタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態では、試料が循環腫瘍細胞（例えば、転移性腫瘍細胞）を含み得る。いくつかの実施形態では、試料がエキソソーム（例えば、精製又は濃縮エキソソーム）を含み得る。いくつかの実施形態では、試料が尿である。尿試料は、腫瘍から拡散したＤＮＡ及び／又はＲＮＡ及び／又はタンパク質を含み得る。
【０６４４】
「試料」という用語はまた、生物学的試料を（例えば上記のように）処理することによって誘導される任意の材料を包含する。誘導される材料には、それだけに限らないが、試料から単離された細胞（例えば、がん細胞もしくは転移性がん細胞）、細胞成分、エキソソーム、タンパク質／ペプチド及び試料から抽出された核酸分子（ＤＮＡもしくはＲＮＡ）が含まれる。
【０６４５】
いくつかの実施形態では、本発明の方法が、試料の処理ステップを含み得る。したがって、いくつかの実施形態では、本発明の方法が、このような処理された試料又はこのような処理された試料に由来する材料に行われ得る。処理ステップには、それだけに限らないが、試料からの細胞の単離、試料からの細胞成分の単離、試料からのエキソソームの単離又は濃縮、試料からのタンパク質／ペプチド及び／又は核酸分子（ＤＮＡもしくはＲＮＡ）の抽出（例えば、単離もしくは精製）が含まれる。処理ステップは、濾過、蒸留、遠心分離、抽出、濃縮、希釈、精製、干渉成分の不活性化、試薬の添加、誘導体化、増幅、アダプター連結などの１つ又は複数を含み得る。
【０６４６】
試料を直ちに使用することも、後で使用するために保存することもできる（例えば、−８０℃で）。
【０６４７】
本明細書中に記載される本発明の方法は、がん（例えば、前立腺がん）に罹患し得る任意のタイプの対象に対して行うことができる。本方法は、一般に、哺乳動物（典型的には、前立腺がんスクリーニングの場合、雄哺乳動物）、例えばヒト、霊長類（例えば、サル）、実験室哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、モルモット）、家畜哺乳動物（例えばウマ、ウシ、ヒツジ、ブタ）又は家庭用ペット（例えば、ネコ、イヌ）に対して行われる。好ましくは、対象がヒト（典型的には、前立腺がんスクリーニングの場合、男性ヒト）である。
【０６４８】
一実施形態では、対象（例えば、ヒト）が、がん（例えば、前立腺がん）を発症するリスクがあるもしくはがん（例えば、前立腺がん）の発生のリスクがある対象、例えば健康な対象又は疾患（例えば、前立腺疾患）のいかなる症状も示していない対象又は本明細書の他の箇所に記載される任意の他の適切な「リスクがある」対象である。別の実施形態では、対象が、がん（例えば、前立腺がん）を有する、又は有する（もしくは発症する）疑いがある、又はがん（例えば、前立腺がん）を潜在的に有する（もしくは発症する）対象である。いくつかの実施形態では、特に前立腺がんスクリーニングに関して、「リスクがある」対象が、４０歳以上、又は５０歳以上、又は５５歳以上、又は６０歳以上、又は好ましくは６５歳以上のヒト男性であり得る。いくつかの実施形態では、「リスクがある」対象が、４ｎｇ／ｍｌ以上、又は５ｎｇ／ｍｌ以上、６ｎｇ／ｍｌ以上、７ｎｇ／ｍｌ以上、８ｎｇ／ｍｌ以上、９ｎｇ／ｍｌ以上（例えば、９〜１９ｎｇ／ｍｌ）、１０ｎｇ／ｍｌ以上、又は１１ｎｇ／ｍｌ以上、１２ｎｇ／ｍｌ以上、１３ｎｇ／ｍｌ以上、１４ｎｇ／ｍｌ以上、１５ｎｇ／ｍｌ以上、１６ｎｇ／ｍｌ以上、１７ｎｇ／ｍｌ以上、１８ｎｇ／ｍｌ以上、１９ｎｇ／ｍｌ以上、又は２０ｎｇ／ｍｌ以上、２５ｎｇ／ｍｌ以上、又は５０ｎｇ／ｍｌ以上（例えば、４〜２０又は４〜５０ｎｇ／ｍｌ）であるＰＳＡ（前立腺特異抗原）レベル（例えば、血中）を有するヒト男性であり得る。
【０６４９】
いくつかの態様では、本発明の方法は、がん（例えば、前立腺がん）を発症するリスクがあるもしくはがん（例えば、前立腺がん）の発生のリスクがある、又はがん（例えば、前立腺がん）を有するもしくは有する（もしくは発症する）疑いがある、又はがん（例えば、前立腺がん）を潜在的に有する（もしくは発症する）対象（例えば、ヒト対象）を選択する最初のステップをさらに含み得る。その後の方法ステップを、このような選択された対象の試料に対して行うことができる。
【０６５０】
いくつかの態様では、療法（例えば、薬学的療法）又は外科手術によってがん（例えば、前立腺がん）を治療するステップをさらに含む、本発明の方法が提供される。例えば、本発明の方法の結果が対象のがん（例えば、前立腺がん）を示す（例えば、がん、例えば前立腺がんの陽性診断が行われる）場合、療法又は外科手術によってがん（例えば、前立腺がん）を治療するさらなるステップを行うことができる。例えば、本発明の方法の結果が対象の高リスクがん（例えば、前立腺がん）を示す（例えば、高リスクがん、例えば前立腺がんの陽性診断が行われる）場合、療法又は外科手術によってがん（例えば、前立腺がん）を治療するさらなるステップを行うことができる。例えば、本発明の方法の結果が対象の低リスクがん（例えば、前立腺がん）を示す（例えば、低リスクがん、例えば前立腺がんの陽性診断が行われる）場合、注意深い経過観察又は積極的監視のさらなるステップを行うことができる。療法又は外科手術によってがん（例えば、前立腺がん）を治療する方法は、当技術分野で公知である。例えば、前立腺がんのための１つの外科的選択肢は、腫瘍の根絶を目的とする前立腺切除術であり、根治的（全除去）又は部分的のいずれかであり得る。薬学的治療は、進行中の臨床試験の対象となっている療法に加えて、標準的な化学療法及び免疫療法及びホルモン療法を含み得る。薬学的治療は、標準的化学療法（例えば、ゲムシタビン、ビンブラスチン、フロクスウリジン、５−フルオロウラシル又はカペシタビン）、標的療法（チロシンキナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＶＥＧＦ経路阻害剤、又はより具体的な例、例えばソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムス、エベロリムス、ベバシズマブ、パゾパニブもしくはアキシチニブを含む）、免疫療法（インターフェロン−γ、インターロイキン−２、インターフェロン−α又はＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１ブロッカー、例えばニボルマブ）及びホルモン治療（例えば、精巣摘出術、黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニストもしくはアンタゴニスト、抗アンドロゲン薬、エストロゲン又はケトコナゾール）を含むことができる。他の治療形態には、放射線療法及び凍結療法及びワクチン治療（キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞など）が含まれる。
【０６５１】
よって、いくつかの実施形態では、がん（例えば、前立腺がん）を治療するステップをさらに含む本発明の方法（例えば、スクリーニング又は診断方法）が、治療上有効量の、例えばゲムシタビン、ビンブラスチン、フロクスウリジン、５−フルオロウラシル又はカペシタビンから選択される化学療法剤；例えばチロシンキナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＶＥＧＦ経路阻害剤、又はより具体的な例、例えばソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムス、エベロリムス、ベバシズマブ、パゾパニブもしくはアキシチニブから選択される標的療法剤；或いはインターフェロン−γ、インターロイキン−２、インターフェロン−α又はＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１ブロッカー、例えばニボルマブから選択される免疫療法剤、又は例えば黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト（例えば、リュープロリド、ゴセレリン、トリプトレリン、ヒストレリン）もしくはアンタゴニスト（例えば、デガレリクスもしくはＣＹＰ１７阻害剤）、抗アンドロゲン薬（例えば、フルタミド、ビカルタミド、ニルタミド）もしくはエストロゲンもしくはケトコナゾールから選択されるホルモン治療用の薬剤からなる群から選択される１種又は複数の薬剤を対象に投与するステップを含み得る。
【０６５２】
或いは、追加の診断処置、例えばＣＴスキャン又はＰＳＡ検査を行うステップをさらに含む、本発明の方法が提供される。
【０６５３】
したがって、いくつかの実施形態では、がん（例えば、前立腺がん）を治療するステップをさらに含む本発明の方法（例えば、スクリーニング又は診断方法）が、治療上有効量の、化学療法剤、標的療法剤、又は免疫療法剤、又はホルモン療法剤、又はある用量の放射線療法、又はある用量の凍結療法からなる群から選択される１種又は複数の薬剤を対象に投与するステップを含み得る。
【０６５４】
いくつかの実施形態では、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ特性（又は発現産物）のレベル又はこれらのレベルに基づくスコアが、対照レベル又はスコアと比較して特定の程度変化した場合、治療上有効量の医薬品（例えば、上記の化学療法剤等）を患者に投与するさらなるステップが行われる、及び／又は外科手術が行われる。好ましい変化の程度は、本明細書の他の箇所で論じられている。
【０６５５】
いくつかの実施形態では、対象が既に薬学的療法（例えば、上記の化学療法又は他の療法）を受けており、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ特性（又は発現産物）のレベル又はこれらのレベルに基づくスコアが、対照レベルと比較して（例えば、同じ対象について以前記録したレベル又はスコアと比較して）特定の程度変化した（又は実際変化しなかった）場合、これは、現治療薬が有効ではなく、前の治療薬以外の治療薬を使用すべきであることを示し得る。したがって、治療上有効量の対象に前に投与された治療薬以外の治療薬（例えば、上記の化学療法剤等）を投与するステップを行うことができる。
【０６５６】
いくつかの実施形態では、本発明の方法が、現治療レジメンが無効であることを明らかにした場合、例えば、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ特性（又は発現産物）の連続又は周期的測定値、又はこれらのレベルに基づくスコアが、治療が無効であることを明らかにしている場合、治療剤の投与量を変更（例えば、増加）するステップを行うことができる。
【０６５７】
より具体的には、例えば、本発明のいくつかのこのような態様では、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ特性（又は発現産物）のレベルを決定するステップを含む方法が提供され、１つ又は複数のレベル、又はこれらのレベルに基づくスコアが適切なカットオフレベル、例えばがん（例えば、前立腺がん）の陽性診断についての精度を最大化すると事前に特定されたカットオフレベルよりも大きいと決定された場合、前記方法は、外科手術（例えば、前立腺切除術）を行う、又は追加の診断手順（例えば、ＣＴスキャンもしくはＰＳＡ検査）を行う、又は治療上有効量のがん（例えば、前立腺がん）の治療のために推奨される薬剤を投与するさらなるステップを含み得る。薬剤は例えば、化学療法剤、例えばゲムシタビン、ビンブラスチン、フロクスウリジン、５−フルオロウラシル又はカペシタビン；例えばチロシンキナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＶＥＧＦ経路阻害剤、又はより具体的な例、例えばソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムス、エベロリムス、ベバシズマブ、パゾパニブもしくはアキシチニブから選択される標的療法剤；例えばインターフェロン−γ、インターロイキン−２、インターフェロン−α又はＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１ブロッカー、例えばニボルマブから選択される免疫療法剤、又はホルモン療法、例えば黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト（例えば、リュープロリド、ゴセレリン、トリプトレリン、ヒストレリン）もしくはアンタゴニスト（例えば、デガレリクスもしくはＣＹＰ１７阻害剤）、抗アンドロゲン薬（例えば、フルタミド、ビカルタミド、ニルタミド）もしくはエストロゲンもしくはケトコナゾールを含み得る。
【０６５８】
逆に、試料中の１つ又は複数のＧＡＧ特性（又は発現産物）のレベルを決定するステップを含む方法が提供され、１つ又は複数のレベル、又はこれらのレベルに基づくスコアが適切なカットオフレベル、例えばがん（例えば、前立腺がん）の陰性診断についての的中率を最大化すると事前に特定されたカットオフレベルよりも小さいと決定された場合、前記方法は、外科手術（例えば、前立腺切除術）を行わない、又は追加の診断手順（例えば、ＣＴスキャン）を行う、現在の１種又は複数の薬剤投与量を変更する、又は治療上有効量の既に使用しているものとは別個のがん（例えば、前立腺がん）のために推奨される薬剤を投与するさらなるステップを含み得る。薬剤は例えば、化学療法剤、例えばゲムシタビン、ビンブラスチン、フロクスウリジン、５−フルオロウラシル又はカペシタビン；例えばチロシンキナーゼ阻害剤、ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＶＥＧＦ経路阻害剤、又はより具体的な例、例えばソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムス、エベロリムス、ベバシズマブ、パゾパニブもしくはアキシチニブから選択される標的療法剤；例えばインターフェロン−γ、インターロイキン−２、インターフェロン−α又はＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１ブロッカー、例えばニボルマブから選択される免疫療法剤、又はホルモン療法、例えば黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト（例えば、リュープロリド、ゴセレリン、トリプトレリン、ヒストレリン）もしくはアンタゴニスト（例えば、デガレリクスもしくはＣＹＰ１７阻害剤）、抗アンドロゲン薬（例えば、フルタミド、ビカルタミド、ニルタミド）もしくはエストロゲンもしくはケトコナゾールを含み得る。
【０６５９】
なおさらなる態様は、がん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングするための（例えば、がん、例えば前立腺がんを診断する又はがんの重症度もしくは予後を決定するための）キットであって、試料中の、本明細書に記載される１つ又は複数のＧＡＧ特性（ＧＡＧ形態）又は発現産物のレベルを決定するのに適した１種又は複数の薬剤を含むキットを提供する。適切な薬剤は本明細書の他の箇所で論じられており、例えば抗体を含む。いくつかの実施形態では、キットがＥＬＩＳＡキットである。好ましい態様では、前記キットが本明細書に記載される本発明の方法に使用するためのものである。好ましくは、前記キットは、例えばスクリーニング（例えば、診断）におけるキット構成要素の使用説明書を含む。
【０６６０】
一態様では、本発明は、体液試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を検出（又は決定）する方法であって、前記試料が前記対象から得られている、方法を提供する。
【０６６１】
一態様では、本発明は、患者のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を検出する方法であって、
（ａ）ヒト患者から体液試料を得るステップと；
（ｂ）前記試料中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、ヘパラン硫酸（ＨＳ）及びヒアルロン酸（ＨＡ）の１つ又は複数のレベル及び／又は化学組成を検出するステップと
を含む方法を提供する。
【０６６２】
例えば、測定するための好ましいＧＡＧ形態又はそれらの組合せに関連する、がん（例えば、前立腺がん）をスクリーニングする方法（例えば、診断方法、予後診断方法等）に関連する本明細書の特徴及び議論を、本発明の検出方法に準用することができる。
【０６６３】
一態様では、本発明は、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＹ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ７、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ３、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを検出する（又は決定する）方法であって、前記試料が前記対象から得られている、方法を提供する。
【０６６４】
一態様では、本発明は、ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＹ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ７、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ３、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを検出する方法であって、
（ａ）ヒト患者から試料を得るステップと；
（ｂ）前記試料中の前記遺伝子の１つ又は複数の発現産物のレベルを検出するステップと
を含む方法を提供する。
【０６６５】
例えば、測定するための好ましい遺伝子又はそれらの組合せに関連する、がんをスクリーニングする方法（例えば、診断方法、予後診断方法等）に関連する本明細書の特徴及び議論を、本発明の検出方法に準用することができる。
【０６６６】
別の態様では、本発明は、対象のがんをスクリーニングする方法であって、
試料中の
ＵＳＴ、ＣＨＳＴ１４、ＣＨＳＴ１３、ＣＨＳＹ１、ＤＳＥ、ＣＨＳＹ３、ＣＨＳＴ１１、ＣＨＳＴ１５、ＣＨＰＦ２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ２、ＣＨＳＴ１２、ＣＳＧＡＬＮＡＣＴ１、ＣＨＳＴ７、ＣＨＰＦ、ＣＨＳＴ３、ＨＰＳＥ、ＨＧＳＮＡＴ、ＨＹＡＬ４、ＧＡＬＮＳ、ＧＬＢ１、ＧＮＳ、ＧＵＳＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＹＡＬ１、ＩＤＳ、ＩＤＵＡ、ＡＲＳＢ、ＮＡＧＬＵ、ＨＰＳＥ２、ＳＧＳＨ、ＳＰＡＭ１、ＨＹＡＬ３、ＨＹＡＬ２、ＨＳ３ＳＴ３Ｂ１、ＨＳ３ＳＴ３Ａ１、Ｂ４ＧＡＬＴ７、Ｂ３ＧＡＬＴ６、Ｂ３ＧＡＴ２、Ｂ３ＧＡＴ３、Ｂ３ＧＡＴ１、ＸＹＬＴ１、ＸＹＬＴ２、ＥＸＴ１、ＥＸＴ２、ＥＸＴＬ１、ＥＸＴＬ２、ＥＸＴＬ３、ＨＳ３ＳＴ５、ＧＬＣＥ、ＨＳ６ＳＴ３、ＮＤＳＴ１、ＮＤＳＴ４、ＨＳ６ＳＴ２、ＮＤＳＴ３、ＨＳ６ＳＴ１、ＨＳ２ＳＴ１、ＨＳ３ＳＴ２、ＨＳ３ＳＴ１及びＮＤＳＴ２
からなる群から選択される１つ又は複数の遺伝子の発現産物のレベルを決定するステップを含み；
前記試料が前記対象から得られている、方法を提供する。例えば、測定するための好ましい遺伝子又はそれらの組合せに関連する、がんをスクリーニングする方法（例えば、診断方法、予後診断方法等）に関連する本明細書の特徴及び議論を、この態様に準用することができる。
【０６６７】
本発明を、以下の図面を参照して、以下の非限定的な例を参照してさらに説明する。
【図面の簡単な説明】
【０６６８】
【図１】健康（薄灰色）、ＰＲＡＤ（暗灰色）又は明細胞ＲＣＣ（黒色）対象の血液中のＧＡＧプロファイルの主成分分析を示す図である。所与の群に属する対象を、その群を表す省略記号の幾何学中心に接続する点として表す。ＰＲＡＤ：前立腺がん。ＲＣＣ：腎細胞がん。
【図２】健康（薄灰色）、ＰＲＡＤ（暗灰色）又は明細胞ＲＣＣ（黒色）対象の尿中のＧＡＧプロファイルの主成分分析を示す図である。所与の群に属する対象を、その群を表す省略記号の幾何学中心に接続する点として表す。ＰＲＡＤ：前立腺がん。ＲＣＣ：腎細胞がん。
【図３】健康（薄灰色）、ＰＲＡＤ（暗灰色）又は明細胞ＲＣＣ（黒色）対象の組み合わせた血液中と尿中のＧＡＧプロファイルの主成分分析を示す図である。所与の群に属する対象を、その群を表す省略記号の幾何学中心に接続する点として表す。ＰＲＡＤ：前立腺がん。ＲＣＣ：腎細胞がん。
【図４】健康な対象対とＰＲＡＤ対象における血液、尿及び組合せスコアの箱ひげ図である。個々の対象のスコアをドットとして表す。水平線は、各タイプのスコアについてＰＲＡＤを健康な個体から識別する際に最高の精度が達成された最適カットオフスコアを特定するものである。ＰＲＡＤ：前立腺がん。
【図５】血液（上）、尿（中）又は組合せ（下）スコアに基づくＰＲＡＤ対健康としての対象の分類についてのＲＯＣ曲線を示す図である。各曲線上に重ねられた点は、異なるスコアに基づくＰＲＡＤ対健康としての対象の分類が最も正確である最適カットオフスコアを表す（その点の二次元座標が特異度及び感度である）。ＰＲＡＤ：前立腺がん。
【図６】健康対ＰＲＡＤ対明細胞ＲＣＣ対象におけるＰＲＡＤ組合せスコアの箱ひげ図である。水平線は、ＰＲＡＤを健康な個体から識別する際に精度を最大化することが以前検出された最適カットオフスコアを特定するものである。ＰＲＡＤ：前立腺がん。ＲＣＣ：腎細胞がん。
【図７】健康対ＰＲＡＤ対明細胞ＲＣＣ対象におけるＲＣＣ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、ＲＣＣを健康な個体から識別する際に精度を最大化することが以前検出された最適カットオフスコアを特定するものである。ＰＲＡＤ：前立腺がん。ＲＣＣ：腎細胞がん。
【図８】特性を除外した場合のランダムフォレスト分類器の精度低下の点からのＧＡＧ特性のランク付け（精度の低下はジニ係数の平均減少として測定される）を示す図である。分類器を適合した血液及び尿試料のＧＡＧ特性について訓練した。３０個の最良の特性のみを示す。
【図９Ａ】健康なボランティアと対照的にがんで有意に変化したが、がん型特異的効果によらない血液中のＧＡＧ特性を示す図である。
【図９Ｂ】健康なボランティアと対照的にがんで有意に変化したが、がん型特異的効果によらない血液中のＧＡＧ特性を示す図である。
【図９Ｃ】健康なボランティアと対照的にがんで有意に変化したが、がん型特異的効果によらない血液中のＧＡＧ特性を示す図である。がん集団を表す箱ひげ図の三角形と円の試料は、２種の異なるがん型を定義する。（Ａ：ＮｓＨＳ、Ｂ：６ｓＣＳ及びチャージＣＳ；Ｃ：０ｓＣＳ及び４ｓ／６ｓＣＳ）
【図１０Ａ】健康なボランティアと対照的にがんで有意に変化したが、がん型特異的効果によらない尿中のＧＡＧ特性を示す図である。
【図１０Ｂ】健康なボランティアと対照的にがんで有意に変化したが、がん型特異的効果によらない尿中のＧＡＧ特性を示す図である。
【図１０Ｃ】健康なボランティアと対照的にがんで有意に変化したが、がん型特異的効果によらない尿中のＧＡＧ特性を示す図である。がん集団を表す箱ひげ図の三角形と円の試料は、２種の異なるがん型を定義する。（Ａ：０ｓＨＳ及びチャージＨＳ；Ｂ：４ｓＣＳ及び６ｓ／０ｓＣＳ；Ｃ：４ｓ／０ｓＣＳ）。
【図１１】血液（上）、尿（中）又は血液と尿の両方（下）で測定される、試料ＧＡＧプロファイルの６６％で訓練され（左）、試料ＧＡＧプロファイルの残りの３３％で試験された（右）、多層パーセプトロン分類器を使用した、「症例」−がんの現在の診断を有する対象−対「対照」−健康な対象又は以前がん診断を受けたが、現在は疾患の証拠がない対象への試料の分類についての受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を示す図である。
【図１２】「症例」−がんの現在の診断を有する対象−対「対照」−健康な対象又は以前がん診断を受けたが、現在は疾患の証拠がない対象における血液ＧＡＧ特性測定に基づくＧＡＧスコアを示す図である。水平線は、症例を対照から識別する際に最高の精度が達成された最適カットオフスコアを特定するものである。ＧＡＧスコアが３を超えたので、１つの「症例」データポイントを省いた。記号解：正方形−腎細胞がん；三角形−前立腺がん；円形−健康な対象。サンプリング時現在の状態が疾患の証拠でなかった場合、「対照」ががん記号で表され得ることに留意されたい。
【図１３】「症例」−がんの現在の診断を有する対象−対「対照」−健康な対象又は以前がん診断を受けたが、現在は疾患の証拠がない対象における尿ＧＡＧ特性測定に基づくＧＡＧスコアを示す図である。水平線は、症例を対照から識別する際に最高の精度が達成された最適カットオフスコアを特定するものである。記号解：正方形−腎細胞がん；三角形−前立腺がん；円形−健康な対象。サンプリング時現在の状態が疾患の証拠でなかった場合、「対照」ががん記号で表され得ることに留意されたい。
【図１４】「症例」−がんの現在の診断を有する対象−対「対照」−健康な対象又は以前がん診断を受けたが、現在は疾患の証拠がない対象における血液及び尿ＧＡＧ特性測定に基づくＧＡＧスコアを示す図である。水平線は、症例を対照から識別する際に最高の精度が達成された最適カットオフスコアを特定するものである。記号解：正方形−腎細胞がん；三角形−前立腺がん；円形−健康な対象。サンプリング時現在の状態が疾患の証拠でなかった場合、「対照」ががん記号で表され得ることに留意されたい。
【図１５】血液（上）、尿（中）又は組合せ（下）スコアに基づく症例対対照としての対象の分類についてのＲＯＣ曲線を示す図である。各曲線上に重ねられた点は、異なるスコアに基づく症例対対照としての対象の分類が最も正確である最適カットオフスコアを表す（その点の二次元座標が特異度及び感度である）。各ＲＯＣ曲線の曲線下面積（ＡＵＣ）も報告する。
【図１６】がんの２２種の亜型対適合した正常起源組織におけるグリコサミノグリカン代謝の調節を示す図である。適合した正常起源組織と比較した、各がん亜型（列）におけるグリコサミノグリカン代謝に関連する各遺伝子（行）の調節方向のヒートマップ。灰色項目は遺伝子発現レベルの下方制御を示し、黒色項目は遺伝子発現レベル上方制御を示す一方、白色項目は正常な試料との有意な遺伝子発現レベルの差を示さないこと又は入手可能なデータがないことを示す。凡例：ＭＭ−悪性黒色腫；ＰＲＡＤ−前立腺腺がん；ＴＨＣＡ−甲状腺がん；ＰＡＡＤ−膵臓腺がん；ＣＯＡＤ−結腸腺がん；ＲＥＡＤ−直腸腺がん；ＵＣＥＣ−子宮体部子宮内膜がん；ＢＲＣＡ−乳がん；ＬＵＡＤ−肺腺がん；ＢＬＡＤ−尿路上皮膀胱がん；ＬＵＳＣ−肺扁平上皮がん；ＬＩＨＣ−肝細胞がん；ＣＨＯＬ−胆管細胞がん；ＧＢＭ−多形性膠芽腫；ＳＴＡＤ−胃腺がん；ＨＮＳＣ−頭頸部扁平上皮がん；ＥＳＣＡ−食道がん；ＯＶＳＡ−漿液性卵巣腺がん；ＰＴＣＬ−末梢性Ｔ細胞リンパ腫；ＫＩＲＣ−腎明細胞がん；ＫＩＣＨ−色素嫌性腎細胞がん；ＫＩＲＰ−乳頭状腎細胞がん。
【図１７】健康対黒色腫におけるＭ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関して黒色腫を健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図１８】健康対黒色腫における代替式を使用して計算されたＭ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、この代替スコアに関して黒色腫を健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図１９】健康対結腸直腸がん（ＣＲＣ）におけるＣＲＣ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＣＲＣを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２０】健康対消化管神経内分泌腫瘍（ＧＮＥＴ）におけるＧＮＥＴ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＧＮＥＴを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２１】健康対慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）におけるＣＬＬ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＣＬＬを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２２】健康対慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）における代替式を使用して計算されたＣＬＬ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、この代替スコアに関してＣＬＬを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２３】健康対膀胱がん（ＢＣａ）におけるＢＣａ  ＧＡＧ尿スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＢＣａを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２４】健康対乳がん（ＢＣ）におけるＢＣ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＢＣを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２５】健康対卵巣がん（ＯＶ）におけるＯＶ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＯＶを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２６】健康対子宮内膜がん（ＥＣ）におけるＥＣ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＥＣを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２７】健康対子宮頸がん（ＣＳＴ）におけるＣＳＴ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＣＳＴを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２８】健康対非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）におけるＮＨＬ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＮＨＬを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図２９】健康対亜型によってグループ化されたびまん性神経膠腫（ＤＧ）におけるＤＧ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＤＧを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図３０】健康対肺がん（ＬＣ）におけるＬＣ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、このスコアに関してＬＣを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図３１】健康対肺がん（ＬＣ）における代替式を使用して計算されたＬＣ  ＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。水平線は、この代替スコアに関してＬＣを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。
【図３２】各がん型対健康な対象におけるＣＳチャージ及び総ＣＳ及びＨＡ濃度の箱ひげ図である。記号解：乳がん−ＢＣ、結腸直腸がん−ＣＲＣ、子宮頸がん−ＣＳＴ、びまん性神経膠腫−ＤＧ、子宮内膜がん−ＥＣ、消化管神経内分泌腫瘍−ＧＮＥＴ、健康−Ｈ、リンパ性白血病−ＬＬ、非ホジキンリンパ腫−ＮＨＬ、肺がん−ＮＳＣＬＣ、卵巣がん−ＯＶ、前立腺がん−ＰＣａ。
【図３３】各がん型対健康な対象におけるＨＳチャージ及び総ＨＳの箱ひげ図である。記号解は図３２の通り。
【図３４】各がん型群及び健康な対象群のＣＳ組成における各特性の平均値を示す図である。同じ群に属する各ＣＳ組成特性の平均値を、別個の線で結んでいる。記号解は図３２の通り。
【図３５】各がん型群及び健康な対象群のＨＳ組成における各特性の平均値を示す図である。同じ群に属する各ＨＳ組成特性の平均値を、別個の線で結んでいる。記号解は図３２の通り。
【図３６】健康対型によってグループ化されたがんにおける代替式を使用して計算されたがんＧＡＧ血液スコアの箱ひげ図である。記号解は図３２の通り。水平線は、この代替スコアに関してがんを健康な個体から識別する際に精度を最大化する最適カットオフスコアを特定するものである。右側は、この代替がんＧＡＧ血液スコアを用いた、がん対健康の分類に対応するＲＯＣである。
【０６６９】
例１
導入
前立腺がんの症例数は近い将来大幅に増加すると予測される。増大している前立腺がん人口が、前立腺がんについての現在の診断状況を改善するための緊急の必要性を決定している。特に、前立腺がん診断のための手ごろな価格で実用的なツールは、典型的にはより好ましい臨床成績と相関する前立腺がんの早期検出において医療専門家を支援するために、又は現在の前立腺がん患者の治療を導くために必要とされる。循環バイオマーカーは、個体の入手可能な体液、例えば血液又は尿で測定することができ、そのレベルが、診断及び／又は予後診断及び／又は治療に対する反応の予測を補助するのに有用な分子である。広く使用されているバイオマーカーの例は、前立腺がんに対する前立腺特異抗原（ＰＳＡ）であるが、前立腺がんを診断するためのこのバイオマーカーの臨床的価値は大いに議論されている。
【０６７０】
新たながんバイオマーカーは、がん細胞に直接由来する循環核酸である。これらの核酸は、例えば、循環遊離ＤＮＡ、循環小ＲＮＡ、循環腫瘍細胞、又は小ＲＮＡ、ｍＲＮＡ及びＤＮＡを含有する細胞外微小胞（エキソソームを含む）中に見出すことができる。高価な又は侵襲的な手順を必要とせずにこのような分子バイオマーカーを検出するための最小侵襲性技術は液体生検として定義される。近年、液体生検の定義は、他の高分子クラスのがんバイオマーカー、例えば循環エキソソーム内で輸送されるタンパク質を包含するように拡張された。循環代謝物でさえも腎細胞がん（ＲＣＣ）、腎臓がんの最も一般的な形態のための正確な分子バイオマーカーとして役立つことができることが以前に実証された（Ｇａｔｔｏら、２０１６）。特に、対照の血液及び／又は尿中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）の定量的プロファイリングを、ＲＣＣの診断的価値が証明された導出ＧＡＧスコアに対してコンピュータでスコアリングすることができた（Ｇａｔｔｏら、２０１６）。
【０６７１】
この試験では、前立腺がんを呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０６７２】
材料及び方法
血液及び尿試料回収
ＰＲＡＤを有する１４人の患者から２８の適合した尿及び血液試料を回収した。
【０６７３】
全血管を遠心分離（４℃で１５分間２５００ｇ）し、血清を抽出し、別の管に回収した。ＰＲＡＤ患者の血液ＧＡＧ測定を血清試料で行った。尿試料をポリプロピレン管に回収した。試料をドライアイス中で分析するために出荷されるまで−８０℃で保存した。
【０６７４】
健康な対象及びＲＣＣ対象からの尿試料及び血液（血漿）試料は、Ｇａｔｔｏら、２０１６の通りである。
【０６７５】
血清及び血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この試験の目的のために、血清及び血漿を血液と総称する。
【０６７６】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
抽出及び精製ステップを含む試料調製を、（Ｖｏｌｐｉ及びＭａｃｃａｒｉ  ２００５１及び２並びにＣｏｐｐａら、２０１１）によって以前に記載されたように行い、試料ＧＡＧ分離及び定量を、（Ｖｏｌｐｉら、２０１４；Ｖｏｌｐｉ及びＬｉｎｈａｒｄｔ、２０１０）に記載されるように行った。
【０６７７】
簡潔に述べると、ＧＡＧを抽出するために、試料５００μｌを凍結乾燥し、２０ｍＭ  ＴＲＩＳ−Ｃｌ緩衝液（ｐＨ７．４）１ｍｌで再構成し、プロテアーゼ（Ｔｒｉｔｉｒａｃｈｉｕｍ  ａｌｂｕｍ  ［Ｅ．Ｃ．３．４．２１．６４］のプロテイナーゼＫ、＞５００単位ｍｌ＿１  Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ製）で、６０℃で１２時間処理した。１０分間沸騰させ、遠心分離し、０．４５μｍフィルタで濾過した後、濾液を凍結乾燥した。粉末を長時間混合することによって蒸留水１ｍｌに溶解した。５０００ｇで１５分間の遠心分離の後、２０％トリクロロ酢酸０．２ｍｌを上清に添加した。４℃で２時間後、混合物を５０００ｇで１５分間遠心分離し、上清を回収し、凍結乾燥した。二回蒸留水０．４ｍｌに可溶化し、１００００ｇで１０分間遠心分離した後、上清を回収し、さらに分析した。ＧＡＧを精製するために、１０ｍＭ  ＮａＣｌ５００μｌで再構成した後、試料ＧＡＧを陰イオン交換樹脂（ＱＡＥ  Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ａ−２５）でさらに精製した。１００００×ｇで５分間遠心分離した後、上清を予め１０ｍＭ  ＮａＣｌで平衡化した樹脂約３ｍｌを充填したカラム（１ｃｍ×４ｃｍ）にアプライした。樹脂を１０ｍＭ  ＮａＣｌ２０ｍｌで洗浄した後、２．５Ｍ  ＮａＣｌ１０ｍｌを添加した。エタノール５０ｍｌを溶出液（１０ｍｌ）に添加し、−２０℃で２４時間保存した。５０００×ｇで１５分間の遠心分離後、ペレットを６０℃で１２時間乾燥させた。５０ｍＭ酢酸アンモニウムｐＨ８．０  ８０μｌで再構成した後、物質をコンドロイチナーゼＡＢＣ２０μｌで、３７℃で１２時間処理した。ＧＡＧを分離及び定量するために、５分間沸騰させた後、試料を、ポストカラム誘導体化及び蛍光検出を伴うＨＰＬＣとオンラインエレクトロスプレーイオン化質量分析（ＥＳＩ−ＭＳ）の両方に注入した。
【０６７８】
１９個の独立したＧＡＧ特性を各試料（血液又は尿）で測定した：ＣＳ濃度（μｇ／ｍＬ）、ＨＳ濃度（μｇ／ｍＬ）、ＨＡ濃度（μｇ／ｍＬ）、及びＣＳとＨＳの両方の二糖組成の質量分率。さらに、これらの測定値から５つの依存性ＧＡＧ特性を計算した：ＣＳ及びＨＳチャージ；及び質量分率の以下のＣＳ比：４ｓ  ／  ６ｓ、６ｓ  ／  ０ｓ及び４ｓ  ／  ０ｓ。２４個のＧＡＧ特性をＧＡＧプロファイルと総称することがある。
【０６７９】
３つの群（前立腺がん対腎細胞がん対健康）に属する対象間のＧＡＧプロファイルの全体的類似性を、血液中もしくは尿中のいずれかのみ又は両流体中で測定されたＧＡＧ特性を比較することによって主成分分析（ＰＣＡ）を用いてさらに調査した。主成分分析をＲ−ｐａｃｋａｇｅ  ａｄｅ４を用いて実施した（センタリングを平均によって行った）（Ｄｒａｙ及びＤｕｆｏｕｒ、２００７）。
【０６８０】
バイオマーカー設計
以下の仮定の下でベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群（前立腺がん対健康）間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した：ＧＡＧ特性値は、未知のｔ分布からサンプリングされ、推定される正規性（すなわち自由度）；事前分布における高い不確実性とされ；周辺分布は、間引きを用いず、１０００００に等しい鎖長を用いたマルコフ連鎖モンテカルロ法サンプリングによって十分近似される。ＢＥＳＴ  Ｒ−ｐａｃｋａｇｅを使用して推定を行った（上記の仮定はデフォルトパラメータによって反映される）。ベイズ推定は、２つの群の基礎をなすスコア分布の不確実性の下でさえ（試料数が限られている場合）、平均差の堅牢で信頼性の高い推定を提供するので、広く用いられているｔ検定よりも好まれた。
【０６８１】
ＰＲＡＤ患者のＧＡＧプロファイルの変化が、ＰＲＡＤ患者を健康な対象から識別するために使用することができ、したがってがん診断として適切となるＧＡＧスコアにまとめることができるかどうかを検証するために、臨床結果（すなわち、健康な対象と比較したＰＲＡＤ）を最も予測している堅牢なＧＡＧ特性を選択するために一個抜き交差検証をと共にＬａｓｓｏ罰則付きロジスティック回帰（Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ、１９９６）を利用した。その後、スコアを、分子はＰＲＡＤに関連する特性の和であり、分母は健康な状態に関連する特性の和である比として設計した。回帰係数を用いて各項を正規化した。
【０６８２】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血清又は血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０６８３】
精度メトリック
各マーカー（血液、尿、又は組合せ）について、試料のバイナリ分類における性能を、前立腺がん又は健康のいずれかとして、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を導出することにより変化する閾値で評価した。本発明者らは、各マーカーの精度を、ＲＯＣ曲線の曲線下面積（ＡＵＣ）として測定した（ＡＵＣは完全分類器については１であり、ランダム分類器については０．５である）。所与のマーカーの潜在的なカットオフ値として、精度が最大であったスコア、すなわち、マーカースコアがこのカットオフ値を上回る試料が前立腺がんである最大確率を有し、このカットオフ値を下回る試料が健康である最大確立を有するものを選択した。ＲＯＣ曲線はｐＲＯＣ  Ｒパッケージを用いて計算し、最適カットオフはＯｐｔｉｍａｌＣｕｔｐｏｉｎｔｓ  Ｒパッケージを用いて計算した。
【０６８４】
結果
前立腺腺がん（ＰＲＡＤ）のＧＡＧプロファイルを分析した。ＰＲＡＤを有する１４人の患者から合計２８の適合した尿及び血液試料を回収した。このコホートの臨床データを表Ａに報告する。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、前者の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液及び／又は尿試料の両方のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｂに列挙）。また、ＰＲＡＤ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を、２５人の健康な個体の５０の適合した尿及び血液試料の群のＧＡＧプロファイルの以前の測定値と比較した。以下の仮定の下でベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した：ＧＡＧ特性値は、未知のｔ分布からサンプリングされ、推定される正規性（すなわち自由度）；事前分布における高い不確実性とされ；周辺分布は、間引きを用いず、１０００００に等しい鎖長を用いたマルコフ連鎖モンテカルロ法サンプリングによって十分近似される。ＢＥＳＴ  Ｒ−ｐａｃｋａｇｅを使用して推定を行った（上記の仮定はデフォルトパラメータによって反映される）。ベイズ推定は、２つの群の基礎をなすスコア分布の不確実性の下でさえ（試料数が限られている場合）、平均差の堅牢で信頼性の高い推定を提供するので、広く用いられているｔ検定よりも好まれた。結果は、健康な対象と比較して、ＰＲＡＤ間でいくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｂ）。２つの群に属する対象間のＧＡＧプロファイルの全体的類似性を、血液中（図１）もしくは尿中（図２）のいずれかのみ又は両流体中（図３）で測定されたＧＡＧ特性を比較することによって主成分分析（ＰＣＡ）を用いてさらに調査した。主成分分析をＲ−ｐａｃｋａｇｅ  ａｄｅ４を用いて実施した（センタリングを平均によって行った）（Ｄｒａｙ及びＤｕｆｏｕｒ、２００７）。この分析によって、２つの群に属する対象がいずれかの流体中で別々にクラスター化していることが実証され、２つの群のＧＡＧのプロファイルに著しい差が存在することを示唆している。ＰＲＡＤのＧＡＧプロファイルがＲＣＣのＧＡＧプロファイルとどれほど類似しているかを比較するために、以前の研究（Ｇａｔｔｏら、２０１６）で分析したＲＣＣ群からのＧＡＧプロファイル及び４０人の明細胞ＲＣＣ対象の追加のコホートから回収した血液ＧＡＧプロファイルを各ＰＣＡに含めた。本発明者らの以前の研究からのＲＣＣ群は、血液試料を有する５２人の対象、尿試料を有する２０人の対象、及び両方を有する１９人の対象を含む、明細胞ＲＣＣ患者を特に含んでいた。注目すべきことに、ＰＲＡＤとＲＣＣの両対象の間に分離が観察され、それはまた健康な対象とは別であり、ＧＡＧプロファイルの独特の変化がＰＲＡＤ対象の血液及び尿に生じることを示している。
【０６８５】
ＰＲＡＤ患者のＧＡＧプロファイルの変化が、ＰＲＡＤ患者を健康な対象から識別するために使用することができ、したがって前立腺がん診断として適切となるＧＡＧスコアにまとめることができるかどうかを検証するために、臨床結果（すなわち、健康な対象と比較したＰＲＡＤ）を最も予測している堅牢なＧＡＧ特性を選択するために一個抜き交差検証をと共にＬａｓｓｏ罰則付きロジスティック回帰（Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ、１９９６）を利用した。その後、スコアを、分子はＰＲＡＤに関連する特性の和であり、分母は健康な状態に関連する特性の和である比として設計した。回帰係数を用いて各項を正規化した。血液もしくは尿のいずれか、又は組合せ測定値に基づいて、３つのＰＲＡＤバイオマーカースコアを導出した：
【数２５】
2020511643.tif 000027
（式中、括弧内の項は、対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、［ＨＡ］はＨＡの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料について３つのスコアを計算し、ＰＲＡＤ試料が健康な試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図４）。本発明者らは、頑強なベイズ推定を用いて、２つの群間の３つのスコア全てにおいて有意な非ヌル平均差を計算した。平均差は、組合せスコアで０．４３（９５％ＨＤＩで０．３５〜０．５２）、血液スコアで０．５４（９５％ＨＤＩで０．３９〜０．６９）、尿スコアで０．２９（９５％ＨＤＩで０．２１〜０．３７）に等しかった。３つのスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を用いて評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が、組合せスコアの場合には、１（完全な分類器）であり、血液スコアについては０．９９７であり、尿スコアについては０．９９４であることが分かった（図５）。血液及び／又は尿のＧＡＧプロファイルデータを用いて、健康な個体に対するＰＲＡＤ対象の分類における精度を最大化するために、各スコアについての最適カットオフを特定した。これらのカットオフスコアは、血液、尿及び組合せスコアについてそれぞれ０．６３、０．１９、０．４７であった。これらのカットオフを使用して、ＰＲＡＤ対象を、血液スコア又は尿スコアを使用して９７．４％の精度で、及び組合せスコアを使用して１００％の精度で健康な個体と識別することができた。他の精度メトリックを表Ｃに報告した。まとめると、これらの結果は、入手可能な生物流体のＧＡＧプロファイリングが前立腺がんの診断に適していることを実証している。
【０６８６】
ＰＲＡＤを検出するように設計されたスコアがＲＣＣ（腎細胞がん）に特異的ではないかどうか、またその逆もまた調査した。驚くべきことに、ＰＲＡＤを検出するように設計された組合せスコアは、ＲＣＣを有する１９人の対象及び２５人の健康な対象と対照定に、ＰＲＡＤを有する１４人の対象と特異的に相関した（図６）。ＰＲＡＤの検出における精度を最大化するようにカットオフを最適化することによって、０．５２に等しいカットオフスコアで、９８．３％の精度で、ＰＲＡＤを健康な対象又はＲＣＣを有する対象から識別することができ、それぞれ１００％及び９７．７％に等しいＰＲＡＤについての全体的感度及び特異度が組合せスコアに与えられた。比較のために、平均リスクがある５０歳以上の男性のＰＲＡＤを検出するための標準ＰＳＡ検査では、４ｎｇ／ｍｌに等しいカットオフ値を仮定すると、感度及び特異度の標準値はそれぞれ２１％（グリソンスコアが８以上である高悪性度病変については５１％）及び９１％である（Ｗｏｌｆら、２０１０）。
【０６８７】
逆に、ＲＣＣを検出するように設計された血液スコアは、ＰＲＡＤを有する対象及び健康な対象に対して、ＲＣＣを有する対象を特異的に特定した（図７）。健康な対象又はＰＲＡＤを有する対象に対するＲＣＣの検出における精度を最大化するようにカットオフを最適化することによって、ＲＣＣについて以前導出された血液スコアについての０．２３（Ｇａｔｔｏら、２０１６）に等しいカットオフスコアで、ＲＣＣを有する対象の検出についての全体的制度も８９．３％となり、それぞれ９７．８％及び６９．２％に等しい感度及び特異度、並びにＡＵＣ＝０．９４１が達成された。これらの結果は、様々なＧＡＧスコア（又はＧＡＧプロファイル）を、前立腺又はＲＣＣを特異的に検出するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることを実証している。
【０６８８】
結論
液体生検は、現在前立腺がん診断のためのゴールドスタンダードである、組織生検及び医療画像に代わる正確で、単純で、低侵襲性の、高速の及び／又は安価な代替法を提供することによって前立腺がん診断に革命をもたらすことを約束する。本試験で、本発明者らは新たな液体生検プラットホームがＧＡＧプロファイルの血液及び／又は尿ベース測定に活用できることを実証した。本発明者らは、健康な対象に対して、前立腺がんの間に循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があることを実証した。ＧＡＧプロファイルをさらに、前立腺がんの検出又は診断の精度に関して大きな見込みがあるＧＡＧスコアにまとめることができる。さらに、前立腺がんのＧＡＧスコアは、ＲＣＣ（腎細胞がん）と比較して前立腺がんに特異的であることが示された。本明細書に開示される診断用ＧＡＧ特性又はスコアを、いくつかの診療を変更するために適用することもできるだろう。例えば、外科手術又は薬物治療の前後に前立腺がんを監視するため；患者が典型的に治癒したと宣言されるまでのより長期間にわたって疾患の再燃を排除するため；遺伝的素因のある個人、もしくは危険因子を示す個人、もしくは症状を示す個人などのリスクのある集団における前立腺がんの発生を評価するため；転移が前立腺がんによるものであるかどうかを確認するため；早期前立腺がん患者の再発もしくは再燃を予測するため；前立腺がんの疑いがある病変を非悪性疾患と識別するため；又は一般集団の前立腺がんをスクリーニングするためである。したがって、この液体生検は前立腺がんの二次予防を可能にし、一般集団におけるこの疾患によって引き起こされる負担を軽減するための重要なツールとなる可能性を有している。
【０６８９】
参考文献
2020511643.tif 000028
【０６９０】
表Ａ：この試験で分析したコホートの臨床データ。全ての結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセントとして提示される。欠測値は省略した。
【表１】
2020511643.tif 000029
【０６９１】
表Ｂ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＰＲＡＤと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｂは、結果の要約を示し、ＰＲＡＤ対健康な対象の血液又は尿で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｂはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表２−１】
2020511643.tif 000030
【表２−２】
2020511643.tif 000031
【表２−３】
2020511643.tif 000032
【０６９２】
表Ｃ：１４人のＰＲＡＤ対２５人の健康な対象を識別する際の、血液、尿及び組合せスコアについての最適カットオフでの精度メトリック。
【表３】
2020511643.tif 000033
【０６９３】
例２
導入
がんの症例数は近い将来大幅に増加すると予測される。米国だけでも、新しいがん患者数が、２０００年の１３６万人から２０５０年にはほぼ３００万人に増加すると予測されている。増大しているがん人口が、がんについての現在の診断状況を改善するための緊急の必要性を決定している。特に、がん診断のための手ごろな価格で実用的なツールは、典型的にはより好ましい臨床成績と相関するがんの早期検出において医療専門家を支援するために、又は現在のがん患者の治療を導くために必要とされる。循環バイオマーカーは、個体の入手可能な体液、例えば血液又は尿で測定することができ、そのレベルが、診断及び／又は予後診断及び／又は治療に対する反応の予測を補助するのに有用な分子である。残念なことに、臨床的に証明されている循環バイオマーカーは、進行した転移の場合でさえも、ごく少数のがん型についてしか利用できない、又は利用可能にならない。広く使用されているバイオマーカーの例は、前立腺がんに対する前立腺特異抗原（ＰＳＡ）、卵巣がんに対する炭水化物抗原１２５（ＣＡ１２５）、又は結腸直腸がんに対するがん胎児性抗原（ＣＥＡ）である。これらの場合でさえ、がんを診断するためのこれらのバイオマーカーの臨床的価値が大いに議論されている。
【０６９４】
新たながんバイオマーカーは、がん細胞に直接由来する循環核酸である。これらの核酸は、例えば、循環遊離ＤＮＡ、循環小ＲＮＡ、循環腫瘍細胞、又は小ＲＮＡ、ｍＲＮＡ及びＤＮＡを含有する細胞外微小胞（エキソソームを含む）中に見出すことができる。高価な又は侵襲的な手順を必要とせずにこのような分子バイオマーカーを検出するための最小侵襲性技術は液体生検として定義される。近年、液体生検の定義は、他の高分子クラスのがんバイオマーカー、例えば循環エキソソーム内で輸送されるタンパク質を包含するように拡張された。循環代謝物でさえも腎細胞がん（ＲＣＣ）、腎臓がんの最も一般的な形態のための正確な分子バイオマーカーとして役立つことができることが以前に実証された（Ｇａｔｔｏら、２０１６）。特に、対照の血液及び／又は尿中のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）の定量的プロファイリングを、ＲＣＣの診断的価値が証明された導出ＧＡＧスコアに対してコンピュータでスコアリングすることができた（Ｇａｔｔｏら、２０１６）。
【０６９５】
この試験では、健康なボランティアと同様に２つの異なるがん型を呈する対象の循環ＧＡＧレベルに関するデータを分析した。目的は、特定のＧＡＧのレベル又は化学組成の健康なボランティアからの変化が、一般的にがんによるものであり、所与のがん型で特に有意な影響を受けないかどうか、換言すれば様々ながんにまたがってＧＡＧプロファイルに共通の変化パターンが存在するかどうかを特定することであった。さらに、本発明者らは、組織学により、広範囲のがん型で、ＧＡＧの生合成及び分解に関連する遺伝子にまたがるＧＡＧ代謝の転写調節を分析しようとした。目的は、様々ながん型にわたる転写調節の共通パターンが、様々ながんにわたるＧＡＧプロファイルの変化の最終的な共通パターンの根底にあり得るかどうかを特定することであった。
【０６９６】
材料及び方法
特に明記しない限り、この例で使用される材料及び方法は、例１で使用される材料及び方法に対応する。
【０６９７】
結果
２５人の健康なボランティア、１００人の腎細胞がんの診断を有する患者、及び１４人の前立腺腺がんの診断を有する患者を含む、１１４人の対象の血液及び尿試料のＧＡＧプロファイルを分析した。特定のがん型（例えば、腎細胞がんに対して前立腺腺がん）に特異的に起因する変化と対照的に、がんに起因するＧＡＧプロファイルの各個々の特性部分の変化を推定するために最小二乗推定法（ＯＬＳ）を採用した。したがって、得られた線形モデルは以下の通りであった：
ＧＡＧ特性ｉ，ｊ＝Ｉｉ＋αｉ［がん］ｊ＋βｉ［前立腺腺がん］ｊ＋εｉ
（式中、ｉは一定の流体（血液又は尿）のＧＡＧプロファイルの所与のＧＡＧ特性を示し、ｊは所与の対象を示し、Ｉは切片（例えば、健康な対象の期待値）であり、αは対象ががんを有するという事実に起因する変化であり、βは対象が特定のがん型、前立腺腺がんを有するという事実に起因する変化である一方、εはＧＡＧ特性について実際に観察された値と線形モデルによって予測された値との間の不一致（これはＯＬＳで最小化される）を説明する誤差である）。ｔ値（ｔ−ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ）を演算し、確立ｐを計算することによって、統計的検定を線形モデルの係数（Ｉ、α、β）の各推定値について行って、真の計数が０であるという帰無仮説下で少なくとも極値としてのｔ値を観察した。ホルム補正（偽陽性率、ＦＤＲ）を使用して多重検定を調整した後、ｐが０．０１未満の場合、帰無仮説は棄却された。この分析はＲ、バージョン３．３．１の基本パッケージを使用して行った。
【０６９８】
表Ｄ及び表Ｅは、それぞれ、血液又は尿の各ＧＡＧ特性についての、Ｉ（すなわち、「健康の平均」）、α（すなわち、「がんの平均からの偏差」）及びβ（すなわち、「がん型特異的効果による平均からの偏差」）についての推定値並びにそれぞれのＦＤＲを列挙している。本発明者らは、がんに起因する特定の流体の有意な変化を示すが（ＦＤＲ＜０．０１）、特定のがん型に特異的な効果を示さない（ＦＤＲ＞０．０１）ＧＡＧ特性に注目した。
【０６９９】
血液では、がん型にかかわらず、以下のＧＡＧ特性ががんで有意に変化した：０ｓ  ＣＳ（質量重量分率、％）。６ｓ  ＣＳ（質量重量分率、％）。４ｓ／６ｓ  ＣＳ（質量重量分率の比）；チャージＣＳ；Ｎｓ  ＨＳ（質量重量分率、％）。健康な対象と比較してがん対象の血液中の６ｓ  ＣＳ及びチャージＣＳの増加、並びに０ｓ  ＣＳ、４ｓ／６ｓ  ＣＳ比及びＮｓ  ＨＳの減少が観察された（図９Ａ／Ｂ／Ｃ）。
【０７００】
尿では、がん型にかかわらず、以下のＧＡＧ特性ががんで有意に変化した：４ｓ  ＣＳ（質量重量分率、％）；６ｓ／０ｓ  ＣＳ（質量重量分率の比）；４ｓ／０ｓ（質量分率の比）；０ｓ  ＨＳ（質量重量分率、％）；チャージＨＳ。健康な対象と比較してがん対象の尿中のチャージＨＳの増加、並びに４ｓ  ＣＳ；６ｓ／０ｓ  ＣＳ；４ｓ／０ｓ  ＣＳ；０ｓ  ＨＳの減少が観察された（図１０Ａ／Ｂ／Ｃ）。
【０７０１】
これらの結果は、健康な対象の正常値からのＧＡＧプロファイルの特定の特性の変化が、がん型にかかわらず、がんを患っている患者の尿及び血液で予想され得ることを示している。
【０７０２】
本発明者らは、ＧＡＧプロファイルの血液及び／又は尿測定値を使用して、がんと対照の対象を識別するための機械学習分類器を設計しようとした。試料をがんの現在の診断を有する対象から採取した場合、これを「症例」として分類した、又は試料を健康な対象もしくは以前がん診断を受けたが、現在は疾患の証拠がない対象から採取した場合、これを「対照」として分類した。したがって、腎細胞がんの診断を有するが、サンプリング時に疾患の証拠がない８人の対象をコホートに追加した。
【０７０３】
コホート試料の６６％で、オープンソースソフトウェアであるｗｅｋａ  ３．８．０（ニュージーランド、ハミルトンのワイカト大学によって供給されている）及びデフォルトパラメータを使用して、多層パーセプトロンを訓練し、試料の残りの３３％でモデルの精度を試験した。分類器が各流体について訓練セットと試験セットで症例と対照を識別する能力の結果を表Ｆに示す。分類器が、どの流体を使用するかに応じて、訓練セットで９７．５％〜１００％に及ぶ「症例」の検出における一貫して高い特異度を有し、試験セットでは８１．１％〜９５．４％に及ぶ値でこの特異度が維持されることが観察された。重要なことに、分類器が、０．９７５〜１に及ぶ値で、受信者動作特性曲線（ＡＵＣ）下の領域に従って訓練セットにおいて事実上完全であるという事実によって示されるように、分類器は分類閾値の任意の選択に対して堅牢であると分かった−ＡＵＣは０〜１の間隔にわたるメトリックであり、０．５はランダム分類器であり、１は完全な分類器である（図１１）。この上昇した識別力は試験セットでも観察され、ＡＵＣ値は０．９２２〜０．９９２に及んだ。これらの結果は、多層パーセプトロンが訓練データに過剰適合していた可能性を除外し、「症例」を検出する能力が独立して収集された試料に一般化できることを示唆している。
【０７０４】
「症例」と「対照」の対象を識別することを目的とした血液、尿、又は組合せＧＡＧスコアを設計するために、対照試料に対する症例のＧＡＧプロファイルの一般的ながん型非依存的変化を利用しようとした。この目的のために、表Ｆに記載されるコホートで入手可能な全ての試料を使用した。本発明者らは、臨床成績（すなわち、対照と比較した症例）を最も予測する堅牢なＧＡＧ特性を選択するために、一個抜き交差検証と共にＬａｓｓｏ罰則付きロジスティック回帰（Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ、１９９６、上記）を採用した。次に、本発明者らは、この選択から、症例と対照間の平均の差が値０を含む推定最高密度区間（ＨＤＩ）を有することが観察されたＧＡＧ特性を除外した。各ＧＡＧ特性についてのＨＤＩを、以下の仮定の下でベイズ推定を使用して計算した：各特性について、ＧＡＧ特性値は、未知のｔ分布からサンプリングされたと仮定され、推定される正規性（すなわち自由度）；事前分布における高い不確実性とされ；周辺分布は、間引きを用いず、１０００００に等しい鎖長を用いたマルコフ連鎖モンテカルロ法サンプリングによって十分近似された。ＢＥＳＴ  Ｒ−ｐａｃｋａｇｅを使用して推定を行った（上記の仮定はデフォルトパラメータによって反映された）。次いで、その後、各ＧＡＧスコアを、分子は症例に関連するフィルタ処理された特性の和であり、分母は対照に関連するフィルタ処理された特性の和である比として設計した。ロジスティック回帰からの回帰係数を用いて各項を正規化した。以下のＧＡＧスコアを設計した：
【数２６】
2020511643.tif 000034
（式中、括弧内の項は、対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表す）。その後、本発明者らは、各試料について３つのスコアを計算し、症例試料が対照試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図１２、図１３及び図１４）。症例と対照との間のＧＡＧスコアの差は、各ＧＡＧスコアについて作成されたＲＯＣ曲線が、血液について０．９６１、尿について０．９４２、及び組合せについて０．９９８に等しいＡＵＣを有するという点で非常に高い精度で対象を識別することができると分かった（図１５）。全体として、これらの結果は、がん型にかかわらずがんを検出するために特定のＧＡＧ特性の血液及び／又は尿の測定値からスコアを設計することができることを示している。
【０７０５】
組織学によって、１７種類のがん型を包含する１９種類のがん亜型の遺伝子発現データも検索した：胆管がん、膀胱がん、血液がん、脳がん、乳がん、結腸直腸がん、頭頸部がん、肝臓がん、肺がん、食道がん、卵巣がん、膵臓がん、前立腺がん、皮膚がん、胃がん、甲状腺がん及び子宮がん。ＲＮＡｓｅｑにより生成されたリードカウント表の形の遺伝子発現データを、Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）プロジェクト（ｔｔｐｓ：／／ｇｄｃ−ｐｏｒｔａｌ．ｎｃｉ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）からこれらの亜型の１６個について検索した。マイクロアレイ生成シグナル強度表の形の遺伝子発現データを、Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｏｍｎｉｂｕｓ（ＧＥＯ）に寄託された３つの公的データセットから残りの３個の亜型について検索した（Ｒａｓｋｉｎら、２０１３、Ｍｏｋら、２００９、Ｉｑｂａｌら、２０１０）。また、腎細胞がん（ＲＣＣ）及びＲＣＣの３つの亜型（色素嫌性ＲＣＣ、明細胞ＲＣＣ及び乳頭状ＲＣＣ）のＴＣＧＡデータも検索した。各がん亜型について、原発性腫瘍組織試料と適合した正常組織試料の両方を検索した。この分析のために検索したデータの要約を表Ｇに報告する。
【０７０６】
遺伝子発現データは、ｌｉｍｍａ  Ｒパッケージ（Ｓｍｙｔｈ、２００４）を使用して、以前記載されたように（Ｒｉｔｃｈｉｅら、２０１５）前処理した。腫瘍試料と正常試料との間の転写調節の変化を評価するための示差遺伝子発現分析を、以前記載されたように（Ｒｉｔｃｈｉｅら、２０１５）、マイクロアレイデータの場合にはｌｉｍｍａ  Ｒパッケージを使用し、ＲＮＡ−ｓｅｑデータの場合にはｖｏｏｍ  Ｒパッケージ（Ｌａｗら、２０１４）を使用して、各がん亜型について別々に行った。所与の遺伝子について、偽陽性率ｑ＜０．００１及び発現レベルの最小絶対変化倍率＞５０％が観察された場合、正常組織からのいずれかの方向への転写調節の変化、例えば上方制御又は下方制御を統計学的に有意であると見なした。
【０７０７】
次に、ＧＡＧ代謝に関連する６０個の遺伝子に注目した。遺伝子の完全なリストを表Ｈに示す。正常組織と比較した、異なる転写制御のがん亜型特異的プロファイルを観察した（図１６及び表Ｋ）。平均して、６０個のうち３０個（５０％）のＧＡＧ遺伝子が各がん型で差次的に調節されていた（１２個の下方制御及び１８個の上方制御）。分析した全てのがん亜型で、少なくとも２個のＧＡＧ遺伝子が差次的に調節されていた。差次的に調節されるＧＡＧ遺伝子の最大数は３９であり、これは胆管細胞がんで観察された。分析したがん亜型のいずれも、他の亜型のいずれとも同一であるＧＡＧ遺伝子の転写調節のプロファイルを示さなかった。これらの結果は、各がん亜型が、がん亜型特異的様式でＧＡＧのレベル及び化学組成に影響を及ぼし得ることを示唆しており、これは上記のＧＡＧプロファイル変化で観察されるがん型特異的効果を反映し得る。驚くべきことに、調査した全てのがん型で実質的に同じパターンの転写調節を示すＧＡＧ遺伝子が観察された：ＣＨＰＦ２は２２個のがん型のうちの１７個で、ＣＨＰＦ及びＢ４ＧＡＬＴ７は２２個の型のうちの１６個で、Ｂ３ＧＡＴ３は２２個の型のうちの１５個で上方制御された。これらのいずれも、残りの型で有意に下方制御されていることが見い出されなかった。ＥＸＴＬ１及びＨＰＳＥ２は、それぞれ２２個の型のうち１１個及び１２個で有意に下方制御されていた。これらのいずれも、残りの型で有意に上方制御されていることが見い出されなかった。これらのパターンは、様々ながん型にわたって広く保存されている制御プログラムの根底にある。
【０７０８】
Ｂ４ＧＡＬＴ７及びＢ３ＧＡＴ３は任意のＧＡＧの結合領域を合成するのに必要な酵素をコードする一方、ＣＨＰＦ及びＣＨＰＦ２は成長している鎖に非硫酸化ＣＳモノマーを付加することによってＣＳの重合を担う主要酵素をコードする。ほとんどのがんにおけるその上方制御は、非硫酸化ＣＳの程度を増加させることによって出現するＧＡＧのレベル及び組成を変化させ、２つの異なるがん型の尿においてここで観察される共通のパターンをもたらすと予想され、硫酸化画分は非硫酸化画分と比較して有意に減少していた（図１０Ｂ／Ｃ）。血液における反対のパターンは、腎臓によって操作される血流からのＧＡＧ濾過の生理学的結果として与えられ、血液中の硫酸化ＣＳ種の濃縮をもたらす（図９Ｂ／Ｃ）。それどころか、非硫酸化ＨＳモノマーを結合領域に付加することによってＨＳの重合に関与するＥＸＴＬ１の抑制が、非硫酸化ＨＳの程度を減少させ、２つの異なるがん型の尿においてここで観察される共通のパターンをもたらし、硫酸化画分は非硫酸化画分と比較して有意に増加していた（図１０Ａ）。また、腎臓によって操作される生理学的ＧＡＧ濾過が、血液中の反対のパターンをもたらし、ＨＳの１つの硫酸化形態が有意に減少した（図９Ａ）。ＨＰＳＥを阻害することが知られているＨＰＳＥ２の抑制は、成熟ＨＳポリマーを分解することを目的としたＨＰＳＥのヘパラナーゼ活性を誘発する可能性があり、したがって健康な個体で通常観察される非硫酸化ＨＳの減少を悪化させる。
【０７０９】
これらの所見は、がんにまたがるＧＡＧ代謝の調節の共通のパターンが、様々ながん型における尿及び血液ＧＡＧプロファイルで観察される共通の変化に関連付けられることを示唆している。これは、特定のＧＡＧ特性が、がん型にかかわらず、がんの結果として健康な状態と比較して体液中で変化すると予想されるという結論を強化する。
【０７１０】
表Ｄ−健康なボランティアの血液中の各ＧＡＧ特性の平均値、並びにがん及びがん型特異的効果の存在下でのその変化についての推定値。各推定値についてのＦＤＲを、統計的に有意と見なされるＦＤＲ＜０．０１（太字下線）で報告する。がんに起因するが特定のがん型に特異的な効果には起因しない有意な変化を示した血液中のＧＡＧ特性を下線で強調する。
【表４】
2020511643.tif 000035
【０７１１】
表Ｅ−健康なボランティアの尿中の各ＧＡＧ特性の平均値、並びにがん及びがん型特異的効果の存在下でのその変化についての推定値。各推定値についてのＦＤＲを、統計的に有意と見なされるＦＤＲ＜０．０１（太字下線）で報告する。がんに起因するが特定のがん型に特異的な効果には起因しない有意な変化を示した尿中のＧＡＧ特性を下線で強調する。
【表５】
2020511643.tif 000036
【０７１２】
表Ｆ−試料の６６％で訓練され、試料の残りの３３％で試験された多層パーセプトロン分類器についての精度メトリック。３つの分類器を、血液ＧＡＧプロファイルのみ、又は尿ＧＡＧプロファイルのみ、又は血液と尿両方のＧＡＧプロファイルに基づいて訓練した。試料をがんの現在の診断を有する対象から採取した場合、これを「症例」として分類した、又は試料を健康な対象もしくは以前がん診断を受けたが、現在は疾患の証拠がない対象から採取した場合、これを「対照」として分類した。
【表６】
2020511643.tif 000037
【０７１３】
表Ｇ：各がん亜型及びその起源について分析した試料の数。
【表７】
2020511643.tif 000038
【０７１４】
表Ｈ：ＧＡＧ代謝に関連する遺伝子のリスト。
【表８−１】
2020511643.tif 000039
【表８−２】
2020511643.tif 000040
【表８−３】
2020511643.tif 000041
【０７１５】
表Ｋ：様々ながん型対適合した正常起源組織におけるＧＡＧ遺伝子の調節。「１」の入力は、その行の遺伝子がその列のがん型で上方制御されていることが分かったことを示す；「−１」は、その行の遺伝子がその列のがん型で下方制御されていることが分かったことを示す；「０」は、その行の遺伝子がその列のがん型で調節されていることが分からなかったことを示す；ＮＡは入手不可情報を示す。遺伝子は、その公式の遺伝子記号によって特定される、又は入手できない場合、そのＥｎｔｒｅｚ  Ｇｅｎｅ  ＩＤによって特定される。記号解は表Ｇの通り。
【表９−１】
2020511643.tif 000042
【表９−２】
2020511643.tif 000043
【０７１６】
参考文献
2020511643.tif 000044
【０７１７】
例３
この試験では、黒色腫（Ｍ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０７１８】
材料及び方法
血漿試料採取
血液試料は、１４人の健康なボランティア（Ｈ）及びブドウ膜（Ｎ＝１２）又は皮膚黒色腫（Ｎ＝４）の１６人の患者から得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患の証拠を有していた。
【０７１９】
全血をＥＤＴＡ管に回収し、最初に回収から３０分以内に４℃で１０分間１０００ｇで遠心分離し、次いで、上清を４℃で１０分間１００００ｇで再び遠心分離した。上清は乏血小板血漿であり、ドライアイス中で分析するために出荷されるまで−８０℃で凍結した。
【０７２０】
乏血小板血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この試験の目的のために、乏血小板血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０７２１】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
抽出及び精製ステップを含む試料調製を、（Ｖｏｌｐｉ及びＭａｃｃａｒｉ  ２００５１及び２並びにＣｏｐｐａら、２０１１）によって以前に記載されたように行い、試料ＧＡＧ分離及び定量を、（Ｖｏｌｐｉら、２０１４；Ｖｏｌｐｉ及びＬｉｎｈａｒｄｔ、２０１０）に記載されるように行った。
【０７２２】
簡潔に述べると、ＧＡＧを抽出するために、試料５００μｌを凍結乾燥し、２０ｍＭ  ＴＲＩＳ−Ｃｌ緩衝液（ｐＨ７．４）１ｍｌで再構成し、プロテアーゼ（Ｔｒｉｔｉｒａｃｈｉｕｍ  ａｌｂｕｍ  ［Ｅ．Ｃ．３．４．２１．６４］のプロテイナーゼＫ、＞５００単位ｍｌ＿１  Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ製）で、６０℃で１２時間処理した。１０分間沸騰させ、遠心分離し、０．４５μｍフィルタで濾過した後、濾液を凍結乾燥した。粉末を長時間混合することによって蒸留水１ｍｌに溶解した。５０００ｇで１５分間の遠心分離の後、２０％トリクロロ酢酸０．２ｍｌを上清に添加した。４℃で２時間後、混合物を５０００ｇで１５分間遠心分離し、上清を回収し、凍結乾燥した。二回蒸留水０．４ｍｌに可溶化し、１００００ｇで１０分間遠心分離した後、上清を回収し、さらに分析した。ＧＡＧを精製するために、１０ｍＭ  ＮａＣｌ５００μｌで再構成した後、試料ＧＡＧを陰イオン交換樹脂（ＱＡＥ  Ｓｅｐｈａｄｅｘ  Ａ−２５）でさらに精製した。１００００×ｇで５分間遠心分離した後、上清を予め１０ｍＭ  ＮａＣｌで平衡化した樹脂約３ｍｌを充填したカラム（１ｃｍ×４ｃｍ）にアプライした。樹脂を１０ｍＭ  ＮａＣｌ２０ｍｌで洗浄した後、２．５Ｍ  ＮａＣｌ１０ｍｌを添加した。エタノール５０ｍｌを溶出液（１０ｍｌ）に添加し、−２０℃で２４時間保存した。５０００×ｇで１５分間の遠心分離後、ペレットを６０℃で１２時間乾燥させた。５０ｍＭ酢酸アンモニウムｐＨ８．０  ８０μｌで再構成した後、物質をコンドロイチナーゼＡＢＣ２０μｌで、３７℃で１２時間処理した。ＧＡＧを分離及び定量化するために、５分間沸騰させた後、レーザー誘導蛍光検出器（ＣＥ−ＬＩＦ）を備えたキャピラリー電気泳動機器に試料を注入した。
【０７２３】
１９個の独立したＧＡＧ特性を各試料（血液）で測定した：ＣＳ濃度（μｇ／ｍＬ）、ＨＳ濃度（μｇ／ｍＬ）、ＨＡ濃度（μｇ／ｍＬ）、及びＣＳとＨＳの両方の二糖組成の質量分率。さらに、これらの測定値から５つの依存性ＧＡＧ特性を計算した：ＣＳ及びＨＳチャージ；及び質量分率の以下のＣＳ比：４ｓ  ／  ６ｓ、６ｓ  ／  ０ｓ及び４ｓ  ／  ０ｓ。２４個のＧＡＧ特性をＧＡＧプロファイルと総称することがある。
【０７２４】
バイオマーカースコア設計
以下の仮定の下でベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群（黒色腫対健康）間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した：ＧＡＧ特性値は、未知のｔ分布からサンプリングされ、推定される正規性（すなわち自由度）；事前分布における高い不確実性とされ；周辺分布は、間引きを用いず、１０００００に等しい鎖長を用いたマルコフ連鎖モンテカルロ法サンプリングによって十分近似される。ＢＥＳＴ  Ｒ−ｐａｃｋａｇｅを使用して推定を行った（上記の仮定はデフォルトパラメータによって反映される）。ベイズ推定は、２つの群の基礎をなすスコア分布の不確実性の下でさえ（試料数が限られている場合）、平均差の堅牢で信頼性の高い推定を提供するので、広く用いられているｔ検定よりも好まれた。
【０７２５】
黒色腫患者のＧＡＧプロファイルの変化が、黒色腫患者を健康な対象から識別するために使用することができ、したがってがん診断として適切となるＧＡＧスコアにまとめることができるかどうかを検証するために、臨床結果（すなわち、健康な対象と比較した黒色腫）を最も予測している堅牢なＧＡＧ特性を選択するために一個抜き交差検証をと共にＬａｓｓｏ罰則付きロジスティック回帰（Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ、１９９６）を利用した。その後、スコアを、分子は黒色腫に関連する特性の和であり、分母は健康な状態に関連する特性の和である比として設計した。回帰係数を用いて各項を正規化した。
【０７２６】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が乏血小板血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０７２７】
精度メトリック
試料のバイナリ分類におけるＧＡＧスコアの性能を、黒色腫又は健康のいずれかとして、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を導出することにより変化する閾値で評価した。本発明者らは、ＧＡＧスコアの精度を、ＲＯＣ曲線の曲線下面積（ＡＵＣ）として測定した（ＡＵＣは完全な分類器については１であり、ランダム分類器については０．５である）。ＧＡＧスコアの潜在的なカットオフ値として、精度が最大であったスコア、すなわち、ＧＡＧスコアがこのカットオフ値を上回る試料が黒色腫である最大確率を有し、このカットオフ値を下回る試料が健康である最大確立を有するものを選択した。ＲＯＣ曲線はｐＲＯＣ  Ｒパッケージを用いて計算し、最適カットオフはＯｐｔｉｍａｌＣｕｔｐｏｉｎｔｓ  Ｒパッケージを用いて計算した。
【０７２８】
結果
本発明者らは、合計１６個のＭを有する患者の血液試料を分析し、そのうち１２個はブドウ膜黒色腫を有しており、４個は皮膚（皮膚性）黒色腫（Ｍ）を有していた。健康なボランティア（Ｈ）からの１４個の血液試料をさらに分析した。このコホートの臨床データを表Ｌに報告する。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、３０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｍに列挙）。Ｍ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、Ｍ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｍ）。
【０７２９】
本発明者らは、Ｍ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＭ  ＧＡＧスコア（黒色腫スコアリング式番号１）を導出した：
【数２７】
2020511643.tif 000045
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、［Ｔｏｔ  ＣＳ］はＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、［Ｔｏｔ  ＨＡ］はＨＡの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、Ｍ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図１７）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９７３であることが分かった。このスコアに対して０．９２に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、Ｍ対象を、精度９３．３％、感度８７．３％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０７３０】
本発明者らはまた、上記ＧＡＧスコアの変動がＭ対象をＨ対象から識別するのにも有効であるかどうかを調査した。この目的のために、ＣＳ測定値のみに基づいて、代替Ｍ  ＧＡＧスコア（黒色腫スコアリング式番号２）を導出した：
【数２８】
2020511643.tif 000046
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、［Ｔｏｔ  ＣＳ］はＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。この代替のスコアリングシステムを使用すると、Ｍ試料はＨ試料よりも高いスコアを反回性に示した（図１８）。ＡＵＣは０．９３３であることが分かった。このスコアに対して１．１９に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、Ｍ対象を、精度９３．３％、感度８１．２％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０７３１】
これらの結果は、健康な対象に対して、黒色腫間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が黒色腫スクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、様々なＧＡＧスコアを、黒色腫対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０７３２】
参考文献
2020511643.tif 000047
2020511643.tif 000048
【０７３３】
表Ｌ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表１０】
2020511643.tif 000049
【０７３４】
表Ｍ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、Ｍと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｍは、結果の要約を示し、Ｍ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｍはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表１１−１】
2020511643.tif 000050
【表１１−２】
2020511643.tif 000051
【０７３５】
例４
この試験では、結腸直腸がん（ＣＲＣ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０７３６】
材料及び方法
血漿試料採取
結腸直腸がん患者１０人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０７３７】
全血をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０７３８】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０７３９】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０７４０】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０７４１】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、結腸直腸がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０７４２】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０７４３】
精度メトリック
例３と同様にＣＲＣ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を結腸直腸がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０７４４】
結果
ＣＲＣを有する患者の合計１０個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｏに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表Ｎに報告する。ＣＲＣ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＣＲＣ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｏ）。
【０７４５】
本発明者らは、ＣＲＣ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＣＲＣ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数２９】
2020511643.tif 000052
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、［Ｔｏｔ  ＨＳ］はＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＣＲＣ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図１９）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９９８であることが分かった。このスコアに対して０．７４に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＣＲＣ対象を、精度９８．５％、感度１００％及び特異度９８．２％で健康な個体から識別することができた。
【０７４６】
これらの結果は、健康な対象に対して、結腸直腸がん間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が結腸直腸がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、結腸直腸がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０７４７】
表Ｎ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表１２−１】
2020511643.tif 000053
【表１２−２】
2020511643.tif 000054
【０７４８】
表Ｏ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＣＲＣと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｏは、結果の要約を示し、ＣＲＣ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｏはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表１３−１】
2020511643.tif 000055
【表１３−２】
2020511643.tif 000056
【０７４９】
例５
この試験では、消化管神経内分泌腫瘍（ＧＮＥＴ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０７５０】
材料及び方法
血漿試料採取
消化管神経内分泌腫瘍を有する１０人の患者から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０７５１】
全血をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０７５２】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０７５３】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０７５４】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０７５５】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、消化管神経内分泌腫瘍群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０７５６】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０７５７】
精度メトリック
例３と同様にＧＮＥＴ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料をＧＮＥＴ又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０７５８】
結果
ＧＮＥＴを有する患者の合計１０個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｑに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表Ｐに報告する。ＧＮＥＴ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＧＮＥＴ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｑ）。
【０７５９】
本発明者らは、ＧＮＥＴ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＧＮＥＴ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３０】
2020511643.tif 000057
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＧＮＥＴ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２０）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．９０に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＧＮＥＴ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０７６０】
これらの結果は、健康な対象に対して、消化管神経内分泌腫瘍間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が消化管神経内分泌腫瘍スクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、消化管神経内分泌腫瘍対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０７６１】
表Ｐ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表１４】
2020511643.tif 000058
【０７６２】
表Ｑ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＧＮＥＴと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｑは、結果の要約を示し、ＧＮＥＴ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｑはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表１５−１】
2020511643.tif 000059
【表１５−２】
2020511643.tif 000060
【０７６３】
例６
本試験では、血液がん、より具体的には慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）を呈する対象における循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０７６４】
材料及び方法
血漿試料採取
慢性リンパ性白血病患者１０人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０７６５】
全血をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０７６６】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０７６７】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０７６８】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０７６９】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、ＣＬＬ群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０７７０】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０７７１】
精度メトリック
例３と同様にＣＬＬ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料をＣＬＬ又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０７７２】
結果
ＣＬＬを有する患者の合計１０個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｓに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表Ｒに報告する。ＣＬＬ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＣＬＬ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｓ）。
【０７７３】
本発明者らは、ＣＬＬ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＣＬＬ  ＧＡＧスコア（ＣＬＬ  ＧＡＧスコア番号１）を導出した：
【数３１】
2020511643.tif 000061
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＣＬＬ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２１）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９７４であることが分かった。このスコアに対して０．２５に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＣＬＬ対象を、精度９５．６％、感度１００％及び特異度９４．８％で健康な個体から識別することができた。
【０７７４】
本発明者らはまた、上記ＧＡＧスコアの変動がＣＬＬ対象をＨ対象から識別するのにも有効であるかどうかを調査した。この目的のために、ＣＳ特性のみを使用して、代替ＣＬＬ  ＧＡＧスコア（ＣＬＬ  ＧＡＧスコア番号２）を導出した：
【数３２】
2020511643.tif 000062
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表す）。この代替のスコアリングシステムを使用すると、ＣＬＬ試料はＨ試料よりも高いスコアを反回性に示した（図２２）。ＡＵＣは０．９７４であることが分かった。このスコアに対して０．２３に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＣＬＬ対象を、精度９５．６％、感度７０％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０７７５】
これらの結果は、健康な対象に対して、ＣＬＬ間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性がＣＬＬスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、慢性リンパ性白血病対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０７７６】
表Ｒ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表１６】
2020511643.tif 000063
【０７７７】
表Ｓ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＣＬＬと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｓは、結果の要約を示し、ＣＬＬ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｓはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表１７−１】
2020511643.tif 000064
【表１７−２】
2020511643.tif 000065
【０７７８】
例７
この試験では、膀胱がん（ＢＣａ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０７７９】
材料及び方法
尿試料採取
膀胱がん患者６人から尿試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０７８０】
尿をポリプロピレン管に回収し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまで−８０℃で凍結した。
【０７８１】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行ったが、血液試料の代わりに尿試料で行った。
【０７８２】
バイオマーカースコア設計
２５人の健康な個体の尿試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、２つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０７８３】
バイオマーカー設計は例３に記載の通りとしたが、膀胱がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０７８４】
精度メトリック
例３と同様にＢＣａ（膀胱がん）ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を膀胱がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０７８５】
結果
ＢＣａを有する患者の合計６個の尿試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、６個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｔに列挙）。健康な個体（Ｈ）の尿試料で測定された２５個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。ＢＣａ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＢＣａ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｔ）。
【０７８６】
本発明者らは、ＢＣａ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。尿測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＢＣａ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３３】
2020511643.tif 000066
（式中、括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＢＣａ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２３）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１．０であることが分かった。このスコアに対して０．９２に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＢＣａ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０７８７】
これらの結果は、健康な対象に対して、膀胱がん間でＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が膀胱がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、膀胱がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０７８８】
表Ｔ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＢＣａと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｔは、結果の要約を示し、ＢＣａ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｔはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表１８−１】
2020511643.tif 000067
【表１８−２】
2020511643.tif 000068
【０７８９】
例８
この試験では、乳がん（ＢＣ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０７９０】
材料及び方法
血漿試料採取
乳がん患者１０人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０７９１】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０７９２】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０７９３】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０７９４】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０７９５】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、乳がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０７９６】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０７９７】
精度メトリック
例３と同様にＢＣ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を乳がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０７９８】
結果
ＢＣを有する患者の合計１０個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｖに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表Ｕに報告する。ＢＣ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＢＣ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｖ）。
【０７９９】
本発明者らは、ＢＣ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＢＣ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３４】
2020511643.tif 000069
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＢＣ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２４）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．９４に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＢＣ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８００】
これらの結果は、健康な対象に対して、乳がん間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が乳がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、乳がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０８０１】
表Ｕ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表１９】
2020511643.tif 000070
【０８０２】
表Ｖ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＢＣと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｖは、結果の要約を示し、ＢＣ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｖはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表２０−１】
2020511643.tif 000071
【表２０−２】
2020511643.tif 000072
【０８０３】
例９
この試験では、卵巣がん（ＯＶ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０８０４】
材料及び方法
血漿試料採取
卵巣がん患者９人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０８０５】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８０６】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８０７】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８０８】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８０９】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、卵巣がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０８１０】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８１１】
精度メトリック
例３と同様にＯＶ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を卵巣がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０８１２】
結果
ＯＶを有する患者の合計９個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、９個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｘに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表Ｗに報告する。ＯＶ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＯＶ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｘ）。
【０８１３】
本発明者らは、ＯＶ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＯＶ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３５】
2020511643.tif 000073
（式中、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、Ｔｏｔ  ＨＡはＨＡの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＯＶ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２５）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．９９に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＯＶ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８１４】
これらの結果は、健康な対象に対して、卵巣がん間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が卵巣がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、卵巣がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０８１５】
表Ｗ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表２１】
2020511643.tif 000074
【０８１６】
表Ｘ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＯＶと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｘは、結果の要約を示し、ＯＶ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｘはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表２２−１】
2020511643.tif 000075
【表２２−２】
2020511643.tif 000076
【０８１７】
例１０
本試験では、子宮がん、より具体的には子宮内膜がん（ＥＣ）を呈する対象における循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０８１８】
材料及び方法
血漿試料採取
子宮内膜がん患者９人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０８１９】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８２０】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８２１】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８２２】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８２３】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、子宮内膜がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０８２４】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８２５】
精度メトリック
例３と同様にＥＣ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を子宮内膜がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０８２６】
結果
ＥＣを有する患者の合計９個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、９個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表Ｚに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表Ｙに報告する。ＥＣ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＥＣ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表Ｚ）。
【０８２７】
本発明者らは、ＥＣ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＥＣ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３６】
2020511643.tif 000077
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＥＣ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２６）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．９７に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＥＣ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８２８】
これらの結果は、健康な対象に対して、子宮内膜がん間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が子宮内膜がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、子宮内膜がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０８２９】
表Ｙ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表２３】
2020511643.tif 000078
【０８３０】
表Ｚ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＥＣと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表Ｚは、結果の要約を示し、ＥＣ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表Ｚはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表２４−１】
2020511643.tif 000079
【表２４−２】
2020511643.tif 000080
【０８３１】
例１１
本試験では、子宮がん、より具体的には子宮頸がん（ＣＳＴ）を呈する対象における循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０８３２】
材料及び方法
血漿試料採取
子宮頸がん患者９人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０８３３】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８３４】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８３５】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８３６】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８３７】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、子宮頸がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０８３８】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８３９】
精度メトリック
例３と同様にＣＳＴ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を子宮頸がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０８４０】
結果
ＣＳＴを有する患者の合計９個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、９個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表ＡＢに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表ＡＡに報告する。ＣＳＴ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＣＳＴ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表ＡＢ）。
【０８４１】
本発明者らは、ＣＳＴ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＣＳＴ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３７】
2020511643.tif 000081
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＣＳＴ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２７）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．７１に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＣＳＴ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８４２】
これらの結果は、健康な対象に対して、子宮頸がん間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が子宮頸がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、子宮頸がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０８４３】
表ＡＡ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表２５】
2020511643.tif 000082
【０８４４】
表ＡＢ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＣＳＴと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表ＡＢは、結果の要約を示し、ＣＳＴ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表ＡＢはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表２６】
2020511643.tif 000083
【０８４５】
例１２
本試験では、血液がん、より具体的には非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）を呈する対象における循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０８４６】
材料及び方法
血漿試料採取
非ホジキンリンパ腫、特にびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫患者１０人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０８４７】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８４８】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８４９】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８５０】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８５１】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、ＮＨＬ群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０８５２】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８５３】
精度メトリック
例３と同様にＮＨＬ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料をＮＨＬ又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０８５４】
結果
ＮＨＬを有する患者の合計１０個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表ＡＤに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表ＡＣに報告する。ＮＨＬ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＮＨＬ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表ＡＤ）。
【０８５５】
本発明者らは、ＮＨＬ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＮＨＬ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３８】
2020511643.tif 000084
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、チャージＨＳはＨＳの加重電荷であり、Ｔｏｔ  ＨＳはＨＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＮＨＬ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２８）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．９７に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＮＨＬ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８５６】
これらの結果は、健康な対象に対して、ＮＨＬ間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性がＮＨＬスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、非ホジキンリンパ腫対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることを実証している。
【０８５７】
表ＡＣ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表２７】
2020511643.tif 000085
【０８５８】
表ＡＤ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＮＨＬと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表ＡＤは、結果の要約を示し、ＮＨＬ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表ＡＤはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表２８】
2020511643.tif 000086
【０８５９】
例１３
本試験では、脳がん、より具体的にはびまん性神経膠腫（ＤＧ）を呈する対象における循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０８６０】
材料及び方法
血漿試料採取
びまん性神経膠腫患者１１人、具体的には星状細胞腫患者７人、多形性膠芽腫患者３人及び乏突起星細胞腫患者１人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０８６１】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８６２】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８６３】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８６４】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８６５】
バイオマーカースコア設計は例３に記載の通りとしたが、びまん性神経膠腫群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０８６６】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８６７】
精度メトリック
例３と同様にＤＧ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料をＤＧ又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０８６８】
結果
ＤＧを有する患者の合計１１個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１１個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表ＡＦに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表ＡＥに報告する。ＤＧ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＤＧ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表ＡＦ）。
【０８６９】
本発明者らは、ＤＧ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＤＧ  ＧＡＧスコアを導出した：
【数３９】
2020511643.tif 000087
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、総ＨＡはＨＡの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＤＧ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図２９）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が１（完全な分類器）であることが分かった。このスコアに対して０．９５に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＤＧ対象を、精度１００％、感度１００％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８７０】
これらの結果は、健康な対象に対して、ＤＧ間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性がＤＧスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコア（又はＧＡＧプロファイル）を、びまん性神経膠腫対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０８７１】
表ＡＥ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表２９】
2020511643.tif 000088
【０８７２】
表ＡＦ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＤＧと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表ＡＦは、結果の要約を示し、ＤＧ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表ＡＦはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表３０−１】
2020511643.tif 000089
【表３０−２】
2020511643.tif 000090
【０８７３】
例１４
この試験では、肺がん（ＬＣ）を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定した。
【０８７４】
材料及び方法
血漿試料採取
肺がん、具体的には非小細胞肺がん患者１０人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。
【０８７５】
全血管をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８７６】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８７７】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８７８】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８７９】
バイオマーカー設計は例３に記載の通りとしたが、肺がん群対健康群（黒色腫対健康群の代わり）に関していた。
【０８８０】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８８１】
精度メトリック
例３と同様にＬＣ  ＧＡＧスコアの性能を評価したが、試料を肺がん又は健康（黒色腫又は健康の代わり）として分類した。
【０８８２】
結果
ＬＣを有する患者の合計１０個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表ＡＨに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表ＡＧに報告する。ＬＣ群とＨ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を比較した。ベイズ推定を使用して、平均差についての最高密度区間（ＨＤＩ）を計算することによって、２つの群間の各ＧＡＧ特性についての変化の統計学的有意性を評価した。結果は、ＬＣ対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した（表ＡＨ）。
【０８８３】
本発明者らは、ＬＣ対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、１つのＬＣ  ＧＡＧスコア（ＬＣ  ＧＡＧスコア番号１）を導出した：
【数４０】
2020511643.tif 000091
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、ＬＣ試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図３０）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９８６であることが分かった。このスコアに対して０．８３に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＬＣ対象を、精度９７％、感度９０％及び特異度９８％で健康な個体から識別することができた。
【０８８４】
本発明者らはまた、上記ＧＡＧスコアの変動がＬＣ対象をＨ対象から識別するのにも有効であるかどうかを調査した。この目的のために、ＣＳ特性のみを使用して、代替ＬＣ  ＧＡＧスコア（ＬＣ  ＧＡＧスコア番号２）を導出した：
【数４１】
2020511643.tif 000092
（式中、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）であり、チャージＣＳはＣＳの加重電荷である）。この代替のスコアリングシステムを使用すると、ＬＣ試料はＨ試料よりも高いスコアを反回性に示した（図３１）。ＡＵＣは０．９９７であることが分かった。このスコアに対して０．８８に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、ＬＣ患者を、精度９８．５％、感度９０％及び特異度１００％で健康な個体から識別することができた。
【０８８５】
これらの結果は、健康な対象に対して、肺がん間で循環ＧＡＧレベル及び／又は化学組成に測定可能な差があり、したがってＧＡＧ特性が肺がんスクリーニング（例えば、診断）に有用となり得ることを示している。これらの結果は、ＧＡＧスコアを、肺がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることをさらに実証している。
【０８８６】
表ＡＧ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。
【表３１】
2020511643.tif 000093
【０８８７】
表ＡＨ：個々のＧＡＧ特性（ＣＳ、ＨＳ又はＨＡレベル、個々の二糖組成及びチャージＨＳ又はチャージＣＳ）が、ＬＣと健康な試料との間の有意で実質的に認識可能な変化を示すという統計的確実性のメトリックを計算した。症例と対照の間の平均の差が、測定に関連してデータに適合し得る全ての可能な統計分布の５％未満内のいわゆる実質的に等価な範囲に入る場合、変化を有意で実質的に認識可能と定義した。表ＡＨは、結果の要約を示し、ＬＣ対Ｈ対象の血液で測定されるＧＡＧ特性についての平均値、及び平均差の統計学的有意性についてのベイズ推定（％）を示す（ＲＯＰＥ％、実質的に等価な範囲、ＲＯＰＥ％＞５は２つの群についての値のランダム分布が症例の５％超において実質的に等価な平均を有することを示し、そのため、これは有意でない）。表ＡＨはまた、二糖組成の個々の型の一定の比を計算した結果を示している。４ｓ／６ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと６ｓ  ＣＳの比である。６ｓ／０ｓ  ＣＳは６ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。４ｓ／０ｓ  ＣＳは４ｓ  ＣＳと０ｓ  ＣＳ（非硫酸化ＣＳ）の比である。
【表３２】
2020511643.tif 000094
【０８８８】
例１５
本試験では、様々ながん型を呈する対象の循環ＧＡＧレベルを測定し、それらを健康な対象のＧＡＧレベルと比較した。
【０８８９】
材料及び方法
血漿試料採取
様々ながん型の患者１０５人から血液試料を得た。全ての患者がサンプリングの時点で疾患及び治療未経験の証拠を有していた。以下のがん型を調査した：乳がん（ＢＣ）、結腸直腸がん（ＣＲＣ）、子宮頸がん（ＣＳＴ）、びまん性神経膠腫（ＤＧ）、子宮内膜がん（ＥＣ）、消化管神経内分泌腫瘍（ＧＮＥＴ）、リンパ性白血病（ＬＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、肺がん（ＬＣ）、卵巣がん（ＯＶ）、前立腺がん（ＰＣａ）。
【０８９０】
全血をＥＤＴＡ管に回収し、遠心分離して血漿を分離した。血漿を２２０μＬのバイアルに分注し、ドライアイス中で分析するために出荷されるまでバイアルを−８０℃で凍結した。
【０８９１】
血漿ＧＡＧは血液ＧＡＧに対応する。そのため、この例の目的のために、血漿を互換的に血液とも呼ぶ。
【０８９２】
グリコサミノグリカンプロファイル決定
試料調製及びＧＡＧ特性の測定（ＧＡＧプロファイル測定）を例３の通りに行った。
【０８９３】
バイオマーカースコア設計
５８人の健康な個体の血液試料から得られた歴史的ＧＡＧプロファイルを使用して対照群を形成した。これらの試料は、４つの異なる歴史的コホートに属していた。ＧＡＧプロファイルを、前の節に記載されるように測定した。
【０８９４】
各がん型対象と対照群の間の各ＧＡＧ特性についての差を、平均及び標準偏差の観点から説明した。群間の各ＧＡＧ特性の変化における統計学的有意性は、前の例で報告した。
【０８９５】
がん患者のＧＡＧプロファイルの変化が、がん患者を健康な対象から識別するために使用することができ、したがってがん診断として適切となるＧＡＧスコアにまとめることができるかどうかを検証するために、臨床結果（すなわち、健康な対象と比較したがん）を最も予測している堅牢なＧＡＧ特性を選択するために一個抜き交差検証をと共にＬａｓｓｏ罰則付きロジスティック回帰（Ｔｉｂｓｈｉｒａｎｉ、１９９６、上記）を利用した。その後、スコアを、分子はがんに関連する特性の和であり、分母は健康な状態に関連する特性の和である比として設計した。回帰係数を用いて各項を正規化した。
【０８９６】
この試験の目的のために、また他に述べられる理由のために、処理された試料が血漿であったかどうかにかかわらず血液ＧＡＧから計算されたスコアをＧＡＧ血液スコアと呼ぶ。
【０８９７】
精度メトリック
試料のバイナリ分類におけるＧＡＧスコアの性能を、がん又は健康のいずれかとして、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を導出することにより変化する閾値で評価した。本発明者らは、ＧＡＧスコアの精度を、ＲＯＣ曲線の曲線下面積（ＡＵＣ）として測定した（ＡＵＣは完全な分類器については１であり、ランダム分類器については０．５である）。ＧＡＧスコアの潜在的なカットオフ値として、精度が最大であったスコア、すなわち、ＧＡＧスコアがこのカットオフ値を上回る試料ががんである最大確率を有し、このカットオフ値を下回る試料が健康である最大確立を有するものを選択した。ＲＯＣ曲線はｐＲＯＣ  Ｒパッケージを用いて計算し、最適カットオフはＯｐｔｉｍａｌＣｕｔｐｏｉｎｔｓ  Ｒパッケージを用いて計算した。
【０８９８】
結果
がん患者の合計１０５個の血液試料を分析した。以前記載されたように（Ｇａｔｔｏら、２０１６及び上記）、（ｉ）コンドロイチン硫酸（ＣＳ）、（ｉｉ）ヘパラン硫酸（ＨＳ）、及び（ｉｉｉ）ヒアルロン酸（ＨＡ）のレベル及び二糖化学組成を含む、１０５個の試料のＧＡＧプロファイルを定量化した。合計で２４個の異なる特性（１９個の独立した特性を含む）を、血液試料のＧＡＧプロファイルの一部として測定した（表ＡＪに列挙）。健康な個体（Ｈ）の血液試料で測定された５８個の歴史的ＧＡＧプロファイルの群を対照としてさらに含めた。このコホートの臨床データを表ＡＩに報告する。表ＡＪに各がん型群対Ｈ群のＧＡＧプロファイルの各特性の値を報告した。結果は、図３２〜図３５に示されるように、がん対象とＨ対象との間で、いくつかのＧＡＧ特性に顕著な差があることを示した。健康な群との各差の統計学的有意性を、前の例の各がん型について別々に評価した。
【０８９９】
本発明者らは、がん対Ｈ対象のＧＡＧスコアのＧＡＧプロファイルの変化を要約した。血液測定値を使用して、以下の式に基づいて、例２で設計した血液スコアに対する代替がんＧＡＧスコア（がんＧＡＧスコア番号２／がん血液スコア番号２）を導出した：
【数４２】
2020511643.tif 000095
（式中、角括弧内の項は対応するＧＡＧに対する二糖の割合（質量分率）を表し、チャージＣＳはＣＳの加重電荷であり、総ＣＳはＣＳの総濃度（μｇ／ｍＬ）である）。その後、本発明者らは、各試料でスコアを計算し、がん試料がＨ試料に対して反回性に上昇するスコアを有することを観察した（図３６）。ＧＡＧスコアの性能を、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線を使用して評価し、曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９８６であることが分かった。このスコアに対して１．３９に等しい最適カットオフを特定した。このカットオフを使用して、がん対象を、精度９５．１％、感度９７．１％及び特異度９１．４％で健康な個体から識別することができた。
【０９００】
これらの結果は、ＧＡＧスコア（ＧＡＧプロファイル）を、がん対象と健康な対象を識別するように設計することができ、その有意なＡＵＣが、意図した診断用途に応じて、感度及び／又は特異度を最大化するために、微調整された最適なカットオフスコアを可能にすることを実証している。
【０９０１】
表ＡＩ：この試験で分析したコホートの臨床データ。結果は中央値（２５、７５百分位数）又はパーセント又はカウントとして提示される。欠測値は省略した。＊低ステージ／悪性度の疾患は、ＣＲＣ及びＬＣについてはＴＮＭステージＩ〜ＩＩＩ、ＣＳＴについてはＦＩＧＯステージＩ、ＥＣ及びＯＶについてはＦＩＧＯステージＩ〜ＩＩ、ＤＧについては非グレードＩＶ神経膠腫、ＧＮＥＴについてはＥＮＥＴＳグレードＧ１、ＬＬについてはＢｉｎｅｔステージＡ又はＢ、ＮＨＬについてはＡｎｎ  ＡｒｂｏｒステージＩ〜ＩＩ及びＰＣａについてはグリソングレード＜７として定義される（入手不可の場合Ｎ．Ａ．）。
【表３３−１】
2020511643.tif 000096
【表３３−２】
2020511643.tif 000097
【０９０２】
表ＡＪ：健康な群及び各がん型群における各ＧＡＧ特性についての平均値（＋／−標準偏差）。組成に関するＧＡＧ特性を質量分率（重量／重量％）として表す。
【表３４−１】
2020511643.tif 000098
【表３４−２】
2020511643.tif 000099
【図１】
2020511643.tif 000100
【図２】
2020511643.tif 000101
【図３】
2020511643.tif 000102
【図４】
2020511643.tif 000103
【図５】
2020511643.tif 000104
【図６】
2020511643.tif 000105
【図７】
2020511643.tif 000106
【図８】
2020511643.tif 000107
【図９Ａ】
2020511643.tif 000108
【図９Ｂ】
2020511643.tif 000109
【図９Ｃ】
2020511643.tif 000110
【図１０Ａ】
2020511643.tif 000111
【図１０Ｂ】
2020511643.tif 000112
【図１０Ｃ】
2020511643.tif 000113
【図１１】
2020511643.tif 000114
【図１２】
2020511643.tif 000115
【図１３】
2020511643.tif 000116
【図１４】
2020511643.tif 000117
【図１５】
2020511643.tif 000118
【図１６】
2020511643.tif 000119
【図１７】
2020511643.tif 000120
【図１８】
2020511643.tif 000121
【図１９】
2020511643.tif 000122
【図２０】
2020511643.tif 000123
【図２１】
2020511643.tif 000124
【図２２】
2020511643.tif 000125
【図２３】
2020511643.tif 000126
【図２４】
2020511643.tif 000127
【図２５】
2020511643.tif 000128
【図２６】
2020511643.tif 000129
【図２７】
2020511643.tif 000130
【図２８】
2020511643.tif 000131
【図２９】
2020511643.tif 000132
【図３０】
2020511643.tif 000133
【図３１】
2020511643.tif 000134
【図３２】
2020511643.tif 000135
【図３３】
2020511643.tif 000136
【図３４】
2020511643.tif 000137
【図３５】
2020511643.tif 000138
【図３６】
2020511643.tif 000139
【国際調査報告】
2020511643.tif 000140
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