(57)【要約】  本開示は、細菌完全性を決定するための方法および組成物を提供する。
2020501570.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、該方法は、
細菌組成物を選択培地上で増殖させること、ここで、細菌組成物は細菌株を含む、
を含み、および
ここで、細菌組成物が選択培地上で非選択培地上よりも遅く増殖する場合、細菌組成物の完全性は損なわれる、
前記方法。
【請求項２】
細菌組成物を非選択培地上で増殖させることをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
細菌組成物が、細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
細菌組成物の完全性が損なわれる場合、細菌組成物が、生細菌製品を調製するために用いられない、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、該方法は、
第一の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、ここで、第一の細菌組成物は細菌株を含む；
第二の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、ここで、第二の細菌組成物は細菌株を含む、
を含み、および
ここで、第一の細菌組成物が第二の細菌組成物よりも遅く増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれる、
前記方法。
【請求項６】
第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、該方法は、
第一の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、
第一の細菌組成物を非選択培地上で増殖させること、ここで、第一の細菌組成物は細菌株を含む；
第二の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、
第二の細菌組成物を非選択培地上で増殖させること、ここで、第二の細菌組成物は細菌株を含む；
を含み、
ここで、第一の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差が、第二の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差よりも大きく、かつ、第一の細菌組成物および第二の細菌組成物の両方が、選択培地上で非選択培地よりも遅く増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれる、
前記方法。
【請求項７】
第一の細菌組成物が、第一の細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された、請求項５または６に記載の方法。
【請求項８】
第二の細菌組成物が、第二の細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された、請求項５〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
選択培地が胆汁酸培地である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
第一の細菌組成物および第二の細菌組成物が、同じ細菌株を含む、請求項５〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
第一の細菌組成物の完全性が損なわれる場合、第一の細菌組成物が、生細菌製品を調製するために用いられない、請求項５〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
細菌株が嫌気性細菌株である、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
細菌株がクロストリジウム綱に属する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
細菌株がクロストリジウム科に属する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
細菌株がクロストリジウム属に属する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
細菌株が、Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Ruminococcus torques、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびSubdolinogranulum菌種からなる群から選択される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
細菌株がClostridium bolteaeである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
細菌株がDorea longicatenaである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１９】
細菌株が、配列番号：１〜８からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する16S rDNA配列を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本願は2016年12月16日に出願の米国仮出願番号62/435,244の、35 U.S.C. § 119(e)による利益を主張し、それは参照によってその全体を本明細書中に組み込まれる。
【０００２】
本開示は、細菌完全性を決定するための方法および組成物を提供する。
【背景技術】
【０００３】
背景
ヒト腸内マイクロバイオームは、多数の微生物を含む。これらの微生物のかなりの数が、嫌気性細菌である。ヒト腸内マイクロバイオームに由来する嫌気性細菌を含む組成物は、ヒト疾患の処置において可能性を示してきた（例、Atarashi et al., Nature 500, 232, 2013; Atarashi et al., Cell 163, 1, 2015; Mathewson et al., Nature Immunology 17, 505, 2016参照）。しかしながら、嫌気性細菌は、それらの酸素への感受性のため製造することに課題がある。さらに、治療用途に使用されることになっているいかなる嫌気性細菌も、それらの完全性および投与への準備完了状態について査定される必要がある。したがって、嫌気性細菌が投与されるために十分な完全性を有するかを決定するための、新規かつ改良された組成物および方法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００４】
概要
一側面において、本開示は、細菌完全性を決定するための組成物および方法を提供する。
【０００５】
いくつかの態様において、本開示は、細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、該方法は、細菌組成物を選択培地上で増殖させること、ここで、細菌組成物は細菌株を含む、を含み、および、ここで、細菌組成物が選択培地上で非選択培地上よりも遅く増殖する場合、細菌組成物の完全性は損なわれる、前記方法を提供する。本明細書で提供される方法のいくつかの態様において、方法は、細菌組成物を非選択培地上で増殖させることをさらに含む。いくつかの態様において、細菌組成物は、細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された。いくつかの態様において、細菌組成物の完全性が損なわれる場合、細菌組成物は、生細菌製品を調製するために用いられない。
【０００６】
いくつかの態様において、本開示は、第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、該方法は、第一の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、ここで、第一の細菌組成物は細菌株を含む；第二の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、ここで、第二の細菌組成物は細菌株を含む、を含み、および、ここで、第一の細菌組成物が第二の細菌組成物よりも遅く増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれる、前記方法を提供する。
【０００７】
いくつかの態様において、本開示は、第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、該方法は、第一の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、第一の細菌組成物を非選択培地上で増殖させること、ここで、第一の細菌組成物は細菌株を含む；第二の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、第二の細菌組成物を非選択培地上で増殖させること、ここで、第二の細菌組成物は細菌株を含む；を含み、ここで、第一の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差が、第二の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差よりも大きく、かつ、第一の細菌組成物および第二の細菌組成物の両方が、選択培地上で非選択培地よりも遅く増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれる、前記方法を提供する。
【０００８】
本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌組成物は、細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、第一の細菌組成物は、第一の細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、第二の細菌組成物は、第二の細菌組成物を増殖させる前に凍結乾燥された。
【０００９】
本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、選択培地は胆汁酸培地である。
【００１０】
いくつかの態様において、第一の細菌組成物の完全性が損なわれる場合、第一の細菌組成物は、生細菌製品を調製するために用いられない。
【００１１】
本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、第一の細菌組成物および第二の細菌組成物は、同じ細菌株を含む。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌株は嫌気性細菌株である。いくつかの態様において、細菌株はクロストリジウム綱に属する。いくつかの態様において、細菌株はクロストリジウム科に属する。いくつかの態様において、細菌株はクロストリジウム属に属する。いくつかの態様において、細菌株は、Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Ruminococcus torques、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびSubdolinogranulum菌種からなる群から選択される。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌株はClostridium bolteaeである。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌株はDorea longicatenaである。
【００１２】
いくつかの態様において、細菌株は、配列番号：１〜８からなる群から選択される核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する16S rDNA配列を含む。
【００１３】
発明のこれらおよび他の側面、ならびに、それらの種々の態様は、図面および発明の詳細な説明を参照するとより明確になるだろう。
【００１４】
発明の各限定は、発明の種々の態様を包含し得る。したがって、任意の１つの要素または要素の組み合わせを含む発明の各限定は、発明の各側面に含まれ得ることが予想される。この発明は、その適用において、以下の記載に記載されるかまたは図面に示される構成の詳細および構成要素の配置に限定されない。発明は他の態様が可能であり、種々のやり方で実施されることまたは実行されることが可能である。
【図面の簡単な説明】
【００１５】
添付の図面は一定の縮尺で描かれることを意図しない。図面は例示的なものにすぎず、本開示の実施可能性のために必要とされない。明確にする目的のために、すべての構成要素はすべての図面においてラベルされていないことがあってもよい。図面において：
【００１６】
【図１Ａ】図１Ａおよび１Ｂは、Dorea longicatena（株６）での実験の結果を示す。図１Ａにおいて、左から右にかけての棒は：TSA血液（新鮮）、TSA血液＋胆汁（新鮮）、TSA血液（凍結）、TSA血液＋胆汁（凍結）、TSA血液（Lyo）、TSA血液＋胆汁（Lyo）である。図１Ｂにおいて、左から右にかけての棒は：TSA血液（新鮮）、TSA血液＋胆汁（新鮮）、TSA血液（凍結）、TSA血液＋胆汁（凍結）、TSA血液（Lyo）、TSA血液＋胆汁（Lyo）である。TSA：トリプチック大豆アガー。Lyo：凍結乾燥された。
【図１Ｂ】図１Ａおよび１Ｂは、Dorea longicatena（株６）での実験の結果を示す。図１Ａにおいて、左から右にかけての棒は：TSA血液（新鮮）、TSA血液＋胆汁（新鮮）、TSA血液（凍結）、TSA血液＋胆汁（凍結）、TSA血液（Lyo）、TSA血液＋胆汁（Lyo）である。図１Ｂにおいて、左から右にかけての棒は：TSA血液（新鮮）、TSA血液＋胆汁（新鮮）、TSA血液（凍結）、TSA血液＋胆汁（凍結）、TSA血液（Lyo）、TSA血液＋胆汁（Lyo）である。TSA：トリプチック大豆アガー。Lyo：凍結乾燥された。
【００１７】
【図２Ａ】図２Ａおよび２Ｂは、Clostridium bolteae（株１）での実験の結果を示す。図２Ａにおいて、左から右にかけての棒は：PYG（新鮮）、TSA血液（新鮮）、TSA血液およびウシ胆汁（新鮮）、PYG（Lyo）、TSA血液（Lyo）、TSA血液およびウシ胆汁（Lyo）である。図２Ｂにおいて、左から右にかけての棒は：TSA血液（新鮮）、TSA血液および胆汁（新鮮）、TSA血液（Lyo）、TSA血液およびウシ胆汁（Lyo）である。PYG：ペプトン酵母グルコース培地。TSA：トリプチック大豆アガー。Lyo：凍結乾燥された。
【図２Ｂ】図２Ａおよび２Ｂは、Clostridium bolteae（株１）での実験の結果を示す。図２Ａにおいて、左から右にかけての棒は：PYG（新鮮）、TSA血液（新鮮）、TSA血液およびウシ胆汁（新鮮）、PYG（Lyo）、TSA血液（Lyo）、TSA血液およびウシ胆汁（Lyo）である。図２Ｂにおいて、左から右にかけての棒は：TSA血液（新鮮）、TSA血液および胆汁（新鮮）、TSA血液（Lyo）、TSA血液およびウシ胆汁（Lyo）である。PYG：ペプトン酵母グルコース培地。TSA：トリプチック大豆アガー。Lyo：凍結乾燥された。
【００１８】
【図３Ａ】図３Ａおよび３Ｂは、示された細菌株の生存可能性を査定する実験の結果を示す。図３Ａは、-80℃での凍結乾燥および保存の前の細菌生存可能性を示す。図３Ｂは、-80℃での凍結乾燥および保存の後の細菌生存可能性を示す。図３Ａにおいて、株の各々についての棒は、左：チョコレートアガー上の生存可能性、および右：チョコレートアガー＋ウシ胆汁上の生存可能性である。図３Ｂにおいて、株の各々についての棒は、左：チョコレートアガー上の生存可能性、および右：チョコレートアガー＋ウシ胆汁上の生存可能性である。
【図３Ｂ】図３Ａおよび３Ｂは、示された細菌株の生存可能性を査定する実験の結果を示す。図３Ａは、-80℃での凍結乾燥および保存の前の細菌生存可能性を示す。図３Ｂは、-80℃での凍結乾燥および保存の後の細菌生存可能性を示す。図３Ａにおいて、株の各々についての棒は、左：チョコレートアガー上の生存可能性、および右：チョコレートアガー＋ウシ胆汁上の生存可能性である。図３Ｂにおいて、株の各々についての棒は、左：チョコレートアガー上の生存可能性、および右：チョコレートアガー＋ウシ胆汁上の生存可能性である。
【００１９】
【図４Ａ】図４Ａおよび４Ｂは、25℃での保存後の細菌株の生存可能性を査定する実験の結果を示す。図４Ａは、25℃での短期保存後の細菌生存可能性を示す。図４Ｂは、25℃での１か月保存後の細菌生存可能性を示す。図４Ａにおいて、株の各々についての棒は、左から右にかけて、初期生存可能性（T0生存可能タイターcfu/0.1g）；ウシ胆汁を伴う培地における初期生存可能性（T0ウシ胆汁上のタイター）；48時間後の生存可能性（48 hr生存可能タイターcfu/0.1g）；ウシ胆汁を伴う48時間後の生存可能性（48 hrウシ胆汁上のタイター）；1週間後の生存可能性（1週生存可能タイターcfu/0.1g）；およびウシ胆汁を伴う１週間後の生存可能性（1週間ウシ胆汁上のタイター）。図４Ｂにおいて、株の各々についての棒は、左から右にかけて、初期生存可能性（T0生存可能タイターcfu/0.1g）；ウシ胆汁を伴う培地における初期生存可能性（T0ウシ胆汁上のタイター）；１か月後の生存可能性（1 mo生存可能タイターcfu/0.1g）；およびウシ胆汁を伴う１か月後の生存可能性（1 moウシ胆汁上のタイター）。
【図４Ｂ】図４Ａおよび４Ｂは、25℃での保存後の細菌株の生存可能性を査定する実験の結果を示す。図４Ａは、25℃での短期保存後の細菌生存可能性を示す。図４Ｂは、25℃での１か月保存後の細菌生存可能性を示す。図４Ａにおいて、株の各々についての棒は、左から右にかけて、初期生存可能性（T0生存可能タイターcfu/0.1g）；ウシ胆汁を伴う培地における初期生存可能性（T0ウシ胆汁上のタイター）；48時間後の生存可能性（48 hr生存可能タイターcfu/0.1g）；ウシ胆汁を伴う48時間後の生存可能性（48 hrウシ胆汁上のタイター）；1週間後の生存可能性（1週間生存可能タイターcfu/0.1g）；およびウシ胆汁を伴う１週間後の生存可能性（1週間ウシ胆汁上のタイター）。図４Ｂにおいて、株の各々についての棒は、左から右にかけて、初期生存可能性（T0生存可能タイターcfu/0.1g）；ウシ胆汁を伴う培地における初期生存可能性（T0ウシ胆汁上のタイター）；１か月後の生存可能性（1 mo生存可能タイターcfu/0.1g）；およびウシ胆汁を伴う１か月後の生存可能性（1 moウシ胆汁上のタイター）。
【００２０】
詳細な記載
治療使用のための細菌組成物、特に嫌気性細菌の調製および貯蔵は課題があった。細菌はプレート上または溶液中で凍結および再増殖され得る一方で、このプロセスを標準化することは困難であった。治療目的のために用いられ得る細菌を貯蔵する需要がある。凍結乾燥は、ペプチドおよびタンパク質の貯蔵のための認識されたプロセスである。しかしながら、細菌組成物、特に嫌気性細菌の凍結乾燥は課題があり、完全性の喪失が、細菌組成物の凍結乾燥の際に見出されてきた。
【００２１】
生存可能な細菌と生存不能な細菌とを区別することは、比較的明快である。生存可能な細菌は分裂し得、培養物が産生され得るところ、生存不能な細菌はもはや増殖され得ない（複製せず、培養され得ない）。課題は、生存可能な細菌を完全性を失ってきた細菌から区別することにある。完全性を失ってきた細菌は、なおも増殖され得、これは、細菌細胞は生存可能であり培養可能であることを意味する。しかしながら、これらは、健常な細菌よりも遅く増殖するだろう。
【００２２】
さらに、完全性を失ってきた細菌は、医薬組成物における使用のためにもはや好適ではないかもしれない。例えば、対象へ投与される場合に消化管を通過する医薬組成物は、胃の酸性pHに暴露され得る。医薬組成物の活性剤（単数または複数）は腸へ到達することが意図され、かつ、胃酸に暴露されることになり得る場合には、該剤は、適切な部位へ到達するには胃における状況を切り抜けなければならない。また、腸へと標的化される医薬組成物中の活性剤が細菌株である場合、その細菌株は、効果的となるために十分な時間、腸の環境において増殖することができ、または少なくともこれを切り抜けることができなければならない。
【００２３】
本明細書に記載の方法は、例えば、医薬組成物の製造の間の品質管理プロセスの一部として、医薬組成物を作製するために用いられ得る細菌組成物の完全性の査定を可能にする。細菌組成物は完全性を欠くまたは損なわれた完全性を有することが見出された場合、該細菌組成物は医薬組成物において用いられない。よって、例えば、医薬組成物が１つ以上の細菌組成物を含む場合（例、医薬組成物が細菌株のカクテルである場合）、それらの細菌組成物の各々は、完全性についてテストされる。特定の細菌組成物の完全性が不十分であることが見出された場合、テストされた細菌組成物は医薬組成物において含まれないだろう。特定の細菌組成物が医薬組成物において要求される場合、医薬組成物の追加的なバッチが産生され、完全性について評価されてもよい。十分な完全性を有する特定の細菌組成物のバッチは、よって、医薬組成物を産生するために用いられ得る。
【００２４】
さらには、医薬組成物は、対象への投与前の保存状況に耐えなければならない。完全性を欠くまたは損なわれた完全性を有する細菌組成物は、保存状況を切り抜けられないかもしれず、したがって、投与の際にあまり効果がないかもしれない。
【００２５】
驚くべきことに、本明細書において、選択培地が、完全性を失ってきた細菌組成物から健常な細菌組成物を区別するために用いられ得ることが、見出された。本明細書で示されるとおり、健常な細菌組成物および完全性を失ってきた細菌組成物の両方は、非選択培地上で類似の速度で増殖するだろう。驚くべきことに、完全性を失ってきた細菌組成物は、選択培地上で健常な細菌組成物よりもかなり遅い増殖速度を有することが見出された。本明細書において用いられる細菌組成物は、本明細書に記載の細菌株のいずれかなどの細菌を含む組成物を指す。
【００２６】
一側面において、本開示は、細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、ここで該方法は、細菌組成物を選択培地上で増殖させる工程を含む、前記方法を提供する。細菌組成物が選択培地上で非選択培地上よりも遅く増殖する場合、細菌組成物の完全性は損なわれる。代替的に、本開示は、細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、ここで該方法は、細菌組成物を選択培地上で増殖する工程を含む、前記方法を提供する。細菌組成物が選択培地上で非選択培地上と類似に増殖する場合、細菌組成物の完全性は損なわれない。細菌増殖は、非選択または選択培地のいずれかについて以前に取得した標準的な増殖曲線（例、参照増殖曲線）に対して測定され得、または、細菌組成物は、同じ評価において、選択培地および非選択培地の両方の上で増殖され得る。
【００２７】
一側面において、本開示は、第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、ここで該方法は：第一の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、第二の細菌組成物を選択培地上で増殖させることを含み、ここで、第一の細菌組成物が第二の細菌組成物よりも遅く増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれる、前記方法を提供する。代替的に、本開示は、第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、ここで該方法は：第一の細菌組成物を選択培地上で増殖させること、第二の細菌組成物を選択培地上で増殖させることを含み、ここで、第一の細菌組成物が第二の細菌組成物と類似の速度で増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれない、前記方法を提供する。いくつかの態様において、第一および第二の細菌組成物は同じ細菌組成物を含むが、異なって調製されていた。よって、例えば、第一の細菌組成物は新鮮に調製された一方で、第二の細菌組成物は凍結乾燥細菌組成物である。一般に、第一および第二の細菌組成物は、同じ細菌株を含むだろう。しかしながら、いくつかの態様において、関連する株（例、同じ細菌種からの株）は、第一および第二の細菌組成物において用いられる。
【００２８】
一側面において、本開示は、第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、ここで該方法は、第一の細菌組成物を選択培地上および非選択培地上で増殖させること、第二の細菌組成物を選択培地上および非選択培地上で増殖させることを含み、ここで、第一の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差が、第二の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差よりも大きく、かつ、第一の細菌組成物および第二の細菌組成物の両方が、選択培地上で非選択培地よりも遅く増殖する場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれる、前記方法を提供する。代替的に、本開示は、第一の細菌組成物の完全性を決定するための方法であって、ここで該方法は、第一の細菌組成物を選択培地上および非選択培地上で増殖させること、第二の細菌組成物を選択培地上および非選択培地上で増殖させることを含み、ここで、第一の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差が、第二の細菌組成物についての、選択培地と非選択培地との間の増殖における差と類似である場合、第一の細菌組成物の完全性は損なわれない、前記方法を提供する。
【００２９】
当業者から理解されるであろうように、特定の培地（例、選択、非選択）における細菌の増殖は、本分野において知られる任意の方法によって査定されてもよい。例えば、いくつかの態様において、培地における細菌の増殖は、コロニー形成ユニット（cfu）を定量化することによって査定されてもよい。いくつかの態様において、培地における細菌の増殖は、細菌培養物の光学密度（例、OD600）を、例えば時間とともに（例、増殖曲線）または培養物によって達成される最大密度として、測定することにより査定されてもよい。
【００３０】
本明細書に開示される方法が、品質管理の一部として用いられ得ることが理解されるべきである。本明細書で用いられるとおり、本明細書で用いられるとおり、用語「品質管理」は、製品を作製するプロセスにおいて、細菌組成物などの構成要素の品質を査定するために用いられるプロセスまたは工程を指す。構成要素の品質が特定の基準を満たす場合、該構成要素は、例えば、製品を作製するために用いられてもよく；他方で、構成要素の品質が基準を満たし損なう場合には、該構成要素は用いられない。いくつかの態様において、細菌組成物は、本明細書に記載の方法のいずれかに従って細菌完全性を査定するための品質管理の対象とされてもよい。
【００３１】
いくつかの態様において、細菌組成物は、治療（医薬）組成物における使用のための細菌組成物を調製するための製造プロセスおよび／または工程における１つ以上の工程を経験し得る。かかる工程は、凍結乾燥、製剤化、乾燥、平衡化等を含む。細菌組成物が１つ以上の製造／調製工程を経験してきた後、細菌組成物は、本明細書で提供される方法に従って細菌完全性について評価されてもよい。いくつかの態様において、細菌組成物は凍結乾燥され、凍結乾燥細菌組成物は完全性の喪失について評価される。細菌組成物が完全性を有することが見出される（すなわち、完全性の喪失を有することが見出されなかった）場合、細菌組成物は、例えば、医薬組成物を作製するためのさらなる製造および／または調製工程のために用いられ得る。完全性を有することが見出された（すなわち、完全性の喪失を有することが見出されなかった）細菌組成物は、品質管理を合格してきたとみなされてもよく、例えば、１つ以上のさらなる製造および／または調製工程（例、医薬組成物などの製品を作製するためのもの）において用いられてもよい。凍結乾燥細菌組成物が、完全性を失っていないと見出される場合、それは医薬組成物を作製するために用いられる。細菌組成物が完全性の喪失を有すると見出される場合、該細菌組成物はさらなる製造および／または調製工程のために用いられないだろう。完全性の喪失を有することを見出された細菌組成物は、品質管理に失敗してきたとみなされてもよく、例えば、１つ以上のさらなる製造および／または調製工程において用いられない（例、医薬組成物などの製品を作製するために用いられない）。凍結乾燥細菌組成物が完全性の喪失を有することが見出される場合、それは医薬組成物において用いられない。
【００３２】
いくつかの態様において、細菌組成物は、一定期間の保存状況の対象となってもよい。いくつかの態様において、完全性の喪失を有するまたは低下した完全性を有する細菌組成物は、一定期間の保存後になお生存可能ではないかもしれない。いくつかの態様において、細菌組成物が完全性の喪失を有することが見出される場合、それは保存状況の対象となるであろう製品を作製するために用いられない。
【００３３】
いくつかの態様において、本開示は、複数の細菌株を含む医薬組成物の品質管理の方法を提供する。いくつかの態様において、品質管理の方法は、医薬組成物の細菌株の各々を別々に増殖させることに次いで凍結乾燥を含み、医薬組成物の細菌株の各々の細菌組成物が結果として生じる。随意に、細菌組成物の各々は、延長された期間保存されてもよい。細菌組成物の各々は、その後、本明細書に記載の細菌完全性を決定するための１つ以上の方法においてテストされ、十分な完全性を有する場合にのみ医薬組成物において含まれるだろう。
【００３４】
本明細書で提供されるものは、細菌完全性を決定するための組成物および方法である。本明細書で用いられる細菌完全性は、一般に、細菌の健常性および生存可能性ならびに製造方法および／または治療組成物（医薬組成物）において細菌を用いる能力を指す。いくつかの態様において、十分な完全性を有しない細菌は、健常な細菌よりも遅く増殖する細菌である。不十分な完全性を伴うこれらの細菌は、例えば、健常な細菌よりも長い誘導期を有する。完全性の喪失は、細菌への傷害と相関してもよく、例えば、細菌は、膜完全性の喪失、細胞壁完全性の喪失、タンパク質変性、架橋、化学修飾、および／またはDNA損傷を有してもよい。いくつかの態様において、細菌組成物が別の細菌組成物と比較してより遅い増殖速度を有する場合、細菌組成物は、完全性の喪失を有するまたは損なわれた完全性を有するとみなされる。いくつかの態様において、完全性の喪失または損なわれた完全性を有する細菌組成物は、異なる状況（例、非選択培地を伴う）下で増殖させられる同じ細菌組成物（例、同じ細菌株（単数または複数））よりも遅い増殖速度を有する。いくつかの態様において、完全性の喪失または損なわれた完全性を有する細菌組成物は、同じ状況（例、選択培地を伴う）下で増殖させられる別の細菌組成物（例、１つ以上の異なる細菌株（単数または複数）を含有するもの）よりも遅い増殖速度を有する。
【００３５】
いくつかの態様において、細菌組成物が別の細菌組成物の増殖速度（例、倍加時間）よりも、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%以上分のより長い増殖速度（例、倍加時間）を有する場合、細菌組成物は完全性の喪失を有するまたは損なわれた完全性を有するとみなされる。いくつかの態様において、完全性の喪失または損なわれた完全性を有する細菌組成物の増殖速度は、異なる状況（例、非選択培地を伴う）下で増殖させられる同じ細菌組成物（例、同じ細菌株（単数または複数））の増殖速度よりも遅い。いくつかの態様において、完全性の喪失または損なわれた完全性を有する細菌組成物の増殖速度は、同じ状況（例、選択培地を伴う）下で増殖させられる別の細菌組成物（例、１つ以上の異なる細菌株（単数または複数）を含有するもの）の増殖速度よりも遅い。
【００３６】
いくつかの態様において、細菌組成物が、非選択培地において増殖させられた細菌組成物と比較して、選択培地において増殖させられた際に生存可能な細菌をほぼ有しない場合には、細菌組成物は、完全性の喪失を有するまたは損なわれた完全性を有するとみなされる。いくつかの態様において、細菌組成物が、選択培地において増殖させられた別の細菌組成物と比較して、選択培地において増殖させられた際に生存可能な細菌をほぼ有しない場合には、細菌組成物は、完全性の喪失を有するまたは損なわれた完全性を有するとみなされる。いくつかの態様において、非選択培地において増殖させられた細菌組成物と比較してまたは選択培地において増殖させられた別の細菌組成物と比較して、選択培地において増殖させられた際に、細菌組成物が、生存可能な細菌の少なくとも5倍、10倍、100倍、1000倍、104倍、105倍以上の低下を有する場合、細菌組成物は完全性の喪失を有するまたは損なわれた完全性を有するとみなされる。
【００３７】
本明細書で提供された方法のいくつかの態様において、細菌組成物は、選択培地上で増殖させられる。本明細書で用いられるとおり、用語「選択培地（複数形）」および「選択培地（単数形）」は、互換的に用いられてもよく、細菌完全性間の区別を可能にする任意の増殖培地を指す。いくつかの態様において、選択培地は、ストレス誘発剤などの選択構成要素を含有する。いくつかの態様において、ストレス誘発剤は胆汁酸である。本明細書で提供される方法のいくつかの態様において、選択培地は胆汁酸培地である。本明細書で開示される方法は、完全性を有する細菌組成物と完全性を有しない細菌組成物とを区別するための選択培地の使用の要素を含む。選択培地は、当該分野において知られており、選択微生物の増殖を可能にする。本明細書で開示されるとおり、選択培地が、選択培地の伝統的な使用である異なる細菌株間を区別するのではなく、完全性を有するまたは有しない細菌を区別するために用いられ得ることは予測されていなかった。
【００３８】
一般に、ウシ胆汁などの胆汁酸上の増殖は、胆汁酸塩暴露のストレス状況下で細菌組成物の生存可能性を測定する。胆汁は、抗菌物性を有し、細胞膜、巨大分子安定性に影響し得、細菌細胞におけるDNA損傷を起こし得る。胆汁酸の不存在下での細菌増殖に対して、胆汁酸の存在下での細菌増殖の査定は、ヒト胃腸管の状況をシミュレートするストレス状況下で細菌株の比較を可能にする（例、Begley et al. FEMS Microbiol. Rev (2005) 29:625-651参照）。本明細書で提供される方法のいくつかの態様において、選択培地は胆汁酸培地である。胆汁酸は、一次および二次胆汁酸の両方を含み、当該分野で知られる任意の供給源から得られてもよい。胆汁酸の例は、タウロコール酸（コール酸の誘導体）、グリココール酸（コール酸の誘導体）、タウロケノデオキシコール酸（ケノデオキシコール酸の誘導体）、およびグリコケノデオキシコール酸（ケノデオキシコール酸の誘導体）である。本明細書で提供される方法のいくつかの態様において、胆汁酸培地はウシ胆汁である。
【００３９】
本明細書で提供される方法のいくつかの態様において、細菌組成物は非選択培地上で増殖させられる。本明細書で用いられるとおり、用語「非選択培地（複数）」および「非選択培地（単数）」は互換的に用いられてもよい。非選択培地の例は、当該分野において知られている。いくつかの態様において、非選択培地は、選択剤を伴わない選択培地と同じ培地であってもよい。例えば、いくつかの態様において、選択培地はウシ胆汁を伴うチョコレート培地であり、非選択培地は、ウシ胆汁を伴わないチョコレート培地である。
【００４０】
当業者によって理解されるであろうように、選択培地および／または非選択培地は、液体（例、ブロス）または固体形態（例、アガー）であってもよい。
【００４１】
本明細書で用いられる方法は、任意の細菌組成物の細菌完全性を決定するために査定され得る。いくつかの態様において、細菌組成物は、治療組成物における使用のためのこれを調製するための１つ以上の製造工程を経験してきた。いくつかの態様において、本明細書で開示される１つ以上の細菌組成物（例、第一の細菌組成物または第二の細菌組成物）は、本明細書で提供される方法において用いられる前（例、選択または非選択培地上で増殖させられる前）に凍結乾燥された。細菌含有組成物を含む組成物を凍結乾燥する方法は、当該分野において知られている。参照により全体が本明細書に組み込まれるUS 3,261,761；US 4,205,132；PCT公報WO 2014/029578、WO 2012/098358、WO2012/076665およびWO2012/088261を例えば参照のこと。
【００４２】
本明細書で提供される方法は、任意の細菌株の細菌完全性を評価するために用いられ得る。本明細書で提供される方法において用いられ得る細菌株は、好気性細菌、ならびに、通性嫌気性菌および偏性（obligate）または絶対（strict）嫌気性菌の両方を含む嫌気性細菌を含む。
【００４３】
本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、第一の細菌組成物および第二の細菌組成物は、同じ細菌株を含む。
【００４４】
本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌株は嫌気性細菌株である。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌株はClostridium bolteaeである。本明細書で提供されたいずれかの方法のいくつかの態様において、細菌株はDorea longicatenaである。
【００４５】
いくつかの態様において、組成物は１つ以上の細菌株を含む。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌は嫌気性細菌である。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、嫌気性細菌は絶対嫌気性細菌である。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌はクロストリジウム綱からのものである。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌はクロストリジウム科からのものである。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌はクロストリジウム属からのものである。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌は、ClostridiumクラスターIV、XIVa、XVI、XVII、またはXVIIIに属する。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌は、ClostridiumクラスターIV、XIVa、またはXVIIに属する。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、細菌は、ClostridiumクラスターIVまたはXIVaに属する。
【００４６】
本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は以下の細菌株の１つ以上を含む：Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacteriumおよびSubdolinogranulum菌種。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は以下の細菌株の１つ以上を含む：Clostridium bolteae 90A9、Anaerotruncus colihominis DSM17241、Sellimonas intestinalis、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Dorea longicatena CAG:42、Erysipelotrichaceae bacterium 21-3、およびClostridium orbiscindens 1_3_50AFAA。本明細書で提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は以下の細菌株の２つ以上（例、２、３、４、５、６、７、または８）を含む：Clostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacterium、およびSubdolinogranulum菌種。いくつかの態様において、組成物はClostridium bolteaeを含む。いくつかの態様において、組成物はAnaerotruncus colihominisを含む。いくつかの態様において、組成物はEubacterium fissicatenaを含む。いくつかの態様において、組成物はClostridium symbiosumを含む。いくつかの態様において、組成物はBlautia productaを含む。いくつかの態様において、組成物はDorea longicatenaを含む。いくつかの態様において、組成物はErysipelotrichaceae bacteriumを含む。いくつかの態様において、組成物はSubdolinogranulum菌種を含む。
【００４７】
一側面において、本明細書で示されるとおり（例えば、例において）、本明細書に記載の方法は、細菌完全性の決定を可能にする。一側面において、本明細書で示されるとおり（例えば、例において）、本明細書で提供される方法は、ClostridiumクラスターIV、XIVa、またはXVIIに属する細菌株の細菌完全性の決定を可能にする。一側面において、本明細書で示されるとおり（例えば、例において）、本明細書で提供される方法は、嫌気性細菌株であるClostridium bolteae、Anaerotruncus colihominis、Eubacterium fissicatena、Clostridium symbiosum、Blautia producta、Dorea longicatena、Erysipelotrichaceae bacteriumおよび／またはSubdolinogranulum菌種のいずれかの細菌完全性の決定を可能にする。本明細書で開示される組成物の例示的な細菌株はまた、それらの16S rRNA配列（配列番号：１〜８）によって同定され得る。細菌のそれらの配列による同定は、例示された細菌と同一または高度に類似する追加の細菌株の同定をさらに可能にする。例えば、細菌株の16S rRNA配列は、全ゲノム配列解析を通じて、およびこれらの配列を16Sデータベース（表１）と比較することによって、最も近い親戚（パーセント同一性を基に）を同定するために用いられた。さらに、全ゲノム配列解析および全ゲノムの全ゲノムデータベースとの比較に基づき、配列番号：１〜８によって提供される16S rRNA 配列を有する細菌株は、以下の細菌種と最も近く関係する：Clostridium bolteae 90A9、Anaerotruncus colihominis DSM 17241、Dracourtella massiliensis GD1、Clostridium symbiosum WAL-14163、Clostridium bacterium UC5.1-1D4、Dorea longicatena CAG:42、Erysipelotrichaceae bacterium 21_3、およびClostridium orbiscindens 1_3_50AFAA（例、表１参照）。よって、一側面において、表１の各行、細菌株は高度に類似および／または同一であることが理解されるべきである。いくつかの態様において、本開示の文脈において、表１の行内の細菌株の名前は互換的に用いられ得る。
【００４８】
【表１】
2020501570.tif 000003
【００４９】
本開示の側面は、本明細書で記載される細菌株または種の配列のいずれか一つの核酸配列に対する配列相同性のレベルを有する16S rDNA配列を伴う細菌株に関する。２つ以上の配列は、配列間の同一性について査定されてもよい。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈における用語「同一」、パーセント「同一性」は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列が、以下の配列比較アルゴリズムの一つを用いてまたはマニュアルアラインメントおよび目視検査によって測定された比較枠または指定領域にわたって、最大一致について比較されアラインメントさせられた際に、核酸もしくはアミノ酸配列の特定領域にわたってまたは全体配列にわたって同じ（例、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%または99.9%の配列相同性）であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定されたパーセンテージを有する場合、2つの配列は「実質的に同一」である。随意に、同一性は、少なくとも約50ヌクレオチド長である領域にわたって、またはより好ましくは、100から500または1000以上のヌクレオチド長である領域にわたって存在する。いくつかの態様において、同一性は、16S rRNAまたは16S rDNA配列の長さにわたって存在する。
【００５０】
いくつかの態様において、細菌組成物は１つ以上の細菌株を含み、ここで、該１つ以上の細菌株は、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、または配列番号：８の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで、該細菌株は、核酸配列である配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、または配列番号：８と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで、該細菌株は、核酸配列である配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、または配列番号：８と少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.5%、少なくとも99.9%、または最大100%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。
【００５１】
いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：１の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：２の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：３の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：４の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：５の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：６の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：７の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：８の核酸配列と少なくとも97%の配列相同性を有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。
【００５２】
本開示の側面は、本明細書で記載される細菌株または種の配列のいずれか１つの核酸配列に対してホモロジーを有する16S rDNA配列を伴う細菌株に関する。いくつかの態様において、細菌株は、核酸もしくはアミノ酸配列の特定領域にわたってまたは全体配列にわたって、本明細書で記載される株または細菌種のいずれかに対して少なくとも80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%または99.9%のホモロジーを有する。２つ以上の核酸配列またはアミノ酸配列の文脈における用語「ホモロジー」または「パーセントホモロジー」は、２つ以上の配列またはそれらの一部分（単数または複数）の間の類似性の尺度を指すことが当業者により理解されるだろう。ホモロジーは、少なくとも約50ヌクレオチド長である配列の領域にわたって、またはより好ましくは100から500または1000以上のヌクレオチド長である領域にわたって、存在してもよい。いくつかの態様において、ホモロジーは、16S rRNAもしくは16S rDNA配列、またはそれらの一部分の長さにわたって存在する。
【００５３】
いくつかの態様において、細菌組成物は１つ以上の細菌株を含み、ここで、該1つ以上の細菌株は、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、または配列番号：８の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで、該細菌株は、核酸配列である配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、または配列番号：８と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで、該細菌株は、核酸配列である配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５、配列番号：６、配列番号：７、または配列番号：８と少なくとも80%、少なくとも81%、少なくとも82%、少なくとも83%、少なくとも84%、少なくとも85%、少なくとも86%、少なくとも87%、少なくとも88%、少なくとも89%、少なくとも90%、少なくとも91%、少なくとも92%、少なくとも93%、少なくとも94%、少なくとも95%、少なくとも96%、少なくとも97%、少なくとも98%、少なくとも99%、少なくとも99.5%、少なくとも99.9%、または最大100%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。
【００５４】
いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：１の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：２の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：３の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：４の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：５の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：６の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：７の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。いくつかの態様において、細菌組成物は１つの細菌株を含み、ここで該細菌株は、配列番号：８の核酸配列と少なくとも97%のホモロジーを有する１つ以上の16S rDNA配列を含む。
【００５５】
いくつかの態様において、組成物は、配列番号：１の16S RNA配列と少なくとも97%の配列相同性を伴う16S RNA核酸配列を含む細菌株を含む。いくつかの態様において、組成物は、配列番号：２の16S RNA配列と少なくとも97%の配列相同性を伴う16S RNA核酸配列を含む細菌株を含む。
【００５６】
追加的に、または代替的に、２つ以上の配列は、配列間のアラインメントについて査定されてもよい。２つ以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈における用語「アラインメント」またはパーセント「アラインメント」は、同じである２つ以上の配列または部分配列を指す。２つの配列が、以下の配列比較アルゴリズムの一つを用いてまたはマニュアルアラインメントおよび目視検査によって測定された比較枠または指定領域にわたって、最大一致について比較されアラインメントさせられた際に、核酸もしくはアミノ酸配列の特定領域にわたってまたは全体配列にわたって同じ（例、少なくとも80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%または99.9%同一）であるアミノ酸残基またはヌクレオチドの特定されたパーセンテージを有する場合、２つの配列は「実質的にアラインメント」される。随意に、アラインメントは、少なくとも約50ヌクレオチド長である領域にわたって、またはより好ましくは、100から500または1000以上のヌクレオチド長である領域にわたって存在する。いくつかの態様において、同一性は、16S rRNAまたは16S rDNA配列の長さにわたって存在する。
【００５７】
配列比較のために、典型的には１つの配列が、テスト配列が比較される参照配列として作用する。比較のための配列のアラインメントの方法は、当該分野においてよく知られている。例えば、SmithおよびWaterman(1970) Adv. Appl. Math. 2:482cのローカルホモロジーアルゴリズムによる、NeedlemanおよびWunsch, J. Mol. Biol. (1970) 48:443のホモロジーアラインメントアルゴリズムによる、PearsonおよびLipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1998) 85:2444の類似性方法のためのサーチによる、これらのアルゴリズムのコンピューター化実装（Wisconsin Genetics Software Package、Genetics Computer Group。Madison。WIにおけるGAP、BESTFIT、FASTAおよびTFASTA）による、またはマニュアルアラインメントおよび目視検査による（例、Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)参照）ものを参照のこと。パーセント配列相同性および配列類似性を決定するために好適なアルゴリズムの２つの例は、Altschul et al., Nuc. Acids Res. (1977) 25:3389-3402およびAltschul et al., J. Mol. Biol. (1990) 215:403-410においてそれぞれ記載されるBLASTおよびBLAST 2.0アルゴリズムである。
【００５８】
本明細書で用いられる用語、細菌および細菌株は、互換的であることが理解されるべきである。
【００５９】
いくつかの態様において、本明細書で開示される細菌組成物は治療用途において用いられ得る。いくつかの態様において、本明細書で開示される細菌組成物は、医薬組成物において用いられ得る。いくつかの態様において、治療用途および／または医薬組成物において用いられた細菌組成物は、本明細書で提供される方法に基づいて、完全性を有することが見出された（すなわち、完全性の喪失を有することが見出されなかった）細菌組成物である。いくつかの態様において、本明細書で提供される細菌株を含む固体組成物は、例えば、凍結乾燥製品の再構築によって、医薬組成物として投与するために製剤化されてもよい。本明細書で開示される細菌組成物の第二のアリコートは、医薬組成物において用いられてもよいことが理解されるべきである。よって、いくつかの態様において、第一のアリコートは、本明細書で提供される方法において、細菌組成物の完全性を評価するために用いられる。細菌組成物の第一のアリコートが、本明細書で提供される方法に基づいて、完全性を有することが見出された（完全性の喪失を有することが見出されなかった）場合、細菌組成物の第二のアリコートまたは追加のアリコートは、医薬組成物において用いられてもよい。
【００６０】
本明細書で用いられる用語「医薬組成物」は、本明細書で提供される固体製剤および１つ以上の医薬的に許容可能な賦形剤の混合または組み合わせから生じる製品を意味する。
【００６１】
「許容可能な」賦形剤は、活性成分（例、細菌株）と適合可能でなければならず、かつ、投与される対象にとって有害であってはならない賦形剤を指す。いくつかの態様において、医薬的に許容可能な賦形剤は、組成物の投与の意図された経路に基づき選択され、例えば、経口または経鼻投与用の組成物は、直腸投与用の組成物とは異なる医薬的に許容可能な賦形剤を含んでもよい。賦形剤の例は、滅菌水、生理食塩水、溶媒、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、保存剤、結合剤、希釈剤、等張化剤（tonicity adjusting agent）、無痛化剤（soothing agent）、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、増粘剤、および可溶化剤を含む。
【００６２】
株１（配列番号：１）  16SリボソームRNA  Clostridium bolteae
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAAATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００６３】
株２（配列番号：６）  16SリボソームRNA  Anaerotruncus colihominis
TCAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００６４】
株３（配列番号：３）  16SリボソームRNA  Ruminococcus torques
TACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCGTCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCAGTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGCTGTCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００６５】
株４（配列番号：４）  16SリボソームRNA  Clostridium symbiosum
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGATTTAACGGAAGTTTTCGGATGGAAGTTGAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGCGGCTCAACTGCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGATCCGACGGGGGAGTAACGTCCCCTTCCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００６６】
株５（配列番号：５）  16SリボソームRNA  Blautia producta
ATCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTGGATCTCTTCGGATTGAAGCTTATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGGCCCGTAACGGGGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTGAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTACAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００６７】
株６（配列番号：２）  16SリボソームRNA  Dorea longicatena
AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTAAGTTTGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００６８】
株７（配列番号：７）  16SリボソームRNA  Erysipelotrichaceae bacterium
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
【００６９】
株８（配列番号：８）  16SリボソームRNA  Subdoligranulum spp
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【００７０】
この発明は、その適用において、以下の説明に規定されているかまたは図面に図示されている構成の詳細および構成要素の配置に限定されない。本発明は他の実施形態が可能であり、様々な方法で実施または実行することができる。また、本明細書で用いられるフレーズおよび用語は説明を目的としており、限定的とみられるべきではない。本明細書における「含む（including）」、「含む（comprising）」、または「有する（having）」、「含有する（containing）」、「含む（involving）」、およびそれらの変形の使用は、その後に列挙される項目およびその等価物、ならびに追加の項目を包含することを意味する。
【００７１】
本明細書において他に定義されない限り、本開示に関連して使用される科学的および技術的用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有するものとする。さらに、文脈上別段の要求がない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。本開示の方法および技術は、一般に当技術分野において周知の従来の方法に従って行われる。一般に、本明細書で記載される生化学、酵素学、分子および細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞または組織培養、遺伝学ならびにタンパク質および核酸化学に関連して用いられる命名法は、当技術分野で周知であり、一般的に用いられるものである。本開示の方法および技術は、一般的に、当該分野で周知の従来の方法に従って、そして他に示さない限り、本明細書を通して引用および議論される種々の一般的なそしてより具体的な参考文献に記載されるように行われる。
【００７２】
本発明を以下の例によってさらに説明するが、これは決してさらなる限定として解釈されるべきではない。本願を通して引用された全ての参考文献（参考文献、発行された特許、公開された特許出願、および同時係属中の特許出願を含む）の全内容は、特に上記の教示に関して、参照により本明細書に明確に組み込まれる。しかしながら、いかなる参考文献の引用も、その参考文献が先行技術であることの承認を意図するものではない。
【００７３】
例
例１：選択培地を用いる細菌完全性の評価
実験１：Dorea longicatena
Dorea longicatena（16S RNA配列、配列番号：２を伴う株６）の凍結乾燥培養物が、Hi Veg強化クロストリジウム培地において初期静止期まで増殖させ、次いでダイアフィルトレーションを介して8%スクロース、1%酵母抽出物、0.05%システイン、20mMヒスチジン、pH7と交換することによって調製された。これは毎分1℃で凍結され、続いて凍結乾燥を行った。凍結乾燥後の全体のタイターは、出発培養物からおよそ3 log低下された。凍結乾燥培養物は、使用前にPBSにおいて再構成された。
【００７４】
Dorea longicatenaの凍結培養物は、PYG中の6mlの後期対数期培養物を2mlの60%グリセロールと混合して15%グリセロールの最終濃度にすることによって作成された。これは、少なくとも1週間-80℃で凍結された。培養物は、使用前に室温で解凍された。
【００７５】
Dorea longicatenaの健常で新鮮な培養物が、新鮮なコロニーを還元PYG培地に接種し、37℃で嫌気性状況下で一晩インキュベートすることによって、作成された。
【００７６】
上記のDorea longicatena培養物の各々が、PBSにおいて段階希釈された。100ulの希釈物が、5%ウマ血液が補充された予備還元トリプチカーゼ大豆アガー（TSBA）および0.15%ウシ胆汁（胆汁酸培地）を添加した予備還元TSAB上に二重にプレーティングされた。ペトリプレートが37℃で3日間嫌気的にインキュベートされ、次いでコロニーが計数され、タイターが希釈物およびプレーティング容量に基づいて計算された。結果は図１Ａおよび図１Ｂに示される。
【００７７】
PYG対照データは、BioscreenCアッセイを用いて産生された：50ulの希釈物が、BioscreenC増殖曲線アナライザーのウェルにおける350ulの還元PYGへ添加された。新鮮な培養物については、10-2および10-4希釈物の4個の複製物、10-5および10-6の5個の複製物、10-7の20個の複製物、10-8の30個の複製物および10-9の38の複製物が用いられた。10-9希釈物においては、増殖は観察されなかった。凍結乾燥培養物については、10-2および10-4希釈物の4個の複製物、10-5の10個の複製物、10-6の30個の複製物、および10-7の40個の複製物が用いられた。
【００７８】
増殖を示した最も低い３つの希釈物（新鮮なものについては10-6、10-7、および10-8、そして凍結乾燥については10-5、10-6、および10-7）を用いて、以下の方程式からを反復的に解く、最も可能性の高い数値計算を用いてタイターが推定された：
【数１】
2020501570.tif 000004
【００７９】
結果は図１Ａおよび１Ｂに示される。
【００８０】
実験２：Clostridium bolteae
Clostridium bolteae（16S RNA配列、配列番号：１を伴う株１）の凍結乾燥培養物が、Hi Veg強化クロストリジウム培地において初期静止期まで増殖させ、次いでダイアフィルトレーションを介して7.5%トレハロース、5%ポロキサマー、1%酵母抽出物、0.05%システイン、20mMヒスチジン、pH7と交換することによって調製された。これは毎分1℃で凍結され、続いて凍結乾燥を行った。凍結乾燥後の全体のタイターは、出発培養物からおよそ2 logを超えて低下された。凍結乾燥培養物は、使用前にPBSにおいて再構成された。
【００８１】
Clostridium bolteaeの健常で新鮮な培養物が、新鮮なコロニーを還元PYG培地に接種し、37℃で嫌気性状況下で一晩インキュベートすることによって、作成された。
【００８２】
上記のClostridium bolteae培養物の各々が、PBSにおいて段階希釈された。100μlの各希釈物が、5%ウマ血液が補充された予備還元トリプチカーゼ大豆アガー（TSBA）および0.15%ウシ胆汁（胆汁酸培地）を添加した予備還元TSAB上に二重にプレーティングされた。ペトリプレートが37℃で3日間インキュベートされ、次いでコロニーが計数され、タイターが希釈物およびプレーティング容量に基づいて計算された。結果は図２Ａおよび２Ｂに示される。
【００８３】
例２：凍結乾燥後の選択培地を用いる細菌完全性の評価
細菌組成物の生存可能性は、凍結乾燥および保存の前後に査定された。例えば治療用途のための医薬組成物における使用のための細菌組成物の調製において、細菌組成物は培養され、そして凍結乾燥工程に供され、次いで-80℃で保存されるところ、それは細胞の生存可能性に影響を及ぼしてもよい。凍結乾燥前後の細菌組成物の生存可能性が査定され、凍結乾燥組成物のための調製が、凍結乾燥前の細菌組成物と比較して生存可能性に差を生じるかどうかを決定する。細菌株のウシ胆汁上のプレーティングは、ストレス状況下である胆汁酸塩への暴露での生存可能性を測定する。
【００８４】
凍結乾燥前の非選択培地（チョコレートアガー）および選択培地（チョコレートアガープラスウシ胆汁）上の細菌株（株１〜８）の生存可能性が、図３Ａに示され、凍結乾燥後の非選択培地（チョコレートアガー）および選択培地（チョコレートアガープラスウシ胆汁）上の細菌株（株１〜８）の生存可能性が図３Ｂに示される。
【００８５】
例３：保存後の選択培地を用いる細菌完全性の評価
細菌組成物の生存可能性は、25℃での保存前後に査定された。例えば治療用途のための医薬組成物における細菌組成物は、対象への投与の前に、例えば25℃（室温）で保存されてもよく、これは細胞の生存可能性に影響を及ぼしてもよい。凍結乾燥されてきた細菌組成物の生存可能性は、25℃で様々な時間の経過後に査定された。
【００８６】
図４Ａは、25℃で48時間または1週間保存した後の、非選択培地および選択培地（ウシ胆汁を含有するもの）上の細菌株１（Clostridium bolteae）および株６（Dorea longicatena）の生存可能性を示す。図４Ｂは、25℃で1ヶ月間保存した後の、非選択培地および選択培地（ウシ胆汁を含有するもの）上の細菌株１（Clostridium bolteae）および株６（Dorea longicatena）の生存可能性を示す。
【図１Ａ】
2020501570.tif 000005
【図１Ｂ】
2020501570.tif 000006
【図２Ａ】
2020501570.tif 000007
【図２Ｂ】
2020501570.tif 000008
【図３Ａ】
2020501570.tif 000009
【図３Ｂ】
2020501570.tif 000010
【図４Ａ】
2020501570.tif 000011
【図４Ｂ】
2020501570.tif 000012
【配列表】
2020501570000001.app
【国際調査報告】
2020501570.tif 000013
2020501570.tif 000014