(57)【要約】本明細書では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投与することと、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することとを含む、ヒト患者を処置する方法が提供される。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせたヒト患者への治療的投与のために、そのようなＴ細胞系を選択する方法およびそのようなＴ細胞系が由来するＴ細胞ドナーを選択する方法もまた提供される。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤を含む医薬組成物、およびサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団もまた提供される。
2020506943.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、該方法が、
（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤を該ヒト患者に投与することと；
（２）該病原体またはがんの抗原に特異的であり、該ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を該ヒト患者に投与することと
を含み；該第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、該抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、該疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、
方法。
【請求項２】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、プログラム細胞死１（ＰＤ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ２）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、リンパ球活性化３（ＬＡＧ３）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ３）、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、ＢおよびＴリンパ球関連（ＢＴＬＡ）、インドールアミン−２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）、またはキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、阻害性免疫チェックポイントに結合し、その活性を阻害する抗体である、請求項１または２に記載の方法。
【請求項４】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤がＰＤ１の阻害剤である、請求項２に記載の方法。
【請求項６】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記モノクローナル抗体が、ニボルマブ、ピディリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、またはペンブロリズマブである、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤がＰＤ−Ｌ１の阻害剤である、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−Ｌ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記モノクローナル抗体が、ｍｐｄｌ３２８０Ａ、デュルバルマブ、アベルマブ、ｂｍｓ−９３６５５９、またはアテゾリズマブである、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、該方法が、
（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤を該ヒト患者に投与することと；
（２）該病原体またはがんの抗原に特異的であり、該ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を該ヒト患者に投与することと
を含み；該第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、該抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、該疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、
方法。
【請求項１２】
前記刺激性免疫チェックポイント活性化剤が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質リガンド（ＧＩＴＲ）、または誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の活性化剤である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、前記ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、前記抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、前記疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、請求項１から１２のいずれかに記載の方法。
【請求項１４】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、表示に従って、前記疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い前記抗原の認識に基づく相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、該表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が該抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、該複数における該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、該表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される該Ｔ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、該相対活性は、該抗原の認識に基づく該Ｔ細胞系の既知の活性の相対量である、請求項１から１３のいずれかに記載の方法。
【請求項１５】
前記第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、前記ヒト患者への治療的投与に適している、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系を選択する方法であって、該方法が、
該病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、該ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を選択すること
を含み、該第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、該抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、該疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、
方法。
【請求項１７】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、前記ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、前記疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、表示に従って、前記疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い前記抗原の認識に基づく相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、該表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が該抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、該複数における該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、該表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される該Ｔ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、該相対活性は、該抗原の認識に基づく該Ｔ細胞系の既知の活性の相対量である、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、前記ヒト患者への治療的投与に適している、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系が由来するＴ細胞ドナーを選択する方法であって、該方法が、
（ｉ）第１の複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が該病原体または該がんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、該第１の複数における該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の生成の相対頻度の指標を開示する第１の表示を使用して、Ｔ細胞ドナーを選択すること
を含み、該第１の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せがそれぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束される該Ｔ細胞系の生成の相対頻度のそれぞれの指標と関連付けられており、
（Ａ）選択された該Ｔ細胞ドナーが、該第１の表示において生成の最高の頻度の指標と関連付けられている、該ヒト患者の疾患細胞と共通の第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せを有し；
（Ｂ）該選択されたＴ細胞ドナーの該第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、該抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、該疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、
方法。
【請求項２１】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、第２の表示に従って、前記疾患細胞の第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、該第２の表示が（Ｉ）第２の複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ＩＩ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、該第２の複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、該第２の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される該Ｔ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、該相対活性は、該抗原の認識に基づく該Ｔ細胞系の既知の活性の相対量である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
該Ｔ細胞ドナーが、該ヒト患者に対して同種異系である、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ヒト患者が移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、前記Ｔ細胞ドナーが該移植ドナーとは異なる第三者ドナーである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系を取得する方法であって、該方法が、
（ａ）請求項２０から２３のいずれかに記載の方法に従ってＴ細胞ドナーを選択することと；
（ｂ）該選択されたＴ細胞ドナーからＴ細胞系を生成することと
を含み、該Ｔ細胞系が、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束され、抗原の少なくとも１つのエピトープを認識する、
方法。
【請求項２５】
病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、
（ａ）請求項１６から１９のいずれかに記載の方法に従って該ヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択することと；
（ｂ）抗原に特異的であり、該選択されたＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含む、ヒト細胞の集団を該ヒト患者に投与することと；
（ｃ）阻害性免疫チェックポイント阻害剤を該ヒト患者に投与することと
を含む、方法。
【請求項２６】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、ＴＤＯ、またはＫＩＲの阻害剤である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、阻害性免疫チェックポイントに結合し、その活性を阻害する抗体である、請求項２５または２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤がＰＤ１の阻害剤である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３０】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記モノクローナル抗体が、ニボルマブ、ピディリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、またはペンブロリズマブである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤がＰＤ−Ｌ１の阻害剤である、請求項２５に記載の方法。
【請求項３３】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−Ｌ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記モノクローナル抗体が、ｍｐｄｌ３２８０Ａ、デュルバルマブ、アベルマブ、ｂｍｓ−９３６５５９、またはアテゾリズマブである、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、
（ａ）請求項１６から１９のいずれかに記載の方法に従って該ヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択することと；
（ｂ）抗原に特異的であり、該選択されたＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含む、ヒト細胞の集団を該ヒト患者に投与することと；
（ｃ）刺激性免疫チェックポイント活性化剤を該ヒト患者に投与することと
を含む、方法。
【請求項３６】
前記刺激性免疫チェックポイント活性化剤が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、またはＩＣＯＳの活性化剤である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記Ｔ細胞系が、前記ヒト患者と同種異系のヒトドナーに由来する、請求項１から１９および２５から３６のいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
前記ヒト患者が移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、前記ヒトドナーが該移植ドナーとは異なる第三者ドナーである、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記ヒト患者の前記疾患細胞のＨＬＡ割り当てを確認するステップをさらに含む、請求項１から３８のいずれかに記載の方法。
【請求項４０】
前記確認するステップが、少なくとも４つのＨＬＡ遺伝子座をタイピングすることを含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
Ｔ細胞の前記活性が、前記抗原を発現する細胞に対する前記Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞傷害活性である、請求項１から１９および２５から４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
Ｔ細胞の前記活性が、前記病原体またはがんを有するヒト患者の処置における該Ｔ細胞のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性である、請求項１から１９および２５から４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される前記Ｔ細胞系を生成するステップをさらに含む、請求項１から１９および２５から４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される前記Ｔ細胞系を生成する前記ステップが、前記抗原に対するＴ細胞のｅｘ  ｖｉｖｏ感作を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記Ｔ細胞系が、前記抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な細胞傷害性を欠いている、請求項１から１９および２５から４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記抗原が病原体の抗原である、請求項１から４５のいずれかに記載の方法。
【請求項４７】
前記病原体がウイルス、細菌、真菌、蠕虫、または原生生物である、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
前記病原体がウイルスである、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記ウイルスがサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記ウイルスがエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
前記ウイルスが、ＢＫウイルス（ＢＫＶ）、ジョン・カニンガムウイルス（ＪＣＶ）、ヒトヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、アデノウイルス（ＡＤＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである、請求項４８に記載の方法。
【請求項５２】
前記抗原ががんの抗原である、請求項１から４５のいずれかに記載の方法。
【請求項５３】
前記抗原がウィルムス腫瘍１（ＷＴ１）である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤と；
（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と
を含む医薬組成物であって、
該第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、該抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関してサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、
医薬組成物。
【請求項５５】
前記阻害性免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、ＴＤＯ、またはＫＩＲの阻害剤である、請求項５４に記載の医薬組成物。
【請求項５６】
（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤と；
（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と
を含む医薬組成物であって、
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、該抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関してサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、
医薬組成物。
【請求項５７】
前記刺激性免疫チェックポイント活性化剤が、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、ＧＩＴＲ、またはＩＣＯＳの活性化剤である、請求項５６に記載の医薬組成物。
【請求項５８】
前記第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、表示に従って、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い前記抗原の認識に基づくより低い活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、該表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、該複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、該表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、該ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される該Ｔ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、該相対活性は、該抗原の認識に基づく該Ｔ細胞系の既知の活性の相対量である、請求項５４から５７のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項５９】
前記抗原が病原体の抗原である、請求項５４から５８のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項６０】
前記病原体がウイルス、細菌、真菌、蠕虫、または原生生物である、請求項５９に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
前記病原体がウイルスである、請求項６０に記載の医薬組成物。
【請求項６２】
前記ウイルスがＣＭＶである、請求項６１に記載の医薬組成物。
【請求項６３】
前記ウイルスがＥＢＶである、請求項６１に記載の医薬組成物。
【請求項６４】
前記ウイルスが、ＢＫＶ、ＪＣＶ、ヒトヘルペスウイルス、ＨＰＶ、ＨＢＶ、ＨＣＶ、ＨＳＶ、ＶＺＶ、ＭＣＶ、ＡＤＶ、ＨＩＶ、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである、請求項６１に記載の医薬組成物。
【請求項６５】
前記抗原ががんの抗原である、請求項５４から５８のいずれかに記載の医薬組成物。
【請求項６６】
前記抗原がＷＴ１である、請求項６５に記載の医薬組成物。
【請求項６７】
前記Ｔ細胞系が、前記抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な細胞傷害性を欠いている、請求項５４から６６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の引用
本願は、２０１７年２月７日に出願された米国仮特許出願第６２／４５５，８６０号の利益を主張する。この出願は、その全体が、本明細書中に参考として援用される。
【０００２】
１．  分野
本明細書では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投与することと、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することとを含む、ヒト患者を処置する方法が提供される。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせたヒト患者への治療的投与のために、そのようなＴ細胞系を選択する方法およびそのようなＴ細胞系が由来するＴ細胞ドナーを選択する方法もまた提供される。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤を含む医薬組成物、およびサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団もまた提供される。
【背景技術】
【０００３】
２．  背景
抗原特異的Ｔ細胞は、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）感染症、エプスタインバーウイルス関連リンパ増殖性障害（ＥＢＶ−ＬＰＤ）、ならびにＷＴ１（ウィルムス腫瘍１）陽性白血病および多発性骨髄腫などの感染症およびがんを処置するための養子免疫療法において使用することができる（例えば、Koehneら、２０１５年、Blood  １２６巻：９８頁；Koehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  ２１巻：１６６３〜１６７８頁；O'Reillyら、２０１２年、Seminars  in  Immunology  ２２巻：１６２〜１７２頁；およびDoubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁を参照されたい）。
ＣＭＶに対するＴ細胞応答の評価により、このウイルスの最も免疫原性の高いタンパク質、すなわちＣＭＶｐｐ６５およびＩＥ１内のいくつかの免疫優性エピトープ、ならびにそれらの提示ＨＬＡ対立遺伝子が同定されている。免疫優性エピトープを提示するＨＬＡ対立遺伝子は、特定のハプロタイプを共遺伝により受け継ぐ（co-inheriting）個体内に階層的順序で存在することが判明したため、ある特定のＨＬＡ対立遺伝子は、他のＨＬＡ対立遺伝子と共遺伝するとき、一貫して免疫優性Ｔ細胞応答を拘束する対立遺伝子である（国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号を参照されたい）。免疫優性エピトープを提示するＨＬＡ対立遺伝子の階層は、それらの機能的活性のレベルのみに基づいている。興味深いことに、ＨＬＡタンパク質に対するエピトープの結合の親和性と、免疫優性Ｔ細胞応答を誘発するそれらの能力との間に相関関係はない（国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号を参照されたい）。サブドミナントＴ細胞応答に関連するＨＬＡ対立遺伝子によって拘束される抗原特異的Ｔ細胞の有効性を増強できる薬剤は探索されていない。
本明細書における参考文献の引用は、それが本開示に対する先行技術であるという承認として解釈されるべきではない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】国際公開第２０１６／０７３５５０号
【非特許文献】
【０００５】
【非特許文献１】Koehneら、２０１５年、Blood  １２６巻：９８頁
【非特許文献２】Koehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  ２１巻：１６６３〜１６７８頁
【非特許文献３】O’Reillyら、２０１２年、Seminars  in  Immunology  ２２巻：１６２〜１７２頁
【非特許文献４】Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００６】
３．  発明の概要
一態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投与することと；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することとを含み；第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【０００７】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細胞死１（ＰＤ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ２）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、リンパ球活性化３（Ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｅ  Ａｃｔｉｖａｔｉｎｇ  ３）（ＬＡＧ３）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ３）、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、ＢおよびＴリンパ球関連（ＢＴＬＡ）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）、またはキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の阻害剤である。
【０００８】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイントに結合し、その活性を阻害する抗体である。具体的な実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。
【０００９】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＰＤ１の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、ニボルマブ、ピディリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、またはペンブロリズマブである。
【００１０】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、ｍｐｄｌ３２８０Ａ、デュルバルマブ、アベルマブ、ｂｍｓ−９３６５５９、またはアテゾリズマブである。
【００１１】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投与することと；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することとを含み；第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【００１２】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質リガンド（ＧＩＴＲ）、または誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の活性化剤である。
【００１３】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、表示（representation）に従って、疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づく相対活性の指標（an  indication  of  relative  activity）に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるもの（different  ones）によって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量（relative  measure）である。ある特定の実施形態では、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投与に適している。
【００１４】
別の具体的な態様では、本明細書に提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系を選択する方法であって、方法が、病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を選択することを含み、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【００１５】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、表示に従って、疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づく相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、活性の表示（the  Representation  of  Activity）において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。ある特定の実施形態では、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投与に適している。
【００１６】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、（ａ）本明細書に記載されるＴ細胞系を選択する方法に従ってヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択することと；（ｂ）抗原に特異的であり、選択されたＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含む、ヒト細胞の集団をヒト患者に投与することと；（ｃ）阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投与することとを含む、方法である。
【００１７】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細胞死１（ＰＤ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ２）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、リンパ球活性化３（ＬＡＧ３）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ３）、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、ＢおよびＴリンパ球関連（ＢＴＬＡ）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）、またはキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の阻害剤である。
【００１８】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイントに結合し、その活性を阻害する抗体である。具体的な実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。
【００１９】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＰＤ１の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、ニボルマブ、ピディリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、またはペンブロリズマブである。
【００２０】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１に結合し、その活性を阻害するモノクローナル抗体である。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、ｍｐｄｌ３２８０Ａ、デュルバルマブ、アベルマブ、ｂｍｓ−９３６５５９、またはアテゾリズマブである。
【００２１】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、（ａ）本明細書に記載されるとおりのＴ細胞系を選択する方法に従ってヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択することと；（ｂ）抗原に特異的であり、選択されたＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含む、ヒト細胞の集団をヒト患者に投与することと；（ｃ）刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投与することとを含む、方法である。
【００２２】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質リガンド（ＧＩＴＲ）、または誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の活性化剤である。
【００２３】
別の態様では、本明細書に提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系が由来するＴ細胞ドナーを選択する方法であって、方法が、（ｉ）第１の複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、第１の複数における前記ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の生成の相対頻度の指標を開示する第１の表示を使用して、Ｔ細胞ドナーを選択することを含み、第１の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せがそれぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束される前記Ｔ細胞系の生成の相対頻度のそれぞれの指標と関連付けられており、（Ａ）選択されたＴ細胞ドナーが、第１の表示において生成の最高の頻度の指標と関連付けられている、ヒト患者の疾患細胞と共通の第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せを有し；（Ｂ）選択されたＴ細胞ドナーの第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。
【００２４】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、第２の表示に従って、疾患細胞の第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この第２の表示が（Ｉ）第２の複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ＩＩ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、第２の複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、第２の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。
【００２５】
具体的な実施形態では、Ｔ細胞ドナーは、ヒト患者に対して同種異系である。具体的な実施形態では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、Ｔ細胞ドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。
【００２６】
別の態様では、本明細書に提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系を取得する方法であって、方法が、（ａ）本明細書に記載されるＴ細胞ドナーを選択する方法に従ってＴ細胞ドナーを選択することと、（ｂ）選択されたＴ細胞ドナーからＴ細胞系を生成することとを含み、Ｔ細胞系が、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束され、抗原の少なくとも１つのエピトープを認識する、方法である。
【００２７】
本明細書に記載される、処置する方法およびＴ細胞系を選択する方法の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、ヒト患者と同種異系のヒトドナーに由来する。本明細書に記載される、処置する方法およびＴ細胞系を選択する方法の具体的な実施形態では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、ヒトドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。
【００２８】
本明細書に記載される、処置する方法およびＴ細胞系を選択する方法の具体的な実施形態では、Ｔ細胞の活性は、抗原を発現する細胞に対するＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞傷害活性である。本明細書に記載される、処置する方法およびＴ細胞系を選択する方法の具体的な実施形態では、Ｔ細胞の活性は、病原体またはがんを有するヒト患者の処置におけるＴ細胞のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性である。
【００２９】
本明細書に記載される、処置する方法およびＴ細胞系を選択する方法の具体的な実施形態では、本明細書に記載される、処置する方法またはＴ細胞系を選択する方法は、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を生成するステップをさらに含む。具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を生成するステップは、抗原に対するＴ細胞のｅｘ  ｖｉｖｏ感作を含む。
【００３０】
本明細書に記載される、処置する方法およびＴ細胞系を選択する方法の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な細胞傷害性を欠いている。
【００３１】
本明細書に記載される、処置する方法、Ｔ細胞系を選択する方法、ドナーを選択する方法、およびＴ細胞系を取得する方法の具体的な実施形態では、方法は、ヒト患者の疾患細胞のＨＬＡ割り当て（HLA  assignment）を確認するステップをさらに含む。具体的な実施形態では、確認するステップは、少なくとも４つのＨＬＡ遺伝子座をタイピングすることを含む。
【００３２】
本明細書に記載される、処置する方法、Ｔ細胞系を選択する方法、ドナーを選択する方法、およびＴ細胞系を取得する方法の具体的な実施形態では、抗原は病原体の抗原である。具体的な実施形態では、病原体はウイルス、細菌、真菌、蠕虫、または原生生物である。
【００３３】
具体的な実施形態では、病原体はウイルスである。特定の実施形態では、ウイルスはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）である。別の特定の実施形態では、ウイルスはエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）である。別の特定の実施形態では、ウイルスは、ＢＫウイルス（ＢＫＶ）、ジョン・カニンガムウイルス（ＪＣＶ）、ヒトヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、アデノウイルス（ＡＤＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである。
【００３４】
本明細書に記載される、処置する方法、Ｔ細胞系を選択する方法、ドナーを選択する方法、およびＴ細胞系を取得する方法の具体的な実施形態では、抗原はがんの抗原である。具体的な実施形態では、抗原はウィルムス腫瘍１（ＷＴ１）である。
【００３５】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤と；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団とを含む医薬組成物であって、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関してサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、医薬組成物である。
【００３６】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細胞死１（ＰＤ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ２）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、リンパ球活性化３（ＬＡＧ３）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ３）、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、ＢおよびＴリンパ球関連（ＢＴＬＡ）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）、またはキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の阻害剤である。
【００３７】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤と；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団とを含む医薬組成物であって、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関してサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、医薬組成物である。
【００３８】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質リガンド（ＧＩＴＲ）、または誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の活性化剤である。
【００３９】
本明細書に記載される医薬組成物の具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、表示に従って、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づくより低い活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。
【００４０】
本明細書に記載される医薬組成物の具体的な実施形態では、抗原は病原体の抗原である。具体的な実施形態では、病原体はウイルス、細菌、真菌、蠕虫、または原生生物である。
【００４１】
本明細書に記載される医薬組成物の具体的な実施形態では、病原体はウイルスである。特定の実施形態では、ウイルスはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）である。別の特定の実施形態では、ウイルスはエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）である。別の特定の実施形態では、ウイルスは、ＢＫウイルス（ＢＫＶ）、ジョン・カニンガムウイルス（ＪＣＶ）、ヒトヘルペスウイルス、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、アデノウイルス（ＡＤＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである。
【００４２】
本明細書に記載される医薬組成物の具体的な実施形態では、抗原はがんの抗原である。具体的な実施形態では、抗原はウィルムス腫瘍１（ＷＴ１）である。
【００４３】
本明細書に記載される医薬組成物の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な細胞傷害性を欠いている。
４．  図面の簡単な説明
【図面の簡単な説明】
【００４４】
【図１】図１は、異なる処置条件下での腫瘍重量を示す。
【００４５】
【図２】図２は、実施例セクション６．２．２．３に記載されているとおり、それらのそれぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによってクラスター化された、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束される、免疫優性エピトープを提示する１１９のＣＭＶ特異的ＣＴＬ系のバンク内の各Ｔ細胞系に対するインターフェロン−γ分泌ＣＤ３＋細胞のパーセンテージを示す表示である。
【発明を実施するための形態】
【００４６】
５．  詳細な説明
本発明は、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子（またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）によって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を投与することと、免疫チェックポイント調節剤（すなわち、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤）を投与することとを含む組合せ療法を使用するヒト患者を処置する方法に関する。本発明はさらに、そのようなＴ細胞系を選択する方法、そのようなＴ細胞系が由来するＴ細胞ドナーを選択する方法、およびそのような抗原特異的Ｔ細胞および免疫チェックポイント調節剤を含む医薬組成物に関する。本発明によれば、免疫チェックポイント調節剤は、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子（またはサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）によって拘束される抗原特異的Ｔ細胞の効力を増強する。
【００４７】
ＨＬＡ対立遺伝子（またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）は、特定の抗原（目的の抗原）を発現する病原体もしくはがんを有する特定のヒト患者またはヒト患者集団に関して、ＨＬＡ対立遺伝子（またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）によって拘束されるＴ細胞が、ヒト患者またはヒト患者集団の疾患細胞によって発現されるすべてのＨＬＡ対立遺伝子（またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）の中で、抗原の認識に基づいて最大のＴ細胞活性を有さないとき、「サブドミナント」と呼ばれる。Ｔ細胞活性は、好ましくは、特定のＨＬＡ対立遺伝子（またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）により拘束されるＴ細胞の投与により得られるｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性であり、他の実施形態では、Ｔ細胞活性は、特定のＨＬＡ対立遺伝子（またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ）により拘束されるＴ細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏ活性（例えば、細胞傷害活性またはＩＦＮ−γ産生活性）であり得る。
【００４８】
５．１．処置する方法
一態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投与することと；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することとを含み；第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態では、ヒト患者は処置を必要とする。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【００４９】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、方法が、（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投与することと；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することとを含み；第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態では、ヒト患者は処置を必要とする。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【００５０】
ヒト患者ががんを有するとき、疾患細胞はがん細胞である。ヒト患者が病原体を有するとき、疾患細胞は病原体に感染した細胞である。
【００５１】
抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞の活性は、同一の方法で生成されたＴ細胞系、例えばセクション５．４に記載される方法で生成されたＴ細胞系を使用して測定できる。
【００５２】
Ｔ細胞系には、Ｔ細胞以外の細胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、Ｔ細胞系はＴ細胞が富化されている（例えば、７０％を超える、７５％を超える、８０％を超える、８５％を超える、９０％を超える、９５％を超える、または９９％を超えるＴ細胞を含む）。Ｔ細胞系は、初代細胞の集合体（collection）または培養細胞の集合体であり得る。Ｔ細胞系の細胞は、単一の細胞または複数の細胞から発生させることができる。様々な実施形態では、Ｔ細胞系は単一のヒトドナーに由来する。
【００５３】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、表示（以下「活性の表示」）に従って疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づく相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認識に基づく、活性がないことの指標（indication）と関連付けられている。抗原の認識に基づく、活性がないことの指標は、活性の表示の生成において測定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが当業者によって臨床的有効性がないことを示すとみなされる活性の指標であり得る。ある特定の実施形態では、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投与に適している。
【００５４】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡタンパク質に結合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。具体的な実施形態では、エピトープは、第１のＨＬＡ対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。
【００５５】
上述のように、一実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適したＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せの中での比較に基づいてサブドミナントであると決定される。Ｔ細胞は、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、治療的投与に適しているとき、ヒト患者への治療的投与に適している。例えば、細胞系試料に（または凍結後に細胞系試料を解凍した後に）、生細胞が含まれていないか、または少なすぎることが観察される場合、Ｔ細胞系は治療用投与に適していない。しかし、別の例として、活性の表示における相対活性が活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏアッセイに基づいており、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系のｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性が活性の表示を生成するのに使用されたｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ相対アッセイと相関しないために、活性の表示における最高の相対活性が最高のｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性ではないことが既知の場合、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ（これによりかかるＴ細胞系は拘束されている）は、治療的投与に適さないとみなされ得る。例えば、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系に由来するインターフェロン−γ分泌ＣＤ３＋Ｔ細胞のパーセンテージは、はるかに高い相対活性を示すが、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系に関するヒト患者のＣＭＶ感染に対するｉｎ  ｖｉｖｏ活性は臨床効果がない（したがって、ｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性は無視できる）ことが観察されており、したがって、具体的な実施形態では、ＣＭＶ感染症の処置の文脈において、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系は、治療的投与に適さないとみなされる。関連する具体的な実施形態では、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系（複数可）が、病原体またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場合、その特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系は、治療的投与に適さないとみなされる。しかしながら、代替の具体的な実施形態では、本発明の組合せ療法がこのようなＴ細胞系の有効性を増強する可能性があるため、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系（複数可）が、病原体またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場合でも、その特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系は、不適切とはみなされない（したがって、ＣＭＶ感染症の処置の文脈で、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系は、これらの他の具体的な実施形態における治療的投与に不適切とはみなされない）。
【００５６】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、（ａ）セクション５．２に記載される方法に従ってヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択することと；（ｂ）抗原に特異的であり、選択されたＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含む、ヒト細胞の集団をヒト患者に投与することと；（ｃ）阻害性免疫チェックポイント阻害剤をヒト患者に投与することとを含む、方法である。
【００５７】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者を処置する方法であって、（ａ）セクション５．２に記載される方法に従ってヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択することと；（ｂ）抗原に特異的であり、選択されたＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含む、ヒト細胞の集団をヒト患者に投与することと；（ｃ）刺激性免疫チェックポイント活性化剤をヒト患者に投与することとを含む、方法である。
【００５８】
本明細書に記載される態様および実施形態のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞の活性（および活性の代表（a  Representative  of  Activity）が使用される場合のＴ細胞系の相対活性）は、抗原に対する（例えば、抗原を発現する細胞に対する）、Ｔ細胞（または、場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）である。Ｔ細胞（または場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）は、セクション５．４．１に記載されるとおりに測定できる。本明細書に記載される態様および実施形態の他の実施形態では、Ｔ細胞の活性（および活性の代表が使用される場合のＴ細胞系の相対活性）は、病原体またはがんを有するヒト患者の処置におけるＴ細胞（または、場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性である。
【００５９】
活性の表示が使用される場合の具体的な実施形態では、処置する方法は、投与するステップの前に、セクション５．７に記載される方法を使用して活性の表示を生成するステップをさらに含む。
【００６０】
５．１．１．  投与および投与量
抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の投与経路、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与経路、およびヒト患者に投与されるそれらのそれぞれの量は、病気の性質、ヒト患者の状態、および医師の知識に基づいて決定できる。一般的に、ヒト細胞の集団の投与は静脈内である。ある特定の実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に注入することを含む。具体的な実施形態では、注入は、ボーラス静脈内注入によるものである。阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、これらに限定されないが、非経口、鼻腔内、気管内、経口、皮内、局所、筋肉内、腹腔内、経皮、静脈内、腫瘍内、結膜、皮下、および肺の経路を含む様々な経路でヒト患者に投与され得る。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与は静脈内である。
【００６１】
具体的な実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団は、単独で投与される場合、ヒト患者の処置に有効な用量（例えば、標準治療で使用される用量）よりも低い用量で投与される。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、単独で投与される場合、ヒト患者の処置に有効な用量（例えば、標準治療で使用される用量）よりも低い用量で投与される。
【００６２】
いくつかの実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、ヒト患者が、２つの治療法の一方を、いまだ他方の療法の影響を受けているときに投与される場合、併せて（concurrently）、例えば、ほぼ同じ時、同じ日、同じ週、もしくは同じ処置サイクルで、または同様の投与スケジュール、または異なるが重複する投与スケジュールで投与される。具体的な実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、同時に投与される。他の実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、ヒト患者が、２つの治療法の一方を、他方の療法の影響をもはや受けていないときに投与される場合、別個に投与される。ある特定の実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、逐次的に投与される。
【００６３】
いくつかの実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、単一の組成物で投与される。他の実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団と阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤とは、別々の組成物で投与される。
【００６４】
いくつかの実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０５細胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０４細胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０４細胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０３細胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０３細胞よりも少ないまたはそれに等しい抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０３〜５×１０３細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０３〜１×１０４細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０４〜５×１０４細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０４〜１×１０５細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。
【００６５】
他の実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり少なくとも１×１０５細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０５細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約２×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約３×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約４×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約６×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０７細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０５〜５×１０５細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０５〜１×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約１×１０６〜２×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約２×１０６〜５×１０６細胞の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団を、ヒト患者のｋｇあたり約５×１０６〜１×１０７細胞の抗原特異的Ｔ細胞を���むヒト細胞の集団の用量で、ヒト患者に投与することを含む。
【００６６】
ある特定の実施形態では、処置する方法は、毎週、上記の用量で、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することを含む。ある特定の実施形態では、処置する方法は、週に２回、上記の用量で、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することを含む。ある特定の実施形態では、処置する方法は、隔週、上記の用量で、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することを含む。ある特定の実施形態では、処置する方法は、３週ごとに、上記の用量で、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に投与することを含む。
【００６７】
ある特定の実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の少なくとも２用量をヒト患者に投与することを含む。具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の２、３、４、５、または６用量をヒト患者に投与することを含む。具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の２用量をヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の３用量をヒト患者に投与することを含む。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の４用量をヒト患者に投与することを含む。
【００６８】
具体的な実施形態では、処置する方法は、少なくとも連続２週間（例えば、連続２、３、４、５、または６週間）にわたって、１週間につき１用量の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の少なくとも２サイクル（例えば、２、３、４、５、または６サイクル）を、ヒト患者に投与することを含み、各サイクルは、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団が投与されないウォッシュアウト期間で分けられる。具体的な実施形態では、少なくとも連続２週間は連続２週間である。好ましい実施形態では、少なくとも連続２週間は連続３週間である。別の具体的な実施形態では、少なくとも連続２週間は連続４週間である。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、連続３週間にわたって、１週間につき１用量の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の２、３、４、５、または６サイクルを、ヒト患者に投与することを含み、各サイクルは、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団が投与されないウォッシュアウト期間で分けられる。別の具体的な実施形態では、処置する方法は、連続３週間にわたって、１週間につき１用量の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の第１のサイクルを、ヒト患者に投与することを含み、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団が投与されないウォッシュアウト期間が後に続き、連続３週間にわたって、前記１週間につき１用量の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団の第２のサイクルが後に続く。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、少なくとも約１週間（例えば、約１〜６週間）である。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約１、２、３、または４週間である。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約２週間である。好ましい実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約３週間である。別の具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約４週間である。好ましくは、追加のサイクルは、前のサイクルが毒性を示していない（例えば、ＮＣＩ  ＣＴＣＡＥ  ４．０に従って等級付けされたグレード３〜５の重篤な有害事象がない）ときにのみ投与される。
【００６９】
具体的な実施形態では、処置する方法は、毎週、本明細書に記載される用量で抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をヒト患者に継続的に投与することを含む（すなわち、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団が投与されない週がなく、したがって、ウォッシュアウト期間がない）。
【００７０】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される第１の投与レジメンが第１の期間にわたって実施され、その後、第２の期間に対して実施される本明細書に記載される第２の異なる投与レジメンが実施され、第１の期間と第２の期間は、必要に応じてウォッシュアウト期間で分けられる。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、少なくとも約１週間（例えば、約１〜６週間）である。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約１、２、３、または４週間である。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約２週間である。好ましい実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約３週間である。別の具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約４週間である。好ましくは、第２の投与レジメンは、第１の投与レジメンが毒性を示していない（例えば、ＮＣＩ  ＣＴＣＡＥ  ４．０に従って等級付けされたグレード３〜５の重篤な有害事象がない）ときにのみ実施される。
【００７１】
「約」という用語は、通常の変動を許容するように解釈されるべきである。
【００７２】
５．１．２．  異なる細胞集団による連続処置
ある特定の実施形態では、上記の病原体またはがんを有するヒト患者を処置する方法は、セクション５．１．１に記載されるとおり抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第１の集団をヒト患者に投与した後、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第２の集団をヒト患者に投与することを含み、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第２の集団における抗原特異的Ｔ細胞は、ヒト患者の疾患細胞と共有される、異なるＨＬＡ対立遺伝子（抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第１の集団に含有される抗原特異的細胞を拘束しているＨＬＡ対立遺伝子とは異なる）により拘束される。具体的な実施形態では、病原体またはがんを有するヒト患者を処置する方法は、少なくとも連続２週間（例えば、連続２、３、４、５、または６週間）にわたって、１週間につき１用量の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第１の集団の第１のサイクルを投与することを含み、必要に応じて抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団がいずれも投与されないウォッシュアウト期間が後に続き、少なくとも連続２週間（例えば、連続２、３、４、５、または６週間）にわたって、１週間につき１用量の抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第２の集団の第２のサイクルを投与することが後に続く。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、少なくとも約１週間（例えば、約１〜６週間）である。具体的な施形態では、ウォッシュアウト期間は、約１、２、３、または４週間である。具体的な実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約２週間である。好ましい実施形態では、ウォッシュアウト期間は、約３週間である。ある特定の実施形態では、ヒト患者は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第１の集団の投与後、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第２の集団の投与前に、応答なし、不完全な応答、または最適以下の応答を有する（すなわち、ヒト患者は、処置を継続することにより依然として実質的な利益を有するが、最適な長期転帰の可能性は減少する）。
【００７３】
抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の第１および第２の集団はそれぞれ、前出のセクション５．１．１に記載されるとおり任意の経路および任意の投与レジメンによって投与することができる。
【００７４】
具体的な実施形態では、ヒト患者の疾患細胞と共有される異なるＨＬＡ対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の２つの集団（すなわち、ヒト細胞の２つの集団における抗原特異的Ｔ細胞がそれぞれ拘束される）が連続して投与される。具体的な実施形態では、ヒト患者の疾患細胞と共有される異なるＨＬＡ対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の３つの集団（すなわち、ヒト細胞の３つの集団における抗原特異的Ｔ細胞がそれぞれ拘束される）が連続して投与される。具体的な実施形態では、ヒト患者の疾患細胞と共有される異なるＨＬＡ対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の４つの集団（すなわち、ヒト細胞の４つの集団における抗原特異的Ｔ細胞がそれぞれ拘束される）が連続して投与される。具体的な実施形態では、ヒト患者の疾患細胞と共有される異なるＨＬＡ対立遺伝子によってそれぞれ拘束される抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の４つより多い集団（すなわち、ヒト細胞の４つより多い集団における抗原特異的Ｔ細胞がそれぞれ拘束される）が連続して投与される。
【００７５】
５．２．  Ｔ細胞系の選択
別の具体的な態様では、本明細書に提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系を選択する方法であって、方法が、病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を選択することを含み、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態では、ヒト患者は治療的投与を必要とする。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【００７６】
ヒト患者ががんを有するとき、疾患細胞はがん細胞である。ヒト患者が病原体を有するとき、疾患細胞は病原体に感染した細胞である。
【００７７】
抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞の活性は、同一の方法で生成されたＴ細胞系、例えばセクション５．４に記載される方法で生成されたＴ細胞系を使用して測定できる。
【００７８】
Ｔ細胞系には、Ｔ細胞以外の細胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、Ｔ細胞系はＴ細胞が富化されている（例えば、７０％を超える、７５％を超える、８０％を超える、８５％を超える、９０％を超える、９５％を超える、または９９％を超えるＴ細胞を含む）。Ｔ細胞系は、初代細胞の集合体または培養細胞の集合体であり得る。Ｔ細胞系の細胞は、単一の細胞または複数の細胞から発生させることができる。様々な実施形態では、Ｔ細胞系は単一のヒトドナーに由来する。
【００７９】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づく相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、活性の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認識に基づく、活性がないことの指標と関連付けられている。抗原の認識に基づく、活性がないことの指標は、活性の表示の生成において測定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが当業者によって臨床的有効性がないことを示すと見なされる活性の指標であり得る。ある特定の実施形態では、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投与に適している。
【００８０】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡタンパク質に結合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。具体的な実施形態では、エピトープは、第１のＨＬＡ対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。
【００８１】
上述のように、一実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適したＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せの中での比較に基づいてサブドミナントであると決定される。Ｔ細胞は、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、治療的投与に適しているとき、ヒト患者への治療的投与に適している。例えば、細胞系試料に（または凍結後に細胞系試料を解凍した後に）、生細胞が含まれていないか、または少なすぎることが観察される場合、Ｔ細胞系は治療用投与に適していない。しかし、別の例として、活性の表示における相対活性が活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏアッセイに基づいており、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系のｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性が活性の表示を生成するのに使用されたｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ相対アッセイと相関しないために、活性の表示における最高の相対活性が最高のｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性ではないことが既知の場合、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ（これによりかかるＴ細胞系は拘束されている）は、治療的投与に適さないとみなされ得る。例えば、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系に由来するインターフェロン−γ分泌ＣＤ３＋Ｔ細胞のパーセンテージは、はるかに高い相対活性を示すが、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系に関するヒト患者のＣＭＶ感染に対するｉｎ  ｖｉｖｏ活性は臨床効果がない（したがって、ｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性は無視できる）ことが観察されており、したがって、具体的な実施形態では、ＣＭＶ感染症の処置の文脈において、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系は、治療的投与に適さないとみなされる。関連する具体的な実施形態では、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系（複数可）が、病原体またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場合、その特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系は、治療的投与に適さないとみなされる。しかしながら、代替の具体的な実施形態では、本発明の組合せ療法がこのようなＴ細胞系の有効性を増強する可能性があるため、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系（複数可）が、病原体またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場合でも、その特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系は、不適切とはみなされない（したがって、ＣＭＶ感染症の処置の文脈で、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系は、これらの他の具体的な実施形態における治療的投与に不適切とはみなされない）。
【００８２】
本明細書に記載される態様および実施形態のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞の活性（および活性の代表が使用される場合のＴ細胞系の相対活性）は、抗原に対する（例えば、抗原を発現する細胞に対する）、Ｔ細胞（または、場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）である。Ｔ細胞（または場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）は、セクション５．４．１に記載されるとおりに測定できる。本明細書に記載される態様および実施形態の他の実施形態では、Ｔ細胞の活性（および活性の代表が使用される場合のＴ細胞系の相対活性）は、病原体またはがんを有するヒト患者の処置におけるＴ細胞（または、場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性である。
【００８３】
活性の表示が使用される場合の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系を選択する方法は、選択するステップの前に、セクション５．７に記載される方法を使用して活性の表示を生成するステップをさらに含む。
【００８４】
５．３．  Ｔ細胞ドナーの選択
別の態様では、本明細書に提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系が由来するＴ細胞ドナーを選択する方法であって、方法が、（ｉ）第１の複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、第１の複数における前記ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の生成の相対頻度の指標を開示する第１の表示（以下、「頻度の表示」）を使用して、Ｔ細胞ドナーを選択することを含み、第１の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せがそれぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束される前記Ｔ細胞系の生成の相対頻度のそれぞれの指標と関連付けられており、（Ａ）選択されたＴ細胞ドナーが、第１の表示において生成の最高の頻度の指標と関連付けられている、ヒト患者の疾患細胞と共通の第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せを有し；（Ｂ）選択されたＴ細胞ドナーの第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、方法である。様々な実施形態では、ヒト患者は治療的投与を必要とする。
【００８５】
ヒト患者ががんを有するとき、疾患細胞はがん細胞である。ヒト患者が病原体を有するとき、疾患細胞は病原体に感染した細胞である。
【００８６】
抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞の活性は、同一の方法で生成されたＴ細胞系、例えばセクション５．４に記載される方法で生成されたＴ細胞系を使用して測定できる。
【００８７】
Ｔ細胞系には、Ｔ細胞以外の細胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、Ｔ細胞系はＴ細胞が富化されている（例えば、７０％を超える、７５％を超える、８０％を超える、８５％を超える、９０％を超える、９５％を超える、または９９％を超えるＴ細胞を含む）。Ｔ細胞系は、初代細胞の集合体または培養細胞の集合体であり得る。Ｔ細胞系の細胞は、単一の細胞または複数の細胞から発生させることができる。様々な実施形態では、Ｔ細胞系は単一のヒトドナーに由来する。
【００８８】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、疾患細胞の第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い相対活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が（Ｉ）第２の複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ＩＩ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、第２の複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、活性の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認識に基づく、活性がないことの指標と関連付けられている。抗原の認識に基づく、活性がないことの指標は、活性の表示の生成において測定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが当業者によって臨床的有効性がないことを示すと見なされる活性の指標であり得る。
【００８９】
具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡタンパク質に結合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。具体的な実施形態では、エピトープは、第１のＨＬＡ対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。
【００９０】
具体的な実施形態では、Ｔ細胞ドナーは、ヒト患者に対して同種異系である。具体的な実施形態では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、Ｔ細胞ドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。別の具体的な実施形態では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、Ｔ細胞ドナーは移植ドナーである。いくつかの実施形態では、移植は、末梢血幹細胞移植、骨髄移植、または臍帯血移植などの造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）である。他の実施形態では、移植は、腎臓移植、肝臓移植、心臓移植、腸移植、膵臓移植、肺移植、もしくは小腸移植、またはそれらの組合せ（例えば、心臓移植と肺移植の組合せ、または腎臓移植と膵臓移植の組合せ）などの実質臓器移植である。
【００９１】
活性の代表が使用される場合のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞系の相対活性は、抗原の認識に基づいたＴ細胞系のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）である。Ｔ細胞系のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）は、セクション５．４．１に記載されるとおりに測定できる。活性の代表が使用される場合の他の実施形態では、Ｔ細胞系の相対活性は、病原体またはがんを有するヒト患者の処置におけるＴ細胞系のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性である。
【００９２】
別の態様では、本明細書に提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の投与と組み合わせた治療的投与のためのＴ細胞系を取得する方法であって、方法が、（ａ）本明細書に記載されるＴ細胞ドナーを選択する方法に従ってＴ細胞ドナーを選択することと、（ｂ）選択されたＴ細胞ドナーからＴ細胞系を生成することとを含み、Ｔ細胞系が、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束され、抗原の少なくとも１つのエピトープを認識する、方法である。
【００９３】
具体的な実施形態では、Ｔ細胞ドナーを選択する方法は、選択するステップの前に、セクション５．８に記載される方法を使用して頻度の表示を生成するステップをさらに含む。
【００９４】
活性の表示が使用される場合の具体的な実施形態では、Ｔ細胞ドナーを選択する方法は、選択するステップの前に、セクション５．７に記載される方法を使用して活性の表示を生成するステップをさらに含む。
【００９５】
５．４．  抗原特異的Ｔ細胞の生成および特徴
治療的投与および／または活性の表示もしくは頻度の表示の生成に使用されるＴ細胞系は、本明細書に記載されるとおりに生成することができる。具体的な実施形態では、本明細書に記載される、処置する方法またはＴ細胞系を選択する方法は、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を生成するステップをさらに含む。
【００９６】
いくつかの実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を生成するステップは、抗原に対するＴ細胞のｅｘ  ｖｉｖｏ感作を含む。以下に記載するｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップを実施する方法は、活性の表示または頻度の表示の生成に使用されるＴ細胞系を生成するためにも使用できることに留意されたい。
【００９７】
ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁；Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；Haqueら、２００７年、Blood  １１０巻：１１２３〜１１３１頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁；Feuchtingerら、２０１０年、Blood  １１６巻：４３６０〜４３６７頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １２０巻：１６３３〜１６４６頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁；Leenら、２０１３年、Blood  １２１巻：５１１３〜５１２３頁；Papadopoulouら、２０１４年、Sci  Transl  Med  ６巻：２４２ｒａ８３；Sukdolakら、２０１３年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  １９巻：１４８０〜１４９２頁；Koehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  ２１巻：１６６３〜１６７８頁、または国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に記載される方法などのｅｘ  ｖｉｖｏでＴ細胞を刺激して抗原特異的にするための、当該技術分野で公知の任意の方法によって実施することができる。
【００９８】
具体的な実施形態では、ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、Ｔ細胞を、抗原に由来する１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質と（好ましくは、抗原提示細胞の存在下においても）共培養することを含む。具体的な実施形態では、ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、Ｔ細胞を、抗原を提示する抗原提示細胞と共培養することを含む。
【００９９】
具体的な実施形態では、ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、単離したＰＢＭＣを、抗原に由来する１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質と、好ましくは抗原提示細胞の存在下においても、共培養することを含む。別の具体的な実施形態では、ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、単離したＰＢＭＣを、抗原を提示する抗原提示細胞と共培養することを含む。ＰＢＭＣは、Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁；Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁に記載されているようなＦｉｃｏｌｌ−Ｈｙｐａｑｕｅ遠心分離などによる、血液細胞からＰＢＭＣを単離するための当該技術分野で公知の任意の方法によって血液試料から単離できる。
【０１００】
具体的な実施形態では、ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、Ｔ細胞が富化されている細胞集団を、抗原に由来する１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質と、好ましくは抗原提示細胞の存在下においても、共培養することを含む。別の具体的な実施形態では、ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップは、Ｔ細胞が富化されている細胞集団を、抗原を提示する抗原提示細胞と共培養することを含む。Ｔ細胞は、血液細胞から（例えば、ＰＢＭＣから）Ｔ細胞を富化するための当該技術分野で公知の任意の方法によって富化できる。Ｔ細胞を富化するための非限定的な例示的な方法は、Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁；Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁；およびKoehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  ２１巻：１６６３〜１６７８頁に見出すことができる。具体的な実施形態では、Ｔ細胞は、抗ＣＤ３抗体を使用して、ＰＢＭＣを選別することによってＰＢＭＣから富化される。具体的な実施形態では、Ｔ細胞は、ＰＢＭＣから接着単球およびナチュラルキラー細胞を枯渇させることによりＰＢＭＣから富化される。
【０１０１】
ｅｘ  ｖｉｖｏ感作ステップで使用される抗原提示細胞は、樹状細胞、サイトカイン活性化単球、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、エプスタインバーウイルス形質転換Ｂリンパ芽球様細胞系細胞（ＥＢＶ−ＢＬＣＬ細胞）、または人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）などの抗原提示に適した任意の抗原提示細胞であり得る。具体的な実施形態では、抗原提示細胞は樹状細胞である。別の具体的な実施形態では、抗原提示細胞はＰＢＭＣである。別の具体的な実施形態では、抗原提示細胞はＥＢＶ−ＢＬＣＬ細胞である。別の具体的な実施形態では、抗原提示細胞はＡＡＰＣである。ある特定の実施形態では、抗原提示細胞は、Ｔ細胞系のドナーに由来する。抗原提示細胞は、Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁；Koehneら、２００２年、Blood  ９９巻：１７３０〜１７４０頁；Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；O'Reillyら、２００７年、Immunol  Res  ３８巻：２３７〜２５０頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁；Barkerら、２０１０年、Blood  １１６巻：５０４５〜５０４９頁；O'Reillyら、２０１１年、Best  Practice  &  Research  Clinical  Haematology  ２４巻：３８１〜３９１頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １２０巻：１６３３〜１６４６頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁；Koehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  ２１巻：１６６３〜１６７８頁、または国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に記載される方法（複数可）などの、当該技術分野において公知の任意の方法によって取得できる。
【０１０２】
具体的な実施形態では、抗原提示細胞は、抗原に由来する１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質を負荷されている。抗原（複数可）に由来するペプチド（複数可）を抗原提示細胞に負荷する非限定的な例示的な方法は、Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁；および国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に見出すことができる。具体的な実施形態では、抗原提示細胞は、抗原に由来する１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質を組換え的に発現するように遺伝子操作されている。形質導入または形質転換など、タンパク質を発現させるために核酸ビヒクルを細胞に導入するための当該技術分野で公知の任意の適切な方法を使用して、抗原に由来する１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質を組換え的に発現するための抗原提示細胞（antigen  presenting  call）を遺伝子操作することができる。
【０１０３】
ある特定の実施形態では、１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質は、抗原に由来する重複ペプチドのプールである。具体的な実施形態では、重複ペプチドのプールは、重複ペンタデカペプチドのプールである。ある特定の実施形態では、１つまたは複数の免疫原性ペプチドまたはタンパク質は、抗原に由来する１つまたは複数のタンパク質である。
【０１０４】
具体的な実施形態では、Ｔ細胞系を生成するためにｅｘ  ｖｉｖｏ感作に使用されるＴ細胞は、Ｔ細胞系ドナー由来のＣＤ３４−細胞集団に由来し、このＣＤ３４−細胞集団は、その開示全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１６年３月１１日に出願された米国仮特許出願第６２／３０７，２４０号に記載されている、Ｇ−ＣＳＦ動員されたヒトドナー由来のＴ細胞を含むアフェレーシス集合体（例えば、白血球アフェレーシス集合体）においてＣＤ３４−細胞からＣＤ３４＋細胞を分離することを含む方法の生成物である。
【０１０５】
具体的な実施形態では、Ｔ細胞系を生成するためにｅｘ  ｖｉｖｏ感作に使用されるＴ細胞は、その開示全体が参照により本明細書に組み込まれる、２０１６年９月２３日に出願された米国仮特許出願第６２／３９９，３１１号に記載されているとおり、少なくとも５０％の幹細胞様メモリＴ細胞（ＴＳＣＭ細胞）、少なくとも９０％のＴＳＣＭ細胞、少なくとも９５％のＴＳＣＭ細胞、少なくとも９９％のＴＳＣＭ細胞、または１００％のＴＳＣＭ細胞である。
【０１０６】
他の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を生成するステップは、抗原に対して血清陽性のヒトドナー由来の血液細胞の集団からの、抗原に特異的である抗原特異的Ｔ細胞の蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）を含む。具体的な実施形態では、血液細胞の集団は、ヒトドナーから取得された血液試料から単離された末梢血単核球（ＰＢＭＣ）である。蛍光標識細胞分取は、通常、選別ステップの前に抗原を認識する抗体で血液細胞の集団を染色することを含む、当該技術分野で公知の任意の方法によって実施することができる。
【０１０７】
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞系を生成するステップは、ｅｘ  ｖｉｖｏで感作またはＦＡＣＳ選別されたＴ細胞を含む細胞集団を保存のために凍結保存することをさらに含む。
【０１０８】
ある特定の実施形態では、本明細書に記載される、処置する方法は、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団をＴ細胞系から誘導することをさらに含む。具体的な実施形態では、抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団は、Ｔ細胞系の派（faction）である。別の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は凍結保存されており、誘導方法は、Ｔ細胞系またはその画分を解凍することと、必要に応じてＴ細胞系から解凍Ｔ細胞をｉｎ  ｖｉｔｒｏで増やして治療的投与のためのヒト細胞の集団を生成することとを含む。別の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は凍結保存されておらず、誘導方法は、Ｔ細胞系からＴ細胞をｉｎ  ｖｉｔｒｏで増やして治療的投与のためのヒト細胞の集団を生成することを含む。
【０１０９】
本明細書に記載される方法の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、ヒト患者と同種異系のヒトドナーに由来する。具体的な実施形態では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、ヒトドナーは移植ドナーとは異なる第三者ドナーである。別の具体的な実施形態では、ヒト患者は移植ドナーからの移植のレシピエントとなっており、ヒトドナーは移植ドナーである。いくつかの実施形態では、移植は、末梢血幹細胞移植、骨髄移植、または臍帯血移植などの造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）である。他の実施形態では、移植は、腎臓移植、肝臓移植、心臓移植、腸移植、膵臓移植、肺移植、もしくは小腸移植、またはそれらの組合せ（例えば、心臓移植と肺移植の組合せ、または腎臓移植と膵臓移植の組合せ）などの実質臓器移植である。
【０１１０】
本明細書に記載されるＴ細胞系は、好ましくは（１）病原体もしくはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドもしくはタンパク質を負荷するか、またはそれらを発現するように遺伝子操作された、完全にもしくは部分的にＨＬＡ適合（Ｔ細胞系のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞に対して実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を示し、（２）実質的な同種反応性を欠き、ならびに／あるいは（３）ヒト患者の疾患細胞と共有するＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束され、および／またはヒト患者の疾患細胞と少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子（例えば、８つのＨＬＡ対立遺伝子のうち少なくとも２つ）を共有する。したがって、好ましくは、抗原反応性（例えば、細胞傷害性）、同種反応性、どのＨＬＡ対立遺伝子（複数可）にＴ細胞が拘束されるかなどの情報、および／またはＴ細胞系のＨＬＡの割り当ては、ヒト患者への投与前に当該技術分野で公知の方法（例えば、Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁；Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；Haqueら、２００７年、Blood  １１０巻：１１２３〜１１３１頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁；Feuchtingerら、２０１０年、Blood  １１６巻：４３６０〜４３６７頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １２０巻：１６３３〜１６４６頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁；Leenら、２０１３年、Blood  １２１巻：５１１３〜５１２３頁；Papadopoulouら、２０１４年、Sci  Transl  Med  ６巻：２４２ｒａ８３；Sukdolakら、２０１３年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  １９巻：１４８０〜１４９２頁；Koehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant、２１巻：１６６３〜１６７８頁、または国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に記載される方法など）によって測定される。
【０１１１】
５．４．１．  細胞傷害性および抗原反応性の他の測定
完全にまたは部分的にＨＬＡ適合（Ｔ細胞系のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞に対するＴ細胞系の抗原反応性（例えば細胞傷害性）は、これに限定されないが、NagorsenおよびMarincola編、２００５年、Analyzing  T  Cell  Responses:  How  to  Analyze  Cellular  Immune  Responses  against  Tumor  Associated  Antigens、Springer  Netherlandsに記載される方法など、Ｔ細胞媒介性抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を測定するための当該技術分野で公知の任意のアッセイによって決定することができる。アッセイは、Ｔ細胞系を直接、そのアリコート、またはＴ細胞系の抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を示す前駆細胞集団を使用して実施することができる。具体的な実施形態では、抗原反応性（例えば、細胞傷害性）は、Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁、Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁、Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁；Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁、Werenら、J  Immunol  Methods、２８９巻：１７〜２６頁、Shafer-Weaverら、２００３年、J  Transl  Med  １巻：１４頁、またはNagorsenおよびMarincola編、２００５年、Analyzing  T  Cell  Responses:How  to  Analyze  Cellular  Immune  Responses  against  Tumor  Associated  Antigens、Springer  Netherlandsに記載されるような、標準的な５１Ｃｒ放出アッセイ、ＩＦＮ−γ産生アッセイ、ＣＴＬ前駆体（ＣＴＬｐｓ）を測定する限界希釈アッセイ、パーフォリン放出アッセイ、グランザイムＢ放出アッセイ、またはＣＤ１０７動員アッセイによって決定される。
【０１１２】
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷するか、あるいはそれらを発現するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にＨＬＡ適合の抗原提示細胞に対してｉｎ  ｖｉｔｒｏで実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を示す（例えば、その実質的な溶解を示す）。好ましくは、完全にまたは部分的にＨＬＡ適合の抗原提示細胞は、完全にＨＬＡ適合の抗原提示細胞（例えば、ヒトドナーに由来する抗原提示細胞）である。具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷するか、あるいはそれらを発現するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にＨＬＡ適合の抗原提示細胞の、２０％、２５％、３０％、３５％、もしくは４０％よりも多いか、またはそれらと等しい溶解を示す。具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷するか、あるいはそれらを発現するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にＨＬＡ適合の抗原提示細胞の２０％よりも多いか、またはそれと等しい溶解を示す。
【０１１３】
抗原反応性（例えば、細胞傷害性）アッセイで使用できる抗原提示細胞としては、これらに限定されないが、樹状細胞、フィトヘマグルチニン（ＰＨＡ）−リンパ芽球、マクロファージ、抗体を生成するＢ細胞、ＥＢＶ−ＢＬＣＬ細胞、および人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）が挙げられる。
【０１１４】
具体的な実施形態では、抗原反応性（例えば、細胞傷害性）アッセイで使用される完全または部分的にＨＬＡ適合の抗原提示細胞には、病原体またはがんの抗原に由来するペプチドのプールが負荷されている。ペプチドのプールは、例えば、病原体またはがんの抗原の配列にわたる重複ペプチド（例えば、ペンタデカペプチド）のプールであり得る。
【０１１５】
５．４．２．  同種反応性
Ｔ細胞系の同種反応性は、これらに限定されないが、標準的な５１Ｃｒ放出アッセイ、ＩＦＮ−γ産生アッセイ、ＣＴＬ前駆体（ＣＴＬｐｓ）を測定する限界希釈アッセイ、パーフォリン放出アッセイ、グランザイムＢ放出アッセイ、ＣＤ１０７動員アッセイ、または、セクション５．４．１に記載される任意の他の抗原反応性アッセイなど、Ｔ細胞媒介性抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を測定するための、当該技術分野に公知の抗原反応性（例えば、細胞傷害性）アッセイを使用し、しかし病原体もしくはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドもしくはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞、および／あるいはＨＬＡ不適合（ヒト細胞の集団のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞によって測定できる。アッセイは、Ｔ細胞系を直接、そのアリコート、またはＴ細胞系の同種反応性を示す前駆細胞集団を使用して実施することができる。実質的な同種反応性を欠くＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団は、ヒト患者に投与されるとき、一般に移植片対宿主疾患（ＧｖＨＤ）をもたらさない。
【０１１６】
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を欠いている。好ましい実施形態では、このような抗原提示細胞は、完全にまたは部分的にＨＬＡ適合の抗原提示細胞（ヒト血液細胞集団のヒトドナーに対して）（例えば、ヒト血液細胞集団のヒトドナーに由来する抗原提示細胞）である。具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞の１５％、１０％、５％、２％、もしくは１％未満、またはそれらと等しいものを溶解する。具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞の１０％未満、またはそれと等しいものを溶解する。別の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞の５％未満、またはそれと等しいものを溶解する。
【０１１７】
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞系は、ＨＬＡ不適合（ヒト血液細胞集団のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏでの実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を欠いている。いくつかの実施形態では、そのような抗原提示細胞は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷するか、またはそれらを発現するように遺伝子操作されている。他の実施形態では、そのような抗原提示細胞は、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない。具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、ＨＬＡ不適合（ヒト血液細胞集団のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞の１５％、１０％、５％、２％、もしくは１％未満、またはそれらと等しいものを溶解する。具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、ＨＬＡ不適合（ヒト血液細胞集団のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞の１０％未満、またはそれと等しいものを溶解する。別の具体的な実施形態では、Ｔ細胞系は、ＨＬＡ不適合（ヒト血液細胞集団のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞の５％未満、またはそれと等しいものを溶解する。
【０１１８】
ある特定の実施形態では、Ｔ細胞系は、上述のとおり、病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷されてもおらず、それらを発現するように遺伝子操作されてもいない抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を欠き、上述のとおり、ＨＬＡ不適合の抗原提示細胞に対するｉｎ  ｖｉｔｒｏの実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を欠いている。
【０１１９】
同種反応性アッセイで使用できる抗原提示細胞としては、これらに限定されないが、樹状細胞、フィトヘマグルチニン（ＰＨＡ）−リンパ芽球、マクロファージ、抗体を生成するＢ細胞、ＥＢＶ−ＢＬＣＬ細胞、および人工抗原提示細胞（ＡＡＰＣ）が挙げられる。
【０１２０】
５．４．３．  ＨＬＡ型
Ｔ細胞系のＨＬＡ割り当て（すなわち、ＨＬＡ遺伝子座の型）および／またはヒト患者における疾患細胞のＨＬＡ割り当ては、ＨＬＡ対立遺伝子をタイピングするための当該技術分野で公知の任意の方法によって確認（すなわち、タイピング）することができる。Ｔ細胞系の割り当ては、Ｔ細胞系を直接、そのアリコート、またはＴ細胞系のＨＬＡ割り当てを示す前駆細胞集団を使用して実施することができる。ＨＬＡ割り当てを確認するための非限定的な例示的な方法は、ASHI  Laboratory  Manual、４．２版（２００３年）、American  Society  for  Histocompatibility  and  Immunogenetics；ASHI  Laboratory  Manual、Supplements  1（２００６年）  and  2（２００７年）、American  Society  for  Histocompatibility  and  Immunogenetics；Leffellら編、１９９７年、Handbook  of  Human  Immunology、Boca  Raton：CRC  Press中のHurley、「DNA-based  typing  of  HLA  for  transplantation.」；Dunn、２０１１年、Int  J  Immunogenet  ３８巻：４６３〜４７３頁；Erlich、２０１２年、Tissue  Antigens、８０巻：１〜１１頁；Bontadini、２０１２年、Methods、５６巻：４７１〜４７６頁；ならびにLangeら、２０１４年、BMC  Genomics  １５巻：６３頁に見出すことができる。具体的な実施形態では、少なくとも４つのＨＬＡ遺伝子座（好ましくはＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、およびＨＬＡ−ＤＲ）がタイピングされる。具体的な実施形態では、４つのＨＬＡ遺伝子座（好ましくはＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、ＨＬＡ−Ｃ、およびＨＬＡ−ＤＲ）がタイピングされる。別の具体的な実施形態では、６つのＨＬＡ遺伝子座がタイピングされる。別の具体的な実施形態では、８つのＨＬＡ遺伝子座がタイピングされる。
【０１２１】
一般に、ＨＬＡタイピングには高解像度のタイピングが好ましい。高解像度のタイピングは、例えば、ASHI  Laboratory  Manual、４．２版（２００３年）、American  Society  for  Histocompatibility  and  Immunogenetics；ASHI  Laboratory  Manual、Supplements  1（２００６年）  and  2（２００７年）、American  Society  for  Histocompatibility  and  Immunogenetics；  Flomenbergら、Blood、１０４巻：１９２３〜１９３０頁；Koeglerら、２００５年、Bone  Marrow  Transplant、３６巻：１０３３〜１０４１頁；Leeら、２００７年、Blood  １１０巻：４５７６〜４５８３頁；Erlich、２０１２年、Tissue  Antigens、８０巻：１〜１１頁；Lankら、２０１２年、BMC  Genomics  １３巻：３７８頁；またはGabrielら、２０１４年、Tissue  Antigens、８３巻：６５〜７５頁に記載されるような、当該技術分野に公知の任意の方法によって実施することができる。
【０１２２】
ある特定の実施形態では、ヒト患者を処置する方法、Ｔ細胞系を選択する方法、またはＴ細胞ドナーを処置する方法は、ヒト患者の疾患細胞のＨＬＡ割り当てを確認するステップをさらに含む。具体的な実施形態では、ヒト患者における疾患細胞のＨＬＡ割り当ては、疾患細胞の起源（例えば、場合によってはヒト患者またはヒト患者の移植ドナー）をタイピングすることにより確認される。疾患細胞の起源は、例えば可変タンデムリピート（ＶＴＲ）を分析すること（移植のレシピエントとドナーとを区別するために異なる人々の小ＤＮＡ配列の固有のＤＮＡシグネチャーを使用する方法である）によって、または移植のドナーとレシピエントの性別が異なる場合にはＹ染色体の有無を調べること（細胞遺伝学またはＦＩＳＨ（蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）によって実施される）によってなど、当該技術分野で公知の任意の方法で決定できる。
【０１２３】
Ｔ細胞が拘束されているＨＬＡ対立遺伝子は、例えば、Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；Barkerら、２０１０年、Blood  １１６巻：５０４５〜５０４９頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol、１８３巻：２８３７〜２８５０頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １２０巻：１６３３〜１６４６頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁；または国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に記載されるような、当該技術分野に公知の任意の方法によって決定することができる。決定は、Ｔ細胞系を直接、そのアリコート、またはＴ細胞系が拘束されているＨＬＡ対立遺伝子を示す前駆細胞集団を使用して実施することができる。
【０１２４】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞系は、ヒト患者の疾患細胞と共有されるＨＬＡ対立遺伝子によって拘束される。他の実施形態では、Ｔ細胞系は、ヒト患者の疾患細胞と少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子（例えば、８つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの少なくとも２つ、例えば、２つのＨＬＡ−Ａ対立遺伝子、２つのＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子、２つのＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子、および２つのＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子）を共有する。他の実施形態では、Ｔ細胞系は、ヒト患者の疾患細胞と共有されるＨＬＡ対立遺伝子によって拘束され、ヒト患者の疾患細胞と少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子（例えば、８つのＨＬＡ対立遺伝子のうちの少なくとも２つ、例えば、２つのＨＬＡ−Ａ対立遺伝子、２つのＨＬＡ−Ｂ対立遺伝子、２つのＨＬＡ−Ｃ対立遺伝子、および２つのＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子）を共有する。
【０１２５】
５．５．  医薬組成物
別の態様では、本明細書で提供されるのは、（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤と；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団とを含む医薬組成物であって、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関してサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、医薬組成物である。
【０１２６】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤と；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団とを含む医薬組成物であって、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関してサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、医薬組成物である。
【０１２７】
医薬組成物の具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づくより低い活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、活性の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認識に基づく、活性がないことの指標と関連付けられている。抗原の認識に基づく、活性がないことの指標は、活性の表示の生成において測定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが当業者によって臨床的有効性がないことを示すとみなされる活性の指標であり得る。
【０１２８】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者への治療的投与のための医薬組成物であって、（１）阻害性免疫チェックポイント阻害剤と；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団とを含み；第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、医薬組成物である。様々な実施形態では、ヒト患者は治療的投与を必要とする。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【０１２９】
別の態様では、本明細書で提供されるのは、病原体またはがんを有するか、もしくは有する疑いのあるヒト患者への治療的投与のための医薬組成物であって、（１）刺激性免疫チェックポイント活性化剤と；（２）病原体またはがんの抗原に特異的であり、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系に由来する抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞の集団とを含み；第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せが、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである、医薬組成物である。様々な実施形態では、ヒト患者は治療的投与を必要とする。ある特定の実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適しており、かつ、抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞の活性に関して、疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちのサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せである。
【０１３０】
ヒト患者ががんを有するとき、疾患細胞はがん細胞である。ヒト患者が病原体を有するとき、疾患細胞は病原体に感染した細胞である。
【０１３１】
抗原の認識に基づいた、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞の活性は、同一の方法で生成されたＴ細胞系、例えばセクション５．４に記載される方法で生成されたＴ細胞系を使用して測定できる。
【０１３２】
Ｔ細胞系には、Ｔ細胞以外の細胞が含まれていてもよい。しかしながら、好ましくは、Ｔ細胞系はＴ細胞が富化されている（例えば、７０％を超える、７５％を超える、８０％を超える、８５％を超える、９０％を超える、９５％を超える、または９９％を超えるＴ細胞を含む）。Ｔ細胞系は、初代細胞の集合体または培養細胞の集合体であり得る。Ｔ細胞系の細胞は、単一の細胞または複数の細胞から増殖させることができる。様々な実施形態では、Ｔ細胞系は単一のヒトドナーに由来する。
【０１３３】
ヒト患者に対する治療的投与のための医薬組成物の具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、ヒト患者の疾患細胞によって発現される第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せに関連付けられている相対活性よりも低い、抗原の認識に基づくより低い活性の指標に関連付けられていることに基づいて、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せとして分類され、この活性の表示が（ｉ）複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、（ｉｉ）各々が抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示し、活性の表示において、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標に関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づくＴ細胞系の既知の活性の相対量である。具体的な実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、活性の表示に従って、抗原の認識に基づく、活性がないことの指標と関連付けられている。抗原の認識に基づく、活性がないことの指標は、活性の表示の生成において測定されるような検出可能な活性がないことであり得、または検出可能ではあるが当業者によって臨床的有効性がないことを示すとみなされる活性の指標であり得る。ある特定の実施形態では、第２のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、ヒト患者への治療的投与に適している。
【０１３４】
上述のように、一実施形態では、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者への治療的投与に適したＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せの中での比較に基づいてサブドミナントであると決定される。Ｔ細胞は、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系が利用可能であり、治療的投与に適しているとき、ヒト患者への治療的投与に適している。例えば、細胞系試料に（または凍結後に細胞系試料を解凍した後に）、生細胞が含まれていないか、または少なすぎることが観察される場合、Ｔ細胞系は治療用投与に適していない。しかし、別の例として、活性の表示における相対活性が活性のｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏアッセイに基づいており、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系のｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性が活性の表示を生成するのに使用されたｉｎ  ｖｉｔｒｏまたはｅｘ  ｖｉｖｏ相対アッセイと相関しないために、活性の表示における最高の相対活性が最高のｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性ではないことが既知の場合、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せ（これによりかかるＴ細胞系は拘束されている）は、治療的投与に適さないとみなされ得る。例えば、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系に由来するインターフェロン−γ分泌ＣＤ３＋Ｔ細胞のパーセンテージは、はるかに高い相対活性を示すが、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系に関するヒト患者のＣＭＶ感染に対するｉｎ  ｖｉｖｏ活性は臨床効果がない（したがって、ｉｎ  ｖｉｖｏ相対活性は無視できる）ことが観察されており、したがって、具体的な実施形態では、ＣＭＶ感染症の処置の文脈において、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系は、治療的投与に適さないとみなされる。関連する具体的な実施形態では、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系（複数可）が、病原体またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場合、その特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系は、治療的投与に適さないとみなされる。しかしながら、代替の具体的な実施形態では、本発明の組合せ療法がこのようなＴ細胞系の有効性を増強する可能性があるため、特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系（複数可）が、病原体またはがんを有するヒト患者の処置において臨床効果がないことが既知の場合でも、その特定のＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系は、不適切とはみなされない（したがって、ＣＭＶ感染症の処置の文脈で、ＨＬＡ−Ｂ３５によって拘束されるＴ細胞系は、これらの他の具体的な実施形態における治療的投与に不適切とはみなされない）。
【０１３５】
本明細書に記載される態様の具体的な実施形態および実施形態では、第１のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡタンパク質に結合する抗原のエピトープは、抗原のすべてのエピトープの中で第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。具体的な実施形態では、エピトープは、第１のＨＬＡ対立遺伝子によって提示できるすべての抗原のすべてのエピトープの中で、第１のＨＬＡ対立遺伝子に対して最高の結合親和性を有する。
【０１３６】
本明細書に記載される態様および実施形態のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞の活性（および活性の代表が使用される場合のＴ細胞系の相対活性）は、抗原に対する（例えば、抗原を発現する細胞に対する）、Ｔ細胞（または、場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）である。Ｔ細胞（または場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｔｒｏ抗原反応性（例えば、細胞傷害活性）は、セクション５．４．１に記載されるとおりに測定できる。本明細書に記載される態様および実施形態の他の実施形態では、Ｔ細胞の活性（および活性の代表が使用される場合のＴ細胞系の相対活性）は、病原体またはがんを有するヒト患者の処置におけるＴ細胞（または、場合によってはＴ細胞系）のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性である。
【０１３７】
本明細書に記載される、医薬組成物、またはヒト患者への治療的投与のための医薬組成物は、好ましくは（１）病原体またはがんの抗原に由来する１つもしくは複数のペプチドまたはタンパク質を負荷するか、またはそれらを発現するように遺伝子操作された、完全にまたは部分的にＨＬＡ適合（Ｔ細胞系のヒトドナーに対して）の抗原提示細胞に対して実質的な抗原反応性（例えば、細胞傷害性）を示し、（２）実質的な同種反応性を欠き、ならびに／あるいは（３）ヒト患者の疾患細胞と共有するＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束され、および／またはヒト患者の疾患細胞と少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子（例えば、８つのＨＬＡ対立遺伝子のうち少なくとも２つ）を共有するＴ細胞系に由来する。したがって、セクション５．４に記載されるとおり、好ましくは、抗原反応性（例えば、細胞傷害性）、同種反応性、どのＨＬＡ対立遺伝子（複数可）にＴ細胞系が拘束されるかなどの情報、および／またはＴ細胞系のＨＬＡの割り当ては、ヒト患者への投与前に当該技術分野で公知の方法（例えば、Koehneら、２０００年、Blood  ９６巻：１０９〜１１７頁；Trivediら、２００５年、Blood  １０５巻：２７９３〜２８０１頁；Haqueら、２００７年、Blood  １１０巻：１１２３〜１１３１頁；Hasanら、２００９年、J  Immunol  １８３巻：２８３７〜２８５０頁；Feuchtingerら、２０１０年、Blood  １１６巻：４３６０〜４３６７頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １２０巻：１６３３〜１６４６頁；Doubrovinaら、２０１２年、Blood  １１９巻：２６４４〜２６５６頁；Leenら、２０１３年、Blood  １２１巻：５１１３〜５１２３頁；Papadopoulouら、２０１４年、Sci  Transl  Med  ６巻：２４２ｒａ８３；Sukdolakら、２０１３年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  １９巻：１４８０〜１４９２頁；Koehneら、２０１５年、Biol  Blood  Marrow  Transplant  ２１巻：１６６３〜１６７８頁、または国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に記載される方法など）によって測定される。
【０１３８】
本明細書に記載される、医薬組成物、またはヒト患者への治療的投与のための医薬組成物は、薬学的に許容される担体をさらに含む。
【０１３９】
薬学的に許容される担体は、Ｔ細胞および阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤の保存および／または治療的投与に適した任意の生理学的に許容される溶液であり得る。
【０１４０】
また、本明細書では、上記の医薬組成物を１つまたは複数の容器に含むキットも提供される。
【０１４１】
このような１つまたは複数の容器に必要に応じて付随するのは、医薬品または生物学的製品の製造、使用、または販売を規制する政府機関によって規定された形式の通知であり得、この通知はヒト投与のために製造、使用、または販売の該機関による承認を反映している。
【０１４２】
本明細書に包含される医薬組成物およびキットは、本開示で提供されるヒト患者を処置する方法に従って使用することができる。
【０１４３】
５．６．  免疫チェックポイント調節剤
５．６．１．  阻害性免疫チェックポイント阻害剤
阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイント分子の活性を阻害または遮断する任意の医薬剤であり得る。具体的な実施形態では、活性は、阻害性免疫チェックポイント分子の天然の結合パートナーに結合することである。阻害性免疫チェックポイント分子が受容体である場合、活性は、リガンド結合活性であり得る。阻害性免疫チェックポイント分子がリガンドである場合、活性は、受容体結合活性であり得る。
【０１４４】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、プログラム細胞死１（ＰＤ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）、プログラム細胞死リガンド１（ＰＤ−Ｌ２）、細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）、リンパ球活性化３（ＬＡＧ３）、Ｔ細胞免疫グロブリンおよびムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ３）、Ｔ細胞活性化のＶドメインＩｇサプレッサー（ＶＩＳＴＡ）、アデノシンＡ２ａ受容体（Ａ２ａＲ）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、ＢおよびＴリンパ球関連（ＢＴＬＡ）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、トリプトファン２，３−ジオキシゲナーゼ（ＴＤＯ）、またはキラー細胞免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、ＣＴＬＡ−４、ＬＡＧ３、ＴＩＭ−３、ＶＩＳＴＡ、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＩＤＯ、またはＴＤＯの阻害剤である。
【０１４５】
阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、抗体、小分子、またはオリゴヌクレオチド（アプタマー、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、もしくはアンチセンスＤＮＡなど）であり得る。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、がんもしくは病原体によって引き起こされる疾患の処置のため、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）または外国の対応する機関によって承認されている。
【０１４６】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、阻害性免疫チェックポイントに結合し、その活性を阻害する抗体である。阻害性免疫チェックポイント阻害剤になり得る抗体としては、これらに限定されないが、モノクローナル抗体（Ｆｃ最適化モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、線状抗体、単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）などの抗原結合活性を保持する抗体断片、抗体断片から形成された多重特異性抗体、および抗体断片を含有する融合タンパク質が挙げられる。具体的な実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。好ましくは、抗体はヒト化抗体である。
【０１４７】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＰＤ１の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ１に結合し、その活性（例えば、リガンド結合活性）を阻害するモノクローナル抗体である。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、ニボルマブ、ピディリズマブ、ＭＥＤＩ０６８０、またはペンブロリズマブである。さらに特定の実施形態では、モノクローナル抗体はニボルマブである。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＡＭＰ−２２４である。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ピディリズマブである。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ペンブロリズマブである。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＭＥＤＩ０６８０である。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＳＴＩ−Ａ１１１０である。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＴＳＲ−０４２である。別の具体的な実施形態では、ＰＤ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＡＵＲ−０１２である。
【０１４８】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＰＤ−Ｌ１の阻害剤である。具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ１に結合し、その活性（例えば、受容体結合活性）を阻害するモノクローナル抗体である。特定の実施形態では、モノクローナル抗体は、ｍｐｄｌ３２８０Ａ、デュルバルマブ、アベルマブ、ｂｍｓ−９３６５５９、またはアテゾリズマブである。別の具体的な実施形態では、ＰＤ−Ｌ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＲＧ７４４６である。別の具体的な実施形態では、ＰＤ−Ｌ１の阻害剤である阻害性免疫チェックポイント阻害剤は、ＳＴＩ−Ａ１０１０である。
【０１４９】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＢ７−Ｈ３の阻害剤（例えば、ＭＧＡ２７１）である。
【０１５０】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＣＴＬＡ４の阻害剤（例えば、イピリムマブ）である。
【０１５１】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＬＡＧ３の阻害剤（例えば、ＢＭＳ−９８６０１６）である。
【０１５２】
具体的な実施形態では、阻害性免疫チェックポイント阻害剤はＭＳＢ−００２０７１８Ｃである。
【０１５３】
５．６．２．  刺激性免疫チェックポイント活性化剤
刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、刺激性免疫チェックポイント分子の活性を活性化または促進する任意の医薬剤であり得る。具体的な実施形態では、活性は、刺激性免疫チェックポイント分子の天然の結合パートナーに結合することである。刺激性チェックポイント分子が受容体である場合、活性は、リガンド結合活性であり得る。刺激性チェックポイント分子がリガンドである場合、活性は、受容体結合活性であり得る。
【０１５４】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＯＸ４０、グルココルチコイド誘導ＴＮＦＲ関連タンパク質リガンド（ＧＩＴＲ）、または誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）の活性化剤である。
【０１５５】
刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、例えば、リガンド、リガンド断片、または刺激性免疫チェックポイント分子のリガンドを含有する融合タンパク質（刺激性免疫チェックポイント分子が受容体であるとき）、または刺激性免疫チェックポイント活性化因子に結合してその活性を活性化するアゴニスト抗体であり得る。刺激性免疫チェックポイント活性化剤になり得る抗体としては、これらに限定されないが、モノクローナル抗体（Ｆｃ最適化モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ダイアボディ、線状抗体、単鎖抗体分子（例えば、ｓｃＦｖ）などの抗原結合活性を保持する抗体断片、抗体断片から形成された多重特異性抗体、および抗体断片を含有する融合タンパク質が挙げられる。具体的な実施形態では、抗体はモノクローナル抗体である。好ましくは、抗体はヒト化抗体である。具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤は、がんもしくは病原体によって引き起こされる疾患の処置のため、米国食品医薬品局（ＦＤＡ）または外国の対応する機関によって承認されている。
【０１５６】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤はＯＸ４０の活性化剤（例えば、ＭＥＤＩ０５６２またはＭＥＤＩ６３８３）である。
【０１５７】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤はＧＩＴＲの活性化剤（例えば、ＴＲＸ５１８またはＭＫ−４１６６）である。
【０１５８】
具体的な実施形態では、刺激性免疫チェックポイント活性化剤はＩＣＯＳの活性化剤（例えば、ＧＳＫ３３５９６０９）である。
【０１５９】
５．７．  活性の表示の生成
活性の表示は、複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、各々が病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、上記複数におけるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せのうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の相対活性の指標を開示する。活性の表示では、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の相対活性のそれぞれの指標と関連付けられており、相対活性は、抗原の認識に基づいたＴ細胞系の既知の活性の相対量である。
【０１６０】
Ｔ細胞系の相対活性は、当該技術分野で公知の任意のｉｎ  ｖｉｔｒｏ、ｅｘ  ｖｉｖｏ、またはｉｎ  ｖｉｖｏの方法により取得できる。
【０１６１】
好ましい実施形態では、相対活性は、病原体またはがんを有するヒト患者の処置におけるＴ細胞系のｉｎ  ｖｉｖｏ臨床的有効性として測定される。そのような実施形態の具体的な態様では、相対活性は、Ｔ細胞系での処置後に完全寛解（ＣＲ）を達成する、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者のパーセンテージとして測定することができる。具体的な実施形態では、相対活性は、Ｔ細胞系での処置後にＣＲまたは部分寛解（ＰＲ）を達成する、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者のパーセンテージとして測定される。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、相対活性は、抗原の抗原性を示す１つまたは複数のペプチドを提示する抗原提示細胞で刺激した際の、各Ｔ細胞系に由来するインターフェロン−γ産生ＣＤ３＋細胞のパーセンテージとして測定される。具体的な実施形態では、相対活性は、Koehne,  G．ら、Blood、２００２年、９９巻：１７３０〜１７４０頁、またはWaldrop,  S.L.ら、J  Clin  Invest、１９９７年、９９巻：１７３９〜１７５０頁に記載されるような方法から修正された方法によって、またはそこに記載されるように測定される。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、相対活性は、当該技術分野で公知の方法、例えば、セクション５．４．１に記載される方法に従って実施される細胞傷害性アッセイにおいて、各Ｔ細胞系への曝露の際に溶解される病原体またはがんの抗原を発現する細胞のパーセンテージとして測定される。
【０１６４】
本発明によれば、相対活性は、エピトープを提示するＨＬＡタンパク質に対するそれぞれのＴ細胞系によって認識されるエピトープの結合親和性としては測定されない。
【０１６５】
いくつかの態様では、活性の表示は、相対活性によってランク付けされる複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せのリストである。いくつかの実施形態では、治療的使用のためのＴ細胞系は、リストの最高のランクが最大の相対活性の指標である、相対活性によってランク付けされる複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せのリストを下って（going  down）、ランクが最高ではないＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せを決定し（選択したＴ細胞系が特定のヒト患者で使用される場合、前記ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者の疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せの中でランクが最高ではない）、決定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞を選ぶことによって選択される。例として、具体的な実施形態では、活性の表示は、実施例２の表６に示すリストである。
【０１６６】
いくつかの態様では、活性の表示は、各々が相対活性のスコア指標に関連付けられている、複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを列挙するデータベース（例えば表）である。いくつかの実施形態では、治療的使用のためのＴ細胞系は、データベースの最高のスコアが最高の相対活性の指標である、各々が相対活性のスコア指標に関連付けられている、複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを列挙するデータベースを調べ、最高のスコアを有さないＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せを決定し（選択したＴ細胞系が特定のヒト患者で使用される場合、前記ＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、ヒト患者の疾患細胞によって発現されるＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せの中で最高のスコアを有さない）、そのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せにより拘束されるＴ細胞を選ぶことによって選択される。具体的な実施形態では、このようなデータベースである活性の表示を使用するＴ細胞系の選択は、最初に、ヒト患者の疾患細胞によって発現されない、データベース中のＨＬＡ対立遺伝子およびＨＬＡ対立遺伝子の組合せを全て取り除き（除外し）、次いで、残ったものの中で、最高ではない相対活性の指標と関連付けられているＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せを決定し、次いで、決定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系を選ぶことによって実施され得る。
【０１６７】
いくつかの態様では、活性の表示は散布図である。ある特定の実施形態では、散布図の第１の軸は、複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せにおけるＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せの複数の異なるものを表す。ある特定の実施形態では、散布図の第２の軸は、相対活性を表す。具体的な実施形態では、散布図の第２の軸は、抗原の抗原性を示す１つまたは複数のペプチドを提示する抗原提示細胞で刺激した際の、相対活性の指標が活性の表示に開示されている各Ｔ細胞系に由来するインターフェロン−γ分泌ＣＤ３＋細胞のパーセンテージを表す。特定の実施形態では、刺激は、それぞれのＴ細胞系に対して自家であり、前記相対活性の指標として、抗原の抗原性を示す１つまたは複数のペプチドが負荷された抗原提示細胞によるものである。例として、具体的な実施形態では、活性の表示は、図２に示すとおりの散布図である。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、活性の表示はデータベースに保存されている。
【０１６９】
様々な実施形態では、Ｔ細胞系を選択する方法はコンピュータで実施される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞系を選択する方法は、セクション５．９に記載されているコンピュータシステムを使用してコンピュータで実施される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞系を選択する方法は、セクション５．９に記載されているコンピュータ可読媒体を使用してコンピュータで実施される。
【０１７０】
追加データが利用可能になると、追加データを使用して活性の表示を更新できる。
【０１７１】
５．８．  頻度の表示の生成
頻度の表示は、複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せを同定し、各々が病原体またはがんの抗原の少なくとも１つのエピトープを認識し、ＨＬＡ対立遺伝子のうちの複数の異なるものによって拘束されるＴ細胞系の生成の相対頻度の指標を開示する。頻度の表示では、各々の同定されたＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せは、それぞれのＨＬＡ対立遺伝子またはＨＬＡ対立遺伝子の組合せによって拘束されるＴ細胞系の生成の相対的な頻度のそれぞれの指標に関連付けられている。
【０１７２】
いくつかの態様では、頻度の表示は、相対頻度によってランク付けされる複数のＨＬＡ対立遺伝子および必要に応じてＨＬＡ対立遺伝子の組合せのリストであり、最高のランクが最高の生成の頻度の指標である。
【０１７３】
いくつかの態様では、頻度の表示は、それぞれが、相対頻度のスコア指標に関連付けられている複数のＨＬＡ対立遺伝子を列挙するデータベース（例えば、表）であり、最高のスコアが最高の生成の頻度の指標である。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、頻度の表示はデータベースに保存されている。
【０１７５】
様々な実施形態では、本開示において記載されるＴ細胞ドナーを選択する方法はコンピュータで実施される。いくつかの実施形態では、本開示において記載されるＴ細胞ドナーを選択する方法は、セクション５．９に記載されているコンピュータシステムを使用してコンピュータで実施される。いくつかの実施形態では、本開示において記載されるＴ細胞ドナーを選択する方法は、セクション５．９に記載されているコンピュータ可読媒体を使用してコンピュータで実施される。
【０１７６】
追加データが利用可能になると、追加データを使用して頻度の表示を更新できる。
【０１７７】
５．９．  コンピュータシステムおよびコンピュータ可読媒体
様々な実施形態では、コンピュータシステムまたはコンピュータ可読媒体は、本開示において記載されるＴ細胞系を選択する方法のいずれか、およびＴ細胞ドナーを選択する方法のいずれかを実施するように構成される。
【０１７８】
本明細書ではまた、病原体またはがんを有するか、もしくは有すると疑われるヒト患者への治療的投与のためのＴ細胞系を選択するためのコンピュータシステムも提供される。具体的な実施形態では、そのようなコンピュータシステムは：中央演算処理装置と；中央演算処理装置に結合されたメモリであって、本開示において記載されるＴ細胞系を選択する方法のいずれかまたはＴ細胞ドナーを選択する方法のいずれかのステップ（複数可）を実施するための命令を記憶するメモリとを含む。いくつかの実施形態では、コンピュータシステムは、中央演算処理装置と動作可能に通信する表示デバイスをさらに備える。
【０１７９】
本開示において記載されるＴ細胞系を選択する方法のいずれか、またはＴ細胞ドナーを選択する方法のいずれかのステップ（複数可）を実施するためのコンピュータ実行可能命令を有するコンピュータ可読媒体もまた本明細書で提供される。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、コンピュータシステムまたはコンピュータ可読媒体にロードされるのは、当該技術分野で標準的なソフトウェアコンポーネントである。ソフトウェアコンポーネントは、本開示で記載されるＴ細胞系を選択する方法またはＴ細胞ドナーを選択する方法に従って、コンピュータシステムを集合的に機能させる。いくつかの実施形態では、コンピュータシステムまたはコンピュータ可読媒体にロードされるのは、当該技術分野で標準的なソフトウェアコンポーネントと、本発明に特有の１つまたは複数のコンピュータプログラム製品である。具体的な実施形態では、１つまたは複数のコンピュータプログラム製品は、本開示で記載されるＴ細胞系を選択する方法またはＴ細胞ドナーを選択する方法に従って、コンピュータシステムを機能させる。具体的な実施形態では、本発明に特有の１つまたは複数のコンピュータプログラム製品および当該技術分野で標準的なソフトウェアコンポーネントは、本明細書に記載されるＴ細胞系を選択する方法またはＴ細胞ドナーを選択する方法に従ってコンピュータシステムを集合的に機能させる。
【０１８１】
５．１０．  抗原特異性および患者
病原体またはがんの抗原は、非疾患細胞（例えば、病原体に感染していない細胞、または非がん性細胞）と比較して、疾患細胞（例えば、病原体に感染した細胞、またはがん性細胞）で発現が高いペプチドもしくはタンパク質、または非疾患細胞（例えば、病原体に感染していない細胞、または非がん性細胞）と比較して、疾患細胞（例えば、病原体に感染した細胞、またはがん性細胞）で固有に発現しているペプチドもしくはタンパク質であり得る。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、抗原は病原体の抗原である。様々な実施形態では、ヒト患者は病原体を有する。病原体は、ウイルス、細菌、真菌、蠕虫、または原生生物であり得る。
【０１８３】
具体的な実施形態では、病原体はウイルスである。具体的な実施形態では、ウイルスはサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）である。具体的な実施形態の態様では、ＣＭＶの抗原は、ＣＭＶ  ｐｐ６５またはＣＭＶ  ＩＥ１である。具体的な実施形態の別の態様では、ＣＭＶの抗原は、ＣＭＶ  ｐｐ６５である。別の具体的な実施形態では、ウイルスはエプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）である。具体的な実施形態の態様では、ＥＢＶの抗原は、ＥＢＮＡ１、ＥＢＮＡ２、ＥＢＮＡ３Ａ、ＥＢＮＡ３Ｂ、ＥＢＮＡ３Ｃ、ＬＭＰ１、またはＬＭＰ２である。具体的な実施形態の別の態様では、ＥＢＶの抗原は、ＥＢＮＡ１、ＬＭＰ１、またはＬＭＰ２である。別の具体的な実施形態では、ウイルスは、ＢＫウイルス（ＢＫＶ）、ジョン・カニンガムウイルス（ＪＣＶ）、ヘルペスウイルス（ヒトヘルペスウイルス−６もしくはヒトヒトヘルペスウイルス−８など）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、単純ヘルペスウイルス（ＨＳＶ）、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、アデノウイルス（ＡＤＶ）、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、インフルエンザウイルス、エボラウイルス、ポックスウイルス、ラブドウイルス、またはパラミクソウイルスである。
【０１８４】
具体的な実施形態では、病原体は、マイコバクテリウムまたはＣｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓなどの細菌である。具体的な実施形態では、病原体は、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ  ｊｉｒｏｖｅｃｉ、カンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）、または侵襲性真菌などの真菌である。具体的な実施形態では、病原体は蠕虫である。具体的な実施形態では、病原体はＴｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉなどの原生生物である。具体的な実施形態では、病原体は原生動物である。
【０１８５】
具体的な実施形態では、ヒト患者は病原体の感染を有する。具体的な実施形態では、病原体はＣＭＶであり、ヒト患者はＣＭＶ感染症（例えば、ＣＭＶウイルス血症、ＣＭＶ網膜炎、ＣＭＶ肺炎、ＣＭＶ肝炎、ＣＭＶ結腸炎、ＣＭＶ脳炎、ＣＭＶ髄膜脳炎、ＣＭＶ陽性髄膜腫、またはＣＭＶ陽性多形性膠芽腫）を有する。別の具体的な施形態では、病原体はＥＢＶであり、ヒト患者は、Ｂ細胞過形成、リンパ腫（例えば、Ｂ細胞リンパ腫、非ホジキンリンパ腫（例えば、例えば、高齢者におけるびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫）、Ｔ細胞リンパ腫、ＥＢＶ陽性ホジキンリンパ腫、バーキットリンパ腫）、多形性または単形性ＥＢＶ−ＬＰＤ、自己免疫性リンパ増殖性症候群、または混合ＰＴＬＤ（移植後リンパ増殖性障害）などの、ＥＢＶ感染に起因するＥＢＶ陽性リンパ球増殖性障害（ＥＢＶ−ＬＰＤ）（例えば、ＥＢＶ陽性移植後リンパ増殖性障害）を有する。別の具体的な実施形態では、病原体はＥＢＶであり、ヒト患者はＥＢＶ陽性鼻咽頭癌を有する。別具体的な実施形態では、病原体はＥＢＶであり、ヒト患者はＥＢＶ陽性胃がんを有する。別の具体的な実施形態では、病原体はＥＢＶであり、ヒト患者はＥＢＶ陽性平滑筋肉腫を有する。別の具体的な実施形態では、病原体はＥＢＶであり、ヒト患者はＥＢＶ陽性ＮＫ／Ｔリンパ腫を有する。別の具体的な実施形態では、病原体はＥＢＶであり、ヒト患者はＥＢＶウイルス血症を有する。
【０１８６】
他の実施形態では、抗原はがんの抗原である。様々な実施形態では、ヒト患者はがんを有する。ある特定の実施形態では、抗原はウィルムス腫瘍１（ＷＴ１）である。
【０１８７】
がんは、これらに限定されないが、以下のような血液がんであり得る：急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、有毛細胞白血病、Ｔ細胞前リンパ球性白血病、大顆粒リンパ球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、形質細胞白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、または多発性骨髄腫など。具体的な実施形態では、がんは多発性骨髄腫または形質細胞白血病である。具体的な実施形態の態様では、がんの抗原はＷＴ１である。
【０１８８】
がんはまた、これらに限定されないが、肉腫、癌、リンパ腫、胚細胞腫瘍、または芽細胞腫を含む、固形腫瘍がんであり得る。固形腫瘍がんは、これらに限定されないが、以下であり得る：乳房、肺、卵巣、胃、膵臓、喉頭、食道、精巣、肝臓、耳下腺、胆道、結腸、直腸、子宮頸部、子宮、子宮内膜、腎臓、膀胱、前立腺、甲状腺、脳、または皮膚のがんなど。
【０１８９】
具体的な実施形態では、ヒト患者は成人（少なくとも１６歳）である。別の具体的な実施形態では、ヒト患者は青年（１２〜１５歳）である。別の具体的な実施形態では、患者は小児（１２歳未満）である。
【０１９０】
具体的な実施形態では、ヒト患者は、以前の療法に対する抵抗性またはその不耐性により、病原体またはがんに対する以前の治療に失敗しており、以前の療法は、阻害性免疫チェックポイント阻害剤または刺激性免疫チェックポイント活性化剤と組み合わせた抗原特異的Ｔ細胞を含むヒト細胞集団による処置ではない。疾患は、応答がない場合、または応答が不完全な場合（応答が完全寛解に満たない場合）、または治療後に進行もしくは再発する場合、療法に対して抵抗性があるとみなされる。以前の療法は、場合によっては、当該技術分野で公知の抗ウイルス剤（例えば、抗ウイルス薬もしくは抗体）、または当該技術分野で公知の抗がん療法（例えば、化学療法もしくは放射線療法）であり得る。
【実施例】
【０１９１】
６．  実施例
本明細書で提供されるある特定の実施形態は、次の非限定的な例によって説明される。
【０１９２】
６．１．  実施例１：ＰＤ１阻害と組み合わせたドミナントおよびサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子によって拘束される養子移入ＣＭＶ特異的Ｔ細胞は、腫瘍異種移植片のｉｎ  ｖｉｖｏ阻害の改善を実証する
移植ドナーまたは第三者ドナー由来のＣＭＶ特異的Ｔ細胞（ＣＭＶ−ＣＴＬ）の養子移入は、ＨＳＣＴレシピエントのＣＭＶ感染症を効果的に処置できる。臨床治験では、部分的に適合した第三者のＣＭＶ−ＣＴＬの注入により、持続的なＣＭＶ感染に対する高い奏効率が実証されている。ｉｎ  ｖｉｔｒｏで生成された、またはｉｎ  ｖｉｖｏで直接選択されたＴ細胞は、特定のＨＬＡ対立遺伝子によって提示される１〜２個の免疫優性エピトープに対する特異性の顕著な優勢を示す。免疫優性ＨＬＡ対立遺伝子は、サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子と比較して、ｉｎ  ｖｉｖｏでのより高いＴ細胞機能活性と関連している。サブドミナントＨＬＡ対立遺伝子によって拘束されるＴ細胞の活性を増加させる薬剤は調査されていない。
【０１９３】
ＨＬＡ−Ａ０２０１とＨＬＡ−Ａ２４０２がヒトで共遺伝するとき、ＨＬＡ−Ａ０２０１はＨＬＡ−Ａ２４０２よりも免疫優性であるため、応答性Ｔ細胞の優勢はＨＬＡ−Ａ２４０２ではなくＨＬＡ−Ａ０２０１に向けられる。本発明者らは、ｉｎ  ｖｉｖｏモデルを使用して、代用システムとして、ＣＭＶｐｐ６５を発現するように形質導入された結腸癌細胞（ｃｏｃａ）を使用して、ＣＭＶ−ＣＴＬの有効性を評価した。ＨＬＡ−Ａ０２０１＋およびＨＬＡ−Ａ２４０２＋のヒト結腸癌細胞は、ＣＭＶｐｐ６５およびＧＦＰ−ホタルルシフェラーゼを発現するように形質導入された（ｃｏｃａｐｐ６５）。免疫優性ＨＬＡ−Ａ０２０１が提示するＮＬＶエピトープ（Ａ２−ＮＬＶ）またはサブドミナントＨＬＡ−Ａ２４０２が提示するＱＹＤエピトープ（Ａ２４−ＱＹＤ）のいずれかに応答するＣＭＶ−ＣＴＬは、ＨＬＡ−Ａ０２０１またはＨＬＡ−Ａ２４０２、Ｂ７．１、ＬＦＡ−３およびＩＣＡＭ１を発現するＮＩＨ  ３Ｔ３人工抗原提示細胞を使用するｉｎ  ｖｉｔｒｏ刺激により、ＨＬＡ−Ａ０２０１とＨＬＡ−Ａ２４０２とを共遺伝により受け継ぐドナーから生成された。腫瘍細胞（１０５個の細胞）を５〜６匹の群のＮＯＤ／Ｓｃｉｄ−ＩＬ２Ｒγｃ−／−マウス（ＮＳＧマウス）に右側腹部で皮下注射し、ＨＬＡ−Ａ０２０１またはＨＬＡ−Ａ２４０２の発現を欠き、ｐｐ６５を発現するメラノーマ細胞系（ｍｅｌｐｐ６５）の１０５個の細胞を、対照として左肩に注射した。２つの群は、それぞれマウスあたり１０６個の四量体＋Ａ２−ＮＬＶまたはＡ２４−ＱＹＤ  ＣＭＶ−ＣＴＬを静脈内投与し、各ＣＭＶ−ＣＴＬ処置群の一方には、ＣＴＬ注入後２日目および７日目に２回の静脈内用量（２００μｇ／用量）の抗ＰＤ１抗体（ニボルマブ）も投与した。対照群には、抗ＰＤ１を含むかもしくは含まないＩＬ−２、またはＨＬＡ不適合のＣＭＶ−ＣＴＬを投与した。腫瘍増殖は、生物発光イメージングによってモニターした。
【０１９４】
サブドミナントＨＬＡ−Ａ２４０２が提示するＱＹＤエピトープに応答するＣＭＶ−ＣＴＬは、対照と比較して有意なｃｏｃａｐｐ６５成長抑制を誘導したが、いずれの動物の腫瘍も根絶しなかった。Ａ２４−ＱＹＤ  ＣＭＶ−ＣＴＬの抗ＰＤ１抗体との組合せ処置は、５匹中２匹のマウスで完全なｃｏｃａｐｐ６５根絶を誘導し、３匹のマウスにわずかな残存腫瘍があった。免疫優性ＨＬＡ−Ａ０２０１拘束ＣＭＶ−ＣＴＬによる処置は、５匹中２匹のマウスで完全なｃｏｃａｐｐ６５根絶を誘導し、サブドミナントＨＬＡ−Ａ２４０２拘束ＣＴＬ処置に比べて残存腫瘍が小さかった。抗ＰＤ１とＡ２−ＮＬＶ  ＣＭＶ−ＣＴＬとの組合せ処置により、５匹のマウスのうち３匹でｃｏｃａｐｐ６５根絶がもたらされ、２匹のマウスでわずかな腫瘍があった。腫瘍重量を測定した（図１を参照されたい）。まとめると、これらのデータは、ＰＤ１／ＰＤ−Ｌ１相互作用を遮断することで、免疫優性とサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子拘束ＣＭＶ−ＣＴＬの両方の抗ウイルス活性を相乗的に増加させることができるという証拠を提供する。
【０１９５】
６．２．  実施例２：ＨＬＡ対立遺伝子の階層の確立
実施例２は、本質的には国際特許出願公開第ＷＯ２０１６／０７３５５０号に記載されている通りである。
【０１９６】
６．２．１．  方法：
６．２．１．１．  ＣＭＶ  ＣＴＬバンクの確立：
全ての細胞製品は、標準操作手順（ＳＯＰ）およびＦＤＡ準拠のプロトコールの下で、Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇがんセンター（ＭＳＫＣＣ）のＧＭＰ施設で処理された。
【０１９７】
６．２．１．１．１．  自家サイトカイン活性化単球（ＣＡＭＳ）の生成：
末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）は、フィコールハイパックを使用した密度勾配遠心分離により、血清陽性ドナーの血液から単離された。
【０１９８】
１％自家血清を含むＲＰＭ−１６４０に懸濁した濃度１０７／ｍｌのＰＢＭＣを６ウェル組織培養プレートに３７℃で２時間接着させた後、非接着単核細胞を静かに除去した。接着単球は、ウェルあたり２ｍｌの無血清ＩＭＤＭで培養され、ＧＭ−ＣＳＦ  ２０００ＩＵ（５０μｌ）およびＩＬ−４  １０００Ｕ（２５μｌ）のＩＬ−４を１日おきに５日目まで補充した。５日目に、腫瘍壊死因子−α（ＳＩＧＭＡ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ）を添加して、最終濃度１０ｎｇ／ｍｌを達成し、インターロイキン−１βを４００ＩＵ／ｍｌに、インターロイキン−６（Ｒ＆Ｄ  ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ  ＵＳＡ）を１０００ＩＵ／ｍｌに、プロスタグランジンＥ２（Ｃａｌｂｉｏｃｈｅｍ、Ｌａ  Ｊｏｌｌａ、ＣＡ  ＵＳＡ）を２５ｍｍ／ｍｌにして、ＣＡＭＳの最終成熟を誘導した。７日目に、成熟ＣＡＭＳを採取し、ＦＡＣＳによりそれらのＨＬＡクラスＩＩ、ＣＤ１４および共刺激分子の発現に関して特徴付け、以下に詳述するとおりＴ細胞系の感作のために計数し、等分し、使用した。
【０１９９】
６．２．１．１．２．  自家形質転換Ｂリンパ球細胞系（ＢＬＣＬ）の生成：
各ドナー由来のＥＢＶ−ＢＬＣＬを、これまでに記載された（Koehne,  G．ら、Blood、２０００年、９６巻：１０９〜１１７頁；Koehne,  G.ら、Blood、２００２年、９９巻：１７３０〜１７４０頁）ようにＥＢＶ株Ｂ９５．８をＰＢＭＣに感染させることにより生成した。細胞は、１０％ウシ胎仔血清（ＦＣＳ）およびアシクロビルを補充したＲＰＭＩ  １６４０（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ  ＵＳＡ）で維持された。
【０２００】
６．２．１．１．３．  ＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞の生成：
Ｔ細胞は、接着単球の枯渇によって、続いて免疫磁気ＣＤ５６プレコートマイクロビーズ（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  Ｉｎｃ．）によるＣＤ５６＋細胞の免疫磁気分離を使用するナチュラルキラー細胞の枯渇によって、ＰＢＭＣから分離された末梢血リンパ球から富化された。次いで、精製されたＴ細胞を、これまでに記載された（Trivedi,  D.ら、Blood、２００５年、１０５巻：２７９３〜２８０１頁）ように、重複するペンタデカペプチド（ＰＬ  ＣＡＭ）のＧＭＰグレードプールを負荷した照射自家ＣＡＭＳと共培養した。Ｔ細胞をＩＬ−２（５〜４０Ｕ／ｍｌ）の存在下で２８〜４０日間培養し、これまでに記載された（Trivedi,  D.ら、Blood、２００５年、１０５巻：２７９３〜２８０１頁）ように、２０：１のエフェクター対刺激物質の比で、照射自家ペプチド負荷ＣＡＭＳによって毎週再刺激した。
【０２０１】
６．２．１．２．  ＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞の特徴付け：
６．２．１．２．１．  四量体分析：
ＣＭＶｐｐ６５エピトープ特異的Ｔ細胞の割合は、それぞれペプチド配列ＮＬＶＰＭＶＡＴＶ、ＱＹＤＰＶＡＡＬＦおよびＴＰＲＶＴＧＧＧＡＭ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｉｎｃ  Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、ＣＡ）を持つＨＬＡ  Ａ０２０１、Ａ２４０２、およびＢ０７０２について、市販のＣＭＶｐｐ６５  ＭＨＣペプチド四量体を使用するＨＬＡペプチド四量体を使用して定量した。Ｔ細胞をＣＤ３  ＦＩＴＣ、ＣＤ８  ＰＥ、ＣＤ４  ＰｅｒＣＰ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）およびＡＰＣコンジュゲート四量体複合体と氷上で２０分間インキュベートし、洗浄し、その後ＦＡＣＳ（ＢＤ  ＬＳＲ  ＩＩ）で分析した。データは、Ｆｌｏｗｊｏソフトウェア（Ｔｒｅｅ  Ｓｔａｒ  Ｉｎｃ、Ａｓｈｌａｎｄ、ＯＲ）を使用して分析した。培養物内のＣＤ４およびＣＤ８＋のＴ細胞の割合、ならびにＨＬＡ−ペプチド四量体に結合するＣＤ３＋およびＣＤ８＋のＴ細胞の割合を決定した。
【０２０２】
６．２．１．２．２．  ＴＣＲ  Ｖβレパートリー
ＣＭＶペプチド−ＨＬＡ四量体＋Ｔ細胞は、製造元から提供された手順に従ってヒトＴＣＲのＶβ領域の２４のサブファミリーに対する抗体を含有する市販のキット（ＩＯ  Ｔｅｓｔ（登録商標）Ｂｅｔａ  Ｍａｒｋ、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ，Ｉｎｃ、Ｆｒａｎｃｅ）を使用して、フローサイトメトリーによりＴＣＲ  Ｖβレパートリーについて分析した（Wei,  S.ら、Immunogenetics、１９９４年、４０巻：２７〜３６頁）。
【０２０３】
６．２．１．２．３．  ＣＭＶ特異的および同種反応性ＩＦＮ−γ産生Ｔ細胞の定量
各ＣＭＶ特異的Ｔ細胞系の発生の開始時およびいくつかの時点で、濃度１×１０６／ｍＬのドナーＴリンパ球を、ＣＭＶｐｐ６５ペプチドのプール（２０ｕｇ／ｍｌ）を負荷した自家ＣＡＭＳと、５：１のエフェクター対刺激細胞比で混合した。エフェクター細胞とペプチドをまったく負荷していないＰＢＭＣとを含有する対照チューブを並行して設定した。ブレフェルジンＡを非刺激試料およびペプチド刺激試料に１０μｇ／ｍＬ細胞の濃度で添加した。チューブを、加湿した５％ＣＯ２インキュベーター内で、３７℃で一晩１６時間インキュベートした。
【０２０４】
バルクの非刺激培養物と刺激された培養物のアリコートを、モノクローナル抗体で染色するためにチューブに移した。細胞をアロフィコシアニン（ＡＰＣ）で標識した５μＬのモノクローナル抗ＣＤ３および１０μＬの抗ＣＤ８ペリジンクロロフィルタンパク質（ＰｅｒＣＰ）または抗ＣＤ４  ＰｅｒＣＰ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ、ＣＡ）で染色し、暗所において室温で２０分間インキュベートした。２ｍＬのリン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）−ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）−アジド（ＡＺ）（ＰＢＳ＋０．５％ＢＳＡ＋０．１％ＡＺ）で細胞を洗浄した。細胞を遠心分離し、上清を廃棄し、１００μＬの試薬Ａ（Ｆｉｘ＆Ｐｅｒｍ  Ｃｅｌｌ  Ｐｅｒｍｅａｂｉｌｉｚａｔｉｏｎ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  Ａ＆Ｂ；Ｃａｌｔａｇ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｂｕｒｌｉｎｇａｍｅ、ＣＡ）を各チューブに添加して細胞を固定した。次いで、これらの細胞を１５分間インキュベートした。細胞をＰＢＳ＋ＢＳＡ＋ＡＺで洗浄し、透過処理のために１００μＬの試薬Ｂ（Ｃａｌｔａｇ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を添加した。１０μＬのマウスＩｇＧ１アイソタイプ対照フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）またはＩＦＮ−γＦＩＴＣ（ＢＤ  ＰｈａｒＭｉｎｇｅｎ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）モノクローナル抗体を添加することにより、細胞内染色を実施した。細胞を室温で２０分間、暗所でインキュベートし、２回洗浄し、１％ホルマリンでさらに固定した。
【０２０５】
続いて、１０色対応の３つのレーザーを備えたＬＳＲ  ＩＩフローサイトメーター（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して染色および固定細胞を取得し、ｆｌｏｗｊｏソフトウェアを使用して分析した。最初に細胞を前方および側方光散乱によって同定し、次いでＣＤ３  ＡＰＣ対側方散乱ドットプロットでＣＤ３＋細胞をゲーティングした。複合ゲート（combined  gate）で２万から５万の事象が取得された。細胞のさらなる同定のために、ＣＤ３＋ＣＤ８＋またはＣＤ３＋ＣＤ４＋細胞のゲーティングを実施した。四分画マーカー（quadrant  marker）は、非刺激対照およびアイソタイプ対照チューブの分析に基づいて確立された。
【０２０６】
６．２．１．３．  異なるＣＭＶｐｐ６５エピトープに対する抗ウイルスＣＤ８＋Ｔ細胞応答の定量
６．２．１．３．１．  重複する１５ａａペプチドのライブラリーを使用したエピトープマッピング
Koehneら（Koehne,  G.ら、Blood、２００２年、９９巻：１７３０〜１７４０頁）によって修正されたWaldropら（Waldrop,  S.L.ら、J  Clin  Invest、１９９７年、９９巻：１７３９〜１７５０頁）の技法に従って、目的のペプチドまたはペプチドプール（ＰＬ）を負荷した自家ＡＰＣによる二次刺激により生成されたＩＦＮγ陽性Ｔ細胞の数を測定することにより、ＣＭＶ  ｐｐ６５内の特定のペプチドに対するＴ細胞応答を同定および定量した。重複ペプチドプールのグリッドにより、Ｔ細胞応答を誘導する特定のエピトープを同定した。Ｔ細胞ドナーに対して自家のペプチド負荷ＰＢＭＣ、Ｔ細胞ドナーに対して自家ＣＡＭＳ、またはＴ細胞ドナーに対して自家ＢＬＣＬをＡＰＣとして使用して、エピトープマッピングのために応答するＴ細胞を刺激した。
【０２０７】
６．２．１．３．２．  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ細胞傷害活性
全てのＴ細胞系は、これまでに記載された（Koehne,  G.ら、Blood、２００２年、９９巻：１７３０〜１７４０頁；Trivedi,  D.ら、Blood、２００５年、１０５巻：２７９３〜２８０１頁）ように、標準的な５１クロム放出アッセイを使用して、ＣＭＶｐｐ６５を負荷した標的を溶解する能力について評価された。全ての実験で使用される標的は、それぞれが所与のドナーのＴ細胞と単一のＨＬＡ対立遺伝子とを共有するＥＢＶ−ＢＬＣＬのパネルからなっていた。これらの細胞は、所与の実験で指定されたように、ＣＭＶｐｐ６５ペプチドの完全なプール、もしくはその特定のサブプール、単一のペンタデカペプチド、またはその対立遺伝子によって提示されることが公知のＣＭＶ  ｐｐ６５九量体（例えば、ＨＬＡ  Ａ０２０１に対してＮＬＶＰＭＶＡＴＶ、ＨＬＡ  Ａ２４０２に対してＱＹＤＰＶＡＡＬＦ、ならびにＨＬＡ  Ｂ０７０２に対してＴＰＲＶＴＧＧＧＡＭおよびＲＰＨＥＲＮＧＦＴＶ）（Trivedi,  D.ら、Blood、２００５年、１０５巻：２７９３〜２８０１頁；Hasan,  A.N.ら、J  Immunol、２００９年、１８３巻：２８３７〜２８５０頁）を負荷された。共有されたＨＬＡ対立遺伝子によって提示されないペプチドを負荷した標的を対照として使用した。ＨＬＡ拘束は、特定の共有されたＨＬＡ対立遺伝子に提示された同定されたペプチドエピトープでパルスされた標的に対する反応性、および他の共有された対立遺伝子を持つＥＢＶ  ＢＬＣＬまたは完全に不適合のＥＢＶ  ＢＬＣＬのいずれかに負荷されたペプチドに対する反応性の非存在によって同定された。
【０２０８】
６．２．２．  データ：
６．２．２．１．  ＨＬＡ対立遺伝子の多様なアレイを遺伝により受け継ぐ、遺伝子型が不均一なドナー集団から生成されたＧＭＰグレードＣＭＶ  ＣＴＬバンク
同種異系ＨＳＣＴのレシピエントにおけるＣＭＶウイルス血症の処置のためにドナー由来のＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞を使用した臨床治験の開始以来、７年間にわたって合計１１９のＣＭＶｐｐ６５特異的ＣＴＬ系が生成されている。
【０２０９】
ＣＴＬ系の生成に使用されたドナーのプールは、ニューヨークの多民族集団に広く行きわたった一般的なＨＬＡ対立遺伝子を代表する１８０種類の異なるＨＬＡ対立遺伝子を遺伝により受け継いだ。ドナーＣＴＬプールのＨＬＡ対立遺伝子の分布はまた、白人、アジア人、黒人を含む各民族集団で表されるＨＬＡ対立遺伝子の頻度と密接に相関していたが、例外的に、ＨＬＡ  Ａ０２０１およびＢ０７０２は過剰に表されていた：それぞれ３３％対２５％および２１％対８．７％（表１）。１１９人のドナー間の遺伝性ＨＬＡクラス−Ｉ対立遺伝子の頻度の順序は次のとおりであった：Ａ０２０１（ｎ＝３９）、Ａ０３０１（ｎ＝２８）、Ｂ０７０２（ｎ＝２５）、Ｂ  ４４（ｎ＝２４）、ＨＬＡ  Ｂ  ０８０１（ｎ＝２２）、Ｂ  ３５０１−１１（ｎ＝１９）、Ａ１１０１（ｎ＝１６）、Ａ２４０２（ｎ＝１４）、Ｂ  １５０１−１７（ｎ＝１４）、Ｂ  １８０１−０７（ｎ＝１２）、Ａ  ３２０１−０３（ｎ＝１１）、Ａ３３０１−０４（ｎ＝１０）、Ｂ  ４００１−０６（ｎ＝９）、およびＡ２６０１（ｎ＝９）、Ｂ  ５７０１（ｎ＝９）。他のＨＬＡクラス−Ｉ対立遺伝子は、ＨＬＡ  Ｂ  ５２０１（ｎ＝８）、Ｂ  ３８０１（ｎ＝６）、Ａ６８０１−０９（ｎ＝５）、Ｂ  ５８０１（ｎ＝５）などの低頻度で表された。ＨＬＡクラス−ＩＩ対立遺伝子の場合、一般集団での頻度が高いことから予想されるように、６つのＨＬＡ  ＤＲＢ１対立遺伝子が高度に表された（表１）。頻度順に、これらにはＤＲＢ１  １５０１−０８、０４０１−３２、０３０１−１３、０７０１−０４、１１０１−２０、１３０１−３４が含まれた。
【０２１０】
【表１】
2020506943.tif 000003
【０２１１】
６．２．２．２．  ＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞応答は、限られた数のＨＬＡクラス−Ｉ対立遺伝子およびクラス−ＩＩ対立遺伝子によって提示されるエピトープによって支配される
１１９のうち１０３（８７％）のＣＴＬ系では、免疫優性Ｔ細胞応答はＨＬＡクラス−Ｉ対立遺伝子によって拘束され、１６のＣＴＬ系ではＨＬＡクラス−ＩＩ対立遺伝子によって拘束されていた。ＣＴＬ系の５４％で、免疫優性Ｔ細胞応答は３つのＨＬＡクラス−Ｉ対立遺伝子；Ａ０２０１（２５％）、Ｂ  ０７０２（２１％）、およびＢ３５０１−１１（８％）によって拘束されていた。免疫優性エピトープを提示する他の対立遺伝子には、ＨＬＡ  Ａ  ２４０２、Ｂ  ４００１、Ｂ  ４００６、Ｂ  ４２０２、Ｂ  ４２０４、Ｂ  ４４０２、Ｂ  ４４０３、ＤＲＢ１  ０４０１、および０４０４、ＤＲＢ１  １１０１、ＤＲＢ１  １２０２が含まれていた。したがって、このバンクで表される広範なクラス−Ｉおよびクラス−ＩＩのＨＬＡ対立遺伝子にもかかわらず、これらの対立遺伝子のうち１９のみが、免疫優性Ｔ細胞応答を誘発するエピトープを提示した。さらに、少しでも検出可能なレベルのＴ細胞応答は、バンクのドナーが遺伝により受け継いだ（inherited）１８０のＨＬＡ対立遺伝子のうち４９のみによって提示されるエピトープに特異的であった。
【０２１２】
６．２．２．３．  免疫優性エピトープを提示するＨＬＡ対立遺伝子は、特定のハプロタイプを共遺伝により受け継ぐ個体内に階層的順序で存在する
バンク内のＴ細胞系の評価は、エピトープ特異的ＩＦＮγ＋Ｔ細胞の定量およびそれらのＨＬＡ拘束の確認によって測定されるとおり、特定のＨＬＡ対立遺伝子によって提示されるエピトープが一貫してドミナントであることも実証した。これまでの研究は、ＨＬＡ  Ｂ０７０２によって提示されたＣＭＶｐｐ６５のエピトープが、ＨＬＡ  Ａ０２０１とＢ０７０２とを共遺伝により受け継ぐ（co-inheriting）患者においてドミナントであるという証拠を提供している（Lacey,  S.F.ら、Hum  Immunol、２００３年、６４巻：４４０〜４５２頁）。この一連の例では、ＨＬＡ  Ｂ０７０２は一貫して、ＨＬＡ  Ａ０２０１を共遺伝により受け継いだ９人を含む、この対立遺伝子（１００％）を遺伝により受け継ぐバンクの２５人全てのドナーで免疫優性Ｔ細胞応答を拘束する対立遺伝子であった。したがって、ＨＬＡ  Ｂ０７０２によって拘束される応答は、遺伝した他のＨＬＡクラス−Ｉおよびクラス−ＩＩの対立遺伝子に関係なくドミナントであった。
【０２１３】
一方で、ＨＬＡ  Ａ０２０１を遺伝により受け継ぐ３９人のドナーのうち３０人（７７％）では、免疫優性Ｔ細胞応答はＨＬＡ  Ａ０２０１によって拘束されていた。残りの９人のドナーは、ＨＬＡ  Ａ０２０１とＢ０７０２とを共遺伝により受け継いだ人であり、これらの９人のドナーのそれぞれで、免疫優性Ｔ細胞応答はＨＬＡ  Ｂ  ０７０２によって拘束されていた。したがって、ＨＬＡ  Ａ０２０１は、ＨＬＡ  Ｂ０７０２と共遺伝したときを除き、任意の他のＨＬＡクラス−Ｉまたはクラス−ＩＩの対立遺伝子と共遺伝したとき、免疫優性Ｔ細胞応答を拘束する対立遺伝子であった。例えば、ＨＬＡ  Ｂ４４対立遺伝子を遺伝により受け継いだ２２人のドナーのうち、わずか４人がこの対立遺伝子によって拘束される優性反応を誘発した。これらの対立遺伝子（Ｂ４４０１、Ｂ４４０２、Ｂ４４０３）がＨＬＡ  Ａ０２０１と共遺伝したとき、そのようなドナー１２人中１１人（９１．６％）で、免疫優性ＣＴＬ応答がＨＬＡ  Ａ０２０１によって拘束され、他のドナーもＨＬＡ  Ｂ０７０２を共遺伝により受け継ぎ、ＨＬＡ  Ｂ０７０２拘束応答を誘発した。
【０２１４】
ＨＬＡ  Ｂ  ０７０２またはＡ０２０１を遺伝により受け継ぐドナーにおけるＴ細胞応答の顕著な他の特徴は、観察された応答がこれらの対立遺伝子によって提示されるエピトープのみに向けられていたという事実であった。対照的に、免疫優性エピトープに対する応答が他のＨＬＡ対立遺伝子によって拘束されるＴ細胞系では、他のエピトープに特異的であり、他のＨＬＡ対立遺伝子によって拘束されるＴ細胞のサブドミナント集団が共通して観察された。この分析により、図２に示すように、免疫優性エピトープを提示するＨＬＡ対立遺伝子の階層的クラスター化の認識が可能になった。
【０２１５】
免疫優性エピトープを提示するＨＬＡ対立遺伝子の階層は、ペプチド刺激に応答するそれらの機能的活性のレベルのみに基づいていた。ＨＬＡ結合に対するペプチドの親和性と免疫優性Ｔ細胞応答を誘発する能力との間に相関はなかった（表２）。
【０２１６】
【表２−１】
2020506943.tif 000004
【表２−２】
2020506943.tif 000005
【０２１７】
６．２．２．４．  ＣＭＶ  ＣＴＬバンクを構成するエピトープレパートリーとＨＬＡ対立遺伝子は、多様な患者集団の処置に使用できる
Ｔ細胞応答を誘発する免疫優性ＣＭＶｐｐ６５エピトープの非常に限られたレパートリーは、限られた数のＨＬＡ対立遺伝子によって提示されたＧＭＰバンクを構成する１１９のＣＴＬ系内で発見された。Ｔ細胞の応答は、このような微細な特異性によって定義されていることを考えると、第三者の環境で抗原特異的Ｔ細胞を臨床的に有効にするには、選択したＴ細胞が、患者に共有されるＨＬＡ対立遺伝子によって提示されるエピトープに応答する必要があるかもしれない。これらのパラメーター内で、このバンクのＣＴＬを使用して処置できる可能性のある民族的に多様な患者の割合を分析した。
【０２１８】
Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ−Ｋａｔｔｅｒｉｎｇがんセンターで過去３〜５年にわたって実施された、ＨＬＡ適合もしくはＨＬＡ不適合のいずれかの血縁者または非血縁者のドナー、および臍帯血ドナーからの一連の連続的Ｔ細胞枯渇移植が再調査された。センターでの一連の２３９のＨＬＡ適合の血縁者または非血縁者の移植では、そのような症例の８６％で、患者と共有し、１〜２の追加のＨＬＡ対立遺伝子で適合するＨＬＡ対立遺伝子によって拘束されるＣＭＶ  Ｔ細胞応答を持つＣＴＬ系を同定することができた。同様に、一連の１３７のＨＬＡ不適合移植、および７０の臍帯血移植で、それぞれ症例の９３％および８１％で適切に拘束されるＣＴＬ系を同定することができた。したがって、このＣＴＬバンクでのＨＬＡ対立遺伝子の広範な表示にもかかわらず、ＨＬＡ対立遺伝子の限られたレパートリーによって拘束されるＴ細胞を同定し、この民族的に多様な群のほとんどの患者の処置に使用できる。
【０２１９】
６．２．２．５．  新たに定義されたエピトープおよびＨＬＡ拘束基準を使用する移植ドナーまたは第三者ドナーからの処置のために選択されたＣＭＶ  ＣＴＬの臨床活性
合計５４人の評価可能な患者が、臨床感染または抗ウイルス薬に応答しなかった持続性ウイルス血症の処置としてＣＭＶ  ＣＴＬを投与された。これらのうち、１９人がＨＳＣＴドナー（ＮＣＴＯ１６４６６４５）からのＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞を投与され、３５人が、２つを超えるＨＬＡ対立遺伝子適合の第三者ドナーからのＴ細胞を投与された。結果は表３および表４に要約する。この分析では、ＣＲは臨床感染の除去および／または血液からの検出可能なＣＭＶの除去として定義される。ＰＲは、血液中の２ｌｏｇ１０を超えるＣＭＶの減少として定義される。ＳＤは、安定した臨床状態と、２ｌｏｇ１０未満のＣＭＶの減少とを有する患者として定義される。ＰＯＤは、ウイルス血症と臨床疾患の継続的な進行として定義される。
【０２２０】
【表３−１】
2020506943.tif 000006
【表３−２】
2020506943.tif 000007
【０２２１】
【表４】
2020506943.tif 000008
【０２２２】
見てわかるように、ＨＬＡ  Ａ２０１によって提示されたＣＭＶｐｐ６５エピトープに特異的なＴ細胞を投与された１９人の患者のうち、１４人がＣＲまたはＰＲを達成した。ＨＬＡ  Ｂ０７０２によって提示された免疫優性エピトープに特異的なＴ細胞で処置された９人のうち、８人がＣＲを達成した。同様に、ＨＬＡ  Ａ２４０２（Ｎ＝２）およびＢ０８０１（Ｎ＝３）によって拘束された免疫優性Ｔ細胞は、処置した５症例のそれぞれでＣＲをもたらした。
【０２２３】
対照的に、ＨＬＡ  Ｂ３５の対立遺伝子バリアントによって提示される免疫優性エピトープに特異的なＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞の７人中７人のレシピエントは応答しなかった。同様に、Ａ２６０１（Ｎ＝３）、Ａ２４０７（Ｎ＝１）、およびＢ５００１（Ｎ＝１）のエピトープに特異的な免疫優性Ｔ細胞は、感染を除去せず、ウイルス血症を軽減しなかった。
【０２２４】
これらの結果は、特定のＨＬＡ対立遺伝子によって提示される免疫優性エピトープがｉｎ  ｖｉｖｏでより優れた治療活性を有したＴ細胞を誘導し、したがってこれらの特定のＨＬＡ対立遺伝子が他のＨＬＡ対立遺伝子に比べて免疫優性であるという証拠を提供する。
【０２２５】
ＨＬＡ適合ＨＳＣＴも提供した個体以外の個体で使用するためにバンクにＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞を含めることにも同意したドナーから移植を受けた患者はまた、遡及的に調査された。これは、通常２〜８×１０３個のＴ細胞／Ｋｇレシピエント体重を含有するそのようなドナーからのＴ細胞枯渇移植はまた、血清陽性ドナーの血液中のＩＦＮγ＋ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の頻度が循環Ｔ細胞の０．１〜１％の範囲であるので、少数の免疫優性ＣＭＶ特異的Ｔ細胞も提供するためであった。この初期分析の結果を表５に示す。
【０２２６】
【表５】
2020506943.tif 000009
【０２２７】
同様に、ＣＭＶｐｐ６５特異的Ｔ細胞で処置された患者に見られるように、ＨＬＡ  Ｂ０７０２およびＡ０２０１対立遺伝子を共有するドナーからの移植のレシピエントはＣＭＶ疾患を発症するリスクが低く、ウイルス血症（virema）は一貫して処置に応答した一方で、これらの対立遺伝子を欠くドナー由来の移植片を受けた患者は、明白な感染の有意な発生率を有した。これは同様に、ＨＬＡ  Ｂ０７０２またはＡ０２０１のいずれかを欠いたＨＬＡ  Ｂ３５のバリアントを持つ患者で特に観察された。
【０２２８】
臨床データにより、ペプチド特異的Ｔ細胞応答を誘発するＣＭＶｐｐ６５の免疫優性エピトープを提示するある特定のＨＬＡ対立遺伝子の階層を決定し（表６を参照されたい）、活性の表示の例を決定することができた。
【０２２９】
【表６】
2020506943.tif 000010
【０２３０】
したがって、ＨＬＡ−Ａ０２０１、ＨＬＡ−Ｂ０８０１、およびＨＬＡ−Ｂ４４０１はサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子である。
【０２３１】
６．３．  実施例３：実施例２で確立されたＨＬＡ対立遺伝子階層に基づく抗ＰＤ１抗体との組合せ療法
患者はＣＭＶ感染を示す。患者はＨＬＡ−Ｂ０７０２＋およびＨＬＡ−Ｂ０８０１＋である。実施例２で確立し、表６に示したＨＬＡ階層によれば、ＨＬＡ−Ｂ０８０１はＨＬＡ−Ｂ０７０２と比べてサブドミナントＨＬＡ対立遺伝子である（すなわち、ＨＬＡ−Ｂ０８０１対立遺伝子により提示されるエピトープはＨＬＡ−Ｂ０７０２により提示されるエピトープと比べてサブドミナントエピトープである）。ＨＬＡ−Ｂ０８０１によって拘束されるＣＴＬ系が選択され、ニボルマブの注入と組み合わせて患者に注入される。患者は、臨床評価および末梢血ＣＭＶ  ＤＮＡコピーの定量により、組合せ療法の前、最中、および後に応答をモニターされる。
【０２３２】
７．  参照による組み込み
本明細書に引用された全ての参考文献は、各個々の刊行物または特許または特許出願が全ての目的のためにその全体の内容が参照により組み込まれるように具体的かつ個別に示されるのと同程度に、その全体の内容が全ての目的で本明細書に参照により組み込まれる。
【０２３３】
当業者には明らかなように、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく、本発明の多くの修正および変形をなすことができる。本明細書に記載された具体的な実施形態は例としてのみ提供され、本発明は、添付の特許請求の範囲が権利を与えられる均等物の全範囲と共に、そのような特許請求の範囲の用語によってのみ限定されるべきである。
【図１】
2020506943.tif 000011
【図２】
2020506943.tif 000012
【配列表】
2020506943000001.app
【国際調査報告】
2020506943.tif 000013
2020506943.tif 000014
2020506943.tif 000015
2020506943.tif 000016