(57)【要約】本開示は、子宮内膜症試験を患者に提供する改善された方法、ならびに子宮内膜症処置をモニタリングおよび調整する改善された方法を提供する。一局面において、女性被験体において子宮内膜症を識別および処置する方法が提供され、この方法は、（ａ）上記女性被験体から、流体試料を得るステップであって、上記流体試料が、リボ核酸（ＲＮＡ）を含む、ステップと、（ｂ）上記被験体からの上記流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを決定するステップであって、上記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは上記少なくとも１つのｎｃＲＮＡが、子宮内膜症と関連している、ステップと、（ｃ）上記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは上記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの上記発現レベルに基づいて、上記被験体において子宮内膜症を診断するステップと、を含む。
2020532305.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
女性被験体において子宮内膜症を識別および処置する方法であって、
（ａ）前記女性被験体から、流体試料を得るステップであって、前記流体試料が、リボ核酸（ＲＮＡ）を含む、ステップと、
（ｂ）前記被験体からの前記流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを決定するステップであって、前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡが、子宮内膜症と関連している、ステップと、
（ｃ）前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルに基づいて、前記被験体において子宮内膜症を診断するステップと、
（ｄ）（ｃ）で前記被験体において診断された前記子宮内膜症を処置するために、前記被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを投与するステップと
を含む、方法。
【請求項２】
前記流体試料が、少なくとも１つのｍｉＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記流体試料が、血液、唾液、月経血、または月経流出物である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記女性被験体が、子宮内膜症の処置を受けており、診断および処置されている前記子宮内膜症が、難治性子宮内膜症である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記処置が、プロゲスチン療法である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記プロゲスチン療法が、ジドロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、デポ酢酸メドロキシプロゲステロン、ノルエチステロン、または経口避妊薬である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記被験体が、子宮内膜症と関連する症状を経験している、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記被験体が、月経困難症、便通もしくは排尿に伴う疼痛、または過剰な出血のうちの１つまたは複数を経験している、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記被験体が、子宮内膜症と関連する症状を経験していない、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉｒ１３５ａ、およびｍｉｒ１３５ｂ、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｌｅｔ−７ｂ、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｍｉＲ−１５０、４５１ａ、および３６１３、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの前記初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出された場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの前記初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの投与を終了するステップをさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
１ヶ月、６ヶ月、または１年ごとに、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＧｎＲＨアンタゴニストが、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記試料が、月経血または月経流出物であり、前記月経血または月経流出物が、月経カップを使用して、前記被験体によって採取される、請求項３に記載の方法。
【請求項２１】
前記試料が、唾液であり、前記唾液が、家庭用唾液サンプリングキットを使用して、前記被験体によって採取される、請求項３に記載の方法。
【請求項２２】
女性被験体において子宮内膜症を識別および処置する方法であって、
（ａ）前記女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを特徴付ける情報を受け取るステップと、
（ｂ）前記女性被験体からの前記流体試料に由来する前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルに基づいて、前記被験体において子宮内膜症を診断するステップと、
（ｃ）（ｂ）で前記女性被験体において診断された前記子宮内膜症を処置するために、前記女性被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを投与するステップと
を含む、方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの前記初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２５】
（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出された場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの前記初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２６】
（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの投与を終了するステップをさらに含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２７】
１ヶ月、６ヶ月、または１年ごとに、（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＧｎＲＨアンタゴニストが、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、トリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである、請求項２２に記載の方法。
【請求項２９】
前記流体試料が、血液、血漿、血清、唾液、月経血、または月経流出物である、請求項２２に記載の方法。
【請求項３０】
女性被験体において子宮内膜症を処置する方法であって、前記女性被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを投与するステップを含み、前記女性被験体からの流体試料が、あるレベルの、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを有する、方法。
【請求項３１】
前記流体試料が、血液、血漿、血清、唾液、月経血、または月経流出物である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＧｎＲＨアンタゴニストが、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
前記子宮内膜症が、難治性子宮内膜症である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
前記女性被験体が、プロゲスチン療法を受けており、前記子宮内膜症が、難治性子宮内膜症である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
子宮内膜症の処置を必要とする被験体において、子宮内膜症を処置する方法であって、
子宮内膜症の処置を必要とする前記被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量を投与するステップと、
子宮内膜症の処置を必要とする前記被験体において、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）のレベルを経時的にモニタリングするステップと、
子宮内膜症と関連する前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡのレベルが経時的に増加または減少した場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの前記初回用量を調整するステップと
を含む、方法。
【請求項３７】
前記ＧｎＲＨアンタゴニストが、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
モニタリングするステップが、
（ａ）前記被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するステップ、または
（ｂ）前記女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルを特徴付ける情報を受け取るステップ
を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項４０】
ｍｉＲ−３６１３またはｌｅｔ−７ｂのうちの少なくとも１つのレベルが経時的に減少した場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの前記初回用量を調整するステップを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４１】
ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、またはｍｉＲ−４５１ａのうちの少なくとも１つのレベルが経時的に増加した場合、ＧｎＲＨの前記初回用量を調整するステップを含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４２】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡのレベルが増加または減少した期間が、１ヶ月間、６ヶ月間、または１年間である、請求項３６に記載の方法。
【請求項４３】
子宮内膜症を有することが疑われる女性被験体において、ｍｉＲＮＡまたは非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）を検出する方法であって、子宮内膜症を有することが疑われる前記女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを検出するステップを含み、前記流体試料が、月経流出物または月経血を含む、方法。
【請求項４４】
子宮内膜症を有することが疑われる前記女性被験体に、子宮内膜症の処置の初回用量レジメンを投与するステップをさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
子宮内膜症の前記処置が、ＧｎＲＨアンタゴニストを含む、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡを検出する前記ステップを、１ヶ月、６ヶ月、または１年ごとに繰り返すことを含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４８】
前記女性被験体からの前記流体試料に由来する前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、子宮内膜症を有することが疑われる前記被験体において子宮内膜症を診断するステップと、前記女性被験体に子宮内膜症の処置を投与するステップとをさらに含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４９】
女性被験体において子宮内膜症を処置する方法であって、前記女性被験体からの月経血または月経流出物試料が、あるレベルの、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを有する場合、前記女性被験体に、子宮内膜症処置の初回用量レジメンを投与するステップを含む、方法。
【請求項５０】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記子宮内膜症が、難治性子宮内膜症である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】
前記女性被験体が、プロゲスチン療法を受けており、前記子宮内膜症が、難治性子宮内膜症である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５３】
被験体に診断試験を行い、前記被験体の医療提供者に結果を提供する方法であって、
（ａ）前記被験体に、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを提供するステップであって、前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットが、（ｉ）唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイス、ならびに（ｉｉ）前記唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイスを固有に識別するコードを含む、ステップと、
（ｂ）第１のデータベースにおいて、前記被験体を固有に識別するコードを割り当てるステップと、
（ｃ）前記被験体から、（ｉ）前記唾液、月経血、または月経流出物中の唾液、月経血、または月経流出物試料、（ｉｉ）前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを固有に識別するコード、および（ｉｉｉ）前記被験体の前記医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードを、別個に受け取るステップと、
（ｄ）第２のデータベースにおいて、前記被験体を固有に識別するコードを、前記唾液、月経血、または月経流出物を固有に識別するコードおよび前記被験体の前記医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードと関連付けるステップと、
（ｅ）前記唾液、月経血、または月経流出物中の前記唾液試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するステップと、
（ｆ）前記処理した唾液、月経血、または月経流出物試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルを、第３のデータベースに入力し、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの前記発現レベルを、（ｄ）で作成された関連付けによって、前記被験体および前記被験体の前記医療提供者と関連付けるステップであって、前記データベースにおける少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルが、前記被験体および前記被験体の前記医療提供者によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である、ステップと
を含む、方法。
【請求項５４】
前記第１、第２、および第３のデータベースが、単一のデータベースである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
前記第１、第２、および第３のデータベースが、別個のデータベースである、請求項５３に記載の方法。
【請求項５６】
（ａ）が、前記唾液サンプリングキットを、前記被験体の自宅住所または希望する郵送先住所で前記被験体に郵送するステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５７】
（ａ）が、前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、前記被験体の前記医療提供者に郵送するステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５８】
（ａ）が、唾液、月経血、または月経流出物試験キットの請求を、前記被験体のクレジットカードに行うステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５９】
前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを固有に識別するコードが、前記被験体の前記医療提供者によって、ウェブインターフェースを介して提供される、請求項５３に記載の方法。
【請求項６０】
前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを固有に識別するコードが、前記被験体によって、ウェブインターフェースを介して提供される、請求項５３に記載の方法。
【請求項６１】
（ｃ）において前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを前記被験体から受け取るステップが、前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、前記被験体の自宅住所または希望する郵送先住所から、郵送によって受け取るステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６２】
（ｃ）において前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキット中の前記唾液試料を前記被験体から受け取るステップが、前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、前記被験体の前記医療提供者の職場住所から、郵送によって受け取るステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６３】
前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルに基づいて、臨床的適応を提供するステップをさらに含み、前記臨床的適応も、前記被験体および前記被験体の前記医療提供者によって前記ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である、請求項５３に記載の方法。
【請求項６４】
前記臨床的適応が、子宮内膜症である、請求項５３に記載の方法。
【請求項６５】
（ｅ）において、前記唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキット中の前記唾液、月経血、または月経流出物試料を処理して、前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定する前記ステップが、前記唾液サンプリングキットを、前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するために、第三者機関の診断研究室に送付するステップを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項６６】
被験体に対して子宮内膜症の診断試験を行い、前記被験体および前記被験体の医療提供者に結果を提供する方法であって、
（ａ）第１のデータベースにおいて、前記被験体を固有に識別するコードを割り当てるステップと、
（ｂ）前記被験体から、（ｉ）安定化された流体試料、（ｉｉ）前記安定化された流体試料を固有に識別するコード、および（ｉｉｉ）前記被験体の前記医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードを受け取るステップと、
（ｃ）第２のデータベースにおいて、前記被験体を固有に識別するコードを、前記流体試料を固有に識別するコードおよび前記被験体の前記医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードと関連付けるステップと、
（ｄ）前記流体試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを決定するステップと、
（ｅ）前記処理した流体試料に由来する前記少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルを、第３のデータベースに入力し、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルを、（ｄ）で作成された関連付けによって、前記被験体および前記被験体の前記医療提供者と関連付けるステップであって、前記データベースにおける少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは前記少なくとも１つのｎｃＲＮＡの前記発現レベルが、前記被験体および前記被験体の前記医療提供者によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である、ステップと
を含む、方法。
【請求項６７】
前記流体試料が、唾液、月経血、または月経流出物試料である、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記流体試料が、月経血または月経流出物試料である、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
前記月経血または月経流出物試料が、紙上へのスポッティングおよび乾燥によって安定化されている、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
前記月経血または月経流出物試料が、ＲＮａｓｅ阻害剤の添加によって安定化されている、請求項６８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照の陳述
本出願は、２０１７年８月３０日に出願された米国仮出願第６２／５５２，３６５号の利益を主張し、これは、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
子宮内膜症は、思春期および生殖可能な年齢の女性に罹患する一般的な状態である。この疾患は、子宮内膜組織が、子宮を裏打ちするその正常な位置から、身体の他の部分、主として腹腔内へと移行することによって引き起こされると考えられている。卵巣および腸壁に罹患することが一般的である。移動した子宮内膜組織は、その正常な位置と同様に、卵巣ホルモンの作用の結果として、月経周期に応じて増殖し、減少する。子宮内膜症は、腹部疼痛、消化器不調、過剰な出血、不妊症、および月経不順（ｍｅｎｓｔｒｕａｌ  ｄｉｓｔｕｒｂａｎｃｅ）を含むがこれらに限定されない、多数の症状を引き起こし得る。
【０００３】
子宮内膜症の第１選択肢の処置は、疾患プロセス自体に影響を及ぼすことなく疼痛を管理できる処置（たとえば、ＮＳＡＩＤＳ）か、または最終的にある特定の患者では有効でないことが証明される可能性がある処置（たとえば、プロゲスチン、これは、子宮内膜組織がプロゲステロンに正常に応答しない女性のサブグループでは、子宮内膜症を抑制するのに有効ではない）のいずれかである。第２選択肢の治療法、たとえば、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アゴニストまたはアンタゴニストには、様々な程度の不快な副作用が付随し、したがって、副作用を管理するために投薬の正確な管理が必要である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本開示は、とりわけ、子宮内膜症を検出、診断、モニタリング、および処置する、侵襲性が最小限で正確かつより効率的な方法に対する、当該技術分野における必要性に取り組む。一態様では、本開示は、女性被験体において子宮内膜症を識別および処置する方法であって、（ａ）女性被験体から、流体試料を得るステップであって、流体試料が、リボ核酸（ＲＮＡ）を含む、ステップと、（ｂ）被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを決定するステップであって、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡが、子宮内膜症と関連している、ステップと、（ｃ）少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、被験体において子宮内膜症を診断するステップと、（ｄ）（ｃ）で被験体において診断された子宮内膜症を処置するために、被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを投与するステップとを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、流体試料は、少なくとも１つのｍｉＲＮＡを含む。一部の実施形態では、流体試料は、血液、唾液、月経血、または月経流出物（ｍｅｎｓｔｒｕａｌ  ｅｆｆｌｕｅｎｔ）である。一部の実施形態では、女性被験体は、子宮内膜症の処置を受けており、診断および処置されている子宮内膜症は、難治性子宮内膜症である。一部の実施形態では、処置は、プロゲスチン療法である。一部の実施形態では、プロゲスチン療法は、ジドロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、デポ酢酸メドロキシプロゲステロン、ノルエチステロン、または経口避妊薬である。一部の実施形態では、被験体は、子宮内膜症と関連する症状を経験している。一部の実施形態では、被験体は、月経困難症（ｄｙｓｍｅｎｎｏｒｈｅａ）、便通もしくは排尿に伴う疼痛、または過剰な出血のうちの１つまたは複数を経験している。一部の実施形態では、被験体は、子宮内膜症と関連する症状を経験していない。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉｒ１３５ａ、およびｍｉｒ１３５ｂ、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｍｉ���−１２５ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｌｅｔ−７ｂ、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１５０、４５１ａ、および３６１３、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出された場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの投与を終了するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、１ヶ月、６ヶ月、または１年ごとに、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップを含む。一部の実施形態では、ＧｎＲＨアンタゴニストは、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン（ｄｅｓｌｏｒｅｌｉｎ）、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン（ｌｅｕｐｒｏｒｅｏｌｉｎ）、またはエラゴリックスである。一部の実施形態では、試料は、月経血または月経流出物であり、月経血または月経流出物は、月経カップ（ｍｅｎｓｔｒｕａｌ  ｃｕｐ）を使用して、被験体によって採取される。一部の実施形態では、試料は、唾液であり、唾液は、家庭用唾液サンプリングキットを使用して、被験体によって採取されたものである。
【０００５】
一態様では、本開示は、女性被験体において子宮内膜症を識別および処置する方法であって、（ａ）女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを特徴付ける情報を受け取るステップと、（ｂ）女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、被験体において子宮内膜症を診断するステップと、（ｃ）（ｂ）で女性被験体において診断された子宮内膜症を処置するために、女性被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを投与するステップとを含む、方法も提供する。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出された場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの投与を終了するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、１ヶ月、６ヶ月、または１年ごとに、（ａ）〜（ｂ）を繰り返すステップを含む。一部の実施形態では、ＧｎＲＨアンタゴニストは、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、トリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである。一部の実施形態では、流体試料は、血液、血漿、血清、唾液、月経血、または月経流出物である。
【０００６】
別の態様では、本開示はまた、女性被験体において子宮内膜症を処置する方法であって、女性被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを投与するステップを含み、女性被験体からの流体試料が、子宮内膜症と関連する、検出されるレベルの少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを有する、方法も提供する。一部の実施形態では、流体試料は、血液、血漿、血清、唾液、月経血、または月経流出物である。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、ＧｎＲＨアンタゴニストは、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである。一部の実施形態では、子宮内膜症は、難治性子宮内膜症である。一部の実施形態では、女性被験体は、プロゲスチン療法を受けており、子宮内膜症は、難治性子宮内膜症である。
【０００７】
一態様では、本開示はまた、それを必要とする被験体において、子宮内膜症を処置する方法であって、それを必要とする被験体に、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量を投与するステップと、それを必要とする被験体において、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）のレベルを経時的にモニタリングするステップと、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡのレベルが経時的に増加または減少した場合、前記ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量を調整するステップとを含む、方法も提供する。一部の実施形態では、ＧｎＲＨアンタゴニストは、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、モニタリングするステップは、（ａ）被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するステップ、または（ｂ）女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを特徴付ける情報を受け取るステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ｍｉＲ−３６１３またはｌｅｔ−７ｂのうちの少なくとも１つのレベルが経時的に減少した場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量を調整するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、またはｍｉＲ−４５１ａのうちの少なくとも１つのレベルが経時的に増加した場合、ＧｎＲＨの初回用量を調整するステップを含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡのレベルが増加または減少した期間は、１ヶ月間、６ヶ月間、または１年間である。
【０００８】
一態様では、本開示はまた、子宮内膜症を有することが疑われる女性被験体において、ｍｉＲＮＡまたは非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）を検出する方法であって、子宮内膜症を有することが疑われる女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを検出するステップを含み、流体試料が、月経流出物または月経血を含む、方法も提供する。一部の実施形態では、方法は、子宮内膜症を有することが疑われる女性被験体に、子宮内膜症の処置の初回用量レジメンを投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、子宮内膜症の処置は、ＧｎＲＨアンタゴニストを含む。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、方法は、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを検出するステップを、１ヶ月、６ヶ月、または１年ごとに繰り返すことを含む。一部の実施形態では、方法は、女性被験体からの流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、子宮内膜症を有することが疑われる被験体において子宮内膜症を診断するステップと、女性被験体に子宮内膜症の処置を投与するステップとをさらに含む。
【０００９】
一態様では、本開示はまた、女性被験体において子宮内膜症を処置する方法であって、女性被験体からの月経血または月経流出物試料が、あるレベルの、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡを有する場合、女性被験体に、子宮内膜症処置の初回用量レジメンを投与するステップを含む、方法も提供する。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、子宮内膜症は、難治性子宮内膜症である。一部の実施形態では、女性被験体は、プロゲスチン療法を受けており、子宮内膜症は、難治性子宮内膜症である。
【００１０】
一態様では、本開示はまた、被験体に診断試験を行い、被験体の医療提供者に結果を提供する方法であって、（ａ）被験体に、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを提供するステップであって、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットが、（ｉ）唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイス、ならびに（ｉｉ）唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイスを固有に識別するコードを含む、ステップと、（ｂ）第１のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを割り当てるステップと、（ｃ）被験体から、（ｉ）唾液、月経血、または月経流出物中の唾液、月経血、または月経流出物試料、（ｉｉ）唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを固有に識別するコード、および（ｉｉｉ）被験体の医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードを、別個に受け取るステップと、（ｄ）第２のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを、唾液、月経血、または月経流出物を固有に識別するコードおよび被験体の医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードと関連付けるステップと、（ｅ）唾液、月経血、または月経流出物中の唾液試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するステップと、（ｆ）処理した唾液、月経血、または月経流出物試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを、第３のデータベースに入力し、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを、（ｄ）で作成された関連付けによって、被験体および被験体の医療提供者と関連付けるステップであって、データベースにおける少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルが、被験体および被験体の医療提供者によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である、ステップとを含む、方法も提供する。一部の実施形態では、第１、第２、および第３のデータベースは、単一のデータベースである。一部の実施形態では、第１、第２、および第３のデータベースは、別個のデータベースである。一部の実施形態では、（ａ）は、唾液サンプリングキットを、被験体の自宅住所または希望する郵送先住所で被験体に郵送するステップを含む。一部の実施形態では、（ａ）は、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、被験体の医療提供者に郵送するステップを含む。一部の実施形態では、（ａ）は、唾液、月経血、または月経流出物試験キットの請求を、被験体のクレジットカードに行うステップを含む。一部の実施形態では、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを固有に識別するコードは、被験体の医療提供者によって、ウェブインターフェースを介して提供される。一部の実施形態では、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを固有に識別するコードは、被験体によって、ウェブインターフェースを介して提供される。一部の実施形態では、（ｃ）において唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを被験体から受け取るステップは、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、被験体の自宅住所または希望する郵送先住所から、郵送によって受け取るステップを含む。一部の実施形態では、（ｃ）において唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキット中の唾液試料を被験体から受け取るステップは、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、被験体の医療提供者の職場住所から、郵送によって受け取るステップを含む。一部の実施形態では、方法は、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、臨床的適応を提供するステップをさらに含み、臨床的適応はまた、被験体および被験体の医療提供者によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である。一部の実施形態では、臨床的適応は、子宮内膜症である。一部の実施形態では、（ｅ）において唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキット中の唾液、月経血、または月経流出物試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するステップは、唾液サンプリングキットを、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを決定するために、第三者機関の診断研究室に送付するステップを含む。
【００１１】
一態様では、本開示はまた、被験体に対して子宮内膜症の診断試験を行い、被験体および被験体の医療提供者に結果を提供する方法であって、（ａ）第１のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを割り当てるステップと、（ｂ）被験体から、（ｉ）安定化された流体試料、（ｉｉ）安定化された流体試料を固有に識別するコード、および（ｉｉｉ）被験体の医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードを受け取るステップと、（ｃ）第２のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを、流体試料を固有に識別するコードおよび被験体の医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコードと関連付けるステップと、（ｄ）流体試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つの非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを決定するステップと、（ｅ）処理した流体試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを、第３のデータベースに入力し、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルを、（ｄ）で作成された関連付けによって、被験体および被験体の医療提供者と関連付けるステップであって、データベースにおける少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルが、被験体および被験体の医療提供者によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である、ステップとを含む、方法も提供する。一部の実施形態では、流体試料は、唾液、月経血、または月経流出物試料である。一部の実施形態では、流体試料は、月経血または月経流出物試料である。一部の実施形態では、月経血または月経流出物試料は、紙上へのスポッティングおよび乾燥によって安定化されている。一部の実施形態では、月経血または月経流出物試料は、ＲＮａｓｅ阻害剤の添加によって安定化されている。
【００１２】
一態様では、本開示は、被験体に診断試験を行い、被験体および被験体の医師に結果を提供する方法であって、（ａ）被験体に、唾液サンプリングキットを提供するステップであって、唾液サンプリングキットが、（ｉ）唾液回収および採取デバイス、ならびに（ｉｉ）唾液回収および採取デバイスを固有に識別するコードを含む、ステップと、（ｂ）第１のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを割り当てるステップと、（ｃ）被験体から、（ｉ）唾液サンプリングキット中の唾液試料、（ｉｉ）唾液サンプリングキットを固有に識別するコード、および（ｉｉｉ）患者の医師を固有に識別する事前に割り当てられたコードを、別個に受け取るステップと、（ｄ）第２のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを、唾液サンプリングキットを固有に識別するコードおよび被験体の医師を固有に識別する事前に割り当てられたコードと関連付けるステップと、（ｅ）唾液サンプリングキット中の唾液試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップと、（ｆ）処理した唾液試料に由来する少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを、第３のデータベースに入力し、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを、（ｄ）で作成された関連付けによって、被験体および被験体の医師と関連付けるステップであって、データベースにおける少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルが、被験体および被験体の医師によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である、ステップとを含む、方法を提供する。一部の実施形態では、第１、第２、および第３のデータベースは、単一のデータベースである。一部の実施形態では、第１、第２、および第３のデータベースは、別個のデータベースである。一部の実施形態では、（ａ）は、被験体の自宅住所で、被験体に唾液サンプリングキットを郵送するステップを含む。一部の実施形態では、（ａ）は、被験体の医師に、唾液サンプリングキットを郵送するステップを含む。一部の実施形態では、（ａ）は、唾液試験キットの費用の請求を、患者のクレジットカードに行うステップを含む。一部の実施形態では、唾液サンプリングキットを固有に識別するコードは、被験体の医師によって、ウェブインターフェースを介して提供される。一部の実施形態では、唾液サンプリングキットを固有に識別するコードは、被験体によって、ウェブインターフェースを介して提供される。一部の実施形態では、（ｃ）において唾液サンプリングキット中の唾液試料を被験体から受け取るステップは、唾液サンプリングキットを、患者の自宅住所から、郵送によって受け取るステップを含む。一部の実施形態では、（ｃ）において唾液サンプリングキット中の唾液試料を被験体から受け取るステップは、唾液サンプリングキットを、患者の医師の職場住所から、郵送によって受け取るステップを含む。一部の実施形態では、方法は、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルに基づいて、臨床的適応を提供するステップをさらに含み、診断的適応はまた、被験体および被験体の医師によって、ウェブに基づくインターフェースを介してアクセス可能である。一部の実施形態では、臨床的適応は、子宮内膜症である。一部の実施形態では、（ｅ）において唾液サンプリングキット中の唾液試料を処理して、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップは、少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するために、唾液サンプリングキットを第三者機関の診断研究室に送付するステップを含む。
【００１３】
別の態様では、本開示は、プロゲスチン療法を受けている女性被験体において、難治性子宮内膜症を識別および処置する方法であって、（ａ）被験体から流体試料を得るステップであって、流体試料が、ｍｉＲＮＡなどのリボ核酸を含み、被験体が、子宮内膜症のプロゲスチン療法を受けている、ステップと、（ｂ）被験体からの唾液試料に由来するリボ核酸に対応する少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップであって、少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、子宮内膜症と関連している、ステップと、（ｃ）少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルに基づいて、被験体において子宮内膜症を診断するステップと、（ｄ）（ｃ）で被験体において診断された子宮内膜症を処置するために、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストの初回用量レジメンを被験体に投与するステップとを含む、方法を提供する。
【００１４】
別の態様では、本発明は、それを必要とする女性被験体において、難治性子宮内膜症を識別および処置する方法であって、（ａ）被験体から流体試料を得るステップであって、流体試料が、リボ核酸を含む、ステップと、（ｂ）被験体からの唾液試料に由来するリボ核酸に対応する少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップであって、少なくとも１つのｍｉＲＮＡが、処置耐性子宮内膜症と関連している、ステップと、（ｃ）少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルに基づいて、被験体において処置耐性子宮内膜症を診断するステップと、（ｄ）（ｃ）で被験体において診断された処置耐性子宮内膜症を処置するために、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量レジメンを被験体に投与するステップとを含む、方法を提供する。一実施形態では、被験体は、子宮内膜症と関連する症状を経験している。一部の実施形態では、被験体は、月経困難症、便通もしくは排尿に伴う疼痛、または過剰な出血のうちの１つまたは複数を経験している。一部の実施形態では、被験体は、子宮内膜症と関連する症状を経験していない。一部の実施形態では、流体試料は、血液、血清、唾液、月経血、または月経流出物である。別の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７、ｍｉＲ−１２５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−５００、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−１８、ｍｉＲ−６７５５、およびｍｉＲ−３６１３、ならびにこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの初回用量レジメンを調整するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップ、および子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストの投与を終了するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、毎日、毎週、毎月、２ヶ月ごと、３ヶ月ごと、６ヶ月ごと、毎年、２年ごと、または他の期間、（ａ）〜（ｃ）を繰り返すステップをさらに含む。一部の実施形態では、プロゲスチン療法は、ジドロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、デポ酢酸メドロキシプロゲステロン、ノルエチステロン、または経口避妊薬である。一部の実施形態では、ＧｎＲＨアンタゴニストは、酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックスである。
【００１５】
参照による組込み
本明細書において言及されるすべての刊行物、特許、および特許出願は、各個別の刊行物、特許、または特許出願が、具体的かつ個別に参照により組み込まれると示されるのと同程度に、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【００１６】
本発明の新規な特性は、添付の特許請求の範囲に詳細に記載されている。本発明の特性および利点のより良好な理解は、例示的な実施形態について記載し、本発明の原理が利用されている、以下の詳細な説明、ならびに付随の図面を参照することによって得られるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００１７】
【図１Ａ】図１Ａおよび１Ｂは、本明細書において提供されるバイオマーカーおよびキットを使用する方法を示す。図１Ａは、本明細書において提供されるキットまたはバイオマーカーを使用することができる、子宮内膜症の提示または診断における様々な段階を示す。本明細書で使用されるバイオマーカーは、子宮内膜症の今後の発症を予測することができる。本明細書に記載される非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）試験と組み合わせたキットは、子宮内膜症を識別し、患者における診断的腹腔鏡手術を回避するために使用することができる。本明細書に記載される非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）試験と組み合わせたキットはまた、診断された個体における今後の処置（たとえば、第２選択肢の薬剤、たとえば、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）モジュレーターの投与）の情報を伝えるためにも使用することができる。図１Ｂは、唾液採取キットが患者に提供され、試料が処理され、非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）試験の結果が利用可能となり得る、ワークフローを示す。
【図１Ｂ】図１Ａおよび１Ｂは、本明細書において提供されるバイオマーカーおよびキットを使用する方法を示す。図１Ａは、本明細書において提供されるキットまたはバイオマーカーを使用することができる、子宮内膜症の提示または診断における様々な段階を示す。本明細書で使用されるバイオマーカーは、子宮内膜症の今後の発症を予測することができる。本明細書に記載される非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）試験と組み合わせたキットは、子宮内膜症を識別し、患者における診断的腹腔鏡手術を回避するために使用することができる。本明細書に記載される非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）試験と組み合わせたキットはまた、診断された個体における今後の処置（たとえば、第２選択肢の薬剤、たとえば、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）モジュレーターの投与）の情報を伝えるためにも使用することができる。図１Ｂは、唾液採取キットが患者に提供され、試料が処理され、非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）試験の結果が利用可能となり得る、ワークフローを示す。
【００１８】
【図２】図２および３は、本明細書に記載される方法の一部として患者、介護者（たとえば、家族、在宅介助者）、または医療提供者（たとえば、医師）に提供され得る、例示的なレポートを示す。
【図３】図２および３は、本明細書に記載される方法の一部として患者、介護者（たとえば、家族、在宅介助者）、または医療提供者（たとえば、医師）に提供され得る、例示的なレポートを示す。
【００１９】
【図４】図４は、本明細書に記載されるｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）発現または臨床的適応のうちのいずれかを評価するための唾液／月経流出物サンプリングキットが、患者に提供され得る方法、ならびにキットが患者または患者の医療提供者（たとえば、医師）から受け取られ得る方法を示す。
【００２０】
【図５】図５は、患者用の例示的なウェブポータルを示す。
【００２１】
【図６】図６は、患者の医療提供者（たとえば、医師）用の例示的なウェブポータルを示す。
【００２２】
【図７】図７は、子宮内膜症群および対照群における唾液中のｍｉＲＮＡの相対発現の結果を示すイメージである。
【００２３】
【図８】図８は、代替的な表示スキームによる、子宮内膜症群および対照群における唾液中のｍｉＲＮＡの相対発現の結果を示すイメージである。
【００２４】
【図９】図９は、本開示による方法を実行するための例示的なコンピューターシステムを示す図である。
【００２５】
【図１０Ａ】図１０Ａ、１０Ｂ、および１０Ｃは、被験体に提供される、試験の文書化のための例示的な形式を示す。図１０Ａは、医療提供者（たとえば、医師）が試験をオーダーするための紙でのオーダーフォームを示すイメージである。フォームは、医師用ポータルを介したデジタルまたはウェブに基づくオーダーフローの代替物であり得る。図１０Ｂおよび１０Ｃは、唾液、血清、血漿、月経血、月経流出物、尿、または他の体液試料を提供する前に、患者が確認および署名を要求され得る、告知に基づく同意書の２つの部分を示す。
【図１０Ｂ】図１０Ａ、１０Ｂ、および１０Ｃは、被験体に提供される、試験の文書化のための例示的な形式を示す。図１０Ａは、医療提供者（たとえば、医師）が試験をオーダーするための紙でのオーダーフォームを示すイメージである。フォームは、医師用ポータルを介したデジタルまたはウェブに基づくオーダーフローの代替物であり得る。図１０Ｂおよび１０Ｃは、唾液、血清、血漿、月経血、月経流出物、尿、または他の体液試料を提供する前に、患者が確認および署名を要求され得る、告知に基づく同意書の２つの部分を示す。
【図１０Ｃ】図１０Ａ、１０Ｂ、および１０Ｃは、被験体に提供される、試験の文書化のための例示的な形式を示す。図１０Ａは、医療提供者（たとえば、医師）が試験をオーダーするための紙でのオーダーフォームを示すイメージである。フォームは、医師用ポータルを介したデジタルまたはウェブに基づくオーダーフローの代替物であり得る。図１０Ｂおよび１０Ｃは、唾液、血清、血漿、月経血、月経流出物、尿、または他の体液試料を提供する前に、患者が確認および署名を要求され得る、告知に基づく同意書の２つの部分を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２６】
概要
本開示は、子宮内膜症を有するか、子宮内膜症を有するリスクにあるか、または子宮内膜症を有することが疑われる患者からの試料の特徴付け、モニタリング、および分析するための、新規な方法を提供する。一般に、本明細書において提供される方法は、被験体からの試料におけるバイオマーカー、特に、非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）の検出または定量化を含む。これらの方法によってモニタリングまたは分析された患者を（たとえば、ゴナドトロピン放出ホルモン（ＧｎＲＨ）アンタゴニストまたはアゴニストを用いて）処置する方法、ならびにこれらの方法を、特に、侵襲性が最小限の慣例的な様式で実行するための関連するキット、組成物、およびシステムもまた、提供される。被験体において子宮内膜症を検出、診断、モニタリング、または予測する方法もまた、提供される。
【００２７】
図１Ａを参照すると、本明細書における方法および組成物は、子宮内膜症の診断および処置の従来的なタイムラインに対する改善を提供し得る。容易に採取される試料からの子宮内膜症の識別を含む、本明細書における患者中心的かつ迅速な診断方法は、たとえば、産婦人科医（ＯＢ−ＧＹＮ）または他の医療従事者もしくは介護者への日常的な訪問の際に採取された試料から、子宮内膜症のリスクにあることの早期予測を提供することができる（Ａ）。そのような方法は、あらゆる生殖可能年齢のまたはあらゆる子宮内膜症リスクプロファイルを有する女性に、特に有用であり得る。代替または追加として、方法は、症状の最初の発症後の子宮内膜症の概して迅速な診断または検出を提供することができ（Ｂ）、これにより、従来的な腹腔鏡手技による子宮内膜症の典型的な検出における平均で７〜１０年の遅れを回避することができる。そのため、本明細書において提供される方法および組成物は、子宮内膜症の症状を有する女性に特に有用であり得る。一部の実施形態では、子宮内膜症のそのような検出または診断は、外科手術、たとえば、腹腔鏡手術を伴わずに、行われ得る。さらに、本明細書における方法または組成物は、処置手順の開始または調整の情報を伝えることができる様式で、（本明細書における方法により診断されたか、または従来的な腹腔鏡手技により診断されたかのいずれかである女性において）子宮内膜症の重症度の迅速なまたは日常的なモニタリングまたは検出を提供することができる（Ｃ）。そのため、本明細書において提供される方法および組成物はまた、以前に外科手術を受けているか、または以前に子宮内膜症と診断されている女性にも、特に有用である。一部の事例では、女性は、処置または不妊治療（ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ  ｉｎｔｅｒｖｅｎｔｉｏｎ）を続行する可能性がある。一部の事例では、本明細書において提供される方法または組成物はまた、処置の有効性、疾患の再発、または疾患の重症度のモニタリングを継続的に提供することもできる（Ｄ）。一部の事例では、処置の有効性、疾患の再発、または疾患の重症度のモニタリングは、被験体が症状または妊孕性の目標の変化を経験した後に行われ得る。一部の事例では、本明細書において提供される方法および組成物は、医療処置または外科処置を受けた後の女性、特に、異なる処置または不妊治療を続行する可能性のある女性に、有用であり得る。
【００２８】
本明細書に記載される試験およびモニタリングは、図１Ｂに図示されている方法によって提供され得る。非侵襲的な試料の採取のための装置および組成物を含む、試料採取キットは、患者または患者の医療従事者によって、オーダーされ得る（そのようなキットは、たとえば、唾液の採取のためのＯｒａｇｅｎｅデバイス、または月経流出物もしくは月経血の採取に好適な試料採取バイアル／安定化溶液を含み得る）、Ｆ）。キットは、たとえば、ウェブサイトを通じてオンラインで、電話によって、または依頼書によって、オーダーされ得る。一部の場合には、試料は、採取または提供され（Ａ）、郵送によって試験研究室に返却され（Ｂ）、その後、試料は、子宮内膜症と関連する１つまたは複数の非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）のレベルに関して検査される（Ｃ）。発現データは、一部の事例では、子宮内膜症の尤度を計算するために、機械学習モデルと組み合わせて使用され、これが、患者／介護者（たとえば、家族、在宅介助者）および／または患者の医療提供者に、オンラインで報告され得る（Ｄ）。一部の事例では、結果は、オンラインで報告される。そのようなレポートの例示的な形式は、図２および図３に提供されている。尤度の情報は、処置計画、または今後の試験（たとえば、腹腔鏡手技）、または子宮内膜症の処置に使用される様々な薬剤での処置（たとえば、プロゲスチン、ＧｎＲＨアゴニスト、ＧｎＲＨアンタゴニスト、Ｅ）の情報を伝えるために使用され得る。一部の事例では、処置計画には、被験体の食事または外科手術介入のための計画が含まれ得る。プロセス全体を、定期的に（たとえば、２週間ごと、毎月、２ヶ月ごと、３ヶ月ごと、４ヶ月ごと、５ヶ月ごと、６ヶ月ごと、９ヶ月ごと、毎年、２年ごと、３年ごとなど）繰り返して、進行中の子宮内膜症の重症度を評価しても、および／または所与の処置薬もしくは薬物の用量の有効性を評価してもよい。
【００２９】
一部の事例では、患者には、処置、たとえば、ＧｎＲＨアゴニストまたはアンタゴニスト（たとえば、エラゴリックス）が投与される。患者または被験体の非コーディングＲＮＡのレベル（たとえば、ｍｉＲＮＡのレベル）は、次いで、経時的にモニタリングされ得る。一部の事例では、ｎｃＲＮＡのレベル（たとえば、ｍｉＲＮＡのレベル）は、患者または被験体からの試料において、経時的にモニタリングまたは検出される。そのような試料としては、血液試料、月経血試料、月経流出物試料、唾液試料、生検試料、子宮内膜組織を含む試料、血漿試料、血清試料、尿試料、または任意の他の生体試料を挙げることができる。非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）のプロファイルが、子宮内膜症の存在を示し続けた場合には、ＧｎＲＨアゴニストまたはアンタゴニスト（たとえば、エラゴリックス）は、継続または増加され得る。非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）のプロファイルが、子宮内膜症の改善を示し始めた場合、ＧｎＲＨアゴニストまたはアンタゴニスト（たとえば、エラゴリックス、ＧｎＲＨアンタゴニスト）の投与は、低減または排除され得る。
【００３０】
月経流出物または月経血中のある特定の非コーディングＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）（たとえば、ｍｉＲＮＡ）のレベルを検出することによって、子宮内膜症を検出、診断、モニタリング、または処置する方法もまた、本明細書において提供される。たとえば、月経血または月経流出物を含む試料は、女性被験体から得られても、またはそのような女性被験体もしくは彼女の医療提供者によって提供されてもよい。月経流出物または月経血を含む試料は、本明細書にさらに記載されるｍｉＲＮＡを含む、ある特定のｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）のレベルに関して、分析され得る。月経流出物または月経血中のそのようなｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）の検出後に、患者は、子宮内膜症と診断されるか、または子宮内膜症を有するリスクにあると決定され得る。
【００３１】
定義
本明細書で使用される場合、「無細胞」という用語は、試料が身体から得られる直前の、身体において見られる核酸の状態を指す。たとえば、核酸は、核酸が細胞と会合していないという点で、無細胞状態で、体液、たとえば、血液または唾液中に存在し得る。しかしながら、無細胞核酸は、もともとは、血流または他の体液中に進入する前の子宮内膜細胞など、細胞と会合していた可能性がある。対照的に、身体において、単に細胞と会合している核酸は、一般に、「無細胞」とは考えられない。たとえば、細胞試料から抽出された核酸は、一般に、本明細書で使用される場合の用語「無細胞」とは考えられない。
【００３２】
従来的な表記法が、本明細書において、ポリヌクレオチド配列を記載するために使用され、一本鎖ポリヌクレオチド配列の左手端が、５’末端であり、二本鎖ポリヌクレオチド配列の左手方向が、５’方向と称される。
【００３３】
「被験体」、「患者」、「個体」などの用語は、本明細書において互換可能に使用され、ｉｎ  ｖｉｔｒｏかｉｎ  ｓｉｔｕに関わらず、本明細書に記載される方法に適した任意の動物またはその細胞を指す。ある特定の非限定的な実施形態では、患者、被験体、または個体は、ヒトである。
【００３４】
本明細書で使用される場合、「マイクロＲＮＡ」または「ｍｉＲＮＡ」は、一般に、約１５〜約５０ヌクレオチドの長さ、好ましくは１７〜２３ヌクレオチドの小型の非コーディングＲＮＡ分子を説明し、これは、たとえば、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）と称されるプロセスを通じて、遺伝子発現を調節する役割を果たし得る。ＲＮＡｉは、標的遺伝子のメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）における配列に対して相補的またはアンチセンスであるＲＮＡ配列の存在によって、標的遺伝子の発現の阻害がもたらされる、現象を説明する。ｍｉＲＮＡは、ＲＮＡｓｅ  ＩＩＩ酵素による逐次的な切断を通じて、一次転写物（プリｍｉＲＮＡ）に由来する約７０またはそれよりも多いヌクレオチドのヘアピン前駆体（プレｍｉＲＮＡ）からプロセシングされる。ｍｉＲＢａｓｅは、ｗｗｗ．ｍｉｒｂａｓｅ．ｏｒｇにある包括的なマイクロＲＮＡデータベースである。一般に、ｍｉＲＮＡ遺伝子は、前駆体またはプレｍｉＲＮＡに転写され、これが成熟ｍｉＲＮＡへとプロセシングされる。プレｍｉＲＮＡは、一般に、ヘアピン形態で生じるが、ヘアピンは、ループに接続され、次いでループが３’アーム（または側）に接続された５’アーム（または側）を含有する。前駆体ｍｉＲＮＡのプロセシングにより、２つの成熟した形態のｍｉＲＮＡの形成がもたらされ得るが、これには、前駆体ｍｉＲＮＡループの５’側またはアームに由来する５ｐ形態、および前駆体ｍｉＲＮＡヘアピンの３’側またはアームに由来する３ｐ形態が含まれる。
【００３５】
本明細書で使用される場合、「ｌｅｔ−７」は、任意の組合せで、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、および／またはｌｅｔ−７ｇを指し得る。
【００３６】
本明細書で使用される場合、「または」は、「および」、「または」、または「および／または」を指し得、排他的および包含的の両方で使用され得る。たとえば、「ＡまたはＢ」という用語は、「ＡまたはＢ」、「ＢではなくＡ」、「ＡではなくＢ」、ならびに「ＡおよびＢ」を指し得る。一部の事例では、文脈により、特定の意味が規定され得る。
【００３７】
本明細書で使用される場合、「１つの（ａ）」という用語は、複数形または単数形を指し得、換言すると、「１つの（ａ）」は、通常、「１つまたは複数」を指す。
【００３８】
本明細書で使用される場合、ＲＮＡ（単数または複数）は、互換可能に使用され、単数のＲＮＡまたは複数のＲＮＡを指し得る。
【００３９】
本明細書で使用される場合、「非コーディングＲＮＡ」（ｎｃＲＮＡ）は、一般に、細胞においてタンパク質に翻訳されない内因性ＲＮＡ分子を指す。ｎｃＲＮＡの例示的な種類としては、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｅｘＲＮＡ、ｓｃＲＮＡ、および長いｎｃＲＮＡ（たとえば、ＸｉｓｔおよびＨＯＴＡＩＲ）が挙げられる。一部の実施形態では、本明細書に記載される子宮内膜症の試験は、本明細書に記載される特定のマイクロＲＮＡに加えて、ｍｉＲＮＡではない１つまたは複数のｎｃＲＮＡのレベルを決定することを含み得る。
【００４０】
被験体
本明細書に記載される方法および組成物は、獣医学被験体を含め、ヒトおよび非ヒト被験体に適用可能である。好ましい被験体は、「患者」、すなわち、疾患もしくは状態（たとえば、子宮内膜症）の医療を受けている生きたヒト、またはそのような疾患もしくは状態を有することが疑われる、またはそのような疾患もしくは状態を有するリスクにある者である。これには、病理（たとえば、子宮内膜症）の徴候について調査されているが、疾病が確定されていない人物が含まれる。
【００４１】
本明細書に記載される方法および組成物に好ましい患者または被験体は、思春期もしくは思春期後の年齢、閉経前、閉経期、または閉経後である女性患者である（子宮内膜症は、閉経後も持続し得るため）。そのため、一般に、本明細書において提供される方法および組成物は、概して１０歳よりも上の広範囲の年齢の女性被験体に有用であり得る。一部の事例では、被験体は、子宮内膜症を有するリスクにあり得る。子宮内膜症を有するリスクにある被験体は、たとえば、子宮内膜症の家族歴または子宮内膜症の過去の病歴を有し得る。一部の事例では、被験体は、子宮内膜症を有することが疑われ得る。そのような被験体は、子宮内膜症の症状を示さない可能性がある。しかし、他の事例では、そのような被験体は、月経困難症、便通もしくは排尿に伴う疼痛、不妊症、または過剰な出血など、子宮内膜症の症状を示し得る。
【００４２】
しばしば、被験体は、処置レジメンを受けているか、または処置レジメン（たとえば、プロゲスチン療法、ＧｎＲＨアゴニスト療法、ＧｎＲＨアンタゴニスト療法）について評価されている、患者または他の個体である。しかしながら、一部の場合には、被験体は、処置レジメンを受けていない。一部の事例では、被験体は、なんらかの種類の他の薬物治療、たとえば、鎮痛剤（たとえば、非ステロイド性抗炎症薬、ＮＳＡＩＤ）を受けている。一部の実施形態では、本明細書に記載される１つまたは複数のｍｉＲＮＡおよび／またはｎｃＲＮＡの試験は、たとえば、子宮内膜症が検出された場合、生殖補助療法（ＡＲＴ、たとえば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏ受精、すなわちＩＶＦ、または子宮内人工授精、すなわちＩＵＩ）を行う動機を提供し得る。
【００４３】
一部の場合には、被験体は、子宮内膜症と関連する１つまたは複数の症状を有し得る。そのような症状としては、月経困難症、便通もしくは排尿に伴う疼痛、不妊症、または過剰な出血を挙げることができる。一部の場合には、被験体は、難治性子宮内膜症を有し得、これは、プロゲスチンでの処置（たとえば、経口避妊薬、ジドロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、デポ酢酸メドロキシプロゲステロン、またはノルエチステロンでの）にも関わらず、子宮内膜症と関連する症状が持続するものである。
【００４４】
試料
試料は、好ましくは、体液試料である。体液は、汗、唾液、涙液、尿、血液、血漿、血清、膣液（ｖａｇｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、子宮頸−膣液（ｃｅｒｖｉｃｏ−ｖａｇｉｎａｌ  ｆｌｕｉｄ）、全血、月経流出物（たとえば、月経血）、脊髄液、肺液（ｐｕｌｍｏｎａｒｙ  ｆｌｕｉｄ）、痰、または任意の他の体液であり得る。好ましい実施形態では、試料は、唾液または月経流出物（たとえば、月経血）試料である。一部の事例では、試料は、白血球（ＷＢＣ）を含む。一部の事例では、試料は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含み、一部の事例では、試料は、末梢血リンパ球（ＰＢＬ）を含む。本明細書で使用される場合、「唾液」という用語には、痰は含まれない。なぜなら、痰が、粘液または粘液質の試料に属するためである。一部の実施形態では、唾液または月経流出物（たとえば、血液）は、好適な方法（たとえば、遠心分離、濾過）によって、細胞画分および非細胞画分に分離することができる。一部の実施形態では、核酸（たとえば、ｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡ）は、細胞（たとえば、細胞を含有する）画分または非細胞（または細胞を含有しない）画分から抽出することができる。一部の実施形態では、ｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡ発現の本明細書に記載される分析は、試料（たとえば、血液、血漿、血清、唾液、月経血、月経流出物など）のうちのいずれかの細胞含有画分または非細胞画分に対して行うことができる。
【００４５】
一部の事例では、試料は、組織、たとえば、生検に由来する組織を含む。一部の事例では、組織は、子宮内膜組織である。
【００４６】
一部の実施形態では、試料は、無細胞非コーディングＲＮＡ（たとえば、無細胞ｍｉＲＮＡ）を含む。一部の事例では、試料は、精製または抽出された非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）を含んでいた。一部の実施形態では、試料は、エクソソームに封入された非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）を含む。一部の実施形態では、試料は、細胞に封入された（たとえば、白血球による）非コーディングＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）を含む。
【００４７】
試料の採取
本明細書で使用される場合、「試料を得ること」には、（たとえば、被験体から試料を直接的に得た第三者機関から）得られた試料を有することを含め、試料を直接的または間接的に得ることが含まれる。一部の実施形態では、試料は、続いて試料からバイオマーカーデータを獲得する同じ団体（たとえば、試験研究室）によって、被験体から採取される。一部の実施形態では、試料は、被験体から試料を採取した別の実体（たとえば、医師、看護師、採血者、または他の医療提供者）から（たとえば、試験研究室によって）受け取られる。一部の実施形態では、試料は、別の実体（たとえば、試験研究室）の指示のもとに、医療従事者によって被験体から採取され、続いて、前記実体（たとえば、試験研究室）へと提供される。一部の実施形態では、試料は、被験体または被験体の介護者（たとえば、家族、在宅介助者）によって自宅で採取され、続いて、試料からバイオマーカーデータを獲得する団体（たとえば、試験研究室）へと提供される。
【００４８】
一部の実施形態では、唾液の試験試料を、被験体から得ることができる。唾液試料を得る方法としては、被験体の口からの排出（たとえば、吐き出すこと）、吸引、またはスワブもしくは他の採取ツールによる取り出しを挙げることができるが、これらに限定されない。唾液からＲＮＡ分子を抽出するための方法は、たとえば、Ｐａｎｄｉｔ，  Ｐ  ｅｔ  ａｌ．  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ．  ２０１３  Ｊｕｌ；  ５９（７）：１１１８−２２において見出すことができる。広範な唾液採取および回収デバイス（試料を清潔な様式で採取し、試料中の核酸の安定化を提供する）が、キットとして入手可能であり、市販の供給業者、たとえば、ＤＮＡ  Ｇｅｎｏｔｅｋ（たとえば、Ｏｒａｇｅｎｅ−ＲＮＡ、ならびにＵＳ２０１１０２１２００２Ａ１およびＷＯ２００８０４０１２６Ａ１に記載されている製品）、およびＮｏｒｇｅｎ  Ｂｉｏｔｅｋから入手可能であり、本開示の方法を用いた使用のために好適である。そのようなキットは、患者が個人で、または医療提供者（たとえば、医師）により最小限の補助を伴う使用のために、好適である。
【００４９】
一部の実施形態では、月経流出物または月経血の試験試料を、被験体から得ることができる。月経流出物または月経血の試料を得る方法としては、シリンジ吸引（必要に応じて、鏡の使用と組み合わせて）、月経カップでの採取によるもの、タンポンもしくはナプキンからの採取によるもの、または当該技術分野において公知の他の方法が挙げられる。
【００５０】
採取後、月経流出物、月経液、または唾液の試料は、抗微生物剤（たとえば、Ｎｏｒｍｏｃｉｎ、アジ化ナトリウム）、ＲＮａｓｅ阻害剤（たとえば、ポリビニルスルホン酸、ＲＮａｓｉｎ（登録商標）、ＲＮａｓｅＯＵＴ（商標））の添加によって、有機溶液（たとえば、トリゾール、フェノール−クロロホルム、フェノール−クロロホルム−イソアミルアルコール）中での破壊によって、または広域プロテアーゼと組み合わせた界面活性剤（たとえば、プロテイナーゼＫと合わせたＳＤＳ）中での破壊によって、安定化させることができる。
【００５１】
一部の実施形態では、血液の試験試料を、被験体から得ることができる。一部の実施形態では、血液試料は、末梢血試料である。一部の実施形態では、血液試料は、全血試料である。一部の実施形態では、試料は、血液試料であり、全血、末梢血、血清、血漿、ＰＢＬ、ＰＢＭＣ、Ｔ細胞、ＣＤ４  Ｔ細胞、ＣＤ８  Ｔ細胞、またはマクロファージを含む。血液試料は、侵襲性が最小限の方法、たとえば、採血によって得ることができる。血液試料は、静脈穿刺によって得ることができる。
【００５２】
ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）発現プロファイリング
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムは、発現プロファイルを決定するために、生体試料内にあるＲＮＡ（たとえば、ｎｃＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ）を特異的に検出、プロファイリング、または定量化することを含み得る。一部の場合には、ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）は、生体試料から単離され得る。一部の事例では、ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）は、無細胞供給源から単離され得る。
【００５３】
発現プロファイルは、一般に、ｍｉＲＮＡまたは他の種類のｎｃＲＮＡに由来するｃＤＮＡのレベルを検出することによって測定される。発現プロファイルは、ＲＮＡレベルで、たとえば、ＲＮＡハイブリダイゼーションまたは直接的なＲＮＡ配列決定によっても、測定され得る。
【００５４】
一部の事例では、発現レベルは、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）またはＴａｑｍａｎとしても公知の、いわゆる「リアルタイム増幅」方法によって、決定される。この方法の基礎は、検出される鋳型の領域に特異的なオリゴヌクレオチドプローブ／オリゴを使用して、鋳型を用いたＰＣＲ反応中に形成される増幅産物の形成をモニタリングすることである。一部の実施形態では、ｑＰＣＲまたはＴａｑｍａｎは、単離されたＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）に逆転写酵素反応を行った直後に使用され、これを使用して、ＲＮＡのレベルを定量化し、かつ／またはＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡの差次的発現レベルを評価することができる。
【００５５】
Ｔａｑｍａｎは、二重標識した蛍光原オリゴヌクレオチドプローブを使用する。そのようなアッセイにおいて使用される二重標識した蛍光原プローブは、典型的に、２つの異なる蛍光色素で標識した短い（約２０〜２５塩基の）ポリヌクレオチドである。プローブの５’末端は、典型的には、レポーター色素に付着しており、３’末端は、クエンチ色素に付着している。標識するかどうかに関わらず、ｑＰＣＲプローブは、標的ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）またはそれに由来する核酸の部位と、少なくとも実質的な配列相補性を有するように設計される。遺伝子座の隣接領域に結合する上流および下流のＰＣＲプライマーもまた、反応混合物に添加される。プローブがインタクトである場合、２つのフルオロフォアの間のエネルギー移動が生じ、クエンチャーが、レポーターからの発光をクエンチする。ＰＣＲの伸長段階の間に、プローブは、核酸ポリメラーゼ、たとえば、Ｔａｑポリメラーゼの５’ヌクレアーゼ活性によって切断され、それによって、レポーターがポリヌクレオチド−クエンチャーから放出され、レポーター発光強度の増加がもたらされ、これを、適切な検出器によって測定することができる。次いで、記録された値を使用して、継続的に、正規化されたレポーター発光強度の増加を計算し、最終的に、増幅されているＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）の量を定量化することができる。ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）のレベルはまた、たとえば、分枝核酸プローブ、たとえば、ＰａｎｏｍｉｃｓからのＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（登録商標）試薬システムを使用して、プローブへのハイブリダイゼーションによって増幅なしに測定することもできる。個々のプローブに付着した各フルオロフォア／クエンチャー対が、反応に使用される他のプローブに対してスペクトル的に直交であり得、その結果、複数のプローブ（それぞれが、異なるｍｉＲＮＡ／遺伝子産物または他のｎｃＲＮＡ遺伝子産物に指向される）を、増幅／検出中に検出することができるため、この試験形式は、単一の試料反応物からの複数の遺伝子／ｍｉＲＮＡの多重検出に、特に有用である。
【００５６】
ｑＰＣＲはまた、二重標識した蛍光原プローブなしで、ｄｓＤＮＡに特異的にインターカレートし、ｄｓＤＮＡにより増幅された特異的な上流および下流のオリゴヌクレオチドプライマーの蓄積を反映する、蛍光色素（たとえば、ＳＹＢＲ  Ｇｒｅｅｎ）を使用して、行うこともできる。増幅反応中の蛍光の増加を、継続的に追跡し、これを使用して、増幅されているＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡまたは他のｎｃＲＮＡ）の量を定量化することができる。
【００５７】
ｑＰＣＲまたはＴａｑｍａｎに関して、特定のｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡ遺伝子のレベルは、同じ検出手法を使用して、同じ試料から測定された、１つまたは複数の内部対照ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）と比べて表すことができる。内部対照ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）としては、いわゆる、構成的に発現されるＲＮＡ、たとえば、Ｕ６、ＲＮＵ４８、ＲＮＵ４４、Ｕ４７、ＲＮＵ６Ｂ、またはこれらの組合せを挙げることができる。
【００５８】
一部の実施形態では、ｑＰＣＲまたはＴａｑｍａｎ検出に関して、定量的にモニタリングするＰＣＲ反応の前に、「事前増幅」ステップが、ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）から転写されたｃＤＮＡに行われる。これは、検出されるＲＮＡ／ｃＤＮＡの天然のレベルが非常に低い条件下において、シグナルを増加させる機能を果たす。事前増幅の好適な方法としては、ＬＭ−ＰＣＲ、およびランダムオリゴヌクレオチドプライマーを用いたＰＣＲ（たとえば、ランダムヘキサマーＰＣＲ）、ならびにこれらの任意の組合せが挙げられるが、これらに限定されない。
【００５９】
一部の実施形態では、ｑＰＣＲまたはＴａｑｍａｎ検出に関して、ＲＴ−ＰＣＲステップが最初に行われて、ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）からｃＤＮＡが生成される。ＲＴ−ＰＣＲによるそのような増幅は、全般的であり得るか（たとえば、部分的／完全な縮重オリゴヌクレオチドプライマーでの増幅）または標的化され得る（たとえば、後のステップで分析される特定のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）に対するオリゴヌクレオチドプライマーでの増幅）。
【００６０】
他の方法では、発現レベルは、配列決定によって、たとえば、ＲＮＡ配列決定によってまたはＤＮＡ配列決定（たとえば、試料に由来するＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡを逆転写することから生成されたｃＤＮＡの）によって、決定される。配列決定もまた、全般的であり得るか（たとえば、部分的／完全な縮重オリゴヌクレオチドプライマーを使用する増幅で）または標的化され得る（たとえば、後のステップで分析される特定のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）に対するオリゴヌクレオチドプライマーを使用した増幅で）。配列決定は、任意の利用可能な方法または技法によって行うことができる。配列決定方法としては、Ｎｅｘｔ  Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ配列決定、高スループット配列決定、パイロシーケンス、古典的サンガー配列決定方法、ライゲーションによる配列決定、合成による配列決定、ハイブリダイゼーションによる配列決定、ＲＮＡ−Ｓｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）、Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ（Ｈｅｌｉｃｏｓ）、次世代配列決定、合成による単一分子配列決定（ＳＭＳＳ）（Ｈｅｌｉｃｏｓ）、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｍａｃｈｉｎｅ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ／Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ）、大規模並列配列決定、クローナル単一分子アレイ（Ｓｏｌｅｘａ）、ショットガン配列決定、ナノポア配列決定（たとえば、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｎａｎｏｐｏｒｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓプラットフォーム）、Ｍａｘｉｍ−Ｇｉｌｂｅｒｔ配列決定、またはプライマーウォーキング（ｐｒｉｍｅｒ  ｗａｌｋｉｎｇ）を挙げることができる。
【００６１】
他の方法では、発現レベルは、ハイブリダイゼーションに基づく方法、たとえば、ノーザンブロット、サザンブロット、またはマイクロアレイハイブリダイゼーションによって決定される。
【００６２】
バイオマーカーＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）
本明細書における方法および組成物は、子宮内膜症を検出するか、予測するか、またはその重症度をモニタリングするための、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）の検出（たとえば、少なくとも１つのｎｃＲＮＡの存在または非存在の検出）、または患者試料に由来する、子宮内膜症と関連する少なくとも１つのｍｉＲＮＡもしくはｎｃＲＮＡのレベルの測定を含み得る。そのようなマーカーとしては、Ｌｅｔ−７ａ、Ｌｅｔ−７ｂ、Ｌｅｔ−７ｃ、Ｌｅｔ−７ｄ、Ｌｅｔ−７ｅ、Ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５を、個別または任意の組合せで挙げることができる。そのようなマーカーとしては、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５を、個別または任意の組合せで挙げることができる。一部の実施形態では、方法および組成物は、これらのｍｉＲＮＡの−３ｐまたは−５ｐ転写物の検出を含む。一部の実施形態では、本明細書における方法または組成物は、特定のｍｉＲＮＡセットからの１つまたは複数のｍｉＲＮＡのレベルの試験を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数のｍｉＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉｒ１３５ａ、およびｍｉｒ１３５ｂ、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数のｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｌｅｔ−７ｂ、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１５０、４５１ａ、および３６１３、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。
【００６３】
一部の実施形態では、本明細書における方法および組成物は、ｍｉＲＮＡではない少なくとも１つのｎｃＲＮＡと組み合わせた、本明細書に概説される少なくとも１つのｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ）の検出または測定を含む。そのようなｎｃＲＮＡとしては、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｅｘＲＮＡ、ｓｃＲＮＡ、および長いｎｃＲＮＡ、またはこれらの任意の組合せが挙げられる。一部の実施形態では、方法および組成物は、少なくとも１つのｎｃＲＮＡの測定または検出を含む。
【００６４】
一部の事例では、検出されるバイオマーカーＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）は、無細胞ＲＮＡ（たとえば、ｎｃＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ）、特に、試料の無細胞画分から得られたＲＮＡである。一部の事例では、検出されるバイオマーカーＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）は、細胞に会合したＲＮＡ（たとえば、細胞に会合したｍｉＲＮＡ、細胞に会合したｎｃＲＮＡ）である。一部の事例では、検出されるバイオマーカーＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）は、白血球または子宮内膜細胞など、細胞内に存在する（または細胞と会合する）ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）である。一部の事例では、検出されるバイオマーカーＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）は、エクソソーム内に存在するかまたはそれと会合するＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）である。
【００６５】
遺伝子発現プロファイルを分析することは、被験体に由来するＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）のレベルを正規化することを含み得る。一部の実施形態では、ＲＮＡは、構成的ＲＮＡ、たとえば、核内低分子ＲＮＡ  Ｕ６、ＲＮＵ４８、ＲＮＵ４４、Ｕ４７、もしくはＲＮＵ６Ｂ、またはこれらの任意の組合せの、決定された発現レベルに対して正規化される。
【００６６】
試料の分類
本明細書において提供される方法は、試料データを分析するため、特に、子宮内膜症を検出するために、訓練された分類器またはアルゴリズムを使用することを含み得る。一部の場合には、試料に由来するＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）のレベルが、本明細書において提供されるアルゴリズムまたは分類器を開発または訓練するために使用される。一部の場合には、ＲＮＡレベル（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡレベル）が、無症状患者または子宮内膜症の１つもしくは複数の症状を有する患者からの試料において測定され、子宮内膜症を検出、予測、またはモニタリングするために、分類器またはアルゴリズム（たとえば、訓練されたアルゴリズム）が、結果として得られたデータに適用される。
【００６７】
多次元分類器（たとえば、アルゴリズム）の訓練は、多数の試料を使用して行われ得る。たとえば、多次元分類器の訓練は、少なくとも約１０個、２０個、３０個、４０個、５０個、６０個、７０個、８０個、９０個、１００個、１１０個、１２０個、１３０個、１４０個、１５０個、１６０個、１７０個、１８０個、１９０個、２００個、またはそれよりも多い試料を使用して行われ得る。一部の事例では、多次元分類器の訓練は、少なくとも約２００個、２１０個、２２０個、２３０個、２４０個、２５０個、２６０個、２７０個、２８０個、２９０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、またはそれよりも多い試料を使用して行われ得る。一部の事例では、多次元分類器の訓練は、少なくとも約５２５個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１０００個、１１００個、１２００個、１３００個、１４００個、１５００個、１６００個、１７００個、１８００個、２０００個、またはそれよりも多い試料を使用して行われ得る。
【００６８】
さらに、分類器セットおよび１つまたは複数の分類器セットを生成する方法が、本明細書に開示される。分類器セットは、１つまたは複数のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）、たとえば、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５を、個別または任意の組合せで含み得る。１つまたは複数の分類器を含む分類システムの使用が、本明細書に開示される。
【００６９】
分類器および／または分類器プローブセットは、試料を、健常として包含するかまたは除外するかのいずれかのために使用することができる。たとえば、分類器は、試料を、健常な被験体に由来するとして分類するために使用することができる。あるいは、分類器は、試料を、健常でない被験体に由来するとして分類するために使用することができる。代替または追加として、分類器は、試料を、子宮内膜症として包含するかまたは除外するかのいずれかのために使用することができる。たとえば、分類器は、試料を、子宮内膜症を患う被験体に由来するとして分類するために使用することができる。別の例では、分類器は、試料を、子宮内膜症を患っていない被験体に由来するとして分類するために使用することができる。
【００７０】
本明細書に開示される方法は、１または複数の被験体からの１つまたは複数の試料に、分類を割り当てるステップを含み得る。試料に分類を割り当てるステップは、試料に由来する１つまたは複数のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）のレベルに、アルゴリズムを適用することを含み得る。
【００７１】
アルゴリズムは、試料の分類および／または信頼レベルを含む、その出力の記録を提供し得る。一部の場合には、アルゴリズムの出力は、被験体が、ある状態、たとえば、子宮内膜症を有する可能性であり得る。
【００７２】
アルゴリズムは、訓練されたアルゴリズムであり得る。アルゴリズムは、線形分類器を含み得る。線形分類器は、１つまたは複数の線形判別分析、フィッシャーの線形判別、単純ベイズ分類器、ロジスティック回帰、パーセプトロン、サポートベクターマシン、またはこれらの組合せを含み得る。線形分類器は、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）アルゴリズムであり得る。
【００７３】
アルゴリズムは、１つまたは複数の線形判別分析（ＬＤＡ）、単純パーセプトロン、エラスティックネットロジスティック回帰、ロジスティック回帰、（カーネル）サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、対角線形判別分析（Ｄｉａｇｏｎａｌ  Ｌｉｎｅａｒ  Ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｎｔ  Ａｎａｌｙｓｉｓ）（ＤＬＤＡ）、ゴラブ分類器、パルツェンベース、（カーネル）フィッシャーの判別分類器、ｋ近傍法、反復的ＲＥＬＩＥＦ、分類ツリー、最大尤度分類器、ランダムフォレスト、近傍セントロイド、マイクロアレイの予測分析（ＰＡＭ）、ｋ中央値クラスタリング、Ｆｕｚｚｙ  Ｃ−平均クラスタリング、ガウス混合モデル、またはこれらの組合せを含み得る。アルゴリズムは、対角線形判別分析（ＤＬＤＡ）アルゴリズムを含み得る。アルゴリズムは、近傍セントロイドアルゴリズムを含み得る。アルゴリズムは、ランダムフォレストアルゴリズムを含み得る。
【００７４】
本明細書において提供される方法は、患者が、子宮内膜症を有するかどうかを、高い程度の精度、感度、および／または特異度で、決定することに役立ち得る。一部の事例では、予測精度（たとえば、子宮内膜症を検出することに関する、または子宮内膜症を非子宮内膜症と区別することに関する）は、７５％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９５％、または９９．９９％よりも大きい。一部の実施形態では、予測精度は、１００％である。一部の事例では、感度（たとえば、子宮内膜症を検出することに関する、または子宮内膜症を非子宮内膜症と区別することに関する）は、７５％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９５％、または９９．９９％よりも大きい。一部の実施形態では、感度は、１００％である。一部の事例では、特異度（たとえば、子宮内膜症を検出することに関する、または子宮内膜症を非子宮内膜症と区別することに関する）は、７５％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９５％、または９９．９９％よりも大きい。一部の事例では、特異度は、１００％である。一部の事例では、方法の陽性的中率（たとえば、子宮内膜症を検出することに関する、または子宮内膜症を非子宮内膜症と区別することに関する）は、７５％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９．０％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９５％、または９９．９９％よりも大きい。一部の事例では、陽性的中率は、１００％である。本明細書において提供される方法のいずれかにおける閾値化後のＡＵＣは、０．９、０．９１、０．９２、０．９３、０．９４、０．９５、０．９６、０．９７、０．９８、０．９９、０．９９５、または０．９９９よりも大きいことがある。反対に、方法は、被験体が、子宮内膜症を有さないかまたは子宮内膜症に関して低いリスクにあるかどうかを予測または決定してもよい。陰性的中率（たとえば、子宮内膜症を検出することに関する、または子宮内膜症を非子宮内膜症と区別することに関する）は、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、９９．０％、９９．１％を、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、９９．９５％、または９９．９９％よりも大きい場合がある。一部の事例では、陰性的中率は、１００％である。
【００７５】
コンピューターにより実装される方法
１つまたは複数のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）の発現レベルを、デジタルコンピューターにおいて分析し、被験体の状態（たとえば、子宮内膜症）と関連付けることができる。必要に応じて、そのようなコンピューターは、実験により決定されたｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡの発現レベルに関連するシグナルを受信するスキャナーなど（たとえば、ｑＰＣＲシステム、多重蛍光プレートリーダー、ＦＡＣＳ機器、またはシーケンサー）に直接的に連結されている。あるいは、発現レベルは、他の手段によって入力されてもよい。コンピューターは、上述のように、未加工のシグナルを、発現レベル（絶対値または相対値）に変換し、測定された発現レベルを、１つもしくは複数の参照発現レベルまたはそのような値の段階（ｓｃａｌｅ）と比較するようにプログラムすることができる。コンピューターはまた、１つまたは複数の参照発現レベルとの比較に基づいて、発現レベルに値または他の指示（ｄｅｓｉｇｎａｔｉｏｎ）を割り当て、発現プロファイル内の複数の遺伝子についてそのような値または指示を集計するようにプログラムすることもできる。コンピューターはまた、子宮内膜症の存在の指標を提供する値または他の指示、ならびにそのような値または指示を決定する際に使用された未加工データまたは中間データのいずれかを出力するようにプログラムすることもできる。
【００７６】
典型的なコンピューター（ＵＳ６，７８５，６１３、図４および５を参照されたい）には、中央プロセッサー、システムメモリー、入力／出力コントローラー、外部デバイス、たとえば、パラレルポートを介するプリンター、ディスプレイアダプターを介するディスプレイスクリーン、シリアルポート、キーボード、固定ディスクドライブ、ならびにフロッピー（登録商標）ディスクを受容するように動作可能なフロッピー（登録商標）ディスクドライブなどの主要なサブシステムを相互接続するバスが含まれ得る。多数の他のデバイス、たとえば、Ｉ／Ｏコントローラーを介したスキャナー、シリアルポートに接続されたマウス、またはネットワークインターフェースが、接続され得る。コンピューターは、コンピューターに様々な機能を行わせるためのコードを保持するコンピューター可読媒体を含有する。これらの機能としては、上述のように、自動化装置を制御すること、入力を受信すること、出力を送達することが挙げられる。自動化装置には、発現レベルを決定するための試薬を送達するためのロボットアーム、ならびに発現分析を行うための小型の容器、たとえば、マイクロタイターウェルが含まれ得る。
【００７７】
本明細書において提供される方法、システム、キット、および組成物はまた、コンピューターネットワークを通じて結果を生成し、送信することも可能であり得る。一部の事例では、試料は、まず、被験体（たとえば、子宮内膜症の１つもしくは複数の症状を有する患者、または症状のない患者）から採取される。一部の場合には、試料は、アッセイされ、ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）のレベルが測定される。コンピューターシステムは、データを分析し、試料の分類を行うのに使用することができる。結果は、コンピューターネットワークを介して、異なる種類のエンドユーザーに送信することが可能であり得る。一部の場合には、被験体（たとえば、患者）は、インターネットにアクセスすることができるローカルコンピューターにおいて、スタンドアロン型ソフトウェアおよび／またはウェブに基づくアプリケーションを使用することによって、結果にアクセスすることが可能であり得る。一部の場合には、結果は、モバイルデジタル処理デバイス（たとえば、携帯電話、タブレットなど）に提供されているモバイルアプリケーションを介してアクセスされ得る。一部の場合には、結果は、医療提供者（たとえば、医師）によってアクセスされ、医師が患者の状態を識別し、それを追跡することを補助し得る。一部の場合には、結果は、教育および研究などの他の目的に使用され得る。
【００７８】
コンピュータープログラム
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムには、少なくとも１つのコンピュータープログラムまたはその使用が含まれ得る。コンピュータープログラムは、指定されたタスクを行うように記述された、デジタル処理デバイスのＣＰＵにおいて実行可能な命令のシーケンスを含み得る。コンピューター可読命令は、特定のタスクを行うか、または特定の抽象データタイプを実装する、プログラムモジュール、たとえば、関数、オブジェクト、アプリケーションプログラミングインターフェース（ＡＰＩ）、データ構造などとして実装され得る。本明細書において提供される開示を踏まえて、当業者であれば、コンピュータープログラムが、様々なバージョンの様々な言語で記述され得ることを認識するであろう。
【００７９】
コンピューター可読命令の機能性は、様々な環境において、所望されるように組み合わせる、または分配させることができる。コンピュータープログラムは、通常、１つの位置または複数の位置から、命令のシーケンスを提供する。様々な実施形態では、コンピュータープログラムは、１つもしくは複数のウェブアプリケーション、１つもしくは複数のモバイルアプリケーション、１つもしくは複数のスタンドアロン型アプリケーション、１つもしくは複数のウェブブラウザプラグイン、拡張機能、アドイン、もしくはアドオン、またはこれらの組合せを、一部または全体として、含む。
【００８０】
１つまたは複数の試料を分類するためのシステムおよびその使用が、本明細書においてさらに開示される。システムは、（ａ）実行可能命令を行うように構成されるオペレーティングシステムおよびメモリーデバイスを含む、デジタル処理デバイス、（ｂ）（ｉ）被験体からの試料に由来する１つまたは複数のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）のＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）の発現プロファイルを受信するように構成される第１のソフトウェアモジュール、（ｉｉ）被験体に由来するＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）の発現プロファイルを分析するように構成される第２のソフトウェアモジュール、および（ｉｉｉ）２つまたはそれよりも多いクラスを含む分類システムに基づいて、被験体からの試料を分類するように構成される第３のソフトウェアモジュールを含む、被験体からの試料を分類するようにデジタル処理デバイスによって実行可能な命令を含むコンピュータープログラムを含み得る。クラスのうちの少なくとも１つは、子宮内膜症から選択され得る。被験体に由来する遺伝子発現プロファイルを分析することは、アルゴリズムを適用することを含み得る。遺伝子発現プロファイルを分析することは、被験体に由来するＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）発現プロファイルを正規化することを含み得る（たとえば、構成的ＲＮＡ、たとえば、核内低分子ＲＮＡ  Ｕ６、ＲＮＵ４８、ＲＮＵ４４、Ｕ４７、もしくはＲＮＵ６Ｂ、またはこれらの任意の組合せに対して。
【００８１】
図９は、たとえば、セレクターセットを生成するおよび／またはデータ分析のための、本開示の方法を実装するようにプログラムされるか、または他の方法で構成される、コンピューターシステム（本明細書において「システム」とも）９０１を示す。システム９０１は、中央処理ユニット（ＣＰＵ、本明細書において「プロセッサー」および「コンピュータープロセッサー」とも）９０５を含み、これは、シングルコアもしくはマルチコアプロセッサー、または並列処理のための複数のプロセッサーであり得る。システム９０１はまた、メモリー９１０（たとえば、ランダムアクセスメモリー、読出し専用メモリー、フラッシュメモリー）、電子ストレージユニット９１５（たとえば、ハードディスク）、１つまたは複数の他のシステムと通信するための通信インターフェース９２０（たとえば、ネットワークアダプター）、ならびに周辺デバイス９２５、たとえば、キャッシュ、他のメモリー、データストレージおよび／もしくは電子ディスプレイアダプターも含む。メモリー９１０、ストレージユニット９１５、インターフェース９２０、および周辺デバイス９２５は、通信バス（実線）、たとえば、マザーボードを通じて、ＣＰＵ９０５と通信状態にある。ストレージユニット９１５は、データを記憶するためのデータストレージユニット（またはデータリポジトリ）であり得る。システム９０１は、通信インターフェース９２０を利用して、コンピューターネットワーク（「ネットワーク」）９３０に動作可能に連結されている。ネットワーク９３０は、インターネット、インターネットおよび／もしくはエクストラネット、またはインターネットと通信状態にあるイントラネットおよび／またはエクストラネットであり得る。一部の場合には、ネットワーク９３０は、電気通信および／またはデータネットワークである。ネットワーク９３０は、クラウドコンピューティングなどの分散型コンピューティングを可能にすることができる、１つまたは複数のコンピューターサーバーを含み得る。一部の場合には、ネットワーク９３０は、システム９０１を利用して、システム９０１に連結されたデバイスが、クライアントまたはサーバーとして挙動することを可能にし得る、ピアトゥピアネットワークを実装することができる。
【００８２】
システム９０１は、処理システム９３５と通信状態にある。処理システム９３５は、本明細書に開示される方法を実装するように構成され得る。一部の例では、処理システム９３５は、多重蛍光プレートリーダー、ｑＰＣＲ機械、または核酸配列決定システム、たとえば、次世代配列決定システムなど（たとえば、Ｉｌｌｕｍｉｎａシーケンサー、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔシーケンサー、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓシーケンサー）である。処理システム９３５は、ネットワーク９３０を介して、または直接的な（たとえば、有線、無線）接続によって、システム９０１と通信状態にあり得る。処理システム９３５は、分析、たとえば、核酸配列分析のために構成されていてもよい。
【００８３】
本明細書に記載される方法は、システム９０１の電子ストレージ位置、たとえば、メモリー９１０または電子ストレージユニット９１５などに記憶された、機械（またはコンピュータープロセッサー）により実行可能なコード（またはソフトウェア）を用いて実装され得る。使用の際、コードは、プロセッサー９０５によって実行され得る。一部の例では、コードは、ストレージユニット９１５から取り出され、プロセッサー９０５による即時アクセスのために、メモリー９１０に記憶され得る。一部の状況では、電子ストレージユニット９１５は、除外され得、機械実行可能命令は、メモリー９１０に記憶される。
【００８４】
デジタル処理デバイス
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムには、デジタル処理デバイス、またはその使用が含まれ得る。さらなる実施形態では、デジタル処理デバイスは、デバイスの機能を実行する１つまたは複数のハードウェア中央処理ユニット（ＣＰＵ）を含む。なおもさらなる実施形態では、デジタル処理デバイスは、実行可能命令を行うように構成されるオペレーティングシステムをさらに含む。一部の実施形態では、デジタル処理デバイスは、必要に応じて、コンピューターネットワークに接続されている。さらなる実施形態では、デジタル処理デバイスは、必要に応じて、インターネットに接続されており、結果として、ワールドワイドウェブにアクセスする。なおもさらなる実施形態では、デジタル処理デバイスは、必要に応じて、クラウドコンピューティングインフラストラクチャーに接続されている。他の実施形態では、デジタル処理デバイスは、必要に応じて、イントラネットに接続されている。他の実施形態では、デジタル処理デバイスは、必要に応じて、データストレージデバイスに接続されている。
【００８５】
本明細書における説明によると、好適なデジタル処理デバイスとしては、非限定的な例として、サーバーコンピューター、デスクトップコンピューター、ラップトップコンピューター、ノートブックコンピューター、サブノートブックコンピューター、ネットブックコンピューター、ネットパッドコンピューター、セットトップコンピューター、ハンドヘルドコンピューター、インターネットアプライアンス、モバイルスマートフォン、タブレットコンピューター、携帯情報端末、ビデオゲームコンソール、およびビークル（ｖｅｈｉｃｌｅ）が挙げられる。当業者であれば、多くのスマートフォンが、本明細書に記載されるシステムにおける使用に好適であることを認識するであろう。当業者であれば、必要に応じてコンピューターネットワーク接続性を有する選択的なテレビ、ビデオプレーヤー、およびデジタル音楽プレーヤーが、本明細書に記載されるシステムにおける使用に好適であることも認識するであろう。好適なタブレットコンピューターとしては、当業者に公知のブックレット、スレート、およびコンバーチブル構成を有するものが挙げられる。
【００８６】
デジタル処理デバイスは、通常、実行可能命令を行うように構成されるオペレーティングシステムを含む。オペレーティングシステムは、たとえば、デバイスのハードウェアを管理し、アプリケーションの実行のためのサービスを提供する、プログラムおよびデータを含む、ソフトウェアである。当業者であれば、好適なサーバーオペレーティングシステムとしては、非限定的な例として、ＦｒｅｅＢＳＤ、ＯｐｅｎＢＳＤ、ＮｅｔＢＳＤ（登録商標）、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、Ｏｒａｃｌｅ（登録商標）Ｓｏｌａｒｉｓ（登録商標）、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  Ｓｅｒｖｅｒ（登録商標）、およびＮｏｖｅｌｌ（登録商標）ＮｅｔＷａｒｅ（登録商標）が挙げられることを認識するであろう。当業者であれば、好適なパーソナルコンピューターオペレーティングシステムとして、非限定的な例として、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｍａｃ  ＯＳ  Ｘ（登録商標）、ＵＮＩＸ（登録商標）、およびＧＮＵ／Ｌｉｎｕｘ（登録商標）などのＵＮＩＸ（登録商標）様オペレーティングシステムが挙げられることを認識するであろう。一部の実施形態では、オペレーティングシステムは、クラウドコンピューティングによって提供される。当業者であれば、好適なモバイルスマートフォンオペレーティングシステムとして、非限定的な例として、Ｎｏｋｉａ（登録商標）Ｓｙｍｂｉａｎ（登録商標）ＯＳ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ｉＯＳ（登録商標）、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｉｎ  Ｍｏｔｉｏｎ（登録商標）ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ  ＯＳ（登録商標）、Ｇｏｏｇｌｅ（登録商標）Ａｎｄｒｏｉｄ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  Ｐｈｏｎｅ（登録商標）ＯＳ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）  Ｍｏｂｉｌｅ（登録商標）ＯＳ、Ｌｉｎｕｘ（登録商標）、およびＰａｌｍ（登録商標）ＷｅｂＯＳ（登録商標）が挙げられることを認識するであろう。
【００８７】
デバイスには、通常、ストレージおよび／またはメモリーデバイスが含まれる。ストレージおよび／またはメモリーデバイスは、データまたはプログラムを、一過性または恒久的に記憶するために使用される１つまたは複数の物理的装置である。一部の実施形態では、デバイスは、揮発性メモリーであり、記憶された情報を維持するために電力を必要とする。一部の実施形態では、デバイスは、不揮発性メモリーであり、デジタル処理デバイスが電力供給を受けていない場合にも記憶された情報を保持する。さらなる実施形態では、不揮発性メモリーは、フラッシュメモリーを含む。一部の実施形態では、不揮発性メモリーは、ダイナミックランダムアクセスメモリー（ＤＲＡＭ）を含む。一部の実施形態では、不揮発性メモリーは、強誘電体ランダムアクセスメモリー（ＦＲＡＭ（登録商標））を含む。一部の実施形態では、不揮発性メモリーは、相変化ランダムアクセスメモリー（ＰＲＡＭ）を含む。他の実施形態では、デバイスは、ストレージデバイスであり、これには、非限定的な例として、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリーデバイス、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光学ディスクドライブ、およびクラウドコンピューティングに基づくストレージが含まれる。さらなる実施形態では、ストレージおよび／またはメモリーデバイスは、本明細書に開示されるものなど、デバイスの組合せである。
【００８８】
ユーザーに視覚情報を送るためのディスプレイは、通常、初期化される。ディスプレイの例としては、陰極線管（ＣＲＴ、液晶ディスプレイ（ＬＣＤ）、薄膜トランジスタ液晶ディスプレイ（ＴＦＴ−ＬＣＤ、有機発光ダイオード（ＯＬＥＤ）ディスプレイが挙げられる。様々なさらなる実施形態では、ＯＬＥＤディスプレイは、パッシブマトリックスＯＬＥＤ（ＰＭＯＬＥＤ）またはアクティブマトリックスＯＬＥＤ（ＡＭＯＬＥＤ）ディスプレイである。一部の実施形態では、ディスプレイは、プラズマディスプレイ、ビデオプロジェクター、または本明細書に開示されるものなどのデバイスの組合せであり得る。
【００８９】
デジタル処理デバイスには、通常、ユーザーから情報を受信するための入力デバイスが含まれる。入力デバイスは、たとえば、キーボード、非限定的な例として、マウス、トラックボール、トラックパッド、ジョイスティック、ゲームコントローラー、もしくはスタイラスを含むポインティングデバイス、タッチスクリーンもしくはマルチタッチスクリーン、音声もしくは他の音による入力を捕捉するためのマイク、動きもしくは視覚的な入力を捕捉するためのビデオカメラ、または本明細書に開示されるものなどのデバイスの組合せであり得る。
【００９０】
非一過性コンピューター可読記憶媒体
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムには、オペレーティングシステムによって本明細書に記載される試験を行い、分析するように実行可能な命令を含む、プログラムがコードされ、好ましくは、ネットワークのデジタル処理デバイスに接続された、１つまたは複数の非一過性コンピューター可読記憶媒体が含まれ得る。コンピューター可読記憶媒体は、必要に応じてデジタル処理デバイスから取り外すことができる、デジタルの有形構成要素である。コンピューター可読記憶媒体としては、非限定的な例として、ＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、フラッシュメモリーデバイス、ソリッドステートメモリー、磁気ディスクドライブ、磁気テープドライブ、光学ディスクドライブ、クラウドコンピューティングシステムおよびサービスなどが挙げられる。一部の場合には、プログラムおよび命令は、恒久的、実質的に恒久的、半恒久的、または非一過性に、媒体にコードされる。
【００９１】
非一過性コンピューター可読記憶媒体には、プロセッサーによって分類システムを作成または使用するように実行可能な命令を含むコンピュータープログラムが、コードされ得る。記憶媒体は、（ａ）２つまたはそれよりも多い対照試料の１つまたは複数の臨床特性のデータベースであって、（ｉ）２つまたはそれよりも多い対照試料が、２またはそれよりも多い被験体に由来し得、（ｉｉ）２つまたはそれよりも多い対照試料が、３つまたはそれよりも多いクラスを含む分類システムに基づいて差次的に分類され得る、コンピューターメモリー内のデータベース、（ｂ）２つまたはそれよりも多い対照試料の１つまたは複数の臨床特性を比較するように構成される、第１のソフトウェアモジュール、および（ｃ）１つまたは複数の臨床特性の比較に基づいて分類器セットを生成するように構成される、第２のソフトウェアモジュールを含み得る。
【００９２】
クラスのうちの少なくとも２つは、子宮内膜症、非子宮内膜症、および健常から選択され得る。
【００９３】
ウェブアプリケーション
一部の実施形態では、コンピュータープログラムは、ウェブアプリケーションを含む。本明細書において提供される本開示を踏まえ、当業者であれば、ウェブアプリケーションが、様々な実施形態では、１つまたは複数のソフトウェアフレームワークおよび１つまたは複数のデータベースシステムを利用することを認識するであろう。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）．ＮＥＴまたはＲｕｂｙ  ｏｎ  Ｒａｉｌｓ（ＲｏＲ）などのソフトウェアフレームワークで作成される。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、非限定的な例として、関係、非関係、オブジェクト指向、連想、およびＸＭＬのデータベースシステムが含まれる、１つまたは複数のデータベースシステムを利用する。さらなる実施形態では、好適な関係データベースシステムとして、非限定的な例として、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）ＳＱＬ  Ｓｅｒｖｅｒ、ｍｙＳＱＬ（商標）、およびＯｒａｃｌｅ（登録商標）が挙げられる。当業者であれば、ウェブアプリケーションが、様々な実施形態では、１つまたは複数のバージョンの１つまたは複数の言語で記述されることも認識するであろう。ウェブアプリケーションは、１つまたは複数のマークアップ言語、プレゼンテーション定義言語、クライアントサイドスクリプト言語、サーバーサイドコーディング言語、データベースクエリ言語、またはこれらの組合せで記述され得る。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、ある程度、マークアップ言語、たとえば、ハイパーテキストマークアップ言語（ＨＴＭＬ）、拡張可能ハイパーテキストマークアップ言語（ＸＨＴＭＬ）、または拡張可能マークアップ言語（ＸＭＬ）で記述される。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、ある程度、カスケードスタイルシート（ＣＳＳ）などのプレゼンテーション定義言語で記述される。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、ある程度、クライアントサイドスクリプト言語、たとえば、非同期Ｊａｖａ（登録商標）ｓｃｒｉｐｔおよびＸＭＬ（ＡＪＡＸ）、Ｆｌａｓｈ（登録商標）Ａｃｔｉｏｎｓｃｒｉｐｔ、Ｊａｖａ（登録商標）ｓｃｒｉｐｔ、またはＳｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）で記述される。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、ある程度、サーバーサイドコーディング言語、たとえば、Ａｃｔｉｖｅ  Ｓｅｒｖｅｒ  Ｐａｇｅｓ（ＡＳＰ）、ＣｏｌｄＦｕｓｉｏｎ（登録商標）、Ｐｅｒｌ、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｊａｖａ（登録商標）Ｓｅｒｖｅｒ  Ｐａｇｅｓ（ＪＳＰ）、ハイパーテキストプリプロセッサー（ＰＨＰ）、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｒｕｂｙ、Ｔｃｌ、Ｓｍａｌｌｔａｌｋ、ＷｅｂＤＮＡ（登録商標）、またはＧｒｏｏｖｙで記述される。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、ある程度、データベースクエリ言語、たとえば、構造化クエリ言語（ＳＱＬ）で記述される。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、企業サーバー製品、たとえば、ＩＢＭ（登録商標）Ｌｏｔｕｓ  Ｄｏｍｉｎｏ（登録商標）を組み込む。一部の実施形態では、ウェブアプリケーションは、メディアプレーヤー要素を含む。様々なさらなる実施形態では、メディアプレーヤー要素は、���限定的な例として、Ａｄｏｂｅ（登録商標）Ｆｌａｓｈ（登録商標）、ＨＴＭＬ  ５、Ａｐｐｌｅ（登録商標）ＱｕｉｃｋＴｉｍｅ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｓｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）、Ｊａｖａ（登録商標）、およびＵｎｉｔｙ（登録商標）を含む、多数の好適なマルチメディア技術のうちの１つまたは複数を利用する。
【００９４】
モバイルアプリケーション
一部の実施形態では、コンピュータープログラムは、モバイルデジタル処理デバイスに提供されるモバイルアプリケーションを含む。一部の実施形態では、モバイルアプリケーションは、モバイルデジタル処理デバイスが製造される時点で、そのデバイスに提供される。他の実施形態では、モバイルアプリケーションは、本明細書に記載されるコンピューターネットワークを介して、モバイルデジタル処理デバイスに提供される。
【００９５】
本明細書において提供される開示を踏まえ、モバイルアプリケーションは、当該分野で公知のハードウェア、言語、および開発環境を使用して、当業者に公知の技法によって作成される。当業者であれば、モバイルアプリケーションが、いくつかの言語で記述されることを認識するであろう。好適なプログラミング言語としては、非限定的な例として、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｊａｖａ（登録商標）ｓｃｒｉｐｔ、Ｐａｓｃａｌ、Ｏｂｊｅｃｔ  Ｐａｓｃａｌ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｒｕｂｙ、ＶＢ．ＮＥＴ、ＷＭＬ、およびＣＳＳありもしくはなしでのＸＨＴＭＬ／ＨＴＭＬ、またはこれらの組合せが挙げられる。
【００９６】
好適なモバイルアプリケーション開発環境は、いくつかの供給源から入手可能である。市販の開発環境としては、非限定的な例として、ＡｉｒｐｌａｙＳＤＫ、ａｌｃｈｅＭｏ、Ａｐｐｃｅｌｅｒａｔｏｒ（登録商標）、Ｃｅｌｓｉｕｓ、Ｂｅｄｒｏｃｋ、Ｆｌａｓｈ  Ｌｉｔｅ、．ＮＥＴ  Ｃｏｍｐａｃｔ  Ｆｒａｍｅｗｏｒｋ、Ｒｈｏｍｏｂｉｌｅ、およびＷｏｒｋＬｉｇｈｔ  Ｍｏｂｉｌｅ  Ｐｌａｔｆｏｒｍが挙げられる。非限定的な例として、Ｌａｚａｒｕｓ、ＭｏｂｉＦｌｅｘ、ＭｏＳｙｎｃ、およびＰｈｏｎｅｇａｐを含む、他の開発環境が、無料で入手可能である。また、モバイルデバイスの製造業者は、ソフトウェア開発者キットを配布しており、これには、非限定的な例として、ｉＰｈｏｎｅ（登録商標）およびｉＰａｄ（登録商標）（ｉＯＳ）ＳＤＫ、Ａｎｄｒｏｉｄ（商標）ＳＤＫ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）ＳＤＫ、ＢＲＥＷ  ＳＤＫ、Ｐａｌｍ（登録商標）ＯＳ  ＳＤＫ、Ｓｙｍｂｉａｎ  ＳＤＫ、ｗｅｂＯＳ  ＳＤＫ、およびＷｉｎｄｏｗｓ（登録商標）Ｍｏｂｉｌｅ  ＳＤＫが挙げられる。
【００９７】
当業者であれば、非限定的な例として、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ａｐｐ  Ｓｔｏｒｅ、Ａｎｄｒｏｉｄ（商標）Ｍａｒｋｅｔ、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）Ａｐｐ  Ｗｏｒｌｄ、Ａｐｐ  Ｓｔｏｒｅ  ｆｏｒ  Ｐａｌｍ  ｄｅｖｉｃｅｓ、Ａｐｐ  Ｃａｔａｌｏｇ  ｆｏｒ  ｗｅｂＯＳ、Ｗｉｎｄｏｗｓ（登録商標）Ｍａｒｋｅｔｐｌａｃｅ  ｆｏｒ  Ｍｏｂｉｌｅ、Ｏｖｉ  Ｓｔｏｒｅ  ｆｏｒ  Ｎｏｋｉａ（登録商標）デバイス、Ｓａｍｓｕｎｇ（登録商標）Ａｐｐ、およびＮｉｎｔｅｎｄｏ（登録商標）ＤＳｉ  Ｓｈｏｐを含む、いくつかの商業的フォーラムが、モバイルアプリケーションの配布に利用可能であることを認識するであろう。
【００９８】
スタンドアロン型アプリケーション
一部の実施形態では、コンピュータープログラムは、既存のプロセスへのアドオンではなく、たとえば、プラグインではなく、独立したコンピュータープロセスとして動作するプログラムである、スタンドアロン型アプリケーションを含む。当業者であれば、スタンドアロン型アプリケーションは、コンパイルされていることが多いことを認識するであろう。コンパイラーは、プログラミング言語で記述されたソースコードを、アセンブリ言語または機械コードなどのバイナリーオブジェクトコードに変換する、コンピュータープログラムである。コンパイルされる好適なプログラミング言語としては、非限定的な例として、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ−Ｃ、ＣＯＢＯＬ、Ｄｅｌｐｈｉ、Ｅｉｆｆｅｌ、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｌｉｓｐ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、Ｖｉｓｕａｌ  Ｂａｓｉｃ、およびＶＢ．ＮＥＴ、またはこれらの組合せが挙げられる。コンパイルは、少なくとも部分的に、実行可能なプログラムを作成するために行われることが多い。一部の実施形態では、コンピュータープログラムは、１つまたは複数の実行可能なコンパイルされたアプリケーションを含む。
【００９９】
ウェブブラウザプラグイン
一部の実施形態では、コンピュータープログラムは、ウェブブラウザプラグインを含む。コンピューティングにおいて、プラグインは、より大きなソフトウェアアプリケーションに特定の機能性を付加する１つまたは複数のソフトウェアコンポーネントである。ソフトウェアアプリケーションの製造者は、第三者機関の開発者が、アプリケーションを拡張する能力をもたらすことを可能にするため、新しい特性を容易に付加するのをサポートするため、およびアプリケーションのサイズを低減するために、プラグインをサポートしている。サポートされている場合、プラグインにより、ソフトウェアアプリケーションの機能性をカスタマイズすることができる。たとえば、プラグインは、ビデオの再生、双方向性の生成、ウイルスのスキャン、および特定のファイルの種類を表示するために、ウェブブラウザにおいて一般的に使用されている。当業者であれば、Ａｄｏｂｅ（登録商標）Ｆｌａｓｈ（登録商標）Ｐｌａｙｅｒ、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｓｉｌｖｅｒｌｉｇｈｔ（登録商標）、およびＡｐｐｌｅ（登録商標）ＱｕｉｃｋＴｉｍｅ（登録商標）を含む、いくつかのウェブブラウザプラグインを熟知しているであろう。一部の実施形態では、ツールバーは、１つまたは複数のウェブブラウザ拡張機能、アドイン、またはアドオンを含む。一部の実施形態では、ツールバーは、１つまたは複数のエクスプローラーバー、ツールバンド、またはデスクバンドを含む。
【０１００】
本明細書において提供される開示を踏まえ、当業者であれば、非限定的な例として、Ｃ＋＋、Ｄｅｌｐｈｉ、Ｊａｖａ（登録商標）、ＰＨＰ、Ｐｙｔｈｏｎ（商標）、およびＶＢ．ＮＥＴ、またはこれらの組合せを含む、様々なプログラミング言語におけるプラグインの開発を可能にする、いくつかのプラグインフレームワークが利用可能であることを認識するであろう。
【０１０１】
ウェブブラウザ（インターネットブラウザとも称される）は、ワールドワイドウェブ上の情報リソースを引き出す、表示する、および横断するために、ネットワークに接続されたデジタル処理デバイスとの使用のために設計された、ソフトウェアアプリケーションである。好適なウェブブラウザとしては、非限定的な例として、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｉｎｔｅｒｎｅｔ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（登録商標）、Ｍｏｚｉｌｌａ（登録商標）Ｆｉｒｅｆｏｘ（登録商標）、Ｇｏｏｇｌｅ（登録商標）Ｃｈｒｏｍｅ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｓａｆａｒｉ（登録商標）、Ｏｐｅｒａ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ（登録商標）Ｏｐｅｒａ（登録商標）、およびＫＤＥ  Ｋｏｎｑｕｅｒｏｒが挙げられる。一部の実施形態では、ウェブブラウザは、モバイルウェブブラウザである。モバイルウェブブラウザ（マイクロブラウザ、ミニブラウザ、および無線ブラウザとも称される）は、非限定的な例として、ハンドヘルドコンピューター、タブレットコンピューター、ネットブックコンピューター、サブノートブックコンピューター、スマートフォン、音楽プレーヤー、携帯情報端末（ＰＤＡ）、およびハンドヘルドビデオゲームシステムを含む、モバイルデジタル処理デバイスでの使用のために設計される。好適なモバイルウェブブラウザとしては、非限定的な例として、Ｇｏｏｇｌｅ（登録商標）Ａｎｄｒｏｉｄ（登録商標）ブラウザ、ＲＩＭ  ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙ（登録商標）Ｂｒｏｗｓｅｒ、Ａｐｐｌｅ（登録商標）Ｓａｆａｒｉ（登録商標）、Ｐａｌｍ（登録商標）Ｂｌａｚｅｒ、Ｐａｌｍ（登録商標）ＷｅｂＯＳ（登録商標）Ｂｒｏｗｓｅｒ、Ｍｏｚｉｌｌａ（登録商標）モバイル用Ｆｉｒｅｆｏｘ（登録商標）、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ（登録商標）Ｉｎｔｅｒｎｅｔ  Ｅｘｐｌｏｒｅｒ（登録商標）Ｍｏｂｉｌｅ、Ａｍａｚｏｎ（登録商標）Ｋｉｎｄｌｅ（登録商標）Ｂａｓｉｃ  Ｗｅｂ、Ｎｏｋｉａ（登録商標）Ｂｒｏｗｓｅｒ、Ｏｐｅｒａ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ（登録商標）Ｏｐｅｒａ（登録商標）Ｍｏｂｉｌｅ、およびＳｏｎｙ（登録商標）ＰＳＰ（商標）ブラウザが挙げられる。
【０１０２】
ソフトウェアモジュール
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムには、ソフトウェア、サーバー、および／またはデータベースモジュール、またはこれらの使用が含まれ得る。本明細書において提供される開示を踏まえ、ソフトウェアモジュールは、当該分野で公知の機械、ソフトウェア、および言語を使用して、当業者に公知の技法によって作成される。本明細書に開示されるソフトウェアモジュールは、多数の様式で実装される。様々な実施形態では、ソフトウェアモジュールは、ファイル、コードセクション、プログラミングオブジェクト、プログラミング構造、またはこれらの組合せを含む。さらなる様々な実施形態では、ソフトウェアモジュールは、複数のファイル、複数のコードセクション、複数のプログラミングオブジェクト、複数のプログラミング構造、またはこれらの組合せを含む。様々な実施形態では、１つまたは複数のソフトウェアモジュールは、非限定的な例として、ウェブアプリケーション、モバイルアプリケーション、およびスタンドアロン型アプリケーションを含む。一部の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つのコンピュータープログラムまたはアプリケーション内にある。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つよりも多いコンピュータープログラムまたはアプリケーション内にある。一部の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つの機械上でホストされる。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つよりも多い機械上でホストされる。さらなる実施形態では、ソフトウェアモジュールは、クラウドコンピューティングプラットフォーム上でホストされる。一部の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つの位置にある１つまたは複数の機械上でホストされる。他の実施形態では、ソフトウェアモジュールは、１つよりも多い位置にある１つまたは複数の機械上でホストされる。
【０１０３】
データベース
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムは、１つまたは複数のデータベース、またはその使用を含み得る。本明細書において提供される開示を踏まえ、当業者であれば、多数のデータベースが、ｍｉＲＮＡもしくはｎｃＲＮＡの発現プロファイル、配列決定データ、分類器、分類システム、治療レジメン、またはこれらの組合せに関する情報の記憶および取り出しに好適であることを認識するであろう。様々な実施形態では、好適なデータベースとしては、非限定的な例として、関係データベース、非関係データベース、オブジェクト指向データベース、オブジェクトデータベース、実体関連モデルデータベース、連想データベース、およびＸＭＬデータベースが挙げられる。一部の実施形態では、データベースは、インターネットに基づくものである。さらなる実施形態では、データベースは、ウェブに基づくものである。なおもさらなる実施形態では、データベースは、クラウドコンピューティングに基づくものである。他の実施形態では、データベースは、１つまたは複数のローカルコンピューター記憶デバイスに基づく。
【０１０４】
データ送信
本明細書に開示される方法、キット、およびシステムは、１つまたは複数のレポートを送信するために使用することができる。１つまたは複数のレポートは、１または複数の被験体からの１つまたは複数の試料の分類および／または識別に関する情報を含み得る。１つまたは複数のレポートは、疾患状態（たとえば、子宮内膜症または非子宮内膜症）に関する情報を含み得る。１つまたは複数のレポートは、子宮内膜症を処置するのに、それを必要とする被験体における使用のための治療レジメンに関する情報を含み得る。１つまたは複数のレポートは、被験体または被験体の医療担当者へと送信され得る。被験体の医療担当者は、医師、医師の補助者、看護師、または他の医療提供者であり得る。被験体の医療担当者は、被験体の家族であってもよい。被験体の家族は、親、保護者、子供、きょうだい、おば、おじ、いとこ、または配偶者であり得る。被験体の医療担当者は、被験体の法定代理人であってもよい。
【０１０５】
ＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ）サンプリングを使用して試験する方法
一部の態様では、本開示は、診断試験などの試験を行う、および被験体の医療提供者に結果を報告する、新規な方法を提供する。一部の事例では、ヒト被験体は、診断キットを、たとえば、ドラッグストアまたはインターネット商取引サイトにおける小売購入を通じて、直接的に入手し、一部の事例では、医療提供者（たとえば、医師）が、ヒト被験体のために診断キットをオーダーする。ヒト被験体は、疾患または障害、たとえば、子宮内膜症を有するか、または有する疑いがあり得る。
【０１０６】
方法は、（ａ）被験体に、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを提供するステップであって、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットが、（ｉ）唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイス、ならびに（ｉｉ）唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイスを固有に識別するコードを含む、ステップを含み得る。唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットは、追加として、他の構成要素、たとえば、唾液、月経血、または月経流出物試料が試験のために送付される場合それを保護するための、郵送料金事前支払い済みのパッケージング、唾液、月経血、または月経流出物回収および採取デバイスを使用するための指示、ならびにウェブに基づくインターフェースを介して唾液、月経血、または月経流出物採取キットを固有に識別するコードを登録するための指示を含み得る。唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを提供するための例示的なスキームは、図４に記載されている。唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットは、キットが、医療提供者によってオーダーされたかどうか（４０１）に応じて、様々な経路を介して被験体に提供され得、キットは、被験体の個人的な住所に郵送されても（４０６）、または被験体の医療提供者（たとえば、医師）の職場に郵送されても、来院（ａｐｐｏｉｎｔｍｅｎｔ）の際に被験体に提供されてもよい（４０５）。一部の実施形態では、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットは、医療提供者（たとえば、医師）の職場に以前に郵送されているキットのプールの中から提供されてもよい（４１５）。他の実施形態では、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットは、医療提供者に別個に郵送され、特定の患者による使用が意図されていてもよい。同様に、キットの費用は、様々な経路を介して請求され得る。一実施形態では、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキット、および診断試験の費用は、被験体のクレジットカードアカウントまたは被験体の銀行口座に直接的に請求される（４２０または４２１）。この取引は、患者により開始されるものであり得、患者が自身のクレジットカードアカウントまたは銀行口座の番号を提供する（４２１）。クレジットカードアカウントまたは銀行口座を用いて行われる取引はまた、現金または小切手での取引によって達成されてもよい。この取引はまた、医療提供者により開始されるものであってもよく、医療提供者（たとえば、医師）が、患者のクレジットカードアカウント番号を提供する（４２０）。
【０１０７】
代替または追加として、試験は、（たとえば、紙面またはウェブに基づく）フォームの提出により、患者に提供されてもよい。例示的なフォームは、図１０Ａ、図１０Ｂ、および図１０Ｃに提示される。フォームにより、子宮内膜症試験の提供および解釈に関してウェブポータルと同じ情報、たとえば、医療提供者識別情報、唾液（または月経血／月経流出物）管のバーコード標識、患者請求情報、診断の段階（たとえば、腹腔鏡術による確認の有無、臨床症状の呈示）、任意の現在受けている薬物治療（たとえば、アロマターゼ阻害剤、ダナゾール、ＧｎＲＨアゴニスト、ＧｎＲＨアンタゴニスト、経口避妊薬、プロゲスチン）、ならびに処置に関する任意の関連臨床状態（たとえば、不安、膀胱障害、うつ、過敏性腸症候群、非月経性疼痛、卵巣がん）が提供され得る（図１０Ａを参照されたい）。（たとえば、紙面またはウェブに基づく）フォームはまた、たとえば、試料の試験およびデータの収集の手順、解釈、試験の制限、プライバシーおよびデータのセキュリティ、試料の試験以外での使用および保管など、告知に基づく同意の情報の提供および署名を含み得る（図１０Ｂおよび図１０Ｃを参照されたい）。フォームは、患者の医療提供者または患者のいずれかによって提供され得る。
【０１０８】
方法は、次に、唾液、月経血、または月経流出物試料を受け取り、試料の適切な取扱いを確実にするための一連の動作を含み得、結果として、これは、適切な患者／医療提供者（たとえば、患者／医師）の組合せと関連し得る。
【０１０９】
一部の実施形態では、被験体には、まず、第１のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードが割り当てられる。この割り当てることは、患者が申請者とともにウェブアカウントを作成することに応じたものであり得る（たとえば、図５、５０１を参照されたい）。あるいは、割り当てることは、医療提供者（たとえば、医師）が、唾液、月経血、または月経流出物試料を提出する前に、唾液、月経血、または月経流出物サンプリングキットを、自身のウェブに基づくインターフェースを介して登録することに基づく（たとえば、図６、６０１を参照されたい）。いずれの事象でも、試験に関連する情報をウェブポータルを介して患者および医師／医療提供者に提供するための例示的なフローは、図５および図６に概説されている。
【０１１０】
どの経路を選んだとしても、次いで２つの項目が、被験体から別個に受け取られ得る：（ｉ）唾液サンプリングキット中の唾液試料（または月経流出物（または血液）サンプリングキット中の月経流出物試料（または月経血試料））、（ｉｉ）唾液サンプリングキット（または月経流出物（または血液）サンプリングキット）を固有に識別するコード、および（ｉｉｉ）患者の医療提供者（たとえば、医師）または医療提供者を固有に識別する事前に割り当てられたコード。提供の経路は、患者が、医療提供者の職場（たとえば、事務所）において試料を提供するかどうかに依存する（４１０）。一部の実施形態では、唾液試料、月経血または月経流出物試料は、唾液サンプリングキット（または月経流出物サンプリングキットもしくは月経血サンプリングキット）が患者の自宅住所（または希望する郵送先住所）において受け取られ、唾液試料（または月経流出物試料）が、補助なしで、患者の自宅住所または希望する郵送先住所において患者により採取された後に、患者の自宅住所（または希望する郵送先住所）から、郵送される（４３５または４４０）。他の実施形態では、唾液試料（または月経流出物試料または月経血試料）は、唾液サンプリングキット（または月経流出物（または血液）サンプリングキット）が、医療提供者の職場において患者によって受け取られ、唾液試料（または月経流出物試料または月経血試料）が、補助なしで、患者の自宅住所（または希望する郵送先住所）において患者により採取された後に、患者の自宅住所（または希望する郵送先住所）から、郵送される。さらに他の実施形態では、唾液試料、月経血試料、または月経流出物試料は、唾液試料、月経血試料、または月経流出物試料が、来院の際に患者から採取された後に、医療提供者の職場から郵送される（４３０）。唾液サンプリングキット（または月経流出物サンプリングキットまたは月経血サンプリングキット）を固有に識別するコードは、医療提供者または患者のいずれかによって、ウェブポータルを介して提供され得る（たとえば、５１０および６１５を参照されたい）。一部の実施形態では、医療提供者の固有の事前に割り当てられたコードは、唾液サンプリングキットまたは月経流出物（たとえば、血液）サンプリングキットを固有に識別するコードとともに、患者によって提供される（たとえば、５１０、５１５、５２０を参照されたい）。一部の実施形態では、患者の固有の識別子コードは、唾液サンプリングキットまたは月経流出物（たとえば、月経血）サンプリングキットを固有に識別するコードとともに、医療提供者によって提供される（たとえば、６１５を参照されたい）。試料、患者、および医療提供者の情報は、次いで、関連付けられ得る。一部の実施形態では、これは、第２のデータベースにおいて、被験体を固有に識別するコードを、唾液サンプリングキット（または月経流出物サンプリングキットまたは月経血サンプリングキット）を固有に識別するコードおよび被験体の医療提供者を固有に識別するコードと関連付けることを含む。そのような関連付けは、任意の好適な方法によるものであり得る。一部の実施形態では、被験体による、被験体に特化したウェブインターフェースを介する、医療提供者の識別コードおよび唾液試料識別コード（または月経流出物試料識別コードまたは月経血試料識別コード）の提出により、医療提供者、被験体、および唾液／月経流出物試料キット（または月経血試料キット）の識別コードを関連付けるための情報が提供される（たとえば、提供者側については６１６および６２１を、患者側については５２５および５３０を参照されたい）。他の実施形態では、医療提供者による、医療提供者（たとえば、医師）に特化したウェブインターフェースを介する、被験体の識別コードおよび唾液試料（または月経流出物または月経血）識別コードの提出より、医療提供者、被験体、唾液試料キット（または月経流出物もしくは血液試料キット）の識別コードを関連付けるための情報が提供される（たとえば、６２０を参照されたい）。さらに他の実施形態では、そのような情報は、データベースに直接的に入力される。一部の実施形態では、ウェブインターフェースによって受け取られる材料のうちのいずれかは、ファックスを介して提供される。
【０１１１】
一部の事例では、受け取られた唾液サンプリングキットまたは月経流出物サンプリングキット中の唾液試料、月経血試料、または月経流出物試料は、次いで、少なくとも１つのｍｉＲＮＡ、少なくとも１つのｎｃＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡではない少なくとも１つのｎｃＲＮＡと組み合わせた少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するために、処理される。唾液、月経血、または月経流出物試料の処理のための例示的なプロトコールは、実施例３に提供される。一部の実施形態では、この処理は、ＣＬＩＡ認定された研究室において、申請者によって直接的に行われる。他の実施形態では、この試験は、試料を、第三者機関のＣＬＩＡ認定された研究室に提出することによって、申請者によって間接的に行われ、ｍｉＲＮＡ、ｎｃＲＮＡ、および／またはｍｉＲＮＡではないｎｃＲＮＡの発現結果は、申請者によって、第三者機関のＣＬＩＡ認定された研究室から受け取られる。発現レベルが測定されるｍｉＲＮＡおよびｎｃＲＮＡは、本開示において識別されるｍｉＲＮＡおよびｎｃＲＮＡのうちのいずれかであり得る（たとえば、子宮内膜症と関連しているもの）。子宮内膜症において差次的な調節を示す例示的なバイオマーカーは、図７および８に示されている。一部の実施形態では、１つまたは複数のｍｉＲＮＡは、ｍｉＲ−１２５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−５００、ｍｉＲ−４５１、ｍｉＲ−１８、ｍｉＲ−２１４、ｍｉＲ−１２６、ｍｉＲ−６７５５、ｍｉＲ−３６１３、ｍｉＲ−５５３、およびｍｉＲ−４６６８、ならびにこれらの任意の組合せからなる群より選択される。他の疾患／障害と関連している少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡの発現レベルもまた、確認され得る。一部の実施形態では、１つまたは複数のｍｉＲＮＡは、無細胞ｍｉＲＮＡである。一部の実施形態では、１つまたは複数のｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡではないｎｃＲＮＡ）は、無細胞ｎｃＲＮＡである。一部の実施形態では、１つまたは複数のｍｉＲＮＡは、細胞に会合したｍｉＲＮＡである。一部の実施形態では、１つまたは複数のｎｃＲＮＡ（たとえば、ｍｉＲＮＡではないｎｃＲＮＡ）は、細胞に会合したｎｃＲＮＡである。
【０１１２】
唾液試料の処理が、申請者または第三者機関によって行われるかに関わらず、処理した唾液、月経血、または月経流出物試料に由来する、少なくとも１つのｍｉＲＮＡ、少なくとも１つのｎｃＲＮＡ、または少なくとも１つのｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡではないｎｃＲＮＡの発現レベルは、第３のデータベースに入力され、唾液サンプリングキットの識別コードを使用して、以前に作成された関連付けによって、発現レベルの結果を、被験体の固有の識別子コードおよび被験体の医療提供者の固有の識別子コードと関連付ける。診断的適応を発現レベルの結果に割り当てるための分類アルゴリズムの使用など、発現レベル情報の追加の処理が行われてもよく、そのような追加の処理も同様に、発現レベルのデータならびに医師および患者の識別コードと関連付けられる。一部の実施形態では、割り当てられる臨床的適応は、子宮内膜症である。
【０１１３】
発現レベルの結果と、医療提供者および被験体の両方の固有の識別子コードとの関連付けにより、発現レベルの結果（および臨床的適応の割当てなど、任意の追加の処理）は、医療提供者（たとえば、医師）および被験体の両方により（たとえば、それぞれに特化したウェブポータルを介して）、アクセス可能となる。
【０１１４】
子宮内膜症の識別およびＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニストでのその処置
一部の事例では、本開示は、子宮内膜症（たとえば、難治性子宮内膜症）の診断試験を行い、診断結果によってその処置を管理する方法を提供する。子宮内膜症の既存の処置レジメンの制限を考慮すると、処置レジメンの個別化された管理のより良好な形態に対する必要性が存在する。子宮内膜症の第１選択肢の処置は、疾患プロセス自体に影響を及ぼすことなく疼痛を管理するか（たとえば、ＮＳＡＩＤＳ）、または最終的にある特定の患者においては有効でないことが証明されるか（たとえば、プロゲスチン、これは、子宮内膜組織がプロゲステロンに正常に応答しない女性のサブグループでは子宮内膜症を抑制するのに有効ではない）のいずれかである。第２選択肢の治療法、たとえば、ＧｎＲＨアゴニストまたはアンタゴニストには、様々な程度の不快な副作用が付随する。したがって、適切な処置レジメンの識別または既存の処置レジメンの投薬の管理のための、改善された子宮内膜症のモニタリングに対する必要性が存在する。
【０１１５】
一部の事例では、本開示は、被験体（たとえば、プロゲスチン療法を受けている被験体）において子宮内膜症（たとえば、難治性子宮内膜症）を識別、検出、および／または処置する方法を含む。一部の実施形態では、本方法は、まず、（ａ）被験体から流体試料を得るステップであって、流体試料が、リボ核酸を含み、被験体が、子宮内膜症のプロゲスチン療法を受けている、ステップを含む。流体試料は、任意の体液であり得るが、汗、唾液、涙液、尿、血液、血漿（ｐｌａｓｍａ）、血清（ｓｅｒｕｍ）、膣液、子宮頸−膣液、全血、血清（ｂｌｏｏｄ  ｓｅｒｕｍ）、血漿（ｂｌｏｏｄ  ｐｌａｓｍａ）、月経流出物、月経血、脊髄液、または肺液が好ましい。一部の実施形態では、流体試料は、唾液である。他の実施形態では、流体試料は、月経流出物または月経血である。一部の実施形態では、被験体は、プロゲスチン処置レジメン、たとえば、ジドロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、デポ酢酸メドロキシプロゲステロン、ノルエチステロン、または経口避妊薬を受けている。他の実施形態では、被験体は、プロゲスチン処置療法を受けていない。一部の実施形態では、被験体は、流体試料を採取する前に、子宮内膜症と関連する症状（たとえば、月経困難症、便通もしくは排尿に伴う疼痛、または過剰な出血）を経験している。他の実施形態では、被験体は、子宮内膜症と関連する症状を経験していない。
【０１１６】
一部の実施形態では、方法は、（ｂ）被験体からの唾液試料（または月経流出物または月経血）に由来するリボ核酸に対応する少なくとも１つのｍｉＲＮＡ、少なくとも１つのｎｃＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡではない少なくとも１つのｎｃＲＮＡと組み合わせた少なくとも１つのｍｉＲＮＡの発現レベルを決定するステップであって、少なくとも１つのｍｉＲＮＡもしくはｎｃＲＮＡ、またはそれらの組合せが、子宮内膜症と関連している、ステップをさらに含み得る。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡは、子宮内膜症と関連している。他の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡは、ホルモン不応性子宮内膜症と関連している。一部の実施形態では、少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡは、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、およびｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せからなる群より選択される。一部の実施形態では、少なくとも１つのｎｃＲＮＡはまた、子宮内膜症と関連している。
【０１１７】
方法は、次に、（ｃ）流体試料から決定された少なくとも１つのｍｉＲＮＡまたは少なくとも１つのｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、被験体において子宮内膜症を診断するステップを含み得る。一部の実施形態では、単一のｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡの存在は、子宮内膜症を示す（たとえば、子宮内膜症と関連する単一のｍｉＲＮＡのみが測定される場合）。他の実施形態では、子宮内膜症の診断は、複数のｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて行われる。そのような診断は、複数のｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、子宮内膜症の尤度を割り当てるためのコンピューターに実装される分類アルゴリズムの使用を伴い得る。
【０１１８】
最後に、（ｄ）１つまたは複数のｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡの発現レベルに基づいて、本明細書において診断された子宮内膜症を処置するために、被験体へのＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニスト（たとえば、エラゴリックス）の初回用量レジメンの投与が、行われ得る。ペプチド（酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン）および非ペプチド（エラゴリックス／ＡＢＴ−６２０、ＮＢＩ−５６４１８、たとえば、Ｔａｙｌｏｒ  ｅｔ  ａｌ．  Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ．  ２０１７  Ｊｕｌ  ６；３７７（１）：２８−４０を参照されたい）の両方の、臨床投与に好適なＧｎＲＨの様々なアンタゴニストが、難治性子宮内膜症を有する個体において子宮内膜症の第２選択肢の処置に利用可能である。一部の実施形態では、上述の流体試料の採取および診断は、規定された期間（たとえば、１ヶ月、６ヶ月、または１年）の後に行われ、子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニストの初回用量は、下方に調整される。一部の実施形態では、上述の流体試料の採取および診断は、規定された期間（たとえば、１ヶ月、６ヶ月、または１年）の後に行われ、子宮内膜症が検出された場合、ＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニストの初回用量は、上方に調整される。一部の実施形態では、上述の流体試料の採取および診断は、規定された期間（たとえば、１ヶ月、６ヶ月、または１年）の後に行われ、子宮内膜症が検出されない場合、ＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニスト投与は、終了される。
【０１１９】
一部の実施形態では、子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）は、子宮内膜症を処置するか、予防するか、またはその症状を低減するために、特定の用量で投与される。一部の事例では、子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）の用量は、少なくとも１０ｍｇ、少なくとも１５ｍｇ、少なくとも２０ｍｇ、少なくとも２５ｍｇ、少なくとも５０ｍｇ、少なくとも７５ｍｇ、少なくとも１００ｍｇ、少なくとも１２５ｍｇ、少なくとも１５０ｍｇ、少なくとも１７５ｍｇ、少なくとも２００ｍｇ、少なくとも２２５ｍｇ、少なくとも２５０ｍｇ、少なくとも２７５ｍｇ、少なくとも３００ｍｇ、少なくとも３２５ｍｇ、少なくとも３５０ｍｇ、少なくとも３７５ｍｇ、少なくとも４００ｍｇ、またはそれよりも多い。一部の実施形態では、子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）の用量は、１０ｍｇ未満、１５ｍｇ未満、２０ｍｇ未満、２５ｍｇ未満、５０ｍｇ未満、７５ｍｇ未満、１００ｍｇ未満、１２５ｍｇ未満、１５０ｍｇ未満、１７５ｍｇ未満、２００ｍｇ未満、２２５ｍｇ未満、２５０ｍｇ未満、２７５ｍｇ未満、３００ｍｇ未満、３２５ｍｇ未満、３５０ｍｇ未満、３７５ｍｇ未満、または４００ｍｇ未満である。
【０１２０】
子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）は、１日に１回、２日に１回、１日に２回などを含む、任意の頻度回数で投与され得る。一部の事例では、子宮内膜症処置は、１５０ｍｇ〜２００ｍｇ  ｇ（たとえば、１５０ｍｇ、１７５ｍｇ、２００ｍｇ）または１５０〜３００ｍｇ（たとえば、１５０ｍｇ、１７５ｍｇ、２００ｍｇ、２５０ｍｇ、２７５ｍｇ、３００ｍｇ）の間の用量で、１日に１回投与される。一部の事例では、子宮内膜症処置は、１５０ｍｇ〜２００ｍｇ  ｇ（たとえば、１５０ｍｇ、１７５ｍｇ、２００ｍｇ）または１５０〜３００ｍｇ（たとえば、１５０ｍｇ、１７５ｍｇ、２００ｍｇ、２５０ｍｇ、２７５ｍｇ、３００ｍｇ）の間の用量で、１日に２回投与される。一部の特定の例では、被験体は、１日に１回１５０ｍｇ〜１日に２回２００ｍｇの範囲の用量を投与される。
【０１２１】
一部の事例では、子宮内膜症の検出（たとえば、ｎｃＲＮＡまたはｍｉＲＮＡプロファイルを識別することによる）または子宮内膜症の低減の検出は、被験体に投与される子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）の用量を増加させることにつながるか、またはその動機を提供し得る。たとえば、被験体が、１日に１回１００ｍｇ（または１日に１回１５０ｍｇ）投与されている場合、用量は、一部の事例では、１日に２回１７５ｍｇ、１日に２回１２５ｍｇ、１日に２回１００ｍｇ、１日に２回７５ｍｇ、１日に２回５０ｍｇ、１日に２回２５ｍｇ、１日に１回２００ｍｇ、１日に１回１７５ｍｇ、１日に１回１５０ｍｇ、１日に１回１２５ｍｇ、またはこれらの任意の組合せへと増加され得る。一部の事例では、用量は、経時的に徐々に増加される。一部の事例では、用量は、５％、１０％、１５％、２５％、５０％、７５％、１００％増加される。一部の事例では、被験体は、次いで、子宮内膜症と関連するｎｃＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのレベルについて、再びモニタリングされ得、用量は、必要に応じて再び調整される。
【０１２２】
一部の事例では、子宮内膜症の検出（たとえば、ｎｃＲＮＡまたはｍｉＲＮＡプロファイルを識別することによる）または子宮内膜症の低減の検出は、被験体に投与される子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）の用量を低下させることにつながるか、またはその動機を提供し得る。たとえば、被験体が、１日に２回２００ｍｇの処置を受けている場合、用量は、一部の事例では、１日に２回１７５ｍｇ、１日に２回１２５ｍｇ、１日に２回１００ｍｇ、１日に２回７５ｍｇ、１日に２回５０ｍｇ、１日に２回２５ｍｇ、１日に１回２００ｍｇ、１日に１回１７５ｍｇ、１日に１回１５０ｍｇ、１日に１回１２５ｍｇ、１日に１回１００ｍｇ、１日に１回７５ｍｇ、もしくは１日に１回５０ｍｇ、またはこれらの任意の組合せへと低下され得る。一部の事例では、用量は、経時的に徐々に低減または低下される。一部の事例では、用量は、５％、１０％、１５％、２５％、５０％、７５％、１００％低減される。一部の事例では、被験体は、次いで、子宮内膜症と関連するｎｃＲＮＡまたはｍｉＲＮＡのレベルについて、再びモニタリングされ得、用量は、必要に応じて再び調整される。
【０１２３】
子宮内膜症処置は、いくつかの経路で、たとえば、経口、静脈内で投与され得る。特に、処置は、経口で投与される。たとえば、処置は、丸剤、錠剤、ゲル錠剤、カプレット、液剤（ｌｉｑｕｉｄ）、または処置のための投与の任意の他の公知の様式として、投与され得る。
【０１２４】
一部の事例では、子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）の投与は、被験体において部分的なエストロゲン抑制をもたらし得る（たとえば、１日に１回１５０ｍｇの用量は、そのような効果を有し得る）。一部の事例では、子宮内膜症処置（たとえば、ＧｎＲＨアンタゴニスト、エラゴリックス）の投与は、被験体において完全またはほぼ完全なエストロゲン抑制をもたらし得る（たとえば、１日に２回２００ｍｇの用量は、そのような効果を有し得る）。
【０１２５】
一部の方法では、発現レベルは、特定の患者において間隔をおいて決定される（たとえば、モニタリングによって）。好ましくは、モニタリングは、侵襲性が最小限であるかまたは非侵襲的である逐次的な試験、たとえば、採血、唾液採取、月経血、または月経流出物採取によって、行われる。モニタリングは、異なる間隔で行ってもよく、たとえば、モニタリングは、時間ごと、日ごと、週ごと、月ごと、年ごと、またはなんらかの他の期間、たとえば、１ヶ月に２回、１ヶ月に３回、２ヶ月ごと、３ヶ月ごと、６ヶ月ごと、９ヶ月ごと、２年ごとなどであってもよい。
【０１２６】
そのような方法により、特定の患者における合計のｍｉＲＮＡまたはｎｃＲＮＡのレベルが、子宮内膜症を有する患者における発現レベルにより近いかどうかを示す、経時的に変化する一連の値（子宮内膜症「シグネチャー」）を得ることができる。子宮内膜症シグネチャーに近づくかまたはそれから離れていく値の移動により、既存のプロゲスチンもしくはＧｎＲＨ療法が機能しているかどうか、プロゲスチンもしくはＧｎＲＨ療法を変更するべきであるかどうか、または腹腔鏡術もしくは超音波試験を行うべきであるかどうかの指標を得ることができる。
【実施例】
【０１２７】
（実施例１：子宮内膜症の診断マーカーとしての唾液マイクロＲＮＡ）
ステップ１：唾液からのＲＮＡ抽出
【０１２８】
唾液試料（２００μＬ）を、女性対照群および臨床で確認された子宮内膜症を有する女性の群の両方から採取し、１．５ｍＬの管に移した。ＲＮａｓｅ不含水を、２００μＬ未満の体積で、試料に添加して、試料の合計体積を２００μＬにした。１ｍＬのＱＩＡｚｏｌ  Ｌｙｓｉｓ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を、試料に添加した。管を、軽くボルテックスし、試料を、室温で５分間インキュベートした。次いで、２００μＬのクロロホルムをライセートに添加し、およそ１５秒間、ボルテックスした。試料混合物を、次いで、室温で２分間インキュベートし、低温室（およそ４℃）において、１２，０００×ｇで１５分間、遠心分離した。およそ５６０μＬの水相を、新しい１．５ｍＬの管に移した。８４０μＬの１００％エタノールを、５６０μＬの水相に添加して、１４００μＬの合計体積を得た。７００μＬの混合物を、次いで、２ｍＬの採取管を有するＲＮｅａｓｙ  ＭｉｎＥｌｕｔｅスピンカラムに移した。採取管を有するスピンカラムを、９，０００×ｇで１５秒間、遠心分離した。フロースルーを廃棄し、残っている７００μＬの混合物を、採取管を有するスピンカラムに移し、９，０００×ｇで１５秒間、再度遠心分離した。フロースルーを廃棄し、７００μＬのＲＷＴ緩衝液を各スピンカラムに添加し、次いで、９，０００×ｇで１５秒間、遠心分離した。フロースルーを廃棄し、５００μＬのＲＰＥ緩衝液を各スピンカラムに添加し、次いで、９，０００×ｇで１５秒間、遠心分離した。フロースルーを廃棄し、さらに５００μＬのＲＰＥ緩衝液をスピンカラムに添加し、９，０００×ｇで１５秒間、再度遠心分離した。次いで、５００μＬの８０％エタノールをスピンカラムに添加し、９，０００×ｇで２分間、遠心分離した。その後、フロースルーおよび採取管を廃棄し、スピンカラムを、新しい２ｍＬの採取管に移した。スピンカラムの蓋は、開けたままにし、次いで、１２，０００×ｇで５分間、遠心分離して、膜を乾燥させた。スピンカラムを、次いで、１．５ｍＬの管に入れた。１４μＬのＲＮａｓｅ不含水をスピンカラムに添加し、これを、１２，０００×ｇで１分間、遠心分離して、全ＲＮＡを溶出させた。スピンカラムを廃棄し、ＲＮＡを、−８０℃で保管した。
【０１２９】
ステップ２：ｃＤＮＡの調製
【０１３０】
ＴａｑＭａｎ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  ｍｉＲＮＡ  ｃＤＮＡ合成キットを使用して、Ａ、Ｂ、Ｃ、およびＤの４つの逐次的なステップで、ｃＤＮＡを調製した（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ、カタログ番号：Ａ２８００７）。
【０１３１】
ステップＡは、各反応において、以下の内容で行った：０．５μＬの１０×Ｐｏｌｙ  Ａ緩衝液；０．５μＬの１０ｍＭ  ＡＴＰ；０．３μＬのＰｏｌｙ  Ａ酵素、５Ｕ／μＬ；１．７μＬのＲＮａｓｅ不含水；２．０μＬの試料。プレートまたは管を密封し、軽くボルテックスした。プレートまたは管を遠心分離して、内容物をスピンダウンし、気泡をすべて排除した。プレートまたは管を、サーマルサイクラーに入れ、以下の設定でインキュベートした：
１．３７℃で４５分間のポリアデニル化。
２．６５℃で１０分間での反応停止。
３．４℃で保持。
【０１３２】
ステップＢは、各反応において、以下の内容で行った：３．０μＬの５×ＤＮＡリガーゼ緩衝液；４．５μＬの５０％  ＰＥＧ  ８０００；０．６μＬの２５×ライゲーションアダプター；１．５μＬのＲＮＡリガーゼ；０．４μＬのＲＮａｓｅ不含水。ライゲーション反応ミックスを、ボルテックスして、内容物を十分に混合し、次いで、軽く遠心分離して、内容物をスピンダウンさせ、気泡を排除した。１０μＬのライゲーション反応ミックスを、ポリ（Ａ）テールを有する反応産物を含有する反応プレートの各ウェルまたは各反応管に移した。反応プレートまたは管を密封し、次いで、軽くボルテックスするかまたは振盪させて（Ｅｐｐｅｎｄｏｒｆ（商標）ＭｉｘＭａｔｅ（商標）を用いて１，９００ＲＰＭで１分間）、内容物を十分に混合した。反応プレートまたは管を、軽く遠心分離して、内容物をスピンダウンさせた。プレートまたは管を、サーマルサイクラーに入れた。
【０１３３】
ステップＣは、各反応において、以下の内容で行った：６μＬの５×ＲＴ緩衝液；１．２μＬのｄＮＴＰミックス（それぞれ２５ｍＭ）；１．５μＬの２０×ユニバーサルＲＴプライマー；３μＬの１０×ＲＴ酵素ミックス；３．３μＬのＲＮａｓｅ不含水。ＲＴ反応ミックスを、ボルテックスして、内容物を十分に混合し、次いで、軽く遠心分離して、内容物をスピンダウンさせ、気泡を排除した。１５μＬのＲＴ反応ミックスを、アダプターライゲーション反応産物を含有する反応プレートの各ウェルまたは各反応管に移した。合計体積は、１ウェルまたは１管当たり３０μｌであった。反応プレートまたは管を、次いで、密封し、軽くボルテックスして、内容物を十分に混合した。反応プレートまたは管を、次いで、軽く遠心分離して、内容物をスピンダウンさせた。プレートまたは管を、サーマルサイクラーに入れ、以下の設定でインキュベートした：
１．４２℃で１５分間の逆転写
２．８５℃で５分間での反応停止
３．４℃で保持。
【０１３４】
ステップＤは、各反応において、以下の内容で行った：２５μＬの２×ｍｉＲ−Ａｍｐマスターミックス；２．５μＬの２０×ｍｉＲ−Ａｍｐプライマーミックス；１７．５μＬのＲＮａｓｅ不含水。ｍｉＲ−Ａｍｐ反応ミックスを、ボルテックスして、内容物を十分に混合し、次いで、軽く遠心分離して、内容物をスピンダウンさせ、気泡を排除した。４５μＬのｍｉＲ−Ａｍｐ反応ミックスを、新しい反応プレートの各ウェルまたは反応管に移した。５μＬのＲＴ反応産物を、各反応ウェルまたは反応管に添加した。各ウェルまたは管の合計体積は、５０μＬであった。反応プレートまたは管を、密封し、次いで、軽くボルテックスして、内容物を十分に混合した。反応プレートまたは管を、次いで、軽く遠心分離して、スピンダウンさせて、内容物を混合した。反応プレートまたは管を、サーマルサイクラーに入れ、次いで、以下の設定、ＭＡＸ傾斜速度、および標準的なサイクリングを使用して、インキュベートした。
１．９５℃で５分間の酵素活性化、１サイクル
２．９５℃で３秒間の変性、１４サイクル
３．６０℃で３０秒間のアニーリング／伸長、１４サイクル
４．９９℃で１０分間での反応停止、１サイクル
５．４℃で保持。
【０１３５】
ステップ３：マイクロＲＮＡの増幅
ＲＴ−ＰＣＲプロトコール：
１．９５℃で３分間
２．９５℃で１５秒
３．５９℃で５秒
４．７２℃で５５秒
５．２〜４のステップを３９サイクル繰り返す
６．５５℃で１０秒の融解曲線
７．９５℃で５秒
８．４℃で保持
【０１３６】
対照群と子宮内膜症群との間で差次的に発現していた唾液ｍｉＲＮＡの相対発現を、図７および図８に示すが、ここで、図７は、初回研究からの結果を示し、図８は、Ｎを増やした繰り返し研究を示す。図７におけるデータは、各群１５個の試料を表し、一方で、図８におけるデータは、子宮内膜症群と対照群とで５０：５０に分割した８０個の試料からのデータによる最新の実験を表す。ｍｉＲ１２５ｂ−５ｐ、Ｌｅｔ−７ｂ、およびｍｉＲ−１５０のレベルは、すべてが、対照群（Ｃ）と比べて、子宮内膜症群（Ｅ）の唾液試料において上方調節を示し、ｍｉＲ１２５ｂ−５ｐが、最も高い倍数（ｆｏｌｄ）／信頼度上方調節を示す。さらに、ｍｉＲ−３４２およびｍｉＲ−４５１のレベルも、（Ｅ）対（Ｃ）で、上方調節を示す。対照的に、ｍｉＲ−３６１３のレベルは、（Ｅ）対（Ｃ）で、下方調節を示す（たとえば、図８を参照されたい）。
【０１３７】
（実施例２：子宮内膜症の検出、診断、および処置（予測実施例））
血液、血漿、血清、月経血、月経流出物、尿、または唾液試料を、子宮内膜症の症状を有する女性患者から採取する。子宮内膜症と関連するマイクロＲＮＡ（たとえば、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、もしくはｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せ）のシグネチャーの量を、次いで、試料において決定し、シグネチャーが、子宮内膜症の存在を示すある特定の枠内にある場合、患者を、子宮内膜症と診断する。患者を、治療有効用量のＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニスト療法（たとえば、エラゴリックス）で処置する。化合物は、子宮内膜症の症状の低減をもたらす。１ヶ月間の処置、６ヶ月間の処置、および１年間の処置の後、患者を、子宮内膜症と関連するマイクロＲＮＡシグネチャーのレベルに関して評価する。子宮内膜症と関連するマイクロＲＮＡシグネチャーが、子宮内膜症の存在を示す場合、ＧｎＲＨアゴニストまたはアンタゴニスト療法（たとえば、エラゴリックス）の用量を、上方に調整し、バイオマーカーが子宮内膜症の非存在を示すまで、処置／試験のプロセスを繰り返す。
【０１３８】
（実施例３：処置耐性子宮内膜症の検出、診断、および処置（予測実施例））
血液、血漿、血清、月経血、月経流出物、尿、または唾液試料を、以前に子宮内膜症と診断されており、現在プロゲスチンに基づく療法（たとえば、ジドロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン、デポ酢酸メドロキシプロゲステロン、ノルエチステロン、または経口避妊薬）を受けているが、改善しているように見られない女性患者から採取する。一部の事例では、患者は、難治性子宮内膜症を有し得る。子宮内膜症と関連するマイクロＲＮＡ（たとえば、ｌｅｔ−７ａ、ｌｅｔ−７ｂ、ｌｅｔ−７ｃ、ｌｅｔ−７ｄ、ｌｅｔ−７ｅ、ｌｅｔ−７ｆ、ｍｉＲ−１３５ａ、ｍｉＲ−１３５ｂ、ｍｉＲ−１８ａ、ｍｉＲ−１２５ｂ、ｍｉＲ−１４３、ｍｉＲ−１４５、ｍｉＲ−１５０、ｍｉＲ−３４２、ｍｉＲ−４５１ａ、ｍｉＲ−５００ａ、ｍｉＲ−３６１３、もしくはｍｉＲ−６７５５、またはこれらの任意の組合せ）のシグネチャーの量を、次いで、試料において決定し、子宮内膜症の寛解と関連する参照値と比較する。これは、ＧｎＲＨアンタゴニスト（酢酸ゴセレリン、ブセレリン、ヒストレリン、デスロレリン、ナファレリン、およびトリプトレリン、リュープロレリン、またはエラゴリックス）またはＧｎＲＨアゴニストの投与に関する指針を提供する。ＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニストの初回用量は、今後の陰性のマイクロＲＮＡ試験に基づいて、下方に調整されるか、または今後の試験により初回用量が子宮内膜症の抑制に十分でないことが示された場合、上方に調整され得る。経時的なマイクロＲＮＡバイオマーカーレベルの照合は、継続中のＧｎＲＨアンタゴニストまたはアゴニストの有効性に関する根拠を提供する。
【０１３９】
本発明の好ましい実施形態が本明細書において示され、説明されているが、そのような実施形態が単なる例示として提供されていることは、当業者には明らかであろう。当業者であれば、本発明から逸脱することなく、多数の変形形態、変更形態、および置換形態を想起するであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態に対する様々な代替形態を、本発明の実施に用いることができることを理解されたい。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定めること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの均等物が、それによって網羅されることが意図される。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１０Ｃ】
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【国際調査報告】
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