(57)【要約】  植物細胞においてＲＮＡサイレンシング活性を有さない非コードＲＮＡ分子をコードするか又はプロセシングされる遺伝子を改変する方法が開示される。当該方法は、目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性を付与するＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入する工程を包含する。植物細胞においてＲＮＡサイレンシング分子をコードするか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変する方法もまた開示される。当該方法は、非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性を目的の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入する工程を含む。植物細胞、植物種子、植物、及び植物を生成する方法も開示される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
植物細胞においてＲＮＡサイレンシング活性を有さない非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、目的の標的ＲＮＡに対する前記非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性を付与するＤＮＡ編集剤を前記植物細胞に導入し、それによって前記非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる前記遺伝子を改変する工程を含む方法。
【請求項２】
植物細胞において標的ＲＮＡに対するＲＮＡサイレンシング分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、前記ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性を第２の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするＤＮＡ編集剤を前記植物細胞に導入し、それによって前記ＲＮＡサイレンシング分子をコードする前記遺伝子を改変する工程を含み、前記標的ＲＮＡ及び前記第２の標的ＲＮＡが異なる方法。
【請求項３】
前記非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる前記遺伝子が、前記植物細胞に対して内在性である請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＲＮＡサイレンシング分子をコードする前記遺伝子が、前記植物細胞に対して内在性である請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる前記遺伝子を前記改変することが、前記非コードＲＮＡ分子に、前記目的の標的ＲＮＡに対して少なくとも４５％の相補性を付与することを含む請求項１又は請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記ＲＮＡサイレンシング分子をコードする前記遺伝子を前記改変することが、前記ＲＮＡサイレンシング分子に、前記第２の標的ＲＮＡに対して少なくとも４５％の相補性を付与することを含む請求項２又は請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記非コードＲＮＡ分子の前記サイレンシング特異性が、前記目的の標的ＲＮＡのＲＮＡレベル又はタンパク質レベルを測定することによって決定される請求項１、請求項３又は請求項５に記載の方法。
【請求項８】
前記ＲＮＡサイレンシング分子の前記サイレンシング特異性が、前記第２の標的ＲＮＡのＲＮＡレベルを測定することによって決定される請求項２、請求項４又は請求項６に記載の方法。
【請求項９】
前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子の前記サイレンシング特異性が、表現型的に決定される請求項１から請求項８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記表現型的に決定されることが、植物の葉の着色、花の着色、成長速度、植物の大きさ、作物の収率、果実の形質、生物的ストレス耐性、及び非生物的ストレス耐性からなる群から選択される少なくとも１つの植物表現型の決定によってもたらされる請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記非コードＲＮＡ分子の前記サイレンシング特異性が、遺伝子型的に決定される請求項１から請求項１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
植物表現型が、植物遺伝子型の前に決定される請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
植物遺伝子型が、植物表現型の前に決定される請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子が、前駆体からプロセシングされる請求項１から請求項１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子が、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）及びトランス作用性ｓｉＲＮＡ（ｔａｓｉＲＮＡ）からなる群から選択されるＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）分子である請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記非コードＲＮＡ分子が、核内小分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、核小体小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、長鎖非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リピート由来ＲＮＡ、及び転移因子ＲＮＡからなる群から選択される請求項１、請求項３、請求項５、請求項７及び請求項９から請求項１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＲＮＡｉ分子が、前記ＲＮＡｉ分子の配列が、構造のオリジナリティを保存し、細胞ＲＮＡｉ因子によって認識されるように改変される請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
前記遺伝子の前記改変は、欠失、挿入、点突然変異、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される改変によって行われる請求項１から請求項１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記改変が、前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子のステム領域にある請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記改変が、前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子のループ領域にある請求項１８に記載の方法。
【請求項２１】
前記改変が、前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子の非構造化領域にある請求項１８に記載の方法。
【請求項２２】
前記改変が、前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子のステム領域及びループ領域にある請求項１８に記載の方法。
【請求項２３】
前記改変が、前記非コードＲＮＡ分子又は前記ＲＮＡサイレンシング分子のステム領域及びループ領域、並びに非構造化領域にある請求項１８に記載の方法。
【請求項２４】
前記改変が、最大２００ヌクレオチドの改変を含む請求項１８から請求項２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入する工程をさらに含む請求項１８から請求項２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＤＮＡ編集剤が、植物発現性プロモーターに作動可能に連結された少なくとも１つのｇＲＮＡを含む請求項１から請求項２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＤＮＡ編集剤がエンドヌクレアーゼを含まない請求項１から請求項２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＤＮＡ編集剤がエンドヌクレアーゼを含む請求項１から請求項２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記ＤＮＡ編集剤が、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）及びＣＲＩＳＰＲからなる群から選択されるＤＮＡ編集システムのものである請求項１から請求項２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記エンドヌクレアーゼがＣａｓ９を含む請求項２８又は請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記ＤＮＡ編集剤が、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＲＮＰとして前記細胞に適用される請求項１から請求項３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記ＤＮＡ編集剤が、植物細胞における発現を監視するためのレポーターに連結される請求項１から請求項３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記レポーターが蛍光タンパク質である請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記目的の標的ＲＮＡ又は前記第２の標的ＲＮＡが、前記植物細胞に対して内在性である請求項１から請求項３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記目的の標的ＲＮＡ又は前記第２の標的ＲＮＡが、前記植物細胞に対して外来性である請求項１から請求項３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記植物細胞がプロトプラストである請求項１から請求項３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
請求項１から請求項３６のいずれか一項に記載の方法に従って生成された植物細胞。
【請求項３８】
請求項３７に記載の植物細胞を含む植物。
【請求項３９】
標的遺伝子の発現が低下した植物を生成する方法であって、
（ａ）請求項３８に記載の植物細胞を育種する工程と、
（ｂ）前記目的の標的ＲＮＡ若しくは前記第２の標的ＲＮＡの発現が低下した子孫植物、又は前記非コードＲＮＡ分子中に目的の標的ＲＮＡに対するサイレンシング特異性を含み、前記ＤＮＡ編集剤を含まない子孫植物を選択し、それによって標的遺伝子の発現が低下した前記植物を生成する工程と
を含む方法。
【請求項４０】
前記育種が、交配又は自配を含む請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
増加したストレス耐性、増加した収率、増加した成長速度、又は増加した収量品質を有する植物を生成する方法であって、請求項１から請求項４０のいずれか一項に記載の植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって前記植物を生成する工程を含み、前記目的の標的ＲＮＡが、ストレスに対する感受性、低下した収率、低下した成長速度、又は低下した収量品質を付与する植物の遺伝子のものである方法。
【請求項４２】
病原体耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、請求項１から請求項４０のいずれか一項に記載の植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって前記病原体耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、前記目的の標的ＲＮＡは、前記病原体に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法。
【請求項４３】
病原体耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、請求項１から請求項４０のいずれか一項に記載の植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって前記病原体耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、前記目的の標的ＲＮＡは、前記病原体の遺伝子のものである方法。
【請求項４４】
病害虫耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、請求項１から請求項４０のいずれか一項に記載の植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって前記病害虫耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、前記目的の標的ＲＮＡは、前記病害虫の遺伝子のものである方法。
【請求項４５】
病害虫耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、請求項１から請求項４０のいずれか一項に記載の植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって前記病害虫耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、前記目的の標的ＲＮＡが、前記病害虫に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法。
【請求項４６】
除草剤耐性植物を生成する方法であって、請求項１から請求項４０のいずれか一項に記載の植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって前記除草剤耐性植物を生成する工程を含み、前記目的の標的ＲＮＡが、前記除草剤に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法。
【請求項４７】
請求項３９から請求項４６のいずれか一項に記載の方法に従って生成された植物。
【請求項４８】
前記植物が、遺伝子組換えされていない（非ＧＭＯである）請求項３８若しくは請求項４７に記載の植物、又は請求項３９から請求項４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
請求項３８、請求項４７又は請求項４８に記載の植物の種子。
【請求項５０】
前記植物が、作物、花及び樹木からなる群から選択される請求項１から請求項３６、請求項３９から請求項４６及び請求項４８のいずれか一項に記載の方法、請求項３７に記載の植物細胞、請求項３８、請求項４７若しくは請求項４８に記載の植物、又は請求項４９に記載の種子。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
発明の分野及び背景
本発明は、そのいくつかの実施形態において、ＲＮＡサイレンシング分子を含む非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変することに関し、より詳細には、植物における目的の内在性又は外来性の標的遺伝子発現をサイレンシングするためのその使用に関するが、これに限定されない。
【背景技術】
【０００２】
ＲＮＡサイレンシング又はＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）、すなわちＲＮＡ分子が遺伝子発現又は翻訳を阻害する内在の同時転写又は転写後の遺伝的調節機構は、一般に、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、トランス作用性ｓｉＲＮＡ（ｔａ−ｓｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、アンチセンスＲＮＡなどを含む非コードＲＮＡ分子によって媒介される。最近、さらなる非コードＲＮＡは、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、核内小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、核小体小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）及びリピート由来ＲＮＡ等、ＲＮＡサイレンシング活性を有することが示唆されている。これらのカノニカル及び非カノニカルＲＮＡサイレンシング分子は、それらの基質、生合成、エフェクタータンパク質、及び標的下方制御の様式が異なる。
【０００３】
さらに、アルゴノートタンパク質は小分子ＲＮＡと複合体を形成し、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）エフェクター複合体のコアを形成する。アルゴノートスーパーファミリーは、Ａｇｏ及びＰｉｗｉと呼ばれる２つのクレードに分離する。Ａｇｏタンパク質（例えば、Ａｇｏ１及びＡｇｏ２）は、典型的にはｍｉＲＮＡ及びｓｉＲＮＡと複合体を形成し、Ｐｉｗｉタンパク質（例えば、Ｐｉｗｉ、Ａｇｏ３及びＡｕｂｅｒｇｉｎｅ（Ａｕｂ））は、典型的にはｐｉＲＮＡと複合体を形成する。
【０００４】
低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は２０〜２５ヌクレオチド（ｎｔ）の長さの二本鎖ＲＮＡ分子であり、転写中あるいは転写後にその転写産物を分解することによって相補的なヌクレオチド配列をもつ特定の遺伝子の発現を妨害し、翻訳を起こさない。
【０００５】
マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）は、長い自己相補的前駆体に由来する長さ２０〜２４ｎｔの小分子内在非コードＲＮＡ（ｎｃＲＮＡ）である。成熟ｍｉＲＮＡは、（ｉ）翻訳を阻害することによって、又は（ｉｉ）標的転写産物との完全又はほぼ完全な相補体によってコードｍＲＮＡを分解することによって、２つの方法で遺伝子発現を調節する。植物の標的ｍＲＮＡの大部分は単一のｍｉＲＮＡ相補的な部位を含み、その結果、標的ｍＲＮＡはＲＮＡサイレンシング分子及びＲＮＡ崩壊機構によって切断され、分解される。
【０００６】
Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）は、長い一本鎖前駆体分子の産物であり、ダイシング工程なしに生成される小分子非コードＲＮＡである。ｐｉＲＮＡは、典型的には、２６〜３１ｎｔの長さであり、ほとんどがアンチセンスである。ｐｉＲＮＡは、Ｐｉｗｉタンパク質との相互作用を介してＲＮＡ−タンパク質複合体を形成する。アンチセンスｐｉＲＮＡは、典型的には、Ｐｉｗｉ又はＡｕｂにロードされる。
【０００７】
トランス作用性ｓｉＲＮＡ（ｔａｓｉＲＮＡ）は、転写後遺伝子サイレンシングを介して遺伝子発現を抑制するクラスの低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）である。それらの生合成は、ｔａｓｉＲＮＡ前駆体にｍｉＲＮＡが結合することによって始まる。この結合は、ｔａｓｉＲＮＡ前駆体鋳型からｄｓＲＮＡを合成するＲＮＡ依存性ＲＮＡポリメラーゼ（ＲｄＲｐ）を動員する。次に、このようなｄｓＲＮＡをＤＩＣＥＲ−ＬＩＫＥ４（ＤＣＬ４）によって約２１ヌクレオチドの「段階的」間隔の成熟したｔａｓｉＲＮＡにプロセシングされる。
【０００８】
近年のゲノム編集技術の進歩により、生細胞内のＤＮＡ配列を変化させることが可能になってきた。植物の細胞内の数十億個のヌクレオチドのうちの数個のみを編集することによって、これらの新しい技術は、過酷な気候（作物の性能及び非生物的ストレス）で作物をより良く成長させ、生物的ストレス（昆虫、ウイルス、細菌、甲虫、線虫など）に対する耐性を高めるための最も効果的な方法である可能性がある。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９等のゲノム編集技術を用いて病害虫に対する耐性を獲得するアプローチは、停止コドン、フレームシフト、挿入、欠失の導入などによる植物感受性遺伝子ノックアウト（周知のＭＬＯ遺伝子など）、又はプロモーター、マイクロＲＮＡ結合部位などの調節エレメントの修飾による、Ｒ遺伝子などの耐性遺伝子のアップレギュレーション等、限られている。それにもかかわらず、病原体を特異的に標的化するアプローチは、トランスジェニックなＣＲＩＳＰＲ適用に限定される。
【０００９】
様々な生物（例えば、マウス、ヒト、エビ、植物）におけるＲＮＡ分子のゲノム編集に関する以前の研究では、例えば、ｍｉＲＮＡ活性のノックアウトに焦点を当てたり、標的ＲＮＡにおけるその結合部位を変化させたりすることに焦点が当てられていた。
【００１０】
Ｚｈａｏら［Ｚｈａｏら、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ（２０１４）４：３９４３］は、マウス細胞においてＣＲＩＳＰＲシステムを用いるｍｉＲＮＡ阻害戦略を提供した。Ｚｈａｏは特別に設計されたｇＲＮＡを用いて、Ｃａｓ９によって単一部位でｍｉＲＮＡ遺伝子を切断し、マウス細胞でｍｉＲＮＡのノックダウンをもたらした。
【００１１】
例えば、Ｊｉａｎｇら［Ｊｉａｎｇら、ＲＮＡ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２０１４）１１（１０）：１２４３−９］は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を使用して、ＨｅＬａ細胞におけるクラスターの５’領域を標的化することによって、そのクラスターからヒトｍｉＲ−９３を枯渇させた。ドローシャ（Ｄｒｏｓｈａ）プロセシング部位（すなわち、二本鎖ＲＮＡ特異的ＲＮアーゼＩＩＩ酵素であるドローシャが、一次ｍｉＲＮＡ（ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ）に結合してこれを切断し、それによって宿主細胞の核内でｐｒｅ−ｍｉＲＮＡにプロセシングする位置）及びシード配列（すなわち、典型的にはｍｉＲＮＡ  ５’末端から２〜７位に位置する、ｍｉＲＮＡのｍＲＮＡへの結合に必須である保存された７塩基配列）を含む標的領域において、種々の小さいインデルが誘導された。Ｊｉａｎｇらによれば、ただ１つのヌクレオチドの欠失でさえ、高い特異性で標的ｍｉＲＮＡの完全なノックアウトをもたらした。
【００１２】
植物ゲノム編集に関して、Ｂｏｒｔｅｓｉ及びＦｉｓｃｈｅｒ［Ｂｏｒｔｅｓｉ及びＦｉｓｃｈｅｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ａｄｖａｎｃｅｓ（２０１５）  ３３：４１−５２］は、ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮと比較して植物におけるＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９技術の使用を論じ、Ｂａｓａｋ及びＮｉｔｈｉｎ［Ｂａｓａｋ及びＮｉｔｈｉｎ、Ｆｒｏｎｔ  Ｐｌａｎｔ  Ｓｃｉ．（２０１５）  ６：１００１］は、シロイヌナズナ及びタバコ、並びに小麦、トウモロコシ、及びイネのような作物等のモデル植物におけるタンパク質コード遺伝子のノックダウンのためのＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９技術の使用を実証した。
【００１３】
ｍｉＲＮＡ活性又は標的結合部位の破壊に加えて、内在及び外来性の標的遺伝子の人工マイクロＲＮＡ（ａｍｉＲＮＡ）媒介遺伝子サイレンシングを使用する遺伝子サイレンシングが使用された［Ｔｉｗａｒｉら、Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ（２０１４）  ８６：１］。マイクロＲＮＡと同様に、ａｍｉＲＮＡは、約２１ｎｔ長の一本鎖であり、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ内の二重鎖の成熟ｍｉＲＮＡ配列を置換することによって設計される［Ｔｉｗａｒｉら（２０１４）前出］。これらのａｍｉＲＮＡは、人工発現カセット（プロモーター、ターミネーターなどを含む）内に導入遺伝子として導入され［Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら、Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ（２０１４）  １１３．２３４９８９頁］、小分子ＲＮＡ生合成及びサイレンシング機構を介してプロセシングされ、標的発現を下方制御する。Ｓｃｈｗａｂら［Ｓｃｈｗａｂら、Ｔｈｅ  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ（２００６）  第１８巻、１１２１−１１３３］によれば、ａｍｉＲＮＡは、組織特異的又は誘導性プロモーター下で発現された場合に活性であり、特に、関連するが同一ではないいくつかの標的遺伝子を下方制御する必要がある場合に、植物における特異的遺伝子サイレンシングに使用することができる。
【００１４】
Ｓｅｎｉｓら［Ｓｅｎｉｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２０１７）  第４５巻（１）：ｅ３］は、内在ｍｉＲＮＡ遺伝子座へのプロモーターを用いない抗ウイルスａｍｉＲＮＡの操作を開示している。具体的には、Ｓｅｎｉｓらは、Ｃａｓ９又はＴＡＬＥＮのような配列特異的ヌクレアーゼによって誘導される相同指向性ＤＮＡ組換えによって、天然に存在するｍｉＲＮＡ遺伝子（例えば、ｍｉＲ１２２）に隣接するａｍｉＲＮＡ前駆体導入遺伝子（ヘアピンｐｒｉ−ａｍｉＲＮＡ）を挿入する。このアプローチは、天然ｍｉＲＮＡ（ｍｉＲ１２２）を発現する転写活性ＤＮＡを利用することによって、プロモーターとターミネーターのないａｍｉＲＮＡを使用する、すなわち内在プロモーターとターミネーターが、挿入されたａｍｉＲＮＡ導入遺伝子の転写を駆動し調節した。
【００１５】
ＲＮＡ及び／又はタンパク質を細胞に導入する種々のＤＮＡを含まない方法は、以前に記載されている。例えば、エレクトロポレーション及びリポフェクションを使用するＲＮＡトランスフェクションは、米国特許出願公開第２０１６０２８９６７５号明細書に記載されている。Ｃａｓ９タンパク質及びｇＲＮＡ複合体のマイクロインジェクションによる細胞へのＣａｓ９／ｇＲＮＡリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体の直接送達は、Ｃｈｏ［Ｃｈｏら、「Ｈｅｒｉｔａｂｌｅ  ｇｅｎｅ  ｋｎｏｃｋｏｕｔ  ｉｎ  Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ  ｂｙ  ｄｉｒｅｃｔ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃａｓ９−ｓｇＲＮＡ  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１３）１９５：１１７７−１１８０］によって記載された。Ｃａｓ９タンパク質／ｇＲＮＡ複合体のエレクトロポレーションによる送達は、Ｋｉｍ［Ｋｉｍら、「Ｈｉｇｈｌｙ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ＲＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃｅｌｌｓ  ｖｉａ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｕｒｉｆｉｅｄ  Ｃａｓ９  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．（２０１４）２４：１０１２−１０１９］によって記載されている。リポソームを介するＣａｓ９タンパク質結合ｇＲＮＡ複合体の送達は、Ｚｕｒｉｓ［Ｚｕｒｉｓら、「Ｃａｔｉｏｎｉｃ  ｌｉｐｉｄ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｅｎａｂｌｅｓ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｂａｓｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ａｎｄ  ｉｎ  ｖｉｖｏ」、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１４）  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３０８１］によって報告された。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１６】
【特許文献１】米国特許出願公開第２０１６０２８９６７５号明細書
【非特許文献】
【００１７】
【非特許文献１】Ｚｈａｏら、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ（２０１４）４：３９４３
【非特許文献２】Ｊｉａｎｇら、ＲＮＡ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２０１４）１１（１０）：１２４３−９
【非特許文献３】Ｂｏｒｔｅｓｉ及びＦｉｓｃｈｅｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ａｄｖａｎｃｅｓ（２０１５）  ３３：４１−５２
【非特許文献４】Ｂａｓａｋ及びＮｉｔｈｉｎ、Ｆｒｏｎｔ  Ｐｌａｎｔ  Ｓｃｉ．（２０１５）  ６：１００１
【非特許文献５】Ｔｉｗａｒｉら、Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ（２０１４）  ８６：１
【非特許文献６】Ｃａｒｂｏｎｅｌｌら、Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ（２０１４）  １１３．２３４９８９頁
【非特許文献７】Ｓｃｈｗａｂら、Ｔｈｅ  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ（２００６）  第１８巻、１１２１−１１３３
【非特許文献８】Ｓｅｎｉｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２０１７）  第４５巻（１）：ｅ３
【非特許文献９】Ｃｈｏら、「Ｈｅｒｉｔａｂｌｅ  ｇｅｎｅ  ｋｎｏｃｋｏｕｔ  ｉｎ  Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ  ｂｙ  ｄｉｒｅｃｔ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃａｓ９−ｓｇＲＮＡ  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１３）１９５：１１７７−１１８０
【非特許文献１０】Ｋｉｍら、「Ｈｉｇｈｌｙ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ＲＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃｅｌｌｓ  ｖｉａ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｕｒｉｆｉｅｄ  Ｃａｓ９  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．（２０１４）２４：１０１２−１０１９
【非特許文献１１】Ｚｕｒｉｓら、「Ｃａｔｉｏｎｉｃ  ｌｉｐｉｄ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｅｎａｂｌｅｓ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｂａｓｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ａｎｄ  ｉｎ  ｖｉｖｏ」、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１４）  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３０８１
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１８】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、植物細胞においてＲＮＡサイレンシング活性を有さない非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性を付与するＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入し、それによって上記非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる上記遺伝子を改変する工程を含む方法が提供される。
【００１９】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、植物細胞においてＲＮＡサイレンシング活性を有さない非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性を付与するＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入する工程を含む方法が提供される。
【００２０】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、植物細胞において標的ＲＮＡに対するＲＮＡサイレンシング分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性を第２の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入し、それによって上記ＲＮＡサイレンシング分子をコードする上記遺伝子を改変する工程を含み、上記標的ＲＮＡ及び上記第２の標的ＲＮＡが異なる方法が提供される。
【００２１】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、植物細胞において標的ＲＮＡに対するＲＮＡサイレンシング分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性を第２の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入する工程を含み、上記標的ＲＮＡ及び上記第２の標的ＲＮＡが異なる方法が提供される。
【００２２】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って生成された植物細胞が提供される。
【００２３】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、本発明のいくつかの実施形態の植物細胞を含む植物が提供される。
【００２４】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、標的遺伝子の発現が低下した植物を生成する方法であって、（ａ）本発明のいくつかの実施形態の植物を育種する工程と、（ｂ）目的の標的ＲＮＡ若しくは第２の標的ＲＮＡの発現が低下した子孫植物、又は目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子中にサイレンシング特異性を含み、ＤＮＡ編集剤を含まない子孫植物を選択し、それによって標的遺伝子の発現が低下した植物を生成する工程とを含む方法が提供される。
【００２５】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、増加したストレス耐性、増加した収率、増加した成長速度、又は増加した収量品質を有する植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡが、ストレスに対する感受性、低下した収率、低下した成長速度、又は低下した収量品質を付与する植物の遺伝子のものである方法が提供される。
【００２６】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、病原体耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって病原体耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡは、病原体に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法が提供される。
【００２７】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、病原体耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって病原体耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡは、病原体の遺伝子のものである方法が提供される。
【００２８】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、病害虫耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって病害虫耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡは、病害虫の遺伝子のものである方法が提供される。
【００２９】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、病害虫耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって病害虫耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡが、病害虫に対する感受性を付与する植物の遺伝子である方法が提供される。
【００３０】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、除草剤耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって除草剤耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡが、除草剤に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法が提供される。
【００３１】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って生成された植物が提供される。
【００３２】
本発明のいくつかの実施形態の一態様によれば、本発明のいくつかの実施形態の植物の種子が提供される。
【００３３】
本発明のいくつかの実施形態によれば、上記非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる上記遺伝子は、植物細胞に対して内在性である。
【００３４】
本発明のいくつかの実施形態によれば、上記ＲＮＡサイレンシング分子をコードする上記遺伝子は、植物細胞に対して内在性である。
【００３５】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変することは、上記非コードＲＮＡ分子に、目的の標的ＲＮＡに対して少なくとも４５％の相補性を付与することを含む。
【００３６】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子をコードする遺伝子を改変することは、上記ＲＮＡサイレンシング分子に、上記第２の標的ＲＮＡに対して少なくとも４５％の相補性を付与することを含む。
【００３７】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性は、目的の標的ＲＮＡのＲＮＡレベル（濃度）又はタンパク質レベル（濃度）を測定することによって決定される。
【００３８】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性は、上記第２の標的ＲＮＡのＲＮＡレベル（濃度）を測定することによって決定される。
【００３９】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性は、表現型的に決定される。
【００４０】
本発明のいくつかの実施形態によれば、表現型的に決定されることは、植物の葉の着色、花の着色、成長速度、植物の大きさ、作物の収率、果実の形質、生物的ストレス耐性、及び非生物的ストレス耐性からなる群から選択される少なくとも１つの植物表現型の決定によってもたらされる。
【００４１】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性は、遺伝子型的に決定される。
【００４２】
本発明のいくつかの実施形態によれば、植物表現型は、植物遺伝子型の前に決定される。
【００４３】
本発明のいくつかの実施形態によれば、植物遺伝子型は、植物表現型の前に決定される。
【００４４】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、前駆体からプロセシングされる。
【００４５】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）分子である。
【００４６】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＲＮＡｉ分子は、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）及びトランス作用性ｓｉＲＮＡ（ｔａｓｉＲＮＡ）からなる群から選択される。
【００４７】
本発明のいくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、核内小分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、核小体小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、長鎖非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リピート由来ＲＮＡ、及び転移因子ＲＮＡからなる群から選択される。
【００４８】
本発明のいくつかの実施形態によれば、上記ＲＮＡ分子又はＲＮＡｉ分子は、ＲＮＡｉ分子の配列が、構造のオリジナリティを保存し、細胞ＲＮＡｉ因子によって認識されるように改変されるように設計される。
【００４９】
本発明のいくつかの実施形態によれば、遺伝子の改変は、欠失、挿入、点突然変異、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される改変によって行われる。
【００５０】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のステム領域にある。
【００５１】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のループ領域にある。
【００５２】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子の非構造化領域にある。
【００５３】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のステム領域及びループ領域にある。
【００５４】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のステム領域及びループ領域、並びに非構造化領域にある。
【００５５】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は挿入である。
【００５６】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は欠失である。
【００５７】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は点突然変異である。
【００５８】
本発明のいくつかの実施形態によれば、改変は、最大２００ヌクレオチドの改変を含む。
【００５９】
本発明のいくつかの実施形態によれば、当該方法は、植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入する工程をさらに含む。
【００６０】
本発明のいくつかの実施形態によれば、上記ＤＮＡ編集剤は、植物発現性プロモーターに作動可能に連結された少なくとも１つのｇＲＮＡを含む。
【００６１】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤はエンドヌクレアーゼを含まない。
【００６２】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤はエンドヌクレアーゼを含む。
【００６３】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）及びＣＲＩＳＰＲからなる群から選択されるＤＮＡ編集システムである。
【００６４】
本発明のいくつかの実施形態によれば、エンドヌクレアーゼはＣａｓ９を含む。
【００６５】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、ＤＮＡ、ＲＮＡ又はＲＮＰとして細胞に適用される。
【００６６】
本発明のいくつかの実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、植物細胞における発現を監視するためのレポーターに連結される。
【００６７】
本発明のいくつかの実施形態によれば、レポーターは蛍光タンパク質である。
【００６８】
本発明のいくつかの実施形態によれば、目的の標的ＲＮＡ又は第２の標的ＲＮＡは、植物細胞に対して内在性である。
【００６９】
本発明のいくつかの実施形態によれば、目的の標的ＲＮＡ又は第２の標的ＲＮＡは、植物細胞に対して外来性である。
【００７０】
本発明のいくつかの実施形態によれば、植物細胞はプロトプラストである。
【００７１】
本発明のいくつかの実施形態によれば、育種は、交配又は自配を含む。
【００７２】
本発明のいくつかの実施形態によれば、植物は、遺伝子組換えされていない（非ＧＭＯである）。
【００７３】
本発明のいくつかの実施形態によれば、植物は、作物、花及び樹木からなる群から選択される。
【００７４】
別段の定義がない限り、本明細書で使用されるすべての技術用語及び／又は科学用語は、本発明が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されるものと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似又は同等の方法及び材料を、本発明の実施形態の実施又は試験において使用することができるが、例示的な方法及び／又は材料を以下に記載する。矛盾する場合には、定義を含む特許明細書が優先する。さらに、材料、方法、及び実施例は、例示にすぎず、必ずしも限定することを意図するものではない。
【図面の簡単な説明】
【００７５】
本発明のいくつかの実施形態は、添付の図面を参照して、単に例として本明細書に記載される。ここで図面を詳細に特に参照すると、示される詳細は、例として、及び本発明の実施形態の例示的な議論の目的のためであることが強調される。この点に関して、図面を参照した説明により、本発明の実施形態がどのように実施され得るかが当業者に明らかになる。
【００７６】
【図１】図１は、ＰＤＳ遺伝子を標的とする、従って、内在ＰＤＳ遺伝子の遺伝子サイレンシングを誘導するｓｉＲＮＡによる内在ｍｉＲＮＡのゲノム編集誘導遺伝子サイレンシング（ＧＥｉＧＳ）交換の実施形態のフローチャートであり。改変を導入するために、２成分系が使用されている。第一に、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９システムは、ＧＦＰ含有ベクター中で、選択された遺伝子座において、その部位における相同ＤＮＡ修復（ＨＤＲ）を促進するように設計された特異的ガイドＲＮＡを介して切断を生じる。第二に、新たに割り当てられた遺伝子を標的とするための、ｍｉＲＮＡ配列の所望の改変を伴うドナー（ＤＯＮＯＲ）配列を、ＨＤＲの鋳型として導入する。このシステムは、プロトプラスト形質転換において使用されており、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９ベクター中のＧＦＰシグナルに起因してＦＡＣＳによって濃縮され、回収され、そして植物に再生される。
【図２】図２Ａ〜Ｃは、ＰＤＳ遺伝子のサイレンシングが光退色を引き起こすことを示す写真である。タバコ（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ）（図２Ａ〜Ｂ）及びシロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）（図２Ｃ）植物におけるＰＤＳ遺伝子のサイレンシングは、ベンサミアナタバコ（図２Ｂ）及びシロイヌナズナ（図２Ｃ、右側）において光退色を引き起こす。ＰＤＳサイレンシングの３．５週間後に写真を撮った。
【図３】図３Ａ〜Ｄは、ＧＥｉＧＳを用いたシロイヌナズナにおけるＧＦＰ発現レベルのノックダウンの写真である。ＧＦＰを発現するシロイヌナズナプロトプラストを、ＧＦＰ  ｓｉＲＮＡを発現するためにＧＥｉＧＳを用いて編集したプロトプラスト（図３Ｃ〜Ｄ）と比較して、対照として示す（図３Ａ〜Ｂ）。注目すべきことに、ＧＥｉＧＳプロトプラスト又は植物は、ＧＦＰタンパク質の発現についてサイレンシングされる。
【図４】図４は、ＧＦＰを標的とするｓｉＲＮＡによる内在ｍｉＲＮＡのＧＥｉＧＳ交換により、ＧＦＰに対する活性ＲＮＡｉを有するシロイヌナズナ植物を生成する実施形態のフローチャートである。改変を導入するために、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９システムは、ＲＦＰ含有ベクター中で、選択された遺伝子座において、その部位における相同ＤＮＡ修復（ＨＤＲ）を促進するように設計された特異的ガイドＲＮＡを介して切断を生じる。第二に、ＧＦＰ遺伝子を標的とするための、ｍｉＲＮＡ配列の所望の改変を有するドナー配列を、ＨＤＲの鋳型として導入する。このシステムは、ＧＦＰ発現プロトプラストにおいて使用されている。ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９ベクター中のＲＦＰシグナルに起因してＦＡＣＳによる推定上改変された細胞の濃縮が行われ、回収されている。再生された植物は、ＧＦＰシグナルの強度について分析されている。
【図５】図５は、ＧＦＰを標的とするｓｉＲＮＡによる内在ｍｉＲＮＡのＧＥｉＧＳ交換により、ＧＦＰに対するＧＥｉＧＳ指向ＲＮＡｉによるシロイヌナズナ植物を生成する実施形態のフローチャートである。注目すべきことに、ＧＥｉＧＳ植物は、植物形質転換後にＧＦＰ発現についてサイレンシングされる。ＲＦＰは、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９ベクターの一過性の存在を有する細胞の濃縮のために使用されている。
【図６】図６は、ＧＦＰを標的とするｓｉＲＮＡによる内在ｍｉＲＮＡのＧＥｉＧＳ交換により、ウイルス感染、例えば、ＴＭＶ感染（すなわち、外来性遺伝子）に抵抗性の植物を生成する実施形態のフローチャートである。ＲＦＰは、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９ベクターの一過性の存在を有する細胞の濃縮のために使用されている。
【図７】図７は、穿孔線虫ネモグリセンチュウによって引き起こされたトップリング病に罹患している倒伏したバナナ植物の写真である。
【図８】図８は、タイ・グエン（Ｔａｙ  Ｎｇｕｙｅｎ）地域の異なる作物におけるネモグリセンチュウ及びミナミネグサレセンチュウの発生を示す表である。
【図９】図９は、ＧＥｉＧＳ鋳型を生成するための計算パイプラインの実施形態のフローチャートである。計算ＧＥｉＧＳパイプラインは、生物学的メタデータを適用し、そして内在非コードＲＮＡ遺伝子（例えば、ｍｉＲＮＡ遺伝子）を最小限に編集するために使用されるＧＥｉＧＳ  ＤＮＡドナー鋳型の自動生成を可能にし、新たな機能の獲得、すなわち、目的の遺伝子発現を標的とするそれらのサイレンシング能力のリダイレクションを導く。
【図１０】図１０は、任意の所望の外来性病害虫遺伝子を標的とする病害虫耐性植物の設計を示す実施形態のフローチャートである。病原体／病害虫必須遺伝子を標的としたｓｉＲＮＡによる内在性ｍｉＲＮＡのＧＥｉＧＳ交換により、病原体／病害虫感染に抵抗性の植物を生成する。
【図１１】図１１は、最小限に編集されたｍｉＲＮＡ遺伝子塩基を用いてＲＮＡサイレンシング分子を設計するために必要とされる主要な段階を示す実施形態の図である。
【図１２】図１２Ａ〜Ｇは、ｍｉＲ−３９０及び改変されたｍｉＲ３９０の一次転写産物、構造並びに標的配列を示す。ｍｉＲ３９０の一次転写産物、及びその改変版の二次構造表現：（図１２Ａ）野生型；（図１２Ｂ〜Ｃ）標的ＧＦＰへの改変版；（図１２Ｄ〜Ｅ）標的ＡｔＰＤＳ３への改変版；（図１２Ｆ〜Ｇ）標的ＡｔＡＤＨ１への改変版。成熟ｍｉＲＮＡ／ｓｉＲＮＡを赤色で囲み、設計による構造保存を示す。ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９システムによる操作のために標的とされた領域を紫色で囲み、ＮＧＧ配列を黄色で強調する（図１２Ａ）。
【図１３（１）】図１３Ａ〜Ｇは、ｍｉＲ−１７３及び改変されたｍｉＲ１７３の一次転写産物、構造並びに標的配列を示す。ｍｉＲ１７３及びその改変版の一次転写産物の二次構造表現：（図１３Ａ）野生型；（図１３Ｂ〜Ｃ）標的ＧＦＰへの改変版；（図１３Ｄ〜Ｅ）標的ＡｔＰＤＳ３への改変版；（図１３Ｆ〜Ｇ）標的ＡｔＡＤＨ１への改変版。成熟ｍｉＲＮＡ／ｓｉＲＮＡを赤色で囲み、設計による構造保存を示す。ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９システムによる操作のために標的とされた領域を紫色で囲み、ＮＧＧ配列を黄色で強調する（図１３Ａ）。
【図１３（２）】図１３Ｈは、前駆体構造が生合成において役割を果たさず、従って維持される必要がない、ＧＥｉＧＳオリゴ設計の実施形態の例を示す。ブラッシカ・ラパ（Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｒａｐａ）ｂｎＴＡＳ３Ｂ  ｔａｓｉＲＮＡに基づく設計。上から下へ：野生型ｔａｓｉＲＮＡ、最小の配列変更を有するＧＥｉＧＳ設計、及び最大の配列変更を有するＧＥｉＧＳ設計。成熟した小分子ＲＮＡ分子を生じる非コードＲＮＡ前駆体の選択は緑色で強調してある。ＧＥｉＧＳオリゴと野生型配列との間の配列の相違は、赤色で強調されている。注目すべきは、ｔａｓｉＲＮＡの生合成は、ｍｉＲＮＡやｔＲＮＡとは異なり、前駆体の二次構造に依存しないことである。
【図１４】図１４Ａ〜Ｄは、ｍｉＲ−１７３及びその改変版による遺伝子ターゲティングを例示する。（図１４Ａ）野生型ｍｉＲ−１７３は、成熟ｍｉＲＮＡの、遺伝子中の配列（赤色）に対する配列相補性によってＴＡＳ１ｃ転写産物を標的とする。新たに改変されたｍｉＲＮＡ（ＳＷＡＰ１、２、３、４、９及び１０）を、それらの配列（赤色）に対する配列相補性によって、（図１４Ｂ）ＧＦＰ、（図１４Ｃ）ＡｔＰＤＳ３及び（図１４Ｄ）ＡｔＡＤＨ１を標的とするように設計した。ｗｔ配列からの改変ヌクレオチドは小文字で書かれている。
【図１５】図１５Ａ〜Ｄは、ｍｉＲ−３９０及びその改変版による遺伝子ターゲティングを例示する。（図１５Ａ）野生型ｍｉＲ−３９０は、成熟ｍｉＲＮＡの、遺伝子内の配列（赤色）に対する配列相補性によってＴＡＳ３転写産物を標的とする。新たに改変されたｍｉＲＮＡ（ＳＷＡＰ５、６、７、８、１１及び１２）を、それらの配列（赤色）に対する配列相補性によって、（図１５Ｂ）ＧＦＰ、（図１５Ｃ）ＡｔＰＤＳ３及び（図１５Ｄ）ＡｔＡＤＨ１を標的とするように設計した。ｗｔ配列からの改変ヌクレオチドは小文字で書かれている。
【図１６】図１６は、ＰＤＳ３表現型／遺伝子型を示す。ドナーの存在対野生型配列を検証するために、退色した表現型植物を選択し、内部アンプリコンＰＣＲ、続いてＢｔｓαＩ（ＮＥＢ）による制限消化分析によって遺伝子型を決定した。レーン１：ドナー（ＤＯＮＯＲ）なしで処理された植物、制限あり、レーン２〜４：ドナーを含むＰＤＳ３処理植物、制限あり、レーン５：陽性プラスミドドナー対照、非制限、レーン６：鋳型無し対照の水、レーン７：陽性プラスミドドナー、制限あり、レーン８：負のドナーで衝撃された植物、制限あり、レーン９：非処理対照植物、制限あり。その後のアンプリコンの外部ＰＣＲ増幅を処理し、挿入を確認するために配列決定した。
【図１７】図１７は、ＡＤＨ１表現型／遺伝子型を示す。ドナーの存在を検証するために、植物をアリルアルコール耐性により選択し、内部アンプリコンＰＣＲ、続いてＢｃｃＩ（ＮＥＢ）制限消化により遺伝子型を決定した。レーン１：アリルアルコール感受性対照植物、制限あり、レーン２〜４：ドナーを含むアリルアルコール耐性植物、制限あり、レーン５：陽性プラスミドドナー対照、制限なし、レーン６：鋳型なし対照、レーン７：陽性プラスミドドナー、制限あり、レーン８：非特異的ドナーを用いた衝撃された植物、制限あり、レーン９：非アリルアルコール処理対照、制限あり。
【図１８】図１８は、ＡｔＰＤＳ３転写産物を標的とするｍｉＲ−１７３改変植物における遺伝子発現分析を示すグラフである。ＡｔＰＤＳ３発現の分析は、ＧＥｉＧＳ＃５及びＳＷＡＰ１及び２（ＧＦＰ）で衝撃された植物と比較して、ＧＥｉＧＳ＃４及びＳＷＡＰ３で衝撃された植物を再生する際に、ｑＲＴ−ＰＣＲによって行った。注目すべきは、対照植物と比較して、ｍｉＲ−１７３をＡｔＰＤＳ３を標的とするように改変した場合、遺伝子発現レベルの平均８２％の低下が観察された（エラーバーはＳＤを示す；Ｃｔ値で計算したｐ値＜０．０１）。
【図１９】図１９は、ＡｔＰＤＳ３転写産物を標的とするｍｉＲ−３９０改変植物における遺伝子発現分析を示すグラフである。ＡｔＡＤＨ１発現の分析は、ＧＥｉＧＳ＃５及びＳＷＡＰ１及び２（ＧＦＰ）で衝撃された植物と比較して、ＧＥｉＧＳ＃１及びＳＷＡＰ１１で衝撃された植物を再生する際に、ｑＲＴ−ＰＣＲによって行った。注目すべきは、対照植物と比較して、ｍｉＲ−３９０をＡｔＡＤＨ１を標的とするように改変した場合、遺伝子発現レベルの平均８２％の低下が観察された（エラーバーはＳＤを表す；Ｃｔ値で計算したｐ値＜０．０１）。
【発明を実施するための形態】
【００７７】
本発明は、そのいくつかの実施形態において、ＲＮＡサイレンシング分子を含む非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変することに関し、より詳細には、植物における目的の内在又は外来性の標的ＲＮＡをサイレンシングするためのその使用に関するが、これに限定されない。
【００７８】
本発明の原理及び動作は、図面及び添付の説明を参照することにより、より良く理解することができる。
【００７９】
本発明の少なくとも１つの実施形態を詳細に説明する前に、本発明は、その適用において、以下の説明に記載されるか、又は実施例によって例示される詳細に必ずしも限定されないことが理解されるべきである。本発明は、他の実施形態が可能であり、又は様々な方法で実施又は実行されることが可能である。また、本明細書で使用される語法及び用語は、説明の目的のためのものであり、限定とみなされるべきではないことを理解されたい。
【００８０】
様々な生物（例えば、マウス、ヒト、植物）におけるＲＮＡ分子のゲノム編集に関するこれまでの研究では、遺伝子組換えを用いたｍｉＲＮＡ活性又は標的結合部位の破壊に焦点が当てられていた。植物におけるゲノム編集は、さらに、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９技術、ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮの、モデル植物における遺伝子のノックダウン又は挿入への使用に集中している。さらに、内在及び外来性の標的遺伝子をサイレンシングするために人工マイクロＲＮＡ導入遺伝子を使用する植物における遺伝子サイレンシングが記載された［Ｍｏｌｎａｒ  Ａら、Ｐｌａｎｔ  Ｊ．（２００９）５８（１）：１６５−７４．ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１３６５−３１３Ｘ．２００８．０３７６７．ｘ．Ｅｐｕｂ  ２００９年１月１９日；Ｂｏｒｇｅｓ及びＭａｒｔｉｅｎｓｓｅｎ、Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｜  ＡＯＰ、２０１５年１１月４日オンライン公開；ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｒｍ４０８５］。人工ｍｉＲＮＡ導入遺伝子は、人工発現カセット（プロモーター、ターミネーター、選択マーカーなどを含む）内で植物細胞に導入され、標的発現を下方制御する。
【００８１】
本発明を実施に移す中で、本発明者らは、目的の非天然標的遺伝子（植物細胞に対して内在性又は外来性）を標的とし、それと干渉するように設計された非コードＲＮＡ分子（例えば、内在性）を対象とする遺伝子編集技術を考案した。本明細書に記載の遺伝子編集技術は、プロモーター、ターミネーター、選択マーカーを有する発現カセットを含む古典的な分子遺伝学的遺伝子導入ツールを実施しない。
【００８２】
本明細書中以下及びそれに続く実施例の節に示されるように、本発明者らは、例えば、ＲＮＡサイレンシング分子（例えば、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、ｔａｓｉＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、ｓｎＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡなど）を含む植物細胞の内在非コードＲＮＡ分子を利用し、そしてそれらを改変して、目的の任意のＲＮＡ標的を標的化し、そして下方制御し得る、ゲノム編集誘導遺伝子サイレンシング（ＧＥｉＧＳ）プラットフォームを設計した（図１の例示的フローチャートを参照のこと）。ＧＥｉＧＳを使用して、本発明の方法は、有望な非コードＲＮＡ分子のスクリーニング、これらの内在ＲＮＡ分子中のヌクレオチドを編集し、それによってそれらの特異性を、病原体及び病害虫によってコードされる内在性及び／又は外来性のＲＮＡを含む、目的の任意のＲＮＡを効果的かつ特異的に標的化し、下方制御するためにリダイレクトすることを可能にする（図９の例示的フローチャートを参照のこと）。総合すると、ＧＥｉＧＳは、作物収量、作物成長速度、作物品質を高めるため、並びにストレス、病原体、病害虫及び除草剤に対する作物保護のための新規な非ＧＭＯ技術として利用することができる。
【００８３】
従って、本発明の一態様によれば、植物細胞においてＲＮＡサイレンシング活性を有さない非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性を付与するＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入し、それによって非コードＲＮＡ分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する工程を含む方法が提供される。
【００８４】
本発明の別の態様によれば、植物細胞において標的ＲＮＡに対するＲＮＡサイレンシング分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法であって、ＲＮＡサイレンシング分子の特異性を第２の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入し、それによってＲＮＡサイレンシング分子をコードする遺伝子を改変する工程を含み、標的ＲＮＡ及び第２の標的ＲＮＡが異なる方法が提供される。
【００８５】
本明細書で使用される「植物」という用語は、種子、シュート、茎、根（塊根を含む）、台木、接ぎ穂、及び植物細胞、組織及び器官を含む、植物全体、接木植物、植物及び植物部分の祖先及び子孫を包含する。植物は、懸濁培養物、胚、分裂組織領域、カルス組織、葉、配偶体、胞子体、花粉、及び小胞子を含む任意の形態であり得る。本発明の方法において有用であり得る植物は、上科（スーパーファミリー）緑色植物亜界に属する全ての植物、特に、以下の植物を含むリストから選択される、飼料又は飼葉用マメ科植物、観賞植物、食用作物、樹木、又は潅木植物を含む、単子葉植物及び双子葉植物が挙げられる：アカシア（Ａｃａｃｉａ）種、カエデ属（Ａｃｅｒ）の種、マタタビ属（Ａｃｔｉｎｉｄｉａ）の種、トチノキ属（Ａｅｓｃｕｌｕｓ）の種、カウリマツ（Ａｇａｔｈｉｓ  ａｕｓｔｒａｌｉｓ）、アルビジア・アマラ（Ａｌｂｉｚｉａ  ａｍａｒａ）、アルソフィラ・トリカラー（Ａｌｓｏｐｈｉｌａ  ｔｒｉｃｏｌｏｒ）、ウシクサ属（Ａｎｄｒｏｐｏｇｏｎ）の種、ラッカセイ属（Ａｒａｃｈｉｓ）の種、ビンロウ（Ａｓｅｃａ  ｃａｔｅｃｈｕ）、アステリア・フラグランス（Ａｓｔｅｌｉａ  ｆｒａｇｒａｎｓ）、アストラガルス・シサー（Ａｓｔｒａｇａｌｕｓ  ｃｉｃｅｒ）、バイキアエア・プルリジュガ（Ｂａｉｋｉａｅａ  ｐｌｕｒｉｊｕｇａ）、カバノキ属（Ｂｅｔｕｉｌａ）の種、アブラナ属（Ｂｒａｓｓｉｃａ）の種、オヒルギ（Ｂｒｕｇｕｉｅｒａ  ｇｙｍｎｏｒｒｈｉｚａ）、ブルケア・アフリカーナ（Ｂｕｒｋｅａ  ａｆｒｉｃａｎａ）、ハナモツヤクノキ（Ｂｕｔｅａ  ｆｒｏｎｄｏｓａ）、カダバ・ファリノーサ（Ｃａｄａｂａ  ｆａｒｉｎｏｓａ）、ベニゴウカン属（カリアンドラ属、Ｃａｌｌｉａｎｄｒａ）の種、チャノキ（Ｃａｍｅｌｌｉａ  ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ダンドク（Ｃａｎｎａ  ｉｎｄｉｃａ）、トウガラシ属（Ｃａｐｓｉｃｕｍ）の種、カシア属（Ｃａｓｓｉａ）の種、セントロエマ・プベスケンス（Ｃｅｎｔｒｏｅｍａ  ｐｕｂｅｓｃｅｎｓ）、ボケ属（Ｃｈａｃｏｏｍｅｌｅｓ）の種、シナニッケイ（Ｃｉｎｎａｍｏｍｕｍ  ｃａｓｓｉａ）、アラビカコーヒーノキ（Ｃｏｆｆｅａ  ａｒａｂｉｃａ）、コロフォスペルムム・モパネ（Ｃｏｌｏｐｈｏｓｐｅｒｍｕｍ  ｍｏｐａｎｅ）、タマザキクサフジ（Ｃｏｒｏｎｉｌｌｉａ  ｖａｒｉａ）、コトネアスター・セロティナ（Ｃｏｔｏｎｅａｓｔｅｒ  ｓｅｒｏｔｉｎａ）、サンザシ属（Ｃｒａｔａｅｇｕｓ）の種、キュウリ属（Ｃｕｃｕｍｉｓ）の種、イトスギ属（Ｃｕｐｒｅｓｓｕｓ）、シルバー・ファーン（Ｃｙａｔｈｅａ  ｄｅａｌｂａｔａ）、マルメロ（Ｃｙｄｏｎｉａ  ｏｂｌｏｎｇａ）、スギ（Ｃｒｙｐｔｏｍｅｒｉａ  ｊａｐｏｎｉｃａ）、オガルカヤ属（Ｃｙｍｂｏｐｏｇｏｎ）の種、シンシア・ディアルバータ（Ｃｙｎｔｈｅａ  ｄｅａｌｂａｔａ）、マルメロ、ヴァロニカ（Ｄａｌｂｅｒｇｉａ  ｍｏｎｅｔａｒｉａ）、ダバリア・ディバリカータ（Ｄａｖａｌｌｉａ  ｄｉｖａｒｉｃａｔａ）、ヌスビトハギ属（Ｄａｓｍｏｄｉｕｍ）の種、ディクソニア・スクアローサ（Ｄｉｃｋｓｏｎｉａ  ｓｑｕａｒｏｓａ）、ジベテロポゴン・アンプレクテンス（Ｄｉｂｅｔｅｒｏｐｏｇｏｎ  ａｍｐｌｅｃｔｅｎｓ）、ジオクレア属（Ｄｉｏｃｌｅａ）の種、フジマメ属（Ｄｏｌｉｃｈｏｓ）の種、ドリクニウム・レクタム（Ｄｏｒｙｃｎｉｕｍ  ｒｅｃｔｕｍ）、エチノクロア・ピラミダリス（Ｅｃｈｉｎｏｃｈｌｏａ  ｐｙｒａｍｉｄａｌｉｓ）、エーラフィア属（Ｅｈｒａｆｆｉａ）の種、シコクビエ（Ｅｌｅｕｓｉｎｅ  ｃｏｒａｃａｎａ）、スズメガヤ属（Ｅｒａｇｒｅｓｔｉｓ）の種、デイゴ属（エリスリナ属、Ｅｒｙｔｈｒｉｎａ）の種、ユーカリ属（Ｅｕｃａｌｙｐｆｕｓ）の種、ユークレア・シンペリー（Ｅｕｃｌｅａ  ｓｃｈｉｍｐｅｒｉ）、ユーラリア・ビロサ（Ｅｕｌａｌｉａ  ｖｉ／ｌｏｓａ）、ヅパ属（Ｐａｇｏｐｙｒｕｍ）の種、フェイジョア・セロウィアナ（Ｆｅｉｊｏａ  ｓｅｌｌｏｗｌａｎａ）、オランダイチゴ属（Ｆｒａｇａｒｉａ）の種、フレミンジア（Ｆｌｅｍｉｎｇｉａ）の種、フレイシネチア・バンクシイ（Ｆｒｅｙｃｉｎｅｔｉａ  ｂａｎｋｓｌｉ）、ゲンノショウコ（Ｇｅｒａｎｉｕｍ  ｔｈｕｎｂｅｒｇｉｉ）、イチョウ（ＧｉｎＡｇｏ  ｂｉｌｏｂａ）、グリシン・ジャバニカ（Ｇｌｙｃｉｎｅ  ｊａｖａｎｉｃａ）、グリリシディア属（Ｇｌｉｒｉｃｉｄｉａ）の種、アプランドワタ（ゴシピウム・ヒルスツム、Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ  ｈｉｒｓｕｔｕｍ）、グレビレア（Ｇｒｅｖｉｌｌｅａ）の種、グイボウルティア・コレオスペルマ（Ｇｕｉｂｏｕｒｔｉａ  ｃｏｌｅｏｓｐｅｒｍａ）、イワオウギ属（Ｈｅｄｙｓａｒｕｍ）の種、ヘマルチア・アルティッシマ（Ｈｅｍａｆｆｈｉａ  ａｌｔｉｓｓｉｍａ）、ヘテロポゴン・コントルツス（Ｈｅｔｅｒｏｐｏｇｏｎ  ｃｏｎｔｏｆｆｕｓ）、オオムギ（Ｈｏｒｄｅｕｍ  ｖｕｌｇａｒｅ）、ヒパーレニア・ルファ（Ｈｙｐａｒｒｈｅｎｉａ  ｒｕｆａ）、オトギリソウ（Ｈｙｐｅｒｉｃｕｍ  ｅｒｅｃｔｕｍ）、ヒペフェリア・ジソルテ（Ｈｙｐｅｆｆｈｅｌｉａ  ｄｉｓｓｏｌｕｔｅ）、インジゴ・インカマタ（Ｉｎｄｉｇｏ  ｉｎｃａｍａｔａ）、アヤメ属（Ｉｒｉｓ）の種、レプタルレナ・ピロリフォリア（Ｌｅｐｔａｒｒｈｅｎａ  ｐｙｒｏｌｉｆｏｌｉａ）、レスペディザ（Ｌｅｓｐｅｄｉｚａ）の種、レチュカ（Ｌｅｔｔｕｃａ）の種、ギンネム（レウカエナ・レウコセファラ、Ｌｅｕｃａｅｎａ  ｌｅｕｃｏｃｅｐｈａｌａ）、ロウデチア・シンプレクス（Ｌｏｕｄｅｔｉａ  ｓｉｍｐｌｅｘ）、ロトヌス・バイネスリ（Ｌｏｔｏｎｕｓ  ｂａｉｎｅｓｌｉ）、ミヤコグサ属（Ｌｏｔｕｓ）の種、マクロチローマ・アキシラレ（Ｍａｃｒｏｔｙｌｏｍａ  ａｘｉｌｌａｒｅ）、リンゴ属（Ｍａｌｕｓ）の種、キャッサバ（Ｍａｎｉｈｏｔ  ｅｓｃｕｌｅｎｔａ）、ムラサキウマゴヤシ（Ｍｅｄｉｃａｇｏ  ｓａｌｉｖａ）、メタセコイア（Ｍｅｔａｓｅｑｕｏｉａ  ｇｌｙｐｔｏｓｔｒｏｂｏｉｄｅｓ）、ムサ・サピエンツム（Ｍｕｓａ  ｓａｐｉｅｎｔｕｍ）、バナナ、ニコチアヌム（Ｎｉｃｏｔｉａｎｕｍ）の種、オノブリョチス（Ｏｎｏｂｒｙｃｈｉｓ）の種、オルニソプス属（Ｏｒｎｉｔｈｏｐｕｓ）の種、イネ属（Ｏｒｙｚａ）の種、ペルトフォルム・アフリカヌム（Ｐｅｌｔｏｐｈｏｒｕｍ  ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、チカラシバ属（Ｐｅｎｎｉｓｅｔｕｍ）の種、パーシア・グラティッシマ（アボカド、Ｐｅｒ��ｅａ  ｇｒａｔｉｓｓｉｍａ）、ペチュニア属（Ｐｅｔｕｎｉａ）の種、インゲンマメ属（Ｐｈａｓｅｏｌｕｓ）の種、カナリーヤシ（Ｐｈｏｅｎｉｘ  ｃａｎａｒｉｅｎｓｉｓ）、フォルミウム・クッキアヌム（Ｐｈｏｒｍｉｕｍ  ｃｏｏｋｉａｎｕｍ）、カナメモチ属（Ｐｈｏｔｉｎｉａ）種、ピセア・グラウカ（Ｐｉｃｅａ  ｇｌａｕｃａ）、マツ属（Ｐｉｎｕｓ）種、エンドウ（Ｐｉｓｕｍ  ｓａｔｉｖａｍ）、ポドカルプス・トタラ（Ｐｏｄｏｃａｒｐｕｓ  ｔｏｔａｒａ）、ポゴナルスリア・フレッキイ（Ｐｏｇｏｎａｒｔｈｒｉａ  ｆｌｅｃｋｉｉ）、ポゴナルスリア・セクアルローサ（Ｐｏｇｏｎａｆｆｈｒｉａ  ｓｑｕａｒｒｏｓａ）、ポプラ属（Ｐｏｐｕｌｕｓ）の種、プロソピス・シネラリア（Ｐｒｏｓｏｐｉｓ  ｃｉｎｅｒａｒｉａ）、ベイマツ（Ｐｓｅｕｄｏｔｓｕｇａ  ｍｅｎｚｉｅｓｉｉ）、プテロロビウム・ステラツム（Ｐｔｅｒｏｌｏｂｉｕｍ  ｓｔｅｌｌａｔｕｍ）、セイヨウナシ（Ｐｙｒｕｓ  ｃｏｍｍｕｎｉｓ）、カシ属（Ｑｕｅｒｃｕｓ）の種、シャリンバイ（Ｒｈａｐｈｉｏｌｅｐｓｉｓ  ｕｍｂｅｌｌａｔａ）、ロパロスチリス・サピダ（Ｒｈｏｐａｌｏｓｔｙｌｉｓ  ｓａｐｉｄａ）、ルス・ナタレンシス（Ｒｈｕｓ  ｎａｔａｌｅｎｓｉｓ）、セイヨウスグリ（Ｒｉｂｅｓ  ｇｒｏｓｓｕｌａｒｉａ）、スグリ属（Ｒｉｂｅｓ）の種、ニセアカシア（Ｒｏｂｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏａｃａｃｉａ）、バラ属（Ｒｏｓａ）の種、キイチゴ属（Ｒｕｂｕｓ）種、ヤナギ属（Ｓａｌｉｘ）の種、スキザクリウム・サングイネウム（Ｓｃｈｙｚａｃｈｙｒｉｕｍ  ｓａｎｇｕｉｎｅｕｍ）、シアドピチス・ベフィシラタ（Ｓｃｉａｄｏｐｉｔｙｓ  ｖｅｆｆｉｃｉｌｌａｔａ）、セコイア（Ｓｅｑｕｏｉａ  ｓｅｍｐｅｒｖｉｒｅｎｓ）、セコイアデンドロン（Ｓｅｑｕｏｉａｄｅｎｄｒｏｎ  ｇｉｇａｎｔｅｕｍ）、モロコシ（Ｓｏｒｇｈｕｍ  ｂｉｃｏｌｏｒ）、ホウレンソウ属（Ｓｐｉｎａｃｉａ）の種、スポロボルス・フィムブリアツス（Ｓｐｏｒｏｂｏｌｕｓ  ｆｉｍｂｒｉａｔｕｓ）、スチブルス・アロペクロイデス（Ｓｔｉｂｕｒｕｓ  ａｌｏｐｅｃｕｒｏｉｄｅｓ）、スチロサントス・フミリス（Ｓｔｙｌｏｓａｎｔｈｏｓ  ｈｕｍｉｌｉｓ）、タデハギ（Ｔａｄｅｈａｇｉ）の種、ラクウショウ（Ｔａｘｏｄｉｕｍ  ｄｉｓｔｉｃｈｕｍ）、テメダ・トリアンドラ（Ｔｈｅｍｅｄａ  ｔｒｉａｎｄｒａ）、ジャジクソウ属（Ｔｒｉｆｏｌｉｕｍ）の種、コムギ属（Ｔｒｉｔｉｃｕｍ）の種、アメリカツガ（Ｔｓｕｇａ  ｈｅｔｅｒｏｐｈｙｌｌａ）、スノキ属（Ｖａｃｃｉｎｉｕｍ）種、ソラマメ属（Ｖｉｃｉａ）の種、ヨーロッパブドウ（ヴィティス・ヴィニフェラ、Ｖｉｔｉｓ  ｖｉｎｉｆｅｒａ）、ワトソニア・ピラミダタ（Ｗａｔｓｏｎｉａ  ｐｙｒａｍｉｄａｔａ）、オランダカイウ（Ｚａｎｔｅｄｅｓｃｈｉａ  ａｅｔｈｉｏｐｉｃａ）、トウモロコシ（Ｚｅａ  ｍａｙｓ）、アマランサス、アーティチョーク（チョウセンアザミ）、アスパラガス、ブロッコリー、芽キャベツ（Ｂｒｕｓｓｅｌｓ  ｓｐｒｏｕｔｓ）、キャベツ、セイヨウアブラナ（キャノーラ）、ニンジン、カリフラワー、セロリ、コラードの葉（ｃｏｌｌａｒｄ  ｇｒｅｅｎｓ）、アマ（亜麻）、ケール、レンティル、アブラナ（ｏｉｌｓｅｅｄ  ｒａｐｅ）、オクラ、タマネギ、ジャガイモ、イネ、ダイズ、イチゴ、サトウダイコン、サトウキビ、ヒマワリ、トマト、カボチャ、茶及び樹木。あるいは、藻類及び他の非緑色植物を、本発明のいくつかの実施形態の方法に使用することができる。
【００８６】
特定の実施形態によれば、植物は、作物、花又は樹木である。
【００８７】
特定の実施形態によれば、植物は、木質植物種、例えば、オニマタタビ（Ａｃｔｉｎｉｄｉａ  ｃｈｉｎｅｎｓｉｓ）（マタタビ科）、キャッサバ（Ｍａｎｉｈｏｔｅｓｃｕｌｅｎｔａ）（トウダイグサ科）、ユリノキ（Ｆｉｒｉｏｄｅｎｄｒｏｎ  ｔｕｌｉｐｅｒａ）（モクレン科）、ポプラ（Ｐｏｐｕｌｕｓ）（ヤナギ科）、ビャクダン（Ｓａｎｔａｌｕｍ  ａｌｂｕｍ）（ビャクダン科）、ニレ（Ｕｌｍｕｓ）（ニレ科）、並びにバラ科（リンゴ属、サクラ属、ナシ属）及びミカン科（柑橘属、ミカン属（Ｍｉｃｒｏｃｉｔｒｕｓ））、裸子植物、例えば、カナダトウヒ（Ｐｉｃｅａ  ｇｌａｕｃａ）及びテーダマツ（Ｐｉｎｕｓ  ｔａｅｄａ）、森林樹（例えば、カバノキ科、ブナ科、裸子植物及び熱帯樹種）、果樹、灌木又は草本、例えば、（バナナ、ココア、ココヤシ、コーヒー、ナツメヤシ、ブドウ及び茶）並びにアブラヤシである。
【００８８】
特定の実施形態によれば、植物は、熱帯作物のもの、例えば、コーヒー、マカダミア、バナナ、パイナップル、タロ、パパイヤ、マンゴ、オオムギ、豆類、キャッサバ、ヒヨコマメ、ココア（チョコレート）、カウピー、トウモロコシ（トウキビ）、キビ、イネ、モロコシ、サトウキビ、サツマイモ、タバコ、タロ、チャ（茶）、ヤムである。
【００８９】
「穀物」、「種子」、又は「豆」は、別のそのような植物に発生することができる開花植物の生殖単位を指す。本明細書で使用される場合、これらの用語は、同義的に、かつ互換的に使用される。
【００９０】
特定の実施形態によれば、植物は植物細胞、例えば胚細胞懸濁液中の植物細胞である。
【００９１】
特定の実施形態によれば、植物細胞はプロトプラストである。
【００９２】
プロトプラストは、任意の植物組織、例えば、果実、花、根、葉、胚、胚細胞懸濁液、カルス又は苗組織に由来する。
【００９３】
本明細書中で使用される場合、用語「非コードＲＮＡ分子」は、アミノ酸配列に翻訳されず、そしてタンパク質をコードしないＲＮＡ配列をいう。
【００９４】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、典型的には、ＲＮＡサイレンシングプロセシング機構又は活性を受ける。しかし、本明細書では、ＲＮＡ干渉又は翻訳阻害をもたらすプロセシング機構を誘発しうるヌクレオチドのわずかな変化（例えば、ｍｉＲＮＡについて２４ヌクレオチドまで）も意図される。
【００９５】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、細胞に対して内在性（天然、例えば未変性）である。非コードＲＮＡ分子はまた、細胞に対して外来性であり得る（すなわち、外部から付加され、そして細胞中に天然に存在しない）ことが理解される。
【００９６】
いくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、固有の翻訳阻害活性を含む。
【００９７】
いくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、固有のＲＮＡｉ活性を含む。
【００９８】
いくつかの実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、固有の翻訳阻害活性又は固有のＲＮＡｉ活性を含まない（すなわち、非コードＲＮＡ分子は、ＲＮＡサイレンシング活性を有さない）。
【００９９】
本発明の一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、標的ＲＮＡ（例えば、天然標的ＲＮＡ）に特異的であり、例えば、ＲＴ−ＰＣＲ、ウェスタンブロット、免疫組織化学及び／若しくはフローサイトメトリー、配列決定又は任意の他の検出方法によってＲＮＡ又はタンパク質レベルで決定される場合に、標的遺伝子に対して１００％未満の全体的相同性、例えば、標的遺伝子に対して９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９４％、９３％、９２％、９１％、９０％、８９％、８８％、８７％、８６％、８５％、８４％、８３％、８２％、８１％未満の全体的相同性を示して、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡを交差阻害又はサイレンシングするように設計されない限り（以下に論じる）、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡを交差阻害又はサイレンシングしない。
【０１００】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、ＲＮＡサイレンシング分子又はＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）分子である。
【０１０１】
用語「ＲＮＡサイレンシング」又はＲＮＡｉは、非コードＲＮＡ分子（「ＲＮＡサイレンシング分子」又は「ＲＮＡｉ分子」）が、配列特異的に、遺伝子発現又は翻訳の同時転写（転写時）阻害又は転写後阻害を媒介する細胞調節機構をいう。
【０１０２】
一実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子は、転写中のＲＮＡ抑制（同時転写遺伝子サイレンシング）を媒介することができる。
【０１０３】
具体的な実施形態によれば、同時転写遺伝子サイレンシングは、エピジェネティックサイレンシング（例えば、機能的遺伝子発現を妨げるクロマチン状態（ｃｈｒｏｍａｔｉｃ  ｓｔａｔｅ））を含む。
【０１０４】
一実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子は、転写後のＲＮＡ抑制（転写後遺伝子サイレンシング）を媒介することができる。
【０１０５】
転写後遺伝子サイレンシング（ＰＴＧＳ）とは、典型的には、翻訳を妨げることによって活性を低下させるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）分子の分解又は切断の過程（典型的には細胞質内で起こる）をいう。例えば、そして以下に詳細に議論されるように、ＲＮＡサイレンシング分子のガイド鎖は、ｍＲＮＡ分子中の相補的配列と対合し、そして例えば、アルゴノート２（Ａｇｏ２）による切断を誘導する。
【０１０６】
同時転写遺伝子サイレンシングとは、典型的には遺伝子活性の不活性化（すなわち、転写抑制）を指し、典型的には細胞核内で起こる。このような遺伝子活性抑制は、標的ＤＮＡやヒストンをメチル化するメチルトランスフェラーゼなどのエピジェネティック関連因子によって媒介される。従って、同時転写遺伝子サイレンシングにおいて、小分子ＲＮＡと標的ＲＮＡとの結合（小分子ＲＮＡ−転写産物相互作用）は、標的新生転写産物を不安定化し、そして遺伝子活性及び転写を抑制する構造へのクロマチン再構築を誘導するＤＮＡ改変酵素及びヒストン改変酵素（すなわち、エピジェネティック因子）を動員する。また、同時転写遺伝子サイレンシングにおいて、クロマチン関連の長鎖非コードＲＮＡ骨格は、小分子ＲＮＡとは無関係にクロマチン修飾複合体を動員してもよい。これらの同時転写サイレンシング機構は、不適切な転写事象を検出しサイレンシングするＲＮＡサーベイランスシステムを形成し、自己強化エピジェネティックループを介してこれらの事象の記憶を提供する［Ｄ．Ｈｏｃｈ及びＤ．Ｍｏａｚｅｄ、ＲＮＡ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｅｐｉｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ、Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｇｅｎｅｔ．（２０１５）  １６（２）：７１−８４に記載されている］。
【０１０７】
本発明の一実施形態によれば、ＲＮＡｉ生合成／プロセシング機構は、ＲＮＡサイレンシング分子を生成する。
【０１０８】
本発明の一実施形態によれば、ＲＮＡｉ生合成／プロセシング機構はＲＮＡサイレンシング分子を生成するが、特異的標的は特定されていない。
【０１０９】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を誘導することができる。
【０１１０】
以下は、本発明の特定の実施形態に従って使用され得る固有のＲＮＡｉ活性を含む非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）の詳細な説明である。
【０１１１】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、前駆体からプロセシングされる。
【０１１２】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）前駆体からプロセシングされる。
【０１１３】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、二重鎖構造の一本鎖ＲＮＡ前駆体からプロセシングされる。
【０１１４】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、（例えば、完全及び不完全な塩基対合を含む）ｄｓＲＮＡ前駆体からプロセシングされる。
【０１１５】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、非構造化ＲＮＡ前駆体からプロセシングされる。
【０１１６】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、タンパク質コードＲＮＡ前駆体からプロセシングされる。
【０１１７】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子は、非コードＲＮＡ前駆体からプロセシングされる。
【０１１８】
一実施形態によれば、ｄｓＲＮＡは、２つの異なる相補的ＲＮＡから、又はそれ自体が折り畳まれてｄｓＲＮＡを形成する単一のＲＮＡから誘導することができる。
【０１１９】
完全及び不完全な塩基対合ＲＮＡ（すなわち、二本鎖ＲＮＡ；ｄｓＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ及びｓｈＲＮＡ  −  細胞中の長いｄｓＲＮＡの存在は、ダイサー（ｄｉｃｅｒ）と呼ばれるリボヌクレアーゼＩＩＩ酵素の活性を刺激する。ダイサー（エンドリボヌクレアーゼダイサー又はＲＮａｓｅモチーフを有するヘリカーゼとしても知られる）は、植物において典型的にはダイサー様（ＤＣＬ）タンパク質と呼ばれる酵素である。植物によってＤＣＬ遺伝子の数が異なるため、たとえばシロイヌナズナのゲノムは典型的には４つのＤＣＬ遺伝子をもち、イネは８つのＤＣＬ遺伝子をもち、トウモロコシのゲノムは５つのＤＣＬ遺伝子をもつ。ダイサーは、短い干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）として知られるｄｓＲＮＡの短いフラグメントへのｄｓＲＮＡのプロセシングに関与する。ダイサー活性に由来するｓｉＲＮＡは、典型的には、約２１〜約２３ヌクレオチド長であり、２つの３’ヌクレオチドオーバーハングを有する約１９塩基対二重鎖を含む。
【０１２０】
従って、本発明のいくつかの実施形態は、ｄｓＲＮＡをコードする遺伝子を改変して、サイレンシング特異性（サイレンシング活性を含む）を第２の標的ＲＮＡ（すなわち、目的のＲＮＡ）に向け直すことを意図する。
【０１２１】
一実施形態によれば、２１ｂｐより長いｄｓＲＮＡ前駆体が使用される。種々の研究は、長いｄｓＲＮＡが、ストレス応答を誘導することなく、又は有意なオフターゲット効果を引き起こすことなく、遺伝子発現をサイレンシングするために使用され得ることを実証する。例えば、以下を参照［Ｓｔｒａｔら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ、２００６、第３４巻、第１３号、３８０３−３８１０；Ｂｈａｒｇａｖａ  Ａら、Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓ．  Ｐｒｏｔｏｃ．２００４；１３：１１５−１２５；Ｄｉａｌｌｏ  Ｍ．ら、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ．２００３；１３：３８１−３９２；Ｐａｄｄｉｓｏｎ  Ｐ．Ｊ．ら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ．２００２；９９：１４４３−１４４８；Ｔｒａｎ  Ｎ．ら、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２００４；５７３：１２７−１３４］。
【０１２２】
用語「ｓｉＲＮＡ」は、ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）経路を誘導する小分子の阻害性ＲＮＡ二重鎖（一般に１８〜３０塩基対）を指す。典型的には、ｓｉＲＮＡは、中央の１９ｂｐ二重鎖領域及び末端上の対称的な２塩基３’−オーバーハングを有する２１マー（塩基長）として化学的に合成されるが、２５〜３０塩基長の化学的に合成されたＲＮＡ二重鎖は、同じ位置の２１マーと比較して、１００倍もの効力の増加を有し得ることが最近記載されている。ＲＮＡｉを誘発する際に、より長いＲＮＡを使用して得られた観察された増大した効力は、生成物（２１マー）の代わりに基質（２７マー）をダイサーに提供することから生じること、及びこれが、ＲＩＳＣへのｓｉＲＮＡ二重鎖の侵入の速度又は効率を改善することが示唆される。
【０１２３】
３’−オーバーハングの位置は、ｓｉＲＮＡの効力に影響を及ぼすが、組成は影響を及ぼさないこと、及びアンチセンス鎖上に３’−オーバーハングを有する非対称二重鎖は、一般に、センス鎖上に３’−オーバーハングを有するものよりも強力であることが見出されている（Ｒｏｓｅら、２００５）。
【０１２４】
二本鎖干渉ＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ）の鎖は、ヘアピン又はステムループ構造（例えば、ｓｈＲＮＡ）を形成するために連結され得る。従って、言及したように、本発明のいくつかの実施形態のＲＮＡサイレンシング分子は、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）であってもよい。
【０１２５】
短鎖ヘアピンＲＮＡ「ｓｈＲＮＡ」という用語は、本明細書中で使用される場合、相補的配列の第１及び第２の領域を含むステムループ構造を有するＲＮＡ分子をいい、これらの領域の相補性及び配向の程度は、領域間で塩基対形成が起こるように十分であり、第１及び第２の領域は、ループ領域によって連結され、ループは、ループ領域内のヌクレオチド（又はヌクレオチドアナログ）間の塩基対形成の欠如から生じる。ループ中のヌクレオチドの数は、３〜２３、又は５〜１５、又は７〜１３、又は４〜９、又は９〜１１（両端の数値を含む）である。ループ中のヌクレオチドのいくつかは、ループ中の他のヌクレオチドとの塩基対相互作用に関与し得る。ループを形成するために使用され得るオリゴヌクレオチド配列の例としては、５’−ＣＡＡＧＡＧＡ−３’及び５’−ＵＵＡＣＡＡ−３’（国際公開第２０１３１２６９６３号パンフレット及び国際公開第２０１４１０７７６３号パンフレット）が挙げられる。得られる一本鎖オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡｉ機構と相互作用することができる二本鎖領域を含むステムループ又はヘアピン構造を形成することが、当業者によって認識される。
【０１２６】
本発明のいくつかの実施形態のＲＮＡサイレンシング分子は、ＲＮＡのみを含有する分子に限定される必要はなく、化学修飾されたヌクレオチド及び非ヌクレオチドをさらに包含する。
【０１２７】
トランス作用性ｓｉＲＮＡ（Ｔａ−ｓｉＲＮＡ）、リピート関連ｓｉＲＮＡ（Ｒａ−ｓｉＲＮＡ）及び天然アンチセンス転写産物由来ｓｉＲＮＡ（Ｎａｔ−ｓｉＲＮＡ）を含む種々の型のｓｉＲＮＡが、本発明によって意図される。
【０１２８】
一実施形態によれば、サイレンシングＲＮＡは、約２６及び３１ヌクレオチド長のＰｉｗｉ相互作用ＲＮＡのクラスである「ｐｉＲＮＡ」を含む。ｐｉＲＮＡは、典型的には、Ｐｉｗｉタンパク質との相互作用を介してＲＮＡ−タンパク質複合体を形成する、すなわち、アンチセンスｐｉＲＮＡは、典型的には、Ｐｉｗｉタンパク質（例えば、Ｐｉｗｉ、Ａｇｏ３及びＡｕｂｅｒｇｉｎｅ（Ａｕｂ））にロードされる（取り込まれる）。
【０１２９】
ｍｉＲＮＡ  −  別の実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子はｍｉＲＮＡであってもよい。
【０１３０】
用語「マイクロＲＮＡ」、「ｍｉＲＮＡ」及び「ｍｉＲ」は同義であり、遺伝子発現を調節する長さ約１９〜２４ヌクレオチドの非コード一本鎖ＲＮＡ分子の一群を指す。ｍｉＲＮＡは、広範囲の生物（例えば、昆虫、哺乳類、植物、線虫）に見出され、発生、恒常性、及び疾患の病因において役割を果たすことが示されている。
【０１３１】
最初に、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡは、長い非完全二本鎖ステムループＲＮＡとして存在し、これは、成熟ガイド鎖（ｍｉＲＮＡ）及びパッセンジャー鎖（ｍｉＲＮＡ＊）として公知の類似のサイズのフラグメントを含むｓｉＲＮＡ様二重鎖へと、ダイサーによってさらにプロセシングされる。ｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊は、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡとｐｒｅ−ｍｉＲＮＡの対向アームに由来してもよい。ｍｉＲＮＡ＊配列は、クローニングされたｍｉＲＮＡのライブラリー中に見出されることがあるが、典型的にはｍｉＲＮＡよりも低い頻度で見出される。
【０１３２】
当初はｍｉＲＮＡ＊との二本鎖種として存在しているが、最終的にはｍｉＲＮＡは一本鎖ＲＮＡとしてＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として知られるリボ核タンパク質複合体に取り込まれるようになる。さまざまなタンパク質がＲＩＳＣを形成することができ、これによりｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ＊二重鎖に対する特異性、標的遺伝子の結合部位、ｍｉＲＮＡの活性（抑制又は活性化）、及びｍｉＲＮＡ／ｍｉＲＮＡ＊二重鎖のどの鎖がＲＩＳＣにロードされるかにばらつきが生じる可能性がある。
【０１３３】
ｍｉＲＮＡ：ｍｉＲＮＡ＊二重鎖のｍｉＲＮＡ鎖がＲＩＳＣにロードされると、ｍｉＲＮＡ＊は除去され、分解される。ＲＩＳＣにロードされるｍｉＲＮＡ：ｍｉＲＮＡ＊二重鎖の鎖は、５’末端があまり緊密に対合していない鎖である。ｍｉＲＮＡ：ｍｉＲＮＡ＊の両端がおよそ等価な５’対合をもつ場合には、ｍｉＲＮＡとｍｉＲＮＡ＊の両方が遺伝子サイレンシング活性をもつ可能性がある。
【０１３４】
ＲＩＳＣは、ｍｉＲＮＡとｍＲＮＡとの間の高いレベルの相補性、特にｍｉＲＮＡのヌクレオチド２〜８（「シード配列」と呼ばれる）に基づいて標的核酸を特定する。
【０１３５】
翻訳の効率的な阻害を達成するためのｍｉＲＮＡとそのｍＲＮＡ標的との間の塩基対形成必要性については、多くの研究が注目している（Ｂａｒｔｅｌ  ２００４、Ｃｅｌｌ  １１６−２８１による総説）。全ゲノム上のｍｉＲＮＡ結合を解析する計算研究から、標的結合におけるｍｉＲＮＡの５’側の塩基２〜８（「シード配列」とも呼ばれる）の特異的な役割が示唆されているが、通常「Ａ」であることがわかっている最初のヌクレオチドの役割も認識されていた（Ｌｅｗｉｓら２００５  Ｃｅｌｌ  １２０−１５）。同様に、ヌクレオチド１〜７又は２〜８を使用して、Ｋｒｅｋら（２００５、Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ３７−４９５）によって標的が特定及び確認された。ｍＲＮＡの標的部位は５’  ＵＴＲ、３’  ＵＴＲ、又はコード領域にあってもよい。興味深いことに、複数のｍｉＲＮＡが同一又は複数の部位を認識することによって同一のｍＲＮＡ標的を調節している可能性がある。遺伝的に特定されたほとんどの標的に複数のｍｉＲＮＡ結合部位が存在することは、複数のＲＩＳＣの協同作用が最も効率的な翻訳阻害をもたらすことを示している可能性がある。
【０１３６】
ｍｉＲＮＡは、ｍＲＮＡ切断又は翻訳抑制という２つの機構のいずれかによって、ＲＩＳＣを遺伝子発現の下方制御に誘導する可能性がある。ｍｉＲＮＡがｍｉＲＮＡとある程度相補性をもつ場合には、ｍＲＮＡがｍＲＮＡの切断を指定することもある。ｍｉＲＮＡが切断を誘導する場合、切断は、典型的には、ｍｉＲＮＡの残基１０及び１１に対合するヌクレオチド間である。あるいは、ｍｉＲＮＡがｍｉＲＮＡに対して必要な程度の相補性を有さない場合、ｍｉＲＮＡは翻訳を抑制し得る。動物ではｍｉＲＮＡと結合部位との間の相補性の程度が低い可能性があるため、翻訳抑制が動物でより多くみられる可能性がある。
【０１３７】
ｍｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ＊のいずれかの一対の５’末端及び３’末端に可変性（ばらつき）がある可能性があることに注意すべきである。この可変性は、切断部位に関するドローシャ及びダイサーの酵素プロセシング（処理）の可変性に起因し得る。ｍｉＲＮＡ及びｍｉＲＮＡ＊の５’末端及び３’末端における可変性は、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ及びｐｒｅ−ｍｉＲＮＡのステム構造におけるミスマッチに起因する可能性もある。ステム鎖のミスマッチは、異なるヘアピン構造の集団をもたらし得る。ステム構造の可変性はまた、ドローシャ及びダイサーによる切断産物の可変性をもたらし得る。
【０１３８】
ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ配列は４５〜９０、６０〜８０又は６０〜７０ヌクレオチドを含み得、一方、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ配列は４５〜３０，０００、５０〜２５，０００、１００〜２０，０００、１，０００〜１，５００又は８０〜１００ヌクレオチドを含み得ることが理解される。
【０１３９】
一実施形態によれば、ｍｉＲＮＡはｍｉＲ−３９０ａ（配列番号２８に記載）を含む。
【０１４０】
一実施形態によれば、ｍｉＲＮＡはｍｉＲ−１７３（配列番号２９に記載）を含む。
【０１４１】
アンチセンス  −  アンチセンスは、遺伝子のｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズすることによって、その遺伝子の発現を阻止又は阻害するように設計された一本鎖ＲＮＡである。標的ＲＮＡの下方制御は、標的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡ転写産物と特異的にハイブリダイズし得るアンチセンスポリヌクレオチドを使用して達成され得る。
【０１４２】
言及したように、非コードＲＮＡ分子は、カノニカルな（内因性）ＲＮＡｉ活性を含まなくてもよい（例えば、カノニカルなＲＮＡサイレンシング分子ではないか、又はその標的は特定されていない）。このような非コードＲＮＡ分子には、以下のものが含まれる。
【０１４３】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）である。用語「ｔＲＮＡ」は、核酸のヌクレオチド配列とタンパク質のアミノ酸配列との間の物理的連結として働くＲＮＡ分子を指し、以前は可溶性ＲＮＡ又はｓＲＮＡと呼ばれていた。ｔＲＮＡは、典型的には、約７６〜９０ヌクレオチド長である。
【０１４４】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子はリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）である。用語「ｒＲＮＡ」は、リボソームのＲＮＡ成分、すなわちリボソーム小サブユニット又はリボソーム大サブユニットのいずれかを指す。
【０１４５】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、核内小分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ又はＵ−ＲＮＡ）である。用語「ｓＲＮＡ」又は「Ｕ−ＲＮＡ」は、真核細胞における細胞核のスプライシング斑点及びカハール体に見出される小分子ＲＮＡ分子を意味する。ｓｎＲＮＡは、典型的には約１５０ヌクレオチド長である。
【０１４６】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、核小体小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）である。用語「ｓｎｏＲＮＡ」は、主として他のＲＮＡ、例えばｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ及びｓｎＲＮＡの化学修飾を導く小分子ＲＮＡ分子のクラスを指す。ｓｎｏＲＮＡは、典型的には、２つのクラスのうちの１つに分類される：Ｃ／ＤボックスｓｎｏＲＮＡは、典型的には、約７０〜１２０ヌクレオチド長であり、メチル化に関連し、そしてＨ／ＡＣＡボックスｓｎｏＲＮＡは、典型的には、約１００〜２００ヌクレオチド長であり、そしてシュードウリジル化に関連する。
【０１４７】
ｓｎｏＲＮＡと同様にｓｃａＲＮＡ（すなわち、Ｓｍａｌｌ  Ｃａｊａｌ  ｂｏｄｙ  ＲＮＡ  ｇｅｎｅ（小分子カハール体ＲＮＡ遺伝子））もｓｎｏＲＮＡと同様のＲＮＡ成熟の役割を果たすが、その標的はスプライセオソームｓｎＲＮＡであり、ｓｃａＲＮＡは（核のカハール体の）スプライセオソームｓｎＲＮＡ前駆体の部位特異的改変を行う。
【０１４８】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、細胞外ＲＮＡ（ｅｘＲＮＡ）である。用語「ｅｘＲＮＡ」は、転写された場所である細胞の外部に存在するＲＮＡ種（例えば、エキソソームＲＮＡ）を意味する。
【０１４９】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子は、長鎖非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）である。用語「ｌｎｃＲＮＡ」又は「長鎖ｎｃＲＮＡ」は、典型的には２００ヌクレオチドより長い非タンパク質コード転写産物を指す。
【０１５０】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子の非限定的な例としては、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）、短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、トランス作用性ｓｉＲＮＡ（ｔａｓｉＲＮＡ）、核内小分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ又はＵＲＮＡ）、核小体小分子ＲＮＡ（ｓｎｏＲＮＡ）、小分子カハール体ＲＮＡ（ｓｃａＲＮＡ）、転移ＲＮＡ（ｔＲＮＡ）、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）、細胞外ＲＮＡ（ｅｘＲＮＡ）、リピート由来ＲＮＡ、転移因子ＲＮＡ及び長鎖非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１５１】
一実施形態によれば、ＲＮＡｉ分子の非限定的な例には、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、短鎖ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、Ｐｉｗｉ相互作用ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）及びトランス作用性ｓｉＲＮＡ（ｔａｓｉＲＮＡ）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１５２】
上記のように、本発明のいくつかの実施形態の方法は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに向けて、非コードＲＮＡ分子のサイレンシング活性及び／又は特異性をリダイレクトするために（又は非コードＲＮＡ分子がＲＮＡ分子をサイレンシングする固有の能力を有さない場合、サイレンシング活性及び／又は特異性を生成するために）利用される。
【０１５３】
一実施形態によれば、標的ＲＮＡ及び第２の標的ＲＮＡは異なる。
【０１５４】
一実施形態によれば、植物細胞において標的ＲＮＡに対するＲＮＡサイレンシング分子をコードするか又はそれにプロセシングされる遺伝子を改変する方法は、ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング活性及び／又は特異性を第２の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするＤＮＡ編集剤を植物細胞に導入し、それによってＲＮＡサイレンシング分子をコードする遺伝子を改変する工程を含み、標的ＲＮＡ及び第２の標的ＲＮＡは異なる。
【０１５５】
本明細書中で使用される場合、用語「サイレンシング特異性をリダイレクトする」、「サイレンシング特異性を向け直す」は、非コードＲＮＡ（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）の非天然標的に向かって非コードＲＮＡ（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）の元の特異性を再プログラミングすることをいう。従って、非コードＲＮＡの本来の特異性は消失し（すなわち、機能の喪失）、新しい特異性は、天然標的とは異なるＲＮＡ標的（すなわち、目的のＲＮＡ）に対するものである（すなわち、機能の獲得）。非コードＲＮＡがサイレンシング活性を持たない場合には、機能の獲得のみが起こることが理解されるであろう。
【０１５６】
本明細書中で使用される場合、用語「標的ＲＮＡ」は、非コードＲＮＡ分子によって天然に結合されるＲＮＡ配列をいう。従って、標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡの基質として当業者によって考慮される。
【０１５７】
本明細書中で使用される場合、用語「第２の標的ＲＮＡ」は、非コードＲＮＡ分子によって天然には結合されないＲＮＡ配列（コード又は非コード）をいう。従って、第２の標的ＲＮＡは、非コードＲＮＡの天然の基質ではない。
【０１５８】
本明細書中で使用される場合、用語「目的の標的ＲＮＡ」は、設計された非コードＲＮＡ分子によってサイレンシングされるべきＲＮＡ配列（コード又は非コード）をいう。
【０１５９】
本明細書中で使用される場合、用語「標的遺伝子をサイレンシングすること」は、標的遺伝子からのｍＲＮＡ及び／又はタンパク質産物のレベルにおける（例えば、同時転写及び／又は転写後遺伝子サイレンシングによる）欠如又は観察可能な減少を意味する。従って、標的遺伝子のサイレンシングは、本発明の設計された非コードＲＮＡ分子によって標的化されない標的遺伝子と比較して、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又は１００％であり得る。
【０１６０】
サイレンシングの結果は、植物から設計された非コードＲＮＡを取り込む植物細胞又は植物全体又は他の生物の外向きの特性の試験によって、又は生化学的技術（以下に議論されるように）によって確認され得る。
【０１６１】
本発明のいくつかの実施形態の設計された非コードＲＮＡ分子は、農業的に価値のある形質（例えば、バイオマス、収率など）に影響を及ぼさないという条件で、いくつかのオフターゲット特異性効果を有することができることが理解されるであろう。
【０１６２】
一実施形態によれば、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡは、植物細胞に対して内在性である。例示的な内在性の第２標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡには、本明細書中以降でさらに論じされるように、ストレス、感染、除草剤に対する感受性を付与する遺伝子の産物、又は植物成長速度、作物収量に関連する遺伝子の産物が含まれるが、これらに限定されない。
【０１６３】
一実施形態によれば、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡは、植物細胞に対して外来性である（本明細書では異種とも呼ばれる）。このような場合、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡは、植物ゲノムの天然の一部ではない遺伝子の産物である。例示的な外来性第２標的ＲＮＡには、本明細書中以下にさらに議論されるように、植物病原体（例えば、昆虫、ウイルス、細菌、真菌、線虫などであるがこれらに限定されない）の遺伝子の産物が挙げられるが、これらに限定されない。外来性標的ＲＮＡ（コード又は非コード）は、植物の内在ＲＮＡ配列（例えば、内在核酸配列と部分的に相同であり得る）と配列同一性を共有する核酸配列を含み得る。
【０１６４】
内在非コードＲＮＡ分子と標的ＲＮＡとの特異的結合は、コンピューターアルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴ）によって決定することができ、そして例えば、ノーザンブロット、Ｉｎ  Ｓｉｔｕ（インサイチュ）ハイブリダイゼーション、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ  Ｐｌｅｘアッセイなどを含む方法によって検証され得る。
【０１６５】
用語「相補性」又は「相補的」の使用は、非コードＲＮＡ分子（又はプロセシングされる小分子ＲＮＡ形態で存在する非コードＲＮＡ分子の少なくとも一部、又は二本鎖ポリヌクレオチド若しくはその一部の少なくとも１本鎖、又は一本鎖ポリヌクレオチドの一部）が、生理的条件下で標的ＲＮＡ又はそのフラグメントにハイブリダイズして、標的遺伝子の制御又は機能又は抑制をもたらすことを意味する。例えば、いくつかの実施形態では、非コードＲＮＡ分子は、標的ＲＮＡ（又は所与の標的遺伝子のファミリーメンバー）中の１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００又はこれより多い連続するヌクレオチドの配列と比べて、１００％配列同一性又は少なくとも約３０％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有する。
【０１６６】
本明細書中で使用される場合、非コードＲＮＡ分子、又はそれらのプロセシングされる小分子ＲＮＡ形態は、５’から３’に読み取られた配列のうちの１つの配列のすべてのヌクレオチドが、３’から５’に読み取られた場合の他の配列のすべてのヌクレオチドに相補的である場合、「完全な相補性」を示すと言われる。基準ヌクレオチド配列と完全に相補的なヌクレオチド配列は、基準ヌクレオチド配列の逆相補配列と同一の配列を示すであろう。
【０１６７】
配列相補性を決定するための方法は、当技術分野で周知であり、当技術分野で周知のバイオインフォマティクスツール（例えば、ＢＬＡＳＴ、多重配列アラインメント）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６８】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子がｓｉＲＮＡであるか、又はｓｉＲＮＡにプロセシングされる場合、相補性は、その標的配列に対して９０〜１００％の範囲（例えば、１００％）である。
【０１６９】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子がｍｉＲＮＡ若しくはｐｉＲＮＡであるか、又はｍｉＲＮＡ若しくはｐｉＲＮＡにプロセシングされる場合、相補性は、その標的配列に対して３３〜１００％の範囲である。
【０１７０】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子がｍｉＲＮＡである場合、シード配列相補性（すなわち、５’からのヌクレオチド２〜８）は、その標的配列に対して８５〜１００％の範囲（例えば、１００％）である。
【０１７１】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡは、小分子ＲＮＡ形態にさらにプロセシングされ得る（例えば、ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡは、成熟ｍｉＲＮＡにプロセシングされる）。このような場合、相同性は、プロセシングされる小分子ＲＮＡ形態（例えば、成熟ｍｉＲＮＡ配列）に基づいて測定される。
【０１７２】
本明細書中で使用される場合、用語「小分子ＲＮＡ形態」は、標的ＲＮＡ（又はそのフラグメント）とハイブリダイズし得る成熟小分子ＲＮＡをいう。一実施形態によれば、小分子ＲＮＡ形態はサイレンシング活性を有する。
【０１７３】
一実施形態によれば、標的配列に対する相補性は、プロセシングされる小分子ＲＮＡ形態の少なくとも約３３％（例えば、２１〜２８ｎｔの３３％）である。従って、例えば、非コードＲＮＡ分子がｍｉＲＮＡである場合、成熟ｍｉＲＮＡ配列（例えば、２１ｎｔ）の３３％は、シード相補性を含む（例えば、２１ｎｔのうちの７ｎｔ）。
【０１７４】
一実施形態によれば、標的配列に対する相補性は、プロセシングされる小分子ＲＮＡ形態の少なくとも約４５％（例えば、２１〜２８ｎｔの４５％）である。従って、例えば、非コードＲＮＡ分子がｍｉＲＮＡである場合、成熟ｍｉＲＮＡ配列（例えば、２１ｎｔ）の４５％は、シード相補性を含む（例えば、２１ｎｔのうちの９〜１０ｎｔ）。
【０１７５】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して約１０％、２０％、３０％、３３％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％までの相補性を有するものとして選択される。
【０１７６】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９９％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１７７】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９８％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１７８】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９７％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１７９】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９６％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８０】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９５％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８１】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９４％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８２】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９３％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８３】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９２％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８４】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９１％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８５】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して９０％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８６】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して８５％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８７】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して５０％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８８】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、改変前）は、典型的には、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して３３％以下の相補性を有するものとして選択される。
【０１８９】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して、少なくとも約３３％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はさらには１００％の相補性を含むように設計される。
【０１９０】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小３３％の相補性（例えば、８５〜１００％のシードマッチ（ｓｅｅｄ  ｍａｔｃｈ））を含むように設計される。
【０１９１】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小４０％の相補性を含むように設計される。
【０１９２】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小４５％の相補性を含むように設計される。
【０１９３】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小５０％の相補性を含むように設計される。
【０１９４】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小４５％の相補性を含むように設計される。
【０１９５】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小６０％の相補性を含むように設計される。
【０１９６】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小７０％の相補性を含むように設計される。
【０１９７】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小８０％の相補性を含むように設計される。
【０１９８】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小８５％の相補性を含むように設計される。
【０１９９】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９０％の相補性を含むように設計される。
【０２００】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９１％の相補性を含むように設計される。
【０２０１】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９２％の相補性を含むように設計される。
【０２０２】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９３％の相補性を含むように設計される。
【０２０３】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９４％の相補性を含むように設計される。
【０２０４】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９５％の相補性を含むように設計される。
【０２０５】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９６％の相補性を含むように設計される。
【０２０６】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９７％の相補性を含むように設計される。
【０２０７】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９８％の相補性を含むように設計される。
【０２０８】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して最小９９％の相補性を含むように設計される。
【０２０９】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対して１００％の相補性を含むように設計される。
【０２１０】
非コードＲＮＡ分子のサイレンシング活性及び／若しくは特異性を誘導するため、又は非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）のサイレンシング活性及び／若しくは特異性を、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに向けてリダイレクトするために、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）をコードする遺伝子を、ＤＮＡ編集剤を用いて改変する。
【０２１１】
以下は、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）をコードする遺伝子に核酸改変を導入するために使用される方法及びＤＮＡ編集剤、並びに本開示の特定の実施形態に従って使用され得るそれを実施するための薬剤の種々の非限定的な例の説明である。
【０２１２】
改変エンドヌクレアーゼを用いたゲノム編集  −  このアプローチは、典型的にはゲノム中の所望の位置（複数可）で特異的な二本鎖切断（ＤＳＢ）を切断し作製するために人工的に改変されたヌクレアーゼを用いる逆遺伝学的方法を指し、その二本鎖切断はその後、相同組換え（ＨＲ）又は非相同末端結合（ＮＨＥＪ）などの細胞内在性プロセスによって修復される。ＮＨＥＪは最小限の末端トリミングの有無にかかわらず二本鎖切断（ＤＳＢ）でＤＮＡ末端を直接結合する一方、ＨＲは欠失したＤＮＡ配列を切断部位で再生／コピーするために鋳型（すなわち、Ｓ期に形成された姉妹染色分体）として相同ドナー（ｄｏｎｏｒ）配列を利用する。ゲノムＤＮＡに特定のヌクレオチド改変を導入するために、所望の配列を含むドナーＤＮＡ修復鋳型が、ＨＲの間に存在しなければならない（外因的に提供される一本鎖又は二本鎖のＤＮＡ）。
【０２１３】
ほとんどの制限酵素は、ＤＮＡ上の数塩基対を標的として認識し、これらの配列は、しばしば、ゲノムにわたる多くの位置に見出され、所望の位置に限定されない複数の切断を生じるので、ゲノム編集は、従来の制限エンドヌクレアーゼを使用して実施され得ない。この課題を克服し、部位特異的な一本鎖切断又は二本鎖切断（ＤＳＢ）を作り出すために、現在までにいくつかの異なるクラスのヌクレアーゼが発見され、生物工学的に操作されている。これらには、メガヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）及びＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムが含まれる。
【０２１４】
メガヌクレアーゼ  −  メガヌクレアーゼは、一般に、４つのファミリー：ＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリー、ＧＩＹ−ＹＩＧファミリー、Ｈｉｓ−Ｃｙｓボックスファミリー及びＨＮＨファミリーに分類される。これらのファミリーは、触媒活性及び認識配列に影響を及ぼす構造モチーフによって特徴付けられる。例えば、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリーのメンバーは、保存されたＬＡＧＬＩＤＡＤＧモチーフの１つ又は２つのコピーのいずれかを有することによって特徴付けられる。メガヌクレアーゼの４つのファミリーは、保存された構造要素、従ってＤＮＡ認識配列特異性及び触媒活性に関して互いに大きく分離されている。メガヌクレアーゼは、微生物種において一般的に見出され、そして非常に長い認識配列（＞１４ｂｐ）を有するという独特の特性を有し、従って、それらを、所望の位置での切断に対して天然に非常に特異的にする。
【０２１５】
これを利用して、ゲノム編集における部位特異的二本鎖切断（ＤＳＢ）を作ることができる。当業者は、これらの天然に存在するメガヌクレアーゼを使用することができるが、このような天然に存在するメガヌクレアーゼの数は限られている。この課題を克服するために、突然変異誘発及びハイスループットスクリーニング法を用いて、ユニークな配列を認識するメガヌクレアーゼ変異体が作製された。例えば、種々のメガヌクレアーゼが融合されて、新しい配列を認識するハイブリッド酵素が作製されている。
【０２１６】
あるいは、メガヌクレアーゼのＤＮＡ相互作用アミノ酸は、配列特異的メガヌクレアーゼを設計するために変更され得る（例えば、米国特許第８，０２１，８６７号明細書を参照のこと）。メガヌクレアーゼは、例えばＣｅｒｔｏ、ＭＴら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓ（２０１２）９：０７３−９７５；米国特許第８，３０４，２２２号明細書；米国特許第８，０２１，８６７号明細書；米国特許第８，１１９，３８１号明細書；米国特許第８，１２４，３６９号明細書；米国特許第８，１２９，１３４号明細書；米国特許第８，１３３，６９７号明細書；米国特許第８，１４３，０１５号明細書；米国特許第８，１４３，０１６号明細書；米国特許第８，１４８，０９８号明細書；又は米国特許第８，１６３，５１４号明細書に記載されている方法を用いて設計することができる。これらの文献のそれぞれの内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。あるいは、部位特異的切断特性を有するメガヌクレアーゼは、市販の技術（例えば、Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ  ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＤｉｒｅｃｔｅｄ  Ｎｕｃｌｅａｓｅ  Ｅｄｉｔｏｒ（商標）ゲノム編集技術）を使用して得られ得る。
【０２１７】
ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮ  −  ２つの異なるクラスの操作されたヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）及び転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）の両方が、標的二本鎖切断（ＤＳＢ）を生成するのに有効であることが証明されている（Ｃｈｒｉｓｔｉａｎら、２０１０；Ｋｉｍら、１９９６；Ｌｉら、２０１１；Ｍａｈｆｏｕｚら、２０１１；Ｍｉｌｌｅｒら、２０１０）。
【０２１８】
基本的に、ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮ制限エンドヌクレアーゼ技術は、特異的ＤＮＡ結合ドメイン（それぞれ、一連のジンクフィンガードメイン又はＴＡＬＥリピートのいずれか）に連結された非特異的ＤＮＡ切断酵素を利用する。典型的には、ＤＮＡ認識部位及び切断部位が互いに分離している制限酵素が選択される。切断部分を分離し、次いでＤＮＡ結合ドメインに連結し、それによって所望の配列に対して非常に高い特異性を有するエンドヌクレアーゼを生じる。このような特性を有する例示的な制限酵素は、Ｆｏｋ１である。さらに、Ｆｏｋ１は、ヌクレアーゼ活性を有するために二量体化を必要とするという利点を有し、これは、各ヌクレアーゼパートナーが固有のＤＮＡ配列を認識するので、特異性が劇的に増加することを意味する。この効果を増強するために、ヘテロ二量体としてのみ機能し得、そして増加した触媒活性を有するＦｏｋ１ヌクレアーゼが操作された。ヘテロ二量体機能性ヌクレアーゼは、不要なホモ二量体活性の可能性を避け、従って二本鎖切断（ＤＳＢ）の特異性を増加させる。
【０２１９】
従って、例えば、特定の部位を標的とするために、ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮは、ヌクレアーゼ対として構築され、この対の各メンバーは、標的とされた部位で隣接する配列に結合するように設計される。細胞における一過性発現の際に、ヌクレアーゼはその標的部位に結合し、ＦｏｋＩドメインはヘテロ二量化し、二本鎖切断（ＤＳＢ）を作り出す。非相同末端結合（ＮＨＥＪ）経路を介したこれらの二本鎖切断（ＤＳＢ）の修復は、しばしば小さな欠失又は小さな配列挿入（インデル）を生じる。ＮＨＥＪによってなされる各修復は独特であるので、単一のヌクレアーゼ対の使用は、標的部位での一連の異なる挿入又は欠失を有する対立遺伝子系列を生成し得る。
【０２２０】
一般に、ＮＨＥＪは比較的正確であり（ヒト細胞中のＤＳＢの約８５％が、検出から約３０分以内にＮＨＥＪによって修復される）、遺伝子編集では、修復が正確である場合、ヌクレアーゼは、修復生成物が変異原性であり、認識／切断部位／ＰＡＭモチーフが消失／変異するか、又は一過性に導入されたヌクレアーゼがもはや存在しなくなるまで切断を続けるので、誤ったＮＨＥＪが依拠される。
【０２２１】
欠失は、典型的には、長さが数塩基対から数百塩基対の範囲であるが、２対のヌクレアーゼを同時に使用することによって、より大きな欠失が、細胞培養において首尾よく生成されている（Ｃａｒｌｓｏｎら、２０１２；Ｌｅｅら、２０１０）。さらに、標的領域に相同性を有するＤＮＡのフラグメントがヌクレアーゼ一対と一緒に導入される場合、二本鎖切断（ＤＳＢ）は、相同組換え（ＨＲ）を介して修復されて、特異的な改変を生成し得る（Ｌｉら、２０１１；Ｍｉｌｌｅｒら、２０１０；Ｕｒｎｏｖら、２００５）。
【０２２２】
ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮの両方のヌクレアーゼ部分は類似の特性を有するが、これらの操作されたヌクレアーゼ間の差異は、それらのＤＮＡ認識ペプチドにある。ＺＦＮはＣｙｓ２−Ｈｉｓ２ジンクフィンガーに依存し、ＴＡＬＥＮはＴＡＬＥに依存する。これらのＤＮＡ認識ペプチドドメインの両方は、それらがそれらのタンパク質中に組み合わせて天然に見出されるという特徴を有する。Ｃｙｓ２−Ｈｉｓ２ジンクフィンガーは、典型的には、３ｂｐ離れた反復で見出され、そして種々の核酸相互作用タンパク質において多様な組み合わせで見出される。他方、ＴＡＬＥは、アミノ酸と認識されたヌクレオチド対との間に１対１の認識比を有する反復において見出される。ジンクフィンガー及びＴＡＬＥの両方が反復パターンで起こるので、多種多様な配列特異性を作製するために、異なる組み合わせを試みることができる。部位特異的ジンクフィンガーエンドヌクレアーゼを作製するためのアプローチとしては、例えば、モジュラーアセンブリ（この場合、トリプレット配列と相関するジンクフィンガーは、必要とされる配列をカバーするために列で結合される）、ＯＰＥＮ（ペプチドドメイン対トリプレットヌクレオチドの低ストリンジェンシー選択、続いて、細菌系におけるペプチド組み合わせ対最終標的の高ストリンジェンシー選択）、及びとりわけ、ジンクフィンガーライブラリーの細菌ワンハイブリッドスクリーニングが挙げられる。ＺＦＮはまた、例えば、Ｓａｎｇａｍｏ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（商標）（リッチモンド（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ）、カリフォルニア州）から設計され、そして商業的に入手され得る。
【０２２３】
ＴＡＬＥＮを設計し、取得する方法は、例えば、以下に記載されている。Ｒｅｙｏｎら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ２０１２年５月；３０（５）：４６０−５；Ｍｉｌｌｅｒら、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）  ２９：１４３−１４８；Ｃｅｒｍａｋら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（２０１１）３９（１２）：ｅ８２及びＺｈａｎｇら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（２０１１）  ２９（２）：１４９−５３。Ｍｏｊｏ  Ｈａｎｄという名前の最近開発されたウェブベースのプログラムが、ゲノム編集アプリケーションのためのＴＡＬ及びＴＡＬＥＮ構築物を設計するためにＭａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃによって導入された（ｗｗｗ（ｄｏｔ）ｔａｌｅｎｄｅｓｉｇｎ（ｄｏｔ）ｏｒｇを通してアクセスすることができる）。ＴＡＬＥＮはまた、例えば、Ｓａｎｇａｍｏ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（商標）（リッチモンド（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ）、カリフォルニア州）から設計され、そして商業的に入手され得る。
【０２２４】
Ｔ−ＧＥＥシステム（ＴａｒｇｅｔＧｅｎｅ’ｓ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｅｄｉｔｉｎｇ  Ｅｎｇｉｎｅ）  −  ポリペプチド部分及び特異性付与核酸（ＳＣＮＡ）を含有するプログラマブル核タンパク質分子複合体であって、標的細胞においてインビボで集合し、所定の標的核酸配列と相互作用することができるものが提供される。プログラマブル核タンパク質分子複合体は、標的核酸配列内の標的部位を特異的に改変及び／若しくは編集し、並びに／又は標的核酸配列の機能を改変することができる。核タンパク質組成物は、（ａ）キメラポリペプチドをコードし、（ｉ）標的部位を改変することができる機能ドメイン、及び（ｉｉ）特異性付与核酸と相互作用することができる連結ドメインを含むポリヌクレオチド分子、並びに（ｂ）（ｉ）標的部位に隣接する標的核酸の領域に相補的なヌクレオチド配列、及び（ｉｉ）ポリペプチドの連結ドメインに特異的に結合することができる認識領域を含む特異性付与核酸（ＳＣＮＡ）を含む。この組成物は、特異性付与核酸及び標的核酸の塩基対形成を介して、標的核酸に対する分子複合体の高い特異性及び結合能力で、所定の核酸配列標的を正確に、信頼性をもって、かつ費用効果的に改変することを可能にする。この組成物は、遺伝毒性が低く、それらの組立てにおいてモジュール式であり、カスタマイズすることなく単一のプラットフォームを利用し、特殊化された中核施設の外部での独立した使用のために実用的であり、開発時間枠がより短く、コストが低減されている。
【０２２５】
ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓシステム及びそのすべての変法（本明細書では「ＣＲＩＳＰＲ」とも呼ばれる）  −  多くの細菌及び古細菌は、侵入するファージ及びプラスミドの核酸分子を分解することができる内在ＲＮＡベースの適応免疫系を含む。これらのシステムは、ＲＮＡ成分を産生するｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  ｓｈｏｒｔ  ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  ｒｅｐｅａｔ（ＣＲＩＳＰＲ：クラスター化され、規則的に間隔があいた短い回文構造の繰り返し）ヌクレオチド配列とタンパク質成分をコードするＣＲＩＳＰＲ関連（Ｃａｓ）遺伝子とからなる。ＣＲＩＳＰＲ  ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）は、特定のウイルス及びプラスミドのＤＮＡに対して相同性を有する短鎖を含み、対応する病原体の相補的核酸を分解するようにＣａｓヌクレアーゼに指示するためのガイドとして作用する。化膿レンサ球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）のＩＩ型ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムの研究では、３つの成分がＲＮＡ／タンパク質複合体を形成し、一緒になって配列特異的ヌクレアーゼ活性に十分であることが示されている：Ｃａｓ９ヌクレアーゼ、標的配列と相同性を有する２０塩基対を含むｃｒＲＮＡ、及びトランス活性化ｃｒＲＮＡ（ｔｒａｃｃｒＲＮＡ）（Ｊｉｎｅｋら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１２）３３７：８１６−８２１）。
【０２２６】
さらに、ｃｒＲＮＡとｔｒａｃｒＲＮＡとの融合で構成される合成キメラガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）が、インビトロでｃｒＲＮＡに相補的なＤＮＡ標的を切断するようにＣａｓ９を誘導できることが実証された。合成ｇＲＮＡと組み合わせたＣａｓ９の一過性発現を使用して、様々な異なる種において標的二本鎖切断（ＤＳＢ）を生成することができることも実証された（Ｃｈｏら、２０１３；Ｃｏｎｇら、２０１３；ＤｉＣａｒｌｏら、２０１３；Ｈｗａｎｇら、２０１３ａ、ｂ；Ｊｉｎｅｋら、２０１３；Ｍａｌｉら、２０１３）。
【０２２７】
ゲノム編集のためのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、ｇＲＮＡとエンドヌクレアーゼ、例えばＣａｓ９の２つの異なる成分を含んでいる。
【０２２８】
ｇＲＮＡ（本明細書では短鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）とも呼ばれる）は、典型的には、標的相同配列（ｃｒＲＮＡ）と、単一のキメラ転写産物においてｃｒＲＮＡをＣａｓ９ヌクレアーに連結する内在細菌ＲＮＡゼ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）との組み合わせをコードする２０ヌクレオチド配列である。ｇＲＮＡ／Ｃａｓ９複合体は、ｇＲＮＡ配列と相補的ゲノムＤＮＡとの間の塩基対形成によって標的配列に動員される。Ｃａｓ９の首尾よい結合のために、ゲノム標的配列はまた、標的配列の直後に正しいプロトスペーサー隣接モチーフ（Ｐｒｏｔｏｓｐａｃｅｒ  Ａｄｊａｃｅｎｔ  Ｍｏｔｉｆ：ＰＡＭ）配列を含まなければならない。ｇＲＮＡ／Ｃａｓ９複合体の結合は、Ｃａｓ９が二本鎖切断（ＤＳＢ）を引き起こすＤＮＡの両方の鎖を切断できるように、ゲノム標的配列にＣａｓ９を局在化する。ＺＦＮやＴＡＬＥＮと同様に、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓによって生成される二本鎖切断（ＤＳＢ）は相同組換えやＮＨＥＪを受けることができ、ＤＮＡ修復の際に特異的な配列改変を受けやすい。
【０２２９】
Ｃａｓ９ヌクレアーゼは、ＲｕｖＣとＨＮＨという２つの機能ドメインを持ち、それぞれ異なるＤＮＡ鎖を切断する。これらのドメインの両方が活性化されると、Ｃａｓ９はゲノムＤＮＡに二本鎖切断（ＤＳＢ）を引き起こす。
【０２３０】
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓの重要な利点は、このシステムの高い効率が、合成ｇＲＮＡを容易に作製する能力と結びついていることである。これは、異なるゲノム部位での改変を標的化するために、及び／又は同じ部位での異なる改変を標的化するために、容易に改変され得るシステムを作製する。さらに、複数の遺伝子の同時標的化を可能にするプロトコルが確立されている。突然変異をもつ細胞の大部分は、標的遺伝子に二対立遺伝子突然変異を提示する。
【０２３１】
しかしながら、ｇＲＮＡ配列とゲノムＤＮＡ標的配列との間の塩基対形成相互作用における見かけ上の柔軟性は、標的配列との不完全な一致（マッチ）をＣａｓ９によって切断することを可能にする。
【０２３２】
単一の不活性触媒ドメイン（ＲｕｖＣドメイン又はＨＮＨドメインのいずれか）を含むＣａｓ９酵素の改変型は、「ニッカーゼ」と呼ばれる。活性のあるヌクレアーゼドメインが１つだけあれば、Ｃａｓ９ニッカーゼは標的ＤＮＡの一方の鎖だけを切断し、一本鎖切断、すなわち「ニック」を作る。一本鎖切断、すなわちニックは、ほとんどがＰＡＲＰ（センサー）やＸＲＣＣ１／ＬＩＧ  ＩＩＩ複合体（連結）のような（これらだけではない）タンパク質が関与する一本鎖切断修復機構によって修復される。もし一本鎖切断（ＳＳＢ）がトポイソメラーゼＩの毒物によって、あるいは天然に存在するＳＳＢ上にＰＡＲＰ１を捕捉する薬物によって生じると、これらは持続し、細胞がＳ期に入って複製フォークがこのようなＳＳＢに出会うと、それらはＨＲによってのみ修復可能な一端ＤＳＢとなる。しかし、Ｃａｓ９ニッカーゼによって導入される２つの近位の反対鎖ニックは、しばしば「二重ニック」ＣＲＩＳＰＲシステムと呼ばれる二本鎖切断として扱われる。基本的に非平行ＤＳＢである二重ニックは、遺伝子標的に対する所望の効果及びドナー配列の存在及び細胞周期段階（ＨＲははるかに存在量が少なく、細胞周期のＳ期及びＧ２期にのみ起こりうる）に応じて、他のＤＳＢと同様にＨＲ又はＮＨＥＪによって修復することができる。従って、もし特異性とオフターゲット効果の減少がきわめて重要であれば、Ｃａｓ９ニッカーゼを用いて、ゲノムＤＮＡのごく近傍及び反対の鎖に標的配列をもつ２つのｇＲＮＡを設計することによって二重ニックを作り出すと、どちらかのｇＲＮＡだけではゲノムＤＮＡを変化させないようなニックが生じるので、オフターゲット事象は不可能ではないにしてもオフターゲット効果は減少するであろう。
【０２３３】
２つの不活性触媒ドメイン（活性を持たないＣａｓ９又はｄＣａｓ９）を含むＣａｓ９酵素の改変型はヌクレアーゼ活性を有さないが、ｇＲＮＡ特異性に基づいてＤＮＡに結合することができる。ｄＣａｓ９は、不活性酵素を既知の調節ドメインに融合させることにより、ＤＮＡ転写調節因子が遺伝子発現を活性化又は抑制するためのプラットフォームとして利用することができる。例えば、ゲノムＤＮＡ中の標的配列へのｄＣａｓ９単独の結合は、遺伝子転写を妨害し得る。
【０２３４】
標的配列の選択及び／又は設計を助けるために利用可能な多数の公的に利用可能なツール、並びに、異なる種における異なる遺伝子についてのバイオインフォマティックに決定された固有のｇＲＮＡのリストがいくつかあり、例えばＦｅｎｇ  Ｚｈａｎｇ研究室のＴａｒｇｅｔ  Ｆｉｎｄｅｒ、Ｍｉｃｈａｅｌ  Ｂｏｕｔｒｏｓ研究室のＴａｒｇｅｔ  Ｆｉｎｄｅｒ（Ｅ−ＣＲＩＳＰ）、ＲＧＥＮ  Ｔｏｏｌｓ：  Ｃａｓ−ＯＦＦｉｎｄｅｒ、ＣａｓＦｉｎｄｅｒ：ゲノム中の特定のＣａｓ９標的を特定するためのＦｌｅｘｉｂｌｅアルゴリズム、及びＣＲＩＳＰＲ  Ｏｐｔｉｍａｌ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｆｉｎｄｅｒがあるが、しかしこれらに限定されない。
【０２３５】
ＣＲＩＳＰＲシステムを使用するために、ｇＲＮＡ及びＣａｓエンドヌクレアーゼ（例えば、Ｃａｓ９）の両方は、（例えば、リボ核タンパク質複合体として）標的細胞において発現されるか、又は存在するべきである。挿入ベクターは、単一のプラスミド上に両方のカセットを含み得るか、又はカセットは、２つの別個のプラスミドから発現される。ＣＲＩＳＰＲプラスミドは、Ａｄｄｇｅｎｅ（７５  Ｓｉｄｎｅｙ  Ｓｔ、Ｓｕｉｔｅ  ５５０Ａ・Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ  ０２１３９）からのｐｘ３３０プラスミドのように市販されている。植物ゲノムを改変するためのｃｌｕｓｔｅｒｅｄ  ｒｅｇｕｌａｒｌｙ  ｉｎｔｅｒｓｐａｃｅｄ  ｓｈｏｒｔ  ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ  ｒｅｐｅａｔｓ（ＣＲＩＳＰＲ）関連（Ｃａｓ）−ガイドＲＮＡ技術及びＣａｓエンドヌクレアーゼの使用はまた、少なくとも、Ｓｖｉｔａｓｈｅｖら、２０１５、Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，１６９（２）：９３１−９４５；Ｋｕｍａｒ及びＪａｉｎ，２０１５，Ｊ  Ｅｘｐ  Ｂｏｔ  ６６：  ４７−５７；及び米国特許出願公開第２０１５００８２４７８号（これは、その全体が参照により本明細書中に具体的に援用される）によって開示される。ｇＲＮＡでＤＮＡ編集を行うために使用され得るＣａｓエンドヌクレアーゼには、Ｃａｓ９、Ｃｐｆ１（Ｚｅｔｓｃｈｅら、２０１５、Ｃｅｌｌ．１６３（３）：７５９−７１）、Ｃ２ｃ１、Ｃ２ｃ２、及びＣ２ｃ３（Ｓｈｍａｋｏｖら、Ｍｏｌ  Ｃｅｌｌ．２０１５年１１月５日；６０（３）：３８５−９７）が含まれるが、これらに限定されない。
【０２３６】
特定の実施形態によれば、ＣＲＩＳＰＲは、配列番号１〜４又は配列番号２３５〜３６６からなる群から選択される核酸配列を含む短鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）を含む。
【０２３７】
「ヒットエンドラン（ｈｉｔ  ａｎｄ  ｒｕｎ）」又は「インアウト（ｉｎ−ｏｕｔ）」  −  は、２ステップの再結合手順を含む。第１のステップにおいて、二重正／負選択マーカーカセットを含む挿入型ベクターを使用して、所望の配列変更を導入する。挿入ベクターは、標的遺伝子座に対して相同性を持つ単一の連続領域を含み、目的の突然変異を運ぶように改変される。この標的化構築物を、相同性領域内の１箇所で制限酵素を用いて線状化し、細胞内に導入し、正の選択を行い、相同組換え媒介事象を単離する。相同配列を有するＤＮＡは、プラスミド、一本鎖又は二本鎖オリゴとして提供することができる。これらの相同組換え体は、選択カセットを含む介在ベクター配列によって分離される局所重複を含む。第２のステップでは、標的クローンを負の選択に供し、重複配列間の染色体内組換えを介して選択カセットを失った細胞を特定する。局所的組換え事象は重複を除去し、組換え部位に応じて、対立遺伝子は導入された変異を保持するか、野生型に復帰するかのいずれかである。最終的な結果は、外来配列を保持することなく、所望の改変を導入することである。
【０２３８】
「二重置換」又は「タグ及び交換」ストラテジー  −  は、ヒットエンドランアプローチと同様の２ステップ選択手順を含むが、２つの異なる標的化構築物の使用を必要とする。第１のステップにおいて、３’及び５’相同性アームを有する標準的な標的化ベクターを使用して、変異が導入されるべき場所の近くに二重の正／負選択可能なカセットを挿入する。系成分を細胞に導入し、正の選択を適用した後、ＨＲ媒介事象を特定することができよう。次に、所望の突然変異と相同性の領域を含む第２の標的化ベクターを標的化クローンに導入し、負の選択を適用して選択カセットを除去し、突然変異を導入する。最終対立遺伝子は、望ましくない外来配列を排除しながら、所望の変異を含む。
【０２３９】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、ＤＮＡ標的化モジュール（例えば、ｇＲＮＡ）を含む。
【０２４０】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤はエンドヌクレアーゼを含まない。
【０２４１】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、ヌクレアーゼ（例えば、エンドヌクレアーゼ）及びＤＮＡ標的化モジュール（例えば、ｇＲＮＡ）を含む。
【０２４２】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、例えばｇＲＮＡ及びＣａｓ９である。
【０２４３】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤はＴＡＬＥＮである。
【０２４４】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤はＺＦＮである。
【０２４５】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤はメガヌクレアーゼである。
【０２４６】
一実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、植物細胞における発現を監視するためのレポーターに連結される。
【０２４７】
一実施形態によれば、レポーターは蛍光レポータータンパク質である。
【０２４８】
用語「蛍光タンパク質」は、蛍光を発し、典型的にはフローサイトメトリー、顕微鏡法又は任意の蛍光イメージングシステムによって検出可能であり、従って、このようなタンパク質を発現する細胞の選択の基礎として使用することができるポリペプチドを指す。
【０２４９】
レポーターとして使用することができる蛍光タンパク質の例は、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）、青色蛍光タンパク質（ＢＦＰ）及び赤色蛍光タンパク質（例えば、ｄｓＲｅｄ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＲＦＰ）であるが、これらに限定されない。蛍光又は他のレポーターの非限定的なリストは、ルミネセンス（例えば、ルシフェラーゼ）又は比色アッセイ（例えば、ＧＵＳ）によって検出可能なタンパク質を含む。特定の実施形態によれば、蛍光レポーターは、赤色蛍光タンパク質（例えば、ｄｓＲｅｄ、ｍＣｈｅｒｒｙ、ＲＦＰ）又はＧＦＰである。
【０２５０】
新しいクラスの蛍光タンパク質及び応用の総説は、Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ［Ｒｏｄｒｉｇｕｅｚ，Ｅｒｉｋ  Ａ．；Ｃａｍｐｂｅｌｌ，Ｒｏｂｅｒｔ  Ｅ．；Ｌｉｎ，Ｊｏｈｎ  Ｙ．；Ｌｉｎ，Ｍｉｃｈａｅｌ  Ｚ．；Ｍｉｙａｗａｋｉ，Ａｔｓｕｓｈｉ；Ｐａｌｍｅｒ，Ａｍｙ  Ｅ．；Ｓｈｕ，Ｘｉａｏｋｕｎ；Ｚｈａｎｇ，Ｊｉｎ；Ｔｓｉｅｎ，Ｒｏｇｅｒ  Ｙ．「Ｔｈｅ  Ｇｒｏｗｉｎｇ  ａｎｄ  Ｇｌｏｗｉｎｇ  Ｔｏｏｌｂｏｘ  ｏｆ  Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ａｎｄ  Ｐｈｏｔｏａｃｔｉｖｅ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ．ｄｏｉ：１０．１０１６／ｊ．ｔｉｂｓ．２０１６．０９．０１０］に見出すことができる。
【０２５１】
別の実施形態によれば、レポーターは植物の内在遺伝子である。例示的なレポーターは、カロチノイド生合成経路における重要な酵素の１つをコードするフィトエンデサチュラーゼ遺伝子（ＰＤＳ３）である。そのサイレンシングは、アルビノ／退色表現型を生じる。従って、ＰＤＳ３の発現が減少した植物は、完全なアルビノ及び矮化症まで、減少したクロロフィルレベルを示す。本教示に従って使用され得るさらなる遺伝子は、作物保護に関与する遺伝子を含むが、これに限定されない。例示的な遺伝子を以下の表１Ｂに記載する。
【０２５２】
別の実施形態によれば、レポーターは抗生物質選択マーカーである。レポーターとして使用され得る抗生物質選択マーカーの例は、ネオマイシンホスホトランスフェラーゼＩＩ（ｎｐｔＩＩ）及びハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ（ｈｐｔ）であるが、これらに限定されない。本教示に従って使用され付加さらなるマーカー遺伝子は、ゲンタマイシンアセチルトランスフェラーゼ（ａｃｃＣ３）耐性遺伝子並びにブレオマイシン及びフレオマイシン耐性遺伝子を含むが、これらに限定されない。
【０２５３】
酵素ＮＰＴＩＩは、カナマイシン、ネオマイシン、ジェネティシン（又はＧ４１８）及びパロモマイシンのような多くのアミノグリコシド系抗生物質をリン酸化することによって不活性化することが認識されるであろう。これらのうち、カナマイシン、ネオマイシン及びパロモマイシンは、多様な範囲の植物種で使用される。
【０２５４】
別の実施形態によれば、レポーターは毒性選択マーカーである。レポーターとして使用することができる例示的な毒性選択マーカーは、アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ１）遺伝子を使用するアリルアルコール選択であるが、これに限定されない。ＡＤＨ１は、アルコールとアルデヒド又はケトンとの間の相互変換を触媒し、同時にＮＡＤ＋又はＮＡＤＰ＋を還元するデヒドロゲナーゼ酵素の群を含み、組織内のアルコール性毒性物質を分解する。ＡＤＨ１発現の減少を有する植物は、アリルアルコールに対する耐性の増加を示す。従って、減少したＡＤＨ１を有する植物は、アリルアルコールの毒性効果に対して抵抗性である。
【０２５５】
使用されるＤＮＡ編集剤にかかわらず、本発明の方法は、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）をコードする遺伝子が、欠失、挿入又は点突然変異の少なくとも１つによって改変されるように使用される。
【０２５６】
一実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子の構造化領域にある。
【０２５７】
一実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のステム領域にある。
【０２５８】
一実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のループ領域にある。
【０２５９】
一実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のステム領域及びループ領域にある。
【０２６０】
一実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子の非構造化領域にある。
【０２６１】
一実施形態によれば、改変は、非コードＲＮＡ分子又はＲＮＡサイレンシング分子のステム領域及びループ領域、並びに非構造化領域にある。
【０２６２】
特定の実施形態によれば、改変は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）約１０〜２５０ヌクレオチド、約１０〜２００ヌクレオチド、約１０〜１５０ヌクレオチド、約１０〜１００ヌクレオチド、約１０〜５０ヌクレオチド、約１〜５０ヌクレオチド、約１〜１０ヌクレオチド、約５０〜１５０ヌクレオチド、約５０〜１００ヌクレオチド又は約１００〜２００ヌクレオチドの改変を含む。
【０２６３】
一実施形態によれば、改変は、（天然非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００又は最大２５０ヌクレオチドの改変を含む。
【０２６４】
一実施形態によれば、改変は、連続した核酸配列（例えば、少なくとも５、１０、２０、３０、４０、５０、１００、１５０、２００塩基）にあり得る。
【０２６５】
一実施形態によれば、改変は、非連続的な様式、例えば、２０、５０、１００、１５０、２００、５００、１０００核酸配列全体にわたる様式であり得る。
【０２６６】
特定の実施形態によれば、改変は、最大２００ヌクレオチドの改変を含む。
【０２６７】
特定の実施形態によれば、改変は、最大１５０ヌクレオチドの改変を含む。
【０２６８】
特定の実施形態によれば、改変は、最大１００ヌクレオチドの改変を含む。
【０２６９】
特定の実施形態によれば、改変は、最大５０ヌクレオチドの改変を含む。
【０２７０】
特定の実施形態によれば、改変は、最大２５ヌクレオチドの改変を含む。
【０２７１】
特定の実施形態によれば、改変は、最大２０ヌクレオチドの改変を含む。
【０２７２】
特定の実施形態によれば、改変は、最大１５ヌクレオチドの改変を含む。
【０２７３】
特定の実施形態によれば、改変は、最大１０ヌクレオチドの改変を含む。
【０２７４】
特定の実施形態によれば、改変は、最大５ヌクレオチドの改変を含む。
【０２７５】
一実施形態によれば、改変は、ＲＮＡサイレンシング分子の構造に依存する。
【０２７６】
従って、ＲＮＡサイレンシング分子が非必須構造（すなわち、その適切な生合成及び／又は機能において役割を果たさないＲＮＡサイレンシング分子の二次構造）を含むか、又は純粋にｄｓＲＮＡ（すなわち、完全又はほぼ完全なｄｓＲＮＡを有するＲＮＡサイレンシング分子）である場合、ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性をリダイレクトするために、いくつかの改変（例えば、２０〜３０ヌクレオチド、例えば、１〜１０ヌクレオチド、例えば、５ヌクレオチド）が導入される。
【０２７７】
別の実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子が必須構造を有する（すなわち、ＲＮＡサイレンシング分子の適切な生合成及び／又は活性がその二次構造に依存する）場合、ＲＮＡサイレンシング分子のサイレンシング特異性をリダイレクトするために、より大きな改変（例えば、１０〜２００ヌクレオチド、例えば、５０〜１５０ヌクレオチド、例えば、３０超のヌクレオチドかつ２００以下のヌクレオチド、３０〜２００ヌクレオチド、３５〜２００ヌクレオチド、３５〜１５０ヌクレオチド、３５〜１００ヌクレオチド）が導入される。
【０２７８】
一実施形態によれば、改変は、ＲＮＡサイレンシング分子の認識／切断部位／ＰＡＭモチーフが改変されて、元のＰＡＭ認識部位を無効にするようにされる。
【０２７９】
特定の実施形態によれば、改変は、ＰＡＭモチーフ中の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の核酸にある。
【０２８０】
一実施形態によれば、改変は挿入を含む。
【０２８１】
特定の実施形態によれば、挿入は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）約１０〜２５０ヌクレオチド、約１０〜２００ヌクレオチド、約１０〜１５０ヌクレオチド、約１０〜１００ヌクレオチド、約１０〜５０ヌクレオチド、約１〜５０ヌクレオチド、約１〜１０ヌクレオチド、約５０〜１５０ヌクレオチド、約５０〜１００ヌクレオチド又は約１００〜２００ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８２】
一実施形態によれば、挿入は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００又は最大２５０ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８３】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大２００ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８４】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大１５０ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８５】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大１００ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８６】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大５０ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８７】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大２５ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８８】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大２０ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２８９】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大１５ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２９０】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大１０ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２９１】
特定の実施形態によれば、挿入は、最大５ヌクレオチドの挿入を含む。
【０２９２】
一実施形態によれば、改変は欠失を含む。
【０２９３】
特定の実施形態によれば、欠失は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）約１０〜２５０ヌクレオチド、約１０〜２００ヌクレオチド、約１０〜１５０ヌクレオチド、約１０〜１００ヌクレオチド、約１０〜５０ヌクレオチド、約１〜５０ヌクレオチド、約１〜１０ヌクレオチド、約５０〜１５０ヌクレオチド、約５０〜１００ヌクレオチド又は約１００〜２００ヌクレオチドの欠失を含む。
【０２９４】
一実施形態によれば、欠失は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００又は最大２５０ヌクレオチドの欠失を含む。
【０２９５】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大２００ヌクレオチドの欠失を含む。
【０２９６】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大１５０ヌクレオチドの欠失を含む。
【０２９７】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大１００ヌクレオチドの欠失を含む。
【０２９８】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大５０ヌクレオチドの欠失を含む。
【０２９９】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大２５ヌクレオチドの欠失を含む。
【０３００】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大２０ヌクレオチドの欠失を含む。
【０３０１】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大１５ヌクレオチドの欠失を含む。
【０３０２】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大１０ヌクレオチドの欠失を含む。
【０３０３】
特定の実施形態によれば、欠失は、最大５ヌクレオチドの欠失を含む。
【０３０４】
一実施形態によれば、改変は点突然変異を含む。
【０３０５】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）約１０〜２５０ヌクレオチド、約１０〜２００ヌクレオチド、約１０〜１５０ヌクレオチド、約１０〜１００ヌクレオチド、約１０〜５０ヌクレオチド、約１〜５０ヌクレオチド、約１〜１０ヌクレオチド、約５０〜１５０ヌクレオチド、約５０〜１００ヌクレオチド又は約１００〜２００ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３０６】
一実施形態によれば、点突然変異は、（天然非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００又は最大２５０ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３０７】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大２００ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３０８】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大１５０ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３０９】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大１００ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１０】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大５０ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１１】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大２５ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１２】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大２０ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１３】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大１５ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１４】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大１０ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１５】
特定の実施形態によれば、点突然変異は、最大５ヌクレオチドの点突然変異を含む。
【０３１６】
一実施形態によれば、改変は、欠失、挿入及び／又は点突然変異のいずれかの組み合わせを含む。
【０３１７】
一実施形態によれば、改変は、ヌクレオチド置換（例えば、ヌクレオチド交換（スワッピング））を含む。
【０３１８】
特定の実施形態によれば、交換（スワッピング）は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）約１０〜２５０ヌクレオチド、約１０〜２００ヌクレオチド、約１０〜１５０ヌクレオチド、約１０〜１００ヌクレオチド、約１０〜５０ヌクレオチド、約１〜５０ヌクレオチド、約１〜１０ヌクレオチド、約５０〜１５０ヌクレオチド、約５０〜１００ヌクレオチド又は約１００〜２００ヌクレオチドの交換を含む。
【０３１９】
一実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、（天然の非コードＲＮＡ分子、例えばＲＮＡサイレンシング分子と比較して）最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、３４、３６、３８、４０、４２、４４、４６、４８、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００又は最大２５０ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２０】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大２００ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２１】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大１５０ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２２】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大１００ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２３】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大５０ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２４】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大２５ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２５】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大２０ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２６】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大１５ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２７】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大１０ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２８】
特定の実施形態によれば、ヌクレオチド交換は、最大５ヌクレオチドのヌクレオチド置換を含む。
【０３２９】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）をコードする遺伝子は、内在ＲＮＡサイレンシング分子（例えば、ｍｉＲＮＡ）の配列を選択されたＲＮＡサイレンシング配列（例えば、ｓｉＲＮＡ）と交換することによって改変される。
【０３３０】
特定の実施形態によれば、内在ＲＮＡサイレンシング分子（例えば、ｍｉＲＮＡ）の遺伝子交換のために使用されるｓｉＲＮＡの配列は、配列番号５〜配列番号１２又は配列番号１０３〜配列番号２３４からなる群から選択される核酸配列を含む。
【０３３１】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ｍｉＲＮＡ前駆体（ｐｒｉ／ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ）又はｓｉＲＮＡ前駆体（ｄｓＲＮＡ）などのＲＮＡサイレンシング分子）のガイド鎖は、構造のオリジナリティを保存し、同じ塩基対形成プロファイルを維持するように改変される。
【０３３２】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（例えば、ｍｉＲＮＡ前駆体（ｐｒｉ／ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ）又はｓｉＲＮＡ前駆体（ｄｓＲＮＡ）などのＲＮＡサイレンシング分子）のパッセンジャー鎖は、構造のオリジナリティを保存し、同じ塩基対形成プロファイルを維持するように改変される。
【０３３３】
本明細書中で使用される場合、用語「構造のオリジナリティ」は、二次ＲＮＡ構造（すなわち、塩基対形成プロファイル）をいう。構造のオリジナリティを維持することは、構造依存性であり、純粋に配列依存性ではない非コードＲＮＡ（例えば、ｓｉＲＮＡ又はｍｉＲＮＡのようなＲＮＡサイレンシング分子）の正確かつ効率的な生合成／プロセシングのために重要である。
【０３３４】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、標的ＲＮＡに対して約５０〜１００％の相補性を含むようにガイド鎖（サイレンシング鎖）において改変され（上記のように）、一方、パッセンジャー鎖は、元の（未改変の）非コードＲＮＡ構造を保存するように改変される。
【０３３５】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、シード配列（例えば、５’末端からのｍｉＲＮＡヌクレオチド２〜８について）が標的配列に対して相補的であるように改変される。
【０３３６】
特定の実施形態によれば、ＲＮＡサイレンシング分子（すなわち、ＲＮＡｉ分子）は、ＲＮＡｉ分子の配列が、構造のオリジナリティを保存し、細胞ＲＮＡｉプロセシング及び実行因子によって認識されるように改変されるように設計される。
【０３３７】
特定の実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子（すなわち、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｌｎｃＲＮＡ、ｓｎｏＲＮＡなど）は、ＲＮＡｉ分子の配列が、細胞ＲＮＡｉプロセシング及び実行因子によって認識されるように改変されるように設計される。
【０３３８】
本発明のＤＮＡ編集剤は、ＤＮＡ送達方法（例えば、発現ベクターによる）を使用して、又はＤＮＡを含まない方法を使用して、植物細胞に導入され得る。
【０３３９】
一実施形態によれば、ｇＲＮＡ（又は使用されるＤＮＡ編集システムに依存して、使用される任意の他のＤＮＡ認識モジュール）は、ＲＮＡとして細胞に提供され得る。
【０３４０】
従って、本技術は、ＲＮＡトランスフェクション（例えば、ｍＲＮＡ＋ｇＲＮＡトランスフェクション）、又はリボ核タンパク質（ＲＮＰ）トランスフェクション（例えば、タンパク質−ＲＮＡ複合体トランスフェクション、例えば、Ｃａｓ９／ｇＲＮＡリボ核タンパク質（ＲＮＰ）複合体トランスフェクション）のような一過性のＤＮＡ方法又はＤＮＡを含まない方法を用いてＤＮＡ編集剤を導入することに関することが理解される。
【０３４１】
例えば、Ｃａｓ９は、ＤＮＡ発現プラスミドとして、インビトロ転写産物（すなわち、ＲＮＡ）として、又はリボ核タンパク質粒子（ＲＮＰ）中のＲＮＡ部分に結合した組換えタンパク質として導入され得る。ｇＲＮＡは、例えば、ＤＮＡプラスミドとして、又はインビトロ転写産物（すなわち、ＲＮＡ）として送達され得る。
【０３４２】
ＲＮＡ又はＲＮＰトランスフェクションのための当該分野で公知の任意の方法が、本教示に従って使用され得る。例としては、例えば、マイクロインジェクション［Ｃｈｏら、「Ｈｅｒｉｔａｂｌｅ  ｇｅｎｅ  ｎｏｃｋｏｕｔ  ｉｎ  Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ  ｂｙ  ｄｉｒｅｃｔ  ｉｎｊｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃａｓ９−ｓｇＲＮＡ  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（２０１３）１９５：１１７７−１１８０（参照により本明細書に援用される）に記載されている］、エレクトロポレーション［Ｋｉｍら、「Ｈｉｇｈｌｙ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ＲＮＡ−ｇｕｉｄｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  ｈｕｍａｎ  ｃｅｌｌｓ  ｖｉａ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｕｒｉｆｉｅｄ  Ｃａｓ９  ｒｉｂｏｎｕｃｌｅｏｐｒｏｔｅｉｎｓ」、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．（２０１４）２４：１０１２−１０１９（参照により本明細書に援用される）に記載されている］、又は例えばリポソームを用いる脂質媒介性トランスフェクション［Ｚｕｒｉｓら、「Ｃａｔｉｏｎｉｃ  ｌｉｐｉｄ−ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ｏｆ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｅｎａｂｌｅｓ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｂａｓｅｄ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  ｖｉｔｒｏ  ａｎｄ  ｉｎ  ｖｉｖｏ」、Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１４）  ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３０８１（参照により本明細書に援用される）に記載されている］が挙げられるがこれらに限定されない。ＲＮＡトランスフェクションのさらなる方法は、米国特許出願公開第２０１６０２８９６７５号に記載されており、この文献は、その全体が参照により本明細書に援用される。
【０３４３】
本発明のＲＮＡトランスフェクション方法の１つの利点は、ＲＮＡトランスフェクションが本質的に一過性であり、ベクターを含まないことである。ＲＮＡ導入遺伝子は、任意のさらなる配列（例えば、ウイルス配列）を必要としない、最小発現カセットとして、細胞に送達され得、そしてそこで発現され得る。
【０３４４】
一実施形態によれば、本発明のＤＮＡ編集剤は、発現ベクターを用いて植物細胞に導入される。
【０３４５】
本発明のいくつかの実施形態の「発現ベクター」（本明細書では「核酸構築物」、「ベクター」又は「構築物」とも呼ばれる）は、このベクターを原核生物、真核生物、又は好ましくはその両方における複製に適したもの（例えば、シャトルベクター）にするさらなる配列を含む。
【０３４６】
本発明のいくつかの実施形態による方法において有用な構築物は、当業者に周知の組換えＤＮＡ技術を使用して構築され得る。核酸配列は、商業的に入手可能であり、植物に形質転換するのに適し、形質転換された細胞における目的の遺伝子の一過性発現に適したベクターに挿入することができる。遺伝子構築物は、核酸配列が、植物細胞における発現を可能にする１つ以上の調節配列に作動可能に連結される発現ベクターであり得る。
【０３４７】
一実施形態によれば、機能的ＤＮＡ編集剤を発現させるために、切断モジュール（ヌクレアーゼ）がＤＮＡ認識ユニットの不可欠な部分でない場合、発現ベクターは、切断モジュール並びにＤＮＡ認識ユニット（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓの場合、ｇＲＮＡ）をコードし得る。
【０３４８】
あるいは、切断モジュール（ヌクレアーゼ）及びＤＮＡ認識ユニット（例えば、ｇＲＮＡ）は、別々の発現ベクターにクローニングされ得る。このような場合、少なくとも２つの異なる発現ベクターを同じ植物細胞に形質転換しなければならない。
【０３４９】
あるいは、ヌクレアーゼが利用されない場合（すなわち、外来性供給源から細胞に投与されない場合）、ＤＮＡ認識ユニット（例えば、ｇＲＮＡ）は、単一の発現ベクターを使用してクローニング及び発現され得る。
【０３５０】
典型的な発現ベクターはまた、転写及び翻訳開始配列、転写及び翻訳ターミネーター、並びに任意にポリアデニル化シグナルを含むことができる。
【０３５１】
一実施形態によれば、ＤＮＡ編集剤は、植物細胞において活性なシス作用性調節エレメント（例えば、プロモーター）に作動可能に連結された少なくとも１つのＤＮＡ認識ユニット（例えば、ｇＲＮＡ）をコードする核酸剤を含む。
【０３５２】
一実施形態によれば、ヌクレアーゼ（例えば、エンドヌクレアーゼ）及びＤＮＡ認識ユニット（例えば、ｇＲＮＡ）は、同じ発現ベクターからコードされる。このようなベクターは、ヌクレアーゼ及びＤＮＡ認識ユニットの両方の発現のために、植物細胞において活性な単一のシス作用性調節エレメント（例えば、プロモーター）を含み得る。あるいは、ヌクレアーゼ及びＤＮＡ認識ユニットはそれぞれ、植物細胞において活性なシス作用性調節エレメント（例えば、プロモーター）に作動可能に連結され得る。
【０３５３】
一実施形態によれば、ヌクレアーゼ（例えば、エンドヌクレアーゼ）及びＤＮＡ認識ユニット（例えば、ｇＲＮＡ）は、異なる発現ベクターからコードされ、それによって各々は、植物細胞において活性なシス作用性調節エレメント（例えば、プロモーター）に作動可能に連結される。
【０３５４】
本明細書で使用される「植物発現可能」又は「植物細胞において活性」という語句は、プロモーター配列を指すが、植物細胞、組織又は器官、好ましくは単子葉植物又は双子葉植物の細胞、組織又は器官における発現を少なくとも誘導、付与、活性化又は増強することができる、プロモーター配列に添加されるか又はプロモーター配列に含まれる任意のさらなる調節要素を含めたプロモーター配列を指す。
【０３５５】
使用される植物プロモーターは、構成的プロモーター、組織特異的プロモーター、誘導性プロモーター、キメラプロモーター又は発生的に調節されるプロモーターであり得る。
【０３５６】
本発明のいくつかの実施形態の方法に有用な好ましいプロモーターの例を、表Ｉ、ＩＩ、ＩＩＩ及びＩＶに示す。
【０３５７】
【表１】
2020533988.tif 000002
【０３５８】
【表２（１）】
2020533988.tif 000003
【０３５９】
【表２（２）】
2020533988.tif 000004
【０３６０】
【表３】
2020533988.tif 000005
【０３６１】
【表４（１）】
2020533988.tif 000006
【０３６２】
【表４（２）】
2020533988.tif 000007
【０３６３】
【表４（３）】
2020533988.tif 000008
【０３６４】
誘導性プロモーターは、特定の植物組織において、発生段階によって、又はストレス条件（例えば、光、温度、化学物質、干ばつ、高塩分、浸透圧ショック、酸化剤条件を含むか、又は病原性の場合）等の特定の刺激によって誘導されるプロモーターであり、これには、限定されないが、エンドウｒｂｃＳ遺伝子に由来する光誘導性プロモーター、アルファルファｒｂｃＳ遺伝子由来のプロモーター、干ばつにおいて活性なプロモーターＤＲＥ、ＭＹＣ及びＭＹＢ、高塩分及び浸透圧ストレスにおいて活性なプロモーターＩＮＴ、ＩＮＰＳ、ｐｒｘＥａ、Ｈａ  ｈｓｐ  １７．７Ｇ４及びＲＤ２１、並びに病原性ストレスにおいて活性なプロモーターｈｓｒ２０３Ｊ及びｓｔｒ２４６Ｃが含まれる。
【０３６５】
一実施形態によれば、プロモーターは病原体誘導性プロモーターである。これらのプロモーターは、細菌、真菌、ウイルス、線虫及び昆虫などの病原体に感染した後の植物における遺伝子の発現を指令する。このようなプロモーターには、病原体による感染後に誘導される病原関連タンパク質（ＰＲタンパク質）由来のもの；例えば、ＰＲタンパク質、ＳＡＲタンパク質、β−１，３−グルカナーゼ、キチナーゼなどが含まれる。例えば、Ｒｅｄｏｌｆｉら（１９８３）  Ｎｅｔｈ．Ｊ．Ｐｌａｎｔ  Ｐａｔｈｏｌ  ８９：２４５−２５４；Ｕｋｎｅｓら（１９９２）  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ４：６４５−６５６；及びＶａｎ  Ｌｏｏｎ（１９８５）  Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．Ｖｉｒｏｌ．４：１１１−１１６を参照のこと。
【０３６６】
一実施形態によれば、２つ以上のプロモーターが発現ベクターにおいて使用される場合、プロモーターは同一である（例えば、全て同一である、少なくとも２つ同一である）。
【０３６７】
一実施形態によれば、２つ以上のプロモーターが発現ベクターにおいて使用される場合、プロモーターは異なる（例えば、少なくとも２つが異なる、全てが異なる）。
【０３６８】
一実施形態によれば、発現ベクター中のプロモーターは、ＣａＭＶ  ３５Ｓ、２ｘ  ＣａＭＶ  ３５Ｓ、ＣａＭＶ  １９Ｓ、ユビキチン、ＡｔＵ６２６又はＴａＵ６を含むが、これらに限定されない。
【０３６９】
特定の実施形態によれば、発現ベクター中のプロモーターは３５Ｓプロモーターを含む。
【０３７０】
特定の実施形態によれば、発現ベクター中のプロモーターは、Ｕ６プロモーターを含む。
【０３７１】
発現ベクターはまた、転写及び翻訳開始配列、転写及び翻訳ターミネーター配列、並びに任意にポリアデニル化シグナルを含むことができる。
【０３７２】
特定の実施形態によれば、発現ベクターは、限定されるものではないが、Ｇ７終止配列、ＡｔｕＮｏｓ終止配列又はＣａＭＶ−３５Ｓターミネーター配列などの終止配列を含む。
【０３７３】
植物細胞は、本発明のいくつかの実施形態の核酸構築物で安定に又は一過性に形質転換され得る。安定な形質転換において、本発明のいくつかの実施形態の核酸分子は、植物ゲノムに組み込まれ、そのため、安定で遺伝的な形質を表す。一過性形質転換では、核酸分子は、形質転換された細胞によって発現されるが、ゲノムに組み込まれず、そのため、一過性の形質を表す。
【０３７４】
単子葉植物及び双子葉植物の両方に外来遺伝子を導入する種々の方法がある（Ｐｏｔｒｙｋｕｓ、Ｉ．、Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｌａｎｔ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．、Ｐｌａｎｔ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（１９９１）  ４２：２０５−２２５；Ｓｈｉｍａｍｏｔｏら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８９）  ３３８：２７４−２７６）。
【０３７５】
植物ゲノムＤＮＡへの外来性ＤＮＡの安定な積分を引き起こす主な方法には、２つの主要なアプローチが含まれる：
【０３７６】
（ｉ）アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）媒介遺伝子移入：Ｋｌｅｅら（１９８７）  Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ．３８：４６７−４８６；Ｋｌｅｅ及びＲｏｇｅｒｓ、Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔｓ、第６巻、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔ  Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｇｅｎｅｓ、Ｓｃｈｅｌｌ、Ｊ．及びＶａｓｉｌ、Ｌ．Ｋ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、サンディエゴ、カリフォルニア州（１９８９）中、２−２５頁；Ｇａｔｅｎｂｙ、Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、Ｋｕｎｇ、Ｓ．及びＡｒｎｔｚｅｎ、Ｃ．Ｊ．編、Ｂｕｔｔｅｒｗｏｒｔｈ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、ボストン、マサチューセッツ州（１９８９）中、９３−１１２頁。
【０３７７】
（ｉｉ）直接ＤＮＡ取り込み：Ｐａｓｚｋｏｗｓｋｉら、Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｃｅｌｌ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔｓ、第６巻、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔ  Ｎｕｃｌｅａｒ  Ｇｅｎｅｓ、Ｓｃｈｅｌｌ，Ｊ．及びＶａｓｉｌ，Ｌ．Ｋ．編、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、サンディエゴ、カリフォルニア州（１９８９）中、５２−６８頁；プロトプラストへのＤＮＡの直接取り込み方法を含む、Ｔｏｒｉｙａｍａ，Ｋ．ら（１９８８）  Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ６：１０７２−１０７４。植物細胞の短時間の電気ショックによって誘導されるＤＮＡ取り込み：Ｚｈａｎｇら、Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐ．（１９８８）  ７：３７９−３８４。Ｆｒｏｍｍら、Ｎａｔｕｒｅ（１９８６）３１９：７９１−７９３。粒子衝撃による植物細胞又は組織へのＤＮＡ注入、Ｋｌｅｉｎら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９８８）６：５５９−５６３；ＭｃＣａｂｅら、Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（１９８８）  ６：９２３−９２６；Ｓａｎｆｏｒｄ、Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｐｌａｎｔ．（１９９０）  ７９：２０６−２０９；マイクロピペット系の使用による：Ｎｅｕｈａｕｓら、Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．（１９８７）  ７５：３０−３６；Ｎｅｕｈａｕｓ及びＳｐａｎｇｅｎｂｅｒｇ、Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｐｌａｎｔ．（１９９０）  ７９：２１３−２１７；細胞培養物、胚又はカルス組織のガラス繊維又は炭化ケイ素ウィスカー形質転換、米国特許第５，４６４，７６５号明細書、又は発芽花粉とのＤＮＡの直接インキュベーションによる（ＤｅＷｅｔら、Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｏｖｕｌｅ  Ｔｉｓｓｕｅ、Ｃｈａｐｍａｎ，Ｇ．Ｐ．及びＭａｎｔｅｌｌ，Ｓ．Ｈ．及びＤａｎｉｅｌｓ，Ｗ．編、Ｌｏｎｇｍａｎ、Ｌｏｎｄｏｎ、（１９８５）中、１９７−２０９頁；並びにＯｈｔａ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９８６）８３：７１５−７１９。
【０３７８】
アグロバクテリウム系は、植物ゲノムＤＮＡに組み込まれる特定のＤＮＡセグメントを含むプラスミドベクターの使用を含む。植物組織の接種方法は、植物種及びアグロバクテリウム送達系に依存して変化する。広く使用されているアプローチは、植物全体の分化の開始のための良好な供給源を提供する任意の組織外植片を用いて実施され得る葉円盤状組織手順である。Ｈｏｒｓｃｈら、Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ａ５、Ｋｌｕｗｅｒ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ（１９８８）中、１−９頁。補助的なアプローチは、真空浸透と組み合わせてアグロバクテリウム送達系を使用する。アグロバクテリウム系は、形質転換双子葉植物の作出において特に生存可能である。
【０３７９】
一実施形態によれば、アグロバクテリウムを用いない発現方法を用いて、外来遺伝子を植物細胞に導入する。一実施形態によれば、アグロバクテリウムを用いない発現方法は一過性である。特定の実施形態によれば、外来遺伝子を植物細胞に導入するために、衝撃法が使用される。別の具体的な実施形態によれば、植物根の衝撃を使用して、外来遺伝子を植物細胞に導入する。本発明のいくつかの実施形態に従って使用され得る例示的な衝撃方法は、以下の実施例のセクションにおいて議論される。
【０３８０】
さらに、種々のクローニングキット又は遺伝子合成が、本発明のいくつかの実施形態の教示に従って使用され得る。
【０３８１】
一実施形態によれば、核酸構築物はバイナリーベクターである。バイナリーベクターの例は、ｐＢＩＮ１９、ｐＢＩ１０１、ｐＢｉｎＡＲ、ｐＧＰＴＶ、ｐＣＡＭＢＩＡ、ｐＢＩＢ−ＨＹＧ、ｐＢｅｃｋｓ、ｐＧｒｅｅｎ又はｐＰＺＰである（Ｈａｊｕｋｉｅｗｉｃｚ、Ｐ．ら、Ｐｌａｎｔ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２５，９８９（１９９４）、及びＨｅｌｌｅｎｓら、Ｔｒｅｎｄｓ  ｉｎ  Ｐｌａｎｔ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ５、４４６（２０００））。
【０３８２】
ＤＮＡ送達の他の方法（例えば、以下に議論されるようなトランスフェクション、エレクトロポレーション、衝撃、ウイルス接種）において使用される他のベクターの例は、ｐＧＥ−ｓｇＲＮＡ（Ｚｈａｎｇら、Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｓ．２０１６：１２６９７）、ｐＪＩＴ１６３−Ｕｂｉ−Ｃａｓ９（Ｗａｎｇら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ２００４  ３２、９４７−９５１）、ｐＩＣＨ４７７４２：：２ｘ３５Ｓ−５’ＵＴＲ−ｈＣａｓ９（ＳＴＯＰ）−ＮＯＳＴ（Ｂｅｌｈａｎら、Ｐｌａｎｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２０１３  １１；９（１）：３９）、ｐＡＨＣ２５（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎ，Ａ．Ｈ．及びＰ．Ｈ．Ｑｕａｉｌ、１９９６．Ｕｂｉｑｕｉｔｉｎ  ｐｒｏｍｏｔｅｒ−ｂａｓｅｄ  ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  ｈｉｇｈ−ｌｅｖｅｌ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｓｅｌｅｃｔａｂｌｅ  ａｎｄ／ｏｒ  ｓｃｒｅｅｎａｂｌｅ  ｍａｒｋｅｒ  ｇｅｎｅｓ  ｉｎ  ｍｏｎｏｃｏｔｙｌｅｄｏｎｏｕｓ  ｐｌａｎｔｓ．Ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ５：２１３−２１８）、ｐＨＢＴ−ｓＧＦＰ（Ｓ６５Ｔ）−ＮＯＳ（Ｓｈｅｅｎら、Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｓ  ｒｅｑｕｉｒｅｄ  ｆｏｒ  ｌｉｇｈｔ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｉｎ  ｍａｉｚｅ、ＥＭＢＯ  Ｊ．１２（９）、３４９７−３５０５（１９９３））である。
【０３８３】
一実施形態によれば、本発明のいくつかの実施形態の方法は、植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入することをさらに含む。
【０３８４】
一実施形態によれば、改変が挿入である場合、当該方法は、植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入することをさらに含む。
【０３８５】
一実施形態によれば、改変が欠失である場合、当該方法は、植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入することをさらに含む。
【０３８６】
一実施形態によれば、改変が欠失及び挿入（例えば、交換）である場合、当該方法は、植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入することをさらに含む。
【０３８７】
一実施形態によれば、改変が点突然変異である場合、当該方法は、植物細胞にドナーオリゴヌクレオチドを導入することをさらに含む。
【０３８８】
本明細書中で使用される場合、用語「ドナーオリゴヌクレオチド」又は「ドナーオリゴ」は、外来性ヌクレオチド（すなわち、ゲノムにおける正確な変化を生成するために植物細胞に外部から導入されるもの）をいう。一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは合成されたものである。
【０３８９】
一実施形態によれば、ドナーオリゴはＲＮＡオリゴである。
【０３９０】
一実施形態によれば、ドナーオリゴはＤＮＡオリゴである。
【０３９１】
一実施形態によれば、ドナーオリゴは合成オリゴである。
【０３９２】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、一本鎖ドナーオリゴヌクレオチド（ｓｓＯＤＮ）を含む。
【０３９３】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、二本鎖ドナーオリゴヌクレオチド（ｄｓＯＤＮ）を含む。
【０３９４】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）を含む。
【０３９５】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、二本鎖ＤＮＡ−ＲＮＡ二重鎖（ＤＮＡ−ＲＮＡ二重鎖）を含む。
【０３９６】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、二本鎖ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドを含む。
【０３９７】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、一本鎖ＤＮＡ−ＲＮＡハイブリッドを含む。
【０３９８】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、一本鎖ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）を含む。
【０３９９】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を含む。
【０４００】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）を含む。
【０４０１】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、（上述のように）交換のためのＤＮＡ又はＲＮＡ配列を含む。
【０４０２】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、非発現ベクターフォーマット又はオリゴで提供される。
【０４０３】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡドナープラスミド（例えば、環状又は線状プラスミド）を含む。
【０４０４】
一実施形態によれば、ドナーオリゴヌクレオチドは、約５０〜５０００、約１００〜５０００、約２５０〜５０００、約５００〜５０００、約７５０〜５０００、約１０００〜５０００、約１５００〜５０００、約２０００〜５０００、約２５００〜５０００、約３０００〜５０００、約４０００〜５０００、約５０〜４０００、約１００〜４０００、約２５０〜４０００、約５００〜４０００、約７５０〜４０００、約１０００〜４０００、約１５００〜４０００、約２０００〜４０００、約２５００〜４０００、約３０００〜４０００、約５０〜３０００、約１００〜３０００、約２５０〜３０００、約５００〜３０００、約７５０〜３０００、約１０００〜３０００、約１５００〜３０００、約２０００〜３０００、約５０〜２０００、約１００〜２０００、約２５０〜２０００、約５００〜２０００、約７５０〜２０００、約１０００〜２０００、約１５００〜２０００、約５０〜１０００、約１００〜１０００、約２５０〜１０００、約５００〜１０００、約７５０〜１０００、約５０〜７５０、約１５０〜７５０、約２５０〜７５０、約５００〜７５０、約５０〜５００、約１５０〜５００、約２００〜５００、約２５０〜５００、約３５０〜５００、約５０〜２５０、約１５０〜２５０又は約２００〜２５０ヌクレオチドを含む。
【０４０５】
特定の実施形態によれば、ｓｓＯＤＮ（例えばｓｓＤＮＡ又はｓｓＲＮＡ）を含むドナーオリゴヌクレオチドは、約２００〜５００ヌクレオチドを含む。
【０４０６】
特定の実施形態によれば、ｄｓＯＤＮ（例えば、ｄｓＤＮＡ又はｄｓＲＮＡ）を含むドナーオリゴヌクレオチドは、約２５０〜５０００ヌクレオチドを含む。
【０４０７】
一実施形態によれば、内在ＲＮＡサイレンシング分子（例えば、ｍｉＲＮＡ）の、選択されたＲＮＡサイレンシング配列（例えば、ｓｉＲＮＡ）との遺伝子交換のために、発現ベクター、ｓｓＯＤＮ（例えば、ｓｓＤＮＡ又はｓｓＲＮＡ）又はｄｓＯＤＮ（例えば、ｄｓＤＮＡ又はｄｓＲＮＡ）は、植物細胞中で発現される必要はなく、非発現鋳型として働くことができる。特定の実施形態によれば、このような場合、ＤＮＡ編集剤（例えば、Ｃａｓ９／ｓｇＲＮＡモジュール）のみが、ＤＮＡ形態で提供される場合、発現される必要がある。
【０４０８】
いくつかの実施形態によれば、ヌクレアーゼを使用せずに内在非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）を遺伝子編集するために、ＤＮＡ編集剤（例えば、ｇＲＮＡ）を、（例えば、本明細書中で議論されるように、オリゴヌクレオチドドナーＤＮＡ又はＲＮＡ）を用いて、又は用いずに、真核細胞に導入してもよい。
【０４０９】
一実施形態によれば、植物細胞へのドナーオリゴヌクレオチドの導入は、上記の方法のいずれかを使用して（例えば、発現ベクター又はＲＮＰトランスフェクションを使用して）行われる。
【０４１０】
一実施形態によれば、ｇＲＮＡ及びＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドは、（例えば、衝撃を介して）植物細胞に同時導入される。任意のさらなる因子（例えば、ヌクレアーゼ）が、それと一緒に導入され得ることが理解される。
【０４１１】
一実施形態によれば、ｇＲＮＡは、ＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドの前に（例えば、数分又は数時間以内に）植物細胞に導入される。任意のさらなる因子（例えば、ヌクレアーゼ）が、ｇＲＮＡ又はＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドの前に、それと同時に、又はそれに続いて導入され得ることが理解される。
【０４１２】
一実施形態によれば、ｇＲＮＡは、ＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドに続いて（例えば、数分又は数時間以内に）植物細胞に導入される。任意のさらなる因子（例えば、ヌクレアーゼ）が、ｇＲＮＡ又はＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドの前に、それと同時に、又はそれに続いて導入され得ることが理解される。
【０４１３】
一実施形態によれば、ゲノム編集のための少なくとも１つのｇＲＮＡ及びＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドを含む組成物が提供される。
【０４１４】
一実施形態によれば、ゲノム編集のための少なくとも１つのｇＲＮＡ、ヌクレアーゼ（例えばエンドヌクレアーゼ）及びＤＮＡドナーオリゴヌクレオチドを含む組成物が提供される。
【０４１５】
植物細胞への直接ＤＮＡ移入の種々の方法が存在し、当業者は、どれを選択するかを知っている。エレクトロポレーションでは、プロトプラストを強い電場に短時間暴露する。マイクロインジェクションでは、ＤＮＡは、非常に小さいマイクロピペットを用いて細胞に直接機械的に注入される。微粒子衝撃では、ＤＮＡは、硫酸マグネシウム結晶又は金又はタングステン粒子などの微小発射体に吸着され、微小発射体は、プロトプラスト、細胞又は植物組織の中へと物理的に加速される。
【０４１６】
従って、核酸の送達は、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド、及び／若しくはタンパク質、又は核酸及びペプチドの組み合わせを植物細胞に送達するための方法における、例えば、プロトプラストの形質転換（例えば、米国特許第５，５０８，１８４号明細書を参照のこと）、乾燥／阻害媒介ＤＮＡ取り込み（例えば、Ｐｏｔｒｙｋｕｓら（１９８５）  Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．１９９：１８３−８を参照のこと）、エレクトロポレーション（例えば、米国特許第５，３８４，２５３号明細書を参照のこと）、炭化ケイ素繊維を用いた撹拌（例えば、米国特許第５，３０２，５２３号明細書及び同第５，４６４，７６５号明細書を参照のこと）、アグロバクテリウム媒介形質転換（例えば、米国特許第５，５６３，０５５号明細書、同第５，５９１，６１６号明細書、同第５，６９３，５１２号明細書、同第５，８２４，８７７号明細書、同第５，９８１，８４０号明細書、及び同第６，３８４，３０１号明細書を参照のこと）、ＤＮＡコーティングされた粒子の加速（例えば、米国特許第５，０１５，５８０号明細書、同第５，５５０，３１８号明細書、同第５，５３８，８８０号明細書、同第６，１６０，２０８号明細書、同第６，３９９，８６１号明細書、及び同第６，４０３，８６５号明細書を参照のこと）、並びにナノ粒子、ナノキャリア、及び細胞膜透過性ペプチド（国際公開第２０１１２６６４４Ａ２号パンフレット；同第２００９０４６３８４Ａ１号パンフレット；同第２００８１４８２２３Ａ１号パンフレット）を含むが、これらに限定されない、当業者に公知の任意の方法によって、本発明の実施形態において植物細胞に導入され得る。
【０４１７】
トランスフェクションの他の方法としては、トランスフェクション試薬（例えば、リポフェクチン、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ）、デンドリマー（Ｋｕｋｏｗｓｋａ−Ｌａｔａｌｌｏ，Ｊ．Ｆ．ら、１９９６、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ９３、４８９７−９０２）、細胞膜透過性ペプチド（Ｍａｅら、２００５、Ｉｎｔｅｒｎａｌｉｓａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｅｌｌ−ｐｅｎｅｔｒａｔｉｎｇ  ｐｅｐｔｉｄｅｓ  ｉｎｔｏ  ｔｏｂａｃｃｏ  ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔｓ、Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ  ｅｔ  Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ  Ａｃｔａ  １６６９（２）：１０１−７）又はポリアミン（Ｚｈａｎｇ及びＶｉｎｏｇｒａｄｏｖ、２０１０、Ｓｈｏｒｔ  ｂｉｏｄｅｇｒａｄａｂｌｅ  ｐｏｌｙａｍｉｎｅｓ  ｆｏｒ  ｇｅｎｅ  ｄｅｌｉｖｅｒｙ  ａｎｄ  ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂｒａｉｎ  ｃａｐｉｌｌａｒｙ  ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｃｅｌｌｓ、Ｊ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｒｅｌｅａｓｅ、１４３（３）：３５９−３６６）の使用が挙げられる。
【０４１８】
特定の実施形態によれば、ＤＮＡを植物細胞（例えば、プロトプラスト）に導入するために、当該方法は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）媒介ＤＮＡ取り込みを含む。さらなる詳細については、Ｋａｒｅｓｃｈら（１９９１）  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐ．９：５７５−５７８；Ｍａｔｈｕｒら（１９９５）  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐ．１４：２２１−２２６；Ｎｅｇｒｕｔｉｕら（１９８７）  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．８：３６３−３７３を参照のこと。次いで、植物細胞（例えば、プロトプラスト）を、それらが細胞壁を成長させ、分裂を開始してカルスを形成し、シュート及び根を発達させ、そして植物全体を再生させる条件下で培養する。
【０４１９】
安定した形質転換に続いて、植物繁殖が実行される。植物繁殖の最も一般的な方法は、種子によるものである。しかし、種子の繁殖による再生では、種子はメンデルの法則によって支配される遺伝的分散に従って植物によって生成されるので、ヘテロ接合性のために作物に均一性が欠けているという欠点がある。基本的には、それぞれの種子は遺伝的に異なっており、それぞれが固有の形質をもって成長することになる。従って、形質転換植物は、再生植物が親である遺伝子導入植物と同一の形質及び特徴を有するように生産されることが好ましい。従って、形質転換された植物は、遺伝子的に同一の形質転換された植物の迅速で一貫した生殖を提供するマイクロプロパゲーションによって再生されることが好ましい。
【０４２０】
マイクロプロパゲーションは、選択された親植物又は栽培品種から切り出された単一の組織片から新世代植物を成長させるプロセスである。このプロセスは、所望の形質を有する植物の大量繁殖を可能にする。新しく作られた植物は遺伝的に元の植物と同一で、すべての特徴をもっている。マイクロプロパゲーション（又はクローニング）は、短期間での高品質の植物材料の量産化を可能にし、元の遺伝子導入植物又は形質転換植物の特徴の保存において、選択された栽培品種の迅速な増殖を提供する。クローニング植物の利点は、植物の増殖速度、並びに生産される植物の品質及び均一性である。
【０４２１】
マイクロプロパゲーションは、段階間の培養培地又は増殖条件の変更を必要とする多段階手順である。従って、マイクロプロパゲーション工程は、４つの基本段階：第１段階、初期組織培養；第２段階、組織培養増殖；第３段階、分化及び植物形成；並びに第４段階、温室培養及びハードニングを含む。第１段階の初期組織培養の間、組織培養は確立され、汚染物質を含まないことが証明される。第２段階の間、生産目標を満たすのに十分な数の組織試料が生産されるまで、最初の組織培養物を増殖させる。第３段階の間に、第２段階で成長させた組織試料を分割し、個々の小植物に成長させる。第４段階では、形質転換された小植物をハードニングのために温室に移し、そこで植物の光に対する耐性を徐々に増大させて、それを自然環境で成長させることができる。
【０４２２】
安定な形質転換が現在好ましいが、葉細胞、分裂組織細胞又は植物全体の一過性形質転換もまた、本発明のいくつかの実施形態によって想定される。
【０４２３】
一過性形質転換は、上記の直接ＤＮＡ移入方法のいずれかによって、又は改変植物ウイルスを使用するウイルス感染によって達成され得る。
【０４２４】
植物宿主の形質転換に有用であることが示されているウイルスには、ＣａＭＶ、ＴＭＶ、ＴＲＶ及びＢＶが含まれる。植物ウイルスを用いた植物の形質転換は、米国特許第４，８５５，２３７号明細書（ＢＧＶ）、欧州特許出願公開第６７，５５３号明細書（ＴＭＶ）、特開昭６３−１４６９３号公報（ＴＭＶ）、欧州特許出願公開第１９４，８０９号明細書（ＢＶ）、欧州特許出願公開第２７８，６６７号明細書（ＢＶ）；及びＧｌｕｚｍａｎ、Ｙ．ら、Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：  Ｖｉｒａｌ  Ｖｅｃｔｏｒｓ、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、１７２−１８９頁（１９８８）に記載されている。植物を含む多くの宿主において外来ＤＮＡを発現させる際に使用するためのシュードウイルス粒子は、国際公開第８７／０６２６１号パンフレットに記載されている。
【０４２５】
植物における非ウイルス外来性核酸配列の導入及び発現のための植物ＲＮＡウイルスの構築は、上記の参考文献並びにＤａｗｓｏｎ，Ｗ．Ｏ．ら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（１９８９）  １７２：２８５−２９２；Ｔａｋａｍａｔｓｕら、ＥＭＢＯ  Ｊ．（１９８７）  ６：３０７−３１１；Ｆｒｅｎｃｈら、Ｓｃｉｅｎｃｅ（１９８６）  ２３１：１２９４−１２９７；及びＴａｋａｍａｔｓｕら、ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔｅｒｓ（１９９０）  ２６９：７３−７６によって実証されている。
【０４２６】
ウイルスがＤＮＡウイルスである場合、ウイルス自体に適切な改変を行うことができる。あるいは、外来ＤＮＡを用いて所望のウイルスベクターを構築するのを容易にするために、ウイルスを最初に細菌プラスミドにクローニングすることができる。次いで、ウイルスをプラスミドから切り出すことができる。ウイルスがＤＮＡウイルスの場合には、細菌の複製起点がウイルスＤＮＡに結合し、それが細菌によって複製される。このＤＮＡの転写と翻訳は、ウイルスＤＮＡをキャプシド化するコートタンパク質を産生する。ウイルスがＲＮＡウイルスの場合、ウイルスは一般にｃＤＮＡとしてクローニングされ、プラスミドに挿入される。次いで、このプラスミドを使用して、構築物の全てを作製する。次に、プラスミドのウイルス配列を転写し、ウイルス遺伝子を翻訳して、ウイルスＲＮＡをキャプシド化するコートタンパク質を産生することによってＲＮＡウイルスが産生される。
【０４２７】
本発明のいくつかの実施形態の構築物に含まれるような非ウイルス外来性核酸配列の植物における導入及び発現のための植物ＲＮＡウイルスの構築は、上記の参考文献並びに米国特許第５，３１６，９３１号明細書によって実証される。
【０４２８】
一実施形態では、植物ウイルス核酸が提供される。この植物ウイルス核酸では、天然コートタンパク質コード配列がウイルス核酸から欠失されて、非天然植物ウイルスコートタンパク質コード配列、及び非天然プロモーター、好ましくは非天然コートタンパク質コード配列のサブゲノムプロモーターであって、植物宿主において発現し、組換え植物ウイルス核酸のパッケージングを行い、組換え植物ウイルス核酸による宿主の全身感染を確実にすることができる非天然プロモーターが挿入されている。あるいは、コートタンパク質遺伝子は、タンパク質が産生されるように、その中に非天然核酸配列を挿入することによって不活性化され得る。組換え植物ウイルス核酸は、１つ以上のさらなる非天然のサブゲノムプロモーターを含み得る。各非天然のサブゲノムプロモーターは、植物宿主において隣接する遺伝子又は核酸配列を転写又は発現することができ、互いに、及び天然のサブゲノムプロモーターと組換えすることができない。非天然（外来）核酸配列は、２つ以上の核酸配列が含まれる場合、天然植物ウイルスサブゲノムプロモーター又は天然及び非天然植物ウイルスサブゲノムプロモーターに隣接して挿入され得る。非天然核酸配列は、サブゲノムプロモーターの制御下で宿主植物において転写又は発現されて、所望の産物を産生する。
【０４２９】
第２の実施形態において、組換え植物ウイルス核酸は、天然コートタンパク質コード配列が、非天然コートタンパク質コード配列の代わりに、非天然コートタンパク質サブゲノムプロモーターの１つに隣接して配置されることを除いて、第１の実施形態におけるように提供される。
【０４３０】
第３の実施形態では、天然コートタンパク質遺伝子がそのサブゲノムプロモーターに隣接し、１つ以上の非天然サブゲノムプロモーターがウイルス核酸に挿入されている組換え植物ウイルス核酸が提供される。挿入された非天然のサブゲノムプロモーターは、植物宿主において隣接する遺伝子を転写又は発現することができ、互いに、及び天然のサブゲノムプロモーターと組換えすることができない。非天然核酸配列は、非天然サブゲノム植物ウイルスプロモーターに隣接して挿入され得、その結果、配列は、所望の産物を産生するために、サブゲノムプロモーターの制御下で宿主植物において転写又は発現される。
【０４３１】
第４の実施形態において、組換え植物ウイルス核酸は、天然コートタンパク質コード配列が非天然コートタンパク質コード配列によって置換されることを除いて、第３の実施形態におけるように提供される。
【０４３２】
ウイルスベクターは、組換え植物ウイルス核酸によってコードされるコートタンパク質によってキャプシド化され、組換え植物ウイルスを産生する。組換え植物ウイルス核酸又は組換え植物ウイルスは、適切な宿主植物に感染するために使用される。組換え植物ウイルス核酸は、宿主において複製し、宿主において全身に広がり、宿主において外来遺伝子（複数種可）（単離された核酸）の転写又は発現が可能であり、所望のタンパク質を産生する。
【０４３３】
上記に加えて、本発明のいくつかの実施形態の核酸分子はまた、葉緑体ゲノムに導入され得、それによって葉緑体発現を可能にする。
【０４３４】
葉緑体のゲノムに外来性核酸配列を導入する技術が知られている。この技術は、以下の手順を含む。第一に、植物細胞が、細胞当たりの葉緑体の数を約１に減少させるように化学的に処理される。次いで、外来性核酸が、少なくとも１つの外来性核酸分子を葉緑体に導入する目的で、粒子衝撃を介して細胞に導入される。外来性核酸は、葉緑体に固有の酵素によって容易にもたらされる相同組換えを介して葉緑体のゲノムに組み込まれ得るように選択される。この目的のために、外来性核酸は、目的の遺伝子に加えて、葉緑体のゲノムに由来する少なくとも１つの核酸鎖を含む。さらに、外来性核酸は、選択可能なマーカーを含み、これは、このような選択後の葉緑体ゲノムのコピーの全て又は実質的に全てが外来性核酸を含むことを確認するための連続的な選択手順によって役立つ。この技法に関連するさらなる詳細は、参照により本明細書に援用される米国特許第４，９４５，０５０号明細書及び同第５，６９３，５０７号明細書に見出される。従って、ポリペプチドは、葉緑体のタンパク質発現系によって産生されることが可能で、そして葉緑体の内膜に組み込まれ得る。
【０４３５】
使用される形質転換／感染方法にかかわらず、本教示はさらに、ゲノム編集事象を含む形質転換細胞を選択する。
【０４３６】
特定の実施形態によれば、選択は、特定の遺伝子座において首尾よく正確な改変（例えば、交換、挿入、欠失、点突然変異）を含む細胞のみが選択されるように実施される。従って、意図しない遺伝子座における改変（例えば、挿入、欠失、点突然変異）を含む任意の事象を含む細胞は、選択されない。
【０４３７】
一実施形態によれば、改変細胞の選択は、表現型レベルで、分子事象の検出によって、蛍光レポーターの検出によって、又は選択（例えば、抗生物質）の存在下での成長によって行うことができる。
【０４３８】
一実施形態によれば、改変細胞の選択は、新たに編集された非コードＲＮＡ分子の生合成及び発生（例えば、新規ｍｉＲＮＡバージョンの存在、新規編集ｓｉＲＮＡ、ｐｉＲＮＡ、ｔａｓｉＲＮＡなどの存在）を分析することによって行われる。
【０４３９】
一実施形態によれば、改変された細胞の選択は、標的ＲＮＡをコードする植物又は生物における少なくとも１つの表現型、例えば、植物の葉の色、例えば葉及び他の器官におけるクロロフィルの部分的又は完全な喪失（退色）、壊死パターン（ｎａｃｒｏｔｉｃ  ｐａｔｅｒｒｎ）の存在／非存在、花の色、果実形質（例えば、貯蔵寿命、硬さ及び風味）、成長速度、植物サイズ（例えば、矮化症）、作物収量、生物的ストレス耐性（例えば、疾患耐性、線虫死亡率、甲虫産卵率、又は細菌、ウイルス、真菌、寄生虫、昆虫、雑草、及び栽培植物若しくは天然植物のいずれかに関連する他の耐性表現型）、非生物的ストレス耐性（例えば、耐熱・耐寒性、耐乾燥性、耐塩性、耐アリルアルコール性、又は栄養素、例えばリン（Ｐ）の欠如に対する抵抗性）を確認することによって、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）のサイレンシング活性及び／又は特異性を分析することによって行われる。
【０４４０】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性は、例えば、遺伝子の発現又は発現の欠如によって遺伝子型的に決定される。
【０４４１】
一実施形態によれば、非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性は、表現型的に決定される。
【０４４２】
一実施形態によれば、植物の表現型は、遺伝子型の前に決定される。
【０４４３】
一実施形態によれば、植物の遺伝子型は、表現型の前に決定される。
【０４４４】
一実施形態によれば、改変細胞の選択は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡのＲＮＡレベルを測定することによって、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）のサイレンシング活性及び／又は特異性を分析することによって行われる。これは、例えば、ノーザンブロッティング、ヌクレアーゼ保護アッセイ、Ｉｎ  Ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、又は定量的ＲＴ−ＰＣＲによって、当該分野で公知の任意の方法を使用して実施され得る。
【０４４５】
一実施形態によれば、改変細胞の選択は、例えば、挿入、欠失、挿入−欠失（インデル（Ｉｎｄｅｌ））、反転、置換、及びそれらの組み合わせなど、求められる編集のタイプに応じて、本明細書で「突然変異」又は「編集」とも呼ばれるＤＮＡ編集事象を含む植物細胞又はクローンを分析することによって行われる。
【０４４６】
配列変更を検出するための方法は、当該分野で周知であり、そしてＤＮＡ及びＲＮＡ配列決定（例えば、次世代シークエンシング）、電気泳動、酵素に基づくミスマッチ検出アッセイ及びハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ＲＮａｓｅ保護、Ｉｎ  Ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、プライマー伸長、サザンブロット、ノーザンブロット及びドットブロット分析）を含むが、これらに限定されない。一塩基多型（ＳＮＰ）の検出のために使用される種々の方法（例えば、ユニークな制限部位（複数可）の出現又は消失を検出するためのＰＣＲに基づくＴ７エンドヌクレアーゼ、Ｈｅｔｒｏｄｕｐｌｅｘ及びＳａｎｇｅｒ配列決定、又はＰＣＲ、続いて制限消化もまた、使用され得る。
【０４４７】
ＤＮＡ編集事象（例えば、インデル）の存在を確認する別の方法は、ミスマッチＤＮＡを認識し切断する構造選択的酵素（例えば、エンドヌクレアーゼ）を利用するミスマッチ切断アッセイを含む。
【０４４８】
一実施形態によれば、形質転換細胞の選択は、蛍光レポーターによって発せられる蛍光を示す形質転換細胞を選択するフローサイトメトリー（ＦＡＣＳ）によって行われる。ＦＡＣＳソーティングに続いて、蛍光マーカーを提示する、形質転換植物細胞の正に選択されたプールを収集し、そしてアリコートを、上記のようにＤＮＡ編集事象を試験するために使用し得る。
【０４４９】
抗生物質選択マーカーを使用した場合、形質転換後、植物細胞クローンを、それらがコロニー、すなわちクローン及びマイクロカルスに発達するまで、選択（例えば、抗生物質）の存在下で培養する。次いで、カルスの細胞の一部を、上記のように、ＤＮＡ編集事象について分析（検証）する。
【０４５０】
従って、本発明の一実施形態によれば、当該方法は、形質転換された細胞において、第２の標的ＲＮＡに対する内在非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）の相補性を検証することをさらに含む。
【０４５１】
上記のように、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）をコードする遺伝子の改変後、非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）は、第２の標的ＲＮＡ又は目的の標的ＲＮＡの配列に対して、少なくとも約３０％、３３％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又はさらには１００％の相補性を含む。
【０４５２】
設計された非コードＲＮＡ分子と目的の標的ＲＮＡとの特異的結合は、計算アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴ）などの当技術分野で公知の任意の方法によって決定することができ、例えば、ノーザンブロット、Ｉｎ  Ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ  Ｐｌｅｘアッセイ等を含む方法によって検証することができる。
【０４５３】
陽性クローンは、ＤＮＡ編集事象に関してホモ接合又はヘテロ接合であり得ることが理解されるであろう。ヘテロ接合体細胞の場合、細胞（例えば、二倍体の場合）は、改変された遺伝子のコピー及び非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）の非改変遺伝子のコピーを含み得る。当業者は、意図される用途に従って、さらなる培養／再生のためにクローンを選択する。
【０４５４】
一実施形態によれば、一過的な方法が所望される場合、所望されるようなＤＮＡ編集事象の存在を示すクローンが、ＤＮＡ編集剤の不存在、すなわち、ＤＮＡ編集剤をコードするＤＮＡ配列の喪失についてさらに分析され、選択される。これは、例えば、ＤＮＡ編集剤の発現喪失（例えば、ｍＲＮＡ、タンパク質で）を、例えばＧＦＰの蛍光検出又はｑ−ＰＣＲ、ＨＰＬＣによって分析することによって行うことができる。
【０４５５】
一実施形態によれば、一過性方法が所望される場合、細胞は、本明細書中に記載される核酸構築物又はその部分（例えば、ＤＮＡ編集剤をコードする核酸配列）の不存在について分析され得る。これは、蛍光顕微鏡法、ｑ−ＰＣＲ、ＦＡＣＳ、及び／又はサザンブロット、ＰＣＲ、配列決定、ＨＰＬＣなどの任意の他の方法によって確認することができる。
【０４５６】
一実施形態によれば、以下に論じるように、ＤＮＡ編集剤（例えばエンドヌクレアーゼ）を欠く植物を得るために、植物を交配する。
【０４５７】
陽性クローンを保存（例えば、凍結保存）してもよい。
【０４５８】
あるいは、植物細胞（例えば、プロトプラスト）は、最初にカルスに成長する植物細胞の群に成長させ、次いで植物組織培養法を用いてカルスからシュートの再生（カルス生成）によって、植物全体に再生され得る。カルスへのプロトプラストの成長及びシュートの再生は、植物の各種に合わせてカスタマイズされなければならない組織培養培地中の植物成長調節因子の適切なバランスを必要とする。
【０４５９】
プロトプラストはまた、プロトプラスト融合と呼ばれる技術を使用して、植物育種のために使用され得る。異なる種からのプロトプラストは、電場又はポリエチレングリコールの溶液を使用することによって融合するように誘導される。この技術は、組織培養において体細胞ハイブリッドを生成するために使用され得る。
【０４６０】
プロトプラスト再生の方法は、当該分野で周知である。いくつかの因子、すなわち、遺伝子型、ドナー組織及びその前処理、プロトプラスト単離のための酵素処理、プロトプラスト培養の方法、培養物、培養培地、並びに物理的環境が、プロトプラストの単離、培養、及び再生に影響を及ぼす。徹底的な概説については、Ｍａｈｅｓｈｗａｒｉら、１９８６  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｏｐｌａｓｔｓ  ａｎｄ  ｏｆ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍｅｄ  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌｓ：  ３−３６、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ、Ｂｅｒｌｉｎを参照のこと。
【０４６１】
再生された植物は、当業者が適切と考えるように、さらなる育種及び選択に供され得る。
【０４６２】
従って、本発明の実施形態はさらに、本教示に従って生成された第２の標的ＲＮＡをサイレンシングすることができる非コードＲＮＡ分子（例えば、ＲＮＡサイレンシング分子）を含む植物、植物細胞、及び植物の加工産物に関する。
【０４６３】
本発明の１つの局面によれば、標的遺伝子の発現が低下した植物を産生する方法であって、（ａ）本発明のいくつかの実施形態による植物を育種する工程と、（ｂ）目的の標的ＲＮＡ若しくは第２の標的ＲＮＡの発現が低下した子孫植物、又は目的の標的ＲＮＡに対する非コードＲＮＡ分子中にサイレンシング特異性を含み、かつ前記ＤＮＡ編集剤を含まない子孫植物を選択し、それによって標的遺伝子の発現が低下した植物を産生する工程とを含む方法が提供される。
【０４６４】
一実施形態によれば、育種は、交配又は自配を含む。
【０４６５】
本明細書で用いる「交配」という用語は、雄性植物（又は配偶子）による雌性植物（又は配偶子）の受精を意味する。用語「配偶子」とは、配偶体から有糸分裂によって植物体内で産生され、有性生殖に関与する一倍体生殖細胞（卵又は精子）を指し、その間に、異性の２つの配偶子が融合して二倍体接合体を形成する。この用語は一般に、花粉（精子細胞を含む）及び胚珠（胚盤を含む）への言及を含む。従って、「交配」とは、一般に、ある個体の胚珠が他の個体の花粉と受精することを指し、「自配」とは、個体の胚珠が同一個体由来の花粉と受精することを指す。交配は植物の育種に広く用いられており、母親由来の１本の染色体と父親由来の１本の染色体を交配した２つの植物間のゲノム情報の混合をもたらす。この結果、遺伝的に遺伝する形質が新たに組み合わされることになる。
【０４６６】
上記のように、植物は、望ましくない因子、例えば、ＤＮＡ編集剤（例えばエンドヌクレアーゼ）を欠く植物を得るために交配され得る。
【０４６７】
一実施形態によれば、増加したストレス耐性、増加した収率、増加した成長速度、又は増加した収量品質を有する植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか、又はＲＮＡサイレンシングにプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡは、ストレスに対する感受性、減少した収率、減少した成長速度、又は減少した収量品質を付与する植物の遺伝子のものである方法が提供される。
【０４６８】
本明細書で使用される「ストレス耐性」という語句は、代謝、成長、生産性及び／又は生存率の実質的な変化を被ることなく、植物が生物的又は非生物的ストレスに耐える能力を指す。
【０４６９】
本明細書で使用される「非生物的ストレス」という語句は、植物の代謝、成長、発生、繁殖、又は生存（集合的に「成長」）に悪影響を及ぼす、生きていない（「非生物的な」）物理的又は化学的因子への植物、植物細胞などの曝露を指す。非生物的ストレスは、例えば、水（例えば、洪水、干ばつ、又は脱水）、嫌気性条件（例えば、低レベルの酸素又は高レベルのＣＯ２）、異常な浸透圧条件（例えば、浸透圧ストレス）、塩分、又は温度（例えば、高温／加熱、低温、凍結、又は霜）、汚染物質への曝露（例えば、重金属毒性）、嫌気性、栄養不足（例えば、窒素不足又は限られた窒素）、大気汚染、又は紫外線照射などの環境要因によって植物に課すことができる。
【０４７０】
本明細書で使用される「生物的ストレス」という語句は、植物の代謝、成長、発生、繁殖、又は生存（集合的に「成長」）に悪影響を及ぼす、生きている（「生物的な」）生物への植物、植物細胞などの曝露を指す。生物的ストレスは、例えば、細菌、ウイルス、真菌、寄生虫、有益及び有害な昆虫、雑草、並びに栽培植物又は天然植物によって引き起こされ得る。
【０４７１】
本明細書で使用される「収量」又は「植物収量」という語句は、増加した植物成長（成長速度）、増加した作物成長、増加したバイオマス、及び／又は増加した植物産物産生（穀物、果実、種子等を含む）を指す。
【０４７２】
一実施形態によれば、増加したストレス耐性、増加した収率、増加した成長速度又は増加した収量品質を有する植物を生成するために、非コードＲＮＡ分子は、ストレスに対する感受性、減少した収率、減少した成長速度又は減少した収量品質を付与する植物の遺伝子である目的のＲＮＡを標的とするように設計される。
【０４７３】
一実施形態によれば、標的とされる（例えば、ノックアウトされる）例示的な感受性植物遺伝子は、感受性Ｓ遺伝子（例えば、ＭＬＯ（Ｍｉｌｄｅｗ  Ｌｏｃｕｓ  Ｏ）として知られる遺伝子座に存在するもの）を含むが、これに限定されない。
【０４７４】
一実施形態によれば、本方法によって生成される植物は、本方法によって生成されない植物と比較して、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又は１００％増加したストレス耐性、増加した収率、増加した収量品質、増加した成長速度を含む。
【０４７５】
ストレス耐性の増大を評価するための当技術分野で公知の任意の方法を、本発明に従って使用することができる。ストレス耐性の増加を評価する例示的な方法には、Ｙｏｏｎ，ＳＫ．、Ｂａｅ，ＥＫ．、Ｌｅｅ，Ｈ．ら、Ｔｒｅｅｓ（２０１８）３２：８２３．ｗｗｗ（ｄｏｔ）ｄｏｉ（ｄｏｔ）ｏｒｇ／１０．１００７／ｓ００４６８−０１８−１６７５−２）に記載されているように、塩ストレス耐性の向上のためのポプラにおけるＰａｇＳＡＰ１の下方制御、及びＳｌｂＺＩＰ３８の下方制御によるトマトにおける干ばつ耐性の向上（Ｐａｎ  Ｙら、Ｇｅｎｅｓ  ２０１７，８，４０２；ｄｏｉ：１０．３３９０／ｇｅｎｅｓ８１２０４０２）が含まれるが、これらに限定されない。これらは、参照により本明細書に援用される。
【０４７６】
増加した収率を評価するための当該分野で公知の任意の方法が、本発明に従って使用され得る。収率の増加を評価する例示的な方法は、Ａｒ−Ｒａｆｉ  Ｍｄ．Ｆａｉｓａｌら、ＡＪＰＳ＞  第８巻、第９号、２０１７年８月、ＤＯＩ：１０．４２３６／ａｊｐｓ．２０１７．８９１４９に記載されるようなイネにおけるＤＳＴ発現の低下を含むが、これに限定されず、カノーラにおけるＢｎＦＴＡの下方制御は、Ｗａｎｇ  Ｙら、Ｍｏｌ  Ｐｌａｎｔ．２００９年１月；２（１）：１９１−２００．ｄｏｉ：１０．１０９３／ｍｐ／ｓｓｎ０８８に記載されるように、収率の増加をもたらした。これらは、両方とも参照により本明細書に援用される。
【０４７７】
上昇した成長速度を評価するための当技術分野で公知の任意の方法を、本発明に従って使用することができる。成長速度の上昇を評価する例示的な方法としては、Ｍａｒｃｅｌｏ  ｄｅ  Ｆｒｅｉｔａｓ  Ｌｉｍａら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ（２０１７）１、１４−２５に記載されるように、シロイヌナズナにおけるＢＩＧ  ＢＲＯＴＨＥＲの発現の減少が挙げられるが、これらに限定されず、又はＧＡ２−ＯＸＩＤＡＳＥは成長及びバイオマスの増大をもたらす。この文献は、参照により本明細書に援用される。
【０４７８】
増加した収量品質を評価するための当技術分野で公知の任意の方法を、本発明に従って使用することができる。収量品質の増加を評価する例示的な方法には、Ｙｅｈ  Ｓ  Ｙら、Ｒｉｃｅ（ＮＹ）．２０１５；８：３６に記載されているように、イネのＯｓＣＫＸ２の下方制御が、より多くの分げつ、より多くの穀物の生産をもたらし、穀物がより重かったこと；及び多くの植物におけるＯＭＴレベルの低下（これは、改変されたリグニン蓄積を生じる）は、Ｖｅｒｍａ  ＳＲ及びＤｗｉｖｅｄｉ  ＵＮ、Ｓｏｕｔｈ  Ａｆｒｉｃａｎ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂｏｔａｎｙ、第９１巻、２０１４年３月、１０７−１２５頁に記載されるように、産業目的のための材料の消化性を高めることが挙げられるが、これらに限定されない。上記の両方の文献は、参照により本明細書に援用される。
【０４７９】
一実施形態によれば、当該方法は、甘味の増加、糖含有量の増加、風味の増加、熟成制御の改善、水ストレス耐性の向上、熱ストレス耐性の向上、及び塩耐性の増加を含む植物の生成をさらに可能にする。当業者は、改変のための標的ＲＮＡ配列を選択するために、本明細書中に記載される方法を利用する方法を知る。
【０４８０】
一実施形態によれば、病原体耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか、又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって病原体耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡが、病原体に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法が提供される。
【０４８１】
一実施形態によれば、病原体耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか、又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって病原体耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡが病原体の遺伝子のものである方法が提供される。
【０４８２】
一実施形態によれば、有害生物耐容性又は耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか、又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって有害生物耐容性又は耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡが有害生物の遺伝子のものである方法が提供される。
【０４８３】
本明細書中で使用される場合、用語「病原体」は、植物にコロニー形成、損傷、攻撃、又は感染することによって、植物に負の影響を及ぼす生物をいう。従って、病原体は、植物の成長、発生、生殖、収穫又は収量に影響を及ぼし得る。これには、病気を広げたり、宿主に損傷を与えたり、宿主の栄養分をめぐって競合したりする生物が含まれる。植物病原体は、限定されるものではないが、真菌、卵菌類、細菌、ウイルス、ウイロイド、ウイルス様生物、植物質、原生動物（原虫）、線虫、昆虫及び寄生植物を含む。
【０４８４】
病原体の非限定的な例としては、長い触角を持つカミキリムシ（ｌｏｎｇ  ｈｏｒｎｅｄ  ｂｏｒｅｒ）等のカミキリムシ（ｒｏｕｎｄｈｅａｄｅｄ  ｂｏｒｅｒ）；レッドガムラープキジラミ（ｒｅｄ  ｇｕｍ  ｌｅｒｐ  ｐｓｙｌｌｉｄ）（グリカスピス・ブリンブレコンベイ（Ｇｌｙｃａｓｐｉｓ  ｂｒｉｍｂｌｅｃｏｍｂｅｉ））、ブルーガムキジラミ（ｂｌｕｅ  ｇｕｍ  ｐｓｙｌｌｉｄ）、スポッティッドガムラープキジラミ（ｓｐｏｔｔｅｄ  ｇｕｍ  ｌｅｒｐ  ｐｓｙｌｌｉｄ）、レモンガムラープキジラミ（ｌｅｍｏｎ  ｇｕｍ  ｌｅｐ  ｐｓｙｌｌｉｄ）等のキジラミ；カメノコハムシ；ゾウムシ；ハムシ；ナラタケ；トウマストコリス・ペレグリヌス（Ｔｈａｕｍａｓｔｏｃｏｒｉｓ  ｐｅｒｅｇｒｉｎｕｓ）；ユーカリアシブトコバチ（レプトシブ・インバサ、Ｌｅｐｔｏｃｙｂｅ  ｉｎｖａｓａ）、オフェリムス・マスケッリ（Ｏｐｈｅｌｉｍｕｓ  ｍａｓｋｅｌｌｉ）及びセリトリコデス・グロブレス（Ｓｅｌｉｔｒｉｃｈｏｄｅｓ  ｇｌｏｂｕｌｅｓ）等の固着性のフシバチ（ｇａｌｌ  ｗａｓｐ）（タマバチ（Ｃｙｎｉｐｉｄａｅ））；雑食性尺取り虫（Ｏｍｎｉｖｏｒｏｕｓ  ｌｏｏｐｅｒ）及びオレンジハマキガ（Ｏｒａｎｇｅ  ｔｏｒｔｒｉｘ）等の食葉性毛虫類；ガラスのような羽を持つヨコバイ（Ｇｌａｓｓｙ−ｗｉｎｇｅｄ  ｓｈａｒｐｓｈｏｏｔｅｒ）；並びにジャイアント・ホワイトフライ（Ｇｉａｎｔ  ｗｈｉｔｅｆｌｙ）等のコナジラミ類が挙げられるが、これらに限定されない。病原体の他の非限定的な例には、ケアブラムシ亜科（Ｃｈａｉｔｏｐｈｏｒｕｓ）の種、クラウディーウィングド・コットンウッド（Ｃｌｏｕｄｙｗｉｎｇｅｄ  ｃｏｔｔｏｎｗｏｏｄ）及びニタイケアブラムシ属（Ｐｅｒｉｐｈｙｌｌｕｓ）の種等のアブラムシ；リンゴカキカイガラムシ（Ｏｙｓｔｅｒｓｈｅｌｌ  ｓｃａｌｅ）及びナシマルカイガラムシ（Ｓａｎ  Ｊｏｓｅ  ｓｃａｌｅ）等のマルカイガラムシ科のカイガラムシ（Ａｒｍｏｒｅｄ  ｓｃａｌｅ）；ボクトウガの幼虫（Ｃａｒｐｅｎｔｅｒｗｏｒｍ）；アメリカスズメバチガ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  ｈｏｒｎｅｔ  ｍｏｔｈ）及びウエスタン・ポピュラー・クリアウィング（Ｗｅｓｔｅｒｎ  ｐｏｐｌａｒ  ｃｌｅａｒｗｉｎｇ）等のスカシバガ（Ｃｌｅａｒｗｉｎｇ  ｍｏｔｈ）穿孔虫；ブロンズ樺木輪状食い虫（Ｂｒｏｎｚｅ  ｂｉｒｃｈ  ｂｏｒｅｒ）及びブロンズポプラ木輪状食い虫（Ｂｒｏｎｚｅ  ｐｏｐｌａｒ  ｂｏｒｅｒ）等のタマムシ類（Ｆｌａｔｈｅａｄｅｄ  ｂｏｒｅｒ）；アメリカシロヒトリ（Ｆａｌｌ  ｗｅｂｗｏｒｍ）、果樹ハマキムシ（Ｆｒｕｉｔ−ｔｒｅｅ  ｌｅａｆｒｏｌｌｅｒ）、レッドハンプトキャタピラー（Ｒｅｄｈｕｍｐｅｄ  ｃａｔｅｒｐｉｌｌａｒ）、ヨーロッパヤナギドクガ（Ｓａｔｉｎ  ｍｏｔｈ）のケムシ、スパイニーエルムキャタピラー（Ｓｐｉｎｙ  ｅｌｍ  ｃａｔｅｒｐｉｌｌａｒ）、テンマクケムシ（Ｔｅｎｔ  ｃａｔｅｒｐｉｌｌａｒ）、ドクガ類（Ｔｕｓｓｏｃｋ  ｍｏｔｈ）及びニシトラフアゲハ（Ｗｅｓｔｅｒｎ  ｔｉｇｅｒ  ｓｗａｌｌｏｗｔａｉｌ）等の葉食性毛虫類；ポプラシールドベアラー（Ｐｏｐｌａｒ  ｓｈｉｅｌｄ  ｂｅａｒｅｒ）等のハモグリムシ（Ｆｏｌｉａｇｅ  ｍｉｎ���ｒ）；コットンウッドフシダニ（Ｃｏｔｔｏｎｗｏｏｄ  ｇａｌｌ  ｍｉｔｅ）等のフシダニ類（ｇａｌｌ  ｍｉｔｅ）並びに水疱ダニ類（ｂｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｔｅ）；ポプラ虫コブアブラムシ（Ｐｏｐｌａｒ  ｐｅｔｉｏｌｅｇａｌｌ  ａｐｈｉｄ）等の虫コブアブラムシ（Ｇａｌｌ  ａｐｈｉｄ）；ガラスのような羽を持つヨコバイ（Ｇｌａｓｓｙ−ｗｉｎｇｅｄ  ｓｈａｒｐｓｈｏｏｔｅｒ）；ハムシ類及びノミトビヨロイムシ類；コナカイガラムシ類；ポプラ及びヤナギの穿孔虫（Ｐｏｐｌａｒ  ａｎｄ  ｗｉｌｌｏｗ  ｂｏｒｅｒ）；カミキリムシ；ハバチ類；クロカタカイガラムシ（ｂｌａｃｋ  ｓｃａｌｅ）、柑橘類の木の害虫（Ｂｒｏｗｎ  ｓｏｆｔ  ｓｃａｌｅ）、コットニーメープルカイガラムシ（Ｃｏｔｔｏｎｙ  ｍａｐｌｅ  ｓｃａｌｅ）及びミズキカタカイガラムシ（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｆｒｕｉｔ  ｌｅｃａｎｉｕｍ）等のカタカイガラムシ類（Ｓｏｆｔ  ｓｃａｌｅ）；バッファローツノゼミ（Ｂｕｆｆａｌｏ  ｔｒｅｅｈｏｐｐｅｒ）等のツノゼミ；並びにグンバイムシ（ｌａｃｅ  ｂｕｇ）及びカスミカメ（Ｌｙｇｕｓ  ｂｕｇ）等の半翅類昆虫が含まれる。
【０４８５】
ウイルス性植物病原体の他の非限定的な例としては、種：マメ早期褐変ウイルス（Ｐｅａ  ｅａｒｌｙ−ｂｒｏｗｎｉｎｇ  ｖｉｒｕｓ：ＰＥＢＶ）、属：トブラウイルス、種：トウガラシ輪紋ウイルス（Ｐｅｐｐｅｒ  ｒｉｎｇｓｐｏｔ  ｖｉｒｕｓ：ＰｅｐＲＳＶ）、属：トブラウイルス、種：スイカモザイクウイルス（ＷＭＶ）、属：ポティウイルス、及びポティウイルス属由来の他のウイルス、種：タバコモザイクウイルス属（ＴＭＶ）、トバモウイルス及びトバモウイルス属由来の他のウイルス、種：ジャガイモウイルスＸ属（ＰＶＸ）、ポテックススウイルス及びポテックスウイルス属由来の他のウイルスが挙げられるが、これらに限定されない。従って、本教示は、ＲＮＡウイルス並びにＤＮＡウイルス（例えば、ジェミニウイルス又はビジミニウイルス）の標的化を想定している。標的とすることができるジェミニウイルスとしては、アブチロンモザイクビジェミニウイルス（ａｂｕｔｉｌｏｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、アゲラタム黄色葉脈ビジェミニウイルス（ａｇｅｒａｔｕｍ  ｙｅｌｌｏｗ  ｖｅｉｎ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、マメカリコモザイクビジェミニウイルス（ｂｅａｎ  ｃａｌｉｃｏ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、マメ金色葉脈モザイクビジェミニウイルス（ｂｅａｎ  ｇｏｌｄｅｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、ビンディ黄色葉脈ビジェミニウイルス（ｂｈｅｎｄｉ  ｙｅｌｌｏｗ  ｖｅｉｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、キャッサバアフリカモザイクビジェミニウイルス（ｃａｓｓａｖａ  Ａｆｒｉｃａｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、キャッサバインドモザイクビジェミニウイルス（ｃａｓｓａｖａ  Ｉｎｄｉａｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、チノデルトマトビジェミニウイルス（ｃｈｉｎｏ  ｄｅｌ  ｔｏｍａｔｅ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、コットンリーフクラムプルビジェミニウイルス（ｃｏｔｔｏｎ  ｌｅａｆ  ｃｒｕｍｐｌｅ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、コットン葉巻ビジェミニウイルス（ｃｏｔｔｏｎ  ｌｅａｆ  ｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、クロトン黄色葉脈モザイクビジェミニウイルス（ｃｒｏｔｏｎ  ｙｅｌｌｏｗ  ｖｅｉｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、フジマメ黄色モザイクビジェミニウイルス（ｄｏｌｉｃｈｏｓ  ｙｅｌｌｏｗ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、ユーフォルビアモザイクビジェミニウイルス（ｅｕｐｈｏｒｂｉａ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、ホースグラム黄色モザイクビジェミニウイルス（ｈｏｒｓｅｇｒａｍ  ｙｅｌｌｏｗ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、ヤトロファモザイクビジェミニウイルス（ｊａｔｒｏｐｈａ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、ライマメ金色モザイクビジェミニウイルス（ｌｉｍａ  ｂｅａｎ  ｇｏｌｄｅｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、メロン葉巻ビジェミニウイルス（ｍｅｌｏｎ  ｌｅａｆ  ｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、リョクトウ黄色モザイクビジェミニウイルス（ｍｕｎｇ  ｂｅａｎ  ｙｅｌｌｏｗ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、オクラ葉巻ビ��ェミニウイルス（ｏｋｒａ  ｌｅａｆ−ｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トウガラシワステコビジェミニウイルス（ｐｅｐｐｅｒ  ｈａｕｓｔｅｃｏ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トウガラシテキサスビジェミニウイルス（ｐｅｐｐｅｒ  Ｔｅｘａｓ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、ジャガイモ黄色モザイクビジェミニウイルス（ｐｏｔａｔｏ  ｙｅｌｌｏｗ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、タンキリマメモザイクビジェミニウイルス（ｒｈｙｎｃｈｏｓｉａ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、シラノ金色モザイクビジェミニウイルス（ｓｅｒｒａｎｏ  ｇｏｌｄｅｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、カボチャ葉巻ビジェミニウイルス（ｓｑｕａｓｈ  ｌｅａｆ  ｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、タバコ葉巻ビジェミニウイルス（ｔｏｂａｃｃｏ  ｌｅａｆ  ｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマトオーストラリア葉巻ビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  Ａｕｓｔｒａｌｉａｎ  ｌｅａｆｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマト金色モザイクビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  ｇｏｌｄｅｎ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマトインド葉巻ビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  Ｉｎｄｉａｎ  ｌｅａｆｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマトリーフクラムプルビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  ｌｅａｆ  ｃｒｕｍｐｌｅ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマト斑紋ビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  ｍｏｔｔｌｅ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマト黄色葉巻ビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  ｙｅｌｌｏｗ  ｌｅａｆ  ｃｕｒｌ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、トマト黄色モザイクビジェミニウイルス（ｔｏｍａｔｏ  ｙｅｌｌｏｗ  ｍｏｓａｉｃ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）、スイカ萎縮ビジェミニウイルス（ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ  ｃｈｌｏｒｏｔｉｃ  ｓｔｕｎｔ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）及びスイカ葉巻斑紋ビジェミニウイルス（ｗａｔｅｒｍｅｌｏｎ  ｃｕｒｌｙ  ｍｏｔｔｌｅ  ｂｉｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０４８６】
本明細書中で使用される場合、用語「病害虫」は、植物に直接的又は間接的に害を及ぼす生物をいう。直接的な効果としては、例えば、植物の葉を食すことが挙げられる。間接的な効果には、例えば、病原体（例えば、ウイルス、細菌など）の植物への伝播が含まれる。後者の場合、病害虫は病原体伝播のベクターとなる。例示的な病害虫には、これらに限定されないが、甲虫、シラミ、昆虫、線虫、カタツムリが含まれる。
【０４８７】
一実施形態によれば、病原体は線虫である。例示的な線虫には、ネモグリセンチュウ（ラドホラス・シミリス（Ｒａｄｏｐｈｏｌｕｓ  ｓｉｍｉｌｉｓ））、エレガンス線虫（シノラブディス・エレガンス、Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓ）、ラドホルス・アラボコフェアエ（Ｒａｄｏｐｈｏｌｕｓ  ａｒａｂｏｃｏｆｆｅａｅ）、ミナミネグサレセンチュウ（Ｐｒａｔｙｌｅｎｃｈｕｓ  ｃｏｆｆｅａｅ）、ネコブセンチュウ（メロイドギン属（Ｍｅｌｏｉｄｏｇｙｎｅ）の種）、シストセンチュウ（ヘテロデラ属（Ｈｅｔｅｒｏｄｅｒａ）及びグロボデラ属（Ｇｌｏｂｏｄｅｒａ）の種）、ネグサレセンチュウ（プラチレンクス属（Ｐｒａｔｙｌｅｎｃｈｕｓ）の種）、クキセンチュウ（ジチレンカス・ディプサシ（Ｄｉｔｙｌｅｎｃｈｕｓ  ｄｉｐｓａｃｉ））、マツノザイセンチュウ（ブルサフェレンクス・キシロフィルス（Ｂｕｒｓａｐｈｅｌｅｎｃｈｕｓ  ｘｙｌｏｐｈｉｌｕｓ））、ニセフクロセンチュウ（ロチレンクルス・レニフォルミス（Ｒｏｔｙｌｅｎｃｈｕｌｕｓ  ｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓ））、ブドウオオハリセンチュウ（Ｘｉｐｈｉｎｅｍａ  ｉｎｄｅｘ）、ナコブス・アベルランス（Ｎａｃｏｂｂｕｓ  ａｂｅｒｒａｎｓ）及びアフェレンコイデス・ベッセイ（Ａｐｈｅｌｅｎｃｈｏｉｄｅｓ  ｂｅｓｓｅｙｉ）が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０４８８】
一実施形態によれば、病原体は真菌である。例示的な真菌は、フザリウム・オキシスポラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ）、レプトスファエリア・マキュランス（Ｌｅｐｔｏｓｐｈａｅｒｉａ  ｍａｃｕｌａｎｓ）（キャベツ根朽病菌（Ｐｈｏｍａ  ｌｉｎｇａｍ））、菌核病菌（スクレロチニア・スクレロチオラム、Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｃｌｅｒｏｔｉｏｒｕｍ）、ピリキュラリア・グリセア（イネいもち病菌、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｇｒｉｓｅａ）、イネ馬鹿苗病菌（ジベレラ フジクロイ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ  ｆｕｊｉｋｕｒｏｉ）（フザリウム・モニリフォルメ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｅ））、マグナポルテ・オリザエ（イネいもち病菌、Ｍａｇｎａｐｏｒｔｈｅ  ｏｒｙｚａｅ）、ボトリティス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａｌ）、プッチニア属（Ｐｕｃｃｉｎｉａ）の種、フザリウム・グラミネアラム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｇｒａｍｉｎｅａｒｕｍ）、ブルメリア・グラミニス（Ｂｌｕｍｅｒｉａ  ｇｒａｍｉｎｉｓ）、ミコスファエレラ・グラミニコラ（Ｍｙｃｏｓｐｈａｅｒｅｌｌａ  ｇｒａｍｉｎｉｃｏｌａ）、コレトトリカム属（Ｃｏｌｌｅｔｏｔｒｉｃｈｕｍ）の種、ウスティラゴ・メイディス（Ｕｓｔｉｌａｇｏ  ｍａｙｄｉｓ）、メラムプソラ・リニ（Ｍｅｌａｍｐｓｏｒａ  ｌｉｎｉ）、ファコプソラ・パチリジ（Ｐｈａｋｏｐｓｏｒａ  ｐａｃｈｙｒｈｉｚｉ）及びリゾクトニア・ソラニ−（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉ）が挙げられるが、これらに限定されるものではない。
【０４８９】
一実施形態によれば、病原体耐性又は耐容性植物を生成するために、非コードＲＮＡ分子は、病原体に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである目的のＲＮＡを標的とするように設計される。
【０４９０】
一実施形態によれば、標的化される例示的な植物遺伝子は、キュウリにおけるウイルス感染に対する感受性を付与する遺伝子ｅＩＦ４Ｅを含むが、これに限定されない。
【０４９１】
一実施形態によれば、病原体耐性又は耐容性植物を生成するために、非コードＲＮＡ分子は、病原体の遺伝子のものである目的のＲＮＡを標的とするように設計される。
【０４９２】
植物又は病原体標的遺伝子の決定は、日常的なバイオインフォマティクス分析によるなど、当技術分野で公知の任意の方法を使用して達成することができる。
【０４９３】
一実施形態によれば、線虫病原体遺伝子は、ネモグリセンチュウ遺伝子カルレティキュリン（Ｃａｌｒｅｔｉｃｕｌｉｎ）１３（ＣＲＴ）又はコラーゲン５（ｃｏｌ−５）を含む。
【０４９４】
一実施形態によれば、真菌病原体遺伝子は、フザリウム・オキシスポラム遺伝子ＦＯＷ２、ＦＲＰ１、及びＯＰＲを含む。
【０４９５】
一実施形態によれば、病原体遺伝子は、例えば、液胞型ＡＴＰアーゼ（ｖＡＴＰａｓｅ）、ｄｖｓｓｊ１及びｄｖｓｓｊ２、α−チューブリン及びｓｎｆ７を含む。
【０４９６】
特定の実施形態によれば、植物がセイヨウアブラナ（ナタネ）である場合、目的の標的ＲＮＡとしては、レプトスファエリア・マクランス（Ｌｅｐｔｏｓｐｈａｅｒｉａ  ｍａｃｕｌａｎｓ）（キャベツ根朽病菌（Ｐｈｏｍａ  ｌｉｎｇａｍ））（例えば、根朽病（Ｐｈｏｍａ  ｓｔｅｍ  ｃａｎｋｅｒ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＭ９３３６１３．１に記載）；ノミトビヨロイムシ（Ｆｌｅａ  ｂｅｅｔｌｅ）（フィロトレタ・ビッツラ（Ｐｈｙｌｌｏｔｒｅｔａ  ｖｉｔｔｕｌａ）又はハムシ類（Ｃｈｒｙｓｏｍｅｌｉｄａｅ）、例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＴ９５９２４５．１に記載）の遺伝子；又はスクレロチニア・スクレロチオルム（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｃｌｅｒｏｔｉｏｒｕｍ）の遺伝子（例えば、菌核病（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｔｅｍ  ｒｏｔ）を引き起こす）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＮＷ＿００１８２０８３３．１に記載）が挙げられるが、これに限定されない。
【０４９７】
特定の実施形態によれば、植物がシトラスシネンシス（Ｃｉｔｒｕｓ  ｘ  ｓｉｎｅｎｓｉｓ）（オレンジ）である場合、目的の標的ＲＮＡとしては、柑橘類潰瘍病（Ｃｉｔｒｕｓ  Ｃａｎｋｅｒ：ＣＣＫ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＥ００８９２５に記載）；カンジダタス・リベリバクター（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｌｉｂｅｒｉｂａｃｔｅｒ）種（例えば、カンキツグリーニング病（Ｃｉｔｒｕｓ  ｇｒｅｅｎｉｎｇ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＣＰ００１６７７．５に記載）；又はならたけ病（Ａｒｍｉｌｌａｒｉａ  ｒｏｏｔ  ｒｏｔ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＹ３８９２６７．１に記載）の遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０４９８】
特定の実施形態によれば、植物がギニアアブラヤシ（Ｅｌａｅｉｓ  ｇｕｉｎｅｅｎｓｉｓ）（アブラヤシ）である場合、目的の標的ＲＮＡとしては、マンネンタケ属（Ｇａｎｏｄｅｒｍａ）の種（例えば、根株心腐病（Ｇａｎｏｄｅｒｍａ  ｂｕｔｔ  ｒｏｔ）としても知られる樹幹腐敗病（ｂａｓａｌ  ｓｔｅｍ  ｒｏｔ：ＢＳＲ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：Ｕ５６１２８．１に記載）、ヒロヘリアオイラガ（イラクサキャタピラー、Ｎｅｔｔｌｅ  Ｃａｔｅｒｐｉｌｌａｒ）の遺伝子、又はフザリウム種、フィトフトラ属（疫病菌、Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ）の種、フハイカビ属（フィチウム属、Ｐｙｔｈｉｕｍ）の種、リゾクトニア・ソラニ−（Ｒｈｉｚｏｃｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎｉ）のいずれか１種の遺伝子（例えば、根腐れ（Ｒｏｏｔ  ｒｏｔ）を引き起こす）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０４９９】
特定の実施形態によれば、植物がエゾヘビイチゴ（Ｆｒａｇａｒｉａ  ｖｅｓｃａ）（野生イチゴ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、バーティシリウム・ダーリエ（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  ｄａｈｌｉａ）（例えば、バーティシリウム萎凋病（Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ  Ｗｉｌｔ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＤＳ５７２７１３．１に記載）；又はフザリウム・オキシスポラム分化型フラガリアエ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．ｆｒａｇａｒｉａｅ）の遺伝子（例えば、フザリウム萎凋病（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｗｉｌｔ）を引き起こす）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＲ８５５８６８．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５００】
特定の実施形態によれば、植物がダイズ（ダイズマメ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、ファコプソラ・パキリジー（Ｐ．ｐａｃｈｙｒｈｉｚｉ）（例えば、アジアダイズさび病（Ａｓｉａｎ  ｒｕｓｔ）としても知られるダイズさび病（Ｓｏｙｂｅａｎ  ｒｕｓｔ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＤＱ０２６０６１．１に記載）；ダイズアブラムシの遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＪ４５１４２４．１に記載）；ダイズ矮化病ウイルス（ＳｂＤＶ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＮＣ＿００３０５６．１に記載）；又はアオクサカメムシ（Ｇｒｅｅｎ  Ｓｔｉｎｋ  Ｂｕｇ）（アクロステルヌム・ヒラレ（Ａｃｒｏｓｔｅｒｎｕｍ  ｈｉｌａｒｅ））の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＮＷ＿０２０１１０７２２．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０１】
特定の実施形態によれば、植物がゴシピウム・レモンディ（Ｇｏｓｓｙｐｉｕｍ  ｒａｉｍｏｎｄｉｉ）（綿）である場合、目的の標的ＲＮＡは、フザリウム・オキシスポラム分化型バシンフェクツム（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．ｓｐ．ｖａｓｉｎｆｅｃｔｕｍ）（例、フザリウム萎凋病（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｗｉｌｔ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＪＮ４１６６１４．１に記載）；ダイズアブラムシの遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＪ４５１４２４．１に記載）；又はワタキバガ（Ｐｉｎｋ  ｂｏｌｌｗｏｒｍ）（ペクチノフォラ・ゴシピエラ（Ｐｅｃｔｉｎｏｐｈｏｒａ  ｇｏｓｓｙｐｉｅｌｌａ））の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＵ５５０９６４．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０２】
特定の実施形態によれば、植物がイネ（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ）（コメ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、イモチ病菌（ピリキュラリア・グリセア、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ  ｇｒｉｓｅａ）（例えば、イネイモチ病（Ｒｉｃｅ  Ｂｌａｓｔ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＦ０２７９７９．１に記載）；ジベレラ・フジクロイ（Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ  ｆｕｊｉｋｕｒｏｉ）（フザリウム・モニリフォルメ（Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｅ））の遺伝子（例えば、馬鹿苗病（Ｂａｋａｎａｅ  Ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＹ８６２１９２．１に記載）；又はテッポウムシ（Ｓｔｅｍ  ｂｏｒｅｒ）、例えば、イッテンオオメイガ（Ｓｃｉｒｐｏｐｈａｇａ  ｉｎｃｅｒｔｕｌａｓ  Ｗａｌｋｅｒ  −  Ｙｅｌｌｏｗ  Ｓｔｅｍ  Ｂｏｒｅｒ）、イネシロオオメイガ（Ｓ．ｉｎｎｏｔａ  Ｗａｌｋｅｒ  −  Ｗｈｉｔｅ  Ｓｔｅｍ  Ｂｏｒｅｒ）、ニカメイガ（Ｃｈｉｌｏ  ｓｕｐｐｒｅｓｓａｌｉｓ  Ｗａｌｋｅｒ  −  稲の髄虫（Ｓｔｒｉｐｅｄ  Ｓｔｅｍ  Ｂｏｒｅｒ））、セサミア・インフェレンス（Ｓｅｓａｍｉａ  ｉｎｆｅｒｅｎｓ  Ｗａｌｋｅｒ  −  イネヨトウ（Ｐｉｎｋ  Ｓｔｅｍ  Ｂｏｒｅｒ））の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ２９０７７３．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０３】
特定の実施形態によれば、植物がソラナム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）（トマト）である場合、目的の標的ＲＮＡは、疫病菌（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｉｎｆｅｓｔａｎｓ）（例えば、疫病を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＹ８５５２１０．１に記載）；コナジラミ  タバココナジラミ（Ｂｅｍｉｓｉａ  ｔａｂａｃｉ）の遺伝子（例えばＧｅｎｎａｄｉｕｓ。例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＸ３９０８７０．１に記載）；又はトマト黄化葉巻ウイルス（Ｔｏｍａｔｏ  ｙｅｌｌｏｗ  ｌｅａｆ  ｃｕｒｌ  ｇｅｍｉｎｉｖｉｒｕｓ：ＴＹＬＣＶ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＬＮ８４６６１０．１に記載されている）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０４】
特定の実施形態によれば、植物がソラナム・チューベローサム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）（ジャガイモ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、疫病菌（Ｐｈｙｔｏｐｈｔｈｏｒａ  ｉｎｆｅｓｔａｎｓ）（例えば、疫病（Ｌａｔｅ  Ｂｌｉｇｈｔ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＹ０５０５３８．３に記載）；エルウィニア（Ｅｒｗｉｎｉａ）種の遺伝子（例えば、黒脚病及び軟腐病（Ｂｌａｃｋｌｅｇ  ａｎｄ  Ｓｏｆｔ  Ｒｏｔ）を引き起こす）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＣＰ００１６５４．１に記載）；又はシストセンチュウ（Ｃｙｓｔ  Ｎｅｍａｔｏｄｅｓ）の遺伝子（例えば、グロボデラ・パリダ（Ｇｌｏｂｏｄｅｒａ  ｐａｌｌｉｄａ）及びＧ．ロストキエンシス（Ｇ．ｒｏｓｔｏｃｈｉｅｎｓｉｓ）（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＫＦ９６３５１９．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０５】
具体的な実施形態によれば、植物がテオブロマ・カカオ（Ｔｈｅｏｂｒｏｍａ  ｃａｃａｏ）（カカオ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、担子菌モニリオフトラ・ロレリ（Ｍｏｎｉｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｒｏｒｅｒｉ）（例えば、霜白鞘病（Ｆｒｏｓｔｙ  Ｐｏｄ  Ｒｏｔ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＬＡＴＸ０１００１５２１．１に記載）；モニリオフトラ・ペルニキオサ（Ｍｏｎｉｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｐｅｒｎｉｃｉｏｓａ）（例えば、天狗巣病（Ｗｉｔｃｈｅｓ’ｓ  Ｂｒｏｏｍ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）の遺伝子；又はメクラカメムシの変種（Ｍｉｒｉｄ）、例えば、ジスタンチエラ・テオブロマ（Ｄｉｓｔａｎｔｉｅｌｌａ  ｔｈｅｏｂｒｏｍａ）及びサールベルゲラ・シンギュラリス（Ｓａｈｌｂｅｒｇｅｌｌａ  ｓｉｎｇｕｌａｒｉｓ）、ヘロペルティス（Ｈｅｌｏｐｅｌｔｉｓ）種、モナロニオン（Ｍｏｎａｌｏｎｉｏｎ）の遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０６】
特定の実施形態によれば、植物がヴィティス・ヴィニフェラ（Ｖｉｔｉｓ  ｖｉｎｉｆｅｒａ）（ブドウ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、クロステロウイルスＧＶＡ（例えば、ルゴースウッド病（Ｒｕｇｏｓｅ  ｗｏｏｄ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＦ００７４１５．２に記載）；ブドウ葉巻ウイルス（Ｇｒａｐｅｖｉｎｅ  ｌｅａｆｏｌｌ  ｖｉｒｕｓ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＦＪ４３６２３４．１に記載）；ブドウファンリーフ病ウイルス（Ｇｒａｐｅｖｉｎｅ  ｆａｎｌｅａｆ  ｄｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｖｉｒｕｓ：ＧＦＬＶ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＮＣ＿００３２０３．１に記載）；又はブドウフレック病（Ｇｒａｐｅｖｉｎｅ  ｆｌｅｃｋ  ｄｉｓｅａｓｅ（ＧＦｋＶ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＮＣ＿００３３４７．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０７】
特定の実施形態によれば、植物がトウキビ（コーンとも呼ばれるトウモロコシ）である場合、目的の標的ＲＮＡは、ツマジロクサヨトウ（Ｆａｌｌ  Ａｒｍｙｗｏｒｍ）（例えば、ヨトウガ（スポドプテラ・フルギペルダ、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ））（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＡＪ４８８１８１．３に記載）の遺伝子；ヨーロッパアワノメイガの遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＧＵ３２９５２４．１に記載）；又は北部および西部ハムシモドキ幼虫（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  ａｎｄ  ｗｅｓｔｅｒｎ  ｃｏｒｎ  ｒｏｏｔｗｏｒｍｓ）の遺伝子（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ受入番号：ＮＭ＿００１０３９４０３．１に記載）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０８】
特定の実施形態によれば、植物がサトウキビである場合、目的の標的ＲＮＡは、穿孔性節足動物（Ｉｎｔｅｒｎｏｄｅ  Ｂｏｒｅｒ）（例えば、スジツトガ（キロ・サッカリパグス・インディカス、Ｃｈｉｌｏ  Ｓａｃｃｈａｒｉｆａｇｕｓ  Ｉｎｄｉｃｕｓ）の遺伝子、キサントモナス・アルビリネアンス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  Ａｌｂｉｌｅｎｅａｎｓ）（例えば、葉焼け（Ｌｅａｆ  Ｓｃａｌｄ）を引き起こす）の遺伝子；又はサトウキビ黄葉病ウイルス（Ｓｕｇａｒｃａｎｅ  Ｙｅｌｌｏｗ  Ｌｅａｆ  Ｖｉｒｕｓ：ＳＣＹＬＶ）の遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５０９】
特定の実施形態によれば、植物がコムギである場合、目的の標的ＲＮＡは、プクシニア・ストリイフォルミス（Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ）の遺伝子（例えば、黄さび病（ｓｔｒｉｐｅ  ｒｕｓｔ）を引き起こす）又はアブラムシ（Ａｐｈｉｄ）の遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５１０】
特定の実施形態によれば、植物がオオムギである場合、目的の標的ＲＮＡは、プクシニア・ホルデイ（Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｏｒｄｅｉ）（例えば、葉さび病（Ｌｅａｆ  ｒｕｓｔ）を引き起こす）の遺伝子、プクシニア・ストリイフォルミス分化型ホルデイ
（Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｓｔｒｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｆ．ｓｐ．Ｈｏｒｄｅｉ）（例えば、黄さび病を引き起こす）の遺伝子、又はアブラムシ（Ａｐｈｉｄ）の遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５１１】
特定の実施形態によれば、植物がヒマワリである場合、目的の標的ＲＮＡは、プクシニア・ヘリアンティ（Ｐｕｃｃｉｎｉａ  ｈｅｌｉａｎｔｈｉ）（例えば、さび病（Rｕｓｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）の遺伝子；ボエレマ・マクドナルディイ（Ｂｏｅｒｅｍａ  ｍａｃｄｏｎａｌｄｉｉ）（例えば、フォーマ茎枯れ病（Ｐｈｏｍａ  ｂｌａｃｋ  ｓｔｅｍ）を引き起こす）の遺伝子；ゾウムシ（Ｓｅｅｄ  ｗｅｅｉｌ）（例えば、赤と灰）、例えばスミクロニクス・フルウス（Ｓｍｉｃｒｏｎｙｘ  ｆｕｌｖｕｓ）（赤）；スミクロニクス・ソルディダス（Ｓｍｉｃｒｏｎｙｘ  ｓｏｒｄｉｄｕｓ）（灰）の遺伝子；又はスクレロチニア・スクレロチオラム（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｃｌｅｒｏｔｉｏｒｕｍ）（例えば、茎腐れ病及び菌核病（Ｓｃｌｅｒｏｔｉｎｉａ  ｓｔａｌｋ  ａｎｄ  ｈｅａｄ  ｒｏｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）の遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５１２】
特定の実施形態によれば、植物がゴムの木である場合、目的の標的ＲＮＡは、南米葉枯病菌（Ｍｉｃｒｏｃｙｃｌｕｓ  ｕｌｅｉ）（例えば、南米の葉枯れ病（Ｓｏｕｔｈ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  ｌｅａｆ  ｂｌｉｇｈｔ：ＳＡＬＢ）を引き起こす）の遺伝子；パラゴムノキ根白腐病菌（Ｒｉｇｉｄｏｐｏｒｕｓ  ｍｉｃｒｏｐｏｒｕｓ）（例えば、根白腐病（Ｗｈｉｔｅ  ｒｏｏｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）の遺伝子；ガノデルマ・シュードフェレウム（Ｇａｎｏｄｅｒｍａ  ｐｓｅｕｄｏｆｅｒｒｅｕｍ）の遺伝子（例えば、根紅腐病（Ｒｅｄ  ｒｏｏｔ  ｄｉｓｅａｓｅ）を引き起こす）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５１３】
特定の実施形態によれば、植物がリンゴ植物である場合、目的の標的ＲＮＡは、ネオネクトリア・ジチシマ（Ｎｅｏｎｅｃｔｒｉａ  ｄｉｔｉｓｓｉｍａ）（例えば、リンゴ腐らん病（Ａｐｐｌｅ  Ｃａｎｋｅｒ）を引き起こす）の遺伝子、ポドスファエラ・レウコトリカ（Ｐｏｄｏｓｐｈａｅｒａ  ｌｅｕｃｏｔｒｉｃｈａ）（例えば、リンゴうどんこ病（Ａｐｐｌｅ  Ｐｏｗｄｅｒｙ  Ｍｉｌｄｅｗ）を引き起こす）の遺伝子、又はベンチュリア・イネクアリス（Ｖｅｎｔｕｒｉａ  ｉｎａｅｑｕａｌｉｓ）（例えば、リンゴ黒星病（Ａｐｐｌｅ  Ｓｃａｂ）を引き起こす）遺伝子が挙げられるが、これらに限定されない。
【０５１４】
目的のＲＮＡ（例えば、病原体の遺伝子）を標的とするように改変され得る例示的な内在非コードＲＮＡ分子、内在非コードＲＮＡ分子を改変するために使用され得る例示的なｇＲＮＡ（すなわち、ＤＮＡ編集剤）配列、及び目的の標的ＲＮＡに対する内在非コードＲＮＡ分子のサイレンシング特異性をリダイレクトするための例示的なヌクレオチド配列は、以下の表１Ｂに提供される。
【０５１５】
【表５（１）】
2020533988.tif 000009
【０５１６】
【表５（２）】
2020533988.tif 000010
【０５１７】
【表５（３）】
2020533988.tif 000011
【０５１８】
【表５（４）】
2020533988.tif 000012
【０５１９】
【表５（５）】
2020533988.tif 000013
【０５２０】
【表５（６）】
2020533988.tif 000014
【０５２１】
【表５（７）】
2020533988.tif 000015
【０５２２】
【表５（８）】
2020533988.tif 000016
【０５２３】
【表５（９）】
2020533988.tif 000017
【０５２４】
【表５（１０）】
2020533988.tif 000018
【０５２５】
【表５（１１）】
2020533988.tif 000019
【０５２６】
【表５（１２）】
2020533988.tif 000020
【０５２７】
【表５（１３）】
2020533988.tif 000021
【０５２８】
【表５（１４）】
2020533988.tif 000022
【０５２９】
【表５（１５）】
2020533988.tif 000023
【０５３０】
【表５（１６）】
2020533988.tif 000024
【０５３１】
【表５（１７）】
2020533988.tif 000025
【０５３２】
【表５（１８）】
2020533988.tif 000026
【０５３３】
【表５（１９）】
2020533988.tif 000027
【０５３４】
【表５（２０）】
2020533988.tif 000028
【０５３５】
【表５（２１）】
2020533988.tif 000029
【０５３６】
【表５（２２）】
2020533988.tif 000030
【０５３７】
【表５（２３）】
2020533988.tif 000031
【０５３８】
一実施形態によれば、当該方法によって生成される植物は、当該方法によって生成されない植物と比較して（すなわち、野生型植物と比較して）、病原体に対して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又は１００％耐性又は耐容性である。
【０５３９】
植物の病原体に対する耐容性又は耐性を評価するための当該分野で公知の任意の方法が、本発明に従って使用され得る。例示的な方法には、Ｒａｍｉｒｅｚ  Ｖ１、Ｇａｒｃｉａ−Ａｎｄｒａｄｅ  Ｊ、Ｖｅｒａ  Ｐ．、Ｐｌａｎｔ  Ｓｉｇｎａｌ  Ｂｅｈａｖ  ２０１１年６月；６（６）：９１１−３．Ｅｐｕｂ  ２０１１年６月１日に記載されているように、ボトリティス・シネレア（Ｂｏｔｒｙｔｉｓ  ｃｉｎｅｒｅａｌ）に対する耐性を増強するシロイヌナズナにおけるＭＹＢ４６発現の減少；又はアルファルファにおけるＨＣＴの下方制御は、Ｇａｌｌｅｇｏ−Ｇｉｒａｌｄｏ  Ｌ．ら、Ｎｅｗ  Ｐｈｙｔｏｌｏｇｉｓｔ（２０１１）  １９０：６２７−６３９  ｄｏｉ：１０．１１１１／ｊ．１４６９−８１３７．２０１０．０３６２１．ｘに記載されるように、植物における防御応答の活性化を促進することが含まれるが、これに限定されない。上記文献は、両方とも参照により本明細書に援用される。
【０５４０】
一実施形態によれば、除草剤耐性植物を生成する方法であって、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って、植物細胞において非コードＲＮＡ分子をコードするか若しくはそれにプロセシングされるか、又はＲＮＡサイレンシング分子にプロセシングされる遺伝子を改変し、それによって除草剤耐性植物を生成する工程を含み、目的の標的ＲＮＡは、除草剤に対する感受性を付与する植物の遺伝子のものである方法が提供される。
【０５４１】
一実施形態によれば、除草剤は、色素体内（例えば、葉緑体内）に存在する経路を標的とする。
【０５４２】
従って、除草剤耐性植物を生成するために、非コードＲＮＡ分子は、目的のＲＮＡを標的とするように設計される。これには、葉緑体遺伝子ｐｓｂＡ（除草剤アトラジンの標的である光合成キノン結合膜タンパク質ＱＢをコードする）及びＥＰＳＰシンターゼ（核タンパク質であるが、葉緑体におけるその過剰発現又は蓄積は、ＥＰＳＰの転写速度を増加させるとともに酵素の代謝回転を減少させるので、植物を除草剤グリホサートに対して耐性にすることを可能にする）に対する遺伝子が含まれるが、これらに限定されない。
【０５４３】
一実施形態によれば、当該方法によって生成される植物は、当該方法によって生成されない植物と比較して、除草剤に対して少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％又は１００％耐性である。
【０５４４】
一実施形態によれば、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って生成された植物が提供される。
【０５４５】
一実施形態によれば、植物は、遺伝子組換えされていない（非ＧＭＯである）。
【０５４６】
一実施形態によれば、本発明のいくつかの実施形態の方法に従って生成された植物の種子が提供される。
【０５４７】
内在非コードＲＮＡにおける最小限のヌクレオチド改変／編集を伴うＧＥｉＧＳの設計は、当業者に周知のバイオインフォマティクスツールに基づくインシリコ方法を用いて達成することができる。
【０５４８】
一実施形態によれば、このような方法は、以下のように実施される：
【０５４９】
以下の情報が利用可能であるべきである：ａ）遺伝子編集誘導遺伝子サイレンシング（ＧＥｉＧＳ）によってサイレンシングされる標的配列（「標的」）；ｂ）ＧＥｉＧＳ（すなわち、改変サイレンシング活性及び／又は特異性を有する非コードＲＮＡ）が遍在的に（例えば、構成的に）又は特異的に発現される（例えば、特定の組織、発生段階、ストレス、加熱／冷ショックなどに特異的な発現）かどうかを選択すること。
【０５５０】
入力基準に適合する関連ｍｉＲＮＡのみをフィルタリング（すなわち、選択）するために、この情報を公的又は組織内の利用可能なｍｉＲＮＡデータセット（例えば、小分子ＲＮＡ配列決定、ゲノム配列、マイクロアレイなど）に提出する：ｍｉＲｂａｓｅ（Ｋｏｚｏｍｍａｒａ及びＧｒｉｆｆｉｔｈｓ−Ｊｏｎｅｓ（２０１４））、ｔａｓＲＮＡｄｂ（Ｚｈａｎｇ  Ｃｈａｎｇｑｉｎｇら、（２０１３））、及びｍｉｒＥｘ  ２．０（Ｚｉｅｌｅｚｉｎｓｋｉ、Ａｎｄｒｚｅｊら、「ｍｉｒＥＸ  ２．０  −  Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｆｏｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔ  ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ」、ＢＭＣ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  １５（２０１５）：１４４、ＰＭＣ．Ｗｅｂ．  ２０１８年９月１５日）のような、上記の要件に従って発現されるｍｉＲＮＡ。
【０５５１】
公的に入手可能なツールを用いて、強力な標的特異的ｓｉＲＮＡ配列の一覧を作製することができる。ｍｉＲＮＡは強力なｓｉＲＮＡ配列に対してアラインメントされ、最も相同なｍｉＲＮＡが選択され得る。フィルタリングを受けたｍｉＲＮＡは、強力なｓｉＲＮＡと同様に、同じ方向に類似の配列を有し得る。
【０５５２】
標的特異的な強力なｓｉＲＮＡと高い相同性を有するとスコア付けされた自然成熟ｍｉＲＮＡ配列を、標的の配列と完全に一致させるように改変する。この改変は、標的相同性が最も高い１つの成熟ｍｉＲＮＡ鎖で起こる可能性がある（例えば、元のｍｉＲＮＡガイド又はパッセンジャー鎖のいずれかであり得る）。標的に対するこのような１００％相補性は、潜在的に、ｍｉＲＮＡ配列をｓｉＲＮＡに変えることができる。
【０５５３】
最小のＧＥは、標的に対する天然に存在する高い相同性（逆相補性）を有するｍｉＲＮＡ配列をフィルタリングすることによって達成され得る。
【０５５４】
一次改変ｍｉＲＮＡ遺伝子を用いて、改変ｍｉＲＮＡ前駆体配列（ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ）に隣接するゲノムＤＮＡ配列に基づいて、ｓｓＤＮＡオリゴ（例えば、２００〜５００ｎｔのｓｓＤＮＡ長さ）及びｄｓＤＮＡフラグメント（例えば、２５０〜５０００ｎｔのｄｓＤＮＡフラグメントのみ又はプラスミド内でクローニングされたｄｓＤＮＡフラグメント）を生成すること。改変されたｍｉＲＮＡのガイド鎖（サイレンシング鎖）配列は、標的に対して１００％相補的であるように設計され得る。
【０５５５】
同じ塩基対形成プロファイルを保つことにより、元の（改変されていない）ｍｉＲＮＡ前駆体及び成熟構造を保存するために、他のｍｉＲＮＡ遺伝子領域の配列を改変する。
【０５５６】
元の未改変ｍｉＲＮＡ遺伝子（ゲノムｍｉＲＮＡ遺伝子座に特異的）を特異的に標的とし、改変版（すなわちオリゴ／フラグメント配列）を標的としないようにｓｇＲＮＡを設計する。
【０５５７】
改変されたｍｉＲＮＡ遺伝子と元のｍｉＲＮＡ遺伝子との比較制限酵素部位を解析し、異なる制限部位をまとめる。このような検出システムは、制限酵素消化及びゲル電気泳動に先行するＰＣＲに基づく。
【０５５８】
上記で詳細に論じたように検証する。
【０５５９】
内在非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡ）が、標的との天然の高い相同性（例えば、６０〜９０％）を含む場合に、インシリコ方法を用いて、他の標的に向けた非コードＲＮＡの標的化（例えば、「オフターゲット効果」）を調べることで、目的の標的の特異的なサイレンシングを得るようにする。
【０５６０】
内在非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡ）を最小限に改変して、目的の標的をサイレンシングするその効力を高める。
【０５６１】
最小限に編集された一次ｍｉＲＮＡ遺伝子のＧＥｉＧＳ結果を検証し、候補の改良された最小限に編集されたｍｉＲＮＡを生成する。実験的に有効な一次ＧＥｉＧＳ結果（一次の最小編集ｍｉＲＮＡ遺伝子）は、標的に１００％適合するように改変されたガイド鎖又はパッセンジャー鎖を有するｍｉＲＮＡと考えられる。
【０５６２】
（図１１に示すように）元の配列に徐々に戻るいくつかのガイド鎖配列又はパッセンジャー鎖配列を生成する。
【０５６３】
７つのシードヌクレオチド（５’末端からヌクレオチド２〜８）のうち少なくとも５つの一致があるようにシード配列を保持する。
【０５６４】
標的サイレンシング効率のための種々の候補「改良された最小限に編集されたｍｉＲＮＡ遺伝子」を試験する。最小限のｍｉＲＮＡ配列改変で最も高いサイレンシングをもたらす遺伝子ＧＥ媒介ノックインを選択する。
【０５６５】
改良された最小限に編集されたｍｉＲＮＡ候補の潜在的「オフターゲット効果」を試験する。「オフターゲット効果」の有意な予測は、改良された最小限に編集されたｍｉＲＮＡ遺伝子の最終評価に影響を及ぼす。
【０５６６】
実験的検証に基づいて、あまり改良されていない最小限に編集されたｍｉＲＮＡ遺伝子候補を試験する。
【０５６７】
本明細書で使用される「約」という用語は、±１０％を指す。
【０５６８】
用語「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ（含む）」、「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」、「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（含む）」、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」、「ｈａｖｉｎｇ（有する）」、及びそれらの複合語は、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ｂｕｔ  ｎｏｔ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ（含むが、これに限定されない）」を意味する。
【０５６９】
「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｏｆ（からなる）」という用語は、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ  ａｎｄ  ｌｉｍｉｔｅｄ  ｔｏ（を含み、かつ、限定される）」を意味する。
【０５７０】
「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ（から本質的になる）」という用語は、組成物、方法又は構造が、追加の成分、工程及び／又は部品を含んでもよいが、その追加の成分、工程及び／又は部品が、請求項に係る組成物、方法又は構造の基本的かつ新規な特徴を実質的に変更しない場合に限ることを意味する。
【０５７１】
本明細書で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が明確に別段の指示をしない限り、複数の参照対照を含む。例えば、「化合物」又は「少なくとも１つの化合物」という用語は、複数の化合物及びそれらの混合物を含むことができる。
【０５７２】
本出願を通して、本発明の様々な実施形態は、範囲形式で提示されてもよい。範囲形式での説明は、単に便宜及び簡潔さのためであり、本発明の範囲に対する柔軟性のない限定として解釈されるべきではないことを理解されたい。従って、範囲の記載は、その範囲内のすべての可能な部分範囲並びに個々の数値を具体的に開示したものとみなされるべきである。例えば、１〜６などの範囲の記載は、１〜３、１〜４、１〜５、２〜４、２〜６、３〜６などの部分範囲、並びにその範囲内の個々の数、例えば、１、２、３、４、５、及び６などを具体的に開示したと考えるべきである。これは、範囲の幅に関係なく適用される。
【０５７３】
本明細書中で数値範囲が示されている場合にはいつでも、その数値範囲は、示された範囲内のあらゆる引用された数値（分数又は整数）を含むことが意図されている。句、第１の示された数と第２の示された数との間「にわたる／の範囲」、及び第１の示された数から第２の示された数まで（第１の示された数〜第２の示された数）「にわたる／の範囲」は、本明細書中で互換的に使用され、その第１及び第２の示された数並びにそれらの間のすべての分数及び整数を含むことが意図されている。
【０５７４】
本明細書で使用する場合、用語「方法」は、与えられた課題を成し遂げるためのやり方、手段、技法及び手順を指し、それらには、化学、薬理学、生物学、生化学及び医学の分野の当業者に公知であるか、又は化学、薬理学、生物学、生化学及び医学の分野の当業者によって公知のやり方、手段、技法及び手順から容易に開発されるやり方、手段、技法及び手順が含まれるが、これらに限定されない。
【０５７５】
本明細書で使用する場合、用語「処置すること」は、状態の進行を排除すること、実質的に阻害すること、緩慢化すること若しくは逆転させること、状態の臨床症候若しくは美的症候を実質的に改善すること、又は状態の臨床症候若しくは美的症候の外観を実質的に予防することを含む。
【０５７６】
明確性のために、別個の実施形態に関して記載される本発明の特定の特徴が、単一の実施形態において組み合わせて提供されてもよいことが理解される。逆に、簡潔さのために、単一の実施形態に関して記載される本発明の種々の特徴が、別個に若しくはいずれかの好適なサブコンビネーションにおいて、又は適宜本発明のいずれかの他の記載された実施形態において提供されてもよい。種々の実施形態に関して記載される特定の特徴は、それらの要素がなければその実施形態が動作不能である場合を除き、それらの実施形態の必須の特徴と考えられるべきではない。
【０５７７】
本明細書中でこれまで記載された及び添付の特許請求の範囲でクレームされる本発明の種々の実施形態及び態様は、以下の実施例で実験的にサポートされる。
【０５７８】
本願に開示されるあらゆる配列番号は、その配列番号がＤＮＡ配列フォーマット又はＲＮＡ配列フォーマットでのみ表されている場合であっても、その配列番号が言及される文脈に応じて、ＤＮＡ配列又はＲＮＡ配列のいずれかを指すことができるということは理解される。例えば、配列番号１〜配列番号４はＤＮＡ配列フォーマットで表される（例えば、チミンについてＴと書かれている）が、それは、ｇＲＮＡ核酸配列に対応するＤＮＡ配列又はＲＮＡ分子核酸配列のＲＮＡ配列のいずれかを指すことができる。同様に、いくつかの配列は、記載される分子の現実の種類に応じて、ＲＮＡ配列フォーマットで表されている（例えば、ウラシルについてＵと書かれている）が、それは、ｄｓＲＮＡを含むＲＮＡ分子の配列、又は示されたＲＮＡ配列に対応するＤＮＡ分子の配列のいずれかを指すことができる。いずれにせよ、いずれかの置換を有して開示された配列を有するＤＮＡ分子及びＲＮＡ分子の両方が想定される。
【実施例】
【０５７９】
ここで、以下の実施例を参照するが、これらは、上記の説明と共に、本発明を非限定的な様式で例示する。
【０５８０】
一般に、本明細書で使用される命名法及び本発明で利用する実験室手順は、分子技法、生化学的技法、微生物学的技法及び組換えＤＮＡ技法を含む。このような技法は、文献に十分に説明されている。例えば下記を参照。「Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ」、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、（１９８９）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｉ〜ＩＩＩ巻、Ａｕｓｕｂｅｌ，Ｒ．Ｍ．編（１９９４）；Ａｕｓｕｂｅｌら、「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ」、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ、ボルチモア（Ｂａｌｔｉｍｏｒｅ）、メリーランド州（Ｍａｒｙｌａｎｄ）（１９８９）；Ｐｅｒｂａｌ、「Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ」、Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）（１９８８）；Ｗａｔｓｏｎら、「Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ  ＤＮＡ」、Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｂｏｏｋｓ、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）；Ｂｉｒｒｅｎら（編）「Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  Ｓｅｒｉｅｓ」、１〜４巻、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）（１９９８）；米国特許第４，６６６，８２８号明細書；米国特許第４，６８３，２０２号明細書；米国特許第４，８０１，５３１号明細書；米国特許第５，１９２，６５９号明細書及び米国特許第５，２７２，０５７号明細書に示される方法論；「Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ」、Ｉ〜ＩＩＩ巻、Ｃｅｌｌｉｓ，Ｊ．Ｅ．編（１９９４）；「Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」、Ｉ〜ＩＩＩ巻、Ｃｏｌｉｇａｎ  Ｊ．Ｅ．編（１９９４）；Ｓｔｉｔｅｓら（編）、「Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」（第８版）、Ａｐｐｌｅｔｏｎ  ＆  Ｌａｎｇｅ、ノーウォーク（Ｎｏｒｗａｌｋ）、コネチカット州（１９９４）；Ｍｉｓｈｅｌｌ及びＳｈｉｉｇｉ（編）、「Ｓｅｌｅｃｔｅｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ」、Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｏ．、ニューヨーク（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）（１９８０）；利用可能なイムノアッセイは、特許文献及び科学文献に詳細に記載されている。例えば、米国特許第３，７９１，９３２号明細書；米国特許第３，８３９，１５３号明細書；米国特許第３，８５０，７５２号明細書；米国特許第３，８５０，５７８号明細書；米国特許第３，８５３，９８７号明細書；米国特許第３，８６７，５１７号明細書；米国特許第３，８７９，２６２号明細書；米国特許第３，９０１，６５４号明細書；米国特許第３，９３５，０７４号明細書；米国特許第３，９８４，５３３号明細書；米国特許第３，９９６，３４５号明細書；米国特許第４，０３４，０７４号明細書；米国特許第４，０９８，８７６号明細書；米国特許第４，８７９，２１９号明細書；米国特許第５，０１１，７７１号明細書及び米国特許第５，２８１，５２１号明細��を参照；「Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ」、Ｇａｉｔ，Ｍ．Ｊ．編（１９８４）；「Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ」、Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．、及びＨｉｇｇｉｎｓ  Ｓ．Ｊ．編（１９８５）；「Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ」、Ｈａｍｅｓ，Ｂ．Ｄ．、及びＨｉｇｇｉｎｓ  Ｓ．Ｊ．編（１９８４）；「Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ」、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，Ｒ．Ｉ．編（１９８６）；「Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ  Ｃｅｌｌｓ  ａｎｄ  Ｅｎｚｙｍｅｓ」、ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，（１９８６）；「Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ」、Ｐｅｒｂａｌ，Ｂ．、（１９８４）及び「Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ」、１〜３１７巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ；「ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ  Ｇｕｉｄｅ  Ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ」、Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、サンディエゴ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ）、カリフォルニア州（１９９０）；Ｍａｒｓｈａｋら、「Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ  ｆｏｒ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  −  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｃｏｕｒｓｅ  Ｍａｎｕａｌ」、ＣＳＨＬ  Ｐｒｅｓｓ（１９９６）；これらのすべては、参照により、本明細書中にすべて示されているが如く援用される。他の一般的な参考文献は、本明細書全体にわたって提供されている。これらの文献の中にある手順は当該技術分野で周知であると考えられるが、読者の便宜のために提供されている。上記文献に含まれるすべての情報は、参照により本明細書に援用される。
【０５８１】
一般的な材料と実験手順
シロイヌナズナの細胞培養
シロイヌナズナ（生態型ランズバーグ・エレクタ（Ｌａｎｄｓｂｅｒｇ  ｅｒｅｃｔａ））細胞培養物を、１００ｍＬの液体増殖培地（ビタミン［Ｄｕｃｈｅｆａ、ハーレム（Ｈａａｒｌｅｍ）、オランダ］、３０ｇ／Ｌスクロース、０．５ｍｇ／Ｌ  １−ナフタレン酢酸（ＮＡＡ）及び０．５ｍｇ／Ｌ  ６−ベンジルアミノプリン（ＢＡＰ）を含む４．４ｇ／Ｌ  ムラシゲスクーグ（Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ  ａｎｄ  Ｓｋｏｏｇ：ＭＳ）塩）中で、２５℃、１６時間の光周期及び穏やかな攪拌（１００ｒｐｍ）で維持した。毎週、６ｍｌの培養物を新鮮な培地に移した。
【０５８２】
植物成長
シロイヌナズナ（生態型コロンビア（Ｃｏｌｏｍｂｉａ）−０）苗を表面滅菌し、１６時間の明周期で２０℃で０．８ｇ／Ｌ寒天を補充したＭＳ培地を含むプレート上で育成した。
【０５８３】
シロイヌナズナ細胞培養物の安定形質転換
ｐＫ７ＷＧＦ２プラスミドを有するアグロバクテリウムを、１００ｍｇ／Ｌのスペクチノマイシンを補充したＬＢ培地中で２８℃で０．８のＯＤまで成長させた。細菌を遠心分離によって回収し、同量の植物細胞培養培地に再懸濁した。新鮮な培地に移した４日後、４ｍｌのシロイヌナズナ細胞を、０．１ｍＬのアグロバクテリウム懸濁液と共に、シャーレ中、２５℃、暗所で穏やかに撹拌しながら（１３０ｒｐｍ）インキュベートした。４８時間後、細胞を遠心分離によって回収し、細胞培養培地で５回洗浄して、大部分の細菌を除去した。最後に、細胞を２ｍｌの細胞培養培地に再懸濁し、０．４％  Ｐｈｙｔａｇｅｌ、５００ｍｇ／Ｌ  ｔｉｍｅｎｔｅｎ及び５０ｍｇ／Ｌ  カナマイシンを補充した細胞培養培地を含有するシャーレ上にプレートした。カルス形成が観察されるまで、通常は２〜３週間後、皿を暗所で２５℃で保存した。
【０５８４】
バナナ胚形成カルス
Ｂａｎａｎａ胚形成カルスは、Ｍａ［Ｍａ  Ｓ．Ｓ．、Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ  ｏｆ  Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ  ｏｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  ｃｕｌｔｕｒｅ  ｏｆ  ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒａｌ  ｃｒｏｐｓ、Ｔａｉｐｅｉ、Ｔａｉｗａｎ、１９８８年３月８〜９日、１８１−１８８頁］及びＳｃｈｏｏｆｓ［Ｓｃｈｏｏｆｓ  Ｈ．、Ｔｈｅ  ｏｒｉｇｉｎ  ｏｆ  ｅｍｂｒｙｏｇｅｎｉｃ  ｃｅｌｌｓ  ｉｎ  Ｍｕｓａ．ＰｈＤ  ｔｈｅｓｉｓ、ＫＵＬｅｕｖｅｎ、Ｂｅｌｇｉｕｍ（１９９７）］に記載されているように、未成熟雄花又は茎端などの初期の外植片から発生させた。胚形成細胞懸濁液を、液体培地中で新しく発生した高胚形成性カルスから開始する。開始された細胞懸濁液が完全に樹立されるまで（６〜９ヶ月）、培地の８０％を１２〜１４日毎に新しくする。
【０５８５】
コーヒー胚形成カルス
コーヒー胚形成カルスは、以前に記載されたように得られる［Ｅｔｉｅｎｎｅ，Ｈ．、Ｐｒｏｔｏｃｏｌ  ｆｏｒ  ｓｏｍａｔｉｃ  ｅｍｂｒｙｏｇｅｎｅｓｉｓ  ｉｎ  ｗｏｏｄｙ  ｐｌａｎｔｓ（２００５）  Ｓｐｒｉｎｇｅｒ．１６７−１７９５頁］。簡単に述べると、若葉を表面滅菌し、１ｃｍ２片に切断し、２．２６μＭの２，４−ジクロロフェノキシ酢酸（２，４−Ｄ）、４．９２μＭのインドール−３−酪酸（ＩＢＡ）及び９．８４μＭのイソペンテニルアデニン（ｉＰ）を補充した半強度半固形ＭＳ培地上に１ヶ月間置く。次いで、外植片を４．５２μＭ  ２，４−Ｄ及び１７．７６μＭ  ６−ベンジルアミノプリン（６−ＢＡＰ）を含有する半強度半固体ＭＳ培地に、６〜８カ月間、胚形成カルスの再生まで移植する。胚形成カルスを、５μＭの６−ＢＡＰを補充したＭＳ培地上で維持する。
【０５８６】
細胞懸濁培養物を、以前に記載されたように［Ａｃｕｎａ，Ｊ．Ｒ．及びＭ．ｄｅ  Ｐｅｎａ、Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｒｅｐｏｒｔｓ（１９９１）１０（６）：３４５−３４８頁］、胚形成カルスから生成する。胚形成カルス（３０ｇ／ｌ）を、１３．３２μＭの６−ＢＡＰを補充した液体ＭＳ培地に入れる。フラスコを２８℃の振盪インキュベーター（１１０ｒｐｍ）に置く。細胞懸濁液を、完全に樹立されるまで、２〜４週間ごとに継代／継代培養する。細胞懸濁培養物を、４．４４μＭの６−ＢＡＰを含む液体ＭＳ培地中で維持する。
【０５８７】
ＧＥｉＧＳ鋳型を生成するための計算パイプライン
計算ＧＥｉＧＳパイプラインは、生物学的メタデータを適用し、非コードＲＮＡ遺伝子（例えば、ｍｉＲＮＡ遺伝子）を最小限に編集するために使用されるＧＥｉＧＳ  ＤＮＡ鋳型の自動生成を可能にし、新しい機能獲得、すなわち目的の標的配列へのサイレンシング能力のリダイレクションをもたらす。
【０５８８】
図９に示されるように、パイプラインは、ａ）ＧＥｉＧＳによってサイレンシングされるべき標的配列；ｂ）遺伝子編集されるべき及びＧＥｉＧＳを発現するための宿主生物；ｃ）ＧＥｉＧＳが遍在的に発現されるか否かを選択し得ることを記入し、そして入力を提出することから開始する。特定のＧＥｉＧＳ発現が必要とされる場合、いくつかの選択肢（特定の組織、発生段階、ストレス、熱／低温ショックなどに特異的な発現）から選択することができる。
【０５８９】
すべての必要な入力が提出されると、計算プロセスは、ｍｉＲＮＡデータセット（例えば、小分子ＲＮＡ配列決定、マイクロアレイなど）の間での検索、及び入力基準に適合する関係ｍｉＲＮＡのみのフィルタリングから始まる。次に、選択された成熟ｍｉＲＮＡ配列を標的配列に対して整列させ、最も高い相補的レベルを有するｍｉＲＮＡをフィルタリングする。次いで、これらの天然の標的相補的な成熟ｍｉＲＮＡ配列は、標的の配列に完全に一致するように改変される。次いで、改変された成熟ｍｉＲＮＡ配列を、ｓｉＲＮＡ効力を予測するアルゴリズムに通し、そして最高のサイレンシングスコアを有するトップ２０をフィルタリングする。次いで、これらの最終改変されたｍｉＲＮＡ遺伝子を用いて、２００〜５００ｎｔのｓｓＤＮＡ又は２５０〜５０００ｎｔのｄｓＤＮＡ配列を以下のように生成する。
【０５９０】
２００〜５００ｎｔ  ｓｓＤＮＡオリゴ及び２５０〜５０００ｎｔのｄｓＤＮＡフラグメントは、改変されたｍｉＲＮＡに隣接するゲノムＤＮＡ配列に基づいて設計される。ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ配列は、オリゴの中心に位置する。改変されたｍｉＲＮＡのガイド鎖（サイレンシング）配列は標的に対して１００％相補的である。しかし、改変されたパッセンジャーｍｉＲＮＡ鎖の配列は、元の（改変されていない）ｍｉＲＮＡ構造を保存するためにさらに改変され、同じ塩基対形成プロファイルを維持する。
【０５９１】
次に、改変交換バージョンではなく、元の未改変ｍｉＲＮＡ遺伝子を特異的に標的化するように、異なるｓｇＲＮＡを設計する。最後に、改変されたｍｉＲＮＡ遺伝子と元のｍｉＲＮＡ遺伝子との間で比較制限酵素部位解析を行い、制限部位の差異についてまとめる。
【０５９２】
従って、パイプライン出力は以下を含む。
ａ）最小限に改変されたｍｉＲＮＡを有する２００〜５００ｎｔ  ｓｓＤＮＡオリゴ又は２５０〜５０００ｎｔのｄｓＤＮＡフラグメント配列
ｂ）改変されたものではなく元のｍｉＲＮＡ遺伝子を特異的に標的とする２〜３個の異なるｓｇＲＮＡ
ｃ）改変されたｍｉＲＮＡ遺伝子と元のｍｉＲＮＡ遺伝子の間の異なる制限酵素部位の一覧
【０５９３】
標的遺伝子
フィトエンデサチュラーゼ遺伝子（ＰＤＳ）
理論的根拠
ＰＤＳは、クロロフィル生合成経路における必須遺伝子であり、植物におけるＰＤＳ機能の喪失は、アルビノ表現型を生じる［Ｆａｎら、Ｓｃｉ  Ｒｅｐ（２０１５）５：１２２１７］。ゲノム編集（ＧＥ）戦略又はＲＮＡｉにおける標的遺伝子として使用される場合、陽性編集された植物は、葉及び他の器官におけるクロロフィルの部分的又は完全な喪失（退色）によって容易に特定される。
【０５９４】
方法
遍在する発現プロファイルを有するｍｉＲＮＡが選択される（用途によっては、特定の組織、発生段階、温度、ストレスなどに特異的である発現プロファイルを有するｍｉＲＮＡを選択してもよい）。
【０５９５】
ｍｉＲＮＡはシロイヌナズナ由来のＰＤＳ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡに改変される（後述の表１Ａ参照）。トランスフェクション及びＦＡＣＳソーティング（陽性Ｃａｓ９／ｓｇＲＮＡトランスフェクション事象を特定するためにＲＦＰ／ＧＦＰを使用する）に続いて、シュートが再生されるまで、プロトコロニー（又はカルス）を固体状再生培地（半強度ＭＳ＋Ｂ５ビタミン、２０ｇ／ｌスクロース、０．８％寒天）に移す。これらのシュートにおける色素沈着の消失は、ＰＤＳ遺伝子の機能の喪失と正しいＧＥを示している。ランダム配列をもつオリゴをトランスフェクトした対照小植物では、アルビノ表現型は観察されない。
【０５９６】
緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）遺伝子
理論的根拠
ＧＦＰは、２３８アミノ酸残基（２６．９ｋＤａ）から構成されるタンパク質であり、青色〜紫外線範囲の光に暴露されると明るい緑色蛍光を示す。多くの他の海洋生物は類似の緑色蛍光タンパク質を有するが、ＧＦＰは伝統的にクラゲのオワンクラゲ（Ａｅｑｕｏｒｅａ  ｖｉｃｔｏｒｉａ）から最初に単離されたタンパク質を指す。オワンクラゲ由来のＧＦＰは、３９５ｎｍの波長で主励起ピークを有し、４７５ｎｍで副励起ピークを有する。その発光ピークは、可視スペクトルの下部緑色部分にある５０９ｎｍにある。ＧＦＰの蛍光量子収率（ＱＹ）は０．７９である。ウミシイタケ（Ｒｅｎｉｌｌａ  ｒｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）由来のＧＦＰは４９８ｎｍに単一の主要励起ピークを有する。ＧＦＰは、分子酸素以外にアクセサリー補因子、遺伝子産物、又は酵素／基質を必要とせずに内部発色団を形成する能力のために、生物学の多くの分野において優れたツールを提供する。
【０５９７】
方法
遍在する発現プロファイルを有するｍｉＲＮＡが選択される（適用に依存して、特定の組織、発生段階、温度、ストレスなどに特異的である発現プロファイルを有するｍｉＲＮＡを選択し得る）。
【０５９８】
ｍｉＲＮＡは、ＧＦＰ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡに改変される（以下の表１Ａを参照のこと）。トランスフェクション後、ＦＡＣＳソーティングを行い、ＧＦＰシグナルはないか又は低いｍＣｈｅｒｒｙ発現プロトプラスト（ｍＣｈｅｒｒｙは、陽性Ｃａｓ９／ｓｇＲＮＡトランスフェクション事象を特定するために使用される）を単離する。対照（非標的ｓｉＲＮＡ配列を有するオリゴ）では、全てのプロトプラストがｍＣｈｅｒｒｙ及びＧＦＰを発現する。次に、候補の成功ＧＥプロトプラスト（ｍＣｈｅｒｒｙ陽性及びＧＦＰ陰性）を、さらなる分析のために植物に再生する。プロトプラストはまた、顕微鏡下で定性的に記録される。定量分析及び比のために、ＦＡＣＳ分析を使用した。
【０５９９】
【表６】
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【０６００】
ｓｉＲＮＡ設計
標的特異的ｓｉＲＮＡは、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃの「ＢＬＯＣＫ−ｉＴ（商標）ＲＮＡｉ  Ｄｅｓｉｇｎｅｒ」及びＩｎｖｉｖｏｇｅｎの「Ｆｉｎｄ  ｓｉＲＮＡ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ」などの公的に入手可能なｓｉＲＮＡ設計ツールによって設計される。
【０６０１】
ｓｇＲＮＡ設計
ｓｇＲＮＡは、Ｐａｒｋら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２０１５）  ３１（２４）：４０１４−４０１６に以前に記載されているように、公的に入手可能なｓｇＲＮＡ設計ツールを用いて内在ｍｉＲＮＡ遺伝子を標的とするように設計される。２つのｓｇＲＮＡはそれぞれのカセットに対して設計されているが、１細胞あたり１つのｓｇＲＮＡが発現し、遺伝子交換が開始される。ｓｇＲＮＡは、交換後に改変されるｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ配列に対応する。
【０６０２】
効率的なｓｇＲＮＡ選択の機会を最大にするために、２つの異なる公的に利用可能なアルゴリズム（ＣＲＩＳＰＥＲ  Ｄｅｓｉｇｎ：  ｗｗｗ（ｄｏｔ）ｃｒｉｓｐｒ（ｄｏｔ）ｍｉｔ（ｄｏｔ）ｅｄｕ：８０７９／及びＣＨＯＰＣＨＯＰ：  ｗｗｗ（ｄｏｔ）ｃｈｏｐｃｈｏｐ（ｄｏｔ）ｃｂｕ（ｄｏｔ）ｕｉｂ（ｄｏｔ）ｎｏ／）を使用し、各アルゴリズムからのトップスコアを示すｓｇＲＮＡを選択する。
【０６０３】
交換ｓｓＤＮＡオリゴ設計
４００ｂのｓｓＤＮＡオリゴはｍｉＲＮＡ遺伝子のゲノムＤＮＡ配列に基づいて設計されている。このｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ配列は、オリゴの中心に位置する。次に、ガイド（サイレンシング）ｓｉＲＮＡ鎖が標的に対して１００％相補的に保たれるように、二本鎖ｓｉＲＮＡ配列を成熟ｍｉＲＮＡ配列と交換する。パッセンジャーｓｉＲＮＡ鎖の配列を改変して、元のｍｉＲＮＡ構造を保存し、同じ塩基対形成プロファイルを維持する。
【０６０４】
交換プラスミドＤＮＡ設計
４０００ｂｐのｄｓＤＮＡフラグメントはｍｉＲＮＡ遺伝子のゲノムＤＮＡ配列に基づいて設計される。ｐｒｅ−ｍｉＲＮＡ配列はｄｓＤＮＡフラグメントの中心に位置している。次に、ガイド（サイレンシング）ｓｉＲＮＡ鎖が標的に対して１００％相補的に保たれるように、二本鎖ｓｉＲＮＡ配列を成熟ｍｉＲＮＡ配列と交換する。パッセンジャーｓｉＲＮＡ鎖の配列を改変して、元のｍｉＲＮＡ構造を保存し、同じ塩基対形成プロファイルを維持する。最後に、このフラグメントを標準ベクター（例えば、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ）にクローニングする。
【０６０５】
交換のための長いプラスミド
プラスミド−１：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＧＦＰ＿１（配列番号３１）
プラスミド−２：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＧＦＰ＿２（配列番号３２）
プラスミド−３：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＰＤＳ＿１（配列番号３３）
プラスミド−４：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＰＤＳ＿２（配列番号３４）
プラスミド−５：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＧＦＰ＿１（配列番号３５）
プラスミド−６：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＧＦＰ＿２（配列番号３６）
プラスミド−７：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＰＤＳ＿１（配列番号３７）
プラスミド−８：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＰＤＳ＿２（配列番号３８）
【０６０６】
ｓｇＲＮＡの配列
シロイヌナズナｍｉｒ−３９０Ａ：
１．ＣＴＡＴＣＣＡＴＣＣＴＧＡＧＴＴＴＣＡＴＴＧＧ（配列番号１）；
２．ＡＡＧＡＡＴＣＴＧＴＡＡＡＧＣＴＣＡＧＧＡＧＧ（配列番号２）；
シロイヌナズナｍｉｒ−１７３：
１．ＣＴＴＧＣＡＧＡＧＡＧＡＡＡＴＣＡＣＡＧＴＧＧ（配列番号３）；
２．ＧＣＴＴＡＣＡＣＡＧＡＧＡＡＴＣＡＣＡＧＡＧＧ
ＣＴＧＣＡＴＡＣＡＧＡＧＡＡＴＣＡＧＡＧＧ（配列番号４）；
【０６０７】
交換された内在ｍｉＲＮＡの一覧
１．シロイヌナズナｍｉｒ−３９０Ａ
２．シロイヌナズナｍｉｒ−１７３
【０６０８】
遺伝子交換に用いられるｓｓＤＮＡオリゴ
オリゴ−１：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＧＦＰ＿１（５’→３’）（配列番号５）。
オリゴ−２：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＧＦＰ＿２（５’→３’）（配列番号６）。
オリゴ−３：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＰＤＳ＿１（５’→３’）（配列番号７）。
オリゴ−４：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ１７３＿ｓｉ−ＰＤＳ＿２（５’→３’）（配列番号８）。
オリゴ−５：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＧＦＰ＿１（５’→３’）（配列番号９）。
オリゴ−６：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＧＦＰ＿２（５’→３’）（配列番号１０）。
オリゴ−７：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＰＤＳ＿１（５’→３’）（配列番号１１）。
オリゴ−８：ＧＥｉＧＳ＿ｍｉｒ３９０ａ＿ｓｉ−ＰＤＳ＿２（５’→３’）（配列番号１２）
【０６０９】
ｓｇＲＮＡクローニング
利用したトランスフェクションプラスミドは、以下のものを含む４つのモジュールから構成された。
１）Ｇ７終結配列によって終結したＣｓＶＭＶプロモーターによって駆動されるｍＣｈｅｒｒｙ；
２）２  ｘ  ３５Ｓ：：ｈＣａｓ９−３５Ｓ−ｔｅｒ、すなわち、ＡｔｕＮｏｓ終結配列によって終結された３５Ｓプロモーターによって駆動されるｈＣａｓ９；
３）ガイド１のｓｇＲＮＡを駆動するＡｔＵ６−２６及び／又はＵ６合成プロモーター
【０６１０】
プラスミド設計
一過性発現には、３つの転写単位を含むプラスミドを用いる。最初の転写単位は、ｍＣｈｅｒｒｙの発現を駆動するＣｓＶＭＶプロモーター及びＧ７ターミネーターを含む。次の転写単位は、Ｃａｓ９の発現を駆動する２ｘ−３５Ｓプロモーター及び３５Ｓターミネーターからなる。３番目は、ｍｉＲＮＡ遺伝子を標的とするためのｓｇＲＮＡを発現するシロイヌナズナＵ６プロモーターを含む（各ベクターは単一のｓｇＲＮＡを含む）。
【０６１１】
ｍｉＲ−１７３及びｍｉＲ−３９０を標的とし、ＧＦＰ、ＡｔＰＤＳ３及びＡｔＡＤＨ１を標的とするＳＷＡＰを導入するためのＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９の設計及びクローニング
本発明者らは、図１２Ａ〜Ｇ及び１３Ａ〜Ｇに可視化された、標的遺伝子に逆に相補する小分子ＲＮＡを生成することによって、ゲノム的状況において、成熟したｍｉＲ−１７３及びｍｉＲ−３９０の配列を、ＧＦＰ、ＡｔＰＤＳ３又はＡｔＡＤＨ１を標的とするように、変更するように設計した。さらに、ｍｉＲＮＡ前駆体転写産物の二次構造を維持するために、図１２Ａ〜Ｇ、１３Ａ〜Ｇ、１４Ａ〜Ｄ及び１５Ａ〜Ｄ並びに表２（以下）に特定されるように、ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡのさらなる変更を行った。これらのフラグメントをＰＵＣプラスミドにクローン化し、ドナー（ＤＯＮＯＲ）と命名し、ＤＮＡフラグメントをＳＷＡＰと称した。ｍｉＲ−１７３を改変するための配列について、  −  ＳＷＡＰ１及びＳＷＡＰ２はＧＦＰを標的とし、ＳＷＡＰ３及びＳＷＡＰ４はＡｔＰＤＳ３を標的とし、ＳＷＡＰ９及びＳＷＡＰ１０はＡｔＡＤＨ１を標的とする（下記表２参照）。ｍｉＲ−３９０を改変するための配列について、  −  ＳＷＡＰ５及びＳＷＡＰ６はＧＦＰを標的し、ＳＷＡＰ７及びＳＷＡＰ８はＡｔＰＤＳ３を標的とし、ＳＷＡＰ１１及びＳＷＡＰ１２はＡｔＡＤＨ１を標的とする（下記表２参照）。
【０６１２】
ｍｉＲ−１７３及びｍｉＲ−３９０を標的とするガイドＲＮＡをＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９ベクター系に導入して、所望のｍｉＲＮＡ遺伝子座におけるＤＮＡ切断を生じさせた。これらを遺伝子衝撃プロトコルによりＤＯＮＯＲベクターと共に植物に同時導入し、相同ＤＮＡ修復（ＨＤＲ）により所望の改変を導入した。これらのガイドＲＮＡは、以下の表２に特定され、そして図１２Ａ及び１３Ａに例示される。
【０６１３】
【表７（１）】
2020533988.tif 000033
【０６１４】
【表７（２）】
2020533988.tif 000034
【０６１５】
【表７（３）】
2020533988.tif 000035
【０６１６】
【表７（４）】
2020533988.tif 000036
【０６１７】
プロトプラスト単離
プロトプラストを、消化溶液（１％セルラーゼ、０．５％マセロザイム、０．５％ドリセラーゼ、０．４Ｍマンニトール、１５４ｍＭ  ＮａＣｌ、２０ｍＭ  ＫＣｌ、２０ｍＭ  ＭＥＳ  ｐＨ５．６、１０ｍＭ  ＣａＣｌ２）中で植物材料（例えば、葉、カルス、細胞懸濁液）を、穏やかに振盪して室温で４〜２４時間インキュベートすることによって単離した。消化後、残存する植物材料をＷ５溶液（１５４ｍＭ  ＮａＣｌ、１２５ｍＭ  ＣａＣｌ２、５ｍＭ  ＫＣｌ、２ｍＭ  ＭＥＳ  ｐＨ５．６）で洗浄し、プロトプラスト懸濁液を４０μｍストレーナーで濾過した。室温で３分間８０ｇで遠心分離した後、プロトプラストを２ｍｌのＷ５バッファに再懸濁し、重力によって氷中で沈殿させた。最終プロトプラストペレットを２ｍｌのＭＭｇ（０．４Ｍマンニトール、１５ｍＭ  ＭｇＣｌ２、４ｍＭ  ＭＥＳ  ｐＨ５．６）に再懸濁し、血球計を用いてプロトプラスト濃度を測定した。プロトプラストの生存率を、トリパンブルー染色を用いて評価した。
【０６１８】
ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）媒介プラスミドトランスフェクション
プロトプラストのＰＥＧトランスフェクションは、Ｗａｎｇ［Ｗａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｔｉａ  Ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒａｅ（２０１５）  １９１：８２−８９頁］によって報告されたストラテジーの改変版を用いて行った。プロトプラストを、ＭＭｇ溶液中に２〜５×１０６プロトプラスト／ｍｌの密度に再懸濁した。１００〜２００μｌのプロトプラスト懸濁液を、プラスミドを含むチューブに添加した。プラスミド：プロトプラスト比は、形質転換効率に大きく影響し、従って、プロトプラスト懸濁液中のプラスミド濃度の範囲（５〜３００μｇ／μｌ）をアッセイした。ＰＥＧ溶液（１００〜２００μｌ）を混合物に添加し、１０〜６０分の範囲の様々な時間、２３℃でインキュベートした。ＰＥＧ４０００濃度を最適化し、２００〜４００ｍＭマンニトール、１００〜５００ｍＭ  ＣａＣｌ２溶液中の２０〜８０％  ＰＥＧ４０００の範囲をアッセイした。次いで、プロトプラストをＷ５で洗浄し、８０ｇで３分間遠心分離し、その後、１ｍｌのＷ５に再懸濁し、暗所で２３℃でインキュベートした。２４〜７２時間インキュベートした後、蛍光を顕微鏡で検出した。
【０６１９】
蛍光タンパク質発現細胞のＦＡＣＳソーティング
プラスミド／ＲＮＡ送達の２４〜７２時間後、細胞を収集し、フローサイトメーターを用いて蛍光タンパク質発現について選別し、以前に記載されたように［Ｃｈｉａｎｇら、Ｓｃｉ  Ｒｅｐ（２０１６）６：２４３５６］、ｍＣｈｅｒｒｙ／編集剤発現細胞を濃縮した。この濃縮工程は、抗生物質選択をバイパスし、蛍光タンパク質、Ｃａｓ９及びｓｇＲＮＡを一過性に発現する細胞のみを収集することを可能にする。これらの細胞は、ＨＲによる標的遺伝子の編集についてさらに試験することができ、これにより交換事象が成功し、対応する遺伝子発現が消失する。
【０６２０】
衝撃と植物の再生
シロイヌナズナ根調製物
塩素ガス滅菌シロイヌナズナ（ｃｖ．Ｃｏｌ−０）種子をＭＳマイナススクロースプレート上に播種し、暗所で４℃で３日間春化処理し、続いて２５℃で恒光下で垂直に発芽させた。２週間後、根を１ｃｍ根切片に切り出し、Ｃａｌｌｕｓ  Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  Ｍｅｄｉａ（ＣＩＭ：Ｂ５ビタミン、２％グルコース、ｐＨ  ５．７、０．８％寒天、２ｍｇ／ｌ  ＩＡＡ、０．５ｍｇ／ｌ  ２，４−Ｄ、０．０５ｍｇ／ｌキネチンを含む１／２ＭＳ）プレート上に置いた。暗所、２５℃で６日間インキュベートした後、根切片を濾紙ディスク上に移し、衝撃に備えて、４〜６時間、ＣＩＭＭプレート（ビタミン、２％グルコース、０．４Ｍマンニトール、ｐＨ  ５．７及び０．８％寒天を含まない１／２ＭＳ）上に置いた。
【０６２１】
衝撃
プラスミド構築物を、ＰＤＳ−１０００／Ｈｅ粒子送達（Ｂｉｏ−Ｒａｄ；ＰＤＳ−１０００／Ｈｅシステム＃１６５２２５７）を介して根組織に導入し、以下に概説するいくつかの調製工程が、この手順を実施するために必要であった。
【０６２２】
金ストック材料の調製
４０ｍｇの０．６μｍ金（Ｂｉｏ−Ｒａｄ；カタログ：１６５２２６２）を１ｍｌの１００％エタノールと混合し、パルス遠心分離してペレットにし、エタノールを除去した。この洗浄手順をさらに２回繰り返した。
【０６２３】
洗浄後、ペレットを１ｍｌの滅菌蒸留水に再懸濁し、１．５ｍｌチューブに５０μｌアリコート作業容量として分配した。
【０６２４】
ビーズ調製
要するに、以下のことを行った。
【０６２５】
単一のチューブは、シロイヌナズナ根の２つのプレートに衝撃を与えるのに十分な金であり（プレート当たり２ショット）、従って、各チューブを４つの（１，１００ｐｓｉ（約７．６ＭＰａ））のＢｉｏｌｉｓｔｉｃ破裂板（Ｂｉｏ−Ｒａｄ；カタログ：１６５２３２９）の間に分配した。
【０６２６】
衝撃は同じ試料の複数のプレートを必要とするので、チューブを合わせ、それに応じてＤＮＡ及びＣａＣｌ２／スペルミジン混合物の体積を調整して、試料の一貫性を維持し、調製物全体を最小限にした。
【０６２７】
以下のプロトコルは、金の１つのチューブを調製するプロセスを要約し、これらは、使用される金のチューブの数に従って調整されるべきである。
【０６２８】
この後の全てのプロセスは、エッペンドルフサーモミキサー中で４℃で行った。
【０６２９】
プラスミドＤＮＡ試料を調製し、各チューブは、１０００ｎｇ／μｌの濃度で添加された１１μｇのＤＮＡを含む。
１）４９３μｌのｄｄＨ２Ｏを１アリコート（７μｌ）のスペルミジン（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ；Ｓ０２６６）に添加し、０．１Ｍスペルミジンの最終濃度を得た。１２５０μｌの２．５Ｍ  ＣａＣｌ２をスペルミジン混合物に添加し、ボルテックスし、氷上に置いた。
２）予め調製した金のチューブをサーモミキサーに入れ、１４００ｒｐｍの速度で回転させた。
３）チューブに１１μｌのＤＮＡを加え、ボルテックスし、回転するサーモミキサーに戻した。
４）ＤＮＡ／金粒子を結合させるために、７０μｌのスペルミジンＣａＣｌ２混合物を各チューブ（サーモミキサー中）に添加した。
５）チューブを１５〜３０秒間激しくボルテックスし、氷上に約７０〜８０秒間置いた。
６）混合物を７０００ｒｐｍで１分間遠心分離し、上清を除去し、氷上に置いた。
７）５００μｌの１００％エタノールを各チューブに添加し、ペレットをピペッティングにより再懸濁し、ボルテックスした。
８）チューブを７０００ｒｐｍで１分間遠心分離した。
９）上清を除去し、ペレットを５０μｌの１００％エタノールに再懸濁し、氷上で保存した。
【０６３０】
マクロ担体調製
層流キャビネット内で以下のことを行った。
１）マクロ担体（Ｂｉｏ−Ｒａｄ；１６５２３３５）、停止スクリーン（Ｂｉｏ−Ｒａｄ；１６５２３３６）、及びマクロ担体ディスクホルダーを滅菌乾燥した。
２）マクロ担体のディスクホルダーにマクロ担体を平らに配置した。
３）ＤＮＡ被覆金混合物をボルテックスし、各Ｂｉｏｌｉｓｔｉｃ破裂板の中心に広げた（５μｌ）。
エタノールを蒸発させた。
【０６３１】
ＰＤＳ−１０００（ヘリウム粒子送達系）
要するに、以下のことを行った。
【０６３２】
ヘリウムボトルの調整弁を少なくとも１３００ｐｓｉ（約９．０ＭＰａ）の流入圧力に調整した。真空は、真空／ベント／ホールド・スイッチを押し、稼動スイッチを３秒間押し続けることによって作り出した。これは、ヘリウムが配管に流れ込むことを確実にした。
【０６３３】
１１００ｐｓｉ（約７．６ＭＰａ）の破裂ディスクをイソプロパノールに入れ、混合して静電気を除去した。
１）１つの破裂ディスクをディスク保持キャップ内に配置した。
２）マイクロ担体発射アセンブリを構築した（停止スクリーンと金含有マイクロ担体を備えた）。
３）シャーレ上でシロイヌナズナ根カルスを発射アセンブリの６ｃｍ下に置いた。
４）真空圧を２７インチＨｇ（水銀）（約９１ｋＰａ）に設定し、ヘリウム弁を開いた（約１１００ｐｓｉ（約７．６ＭＰａ）で）。
５）真空を解放した。マイクロ担体発射アセンブリ及び破裂板保持キャップを取り外した。
６）同じ組織への衝撃（すなわち、各プレートを２回衝撃した）。
７）次に、衝撃を与えた根を、暗所で、２５℃で、さらに２４時間、ＣＩＭプレート上に置いた。
【０６３４】
同時衝撃
ＧＥｉＧＳプラスミドの組み合わせに衝撃を与える場合、５μｇ（１０００ｎｇ／μｌ）のｓｇＲＮＡプラスミドを８．５μｇ（１０００ｎｇ／μｌ）のｓｗａｐ（スワップ）プラスミドと混合し、この混合物１１μｌを試料に添加した。同時により多くのＧＥｉＧＳプラスミドを衝撃する場合、使用したｓｇＲＮＡプラスミド対ｓｗａｐプラスミドの濃度比は１：１．７であり、この混合物１１μｇ（１０００ｎｇ／μｌ）を試料に添加した。ＧＥｉＧＳ交換に関連しないプラスミドを同時衝撃する場合、等しい比率を混合し、１１μｇ（１０００ｎｇ／μｌ）の混合物を各試料に添加した。
【０６３５】
植物再生
シュート再生のために、Ｖａｌｖｅｋｅｎｓら［Ｖａｌｖｅｋｅｎｓ，Ｄ．ら、Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（１９８８）  ８５（１５）：５５３６−５５４０］からの改変プロトコルを実施した。Ｂ５ビタミン、２％グルコース、ｐＨ５．７、０．８％寒天、５ｍｇ／ｌ  ２  ｉＰ、０．１５ｍｇ／ｌ  ＩＡＡを有する１／２ＭＳを含むシュート誘導培地（ＳＩＭ）プレート上に、衝撃を与えた根を置いた。プレートを、２５℃で１６時間明、２３℃で８時間暗のサイクルに放置した。１０日後、プレートを、３％スクロース、０．８％寒天を含むＭＳプレートに１週間移し、次いで、新鮮な同様のプレートに移した。植物が再生したら、それらを根から切り出し、分析するまで、３％スクロース、０．８％寒天を含むＭＳプレート上に置いた。
【０６３６】
コロニー形成と植物再生
蛍光タンパク質陽性細胞を部分的にサンプリングし、ＤＮＡ抽出及びゲノム編集（ＧＥ）試験に使用し、コロニー形成を２８〜３５日間可能にするために液体培地中で高希釈で部分的に平板培養した。コロニーを採取し、増殖させ、２つのアリコートに分割した。１つのアリコートを、ＤＮＡ抽出及びゲノム編集（ＧＥ）試験及びＣＲＩＳＰＲ  ＤＮＡ非含有試験（以下を参照のこと）のために使用し、一方、他のアリコートは、それらの状況が確認されるまで培養物中に保持した。ＧＥ及びＣＲＩＳＰＲ  ＤＮＡを含まないことを明確に示すもののみを次段階へ選択した。コロニーを培養培地中で約６〜１０週間増殖させた。プロトコロニー（又はカルス）を再生培地（例えば、半強度ＭＳ＋Ｂ５ビタミン、２０ｇ／ｌスクロース）に継代培養し、再生した小植物を２８℃で低い光強度で固化培地（０．８％寒天）上に置いた。２ヶ月後、小植物を土壌に移し、８０〜１００％湿度の温室に入れた。
【０６３７】
シロイヌナズナ苗へのウイルス接種とＤＮＡ送達
ＴｕＭＶ感染性クローンｐ３５Ｓ：：ＴｕＭＶ−ＧＦＰ（０．１ｍｇ／ｍｌ）に感染したシロイヌナズナ葉由来の液汁を、機械的接種のために使用する。
【０６３８】
植物の繁殖
配列決定され、標的遺伝子の発現を失ったと予測され、ＣＲＩＳＰＲシステムＤＮＡ／ＲＮＡを含まないことが見出されたクローンを、大量に生成するために繁殖させ、そして並行して、所望の形質を試験するために機能的アッセイが行われる苗を発生するために分化させた。
【０６３９】
表現型解析
上記のように、例えば、標的遺伝子に依存する色素沈着、蛍光又は形態を見ることによる。
【０６４０】
アリルアルコール選択
アリルアルコールで植物を選択するために、衝撃後１０日目に、根をＳＩＭ培地上に置いた。根を３０ｍＭアリルアルコール（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、米国）に２時間浸漬した。次に、根をＭＳ培地で３回洗浄し、３％スクロース、０．８％寒天を含むＭＳプレート上に置いた。再生プロセスは、先に記載したように実施した。
【０６４１】
遺伝子型決定
組織試料を処理し、アンプリコンを製造業者の推奨に従って増幅した。ＭｙＴａｑ  Ｐｌａｎｔ−ＰＣＲ  Ｋｉｔ（ＢｉｏＬｉｎｅ  ＢＩＯ  ２５０５６）を短い内部増幅に用い、Ｐｈｉｒｅ  Ｐｌａｎｔ  Ｄｉｒｅｃｔ  ＰＣＲ  Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ；Ｆ−１３０ＷＨ）を長い外部増幅に用いる。これらの増幅のために使用されるオリゴは、上記の表２に特定される。ｍｉＲＮＡ遺伝子座における異なる改変は、以下のようにアンプリコンの異なる消化パターンを介して特定された。
【０６４２】
ｍｉＲ−３９０の改変については、  −  内部アンプリコンは９７８塩基対の長さであり、外部増幅については２６２９塩基対であった。ｓｗａｐ７の特定については、ＮｌａＩＩＩによる消化は、６３６塩基対のフラグメントサイズをもたらしたが、ｗｔバージョンでは、それは、４２０及び２１６の長さのフラグメントに切断された。ｓｗａｐ８の特定については、Ｈｐｙ１８８Ｉによる消化は、２９３及び３３９塩基対のフラグメントサイズをもたらしたが、ｗｔバージョンでは、この部位は存在せず、６３２長のフラグメントをもたらした。ｓｗａｐ１１及び１２の特定については、ＢｃｃＩによる消化は、６６２塩基対のフラグメントサイズをもたらしたが、ｗｔバージョンでは、それは、１４７及び４１７長のフラグメントに切断された。
【０６４３】
ｍｉＲ−１７３の改変については、  −  内部アンプリコンは５７４塩基対の長さであり、ネステッド外部増幅については４６６塩基対であった。ｓｗａｐ３の特定については、ＢｓｌＩによる消化は、外部アンプリコンにおいて２１７及び２４９塩基対のフラグメントサイズ、並びに内部アンプリコンにおいて３１７及び１４９塩基対のフラグメントサイズをもたらした。ｗｔバージョンでは、この部位は存在せず、外部アンプリコンでは４６６長のフラグメントを、内部反応では５７４長のフラグメントをもたらした。ｓｗａｐ４の特定については、ＢｔｓαＩによる消化は、外部アンプリコンにおいて２１２及び２５４塩基対のフラグメントサイズ、並びに内部アンプリコンにおいて２１２及び３６２のフラグメントサイズをもたらした。ｗｔバージョンでは、この部位は存在せず、外部アンプリコンでは４６６長のフラグメントを、内部反応では５７４長のフラグメントをもたらした。ｓｗａｐ９の特定については、ＮｌａＩＩＩによる消化は、外部アンプリコンにおいて３１７及び１４９塩基対のフラグメントサイズ、並びに内部アンプリコンにおいて３１７及び２４４のフラグメントサイズを生じた。ｗｔバージョンでは、この部位は存在せず、外部アンプリコンでは４６６長のフラグメントを、内部反応では５６１長のフラグメントをもたらした。ｓｗａｐ１０の特定については、ＮｌａＩＩＩによる消化は、外部アンプリコンにおいて３７５及び９１塩基対のフラグメントサイズ、並びに内部アンプリコンにおいて３７５及び１８６のフラグメントサイズを生じた。ｗｔバージョンでは、この部位は存在せず、外部アンプリコンでは４６６長のフラグメントを、内部反応では５６１長のフラグメントをもたらした。
【０６４４】
ＤＮＡとＲＮＡの単離
試料を液体窒素中に回収し、処理するまで−８０℃で保存した。組織の粉砕は、ドライアイス中に置かれたチューブ中で、プラスチック組織粉砕ペスル（Ａｘｙｇｅｎ、米国）を用いて行った。ＲＮＡ／ＤＮＡ精製キット（カタログ番号４８７００；Ｎｏｒｇｅｎ  Ｂｉｏｔｅｋ  Ｃｏｒｐ．、カナダ）を用いて、製造業者の説明書に従って、粉砕組織からのＤＮＡ及び全ＲＮＡの単離を行った。ＲＮＡ画分の低い２６０／２３０比（＜１．６）の場合、単離ＲＮＡは、１μｌグリコーゲン（カタログ１０８１４０１０；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、米国）１０％Ｖ／Ｖ酢酸ナトリウム、３Ｍ  ｐＨ５．５（カタログＡＭ９７４０、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、米国）及び３倍の体積のエタノールを用いて−２０℃で一晩沈殿した。溶液を４℃で最高速度で３０分間遠心分離した。これに続いて、７０％エタノールで２回洗浄し、１５分間風乾し、ヌクレアーゼを含まない水（カタログ番号１０９７７０３５；Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、米国）に再懸濁した。
【０６４５】
逆転写（ＲＴ）及び定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）
１μｇの単離された全ＲＮＡを、製造業者のマニュアルに従ってＤＮａｓｅ  Ｉで処理した（ＡＭＰＤ１；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、米国）。この試料を、Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（カタログ４３６８８１４；Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、米国）の使用マニュアルに従って逆転写した。
【０６４６】
遺伝子発現のために、定量的リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）解析を、ＣＦＸ９６  Ｔｏｕｃｈ（商標）Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍ（ＢｉｏＲａｄ、米国）及びＳＹＢＲ（登録商標）Ｇｒｅｅｎ  ＪｕｍｐＳｔａｒｔ（商標）Ｔａｑ  ＲｅａｄｙＭｉｘ（商標）（Ｓ４４３８、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、米国）で、製造業者のプロトコルに従って実施し、Ｂｉｏ−ＲａｄＣＦＸマネージャープログラム（バージョン３．１）で解析した。ＡｔＡＤＨ１（ＡＴ１Ｇ７７１２０）の分析のために、以下のプライマーセットを使用した：順方向ＧＴＴＧＡＧＡＧＴＧＴＴＧＧＡＧＡＡＧＧＡＧ  配列番号３６７及び逆方向ＣＴＣＧＧＴＧＴＴＧＡＴＣＣＴＧＡＧＡＡＧ  配列番号３６８。ＡｔＰＤＳ３（ＡＴ４Ｇ１４２１０）の分析のために、以下のプライマーセットを使用した：順方向ＧＴＡＣＴＧＣＴＧＧＴＣＣＴＴＴＧＣＡＧ  配列番号３６９及び逆方向ＡＧＧＡＧＣＡＣＴＡＣＧＧＡＡＧＧＡＴＧ  配列番号３７０。内在較正遺伝子のために、１８ＳリボソームＲＮＡ遺伝子（ＮＣ＿０３７３０４）を使用した  −  順方向ＡＣＡＣＣＣＴＧＧＧＡＡＴＴＧＧＴＴＴ  配列番号３７１及び逆方向ＧＴＡＴＧＣＧＣＣＡＡＴＡＡＧＡＣＣＡＣ  配列番号３７２。
【０６４７】
実施例１Ａ
遺伝子編集誘導遺伝子サイレンシング（ＧＥｉＧＳ）
ＧＥｉＧＳオリゴを設計するためには、プロセシングされ、誘導体である小分子サイレンシングＲＮＡ分子（成熟）を生じる鋳型非コードＲＮＡ分子（前駆体）が必要とされる。前駆体の２つの供給源及びそれらの対応する成熟配列を、ＧＥｉＧＳオリゴを生成するために使用した。ｍｉＲＮＡについては、配列はｍｉＲＢａｓｅデータベース［Ｋｏｚｏｍａｒａ，Ａ．及びＧｒｉｆｆｉｔｈｓ−Ｊｏｎｅｓ，Ｓ．、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ（２０１４）  ４２：  Ｄ６８、ＡｉＤ７３］から入手し、ｔａｓｉＲＮＡ前駆体及び成熟体はｔａｓｉＲＮＡｄｂデータベース［Ｚｈａｎｇ，Ｃ．ら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２０１４）  ３０：１０４５、Ａｉ１０４６］から入手した。
【０６４８】
サイレンシング標的を、種々の宿主生物において選択した（上記の表１Ｂを参照のこと）。ｓｉＲＮＡは、ｓｉＲＮＡｒｕｌｅｓソフトウェア［Ｈｏｌｅｎ，Ｔ．、ＲＮＡ（２００６）  １２：  １６２０、Ａｉ１６２５］を用いてこれらの標的に対して設計した。これらのｓｉＲＮＡ分子の各々を使用して、各前駆体中に存在する成熟配列を置換し、「ナイーブ」ＧＥｉＧＳオリゴを生成した。これらのナイーブ配列の構造は、ＶｉｅｎｎａＲＮＡ  Ｐａｃｋａｇｅ  ｖ２．６［Ｌｏｒｅｎｚ，Ｒ．ら、ＶｉｅｎｎａＲＮＡ  Ｐａｃｋａｇｅ  ２．０．Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ  ｆｏｒ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２０１１）  ６：２６］を使用して、野生型前駆体の構造に可能な限り近づくように調整した。構造調整後、配列数及び野生型と改変オリゴとの間の二次構造変化を計算した。これらの計算は、野生型に対して最小の配列変更しか必要としない潜在的に機能的なＧＥｉＧＳオリゴを特定するために必須である。
【０６４９】
野生型前駆体に対するＣＲＩＳＰＲ／ｃａｓ９小分子ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）を、ＣａｓＯＴソフトウェア［Ｘｉａｏ，Ａ．ら、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２０１４）  ３０：１１８０、Ａｉ１１８２］を用いて作製した（上記表１Ｂ参照）。ＧＥｉＧＳオリゴを生成するために適用される改変がｓｇＲＮＡのＰＡＭ領域に影響を及ぼし、それを改変オリゴに対して無効にするｓｇＲＮＡを選択した。
【０６５０】
実施例１Ｂ
内在性植物遺伝子の遺伝子サイレンシング−ＰＤＳ
ゲノム編集誘導遺伝子サイレンシング（ＧＥｉＧＳ）を用いた内在遺伝子サイレンシングの定量的評価のためのハイスループットスクリーニングを確立するために、本発明者らは、いくつかの潜在的な視覚マーカーを考慮した。本発明者らは、色素蓄積に関与する遺伝子（例えば、フィトエンデサチュラーゼ（ＰＤＳ）をコードする遺伝子）に焦点を当てることを選択した。ＰＤＳのサイレンシングは、光退色を引き起こし（図２Ｂ）、これは、遺伝子編集後のロバストな苗スクリーニングとして、概念実証（ＰＯＣ）として使用することを可能にする。図２Ａ〜Ｃは、ＰＤＳのためにサイレンシングされたベンサミアナタバコ及びシロイヌナズナ植物を用いた代表的な実験を示す。植物は、減少した量のカロチノイドを有する植物において観察される特徴的な光退色表現型を示す。
【０６５１】
ＰＯＣ実験では、ｓｉＲＮＡの選択を以下のように行った。
【０６５２】
ＧＥｉＧＳ適用を用いてＰＤＳ遺伝子に対してシロイヌナズナ又はベンサミアナタバコにおけるＲＮＡｉ機構を開始するためには、ＰＤＳを標的とする有効な２１〜２４ｂｐのｓｉＲＮＡを特定する必要がある。活性なｓｉＲＮＡ配列を見出すために２つのアプローチが使用される：１）文献をスクリーニングする  −  ＰＤＳサイレンシングは多くの植物において周知のアッセイであるので、本発明者らは、シロイヌナズナ又はベンサミアナタバコにおける遺伝子に１００％一致し得る、異なる植物において十分に特徴付けられた短いｓｉＲＮＡ配列を特定している。２）特定の遺伝子に対する遺伝子サイレンシングを開始する際に、どのｓｉＲＮＡが有効であるかを予測するために使用されている、多くの公開アルゴリズムが存在する。これらのアルゴリズムの予測は１００％ではないので、本発明者らは、少なくとも２つの異なるアルゴリズムの結果である配列のみを使用している。
【０６５３】
ＰＤＳ遺伝子をサイレンシングするｓｉＲＮＡ配列を使用するために、本発明者らは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを使用して、それらを公知の内在非コードＲＮＡ遺伝子配列と交換する（例えば、ｍｉＲＮＡ配列を変化させる、長いｄｓＲＮＡ配列を変化させる、アンチセンスＲＮＡを作製する、ｔＲＮＡを変化させる、など）。特徴付けられた非コードＲＮＡ、例えばｍｉＲＮＡの多くのデータベースがある。本発明者らは、いくつかの公知のシロイヌナズナ又はベンサミアナタバコ内在非コードＲＮＡ、例えば、異なる発現プロフィール（例えば、低い構成的発現、高度に発現、ストレスで誘導されるなど）を有するｍｉＲＮＡを選択している。例えば、内在ｍｉＲＮＡ配列をＰＤＳ遺伝子を標的とするｓｉＲＮＡと交換するために、本発明者らは、ＨＲアプローチ（相同組換え）を使用している。ＨＲを用いて、次の２つの選択肢が考えられる：例えば、中央に改変ｍｉＲＮＡ配列を含む約２５０〜５００ｎｔのドナーｓｓＤＮＡオリゴ配列を使用すること、又は、２×２１ｂｐのｍｉＲＮＡ及びＰＤＳのｓｉＲＮＡに変更する＊ｍｉＲＮＡ（図１に示すように、ｓｉＲＮＡの５００〜２０００ｂｐ上流及び下流側）を除き、植物ゲノム中の取り囲むｍｉＲＮＡとほぼ１００％同一の１Ｋｂ〜４Ｋｂ挿入フラグメントを有するプラスミドを使用すること。トランスフェクションは、以下の構築物を含む：ＣＲＩＳＰＲ：Ｃａｓ９／ＧＦＰセンサー（これは、陽性の形質転換細胞を追跡し、そして濃縮する）、ｇＲＮＡ（これは、Ｃａｓ９を、挿入ベクター／オリゴに依存して、ＨＲによって修復される二本鎖切断（ＤＳＢ）を生成するように誘導する）。挿入ベクター／オリゴは、置換され（すなわち、ｍｉＲＮＡ）、目的の突然変異（すなわち、ｓｉＲＮＡ）を運ぶように改変された、標的化された遺伝子座を囲む相同性の２つの連続した領域を含む。プラスミドが使用される場合、標的化構築物は、制限酵素認識部位を含むか、又は制限酵素認識部位を含まず、そして選択されたｓｉＲＮＡでのｍｉＲＮＡの置換で終わる相同組換えのための鋳型として使用される。プロトプラストへのトランスフェクション後、ＦＡＣＳを用いてＣａｓ９／ｓｇＲＮＡトランスフェクト事象を濃縮し、プロトプラストを植物に再生し、退色した苗をスクリーニングし、スコア化する（図１参照）。対照として、プロトプラストを、ランダムな非ＰＤＳ標的化配列を有するオリゴでトランスフェクトする。陽性編集植物はＰＤＳを標的とするｓｉＲＮＡ配列を産生すると予想され、従ってＰＤＳ遺伝子はサイレンシングされ、苗はｇＲＮＡを持たない対照と比較して白いと見られる。交換（スワップ）後、編集されたｍｉＲＮＡは、元の塩基対形成プロファイルが維持されるので、ｍｉＲＮＡとして依然としてプロセシングされることに留意することが重要である。しかし、新たに編集されたプロセシングされたｍｉＲＮＡは、標的に対して高い相補性（例えば、１００％）を有し、従って、実際には、新たに編集された小分子ＲＮＡは、ｓｉＲＮＡとして作用する。
【０６５４】
実施例２
「内在」導入遺伝子の遺伝子サイレンシング  −  ＧＦＰ
ＧＥｉＧＳの効率をチェックするための別の迅速かつ強固なアプローチは、ＧＦＰ（緑色蛍光タンパク質）のようなマーカー遺伝子でもある導入遺伝子をサイレンシングすることによる。細胞におけるＧＦＰサイレンシングの有効性を評価するための容易な選択肢はほとんどない（例えば、ＦＡＣＳ分析、ＰＣＲ及び顕微鏡検査）。ＧＥｉＧＳを用いたＧＦＰサイレンシングのＰＯＣを示すために、本発明者らは、ＧＦＰを安定に発現する遺伝子導入シロイヌナズナ又はタバコ系統を用いている。ＧＦＰ発現植物由来のプロトプラストは、ＧＦＰ遺伝子を標的とするＲＮＡサイレンシング機構を開始するために強力なｓｉＲＮＡとして作用するように内在非コードＲＮＡ、例えばｍｉＲＮＡを改変するためにＧＥｉＧＳ方法論と共に使用される。正に編集された植物は、図３に示されるように、ＧＦＰ発現についてサイレンシングされることが期待される。さらに、植物におけるＧＦＰサイレンシングは、十分に特徴付けられ、そしてＧＦＰサイレンシングを開始するために利用され得る多くの利用可能な短いＲＮＡ配列（ｓｉＲＮＡ）が存在する。従って、遺伝子交換のために、本発明者らは、ＧＦＰに特異的なｓｉＲＮＡを生成するために公的に利用可能なツールを使用しているか、又は文献から入手可能な公知のｓｉＲＮＡ分子を使用している。
【０６５５】
ＧＦＰ遺伝子をサイレンシングするｓｉＲＮＡ配列を使用するために、本発明者らは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを使用して、公知の内在非コードＲＮＡ、例えばｍｉＲＮＡ遺伝子配列とそれらを交換する（例えば、ｍｉＲＮＡ配列を変化させる、長いｄｓＲＮＡ配列を変化させる、アンチセンスＲＮＡを作製する、ｔＲＮＡを変化させるなど）。特徴付けられた非コードＲＮＡ、例えばｍｉＲＮＡの多くのデータベースが存在し、本発明者らは、いくつかの公知のシロイヌナズナ又はニコチアナ・ベンサミアナ非コードＲＮＡ、例えば異なる発現プロフィール（例えば、低構成的発現、高度に発現、ストレス中で誘導等）を有するｍｉＲＮＡを選択している。例えば、内在ｍｉＲＮＡ配列をｓｉＲＮＡと交換（スワップ）するために、本発明者らはＨＲアプローチを使用している。ＨＲにおいて、２つの選択肢が企図される：例えば、中央にｓｉＲＮＡ配列を含む約２５０〜５００ｂｐのドナーオリゴ配列を使用すること、又は、２×２１ｂｐのｍｉＲＮＡ及びＧＦＰのｓｉＲＮＡに変更する＊ｍｉＲＮＡ（ｓｉＲＮＡの５００〜２０００ｂｐ上流及び下流側、図１を参照のこと）を除き、植物ゲノム中の取り囲むｍｉＲＮＡとほぼ１００％同一の１Ｋｂ〜４Ｋｂ挿入フラグメントを発現するプラスミドを使用すること。トランスフェクションは、以下の構築物を含む：ＣＲＩＳＰＲ：Ｃａｓ９／ＲＦＰセンサー（例えば、ＦＡＣＳ分析を使用して、陽性の形質転換細胞を追跡し、そして濃縮するため）、ｇＲＮＡ（これは、Ｃａｓ９を、挿入ベクター／オリゴに依存してＨＲによって修復されるＤＳＢを生成するように誘導する）。挿入ベクターは、置換され（すなわち、ｍｉＲＮＡ）、目的の突然変異（すなわち、ｓｉＲＮＡ）を運ぶように改変された標的遺伝子座を囲む相同性の２つの連続した領域を含む。標的化構築物は、制限酵素認識部位を含むか、又は制限酵素認識部位を含まず、そして選択されたｓｉＲＮＡでのｍｉＲＮＡの交換で終わる相同組換えのための鋳型として使用される。プロトプラストへのトランスフェクション後、ＦＡＣＳを用いて、陽性トランスフェクト事象を濃縮し（赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）マーカーを用いて）、濃縮したプロトプラストを、顕微鏡下でＧＦＰサイレンシングについてスコア化する（図４）。陽性編集プロトプラストは、ＧＦＰを標的とするｓｉＲＮＡ配列を産生すると予想され、従って、導入遺伝子のＧＦＰ発現は、対照プロトプラストと比較してサイレンシングされると予想される。ＧＦＰは、回復及び再生の２つの最後のステップが必要ではないので、ＰＤＳよりも速い方法であり、スコアリングは、プロトプラスト／細胞レベルで行うことができる。
【０６５６】
実施例３
シロイヌナズナにおける外来性導入遺伝子  −  ＧＦＰ  −  の遺伝子サイレンシング
ＧＦＰサイレンシングの前者の例に加えて、ＧＥｉＧＳの効率を実証する別の方法は、一過性ＧＦＰ形質転換アッセイにおいてＧＦＰ（緑色蛍光タンパク質）のようなマーカー遺伝子をサイレンシングすることによる。この実施例では、第１の植物細胞（例えば、シロイヌナズナ）をＧＥｉＧＳを用いて処理して、ＧＦＰを標的とする小分子ｓｉＲＮＡ分子を発現させる（ｓｉＧＦＰを利用する方法は、上記の実施例２で論じられている）。次いで、対照プロトプラスト（例えば、ＧＥｉＧＳ−ＰＤＳ）及びＧＥｉＧＳを用いて編集したプロトプラスト（ｓｉＧＦＰを発現する）を、別々に２つのマーカー（センサー）  ＧＦＰ＋ＲＦＰを発現するプラスミドでトランスフェクトする。ＧＥｉＧＳ処理においてＲＦＰのみを発現するがＧＦＰを発現しないプロトプラストは、ｓｉＧＦＰ発現によるＧＦＰサイレンシングの結果である（図５に示すように）。
【０６５７】
実施例４
ウイルス感染に対する免疫植物、外来性ウイルス遺伝子のサイレンシング（ＧＦＰをマーカーとして使用）
ＧＥｉＧＳが、外来性遺伝子をノックダウンする能力を有する植物免疫化のためのロバストな方法であることを証明するために、本発明者らは、ウイルス遺伝子のサイレンシングの例を提供している。種々の植物種に感染し、発明ＰＯＣで使用できる種々のウイルスにはＴｕＭＶ、ＣＭＶ、ＴＭＶなどがある。
【０６５８】
カブモザイクウイルス（ＴｕＭＶ）はアブラムシによって非持続的に伝播し、世界中の多くの地域でアブラナ科作物の流行病を引き起こす。一本鎖であるＴｕＭＶゲノムは約１０，０００ｎｔのプラスセンスＲＮＡ分子である（受入番号ＮＣ＿００２５０９）。ＴｕＭＶは、Ｕｒｃｕｑｕｉ−Ｉｎｃｈｉｍａら［Ｕｒｃｕｑｕｉ−Ｉｎｃｈｉｍａら、Ｖｉｒｕｓ  Ｒｅｓ．（２００１）  ７４：１５７−１７５］が先に議論した同じ典型的なポティウイルス遺伝子組換え組織を有する。ＴｕＭＶの症状は、広範囲、黄色、円形、不規則な領域の斑点である。最も古い葉は、しばしば全面的に明るい黄色になる。葉身はしばしば壊死に陥る。ＴｕＭＶ−ＧＦＰ及びサプレッサー欠損ＴｕＭＶ−ＡＳ９−ＧＦＰを広範に用いて、シロイヌナズナにおける抗ウイルスサイレンシング活性を露出させた。野生型植物はＴｕＭＶ−ＡＳ９−ＧＦＰに対して免疫性であったが、免疫はＤＣＬ２及びＤＣＬ４の喪失によって効果的に抑制され、ＴｕＭＶがｓｉＲＮＡ依存性抗ウイルス応答の効果を通常マスクすることを示した［Ｈｅｒｎａｎ  Ｇａｒｃｉａ−Ｒｕｉｚら、Ｔｈｅ  Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ（２０１０）２２：  ４８１−４９６］。
【０６５９】
キュウリモザイクウイルス（ＣＭＶ）はプロモウイルス科（Ｂｒｏｍｏｖｉｒｉｄａｅ）の植物病原ウイルスである。これは、植物ウイルス属、ククモウイルスのタイプメンバーである。このウイルスは、世界中に分布し、非常に広い宿主範囲を有する。実際、それは、任意の既知の植物ウイルスの最も広い宿主範囲を有するという評判を有する。これは、植物から植物へ、樹液及びアブラムシの両方によって口針伝播様式で機械的に伝搬され得る。このウイルスは、１９３４年にモザイク症状を示すキュウリ（Ｃｕｃｕｍｉｓ  ｓａｔｉｖｕｓ）で初めて発見されたため、キュウリモザイクと名づけられた。非ＣＰ依存的な細胞間移動のためにミュータント３ａ  ＭＰを利用する発現ＣＭＶベースの発現ベクターが開発された。この新しいベクター［Ｆｕｊｉｋｉら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ（２００８）  ３８１（１）：  １３６−１４２］をアグロバクテリウムバイナリーベクターに組み込み、アグロインフィルトレーションにより植物に送達した。結果は、この新規ＣＭＶベース発現ベクターが組み換えタンパク質産生に非常に有望であることを実証する。
【０６６０】
タバコモザイクウイルス（ＴＭＶ）は一本鎖ＲＮＡウイルスであり、一般的にナス科植物、ペチュニア、トマト及びタバコなどの多くの種を含む植物科に感染する。このウイルスは葉の表面に茶色の斑点のモザイク状のパターンを引き起こす。このウイルスは、通常、植物を死滅させないが、その成長を深刻に阻害し得る。より低い葉は、熱く乾燥した天候で「モザイク焼け」を被ることがあり、葉の大面積が死滅する。このウイルスは単独では植物に侵入できない。植物は、通常、ヒトの取り扱い後に植物創傷を介して、又は汚染された装置を介して感染される。いったん植物の中に入ると、ウイルスは遺伝暗号（ＲＮＡ）を放出する。植物はこのコードに混乱し、それ自体と間違い、ウイルスタンパク質を産生し始める。植物におけるウイルスベースの発現系は、高レベルの遺伝子増殖及び同時に、宿主活性の障害を最小限に抑えながら短期間内に達成可能な発現レベルの上昇のために、代替の一過性発現系に対して特に魅力的である。ＴＭＶは、最も広く研究されている植物ウイルスの１つであり、従って、ベクター開発のための当然の選択肢となっている。ＴＭＶベースのベクターは、全可溶性タンパク質の８０％もの高い組み換えタンパク質収率をもたらした。農業感染は安価で再現性があり、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ）が保有するバイナリーベクターのＴ−ＤＮＡの一部として、ウイルス発現ベクターを植物組織に送達する好ましい方法となっている。
【０６６１】
本発明者らは、シロイヌナズナの感染のためにＴｕＭＶ−ＧＦＰを、又はタバコ植物のためにＴＭＶ−ＧＦＰを使用している。ウイルス感染に抵抗性の植物を作製するために、本発明者らは、植物感染時にＧＦＰを発現する操作されたウイルスを使用する。このようなウイルスの使用は、上記の実施例３に記載されるのと同じ構築物を使用することを可能にする。その違いは、現在ではＧＦＰがウイルス感染から発現していることである。ウイルス−ＧＦＰ（ＣＭＶ又はＴＭＶ）に感染した対照植物は、顕微鏡下でＧＦＰの発現を示すが（図６）、ｓｉＲＮＡ  ＧＦＰを発現するように操作されたＧＥｉＧＳ植物は、ＧＦＰのレベルの低下を示すと予想される（図６）。従って、Ｖｉｒｕｓ−ＧＦＰに感染したあとに、発現がないＧＥｉＧＳ植物を作製することにより、外来性遺伝子のＲＮＡｉサイレンシングが達成され、ＧＥｉＧＳがウイルス及び潜在的に他の病原体に対する免疫植物への有効な方法であることが実証されるであろう。細胞におけるＧＦＰサイレンシングの有効性を評価するための容易な選択肢はほとんどない（例えば、ＦＡＣＳ分析、ＰＣＲ及び顕微鏡の使用）。植物におけるＧＦＰサイレンシングは十分に特徴づけられており、ＧＦＰサイレンシングの開始において活性である多くの利用可能な短いＲＮＡ配列（ｓｉＲＮＡ）が存在する。従って、遺伝子交換のために、本発明者らは、文献から入手可能な少数の公知のｓｉＲＮＡ分子を使用している。
【０６６２】
ＧＦＰ遺伝子をサイレンシングするｓｉＲＮＡ配列を使用するために、本発明者らは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９システムを使用して、既知の内在非コードＲＮＡ、例えばｍｉＲＮＡ遺伝子配列とそれらを交換している（上記のように、長いｄｓＲＮＡ配列の変更、アンチセンスＲＮＡの作製、ｔＲＮＡの変更など、これらのｓｉＲＮＡ配列を導入するための多くの他の選択肢がある）。特徴付けられた内在非コードＲＮＡ、例えばｍｉＲＮＡの多くのデータベースがあり、本発明者らは、いくつかの公知のシロイヌナズナ又はベンサミアナタバコ非コードＲＮＡ、例えば、異なる発現プロフィール（例えば、低い構成的発現、高度に発現、ストレス中で誘導など）を有するｍｉＲＮＡを選択している。例えば、内在ｍｉＲＮＡ配列をｓｉＲＮＡと交換（スワップ）するために、本発明者らはＨＲアプローチを使用している。ＨＲにおいて、２つの選択肢が企図される：例えば、中央にｓｉＲＮＡ配列を含む約２５０〜５００ｂｐのドナーオリゴ配列を使用すること、又は、２×２１ｂｐのｍｉＲＮＡ及びＧＦＰのｓｉＲＮＡに変更する＊ｍｉＲＮＡ（ｓｉＲＮＡの５００〜２０００ｂｐ上流及び下流側、図１を参照のこと）を除き、植物ゲノム中の取り囲むｍｉＲＮＡとほぼ１００％同一である１Ｋｂ〜４Ｋｂ挿入フラグメントを発現するプラスミドを使用すること。トランスフェクションは、以下の構築物を含む：ＣＲＩＳＰＲ：Ｃａｓ９／ＲＦＰセンサー（例えば、ＦＡＣＳ分析を使用して、陽性の形質転換細胞を追跡し、そして濃縮するため）、ｇＲＮＡ（これは、Ｃａｓ９を、挿入ベクター／オリゴに依存してＨＲによって修復されるＤＳＢを生成するように誘導する）。挿入ベクターは、置換され（すなわち、ｍｉＲＮＡ）、目的の突然変異（すなわち、ｓｉＲＮＡ）を運ぶように改変された標的遺伝子座を囲む相同性の２つの連続した領域を含む。標的化構築物は、制限酵素認識部位を含むか、又は制限酵素認識部位を含まず、そして選択されたｓｉＲＮＡでのｍｉＲＮＡの交換で終わる相同組換えのための鋳型として使用される。プロトプラストへのトランスフェクション後、ＦＡＣＳを用いて陽性トランスフェクト事象を濃縮し、プロトプラストを植物に再生し、植物を機械的接種によりウイルスに感染させる。植物を、顕微鏡下でのＧＦＰサイレンシングについてスコア化する（図６に記載されるように）。ＧＥｉＧＳを有する陽性編集プロトプラストはＧＦＰを標的とするｓｉＲＮＡ配列を産生すると予想され、従って、ウイルスＧＦＰ遺伝子発現は、対照非編集植物と比較してサイレンシングされると予想される。
【０６６３】
実施例５
線虫抵抗性のバナナ植物
線虫によるバナナの生産性へのダメージは非常に大きく、未処理土壌における収率損失の５０％に達する。この問題は、単作が一般的である伝統的なバナナ農園で強調されている。世界のさまざまな地域で臭化メチルのような殺線虫剤を禁止することは、この課題を悪化させ、農業従事者に不適切で信頼のない代替物を残した。ネモグリセンチュウであるネモグリセンチュウは、世界で最も経済的に重要なバナナの線虫寄生虫である。穿孔性線虫による感染はバナナの倒伏病、トウガラシの黄色病、カンキツの衰退を引き起こす。これらの病気は、ネモグリセンチュウの感染が根の組織を破壊し、ほとんど〜全く支えられない植物や、水を取り込んで栄養分を移動させる能力をほとんど〜全くもたない植物を残す結果である。世界中のカンキツ、観賞植物、その他の農業産業に被害を与えるため、ネモグリセンチュウは最も規制されている線虫の植物病害虫の１つである（図７）。
【０６６４】
ＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）は、多種多様な生物、特に自由生活モデル線虫、エレガンス線虫（シノラブディス・エレガンス、Ｃａｅｎｏｒｈａｂｄｉｔｉｓ  ｅｌｅｇａｎｓにおける機能解析のための非常に貴重な遺伝子サイレンシング装置として出現した。植物寄生線虫への応用を記述した研究が増えている。一連の細胞型で発現する遺伝子は、線虫が全身性ＲＮＡｉ応答を誘発する二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）又は短鎖干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）を取り込むとサイレンシングされる。エレガンス線虫を用いた広範なｓｉＲＮＡ試験は、線虫がその生活環を完結するのをうまく防ぐことができたのは、胚形成の初期に発現するサイレンシング遺伝子に起因することを示唆している。Ｒ。ｓｉｍｉｌｉｓでは、このような候補遺伝子は、カルレティキュリン１３（ＣＲＴ）又は遺伝子コラーゲン５（ｃｏｌ−５）である可能性がある。ＣＲＴは、多くの動物寄生虫及び植物線虫の寄生、免疫回避、生殖及び病因において重要な役割を果たすＣａ２＋結合多機能タンパク質である。従って、ＣＲＴはエレガンス線虫を制御するための有望な標的である。Ｃｏｌ−５は線虫のコラーゲン遺伝子に属し、多様な機能をもつタンパク質をコードしている。それらの最も豊富な産物の中にはクチクラコラーゲンがあり、それは線虫クチクラ中に存在するタンパク質の約８０％を含む。これらのコラーゲンの構造は、これまでに研究された自由生活性及び寄生性の線虫種において驚くほど類似していることがわかっており、それらをコードする遺伝子は、発現が発生調節を受ける大きな多重遺伝子ファミリーを構成しているようである。
【０６６５】
ＧＥｉＧＳを利用することにより、本発明者らは、摂食時に根から線虫に伝達され、続いて線虫遺伝子のサイレンシングを誘導するｓｉＲＮＡ分子を発現するバナナ植物を作製している。生活環における遷移に不可欠な遺伝子のサイレンシングは、線虫の繁殖を阻害し、線虫による破損を消失させる。本発明者らは、いくつかのバナナ内在非コードＲＮＡ、例えば、ＣＲＴ又はｃｏｌ−５遺伝子からの短い配列を有するｍｉＲＮＡ配列を変化させている。ＧＥｉＧＳは、バナナプロトプラストにおいて使用され、そしてこれは、小植物に再生され、次いで、耐性について異なる線虫でスクリーニングされる。
【０６６６】
実施例６
フザリウム・オキシスポラム耐性のバナナ植物
フザリウム属は、世界中の土壌及び有機基質中に広く広がっている数種の真菌を含む。フザリウム・オキシスポラムは、この属の最も関連性のある種の１つであり、広範囲の経済的に重要な園芸作物、花、樹木、及びキャベツ、バナナ、及び綿などの多数の野外作物を含む、１００種を超える植物種における根腐れ病、苗立枯病及び枯れ病の原因である。フザリウム・オキシスポラムは、様々な作物において大幅な収量損失を引き起こす破壊的な病原体であり、作物耐性を改善するための持続可能で環境に優しい方法の開発が重要である。フザリウム・オキシスポラムは、その一次宿主植物によって決定される病原性株の１２０以上の形態専門種からなる。フザリウム・オキシスポラムのすべての株は腐生性であり、土壌中の有機物上で長期間増殖し、生存することができ、制御することが非常に困難である。その病原性の生活環は、適当な宿主を認識すると胞子の発芽から始まる。いったん菌糸が形成されると、病原体は根を直接貫通して宿主に入り、菌糸体形成につながる微小分生子を産生することによって木部内に定着する。病原体によるコロニー形成及び毒素産生は、宿主維管束系の閉塞をもたらし、維管束系の黄変、葉脈の透明化、白化、葉脈及び葉における壊死、葉の脱離及び萎凋などの特徴的な疾患症状を引き起こす。植物が死んだ後、菌類は腐敗した葉の表面に胞子を形成する。フザリウム・オキシスポラムは熱帯及び亜熱帯地域で最も多く、気候変動によりその地理的範囲が広がることが予想される。萎凋病のための現在の制御方法は非常に限定されており、作物の輪作は、大きな宿主範囲及び土壌中でのその持続性のために効果的ではない。萎凋病の管理は、主に、土壌滅菌が温室内でのみ行われ得る一方で、接種物の伝播を減少させるのみである栽培慣行及び農場衛生を通じて行われる。臭化メチルのような広域スペクトル殺生物剤を使用する土壌くん蒸は高価であり、環境に多くの有害な影響を及ぼす。
【０６６７】
Ｈｕ  ｚ．は、宿主送達（Ｈｏｓｔ−Ｄｅｌｉｖｅｒｅｄ）ＲＮＡ干渉技術を用いて、半生体栄養菌フザリウム・オキシスポラム分化型コングルチナンス（Ｆ．  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍ  ｆ．  ｓｐ．  Ｃｏｎｇｌｕｔｉｎａｎｓ）における３つの異なる遺伝子（ＦＯＷ２、ＦＲＰ１、及びＯＰＲ）を部分的にサイレンシングした［Ｈｕら、Ｆｒｏｎｔ  Ｃｈｅｍ．（２０１５）２０（３）：１］。真菌病原体遺伝子を標的とする二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）分子の発現は、多くのトランスジェニックシロイヌナズナ系統において達成された。トランスジェニック系統に感染したフザリウム・オキシスポラムは、３つの標的遺伝子すべてで実質的に減少したｍＲＮＡレベルを示し、ＦＯＷ２、ＦＲＰ１、及びＯＰＲについてそれぞれ平均７５、８３、及び７２％の減少を示した。病原体遺伝子のサイレンシングは、感染と闘うトランスジェニック系統の能力に明らかな正の影響を及ぼした。すべてのトランスジェニック系統は、病徴発現の遅延を伴うフザリウム・オキシスポラムに対する抵抗性の増強を示し、特にＦＲＰ１及びＯＰＲ系統で顕著であった。真菌感染後の生存率は、一貫して１０％の生存率を示した対照野生型植物と比較して、トランスジェニック系統で高く、ＦＯＷ２系統は２５％生存；ＦＲＰ１系統は３０〜５０％生存及びＯＰＲは４５〜７０％生存を示した。下方制御効果は、関連遺伝子における意図しない効果なしに標的遺伝子に特異的であった（Ｈｕ  Ｚ．（２０１５）前出）。真菌では、長いｄｓＲＮＡと短いｄｓＲＮＡの両方が等しく取り込まれ、ＲＮＡｉを誘導して標的遺伝子をサイレンシングすることが示された。
【０６６８】
本発明者らは、ＦＯＷ２、ＦＲＰ１及びＯＰＲのような真菌遺伝子を特異的に標的とするために、内在非コードＲＮＡ（例えば、ｍｉＲＮＡ）配列をほとんど変化させることによって、フザリウム・オキシスポラムに抵抗性のバナナ植物を作製するために、ＧＥｉＧＳを利用している。編集したプロトプラストを小植物に再生し、制御された環境下でフザリウム・オキシスポラムで攻撃し、耐性植物が関連ｓｉＲＮＡを発現することを確認する。
【０６６９】
実施例７
線虫耐性コーヒーの木
コーヒーは、コーヒー豆と呼ばれる種子が各種コーヒー飲料及び製品を製造するために使用される開花植物の属である。コーヒーは、アカネ科のメンバーである。それらは、熱帯及び南アフリカ並びに熱帯アジアに由来する低木又は小木である。コーヒーは、世界で最も価値があり、広く取引されている商品作物の１つとしてランク付けされており、中南米、カリブ海、アフリカの国々を含むいくつかの国の重要な輸出産物である。コーヒー生産量の着実な減少は、生物学的及び社会経済的制約に起因している。あまり研究されていない生物的制約の中には、線虫がある。
【０６７０】
植物寄生線虫は、世界、特にベトナムでコーヒー生産に対する厳しい制約と見なされている（図８）。優勢で最も重要な種は、ラドホルス・アラボコフェアエ（Ｒａｄｏｐｈｏｌｕｓ  ａｒａｂｏｃｏｆｆｅａｅ）及びミナミネグサレセンチュウである。両種は５歳未満の植物の死の原因である。伝統的に、サレ線虫（Ｐ．ｃｏｆｆｅａｅ）を制御する主な方法は、化学的手段によるものであり、ラドホルス・アラボコフェアエに対する特別な制御戦略は存在しない。
【０６７１】
本発明者らは、ＧＥｉＧＳストラテジー（上記の実施例５に記載されるようである）を利用して、摂食時に根から線虫に伝達されるｓｉＲＮＡ分子を発現するロブスタコーヒーノキ（Ｃｏｆｆｅａ  ｃａｎｅｐｈｏｒａ）（ロブスタ（Ｒｏｂｕｓｔａ））の木を作製し、続いて線虫遺伝子のサイレンシングを誘導する。生活環における遷移に不可欠な遺伝子のサイレンシングは、線虫の繁殖を阻害し、線虫による破損を消失させる。従って、本発明者らは、いくつかの内在非コードＲＮＡ、例えば、線虫遺伝子由来の短い配列を有するｍｉＲＮＡ配列を変化させている。ＧＥｉＧＳは、コーヒープロトプラストにおいて使用され、これは、小植物に再生され、次いで、耐性について異なる線虫でスクリーニングされる。
【０６７２】
実施例８
異なる遺伝子を標的とする内在性ｍｉＲＮＡを改変した植物の生成
ｍｉＲＮＡのゲノム遺伝子座におけるその認識配列（ｍｉＲＮＡに成熟するであろう）のごくわずかな改変は、非トランスジェニック様式で、新しい遺伝子を調節する新しいシステムに導くことができる。従って、シロイヌナズナ根の衝撃によるこれらの改変及びさらなる解析のためのそれらの再生を導入するために、アグロバクテリウムフリー一過性発現方法を使用した。本発明者らは、シロイヌナズナ植物において２つの遺伝子、ＰＤＳ３及びＡＤＨ１を標的とすることを選択した。
【０６７３】
カロチノイドは植物の多くの生理学的過程において重要な役割を果たし、フィトエンデサチュラーゼ遺伝子（ＰＤＳ３）はカロチノイド生合成経路における重要な酵素の１つをコードし、そのサイレンシングはアルビノ／退色表現型を生じる。従って、ＰＤＳ３の発現が減少した植物は、完全なアルビノ及び矮化症まで、減少したクロロフィルレベルを示す。
【０６７４】
アルコールデヒドロゲナーゼ（ＡＤＨ１）は、アルコールとアルデヒド又はケトンとの間の相互変換を触媒し、同時にＮＡＤ＋又はＮＡＤＰ＋を還元するデヒドロゲナーゼ酵素の群を含む。この酵素の主な代謝目的は、組織内のアルコール性毒性物質の分解である。ＡＤＨ１発現の減少を有する植物は、アリルアルコールに対する耐容性の増加を示す。従って、減少したＡＤＨ１を有する植物はアリルアルコールの毒性効果に対して抵抗性であり、従って、それらの再生をアリルアルコール選択を用いて行った。
【０６７５】
２つの十分に確立されたｍｉＲＮＡ、ｍｉＲ−１７３及びｍｉＲ−３９０が改変されるように選択され、これらは、以前に、植物の発育全体を通して発現されることが示された［Ｚｉｅｌｅｚｉｎｓｋｉ  Ａら、ＢＭＣ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２０１５）１５：  １４４］。改変を導入するために、２成分系を使用した。まず、ＣＲＩＳＰＲ／ＣＡＳ９システムを用いて、ｍｉＲ−１７３及びｍｉＲ−３９０遺伝子座において、設計された特定のガイドＲＮＡ（図１２Ａ及び１３Ａ；及び上述の表２）を介して切断を生成し、その部位における相同的ＤＮＡ修復（ＨＤＲ）を促進した。第二に、新たに割り当てられた遺伝子を標的とするためのｍｉＲＮＡ配列の所望の改変を伴うＡ  ＤＯＮＯＲ配列を、ＨＤＲの鋳型として導入した（図１２Ａ〜Ｇ、１３Ａ〜Ｇ、１４Ａ〜Ｄ及び１５Ａ〜Ｄ；上記表２）。さらに、ｍｉＲＮＡ（ｐｒｉ−ｍｉＲＮＡ）の一次転写産物の二次構造は、成熟ｍｉＲＮＡの正確な生合成及び活性に重要であるので、さらなる改変をｐｒｉ−ｍｉＲＮＡの相補鎖に導入し、構造保存のためにｍＦＯＬＤ（ｗｗｗ（ｄｏｔ）ｕｎａｆｏｌｄ（ｄｏｔ）ｒｎａ（ｄｏｔ）Ａｌｂａｎｙ（ｄｏｔ）ｅｄｕ）において分析した（図１２Ａ〜Ｇ及び１３Ａ〜Ｇ）。全体として、ｍｉＲＮＡ遺伝子座ごとに２つのガイドを設計し、各遺伝子ごとに２つの異なるＤＯＮＯＲ配列（改変ｍｉＲＮＡ配列）を設計した（図１４Ａ〜Ｄ及び１５Ａ〜Ｄ、上述の表２）。
【０６７６】
実施例９
衝撃及び植物再生
ＧＥｉＧＳ構築物を、（上記の材料及び実験手順の節で詳細に議論されたように）予め調製された根に衝撃し、そして再生した。ＰＤＳ３形質転換体については退色表現型を介して、ＡＤＨ１形質転換体についてはアリルアルコール処理での生存を介して植物を選択した。ＳｗａｐをＳｗａｐなし、すなわち保持された野生型と比較して検証するために、これらの植物を、改変領域にわたる特異的プライマーを介した挿入について続いてスクリーニングし、続いて制限消化した（図１６）。
【０６７７】
実施例１０
表現型選択の遺伝子型検証
前述したように、よく知られた表現型形質であるフィトエンデサチュラーゼ（ＰＤＳ３）とアルコールデサチュラーゼ（ＡＤＨ１）を標的として、遺伝子編集システムの概念実証（ＰＯＣ）が確立された。
【０６７８】
上記のように、減少したＡＤＨ１発現を有する植物は、アリルアルコールに対する耐容性の増加を示す。従って、ＡＤＨ１を標的とする改変ｍｉＲＮＡのための衝撃植物を、３０ｍＭアリルアルコールを含有する培地中で再生し、対照植物の再生速度と比較した。１１８  ＧＥｉＧＳ＃３＋ＳＷＡＰ１１アリルアルコール選択植物は、アリルアルコール培地上で５１の対照植物と比較して生存した（データは示さず）。選択されたＧＥｉＧＳ＃３＋ＳＷＡＰ１１のうち、５つがＤＯＮＯＲを保有することが示された（データは示さず）。ＤＯＮＯＲ処理植物において再生する大量の植物は、衝撃プロセスの間の一過性発現にも起因し得る。
【０６７９】
従って、退色表現型（図１６）及びアリルアルコール選択（図１７）によるＰＤＳ３及びＡＤＨ１の選択は、それぞれ、遺伝子型決定のための形質転換小植物選択のための理想的な手段を与える。
【０６８０】
４ｋｂのスワップ領域を、主に、内部プライマー及び制限酵素消化のバリエーションを介する挿入に対する元の野生型の特異的アンプリコン分化を通して評価した。
【０６８１】
ＡＤＨ１（図１７）は、制限ＤＯＮＯＲプラスミド及び非制限ＤＯＮＯＲプラスミドと比較した場合、予想されるＤＯＮＯＲ存在制限パターンを有するアリルアルコール選択植物の比較遺伝子型を示した。ＰＤＳ３（図１６）は、制限ＤＯＮＯＲプラスミド及び非制限ＤＯＮＯＲプラスミドのものと比較した、ＤＯＮＯＲを伴う及び伴わない衝撃試料表現型と、それらのそれぞれの異なる制限酵素消化パターンとの比較を示した。これらの結果は、ＰＤＳ３アルビノ／退色表現型と予想される制限パターンとの明確な関連を提供した。そのあとで、特定の内部、すなわちスワップ（Ｓｗａｐ）領域内のプライマーと、交換（スワッピング）で導入するべきゲノム領域の外部にあってそれに特異的な外部プライマーとを組み合わせて、外部ＰＣＲを実施した（データは示さず）。ヘテロ接合性、ホモ接合性、又はＤＯＮＯＲ  Ｓｗａｐの存在を評価するために、ＰＣＲアンプリコンのＳａｎｇｅｒ配列決定によって、Ｓｗａｐのさらなる検証を得た（データは示さず）。
【０６８２】
実施例１１
改変されたｍｉＲＮＡはその新しい標的遺伝子の発現を低下させる
ＧＥｉＧＳ系における改変ｍｉＲＮＡが新たに指定された標的の発現を下方制御する可能性を検証するために、ｑＲＴ−ＰＣＲ（定量的リアルタイムＰＣＲ）を用いて遺伝子発現解析を行った。正に特定された再生植物からＲＮＡを抽出し、逆転写し、再生植物と比較し、並行して処理したが、関連する改変構築物は導入されなかった。ｍｉＲ−１７３をＰＤＳ３を標的とするように改変した場合（ＧＥｉＧＳ＃４＋ＳＷＡＰ４）では、遺伝子発現量の平均８３％の低下が認められた（図１８）。ＡＤＨ１を標的とするように改変されたｍｉＲ−３９０（ＧＥｉＧＳ＃３＋ＳＷＡＰ１１）を有する植物では、同様の遺伝子発現の変化が観察され、対照植物のレベルの８２％であった（図１９）。まとめると、これらの結果は、内在遺伝子座におけるｍｉＲＮＡ転写産物中の標的認識配列を置換することにより、内在ｍｉＲＮＡを改変して新たな遺伝子をうまく標的とし、その発現を低下させる遺伝子編集法を実証する。
【０６８３】
本発明をその特定の実施形態に関連して説明してきたが、多くの代替、修正、及び変形が当業者には明らかであろうことは明らかである。従って、本発明は、添付の特許請求の範囲の精神及び広い範囲内にある、そのような代替、修正、及びバリエーションのすべてを包含することが意図される。
【０６８４】
本明細書において言及される全ての刊行物、特許及び特許出願は、あたかも各個々の刊行物、特許又は特許出願が、参照により本明細書に援用されるように具体的かつ個別に示されたかのように、その全体が本明細書に援用される。さらに、本出願における任意の参考文献の引用又は特定は、そのような参考文献が本発明の先行技術として利用可能であることを容認するものとして解釈されるべきではない。節の見出しが使用される限り、それらは必ずしも限定するものと解釈されるべきではない。
【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図２Ｃ】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３（１）】
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【図１３（２）】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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