(57)【要約】本発明は、オリゴヌクレオチド、具体的にはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物、及びそれを調製するための方法に関する。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物であって、少なくとも７００ｍｍｏｌの前記オリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含み、前記オリゴヌクレオチドが、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、前記単一バッチ組成物。
【請求項２】
オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物であって、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールの前記オリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含み、前記オリゴヌクレオチドが、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、前記単一バッチ組成物。
【請求項３】
オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物であって、少なくとも２ｋｇの前記オリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含み、前記オリゴヌクレオチドが、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、前記単一バッチ組成物。
【請求項４】
オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物であって、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される（ｏｕｔｐｕｔ）少なくとも５０ｍｏｌ％の前記オリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含み、前記オリゴヌクレオチドが、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、前記単一バッチ組成物。
【請求項５】
前記オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間連結のうちの少なくとも１つが、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである、請求項１〜４のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項６】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチド間連結のすべてが、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである、請求項１〜５のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項７】
オリゴヌクレオチドの実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物であって、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基が保護され、前記オリゴヌクレオチドが、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、前記実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項８】
前記５’−末端ヌクレオシドの前記５’−ヒドロキシル基のみが保護される、請求項７に記載の  実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項９】
前記保護されたオリゴヌクレオチドが、切断及び合成カラムからの溶出後に得られる、請求項８に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１０】
前記組成物の純度が、６０％以上である、請求項７〜９のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１１】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチド間連結のうちの少なくとも１つが、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである、請求項７〜１０のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１２】
前記オリゴヌクレオチドの前記ヌクレオチド間連結のすべてが、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである、請求項７〜１１のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１３】
前記オリゴヌクレオチドが、
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供することであって、前記リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、前記固体支持体に結合されるリンカーを提供することと、
ｂ）前記リンカーの前記保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成することと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、前記ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、前記ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することと、
ｄ）前記ヌクレオシドホスホロアミダイトを、前記リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成することと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成することと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングすることと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護することと、
ｈ）前記提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供することと、
ｉ）前記保護されたホスホロチオエート連結を脱保護することと、
ｊ）前記固体支持体から前記オリゴヌクレオチドを切断することと、
ｋ）前記固体支持体から前記オリゴヌクレオチドを溶出することと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製することと、
ｍ）薄膜蒸発でオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮することと、を含む、方法に従い調製される、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物、または請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１４】
前記精製ステップｌ）が、
１）溶出ステップｋ）からの前記オリゴヌクレオチド溶出物を前記イオン交換クロマトグラフィーカラムに充填することと、
２）前記保護されたヒドロキシル基を前記末端ヌクレオシドから脱保護することと、
３）塩勾配を使用して、前記イオン交換クロマトグラフィーカラムから前記オリゴヌクレオチドを溶出することと、を含む、請求項１３に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１５】
前記精製ステップｌ）が、
１）溶出ステップｋ）からの前記オリゴヌクレオチド溶出物を前記イオン交換クロマトグラフィーカラムに充填することと、
２）前記保護されたヒドロキシル基を前記末端ヌクレオシドから脱保護することと、
３）塩勾配を使用して、前記イオン交換クロマトグラフィーカラムから前記オリゴヌクレオチドを溶出することと、
４）限外濾過及び／または透析濾過により前記イオン交換カラムから前記オリゴヌクレオチド溶出物を脱塩することと、を含む、請求項１３に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１６】
結合されるリンカーを有する前記固体支持体が、架橋ポリスチレンである、請求項１３〜１５のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１７】
前記未反応の脱保護されたヒドロキシル基が、アシル基でキャッピングされる、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１８】
前記未反応の脱保護されたヒドロキシル基の前記キャッピングが、
ａ）Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、ピリジン、及びアセトニトリルを含む、第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）と、
ｂ）キャッピング剤及びアセトニトリルを含む、第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）と、を添加することを含む、請求項１３〜１７のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項１９】
前記キャッピング剤が、イソ酪酸無水物である、請求項１８に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２０】
チオール化剤が、キサンタンヒドリド（ＸＨ）である、請求項１３〜１９のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２１】
前記脱保護された固体支持体結合オリゴヌクレオチドの前記切断が、水酸化アンモニウムの溶液を提供することを含む、請求項１３〜２０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２２】
前記イオン交換クロマトグラフィーが、陰イオン交換クロマトグラフィーである、請求項１３〜２１のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２３】
前記オリゴヌクレオチド溶出物が、塩基性水溶液とともに前記イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填される、請求項１３〜２２のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２４】
前記イオン交換クロマトグラフィーカラム上の前記充填されたオリゴヌクレオチド溶出物の５’−ヒドロキシル保護基が、８０％の水性酢酸で脱保護される、請求項１３〜２３のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２５】
完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドが、塩基性塩勾配で前記イオン交換クロマトグラフィーカラムから溶出される、請求項１３〜２４のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２６】
前記完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドが、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される、請求項１３〜２５のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２７】
前記限外濾過及び／または透析濾過工程が、５〜８の範囲のｐＨの水を利用する、請求項１３〜２６のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２８】
前記完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物が、薄膜蒸発で濃縮される、請求項１３〜２７のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項２９】
前記方法ステップが、列挙される順序で実施される、請求項１３〜２８のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項３０】
前記未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする前記任意選択のステップ及び前記ヌクレオシドの前記保護されたヒドロキシル基を脱保護する前記任意選択のステップが、最後の反復を除き、前記反応サイクルの各反復において実施される、請求項１３〜２９のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物。
【請求項３１】
医薬組成物であって、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の少なくとも一部、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物を含む、前記医薬組成物。
【請求項３２】
前記医薬組成物が、経口剤形である、請求項３１に記載の医薬組成物。
【請求項３３】
前記医薬組成物の前記経口剤形が、錠剤である、請求項３２に記載の医薬組成物。
【請求項３４】
前記錠剤が、コーティング錠剤である、請求項３３に記載の医薬組成物。
【請求項３５】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の前記少なくとも一部、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物が、１０〜５００ｍｇの範囲の、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有する前記オリゴヌクレオチドを含み、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、請求項３１〜３４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項３６】
請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の前記少なくとも一部、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物が、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇの、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有する前記オリゴヌクレオチドを含み、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、請求項３１〜３５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項３７】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤの治療または管理方法であって、請求項３１〜３６のいずれか１項に記載の医薬組成物を投与することを含む、前記方法。
【請求項３８】
前記炎症性腸疾患（ＩＢＤ）が、クローン病（ＣＤ）である、請求項３７に記載の治療方法。
【請求項３９】
前記炎症性腸疾患（ＩＢＤ）が、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である、請求項３７に記載の治療方法。
【請求項４０】
薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の前記少なくとも一部、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物を製剤化することを含む、請求項３１〜３６のいずれか１項に記載の医薬組成物の調製方法。
【請求項４１】
一連の錠剤の調製方法であって、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物を、経口投薬に適した一連の分量、量、または用量に分配することと、経口投薬に適した前記一連の分量、量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量を、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせることと、を含む、前記方法。
【請求項４２】
前記一連の錠剤が、少なくとも１００の錠剤である、請求項４１に記載の一連の錠剤の調製方法。
【請求項４３】
前記一連の錠剤が、１００〜１，０００，０００の錠剤である、請求項４１に記載の一連の錠剤の調製方法。
【請求項４４】
前記一連の錠剤が、一連のコーティング錠剤である、請求項４１〜４３のいずれか１項に記載の一連の錠剤の調製方法。
【請求項４５】
経口投薬に適した前記一連の分量、量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量が、１０〜５００ｍｇの範囲の、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有する前記オリゴヌクレオチドを含み、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、請求項４１〜４４のいずれか１項に記載の一連の錠剤を調製する方法。
【請求項４６】
経口投薬に適した前記一連の分量、量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量が、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇの、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有する前記オリゴヌクレオチドを含み、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、請求項４１〜４５のいずれか１項に記載の一連の錠剤を調製する方法。
【請求項４７】
医薬組成物バッチであって、請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の少なくとも一部、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含む、前記医薬組成物バッチ。
【請求項４８】
前記医薬組成物バッチが、少なくとも１０重量％、少なくとも２０重量％、少なくとも３０重量％、少なくとも４０重量％、少なくとも５０重量％、少なくとも６０重量％、少なくとも７０重量％、少なくとも８０重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％、または１００重量％の請求項１〜６のいずれか１項に記載の単一バッチオリゴヌクレオチド組成物、請求項７〜１２のいずれか１項に記載の実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または請求項１３〜３０のいずれか１項に記載のオリゴヌクレオチド組成物を含む、請求項４７に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項４９】
前記医薬組成物バッチが、少なくとも１つの錠剤または少なくとも１つのコーティング錠剤を含む、請求項４８または４８に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項５０】
前記医薬組成物バッチが、一連の錠剤を含む、請求項４８または４８に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項５１】
前記一連の錠剤が、少なくとも１００の錠剤である、請求項５０に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項５２】
前記一連の錠剤が、１００〜１，０００，０００の錠剤である、請求項５０に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項５３】
前記一連の錠剤が、一連のコーティング錠剤である、請求項５０〜５２のいずれか１項に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項５４】
前記少なくとも１つの錠剤、前記少なくとも１つのコーティング錠剤、前記一連の錠剤の各々、または前記一連のコーティング錠剤の各々が、１０〜５００ｍｇの範囲の、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有する前記オリゴヌクレオチドを含み、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、請求項４７〜５３のいずれか１項に記載の医薬バッチ組成物。
【請求項５５】
前記少なくとも１つの錠剤、前記少なくとも１つのコーティング錠剤、前記一連の錠剤の各々、または前記一連のコーティング錠剤の各々が、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇの、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有する前記オリゴヌクレオチドを含み、配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す、請求項４７〜５４のいずれか１項に記載の医薬バッチ組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年７月２８日出願の米国仮出願第６２／５３８，５０４号の利益を主張する。前述の関連出願はその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
１．序論
本出願は、オリゴヌクレオチド、具体的にはＳｍａｄ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む組成物、及びそれを調製するための方法に関する。
【背景技術】
【０００３】
２．背景技術
オリゴヌクレオチドは、様々な生物学的及び生化学的用途に使用され得る。例えば、オリゴヌクレオチドは、創薬及び医薬品開発において、診断試験において、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）におけるプライマーまたはプローブなどの研究剤として、目標検証におけるアンチセンス剤として、転写因子の競合阻害剤として、リボザイムとして、アプタマーとして、免疫系の刺激物質として、または疾患を治療するための治療用の生物学的薬剤として使用され得る。したがって、オリゴヌクレオチドの需要及び使用の増加は、それらの合成のための迅速、安価、かつ効率的な方法、より大きな複数キログラム規模の増加、及びＧＭＰ品質を有することに対する需要の増加をもたらした。
【０００４】
Ｍｏｎｇｅｒｓｅｎ（以前のＧＥＤ−０３０１）は、ヒトＳＭＡＤ７メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）にハイブリダイズする２１塩基単鎖ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドである。Ｍｏｎｔｅｌｅｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．２０１５，ＮＥＪＭ  ３７２：１１０４−１１１３。第２相臨床試験において、ｍｏｎｇｅｒｓｅｎを受けたクローン病を有する参加者は、プラセボを受けた参加者よりも顕著に高い寛解率及び臨床応答を有した。Ｍｏｎｔｅｌｅｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．２０１５，ＮＥＪＭ  ３７２：１１０４−１１１３。Ｍｏｎｇｅｒｓｅｎは、配列５’−ＧＴＣ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＣＧＣ  ＡＧＣ−３’を有する２１塩基オリゴヌクレオチドである。ホスホロチオエート化学は、ヌクレオチド間連結の各々において非結合酸素を硫黄原子に置き換えることからなる。ヌクレオチド位置３及び１６のシトシン残基は、５−メチル化によって修飾される。
【０００５】
天然に存在するオリゴヌクレオチド、ならびにホスホロチオエート及びホスホロジチオエートオリゴヌクレオチドなどの修飾されたオリゴヌクレオチドを調製する現在の方法には、溶液及び固相合成手順が含まれる。例えば、固相合成において、手順は、成長オリゴヌクレオチド鎖の一端へのヌクレオチドの逐次付加に依存する。生物学的研究、前臨床及び臨床試験、ならびに商業生産にしばしば必要である、ＭｏｎｇｅｒｓｅｎなどのＧＭＰ品質を有する大量の複数キログラム量の単鎖ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製の必要性、ならびに迅速、安価、かつ効率的であり、また大きな複数キログラム規模で、及びＧＭＰまたはＣＧＭＰ品質を有する最終標的オリゴヌクレオチドを産生することができる、それを調製するための合成方法の必要性が依然として存在する。
【発明の概要】
【０００６】
３．発明の概要
一態様では、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物が本明細書で提供され、オリゴヌクレオチドは、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【０００７】
別の態様では、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物が本明細書で提供され、オリゴヌクレオチドは、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【０００８】
別の態様では、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物が本明細書で提供され、オリゴヌクレオチドは、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【０００９】
別の態様では、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される（ｏｕｔｐｕｔ）少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含む  オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物が本明細書で提供され、オリゴヌクレオチドは、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【００１０】
別の態様では、オリゴヌクレオチドの実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物が本明細書で提供され、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は保護され、オリゴヌクレオチドは、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【００１１】
別の態様では、最大２５重量％の水と、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有するオリゴヌクレオチドを含む、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド組成物であって、
１）Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表し、
２）オリゴヌクレオチドは、
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供することであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供することと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成することと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成することと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成することと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングすることと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護することと、
ｈ）提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ）を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供することと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護することと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断することと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出することと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製することと、
ｍ）薄膜蒸発でオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮することと、を含む方法に従い調製される。
【００１２】
本明細書で開示される調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物のある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間連結のうちの少なくとも１つは、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである。
【００１３】
本明細書で開示される調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド、またはオリゴヌクレオチド組成物のある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間連結のすべてが、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである。
【００１４】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、精製ステップｌ）は、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填することと、
２）保護されたヒドロキシル基を末端ヌクレオシドから脱保護することと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出することと、を含む。
【００１５】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、精製ステップｌ）は、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填することと、
２）保護されたヒドロキシル基を末端ヌクレオシドから脱保護することと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出することと、
４）限外濾過及び／または透析濾過によりイオン交換カラムからオリゴヌクレオチド溶出物を脱塩することと、を含む。
【００１６】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、濃縮ステップｍ）は、薄膜蒸発で、脱塩されたオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮することを含む。
【００１７】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、充填されたオリゴヌクレオチド溶出物の末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基は、プロトン酸で脱保護される。
【００１８】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、５’−ヒドロキシル保護基は、８０％の水性酢酸などの酢酸で脱保護される。
【００１９】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される。
【００２０】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物は、薄膜蒸発で濃縮される。
【００２１】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、薄膜蒸発による濃縮された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、液体組成物であり、凍結乾燥工程を受けない。
【００２２】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、薄膜蒸発による濃縮された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、凍結乾燥工程によりさらに濃縮される。
【００２３】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または調製方法のある特定の実施形態では、本方法のステップは、列挙される順序で実施される。
【００２４】
別の態様では、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、本明細書で開示される単一バッチ組成物の少なくとも一部もしくは実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物が本明細書で提供される。
【００２５】
医薬組成物のある特定の実施形態では、医薬組成物は、錠剤またはコーティング錠剤などの経口剤形である。
【００２６】
医薬組成物のある特定の実施形態では、医薬組成物は、１０〜５００ｍｇの範囲の、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【００２７】
医薬組成物のある特定の実施形態では、医薬組成物は、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇの、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【００２８】
別の態様では、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、本明細書で開示される単一バッチ組成物の少なくとも一部もしくは実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物を製剤化することを含む、医薬組成物の調製方法が本明細書で提供される。
【００２９】
別の態様では、本明細書で開示される単一バッチ組成物もしくは実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物を、経口投薬に適した一連の分量、量、または用量に分配することと、経口投薬に適した一連の分量、量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量を、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と混合することと、を含む、一連の医薬組成物の調製方法が本明細書で提供される。
【００３０】
一連の医薬組成物の調製方法のある特定の実施形態では、一連の医薬組成物は、少なくとも１００の医薬組成物である。
【００３１】
一連の医薬組成物の調製方法のある特定の実施形態では、一連の医薬組成物は、１００〜１，０００，０００の医薬組成物である。
【００３２】
一連の医薬組成物の調製方法のある特定の実施形態では、経口投薬に適した一連の分量、量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量は、１０〜５００ｍｇの範囲の、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【００３３】
一連の医薬組成物の調製方法のある特定の実施形態では、経口投薬に適した一連の分量、量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量は、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇの範囲の、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有するオリゴヌクレオチドを含む。
【００３４】
一連の医薬組成物の調製方法のある特定の実施形態では、一連の医薬組成物は一連の錠剤である。
【００３５】
一連の医薬組成物の調製方法のある特定の実施形態では、一連の医薬組成物は一連のコーティング錠剤である。
【００３６】
別の態様では、本明細書で開示される単一バッチ組成物の少なくとも一部もしくは実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含む医薬組成物バッチが本明細書で提供される。
【００３７】
医薬組成物バッチのある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、少なくとも１０重量％、少なくとも２０重量％、少なくとも３０重量％、少なくとも４０重量％、少なくとも５０重量％、少なくとも６０重量％、少なくとも７０重量％、少なくとも８０重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％、または１００重量％の、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物を含む。
【００３８】
医薬組成物バッチのある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、錠剤またはコーティング錠剤などの少なくとも１つの経口剤形を含む。
【００３９】
医薬組成物バッチのある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、一連の錠剤または一連のコーティング錠剤などの一連の経口剤形を含む。
【００４０】
本明細書で開示される単一バッチ組成物、医薬組成物バッチ、単一バッチ組成物の調製方法、医薬組成物の調製方法、または一連の医薬組成物を調製する方法のある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、医薬組成物バッチ、単一バッチ組成物を調製する方法、医薬組成物を調製する方法、または一連の医薬組成物の調製方法は、それぞれ、２１  ＣＦＲ  ２１０．３（２）及び２１  ＣＦＲ  ２１０．３（１０）に基づいて定義される用語バッチまたはロットに従う。
【００４１】
別の態様では、本明細書で開示される医薬組成物を投与することを含む、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤの治療または管理方法が本明細書で提供される。
【００４２】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤの治療または管理方法のある特定の実施形態では、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）はクローン病（ＣＤ）である。
【００４３】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤの治療または管理方法のある特定の実施形態では、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。
【００４４】
以下の図面は、開示される工程の態様を例示するが、本明細書で開示される工程または実施例の範囲を限定するものではない。
【図面の簡単な説明】
【００４５】
４．図面の簡単な説明
【図１】本明細書で使用される単一バッチオリゴヌクレオチド組成物を調製するある特定の実施形態の略図である。
【発明を実施するための形態】
【００４６】
５．発明を実施するための形態
本明細書で使用される場合、「抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮ」及び「抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド」という用語は、ＳＭＡＤ７遺伝子から転写されたｍＲＮＡ分子の核酸配列に相補的な核酸配列を含むオリゴヌクレオチド（ＯＤＮ）を指すことが理解される。より具体的には、そのようなオリゴヌクレオチドは、そのようなｍＲＮＡのコード領域の核酸配列に相補的であってよい。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、細胞（例えば、免疫細胞、例えば、ＰＢＭＣ、ｐＤＣ、またはＢ細胞）に導入される場合、ＳＭＡＤ７の発現を低減し得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、遺伝子から転写されたｍＲＮＡの発現を低減し得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、遺伝子によってコードされたタンパク質の発現を低減し得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮが導入される細胞由来の遺伝子によってコードされるタンパク質の分泌を低減し得る。
【００４７】
本明細書で使用される場合、「オリゴヌクレオチド」及び「ＯＤＮ」という用語は、少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは少なくとも３０ヌクレオチド長、最大４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、もしくは最大３０ヌクレオチド長、または１０〜２５、１５〜３０、１５〜２５、もしくは２０〜３０ヌクレオチド長、または１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、もしくは２６ヌクレオチド長の核酸配列を含む核酸を指すことが理解される。ある特定の実施形態では、ＯＤＮの２つの隣接するヌクレオシド間のヌクレオシド間連結は、リン酸塩連結、例えば、一リン酸塩連結であり得るか、またはホスホロチオエート連結であり得る。ある特定の実施形態では、ＯＤＮは、１つ以上のリン酸塩ヌクレオシド間連結と、１つ以上のホスホロチオエートヌクレオシド間連結を含有し得る。例えば、ある特定の実施形態では、ＯＤＮの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオシドは、リン酸塩連結、例えば、一リン酸塩連結により連結される。例えば、ある特定の実施形態では、ＯＤＮの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０ヌクレオシドは、ホスホロチオエート連結により連結される。ある特定の実施形態では、ＯＤＮのオリゴ（または糖）部分は、天然に存在する糖、例えば、フラノース環系（例えば、リボーズまたは２’−デオキシリボーズ環系）である。例えば、ある特定の実施形態では、ＯＤＮはデオキシリボヌクレオチドである（すなわち、ＯＤＮのオリゴ（または糖）部分はデオキシリボーズである）。ある特定の実施形態では、ＯＤＮはリボヌクレオチドである（すなわち、ＯＤＮのオリゴ（または糖）部分はリボーズである）。例えば、ある特定の実施形態では、所望のＯＤＮを調製するために利用されたヌクレオシド（複数可）のオリゴ（または糖）部分はデオキシリボーズである。ある特定の実施形態では、所望のＯＤＮを調製するために利用されたヌクレオシド（複数可）のオリゴ（または糖）部分はリボーズである。ある特定の実施形態では、ＯＤＮの１つ以上の塩基は、化学修飾され、例えば、メチル化される（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、または７−メチル−グアニン）。ＯＤＮの追加の例示的な化学修飾は、５．２節に記載される。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「ＳＭＡＤ７」（ＣＲＣＳ３、ＦＬＪ１６４８２、ＭＡＤＨ７、ＭＡＤＨ８、ＭＡＤ（ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃ、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）ホモログ７、ＭＡＤホモログ８、ＳＭＡＤ、ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ＤＰＰホモログ７、ｍｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ＤＰＰホモログ８としても知られる）という用語は、ヒトタンパク質、またはＥｎｔｒｅｚ  ＧｅｎｅＩＤ  Ｎｏ．４０９２により同定された遺伝子及びその対立遺伝子変異型によってコードされるｍＲＮＡ転写物のいずれかを意味することが理解される。
【００４９】
本明細書で使用される場合、「単一バッチ組成物」及び「単一バッチオリゴヌクレオチド組成物」という用語は、所定量の充填容量の、固体支持体（例えば、それに結合されるリンカーを伴う固体支持体）を有する少なくとも１つのオリゴヌクレオチド合成カラム、または所定量の充填容量の、固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラム上での少なくとも１つの合成実行から得られるオリゴヌクレオチド組成物を指すことが理解される。例えば、ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、所定量の充填容量の、固体支持体（例えば、それに結合されるリンカーを伴う固体支持体）を有する複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）、または所定量の充填容量の、固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラム上での複数の合成実行（複数可）から得られるオリゴヌクレオチド組成物を指す。例えば、ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、所定量の充填容量の、固体支持体を有する最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、もしくは最大６０のオリゴヌクレオチド合成カラム、または所定量の充填容量のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）上での合成実行（例えば、並列カラム上でのまたは互いに続く実行）、例えば、所定量の充填容量の、固体支持体を有する１〜６０、１〜５５、１〜５０、１〜４５、１〜４０、１〜３５、１〜３０、１〜２５、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、３〜１０、３〜８、３〜５、４〜６、５〜１０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１０〜１５、２０〜５０、３０〜６０、もしくは４０〜５５以下のオリゴヌクレオチド合成カラム、または所定量の充填容量のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）上での合成実行（例えば、並列カラム上でのまたは互いに続く実行）から得られるオリゴヌクレオチド組成物を指す。例えば、ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、所定量の充填容量の、固体支持体（例えば、それに結合されるリンカーを伴う固体支持体）を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）、または所定量の充填容量の、固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラム上での少なくとも１回または複数の合成実行（複数可）から得られるオリゴヌクレオチド組成物を指し、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））からのオリゴヌクレオチド合成産物（ｏｕｔｐｕｔ）は、（１）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、または（２）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供することができる。例えば、ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、所定量の充填容量の、固体支持体（例えば、それに結合されるリンカーを伴う固体支持体）を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）、または所定量の充填容量の、固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラム上での少なくとも１回または複数の合成実行（複数可）から得られるオリゴヌクレオチド組成物を指し、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））からのオリゴヌクレオチド合成産物は、（１）オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）もしくは乾燥工程（例えば、凍結乾燥）またはそれらの組み合わせを含む、少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理されるか、（２）プールもしくは組み合わされ（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ａ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復または複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、または（ｂ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、引き続き、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配する、あるいは（３）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。例えば、ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、所定量の充填容量の、固体支持体（例えば、それに結合されるリンカーを伴う固体支持体）を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）、または所定量の充填容量の、固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラム上での少なくとも１回または複数の合成実行（複数可）から得られるオリゴヌクレオチド組成物を指し、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））からのオリゴヌクレオチド合成産物は、オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）もしくは乾燥工程（例えば、凍結乾燥）またはそれらの組み合わせを含む、少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理され得、（１）オリゴヌクレオチド合成産物は、（ａ）プールもしくは組み合わされ（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ｉ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復または複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、または（ｉｉ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、引き続き、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配するか、あるいは（ｂ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得、及び／または（２）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）のうちのいずれか１つ、複数、もしくは各々から得られる産物は、（ａ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｂ）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ｉ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｉｉ）第２の、次の、もしくは下流の（例えば、図１を参照されたい）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復または複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、または（ｉｉｉ）第２の、次の、もしくは下流の（例えば、図１を参照されたい）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、引き続き、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配する、あるいは（ｃ）第２の、次の、もしくは下流の（例えば、図１を参照されたい）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。例えば、ある特定の実施形態では、特定の工程（オリゴヌクレオチド合成工程、化学変換工程、精製工程、脱塩工程、液体濃縮工程、及び／または乾燥工程、またはそれらの組み合わせなど）の産物（複数可）の、プールもしくは組み合わせ工程、またはプールもしくは組み合わせ工程から得られる結果として生じるオリゴヌクレオチド組成物（例えば、単一バッチ組成物または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、米国連邦規則集第２１編第２１０条及び第２１１条（それぞれ、「２１  ＣＦＲ  ２１０」及び「２１  ＣＦＲ  ２１１」）（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に基づくＣＧＭＰ要件に準拠している。例えば、ある特定の実施形態では、特定の工程（オリゴヌクレオチド合成工程、化学変換工程、精製工程、脱塩工程、液体濃縮工程、及び／または乾燥工程、またはそれらの組み合わせなど）の産物（複数可）の単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）及び／またはプールもしくは組み合わせ工程から得られる結果として生じるオリゴヌクレオチド組成物は、２１  ＣＦＲ  ２１０．３（２）に基づいて定義される「バッチ」という用語を遵守し得る（バッチ」とは、規定制限内で均一の特徴及び品質を有することが意図され、同じ製造サイクル中に単一の製造指図書に従い生産される薬物または他の材料の具体的な量を意味する）。例えば、ある特定の実施形態では、特定の工程（オリゴヌクレオチド合成工程、化学変換工程、精製工程、脱塩工程、液体濃縮工程、及び／または乾燥工程、またはそれらの組み合わせなど）の産物（複数可）の単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）及び／またはプールもしくは組み合わせ工程から得られる結果として生じるオリゴヌクレオチド組成物は、２１  ＣＦＲ  ２１０．３（１０）に基づいて定義される「ロット」という用語を遵守し得る（「「ロット」とは、規定制限内で均一の特徴及び品質を有するバッチもしくはバッチの具体的に特定された分量を意味するか、または連続工程により生産される薬物製品の場合、それが規定制限内で均一の特徴及び品質を有することを確実にする様式で、時間もしくは量の単位において生産された具体的に特定された量である」）。ある特定の実施形態では、具体的な量は、少なくとも１０
０ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも１５０ｍｍｏｌ、少なくとも２００ｍｍｏｌ、少なくとも２５０ｍｍｏｌ、少なくとも３００ｍｍｏｌ、少なくとも５００ｍｍｏｌ、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，０００ｍｍｏｌ、少なくとも２，５００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，５００ｍｍｏｌ、少なくとも４，０００ｍｍｏｌ、または少なくとも５，０００ｍｍｏｌであってよく、例えば、具体的な量は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，４００ｍｍｏｌ、７００〜１，３００ｍｍｏｌ、７００〜１，２００ｍｍｏｌ、７００〜１，１００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であってよい。ある特定の実施形態では、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つもしくは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））により合成された、及び／または該少なくとも１つもしくは該複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））からの結果として生じるオリゴヌクレオチド合成産物に含まれるオリゴヌクレオチドの量は、オリゴヌクレオチドの具体定な量であり得る。ある特定の実施形態では、さらなる工程のうちの１つ以上またはさらなる工程の各々は、具体的な量のオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を用いて実施され得る。ある特定の実施形態では、合成工程から下流のさらなる工程（例えば、オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）、及び／または乾燥工程（例えば、凍結乾燥））により処理されたオリゴヌクレオチドの量は、オリゴヌクレオチドの具体定な量であり得る。例えば、合成工程から下流のさらなる工程により処理されたオリゴヌクレオチドの具体的な量は、単一反復で処理され得るか、分配され、その後複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理され得るか、または複数の並列反復のうちの１つ以上または各々で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理され得る。ある特定の実施形態では、さらなる工程のうちの１つ以上またはさらなる工程の各々は、単一反復で、例えば、オリゴヌクレオチドの具体的な量を伴うスケールで実施され得る。ある特定の実施形態では、さらなる工程のうちの１つ以上またはさらなる工程の各々は、複数の反復で、例えば、オリゴヌクレオチドの具体的な量を伴うスケールで、例えば、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）実施され得るか、または同じ機器（例えば、合成カラム、イオン交換カラム）を連続的に利用して行われる複数の反復で、もしくはそれらの組み合わせで実施され得る。ある特定の実施形態では、複数の並列反復（必ずしも同時に行われる必要はない）は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または最大６０以下の並列反復、例えば、２〜６０、２〜５５、２〜５０、２〜４５、２〜４０、２〜３５、２〜３０、２〜２５、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜８、３〜５、４〜６、５〜１０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１０〜１５、２０〜５０、３０〜６０、または４０〜５５以下の並列反復であり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド合成産物、またはさらなる工程（化学変換されたオリゴヌクレオチド産物、精製されたオリゴヌクレオチド産物、脱塩されたオリゴヌクレオチド産物、濃縮されたオリゴヌクレオチド液体組成物の産物、及び／または乾燥させたオリゴヌクレオチド組成物の産物など）から生じる産物は、具体的な量のオリゴヌクレオチドを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド合成工程またはさらなる工程のうちの１つ以上から生じる少なくとも１つの産物、プールもしくは組み合わされた産物、または分配された産物は、具体的な量のオリゴヌクレオチドであり得る（またはそれを含む）。ある特定の実施形態では、さらなる工程（複数可）は、次の順序で合成プロセルから下流で行われ得る：オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）、及び乾燥工程（例えば、凍結乾燥）。ある特定の実施形態では、さらなる工程（複数可）は、次の順序で合成プロセルから下流で行われ得る：オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、及びオリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）。この順序の後に、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）及び／または乾燥工程（例えば、凍結乾燥）が続くか、または順序は、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）及び／または乾燥工程（例えば、凍結乾燥）を含まなくてもよい。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、液体オリゴヌクレオチド組成物（例えば、精製された液体オリゴヌクレオチド組成物、脱塩及び精製された液体オリゴヌクレオチド組成物、または濃縮されたオリゴヌクレオチド液体組成物）であり得る。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を調製するために利用される方法は、凍結乾燥工程などの乾燥工程を含まない。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を調製するために利用される方法は、薄膜蒸発工程などの液体組成物濃縮工程、及び凍結乾燥工程などの乾燥工程を含まない。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）は、固体オリゴヌクレオチド組成物であり得る。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を調製するために利用される方法は、凍結乾燥工程などの乾燥工程を含まない。
【００５０】
本出願は、オリゴヌクレオチド化合物を得るために、結合、チオール化（または酸化）、（任意選択で）キャッピング及び（任意選択で）脱保護、固体支持体からの粗製の保護されたオリゴヌクレオチドの切断、粗製の保護されたオリゴヌクレオチドの分取陰イオン交換クロマトグラフィーカラム上への充填、続いて脱保護、そして陰イオン交換クロマトグラフィーによる精製、限外濾過／透析濾過による脱塩、ならびに薄膜蒸発による濃縮などのオリゴヌクレオチド化合物溶液の濃縮の反復合成サイクルを伴う固相オリゴヌクレオチド合成を含む多ステップ工程において、オリゴヌクレオチド化合物、例えば、ホスホロチオエート連結オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドを調製する方法を提供する。
【００５１】
より具体的には、反復合成工程は、ホスホロアミダイト化学、５’−（４，４’−ジメトキシトリチル）（ＤＭＴ）保護基などのトリチル保護基及び固体支持体、例えば、それに結合されるリンカーを伴う架橋ポリスチレン固体支持体などの、制御された細孔ガラスまたは架橋ポリスチレン固体支持体を利用して、オリゴヌクレオチド配列を組み立て、反復合成は、結合、チオール化（または酸化）、（任意選択で）キャッピング、及び（任意選択で）５’−脱保護を伴う。ホスホロアミダイト化学を利用する結合反応は、選択されたデオキシリボ−アミダイトの活性化、支持体固定化された保護されたヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの遊離５’−ヒドロキシル基との反応を含む。規定数の反復合成サイクル後、リン酸塩連結またはホスホロチオエート連結上の保護基、例えばシアノエチル保護基を除去し、次いで、結果として生じる粗製のオリゴヌクレオチドを、粗製のオリゴヌクレオチド上の塩基性保護基も脱保護する塩基処理により、固体支持体から切断する。末端オリゴヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基をまだ有する、結果として生じる粗製のオリゴヌクレオチドを分取陰イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填し、末端５’−ヒドロキシル保護基をプロトン酸で脱保護する。脱保護されたオリゴヌクレオチドを、陰イオン交換クロマトグラフィーにより精製し、限外濾過／透析濾過により脱塩し、次いで、薄膜蒸発により濃縮するなど、濃縮して過剰の水を除去して、オリゴヌクレオチド化合物を得る。
【００５２】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成するステップと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、
ｈ）提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護するステップと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５３】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成するステップと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、
ｈ）提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護するステップと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップであって、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填するステップと、
２）末端ヌクレオシドからの保護されたヒドロキシル基を脱保護するステップと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５４】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成するステップと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、
ｈ）提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護するステップと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップであって、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填するステップと、
２）保護されたヒドロキシル基を末端ヌクレオシドから脱保護するステップと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
４）限外濾過及び／または透析濾過によりイオン交換カラムからオリゴヌクレオチド溶出物を脱塩するステップと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、脱塩されたオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５５】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成するか、または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成するステップと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、
ｈ）提供、結合、チオール化、または任意選択の酸化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結及び任意選択の保護されたリン酸塩連結を脱保護するステップと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５６】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成するか、または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成するステップと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、
ｈ）提供、結合、チオール化、または任意選択の酸化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結及び任意選択の保護されたリン酸塩連結を脱保護するステップと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップであって、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填するステップと、
２）末端ヌクレオシドからの保護されたヒドロキシル基を脱保護するステップと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５７】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供するステップと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成するか、または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成するステップと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、
ｈ）提供、結合、チオール化、または任意選択の酸化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結及び任意選択の保護されたリン酸塩連結を脱保護するステップと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップであって、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填するステップと、
２）保護されたヒドロキシル基を末端ヌクレオシドから脱保護するステップと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、
４）限外濾過及び／または透析濾過によりイオン交換カラムからオリゴヌクレオチド溶出物を脱塩するステップと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、脱塩されたオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５８】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供することであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、ｄ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成する（または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成する）ステップと、ｅ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、ｆ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、ｇ）結合、チオール化（または任意選択の酸化）、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｆ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、ｈ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護するステップと、ｉ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、ｋ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップと、ｌ）薄膜蒸発で濃縮するなど、イオン交換カラムからのオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００５９】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供することであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供するステップと、ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、ｄ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成する（または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成する）ステップと、ｅ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、ｆ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、ｇ）結合、チオール化（または任意選択の酸化）、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｆ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、ｈ）保護されたホスホロチオエート連結（及び任意選択の保護されたリン酸塩連結）を脱保護するステップと、ｉ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、ｋ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップであって、１）溶出ステップｊ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填する、２）末端ヌクレオシドから保護されたヒドロキシル基を脱保護する、及び３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出する、精製するステップと、ｌ）薄膜蒸発で濃縮するなど、イオン交換カラムからのオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法の精製ステップｋ）は、１）溶出ステップｊ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填する、２）末端ヌクレオシドから保護されたヒドロキシル基を脱保護する、３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出する、及び４）限外濾過及び／または透析濾過によりイオン交換カラムからのオリゴヌクレオチド溶出物を脱塩することを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００６０】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドを調製する方法は、次のステップ：ａ）固体支持体に結合されるリンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、ｂ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、ｃ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成する（または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成する）ステップと、ｄ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、ｅ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、ｆ）結合、チオール化（または任意選択の酸化）、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｂ）〜ステップｅ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、ｇ）保護されたホスホロチオエート連結（及び任意選択の保護されたリン酸塩連結）を脱保護するステップと、ｈ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、ｉ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、ｊ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップと、ｋ）薄膜蒸発で濃縮するなど、イオン交換カラムからのオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００６１】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、次のステップ：ａ）固体支持体に結合されるリンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成するステップと、ｂ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成するステップと、ｃ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成する（または任意選択で、保護された亜リン酸トリエステル連結を独立して酸化し、それにより保護されたリン酸塩連結を形成する）ステップと、ｄ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップと、ｅ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップと、ｆ）結合、チオール化（または任意選択の酸化）、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｂ）〜ステップｅ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供するステップと、ｇ）保護されたホスホロチオエート連結（及び任意選択の保護されたリン酸塩連結）を脱保護するステップと、ｈ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断するステップと、ｉ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出するステップと、ｊ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製するステップ、ならびに１）溶出ステップｉ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填する、２）末端ヌクレオシドから保護されたヒドロキシル基を脱保護する、及び３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出する、ステップと、ｋ）薄膜蒸発で濃縮するなど、イオン交換カラムからのオリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮するステップと、を含むか、またはそれらからなり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法の精製ステップｊ）は、１）溶出ステップｉ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填する、２）末端ヌクレオシドから保護されたヒドロキシル基を脱保護する、３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出する、及び４）限外濾過及び／または透析濾過によりイオン交換カラムからのオリゴヌクレオチド溶出物を脱塩することを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングするステップ及び／またはヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護するステップを含む。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基をキャッピングする任意選択のステップ及びヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、本明細書で記載されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い反応サイクルの各反復において実施される。
【００６２】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、該反復のうちの少なくとも１つにおいて、キャッピングステップｆ）と脱保護ステップｇ）との間に前膨潤ステップをさらに含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法は、該反復のうちの少なくとも１つにおいて、ステップのうちの１つ以上の間に、アセトニトリルなどの非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で洗浄することをさらに含み得る。
【００６３】
５．１  ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法を使用してＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮまたはＳＭＡＤ７  ＡＯＮと称される場合もある）を合成する。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは化学修飾されたＳＭＡＤ７  ＯＤＮである。
【００６４】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的タンパク質（例えば、ＳＭＡＤ７）をコードするメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的な短い合成オリゴヌクレオチド配列である。理論に拘束されるものではないが、アンチセンスオリゴヌクレオチド配列は、ｍＲＮＡ分子の相補領域にハイブリダイズし、それにより、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド鎖を分解し、よってタンパク質の翻訳を防止するＲＮａｓｅＨなどのユビキタスな触媒酵素の活性化をもたらすことができる２本鎖ハイブリッドを産生することができる。理論に拘束されるものではないが、本明細書で提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡとしてその標的配列にハイブリダイズすることができる。したがって、ＤＮＡ配列が標的として提供される場合でも、対応するＲＮＡ配列（チミンの代わりにウラシルを含む）が含まれる。
【００６５】
例えば、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、細胞内に導入されるかまたは細胞によって取り込まれる場合、細胞におけるＳＭＡＤ７  ｍＲＮＡのレベルを低減することにより、または細胞におけるＳＭＡＤ７タンパク質のレベルを低減することにより、細胞におけるＳＭＡＤ７発現を低減することができる。具体的には、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、インビトロ、例えば培養細胞において、またはインビボ、例えば対象において（ヒト患者など、または動物モデルの生物における）ＳＭＡＤ７発現を低減することができる。
【００６６】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドは化学修飾され得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、ナトリウム対イオン（「Ｎａ＋」）を有する陰イオン型などの陰イオン型であり得るか、またはプロトン化されて酸性型を形成し得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、完全にまたは部分的にプロトン化されて酸性型を形成することができるホスホロチオエート骨格を含み得る。
【００６７】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、リン酸塩連結、例えば一リン酸塩連結である、少なくとも１つのヌクレオシド間連結を含み得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート連結である、少なくとも１つのヌクレオシド間連結を含み得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上のホスホロチオエート連結を含み得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドにおける少なくとも５％、１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のヌクレオシド間連結は、ホスホロチオエート連結である。ある特定の実施形態では、すべてのヌクレオシド間連結はホスホロチオエート連結である。
【００６８】
５．２  オリゴヌクレオチド修飾
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法によって合成されるオリゴヌクレオチド（例えば、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮ）は、化学修飾される。ある特定の具体的な実施形態では、本明細書で記載されるＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、ＳＭＡＤ７  ｍＲＮＡのヌクレオチド配列に相補的な配列を有し得る（すなわち、ＳＭＡＤ７  ＯＤＮはアンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る）。
【００６９】
本明細書で記載される合成方法に従い調製された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドには、例えば、天然に存在しない核酸塩基、修飾されたヌクレオシド間（骨格）連結、糖修飾、または修飾された５’−もしくは３’−末端が含まれ得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、天然に存在しない配列タグを含み得る。
【００７０】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される合成方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドは、天然に存在する核酸塩基、糖、及び共有結合ヌクレオシド間（骨格）連結、ならびに天然に存在しない部分を含み得る。例えば、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、例えば、１つ以上のホスホロチオエート連結を含む、混合骨格を含み得る。
【００７１】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される合成方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドは、核酸塩基の修飾または置換も含み得る。本明細書で使用される場合、「未修飾」または「天然」核酸塩基には、プリン塩基アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基チミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）が含まれる。化学修飾されたＳＭＡＤ７  ＯＤＮには、例えば、５−メチルシトシン（５−Ｍｅ−Ｃ）、５−ヒドロキシメチルシトシン、キサンチン、ヒポキサンチン、２−アミノアデニン、６−メチル、ならびにアデニン及びグアニンの他のアルキル誘導体、２−プロピルならびに  アデニン及びグアニンの他のアルキル誘導体、２−チオウラシル、２−チオチミン及び２−チオシトシン、５−ハロウラシル及びシトシン、５−プロピニルウラシル及びシトシン、６−アゾウラシル、シトシン及びチミン、５−ウラシル（シュードウラシル）、４−チオウラシル、８−ハロ、８−アミノ、８−チオール、８−チオアルキル、８−ヒドロキシル、ならびに他の８−置換アデニン及びグアニン、５−ハロ、特に５−ブロモ、５−トリフルオロメチル、ならびに他の５−置換ウラシル及びシトシン、７−メチルグアニン及び７−メチルアデニン、８−アザグアニン及び８−アザアデニン、７−デアザグアニン及び７−デアザアデニン、または３−デアザグアニン及び３−デアザアデニンなどの合成及び天然の核酸塩基が含まれ得る。抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、核酸塩基、例えば、米国特許第３，６８７，８０８号に開示されるもの、“Ｔｈｅ  Ｃｏｎｃｉｓｅ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｐｏｌｙｍｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ａｎｄ  Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，”ｐａｇｅｓ  ８５８−８５９，Ｋｒｏｓｃｈｗｉｔｚ，Ｊ．Ｉ．，ｅｄ．Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９０に開示されるもの、Ｅｎｇｌｉｓｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｇｅｗａｎｄｔｅ  Ｃｈｅｍｉｅ，Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９１，３０，６１３により開示されるもの、またはＳａｎｇｈｖｉ，Ｙ．Ｓ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １５，Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，ｐａｇｅｓ  ２８９−３０２、Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．ａｎｄ  Ｌｅｂｌｅｕ，Ｂ．，ｅｄ．，ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ，１９９３により開示されるもの（これらは各々参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）をさらに含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、化学修飾されたＳＭＡＤ７  ＯＤＮの結合親和性を増加させることができる核酸塩基を含み得る。そのような核酸塩基には、例えば、２−アミノプロピルアデニン、５−プロピニルウラシル、及び５−プロピニルシトシン５−メチルシトシン置換を含む、５−置換ピリミジン、６−アザピリミジン、ならびにＮ−２、Ｎ−６、及びＯ−６置換プリンが含まれ得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２’−Ｏ−メトキシエチル糖修飾と組み合わせて、上述の修飾された核酸塩基のうちの１つ以上を含むことができ��。
【００７２】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、５−メチルシトシンで置き換えられる１つ以上のシトシン残基を有し得る。ある特定の実施形態では、１つ以上のシトシン残基は、ＣｐＧ対の一部を形成する。
【００７３】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、デオキシシチジン及び／または５−メチル−２’−デオキシシチジンなどの人工ヌクレオシドを含み得るか、または５−メチル−２’−デオキシシチジン５’−一リン酸塩、及び／または５−メチル−２’−デオキシシチジン５’−モノホスホロチオエートなどの人工ヌクレオチドを含み得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の人工ヌクレオシドを含み得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の人工ヌクレオチドを含み得る。
【００７４】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、ＣＧジヌクレオチド配列を含む。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、ＧＣジヌクレオチド配列を含む。ある特定の実施形態では、ＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、複数のＣＧジヌクレオチド配列及び／または複数のＧＣジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、複数のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、複数のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、１つ以上のＣＧジヌクレオチド配列と、１つ以上のＧＣジヌクレオチド配列と、を含む。ある特定の実施形態では、複数のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧジヌクレオチド配列のみ、またはＧＣジヌクレオチド配列のみを含む。
【００７５】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、または７−メチル−グアニン）を含む、少なくとも１つのＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列を含む。ある特定の実施形態では、ＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列中のシトシンがメチル化される（例えば、５−メチル−シトシン）。ある特定の実施形態では、ＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列中のグアニンがメチル化される（例えば、６−Ｏ−メチル−グアニンまたは７−メチル−グアニン）。ある特定の実施形態では、ＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列中のシトシン及びグアニンがメチル化される。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、または７−メチル−グアニン）を含む、複数のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列を含む。ある特定の実施形態では、メチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、または７−メチル−グアニン）を含む複数のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、または６つ以上のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列である。
【００７６】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドにおけるＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、ＣＧまたはＧＣリン酸ジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける１つ以上のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、非天然のヌクレオシド間連結（例えば、ホスホロチオエート連結）を含む。ある特定の実施形態では、ＣＧまたはＧＣジヌクレオチドは、ＣＧまたはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおける２つ以上のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるすべてのＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドにおけるＣＧまたはＧＣホスホロチオエートジヌクレオチド配列のうちの１つ以上は、１つまたは２つのメチル化塩基（例えば、５−メチル−シトシン、６−Ｏ−メチル−グアニン、または７−メチル−グアニン）を含む。ある特定の実施形態では、メチル化塩基を含むオリゴヌクレオチドにおける１つ以上のＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。ある特定の実施形態では、メチル化塩基を含むオリゴヌクレオチドにおけるすべてのＣＧまたはＧＣジヌクレオチド配列は、ホスホロチオエートジヌクレオチド配列である。
【００７７】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、化学修飾された抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮである。ある特定の実施形態では、化学修飾された抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、例えば、天然に存在しないヌクレオシド間連結、天然に存在しない糖残基、天然に存在しない塩基、標識（例えば、重水素またはトリチウム標識などの蛍光標識または同位体標識）、または別の修飾を含む。
【００７８】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される合成方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドは、例えば、任意の哺乳類生物、及び限定されないが、霊長類（例えば、ヒト、サル、チンパンジー、オランウータン、またはゴリラ）、ネコ、イヌ、ウサギ、家畜（例えば、ウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）、またはゲッ歯類（例えば、マウス、ラット、ハムスター、またはモルモット）由来のヌクレオチド配列の領域に相補的なヌクレオチド配列を含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、本明細書で記載される合成方法に従い調製された抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、例えば、任意の哺乳類生物、及び限定されないが、霊長類（例えば、ヒト、サル、チンパンジー、オランウータン、またはゴリラ）、ネコ、イヌ、ウサギ、家畜（例えば、ウシ、ウマ、ヤギ、ヒツジ、ブタ）、またはゲッ歯類（例えば、マウス、ラット、ハムスター、またはモルモット）由来のＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列の領域に相補的なヌクレオチド配列を含み得る。
【００７９】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、ヒトＳＭＡＤ７の領域に相補的なヌクレオチド配列を含む。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、８つ以上、１０以上、１２以上、１４以上、１６以上、１８以上、２０以上のヒトＳＭＡＤ７のヌクレオチドの領域に相補的なヌクレオチド配列を含む。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７  ＯＤＮは、配列番号１のヌクレオチド配列または対応するＲＮＡ配列を含む、ヒトＳＭＡＤ７配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
【００８０】
ＮＭ＿００５９０４．３の配列番号１（コード配列：ＣＤＳ（２８８−１５６８）；ホモサピエンスＳＭＡＤファミリーメンバー７（ＳＭＡＤ７）、転写物変異型１、ｍＲＮＡ）（領域１０８〜１２８下線付き）：
【化１】
2020528910.tif 000003
【００８１】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法を使用して合成することができる抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７配列、または対応するＲＮＡ配列の一部または領域に相補的なヌクレオチド配列を含む。
【００８２】
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、ＳＭＡＤ７  ｍＲＮＡの領域を含む多型にハイブリダイズする抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドを合成するために使用され得る。例えば、国際出願第ＰＣＴ／ＥＰ２０１５／０７４０６６号（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）を参照されたい。
【００８３】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法を使用して合成することができる抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列または対応するＲＮＡ配列の領域１０８〜１２８に相補的なヌクレオチド配列を含む。
【００８４】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法を使用して合成することができる抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、配列番号１のヒトＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列のヌクレオチド４０３、２３３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、もしくは５３３、または対応するＲＮＡ配列を含む領域に相補的なヌクレオチド配列を含む。
【００８５】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法を使用して合成することができる抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の核酸配列（配列番号２）：
５’−ＧＴＸＹＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＹＣＡＧＣ−３’
（配列中、
Ｘは独立して、シトシン、５−メチルシトシン、及び２’−Ｏ−メチルシトシンからなる群から選択される窒素塩基を含むヌクレオチドを表し、
Ｙは独立して、グアニン、５−メチルグアニン、または２’−Ｏ−メチルグアニンからなる群から選択される窒素塩基を含むヌクレオチドを表すが、
但し、ヌクレオチドＸまたはＹのうちの少なくとも１つはメチル化窒素塩基を含むものとする）
またはそれに対して相補的配列のうちの少なくとも１０ヌクレオチド（例えば、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、または２０以上のヌクレオチド）の一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含む。
【００８６】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、配列番号２を含むかまたはそれからなる配列を有し、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも１つは、ホスホロチオエート連結（すなわち、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート）である。ある特定の実施形態では、配列番号２を含むかまたはそれからなる配列を有する、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、または１０は、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである。ある特定の実施形態では、配列番号２を含むかまたはそれからなる配列を有する、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドであって、ヌクレオシド間連結のすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである。
【００８７】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、米国特許第９，２７９，１２６号（参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）に記載される配列を有する。
【００８８】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号３）：
５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジン（「５−Ｍｅ−ｄＣ」）を表し、少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号３またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジン（「５−Ｍｅ−ｄＣ」）を表し、２０のヌクレオチド間連結の各々は、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００８９】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号４）：
５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９０】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の（配列番号５）：
５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジン（「５−Ｍｅ−ｄＣ」）を表し、少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９１】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号６）：
５’−ＧＴＴＴＧＧＴＣＣＴＧＡＡＣＡＴＧＣ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９２】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号７）：
５’−ＧＴＴＴＧＧＴＣＣＴＧＡＡＣＡＴ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９３】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号８）：
５’−ＧＴＴＴＧＧＴＣＣＴＧＡＡＣＡＴＧ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９４】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号９）：
５’−ＡＧＣＡＣＣＧＡＧＴＧＣＧＴＧＡＧＣ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９５】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号１０）：
５’−ＣＧＡＡＣＡＴＧＡＣＣＴＣＣＧＣＡＣ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９６】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号１１）：
５’−ＧＡＴＣＧＴＴＴＧＧＴＣＣＴＧＡＡ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９７】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、次の配列（配列番号１２）：
５’−ＡＴＣＧＴＴＴＧＧＴＣＣＴＧＡＡＣ−３’
またはそれに対して相補的配列を含むか、またはそれからなり、
少なくとも１つのヌクレオシド間連結、例えば、ヌクレオシド間連結のうちの少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエート連結である。
【００９８】
配列番号１〜１２の各々の配列表は、表７にも提供される。
【００９９】
本明細書で記載される方法を使用して、米国特許第９，２７９，１２６号に記載されるオリゴヌクレオチドを合成することができる。
【０１００】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの非天然のヌクレオシド、例えば、デオキシシチジン及び／または５−メチル−２’−デオキシシチジンを含み得る。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、少なくとも１つの非天然のヌクレオチド、例えば、例えば、５−メチル−２’−デオキシシチジン−５’−一リン酸塩または５−メチル−２’−デオキシシチジン−５’−モノホスホロチオエートを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上のデオキシシチジン及び／または５−メチル２’−デオキシシチジンを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド中の少なくとも５％、１０％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のヌクレオチドは、デオキシシチジン及び／または５−メチル−２’−デオキシシチジンを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上のデオキシシチジン及び／または５−メチル２’−デオキシシチジンを含み得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上のデオキシシチジンを含み得、５−メチル２’−デオキシシチジンを含まない。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、１つ以上の５−メチル２’−デオキシシチジンを含み得、デオキシシチジンを含まない。
【０１０１】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの５’−及び／または３’−末端に置かれるメチルホスホネート連結を含み得る。
【０１０２】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、薬学的に許容される塩または溶媒和を含み得る。ある特定の実施形態では、溶媒和は水和物である。ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドは、アルカリ金属塩（例えば、ナトリウム塩）またはアルカリ土類金属塩（例えば、マグネシウム塩）を含むか、またはそれであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、任意選択で１〜２０のＯ，Ｏ連結ホスホロチオエートヌクレオチド間連結を含み得る配列番号３の核酸配列を含む。本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドなどのオリゴヌクレオチドの企図される塩は、完全に中和されるものを含み得、例えば、各スホロチオエート連結は、Ｎａ＋などのアルカリ金属イオンと会合している。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、部分的にのみ中和され、例えば、すべてではないホスホロチオエート連結がアルカリ金属イオンまたはアルカリ土類金属イオンと会合している（例えば、９９％未満、９５％未満、９０％未満、８５％未満、８０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％未満、６０％未満、５５％未満、５０％未満、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１５％未満、１０％未満、５％未満、３％未満、または１％未満が中和される）。
【０１０３】
５．３  固体支持体及びリンカー
ある特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に適した固体支持体は、架橋ポリスチレンまたは制御された細孔ガラスであり得る。例えば、ある特定の実施形態では、固体支持体は、それに結合されるリンカーを伴う架橋ポリスチレン、またはそれに結合されるリンカーを伴う多孔性の多分散ジビニルベンゼン架橋ポリスチレンであり、例えば、リンカーは、ＵＮＹＬＩＮＫＥＲなどの保護されたヒドロキシル基を含む。ある特定の実施形態では、例えば、架橋ポリスチレン固体支持体は、ＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ−ＨＬ、例えば、ＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ  ＵＮＹＬＩＮＫＥＲ  ３５０もしくは高充填ＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ  ＵＮＹＬＩＮＫＥＲ  ３５０、またはヌクレオチドで前充填されたＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ固体支持体、例えば、２’−デオキシシチジンである。ある特定の実施形態では、例えば、多孔性の多分散ジビニルベンゼン架橋ポリスチレン固体支持体は、ＰＲＩＭＥＲ  ＳＵＰＰＯＲＴ  ５Ｇであり、この場合、リンカーはスクシニル基ベースのリンカーであり得る。固体支持体、例えば、それに結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量（または合成スケール）は、オリゴヌクレオチド、例えば、当モル量のオリゴヌクレオチドを調製するための反応に利用可能な、固体支持体、例えば、それに結合されるリンカーを有する固体支持体のモル量を指す。例えば、結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量に等しい調製されるオリゴヌクレオチドの量は、理論量と考えられる。結合されるリンカーを有する固体支持体を利用する本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドの実際の量は、理論量と同一であり得るか、または理論量より少なくてもよい。例えば、ある特定の実施形態では、結合されるリンカーを有する固体支持体を利用する本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドの実際の量は、理論量よりも少なく、例えば、理論量の９５％、例えば、理論量の９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、または５０％であるか、または例えば、理論量の４０〜９８％、４０〜９５％、４０〜９０％、４０〜８５％、４０〜８０％、４０〜７５％、４０〜７０％、５０〜９８％、５０〜９５％、５０〜９０％、５０〜８５％、５０〜８０％、５０〜７５％、５０〜７０％、６０〜９８％、６０〜９５％、６０〜９０％、６０〜８５％、６０〜８０％、６０〜７５％、または６０〜７０％である。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量のオリゴヌクレオチドを調製する、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，４００ｍｍｏｌ、７００〜１，３００ｍｍｏｌ、７００〜１，２００ｍｍｏｌ、７００〜１，１００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量のオリゴヌクレオチドを調製するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体は、少なくとも３００ｍｍｏｌの量のオリゴヌクレオチドを調製する、例えば、少なくとも３００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも４００ｍｍｏｌ、少なくとも５００ｍｍｏｌ、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，１００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，３００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌの量のオリゴヌクレオチドを調製するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体は、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量のオリゴヌクレオチドを調製するのに十分な充填容量を有する。
【０１０４】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド化合物の合成中に利用される固体支持体の量に対する固体支持体に結合されるリンカーの量の充填密度は、３００〜４００マイクロモルのリンカー／固体支持体のグラムの範囲、例えば、３００〜３７５マイクロモルのリンカー／固体支持体のグラムの範囲、例えば、３００〜３５０、３００〜３５０、３００〜３２５、３２５〜４００、３２５〜３７５、３５０〜４００、または３５０〜３７５マイクロモルのリンカー／固体支持体のグラムの範囲の充填密度である。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド化合物の合成中に利用される固体支持体の量に対する固体支持体に結合されるリンカーの量の充填密度は、少なくとも３００マイクロモルリンカー／固体支持体のグラム、例えば、少なくとも３２０、少なくとも３２５、少なくとも３３０、少なくとも３４０、少なくとも３５０、または少なくとも３６０マイクロモルリンカー／固体支持体のグラムである。
【０１０５】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体を収容するカラムは、３５〜１００ｃｍの範囲のカラム内径、例えば、５０〜１００ｃｍ、５０〜７５ｃｍ、６０〜８０ｃｍ、５５〜７５ｃｍ、または７５〜１００ｃｍの範囲の内径、例えば、３５ｃｍ、４０ｃｍ、５０ｃｍ、６０ｃｍ、７０ｃｍ、８０ｃｍ、９０ｃｍ、または１００ｃｍの内径を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体は、４〜２０ｃｍの範囲のベッド高さ、例えば、７〜２０ｃｍ、７〜１５ｃｍ、７〜１０ｃｍ、７．５〜８．５、８〜２０ｃｍ、８〜１５ｃｍ、８〜１０ｃｍ、８〜９ｃｍ、８〜８．５ｃｍ、または８．５〜９ｃｍの範囲のベッド高さ、例えば、４ｃｍ、５ｃｍ、６ｃｍ、７ｃｍ、７．２５ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、７．７５ｃｍ、８ｃｍ、８．２５ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、８．７５ｃｍ、９ｃｍ、９．２５ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、９．７５ｃｍ、１０ｃｍ、１０．２５ｃｍ、１０．３４ｃｍ、１０．５ｃｍ、１０．６６ｃｍ、１０．７５ｃｍ、または１１ｃｍのベッド高さを有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体を収容するカラムは、３５〜１００ｃｍの範囲の内径、例えば、３５ｃｍ、４０ｃｍ、５０ｃｍ、６０ｃｍ、７０ｃｍ、８０ｃｍ、９０ｃｍ、または１００ｃｍの内径、及び４〜２０ｃｍの範囲のベッド高さ、例えば、７〜２０ｃｍ、７〜１５ｃｍ、７〜１０ｃｍ、７．５〜８．５、８〜２０ｃｍ、８〜１５ｃｍ、８〜１０ｃｍ、８〜９ｃｍ、８〜８．５ｃｍ、または８．５〜９ｃｍの範囲のベッド高さを有する。例えば、ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体を収容するカラムは６０ｃｍの内径を有し、固体支持体は、７ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、８ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、９ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、または１０ｃｍのベッド高さを有するか、あるいは固体支持体を収容するカラムは７０ｃｍの内径を有し、固体支持体は、７ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、８ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、９ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、または１０ｃｍのベッド高さを有するか、または固体支持体を収容するカラムは８０ｃｍの内径を有し、固体支持体は、７ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、８ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、９ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、または１０ｃｍのベッド高さを有するか、あるいは固体支持体を収容するカラムは９０ｃｍの内径を有し、固体支持体は、７ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、８ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、９ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、または１０ｃｍのベッド高さを有する。
【０１０６】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体を収容するカラムは６０ｃｍの内径を有し、固体支持体は、７ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、８ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、９ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、または１０ｃｍのベッド高さを有し、固体支持体は、少なくとも６００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌの量のオリゴヌクレオチドを調製するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体を収容するカラムは８０ｃｍの内径を有し、固体支持体は、７ｃｍ、７．３４ｃｍ、７．５ｃｍ、７．６６ｃｍ、８ｃｍ、８．３４ｃｍ、８．５ｃｍ、８．６６ｃｍ、９ｃｍ、９．３４ｃｍ、９．５ｃｍ、９．６６ｃｍ、または１０ｃｍのベッド高さを有し、固体支持体は、少なくとも６００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌの量のオリゴヌクレオチドを調製するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される結合されるリンカーを有する固体支持体を収容するカラムは、５０〜１００ｃｍの範囲の内径、例えば、５０ｃｍ、６０ｃｍ、７０ｃｍ、８０ｃｍ、９０ｃｍ、または１００ｃｍの内径、及び２０〜３５Ｌの範囲のカラム体積、例えば、２０〜２５Ｌ、２３．５〜３０Ｌ、２５〜３０Ｌ、３０〜３５Ｌ、または２０〜３０Ｌの範囲のカラム体積、例えば、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５Ｌのカラム体積を有する。
【０１０７】
ある特定の実施形態では、本明細書で記載される固体支持体に結合されるリンカー上のヒドロキシル基のヒドロキシル保護基には、アセチル、ｉ−ブチリル、ｔ−ブチル、ｔ−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１−エトキシエチル、１−（２−クロロエトキシ）エチル、ｐ−クロロフェニル、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ−ニトロベンジル、ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、２−トリメチルシリルエチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（ＴＯＭ）、ベンゾイルホルメート、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、ベンゾイル、ｐ−フェニルベンゾイル、９−フルオレニルメチルカーボネート、メシレート、トシレート、トリフェニルメチル（トリチル）、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、トリメトキシトリチル、１（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル（ＦＰＭＰ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）などの保護基が含まれ得る。ある特定の実施形態では、固体支持体に結合されるリンカー上のヒドロキシル保護基にはトリチル及びジメトキシトリチル（ＤＭＴ）が含まれ得、例えば、ヒドロキシ保護基はジメトキシトリチル（ＤＭＴ）である。
【０１０８】
５．４  脱保護リンカー
ある特定の実施形態では、リンカーの保護されたヒドロキシル基は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い脱保護され、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成する。例えば、ある特定の実施形態では、リンカーの保護されたヒドロキシル基は、プロトン酸、例えば芳香族溶媒中のジクロロ酢酸などのジクロロ酢酸、例えばトルエン中のジクロロ酢酸で脱保護される。ある特定の実施形態では、リンカーの保護されたヒドロキシル基は、芳香族溶媒中３〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えばトルエン中３〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）などの芳香族溶媒中５重量％または１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えばトルエン中５重量％または１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）で脱保護される。ある特定の実施形態では、トルエン中５重量％または１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）などのリンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護するために利用されるプロトン酸の体積は、１〜１０カラム体積の範囲、例えば、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、２〜５カラム体積、２〜４カラム体積、２〜３カラム体積、３〜５カラム体積、または３〜４カラム体積の範囲である。ある特定の実施形態では、リンカーの保護されたヒドロキシル基の脱保護の後、支持体結合された脱保護された材料は、固体支持体に対する次の反応などの、方法の次のステップに備えてアセトニトリルなどの溶媒で洗浄され、例えば、支持体は、方法の次のステップに備えて、１〜７カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積で洗浄され得る。
【０１０９】
５．５  ヌクレオシドホスホロアミダイト結合
ある特定の実施形態では、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従いヌクレオシドホスホロアミダイトに結合され、それにより保護された亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドなどの亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成する。ある特定の実施形態では、結合は、リンカーの脱保護された５’−ヒドロキシル基または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護された５’−ヒドロキシル基がヌクレオシドホスホロアミダイトと反応するか、またはそれと結合する、ヌクレオシドホスホロアミダイトを固体支持体に提供することを伴う。ある特定の実施形態では、本明細書で記載される方法の結合ステップは、亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシド、例えば、２−シアノエトキシ保護された亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドなどの２−シアノエトキシ保護基を含む亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドなどの保護された亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドの形成をもたらす。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトを提供する前に、本方法は、ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）などの極性非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で前膨潤するなど、支持体を任意選択で前膨潤することをさらに含む。ある特定の実施形態では、支持体は、ヌクレオシドホスホロアミダイトを提供する前に前膨潤されない。ある特定の実施形態では、本方法は、結合ステップの完了時に、及びチオール化（または酸化）ステップの前に、アセトニトリルなどの非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で洗浄することをさらに含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、支持体は、結合ステップの完了時に、及びチオール化（または酸化）ステップの前に、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積などの１〜１０カラム体積で洗浄され得る。
【０１１０】
ある特定の実施形態では、結合は、活性化剤を含むヌクレオシドホスホロアミダイトのプレミックス溶液などのプレミックス溶液としてヌクレオシドホスホロアミダイト及び活性化剤を提供することなど、活性化剤を含むヌクレオシドホスホロアミダイトを提供すること、または例えばヌクレオシドホスホロアミダイトの溶液及び活性化剤の溶液を別個に提供することを含む。ある特定の実施形態では、活性化剤はジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）である。ある特定の実施形態では、活性化剤を含むヌクレオシドホスホロアミダイトのプレミックス溶液、またはヌクレオシドホスホロアミダイト及び活性化剤の別個の溶液の各々を調製するために利用される溶媒は、アセトニトリルなどの非プロトン性溶媒である。ある特定の実施形態では、本方法の結合ステップ中に提供される活性化剤の量は、固体支持体の当量に対して２〜８当量の範囲、例えば、固体支持体の当量に対して３〜８当量、４〜８当量、５〜８当量、６〜８当量、６〜７当量、または４〜７当量の範囲である。
【０１１１】
ある特定の実施形態では、結合ステップは、過剰量のヌクレオシドホスホロアミダイトを提供することを含む。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトは、５’−ヒドロキシル保護基及び３’−ヒドロキシル保護基を含む保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトなどの保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトである。
【０１１２】
ある特定の実施形態では、提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの５’−ヒドロキシル保護基には、アセチル、ｉ−ブチリル、ｔ−ブチル、ｔ−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１−エトキシエチル、１−（２−クロロエトキシ）エチル、ｐ−クロロフェニル、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ−ニトロベンジル、ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、２−トリメチルシリルエチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（ＴＯＭ）、ベンゾイルホルメート、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、ベンゾイル、ｐ−フェニルベンゾイル、９−フルオレニルメチルカーボネート、メシレート、トシレート、トリフェニルメチル（トリチル）、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、トリメトキシトリチル、１（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル（ＦＰＭＰ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）などの保護基が含まれ得る。ある特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基には、ベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、ベンゾイル、メシレート、トシレート、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）が含まれ得る。ある特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基には、アセチル、ｉ−ブチリル、及びジメトキシトリチル（ＤＭＴ）が含まれ得る。ある特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基はｉ−ブチリルである。ある特定の実施形態では、ヒドロキシル保護基はジメトキシトリチル（ＤＭＴ）である。
【０１１３】
ある特定の実施形態では、提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの３’−ヒドロキシル保護基は、（２−シアノエチル）−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル−ホスホロアミダイト基などのホスホロアミダイト基である。
【０１１４】
例えば、ある特定の実施形態では、結合ステップで提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトは、以下からなる群から選択され得る：
３’−Ｏ−［（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルアミノ）−２−シアノエトキシホスフィニル］−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−Ｎ６−ベンゾイルデオキシアデノシン（ｄＡ−（Ｂｚ）またはＢｚ−ｄＡ−ホスホロアミダイト）；
３’−Ｏ−［（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルアミノ）−２−シアノエトキシホスフィニル］−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−Ｎ４−ベンゾイルデオキシシチジン（ｄＣ−（Ｂｚ）またはＢｚ−ｄＣ−ホスホロアミダイト）；
３’−Ｏ−［（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルアミノ）−２−シアノエトキシホスフィニル］−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−Ｎ２−イソブチリルデオキシグアノシン（ｄＧ−（ｉＢｕ）またはｉ−Ｂｕ−ｄＧ−ホスホロアミダイト）；
３’−Ｏ−［（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルアミノ）−２−シアノエトキシホスフィニル］−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−チミジン（ｄＴまたはｄＴ−ホスホロアミダイト）；及び
３’−Ｏ−［（Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルアミノ）−２−シアノエトキシホスフィニル］−５’−Ｏ−（４，４’−ジメトキシトリチル）−Ｎ４−ベンゾイル−５−メチルデオキシシチジン（ｄ５ＭｅＣ−（Ｂｚ）または５−Ｍｅ−ｄＣ−ホスホロアミダイト）。
【０１１５】
ある特定の実施形態では、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、固体支持体の当量に対して過剰量の当量である。ある特定の実施形態では、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、固体支持体の当量に対して１〜８当量の範囲であり、例えば、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、固体支持体の当量に対して１〜７当量の範囲、例えば、固体支持体の当量に対して１〜６当量、１〜５当量、１〜４当量、１〜３当量、１〜２当量、１．１〜２当量、１．１〜１．７５当量、１．２〜１．７５当量、１．５〜１．７５当量、１．５〜２当量、１．５〜２．５当量、２〜３当量、２〜４当量、または２〜５当量の範囲である。ある特定の実施形態では、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、固体支持体の当量に対して１〜４当量の範囲であり、例えば、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、固体支持体の当量に対して１当量、例えば、固体支持体の当量に対して１．１、１．２、１．２５、１．５、１．７５、２、２．２５、２．５、２．７５、３、３．５、または４当量である。ある特定の実施形態では、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、提供される活性化剤の当量に対して０．１〜１当量の範囲、例えば、提供される活性化剤の当量に対して０．１〜０．９当量、０．１〜０．８当量、０．１〜０．７当量、０．１〜０．６当量、０．１〜０．５当量、０．１〜０．４当量、０．１〜０．３当量、０．１〜０．２当量、０．２５〜０．９当量、０．２５〜０．７５当量、０．２５〜０．５当量、０．３〜０．８当量、０．３〜０．７５当量、または０．５〜１当量の範囲である。ある特定の実施形態では、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、提供される活性化剤の当量に対して０．０５〜１当量の範囲であり、例えば、本方法の結合ステップ中に提供されるヌクレオシドホスホロアミダイトの量は、提供される活性化剤の当量に対して０．１当量、例えば、提供される活性化剤の当量に対して０．１、０．２、０．２５、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．７５、０．８、０．９、または１当量である。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトは、アセトニトリル溶液などの非プロトン性溶液として提供され、ヌクレオシドホスホロアミダイトは、ｄＡ−（Ｂｚ）、ｄＣ−（Ｂｚ）、ｄＧ−（ｉＢｕ）、ｄＴ、及びｄ５ＭｅＣ−（Ｂｚ）からなる群から選択される。
【０１１６】
ある特定の実施形態では、結合は、１〜５：１のモル比、例えば、２〜５：１、例えば、３〜５：１、４：１、または３．５：１のモル比で活性化剤及びヌクレオシドホスホロアミダイトを提供することを含む。
【０１１７】
５．６  チオール化または酸化
ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からの保護された亜リン酸トリエステル連結などの保護された亜リン酸トリエステル連結は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従いチオール化され、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成する。ある特定の実施形態では、２−シアノエトキシ保護された亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドなどの保護された亜リン酸トリエステル連結は、チオール化剤でチオール化され、それにより２−シアノエトキシ−保護されたホスホロチオエート連結などの保護されたホスホロチオエート連結が形成される。ある特定の実施形態では、チオール化剤は、固体支持体の当量に対して１〜８当量の範囲、例えば、固体支持体の当量に対して２〜８当量、３〜８当量、４〜８当量、５〜８当量、５〜７当量、５〜６当量、１〜５当量、または３〜６当量の範囲の量で提供される。ある特定の実施形態では、チオール化剤は、キサンタンヒドリド（ＸＨ）、例えばピリジン中のキサンタンヒドリド、ジスルフィド、例えば、フェニルアセチルジスルフィド（またはジ（フェニルアセチル）ジスルフィドもしくはスルホン酸のジスルフィド、テトラエチルチウラムジスルフィド、ジベンゾイルテトラスルフィド、１，２，４−ジチアゾリン−５−オン（ＤｔｓＮＨ）、３−エトキシ−１，２，４−ジチアゾリン−５−オン（ＥＤＩＴＨ）、チオリン酸化合物、Ｂｅａｕｃａｇｅ試薬、または３−アリール−１，２，４−ジチアゾリン−５−オン（米国特許第６，５００，９４４号に開示される、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）であり得る。ある特定の実施形態では、本方法は、チオール化ステップの完了時、アセトニトリルなどの非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で洗浄することをさらに含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、支持体は、チオール化ステップの完了時、１〜１０カラム体積、例えば、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積で洗浄され得る。
【０１１８】
ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からの保護された亜リン酸トリエステル連結などの保護された亜リン酸トリエステル連結は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い酸化され、それにより保護されたリン酸塩連結を形成する。ある特定の実施形態では、２−シアノエトキシ保護された亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドなどの保護された亜リン酸トリエステル連結は、酸化剤で酸化され、それにより２−シアノエトキシ−保護されたリン酸塩連結などの保護されたリン酸塩連結を形成する。ある特定の実施形態では、酸化剤は、固体支持体の当量に対して１〜８当量の範囲、例えば、固体支持体の当量に対して２〜８当量の範囲、例えば、３〜８当量、４〜８当量、５〜８当量、５〜７当量、５〜６当量、１〜５当量、または３〜６当量の範囲の量で提供される。ある特定の実施形態では、酸化剤は、ヨウ素またはｔ−ブチルヒドロペルオキシドであり得る。ある特定の実施形態では、本方法は、酸化ステップの完了時、アセトニトリルなどの非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で洗浄することをさらに含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、支持体は、酸化ステップの完了時、１〜１０カラム体積、例えば、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積で洗浄され得る。
【０１１９】
５．７  キャッピング
ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従いキャッピング（保護）され、それによりヒドロキシル基（複数可）を形成する。ある特定の実施形態では、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）は、アルキルアシル基でキャッピングされるなど、アシル基でキャッピングされる。ある特定の実施形態では、アルキルアシル基はイソブチルアシル基である。ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピングは、Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、ピリジン、及びアセトニトリルを含む第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）を提供することと、キャッピング剤及びアセトニトリルを含む第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）を提供することと、を含む。ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピングは、１０〜３０％Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、２０〜４０％ピリジン、及び４０〜６０％アセトニトリル（ｖ／ｖ／ｖ）を含む第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）、例えば、２０％Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、３０％ピリジン、及び５０％アセトニトリル（ｖ／ｖ／ｖ）を含む第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）を提供することと、アセトニトリル中１０〜３０％キャッピング剤（ｖ／ｖ）を含む第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）、例えば、アセトニトリル中２０％キャッピング剤（ｖ／ｖ）を含む第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）を提供することと、を含む。ある特定の実施形態では、第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）及び第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）は、固体支持体に導入されて、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）をキャッピングする前に予め混合される。ある特定の実施形態では、Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、ピリジン、キャッピング剤、及びアセトニトリルを含む単一キャッピング溶液は、固体支持体に導入されて、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）をキャッピングする。ある特定の実施形態では、キャッピング剤は、アルキルエステルまたはアルキル無水物である。ある特定の実施形態では、キャッピング剤は、アルキルエステル、例えば、キャッピング剤は、イソプロピルメチルエステルなどのアルキルメチルエステルである。ある特定の実施形態では、キャッピング剤はアルキル無水物であり、例えば、キャッピング剤はイソ酪酸無水物である。ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピングの前に、本方法は、支持体を任意選択で前膨潤する、例えば、ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）などの極性非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で前膨潤することをさらに含む。ある特定の実施形態では、支持体は、反応サイクルの前の反復からの未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング前に前膨潤されない。ある特定の実施形態では、本方法は、キャッピングステップの完了時、アセトニ��リルなどの非プロトン性溶媒で支持体を任意選択で洗浄することをさらに含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、支持体は、キャッピングステップの完了時、１〜１０カラム体積、例えば、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積で洗浄され得る。
【０１２０】
５．８  ５’−末端ヌクレオシドの脱保護
ある特定の実施形態では、反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基などのヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い脱保護され、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成する。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基などのヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基は、プロトン酸、例えば、ジクロロ酢酸、例えば、芳香族溶媒中のジクロロ酢酸、例えばトルエン中、またはジクロロメタンなどのハロゲン化溶媒中のジクロロ酢酸で脱保護される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基は、２〜１５重量％のプロトン酸で脱保護され、例えば、２〜１０重量％３〜１０重量％のプロトン酸、例えば、３〜１０重量％、５〜１０重量％、３〜１５重量％、１０〜１５重量％、３〜５重量％、５〜８重量％、または３〜７重量％のプロトン酸で脱保護される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基は、３〜１０重量％などの芳香族溶媒中２〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えば、芳香族溶媒中３重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）で脱保護される。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基は、３〜１０重量％などのトルエン中２〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えば、トルエン中３重量％、５重量％、７重量％、または１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）で脱保護される。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基を脱保護するために利用されるプロトン酸の体積、例えば、３〜１０重量％などのトルエン中２〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えば、トルエン中５重量％または１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）は、１〜１０カラム体積の範囲、例えば、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、２〜５カラム体積、２〜４カラム体積、２〜３カラム体積、３〜５カラム体積、または３〜４カラム体積の範囲である。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基を脱保護するために利用されるプロトン酸の体積は、オリゴヌクレオチドの調製にわたって体積が増加または体積が減少するなど、標的オリゴヌクレオチドを調製する際の合成サイクルごとに異なり得る。例えば、図示されるように、２１量体オリゴヌクレオチドの調製において、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基を脱保護するために利用されるプロトン酸の体積、例えば、３〜１０重量％などのトルエン中２〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えば、トルエン中５重量％または１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）は、最初のサイクル中３〜４カラム体積の範囲、２〜１６のサイクル中２〜３カラム体積の範囲、そして１７〜２１のサイクル中２〜３カラム体積の範囲であり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護後、支持体結合された脱保護された材料は、固体支持体に対する次の反応などの方法の次のステップに備えてアセトニトリルなどの溶媒で洗浄され、例えば、支持体は、方法の次のステップに備えて、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積などの１〜１０カラム体積で洗浄され得る。
【０１２１】
５．９  反応サイクル反復
ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供及び結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い規定回数繰り返されて（反応サイクル反復）、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供する。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い規定回数繰り返されて（反応サイクル反復）、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従う規定回数（反応サイクル反復）は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及び最後の反応サイクル反復中のオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップの実施を含まない。ある特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、規定回数のサイクル（反応サイクル反復）のうちの１回以上は、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施し、最後の反応サイクル反復中のキャッピングステップ及び脱保護ステップの実施を含まない。ある特定の実施形態では、繰り返される規定ステップのうちの少なくとも１つの後、支持体結合材料は、次の反応に備えてアセトニトリルなどの溶媒で洗浄される。ある特定の実施形態では、初期の反応サイクル反復中、例えば、最大７回の反応サイクル反復などの最大最初の３〜１０回の反応サイクル反復中の繰り返される規定ステップの各々の後、支持体結合材料は、次の反応に備えてアセトニトリルなどの溶媒で洗浄される。ある特定の実施形態では、繰り返される規定ステップの各々の後、支持体結合材料は、次の反応に備えてアセトニトリルなどの溶媒で洗浄される。
【０１２２】
ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供及び結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、９〜９９回繰り返されて、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、例えば、９〜７９回、９〜６９回、９〜５９回、９〜４９回、９〜３９回、９〜２９回、９〜２４回、９〜２０回、１０〜３０回、１５〜２５回、２０〜３０回、１４〜２４回、１４〜２０回、または１０〜２４回など、９〜８９回繰り返される。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、９〜９９回繰り返されて、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれ、例えば、９〜７９回、９〜６９回、９〜５９回、９〜４９回、９〜３９回、９〜２９回、９〜２４回、９〜２０回、１４〜２４回、１４〜２０回、または１０〜２４回など、９〜８９回繰り返され、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、規定回数繰り返されて、１０〜１００の単量体サブユニットを有する、例えば、１０〜９０の単量体サブユニット、１０〜８０の単量体サブユニット、１０〜７０の単量体サブユニット、１０〜６０の単量体サブユニット、１０〜５０の単量体サブユニット、１０〜４０の単量体サブユニット、１０〜３０の単量体サブユニット、１０〜２５の単量体サブユニット、１５〜２５の単量体サブユニット、２０〜３０の単量体サブユニット、２０〜２５の単量体サブユニット、２０〜９０の単量体サブユニット、３０〜９０の単量体サブユニット、または４０〜７０の単量体サブユニットを有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、１４回繰り返されて、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、例えば、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０回など、１５回繰り返され、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、規定回数繰り返されて、１５の単量体サブユニットを有する、例えば、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の単量体サブユニットを有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。
【０１２３】
ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、規定回数繰り返されて、３００ｍｍｏｌ以上の量（合成スケールに基づいた理論量または結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量など）、例えば、６００ｍｍｏｌ以上、７００ｍｍｏｌ以上、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上の量、または例えば３００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。ある特定の実施形態では、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップを実施する反応サイクルは、規定回数繰り返されて、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量（合成スケールに基づいた理論量または結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量など）の固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供し、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）の任意選択のキャッピングステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の任意選択の脱保護ステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。
【０１２４】
５．１０  ホスホロチオエート連結の脱保護
ある特定の実施形態では、固体支持体結合オリゴヌクレオチドの保護されたホスホロチオエート連結は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い脱保護される。例えば、ある特定の実施形態では、固体支持体結合オリゴヌクレオチドの２−シアノエトキシ−保護されたホスホロチオエート連結が脱保護される。ある特定の実施形態では、固体支持体結合オリゴヌクレオチドの２−シアノエトキシ−保護されたホスホロチオエート連結などの保護されたホスホロチオエート連結は、アミンで脱保護される。ある特定の実施形態では、保護されたホスホロチオエート連結は、アミン、例えばトリエチルアミン、例えば、非プロトン性溶媒中１０〜５０％トリエチルアミン（ｖ／ｖ）で、例えばアセトニトリル中２０％トリエチルアミン（ｖ／ｖ）などの非プロトン性溶媒中１０〜３０％トリエチルアミン（ｖ／ｖ）で脱保護される。ある特定の実施形態では、保護されたホスホロチオエート連結を脱保護するステップは、ホスホロチオエート連結、例えば保護されていないホスホロチオエート連結、またはホスホロチオエート連結のトリエチルアミン塩形態などのホスホロチオエート連結のアミン塩形態を形成する。ある特定の実施形態では、保護されたホスホロチオエート連結を脱保護するステップは、ホスホロチオエート連結を有する固体支持体結合オリゴヌクレオチド、例えば、保護されていないホスホロチオエート連結を有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドを形成する。ある特定の実施形態では、脱保護ステップの後、支持体結合された脱保護された材料は、次の反応に備えてアセトニトリルなどの溶媒で洗浄され、例えば、支持体は、方法の次のステップに備えて、１〜７カラム体積、１〜６カラム体積、１〜５カラム体積、１〜４カラム体積、１〜３カラム体積、または２〜４カラム体積などの１〜１０カラム体積で洗浄され得る。
【０１２５】
５．１１  固体支持体からの切断及び溶出
ある特定の実施形態では、保護されていないホスホロチオエート連結を有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、固体支持体から切断される。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法の切断ステップは、水酸化アンモニウム溶液、例えば、４０℃、５０℃、６０℃、または６５℃の温度などの４０〜７０℃または４０〜６０℃の温度の加熱された溶液など、加熱された水酸化アンモニウム溶液を提供すること、例えば、加熱された水酸化アンモニウム溶液を提供し、カラムハウジングを通して加熱された水酸化アンモニウム溶液を再循環させて、該脱保護された固体支持体結合オリゴヌクレオチドを固体支持体から切断することを含む。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法の切断ステップは、２８〜３０％アンモニア水溶液（ｗ／ｗ）、例えば、４０℃、５０℃、６０℃、または６５℃の温度などの４０〜７０℃または４０〜６０℃の温度の加熱された溶液など、加熱された２８〜３０％アンモニア水溶液（ｗ／ｗ）を提供すること、例えば、加熱された２８〜３０％アンモニア水溶液（ｗ／ｗ）を提供し、カラムハウジングを通して加熱されたアンモニア水溶液を再循環させて、該脱保護された固体支持体結合オリゴヌクレオチドを固体支持体から切断することを含む。ある特定の実施形態では、加熱された溶液は、２４時間など、８〜３６時間の間、支持体を通して再循環される。ある特定の実施形態では、加熱された溶液は、支持体を通して再循環され、８〜３６時間の間、例えば、２４時間などの１２〜３６時間の間、該支持体と接触している。
【０１２６】
ある特定の実施形態では、本方法の切断ステップは、保護されていないホスホロチオエート連結を有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドの、保護されていないホスホロチオエート連結を有する切断されたオリゴヌクレオチドの、または両方の環外アミノ保護基をさらに脱保護する。ある特定の実施形態では、環外アミノ保護基は、ベンゾイル及びイソブチリル基を含む。ある特定の実施形態では、切断ステップは、保護されていないホスホロチオエート連結を有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドの、保護されていないホスホロチオエート連結を有する切断されたオリゴヌクレオチドの、または両方のベンゾイル−及びイソブチリル−アミノ保護基をさらに脱保護する。
【０１２７】
ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドは５’−ヒドロキシル保護基を含み、例えば、切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドは、５’−ヒドロキシル保護基を含む。ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシル保護基には、アセチル、ｉ−ブチリル、ｔ−ブチル、ｔ−ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１−エトキシエチル、１−（２−クロロエトキシ）エチル、ｐ−クロロフェニル、２，４−ジニトロフェニル、ベンジル、２，６−ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ−ニトロベンジル、ビス（２−アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、２−トリメチルシリルエチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ−ブチルジメチルシリル、ｔ−ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、［（トリイソプロピルシリル）オキシ］メチル（ＴＯＭ）、ベンゾイルホルメート、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、ベンゾイル、ｐ−フェニルベンゾイル、９−フルオレニルメチルカーボネート、メシレート、トシレート、トリフェニルメチル（トリチル）、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）、トリメトキシトリチル、１（２−フルオロフェニル）−４−メトキシピペリジン−４−イル（ＦＰＭＰ）、９−フェニルキサンチン−９−イル（Ｐｉｘｙｌ）、及び９−（ｐ−メトキシフェニル）キサンチン−９−イル（ＭＯＸ）などの保護基が含まれ得る。ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドのヒドロキシル保護基は、トリチルまたはジメトキシトリチル（ＤＭＴ）を含み得る。ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドのヒドロキシル保護基は、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）である。
【０１２８】
ある特定の実施形態では、固体支持体結合オリゴヌクレオチドの切断により、３００ｍｍｏｌ以上の量（合成スケールに基づいた理論量または結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量など）、例えば、６００ｍｍｏｌ以上、７００ｍｍｏｌ以上、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上の量、または例えば３００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の切断されたオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドが提供される。ある特定の実施形態では、固体支持体結合オリゴヌクレオチドの切断により、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量（合成スケールに基づいた理論量または結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量など）の切断されたオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドが提供される。
【０１２９】
ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、固体支持体から溶出される。ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドの固体支持体からの溶出は、水で、例えば、水溶液または緩衝水溶液で支持体を洗浄することを含む。
【０１３０】
ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドを固体支持体から溶出することにより、３００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量（合成スケールに基づいた理論量または結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量など）のオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドが提供される。ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドを固体支持体から溶出することにより、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量（合成スケールに基づいた理論量または結合されるリンカーを有する固体支持体の充填容量など）のオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドが提供される。
【０１３１】
５．１２  イオン交換精製
ある特定の実施形態では、固体支持体からの切断されたオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド溶出物は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、イオン交換クロマトグラフィーを使用して精製される。本明細書で開示される方法に従いイオン交換クロマトグラフィーによりオリゴヌクレオチドを精製するために利用されるイオン交換カラムの容量または精製スケールは、オリゴヌクレオチドを精製するためにイオン交換カラムにおいて利用可能なイオン交換容量のモル量を指す。したがって、利用されるイオン交換カラムの容量または精製スケールに等しい精製されたオリゴヌクレオチドの量は、理論量と考えられる。イオン交換カラムを利用する本明細書で開示される方法に従い精製されたオリゴヌクレオチドの実際の量は、理論量と同一であり得るか、または理論量よりも少なくてもよい。例えば、ある特定の実施形態では、イオン交換カラムを利用する本明細書で開示される方法に従い精製されたオリゴヌクレオチドの実際の量は、理論量よりも少なく、例えば、理論量の９５％、例えば、理論量の９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、または５０％であるか、または例えば、理論量の４０〜９８％、４０〜９５％、４０〜９０％、４０〜８５％、４０〜８０％、４０〜７５％、４０〜７０％、５０〜９８％、５０〜９５％、５０〜９０％、５０〜８５％、５０〜８０％、５０〜７５％、５０〜７０％、６０〜９８％、６０〜９５％、６０〜９０％、６０〜８５％、６０〜８０％、６０〜７５％、または６０〜７０％である。
【０１３２】
ある特定の実施形態では、イオン交換クロマトグラフィー、例えば陰イオン交換クロマトグラフィーを使用した、切断されたオリゴヌクレオチド溶出物、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチド溶出物の精製は、塩勾配、例えば塩化ナトリウム勾配を利用するか、または塩基性塩勾配、例えば塩基性塩化ナトリウム勾配を利用することを含む。ある特定の実施形態では、イオン交換クロマトグラフィーによる精製ステップは、切断されたオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に直接充填するか、あるいはイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填する前に、切断されたオリゴヌクレオチド溶出物を水性緩衝液で希釈することを含む。ある特定の実施形態では、精製される切断されたオリゴヌクレオチド溶出物内に含まれる切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は、イオン交換カラム上への充填ステップ中保護されたままである。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチド溶出物内に含まれる切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は、該充填されたオリゴヌクレオチド溶出物に対して保護される唯一の基である。例えば、ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドなどの切断されたオリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシル保護基は、トリチルまたはジメトキシトリチル（ＤＭＴ）を含み得る。ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチドまたは充填された切断されたオリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシル保護基は、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）である。
【０１３３】
ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填される切断されたオリゴヌクレオチド溶出物内に含まれる切断されたオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ以上、例えば、６００ｍｍｏｌ以上、７００ｍｍｏｌ以上、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上のものであり得るか、または例えば、３００〜５，４００ｍｍｏｌ（例えば、精製スケールに関して）、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填される切断されたオリゴヌクレオチド溶出物内に含まれる切断されたオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ（例えば、精製スケールに関して）、例えば、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量であり得る。
【０１３４】
ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填される切断されたオリゴヌクレオチド溶出物内に含まれる切断されたオリゴヌクレオチド、例えば、末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドの量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のオリゴヌクレオチド合成カラム（または１つ以上の合成カラムを利用する合成実行）からプールされる量であるか、または例えば、１〜１０のオリゴヌクレオチド合成カラム（または１つ以上の合成カラムを利用する合成実行）、例えば、１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０もしくは８〜１０のオリゴヌクレオチド合成カラム（または１つ以上の合成カラムを利用する合成実行）からプールされる量である。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填される前またはそれにより精製される前にプールされる、単一、複数、または各々のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または１つ以上の合成カラム（複数可）を利用する合成実行（複数可））から得られる切断されたオリゴヌクレオチドの独立量は、３００ｍｍｏｌ以上の切断されたオリゴヌクレオチドの量であり得、例えば、６００ｍｍｏｌ以上、７００ｍｍｏｌ以上、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上の切断されたオリゴヌクレオチドの量であり得るか、または例えば、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，６００〜２，８００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，５００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の切断されたオリゴヌクレオチドであり得る。
【０１３５】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される単一、複数、または各々のイオン交換カラム（複数可）は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供する、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，４００ｍｍｏｌ、７００〜１，３００ｍｍｏｌ、７００〜１，２００ｍｍｏｌ、７００〜１，１００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量（またはイオン交換容量）を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される単一、複数、または各々のイオン交換カラム（複数可）は、少なくとも３００ｍｍｏｌの量の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供する、例えば、少なくとも３００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも４００ｍｍｏｌ、少なくとも５００ｍｍｏｌ、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，１００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，３００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌの量の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される単一、複数、または各々のイオン交換カラム（複数可）は、３００ｍｍｏｌ、例えば、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，１００ｍｍｏｌ、３，２００ｍｍｏｌ、３，３００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，５００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量（またはイオン交換容量）を有する。
【０１３６】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従いイオン交換クロマトグラフィーを使用する精製ステップは、陰イオン交換クロマトグラフィーであり、塩化ナトリウム勾配などの塩勾配を利用することを含む。ある特定の実施形態では、イオン交換クロマトグラフィーカラムは、支持媒体としてＱ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＦＦを使用することを含む。
【０１３７】
ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチド溶出物は、イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填され、次いで最初に塩基性溶液で洗浄されて、例えば、最初に水酸化ナトリウム溶液で洗浄されて、イオン交換カラム上への充填ステップを完了する。
【０１３８】
ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填し、続いて切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを洗浄する、例えば、切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを塩基性溶液で洗浄し、例えば、続いて切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを水酸化ナトリウム溶液で最初に洗浄し、その後切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを塩勾配、例えば、異なる量の塩化ナトリウム溶液及び水酸化ナトリウム溶液を含む勾配などの塩基性塩勾配で洗浄して、イオン交換カラム上への充填ステップを完了する。
【０１３９】
ある特定の実施形態では、切断されたオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填し、続いて切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを洗浄する、例えば、切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを塩基性溶液で洗浄し、例えば、続いて切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを水酸化ナトリウム溶液で最初に洗浄し、その後切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを塩勾配、例えば、異なる量の塩化ナトリウム溶液及び水酸化ナトリウム溶液を含む勾配などの塩基性塩勾配で洗浄し、次いで切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを塩基性溶液でさらに洗浄して、例えば、切断されたオリゴヌクレオチド充填カラムを水酸化ナトリウム溶液でさらに洗浄して、イオン交換カラム上への充填ステップを完了する。
【０１４０】
ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシド上の保護ヒドロキシル基は脱保護され、例えば、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、陰イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシド上の５’−ヒドロキシル保護基が脱保護され、その後洗浄される。例えば、ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドからの５’−ヒドロキシル保護基の脱保護は、酢酸溶液などのプロトン酸、例えば、８０％の水性酢酸溶液をイオン交換カラムに導入することにより達成され得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドからの５’−ヒドロキシル保護基の脱保護は、酢酸溶液などのプロトン酸溶液、例えば、８０％の水性酢酸溶液をイオン交換カラムに提供し、プロトン酸溶液の流れを一定期間保持し、次いでイオン交換カラムを通して溶液の流れを再開して、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドからの５’−ヒドロキシル保護基の脱保護を完了することにより達成され得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドからの５’−ヒドロキシル保護基を脱保護するために利用されるプロトン酸の体積は、少なくとも１０Ｌ、例えば１０〜４０Ｌ、例えば、２０〜４０Ｌ、１０〜３０Ｌ、２５〜３５Ｌ、または１５〜２５Ｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの末端ヌクレオシドからの５’−ヒドロキシル保護基を脱保護するために利用されるプロトン酸の体積は、少なくとも１カラム体積、例えば、１〜３、２〜４、３〜５、または１〜４カラム体積などの１〜５カラム体積の範囲であり得る。ある特定の実施形態では、脱保護されるイオン交換カラム上に充填された切断されたオリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシル保護基は、トリチルまたはジメトキシトリチル（ＤＭＴ）である。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に残存する結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドは、保護基がない。
【０１４１】
ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上の充填され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、塩勾配でイオン交換カラムから溶出される前に、塩基性溶液、例えば、０．１Ｍ水酸化ナトリウム溶液などの２５〜２００ｍＭ水酸化ナトリウム溶液で最初に中和される。
【０１４２】
ある特定の実施形態では、イオン交換カラム、例えば陰イオン交換カラム上に残存する結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、塩勾配を使用してカラムから溶出される。例えば、ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドを溶出するために利用される塩勾配は、塩化ナトリウム勾配、例えば、異なる量の塩化ナトリウム溶液及び水酸化ナトリウム溶液を含む勾配などの塩基性塩勾配であり得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に残存する結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドは、最初に水で洗浄され、次いで、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、塩勾配を使用してイオン交換クロマトグラフィーカラムから溶出される。ある特定の実施形態では、イオン交換カラム上に残存する結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドを、最初に水で洗浄し、第２に、水性水酸化ナトリウム溶液などの塩基性溶液で洗浄して、カラムのｐＨを調整し、第３に、塩化ナトリウム勾配または塩基性塩勾配などの塩勾配、例えば、異なる量の塩化ナトリウム溶液及び水酸化ナトリウム溶液を含む勾配を使用してイオン交換クロマトグラフィーカラムから溶出し、それによりイオン交換カラムから結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドの溶出を完了する。ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドを溶出するために利用される塩勾配は、０．１〜２Ｍの範囲の、水性塩溶液、例えば塩基性水性塩溶液であり、例えば、塩勾配は塩化ナトリウムを含む０．１〜２Ｍの水性塩基性溶液の範囲であり、例えば塩勾配は水性塩基性溶液中０．２〜１．８Ｍ塩化ナトリウムの範囲である。ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから結果として生じる脱保護されたオリゴヌクレオチドを溶出するために利用される塩勾配は、１０〜５０ｎＭ水性水酸化ナトリウム溶液中０．２〜１．８Ｍ塩化ナトリウムの塩勾配などの、１０〜５０ｎＭ水性水酸化ナトリウム溶液中０．１〜２Ｍ塩化ナトリウムの範囲である。ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから溶出される結果として生じるオリゴヌクレオチドは、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドである。
【０１４３】
ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから溶出される完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから溶出される完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ、例えば、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量であり得る。
【０１４４】
ある特定の実施形態では、合成から始まってイオン交換クロマトグラフィーを使用して精製ステップから収集されたオリゴヌクレオチドまでの、本明細書で開示される方法に従うオリゴヌクレオチドの調製の全収率は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定される場合、少なくとも５０％、例えば、２６０ｎｍの波長でのＯＤ／ｍＬにより決定される場合、５５〜９５％、５５〜９０％、５５〜８５％、５５〜８０％、５５〜７５％、６０〜１００％、６０〜９０％、６０〜８０％、５０〜７５％、７０〜１００％、８０〜９０％、８５〜９５％、９０〜１００％、または９５〜１００％などの５５〜１００％の範囲である。ある特定の実施形態では、合成から始まってイオン交換クロマトグラフィーを使用して精製ステップから収集されたオリゴヌクレオチドまでの、本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドの純度は、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される場合、少なくとも５０％であり、例えば、５０〜９５％、５０〜８５％、５０〜７５％、６０〜９０％、６０〜８０％、８０〜１００％、９０〜１００％、８５〜９５％、または９５〜１００％などの５０〜１００％の範囲の純度である。
【０１４５】
５．１３  限外濾過及び／または透析濾過（ＵＦＤＦ）工程
ある特定の実施形態では、イオン交換カラムからの完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを含む溶出物は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される。ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから得られる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを含む溶出物は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される前に、希釈水酸化ナトリウム溶液などの希釈塩基性溶液で、または希釈塩酸溶液などの希釈酸性溶液で、または各々の組み合わせで任意選択で中和されて、ｐＨが中性（例えば、６．５〜７．５などの６〜８の範囲のｐＨ）に調整される。例えば、イオン交換カラムから得られる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを含む溶出物は、希釈水酸化ナトリウム溶液（例えば、０．１〜１Ｍ水酸化ナトリウム）などの希釈塩基性溶液で、または希釈塩酸溶液（例えば、０．１〜１Ｍ塩酸）などの希釈酸性溶液、または各々の組み合わせで任意選択で中和されて、ｐＨが中性（例えば、６．５〜７．５などの６〜８の範囲のｐＨ）に調整され得る。ある特定の実施形態では、イオン交換カラムから得られる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを含む溶出物（任意選択で中和され得る）を、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩し、続いて、薄膜蒸発により濃縮するか、または薄膜蒸発により濃縮し、続いて凍結乾燥するなど、結果として生じる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液を濃縮する。
【０１４６】
ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを脱塩する、例えば濃縮前に（例えば薄膜蒸発による濃縮など）脱塩する工程は、５〜８の範囲のｐＨの水溶液を利用して、脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液を提供し、例えば、６〜８、６．５〜８、６．８〜８、５．５〜７．５、６〜７．５、６．５〜７．５、６．８〜７．５、５．５〜７、６〜７、６．５〜７、６．８〜８、６．８〜７．５、または６．８〜７．３などの５．５〜８の範囲のｐＨの水溶液を利用して、脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液を提供する。ある特定の実施形態では、脱塩ステップは、６．８〜７．３の範囲のｐＨの水溶液を利用することから始まり、６．５〜７．５の範囲のｐＨの水溶液を利用して、脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液を提供することによって脱塩ステップを終わる。ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを脱塩する工程は、蒸留水または蒸留された脱イオン水を利用して、脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液を提供する。
【０１４７】
ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを含む溶出物を脱塩する、例えば濃縮前に（例えば薄膜蒸発による濃縮など）脱塩する工程は、１，０００〜３，０００Ｄａの分子量カットオフを有する再生セルロース膜などの再生セルロース膜を使用して、脱塩工程を達成する。
【０１４８】
ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程による完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の脱塩の有効性は、結果として生じる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液の塩濃度を決定する手段として、結果として生じる透過物（すなわち、限外濾過及び／または透析濾過工程からの濾液）の伝導率測定により決定される。例えば、ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程による完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の脱塩からの結果として生じる透過物（時折、透析濾過物と称される）の伝導率は、９００ｕＳ／ｃｍ未満、例えば、８００ｕＳ／ｃｍ未満、７００ｕＳ／ｃｍ未満、６００ｕＳ／ｃｍ未満、５００ｕＳ／ｃｍ未満、４００ｕＳ／ｃｍ未満、３００ｕＳ／ｃｍ未満、２００ｕＳ／ｃｍ未満、１００ｕＳ／ｃｍ未満、または７５ｕＳ／ｃｍ未満である。ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程による完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の脱塩からの結果として生じる透過物の伝導率は、４０〜９００ｕＳ／ｃｍ、例えば、４０〜８５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜７５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜６５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜５５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜４５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜３５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜２５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜１５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜１００ｕＳ／ｃｍ、または４０〜７５ｕＳ／ｃｍの範囲である。ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程による完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の脱塩の有効性は、結果として生じる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液のナトリウム含有量を、６〜８重量％、例えば、６〜７重量％、７〜８重量％、または６．５〜７．５重量％の範囲のレベルにすることにつながる。
【０１４９】
ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される、例えば濃縮前に（例えば薄膜蒸発による濃縮など）脱塩されるイオン交換カラムからの溶出物中の完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される、例えば濃縮前に（例えば薄膜蒸発による濃縮など）脱塩されるイオン交換カラムからの溶出物中の完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量であり得る。
【０１５０】
ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩を受ける、例えば濃縮前に（例えば薄膜蒸発による濃縮など）脱塩を受けるイオン交換クロマトグラフィーによる精製後の完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）からプールされる量であり、例えば、１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０、または８〜１０のイオン交換クロマトグラフィー生清カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）などの、１〜１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）からプールされる量である。ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される前にプールされる、単一、複数、または各々のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（複数可）（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（複数可）を利用する精製実行（複数可））から得られる完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチドの独立量は、７００ｍｍｏｌ以上の完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチドの量であり得、例えば、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上の完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチドの量であり得るか、または例えば、７００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、７００〜４，５００ｍｍｏｌ、７００〜４，０００ｍｍｏｌ、８００〜４，０００ｍｍｏｌ、９００〜４，０００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜２，５００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，５００ｍｍｏｌ、９００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，６００〜２，８００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチドの量であり得る。
【０１５１】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される限外濾過及び／または透析濾過工程は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量の脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供する、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，４００ｍｍｏｌ、７００〜１，３００ｍｍｏｌ、７００〜１，２００ｍｍｏｌ、７００〜１，１００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の量の脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される限外濾過及び／または透析濾過工程は、少なくとも３００ｍｍｏｌの量の脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供する、例えば、少なくとも３００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも４００ｍｍｏｌ、少なくとも５００ｍｍｏｌ、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，１００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，３００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌの量の脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量を有する。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法において利用される限外濾過及び／または透析濾過工程は、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，１００ｍｍｏｌ、３，２００ｍｍｏｌ、３，３００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，５００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量の脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量を有する。
【０１５２】
５．１４  液体組成物濃縮工程
ある特定の実施形態では、イオン交換カラムからの完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、薄膜蒸発（ＴＦＥ）工程で濃縮されるなど、濃縮される。ある特定の実施形態では、限外濾過及び／または透析濾過工程からの脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液は、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、薄膜蒸発工程で濃縮されるなど、濃縮される。
【０１５３】
ある特定の実施形態では、例えば、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の濃縮、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液の濃縮は、３０°以上、例えば３０〜９５℃の範囲、例えば、３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、６５℃、７０℃、７５℃、８０℃、８５℃、９０°、または９５°の温度などの３０〜９０℃、６０〜９０℃、６０〜８５℃、６０〜８０℃、６０〜７５℃、６５〜９０℃、６５〜８５℃、６５〜８０℃、６５〜７５℃、７０〜９０℃、７０〜８５℃、７０〜８０℃、または８５〜９５℃の範囲の薄膜蒸発ジャケット温度を利用する薄膜蒸発による。ある特定の実施形態では、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の濃縮、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液の濃縮は、５〜１００トルの範囲、例えば、５トル、１０トル、１５トル、２０トル、２５トル、３０トル、３５トル、４０トル、４５トル、５０トル、５５トル、６０トル、６５トル、７０トル、７５トル、８０トル、８５トル、９０トル、９５トル、または１００トルの圧力などの、２０〜８０トル、２０〜７５トル、２０〜７０トル、２０〜６０トル、２０〜５０トル、３０〜１００トル、３０〜８０トル、３０〜７５トル、３０〜６５トル、３０〜５５トル、３０〜５０トル、または４０〜５０トルの範囲の圧力での薄膜蒸発による。ある特定の実施形態では、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の濃縮、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液の濃縮は、６０〜９０℃の範囲の薄膜蒸発ジャケット温度及び２０〜８０トルの範囲の圧力を利用する薄膜蒸発による。
【０１５４】
ある特定の実施形態では、例えば、濃縮される、例えば薄膜蒸発により濃縮されるイオン交換精製からの溶出物に含まれる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの残余分溶液に含まれる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ以上のものであり、例えば、６００ｍｍｏｌ以上、７００ｍｍｏｌ以上、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上の量であり得るか、または例えば、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、濃縮される、例えば薄膜蒸発により濃縮されるイオン交換精製からの溶出物に含まれる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの残余分溶液に含まれる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌの量であり得る。
【０１５５】
ある特定の実施形態では、例えば、濃縮される、例えば薄膜蒸発により濃縮されるイオン交換精製からの溶出物に含まれる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの残余分溶液に含まれる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、２６０ｎｍの波長で８００〜７，０００ＯＤ／ｍＬ、例えば、２６０ｎｍの波長で、８００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜５，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜５，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜４，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜４，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜３，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜３，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜２，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜２，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜１，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜１，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜７，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜５，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜５，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜４，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜４，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜３，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜３，０００ＯＤ／ｍＬ、２，０００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、３，０００〜７，０００ＯＤ／ｍＬ、４，０００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、または５，０００〜７，０００ＯＤ／ｍＬの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、濃縮される、例えば薄膜蒸発により濃縮されるイオン交換精製からの溶出物に含まれる完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量、または限外濾過及び／または透析濾過工程からの残余分溶液に含まれる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドの量は、２６０ｎｍの波長で８００ＯＤ／ｍＬの量、例えば、２６０ｎｍの波長で、９００ＯＤ／ｍＬ、１，０００ＯＤ／ｍＬ、１，５００ＯＤ／ｍＬ、２，０００ＯＤ／ｍＬ、２，５００ＯＤ／ｍＬ、３，０００ＯＤ／ｍＬ、３，５００ＯＤ／ｍＬ、４，０００ＯＤ／ｍＬ、４，５００ＯＤ／ｍＬ、５，０００ＯＤ／ｍＬ、５，５００ＯＤ／ｍＬ、６，０００ＯＤ／ｍＬ、６，５００ＯＤ／ｍＬ、または７，０００ＯＤ／ｍＬの量であり得る。
【０１５６】
ある特定の実施形態では、例えば、濃縮される、例えば薄膜蒸発により濃縮される限外濾過及び／または透析濾過工程からの結果として生じる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶液は、最大２５重量％の水の含水率、例えば、最大１５重量％の水、最大１０重量％の水、もしくは最大５重量％の水などの最大２０重量％の水の含水率、または例えば、２５〜１０重量％の水、２５〜１５重量％の水、２５〜２０重量％の水、２０〜１５重量％の水、もしくは２０〜１０重量％の水などの２５〜５重量％の範囲の水の含水率を有し得る。
【０１５７】
５．１５  凍結乾燥工程
ある特定の実施形態では、濃縮されたオリゴヌクレオチド、例えば薄膜蒸発工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるオリゴヌクレオチドの調製方法に従い、凍結乾燥工程をさらに受ける。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、濃縮されたオリゴヌクレオチド、例えば薄膜蒸発工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドは、凍結乾燥工程をさらに受け、凍結乾燥工程は、１〜５００ミリトル、例えば、１〜４５０ミリトル、１〜４００ミリトル、１〜３５０ミリトル、１〜３００ミリトル、１〜２５０ミリトル、１〜２００ミリトル、１〜１５０ミリトル、１〜１００ミリトル、１〜５０ミリトル、１００〜５００ミリトル、１００〜４００ミリトル、５０〜３００ミリトル、または２５〜２５０ミリトルの範囲の真空、及び−５０〜３５℃の範囲、例えば、−５０〜−３０℃、−４５〜３０℃、−４５〜２０℃、−４５〜１５℃、−４５〜１０℃、−４５〜５℃、−４５〜０℃、−４５〜−５℃、−４５〜−２０℃、−４０〜２０℃、−４０〜１５℃、−４０〜１０℃、−４０〜５℃、−４０〜０℃、−４０〜−５℃、−３５〜２０℃、−３５〜１５℃、−３５〜１０℃、−３５〜５℃、−３５〜０℃、−１０〜２０℃、１５〜２５℃、または−３５〜−５℃の範囲の温度を利用する。
【０１５９】
ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程をさらに受ける濃縮されたオリゴヌクレオチド、例えば、薄膜蒸発工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、３００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程をさらに受ける濃縮されたオリゴヌクレオチド、例えば、薄膜蒸発工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌであり得る。
【０１６０】
ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程をさらに受ける濃縮されたオリゴヌクレオチド、例えば、薄膜蒸発工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、２６０ｎｍの波長で８００〜７，０００ＯＤ／ｍＬ、例えば、２６０ｎｍの波長で、８００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜５，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜５，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜４，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜４，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜３，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜３，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜２，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜２，０００ＯＤ／ｍＬ、８００〜１，５００ＯＤ／ｍＬ、８００〜１，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜７，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜５，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜５，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜４，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜４，０００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜３，５００ＯＤ／ｍＬ、１，０００〜３，０００ＯＤ／ｍＬ、２，０００〜６，０００ＯＤ／ｍＬ、３，０００〜７，０００ＯＤ／ｍＬ、４，０００〜６，５００ＯＤ／ｍＬ、または５，０００〜７，０００ＯＤ／ｍＬの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程をさらに受ける濃縮されたオリゴヌクレオチド、例えば、薄膜蒸発工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、２６０ｎｍの波長で８００〜７，０００ＯＤ／ｍＬの範囲、例えば、２６０ｎｍの波長で、８００ＯＤ／ｍＬ、９００ＯＤ／ｍＬ、１，０００ＯＤ／ｍＬ、１，５００ＯＤ／ｍＬ、２，０００ＯＤ／ｍＬ、２，５００ＯＤ／ｍＬ、３，０００ＯＤ／ｍＬ、３，５００ＯＤ／ｍＬ、４，０００ＯＤ／ｍＬ、４，５００ＯＤ／ｍＬ、５，０００ＯＤ／ｍＬ、５，５００ＯＤ／ｍＬ、６，０００ＯＤ／ｍＬ、６，５００ＯＤ／ｍＬ、または７，０００ＯＤ／ｍＬの量であり得る。
【０１６１】
ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、３００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であり得る。ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、３００ｍｍｏｌ、４００ｍｍｏｌ、５００ｍｍｏｌ、６００ｍｍｏｌ、７００ｍｍｏｌ、８００ｍｍｏｌ、９００ｍｍｏｌ、１，０００ｍｍｏｌ、１，１００ｍｍｏｌ、１，２００ｍｍｏｌ、１，３００ｍｍｏｌ、１，４００ｍｍｏｌ、１，５００ｍｍｏｌ、１，６００ｍｍｏｌ、１，７００ｍｍｏｌ、１，８００ｍｍｏｌ、１，９００ｍｍｏｌ、２，０００ｍｍｏｌ、２，１００ｍｍｏｌ、２，２００ｍｍｏｌ、２，３００ｍｍｏｌ、２，４００ｍｍｏｌ、２，５００ｍｍｏｌ、２，６００ｍｍｏｌ、２，７００ｍｍｏｌ、２，８００ｍｍｏｌ、２，９００ｍｍｏｌ、３，０００ｍｍｏｌ、３，４００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、４，０００ｍｍｏｌ、４，２００ｍｍｏｌ、４，５００ｍｍｏｌ、５，０００ｍｍｏｌ、または５，４００ｍｍｏｌであり得る。
【０１６２】
ある特定の実施形態では、凍結乾燥工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドの量は、最大２５重量％の水の含水率、例えば、最大１５重量％の水、最大１０重量％の水、もしくは最大５重量％の水などの最大２０重量％の水の含水率、または例えば、２５〜１０重量％の水、２５〜１５重量％の水、２５〜２０重量％の水、２０〜１５重量％の水、２０〜１０重量％の水、１０〜５重量％の水、もしくは６〜８重量％の水などの２５〜５重量％の範囲の水の含水率を有し得る。
【０１６３】
５．１６  合成スケール、含水率、及び分子量特徴
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも３００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）と、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれからなり得る。例えば、ある特定の実施形態では、本組成物は、少なくとも４００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド、例えば、少なくとも５００ｍｍｏｌ、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，１００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，３００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，５００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，７００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも１，９００ｍｍｏｌ、少なくとも２，０００ｍｍｏｌ、少なくとも２，１００ｍｍｏｌ、少なくとも２，２００ｍｍｏｌ、少なくとも２，３００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，５００ｍｍｏｌ、少なくとも２，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも２，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，９００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド、例えば３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲のオリゴヌクレオチド、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，６００〜２，８００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，５００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水、例えば、最大２４重量％、最大２３重量％、最大２２重量％、最大２１重量％、最大２０重量％、最大１９重量％、最大１８重量％、最大１７重量％、最大１６重量％、最大１５重量％、最大１０重量％、最大９重量％、最大８重量％、最大７重量％、最大６重量％、最大５重量％の水、または２５〜５重量％の範囲の水、例えば、２０〜１５重量％、２０〜１０重量％、１５〜１０重量％、１５〜５重量．％、もしくは１０〜５重量％の水などの２５〜２０重量％の範囲の水と、を含むか、またはそれらからなり得る。
【０１６４】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも３００ｍｍｏｌ、例えば少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）と、最大２５重量％の水と、を含むかまたはそれからなり得、オリゴヌクレオチドは少なくとも３，０００Ｄａの分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。例えば、ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドの組成物は、少なくとも３００ｍｍｏｌ、例えば少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれらからなり得、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，５００Ｄａの分子量、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１６５】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法は、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール（例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドの合成を提供するのに十分な充填容量を有するオリゴヌクレオチド合成カラム）のオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）の収量で、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物と、最大２５重量％の水と、を提供し、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。例えば、ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された組成物の収量は、少なくとも２．２５ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド（収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、または少なくとも２．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも２．７５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．２５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．３ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．４ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．６ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．７ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．７５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．８ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも３．９ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも４ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも４．２５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも４．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも４．７５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも５．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも６ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも６．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも７ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも７．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも８ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも８．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも９ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも９．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１０ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１０．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１１ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１１．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１２ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１２．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１３ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１３．５ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１４ｇ／ｍｍｏｌ、少なくとも１４．５ｇ／ｍｍｏｌ、または少なくとも１５ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、例えば、２〜２５ｇ／ｍｍｏｌ合成スケールの範囲のオリゴヌクレオチド、例えば、２〜２０ｇ／ｍｍｏｌ、２〜１５ｇ／ｍｍｏｌ、２〜１２．５ｇ／ｍｍｏｌ、２〜１０ｇ／ｍｍｏｌ、２〜８ｇ／ｍｍｏｌ、２〜６ｇ／ｍｍｏｌ、２〜５．５ｇ／ｍｍｏｌ、２〜５ｇ／ｍｍｏｌ、２〜４．５ｇ／ｍｍｏｌ、２〜４．２５ｇ／ｍｍｏｌ、２〜４ｇ／ｍｍｏｌ、３．５〜４．５ｇ／ｍｍｏｌ、３．５〜４．２５ｇ／ｍｍｏｌ、３．５〜４ｇ／ｍｍｏｌ、５〜２０ｇ／ｍｍｏｌ、５〜１５ｇ／ｍｍｏｌ、５〜１２．５ｇ／ｍｍｏｌ、５〜１０ｇ／ｍｍｏｌ、５〜７．５ｇ／ｍｍｏｌ、６〜８ｇ／ｍｍｏｌ、６〜１０ｇ／ｍｍｏｌ、６〜１５ｇ／ｍｍｏｌ、６〜２０ｇ／ｍｍｏｌ、７〜１０ｇ／ｍｍｏｌ、８〜１２ｇ／ｍｍｏｌ、１０〜１５ｇ／ｍｍｏｌ、１０〜２０ｇ／ｍｍｏｌ、２０〜３０ｇ／ｍｍｏｌ、または１５〜２５ｇ／ｍｍｏｌの範囲の少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチドなどの、オリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る）、及び最大２５重量％の水、例えば、最大２４重量％、最大２３重量％、最大２２重量％、最大２１重量％、最大２０重量％、最大１９重量％、最大１８重量％、最大１７重量％、最大１６重量％、最大１５重量％、最大１０重量％、最大９重量％、最大８重量％、最大７重量％、最大６重量％、最大５重量％の水、または２５〜５重量％の範囲の水、例えば、２０〜１５重量％、２０〜１０重量％、１５〜１０重量％、１５〜５重量％、もしくは１０〜５重量％の水などの２５〜２０重量％の範囲の水であり得る。
【０１６６】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法は、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール（例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドの合成を提供するのに十分な充填容量を有するオリゴヌクレオチド合成カラム）のオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）の収量で、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物と、最大２５重量％の水と、を提供し、オリゴヌクレオチドは少なくとも３，０００Ｄａの分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）であり、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。例えば、ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製される組成物の収量は、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、及び最大２５重量％の水であり得、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，５００Ｄａの分子量、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１６７】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法は、少なくとも２．０ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール（例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドの合成を提供するのに十分な充填容量を有するオリゴヌクレオチド合成カラム）のオリゴヌクレオチド、または２つ以上のプールされた少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール調製物のオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）の収量で、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物と、最大２５重量％の水と、を提供し、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。例えば、ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された組成物の収量は、少なくとも２．０ｇ／ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも２．２５、２．５、２．７５、３．０、３．２５、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、もしくは少なくとも４．０ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、または２つ以上のプールされた少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール調製物、例えば、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０以上のプールされた少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール調製物のオリゴヌクレオチド（収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチド、例えば、２〜２５、２〜２０、２〜１５、２〜１２．５、２〜１０、２〜８、２〜６、２〜５．５、２〜５、２〜４．５、２〜４．２５、２〜４、３．５〜４．５、３．５〜４．２５、３．５〜４、５〜２０、５〜１５、５〜１２．５、５〜１０、５〜７．５、６〜８、６〜１０、６〜１５、６〜２０、７〜１０、８〜１２、１０〜１５、１０〜２０、２０〜３０、または１５〜２５ｇ／ｍｍｏｌの範囲の合成スケールのオリゴヌクレオチドなどの２．０〜２５ｇ／ｍｍｏｌの範囲の合成スケールのオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る）、及び最大２５重量％の水、例えば、最大２０重量％、最大１５重量％、最大１０重量％、最大９重量％、最大８重量％、最大７重量％、最大６重量％、もしくは最大５重量％の水、または２５〜５重量％の範囲の水、例えば、２０〜５重量％の水、１５〜５重量％の水、１０〜５重量％の水、９〜５重量％の水、例えば、８〜５重量％、７〜５重量％、６〜５重量％、９〜６重量％、もしくは８〜７重量％の範囲の水であり得る。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された組成物の収量は、少なくとも２．０ｇ／ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも２．２５、２．５、２．７５、３．０、３．２５、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、もしくは少なくとも４．０ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール、または一緒にプールされた２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０の最小７００ｍｍｏｌオリゴヌクレオチド合成スケール調製物、例えば、一緒にプールされた１〜１０の少なくとも７００ｍｍｏｌオリゴヌクレオチド合成スケール調製物、例えば、一緒にプールされた１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０、または８〜１０の少なくとも７００ｍｍｏｌオリゴヌクレオチド合成スケール調製物、例えば、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，１００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，３００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、もしくは少なくとも４，５００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド合成スケール調製物、または３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，６００〜２，８００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，５００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲のオリゴヌクレオチド合成スケール調製物であり得る。
【０１６８】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法は、少なくとも２．０ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール（例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドの合成を提供するのに十分な充填容量を有するオリゴヌクレオチド合成カラム）のオリゴヌクレオチド、または２つ以上のプールされた少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール調製物のオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）の収量で、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物と、最大２５重量％の水と、を提供し、オリゴヌクレオチドは少なくとも３，０００Ｄａの分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）であり、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。例えば、ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された組成物の収量は、少なくとも２．２５、２．５、２．７５、３．０、３．２５、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、もしくは少なくとも４．０ｇ／ｍｍｏｌなどの少なくとも２．０ｇ／ｍｍｏｌ、例えば、２〜２５、２〜２０、２〜１５、２〜１２．５、２〜１０、２〜８、２〜６、２〜５．５、２〜５、２〜４．５、２〜４．２５、２〜４、３．５〜４．５、３．５〜４．２５、３．５〜４、５〜２０、５〜１５、５〜１２．５、５〜１０、５〜７．５、６〜８、６〜１０、６〜１５、６〜２０、７〜１０、８〜１２、１０〜１５、１０〜２０、２０〜３０、または１５〜２５ｇ／ｍｍｏｌの範囲などの２．０〜２５ｇ／ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケール、または一緒にプールされた３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０以上の少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド合成スケール調製物などの一緒にプールされた２つ以上の少なくとも７００ｍｍｏｌオリゴヌクレオチド合成スケールの調製物、例えば、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，１００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，３００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、もしくは少なくとも４，５００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド合成スケールの調製物、または３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，６００〜２，８００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，５００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲のオリゴヌクレオチド合成スケールの調製物、及び最大２５重量％の水であり得、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得、オリゴヌクレオチドは少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，５００Ｄａの分子量、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１６９】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成は、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）と、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれからなり得る。例えば、ある特定の実施形態では、本組成物は、少なくとも２．５ｋｇのオリゴヌクレオチド、例えば、少なくとも３ｋｇ、少なくとも３．５ｋｇ、少なくとも４ｋｇ、少なくとも４．５ｋｇ、少なくとも５ｋｇ、少なくとも５．５ｋｇ、少なくとも６ｋｇ、少なくとも６．５ｋｇ、少なくとも７ｋｇ、少なくとも７．５ｋｇ、少なくとも８ｋｇ、少なくとも８．５ｋｇ、少なくとも９ｋｇ、少なくとも９．５ｋｇ、少なくとも１０ｋｇ、少なくとも１１ｋｇ、少なくとも１２ｋｇ、少なくとも１３ｋｇ、少なくとも１４ｋｇ、または少なくとも１５ｋｇのオリゴヌクレオチド、例えば、２〜１５ｋｇの範囲のオリゴヌクレオチド、例えば、２〜１２．５ｋｇ、２〜１０ｋｇ、２〜７．５ｋｇ、２〜５ｋｇ、３〜１５ｋｇ、３〜１２．５ｋｇ、３〜１０ｋｇ、３〜８ｋｇ、３〜６ｋｇ、５〜１５ｋｇ、５〜１３ｋｇ、５〜１０ｋｇ、５〜７．５ｋｇ、６〜１５ｋｇ、６〜１０ｋｇ、８〜１５ｋｇ、８〜１２ｋｇ、または１０〜１５ｋｇの範囲のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水、例えば、最大２４重量％、最大２３重量％、最大２２重量％、最大２１重量％、最大２０重量％、最大１９重量％、最大１８重量％、最大１７重量％、最大１６重量％、最大１５重量％、最大１０重量％、最大９重量％、最大８重量％、最大７重量％、最大６重量％、最大５重量％の水、または２５〜５重量％の範囲の水、例えば、２０〜１５重量％、２０〜１０重量％、１５〜１０重量％、１５〜５重量．％、もしくは１０〜５重量％の水などの２５〜２０重量％の範囲の水と、を含むか、またはそれらからなり得る。
【０１７０】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）と、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれからなり得、オリゴヌクレオチドは少なくとも３，０００Ｄａの分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。例えば、ある特定の実施形態では、本組成物は、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれらからなり得、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，５００Ｄａの分子量、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１７１】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムからなどの、少なくとも１つの３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラム（すなわち、少なくとも１つの３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチドの合成を提供する充填容量を有するオリゴヌクレオチド合成カラム）から産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれらからなり得、オリゴヌクレオチドは、本明細書で開示されるように、例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであり、産物は、光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。ある特定の実施形態では、本組成物は、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムなどの少なくとも１つの３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される、少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチド（光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定される）、例えば、それから産生される少なくとも５５ｍｏｌ％、少なくとも６０ｍｏｌ％、少なくとも６５ｍｏｌ％、少なくとも７０ｍｏｌ％、少なくとも７５ｍｏｌ％、少なくとも８０ｍｏｌ％、少なくとも８５ｍｏｌ％、少なくとも９０ｍｏｌ％、少なくとも９５ｍｏｌ％、少なくとも９７ｍｏｌ％、少なくとも９８ｍｏｌ％、または少なくとも９９ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチド、例えば、それから産生される５０〜９９ｍｏｌ％、６０〜９９ｍｏｌ％、７０〜９９ｍｏｌ％、８０〜９９ｍｏｌ％、９０〜９９ｍｏｌ％、９５〜９９ｍｏｌ％、７５〜９５ｍｏｌ％、８０〜９７ｍｏｌ％、８５〜９５ｍｏｌ％、または７０〜９０ｍｏｌ％の範囲のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含むか、またはそれからなり得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド産物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラム、例えば、１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０、または８〜１０の３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムなどの１〜１０の３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから、例えば、６００ｍｍｏｌ以上、７００ｍｍｏｌ以上、８００ｍｍｏｌ以上、９００ｍｍｏｌ以上、１，０００ｍｍｏｌ以上、１，１００ｍｍｏｌ以上、１，２００ｍｍｏｌ以上、１，３００ｍｍｏｌ以上、１，４００ｍｍｏｌ以上、１，５００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、１，７００ｍｍｏｌ以上、１，８００ｍｍｏｌ以上、１，９００ｍｍｏｌ以上、２，０００ｍｍｏｌ以上、２，１００ｍｍｏｌ以上、２，２００ｍｍｏｌ以上、２，３００ｍｍｏｌ以上、２，４００ｍｍｏｌ以上、２，５００ｍｍｏｌ以上、２，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、２，８００ｍｍｏｌ以上、２，９００ｍｍｏｌ以上、３，０００ｍｍｏｌ以上、３，２００ｍｍｏｌ以上、３，４００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，２００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、もしくは５，４００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから、または３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，６００〜２，８００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，５００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，５００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲のオリゴヌクレオチド合成カラムからプールされ、最大２５重量％の水である。ある特定の実施形態では、本組成物は、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムなどの３００ｍｍｏｌ以上（光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されるオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定される）の少なくとも１つのオリゴヌクレオチド合成カラム、例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０、または１〜１０、１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０、もしくは８〜１０の範囲の３００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラム、例えば、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水、例えば、最大２４重量％、最大２３重量％、最大２２重量％、最大２１重量％、最大２０重量％、最大１９重量％、最大１８重量％、最大１７重量％、最大１６重量％、最大１５重量％、最大１０重量％、最大９重量％、最大８重量％、最大７重量％、最大６重量％、最大５重量％の水などの最大２５重量％の水、または２５〜５重量％の範囲の水、例えば、２０〜１５重量％、２０〜１０重量％、１５〜１０重量％、１５〜５重量．％、もしくは１０〜５重量％の水などの２５〜２０重量％の範囲の水と、を含むか、またはそれらからなり得、オリゴヌクレオチドは、少なくとも３，０００Ｄａの分子量、例えば、少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，５００Ｄａの分子量、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量を有し、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１７２】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）を含むかまたはそれからなる、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物の純度は、６０％以上（例えば、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）、例えば、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または９９％以上の純度、例えば５０〜９９％、例えば、６０〜９９％、７０−９９％、８０〜９９％、９０〜９９％、９５〜９９％、７５〜９５％、８０〜９７％、８５〜９５％、または７０〜９０％（例えば、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）の範囲の純度であり得、該組成物におけるオリゴヌクレオチドの分子量は、少なくとも３，５００Ｄａ、少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，０００Ｄａ、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量であり、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１７３】
ある特定の実施形態では、規定数のヌクレオチド（Ｎ）を有するように設計されたオリゴヌクレオチド（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド）の、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、組成物の重量に対して４重量％以下の量の（Ｎ＋１）数のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド、例えば、組成物の重量に対して３．５重量％以下、例えば、規定数のヌクレオチド（Ｎ）を有するように設計されたオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物の重量に対して３．０重量％以下、２．５重量％以下、２．０重量％以下、１．５重量％以下、１．０重量％以下、または０．５重量％以下の量の（Ｎ＋１）数のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドを含み得る。例えば、ある特定の実施形態では、規定数のヌクレオチド（Ｎ＝２１）を有するように設計されたオリゴヌクレオチドの組成物は、規定数のヌクレオチド（Ｎ＝２１または２１量体）を有するように設計されたオリゴヌクレオチドの組成物の重量に対して４重量％以下の量の（Ｎ＋１）数のヌクレオチド（すなわち、Ｎ＋１＝２２または２２量体）を有するオリゴヌクレオチドを含み得る。
【０１７４】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり得、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は、保護される（例えば、本明細書で記載される方法を使用して合成される保護された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドまたは化学修飾された抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの配列を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それらからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含む保護されたオリゴヌクレオチド）。例えば、ある特定の実施形態では、本組成物は保護されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基のみが保護される。ある特定の実施形態では、本組成物は、切断及び合成カラムからの溶出後に得られた保護されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は保護される。ある特定の実施形態では、保護された５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基を有する保護されたオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなる組成物の純度は、６０％以上（例えば、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）、例えば、６５％以上、７０％以上、７５％以上、８０％以上、８５％以上、９０％以上、９５％以上、９７％以上、または９９％以上、例えば、５０〜９９％、６０〜９９％、７０−９９％、８０〜９９％、９０〜９９％、９５〜９９％、７５〜９５％、８０〜９７％、８５〜９５％、または７０〜９０％（例えば、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）の範囲の純度であり、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物において保護された５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基を有する保護されたオリゴヌクレオチドの分子量は、少なくとも３，５００Ｄａ、少なくとも４，０００Ｄａ、少なくとも４，５００Ｄａ、少なくとも５，０００Ｄａ、少なくとも５，５００Ｄａ、少なくとも６，０００Ｄａ、少なくとも６，５００Ｄａ、少なくとも７，０００Ｄａ、少なくとも７，５００Ｄａ、少なくとも８，０００Ｄａ、少なくとも８，５００Ｄａ、少なくとも９，０００Ｄａ、少なくとも９，５００Ｄａ、または少なくとも１０，０００Ｄａの分子量などの少なくとも３，０００Ｄａ、例えば、３，０００〜１７，０００Ｄａ、３，０００〜１５，０００Ｄａ、３，０００〜１２，０００Ｄａ、３，０００〜１０，０００Ｄａ、３，０００〜８，０００Ｄａ、３，０００〜５，０００Ｄａ、５，０００〜２０，０００Ｄａ、５，０００〜１５，０００Ｄａ、５，０００〜１３，０００Ｄａ、５，０００〜１０，０００Ｄａ、５，０００〜９，０００Ｄａ、５，０００〜７，０００Ｄａ、６，０００〜２０，０００Ｄａ、６，０００〜１６，０００Ｄａ、６，０００〜１１，０００Ｄａ、６，０００〜９，０００Ｄａ、６，５００〜７，５００Ｄａ、１０，０００〜２０，０００Ｄａ、１０，０００〜１５，０００Ｄａ、１２，０００〜１８，０００Ｄａ、または１５，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量であり、分子量はプロトン化分子量、アルカリ金属分子量（ナトリウム塩形態分子量など）、またはアルカリ性金属分子量（マグネシウム塩形態分子量など）である。
【０１７５】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つまたは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））から産生されるオリゴヌクレオチド合成から得ることができ、該オリゴヌクレオチド合成産物は、（１）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、または（２）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供することができる。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つまたは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））から産生されるオリゴヌクレオチド合成から得ることができ、該オリゴヌクレオチド合成出力は、（１）オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）、もしくは乾燥工程（例えば、凍結乾燥）またはそれらの組み合わせを含む、少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理されるか、（２）プールもしくは組み合わされ（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ａ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復または複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、または（ｂ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、引き続き、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配する、あるいは（３）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、所定量の充填容量の、固体支持体を有する少なくとも１つまたは複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））から産生されるオリゴヌクレオチド合成から得ることができ、該オリゴヌクレオチド合成産物は、オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）、もしくは乾燥工程（例えば、凍結乾燥）またはそれらの組み合わせを含む、少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理され得、（１）オリゴヌクレオチド合成産物は、（ａ）プールもしくは組み合わされ（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ｉ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復または複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、または（ｉｉ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、引き続き、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配する、あるいは（ｂ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得、及び／または（２）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）のうちのいずれか１つ、複数、もしくは各々から得られる産物は、（ａ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｂ）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ｉ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物もしくは固体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｉｉ）第２の、次の、もしくは下流の（例えば、図１を参照されたい）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復または複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、または（ｉｉｉ）第２の、次の、もしくは下流の（例えば、図１を参照されたい）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、あるいは（ｃ）第２の、次の、もしくは下流の（例えば、図１を参照されたい）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。
【０１７６】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）、オリゴヌクレオチド合成産物（少なくとも１つの、複数の、分配された、またはプールされた（または組み合わされた）オリゴヌクレオチド合成産物）をオリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）に供することにより得る（調製する）ことができ、単一または複数の並列反復から産生される化学変換されたオリゴヌクレオチドは、（１）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ａ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｂ）オリゴヌクレオチド精製、オリゴヌクレオチド脱塩工程、液体組成物濃縮工程、もしくは乾燥工程、またはそれらの組み合わせを含む少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、あるいは（ｃ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配するか、（２）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）さらに処理されるか、あるいは（３）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。
【０１７７】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）、化学変換されたオリゴヌクレオチド合成産物（少なくとも１つの、複数の、分配された、またはプールされた（または組み合わされた）化学変換されたオリゴヌクレオチド合成産物）をオリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）に供することにより得る（調製する）ことができ、単一または複数の並列反復から産生される精製されたオリゴヌクレオチドは、（１）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ａ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｂ）オリゴヌクレオチド脱塩工程、液体組成物濃縮工程、もしくは乾燥工程、またはそれらの組み合わせを含む少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、あるいは（ｃ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配するか、（２）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）さらに処理されるか、あるいは（３）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）は、所定量を精製するのに十分なイオン交換容量を有する単一のイオン交換カラムを利用するなどの単一反復で行われ得るか、あるいは所定量を精製するのに十分なイオン交換容量を有する複数のイオン交換カラムを利用するか、または１つ以上の並列カラム上でもしくは互いの後で複数の実行（必ずしも同時に行われる必要はない）を行うなどの複数の並列反復で行われ得、例えば、所定量を精製するのに十分なイオン交換容量を有する１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、もしくは６０のイオン交換カラム（複数可）、または所定量を精製するのに十分なイオン交換容量を有するイオン交換カラム（複数可）上での精製実行（例えば、並列カラム上でまたは互いの後で実行）、例えば、所定量を精製するのに十分なイオン交換容量を有する１〜６０、１〜５５、１〜５０、１〜４５、１〜４０、１〜３５、１〜３０、１〜２５、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、３〜１０、３〜８、３〜５、４〜６、５〜１０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１０〜１５、２０〜５０、３０〜６０、もしくは４０〜５５以下のイオン交換カラム（複数可）または所定量を精製するのに十分なイオン交換容量を有するイオン交換カラム（複数可）上での精製実行（例えば、並列カラム上でまたは互いの後で実行）を利用して行われ得る。
【０１７８】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）、精製されたオリゴヌクレオチド合成産物（少なくとも１つの、複数の、分配された、またはプールされた（または組み合わされた）精製されたオリゴヌクレオチド合成産物）をオリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）に供することにより得る（調製する）ことができ、単一または複数の並列反復から産生される脱塩されたオリゴヌクレオチドは、（１）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ａ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｂ）液体組成物濃縮工程、もしくは乾燥工程、またはそれらの組み合わせを含む少なくとも１つのさらなる工程（複数可）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、あるいは（ｃ）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配するか、（２）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）さらに処理されるか、あるいは（３）少なくとも１つのさらなる工程（複数可）（またはそれらの組み合わせ）により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。
【０１７９】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）、脱塩されたオリゴヌクレオチド合成産物（少なくとも１つの、複数の、分配された、またはプールされた（または組み合わされた）脱塩されたオリゴヌクレオチド合成産物）を液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）に供することにより得る（調製する）ことができ、単一または複数の並列反復から産生される濃縮されたオリゴヌクレオチド液体組成物は、（１）プールもしくは組み合わされて（結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるように）、（ａ）単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を液体オリゴヌクレオチド組成物として提供するか、（ｂ）乾燥工程により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、あるいは（ｃ）乾燥工程により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物をより少ない分量に分配するか、（２）乾燥工程により、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）さらに処理されるか、あるいは（３）乾燥工程により、複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）処理される前に、より少ない分量に分配し得る。
【０１８０】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、単一反復もしくは複数の並列反復で（必ずしも同時に行われる必要はない）、濃縮されたオリゴヌクレオチド液体組成物産物（少なくとも１つの、複数の、分配された、またはプールされた（または組み合わされた）濃縮されたオリゴヌクレオチド液体組成物産物）を乾燥工程（例えば、凍結乾燥）に供することにより得る（調製する）ことができ、単一または複数の並列反復から産生される乾燥させたオリゴヌクレオチド固体組成物は、結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物が均一の特徴及び品質を有する、例えば、物理的及び化学的特性が該結果として生じるプールされた／組み合わされたオリゴヌクレオチド組成物全体に分布されるようにプールされて（または組み合わされて）、単一バッチ組成物（または単一バッチオリゴヌクレオチド組成物）を固体オリゴヌクレオチド組成物として提供され得る。
【０１８１】
ある特定の実施形態では、産生されたオリゴヌクレオチド組成物、例えば、オリゴヌクレオチド合成産物またはさらなる工程のうちの１つ以上からの産物（化学変換されたオリゴヌクレオチド産物、精製されたオリゴヌクレオチド産物、脱塩されたオリゴヌクレオチド産物、濃縮されたオリゴヌクレオチド液体組成物産物、及び／または乾燥させたオリゴヌクレオチド組成物産物など）内に含まれるオリゴヌクレオチドの量は、所定量であり得る。ある特定の実施形態では、産生されたオリゴヌクレオチド組成物（オリゴヌクレオチド合成産物またはさらなる工程のうちの１つ以上からの産物など）は、少なくとも１つの産物、プールもしくは組み合わされた産物、または分配された産物であり得る。ある特定の実施形態では、具体的な量は、少なくとも１００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも１５０ｍｍｏｌ、少なくとも２００ｍｍｏｌ、少なくとも２５０ｍｍｏｌ、少なくとも３００ｍｍｏｌ、少なくとも５００ｍｍｏｌ、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，０００ｍｍｏｌ、少なくとも１，２００ｍｍｏｌ、少なくとも１，４００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも１，８００ｍｍｏｌ、少なくとも２，０００ｍｍｏｌ、少なくとも２，５００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，５００ｍｍｏｌ、少なくとも４，０００ｍｍｏｌ、または少なくとも５，０００ｍｍｏｌであってよく、例えば、具体的な量は、３００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲、例えば、３００〜４，５００ｍｍｏｌ、３００〜４，０００ｍｍｏｌ、３００〜３，６００ｍｍｏｌ、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、７００〜２，７００ｍｍｏｌ、７００〜２，５００ｍｍｏｌ、７００〜２，４００ｍｍｏｌ、７００〜２，０００ｍｍｏｌ、７００〜１，９００ｍｍｏｌ、７００〜１，８００ｍｍｏｌ、７００〜１，７００ｍｍｏｌ、７００〜１，６００ｍｍｏｌ、７００〜１，５００ｍｍｏｌ、７００〜１，４００ｍｍｏｌ、７００〜１，３００ｍｍｏｌ、７００〜１，２００ｍｍｏｌ、７００〜１，１００ｍｍｏｌ、７００〜１，０００ｍｍｏｌ、７００〜９００ｍｍｏｌ、８００〜１，２００ｍｍｏｌ、８００〜１，０００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，８００ｍｍｏｌ、９００〜２，４００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，８００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，０００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，０００〜１，５００ｍｍｏｌ、１，２５０〜１，７５０ｍｍｏｌ、１，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，５００ｍｍｏｌ、１，５００〜２，０００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，４００ｍｍｏｌ、２，０００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，５００〜３，０００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲であってよい。
【０１８２】
ある特定の実施形態では、オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）、または乾燥工程（例えば、凍結乾燥）を伴う複数の並列反復などの複数の並列反復（必ずしも同時に行われる必要はない）は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または最大６０以下の並列反復、例えば、２〜６０、２〜５５、２〜５０、２〜４５、２〜４０、２〜３５、２〜３０、２〜２５、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜９、２〜８、２〜７、２〜６、２〜５、２〜４、２〜３、３〜１０、３〜８、３〜５、４〜６、５〜１０、１０〜６０、１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１０〜１５、２０〜５０、３０〜６０、または４０〜５５以下の並列反復であってよい。ある特定の実施形態では、さらなる工程（複数可）は、次の順序で合成プロセルから下流で行われ得る：オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、オリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）、及び乾燥工程（例えば、凍結乾燥）。ある特定の実施形態では、さらなる工程（複数可）は、次の順序で合成プロセルから下流で行われ得る：オリゴヌクレオチド化学変換工程（例えば、オリゴヌクレオチド脱保護または固体支持体からの切断）、オリゴヌクレオチド精製工程（例えば、イオン交換クロマトグラフィー）、及びオリゴヌクレオチド脱塩工程（例えば、限外濾過及び／または透析濾過）。この順序の後に、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）及び／または乾燥工程（例えば、凍結乾燥）が続くか、または順序は、液体組成物濃縮工程（例えば、薄膜蒸発）及び／または乾燥工程（例えば、凍結乾燥）を含まなくてもよい。
【０１８３】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物を、次の工程順序（各々単一反復で実施されるか、並列して複数の反復で行われるか（必ずしも同時ではない）、またはそれらの組み合わせ）：オリゴヌクレオチド合成工程、合成されたオリゴヌクレオチドの精製工程、精製されたオリゴヌクレオチドの脱塩工程、脱塩されたオリゴヌクレオチドの液体濃縮工程、及び濃縮されたオリゴヌクレオチドの乾燥工程から得て、単一バッチ組成物を固体組成物として提供することができる。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、次の工程ステップ（あれば）に進む前に、特定の工程ステップの複数の反復（または実行）の産物をプールする、例えば、次の工程ステップに進む前に、複数のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））の、合成されたオリゴヌクレオチドの複数のイオン交換精製カラム（複数可）（または精製実行（複数可））の、限外濾過及び／または透析濾過工程（複数可）による精製されたオリゴヌクレオチドの複数の脱塩の、及び／または脱塩されたオリゴヌクレオチドの複数の液体濃縮（複数の薄膜蒸発工程（複数可）などによる）の産物をプールすることを伴い得る。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、液体濃縮された脱塩されたオリゴヌクレオチドの複数の乾燥（複数の凍結乾燥工程（複数可）などによる）の産物をプールすることから得られた固体組成物であり得る。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、濃縮された液体組成物などの液体組成物であってよく、その場合、単一バッチ組成物は、乾燥工程を含まずに（例えば、凍結乾燥工程を含まない）得られる。
【０１８４】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、次の工程ステップ（もしあれば）に進む前に、複数の並列反復（または実行、必ずしも同時ではない）で行われる特定の工程ステップの産物を分配する、例えば、複数の並列反復（または実行、必ずしも同時ではない）で行われる次の工程ステップ（もしあれば）に進む前に、オリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））の、合成されたオリゴヌクレオチドのイオン交換精製カラム（複数可）（または精製実行（複数可））の、限外濾過及び／または透析濾過工程（複数可）による精製されたオリゴヌクレオチドの脱塩の、及び／または脱塩されたオリゴヌクレオチドの液体濃縮（複数の薄膜蒸発工程（複数可）などによる）の産物を分配することを伴い得る。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、液体濃縮された脱塩されたオリゴヌクレオチドの複数の乾燥（複数の凍結乾燥工程（複数可）などによる）の産物を分配することから得られた固体組成物であり得る。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、濃縮された液体組成物などの液体組成物であってよく、その場合、単一バッチ組成物は、乾燥工程を含まずに（例えば、凍結乾燥工程を含まない）得られる。
【０１８５】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、特定の工程ステップからの産物のプールまたは分配を含まずに、次の工程ステップ（もしあれば）の特定の工程ステップの産物の処理に直接進むことを伴ってもよく、次の工程ステップは、特定の工程ステップからの単一産物のみを処理することを伴い得るか、または一連の並列反復（または実行、必ずしも同時ではない）における特定のステップからの複数の産物を処理する、例えば、単一または複数の並列反復（または実行、必ずしも同時ではない）において行われ得る次の工程ステップ（もしあれば）において、オリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）（または合成実行（複数可））の、合成されたオリゴヌクレオチドのイオン交換精製カラム（複数可）（または精製実行（複数可））の、限外濾過及び／または透析濾過工程（複数可）による精製されたオリゴヌクレオチドの脱塩の、及び／または脱塩されたオリゴヌクレオチドの液体濃縮（複数の薄膜蒸発工程（複数可）などによる）の産物の処理に直接進むことを伴い得る。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、液体濃縮された脱塩されたオリゴヌクレオチドの単一産物または複数の産物の乾燥（単一または複数の凍結乾燥工程（複数可）などによる）に直接進むことから得られる固体組成物であり得る。
【０１８６】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物は、次の工程順序（各々単一反復で実施されるか、並列して複数の反復で行われるか（必ずしも同時ではない）、またはそれらの組み合わせ）：オリゴヌクレオチド合成工程、合成されたオリゴヌクレオチドの精製工程、精製されたオリゴヌクレオチドの脱塩工程、脱塩されたオリゴヌクレオチドの液体濃縮工程、及び濃縮されたオリゴヌクレオチドの乾燥工程から得て、単一バッチ組成物を固体組成物として提供することができ、この順序における特定のステップの産物は、次の工程ステップ（もしあれば）に進む前にプールすることができる、次の工程ステップ（もしあれば）に進む前に分配することができる、または特定の工程ステップからの産物のプールもしくは分配を含まない次の工程ステップ（もしあれば）に直接進むことができるか、あるいはそれらの組み合わせである（例えば、一部の工程ステップはプールを伴い得るが、他の工程ステップはプールまたは分配を含まない前のステップの産物を直接処理する）。
【０１８７】
本明細書で使用される単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の調製におけるある特定の実施形態の略図を図１に提供する。例えば、図１の左側のボックスの列は、単一バッチ組成物を固体組成物として調製するために利用された一連の一般的な工程ステップ、及び一連の一般定な工程ステップ：オリゴヌクレオチド合成工程、合成されたオリゴヌクレオチドの精製工程、精製されたオリゴヌクレオチドの脱塩工程、脱塩されたオリゴヌクレオチドの液体濃縮工程、及び濃縮されたオリゴヌクレオチドの乾燥工程が行われる特定の順序を図示する。図１の左側から２番目のボックスの列は、特定の一般的な工程ステップを達成するために利用され得る特定の工程の種類を図示する（例えば、オリゴヌクレオチド合成工程は、所定量の充填容量の、固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラムを利用して達成され得、精製工程はイオン交換クロマトグラフィーカラムを利用して達成され得、脱塩工程は限外濾過及び／または透析濾過工程を利用して達成され得、液体濃縮工程は薄膜蒸発工程を利用して達成され得、乾燥工程は凍結乾燥工程を利用して達成され得る）。図１の右側の残りのボックスの列は、単一バッチオリゴヌクレオチド組成物の３×９００ｍｍｏｌ、４×９００ｍｍｏｌ、及び５×９００ｍｍｏｌスケール調製を図示する（例えば、図１に図示される特定の実施形態に関して、合成ステップ：９００ｍｍｏｌ充填容量の固体支持体を有するオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）を利用し、３、４、または５つのオリゴヌクレオチド合成カラムは、並列してまたは３、４、もしくは５回連続して単一カラム実行として、またはそれらの組み合わせで実行されて、３×９００ｍｍｏｌ、４×９００ｍｍｏｌ、及び５×９００ｍｍｏｌスケール合成を達成し得る；精製ステップ：９００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド組成物を精製するイオン交換容量を有するイオン交換クロマトグラフィーカラム（複数可）を利用し、オリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）から（例えば、３、４、または５つのカラム）のオリゴヌクレオチド合成産物は精製ステップに直接進み（合成産物のプールまたは分配を含まない）、３、４、または５つのイオン交換クロマトグラフィーカラムは、並列してまたは３、４、もしくは５回連続して単一カラム実行として、またはそれらの組み合わせで実行されて、３×９００ｍｍｏｌ、４×９００ｍｍｏｌ、及び５×９００ｍｍｏｌスケールの精製を達成し得る；脱塩ステップ：２，７００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、または４，５００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドを含むプールされたオリゴヌクレオチド組成物を脱塩する容量を有する限外濾過及び／または透析濾過工程を利用して、３×９００ｍｍｏｌ、４×９００ｍｍｏｌ、及び５×９００ｍｍｏｌスケールの脱塩を達成し得、プールされたオリゴヌクレオチド組成物は、脱塩工程に進む前に、それぞれ、３、４、または５つのイオン交換クロマトグラフィーカラム（複数可）（並列してまたは連続して実行）からの産物をプールすることによって提供された；液体濃縮ステップ：２，７００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、または４，５００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドを含む脱塩された液体オリゴヌクレオチド組成物を濃縮する容量を有する薄膜蒸発工程を利用して、３×９００ｍｍｏｌ、４×９００ｍｍｏｌ、及び５×９００ｍｍｏｌスケールの液体濃縮を達成し、ＵＦ／ＤＦ工程からの脱塩された産物は液体濃縮ステップに直接進んだ（脱塩された産物のプールまたは分配を含まない）；ならびに乾燥ステップ：２，７００ｍｍｏｌ、３，６００ｍｍｏｌ、または４，５００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドを含む濃縮された液体組成物を乾燥させる容量を有する凍結乾燥工程を利用して、３×９００ｍｍｏｌ、４×９００ｍｍｏｌ、及び５×９００ｍｍｏｌスケールの乾燥を達成し、ＴＦＥ工程からの液体濃縮産物は、乾燥ステップに直接進んだ（液体濃縮された産物のプールまたは分配を含まない）。
【０１８８】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド合成工程、オリゴヌクレオチド精製工程、オリゴヌクレオチド脱塩工程、及びオリゴヌクレオチド液体組成物濃縮工程、ならびに任意選択でオリゴヌクレオチド乾燥工程を含む一連の工程から得ることができ、一連の少なくとも１つの工程は、１回以下の単一反復で行われ、一連の残りのすべての下流工程（もしあれば）は、該少なくとも１つのプロセスから単一産物を創出するように１回以下の単一反復で行われ、それにより精製、脱塩、及び濃縮された（及び任意選択で乾燥させた）オリゴヌクレオチド組成物を提供する。
【０１８９】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、一連の工程のうちの１つ以上が複数の反復で行われてもよく、複数の反復で行われた工程から下流の該一連の少なくとも１つの工程が１回以下の単一反復で行われ、少なくとも１つの下流工程から単一産物を創出するように複数の反復で行われた前の工程の産物すべてを組み合わせ（またはプールする）、それにより精製、脱塩、及び濃縮された（及び任意選択で乾燥させた）オリゴヌクレオチド組成物を提供する一連の工程から得ることができる。
【０１９０】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド合成工程の単一反復、オリゴヌクレオチド精製工程の単一反復、オリゴヌクレオチド脱塩工程の単一反復、及びオリゴヌクレオチド液体組成物濃縮工程の単一反復、ならびに任意選択でオリゴヌクレオチド乾燥工程の単一反復を含む一連の工程から得ることができ、それにより精製、脱塩、及び濃縮された（及び任意選択で乾燥させた）オリゴヌクレオチド組成物を提供する。
【０１９１】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチド合成工程の複数の反復、オリゴヌクレオチド精製工程の複数の反復、オリゴヌクレオチド精製工程の複数の反復からの組み合わされたまたはプールされた産物を脱塩することにより行われるオリゴヌクレオチド脱塩工程の単一反復、及びオリゴヌクレオチド液体組成物濃縮工程の単一反復、ならびに任意選択でオリゴヌクレオチド乾燥工程の単一反復を含む一連の工程から得ることができ、それにより精製、脱塩、及び濃縮された（及び任意選択で乾燥させた）オリゴヌクレオチド組成物を提供する。
【０１９２】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、単一オリゴヌクレオチド合成工程の複数の反復、それに続く単一オリゴヌクレオチド精製工程、単一オリゴヌクレオチド合成工程の複数の反復、それに続く単一のオリゴヌクレオチド精製工程からの組み合わされたまたはプールされた産物を脱塩することにより行われるオリゴヌクレオチド脱塩工程の単一反復、及びオリゴヌクレオチド液体組成物濃縮工程の単一反復、ならびに任意選択でオリゴヌクレオチド乾燥工程の単一反復を含む一連の工程から得ることができ、それにより精製、脱塩、及び濃縮された（及び任意選択で乾燥させた）オリゴヌクレオチド組成物を提供する。
【０１９３】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物を、任意選択のオリゴヌクレオチド乾燥工程を含まない一連の工程から得て、液体オリゴヌクレオチド組成物を提供することができる。ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物を、任意選択のオリゴヌクレオチド乾燥工程を含む一連の工程から得て、固体オリゴヌクレオチド組成物を提供することができる。
【０１９４】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも６５％、例えば、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の均一度、例えば、６５〜９９％、７０〜９９％、７５〜９９％、８０〜９９％、８５〜９９％、９０〜９９％、９５〜９９％、６５〜９５％、７０〜９５％、７５〜９５％、８０〜９７％、または８５〜９５％の範囲の均一度のオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり得、オリゴヌクレオチドは、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の核酸配列、またはそれに対して相補的配列を有するオリゴヌクレオチド、例えばＭｏｎｇｅｒｓｅｎ（以前のＧＥＤ−０３０１）であり得る。ある特定の実施形態では、均一度はＲＰ−ＨＰＬＣにより決定され得る。例えば、ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物などのオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも６５％、例えば、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の均一度、例えば、６５〜９９％、７０〜９９％、７５〜９９％、８０〜９９％、８５〜９９％、９０〜９９％、９５〜９９％、６５〜９５％、７０〜９５％、７５〜９５％、８０〜９７％、または８５〜９５％の範囲の均一度の、少なくとも７００ｍｍｏｌまたは少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドを含むか、またはそれからなり得、オリゴヌクレオチドは、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の核酸配列、またはそれに対して相補的配列を有するオリゴヌクレオチド、例えばＭｏｎｇｅｒｓｅｎ（以前のＧＥＤ−０３０１）であり得る。
【０１９５】
５．１７  オリゴヌクレオチドの製剤化及び使用
単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られたオリゴヌクレオチドなどの本明細書で提供される方法に従い合成されたオリゴヌクレオチド（例えば、５−５．１６節の記載を参照されたい）は、医薬組成物（例えば、５．１８節の記載及び参照によりその全体が組み込まれる公開された国際公開第ＷＯ２０１６／１０５５１６号を参照されたい）に製剤化することができる。例えば、医薬組成物に製剤化することができるオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは化学修飾されたＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有する、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチド、または単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られたオリゴヌクレオチドであり得る。これらのオリゴヌクレオチド及び医薬組成物は、治療を必要とする患者の適応症、例えば、炎症性適応症、例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）など）の治療に使用され得る（例えば、５．１８〜５．１９節の記載及び公開された国際公開第ＷＯ２０１６／１０５５１６号を参照されたい）。
【０１９６】
５．１８  医薬組成物
本節に記載される医薬組成物は、本明細書で提供される使用方法で使用され得る。例えば、５．１９節の記載を参照されたい。ある特定の実施形態では、経口剤形などの医薬組成物は、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られたオリゴヌクレオチドなどの本明細書で提供される方法に従い合成されたオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は経口医薬組成物である。ある特定の実施形態では、医薬組成物は、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示された方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドを、ＩＢＤ患者の回腸末端部及び／または右結腸に局所送達するために腸溶コーティングを含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物は胃耐性顆粒製剤である。
【０１９７】
企図されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７に対して作用するオリゴヌクレオチドを含み、経口投与され得る。炎症性腸疾患（ＩＢＤ）に罹患している対象に経口投与される場合、開示される療法は、有効量のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者の腸管系に送達する、例えば、有効量のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者の回腸末端部及び／または右結腸に送達することができる。
【０１９８】
本明細書で提供されるＩＢＤを治療する方法のある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７療法（例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む療法）は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの経口送達、例えば、本組成物がアンチセンス化合物を、例えば患者の回腸末端部及び右結腸に送達することができるように、腸溶コーティング、例えば、胃耐性コーティングを含む錠剤に適している。例えば、そのような投与は、実質的にアンチセンス化合物を直接対象の腸管の患部に局所適用する局所作用をもたらすことができる。ある特定の実施形態では、そのような投与は、アンチセンス化合物の望ましくない全身性吸収を実質的に避けることができる。
【０１９９】
例えば、経口投与用の錠剤は、開示されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドと、薬学的に許容される賦形剤と、を含む顆粒を含み得る（例えば、顆粒から少なくとも部分的に形成される）。そのような錠剤は、腸溶コーティングでコーティングされ得る。企図される錠剤は、充填剤、結合剤、崩壊剤、及び／または滑沢剤、ならびに着色剤、放出剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤、例えば、ウィンターグリーン、オレンジ、キシリトール、ソルビトール、フルクトース、及びマルトデキストリン、ならびに香剤、防腐剤、及び／または酸化防止剤などの薬学的に許容される賦形剤を含み得る。ある特定の実施形態では、経口剤形（例えば、本明細書で開示される錠剤またはコーティング錠剤）などの医薬組成物は、本明細書で提供される方法に従い合成されたオリゴヌクレオチドなどの開示されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む単一バッチ組成物の一部を、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに製剤化する（組み合わせる、混合する、または混和するなど）ことを含む。例えば、ある特定の実施形態では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。
【０２００】
ある特定の実施形態では、企図される医薬製剤は、企図されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは薬学的に許容される塩及び薬学的に許容される充填剤を含む顆粒内相を含む。例えば、オリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは化学修飾されたＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られたオリゴヌクレオチドなどの本明細書で提供される方法に従い合成されたオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有する、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する少なくとも１０ヌクレオチドの一部を含むか、それからなるか、またはその長さの最大２１ヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドであり、充填剤は、任意選択で他の賦形剤と一緒に混和され、顆粒に形成され得る。ある特定の実施形態では、顆粒内相は、例えば、液体（例えば、水）を混和したアンチセンス化合物及び充填剤に添加する湿式造粒を使用して形成され得、その後組み合わせ物を乾燥、製粉、及び／または篩過して顆粒を生成する。当業者は、顆粒内相を得るために他の工程を使用することができることを理解するだろう。
【０２０１】
ある特定の実施形態では、企図される製剤は、１つ以上の薬学的に許容される賦形剤を含み得、顆粒内相と混和されて開示される製剤を形成する、顆粒外相を含む。
【０２０２】
抗ＳＭＡＤ７療法製剤は、充填剤を含む顆粒内相を含み得る。例示的な充填剤としては、セルロース、ゼラチン、リン酸カルシウム、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、微結晶セルロース、ペクチン、ポリアクリレート、デキストロース、酢酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、部分的にアルファ化されたデンプン、炭酸カルシウム、及びそれらの組み合わせを含むその他が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２０３】
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７療法製剤は、顆粒内相、及び／または医薬製剤の成分を一緒に保持するように一般的に機能し得る結合剤を含む顆粒外相を含み得る。例示的な結合剤としては、例えば、次：デンプン、糖、セルロースもしくは修飾されたセルロース、例えば、ヒドロキシプロピルセルロース、ラクトース、アルファ化されたトウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、糖アルコール、それらの組み合わせを含むその他が挙げられる。
【０２０４】
例えば、顆粒内相及び／または顆粒外相を含む企図される抗ＳＭＡＤ７療法製剤には、崩壊剤、例えば、デンプン、セルロース、架橋ポリビニルピロリドン、デンプングリコール酸ナトリウム、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、アルギン酸塩、トウモロコシデンプン、クロスメロースナトリウム、架橋カルボキシメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、アカシア、及びそれらの組合せを含むその他が含まれ得るが、これらに限定されない。例えば、顆粒内相及び／または顆粒外相は崩壊剤を含み得る。
【０２０５】
ある特定の実施形態では、企図される抗ＳＭＡＤ７療法製剤は、開示されるアンチセンス化合物、及びマンニトール、微結晶セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、及びデンプングリコール酸ナトリウム、またはそれらの組み合わせから選択される賦形剤を含む顆粒内相と、微結晶セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、及びステアリン酸マグネシウム、またはそれらの混合物のうちの１つ以上を含む顆粒外相と、を含む。
【０２０６】
ある特定の実施形態では、企図される抗ＳＭＡＤ７療法製剤は滑沢剤を含み得、例えば、顆粒外相は滑沢剤を含み得る。滑沢剤としては、タルク、シリカ、脂肪、ステアリン、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、二酸化ケイ素、ケイ酸カルシウム、リン酸カルシウム、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸金属塩、水素化植物油、トウモロコシデンプン、安息香酸ナトリウム、ポリエチレングリコール、酢酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、タルク、及びステアリン酸が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２０７】
ある特定の実施形態では、医薬製剤は、腸溶コーティングを含む。一般的に、腸溶コーティングは、薬物が消化管に沿って吸収される位置を制御する経口薬のバリアを形成する。腸溶コーティングは、ｐＨによって異なる速度で崩壊するポリマーを含み得る。腸溶コーティングは、例えば、酢酸フタル酸セルロース、アクリル酸メチル−メタクリル酸コポリマー、酢酸コハク酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、メタクリル酸メチル−メタクリル酸コポリマー、アクリル酸エチル−メタクリル酸コポリマー、メタクリル酸コポリマーＣタイプ、酢酸−フタル酸ポリビニル、及び酢酸フタル酸セルロースを含み得る。
【０２０８】
ある特定の実施形態では、腸溶コーティングは、メタクリル酸、メタクリル／アクリルエステル、またはそれらの誘導体に基づいてアニオン性、カチオン性、または中性コポリマーを含む。ある特定の実施形態では、腸溶コーティングは、アクリル酸エチル−メタクリル酸コポリマーを含む。市販されている腸溶コーティングには、Ｏｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、Ａｃｒｙｌ−ＥＺＥ（登録商標）、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）が含まれる。ある特定の実施形態では、腸溶コーティングは、企図される錠剤の約５重量％〜約１０重量％、約５重量％〜約２０重量％、約８〜約１５重量％、約８重量％〜約１８重量％、約１０重量％〜約１２重量％、または約１２重量％〜約１６重量％を構成する。
【０２０９】
例えば、約０．５重量％〜約７０重量％、例えば、約０．５重量％〜約１０重量％、または約１重量％〜約２０重量％のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩を含むか、または本質的にそれからなる錠剤形態の抗ＳＭＡＤ７療法が提供される。そのような錠剤は、例えば、約０．５重量％〜約６０重量％のマンニトール、例えば、約３０重量％〜約５０重量％のマンニトール、例えば、約４０重量％のマンニトール、及び／または約２０重量％〜約４０重量％の微結晶セルロース、または約１０重量％〜約３０重量％の微結晶セルロースを含み得る。例えば、企図される錠剤は、約３０重量％〜約６０重量％、例えば、約４５重量％〜約６５重量％、またはあるいは約５〜約１０重量％の、本明細書で提供される方法に従い合成されるオリゴヌクレオチド、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する）、約３０重量％〜約５０重量％、またはあるいは約５重量％〜約１５重量％のマンニトール、約５重量％〜約１５重量％の微結晶セルロース、約０重量％〜約４重量％、もしくは約１重量％〜約７重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、及び約０重量％〜約４重量％、例えば、約２重量％〜約４重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含む顆粒内相を含み得る。
【０２１０】
例示的な抗ＳＭＡＤ７療法製剤は、約１０ｍｇ〜約５００ｍｇの、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する）を含むか、または本質的にそれからなる剤形を含み、例えば、約３０ｍｇ〜約３１０ｍｇ、約５０ｍｇ〜約２９０ｍｇ、約７０ｍｇ〜約２７０ｍｇ、約７０ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約９０ｍｇ〜約２３０ｍｇ、約１１０ｍｇ〜約２１０ｍｇ、または１３０ｍｇ〜約１９０ｍｇ、もしくは１５０ｍｇ〜約１７０ｍｇのＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含む錠剤が本明細書で企図される。ある特定の実施形態では、錠剤は、約５ｍｇ〜約９０ｍｇ、約１０ｍｇ〜約７０ｍｇ、または約３０ｍｇ〜約５０ｍｇの、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する。ある特定の実施形態では、錠剤は、約２０ｍｇ、約４０ｍｇ、約６０ｍｇ、約８０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約１８０ｍｇ、約２００ｍｇ、約２２０ｍｇ、約２４０ｍｇ、約２６０ｍｇ、約２８０ｍｇ、または約３００ｍｇの、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する。
【０２１１】
一実施形態では、抗ＳＭＡＤ７療法は、約０．５重量％〜約１０重量％の、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する）またはその薬学的に許容される塩、約３０重量％〜約５０重量％のマンニトール、及び約１０重量％〜約３０重量％の微結晶セルロースを含む、経口用途用の錠剤であり得る。
【０２１２】
本発明の例示的な実施形態では、約５０重量％の、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する）（またはその塩）、約１１．５重量％のマンニトール、約１０重量％の微結晶セルロース、約３重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、及び約２．５重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含み得る顆粒内相と、約２０重量％の微結晶セルロース、約２．５重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、及び約０．５重量％のステアリン酸マグネシウムを含み得る顆粒外相と、を含む、経口投与用の薬学的に許容される錠剤が提供される。錠剤は腸溶コーティングも含み得る。
【０２１３】
別の例示的な実施形態では、約５重量％〜１０重量％、例えば８重量％の、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する）、約４０重量％のマンニトール、約８重量％の微結晶セルロース、約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、及び約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含むか、または本質的にそれからなり得る顆粒内相と、約１７重量％の微結晶セルロース、約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、及び約０．４重量％のステアリン酸マグネシウムを含み得る顆粒外相と、を含むか、または本質的にそれらからなる経口投与用の薬学的に許容される錠剤が提供される。
【０２１４】
企図される錠剤は腸溶コーティングも含み得、例えば、開示される錠剤は、約１０重量％、約１１重量％、約１２重量％、約１３重量％、約１４重量％、約１５重量％、約１６重量％、約１７重量％、または約１８重量％の腸溶コーティング、例えば、アクリル酸エチル−メタクリル酸コポリマー（例えば、ＡｃｙｒｌＥＺＥ（登録商標））を含み得る。
【０２１５】
ある特定の実施形態では、錠剤は、コーティングされた錠剤であり、コーティングされた錠剤は、約１１重量％の腸溶コーティング、例えば、アクリル酸エチル−メタクリル酸コポリマー（例えば、ＡｃｙｒｌＥＺＥ（登録商標））と、約４０ｍｇまたは１６０ｍｇの、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドと、を含み、オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する。例えば、抗ＳＭＡＤ７療法は、顆粒内相と、顆粒外相と、を含む経口用途用の薬学的に許容される錠剤の形態であってよく、錠剤が腸溶コーティングをさらに含み得る場合、例えば、顆粒内相は、約５重量％〜約１０重量％（例えば、約８重量％）の、本明細書で提供される方法に従い合成される、例えば、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）の核酸配列を有する）またはその薬学的に許容される塩、約４０重量％のマンニトール、約８重量％の微結晶セルロース、約５重量％のヒドロキシプロピルメチルセルロース、及び約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウムを含み、例えば、顆粒外相は、約１７重量％の微結晶セルロース、約２重量％のデンプングリコール酸ナトリウム、及び約０．４重量％のステアリン酸マグネシウムを含む。
【０２１６】
ある特定の実施形態では、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物から得られたオリゴヌクレオチドなどの本明細書で提供される方法に従い合成されたオリゴヌクレオチド（例えば、５〜５．１６節の記載を参照されたい）は、本明細書に開示される方法に従う、一連の医薬組成物、例えば、経口剤形（例えば、本明細書に記載される錠剤またはコーティング錠剤）に製剤化され得る。例えば、ある特定の実施形態では、一連の錠剤（例えば、コーティング錠剤）の調製方法は、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド、例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物を経口投薬に適した分量に分配することと、その分量を薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせることと、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。例えば、ある特定の実施形態では、一連の錠剤（例えば、コーティング錠剤）の調製方法は、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、例えば、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物を経口投薬に適した１つ以上の分量に分配することと、１つ以上の分量のうちの少なくとも１つまたはその各々を薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせることと、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。例えば、ある特定の実施形態では、一連の錠剤（例えば、コーティング錠剤）の調製方法は、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドを含む、例えば、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物を経口投薬に適した１つ以上の分量に分配することと、１つ以上の分量のうちの少なくとも１つまたはその各々を薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせることと、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  Ｃ���Ｃ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。例えば、ある特定の実施形態では、一連の錠剤（例えば、コーティング錠剤）の調製方法は、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生された少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドを含む、例えば、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物を経口投薬に適した１つ以上の分量に分配することと、その分量のうちの少なくとも１つまたはその各々を薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせることと、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。ある特定の実施形態では、一連の錠剤（例えば、コーティング錠剤）の調製方法は、少なくとも１００の錠剤（またはコーティング錠剤）、例えば、少なくとも５００、例えば、少なくとも１，０００、少なくとも２，０００、少なくとも５，０００、少なくとも１０，０００、少なくとも２０，０００、少なくとも５０，０００、少なくとも１００，０００、または少なくとも２００，０００の錠剤（またはコーティング錠剤）、例えば、１００〜１，０００，０００の錠剤（またはコーティング錠剤）、例えば、１，０００〜１，０００，０００、１０，０００〜１，０００，０００、５０，０００〜１，０００，０００、１００，０００〜１，０００，０００、または５００〜１，０００，０００の錠剤（またはコーティング錠剤）である。ある特定の実施形態では、一連の錠剤を調製する方法において利用される単一バッチ組成物は、それぞれ、２１  ＣＦＲ  ２１０．３（２）及び２１  ＣＦＲ  ２１０．３（１０）に基づいて定義される用語バッチまたはロットに従う。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された１つ以上、例えば複数の単一バッチ組成物、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の単一バッチ組成物は、一連の錠剤を調製する方法において利用される。
【０２１７】
ある特定の実施形態では、本明細書で開示される単一バッチ組成物の少なくとも一部もしくは実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物（例えば、５〜５．１６節の記載を参照されたい）と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含む医薬組成物バッチが提供される。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、少なくとも１０重量％、少なくとも２０重量％、少なくとも３０重量％、少なくとも４０重量％、少なくとも５０重量％、少なくとも６０重量％、少なくとも７０重量％、少なくとも８０重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％、または１００重量％の、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物を含む。ある特定の実施形態では、例えば、医薬組成物バッチは、少なくとも１つの経口剤形（例えば、本明細書で記載される錠剤またはコーティング錠剤）、例えば一連の経口剤形、例えば一連の錠剤または一連のコーティング錠剤を含む。ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、本明細書で開示される単一バッチ組成物の少なくとも一部もしくは実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、または本明細書で開示される調製方法に従い調製されたオリゴヌクレオチド組成物（例えば、５〜５．１６節の記載を参照されたい）を、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに製剤化する（または組み合わせる）ことによって調製される。ある特定の実施形態では、例えば、医薬組成物バッチは、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド、例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物の少なくとも一部と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、例えば、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物の少なくとも一部と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドを含む、例えば、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物の少なくとも一部と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドを含む、例えば、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチド及び最大２５重量％の水を含むオリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物の少なくとも一部と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含み、オリゴヌクレオチドはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、例えば、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちのいずれか１つの核酸配列を有し、好ましくは核酸配列：配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）（配列中、Ｘは５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する。ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、一連の経口剤形（例えば、錠剤またはコーティング錠剤）を含むか、またはそれである。例えば、ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチは、一連の少なくとも１００の錠剤（またはコーティング錠剤）、例えば、少なくとも５００、例えば、少なくとも１，０００、少なくとも２，０００、少なくとも５，０００、少なくとも１０，０００、少なくとも２０，０００、少なくとも５０，０００、少なくとも１００，０００、または少なくとも２００，０００の錠剤（またはコーティング錠剤）、例えば、１００〜１，０００，０００の錠剤（またはコーティング錠剤）、例えば、１，０００〜１，０００，０００、１０，０００〜１，０００，０００、５０，０００〜１，０００，０００、１００，０００〜１，０００，０００、または５００〜１，０００，０００の錠剤（またはコーティング錠剤）を含むが、またはそれである。ある特定の実施形態では、医薬組成物バッチ、または医薬組成物バッチに含まれるか、もしくは医薬組成物バッチの調製に利用される単一バッチ組成物は、それぞれ、２１  ＣＦＲ  ２１０．３（２）及び２１  ＣＦＲ  ２１０．３（１０）に基づいて定義される用語バッチまたはロットに従う。ある特定の実施形態では、本明細書で開示される方法に従い調製された１つ以上、例えば複数の単一バッチ組成物、例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の単一バッチ組成物は、医薬組���物バッチ内に含まれるか、または医薬組成物バッチの調製に利用される。
【０２１８】
ある特定の実施形態では、企図される製剤、例えば、錠剤またはコーティング錠剤は、患者に経口投与される場合、患者においてオリゴヌクレオチドの最低血漿濃度をもたらすことができる。別の実施形態では、企図される製剤は、患者に経口投与される場合、患者の回腸末端部及び／または右結腸に、例えば、患者の罹患または病変腸管部位に局所送達される。
【０２１９】
５．１９  治療レジメン
５．１９．１投与レジメン
一態様では、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤの治療または管理方法が本明細書で提供され、本方法は、（ａ）第１の治療期間中に第１の用量で患者にＳＭＡＤ７アンチセンス−オリゴヌクレオチドを投与することと、（ｂ）第２の治療期間中に第２の用量で患者にＳＭＡＤ７アンチセンス−オリゴヌクレオチドを投与することと、を含む。
【０２２０】
ある特定の実施形態では、第１の治療期間中に投与される抗ＳＭＡＤ７療法の用量は、第２の治療期間中に投与される用量よりも高い。
【０２２１】
第１及び第２の治療期間は各々、数週間、数ヶ月、または数年の期間であり得る。第１及び第２の期間の長さは、例えば、ＩＢＤ患者が抗ＳＭＡＤ７療法に応答するか、患者がどのくらい強く応答するか（例えば、臨床応答の程度または寛解の発生頻度）、または抗ＳＭＡＤ７療法に以前に応答した患者が再発するか、に応じて調整することができる。
【０２２２】
ある特定の実施形態では、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）はクローン病（ＣＤ）である。ある特定の実施形態では、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。
【０２２３】
５．１９．２ＩＢＤの治療及び管理
本節に列挙される方法は、例えば、臨床活動パラメータまたはバイオマーカーレベルにより決定される、例えば、軽度、中等度、または重度の形態のＩＢＤ（例えば、軽度、中等度、または重度の形態のクローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ））を含む、ＩＢＤを有する患者または対象におけるＩＢＤを治療または管理するのに有用である。ある特定の実施形態では、本方法は、例えば、当該技術分野で知られる、患者におけるある特定のリスク要因（例えば、遺伝的、環境的、または生活要因）の存在により決定される、例えば、ＩＢＤを発症するリスクがある患者においてＩＢＤを予防するのに有用である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、失敗であるＩＢＤ治療（例えば、アミノサリチル酸治療またはステロイド治療）を以前に受けた患者、またはあまりもしくは全く臨床症状のない慢性疾患を経験している治療未経験患者におけるＩＢＤの再発生を予防するのに有用である。
【０２２４】
ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、ＩＢＤの１つ以上の臨床症状を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、ＣＤの症状、例えば、腹痛（例えば、痙攣、触れると痛い、持続痛を含む）、下痢（例えば、血便を含む）、食欲不振、発熱、体重減少、貧血、腸管炎症、もしくは感染（例えば、膿瘍）、裂肛、関節痛、眼の疾患、皮疹、または肝疾患を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、ＵＣの１つ以上の症状、例えば、腸管膨化、腸管炎症、大腸粘膜（結腸）の痛み、下痢、腹痛、または直腸からの出血を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、疾患の慢性期間中の１つ以上のＩＢＤの症状を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、疾患の活動期間中（例えば、疾患の「突然再発」中）の１つ以上のＩＢＤの症状を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、抗ＳＭＡＤ７療法（例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンス−オリゴヌクレオチド）などのＩＢＤ治療に応答したＩＢＤ患者における再発までの時間を増加させることを含む。
【０２２５】
ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、疾患の突然再発の強度を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、突然再発がＩＢＤ患者に起こる頻度を低減することを含む。
【０２２６】
ある特定の実施形態では、ＩＢＤの治療または管理は、例えば、ＩＢＤ患者の痛みを低減する、ＩＢＤ患者の食欲を改善する、またはＩＢＤ患者の睡眠（例えば、不断の睡眠の長さ）を改善することにより、ＩＢＤ患者の生活の質（例えば、患者への調査により決定される）を改善することを含む。
【０２２７】
５．１９．３予防
ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、ＩＢＤの１つ以上の臨床症状の発生または再発生を部分的または完全のいずれかで予防することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、ＣＤの症状、例えば、腹痛（例えば、痙攣、触れると痛い、持続痛を含む）、下痢（例えば、血便を含む）、食欲不振、発熱、体重減少、貧血、腸管炎症、もしくは感染（例えば、膿瘍）、裂肛、関節痛、眼の疾患、皮疹、または肝疾患の発生もしくは再発生を予防することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、ＵＣの１つ以上の症状、例えば、腸管膨化、腸管炎症、大腸粘膜（結腸）の痛み、下痢、腹痛、または直腸からの出血の発生または再発生を予防することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、疾患の慢性期間中の１つ以上のＩＢＤの症状を予防することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、疾患の活動期間中（例えば、疾患の「突然再発」中）の１つ以上のＩＢＤの症状を低減することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの再発生の予防は、抗ＳＭＡＤ７療法（例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンス−オリゴヌクレオチド）などのＩＢＤ治療に応答したＩＢＤ患者における再発までの時間を増加させることを含む。
【０２２８】
ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、疾患の突然再発、またはある特定の強度の疾患の突然再発の発生もしくは再発生を予防することを含む。ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、ある特定の頻度（例えば、ＩＢＤ治療レジメンの投与直前のＩＢＤを有する患者において観察される頻度、または未治療のＩＢＤ患者の対照群において観察される（例えば、中央、標準、または平均）頻度）での突然再発の発生または再発生を予防することを含む。
【０２２９】
ある特定の実施形態では、ＩＢＤの予防またはＩＢＤの再発生の予防は、例えば、ＩＢＤ患者の痛みの増加を予防する、ＩＢＤ患者の（さらなる）食欲不振を予防する、またはＩＢＤ患者の不眠の悪化を予防することにより、ＩＢＤ患者の生活の質（例えば、患者への調査により決定される）の（さらなる）低下を予防することを含む。
【０２３０】
５．１９．４患者集団
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法で治療されるＩＢＤ患者は、ＵＣ患者またはＣＤ患者である。ある特定の実施形態では、ＩＢＤを有する患者は、初期のスクリーニング期間または最初の治療期間の少なくとも３ヶ月前にＣＤまたはＵＣと診断された。ある特定の実施形態では、ＩＢＤを有する患者は、スクリーニング期間または最初の治療期間の２年以内前に、例えば、内視鏡、Ｘ線検査、または別の撮像法（例えば、磁気共鳴映像法［ＭＲＩ］、コンピュータ断層撮影［ＣＴ］走査）により決定されるとき、回腸炎または回結腸炎と診断された。ある特定の実施形態では、患者は遠位〜中央横行結腸を伴うＩＢＤを有する。ある特定の実施形態では、患者は広範囲の大腸炎を有する。
【０２３１】
本明細書の変数の任意の定義の中の要素のリストの列挙は、任意の単一の要素または列挙した要素の組み合わせ（または部分的組み合わせ）としてその変数の定義を含む。本明細書の実施形態の列挙は、任意の単一の実施形態として、または任意の他の実施形態もしくはその一部と組み合わせてその実施形態を含む。
【０２３２】
本明細書において言及される全ての特許及び刊行物は、各個別の特許及び刊行物が、具体的かつ個々に参照によりその全体が組み込まれることが示されているのと同程度に、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【０２３３】
以下の実施例は、制限ではなく例示として提供される。
【０２３４】
【実施例】
【０２３５】
実施例１  −配列番号３の核酸配列を有する２１量体オリゴヌクレオチドの調製
調製されたオリゴヌクレオチド：核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表し、ヌクレオチド間連結のすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである）を有するデオキシリボヌクレオチド。
【０２３６】
スケール：標的２１量体オリゴヌクレオチドの３×９００ｍｍｏｌスケール及び５×９００ｍｍｏｌスケールの調製を行った。具体的には、オリゴヌクレオチドの合成及びイオン交換精製は各々、９００ｍｍｏｌの標的２１量体オリゴヌクレオチドを生成するスケールで行われ、合成及びイオン交換精製工程は、その全体が９００ｍｍｏｌスケールでさらに２〜４回繰り返された（すなわち、各合成カラムの充填容量、及び別個に各イオン交換精製カラムのイオン交換容量は、各々９００ｍｍｏｌであり、それによりそれぞれ、２，７００−４，５００ｍｍｏｌの理論量である標的２１量体オリゴヌクレオチドを生成することができる）。イオン交換精製工程からの結果として生じるオリゴヌクレオチド生成物は、次いで、限外濾過／透析濾過工程により脱塩される前にプールされ、これは、それぞれ、２，７００−４，５００ｍｍｏｌスケールで行われた。水を除去し、それにより最終オリゴヌクレオチド生成物の溶液を濃縮するための薄膜蒸発工程は、それぞれ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌスケールで行われた。最後に、水を除去し最終２１量体オリゴヌクレオチド生成物を濃縮して固体生成物を形成するための凍結乾燥工程は、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌスケールで行われた。以下に詳述されるように、３×９００ｍｍｏｌスケール及び５×９００ｍｍｏｌスケールの調製は図１に模式的に表され、任意選択の乾燥ステップは、標的２１量体オリゴヌクレオチドの固体単一バッチ組成物を提供するために行われた。
【０２３７】
合成装置及びカラム：配列番号３の核酸配列を有するオリゴヌクレオチドの合成は、４，４’−ジメトキシトリチル基（ＤＭＴ）で保護されたヒドロキシル基を含み、脱保護されたときに標的オリゴヌクレオチドのアセンブリを開始するのに利用可能なリンカー（例えば、ＵＮＹＬＩＮＫＥＲ）を結合した、９００ｍｍｏｌの架橋ポリスチレン固体支持体（例えば、ＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ−ＨＬまたはＰＲＩＭＥＲ  ＳＵＰＰＯＲＴ  ５Ｇ）で充填された５０〜８０ｃｍの内径を有する合成カラムを使用して、１４５４合成装置で行われた。合成カラムへの９００ｍｍｏｌのリンカー結合支持体の充填容量を達成するために、２０００〜３０００ｇのリンカー結合支持体（保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトと反応して、標的オリゴヌクレオチドを組み立てるのに利用可能な３３０〜３７０マイクロモル／ｇの固体リンカー結合支持体を有する）を、８〜１１ｍＬ／ｇ（０．０８〜０．１５ｇ／ｍｌ）の充填密度、７〜１０ｃｍのベッド高さ、及び２２〜２５Ｌのカラム体積まで合成カラムに充填した。
【０２３８】
合成手順：以下の合成手順は、配列番号３を有する２１量体オリゴヌクレオチドを調製するためにホスホロアミダイト化学を利用した：
【０２３９】
Ａ）脱トリチル化：合成の初めに、トルエン中１０％ＤＣＡの溶液を固体リンカー結合支持体に導入することにより（４４０ｎｍでＵＶにより監視する）、高充填ＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ  ＵＮＹＬＩＮＫＥＲ  ３５０を、ＵＮＹＬＩＮＫＥＲの５’−ヒドロキシル基からの４，４’−ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）保護基の酸触媒除去に供した。脱トリチル化固体リンカー結合支持体を１〜２カラム体積のアセトニトリルで洗浄した。残りの合成部分に関して、各反応サイクル反復後の新しい反応サイクル反復は、トルエン中３％ＤＣＡを利用して（約６〜７カラム体積を利用し、４４０ｎｍでＵＶ監視する）、支持体結合オリゴヌクレオチドの５’−酸素原子からの対応するＤＭＴ保護基の除去で始まった。脱トリチル化支持体結合オリゴヌクレオチドを１〜２カラム体積のアセトニトリルで洗浄した。
【０２４０】
Ｂ）結合：活性化剤の存在下で、脱トリチル化固体支持体（最初の結合に関して）または脱トリチル化支持体結合オリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシル基（最初の結合後）を過剰の保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトの溶液で反応させることにより、オリゴヌクレオチド鎖を伸張することによって、オリゴヌクレオチドを３’から５’末端まで組み立てた。
【０２４１】
具体的には、９００ｍｍｏｌのリンカー結合支持体に対して５〜８当量の活性化剤（アセトニトリル中０．５〜１Ｍジシアノイミダゾール（ＤＣＩ））の存在下で、脱トリチル化固体支持体（最初の結合に関して）または脱トリチル化支持体結合オリゴヌクレオチドの５’−ヒドロキシル基（最初の結合後）に、過剰の保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトのアセトニトリル溶液（１．１〜２当量の以下のうちの１つ：０．２Ｍ  ｄＡ−（Ｂｚ）、０．２Ｍ  ｄＣ−（Ｂｚ）、０．２Ｍ  ｄＧ−（ｉＢｕ）、０．２Ｍ  ｄＴ、または０．２Ｍ  ｄ５ＭｅＣ−（Ｂｚ））を導入し、それにより３〜５：１の活性化剤：アミダイトモル比を得た。得られた結合溶液の総容量は、１４〜１７Ｌであった。各ステップに必要な特定の保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトは、配列番号３のオリゴヌクレオチド配列により決定された。結合反応が完了し、それにより亜リン酸トリエステルヌクレオチド間連結が形成されるように十分な時間を取った後、１〜２カラム体積のアセトニトリルで過剰のホスホロアミダイト及び活性化剤をカラムからすすぎ落とした。
【０２４２】
Ｃ）チオール化：酸化または硫化溶液を固体支持体に送達する；
【０２４３】
結合ステップ中に形成された亜リン酸トリエステルヌクレオチド間連結は、次いで、ピリジン中０．２Ｍキサンタンヒドリド（約１６〜２０Ｌ、９００ｍｍｏｌのリンカー結合支持体に対して２〜６当量ＸＨをもたらす）の導入によりチオール化されて、対応するホスホロチオエート連結を形成する。チオール化が完了した後、１〜２カラム体積のアセトニトリルで支持体をすすぐことにより、過剰の試薬をカラムから除去した。
【０２４４】
Ｄ）キャッピング：任意の所与の反応サイクル反復中に活性化されたホスホロアミダイトと結合できなかった任意の５’−ヒドロキシル基が任意の後続の反応サイクルにおいて反応に利用可能となることを防止するために、これらの未反応の５’−ヒドロキシル基をアシル基で次のように遮断（またはキャッピング）した：キャッピング試薬Ｃａｐ  Ａ及びＣａｐ  Ｂ（Ｃａｐ  Ａ：１０〜３０％Ｎ−メチルイミダゾール、２０〜４０％ピリジン、４０〜６０％アセトニトリル（ｖ／ｖ／ｖ）；及びＣａｐ  Ｂ：アセトニトリル中１０〜３０％イソ酪酸無水物（ｖ／ｖ））の１：１混合物を、ホスホロチオエート連結を有する支持体結合オリゴヌクレオチドに導入して、５’−Ｏ−イソブチル化（キャッピングされた）支持体結合オリゴヌクレオチド配列を形成する。キャッピング試薬Ｃａｐ  Ａ及びＣａｐ  Ｂの混合物の総体積は、０．５〜２カラム体積であった。キャッピングが完了した後、１〜２カラム体積のアセトニトリルで支持体をすすぐことにより、過剰の試薬をカラムから除去した。
【０２４５】
Ｅ）保護されたホスホロチオエート連結の脱保護：配列番号３の配列を有する２１量体オリゴヌクレオチドを形成するための規定数の反応サイクル反復の結合、チオール化、キャッピング、及び脱トリチル化の完了時に（例外として、キャッピング及び脱トリチル化ステップは最後の反応サイクル反復中実施されない）、固体支持体に結合した粗製のオリゴヌクレオチドをアセトニトリル中１０〜３０％トリエチルアミン（約３〜５カラム体積）で洗浄して、ホスホロチオエート連結上のシアノエチル保護基を除去した。脱保護が完了した後、３〜５カラム体積のアセトニトリルで支持体をすすぐことにより、過剰の試薬をカラムから除去した。
【０２４６】
Ｆ）固体支持体からの粗製のオリゴヌクレオチドの切断：固体支持体に結合した粗製のオリゴヌクレオチドに、加熱した水酸化アンモニウム溶液（２８〜３０％アンモニア、約４０〜６０℃に加熱、約２〜５カラム体積）を約１６〜４０時間かけて導入した（それを通して再循環させた）。これは、固体支持体からの粗製のオリゴヌクレオチドの切断をもたらし、同時に粗製のオリゴヌクレオチド上の環外アミノ基（ベンゾイル及びイソブチリル）を脱保護した。最終反応混合物を濾過により合成カラムから除去し、固体支持体を水で洗浄して、４，４’−ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）保護基で保護された末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基のみを有する粗製のオリゴヌクレオチドを得た。
【０２４７】
配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドの３×９００ｍｍｏｌ（１Ａ、１Ｂ、及び１Ｃ）及び５×９００ｍｍｏｌ（２Ａ、２Ｂ、２Ｃ、２Ｄ、及び２Ｅ）スケール合成の結果は、それぞれ、表１及び表２に提供される。
【０２４８】
合成カラムから切断し、濾液中に収集された粗製の生成物の量（「総粗製ＯＤ」）は、２６０ｎｍの波長での光学密度（ＯＤ）により測定された。
【０２４９】
合成カラムから切断及び収集された生成物の粗製収量（「粗製収量（ＯＤ／ｕｍｏｌ）」）は、次のように決定された：［総粗製ＯＤ／９００ｍｍｏｌスケール］／（１０００ｕｍｏｌ／ｍｍｏｌ）。
【０２５０】
合成カラムから切断及び収集された生成物の粗製収量（「粗製収量（ｇ／ｍｍｏｌ）」）は、配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドの換算係数（すなわち、２１８５６．３ＯＤ／ｇ）を使用して、次のように決定された：［総粗製ＯＤ／（換算係数（ＯＤ／ｇ））］／（９００ｍｍｏｌスケール）。
【０２５１】
換算係数は、配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドに固有である（すなわち、２１８５６．３ＯＤ／ｇ）。したがって、工程の合成段階でのこの固有の換算係数の使用は、切断及び合成カラムから収集されたＤＭＴ保護された標的オリゴヌクレオチドの量を推定または概算するための手段としてである。換算係数は次のように得られた：［（２６０ｎｍの波長での標的オリゴヌクレオチドの吸光係数（Ｌ＊ｍｏｌ−１＊ｃｍ−１））／（配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドのナトリウム塩の分子量（ｇ／ｍｏｌ））］×１０００；式中、配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドは、７０４４．０５ｇ／ｍｏｌの分子量（ナトリウム塩として）、及び２６０ｎｍの波長で１５３９５７Ｌ＊ｍｏｌ−１＊ｃｍ−１の吸光係数を有する。
【０２５２】
全ての回収したオリゴヌクレオチド生成物（複数可）のステップ収率（ｍｏｌ．％）、すなわち、この工程の合成分量の粗製収率は、次のように決定された：［（総粗製ＯＤ）／［（９００ｍｍｏｌスケール）×（２６０ｎｍの波長での標的オリゴヌクレオチドの吸光係数（Ｌ＊ｍｏｌ−１＊ｃｍ−１））］］×１００；式中、吸光係数は、２６０ｎｍの波長で１５３９５７Ｌ＊ｍｏｌ−１＊ｃｍ−１である。
【０２５３】
合成カラムから回収された粗製の生成物に含まれる特異的なＤＭＴ保護された標的オリゴヌクレオチドのモルパーセント値（完全長生成物パーセント（「％ＦＬＰ（ｍｏｌ．％）」）と称される）は、逆相イオン対ＨＰＬＣ（「ＲＰＩＰ−ＨＰＬＣ」）により決定された。
【０２５４】
合成カラムから生成された特異的なＤＭＴ保護された標的オリゴヌクレオチドの収率パーセント（完全長生成物収率（「ＦＬＰ収率（ｍｏｌ．％）」）と称される）は、次のように決定された：［（ステップ収率ｍｏｌ．％）×（％ＦＬＰｍｏｌ．％）］／１００。
表１
【表１】
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表２
【表２】
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【０２５５】
精製手順：４，４’−ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）保護基で保護された末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基のみを有する粗製の切断されたオリゴヌクレオチドの粗製収量を、１〜４カラム体積の２５ｍＭ水酸化ナトリウム溶液を使用して、陰イオン交換カラム（Ｑ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＦＦカラム培地、内径６０〜１００ｃｍ、ベッド高さ約１７〜２５ｃｍ、及びカラム体積約１００〜１２０Ｌを有する）上に充填して、約１０００〜１２００ＯＤ／ｍＬのカラム充填を達成した。利用した精製装置はＡｋｔａＰｒｏｃｅｓｓであった。陰イオン交換カラム上に充填したら、粗製のオリゴヌクレオチドを、１〜３カラム体積の２５ｍＭ水酸化ナトリウム溶液と２Ｍ塩化ナトリウム溶液との混合物で洗浄し、次いで、１〜３カラム体積の２５ｍＭ水酸化ナトリウム溶液で洗浄した。
【０２５６】
４，４’−ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）保護基を末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシルから除去するために、結果として生じる溶出物が約２以下のｐＨを有するまで８０％の水性酢酸（１，０００〜１，２００Ｌ／時間で約１カラム体積）を導入することにより、充填した粗製のオリゴヌクレオチドを脱トリチル化し、それにより現在陰イオン交換カラム上に充填されている完全に脱保護された粗製のオリゴヌクレオチドを形成した。陰イオン交換カラムのｐＨを、０．０２５〜０．２０Ｎ水酸化ナトリウム溶液（１，０００〜１，２００Ｌ／時間）で約１０以上のｐＨに再調整した後、塩基性塩勾配での精製を開始した（２０〜３０ｍＭ水酸化ナトリウム及び１〜３Ｍ塩化ナトリウムを含む５％〜９５％の水溶液の勾配を使用；約１０〜２０カラム体積の勾配スロープで、１，２００Ｌ／時間以下の流速を使用；水性２５ｎＭ水酸化ナトリウム溶液中０．２〜１．８Ｍ塩化ナトリウムの塩勾配）。少なくとも３カラム体積の２０〜５０ｍＭ水酸化ナトリウム及び２〜４Ｍ塩化ナトリウムを含む水溶液を用いて、精製されたオリゴヌクレオチ生成物を回収するための最終洗浄を完了した。
【０２５７】
配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドの３ｘ９００ｍｍｏｌ（１Ａ、１Ｂ、及び１Ｃ）及び５ｘ９００ｍｍｏｌ（２Ａ、２Ｂ、２Ｃ、２Ｄ、及び２Ｅ）スケール合成の精製結果は、それぞれ、表３及び表４に提供される。
【０２５８】
陰イオン交換カラムに充填された粗製の切断されたＤＭＴ保護された標的オリゴヌクレオチドの量（（「カラム上に充填されたＯＤ」）として報告される）は、波長２６０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）により測定された。
【０２５９】
陰イオン交換カラムから回収された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（（「カラムから回収された総ＯＤ」として報告される）は、波長２６０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）により測定された。
【０２６０】
陰イオン交換カラムから回収された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の百分率（％ＯＤ回収（ステップ収率ｍｏｌ．％）と称される）は、次のように決定された：［（カラムから回収された総ＯＤ）／（カラム上に充填されたＯＤ）］ｘ１００。
【０２６１】
陰イオン交換カラムから回収された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の質量（「標的オリゴヌクレオチドの予測質量（ｇ）」と称される）は、次のように決定された：［（カラムから回収された総ＯＤ）／（換算係数（ＯＤ／ｇ））］；式中、換算係数は、配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドに特異的である（すなわち、２１８５６．３ＯＤ／ｇ）。
【０２６２】
陰イオン交換カラムから回収された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物のモルパーセント値（完全長生成物パーセント（「％ＦＬＰ（ｍｏｌ．％）」）と称される）は、逆相イオン対ＨＰＬＣ（「ＲＰＩＰ−ＨＰＬＣ」）により決定された。
【０２６３】
陰イオン交換カラムから回収された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の収率パーセント（完全長生成物収率（「ＦＬＰ収率（ｍｏｌ．％）」）と称される）は、次のように決定された：［（％ＯＤ回収（ステップ収率ｍｏｌ．％））ｘ（％ＦＬＰｍｏｌ．％）］／１００。
表３
【表３】
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表４
【表４】
2020528910.tif 000007
【０２６４】
限外濾過／透析濾過手順：３〜４回の合成／精製実行（各々、９００ｍｍｏｌスケール）からの精製されたオリゴヌクレオチド溶出物を一緒にプールし、再生セルロースのカセット（３，０００  ＤＡ分子量カットオフ；カセット面積２０〜２５ｍ２（すなわち、８〜１０Ｘ２．５ｍ２））を有するＣＵＦ−１システムを使用して、限外濾過／透析濾過工程により脱塩した。約６５０〜７５０ＯＤ／ｍＬの初期濃度で充填され、約５〜６Ｌ／分／ｍ２の直交流速を有したプールされた精製されたオリゴヌクレオチド溶出物を、約６．５〜７．５のｐＨに中和する（０．５〜２Ｍ  ＨＣｌ及び０．０５〜０．２５Ｍ  ＨＣｌを使用してｐＨ６．５〜７．５を達成する；必要ならば０．０５〜０．２５Ｎ  ＮａＯＨ溶液で調整する）ことにより脱塩し、次いで、透過物（透析濾過物）の伝導率が５０μＳ／ｃｍ未満、そして、残余分溶液中の脱塩したオリゴヌクレオチドの結果として生じる濃度が少なくとも１，０００ＯＤ／ｍＬになるまで少なくとも７回の交換にわたって水で透析濾過した。
【０２６５】
配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドの３ｘ９００ｍｍｏｌ（「１（Ａ−Ｃ）」、すなわち、プールされた１Ａ、１Ｂ、及び１Ｃの限外濾過／透析濾過）及び５ｘ９００ｍｍｏｌ（「２（Ａ−Ｅ）」、すなわち、プールされた２Ａ、２Ｂ、２Ｃ、２Ｄ、及び２Ｅの限外濾過／透析濾過）スケール合成の限外濾過／透析濾過工程の結果は、表５に提供される。
【０２６６】
限外濾過／透析濾過工程により脱塩された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（（「充填された総ＯＤ」）として報告される）は、波長２６０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）により測定された。
【０２６７】
残余分溶液に含まれる脱塩された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（「最終残余分における総ＯＤ」）として報告される）は、波長２６０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）により測定された。
【０２６８】
限外濾過／透析濾過工程による残余分に含まれる脱塩された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の百分率（「％ＯＤ回収（ステップ収率ｍｏｌ．％）」と称させる）は、次のように決定された：［（最終残余分におけるＯＤ）／（充填された総ＯＤ）］ｘ１００。
【０２６９】
限外濾過／透析濾過工程の終わりでの透過物（透析濾過物）の伝導率（「最終透過物伝導（ｕＳ／ｃｍ）」）は、最終透過物の濾液から直接測定された。
表５
【表５】
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【０２７０】
薄膜蒸発及び凍結乾燥工程による濃縮：結果として生じる脱塩されたオリゴヌクレオチド残余分溶液を、約６０〜８０℃のジャケット温度、約３０〜１００トルの真空圧を使用して、ＴＦＥ−２８０システムで薄膜蒸発により最初に濃縮して、２７００ｍｍｏｌスケールに関しては少なくとも３０００ＯＤ／ｍＬ、そして３６００ｍｍｏｌスケールに関しては少なくとも４０００ＯＤ／ｍＬの最終濃度を達成した。
【０２７１】
薄膜蒸発から得られた濃縮された脱塩されたオリゴヌクレオチドをさらに濃縮し、１５〜２５℃の温度で充填し、−５０〜−３０℃の温度で凍結し、−５０〜−３０℃及び１００〜５００ミリトルで排除し、−１０〜２０℃の温度及び１００〜５００〜１ミリトルの圧力で乾燥させる、Ｂｏｃ−Ｅｄｗａｒｄｓ凍結乾燥器またはＫＴＳ凍結乾燥器で凍結乾燥工程により乾燥させて、配列番号３の核酸配列を有する標的オリゴヌクレオチドの固体最終生成物を得た。
【０２７２】
配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドの３ｘ９００ｍｍｏｌ（「１（Ａ−Ｃ）」）及び５ｘ９００ｍｍｏｌ（「２（Ａ−Ｅ）」）スケール合成の薄膜蒸発及び凍結乾燥工程の結果は、表６に提供される。
【０２７３】
薄膜蒸発工程により濃縮された脱塩された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（（「総開始ＯＤ」）として報告される）は、波長２６０ｎｍでの光学密度（ＯＤ）により測定された。
【０２７４】
凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（（「総量：採取された固体（ｇ）」）として報告される）は重量測定である。
【０２７５】
含水率に対して補正される凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（（「総量：水分に対して補正された採取された固体（ｇ）」）として報告される）は、カール・フィッシャー滴定などの含水率分析により決定された。
【０２７６】
含水率に対して補正される凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（光学密度の用語（「総量：等価ＯＤ値（ＯＤ）」）で報告される）は、次のように決定された：［（総量：水分に対して補正された採取された固体（ｇ））ｘ（換算係数（ＯＤ／ｇ））］；式中、換算係数は、配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドに固有である（すなわち、２１８５６．３ＯＤ／ｇ）。
【０２７７】
含水率に対して補正される凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（ｍｍｏｌの用語（「総量：ｍｍｏｌ」）で報告される）は、次のように決定された：［（総量：水分に対して補正された採取された固体（ｇ））／（配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドのナトリウム塩の分子量（ｇ／ｍｏｌ））］ｘ１０００；式中、配列番号３の配列を有する標的２１量体オリゴヌクレオチドは、７０４４．０５ｇ／ｍｏｌの分子量を有する（ナトリウム塩として）。
【０２７８】
含水率に対して補正される凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物を得るための薄膜蒸発及び凍結乾燥工程の水分に対して補正されたステップ収率（ｍｏｌ．％）は、次のように決定された：［（総量：等価ＯＤ値（ＯＤ））／（総開始ＯＤ）］ｘ１００。
【０２７９】
含水率に対して補正される凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物を得るための全工程（すなわち、合成、精製、脱塩から濃縮工程（薄膜蒸発及び凍結乾燥工程）まで）の水分に対して補正された全体的な収量（ｇ／ｍｍｏｌ）（「水分に対して補正された全体的な収量（単離されたｇ／開始ｍｍｏｌ）」として報告される）は、次のように決定された：［（総量：水分に対して補正された採取された固体（ｇ））／［（９００ｍｍｏｌ）ｘ（プールされた反復の数）］］；式中、「プールされた反復の数」は、「１（Ａ−Ｃ）」に関しては３、そして「２（Ａ−Ｅ）」に関しては５である。
【０２８０】
含水率に対して補正される凍結乾燥工程から回収された固体の濃縮された標的オリゴヌクレオチド生成物を得るための全工程（すなわち、合成、精製、脱塩から濃縮工程（薄膜蒸発及び凍結乾燥工程）まで）の水分に対して補正された全体的な収率（ｍｏｌ．％）（「全体的な収率（ｍｏｌ．％）」として報告される）は、次のように決定された：［（総量：ｍｍｏｌ）／［（９００ｍｍｏｌ）ｘ（プールされた反復の数）］］ｘ１００；式中、「プールされた反復の数」は、「１（Ａ−Ｃ）」に関しては３、そして「２（Ａ−Ｅ）」に関しては５である。
【０２８１】
含水率に対して補正される全工程から回収された濃縮された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物の量（「標的オリゴヌクレオチド（乾燥重量％）」と称される）は、逆相イオン対ＨＰＬＣ（「ＲＰＩＰ−ＨＰＬＣ」）により測定された。
【０２８２】
全工程から回収された濃縮された精製された標的オリゴヌクレオチド生成物のナトリウム含有量（「ナトリウム含有量（ｍｏｌ．％）」と称される）は、誘導結合プラズマ（ＩＣＰ）により測定された。
表６
【表６】
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【０２８３】
例示的な実施形態
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物は、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含む。
【０２８４】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物は、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含む。
【０２８５】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物は、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含む。
【０２８６】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物は、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドを含み、単一バッチ組成物は液体組成物である。
【０２８７】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物は、少なくとも２ｋｇのオリゴヌクレオチドを含み、単一バッチ組成物は液体組成物である。
【０２８８】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの単一バッチ組成物は、少なくとも１つの７００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドを含み、単一バッチ組成物は液体組成物である。
【０２８９】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数の少なくとも７００ｍｍｏｌスケールの単一バッチ合成調製のオリゴヌクレオチドを含み、オリゴヌクレオチド組成物は最大２５重量％の水を有する。
【０２９０】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチド組成物は、複数の少なくとも７００ｍｍｏｌスケールの単一バッチ合成調製のオリゴヌクレオチドを含み、単一バッチ組成物は液体組成物である。
【０２９１】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物であって、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は保護される。
【０２９２】
ある実施形態では、オリゴヌクレオチドの調製方法であって、本方法は、
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供することであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供することと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成することと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成することと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成することと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングすることと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護することと、
ｈ）提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ））を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供することと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護することと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断することと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出することと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製することと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮することと、を含む。
【０２９３】
ある実施形態では、最大２５重量％の水と、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
を有するオリゴヌクレオチドを含む、少なくとも７００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチド組成物であって、
１）Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表し、
２）オリゴヌクレオチドは、
ａ）固体支持体に結合されるリンカーを提供することであって、リンカーが、保護されたヒドロキシル基を含む、固体支持体に結合されるリンカーを提供することと、
ｂ）リンカーの保護されたヒドロキシル基を脱保護し、それにより脱保護されたヒドロキシル基を形成することと、
ｃ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することであって、ヌクレオシドホスホロアミダイトが、保護されたヒドロキシル基及び保護されたホスホロアミダイトを含む、ヌクレオシドホスホロアミダイトを独立して提供することと、
ｄ）ヌクレオシドホスホロアミダイトを、リンカーの脱保護されたヒドロキシル基に、または反応サイクルの前の反復からのヌクレオシドの脱保護されたヒドロキシル基に独立して結合し、それにより亜リン酸トリエステル連結ヌクレオシドを形成することと、
ｅ）保護された亜リン酸トリエステル連結を独立してチオール化し、それにより保護されたホスホロチオエート連結を形成することと、
ｆ）任意選択で、未反応の脱保護されたヒドロキシル基を独立してキャッピングすることと、
ｇ）任意選択で、ヌクレオシドの保護されたヒドロキシル基を独立して脱保護することと、
ｈ）提供、結合、チオール化、キャッピング、及び脱保護のステップ（ステップｃ）〜ステップｇ）を規定回数繰り返して、固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供することと、
ｉ）保護されたホスホロチオエート連結を脱保護することと、
ｊ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを切断することと、
ｋ）固体支持体からオリゴヌクレオチドを溶出することと、
ｌ）イオン交換クロマトグラフィーカラムを使用して、オリゴヌクレオチド溶出物を精製することと、
ｍ）薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の溶液を濃縮することと、を含む方法に従い調製される。
【０２９４】
ある特定の実施形態では、以下のさらなる実施形態のうちの１つまたは２つ以上（例えば、すべてを含む）は、他の実施形態またはその一部の各々を含み得る。
【０２９５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、精製ステップｌ）は、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填することと、
２）保護されたヒドロキシル基を末端ヌクレオシドから脱保護することと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出することと、を含む。
【０２９６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、精製ステップｌ）は、
１）溶出ステップｋ）からのオリゴヌクレオチド溶出物をイオン交換クロマトグラフィーカラムに充填することと、
２）保護されたヒドロキシル基を末端ヌクレオシドから脱保護することと、
３）塩勾配を使用して、イオン交換クロマトグラフィーカラムからオリゴヌクレオチドを溶出することと、
４）限外濾過及び／または透析濾過によりイオン交換カラムから前記オリゴヌクレオチド溶出物を脱塩することと、を含む。
【０２９７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、濃縮ステップｍ）は、薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の脱塩された溶液を濃縮することを含む。
【０２９８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、濃縮ステップｍ）は、薄膜蒸発で濃縮するなど、オリゴヌクレオチド化合物の脱塩された溶液を濃縮することと、凍結乾燥工程で溶液をさらに濃縮することと、を含む。
【０２９９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本方法は、反応サイクル反復の１つ以上のステップ間で、アセトニトリルなどの非プロトン性溶媒で支持体を独立して洗浄すること、例えば、反応サイクル反復の１つ以上のステップ間で、１〜１０カラム体積、例えば、２〜４カラム体積などの１〜７カラム体積または１〜５カラム体積で支持体を洗浄することを含む。
【０３００】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本組成物は、少なくとも９００ｍｍｏｌのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含む。
【０３０１】
さらなる実施形態では、上記の実施形態のうちのいずれか１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも２ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、または単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）による少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド合成物及びオリゴヌクレオチドの単一イオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による少なくとも７００ｍｍｏｌ精製スケールの合成されたオリゴヌクレオチドの精製物のプールされた複数の連続した組み合わせ、ならびに最大２５重量％の水の収量で、本明細書に開示される方法によって提供され、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されたオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。
【０３０２】
さらなる実施形態では、上記の実施形態のうちのいずれか１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも３ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、または単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）による少なくとも７００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド合成物及びオリゴヌクレオチドの単一イオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による少なくとも７００ｍｍｏｌ精製スケールの合成されたオリゴヌクレオチドの精製物のプールされた複数の連続した組み合わせ、ならびに最大２５重量％の水の収量で、本明細書に開示される方法によって提供され、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されたオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。
【０３０３】
さらなる実施形態では、上記の実施形態のうちのいずれか１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも３．５ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも９００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、または単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）による少なくとも９００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド合成物及びオリゴヌクレオチドの単一イオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による少なくとも９００ｍｍｏｌ精製スケールの合成されたオリゴヌクレオチドの精製物のプールされた複数の連続した組み合わせ、ならびに最大２５重量％の水の収量で、本明細書に開示される方法によって提供され、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されたオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。
【０３０４】
さらなる実施形態では、上記の実施形態のうちのいずれか１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、少なくとも３．５ｇ／ｍｍｏｌの少なくとも９００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド、または単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）による少なくとも９００ｍｍｏｌ合成スケールのオリゴヌクレオチド合成物及びオリゴヌクレオチドの単一イオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による少なくとも９００ｍｍｏｌ精製スケールの合成されたオリゴヌクレオチドの精製物のプールされた複数の連続した組み合わせ、ならびに最大１０重量％の水の収量で、本明細書に開示される方法によって提供され、収量は、２６０ｎｍの波長での光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定され得るか、またはオリゴヌクレオチドを調製するための合成スケールに対する含水率に対して補正されたオリゴヌクレオチド組成物の乾燥重量によって決定され得る。
【０３０５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本組成物は、少なくとも３ｋｇのオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含む。
【０３０６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本組成物は、少なくとも３００ｍｍｏｌ以上、例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、または少なくとも９００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチドの合成をもたらす容量を有する少なくとも１つのオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％、例えば、７０〜９９ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチドと、最大２５重量％の水と、を含み、産物は、光学密度／ｍＬ（ＯＤ／ｍＬ）により決定される。
【０３０７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本組成物は、少なくとも３００ｍｍｏｌ以上、例えば、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも８００ｍｍｏｌ、または少なくとも９００ｍｍｏｌ以上のオリゴヌクレオチドの合成をもたらす容量を有する４〜１０のオリゴヌクレオチド合成カラムから産生される少なくとも５０ｍｏｌ％、例えば７０〜９９ｍｏｌ％のオリゴヌクレオチド（光学密度（ＯＤ／ｍＬ）により決定される）と、最大２５重量％の水と、を含む。
【０３０８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドは、３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの少なくとも３，０００Ｄａの分子量を有する。
【０３０９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドは、１０〜１００の単量体サブユニット、例えば、２０、２１、または２２の単量体サブユニットなどの１５〜２５の単量体サブユニットを有する。
【０３１０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドは、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドである。
【０３１１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、ヌクレオチド配列は、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の核酸配列、またはそれに対して相補的配列を有する。
【０３１２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、ヌクレオチド配列は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）；
を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【０３１３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間連結のうちの少なくとも１つは、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである。
【０３１４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間連結のすべては、Ｏ，Ｏ連結ホスホロチオエートである。
【０３１５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、分子量は、プロトン化分子量である。
【０３１６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、分子量は、ナトリウム塩形態分子量などのアルカリ金属分子量である。
【０３１７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、分子量は、マグネシウム塩形態分子量などのアルカリ性金属分子量である。
【０３１８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチド組成物は、最大２０重量％の水、最大１５重量％の水、または最大１０重量％の水を含み、例えば、５〜１０重量％の範囲の水、例えば、６〜８重量％の範囲の水を含む。
【０３１９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、５’−末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基のみが保護される。
【０３２０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、保護されたオリゴヌクレオチドは、切断及び合成カラムからの溶出後に得られる。
【０３２１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドを含む組成物の純度は、６０％以上（例えば、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）である。
【０３２２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、保護されたオリゴヌクレオチドを含む組成物の純度は、６０％以上（例えば、ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）である。
【０３２３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、保護されたオリゴヌクレオチドは、３，０００〜２０，０００Ｄａの範囲の分子量などの少なくとも３，０００Ｄａの分子量を有する。
【０３２４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合されるリンカーを有する固体支持体は、制御された細孔ガラスである。
【０３２５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合されるリンカーを有する固体支持体は、架橋ポリスチレンである。
【０３２６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体は、３００〜３，０００ｍｍｏｌの範囲の量のオリゴヌクレオチドを調製する、例えば、少なくとも６００ｍｍｏｌ、少なくとも７００ｍｍｏｌ、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも２，４００ｍｍｏｌの量のオリゴヌクレオチドを調製するなどの、７００〜３，０００ｍｍｏｌの範囲の量のオリゴヌクレオチドを調製するのに十分な充填容量を有する。
【０３２７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体の充填密度は、３２５〜３７５マイクロモルリンカー／固体支持体のグラムなどの少なくとも３００マイクロモルリンカー／固体支持体のグラムである。
【０３２８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体を収容するカラムは、３５ｃｍ、４０ｃｍ、５０ｃｍ、６０ｃｍ、７０ｃｍ、８０ｃｍ、９０ｃｍ、または１００ｃｍの内径などの３５〜１００ｃｍ、例えば、５０〜１００ｃｍの範囲のカラム内径を有する。
【０３２９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体は、７〜２０ｃｍなどの４〜２０ｃｍの範囲のベッド高さを有する。
【０３３０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体は、２０〜３５Ｌの範囲のカラム体積などの少なくとも２０Ｌのカラム体積を有する。
【０３３１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合されるリンカーを有する固体支持体は、ＮＩＴＴＯＰＨＡＳＥ  ＵＮＹＬＩＮＫＥＲ  ３５０である。
【０３３２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、リンカーは、末端ヒドロキシル基を含む。
【０３３３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、リンカーは、ヌクレオシドホスホロアミダイトと反応する末端ヒドロキシル基を含む。
【０３３４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、リンカーは、脱保護されたとき、ヌクレオシドホスホロアミダイトと反応する保護された末端ヒドロキシル基を含む。
【０３３５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、リンカーは、ＵＮＹＬＩＮＫＥＲである。
【０３３６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、リンカー上のヒドロキシル保護基は、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基である。
【０３３７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、リンカーの保護されたヒドロキシル基は、プロトン酸、例えば、トルエン中２〜１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）などのトルエン中３〜１５重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）、例えば、トルエン中１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）で脱保護される。
【０３３８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合は、ヌクレオシドホスホロアミダイトを提供すること、例えば、固体支持体の当量に対して１〜８当量のヌクレオシドホスホロアミダイトなどの過剰な量のヌクレオシドホスホロアミダイトを提供することを含む。
【０３３９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合は、活性化剤、例えば、ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）とともにヌクレオシドホスホロアミダイトを提供することを含む。
【０３４０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合は、提供される活性化剤の当量に対して０．１〜１当量のヌクレオシドホスホロアミダイトを提供することを含む。
【０３４１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結合は、２〜５：１のモル比で活性化剤及びヌクレオシドホスホロアミダイトを提供することを含む。
【０３４２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、ヌクレオシドホスホロアミダイトは、５’−ヒドロキシル保護基及び３’−ヒドロキシル保護基を含む保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトなどの保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトである。
【０３４３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトの５’−ヒドロキシル保護基は、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基である。
【０３４４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、保護されたヌクレオシドホスホロアミダイトの３’−ヒドロキシル保護基は、（２−シアノエチル）−Ｎ，Ｎ−ジイソプロピル−ホスホロアミダイト基などのホスホロアミダイト基である。
【０３４５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、チオール化剤での保護された亜リン酸トリエステル連結のチオール化は、２−シアノエトキシ−保護されたホスホロチオエート連結などの保護されたホスホロチオエート連結を形成する。
【０３４６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、チオール化剤は、ピリジン中のキサンタンヒドリド（ＸＨ）などのキサンタンヒドリド（ＸＨ）である。
【０３４７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体の当量に対して１〜８当量、例えば、５〜８当量のキサンタンヒドリド（ＸＨ）が保護される。
【０３４８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、未反応の脱保護されたヒドロキシル基は、アルキルアシル基などのアシル基でキャッピングされる。
【０３４９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、未反応の脱保護されたヒドロキシル基のキャッピングは、
ａ）Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、ピリジン、及びアセトニトリルを含む、第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）と、
ｂ）キャッピング剤及びアセトニトリルを含む、第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）と、を添加することを含む。
【０３５０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、未反応の脱保護されたヒドロキシル基のキャッピングは、
ａ）Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、ピリジン、及びアセトニトリルを含む、第１のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ａ）と、
ｂ）キャッピング剤及びアセトニトリルを含む、第２のキャッピング溶液（Ｃａｐ  Ｂ）との予め混合された混合物を添加することを含む。
【０３５１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、未反応の脱保護されたヒドロキシル基のキャッピングは、Ｎ−メチルイミダゾール（ＮＭＩ）、ピリジン、キャッピング剤、及びアセトニトリルを含むキャッピング溶液を添加することを含む。
【０３５２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、キャッピング剤は、イソ酪酸無水物である。
【０３５３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基は、プロトン酸、例えば、ジクロロ酢酸、例えば、トルエン中３〜１０重量％のジクロロ酢酸（ｖ／ｖ）で脱保護される。
【０３５４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップは、規定回数繰り返され、例えば、９〜９９回繰り返され、１９、２０、または２１回などの１４〜２４回繰り返されて、それぞれ、規定数の単量体サブユニットを有する、例えば、１０〜１００単量体サブユニットを有する、２０、２１、または２２単量体サブユニットなどの１５〜２５単量体サブユニットを有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供する。
【０３５５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、ヌクレオシドホスホロアミダイトの提供／結合、形成された亜リン酸トリエステル連結のチオール化（または酸化）、任意選択で未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）のキャッピング、及び任意選択でオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基の脱保護のステップは、規定回数繰り返され、例えば、９〜９９回繰り返され、１９、２０、または２１回などの１４〜２４回繰り返されて、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、例えば、７００〜３，０００ｍｍｏｌの範囲の量の固体支持体結合オリゴヌクレオチドを提供する。
【０３５６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体結合オリゴヌクレオチドの２−シアノエトキシ保護基などの保護されたホスホロチオエート連結は、トリエチルアミンなどのアミンで脱保護される。
【０３５７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、２−シアノエトキシ−保護されたホスホロチオエート連結などの保護されたホスホロチオエート連結の脱保護は、保護されていないホスホロチオエート連結を形成する。
【０３５８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、２−シアノエトキシ−保護されたホスホロチオエート連結などの保護されたホスホロチオエート連結の脱保護は、ホスホロチオエート連結のアミン塩を形成し、例えば、ホスホロチオエート連結のトリエチルアミン塩を形成する。
【０３５９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、脱保護された固体支持体結合オリゴヌクレオチドの切断は、水酸化アンモニウムの溶液を提供すること、例えば、加熱された水酸化アンモニウム溶液を提供することなどの水酸化アンモニウムの加熱溶液を提供すること、及び該脱保護された固体支持体結合オリゴヌクレオチドを収容するカラムを通して加熱された水酸化アンモニウム溶液を再循環させることを含む。
【０３６０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、環外アミノ保護基は、ベンゾイル及びイソブチリル基を含む。
【０３６１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、加熱された水酸化アンモニウム溶液の提供及び／または再循環は、保護されていないホスホロチオエート連結を有する固体支持体結合オリゴヌクレオチドのベンゾイル−及びイソブチリル−アミノ保護基をさらに脱保護する。
【０３６２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、提供及び／または再循環される加熱された水酸化アンモニウム溶液は、２８〜３０％アンモニア水溶液（ｗ／ｗ）である。
【０３６３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、提供及び／または再循環される加熱された水酸化アンモニウム溶液の温度は、４０〜７０℃または４０〜６０℃、例えば、４０℃、５０℃、６０℃、または６５℃の温度である。
【０３６４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、加熱された水酸化アンモニウム溶液は、支持体を通して、８〜３６時間、例えば、２４時間などの１２〜３６時間再循環される。
【０３６５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、切断されたオリゴヌクレオチドは、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基などの５’−ヒドロキシル保護基を含む
【０３６６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、支持体から切断及び脱保護されたオリゴヌクレオチドの溶出は、水溶液で支持体を洗浄することを含む。
【０３６７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、固体支持体から溶出した末端ヌクレオシド上に５’−ヒドロキシル保護基を含む切断されたオリゴヌクレオチドの量は、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、例えば、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、または１，０００〜３，０００ｍｍｏｌの範囲である。
【０３６８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填されたオリゴヌクレオチド溶出物の量は、３００〜３，０００ｍｍｏｌ、例えば、６００〜３，０００ｍｍｏｌ、７００〜３，０００ｍｍｏｌ、または１，０００〜３，０００ｍｍｏｌの範囲である。
【０３６９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、イオン交換クロマトグラフィーカラム上にオリゴヌクレオチド溶出物を充填する前に、オリゴヌクレオチド溶出物は、水性緩衝液で希釈される。
【０３７０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、充填されたオリゴヌクレオチド溶出物の末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は、充填ステップ中、保護されたままである。
【０３７１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基などの充填されたオリゴヌクレオチド溶出物の末端ヌクレオシドの５’−ヒドロキシル基は、該充填されたオリゴヌクレオチド溶出物で保護される唯一の基である。
【０３７２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、イオン交換クロマトグラフィーは、陰イオン交換クロマトグラフィーである。
【０３７３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、イオン交換クロマトグラフィーカラムは、支持媒体としてＱ  Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ  ＦＦを含む。
【０３７４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチド溶出物は、塩基性水溶液とともにイオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填され、例えば、イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填され、塩基性水溶液で洗浄される。
【０３７５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチド溶出物は、イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填され、塩基性水溶液及び水性塩溶液の混合物で洗浄される。
【０３７６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、充填されたオリゴヌクレオチド溶出物の末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基、例えば、５’−ヒドロキシル保護基は、ジメトキシトリチル（ＤＭＴ）基であり、プロトン酸、例えば、８０％の水性酢酸などの酢酸で脱保護される。
【０３７７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、イオン交換クロマトグラフィーカラム上に充填され、脱保護されたオリゴヌクレオチドは、保護基がない、すなわち、オリゴヌクレオチドは、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドである。
【０３７８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、塩勾配、例えば、塩基性塩化ナトリウム勾配などの塩基性塩勾配でイオン交換クロマトグラフィーカラムから溶出される。
【０３７９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、塩基性塩勾配は、様々な量の塩基性水溶液及び水性塩溶液を混合することにより形成される。
【０３８０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、塩基性水溶液は、水酸化ナトリウム溶液である。
【０３８１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、水性塩溶液は、塩化ナトリウム溶液である。
【０３８２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、塩勾配は、塩化ナトリウムを含む５％〜９５％の水性塩基性溶液の範囲である。
【０３８３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、イオン交換クロマトグラフィーカラムから溶出したオリゴヌクレオチドは、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドである。
【０３８４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、合成から始まってイオン交換クロマトグラフィーを使用した精製ステップから収集したオリゴヌクレオチドまでの、本方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドの全体的な収率は、少なくとも５０％（２６０ｎｍの波長でのＯＤ／ｍＬにより決定される）、例えば、５５〜１００％（２６０ｎｍの波長でのＯＤ／ｍＬにより決定される）の範囲である。
【０３８５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、合成から始まってイオン交換クロマトグラフィーを使用した精製ステップから収集したオリゴヌクレオチドまでの、本方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドの全体的な収率は、少なくとも５０％（２６０ｎｍの波長での光学密度（ＯＤ／ｍＬ）により決定される）、例えば、５０〜９５％（２６０ｎｍの波長での光学密度（ＯＤ／ｍＬ）により決定される）の範囲である。
【０３８６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、合成から始まってイオン交換クロマトグラフィーを使用した精製ステップから収集したオリゴヌクレオチドまでの、本方法に従い調製されたオリゴヌクレオチドの純度は、少なくとも５０％（ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）、例えば、５０〜９５％（ＲＰ−ＨＰＬＣにより決定される）の範囲である。
【０３８７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドは、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される。
【０３８８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程は、再生セルロース、例えば、１，０００〜３，０００Ｄａ分子量カットオフを有する再生セルロースを利用する。
【０３８９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程は、５〜８の範囲のｐＨの水、例えば、６．８〜７．３の範囲のｐＨの水などの６．５〜７．５の範囲のｐＨの水を利用する。
【０３９０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）の産物からプールされた量であり、例えば、１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０、または８〜１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）などの１〜１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）の産物からプールされた量である。
【０３９１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）の産物、例えば、１〜１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）の産物からプールされ、単一、複数、または各々のイオン交換精製カラム（複数可）は、７００ｍｍｏｌ以上の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量を有し、例えば、７００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の精製されたオリゴヌクレオチドの合成を提供するのに十分な充填容量を有する。
【０３９２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の量は、単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）によるオリゴヌクレオチド合成及び単一のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による合成されたオリゴヌクレオチドの精製の複数の連続した組み合わせからの産物からプールされた量、例えば、１〜８、２〜１０、３〜９、４〜７、４〜６、６〜１０、または８〜１０の連続した組み合わせなどの、単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）によるオリゴヌクレオチド合成及び単一のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による合成されたオリゴヌクレオチドの精製の２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の連続した組み合わせの産物のプールの量である。
【０３９３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の量は、単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）によるオリゴヌクレオチド合成及び単一イオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による合成されたオリゴヌクレオチドの精製の複数の連続した組み合わせの産物からプールされた量、例えば、単一オリゴヌクレオチド合成カラム（または合成実行）によるオリゴヌクレオチド合成及び単一のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または精製実行）による合成されたオリゴヌクレオチドの精製の２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の連続した組み合わせの産物のプールの量であり、単一、複数、または各々のオリゴヌクレオチド合成カラム（複数可）及び／またはイオン交換精製カラム（複数可）は、７００ｍｍｏｌ以上の精製され完全に脱保護されたオリゴヌクレオチドを提供するのに十分な充填容量を有し、例えば、７００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の精製されたオリゴヌクレオチドの合成を提供するのに十分な充填容量を有する。
【０３９４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩される前にプールされる単一、複数、または各々のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（複数可）（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（複数可）を利用する精製実行（複数可））から得られる完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチドは、７００ｍｍｏｌ以上の完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチド、例えば、９００ｍｍｏｌ以上、１，６００ｍｍｏｌ以上、２，７００ｍｍｏｌ以上、３，６００ｍｍｏｌ以上、４，０００ｍｍｏｌ以上、４，５００ｍｍｏｌ以上、５，０００ｍｍｏｌ以上、または５，４００ｍｍｏｌ以上の独立量であるか、または７００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、７００〜４，５００ｍｍｏｌ、７００〜３，６００ｍｍｏｌ、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，７００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲の完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチドの独立量であり得る。
【０３９５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩された完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチド溶出物の量は、少なくとも９００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，０００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌであるか、または９００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、９００〜４，５００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，７００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲である。
【０３９６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程により脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド溶出物の量は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）からの少なくとも７００ｍｍｏｌのプールされた量、例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０のイオン交換クロマトグラフィー精製カラム（または１つ以上のイオン交換クロマトグラフィー精製カラムを利用する精製実行）からの、少なくとも９００ｍｍｏｌ、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、もしくは少なくとも４，５００ｍｍｏｌのプールされた量、または７００〜４，０００ｍｍｏｌ、例えば、９００〜１，６００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，７００ｍｍｏｌ、２，７００−３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、もしくは３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲のプールされた量である。
【０３９７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程は、結果として生じる透過物（透析物）が９００ｕＳ／ｃｍ未満の伝導率を有する、例えば、４０〜１５０ｕＳ／ｃｍ、４０〜１００ｕＳ／ｃｍ、または４０〜７５ｕＳ／ｃｍなどの４０〜９００ｕＳ／ｃｍの範囲の伝導率を有するように、完全に脱保護され精製されたオリゴヌクレオチド溶出物を効果的に脱塩する。
【０３９８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、限外濾過及び／または透析濾過工程は、結果として生じる脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液が６〜８重量％、例えば、６〜７重量％、７〜８重量％、または６．５〜−７．５重量％の範囲のナトリウム含有量を有するように、完全に脱保護され精製されオリゴヌクレオチド溶出物を効果的に脱塩する。
【０３９９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液は濃縮される。
【０４００】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液は、薄膜蒸発で濃縮されるなど、濃縮される。
【０４０１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、薄膜蒸発のジャケット温度は、３０°以上、例えば、３０〜９５℃または６０〜９０℃の範囲である。
【０４０２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、薄膜蒸発の圧力は、５〜１００トル、例えば、３０〜１００トルまたは２０〜８０トルである。
【０４０３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、薄膜蒸発により濃縮されるなどの、濃縮される限外濾過及び／または透析濾過工程からの脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液の量は、少なくとも９００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌであるか、または９００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、９００〜４，５００ｍｍｏｌ、９００〜４，０００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲である。
【０４０４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、薄膜蒸発により濃縮されるなどの、濃縮される限外濾過及び／または透析濾過工程からの脱塩された完全に脱保護されたオリゴヌクレオチド残余分溶液の量は、２６０ｎｍの波長で少なくとも８００ＯＤ／ｍＬ、例えば、２６０ｎｍの波長で８００〜７，０００ＯＤ／ｍＬの範囲である。
【０４０５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、液体組成物であるか、または調製方法は、液体組成物の調製をもたらす。
【０４０６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、凍結乾燥工程を含まずに得られるか、または調製方法は、凍結乾燥工程を含まない。
【０４０７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、薄膜蒸発させたオリゴヌクレオチドなどの濃縮されたオリゴヌクレオチドは、凍結乾燥工程を受ける。
【０４０８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、固体組成物であるか、または調製方法は、固体組成物をもたらす。
【０４０９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、凍結乾燥工程は、１〜５００ミリトル、例えば、１〜３００ミリトルまたは１００〜５００ミリトルの範囲の真空を利用する。
【０４１０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、結乾燥工程は、−５０〜３５℃、例えば、−５０〜−３０℃、１５〜２５℃、−１０〜２０℃、または−４５〜２０℃の範囲の温度を利用する。
【０４１１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、凍結乾燥工程によりさらに濃縮及び／または乾燥される、薄膜蒸発工程からの濃縮されたオリゴヌクレオチド溶液の量などの濃縮されたオリゴヌクレオチド溶液の量は、少なくとも９００ｍｍｏｌ、例えば、少なくとも１，６００ｍｍｏｌ、少なくとも２，４００ｍｍｏｌ、少なくとも２，７００ｍｍｏｌ、少なくとも３，６００ｍｍｏｌ、または少なくとも４，５００ｍｍｏｌであるか、または９００〜５，４００ｍｍｏｌ、例えば、９００〜４，５００ｍｍｏｌ、９００〜４，０００ｍｍｏｌ、９００〜３，６００ｍｍｏｌ、９００〜３，０００ｍｍｏｌ、９００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，６００〜２，７００ｍｍｏｌ、１，８００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜３，６００ｍｍｏｌ、２，７００〜４，５００ｍｍｏｌ、３，０００〜４，０００ｍｍｏｌ、３，６００〜４，５００ｍｍｏｌ、または３，６００〜５，４００ｍｍｏｌの範囲である。
【０４１２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、凍結乾燥工程によりさらに濃縮及び／または乾燥される、薄膜蒸発工程からの濃縮されたオリゴヌクレオチド溶液の量などの濃縮されたオリゴヌクレオチド溶液の量は、２６０ｎｍの波長で少なくとも８００ＯＤ／ｍＬ、例えば、２６０ｎｍの波長で８００〜７，０００ＯＤ／ｍＬの範囲である。
【０４１３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本方法は、少なくとも１回の反応サイクル反復中にヌクレオシドホスホロアミダイトを提供する前に、独立して支持体を前膨潤することをさらに含む。
【０４１４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、凍結乾燥工程から得られる濃縮されたオリゴヌクレオチドは、最大２５重量％の水の含水率、例えば、最大２０重量％の水、最大１５重量％の水、最大１０重量％の水、または最大５重量％の水の含水率、または例えば、２５〜１０重量％の水、１５〜５重量％の水、１０〜５重量％の水、または６〜８重量％の水などの２５〜５重量％の範囲の水の含水率を有し得る。
【０４１５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の核酸配列、またはそれに対して相補的配列を有するオリゴヌクレオチドなどの抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドであり、デオキシリボヌクレオチドである。
【０４１６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドは、リボヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の核酸配列、またはそれに対して相補的配列を有するオリゴヌクレオチドなどの抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチドであり、デオキシリボヌクレオチドである。
【０４１７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチドの均一度は、少なくとも９０％、例えば、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％であり、オリゴヌクレオチドは、抗ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２の核酸配列、またはそれに対して相補的配列を有するオリゴヌクレオチド、例えば、Ｍｏｎｇｅｒｓｅｎ（以前のＧＥＤ−０３０１）であり得る。
【０４１８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本方法の固体支持体は、少なくとも１つの反応サイクル反復中にヌクレオシドホスホロアミダイトを提供する前に、支持体の前膨潤を含まず、例えば、各反応サイクル反復中にヌクレオシドホスホロアミダイトを提供する前に支持体の前膨潤を含まない。
【０４１９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、前膨潤ステップは、トルエンまたはジメチルホルムアミドなどの前膨潤剤を含む。
【０４２０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、本方法のステップは、それらが列挙される順序で実施される。
【０４２１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）をキャッピングする任意選択のステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反応サイクル反復中省かれる。
【０４２２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、未反応の脱保護されたヒドロキシル基（複数可）をキャッピングする任意選択のステップ及びオリゴヌクレオチドの５’−末端ヌクレオシドの保護された５’−ヒドロキシル基を脱保護する任意選択のステップは、最後の反復を除き（すなわち、最後の反復では実施されない）、反応サイクルの各反復において実施される。
【０４２３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法（複数可）または調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチド組成物、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物であって、オリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に開示される方法により得られる。
【０４２４】
ある実施形態では、本明細書に開示される調製方法、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物から得られるオリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドは、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤを治療または管理するために、本明細書に記載される方法に従い投与される。
【０４２５】
ある実施形態では、本明細書に開示される調製方法、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物から得られるオリゴヌクレオチドであって、オリゴヌクレオチドは、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせて、本明細書に記載される医薬組成物として製剤化される。
【０４２６】
ある実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、本明細書に開示される調製方法、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物から得られるオリゴヌクレオチドを含む。
【０４２７】
ある実施形態では、医薬組成物は、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、本明細書に開示される調製方法、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の調製方法に従い調製された単一バッチ組成物の少なくとも一部、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物を含む。
【０４２８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物であって、医薬組成物は、錠剤またはコーティング錠剤などの経口剤形である。
【０４２９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物であって、本明細書に開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物の少なくとも一部、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する、１０〜５００ｍｇの範囲のオリゴヌクレオチドを含む。
【０４３０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物であって、本明細書に開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物の少なくとも一部、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇのオリゴヌクレオチドを含む。
【０４３１】
ある実施形態では、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、本明細書に開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物から得られるオリゴヌクレオチドを製剤化することを含む、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物の調製方法。
【０４３２】
ある実施形態では、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤とともに、本明細書に開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物の少なくとも一部、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物を製剤化することを含む、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物の調製方法。
【０４３３】
ある実施形態では、本明細書に開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物を、経口投薬に適した一連の分量、量、または用量に分配することと、経口投薬に適した一連の分量  量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量を、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と組み合わせることと、を含む、一連の医薬組成物（例えば、本明細書に記載される経口剤形、錠剤、またはコーティング錠剤）の調製方法。
【０４３４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、一連の医薬組成物は、少なくとも１００の医薬組成物である。
【０４３５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の錠剤の調製方法であって、一連の医薬組成物は、１００〜１，０００，０００の医薬組成物である。
【０４３６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、経口投薬に適した一連の分量  量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する、１０〜５００ｍｇの範囲のオリゴヌクレオチドを含む。
【０４３７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、経口投薬に適した一連の分量  量、または用量の経口投薬に適した各分量、量、または用量は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇのオリゴヌクレオチドを含む。
【０４３８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、一連の医薬組成物は、一連の錠剤である。
【０４３９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、一連の医薬組成物は、一連の錠剤であり、一連の錠剤は、少なくとも１００の錠剤、少なくとも５００の錠剤、少なくとも１，０００の錠剤、少なくとも２，０００の錠剤、少なくとも５，０００の錠剤、少なくとも１０，０００の錠剤、少なくとも２０，０００の錠剤、少なくとも５０，０００の錠剤、少なくとも１００，０００の錠剤、または少なくとも２００，０００の錠剤である。
【０４４０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、一連の医薬組成物は、一連の錠剤であり、一連の錠剤は、１００〜１，０００，０００の錠剤、１，０００〜１，０００，０００の錠剤、１０，０００〜１，０００，０００の錠剤、５０，０００〜１，０００，０００の錠剤、１００，０００〜１，０００，０００の錠剤、または５００〜１，０００，０００の錠剤である。
【０４４１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の一連の医薬組成物の調製方法であって、一連の医薬組成物は、一連のコーティング錠剤である。
【０４４２】
ある実施位形態では、本明細書で開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物の少なくとも一部、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物と、薬学的に許容されるアジュバント及び／または賦形剤と、を含む、医薬組成物バッチ。
【０４４３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、医薬組成物バッチは、少なくとも１０重量％、少なくとも２０重量％、少なくとも３０重量％、少なくとも４０重量％、少なくとも５０重量％、少なくとも６０重量％、少なくとも７０重量％、少なくとも８０重量％、少なくとも９０重量％、少なくとも９５重量％、または１００重量％の、本明細書で開示される調製方法に従い調製された単一バッチ組成物、実質的に純粋なオリゴヌクレオチド組成物、またはオリゴヌクレオチド組成物を含む。
【０４４４】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、医薬組成物バッチは、少なくとも１つの経口剤形を含む。
【０４４５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、少なくとも１つの経口剤形は錠剤である。
【０４４６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、医薬組成物バッチは、一連の経口剤形を含む。
【０４４７】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、一連の経口剤形は、一連の錠剤である。
【０４４８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、一連の錠剤は、少なくとも１００の錠剤である。
【０４４９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、一連の錠剤は、１００〜１，０００，０００の錠剤である。
【０４５０】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、医薬組成物バッチは、コーティング錠剤である錠剤を含む。
【０４５１】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、一連の錠剤は、一連のコーティング錠剤である。
【０４５２】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、少なくとも１つの経口剤形、少なくとも１つの錠剤、少なくとも１つのコーティング錠剤、一連の経口剤形の各々、一連の錠剤の各々、または一連のコーティング錠剤の各々は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する、１０〜５００ｍｇの範囲のオリゴヌクレオチドを含む。
【０４５３】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物バッチであって、少なくとも１つの経口剤形、少なくとも１つの錠剤、少なくとも１つのコーティング錠剤、一連の経口剤形の各々、一連の錠剤の各々、または一連のコーティング錠剤の各々は、核酸配列：
配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）
（配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す）を有する、約４０ｍｇまたは約１６０ｍｇのオリゴヌクレオチドを含む。
【０４５４】
ある実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、医薬組成物バッチ、単一バッチ組成物の調製方法、医薬組成物の調製方法、または一連の医薬組成物の調製方法は、それぞれ、２１  ＣＦＲ  ２１０．３（２）及び２１  ＣＦＲ  ２１０．３（１０）に基づいて定義される用語バッチまたはロットに従う。
【０４５５】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、医薬組成物バッチ、医薬組成物、一連の錠剤の調製方法、または治療方法であって、オリゴヌクレオチドは、配列番号２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２のうちの任意の１つの核酸配列を有する。
【０４５６】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の単一バッチ組成物、医薬組成物バッチ、医薬組成物、一連の錠剤の調製方法、または治療方法であって、オリゴヌクレオチドは、配列番号３：（５’−ＧＴＸ  ＧＣＣ  ＣＣＴ  ＴＣＴ  ＣＣＣ  ＸＧＣ  ＡＧＣ−３’）の核酸配列を有し、配列中、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。
【０４５７】
ある実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の医薬組成物を投与することを含む、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤの治療または管理方法。
【０４５８】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけＩＢＤの治療または管理方法であって、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、クローン病（ＣＤ）である。
【０４５９】
さらなる実施形態では、上記実施形態のうちの任意の１つ及び本明細書のさらなる実施形態のうちの任意の１つ以上の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけＩＢＤの治療または管理方法であって、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。
【０４６０】
本発明の好ましい実施形態が、本明細書に示され、説明されたが、そのような実施形態が例としてのみ提供されることは、当業者には明らかであろう。以下の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義し、特許請求の範囲内の方法及び構造ならびにそれらの等価物を包含することが意図される。
表７：配列表
【表７】
2020528910.tif 000010
2020528910.tif 000011
2020528910.tif 000012
2020528910.tif 000013
ＮＡＩ−１５０４０１０３４１
【図１】
2020528910.tif 000014
【手続補正書】
【提出日】令和2年6月11日(2020.6.11)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2020528910000001.app
【国際調査報告】
2020528910.tif 000015
2020528910.tif 000016
2020528910.tif 000017