(57)【要約】  個体に対して健康関連パラメータを評価するために、ＤＮＡ修復遺伝子に対する様々なオミクスデータを使用する系及び方法が想定される。
2020533663.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
オミクスデータを分析する方法であって、
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得すること；並びに
オミクスデータを、健康状態、オミクスエラー状態、年齢、疾患、予防的推奨及び治療的推奨の少なくとも１つと関連付けること；
を含む、方法。
【請求項２】
健康スコアをそのように取得するために、前記オミクスデータからスコアを計算する工程をさらに含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＤＮＡ配列データが、変異データ、コピー数データ重複、ヘテロ接合性の喪失データ、及び後成的状態からなる群から選択される、請求項１又は２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４】
前記ＲＮＡ配列データが、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＲＮＡ配列データが、固形組織から得られるＲＮＡ、血液細胞から得られるＲＮＡ、及び循環しているセルフリーＲＮＡからなる群から得られる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記転写強度が、百万の転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記タンパク質活性又は量が、質量スペクトル法を用いて測定される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記健康状態が、健康、加齢性疾患との診断、及び癌との診断からなる群から選択される、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記予防的推奨が、複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つの発現を調節する因子で個体を処置することの推奨を含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記治療的推奨が、ＤＮＡ損傷因子を用いて患者を処置することの推奨を含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の少なくとも１つから選択される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の少なくとも２つから選択される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の少なくとも３つから選択される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、表１、表２、及び表３中に列記された遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
関連付ける工程が、オミクスデータの少なくとも１つに対する重みスコアを含む、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
オミクスエラー状態を閾値と比較し、これにより、リスクスコア（「転換点」）を決定する工程をさらに含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
健康指標を計算する方法であって、
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得すること；並びに
人の健康を示す健康複合スコアを生成するために前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対する前記オミクスデータを使用すること；
を含む、方法。
【請求項１９】
前記複合スコアを閾値と比較し、これにより、処置選択肢を決定する工程をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記処置選択肢が、前記複合スコアが閾値より下である予防的処置である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記処置選択肢が、前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つの発現を調節する薬物を使用する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記処置選択肢が、ＤＮＡ損傷を誘導する薬物を使用する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
個体を処置する方法であって、
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得すること；
対応する健康な対照と比較して調節不全であるとして前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを同定すること；並びに
前記調節不全であるＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを打ち消す因子を投与すること；
を含む、方法。
【請求項２４】
前記ＤＮＡ配列データが、変異データ、コピー数データ重複、ヘテロ接合性の喪失データ、及び後成的状態からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＲＮＡ配列データが、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される、請求項２３〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＲＮＡ配列データが、固形組織から得られるＲＮＡ、血液細胞から得られるＲＮＡ、及び循環しているセルフリーＲＮＡからなる群から得られる、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記転写強度が、百万の転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記タンパク質活性又は量が、質量スペクトル法を用いて測定される、請求項２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つが、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、表１、表２、及び表３中に列記された遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子である、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
対象に対して検査を実施する方法であって、
前記対象から血液試料を取得すること；
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを得るために前記血液試料を使用すること；
前記オミクスデータが、前記血液試料の無細胞部分及び前記血液試料の細胞含有部分の少なくとも１つから取得され；
対応する健康な対照と比較して調節不全であるとして前記血液試料中の前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを同定すること；
を含む、方法。
【請求項３２】
前記オミクスデータが、前記血液試料の無細胞部分から取得される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＲＮＡ配列データが、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される、請求項３１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記ＲＮＡ配列データが、固形組織から得られるＲＮＡ、血液細胞から得られるＲＮＡ、及び循環しているセルフリーＲＮＡからなる群から得られる、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記転写強度が、百万の転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される、請求項３１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つが、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、表１、表２、及び表３中に列記された遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子である、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本願は、２０１７年８月７日に出願された、本発明者らの同時係属中の米国仮出願第６２／５４２，２８１号の優先権を主張する。
【０００２】
本発明の分野は、ＤＮＡ修復に関する、特に、包括的な健康指標の生成に、並びに加齢性症状及び疾患を打ち消すための予防的及び治療的方法及び組成物に関するオミクスデータのプロファイリングである。
【背景技術】
【０００３】
以下の記述は、本発明を理解する上で有用であり得る情報を含む。以下の記述は、本明細書に提供された情報のいずれかが従来技術であり若しくは権利主張された本発明に関連すること、又は具体的に若しくは黙示的に参照されたいずれかの刊行物が従来技術であることを認めるものではない。
【０００４】
様々なＤＮＡポリメラーゼの固有の誤りを生じやすい性質に加えて、哺乳動物のＤＮＡは、化学的変化、核酸塩基の喪失並びにＤＮＡ一本鎖及び二本鎖の切断を導入することができる化学的、物理的及び代謝的負荷を絶えず受けている。実際に、人体内の約１０１３細胞のそれぞれが１日に何万のＤＮＡ損傷現象を被っていると推測されている（例えば、Ｌｉｎｄａｈｌ  Ｔ，Ｂａｒｎｅｓ  ＤＥ（２０００）Ｒｅｐａｉｒ  ｏｆ  ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ＤＮＡ  ｄａｍａｇｅ．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｓｙｍｐ  Ｑｕａｎｔ  Ｂｉｏｌ  ６５：１２７−１３３を参照）。本明細書中で特定されている全ての刊行物及び特許出願は、各個別の刊行物又は特許出願が参照によって組み込まれることが明確に及び個別に記されているのと同じ程度まで、参照によって組み込まれる。組み込まれた参考文献中の用語の定義又は使用が本明細書中に与えられたその用語の定義と一致しない又は反する場合には、本明細書中に与えられたその用語の定義が適用され、参考文献中のその用語の定義は適用されない。
【０００５】
このような損傷はゲノムの不安定性及び細胞死をしばしばもたらすが、これらの病変の多くはＤＮＡに対する構造的損傷も引き起こし、ＤＮＡ複製又は転写などの基礎的な細胞の過程を変化させ又は除去することができる。ＤＮＡ損傷の有害な効果を打ち消すために、細胞は、塩基除去修復、ミスマッチ修復、ヌクレオチド除去修復及び二本鎖切断修復など、相同組換え及び非相同末端結合の両方を含む様々なＤＮＡ修復系を有する。
【０００６】
ＤＮＡ修復遺伝子中に欠陥を有する動物に対する以前の実験データは、しばしば、減少した寿命及び増加した癌の発生率を示した。例えば、優位なＮＨＥＪ（ｎｏｎ−ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓ  ｅｎｄ−ｊｏｉｎｉｎｇ；非相同末端結合）経路及びテロメア維持機構が欠けたマウスは、リンパ腫及び感染症に罹りやすく、通例、野生型マウスより短い寿命を有していた。同様に、ＤＮＡらせんを巻き戻す主要な修復及び転写タンパク質が不足したマウスは、しばしば、加齢性疾患の早期の発症及び寿命の短縮を有していた。しかしながら、ＤＮＡ修復の不足の影響は容易に予測できず、不全なＮＥＲ経路を有するマウスは、それに応じたより高い変異の割合なしに、短縮された寿命を示す傾向がある。さらに癌に関しては、様々な既知のＤＮＡ修復遺伝子の変異が増加した癌のリスクと関連する。例えば、遺伝性非腺腫性結腸直腸癌（ＨＮＰＣＣ）は、ＤＮＡミスマッチ修復経路中の特定の変異と強く関連しているのに対して、ＢＲＣＡ１及びＢＲＣＡ２は、乳癌において、多数のＤＮＡ修復経路、特にＮＨＥＪ及び相同組換えと関連している。より最近では、ＤＮＡ修復遺伝子中の変異は癌転移にも関与していた（例えば、Ｒａｄｉａｔｉｏｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １８１，１１１−１３０（２０１４）を参照）。しかしながら、特定のＤＮＡ修復経路の増加した又は減少した活性の影響を予測するために使用することができる識別可能なパターンは、ＤＮＡ修復遺伝子については存在しない。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｌｉｎｄａｈｌ  Ｔ，Ｂａｒｎｅｓ  ＤＥ（２０００）Ｒｅｐａｉｒ  ｏｆ  ｅｎｄｏｇｅｎｏｕｓ  ＤＮＡ  ｄａｍａｇｅ．Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ  Ｓｙｍｐ  Ｑｕａｎｔ  Ｂｉｏｌ  ６５：１２７−１３３
【非特許文献２】Ｒａｄｉａｔｉｏｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １８１，１１１−１３０（２０１４）
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
したがって、ＤＮＡ修復遺伝子及び経路に関しては多数の実験の詳細が既知であるが、健康及び処置推奨の評価におけるＤＮＡ修復遺伝子及び経路の体系的な理解及び使用の欠如が存在する。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明の主題は、１つ以上の健康関連パラメータを得るために、患者試料の様々なＤＮＡ修復遺伝子に対する複数のオミクスデータが利用される系及び方法を提供する。例えば、好ましいオミクスデータには、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ及び特に転写強度、並びに／又はタンパク質活性若しくはタンパク質量が含まれるが、特に好ましい健康関連パラメータには、健康状態、エラー状態及び処置推奨が含まれる。さらに、様々なＤＮＡ修復遺伝子の発現レベル（転写強度）は、ＤＮＡ修復系のリアルタイムな状態を評価して、全般的な健康、（環境因子又は薬学的介入による）ＤＮＡ損傷の存在及び／又は重度を示すために使用することができ、それ故、処置に対する応答をモニターし、又は疾病の再発を予測するために使用することができる。
【００１０】
本発明の主題の一態様において、本発明者らは、複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得する工程を含む、オミクスデータを分析する方法を想定する。別の工程において、オミクスデータは、次いで、健康状態、オミクスエラー状態、年齢、疾病、予防的推奨及び／又は治療的推奨と関連付けられる所望される場合には、想定される方法は、健康スコアをそのように取得するためにオミクスデータからスコアを計算する工程をさらに含み得る。
【００１１】
ＤＮＡ配列データに関しては、このようなデータは、変異データ、コピー数データ重複、ヘテロ接合性の喪失データ、及び／又は後成的状態を含み得ることが想定されるのに対して、ＲＮＡ配列データは、固形組織から、血液細胞から、及び／又は循環するセルフリーＲＮＡから取得され得る、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータを含み得る。さらに、転写強度は、百万転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表され、及び／又はタンパク質活性若しくは量は質量分析法を用いて（例えば、選択的反応モニタリング法を用いて）測定されることが一般に好ましい。
【００１２】
健康状態には、典型的には、健康な状態、加齢性疾患との診断及びがんとの診断が含まれ得る。想定される予防的推奨は、複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つの発現を調節する因子で個体を処置することの推奨を含むであろうが、治療的推奨はＤＮＡ損傷因子を用いて患者を処置することの推奨を含み得る。適切なＤＮＡ損傷修復遺伝子は、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の１つ以上を含み、例示的なＤＮＡ損傷修復遺伝子は以下の表１〜３に列記されている。
【００１３】
オミクスデータを状態と関連付ける想定される工程は、オミクスデータの少なくとも１つに対する重みスコア（ｗｅｉｇｈｔ  ｓｃｏｒｅ）を含み得、このような方法は、オミクスエラー状態を閾値と比較して、これにより、リスクスコアを決定する工程をさらに含み得ることがさらに想定される。
【００１４】
したがって、異なる視点から見ると、本発明者らは、複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得する工程を含む、健康指標を計算する方法も想定する。次いで、人の健康の指標である健康複合スコア（ｈｅａｌｔｈ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ  ｓｃｏｒｅ）を生成するために、このようにして決定されたオミクスデータが使用される。
【００１５】
上述のように、想定される方法は、複合スコアを閾値と比較し、これにより、処置選択肢を決定する工程をさらに含み得る。例えば、処置選択肢は、複合スコアが閾値より下である予防的処置であり得、処置選択肢は、複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つの発現を調節する薬物を使用し得、又は処置選択肢は、ＤＮＡ損傷を誘導する薬物を使用し得る。
【００１６】
本発明の主題のさらに別の態様において、本発明者らは、複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得する工程と、並びに対応する健康な対照と比較して調節不全であるとしてＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを同定するさらなる工程とを含む、個体を処置する方法も想定する。さらに別の工程では、調節不全であるＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを打ち消す因子が、次いで投与される。
【００１７】
最も典型的には、ＤＮＡ配列データは、変異データ、コピー数データ重複、ヘテロ接合性の喪失データ、及び後成的状態からなる群から選択されるのに対して、ＲＮＡ配列データは、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される。記されているように、ＲＮＡ配列データは、固形組織、血液細胞、及び／又は循環するセルフリーＲＮＡから取得され得る。最も典型的には、転写強度は、百万転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表され、及び／又はタンパク質活性若しくは量は質量分析法を用いて測定される。ＤＮＡ損傷修復遺伝子に関しては、ＤＮＡ損傷修復遺伝子、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び／又は非相同末端結合遺伝子の少なくとも１つ以上が想定される。例えば、適切なＤＮＡ損傷修復遺伝子は、表１、表２及び表３に列記されている。
【００１８】
したがって、本発明者らは、対象から血液試料を取得する工程と、及び複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得するために血液試料を使用する別の工程とを含む、対象に対する検査を実施する方法も想定する。最も好ましくは、オミクスデータは、血液試料の無細胞部分及び／又は血液試料の細胞含有部分から取得される。想定される方法のさらに別の工程では、ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つが、対応する健康な対照と比較して調節不全であるとして血液試料中で同定される。
【００１９】
最も典型的には、ＲＮＡ配列データは、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択され、ＲＮＡ配列データは、固形組織から、血液細胞から、及び／又は循環するセルフリーＲＮＡから取得され得る。転写強度は、好ましくは、百万転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される。上記のように、好ましいＤＮＡ損傷修復遺伝子は、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される。例えば、例示的なＤＮＡ損傷修復遺伝子には、表１、表２及び表３に列記されているものが含まれる。
【００２０】
本発明の主題の様々な目的、特徴、態様及び利点は、同様の数値は同様の成分を表す添付の図面と併せて、以下の好ましい実施形態の詳細な説明からさらに明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２１】
【図１】図１は、ＤＮＡ損傷の様々な様式、その結果生じる病変及びこのような損傷を打ち消すための修復経路の例示的な図解である。
【発明を実施するための形態】
【００２２】
本発明者らは、ＤＮＡ修復と関連する各遺伝子に対する１つ以上のオミクスデータを用いて、全てのＤＮＡ修復遺伝子に対するライブラリー又は参照データベースを作製することができること、及びこのようなライブラリーは、オミクスデータが１つ以上の健康パラメータと関連付けられる場合に特に有用であることを今発見した。このようなライブラリー又は参照データベースは、ＤＮＡ損傷修復遺伝子の発現レベルが定量される場合に及び／又は変異（及び特にＤＮＡ修復に影響を及ぼす変異）が検出される場合に並びにこのような量及び検出された変異が特定の健康状態と関連付けられる場合に特に有用であり得る。
【００２３】
異なる視点から見ると、本発明者らは、患者内のエラー状態に関して特徴的な、ＤＮＡ修復関連遺伝子から得たオミクスデータに対するシグネチャーが同定できること、次いで、これは、１つ以上の健康関連状態に対する指標となり得ることを想定する。同様に、このようなシグネチャーは、実際の損傷が異常組織中で観察できるようになる前でさえ、ＤＮＡ損傷を予測し得る。容易に理解されるように、シグネチャーは、（例えば、疾病の徴候又は症候が明らかになる前の、日常的な訪問の間に）一回確認され得、又は単一の患者に対して経時的に追跡され得、これは、健康が全般的に評価される場合に又は疾病若しくは処置がモニターされる場合に特に有用であり得る。
【００２４】
ＤＮＡ修復の伝統的な研究は、単一のＤＮＡ修復経路内で関連する特定の遺伝子の発現の存在又は強度にしばしば焦点を当ててきたが、本発明者らは、このような分析は健康状態又はあり得る処置結果に関して予測力を有し又は分析力さえ有する指標を得るには不十分であることを今想定する。その目的のために、本発明者らは、ＤＮＡ修復遺伝子が存在又は不存在として分析できるのみならず、フルスケールのオミクス分析は複数遺伝子の複数の態様を考慮に入れることを発見した。より具体的には、本発明者らは、ＤＮＡ修復活性の動的な像を与えるために、ＤＮＡ修復関連遺伝子のＤＮＡ配列データのみならず、対応するＲＮＡ配列データ、対応する転写強度並びに複数のＤＮＡ修復関連遺伝子の対応するタンパク質活性及び／又は量も収載するライブラリー又は参照データベースを想定する。
【００２５】
有利には及び具体的には、ＤＮＡ修復関連遺伝子に対する想定されるシグネチャー（例えば、１つ以上のＤＮＡ修復関連遺伝子の発現レベル）が異常組織から得たオミクスデータと組み合わされる場合には、処置の確認及び処置結果の予測のために異常組織中の変異のパターンをシグネチャーと相関させることができる。さらに、想定されるＤＮＡ修復関連遺伝子に対するシグネチャーが、ＤＮＡ修復関連遺伝子中の遺伝子損傷に対する分析を含む場合には、このような変異的損傷は、効率的な修復系の欠如に起因する腫瘍ゲノム中の高頻度変異を予測し得る。
【００２６】
したがって、ＤＮＡ配列データは、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子の存在又は不存在を含むのみならず、修復関連遺伝子が変異されている変異データ、コピー数（例えば、重複、対立遺伝子又はヘテロ接合性の喪失を同定するため）、及び後成的状態（例えば、メチル化、ヒストンリン酸化、ヌクレオソーム位置決定など）さえも考慮に入れるであろう。ＲＮＡ配列データに関しては、想定されるＲＮＡ配列データは、ｍＲＮＡ配列データ、スプライスバリアントデータ、ポリアデニル化情報などを含むことに留意すべきである。さらに、ＲＮＡ配列データは転写強度に対する測定基準（ｍｅｔｒｉｃ）（例えば、百万の総転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物の数、アクチンに対する転写物又はその他のハウスホールド遺伝子のＲＮＡの数当たりの損傷修復遺伝子の転写物の数など）も含むことが一般的には好ましい。このような転写強度情報は、特定の種類のＤＮＡ損傷の増加を検出するために、転写強度が経時的に測定される場合に特に有用であることに留意すべきである。同様に、想定される分析は、ＤＮＡ修復と関連する特定の遺伝子に対するタンパク質活性及び／又はタンパク質量を定量することができる１つ以上の計測定基準も含み得ることが一般的には好ましい。例えば、適切なタンパク質活性又は量は、既知の酵素的アッセイ、及び／又は様々な質量分析法、並びに複数反応モニタリング及び並行反応モニタリングなどの特に選択された反応モニタリング法を用いて測定することができる。
【００２７】
もちろん、オミクスデータは多数の様式で、及び多数の取得源から取得することができることに注意すべきであり、特に好ましい取得源材料は、全血及びその含有部分及びその無細胞部分並びに個体の異常な及び／又は健康な臓器から得た組織生検が含まれる。例えば、ＤＮＡ及びＲＮＡは、固形組織から、血液細胞から、及び／又は循環しているセルフリーＲＮＡのプールから取得され得る。他の例では、ＤＮＡ、ＲＮＡ及び／又はタンパク質は、対応する健康な組織の試料とともに収集され得る組織生検（例えば、新鮮な、凍結された又はホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ））から取得され得る。さらなる好ましい態様において、オミクスデータは、単一細胞配列決定からも取得することができる。さらに、既に前述されているように、オミクスデータは、１より多い組織又は取得源から、複数の時点にわたって取得することができる。例えば、オミクスデータは、最初に異常組織の生検材料から、及び同じ患者のさらなる非異常試料（例えば、皮膚、血液など）から取得され得る。これに代えて又はこれに加えて、オミクスデータは、単独で又は健康な及び／若しくは異常な組織から得られるオミクスデータと組み合わせて、採血又はその他の生体液の循環核酸（及び特にｃｆＲＮＡ（循環セルフリーＲＮＡ））から最初に取得され得る。
【００２８】
有利には、オミクスデータは、処置（又は診断さえ）の前、処置の間及び／又は処置後の時点でも取得することができることに留意すべきである。同様に、特定の環境への曝露前若しくは曝露後に（例えば、化学的に又は放射線的に汚染された領域中に入る前に）又は特定のＤＮＡ損傷条件（例えば、日光曝露、高周波（ＲＦ）曝露など）への曝露前若しくは曝露後に、オミクスデータを取得することができる。容易に理解されるように、オミクスデータの反復的取得は、ＤＮＡ損傷応答の誘発又は維持における傾向の特定を可能とし、続いて、これは、細胞ストレスの種類及び重度を具体的に示す。
【００２９】
さらに、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子に対するオミクスデータは、異常組織に特異的である非修復関連遺伝子に対するオミクスデータと並行して（又はいずれかの他の時点で）取得され得ることが想定される。例えば、旧来の核酸分析は、通例、正常な組織と比較した腫瘍組織の変異を特定するのみであろう。これに対して、想定される分析は、異常組織に対して特異的な非修復関連遺伝子のオミクスデータ（腫瘍特異的変異又は遺伝子発現の腫瘍特異的変化）と共に、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子に対するオミクスデータを含み得る。このような分析は、非修復関連遺伝子に対するオミクスデータが経路分析において使用される場合に特に有用であり、そのため、組み合わされたデータは、ＤＮＡ修復と関連した遺伝子の活性及び状態の特定を可能にするのみならず、ＤＮＡ修復に関して妥当である生理的活性の特定も可能にするであろう。例えば、経路分析は、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子の活性が増加されているある種の経路（例えば、アポトーシス又はその他の細胞死関連経路）が活性化されていることを明らかにし得、これは、処置の成功の指標であり得る。他方、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子の活性が増加されている他の経路（例えば、上皮間葉転換（ＥＭＴ）と関連する経路）が活性化され得、これは、処置の失敗の可能性の指標であり得る。したがって、想定される組み合わされた分析は、細胞ストレス及びＤＮＡ修復の観点から細胞のさらなる機能的情報をさらに追加するであろう。
【００３０】
また、容易に理解されるはずであるように、オミクスデータの種類はかなり変動し、使用される試料の種類、オミクスパラメータ（例えば、ゲノムデータ、トランスクリプトームデータ、プロテオミクスデータなど）及び／又は所望のオミクスデータ特性（例えば、変異の情報、転写の強度、タンパク質活性、経路活性など）に典型的には依存するであろう。その結果、適切なオミクスデータは、生データ（例えば、ＦＡＳＴＱ）、微分（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ）データ（例えば、ＢＡＭＢＡＭ分析後）、様々な処理されたデータ（例えば、ＶＣＦフォーマット）として、又は経路分析を用いた（例えば、ＰＡＲＡＤＩＧＭを用いた）分析後のデータとしてさえ含む。
【００３１】
したがって、異なる視点から見ると、ＤＮＡ修復ライブラリーと関連する複数の遺伝子にわたるオミクス分析は、ＤＮＡ修復関連遺伝子及び経路の完全性及び／又は活性に関連する詳しい洞察を与え、そのため、ゲノムの総合的な変異状態の、より具体的には、患者又はその他の個体中のＤＮＡ修復機構の変異及び機能的状態の定量的分析を可能とすることを理解すべきである。
想定されるＤＮＡ修復と関連する遺伝子に関して、表１は、主なＤＮＡ修復遺伝子の例示的なコレクション及び本明細書中に記載されているそれらの関連する修復経路を提供し、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子の典型的なライブラリーは、表１の少なくとも２つの修復カテゴリーの１つ又は２つ又は３つ又は４つ又はそれより多くを含むであろう。
【表１】
2020533663.tif 000003
【００３２】
しかしながら、ＤＮＡ修復と関連する多数の他の遺伝子及び修復経路も本明細書において明示的に想定されることを認識すべきであり、表２及び３は、分析のためのさらなる例示的遺伝子及びＤＮＡ修復におけるそれらの関連する機能を例示する。
【表２】
2020533663.tif 000004
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【表３】
2020533663.tif 000008
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【００３３】
したがって、変異（機能に影響を及ぼす変異又はサイレント変異にさらに分類され又は評価され得る。）に関して、コピー数に関して、及び／又は発現強度に関して、並びにＲＮＡスプライスバリアント及び転写物の安定性又は半減期に影響を及ぼすポリアデニル化又はその他のパラメータの差に関して、表１〜３中の上記遺伝子の任意の１つ以上を評価することができることを理解すべきである。同様に、表１〜３の遺伝子によってコードされる対応するタンパク質に対するタンパク質量及び／又はタンパク質活性が、質量スペクトル（ｍａｓｓ  ｓｐｅｃ）又は本分野において周知のインビトロアッセイを用いて測定され得る。その結果、オミクスデータを用いて、多様な修復機構にわたって、細胞の修復状態を評価することができる。そのため、正常と比較したＤＮＡ修復遺伝子中の１つ以上の欠乏（機能的及び／又は減少した量による）は、異常細胞又は修復能の欠如の指標となり得、続いて、これは、ＤＮＡ損傷因子を用いた処置の成功の指標となり得る。他方、１つ以上のＤＮＡ修復遺伝子の（同じ個体の健康な細胞と比較した）過剰活性又は過剰発現は、ＤＮＡ損傷、ＤＮＡ損傷環境又はＤＮＡ損傷因子の存在又はこれらへの曝露の指標となり得る。さらに、ＤＮＡ修復遺伝子の機能的欠損は、高頻度変異への素因の指標となり得る。
【００３４】
同じく容易に理解されるように、オミクスデータによって評価されたＤＮＡ修復機能は、存在する又は予想することができる損傷パターンと相関し得る。このため、本明細書中に提示された教示と併用した変異シグネチャーの分析も想定される（例えば、ＵＲＬ：ｃａｎｃｅｒ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ／ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓを参照）。例えば、変異シグネチャー２及び１３は、シチジンデアミナーゼのＡＩＤ／ＡＰＯＢＥＣファミリーの活性に帰属するのに対して、シグネチャー４は、Ｃ＞Ａ変異に対する転写鎖バイアスを示し、これは、グアニンに対する損傷は転写共役ヌクレオチド除去修復によって修復されるという考えと合致する。変異シグネチャー２６は、不完全なＤＮＡミスマッチ修復と関連する。最も典型的には、観察された又は予想される変異シグネチャーは、一般に、ＤＮＡ対応修復遺伝子の低下した若しくは増加した活性、腫瘍の種類及び／又はＤＮＡ損傷因子（環境的又は薬物関連）への曝露と相関するであろう。
【００３５】
もちろん、本明細書に記された分析は、特定の及び多様な集団に対して実施され、これにより、様々な健康関連状態全般（例えば、遺伝されたものであってもよく若しくはなくてもよい、又は損なわれたＤＮＡ修復と関連してもよく若しくは関連しなくてもよい、健康な、特定の疾病及び／又は病状と診断された）、特定の年齢若しくは年齢層、長寿若しくは高い罹患率／死亡率と関連してもよく若しくは関連しなくてもよい特定の民族集団（例えば、沖縄日本人、ネパール人、スリランカ人など）、及び／又は薬学的処置（例えば、ＤＮＡアルキル化剤、ＤＮＡ架橋剤、ＤＮＡ挿入剤又は白金付加物を用いた処置）など、特定の集団に対して基準値を取得してもよいことを理解すべきである。もちろん、既知のオミクス情報を有するデータベース、特に癌患者から得た公的に入手可能なオミクス情報を有するデータベース（例えば、ＴＣＧＡ、ＣＯＳＭＩＣなど）及び健康であってもよく、又は疾病を有すると診断されてもよい極めて多様な個体から得られた独自のデータベースから、集団を得てもよい。同様に、同一の個体又は個体の群に対して、経時的に、集団記録にインデックスを付けてもよく、これは、ＲＮＡ修復と関連する遺伝子及び経路のシフト又は変化の検出を有利に可能にすることが理解されるべきである。
【００３６】
このため、想定されるシステム及び方法は、ＤＮＡ修復遺伝子活性に対する巨大な横断的データベースを可能にし、これは、次いで、個体のＤＮＡ修復遺伝子スコアに、比率スコア、合計スコア、微分（ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ）スコアなどに基づき得るリスクマトリックスの作製を可能にすることが認識されるべきである。特に好ましい態様において、１つ以上のＤＮＡ修復遺伝子に対してエラースコアを確立することができること、並びにスコアがＤＮＡ修復遺伝子及び／又は経路中の変異に少なくとも部分的に起因する様々な疾病を反映し得ること又は予測する場合さえあり得ることが想定される。例えば、特に適切なエラースコアは、ＤＮＡ修復の１つの種類と関連してもよく又は関連しなくてもよい別の遺伝子（例えば、ＴＰ５３、Ｆａｓ、ｂｃｌ−２、ＣＨＫ２、非相同末端結合修復遺伝子など）と比較した、ＤＮＡ修復（例えば、塩基除去修復、相同組換え修復など）の１つ以上の種類と関連する１つ以上の遺伝子に対するスコアを含み得る。別の例では、想定されるエラースコアは、
「バックグラウンド」の変異を上回るＤＮＡ修復関連変異を極めてよりよく同定するために、総合的な変異割合に比較した、ＤＮＡ修復（例えば、塩基除去修復、相同組換え修復など）の１つ以上の種類と関連する１つ以上の遺伝子に対するスコアを含み得る。さらに別の例では、いくつかのＤＮＡ修復遺伝子中の変異は、「先導的指標（ｌｅａｄｉｎｇ  ｉｎｄｉｃａｔｏｒｓ）」、すなわち、ｐ５３によって媒介される修復などの他のＤＮＡ修復機構を活性化するための引き金であり得る。このような引き金の同定は、修復現象の早期診断を有利に可能にし得、又は修復現象の引き金を引くために使用され得る。
【００３７】
オミクスデータの具体的な定量及び／又は分析に基づいて、様々な計算を実施することができることに留意すべきである。例えば、個体（又は個体内の腫瘍）に対する一般的エラー状態を作成するために、又はＤＮＡ修復遺伝子中の変化の数及び／若しくは種類を関連付けて、その後一般的な変異率を飛躍的に上昇させる、１つ以上のＤＮＡ修復遺伝子変異に対する「転換点」を同定するために、オミクスデータが使用され得る。例えば、ＥＲＣＣ１及びその他のＤＮＡ修復遺伝子中の変異の率又は数が僅かな系統的結果（ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅ）を有し得るに過ぎない場合には、ＴＰ５３へのさらなる変異の追加が、変異率の破壊的な増加をもたらし得る。このため、異なる視点から見ると、ＤＮＡ損傷を基礎とする疾病、特に癌及び加齢性疾患の発生のリスクを推定するために、ＤＮＡと関連する遺伝子中の変異が使用され得る。さらに想定される使用においては、このように取得されたオミクス情報は、影響を受けた経路をそのように同定するために、及びＤＮＡ損傷因子を使用する処置をおそらくはそのように調整するために、１つ以上の経路分析アルゴリズム（例えば、ＰＡＲＡＤＩＧＭ）において分析され得る。経路分析アルゴリズムは、１つ以上のＤＮＡ修復遺伝子の発現をコンピュータシミュレーションで調節するためにも使用され得、これは、望ましい又は予想されないコンピュータシミュレーションでの処置結果をもたらし得、この結果は医院に移転（ｔｒａｎｓｌａｔｅ）され得る。同様に、疾病パラメータ（例えば、疾病の種類、疾病の段階、特定の薬物による疾病の処置可能性）を、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子に対するオミクスデータと関連付けて、特異的な変異パターンを特定の症状又は薬物感受性と相関しているものとしてそのように同定するために、様々な機械学習アルゴリズムが使用され得る。
【００３８】
さらに想定される態様において、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の遺伝子が機能不全（例えば、過剰発現された、過小発現された、変異された、末端切断された、スプライスバリアントが存在するなど）と同定されたら、機能不全の遺伝子を打ち消すために、薬物を同定することができることを理解すべきである。上述のように、このような薬物は、巨大な小分子ライブラリー、コンピュータによるアプローチ及び／又は公的ドメインから得られるデータを用いて同定することができる。さらに、このような薬物を同定するために、経路モデルを使用するコンピュータでのシミュレーションが利用され得る。その結果、想定されるシステム及び方法は診断的価値を有し得るだけでなく、変異関連疾病、特に癌及び加齢性疾患を打ち消す薬物を同定及び使用するためにも利用され得ることが理解されるべきである。このような系において、ＤＮＡ修復活性を打ち消すために、及び／又はＤＮＡ修復シグネチャーによって特徴付けられる特異的な細胞集団を処理するために、次いで、１つ以上の薬物を個体に投与することができる。
【００３９】
したがって、想定されるオミクス分析は、薬学的介入を受けている患者の処置をモニタリングするためにも特に有用である。このようなモニタリングは、特異的な修復シグネチャーを有する異常細胞の検出及び／又は定量、ＤＮＡ損傷因子を用いた処置の間に健康な組織中でＤＮＡ修復の引き金を引いたことの検出、特異的な修復シグネチャーを有する処置抵抗性のクローン集団の発生の検出並びに異常細胞が特定の修復シグネチャーを有する疾病の再発の検出を有利に含むであろう。異なる視点から見ると、細胞集団がＤＮＡ損傷因子を用いた処置に対して感受性を有する可能性があるかどうかを同定するためにも、シグネチャーが使用され得る。同様に、個体が、ＤＮＡ損傷因子と、同時に、ＤＮＡ損傷因子によってもたらされた損傷を修復するために必要とされる対応するＤＮＡ修復遺伝子を阻害する１つ以上の薬剤とを用いた処置を受ける併用処置においても、シグネチャーが使用され得る。このような戦略は、想定されるオミクス検査を用いて容易にモニターされ得る。このため、さらに別の視点から見れば、ＤＮＡ損傷因子を用いた処置を打ち消すために細胞によって使用され得る（例えば、ＰＡＲＰ阻害剤、Ｃｈｋ１−２阻害剤、ＷＥＥ−１阻害剤又はＡＴＲ阻害剤を用いた）標的ＤＮＡ修復機構を特異的に同定し、次いで、標的とするために、想定される方法を利用し得る。
【００４０】
［実施例１］
全血試料を準備し、２つの一定分量に分ける。第一の一定分量は、以下に記載されているようにセルフリーＲＮＡ、ｃｆＲＮＡ（及び所望される場合には、セルフリーＤＮＡ、ｃｆＤＮＡ）を単離するために使用される。しかしながら、様々な他の生体液も、このような体液中にｃｆＲＮＡが存在する限り適切と考えられる。適切な体液には、唾液、腹水液、脊髄液、尿などが含まれ、これらは、新鮮であり、化学的に防腐され、又は冷蔵若しくは冷凍され得る。例えば、検体は、それぞれ、ＲＮＡ又はＤＮＡ安定剤を含有する市販のセルフリーＲＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）管又はセルフリーＤＮＡ  ＢＣＴ（登録商標）管（Ｓｔｒｅｃｋ，７００２  Ｓ．１０９  Ｓｔ．，Ｏｍａｈａ，ＮＥ  ６８１２８）中に採取された１０ｍｌの全血として受容されることができる。有利には、ｃｆＲＮＡは、セルフリーＲＮＡ  ＢＣＴ管中で７日間、全血中において安定であるのに対して、ｃｆＤＮＡは、セルフリーＤＮＡ  ＢＣＴ管中で１４日間、全血中において安定であり、ｃｆＲＮＡ又はｃｆＤＮＡの分解なしに世界中の場所から患者の試料を配送するための時間が見込まれる。さらに、血液細胞を溶解しない又は実質的に溶解しないＲＮＡ安定化剤（例えば、１％以下、又は０．１％以下、又は０．０１％以下、又は０．００１％以下）を用いてｃｆＲＮＡが単離されることが一般的には好ましい。異なる視点から見ると、ＲＮＡ安定化試薬は、試薬が血液と組み合わされた後に、血清又は血漿中のＲＮＡ量の実質的な増加をもたらさないであろう（例えば、１０％以下、又は５％以下、又は２％以下、又は１％以下の全ＲＮＡの増加）。
【００４１】
最も典型的には、ただし必ずではなく、第一の一定分量は、ＲＮアーゼ阻害剤、防腐剤、代謝阻害剤及びキレート剤の存在下で遠心される。さらに、全血を遠心する工程は、細胞成分の完全性を保つ条件下で実施されることが一般的には好ましい。例えば、第一のＲＣＦは、７００〜２，５００（例えば、１，６００）であり得、及び／又は第二のＲＣＦは７，０００〜２５，０００（例えば、１６，０００）であり得、第一のＲＣＦでの遠心は１５〜２５分（例えば、２０分）実施され、第二のＲＣＦでの遠心は５〜１５分（例えば、１０分）実施される。所望される場合又は必要とされる場合には、ｃｆＲＮＡは−８０℃で保存され得、及び／又はｃｆＲＮＡから調製されたｃＤＮＡは−４℃で保存され得る。
【００４２】
全血試料の第二の一定分量は、血清／血漿から細胞を分離するために、減圧した血液収集管中で遠心することができる。単離されたら、等張リンゲル溶液中で細胞を洗浄し、次いで、１つ以上の市販の検査キット（例えば、Ｑｉａｇｅｎ  ＤＮＡ血液ミニキット、Ｑｉａｇｅｎ  ＲＮＡ血液ミニキット）を用いてＤＮＡ及びＲＮＡそのように調製するために溶解することができる。
【００４３】
両分析に対して、ＤＮＡ及びＲＮＡ配列決定が行われる。さらに、トランスクリプトミクス情報を得るために、定量的ＲＮＡ分析が使用される。利用可能な場合には、ＤＮＡ修復と関連する少なくとも２つ、又は少なくとも４つ、又は少なくとも１０、又は少なくとも２０の異なるタンパク質に対して、選択された反応モニタリングを用いて、プロテオミクス分析が行われる。このようにして得られたオミクス情報は、次いで、ＤＮＡ修復経路に対する何らかの変異の何らかの影響を同定するために、経路分析を用いて（特にＰＡＲＡＤＩＧＭを用いて）、処理することができる。
【００４４】
［実施例２］
がんと診断された患者から全血試料を採取し、上の実施例１で記載したように処理した。さらに、新鮮な腫瘍生検を取得し、ＤＮＡ配列決定がＤＮＡ及びＲＮＡに対する少なくとも２０ｘの厚みでの全ゲノム配列決定である完全なオミクス分析が行われる。さらに、トランスクリプトミクス情報を得るために、定量的ＲＮＡ分析が使用される。利用可能な場合には、ＤＮＡ修復と関連する少なくとも２つ、又は少なくとも４つ、又は少なくとも１０、又は少なくとも２０の異なるタンパク質に対して、選択された反応モニタリングを用いて、プロテオミクス分析が行われる。所望される場合には、ＤＮＡ修復と関連する少なくとも２つ、又は少なくとも４つ、又は少なくとも１０、又は少なくとも２０の異なるタンパク質に対して、選択された反応モニタリングを用いて、プロテオミクス分析が行われる。このようにして得られたオミクス情報は、次いで、ＤＮＡ修復経路に対する何らかの変異の何らかの影響を同定するために、経路分析を用いて（特にＰＡＲＡＤＩＧＭを用いて）、処理することができる。
【００４５】
［実施例３］
（例えば、実施例２の）患者の試料に対するオミクス分析が完結した時点で、年齢を合致させた健康な個体のオミクスデータと比較したＤＮＡ、ＲＮＡ及びタンパク質（活性）の変化に注目する。このような変化は、既知の疾病パターンとの統計学的関連が観察されない特異体質と分類され得、又は変化は疾病に特徴的なパターンと関連付けられ得る。上述のように、分析は、ＤＮＡ修復と関連する個別の遺伝子に対する、又は複数の遺伝子に対する、単独での又は様々な関係性での（例えば、比、合計など）観察を含み得る。
【００４６】
［実施例４］
腫瘍生検及び対応する非腫瘍組織（又は血液試料）の生検を個体から取得する。次いで、腫瘍細胞中での発現されたＲＮＡの定量とともに、腫瘍生検をＤＮＡ配列決定及びＲＮＡｓｅｑに供する。生検試料及び対応する非腫瘍組織の両方について、全てのＤＮＡ修復遺伝子に対する変異状態及び転写強度を決定する。修復状態の差を確認し、（例えば、架橋剤、挿入剤などを使用する）ＤＮＡ損傷因子を用いた処置を開始する。次いで、腫瘍の再生検によって、又は上で論述したように、ＤＮＡ修復遺伝子に対するｃｆＤＮＡ及びｃｆＲＮＡの単離及び分析によって、処置をモニターする。ＤＮＡ修復遺伝子発現の増加が腫瘍試料中に認められる場合には、ＤＮＡ修復に対する阻害剤が投与され得る。さらに、腫瘍ＤＮＡ修復を選択的に妨害し得るさらなる処置選択肢を特定するために、オミクスデータを使用して、（例えば、ＰＡＲＡＤＩＧＭを用いた）経路分析を実施することができる。このような経過観察の間に、クローンの発生、耐性の発達及び又は腫瘍状態を特定するために、腫瘍に対して修復シグネチャーが取得され得る。終了した時点で、腫瘍特異的な修復シグネチャーを検出するために、（典型的には、セルフリーＤＮＡ及びセルフリーＲＮＡから修復シグネチャーが取得され得、これは、再発の指標となり得る。
【００４７】
いくつかの実施形態において、本発明のある実施形態を説明し、権利主張するために使用される成分の量、濃度、反応条件などの特性を表す数字は、いくつかの事例においては、「約」という用語によって修飾されているものとして理解すべきである。したがって、いくつかの実施形態において、説明中及び添付の特許請求の範囲に記された数的パラメータは、特定の実施形態によって取得しようと求められている所望の特性に応じて変動することができる近似値である。いくつかの実施形態において、数的パラメータは、報告された有効桁の数に照らして、及び通常の丸め技法を適用することによって解釈されるべきである。本発明のいくつかの実施形態の広い範囲を示している数的範囲及びパラメータは近似値であるにも関わらず、特定の実施例中で記された数値は、できるだけ正確に実施可能であるように報告されている。本発明のいくつかの実施形態中に記された数値は、それぞれの検査測定中に見られる標準偏差から生じるある種の誤差を必然的に含み得る。文脈が反対のことを指示しない限り、本明細書中に示された全ての範囲は、その終点を包含するものと解釈すべきであり、非限定型の範囲は、商業的に実用可能な値のみを包含すると解釈すべきである。同様に、文脈が反対のことを示さない限り、値の全ての列記は、中間の値を包含するものと考えるべきである。
【００４８】
本明細書の説明中で及びその後の特許請求の範囲を通じて使用される「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」の意味は、文脈が明らかに反対の意味を指示していなければ、複数表記を含む。また、本明細書の説明中で使用される「中に（ｉｎ）」の意味は、文脈が明らかに反対の意味を指示していなければ、「中に（ｉｎ）」及び「上に（ｏｎ）」を含む。
【００４９】
本明細書中の本発明の概念から逸脱することなく、既に記載されたもの以外に多くのさらなる改変が可能であることが当業者に自明のはずである。したがって、添付の特許請求の範囲の精神以外には、本発明の主題は制約されるべきでない。さらに、明細書及び特許請求の範囲の両方を解釈する際には、全ての用語は文脈と合致する最も広い可能な様式で解釈されるべきである。特に、「含む、備える（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含んでいる、備えている（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、非排他的様式で要素、成分又は工程を表すものとして解釈すべきであり、明示的に参照されていない他の要素、成分又は工程とともに、参照された要素、成分又は工程が存在し得る、又は使用され得る、又は組み合わされ得ることを示す。明細書の特許請求の範囲が、Ａ、Ｂ、Ｃ・・・及びＮからなる群から選択される何かの少なくとも１つと言及する場合には、その文章は、Ａ＋Ｎ又はＢ＋Ｎなどではなく、群から得られる１つの要素のみを必要とするものと解釈すべきである。
【図１】
2020533663.tif 000016
【手続補正書】
【提出日】令和1年8月20日(2019.8.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
オミクスデータを分析する方法であって、
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得すること；並びに
ＤＮＡ修復遺伝子及び／又は経路中の変異に少なくとも部分的に起因する疾患を反映又は予測するスコアを確立するために前記オミクスデータを使用すること；
を含む、方法。
【請求項２】
前記スコアが、健康状態、オミクスエラー状態、年齢、疾患、予防的推奨及び治療的推奨と関連付けられる、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＤＮＡ配列データが、変異データ、コピー数データ重複、ヘテロ接合性の喪失データ、及び後成的状態からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＲＮＡ配列データが、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＲＮＡ配列データが、固形組織から得られるＲＮＡ、血液細胞から得られるＲＮＡ、及び循環しているセルフリーＲＮＡからなる群から得られる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記転写強度が、百万の転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記タンパク質活性又は量が、質量スペクトル法を用いて測定される、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記健康状態が、健康、加齢性疾患との診断、及び癌との診断からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。
【請求項９】
前記予防的推奨が、前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つの発現を調節する因子で個体を処置することの推奨を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１０】
前記治療的推奨が、ＤＮＡ損傷因子を用いて患者を処置することの推奨を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１１】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の少なくとも１つから選択される、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の少なくとも２つから選択される、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子及び非相同末端結合遺伝子の少なくとも３つから選択される、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、表１、表２、及び表３中に列記された遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子である、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記スコアが、オミクスデータの少なくとも１つに対する重みスコアである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記オミクスエラー状態を閾値と比較し、これにより、リスクスコアを決定する工程をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項１８】
健康指標を計算する方法であって、
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得すること；並びに
人の健康を示す健康複合スコアを生成するために前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対する前記オミクスデータを使用すること；
を含む、方法。
【請求項１９】
前記複合スコアを閾値と比較し、これにより、処置選択肢を決定する工程をさらに含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記処置選択肢が、前記複合スコアが閾値より下である予防的処置である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記処置選択肢が、前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つの発現を調節する薬物を使用する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２２】
前記処置選択肢が、ＤＮＡ損傷を誘導する薬物を使用する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
個体を処置する方法であって、
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを取得すること；
対応する健康な対照と比較して調節不全であるとして前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを同定すること；並びに
前記調節不全であるＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを打ち消す因子を投与すること；
を含む、方法。
【請求項２４】
前記ＤＮＡ配列データが、変異データ、コピー数データ重複、ヘテロ接合性の喪失データ、及び後成的状態からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＲＮＡ配列データが、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される、請求項２３〜２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記ＲＮＡ配列データが、固形組織から得られるＲＮＡ、血液細胞から得られるＲＮＡ、及び循環しているセルフリーＲＮＡからなる群から得られる、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記転写強度が、百万の転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記タンパク質活性又は量が、質量スペクトル法を用いて測定される、請求項２３〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つが、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、表１、表２、及び表３中に列記された遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子である、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
対象に対して検査を実施する方法であって、
前記対象から血液試料を取得すること；
複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子に対するオミクスデータであって、ＤＮＡ配列データ、ＲＮＡ配列データ、転写強度、及びタンパク質活性又は量の少なくとも２つを含むオミクスデータを得るために前記血液試料を使用すること；
前記オミクスデータが、前記血液試料の無細胞部分及び前記血液試料の細胞含有部分の少なくとも１つから取得され；
対応する健康な対照と比較して調節不全であるとして前記血液試料中の前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つを同定すること；
を含む、方法。
【請求項３２】
前記オミクスデータが、前記血液試料の無細胞部分から取得される、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記ＲＮＡ配列データが、ｍＲＮＡ配列データ及びスプライスバリアントデータからなる群から選択される、請求項３１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
前記ＲＮＡ配列データが、固形組織から得られるＲＮＡ、血液細胞から得られるＲＮＡ、及び循環しているセルフリーＲＮＡからなる群から得られる、請求項３１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
前記転写強度が、百万の転写物当たりの損傷修復遺伝子の転写物として表される、請求項３１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＤＮＡ損傷修復遺伝子の少なくとも１つが、塩基除去修復遺伝子、ミスマッチ修復遺伝子、ヌクレオチド除去修復遺伝子、相同組換え遺伝子、及び非相同末端結合遺伝子から選択される、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記複数のＤＮＡ損傷修復遺伝子が、表１、表２、及び表３中に列記された遺伝子から選択される少なくとも２つの遺伝子である、請求項３１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【国際調査報告】
2020533663.tif 000017
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2020533663.tif 000019