(57)【要約】  本明細書では、治療薬として有用なＥＶに関連する方法及び組成物が提供される。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
単離された細菌の細胞外小胞（ＥＶ）を含む医薬組成物。
【請求項２】
細菌の細胞外小胞（ＥＶ）と細菌とを含む医薬組成物。
【請求項３】
前記医薬組成物中のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶである、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記医薬組成物中のＥＶ及び細菌粒子の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌である、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記医薬組成物中のＥＶ及び細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶタンパク質である、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項６】
いくつかの実施形態では、前記医薬組成物中のＥＶ及び細菌タンパク質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌タンパク質である。
【請求項７】
前記医薬組成物中のＥＶ及び細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶ脂質である、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項８】
前記医薬組成物中のＥＶ及び細菌脂質の合計の少なくとも、約、又は最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌脂質である、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項９】
ＥＶから単離された細菌を含む医薬組成物。
【請求項１０】
前記組成物は、生細菌、死滅細菌、又は弱毒化細菌を含む、請求項２〜９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
前記ＥＶ及び／又は細菌は、アビオトロフィア・デフェクティバ（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ  ｄｅｆｅｃｔｉｖａ）、アビオトロフィア・パラ＿アディアセンス（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ  ｐａｒａ＿ａｄｉａｃｅｎｓ）、アビオトロフィア種口腔クローンＰ４ＰＡ＿１５５  Ｐ１（Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ４ＰＡ＿１５５  Ｐ１）、アセタナエロバクテリウム・エロンガツム（Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｏｎｇａｔｕｍ）、アセチビブリオ・セルロリチカス（Ａｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｅｌｌｕｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アセチビブリオ・エタノルギグネンス（Ａｃｅｔｉｖｉｂｒｉｏ  ｅｔｈａｎｏｌｇｉｇｎｅｎｓ）、アセトバクター・アセチ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ａｃｅｔｉ）、アセトバクター・ファバルム（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｂａｒｕｍ）、アセトバクター・ロバニエンシス（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｌｏｖａｎｉｅｎｓｉｓ）、アセトバクター・マロルム（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｌｏｒｕｍ）、アセトバクター・オリエンタリス（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｏｒｉｅｎｔａｌｉｓ）、アセトバクター・パステウリアヌス（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ）、アセトバクター・ポモルム（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｐｏｍｏｒｕｍ）、アセトバクター・シジギイ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｙｚｙｇｉｉ）、アセトバクター・トロピカリス（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｔｒｏｐｉｃａｌｉｓ）、アセトバクテラセアエ・バクテリウムＡＴ＿５８４４（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＡＴ＿５８４４）、アコレプラズマ・レイドロウイ（Ａｃｈｏｌｅｐｌａｓｍａ  ｌａｉｄｌａｗｉｉ）、アクロモバクター・デニトリフィカンス（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、アクロモバクター・ピエシャウディイ（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｐｉｅｃｈａｕｄｉｉ）、アクロモバクター・キシロソキシダンス（Ａｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒ  ｘｙｌｏｓｏｘｉｄａｎｓ）、アシダミノコッカス・フェルメンタンス（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、アシダミノコッカス・インテスチニ（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉ）、アシダミノコッカス種Ｄ２１（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｄ２１）、アキディロブス・サッカロボランス（Ａｃｉｄｉｌｏｂｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、アシドチオバシラス・フェリボランス（Ａｃｉｄｉｔｈｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｒｉｖｏｒａｎｓ）、アシドボラックス種９８＿６３８３３（Ａｃｉｄｏｖｏｒａｘ  ｓｐ．９８＿６３８３３）、アシネトバクター・バウマニ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ）、アシネトバクター・カルコアセティカス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｌｃｏａｃｅｔｉｃｕｓ）、アシネトバクターゲノム種Ｃ１（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、アシネトバクター・ヘモリティカス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アシネトバクター・ジョンソニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、アシネトバクター・ジュニイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｕｎｉｉ）、アシネトバクター・ルオフィイ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｌｗｏｆｆｉｉ）、アシネトバクター・パルブス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｐａｒｖｕｓ）、アシネトバクター・レイディオレジステンス（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｒａｄｉｏｒｅｓｉｓｔｅｎｓ）、アシネトバクター・シンドレリ（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｃｈｉｎｄｌｅｒｉ）、アシネトバクター種５６Ａ１（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．５６Ａ１）、アシネトバクター種ＣＩＰ  １０１９３４（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＣＩＰ  １０１９３４）、アシネトバクター種ＣＩＰ  １０２１４３（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＣＩＰ  １０２１４３）、アシネトバクター種ＣＩＰ  ５３．８２（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＣＩＰ  ５３．８２）、アシネトバクター種Ｍ１６＿２２（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．Ｍ１６＿２２）、アシネトバクター種ＲＵＨ２６２４（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＲＵＨ２６２４）、アシネトバクター種ＳＨ０２４（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＳＨ０２４）、
アクチノバチルス・アクチノミセテムコミタンス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、アクチノバチルス・ミノー（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｉｎｏｒ）、アクチノバチルス・プルロニューモニエ（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、アクチノバチルス・サクシノゲネス（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ）、アクチノバチルス・ウレアエ（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｕｒｅａｅ）、アクチノバクラム・マッシリアーエ（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ  ｍａｓｓｉｌｉａｅ）、アクチノバクラム・シャアリイ（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓｃｈａａｌｉｉ）、アクチノバクラム種ＢＭ＃１０１３４２（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓｐ．ＢＭ＃１０１３４２）、アクチノバクラム種Ｐ２Ｐ＿１９  Ｐ１（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｕｌｕｍ  ｓｐ．Ｐ２Ｐ＿１９  Ｐ１）、アクチノマイセス・カーディフェンシス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｄｉｆｆｅｎｓｉｓ）、アクチノマイセス・ユーロパエウス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｅｕｒｏｐａｅｕｓ）、アクチノマイセス・フンケイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｆｕｎｋｅｉ）、アクチノマイセスゲノム種Ｃ１（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、アクチノマイセスゲノム種Ｃ２（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ２）、アクチノマイセスゲノム種Ｐ１口腔クローンＭＢ６＿Ｃ０３（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ６＿Ｃ０３）、アクチノマイセス・ゲオルギアエ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｏｒｇｉａｅ）、アクチノマイセス・イスレリイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ）、アクチノマイセス・マシリエンシス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、アクチノマイセス・メイエリー（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｍｅｙｅｒｉ）、アクチノマイセス・ネスランディイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｎａｅｓｌｕｎｄｉｉ）、アクチノマイセス・ナシコーラ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｎａｓｉｃｏｌａ）、アクチノマイセス・ノウイイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｎｅｕｉｉ）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アクチノマイセス・オリコーラ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｒｉｃｏｌａ）、アクチノマイセス・オリホミニス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アクチノマイセス・オリス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｒｉｓ）、アクチノマイセス種７４００９４２（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．７４００９４２）、アクチノマイセス種ｃ１０９（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｃ１０９）、アクチノマイセス種ＣＣＵＧ  ３７２９０（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＣＣＵＧ  ３７２９０）、アクチノマイセス種ＣｈＤＣ  Ｂ１９７（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＣｈＤＣ  Ｂ１９７）、アクチノマイセス種ＧＥＪ１５（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＧＥＪ１５）、アクチノマイセス種ＨＫＵ３１（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＨＫＵ３１）、アクチノマイセス種ＩＣＭ３４（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＩＣＭ３４）、アクチノマイセス種ＩＣＭ４１（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＩＣＭ４１）、アクチノマイセス種ＩＣＭ４７（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＩＣＭ４７）、アクチノマイセス種ＩＣＭ５４（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＩＣＭ５４）、アクチノマイセス種Ｍ２２３１＿９４＿１（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．Ｍ２２３１＿９４＿１）、アクチノマイセス種口腔クローンＧＵ００９（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＵ００９）、アクチノマイセス種口腔クローンＧＵ０６７（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＵ０６７）、アクチノマイセス種口腔クローンＩＯ０７６（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＯ０７６）、
アクチノマイセス種口腔クローンＩＯ０７７（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＯ０７７）、アクチノマイセス種口腔クローンＩＰ０７３（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＰ０７３）、アクチノマイセス種口腔クローンＩＰ０８１（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＰ０８１）、アクチノマイセス種口腔クローンＪＡ０６３（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＡ０６３）、アクチノマイセス種口腔タクソン１７０（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １７０）、アクチノマイセス種口腔タクソン１７１（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １７１）、アクチノマイセス種口腔タクソン１７８（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １７８）、アクチノマイセス種口腔タクソン１８０（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １８０）、アクチノマイセス種口腔タクソン８４８（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ８４８）、アクチノマイセス種口腔タクソンＣ５５（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｃ５５）、アクチノマイセス種ＴｅＪ５（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＴｅＪ５）、アクチノマイセス・ウロゲニタリス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｕｒｏｇｅｎｉｔａｌｉｓ）、アクチノマイセス・ビスコーズス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｓｃｏｓｕｓ）、アドレクラウチア・エクオーリファシエンス（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ  ｅｑｕｏｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、アエロコッカス・サンギュニコーラ（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｃｏｌａ）、アエロコッカス・ウリナエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｒｉｎａｅ）、アエロコッカス・ウリナエクイー（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｒｉｎａｅｅｑｕｉ）、アエロコッカス・ビリダンス（Ａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）、アエロミクロビウム・マリヌム（Ａｅｒｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｍａｒｉｎｕｍ）、アエロミクロビウム種ＪＣ１４（Ａｅｒｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｓｐ．ＪＣ１４）、アエロモナス・アロサッカロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ａｌｌｏｓａｃｃｈａｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・エンテロペロゲネス（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｔｅｒｏｐｅｌｏｇｅｎｅｓ）、アエロモナス・ハイドロフィラ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｈｙｄｒｏｐｈｉｌａ）、アエロモナス・ジャンダエイ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｊａｎｄａｅｉ）、アエロモナス・サルモニシダ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｓａｌｍｏｎｉｃｉｄａ）、アエロモナス・トロタ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｔｒｏｔａ）、アエロモナス・ベロニイ（Ａｅｒｏｍｏｎａｓ  ｖｅｒｏｎｉｉ）、プレボテラ・ジェジュニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｊｅｊｕｎｉ）、プレボテラ・アウランティアカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）、プレボテラ・バーロニアエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂａｒｏｎｉａｅ）、プレボテラ・コロランス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｌｏｒａｎｓ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンタシニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔａｓｉｎｉ）、プレボテラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔ��ｌｌａ  ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・ファルセニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｆａｌｓｅｎｉｉ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｆｕｓｃａ）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンセイエンシッス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・オリザエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｙｚａｅ）、プレボテラ・パルディビベンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｕｄｉｖｉｖｅｎｓ）、プレボテラ・プレウリチディス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐｌｅｕｒｉｔｉｄｉｓ）、プレボテラ・ルミニコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サッカロリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、
プレボテラ・スコポス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｃｏｐｏｓ）、プレボテラ・シャーヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｈａｈｉｉ）、プレボテラ・ズーグレオフォルマンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、アフィピアゲノム種４（Ａｆｉｐｉａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．４）、アグリゲイティバクター・アクチノミセテムコミタンス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｅｍｃｏｍｉｔａｎｓ）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｐｈｒｏｐｈｉｌｕｓ）、アグリゲイティバクター・セグニス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ｓｅｇｎｉｓ）、アグロバクテリウム・ラジオバクター（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｄｉｏｂａｃｔｅｒ）、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ）、アグロコッカス・ジェネンシス（Ａｇｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｊｅｎｅｎｓｉｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、アルガリゲネス・フェカリス（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、アルガリゲネス種ＣＯ１４（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ  ｓｐ．ＣＯ１４）、アルガリゲネス種Ｓ３（Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ  ｓｐ．Ｓ３）、アリシクロバチルス・アシドカルダリウス（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｃａｌｄａｒｉｕｓ）、アリシクロバチルス・アシドテレストリス（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｔｅｒｒｅｓｔｒｉｓ）、アリシクロバチルス・コンタミナンス（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｎｔａｍｉｎａｎｓ）、アリシクロバチルス・シクロヘプタニカス（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｙｃｌｏｈｅｐｔａｎｉｃｕｓ）、アリシクロバチルス・ハーバリウス（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｒｂａｒｉｕｓ）、アリシクロバチルス・ポモルム（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｍｏｒｕｍ）、アリシクロバチルス種ＣＣＵＧ  ５３７６２（Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＣＣＵＧ  ５３７６２）、アリスティペス・ファインゴールディイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、アリスティペス・インディスティンクタス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓ）、アリスティペス・オンデルドンキイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｏｎｄｅｒｄｏｎｋｉｉ）、アリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、アリスティペス・シャヒイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）、アリスティペス種ＨＧＢ５（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｐ．ＨＧＢ５）、アリスティペス種ＪＣ５０（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｐ．ＪＣ５０）、アリスティペス種ＲＭＡ  ９９１２（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｐ．ＲＭＡ  ９９１２）、アルカリフィラス・メタルリレジゲンス（Ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ  ｍｅｔａｌｌｉｒｅｄｉｇｅｎｅｓ）、アルカリフィラス・オレムランジイ（Ａｌｋａｌｉｐｈｉｌｕｓ  ｏｒｅｍｌａｎｄｉｉ）、アロスカルドビア・オムニコレンス（Ａｌｌｏｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｏｍｎｉｃｏｌｅｎｓ）、アロスカルドビア種ＯＢ７１９６（Ａｌｌｏｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｓｐ．ＯＢ７���９６）、アネロバクルム・ヒドロゲニホルマンス（Ａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｉｆｏｒｍａｎｓ）、アネロビオスピリルム・スクシニシプロデューセンス（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｓｕｃｃｉｎｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、アネロビオスピリルム・トマシイ（Ａｎａｅｒｏｂｉｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｔｈｏｍａｓｉｉ）、アネロコッカス・ヒドロジェナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｙｄｒｏｇｅｎａｌｉｓ）、アネロコッカス・ラクトリティクス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アネロコッカス・オクトビウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｃｔａｖｉｕｓ）、アネロコッカス・プレボッティ（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｅｖｏｔｉｉ）、
アネロコッカス種８４０４２９９（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．８４０４２９９）、アネロコッカス種８４０５２５４（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．８４０５２５４）、アネロコッカス種９４０１４８７（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．９４０１４８７）、アネロコッカス種９４０３５０２（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．９４０３５０２）、アネロコッカス種ｇｐａｃ１０４（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ１０４）、アネロコッカス種ｇｐａｃ１２６（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ１２６）、アネロコッカス種ｇｐａｃ１５５（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ１５５）、アネロコッカス種ｇｐａｃ１９９（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ１９９）、アネロコッカス種ｇｐａｃ２１５（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ２１５）、アネロコッカス・テトラジウス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｅｔｒａｄｉｕｓ）、アネロコッカス・バジナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、アナエロフスティス・ステロリホミニス（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アナエログロブス・ゲミナツス（Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ  ｇｅｍｉｎａｔｕｓ）、アナエロスポロバクター・モビリス（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｏｂｉｌｉｓ）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、アナエロスティペス種３＿２＿５６ＦＡＡ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｓｐ．３＿２＿５６ＦＡＡ）、アナエロツルンカス・コリホミニス（Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ  ｃｏｌｉｈｏｍｉｎｉｓ）、アナプラズマ・マージナーレ（Ａｎａｐｌａｓｍａ  ｍａｒｇｉｎａｌｅ）、アナプラズマ・ファゴサイトフイルム（Ａｎａｐｌａｓｍａ  ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ）、アネウリニバチルス・アネウリニリティカス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｅｕｒｉｎｉｌｙｔｉｃｕｓ）、アネウリニバチルス・ダニカス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄａｎｉｃｕｓ）、アネウリニバチルス・ミグラヌス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｉｇｕｌａｎｕｓ）、アネウリニバチルス・テラノベンシス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒａｎｏｖｅｎｓｉｓ）、アネウリニバチルス・サーモアエロフィルス（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、アノキシバチルス・コンタミナンス（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｎｔａｍｉｎａｎｓ）、アノキシバチルス・フラビサーマス（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｌａｖｉｔｈｅｒｍｕｓ）、アルカノバクテリウム・ヘモリチカム（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、アルカノバクテリウム・ピオゲネス（Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、アクロバクター・ブツェレリ（Ａｒｃｏｂａｃｔｅｒ  ｂｕｔｚｌｅｒｉ）、アクロバクター・シアエロフィルス（Ａｒｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃｒｙａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、アルスロバクター・アギリス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｇｉｌｉｓ）、アルスロバクター・アリライテンシス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｒｉｌａｉｔｅｎｓｉｓ）、アルスロバクタ��・ベルゲレイ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｂｅｒｇｅｒｅｉ）、アルスロバクター・グロビフォルミス（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｇｌｏｂｉｆｏｒｍｉｓ）、アルスロバクター・ニコチアナエ（Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｃｏｔｉａｎａｅ）、アトポビウム・ミヌタム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｕｍ）、アトポビウム・パルブルム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｐａｒｖｕｌｕｍ）、アトポビウム・リマエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｒｉｍａｅ）、アトポビウム種ＢＳ２（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐ．ＢＳ２）、アトポビウム種Ｆ０２０９（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐ．Ｆ０２０９）、アトポビウム種ＩＣＭ４２ｂ１０（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐ．ＩＣＭ４２ｂ１０）、アトポビウム種ＩＣＭ５７（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐ．ＩＣＭ５７）、アトポビウム・バギナエ（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｖａｇｉｎａｅ）、
アウランティモナス・コラリシダ（Ａｕｒａｎｔｉｍｏｎａｓ  ｃｏｒａｌｉｃｉｄａ）、アウレイモナス・アルタミレンシス（Ａｕｒｅｉｍｏｎａｓ  ａｌｔａｍｉｒｅｎｓｉｓ）、アウリチバクター・イグナブス（Ａｕｒｉｔｉｂａｃｔｅｒ  ｉｇｎａｖｕｓ）、アベリエラ・ダルホウシエンシス（Ａｖｅｒｙｅｌｌａ  ｄａｌｈｏｕｓｉｅｎｓｉｓ）、バチルス・アエオリウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｅｏｌｉｕｓ）、バチルス・アエロフィルス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・アエスツアリイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｅｓｔｕａｒｉｉ）、バチルス・アルカロフィラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｃａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、バチルス・アミロリキファシエンス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、バチルス・アンシラシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ）、バチルス・アトロファエウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｔｒｏｐｈａｅｕｓ）、バチルス・バディウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｄｉｕｓ）、バチルス・セレウス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ）、バチルス・サーキュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、バチルス・クラウジイ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｌａｕｓｉｉ）、バチルス・コアグランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バチルス・フィルムス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｉｒｍｕｓ）、バチルス・フレクサス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｌｅｘｕｓ）、バチルス・フォルディ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｏｒｄｉｉ）、バチルス・ゲラティニ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇｅｌａｔｉｎｉ）、バチルス・ハルマパラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｌｍａｐａｌｕｓ）、バチルス・ハロデュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ）、バチルス・ハーバーステイネンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｒｂｅｒｓｔｅｉｎｅｎｓｉｓ）、バチルス・ホルティ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｏｒｔｉ）、バチルス・イドリエンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｄｒｉｅｎｓｉｓ）、バチルス・レンタス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｎｔｕｓ）、バチルス・リケニホルミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バチルス・メガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルス・ネールソニー（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎｅａｌｓｏｎｉｉ）、バチルス・ニアベンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎｉａｂｅｎｓｉｓ）、バチルス・ニアシニ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎｉａｃｉｎｉ）、バチルス・ポチェオネンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、バチルス・プミラス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｕｍｉｌｕｓ）、バチルス・サフェンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｆｅｎｓｉｓ）、バチルス・シンプレックス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｉｍｐｌｅｘ）、バチルス・ソノレンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｏｎｏｒｅｎｓｉｓ）、バチルス種１０４０３０２３  ＭＭ１０４０３１８８（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．１０４０３０２３  ＭＭ１０４０３１８８）、バチルス種２＿Ａ＿５７＿ＣＴ２（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．２＿Ａ＿５７＿ＣＴ２）、バチルス種２００８７２４１２６（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．２００８７２４１２６）、バチルス種２００８７２４１３９（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．２００８７２４１３９）、バチルス種７＿１６ＡＩＡ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．７＿１６ＡＩＡ）、バチルス種９＿３ＡＩＡ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．９＿３ＡＩＡ）、バチルス種ＡＰ８（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＡＰ８）、バチルス種Ｂ２７（２００８）（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．Ｂ２７（２００８））、バチルス種ＢＴ１Ｂ＿ＣＴ２（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＢＴ１Ｂ＿ＣＴ２）、バチルス種ＧＢ１．１（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＧＢ１．１）、バチルス種ＧＢ９（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＧＢ９）、バチルス種ＨＵ１９．１（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＨＵ１９．１）、バチルス種ＨＵ２９（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＨＵ２９）、
バチルス種ＨＵ３３．１（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＨＵ３３．１）、バチルス種ＪＣ６（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＪＣ６）、バチルス種口腔タクソンＦ２６（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ２６）、バチルス種口腔タクソンＦ２８（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ２８）、バチルス種口腔タクソンＦ７９（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ７９）、バチルス種ＳＲＣ＿ＤＳＦ１（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＦ１）、バチルス種ＳＲＣ＿ＤＳＦ１０（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＦ１０）、バチルス種ＳＲＣ＿ＤＳＦ２（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＦ２）、バチルス種ＳＲＣ＿ＤＳＦ６（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＦ６）、バチルス種ｔｃ０９（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｔｃ０９）、バチルス種ｚｈ１６８（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｚｈ１６８）、バチルス・スフェリカス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、バチルス・スポロサーモデュランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｏｒｏｔｈｅｒｍｏｄｕｒａｎｓ）、バチルス・スブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルス・サーモアミロボランス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏａｍｙｌｏｖｏｒａｎｓ）、バチルス・チューリンゲンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、バチルス・ヴェイヘンステファネンシス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｗｅｉｈｅｎｓｔｅｐｈａｎｅｎｓｉｓ）、バクテロイダレス・バクテリウムｐｈ８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈ８）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ１（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ２口腔クローンＭＢ１＿Ｇ１３（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ２  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ１＿Ｇ１３）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ３口腔クローンＭＢ１＿Ｇ３４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ３  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ１＿Ｇ３４）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ４口腔クローンＭＢ２＿Ｇ１７（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ４  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ２＿Ｇ１７）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ５口腔クローンＭＢ２＿Ｐ０４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ５  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ２＿Ｐ０４）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ６口腔クローンＭＢ３＿Ｃ１９（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ６  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｃ１９）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ７口腔クローンＭＢ３＿Ｐ１９（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ７  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｐ１９）、バクテロイダレスゲノム種Ｐ８口腔クローンＭＢ４＿Ｇ１５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ８  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ４＿Ｇ１５）、バクテロイデス・アシディファシェンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ａｃｉｄｉｆａｃｉｅｎｓ）、バクテロイデス・バルネシエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｂａｒｎｅｓｉａｅ）、バクテロイデス・カッカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・セルロシリチカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｅ���ｌｕｌｏｓｉｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・クラウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌａｒｕｓ）、バクテロイデス・コアグランス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、バクテロイデス・コプロコーラ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｃｏｌａ）、バクテロイデス・コプロフィルス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｐｈｉｌｕｓ）、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）、バクテロイデス・エガーシー（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）、バクテロイデス・フェシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆａｅｃｉｓ）、バクテロイデス・フィネゴルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）、バクテロイデス・フラクサス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｌｕｘｕｓ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・ガテクチュロニカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇａｌａｃｔｕｒｏｎｉｃｕｓ）、
バクテロイデス・ヘリコゲネス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｈｅｌｃｏｇｅｎｅｓ）、バクテロイデス・ヘパリノリティカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・インテスティナリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、バクテロイデス・マシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、バクテロイデス・ノルディイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｎｏｒｄｉｉ）、バクテロイデス・オレイシプレヌス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｌｅｉｃｉｐｌｅｎｕｓ）、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）、バクテロイデス・ペクチノフィラス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｅｃｔｉｎｏｐｈｉｌｕｓ）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）、バクテロイデス・ピオゲネス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、バクテロイデス・サラニトロニス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓａｌａｎｉｔｒｏｎｉｓ）、バクテロイデス・セイリヤーシアエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓａｌｙｅｒｓｉａｅ）、バクテロイデス種１＿１＿１４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．１＿１＿１４）、バクテロイデス種１＿１＿３０（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．１＿１＿３０）、バクテロイデス種１＿１＿６（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．１＿１＿６）、バクテロイデス種２＿１＿２２（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．２＿１＿２２）、バクテロイデス種２＿１＿５６ＦＡＡ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．２＿１＿５６ＦＡＡ）、バクテロイデス種２＿２＿４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．２＿２＿４）、バクテロイデス種２０＿３（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．２０＿３）、バクテロイデス種３＿１＿１９（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３＿１＿１９）、バクテロイデス種３＿１＿２３（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３＿１＿２３）、バクテロイデス種３＿１＿３３ＦＡＡ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３＿１＿３３ＦＡＡ）、バクテロイデス種３＿１＿４０Ａ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３＿１＿４０Ａ）、バクテロイデス種３＿２＿５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３＿２＿５）、バクテロイデス種３１５＿５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３１５＿５）、バクテロイデス種３１ＳＦ１５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３１ＳＦ１５）、バクテロイデス種３１ＳＦ１８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３１ＳＦ１８）、バクテロイデス種３５ＡＥ３１（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３５ＡＥ３１）、バクテロイデス種３５ＡＥ３７（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３５ＡＥ３７）、バクテロイデス種３５ＢＥ３４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３５ＢＥ３４）、バクテロイデス種３５ＢＥ３５（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．３５ＢＥ３５）、バクテロイデス種４＿１＿３６（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．４＿１＿３６）、バクテロイデス種４＿３＿４７ＦＡＡ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．４＿３＿４７ＦＡＡ）、バクテロイデス種９＿１＿４２ＦＡＡ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．９＿１＿４２ＦＡＡ）、バクテロイデス種ＡＲ２０（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＡＲ２０）、バクテロイデス種ＡＲ２��（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＡＲ２９）、バクテロイデス種Ｂ２（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｂ２）、バクテロイデス種Ｄ１（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｄ１）、バクテロイデス種Ｄ２（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｄ２）、バクテロイデス種Ｄ２０（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｄ２０）、バクテロイデス種Ｄ２２（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｄ２２）、バクテロイデス種Ｆ＿４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｆ＿４）、バクテロイデス種ＮＢ＿８（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＮＢ＿８）、バクテロイデス種ＷＨ２（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＷＨ２）、バクテロイデス種ＸＢ１２Ｂ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＸＢ１２Ｂ）、バクテロイデス種ＸＢ４４Ａ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＸＢ４４Ａ）、バクテロイデス・スターコリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、
バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、バクテロイデス・ウレオリチカス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）、バクテロイデス・ブルガータス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、バクテロイデス・バクテリウム口腔タクソンＤ２７（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｄ２７）、バクテロイデス・バクテリウム口腔タクソンＦ３１（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ３１）、バクテロイデス・バクテリウム口腔タクソンＦ４４（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ４４）、バルネシエラ・インテスティニホミニス（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｈｏｍｉｎｉｓ）、バルネシエラ・ビスセリコラ（Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ  ｖｉｓｃｅｒｉｃｏｌａ）、バルトネラ・バシリホルミス（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｂａｃｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓ）、バルトネラ・グラハミイ（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｇｒａｈａｍｉｉ）、バルトネラ・ヘンセラエ（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｈｅｎｓｅｌａｅ）、バルトネラ・クインターナ（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｑｕｉｎｔａｎａ）、バルトネラ・タミアエ（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｔａｍｉａｅ）、バルトネラ・ワショエンシス（Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｗａｓｈｏｅｎｓｉｓ）、ブデロビブリオ種ＭＰＡ（Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ  ｓｐ．ＭＰＡ）、ビフィドバクテリアセアエゲノム種Ｃ１（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・アンギュラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｇｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ブレーベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）、ビフィドバクテリウム・カテヌラツム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇａｌｌｉｃｕｍ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・カシワノヘンス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋａｓｈｉｗａｎｏｈｅｎｓｅ）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードカテニュレイタム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）、ビフィドバクテリウム・シュードロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｌｏｎｇｕｍ）、ビフィドバクテリウム・スカードビイ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｃａｒｄｏｖｉｉ）、ビ���ィドバクテリウム種ＨＭ２（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＨＭ２）、ビフィドバクテリウム種ＨＭＬＮ１２（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＨＭＬＮ１２）、ビフィドバクテリウム種Ｍ４５（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｍ４５）、ビフィドバクテリウム種ＭＳＸ５Ｂ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＭＳＸ５Ｂ）、ビフィドバクテリウム種ＴＭ＿７（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＴＭ＿７）、ビフィドバクテリウム・テルモフィルム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｍ）、ビフィドバクテリウム・ウリナリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｒｉｎａｌｉｓ）、ビロフィラ・ワーズワーシア（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ）、ビスガード・タクソン（Ｂｉｓｇａａｒｄ  Ｔａｘｏｎ）、
ビスガード・タクソン（Ｂｉｓｇａａｒｄ  Ｔａｘｏｎ）、ビスガード・タクソン（Ｂｉｓｇａａｒｄ  Ｔａｘｏｎ）、ビスガード・タクソン（Ｂｉｓｇａａｒｄ  Ｔａｘｏｎ）、ブラストモナス・ナタトリア（Ｂｌａｓｔｏｍｏｎａｓ  ｎａｔａｔｏｒｉａ）、ブラウティア・コッコイデス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、ブラウティア・グルセラセア（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ）、ブラウティア・グルセラゼイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅｉ）、ブラウティア・ハンセニイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ブラウティア・ヒドロゲノトロフィカ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ）、ブラウティア・ルティ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｌｕｔｉ）、ブラウティア・プロデュタ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｐｒｏｄｕｃｔａ）、ブラウティア・スチンキイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｓｃｈｉｎｋｉｉ）、ブラウティア種Ｍ２５（Ｂｌａｕｔｉａ  ｓｐ．Ｍ２５）、ブラウティア・ステルコリス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、ブラウティア・ウェキシレラエ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｗｅｘｌｅｒａｅ）、ボルデテラ・ブロンキセプティカ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ）、ボルデテラ・ホルメシイ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｈｏｌｍｅｓｉｉ）、ボルデテラ・パラパーツシス（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ボルデテラ・パーツシス（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ）、ボレリア・アフゼリイ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ａｆｚｅｌｉｉ）、ボレリア・ブルグドルフェリ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ）、ボレリア・クロシデュラエ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｃｒｏｃｉｄｕｒａｅ）、ボレリア・デュトニイ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｄｕｔｔｏｎｉｉ）、ボレリア・ガリニイ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｇａｒｉｎｉｉ）、ボレリア・ヘルムシイ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｈｅｒｍｓｉｉ）、ボレリア・ヒスパニカ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｈｉｓｐａｎｉｃａ）、ボレリア・ペルシカ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｐｅｒｓｉｃａ）、ボレリア・レカレンチス（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ）、ボレリア種ＮＥ４９（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｓｐ．ＮＥ４９）、ボレリア・スピエルマニイ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｓｐｉｅｌｍａｎｉｉ）、ボレリア・タリカテ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｔｕｒｉｃａｔａｅ）、ボレリア・バレイシアナ（Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｖａｌａｉｓｉａｎａ）、ブラキバクテリウム・アリメンタリウム（Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｍ）、ブラキバクテリウム・コングロメラツム（Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｎｇｌｏｍｅｒａｔｕｍ）、ブラキバクテリウム・チロフェルメンタンス（Ｂｒａｃｈｙｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｙｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ブラキスピラ・アアルボルギ（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ａａｌｂｏｒｇｉ）、ブラキスピラ・ピロシコリ（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ｐｉｌｏｓｉｃｏｌｉ）、ブラキスピラ種ＨＩＳ３（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ｓｐ．ＨＩＳ３）、ブラキスピラ種ＨＩＳ４（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ｓｐ．ＨＩＳ４）、ブラキスピラ種ＨＩＳ５（Ｂｒａｃｈｙｓｐｉｒａ  ｓｐ．ＨＩＳ５）、ブレビバチルス・アグリ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｇｒｉ）、ブレビバチルス・ブレビス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ブレビバチルス・セントロスポルス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｎｔｒｏｓｐｏｒｕｓ）、ブレビバチルス・チョウシネンシス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｈｏｓｈｉｎｅｎｓｉｓ）、ブレビバチルス・インボカツス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｖｏｃａｔｕｓ）、ブレビバチルス・ラテロスポラス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、ブレビバチルス・パラブレビス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ）、ブレビバチルス・レウスゼリ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｓｚｅｒｉ）、ブレビバチルス種ｐｈＲ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｐｈＲ）、ブレビバチルス・サーモルバー（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｒｕｂｅｒ）、ブレビバクテリウム・アウランティアカム（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｕｒａｎｔｉａｃｕｍ）、ブレビバクテリウム・カセイ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｓｅｉ）、
ブレビバクテリウム・エピデルミディス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、ブレビバクテリウム・フリゴリトレランス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｉｇｏｒｉｔｏｌｅｒａｎｓ）、ブレビバクテリウム・リネンス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｎｅｎｓ）、ブレビバクテリウム・マクブレルネリ（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｃｂｒｅｌｌｎｅｒｉ）、ブレビバクテリウム・パウシボランス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）、ブレビバクテリウム・サングイニス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ブレビバクテリウム種Ｈ１５（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｈ１５）、ブレビバクテリウム種ＪＣ４３（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＪＣ４３）、ブレバンディモナス・サブビブリオイデス（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ  ｓｕｂｖｉｂｒｉｏｉｄｅｓ）、ブルセラ・アボルタス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ａｂｏｒｔｕｓ）、ブルセラ・カニス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｃａｎｉｓ）、ブルセラ・セティ（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｃｅｔｉ）、ブルセラ・メリテンシス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ）、ブルセラ・ミクロチ（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｉｃｒｏｔｉ）、ブルセラ・オビス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｏｖｉｓ）、ブルセラ種８３＿１３（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｐ．８３＿１３）、ブルセラ種ＢＯ１（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｐ．ＢＯ１）、ブルセラ・スイス（Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｓｕｉｓ）、ビリャンテラ・ホルマテキシゲンス（Ｂｒｙａｎｔｅｌｌａ  ｆｏｒｍａｔｅｘｉｇｅｎｓ）、ブクネラ・アフィディコラ（Ｂｕｃｈｎｅｒａ  ａｐｈｉｄｉｃｏｌａ）、ブレイディア・エクストルクタ（Ｂｕｌｌｅｉｄｉａ  ｅｘｔｒｕｃｔａ）、バークホルデリア・アンビファリア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ａｍｂｉｆａｒｉａ）、バークホルデリア・セノセパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｎｏｃｅｐａｃｉａ）、バークホルデリア・セパシア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｐａｃｉａ）、バークホルデリア・マレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｍａｌｌｅｉ）、バークホルデリア・マルチボランス（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｍｕｌｔｉｖｏｒａｎｓ）、バークホルデリア・オクラホメンシス（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｏｋｌａｈｏｍｅｎｓｉｓ）、バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）、バークホルデリア・リゾキシニカ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｒｈｉｚｏｘｉｎｉｃａ）、バークホルデリア種３８３（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｓｐ．３８３）、バークホルデリア・ゼノボランス（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｘｅｎｏｖｏｒａｎｓ）、バークホルデリア・バクテリウム１＿１＿４（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  １＿１＿４７）、ブチリシコッカス・プリカエコルム（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ  ｐｕｌｌｉｃａｅｃｏｒｕｍ）、ブチリシモナス・ビロサ（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｖｉｒｏｓａ）、ブチリビブリオ・クロッソツス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ）、ブチリビブリオ・フィブリソルベンス（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅｎｓ）、カルデ���モナス・マンガンオキシダンス（Ｃａｌｄｉｍｏｎａｓ  ｍａｎｇａｎｏｘｉｄａｎｓ）、カミニセラ・スポロゲネス（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、カンピロバクター・コリ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｌｉ）、カンピロバクター・コンサイサス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｎｃｉｓｕｓ）、カンピロバクター・カーブス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｃｕｒｖｕｓ）、カンピロバクター・フェタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｅｔｕｓ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｇｒａｃｉｌｉｓ）、カンピロバクター・ホミニス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、カンピロバクター・ジェジュニ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｊｅｊｕｎｉ）、カンピロバクター・ラリ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｌａｒｉ）、カンピロバクター・レクタス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｒｅｃｔｕｓ）、
カンピロバクター・ショウアエ（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｈｏｗａｅ）、カンピロバクター種ＦＯＢＲＣ１４（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＦＯＢＲＣ１４）、カンピロバクター種ＦＯＢＲＣ１５（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＦＯＢＲＣ１５）、カンピロバクター種口腔クローンＢＢ１２０（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅＢＢ１２０）、カンピロバクター・スプトルム（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｕｔｏｒｕｍ）、カンピロバクター・アプサリエンシス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｕｐｓａｌｉｅｎｓｉｓ）、カンジダタス・アルスロミタス種ＳＦＢ＿マウス＿Ｙｉｔ（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ａｒｔｈｒｏｍｉｔｕｓ  ｓｐ．ＳＦＢ＿ｍｏｕｓｅ＿Ｙｉｔ）、カンジダタス・スルシア・ムエレリ（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｕｌｃｉａ  ｍｕｅｌｌｅｒｉ）、カプノサイトファーガ・カニモルサス（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｃａｎｉｍｏｒｓｕｓ）、カプノサイトファーガ・ゲノム種Ｃ１（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、カプノサイトファーガ・ギンギバリス（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、カプノサイトファーガ・グラヌロサ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｇｒａｎｕｌｏｓａ）、カプノサイトファーガ・オクラセア（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｏｃｈｒａｃｅａ）、カプノサイトファーガ種ＧＥＪ８（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ＧＥＪ８）、カプノサイトファーガ種口腔クローンＡＨ０１５（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＨ０１５）、カプノサイトファーガ種口腔クローンＡＳＣＨ０５（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＨ０５）、カプノサイトファーガ種口腔クローンＩＤ０６２（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＤ０６２）、カプノサイトファーガ種口腔株Ａ４７ＲＯＹ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｓｔｒａｉｎ  Ａ４７ＲＯＹ）、カプノサイトファーガ種口腔株Ｓ３（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｓｔｒａｉｎ  Ｓ３）、カプノサイトファーガ種口腔タクソン３３８（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３３８）、カプノサイトファーガ種Ｓ１ｂ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．Ｓ１ｂ）、カプノサイトファーガ・スプチゲナ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、カルジオバクテリウム・ホミニス（Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、カルジオバクテリウム・バルバリューム（Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｌｖａｒｕｍ）、カルノバクテリウム・ジベルゲンス（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｖｅｒｇｅｎｓ）、カルノバクテリウム・マルタロマチクム（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｌｔａｒｏｍａｔｉｃｕｍ）、カタバクター・ホンコンジェンシス（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、カテニバクテリウム・ミツオカイ（Ｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｔｓｕｏｋａｉ）、カトネラゲノム種Ｐ１口腔クローンＭＢ５＿Ｐ１（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎ���  ＭＢ５＿Ｐ１２）、カトネラ・モルビ（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉ）、カトネラ種口腔クローンＦＬ０３７（Ｃａｔｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＬ０３７）、セデセア・ダビセ（Ｃｅｄｅｃｅａ  ｄａｖｉｓａｅ）、セルロシミクロビウム・フンケイ（Ｃｅｌｌｕｌｏｓｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｆｕｎｋｅｉ）、セトバクテリウム・ソメラエ（Ｃｅｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｏｍｅｒａｅ）、
クラミジア・ムリダルム（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｍｕｒｉｄａｒｕｍ）、クラミジア・シッタシ（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ）、クラミジア・トラコマチス（Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ）、クラミジアレス・バクテリウムＮＳ１１（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＳ１１）、クラミジアレス・バクテリウムＮＳ１３（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＳ１３）、クラミジアレス・バクテリウムＮＳ１６（Ｃｈｌａｍｙｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＳ１６）、クラミドフィラ・ペコラム（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｅｃｏｒｕｍ）、クラミドフィラ・ニューモニエ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、クラミドフィラ・シッタシ（Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ）、クロロフレクサスゲノム種Ｐ１（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１）、クリステンセネラ・ミヌタ（Ｃｈｒｉｓｔｅｎｓｅｎｅｌｌａ  ｍｉｎｕｔａ）、クロモバクテリウム・ビオラセウム（Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｉｏｌａｃｅｕｍ）、クリセオバクテリウム・アンスロピ（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｔｈｒｏｐｉ）、クリセオバクテリウム・グレウム（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｅｕｍ）、クリセオバクテリウム・ホミニス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、シトロバクター・アマロナティカス（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ）、シトロバクター・ブラアキイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｂｒａａｋｉｉ）、シトロバクター・ファルメリ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｒｍｅｒｉ）、シトロバクター・フレウンディイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆｒｅｕｎｄｉｉ）、シトロバクター・ギレニイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｇｉｌｌｅｎｉｉ）、シトロバクター・コセリ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｋｏｓｅｒｉ）、シトロバクター・ムルリニアエ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｕｒｌｉｎｉａｅ）、シトロバクター・ローデンチウム（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｒｏｄｅｎｔｉｕｍ）、シトロバクター・セドラキイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｅｄｌａｋｉｉ）、シトロバクター種３０＿２（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．３０＿２）、シトロバクター種ＫＭＳＩ＿３（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＫＭＳＩ＿３）、シトロバクター・ベルクマニイ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｗｅｒｋｍａｎｉｉ）、シトロバクター・ヤンガエ（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｙｏｕｎｇａｅ）、クロアシバシルス・エブリエンシス（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｅｖｒｙｅｎｓｉｓ）、クロストリジアセエ・バクテリウムＥＮＤ＿２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＥＮＤ＿２）、クロストリジアセエ・バクテリウムＪＣ１３（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＪＣ１３）、クロストリジアレス・バクテリウム１＿７＿４７ＦＡＡ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  １＿７＿４７ＦＡＡ）、クロストリジアレス・バクテリウム９４００８５３（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ９４００８５３）、クロストリジアレス・バクテリウム９４０３３２６（Ｃｌｏｓｔｒｉ���ｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ９４０３３２６）、クロストリジアレス・バクテリウム口腔クローンＰ４ＰＡ＿６６  Ｐ１（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ４ＰＡ＿６６  Ｐ１）、クロストリジアレス・バクテリウム口腔タクソン０９３（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ０９３）、クロストリジアレス・バクテリウム口腔タクソンＦ３２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ３２）、クロストリジアレス・バクテリウムｐｈ２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈ２）、クロストリジアレス・バクテリウムＳＹ８５１９（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＳＹ８５１９）、クロストリジアレスゲノム種ＢＶＡＢ３（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．ＢＶＡＢ３）、
クロストリジアレス種ＳＭ４＿１（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｓｐ．ＳＭ４＿１）、クロストリジアレス種ＳＳ３＿４（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｓｐ．ＳＳ３＿４）、クロストリジアレス種ＳＳＣ＿２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  ｓｐ．ＳＳＣ＿２）、クロストリジウム・アセトブチリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・アエロトレランス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｅｒｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、クロストリジウム・アルデネンセ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｅｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アルドリチイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｄｒｉｃｈｉｉ）、クロストリジウム・アルギジカルニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｇｉｄｉｃａｒｎｉｓ）、クロストリジウム・アルギジキシラノリチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｌｇｉｄｉｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・アミノワレリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｉｎｏｖａｌｅｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・アミグダリウナム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｍｙｇｄａｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・アルゲンチネンセ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｒｇｅｎｔｉｎｅｎｓｅ）、クロストリジウム・アスパラギホルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｓｐａｒａｇｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・バラティ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒａｔｉｉ）、クロストリジウム・バルトレティイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒｔｌｅｔｔｉｉ）、クロストリジウム・ベエイジェリンキイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）、クロストリジウム・ビフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ボルテアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｌｔｅａｅ）、クロストリジウム・ボツリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・カダベリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｄａｖｅｒｉｓ）、クロストリジウム・カルボキシディボランス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｒｂｏｘｉｄｉｖｏｒａｎｓ）、クロストリジウム・カルニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｒｎｉｓ）、クロストリジウム・セラツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌａｔｕｍ）、クロストリジウム・セレレクレッセンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｅｒｅｃｒｅｓｃｅｎｓ）、クロストリジウム・セルロシ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｉ）、クロストリジウム・ショウベイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｈａｕｖｏｅｉ）、クロストリジウム・シトロニアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｉｔｒｏｎｉａｅ）、クロストリジウム・クラリフラバム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌａｒｉｆｌａｖｕｍ）、クロストリジウム・クロストリディフォルムス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｅｓ）、クロストリジウム・クロストリディオフォルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・コッコイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・コクレアリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・コクレアツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｌｅａｔｕｍ）、クロストリジウム・コリカニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｃａｎｉｓ）、クロストリジウム・コリナム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉｎｕｍ）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）、クロストリジウム・ディスポリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｓｐｏｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・エステルセティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｅｓｔｅｒｔｈｅｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ファラックス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆａｌｌａｘ）、クロストリジウム・ファヴォソスポラム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆａｖｏｓｏｓｐｏｒｕｍ）、クロストリジウム・フェルシネウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｅｌｓｉｎｅｕｍ）、クロストリジウム・フリギディカーニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｒｉｇｉｄｉｃａｒｎｉｓ）、クロストリジウム・ガシゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇａｓｉｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・ゴニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ）、クロストリジウム・グリコリクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ）、クロストリジウム・グリシルリジニリチカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｙｒｒｈｉｚｉｎｉｌｙｔｉｃｕｍ）、
クロストリジウム・ヘモリティクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ハセワイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｔｈｅｗａｙｉ）、クロストリジウム・ヒラノニス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｒａｎｏｎｉｓ）、クロストリジウム・ヒストリチクム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ハイレモンアエ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｙｌｅｍｏｎａｅ）、クロストリジウム・インドーリス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ）、クロストリジウム・イノキュウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ）、クロストリジウム・イッレグラレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ）、クロストリジウム・イサチジス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｓａｔｉｄｉｓ）、クロストリジウム・クライベリ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ）、クロストリジウム・ラクタティファーメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｃｔａｔｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ラバレンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌａｖａｌｅｎｓｅ）、クロストリジウム・レプタム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ）、クロストリジウム・リモーサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・マグナム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｇｎｕｍ）、クロストリジウム・マレノミナツム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ）、クロストリジウム・マヨムベイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｙｏｍｂｅｉ）、クロストリジウム・メチルペントサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍｅｔｈｙｌｐｅｎｔｏｓｕｍ）、クロストリジウム・ネキシレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｅｘｉｌｅ）、クロストリジウム・ノビイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｏｖｙｉ）、クロストリジウム・オルビスシンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｂｉｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・オロティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・パラプトリフィカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ペルフリンゲンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ）、クロストリジウム・フィトフェルメンタンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｈｙｔｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、クロストリジウム・ピリフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｉｌｉｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・プトレファシェンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ）、クロストリジウム・クイニイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｑｕｉｎｉｉ）、クロストリジウム・ラモーザム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ）、クロストリジウム・レクトゥム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒｅｃｔｕｍ）、クロストリジウム・サッカログミア（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｇｕｍｉａ）、クロストリジウム・サッカロリティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・サルディニエンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ）、クロストリジウム・サルタゴフォルメ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジ���ム・シンデンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ）、クロストリジウム・セプティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｅｐｔｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ソルデリイ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ）、クロストリジウム種７＿２＿４３ＦＡＡ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．７＿２＿４３ＦＡＡ）、クロストリジウム種Ｄ５（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．Ｄ５）、クロストリジウム種ＨＧＦ２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＨＧＦ２）、クロストリジウム種ＨＰＢ＿４６（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＨＰＢ＿４６）、クロストリジウム種ＪＣ１２２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＪＣ１２２）、クロストリジウム種Ｌ２＿５０（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．Ｌ２＿５０）、クロストリジウム種ＬＭＧ  １６０９４（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＬＭＧ  １６０９４）、クロストリジウム種Ｍ６２＿１（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．Ｍ６２＿１）、クロストリジウム種ＭＬＧ０５５（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＭＬＧ０５５）、クロストリジウム種ＭＴ４  Ｅ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＭＴ４  Ｅ）、
クロストリジウム種ＮＭＢＨＩ＿１（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＮＭＢＨＩ＿１）、クロストリジウム種ＮＭＬ  ０４Ａ０３２（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＮＭＬ  ０４Ａ０３２）、クロストリジウム種ＳＳ２＿１（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＳＳ２＿１）、クロストリジウム種ＳＹ８５１９（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＳＹ８５１９）、クロストリジウム種ＴＭ＿４０（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＴＭ＿４０）、クロストリジウム種ＹＩＴ  １２０６９（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＹＩＴ  １２０６９）、クロストリジウム種ＹＩＴ  １２０７０（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．ＹＩＴ  １２０７０）、クロストリジウム・スフェノイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・スピロフォルム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ）、クロストリジウム・スポロゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・スポロスフェロイデス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、クロストリジウム・ステルコラリウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒａｒｉｕｍ）、クロストリジウム・スティックランディ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｉｃｋｌａｎｄｉｉ）、クロストリジウム・ストラミニソルベンス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｔｒａｍｉｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）、クロストリジウム・サブターミナレ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ）、クロストリジウム・スルフィジゲネス（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｌｆｉｄｉｇｅｎｅｓ）、クロストリジウム・シンビオサム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ）、クロストリジウム・テルチウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｒｔｉｕｍ）、クロストリジウム・テタニ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ）、クロストリジウム・サーモセラム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｈｅｒｍｏｃｅｌｌｕｍ）、クロストリジウム・チロブチリカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｙｒｏｂｕｔｙｒｉｃｕｍ）、クロストリジウム・ビリデ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｒｉｄｅ）、クロストリジウム・キシラノリティカム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、コリンゼラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コリンゼラ・インテスチナリス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、コリンゼラ・ステルコリス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）、コリンゼラ・タナカエイ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ｔａｎａｋａｅｉ）、コマモナダセアエ・バクテリウムＮＭＬ０００１３５（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ０００１３５）、コマモナダセアエ・バクテリウムＮＭＬ７９０７５１（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ７９０７５１）、コマモナダセアエ・バクテリウムＮＭＬ９１００３５（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ９１００３５）、コマモナダセアエ・バクテリウムＮＭＬ９１００３６（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ９１００３６）、コマモナダセアエ・バクテリウム口腔タクソンＦ��７（Ｃｏｍａｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ４７）、コマモナス種ＮＳＰ５（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＳＰ５）、コンチホルミビウス・クニアエ（Ｃｏｎｃｈｉｆｏｒｍｉｂｉｕｓ  ｋｕｈｎｉａｅ）、コプロバチルス・カテニフォルミス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｔｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、コプロバチルス種２９＿１（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．２９＿１）、コプロバチルス種Ｄ７（Ｃｏｐｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．Ｄ７）、コプロコッカス・カツス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ）、コプロコッカス・コメス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ）、コプロコッカス・ユウタクタス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ）、
コプロコッカス種ＡＲＴ５５＿１（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＡＲＴ５５＿１）、コーリオバクテリアセアエ・バクテリウムＢＶ３Ａｃ１（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＢＶ３Ａｃ１）、コーリオバクテリアセアエ・バクテリウムＪＣ１１０（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＪＣ１１０）、コーリオバクテリアセアエ・バクテリウムｐｈＩ（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈＩ）、コリネバクテリウム・アクコレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｃｏｌｅｎｓ）、コリネバクテリウム・アンモニアゲネス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｍｍｏｎｉａｇｅｎｅｓ）、コリネバクテリウム・アミコラタム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｍｙｃｏｌａｔｕｍ）、コリネバクテリウム・アペンディシス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｐｐｅｎｄｉｃｉｓ）、コリネバクテリウム・アルゲントラテンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｒｇｅｎｔｏｒａｔｅｎｓｅ）、コリネバクテリウム・アチピカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｔｙｐｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・アウリムコスム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｕｒｉｍｕｃｏｓｕｍ）、コリネバクテリウム・ボビス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｖｉｓ）、コリネバクテリウム・カニス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｎｉｓ）、コリネバクテリウム・カゼイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｓｅｉ）、コリネバクテリウム・コンフサム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｎｆｕｓｕｍ）、コリネバクテリウム・コイレアエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｙｌｅａｅ）、コリネバクテリウム・ジフテリアエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａｅ）、コリネバクテリウム・デュルム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｕｒｕｍ）、コリネバクテリウム・エフィシエンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｆｆｉｃｉｅｎｓ）、コリネバクテリウム・ファルセニイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｌｓｅｎｉｉ）、コリネバクテリウム・フラベッセンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ）、コリネバクテリウム・ゲニタリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）、コリネバクテリウム・グラウカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌａｕｃｕｍ）、コリネバクテリウム・グルクロノリティカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｕｃｕｒｏｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・グルタミカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・ハンセニイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、コリネバクテリウム・イミタンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｍｉｔａｎｓ）、コリネバクテリウム・ジェイケイウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｊｅｉｋｅｉｕｍ）、コリネバクテリウム・クロッペンステッティイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋｒｏｐｐｅｎｓｔｅｄｔｉｉ）、コリネバクテリウム・リポフィロフラバム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｐｏｐｈｉｌｏｆｌａｖｕｍ）、コリネバクテリウム・マクギンレイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｃｇｉｎｌｅｙｉ）、コリネバクテリウム・マスタイティディス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｓｔｉｔｉｄｉｓ）、コリネバクテリウム・マツルショッティ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｔｒｕｃｈｏｔｉｉ）、コリネバクテリウム・ミヌチシマム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｎｕｔｉｓｓｉｍｕｍ）、コリネバクテリウム・ムシファシエンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、コリネバクテリウム・プロピンクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｎｑｕｕｍ）、コリネバクテリウム・シュードジフセリチクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｄｉｐｈｔｈｅｒｉｔｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・シュードゲニタリウム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）、コリネバクテリウム・シュードツベルクローシス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、
コリネバクテリウム・ピルビシプロデュセンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｙｒｕｖｉｃｉｐｒｏｄｕｃｅｎｓ）、コリネバクテリウム・レナレ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｎａｌｅ）、コリネバクテリウム・レジステンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｓｉｓｔｅｎｓ）、コリネバクテリウム・リエゲリイ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｉｅｇｅｌｉｉ）、コリネバクテリウム・シミュランス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｍｕｌａｎｓ）、コリネバクテリウム・シングラレ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｎｇｕｌａｒｅ）、コリネバクテリウム種１  ｅｘ  ｓｈｅｅｐ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１  ｅｘ  ｓｈｅｅｐ）、コリネバクテリウム種Ｌ＿２０１２４７５（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｌ＿２０１２４７５）、コリネバクテリウム種ＮＭＬ  ９３＿０４８１（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＭＬ  ９３＿０４８１）、コリネバクテリウム種ＮＭＬ  ９７＿０１８６（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＭＬ  ９７＿０１８６）、コリネバクテリウム種ＮＭＬ  ９９＿００１８（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＭＬ  ９９＿００１８）、コリネバクテリウム・ストリアツム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｔｒｉａｔｕｍ）、コリネバクテリウム・スンドスバレンス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｎｄｓｖａｌｌｅｎｓｅ）、コリネバクテリウム・ツバークロステアリクム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｔｅａｒｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・ツスカニエ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｓｃａｎｉａｅ）、コリネバクテリウム・ウルセランス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ）、コリネバクテリウム・ウレアリティカム（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、コリネバクテリウム・ウレイセレリボランス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｒｅｉｃｅｌｅｒｉｖｏｒａｎｓ）、コリネバクテリウム・バリアビレ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、コリネバクテリウム・ゼローシス（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｅｒｏｓｉｓ）、コクシエラ・バーネッティイ（Ｃｏｘｉｅｌｌａ  ｂｕｒｎｅｔｉｉ）、クロノノバクター・マロナチカス（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｍａｌｏｎａｔｉｃｕｓ）、クロノノバクター・サカザキイ（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｓａｋａｚａｋｉｉ）、クロノノバクター・ツリセンシス（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｔｕｒｉｃｅｎｓｉｓ）、クリプトバクテリウム・クルツム（Ｃｒｙｐｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｕｒｔｕｍ）、クプリアヴィドゥス・メタリデュランス（Ｃｕｐｒｉａｖｉｄｕｓ  ｍｅｔａｌｌｉｄｕｒａｎｓ）、サイトファーガ・キシラノチカ（Ｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｘｙｌａｎｏｌｙｔｉｃａ）、デフェリバクター種口腔クローンＪＶ００１（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＶ００１）、デフェリバクター種口腔クローンＪＶ００６（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＶ００６）、デフェリバクター種口腔クローンＪＶ０２３（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃ���ｅｒｅｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＶ０２３）、デイノコッカス・ラディオデュランス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｄｉｏｄｕｒａｎｓ）、デイノコッカス種Ｒ＿４３８９０（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｒ＿４３８９０）、デルフチア・アシドボランス（Ｄｅｌｆｔｉａ  ａｃｉｄｏｖｏｒａｎｓ）、デルマバクター・ホミニス（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、デルマコッカス種Ｅｌｌｉｎ１８５（Ｄｅｒｍａｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｅｌｌｉｎ１８５）、デスモスポラ・アクチバ（Ｄｅｓｍｏｓｐｏｒａ  ａｃｔｉｖａ）、デスモスポラ種８４３７（Ｄｅｓｍｏｓｐｏｒａ  ｓｐ．８４３７）、デスルフィトバクテリウム・フラピエリ（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒａｐｐｉｅｒｉ）、デスルフィトバクテリウム・ハフニエンセ（Ｄｅｓｕｌｆｉｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｆｎｉｅｎｓｅ）、デスルフォバルブス種口腔クローンＣＨ０３１（Ｄｅｓｕｌｆｏｂｕｌｂｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＣＨ０３１）、デスルフォトマクルム・ニグリフィカンス（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ  ｎｉｇｒｉｆｉｃａｎｓ）、デスルホビブリオ・デスルフリカンス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｃａｎｓ）、
デスルホビブリオ・フェアフィールデンシス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｆａｉｒｆｉｅｌｄｅｎｓｉｓ）、デスルホビブリオ・ピゲル（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｐｉｇｅｒ）、デスルホビブリオ種３＿１＿ｓｙｎ３（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｓｐ．３＿１＿ｓｙｎ３）、デスルホビブリオ・ブルガリス（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｇａｒｉｓ）、ディアリスター・インビサス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｉｎｖｉｓｕｓ）、ディアリスター・ミクレロフィルス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｃｒａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、ディアリスター・ミクロエロフィルス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｍｉｃｒｏａｅｒｏｐｈｉｌｕｓ）、ディアリスター・ニューモシンテス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｎｅｕｍｏｓｉｎｔｅｓ）、ディアリスター・プロピオニシファシエンス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉｆａｃｉｅｎｓ）、ディアリスター種口腔タクソン５０２（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ５０２）、ディアリスター・スクシナチフィルス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎａｔｉｐｈｉｌｕｓ）、ダイエットジア・ナトロノリムナエア（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｎａｔｒｏｎｏｌｉｍｎａｅａ）、ダイエットジア種ＢＢＤＰ５１（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｓｐ．ＢＢＤＰ５１）、ダイエットジア種ＣＡ１４９（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｓｐ．ＣＡ１４９）、ダイエットジア・チモレンシス（Ｄｉｅｔｚｉａ  ｔｉｍｏｒｅｎｓｉｓ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、ディスゴノモナス・ガデイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｇａｄｅｉ）、ディスゴノモナス・モッシイ（Ｄｙｓｇｏｎｏｍｏｎａｓ  ｍｏｓｓｉｉ）、エドワジェラ・タルダ（Ｅｄｗａｒｄｓｉｅｌｌａ  ｔａｒｄａ）、エガセラ・レンタ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｌｅｎｔａ）、エガセラ・シネンシス（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、エガセラ種１＿３＿５６ＦＡＡ（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｓｐ．１＿３＿５６ＦＡＡ）、エガセラ種ＨＧＡ１（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｓｐ．ＨＧＡ１）、エガセラ種ＹＹ７９１８（Ｅｇｇｅｒｔｈｅｌｌａ  ｓｐ．ＹＹ７９１８）、エーリキア・シャフェンシス（Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ）、エイケネラ・コローデンス（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ  ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ）、エンハイドロバクター・アエロサックス（Ｅｎｈｙｄｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｓａｃｃｕｓ）、エンテロバクター・アエロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）、エンテロバクター・アスブリアエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｓｂｕｒｉａｅ）、エンテロバクター・カンセロゲナス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｎｃｅｒｏｇｅｎｕｓ）、エンテロバクター・クロアカエ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ）、エンテロバクター・コワニイ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｏｗａｎｉｉ）、エンテロバクター・ホルメシェイ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｈｏｒｍａｅｃｈｅｉ）、エンテロバクター種２４７ＢＭＣ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．２４７ＢＭＣ）、エンテロバクター種６３８（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．６３８）��エンテロバクター種ＪＣ１６３（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＪＣ１６３）、エンテロバクター種ＳＣＳＳ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＳＣＳＳ）、エンテロバクター種ＴＳＥ３８（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＴＳＥ３８）、エンテロバクテリアセアエ・バクテリウム９＿２＿５４ＦＡ（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ９＿２＿５４ＦＡＡ）、エンテロバクテリアセアエ・バクテリウムＣＦ０１Ｅｎｔ＿１（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＣＦ０１Ｅｎｔ＿１）、エンテロバクテリアセアエ・バクテリウム・スマルラボ３３０２２３８（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  Ｓｍａｒｌａｂ  ３３０２２３８）、エンテロコッカス・アビウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ａｖｉｕｍ）、エンテロコッカス・カッカエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｃｃａｅ）、エンテロコッカス・カセリフラブス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｓｓｅｌｉｆｌａｖｕｓ）、
エンテロコッカス・デューランス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｕｒａｎｓ）、エンテロコッカス・フェカーリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、エンテロコッカス・フェシウム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃｉｕｍ）、エンテロコッカス・ガリナルム（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｉｎａｒｕｍ）、エンテロコッカス・ギルブス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｉｌｖｕｓ）、エンテロコッカス・ハワイーエンシス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｗａｉｉｅｎｓｉｓ）、エンテロコッカス・ヒラエ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｉｒａｅ）、エンテロコッカス・イタリクス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｔａｌｉｃｕｓ）、エンテロコッカス・ムンチイ（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｎｄｔｉｉ）、エンテロコッカス・ラフィノーサス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｆｆｉｎｏｓｕｓ）、エンテロコッカス種ＢＶ２ＣＡＳＡ２（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＢＶ２ＣＡＳＡ２）、エンテロコッカス種ＣＣＲＩ＿１６６２０（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＣＣＲＩ＿１６６２０）、エンテロコッカス種Ｆ９５（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｆ９５）、エンテロコッカス種ＲｆＬ６（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＲｆＬ６）、エンテロコッカス・タイランジカス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈａｉｌａｎｄｉｃｕｓ）、エレモコッカス・コレオコラ（Ｅｒｅｍｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｌｅｏｃｏｌａ）、エリュシペロトリクス・イノピナタ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ  ｉｎｏｐｉｎａｔａ）、エリュシペロトリクス・ルシオパチアエ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ  ｒｈｕｓｉｏｐａｔｈｉａｅ）、エリュシペロトリクス・トンシラルム（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｈｒｉｘ  ｔｏｎｓｉｌｌａｒｕｍ）、エリュシペロトリカセアエ・バクテリウム３＿１＿５３（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ３＿１＿５３）、エリュシペロトリカセアエ・バクテリウム５＿２＿５４ＦＡＡ（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ５＿２＿５４ＦＡＡ）、エシェリキア・アルベルティイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ａｌｂｅｒｔｉｉ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、エシェリキア・ファグソニイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｆｅｒｇｕｓｏｎｉｉ）、エシェリキア・ヘルマニイ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｈｅｒｍａｎｎｉｉ）、エシェリキア種１＿１＿４３（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．１＿１＿４３）、エシェリキア種４＿１＿４０Ｂ（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．４＿１＿４０Ｂ）、エシェリキア種Ｂ４（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．Ｂ４）、エシェリキア・バルネリス（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｖｕｌｎｅｒｉｓ）、エタノリゲネンス・ハルビネンス（Ｅｔｈａｎｏｌｉｇｅｎｅｎｓ  ｈａｒｂｉｎｅｎｓｅ）、ユーバクテリセアエ・バクテリウムＰ４Ｐ＿５０  Ｐ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  Ｐ４Ｐ＿５０  Ｐ４）、ユーバクテリウム・バルケリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂａｒｋｅｒｉ）、ユーバクテリウム・ビフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ）、ユーバクテリウム・ブラキー（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒａｃｈｙ）、ユーバクテリウム・ブデイイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｕｄａｙｉ）、ユーバクテリウム・カランデリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｌｌａｎｄｅｒｉ）、ユーバクテリウム・セルロソルベンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｅｌｌｕｌｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ユーバクテリウム・コントルタム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｎｔｏｒｔｕｍ）、ユーバクテリウム・コプロスタノリゲネス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｐｒｏｓｔａｎｏｌｉｇｅｎｅｓ）、ユーバクテリウム・シリンドロイデス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ）、ユーバクテリウム・デスモランス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｓｍｏｌａｎｓ）、ユーバクテリウム・ドリクム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｏｌｉｃｈｕｍ）、ユーバクテリウム・エリゲンス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ）、ユーバクテリウム・フィシカテナ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｉｓｓｉｃａｔｅｎａ）、
ユーバクテリウム・ハドルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｄｒｕｍ）、ユーバクテリウム・ハリイ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ）、ユーバクテリウム・インフィルマム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆｉｒｍｕｍ）、ユーバクテリウム・リモサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ）、ユーバクテリウム・モニリフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｅ）、ユーバクテリウム・ムルチフォルメ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｅ）、ユーバクテリウム・ニトリトゲネス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｉｔｒｉｔｏｇｅｎｅｓ）、ユーバクテリウム・ノダタム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｏｄａｔｕｍ）、ユーバクテリウム・ラムルス（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ）、ユーバクテリウム・レクターレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ）、ユーバクテリウム・ルミナンチウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、ユーバクテリウム・サブリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｂｕｒｒｅｕｍ）、ユーバクテリウム・サフェナム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｐｈｅｎｕｍ）、ユーバクテリウム・シラエウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ）、ユーバクテリウム種３＿１＿３１（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．３＿１＿３１）、ユーバクテリウム種ＡＳ１５ｂ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＳ１５ｂ）、ユーバクテリウム種ＯＢＲＣ９（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＯＢＲＣ９）、ユーバクテリウム種口腔クローンＧＩ０３８（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＩ０３８）、ユーバクテリウム種口腔クローンＩＲ００９（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＲ００９）、ユーバクテリウム種口腔クローンＪＨ０１２（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＨ０１２）、ユーバクテリウム種口腔クローンＪＩ０１２（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＩ０１２）、ユーバクテリウム種口腔クローンＪＮ０８８（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＮ０８８）、ユーバクテリウム種口腔クローンＪＳ００１（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＳ００１）、ユーバクテリウム種口腔クローンＯＨ３Ａ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＯＨ３Ａ）、ユーバクテリウム種ＷＡＬ  １４５７１（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＷＡＬ  １４５７１）、ユーバクテリウム・テヌエ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ）、ユーバクテリウム・トーツオサム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｏｒｔｕｏｓｕｍ）、ユーバクテリウム・ヴェントリオスム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ）、ユーバクテリウム・キシラノフィラム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｘｙｌａｎｏｐｈｉｌｕｍ）、ユーバクテリウム・ユーリ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｙｕｒｉｉ）、エウィンゲラ・アメリカーナ（Ｅｗｉｎｇｅｌｌａ  ａｍｅｒｉｃａｎａ）、エキシグオバクテリウム・アセチリカム（Ｅｘｉｇｕｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｅｔｙｌｉｃｕｍ）、ファクラミア・ホミニス（Ｆａｃｋｌａｍｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツ���（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）、フィリファクター・アロシス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ａｌｏｃｉｓ）、フィリファクター・ビロサス（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ  ｖｉｌｌｏｓｕｓ）、フィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）、フラボバクテリアセアエゲノム種Ｃ１（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、フラボバクテリウム種ＮＦ２＿１（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＦ２＿１）、フラボニフラクター・プラウティ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）、フレキシスピラ・ラッピニ（Ｆｌｅｘｉｓｐｉｒａ  ｒａｐｐｉｎｉ）、フレキシスティペス・シヌサラビシ（Ｆｌｅｘｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｉｎｕｓａｒａｂｉｃｉ）、フランシセラ・ノビシダ（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｎｏｖｉｃｉｄａ）、フランシセラ・フィロミラジア（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｐｈｉｌｏｍｉｒａｇｉａ）、フランシセラ・ツラレンシス（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）、
フラビモナス種ＮＭＬ  ０６０８９７（Ｆｕｌｖｉｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＭＬ  ０６０８９７）、フソバクテリウム・カニフェリナム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃａｎｉｆｅｌｉｎｕｍ）、フソバクテリウムゲノム種Ｃ１（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、フソバクテリウムゲノム種Ｃ２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ２）、フソバクテリウム・ゴニディアフォルマンス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｏｎｉｄｉａｆｏｒｍａｎｓ）、フソバクテリウム・モルティフェラム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ）、フソバクテリウム・ナヴィフォルメ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｃｒｏｇｅｎｅｓ）、フソバクテリウム・ネクロフォーラム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｃｒｏｐｈｏｒｕｍ）、フソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、フソバクテリウム・ペリオドンティカム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｅｒｉｏｄｏｎｔｉｃｕｍ）、フソバクテリウム・ルッシイ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉｉ）、フソバクテリウム種１＿１＿４１ＦＡＡ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１＿１＿４１ＦＡＡ）、フソバクテリウム種１１＿３＿２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１１＿３＿２）、フソバクテリウム種１２＿１Ｂ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１２＿１Ｂ）、フソバクテリウム種２＿１＿３１（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．２＿１＿３１）、フソバクテリウム種３＿１＿２７（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．３＿１＿２７）、フソバクテリウム種３＿１＿３３（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．３＿１＿３３）、フソバクテリウム種３＿１＿３６Ａ２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．３＿１＿３６Ａ２）、フソバクテリウム種３＿１＿５Ｒ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．３＿１＿５Ｒ）、フソバクテリウム種ＡＣ１８（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＣ１８）、フソバクテリウム種ＡＣＢ２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＣＢ２）、フソバクテリウム種ＡＳ２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＳ２）、フソバクテリウム種ＣＭ１（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＣＭ１）、フソバクテリウム種ＣＭ２１（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＣＭ２１）、フソバクテリウム種ＣＭ２２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＣＭ２２）、フソバクテリウム種Ｄ１２（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｄ１２）、フソバクテリウム種口腔クローンＡＳＣＦ０６（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ０６）、フソバクテリウム種口腔クローンＡＳＣＦ１１（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ１１）、フソバクテリウム・ウルセランス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ）、フソバクテリウム・バリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖａｒｉｕｍ）、ガードネレラ・バジナリス（Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ゲメラ・ヘモリサンス（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｈａｅｍｏｌｙｓａｎｓ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）、ゲメラ・サングイニス（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ゲメラ種口腔クローンＡＳＣＥ０（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ０２）、ゲメラ種口腔クローンＡＳＣＦ０４（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ０４）、ゲメラ種口腔クローンＡＳＣＦ１２（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ１２）、ゲメラ種ＷＡＬ  １９４５Ｊ（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．ＷＡＬ  １９４５Ｊ）、ゲンミゲル・フォルミシリス（Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ）、ゲオバチルス・カウストフィルス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋａｕｓｔｏｐｈｉｌｕｓ）、ゲオバチルス種Ｅ２６３（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．Ｅ２６３）、
ゲオバチルス種ＷＣＨ７０（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＷＣＨ７０）、ゲオバチルス・ステアロサーモフィルス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ゲオバチルス・サーモカテニュラタス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｓ）、ゲオバチルス・サーモデニトリフィカンス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、ゲオバチルス・サーモグルコシダシウス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｇｌｕｃｏｓｉｄａｓｉｕｓ）、ゲオバチルス・サーモレオボランス（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｌｅｏｖｏｒａｎｓ）、ゲオバクター・ベミジェンシス（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ  ｂｅｍｉｄｊｉｅｎｓｉｓ）、グロイオバクター・ビオラセウス（Ｇｌｏｅｏｂａｃｔｅｒ  ｖｉｏｌａｃｅｕｓ）、グルコンアセトバクター・アゾトカプタンス（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ａｚｏｔｏｃａｐｔａｎｓ）、グルコンアセトバクター・ジアゾトロフィクス（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｄｉａｚｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、グルコンアセトバクター・エンタニイ（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｅｎｔａｎｉｉ）、グルコンアセトバクター・エウロパエウス（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｅｕｒｏｐａｅｕｓ）、グルコンアセトバクター・ハンセニイ（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、グルコンアセトバクター・ジョハンナエ（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｊｏｈａｎｎａｅ）、グルコンアセトバクター・オボエディエンス（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｏｂｏｅｄｉｅｎｓ）、グルコンアセトバクター・キシリヌス（Ｇｌｕｃｏｎａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｘｙｌｉｎｕｓ）、ゴルドニア・ブロンチアリス（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｂｒｏｎｃｈｉａｌｉｓ）、ゴルドニア・ポリソプレニボランス（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｐｏｌｙｉｓｏｐｒｅｎｉｖｏｒａｎｓ）、ゴルドニア種ＫＴＲ９（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｓｐ．ＫＴＲ９）、ゴルドニア・スプュティ（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｓｐｕｔｉ）、ゴルドニア・テラエ（Ｇｏｒｄｏｎｉａ  ｔｅｒｒａｅ）、ゴルドニバクター・パメラエア（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ  ｐａｍｅｌａｅａｅ）、ゴルドニバクター・パメラエア（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ  ｐａｍｅｌａｅａｅ）、グラシリバクター・サーモトレランス（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｔｅｒ  ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、グラメラ・ホルセティイ（Ｇｒａｍｅｌｌａ  ｆｏｒｓｅｔｉｉ）、グラニュリカテラ・アディアセンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ａｄｉａｃｅｎｓ）、グラニュリカテラ・エレガンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｅｌｅｇａｎｓ）、グラニュリカテラ・パラジアセンス（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｐａｒａｄｉａｃｅｎｓ）、グラニュリカテラ種Ｍ６５８＿９９＿３（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｓｐ．Ｍ６５８＿９９＿３）、グラニュリカテラ種口腔クローンＡＳＣ０２（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣ０２）、グラニュリカテラ種口腔クローンＡＳＣＡ０５（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＡ０５）、グラニュリカ��ラ種口腔クローンＡＳＣＢ０９（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＢ０９）、グラニュリカテラ種口腔クローンＡＳＣＧ０５（Ｇｒａｎｕｌｉｃａｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ０５）、グリモンチア・ホリザエ（Ｇｒｉｍｏｎｔｉａ  ｈｏｌｌｉｓａｅ）、ヘマトバクター種ＢＣ１４２４８（Ｈａｅｍａｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＢＣ１４２４８）、ヘモフィラス・エジプティウス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ａｅｇｙｐｔｉｕｓ）、ヘモフィラス・デュクレイー（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ）、ヘモフィラスゲノム種Ｐ２口腔クローンＭＢ３＿Ｃ２４（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ２  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｃ２４）、ヘモフィラスゲノム種Ｐ３口腔クローンＭＢ３＿Ｃ３８（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ３  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｃ３８）、ヘモフィラス・ヘモリティカス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、
ヘモフィラス・インフルエンザエ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘモフィラス・パラヘモリティカス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ヘモフィラス・パラインフルエンザエ（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｉｎｆｌｕｅｎｚａｅ）、ヘモフィラス・パラフロファモリチカス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｐｈｒｏｐｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ヘモフィラス・パラスイス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｐａｒａｓｕｉｓ）、ヘモフィラス・ソムナス（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｏｍｎｕｓ）、ヘモフィラス種７０３３４（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．７０３３４）、ヘモフィラス種ＨＫ４４５（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ＨＫ４４５）、ヘモフィラス種口腔クローンＡＳＣＡ０７（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＡ０７）、ヘモフィラス種口腔クローンＡＳＣＧ０６（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ０６）、ヘモフィラス種口腔クローンＢＪ０２１（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＢＪ０２１）、ヘモフィラス種口腔クローンＢＪ０９５（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＢＪ０９５）、ヘモフィラス種口腔クローンＪＭ０５３（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＭ０５３）、ヘモフィラス種口腔タクソン８５１（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ８５１）、ヘモフィラス・スプトラム（Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐｕｔｏｒｕｍ）、ハフニア・アルベイ（Ｈａｆｎｉａ  ａｌｖｅｉ）、ハロモナス・エロンガータ（Ｈａｌｏｍｏｎａｓ  ｅｌｏｎｇａｔａ）、ハロモナス・ジョンソニエ（Ｈａｌｏｍｏｎａｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉａｅ）、ハロルブラム・リポリチカム（Ｈａｌｏｒｕｂｒｕｍ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃｕｍ）、ヘリコバクター・ビリス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｂｉｌｉｓ）、ヘリコバクター・カナデンシス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃａｎａｄｅｎｓｉｓ）、ヘリコバクター・シナエディ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎａｅｄｉ）、ヘリコバクター・プローラム（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｕｌｌｏｒｕｍ）、ヘリコバクター・ピロリ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ）、ヘリコバクター種Ｎｏｎｅ（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．Ｎｏｎｅ）、ヘリコバクター・ウィングハメンシス（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｗｉｎｇｈａｍｅｎｓｉｓ）、ヘリオバクテリウム・モデスティカルダム（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｄｅｓｔｉｃａｌｄｕｍ）、ハーバスピリラム・セロペディカエ（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｓｅｒｏｐｅｄｉｃａｅ）、ハーバスピリラム種ＪＣ２０６（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｓｐ．ＪＣ２０６）、ヒストフィラス・ソムニー（Ｈｉｓｔｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｏｍｎｉ）、ホールディマニア・フィリフォルミス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｆｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、ヒドロゲノアナエロバクテリウム・サチャロボランス（Ｈｙｄｒｏｇｅｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓａｃｃｈａｒｏｖｏｒａｎｓ）、ハイパーサーマス・ブチリカス（Ｈｙｐｅｒｔｈｅｒｍｕｓ  ｂｕｔｙｌｉｃｕｓ）、ハイフォミクロビウム・スルフォニボランス（Ｈｙｐｈｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｓｕｌｆｏｎｉｖｏｒａｎｓ）、ハイフォモナス・ネプチュニウム（Ｈｙｐｈｏｍｏｎａｓ  ｎｅｐｔｕｎｉｕｍ）、イグナツキネリア・インディカ（Ｉｇｎａｔｚｓｃｈｉｎｅｒｉａ  ｉｎｄｉｃａ）、イグナツキネリア種ＮＭＬ  ９５＿０２６０（Ｉｇｎａｔｚｓｃｈｉｎｅｒｉａ  ｓｐ．ＮＭＬ  ９５＿０２６０）、イグニコッカス・アイランディカス（Ｉｇｎｉｃｏｃｃｕｓ  ｉｓｌａｎｄｉｃｕｓ）、インキリナス・リモーサス（Ｉｎｑｕｉｌｉｎｕｓ  ｌｉｍｏｓｕｓ）、ジャニバクター・リモーサス（Ｊａｎｉｂａｃｔｅｒ  ｌｉｍｏｓｕｓ）、ジャニバクター・メロニス（Ｊａｎｉｂａｃｔｅｒ  ｍｅｌｏｎｉｓ）、ジャンチノバクテリウム種ＳＹ１２（Ｊａｎｔｈｉｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＳＹ１２）、
ジョンソネラ・イグナバ（Ｊｏｈｎｓｏｎｅｌｌａ  ｉｇｎａｖａ）、ジョンキテラ・アントロピ（Ｊｏｎｑｕｅｔｅｌｌａ  ａｎｔｈｒｏｐｉ）、ケルステルシア・ジオラム（Ｋｅｒｓｔｅｒｓｉａ  ｇｙｉｏｒｕｍ）、キンゲラ・デニトリフィカンス（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、キンゲラゲノム種Ｐ１口腔クローンＭＢ２＿Ｃ２０（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１  ｏｒａｌ  ｃｏｎｅ  ＭＢ２＿Ｃ２０）、キンゲラ・キンガエ（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｋｉｎｇａｅ）、キンゲラ・オラリス（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、キンゲラ種口腔クローンＩＤ０５９（Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＤ０５９）、クレブシエラ・オキシトカ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｏｘｙｔｏｃａ）、クレブシエラ・ニューモニアエ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、クレブシエラ種ＡＳ１０（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＡＳ１０）、クレブシエラ種Ｃｏ９９３５（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．Ｃｏ９９３５）、クレブシエラ種富化培養クローンＳＲＣ＿ＤＳＤ２５（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ  ｃｕｌｔｕｒｅ  ｃｌｏｎｅ  ＳＲＣ＿ＤＳＤ２５）、クレブシエラ種ＯＢＲＣ７（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＯＢＲＣ７）、クレブシエラ種ＳＰ＿ＢＡ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＰ＿ＢＡ）、クレブシエラ種ＳＲＣ＿ＤＳＤ１（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＤ１）、クレブシエラ種ＳＲＣ＿ＤＳＤ１１（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＤ１１）、クレブシエラ種ＳＲＣ＿ＤＳＤ１２（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＤ１２）、クレブシエラ種ＳＲＣ＿ＤＳＤ１５（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＤ１５）、クレブシエラ種ＳＲＣ＿ＤＳＤ２（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＤ２）、クレブシエラ種ＳＲＣ＿ＤＳＤ６（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＲＣ＿ＤＳＤ６）、クレブシエラ・バリイコーラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｖａｒｉｉｃｏｌａ）、クライベラ・アスコルバータ（Ｋｌｕｙｖｅｒａ  ａｓｃｏｒｂａｔａ）、クライベラ・クリオクレッセンス（Ｋｌｕｙｖｅｒａ  ｃｒｙｏｃｒｅｓｃｅｎｓ）、コクリア・マリーナ（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｍａｒｉｎａ）、コクリア・パルストリス（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）、コクリア・リゾフィラ（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｈｉｚｏｐｈｉｌａ）、コクリア・ロゼア（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｒｏｓｅａ）、コクリア・バリアンス（Ｋｏｃｕｒｉａ  ｖａｒｉａｎｓ）、ラクノバクテリウム・ボビス（Ｌａｃｈｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｖｉｓ）、ラクノスピラ・マルチパラ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｍｕｌｔｉｐａｒａ）、ラクノスピラ・ペクチノスチザ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ  ｐｅｃｔｉｎｏｓｃｈｉｚａ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム１＿１＿５７ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  １＿１＿５７ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム１＿４＿５６ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  １＿４＿５６ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム２＿１＿４６ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ２＿１＿４６���ＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム２＿１＿５８ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ２＿１＿５８ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ３＿１＿５７ＦＡＡ＿ＣＴ１）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム４＿１＿３７ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ４＿１＿３７ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム５＿１＿５７ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ５＿１＿５７ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム５＿１＿６３ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ５＿１＿６３ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム６＿１＿６３ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ６＿１＿６３ＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム８＿１＿５７ＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ８＿１＿５７ＦＡＡ）、
ラクノスピラセアエ・バクテリウム９＿１＿４３ＢＦＡＡ（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ９＿１＿４３ＢＦＡＡ）、ラクノスピラセアエ・バクテリウムＡ４（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  Ａ４）、ラクノスピラセアエ・バクテリウムＤＪＦ  ＶＰ３０（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＤＪＦ  ＶＰ３０）、ラクノスピラセアエ・バクテリウムＩＣＭ６２（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＩＣＭ６２）、ラクノスピラセアエ・バクテリウムＭＳＸ３３（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＭＳＸ３３）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム口腔タクソン１０７（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １０７）、ラクノスピラセアエ・バクテリウム口腔タクソンＦ１５（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ１５）、ラクノスピラセアエゲノム種Ｃ１（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、ラクトバチルス・アシディピスチス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｉｐｉｓｃｉｓ）、ラクトバチルス・アシドフィラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、ラクトバチルス・アリメンタリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｉｍｅｎｔａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・アミロリティカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・アミロボラス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｖｏｒｕｓ）、ラクトバチルス・アントリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｒｉ）、ラクトバチルス・ブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・ブフネリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂｕｃｈｎｅｒｉ）、ラクトバチルス・カゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・カテナフォルミス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｔｅｎａｆｏｒｍｉｓ）、ラクトバチルス・コレオホミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｌｅｏｈｏｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・コリニフォルミス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｒｙｎｉｆｏｒｍｉｓ）、ラクトバチルス・クリスパータス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）、ラクトバチルス・カルバータス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｕｒｖａｔｕｓ）、ラクトバチルス・デルブレッキイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｌｂｒｕｅｃｋｉｉ）、ラクトバチルス・デキストリニカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｅｘｔｒｉｎｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・ファルシミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆａｒｃｉｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・ファーメンタム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔｕｍ）、ラクトバチルス・ガセリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｓｅｒｉ）、ラクトバチルス・ガストリカス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇａｓｔｒｉｃｕｓ）、ラクトバチルスゲノム種Ｃ１（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、ラクトバチルスゲノム種Ｃ２（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ２）、ラクトバチルス・ヘルベティカス���Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｅｌｖｅｔｉｃｕｓ）、ラクトバチルス・ヒルガルディイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｉｌｇａｒｄｉｉ）、ラクトバチルス・ホミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・イナース（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｅｒｓ）、ラクトバチルス・ジョンセニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、ラクトバチルス・カリゼンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋａｌｉｘｅｎｓｉｓ）、ラクトバチルス・ケフィラノファシエンス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒａｎｏｆａｃｉｅｎｓ）、ラクトバチルス・ケフィリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒｉ）、ラクトバチルス・キムチイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｉｍｃｈｉｉ）、
ラクトバチルス・レイクマンニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ）、ラクトバチルス・ムコーサエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｃｏｓａｅ）、ラクトバチルス・ムリナス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｕｒｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ノデンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎｏｄｅｎｓｉｓ）、ラクトバチルス・オエニ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｅｎｉ）、ラクトバチルス・オリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｏｒｉｓ）、ラクトバチルス・パラブレビス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｒｅｖｉｓ）、ラクトバチルス・パラブフネリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｂｕｃｈｎｅｒｉ）、ラクトバチルス・パラカゼイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）、ラクトバチルス・パラケフィリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｋｅｆｉｒｉ）、ラクトバチルス・ペントーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｎｔｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ペロレンス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｅｒｏｌｅｎｓ）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）、ラクトバチルス・ポンティス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｎｔｉｓ）、ラクトバチルス・ロイテリー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）、ラクトバチルス・ラムノーサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）、ラクトバチルス・ロゴサエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｏｇｏｓａｅ）、ラクトバチルス・ルミニス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｕｍｉｎｉｓ）、ラクトバチルス・サケイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｋｅｉ）、ラクトバチルス・サリバリウス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ラクトバチルス・サニビリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓａｎｉｖｉｒｉ）、ラクトバチルス・セニオリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｅｎｉｏｒｉｓ）、ラクトバチルス種６６ｃ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．６６ｃ）、ラクトバチルス種ＢＴ６（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＢＴ６）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０１（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０１）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０２（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０２）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０３（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０３）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０４（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０４）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０５（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０５）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０７（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０７）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７０９（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７０９）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７１１（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７１１）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７１２（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７１２）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７１３（Ｌａｃｔｏｂａｃｉ���ｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７１３）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７１６（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７１６）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７１８（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７１８）、ラクトバチルス種ＫＬＤＳ  １．０７１９（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  １．０７１９）、ラクトバチルス種口腔クローンＨＴ００２（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＨＴ００２）、ラクトバチルス種口腔クローンＨＴ０７０（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＨＴ０７０）、ラクトバチルス種口腔タクソン０５２（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ０５２）、ラクトバチルス・ツセチ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｕｃｃｅｔｉ）、ラクトバチルス・アルチュネンシス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｕｌｔｕｎｅｎｓｉｓ）、
ラクトバチルス・バギナリス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）、ラクトバチルス・ヴィニー（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｎｉ）、ラクトバチルス・ビチュリヌス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｖｉｔｕｌｉｎｕｓ）、ラクトバチルス・ジマエ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｚｅａｅ）、ラクトコッカス・ガルビエアエ（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｒｖｉｅａｅ）、ラクトコッカス・ラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、ラクトコッカス・ラフィノラクティス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｆｆｉｎｏｌａｃｔｉｓ）、ラクトニファクター・ロンゴビホルミス（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ  ｌｏｎｇｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）、ラリバクター・ホンコンゲンシス（Ｌａｒｉｂａｃｔｅｒ  ｈｏｎｇｋｏｎｇｅｎｓｉｓ）、ロートロピア・ミラビリス（Ｌａｕｔｒｏｐｉａ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、ロートロピア種口腔クローンＡＰ００９（Ｌａｕｔｒｏｐｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＰ００９）、レジオネラ・ハッケリアエ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｈａｃｋｅｌｉａｅ）、レジオネラ・ロングビーチアエ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｌｏｎｇｂｅａｃｈａｅ）、レジオネラ・ニューモフィラ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）、レジオネラ種Ｄ３９２３（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．Ｄ３９２３）、レジオネラ種Ｄ４０８８（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．Ｄ４０８８）、レジオネラ種Ｈ６３（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．Ｈ６３）、レジオネラ種ＮＭＬ  ９３Ｌ０５４（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＮＭＬ  ９３Ｌ０５４）、レジオネラ・スチーレイ（Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｓｔｅｅｌｅｉ）、レミノレラ・グリモンティイ（Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ  ｇｒｉｍｏｎｔｉｉ）、レミノレラ・リチャーディイ（Ｌｅｍｉｎｏｒｅｌｌａ  ｒｉｃｈａｒｄｉｉ）、レプトスピラ・ボルグピータセニイ（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｂｏｒｇｐｅｔｅｒｓｅｎｉｉ）、レプトスピラ・ブローミイ（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｂｒｏｏｍｉｉ）、レプトスピラ・インターロガンス（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ）、レプトスピラ・リセラシアエ（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ  ｌｉｃｅｒａｓｉａｅ）、レプトトリキア・ブカリス（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｂｕｃｃａｌｉｓ）、レプトトリキアゲノム種Ｃ１（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、レプトトリキア・グッドフェローイイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｇｏｏｄｆｅｌｌｏｗｉｉ）、レプトトリキア・ホフスタディイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ）、レプトトリキア・シャーイイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｈａｈｉｉ）、レプトトリキア種ｎｅｕｔｒｏｐｅｎｉｃＰａｔｉｅｎｔ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｎｅｕｔｒｏｐｅｎｉｃＰａｔｉｅｎｔ）、レプトトリキア種口腔クローンＧＴ０１８（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＴ０１８）、レプトトリキア種口腔クローンＧＴ０２０（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＴ０２０）、レプトトリキア種口腔クローンＨＥ０１２（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＨＥ０１２）、レプトトリキア種口腔クローン��Ｋ０４０（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＫ０４０）、レプトトリキア種口腔クローンＰ２ＰＢ＿５１  Ｐ１（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ２ＰＢ＿５１  Ｐ１）、レプトトリキア種口腔タクソン２２３（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２２３）、ロイコノストック・カーノサム（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｃａｒｎｏｓｕｍ）、ロイコノストック・シトレウム（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｃｉｔｒｅｕｍ）、ロイコノストック・ガシコミタータム（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｇａｓｉｃｏｍｉｔａｔｕｍ）、ロイコノストック・インハーエ（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｉｎｈａｅ）、ロイコノストック・キムチイ（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｋｉｍｃｈｉｉ）、ロイコノストック・ラクティス（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｌａｃｔｉｓ）、ロイコノストック・メセンテロイデス（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｍｅｓｅｎｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
ロイコノストック・シュードメセンテロイデス（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃ  ｐｓｅｕｄｏｍｅｓｅｎｔｅｒｏｉｄｅｓ）、リステリア・グレイー（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｇｒａｙｉ）、リステリア・イノキュア（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｉｎｎｏｃｕａ）、リステリア・イバノビイ（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｉｖａｎｏｖｉｉ）、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、リステリア・ウェルシメリー（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｗｅｌｓｈｉｍｅｒｉ）、ルテオコッカス・サングイニス（Ｌｕｔｅｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ルチスポラ・テルモピラ（Ｌｕｔｉｓｐｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａ）、リジニバチルス・フシホルミス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｆｕｓｉｆｏｒｍｉｓ）、リジニバチルス・スファエリカス（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、マクロコッカス・カセオリティカス（Ｍａｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｓｅｏｌｙｔｉｃｕｓ）、マンヘイミア・ヘモリティカ（Ｍａｎｎｈｅｉｍｉａ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃａ）、マルビンブリャンチア・ホルマテキシゲンス（Ｍａｒｖｉｎｂｒｙａｎｔｉａ  ｆｏｒｍａｔｅｘｉｇｅｎｓ）、マシリア種ＣＣＵＧ  ４３４２７Ａ（Ｍａｓｓｉｌｉａ  ｓｐ．ＣＣＵＧ  ４３４２７Ａ）、メガモナス・フニホルミス（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｆｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）、メガモナス・ヒペルメガレ（Ｍｅｇａｍｏｎａｓ  ｈｙｐｅｒｍｅｇａｌｅ）、メガスファエラ・エルスデニイ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｅｌｓｄｅｎｉｉ）、メガスファエラゲノム種Ｃ１（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、メガスファエラゲノム種ｔｙｐｅ＿１（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．ｔｙｐｅ＿１）、メガスファエラ・ミクロヌシフォルミス（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｍｉｃｒｏｎｕｃｉｆｏｒｍｉｓ）、メガスファエラ種ＢＬＰＹＧ＿０７（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．ＢＬＰＹＧ＿０７）、メガスファエラ種ＵＰＩＩ  １９９＿６（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．ＵＰＩＩ  １９９＿６）、メタロスファエラ・セデュラ（Ｍｅｔａｌｌｏｓｐｈａｅｒａ  ｓｅｄｕｌａ）、メタノバクテリウム・フォルミシカム（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｏｒｍｉｃｉｃｕｍ）、メタノブレビバクター・アシディデュランス（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ａｃｉｄｉｄｕｒａｎｓ）、メタノブレビバクター・アルボリファイラス（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ａｒｂｏｒｉｐｈｉｌｕｓ）、メタノブレビバクター・クルバタス（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｃｕｒｖａｔｕｓ）、メタノブレビバクター・クチクラリス（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｃｕｔｉｃｕｌａｒｉｓ）、メタノブレビバクター・フィリフォルミス（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｆｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、メタノブレビバクター・ゴットシャルキイ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｇｏｔｔｓｃｈａｌｋｉｉ）、メタノブレビバクター・ミレラエ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｍｉｌｌｅｒａｅ）、メタノブレビバクター・オレヤエ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｏｌｌｅｙａｅ）、メタノブレビバクター・オラリス（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｏｒａｌｉｓ）、メタノブレビバクター・ルミナンチウム（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、メタノブレビバクター・スミシイ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｍｉｔｈｉｉ）、メタノブレビバクター・サウエリ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｔｈａｕｅｒｉ）、メタノブレビバクター・ウーズィー（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｗｏｅｓｅｉ）、メタノブレビバクター・ウォリニイ（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ  ｗｏｌｉｎｉｉ）、メタノスファエラ・スタッドマナエ（Ｍｅｔｈａｎｏｓｐｈａｅｒａ  ｓｔａｄｔｍａｎａｅ）、メチロバクテリウム・エクストルケンス（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｘｔｏｒｑｕｅｎｓ）、メチロバクテリウム・ポダリウム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｏｄａｒｉｕｍ）、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｄｉｏｔｏｌｅｒａｎｓ）、
メチロバクテリウム種１ｓｕｂ（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１ｓｕｂ）、メチロバクテリウム種ＭＭ４（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＭＭ４）、メチロセラ・シルベストリス（Ｍｅｔｈｙｌｏｃｅｌｌａ  ｓｉｌｖｅｓｔｒｉｓ）、メチロフィルス種ＥＣｄ５（Ｍｅｔｈｙｌｏｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ＥＣｄ５）、ミクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、ミクロバクテリウム・フラベッセンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ）、ミクロバクテリウム・グビーネンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｕｂｂｅｅｎｅｎｓｅ）、ミクロバクテリウム・ラクチカム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｔｉｃｕｍ）、ミクロバクテリウム・オレイボランス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｌｅｉｖｏｒａｎｓ）、ミクロバクテリウム・オキシダンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｘｙｄａｎｓ）、ミクロバクテリウム・パラオキシダンス（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｏｘｙｄａｎｓ）、ミクロバクテリウム・ファイロスファエラエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈｙｌｌｏｓｐｈａｅｒａｅ）、ミクロバクテリウム・シュライフェリ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｃｈｌｅｉｆｅｒｉ）、ミクロバクテリウム種７６８（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．７６８）、ミクロバクテリウム種口腔株Ｃ２４ＫＡ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｓｔｒａｉｎ  Ｃ２４ＫＡ）、ミクロバクテリウム・テスタセウム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｓｔａｃｅｕｍ）、ミクロコッカス・アンタルクティカス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｔａｒｃｔｉｃｕｓ）、ミクロコッカス・ルテウス（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｕｓ）、ミクロコッカス・ライラエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｙｌａｅ）、ミクロコッカス種１８５（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．１８５）、ミクロキスティス・エルギノーサ（Ｍｉｃｒｏｃｙｓｔｉｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、ミツオケラ・ジャラルディニイ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｊａｌａｌｕｄｉｎｉｉ）、ミツオケラ・マルトアシダ（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｍｕｌｔａｃｉｄａ）、ミツオケラ種口腔タクソン５２１（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ５２１）、ミツオケラ種口腔タクソンＧ６８（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ６８）、モビルンカス・クルティシイ（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ）、モビルンカス・ムリエリス（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｍｕｌｉｅｒｉｓ）、モエレレラ・ウィスコンセンシス（Ｍｏｅｌｌｅｒｅｌｌａ  ｗｉｓｃｏｎｓｅｎｓｉｓ）、モギバクテリウム・ダイバーサム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｖｅｒｓｕｍ）、モギバクテリウム・ネグレクタム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｇｌｅｃｔｕｍ）、モギバクテリウム・プミラム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｕｍｉｌｕｍ）、モギバクテリウム・チミダム（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｉｍｉｄｕｍ）、モリキューテス・バクテリウムｐＡＣＨ９３（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐＡＣＨ９３）、モーレラ・サーモアセティカ（Ｍｏ���ｒｅｌｌａ  ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｉｃａ）、モラクセラ・カタラリス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｃａｔａｒｒｈａｌｉｓ）、モラクセラ・リンカーニイ（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｌｉｎｃｏｌｎｉｉ）、モラクセラ・オスロエンシス（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｏｓｌｏｅｎｓｉｓ）、モラクセラ種１６２８５（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｓｐ．１６２８５）、モラクセラ種ＧＭ２（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ  ｓｐ．ＧＭ２）、モーガネラ・モーガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）、モーガネラ種ＪＢ＿Ｔ１６（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＪＢ＿Ｔ１６）、モロコッカス・セレブローサス（Ｍｏｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｅｒｅｂｒｏｓｕｓ）、モリエラ・インドリゲネス（Ｍｏｒｙｅｌｌａ  ｉｎｄｏｌｉｇｅｎｅｓ）、マイコバクテリウム・アブセサス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｂｓｃｅｓｓｕｓ）、
マイコバクテリウム・アフリカナム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｆｒｉｃａｎｕｍ）、マイコバクテリウム・アルシエンシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｌｓｉｅｎｓｉｓ）、マイコバクテリウム・アビウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｕｍ）、マイコバクテリウム・ケロナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｈｅｌｏｎａｅ）、マイコバクテリウム・コロンビエンセ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｏｌｏｍｂｉｅｎｓｅ）、マイコバクテリウム・エレファンティス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｅｐｈａｎｔｉｓ）、マイコバクテリウム・ゴードナエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｏｒｄｏｎａｅ）、マイコバクテリウム・イントラセルラーレ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｔｒａｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、マイコバクテリウム・カンサシイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｋａｎｓａｓｉｉ）、マイコバクテリウム・ラクス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌａｃｕｓ）、マイコバクテリウム・レプラエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ）、マイコバクテリウム・レプロマトシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・マジェリテンス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｇｅｒｉｔｅｎｓｅ）、マイコバクテリウム・マンテニイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｎｔｅｎｉｉ）、マイコバクテリウム・マリナム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍａｒｉｎｕｍ）、マイコバクテリウム・ミクロティ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｃｒｏｔｉ）、マイコバクテリウム・ネオオーラム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｏａｕｒｕｍ）、マイコバクテリウム・パラスクロフラセウム（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｓｃｒｏｆｕｌａｃｅｕｍ）、マイコバクテリウム・パラテラエ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒａｔｅｒｒａｅ）、マイコバクテリウム・フレイ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈｌｅｉ）、マイコバクテリウム・セオウレンセ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｅｏｕｌｅｎｓｅ）、マイコバクテリウム・スメグマティス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｍｅｇｍａｔｉｓ）、マイコバクテリウム種１７６１（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１７６１）、マイコバクテリウム種１７７６（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１７７６）、マイコバクテリウム種１７８１（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１７８１）、マイコバクテリウム種１７９１（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１７９１）、マイコバクテリウム種１７９７（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．１７９７）、マイコバクテリウム種ＡＱ１ＧＡ４（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＱ１ＧＡ４）、マイコバクテリウム種Ｂ１０＿０７．０９．０２０６（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｂ１０＿０７．０９．０２０６）、マイコバクテリウム種ＧＮ＿１０５４６（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＧＮ＿１０５４６）、マイコバクテリウム種ＧＮ＿１０８２７（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＧＮ＿１０８２７）、マイコバクテリウム種ＧＮ＿１１１２４（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＧＮ＿１１１２４）、マイコバクテリウム種ＧＮ＿９１８８（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＧＮ＿９１８８）、マイコバクテリウム種ＧＲ＿２００７＿２１０（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＧＲ＿２００７＿２１０）、マイコバクテリウム種ＨＥ５（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＨＥ５）、マイコバクテリウム種ＮＬＡ００１０００７３６（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＮＬＡ００１０００７３６）、マイコバクテリウム種Ｗ（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｗ）、マイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、マイコバクテリウム・アルセランス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ）、マイコバクテリウム・ブルネリス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｕｌｎｅｒｉｓ）、マイコプラズマ・アガラクティアエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、マイコプラズマ・アンフォリフォルメ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｍｐｈｏｒｉｆｏｒｍｅ）、
マイコプラズマ・アルスリティディス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ａｒｔｈｒｉｔｉｄｉｓ）、マイコプラズマ・ボーボクリ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｂｏｖｏｃｕｌｉ）、マイコプラズマ・ファウシウム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｆａｕｃｉｕｍ）、マイコプラズマ・フェルメンタンス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、マイコプラズマ・フロクラール（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｆｌｏｃｃｕｌａｒｅ）、マイコプラズマ・ゲニタリウム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｇｅｎｉｔａｌｉｕｍ）、マイコプラズマ・ホミニス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、マイコプラズマ・オラーレ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｏｒａｌｅ）、マイコプラズマ・オビニューモニアエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｏｖｉｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、マイコプラズマ・ペネトランス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｅｎｅｔｒａｎｓ）、マイコプラズマ・ニューモニアエ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、マイコプラズマ・プトレファシエンス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ）、マイコプラズマ・サリバリウム（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｍ）、マイコプラズマタセアエゲノム種Ｐ１口腔クローンＭＢ１＿Ｇ２３（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａｔａｃｅａｅ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ１＿Ｇ２３）、ミロイデス・オドラティミマス（Ｍｙｒｏｉｄｅｓ  ｏｄｏｒａｔｉｍｉｍｕｓ）ミロイデス種ＭＹ１５（Ｍｙｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＭＹ１５）、ナイセリア・バシリフォルミス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｂａｃｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓ）、ナイセリア・シネレア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｃｉｎｅｒｅａ）、ナイセリア・エロンガータ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｅｌｏｎｇａｔａ）、ナイセリア・フラベッセンス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｆｌａｖｅｓｃｅｎｓ）、ナイセリアゲノム種Ｐ２口腔クローンＭＢ５＿Ｐ１５（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ２  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ５＿Ｐ１５）、ナイセリア・ゴノレエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）、ナイセリア・ラクタミカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｌａｃｔａｍｉｃａ）、ナイセリア・マカカエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍａｃａｃａｅ）、ナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、ナイセリア・ムコーサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）、ナイセリア・ファリンギス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｐｈａｒｙｎｇｉｓ）、ナイセリア・ポリサッカレア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｐｏｌｙｓａｃｃｈａｒｅａ）、ナイセリア・シッカ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｉｃｃａ）、ナイセリア種ＫＥＭ２３２（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ＫＥＭ２３２）、ナイセリア種口腔クローンＡＰ１３２（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＰ１３２）、ナイセリア種口腔クローンＪＣ０１２（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＣ０１２）、ナイセリア種口腔株Ｂ３３Ｋ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｓｔｒａｉｎ  Ｂ３３ＫＡ）、ナイセリア種口腔タクソン０１４（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ０１４）、ナイセリア種ＳＭＣ＿Ａ９１９９（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ＳＭＣ＿Ａ９１９９）、ナイセリア種Ｔ���１０＿１（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｐ．ＴＭ１０＿１）、ナイセリア・サブフラバ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｓｕｂｆｌａｖａ）、ネオリケッチア・リスティシイ（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｒｉｓｔｉｃｉｉ）、ネオリケッチア・センネツ（Ｎｅｏｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｓｅｎｎｅｔｓｕ）、ノカルディア・ブラジリエンシス（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、ノカルディア・シリアシゲオルジカ（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｃｙｒｉａｃｉｇｅｏｒｇｉｃａ）、ノカルディア・ファルシニカ（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｆａｒｃｉｎｉｃａ）、ノカルディア・プリス（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｐｕｒｉｓ）、ノカルディア種０１＿Ｊｅ＿０２５（Ｎｏｃａｒｄｉａ  ｓｐ．０１＿Ｊｅ＿０２５）、ノカルディオプシス・ダッソンビレイ（Ｎｏｃａｒｄｉｏｐｓｉｓ  ｄａｓｓｏｎｖｉｌｌｅｉ）、ノボスフィンゴビウム・アロマチシボランス（Ｎｏｖｏｓｐｈｉｎｇｏｂｉｕｍ  ａｒｏｍａｔｉｃｉｖｏｒａｎｓ）、
オセアノバチルス・カエニ（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃａｅｎｉ）、オセアノバチルス種Ｎｄｉｏｐ（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．Ｎｄｉｏｐ）、オクロバクトラム・アンスロピ（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ａｎｔｈｒｏｐｉ）、オクロバクトラム・インターメディウム（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｍ）、オクロバクトラム・シュージンテルメディウム（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ  ｐｓｅｕｄｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｍ）、オドリバクター・ラネウス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｌａｎｅｕｓ）、オドリバクター・スプランクニカス（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ）、オカダエラ・ガストロコッカス（Ｏｋａｄａｅｌｌａ  ｇａｓｔｒｏｃｏｃｃｕｓ）、オリゲラ・ウレオリティカ（Ｏｌｉｇｅｌｌａ  ｕｒｅｏｌｙｔｉｃａ）、オルセネラ・ウレスラリス（Ｏｌｉｇｅｌｌａ  ｕｒｅｔｈｒａｌｉｓ）、オルセネラゲノム種Ｃ１（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、オルセネラ・プロフューザ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｐｒｏｆｕｓａ）、オルセネラ種Ｆ０００４（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｓｐ．Ｆ０００４）、オルセネラ種口腔タクソン８０９（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ８０９）、オルセネラ・ウリ（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｕｌｉ）、オピタタス・テラエ（Ｏｐｉｔｕｔｕｓ  ｔｅｒｒａｅ）、オリバクテリウム・シナス（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｎｕｓ）、オリバクテリウム種ＡＣＢ１（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＣＢ１）、オリバクテリウム種ＡＣＢ７（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＡＣＢ７）、オリバクテリウム種ＣＭ１２（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＣＭ１２）、オリバクテリウム種ＩＣＭ５１（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＩＣＭ５１）、オリバクテリウム種ＯＢＲＣ１２（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＯＢＲＣ１２）、オリバクテリウム種口腔タクソン０７８（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ０７８）、オリバクテリウム種口腔タクソン１０２（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １０２）、オリバクテリウム種口腔タクソン１０８（Ｏｒｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １０８）、オリエンティア・ツツガムシ（Ｏｒｉｅｎｔｉａ  ｔｓｕｔｓｕｇａｍｕｓｈｉ）、オルニチバシルス・ババリエンシス（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｖａｒｉｅｎｓｉｓ）、オルニチバシルス種７＿１０ＡＩＡ（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．７＿１０ＡＩＡ）、オシリバクター種Ｇ２（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．Ｇ２）、オシリバクター・バレリシゲネス（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｖａｌｅｒｉｃｉｇｅｎｅｓ）、オシロスピラ・グイリエルモンディイ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ）、オキサロバクター・フォルミゲネス（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒ  ｆｏｒｍｉｇｅｎｅｓ）、パエニバチルス・バルキノネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｒｃｉｎｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・バレンゴルトジ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｂａｒｅｎｇｏｌｔｚｉｉ）、パエニバチルス・チベンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｈ���ｂｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・クッキイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｏｋｉｉ）、パエニバチルス・ダラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｄｕｒｕｓ）、パエニバチルス・グルカノリティカス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｇｌｕｃａｎｏｌｙｔｉｃｕｓ）、パエニバチルス・ラクティス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）、パエニバチルス・ロータス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌａｕｔｕｓ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・ポピリアエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｐｉｌｌｉａｅ）、パエニバチルス種ＣＩＰ  １０１０６２（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＣＩＰ  １０１０６２）、パエニバチルス種ＨＧＦ５（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＨＧＦ５）、
パエニバチルス種ＨＧＦ７（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＨＧＦ７）、パエニバチルス種ＪＣ６６（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ＪＣ６６）、パエニバチルス種口腔タクソンＦ４５（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ４５）、パエニバチルス種Ｒ＿２７４１３（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．Ｒ＿２７４１３）、パエニバチルス種Ｒ＿２７４２２（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．Ｒ＿２７４２２）、パエニバチルス・チモネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、パントエア・アグロメランス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）、パントエア・アナナティス（Ｐａｎｔｏｅａ  ａｎａｎａｔｉｓ）、パントエア・ブレネリ（Ｐａｎｔｏｅａ  ｂｒｅｎｎｅｒｉ）、パントエア・シトレア（Ｐａｎｔｏｅａ  ｃｉｔｒｅａ）、パントエア・コンスピクア（Ｐａｎｔｏｅａ  ｃｏｎｓｐｉｃｕａ）、パントエア・セプティカ（Ｐａｎｔｏｅａ  ｓｅｐｔｉｃａ）、パピリバクター・シンナミボランス（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ  ｃｉｎｎａｍｉｖｏｒａｎｓ）、パラバクテロイデス・ジスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）、パラバクテロイデス・ゴルドステイニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｌｄｓｔｅｉｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・ジョンソニイ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）、パラバクテロイデス・メルダエ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ）、パラバクテロイデス種Ｄ１３（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．Ｄ１３）、パラバクテロイデス種ＮＳ３１＿３（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．ＮＳ３１＿３）、パラクラミジア種ＵＷＥ２５（Ｐａｒａｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｓｐ．ＵＷＥ２５）、パラコッカス・デニトリフィカンス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ）、パラコッカス・マークシイ（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｍａｒｃｕｓｉｉ）、パラプレボテラ・クララ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｌａｒａ）、パラプレボテラ・キシラニフィラ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｘｙｌａｎｉｐｈｉｌａ）、パラスカルドビア・デンティコレンス（Ｐａｒａｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌｅｎｓ）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｅｘｃｒｅｍｅｎｔｉｈｏｍｉｎｉｓ）、パラステレラ・セクンダ（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｅｃｕｎｄａ）、パルビモナス・マイクラ（Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｍｉｃｒａ）、パルビモナス種口腔タクソン１１０（Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １１０）、パスツレラ・ベッティアエ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｂｅｔｔｙａｅ）、パスツレラ・ダグマティス（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｄａｇｍａｔｉｓ）、パスツレラ・ムルトシダ（Ｐａｓｔｅｕｒｅｌｌａ  ｍｕｌｔｏｃｉｄａ）、ペディオコッカス・アシディラクティシ（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ａｃｉｄｉｌａｃｔｉｃｉ）、ペディオコッカス・ペントサセウス（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｎｔｏｓａｃｅｕｓ）、ペプトコッカス・ニガー（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｉｇｅｒ）、ペプトコッカス種口腔クローンＪＭ０４８（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＭ０４８）、ペプトコッカス種口腔タクソン１６７（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １６７）、ペプトニフィラス・アサッカロリチカス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ペプトニフィラス・デュアデニィ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｅｒｄｅｎｉｉ）、ペプトニフィラス・ハレイ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｈａｒｅｉ）、ペプトニフィラス・インドリカス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｄｏｌｉｃｕｓ）、ペプトニフィラス・イボリイ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｉｖｏｒｉｉ）、ペプトニフィラス・ラクリモリス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｌａｃｒｉｍａｌｉｓ）、ペプトニフィラス種ｇｐａｃ００７（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ００７）、
ペプトニフィラス種ｇｐａｃ０１８Ａ（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ０１８Ａ）、ペプトニフィラス種ｇｐａｃ０７７（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ０７７）、ペプトニフィラス種ｇｐａｃ１４８（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｇｐａｃ１４８）、ペプトニフィラス種ＪＣ１４０（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ＪＣ１４０）、ペプトニフィラス種口腔タクソン３８６（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３８６）、ペプトニフィラス種口腔タクソン８３６（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ８３６）、ペプトストレプトコッカセアエ・バクテリウムｐｈ１（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｈ１）、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎａｅｒｏｂｉｕｓ）、ペプトストレプトコッカス・ミクロス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｃｒｏｓ）、ペプトストレプトコッカス種９ｓｕｃｃ１（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．９ｓｕｃｃ１）、ペプトストレプトコッカス種口腔クローンＡＰ２４（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＰ２４）、ペプトストレプトコッカス種口腔クローンＦＪ０２３（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＪ０２３）、ペプトストレプトコッカス種Ｐ４Ｐ＿３１  Ｐ３（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｐ４Ｐ＿３１  Ｐ３）、ペプトストレプトコッカス・ストマティス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｔｏｍａｔｉｓ）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｅｃｉｕｍ）、ファスコラルクトバクテリウム種ＹＩＴ  １２０６８（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＹＩＴ  １２０６８）、ファスコラルクトバクテリウム・スクシナツテンス（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｃｃｉｎａｔｕｔｅｎｓ）、フェニロバクテリウム・ズシネウム（Ｐｈｅｎｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｚｕｃｉｎｅｕｍ）、フォトラブダス・アシンビオティカ（Ｐｈｏｔｏｒｈａｂｄｕｓ  ａｓｙｍｂｉｏｔｉｃａ）、ピグメンチファガ・デグエンシス（Ｐｉｇｍｅｎｔｉｐｈａｇａ  ｄａｅｇｕｅｎｓｉｓ）、プラノミクロビウム・コーリエンス（Ｐｌａｎｏｍｉｃｒｏｂｉｕｍ  ｋｏｒｅｅｎｓｅ）、プレシオモナス・シゲロイデス（Ｐｌｅｓｉｏｍｏｎａｓ  ｓｈｉｇｅｌｌｏｉｄｅｓ）、ポルフィロモナダセアエ・バクテリウムＮＭＬ  ０６０６４８（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ  ０６０６４８）、ポルフィロモナス・アサッカロリティカ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ａｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、ポルフィロモナス・エンドドンタリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｅｎｄｏｄｏｎｔａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ）、ポルフィロモナス・レビイ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｌｅｖｉｉ）、ポルフィロモナス・マカカエ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｍａｃａｃａｅ��、ポルフィロモナス・ソメラエ（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｏｍｅｒａｅ）、ポルフィロモナス種口腔クローンＢＢ１３４（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＢＢ１３４）、ポルフィロモナス種口腔クローンＦ０１６（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｆ０１６）、ポルフィロモナス種口腔クローンＰ２ＰＢ＿５２  Ｐ１（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ２ＰＢ＿５２  Ｐ１）、ポルフィロモナス種口腔クローンＰ４ＧＢ＿１００  Ｐ２（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ４ＧＢ＿１００  Ｐ２）、ポルフィロモナス種ＵＱＤ  ３０１（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＵＱＤ  ３０１）、ポルフィロモナス・ウエノニス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｕｅｎｏｎｉｓ）、
プレボテラ・アルベンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｌｂｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・アムニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｍｎｉｉ）、プレボテラ・バーゲンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｅｒｇｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ビビア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｉｖｉａ）、プレボテラ・ブレビス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｒｅｖｉｓ）、プレボテラ・ブッカエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｕｃｃａｅ）、プレボテラ・ブッカリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂｕｃｃａｌｉｓ）、プレボテラ・コプリ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｐｒｉ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンターリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔａｌｉｓ）、プレボテラ・デンティコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・ディシエンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｉｓｉｅｎｓ）、プレボテラゲノム種Ｃ１（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、プレボテラゲノム種Ｃ２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ２）、プレボテラゲノム種Ｐ７口腔クローンＭＢ２＿Ｐ３１（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ７  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ２＿Ｐ３１）、プレボテラゲノム種Ｐ８口腔クローンＭＢ３＿Ｐ１３（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ８  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｐ１３）、プレボテラゲノム種Ｐ９口腔クローンＭＢ７＿Ｇ１６（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ９  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ７＿Ｇ１６）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、プレボテラ・インターメディア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マクロサ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍａｃｕｌｏｓａ）、プレボテラ・マルシイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍａｒｓｈｉｉ）、プレボテラ・メラニノジェニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｉｎｏｇｅｎｉｃａ）、プレボテラ・マイカンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｉｃａｎｓ）、プレボテラ・マルチフォルミス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｕｌｔｉｆｏｒｍｉｓ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンセイエンシッス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ニグレッセンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎｉｇｒｅｓｃｅｎｓ）、プレボテラ・オラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・オリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｉｓ）、プレボテラ・オウロラム（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｕｌｏｒｕｍ）、プレボテラ・パレンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｌｅｎｓ）、プレボテラ・ルミニコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サリバーエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓａｌｉｖａｅ）、プレボテラ種ＢＩ＿４２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＢＩ＿４２）、プレボテラ種ＣＭ３８（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＣＭ３８）、プレボテラ種ＩＣＭ１（Ｐｒｅｖｏｔ���ｌｌａ  ｓｐ．ＩＣＭ１）、プレボテラ種ＩＣＭ５５（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＩＣＭ５５）、プレボテラ種ＪＣＭ  ６３３０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＪＣＭ  ６３３０）、プレボテラ種口腔クローンＡＡ０２０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＡ０２０）、プレボテラ種口腔クローンＡＳＣＧ１０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ１０）、プレボテラ種口腔クローンＡＳＣＧ１２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ１２）、プレボテラ種口腔クローンＡＵ０６９（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＵ０６９）、プレボテラ種口腔クローンＣＹ００（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＣＹ００６）、プレボテラ種口腔クローンＤＡ０５８（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＤＡ０５８）、プレボテラ種口腔クローンＦＬ０１９（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＬ０１９）、
プレボテラ種口腔クローンＦＵ０４８（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＵ０４８）、プレボテラ種口腔クローンＦＷ０３５（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＷ０３５）、プレボテラ種口腔クローンＧＩ０３０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＩ０３０）、プレボテラ種口腔クローンＧＩ０３２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＩ０３２）、プレボテラ種口腔クローンＧＩ０５９（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＩ０５９）、プレボテラ種口腔クローンＧＵ０２７（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＵ０２７）、プレボテラ種口腔クローンＨＦ０５０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＨＦ０５０）、プレボテラ種口腔クローンＩＤ０１９（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＤ０１９）、プレボテラ種口腔クローンＩＤＲ＿ＣＥＣ＿００５５（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＤＲ＿ＣＥＣ＿００５５）、プレボテラ種口腔クローンＩＫ０５３（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＫ０５３）、プレボテラ種口腔クローンＩＫ０６２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＫ０６２）、プレボテラ種口腔クローンＰ４ＰＢ＿８３  Ｐ２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ４ＰＢ＿８３  Ｐ２）、プレボテラ種口腔タクソン２９２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２９２）、プレボテラ種口腔タクソン２９９（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２９９）、プレボテラ種口腔タクソン３００（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３００）、プレボテラ種口腔タクソン３０２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３０２）、プレボテラ種口腔タクソン３１０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３１０）、プレボテラ種口腔タクソン３１７（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３１７）、プレボテラ種口腔タクソン４７２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ４７２）、プレボテラ種口腔タクソン７８１（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ７８１）、プレボテラ種口腔タクソン７８２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ７８２）、プレボテラ種口腔タクソンＦ６８（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ６８）、プレボテラ種口腔タクソンＧ６０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ６０）、プレボテラ種口腔タクソンＧ７０（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ７０）、プレボテラ種口腔タクソンＧ７１（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ７１）、プレボテラ種ＳＥＱ０５３（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＥＱ０５３）、プレボテラ種ＳＥＱ０６５（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＥＱ０６５）、プレボテラ種ＳＥＱ０７２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＥＱ０７２）、プレボテラ種ＳＥＱ１１６（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＥＱ１１６）、プレボテラ種ＳＧ１２（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ＳＧ１２）���プレボテラ種ｓｐ２４（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｓｐ２４）、プレボテラ種ｓｐ３４（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐ．ｓｐ３４）、プレボテラ・ステルコレア（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｅａ）、プレボテラ・タンネラエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔａｎｎｅｒａｅ）、プレボテラ・チモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・ベロラリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｖｅｒｏｒａｌｉｓ）、プレボテラ・ジェジュニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｊｅｊｕｎｉ）、プレボテラ・アウランティアカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ａｕｒａｎｔｉａｃａ）、プレボテラ・バーロニアエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｂａｒｏｎｉａｅ）、プレボテラ・コロランス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｌｏｒａｎｓ）、プレボテラ・コーポリス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｃｏｒｐｏｒｉｓ）、プレボテラ・デンタシニ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｄｅｎｔａｓｉｎｉ）、
プレボテラ・エノエカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｅｎｏｅｃａ）、プレボテラ・ファルセニイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｆａｌｓｅｎｉｉ）、プレボテラ・フスカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｆｕｓｃａ）、プレボテラ・ヘパリノリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｅｐａｒｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・ロエッシェイイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｌｏｅｓｃｈｅｉｉ）、プレボテラ・マルチサッカリボラックス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｕｌｔｉｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｘ）、プレボテラ・ナンセイエンシッス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｎａｎｃｅｉｅｎｓｉｓ）、プレボテラ・オリザエ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒｙｚａｅ）、プレボテラ・パルディビベンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐａｌｕｄｉｖｉｖｅｎｓ）、プレボテラ・プレウリチディス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｐｌｅｕｒｉｔｉｄｉｓ）、プレボテラ・ルミニコーラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ）、プレボテラ・サッカロリティカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃａ）、プレボテラ・スコポス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｃｏｐｏｓ）、プレボテラ・シャーヒイ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｈａｈｉｉ）、プレボテラ・ズーグレオフォルマンス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｚｏｏｇｌｅｏｆｏｒｍａｎｓ）、プレボテラセアエ・バクテリウムＰ４Ｐ＿６２  Ｐ１（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  Ｐ４Ｐ＿６２  Ｐ１）、プロクロロコッカス・マリナス（Ｐｒｏｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｒｉｎｕｓ）、プロピオニバクテリアセアエ・バクテリウムＮＭＬ  ０２＿０２６５（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ  ０２＿０２６５）、プロピオニバクテリウム・アシディプロピオニッチ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｉｄｉｐｒｏｐｉｏｎｉｃｉ）、プロピオニバクテリウム・アクネス（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）、プロピオニバクテリウム・アビダム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｖｉｄｕｍ）、プロピオニバクテリウム・フリューデンレイッヒイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｕｄｅｎｒｅｉｃｈｉｉ）、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）、プロピオニバクテリウム・ジェンセニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｊｅｎｓｅｎｉｉ）、プロピオニバクテリウム・プロピオニカム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｍ）、プロピオニバクテリウム種４３４＿ＨＣ２（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．４３４＿ＨＣ２）、プロピオニバクテリウム種Ｈ４５６（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｈ４５６）、プロピオニバクテリウム種ＬＧ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ＬＧ）、プロピオニバクテリウム種口腔タクソン１９２（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １９２）、プロピオニバクテリウム種Ｓ５５５ａ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．Ｓ５５５ａ）、プロピオニバクテリウム・ソエニイ（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｈｏｅｎｉｉ）、プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）、プロテウス・ペンネリ（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｐｅｎｎｅｒｉ）、プロテウス種ＨＳ７５１４（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｓｐ．ＨＳ７５１４）、プロテウス・ブルガリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｖｕｌｇａｒｉｓ）、プロビデンシア・アルカリファシエンス（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ａｌｃａｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、プロビデンシア・レットゲリ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｅｔｔｇｅｒｉ）、プロビデンシア・ラスティジアニイ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｒｕｓｔｉｇｉａｎｉｉ）、プロビデンシア・スチュアーティイ（Ｐｒｏｖｉｄｅｎｃｉａ  ｓｔｕａｒｔｉｉ）、シュードクラビバクター種Ｔｉｍｏｎｅ（Ｐｓｅｕｄｏｃｌａｖｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．Ｔｉｍｏｎｅ）、シュードフラボニフラクター・カピローサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）、シュードモナス・エルジノーサ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、
シュードモナス・フルオレッセンス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）、シュードモナス・ゲッサーディイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｇｅｓｓａｒｄｉｉ）、シュードモナス・メンドシナ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍｅｎｄｏｃｉｎａ）、シュードモナス・モンテイリイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｍｏｎｔｅｉｌｉｉ）、シュードモナス・ポアエ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｏａｅ）、シュードモナス・シュードアルカリゲネス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｓｅｕｄｏａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ）、シュードモナス・プチダ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ）、シュードモナス種２＿１＿２６（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．２＿１＿２６）、シュードモナス種Ｇ１２２９（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．Ｇ１２２９）、シュードモナス種ＮＰ５２２ｂ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＰ５２２ｂ）、シュードモナス・スタッツェリ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｓｔｕｔｚｅｒｉ）、シュードモナス・トラーシイ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｔｏｌａａｓｉｉ）、シュードモナス・ビリディフラバ（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｖｉｒｉｄｉｆｌａｖａ）、シュードラミバクター・アラクトリティクス（Ｐｓｅｕｄｏｒａｍｉｂａｃｔｅｒ  ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、サイクロバクター・アルチカス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｒｃｔｉｃｕｓ）、サイクロバクター・シバリウス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｉｂａｒｉｕｓ）、サイクロバクター・クリョハロレンティス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｒｙｏｈａｌｏｌｅｎｔｉｓ）、サイクロバクター・ファエカリス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、サイクロバクター・ニビマリス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｎｉｖｉｍａｒｉｓ）、サイクロバクター・プルモニス（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｐｕｌｍｏｎｉｓ）、サイクロバクター種１３９８３（Ｐｓｙｃｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．１３９８３）、ピラミドバクター・ピスコレンス（Ｐｙｒａｍｉｄｏｂａｃｔｅｒ  ｐｉｓｃｏｌｅｎｓ）、ラルストニア・ピケッティイ（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｐｉｃｋｅｔｔｉｉ）、ラルストニア種５＿７＿４７ＦＡＡ（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｐ．５＿７＿４７ＦＡＡ）、ラオウルテラ・オルニチノリティカ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｏｒｎｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃａ）、ラオウルテラ・プランティコーラ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｐｌａｎｔｉｃｏｌａ）、ラオウルテラ・テリジェナ（Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ  ｔｅｒｒｉｇｅｎａ）、ロドバクター種口腔タクソンＣ３０（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｃ３０）、ロドバクター・スファエロイデス（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐｈａｅｒｏｉｄｅｓ）、ロドコッカス・コリネバクテリオイデス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｏｉｄｅｓ）、ロドコッカス・エクイ（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ）、ロドコッカス・エリスロポリス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｒｙｔｈｒｏｐｏｌｉｓ）、ロドコッカス・ファシアンス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｓｃｉａｎｓ）、ロドシュードモナス・パルストリス（Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐａｌｕｓｔｒｉｓ）、リケッチア・アカリ（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ａｋａｒｉ）、リケッチア・コノーリイ（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｃｏｎｏｒｉｉ）、リケッチア・ロワゼキイ（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ）、リケッチア・リケッチイ（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｒｉｃｋｅｔｔｓｉｉ）、リケッチア・スロバカ（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｓｌｏｖａｃａ）、リケッチア・ティフィー（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｔｙｐｈｉ）、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ  ｐｅｏｒｉｅｎｓｉｓ）、ロゼブリア・セシコーラ（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｃｅｃｉｃｏｌａ）、ロゼブリア・ファエカリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃａｌｉｓ）、ロゼブリア・ファエシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｉｓ）、ロゼブリア・ホミニス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、ロゼブリア・インテスティナーリス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）、
ロゼブリア・イヌリニボランス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｉｎｕｌｉｎｉｖｏｒａｎｓ）、ロゼブリア種１１ＳＥ３７（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｓｐ．１１ＳＥ３７）、ロゼブリア種１１ＳＥ３８（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｓｐ．１１ＳＥ３８）、ロゼイフレクサス・キャステンホルツィイ（Ｒｏｓｅｉｆｌｅｘｕｓ  ｃａｓｔｅｎｈｏｌｚｉｉ）、ロゼオモナス・サービカリス（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｃｅｒｖｉｃａｌｉｓ）、ロゼオモナス・ミュコーサ（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｍｕｃｏｓａ）、ロゼオモナス種ＮＭＬ９４＿０１９３（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＭＬ９４＿０１９３）、ロゼオモナス種ＮＭＬ９７＿０１２１（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＭＬ９７＿０１２１）、ロゼオモナス種ＮＭＬ９８＿０００９（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＭＬ９８＿０００９）、ロゼオモナス種ＮＭＬ９８＿０１５７（Ｒｏｓｅｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＮＭＬ９８＿０１５７）、ロシア・アエリア（Ｒｏｔｈｉａ  ａｅｒｉａ）、ロシア・デントカリオーサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｄｅｎｔｏｃａｒｉｏｓａ）、ロシア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）、ロシア・ナシムリウム（Ｒｏｔｈｉａ  ｎａｓｉｍｕｒｉｕｍ）、ロシア種口腔タクソン１８８（Ｒｏｔｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １８８）、ルミノバクター・アミロフィラス（Ｒｕｍｉｎｏｂａｃｔｅｒ  ａｍｙｌｏｐｈｉｌｕｓ）、ルミノコッカセアエ・バクテリウムＤ１６（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  Ｄ１６）、ルミノコッカス・アルブス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ）、ルミノコッカス・ブローミイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・チャンパネレンシス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅｎｓｉｓ）、ルミノコッカス・フラベファシエンス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・ハンセニイ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）、ルミノコッカス・ラクタリス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ）、ルミノコッカス・オベウム（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ）、ルミノコッカス種１８Ｐ１３（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．１８Ｐ１３）、ルミノコッカス種５＿１＿３９ＢＦＡＡ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．５＿１＿３９ＢＦＡＡ）、ルミノコッカス種９ＳＥ５１（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．９ＳＥ５１）、ルミノコッカス種ＩＤ８（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＩＤ８）、ルミノコッカス種Ｋ＿１（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｋ＿１）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、サッカロモノスポラ・ビリディス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ  ｖｉｒｉｄｉｓ）、サルモネラ・ボンゴリ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｂｏｎｇｏｒｉ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔ���ｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・エンテリカ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ）、サルモネラ・ティフィムリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、サルモネラ・ティフィムリウム（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、サルシナ・ベントリクリ（Ｓａｒｃｉｎａ  ｖｅｎｔｒｉｃｕｌｉ）、スカルドビア・イノピナータ（Ｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｉｎｏｐｉｎａｔａ）、
スカルドビア・ウィッグシアエ（Ｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｗｉｇｇｓｉａｅ）、セグニリパルス・ロツンダス（Ｓｅｇｎｉｌｉｐａｒｕｓ  ｒｏｔｕｎｄｕｓ）、セグニリパルス・ルゴサス（Ｓｅｇｎｉｌｉｐａｒｕｓ  ｒｕｇｏｓｕｓ）、セレノモナス・アルテミディス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ａｒｔｅｍｉｄｉｓ）、セレノモナス・ダイアナエ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｄｉａｎａｅ）、セレノモナス・フリュゲイ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｆｌｕｅｇｇｅｉ）、セレノモナスゲノム種Ｃ１（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、セレノモナスゲノム種Ｃ２（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ２）、セレノモナスゲノム種Ｐ５（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ５）、セレノモナスゲノム種Ｐ６口腔クローンＭＢ３＿Ｃ４１（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ６  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｃ４１）、セレノモナスゲノム種口腔クローンＭＢ５＿Ｃ０８（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ７  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ５＿Ｃ０８）、セレノモナスゲノム種Ｐ８口腔クローンＭＢ５＿Ｐ０６（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ８  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ５＿Ｐ０６）、セレノモナス・インフェリクス（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｉｎｆｅｌｉｘ）、セレノモナス・ノキシア（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｎｏｘｉａ）、セレノモナス・ルミナンティウム（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ）、セレノモナス種ＦＯＢＲＣ９（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＦＯＢＲＣ９）、セレノモナス種口腔クローンＦＴ０５０（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＴ０５０）、セレノモナス種口腔クローンＧＩ０６４（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＩ０６４）、セレノモナス種口腔クローンＧＴ０１０（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＴ０１０）、セレノモナス種口腔クローンＨＵ０５１（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＨＵ０５１）、セレノモナス種口腔クローンＩＫ００４（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＫ００４）、セレノモナス種口腔クローンＩＱ０４８（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＩＱ０４８）、セレノモナス種口腔クローンＪＩ０２１（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＩ０２１）、セレノモナス種口腔クローンＪＳ０３１（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＳ０３１）、セレノモナス種口腔クローンＯＨ４Ａ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＯＨ４Ａ）、セレノモナス種口腔クローンＰ２ＰＡ＿８０  Ｐ４（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ２ＰＡ＿８０  Ｐ４）、セレノモナス種口腔タクソン１３７（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １３７）、セレノモナス種口腔タクソン１４９（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １４９）、セレノモナス・スピュチゲナ（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ  ｓｐｕｔｉｇｅｎａ）、セラチア・フォンティコーラ（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｆｏｎｔｉｃｏｌａ）、セラチア・リクファシエ��ス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、セラチア・マルセッセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、セラチア・オドリフェラ（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｏｄｏｒｉｆｅｒａ）、セラチア・プロテアマキュランス（Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｐｒｏｔｅａｍａｃｕｌａｎｓ）、シューワネラ・プトレファシエンス（Ｓｈｅｗａｎｅｌｌａ  ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ）、シゲラ・ボイディイ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｂｏｙｄｉｉ）、シゲラ・ディセンテリアエ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ）、シゲラ・フレクスネリ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ）、シゲラ・ソンネイ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｓｏｎｎｅｉ）、シャトレワーシア・サテレス（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ  ｓａｔｅｌｌｅｓ）、シャトレワーシア種ＭＳＸ８Ｂ（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ  ｓｐ．ＭＳＸ８Ｂ）、
シャトレワーシア種口腔タクソンＧ６９（Ｓｈｕｔｔｌｅｗｏｒｔｈｉａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ６９）、シモンシエラ・ムエレリ（Ｓｉｍｏｎｓｉｅｌｌａ  ｍｕｅｌｌｅｒｉ）、スラッキア・エクオリファシエンス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｅｑｕｏｌｉｆａｃｉｅｎｓ）、スラッキア・エキシグア（Ｓｌａｃｋｉａ  ｅｘｉｇｕａ）、スラッキア・ファエシカニス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｆａｅｃｉｃａｎｉｓ）、スラッキア・ヘリオトリニレデューセンス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｈｅｌｉｏｔｒｉｎｉｒｅｄｕｃｅｎｓ）、スラッキア・イソフラボニコンベルテンス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｉｓｏｆｌａｖｏｎｉｃｏｎｖｅｒｔｅｎｓ）、スラッキア・ピリホルミス（Ｓｌａｃｋｉａ  ｐｉｒｉｆｏｒｍｉｓ）、スラッキア種ＮＡＴＴＳ（Ｓｌａｃｋｉａ  ｓｐ．ＮＡＴＴＳ）、サロバクテリウム・ムーレイ（Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｏｒｅｉ）、スフィンゴバクテリウム・フェシウム（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆａｅｃｉｕｍ）、スフィンゴバクテリウム・ミズタイイ（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｉｚｕｔａｉｉ）、スフィンゴバクテリウム・マルチボラム（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｕｌｔｉｖｏｒｕｍ）、スフィンゴバクテリウム・スピリティボラム（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｉｒｉｔｉｖｏｒｕｍ）、スフィンゴモナス・エキノイデス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｅｃｈｉｎｏｉｄｅｓ）、スフィンゴモナス種口腔クローンＦＩ０１２（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｓｐ  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＩ０１２）、スフィンゴモナス種口腔クローンＦＺ０１６（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＦＺ０１６）、スフィンゴモナス種口腔タクソンＡ０９（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ａ０９）、スフィンゴモナス種口腔タクソンＦ７１（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ７１）、スフィンゴピキシス・アラスケンシス（Ｓｐｈｉｎｇｏｐｙｘｉｓ  ａｌａｓｋｅｎｓｉｓ）、スプロプラズマ・インソリタム（Ｓｐｉｒｏｐｌａｓｍａ  ｉｎｓｏｌｉｔｕｍ）、スポロバクター・ターミティディス（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｔｅｒｍｉｔｉｄｉｓ）、スポロラクトバチルス・イヌリナス（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｉｎｕｌｉｎｕｓ）、スポロラクトバチルス・ナカヤマエ（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｎａｋａｙａｍａｅ）、スポロサルシナ・ニューヨーケンシス（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ  ｎｅｗｙｏｒｋｅｎｓｉｓ）、スポロサルシナ種２６８１（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ  ｓｐ．２６８１）、スタフィロコッカセアエ・バクテリウムＮＭＬ  ９２＿００１７（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ  ９２＿００１７）、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）、スタフィロコッカス・アウリクラーリス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｉｃｕｌａｒｉｓ）、スタフィロコッカス・カピティス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｉｔｉｓ）、スタフィロコッカス・カプラエ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｐｒａｅ）、スタフィロコッカス・カルノーサス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｒｎｏｓｕｓ）、スタフィロコッカス・コーニイ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｈｎｉｉ）、スタフィロコッカス・コンディメンティ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｄｉｍｅｎｔｉ）、スタフィロコッカス・エピデルミディス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）、スタフィロコッカス・エクオルム（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｏｒｕｍ）、スタフィロコッカス・フレウレッティイ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌｅｕｒｅｔｔｉｉ）、スタフィロコッカス・ヘモリティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・ホミニス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｈｏｍｉｎｉｓ）、スタフィロコッカス・ルグドゥネンシス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｇｄｕｎｅｎｓｉｓ）、スタフィロコッカス・パステウリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉ）、
スタフィロコッカス・シュードインターメディウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、スタフィロコッカス・サッカロリティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｃｃｈａｒｏｌｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・サプロフィティカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｐｒｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、スタフィロコッカス・シウリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｃｉｕｒｉ）、スタフィロコッカス種クローンｂｏｔｔａｅ７（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｃｌｏｎｅ  ｂｏｔｔａｅ７）、スタフィロコッカス種Ｈ２９２（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｈ２９２）、スタフィロコッカス種Ｈ７８０（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｈ７８０）、スタフィロコッカス・サクシヌス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｃｉｎｕｓ）、スタフィロコッカス・ビツリヌス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｔｕｌｉｎｕｓ）、スタフィロコッカス・ワーネリ（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｗａｒｎｅｒｉ）、スタフィロコッカス・キシローサス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｘｙｌｏｓｕｓ）、ステノトロホモナス・マルトフィリア（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｍａｌｔｏｐｈｉｌｉａ）、ステノトロホモナス種ＦＧ＿６（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ＦＧ＿６）、ストレプトバチルス・モニリフォルミス（Ｓｔｒｅｐｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｏｎｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）、ストレプトコッカス・アガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・アラクトリティカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカス・アンギノーサス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｎｇｉｎｏｓｕｓ）、ストレプトコッカス・アウストラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｓｔｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ボビス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｏｖｉｓ）、ストレプトコッカス・カニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｎｉｓ）、ストレプトコッカス・コンステラタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｎｓｔｅｌｌａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・クリスタタス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｒｉｓｔａｔｕｓ）、ストレプトコッカス・ダウネイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｏｗｎｅｉ）、ストレプトコッカス・ディスガラクティアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｄｙｓｇａｌａｃｔｉａｅ）、ストレプトコッカス・エクイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉ）、ストレプトコッカス・エクイナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ガロリティカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇａｌｌｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ１（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ２）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ３（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ３）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ４）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ５）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ６）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ７（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ７）、ストレプトコッカスゲノム種Ｃ８（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ８）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｏｒｄｏｎｉｉ）、ストレプトコッカス・インファンタリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・インファンティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ストレプトコッカス・インターメディウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ）、ストレプトコッカス・ルテティエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌｕｔｅｔｉｅｎｓｉｓ）、ストレプトコッカス・マッシリエンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、
ストレプトコッカス・ミレリ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｌｌｅｒｉ）、ストレプトコッカス・ミティス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｉｔｉｓ）、ストレプトコッカス・ミュータンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｍｕｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・オリゴフェルメンタンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｌｉｇｏｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）、ストレプトコッカス・オラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｒａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ペロリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｅｒｏｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・ポルシナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｏｒｃｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・シュードニューモニアエ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、ストレプトコッカス・シュードポルシヌス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｓｅｕｄｏｐｏｒｃｉｎｕｓ）、ストレプトコッカス・ピオゲネス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ストレプトコッカス・ラッティ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｒａｔｔｉ）、ストレプトコッカス・サリバリウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｌｉｖａｒｉｕｓ）、ストレプトコッカス・サングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、ストレプトコッカス・サイネンシス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｉｎｅｎｓｉｓ）、ストレプトコッカス種１６３６２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．１６３６２）、ストレプトコッカス種２＿１＿３６ＦＡＡ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．２＿１＿３６ＦＡＡ）、ストレプトコッカス種２２８５＿９７（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．２２８５＿９７）、ストレプトコッカス種６９１３０（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．６９１３０）、ストレプトコッカス種ＡＣ１５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＡＣ１５）、ストレプトコッカス種ＡＣＳ２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＡＣＳ２）、ストレプトコッカス種ＡＳ２０（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＡＳ２０）、ストレプトコッカス種ＢＳ３５ａ（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＢＳ３５ａ）、ストレプトコッカス種Ｃ１５０（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｃ１５０）、ストレプトコッカス種ＣＭ６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＣＭ６）、ストレプトコッカス種ＣＭ７（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＣＭ７）、ストレプトコッカス種ＩＣＭ１０（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＩＣＭ１０）、ストレプトコッカス種ＩＣＭ１２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＩＣＭ１２）、ストレプトコッカス種ＩＣＭ２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＩＣＭ２）、ストレプトコッカス種ＩＣＭ４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＩＣＭ４）、ストレプトコッカス種ＩＣＭ４５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＩＣＭ４５）、ストレプトコッカス種Ｍ１４３（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｍ１４３）、ストレプトコッカス種Ｍ３３４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．Ｍ３３４）、ストレプトコッカス種ＯＢＲＣ６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＯＢＲＣ６）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＢ０２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＢ０２）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＡ０３（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＡ０３）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＡ０４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＡ０４）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＡ０９（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＡ０９）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＢ０４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＢ０４）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＢ０６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＢ０６）、
ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＣ０４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＣ０４）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＣ０５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＣ０５）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＣ１２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＣ１２）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＤ０１（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＤ０１）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＤ０９（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＤ０９）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＤ１０（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＤ１０）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ０３（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ０３）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ０４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ０４）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ０５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ０５）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ０６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ０６）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ０９（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ０９）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ１０（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ１０）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＥ１２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＥ１２）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＦ０５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ０５）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＦ０７（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ０７）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＦ０９（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＦ０９）、ストレプトコッカス種口腔クローンＡＳＣＧ０４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ０４）、ストレプトコッカス種口腔クローンＢＷ００９（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＢＷ００９）、ストレプトコッカス種口腔クローンＣＨ０１６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＣＨ０１６）、ストレプトコッカス種口腔クローンＧＫ０５１（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＫ０５１）、ストレプトコッカス種口腔クローンＧＭ００６（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＧＭ００６）、ストレプトコッカス種口腔クローンＰ２ＰＡ＿４１  Ｐ２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ２ＰＡ＿４１  Ｐ２）、ストレプトコッカス種口腔クローンＰ４ＰＡ＿３０  Ｐ４（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ４ＰＡ＿３０  Ｐ４）、ストレプトコッカス種口腔タクソン０７１（Ｓｔｒｅ���ｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ０７１）、ストレプトコッカス種口腔タクソンＧ５９（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ５９）、ストレプトコッカス種口腔タクソンＧ６２（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ６２）、ストレプトコッカス種口腔タクソンＧ６３（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ６３）、ストレプトコッカス種ＳＨＶ５１５（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ＳＨＶ５１５）、ストレプトコッカス・スイス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｉｓ）、ストレプトコッカス・サーモフィラス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、
ストレプトコッカス・ユベリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｂｅｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ウリナリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｕｒｉｎａｌｉｓ）、ストレプトコッカス・ベスティブラリス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｅｓｔｉｂｕｌａｒｉｓ）、ストレプトコッカス・ビリダンス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｖｉｒｉｄａｎｓ）、ストレプトマイセス・アルブス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ａｌｂｕｓ）、ストレプトマイセス・グリセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｇｒｉｓｅｕｓ）、ストレプトマイセス種１  ＡＩＰ＿２００９（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．１  ＡＩＰ＿２００９）、ストレプトマイセス種ＳＤ  ５１１（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＳＤ  ５１１）、ストレプトマイセス種ＳＤ  ５２４（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＳＤ  ５２４）、ストレプトマイセス種ＳＤ  ５２８（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＳＤ  ５２８）、ストレプトマイセス種ＳＤ  ５３４（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．ＳＤ  ５３４）、ストレプトマイセス・サーモビオラセウス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｔｈｅｒｍｏｖｉｏｌａｃｅｕｓ）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ  ｖａｒｉａｂｉｌｅ）、サクシナティモナス・ヒッペイ（Ｓｕｃｃｉｎａｔｉｍｏｎａｓ  ｈｉｐｐｅｉ）、ステレラ・モルビレニス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｒｅｎｉｓ）、ステレラ・パルビルブラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｐａｒｖｉｒｕｂｒａ）、ステレラ・サングイヌス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓａｎｇｕｉｎｕｓ）、ステレラ種ＹＩＴ  １２０７２（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｐ．ＹＩＴ  １２０７２）、ステレラ・ステルコリカニス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｃａｎｉｓ）、ステレラ・ワズワースエンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）、シネルギステスゲノム種Ｃ１（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｓ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｃ１）、シネルギステス種ＲＭＡ  １４５５１（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｓ  ｓｐ．ＲＭＡ  １４５５１）、シンネルギステテス・バクテリウムＡＤＶ８９７（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＡＤＶ８９７）、シンネルギステテス・バクテリウムＬＢＶＣＭ１１５７（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＬＢＶＣＭ１１５７）、シンネルギステテス・バクテリウム口腔タクソン３６２（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ３６２）、シンネルギステテス・バクテリウム口腔タクソンＤ４８（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｄ４８）、シントロフォコッカス・スクロミュータンス（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｕｃｒｏｍｕｔａｎｓ）、シントロホモナダセアエゲノム種Ｐ１（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１）、タネレラ・フォーサイシア（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｆｏｒｓｙｔｈｉａ）、タネレラ種６＿１＿５８ＦＡＡ＿ＣＴ１（Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ  ｓｐ．６＿１＿５８ＦＡＡ＿ＣＴ１）、タトロキア・ミクダデイ（Ｔａｔｌｏｃｋｉａ  ｍｉｃｄａｄｅｉ）、テイタメラ・ティセオス（Ｔａｔｕｍｅｌｌａ  ｐｔｙｓｅｏｓ）、テサラコッカス種口腔タクソンＦ０４（Ｔｅｓｓａｒａｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｆ０４）、テトラジェノコッカス・ハロフィラス（Ｔｅｔｒａｇｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｈａｌｏｐｈｉｌｕｓ）、テトラジェノコッカス・コーリエンシス（Ｔｅｔｒａｇｅｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、サーモアナエロバクター・シュードエタノリクス（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｐｓｅｕｄｅｔｈａｎｏｌｉｃｕｓ）、サーモビフィダ・フスカ（Ｔｈｅｒｍｏｂｉｆｉｄａ  ｆｕｓｃａ）、サーモフィラム・ペンデンス（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｌｕｍ  ｐｅｎｄｅｎｓ）、サームス・エクアティカス（Ｔｈｅｒｍｕｓ  ａｑｕａｔｉｃｕｓ）、ティセレラ・プラエアキュータ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ）、トラブルシエラ・グアメンシス（Ｔｒａｂｕｌｓｉｅｌｌａ  ｇｕａｍｅｎｓｉｓ）、
トレポネーマ・デンティコーラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｄｅｎｔｉｃｏｌａ）、トレポネーマゲノム種Ｐ１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１）、トレポネーマゲノム種Ｐ４口腔クローンＭＢ２＿Ｇ１９（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ４  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ２＿Ｇ１９）、トレポネーマゲノム種Ｐ５口腔クローンＭＢ３＿Ｐ２３（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ５  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ３＿Ｐ２３）、トレポネーマゲノム種Ｐ６口腔クローンＭＢ４＿Ｇ１１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ６  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ４＿Ｇ１１）、トレポネーマ・レシチノリティカム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｌｅｃｉｔｈｉｎｏｌｙｔｉｃｕｍ）、トレポネーマ・パリダム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ）、トレポネーマ・パーブム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｒｖｕｍ）、トレポネーマ・ファゲデニス（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐｈａｇｅｄｅｎｉｓ）、トレポネーマ・プティダム（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐｕｔｉｄｕｍ）、トレポネーマ・レフリンゲンス（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｒｅｆｒｉｎｇｅｎｓ）、トレポネーマ・ソクランスキイ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｏｃｒａｎｓｋｉｉ）、トレポネーマ種６：Ｈ：Ｄ１５Ａ＿４（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．６：Ｈ：Ｄ１５Ａ＿４）、トレポネーマ種クローンＤＤＫＬ＿４（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｃｌｏｎｅ  ＤＤＫＬ＿４）、トレポネーマ種口腔クローンＪＵ０２５（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＵ０２５）、トレポネーマ種口腔クローンＪＵ０３１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＪＵ０３１）、トレポネーマ種口腔クローンＰ２ＰＢ＿５３  Ｐ３（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  Ｐ２ＰＢ＿５３  Ｐ３）、トレポネーマ種口腔タクソン２２８（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２２８）、トレポネーマ種口腔タクソン２３０（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２３０）、トレポネーマ種口腔タクソン２３１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２３１）、トレポネーマ種口腔タクソン２３２（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２３２）、トレポネーマ種口腔タクソン２３５（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２３５）、トレポネーマ種口腔タクソン２３９（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２３９）、トレポネーマ種口腔タクソン２４７（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２４７）、トレポネーマ種口腔タクソン２５０（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２５０）、トレポネーマ種口腔タクソン２５１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２５１）、トレポネーマ種口腔タクソン２５４（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２５４）、トレポネーマ種口腔タクソン２６５（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２６５）、トレポネーマ種口腔タクソン２７０（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２７０）、トレポネーマ種口腔タクソン２７１（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ２７１）、トレポネーマ種口腔タクソン５０８（Ｔ��ｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ５０８）、トレポネーマ種口腔タクソン５１８（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  ５１８）、トレポネーマ種口腔タクソンＧ８５（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  Ｇ８５）、トレポネーマ種オビンフットロット（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｓｐ．ｏｖｉｎｅ  ｆｏｏｔｒｏｔ）、トレポネーマ・ビンセンティ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｖｉｎｃｅｎｔｉｉ）、トロフェリマ・ホイップレイ（Ｔｒｏｐｈｅｒｙｍａ  ｗｈｉｐｐｌｅｉ）、トゥルエペレラ・ピオゲネス（Ｔｒｕｅｐｅｒｅｌｌａ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、ツカムレラ・パウロメタボラ（Ｔｓｕｋａｍｕｒｅｌｌａ  ｐａｕｒｏｍｅｔａｂｏｌａ）、ツカムレラ・チロシノソルベンス（Ｔｓｕｋａｍｕｒｅｌｌａ  ｔｙｒｏｓｉｎｏｓｏｌｖｅｎｓ）、ツリシバクター・サングイニス（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｎｇｕｉｎｉｓ）、
ウレアプラズマ・パルハム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｐａｒｖｕｍ）、ウレアプラズマ・ウレアリティカム（Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ）、ウレイバチルス・コムポスティ（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｏｍｐｏｓｔｉ）、ウレイバチルス・スウォネンシス（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｗｏｎｅｎｓｉｓ）、ウレイバチルス・テレナス（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｅｒｒｅｎｕｓ）、ウレイバチルス・サーモフィルス（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ウレイバチルス・サーモスファエリカス（Ｕｒｅｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、バゴコッカス・フルビアリス（Ｖａｇｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ａｔｙｐｉｃａ）、ベイロネラ・ディスパー（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）、ベイロネラゲノム種Ｐ１口腔クローンＭＢ５＿Ｐ１７（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｇｅｎｏｍｏｓｐ．Ｐ１  ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＭＢ５＿Ｐ１７）、ベイロネラ・モンペリエレンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｍｏｎｔｐｅｌｌｉｅｒｅｎｓｉｓ）、ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）、ベイロネラ種３＿１＿４４（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．３＿１＿４４）、ベイロネラ種６＿１＿２７（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．６＿１＿２７）、ベイロネラ種ＡＣＰ１（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＡＣＰ１）、ベイロネラ種ＡＳ１６（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＡＳ１６）、ベイロネラ種ＢＳ３２ｂ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＢＳ３２ｂ）、ベイロネラ種ＩＣＭ５１ａ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＩＣＭ５１ａ）、ベイロネラ種ＭＳＡ１２（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＭＳＡ１２）、ベイロネラ種ＮＶＧ  １００ｃｆ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＮＶＧ  １００ｃｆ）、ベイロネラ種ＯＫ１１（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ＯＫ１１）、ベイロネラ種口腔クローンＡＳＣＡ０８（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＡ０８）、ベイロネラ種口腔クローンＡＳＣＢ０３（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＢ０３）、ベイロネラ種口腔クローンＡＳＣＧ０１（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ０１）、ベイロネラ種口腔クローンＡＳＣＧ０２（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＡＳＣＧ０２）、ベイロネラ種口腔クローンＯＨ１Ａ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｃｌｏｎｅ  ＯＨ１Ａ）、ベイロネラ種口腔タクソン１５８（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １５８）、ベイロネラセアエ・バクテリウム口腔タクソン１３１（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １３１）、ベイロネラセアエ・バクテリウム口腔タクソン１５５（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｏｒａｌ  ｔａｘｏｎ  １５５）、ビブリオ・コレラエ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）、ビブリオ・フラビアリス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ）、ビブリオ・ファーニッシイ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｕｒｎｉｓｓｉｉ）、ビブリオ・ミミカス（��ｉｂｒｉｏ  ｍｉｍｉｃｕｓ）、ビブリオ・パラヘモリティカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ）、ビブリオ種ＲＣ３４１（Ｖｉｂｒｉｏ  ｓｐ．ＲＣ３４１）、ビブリオ・バルニフィカス（Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ）、ビクチバラセアエ・バクテリウムＮＭＬ  ０８００３５（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ  ０８００３５）、ビクチバリス・バデンシス（Ｖｉｃｔｉｖａｌｌｉｓ  ｖａｄｅｎｓｉｓ）、バルジバチルス・プローミイ（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｒｏｏｍｉｉ）、ワイセラ・ベニネンシス（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｂｅｎｉｎｅｎｓｉｓ）、ワイセラ・シバリア（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｉｂａｒｉａ）、ワイセラ・コンフサ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓａ）、ワイセラ・ヘレニカ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｈｅｌｌｅｎｉｃａ）、ワイセラ・カンドレリ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋａｎｄｌｅｒｉ）、ワイセラ・コレンシス（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｋｏｒｅｅｎｓｉｓ）、ワイセラ・パラメセンテロイデス（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｐａｒａｍｅｓｅｎｔｅｒｏｉｄｅｓ）、
ワイセラ種ＫＬＤＳ  ７．０７０１（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｓｐ．ＫＬＤＳ  ７．０７０１）、ワイセラ・サクシノゲネス（Ｗｏｌｉｎｅｌｌａ  ｓｕｃｃｉｎｏｇｅｎｅｓ）、キサントモナダセアエ・バクテリウムＮＭＬ  ０３＿０２２２（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＮＭＬ  ０３＿０２２２）、キサントモナス・キャンペストリス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ）、キサントモナス種ｋｍｄ＿４８９（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｓｐ．ｋｍｄ＿４８９）、キセノフィルス・アエロラータス（Ｘｅｎｏｐｈｉｌｕｓ  ａｅｒｏｌａｔｕｓ）、エルシニア・アルドバーエ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ａｌｄｏｖａｅ）、エルシニア・アレクシシアエ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ａｌｅｋｓｉｃｉａｅ）、エルシニア・ベルコビエリ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｂｅｒｃｏｖｉｅｒｉ）、エルシニア・エンテロコリティカ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、エルシニア・フレデリクセニイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｆｒｅｄｅｒｉｋｓｅｎｉｉ）、エルシニア・インターメディア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａ）、エルシニア・クリステンセニイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｋｒｉｓｔｅｎｓｅｎｉｉ）、エルシニア・モラレッティイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｍｏｌｌａｒｅｔｉｉ）、エルシニア・ペスティス（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ）、エルシニア・シュードツベルクローシス（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）、エルシニア・ローデイ（Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｒｏｈｄｅｉ）、ヨケネラ・レジェンスブルゲイ（Ｙｏｋｅｎｅｌｌａ  ｒｅｇｅｎｓｂｕｒｇｅｉ）、ジマーマンネラ・ビフィダ（Ｚｉｍｍｅｒｍａｎｎｅｌｌａ  ｂｉｆｉｄａ）、ザイモモナス・モビリス（Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ  ｍｏｂｉｌｉｓ）、ブラウティア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パラクロストリジウム・ベンゾエリチカム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ）、ディエルマ・ファスティドーサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ロンギカテナ・カエシムリス（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、及びベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）に由来する、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記ＥＶ及び前記細菌は同一の種又は株に由来する、請求項１１に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記ＥＶ及び前記細菌は異なる種又は株に由来する、請求項１１に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
前記医薬組成物は経口送達用に製剤化されている、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
前記組成物は追加の治療薬をさらに含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
前記追加の治療薬は癌治療薬である、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項１７】
前記癌治療薬は化学療法剤を含む、請求項１６に記載の医薬組成物。
【請求項１８】
前記化学療法剤が、チオテパ、シクロホスファミド、ブスルファン、インプロスルファン、ピポスルファン、ベンゾドパ、カルボコン、メツレドーパ、ウレドパ、アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、トリメチロメラミン、ブラタシン、ブラタシノン、カンプトテシン、トポテカン、ブリオスタチン、カリスタチン、ＣＣ−１０６５、クリプトフィシン１、クリプトフィシン８、ドラスタチン、デュオカルマイシン、エリュテロビン、パンクラチスタチン、サルコジクチン、スポンギスタチン、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムヌスチン、カリケアマイシン、ダイネマイシン、クロドロネート、エスペラマイシン、ネオカルジノスタチン発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ぺプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン、フォリン酸、アセグラトン、アルドホスファミドグリコシド、アミノレブリン酸、エニルウラシル、アムサクリン、ベストラブシル、ビサントレン、エダトラキサート、デフォファミン、デメコルシン、ジアジコン、エルホルミチン、酢酸エリプチニウム、エポチロン、エトグルシド、硝酸ガリウム、ヒドロキシ尿素、レンチナン、ロニダイニン、メイタンシン、アンサミトシン、ミトグアゾン、ミトキサントロン、モピダンモール、ニトラエリン、ペントスタチン、フェナメット、ピラルビシン、ロソキサントロン、ポドフィリン酸、２−エチルヒドラジド、プロカルバジン、ＰＳＫ多糖複合体、ラゾキサン、リゾキシン、シゾフラン、スピロゲルマニウム、テヌアゾン酸、トリアジコン、２，２’、２’’−トリクロロトリエチルアミン、トリコテセン、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、アンギジン、ウレタン、ビンデシン、ダカルバジン、マンノムスチン、ミトブロニトール、ミトラクトール、ピポブロマン、ガシトシン、アラビノシド、シクロホスファミド、チオテパ、パクリタキセル、ドキセタキセル、クロラムブシル、ゲムシタビン、６−チオグアニン、メルカプトプリン、メトトレキサート、シスプラチン、オキサリプラチン、カルボプラチン、ビンブラスチン、白金、エトポシド、イホスファミド、ミトキサントロン、ビンクリスチン、ビノレルビン、ノバントロン、テニポシド、エダトレキサート、ダウノマイシン、アミノプテリン、ゼローダ、イバンドロネート、イリノテカン、ＲＦＳ  ２０００、ジフルオロメチルオミチン、レチノイン酸、及びカペシタビンからなる群から選択される、請求項１７に記載の医薬組成物。
【請求項１９】
前記癌治療薬は癌免疫療法剤を含む、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２０】
前記癌免疫療法剤は免疫チェックポイント阻害剤を含む、請求項１９に記載の医薬組成物。
【請求項２１】
前記免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質に特異的に結合する抗体又はその抗原結合断片である、請求項２０に記載の医薬組成物。
【請求項２２】
前記免疫チェックポイントタンパク質は、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＴＩＭ−３、又はＶＩＳＴＡからなる群から選択される、請求項２１に記載の医薬組成物。
【請求項２３】
前記免疫チェックポイント阻害剤は、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピディリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、及びＳＴＩ−Ａ１０１０からなる群から選択される、請求項２０に記載の医薬組成物。
【請求項２４】
前記癌免疫療法剤は癌特異的抗体又はその抗原結合断片を含む、請求項１９〜２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２５】
前記癌特異的抗体又はその抗原結合断片が、癌関連抗原に特異的に結合する、請求項２４に記載の医薬組成物。
【請求項２６】
前記癌関連抗原が、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１、２、８、ＧＡＧＥ−３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐｌ００／Ｐｍｅｌｌ７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ  １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、及びＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａからなる群から選択される、請求項２５に記載の医薬組成物。
【請求項２７】
前記癌関連抗原が新抗原である、請求項２６に記載の医薬組成物。
【請求項２８】
前記癌免疫療法剤は癌ワクチンを含む、請求項１９〜２７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２９】
前記癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープを含むポリペプチドを含む、請求項２８に記載の医薬組成物。
【請求項３０】
前記癌関連抗原は、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリン−Ａ１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１，２，８、ＧＡＧＥ−３，４，５，６，７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐ１００／Ｐｍｅｌ１７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒα２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても既知であるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、レングシン、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、メロエ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ネオ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲα融合タンパク質、多形性上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、セセルニン１、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、及びＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａからなる群から選択される、請求項２９に記載の医薬組成物。
【請求項３１】
前記癌関連抗原はネオ抗原である、請求項２９に記載の医薬組成物。
【請求項３２】
前記ポリペプチドは融合タンパク質である、請求項２９〜３１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３３】
前記癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープをコードする核酸を含む、請求項２８に記載の医薬組成物。
【請求項３４】
前記癌関連抗原が、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１、２、８、ＧＡＧＥ−３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐｌ００／Ｐｍｅｌｌ７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ  １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、及びＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａからなる群から選択される、請求項３３に記載の医薬組成物。
【請求項３５】
前記癌関連抗原が新抗原である、請求項３３に記載の医薬組成物。
【請求項３６】
前記核酸がＤＮＡである、請求項３３〜３５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３７】
前記核酸がＲＮＡである、請求項３３〜３５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項３８】
前記ＲＮＡがｍＲＮＡである、請求項３７に記載の医薬組成物。
【請求項３９】
前記核酸がベクター内にある、請求項３６〜３８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４０】
前記ベクターが細菌ベクターである、請求項３９に記載の医薬組成物。
【請求項４１】
前記細菌ベクターが、マイコバクテリウム・ボビス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｏｖｉｓ）（ＢＣＧ）、サルモネラ・ティフィムリウム亜種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  Ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ  ｓｓｐ．）、サルモネラ・ティフィ亜種（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  Ｔｙｐｈｉ  ｓｓｐ．）、クロストリジウム種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐ．）胞子、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）Ｎｉｓｓｌｅ  １９１７、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）Ｋ−１２／ＬＬＯ、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）、及びフレクスナー赤痢菌（Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ）からなる群から選択される、請求項４０に記載の医薬組成物。
【請求項４２】
前記ベクターがウイルスベクターである、請求項３９に記載の医薬組成物。
【請求項４３】
前記ウイルスベクターが、ワクシニア、アデノウイルス、ＲＮＡウイルス、及び複製欠損アビポックス、複製欠損鶏糞痘、複製欠損カナリア膵痘、複製欠損ＭＶＡ、及び複製欠損アデノウイルスからなる群から選択される、請求項４２に記載の医薬組成物。
【請求項４４】
前記免疫療法剤が、癌特異的抗原で初回抗原刺激された抗原提示細胞（ＡＰＣ）を含む、請求項１９〜４３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４５】
前記ＡＰＣが樹状細胞、マクロファージ、又はＢ細胞である、請求項４４に記載の医薬組成物。
【請求項４６】
前記癌関連抗原は、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリン−Ａ１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１，２，８、ＧＡＧＥ−３，４，５，６，７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐ１００／Ｐｍｅｌ１７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒα２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても既知であるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、レングシン、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、メロエ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ネオ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲα融合タンパク質、多形性上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、セセルニン１、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、及びＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａからなる群から選択される、請求項４４又は４５に記載の医薬組成物。
【請求項４７】
前記癌関連抗原はネオ抗原である、請求項４４又は４５に記載の医薬組成物。
【請求項４８】
前記免疫療法剤は癌特異的キメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）を含む、請求項１９〜４７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項４９】
前記ＣＡＲをＴ細胞の表面に投与する、請求項４８に記載の医薬組成物。
【請求項５０】
前記ＣＡＲは癌関連抗原に特異的に結合する、請求項４８又は４９に記載の医薬組成物。
【請求項５１】
前記癌関連抗原が、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１、２、８、ＧＡＧＥ−３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐｌ００／Ｐｍｅｌｌ７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ  １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、及びＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａからなる群から選択される、請求項５０に記載の医薬組成物。
【請求項５２】
前記癌関連抗原が新抗原である、請求項４９に記載の医薬組成物。
【請求項５３】
前記免疫療法剤は癌特異的Ｔ細胞を含む、請求項１９〜５２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５４】
前記Ｔ細胞はＣＤ４＋Ｔ細胞である、請求項５３に記載の医薬組成物。
【請求項５５】
前記ＣＤ４＋Ｔ細胞は、ＴＨ１  Ｔ細胞、ＴＨ２  Ｔ細胞、又はＴＨ１７  Ｔ細胞である、請求項５４に記載の医薬組成物。
【請求項５６】
前記Ｔ細胞は癌関連抗原に特異的なＴ細胞レセプターを発現する、請求項５３〜５５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５７】
前記癌関連抗原が、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１、２、８、ＧＡＧＥ−３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐｌ００／Ｐｍｅｌｌ７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ  １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、及びＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａからなる群から選択される、請求項５６に記載の医薬組成物。
【請求項５８】
前記免疫療法剤は免疫活性化タンパク質を含む、請求項１９〜５７のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５９】
前記免疫活性化タンパク質はサイトカイン又はケモカインである、請求項５８に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
前記免疫活性化タンパク質が、Ｂリンパ球化学誘引物質（「ＢＬＣ」）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１１（「エオタキシン１」）、好酸球走化性タンパク質２（「エオタキシン２」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、１−３０９、細胞間接着分子１（「ＩＣＡＭ−１」）、インターフェロンα（「ＩＦＮ−α」）、インターフェロンβ（「ＩＦＮ−β」）、インターフェロンγ（「ＩＦＮ−γ」）、インターロイキン−１α（「ＩＬ−１α」、インターロイキン−１β（「ＩＬ−１β」、インターロイキン１受容体アンタゴニスト（「ＩＬ−１  ｒａ」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−４（「ＩＬ−４」）、インターロイキン−５（「ＩＬ−５」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」）、インターロイキン−６可溶性受容体（「ＩＬ−６  ｓＲ」）、インターロイキン−７（「ＩＬ−７」）、インターロイキン−８（「ＩＬ−８」）、インターロイキン−１０（「ＩＬ−１０」）、インターロイキン−１１（「ＩＬ−１１」）、インターロイキン−１２のサブユニットβ（「ＩＬ  −１２  ｐ４０」又は「ＩＬ−１２  ｐ７０」）、インターロイキン−１３（「ＩＬ−１３」）、インターロイキン−１５（「ＩＬ−１５」）、インターロイキン−１６（「ＩＬ−１６」）、インターロイキン−１７Ａ−Ｆ（「ＩＬ−１７Ａ−Ｆ」）、インターロイキン−１８（「ＩＬ−１８」）、インターロイキン−２１（「ＩＬ−２１」）、インターロイキン−２２（「ＩＬ−２２」）、インターロイキン−２３（「ＩＬ−２３」）、インターロイキン−３３（「ＩＬ−３３」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＣＰ−１」）、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ」）、γインターフェロンによって誘導されるモノカイン（「ＭＩＧ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＩＰ−１α」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド４（「ＭＩＰ−１β」）、マクロファージ炎症性タンパク質−１−δ（「ＭＩＰ−１δ」）、血小板由来成長因子サブユニットＢ（「ＰＤＧＦ−ＢＢ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５、活性化制御により発現され、分泌される正常Ｔ細胞（「ＲＡＮＴＥＳ」）、ＴＩＭＰメタロペプチダーゼ阻害剤１（「ＴＩΜΡ−１」）、ＴＩΜΡメタロペプチダーゼ阻害剤２（「ＴＩＭＰ−２」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン−α（「ＴＮＦα」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン−β（「ＴＮＦβ」）、可溶性１型ＴＮＦ受容体（「ｓＴＮＦＲＩ」）、ｓＴＮＦＲＩＩＡＲ、脳由来神経栄養因子（「ＢＤＮＦ」）、塩基性線維芽細胞成長因子（「ｂＦＧＦ」）、骨形成タンパク質４（「ＢＭＰ−４」）、骨形成タンパク質５（「ＢＭＰ−５」）、骨形成タンパク質７（「ＢＭＰ−７」）、神経成長因子（「ｂ−ＮＧＦ」）、上皮成長因子（「ＥＧＦ」）、上皮成長因子受容体（「ＥＧＦＲ」）、内分泌腺由来血管内皮成長因子（「ＥＧ−ＶＥＧＦ」）、線維芽細胞成長因子４（「ＦＧＦ−４」）、ケラチノサイト成長因子（「ＦＧＦ−７」）、成長分化因子１５（「ＧＤＦ−１５」）、グリア細胞由来神経栄養因子（「ＧＤＮＦ」）、成長ホルモン、ヘパリン結合ＥＧ��様成長因子（「ＨＢ−ＥＧＦ」）、肝細胞成長因子（「ＨＧＦ」）、インスリン様成長因子結合タンパク質１（「ＩＧＦＢＰ−１」）、インスリン様成長因子結合タンパク質２（「ＩＧＦＢＰ−２」）、インスリン様成長因子結合タンパク質３（「ＩＧＦＢＰ−３」）、インスリン様成長因子結合タンパク質４（「ＩＧＦＢＰ−４」）、インスリン様成長因子結合タンパク質６（「ＩＧＦＢＰ」−６」）、インスリン様成長因子１（「ＩＧＦ−１」）、インスリン、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ」）、神経成長因子受容体（「ＮＧＦ  Ｒ」）、ニューロトロフィン−３（「ＮＴ−３」）、ニューロトロフィン−４（「ＮＴ−４」）、破骨細胞形成抑制因子（「オステオプロテグリン」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ−ＡＡ」）、ホスファチジルイノシトール−グリカン生合成（「ＰＩＧＦ」）、Ｓｋｐ、カリン、Ｆ−ボックス含有複合体（「ＳＣＦ」）、幹細胞因子受容体（「ＳＣＦ  Ｒ」）、形質転換成長因子α（「ＴＧＦα」）、形質転換成長因子β−１（「ＴＧＦβ１」）、形質転換成長因子β３（「ＴＧＦβ３」）、血管内皮成長因子（「ＶＥＧＦ」）、血管内皮成長因子受容体２（「ＶＥＧＦＲ２」）、血管内皮成長因子受容体３（「ＶＥＧＦＲ３」）、
ＶＥＧＦ−Ｄ  ６Ｃｋｉｎｅ、チロシン−プロテインキナーゼ受容体ＵＦＯ（「Ａｘｌ」）、ベータセルリン（「ＢＴＣ」）、粘膜関連上皮ケモカイン（「ＣＣＬ２８」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２７（「ＣＴＡＣＫ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＣＸＣＬ１６」）、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン５（「ＥＮＡ−７８」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２６（「エオタキシン−３」）、顆粒球走化性タンパク質２（「ＧＣＰ−２」）、ＧＲＯ、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＨＣＣ−１」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＨＣＣ−４」）、インターロイキン−９（「ＩＬ−９」）、インターロイキン−１７Ｆ（「ＩＬ−１７Ｆ」）、インターロイキン−１８結合タンパク質（「ＩＬ−１８  ＢＰａ」）、インターロイキン−２８Ａ（「ＩＬ−２８Ａ」）、インターロイキン２９（「ＩＬ−２９」）、インターロイキン３１（「ＩＬ−３１」）、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン１０（「ＩＰ−１０」）、ケモカイン受容体ＣＸＣＲ３（「Ｉ−ＴＡＣ」）、白血病抑制因子（「ＬＩＦ」）、Ｌｉｇｈｔ、ケモカイン（Ｃモチーフ）リガンド（「リンホタクチン」）、単球化学誘引物質タンパク質２（「ＭＣＰ−２」）、単球化学誘引物質タンパク質３（「ＭＣＰ−３」）、単球化学誘引物質タンパク質４（「ＭＣＰ−４」）、マクロファージ由来ケモカイン（「ＭＤＣ」）、マクロファージ遊走阻止因子（「ＭＩＦ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２０（「ＭＩＰ−３α」）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１９（「ＭＩＰ−３β」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２３（「ＭＰＩＦ−１」）、マクロファージ刺激タンパク質α鎖（「ＭＳＰａｌｐｈａ」）、ヌクレオソームアセンブリタンパク質１様４（「ＮＡＰ−２」）、分泌リンタンパク質１（「オステオポンチン」）、肺及び活性化調節サイトカイン（「ＰＡＲＣ」）、血小板因子４（「ＰＦ４」）、ストロマ細胞由来因子１α（「ＳＤＦ−１α」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１７（「ＴＡＲＣ」）、胸腺発現ケモカイン（「ＴＥＣＫ」）、胸腺間質リンホポエチン（「ＴＳＬＰ４−ＩＢＢ」）、ＣＤ１６６抗原（「ＡＬＣＡＭ」）、分化クラスター８０（「Ｂ７−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（「ＢＣＭＡ」）、分化クラスター１４（「ＣＤ１４」）、分化クラスター３０（「ＣＤ３０」）、分化クラスター４０（「ＣＤ４０リガンド」）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（胆汁糖タンパク質）（「ＣＥＡＣＡＭ−１」）、死受容体６（「ＤＲ６」）、デオキシチミジンキナーゼ（「Ｄｔｋ」）、１型膜糖タンパク質（「エンドグリン」」）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−３（「ＥｒｂＢ３」）、内皮−白血球接着分子１（「Ｅ−セレクチン」）、アポトーシス抗原１（「Ｆａｓ」）、Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３（「Ｆｌｔ−３Ｌ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１（「ＧＩＴＲ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１４（「ＨＶＥＭ」）、細胞間接着分子３（「ＩＣＡＭ−３」）、ＩＬ−１  Ｒ４、ＩＬ−１  ＲＩ、ＩＬ−１０  Ｒβ、ＩＬ−１７Ｒ、��Ｌ−２Ｒγ、ＩＬ−２１Ｒ、リソソーム膜タンパク質２（「ＬＩＭＰＩＩ」）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（「リポカリン−２」）、ＣＤ６２Ｌ（「Ｌ−セレクチン」）、リンパ管内皮（「ＬＹＶＥ−１」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ａ（「ＭＩＣＡ」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ｂ（「ＭＩＣＢ」）、ＮＲＧｌ−ｂｅｔａｌ、β型血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ  Ｒβ」）、血小板内皮細胞接着分子（「ＰＥＣＡＭ−１」）、ＲＡＧＥ、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１（「ＴＩΜ−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバーＩＯＣ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ３」）、Ｔｒａｐｐｉｎタンパク質トランスグルタミナーゼ結合ドメイン（「Ｔｒａｐｐｉｎ−２」）、ウロキナーゼ受容体（「ｕＰＡＲ」）、血管細胞接着タンパク質１（「ＶＣＡＭ−１」）、ＸＥＤＡＲＡｃｔｉｖｉｎ  Ａ、アグーチ関連タンパク質（「ＡｇＲＰ」）、リボヌクレアーゼ５（「アンジオゲニン」）、アンジオポエチン１、アンジオスタチン、カテプリンＳ、ＣＤ４０、潜在性ファミリータンパク質ＩＢ（「Ｃｒｉｐｔｏ−１」）、ＤＡＮ、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質１（「ＤＫＫ−１」）、
Ｅ−カドヘリン、上皮細胞接着分子（「ＥｐＣＡＭ」）、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ又はＣＤ９５Ｌ）、Ｆｃｇ  ＲＩＩＢ／Ｃ、フォリスタチン（ＦｏＵｉｓｔａｔｉｎ）、ガレクチン−７、細胞間接着分子２（「ＩＣＡＭ−２」）、ＩＬ−１３Ｒ１、ＩＬ−１３Ｒ２、ＩＬ−１７Ｂ、ＩＬ−２Ｒａ、ＩＬ−２Ｒｂ、ＩＬ−２３、ＬＡＰ、神経細胞接着分子（「ＮｒＣＡＭ」）、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−１（「ＰＡＩ−１」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ−ＡＢ」）、レジスチン、ストロマ細胞由来因子１（「ＳＤＦ−１β」）、ｓｇｐｌ３０、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質２（「ＳｈｈＮ」）、シアル酸結合免疫グロブリン型レクチン（「Ｓｉｇｌｅｃ−５」）、ＳＴ２、形質転換成長因子−β２（「ＴＧＦβ２」）、Ｔｉｅ−２、トロンボポエチン（「ＴＰＯ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｄ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ４」）、骨髄細胞に発現されるトリガー受容体１（「ＴＲＥＭ−１」）、血管内皮成長因子Ｃ（「ＶＥＧＦ−Ｃ」）、ＶＥＧＦＲｌアディポネクチン、アジプシン（「ＡＮＤ」）、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、アンジオポエチン様４（「ＡＮＧＰＴＬ４」）、β−２−ミクログロブリン（「Ｂ２Ｍ」）、基底細胞接着分子（「ＢＣＡＭ」）、糖鎖抗原１２５（「ＣＡ１２５」）、癌抗原１５−３（「ＣＡ１５−３」）、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ｃＡＭＰ受容体タンパク質（「ＣＲＰ」）、ヒト上皮成長因子受容体２（「ＥｒｂＢ２」）、フォリスタチン、卵胞刺激ホルモン（「ＦＳＨ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１（「ＧＲＯα」）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（「βＨＣＧ」）、インスリン様成長因子１受容体（「ＩＧＦ−ｌ  ｓＲ」）、ＩＬ−１  ｓＲＩＩ、ＩＬ−３、ＩＬ−１８  Ｒｂ、ＩＬ−２１、レプチン、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１（「ＭＭＰ−１」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−２（「ＭＭＰ−２」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−３（「ＭＭＰ−３」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−８（「ＭＭＰ−８」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−９（「ＭＭＰ−９」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１０（「ＭＭＰ−１０」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１３（「ＭＭＰ−１３」）、神経細胞接着分子（「ＮＣＡＭ−１」）、エンタクチン（「Ｎｉｄｏｇｅｎ−１」）、ニューロン特異的エノラーゼ（「ＮＳＥ」）、オンコスタチンＭ（「ＯＳＭ」）、プロカルシトニン、プロラクチン、前立腺特異的抗原（「ＰＳＡ」）、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン９（「Ｓｉｇｌｅｃ−９」）、ＡＤＡＭ１７エンドペプチダーゼ（「ＴＡＣＥ」）、チログロブリン、メタロプロテイナーゼ阻害剤４（「ＴＩＭＰ−４」）、ＴＳＨ２Ｂ４、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼドメイン含有タンパク質９（「ＡＤＡＭ−９」）、アンジオポエチン２、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３／酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２ファミリーメンバーＢ（「ＡＰＲＩＬ」）、骨形成タンパク質２（「ＢＭＰ−２」）、骨形成タンパク質９（「ＢＭＰ−９」）、補体成分５ａ（「Ｃ５ａ」）、カテプシンＬ、ＣＤ２００、ＣＤ９７、ケメリン、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（「ＤｃＲ３」）、脂肪酸結合タンパク質２（「ＦＡＢＰ２」）、線維芽細胞活性化タンパク質、α（「ＦＡＰ」）、線維芽細胞成長因子１９（「ＦＧＦ−１９」）、ガレクチン３、肝細胞成長因子受容体（「ＨＧＦ  Ｒ」）、ＩＦＮ−γα／βＲ２、インスリン様成長因子２（「ＩＧＦ−２」）、インスリン様成長因子２受容体（「ＩＧＦ−２Ｒ」）、インターロイキン−１受容体６（「ＩＬ−１Ｒ６」）、インターロイキン２４（「ＩＬ−２４」）、インターロイキン３３（「ＩＬ−３３」）、カリクレイン１４、アスパラギニルエンドペプチダーゼ（「Ｌｅｇｕｍａｉｎ」）、酸化低密度リポタンパク質受容体１（「ＬＯＸ−１」）、マンノース結合レクチン（「ＭＢＬ」）、
ネプリライシン（「ＮＥＰ」）、ノッチホモログ１、転座関連（ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉａ））（「ノッチ−１」）、腎芽細胞腫過剰発現（「ＮＯＶ」）、オステオアクチビン、プログラム細胞死タンパク質１（「ＰＤ−１」」）、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（「ＰＧＲＰ−５」）、セルピンＡ４、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質３（「ｓＦＲＰ−３」）、トロンボモジュリン、Ｔｏｌｌ様受容体２（「ＴＬＲ２」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ａ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ１」）、トランスフェリン（「ＴＲＦ」）、ＷＩＦ−ｌＡＣＥ−２、アルブミン、ＡＭＩＣＡ、アンジオポエチン４、Ｂ細胞活性化因子（「ＢＡＦＦ」）、糖鎖抗原１９−９（「ＣＡ１９−９」）、ＣＤ１６３、クラスタリン、ＣＲＴ  ＡＭ、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＣＸＣＬ１４」）、シスタチンＣ、デコリン（「ＤＣＮ」）、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質３（「Ｄｋｋ−３」）、δ様タンパク質１（「ＤＬＬ１」）、フェチュインＡ、ヘパリン結合成長因子１（「ａＦＧＦ」）、葉酸受容体α（「ＦＯＬＲ１」）、フューリン、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質１（「ＧＡＳＰ−１」）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質２（「ＧＡＳＰ−２」）、顆粒球コロニー刺激因子受容体（「ＧＣＳＦ  Ｒ」）、セリンプロテアーゼヘプシン（「ＨＡＩ−２」）、インターロイキン−１７Ｂ受容体（「ＩＬ−１７Ｂ  Ｒ」）、インターロイキン２７（「ＩＬ−２７」）、リンパ球活性化遺伝子３（「ＬＡＧ−３」）、アポリポタンパク質Ａ−Ｖ（「ＬＤＬ  Ｒ」）、ペプシノーゲンＩ、レチノール結合タンパク質４（「ＲＢＰ４」）、ＳＯＳＴ、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（「シンデカン−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（「ＴＡＣＩ」）、組織因子経路阻害剤（「ＴＦＰＩ」）、ＴＳＰ−１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０ｂ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ２」）、ＴＲＡＮＣＥ、トロポニンＩ、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（「ｕＰＡ」）、カドヘリン５、ＣＤ１４４としても知られる２型又はＶＥ−カドヘリン（血管内皮）（「ＶＥ−カドヘリン」）、ＷＮＴ１誘導シグナル伝達経路タンパク質１（「ＷＩＳＰ−１」）、及び核因子κＢの活性化受容体（「ＲＡＮＫ」）からなる群から選択される、請求項５９に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
前記免疫療法剤はアジュバントを含む、請求項１９〜６０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６２】
前記アジュバントが、免疫調節タンパク質、アジュバント６５、α−ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β−グルカンペプチド、ＣｐＧ  ＤＮＡ、ＧＰＩ−０１００、リピドＡ、リポ多糖、リポバント、モンタナイド、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、クイルＡ、及びトレハロースジミコレートからなる群から選択される、請求項６１に記載の医薬組成物。
【請求項６３】
前記癌治療薬は血管新生阻害剤を含む、請求項１６〜６２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６４】
前記血管新生阻害剤が、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、Ｚｉｖ−アフリベルセプト（Ｚａｌｔｒａｐ（登録商標））、ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、レゴラフェニブ（Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、及びカボザンチニブ（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（商標））からなる群から選択される、請求項６３に記載の医薬組成物。
【請求項６５】
前記癌治療薬は抗生物質を含む、請求項１６〜６４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６６】
前記抗生物質が、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗マイコバクテリア化合物、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６５に記載の医薬組成物。
【請求項６７】
前記癌治療薬は治療用細菌を含む、請求項１６〜６６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６８】
前記組成物はプレバイオティックをさらに含む、請求項６７に記載の医薬組成物。
【請求項６９】
前記プレバイオティックは、フルクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、トランス−ガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖、キトオリゴ糖、大豆オリゴ糖、ゲンチオオリゴ糖、イソマルトオリゴ糖、マンノオリゴ糖、マルトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、ラクツロース、ラクトスクロース、パラチノース、グリコシルスクロース、グアーガム、アラビアゴム、タガロース（ｔａｇａｌｏｓｅ）、アミロース、アミロペクチン、ペクチン、キシラン、又はシクロデキストリンである、請求項６８に記載の医薬組成物。
【請求項７０】
前記追加の治療薬は抗生物質を含む、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項７１】
前記抗生物質は、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン（ｏｘａｚｏｌｉｄｏｎｏｎｅ）、ペニシリン、ポリペプチド系抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗ミコバクテリア化合物、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７０に記載の医薬組成物。
【請求項７２】
前記追加の治療薬は治療用細菌を含む、請求項７０又は７１に記載の医薬組成物。
【請求項７３】
前記追加の治療薬は、免疫抑制剤、ＤＭＡＲＤ、疼痛制御剤、ステロイド、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、又はサイトカイン拮抗薬、及びこれらの組み合わせを含む、請求項１５に記載の医薬組成物。
【請求項７４】
前記追加の治療薬は、シクロスポリン、レチノイド、副腎皮質ステロイド、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ−２阻害剤、ルミラコキシブ、イブプロフェン、サリチル酸コリンマグネシウム、フェノプロフェン、サルサラート、ジフニサル、トルメチン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラック、ナブメトン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６；ロフェコキシブ、アセトミノフェン、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、バルデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブ、メトトレキサート（ＭＴＸ）、抗マラリア剤（例えば、ヒドロキシクロロキン及びクロロキン）、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシル、ＴＮＦα拮抗薬（例えば、ＴＮＦα拮抗薬又はＴＮＦαレセプター拮抗薬）、例えば、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｍ（登録商標）；ＣＮＴＯ  １４８）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍｒａ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリン拮抗薬（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＩＬ−１拮抗薬（ＡＣＺ８８５（イラリス））、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）））、ＣＤ４拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、ＩＬ−２０拮抗薬、ＩＬ−６拮抗薬、ＢＬｙＳ拮抗薬（例えば、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害剤、ＣＤ２０拮抗薬（オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、インターフェロンγ拮抗薬（フォントリズマブ）、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン（ｂｅｃｌｏｍｅｔａｓｏｍｅ）、フルドロコルチゾン、デオキシコルチコステロン、アルドステロン、ドキシサイクリン、バンコマイシン、ピオグリタゾン、ＳＢＩ−０８７、ＳＣＩＯ−４６９、Ｃｕｒａ−１００、オンコキシン＋ビウシド、ＴｗＨＦ、メトキサレン、ビタミンＤ−エルゴカルシフェロール、ミルナシプラン、パクリタキセル、ロージングタゾン、タクロリムス（Ｐｒｏｇｒａｆ（登録商標））、ＲＡＤＯＯｌ、ラパミューン、ラパマイシン、フォスタマチニブ、フェンタニル、Ｘ��ＭＡ  ０５２、フォスタマチニブ二ナトリウム、ロシグリタゾン、クルクミン（Ｌｏｎｇｖｉｄａ（商標））、ロスバスタチン、マラビロク、ラミピニル、ミルナシプラン、コビプロストン、ソマトロピン、ｔｇＡＡＣ９４遺伝子治療用ベクター、ＭＫ０３５９、ＧＷ８５６５５３、エソメプラゾール、エベロリムス、トラスツズマブ、ＪＡＫｌ阻害剤及びＪＡＫ２阻害剤、パンＪＡＫ阻害剤、例えば、四環系ピリドン６（Ｐ６）、３２５、ＰＦ−９５６９８０、デノスマブ、ＩＬ−６拮抗薬、ＣＤ２０拮抗薬、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＩＬ−８拮抗薬、ＩＬ−２１拮抗薬、ＩＬ−２２拮抗薬、インテグリン拮抗薬（Ｔｙｓａｒｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＶＧＥＦ拮抗薬、ＣＸＣＬ拮抗薬、ＭＭＰ拮抗薬、デフェンシン拮抗薬、ＩＬ−１拮抗薬（例えばＩＬ−１β拮抗薬）、並びにＩＬ−２３拮抗薬（例えば、レセプターデコイ、拮抗性抗体）からなる群から選択される、請求項７４に記載の医薬組成物。
【請求項７５】
前記免疫抑制剤は、副腎皮質ステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、テオフィリン、クロモグリク酸ナトリウム、抗ロイコトリエン、鼻炎用の抗コリン薬、ＴＬＲ拮抗薬、インフラマソーム阻害剤、抗コリン性うっ血除去薬、肥満細胞安定化薬、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン（例えば、アレルゲンの量の徐々に増加するワクチン接種に使用されるワクチン）、サイトカイン阻害剤、例えば抗ＩＬ−６抗体、ＴＮＦ阻害剤、例えば、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、又はエタネルセプト、及びこれらの組み合わせである、請求項７４に記載の医薬組成物。
【請求項７６】
対象の疾患を処置する方法であって、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項７７】
前記疾患は、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患、又は癌である、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
対象の癌を処置する方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項７９】
癌を有する対象においてマイクロバイオームを増加させる方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与して前記ＥＶ及び／又は細菌が前記対象のニッチに添加されることを含む方法。
【請求項８０】
対象の癌関連細菌の腫瘍を枯渇させる方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与して前記ＥＶ及び／又は細菌が前記対象のニッチに添加されることを含む方法。
【請求項８１】
対象の腫瘍マイクロバイオームを変化させる方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与して前記ＥＶ及び／又は細菌が前記対象のニッチに添加されることを含む方法。
【請求項８２】
対象の腸間膜リンパ節マイクロバイオームを変化させる方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与して前記ＥＶ及び／又は細菌が前記対象のニッチに添加されることを含む方法。
【請求項８３】
対象の樹状細胞による抗原提示を変化させる方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与して前記ＥＶ及び／又は細菌が前記対象のニッチに添加されることを含む方法。
【請求項８４】
対象の上皮細胞を活性化させる方法であって、請求項１〜６９のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与して前記ＥＶ及び／又はが前記対象のニッチに添加されることを含む方法。
【請求項８５】
前記ニッチは前記対象の消化管中に存在する、請求項７９〜８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
前記ニッチは前記対象の尿生殖路中に存在する、請求項７９〜８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記ニッチは前記対象の気道中に存在する、請求項７９〜８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
前記ＥＶ及び／又は細菌は癌関連細菌に由来する、請求項７９〜８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
前記癌関連細菌は、表２に列挙されている細菌種からなる群から選択される種に属する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記ＥＶ及び／又は細菌は偏性嫌気性細菌に由来する、請求項８８又は８９に記載の方法。
【請求項９１】
前記偏性嫌気性細菌は、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビロフィラ（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、ステレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アクチノマイセス・プロピオニバクテリウム（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、バークホルデリア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、ジエルマ（Ｄｉｅｌｍａ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、パラクロストリジウム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ツリシバクター（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、及びチゼレラ（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ）からなる群から選択される属に属する、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記ＥＶ及び／又は細菌は、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、及びスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａ）からなる群から選択される属の細菌に由来する、請求項７９〜８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
前記癌は、血液系腫瘍、急性非リンパ球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、非白血性白血病、白血球血症性白血病（ｌｅｕｋｏｃｙｔｈｅｍｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、好塩基球性白血病、芽細胞白血病、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、皮膚白血病、胎生細胞性白血病、好酸球性白血病、Ｇｒｏｓｓ白血病、リーダー細胞性白血病、シリング白血病、幹細胞白血病、亜白血性白血病、未分化細胞白血病、ヘアリー細胞白血病、血芽球性白血病（ｈｅｍｏｂｌａｓｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、血球芽細胞性白血病（ｈｅｍｏｃｙｔｏｂｌａｓｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、組織球白血病、幹細胞白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈａｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ芽球性白血病、リンパ球性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｇｅｎｏｕｓ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ様白血病、リンパ肉腫細胞性白血病、肥満細胞白血病、巨核球性白血病、小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄性白血病、骨髄顆粒球白血病（ｍｙｅｌｏｉｄ  ｇｒａｎｕｌｏｃｙｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、骨髄単球性白血病、ネーゲリ白血病、形質細胞性白血病、プラズマ細胞性白血病、前骨髄球性白血病、腺房癌、小葉癌、腺嚢癌腫、腺様嚢胞癌、腺腫性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ａｄｅｎｏｍａｔｏｓｕｍ）、副腎皮質の癌腫、肺胞癌、肺胞細胞癌、基底細胞癌（ｂａｓａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、基底細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｂａｓｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、類基底細胞癌、基底有棘細胞癌（ｂａｓｏｓｑｕａｍｏｕｓ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、気管支原性肺癌、大脳様癌、胆管細胞癌、絨毛癌、粘液癌、面皰癌、子宮体部癌、篩状癌、鎧状癌、皮膚癌、円筒癌（ｃｙｌｉｎｄｒｉｃａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、円筒細胞癌、腺管癌、ドュラム癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｄｕｒｕｍ）、胚性癌腫、髄様癌、類表皮癌（ｅｐｉｅｎｎｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、上皮性腺様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌｅ  ａｄｅｎｏｉｄｅｓ）、外向発育癌、エクルセレ癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｅｘ  ｕｌｃｅｒｅ）、線維性癌、ゼラチン様癌、ゼラチン状癌、巨細胞癌（ｇｉａｎｔ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、印環細胞癌、単純癌、小細胞癌、ソラノイド癌（ｓｏｌａｎｏｉｄ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、球状細胞癌（ｓｐｈｅｒｏｉｄａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、紡錘細胞癌、海綿様癌、扁平上皮癌、扁平上皮細胞癌、ひも状癌（ｓｔｒｉｎｇ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、血管拡張性癌、毛細血管拡張性癌、移行細胞癌、結節癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、結節癌（ｔｕｂｅｒｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、疣状癌、絨毛癌、巨細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｇｉｇａｎｔｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛母基癌、血液様癌、肝細胞癌、ハースル細胞癌、硝子様癌（ｈｙａｌｉｎｅ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、副腎様癌、小児胎児性癌、上皮内癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｉｎ  ｓｉｔｕ）、表皮内癌、上皮内癌（ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、Ｋｒｏｍｐｅｃｈｅｒ癌、Ｋｕｌｃｈｉｔｚｋｙ−細胞癌、大細胞癌、レンズ状癌（ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、レンズ状癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒｅ）、脂肪性癌、リンパ上皮癌、髄様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｅｄｕｌｌａｒｅ）、
髄様癌（ｍｅｄｕｌｌａｒｙ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、黒色癌、モール癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｏｌｌｅ）、粘液性癌、粘液分泌性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｕｃｉｐａｒｕｍ）、粘液細胞癌腫（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｕｃｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、粘表皮癌、粘液癌、粘液性癌、粘液腫様癌、鼻咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌、類骨癌、乳頭癌、門脈周囲性癌、前浸潤癌、有棘細胞癌、髄質様癌、腎臓の腎細胞癌、予備細胞癌、肉腫様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｓａｒｃｏｍａｔｏｄｅｓ）、シュナイダー癌、硬性癌、陰嚢癌、軟骨肉腫、繊維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、子宮内膜肉腫、間質性肉腫、ユーイング肉腫、筋膜癌、線維芽細胞癌、巨細胞肉腫、Ａｂｅｍｅｔｈｙ肉腫、脂肪性肉腫、脂肪肉腫、胞巣状軟部肉腫、エナメル上皮肉腫、ブドウ状肉腫、緑色腫肉腫、絨毛癌、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、顆粒球性肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫（ｉｄｉｏｐａｔｈｉｃ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｐｉｇｍｅｎｔｅｄ  ｈｅｍｏｒｒｈａｇｉｃ  ｓａｒｃｏｍａ）、Ｂ細胞の免疫芽球肉腫、リンパ腫、Ｔ細胞の免疫芽球性肉腫、イエンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー星細胞肉腫、血管肉腫、白血肉腫、悪性間葉腫肉腫、傍骨性骨肉腫、網状赤血球肉腫（ｒｅｔｉｃｕｌｏｃｙｔｉｃ  ｓａｒｃｏｍａ）、ラウス肉腫、漿液瘤嚢胞性肉腫、滑膜肉腫、毛細血管拡張性肉腫、ホジキン病、非ホジキンスリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、乳癌、卵巣癌、肺癌、横紋筋肉腫、原発性血小板血症、原発性マクログロブリン血症、小細胞肺腫瘍、原発性脳腫瘍、胃癌、結腸癌、悪性膵臓インスリノーマ（ｍａｌｉｇｎａｎｔ  ｐａｎｃｒｅａｔｉｃ  ｉｎｓｕｌａｎｏｍａ）、悪性カルチノイド、前癌性皮膚障害、精巣腫瘍、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、尿生殖路癌、悪性高カルシウム血、子宮頸癌、子宮内膜癌、副腎皮質性癌、ハーディング−パッセー黒色腫、若年性黒色腫、悪性黒子由来黒色腫、悪性黒色腫、末端黒子型黒色腫、メラニン欠乏性黒色腫、良性若年性黒色腫、Ｃｌｏｕｄｍａｎ黒色腫、Ｓ９１黒色腫、結節型黒色腫、爪下黒色腫、形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌、及び表在拡大型黒色腫からなる群から選択される、請求項７９〜９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
前記医薬組成物を経口投与する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記医薬組成物を静脈内投与する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９６】
前記医薬組成物を腫瘍内投与する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９７】
前記医薬組成物を腫瘍下投与する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９８】
前記医薬組成物を、皮下注射、皮内注射、又は腹腔内注射により投与する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９９】
前記医薬組成物を制御放出マトリックスと共に腫瘍内投与する、請求項７６〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
前記医薬組成物の投与により前記癌を処置する、請求項７８〜９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
前記医薬組成物の投与により抗腫瘍免疫反応を誘発する、請求項７８〜１００のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
癌治療は放射線治療を含む、請求項７８〜１０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
前記方法は、前記対象に抗生物質を投与することをさらに含む、請求項７６〜１０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０４】
前記抗生物質は、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド系抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗ミコバクテリア化合物、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記癌治療は、治療用細菌を前記対象に投与することを含む、請求項７８〜１０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
対象の免疫障害を処置する方法であって、請求項１〜１５及び７１〜７５のいずれか一項に記載の医薬組成物を前記対象に投与することを含む方法。
【請求項１０７】
前記免疫障害は、急性播種性全身性脱毛症、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、クローン病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本病、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎、白斑、接触過敏症、接触性皮膚炎（例えば、ツタウルシに起因するもの）、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー（枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー）、及びグルテン過敏性腸症（セリアック病）、虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎、腎盂腎炎、及び口内炎、移植片拒絶（例えば、腎臓、肝臓、心臓、肺、膵臓（例えば膵島細胞）、骨髄、角膜、小腸、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ  ａｌｌｏｇｒａｆｔ）、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ  ｈｏｍｏｇｒａｆｔ）、及び心臓弁異種移植片等の臓器、血清病、及び移植片対宿主病）、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群、先天性副腎過形成、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性の又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、電撃性の又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性の（自己免疫）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、子供の急性白血病、限局性腸炎、自己免疫血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶、敗血症からなる群から選択される、請求項１０６に記載の方法。好ましい処置として、移植拒絶、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性大腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性障害肺疾患、及び感染状態を伴う炎症（例えば敗血症）の処置が挙げられる。
【請求項１０８】
前記医薬組成物を経口投与する、請求項１０６又は１０７に記載の方法。
【請求項１０９】
前記医薬組成物を静脈内投与する、請求項１０６又は１０７に記載の方法。
【請求項１１０】
前記医薬組成物を、皮下注射、皮内注射、又は腹腔内注射により投与する、請求項１０６又は１０７に記載の方法。
【請求項１１１】
前記方法は、前記対象にプレバイオティックを投与することをさらに含む、請求項７０〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記プレバイオティクスが、フルクトオリゴ糖、ガラクトオリゴ糖、トランスガラクトオリゴ糖、キシロオリゴ糖、キトオリゴ糖、大豆オリゴ糖、ゲンチオオリゴ糖、イソマルトオリゴ糖、マンノオリゴ糖、マルトオリゴ糖、マンナンオリゴ糖、ラクツロース、ラクトスクロース、パラチノース、グリコシルスクロース、グアーガム、アラビアゴム、タガロース、アミロース、アミロペクチン、ペクチン、キシラン、又はシクロデキストリンである、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
前記対象がヒトである、請求項７０〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
前記対象が非ヒト哺乳動物である、請求項７０〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１５】
前記哺乳動物が、イヌ、ネコ、ウシ、ウマ、ブタ、ロバ、ヤギ、ラクダ、マウス、ラット、モルモット、ヒツジ、ラマ、サル、ゴリラ、又はチンパンジーからなる群から選択される、請求項１１４に記載の方法。
【請求項１１６】
操作された細菌を生成する方法であって、ＥＶの産生が増加する改変を前記細胞に導入することを含む方法。
【請求項１１７】
前記細菌は、表１に列挙された細菌種、ブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パラクロストリジウム・ベンゾエリチカム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ）、ジエルマ・ファスチジオサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ロンギカテナ・カエシムリス（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、及びベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）からなる群から選択される種に属する、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
前記細菌は偏性嫌気性細菌である、請求項１１６又は１１７に記載の方法。
【請求項１１９】
前記偏性嫌気性細菌は、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビロフィラ（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、ステレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アクチノマイセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ベイロネラ  アガトバキュラム（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、バークホルデリア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、ジエルマ（Ｄｉｅｌｍａ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、パラクロストリジウム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ツリシバクター（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、及びチゼレラ（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ）からなる群から選択される属に属する、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記細菌は、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、及びスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａ）からなる群から選択される属に属する、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１２１】
前記細菌を定向進化により改変する、請求項１１６〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２２】
前記定向進化は、改善されたＥＶ産生が細菌の生存を改善する環境条件への前記細菌の曝露を含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記環境条件は４以下のｐＨでの前記ＥＶの安定性を必要とする、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
前記方法は、ＥＶ産生の増加を検出するアッセイを使用する変異誘発細菌のスクリーニングを含む、請求項１１６〜１２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２５】
前記方法は、前記細胞を変異誘発させることをさらに含む、請求項１２４に記載の方法。
【請求項１２６】
前記細菌を、化学的変異原又はＵＶ放射線への曝露により変異誘発させる、請求項１２４又は１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
操作された細菌を生成する方法であって、前記細菌により治療特性が改善されているＥＶが産生される改変を前記細菌に導入することを含む方法。
【請求項１２８】
前記改善された治療特性は改善された経口送達を含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
前記改善された治療特性は４以下のｐＨでの安定性を含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３０】
前記改善された治療特性は０．２％〜２％の胆汁酸濃度での安定性を含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１３１】
前記改善された治療特性は増加した免疫活性化を含む、請求項１２７〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３２】
前記細菌は、表１に列挙された細菌種、ブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パラクロストリジウム・ベンゾエリチカム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ）、ジエルマ・ファスチジオサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ロンギカテナ・カエシムリス（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、及びベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）からなる群から選択される種に属する、請求項１２７〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３３】
前記細菌は癌関連細菌である、請求項１２７〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３４】
前記癌関連細菌は、表２に列挙された細菌種からなる群から選択される種に属する、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記細菌は偏性嫌気性細菌である、請求項１２７〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３６】
前記偏性嫌気性細菌は、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビロフィラ（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、ステレラ（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ）、ペプトストレプトコッカス（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、アクチノマイセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、ストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ベイロネラ  アガトバキュラム（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、バークホルデリア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、ジエルマ（Ｄｉｅｌｍａ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、パラクロストリジウム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ツリシバクター（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、及びチゼレラ（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ）からなる群から選択される属に属する、請求項１３４に記載の方法。
【請求項１３７】
前記細菌は、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、及びスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａ）からなる群から選択される属に属する、請求項１２７〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３８】
前記細菌を定向進化により改変する、請求項１２７〜１３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３９】
前記定向進化は、４以下のｐＨでのＥＶの安定性により細菌の生存が改善される環境条件への前記細菌の曝露を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項１４０】
前記方法は、免疫反応の活性化の増加を検出するアッセイを使用する変異誘発細菌のスクリーニングを含む、請求項１２７〜１３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４１】
前記方法は、前記細胞を変異誘発させることをさらに含む、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４２】
前記細菌を、化学的変異原又はＵＶ放射線への曝露により変異誘発させる、請求項１４０又は１４１に記載の方法。
【請求項１４３】
前記アッセイは、インビボでのアッセイ、エクスビボでのアッセイ、又はインビトロでのアッセイである、請求項１４０〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
前記アッセイはインビボでの免疫反応アッセイである、請求項１３８〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４５】
インビボでの腫瘍死滅アッセイをマウスで実施する、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
前記アッセイはインビトロでの免疫反応アッセイである、請求項１４０〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４７】
請求項１２７〜１４６のいずれか一項に記載の方法に従って生成されている改変細菌。
【請求項１４８】
ＥＶ産生を改善するために細菌を培養する方法であって、ストレスを誘発する増殖条件下で前記細菌を増殖させることを含む方法。
【請求項１４９】
前記ストレスを誘発する増殖条件は阻害濃度未満の抗生物質の存在下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
前記抗生物質は、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン、ペニシリン、ポリペプチド系抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、抗ミコバクテリア化合物、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項１４９に記載の方法。
【請求項１５１】
前記ストレスを誘発する増殖条件は阻害濃度未満の宿主抗菌性ペプチドの存在下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５２】
前記宿主抗菌性ペプチドは、リゾチーム、デフェンシン、又はＲｅｇタンパク質である、請求項１５１に記載の方法。
【請求項１５３】
前記ストレスを誘発する増殖条件は、細菌により産生された抗菌性ペプチドの阻害濃度未満の存在下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５４】
前記細菌により産生された抗菌性ペプチドはバクテリオシン又はミクロシンである、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
前記ストレスを誘発する増殖条件は温度ストレス下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５６】
前記ストレスを誘発する増殖条件は炭素制限条件下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５７】
前記ストレスを誘発する増殖条件は阻害濃度未満の塩の存在下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５８】
前記ストレスを誘発する増殖条件はＵＶ光の存在下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５９】
前記ストレスを誘発する増殖条件は過酸化水素の存在下での増殖を含む、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１６０】
前記細菌は、表１に列挙された細菌種、ブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パラクロストリジウム・ベンゾエリチカム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ）、ジエルマ・ファスチジオサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ロンギカテナ・カエシムリス（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、及びベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）からなる群から選択される種に属する、請求項１４８〜１５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６１】
請求項１４７に記載の改変細菌を含むバイオリアクタ。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１７年９月８日に出願されたシリアル番号６２／５５６，０１５号を有する米国仮特許出願及び２０１８年５月９日に出願されたシリアル番号６２／６６９，１５１号を有する米国仮特許出願に対する優先権の利益を主張しており、これらそれぞれの内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００２】
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、疾患（例えば、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患）の処置及び／又は予防に有用な細菌の細胞外小胞（ＥＶ）を含む医薬組成物であり、さらには、そのようなＥＶを製造する及び／又は同定する方法、並びに（例えば、単独で又は他の治療薬との組み合わせで、癌、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患の処置のために）そのような医薬組成物を使用する方法である。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、ＥＶと、全細菌（例えば、生細菌、死滅細菌、弱毒化細菌）との両方を含む。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、ＥＶの非存在下で細菌を含む医薬組成物である。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、細菌の非存在下でＥＶを含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、表１及び／又は表２で列挙された細菌株又は細菌種の内の１つ又は複数に由来するＥＶ及び／又は細菌を含む。
【０００３】
ある特定の実施形態では、この医薬組成物は、ＥＶ粒子に対して特定の比率の細菌を含む。例えば、いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、
１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個のＥＶ粒子当たり少なくとも１個の細菌を含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個���１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個のＥＶ粒子当たり約１個の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個のＥＶ粒子当たり最高で１個の細菌を含む。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個の細菌当たり少なくとも１個のＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個の細菌当たり約１個のＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個の細菌当たり最高で１個のＥＶ粒子を含む。
【０００４】
ある特定の態様では、本ＥＶは、ある特定の望ましい特性を強化するように改変されている操作された細菌に由来する。例えば、いくつかの実施形態では、この操作された細菌は、ＥＶの産生を増加させるように改変されている。いくつかの実施形態では、この操作された細菌は、（例えば、耐酸性、粘膜付着及び／若しくは浸透、並びに／又は胆汁酸に対する耐性、抗菌性ペプチド及び／若しくは抗体中和に対する耐性の改善により）経口送達が増強されたＥＶを産生するように改変されており、全身的な又は適切なニッチ（ｎｉｃｈｅ）（例えば、腸間膜リンパ節、パイエル板、粘膜固有層、腫瘍排出リンパ節（ｔｕｍｏｒ  ｄｒａｉｎｉｎｇ  ｌｙｍｐｈ  ｎｏｄｅ）、及び／若しくは血液）でのバイオアベイラビリティを改善するために所望の細胞タイプ（例えば、Ｍ細胞、杯細胞、腸細胞、樹状細胞、マクロファージ）を標的とするように改変されており、（例えば、単独で若しくは別の治療薬との組み合わせで）産生されたＥＶの免疫調節効果及び／若しくは治療効果を増強するように改変されており、産生されるＥＶによる免疫活性化を増強するように改変されており、並びに／又は細菌及び／若しくはＥＶの製造を改善する（例えば、より高い安定性、凍結融解耐性の改善、より短い生成時間）ように改変されている。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるのは、そのようなＥＶ及び細菌を製造する方法である。
【０００５】
ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、癌を有する対象を処置する方法であって、この対象に、本明細書で説明されている医薬組成物を投与することを含む方法である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、免疫障害（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、アレルギー）を有する対象を処置する方法であって、この対象に、本明細書で説明されている医薬組成物を投与することを含む方法である。ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、代謝性疾患を有する対象を処置する方法であって、この対象に、本明細書で説明されている医薬組成物を投与することを含む方法である。
【０００６】
いくつかの実施形態では、本方法は、抗生物質を対象に投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、対象に１つ又は複数の他の癌治療を施すことをさらに含む（例えば、腫瘍の外科的除去、化学療法剤の投与、放射線療法の投与、及び／又は癌免疫療法、例えば、免疫チェックポイント阻害剤、癌特異的抗体、癌ワクチン、初回刺激抗原提示細胞、癌特異的Ｔ細胞、癌特異的キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞、免疫活性化タンパク質、及び／又はアジュバントの投与）。いくつかの実施形態では、この方法は、別の治療用の細菌及び／又はＥＶの投与をさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、免疫抑制剤及び／又は抗炎症剤の投与をさらに含む。いくつかの実施形態では、この方法は、代謝性疾患の治療薬の投与をさらに含む。
【図面の簡単な説明】
【０００７】
【図１】マウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ−１の有効性と比較した、ｉｖ投与されたブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）の有効性を示す。
【図２】マウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ−１と比較した、ブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）のｉｖ投与による腫瘍増殖（体積）の阻害を示す。
【図３Ａ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから２４時間後の抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、経口投与されたか又は腹腔内投与されたプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶの有効性を示す。経口投与群及びｉ．ｐ．投与群の両方で有効性が見られた。
【図３Ｂ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから４８時間後の抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、経口投与されたか又は腹腔内投与されたプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶの有効性を示す。
【図３Ｃ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから４８時間後の抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、示された用量（１０μｇ、３μｇ、１μｇ、及び０．１μｇ）で腹腔内投与されたＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶの有効性を示す。
【図３Ｄ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから４８時間後での、腹腔内投与されたプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶの、ＩＬ−１βの発現を減少させる能力を示す。
【図３Ｅ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから４８時間後の頸部リンパ節における、腹腔内投与されたプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶの、Ｔｒｅｇの蓄積を増加させる能力を示す。
【図４】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＮＡＳＨ症状を誘発するメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料を摂取しているマウスのＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）の低下に有効であったことを示す。
【図５Ａ】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの脂肪症を減少させたことを示す。
【図５Ｂ−Ｃ】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの炎症を減少させたことを示す。
【図５Ｄ】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスのバルーニングを減少させたことを示す。
【図６】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓の総コレステロールを減少させたことを示す。
【図７Ａ】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの線維症スコアを低下させたことを示す。
【図７Ｂ】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの線維症スコアを低下させたことを示す。
【図８Ａ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから２４時間後の抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）、Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶ、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）由来のＥＶの投与の有効性を示す。Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）由来のＥＶは、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）と比べて有効である。
【図８Ｂ】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから４８時間後の抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）、Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶ、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）由来のＥＶの投与の有効性を示す。Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）由来のＥＶは、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）と比べて有効である。
【図９Ａ】ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓の遊離脂肪酸へのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の効果を示す。
【図９Ｂ】ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓の総コレステロールへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の効果を示す。
【図９Ｃ】ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓のトリグリセリドへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の効果を示す。
【図９Ｄ】ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスのアラニンアミノトランスフェラーゼへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）の効果を示す。
【図９Ｅ】ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスのアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）の効果を示す。
【図１０Ａ】Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ＮＡＳＨ症状を誘発するメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料を摂取しているマウスのＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）の低下に有効であることを示す。
【図１０Ｂ】ＮＡＳＨ症状を誘発するメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料を摂取しているマウスのＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）の低下での、ＯＣＤと組み合わされたプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）、Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）、Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）を示す。
【図１１】ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおいてビヒクル（陰性コントロール）、抗炎症性デキサメタゾン（陽性コントロール）、及びビフィドバクテリウム・アニマリス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｌａｃｔｉｓ）と比較した２４時間での抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少における、経口投与されたベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）株及びベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）株の有効性を示す。
【図１２】マウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内注射（ｉ．ｐ．）された抗ＰＤ−１又はビヒクルと比較した、２種のベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）株及びベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）株に由来するＥＶの有効性を示す。
【図１３】１１日目にマウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内注射（ｉ．ｐ．）された抗ＰＤ−１又はビヒクルと比較した、ベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）株及びベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）株に由来するＥＶの有効性を示す。
【図１４】マウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内注射（ｉ．ｐ．）された抗ＰＤ−１又はビヒクルと比較した、ベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）株及びベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）株に由来するＥＶの用量及び投与経路に依存する有効性を示す。
【図１５】１１日目にマウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内注射（ｉ．ｐ．）された抗ＰＤ−１又はビヒクルと比較した、ベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）株及びベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）株に由来するＥＶの用量及び投与経路に依存する有効性を示す。
【図１６】ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）は、ＮＡＳＨ症状を誘発するメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料を摂取しているマウスのＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）の低下に有効であったことを示す。
【図１７】ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの線維症を減少させたことを示す。
【図１８】ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓の総コレステロールを減少させたことを示す。
【図１９】ベイロネラ・パルブラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｐａｒｖｕｌａ）は、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓のトリグリセリドを減少させたことを示す。
【図２０】マウス結腸直腸癌モデルにおいて静脈内（ｉ．ｖ．）投与された抗ＰＤ−１又はビヒクルと比較した、バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）ＥＶの有効性を示す。
【図２１】１１日目にマウス結腸直腸癌モデルにおいて静脈内（ｉ．ｖ．）投与された抗ＰＤ−１又はビヒクルと比較した、バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）ＥＶの有効性を示す。＊＊１１日目のビヒクルコントロール群と比較した、バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）ＥＶ処置群における腫瘍体積の差異は非常に有意であり、Ｐ値は、ＧｒａｐｈＰａｄで算出されたＴ検定（両側、不対、ウェルチ補正）により決定した場合に０．００１１であった。
【図２２】マウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ−１又はビヒクルの有効性と比較した、ナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）ＥＶの有効性を示す。
【図２３】１１日目にマウス結腸直腸癌モデルにおいて腹腔内（ｉ．ｐ．）投与された抗ＰＤ−１又はビヒクルの有効性と比較した、ナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）ＥＶの有効性を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００８】
定義
「アジュバント」又は「アジュバント療法」は、患者又は対象の免疫学的又は生理学的応答に影響を及ぼす薬剤を広く指す。例えば、アジュバントは、時間と共に抗原の存在を増加させる又は腫瘍のような目的の領域における抗原の存在を増加させ、抗原提示細胞抗原の吸収を助け、マクロファージ及びリンパ球を活性化し、且つサイトカインの産生を支援する可能性がある。免疫応答を変えることにより、アジュバントは、より少ない用量の免疫相互作用剤が特定の用量の免疫相互作用剤の有効性又は安全性を高めることができる可能性がある。例えば、アジュバントは、Ｔ細胞の枯渇を防止し、従って特定の免疫相互作用剤の有効性又は安全性を高める可能性がある。
【０００９】
「投与」は、対象への組成物の投与経路を広く指す。投与経路の例には、経口投与、直腸投与、局所投与、吸入（鼻）、又は注射が含まれる。注射による投与には、静脈内（ＩＶ）投与、筋肉内（ＩＭ）投与、腫瘍内（ＩＴ）投与、及び皮下（ＳＣ）投与が含まれる。本明細書に記載の医薬組成物は、限定されるものではないが、腫瘍内、経口、非経口、腸内、静脈内、腹腔内、局所、経皮（例えば、任意の標準的なパッチを使用）、皮内、眼内、経鼻（鼻腔内）、局所、非経口、例えば、エアロゾル、吸入、皮下、筋肉内、口腔、舌下、（経）直腸、膣内、動脈内、及び髄腔内、経粘膜（例えば、舌下、舌、（経）頬、（経）尿道、膣（例えば、経膣及び膣周囲）、埋め込み、膀胱内、肺内、十二指腸内、胃内、及び気管支内を含む任意の効果的な経路によって任意の形態で投与することができる。好ましい実施形態では、本明細書に記載の医薬組成物は、経口、直腸、腫瘍内、局所、膀胱内、排出リンパ節内又はその近傍への注射により、静脈内、吸入若しくはエアロゾルにより、又は皮下投与される。
【００１０】
本明細書で使用される「抗体」という用語は、無傷の抗体及びその抗原結合断片の両方を指し得る。無傷の抗体は、ジスルフィド結合によって相互接続された少なくとも２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む糖タンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＶＨと略記）及び重鎖定常領域を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＶＬと略記）及び軽鎖定常領域を含む。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれるより保存された領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域にさらに細分化することができる。各ＶＨ及びＶＬは、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲで構成され、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって次の順序で配置されている：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。「抗体」という用語には、例えば、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、ヒト抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、単鎖抗体、及び抗原結合抗体断片が含まれる。
【００１１】
本明細書で使用される抗体の「抗原結合断片」及び「抗原結合部分」という用語は、抗原に結合する能力を保持した抗体の１つ又は複数の断片を指す。抗体の「抗原結合断片」という用語に含まれる結合断片の例には、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、ジスルフィド結合Ｆｖ、Ｆｄ、ダイアボディ、単鎖抗体、ＮＡＮＯＢＯＤＩＥＳ（登録商標）、単離ＣＤＲＨ３、及び無傷の抗体の可変領域の少なくとも一部を保持した他の抗体断片が含まれる。これらの抗体断片は、従来の組換え技術及び／又は酵素技術を用いて得ることができ、無傷の抗体と同じ要領で抗原結合についてスクリーニングすることができる。
【００１２】
「癌」は、周囲組織への侵入及び可能性として宿主の異常な細胞増殖の原発部位より遠位の組織への侵入をもたらす、宿主自体の細胞の制御されない異常な増殖を広く指す。主なクラスには、上皮組織（例えば、皮膚、扁平上皮細胞）の癌である癌腫；結合組織（例えば、骨、軟骨、脂肪、筋肉、血管など）の癌である肉腫；血液形成組織（例えば、骨髄組織）の癌である白血病；免疫細胞の癌であるリンパ腫及び骨髄腫；並びに脳及び脊髄組織の癌を含む中枢神経系癌が含まれる。「癌」、「新生物」、及び「腫瘍」は、本明細書では互換的に使用される。本明細書で使用される「癌」は、初発又は再発にかかわらず、白血病、癌腫、及び肉腫を含む全ての種類の癌又は新生物又は悪性腫瘍を指す。癌の具体例は：癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、リンパ腫、及び混合型腫瘍である。癌の非限定的な例は、脳、黒色腫、膀胱、乳房、子宮頸部、結腸、頭頸部、腎臓、肺、非小細胞肺、中皮腫、卵巣、前立腺、肉腫、胃、子宮、及び髄芽腫の初発又は再発癌である。
【００１３】
「細胞増加」は環境中における細胞の流入又は細胞の拡大を広く指し、この細胞は、組成物の投与前にはこの環境中に実質的に存在せず、且つこの組成物自体に存在しない。この環境を増加する細胞として、免疫細胞、間質細胞、細菌細胞、及び真菌細胞が挙げられる。特に興味深い環境は、癌細胞が存在するか又は位置する微小環境である。いくつかの場合では、この微小環境は、腫瘍微小環境、又は腫瘍排出リンパ節である。他の場合では、この微小環境は、前癌性組織部位、又は組成物の局所投与部位、又は遠隔投与後に組成物が蓄積する部位である。
【００１４】
「クレード」は、系統樹における統計的に妥当なノードの下流であるＯＴＵ又は系統樹のメンバーを指す。このクレードは、明確な単系統進化単位であり且つある程度の配列類似性を共有する、系統樹における末端葉のセットを含む。「操作上の分類単位」、「ＯＴＵ（又は複数形「ＯＴＵｓ」）は系統樹の末端葉を指し、核酸配列、例えば全ゲノム、又は特定の遺伝子配列、及び種のレベルでこの核酸配列に対する配列同一性を共有する全ての配列により定義される。いくつかの実施形態では、この特定の遺伝子配列は、１６Ｓ配列であり得るか、又は１６Ｓ配列の一部であり得る。他の実施形態では、２種の実体の全ゲノムが配列決定されて比較される。別の実施形態では、多座配列タグ（ＭＬＳＴ）等の選択領域、特定の遺伝子、又は遺伝子のセットを遺伝的に比較し得る。１６Ｓ実施形態では、１６Ｓ全体又は１６Ｓのいくつかの可変領域にわたり９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは同一のＯＴＵと見なされる（例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ  Ｍ  Ｊ，Ｗａｎｇ  Ｑ，Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ  Ｏ，Ｇｒｅｅｎｅ−Ｄｉｎｉｚ  Ｒ，Ｃｏｌｅ  Ｊ  Ｒ，Ｒｏｓ  Ｒ  Ｐ，ａｎｄ  Ｏ’Ｔｏｏｌｅ  Ｐ  Ｗ．２０１０．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｗｏ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ｆｏｒ  ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ  ｈｉｇｈｌｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｕｓｉｎｇ  ｔａｎｄｅｍ  ｖａｒｉａｂｌｅ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  ｇｅｎｅ  ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３８：ｅ２００．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ  Ｋ  Ｔ，Ｒａｍｅｔｔｅ  Ａ，ａｎｄ  Ｔｉｅｄｊｅ  Ｊ  Ｍ．２００６．Ｔｈｅ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｒ  Ｓｏｃ  Ｌｏｎｄ  Ｂ  Ｂｉｏｌ  Ｓｃｉ  ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい）。完全なゲノムを含む実施形態では、ＭＬＳＴ、特定の遺伝子、又は９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有する遺伝子ＯＴＵのセットは同一のＯＴＵと見なされる（例えば、Ａｃｈｔｍａｎ  Ｍ，ａｎｄ  Ｗａｇｎｅｒ  Ｍ．２００８．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１−４４０．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ  Ｋ  Ｔ，Ｒａｍｅｔｔｅ  Ａ，ａｎｄ  Ｔｉｅｄｊｅ  Ｊ  Ｍ．２００６．Ｔｈｅ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｒ  Ｓｏｃ  Ｌｏｎｄ  Ｂ  Ｂｉｏｌ  Ｓｃｉ  ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい）。ＯＴＵは、生物間の配列を比較することにより定義されることが多い。一般に、配列同一性が９５％未満である配列は、同一のＯＴＵの一部を形成するとは見なされない。ＯＴＵはまた、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子の任意の組み合わせによっても特徴付けられ得、特に、高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）又はその組み合わせによっても特徴付けられ得る。そのような特��付けは、例えばＷＧＳデータ又は全ゲノム配列を用いる。
【００１５】
２種以上の微生物株由来のＥＶの「組み合わせ」は、同一の材料若しくは製品か又は物理的に接続された製品のいずれかにおける２種のＥＶの物理的な共存、並びにこれら２種の株由来のＥＶの一時的な共投与又は共局在化を含む。
【００１６】
「減少する」又は「枯渇する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較したときに処置後に、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１／１００、１／１０００、１／１０，０００、１／１００，０００、１／１，０００，０００、又は検出不能であるような変化を意味する。
【００１７】
本明細書で使用される場合、「腸内毒素症」という用語は、微生物が腫瘍の核形成、維持、進行、又は拡散若しくは転移をもはや支持しない等の、微生物と腫瘍との間の相乗作用が破壊されている状態を指す。
【００１８】
「エピトープ」という用語は、抗体又はＴ細胞受容体に特異的に結合することができるタンパク質決定基を意味する。エピトープは通常、アミノ酸又は糖側鎖などの化学的に活性な表面分子群で構成されている。特定のエピトープは、抗体が結合できる特定のアミノ酸配列によって定義することができる。
【００１９】
本明細書で使用される場合、「操作された細菌」とは、人間の介入により自然状態から遺伝的に変更されているあらゆる細菌と、あらゆるそのような細菌の子孫とのことである。操作された細菌は、例えば、標的とされた遺伝子改変の産物、ランダム変異誘発スクリーニングの産物、及び定向進化の産物を含む。
【００２０】
「遺伝子」という用語は、生物学的機能に関連する任意の核酸を指すために広く使用される。「遺伝子」という用語は、特定のゲノム配列、及びそのゲノム配列によってコードされるｃＤＮＡ又はｍＲＮＡに適用される。
【００２１】
２つの核酸分子の核酸配列間の「同一性」は、例えば、Ｐｅａｒｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：２４４４  （他のプログラムには、ＧＣＧプログラムパッケージ（Ｄｅｖｅｒｅｕｘ，Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  １２（Ｉ）：３８７  （１９８４））、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、ＦＡＳＴＡ  Ａｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｍｏｌｅｃ  Ｂｉｏｌ  ２１５：４０３  （１９９０）；  Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｈｕｇｅ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒｓ，Ｍｒｔｉｎ  Ｊ．Ｂｉｓｈｏｐ，ｅｄ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，１９９４、及びＣａｒｉｌｌｏ  ｅｔ  ａｌ．（１９８８）  ＳＩＡＭ  Ｊ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍａｔｈ  ４８：１０７３が含まれる）に記載されているようにデフォルトパラメータを使用する「ＦＡＳＴＡ」プログラムなどの既知のコンピューターアルゴリズムを使用して同一性のパーセンテージとして決定することができる。例えば、国立バイオテクノロジー情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）のデータベースのＢＬＡＳＴ機能を使用して同一性を決定することができる。その他の市販又は公的に利用可能なプログラムには、ＤＮＡＳｔａｒ「ＭｅｇＡｌｉｇｎ」ｐｒｏｇｒａｍ  （Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）及びＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ  （ＵＷＧ）「Ｇａｐ」ｐｒｏｇｒａｍ  （Ｍａｄｉｓｏｎ  Ｗｉｓ．））が含まれる。
【００２２】
本明細書で使用される場合、「免疫障害」という用語は、免疫系の活性により引き起こされるあらゆる疾患、障害、又は疾患症状（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、及びアレルギー）を指す。免疫障害として下記が挙げられるがこれらに限定されない：自己免疫疾患（例えば、ループス、強皮症、溶血性貧血、血管炎、１型糖尿病、グレーブス病、関節リウマチ、多発性硬化症、グッドパスチャー症候群、悪性貧血、及び／若しくはミオパチー）、炎症性疾患（例えば、尋常性ざ瘡、喘息、小児脂肪便症、慢性前立腺炎、糸球体腎炎、炎症性腸疾患、骨盤内炎症性疾患、再灌流傷害、関節リウマチ、サルコイドーシス、移植片拒絶、血管炎、及び／若しくは間質性膀胱炎）、並びに／又はアレルギー（例えば、食物アレルギー、薬物アレルギー、及び／若しくは環境アレルギー）。
【００２３】
「免疫療法」とは、対象の免疫系を使用して疾患（例えば、免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患、癌）を処置する処置のことであり、この免疫療法として、例えば、チェックポイント阻害剤、癌ワクチン、サイトカイン、細胞療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞、及び樹状細胞療法が挙げられる。
【００２４】
「増加する」という用語は、状況に応じて、処置前の状態と比較したときに処置後に、差が少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、２倍、４倍、１０倍、１００倍、１０３倍、１０４倍、１０５倍、１０６倍、及び／又は１０７倍超であるような変化を意味する。増加し得る特性には、免疫細胞、細菌細胞、間質細胞、骨髄由来サプレッサー細胞、線維芽細胞、代謝産物、及びサイトカインが含まれる。
【００２５】
「自然免疫アゴニスト」又は「免疫アジュバント」とは、自然免疫レセプター（例えば、Ｔｏｌｌ様レセプター（ＴＬＲ）、ＮＯＤレセプター、ＲＬＲ、Ｃ型レクチンレセプター、ＳＴＩＮＧ−ｃＧＡＳ経路成分、インフラマソーム複合体）を特異的に標的とする小分子、タンパク質、又は他の作用物質のことである。例えば、ＬＰＳは、細菌由来であるか又は合成されたＴＬＲ−４アゴニストであり、アルミニウムを免疫刺激アジュバントとして使用し得る。免疫アジュバントは、より広範なアジュバント又はアジュバント療法の特定のクラスである。ＳＴＩＮＧアゴニストの例として、２’３’−ｃＧＡＭＰ、３’３’−ｃＧＡＭＰ、ｃ−ジ−ＡＭＰ、ｃ−ジ−ＧＭＰ、２’２’−ｃＧＡＭＰ、及び２’３’−ｃＧＡＭ（ＰＳ）２（Ｒｐ／Ｓｐ）（２’３’−ｃＧＡＭＰのビス−ホスホロチオエート類似体のＲｐ，Ｓｐ−異性体）が挙げられるがこれらに限定されない。ＴＬＲアゴニストの例として、ＴＬＲｌ、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲｌＯ、及びＴＬＲＩｌが挙げられるがこれらに限定されない。ＮＯＤアゴニストの例として、Ｎ−アセチルムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン（ムラミルジペプチド（ＭＤＰ））、γ−Ｄ−グルタミル−メソ−ジアミノピメリン酸（ｉＥ−ＤＡＰ）、及びデスムラミルペプチド（ＤＭＰ）が挙げられるがこれらに限定されない。
【００２６】
「内部転写スペーサー」又は「ＩＴＳ」は、特定の真菌において真核生物種の同定に使用されることが多い一般的な前駆体転写産物上の構造リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）の間に位置する非機能的ＲＮＡの一部である。リボソームのコアを形成する真菌のｒＲＮＡはシグナル遺伝子として転写され、８Ｓ領域、５．８Ｓ領域、及び２８Ｓ領域からなり、８Ｓ領域及び５．８Ｓ領域、並びに５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域それぞれの間にＩＴＳ４及び５が存在する。１８Ｓ領域及び５．８Ｓ領域、並びに５．８Ｓ領域及び２８Ｓ領域の間のこれら２つのシストロン間セグメントはスプライシングにより除去され、既に説明されているようにバーコーディング目的で種間に有意な変動を含む（Ｓｃｈｏｃｈ  ｅｔ  ａｌ  Ｎｕｃｌｅａｒ  ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  ｉｎｔｅｒｎａｌ  ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ  ｓｐａｃｅｒ（ＩＴＳ）ｒｅｇｉｏｎ  ａｓ  ａ  ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  ＤＮＡ  ｂａｒｃｏｄｅ  ｍａｒｋｅｒ  ｆｏｒ  Ｆｕｎｇｉ．ＰＮＡＳ  １０９：６２４１−６２４６．２０１２）。系統発生の再構築には１８Ｓ  ｒＤＮＡが伝統的に使用されているが、ＩＴＳはこの機能を果たし得、なぜならば、ＩＴＳは、一般的に高度に保存されているが、ほとんどの真菌の属及び種を区別するのに十分なヌクレオチド多様性を保有する超可変領域を含むからである。
【００２７】
「単離された」又は「濃縮された」という用語は、（１）（天然又は実験的設定にかかわらず）最初に産生されたときに結合していた成分の少なくとも一部から単離された、且つ／又は（２）人間の手によって生産、調製、精製、且つ／若しくは製造された、微生物、ＥＶ、又は他の実体若しくは物質を含む。単離された微生物は、最初に結合していた他の成分の少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又はそれ以上から単離することができる。いくつかの実施形態では、単離された微生物は、約８０％超、約８５％超、約９０％超、約９１％超、約９２％超、約９３％超、約９４％超、約９５％超、約９６％超、約９７％超、約９８％超、約９９％超、又は約９９％超の純度である。本明細書で使用される物質は、他の成分を実質的に含まない場合は「純粋」である。「精製する（ｐｕｒｉｆｙ）」、「精製する（ｐｕｒｉｆｙｉｎｇ）」、及び「精製された」という用語は、（例えば、自然又は実験的設定にかかわらず）最初に生産又は生成されたとき、又は最初の生産後の任意の時間に結合していた成分の少なくとも一部から単離された微生物又はその他の材料を指す。微生物又は微生物集団は、生産時又は生産後に単離された場合、微生物又は微生物集団を含む材料又は環境などから精製されたと見なすことができ、精製された微生物又は微生物集団は、最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％超までの他の材料を含んでもよく、それでも「単離された」と見なされる。いくつかの実施形態では、精製された微生物又は微生物集団は、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％超の純度である。本明細書で提供される微生物組成物の場合、組成物中に存在する１つ又は複数の微生物種を、微生物種を含む材料又は環境で生産される及び／又は存在する１つ又は複数の他の微生物とは別に精製することができる。微生物組成物及びその微生物成分は、一般に、残存生息産物から精製される。
【００２８】
「代謝産物」は、本明細書で使用される場合、あらゆる細胞の若しくは微生物の代謝反応において基質として使用されるありとあらゆる分子化合物、組成物、分子、イオン、補助因子、触媒、若しくは栄養素を指すか、又はあらゆる細胞の若しくは微生物の代謝反応から生成物として得られる化合物、組成物、分子、イオン、補助因子、触媒、又は栄養素を指す。
【００２９】
「微生物」は、細菌、真菌、微細藻類、原生動物、及び生物と関連する発達段階又はライフサイクル段階（例えば、栄養、胞子（例えば、胞子形成、休眠、及び発芽）、潜伏、バイオフィルム）を特徴とするあらゆる天然の又は操作された生物を指す。腸内微生物の例として下記が挙げられる：アクチノマイセス・グラエベニッツィイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｒａｅｖｅｎｉｔｚｉｉ）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ  ｍｕｃｉｎｉｐｈｉｌａ）、バクテロイデス・カッカエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃａｃｃａｅ）、バクテロイデス・フラギリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）、バクテロイデス・プトレディニス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）、バクテロイデス・シータイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）、バクテロイデス・ブルターガス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｔａｇｕｓ）、ビフィドバクテリウム・アドレスセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）、ビフィドバクテリウム・ビフィドゥム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビロフィラ・ワーズワーシア（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、ブチリビブリオ（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）、カンピロバクター・グラシリス（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ  ｇｒａｃｉｌｉｓ）、クロストリジア・クラスターＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＩＩＩ）、クロストリジア・クラスターＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＩＶ）、クロストリジア・クラスターＩＸ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＩＸ）（アシダミノコッカス科群（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ  ｇｒｏｕｐ））、クロストリジア・クラスターＸＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＸＩ）、クロストリジア・クラスターＸＩＩＩ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＸＩＩＩ）（ペプトストレプトコッカス属群（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｒｏｕｐ））、クロストリジア・クラスターＸＩＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＸＩＶ）、クロストリジア・クラスターＸＶ（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＸＶ）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）、コプロコッカス（Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）、コリネバクテリウム・サンスバレンセ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｕｎｓｖａｌｌｅｎｓｅ）、デスルホモナス・ピグラ（Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａ）、ドレア・フォルミシゲネランス（Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ）、ドレア・ロンギカテナ（Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、ユウバクテリウム・ハドルム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｄｒｕｍ）、ユウバクテリウム・レクタレ（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ）、フィーカリバクテリア・プラウスニッツ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉａ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ���、ゲメラ（Ｇｅｍｅｌｌａ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ラクノスピラ（Ｌａｎｃｈｎｏｓｐｉｒａ）、モリキュート・クラスターＸＶＩ（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＸＶＩ）、モリキュート・クラスターＸＶＩＩＩ（Ｍｏｌｌｉｃｕｔｅｓ  ｃｌｕｓｔｅｒ  ＸＶＩＩＩ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ロシア・ムシラギノサ（Ｒｏｔｈｉａ  ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓａ）、ルミノコッカス・カリダス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ）、ルミノコッカス・グナバス（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｇｎａｖｕｓ）、ルミノコッカス・トルキース（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ）、及びストレプトコッカス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）。
【００３０】
「マイクロバイオーム」は、対象又は患者の身体部位上に存在するか又は身体部位中に存在する微生物を広く指す。マイクロバイオーム中の微生物は、細菌、ウイルス、真核微生物、及び／又はウイルスを含み得る。マイクロバイオーム中の個々の微生物は、代謝的に活性であり得、休眠中であり得、潜伏性であり得、若しくは胞子として存在し得るか、浮遊状態で（ｐｌａｎｋｔｏｎｉｃａｌｌｙ）若しくはバイオフィルム中に存在し得えるか、又は持続的に若しくは一時的にマイクロバイオーム中に存在し得る。マイクロバイオームは、共生状態の若しくは健康状態のマイクロバイオームであってもよいし、疾患状態のマイクロバイオームであってもよい。マイクロバイオームは対象若しくは患者に固有であってもよく、又はマイクロバイオームの構成成分は、健康状態（例えば、前癌状態若しくは癌状態）又は処置条件（例えば、抗生物質による処置、様々な微生物への曝露）の変化に起因して調節されてもよいし、導入されてもよいし、枯渇されてもよい。いくつかの態様では、マイクロバイオームは粘膜表面で生じる。いくつかの態様では、マイクロバイオームは腸内マイクロバイオームである。いくつかの態様では、マイクロバイオームは腫瘍マイクロバイオームである。
【００３１】
組織又はサンプルの「マイクロバイオームプロファイル」又は「マイクロバイオームシグネチャ」は、マイクロバイオームの細菌構造の少なくとも部分的な特徴を指す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、マイクロバイオーム中に少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、３５種、４０種、４５種、５０種、５５種、６０種、６５種、７０種、７５種、８０種、８５種、９０種、９５種、１００種、又はより多くの細菌株が存在するか存在しないかを示す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、サンプル中に少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、３５種、４０種、４５種、５０種、５５種、６０種、６５種、７０種、７５種、８０種、８５種、９０種、９５種、１００種、又はより多くの癌関連細菌株が存在するかどうかを示す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは、サンプルで検出された各細菌株の相対量又は絶対量を示す。いくつかの実施形態では、マイクロバイオームプロファイルは癌関連マイクロバイオームプロファイルである。癌関連マイクロバイオームプロファイルは、一般集団においてよりも癌を有する対象において頻繁に生じるマイクロバイオームプロファイルである。いくつかの実施形態では、癌関連マイクロバイオームプロファイルは、癌を有しない個体から採取された以外は等価の組織又はサンプルのマイクロバイオーム中に通常存在するよりも多い数又は量の癌関連細菌を含む。
【００３２】
細菌に関する「改変された」は、野生型から変化を受けている細菌を広く指す。細菌改変の例として、遺伝子改変、遺伝子発現、表現型改変、製剤化、化学的改変、及び用量又は濃度が挙げられる。改善された特性の例は本明細書全体を通して説明されており、例えば、弱毒化、栄養素要求性、ホーミング、又は抗原性が挙げられる。表現型改変として、例えば、病原性を増加させるか又は減少させる細菌の表現型を改変する培地中での細菌増殖が挙げられる可能性がある。
【００３３】
本明細書で使用される場合、遺伝子が細菌で「過剰発現」されるとは、同じ条件下で同じ種の野生型細菌によって発現されるよりも、少なくともいくつかの条件下でエンジニアリングされた細菌でより高いレベルで発現される場合である。同様に、遺伝子が細菌で「過少発現」されるとは、同じ条件下で同じ種の野生型細菌によって発現されるよりも、少なくともいくつかの条件下でエンジニアリングされた細菌でより低いレベルで発現される場合である。
【００３４】
「ポリヌクレオチド」及び「核酸」という用語は互換的に使用される。それらは、デオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチド又はそれらの類似体である任意の長さのポリマー型のヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有し得、あらゆる機能を果たし得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子又は遺伝子断片のコード領域又は非コード領域、連鎖解析から定義される遺伝子座、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、サイレンシングＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離ＤＮＡ、任意の配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマー。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、ポリマーのアセンブリの前又は後に付与され得る。ポリヌクレオチドは、標識成分との結合などによりさらに修飾してもよい。本明細書で提供される全ての核酸配列において、ＵヌクレオチドはＴヌクレオチドと交換可能である。
【００３５】
「オンコバイオーム（ｏｎｃｏｂｉｏｍｅ）」は、本明細書で使用される場合、病原性微生物叢、腫瘍形成性微生物叢、及び／又は癌関連微生物叢を含み、この微生物叢は、ウイルス、細菌、真菌、原生生物、寄生生物、又は別の微生物の内の１つ又は複数を含む。
【００３６】
「腫瘍栄養性（ｏｎｃｏｔｒｏｐｈｉｃ）」又は「腫瘍親和性（ｏｎｃｏｐｈｉｌｉｃ）」の微生物及び細菌とは、癌微小環境に高度に関連するか又は存在する微生物のことである。この微生物は、この環境内で優先的に選択され得るか、癌微小環境中で優先的に増殖するか、又は前記環境に磨きをかけ得る。
【００３７】
「操作的分類単位」及び「ＯＴＵ（ｓ）」は、系統樹における末端の葉を指し、核酸配列、例えば、全ゲノム又は特定の遺伝子配列、及びこの核酸配列と種のレベルで配列同一性を共有する全ての配列によって定義される。いくつかの実施形態では、特定の遺伝子配列は、１６Ｓ配列又は１６Ｓ配列の一部であり得る。他の実施形態では、２つの実体の全ゲノムが配列決定され、比較される。別の実施形態では、多遺伝子座配列タグ（ＭＬＳＴ）、特定の遺伝子、又は遺伝子のセットなどの選択領域を遺伝的に比較することができる。１６Ｓの場合、１６Ｓ全体又は１６Ｓの一部の可変領域で９７％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有するＯＴＵは、同じＯＴＵと見なされる。例えば、Ｃｌａｅｓｓｏｎ  ＭＪ，Ｗａｎｇ  Ｑ，Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎ  Ｏ，Ｇｒｅｅｎｅ−Ｄｉｎｉｚ  Ｒ，Ｃｏｌｅ  ＪＲ，Ｒｏｓｓ  ＲＰ，ａｎｄ  Ｏ’Ｔｏｏｌｅ  ＰＷ．２０１０．Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｗｏ  ｎｅｘｔ−ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  ｆｏｒ  ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ  ｈｉｇｈｌｙ  ｃｏｍｐｌｅｘ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ  ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｕｓｉｎｇ  ｔａｎｄｅｍ  ｖａｒｉａｂｌｅ  １６Ｓ  ｒＲＮＡ  ｇｅｎｅ  ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ  ３８：ｅ２００．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ  ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ  Ａ，ａｎｄ  Ｔｉｅｄｊｅ  ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｒ  Ｓｏｃ  Ｌｏｎｄ  Ｂ  Ｂｉｏｌ  Ｓｃｉ  ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい。完全なゲノムの場合、ＭＬＳＴ、１６Ｓ以外の特定の遺伝子、又は９５％以上の平均ヌクレオチド同一性を共有する遺伝子セットＯＴＵは同じＯＴＵと見なす。例えば、Ａｃｈｔｍａｎ  Ｍ，ａｎｄ  Ｗａｇｎｅｒ  Ｍ．２００８．Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６：４３１−４４０．Ｋｏｎｓｔａｎｔｉｎｉｄｉｓ  ＫＴ，Ｒａｍｅｔｔｅ  Ａ，ａｎｄ  Ｔｉｅｄｊｅ  ＪＭ．２００６．Ｔｈｅ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｓｐｅｃｉｅｓ  ｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｉｃ  ｅｒａ．Ｐｈｉｌｏｓ  Ｔｒａｎｓ  Ｒ  Ｓｏｃ  Ｌｏｎｄ  Ｂ  Ｂｉｏｌ  Ｓｃｉ  ３６１：１９２９−１９４０を参照されたい。ＯＴＵは、多くの場合、生物間の配列を比較することで定義される。一般に、９５％未満の配列同一性を有する配列は、同じＯＴＵの部分を形成するとは見なされない。ＯＴＵは、ヌクレオチドマーカー又は遺伝子、特に高度に保存された遺伝子（例えば、「ハウスキーピング」遺伝子）の任意の組み合わせ、又はそれらの組み合わせによっても特徴付けることができる。本明細書では、例えば、属、種、及び系統分岐群に分類学的に割り当てられた操作的分類単位（ＯＴＵ）が提供される。
【００３８】
本明細書で使用される場合、「細胞外小胞」又は「ＥＶ」という用語は、ナノ粒子に含まれる、細菌脂質、並びに細菌タンパク質、及び／又は細菌核酸、及び／又は炭水化物部分を含む細菌由来の組成物を指す。このＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なる脂質種を含み得る。ＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なるタンパク質種を含み得る。ＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なる核酸種を含み得る。ＥＶは、１種、２種、３種、４種、５種、１０種、又は１０種超の異なる炭水化物種を含み得る。
【００３９】
本明細書で使用される場合、物質は、他の成分を実質的に含まない場合には「純粋」である。「精製する（ｐｕｒｉｆｙ）」、「精製する（ｐｕｒｉｆｙｉｎｇ）」、及び「精製された（ｐｕｒｉｆｉｅｄ）」という用語は、（例えば、自然界で若しくは実験的な設定で）最初に産生されたか若しくは生成された際に付随したか又は最初の産生後の任意の時間にわたり付随した成分の少なくとも一部から分離されているＥＶ又は他の物質を指す。ＥＶは、産生時に又は産生後に、例えば１種又は複数種の他の細菌成分から単離されている場合に精製されたと見なされ得、精製された微生物又は微生物集団は、他の物質を最大約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、又は約９０％超含み得、それでもなお「精製された」と見なされる。いくつかの実施形態では、精製されたＥＶは、約８０％超、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、又は約９９％超純粋である。ＥＶ組成物、及びその微生物成分は、例えば、残存生息環境産物（ｒｅｓｉｄｕａｌ  ｈａｂｉｔａｔ  ｐｒｏｄｕｃｔ）から精製されている。
【００４０】
本明細書で使用される場合、「精製されたＥＶ組成物」又は「ＥＶ組成物」という用語は、原材料中に見出される少なくとも１種の付随する物質から分離されている（例えば、少なくとも１種の他の細菌成分から分離されている）ＥＶを含む調製物か、又はこの調製物を生成するために使用される任意のプロセスにおいてＥＶに付随する任意の物質から分離されているＥＶを含む調製物を指す。この用語はまた、有意に富化されているか又は濃縮されている組成物も指す。いくつかの実施形態では、ＥＶは、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、１００倍、１０００倍、１０，０００倍、又は１０，０００倍超濃縮されている。
【００４１】
「残存生息環境産物」は、対象内の又は対象上の微生物叢の生息環境に由来する物質を指す。例えば、微生物は、胃腸管内の糞便中に、皮膚それ自体上に、唾液中に、気道の粘膜中に、又は尿生殖路の分泌物（即ち、微生物群衆に関連する生物学的物質）中に生息する。残存生息環境産物を実質的に含まないということは、細菌組成物が、ヒト又は動物対象の身体上又は身体内の微生物環境と関連する生物学的物質をもはや含んでおらず、且つ微生物群衆と関連するあらゆる混入性生物学的物質を１００％含まず、９９％含まず、９８％含まず、９７％含まず、９６％含まず、又は９５％含まないことを意味する。残存生息環境産物は、非生物的物質（例えば未消化の食物）を含み得るか、又は不要な微生物を含み得る。残存生息環境産物を実質的に含まないということはまた、細菌生成物がヒト又は動物に由来する検出可能な細胞を含まず、且つ微生物細胞のみが検出可能であることも意味し得る。一実施形態では、残存生息環境産物を実施的に含まないということはまた、細菌組成物が検出可能なウイルス（例えば細菌ウイルス（例えばファージ））混入物、真菌混入物、マイコプラズマ混入物を含まないことも意味し得る。別の実施形態では、残存生息環境産物を実施的に含まないということは、微生物細胞と比較して、微生物組成物中の生細胞の１×１０−２％、１×１０−３％、１×１０−４％、１×１０−５％、１×１０−６％、１×１０−７％、１×１０−８％未満がヒト又は動物であることを意味する。この純度を達成するための複数の方法が存在しており、これらのいずれも限定するものではない。そのため、一連の単一コロニーからの反復（例えば、限定されないが２回）画線が単一コロニー形態のみを示しているまで固体培地上で単一コロニーを画線する複数の工程により所望の構成物を単離することによって、混入を減少させ得る。或いは、単一の所望される細胞に対する、複数回の１０倍連続希釈等の複数回の連続希釈（例えば１０−８又は１０−９の希釈）により、混入の減少を達成し得る。このことは、複数の単離コロニーが類似の細胞形状及びグラム染色挙動を有することを示すことにより、さらに裏付けられ得る。十分な純度を確認する他の方法として、遺伝子解析（例えば、ＰＣＲ、ＤＮＡ配列決定）、血清学的分析及び抗原分析、酵素学的分析及び代謝分析、並びに混入物から所望の構成物を区別する試薬によるフローサイトメトリー等の計測手段を使用する方法が挙げられる。
【００４２】
本明細書で使用される「特異的結合」は、抗体が所定の抗原に結合する能力、又はポリペプチドがその所定の結合パートナーに結合する能力を指す。典型的には、抗体又はポリペプチドは、約１０−７Ｍ以下のＫＤに対応する親和性でその所定の抗原又は結合パートナーに特異的に結合し、非特異的及び無関係な抗原／結合パートナー（例えば、ＢＳＡ、カゼイン）に結合する親和性に対して少なくとも１０倍未満、少なくとも１００倍未満、又は少なくとも１０００倍未満である親和性（ＫＤで表される）で所定の抗原／結合パートナーに結合する。或いは、特異的結合は、１つの成分がタンパク質、脂質、又は炭水化物又はそれらの組み合わせであり、且つタンパク質、脂質、炭水化物又はそれらの組み合わせである第２の成分と特異的に結合する２成分系により広く当てはまる。
【００４３】
「対象」又は「患者」という用語は、任意の動物を指す。「それを必要とする」として記載される対象又は患者は、疾患の処置を必要とする者を指す。哺乳類（すなわち、哺乳動物）には、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ）、及びペット（例えば、イヌ、ネコ、げっ歯類）が含まれる。
【００４４】
「菌株（株）」とは、同じ細菌種の密接に関連するメンバーと区別できるような遺伝的特徴を有する細菌種のメンバーを指す。遺伝的特徴は、少なくとも１つの遺伝子の全て又は一部の欠如、少なくとも１つの調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の全て又は一部の欠如、少なくとも１つの天然プラスミドの欠如（「キュアリング」）、少なくとも１つの組換え遺伝子の存在、少なくとも１つの変異遺伝子の存在、少なくとも１つの外来遺伝子（別の種に由来する遺伝子）の存在、少なくとも１つの変異した調節領域（例えば、プロモーター、ターミネーター、リボスイッチ、リボソーム結合部位）の存在、少なくとも１つの非天然プラスミドの存在、少なくとも１つの抗生物質耐性カセットの存在、又はそれらの組み合わせであり得る。異なる菌株間の遺伝的特徴は、ＰＣＲ増幅、及び任意選択によるそれに続く目的のゲノム領域又はゲノム全体のＤＮＡ配列決定によって特定することができる。１つの菌株（同じ種の別の菌株と比較した）が抗生物質耐性を獲得若しくは喪失した場合、又は生合成能力（栄養要求性菌株など）を獲得若しくは喪失した場合、抗生物質を使用した選択又は栄養素／代謝産物を使用した逆選択によって菌株を区別することができる。
【００４５】
本明細書で使用される、対象の疾患を「処置する」又は疾患を有する若しくは有すると疑われる対象を「処置する」という用語は、疾患の少なくとも１つの症状が軽減されるか又は悪化が防止されるように、対象を薬学的に処置すること、例えば１つ又は複数の薬剤を投与することを指す。従って、一実施形態では、「処置する」は、とりわけ、進行の遅延、寛解の促進、寛解の誘発、寛解の増強、回復の加速、代替治療薬の有効性の増加若しくは耐性の低下、又はそれらの組み合わせを指す。特定の実施形態では、対象が、無処置で期待される以上の腫瘍サイズの減少、腫瘍数の減少、腫瘍成長の減少、癌転移の減少、及び／又は総癌細胞数の減少を処置後に経験すると、癌が処置されたことになる。
【００４６】
細菌
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、細菌、及び／又は細菌から作られているＥＶを含む医薬組成物である。
【００４７】
いくつかの実施形態では、ＥＶが得られる細菌は、ＥＶ産生を増強するように改変されており、（例えば、耐酸性、粘膜付着及び／若しくは浸透、並びに／又は胆汁酸、消化酵素に対する耐性、抗菌性ペプチド及び／若しくは抗体中和に対する耐性の改善により）産生されたＥＶの経口送達を増強するように改変されており、所望の細胞タイプ（例えば、Ｍ細胞、杯細胞、腸細胞、樹状細胞、マクロファージ）を標的とするように改変されており、（例えば、単独で若しくは別の治療薬との組み合わせで）産生されたＥＶの免疫調節効果及び／若しくは治療効果を増強するように改変されており、並びに／又は（例えば、多糖、線毛（ｐｉｌｉ）、線毛（ｆｉｍｂｒｉａｅ）、アドヘシンの産生の改変を通じて）産生されたＥＶによる免疫の活性化若しくは抑制を増強するように改変されている。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている操作された細菌は、細菌及び／又はＥＶの製造を改善する（例えば、より高い酸素耐性、安定性、改善された凍結解凍耐性、より短い生成時間）ように改変されている。例えば、いくつかの実施形態では、説明されている操作された細菌として、１つ又は複数の遺伝的変化を保有する細菌が挙げられ、そのような変化は、細菌染色体若しくは内因性プラスミド及び／又は１種若しくは複数種の外来性プラスミドで含まれる１つ又は複数のヌクレオチドの挿入、欠失、転座、若しくは置換、又はこれらの任意の組み合わせであり、この遺伝的変化により、１つ又は複数の遺伝子の過剰発現及び／又は過小発現が引き起こされ得る。操作された微生物を、当該技術分野で既知の任意の技術（例えば、限定されないが、部位特異的変異誘発、トランスポゾン変異誘発、ノックアウト、ノックイン、ポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、化学的変異誘発、紫外線変異誘発、形質転換（化学的若しくはエレクトロポレーションによる）、ファージ形質導入、定向進化、又はこれらの任意の組み合わせ）を使用して生成し得る。
【００４８】
本明細書で使用される場合、「細菌」という用語は、原核生物（例えば、グラム陽性生物及びグラム陰性生物）のドメインを広く指す。本明細書で説明されているＥＶを産生するために使用され得る細菌の種及び／又は株の例が、表１及び／又は表２並びに本明細書全体の他の箇所に記載されている。いくつかの実施形態では、この細菌株は、表１及び／又は表２に列挙された株に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％の配列同一性を有するゲノムを有する細菌株である。いくつかの実施形態では、ＥＶは腫瘍栄養性細菌に由来する。いくつかの実施形態では、ＥＶは免疫刺激細菌に由来する。いくつかの実施形態では、ＥＶは免疫抑制細菌に由来する。いくつかの実施形態では、ＥＶは免疫調節細菌に由来する。ある特定の実施形態では、ＥＶは、本明細書に記載された細菌株の組み合わせから生成される。いくつかの実施形態では、この組み合わせは、少なくとも２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１１種、１２種、１３種、１４種、１５種、２０種、２５種、３０種、３５種、４０種、４５種、又は５０種の細菌株の組み合わせである。いくつかの実施形態では、組み合わせは、表１及び／若しくは表２に列挙された細菌株に由来するＥＶ、並びに／又は表１及び／若しくは表２に列挙された株に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％の配列同一性を有するゲノムを有する細菌株に由来するＥＶを含む。
【００４９】
【表１】
2020533290.tif 000002
【００５０】
【表２】
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【００５１】
【表３】
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【００５２】
【表４】
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【００５３】
【表５】
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【００５４】
【表６】
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【００５５】
【表７】
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【００５６】
【表８】
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【００５７】
【表９】
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【００５８】
【表１０】
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【００５９】
【表１１】
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【００６０】
【表１２】
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【００６１】
【表１３】
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【００６２】
【表１４】
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【００６３】
【表１５】
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【００６４】
【表１６】
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【００６５】
【表１７】
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【００６６】
【表１８】
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【００６７】
【表１９】
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【００６８】
【表２０】
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【００６９】
【表２１】
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【００７０】
【表２２】
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【００７１】
【表２３】
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【００７２】
【表２４】
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【００７３】
【表２５】
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【００７４】
【表２６】
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【００７５】
【表２７】
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【００７６】
【表２８】
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【００７７】
【表２９】
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【００７８】
【表３０】
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【００７９】
【表３１】
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【００８０】
【表３２】
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【００８１】
【表３３】
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【００８２】
【表３４】
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【００８３】
【表３５】
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【００８４】
【表３６】
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【００８５】
【表３７】
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【００８６】
【表３８】
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【００８７】
【表３９】
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【００８８】
【表４０】
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【００８９】
【表４１】
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【００９０】
【表４２】
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【００９１】
【表４３】
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【００９２】
【表４４】
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【００９３】
【表４５】
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【００９４】
【表４６】
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【００９５】
【表４７】
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【００９６】
【表４８】
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【００９７】
【表４９】
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【００９８】
【表５０】
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【００９９】
【表５１】
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【０１００】
【表５２】
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【０１０１】
【表５３】
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【０１０２】
【表５４】
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【０１０３】
【表５５】
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【０１０４】
【表５６】
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【０１０５】
【表５７】
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【０１０６】
【表５８】
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【０１０７】
【表５９】
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【０１０８】
【表６０】
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【０１０９】
【表６１】
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【０１１０】
【表６２】
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【０１１１】
【表６３】
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【０１１２】
【表６４】
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【０１１３】
【表６５】
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【０１１４】
【表６６】
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【０１１５】
【表６７】
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【０１１６】
【表６８】
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【０１１７】
【表６９】
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【０１１８】
【表７０】
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【０１１９】
【表７１】
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【０１２０】
【表７２】
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【０１２１】
【表７３】
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【０１２２】
【表７４】
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【０１２３】
【表７５】
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【０１２４】
【表７６】
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【０１２５】
ある特定の実施形態では、本明細書で説明されているＥＶは、偏性嫌気性細菌から得られる。偏性嫌気性細菌の例として、グラム陰性かん状菌（例えば、バクテロイデス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ビロフィラ（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ）、及びステレラ種（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｓｐｐ．）の属）、グラム陽性球菌（主にペプトストレプトコッカス種（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐｐ．））、グラム陽性芽胞形成（クロストリジウム種（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｐ．））、非芽胞形成桿菌（アクチノマイセス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、プロピオニバクテリウム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ユウバクテリウム（Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、及びビフィドバクテリウム種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．））、並びにグラム陰性球菌（主にベイロネラ種（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐｐ．））が挙げられる。いくつかの実施形態では、偏性嫌気性細菌は、アガトバキュラム（Ａｇａｔｈｏｂａｃｕｌｕｍ）、アトポビウム（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、バークホルデリア（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ）、ジエルマ（Ｄｉｅｌｍａ）、ロンギカテナ（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ）、パラクロストリジウム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）、ツリシバクター（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）、及びチゼレラ（Ｔｙｚｚｅｒｅｌｌａ）から選択される属に属する。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶは、エシェリキア（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）、シゲラ（Ｓｈｉｇｅｌｌａ）、及びスタフィロコッカス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａ）から選択される属の細菌から得られる。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている細菌及びＥＶは、ブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、パラクロストリジウム・ベンゾエリチカム（Ｐａｒａｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｅｎｚｏｅｌｙｔｉｃｕｍ）、ジエルマ・ファスチジオサ（Ｄｉｅｌｍａ  ｆａｓｔｉｄｉｏｓａ）、ロンギカテナ・カエシムリス（Ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ  ｃａｅｃｉｍｕｒｉｓ）、ベイロネラ・トベツエンシス（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｔｏｂｅｔｓｕｅｎｓｉｓ）から選択される種に属する。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶ及び／又は細菌は、治療用部分を含むように、連結されているように、及び／又は結合しているように改変されている。いくつかの実施形態では、この治療用部分は癌特異的部分である。いくつかの実施形態では、この癌特異的部分は、癌細胞に対する結合特異性を有する（例えば、癌特異的抗原に対する結合特異性を有する）。いくつかの実施形態では、この癌特異的部分は抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、この癌特異的部分はＴ細胞レセプター又はキメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、この癌特異的部分は、癌細胞の表面上で発現されるレセプター用のリガンド又はそのレセプター結合断片を含む。いくつかの実施形態では、この癌特異的部分は、下記の２つの部分を有する二部融合タンパク質である：細菌に結合している及び／又は連結されている第１の部分、並びに（例えば、癌特異的抗原に対する結合特異性を有することにより）癌細胞に結合し得る第２の部分。いくつかの実施形態では、この第１の部分は、ＰＧＲＰ等の完全長ペプチドグリカン認識タンパク質又はその断片である。いくつかの実施形態では、この第１の部分は、（例えば、細菌抗原に対する結合特異性を有することにより）ＥＶに対する結合特異性を有する。いくつかの実施形態では、この第１及び／又は第２の部分は、抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、この第１及び／又は第２の部分は、Ｔ細胞レセプター又はキメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、この第１及び／第２の部分は、癌細胞の表面上で発現されるレセプター用のリガンド又はそのレセプター結合断片を含む。ある特定の実施形態では、癌特異的部分とＥＶとの共投与（併用投与又は個別投与のいずれか）により、ＥＶの癌細胞への標的化が増加する。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶは、磁性部分及び／又は常磁性部分（例えば磁気ビーズ）を含むように、連結されているように、及び／又は結合しているように改変されている。いくつかの実施形態では、この磁性部分及び／又は常磁性部分は、細菌に含まれており、及び／又は細菌に直接連結されている。いくつかの実施形態では、この磁性部分及び／又は常磁性部分は、ＥＶに結合するＥＶ結合部分に連結されており、及び／又はこのＥＶ結合部分の一部である。いくつかの実施形態では、このＥＶ結合部分は、ＰＧＲＰ等の完全長ペプチドグリカン認識タンパク質又はその断片である。いくつかの実施形態では、このＥＶ結合部分は、（例えば、細菌抗原に対する結合特異性を有することにより）ＥＶに対する結合特異性を有する。いくつかの実施形態では、このＥＶ結合部分は、抗体又はその抗原結合断片を含む。いくつかの実施形態では、このＥＶ結合部分は、Ｔ細胞レセプター又はキメラ抗原レセプター（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、このＥＶ結合部分は、癌細胞の表面上で発現されるレセプター用のリガンド又はそのレセプター結合断片を含む。ある特定の実施形態では、この磁性部分及び／又は常磁性部分とＥＶとの共投与（併用投与又は個別投与のいずれか）を使用して、ＥＶの癌細胞及び／又は対象において癌細胞が存在する部分への標的化を増加させ得る。
【０１３０】
ＥＶの産生
ある特定の態様では、本明細書で説明されているＥＶを、当該技術分野で既知の任意の方法を使用して調製し得る。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、ＥＶをＥＶ精製工程なしで調製する。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶを含む細菌を、細菌のＥＶを無傷のままにする方法を使用して死滅させ、結果として得られた、ＥＶを含む細菌成分を、本明細書で説明されている方法及び組成物で使用する。いくつかの実施形態では、この細菌を、抗生物質を使用して（例えば、本明細書で説明されている抗生物質を使用して）死滅させる。いくつかの実施形態では、この細菌を、ＵＶ照射を使用して死滅させる。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されているＥＶを、１種又は複数種の他の細菌成分から精製する。細菌からＥＶを精製する方法は当該技術分野で既知である。いくつかの実施形態では、ＥＶを、Ｓ．Ｂｉｎ  Ｐａｒｋ，ｅｔ  ａｌ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１）又はＧ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ  ａｌ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５）（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）で説明されている方法を使用して細菌培養物から調製する。いくつかの実施形態では、細菌を高い光学密度まで培養し、次いで（例えば、４℃において３０分にわたり１０，０００×ｇで）遠心分離して細菌をペレット化する。いくつかの実施形態では、次いで培養上清をフィルタに通して、無傷の細菌細胞を排除する（例えば０．２２μｍフィルタ）。いくつかの実施形態では、ろ過した上清を（例えば、４℃において１〜３時間にわたり１００，０００〜１５０，０００×ｇで）遠心分離して細菌ＥＶをペレット化する。いくつかの実施形態では、得られたＥＶペレットを（例えばＰＢＳ中に）再懸濁させ、再懸濁したＥＶをスクロース勾配（例えば３０〜６０％不連続スクロース勾配）にアプライし、続いて（例えば４℃において２０時間にわたり２００，０００×ｇで）遠心分離することにより、ＥＶをさらに精製する。ＥＶバンドを集め、（例えばＰＢＳで）洗浄し、（例えば４℃において３時間にわたり１５０，０００×ｇで）遠心分離してＥＶをペレット化する。精製したＥＶを、使用するまで例えば−８０℃で保存し得る。いくつかの実施形態では、このＥＶを、ＤＮアーゼ及び／又はプロテイナーゼＫによる処理によりさらに精製する。
【０１３３】
例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で開示されている細菌の培養物を４℃において２０〜４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離して、細菌をペレット化し得る。培養上清を０．２２μｍフィルタに通して、無傷の細菌細胞を排除し得る。次いで、ろ過した上清を、硫酸アンモニウム沈殿、超遠心分離、又はろ過が挙げられ得るがこれらに限定されない方法を使用して濃縮し得る。例えば、硫酸アンモニウム沈殿の場合、４℃で撹拌しつつ、ろ過した上清に１．５〜３Ｍの硫酸アンモニウムを緩やかに添加し得る。８〜４８時間にわたり４℃で沈殿物をインキュベートし得、次いで４℃において２０〜４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離し得る。得られたペレットは細菌のＥＶ及び他の残屑を含む。超遠心分離を使用して、ろ過した上清を４℃において１〜１６時間にわたり１００，０００〜２００，０００×ｇで遠心分離し得る。この遠心分離のペレットは細菌のＥＶ及び他の残屑を含む。いくつかの実施形態では、ろ過技術を使用して（例えば、Ａｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａスピンフィルタの使用を通して、又は接線流ろ過により）、５０又は１００ｋＤａ超の分子量の種を保持するように上清をろ過し得る。
【０１３４】
或いは、バイオリアクタを交互接線流（ａｌｔｅｒｎａｔｉｎｇ  ｔａｎｇｅｎｔｉａｌ  ｆｌｏｗ）（ＡＴＦ）システム（例えば、ＲｅｐｌｉｇｅｎのＸＣｅｌｌ  ＡＴＦ）に接続することにより、増殖中において連続的に、又は増殖中の選択された時点で、細菌培養物からＥＶを得ることができる。このＡＴＦシステムは、バイオリアクタ中に無傷の細胞（０．２２ｕｍ超）を保持し、より小さい成分（例えば、ＥＶ、遊離タンパク質）がフィルタを通って集められることを可能にする。例えば、このシステムは、次いで０．２２ｕｍ未満のろ液が１００ｋＤａの第２のフィルタを通過するように構成され得、０．２２ｕｍと１００ｋＤａとの間のＥＶ等の種が集められて、１００ｋＤａと比べて小さい種がバイオリアクタにポンプで戻されることを可能にする。或いは、このシステムは、培養物の増殖中にバイオリアクタ中の培地が補充されるのを及び／又は変更されるのを可能にするように構成され得る。この方法により集められたＥＶを、ろ過した上清に関して上記で説明したように、超遠心分離又はろ過によりさらに精製し得、及び／又は濃縮し得る。
【０１３５】
本明細書で提供される方法によって得られるＥＶは、限定されるものではないが、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用を含み得る方法を用いて、サイズ排除カラムクロマトグラフィー、アフィニティークロマトグラフィー、及び勾配超遠心分離によってさらに精製することができる。簡単に述べると、スクロース勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離が使用されてろ過された上清が濃縮されたら、ペレットを６０％スクロース、３０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁される。ろ過を使用してろ過した上清を濃縮する場合、濃縮液が、Ａｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａカラムを用いて、６０％スクロース、３０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換される。サンプルは、３５〜６０％の不連続スクロース勾配に適用され、４℃で３〜２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。簡単に述べると、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を用いて、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離の使用により、ろ過された上清が濃縮されたら、ペレットがＰＢＳ中、３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐに再懸濁される。いくつかの実施形態では、ろ過を用いてろ過された上清が濃縮されたら、濃縮物が、６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐを用いて３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐの最終濃度まで希釈される。サンプルは、３５〜６０％の不連続スクロース勾配に適用され、４℃で３〜２４時間、２００，０００×ｇで遠心分離される。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、ＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ＥＶは、試験される細菌の日常的な培養に使用される寒天培地に連続希釈され、日常的な条件を用いてインキュベートされる。非無菌調製物は、無傷の細胞を排除するために０．２２ｕｍフィルタに通される。純度をさらに高めるために、単離されたＥＶを、ＤＮａｓｅ又はプロテイナーゼＫで処理することができる。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、ｉｎ  ｖｉｖｏ注射に使用されるＥＶの調製のために、精製されたＥＶが、既に記載されたように処理される（Ｇ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ  ａｌ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３  （２０１５））。簡単に述べると、スクロース勾配遠心分離後、ＥＶを含むバンドが、３％スクロースを含む溶液又は当業者に公知のｉｎ  ｖｉｖｏ注射に適した他の溶液に５０μｇ／ｍＬの最終濃度に再懸濁される。この溶液は、アジュバント、例えば０〜０．５％（ｗ／ｖ）の濃度の水酸化アルミニウムも含み得る。
【０１３８】
特定の実施形態では、サンプルをさらなる試験に適合させるために（例えば、ＴＥＭイメージング又はｉｎ  ｖｉｔｒｏアッセイの前にスクロースを除去するために）、サンプルは、ろ過（Ａｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａカラム）、透析、又は超遠心分離（２００，０００×ｇ、３時間以上、４℃）、及び再懸濁を用いてＰＢＳ又は３０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に緩衝液交換される。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、ＥＶ調製物の無菌性は、ＥＶの生成に使用される細菌の標準培養に使用される寒天培地上にＥＶの一部を播種し、標準条件を用いてインキュベートすることによって確認することができる。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、選択されたＥＶは、クロマトグラフィー及びＥＶ上の結合表面部分によって単離及び濃縮される。他の実施形態では、選択されたＥＶは、親和性試薬、化学染料、組換えタンパク質を使用する方法、又は当業者に公知の他の方法による蛍光細胞選別によって単離及び／又は濃縮される。
【０１４１】
医薬組成物
ある特定の実施形態では、本明細書で提供される方法は、本明細書で提供されるＥＶ及び／又は細菌を含む医薬組成物（例えばＥＶ組成物）である。いくつかの実施形態では、このＥＶ組成物は、ＥＶ、及び／又は本明細書で説明されているＥＶと薬学的に可能な担体との組み合わせを含む。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、細菌を実質的に又は完全に含まないＥＶを含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、ＥＶと全細菌（例えば、生細菌、死滅細菌、弱毒化細菌）との両方を含む。ある特定の実施形態では、この医薬組成物は、ＥＶを実質的に又は完全に含まない細菌を含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、表１及び／又は表２に列挙された細菌の株又は種の内の１つ又は複数（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、又はより多く）に由来するＥＶ及び／又は細菌を含む。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、
１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個のＥＶ粒子当たり少なくとも１個の細菌を含む。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、
１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個のＥＶ粒子当たり約１個の細菌を含む。
【０１４５】
ある特定の実施形態では、この医薬組成物は、ＥＶ粒子に対して特定の比率の細菌粒子を含む。細菌粒子の数は、実際の粒子数又は（細菌が生存している場合には）ＣＦＵの数に基づき得る。設定された数の精製済ＥＶと設定された数の精製済細菌とを組み合わせることにより、細菌が培養される増殖条件を変更することにより、又は細菌自体を改変してより多くの又はより少ないＥＶを産生させることにより、この粒子数を確立し得る。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、細菌サンプル中に存在するＥＶ及び／又は細菌の数を定量するために、電子顕微鏡（例えば、極薄凍結切片のＥＭ）を使用し、小胞と細菌とを視覚化して、これらの相対数を計数し得る。或いは、ナノ粒子追跡分析（ＮＴＡ）、Ｃｏｕｌｔｅｒ計数、及び動的光散乱（ＤＬＳ）の組み合わせ、又はこれらの技術の組み合わせを使用し得る。ＮＴＡ及びＣｏｕｌｔｅｒ計数器は、粒子を計数してそのサイズを示す。ＤＬＳにより粒子のサイズ分布が得られるが、濃度は得られない。細菌は１〜２ｕｍの直径を有することが多い。全範囲は０．２〜２０ｕｍである。Ｃｏｕｌｔｅｒ計数及びＮＴＡの結果を組み合わせて、所与のサンプル中の細菌の数を明らかにし得る。Ｃｏｕｌｔｅｒ計数により、直径が０．７〜１０ｕｍである粒子の数が明らかになる。ＮＴＡにより、直径が５０〜１４００ｎｍである粒子の数が明らかになる。ほとんどの細菌サンプルの場合には、Ｃｏｕｌｔｅｒ計数器のみによりサンプル中の細菌の数が明らかになり得る。ＥＶは直径が２０〜２５０ｎｍである。ＮＴＡにより、直径が５０〜２５０ｎｍである粒子の数を計数することが可能になるだろう。ＤＬＳにより、１ｎｍ〜３ｕｍのおおよその範囲内での様々な直径の粒子の分布が明らかになる。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個のＥＶ粒子当たり最高で１個の細菌を含む。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個の細菌当たり少なくとも１個のＥＶ粒子を含む。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個の細菌当たり約１個のＥＶ粒子を含む。
いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、１個、１．１個、１．２個、１．３個、１．４個、１．５個、１．６個、１．７個、１．８個、１．９個、２個、２．１個、２．２個、２．３個、２．４個、２．５個、２．６個、２．７個、２．８個、２．９個、３個、３．１個、３．２個、３．３個、３．４個、３．５個、３．６個、３．７個、３．８個、３．９個、４個、４．１個、４．２個、４．３個、４．４個、４．５個、４．６個、４．７個、４．８個、４．９個、５個、５．１個、５．２個、５．３個、５．４個、５．５個、５．６個、５．７個、５．８個、５．９個、６個、６．１個、６．２個、６．３個、６．４個、６．５個、６．６個、６．７個、６．８個、６．９個、７個、７．１個、７．２個、７．３個、７．４個、７．５個、７．６個、７．７個、７．８個、７．９個、８個、８．１個、８．２個、８．３個、８．４個、８．５個、８．６個、８．７個、８．８個、８．９個、９個、９．１個、９．２個、９．３個、９．４個、９．５個、９．６個、９．７個、９．８個、９．９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個、３１個、３２個、３３個、３４個、３５個、３６個、３７個、３８個、３９個、４０個、４１個、４２個、４３個、４４個、４５個、４６個、４７個、４８個、４９個、５０個、５１個、５２個、５３個、５４個、５５個、５６個、５７個、５８個、５９個、６０個、６１個、６２個、６３個、６４個、６５個、６６個、６７個、６８個、６９個、７０個、７１個、７２個、７３個、７４個、７５個、７６個、７７個、７８個、７９個、８０個、８１個、８２個、８３個、８４個、８５個、８６個、８７個、８８個、８９個、９０個、９１個、９２個、９３個、９４個、９５個、９６個、９７個、９８個、９９個、１００個、１５０個、２００個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個、５００個、５５０個、６００個、６５０個、７００個、７５０個、８００個、８５０個、９００個、９５０個、１×１０３個、２×１０３個、３×１０３個、４×１０３個、５×１０３個、６×１０３個、７×１０３個、８×１０３個、９×１０３個、１×１０４個、２×１０４個、３×１０４個、４×１０４個、５×１０４個、６×１０４個、７×１０４個、８×１０４個、９×１０４個、１×１０５個、２×１０５個、３×１０５個、４×１０５個、５×１０５個、６×１０５個、７×１０５個、８×１０５個、９×１０５個、１×１０６個、２×１０６個、３×１０６個、４×１０６個、５×１０６個、６×１０６個、７×１０６個、８×１０６個、９×１０６個、１×１０７個、２×１０７個、３×１０７個、４×１０７個、５×１０７個、６×１０７個、７×１０７個、８×１０７個、９×１０７個、１×１０８個、２×１０８個、３×１０８個、４×１０８個、５×１０８個、６×１０８個、７×１０８個、８×１０８個、９×１０８個、１×１０９個、２×１０９個、３×１０９個、４×１０９個、５×１０９個、６×１０９個、７×１０９個、８×１０９個、９×１０９個、１×１０１０個、２×１０１０個、３×１０１０個、４×１０１０個、５×１０１０個、６×１０１０個、７×１０１０個、８×１０１０個、９×１０１０個、１×１０１１個、２×１０１１個、３×１０１１個、４×１０１１個、５×１０１１個、６×１０１１個、７×１０１１個、８×１０１１個、９×１０１１個、及び／又は１×１０１２個の細菌当たり最高で１個のＥＶ粒子を含む。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶである。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌である。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶである。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌である。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶである。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の粒子の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌である。
【０１５６】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶタンパク質である。
【０１５７】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌タンパク質である。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶタンパク質である。
【０１５９】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌タンパク質である。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶタンパク質である。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のタンパク質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌タンパク質である。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶ脂質である。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌脂質である。
【０１６４】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶ脂質である。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の最高で１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌脂質である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％はＥＶ脂質である。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中の脂質の約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％は細菌脂質である。
【０１６８】
いくつかの実施形態では、この医薬組成物中のＥＶは、１種又は複数種の他の細菌成分から精製されている。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は他の細菌成分をさらに含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は細菌細胞を含む。
【０１６９】
ある特定の態様では、提供されるのは、対象への投与のための医薬組成物である。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、単回投与単位又は複数回投与形式であり得る最終製品を製造するために、追加の活性物質及び／又は不活性物質と組み合わされている。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、免疫アジュバント（例えば、ＳＴＩＮＧアゴニスト、ＴＬＲアゴニスト、ＮＯＤアゴニスト）等のアジュバントと組み合わされている。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の炭水化物を含む。「炭水化物」は糖又は糖のポリマーを指す。「糖」、「多糖」、「炭水化物」、及び「オリゴ糖」という用語は互換的に使用され得る。ほとんどの炭水化物は、多くのヒドロキシル基（通常は分子の各炭素原子上に１個）を有するアルデヒド又はケトンである。炭水化物は一般に、分子式ＣｎＨ２ｎＯｎを有する。炭水化物は、単糖、二糖、三糖、オリゴ糖、又は多糖であり得る。最も基本的な炭水化物は単糖であり、例えば、グルコース、スクロース、ガラクトース、マンノース、リボース、アラビノース、キシロース、及びフルクトースである。二糖は、２個の連結された単糖である。例示的な二糖として、スクロース、マルトース、セロビオース、及びラクトースが挙げられる。典型的には、オリゴ糖は３〜６個の単糖単位（例えば、ラフィノース、スタキオース）を含み、多糖は６個以上の単糖単位を含む。例示的な多糖として、デンプン、グリコーゲン、及びセルロースが挙げられる。炭水化物は、改変された糖単位を含み得、例えば、ヒドロキシル基が除去されている２’−デオキシリボース、ヒドロキシル基がフッ素に置き換えられている２’−フルオロリボース、又はグルコースの窒素含有形態であるＮ−アセチルグルコサミン（例えば、２’−フルオロリボース、デオキシリボース、及びヘキソース）を含み得る。炭水化物は多くの異なる形態で存在し得、例えば、配座異性体、環式形態、非環式形態、立体異性体、互変異性体、アノマー、及び異性体で存在し得る。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の脂質を含む。本明細書で使用される場合、「脂質」は、脂肪、油、トリグリセリド、コレステロール、リン脂質、遊離脂肪酸を含む任意の形態の脂肪酸を含む。脂肪、油、及び脂肪酸は、飽和であり得るか、不飽和（シス又はトランス）であり得るか、又は部分的に不飽和（シス又はトランス）であり得る。いくつかの実施形態では、この脂質は、下記から選択される少なくとも１種の脂肪酸を含む：ラウリン酸（１２：０）、ミリスチン酸（１４：０）、パルミチン酸（１６：０）、パルミトレイン酸（１６：１）、マルガリン酸（１７：０）、ヘプタデセン酸（１７：１）、ステアリン酸（１８：０）、オレイン酸（１８：１）、リノール酸（１８：２）、リノレン酸（１８：３）、オクタデカテトラエン酸（１８：４）、アラキジン酸（２０：０）、エイコセン酸（２０：１）、エイコサジエン酸（２０：２）、エイコサテトラエン酸（２０：４）、エイコサペンタエン酸（２０：５）（ＥＰＡ）、ドコサン酸（２２：０）、ドコセン酸（２２：１）、ドコサペンタエン酸（２２：５）、ドコサヘキサエン酸（２２：６）（ＤＨＡ）、及びテトラコサン酸（２４：０）。いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の改変脂質を含み、例えば、調理により改変されている脂質を含む。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、この組成物は、少なくとも１種の補充ミネラル又はミネラル源を含む。ミネラルの例として、塩化物、ナトリウム、カルシウム、鉄、クロム、銅、ヨウ素、亜鉛、マグネシウム、マンガン、モリブデン、リン、カリウム、及びセレンが挙げられるがこれらに限定されない。上述したミネラルの内のいずれかの適切な形態として、可溶性のミネラル塩、わずかに可能性のミネラル塩、不溶性のミネラル塩、キレート化ミネラル、ミネラル複合体、非反応性ミネラル（例えばカルボニルミネラル）、及び還元ミネラル、並びにこれらの組み合わせが挙げられる。
【０１７３】
いくつかの実施形態では、この組成物は少なくとも１種の補充ビタミンを含む。この少なくとも１種のビタミンは、脂溶性又は水溶性のビタミンであり得る。適切なビタミンとして、ビタミンＣ、ビタミンＡ、ビタミンＥ、ビタミンＢ１２、ビタミンＫ、リボフラビン、ナイアシン、ビタミンＤ、ビタミンＢ６、葉酸、ピリドキシン、チアミン、パントテン酸、及びビオチンが挙げられるがこれらに限定されない。上述の内のいずれかの適切な形態は、ビタミンの塩、ビタミンの誘導体、ビタミンと同一の又は類似の活性を有する化合物、及びビタミンの代謝産物である。
【０１７４】
いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤を含む。適切な添加剤の非限定的な例として、緩衝剤、保存料、安定剤、結合剤、圧縮剤、潤滑剤、分散増強剤、崩壊剤、香味料、甘味料、及び着色料が挙げられる。
【０１７５】
いくつかの実施形態では、この添加剤は緩衝剤である。適切な緩衝剤の非限定的な例として、クエン酸ナトリウム、炭酸マグネシウム、重炭酸マグネシウム、炭酸カルシウム、及び重炭酸カルシウムが挙げられる。
【０１７６】
いくつかの実施形態では、この添加剤は保存料を含む。適切な保存料の非限定的な例として、抗酸化剤（例えば、α−トコフェロール、及びアスコルビン酸塩）、並びに抗菌剤（例えば、パラベン、クロロブタノール、及びフェノール）が挙げられる。
【０１７７】
いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として結合剤を含む。適切な結合剤の非限定的な例として、デンプン、アルファ化デンプン、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、セルロース、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース、ポリアクリルアミド、ポリビニルオキソアゾリドン、ポリビニルアルコール、Ｃ１２〜Ｃ１８脂肪酸アルコール、ポリエチレングリコール、ポリオール、糖、オリゴ糖、及びこれらの組み合わせが挙げられる。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として潤滑剤を含む。適切な潤滑剤の非限定的な例として、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸亜鉛、硬化植物油、ステロテックス（ｓｔｅｒｏｔｅｘ）、ポリオキシエチレンモノステアレート、タルク、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、ラウリル硫酸ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、及び軽油が挙げられる。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として分散増強剤を含む。適切な分散剤の非限定的な例として、デンプン、アルギン酸、ポリビニルピロリドン、グアーガム、カオリン、ベントナイト、精製済木材セルロース、デンプングリコール酸ナトリウム、イソアモルファスケイ酸塩（ｉｓｏａｍｏｒｐｈｏｕｓ  ｓｉｌｉｃａｔｅ）、及び高ＨＬＢ乳化剤界面活性剤としての微結晶セルロースが挙げられる。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、この組成物は添加剤として崩壊剤を含む。いくつかの実施形態では、この崩壊剤は非発泡性崩壊剤である。適切な非発泡性崩壊剤の非限定的な例として、デンプン、例えば、トウモロコシデンプン、ジャガイモデンプン、これらのアルファ化デンプン及び加工デンプン、甘味料、粘土、例えば、ベントナイト、微結晶セルロース、アルギン酸塩、デンプングリコール酸ナトリウム、ゴム、例えば、寒天、ガウア、イナゴマメ、カラヤ、ペクチン、及びトラガカントが挙げられる。いくつかの実施形態では、この崩壊剤は発泡性崩壊剤である。適切な発泡性崩壊剤の非限定的な例として、クエン酸と組み合わされた重炭酸ナトリウム、及び酒石酸と組み合わされた重炭酸ナトリウムが挙げられる。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、この組成物は食品（例えば、食物又は飲料）であり、例えば、健康食品若しくは健康飲料、乳児用の食物若しくは飲料、妊婦、アスリート、高齢者、若しくは他の特定の群のための食物若しくは飲料、機能性食品、飲料、特定の健康用途のための食物若しくは飲料、栄養補助食品、患者用の食物若しくは飲料、又は動物の飼料である。この食物及び飲料の具体例として下記が挙げられる：様々な飲料、例えば、ジュース、清涼飲料、茶飲料、飲料調製物、ゼリー飲料、及び機能性飲料；アルコール飲料、例えばビール；炭水化物含有食品、例えば、米食品、麺類、パン、及びパスタ；ペースト製品、例えば、魚肉ハム、ソーセージ、シーフードのペースト製品；レトルトパウチ製品、例えば、カレー、濃厚なあんかけソースがかかった食品、及び中華スープ；スープ；乳製品、例えば、牛乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズ、及びヨーグルト；発酵製品、例えば、発酵味噌、ヨーグルト、発酵飲料、及び漬物；豆製品；様々な菓子製品、例えば、ビスケット、クッキー及び同類のもの、キャンディ、チューインガム、グミ、冷たいデザート、例えば、ゼリー、クリームキャラメル、及びフローズンデザート；インスタント食品、例えば、インスタントスープ、及びインスタント大豆スープ；電子レンジで調理可能な食品（ｍｉｃｒｏｗａｖａｂｌｅ  ｆｏｏｄ）；並びに同類のもの。さらに、この例として、散剤、顆粒剤、錠剤、カプセル剤、液剤、ペースト剤、及びゼリー剤の形態で調製された健康食品及び健康飲料も挙げられる。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、この組成物は、ヒト等の動物用の食品である。ヒト以外の動物は特に限定されず、この組成物を、様々な家畜、家禽、ペット、実験動物、及び同類のものに使用し得る。動物の具体例として、ブタ、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギ、ニワトリ、カモ、ダチョウ、アヒル、イヌ、ネコ、ウサギ、ハムスター、マウス、ラット、サル、及び同類のものが挙げられるが、動物はこれらに限定されない。
【０１８３】
治療薬
ある特定の態様では、本明細書で提供される方法は、単独又は追加の治療薬との組み合わせのいずれかでの、本明細書で説明されている医薬組成物の対象への投与を含む。いくつかの実施形態では、この追加の治療薬は、免疫抑制剤、ステロイド、癌治療薬である。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、本ＥＶを、この治療薬を投与する前（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間前、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日前）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、本ＥＶを、この治療薬を投与した後（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間後、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日後）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、本ＥＶ及びこの治療薬を、同時に又はほぼ同時に対象に投与する（例えば、互いに１時間以内に投与する）。いくつかの実施形態では、本ＥＶを対象に投与する前（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間前、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日前）に、この対象に抗生物質を投与する。いくつかの実施形態では、本ＥＶを対象に投与した後（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、若しくは２４時間前、又は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、若しくは３０日後）に、この対象に抗生物質を投与する。いくつかの実施形態では、本ＥＶ及びこの抗生物質を、同時に又はほぼ同時に対象に投与する（例えば、互いに１時間以内に投与する）。
【０１８５】
いくつかの実施形態では、この追加の治療薬は癌治療薬である。いくつかの実施形態では、癌治療薬は化学療法薬である。そのような化学療法剤の例には、限定されるものではないが、アルキル化剤、例えば、チオテパ及びシクロホスファミド；アルキルスルホン酸塩、例えば、ブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファン；アジリジン、例えば、ベンゾドパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチルアメラミン；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン、及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９、及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン；スポンギスタチン；ナイトロジェンマスタード、例えば、クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビチン、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えば、カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムヌスチン；抗生物質、例えば、エンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンγ１（ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎ  ｇａｍｍａｌＩ）及びカリケアマイシンω１（ｃａｌｉｃｈｅａｍｉｃｉｎ  ｏｍｅｇａｌ  １）；ダイネマイシンＡを含むダイネマイシン；ビスホスホネート、例えば、クロドロネート；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連する色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アントラマイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えば、マイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ぺプロマイシン、ポトフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えば、メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えば、デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサート；プリン類似体、例えば、フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チ��グアニン；ピリミジン類似体、例えば、アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン、例えば、カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎、例えば、アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；
葉酸補充剤、例えば、フォリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エルホルミチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えば、メイタンシン及びアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール；ニトラエリン；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’、２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ、及びアンギジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル及びドキセタキセル；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；白金配位錯体、例えば、シスプラチン、オキサリプラチン、及びカルボプラチン；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（例えば、ＣＰＴ−１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオミチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例えば、レチノイン酸；カペシタビン；及び上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸、又は誘導体が含まれる。
【０１８６】
いくつかの実施形態では、癌治療薬は癌免疫療法剤である。免疫療法は、対象の免疫系を使用して癌を処置する処置法、例えば、チェックポイント阻害剤、癌ワクチン、サイトカイン、細胞療法、ＣＡＲ−Ｔ細胞、及び樹状細胞療法を指す。免疫療法の非限定的な例は、ニボルマブ（ＢＭＳ、抗ＰＤ−１）、ペンブロリズマブ（Ｍｅｒｃｋ、抗ＰＤ−１）、イピリムマブ（ＢＭＳ、抗ＣＴＬＡ−４）、ＭＥＤＩ４７３６（ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ、抗ＰＤ−Ｌ１）、及びＭＰＤＬ３２８０Ａ（Ｒｏｃｈｅ、抗−ＰＤ−Ｌｌ）を含むチェックポイント阻害剤である。その他の免疫療法は、腫瘍ワクチン、例えば、ガーダシル、サーバリックス、ＢＣＧ、シプリューセル−Ｔ、Ｇｐｌ００：２０９−２１７、ＡＧＳ−００３、ＤＣＶａｘ−Ｌ、Ａｌｇｅｎｐａｎｔｕｃｅｌ−Ｌ、Ｔｅｒｇｅｎｐａｎｔｕｃｅｌ−Ｌ、ＴＧ４０１０、ＰｒｏｓｔＡｔａｋ、Ｐｒｏｓｔｖａｃ−Ｖ／Ｒ−ＴＲＩＣＯＭ、Ｒｉｎｄｏｐｅｐｉｍｕｌ、Ｅ７５酢酸ペプチド、ＩＭＡ９０１、ＰＯＬ−１０３Ａ、Ｂｅｌａｇｅｎｐｕｍａｔｕｃｅｌ−Ｌ、ＧＳＫ１５７２９３２Ａ、ＭＤＸ−１２７９、ＧＶ１００１、及びＴｅｃｅｍｏｔｉｄｅであり得る。免疫療法は、注射によって（例えば、静脈内、腫瘍内、皮下、又はリンパ節の中に）投与してもよいが、経口、局所、又はエアロゾルによって投与してもよい。免疫療法は、アジュバント、例えばサイトカインを含み得る。
【０１８７】
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。免疫チェックポイント阻害は、免疫応答を予防又は下方制御するために癌細胞が生成できるチェックポイントを広く阻害することを指す。免疫チェックポイントタンパク質の例には、限定されるものではないが、ＣＴＬＡ４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−Ｌ２、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＴＩＭ−３、又はＶＩＳＴＡが含まれる。免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質に結合してそれを阻害する抗体又はその抗原結合断片であり得る。免疫チェックポイント阻害剤の例には、限定されるものではないが、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ−２２４、ＡＭＰ−５１４、ＳＴＩ−Ａ１１１０、ＴＳＲ−０４２、ＲＧ−７４４６、ＢＭＳ−９３６５５９、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ−０１２、及びＳＴＩ−Ａ１０１０が含まれる。
【０１８８】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、１種又は複数種の追加の治療薬との組み合わせでの、本明細書で説明されている医薬組成物の投与を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されている方法は、２種の追加の免疫治療薬（例えば免疫チェックポイント阻害剤）の投与を含む。例えば、本明細書で提供される方法は、ＰＤ−１阻害剤及びＣＬＴＡ−４阻害剤との組み合わせ又はＰＤ−Ｌ１阻害剤及びＣＴＬＡ−４阻害剤との組み合わせでの、本明細書で説明されている医薬組成物の投与を含む。
【０１８９】
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、例えば癌関連抗原に結合する抗体又はその抗原結合断片である。癌関連抗原の例には、限定されるものではないが、アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリンＡｌ、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１、２、８、ＧＡＧＥ−３、４、５、６、７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐｌ００／Ｐｍｅｌｌ７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒａｌｐｈａ２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても知られるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、Ｌｅｎｇｓｉｎ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン−Ａ／ＭＡＲＴ−１、Ｍｅｌｏｅ、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ｎｅｏ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲａｌｐｈａ融合タンパク質、多型上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、ｓｅｃｅｒｎｉｎ  １、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰＤ１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥ��２ａが含まれる。いくつかの実施形態では、抗原は新抗原である。
【０１９０】
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、癌ワクチン及び／又は癌ワクチンの成分（例えば、抗原ペプチド及び／又はタンパク質）である。癌ワクチンは、タンパク質ワクチン、核酸ワクチン、又はそれらの組み合わせであり得る。例えば、いくつかの実施形態では、癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープを含むポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、癌ワクチンは、癌関連抗原のエピトープをコードする核酸（例えば、ＤＮＡ又はｍＲＮＡなどのＲＮＡ）を含む。癌関連抗原の例として下記が挙げられるがこれらに限定されない：アディポフィリン、ＡＩＭ−２、ＡＬＤＨ１Ａ１、α−アクチニン−４、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、ＡＲＴＣ１、Ｂ−ＲＡＦ、ＢＡＧＥ−１、ＢＣＬＸ（Ｌ）、ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質ｂ３ａ２、β−カテニン、ＢＩＮＧ−４、ＣＡ−１２５、ＣＡＬＣＡ、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ＣＡＳＰ−５、ＣＡＳＰ−８、ＣＤ２７４、ＣＤ４５、Ｃｄｃ２７、ＣＤＫ１２、ＣＤＫ４、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＥＡ、ＣＬＰＰ、ＣＯＡ−１、ＣＰＳＦ、ＣＳＮＫ１Ａ１、ＣＴＡＧ１、ＣＴＡＧ２、サイクリンＤ１、サイクリン−Ａ１、ｄｅｋ−ｃａｎ融合タンパク質、ＤＫＫ１、ＥＦＴＵＤ２、伸長因子２、ＥＮＡＨ（ｈＭｅｎａ）、Ｅｐ−ＣＡＭ、ＥｐＣＡＭ、ＥｐｈＡ３、上皮腫瘍抗原（「ＥＴＡ」）、ＥＴＶ６−ＡＭＬ１融合タンパク質、ＥＺＨ２、ＦＧＦ５、ＦＬＴ３−ＩＴＤ、ＦＮ１、Ｇ２５０／ＭＮ／ＣＡＩＸ、ＧＡＧＥ−１，２，８、ＧＡＧＥ−３，４，５，６，７、ＧＡＳ７、グリピカン−３、ＧｎＴＶ、ｇｐ１００／Ｐｍｅｌ１７、ＧＰＮＭＢ、ＨＡＵＳ３、ヘプシン、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＨＥＲＶ−Ｋ−ＭＥＬ、ＨＬＡ−Ａ１１、ＨＬＡ−Ａ２、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ｈｓｐ７０−２、ＩＤＯ１、ＩＧＦ２Ｂ３、ＩＬ１３Ｒα２、腸カルボキシルエステラーゼ、Ｋ−ｒａｓ、カリクレイン４、ＫＩＦ２０Ａ、ＫＫ−ＬＣ−１、ＫＫＬＣ１、ＫＭ−ＨＮ−１、ＣＣＤＣ１１０としても既知であるＫＭＨＮ１、ＬＡＧＥ−１、ＬＤＬＲ−フコシルトランスフェラーゼＡＳ融合タンパク質、レングシン（Ｌｅｎｇｓｉｎ）、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＡＧＥ−Ａ１、ＭＡＧＥ−Ａ１０、ＭＡＧＥ−Ａ１２、ＭＡＧＥ−Ａ２、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥ−Ａ４、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＭＡＧＥ−Ｃ１、ＭＡＧＥ−Ｃ２、リンゴ酸酵素、マンマグロビン−Ａ、ＭＡＲＴ２、ＭＡＴＮ、ＭＣ１Ｒ、ＭＣＳＰ、ｍｄｍ−２、ＭＥ１、メラン（Ｍｅｌａｎ）−Ａ／ＭＡＲＴ−１、メロエ（Ｍｅｌｏｅ）、ミッドカイン、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−７、ＭＵＣ１、ＭＵＣ５ＡＣ、ムチン、ＭＵＭ−１、ＭＵＭ−２、ＭＵＭ−３、ミオシン、ミオシンクラスＩ、Ｎ−ｒａｗ、ＮＡ８８−Ａ、ネオ−ＰＡＰ、ＮＦＹＣ、ＮＹ−ＢＲ−１、ＮＹ−ＥＳＯ−１／ＬＡＧＥ−２、ＯＡ１、ＯＧＴ、ＯＳ−９、Ｐポリペプチド、ｐ５３、ＰＡＰ、ＰＡＸ５、ＰＢＦ、ｐｍｌ−ＲＡＲα融合タンパク質、多形性上皮ムチン（「ＰＥＭ」）、ＰＰＰ１Ｒ３Ｂ、ＰＲＡＭＥ、ＰＲＤＸ５、ＰＳＡ、ＰＳＭＡ、ＰＴＰＲＫ、ＲＡＢ３８／ＮＹ−ＭＥＬ−１、ＲＡＧＥ−１、ＲＢＡＦ６００、ＲＧＳ５、ＲｈｏＣ、ＲＮＦ４３、ＲＵ２ＡＳ、ＳＡＧＥ、セセルニン（ｓｅｃｅｒｎｉｎ）１、ＳＩＲＴ２、ＳＮＲＰ��１、ＳＯＸ１０、Ｓｐ１７、ＳＰＡ１７、ＳＳＸ−２、ＳＳＸ−４、ＳＴＥＡＰ１、サバイビン、ＳＹＴ−ＳＳＸ１又は−ＳＳＸ２融合タンパク質、ＴＡＧ−１、ＴＡＧ−２、テロメラーゼ、ＴＧＦ−βＲＩＩ、ＴＰＢＧ、ＴＲＡＧ−３、トリオースリン酸イソメラーゼ、ＴＲＰ−１／ｇｐ７５、ＴＲＰ−２、ＴＲＰ２−ＩＮＴ２、チロシナーゼ、チロシナーゼ（「ＴＹＲ」）、ＶＥＧＦ、ＷＴ１、ＸＡＧＥ−１ｂ／ＧＡＧＥＤ２ａ。いくつかの実施形態では、この抗原はネオ抗原である。
いくつかの実施形態では、癌ワクチンをアジュバントと共に投与する。アジュバントの例として下記が挙げられるがこれらに限定されない：免疫調節タンパク質、アジュバント６５、α−ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β−グルカンペプチド、ＣｐＧ  ＯＤＮ  ＤＮＡ、ＧＰＩ−０１００、脂質Ａ、リポ多糖、リポバント（Ｌｉｐｏｖａｎｔ）、モンタニド（Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ）、Ｎ−アセチル−ムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、キル（ｑｕｉｌ）Ａ、コレラ毒素（ＣＴ）及び腸内毒素原性大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）（ＬＴ）由来の熱不安定性毒素、例えば、これらの誘導体（ＣＴＢ、ｍｍＣＴ、ＣＴＡ１−ＤＤ、ＬＴＢ、ＬＴＫ６３、ＬＴＲ７２、ｄｍＬＴ）、並びにトレハロースジミコレート。
【０１９１】
いくつかの実施形態では、免疫療法剤は、対象に対する免疫調節タンパク質である。いくつかの実施形態では、免疫調節タンパク質はサイトカイン又はケモカインである。免疫調節タンパク質の例には、限定されるものではないが、Ｂリンパ球化学誘引物質（「ＢＬＣ」）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１１（「エオタキシン１」）、好酸球走化性タンパク質２（「エオタキシン２」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ−ＣＳＦ」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ−ＣＳＦ」）、１−３０９、細胞間接着分子１（「ＩＣＡＭ−１」）、インターフェロンα（「ＩＦＮ−α」）、インターフェロンβ（「ＩＦＮ−β」）インターフェロンγ（「ＩＦＮ−γ」）、インターロイキン−１α（「ＩＬ−１α」、インターロイキン−１β（「ＩＬ−１β」、インターロイキン１受容体アンタゴニスト（「ＩＬ−１  ｒａ」）、インターロイキン−２（「ＩＬ−２」）、インターロイキン−４（「ＩＬ−４」）、インターロイキン−５（「ＩＬ−５」）、インターロイキン−６（「ＩＬ−６」）、インターロイキン−６可溶性受容体（「ＩＬ−６  ｓＲ」）、インターロイキン−７（「ＩＬ−７」）、インターロイキン−８（「ＩＬ−８」）、インターロイキン−１０（「ＩＬ−１０」）、インターロイキン−１１（「ＩＬ−１１」）、インターロイキン−１２のサブユニットβ（「ＩＬ  −１２  ｐ４０」又は「ＩＬ−１２  ｐ７０」）、インターロイキン−１３（「ＩＬ−１３」）、インターロイキン−１５（「ＩＬ−１５」）、インターロイキン−１６（「ＩＬ−１６」）、インターロイキン−１７Ａ−Ｆ（「ＩＬ−１７Ａ−Ｆ」）、インターロイキン−１８（「ＩＬ−１８」）、インターロイキン−２１（「ＩＬ−２１」）、インターロイキン−２２（「ＩＬ−２２」）、インターロイキン−２３（「ＩＬ−２３」）、インターロイキン−３３（「ＩＬ−３３」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＣＰ−１」）、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ」）、γインターフェロンによって誘導されるモノカイン（「ＭＩＧ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＩＰ−１α」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド４（「ＭＩＰ−１β」）、マクロファージ炎症性タンパク質−１−δ（「ＭＩＰ−１δ」）、血小板由来成長因子サブユニットＢ（「ＰＤＧＦ−ＢＢ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド５、活性化制御により発現され、分泌される正常Ｔ細胞（「ＲＡＮＴＥＳ」）、ＴＩＭＰメタロペプチダーゼ阻害剤１（「ＴＩΜΡ−１」）、ＴＩΜΡメタロペプチダーゼ阻害剤２（「ＴＩＭＰ−２」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン−α（「ＴＮＦα」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン−β（「ＴＮＦβ」）、可溶性１型ＴＮＦ受容体（「ｓＴＮＦＲＩ」）、ｓＴＮＦＲＩＩＡＲ、脳由来神経栄養因子（「ＢＤＮＦ」）、塩基性線維芽細胞成長因子（「ｂＦＧＦ」）、骨形成タンパク質４（「ＢＭＰ−４」）、骨形成タンパク質５（「ＢＭＰ−５」）、骨形成タンパク質７（「ＢＭＰ−７」）、神経成長因子（「ｂ−ＮＧＦ」）、上皮成長因子（「ＥＧＦ」）、上皮成長因子受容体（「ＥＧＦＲ」）、内分泌腺由来血管内皮成長因子（「ＥＧ−ＶＥＧＦ」）、線維芽細胞成長因��４（「ＦＧＦ−４」）、ケラチノサイト成長因子（「ＦＧＦ−７」）、成長分化因子１５（「ＧＤＦ−１５」）、グリア細胞由来神経栄養因子（「ＧＤＮＦ」）、成長ホルモン、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（「ＨＢ−ＥＧＦ」）、肝細胞成長因子（「ＨＧＦ」）、インスリン様成長因子結合タンパク質１（「ＩＧＦＢＰ−１」）、インスリン様成長因子結合タンパク質２（「ＩＧＦＢＰ−２」）、インスリン様成長因子結合タンパク質３（「ＩＧＦＢＰ−３」）、インスリン様成長因子結合タンパク質４（「ＩＧＦＢＰ−４」）、インスリン様成長因子結合タンパク質６（「ＩＧＦＢＰ」−６」）、インスリン様成長因子１（「ＩＧＦ−１」）、インスリン、
マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ−ＣＳＦ  Ｒ」）、神経成長因子受容体（「ＮＧＦ  Ｒ」）、ニューロトロフィン−３（「ＮＴ−３」）、ニューロトロフィン−４（「ＮＴ−４」）、破骨細胞形成抑制因子（「オステオプロテグリン」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ−ＡＡ」）、ホスファチジルイノシトール−グリカン生合成（「ＰＩＧＦ」）、Ｓｋｐ、カリン、Ｆ−ボックス含有複合体（「ＳＣＦ」）、幹細胞因子受容体（「ＳＣＦ  Ｒ」）、形質転換成長因子α（「ＴＧＦα」）、形質転換成長因子β−１（「ＴＧＦβ１」）、形質転換成長因子β３（「ＴＧＦβ３」）、血管内皮成長因子（「ＶＥＧＦ」）、血管内皮成長因子受容体２（「ＶＥＧＦＲ２」）、血管内皮成長因子受容体３（「ＶＥＧＦＲ３」）、ＶＥＧＦ−Ｄ  ６Ｃｋｉｎｅ、チロシン−プロテインキナーゼ受容体ＵＦＯ（「Ａｘｌ」）、ベータセルリン（「ＢＴＣ」）、粘膜関連上皮ケモカイン（「ＣＣＬ２８」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２７（「ＣＴＡＣＫ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＣＸＣＬ１６」）、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン５（「ＥＮＡ−７８」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２６（「エオタキシン−３」）、顆粒球走化性タンパク質２（「ＧＣＰ−２」）、ＧＲＯ、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＨＣＣ−１」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＨＣＣ−４」）、インターロイキン−９（「ＩＬ−９」）、インターロイキン−１７Ｆ（「ＩＬ−１７Ｆ」）、インターロイキン−１８結合タンパク質（「ＩＬ−１８  ＢＰａ」）、インターロイキン−２８Ａ（「ＩＬ−２８Ａ」）、インターロイキン２９（「ＩＬ−２９」）、インターロイキン３１（「ＩＬ−３１」）、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン１０（「ＩＰ−１０」）、ケモカイン受容体ＣＸＣＲ３（「Ｉ−ＴＡＣ」）、白血病抑制因子（「ＬＩＦ」）、Ｌｉｇｈｔ、ケモカイン（Ｃモチーフ）リガンド（「リンホタクチン」）、単球化学誘引物質タンパク質２（「ＭＣＰ−２」）、単球化学誘引物質タンパク質３（「ＭＣＰ−３」）、単球化学誘引物質タンパク質４（「ＭＣＰ−４」）、マクロファージ由来ケモカイン（「ＭＤＣ」）、マクロファージ遊走阻止因子（「ＭＩＦ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２０（「ＭＩＰ−３α」）、Ｃ−Ｃモチーフケモカイン１９（「ＭＩＰ−３β」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド２３（「ＭＰＩＦ−１」）、マクロファージ刺激タンパク質α鎖（「ＭＳＰａｌｐｈａ」）、ヌクレオソームアセンブリタンパク質１様４（「ＮＡＰ−２」）、分泌リンタンパク質１（「オステオポンチン」）、肺及び活性化調節サイトカイン（「ＰＡＲＣ」）、血小板因子４（「ＰＦ４」）、ストロマ細胞由来因子１α（「ＳＤＦ−１α」）、ケモカイン（Ｃ−Ｃモチーフ）リガンド１７（「ＴＡＲＣ」）、胸腺発現ケモカイン（「ＴＥＣＫ」）、胸腺間質リンホポエチン（「ＴＳＬＰ４−ＩＢＢ」）、ＣＤ１６６抗原（「ＡＬＣＡＭ」）、分化クラスター８０（「Ｂ７−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（「ＢＣＭＡ」）、分化クラスター１４（「ＣＤ１４」）、分化クラスター３０（「ＣＤ３０���）、分化クラスター４０（「ＣＤ４０リガンド」）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（胆汁糖タンパク質）（「ＣＥＡＣＡＭ−１」）、死受容体６（「ＤＲ６」）、デオキシチミジンキナーゼ（「Ｄｔｋ」）、１型膜糖タンパク質（「エンドグリン」」）、受容体チロシン−プロテインキナーゼｅｒｂＢ−３（「ＥｒｂＢ３」）、内皮−白血球接着分子１（「Ｅ−セレクチン」）、アポトーシス抗原１（「Ｆａｓ」）、Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３（「Ｆｌｔ−３Ｌ」）、
腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１（「ＧＩＴＲ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１４（「ＨＶＥＭ」）、細胞間接着分子３（「ＩＣＡＭ−３」）、ＩＬ−１  Ｒ４、ＩＬ−１  ＲＩ、ＩＬ−１０  Ｒβ、ＩＬ−１７Ｒ、ＩＬ−２Ｒγ、ＩＬ−２１Ｒ、リソソーム膜タンパク質２（「ＬＩＭＰＩＩ」）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（「リポカリン−２」）、ＣＤ６２Ｌ（「Ｌ−セレクチン」）、リンパ管内皮（「ＬＹＶＥ−１」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ａ（「ＭＩＣＡ」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ｂ（「ＭＩＣＢ」）、ＮＲＧｌ−ｂｅｔａｌ、β型血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ  Ｒβ」）、血小板内皮細胞接着分子（「ＰＥＣＡＭ−１」）、ＲＡＧＥ、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１（「ＴＩΜ−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバーＩＯＣ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ３」）、Ｔｒａｐｐｉｎタンパク質トランスグルタミナーゼ結合ドメイン（「Ｔｒａｐｐｉｎ−２」）、ウロキナーゼ受容体（「ｕＰＡＲ」）、血管細胞接着タンパク質１（「ＶＣＡＭ−１」）、ＸＥＤＡＲＡｃｔｉｖｉｎ  Ａ、アグーチ関連タンパク質（「ＡｇＲＰ」）、リボヌクレアーゼ５（「アンジオゲニン」）、アンジオポエチン１、アンジオスタチン、カテプリンＳ、ＣＤ４０、潜在性ファミリータンパク質ＩＢ（「Ｃｒｉｐｔｏ−１」）、ＤＡＮ、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質１（「ＤＫＫ−１」）、Ｅ−カドヘリン、上皮細胞接着分子（「ＥｐＣＡＭ」）、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ又はＣＤ９５Ｌ）、Ｆｃｇ  ＲＩＩＢ／Ｃ、フォリスタチン（ＦｏＵｉｓｔａｔｉｎ）、ガレクチン−７、細胞間接着分子２（「ＩＣＡＭ−２」）、ＩＬ−１３Ｒ１、ＩＬ−１３Ｒ２、ＩＬ−１７Ｂ、ＩＬ−２Ｒａ、ＩＬ−２Ｒｂ、ＩＬ−２３、ＬＡＰ、神経細胞接着分子（「ＮｒＣＡＭ」）、プラスミノーゲン活性化因子阻害剤−１（「ＰＡＩ−１」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ−ＡＢ」）、レジスチン、ストロマ細胞由来因子１（「ＳＤＦ−１β」）、ｓｇｐｌ３０、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質２（「ＳｈｈＮ」）、シアル酸結合免疫グロブリン型レクチン（「Ｓｉｇｌｅｃ−５」）、ＳＴ２、形質転換成長因子−β２（「ＴＧＦβ２」）、Ｔｉｅ−２、トロンボポエチン（「ＴＰＯ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｄ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ４」）、骨髄細胞に発現されるトリガー受容体１（「ＴＲＥＭ−１」）、血管内皮成長因子Ｃ（「ＶＥＧＦ−Ｃ」）、ＶＥＧＦＲｌアディポネクチン、アジプシン（「ＡＮＤ」）、α−フェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、アンジオポエチン様４（「ＡＮＧＰＴＬ４」）、β−２−ミクログロブリン（「Ｂ２Ｍ」）、基底細胞接着分子（「ＢＣＡＭ」）、糖鎖抗原１２５（「ＣＡ１２５」）、癌抗原１５−３（「ＣＡ１５−３」）、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ｃＡＭＰ受容体タンパク質（「ＣＲＰ」）、ヒト上皮成長因子受容体２（「ＥｒｂＢ２」）、フォリスタチン、卵胞刺激ホルモン（「ＦＳＨ」）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１（「ＧＲＯα」）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（「βＨＣＧ」）、インスリン様成長因子１受容体（「ＩＧＦ−ｌ  ｓＲ」）、ＩＬ−１  ｓＲＩＩ、ＩＬ−３、ＩＬ−１８  Ｒｂ、ＩＬ−２１、レプチン、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１（「ＭＭＰ−１」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−２（「ＭＭＰ−２」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−３（「ＭＭＰ−３」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−８（「ＭＭＰ−８」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−９（「ＭＭＰ−９」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１０（「ＭＭＰ−１０」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ−１３（「ＭＭＰ−１３」）、神経細胞接着分子（「ＮＣＡＭ−１」）、エンタクチン（「Ｎｉｄｏｇｅｎ−１」）、ニューロン特異的エノラーゼ（「ＮＳＥ」）、オンコスタチンＭ（「ＯＳＭ」）、プロカルシトニン、プロラクチン、前立腺特異的抗原（「ＰＳＡ」）、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン９（「Ｓｉｇｌｅｃ−９」）、ＡＤＡＭ１７エンドペプチダーゼ（「ＴＡＣＥ」）、チログロブリン、メタロプロテイナーゼ阻害剤４（「ＴＩＭＰ−４」）、ＴＳＨ２Ｂ４、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼドメイン含有タンパク質９（「ＡＤＡＭ−９」）、アンジオポエチン２、
腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３／酸性ロイシンリッチ核リンタンパク質３２ファミリーメンバーＢ（「ＡＰＲＩＬ」）、骨形成タンパク質２（「ＢＭＰ−２」）、骨形成タンパク質９（「ＢＭＰ−９」）、補体成分５ａ（「Ｃ５ａ」）、カテプシンＬ、ＣＤ２００、ＣＤ９７、ケメリン、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（「ＤｃＲ３」）、脂肪酸結合タンパク質２（「ＦＡＢＰ２」）、線維芽細胞活性化タンパク質、α（「ＦＡＰ」）、線維芽細胞成長因子１９（「ＦＧＦ−１９」）、ガレクチン３、肝細胞成長因子受容体（「ＨＧＦ  Ｒ」）、ＩＦＮ−γα／βＲ２、インスリン様成長因子２（「ＩＧＦ−２」）、インスリン様成長因子２受容体（「ＩＧＦ−２Ｒ」）、インターロイキン−１受容体６（「ＩＬ−１Ｒ６」）、インターロイキン２４（「ＩＬ−２４」）、インターロイキン３３（「ＩＬ−３３」）、カリクレイン１４、アスパラギニルエンドペプチダーゼ（「Ｌｅｇｕｍａｉｎ」）、酸化低密度リポタンパク質受容体１（「ＬＯＸ−１」）、マンノース結合レクチン（「ＭＢＬ」）、ネプリライシン（「ＮＥＰ」）、ノッチホモログ１、転座関連（ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ））（「ノッチ−１」）、腎芽細胞腫過剰発現（「ＮＯＶ」）、オステオアクチビン、プログラム細胞死タンパク質１（「ＰＤ−１」」）、Ｎ−アセチルムラモイル−Ｌ−アラニンアミダーゼ（「ＰＧＲＰ−５」）、セルピンＡ４、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質３（「ｓＦＲＰ−３」）、トロンボモジュリン、Ｔｏｌｌ様受容体２（「ＴＬＲ２」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ａ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ１」）、トランスフェリン（「ＴＲＦ」）、ＷＩＦ−ｌＡＣＥ−２、アルブミン、ＡＭＩＣＡ、アンジオポエチン４、Ｂ細胞活性化因子（「ＢＡＦＦ」）、糖鎖抗原１９−９（「ＣＡ１９−９」）、ＣＤ１６３、クラスタリン、ＣＲＴ  ＡＭ、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＣＸＣＬ１４」）、シスタチンＣ、デコリン（「ＤＣＮ」）、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質３（「Ｄｋｋ−３」）、δ様タンパク質１（「ＤＬＬ１」）、フェチュインＡ、ヘパリン結合成長因子１（「ａＦＧＦ」）、葉酸受容体α（「ＦＯＬＲ１」）、フューリン、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質１（「ＧＡＳＰ−１」）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質２（「ＧＡＳＰ−２」）、顆粒球コロニー刺激因子受容体（「ＧＣＳＦ  Ｒ」）、セリンプロテアーゼヘプシン（「ＨＡＩ−２」）、インターロイキン−１７Ｂ受容体（「ＩＬ−１７Ｂ  Ｒ」）、インターロイキン２７（「ＩＬ−２７」）、リンパ球活性化遺伝子３（「ＬＡＧ−３」）、アポリポタンパク質Ａ−Ｖ（「ＬＤＬ  Ｒ」）、ペプシノーゲンＩ、レチノール結合タンパク質４（「ＲＢＰ４」）、ＳＯＳＴ、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（「シンデカン−１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（「ＴＡＣＩ」）、組織因子経路阻害剤（「ＴＦＰＩ」）、ＴＳＰ−１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０ｂ（「ＴＲＡＩＬ  Ｒ２」）、ＴＲＡＮＣＥ、トロポニンＩ、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子（「ｕＰＡ」）、カドヘ���ン５、ＣＤ１４４としても知られる２型又はＶＥ−カドヘリン（血管内皮）（「ＶＥ−カドヘリン」）、ＷＮＴ１誘導シグナル伝達経路タンパク質１（「ＷＩＳＰ−１」）、及び核因子κＢの活性化受容体（「ＲＡＮＫ」）が含まれる。
【０１９２】
いくつかの実施形態では、癌治療薬は抗癌化合物である。例示的な抗癌化合物として下記が挙げられるがこれらに限定されない：アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、アリトレチノイン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））、アナストロゾール（Ａｒｉｍｉｄｅｘ（登録商標））、ベバシズマブ（Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、ボスチニブ（Ｂｏｓｕｌｉｆ（登録商標））、ブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））、カボザンチニブ（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ（商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（商標））、セツキシマブ（Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標））、クリゾチニブ（Ｘａｌｋｏｒｉ（登録商標））、ダサチニブ（Ｓｐｒｙｃｅｌ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））、塩酸エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標））、エベロリムス（Ａｆｉｎｉｔｏｒ（登録商標））、エキセメスタン（Ａｒｏｍａｓｉｎ（登録商標））、フルベストラント（Ｆａｓｌｏｄｅｘ（登録商標））、ゲフィチニブ（Ｉｒｅｓｓａ（登録商標））、イブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、メシル酸イマチニブ（Ｇｌｅｅｖｅｃ（登録商標））、イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標））、トシル酸ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ（登録商標））、レトロゾール（Ｆｅｍａｒａ（登録商標））、ニロチニブ（Ｔａｓｉｇｎａ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、パニツムマブ（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標））、塩酸パゾパニブ（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ（登録商標））、ペルツズマブ（Ｐｅｒｊｅｔａ（商標））、プララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（登録商標））、レゴラフェニブ（Ｓｔｉｖａｒｇａ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、ロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、トシル酸ソラフェニブ（Ｎｅｘａｖａｒ（登録商標））、リンゴ酸スニチニブ（Ｓｕｔｅｎｔ（登録商標））、タモキシフェン、テムシロリムス（Ｔｏｒｉｓｅｌ（登録商標））、トレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ（登録商標））、トシツモマブ及び１３１Ｉ−トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、トラスツズマブ（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標））、トレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））、バンデタニブ（Ｃａｐｒｅｌｓａ（登録商標））、ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ（登録商標））、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、並びにＺｉｖ−アフリバーセプト（Ｚａｌｔｒａｐ（登録商標））。
【０１９３】
遺伝子発現及び他の細胞機能を調節するタンパク質の機能を変更する例示的な抗癌化合物（例えば、ＨＤＡＣ阻害剤、レチノイドレセプターリガンド（ｌｉｇａｎｔ））は、ボリノスタット（Ｚｏｌｉｎｚａ（登録商標））、ベキサロテン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ（登録商標））及びロミデプシン（Ｉｓｔｏｄａｘ（登録商標））、アリトレチノイン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ（登録商標））、並びにトレチノイン（Ｖｅｓａｎｏｉｄ（登録商標））である。
【０１９４】
アポトーシスを誘発する例示的な抗癌化合物（例えば、プロテアソーム阻害剤、葉酸代謝拮抗薬）は、ボルテゾミブ（Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標））、カルフィルゾミブ（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ（商標））、及びプララトレキサート（Ｆｏｌｏｔｙｎ（登録商標））である。
【０１９５】
抗癌免疫反応を増加させる例示的な抗癌化合物（例えば、抗ＣＤ２０、抗ＣＤ５２；抗細胞傷害性Ｔリンパ球関連抗原−４）は、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標））、アレムツズマブ（Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標））、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標））、及びイピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（商標））である。
【０１９６】
毒物を癌細胞に送達する例示的な抗癌化合物（例えば、抗ＣＤ２０−放射性核種融合体；ＩＬ−２−ジフテリア毒素融合体；抗ＣＤ３０−モノメチルアウリスタシンＥ（ＭＭＡＥ）−融合体）は、トシツモマブ及び１３１Ｉ−トシツモマブ（Ｂｅｘｘａｒ（登録商標））、並びにイブリツモマブチウキセタン（Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（Ｏｎｔａｋ（登録商標））、並びにブレンツキシマブベドチン（Ａｄｃｅｔｒｉｓ（登録商標））である。
【０１９７】
他の例示的な抗癌化合物は小分子阻害剤及びそのコンジュゲートであり、例えば、ヤヌスキナーゼ、ＡＬＫ、Ｂｃｌ−２、ＰＡＲＰ、ＰＩ３Ｋ、ＶＥＧＦレセプター、Ｂｒａｆ、ＭＥＫ、ＣＤＫ、及びＨＳＰ９０である。
【０１９８】
例示的な白金ベースの抗癌化合物として、例えば、シスプラチン、カルボプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチン、ピコプラチン、ネダプラチン、トリプラチン（Ｔｒｉｐｌａｔｉｎ）、及びリポプラチン（Ｌｉｐｏｐｌａｔｉｎ）が挙げられる。処置に適した他の金属ベースの薬物として、ルテニウムベースの化合物、フェロセン誘導体、チタンベースの化合物、及びガリウムベースの化合物が挙げられるがこれらに限定されない。
【０１９９】
いくつかの実施形態では、癌治療薬は、放射性核種を含む放射性部分である。例示的な放射性核種には、限定されるものではないが、Ｃｒ−５１、Ｃｓ−１３１、Ｃｅ−１３４、Ｓｅ−７５、Ｒｕ−９７、Ｉ−１２５、Ｅｕ−１４９、Ｏｓ−１８９ｍ、Ｓｂ−１１９、Ｉ−１２３、Ｈｏ−１６１、Ｓｂ−１１７、Ｃｅ−１３９、Ｉｎ−１１１、Ｒｈ−１０３ｍ、Ｇａ−６７、Ｔｌ−２０１、Ｐｄ−１０３、Ａｕ−１９５、Ｈｇ−１９７、Ｓｒ−８７ｍ、Ｐｔ−１９１、Ｐ−３３、Ｅｒ−１６９、Ｒｕ−１０３、Ｙｂ−１６９、Ａｕ−１９９、Ｓｎ−１２１、Ｔｍ−１６７、Ｙｂ−１７５、Ｉｎ−１１３ｍ、Ｓｎ−１１３、Ｌｕ−１７７、Ｒｈ−１０５、Ｓｎ−１１７ｍ、Ｃｕ−６７、Ｓｃ−４７、Ｐｔ−１９５ｍ、Ｃｅ−１４１、Ｉ−１３１、Ｔｂ−１６１、Ａｓ−７７、Ｐｔ−１９７、Ｓｍ−１５３、Ｇｄ−１５９、Ｔｍ−１７３、Ｐｒ−１４３、Ａｕ−１９８、Ｔｍ−１７０、Ｒｅ−１８６、Ａｇ−１１１、Ｐｄ−１０９、Ｇａ−７３、Ｄｙ−１６５、Ｐｍ−１４９、Ｓｎ−１２３、Ｓｒ−８９、Ｈｏ−１６６、Ｐ−３２、Ｒｅ−１８８、Ｐｒ−１４２、Ｉｒ−１９４、Ｉｎ−１１４ｍ／Ｉｎ−１１４、及びＹ−９０が含まれる。
【０２００】
いくつかの実施形態では、癌治療薬は抗生物質である。例えば、癌関連細菌の存在及び／又は癌関連微生物叢プロファイルが、本明細書で提供される方法に従って検出された場合、対象から癌関連細菌を排除するために抗生物質を投与することができる。「抗生物質」は、細菌感染を阻害又は予防できる化合物を広く指す。抗生物質は、特定の感染症への使用、作用機序、バイオアベイラビリティ、又は標的微生物のスペクトル（例えば、グラム陰性菌とグラム陽性菌、好気性菌と嫌気性菌など）を含め、様々に分類することができ、これらは、宿主の特定の領域（「ニッチ」）で特定の細菌を殺すために使用することができる（Ｌｅｅｋｈａ，ｅｔ  ａｌ  ２０１１．Ｇｅｎｅｒａｌ  Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ｏｆ  Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｔｈｅｒａｐｙ．Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎ  Ｐｒｏｃ．８６（２）：１５６−１６７）。特定の実施形態では、抗生物質を使用して、特定のニッチの細菌を選択的に標的とすることができる。いくつかの実施形態では、癌ニッチ（ｃａｎｃｅｒ  ｎｉｃｈｅ）を含む特定の感染症を処置することが知られている抗生物質を使用して、そのニッチ内の癌関連細菌を含む癌関連微生物を標的とすることができる。他の実施形態では、細菌処置後に抗生物質が投与される。いくつかの実施形態では、生着を除去するために細菌処置後に抗生物質が投与される。
【０２０１】
いくつかの態様では、抗生物質は、それらの殺菌特性又は静菌特性に基づいて選択することができる。殺菌性抗生物質には、細胞壁（例えば、β−ラクタム）、細胞膜（例えば、ダプトマイシン）、又は細菌ＤＮＡ（例えば、フルオロキノロン）を破壊する作用機序が含まれる。静菌剤は、細菌の複製を阻害し、スルホンアミド、テトラサイクリン、及びマクロライドを含み、タンパク質合成を阻害することによって作用する。さらに、一部の薬物は特定の生物では殺菌性であり、他の薬物では静菌性であり得るが、標的生物を知ることで、当業者は適切な特性を有する抗生物質を選択することができる。特定の処置条件では、静菌性抗生物質は殺菌性抗生物質の活性を阻害する。従って、特定の実施形態では、殺菌性抗生物質と静菌性抗生物質は組み合わせられない。
【０２０２】
抗生物質には、限定されるものではないが、アミノグリコシド、アンサマイシン、カルバセフェム、カルバペネム、セファロスポリン、グリコペプチド、リンコサミド、リポペプチド、マクロライド、モノバクタム、ニトロフラン、オキサゾリドノン（ｏｘａｚｏｌｉｄｏｎｏｎｅ）、ペニシリン、ポリペプチド抗生物質、キノロン、フルオロキノロン、スルホンアミド、テトラサイクリン、及び抗マイコバクテリア化合物、及びそれらの組み合わせが含まれる。
【０２０３】
アミノグリコシドには、限定されるものではないが、アミカシン、ゲンタマイシン、カナマイシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、トブラマイシン、パロモマイシン、及びスペクチノマイシンが含まれる。アミノグリコシドは、例えば、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ）、クレブシエラ（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、及び野兎病菌（Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ）などのグラム陰性細菌に対して、及び特定の好気性細菌に対しては有効であるが、偏性／通性嫌気性菌に対してはあまり有効ではない。アミノグリコシドは、細菌の３０Ｓ又は５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
【０２０４】
アンサマイシンには、限定されるものではないが、ゲルダナマイシン、ハービマイシン、リファマイシン、及びストレプトバリシンが含まれる。ゲルダナマイシン及びハービマイシンは、熱ショックタンパク質９０の機能を阻害又は変更すると考えられている。
【０２０５】
カルバセフェムには、限定されるものではないが、ロラカルベフが含まれる。カルバセフェムは、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。
【０２０６】
カルバペネムには、限定されるものではないが、エルタペネム、ドリペネム、イミペネム／シラスタチン、及びメロペネムが含まれる。カルバペネムは、広域抗生物質としてのグラム陽性菌とグラム陰性菌の両方に対して殺菌性がある。カルバペネムは、細菌の細胞壁合成を阻害すると考えられている。
【０２０７】
セファロスポリンには、限定されるものではないが、セファドロキシル、セファゾリン、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｉｎ）、セファロチン（Ｃｅｆａｌｏｔｈｉｎ）、セファレキシン、セファクロル、セファマンドール、セフォキシチン、セフプロジル、セフロキシム、セフィキシム、セフジニル、セフジトレン、セフォペラゾン、セフォタキシム、セフポドキシム、セフタジジム、セフチブテン、セフチゾキシム、セフトリアキソン、セフェピム、セフタロリンフォサミル、及びセフトビプロールが含まれる。選択されたセファロスポリンは、例えば、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）を含むグラム陰性菌及びグラム陽性菌対して有効であり、特定のセファロスポリンは、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）に対して有効である。セファロスポリンは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することにより、細菌細胞壁合成を阻害すると考えられている。
【０２０８】
糖ペプチドには、限定されるものではないが、テイコプラニン、バンコマイシン、及びテラバンシンが含まれる。糖ペプチドは、例えば、ＭＲＳＡ及びクロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）を含む好気性及び嫌気性のグラム陽性菌に対して有効である。糖ペプチドは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することによって細菌細胞壁の合成を阻害すると考えられている。
【０２０９】
リンコサミドには、限定されるものではないが、クリンダマイシン及びリンコマイシンが含まれる。リンコサミドは、例えば、嫌気性細菌、並びにブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）及び連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）に対して有効である。リンコサミドは、細菌の５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
【０２１０】
リポペプチドには、限定されるものではないが、ダプトマイシンが含まれる。リポペプチドは、例えば、グラム陽性菌に対して有効である。リポペプチドは、細菌膜に結合し、急速な脱分極を引き起こすと考えられている。
【０２１１】
マクロライドには、限定されるものではないが、アジスロマイシン、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、エリスロマイシン、ロキシスロマイシン、トロレアンドマイシン、テリスロマイシン、及びスピラマイシンが含まれる。マクロライドは、例えば、連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びマイコプラズマ（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ）に対して有効である。マクロライドは、細菌又は５０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
【０２１２】
モノバクタムには、限定されるものではないが、アズトレオナムが含まれる。モノバクタムは、例えば、グラム陰性菌に対して有効である。モノバクタムは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することによって細菌細胞壁の合成を阻害すると考えられている。
【０２１３】
ニトロフランには、限定されるものではないが、フラゾリドン及びニトロフラントインが含まれる。
【０２１４】
オキサゾリドノンには、限定されるものではないが、リネゾリド、ポシゾリド（Ｐｏｓｉｚｏｌｉｄ）、ラデゾリド（Ｒａｄｅｚｏｌｉｄ）、及びトレゾリド（Ｔｏｒｅｚｏｌｉｄ）が含まれる。オキサゾリドノンは、タンパク質合成阻害剤であると考えられている。
【０２１５】
ペニシリンには、限定されるものではないが、アモキシシリン、アンピシリン、アズロシリン、カルベニシリン、クロキサシリン、ジクロキサシリン、フルクロキサシリン、メズロシリン、メチシリン、ナフシリン、オキサシリン、ペニシリンＧ、ペニシリンＶ、ピペラシリン、テモシリン、及びチカルシリンが含まれる。ペニシリンは、例えば、グラム陽性菌、通性嫌気性菌、例えば連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ボレリア、及びトレポネーマに対して有効である。ペニシリンは、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成を妨害することによって細菌細胞壁の合成を阻害すると考えられている。
【０２１６】
ペニシリンの組み合わせには、限定されるものではないが、アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、ピペラシリン／タゾバクタム、及びチカルシリン／クラブラン酸塩が含まれる。
【０２１７】
ポリペプチド抗生物質には、限定されるものではないが、バシトラシン、コリスチン、及びポリミキシンＢ及びＥが含まれる。ポリペプチド抗生物質は、例えば、グラム陰性菌に対して有効である。特定のポリペプチド抗生物質は、細菌細胞壁のペプチドグリカン層の合成に関与するイソプレニルピロリン酸を阻害すると考えられているが、細菌の対イオンを置き換えることによって細菌の外膜を不安定にするものもある。
【０２１８】
キノロン及びフルオロキノロンには、限定されるものではないが、シプロフロキサシン、エノキサシン、ガチフロキサシン、ゲミフロキサシン、レボフロキサシン、ロメフロキサシン、モキシフロキサシン、ナリジクス酸、ノルフロキサシン、オフロキサシン、トロバフロキサシン、グレパフロキサシン、スパルフロキサシン、及びテマフロキサシンが含まれる。キノロン／フルオロキノロンは、例えば、連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）やナイセリア属（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）に対して有効である。キノロン／フルオロキノロンは、細菌のＤＮＡジャイレース又はトポイソメラーゼＩＶを阻害し、それによってＤＮＡの複製及び転写を阻害すると考えられている。
【０２１９】
スルホンアミドには、限定されるものではないが、マフェニド、スルファセタミド、スルファジアジン、スルファジアジン銀、スルファジメトキシン、スルファメチゾール、スルファメトキサゾール、スルファニルイミド、スルファサラジン、スルフイソキサゾール、トリメトプリム−スルファメトキサゾール（コ・トリモキサゾール）、及びスルホンアミドクリソイジンが含まれる。スルホンアミドは、ジヒドロプテロイン酸合成酵素の競合的阻害によって葉酸合成を阻害し、それによって核酸合成を阻害すると考えられている。
【０２２０】
テトラサイクリンには、限定されるものではないが、デメクロサイクリン、ドキシサイクリン、ミノサイクリン、オキシテトラサイクリン、及びテトラサイクリンが含まれる。テトラサイクリンは、例えば、グラム陰性菌に対して有効である。テトラサイクリンは、細菌の３０Ｓリボソームサブユニットに結合し、それによって細菌のタンパク質合成を阻害すると考えられている。
【０２２１】
抗抗酸菌化合物には、限定されるものではないが、クロファジミン、ダプソン、カプレオマイシン、サイクロセリン、エタンブトール、エチオナミド、イソニアジド、ピラジナミド、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、及びストレプトマイシンが含まれる。
【０２２２】
好適な抗生物質には、アルスフェナミン、クロラムフェニコール、フォスフォマイシン、フシジン酸、メトロニダゾール、ムピロシン、プラテンシマイシン、キヌプリスチン／ダルフォプリスチン、チゲサイクリン、チニダゾール、トリメトプリム・アモキシシリン／クラブラン酸塩、アンピシリン／スルバクタム、アンホマイシンリストセチン、アジスロマイシン、バシトラシン、ブフォリンＩＩ、カルボマイシン、セクロピンＰ１、クラリスロマイシン、エリスロマイシン、フラゾリドン、フシジン酸、フシジン酸ナトリウム、グラミシジン、イミペネム、インドリシジン、ジョサマイシン、マガイナンＩＩ（ｍａｇａｉｎａｎ  ＩＩ）、メトロニダゾール、ニトロイミダゾール、ミカマイシン、ムタシンＢ−Ｎｙ２６６、ムタシンＢ−ＪＨｌ  １４０、ムタシンＪ−Ｔ８、ナイシン、ナイシンＡ、ノボビオシン、オレアンドマイシン、オストレオグリシン、ピペラシリン／タゾバクタム、プリスチナマイシン、ラモプラニン、ラナレキシン、ロイテリン、リファキシミン、ロザマイシン、ロサラマイシン、スペクチノマイシン、スピラマイシン、スタフィロマイシン、ストレプトグラミン、ストレプトグラミンＡ、シネルギスチン、タウロリジン、テイコプラニン、テリスロマイシン、チカルシリン／クラブラン酸、トリアセチルオレアンドマイシン、タイロシン、チロシジン、チロトリシン、バンコマイシン、ベママイシン（ｖｅｍａｍｙｃｉｎ）、及びバージニアマイシンも含まれる。
【０２２３】
いくつかの実施形態では、この追加の治療薬は、免疫抑制剤、ＤＭＡＲＤ、疼痛制御剤、ステロイド、非ステロイド系抗炎症薬（ＮＳＡＩＤ）、又はサイトカイン拮抗薬、及びこれらの組み合わせである。代表的な薬剤として下記が挙げられるがこれらに限定されない：シクロスポリン、レチノイド、副腎皮質ステロイド、プロピオン酸誘導体、酢酸誘導体、エノール酸（ｅｎｏｌｉｃ  ａｃｉｄ）誘導体、フェナム酸誘導体、Ｃｏｘ−２阻害剤、ルミラコキシブ、イブプロフェン、サリチル酸コリンマグネシウム、フェノプロフェン、サルサラート、ジフニサル（ｄｉｆｕｎｉｓａｌ）、トルメチン、ケトプロフェン、フルルビプロフェン、オキサプロジン、インドメタシン、スリンダク、エトドラク、ケトロラック、ナブメトン、ナプロキセン、バルデコキシブ、エトリコキシブ、ＭＫ０９６６；ロフェコキシブ、アセトミノフェン、セレコキシブ、ジクロフェナク、トラマドール、ピロキシカム、メロキシカム、テノキシカム、ドロキシカム、ロルノキシカム、イソキシカム、メフェナム酸、メクロフェナム酸、フルフェナム酸、トルフェナム酸、バルデコキシブ、パレコキシブ、エトドラク、インドメタシン、アスピリン、イブプロフェン、フィロコキシブ、メトトレキサート（ＭＴＸ）、抗マラリア剤（例えば、ヒドロキシクロロキン及びクロロキン）、スルファサラジン、レフルノミド、アザチオプリン、シクロスポリン、金塩、ミノサイクリン、シクロホスファミド、Ｄ−ペニシラミン、ミノサイクリン、オーラノフィン、タクロリムス、ミオクリシン、クロラムブシル、ＴＮＦα拮抗薬（例えば、ＴＮＦα拮抗薬又はＴＮＦαレセプター拮抗薬）、例えば、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））、エタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）；ＴＡ−６５０）、セルトリズマブペゴル（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）；ＣＤＰ８７０）、ゴリムマブ（Ｓｉｍｐｏｍ（登録商標）；ＣＮＴＯ  １４８）、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標））、リツキシマブ（Ｒｉｔｕｘａｎ（登録商標）；ＭａｂＴｈｅｒａ（登録商標））、アバタセプト（Ｏｒｅｎｃｉａ（登録商標））、トシリズマブ（ＲｏＡｃｔｅｍｒａ／Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標））、インテグリン拮抗薬（ＴＹＳＡＢＲＩ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＩＬ−１拮抗薬（ＡＣＺ８８５（イラリス））、アナキンラ（Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）））、ＣＤ４拮抗薬、ＩＬ−２３拮抗薬、ＩＬ−２０拮抗薬、ＩＬ−６拮抗薬、ＢＬｙＳ拮抗薬（例えば、アタシセプト、Ｂｅｎｌｙｓｔａ（登録商標）／ＬｙｍｐｈｏＳｔａｔ−Ｂ（登録商標）（ベリムマブ））、ｐ３８阻害剤、ＣＤ２０拮抗薬（オクレリズマブ、オファツムマブ（Ａｒｚｅｒｒａ（登録商標）））、
インターフェロンγ拮抗薬（フォントリズマブ）、プレドニゾロン、プレドニゾン、デキサメタゾン、コルチゾール、コルチゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、ベタメタゾン、トリアムシノロン、ベクロメタゾン（ｂｅｃｌｏｍｅｔａｓｏｍｅ）、フルドロコルチゾン、デオキシコルチコステロン、アルドステロン、ドキシサイクリン、バンコマイシン、ピオグリタゾン、ＳＢＩ−０８７、ＳＣＩＯ−４６９、Ｃｕｒａ−１００、オンコキシン＋ビウシド（Ｏｎｃｏｘｉｎ＋Ｖｉｕｓｉｄ）、ＴｗＨＦ、メトキサレン、ビタミンＤ−エルゴカルシフェロール、ミルナシプラン、パクリタキセル、ロージングタゾン（ｒｏｓｉｇ  ｔａｚｏｎｅ）、タクロリムス（Ｐｒｏｇｒａｆ（登録商標））、ＲＡＤＯＯｌ、ラパミューン、ラパマイシン、フォスタマチニブ、フェンタニル、ＸＯＭＡ  ０５２、フォスタマチニブ二ナトリウム、ロシグリタゾン、クルクミン（Ｌｏｎｇｖｉｄａ（商標））、ロスバスタチン、マラビロク、ラミピニル（ｒａｍｉｐｎｌ）、ミルナシプラン、コビプロストン（Ｃｏｂｉｐｒｏｓｔｏｎｅ）、ソマトロピン、ｔｇＡＡＣ９４遺伝子治療用ベクター、ＭＫ０３５９、ＧＷ８５６５５３、エソメプラゾール、エベロリムス、トラスツズマブ、ＪＡＫｌ阻害剤及びＪＡＫ２阻害剤、パンＪＡＫ阻害剤、例えば、四環系ピリドン６（Ｐ６）、３２５、ＰＦ−９５６９８０、デノスマブ、ＩＬ−６拮抗薬、ＣＤ２０拮抗薬、ＣＴＬＡ４拮抗薬、ＩＬ−８拮抗薬、ＩＬ−２１拮抗薬、ＩＬ−２２拮抗薬、インテグリン拮抗薬（Ｔｙｓａｒｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ））、ＶＧＥＦ拮抗薬、ＣＸＣＬ拮抗薬、ＭＭＰ拮抗薬、デフェンシン拮抗薬、ＩＬ−１拮抗薬（例えばＩＬ−１β拮抗薬）、並びにＩＬ−２３拮抗薬（例えば、レセプターデコイ、拮抗性抗体等）。
【０２２４】
いくつかの実施形態では、この薬剤は免疫抑制剤である。免疫抑制剤の例として下記が挙げられるがこれらに限定されない：副腎皮質ステロイド、メサラジン、メサラミン、スルファサラジン、スルファサラジン誘導体、免疫抑制薬、シクロスポリンＡ、メルカプトプリン、アザチオプリン、プレドニゾン、メトトレキサート、抗ヒスタミン薬、グルココルチコイド、エピネフリン、テオフィリン、クロモグリク酸ナトリウム、抗ロイコトリエン、鼻炎用の抗コリン薬、ＴＬＲ拮抗薬、インフラマソーム阻害剤、抗コリン性うっ血除去薬、肥満細胞安定化薬、モノクローナル抗ＩｇＥ抗体、ワクチン（例えば、アレルゲンの量の徐々に増加するワクチン接種に使用されるワクチン）、サイトカイン阻害剤、例えば抗ＩＬ−６抗体、ＴＮＦ阻害剤、例えば、インフリキシマブ、アダリムマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、又はエタネルセプト、及びこれらの組み合わせ。
【０２２５】
投与
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、対象に本明細書で説明されている医薬組成物を送達する方法である。本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態では、この医薬組成物を追加の治療薬の投与と共に投与する。いくつかの実施形態では、この医薬組成物は、この追加の治療薬と共製剤化されたＥＶ及び／又は細菌を含む。いくつかの実施形態では、この医薬組成物をこの追加の治療薬と共投与する。いくつかの実施形態では、この追加の治療薬を、この医薬組成物の投与前（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、若しくは５５分前、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、若しくは２３時間前、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、若しくは１４日前）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、この追加の治療薬を、この医薬組成物の投与後（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、若しくは５５分後、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、若しくは２３時間後、又は約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、若しくは１４日後）に対象に投与する。いくつかの実施形態では、同一の送達モードを使用して、この医薬組成物とこの追加の治療薬との両方を送達する。いくつかの実施形態では、異なる送達モードを使用して、この医薬組成物とこの追加の治療薬とを投与する。例えば、いくつかの実施形態では、この医薬組成物を経口投与し、この追加の治療薬を注射（例えば、静脈内注射、筋肉内注釈、及び／又は腫瘍内注射）により投与する。
【０２２６】
ある特定の実施形態では、本明細書で説明されている医薬組成物、剤形、及びキットを、任意の他の従来の抗癌処置（例えば、腫瘍の放射線治療及び外科的切除）と共に投与し得る。この処置を、必要に応じて及び／又は指示されているように適用し得、且つこの処置は、本明細書で説明されている医薬組成物、剤形、及びキットの投与の前、同時、又は後に起こり得る。
【０２２７】
投与レジメンは様々な方法及び量の内のいずれかであり得、且つ既知の臨床学的因子に従って当業者により決定され得る。医学分野で既知であるように、任意の１例の患者のための投与量は多くの因子に依存し得、例えば、対象の種、サイズ、体表面積、年齢、性別、免疫能力、及び全体的な健康、投与する特定の微生物、投与の持続期間及び経路、疾患の種類及び段階、例えば、腫瘍サイズ、並びに他の化合物（例えば、同時に投与する薬物）に依存し得る。上記の因子に加えて、そのようなレベルは、当業者により決定され得るように、微生物の感染力及び微生物の性質の影響を受け得る。本方法では、微生物の適切な最小投与量レベルは、微生物が生存し、増殖し、且つ複製するのに十分なレベルであり得る。本明細書で説明されている医薬組成物の用量を、剤形、投与経路、標的疾患の程度又は段階、及び同類のものに従って適切に設定し得るか又は調整し得る。例えば、薬剤の一般的な有効用量は、０．０１ｍｇ／体重ｋｇ／日〜１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、０．１ｍｇ／体重ｋｇ／日〜１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、０．５ｍｇ／体重ｋｇ／日〜５００ｍｇ／体重ｋｇ／日、１ｍｇ／体重ｋｇ／日〜１００ｍｇ／体重ｋｇ／日、又は５ｍｇ／体重ｋｇ／日〜５０ｍｇ／体重ｋｇ／日の範囲であり得る。この有効用量は、０．０１、０．０５、０．１、０．５、１、２、３、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、５００、若しくは１０００ｍｇ／体重ｋｇ／日、又はより多くであり得るが、この用量はこれらに限定されない。
【０２２８】
いくつかの実施形態では、対象に投与する用量は、疾患（例えば、自己免疫疾患、炎症性疾患、代謝性疾患、癌）を予防するのに、この疾患の発症を遅延させるのに、又はこの疾患の進行を遅らせるか若しくは停止させるのに十分である。投与量が様々な因子（例えば、用いる特定の化合物の強度、並びに対象の年齢、種、状態、及び体重）に依存することを当業者は認識するだろう。用量の大きさは、投与の経路、タイミング、及び頻度、並びに特定の化合物の投与に伴う可能性があるあらゆる有害な副作用及び所望される生理学的効果の存在、性質、及び程度によっても決定され得るだろう。
【０２２９】
適切な用量及び投与レジメンを、当業者に既知の従来の範囲発見技術により決定し得る。一般に、処置を、化合物の適切な用量未満であるより少ない投与量で開始する。その後、この投与量を、この状況下で最適な効果が達成されるまで少量ずつ増加させる。有効な投与量及び処置プロトコルを、例えば、実験動物での低用量から始めて、次いで効果をモニタリングしつつ投与量を増加させ、さらに投与量レジメンを体系的に変えることにより、日常的で従来の手段により決定し得る。一般には、実験動物を使用して体重１キログラム当たりの生物活性剤の最大耐量（「ＭＴＤ」）を決定する。当業者は、ヒト等の他の種において、毒性を回避しつつ有効性のために用量を定期的に推定する。
【０２３０】
上記に従って、治療用途において、本発明に従って使用される活性剤の投与量は、選択された投与量に影響を及ぼす他の因子の中でも、活性剤、レシピエント患者の年齢、体重、及び臨床状態、並びに治療を施す臨床医又は専門家の経験及び判断に依存して変化する。一般に、用量は、腫瘍の増殖の遅延を引き起こすのに十分であるべきであり、好ましくは退行を引き起こすのに十分であるべきであり、最も好ましくは癌の完全な退行を引き起こすのに十分であるべきである。
【０２３１】
個別の投与は、２回以上の投与（例えば、２回、３回、４回、５回、又は６回の投与）の内のいずれかの数を含み得る。当業者は、本明細書で提供される治療方法をモニタリングするための当該技術分野で既知の方法及び他のモニタリング方法に従って、１回又は複数回の追加の投与を実施するための投与の数又はこの投与の実施の望ましさを容易に決定し得る。従って、本明細書で提供される方法は、医薬組成物の１回又は複数回の投与を対象にもたらす方法を含み、この投与回数を、対象をモニタリングし、このモニタリングの結果に基づいて、１回又は複数回の追加の投与をもたらすかどうかを決定することにより、決定し得る。１回又は複数回の追加の投与をもたらすかどうかの決定は、様々なモニタリング結果に基づき得る。
【０２３２】
投与間の間隔は、様々な期間の内のいずれかであり得る。この投与間の間隔は、投与回数、対象が免疫反応を開始するための期間、及び／又は対象が正常組織からＥＶを排除するための期間に関して説明されているように、モニタリング工程を含む様々な因子の内のいずれかの関数であり得る。一例では、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間の関数であり得、例えば、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間超であり得、例えば、約１週間超、約１０日超、約２週間超、又は約１ヶ月超であり得、別の例では、この期間は対象が免疫反応を開始するための期間未満であり得、例えば、約１週間未満、約１０日未満、約２週間未満、又は約１カ月未満であり得る。別の例では、この期間は対象が正常組織からＥＶを排除するための期間の関数であり得、例えば、この期間は対象が正常組織からＥＶを排除するための期間超であり得、例えば、約１日超、約２日超、約３日超、約５日超、又は約１週間超であり得る。
【０２３３】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている医薬組成物と組み合わせた追加の治療薬の送達により、副作用が低減され、及び／又は追加の治療薬の有効性が改善される。
【０２３４】
本明細書で説明されている追加の治療薬の有効用量は、患者への毒性が最小な、特定の患者、組成物、及び投与様式に対して所望の治療反応を達成するのに有効な治療薬の量である。有効投与量レベルは、本明細書で説明されている方法を使用して特定され得、且つ様々な薬物動態学的因子（例えば、投与される特定の組成物の活性、投与経路、投与期間、用いられる特定の化合物の排泄速度、処置の持続期間、用いられる特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物、及び／又は物質、処置される患者の年齢、性別、体重、状態、全体的な健康、及び過去の病歴、並びに医療分野で公知の類似の因子）に依存するだろう。一般に、追加の治療の有効用量は、治療効果を生じるのに有効な最低用量である治療薬の量であるだろう。そのような有効用量は一般に、上記で説明されている因子に依存するだろう。
【０２３５】
追加の治療の毒性は、処置の最中又は後に対象が経験する副作用のレベルである。追加の治療の毒性と関連する有害事象として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：腹痛、胃酸過多、呑酸、アレルギー反応、脱毛、アナフィラキシー、貧血症、不安、食欲不振、関節痛、無力症、運動失調、高窒素血症、平衡の欠如、骨痛、出血、血餅、低血圧、高血圧、呼吸困難、気管支炎、挫傷、低白血球数、低赤血球数、低血小板数、心毒性、膀胱炎、出血性膀胱炎、不整脈、心臓弁膜症、心筋症、冠動脈疾患、白内障、中枢神経毒性、認知障害、錯乱、結膜炎、便秘、咳嗽、筋痙攣、膀胱炎、深部静脈血栓症、脱水、うつ病、下痢、眩暈、口渇、乾燥皮膚、消化不良、呼吸困難、浮腫、電解質異常、食道炎、疲労、生殖能力の欠如、発熱、鼓腸、潮紅、胃逆流、胃食道逆流症、生殖器痛、顆粒球減少症、女性化乳房、緑内障、脱毛、手足症候群、頭痛、難聴、心不全、心臓の動悸、胸やけ、血腫、出血性膀胱炎、肝毒性、高アミラーゼ血症、高カルシウム血症、高クロール血症、高血糖、高カリウム血症、高リパーゼ血症、高マグネシウム血症、高ナトリウム血症、高リン酸血症、色素増加症、高トリグリセリド血症、高尿酸血症、低アルブミン血症、低カルシウム血症、低クロール血症、低血糖症、低カリウム血症、低マグネシウム血症、低ナトリウム血症、低リン酸血症、勃起不全、感染、注射部位反応、不眠症、鉄欠乏症、そう痒、関節痛、腎不全、白血球減少症、肝機能障害、記憶喪失、閉経、口の痛み、粘膜炎、筋痛、筋肉痛、骨髄抑制、心筋炎、好中球減少性発熱、吐き気、腎毒性、好中球減少症、鼻血、しびれ、聴器毒性、疼痛、手掌足底感覚異常症、汎血球減少症、心膜炎、末梢神経障害、咽頭炎、羞明、光線過敏症、肺炎、間質性肺炎、タンパク尿症、肺塞栓症、肺線維症、肺毒性、発疹、速い心臓の鼓動、直腸出血、不穏状態、鼻炎、発作、息切れ、副鼻腔炎、血小板減少症、耳鳴、尿路感染、腟出血、腟乾燥、回転性めまい、水貯留、脱力、体重減少、体重増加、及び口腔乾燥症。一般に、治療を通じて達成される患者への利益が、治療に起因して患者が経験する有害事象を上回る場合には、毒性は許容される。
【０２３６】
免疫障害
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は、病理学的免疫反応に関連する疾患又は障害（例えば、自己免疫疾患、アレルギー反応、及び／又は炎症性疾患）の処置又は予防に関する。いくつかの実施形態では、この疾患又は障害は炎症性腸疾患（例えば、クローン病又は潰瘍性大腸炎）である。
【０２３７】
本明細書で説明されている方法を使用して、必要とするあらゆる対象を処置し得る。本明細書で使用される場合、「必要とする対象」は、病理学的免疫反応に関連する疾患又は障害（例えば炎症性腸疾患）を有するあらゆる対象、及びそのような疾患又は障害を獲得する可能性が高いあらゆる対象を含む。
【０２３８】
本明細書で使用されている組成物を、例えば、自己免疫疾患、例えば、慢性炎症性腸疾患、全身性エリテマトーデス、乾癬、マックル・ウェルズ症候群、関節リウマチ、多発性硬化症、若しくは橋本病；アレルギー性疾患、例えば、食物アレルギー、花粉症、若しくは喘息；感染性疾患、例えば、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）による感染；炎症性疾患、例えば、ＴＮＦ媒介型炎症性疾患（例えば、胃腸管の炎症性疾患、例えば嚢炎、心臓血管の炎症状態、例えばアテローム性動脈硬化症、若しくは炎症性肺疾患、例えば慢性閉塞性肺疾患）；組織拒絶が生じる可能性がある臓器移植若しくは他の状況での拒絶を抑制するための医薬組成物；免疫機能を改善するためのサプリメント、食物、若しくは飲料；又は免疫細胞の増殖若しくは機能を抑制するための試薬を予防するか又は処置する（副作用を部分的に又は完全に軽減する）ための医薬組成物として使用し得る。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供され方法は炎症の処置に有用である。ある特定の実施形態では、下記で論じられるように、身体のあらゆる組織及び臓器の炎症（例えば、筋骨格の炎症、血管の炎症、神経の炎症、消化器系の炎症、眼の炎症、生殖器系の炎症、及び他の炎症）。
【０２４０】
筋骨格系の免疫障害として、骨格関節（例えば、手、手首、肘、肩、顎、脊椎、首、臀部、既知（ｋｎｅｗ）、足首、及び足の関節）に影響を及ぼす状態、並びに腱等の骨格に筋肉を結びつける組織に影響を及ぼす状態が挙げられるがこれらに限定されない。本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得るそのような免疫障害の例として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：関節炎（例えば、骨関節炎、関節リウマチ、乾癬性関節炎、強直性脊椎炎、急性及び慢性の感染性関節炎、痛風及び偽痛風と関連する関節炎、並びに若年性特発性関節炎）、腱炎、滑膜炎、腱鞘炎、滑液包炎、結合織炎（線維筋痛症）、上顆炎、筋炎、並びに骨炎（例えば、パジェット病、恥骨骨炎、及び嚢胞性線維性骨炎）。
【０２４１】
眼の免疫障害は、眼のあらゆる構造（例えばまぶた）に影響を及ぼす免疫障害を指す。本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る眼の免疫障害の例として、眼瞼炎、眼瞼皮膚弛緩症、結膜炎、涙腺炎、角膜炎、乾性角結膜炎（ドライアイ）、強膜炎、睫毛乱生、及びぶどう膜炎が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２４２】
本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る神経系の免疫障害の例として、脳炎、ギラン・バレー症候群、髄膜炎、神経性筋強直症、ナルコレプシー、多発性硬化症、脊髄炎、及び統合失調症が挙げられるがこれらに限定されない。本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る血管系又はリンパ系の炎症の例として、関節硬化症、関節炎、静脈炎、血管炎、及びリンパ管炎が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２４３】
本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る消化器系の免疫障害の例として、胆管炎、胆嚢炎、腸炎、小腸結腸炎、胃炎、胃腸炎、炎症性腸疾患、回腸炎、及び直腸炎が挙げられるがこれらに限定されない。炎症性腸疾患として、例えば、関連疾患の群の特定の当該技術分野で認められた形態が挙げられる。炎症性腸疾患のいくつかの主要な形態が知られており、この障害の最も一般的なものはクローン病（局所性腸疾患、例えば、不活性な形態及び活性な形態）、並びに潰瘍性大腸炎（例えば、不活性な形態及び活性な形態）である。加えて、この炎症性腸疾患には、過敏性腸症候群、顕微鏡的大腸炎、リンパ球性−形質細胞性腸炎、セリアック病、コラーゲン大腸炎、リンパ球性大腸炎、及び好酸球性腸炎が含まれる。ＩＢＤの他のあまり一般的ではない形態として、不確定大腸炎、偽膜性大腸炎（壊死性大腸炎）、虚血性炎症性腸疾患、ベーチェット病、サルコイドーシス、強皮症、ＩＢＤ関連異形成、異形成関連の腫瘤又は病変、及び原発性硬化性胆管炎が挙げられる。
【０２４４】
本明細書で説明されている方法及び組成物で処置され得る生殖器系の免疫障害の例として、子宮頸管炎、絨毛羊膜炎、子宮内膜炎、精巣上体炎、臍炎、卵巣炎、精巣炎、卵管炎、卵管卵巣膿瘍、尿道炎、腟炎、外陰炎、及び外陰部痛が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２４５】
本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、炎症性成分を有する自己免疫状態を処置し得る。そのような状態として下記が挙げられるがこれらに限定されない：急性播種性全身性脱毛症（ａｃｕｔｅ  ｄｉｓｓｅｍｉｎａｔｅｄ  ａｌｏｐｅｃｉａ  ｕｎｉｖｅｒｓａｌｉｓｅ）、ベーチェット病、シャーガス病、慢性疲労症候群、自律神経障害、脳脊髄炎、強直性脊椎炎、再生不良性貧血、化膿性汗腺炎、自己免疫性肝炎、自己免疫性卵巣炎、セリアック病、クローン病、１型糖尿病、巨細胞性動脈炎、グッドパスチャー症候群、グレーブス病、ギラン・バレー症候群、橋本病、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、川崎病、紅斑性狼瘡、顕微鏡的大腸炎、顕微鏡的多発動脈炎、混合性結合組織病、マックル・ウェルズ症候群、多発性硬化症、重症筋無力症、眼球クローヌス・ミオクローヌス運動失調、視神経炎、オード甲状腺炎（ｏｒｄ’ｓ  ｔｈｙｒｏｉｄｉｔｉｓ）、天疱瘡、結節性多発動脈炎、多発性筋痛、関節リウマチ、ライター症候群、シェーグレン症候群、側頭動脈炎、ウェゲナー肉芽腫症、温式自己免疫性溶血性貧血、間質性膀胱炎、ライム病、モルフェア、乾癬、サルコイドーシス、強皮症、潰瘍性大腸炎、及び白斑。
【０２４６】
本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、炎症性成分を有するＴ細胞媒介型過敏性疾患を処置し得る。そのような状態として、接触過敏症、接触性皮膚炎（例えば、ツタウルシに起因するもの）、じんま疹、皮膚アレルギー、呼吸アレルギー（枯草熱、アレルギー性鼻炎、チリダニアレルギー）、及びグルテン過敏性腸症（セリアック病）が挙げられるがこれらに限定されない。
【０２４７】
本方法及び本組成物で処置され得る他の免疫障害として、例えば下記が挙げられる；虫垂炎、皮膚炎、皮膚筋炎、心内膜炎、結合織炎、歯肉炎、舌炎、肝炎、化膿性汗腺炎、虹彩炎、喉頭炎、乳腺炎、心筋炎、腎炎、耳炎、膵炎、耳下腺炎、心膜炎、腹膜炎、咽頭炎、胸膜炎、間質性肺炎、前立腺炎、腎盂腎炎、及び口内炎、移植片拒絶（例えば、腎臓、肝臓、心臓、肺、膵臓（例えば膵島細胞）、骨髄、角膜、小腸、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ  ａｌｌｏｇｒａｆｔ）、皮膚同種移植片（ｓｋｉｎ  ｈｏｍｏｇｒａｆｔ）、及び心臓弁異種移植片等の臓器、血清病、及び移植片対宿主病）、急性膵炎、慢性膵炎、急性呼吸促迫症候群、セザール症候群、先天性副腎過形成、非化膿性甲状腺炎、癌と関連する高カルシウム血症、天疱瘡、水疱性ヘルペス状皮膚炎（ｂｕｌｌｏｕｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ  ｈｅｒｐｅｔｉｆｏｒｍｉｓ）、重度の多形性紅斑、剥離性皮膚炎、脂漏性皮膚炎、季節性の又は通年性のアレルギー性鼻炎、気管支喘息、接触性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、薬物過敏症反応、アレルギー性結膜炎、角膜炎、眼部帯状疱疹、虹彩炎及び虹彩毛様体炎（ｏｉｒｉｄｏｃｙｃｌｉｔｉｓ）、脈絡網膜炎、視神経炎、症候性サルコイドーシス、電撃性の又は播種性の肺結核化学療法、成人の特発性血小板減少性紫斑病、成人の続発性血小板減少症、後天性の（自己免疫）溶血性貧血、成人の白血病及びリンパ腫、子供の急性白血病、限局性腸炎、自己免疫血管炎、多発性硬化症、慢性閉塞性肺疾患、固形臓器移植拒絶、敗血症。好ましい処置として、移植拒絶、関節リウマチ、乾癬性関節炎、多発性硬化症、１型糖尿病、喘息、炎症性大腸疾患、全身性紅斑性狼瘡、乾癬、慢性障害肺疾患、及び感染状態を伴う炎症（例えば敗血症）の処置が挙げられる。
【０２４８】
代謝性障害
本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、代謝性障害及び代謝性症候群を処置し得る。そのような状態として、ＩＩ型糖尿病、脳症、テイ・サックス病、クラッベ病、ガラクトース血症、フェニルケトン尿症（ＰＫＵ）、及びメープルシロップ尿症が挙げられるがこれらに限定されない。従って、ある特定の実施形態では、本明細書で提供されるのは、代謝性疾患を処置する方法であって、本明細書で提供される組成物を対象に投与することを含む方法である。ある特定の実施形態では、この代謝性疾患は、ＩＩ型糖尿病、脳症、テイ・サックス病、クラッベ病、ガラクトース血症、フェニルケトン尿症（ＰＫＵ）、又はメープルシロップ尿症である。
【０２４９】
癌
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は、癌の処置に関する。いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法を使用して、あらゆる癌を処置し得る。本明細書で説明されている方法及び組成物により処置され得る癌の例として、下記が挙げられるがこれらに限定されない：膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸、歯肉、頭、腎臓、肝臓、肺、上咽頭、首、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、又は子宮からの癌細胞。加えて、癌は、具体的には下記の組織型であり得るが、これらに限定されない：新生物、悪性；癌腫；癌腫、未分化；巨細胞癌及び紡錘細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；石灰化上皮癌（ｐｉｌｏｍａｔｒｉｘ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）；移行上皮癌；乳頭状移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ、悪性；胆管癌；肝細胞癌；組み合わされた肝細胞癌及び胆管癌；小柱状腺癌（ｔｒａｂｅｃｕｌａｒ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープ中の腺癌；腺癌、家族性大腸ポリポーシス；固形癌；カルチノイド腫瘍、悪性；細気管支肺胞腺癌；乳頭状腺癌；色素嫌性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基性癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；濾胞腺癌；乳頭状及び濾胞腺癌；非被包性硬化性癌；副腎皮質癌；類内膜癌；皮膚付属器癌；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢腺癌；乳頭状漿液嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；粘液癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；丹毒様癌；パジェット病、乳房；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生随伴腺癌（ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｗ／ｓｑｕａｍｏｕｓ  ｍｅｔａｐｌａｓｉａ）；胸腺腫、悪性；卵巣間質腫、悪性；莢膜細胞腫、悪性；顆粒膜細胞腫瘍、悪性；及び神経芽細胞腫（ｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）、悪性；セルトリ細胞癌；ライディッヒ細胞腫、悪性；脂質細胞腫瘍、悪性；傍神経節腫、悪性；乳房外傍神経節腫、悪性；褐色細胞腫；血管球血管肉腫；悪性黒色腫；メラニン欠乏性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑中の悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；青色母斑、悪性；肉腫；線維肉腫；線維性組織球腫、悪性；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胎児性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質性肉腫；混合腫瘍、悪性；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；間葉腫、悪性；ブレンナー腫瘍、悪性；葉状腫瘍、悪性；滑膜肉腫；中皮腫、悪性；未分化胚細胞腫；胚性癌腫；奇形腫、悪性；卵巣甲状腺腫、悪性；絨毛癌；中腎腫、悪性；血管肉腫；血管内皮腫、悪性；カポジ肉腫；血管外皮細胞腫、悪性；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；軟骨芽細胞腫、悪性；間葉性軟骨肉腫；骨の巨細胞腫；ユーイング肉腫；歯原性腫瘍、悪性；エナメル芽細胞歯牙肉腫；エナメル上皮腫、悪性；エナメル上皮線維肉腫；松果体腫、悪性；脊索腫；神経膠腫、悪性；上衣腫；星細胞腫；原形質性星状細胞腫；線維性星細胞腫；星状芽細胞腫；膠芽腫；乏突起膠腫；乏突起膠芽細胞腫；原始神経外胚葉性；小脳肉腫；神経節細胞芽腫；神経芽細胞腫；網膜芽細胞腫；嗅神経腫瘍；髄膜腫、悪性；神経線維肉腫；神経鞘腫、悪性；顆粒細胞腫、悪性；悪性リンパ腫；ホジキン病；���ジキンリンパ腫；側肉芽腫；悪性リンパ腫、小リンパ球性；悪性リンパ腫、大細胞、びまん性；悪性リンパ腫、濾胞性；菌状息肉腫；他の特定の非ホジキンスリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞性白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞白血病；巨核芽球性白血病；骨髄肉腫；及び有毛細胞白血病。
【０２５０】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物は、白血病の処置に関する。「白血病」という用語は、造血器官／系の広範に進行する悪性疾患を指し、一般に、血液及び骨髄における白血球及びその前駆体の異常な増殖及び発達を特徴とする。白血病疾患の非限定的な例には、急性非リンパ性白血病、慢性リンパ性白血病、急性顆粒球性白血病、慢性顆粒球性白血病、急性前骨髄球性白血病、成人Ｔ細胞白血病、非白血性白血病、白血球血症性白血病、好塩基球性白血病、芽球性白血病、ウシ白血病、慢性骨髄性白血病、皮膚白血病、胎生細胞性白血病、好酸球性白血病、グロス白血病、リーダー細胞性白血病、シリング型単球性白血病、幹細胞性白血病、亜白血性白血病、未分化細胞性白血病、有毛細胞性白血病、血芽球性白血病、血球芽細胞性白血病、組織球性白血病、幹細胞性白血病、急性単球性白血病、白血球減少性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈａｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ芽球性白血病、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｃｙｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｇｅｎｏｕｓ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ性白血病（ｌｙｍｐｈｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、リンパ肉腫細胞白血病、肥満細胞性白血病、巨核球性白血病、微小骨髄芽球性白血病、単球性白血病、骨髄芽球性白血病、骨髄性白血病、骨髄顆粒球性白血病、骨髄単球性白血病、ネーゲリ型白血病、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａ  ｃｅｌｌ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、形質細胞性白血病（ｐｌａｓｍａｃｙｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、及び前骨髄球性白血病が含まれる。
【０２５１】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物は癌腫の処置に関する。「癌腫」という用語は、周囲組織に浸潤する傾向があり、且つ／又は生理学的及び非生理学的な細胞死シグナルに抵抗し、転移を引き起こす上皮細胞から構成される悪性増殖を指す。非限定的な例示的な種類の癌腫には、腺房細胞癌（ａｃｉｎａｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺房細胞癌（ａｃｉｎｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｃｙｓｔｉｃ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺様嚢胞癌（ａｄｅｎｏｉｄ  ｃｙｓｔｉｃ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、腺腫性癌腫、副腎皮質癌、肺胞腺癌、肺胞上皮癌、基底細胞癌（ｂａｓａｌ  ｃｅｌｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、基底細胞癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｂａｓｏｃｅｌｌｕｌａｒｅ）、類基底細胞癌、基底有刺細胞癌、気管支肺胞上皮癌、細気管支癌、気管支癌、脳様癌腫、胆管細胞癌、絨毛癌、コロイド腺癌、コメド癌、子宮体癌、篩状癌、鎧状癌、皮膚癌、円柱状癌、柱状細胞癌、腺管癌、緻密癌腫、胎児性癌、脳様癌、類表皮癌、上皮性腺癌、外向発育癌、潰瘍性癌、線維性癌、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｉｆｏｒｍ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、膠様癌（ｇｅｌａｔｉｎｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、巨細胞癌、印環細胞癌、単純癌、小細胞癌、ソラノイド癌、球状細胞癌、紡錘細胞癌、海綿様癌、扁平上皮癌、扁平上皮細胞癌、紐様癌、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔａｔｉｃｕｍ）、血管拡張性癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｅｌａｎｇｉｅｃｔｏｄｅ）、移行上皮癌、結節癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）、結節癌（ｔｕｂｅｒｏｕｓ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、疣状癌、絨毛癌、巨細胞癌、腺癌、顆粒膜細胞癌、毛母癌、肝様線癌、肝細胞癌、ハースル細胞癌、硝子様癌、グラヴィッツ腫瘍、小児型胎児性癌、上皮内癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｉｎ  ｓｉｔｕ）、表皮内癌、上皮内癌（ｉｎｔｒａｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、クロムペッヘル癌、クルチツキー癌、大細胞癌、レンズ状癌（ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、レンズ状癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｌｅｎｔｉｃｕｌａｒｅ）、脂肪腫性癌、リンパ上皮癌、髄様癌（ｃａｒｃｉｎｏｍａ  ｍｅｄｕｌｌａｒｅ）、髄様癌（ｍｅｄｕｌｌａｒｙ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ）、黒色癌、軟癌、粘液性癌、粘液性癌腫、粘液細胞性癌、粘表皮癌、粘液癌、粘液性癌、粘液腫状癌、鼻咽頭癌、燕麦細胞癌、骨化性癌、類骨癌、乳頭癌、門脈周囲性癌、前浸潤癌、有刺細胞癌、粥状癌腫、腎細胞癌、予備細胞癌、肉腫様癌、シュナイダー癌腫、硬性癌、及び陰嚢癌が含まれる。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法及び組成物は肉腫の処置に関する。「肉腫」という用語は、一般に、胎生結合組織のような物質から構成され、一般に、線維状物質、不均一物質、又は均一な物質に埋め込まれた緻密な細胞から構成される腫瘍を指す。肉腫には、限定されるものではないが、軟骨肉腫、線維肉腫、リンパ肉腫、黒色肉腫、粘液肉腫、骨肉腫、子宮内膜肉腫、間質肉腫、ユーイング肉腫、筋膜肉腫、線維芽細胞肉腫、巨細胞肉腫、アベメチ肉腫、脂肪肉腫（ａｄｉｐｏｓｅ  ｓａｒｃｏｍａ）、脂肪肉腫（ｌｉｐｏｓａｒｃｏｍａ）、胞巣状軟部肉腫、エナメル上皮肉腫、ブドウ状横紋筋肉腫、緑色肉腫、絨毛膜癌、胎児性肉腫、ウィルムス腫瘍肉腫、顆粒球肉腫、ホジキン肉腫、特発性多発性色素性出血性肉腫、Ｂ細胞の免疫芽球性肉腫、リンパ腫、Ｔ細胞の免疫芽球肉腫、イエンセン肉腫、カポジ肉腫、クッパー細胞癌、血管肉腫、白血球肉腫、悪性間葉腫肉腫、傍骨性骨肉腫、網状赤血球肉腫、ラウス肉腫、漿液嚢胞性肉腫、滑膜肉腫、及び毛細血管拡張性肉腫が含まれる。
【０２５３】
本明細書に記載の方法及び組成物を使用して処置できる追加の例示的な新生物には、ホジキン病、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、神経芽細胞腫、乳癌、卵巣癌、肺癌、横紋筋肉腫、原発性血小板増加症、原発性マクログロブリン血症、小細胞肺腫瘍、原発性脳腫瘍、胃癌、結腸癌、悪性膵臓インスリノーマ、悪性カルチノイド、前悪性皮膚病変、精巣癌、リンパ腫、甲状腺癌、神経芽細胞腫、食道癌、泌尿生殖路癌、悪性高カルシウム血症、子宮頸癌、子宮内膜癌、形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌、及び副腎皮質癌が含まれる。
【０２５４】
いくつかの実施形態では、処置される癌は黒色腫である。「黒色腫」という用語は、皮膚及び他の器官のメラニン細胞系から生じる腫瘍を意味すると解釈される。黒色腫の非限定的な例は、ハーディング・パッセイ黒色腫、若年性黒色腫、黒子悪性黒色腫、悪性黒色腫、末端部黒子黒色腫、メラニン欠乏性黒色腫、良性若年性黒色腫、クラウドマン黒色腫、Ｓ９１黒色腫、結節性黒色腫、爪下黒色腫、及び表在拡大型黒色腫である。
【０２５５】
本明細書に記載の方法及び組成物を使用して処置することができる腫瘍の特定の種類には、リンパ増殖性障害、乳癌、卵巣癌、前立腺癌、子宮頸癌、子宮内膜癌、骨癌、肝臓癌、胃癌、結腸癌、膵臓癌、甲状腺癌、頭頸部癌、中枢神経系の癌、末梢神経系の癌、皮膚癌、腎臓癌、及び上記の全ての転移癌が含まれる。特定の種類の腫瘍には、肝細胞癌、肝癌、肝芽腫、横紋筋肉腫、食道癌、甲状腺癌、神経節芽腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、軟骨肉腫、骨原性肉腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋皮肉腫、浸潤性乳管癌、乳頭腺癌、黒色腫、肺扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌（高分化、中分化、低分化、又は未分化）、細気管支肺胞癌、腎細胞癌、副腎腫、副腎様腺癌（ｈｙｐｅｒｎｅｐｈｒｏｉｄ  ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）、胆管癌、絨毛癌、セミノーマ、胚性期癌、ウィルムス腫瘍、精巣腫瘍、小細胞を含む肺癌、非小細胞及び大細胞肺癌、膀胱癌、神経膠腫、星状細胞腫（ａｓｔｒｏｃｙｏｍａ）、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、網膜芽細胞腫、神経芽腫、結腸癌、直腸癌、全ての種類の白血病及びリンパ腫：急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ  ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、急性骨髄性白血病（ａｃｕｔｅ  ｍｙｅｌｏｃｙｔｉｃ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、急性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、肥満細胞白血病、多発性骨髄腫、骨髄性リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫を含む造血器悪性腫瘍、形質細胞腫、結腸直腸癌、直腸癌が含まれる。
【０２５６】
特定の実施形態で処置される癌には、前癌病変、例えば、光線性角化症（日光性角化症）、黒子（異形成母斑）、光線性口唇炎（ファーマーズリップ（ｆａｒｍｅｒ’ｓ  ｌｉｐ））、皮角、バレット食道、萎縮性胃炎、先天性角化異常症、鉄欠乏性嚥下困難、扁平苔癬、口腔粘膜下線維症、光線性（日光性）弾性線維症、及び子宮頸部異形成も含まれる。
【０２５７】
いくつかの実施形態で処置される癌には、限定されるものではないが、胆管腫、結腸ポリープ、腺腫、乳頭腫、嚢胞腺腫、肝細胞腺腫、胞状奇胎、尿細管腺腫、扁平上皮乳頭腫、胃ポリープ、血管腫、骨腫、軟骨腫、脂肪腫、線維腫、リンパ管腫、平滑筋腫、横紋筋腫、星状細胞腫、母斑、髄膜腫、及び神経節細胞腫を含め、例えば、内胚葉、外胚葉、又は間葉起源の非癌性又は良性の腫瘍が含まれる。
【０２５８】
他の疾患及び障害
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は、非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）及び非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）の処置に関する。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、本明細書で説明されている方法及び組成物は肝疾患の処置に関する。そのような疾患として下記が挙げられるがこれらに限定されない：アラジール症候群、アルコール関連肝疾患、α−１抗トリプシン欠損症、自己免疫性肝炎、良性肝腫瘍、胆道閉鎖症、肝硬変、ガラクトース血症、ジルベール症候群、ヘモクロマトーシス、Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、Ｃ型肝炎、肝性脳症、妊娠性肝内胆汁うっ滞（ＩＣＰ）、ライソゾーム酸性リパーゼ欠損症（ＬＡＬ−Ｄ）、肝嚢胞、肝癌、新生児黄疸、非アルコール性脂肪性肝疾患、原発性胆汁性胆管炎（ＰＢＣ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、ライ症候群、Ｉ型糖原病、及びウィルソン病。
【０２６０】
本明細書で説明されている方法及び組成物を使用して、神経変性疾患及び神経性疾患を処置し得る。ある特定の実施形態では、この神経変性疾患及び神経性疾患は、パーキンソン病、アルツハイマー病、プリオン病、ハンチントン病、運動ニューロン疾患（ＭＮＤ）、脊髄小脳失調症、脊髄性筋萎縮症、ジストニア、特発性頭蓋内圧亢進症、てんかん、神経系疾患、中枢神経系疾患、運動障害、多発性硬化症、脳症、末梢神経障害、又は術後認知機能障害である。
【０２６１】
強化された細菌を製造する方法
ある特定の態様では、本明細書で提供されるのは、本明細書で説明されているＥＶの産生のために操作された細菌を製造する方法である。いくつかの実施形態では、この操作された細菌は、ある特定の所望の特性を増強するように改変されている。例えば、いくつかの実施形態では、この操作された細菌は、この細菌によるＥＶの産生を増加するように改変されている。いくつかの実施形態では、この操作された細菌は、（例えば、耐酸性及び／若しくは胆汁酸に対する耐性を改善することにより）経口送達が増強されたＥＶを産生するように改変されており、（例えば、単独で若しくは別の治療薬との組み合わせで）産生されたＥＶの免疫調節効果及び／若しくは治療効果を増強するように改変されており、産生されたＥＶによる免疫活性化を増強するように改変されており、並びに／又は細菌及び／若しくはＥＶの製造を改善する（例えば、より高い酸素耐性、凍結融解耐性の改善、より短い生成時間）ように改変されている。この操作された細菌を、当該技術分野で既知のあらゆる技術（例えば、限定されないが、部位特異的変異誘発、トランスポゾン突然変異誘発、ノックアウト、ノックイン、ポリメラーゼ連鎖反応変異誘発、化学的変異誘発、紫外線変異誘発、形質転換（化学的、又はエレクトロポレーションによる）、ファージ形質導入、定向進化、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９、又はこれらの任意の組み合わせ）を使用して製造し得る。
【０２６２】
本明細書で提供される方法のいくつかの実施形態では、この細菌は定向進化により改変されている。いくつかの実施形態では、この定向進化は、細菌の環境条件への曝露と、この環境条件下での生存及び／又は増殖が改善されている細菌の選択とを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、強化された細菌を同定するアッセイを使用する変異誘発細菌のスクリーニングを含む。いくつかの実施形態では、この方法は、（例えば、化学的変異原及び／又はＵＶ放射線への曝露により）細菌を変異誘発させること、並びにその後に続く所望の表現型を有する細菌を検出するためのアッセイ（例えば、インビボでのアッセイ、エクスビボでのアッセイ、又はインビトロでのアッセイ）をさらに含む。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細菌は、ストレスを誘発する環境（例えば、エンベロープストレスを誘発する環境）への曝露により改変されている。いくつかの実施形態では、そのような増殖条件下での増殖により、この細菌によるＥＶの産生が増加する。例えば、いくつかの実施形態では、この細菌を、本明細書で説明されている阻害濃度未満（ｓｕｂｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ）の抗生物質（例えば、０．１〜１μｇ／ｍＬ  クロラムフェニコール、又は０．１〜０．３μｇ／ｍＬ  ゲンタマイシン）の存在下で増殖させる。いくつかの実施形態では、宿主の抗菌性ペプチド（例えば、リゾチーム、デフェンシン、及びＲｅｇタンパク質）を、抗生物質の代わりに又は抗生物質と組み合わせて使用する。いくつかの実施形態では、細菌により産生された抗菌性ペプチド（例えば、バクテリオシン及びミクロシン）を使用する。いくつかの実施形態では、このストレスは温度ストレス（例えば、３７〜５０℃での増殖）である。いくつかの実施形態では、このストレスは炭素制限ストレス（例えば、炭素源が１％（重量／体積）未満に制限されている培地等の炭素源が限られている培地での増殖）である。いくつかの実施形態では、このストレスは塩ストレス（例えば、０．５Ｍ  ＮａＣｌを含む培地での増殖）である。いくつかの実施形態では、このストレスはＵＶストレス（例えば、培養期間全体を通して又は培養期間の一部の間のみのいずれかでの、ＵＶランプ下での増殖）である。いくつかの実施形態では、このストレスは活性酸素ストレス（例えば、阻害濃度未満の過酸化水素（例えば、２５０〜１，０００μＭ  過酸化水素）を含む培地での増殖）である。いくつかの実施形態では、本明細書で開示されているストレスの組み合わせを細菌に適用する。
【実施例】
【０２６４】
実施例１：細菌からのＥＶの調製及び精製
細胞外小胞（ＥＶ）を、当業者に既知の方法を使用して細菌培養物から調製する（Ｓ．Ｂｉｎ  Ｐａｒｋ，ｅｔ  ａｌ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１））。
【０２６５】
例えば、細菌培養物を４℃において２０〜４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離して、細菌をペレット化する。次いで、培養物上清を０．２２μｍフィルタに通して、無傷の細菌細胞を排除する。ろ過した上清を、硫酸アンモニウム沈殿、超遠心分離、又はろ過が挙げられ得るがこれらに限定されない方法を使用して濃縮する。簡潔に説明すると、硫酸アンモニウム沈殿の場合、４℃で撹拌しつつ、ろ過した上清に１．５〜３Ｍ  硫酸アンモニウムを緩やかに添加する。８〜４８時間にわたり４℃で沈殿物をインキュベートし、次いで、４℃において２０〜４０分にわたり１１，０００×ｇで遠心分離する。ペレットは細菌のＥＶ及び他の残屑を含む。簡潔に説明すると、超遠心分離を使用して、ろ過した上清を４℃において１〜１６時間にわたり１００，０００〜２００，０００×ｇで遠心分離する。この遠心分離のペレットは、細菌のＥＶ及び他の残屑を含む。簡潔に説明すると、ろ過技術を使用して（Ａｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａスピンフィルタを使用して、又は接線流ろ過により）、５０又は１００ｋＤａ超の分子量の種を保持するように上清をろ過する。
【０２６６】
或いは、製造業者の指示に従ってバイオリアクタを交互接線流（ＡＴＦ）システム（例えば、ＲｅｐｌｉｇｅｎのＸＣｅｌｌ  ＡＴＦ）に接続することにより、増殖中において連続的に、又は増殖中の選択された時点で、細菌培養物からＥＶを得る。このＡＴＦシステムは、バイオリアクタ中に無傷の細胞（０．２２ｕｍ超）を保持し、より小さい成分（例えば、ＥＶ、遊離タンパク質）がフィルタを通って集められることを可能にする。例えば、このシステムは、次いで０．２２ｕｍ未満のろ液が１００ｋＤａの第２のフィルタを通過するように構成され得、０．２２ｕｍと１００ｋＤａとの間のＥＶ等の種が集められて、１００ｋＤａと比べて小さい種がバイオリアクタにポンプで戻されることを可能にする。或いは、このシステムは、培養物の増殖中にバイオリアクタ中の培地が補充されるのを及び／又は変更されるのを可能にするように構成され得る。この方法により集められたＥＶを、ろ過した上清に関して上記で説明したように、超遠心分離又はろ過によりさらに精製し得、及び／又は濃縮し得る。
【０２６７】
上記で説明されている方法により得られたＥＶを、スクロース勾配又はＯｐｔｉｐｒｅｐ勾配の使用が挙げられ得るがこれらに限定されない方法を使用して、勾配超遠心分離によりさらに精製し得る。簡潔に説明すると、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を使用して、ろ過した上清を濃縮した場合には、スクロース勾配法を使用して、ペレットを、６０％スクロース、３０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０に再懸濁させる。ろ過を使用して、ろ過した上清を濃縮した場合には、Ａｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａカラムを使用して、濃縮液を、６０％スクロース、３０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０にバッファー交換する。サンプルを３５〜６０％不連続スクロース勾配にアプライし、４℃において３〜２４時間にわたり２００，０００×ｇで遠心分離する。簡潔に説明すると、硫酸アンモニウム沈殿又は超遠心分離を使用して、ろ過した上清を濃縮した場合には、Ｏｐｔｉｐｒｅｐ勾配法を使用して、ペレットをＰＢＳ中の３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐに再懸濁させる。ろ過を使用して、ろ過した上清を濃縮した場合には、この濃縮液を、３５％Ｏｐｔｉｐｒｅｐの最終濃度まで６０％Ｏｐｔｉｐｒｅｐを使用して希釈する。サンプルを３５〜６０％不連続スクロース勾配にアプライし、４℃において３〜２４時間にわたり２００，０００×ｇで遠心分離する。
【０２６８】
ＥＶ調製物の無菌性及び単離を確認するために、ＥＶを、試験する細菌の日常的な培養に使用される寒天培地上に連続希釈し、日常的な条件を使用してインキュベートする。非無菌の調製物を０．２２ｕｍフィルタに通して、無傷の細胞を排除する。純度をさらに高めるために、単離したＥＶを、ＤＮアーゼ処理し得るか又はプロテイナーゼＫ処理し得る。
【０２６９】
或いは、インビボでの注射に使用されるＥＶの調製の場合には、精製されたＥＶを、既に説明されているように処理する（Ｇ．Ｎｏｒｈｅｉｍ，ｅｔ  ａｌ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ．１０（９）：ｅ０１３４３５３（２０１５））。簡潔に説明すると、スクロース勾配遠心分離の後、ＥＶを含むバンドを、３％スクロースを含む溶液又は当業者に既知のインビボでの注射に適した他の溶液に５０μｇ／ｍＬの最終濃度まで再懸濁させる。この溶液は、アジュバント（例えば、０〜０．５％（重量／体積）の濃度での水酸化アルミニウム）も含んでもよい。
【０２７０】
サンプルをさらなる試験に適合させるために（例えば、ＴＥＭ撮像又はインビトロでのアッセイの前にスクロースを除去するために）、サンプルを、ろ過（例えば、Ａｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａカラム）、透析、又は超遠心分離（２００，０００×ｇ、３時間以上、４℃）及び再懸濁を使用して、ＰＢＳ、又は３０ｍＭ  Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０にバッファー交換する。
【０２７１】
実施例２：細菌ＥＶの標識付与
インビボで体内分布を追跡し、様々な調製物において及び哺乳動物細胞で行なったアッセイにおいてインビトロで定量化して且つ局在化するために、既に説明されているようにＥＶに標識を付す（Ｎ．Ｋｅｓｔｙ，ｅｔ  ａｌ．ＥＭＢＯ  Ｊｏｕｒｎａｌ．２３：４５３８−４５４９（２００４））。
【０２７２】
例えば、精製済ＥＶを、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ，ＵＳＡ）、Ｃｙ７、又はフローサイトメトリーに適した任意の他の蛍光色素と共に、２５℃で１時間にわたり１：１でインキュベートする。このインキュベーション工程を４℃で一晩延長してもよい。次いで、余分な蛍光色素を除去するために、ＥＶを、（１）３時間〜一晩にわたり２００，０００×ｇでの遠心分離によりペレット化し、洗浄し、ＰＢＳ若しくは下流の用途に適した別のバッファーに再懸濁させるか；又は（２）透析若しくは（例えばＡｍｉｃｏｎ  Ｕｌｔｒａカラムを使用する）ろ過により、ＰＢＳ若しくは下流の用途に適した別のバッファーにバッファー交換する。
【０２７３】
或いは、ＥＶを、０．８ｍＭ  ３−アジド−Ｄ−アラニン又はＨＡＤＡを含む培地で培養した細菌から得る。ＥＶをＰＢＳに再懸濁させるか又はバッファー交換し、３−アジド−Ｄ−アラニンにより増殖させた場合には、１％ＢＳＡ／ＰＢＳ中の１０ｕＭ  ジベンゾ−アザ−シクロオクチン（ＤＩＢＡＣ）蛍光色素（色素は、Ｃｙ５、ＴＡＭＲＡ、ローダミン−グリーン、及びＣｙ７を含む）でさらに標識を付す。組み込まれていない色素を、（１）超遠心分離、洗浄、及び再懸濁；又は（２）透析若しくはろ過によるバッファー交換により、上記で説明したように除去する。
【０２７４】
標識付きＥＶを、緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）又は任意の他の蛍光タンパク質を発現する細菌からも生成し得る。グラム陰性細菌の場合、この蛍光タンパク質にペリプラスムターゲティング配列が付加され、その結果、この蛍光タンパク質は適切に局在化し、ＥＶが生じる際に内在化される。
【０２７５】
量子ドットを使用して、非侵襲性のインビボ撮像研究のためにＥＶに標識を付し得る（Ｋ．Ｋｉｋｕｓｈｉｍａ，ｅｔ  ａｌ．Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ．３（１９１３）（２０１３））。量子ドットを、ＥＶ膜中に存在することが確認されている抗体にコンジュゲートさせる。単離したＥＶを量子ドットコンジュゲートと共にインキュベートし、余分なコンジュゲートを、（１）超遠心分離、洗浄、及び再懸濁；又は（２）透析若しくはろ過によるバッファー交換により、上記で説明したように除去する。
【０２７６】
蛍光標識付きＥＶを、共焦点顕微鏡法、ナノ粒子追跡分析、及び／又はフローサイトメトリーにより、インビトロでのサンプル及びエクスビボでのサンプルで検出する。加えて、蛍光標識付きＥＶを、Ｈ−ＩでのようにＩＶＩＳスペクトルＣＴ（Ｐｅｒｋｉｎ  Ｅｌｍｅｒ）等の機器を使用して、動物全体並びに／又は解剖された臓器及び組織において検出する。Ｃｈｏｉ，ｅｔ  ａｌ．Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ＆  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ．４９：ｅ３３０（２０１７）。
【０２７７】
加えて、ＥＶに、既に説明されているように放射性標識を付してもよい（Ｚ．Ｖａｒｇａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｂｉｏｔｈｅｒ  Ｒａｄｉｏｐｈａｒｍ．２０１６  Ｊｕｎ；３１（５）：１６８−７３）。
【０２７８】
例えば、製造業者の指示に従って市販のキット（Ｉｓｏｌｉｎｋ（登録商標）；Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｂ．Ｖ．）を使用して、精製済ＥＶに９９ｍＴｃ−トリカルボニル複合体［９９ｍＴｃ（ＣＯ）３（Ｈ２Ｏ）３］＋で放射性標識を付した。
【０２７９】
実施例３：ＥＶ及び精製済細菌ＥＶの細菌による産生を可視化する透過型電子顕微鏡
透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）を使用して、細菌がＥＶ又は精製済細菌ＥＶを産生する際に細菌を可視化する（Ｓ．Ｂｉｎ  Ｐａｒｋ，ｅｔ  ａｌ．ＰＬｏＳ  ＯＮＥ．６（３）：ｅ１７６２９（２０１１）。実施例１で説明したように、ＥＶを細菌バッチ培養物から調製する。ＥＶを、２分にわたり、３００メッシュサイズ又は４００メッシュサイズの炭素コーティング銅グリッド（Ｅｌｅｃｔｒｏｎ  Ｍｉｃｒｏｓｃｏｐｙ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，ＵＳＡ）上に取り付け、脱イオン水で洗浄する。ＥＶを、２０秒〜１分にわたり２％（重量／体積）酢酸ウラニルを使用して負に染色する。銅グリッドを滅菌水で洗浄して乾燥させる。加速電圧が１００〜１２０ｋＶである透過型電子顕微鏡を使用して画像を取得する。染色されたＥＶは２０〜２５０ｎｍの直径で現れ、且つ電子密度が高い。各グリッド上の１０〜５０個のフィールドをスクリーニングする。
【０２８０】
実施例４：ＥＶの組成及び含有量のプロフィリング
下記が挙げられるがこれらに限定されない様々な方法の内のいずれか１つにより、ＥＶの特徴を明らかにし得る：ＮａｎｏＳｉｇｈｔキャラクタリゼーション、ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル電気泳動、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ、液体クロマトグラフィー−質量分析及び質量分析、動的光散乱、脂質レベル、総タンパク質、脂質対タンパク質比、核酸分析、及びゼータ電位。
【０２８１】
ＥＶのＮａｎｏＳｉｇｈｔキャラクタリゼーション
ナノ粒子追跡分析（ＮＴＡ）を使用して、精製済細菌ＥＶのサイズ分布の特徴を明らかにする。精製済ＥＶ調製をＮａｎｏＳｉｇｈｔ機械（Ｍａｌｖｅｒｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）で実行して、ＥＶのサイズ及び濃度を評価する。
【０２８２】
ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル電気泳動
精製済ＥＶ（実施例１）のタンパク質成分を同定するために、標準的な技術を使用して、サンプルをＢｏｌｔ  Ｂｉｓ−Ｔｒｉｓ  Ｐｌｕｓ  ４−１２％ゲル（Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）上で泳動させる。サンプルを、１０分にわたり１×ＳＤＳサンプルバッファー中で沸騰させ、４℃まで冷却し、次いで１分にわたり１６，０００×ｇで遠心分離する。次いで、サンプルをＳＤＳ−ＰＡＧＥゲル上で泳動させ、いくつかの標準的な技術（例えば、シルバー染色、クーマシーブルー、ゲルコードブルー（Ｇｅｌ  Ｃｏｄｅ  Ｂｌｕｅ））の内の１つを使用して染色させてバンドを可視化させる。
【０２８３】
ウエスタンブロット分析
精製済ＥＶの特定のタンパク質成分を同定して定量するために、ＥＶタンパク質を、上記で説明したようにＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分離し、ウエスタンブロット分析（Ｃｖｊｅｔｋｏｖｉｃ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｃｉ．Ｒｅｐ．６，３６３３８（２０１６）にかけ、ＥＬＩＳＡにより定量する。
【０２８４】
液体クロマトグラフィー−質量分析（ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ）及び質量分析（ＭＳ）
ＥＶ中に存在するタンパク質を、質量分析技術により同定して定量する。加えて、代謝量（ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｃｏｎｔｅｎｔ）を、質量分析と組み合わせた液体クロマトグラフィー技術を使用して確認する。様々なサンプルのメタボローム含有量を決定するために様々な技術が存在し、且つ当業者に知られている（例えば、溶媒抽出、クロマトグラフィー分離、及び質量決定と組み合わされた様々なイオン化技術）（Ｒｏｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ  ２０１２  Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｃｕｒｒ  Ｐｒｏｔｏｃ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．３０：１−２４；Ｄｅｔｔｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ  ２００７，Ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ−ｂａｓｅｄ  ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍ  Ｒｅｖ．２６（１）：５１−７８）。非限定的な例として、ＬＣ−ＭＳシステムは、１１００  Ｓｅｒｉｅｓポンプ（Ａｇｉｌｅｎｔ）及びＨＴＳ  ＰＡＬオートサンプラ（Ｌｅａｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わされた４０００  ＱＴＲＡＰ三連四重極質量分析計（ＡＢ  ＳＣＩＥＸ）を含む。安定した同位体標識付きの内部標準（バリン−ｄ８、Ｉｓｏｔｅｃ；及びフェニルアラニン−ｄ８、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｉｓｏｔｏｐｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含む９体積の７４．９：２４．９：０．２（体積／体積／体積）アセトニトリル／メタノール／ギ酸を使用して、培地サンプル又は他の複雑な代謝混合物（約１０μＬ）を抽出する。目的の代謝産物に応じて、標準を調整してもよいし変更してもよい。サンプルを遠心分離し（１０分、９，０００ｇ、４℃）、ＨＩＬＩＣカラム（１５０×２．１ｍｍ、３μｍ粒径）上に溶液を注入することにより、上清（１０μＬ）をＬＣＭＳに供する。２５０ｕＬ／分の速度で１分にわたり５％移動相［１０ｍＭギ酸アンモニウム、０．１％ギ酸水溶液］を流し、続いて４０％移動相［０．１％ギ酸を含むアセトニトリル］の溶液まで１０分をかける線形勾配により、カラムを溶出させる。イオンスプレー電圧を４．５ｋＶに設定し、イオン源温度は４５０℃である。
【０２８５】
データを、質量スペクトルピーク積分のためにＡＢ  ＳＣＩＥＸのＭｕｌｔｉｑｕａｎｔ  １．２のような市販のソフトウェアを使用して分析する。目的のピークを手動でキュレートし、標準と比較してピークの同一性を確認すべきである。適切な標準による定量を実施して、細菌の条件付け後の及び腫瘍細胞増殖後の初期培地中に存在する代謝産物の量を決定する。
【０２８６】
動的光散乱（ＤＬＳ）
ＤｙｎａＰｒｏ  ＮａｎｏＳｔａｒ（Ｗｙａｔｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）及びＺｅｔａｓｉｚｅｒ  Ｎａｎｏ  ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）等の機器を使用して、ＤＬＳ測定（例えば、様々なＥＶ調製における様々なサイズの粒子の分布）を行なう。
【０２８７】
脂質レベル
Ａ．Ｊ．ＭｃＢｒｏｏｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １８８：５３８５−５３９２．及びＡ．Ｆｒｉａｓ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｉｃｒｏｂ  Ｅｃｏｌ．５９：４７６−４８６（２０１０）により説明されているものに類似する方法により、ＦＭ４−６４（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して脂質レベルを定量する。サンプルを、ＦＭ４−６４と共にインキュベートする（暗所において３７℃で１０分にわたりＰＢＳ中に３．３μｇ／ｍＬ）。５１５ｎｍでの励起後、Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ  Ｍ５プレートリーダー（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ）を使用して６３５ｎｍでの発光を測定する。未知のサンプルと既知の濃度の標準（例えば、パルミトイルオレオイルホスファチジルグリセロール（ＰＯＰＧ）小胞）との比較により、絶対濃度を決定する。
【０２８８】
総タンパク質
Ｂｒａｄｆｏｒｄアッセイ及びＢＣＡアッセイ等の標準的なアッセイにより、タンパク質レベルを定量する。Ｂｒａｄｆｏｒｄアッセイを、製造者のプロコトルに従ってＱｕｉｃｋ  Ｓｔａｒｔ  Ｂｒａｄｆｏｒｄ  １ｘ  Ｄｙｅ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を使用して実行する。ＢＣＡアッセイを、Ｐｉｅｒｃｅ  ＢＣＡ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ−Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）を使用して実行する。既知の濃度のＢＳＡから作成した標準曲線との比較により、絶対濃度を決定する。
【０２８９】
脂質：タンパク質比
脂質：タンパク質比を、脂質濃度をタンパク質濃度で除算することにより作成する。これは、各調製物中の遊離タンパク質と比較した小胞の純度の尺度を提供する。
【０２９０】
核酸分析
核酸をＥＶから抽出し、Ｑｕｂｉｔ蛍光光度計を使用して定量する。ＢｉｏＡｎａｌｙｚｅｒを使用してサイズ分布を評価し、物質を配列決定する。
【０２９１】
ゼータ電位
様々な調製物のゼータ電位を、Ｚｅｔａｓｉｚｅｒ  ＺＳ（Ｍａｌｖｅｒｎ  Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ）等の機器を使用して測定する。
【０２９２】
実施例５：様々な量のＥＶを産生させるための及び／又はＥＶの含有量を変化させるための、ストレスを介した細菌の操作
ストレス（特にエンベロープストレス）は、数種の細菌株によるＥＶの産生を増加させることが分かっている（Ｉ．ＭａｃＤｏｎａｌｄ，Ｍ．Ｋｕｅｈｎ．Ｊ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ  １９５（１３）：ｄｏｉ：１０／１１２８／ＪＢ．０２２６７−１２）。細菌によるＥＶの産生を変化させるために、様々な方法を使用して細菌にストレスをかける。
【０２９３】
細菌を、単一のストレス要因又はストレス要因の組み合わせに曝し得る。様々な細菌への様々なストレス要因の影響を、ストレス条件を変化させてＩＣ５０値（細胞増殖を５０％阻害するのに必要な条件）を決定することにより経験的に決定する。ＥＶの精製、定量、及びキャラクタリゼーションを、実施例１〜４で詳述されているように行なう。ＥＶ産生を、（１）ナノ粒子追跡分析（ＮＴＡ）若しくは透過型電子顕微鏡（ＴＥＭ）により細菌及びＥＶの複雑なサンプル中で定量するか、又は（２）ＮＴＡによるＥＶ精製、脂質定量、若しくはタンパク質定量の後に定量する。ＥＶ含有量を、上記で説明した方法により精製後に評価する。
【０２９４】
抗生物質ストレス
細菌を、阻害濃度未満の抗生物質が付加されている標準的な増殖条件下で培養する。これには、０．１〜１μｇ／ｍＬ  クロラムフェニコール、又は０．１〜０．３μｇ／ｍＬ  ゲンタマイシン、又は類似の濃度の他の抗生物質（例えば、アンピシリン、ポリミキシンＢ）が含まれ得る。抗生物質の代わりに、宿主の抗菌性生成物（例えば、リゾチーム、デフェンシン、及びＲｅｇタンパク質）を使用し得る。細菌により産生された抗菌性ペプチド（例えば、バクテリオシン及びミクロシン）も使用し得る。
【０２９５】
温度ストレス
細菌を、標準的な増殖条件下ではあるが、この細菌の増殖に典型的な温度と比べて高い又は低い温度で培養する。或いは、細菌を標準的な条件下で増殖させ、次いで、それぞれ低温又は高温での短期間にわたるインキュベーションによりコールドショック又はヒートショックに曝す。例えば、３７℃で増殖させた細菌を、コールドショックの場合には４℃〜１８℃で、又はヒートショックの場合には４２℃〜５０℃で、１時間にわたりインキュベートする。
【０２９６】
飢餓及び栄養制限
栄養ストレスを誘発するために、細菌を、１種又は複数種の栄養素が制限されている条件下で培養する。細菌を、増殖の間中ずっと栄養ストレスに曝してもよいし、富栄養培地から貧栄養培地へと移動させてもよい。制限されている培地成分のいくつかの例は、炭素、窒素、鉄、及び硫黄である。一例の培地はＭ９最少培地（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）であり、この培地は、唯一の炭素源として低グルコースを含む。特にプレボテラ種（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｓｐｐ．）の場合、低ヘミン条件下で増殖した細胞はより多くのＥＶを産生することが分かったことから、培地中でのヘミンの濃度を変更することにより、及び／又は培地中に存在するポルフィリン若しくは他の鉄キャリアの種類を変更することにより、鉄の利用可能性が変更される（Ｓ．Ｓｔｕｂｂｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｌｅｔｔｅｒｓ  ｉｎ  Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．２９：３１−３６（１９９９）。培地成分はまた、ＥＤＴＡ及びデフェロキサミン等のキレート剤の添加によっても操作される。
【０２９７】
飽和
細菌を飽和まで増殖させ、様々な期間にわたり飽和点を超えてインキュベートする。或いは、条件培地を使用して、指数関数的増殖の最中に飽和環境を模倣する。条件培地を、実施例１で説明されているように、遠心分離及びろ過により飽和培養物から無傷の細胞を除去することにより調製し、条件培地をさらに処理して、特定の成分を濃縮し得るか、又は除去し得る。
【０２９８】
塩ストレス
細菌を、ＮａＣｌ、胆汁酸塩、又は他の塩を含む培地で培養するか、又はこの培地に短期間にわたり曝露する。
【０２９９】
ＵＶストレス
ＵＶストレスは、ＵＶランプ下で細菌を培養することにより達成されるか、又はＳｔｒａｔａｌｉｎｋｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ）等の機器を使用してＵＶに細菌を曝露することにより達成される。ＵＶを、培養期間全体を通して与えてもよいし、一気に与えてもよいし、増殖後の単一の定められた期間にわたり与えてもよい。
【０３００】
活性酸素ストレス
細菌を、活性酸素種の形でストレスを誘発するために阻害濃度未満の過酸化水素（２５０〜１，０００μＭ）の存在下で培養する。嫌気性細菌を、この細菌に対して有毒である酸素濃度下で培養するか、又はこの酸素濃度に曝露する。
【０３０１】
界面活性剤ストレス
細菌を、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）又はデオキシコレート等の界面活性剤下で培養するか、又はこの界面活性剤に曝露する。
【０３０２】
ｐＨストレス
細菌を、限られた期間にわたり、様々なｐＨの培地で培養するか、又はこの培地に曝露する。
【０３０３】
実施例６：ＥＶフリー細菌の調製
最少量のＥＶを含む細菌サンプルを調製する。ＥＶ産生を、（１）ＮＴＡ若しくはＴＥＭにより細菌及び細胞外成分の複雑なサンプル中で定量するか、又は（２）ＮＴＡによる細菌サンプルからのＥＶの精製、脂質定量、若しくはタンパク質定量の後に定量する。
【０３０４】
ａ．遠心分離及び洗浄：細菌培養物を１１，０００×ｇで遠心分離して、上清（遊離タンパク質及び小胞を含む）から無傷の細胞を分離する。ペレットをＰＢＳ等のバッファーで洗浄し、安定した方法で保存する（例えば、グリセロールと混合し、瞬間凍結し、−８０℃で保存する）。
【０３０５】
ｂ．ＡＴＦ：細菌及びＥＶを、ＡＴＦシステムへのバイオリアクタの接続により分離する。ＥＶフリー細菌はバイオリアクタ内に保持され、上記で説明したように、遠心分離及び洗浄により残留ＥＶからさらに分離され得る。
【０３０６】
ｃ．細菌を、ＥＶの産生を制限することが分かっている条件下で増殖させる。変更され得る条件として、実施例５で列挙されたものが挙げられる。
【０３０７】
実施例７：樹状細胞の活性化の増強に関するＥＶのインビトロでのスクリーニング
上皮細胞を介して間接的に樹状細胞を活性化する、ビブリオ・コレラエ（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）ＥＶの能力は、このＥＶが哺乳動物宿主中で免疫反応を刺激する１つの非限定的なメカニズムである（Ｄ．Ｃｈａｔｔｅｒｊｅｅ，Ｋ．Ｃｈａｄｈｕｒｉ．Ｊ  Ｂｉｏｌ  Ｃｈｅｍ．２８８（６）：４２９９−３０９．（２０１３））。このＥＶ活性は、インビボで炎症誘発性カスケードを刺激する他の細菌と共有される可能性が高いことから、本明細書では、細菌ＥＶによるＤＣ活性化をアッセイするためのインビトロでの方法が開示されている。簡潔に説明すると、ＰＢＭＣを、Ｌｙｍｐｈｏｐｒｅｐ（Ｎｙｃｏｍｅｄ，Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）を使用した勾配遠心分離によりＣＭ由来のヘパリン処置された静脈血から単離するか、又は磁気ビーズベースのＨｕｍａｎ  Ｂｌｏｏｄ  Ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌ単離キット（Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）を使用してマウスの脾臓若しくは骨髄から単離する。抗ヒトＣＤ１４  ｍＡｂを使用して、単球をＭｏｆｌｏにより精製し、３７℃で７日にわたり９６ウェルプレート（Ｃｏｓｔａｒ  Ｃｏｒｐ）中において５ｅ５個の細胞／ｍｌの細胞密度にてｃＲＰＭＩ中で培養する。樹状細胞の成熟のために、培養物を、１週間にわたり３７℃にて０．２ｎｇ／ｍＬ  ＩＬ−４及び１０００Ｕ／ｍｌ  ＧＭ−ＣＳＦで刺激する。或いは、１週間にわたる組み換えＧＭ−ＣＳＦ単独とのインキュベーションにより成熟が達成される。マウスＤＣを、ビーズ富化を使用して脾臓から直接採取し得るか、又は造血幹細胞から分化させ得る。簡潔に説明すると、骨髄をマウスの大腿骨から得る。細胞を回収して赤血球を溶解させる。幹細胞を、４日にわたり２０ｎｇ／ｍｌマウスＧＭＣＳＦと一緒に細胞培養培地で培養する。２０ｎｇ／ｍｌマウスＧＭ−ＣＳＦを含む追加の培地を添加する。６日目に、培地及び非接着細胞を除去し、２０ｎｇ／ｍｌ  ＧＭＣＳＦを含む新鮮な細胞培養培地に置き換える。７日目に、２０ｎｇ／ｍｌ  ＧＭ−ＣＳＦを含む細胞培養培地の最終添加を行なう。１０日目に、非接着細胞を採取し、一晩細胞培養プレートに播種し、必要に応じて刺激する。次いで、樹状細胞を、抗生物質と共に２４時間にわたり２５〜７５ｕｇ／ｍＬ  ＥＶで処理する。試験するＥＶ組成物は、単一の細菌種又は細菌株に由来するＥＶを含み得る。試験するＥＶ組成物は、複数種の細菌属、属内の複数種の種、又は種内の複数種の株に由来するＥＶの混合物も含み得る。ＰＢＳ及びラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）由来のＥＶを陰性コントロールとして含め、ＬＰＳ、抗ＣＤ４０抗体、及びビフィドバクテリウム種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）由来のＥＶを陽性コントロールとして使用する。インキュベーション後、ＤＣを、抗ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１０３、ＣＤ８ａ、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８３、ＣＤ８６、ＭＨＣＩ、及びＭＨＣＩＩで染色し、フローサイトメトリーで分析する。陰性コントロールと比較してＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８３、及びＣＤ８６で有意に増加しているＤＣは、関連する細菌ＥＶ組成物により活性化されていると考えられる。これらの実験を少なくとも３回繰り返す。
【０３０８】
ＤＣを刺激するＥＶ活性化上皮細胞の能力をスクリーニングするために、上記のプロトコルに続いて、ＤＣとのインキュベーションの前に２４時間の上皮細胞ＥＶ共培養を追加する。上皮細胞を、ＥＶとのインキュベーション後に洗浄し、次いで、上記のように処理する前に、２４時間にわたりＥＶの非存在下でＤＣと共に共培養する。上皮細胞系統には、Ｉｎｔ４０７、ＨＥＬ２９３、ＨＴ２９、Ｔ８４、及びＣＡＣＯ２が含まれ得る。
【０３０９】
ＤＣ活性化の追加の測定として、ＥＶ又はＥＶ処理上皮細胞とのＤＣの２４時間のインキュベーション後に培養上清１００μｌをウェルから取り出し、多重化Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、分泌されたサイトカイン、ケモカイン、及び成長因子に関して分析する。簡潔に説明すると、このウェルをバッファーで予め湿らせ、１×抗体コーティング磁気ビーズ２５μｌを添加し、磁石を使用して全てのウェルにおいて洗浄バッファー２００μｌ×２回を実施する。インキュベーションバッファー５０μｌ、希釈剤５０μｌ、及びサンプル５０μｌを添加し、暗所における室温での２時間にわたる振盪により混合させる。次いで、このビーズを洗浄バッファー２００μｌで２回洗浄する。１×ビオチン化検出抗体１００μｌを添加し、上清を、暗所において振盪させつつ１時間にわたりインキュベートする。次いで、洗浄バッファーにより２回の２００μｌ洗浄を実施する。各ウェルに１×ＳＡＶ−ＲＰＥ試薬１００μｌを添加し、暗所においてＲＴで３０分にわたりインキュベートする。３回の２００μｌ洗浄を実施し、２〜３分間振盪させつつ洗浄バッファー１２５μｌを添加する。次いで、ウェルを、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰシステムでの分析に供する。
【０３１０】
標準は、サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮ−ｇ、ＩＦＮ−ａ、ＩＦＮ−Ｂ、ＩＬ−１ａ、ＩＬ−１Ｂ、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ−１７Ａ、ＩＬ−１７Ｆ、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２  ＩＬ−２３、ＩＬ−２５、ＩＰ−１０、ＫＣ、ＭＣＰ−１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ、及びＶＥＧＦ）の慎重な定量を可能にする。これらのサイトカインを、マウス及びヒト由来の両方のサンプルで評価する。細菌処理サンプルでのこれらのサイトカインの増加は、宿主からのタンパク質及びサイトカインの産生の増強を示す。サイトカインを放出する特定の細胞タイプの能力を調べるこのアッセイの他のバリエーションを、選別方法によりこれらの細胞を獲得することにより評価し、且つ当業者により認識されている。さらに、サイトカインｍＲＮＡを評価して、ＥＶ組成物に反応したサイトカイン放出にも対処する。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるインビボでの反応と同様に免疫反応を刺激する。
【０３１１】
このＤＣ刺激プロトコルを、精製済ＥＶ及び生存する細菌株の組み合わせを使用して反復して、免疫刺激可能性を最大化し得る。
【０３１２】
実施例８：腫瘍細胞と共にインキュベートした場合でのＣＤ８＋Ｔ細胞死滅の活性化の増強に関するＥＶのインビトロでのスクリーニング
腫瘍細胞のＣＤ８＋Ｔ細胞死滅を活性化し得るＥＶに関するスクリーニングのインビトロでの方法を説明する。簡潔に説明すると、ＤＣをヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から単離し、実施例１２で説明されているように、単一株ＥＶ、ＥＶの混合物、及び適切なコントロールと共にインキュベートする。加えて、磁気ビーズベースのＭｏｕｓｅ  ＣＤ８ａ＋  Ｔ  Ｃｅｌｌ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ及び磁気ビーズベースのＨｕｍａｎ  ＣＤ８＋  Ｔ  Ｃｅｌｌ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（両方ともＭｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃｈ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，ＭＡ）を使用して、ヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓からＣＤ８＋Ｔ細胞を得る。ＥＶとのＤＣの２４時間のインキュベーションの後、又はＥＶにより刺激された上皮細胞（実施例１２で詳述されている）とのＤＣの２４時間のインキュベーションの後、ＰＢＳ洗浄により細胞からＥＶを除去し、抗生物質を含む新鮮な培地１００ｕｌを各ウェルに添加し、９６ウェルプレート中の各実験ウェルに２００，０００個のＴ細胞を添加する。抗ＣＤ３抗体を２ｕｇ／ｍｌの最終濃度で添加する。次いで、共培養物を、通常の酸素条件下で９６時間にわたり３７℃にてインキュベートする。
【０３１３】
共培養インキュベーションへの７２時間後、新たな９６ウェルプレート中でウェル当たり５０，０００個の腫瘍細胞／ウェルを蒔く。使用するマウス腫瘍細胞系統は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０等を含む。ヒト腫瘍細胞系統はドナーにＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ−１細胞系統、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１細胞系統、ＵＮＫＣ細胞系統、及びＨＥＬＡ細胞系統を含み得る。９６時間の共培養の完了後、ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＤＣの混合物１００μｌを、腫瘍細胞を含むウェルに移す。プレートを、通常の酸素条件下において３７℃にて２４時間にわたりインキュベートする。細胞死を説明するための陰性コントロールとして、スタウロスポリン（Ｓｔａｕｒｏｓｐａｕｒｉｎ）を使用する。
【０３１４】
このインキュベーション後、フローサイトメトリーを使用して腫瘍細胞死を測定し、免疫細胞表現型の特徴を明らかにする。簡潔に説明すると、腫瘍細胞を生存色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、特に腫瘍細胞をゲートオンし、死んだ（死滅した）腫瘍細胞の割合を測定する。データを、ウェル当たりの死んだ腫瘍細胞の絶対数としても示す。細胞毒性ＣＤ８＋Ｔ細胞表現型の特徴を下記の方法により明らかにし得る：ａ）下記で説明する培養上清中の上清グランザイムＢ、ＩＦＮｙ、及びＴＮＦａの濃度、ｂ）活性化マーカー（例えば、ＤＣ６９、ＣＤ２５、ＣＤ１５４、ＰＤ−１、γ／δＴＣＲ、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、グランザイムＢ）のＣＤ８＋Ｔ細胞表面発現、ｃ）ＣＤ８＋Ｔ細胞中でのＩＦＮｙ、グランザイムＢ、ＴＮＦａの細胞内サイトカイン染色。ＣＤ４＋Ｔ細胞表現型を、例えば、ＩＮＦｙ、ＴＮＦａ、ＩＬ−１２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１０、ケモカイン等の上清ケモカイン濃度に加えて、細胞内サイトカイン染色によっても評価し得る。
【０３１５】
ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化の追加の測定として、ＤＣとのＴ細胞の９６時間のインキュベーション後にウェルから培養上清１００μｌを取り出し、多重化Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、分泌されたサイトカイン、ケモカイン、及び成長因子に関して分析する。簡潔に説明すると、このウェルをバッファーで予め湿らせ、１×抗体コーティング磁気ビーズ２５μｌを添加し、磁石を使用して全てのウェルにおいて洗浄バッファー２００μｌ×２回を実施する。インキュベーションバッファー５０μｌ、希釈剤５０μｌ、及びサンプル５０μｌを添加し、暗所における室温での２時間にわたる振盪により混合させる。次いで、このビーズを洗浄バッファー２００μｌで２回洗浄する。１×ビオチン化検出抗体１００μｌを添加し、上清を、暗所において振盪させつつ１時間にわたりインキュベートする。次いで、洗浄バッファーにより２回の２００μｌ洗浄を実施する。各ウェルに１×ＳＡＶ−ＲＰＥ試薬１００μｌを添加し、暗所においてＲＴで３０分にわたりインキュベートする。３回の２００μｌ洗浄を実施し、２〜３分間振盪させつつ洗浄バッファー１２５μｌを添加する。次いで、ウェルを、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰシステムでの分析に供する。
【０３１６】
標準は、サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮ−ｇ、ＩＦＮ−ａ、ＩＦＮ−Ｂ  ＩＬ−１ａ、ＩＬ−１Ｂ、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ−１７、ＩＬ−２３、ＩＰ−１０、ＫＣ、ＭＣＰ−１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ、及びＶＥＧＦ）の慎重な定量を可能にする。これらのサイトカインを、マウス及びヒト由来の両方のサンプルで評価する。細菌処理サンプルでのこれらのサイトカインの増加は、宿主からのタンパク質及びサイトカインの産生の増強を示す。サイトカインを放出する特定の細胞タイプの能力を調べるこのアッセイの他のバリエーションを、選別方法によりこれらの細胞を獲得することにより評価し、且つ当業者により認識されている。さらに、サイトカインｍＲＮＡを評価して、ＥＶ組成物に反応したサイトカイン放出にも対処する。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるインビボでの反応と同様に免疫反応を刺激する。
【０３１７】
このＣＤ８＋Ｔ細胞刺激プロトコルを、精製済ＥＶ及び生存する細菌株の組み合わせを使用して反復して、免疫刺激可能性を最大化し得る。
【０３１８】
実施例９：ＰＢＭＣによる腫瘍細胞死滅の増強に関するＥＶのインビトロでのスクリーニング
ＰＢＭＣを刺激し、次いでＰＢＭＣがＣＤ８＋Ｔ細胞を活性化して腫瘍細胞を死滅させる能力に関してＥＶをクリーニングする方法が含まれる。ＰＢＭＣを、マウス又はヒトの血液のｆｉｃｏｌｌ−ｐａｑｕｅ勾配遠心分離によりＣＭ由来のヘパリン処置された静脈血から単離するか、又はマウスの血液からＬｙｍｐｈｏｌｙｔｅ  Ｃｅｌｌ  Ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ｍｅｄｉａ（Ｃｅｄａｒｌａｎｅ  Ｌａｂｓ，Ｏｎｔａｒｉｏ，Ｃａｎａｄａ）により単離する。実施例１２で説明されているように、ＰＢＭＣを、単一株ＥＶ、ＥＶの混合物、及び適切なコントロールと共にインキュベートする。加えて、実施例１２のように、ＣＤ８＋Ｔ細胞をヒトＰＢＭＣ又はマウス脾臓から得る。ＥＶとのＰＢＭＣの２４時間のインキュベ−ションの後、ＰＢＳ洗浄により細胞からＥＶを除去し、抗生物質を含む新鮮な培地１００ｕｌを各ウェルに添加し、９６ウェルプレート中の各実験ウェルに２００，０００個のＴ細胞を添加する。抗ＣＤ３抗体を２ｕｇ／ｍｌの最終濃度で添加する。次いで、共培養物を、通常の酸素条件下で９６時間にわたり３７℃にてインキュベートする。
【０３１９】
共培養インキュベーションへの７２時間後、新たな９６ウェルプレート中でウェル当たり５０，０００個の腫瘍細胞／ウェルを蒔く。使用するマウス腫瘍細胞系統は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０等を含む。ヒト腫瘍細胞系統はドナーにＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ−１細胞系統、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１細胞系統、ＵＮＫＣ細胞系統、及びＨＥＬＡ細胞系統を含み得る。９６時間の共培養の完了後、ＣＤ８＋Ｔ細胞及びＰＢＭＣの混合物１００μｌを、腫瘍細胞を含むウェルに移す。プレートを、通常の酸素条件下において３７℃にて２４時間にわたりインキュベートする。細胞死を説明するための陰性コントロールとして、スタウロスポリン（Ｓｔａｕｒｏｓｐａｕｒｉｎ）を使用する。
【０３２０】
このインキュベーション後、フローサイトメトリーを使用して腫瘍細胞死を測定し、免疫細胞表現型の特徴を明らかにする。簡潔に説明すると、腫瘍細胞を生存色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、特に腫瘍細胞をゲートオンし、死んだ（死滅した）腫瘍細胞の割合を測定する。データを、ウェル当たりの死んだ腫瘍細胞の絶対数としても示す。細胞毒性ＣＤ８＋Ｔ細胞表現型の特徴を下記の方法により明らかにし得る：ａ）下記で説明する培養上清中の上清グランザイムＢ、ＩＦＮｙ、及びＴＮＦａの濃度、ｂ）活性化マーカー（例えば、ＤＣ６９、ＣＤ２５、ＣＤ１５４、ＰＤ−１、γ／δＴＣＲ、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、グランザイムＢ）のＣＤ８＋Ｔ細胞表面発現、ｃ）ＣＤ８＋Ｔ細胞中でのＩＦＮｙ、グランザイムＢ、ＴＮＦａの細胞内サイトカイン染色。ＣＤ４＋Ｔ細胞表現型を、例えば、ＩＮＦｙ、ＴＮＦａ、ＩＬ−１２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１０、ケモカイン等の上清ケモカイン濃度に加えて、細胞内サイトカイン染色によっても評価し得る。
【０３２１】
ＣＤ８＋Ｔ細胞活性化の追加の測定として、ＤＣとのＴ細胞の９６時間のインキュベーション後にウェルから培養上清１００μｌを取り出し、多重化Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｍａｇｐｉｘ．Ｋｉｔ（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｄａｒｍｓｔａｄｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して、分泌されたサイトカイン、ケモカイン、及び成長因子に関して分析する。簡潔に説明すると、このウェルをバッファーで予め湿らせ、１×抗体コーティング磁気ビーズ２５μｌを添加し、磁石を使用して全てのウェルにおいて洗浄バッファー２００μｌ×２回を実施する。インキュベーションバッファー５０μｌ、希釈剤５０μｌ、及びサンプル５０μｌを添加し、暗所における室温での２時間にわたる振盪により混合させる。次いで、このビーズを洗浄バッファー２００μｌで２回洗浄する。１×ビオチン化検出抗体１００μｌを添加し、上清を、暗所において振盪させつつ１時間にわたりインキュベートする。次いで、洗浄バッファーにより２回の２００μｌ洗浄を実施する。各ウェルに１×ＳＡＶ−ＲＰＥ試薬１００μｌを添加し、暗所においてＲＴで３０分にわたりインキュベートする。３回の２００μｌ洗浄を実施し、２〜３分間振盪させつつ洗浄バッファー１２５μｌを添加する。次いで、ウェルを、Ｌｕｍｉｎｅｘ  ｘＭＡＰシステムでの分析に供する。
【０３２２】
標準は、サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮ−ｇ、ＩＦＮ−ａ、ＩＦＮ−Ｂ  ＩＬ−１ａ、ＩＬ−１Ｂ、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２（ｐ４０／ｐ７０）、ＩＬ−１７、ＩＬ−２３、ＩＰ−１０、ＫＣ、ＭＣＰ−１、ＭＩＧ、ＭＩＰ１ａ、ＴＮＦａ、及びＶＥＧＦ）の慎重な定量を可能にする。これらのサイトカインを、マウス及びヒト由来の両方のサンプルで評価する。細菌処理サンプルでのこれらのサイトカインの増加は、宿主からのタンパク質及びサイトカインの産生の増強を示す。サイトカインを放出する特定の細胞タイプの能力を調べるこのアッセイの他のバリエーションを、選別方法によりこれらの細胞を獲得することにより評価し、且つ当業者により認識されている。さらに、サイトカインｍＲＮＡを評価して、ＥＶ組成物に反応したサイトカイン放出にも対処する。宿主の細胞におけるこれらの変化は、癌微小環境におけるインビボでの反応と同様に免疫反応を刺激する。
【０３２３】
このＰＢＭＣ刺激プロトコルを、精製済ＥＶ及び生存する細菌株の組み合わせを使用して反復して、免疫刺激可能性を最大化し得る。
【０３２４】
実施例１０．抗原提示細胞中におけるＥＶのインビトロでの検出
粘膜固有層中の樹状細胞は、腸上皮を横切って樹状突起を延ばすことにより、腸管内腔中の生きた細菌、死んだ細菌、及び微生物の生成物を常にサンプリングし、このことは、腸管腔中の細菌により産生されるＥＶが樹状細胞を直接刺激し得る１つの方法である。下記の方法は、抗原提示細胞によるＥＶの様々な取り込みを評価する方法を表す。任意選択により、この方法を、患者に投与されるＥＶの免疫調節挙動を評価するのに適用する。
【０３２５】
樹状細胞（ＤＣ）を、標準的な方法又はキットプロトコル（例えば、Ｉｎａｂａ  Ｋ，Ｓｗｉｇｇａｒｄ  ＷＪ，Ｓｔｅｉｎｍａｎ  ＲＭ，Ｒｏｍａｎｉ  Ｎ，Ｓｃｈｕｌｅｒ  Ｇ，２００１．Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｅｎｄｒｉｔｉｃ  ｃｅｌｌｓ．Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．Ｃｈａｐｔｅｒ  ３：Ｕｎｉｔ３．７）に従って、且つ実施例１２で論じれているように、ヒト又はマウスの骨髄、血液、又は脾臓から単離する。
【０３２６】
ＤＣへのＥＶの侵入及び／又はＤＣ中でのＥＶの存在を評価するために、完全ＲＰＭＩ−１６４０培地中の円形カバースリップに２５０，０００個のＤＣを播種し、次いで、単一の細菌株由来のＥＶ、又は感染多重度（ＭＯＩ）が１：１〜１：１０の組み合わせＥＶと共にインキュベートする。精製済ＥＶは、実施例２で説明されているように蛍光色素又は蛍光タンパク質で標識されている。１時間のインキュベーション後、細胞を氷冷ＰＢＳで２回洗浄し、トリプシンを使用してプレートから剥離する。細胞を無傷のままにするか、又は溶解させる。次いで、サンプルをフローサイトメトリー用に処理する。内在化したＥＶの合計を溶解したサンプルから定量し、ＥＶを取り込む細胞の割合を、蛍光細胞を計数することにより測定する。上記で説明されている方法を、ＤＣの代わりにマクロファージ又は上皮細胞系統（ＡＴＣＣから得られる）を使用する実質的に同一の方法でも実施し得る。
【０３２７】
実施例１１：標的細胞と共にインキュベートした場合にＮＫ細胞死滅を活性化する能力が増強されたＥＶのインビトロでのスクリーニング
腫瘍細胞と共にインキュベートした場合に腫瘍細胞に対して強力なＮＫ細胞の細胞毒性を誘発する、選択されたＥＶ組成物の能力を実証するために、下記のインビトロでのアッセイを使用する。簡潔に説明すると、ヘパリン処置された血液由来の単核細胞を、健康なヒトドナーから得る。任意選択により、ＮＫ細胞の数を増加させるための拡大工程を、既に説明されているように実施する（例えば、Ｓｏｍａｎｓｃｈｉ  ｅｔ  ａｌ  ２０１１  Ｊ  Ｖｉｓ  Ｅｘｐ．を参照されたい）。このＮＫ細胞を、５％ヒト血清を含むＲＰＭＩ−１６４０培地において１ｅ６個の細胞／ｍｌの濃度に調整する。次いで、ＰＭＮＣ細胞を適切な抗体で標識し、ＮＫ細胞を、ＦＡＣＳを介してＣＤ３−／ＣＤ５６＋細胞として単離し、次の細胞毒性アッセイに備える。或いは、製造業者の指示（Ｍｉｌｔｅｎｙｌ  Ｂｉｏｔｅｃ）に従ってａｕｔｏＭＡＣｓ機器及びＮＫ細胞単離キットを使用して、ＮＫ細胞を単離する。
【０３２８】
ＮＫ細胞を計数し、ウェル当たり５０００個の細胞を含む９６ウェルフォーマットで蒔き、実施例１２で説明されているように、単一株ＥＶ、細菌株の混合物由来のＥＶ、及び適切なコントロールと共にインキュベートする。追加の陰性コントロールとして、このアッセイを、ＮＫ細胞の活性を阻害することが知られているフソバクテリウム・ヌクレアタム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）、Ｆ．ヌクレアタム（Ｆ．ｎｕｃｌｅａｔｕｍ）由来のＥＶと共に実行する（例えば、Ｇｕｒ  ｅｔ  ａｌ  ２００５  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ４２：１−１２を参照されたい）。ＥＶとのＮＫ細胞の５〜２４時間のインキュベーションの後、ＰＢＳ洗浄により細胞からＥＶを除去し、ＮＫ細胞を、抗生物質を含む１０個の新鮮な培地に再懸濁させ、５０，０００個の標的腫瘍細胞／ウェルを含む９６ウェルプレートに添加する。使用するマウス腫瘍細胞系統は、Ｂ１６．Ｆ１０、ＳＩＹ＋Ｂ１６．Ｆ１０等を含む。ヒト腫瘍細胞系統はドナーにＨＬＡ適合しており、ＰＡＮＣ−１細胞系統、ＵＮＫＰＣ９６０／９６１細胞系統、ＵＮＫＣ細胞系統、及びＨＥＬＡ細胞系統を含み得る。プレートを、通常の酸素条件下で３７℃にて２４時間にわたりインキュベートする。細胞死を説明するための陰性コントロールとして、スタウロスポリン（Ｓｔａｕｒｏｓｐａｕｒｉｎ）を使用する。
【０３２９】
このインキュベーションの後、フローサイトメトリーを使用して腫瘍細胞死を測定する。簡潔に説明すると、腫瘍細胞を生存色素で染色する。ＦＡＣＳ分析を使用して、特に腫瘍細胞をゲートオンし、死んだ（死滅した）腫瘍細胞の割合を測定する。データを、ウェル当たりの死んだ腫瘍細胞の絶対数としても示す。
【０３３０】
このＮＫ細胞刺激プロトコルを、精製済ＥＶ及び生存する細菌株の組み合わせを使用して反復して、免疫刺激可能性を最大化し得る。
【０３３１】
実施例１２：ＥＶ組成物のインビボでの癌免疫療法の有効性を予測するためのインビトロでの免疫活性化アッセイの使用
インビトロでの免疫活性化アッセイにより、樹状細胞を刺激し得、次いで樹状細胞がＣＤ８＋Ｔ細胞死滅を活性化するＥＶを同定する。Ａ．Ｓｉｖａｎ，ｅｔ  ａｌ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３５０（６２６４）：１０８４−１０８９（２０１５）による研究は、ビフィドバクテリウム種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）の経口摂取に応じたＣＤ８＋Ｔ細胞による腫瘍細胞の死滅の増強はマウスにおける有効な癌免疫療法であることを示唆している。従って、上記で説明されているインビトロでのアッセイを、潜在的な免疫療法の活性に関する多数の候補ＥＶの予測的で高速なスクリーニングとして使用する。樹状細胞の刺激の増強、ＣＤ８＋Ｔ細胞死滅の刺激の増強、ＰＢＭＣ死滅の刺激の増強、及び／又はＮＫ細胞死滅の刺激の増強を示すＥＶを、インビボでの癌免疫療法の有効性の研究のために優先的に選択する。
【０３３２】
実施例１３：マウスに経口的に送達した場合でのＥＶの生体内分布の決定
野生型マウス（例えばＣ５７ＢＬ／６又はＢＡＬＢ／ｃ）に目的のＥＶ組成物を経口的に接種し、精製済ＥＶ（実施例１）のインビボでの生体内分布プロファイルを決定する。下流の分析を助けるために、実施例２のようにＥＶに標識を付した。
【０３３３】
マウスに、ＥＶの単回用量（２５〜１００μｇ）を投与し得るか、又は定められた期間にわたり数回の用量（２５〜１００μｇ）を投与し得る。マウスを、承認されたプロトコルに従って特定の病原体フリー条件下で飼育する。或いは、マウスを、滅菌された無菌条件下で繁殖させて維持してもよい。適切な時点で血液サンプル及び糞便サンプルを採取し得る。
【０３３４】
このマウスを、ＥＶ組成物の接種後の様々な時点（即ち、数時間〜数日）で人道的に屠殺し、無菌条件下での完全な剖検を実施する。標準的なプロトコルに従って、リンパ節、副腎、肝臓、結腸、小腸、盲腸、胃、脾臓、腎臓、膀胱、膵臓、心臓、皮膚、肺、脳、及び目的の他の組織を採取し、直接使用するか、又はさらなる試験のために急速凍結させる。この組織サンプルを解剖し、当業者に既知の標準的なプロトコルに従ってホモジナイズして単一細胞懸濁液を調製する。次いで、このサンプル中に存在するＥＶの数をフローサイトメトリーで定量する（実施例１７）。定量を、マウス組織全体の適切な処理の後の蛍光顕微鏡の使用によっても進め得る（Ｖａｎｋｅｌｅｃｏｍ  Ｈ．，Ｆｉｘａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｐａｒａｆｆｉｎ−ｅｍｂｅｄｄｉｎｇ  ｏｆ  ｍｏｕｓｅ  ｔｉｓｓｕｅｓ  ｆｏｒ  ＧＦＰ  ｖｉｓｕａｌｉｚａｔｉｏｎ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂ．Ｐｒｏｔｏｃ．，２００９）。或いは、この動物を、ＥＶ標識付与技術に従ってライブイメージングを使用して分析してもよい。
【０３３５】
実施例１４：同系マウス腫瘍モデルを処置するための、インビトロで免疫活性化が増強されたＥＶ組成物の投与
癌のマウスモデルを、腫瘍細胞系統又は患者由来の腫瘍サンプルを皮下注射し、６〜８週齢でＣ５７ＢＬ／６雌マウスに移植することにより作成する。本明細書で提供される方法を、下記を含むいくつかの腫瘍細胞系統を使用して反復する：黒色腫の同所性モデルとしてのＢ１６−Ｆ１０細胞又はＢ１６−Ｆ１０−ＳＩＹ細胞、右脇腹に１×１０６個の細胞の濃度で注射される（Ｍａｌｅｔｚｋｉ  ｅｔ  ａｌ  ２００８．Ｇｕｔ  ５７：４８３−４９１）、膵癌の同所性モデルとしてのＰａｎｃ０２細胞、肺癌の同所性モデルとしてのＬＬＣ１細胞、結腸直腸癌の同所性モデルとしてのＣＴ−２６、及び前立腺癌の同所性モデルとしてのＲＭ−１。一例として、Ｂ１６−Ｆ１０モデルの場合の方法を本明細書に詳細に記載する。
【０３３６】
転移頻度が非常に高い自発性黒色腫の同系マウスモデルを使用して、腫瘍の増殖及び転移の伝播を低減する細菌の能力を試験する。このアッセイのために選択したＥＶは、免疫細胞サブセットの活性化の増強を示し且つインビトロで腫瘍細胞の死滅の増強を刺激する組成物である（実施例１２〜１６）。このマウス黒色腫細胞系統Ｂ１６−Ｆ１０をＡＴＣＣから得る。この細胞を、空気中の５％ＣＯ２の雰囲気下で３７℃にて、１０％加熱不活性化ウシ胎児血清及び１％ペニシリン／ストレプトマイシンが補充されたＲＰＭＩ培地において単層としてインビトロで培養する。指数関数的に増殖する腫瘍細胞をトリプシン処理により回収し、冷１×ＰＢＳで３回洗浄し、５Ｅ６個の細胞／ｍｌの懸濁液を投与用に調製する。この実験に雌のＣ５７ＢＬ／６マウスを使用する。このマウスは６〜８週齢であり、且つ体重が約１６〜２０ｇである。腫瘍を発生させるために、各マウスに、Ｂ１６−Ｆ１０細胞懸濁液１００μｌを脇腹にＳＣ注射する。このマウスをケタミン及びキシラジンで麻酔した後に細胞移植する。この実験で使用する動物に、２日目から５日目までの飲料水中のカナマイシン（０．４ｍｇ／ｍｌ）、ゲンタマイシン（０．０３５ｍｇ／ｍｌ）、コリスチン（８５０Ｕ／ｍｌ）、メトロニダゾール（０．２１５ｍｇ／ｍｌ）、及びバンコマイシン（０．０４５ｍｇ／ｍｌ）のカクテルの点滴注入、並びに腫瘍注射後７日目のクリンダマイシン（１０ｍｇ／ｋｇ）の腹腔内注射により、抗生物質処置を開始し得る。
【０３３７】
原発性脇腹腫瘍のサイズを２〜３日毎にキャリパで測定し、下記式を使用して腫瘍体積を算出する：腫瘍体積＝腫瘍の幅２×腫瘍の長さ×０．５。この原発腫瘍が約１００ｍｍ３に達した後、動物をその体重に基づいていくつかの群に分類する。次いで、各群からマウスを無作為に取り出して処置群に割り当てる。ＥＶ組成物を、実施例１で説明されているように調製する。このマウスに、試験するＥＶ  ２５〜１００μｇ、ラクトバチルス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ）由来のＥＶ（陰性コントロール）２５〜１００μｇ、ＰＢＳ、又はビフィドバクテリウム種（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐｐ．）由来のＥＶ（陽性コントロール）２５〜１００μｇのいずれかを、経管栄養により経口接種する。マウスに、毎日、毎週、隔週、毎月、隔月、又は処置期間全体を通して任意の他の投与スケジュールで、同量のＥＶを経口経管栄養する。マウスに尾静脈でＩＶ注射するか、又は腫瘍に直接注射する。マウスに、ＥＶ、細菌及びＥＶ、又は不活性化された細菌及びＥＶ  １０ｎｇ〜１ｕｇを注射し得る。マウスに、毎週又は月に１回で注射し得る。腫瘍死滅可能性を最大化するために、マウスに精製済ＥＶ及び生細菌の組み合わせも投与し得る。全てのマウスを、承認されたプロトコルに従って特定の病原体フリー条件下で飼育する。腫瘍サイズ、マウスの体重、及び体温を３〜４日毎にモニタリングし、Ｂ１６−Ｆ１０マウス黒色腫細胞注射の６週間後に又は原発腫瘍の体積が１０００ｍｍ３に達した場合に、マウスを人道的に屠殺する。毎週採血し、このプロトコルの終了時に無菌条件下での完全な剖検を実施する。
【０３３８】
マウスＢ１６−Ｆ１０黒色腫モデルでは、メラニン産生に起因して癌細胞を容易に可視化し得る。標準的なプロトコルに従って、頸部及び胸部の領域からのリンパ節及び臓器の組織サンプルを採取し、下記の分類ルールを使用してマイクロ転移及マクロ転移の存在を分析する。リンパ節当たり又は臓器当たり少なくとも２つのマイクロ転移病変及び１つのマクロ転移病変が見出される場合には、臓器を転移に関して陽性と分類する。マイクロ転移を、当業者に既知の標準的なプロトコルに従ってパラフィン包埋リンパ組織切片をヘマトキシリン−エオシンで染色することにより検出する。転移の総数は原発腫瘍の体積と相関しており、腫瘍体積は、腫瘍増殖時間、並びにリンパ節及び内臓でのマクロ転移及びマイクロ転移の数に有意に相関し、全ての観測した転移の合計とも相関することが見出される。既に説明されているように、２５箇所の異なる転移部位が同定されている（Ｂｏｂｅｋ  Ｖ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｓｙｎｇｅｎｅｉｃ  ｌｙｍｐｈ−ｎｏｄｅ−ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ｇｒｅｅｎ  ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ  ｐｒｏｔｅｉｎ−ｅｘｐｒｅｓｓｉｎｇ  Ｌｅｗｉｓ  ｌｕｎｇ  ｃａｒｃｉｎｏｍａ，Ｃｌｉｎ．Ｅｘｐ．Ｍｅｔａｓｔａｓｉｓ，２００４；２１（８）：７０５−８）。
【０３３９】
この腫瘍組織サンプルを、腫瘍浸潤性リンパ球に関してさらに分析する。ＦＡＣＳによりＣＤ８＋細胞毒性Ｔ細胞を単離し得（実施例１７を参照されたい）、次いで、カスタマイズされたｐ／ＭＨＣクラスＩマイクロアレイを使用してさらに分析して、このＴ細胞の抗原特異性を明らかにし得る（例えば、Ｄｅｖｉｒｅｎ  Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．，Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｔｉｇｅｎ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｏｎ  ｐ／ＭＨＣ  ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．，２００７  Ｊａｎ−Ｆｅｂ；２０（１）：３２−８を参照されたい）。カスタマイズされたｐ／ＭＨＣクラスＩＩマイクロアレイを使用してＣＤ４＋Ｔ細胞を分析し得る。
【０３４０】
同一の実験を、多発性肺黒色腫転移のマウスモデルでも実施する。マウス黒色腫細胞系統Ｂ１６−ＢＬ６をＡＴＣＣから得て、この細胞を、上記で説明しているようにインビトロで培養する。この実験に雌のＣ５７ＢＬ／６マウスを使用する。このマウスは６〜８週齢であり、且つ体重が１６〜２０ｇである。腫瘍を発生させるために、各マウスに、Ｂ１６−ＢＬ６細胞の２Ｅ６個の細胞／ｍｌ懸濁液１００μｌを尾静脈に注射する。ＩＶ注射時に生着する腫瘍細胞は、最終的には肺に達する。
【０３４１】
このマウスを９日後に人道的に殺す。肺を秤量し、肺表面上での肺結節の存在に関して分析する。摘出した肺をＦｅｋｅｔｅ溶液で漂白し、このＦｅｋｅｔｅ溶液は、Ｂ１６細胞中のメラニンのために腫瘍結節を漂白しないが、この結節のごく一部は無色素性（即ち白色）である。腫瘍結節の数を慎重に計数して、マウスの腫瘍量を決定する。典型的には、コントロール群マウス（即ちＰＢＳ経管栄養）の肺上に２００〜２５０個の肺結節が見出される。
【０３４２】
腫瘍量の割合を３つの処置群に関して算出する。この測定値を、コントロール群マウスの肺表面上の肺結節の平均数で除算された、処置群に属するマウスの肺表面上の肺結節の平均数と定義する。
【０３４３】
Ｈ−ＮＭＲ１による代謝量の決定
細菌の条件付け後の及び腫瘍の増殖後の生物学的三重の培地サンプル及び使用済み培地サンプルから、Ｓａｒｔｏｒｉｕｓ  Ｃｅｎｔｒｉｓａｒｔ  Ｉフィルタ（カットオフ１０ｋＤａ）を使用してタンパク質を除去する。使用前に、フィルタを水の遠心分離により２回洗浄してグリセロールを除去し、限外ろ液７００ｕｌに、少量（２０μｌ）の、Ｄ２Ｏ中の２０．２ｍＭトリメチルシリル−２，２，３，３−テトラジュウテロプロピオン酸（ＴＳＰ、ナトリウム塩）を添加し、これにより、化学シフト基準（０．００ｐｐｍ）及び重水素ロックシグナルが付与される。このサンプル６５０ｕｌを５ｍｍ  ＮＭＲチューブに入れる。単一パルス１Ｈ−ＮＭＲスペクトル（５００ＭＨｚ）を、Ｂｒｕｋｅｒ  ＤＭＸ−５００分光計、又は（Ｅｎｇｅｌｋｅ  ｅｔ  ａｌ．２００６  ＮＭＲ  ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｉｃ  ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  ｔｈｅ  ｌａｔｅ  ｏｎｓｅｔ  ｆｏｒｍ  ｏｆ  ３−ｍｅｔｈｙｌｕｔａｃｏｎｉｃ  ａｃｉｄｕｒｉａ  ｔｙｐｅ  Ｉ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ｄｅｆｅｃｔｓ  ｉｎ  ｌｅｕｃｉｎｅ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ．ＮＭＲ  Ｂｉｏｍｅｄ．１９：２７１−２７８により）既に説明されているような同等の機器で取得する。フェーズ及びベースラインを手動で補正する。全てのスペクトルをＴＳＰにスケーリングし、代謝産物シグナルをローレンツ線形に半自動的にフィットさせる。使用済み培地中の代謝産物濃度を、標準培地中の既知の濃度と比較して算出し、ｍＭの単位で同様に表す。特定の代謝産物の濃度を、１．０４ｐｐｍでのバリン二重線又は適切な標準の面積に対応するピークの面積により算出する。
【０３４４】
ＬＣＭＳによる代謝量の決定
サンプルの代謝量を、質量分析と組み合わせた液体クロマトグラフィー技術を使用して確認する。様々なサンプルのメタボローム含有量を決定するために様々な技術が存在し、且つ当業者に知られている（例えば、溶媒抽出、クロマトグラフィー分離、及び質量決定と組み合わされた様々なイオン化技術）（Ｒｏｂｅｒｔｓ  ｅｔ  ａｌ  ２０１２  Ｔａｒｇｅｔｅｄ  Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｃｕｒｒ  Ｐｒｏｔｏｃ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ．３０：１−２４；Ｄｅｔｔｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ  ２００７，Ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ−ｂａｓｅｄ  ｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓ．Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍ  Ｒｅｖ．２６（１）：５１−７８）。非限定的な例として、ＬＣ−ＭＳシステムは、１１００  Ｓｅｒｉｅｓポンプ（Ａｇｉｌｅｎｔ）及びＨＴＳ  ＰＡＬオートサンプラ（Ｌｅａｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と組み合わされた４０００  ＱＴＲＡＰ三連四重極質量分析計（ＡＢ  ＳＣＩＥＸ）を含む。安定した同位体標識付きの内部標準（バリン−ｄ８、Ｉｓｏｔｅｃ；及びフェニルアラニン−ｄ８、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｉｓｏｔｏｐｅ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ）を含む９体積の７４．９：２４．９：０．２（体積／体積／体積）アセトニトリル／メタノール／ギ酸を使用して、培地サンプル又は他の複雑な代謝混合物（約１０μＬ）を抽出する。目的の代謝産物に応じて、標準を調整してもよいし変更してもよい。サンプルを遠心分離し（１０分、９，０００ｇ、４℃）、ＨＩＬＩＣカラム（１５０×２．１ｍｍ、３μｍ粒径）上に溶液を注入することにより、上清（１０μＬ）をＬＣＭＳに供する。２５０ｕＬ／分の速度で１分にわたり５％移動相［１０ｍＭギ酸アンモニウム、０．１％ギ酸水溶液］を流し、続いて４０％移動相［０．１％ギ酸を含むアセトニトリル］の溶液まで１０分をかける線形勾配により、カラムを溶出させる。イオンスプレー電圧を４．５ｋＶに設定し、イオン源温度は４５０℃である。
【０３４５】
データを、質量スペクトルピーク積分のためにＡＢ  ＳＣＩＥＸのＭｕｌｔｉｑｕａｎｔ  １．２等の市販のソフトウェアを使用して分析する。目的のピークを手動でキュレートし、標準と比較してピークの同一性を確認する。適切な標準による定量を実施して、細菌の条件付け後の及び腫瘍細胞増殖後の初期培地中に存在する代謝産物の量を決定する。
【０３４６】
腫瘍生検及び血液サンプルを、本明細書で説明されているＬＣＭＳ技術による代謝分析に供する。試験群間の数ある代謝産物の中でも、アミノ酸、糖、乳酸塩のレベルの差異は、腫瘍代謝状態を破壊する微生物組成物の能力を示す。
【０３４７】
作用メカニズムを決定するためのＲＮＡ  Ｓｅｑ
実施例１２で説明されているように、腫瘍、パイエル板、及び腸間膜リンパ節から樹状細胞を精製する。当業者に既知の標準的な技術に従って、ＲＮＡｓｅｑ分析を実行して分析する（Ｚ．Ｈｏｕ．Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｒｅｐｏｒｔｓ．５（９５７０）：ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｒｅｐ０９５７０（２０１５））。この分析では、先天性の炎症経路遺伝子、例えば、ＴＬＲ、ＣＬＲ、ＮＬＲ、及びＳＴＩＮＧ、サイトカイン、ケモカイン、抗原処理及び提示経路、交差提示、並びにＴ細胞共刺激に特に注意を払う。
【０３４８】
実施例１５：ＰＤ−１阻害又はＰＤ−Ｌ１阻害と組み合わせて同系マウス腫瘍モデルを処置するための、インビトロで免疫活性化が増強されたＥＶの投与
同系腫瘍マウスモデルにおけるＥＶの有効性を決定するために、結腸直腸癌（ＣＴ−２６）を使用した。簡潔に説明すると、ＣＴ−２６（ＣＡＴ＃ＣＲＬ−２６３８）腫瘍細胞を、空気中の５％ＣＯ２の雰囲気下で３７℃にて、１０％加熱不活性化ウシ胎児血清が補充されたＲＰＭＩ−１６４０又はＤＭＥＭにおいて単層としてインビトロで培養した。腫瘍接種前に、指数関数的に増殖する細胞を採取して計数した。この実験に、６〜８週齢の雌のＢＡＬＢ／ｃマウスを使用した。腫瘍を発生させるために、各マウスに、１×ＰＢＳ  ０．１ｍｌ中の５×１０５個のＣＴ−２６腫瘍細胞を一方又は両方のひ腹（ｒｅａｒ  ｆｌａｎｋ）に皮下注射した。一部のマウスに、抗生物質による前処置を施してもよい。腫瘍サイズ及びマウスの体重を、非連続の日で少なくとも週に３回モニタリングした。
【０３４９】
ＥＶを、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、及び抗ＰＤ−１又は抗ＰＤ−Ｌ１と共に又はこれらなしで、マウス腫瘍モデルにおける有効性に関して試験した。ＥＶ、細菌細胞、及び／又は抗ＰＤ−１若しくは抗ＰＤ−Ｌ１を、様々な時点で及び様々な用量で投与した。例えば、腫瘍注射の１０日後に、又は腫瘍体積が１００ｍｍ３に達した後に、マウスを、ＥＶ単独で又は抗ＰＤ−１又は抗ＰＤ−Ｌ１と組み合わせたＥＶで処置した。投与量を、表３に従って投与した。ブラウチア・マシリエンシス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）群は、抗ＰＤ−１群で見られるものと同等の腫瘍増殖阻害を示した（図１及び図２）。
【０３５０】
【表７７】
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【０３５１】
例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たり２５、５０、又は１００ｍｇのＥＶを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射によりＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻注射を含み得る。マウスの一部の群には、有効用量のチェックポイント阻害剤も注射する。例えば、マウスに、１００μｌ  ＰＢＳ中の１００μｇ  抗ＰＤ−Ｌ１  ｍＡＢ（クローン１０ｆ．９ｇ２，ＢｉｏＸＣｅｌｌ）又は別の抗ＰＤ−１若しくは抗ＰＤ−Ｌ１  ｍＡＢを投与し、一部のマウスにはビヒクル及び／又は適切なコントロール（例えばコントロール抗体）を投与する。最初の注射の３日、６日、及び９日の後に、マウスにｍＡＢを注射する。チェックポイント阻害剤及びＥＶ免疫療法に相加的な抗腫瘍効果があるかどうかを評価するために、標準的なコントロールパネルに、抗ＰＤ−１又は抗ＰＤ−Ｌ１  ｍＡＢを投与したコントロールマウスを含める。一次（腫瘍サイズ）及び二次（腫瘍浸潤性リンパ球及びサイトカイン分析）エンドポイントを評価し、マウスの一部の群を、記憶反応への処置の効果を評価するために、その後の腫瘍細胞接種で再チャレンジする。
【０３５２】
実施例１６：実験的自己免疫性脳脊髄炎（ＥＡＥ）のマウスモデルにおけるＥＶ
Ｃｏｎｓｔａｎｔｉｎｅｓｃｕ他（Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ  ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ（ＥＡＥ）ａｓ  ａ  ｍｏｄｅｌ  ｆｏｒ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ（ＭＳ）．Ｂｒ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０１１  Ｏｃｔ；１６４（４）：１０７９−１１０６）により概説されているように、ＥＡＥは、多発性硬化症の十分に研究された動物モデルである。Ｍａｎｇａｌａｍ他（Ｔｗｏ  ｄｉｓｃｒｅｅｔ  ｓｕｂｓｅｔｓ  ｏｆ  ＣＤ８＋Ｔ  ｃｅｌｌｓ  ｍｏｄｕｌａｔｅ  ＰＬＰ９１−１１０  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ  ｅｎｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ  ｉｎ  ＨＬＡ−ＤＲ３  ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  ｍｉｃｅ．Ｊ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎ．２０１２  Ｊｕｎ；３８（４）：３４４−３５３）で論じられているように、活性化された脳炎惹起性Ｔ細胞の養子移入、又はＥＶＥに対して感受性を示すＴＣＲトランスジェニックマウスの使用により、様々なミエリン関連ペプチドを使用して、ＥＡＥを様々なマウス株及びラット株に導入し得る。
【０３５３】
ＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＥＡＥの齧歯類モデルにおける有効性に関して試験する。例えば、雌の６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６マウスをＴａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）から得る。マウスの群に、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ；２〜５ｍｇの死滅したマイコバクテリウム・ツベルクローシス（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）Ｈ３７Ｒａ／エマルション１ｍｌ）に乳化させたミエリンオリゴデンドロサイト糖タンパク質３５−５５（ＭＯＧ３５−５５；１回の注射当たり１００ｕｇ；マウス１匹当たり２００ｕｇ（マウス１匹当たり合計０．２ｍｌ））０．１ｍｌの背中の２箇所の部位（上部及び下部）での２回の皮下（ｓ．ｃ．）注射を施す。上記の約１〜２時間後に、ＰＢＳ  ０．１ｍｌ中の百日咳毒素（ＰＴｘ）２００ｎｇ（２ｕｇ／ｍｌ）をマウスに腹腔内（ｉ．ｐ．）注射する。ＰＴｘの追加のＩＰ注射を２日目に施す。或いは、適切な量の代替ミエリンペプリド（例えばプロテオリピドタンパク質（ＰＬＰ））を使用してＥＡＥを誘発する。一部の動物は未処置コントロールとしての役割を果たす。当該技術分野で既知の方法（Ｍａｎｇａｌａｍ  ｅｔ  ａｌ．２０１２）に従って４日目から始めて毎日、ＥＡＥ重症度を評価して障害スコアを割り当てる。
【０３５４】
ＥＶによる処置を、免疫付与の前後又はＥＶＥ免疫付与の後のいずれかの時点で開始する。例えば、ＥＶを、免疫付与と同時（１日目）に投与してもよいし、障害の最初の徴候（例えば、引きずった尾（ｌｉｍｐ  ｔａｉｌ））の際に又は重度のＥＶＥの最中に投与してもよい。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０３５５】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、又は経鼻投与を含み得る。
【０３５６】
マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤若しくはＥＡＥ治療薬（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、ビタミンＤ、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。
【０３５７】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。
【０３５８】
様々な時点で、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば脳及び脊髄）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る。例えば、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋中枢神経系（ＣＮＳ）浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。
【０３５９】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得る（例えば、活性化された脳炎惹起性Ｔ細胞、又はＥＶＥ誘導性ペプチドの再注射）。マウスを、再チャレンジ後に疾患に対する感受性及びＥＶＥの重症度に関して分析する。
【０３６０】
実施例１７：コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）のマウスモデルにおけるＥＶ
コラーゲン誘発関節炎（ＣＩＡ）は、Ｃａｐｌａｚｉ他（Ｍｏｕｓｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｒｈｅｕｍａｔｏｉｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ．Ｓｅｐｔ．１，２０１５．５２（５）：８１９−８２６）により説明されているように、関節リウマチ（ＲＡ）を研究するために一般に使用される動物モデルである（Ｂｒａｎｄ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｌｌａｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．２００７．２：１２６９−１２７５；Ｐｉｅｔｒｏｓｉｍｏｎｅ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｌｌａｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ：ａ  ｍｏｄｅｌ  ｆｏｒ  ｍｕｒｉｎｅ  ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ．Ｂｉｏ  Ｐｒｏｔｏｃ．２０１５  Ｏｃｔ．２０；５（２０）：ｅ１６２６も参照されたい）。
【０３６１】
ＣＩＡ齧歯類モデルの他のバージョンの中でも、１つのモデルは、Ｔａｎｅｊａ他（Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ．２００７．５６：６９−７８；Ｔａｎｅｊａ  ｅｔ  ａｌ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  ２００８．１８１：２８６９−２８７７；及びＴａｎｅｊａ  ｅｔ  ａｌ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．，２００７．５６：６９−７８も参照されたい）により説明されているように、ニワトリＩＩ型コラーゲンによるＨＬＡ−ＤＱ８  Ｔｇマウスの免疫付与を含む。ニワトリＣＩＩの精製はＴａｎｅｊａ他（Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｈｅｕｍ．，２００７．５６：６９−７８）により説明されている。マウスを、免疫付与後にＣＩＡ疾患の発症及び進行に関してモニタリングし、Ｗｏｏｌｅｙ，Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９８１．１５４：６８８−７００により説明されているように、疾患の重症度を評価して「等級付ける」。
【０３６２】
マウスをＣＩＡ誘導のために免疫付与し、様々な処置群に分類する。ＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＣＩＡにおける有効性に関して試験する。
【０３６３】
ＥＶによる処置を、コラーゲンによる免疫付与の前後又は免疫付与後のいずれかの時点で開始する。例えば、一部の群において、ＥＶを、免疫付与と同時（１日目）に投与してもよいし、疾患の最初の徴候の際に又は重度の症状の発症時に投与してもよい。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。
【０３６４】
例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、マウスの他の群に、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０３６５】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、皮内（ｉ．ｄ．）注射、又は経鼻投与を含み得る。
【０３６６】
マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤若しくはＣＩＡ治療薬（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、ビタミンＤ、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。
【０３６７】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。
【０３６８】
様々な時点で、血清シンプルを得て、標準的なＥＬＩＳＡを使用して抗ニワトリＣＩＩ  ＩｇＧ抗体及び抗マウスＣＩＩ  ＩｇＧ抗体のレベルを評価する（Ｂａｔｓａｌｏｖａ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｃｏｌｌａｇｅｎ  ｔｙｐｅ  ＩＩ−ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｄｕｒｉｎｇ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ｃｏｌｌａｇｅｎ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  ｉｎ  ｔｗｏ  Ｂ１０  ｍｏｕｓｅ  ｓｔｒａｉｎｓ．Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ  Ｒｅｓ  Ｔｈｅｒ．２０１２．１４（６）：Ｒ２３７）。同様に、一部のマウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば滑膜）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る。滑膜及び滑液を、当該技術分野で既知の技術を使用して形質細胞浸潤及び抗体の存在に関して分析する。加えて、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させて、細胞浸潤物のプロファイルを調べる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋滑膜浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。
【０３６９】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得る（例えば、ＣＩＡ誘導性ペプチドによる活性化された再注射）。マウスを、再チャレンジ後に疾患に対する感受性及びＣＩＡの重症度に関して分析する。
【０３７０】
実施例１８：大腸炎のマウスモデルにおけるＥＶ
デキストラン硫酸ナトリウム（ＤＳＳ）誘発大腸炎は、Ｒａｎｄｈａｗａ他（Ａ  ｒｅｖｉｅｗ  ｏｎ  ｃｈｅｍｉｃａｌ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｂｏｗｅｌ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｉｎ  ｒｏｄｅｎｔｓ．Ｋｏｒｅａｎ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０１４．１８（４）：２７９−２８８；Ｃｈａｓｓａｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．Ｄｅｘｔｒａｎ  ｓｕｌｆａｔｅ  ｓｏｄｉｕｍ（ＤＳＳ）−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｃｏｌｉｔｉｓ  ｉｎ  ｍｉｃｅ．Ｃｕｒｒ  Ｐｒｏｔｏｃ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１４  Ｆｅｂ  ４；１０４：Ｕｎｉｔ  １５．２５も参照されたい）により概説されているように、大腸炎の十分に研究されている動物モデルである。
【０３７１】
ＥＶを、他の抗炎症剤の添加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＤＳＳ誘発大腸炎のマウスモデルにおける有効性に関して試験する。
【０３７２】
マウスの群を、当該技術分野で既知であるように大腸炎を誘発するためにＤＳＳで処理する（Ｒａｎｄｈａｗａ  ｅｔ  ａｌ．２０１４；Ｃｈａｓｓａｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．２０１４；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｎｇ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ  ｉｎ  ＤＳＳ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ＩＢＤ．Ｊ  Ｖｉｓ  Ｅｘｐ．２０１２．６０：３６７８も参照されたい）。例えば、雄の６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６マウスを、Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ  Ｌａｂｓ、Ｔａｃｏｎｉｃ、又は他のベンダーから得る。飲料水に３％ＤＳＳ（ＭＰ  Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌｓ，Ｃａｔ．＃０２６０１１０）を添加することにより、大腸炎を誘発する。一部のマウスは飲料水中のＤＳＳを摂取せず、未処置コントールとしての役割を果たす。一部のマウスは５日にわたり水を摂取する。一部のマウスは、５日と比べて短い又は長い持続期間にわたりＤＳＳを摂取し得る。マウスをモニタリングし、体重減少（例えば、体重減少なし（スコア０）、１〜５％の体重減少（スコア１）；５〜１０％の体重減少（スコア２））；糞便の硬さ（例えば、正常（スコア０）；緩い糞便（スコア２）；下痢（スコア４））；並びに出血（例えば、血液なし（スコア０）、潜血陽性（スコア１）；潜血陽性及び視覚的なペレット出血（スコア２）；肛門周囲の血液、肉眼的な出血（スコア４）に基づいて、当該技術分野で既知の障害活性指標（ｄｉｓａｂｉｌｉｔｙ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎｄｅｘ）を使用して点数化する。
【０３７３】
ＥＶによる処置を、ＤＳＳ投与の１日目又はその後のいずれかの時点で開始する。例えば、ＥＶを、ＤＳＳ開始と同時に（１日目）に投与してもよいし、疾患の最初の徴候（例えば、体重減少又は下痢）の際に又は重度の大腸炎のステージの最中に投与してもよい。マウスを、体重、病的状態、生存、下痢及び／又は血便の存在に関して毎日観察する。
【０３７４】
ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０３７５】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。
【０３７６】
マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。
【０３７７】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部のマウスには、事前に抗生物質を投与することなくＤＳＳを投与する。
【０３７８】
様々な時点で、マウスは、イソフルラン麻酔下で小動物用内視鏡（Ｋａｒｌ  Ｓｔｏｒｚ  Ｅｎｄｏｓｋｉｐｅ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用するビデオ内視鏡検査を受ける。静止画及びビデオを記録して、大腸炎の程度及び処置に対する反応を評価する。当該技術分野で既知の基準を使用して大腸炎を点数化する。研究のために糞便物質を集める。
【０３７９】
様々な時点で、マウスを屠殺して結腸、小腸、脾臓、及びリンパ節（例えば腸間膜リンパ節）を採取する。加えて、血液を血清分離チューブ中に採取する。組織損傷を、限定されないが陰窩構造、炎症細胞浸潤の程度、及び杯細胞の枯渇を評価する組織学的研究を通して評価する。
【０３８０】
当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために胃腸（ＧＩ）管、リンパ節、及び／又は他の組織を取り出し得る。例えば、組織を摘出し、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させ得る。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋ＧＩ管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。
【０３８１】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得る。マウスを、再チャレンジ後に大腸炎の重症度に対する感受性に関して分析する。
【０３８２】
実施例１９：遅延型過敏症（ＤＴＨ）のマウスモデルにおけるＥＶ
遅延型過敏症（ＤＴＨ）は、Ｐｅｔｅｒｓｅｎ他（Ｉｎ  ｖｉｖｏ  ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｉｃａｌ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  ｐｓｏｒｉａｓｉｓ  ａｎｄ  ａｔｏｐｉｃ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｓ  ｉｎ  ｄｒｕｇ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ．Ｂａｓｉｃ  ＆  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｐｈａｒｍ  ＆  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ．２００６．９９（２）：１０４−１１５；Ｉｒｖｉｎｇ  Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）Ｍｏｕｓｅ  Ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  Ｉｎｎａｔｅ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１３．ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ  １０．１００７／９７８−１−６２７０３−４８１−４＿１３も参照されたい）により概説されているように、アトピー性皮膚炎（又はアレルギー性接触皮膚炎）の動物モデルである。様々なハプテン又は抗原（例えば、アジュバントで乳化された抗原）を使用して、様々なマウス株及びラット株で遅延型過敏症（ＤＴＨ）を誘発し得る。ＤＴＨは、感作と、紅斑、浮腫、並びに細胞浸潤、特に抗原提示細胞（ＡＰＣ）、好酸球、活性化されたＣＤ４＋Ｔ細胞、及びサイトカイン発現Ｔｈ２細胞の浸潤を生じる抗原特異的Ｔ細胞媒介反応とにより特徴付けられる。
【０３８３】
一般に、マウスを、アジュバント（例えば完全フロイントアジュバント）との関連で投与される抗原で予備刺激して、膨張及び抗原特異的抗体力価により測定される二次（又は記憶）応答反応を誘発する。
【０３８４】
ＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＤＴＨのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。例えば、６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６マウスを、Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）又は他のベンダーから得る。マウスの群に、有効用量（１箇所の部位当たり５０ｕｌの総体積）での抗原（例えば卵白アルブミン（ＯＶＡ））の背中の４箇所の部位（上部及び下部）における４回の皮下（ｓ．ｃ．）注射を施す。ＤＴＨ反応のために、動物に、ケタミン／キシラジン麻酔（それぞれ約５０ｍｇ／ｋｇ及び５ｍｇ／ｋｇ）下で耳に皮内（ｉ．ｄ．）注射する。一部のマウスはコントロール動物としての役割を果たす。マウスの一部の群を、８日目に１つの耳当たり１０ｕｌ（左耳にビヒクルコントロール（生理食塩水中の０．０１％ＤＭＳＯ）、及び右耳に抗原（２１．２ｕｇ（１２ｎｍｏｌ））でチャレンジする。耳の炎症を測定するために、手で拘束した動物の耳の厚さを、Ｍｉｔｕｔｏｙｏマイクロメータを使用して測定する。耳の厚さを、個々の動物のベースラインレベルとして皮内チャレンジ前に測定する。その後、耳の厚さを、皮内チャレンジ後の２つの時間（約２４時間及び４８時間（即ち、９日目及び１０日目））に測定する。
【０３８５】
ＥＶによる処置を、予備刺激の前後又はＤＨＴチャレンジの前後のいずれかの時点で開始する。例えば、ＥＶを、皮下注射と同時（０日目）に投与してもよいし、皮内注射前又は皮内注射時に投与してもよい。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、局所投与、皮内（ｉ．ｄ．）注射、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば０日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０３８６】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、ｉ．ｄ．注射、局所投与、又は経鼻投与を含み得る。
【０３８７】
マウスに、背中に沿った４箇所の位置でＫＬＨ及びＣＦＡをｉ．ｄ．注射した（１箇所の部位当たり５０ｕｌの総体積にてＣＦＡと１：１の比で調製したＫＬＨのマウス１匹当たり５０ｕｇ）。マウスに、下記のように９日にわたり投与した：１）嫌気性ＰＢＳ（ビヒクル）の経口投与；２）プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）１０ｍｇの経口投与；３）Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶ  １００ｕｇの経口投与；４）ＰＢＳのｉ．ｐ．投与；５）デキサメタゾン（陽性コントロール）のｉ．ｐ．投与、及び６）プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶ  １０ｕｇのｉ．ｐ．投与。ＥＶに関しては、総タンパク質を、製造業者の指示に従って実施するＢｉｏ−ｒａｄアッセイ（Ｃａｔ＃５０００２０５）を使用して測定した。ＫＬＨ（１０ｕｌ体積）１０ｕｇによるチャレンジの２４時間後及び４８時間後に、経口投与群及びｉ．ｐ．投与群の両方においてプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）（生細胞）又はプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶを投与した群は、ビヒクル群と比べて低い炎症を示した（図３Ａ及び図３Ｂ）。１０μｇ、３μｇ、１μｇ、及び０．１μｇでのプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶのｉ．ｐ．注射後の用量依存的ＤＴＨ反応を、ＫＬＨベースの遅延型過敏症マウスモデルにおける抗原チェレンジから４８時間後の抗原特異的耳介腫脹（耳の厚さ）の減少において観測した（図３Ｃ）。
【０３８８】
マウスに、背中に沿った４箇所の位置でＫＬＨ及びＣＦＡをｉ．ｄ．注射した（１箇所の部位当たり５０ｕｌの総体積にてＣＦＡと１：１の比で調製したＫＬＨのマウス１匹当たり５０ｕｇ）。マウスに、下記のように９日にわたり投与した：１）嫌気性ＰＢＳ（ビヒクル）の経口投与；２）プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）１０ｍｇの経口投与；３）１×１０９ＣＦＵのプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）バイオマスの経口投与；４）２．０９×１０８ＣＦＵのプレボテラ・メラノゲニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）バイオマスの経口投与；５）Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶ  １００ｕｇの経口投与；６）Ｐ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）由来のＥＶ  １００ｕｇの経口投与；及び７）デキサメタゾン（陽性コントロール）のｉ．ｐ．投与。ＥＶに関しては、総タンパク質を、製造業者の指示に従って実施するＢｉｏ−ｒａｄアッセイ（Ｃａｔ＃５０００２０５）を使用して測定した。ＫＬＨ（１０ｕｌ体積）１０ｕｇによるチャレンジの２４時間後及び４８時間後に、プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）（生細胞）又はプレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶを投与した群は、ビヒクル群と比べて低い炎症を示した（図８Ａ及び図８Ｂ）。ＫＬＨ（１０ｕｌ体積）１０ｕｇによるチャレンジの２４時間後及び４８時間後に、プレボテラ・メラノゲニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）由来のＥＶを投与した群は、ビヒクル群及びプレボテラ・メラノゲニカ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）（生細胞）を投与した群と比べて低い炎症を示した（図８Ａ及び図８Ｂ）。
【０３８９】
ＫＬＨベースの遅延型過敏症モデル用に試験製剤を調製した。ＤＴＨモデルは、マウスが感作されている特定の抗原への曝露後に、細胞媒介性免疫反応とその結果生じる炎症とを研究するためのインビボでのメカニズムを提供する。このＤＴＨモデルのいくつかのバリエーションが使用されており、且つ当該技術分野で公知である（Ｉｒｖｉｎｇ  Ｃ．Ａｌｌｅｎ（ｅｄ．）．Ｍｏｕｓｅ  Ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  Ｉｎｎａｔｅ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ：Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ．Ｖｏｌ．１０３１，ＤＯＩ  １０．１００７／９７８−１−６２７０３−４８１−４＿１３，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ＋  Ｂｕｓｉｎｅｓｓ  Ｍｅｄｉａ，ＬＬＣ  ２０１３）。例えば、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）及び完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）のエマルションを、免疫付与日（０日目）に新たに調製する。この目的のために、ＫＬＨ粉末８ｍｇを秤量し、生理食塩水１６ｍＬに完全に再懸濁させる。シリンジ及びルアーロックコネクタを使用して、ＫＬＨ／生理食塩水と等量のＣＦＡ溶液（例えば、ＫＬＨ／生理食塩水１０ｍＬ＋ＣＦＡ溶液１０ｍＬ）を混合することにより、エマルションを調製する。ＫＬＨ及びＣＦＡを数分間にわたり激しく混合して白色のエマルションを形成し、最大の安定性を得る。均一なエマルションが得られているかどうかを調べるために落下試験を実施し、目視で水中に完全な液滴が保たれるまで混合を続ける。
【０３９０】
０日目に、Ｃ５７Ｂｌ／６Ｊ雌マウス（約７週齢）を、皮下免疫付与（４箇所の部位、１箇所の部位当たり５０μＬ）により、ＣＦＡ中のＫＬＨ抗原で予備刺激した。
【０３９１】
副腎皮質ステロイドであるデキサメタゾンは、マウスにおけるＤＴＨ反応を改善する既知の抗炎症薬であり、このモデルでは炎症を抑制する陽性コントロールとしての役割を果たす（Ｔａｕｂｅ  ａｎｄ  Ｃａｒｌｓｔｅｎ，Ａｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｄｅｘａｍｅｔｈａｓｏｎｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｏｆ  ｄｅｌａｙｅｄ−ｔｙｐｅ  ｈｙｐｅｒｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｒｅｃｏｎｓｔｉｔｕｔｅｄ  ＳＣＩＤ  ｍｉｃｅ．Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｒｅｓ．２０００．４９（１０）：５４８−５２）。陽性コントロール群の場合、９６％エタノール４００μＬにデキサメタゾン６．８ｍｇを希釈することにより、０日目に１７ｍｇ／ｍＬのデキサメタゾンのストック溶液を調製した。各投与日に、このストック溶液を滅菌ＰＢＳで１００倍に希釈して、腹腔内投与用のセプタムバイアル中に０．１７ｍｇ／ｍＬの最終濃度を得ることにより、ワーキング溶液を調製する。デキサメタゾン処置マウスには、デキサメタゾン１００μＬをｉ．ｐ．投与した（０．１７ｍｇ／ｍＬ溶液の５ｍＬ／ｋｇ）。凍結スクロースは、陰性コントロール（ビヒクル）としての役割を果たした。ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）株を毎日１×１０１０ＣＦＵでｐ．ｏ．投与した。デキサメタゾン（陽性コントロール）、ビヒクル（陰性コントロール）、及びビフィドバクテリウム・アニマリス・ラクティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ  ｌａｃｔｉｓ）（１０ｍｇ粉末）を毎日投与した。
【０３９２】
８日目に、マウスを、左耳において生理食塩水中のＫＬＨ  １０μｇ（体積１０μＬ）により皮内（ｉ．ｄ．）チャレンジした。当該技術分野で既知の方法を使用して炎症反応を測定した。抗原チャレンジの２４時間後に耳介の厚さを測定した（図１１）。耳の厚さにより決定されるように、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）株は、ビヒクルのみを投与したマウスと比較して炎症の抑制に有効であった（デキサメタゾン処置に匹敵）。
【０３９３】
様々なタイミング及び様々な用量を使用して、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）株の有効性をさらに研究し得る。例えば、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）細菌組成物による処置を、予備刺激の前後又はＤＴＨチャレンジの前後のいずれかの時点で開始し得る。例えば、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）（１日当たりマウス１匹当たり１×１０９ＣＦＵ）を皮下注射と同時（０日目）に投与してもよいし、皮内注射の前又は皮内注射時に投与してもい。ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）株を、様々な用量で及び定められた間隔で、並びに様々な組み合わせで投与し得る。例えば、一部のマウスに、マウス１匹当たり１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞の範囲でベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）を静脈内注射する。一部のマウスに株の混合物を投与する。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）を投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、局所投与、皮内（ｉ．ｄ．）注射、又は他の投与手段によりベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）を投与し得る。一部のマウスに毎日ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）を投与し得（例えば０日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）を投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０３９４】
マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の抗炎症剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。
【０３９５】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。
【０３９６】
様々な時点で血清サンプルを採取する。マウスの他の群を屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、組織学研究、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のためにリンパ節、脾臓、腸間膜リンパ節（ＭＬＮ）、小腸、結腸、及び他の組織を取り出し得る。一部のマウスをＯ２／ＣＯ２麻酔下で眼窩神経叢から失血させ、ＥＬＩＳＡアッセイを実施する。
【０３９７】
製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させ得る。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。
【０３９８】
マウスを、上記で説明されているように予備刺激してＫＬＨでチャレンジし、４８時間での耳介腫脹の測定後にマウスを屠殺した。
【０３９９】
屠殺した動物から耳を取り出し、冷ＥＤＴＡフリープロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｒｏｃｈｅ）に入れた。ビーズ破壊を使用して耳をホモジナイズし、製造業者の指示に従ってＬｕｍｉｎｅｘキット（ＥＭＤ  Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）によりＩＬ−１βに関して上清を分析した。Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）ＥＶ  １０μｇ（ｉ．ｐ．）で処置したマウスは、デキサメタゾン群（陽性コントロール）で見られたものに匹敵するＩＬ−１βのレベルを示した（図３Ｄ）。Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶは、炎症誘発性サイトカインを抑制し得る。
【０４００】
加えて、当該技術分野で既知の方法を使用して、頸部リンパ節を、セルストレーナに通して解離させ、洗浄し、ＦｏｘＰ３（ＰＥ−ＦＪＫ−１６ｓ）及びＣＤ２５（ＦＩＴＣ−ＰＣ６１．５）に関して染色した（図３Ｅ）。Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）ＥＶ  １０μｇ（ｉ．ｐ．）で処置したマウスは、未処置マウス（陰性コントロール）と比較して高い且つデキサメタゾン群（陽性コントロール）に匹敵する頸部リンパ節中のＴｒｅｇを示した。Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶは、チャレンジしたマウスの排出リンパ節中にＴｒｅｇを誘導させ得る。
【０４０１】
ＤＴＨ防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスをチャレンジ抗原（例えばＯＶＡ）により再チャレンジし得る。マウスを、ＤＴＨに対する感受性及び反応の重症度に関して分析する。
【０４０２】
実施例２０：１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）のマウスモデルにおけるＥＶ
１型糖尿病（Ｔ１Ｄ）は、免疫系が膵臓のランゲルハンス島を標的とし、それによりインスリンを産生する身体の能力が破壊される自己免疫疾患である。
【０４０３】
Ｂｅｌｌｅ他（Ｍｏｕｓｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  ｔｙｐｅ  １  ｄｉａｂｅｔｅｓ．Ｄｒｕｇ  Ｄｉｓｃｏｖ  Ｔｏｄａｙ  Ｄｉｓ  Ｍｏｄｅｌｓ．２００９；６（２）：４１−４５；Ａｉｌｅｅｎ  ＪＦ  Ｋｉｎｇ．Ｔｈｅ  ｕｓｅ  ｏｆ  ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｉｎ  ｄｉａｂｅｔｅｓ  ｒｅｓｅａｒｃｈ．Ｂｒ  Ｊ  Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２０１２  Ｊｕｎ；１６６（３）：８７７−８９４も参照されたい）により概説されているように、Ｔ１Ｄの動物モデルの様々なモデルが存在する。化学的に誘発されたＴ１Ｄ、病原体により誘発されたＴ１Ｄ、及びマウスがＴ１Ｄを自発的に発症するモデルに関するモデルが存在する。
【０４０４】
ＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、Ｔ１Ｄのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。
【０４０５】
Ｔ１Ｄ誘発方法及び／又はＴ１Ｄ発症が自発的であるかどうかに応じて、ＥＶによる処置を、誘発の前後若しくは誘発後のいずれかの時点で、又は自発的に発生するＴ１Ｄの発症前（若しくは発症時）に開始する。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０４０６】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。
【０４０７】
マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の処置及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。
【０４０８】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。
【０４０９】
この実験の開始前に、血糖を隔週でモニタリングする。その後の様々な時点で、非空腹時血糖を測定する。様々な時点で、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために脾臓の部位、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る。例えば、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して組織を解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済組織浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。抗体産生をＥＬＩＳＡによっても評価し得る。
【０４１０】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、疾患トリガーにより再チャレンジし得るか、又は再発に対する感受性に関して評価し得る。マウスを、再チャレンジ（又は自発的に発生する再発）後に糖尿病発症に対する感受性及び重症度に関して分析する。
【０４１１】
実施例２１：原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）のマウスモデルにおけるＥＶ
原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）は、胆管を徐々に破壊して末期肝硬変を引き起こす慢性肝疾患である。原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）は炎症性腸疾患（ＩＢＤ）と関連している。
【０４１２】
Ｆｉｃｋｅｒｔ他（Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ  ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ（ＰＳＣ）．Ｊ  Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１４  Ｊｕｎ．６０（６）：１２９０−１３０３；Ｐｏｌｌｈｅｉｍｅｒ  ａｎｄ  Ｆｉｃｋｅｒｔ．Ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｉｎ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｂｉｌｉａｒｙ  ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ  ａｎｄ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ  ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ．Ｃｌｉｎ  Ｒｅｖ  Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．２０１５  Ｊｕｎ．４８（２−３）：２０７−１７も参照されたい）により概説されているように、ＰＳＣには様々な動物モデルが存在する。ＰＳＣモデルにおける疾患の誘発には、化学的誘発（例えば、３，５−ジエトキシカルボニル−１，４−ジヒドロコリジン（ＤＤＣ）誘発性胆管炎）、病原体誘発型（例えばクリプトスポリジウム・パルバム（Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍ））、実験的胆管閉塞（例えば総胆管結紮（ＣＢＤＬ））、及び抗原駆動型胆管損傷のトランスジェニックマウスモデル（例えばＯｖａ−Ｂｉｌトランスジェニックマウス）が挙げられる。例えば、Ｇｅｏｒｇｉｅｖ他（Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｉｍｅ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｃｈａｎｇｅｓ  ａｆｔｅｒ  ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  ｂｉｌｅ  ｄｕｃｔ  ｌｉｇａｔｉｏｎ．Ｂｒ  Ｊ  Ｓｕｒｇ．２００８．９５（５）：６４６−５６）により説明されているように胆管結紮を実施するか、又はＦｉｃｋｅｒｔ他（Ａ  ｎｅｗ  ｘｅｎｏｂｉｏｔｉｃ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｍｏｕｓｅ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ  ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ  ａｎｄ  ｂｉｌｉａｒｙ  ｆｉｂｒｏｓｉｓ．Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈ．Ｖｏｌ  １７１（２）：５２５−５３６）により説明されているようにＤＣＣ曝露により疾患を誘発させる。
【０４１３】
ＥＶを、いくつかの他の治療薬の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＰＳＣのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。
【０４１４】
ＤＣＣ誘発性胆管炎
例えば、６〜８週齢のＣ５７ｂｌ／６マウスをＴａｃｏｎｉｃ又は他のベンダーから得る。マウスに、様々な持続期間にわたり０．１％ＤＣＣ補充飼料を給餌する。一部の群に、１週間にわたりＤＣＣ補充飼料を与え、他には４週間にわたり与え、他には８週間にわたり与える。マウスの一部の群に、一定期間にわたりＤＣＣ補充飼料を与えることができ、次いで回復させ、その後に通常の飼料を与える。これらのマウスを、疾患から回復する能力に関して研究し得、及び／又はＤＣＣへのその後の曝露時の再発に対する感受性に関して研究し得る。ＥＶによる処置を、ＤＣＣ給餌の前後又はＤＣＣへの最初の曝露の後のいずれかの時点で開始する。例えば、ＥＶを１日目に投与してもよいし、その後のどこかで投与してもよい。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の薬剤及び／又は適切なコントロール（例えばビヒクル若しくは抗体）で処置し得る。
【０４１５】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。様々な時点で、血清サンプルを、ＡＬＴレベル、ＡＰレベル、ビリルビンレベル、及び血清胆汁酸（ＢＡ）レベルに関して分析する。
【０４１６】
様々な時点で、マウスを屠殺して体重及び肝臓の重量を記録し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織形態学的特性評価、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば、肝臓、小腸及び大腸、脾臓）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る（Ｆｉｃｋｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ  ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ（ＰＳＣ））．Ｊ  Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１４．６０（６）：１２９０−１３０３を参照されたい）。例えば、胆管を、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１の発現に関して染色する。一部の組織を組織学的検査のために染色し、他を、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）、並びに付着分子発現（ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋胆管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。
【０４１７】
例えばシリウスレッド染色及びその後の線維化領域の定量を使用する組織学的分析のために、肝臓組織を調製する。処置の終了時に、肝臓酵素（例えばＡＳＴ又はＡＬＴ）の血漿分析のために且つビリルビンレベルを決定するために、血液を採取する。ヒドロキシプロリンの肝臓含有量を、確立されたプロトコルを使用して測定し得る。炎症マーカー及び線維症マーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、及びＴＩＭＰ−が挙げられ得るがこれらに限定されない。確立されたメタボロミクス法を使用して、血漿サンプル、組織サンプル、及び糞便サンプルで代謝産物の測定を実施し得る。最後に、免疫組織化学を肝臓切片に対して実行し、好中球、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、又は他の免疫細胞浸潤物を測定する。
【０４１８】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを、後にＤＣＣにより再チャレンジし得る。マウスを、再チャレンジ後に胆管炎に対する感受性及び胆管炎の重症度に関して分析する。
【０４１９】
ＢＤＬ誘発性胆管炎
或いは、ＥＶを、ＢＤＬ誘発性胆管炎における有効性に関して試験する。例えば、６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６ＪマウスをＴａｃｏｎｉｃ又は他のベンダーから得る。順化期間の後、マウスを外科的処置して胆管結紮（ＢＤＬ）を実施する。一部のコントロール動物には偽手術を施す。ＢＤＬ処置により、７〜２１日以内に肝臓損傷、炎症、及び線維化が引き起こされる。
【０４２０】
ＥＶによる処置を、手術の前後又は手術後のいつかのいずれかの時点で開始する。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、ｉ．ｐ．注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、追加の薬剤及び／又は適切なコントロール（例えばビヒクル若しくは抗体）で処置し得る。
【０４２１】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。様々な時点で、血清サンプルを、ＡＬＴレベル、ＡＰレベル、ビリルビンレベル、及び血清胆汁酸（ＢＡ）レベルに関して分析する。
【０４２２】
様々な時点で、マウスを屠殺して体重及び肝臓の重量を記録し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織形態学的特性評価、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のために炎症部位（例えば、肝臓、小腸及び大腸、脾臓）、リンパ節、又は他の組織を取り出し得る（Ｆｉｃｋｅｒｔ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｆｏｒ  ｐｒｉｍａｒｙ  ｓｃｌｅｒｏｓｉｎｇ  ｃｈｏｌａｎｇｉｔｉｓ（ＰＳＣ））．Ｊ  Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１４．６０（６）：１２９０−１３０３を参照されたい）。例えば、胆管を、ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１の発現に関して染色する。一部の組織を組織学的検査のために染色し、他を、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させる。細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）、並びに付着分子発現（ＩＣＡＭ−１、ＶＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋胆管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。
【０４２３】
例えばシリウスレッド染色及びその後の線維化領域の定量を使用する組織学的分析のために、肝臓組織を調製する。処置の終了時に、肝臓酵素（例えばＡＳＴ又はＡＬＴ）の血漿分析のために且つビリルビンレベルを決定するために、血液を採取する。ヒドロキシプロリンの肝臓含有量を、確立されたプロトコルを使用して測定し得る。炎症マーカー及び線維症マーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、及びＴＩＭＰ−が挙げられ得るがこれらに限定されない。確立されたメタボロミクス法を使用して、血漿サンプル、組織サンプル、及び糞便サンプルで代謝産物の測定を実施し得る。最後に、免疫組織化学を肝臓切片に対して実行し、好中球、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、又は他の免疫細胞浸潤物を測定する。
【０４２４】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを回復に関して分析し得る。
【０４２５】
実施例２２：非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）のマウスモデルにおけるＥＶ
非アルコール性脂肪性肝炎（ＮＡＳＨ）は、肝臓脂肪の蓄積（脂肪症）及び炎症が肝臓損傷及び肝細胞死（バルーニング）につながる非アルコール性脂肪性肝疾患（ＮＡＦＬＤ）の重度の形態である。
【０４２６】
Ｉｂｒａｈｉｍ他（Ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ  ｓｔｅａｔｏｈｅｐａｔｉｔｉｓ：Ｅａｔ，Ｄｅｌｅｔｅ，ａｎｄ  Ｉｎｆｌａｍｅ．Ｄｉｇ  Ｄｉｓ  Ｓｃｉ．２０１６  Ｍａｙ．６１（５）：１３２５−１３３６；Ｌａｕ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｎｏｎ−ａｌｃｏｈｏｌｉｃ  ｆａｔｔｙ  ｌｉｖｅｒ  ｄｉｓｅａｓｅ：ｃｕｒｒｅｎｔ  ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅｓ  ａｎｄ  ｒｅｃｅｎｔ  ａｄｖａｎｃｅｓ  ２０１７  Ｊａｎ．２４１（１）：３６−４４も参照されたい）により概説されているように、ＮＡＳＨの様々な動物モデルが存在する。
【０４２７】
ＥＶを、別の治療薬の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、ＮＡＳＨのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。例えば、８〜１０週齢のＣ５７Ｂｌ／６Ｊマウス（Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）又は他のベンダーから得る）を、ＮＡＳＨの特徴（例えば、脂肪症、炎症、バルーニング、及び線維症）の発現中に４〜８週間にわたりメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料で飼育する。
【０４２８】
プレボテラ・ヒスチコラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）細菌細胞及びＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）由来のＥＶを、別の治療薬の添加のあり又はなしで、単独で又は様々な割合で互いを組み合わせて、ＮＡＳＨのマウスモデルにおける有効性に関して試験する。例えば、８週齢のＣ５７Ｂｌ／６Ｊマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ  Ｒｉｖｅｒ（Ｆｒａｎｃｅ）又は他のベンダーから得た）を５日の期間にわたり順化させ、体重に基づいて１０匹のマウスの群に無作為化し、ＮＡＳＨの特徴（例えば、脂肪症、炎症、バルーニング、及び線維症）の発現中に４週間の期間にわたりメチオニンコリン欠乏（ＭＣＤ）飼料（例えば、Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｄｉｅｔｓ（ＵＳＡ）のＡ０２０８２００２Ｂ）で飼育した。コントロール固形飼料マウスには、通常の固形飼料（例えば、ＳＤＳ  Ｄｉｅｔｓ（ＵＫ）のＲＭ１（Ｅ）８０１４９２）を給餌した。コントロール固形飼料、ＭＣＤ飼料、及び水を自由に与えた。
【０４２９】
凍結した生きてるＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）による処置を一部マウスに対してＭＣＤの１日目に開始し、２８日連続にわたり継続した。一部のＭＣＤ飼料マウスに、１．４７×１０９個の細菌細胞を含む懸濁液１００μｌの毎日の経口経管栄養により細菌細胞を投与した。コントロール固形飼料マウス及び一部のＭＣＤ飼料マウスは未処置のままであり、一部のＭＣＤ飼料マウスに、２８日にわたり毎日の経口経管栄養によりビヒクル溶液を毎日投与した。一部のＭＣＤ飼料マウスに、２８日にわたり毎日の経口経管栄養により、３０ｍｇ／ｋｇの用量にて、参照化合物及びＦＸＲアゴニスト、オベチコール酸（ＯＣＡ；陽性コントロール）を投与した。処置の終了時（２８日目）に、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知の方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、生化学分析、分子分析、又はサイトカイン及び／又はフローサイトメトリー分析のために肝臓、小腸、管腔内容物、血液、及び糞便を取り出した。例えば、０．５ｃｍ３の肝臓サンプルを２４時間にわたりホルマリン中に保存し、次いで４℃でエタノール中に保存した後、ヘマトキシリン／エオシン（Ｈ＆Ｅ）及びシリウスレッド染色し、ＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）を決定した。組織学分析及び採点を、盲検法にてＨｉｓｔａｌｉｍ（Ｍｏｎｔｐｅｌｉｅｒ，Ｆｒａｎｃｅ）で実行した。Ｈ＆Ｅ又はシリウスレッドのいずれかで染色した１つの肝葉切片を含むスライドを、ＮａｎｏＺｏｏｍｅｒを使用してデジタル化してＮＤＰビューアを使用して視覚化した（両方とも浜松（日本））。各切片を、個別に評価して採点した。Ｋｌｅｉｎｅｒ他（Ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｈｉｓｔｏｌｏｇｉｃａｌ  ｓｃｏｒｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ  ｆｏｒ  ｎｏｎａｌｃｏｈｏｌｉｃ  ｆａｔｔｙ  ｌｉｖｅｒ  ｄｉｓｅａｓｅ．Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ．２００５  Ｊｕｎ．４１（６）：１３１３−１３２１）から適合されているＮＡＳスコアリングシステムを使用して、脂肪症の程度（スコア０〜３）、小葉の炎症の程度（スコア０〜３）、幹細胞のバルーニングの程度（スコア０〜３）、及び線維症の程度（スコア０〜４）を決定した。個々のマウスＮＡＳスコアを、脂肪症、炎症、バルーニング、及び線維症のスコアを合計することにより算出した（スコア０〜１３）。加えて、血漿のＡＳＴレベル及びＡＬＴレベルを、製造業者の指示に従ってＨｏｒｉｂａ（ＵＳＡ）のＰｅｎｔｒａ  ４００機器を使用して決定した。肝臓の総コレステロール、トリグリセリド、脂肪酸、アラニンアミノトランスフェラーゼ、及びアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼのレベルも、当該技術分野で既知方法を使用して決定した。
【０４３０】
ＭＣＤ（ＮＡＳＨ誘発）飼料を摂取しているマウスでは、経口投与されたＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、ビヒクル群及び非処置群（陰性コントロール）と比較してＮＡＳスコアの低下に有効であった（図４）。Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）は、肝臓の総コレステロール（図６）だけでなく、脂肪症（図５Ａ）、炎症（図５Ｂ及び図５Ｃ）、及びバルーニング（図５Ｄ）も減少させた。Ｐ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）はまた、処置マウスにおいて線維症スコアも低下させた（図７Ａ及び図７Ｂ）。
【０４３１】
図９Ａは、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓の遊離脂肪酸へのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の効果を示し、図９Ｂは、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓の総コレステロールへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の効果を示し、図９Ｃは、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスの肝臓のトリグリセリドへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）の効果を示し、図９Ｄは、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスのアラニンアミノトランスフェラーゼへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）の効果を示し、図９Ｅは、ＭＣＤ飼料が給餌されたマウスのアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼへのＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）の効果を示す。
【０４３２】
ＭＣＤ（ＮＡＳＨ誘発）飼料を摂取しているマウスでは、経口投与されたＰ．ヒスチコラ（Ｐ．ｈｉｓｔｉｃｏｌａ）及びＰ．メラノゲニカ（Ｐ．ｍｅｌａｎｏｇｅｎｉｃａ）は、ビヒクル群及び非処置群（陰性コントロール）と比較してＮＡＳスコアの低下に有効であった（図１０Ａ及び図１０Ｂ）。
【０４３３】
他の研究では、炎症マーカー、線維症マーカー、脂肪症マーカー、ＥＲストレスマーカー、又は酸化ストレスマーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＩＬ−１β、ＴＮＦ−α、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、ＣＨＯＰ、及びＮＲＦ２が挙げられ得るがこれらに限定されない。
【０４３４】
ＥＶによる処置を、食餌の開始時又は食餌開始後のいつか（例えば、１週間後）のいずれかの時点で開始する。例えば、ＥＶを、ＭＣＤ食餌の開始と同日に開始して投与し得る。ＥＶを、様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば１日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０４３５】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、又は経鼻投与を含み得る。マウスの一部の群を、様々な時点にて及び有効用量で、追加のＮＡＳＨ治療薬（例えば、ＦＸＲアゴニスト、ＰＰＡＲアゴニスト、ＣＣＲ２／５拮抗薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロールで処置し得る。
【０４３６】
様々な時点で及び／又は処置の終了時に、マウスを屠殺し、当該技術分野で既知方法を使用して、エクスビボでの組織学的分析、生化学分析、分子分析、又はサイトカイン及び／又はフローサイトメトリー分析のために肝臓、腸、血液、糞便、又は他の組織を取り出し得る。例えば、肝臓組織を秤量し、組織学的分析用に調製し、この組織学的分析は、Ｈ＆Ｅ、シリウスレッドで染色すること、及びＮＡＳＨ活性スコア（ＮＡＳ）の決定を含み得る。様々な時点で、標準アッセイを使用する肝臓酵素（例えばＡＳＴ又はＡＬＴ）の血漿分析のために血液を採取する。加えて、コレステロール、トリグリセリド、又は脂肪酸の肝臓含有量を、確立されたプロトコルを使用して測定し得る。炎症マーカー、線維症マーカー、脂肪症マーカー、ＥＲストレスマーカー、又は酸化ストレスマーカーの肝臓遺伝子発現分析を、検証済みのプライマーを使用するｑＲＴ−ＰＣＲにより実施し得る。これらのマーカーとして、ＩＬ−６、ＭＣＰ−１、α−ＳＭＡ、Ｃｏｌｌ１ａ１、ＣＨＯＰ、及びＮＲＦ２が挙げられ得るがこれらに限定されない。確立された生化学法及び質量分析ベースのメタボロミクス法を使用して、血漿サンプル、組織サンプル、及び糞便サンプルで代謝産物の測定を実施し得る。ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋胆管浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を肝臓切片又は腸切片に対して実行して、好中球、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、又は他の免疫細胞浸潤物を測定する。
【０４３７】
疾患防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを回復に関して分析し得る。
【０４３８】
実施例２３：乾癬のマウスモデルにおけるＥＶ
乾癬は、Ｔ細胞により媒介される慢性炎症性皮膚疾患である。いわゆる「プラーク型」乾癬は、乾癬の最も一般的な形態であり、乾燥した鱗屑、赤色のプラーク、並びに真皮及び上皮への免疫細胞の浸潤に起因する皮膚の肥厚という特徴を示す。Ｇｕｄｊｏｎｓｓｏｎ他（Ｍｏｕｓｅ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ｐｓｏｒｉａｓｉｓ．Ｊ  Ｉｎｖｅｓｔ  Ｄｅｒｍ．２００７．１２７：１２９２−１３０８；ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｆｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｉｍｉｑｕｉｍｏｄ−ｉｎｄｕｃｅｄ  ｐｓｏｒｉａｓｉｓ−ｌｉｋｅ  ｓｋｉｎ  ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｍｉｃｅ  ｉｓ  ｍｅｄｉａｔｅｄ  ｖｉａ  ｔｈｅ  ＩＬ−２３／ＩＬ−１７  ａｘｉｓ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２００９  Ｍａｙ  １．１８２（９）：５８３６−４５も参照されたい）により概説されているように、いくつかの動物モデルが、この疾患の理解に寄与している。
【０４３９】
乾癬は、様々なマウスモデル（例えば、トランスジェニックモデル、ノックアウトモデル、又は異種移植モデルを使用するもの）、及びＴＬＲ７／８リガンドであるイミキモド（ＩＭＱ）の局所適用により誘発され得る。
【０４４０】
ＥＶを、他の抗炎症処置の追加のあり又はなしで、単独で又は細菌細胞全体と組み合わせて、乾癬のマウスモデルにおける有効性に関して試験する。例えば、６〜８週齢のＣ５７Ｂｌ／６マウス又はＢａｌｂ／ｃマウスを、Ｔａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）又は他のベンダーから得る。マウスの背中及び右耳の毛を剃る。マウスの群に、市販のＩＭＱクリーム（５％）（Ａｌｄａｒａ；３Ｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）６２．５ｍｇの毎日の局所用量を投与する。この用量を、５又は６日連続にわたり剃毛領域に適用する。定期的に、ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｆｉｔｓ他（２００９）により説明されているように、マウスを、０〜４のスケールで紅斑、スケーリング、及び肥厚に関して採点する。Ｍｉｔｕｔｏｙｏマイクロメータを使用して、マウスを耳の厚さに関してモニタリングする。
【０４４１】
ＥＶによる処置を、ＩＭＱの最初の適用の前後又はその後のいずれかの時点で開始する。例えば、ＥＶを、皮下注射と同時（０日目）に投与してもよいし、適用前又は適用時に投与してもよい。ＥＶを様々な用量で及び定められた間隔で投与する。例えば、一部のマウスに、１５、２０、又は１５ｕｇ／マウスでＥＶを静脈内注射する。他のマウスに、マウス１匹当たりＥＶ  ２５、５０、又は１００ｍｇを投与し得る。一部のマウスにｉ．ｖ．注射でＥＶを投与し、他のマウスに、腹腔内（ｉ．ｐ．）注射、経鼻投与、経口経管栄養、局所投与、皮内（ｉ．ｄ．）注射、皮下（ｓ．ｃ．）注射、又は他の投与手段によりＥＶを投与し得る。一部のマウスに毎日ＥＶを投与し得（例えば０日目に開始する）、他には別の間隔（例えば、１日おき、又は３日に１回）でＥＶを投与し得る。マウスの追加の群に、いくつかの比の細菌細胞対ＥＶを投与し得る。細菌細胞は、生きていてもよいし、死んでいてもよいし、弱っていてもよい。細菌細胞を、新たに採取して（又は凍結して）投与してもよいし、又は投与前に放射線を照射してもよいし加熱により死滅させてもよい。
【０４４２】
例えば、マウスの一部の群に、ＥＶ投与とは別の投与で、又はＥＶ投与と混合した投与で、１×１０４〜５×１０９個の細菌細胞を投与し得る。ＥＶと同様に、細菌細胞の投与を、投与経路、用量、及びスケジュールにより変更し得る。これは、経口経管栄養、ｉ．ｖ．注射、ｉ．ｐ．注射、ｉ．ｄ．注射、ｓ．ｃ．注射、局所投与、又は経鼻投与を含み得る。
【０４４３】
マウスの一部の群を、様々な時点で及び有効用量で、抗炎症剤（例えば、抗ＣＤ１５４、ＴＮＦファミリのメンバーの遮断薬、若しくは他の処置）及び／又は適切なコントロール（例えば、ビヒクル若しくはコントロール抗体）で処置し得る。
【０４４４】
加えて、一部のマウスを処置前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に添加し、抗生物質による処置を、処置時に又は処置の数日前に停止する。一部の免疫付与マウスを、抗生物質を投与することなく処置する。
【０４４５】
様々な時点で、当該技術分野で既知の方法を使用して、凍結切片染色分析のために背中及び耳の皮膚からのサンプルを採取する。他の群のマウスを屠殺して、当該技術分野で既知の方法を使用して、組織学的研究、エクスビボでの組織学的分析、サイトカイン分析、及び／又はフローサイトメトリー分析のためにリンパ節、脾臓、腸間膜リンパ節（ＭＬＮ）、小腸、結腸、及び他の組織を取り出し得る。一部の組織を、製造業者の指示に従って解離酵素を使用して解離させ得る。凍結切片サンプル、組織サンプル、又はエクスビボで得られた細胞を、当該技術分野で既知の技術を使用して、フローサイトメトリーによる分析用に染色する。染色抗体として、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が挙げられ得る。分析され得る他のマーカーとして、ｐａｎ−免疫細胞マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒｙｔ、グランザイムＢ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄性マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１、Ｆ４／８０）が挙げられる。免疫表現型検査に加えて、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１が挙げられるがこれらに限定されない血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析を、リンパ節若しくは他の組織から得られる免疫細胞に対して、及び／又はエクスビボで得られる精製済ＣＤ４５＋皮膚浸潤免疫細胞に対して実行し得る。最後に、免疫組織化学を様々な組織切片に対して実行して、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。
【０４４６】
乾癬防護の影響及び寿命を調べるために、屠殺するのではなく、一部のマウスを研究して回復を評価し得るか、又は一部のマウスをＩＭＱで再チャレンジし得る。再チャレンジしたマウスの群を、乾癬に対する感受性及び反応の重症度に関して分析する。
【０４４７】
実施例２４：製造条件
強化培地を使用して、インビトロでの使用及びインビボでの使用のために細菌を増殖させて調製する。例えば、培地は、糖、酵母抽出物、植物ベースのペプトン、バッファー、塩、微量元素、界面活性剤、消泡剤、及びビタミンを含み得る。酵母抽出物及びペプトン等の複雑な成分の組成は、定義されていなくてもよいし、部分的に定義されていてもよい（例えば、アミノ酸、糖等のおおよその濃度）。微生物の代謝産物は、炭素及び窒素等の資源の利用可能性に依存する場合がある。様々な糖又は他の炭素源を試験し得る。或いは、参照により本明細書に組み込まれる、Ｓａａｒｅｌａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ．２００５．９９：１３３０−１３３９に示されているように、培地を調製し、選択された細菌を増殖させることができる。乳ベースの成分なしで生産される選択された細菌の凍結乾燥生存、貯蔵安定性、及び酸と胆汁への曝露に対する発酵時間、凍結保護物質、細胞濃縮物の中和の影響。
【０４４８】
大規模で、培地を滅菌する。滅菌は超高温（ＵＨＴ）処理によって行うことができる。ＵＨＴ処理は、非常に高い温度で短時間行う。ＵＨＴの範囲は１３５〜１８０℃であり得る。例えば、培地は、１３５℃で１０〜３０秒間滅菌することができる。
【０４４９】
接種材料は、フラスコ又はより小さなバイオリアクタで調製することができ、増殖を監視する。例えば、接種材料の量は、バイオリアクタの総体積の約０．５〜３％であり得る。用途及び材料の必要性に応じて、バイオリアクタの容量は少なくとも２Ｌ、１０Ｌ、８０Ｌ、１００Ｌ、２５０Ｌ、１０００Ｌ、２５００Ｌ、５０００Ｌ、１０，０００Ｌであり得る。
【０４５０】
接種の前に、バイオリアクタ、培地を所望のｐＨ、温度、及び酸素濃度を準備する。培養培地の初期ｐＨは、このプロセスの設定値と異なる場合がある。ｐＨストレスは低細胞濃度で有害な場合があるため、初期ｐＨは、ｐＨ７．５と、このプロセスの設定値との間の可能性がある。例えば、ｐＨは４．５〜８．０に設定することができる。発酵中、ｐＨは、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、又は水酸化アンモニウムの使用によって制御することができる。温度は、２５℃〜４５℃、例えば３７℃に制御することができる。嫌気性条件は、培養ブロス中の酸素レベルを約８ｍｇ／Ｌから０ｍｇ／Ｌに低下させることによって確立する。例えば、嫌気性条件を確立するために、窒素又はガス混合物（Ｎ２、ＣＯ２、及びＨ２）を使用することができる。或いは、ガスは使用せず、嫌気性条件を、培地に残っている酸素を消費する細胞によって確立する。菌株及び接種材料の量に応じて、バイオリアクタの発酵時間が異なり得る。例えば、発酵時間は、約５時間〜４８時間と様々にすることができる。
【０４５１】
微生物を凍結状態から生き返らせるためには、特別の配慮が必要な場合がある。生産培地は、解凍後に細胞にストレスをかける場合があり、解凍された物質からシートドレインを一貫して開始するには特殊な解凍媒体が必要とされる場合がある。種体積の増加又は微生物の増殖速度の維持の目的のための新たな培地への種子材料の移動又は通過の動態は、微生物の現在の状態（例えば、指数関数的増殖、安定した増殖、ストレスなし、ストレスあり）の影響を受け得る。
【０４５２】
生産発酵槽の接種は、増殖動態及び細胞活性に影響を及ぼし得る。バイオリアクタシステムの初期状態を最適化して、成功裏で一貫した生産を促進させなければならない。総培地に対する種培養物の割合（例えばパーセンテージ）は、増殖動態に劇的な影響を及ぼす。この範囲は発酵槽の作業体積の１〜５％であり得る。培養培地の初期ｐＨは、このプロセスの設定値と異なる場合がある。ｐＨストレスは低細胞濃度で有害な場合があるため、初期ｐＨは、ｐＨ７．５と、このプロセスの設定値との間の場合がある。接種中でのシステムの撹拌及びこのシステムへのガスの流れは、このプロセスの設定値と異なる場合がある。両方の条件に起因する物理的なストレス及び化学的なストレスは、低細胞濃度で有害な場合がある。
【０４５３】
プロセス条件及び制御設定は、微生物の増殖の動態及び細胞活性に影響を及ぼす場合がある。プロセス条件の変更により、膜の組成、代謝産物の産生、増殖速度、細胞ストレス等が変化する場合がある。増殖に最適な温度範囲は、株によって変わる場合がある。この範囲は２０〜４０℃であり得る。細胞増殖及び下流での活性の性能に最適なｐＨは、株によって変わる場合がある。この範囲はｐＨ５〜８であり得る。培地に溶解したガスは、代謝のために細胞により使用され得る。このプロセス全体を通してＯ２、ＣＯ２、及びＮ２の濃度を調整する必要がある場合がある。栄養素の利用可能性は細胞増殖を変化させる場合がある。過剰な栄養素が利用可能である場合には、微生物は別の動態を有する場合がある。
【０４５４】
発酵終了時での及び回収中での微生物の状態が細胞の生存及び活性に影響を及ぼす場合がある。微生物を、分離及び下流の処理に関与する物理的なストレス及び化学的なストレスによりよく備えるために、回収の直前に前処理し得る。温度の変化（多くの場合は２０〜５℃への低下）により、細胞の代謝が低下し得、そのため、増殖（及び／又は死亡）並びに発酵槽から取り出した場合での生理学的変化が遅れる。遠心濃縮の有効性は、培養物のｐＨの影響を受ける場合がある。ｐＨの１〜２ポイントの上昇により濃縮の有効性が改善され得るが、細胞には有害でもあり得る。培地中における塩及び／又は糖の濃度を増加させることにより、微生物は回収の直前にストレスを受ける場合がある。この方法でストレスを受けた細胞は、下流の最中での凍結及び凍結乾燥によりよく生き延びることができる。
【０４５５】
分離方法及び分離技術は、微生物が培養培地からどれだけ効率的に分離されるかに影響を及ぼす場合がある。遠心分離技術を使用して固体を除去し得る。遠心濃縮の有効性は、培養物のｐＨ又は凝集剤の使用の影響を受け得る。ｐＨの１〜２ポイントの上昇により濃縮の有効性が改善され得るが、細胞には有害でもあり得る。培地中における塩及び／又は糖の濃度を増加させることにより、微生物は回収の直前にストレスを受ける場合がある。この方法でストレスを受けた細胞は、下流の最中での凍結及び凍結乾燥によりよく生き延びることができる。加えて、微生物をろ過によっても分離し得る。成功裏に遠心分離するために細胞が過剰なｇ−分を必要とする場合には、ろ過は、精製のための遠心分離技術よりも優れている。分離の前後に添加剤を添加し得る。低温保護又は凍結乾燥の最中の保護のために、添加剤を添加し得る。添加剤として、スクロール、トレハロース、又はラクトースが挙げられ得るがこれらに限定されず、これらはバッファー及び抗酸化剤と選択的に混合され得る。凍結乾燥の前に、添加剤と混合された細胞ペレットの液滴を液体窒素に浸す。
【０４５６】
回収は、連続的な遠心分離により行うことができる。生産物を、様々な賦形剤を用いて所望の最終濃度に再懸濁し得る。凍結防止又は凍結乾燥中の保護のために賦形剤を追加することができる。賦形剤には、限定されるものではないが、スクロース、トレハロース、又はラクトースが含まれ、これらは、代替として緩衝液及び抗酸化剤と混合してもよい。凍結乾燥の前に、賦形剤と混合した細胞ペレットの液滴を液体窒素に沈める。
【０４５７】
生菌を含む材料の凍結乾燥は、一次乾燥から始める。一次乾燥段階で氷を除去する。ここで、真空を生成し、氷を昇華させるために適切な熱量を材料に供給する。二次乾燥段階で、生産物に結合した水分子を除去する。ここで、水分子と生産物材料の間に形成された物理化学的相互作用を破壊するために、温度を一次乾燥段階よりも上げる。この段階で、脱着を促進するために圧力をさらに下げることもできる。凍結乾燥プロセスが完了した後、チャンバーに窒素などの不活性ガスを充填することができる。生産物を、乾燥条件下で凍結乾燥機内に密封し、大気中の水や汚染物質への暴露を防止することができる。
【０４５８】
実施例２５：マウス黒色腫モデル
６〜８週齢の雌Ｃ５７Ｂｌ／６マウスを、Ｔａｃｏｎｉｃ  （Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）から得る。１００，０００個のＢ１６−Ｆ１０（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−６４７５）腫瘍細胞を、滅菌ＰＢＳ含有５０％マトリゲルに再懸濁し、各マウスの片方の後側腹部（最初の腹部）に最終容量１００ｕｌで接種する。ベイロネラ株（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  Ｓｔｒａｉｎｓ）による処置を、様々な用量及び規定の間隔で腫瘍細胞接種後のある時点で開始する。例えば、一部のマウスには、１投与量当たり１〜５×１０９ＣＦＵ（最終体積１００μｌ）を投与する。可能な投与経路には、経口強制飼養（ｐ．ｏ．）、静脈内注射、腫瘍内注射（ＩＴ）、又は腫瘍周囲若しくは腫瘍下若しくは皮下注射が含まれる。ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）処置の全身的な抗腫瘍効果を評価するために、最初の側腹部におけるベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）によるＩＴ処置、腫瘍周囲処置、又は腫瘍下処置の前に、追加のマウスの反対側（未処置、２回目）の側腹部に腫瘍細胞を接種することができる。
【０４５９】
一部のマウスには、１日目（腫瘍細胞注射の翌日）にベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）を（ｐ．ｏ．）投与することができる。他のマウスには、細菌株を７回連続して投与（１４〜２１日目に１日１回の投与）することができる。他のマウスには毎日投与するか、或いは、一部のマウスには一日おきに投与する。或いは、規定の時点（例えば１３日目）又は腫瘍が特定のサイズ（例えば、１００ｍｍ３）に達したときにマウスを様々な処置群に無作為に分け、適切に処置を開始する。例えば、腫瘍の体積が平均１００ｍｍ３に達したときに（腫瘍細胞接種の約１０〜１２日後に）、動物を群に分けて、ビヒクル又は細菌株で（ｐ．ｏ．又はＩＴ）処置する。マウスの一部の追加の群を、追加の癌治療薬又は適切な対照抗体で処置することができる。投与することができる癌治療薬の一例は、免疫チェックポイント阻害剤、例えば、抗ＰＤ−１、抗ＰＤ−Ｌ１、又はそのリガンドへの免疫チェックポイントの結合をブロックする他の処置である。チェックポイント阻害剤抗ＰＤ−１及び抗ＰＤ−Ｌ１は、ＰＢＳで製剤化され、有効用量で腹腔内（ｉ．ｐ．）投与することができる。例えば、マウスには、１日目から４日ごとに１００ｕｇの抗ＰＤ−１（ｉ．ｐ．）を投与し、試験期間中継続する。
【０４６０】
さらに、一部のマウスを、処置の前に抗生物質で処置する。例えば、バンコマイシン（０．５ｇ／Ｌ）、アンピシリン（１．０ｇ／Ｌ）、ゲンタマイシン（１．０ｇ／Ｌ）、及びアンホテリシンＢ（０．２ｇ／Ｌ）を飲料水に加え、抗生物質による処置を、処置時又は処置の数日前に停止する。一部のマウスには、抗生物質による前処置を行わずに腫瘍細胞を接種する。
【０４６１】
様々な時点で、マウスを屠殺し、当該技術分野で公知の方法を使用するｅｘ  ｖｉｖｏフローサイトメトリー分析のために腫瘍、リンパ節、又は他の組織を除去することができる。例えば、製造者の指示に従って、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ腫瘍分離酵素カクテルを使用して腫瘍を分離させる。腫瘍の重量を記録し、腫瘍を切り刻んでから、酵素カクテルを含む１５ｍｌチューブに入れ、氷上に置く。次いで、サンプルを３７℃の穏やかなシェーカーに４５分間入れ、最大１５ｍｌの完全ＲＰＭＩでクエンチする。各細胞懸濁液を７０μｍフィルタでろ過して５０ｍｌファルコンチューブに入れ、１０００ｒｐｍで１０分間遠心分離する。細胞をＦＡＣＳ緩衝液に再懸濁し、洗浄して残っている破片を除去する。必要に応じて、サンプルを再び第２の７０μｍフィルタでろ過して新しいチューブに入れる。細胞を、当該技術分野で公知の技術を使用するフローサイトメトリーによる分析のために染色する。染色抗体には、抗ＣＤ１１ｃ（樹状細胞）、抗ＣＤ８０、抗ＣＤ８６、抗ＣＤ４０、抗ＭＨＣＩＩ、抗ＣＤ８ａ、抗ＣＤ４、及び抗ＣＤ１０３が含まれ得る。分析できる他のマーカーには、全免疫細胞（ｐａｎ−ｉｍｍｕｎｅ  ｃｅｌｌ）マーカーＣＤ４５、Ｔ細胞マーカー（ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ２５、Ｆｏｘｐ３、Ｔ−ｂｅｔ、Ｇａｔａ３、Ｒｏｒγｔ、Ｇｒａｎｚｙｍｅ  Ｂ、ＣＤ６９、ＰＤ−１、ＣＴＬＡ−４）、及びマクロファージ／骨髄マーカー（ＣＤ１１ｂ、ＭＨＣＩＩ、ＣＤ２０６、ＣＤ４０、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤ−Ｌ１、Ｇｒ−１）が含まれる。免疫表現型検査に加えて、限定されるものではないが、ＴＮＦａ、ＩＬ−１７、ＩＬ−１３、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ１２ｐ４０、ＩＬ−１０、ＩＬ−６、ＩＬ−５、ＩＬ−４、ＩＬ−２、ＩＬ−１ｂ、ＩＦＮｙ、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、Ｍ−ＣＳＦ、ＭＩＧ、ＩＰ１０、ＭＩＰ１ｂ、ＲＡＮＴＥＳ、及びＭＣＰ−１を含む血清サイトカインを分析する。サイトカイン分析は、リンパ節又は他の組織から得られた免疫細胞、及び／又はｅｘ  ｖｉｖｏで得られた精製ＣＤ４５＋腫瘍浸潤免疫細胞で実施することができる。最後に、免疫組織化学を腫瘍切片に対して行ない、Ｔ細胞、マクロファージ、樹状細胞、及びチェックポイント分子タンパク質発現を測定する。
【０４６２】
屠殺するのではなく、一部のマウスを、反対側の側腹部（又は他の領域）への腫瘍細胞の注射で再曝露して、腫瘍成長に対する免疫系の記憶応答の影響を決定することができる。
【０４６３】
ＭＣＤ（ＮＡＳＨ誘発）飼料を摂取しているマウスでは、経口投与されたベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）は、ビヒクル群及び非処置群（陰性コントロール）と比較してＮＡＳスコアの低下に有効であった（図１６）。ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）は、処置されたマウスの線維症スコアを低下させた（図１７）。ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）は、肝臓の総コレステロール（図１８）及び肝臓のトリグリセリド（図１９）を低下させた。
【０４６４】
実施例２６：結腸直腸癌モデル
雌の６〜８週齢のＢａｌｂ／ｃマウスをＴａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）から得た。１００，０００個のＣＴ−２６結腸直腸腫瘍細胞（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−２６３８）を滅菌ＰＢＳに再懸濁させ、５０％Ｍａｔｒｉｇｅｌの存在下で接種した。ＣＴ−２６腫瘍細胞を、各マウスの片側の後脇腹に皮下注射した。腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達した場合に（腫瘍細胞接種から約１０〜１２日後）、動物を下記の群に分配した：１）ビヒクル；２）ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）株、３）抗ＰＤ−１抗体。抗体を、合計で３回にわたり１日目から始めて４日毎に２００μｇ／マウス（最終体積１００μｌ）で腹腔内（ｉ．ｐ．）投与し（Ｑ４Ｄ×３）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）ＥＶ（５μｇ）を、合計で４回にわたり１日目から始めて３日毎に静脈内（ｉ．ｖ．）注射した（Ｑ３Ｄ×４）。両方のベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）群は、抗ＰＤ−１群で見られるものと比べて高い腫瘍増殖阻害を示した（図１２及び図１３）。
【０４６５】
別の例では、腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達した場合に（腫瘍細胞接種から約１０〜１２日後）、動物を下記の群に分配した：１）ビヒクル、２）バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）；及び３）抗ＰＤ−１抗体。抗体を、１日目から始めて４日毎に２００μｇ／マウス（最終体積１００μｌ）で腹腔内（ｉ．ｐ．）投与し、バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）ＥＶ（５μｇ）を、研究の終わりまで１日目から始めて毎日静脈内（ｉ．ｖ．）注射した。バークホルデリア・シュードマレイ（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ）群は、抗ＰＤ−１群で見られるものと比べて高い腫瘍増殖阻害を示した（図２０及び図２１）。
【０４６６】
別の例では、腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達した場合に（腫瘍細胞接種から約１０〜１２日後）、動物を下記の群に分配した：１）ビヒクル、２）Ｂｅｘｓｅｒｏ（登録商標）ワクチンから単離されたナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）ＥＶ；及び３）抗ＰＤ−１抗体。抗体を、１日目から始めて４日毎に２００ｕｇ／マウス（最終体積１００ｕｌ）で腹腔内（ｉ．ｐ．）投与し、ナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）細菌（約１．１×１０２個）を、研究の終わりまで１日目から始めて毎日腹腔内（ｉ．ｐ．）投与した。ナイセリア・メニンギティディス（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  Ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）群は、抗ＰＤ−１群で見られるものと比べて高い腫瘍増殖阻害を示した（図２２及び図２３）。
【０４６７】
【表７８】
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【０４６８】
実施例２７：ＥＶの有効性は、供給源である微生物、用量、及び投与経路に基づいて変化する
雌の６〜８週齢のＢａｌｂ／ｃマウスをＴａｃｏｎｉｃ（Ｇｅｒｍａｎｔｏｗｎ，ＮＹ）から得た。１００，０００個のＣＴ−２６結腸直腸腫瘍細胞（ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−２６３８）を滅菌ＰＢＳに再懸濁させ、５０％Ｍａｔｒｉｇｅｌの存在下で接種した。ＣＴ−２６腫瘍細胞を、各マウスの片側の後脇腹に皮下注射した。腫瘍体積が平均１００ｍｍ３に達した場合に（腫瘍細胞接種から約１０〜１２日後）、動物を、表５で強調する下記の群に分配した。
【０４６９】
【表７９】
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【０４７０】
この表で述べたように、抗体を、合計で３回にわたり１日目から始めて４日毎に２００μｇ／マウス（最終体積１００μｌ）で腹腔内（ｉ．ｐ．）投与し（Ｑ４Ｄ×３）、静脈内（ｉ．ｖ．）投与する場合には、ＥＶを、合計で４回にわたり１日目から始めて３日毎に注射した（Ｑ３Ｄ×４）。経口投与（ｐ．ｏ．）する処置群に毎日投与した（ＱＤ）。ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）ＥＶの有効性は、供給源である微生物、用量、及び投与経路に基づいて変化する（図１４及び図１５）。
【０４７１】
参照による組み込み
本明細書で言及する全ての刊行物及び特許出願は、あたかも個々の刊行物又は特許出願が参照により組み込まれることが具体的且つ個別に示されたかのように、その全内容が参照により組み込まれる。矛盾する場合、本明細書の全ての定義を含む本出願が優先される。
【０４７２】
同等物
当業者は、本明細書に記載の本発明の特定の実施形態に対する多数の同等物を認識する、又は日常的な実験のみを使用して多数の同等物を確認することができるであろう。そのような同等物は、添付の特許請求の範囲に含まれるものとする。
【図１】
2020533290.tif 000081
【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図３Ｅ】
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【図４】
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【図５Ａ】
2020533290.tif 000089
【図５Ｂ−Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
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【図９Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図９Ｅ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【国際調査報告】
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