(57)【要約】本発明は、産業上関連する条件下でのキラルアミン化合物の合成に有用な操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。本発明はまた、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、操作されたトランスアミナーゼを発現する能力がある宿主細胞、およびキラルアミン化合物の生成のため操作されたトランスアミナーゼを使用する方法を提供する。一局面において、配列番号４などに対して少なくとも８５％もしくはそれより高い配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含む操作されたトランスアミナーゼが提供され、上記操作されたトランスアミナーゼは、上記ポリペプチド配列において少なくとも１つの置換または置換セットを含む。【特許請求の範囲】
【請求項１】
配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれより高い配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含む操作されたトランスアミナーゼであって、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、または１５６に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２】
前記ポリペプチド配列が、配列番号４に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１７、１７／２５９／３４７、２０、４５／４８／７８／８１／９２、５７、５７／３１９、８５、８６、１５７、１５８、１６１、２０３／４１６、３１４、３１６、３１９、３７５／４１６、４０４、４１５、４１６、４１７、４２０、４２１、４２２および４２４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項３】
前記ポリペプチド配列が、配列番号１８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、５／１７／８６／１５７／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／２０３／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４２２、１７／８６／１５７／３１６／４２２、８５／８６、８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４１６／４２２、８６／１５７／４１６、８６／２０３／３１６／４１６、８６／２０３／３１６／４２２、８６／３１６／４１６、１３９／２２１／３１０／３１６、１５７／３１６、１９５／３１６、２０７／３１６、２２７／４２２、２８０／３８１／４１６／４４５、３１４、３１４／３１６、３１６、４１６、４１７および４２２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１８に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項４】
前記ポリペプチド配列が、配列番号２０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１７／１３９／３１４／４１６／４１７／４２２、１７／１９５／３１６／４１４／４１６／４２２、１７／３１４／３１６／４１４／４１６、１７／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、２０、３１、５４、５７、８３、８６、８６／１９４、１２１、１３９／１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１３９／２０２／２０７／２２７／３１４／３１６／４１６／４２２、１３９／２０７／２２７／３１４／４１４／４１６／４２２、１３９／２２７／３１０／４１４／４１６／４１７、１３９／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、１４６／１５７、１６４／２０７／２１３／２２７／３１０／３１６／４１６、１６６、１７８／３１４／３１６／４１６、１９０／１９５／２０７／２１３／２４４／３１４／４１４／４１６／４１７／４２２、１９４／２１３／３１０／３１４／３１６／４２２、１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１９５／２２７／３１４／４１６／４１７、１９５／２２７／３１４／４２２、１９５／２２７／４１４／４１６、１９５／２２７／４１４／４１６／４２２、１９５／２２７／４１６／４１７、１９５／３１６／４１６／４１７／４２２、２０７／２０８／２２０／２４１／２９１／３１４／３１６、２２６、２２７、２２７／４１６、２２８、２５８、２５９、２７１／３１０／３１６／４１６／４２２、２８２、３１０／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、３１４／３１６／４１４／４１６／４２２、３１４／３１６／４１６、３１４／３１６／４１６／４２２、３１６、３１９、３２０、３２２および４１７から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２０に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項５】
前記ポリペプチド配列が、配列番号３０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、２１、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／３９５／４３２、２１／２３／３９５、２１／５３／１５９／３９５、２１／５３／１６３／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３１、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／１４６／１６３／４３２、２３／１６２、５３／１４６／１５９／３９５、５３／１４６／１６２／３９５、５３／１４６／１６２／４３２、５３／１４６／１６３／３９５、５３／１４６／３９５／４３２、５３／１６２／１６３／３９５／４３２、５３／１６２／３９５、５３／１６２／３９５／４３２、５３／１６３／３９５／４３２、５３／３９５、５７／８６、５７／８６／１２１／１４６／１５７、５７／８６／１２１／１５７／２２６／２５９／２８２／３３２、５７／８６／１２１／３３２、５７／８６／１５７／２５９、５７／８６／１５７／２８２／３３２、５７／８６／３３２、５７／１２１／４１７／４２２、５７／１４６／２２６／２５９、５７／１４６／２２６／２５９／２８２、５７／２５９、８６、８６／１５７、８６／２２６、１２１、１２１／１４６／１５７／２２６／３３２、１２１／２０８／３１６／４１７／４２２、１２１／２２６／３３２、１２１／３１６／４２２、１２１／３３２、１２１／４１６／４１７／４２２、１２１／４１７／４２２、１４６、１４６／１６２／３９５／４３２、１５７、１６２／４３２、２２６／２８２／３３２、２２７、２２７／４１７、２５９、２８２、２８２／３３２、３１６／４１７／４２２、３３２、３９５／４３２、４１６、４１６／４２２、４１７および４２２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３０に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項６】
前記ポリペプチド配列が、配列番号３０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、２１、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／３９５／４３２、２１／２３／３９５、２１／５３／１５９／３９５、２１／５３／１６３／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３１、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／１４６／１６３／４３２、２３／１６２、５３／１４６／１５９／３９５、５３／１４６／１６２／３９５、５３／１４６／１６２／４３２、５３／１４６／１６３／３９５、５３／１４６／３９５／４３２、５３／１６２／１６３／３９５／４３２、５３／１６２／３９５、５３／１６２／３９５／４３２、５３／１６３／３９５／４３２、５３／３９５、５７／８６、５７／８６／１２１／１４６／１５７、５７／８６／１２１／１５７／２２６／２５９／２８２／３３２、５７／８６／１２１／３３２、５７／８６／１５７／２５９、５７／８６／１５７／２８２／３３２、５７／８６／３３２、５７／１２１／４１７／４２２、５７／１４６／２２６／２５９、５７／１４６／２２６／２５９／２８２、５７／２５９、８６、８６／１５７、８６／２２６、１２１、１２１／１４６／１５７／２２６／３３２、１２１／２０８／３１６／４１７／４２２、１２１／２２６／３３２、１２１／３１６／４２２、１２１／３３２、１２１／４１６／４１７／４２２、１２１／４１７／４２２、１４６、１４６／１６２／３９５／４３２、１５７、１６２／４３２、２２６／２８２／３３２、２２７、２２７／４１７、２５９、２８２、２８２／３３２、３１６／４１７／４２２、３３２、３９５／４３２、４１６、４１６／４２２、４１７および４２２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３０に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項７】
前記ポリペプチド配列が、配列番号６６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１０７、１４１、１６１、１７４、２４５、２８１、２９３、４３２、および４５３から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６６に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項８】
前記ポリペプチド配列が、配列番号７０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、２、４、５、５／３８／５６／３４６、１３、１７、１７／３１、１９、３１、５７、７４、７９、８６、１２１、１５５、１６１、１６１／１７４／４３２、１６３／１６７、１６４、１９０／２９１、１９５、１９５／４０８、２０３／２０７／２１９、２０５／４１９、２０７、２０７／２３５／４１９、２１４／２２８／２５１、２２２、２２３、２２６／２２８／２３０／２３１／３１１、２２８、２３３、２４６、２４７／２７１／２９３、２５９、２８２、２８４、３０９、３２７、３４６、３５９、３６２、３７５、４０４、４０８、４１９、４２０、４２２および４４３から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７０に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項９】
前記ポリペプチド配列が、配列番号４８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、２１／２３／５３／１６３／２９３、２１／２３／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／１４６、２１／５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、２１／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／５３／１４６／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／２９３／４３２、２３／５３／１６３、２３／５３／１６３／２９３／３９５、２３／５３／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１６３／３９５、２３／５３／２９３、２３／５３／２９３／３９５／４３２、２３／５３／２９３／４３２、２３／１４６／２９３、５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／４３２、５３／１４６／２９３、５３／１６３、５３／１６３／２９３／３９５、５３／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１６３／２９３／４３２、５３／１６３／４３２、５３／２９３、５３／２９３／３９５、５３／３９５、５３／４３２、１４６および２９３から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４８に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１０】
前記ポリペプチド配列が、配列番号８８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１５７、１６３、１６３／１６４、２８４、および３３２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８８に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１１】
前記ポリペプチド配列が、配列番号８８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、３１、８６、１４９、１９１／２０８／２１１／２８６、１９２／２９４、１９５／２０７／２０８／２８６、２０８／２９４、２６０、２８４、２８６、２９４、３１３、３９５／３９６および４２４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８８に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１２】
前記ポリペプチド配列が、配列番号１１０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１４／３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、１４／３１／２６０／２８６／２９４／４２４、３１、３１／２０８、３１／２０８／２４１／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／２９４、３１／２０８／２８６／２９４／３１３、３１／２０８／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／４２４、３１／２０８／２９４、３１／２０８／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２９４／４２４、３１／２６０／２８６、３１／２６０／２８６／２９４／３１３、３１／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／４２４、３１／２６０／２９４、３１／２６０／２９４／３１３、３１／２８６／２９４、３１／２８６／２９４／３１３、３１／２８６／２９４／４２４、３１／２９４／３１３／４２４、３１／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／４２４、２０８／２６０／２９４、２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、２０８／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／４２４、２８６／２９４／３１３／４２４および２８６／３１３／４２４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１３】
前記ポリペプチド配列が、配列番号１１２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１６／２７２、１７、１９／８６、１９／８６／３２１、２０、２１、２２、２２／２５５、２２／２５５／３６２／４２１、２２／２９４、２２／３６２、２４／２５５／３６２、３１、４１、４２／１８７／２９４、６６、６６／１９０、６６／３９４、８４、１１４、１５３、１５７、１６１、１６３、１６４、１６４／３９７、２２１、２２２、２７２、２９４、３２０、３２０／４３５および３９４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１４】
前記ポリペプチド配列が、配列番号１２０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１７、１７／２１、１７／２１／２２、１７／２２、１７／２２／２７２、１７／２２／２７２／３２０、１７／３１／３２０／３９７、１７／８４／１６４、１７／１５７／１６４、１７／１５７／３２０／３９７、１７／２２１／３２０、１７／２７２／３２０、１７／３２０、１７／３９７、１９／２２／４２／３２０／３９４、１９／４２、２０／３２０、２５／３２０、６６／１８７／３２０、６６／２７２、６６／３２０、６６／３９４、１６４／３２０／３２１、１６５、２５５、２７２、２７２／３２０、および３２０から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１５】
前記ポリペプチド配列が、配列番号１３８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、２４、２４／２５、２４／１１０／１６７、２５、２５／１４７／１６７、２７／１９０／２０７／３８９／３９６、２７／１９０／２０７／３９６、４１／４２／６６／１６５、４２、４２／６６／１６５／３９４、４２／１６５／２７２／３９４、６６／１６４、６６／１６４／２７２、６６／１６５、６６／３９４、１６３、１６４、１６４／１６５／３９４、１６５、１６５／２７２、１６５／３９４、１６６、１６７、１９０、１９０／２０７、１９０／２０７／２１０、１９０／２０７／２１０／３８５／３８９、１９０／２０７／３８５、１９０／２１０、１９０／３８５／３９６、１９０／３８９、２０７、２０７／２１０／２４３／２５０／３８５／３８９、２０７／２１４／３９６、２０７／２４３、２０７／３８９、２１０、２１０／３８５、２１４、２１４／３９６、２７２／３９４、２８３、３８５、３８５／３８９、３８９、３８９／３９６、および３９４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１６】
前記ポリペプチド配列が、配列番号１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有し、前記操作されたトランスアミナーゼが、前記ポリペプチド配列において、１２／２６／３０／２９１、１２／２６／７３／７７／２９１、１３／４５／１０７／２３６／２７７／３４６／３５１／４１０／４２９、２２／２５／１１０／２９１／３０４、２４／１４７／１６４／１６６／１６７／２４３／３８９、２４／１６６、２４／１６６／１９０、２４／１６６／２０７、２６／３０、２６／３０／１６８／２９１、３０／７７／２９１、３０／２９１、７０／７７／１０８／１７７／１９６／２４７／２９１／３０９／３６１／３６６、７０／７７／１６８／２９１、７０／１７７／２９１／３６１／３６６、７０／１７７／２９１／３７２、７０／１８６、７０／２４７／２９１／３０９／３７２、７０／２９１、７０／２９１／３０４／３６１、７４、７４／２１１、７７／１１０／２９１／３０８、７７／２９１／３６１／３６６、１０７／２７７／３４６／４１０／４２９、１０７／３４６、１１０／２３５／３９１、１４７／１６４／１６６／１６７、１４７／１６４／１６６／２４３／２７２／２８３／３８５／３８９、１４７／１６４／１６６／２７２、１６３、１６６、１６６／１６７／２７２／３８９、１６６／１９０、１６６／１９０／２０７、１６６／２０７、１７７／１９５／１９６／２９１／３０４／３０９／３６６、１７７／１９６／２４７／３０４／３０９／３６１／３６６、１７７／２９１／３０９／３６１、１９６／２９１／３０４／３６１、１９６／２９１／３０９／３６１、１９８／２３５／３９１、２０７、２４７／３０４／３０９／３６６、２５３／３９１、２７７、２９１、２９１／３０４／３０９、および２９１／３０９から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１７】
表６．１、７．１、８．１、９．１、１０．１、１１．１、１２．１、１３．１、１３．２、１４．１、１５．１、１６．１、１７．１、および／または１８．１において記載される少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼバリアントの配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高く同一であるポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１８】
表６．１、７．１、８．１、９．１、１０．１、１１．１、１２．１、１３．１、１３．２、１４．１、１５．１、１６．１、１７．１において提供されるバリアントである操作されたポリメラーゼである、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項１９】
配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６において記載される少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼバリアントの配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高く同一であるポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２０】
配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６において記載されるバリアントである操作されたポリメラーゼである、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２１】
配列番号６〜１７２の偶数番号の配列に記載の少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼバリアントの配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高く同一であるポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２２】
配列番号６〜１７２の偶数番号の配列に記載のポリペプチド配列を含む、請求項１に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２３】
野生型Ｖ．  ｆｌｕｖｉａｌｉｓトランスアミナーゼと比較して、少なくとも１つの改善された特性を含む、請求項１から２２のいずれかに記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２４】
前記改善された特性が、基質に対する改善された活性を含む、請求項２３に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２５】
前記基質が、化合物（１）を含む、請求項２４に記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２６】
前記改善された特性が、改善された熱安定性を含む、請求項１から２５のいずれかに記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２７】
精製される、請求項１から２５のいずれかに記載の操作されたトランスアミナーゼ。
【請求項２８】
請求項１から２７のいずれかに記載の操作されたトランスアミナーゼを含む、組成物。
【請求項２９】
請求項１から２７のいずれかに記載の少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼをコードする、ポリヌクレオチド配列。
【請求項３０】
少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼをコードするポリヌクレオチド配列であって、前記ポリヌクレオチド配列は、配列番号３、１７、１９、２９、４７、６５、６９、８７、１０９、１１１、１１９、１３７、および／または１５５に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含み、前記操作されたトランスアミナーゼのポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換を含む、ポリヌクレオチド配列。
【請求項３１】
配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれより高い配列同一性を含む少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼ、またはその機能的断片をコードするポリヌクレオチド配列。
【請求項３２】
調節配列に作動可能に連結されている、請求項３０または３１に記載のポリヌクレオチド配列。
【請求項３３】
コドン最適化されている、請求項２９から３２のいずれかに記載のポリヌクレオチド配列。
【請求項３４】
請求項２９から３３のいずれかに記載の少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む発現ベクター。
【請求項３５】
請求項３４に記載の少なくとも１つの発現ベクターを含む宿主細胞。
【請求項３６】
請求項２９から３３のいずれかに記載の少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。
【請求項３７】
宿主細胞において操作されたトランスアミナーゼを生成する方法であって、請求項３５および／または３６に記載の宿主細胞を、少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼが生成されるような適切な条件下で培養するステップを含む、方法。
【請求項３８】
少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼを培養物および／または前記宿主細胞から回収するステップをさらに含む、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼを精製するステップをさらに含む、請求項３７および／または３８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１７年６月１４日付けで出願された、米国仮特許出願第６２／５１９，２９７号に対する優先権を主張し、全ての目的についてその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表、表またはコンピュータープログラムの参照
配列表の公式コピーは、ファイル名「ＣＸ２−１６７ＵＳＰ１＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」、作成日２０１７年６月１３日、およびサイズ４９５，５２４バイトのＡＳＣＩＩフォーマットテキストファイルとして、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して本明細書と同時に提出される。ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して提出される配列表は、本明細書の一部であり、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００３】
本発明は、薬学的およびファインケミカルのアミン化合物の製造のための産業上のプロセス条件下で有用な操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。
【背景技術】
【０００４】
トランスアミナーゼ（Ｅ．Ｃ．２．６．１）は、アミノドナー化合物からアミノアクセプター化合物のケト基へのアミノ基、１対の電子、およびプロトンの転移を触媒する。トランスアミナーゼ反応により、キラルアミン生成物化合物を形成することができる。スキーム１において示される通り、アミノアクセプター化合物（Ｂ）（所望のキラルアミン生成物（Ｄ）のケト基質前駆体である）は、トランスアミナーゼの存在下でアミノドナー化合物（Ａ）と反応する。トランスアミナーゼは、アミノドナー化合物（Ａ）の第一級アミン基の、アミノアクセプター化合物（Ｂ）のケト基への転移を触媒する。トランスアミナーゼ反応は、キラルアミン生成物化合物（Ｄ）（Ｒ３はＲ４と同じでないと仮定する）およびケト基を有する新規アミノアクセプター副生成物（または「カルボニル副生成物」）化合物（Ｃ）を生じる。
【化１】
2020523023.tif 000002
【０００５】
キラルアミン化合物は、医薬、農化学および化学産業において、セファロスポリンもしくはピロリジン誘導体のような、広範な市販の所望の化合物の調製のための中間体またはシントンとして頻繁に使用される。典型的には、キラルアミン化合物のこれらの産業上の適用は、分子のただ１つの特定の立体異性形態（例えば、（Ｒ）または（Ｓ）エナンチオマーのみが、生理的に活性である）を使用することを含む。トランスアミナーゼは、高度に立体選択的であり、光学的に純粋なキラルアミン化合物の合成のための多くの可能性のある産業上の使用を有する。
【０００６】
キラルアミン化合物を製造するためのトランスアミナーゼの使用の例としては、アミノ酸のエナンチオマー濃縮（例えば、Ｓｈｉｎら、Ｂｉｏｓｃｉ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ６５：１７８２−１７８８  ［２００１］；Ｉｗａｓａｋｉら、Ｂｉｏｔｅｃｈ．  Ｌｅｔｔ．，  ２５：１８４３−１８４６  ［２００３］；Ｉｗａｓａｋｉら、Ａｐｐｌ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈ．，  ６９：４９９−５０５  ［２００４］；Ｙｕｎら、Ａｐｐｌ．  Ｅｎｖｉｒｏｎ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，  ７０：２５２９−２５３４  ［２００４］；およびＨｗａｎｇら、Ｅｎｚ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｔｅｃｈｎｏｌ．，  ３４：４２９−４２６  ［２００４］を参照）；プレガバリンの中間体および前駆体の調製（例えば、国際公開第２００８／１２７６４６号）；シクロパミン類似体の酵素的アミノ基転移（例えば、国際公開第２０１１／０１７５５１号）；β−アミノ酸の立体特異的合成およびエナンチオマー濃縮（例えば、国際公開第２００５／００５６３３号）；アミンのエナンチオマー濃縮（例えば、米国特許第４，９５０，６０６号；米国特許第５，３００，４３７号；および米国特許第５，１６９，７８０号を参照）；アミノ酸および誘導体の生成（例えば、米国特許第５，３１６，９４３号；米国特許第４，５１８，６９２号；米国特許第４，８２６，７６６号；米国特許第６，１９７，５５８号；および米国特許第４，６００，６９２号を参照）；ならびに医薬化合物、シタグリプチン、リバスチグミン、およびベルナカラントの生成（例えば、米国特許第８，２９３，５０７号；Ｓａｖｉｌｅら、Ｓｃｉ．，  ３２９：３０５−９  ［２０１０］；国際公開第２０１１／１５９９１０号；および国際公開第２０１２／０２４１０４号を参照）が挙げられる。
【０００７】
スキーム１の反応を触媒する能力を有する野生型トランスアミナーゼは、Ａｌｃａｌｉｇｅｎｅｓ  ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｎｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ  ｍｅｌｉｔｅｎｓｉｓ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｍａｌｌｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ、Ｃｈｒｏｍｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｉｏｌａｃｅｕｍ、Ｏｃｅａｎｉｃｏｌａ  ｇｒａｎｕｌｏｓｕｓ  ＨＴＣＣ２５１６、Ｏｃｅａｎｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＲＥＤ６５、Ｏｃｅａｎｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｓｐ．ＭＥＤ９２、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ｐｕｔｉｄａ、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ  ｍｅｌｉｌｏｔｉ、Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ  ｓｐ．（ＮＧＲ２３４株）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ（例えば、Ｓｈｉｎら、Ｂｉｏｓｃｉ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ６５：１７８２−１７８８  ［２００１］を参照）、およびＡｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．  ＫＮＫ１６８（例えば、Ｉｗａｓａｋｉら、Ａｐｐｌ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ６９：４９９−５０５  ［２００６］；および米国特許第７，１６９，５９２号を参照）を含むが、これらに限定されない、様々な微生物から単離されている。これらの野生型トランスアミナーゼ遺伝子およびコードされるポリペプチドのいくつかが、配列決定されている（例えば、Ｒａｌｓｔｏｎｉａ  ｓｏｌａｎａｃｅａｒｕｍ［Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＹＰ＿００２２５７８１３．１、ＧＩ：２０７７３９４２０］、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ  １７１０ｂ［Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＢＡ４７７３８．１、ＧＩ：７６５７８２６３］、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｔｒｉｉ［Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＭ９０２７１６．１、ＧＩ：１６３２５８０３２］、Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ  ＪＳ１７［Ｇｅｎｂａｎｋ受託番号ＡＥＡ３９１８３．１、ＧＩ：３２７２０７０６６］、およびＡｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．  ＫＮＫ１６８［ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＢＡＫ３９７５３．１、ＧＩ：３３６０８８３４１］）。クラスＥＣ２．６．１．１８およびＥＣ２．６．１−１９の少なくとも２つの野生型トランスアミナーゼは、結晶化され、構造的に特徴付けられている（例えば、Ｙｏｎａｈａら、Ａｇｒｉｃ．  Ｂｉｏｌ．  Ｃｈｅｍ．，  ４７：２２５７−２２６５  ［１９８３］を参照）。
【０００８】
（Ｒ）選択的または（Ｓ）選択的立体選択性を有するトランスアミナーゼは、公知である。例えば、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．ＫＮＫ１６８由来の野生型トランスアミナーゼは、（Ｒ）選択的であると考えられ、ある特定の基質から（Ｒ）−アミン化合物を主に生成する（例えば、Ｉｗａｓａｋｉら、Ａｐｐｌ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ６９：４９９−５０５  ［２００６］；および米国特許第７，１６９，５９２号を参照）一方、Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ  ＪＳ１７由来の野生型トランスアミナーゼは、（Ｓ）選択的であると考えられ、ある特定の基質から（Ｓ）−アミン化合物を主に生成する（例えば、Ｓｈｉｎら、Ａｐｐｌ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ６１：４６３−４７１  ［２００３］を参照）。
【０００９】
（Ｒ）選択性、増大した溶媒および熱安定性、ならびに広範なアミノアクセプター基質の変換のための他の改善された特性を有する天然に存在しないトランスアミナーゼは、野生型および他の操作されたトランスアミナーゼ骨格配列の変異誘発および／または指向性進化（ｄｉｒｅｃｔｅｄ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ）により生じている（例えば、米国特許第８，２９３，５０７Ｂ２号；国際公開第２０１１／００５４７７Ａ１号；国際公開第２０１２／０２４１０４号；およびＳａｖｉｌｅら、Ｓｃｉ．，  ３２９：３０５−９  ［２０１０］を参照）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【００１０】
【特許文献１】米国特許第７，１６９，５９２号明細書
【特許文献２】米国特許第８，２９３，５０７号明細書
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１１】
しかしながら、トランスアミナーゼは、一般に、産業上有用なプロセス条件（例えば、溶媒、温度）に対する不安定性、商業上有用なアミノアクセプターおよび／またはアミノドナー基質の乏しい認識、ならびにそれに対する立体選択性、ならびに好ましくない反応平衡に起因した低い生成物収量のような、キラルアミン化合物の調製における商業適用に望ましくない特性を有する。したがって、光学的に活性な形態のキラルアミン化合物を調製するための産業上のプロセスにおいて使用され得る、操作されたトランスアミナーゼが必要である。
【課題を解決するための手段】
【００１２】
本発明は、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチド、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリペプチドを製造する方法、およびアミノアクセプター基質化合物（すなわち、ケト基含有化合物）からキラルアミン生成物化合物への生体触媒性変換のためにポリペプチドを使用する方法を提供する。本発明のトランスアミナーゼポリペプチドは、従前に操作されたトランスアミナーゼポリペプチド（配列番号２のアミノ酸配列）と比較して１つまたは複数の残基の違いならびに従前に操作されたトランスアミナーゼポリペプチドと比べて関連する増強された溶媒および熱安定性を有するように操作されている（例えば、米国特許第８，２９３，５０７Ｂ２号；国際公開第２０１１００５４７７Ａ１号；および国際公開第２０１２０２４１０４号を参照）。アミノ酸残基の違いは、数ある中でも、活性、立体選択性、安定性、発現、および生成物許容範囲を含む、様々な酵素特性の改善をもたらす残基位置に位置する。
【００１３】
一部の実施形態において、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、スキーム２において示される、基質である（Ｒ）−５−（［１，１’−ビフェニル］−４−イル）−２−メチル−４−オキソペンタン酸（本明細書において「化合物（２）」と称する）から、その対応するキラルアミン生成物化合物である（２Ｒ，４Ｓ）−５−（［１，１’−ビフェニル］−４−イル）−４−アミノ−２−メチルペンタン酸（本明細書において「化合物（１）」と称する）への効率的な変換のために操作されている。
【化２】
2020523023.tif 000003
【００１４】
化合物（１）は、公知のＮＥＰ（ネプリライシン）阻害剤化合物「サクビトリル」の前駆体である。しかしながら、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドの進化した構造上の特色はまた、スキーム３において示される、一連の式（ＩＩ）のケトン基質化合物（化合物（２）以外の化合物を含む）からその対応する式（Ｉ）のキラルアミン生成物化合物（化合物（１）以外の化合物を含む）への生体触媒性変換を可能にする
【化３】
2020523023.tif 000004
（式中、
Ｒは、Ｃ１〜４アルキル、または末端にカルボン酸基を有するＣ１〜４アルキルである。）。アルキル基は、分岐または非分岐であり得る。一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、式（ＩＩ）の化合物から、他方のエナンチオマーに対して少なくとも７０％のエナンチオマー過剰率で＊印が付いたステレオジェン中心において示された立体化学的配置を有する式（Ｉ）の化合物への生体触媒性変換の能力がある。
【００１５】
しかしながら、一部の追加の実施形態において、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドの進化した構造上の特色はまた、スキーム４において示される、一連の式（ＩＩＩ）のケトン基質化合物（化合物（２）以外の化合物を含む）からそれらの対応する式（ＩＶ）のキラルアミン生成物化合物（化合物（１）以外の化合物を含む）への生体触媒性変換を可能にする
【化４】
2020523023.tif 000005
（式中、
Ｒは、ＣＯ２ＨまたはＣ１〜４アルキルであり、Ｃ１〜４アルキルは、必要に応じて、Ｒ１およびＲ２で置換されている。Ｒ１は、ＨまたはＣ１〜４アルキル、Ｒ２は、ＨまたはＣＯ２Ｒ３、Ｒ３は、ＨまたはＣ１〜４アルキルである。）。アルキル基Ｒ１、Ｒ２およびＲ３は、直鎖または分岐であり得る。
【００１６】
一部の実施形態において、本発明は、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれより高い配列同一性を有するポリペプチド配列、またはその機能的断片を含む操作されたトランスアミナーゼであって、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼを提供する。一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号４に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１７、１７／２５９／３４７、２０、４５／４８／７８／８１／９２、５７、５７／３１９、８５、８６、１５７、１５８、１６１、２０３／４１６、３１４、３１６、３１９、３７５／４１６、４０４、４１５、４１６、４１７、４２０、４２１、４２２および４２４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号１８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、５／１７／８６／１５７／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／２０３／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４２２、１７／８６／１５７／３１６／４２２、８５／８６、８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４１６／４２２、８６／１５７／４１６、８６／２０３／３１６／４１６、８６／２０３／３１６／４２２、８６／３１６／４１６、１３９／２２１／３１０／３１６、１５７／３１６、１９５／３１６、２０７／３１６、２２７／４２２、２８０／３８１／４１６／４４５、３１４、３１４／３１６、３１６、４１６、４１７および４２２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１８に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号２０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１７／１３９／３１４／４１６／４１７／４２２、１７／１９５／３１６／４１４／４１６／４２２、１７／３１４／３１６／４１４／４１６、１７／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、２０、３１、５４、５７、８３、８６、８６／１９４、１２１、１３９／１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１３９／２０２／２０７／２２７／３１４／３１６／４１６／４２２、１３９／２０７／２２７／３１４／４１４／４１６／４２２、１３９／２２７／３１０／４１４／４１６／４１７、１３９／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、１４６／１５７、１６４／２０７／２１３／２２７／３１０／３１６／４１６、１６６、１７８／３１４／３１６／４１６、１９０／１９５／２０７／２１３／２４４／３１４／４１４／４１６／４１７／４２２、１９４／２１３／３１０／３１４／３１６／４２２、１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１９５／２２７／３１４／４１６／４１７、１９５／２２７／３１４／４２２、１９５／２２７／４１４／４１６、１９５／２２７／４１４／４１６／４２２、１９５／２２７／４１６／４１７、１９５／３１６／４１６／４１７／４２２、２０７／２０８／２２０／２４１／２９１／３１４／３１６、２２６、２２７、２２７／４１６、２２８、２５８、２５９、２７１／３１０／３１６／４１６／４２２、２８２、３１０／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、３１４／３１６／４１４／４１６／４２２、３１４／３１６／４１６、３１４／３１６／４１６／４２２、３１６、３１９、３２０、３２２および４１７から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号２０に関して番号付けされている。さらに一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号３０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、２１、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／３９５／４３２、２１／２３／３９５、２１／５３／１５９／３９５、２１／５３／１６３／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３１、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／１４６／１６３／４３２、２３／１６２、５３／１４６／１５９／３９５、５３／１４６／１６２／３９５、５３／１４６／１６２／４３２、５３／１４６／１６３／３９５、５３／１４６／３９５／４３２、５３／１６２／１６３／３９５／４３２、５３／１６２／３９５、５３／１６２／３９５／４３２、５３／１６３／３９５／４３２、５３／３９５、５７／８６、５７／８６／１２１／１４６／１５７、５７／８６／１２１／１５７／２２６／２５９／２８２／３３２、５７／８６／１２１／３３２、５７／８６／１５７／２５９、５７／８６／１５７／２８２／３３２、５７／８６／３３２、５７／１２１／４１７／４２２、５７／１４６／２２６／２５９、５７／１４６／２２６／２５９／２８２、５７／２５９、８６、８６／１５７、８６／２２６、１２１、１２１／１４６／１５７／２２６／３３２、１２１／２０８／３１６／４１７／４２２、１２１／２２６／３３２、１２１／３１６／４２２、１２１／３３２、１２１／４１６／４１７／４２２、１２１／４１７／４２２、１４６、１４６／１６２／３９５／４３２、１５７、１６２／４３２、２２６／２８２／３３２、２２７、２２７／４１７、２５９、２８２、２８２／３３２、３１６／４１７／４２２、３３２、３９５／４３２、４１６、４１６／４２２、４１７および４２２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号３０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、２１、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／３９５／４３２、２１／２３／３９５、２１／５３／１５９／３９５、２１／５３／１６３／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３１、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／１４６／１６３／４３２、２３／１６２、５３／１４６／１５９／３９５、５３／１４６／１６２／３９５、５３／１４６／１６２／４３２、５３／１４６／１６３／３９５、５３／１４６／３９５／４３２、５３／１６２／１６３／３９５／４３２、５３／１６２／３９５、５３／１６２／３９５／４３２、５３／１６３／３９５／４３２、５３／３９５、５７／８６、５７／８６／１２１／１４６／１５７、５７／８６／１２１／１５７／２２６／２５９／２８２／３３２、５７／８６／１２１／３３２、５７／８６／１５７／２５９、５７／８６／１５７／２８２／３３２、５７／８６／３３２、５７／１２１／４１７／４２２、５７／１４６／２２６／２５９、５７／１４６／２２６／２５９／２８２、５７／２５９、８６、８６／１５７、８６／２２６、１２１、１２１／１４６／１５７／２２６／３３２、１２１／２０８／３１６／４１７／４２２、１２１／２２６／３３２、１２１／３１６／４２２、１２１／３３２、１２１／４１６／４１７／４２２、１２１／４１７／４２２、１４６、１４６／１６２／３９５／４３２、１５７、１６２／４３２、２２６／２８２／３３２、２２７、２２７／４１７、２５９、２８２、２８２／３３２、３１６／４１７／４２２、３３２、３９５／４３２、４１６、４１６／４２２、４１７および４２２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号６６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１０７、１４１、１６１、１７４、２４５、２８１、２９３、４３２、および４５３から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。さらに一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号７０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、２、４、５、５／３８／５６／３４６、１３、１７、１７／３１、１９、３１、５７、７４、７９、８６、１２１、１５５、１６１、１６１／１７４／４３２、１６３／１６７、１６４、１９０／２９１、１９５、１９５／４０８、２０３／２０７／２１９、２０５／４１９、２０７、２０７／２３５／４１９、２１４／２２８／２５１、２２２、２２３、２２６／２２８／２３０／２３１／３１１、２２８、２３３、２４６、２４７／２７１／２９３、２５９、２８２、２８４、３０９、３２７、３４６、３５９、３６２、３７５、４０４、４０８、４１９、４２０、４２２および４４３から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号７０に関して番号付けされている。なお一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号４８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％
、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、２１／２３／５３／１６３／２９３、２１／２３／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／１４６、２１／５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、２１／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／５３／１４６／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／２９３／４３２、２３／５３／１６３、２３／５３／１６３／２９３／３９５、２３／５３／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１６３／３９５、２３／５３／２９３、２３／５３／２９３／３９５／４３２、２３／５３／２９３／４３２、２３／１４６／２９３、５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／４３２、５３／１４６／２９３、５３／１６３、５３／１６３／２９３／３９５、５３／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１６３／２９３／４３２、５３／１６３／４３２、５３／２９３、５３／２９３／３９５、５３／３９５、５３／４３２、１４６および２９３から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号４８に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号８８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１５７、１６３、１６３／１６４、２８４、および３３２から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号８８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、３１、８６、１４９、１９１／２０８／２１１／２８６、１９２／２９４、１９５／２０７／２０８／２８６、２０８／２９４、２６０、２８４、２８６、２９４、３１３、３９５／３９６および４２４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号１１０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１４／３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、１４／３１／２６０／２８６／２９４／４２４、３１、３１／２０８、３１／２０８／２４１／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／２９４、３１／２０８／２８６／２９４／３１３、３１／２０８／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／４２４、３１／２０８／２９４、３１／２０８／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２９４／４２４、３１／２６０／２８６、３１／２６０／２８６／２９４／３１３、３１／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／４２４、３１／２６０／２９４、３１／２６０／２９４／３１３、３１／２８６／２９４、３１／２８６／２９４／３１３、３１／２８６／２９４／４２４、３１／２９４／３１３／４２４、３１／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／４２４、２０８／２６０／２９４、２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、２０８／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／４２４、２８６／２９４／３１３／４２４および２８６／３１３／４２４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号１１２に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１６／２７２、１７、１９／８６、１９／８６／３２１、２０、２１、２２、２２／２５５、２２／２５５／３６２／４２１、２２／２９４、２２／３６２、２４／２５５／３６２、３１、４１、４２／１８７／２９４、６６、６６／１９０、６６／３９４、８４、１１４、１５３、１５７、１６１、１６３、１６４、１６４／３９７、２２１、２２２、２７２、２９４、３２０、３２０／４３５および３９４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている。なお一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号１２０に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１７、１７／２１、１７／２１／２２、１７／２２、１７／２２／２７２、１７／２２／２７２／３２０、１７／３１／３２０／３９７、１７／８４／１６４、１７／１５７／１６４、１７／１５７／３２０／３９７、１７／２２１／３２０、１７／２７２／３２０、１７／３２０、１７／３９７、１９／２２／４２／３２０／３９４、１９／４２、２０／３２０、２５／３２０、６６／１８７／３２０、６６／２７２、６６／３２０、６６／３９４、１６４／３２０／３２１、１６５、２５５、２７２、２７２／３２０および３２０から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号１３８に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、２４、２４／２５、２４／１１０／１６７、２５、２５／１４７／１６７、２７／１９０／２０７／３８９／３９６、２７／１９０／２０７／３９６、４１／４２／６６／１６５、４２、４２／６６／１６５／３９４、４２／１６５／２７２／３９４、６６／１６４、６６／１６４／２７２、６６／１６５、６６／３９４、１６３、１６４、１６４／１６５／３９４、１６５、１６５／２７２、１６５／３９４、１６６、１６７、１９０、１９０／２０７、１９０／２０７／２１０、１９０／２０７／２１０／３８５／３８９、１９０／２０７／３８５、１９０／２１０、１９０／３８５／３９６、１９０／３８９、２０７、２０７／２１０／２４３／２５０／３８５／３８９、２０７／２１４／３９６、２０７／２４３、２０７／３８９、２１０、２１０／３８５、２１４、２１４／３９６、２７２／３９４、２８３、３８５、３８５／３８９、３８９、３８９／３９６および３９４から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含むポリペプチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼは、前記ポリペプチド配列において、１２／２６／３０／２９１、１２／２６／７３／７７／２９１、１３／４５／１０７／２３６／２７７／３４６／３５１／４１０／４２９、２２／２５／１１０／２９１／３０４、２４／１４７／１６４／１６６／１６７／２４３／３８９、２４／１６６、２４／１６６／１９０、２４／１６６／２０７、２６／３０、２６／３０／１６８／２９１、３０／７７／２９１、３０／２９１、７０／７７／１０８／１７７／１９６／２４７／２９１／３０９／３６１／３６６、７０／７７／１６８／２９１、７０／１７７／２９１／３６１／３６６、７０／１７７／２９１／３７２、７０／１８６、７０／２４７／２９１／３０９／３７２、７０／２９１、７０／２９１／３０４／３６１、７４、７４／２１１、７７／１１０／２９１／３０８、７７／２９１／３６１／３６６、１０７／２７７／３４６／４１０／４２９、１０７／３４６、１１０／２３５／３９１、１４７／１６４／１６６／１６７、１４７／１６４／１６６／２４３／２７２／２８３／３８５／３８９、１４７／１６４／１６６／２７２、１６３、１６６、１６６／１６７／２７２／３８９、１６６／１９０、１６６／１９０／２０７、１６６／２０７、１７７／１９５／１９６／２９１／３０４／３０９／３６６、１７７／１９６／２４７／３０４／３０９／３６１／３６６、１７７／２９１／３０９／３６１、１９６／２９１／３０４／３６１、１９６／２９１／３０９／３６１、１９８／２３５／３９１、２０７、２４７／３０４／３０９／３６６、２５３／３９１、２７７、２９１、２９１／３０４／３０９および２９１／３０９から選択される１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換または置換セットを含み、前記ポリペプチド配列のアミノ酸位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、表６．１、７．１、８．１、９．１、１０．１、１１．１、１２．１、１３．１、１３．２、１４．１、１５．１、１６．１、１７．１、および／または１８．１において記載される少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼバリアントの配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高く同一であるポリペプチド配列を含む。さらに一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、表６．１、７．１、８．１、９．１、１０．１、１１．１、１２．１、１３．１、１３．２、１４．１、１５．１、１６．１、１７．１において提供されるバリアントである操作されたポリメラーゼである。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、お
よび／または１５６において記載される少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼバリアントの配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高く同一であるポリペプチド配列を含む。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６を含むポリペプチド配列を含む。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列に記載の少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼバリアントの配列に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれより高く同一であるポリペプチド配列を含む。さらに一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列に記載のポリペプチド配列を含む。一部のさらなる実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、野生型Ｖ．ｆｌｕｖｉａｌｉｓトランスアミナーゼと比較して、少なくとも１つの改善された特性を含む。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼの改善された特性は、基質に対する改善された活性を含む。一部のさらなる実施形態において、基質は、化合物（１）を含む。さらに一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼの改善された特性は、改善された熱安定性を含む。一部の追加の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼは、精製される。本発明はまた、本明細書において提供される操作されたトランスアミナーゼを含む組成物を提供する。一部の実施形態において、組成物は、本明細書において提供される１つより多くの操作されたトランスアミナーゼを含む。
【００１７】
本発明はまた、本明細書において提供される少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼをコードするポリヌクレオチド配列を提供する。一部の実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼをコードし、配列番号３、１７、１９、２９、４７、６５、６９、８７、１０９、１１１、１１９、１３７、および／または１５５に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含み、前記操作されたトランスアミナーゼのポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換を含む。一部のさらなる実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれより高い配列同一性を含む少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼ、またはその機能的断片をコードする。さらに一部の追加の実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、調節配列に作動可能に連結されている。なお一部のさらなる実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、コドン最適化されている。
【００１８】
本発明はまた、本明細書において提供される操作されたトランスアミナーゼをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターを提供する。一部の実施形態において、発現ベクターは、配列番号３、１７、１９、２９、４７、６５、６９、８７、１０９、１１１、１１９、１３７、および／または１５５に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含む少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含み、前記操作されたトランスアミナーゼのポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換を含む。一部の実施形態において、発現ベクターは、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれより高い配列同一性を含む少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼ、またはその機能的断片をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
【００１９】
本発明はまた、本明細書において提供される少なくとも１つの発現ベクターを含む宿主細胞を提供する。一部の実施形態において、宿主細胞は、本明細書において提供される少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、宿主細胞は、配列番号３、１７、１９、２９、４７、６５、６９、８７、１０９、１１１、１１９、１３７、および／または１５５に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を含む少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含み、操作されたトランスアミナーゼをコードするポリヌクレオチド配列は、１つまたは複数の位置で少なくとも１つの置換を含む。一部の実施形態において、宿主細胞は、配列番号４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６に対して少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、もしくはそれより高い配列同一性を含む少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼ、またはその機能的断片をコードするポリヌクレオチド配列を含む。一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド配列は、少なくとも１つの発現ベクターに存在する。
【００２０】
本発明はまた、宿主細胞において操作されたトランスアミナーゼを生成する方法であって、本明細書において提供される宿主細胞を、少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼが生成されるような適切な条件下で培養するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態において、方法は、少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼを培養物および／または宿主細胞から回収するステップをさらに含む。一部の追加の実施形態において、方法は、前記少なくとも１つの操作されたトランスアミナーゼを精製するステップをさらに含む。
【００２１】
本発明の一部の実施形態において、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、固体支持体上に固定され、必要に応じて、固体支持体は、エポキシド官能基を有するポリメタクリレート、アミノエポキシド官能基を有するポリメタクリレート、スチレン／ＤＶＢコポリマーもしくはオクタデシル官能基を有するポリメタクリレートを含むビーズまたは樹脂から選択される。
【００２２】
本発明のトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドの一部の実施形態において、操作されたポリペプチドは、化合物（２）の基質を化合物（１）の生成物に適切な反応条件下で変換する能力がある。一部の実施形態において、操作されたポリペプチドは、化合物（２）を化合物（１）に、適切な反応条件下で、参照配列（例えば、配列番号２、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、または１５６）の活性より少なくとも１．２倍、２倍、５倍、１０倍、２０倍、２５倍、５０倍、７５倍、１００倍、１，０００倍、１０，０００倍、２０，０００倍、３０，０００倍、４０，０００倍、５０，０００倍、６０，０００倍、７０，０００倍、８０，０００倍、９０，０００倍、９５，０００倍、またはそれより高い倍率で変換する能力がある。一部の実施形態において、操作されたポリペプチドは、化合物（２）を化合物（１）に、参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、または１５６）と比べて増大した活性で変換する能力があり、適切な反応条件は、少なくとも５０ｇ／Ｌの負荷量での化合物（１）、０．５ｇ／Ｌ  ＰＬＰ、１Ｍのイソプロピルアミン、ｐＨ９、および５８℃を含む。
【００２３】
一部の実施形態において、本発明は、化合物（１）
【化５】
2020523023.tif 000006
を調製するプロセスであって、化合物（２）の基質
【化６】
2020523023.tif 000007
を本明細書において開示される操作されたポリペプチドと、アミノ基ドナーの存在下、適切な反応条件下で接触させるステップを含むプロセスを提供する。
【００２４】
一部の実施形態において、本明細書において開示される操作されたポリペプチドを使用するプロセスを実行することができ、化合物（１）は、少なくとも９０％、９７％、９８％、９９％またはそれより高いエナンチオマー過剰率およびジアステレオマー過剰率で生成される。
【００２５】
化合物（１）の調製のため操作されたポリペプチドを使用する本明細書において開示されるプロセスはいずれも、一連のアミンドナー、ｐＨ、温度、緩衝液、溶媒系、基質負荷量、ポリペプチド負荷量、補助因子負荷量、圧力、および反応時間を含むが、これらに限定されない、一連の適切な反応条件下で実行することができる。例えば、一部の実施形態において、化合物（１）の化合物の調製を実行することができ、その適切な反応条件は、（ａ）基質化合物の基質負荷量約１０〜１００ｇ／Ｌ（例えば、化合物（２）５０ｇ／Ｌまたは７５ｇ／Ｌ）；（ｂ）操作されたポリペプチドの負荷量約０．５ｇ／Ｌ〜５ｇ／Ｌ；（ｃ）ＩＰＭ濃度約０．５〜３Ｍ；（ｄ）ＰＬＰ補助因子濃度約０．１〜１ｇ／Ｌ；（ｅ）ＤＭＳＯ濃度約０％（ｖ／ｖ）〜約２０％（ｖ／ｖ）；（ｆ）ｐＨ約８．５〜１１．５；および（ｇ）温度約４５℃〜６５℃を含む。一部の実施形態において、適切な反応条件は、（ａ）基質化合物（例えば、化合物（２））約５０ｇ／Ｌ；（ｂ）操作されたポリペプチド約１ｇ／Ｌ；（ｃ）イソプロピルアミン（ＩＰＭ）約１Ｍ；（ｄ）リン酸ピリドキサール（ＰＬＰ）約０．５ｇ／Ｌ；（ｅ）約ｐＨ９；および（ｇ）約５８℃を含む。
【００２６】
一部の実施形態において、本明細書において開示される操作されたポリペプチドを使用するプロセスを実行することができ、アミノ基ドナーは、イソプロピルアミン、アラニン、３−アミノ酪酸、またはメチルベンジルアミンから選択される。一部の実施形態において、アミノ基ドナーは、イソプロピルアミンである。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
本明細書において提供される説明について、単数形の使用は、別段具体的に述べられない限り、複数形を含む（逆もまた同様である）。例えば、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈上明らかに別の意味を示さない限り、複数の指示物を含む。同様に、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」は、交換可能であり、制限することを意図されない。
【００２８】
様々な実施形態の説明が、用語「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」を使用する場合、一部の具体的な場合では、実施形態は、その代わりに語句「から本質的になる」または「からなる」を使用して記載され得ることを当業者が理解することが、さらに理解されるべきである。
【００２９】
図面を含む前述の一般的な説明と以下の詳細な説明の両方は、例示的であり、単なる説明にすぎず、本発明を制限するものではない。さらに、本明細書において使用される節の表題は、構成目的のみのためであり、記載される主題を制限するものと解釈されるべきではない。
【００３０】
定義
本明細書において使用される場合、以下の用語は、以下の意味を有することが意図される。本発明に関して、本明細書における説明において使用される技術用語および科学用語は、別段具体的に定義されない限り、当業者により一般的に理解される意味を有する。したがって、以下の用語は、以下の意味を有することが意図される。加えて、本明細書において言及される、全ての特許および刊行物において開示される全ての配列を含む、かかる特許および刊行物は、参照により明白に組み込まれる。
【００３１】
別段示されない限り、本発明の実施は、分子生物学、発酵、微生物学、および関連する分野において一般的に使用される従来の技術を含み、これらは、当業者に公知である。本明細書において別段定義されない限り、本明細書において使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野における当業者により一般的に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書において記載されるものと同様または同等な任意の方法および物質を、本発明の実施または試験において使用することができるが、好ましい方法および物質が記載される。実際に、本明細書において記載される特定の方法論、プロトコール、および試薬は、これらが使用される状況に応じて変動し得るので、本発明は、その特定の方法論、プロトコール、および試薬に限定されないことが、意図される。本明細書において提供される表題は、全体として本明細書を参照し得る、本発明の様々な態様または実施形態の制限ではない。したがって、以下で定義される用語は、全体として本明細書を参照してより完全に定義される。
【００３２】
それでもなお、本発明の理解を促進するために、多数の用語が以下で定義される。数値範囲は、範囲を定義する数を含む。したがって、本明細書において開示される各数値範囲は、かかるより広い数値範囲内にあるあらゆるより狭い数値範囲を、かかるより狭い数値範囲が、本明細書において全て明確に書かれているかのように包含することが意図される。本明細書において開示される最大（または最小）の各数値制限は、より小さい（またはより大きい）各数値制限を、かかるより小さい（またはより大きい）数値制限が、本明細書において明確に書かれているかのように、含むことも意図される。
【００３３】
本明細書において使用される場合、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」およびその類似語は、包括的な意味（すなわち、用語「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」およびその対応する類似語の同等物）で使用される。
【００３４】
本明細書および添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が別段明確に示さない限り、複数の指示物を含む。したがって、例えば、「宿主細胞（ａ  ｈｏｓｔ  ｃｅｌｌ）」への言及は、複数のかかる宿主細胞を含む。
【００３５】
別段示されない限り、それぞれ、核酸は、左から右に５’から３’の向きで書かれ、アミノ酸配列は、左から右にアミノからカルボキシの向きで書かれる。
【００３６】
本明細書において使用される場合、用語「タンパク質」、「ポリペプチド」および「ペプチド」を本明細書において互換的に使用して、長さまたは翻訳後修飾（例えば、グリコシル化、リン酸化、脂質化、ミリスチル化（ｍｙｒｉｓｔｉｌａｔｉｏｎ）、ユビキチン化など）に拘わらず、アミド結合により共有結合によって連結された少なくとも２つのアミノ酸のポリマーを示す。この定義内に、Ｄ−およびＬ−アミノ酸、ならびにＤ−およびＬ−アミノ酸の混合物が含まれる。
【００３７】
遺伝子でコードされるアミノ酸について使用される略語は、従来通りであり、以下の通りである。
【表１−１】
2020523023.tif 000008
【００３８】
３文字の略語が使用されるとき、具体的に先に「Ｌ」もしくは「Ｄ」がない限り、または略語が使用される文脈から明らかでない限り、アミノ酸は、α−炭素（Ｃα）についてＬまたはＤ配置のいずれかであり得る。例えば、「Ａｌａ」は、α炭素についての配置を特定することなくアラニンを示す一方、「Ｄ−Ａｌａ」および「Ｌ−Ａｌａ」は、それぞれ、Ｄ−アラニンおよびＬ−アラニンを示す。１文字の略語が使用されるとき、大文字は、α−炭素についてＬ配置のアミノ酸を示し、小文字は、α−炭素についてＤ配置のアミノ酸を示す。例えば、「Ａ」は、Ｌ−アラニンを示し、「ａ」は、Ｄ−アラニンを示す。ポリペプチド配列が、１文字もしくは３文字の略語（またはその混合）の連続として示されるとき、配列は、一般的な慣習に従いアミノ（Ｎ）からカルボキシ（Ｃ）の向きで示される。
【００３９】
本明細書において使用される場合、「親水性アミノ酸または残基」は、Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  １７９：１２５−１４２  ［１９８４］）の正規化コンセンサス疎水性スケールに従い、ゼロ未満の疎水性を示す側鎖を有するアミノ酸または残基を指す。遺伝子でコードされる親水性アミノ酸は、Ｌ−Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｌ−Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｌ−Ｈｉｓ（Ｈ）、Ｌ−Ｇｌｕ（Ｅ）、Ｌ−Ａｓｎ（Ｎ）、Ｌ−Ｇｌｎ（Ｑ）、Ｌ−Ａｓｐ（Ｄ）、Ｌ−Ｌｙｓ（Ｋ）およびＬ−Ａｒｇ（Ｒ）を含む。
【００４０】
本明細書において使用される場合、「酸性アミノ酸または残基」は、当該アミノ酸が、ペプチドまたはポリペプチドにおいて含まれるとき、約６未満のｐＫ値を示す側鎖を有する親水性アミノ酸または残基を指す。酸性アミノ酸は、典型的には、水素イオンの喪失に起因して、生理学的ｐＨにて負に荷電した側鎖を有する。遺伝子でコードされる酸性アミノ酸は、Ｌ−Ｇｌｕ（Ｅ）およびＬ−Ａｓｐ（Ｄ）を含む。
【００４１】
本明細書において使用される場合、「塩基性アミノ酸または残基」は、当該アミノ酸が、ペプチドまたはポリペプチドにおいて含まれるとき、約６より大きいｐＫ値を示す側鎖を有する親水性アミノ酸または残基を指す。塩基性アミノ酸は、典型的には、ヒドロニウムイオンとの会合に起因して、生理学的ｐＨにて正に荷電した側鎖を有する。遺伝子でコードされる塩基性アミノ酸は、Ｌ−Ａｒｇ（Ｒ）およびＬ−Ｌｙｓ（Ｋ）を含む。
【００４２】
本明細書において使用される場合、「極性アミノ酸または残基」は、生理学的ｐＨにて荷電していないが、２つの原子により共同で共有される１対の電子が、原子の１つにより、より密接に保持される、少なくとも１つの結合を有する側鎖を有する親水性アミノ酸または残基を指す。遺伝子でコードされる極性アミノ酸は、Ｌ−Ａｓｎ（Ｎ）、Ｌ−Ｇｌｎ（Ｑ）、Ｌ−Ｓｅｒ（Ｓ）およびＬ−Ｔｈｒ（Ｔ）を含む。
【００４３】
本明細書において使用される場合、「疎水性アミノ酸または残基」は、Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  １７９：１２５−１４２  ［１９８４］）の正規化コンセンサス疎水性スケールに従い、ゼロより大きい疎水性を示す側鎖を有するアミノ酸または残基を指す。遺伝子でコードされる疎水性アミノ酸は、Ｌ−Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｌ−Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｌ−Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｌ−Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌ−Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｌ−Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｌ−Ｍｅｔ（Ｍ）、Ｌ−Ａｌａ（Ａ）およびＬ−Ｔｙｒ（Ｙ）を含む。
【００４４】
本明細書において使用される場合、「芳香族アミノ酸または残基」は、少なくとも１つの芳香族環もしくはヘテロ芳香族環を含む側鎖を有する親水性または疎水性アミノ酸もしくは残基を指す。遺伝子でコードされる芳香族アミノ酸は、Ｌ−Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｌ−Ｔｙｒ（Ｙ）およびＬ−Ｔｒｐ（Ｗ）を含む。この側鎖はヘテロ芳香族環を含むので、このヘテロ芳香族窒素原子Ｌ−Ｈｉｓ（Ｈ）のｐＫａのために、これは、時に、塩基性残基として、または芳香族残基として分類されるが、本明細書において、ヒスチジンは、親水性残基としてまたは「拘束された（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）残基」（以下を参照）として分類される。
【００４５】
本明細書において使用される場合、「拘束されたアミノ酸または残基」は、拘束された幾何学形状を有するアミノ酸または残基を指す。ここでは、拘束された残基は、Ｌ−Ｐｒｏ（Ｐ）およびＬ−Ｈｉｓ（Ｈ）を含む。ヒスチジンは、比較的小さいイミダゾール環を有するので、拘束された幾何学形状を有する。プロリンは、これもまた５員環を有するので、拘束された幾何学形状を有する。
【００４６】
本明細書において使用される場合、「非極性アミノ酸または残基」は、生理学的ｐＨにて荷電していないが、２つの原子により共同で共有される１対の電子が、一般に、２つの原子のそれぞれにより均等に保持される結合を有する側鎖を有する疎水性アミノ酸または残基を指す（すなわち、側鎖は極性ではない）。遺伝子でコードされる非極性アミノ酸は、Ｌ−Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｌ−Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｌ−Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌ−Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｌ−Ｍｅｔ（Ｍ）およびＬ−Ａｌａ（Ａ）を含む。
【００４７】
本明細書において使用される場合、「脂肪族アミノ酸または残基」は、脂肪族炭化水素側鎖を有する疎水性アミノ酸または残基を指す。遺伝子でコードされる脂肪族アミノ酸は、Ｌ−Ａｌａ（Ａ）、Ｌ−Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌ−Ｌｅｕ（Ｌ）およびＬ−Ｉｌｅ（Ｉ）を含む。システイン（または「Ｌ−Ｃｙｓ」または「［Ｃ］」）は、他のＬ−Ｃｙｓ（Ｃ）アミノ酸または他のスルファニルもしくはスルフヒドリル含有アミノ酸とジスルフィド架橋を形成し得るという点が独特であることに留意されたい。「システイン様残基」は、システインと、ジスルフィド架橋の形成のため利用可能であるスルフヒドリル部分を含有する他のアミノ酸とを含む。Ｌ−Ｃｙｓ（Ｃ）（および−ＳＨ含有側鎖を有する他のアミノ酸）が、還元した遊離の−ＳＨまたは酸化ジスルフィド架橋結合した形態のいずれかのペプチドに存在する能力は、Ｌ−Ｃｙｓ（Ｃ）が、正味の疎水性または親水性特徴をペプチドに付与するかどうかに影響する。Ｌ−Ｃｙｓ（Ｃ）が、Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら（Ｅｉｓｅｎｂｅｒｇら、１９８４、上）の正規化コンセンサススケールに従い、０．２９の疎水性を示す一方、本発明の目的のため、Ｌ−Ｃｙｓ（Ｃ）が、これ自体の固有の群に分類されることは理解されるべきである。
【００４８】
本明細書において使用される場合、「小さいアミノ酸または残基」は、計３個もしくはそれより少ない炭素および／またはヘテロ原子（α炭素および水素を除く）で構成される側鎖を有するアミノ酸または残基を指す。小さいアミノ酸または残基は、上の定義に従い、脂肪族、非極性、極性もしくは酸性の小さいアミノ酸または残基としてさらに分類されてもよい。遺伝子でコードされる小さいアミノ酸は、Ｌ−Ａｌａ（Ａ）、Ｌ−Ｖａｌ（Ｖ）、Ｌ−Ｃｙｓ（Ｃ）、Ｌ−Ａｓｎ（Ｎ）、Ｌ−Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｌ−Ｔｈｒ（Ｔ）およびＬ−Ａｓｐ（Ｄ）を含む。
【００４９】
本明細書において使用される場合、「ヒドロキシル含有アミノ酸または残基」は、ヒドロキシル（−ＯＨ）部分を含有するアミノ酸を指す。遺伝子でコードされるヒドロキシル含有アミノ酸は、Ｌ−Ｓｅｒ（Ｓ）  Ｌ−Ｔｈｒ（Ｔ）およびＬ−Ｔｙｒ（Ｙ）を含む。
【００５０】
本明細書において使用される場合、「アミノ酸の違い」および「残基の違い」は、参照配列における対応する位置のアミノ酸残基と比べて、ポリペプチド配列の位置のアミノ酸残基の違いを指す。アミノ酸の違いの位置は、一般に、本明細書において「Ｘｎ」（式中、ｎは、残基の違いが基づく参照配列における対応する位置を指す）と称する。例えば、「配列番号２と比較した位置Ｘ４０における残基の違い」は、配列番号２の位置４０に対応するポリペプチド位置におけるアミノ酸残基の違いを指す。したがって、配列番号２の参照ポリペプチドが、位置４０にてヒスチジンを有するなら、「配列番号２と比較した位置Ｘ４０における残基の違い」は、配列番号２の位置４０に対応するポリペプチドの位置におけるヒスチジン以外の任意の残基のアミノ酸置換を指す。本明細書における大抵の場合は、位置における具体的なアミノ酸残基の違いは、「ＸｎＹ」（式中、「Ｘｎ」は、上に記載された通り、対応する位置を特定し、「Ｙ」は、操作されたポリペプチドにおいて見られるアミノ酸（すなわち、参照ポリペプチドにおけるものと異なる残基）の１文字識別子である）として示される。一部の場合では、本発明はまた、慣習的な表記法「ＡｎＢ」（式中、Ａは、参照配列における残基の１文字識別子であり、「ｎ」は、参照配列における残基位置の数であり、Ｂは、操作されたポリペプチドの配列における残基置換の１文字識別子である）により示される具体的なアミノ酸の違いを提供する。一部の場合では、本発明のポリペプチドは、参照配列と比べて１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを含むことができ、これは、残基の違いが、参照配列と比べて存在する具体的な位置のリストにより示される。一部の実施形態において、１つより多くのアミノ酸が、ポリペプチドの具体的な残基位置において使用され得る場合、使用され得る様々なアミノ酸残基は、「／」により分けられる（例えば、Ｘ１９２Ａ／Ｇ）。複数の置換を有するバリアントが存在する一部の実施形態において、置換は、セミコロン（；）またはスラッシュ（／）のいずれかにより分けられる（例えば、Ｙ１７Ｖ；Ｉ２５９Ｔ；Ｅ３４７ＫまたはＹ１７Ｖ／Ｉ２５９Ｔ／Ｅ３４７Ｋ）。
【００５１】
本発明は、保存的と非保存的アミノ酸置換のいずれか／もしくは両方を含む１つまたは複数のアミノ酸の違いを含む操作されたポリペプチド配列を含む。本発明の配列表において含まれる具体的な組換え炭酸脱水酵素ポリペプチドのアミノ酸配列は、開始メチオニン（Ｍ）残基（すなわち、Ｍは、残基位置１を表す）を含む。しかしながら、当業者は、この開始メチオニン残基を、宿主細胞におけるまたはｉｎ  ｖｉｔｒｏ翻訳系におけるような、生物学的プロセシング機構により除去して、開始メチオニン残基を欠いているが、その他の点で酵素の特性を保持している成熟タンパク質を生じ得ることを理解する。結果として、本明細書において使用される場合、用語「位置Ｘｎにおける配列番号２と比べたアミノ酸残基の違い」は、出発メチオニンを欠くようプロセシングされた、参照配列における位置「Ｘｎ」または対応する位置（例えば、位置（Ｘ−１）ｎ）を指してもよい。
【００５２】
本明細書において使用される場合、語句「保存的アミノ酸置換」は、類似の側鎖を有する残基の交換可能性を指し、したがって、典型的には、ポリペプチドにおけるアミノ酸が、同じまたは類似の定義されたクラスのアミノ酸内のアミノ酸で置換されることを含む。一例であり限定するものではないが、一部の実施形態において、脂肪族側鎖を有するアミノ酸は、別の脂肪族アミノ酸（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、およびイソロイシン）で置換され；ヒドロキシル側鎖を有するアミノ酸は、ヒドロキシル側鎖を有する別のアミノ酸（例えば、セリンおよびスレオニン）で置換され；芳香族側鎖を有するアミノ酸は、芳香族側鎖を有する別のアミノ酸（例えば、フェニルアラニン、チロシン、トリプトファン、およびヒスチジン）で置換され；塩基性側鎖を有するアミノ酸は、塩基性側鎖を有する別のアミノ酸（例えば、リシンおよびアルギニン）で置換され；酸性側鎖を有するアミノ酸は、酸性側鎖を有する別のアミノ酸（例えば、アスパラギン酸またはグルタミン酸）で置換され；ならびに／または疎水性もしくは親水性アミノ酸は、それぞれ、別の疎水性または親水性アミノ酸で置き換えられる。例示的な保存的置換が、表１において提供される。
【表１−２】
2020523023.tif 000009
【００５３】
本明細書において使用される場合、語句「非保存的置換」は、ポリペプチドにおけるアミノ酸が、著しく異なる側鎖特性を有するアミノ酸で置換されることを指す。非保存的置換は、定義される群内ではなく群間のアミノ酸を使用し得、（ａ）置換のエリアにおけるペプチド骨格の構造（例えば、グリシンの代わりにプロリン）、（ｂ）荷電もしくは疎水性、または（ｃ）側鎖の嵩高さに影響する。例示および限定でない目的で、例示的な非保存的置換は、塩基性または脂肪族アミノ酸で置換された酸性アミノ酸；小さいアミノ酸で置換された芳香族アミノ酸；および疎水性アミノ酸で置換された親水性アミノ酸であり得る。
【００５４】
本明細書において使用される場合、「欠失」は、１つまたは複数のアミノ酸の参照ポリペプチドからの除去によるポリペプチドの修飾を指す。欠失は、酵素活性を保持し、および／または操作された酵素の改善された特性を保持しながら、１つもしくはそれより多いアミノ酸、２つもしくはそれより多いアミノ酸、５つもしくはそれより多いアミノ酸、１０もしくはそれより多いアミノ酸、１５もしくはそれより多いアミノ酸、または２０もしくはそれより多いアミノ酸、ポリペプチドをなすアミノ酸の総数の最大１０％、またはアミノ酸の総数の最大２０％の除去を含み得る。欠失は、ポリペプチドの内部および／または末端部分に指示され得る。様々な実施形態において、欠失は、連続セグメントを含み得るか、または不連続であり得る。
【００５５】
本明細書において使用される場合、「挿入」は、参照ポリペプチドへの１つまたは複数のアミノ酸の付加によるポリペプチドの修飾を指す。一部の実施形態において、改善された操作されたトランスアミナーゼ酵素は、天然に存在するトランスアミナーゼポリペプチドへの１つまたは複数のアミノ酸の挿入および操作されたトランスアミナーゼポリペプチドへの１つまたは複数のアミノ酸の挿入を含む。挿入は、ポリペプチドの内部であるか、またはカルボキシもしくはアミノ末端に対して起こり得る。本明細書において使用される場合の挿入は、当技術分野において公知の融合タンパク質を含む。挿入は、天然に存在するポリペプチドにおけるアミノ酸の連続セグメントであってもよく、またはアミノ酸の１つもしくは複数によって分離したものであってもよい。
【００５６】
用語「アミノ酸置換セット」または「置換セット」は、参照配列と比較した、ポリペプチド配列におけるアミノ酸置換の群を指す。置換セットは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個、またはそれより多いアミノ酸置換を有し得る。一部の実施形態において、置換セットは、実施例において提供される表に列挙されるバリアントトランスアミナーゼのいずれかに存在するアミノ酸置換のセットを指す。用語「置換セット」はまた、参照配列と比較した、ポリヌクレオチド配列におけるヌクレオチド置換の群に関して使用される。
【００５７】
本明細書において使用される場合、「断片」は、アミノ末端および／またはカルボキシ末端の欠失を有するが、残りのアミノ酸配列は、配列における対応する位置と同一である、ポリペプチドを指す。断片は、典型的には、全長トランスアミナーゼポリペプチド、例えば、配列番号２のポリペプチドの約８０％、約９０％、約９５％、約９８％、または約９９％を有し得る。一部の実施形態において、断片は、「生物学的に活性」である（すなわち、全長配列と同じ酵素活性を示す）。
【００５８】
本明細書において使用される場合、「単離されたポリペプチド」は、自然に付随する他の混入物（例えば、タンパク質、脂質、およびポリヌクレオチド）から実質的に分離されたポリペプチドを指す。用語は、それらの天然に存在する環境または発現系（例えば、宿主細胞もしくはｉｎ  ｖｉｔｒｏ合成）から取り出されているか、または精製されているポリペプチドを包含する。改善されたトランスアミナーゼ酵素は、細胞内に存在するか、細胞培地に存在するか、または溶解物もしくは単離された調製物のような、様々な形態で調製されてもよい。したがって、一部の実施形態において、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、単離されたポリペプチドであり得る。
【００５９】
本明細書において使用される場合、「実質的に純粋なポリペプチド」は、当該ポリペプチド種が、優勢的に存在する種である（すなわち、モル濃度または重量基準で、組成物における任意の他の個々の高分子種より豊富である）組成物を指し、対象の種が、モルまたは重量％で、存在する高分子種の少なくとも約５０パーセントを構成するとき、一般に、実質的に精製された組成物である。一般に、実質的に純粋な操作されたトランスアミナーゼポリペプチド組成物は、モルまたは重量％で、組成物に存在する全ての高分子種の約６０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約７０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約８０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９１％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９２％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９３％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９４％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９５％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９６％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９７％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９８％もしくはそれを超えるパーセンテージ、または約９９％を構成する。溶媒種、小分子（＜５００ダルトン）、および元素イオン種は、高分子種とみなされない。一部の実施形態において、単離された改善されたトランスアミナーゼポリペプチドは、実質的に純粋なポリペプチド組成物である。
【００６０】
本明細書において使用される場合、「実質的に純粋なポリヌクレオチド」は、当該ポリヌクレオチド種が、優勢的に存在する種である（すなわち、モル濃度または重量基準で、組成物における任意の他の個々の高分子種より豊富である）組成物を指し、対象の種が、モルまたは重量％で、存在する高分子種の少なくとも約５０パーセントを構成するとき、一般に、実質的に精製された組成物である。一般に、実質的に純粋な操作されたトランスアミナーゼポリヌクレオチド組成物は、モルまたは重量％で、組成物に存在する全ての高分子種の約６０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約７０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約８０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９０％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９１％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９２％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９３％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９４％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９５％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９６％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９７％もしくはそれを超えるパーセンテージ、約９８％もしくはそれを超えるパーセンテージ、または約９９％を構成する。一部の実施形態において、単離された改善されたトランスアミナーゼポリペプチドは、実質的に純粋なポリヌクレオチド組成物である。
【００６１】
本明細書において使用される場合、「ポリヌクレオチド」および「核酸」は、共有結合によって互いに連結されている２つまたはそれより多いヌクレオシドを指す。ポリヌクレオチドは、リボヌクレオシド（すなわち、ＲＮＡ）で全体が構成されていても、２’デオキシリボヌクレオチド（すなわち、ＤＮＡ）で全体が構成されていてもよく、またはリボヌクレオシドと２’デオキシリボヌクレオシドの混合物で全体が構成されていてもよい。ヌクレオシドが、典型的には、標準的ホスホジエステル連結を介して互いに連結されるが、ポリヌクレオチドは、１つまたは複数の非標準的な連結を含んでもよい。ポリヌクレオチドは、１本鎖もしくは２本鎖であってもよいか、または１本鎖領域と２本鎖領域の両方を含んでもよい。さらに、ポリヌクレオチドは、典型的には、天然に存在するコード核酸塩基（すなわち、アデニン、グアニン、ウラシル、チミン、およびシトシン）からなるが、１つもしくは複数の修飾および／または合成核酸塩基（例えば、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチンなど）を含んでもよい。好ましくは、かかる修飾または合成核酸塩基は、コード核酸塩基である。
【００６２】
遺伝子コードヌクレオシドのため使用される略語は、慣習的であり、次の：アデノシン（Ａ）；グアノシン（Ｇ）；シチジン（Ｃ）；チミジン（Ｔ）；およびウリジン（Ｕ）である。具体的に描写されない限り、省略されたヌクレオチドは、リボヌクレオシドまたは２’−デオキシリボヌクレオシドのいずれかであってもよい。ヌクレオシドは、個々の基準でもしくは集合体の基準でリボヌクレオシドまたは２’−デオキシリボヌクレオシドのいずれかとして特定してもよい。核酸配列が、１文字の略語の連続として提示されるとき、配列は、一般的な慣習に従い５’から３’の向きで提示され、ホスフェートは示されない。
【００６３】
本明細書において使用される場合、「ハイブリダイゼーションストリンジェンシー」は、核酸のハイブリダイゼーションにおける、洗浄条件のような、ハイブリダイゼーション条件に関する。一般に、ハイブリダイゼーション反応は、より低いストリンジェンシーの条件下で行われ、続いて、変動するが、より高いストリンジェンシーの洗浄が行われる。用語「中程度にストリンジェントなハイブリダイゼーション」は、標的ＤＮＡが、標的ポリヌクレオチドに対して約９０％より高い同一性で、標的ＤＮＡに対して約６０％の同一性、好ましくは、約７５％の同一性、約８５％の同一性を有する相補核酸に結合するのを可能にする条件を指す。例示的な中程度にストリンジェントな条件は、５０％ホルムアミド、５×デンハート（Ｄｅｎｈａｒｔ’ｓ）液、５×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中、４２℃におけるハイブリダイゼーション、続いて、０．２×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ、４２℃での洗浄と同等な条件である。「高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション」は、一般に、定義されたポリヌクレオチド配列について溶液条件下で決定された熱融解温度Ｔｍから約１０℃またはそれより低い条件を指す。一部の実施形態において、高ストリンジェンシーの条件は、０．０１８ＭのＮａＣｌ中、６５℃にて安定なハイブリッドを形成する核酸配列だけのハイブリダイゼーションを可能にする条件を指す（すなわち、ハイブリッドが、０．０１８ＭのＮａＣｌ中、６５℃にて安定でないなら、それは、本明細書において考えられる、高ストリンジェンシーの条件下で安定ではないことになる）。高ストリンジェンシーの条件は、例えば、５０％ホルムアミド、５×デンハート液、５×ＳＳＰＥ、０．２％ＳＤＳ中、４２℃におけるのと同等な条件におけるハイブリダイゼーション、続いて、０．１×ＳＳＰＥ、および０．１％ＳＤＳ、６５℃での洗浄により提供され得る。別の高ストリンジェンシーの条件は、０．１％（ｗ：ｖ）ＳＤＳを含有する５×ＳＳＣ中、６５℃でのハイブリダイゼーションおよび０．１％ＳＤＳを含有する０．１×ＳＳＣ中、６５℃での洗浄と同等な条件におけるハイブリダイゼーションである。他の高ストリンジェンシーのハイブリダイゼーション条件、および中程度にストリンジェントな条件は、当業者に公知である。
【００６４】
本明細書において使用される場合、「コード配列」は、タンパク質のアミノ酸配列をコードする核酸（例えば、遺伝子）の部分を指す。
【００６５】
本明細書において使用される場合、「コドン最適化されている」は、コードされるタンパク質が、目的の生物において効率的に発現されるように、タンパク質をコードするポリヌクレオチドのコドンが特定の生物において優先的に使用されるコドンに変更されることを指す。一部の実施形態において、トランスアミナーゼ酵素をコードするポリヌクレオチドは、発現のため選択された宿主生物からの最適な生成についてコドン最適化されていてもよい。遺伝子コードは、大抵のアミノ酸が、「異名」または「同義」コドンと呼ばれる、いくつかのコドンにより表される点で縮重であるが、特定の生物によるコドン使用頻度は無作為ではなく、特定のコドントリプレットに偏ることは、周知である。このコドン使用頻度の偏りは、所定の遺伝子、共通の機能または先祖起源の遺伝子、低コピー数のタンパク質に対して高度に発現されたタンパク質、および生物のゲノムの凝集タンパク質コード領域に関してより大きくてもよい。一部の実施形態において、トランスアミナーゼ酵素をコードするポリヌクレオチドは、発現のため選択された宿主生物からの最適な生成についてコドン最適化されていてもよい。
【００６６】
本明細書において使用される場合、「好ましい最適な高コドン使用頻度バイアスコドン」は、同じアミノ酸をコードする他のコドンよりタンパク質コード領域においてより高い頻度で使用されるコドンを互換的に指す。好ましいコドンは、単一遺伝子、共通の機能もしくは起源の遺伝子のセット、高度に発現された遺伝子、全生物の凝集タンパク質コード領域のコドン頻度、関連する生物の凝集タンパク質コード領域のコドン頻度、またはこれらの組み合わせにおけるコドン使用頻度に関して決定されてもよい。頻度が遺伝子発現のレベルに伴い増大するコドンは、典型的には、発現に最適なコドンである。例えば、クラスター解析またはコレスポンデンス解析を使用した多変量解析を含む、特定の生物におけるコドン頻度（例えば、コドン使用頻度、相対的同義コドン使用頻度）およびコドン優先度（ｃｏｄｏｎ  ｐｒｅｆｅｒｅｎｃｅ）、ならびに遺伝子において使用されるコドンの有効な数を決定する様々な方法が、公知である（例えば、ＧＣＧ  ＣｏｄｏｎＰｒｅｆｅｒｅｎｃｅ、Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｃｏｍｐｕｔｅｒ  Ｇｒｏｕｐ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ  Ｐａｃｋａｇｅ；ＣｏｄｏｎＷ、Ｊｏｈｎ  Ｐｅｄｅｎ、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｎｏｔｔｉｎｇｈａｍ；ＭｃＩｎｅｒｎｅｙ、Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍ．，  １４：３７２−７３  ［１９９８］；Ｓｔｅｎｉｃｏら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２２２：４３７−４６  ［１９９４］；およびＷｒｉｇｈｔ、Ｇｅｎｅ，  ８７：２３−２９  ［１９９０］を参照）。コドン使用頻度表について、拡大中の生物のリストが利用可能である（例えば、Ｗａｄａら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２０：２１１１−２１１８  ［１９９２］；Ｎａｋａｍｕｒａら、Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２８：２９２  ［２０００］；Ｄｕｒｅｔら、上記；Ｈｅｎａｕｔ  ａｎｄ  Ｄａｎｃｈｉｎ，  ”Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  ａｎｄ  Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ”，  Ｎｅｉｄｈａｒｄｔ，  ｅｔ  ａｌ．，（ｅｄｓ．），  ＡＳＭ  Ｐｒｅｓｓ，  Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ  Ｄ．Ｃ．，  ［１９９６］，  ｐ．２０４７−２０６６を参照。コドン使用頻度を得るためのデータ供給源は、タンパク質をコードする能力がある任意の利用可能なヌクレオチド配列を使用してもよい。これらのデータセットは、発現されたタンパク質（例えば、完全タンパク質コード配列−ＣＤＳ）、発現配列タグ（ＥＳＴ）、またはゲノム配列の推定コード領域をコードすることが実際に公知の核酸配列を含む（例えば、Ｕｂｅｒｂａｃｈｅｒ，  Ｍｅｔｈ．  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，  ２６６：２５９−２８１  ［１９９６］；Ｔｉｗａｒｉら、Ｃｏｍｐｕｔ．  Ａｐｐｌ．  Ｂｉｏｓｃｉ．，  １３：２６３−２７０  ［１９９７］を参照）。
【００６７】
本明細書において使用される場合、「調節配列」は、本発明のポリヌクレオチドおよび／もしくはポリペプチドの発現に必須または有利である全ての成分を含むことが、本明細書において定義される。それぞれの調節配列は、目的のポリヌクレオチドにとって生来（ｎａｔｉｖｅ）のものまたは外来のものであってもよい。かかる調節配列は、これらに限定されないが、リーダー、ポリアデニル化配列、プロペプチド配列、プロモーター、シグナルペプチド配列、および転写ターミネーターを含む。
【００６８】
本明細書において使用される場合、「作動可能に連結されている」は、調節配列が、目的のポリヌクレオチドおよび／もしくはポリペプチドの発現を誘導するか、または制御するように、調節配列が、目的のポリヌクレオチドと関連する位置に適切に位置する（すなわち、機能的な関係で）構成として本明細書において定義される。
【００６９】
本明細書において使用される場合、「プロモーター配列」は、コード配列のような、目的のポリヌクレオチドの発現のための宿主細胞により認識される核酸配列を指す。調節配列は、適切なプロモーター配列を含んでもよい。プロモーター配列は、転写調節配列を含有し、目的のポリヌクレオチドの発現を媒介する。プロモーターは、変異体、切断、およびハイブリッドプロモーターを含む、選択した宿主において転写活性を示す任意の核酸配列であってもよく、宿主細胞にとって同種もしくは異種のいずれかの細胞外または細胞内ポリペプチドをコードする遺伝子から得られてもよい。
【００７０】
本明細書において使用される場合、「天然に存在する」および「野生型」は、天然でみられる形態を指す。例えば、天然に存在するまたは野生型ポリペプチドもしくはポリヌクレオチド配列は、ヒトの操作により意図的に修飾されていない、天然で供給源から単離され得る、生物に存在する配列である。
【００７１】
本明細書において使用される場合、（例えば、細胞、核酸、またはポリペプチド）に関して本発明において使用されるときの、「天然に存在しない」、「操作された」および「組換え」は、そうでなければ天然に存在しない様式で修飾されている、物質、または物質の天然もしくは生来の形態に対応する物質を指す。一部の実施形態において、物質は、天然に存在する物質と同一であるが、合成物質からおよび／もしくは組換え技術を使用した操作により、生成されるか、またはもたらされる。非限定的な例は、数ある中でも、細胞の生来の（非組換え）形態内で見られないか、またはそうでなければ異なるレベルで発現される生来の遺伝子を発現する遺伝子を発現する組換え細胞を含む。
【００７２】
本明細書において使用される場合、「配列同一性のパーセンテージ」、「パーセント同一性」および「パーセント同一である」は、ポリヌクレオチド配列またはポリペプチド配列間での比較を指し、２つの最適にアライメントさせた配列を比較ウィンドウにわたり比較することにより決定され、比較ウィンドウにおけるポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列の部分は、２つの配列の最適なアライメントについて参照配列と比較して、付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含んでもよい。パーセンテージは、両方の配列において同一の核酸塩基もしくはアミノ酸残基が存在するか、または核酸塩基もしくはアミノ酸残基がギャップありでアライメントする位置の数を決定して、一致した位置の数を得、一致した位置の数を比較ウィンドウにおける位置の総数で割り、結果に１００を掛けて、配列同一性のパーセンテージを得ることにより、計算される。最適なアライメントおよびパーセント配列同一性の決定は、ＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ２．０アルゴリズム（例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  ２１５：４０３−４１０  ［１９９０］；およびＡｌｔｓｃｈｕｌら、Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２５：３３８９−３４０２  ［１９７７］を参照）を使用して行われる。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウエアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのウェブサイトを通じて公的に入手可能である。
【００７３】
簡単に言うと、ＢＬＡＳＴ解析は、短いワードの長さＷｉｎをクエリー配列と同定することにより高いスコア配列対（ＨＳＰ）をまず同定することを含み、これは、データベース配列において同じ長さのワードを用いてアライメントさせたとき、一部の正の値の閾値スコアＴと一致するか、または満たすかのいずれかである。Ｔは、近隣ワードスコア閾値と称する（Ａｌｔｓｃｈｕｌら、上記）。これらの最初の近隣ワードヒットは、それらを含有するより長いＨＳＰを見出すための検索を始めるためのシードとして働く。次に、ワードヒットは、累積アライメントスコアが増大し得る限り、それぞれの配列に沿って両方の方向に延長する。累積スコアは、ヌクレオチド配列について、パラメーターＭ（１対の一致する残基についてのリワードスコア；常に＞０）およびＮ（不一致の残基のペナルティースコア；常に＜０）を使用して計算される。アミノ酸配列について、スコアリングマトリクスを使用して、累積スコアを計算する。それぞれの方向のワードヒットの延長は、累積アライメントスコアが、その最大の達成される値から量Ｘだけ低下したとき；累積スコアが、１つもしくは複数の負のスコアの残基アライメントの蓄積に起因して、ゼロもしくはそれより下になるとき；またはいずれかの配列の末端に達するとき、止まる。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメーターＷ、Ｔ、およびＸは、アライメントの感度および速度を決定する。ＢＬＡＳＴＮプログラム（ヌクレオチド配列について）は、デフォルトとして、ワード長（Ｗ）１１、期待値（Ｅ）１０、Ｍ＝５、Ｎ＝−４、および両方の鎖の比較を使用する。アミノ酸配列について、ＢＬＡＳＴＰプログラムは、デフォルトとして、ワード長（Ｗ）３、期待値（Ｅ）１０、およびＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリクスを使用する（例えば、Ｈｅｎｉｋｏｆｆ  ａｎｄ  Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ８９：１０９１５  ［１９８９］を参照）。
【００７４】
２つの配列についてのパーセント同一性の提供においてＢＬＡＳＴに類似して機能する多数の他のアルゴリズムが利用可能であり、当技術分野において公知である。比較のための配列の最適なアライメントは、当技術分野において公知の任意の適切な方法を使用して（例えば、Ｓｍｉｔｈ  ａｎｄ  Ｗａｔｅｒｍａｎ，  Ａｄｖ．  Ａｐｐｌ．  Ｍａｔｈ．，  ２：４８２  ［１９８１］の局所相同性アルゴリズムにより；Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｗｕｎｓｃｈ，  Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  ４８：４４３  ［１９７０］の相同性アライメントアルゴリズムにより；Ｐｅａｒｓｏｎ  ａｎｄ  Ｌｉｐｍａｎ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８５：２４４４  ［１９８８］の類似性についての検索方法により；および／もしくはこれらのアルゴリズムのコンピューター実装により［ＧＣＧウィスコンシンソフトウエアパッケージ］におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、およびＴＦＡＳＴＡ）、または当技術分野において一般的に公知の方法を使用した目視検査により、行うことができる。加えて、配列アライメントおよびパーセント配列同一性の決定は、提供されるデフォルトパラメーターを使用して、ＧＣＧウィスコンシンソフトウエアパッケージ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ、Ｍａｄｉｓｏｎ  ＷＩ）中のＢＥＳＴＦＩＴまたはＧＡＰプログラムを利用することができる。
【００７５】
本明細書において使用される場合、「実質的な同一性」は、少なくとも２０の残基位置の比較ウィンドウにわたり、頻繁には少なくとも３０〜５０の残基の比較ウィンドウにわたり参照配列と比較して、少なくとも８０パーセントの配列同一性、少なくとも８５パーセントの同一性および８９〜９５パーセントの配列同一性、より通常には、少なくとも９９パーセントの配列同一性を有するポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を指し、配列同一性のパーセンテージは、比較ウィンドウにわたり参照配列の計２０パーセントもしくはそれより低い欠失または付加を含む配列に対して参照配列を比較することにより計算される。ポリペプチドに適用される具体的な実施形態において、用語「実質的な同一性」は、２つのポリペプチド配列が、例えば、デフォルトギャップウェイトを使用した、プログラムＧＡＰまたはＢＥＳＴＦＩＴにより、最適にアライメントさせたとき、少なくとも８０パーセントの配列同一性、好ましくは、少なくとも８９パーセントの配列同一性、少なくとも９５パーセントの配列同一性またはそれより高い（例えば、９９パーセント配列同一性）を共有することを意味する。一部の好ましい実施形態において、同一でない残基位置は、保存的アミノ酸置換により異なる。
【００７６】
本明細書において使用される場合、「参照配列」は、別の配列が比較される規定の配列を指す。参照配列は、より長い配列のサブセット、例えば、全長遺伝子またはポリペプチド配列のセグメントであってもよい。一般に、参照配列は、少なくとも２０ヌクレオチドもしくはアミノ酸残基長、少なくとも２５残基長、少なくとも５０残基長、または核酸もしくはポリペプチドの全長である。２つのポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、それぞれ（１）２つの配列間で類似である配列（すなわち、完全な配列の部分）を含んでもよく、（２）２つの配列間で異なる配列をさらに含んでもよく、２つの（もしくはそれより多い）ポリヌクレオチドまたはポリペプチド間の配列比較が、典型的には、配列類似性の局所領域を同定し、比較するための比較ウィンドウにわたり２つのポリヌクレオチドの配列を比較することにより行われる。用語「参照配列」は、野生型配列に制限されることは意図されず、操作されたまたは変更した配列を含むことができる。例えば、一部の実施形態において、「参照配列」は、既に操作されたまたは変更したアミノ酸配列であることができる。
【００７７】
本明細書において使用される場合、「比較ウィンドウ」は、少なくとも約２０の連続ヌクレオチド位置またはアミノ酸残基の概念的なセグメントを指し、配列は、少なくとも２０の連続ヌクレオチドまたはアミノ酸の参照配列に比較されてもよく、比較ウィンドウにおける配列の部分は、２つの配列の最適なアライメントのため参照配列（付加も欠失も含まない）に比較されると、２０パーセントもしくはそれより低い付加または欠失（すなわち、ギャップ）を含んでもよい。比較ウィンドウは、２０より長い連続残基であることができ、必要に応じて、３０、４０、５０、１００、またはそれより長いウィンドウを含む。
【００７８】
本明細書において使用される場合、「に対応する」、「に関して」および「と比べて」は、所定のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列のナンバリングの文脈において、所定のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列が、参照配列と比較されるとき、特定された参照配列の残基のナンバリングを指す。言い換えると、所定のポリマーの残基番号または残基位置は、所定のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列内の残基の実際の数での位置ではなく参照配列に関して指定される。例えば、操作されたトランスアミナーゼのもののような、所定のアミノ酸配列は、２つの配列間の残基一致を最適化するためのギャップを導入することにより、参照配列に対してアライメントさせることができる。これらの場合において、ギャップが存在するが、所定のアミノ酸またはポリヌクレオチド配列における残基のナンバリングは、それがアライメントされている参照配列に関してなされる。本明細書において使用される場合、以下でさらに記載される「Ｘｎ」のような、残基位置に対する参照は、別段具体的に示されない限り、「に対応する残基」を指すものとして解釈されるべきである。したがって、例えば、「Ｘ９４」は、ポリペプチド配列における位置９４の任意のアミノ酸を指す。
【００７９】
本明細書において使用される場合、核酸またはポリペプチドに関して使用されるとき、用語「異種」は、生物（例えば、野生型生物）により通常は発現されず、分泌されない配列を指す。一部の実施形態において、用語は、天然で通常見られる互いに同じ関係で見られないか、あるいはその発現レベル、または細胞における他の核酸もしくは他の分子との物理的関係、または構造が、天然で通常見られないように、組換え操作される、２つまたはそれより多くの部分配列を含む配列を包含する。例えば、天然で見られない様式で配置された無関連の遺伝子（例えば、ベクターのような、発現カセットに挿入されたプロモーター配列に作動可能に連結された本発明の核酸オープンリーディングフレーム（ＯＲＦ））由来の２つまたはそれより多い配列を有する、異種核酸が、典型的には、組換え生成される。一部の実施形態において、「異種ポリヌクレオチド」は、実験室の技術により宿主細胞に導入される任意のポリヌクレオチドを指し、宿主細胞から除去され、実験室の操作の対象にされ、その後宿主細胞に再導入されるポリヌクレオチドを含む。
【００８０】
本明細書において使用される場合、「改善された酵素特性」は、参照トランスアミナーゼと比較して、何らかの酵素特性の改善を示すトランスアミナーゼを指す。本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼポリペプチドについて、一部の実施形態において、参照トランスアミナーゼは、別の改善された操作されたトランスアミナーゼであり得るが、比較は、一般に、野生型トランスアミナーゼ酵素に対してなされる。改善が望ましい酵素特性は、これらに限定されないが、酵素活性（特定した量のトランスアミナーゼを使用した特定した反応時間での基質の変換パーセントに関して表すことができる）、化学選択性、熱安定性、溶媒安定性、ｐＨ活性プロファイル、補助因子要件、阻害剤に対する不応性（例えば、生成物阻害）、立体特異性、および立体選択性（エナンチオ選択性を含む）を含む。
【００８１】
本明細書において使用される場合、「増大した酵素活性」は、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドの改善された特性を指し、参照トランスアミナーゼ酵素と比較して、比活性（例えば、生成された生成物／時間／タンパク質重量）における増大、または基質から生成物への変換パーセント（例えば、特定した量のトランスアミナーゼを使用する、特定した時間での、開始量の基質から生成物への変換パーセント）における増大により表すことができる。酵素活性を決定する例示的な方法は、実施例において提供される。増大した酵素活性を導き得る変化である、Ｋｍ、Ｖｍａｘまたはｋｃａｔの古典的酵素特性を含む、酵素活性に関連する任意の特性が、影響されてもよい。酵素活性の改善は、対応する野生型トランスアミナーゼ酵素の約１．５倍の酵素活性から２倍と同じ大きさの酵素活性であり得る。天然に存在するトランスアミナーゼまたはトランスアミナーゼポリペプチドがもたらされた別の操作されたトランスアミナーゼより５倍、１０倍、２０倍、２５倍、５０倍、７５倍、１００倍、またはそれより高い酵素活性。一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼ酵素は、親トランスアミナーゼ酵素のものより１．５〜５０倍、１．５〜１００倍高い範囲の改善された酵素活性を示す。任意の酵素の活性は、触媒のターンオーバー速度が、任意の要求される補助因子を含む、基質の拡散速度を超え得ないように、拡散により制限されるものであることは、当業者により理解される。拡散限界、またはｋｃａｔ／Ｋｍの理論上の最大値は、一般に、約１０８〜１０９（Ｍ−１ｓ−１）である。ゆえに、トランスアミナーゼの酵素活性における任意の改善は、トランスアミナーゼ酵素により作用される基質の拡散速度に関連する上限を有することになる。酵素活性の比較は、本明細書においてさらに詳細に記載される、酵素の規定の調製、設定条件下での規定のアッセイ、および１つまたは複数の規定の基質を使用してなされる。一般に、溶解物が比較されるとき、アッセイされる細胞の数およびタンパク質の量が決定され、ならびに宿主細胞により生成され、溶解物に存在する酵素の量における変動を最小にする同一の発現系および同一の宿主細胞の使用が決定される。
【００８２】
本明細書において使用される場合、「増大した酵素活性」および「増大した活性」は、操作された酵素の改善された特性を指し、本明細書において記載される参照酵素と比較して、比活性（例えば、生成された生成物／時間／タンパク質重量）における増大、または基質から生成物への変換パーセント（例えば、特定した量のトランスアミナーゼを使用する、特定した時間での、開始量の基質から生成物への変換パーセント）における増大により表すことができる。増大した酵素活性を導き得る変化である、Ｋｍ、Ｖｍａｘまたはｋｃａｔの古典的酵素特性を含む、酵素活性に関連する任意の特性が、影響されてもよい。酵素活性の比較は、本明細書においてさらに詳細に記載される、酵素の規定の調製、設定条件下での規定のアッセイ、および１つまたは複数の規定の基質を使用してなされる。一般に、細胞溶解物における酵素が比較されるとき、アッセイされる細胞の数およびタンパク質の量が決定され、ならびに宿主細胞により生成され、溶解物に存在する酵素の量における変動を最小にする同一の発現系および同一の宿主細胞の使用が決定される。
【００８３】
本明細書において使用される、「変換」は、基質から対応する生成物への酵素的転換を指す。
【００８４】
本明細書において使用される場合、「変換パーセント」は、特定した条件下で一定時間内に生成物に変換される基質のパーセントを指す。したがって、例えば、トランスアミナーゼポリペプチドの「酵素活性」または「活性」は、基質から生成物への「変換パーセント」として表すことができる。
【００８５】
本明細書において使用される場合、「化学選択性」は、化学または酵素反応においてある生成物が別の生成物よりも優先的に形成されることを指す。
【００８６】
本明細書において使用される場合、「耐熱性の」および「熱安定性の」を互換的に使用して、処理されていない酵素と比較して、一定時間（例えば、０．５〜２４時間）にわたり温度条件（例えば、４０〜８０℃）のセットに曝露されたとき、不活性化に抵抗性であり、したがって、上昇した温度への曝露後に、ある特定のレベルの残存活性（例えば、６０％超〜８０％）を保持しているポリペプチドを指す。
【００８７】
本明細書において使用される場合、「溶媒安定な」は、処理されていない酵素と比較して、一定時間（例えば、０．５〜２４時間）にわたり変動する濃度（例えば、５〜９９％）の溶媒（例えば、イソプロピルアルコール、テトラヒドロフラン、２−メチルテトラヒドロフラン、アセトン、トルエン、酢酸ブチル、メチルｔｅｒｔ−ブチルエーテルなど）への曝露後、類似の活性（例えば、６０％超〜８０％）を維持するポリペプチドの能力を指す。
【００８８】
本明細書において使用される場合、「ｐＨ安定な」は、処理されていない酵素と比較して、一定時間（例えば、０．５〜２４時間）にわたり高いまたは低いｐＨ（例えば、４．５〜６もしくは８〜１２）への曝露後、類似の活性（例えば、６０％〜８０％より高い）を維持するトランスアミナーゼポリペプチドを指す。
【００８９】
本明細書において使用される場合、「熱および溶媒安定な」は、耐熱性と溶媒安定の両方であるトランスアミナーゼポリペプチドを指す。
【００９０】
本明細書において使用される場合、「適切な反応条件」は、本発明のトランスアミナーゼポリペプチドが、アミノ基転移の能力がある、生体触媒反応溶液における条件（例えば、酵素負荷量、基質負荷量、補助因子負荷量、温度、ｐＨ、緩衝液、共溶媒などの範囲）を指す。例示的な「適切な反応条件」は、本発明において提供され、実施例により説明される。
【００９１】
本明細書において使用される場合、「化合物負荷量」、「酵素負荷量」または「補助因子負荷量」におけるような「負荷量」は、反応の開始時における反応混合物における成分の濃度または量を指す。
【００９２】
本明細書において使用される場合、「基質」は、生体触媒により媒介されるプロセスの文脈において、生体触媒により作用される化合物または分子を指す。
【００９３】
本明細書において使用される場合、「生成物」は、生体触媒により媒介されるプロセスの文脈において、生体触媒の作用から生じる化合物または分子を指す。
【００９４】
本明細書において使用される場合、本明細書において使用される「平衡」は、化学もしくは酵素反応の順方向の速度定数および逆方向の速度定数により決定される、立体異性体の相互変換を含む、化学または酵素反応（例えば、２つの種ＡおよびＢの相互変換）における化学種の定常濃度を生じるプロセスを指す。
【００９５】
「トランスアミナーゼ」または「アミノトランスフェラーゼ」を本明細書において互換的に使用して、アミノ基（−ＮＨ２）、１対の電子、およびアミンドナー化合物の第一級アミン由来のプロトンを、アミンアクセプター化合物のカルボニル基（Ｃ＝Ｏ）に転移し、これにより、アミンドナー化合物をその対応するカルボニル化合物に、およびカルボニルアクセプター化合物をその対応する第一級アミン化合物に変換する酵素能を有するポリペプチドを指す（例えば、スキーム１を参照）。本明細書において使用される場合、トランスアミナーゼは、天然に存在する（野生型）トランスアミナーゼおよびヒト操作により生じた天然に存在しない操作されたポリペプチドを含む。
【００９６】
「アミノ基ドナー」または「アミノドナー」を本明細書において互換的に使用して、アミノ基をアクセプターカルボニル化合物（すなわち、アミノ基アクセプター）に供与し、これにより、カルボニル副生成物となる能力がある、アミノ基含有化合物を指す。アミノ基ドナーは、一般構造式
【化７】
2020523023.tif 000010
（式中、Ｒ１、およびＲ２のそれぞれは、独立して使用されるとき、置換されていないか、または１つもしくは複数の酵素的に阻害しない基で置換されているアルキル、アルキルアリール基、あるいはアリール基である）を有する。Ｒ１は、構造またはキラリティーにおいてＲ２と同じであるか、または異なり得る。一緒に使用される、基Ｒ１およびＲ２は、置換されていないか、置換されているか、または他の環に縮合されている環を形成してもよい。典型的なアミノ基ドナーは、キラルおよびアキラルアミノ酸、ならびにキラルおよびアキラルアミンを含む。
【００９７】
「キラルアミン」は、一般構造式
【化８】
2020523023.tif 000011
（式中、Ｒ１、およびＲ２のそれぞれは、独立して使用されるとき、置換されていないか、または１つもしくは複数の基で置換されているアルキル、アルキルアリール基、あるいはアリール基である）を有するアミノ基含有化合物を指す。Ｒ１は、構造においてＲ２と異なり、アミノ基（＊を用いて示される）を有する炭素をステレオジェン中心にする。一緒に使用される、基Ｒ１およびＲ２は、置換されていないか、置換されているか、または他の環に縮合されているが、そうでなければ、対称でない環を形成してもよい。
【００９８】
「カルボニル副生成物」は、アミノ基ドナー上のアミノ基が、アミノ基転移反応においてアミノ基アクセプターに転移されるとき、アミノ基ドナーから形成されるカルボニル化合物を指す。カルボニル副生成物は、一般構造式
【化９】
2020523023.tif 000012
（式中、Ｒ１およびＲ２は、アミノ基ドナーについて上で定義されている）を有する。
【００９９】
「アミノアクセプター」および「アミンアクセプター」、「ケト基質」を本明細書において互換的に使用して、トランスアミナーゼにより媒介される反応において、アミノ基ドナーからアミノ基を受け取るカルボニル基含有化合物を指す（例えば、スキーム１を参照）。本発明の文脈において、トランスアミナーゼについてのアミノアクセプター化合物は、数ある中でも、化合物（２）を含み得る。
【０１００】
本明細書において使用される場合、「補助因子」は、反応の触媒において酵素と組み合わせて動作する非タンパク質化合物を指す。本明細書において使用される場合、「補助因子」は、ビタミンＢ６ファミリー化合物ＰＬＰ、ＰＮ、ＰＬ、ＰＭ、ＰＮＰ、およびＰＭＰを包含することが意図され、ときおり補酵素とも称する。
【０１０１】
「リン酸ピリドキサール」、「ＰＬＰ」、「ピリドキサール−５’−ホスフェート」、「ＰＹＰ」および「Ｐ５Ｐ」を本明細書において互換的に使用して、トランスアミナーゼ反応において補助因子として作用する化合物を指す。一部の実施形態において、リン酸ピリドキサールは、構造１−（４’−ホルミル−３’−ヒドロキシ−２’−メチル−５’−ピリジル）メトキシホスホン酸、ＣＡＳ番号［５４−４７−７］により定義される。ピリドキサール−５’−ホスフェートは、ピリドキサール（ビタミンＢ６としても公知）のリン酸化および酸化によりｉｎ  ｖｉｖｏで生成され得る。トランスアミナーゼ酵素を使用したアミノ基転移反応において、アミノドナーのアミン基を補助因子に転移させて、ケト副生成物を生成し、一方、ピリドキサール−５’−ホスフェートは、リン酸ピリドキサミンに変換される。ピリドキサール−５’−ホスフェートは、異なるケト化合物（アミノアクセプター）との反応により再生される。リン酸ピリドキサミンからアミノアクセプターへのアミン基の転移は、アミンを生成し、補助因子を再生する。一部の実施形態において、ピリドキサール−５’−ホスフェートは、ピリドキシン（ＰＮ）、ピリドキサール（ＰＬ）、ピリドキサミン（ＰＭ）、およびそれらのリン酸化相対物；リン酸ピリドキシン（ＰＮＰ）、およびリン酸ピリドキサミン（ＰＭＰ）を含む、ビタミンＢ６ファミリーの他のメンバーにより置き換えることができる。
【０１０２】
「アルキル」は、直鎖または分岐のいずれかの、１〜１８個の炭素原子、特に、１〜８個の炭素原子、およびより詳細には、１〜６個の炭素原子の基を指す。具体的に示した数の炭素原子を有するアルキルは、丸括弧内に示される（例えば、（Ｃ１〜Ｃ４）アルキルは、１〜４個の炭素原子のアルキルを指す）。
【０１０３】
「アルケニル」は、少なくとも１つの二重結合を含有するが、必要に応じて、１つより多くの二重結合を含有する直鎖または分岐のいずれかの、２〜１２個の炭素原子の基を指す。
【０１０４】
「アルキニル」は、少なくとも１つの三重結合を含有するが、必要に応じて、１つより多くの三重結合を含有し、必要に応じて、１つもしくは複数の二重結合した部分を含有する直鎖または分岐のいずれかの、２〜１２個の炭素原子の基を指す。
【０１０５】
「アリール」は、単環（例えば、フェニル）または複数の縮合環（例えば、ナフチルもしくはアントリル）を有する５〜１４個の炭素原子の不飽和芳香族炭素環式基を指す。複数の縮合環について、環の少なくとも１つは、芳香族である。代表的なアリールは、フェニル、ピリジル、ナフチルなどを含む。
【０１０６】
「アリールアルキル」は、アリール部分で置換されているアルキルを指す。代表的なアリールアルキル基は、ベンジル、フェネチルなどを含む。
【０１０７】
「アリールアルケニル」は、アリール基で置換されている、本明細書において定義されるアルケニルを指す。
【０１０８】
「アリールアルキニル」は、アリール基で置換されている、本明細書において定義されるアルキニルを指す。
【０１０９】
「ヘテロアリール」は、環内の酸素、窒素および硫黄から選択される１〜４個の環のヘテロ原子を含有する５〜１４個の環原子の芳香族複素環基を指す。ヘテロアリール基は、単環（例えば、ピリジルもしくはフリル）または複数の縮合環（例えば、インドリジニルもしくはベンゾチエニル）を有し得る。複数の縮合環について、環の少なくとも１つは、芳香族である。
【０１１０】
「ヘテロアリールアルキル」は、本明細書において定義されるヘテロアリール部分で置換されているアルキルを指す。
【０１１１】
「ヘテロアリールアルケニル」は、本明細書において定義されるヘテロアリール基で置換されているアルケニルを指す。
【０１１２】
「ヘテロアリールアルキニル」は、本明細書において定義されるヘテロアリール部分で置換されているアルキニルを指す。
【０１１３】
「シクロアルキル」は、単環の環または複数の縮合環を有する３〜１２個の炭素原子の環状アルキル基を指す。代表的なシクロアルキル基は、例示の目的で、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロオクチル、１−メチルシクロプロピル、２−メチルシクロペンチル、２−メチルシクロオクチルなどのような単環構造、またはアダマンチルなどのような、架橋結合した環系を含む、複数の環構造を含む。
【０１１４】
「複素環」および互換的な「ヘテロシクロアルキル」は、環内の窒素、硫黄もしくは酸素から選択される１〜４個のヘテロ原子を有する３〜１４個の環原子の、単環または複数の縮合環を有する飽和あるいは不飽和基を指す。複素環基は、単環（例えば、ピペリジニルもしくはテトラヒドロフリル）または複数の縮合環（例えば、インドリニル、ジヒドロベンゾフランもしくはキヌクリジニル）を有し得る。代表的な複素環およびヘテロアリールは、これらに限定されないが、フラン、チオフェン、チアゾール、オキサゾール、ピロール、イミダゾール、ピラゾール、ピリジン、ピラジン、ピリミジン、ピリダジン、インドリジン、イソインドール、インドール、インダゾール、プリン、キノリジン、イソキノリン、キノリン、フタラジン、ナフチルピリジン、キノキサリン、キナゾリン、シンノリン、プテリジン、カルバゾール、カルボリン、フェナントリジン、アクリジン、フェナントロリン、イソチアゾール、フェナジン、イソオキサゾール、フェノキサジン、フェノチアジン、イミダゾリジン、イミダゾリン、ピペリジン、ピペラジン、ピロリジン、インドリンなどを含む。
【０１１５】
「シクロアルキルアルキル」は、本明細書において定義されるシクロアルキル部分で置換されているアルキルを指す。
【０１１６】
「シクロアルキルアルケニル」は、本明細書において定義されるシクロアルキル部分で置換されているアルケニルを指す。
【０１１７】
「シクロアルキルアルキニル」は、本明細書において定義されるシクロアルキル部分で置換されているアルキニルを指す。
【０１１８】
「ヘテロシクロアルキルアルキル」は、本明細書において定義されるヘテロシクロアルキル部分で置換されているアルキルを指す。
【０１１９】
「ヘテロシクロアルキルアルケニル（Ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｏａｌｋｅｎｙｌ）」は、本明細書において定義されるヘテロシクロアルキル部分で置換されているアルケニルを指す。
【０１２０】
「ヘテロシクロアルキルアルキニル」は、本明細書において定義されるヘテロシクロアルキル部分で置換されているアルキニルを指す。
【０１２１】
「アルコキシ」または「アルキルオキシ」は、基アルキル−Ｏ−を指し、アルキル基は、上で定義された通りであり、必要に応じて、上で定義された置換されたアルキル基を含む。
【０１２２】
「アミノ」は、基−ＮＨ２を指す。置換されたアミノは、基−ＮＨＲ’、ＮＲ’Ｒ’、およびＮＲ’Ｒ’Ｒ’を指し、それぞれのＲ’は、互いに独立して、置換されたまたは置換されていないアルキル、シクロアルキル、ヘテロシクロアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキルアルキル、アルキルオキシ、アリール、ヘテロアリール、アリールアルキル、ヘテロアリールアルキル、アシル、アルキルオキシカルボニル、スルファニル、スルフィニル、スルホニルなどから選択される。典型的なアミノ基は、これらに限定されないが、ジメチルアミノ、ジエチルアミノ、トリメチルアンモニウム、トリエチルアンモニウム、メチルスルホニルアミノ、フラニル−オキシ−スルファミノなどを含む。
【０１２３】
「カルボキシ」は、−ＣＯＯＨを指す。
【０１２４】
「カルボニル」は、−Ｃ（Ｏ）−を指し、酸、酸ハロゲン化物、アルデヒド、アミド、エステル、およびケトンを含む異なるカルボニル基を形成するための様々な置換基を有してもよい。
【０１２５】
「ヒドロキシ」は、−ＯＨを指す。
【０１２６】
「シアノ」は、−ＣＮを指す。
【０１２７】
「ハロゲン」または「ハロ」は、フルオロ、クロロ、ブロモおよびヨードを指す。
【０１２８】
「スルホニル」は、−ＳＯ２−を指す。置換されたスルホニルは、−ＳＯ２Ｒ’（式中、Ｒ’は、以下で記載される通り、適切な置換基である）を指す。
【０１２９】
縮合されたアリールもしくは縮合されたヘテロアリールにおけるような「縮合された」または「縮合環」は、それらが、共同で少なくとも２つの環原子を有するように、結合された２つまたはそれより多い環を指す。縮合されたアリールは、環の少なくとも１つがアリールである、縮合環を指す。縮合されたヘテロアリールは、環の少なくとも１つがヘテロアリールである、縮合環を指す。
【０１３０】
別段具体的に示さない限り、「置換された」は、非限定的に、ヒドロキシ、オキソ、ニトロ、メトキシ、エトキシ、アルキルオキシ、置換されたアルキルオキシ、トリフルオロメトキシ、ハロアルキルオキシ、フルオロ、クロロ、ブロモ、ヨード、ハロ、メチル、エチル、プロピル、ブチル、アルキル、アルケニル、アルキニル、置換されたアルキル、トリフルオロメチル、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルキルオキシアルキル、チオ、アルキルチオ、アシル、カルボキシ、アルキルオキシカルボニル、カルボキサミド、置換されたカルボキサミド、アルキルスルホニル、アルキルスルフィニル、アルキルスルホニルアミノ、スルホンアミド、置換されたスルホンアミド、シアノ、アミノ、置換されたアミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、アミノアルキル、アシルアミノ、アミジノ、アミドキシモ、ヒドロキサモイル、フェニル、アリール、置換されたアリール、アリールオキシ、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ピリジル、イミダゾリル、ヘテロアリール、置換されたヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロアルキル、シクロアルケニル、シクロアルキルアルキル、置換されたシクロアルキル、シクロアルキルオキシ、ピロリジニル、ピペリジニル、モルホリノ、複素環、（複素環）オキシ、および（複素環）アルキルにより例示される置換基での、前述の基における水素により占められた位置の置換えを指し、好ましいヘテロ原子は、酸素、窒素、および硫黄である。開放原子価が、これらの置換基上に存在する場合、それらは、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、および／または複素環基でさらに置換され得ること、これらの開放原子価が、炭素上に存在する場合、それらは、ハロゲンにより、および酸素、窒素、または硫黄で結合した置換基によりさらに置換され得ること、ならびに複数のかかる開放原子価が存在する場合、これらの基は、新たなヘテロ原子、好ましくは、酸素、窒素、もしくは硫黄への直接的な結合の形成または複数の結合の形成のいずれかにより、環を形成するよう結合され得ることが、理解される。水素の置換基での置換えが、許容されない不安定性を本発明の分子に導入せず、また他の点で化学的に合理的であるという条件で、上記の置換がなされ得ることは、さらに理解される。
【０１３１】
「必要に応じた」または「必要に応じて」は、続いて記載される事象または状況が、生じ得るか、または生じ得ないこと、記載が、前記事象または状況が生じる場合、およびそれが生じない場合を含むことを意味する。当業者は、１つまたは複数の必要に応じた置換基を含有するとして記載される任意の分子に関して、立体上実用的および／または合成で実行可能な化合物のみが、含まれることを意味することを理解するであろう。「必要に応じて置換された」は、用語または一連の化学基における全ての後続の修飾語句を指す。例えば、用語「必要に応じて置換されたアリールアルキル」において、分子の「アルキル」部分および「アリール」部分は、置換されても、置換されなくてもよく、一連の「必要に応じて置換されたアルキル、シクロアルキル、アリールおよびヘテロアリール」について、アルキル、シクロアルキル、アリール、およびヘテロアリール基は、互いに独立して、置換されても、置換されなくてもよい。
【０１３２】
「保護基」は、分子中の反応性官能基に結合したとき、官能基の反応性をマスクするか、低減するか、または妨げる原子基を指す。典型的には、保護基は、合成経過中に、望まれる通り、選択的に除去され得る。保護基の例は、当技術分野において公知である（例えば、Ｗｕｔｓ  ａｎｄ  Ｇｒｅｅｎｅ，  ”Ｇｒｅｅｎｅ’ｓ  Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”，  ４ｔｈ  Ｅｄ．，  Ｗｉｌｅｙ  Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，  ［２００６］、およびＨａｒｒｉｓｏｎら、Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ  ｏｆ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｍｅｔｈｏｄｓ，  Ｖｏｌｓ．  １−８，  Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ，  ＮＹ，  ［１９７１−１９７６］）。保護基を有し得る官能基は、これらに限定されないが、ヒドロキシ、アミノ、およびカルボキシ基を含む。代表的なアミノ保護基は、これらに限定されないが、ホルミル、アセチル、トリフルオロアセチル、ベンジル、ベンジルオキシカルボニル（「ＣＢＺ」）、ｔｅｒｔ−ブトキシカルボニル（「Ｂｏｃ」）、トリメチルシリル（「ＴＭＳ」）、２−トリメチルシリル−エタンスルホニル（「ＳＥＳ」）、トリチルおよび置換されたトリチル基、アリルオキシカルボニル、９−フルオレニルメチルオキシカルボニル（「ＦＭＯＣ」）、ニトロ−ベラトリルオキシカルボニル（「ＮＶＯＣ」）などを含む。代表的なヒドロキシル保護基は、これらに限定されないが、ヒドロキシル基が、アシル化されている（例えば、メチルおよびエチルエステル、アセテートもしくはプロピオネート基もしくはグリコールエステル）か、またはベンジルおよびトリチルエーテル、ならびにアルキルエーテル、テトラヒドロピラニルエーテル、トリアルキルシリルエーテル（例えば、ＴＭＳもしくはＴＩＰＰＳ基）およびアリルエーテルのような、アルキル化されているものを含む。他の保護基は、本明細書において示される参考文献において見ることができる。
【０１３３】
「脱離基」は、一般に、化学反応における別の原子もしくは部分により取って代わられる能力がある任意の原子または部分を指す。より具体的には、脱離基は、求核試薬（例えば、アミン、チオール、アルコール、もしくはシアン化物）により容易に取って代わられるか、または置換される原子あるいは部分を指す。かかる脱離基は、周知であり、カルボキシレート、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（「ＮＨＳ」）、Ｎ−ヒドロキシベンゾトリアゾール、ハロゲン（フッ素、塩素、臭素、またはヨウ素）、およびアルキルオキシ基を含む。脱離基の非限定的な特徴および例は、当技術分野において公知であり、様々な化学テキストにおいて記載される。
【０１３４】
操作されたトランスアミナーゼポリペプチド
本発明は、アミノアクセプター基質化合物がキラルアミン生成物を生成する選択的なアミノ基転移に有用なトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチド（本明細書において「操作されたトランスアミナーゼポリペプチド」とも称する）を提供し、これは、一部の実施形態において、化合物（１）を含み得る。したがって、１つの態様において、本発明は、スキーム２において示される、基質化合物（２）を生成物化合物（１）に変換する能力があるトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドを提供する。さらに、本発明は、操作されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドを含む関連するベクターおよび宿主細胞、操作されたポリペプチドを製造する方法、ならびに適切な反応条件を含む、操作されたポリペプチドを使用する方法を提供する。
【０１３５】
本発明の操作されたポリペプチドは、Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ  ＪＳ１７（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＥＡ３９１８３．１、ＧＩ：３２７２０７０６６；配列番号２）の野生型トランスアミナーゼポリペプチドと比較して、および配列番号４の参照の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドとも比較して、改善された酵素特性（例えば、増大した立体選択性）を有するよう操作された天然に存在しないトランスアミナーゼであり、これは、本発明の操作されたポリペプチドの指向性進化のため出発骨格配列として使用された。配列番号４の参照の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、Ｖｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓ  ＪＳ１７の野生型トランスアミナーゼ（配列番号２）と比べて次の２８のアミノ酸の違い：Ａ９Ｔ、Ｎ４５Ｈ、Ｌ５６Ａ、Ｗ５７Ｌ、Ａ７４Ｔ、Ｆ８６Ｓ、Ｖ１５３Ａ、Ｋ１６３Ｆ、Ｖ１７７Ｌ、Ｒ２１１Ｋ、Ｎ２８６Ｓ、Ｍ２９４Ｖ、Ａ３２３Ｔ、Ｓ３２４Ｇ、Ａ３８３Ｖ、Ｔ３９１Ａ、およびＤ３９４Ｇを有する。
【０１３６】
本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、ある特定の産業上関連する条件下での化合物（２）から化合物（１）への効率的な変換のための配列番号４の指向性進化により生じたものであり、参照の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドと比較して、１つまたは複数の残基の違いを有する。これらの残基の違いは、様々な酵素特性の改善、特に、増大した活性、増大した立体選択性、増大した安定性、ならびに増大した基質および／または生成物濃度の許容範囲（例えば、減少した生成物阻害）と関連する。したがって、一部の実施形態において、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、適切な反応条件下で、基質化合物（２）を、参照ポリペプチド（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）の活性と比べて、少なくとも約１．２倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、１００倍、２００倍、５００倍、１０００倍、１０，０００倍、２０，０００倍、３０，０００倍、４０，０００倍、５０，０００倍、６０，０００倍、７０，０００倍、８０，０００倍、９０，０００倍、９５，０００倍、またはそれより高い倍率で増大する活性で、化合物（１）に変換する能力がある。一部の実施形態において、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、化合物（２）の基質を化合物（１）に、約４８時間、約３６時間、約２４時間、もしくはそれよりさらに短い長さの時間の反応時間で、適切な反応条件下、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９３％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の変換パーセントで変換する能力がある。一部の実施形態において、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、適切な反応条件下で、化合物（２）を化合物（１）に、少なくとも９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、またはそれより大きいジアステレオマー過剰率で変換する能力がある。
【０１３７】
本発明は、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列識別子のアミノ酸配列を含む多数の例示的な操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。これらの例示的な操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）と比較して、化合物（２）から化合物（１）への変換のため改善された特性と関連する次の残基の違いの１つまたは複数を含むアミノ酸配列を含む。
【０１３８】
一部の場合において、例示的な操作されたポリペプチドは、参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）と比較して、１つまたは複数の残基の違いをさらに含むアミノ酸配列を有する。一部の場合において、例示的な操作されたポリペプチドは、参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）と比較して、１つまたは複数の残基の違いをさらに含むアミノ酸配列を有する。
【０１３９】
一部の実施形態において、操作されたポリペプチドは、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６から選択される参照配列と、少なくとも約８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高く同一であるアミノ酸配列を含み、ポリペプチドは、トランスアミナーゼ活性および本明細書において記載される改善された特性の１つまたは複数、例えば、化合物（２）を、参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６のポリペプチド）と比較して増大した活性で、生成物化合物（１）に変換する能力を有する。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号４である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号２０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号３０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号４８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号６６である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号７０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号８８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１１０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１１２である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１２０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１３８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１５６である。
【０１４０】
一部の実施形態において、アミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有する。一部の実施形態において、本発明は、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６の参照配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性ならびに（ａ）本明細書において提供される置換から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基の違い（例えば、表６．１、７．１、８．１、９．１、１０．１、１１．１、１２．１、１３．１、１３．２、１４．１、１５．１、１６．１、１７．１、および１８．１を参照）を有するアミノ酸配列を含むトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドを提供する。
【０１４１】
一部の実施形態において、本発明は、１７、１７／２５９／３４７、２０、４５／４８／７８／８１／９２、５７、５７／３１９、８５、８６、１５７、１５８、１６１、２０３／４１６、３１４、３１６、３１９、３７５／４１６、４０４、４１５、４１６、４１７、４２０、４２１、４２２、および４２４から選択される、配列番号４と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号４に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１７Ｖ／２５９Ｔ／３４７Ｋ、１７Ｗ、２０Ｒ、４５Ｒ／４８Ｌ／７８Ｃ／８１Ｖ／９２Ｈ、５７Ｉ、５７Ｔ／３１９Ｅ、８５Ｇ、８５Ｓ、８５Ｖ、８６Ａ、８６Ｇ、１５７Ｃ、１５７Ｇ、１５７Ｐ、１５７Ｔ、１５８Ｓ、１６１Ｇ、２０３Ｈ／４１６Ｇ、２０３Ｈ／４１６Ｓ、３１４Ｒ、３１６Ｋ、３１６Ｌ、３１６Ｍ、３１６Ｓ、３１９Ｇ、３１９Ｌ、３１９Ｖ、３７５Ｌ／４１６Ｆ、４０４Ｔ、４０４Ｖ、４１５Ｖ、４１６Ｃ、４１６Ｇ、４１６Ｓ、４１６Ｙ、４１７Ｇ、４１７Ｍ、４１７Ｐ、４２０Ｇ、４２１Ｉ、４２２Ａ、４２２Ｇ、４２２Ｒ、４２４Ａ、および４２４Ｒを含み、位置は、配列番号４に関して番号付けされている。一部のさらなる実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１７Ｖ／Ｉ２５９Ｔ／Ｅ３４７Ｋ、Ｙ１７Ｗ、Ｔ２０Ｒ、Ｈ４５Ｒ／Ｒ４８Ｌ／Ｒ７８Ｃ／Ｇ８１Ｖ／Ｑ９２Ｈ、Ｌ５７Ｉ、Ｌ５７Ｔ／Ｈ３１９Ｅ、Ｆ８５Ｇ、Ｆ８５Ｓ、Ｆ８５Ｖ、Ｓ８６Ａ、Ｓ８６Ｇ、Ｓ１５７Ｃ、Ｓ１５７Ｇ、Ｓ１５７Ｐ、Ｓ１５７Ｔ、Ａ１５８Ｓ、Ｔ１６１Ｇ、Ｒ２０３Ｈ／Ｐ４１６Ｇ、Ｒ２０３Ｈ／Ｐ４１６Ｓ、Ｉ３１４Ｒ、Ｅ３１６Ｋ、Ｅ３１６Ｌ、Ｅ３１６Ｍ、Ｅ３１６Ｓ、Ｈ３１９Ｇ、Ｈ３１９Ｌ、Ｈ３１９Ｖ、Ｉ３７５Ｌ／Ｐ４１６Ｆ、Ａ４０４Ｔ、Ａ４０４Ｖ、Ｒ４１５Ｖ、Ｐ４１６Ｃ、Ｐ４１６Ｇ、Ｐ４１６Ｓ、Ｐ４１６Ｙ、Ｌ４１７Ｇ、Ｌ４１７Ｍ、Ｌ４１７Ｐ、Ｓ４２０Ｇ、Ｖ４２１Ｉ、Ｖ４２２Ａ、Ｖ４２２Ｇ、Ｖ４２２Ｒ、Ｃ４２４Ａ、およびＣ４２４Ｒを含み、位置は、配列番号４に関して番号付けされている。
【０１４２】
一部の実施形態において、本発明は、５／１７／８６／１５７／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／２０３／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４２２、１７／８６／１５７／３１６／４２２、８５／８６、８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４１６／４２２、８６／１５７／４１６、８６／２０３／３１６／４１６、８６／２０３／３１６／４２２、８６／３１６／４１６、１３９／２２１／３１０／３１６、１５７／３１６、１９５／３１６、２０７／３１６、２２７／４２２、２８０／３８１／４１６／４４５、３１４、３１４／３１６、３１６、４１６、４１７、および４２２から選択される、配列番号１８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号１８に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換５Ｈ／１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｇ／２５９Ｔ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／４２２Ｒ、１７Ｖ／８６Ａ／１５７Ｇ／３１６Ｍ／４２２Ａ、１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｇ／２０３Ｈ／２５９Ｔ／３１４Ｒ／３１６Ｌ／４２２Ｒ、１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｇ／３１６Ｍ／４２２Ｒ、１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｔ／３１６Ｍ／４２２Ｒ、１７Ｗ／８６Ａ／１５７Ｔ／３１４Ｒ／３１６Ｍ／３４７Ｋ／４２２Ｒ、８５Ｆ／８６Ｇ、８６Ａ／１５７Ｇ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／３４７Ｋ／４１６Ｃ／４２２Ａ、８６Ａ／２０３Ｈ／３１６Ｍ／４１６Ｇ、８６Ａ／２０３Ｈ／３１６Ｍ／４２２Ｇ、８６Ａ／３１６Ｓ／４１６Ｃ、８６Ｇ／１５７Ｔ／４１６Ｇ、１３９Ｈ／２２１Ｉ／３１０Ｅ／３１６Ｇ、１５７Ｔ／３１６Ｍ、１９５Ｋ／３１６Ｓ、２０７Ｋ／３１６Ｔ、２２７Ｆ／４２２Ｇ、２８０Ｅ／３８１Ｖ／４１６Ｇ／４４５Ｒ、３１４Ｒ、３１４Ｒ／３１６Ｍ、３１６Ｃ、３１６Ｆ、３１６Ｇ、３１６Ｍ、３１６Ｓ、３１６Ｗ、３１６Ｙ、４１６Ａ、４１６Ｇ、４１６Ｓ、４１７Ｍ、および４２２Ｃを含み、位置は、配列番号１８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｑ５Ｈ／Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ２５９Ｔ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｓ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ａ／Ｓ１５７Ｇ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｇ／Ｒ２０３Ｈ／Ｉ２５９Ｔ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｌ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｇ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｔ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｗ／Ｓ８６Ａ／Ｓ１５７Ｔ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｍ／Ｅ３４７Ｋ／Ｖ４２２Ｒ、Ｖ８５Ｆ／Ｓ８６Ｇ、Ｓ８６Ａ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｓ／Ｅ３４７Ｋ／Ｐ４１６Ｃ／Ｖ４２２Ａ、Ｓ８６Ａ／Ｒ２０３Ｈ／Ｅ３１６Ｍ／Ｐ４１６Ｇ、Ｓ８６Ａ／Ｒ２０３Ｈ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ｇ、Ｓ８６Ａ／Ｅ３１６Ｓ／Ｐ４１６Ｃ、Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｔ／Ｐ４１６Ｇ、Ｑ１３９Ｈ／Ｆ２２１Ｉ／Ａ３１０Ｅ／Ｅ３１６Ｇ、Ｓ１５７Ｔ／Ｅ３１６Ｍ、Ｅ１９５Ｋ／Ｅ３１６Ｓ、Ｅ２０７Ｋ／Ｅ３１６Ｔ、Ｇ２２７Ｆ／Ｖ４２２Ｇ、Ａ２８０Ｅ／Ｌ３８１Ｖ／Ｐ４１６Ｇ／Ｌ４４５Ｒ、Ｉ３１４Ｒ、Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｍ、Ｅ３１６Ｃ、Ｅ３１６Ｆ、Ｅ３１６Ｇ、Ｅ３１６Ｍ、Ｅ３１６Ｓ、Ｅ３１６Ｗ、Ｅ３１６Ｙ、Ｐ４１６Ａ、Ｐ４１６Ｇ、Ｐ４１６Ｓ、Ｌ４１７Ｍ、およびＶ４２２Ｃを含み、位置は、配列番号１８に関して番号付けされている。
【０１４３】
一部の実施形態において、本発明は、１７／１３９／３１４／４１６／４１７／４２２、１７／１９５／３１６／４１４／４１６／４２２、１７／３１４／３１６／４１４／４１６、１７／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、２０、３１、５４、５７、８３、８６、８６／１９４、１２１、１３９／１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１３９／２０２／２０７／２２７／３１４／３１６／４１６／４２２、１３９／２０７／２２７／３１４／４１４／４１６／４２２、１３９／２２７／３１０／４１４／４１６／４１７、１３９／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、１４６／１５７、１６４／２０７／２１３／２２７／３１０／３１６／４１６、１６６、１７８／３１４／３１６／４１６、１９０／１９５／２０７／２１３／２４４／３１４／４１４／４１６／４１７／４２２、１９４／２１３／３１０／３１４／３１６／４２２、１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１９５／２２７／３１４／４１６／４１７、１９５／２２７／３１４／４２２、１９５／２２７／４１４／４１６、１９５／２２７／４１４／４１６／４２２、１９５／２２７／４１６／４１７、１９５／３１６／４１６／４１７／４２２、２０７／２０８／２２０／２４１／２９１／３１４／３１６、２２６、２２７、２２７／４１６、２２８、２５８、２５９、２７１／３１０／３１６／４１６／４２２、２８２、３１０／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、３１４／３１６／４１４／４１６／４２２、３１４／３１６／４１６、３１４／３１６／４１６／４２２、３１６、３１９、３２０、３２２、および４１７から選択される、配列番号２０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号２０に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１７Ｖ／１３９Ｈ／３１４Ｒ／４１６Ａ／４１７Ｍ／４２２Ａ、１７Ｖ／１９５Ｋ／３１６Ｗ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４２２Ｃ、１７Ｖ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／４１４Ｖ／４１６Ｃ、１７Ｖ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ａ、２０Ｋ、２０Ｌ、２０Ｖ、３１Ａ、３１Ｃ、３１Ｄ、３１Ｅ、３１Ｇ、３１Ｑ、５４Ｃ、５７Ａ、５７Ｃ、８３Ｇ、８６Ｇ、８６Ｇ／１９４Ｋ、８６Ｋ、１２１Ａ、１２１Ｃ、１２１Ｇ、１２１Ｈ、１２１Ｌ、１２１Ｓ、１２１Ｖ、１３９Ｈ／１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１６Ｃ、１３９Ｈ／２０２Ｇ／２０７Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／３１６Ｆ／４１６Ｓ／４２２Ｃ、１３９Ｈ／２０７Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／４１４Ｖ／４１６Ｃ／４２２Ｇ、１３９Ｈ／２２７Ｆ／３１０Ｅ／４１４Ｖ／４１６Ｃ／４１７Ｍ、１３９Ｈ／３１６Ｓ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ａ、１４６Ｋ／１５７Ｇ、１４６Ｖ／１５７Ｇ、１６４Ｑ／２０７Ｋ／２１３Ｓ／２２７Ｆ／３１０Ｅ／３１６Ｆ／４１６Ａ、１６６Ｔ、１７８Ｌ／３１４Ａ／３１６Ｗ／４１６Ｓ、１９０Ｋ／１９５Ｋ／２０７Ｋ／２１３Ｓ／２４４Ａ／３１４Ｒ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｇ、１９４Ｄ／２１３Ｃ／３１０Ｅ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４２２Ｃ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１６Ａ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／４１６Ａ／４１７Ｍ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／４２２Ｃ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／４１４Ｖ／４１６Ａ／４２２Ｇ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／４１４Ｖ／４１６Ｃ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／４１６Ｓ／４１７Ｍ、１９５Ｋ／３１６Ｗ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ａ、２０７Ｋ／２０８Ｎ／２２０Ｙ／２４１Ｖ／２９１Ｓ／３１４Ｒ／３１６Ｓ、２２６Ａ、２２６Ｅ、２２６Ｔ、２２７Ｆ／４１６Ｃ、２２７Ｖ、２２８Ｇ、２５８Ｌ、２５９Ｖ、２７１Ｒ／３１０Ｅ／３１６Ｗ／４１６Ｓ／４２２Ａ、２８２Ｌ、３１０Ｅ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／４１４Ｖ／４１６Ａ／４１７Ｍ／４２２Ａ、３１４Ａ／３１６Ｗ／４１６Ａ、３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１４Ｖ／４１６Ａ／４２２Ａ、３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１６Ｃ／４２２Ｃ、３１６Ａ、３１６Ｅ、３１６Ｇ、３１６Ｈ、３１６Ｋ、３１６Ｑ、３１６Ｒ、３１６Ｓ、３１６Ｔ、３１６Ｗ、３１６Ｙ、３１９Ｖ、３２０Ｗ、３２２Ｓ、および４１７Ｓを含み、位置は、配列番号２０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１７Ｖ／Ｑ１３９Ｈ／Ｉ３１４Ｒ／Ｇ４１６Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｙ１７Ｖ／Ｅ１９５Ｋ／Ｍ３１６Ｗ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｖ４２２Ｃ、Ｙ１７Ｖ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｓ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ、Ｙ１７Ｖ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｔ２０Ｋ、Ｔ２０Ｌ、Ｔ２０Ｖ、Ｖ３１Ａ、Ｖ３１Ｃ、Ｖ３１Ｄ、Ｖ３１Ｅ、Ｖ３１Ｇ、Ｖ３１Ｑ、Ｓ５４Ｃ、Ｌ５７Ａ、Ｌ５７Ｃ、Ｈ８３Ｇ、Ａ８６Ｇ、Ａ８６Ｇ／Ｅ１９４Ｋ、Ａ８６Ｋ、Ｎ１２１Ａ、Ｎ１２１Ｃ、Ｎ１２１Ｇ、Ｎ１２１Ｈ、Ｎ１２１Ｌ、Ｎ１２１Ｓ、Ｎ１２１Ｖ、Ｑ１３９Ｈ／Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｃ、Ｑ１３９Ｈ／Ａ２０２Ｇ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｆ／Ｇ４１６Ｓ／Ｖ４２２Ｃ、Ｑ１３９Ｈ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ／Ｖ４２２Ｇ、Ｑ１３９Ｈ／Ｇ２２７Ｆ／Ａ３１０Ｅ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ／Ｌ４１７Ｍ、Ｑ１３９Ｈ／Ｍ３１６Ｓ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｒ１４６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ、Ｒ１４６Ｖ／Ｓ１５７Ｇ、Ｐ１６４Ｑ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２１３Ｓ／Ｇ２２７Ｆ／Ａ３１０Ｅ／Ｍ３１６Ｆ／Ｇ４１６Ａ、Ｎ１６６Ｔ、Ｈ１７８Ｌ／Ｉ３１４Ａ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｓ、Ｅ１９０Ｋ／Ｅ１９５Ｋ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２１３Ｓ／Ｐ２４４Ａ／Ｉ３１４Ｒ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ｇ、Ｅ１９４Ｄ／Ｇ２１３Ｃ／Ａ３１０Ｅ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｖ４２２Ｃ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ａ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｇ４１６Ａ／Ｌ４１７Ｍ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｖ４２２Ｃ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ａ／Ｖ４２２Ｇ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ、Ｅ１９５Ｋ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｅ２０７Ｋ／Ｔ２０８Ｎ／Ｆ２２０Ｙ／Ａ２４１Ｖ／Ｆ２９１Ｓ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｓ、Ｍ２２６Ａ、Ｍ２２６Ｅ、Ｍ２２６Ｔ、Ｇ２２７Ｆ／Ｇ４１６Ｃ、Ｇ２２７Ｖ、Ａ２２８Ｇ、Ｖ２５８Ｌ、Ｉ２５９Ｖ、Ｃ２７１Ｒ／Ａ３１０Ｅ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｓ／Ｖ４２２Ａ、Ｉ２８２Ｌ、Ａ３１０Ｅ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｓ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｉ３１４Ａ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ａ、Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ａ／Ｖ４２２Ａ、Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｃ／Ｖ４２２Ｃ、Ｍ３１６Ａ、Ｍ３１６Ｅ、Ｍ３１６Ｇ、Ｍ３１６Ｈ、Ｍ３１６Ｋ、Ｍ３１６Ｑ、Ｍ３１６Ｒ、Ｍ３１６Ｓ、Ｍ３１６Ｔ、Ｍ３１６Ｗ、Ｍ３１６Ｙ、Ｈ３１９Ｖ、Ｇ３２０Ｗ、Ｔ３２２Ｓ、およびＬ４１７Ｓを含み、位置は、配列番号２０に関して番号付けされている。
【０１４４】
一部の実施形態において、本発明は、２１、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／３９５／４３２、２１／２３／３９５、２１／５３／１５９／３９５、２１／５３／１６３／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３１、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／１４６／１６３／４３２、２３／１６２、５３／１４６／１５９／３９５、５３／１４６／１６２／３９５、５３／１４６／１６２／４３２、５３／１４６／１６３／３９５、５３／１４６／３９５／４３２、５３／１６２／１６３／３９５／４３２、５３／１６２／３９５、５３／１６２／３９５／４３２、５３／１６３／３９５／４３２、５３／３９５、５７／８６、５７／８６／１２１／１４６／１５７、５７／８６／１２１／１５７／２２６／２５９／２８２／３３２、５７／８６／１２１／３３２、５７／８６／１５７／２５９、５７／８６／１５７／２８２／３３２、５７／８６／３３２、５７／１２１／４１７／４２２、５７／１４６／２２６／２５９、５７／１４６／２２６／２５９／２８２、５７／２５９、８６、８６／１５７、８６／２２６、１２１、１２１／１４６／１５７／２２６／３３２、１２１／２０８／３１６／４１７／４２２、１２１／２２６／３３２、１２１／３１６／４２２、１２１／３３２、１２１／４１６／４１７／４２２、１２１／４１７／４２２、１４６、１４６／１６２／３９５／４３２、１５７、１６２／４３２、２２６／２８２／３３２、２２７、２２７／４１７、２５９、２８２、２８２／３３２、３１６／４１７／４２２、３３２、３９５／４３２、４１６、４１６／４２２、４１７、および４２２から選択される、配列番号３０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号３０に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２１Ｐ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／２３Ｓ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／１５９Ｔ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１５９Ｔ／３９５Ｄ／４３１Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１５９Ｔ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ、２３Ｓ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／４３２Ｖ、２３Ｓ／１６２Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１５９Ｔ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６２Ｄ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６２Ｄ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／３９５Ｄ、５７Ａ／８６Ｋ、５７Ａ／８６Ｋ／１２１Ａ／３３２Ｔ、５７Ａ／８６Ｋ／１２１Ｃ／１４６Ｋ／１５７Ｇ、５７Ａ／８６Ｋ／１５７Ｇ／２５９Ｖ、５７Ａ／８６Ｋ／１５７Ｇ／２８２Ｌ／３３２Ｔ、５７Ａ／１４６Ｋ／２２６Ｔ／２５９Ｖ、５７Ａ／１４６Ｖ／２２６Ｔ／２５９Ｖ／２８２Ｌ、５７Ａ／２５９Ｖ、５７Ｃ／８６Ｋ／１２１Ａ／１５７Ｇ／２２６Ｔ／２５９Ｖ／２８２Ｌ／３３２Ｔ、５７Ｃ／８６Ｋ／３３２Ｔ、５７Ｃ／１２１Ａ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、８６Ｋ、８６Ｋ／１５７Ｇ、８６Ｋ／２２６Ｔ、１２１Ａ、１２１Ａ／２０８Ｎ／３１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、１２１Ａ／３１６Ｆ／４２２Ｃ、１２１Ａ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｃ、１２１Ａ／４１７Ｍ／４２２Ｃ、１２１Ａ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、１２１Ｃ／１４６Ｋ／１５７Ｇ／２２６Ａ／３３２Ｔ、１２１Ｃ／２２６Ａ／３３２Ｔ、１２１Ｃ／３３２Ｔ、１４６Ｈ、１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、１５７Ｇ、１６２Ｄ／４３２Ｖ、２２６Ａ／２８２Ｌ／３３２Ｔ、２２７Ａ、２２７Ｆ、２２７Ｆ／４１７Ｖ、２２７Ｖ、２５９Ｖ、２８２Ｌ、２８２Ｌ／３３２Ｔ、３１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、３３２Ｔ、３９５Ｄ／４３２Ｖ、４１６Ｓ、４１６Ｓ／４２２Ｃ、４１７Ｆ、および４２２Ｃを含み、位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｄ２１Ｐ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ／Ｅ４３１Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ、Ｐ２３Ｓ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｇ１６２Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ３９５Ｄ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｎ１２１Ａ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｎ１２１Ｃ／Ｒ１４６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ２５９Ｖ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ａ／Ｒ１４６Ｋ／Ｍ２２６Ｔ／Ｉ２５９Ｖ、Ｌ５７Ａ／Ｒ１４６Ｖ／Ｍ２２６Ｔ／Ｉ２５９Ｖ／Ｉ２８２Ｌ、Ｌ５７Ａ／Ｉ２５９Ｖ、Ｌ５７Ｃ／Ａ８６Ｋ／Ｎ１２１Ａ／Ｓ１５７Ｇ／Ｍ２２６Ｔ／Ｉ２５９Ｖ／Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ｃ／Ａ８６Ｋ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ｃ／Ｎ１２１Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ａ８６Ｋ、Ａ８６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ、Ａ８６Ｋ／Ｍ２２６Ｔ、Ｎ１２１Ａ、Ｎ１２１Ａ／Ｔ２０８Ｎ／Ｗ３１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ｎ１２１Ａ／Ｗ３１６Ｆ／Ａ４２２Ｃ、Ｎ１２１Ａ／Ａ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｃ、Ｎ１２１Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｃ、Ｎ１２１Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ｎ１２１Ｃ／Ｒ１４６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ／Ｍ２２６Ａ／Ｉ３３２Ｔ、Ｎ１２１Ｃ／Ｍ２２６Ａ／Ｉ３３２Ｔ、Ｎ１２１Ｃ／Ｉ３３２Ｔ、Ｒ１４６Ｈ、Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｓ１５７Ｇ、Ｇ１６２Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｍ２２６Ａ／Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｇ２２７Ａ、Ｇ２２７Ｆ、Ｇ２２７Ｆ／Ｌ４１７Ｖ、Ｇ２２７Ｖ、Ｉ２５９Ｖ、Ｉ２８２Ｌ、Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｗ３１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ｉ３３２Ｔ、Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ａ４１６Ｓ、Ａ４１６Ｓ／Ａ４２２Ｃ、Ｌ４１７Ｆ、およびＡ４２２Ｃを含み、位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。
【０１４５】
一部の実施形態において、本発明は、１０７、１４１、１６１、１７４、２４５、２８１、２９３、４３２、および４５３から選択される、配列番号６６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１０７Ｇ、１０７Ｖ、１４１Ｌ、１６１Ｓ、１７４Ｑ、２４５Ｌ、２８１Ｓ、２９３Ａ、４３２Ｄ、４３２Ｅ、４３２Ｖ、４５３Ｇ、および４５３Ｔを含み、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｄ１０７Ｇ、Ｄ１０７Ｖ、Ｒ１４１Ｌ、Ｔ１６１Ｓ、Ｐ１７４Ｑ、Ｉ２４５Ｌ、Ｉ２８１Ｓ、Ｐ２９３Ａ、Ａ４３２Ｄ、Ａ４３２Ｅ、Ａ４３２Ｖ、Ａ４５３Ｇ、およびＡ４５３Ｔを含み、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。
【０１４６】
一部の実施形態において、本発明は、２、４、５、５／３８／５６／３４６、１３、１７、１７／３１、１９、３１、５７、７４、７９、８６、１２１、１５５、１６１、１６１／１７４／４３２、１６３／１６７、１６４、１９０／２９１、１９５、１９５／４０８、２０３／２０７／２１９、２０５／４１９、２０７、２０７／２３５／４１９、２１４／２２８／２５１、２２２、２２３、２２６／２２８／２３０／２３１／３１１、２２８、２３３、２４６、２４７／２７１／２９３、２５９、２８２、２８４、３０９、３２７、３４６、３５９、３６２、３７５、４０４、４０８、４１９、４２０、４２２、および４４３から選択される、配列番号７０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号７０に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２Ｉ、４Ａ、４Ｃ、４Ｄ、４Ｒ、５Ｅ、５Ｈ／３８Ｃ／５６Ｔ／３４６Ｇ、１３Ｅ、１７Ａ、１７Ｇ／３１Ｔ、１７Ｈ、１７Ｉ、１７Ｍ、１７Ｓ、１７Ｖ、１９Ｙ、３１Ｃ、３１Ｆ、３１Ｌ、５７Ａ、５７Ｇ、７４Ｍ、７９Ｌ、８６Ｃ、８６Ｅ、８６Ｇ、８６Ｎ、１２１Ｃ、１５５Ｃ、１６１Ｓ、１６１Ｓ／１７４Ｑ／４３２Ｖ、１６３Ｅ／１６７Ｉ、１６４Ｖ、１９０Ｋ／２９１Ｃ、１９５Ｋ、１９５Ｑ／４０８Ｅ、２０３Ｒ／２０７Ｋ／２１９Ｒ、２０５Ｍ／４１９Ｓ、２０７Ｉ、２０７Ｋ／２３５Ｐ／４１９Ｓ、２１４Ｔ／２２８Ｇ／２５１Ｔ、２２２Ｔ、２２３Ｇ、２２６Ｄ／２２８Ｃ／２３０Ｒ／２３１Ｃ／３１１Ｒ、２２８Ｇ、２３３Ｖ、２４６Ｖ、２４７Ａ／２７１Ｇ／２９３Ｐ、２５９Ｖ、２８２Ｌ、２８４Ａ、３０９Ｒ、３２７Ｅ、３４６Ｎ、３５９Ｇ、３６２Ｑ、３７５Ｒ、４０４Ｖ、４０８Ａ、４０８Ｅ、４０８Ｌ、４０８Ｓ、４０８Ｖ、４１９Ｄ、４１９Ｓ、４２０Ｔ、４２２Ｃ、４４３Ａ、および４４３Ｉを含み、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｎ２Ｉ、Ｐ４Ａ、Ｐ４Ｃ、Ｐ４Ｄ、Ｐ４Ｒ、Ｑ５Ｅ、Ｑ５Ｈ／Ｇ３８Ｃ／Ａ５６Ｔ／Ａ３４６Ｇ、Ｔ１３Ｅ、Ｙ１７Ａ、Ｙ１７Ｇ／Ｖ３１Ｔ、Ｙ１７Ｈ、Ｙ１７Ｉ、Ｙ１７Ｍ、Ｙ１７Ｓ、Ｙ１７Ｖ、Ｆ１９Ｙ、Ｖ３１Ｃ、Ｖ３１Ｆ、Ｖ３１Ｌ、Ｌ５７Ａ、Ｌ５７Ｇ、Ｔ７４Ｍ、Ｆ７９Ｌ、Ａ８６Ｃ、Ａ８６Ｅ、Ａ８６Ｇ、Ａ８６Ｎ、Ｎ１２１Ｃ、Ａ１５５Ｃ、Ｔ１６１Ｓ、Ｔ１６１Ｓ／Ｐ１７４Ｑ／Ａ４３２Ｖ、Ｋ１６３Ｅ／Ｓ１６７Ｉ、Ｐ１６４Ｖ、Ｅ１９０Ｋ／Ｆ２９１Ｃ、Ｅ１９５Ｋ、Ｅ１９５Ｑ／Ｔ４０８Ｅ、Ｈ２０３Ｒ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２１９Ｒ、Ｌ２０５Ｍ／Ｑ４１９Ｓ、Ｅ２０７Ｉ、Ｅ２０７Ｋ／Ａ２３５Ｐ／Ｑ４１９Ｓ、Ａ２１４Ｔ／Ａ２２８Ｇ／Ｉ２５１Ｔ、Ａ２２２Ｔ、Ｅ２２３Ｇ、Ｍ２２６Ｄ／Ａ２２８Ｃ／Ｇ２３０Ｒ／Ｖ２３１Ｃ／Ｉ３１１Ｒ、Ａ２２８Ｇ、Ｐ２３３Ｖ、Ｌ２４６Ｖ、Ｒ２４７Ａ／Ｃ２７１Ｇ／Ａ２９３Ｐ、Ｉ２５９Ｖ、Ｉ２８２Ｌ、Ｓ２８４Ａ、Ｔ３０９Ｒ、Ｐ３２７Ｅ、Ａ３４６Ｎ、Ｒ３５９Ｇ、Ｈ３６２Ｑ、Ｉ３７５Ｒ、Ａ４０４Ｖ、Ｔ４０８Ａ、Ｔ４０８Ｅ、Ｔ４０８Ｌ、Ｔ４０８Ｓ、Ｔ４０８Ｖ、Ｑ４１９Ｄ、Ｑ４１９Ｓ、Ｓ４２０Ｔ、Ａ４２２Ｃ、Ｋ４４３Ａ、およびＫ４４３Ｉを含み、位置は、配列番号７０に関して番号付けされている。
【０１４７】
一部の実施形態において、本発明は、２１／２３／５３／１６３／２９３、２１／２３／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／１４６、２１／５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、２１／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／５３／１４６／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／２９３／４３２、２３／５３／１６３、２３／５３／１６３／２９３／３９５、２３／５３／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１６３／３９５、２３／５３／２９３、２３／５３／２９３／３９５／４３２、２３／５３／２９３／４３２、２３／１４６／２９３、５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／４３２、５３／１４６／２９３、５３／１６３、５３／１６３／２９３／３９５、５３／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１６３／２９３／４３２、５３／１６３／４３２、５３／２９３、５３／２９３／３９５、５３／３９５、５３／４３２、１４６、および２９３から選択される、配列番号４８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号４８に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／１４６Ｈ、２１Ｐ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／３９５Ｄ、２３Ｓ／５３Ｃ／２９３Ａ、２３Ｓ／５３Ｃ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／１４６Ｈ／２９３Ａ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／２９３Ａ、５３Ｃ／１６３Ｋ、５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６３Ｋ／４３２Ｖ、５３Ｃ／２９３Ａ、５３Ｃ／２９３Ａ／３９５Ｄ、５３Ｃ／３９５Ｄ、５３Ｃ／４３２Ｖ、１４６Ｈ、および２９３Ａを含み、位置は、配列番号４８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｒ１４６Ｈ／Ｐ２９３Ａ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｐ２９３Ａ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ、Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ａ４３２Ｖ、Ｒ１４６Ｈ、およびＰ２９３Ａを含み、位置は、配列番号４８に関して番号付けされている。
【０１４８】
一部の実施形態において、本発明は、１５７、１６３、１６３／１６４、２８４、および３３２から選択される、配列番号８８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１５７Ａ、１５７Ｃ、１６３Ｋ、１６３Ｋ／１６４Ｇ、１６３Ｍ、２８４Ａ、および３３２Ｖを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｓ１５７Ａ、Ｓ１５７Ｃ、Ｆ１６３Ｋ、Ｆ１６３Ｋ／Ｐ１６４Ｇ、Ｆ１６３Ｍ、Ｓ２８４Ａ、およびＩ３３２Ｖを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。
【０１４９】
一部の実施形態において、本発明は、３１、８６、１４９、１９１／２０８／２１１／２８６、１９２／２９４、１９５／２０７／２０８／２８６、２０８／２９４、２６０、２８４、２８６、２９４、３１３、３９５／３９６、および４２４から選択される、配列番号８８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換３１Ｍ、８６Ａ、１４９Ｓ、１９１Ｓ／２０８Ｐ／２１１Ｒ／２８６Ａ、１９２Ｇ／２９４Ａ、１９５Ｄ／２０７Ｒ／２０８Ｎ／２８６Ｇ、２０８Ｎ／２９４Ｓ、２０８Ｎ／２９４Ｔ、２６０Ｔ、２８４Ａ、２８６Ｇ、２９４Ａ、２９４Ｓ、３１３Ｌ、３１３Ｖ、３９５Ｄ／３９６Ｋ、および４２４Ａを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｖ３１Ｍ、Ｋ８６Ａ、Ａ１４９Ｓ、Ｇ１９１Ｓ／Ｔ２０８Ｐ／Ｋ２１１Ｒ／Ｓ２８６Ａ、Ｅ１９２Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｅ１９５Ｄ／Ｅ２０７Ｒ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ、Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ｓ、Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ｔ、Ｃ２６０Ｔ、Ｓ２８４Ａ、Ｓ２８６Ｇ、Ｖ２９４Ａ、Ｖ２９４Ｓ、Ａ３１３Ｌ、Ａ３１３Ｖ、Ｇ３９５Ｄ／Ｎ３９６Ｋ、およびＣ４２４Ａを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。
【０１５０】
一部の実施形態において、本発明は、１４／３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、１４／３１／２６０／２８６／２９４／４２４、３１、３１／２０８、３１／２０８／２４１／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／２９４、３１／２０８／２８６／２９４／３１３、３１／２０８／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／４２４、３１／２０８／２９４、３１／２０８／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２９４／４２４、３１／２６０／２８６、３１／２６０／２８６／２９４／３１３、３１／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／４２４、３１／２６０／２９４、３１／２６０／２９４／３１３、３１／２８６／２９４、３１／２８６／２９４／３１３、３１／２８６／２９４／４２４、３１／２９４／３１３／４２４、３１／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／４２４、２０８／２６０／２９４、２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、２０８／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／４２４、２８６／２９４／３１３／４２４、および２８６／３１３／４２４から選択される、配列番号１１０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１４Ｎ／３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、１４Ｎ／３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ、３１Ｍ／２０８Ｎ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２４１Ｖ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｅ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／３１３Ｖ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２９４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２９４Ａ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、２６０Ｔ／２８６Ｇ／４２４Ａ、２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、および２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａを含み、位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１４Ｎ／Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｙ１４Ｎ／Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ａ２４１Ｖ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｅ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｖ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、およびＳ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａを含み、位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている。
【０１５１】
一部の実施形態において、本発明は、１６／２７２、１７、１９／８６、１９／８６／３２１、２０、２１、２２、２２／２５５、２２／２５５／３６２／４２１、２２／２９４、２２／３６２、２４／２５５／３６２、３１、４１、４２／１８７／２９４、６６、６６／１９０、６６／３９４、８４、１１４、１５３、１５７、１６１、１６３、１６４、１６４／３９７、２２１、２２２、２７２、２９４、３２０、３２０／４３５、および３９４から選択される、配列番号１１２と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１６Ｆ／２７２Ｅ、１７Ｍ、１９Ｈ／８６Ｎ、１９Ｙ／８６Ｎ／３２１Ｙ、２０Ａ、２１Ｅ、２２Ｌ、２２Ｌ／２５５Ａ、２２Ｌ／２５５Ａ／３６２Ｒ／４２１Ｉ、２２Ｌ／２９４Ｍ、２２Ｌ／３６２Ｒ、２４Ｔ／２５５Ａ／３６２Ｒ、３１Ｔ、４１Ｌ、４２Ｆ／１８７Ｆ／２９４Ｍ、６６Ｐ、６６Ｐ／１９０Ｐ、６６Ｐ／３９４Ｐ、８４Ｎ、８４Ｓ、１１４Ａ、１５３Ｓ、１５７Ｇ、１５７Ｐ、１６１Ｒ、１６３Ｐ、１６４Ｇ、１６４Ｒ／３９７Ｐ、２２１Ｉ、２２２Ｔ、２７２Ｅ、２９４Ｍ、３２０Ａ、３２０Ａ／４３５Ｎ、および３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｌ１６Ｆ／Ｖ２７２Ｅ、Ｙ１７Ｍ、Ｆ１９Ｈ／Ｋ８６Ｎ、Ｆ１９Ｙ／Ｋ８６Ｎ／Ｆ３２１Ｙ、Ｔ２０Ａ、Ｄ２１Ｅ、Ｍ２２Ｌ、Ｍ２２Ｌ／Ｓ２５５Ａ、Ｍ２２Ｌ／Ｓ２５５Ａ／Ｈ３６２Ｒ／Ｖ４２１Ｉ、Ｍ２２Ｌ／Ｖ２９４Ｍ、Ｍ２２Ｌ／Ｈ３６２Ｒ、Ｓ２４Ｔ／Ｓ２５５Ａ／Ｈ３６２Ｒ、Ｍ３１Ｔ、Ｉ４１Ｌ、Ｖ４２Ｆ／Ｙ１８７Ｆ／Ｖ２９４Ｍ、Ｋ６６Ｐ、Ｋ６６Ｐ／Ｅ１９０Ｐ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３９４Ｐ、Ａ８４Ｎ、Ａ８４Ｓ、Ｔ１１４Ａ、Ａ１５３Ｓ、Ｓ１５７Ｇ、Ｓ１５７Ｐ、Ｔ１６１Ｒ、Ｆ１６３Ｐ、Ｐ１６４Ｇ、Ｐ１６４Ｒ／Ｌ３９７Ｐ、Ｆ２２１Ｉ、Ａ２２２Ｔ、Ｖ２７２Ｅ、Ｖ２９４Ｍ、Ｇ３２０Ａ、Ｇ３２０Ａ／Ｄ４３５Ｎ、およびＧ３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている。
【０１５２】
一部の実施形態において、本発明は、１７、１７／２１、１７／２１／２２、１７／２２、１７／２２／２７２、１７／２２／２７２／３２０、１７／３１／３２０／３９７、１７／８４／１６４、１７／１５７／１６４、１７／１５７／３２０／３９７、１７／２２１／３２０、１７／２７２／３２０、１７／３２０、１７／３９７、１９／２２／４２／３２０／３９４、１９／４２、２０／３２０、２５／３２０、６６／１８７／３２０、６６／２７２、６６／３２０、６６／３９４、１６４／３２０／３２１、１６５、２５５、２７２、２７２／３２０、および３２０から選択される、配列番号１２０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１７Ｍ、１７Ｍ／２１Ｅ、１７Ｍ／２１Ｅ／２２Ｌ、１７Ｍ／２２Ｌ、１７Ｍ／２２Ｌ／２７２Ｅ、１７Ｍ／２２Ｌ／２７２Ｅ／３２０Ａ、１７Ｍ／３１Ｔ／３２０Ａ／３９７Ｐ、１７Ｍ／８４Ｓ／１６４Ｒ、１７Ｍ／１５７Ｇ／１６４Ｒ、１７Ｍ／１５７Ｇ／３２０Ａ／３９７Ｐ、１７Ｍ／２２１Ｉ／３２０Ａ、１７Ｍ／２７２Ｅ／３２０Ａ、１７Ｍ／３２０Ａ、１７Ｍ／３９７Ｐ、１９Ｙ／２２Ｌ／４２Ｆ／３２０Ａ／３９４Ｐ、１９Ｙ／４２Ｆ、２０Ａ／３２０Ａ、２５Ｖ／３２０Ａ、６６Ｐ／１８７Ｆ／３２０Ａ、６６Ｐ／２７２Ｅ、６６Ｐ／３２０Ａ、６６Ｐ／３９４Ｐ、１６４Ｒ／３２０Ａ／３２１Ｙ、１６５Ｗ、２５５Ａ、２７２Ｅ、２７２Ｅ／３２０Ａ、および３２０Ａを含み、位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１７Ｍ、Ｙ１７Ｍ／Ｄ２１Ｅ、Ｙ１７Ｍ／Ｄ２１Ｅ／Ｍ２２Ｌ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ２２Ｌ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ２２Ｌ／Ｖ２７２Ｅ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ２２Ｌ／Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ３１Ｔ／Ｇ３２０Ａ／Ｌ３９７Ｐ、Ｙ１７Ｍ／Ａ８４Ｓ／Ｐ１６４Ｒ、Ｙ１７Ｍ／Ｓ１５７Ｇ／Ｐ１６４Ｒ、Ｙ１７Ｍ／Ｓ１５７Ｇ／Ｇ３２０Ａ／Ｌ３９７Ｐ、Ｙ１７Ｍ／Ｆ２２１Ｉ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｌ３９７Ｐ、Ｈ１９Ｙ／Ｍ２２Ｌ／Ｖ４２Ｆ／Ｇ３２０Ａ／Ｇ３９４Ｐ、Ｈ１９Ｙ／Ｖ４２Ｆ、Ｔ２０Ａ／Ｇ３２０Ａ、Ｌ２５Ｖ／Ｇ３２０Ａ、Ｋ６６Ｐ／Ｙ１８７Ｆ／Ｇ３２０Ａ、Ｋ６６Ｐ／Ｖ２７２Ｅ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３２０Ａ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３９４Ｐ、Ｐ１６４Ｒ／Ｇ３２０Ａ／Ｆ３２１Ｙ、Ｙ１６５Ｗ、Ｓ２５５Ａ、Ｖ２７２Ｅ、Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３２０Ａ、およびＧ３２０Ａを含み、位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている。
【０１５３】
一部の実施形態において、本発明は、２４、２４／２５、２４／１１０／１６７、２５、２５／１４７／１６７、２７／１９０／２０７／３８９／３９６、２７／１９０／２０７／３９６、４１／４２／６６／１６５、４２、４２／６６／１６５／３９４、４２／１６５／２７２／３９４、６６／１６４、６６／１６４／２７２、６６／１６５、６６／３９４、１６３、１６４、１６４／１６５／３９４、１６５、１６５／２７２、１６５／３９４、１６６、１６７、１９０、１９０／２０７、１９０／２０７／２１０、１９０／２０７／２１０／３８５／３８９、１９０／２０７／３８５、１９０／２１０、１９０／３８５／３９６、１９０／３８９、２０７、２０７／２１０／２４３／２５０／３８５／３８９、２０７／２１４／３９６、２０７／２４３、２０７／３８９、２１０、２１０／３８５、２１４、２１４／３９６、２７２／３９４、２８３、３８５、３８５／３８９、３８９、３８９／３９６、および３９４から選択される、配列番号１３８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２４Ｔ、２４Ｔ／２５Ｖ、２４Ｔ／１１０Ｌ／１６７Ｅ、２５Ｖ、２５Ｖ／１４７Ｖ／１６７Ｅ、２７Ｄ／１９０Ｐ／２０７Ｄ／３８９Ｔ／３９６Ｓ、２７Ｄ／１９０Ｐ／２０７Ｄ／３９６Ｓ、４１Ｌ／４２Ｆ／６６Ｐ／１６５Ｗ、４２Ｆ、４２Ｆ／６６Ｐ／１６５Ｗ／３９４Ｐ、４２Ｆ／１６５Ｗ／２７２Ｅ／３９４Ｐ、６６Ｐ／１６４Ｒ、６６Ｐ／１６４Ｒ／２７２Ｅ、６６Ｐ／１６５Ｗ、６６Ｐ／３９４Ｐ、１６３Ｌ、１６４Ｎ、１６４Ｒ／１６５Ｗ／３９４Ｐ、１６４Ｓ、１６５Ｗ、１６５Ｗ／２７２Ｅ、１６５Ｗ／３９４Ｐ、１６６Ａ、１６６Ｌ、１６６Ｔ、１６７Ｅ、１９０Ｐ、１９０Ｐ／２０７Ｄ、１９０Ｐ／２０７Ｄ／２１０Ａ、１９０Ｐ／２０７Ｄ／２１０Ａ／３８５Ａ／３８９Ｔ、１９０Ｐ／２０７Ｄ／３８５Ａ、１９０Ｐ／２１０Ａ、１９０Ｐ／３８５Ａ／３９６Ｓ、１９０Ｐ／３８９Ｔ、２０７Ｄ、２０７Ｄ／２１０Ａ／２４３Ｑ／２５０Ｇ／３８５Ａ／３８９Ｔ、２０７Ｄ／２１４Ｐ／３９６Ｓ、２０７Ｄ／２４３Ｑ、２０７Ｄ／３８９Ｔ、２１０Ａ、２１０Ａ／３８５Ａ、２１４Ｐ、２１４Ｐ／３９６Ｓ、２７２Ｅ／３９４Ｐ、２８３Ｃ、３８５Ａ、３８５Ａ／３８９Ｔ、３８９Ｔ、３８９Ｔ／３９６Ｓ、および３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｓ２４Ｔ、Ｓ２４Ｔ／Ｌ２５Ｖ、Ｓ２４Ｔ／Ｒ１１０Ｌ／Ｓ１６７Ｅ、Ｌ２５Ｖ、Ｌ２５Ｖ／Ｗ１４７Ｖ／Ｓ１６７Ｅ、Ｑ２７Ｄ／Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｓ３８９Ｔ／Ｎ３９６Ｓ、Ｑ２７Ｄ／Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｎ３９６Ｓ、Ｉ４１Ｌ／Ｖ４２Ｆ／Ｋ６６Ｐ／Ｙ１６５Ｗ、Ｖ４２Ｆ、Ｖ４２Ｆ／Ｋ６６Ｐ／Ｙ１６５Ｗ／Ｇ３９４Ｐ、Ｖ４２Ｆ／Ｙ１６５Ｗ／Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３９４Ｐ、Ｋ６６Ｐ／Ｐ１６４Ｒ、Ｋ６６Ｐ／Ｐ１６４Ｒ／Ｖ２７２Ｅ、Ｋ６６Ｐ／Ｙ１６５Ｗ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３９４Ｐ、Ｆ１６３Ｌ、Ｐ１６４Ｎ、Ｐ１６４Ｒ／Ｙ１６５Ｗ／Ｇ３９４Ｐ、Ｐ１６４Ｓ、Ｙ１６５Ｗ、Ｙ１６５Ｗ／Ｖ２７２Ｅ、Ｙ１６５Ｗ／Ｇ３９４Ｐ、Ｎ１６６Ａ、Ｎ１６６Ｌ、Ｎ１６６Ｔ、Ｓ１６７Ｅ、Ｅ１９０Ｐ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｑ２１０Ａ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｑ２１０Ａ／Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｋ３８５Ａ、Ｅ１９０Ｐ／Ｑ２１０Ａ、Ｅ１９０Ｐ／Ｋ３８５Ａ／Ｎ３９６Ｓ、Ｅ１９０Ｐ／Ｓ３８９Ｔ、Ｅ２０７Ｄ、Ｅ２０７Ｄ／Ｑ２１０Ａ／Ｌ２４３Ｑ／Ｄ２５０Ｇ／Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｅ２０７Ｄ／Ａ２１４Ｐ／Ｎ３９６Ｓ、Ｅ２０７Ｄ／Ｌ２４３Ｑ、Ｅ２０７Ｄ／Ｓ３８９Ｔ、Ｑ２１０Ａ、Ｑ２１０Ａ／Ｋ３８５Ａ、Ａ２１４Ｐ、Ａ２１４Ｐ／Ｎ３９６Ｓ、Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３９４Ｐ、Ｓ２８３Ｃ、Ｋ３８５Ａ、Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｓ３８９Ｔ、Ｓ３８９Ｔ／Ｎ３９６Ｓ、およびＧ３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている。
【０１５４】
一部の実施形態において、本発明は、１２／２６／３０／２９１、１２／２６／７３／７７／２９１、１３／４５／１０７／２３６／２７７／３４６／３５１／４１０／４２９、２２／２５／１１０／２９１／３０４、２４／１４７／１６４／１６６／１６７／２４３／３８９、２４／１６６、２４／１６６／１９０、２４／１６６／２０７、２６／３０、２６／３０／１６８／２９１、３０／７７／２９１、３０／２９１、７０／７７／１０８／１７７／１９６／２４７／２９１／３０９／３６１／３６６、７０／７７／１６８／２９１、７０／１７７／２９１／３６１／３６６、７０／１７７／２９１／３７２、７０／１８６、７０／２４７／２９１／３０９／３７２、７０／２９１、７０／２９１／３０４／３６１、７４、７４／２１１、７７／１１０／２９１／３０８、７７／２９１／３６１／３６６、１０７／２７７／３４６／４１０／４２９、１０７／３４６、１１０／２３５／３９１、１４７／１６４／１６６／１６７、１４７／１６４／１６６／２４３／２７２／２８３／３８５／３８９、１４７／１６４／１６６／２７２、１６３、１６６、１６６／１６７／２７２／３８９、１６６／１９０、１６６／１９０／２０７、１６６／２０７、１７７／１９５／１９６／２９１／３０４／３０９／３６６、１７７／１９６／２４７／３０４／３０９／３６１／３６６、１７７／２９１／３０９／３６１、１９６／２９１／３０４／３６１、１９６／２９１／３０９／３６１、１９８／２３５／３９１、２０７、２４７／３０４／３０９／３６６、２５３／３９１、２７７、２９１、２９１／３０４／３０９、および２９１／３０９から選択される、配列番号１５６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドであって、位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１２Ｄ／２６Ｋ／３０Ｐ／２９１Ｙ、１２Ｄ／２６Ｒ／７３Ｃ／７７Ｒ／２９１Ｙ、１３Ａ／４５Ｎ／１０７Ｅ／２３６Ｅ／２７７Ｖ／３４６Ｌ／３５１Ａ／４１０Ｈ／４２９Ｍ、２２Ｌ／２５Ｖ／１１０Ｋ／２９１Ｙ／３０４Ａ、２４Ｔ／１４７Ｖ／１６４Ｓ／１６６Ａ／１６７Ｅ／２４３Ｑ／３８９Ｔ、２４Ｔ／１６６Ａ、２４Ｔ／１６６Ａ／１９０Ｐ、２４Ｔ／１６６Ａ／２０７Ｄ、２４Ｔ／１６６Ｌ、２６Ｋ／３０Ｐ／１６８Ｅ／２９１Ｙ、２６Ｒ／３０Ｐ、３０Ｐ／７７Ｒ／２９１Ｙ、３０Ｐ／２９１Ｙ、７０Ｅ／７７Ｄ／１０８Ｒ／１７７Ｉ／１９６Ｅ／２４７Ｋ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３６１Ａ／３６６Ｈ、７０Ｅ／７７Ｒ／１６８Ｅ／２９１Ｙ、７０Ｅ／１７７Ｉ／２９１Ｙ／３６１Ａ／３６６Ｈ、７０Ｅ／１７７Ｉ／２９１Ｙ／３７２Ｗ、７０Ｅ／１８６Ｃ、７０Ｅ／２４７Ｋ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３７２Ｗ、７０Ｅ／２９１Ｙ、７０Ｅ／２９１Ｙ／３０４Ａ／３６１Ａ、７４Ａ、７４Ａ／２１１Ｒ、７７Ｄ／１１０Ｋ／２９１Ｙ／３０８Ｑ、７７Ｄ／２９１Ｙ／３６１Ａ／３６６Ｈ、１０７Ｅ／２７７Ｖ／３４６Ｌ／４１０Ｈ／４２９Ｍ、１０７Ｅ／３４６Ｌ、１１０Ｋ／２３５Ｓ／３９１Ｔ、１４７Ｖ／１６４Ｒ／１６６Ａ／１６７Ｅ、１４７Ｖ／１６４Ｒ／１６６Ａ／２４３Ｑ／２７２Ｅ／２８３Ｃ／３８５Ａ／３８９Ｔ、１４７Ｖ／１６４Ｒ／１６６Ａ／２７２Ｅ、１６３Ｙ、１６６Ａ、１６６Ａ／１６７Ｅ／２７２Ｅ／３８９Ｔ、１６６Ａ／１９０Ｐ、１６６Ａ／１９０Ｐ／２０７Ｄ、１６６Ａ／２０７Ｄ、１６６Ｇ、１６６Ｓ、１６６Ｓ／２０７Ｄ、１６６Ｖ、１７７Ｉ／１９５Ａ／１９６Ｅ／２９１Ｙ／３０４Ａ／３０９Ａ／３６６Ｈ、１７７Ｉ／１９６Ｅ／２４７Ｋ／３０４Ａ／３０９Ａ／３６１Ａ／３６６Ｈ、１７７Ｉ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３６１Ａ、１９６Ｅ／２９１Ｙ／３０４Ａ／３６１Ａ、１９６Ｅ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３６１Ａ、１９８Ｔ／２３５Ｓ／３９１Ｔ、２０７Ｄ、２４７Ｋ／３０４Ａ／３０９Ａ／３６６Ｈ、２５３Ｌ／３９１Ｔ、２７７Ｖ、２９１Ｙ、２９１Ｙ／３０４Ａ／３０９Ａ、および２９１Ｙ／３０９Ａを含み、位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｅ１２Ｄ／Ｈ２６Ｋ／Ｔ３０Ｐ／Ｆ２９１Ｙ、Ｅ１２Ｄ／Ｈ２６Ｒ／Ｋ７３Ｃ／Ｅ７７Ｒ／Ｆ２９１Ｙ、Ｔ１３Ａ／Ｈ４５Ｎ／Ｄ１０７Ｅ／Ｋ２３６Ｅ／Ｔ２７７Ｖ／Ａ３４６Ｌ／Ｒ３５１Ａ／Ｌ４１０Ｈ／Ｌ４２９Ｍ、Ｍ２２Ｌ／Ｌ２５Ｖ／Ｒ１１０Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ、Ｓ２４Ｔ／Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｓ／Ｎ１６６Ａ／Ｓ１６７Ｅ／Ｌ２４３Ｑ／Ｓ３８９Ｔ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ａ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ａ／Ｅ１９０Ｐ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ａ／Ｅ２０７Ｄ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ｌ、Ｈ２６Ｋ／Ｔ３０Ｐ／Ｖ１６８Ｅ／Ｆ２９１Ｙ、Ｈ２６Ｒ／Ｔ３０Ｐ、Ｔ３０Ｐ／Ｅ７７Ｒ／Ｆ２９１Ｙ、Ｔ３０Ｐ／Ｆ２９１Ｙ、Ｄ７０Ｅ／Ｅ７７Ｄ／Ｓ１０８Ｒ／Ｌ１７７Ｉ／Ｑ１９６Ｅ／Ｒ２４７Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｄ７０Ｅ／Ｅ７７Ｒ／Ｖ１６８Ｅ／Ｆ２９１Ｙ、Ｄ７０Ｅ／Ｌ１７７Ｉ／Ｆ２９１Ｙ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｄ７０Ｅ／Ｌ１７７Ｉ／Ｆ２９１Ｙ／Ｙ３７２Ｗ、Ｄ７０Ｅ／Ｒ１８６Ｃ、Ｄ７０Ｅ／Ｒ２４７Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｙ３７２Ｗ、Ｄ７０Ｅ／Ｆ２９１Ｙ、Ｄ７０Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｔ７４Ａ、Ｔ７４Ａ／Ｋ２１１Ｒ、Ｅ７７Ｄ／Ｒ１１０Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｅ３０８Ｑ、Ｅ７７Ｄ／Ｆ２９１Ｙ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｄ１０７Ｅ／Ｔ２７７Ｖ／Ａ３４６Ｌ／Ｌ４１０Ｈ／Ｌ４２９Ｍ、Ｄ１０７Ｅ／Ａ３４６Ｌ、Ｒ１１０Ｋ／Ａ２３５Ｓ／Ａ３９１Ｔ、Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｒ／Ｎ１６６Ａ／Ｓ１６７Ｅ、Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｒ／Ｎ１６６Ａ／Ｌ２４３Ｑ／Ｖ２７２Ｅ／Ｓ２８３Ｃ／Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｒ／Ｎ１６６Ａ／Ｖ２７２Ｅ、Ｆ１６３Ｙ、Ｎ１６６Ａ、Ｎ１６６Ａ／Ｓ１６７Ｅ／Ｖ２７２Ｅ／Ｓ３８９Ｔ、Ｎ１６６Ａ／Ｅ１９０Ｐ、Ｎ１６６Ａ／Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ、Ｎ１６６Ａ／Ｅ２０７Ｄ、Ｎ１６６Ｇ、Ｎ１６６Ｓ、Ｎ１６６Ｓ／Ｅ２０７Ｄ、Ｎ１６６Ｖ、Ｌ１７７Ｉ／Ｅ１９５Ａ／Ｑ１９６Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｌ１７７Ｉ／Ｑ１９６Ｅ／Ｒ２４７Ｋ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｌ１７７Ｉ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｑ１９６Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｑ１９６Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｖ１９８Ｔ／Ａ２３５Ｓ／Ａ３９１Ｔ、Ｅ２０７Ｄ、Ｒ２４７Ｋ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｖ２５３Ｌ／Ａ３９１Ｔ、Ｔ２７７Ｖ、Ｆ２９１Ｙ、Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ、およびＦ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａを含み、位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている。
【０１５５】
一部の実施形態において、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、適切な反応条件下で、化合物（２）を化合物（１）に、参照ポリペプチド（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）の基質許容範囲と比べて、基質の存在について増大した許容範囲で、変換する能力がある。したがって、一部の実施形態において、操作されたポリペプチドは、少なくとも約１ｇ／Ｌ、５ｇ／Ｌ、１０ｇ／Ｌ、２０ｇ／Ｌ、約３０ｇ／Ｌ、約４０ｇ／Ｌ、約５０ｇ／Ｌ、約７０ｇ／Ｌ、約７５ｇ／Ｌ、約１００ｇ／Ｌの基質負荷量濃度の存在下で、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少なくとも約９４％、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、または少なくとも約９９％の変換パーセントで、約７２時間、約４８時間、約３６時間、約２４時間、またはさらにそれより短い時間の反応時間で、適切な反応条件下で、化合物（２）の基質を化合物（１）に変換する能力がある。
【０１５６】
操作されたポリペプチドの上記の改善された特性が、ポリペプチドの濃度または量、基質、アミンドナー、補助因子、緩衝液、共溶媒、ｐＨに関して決定され得る一部の適切な反応条件、ならびに／または温度および反応時間を含む条件が、本明細書において提供される。一部の実施形態において、適切な反応条件は、以下および実施例において記載されるＨＴＰ、ＳＦＰ、またはＤＳＰアッセイ条件を含む。
【０１５７】
当業者にとって明らかである通り、前述の残基位置およびそれぞれの残基位置についての具体的なアミノ酸残基を、個別にまたは様々な組み合わせで使用して、増大した温度、溶媒、および／またはｐＨのような、様々な条件下で、数ある中でも、酵素活性、基質／生成物の優先度、立体選択性、基質／生成物許容範囲、および安定性を含む、所望の改善された特性を有するトランスアミナーゼポリペプチドを合成することができる。
【０１５８】
一部の実施形態において、本発明はまた、機能的トランスアミナーゼ活性および／または操作されたトランスアミナーゼポリペプチドの改善された特性を保持する、本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼポリペプチドのいずれかの断片を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。したがって、一部の実施形態において、本発明は、トランスアミナーゼ活性（例えば、適切な反応条件下で、化合物（２）を化合物（１）に変換する能力がある）を有するポリペプチド断片であって、断片が、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列識別子を有する例示的な操作されたポリペプチドのような、本発明の操作されたポリペプチドの全長アミノ酸配列の少なくとも約８０％、９０％、９５％、９８％、または９９％を含む、ポリペプチド断片を提供する。
【０１５９】
一部の実施形態において、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列識別子を有する例示的な操作されたポリペプチド配列のような、本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼポリペプチド配列のいずれか１つと比較して、欠失を含むアミノ酸配列を含む。したがって、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドのそれぞれおよび全ての実施形態について、アミノ酸配列は、１つもしくは複数のアミノ酸、２つもしくはそれより多いアミノ酸、３つもしくはそれより多いアミノ酸、４つもしくはそれより多いアミノ酸、５つもしくはそれより多いアミノ酸、６つもしくはそれより多いアミノ酸、８つもしくはそれより多いアミノ酸、１０もしくはそれより多いアミノ酸、１５もしくはそれより多いアミノ酸、または２０もしくはそれより多いアミノ酸、トランスアミナーゼポリペプチドのアミノ酸の総数の最大１０％、アミノ酸の総数の最大１０％、アミノ酸の総数の最大２０％、またはアミノ酸の総数の最大３０％の欠失を含むことができ、本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼの関連する機能的活性および／または改善された特性は、維持される。一部の実施形態において、欠失は、１〜２、１〜３、１〜４、１〜５、１〜６、１〜７、１〜８、１〜９、１〜１０、１〜１５、１〜２０、１〜２１、１〜２２、１〜２３、１〜２４、１〜２５、１〜３０、１〜３５、１〜４０、１〜４５、１〜５０、１〜５５、または１〜６０個のアミノ酸残基を含み得る。一部の実施形態において、欠失の数は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、３０、３０、３５、４０、４５、５０、５５、または６０個のアミノ酸残基であり得る。一部の実施形態において、欠失は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１８、２０、２１、２２、２３、２４、２５または３０個のアミノ酸残基の欠失を含み得る。
【０１６０】
一部の実施形態において、本発明は、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列識別子を有する例示的な操作されたポリペプチド配列のような、本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼポリペプチド配列のいずれか１つと比較して、挿入を含むアミノ酸配列を有する操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを提供する。したがって、本発明のトランスアミナーゼポリペプチドのそれぞれおよび全ての実施形態について、挿入は、１つもしくは複数のアミノ酸、２つもしくはそれより多いアミノ酸、３つもしくはそれより多いアミノ酸、４つもしくはそれより多いアミノ酸、５つもしくはそれより多いアミノ酸、６つもしくはそれより多いアミノ酸、８つもしくはそれより多いアミノ酸、１０もしくはそれより多いアミノ酸、１５もしくはそれより多いアミノ酸、または２０もしくはそれより多いアミノ酸を含むことができ、本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼの関連する機能的活性および／または改善された特性は、維持される。挿入は、トランスアミナーゼポリペプチドのアミノもしくはカルボキシ末端、または内部にあり得る。
【０１６１】
一部の実施形態において、本発明のポリペプチドは、融合ポリペプチドの形態であり、操作されたポリペプチドは、例示および限定でない目的で、抗体タグ（例えば、ｍｙｃエピトープ）、精製配列（例えば、金属への結合のためのＨｉｓタグ）、および細胞局在化シグナル（例えば、分泌シグナル）のような、他のポリペプチドに融合される。したがって、他のポリペプチドへの融合を含む、または含まない、本明細書において記載される操作されたポリペプチドが、使用され得る。
【０１６２】
本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、遺伝子でコードされるアミノ酸に制限されない。したがって、遺伝子でコードされるアミノ酸に加えて、本明細書において記載されるポリペプチドは、天然に存在するおよび／もしくは合成の非コードアミノ酸から、全体または一部のいずれかで構成され得る。本明細書において記載されるポリペプチドを構成し得る、ある特定の一般的に遭遇するコードされないアミノ酸は、これらに限定されないが、遺伝子でコードされるアミノ酸のＤ−立体異性体；２，３−ジアミノプロピオン酸（Ｄｐｒ）；α−アミノイソ酪酸（Ａｉｂ）；ε−アミノヘキサン酸（Ａｈａ）；δ−アミノ吉草酸（Ａｖａ）；Ｎ−メチルグリシンまたはサルコシン（ＭｅＧｌｙまたはＳａｒ）；オルニチン（Ｏｒｎ）；シトルリン（Ｃｉｔ）；ｔ−ブチルアラニン（Ｂｕａ）；ｔ−ブチルグリシン（Ｂｕｇ）；Ｎ−メチルイソロイシン（ＭｅＩｌｅ）；フェニルグリシン（Ｐｈｇ）；シクロヘキシルアラニン（Ｃｈａ）；ノルロイシン（Ｎｌｅ）；ナフチルアラニン（Ｎａｌ）；２−クロロフェニルアラニン（Ｏｃｆ）；３−クロロフェニルアラニン（Ｍｃｆ）；４−クロロフェニルアラニン（Ｐｃｆ）；２−フルオロフェニルアラニン（Ｏｆｆ）；３−フルオロフェニルアラニン（Ｍｆｆ）；４−フルオロフェニルアラニン（Ｐｆｆ）；２−ブロモフェニルアラニン（Ｏｂｆ）；３−ブロモフェニルアラニン（Ｍｂｆ）；４−ブロモフェニルアラニン（Ｐｂｆ）；２−メチルフェニルアラニン（Ｏｍｆ）；３−メチルフェニルアラニン（Ｍｍｆ）；４−メチルフェニルアラニン（Ｐｍｆ）；２−ニトロフェニルアラニン（Ｏｎｆ）；３−ニトロフェニルアラニン（Ｍｎｆ）；４−ニトロフェニルアラニン（Ｐｎｆ）；２−シアノフェニルアラニン（Ｏｃｆ）；３−シアノフェニルアラニン（Ｍｃｆ）；４−シアノフェニルアラニン（Ｐｃｆ）；２−トリフルオロメチルフェニルアラニン（Ｏｔｆ）；３−トリフルオロメチルフェニルアラニン（Ｍｔｆ）；４−トリフルオロメチルフェニルアラニン（Ｐｔｆ）；４−アミノフェニルアラニン（Ｐａｆ）；４−ヨードフェニルアラニン（Ｐｉｆ）；４−アミノメチルフェニルアラニン（Ｐａｍｆ）；２，４−ジクロロフェニルアラニン（Ｏｐｅｆ）；３，４−ジクロロフェニルアラニン（Ｍｐｃｆ）；２，４−ジフルオロフェニルアラニン（Ｏｐｆｆ）；３，４−ジフルオロフェニルアラニン（Ｍｐｆｆ）；ピリド−２−イルアラニン（２ｐＡｌａ）；ピリド−３−イルアラニン（３ｐＡｌａ）；ピリド−４−イルアラニン（４ｐＡｌａ）；ナフト−１−イルアラニン（１ｎＡｌａ）；ナフト−２−イルアラニン（２ｎＡｌａ）；チアゾリルアラニン（ｔａＡｌａ）；ベンゾチエニルアラニン（ｂＡｌａ）；チエニルアラニン（ｔＡｌａ）；フリルアラニン（ｆＡｌａ）；ホモフェニルアラニン（ｈＰｈｅ）；ホモチロシン（ｈＴｙｒ）；ホモトリプトファン（ｈＴｒｐ）；ペンタフルオロフェニルアラニン（５ｆｆ）；スチリルカラニン（ｓＡｌａ）；アウトリルアラニン（ａＡｌａ）；３，３−ジフェニルアラニン（Ｄｆａ）；３−アミノ−５−フェニペンタン酸（Ａｆｐ）；ペニシラミン（Ｐｅｎ）；１，２，３，４−テトラヒドロイソキノリン−３−カルボン酸（Ｔｉｃ）；β−２−チエニルアラニン（Ｔｈｉ）；メチオニンスルホキシド（Ｍｓｏ）；Ｎ（ｗ）−ニトロアルギニン（ｎＡｒｇ）；ホモリシン（ｈＬｙｓ）；ホスホノメチルフェニルアラニン（ｐｍＰｈｅ）；ホスホセリン（ｐＳｅｒ）；ホスホスレオニン（ｐＴｈｒ）；ホモアスパラギン酸（ｈＡｓｐ）；ホモグルタミン酸（ｈＧｌｕ）；１−アミノシクロペンタ−（２または３）−エン−４カルボン酸；ピペコリン酸（ＰＡ）、アゼチジン−３−カルボン酸（ＡＣＡ）；１−アミノシクロペンタン−３−カルボン酸；アリルグリシン（ａＯｌｙ）；プロパルギルグリシン（ｐｇＧｌｙ）；ホモアラニン（ｈＡｌａ）；ノルバリン（ｎＶａｌ）；ホモロイシン（ｈＬｅｕ）、ホモバリン（ｈＶａｌ）；ホモイソロイシン（ｈＩｌｅ）；ホモアルギニン（ｈＡｒｇ）；Ｎ−アセチルリシン（ＡｃＬｙｓ）；２，４−ジアミノ酪酸（Ｄｂｕ）；２，３−ジアミノ酪酸（Ｄａｂ）；Ｎ−メチルバリン（ＭｅＶａｌ）；ホモシステイン（ｈＣｙｓ）；ホモセリン（ｈＳｅｒ）；ヒドロキシプロリン（Ｈｙｐ）およびホモプロリン（ｈＰｒｏ）を含む。本明細書において記載されるポリペプチドを構成し得る、追加のコードされないアミノ酸は、当業者に明らかであろう。これらのアミノ酸は、ＬまたはＤ配置のいずれかであり得る。
【０１６３】
当業者は、側鎖保護基を有するアミノ酸または残基がまた、本明細書において記載されるポリペプチドを構成し得ることを理解するであろう。かかる保護されたアミノ酸の非限定的な例は、芳香族のカテゴリーに属するこの場合において、これらに限定されないが、Ａｒｇ（ｔｏｓ）、Ｃｙｓ（メチルベンジル）、Ｃｙｓ（ニトロピリジンスルフェニル）、Ｇｌｕ（δ−ベンジルエステル）、Ｇｌｎ（キサンチル）、Ａｓｎ（Ｎ−δ−キサンチル）、Ｈｉｓ（ｂｏｍ）、Ｈｉｓ（ベンジル）、Ｈｉｓ（ｔｏｓ）、Ｌｙｓ（ｆｍｏｃ）、Ｌｙｓ（ｔｏｓ）、Ｓｅｒ（Ｏ−ベンジル）、Ｔｈｒ（Ｏ−ベンジル）およびＴｙｒ（Ｏ−ベンジル）を含む（保護基が丸括弧内に列挙される）。
【０１６４】
本明細書において記載されるポリペプチドを構成し得る、コンフォメーション上拘束された非コードアミノ酸は、これらに限定されないが、Ｎ−メチルアミノ酸（Ｌ−配置）；１−アミノシクロペンタ−（２または３）−エン−４−カルボン酸；ピペコリン酸；アゼチジン−３−カルボン酸；ホモプロリン（ｈＰｒｏ）；および１−アミノシクロペンタン−３−カルボン酸を含む。
【０１６５】
一部の実施形態において、操作されたポリペプチドは、膜、樹脂、固体担体、または他の固相物質のような固体支持体上で提供され得る。固体支持体は、ポリスチレン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリフルオロエチレン、ポリエチレンオキシ、およびポリアクリルアミド、ならびにそれらのコポリマーおよびグラフトのような有機ポリマーで構成され得る。固体支持体はまた、無機、例えば、ガラス、シリカ、制御孔質ガラス（ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  ｐｏｒｅ  ｇｌａｓｓ）（ＣＰＧ）、逆相シリカまたは金属、例えば、金または白金であり得る。固体支持体の構成は、ビーズ、球、粒子、顆粒、ゲル、膜または表面の形態であり得る。表面は、平面、実質的に平面、または非平面であり得る。固体支持体は、多孔性または非多孔性であり得、膨張または非膨張特徴を有し得る。固体支持体は、ウェル、くぼみ、または他の容器、器、特色、または場所の形態で構成され得る。
【０１６６】
一部の実施形態において、トランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、それらが、参照ポリペプチド（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）と比べて、それらの改善された活性、エナンチオ選択性、立体選択性、および／または他の改善された特性を保持するように、固体支持体上に結合されるか、または固定される。かかる実施形態において、固定されたポリペプチドは、基質化合物から所望の生成物への生体触媒性変換を促進し得、反応が完了した後、容易に保持され（例えば、ポリペプチドが固定されているビーズを保持することにより）、次に、続く反応において再使用されるか、または再利用される。かかる固定された酵素プロセスは、さらなる効率化およびコストの低減を可能にする。したがって、本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを使用する方法のいずれかは、固体支持体上に結合されたか、または固定された同じトランスアミナーゼポリペプチドを使用して行われ得ることが、さらに考慮される。
【０１６７】
操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、非共有結合されるか、または共有結合され得る。酵素を固体支持体（例えば、樹脂、膜、ビーズ、ガラスなど）にコンジュゲートし、固定化する様々な方法は、当技術分野において周知である。特に、ＰＣＴ公開である国際公開第２０１２／１７７５２７Ａ１号は、化合物（２）を化合物（１）に変換する能力がある固定化された操作されたトランスアミナーゼポリペプチド、および固定化されたポリペプチドを調製する方法を開示しており、ポリペプチドが、疎水性相互作用または共有結合のいずれかにより、樹脂に物理的に結合され、少なくとも最大１００％の有機溶媒を含む溶媒系において安定である。酵素を固体支持体（例えば、樹脂、膜、ビーズ、ガラスなど）にコンジュゲートし、固定化する他の方法は、当技術分野において周知である（例えば、Ｙｉら、Ｐｒｏｃ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ４２：８９５−８９８  ［２００７］；Ｍａｒｔｉｎら、Ａｐｐｌ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ７６：８４３−８５１  ［２００７］；Ｋｏｓｚｅｌｅｗｓｋｉら、Ｊ．  Ｍｏｌ．  Ｃａｔ．  Ｂ：  Ｅｎｚ．，  ６３：３９−４４  ［２０１０］；Ｔｒｕｐｐｏら、Ｏｒｇ．  Ｐｒｏｃ．  Ｒｅｓ．  Ｄｅｖｅｌｏｐ．、ｄｘ．ｄｏｉ．ｏｒｇ／１０．１０２１／ｏｐ２００１５７ｃにて公開；およびＭａｔｅｏら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．  Ｐｒｏｇ．，  １８：６２９−３４  ［２００２］などを参照）。
【０１６８】
本発明の操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを固定化するのに有用な固体支持体は、これらに限定されないが、エポキシド官能基を有するポリメタクリレート、アミノエポキシド官能基を有するポリメタクリレート、スチレン／ＤＶＢコポリマーもしくはオクタデシル官能基を有するポリメタクリレートを含むビーズまたは樹脂を含む。本発明の操作されたトランスアミナーゼを固定化するのに有用な例示的な固体支持体は、これらに限定されないが、キトサンビーズ、Ｅｕｐｅｒｇｉｔ  Ｃ、ならびに次の異なるタイプのＳＥＰＡＢＥＡＤ：ＥＣ−ＥＰ、ＥＣ−ＨＦＡ／Ｓ、ＥＸＡ２５２、ＥＸＥ１１９およびＥＸＥ１２０を含む、ＳＥＰＡＢＥＡＤ（Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ）を含む。
【０１６９】
一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、ポリペプチドが、位置が別個になった場所に配置されているアレイの形態で提供され得る。一部の実施形態において、位置が別個になった場所は、９６ウェルプレートのような固体支持体におけるウェルである。複数の支持体は、アレイ上、試薬のロボットデリバリーのためアドレス指定可能な、または検出方法および／もしくは装置により様々な場所で構成され得る。かかるアレイを使用して、ポリペプチドによる変換のための様々な基質化合物を試験することができる。
【０１７０】
一部の実施形態において、本明細書において記載される操作されたポリペプチドは、キットの形態で提供することができる。キット中のポリペプチドは、個別に、または複数のポリペプチドとして存在してもよい。キットは、酵素反応を行うための試薬、ポリペプチドの活性を評価するための基質、および生成物を検出するための試薬をさらに含み得る。キットはまた、試薬ディスペンサおよびキットの使用のための指示を含むことができる。一部の実施形態において、本発明のキットは、複数の異なる操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを異なるアドレス指定可能な位置において含むアレイを含み、異なるポリペプチドは、少なくとも１つの異なる改善された酵素特性をそれぞれ有する参照配列の異なるバリアントである。複数の操作されたポリペプチドを含むかかるアレイおよびその使用方法は、公知である（例えば、国際公開第２００９／００８９０８Ａ２号を参照）。
【０１７１】
操作されたトランスアミナーゼポリペプチドの調製に有用なポリヌクレオチド、調節配列、発現ベクター、および宿主細胞
別の態様において、本発明は、本明細書において記載されるトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供する。ポリヌクレオチドは、ポリペプチドを発現する能力がある組換えポリヌクレオチドを得るために遺伝子発現を制御する１つまたは複数の異種制御配列に作動可能に連結されていてもよい。操作されたトランスアミナーゼをコードする異種ポリヌクレオチドを含有する発現構築物を適切な宿主細胞に導入して、対応する操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを発現させることができる。
【０１７２】
一部の実施形態において、改善されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレオチドを、様々な方法で操作して、ポリペプチドの改善された活性および／または発現がもたらされる。単離されたポリヌクレオチドの操作が、発現ベクターに依存して、ベクターへのその挿入に先立ち、望ましいか、または必要であり得る。組換えＤＮＡ方法を利用するポリヌクレオチドおよび核酸配列を修飾するための技術は、当技術分野において周知である。
【０１７３】
当業者は、遺伝子コードの縮重に起因して、本発明のバリアントトランスアミナーゼアシラーゼポリペプチドをコードする多数のヌクレオチド配列が存在することを理解する。例えば、コドンＡＧＡ、ＡＧＧ、ＣＧＡ、ＣＧＣ、ＣＧＧ、およびＣＧＵは全て、アミノ酸のアルギニンをコードする。したがって、アルギニンがコドンにより指定される、本発明の核酸における各位置において、コドンは、コードされるポリペプチドを変更することなく、上で記載された対応するコドンのいずれかに変更することができる。ＲＮＡ配列における「Ｕ」は、ＤＮＡ配列における「Ｔ」に対応することが、理解される。本発明は、可能性のあるコドン選択に基づき組み合わせを選択することによりなされ得る本発明のポリペプチドをコードする核酸配列のそれぞれおよび全ての可能性のあるバリエーションを考慮し、提供する。
【０１７４】
上で示された通り、トランスアミナーゼをコードするＤＮＡ配列はまた、高コドン使用頻度バイアスコドン（同じアミノ酸をコードする他のコドンより、タンパク質コード領域において高い頻度で使用されるコドン）について設計されてもよい。好ましいコドンは、単一遺伝子、共通の機能もしくは起源の遺伝子のセット、高度に発現される遺伝子、全生物の凝集タンパク質コード領域のコドン頻度、関連する生物の凝集タンパク質コード領域のコドン頻度、またはそれらの組み合わせにおけるコドン使用頻度に関して決定されてもよい。頻度が遺伝子発現のレベルに伴い増大するコドンは、典型的には、発現に最適なコドンである。特に、ＤＮＡ配列は、特定の宿主生物における発現のため最適化することができる。多変量解析（例えば、クラスター解析またはコレスポンデンス解析を使用する）および遺伝子において使用される有効な数のコドンを含む、コドン頻度（例えば、同義コドン使用頻度と比べた、コドン使用頻度）ならびに特定の生物におけるコドン優先度を決定するための様々な方法が、当技術分野において周知である。コドン使用頻度を得るためのデータ供給源は、タンパク質をコードする能力がある任意の利用可能なヌクレオチド配列に頼ってもよい。これらのデータセットは、当技術分野において周知である、発現されたタンパク質をコードすることが実際に公知の核酸配列（例えば、完全なタンパク質コード配列−ＣＤＳ）、発現された配列タグ（ＥＳＴ）、またはゲノム配列の予想コード領域を含む。バリアントトランスアミナーゼをコードするポリヌクレオチドは、当技術分野において公知の任意の適切な方法を使用して調製することができる。典型的には、オリゴヌクレオチドは、個別に合成され、次に、結合させて（例えば、酵素もしくは化学ライゲーション方法、またはポリメラーゼにより媒介される方法）、本質的に任意の所望の連続配列を形成させる。一部の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、自動合成方法を含むが、これに限定されない、当技術分野において公知の任意の適切な方法を使用する化学合成により調製される。例えば、ホスホルアミダイト方法において、オリゴヌクレオチドが、合成され（例えば、自動ＤＮＡ合成装置において）、精製され、アニーリングされ、ライゲーションされ、適切なベクターにおいてクローニングされる。一部の実施形態において、次に、２本鎖ＤＮＡ断片は、相補鎖を合成し、適切な条件下で一緒に鎖をアニーリングさせる、または適切なプライマー配列を用いてＤＮＡポリメラーゼを使用して相補鎖を加える、のいずれかにより、得られる。当業者に周知の、本発明において有用な方法を提供する多数の一般的および標準的なテキストが存在する。
【０１７５】
例えば、変異誘発および指向性進化法をポリヌクレオチドに容易に適用して、発現され、スクリーニングされ、アッセイされ得るバリアントライブラリーを得ることができる。変異誘発および指向性進化法は、当技術分野において周知である（例えば、これらの全てが参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第５，６０５，７９３号、同第５，８１１，２３８号、同第５，８３０，７２１号、同第５，８３４，２５２号、同第５，８３７，４５８号、同第５，９２８，９０５号、同第６，０９６，５４８号、同第６，１１７，６７９号、同第６，１３２，９７０号、同第６，１６５，７９３号、同第６，１８０，４０６号、同第６，２５１，６７４号、同第６，２６５，２０１号、同第６，２７７，６３８号、同第６，２８７，８６１号、同第６，２８７，８６２号、同第６，２９１，２４２号、同第６，２９７，０５３号、同第６，３０３，３４４号、同第６，３０９，８８３号、同第６，３１９，７１３号、同第６，３１９，７１４号、同第６，３２３，０３０号、同第６，３２６，２０４号、同第６，３３５，１６０号、同第６，３３５，１９８号、同第６，３４４，３５６号、同第６，３５２，８５９号、同第６，３５５，４８４号、同第６，３５８，７４０号、同第６，３５８，７４２号、同第６，３６５，３７７号、同第６，３６５，４０８号、同第６，３６８，８６１号、同第６，３７２，４９７号、同第６，３３７，１８６号、同第６，３７６，２４６号、同第６，３７９，９６４号、同第６，３８７，７０２号、同第６，３９１，５５２号、同第６，３９１，６４０号、同第６，３９５，５４７号、同第６，４０６，８５５号、同第６，４０６，９１０号、同第６，４１３，７４５号、同第６，４１３，７７４号、同第６，４２０，１７５号、同第６，４２３，５４２号、同第６，４２６，２２４号、同第６，４３６，６７５号、同第６，４４４，４６８号、同第６，４５５，２５３号、同第６，４７９，６５２号、同第６，４８２，６４７号、同第６，４８３，０１１号、同第６，４８４，１０５号、同第６，４８９，１４６号、同第６，５００，６１７号、同第６，５００，６３９号、同第６，５０６，６０２号、同第６，５０６，６０３号、同第６，５１８，０６５号、同第６，５１９，０６５号、同第６，５２１，４５３号、同第６，５２８，３１１号、同第６，５３７，７４６号、同第６，５７３，０９８号、同第６，５７６，４６７号、同第６，５７９，６７８号、同第６，５８６，１８２号、同第６，６０２，９８６号、同第６，６０５，４３０号、同第６，６１３，５１４号、同第６，６５３，０７２号、同第６，６８６，５１５号、同第６，７０３，２４０号、同第６，７１６，６３１号、同第６，８２５，００１号、同第６，９０２，９２２号、同第６，９１７，８８２号、同第６，９４６，２９６号、同第６，９６１，６６４号、同第６，９９５，０１７号、同第７，０２４，３１２号、同第７，０５８，５１５号、同第７，１０５，２９７号、同第７，１４８，０５４号、同第７，２２０，５６６号、同第７，２８８，３７５号、同第７，３８４，３８７号、同第７，４２１，３４７号、同第７，４３０，４７７号、同第７，４６２，４６９号、同第７，５３４，５６４号、同第７，６２０，５００号、同第７，６２０，５０２号、同第７，６２９，１７０号、同第７，７０２，４６４号、同第７，７４７，３９１号、同第７，７４７，３９３号、同第７，７５１，９８６号、同第７，７７６，５９８号、同第７，７８３，４２８号、同第７，７９５，０３０号、同第７，８５３，４１０号、同第７，８６８，１３８号、同第７，７８３，４２８号、同第７，８７３，４７７号、同第７，８７３，４９９号、同第７，９０４，２４９号、同第７，９５７，９１２号、同第７，９８１，６１４号、同第８，０１４，９６１号、同第８，０２９，９８８号、同第８，０４８，６７４号、同第８，０５８，００１号、同第８，０７６，１３８号、同第８，１０８，１５０号、同第８，１７０，８０６号、同第８，２２４，５８０号、同第８，３７７，６８１号、同第８，３８３，３４６号、同第８，４５７，９０３号、同第８，５０４，４９８号、同第８，５８９，０８５号、同第８，７６２，０６６号、同第８，７６８，８７１号、第同９，５９３，３２６号、および全ての関連する米国以外の対応物；Ｌｉｎｇら、Ａｎａｌ．  Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ２５４（２）：１５７−７８  ［１９９７］；Ｄａｌｅら、Ｍｅｔｈ．  Ｍｏｌ．  Ｂｉｏｌ．，  ５７：３６９−７４  ［１９９６］、；Ｓｍｉｔｈ、Ａｎｎ．  Ｒｅｖ．  Ｇｅｎｅｔ．，  １９：４２３−４６２  ［１９８５］；Ｂｏｔｓｔｅｉｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，  ２２９：１１９３−１２０１  ［１９８５］；Ｃａｒｔｅｒ，  Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｊ．，  ２３７：１−７  ［１９８６］；Ｋｒａｍｅｒら、Ｃｅｌｌ，  ３８：８７９−８８７  ［１９８４］；Ｗｅｌｌｓら、Ｇｅｎｅ，  ３４：３１５−３２３  ［１９８５］；Ｍｉｎｓｈｕｌｌら、Ｃｕｒｒ．  Ｏｐ．  Ｃｈｅｍ．  Ｂｉｏｌ．，  ３：２８４−２９０  ［１９９９］；Ｃｈｒｉｓｔｉａｎｓら、Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  １７：２５９−２６４  ［１９９９］；Ｃｒａｍｅｒｉら、Ｎａｔｕｒｅ，  ３９１：２８８−２９１  ［１９９８］；Ｃｒａｍｅｒｉら、Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  １５：４３６−４３８  ［１９９７］；Ｚｈａｎｇら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  Ｕ．Ｓ．Ａ．，  ９４：４５０４−４５０９  ［１９９７］；Ｃｒａｍｅｒｉら、Ｎａｔ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  １４：３１５−３１９  ［１９９６］；Ｓｔｅｍｍｅｒ，  Ｎａｔｕｒｅ，  ３７０：３８９−３９１  ［１９９４］；Ｓｔｅｍｍｅｒ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ，  ９１：１０７４７−１０７５１  ［１９９４］；国際公開第９５／２２６２５号；国際公開第９７／００７８号；国際公開第９７／３５９６６号；国際公開第９８／２７２３０号；国際公開第００／４２６５１号；国際公開第０１／７５７６７号；および国際公開第２００９／１５２３３６号を参照）。
【０１７６】
一部の実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６の偶数番号の配列識別子から選択される参照配列に対して少なくとも約８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高く同一であるアミノ酸配列を含むトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、ポリペプチドは、トランスアミナーゼ活性および本明細書において記載される改善された特性の１つまたは複数、例えば、化合物（２）を、参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６のポリペプチド）と比較して増大した活性で、生成物化合物（１）に変換する能力を有する。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６から選択される。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号４である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号２０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号３０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号４８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号６６である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号７０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号８８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１１０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１１２である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１２０である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１３８である。一部の実施形態において、参照配列は、配列番号１５６である。
【０１７７】
一部の実施形態において、ポリヌクレオチドは、上で記載されたパーセント同一性を有し、（ａ）配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードする。一部の実施形態において、本発明は、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６の参照配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性ならびに（ａ）本明細書において提供される置換から選択される少なくとも１つのアミノ酸残基の違い（例えば、表６．１、７．１、８．１、９．１、１０．１、１１．１、１２．１、１３．１、１３．２、１４．１、１５．１、１６．１、１７．１、および１８．１を参照）を有するアミノ酸配列を含むトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドを提供する。
【０１７８】
一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドは、配列番号５〜１７１の奇数番号の配列識別子から選択される配列を含む。一部の実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、配列番号３、１７、１９、２９、４７、６５、６９、８７、１０９、１１１、１１９、１３７、および１５５から選択される。一部の実施形態において、本発明は、トランスアミナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする操作されたポリヌクレオチドを提供し、操作されたポリペプチドは、配列番号３、１７、１９、２９、４７、６５、６９、８７、１０９、１１１、１１９、１３７、および１５５から選択される少なくとも１つの参照配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い配列同一性を有する。
【０１７９】
一部の実施形態において、本発明は、中程度にストリンジェントまたは高度にストリンジェントな条件のような、規定の条件下で、本発明の操作されたトランスアミナーゼをコードするポリヌクレオチド配列（またはその相補体）にハイブリダイズするポリヌクレオチドを提供する。一部の実施形態において、ポリヌクレオチドは、高度にストリンジェントな条件下で、配列番号５〜１７１の奇数番号の配列識別子を有する配列から選択されるポリヌクレオチド、またはその相補体にハイブリダイズする能力があり、本明細書において記載される改善された特性の１つまたは複数を有するトランスアミナーゼ活性を有するポリペプチドをコードする。
【０１８０】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１７、１７／２５９／３４７、２０、４５／４８／７８／８１／９２、５７、５７／３１９、８５、８６、１５７、１５８、１６１、２０３／４１６、３１４、３１６、３１９、３７５／４１６、４０４、４１５、４１６、４１７、４２０、４２１、４２２、および４２４から選択される、配列番号４と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号４に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１７Ｖ／２５９Ｔ／３４７Ｋ、１７Ｗ、２０Ｒ、４５Ｒ／４８Ｌ／７８Ｃ／８１Ｖ／９２Ｈ、５７Ｉ、５７Ｔ／３１９Ｅ、８５Ｇ、８５Ｓ、８５Ｖ、８６Ａ、８６Ｇ、１５７Ｃ、１５７Ｇ、１５７Ｐ、１５７Ｔ、１５８Ｓ、１６１Ｇ、２０３Ｈ／４１６Ｇ、２０３Ｈ／４１６Ｓ、３１４Ｒ、３１６Ｋ、３１６Ｌ、３１６Ｍ、３１６Ｓ、３１９Ｇ、３１９Ｌ、３１９Ｖ、３７５Ｌ／４１６Ｆ、４０４Ｔ、４０４Ｖ、４１５Ｖ、４１６Ｃ、４１６Ｇ、４１６Ｓ、４１６Ｙ、４１７Ｇ、４１７Ｍ、４１７Ｐ、４２０Ｇ、４２１Ｉ、４２２Ａ、４２２Ｇ、４２２Ｒ、４２４Ａ、および４２４Ｒを含み、位置は、配列番号４に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１７Ｖ／Ｉ２５９Ｔ／Ｅ３４７Ｋ、Ｙ１７Ｗ、Ｔ２０Ｒ、Ｈ４５Ｒ／Ｒ４８Ｌ／Ｒ７８Ｃ／Ｇ８１Ｖ／Ｑ９２Ｈ、Ｌ５７Ｉ、Ｌ５７Ｔ／Ｈ３１９Ｅ、Ｆ８５Ｇ、Ｆ８５Ｓ、Ｆ８５Ｖ、Ｓ８６Ａ、Ｓ８６Ｇ、Ｓ１５７Ｃ、Ｓ１５７Ｇ、Ｓ１５７Ｐ、Ｓ１５７Ｔ、Ａ１５８Ｓ、Ｔ１６１Ｇ、Ｒ２０３Ｈ／Ｐ４１６Ｇ、Ｒ２０３Ｈ／Ｐ４１６Ｓ、Ｉ３１４Ｒ、Ｅ３１６Ｋ、Ｅ３１６Ｌ、Ｅ３１６Ｍ、Ｅ３１６Ｓ、Ｈ３１９Ｇ、Ｈ３１９Ｌ、Ｈ３１９Ｖ、Ｉ３７５Ｌ／Ｐ４１６Ｆ、Ａ４０４Ｔ、Ａ４０４Ｖ、Ｒ４１５Ｖ、Ｐ４１６Ｃ、Ｐ４１６Ｇ、Ｐ４１６Ｓ、Ｐ４１６Ｙ、Ｌ４１７Ｇ、Ｌ４１７Ｍ、Ｌ４１７Ｐ、Ｓ４２０Ｇ、Ｖ４２１Ｉ、Ｖ４２２Ａ、Ｖ４２２Ｇ、Ｖ４２２Ｒ、Ｃ４２４Ａ、およびＣ４２４Ｒを含み、位置は、配列番号４に関して番号付けされている。
【０１８１】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、５／１７／８６／１５７／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／２０３／２５９／３１４／３１６／４２２、１７／８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４２２、１７／８６／１５７／３１６／４２２、８５／８６、８６／１５７／３１４／３１６／３４７／４１６／４２２、８６／１５７／４１６、８６／２０３／３１６／４１６、８６／２０３／３１６／４２２、８６／３１６／４１６、１３９／２２１／３１０／３１６、１５７／３１６、１９５／３１６、２０７／３１６、２２７／４２２、２８０／３８１／４１６／４４５、３１４、３１４／３１６、３１６、４１６、４１７、および４２２から選択される、配列番号１８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号１８に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換５Ｈ／１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｇ／２５９Ｔ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／４２２Ｒ、１７Ｖ／８６Ａ／１５７Ｇ／３１６Ｍ／４２２Ａ、１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｇ／２０３Ｈ／２５９Ｔ／３１４Ｒ／３１６Ｌ／４２２Ｒ、１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｇ／３１６Ｍ／４２２Ｒ、１７Ｖ／８６Ｇ／１５７Ｔ／３１６Ｍ／４２２Ｒ、１７Ｗ／８６Ａ／１５７Ｔ／３１４Ｒ／３１６Ｍ／３４７Ｋ／４２２Ｒ、８５Ｆ／８６Ｇ、８６Ａ／１５７Ｇ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／３４７Ｋ／４１６Ｃ／４２２Ａ、８６Ａ／２０３Ｈ／３１６Ｍ／４１６Ｇ、８６Ａ／２０３Ｈ／３１６Ｍ／４２２Ｇ、８６Ａ／３１６Ｓ／４１６Ｃ、８６Ｇ／１５７Ｔ／４１６Ｇ、１３９Ｈ／２２１Ｉ／３１０Ｅ／３１６Ｇ、１５７Ｔ／３１６Ｍ、１９５Ｋ／３１６Ｓ、２０７Ｋ／３１６Ｔ、２２７Ｆ／４２２Ｇ、２８０Ｅ／３８１Ｖ／４１６Ｇ／４４５Ｒ、３１４Ｒ、３１４Ｒ／３１６Ｍ、３１６Ｃ、３１６Ｆ、３１６Ｇ、３１６Ｍ、３１６Ｓ、３１６Ｗ、３１６Ｙ、４１６Ａ、４１６Ｇ、４１６Ｓ、４１７Ｍ、および４２２Ｃを含み、位置は、配列番号１８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｑ５Ｈ／Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ２５９Ｔ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｓ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ａ／Ｓ１５７Ｇ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｇ／Ｒ２０３Ｈ／Ｉ２５９Ｔ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｌ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｇ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｖ／Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｔ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ｒ、Ｙ１７Ｗ／Ｓ８６Ａ／Ｓ１５７Ｔ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｍ／Ｅ３４７Ｋ／Ｖ４２２Ｒ、Ｖ８５Ｆ／Ｓ８６Ｇ、Ｓ８６Ａ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｓ／Ｅ３４７Ｋ／Ｐ４１６Ｃ／Ｖ４２２Ａ、Ｓ８６Ａ／Ｒ２０３Ｈ／Ｅ３１６Ｍ／Ｐ４１６Ｇ、Ｓ８６Ａ／Ｒ２０３Ｈ／Ｅ３１６Ｍ／Ｖ４２２Ｇ、Ｓ８６Ａ／Ｅ３１６Ｓ／Ｐ４１６Ｃ、Ｓ８６Ｇ／Ｓ１５７Ｔ／Ｐ４１６Ｇ、Ｑ１３９Ｈ／Ｆ２２１Ｉ／Ａ３１０Ｅ／Ｅ３１６Ｇ、Ｓ１５７Ｔ／Ｅ３１６Ｍ、Ｅ１９５Ｋ／Ｅ３１６Ｓ、Ｅ２０７Ｋ／Ｅ３１６Ｔ、Ｇ２２７Ｆ／Ｖ４２２Ｇ、Ａ２８０Ｅ／Ｌ３８１Ｖ／Ｐ４１６Ｇ／Ｌ４４５Ｒ、Ｉ３１４Ｒ、Ｉ３１４Ｒ／Ｅ３１６Ｍ、Ｅ３１６Ｃ、Ｅ３１６Ｆ、Ｅ３１６Ｇ、Ｅ３１６Ｍ、Ｅ３１６Ｓ、Ｅ３１６Ｗ、Ｅ３１６Ｙ、Ｐ４１６Ａ、Ｐ４１６Ｇ、Ｐ４１６Ｓ、Ｌ４１７Ｍ、およびＶ４２２Ｃを含み、位置は、配列番号１８に関して番号付けされている。
【０１８２】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１７／１３９／３１４／４１６／４１７／４２２、１７／１９５／３１６／４１４／４１６／４２２、１７／３１４／３１６／４１４／４１６、１７／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、２０、３１、５４、５７、８３、８６、８６／１９４、１２１、１３９／１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１３９／２０２／２０７／２２７／３１４／３１６／４１６／４２２、１３９／２０７／２２７／３１４／４１４／４１６／４２２、１３９／２２７／３１０／４１４／４１６／４１７、１３９／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、１４６／１５７、１６４／２０７／２１３／２２７／３１０／３１６／４１６、１６６、１７８／３１４／３１６／４１６、１９０／１９５／２０７／２１３／２４４／３１４／４１４／４１６／４１７／４２２、１９４／２１３／３１０／３１４／３１６／４２２、１９５／２２７／３１４／３１６／４１６、１９５／２２７／３１４／４１６／４１７、１９５／２２７／３１４／４２２、１９５／２２７／４１４／４１６、１９５／２２７／４１４／４１６／４２２、１９５／２２７／４１６／４１７、１９５／３１６／４１６／４１７／４２２、２０７／２０８／２２０／２４１／２９１／３１４／３１６、２２６、２２７、２２７／４１６、２２８、２５８、２５９、２７１／３１０／３１６／４１６／４２２、２８２、３１０／３１４／３１６／４１４／４１６／４１７／４２２、３１４／３１６／４１４／４１６／４２２、３１４／３１６／４１６、３１４／３１６／４１６／４２２、３１６、３１９、３２０、３２２、および４１７から選択される、配列番号２０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号２０に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１７Ｖ／１３９Ｈ／３１４Ｒ／４１６Ａ／４１７Ｍ／４２２Ａ、１７Ｖ／１９５Ｋ／３１６Ｗ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４２２Ｃ、１７Ｖ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／４１４Ｖ／４１６Ｃ、１７Ｖ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ａ、２０Ｋ、２０Ｌ、２０Ｖ、３１Ａ、３１Ｃ、３１Ｄ、３１Ｅ、３１Ｇ、３１Ｑ、５４Ｃ、５７Ａ、５７Ｃ、８３Ｇ、８６Ｇ、８６Ｇ／１９４Ｋ、８６Ｋ、１２１Ａ、１２１Ｃ、１２１Ｇ、１２１Ｈ、１２１Ｌ、１２１Ｓ、１２１Ｖ、１３９Ｈ／１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１６Ｃ、１３９Ｈ／２０２Ｇ／２０７Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／３１６Ｆ／４１６Ｓ／４２２Ｃ、１３９Ｈ／２０７Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／４１４Ｖ／４１６Ｃ／４２２Ｇ、１３９Ｈ／２２７Ｆ／３１０Ｅ／４１４Ｖ／４１６Ｃ／４１７Ｍ、１３９Ｈ／３１６Ｓ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ａ、１４６Ｋ／１５７Ｇ、１４６Ｖ／１５７Ｇ、１６４Ｑ／２０７Ｋ／２１３Ｓ／２２７Ｆ／３１０Ｅ／３１６Ｆ／４１６Ａ、１６６Ｔ、１７８Ｌ／３１４Ａ／３１６Ｗ／４１６Ｓ、１９０Ｋ／１９５Ｋ／２０７Ｋ／２１３Ｓ／２４４Ａ／３１４Ｒ／４１４Ｖ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｇ、１９４Ｄ／２１３Ｃ／３１０Ｅ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４２２Ｃ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１６Ａ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／４１６Ａ／４１７Ｍ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／３１４Ｒ／４２２Ｃ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／４１４Ｖ／４１６Ａ／４２２Ｇ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／４１４Ｖ／４１６Ｃ、１９５Ｋ／２２７Ｆ／４１６Ｓ／４１７Ｍ、１９５Ｋ／３１６Ｗ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ａ、２０７Ｋ／２０８Ｎ／２２０Ｙ／２４１Ｖ／２９１Ｓ／３１４Ｒ／３１６Ｓ、２２６Ａ、２２６Ｅ、２２６Ｔ、２２７Ｆ／４１６Ｃ、２２７Ｖ、２２８Ｇ、２５８Ｌ、２５９Ｖ、２７１Ｒ／３１０Ｅ／３１６Ｗ／４１６Ｓ／４２２Ａ、２８２Ｌ、３１０Ｅ／３１４Ｒ／３１６Ｓ／４１４Ｖ／４１６Ａ／４１７Ｍ／４２２Ａ、３１４Ａ／３１６Ｗ／４１６Ａ、３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１４Ｖ／４１６Ａ／４２２Ａ、３１４Ｒ／３１６Ｗ／４１６Ｃ／４２２Ｃ、３１６Ａ、３１６Ｅ、３１６Ｇ、３１６Ｈ、３１６Ｋ、３１６Ｑ、３１６Ｒ、３１６Ｓ、３１６Ｔ、３１６Ｗ、３１６Ｙ、３１９Ｖ、３２０Ｗ、３２２Ｓ、および４１７Ｓを含み、位置は、配列番号２０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１７Ｖ／Ｑ１３９Ｈ／Ｉ３１４Ｒ／Ｇ４１６Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｙ１７Ｖ／Ｅ１９５Ｋ／Ｍ３１６Ｗ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｖ４２２Ｃ、Ｙ１７Ｖ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｓ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ、Ｙ１７Ｖ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｔ２０Ｋ、Ｔ２０Ｌ、Ｔ２０Ｖ、Ｖ３１Ａ、Ｖ３１Ｃ、Ｖ３１Ｄ、Ｖ３１Ｅ、Ｖ３１Ｇ、Ｖ３１Ｑ、Ｓ５４Ｃ、Ｌ５７Ａ、Ｌ５７Ｃ、Ｈ８３Ｇ、Ａ８６Ｇ、Ａ８６Ｇ／Ｅ１９４Ｋ、Ａ８６Ｋ、Ｎ１２１Ａ、Ｎ１２１Ｃ、Ｎ１２１Ｇ、Ｎ１２１Ｈ、Ｎ１２１Ｌ、Ｎ１２１Ｓ、Ｎ１２１Ｖ、Ｑ１３９Ｈ／Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｃ、Ｑ１３９Ｈ／Ａ２０２Ｇ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｆ／Ｇ４１６Ｓ／Ｖ４２２Ｃ、Ｑ１３９Ｈ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ／Ｖ４２２Ｇ、Ｑ１３９Ｈ／Ｇ２２７Ｆ／Ａ３１０Ｅ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ／Ｌ４１７Ｍ、Ｑ１３９Ｈ／Ｍ３１６Ｓ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｒ１４６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ、Ｒ１４６Ｖ／Ｓ１５７Ｇ、Ｐ１６４Ｑ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２１３Ｓ／Ｇ２２７Ｆ／Ａ３１０Ｅ／Ｍ３１６Ｆ／Ｇ４１６Ａ、Ｎ１６６Ｔ、Ｈ１７８Ｌ／Ｉ３１４Ａ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｓ、Ｅ１９０Ｋ／Ｅ１９５Ｋ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２１３Ｓ／Ｐ２４４Ａ／Ｉ３１４Ｒ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ｇ、Ｅ１９４Ｄ／Ｇ２１３Ｃ／Ａ３１０Ｅ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｖ４２２Ｃ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ａ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｇ４１６Ａ／Ｌ４１７Ｍ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｉ３１４Ｒ／Ｖ４２２Ｃ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ａ／Ｖ４２２Ｇ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ｃ、Ｅ１９５Ｋ／Ｇ２２７Ｆ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ、Ｅ１９５Ｋ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｅ２０７Ｋ／Ｔ２０８Ｎ／Ｆ２２０Ｙ／Ａ２４１Ｖ／Ｆ２９１Ｓ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｓ、Ｍ２２６Ａ、Ｍ２２６Ｅ、Ｍ２２６Ｔ、Ｇ２２７Ｆ／Ｇ４１６Ｃ、Ｇ２２７Ｖ、Ａ２２８Ｇ、Ｖ２５８Ｌ、Ｉ２５９Ｖ、Ｃ２７１Ｒ／Ａ３１０Ｅ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｓ／Ｖ４２２Ａ、Ｉ２８２Ｌ、Ａ３１０Ｅ／Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｓ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ｖ４２２Ａ、Ｉ３１４Ａ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ａ、Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｃ４１４Ｖ／Ｇ４１６Ａ／Ｖ４２２Ａ、Ｉ３１４Ｒ／Ｍ３１６Ｗ／Ｇ４１６Ｃ／Ｖ４２２Ｃ、Ｍ３１６Ａ、Ｍ３１６Ｅ、Ｍ３１６Ｇ、Ｍ３１６Ｈ、Ｍ３１６Ｋ、Ｍ３１６Ｑ、Ｍ３１６Ｒ、Ｍ３１６Ｓ、Ｍ３１６Ｔ、Ｍ３１６Ｗ、Ｍ３１６Ｙ、Ｈ３１９Ｖ、Ｇ３２０Ｗ、Ｔ３２２Ｓ、およびＬ４１７Ｓを含み、位置は、配列番号２０に関して番号付けされている。
【０１８３】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、２１、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５、２１／２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／１６２／３９５／４３２、２１／２３／５３／３９５／４３２、２１／２３／３９５、２１／５３／１５９／３９５、２１／５３／１６３／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３１、２３／５３／１４６／１５９／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６２／３９５／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／１４６／１６３／４３２、２３／１６２、５３／１４６／１５９／３９５、５３／１４６／１６２／３９５、５３／１４６／１６２／４３２、５３／１４６／１６３／３９５、５３／１４６／３９５／４３２、５３／１６２／１６３／３９５／４３２、５３／１６２／３９５、５３／１６２／３９５／４３２、５３／１６３／３９５／４３２、５３／３９５、５７／８６、５７／８６／１２１／１４６／１５７、５７／８６／１２１／１５７／２２６／２５９／２８２／３３２、５７／８６／１２１／３３２、５７／８６／１５７／２５９、５７／８６／１５７／２８２／３３２、５７／８６／３３２、５７／１２１／４１７／４２２、５７／１４６／２２６／２５９、５７／１４６／２２６／２５９／２８２、５７／２５９、８６、８６／１５７、８６／２２６、１２１、１２１／１４６／１５７／２２６／３３２、１２１／２０８／３１６／４１７／４２２、１２１／２２６／３３２、１２１／３１６／４２２、１２１／３３２、１２１／４１６／４１７／４２２、１２１／４１７／４２２、１４６、１４６／１６２／３９５／４３２、１５７、１６２／４３２、２２６／２８２／３３２、２２７、２２７／４１７、２５９、２８２、２８２／３３２、３１６／４１７／４２２、３３２、３９５／４３２、４１６、４１６／４２２、４１７、および４２２から選択される、配列番号３０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２１Ｐ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／２３Ｓ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／１５９Ｔ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１５９Ｔ／３９５Ｄ／４３１Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１５９Ｔ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ、２３Ｓ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／４３２Ｖ、２３Ｓ／１６２Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１５９Ｔ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６２Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１４６Ｈ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６２Ｄ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６２Ｄ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／３９５Ｄ、５７Ａ／８６Ｋ、５７Ａ／８６Ｋ／１２１Ａ／３３２Ｔ、５７Ａ／８６Ｋ／１２１Ｃ／１４６Ｋ／１５７Ｇ、５７Ａ／８６Ｋ／１５７Ｇ／２５９Ｖ、５７Ａ／８６Ｋ／１５７Ｇ／２８２Ｌ／３３２Ｔ、５７Ａ／１４６Ｋ／２２６Ｔ／２５９Ｖ、５７Ａ／１４６Ｖ／２２６Ｔ／２５９Ｖ／２８２Ｌ、５７Ａ／２５９Ｖ、５７Ｃ／８６Ｋ／１２１Ａ／１５７Ｇ／２２６Ｔ／２５９Ｖ／２８２Ｌ／３３２Ｔ、５７Ｃ／８６Ｋ／３３２Ｔ、５７Ｃ／１２１Ａ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、８６Ｋ、８６Ｋ／１５７Ｇ、８６Ｋ／２２６Ｔ、１２１Ａ、１２１Ａ／２０８Ｎ／３１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、１２１Ａ／３１６Ｆ／４２２Ｃ、１２１Ａ／４１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｃ、１２１Ａ／４１７Ｍ／４２２Ｃ、１２１Ａ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、１２１Ｃ／１４６Ｋ／１５７Ｇ／２２６Ａ／３３２Ｔ、１２１Ｃ／２２６Ａ／３３２Ｔ、１２１Ｃ／３３２Ｔ、１４６Ｈ、１４６Ｈ／１６２Ｄ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、１５７Ｇ、１６２Ｄ／４３２Ｖ、２２６Ａ／２８２Ｌ／３３２Ｔ、２２７Ａ、２２７Ｆ、２２７Ｆ／４１７Ｖ、２２７Ｖ、２５９Ｖ、２８２Ｌ、２８２Ｌ／３３２Ｔ、３１６Ｓ／４１７Ｍ／４２２Ｖ、３３２Ｔ、３９５Ｄ／４３２Ｖ、４１６Ｓ、４１６Ｓ／４２２Ｃ、４１７Ｆ、および４２２Ｃを含み、位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｄ２１Ｐ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ／Ｅ４３１Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ、Ｐ２３Ｓ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｇ１６２Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｓ１５９Ｔ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ３９５Ｄ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｎ１２１Ａ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｎ１２１Ｃ／Ｒ１４６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ２５９Ｖ、Ｌ５７Ａ／Ａ８６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ／Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ａ／Ｒ１４６Ｋ／Ｍ２２６Ｔ／Ｉ２５９Ｖ、Ｌ５７Ａ／Ｒ１４６Ｖ／Ｍ２２６Ｔ／Ｉ２５９Ｖ／Ｉ２８２Ｌ、Ｌ５７Ａ／Ｉ２５９Ｖ、Ｌ５７Ｃ／Ａ８６Ｋ／Ｎ１２１Ａ／Ｓ１５７Ｇ／Ｍ２２６Ｔ／Ｉ２５９Ｖ／Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ｃ／Ａ８６Ｋ／Ｉ３３２Ｔ、Ｌ５７Ｃ／Ｎ１２１Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ａ８６Ｋ、Ａ８６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ、Ａ８６Ｋ／Ｍ２２６Ｔ、Ｎ１２１Ａ、Ｎ１２１Ａ／Ｔ２０８Ｎ／Ｗ３１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ｎ１２１Ａ／Ｗ３１６Ｆ／Ａ４２２Ｃ、Ｎ１２１Ａ／Ａ４１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｃ、Ｎ１２１Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｃ、Ｎ１２１Ａ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ｎ１２１Ｃ／Ｒ１４６Ｋ／Ｓ１５７Ｇ／Ｍ２２６Ａ／Ｉ３３２Ｔ、Ｎ１２１Ｃ／Ｍ２２６Ａ／Ｉ３３２Ｔ、Ｎ１２１Ｃ／Ｉ３３２Ｔ、Ｒ１４６Ｈ、Ｒ１４６Ｈ／Ｇ１６２Ｄ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｓ１５７Ｇ、Ｇ１６２Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｍ２２６Ａ／Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｇ２２７Ａ、Ｇ２２７Ｆ、Ｇ２２７Ｆ／Ｌ４１７Ｖ、Ｇ２２７Ｖ、Ｉ２５９Ｖ、Ｉ２８２Ｌ、Ｉ２８２Ｌ／Ｉ３３２Ｔ、Ｗ３１６Ｓ／Ｌ４１７Ｍ／Ａ４２２Ｖ、Ｉ３３２Ｔ、Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ａ４１６Ｓ、Ａ４１６Ｓ／Ａ４２２Ｃ、Ｌ４１７Ｆ、およびＡ４２２Ｃを含み、位置は、配列番号３０に関して番号付けされている。
【０１８４】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１０７、１４１、１６１、１７４、２４５、２８１、２９３、４３２、および４５３から選択される、配列番号６６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１０７Ｇ、１０７Ｖ、１４１Ｌ、１６１Ｓ、１７４Ｑ、２４５Ｌ、２８１Ｓ、２９３Ａ、４３２Ｄ、４３２Ｅ、４３２Ｖ、４５３Ｇ、および４５３Ｔを含み、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｄ１０７Ｇ、Ｄ１０７Ｖ、Ｒ１４１Ｌ、Ｔ１６１Ｓ、Ｐ１７４Ｑ、Ｉ２４５Ｌ、Ｉ２８１Ｓ、Ｐ２９３Ａ、Ａ４３２Ｄ、Ａ４３２Ｅ、Ａ４３２Ｖ、Ａ４５３Ｇ、およびＡ４５３Ｔを含み、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。
【０１８５】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、２、４、５、５／３８／５６／３４６、１３、１７、１７／３１、１９、３１、５７、７４、７９、８６、１２１、１５５、１６１、１６１／１７４／４３２、１６３／１６７、１６４、１９０／２９１、１９５、１９５／４０８、２０３／２０７／２１９、２０５／４１９、２０７、２０７／２３５／４１９、２１４／２２８／２５１、２２２、２２３、２２６／２２８／２３０／２３１／３１１、２２８、２３３、２４６、２４７／２７１／２９３、２５９、２８２、２８４、３０９、３２７、３４６、３５９、３６２、３７５、４０４、４０８、４１９、４２０、４２２、および４４３から選択される、配列番号７０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号７０に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２Ｉ、４Ａ、４Ｃ、４Ｄ、４Ｒ、５Ｅ、５Ｈ／３８Ｃ／５６Ｔ／３４６Ｇ、１３Ｅ、１７Ａ、１７Ｇ／３１Ｔ、１７Ｈ、１７Ｉ、１７Ｍ、１７Ｓ、１７Ｖ、１９Ｙ、３１Ｃ、３１Ｆ、３１Ｌ、５７Ａ、５７Ｇ、７４Ｍ、７９Ｌ、８６Ｃ、８６Ｅ、８６Ｇ、８６Ｎ、１２１Ｃ、１５５Ｃ、１６１Ｓ、１６１Ｓ／１７４Ｑ／４３２Ｖ、１６３Ｅ／１６７Ｉ、１６４Ｖ、１９０Ｋ／２９１Ｃ、１９５Ｋ、１９５Ｑ／４０８Ｅ、２０３Ｒ／２０７Ｋ／２１９Ｒ、２０５Ｍ／４１９Ｓ、２０７Ｉ、２０７Ｋ／２３５Ｐ／４１９Ｓ、２１４Ｔ／２２８Ｇ／２５１Ｔ、２２２Ｔ、２２３Ｇ、２２６Ｄ／２２８Ｃ／２３０Ｒ／２３１Ｃ／３１１Ｒ、２２８Ｇ、２３３Ｖ、２４６Ｖ、２４７Ａ／２７１Ｇ／２９３Ｐ、２５９Ｖ、２８２Ｌ、２８４Ａ、３０９Ｒ、３２７Ｅ、３４６Ｎ、３５９Ｇ、３６２Ｑ、３７５Ｒ、４０４Ｖ、４０８Ａ、４０８Ｅ、４０８Ｌ、４０８Ｓ、４０８Ｖ、４１９Ｄ、４１９Ｓ、４２０Ｔ、４２２Ｃ、４４３Ａ、および４４３Ｉを含み、位置は、配列番号６６に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｎ２Ｉ、Ｐ４Ａ、Ｐ４Ｃ、Ｐ４Ｄ、Ｐ４Ｒ、Ｑ５Ｅ、Ｑ５Ｈ／Ｇ３８Ｃ／Ａ５６Ｔ／Ａ３４６Ｇ、Ｔ１３Ｅ、Ｙ１７Ａ、Ｙ１７Ｇ／Ｖ３１Ｔ、Ｙ１７Ｈ、Ｙ１７Ｉ、Ｙ１７Ｍ、Ｙ１７Ｓ、Ｙ１７Ｖ、Ｆ１９Ｙ、Ｖ３１Ｃ、Ｖ３１Ｆ、Ｖ３１Ｌ、Ｌ５７Ａ、Ｌ５７Ｇ、Ｔ７４Ｍ、Ｆ７９Ｌ、Ａ８６Ｃ、Ａ８６Ｅ、Ａ８６Ｇ、Ａ８６Ｎ、Ｎ１２１Ｃ、Ａ１５５Ｃ、Ｔ１６１Ｓ、Ｔ１６１Ｓ／Ｐ１７４Ｑ／Ａ４３２Ｖ、Ｋ１６３Ｅ／Ｓ１６７Ｉ、Ｐ１６４Ｖ、Ｅ１９０Ｋ／Ｆ２９１Ｃ、Ｅ１９５Ｋ、Ｅ１９５Ｑ／Ｔ４０８Ｅ、Ｈ２０３Ｒ／Ｅ２０７Ｋ／Ｇ２１９Ｒ、Ｌ２０５Ｍ／Ｑ４１９Ｓ、Ｅ２０７Ｉ、Ｅ２０７Ｋ／Ａ２３５Ｐ／Ｑ４１９Ｓ、Ａ２１４Ｔ／Ａ２２８Ｇ／Ｉ２５１Ｔ、Ａ２２２Ｔ、Ｅ２２３Ｇ、Ｍ２２６Ｄ／Ａ２２８Ｃ／Ｇ２３０Ｒ／Ｖ２３１Ｃ／Ｉ３１１Ｒ、Ａ２２８Ｇ、Ｐ２３３Ｖ、Ｌ２４６Ｖ、Ｒ２４７Ａ／Ｃ２７１Ｇ／Ａ２９３Ｐ、Ｉ２５９Ｖ、Ｉ２８２Ｌ、Ｓ２８４Ａ、Ｔ３０９Ｒ、Ｐ３２７Ｅ、Ａ３４６Ｎ、Ｒ３５９Ｇ、Ｈ３６２Ｑ、Ｉ３７５Ｒ、Ａ４０４Ｖ、Ｔ４０８Ａ、Ｔ４０８Ｅ、Ｔ４０８Ｌ、Ｔ４０８Ｓ、Ｔ４０８Ｖ、Ｑ４１９Ｄ、Ｑ４１９Ｓ、Ｓ４２０Ｔ、Ａ４２２Ｃ、Ｋ４４３Ａ、およびＫ４４３Ｉを含み、位置は、配列番号７０に関して番号付けされている。
【０１８６】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、２１／２３／５３／１６３／２９３、２１／２３／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／１４６、２１／５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、２１／５３／１６３／２９３／３９５、２１／５３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／１６３、２３／５３／１４６／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１４６／２９３／４３２、２３／５３／１６３、２３／５３／１６３／２９３／３９５、２３／５３／１６３／２９３／４３２、２３／５３／１６３／３９５、２３／５３／２９３、２３／５３／２９３／３９５／４３２、２３／５３／２９３／４３２、２３／１４６／２９３、５３／１４６／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／３９５／４３２、５３／１４６／１６３／４３２、５３／１４６／２９３、５３／１６３、５３／１６３／２９３／３９５、５３／１６３／２９３／３９５／４３２、５３／１６３／２９３／４３２、５３／１６３／４３２、５３／２９３、５３／２９３／３９５、５３／３９５、５３／４３２、１４６、および２９３から選択される、配列番号４８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号４８に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ、２１Ｐ／２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／１４６Ｈ、２１Ｐ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２１Ｐ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、２１Ｐ／５３Ｃ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１４６Ｈ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／１６３Ｋ／３９５Ｄ、２３Ｓ／５３Ｃ／２９３Ａ、２３Ｓ／５３Ｃ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、２３Ｓ／５３Ｃ／２９３Ａ／４３２Ｖ、２３Ｓ／１４６Ｈ／２９３Ａ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／１６３Ｋ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１４６Ｈ／２９３Ａ、５３Ｃ／１６３Ｋ、５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ、５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／３９５Ｄ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６３Ｋ／２９３Ａ／４３２Ｖ、５３Ｃ／１６３Ｋ／４３２Ｖ、５３Ｃ／２９３Ａ、５３Ｃ／２９３Ａ／３９５Ｄ、５３Ｃ／３９５Ｄ、５３Ｃ／４３２Ｖ、１４６Ｈ、および２９３Ａを含み、位置は、配列番号４８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ、Ｄ２１Ｐ／Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｄ２１Ｐ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｐ２３Ｓ／Ｒ１４６Ｈ／Ｐ２９３Ａ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｆ１６３Ｋ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｒ１４６Ｈ／Ｐ２９３Ａ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ｐ２９３Ａ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｆ１６３Ｋ／Ａ４３２Ｖ、Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ、Ｎ５３Ｃ／Ｐ２９３Ａ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ｇ３９５Ｄ、Ｎ５３Ｃ／Ａ４３２Ｖ、Ｒ１４６Ｈ、およびＰ２９３Ａを含み、位置は、配列番号４８に関して番号付けされている。
【０１８７】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１５７、１６３、１６３／１６４、２８４、および３３２から選択される、配列番号８８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１５７Ａ、１５７Ｃ、１６３Ｋ、１６３Ｋ／１６４Ｇ、１６３Ｍ、２８４Ａ、および３３２Ｖを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｓ１５７Ａ、Ｓ１５７Ｃ、Ｆ１６３Ｋ、Ｆ１６３Ｋ／Ｐ１６４Ｇ、Ｆ１６３Ｍ、Ｓ２８４Ａ、およびＩ３３２Ｖを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。
【０１８８】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、３１、８６、１４９、１９１／２０８／２１１／２８６、１９２／２９４、１９５／２０７／２０８／２８６、２０８／２９４、２６０、２８４、２８６、２９４、３１３、３９５／３９６、および４２４から選択される、配列番号８８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換３１Ｍ、８６Ａ、１４９Ｓ、１９１Ｓ／２０８Ｐ／２１１Ｒ／２８６Ａ、１９２Ｇ／２９４Ａ、１９５Ｄ／２０７Ｒ／２０８Ｎ／２８６Ｇ、２０８Ｎ／２９４Ｓ、２０８Ｎ／２９４Ｔ、２６０Ｔ、２８４Ａ、２８６Ｇ、２９４Ａ、２９４Ｓ、３１３Ｌ、３１３Ｖ、３９５Ｄ／３９６Ｋ、および４２４Ａを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｖ３１Ｍ、Ｋ８６Ａ、Ａ１４９Ｓ、Ｇ１９１Ｓ／Ｔ２０８Ｐ／Ｋ２１１Ｒ／Ｓ２８６Ａ、Ｅ１９２Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｅ１９５Ｄ／Ｅ２０７Ｒ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ、Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ｓ、Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ｔ、Ｃ２６０Ｔ、Ｓ２８４Ａ、Ｓ２８６Ｇ、Ｖ２９４Ａ、Ｖ２９４Ｓ、Ａ３１３Ｌ、Ａ３１３Ｖ、Ｇ３９５Ｄ／Ｎ３９６Ｋ、およびＣ４２４Ａを含み、位置は、配列番号８８に関して番号付けされている。
【０１８９】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１４／３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、１４／３１／２６０／２８６／２９４／４２４、３１、３１／２０８、３１／２０８／２４１／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２６０／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／２９４、３１／２０８／２８６／２９４／３１３、３１／２０８／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／２９４／４２４、３１／２０８／２８６／３１３／４２４、３１／２０８／２８６／４２４、３１／２０８／２９４、３１／２０８／２９４／３１３／４２４、３１／２０８／２９４／４２４、３１／２６０／２８６、３１／２６０／２８６／２９４／３１３、３１／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／３１３／４２４、３１／２６０／２８６／４２４、３１／２６０／２９４、３１／２６０／２９４／３１３、３１／２８６／２９４、３１／２８６／２９４／３１３、３１／２８６／２９４／４２４、３１／２９４／３１３／４２４、３１／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／３１３／４２４、２０８／２６０／２８６／２９４／４２４、２０８／２６０／２８６／４２４、２０８／２６０／２９４、２０８／２６０／２９４／３１３／４２４、２０８／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／２９４／４２４、２６０／２８６／４２４、２８６／２９４／３１３／４２４、および２８６／３１３／４２４から選択される、配列番号１１０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１４Ｎ／３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、１４Ｎ／３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ、３１Ｍ／２０８Ｎ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２４１Ｖ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｅ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／３１３Ｖ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２８６Ｇ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２９４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２０８Ｎ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／４２４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２９４Ａ、３１Ｍ／２６０Ｔ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２８６Ｇ／２９４Ａ、３１Ｍ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ、３１Ｍ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、３１Ｍ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、３１Ｍ／２９４Ａ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２８６Ｇ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ、２０８Ｎ／２６０Ｔ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、２０８Ｎ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、２６０Ｔ／２８６Ｇ／２９４Ａ／４２４Ａ、２６０Ｔ／２８６Ｇ／４２４Ａ、２８６Ｇ／２９４Ａ／３１３Ｌ／４２４Ａ、および２８６Ｇ／３１３Ｌ／４２４Ａを含み、位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１４Ｎ／Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｙ１４Ｎ／Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ａ２４１Ｖ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｅ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｖ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｔ２０８Ｎ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ、Ｖ３１Ｍ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｖ３１Ｍ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｃ２６０Ｔ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、Ｔ２０８Ｎ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ｃ４２４Ａ、Ｃ２６０Ｔ／Ｓ２８６Ｇ／Ｃ４２４Ａ、Ｓ２８６Ｇ／Ｖ２９４Ａ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａ、およびＳ２８６Ｇ／Ａ３１３Ｌ／Ｃ４２４Ａを含み、位置は、配列番号１１０に関して番号付けされている。
【０１９０】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１６／２７２、１７、１９／８６、１９／８６／３２１、２０、２１、２２、２２／２５５、２２／２５５／３６２／４２１、２２／２９４、２２／３６２、２４／２５５／３６２、３１、４１、４２／１８７／２９４、６６、６６／１９０、６６／３９４、８４、１１４、１５３、１５７、１６１、１６３、１６４、１６４／３９７、２２１、２２２、２７２、２９４、３２０、３２０／４３５、および３９４から選択される、配列番号１１２と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１６Ｆ／２７２Ｅ、１７Ｍ、１９Ｈ／８６Ｎ、１９Ｙ／８６Ｎ／３２１Ｙ、２０Ａ、２１Ｅ、２２Ｌ、２２Ｌ／２５５Ａ、２２Ｌ／２５５Ａ／３６２Ｒ／４２１Ｉ、２２Ｌ／２９４Ｍ、２２Ｌ／３６２Ｒ、２４Ｔ／２５５Ａ／３６２Ｒ、３１Ｔ、４１Ｌ、４２Ｆ／１８７Ｆ／２９４Ｍ、６６Ｐ、６６Ｐ／１９０Ｐ、６６Ｐ／３９４Ｐ、８４Ｎ、８４Ｓ、１１４Ａ、１５３Ｓ、１５７Ｇ、１５７Ｐ、１６１Ｒ、１６３Ｐ、１６４Ｇ、１６４Ｒ／３９７Ｐ、２２１Ｉ、２２２Ｔ、２７２Ｅ、２９４Ｍ、３２０Ａ、３２０Ａ／４３５Ｎ、および３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｌ１６Ｆ／Ｖ２７２Ｅ、Ｙ１７Ｍ、Ｆ１９Ｈ／Ｋ８６Ｎ、Ｆ１９Ｙ／Ｋ８６Ｎ／Ｆ３２１Ｙ、Ｔ２０Ａ、Ｄ２１Ｅ、Ｍ２２Ｌ、Ｍ２２Ｌ／Ｓ２５５Ａ、Ｍ２２Ｌ／Ｓ２５５Ａ／Ｈ３６２Ｒ／Ｖ４２１Ｉ、Ｍ２２Ｌ／Ｖ２９４Ｍ、Ｍ２２Ｌ／Ｈ３６２Ｒ、Ｓ２４Ｔ／Ｓ２５５Ａ／Ｈ３６２Ｒ、Ｍ３１Ｔ、Ｉ４１Ｌ、Ｖ４２Ｆ／Ｙ１８７Ｆ／Ｖ２９４Ｍ、Ｋ６６Ｐ、Ｋ６６Ｐ／Ｅ１９０Ｐ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３９４Ｐ、Ａ８４Ｎ、Ａ８４Ｓ、Ｔ１１４Ａ、Ａ１５３Ｓ、Ｓ１５７Ｇ、Ｓ１５７Ｐ、Ｔ１６１Ｒ、Ｆ１６３Ｐ、Ｐ１６４Ｇ、Ｐ１６４Ｒ／Ｌ３９７Ｐ、Ｆ２２１Ｉ、Ａ２２２Ｔ、Ｖ２７２Ｅ、Ｖ２９４Ｍ、Ｇ３２０Ａ、Ｇ３２０Ａ／Ｄ４３５Ｎ、およびＧ３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１１２に関して番号付けされている。
【０１９１】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１７、１７／２１、１７／２１／２２、１７／２２、１７／２２／２７２、１７／２２／２７２／３２０、１７／３１／３２０／３９７、１７／８４／１６４、１７／１５７／１６４、１７／１５７／３２０／３９７、１７／２２１／３２０、１７／２７２／３２０、１７／３２０、１７／３９７、１９／２２／４２／３２０／３９４、１９／４２、２０／３２０、２５／３２０、６６／１８７／３２０、６６／２７２、６６／３２０、６６／３９４、１６４／３２０／３２１、１６５、２５５、２７２、２７２／３２０、および３２０から選択される、配列番号１２０と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１７Ｍ、１７Ｍ／２１Ｅ、１７Ｍ／２１Ｅ／２２Ｌ、１７Ｍ／２２Ｌ、１７Ｍ／２２Ｌ／２７２Ｅ、１７Ｍ／２２Ｌ／２７２Ｅ／３２０Ａ、１７Ｍ／３１Ｔ／３２０Ａ／３９７Ｐ、１７Ｍ／８４Ｓ／１６４Ｒ、１７Ｍ／１５７Ｇ／１６４Ｒ、１７Ｍ／１５７Ｇ／３２０Ａ／３９７Ｐ、１７Ｍ／２２１Ｉ／３２０Ａ、１７Ｍ／２７２Ｅ／３２０Ａ、１７Ｍ／３２０Ａ、１７Ｍ／３９７Ｐ、１９Ｙ／２２Ｌ／４２Ｆ／３２０Ａ／３９４Ｐ、１９Ｙ／４２Ｆ、２０Ａ／３２０Ａ、２５Ｖ／３２０Ａ、６６Ｐ／１８７Ｆ／３２０Ａ、６６Ｐ／２７２Ｅ、６６Ｐ／３２０Ａ、６６Ｐ／３９４Ｐ、１６４Ｒ／３２０Ａ／３２１Ｙ、１６５Ｗ、２５５Ａ、２７２Ｅ、２７２Ｅ／３２０Ａ、および３２０Ａを含み、位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｙ１７Ｍ、Ｙ１７Ｍ／Ｄ２１Ｅ、Ｙ１７Ｍ／Ｄ２１Ｅ／Ｍ２２Ｌ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ２２Ｌ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ２２Ｌ／Ｖ２７２Ｅ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ２２Ｌ／Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｍ３１Ｔ／Ｇ３２０Ａ／Ｌ３９７Ｐ、Ｙ１７Ｍ／Ａ８４Ｓ／Ｐ１６４Ｒ、Ｙ１７Ｍ／Ｓ１５７Ｇ／Ｐ１６４Ｒ、Ｙ１７Ｍ／Ｓ１５７Ｇ／Ｇ３２０Ａ／Ｌ３９７Ｐ、Ｙ１７Ｍ／Ｆ２２１Ｉ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｇ３２０Ａ、Ｙ１７Ｍ／Ｌ３９７Ｐ、Ｈ１９Ｙ／Ｍ２２Ｌ／Ｖ４２Ｆ／Ｇ３２０Ａ／Ｇ３９４Ｐ、Ｈ１９Ｙ／Ｖ４２Ｆ、Ｔ２０Ａ／Ｇ３２０Ａ、Ｌ２５Ｖ／Ｇ３２０Ａ、Ｋ６６Ｐ／Ｙ１８７Ｆ／Ｇ３２０Ａ、Ｋ６６Ｐ／Ｖ２７２Ｅ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３２０Ａ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３９４Ｐ、Ｐ１６４Ｒ／Ｇ３２０Ａ／Ｆ３２１Ｙ、Ｙ１６５Ｗ、Ｓ２５５Ａ、Ｖ２７２Ｅ、Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３２０Ａ、およびＧ３２０Ａを含み、位置は、配列番号１２０に関して番号付けされている。
【０１９２】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、２４、２４／２５、２４／１１０／１６７、２５、２５／１４７／１６７、２７／１９０／２０７／３８９／３９６、２７／１９０／２０７／３９６、４１／４２／６６／１６５、４２、４２／６６／１６５／３９４、４２／１６５／２７２／３９４、６６／１６４、６６／１６４／２７２、６６／１６５、６６／３９４、１６３、１６４、１６４／１６５／３９４、１６５、１６５／２７２、１６５／３９４、１６６、１６７、１９０、１９０／２０７、１９０／２０７／２１０、１９０／２０７／２１０／３８５／３８９、１９０／２０７／３８５、１９０／２１０、１９０／３８５／３９６、１９０／３８９、２０７、２０７／２１０／２４３／２５０／３８５／３８９、２０７／２１４／３９６、２０７／２４３、２０７／３８９、２１０、２１０／３８５、２１４、２１４／３９６、２７２／３９４、２８３、３８５、３８５／３８９、３８９、３８９／３９６、および３９４から選択される、配列番号１３８と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換２４Ｔ、２４Ｔ／２５Ｖ、２４Ｔ／１１０Ｌ／１６７Ｅ、２５Ｖ、２５Ｖ／１４７Ｖ／１６７Ｅ、２７Ｄ／１９０Ｐ／２０７Ｄ／３８９Ｔ／３９６Ｓ、２７Ｄ／１９０Ｐ／２０７Ｄ／３９６Ｓ、４１Ｌ／４２Ｆ／６６Ｐ／１６５Ｗ、４２Ｆ、４２Ｆ／６６Ｐ／１６５Ｗ／３９４Ｐ、４２Ｆ／１６５Ｗ／２７２Ｅ／３９４Ｐ、６６Ｐ／１６４Ｒ、６６Ｐ／１６４Ｒ／２７２Ｅ、６６Ｐ／１６５Ｗ、６６Ｐ／３９４Ｐ、１６３Ｌ、１６４Ｎ、１６４Ｒ／１６５Ｗ／３９４Ｐ、１６４Ｓ、１６５Ｗ、１６５Ｗ／２７２Ｅ、１６５Ｗ／３９４Ｐ、１６６Ａ、１６６Ｌ、１６６Ｔ、１６７Ｅ、１９０Ｐ、１９０Ｐ／２０７Ｄ、１９０Ｐ／２０７Ｄ／２１０Ａ、１９０Ｐ／２０７Ｄ／２１０Ａ／３８５Ａ／３８９Ｔ、１９０Ｐ／２０７Ｄ／３８５Ａ、１９０Ｐ／２１０Ａ、１９０Ｐ／３８５Ａ／３９６Ｓ、１９０Ｐ／３８９Ｔ、２０７Ｄ、２０７Ｄ／２１０Ａ／２４３Ｑ／２５０Ｇ／３８５Ａ／３８９Ｔ、２０７Ｄ／２１４Ｐ／３９６Ｓ、２０７Ｄ／２４３Ｑ、２０７Ｄ／３８９Ｔ、２１０Ａ、２１０Ａ／３８５Ａ、２１４Ｐ、２１４Ｐ／３９６Ｓ、２７２Ｅ／３９４Ｐ、２８３Ｃ、３８５Ａ、３８５Ａ／３８９Ｔ、３８９Ｔ、３８９Ｔ／３９６Ｓ、および３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｓ２４Ｔ、Ｓ２４Ｔ／Ｌ２５Ｖ、Ｓ２４Ｔ／Ｒ１１０Ｌ／Ｓ１６７Ｅ、Ｌ２５Ｖ、Ｌ２５Ｖ／Ｗ１４７Ｖ／Ｓ１６７Ｅ、Ｑ２７Ｄ／Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｓ３８９Ｔ／Ｎ３９６Ｓ、Ｑ２７Ｄ／Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｎ３９６Ｓ、Ｉ４１Ｌ／Ｖ４２Ｆ／Ｋ６６Ｐ／Ｙ１６５Ｗ、Ｖ４２Ｆ、Ｖ４２Ｆ／Ｋ６６Ｐ／Ｙ１６５Ｗ／Ｇ３９４Ｐ、Ｖ４２Ｆ／Ｙ１６５Ｗ／Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３９４Ｐ、Ｋ６６Ｐ／Ｐ１６４Ｒ、Ｋ６６Ｐ／Ｐ１６４Ｒ／Ｖ２７２Ｅ、Ｋ６６Ｐ／Ｙ１６５Ｗ、Ｋ６６Ｐ／Ｇ３９４Ｐ、Ｆ１６３Ｌ、Ｐ１６４Ｎ、Ｐ１６４Ｒ／Ｙ１６５Ｗ／Ｇ３９４Ｐ、Ｐ１６４Ｓ、Ｙ１６５Ｗ、Ｙ１６５Ｗ／Ｖ２７２Ｅ、Ｙ１６５Ｗ／Ｇ３９４Ｐ、Ｎ１６６Ａ、Ｎ１６６Ｌ、Ｎ１６６Ｔ、Ｓ１６７Ｅ、Ｅ１９０Ｐ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｑ２１０Ａ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｑ２１０Ａ／Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ／Ｋ３８５Ａ、Ｅ１９０Ｐ／Ｑ２１０Ａ、Ｅ１９０Ｐ／Ｋ３８５Ａ／Ｎ３９６Ｓ、Ｅ１９０Ｐ／Ｓ３８９Ｔ、Ｅ２０７Ｄ、Ｅ２０７Ｄ／Ｑ２１０Ａ／Ｌ２４３Ｑ／Ｄ２５０Ｇ／Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｅ２０７Ｄ／Ａ２１４Ｐ／Ｎ３９６Ｓ、Ｅ２０７Ｄ／Ｌ２４３Ｑ、Ｅ２０７Ｄ／Ｓ３８９Ｔ、Ｑ２１０Ａ、Ｑ２１０Ａ／Ｋ３８５Ａ、Ａ２１４Ｐ、Ａ２１４Ｐ／Ｎ３９６Ｓ、Ｖ２７２Ｅ／Ｇ３９４Ｐ、Ｓ２８３Ｃ、Ｋ３８５Ａ、Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｓ３８９Ｔ、Ｓ３８９Ｔ／Ｎ３９６Ｓ、およびＧ３９４Ｐを含み、位置は、配列番号１３８に関して番号付けされている。
【０１９３】
一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、１２／２６／３０／２９１、１２／２６／７３／７７／２９１、１３／４５／１０７／２３６／２７７／３４６／３５１／４１０／４２９、２２／２５／１１０／２９１／３０４、２４／１４７／１６４／１６６／１６７／２４３／３８９、２４／１６６、２４／１６６／１９０、２４／１６６／２０７、２６／３０、２６／３０／１６８／２９１、３０／７７／２９１、３０／２９１、７０／７７／１０８／１７７／１９６／２４７／２９１／３０９／３６１／３６６、７０／７７／１６８／２９１、７０／１７７／２９１／３６１／３６６、７０／１７７／２９１／３７２、７０／１８６、７０／２４７／２９１／３０９／３７２、７０／２９１、７０／２９１／３０４／３６１、７４、７４／２１１、７７／１１０／２９１／３０８、７７／２９１／３６１／３６６、１０７／２７７／３４６／４１０／４２９、１０７／３４６、１１０／２３５／３９１、１４７／１６４／１６６／１６７、１４７／１６４／１６６／２４３／２７２／２８３／３８５／３８９、１４７／１６４／１６６／２７２、１６３、１６６、１６６／１６７／２７２／３８９、１６６／１９０、１６６／１９０／２０７、１６６／２０７、１７７／１９５／１９６／２９１／３０４／３０９／３６６、１７７／１９６／２４７／３０４／３０９／３６１／３６６、１７７／２９１／３０９／３６１、１９６／２９１／３０４／３６１、１９６／２９１／３０９／３６１、１９８／２３５／３９１、２０７、２４７／３０４／３０９／３６６、２５３／３９１、２７７、２９１、２９１／３０４／３０９、および２９１／３０９から選択される、配列番号１５６と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む操作されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードし、位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている。一部の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換１２Ｄ／２６Ｋ／３０Ｐ／２９１Ｙ、１２Ｄ／２６Ｒ／７３Ｃ／７７Ｒ／２９１Ｙ、１３Ａ／４５Ｎ／１０７Ｅ／２３６Ｅ／２７７Ｖ／３４６Ｌ／３５１Ａ／４１０Ｈ／４２９Ｍ、２２Ｌ／２５Ｖ／１１０Ｋ／２９１Ｙ／３０４Ａ、２４Ｔ／１４７Ｖ／１６４Ｓ／１６６Ａ／１６７Ｅ／２４３Ｑ／３８９Ｔ、２４Ｔ／１６６Ａ、２４Ｔ／１６６Ａ／１９０Ｐ、２４Ｔ／１６６Ａ／２０７Ｄ、２４Ｔ／１６６Ｌ、２６Ｋ／３０Ｐ／１６８Ｅ／２９１Ｙ、２６Ｒ／３０Ｐ、３０Ｐ／７７Ｒ／２９１Ｙ、３０Ｐ／２９１Ｙ、７０Ｅ／７７Ｄ／１０８Ｒ／１７７Ｉ／１９６Ｅ／２４７Ｋ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３６１Ａ／３６６Ｈ、７０Ｅ／７７Ｒ／１６８Ｅ／２９１Ｙ、７０Ｅ／１７７Ｉ／２９１Ｙ／３６１Ａ／３６６Ｈ、７０Ｅ／１７７Ｉ／２９１Ｙ／３７２Ｗ、７０Ｅ／１８６Ｃ、７０Ｅ／２４７Ｋ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３７２Ｗ、７０Ｅ／２９１Ｙ、７０Ｅ／２９１Ｙ／３０４Ａ／３６１Ａ、７４Ａ、７４Ａ／２１１Ｒ、７７Ｄ／１１０Ｋ／２９１Ｙ／３０８Ｑ、７７Ｄ／２９１Ｙ／３６１Ａ／３６６Ｈ、１０７Ｅ／２７７Ｖ／３４６Ｌ／４１０Ｈ／４２９Ｍ、１０７Ｅ／３４６Ｌ、１１０Ｋ／２３５Ｓ／３９１Ｔ、１４７Ｖ／１６４Ｒ／１６６Ａ／１６７Ｅ、１４７Ｖ／１６４Ｒ／１６６Ａ／２４３Ｑ／２７２Ｅ／２８３Ｃ／３８５Ａ／３８９Ｔ、１４７Ｖ／１６４Ｒ／１６６Ａ／２７２Ｅ、１６３Ｙ、１６６Ａ、１６６Ａ／１６７Ｅ／２７２Ｅ／３８９Ｔ、１６６Ａ／１９０Ｐ、１６６Ａ／１９０Ｐ／２０７Ｄ、１６６Ａ／２０７Ｄ、１６６Ｇ、１６６Ｓ、１６６Ｓ／２０７Ｄ、１６６Ｖ、１７７Ｉ／１９５Ａ／１９６Ｅ／２９１Ｙ／３０４Ａ／３０９Ａ／３６６Ｈ、１７７Ｉ／１９６Ｅ／２４７Ｋ／３０４Ａ／３０９Ａ／３６１Ａ／３６６Ｈ、１７７Ｉ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３６１Ａ、１９６Ｅ／２９１Ｙ／３０４Ａ／３６１Ａ、１９６Ｅ／２９１Ｙ／３０９Ａ／３６１Ａ、１９８Ｔ／２３５Ｓ／３９１Ｔ、２０７Ｄ、２４７Ｋ／３０４Ａ／３０９Ａ／３６６Ｈ、２５３Ｌ／３９１Ｔ、２７７Ｖ、２９１Ｙ、２９１Ｙ／３０４Ａ／３０９Ａ、および２９１Ｙ／３０９Ａを含み、位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている。一部の追加の実施形態において、アミノ酸の違いは、置換Ｅ１２Ｄ／Ｈ２６Ｋ／Ｔ３０Ｐ／Ｆ２９１Ｙ、Ｅ１２Ｄ／Ｈ２６Ｒ／Ｋ７３Ｃ／Ｅ７７Ｒ／Ｆ２９１Ｙ、Ｔ１３Ａ／Ｈ４５Ｎ／Ｄ１０７Ｅ／Ｋ２３６Ｅ／Ｔ２７７Ｖ／Ａ３４６Ｌ／Ｒ３５１Ａ／Ｌ４１０Ｈ／Ｌ４２９Ｍ、Ｍ２２Ｌ／Ｌ２５Ｖ／Ｒ１１０Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ、Ｓ２４Ｔ／Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｓ／Ｎ１６６Ａ／Ｓ１６７Ｅ／Ｌ２４３Ｑ／Ｓ３８９Ｔ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ａ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ａ／Ｅ１９０Ｐ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ａ／Ｅ２０７Ｄ、Ｓ２４Ｔ／Ｎ１６６Ｌ、Ｈ２６Ｋ／Ｔ３０Ｐ／Ｖ１６８Ｅ／Ｆ２９１Ｙ、Ｈ２６Ｒ／Ｔ３０Ｐ、Ｔ３０Ｐ／Ｅ７７Ｒ／Ｆ２９１Ｙ、Ｔ３０Ｐ／Ｆ２９１Ｙ、Ｄ７０Ｅ／Ｅ７７Ｄ／Ｓ１０８Ｒ／Ｌ１７７Ｉ／Ｑ１９６Ｅ／Ｒ２４７Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｄ７０Ｅ／Ｅ７７Ｒ／Ｖ１６８Ｅ／Ｆ２９１Ｙ、Ｄ７０Ｅ／Ｌ１７７Ｉ／Ｆ２９１Ｙ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｄ７０Ｅ／Ｌ１７７Ｉ／Ｆ２９１Ｙ／Ｙ３７２Ｗ、Ｄ７０Ｅ／Ｒ１８６Ｃ、Ｄ７０Ｅ／Ｒ２４７Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｙ３７２Ｗ、Ｄ７０Ｅ／Ｆ２９１Ｙ、Ｄ７０Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｔ７４Ａ、Ｔ７４Ａ／Ｋ２１１Ｒ、Ｅ７７Ｄ／Ｒ１１０Ｋ／Ｆ２９１Ｙ／Ｅ３０８Ｑ、Ｅ７７Ｄ／Ｆ２９１Ｙ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｄ１０７Ｅ／Ｔ２７７Ｖ／Ａ３４６Ｌ／Ｌ４１０Ｈ／Ｌ４２９Ｍ、Ｄ１０７Ｅ／Ａ３４６Ｌ、Ｒ１１０Ｋ／Ａ２３５Ｓ／Ａ３９１Ｔ、Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｒ／Ｎ１６６Ａ／Ｓ１６７Ｅ、Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｒ／Ｎ１６６Ａ／Ｌ２４３Ｑ／Ｖ２７２Ｅ／Ｓ２８３Ｃ／Ｋ３８５Ａ／Ｓ３８９Ｔ、Ｗ１４７Ｖ／Ｐ１６４Ｒ／Ｎ１６６Ａ／Ｖ２７２Ｅ、Ｆ１６３Ｙ、Ｎ１６６Ａ、Ｎ１６６Ａ／Ｓ１６７Ｅ／Ｖ２７２Ｅ／Ｓ３８９Ｔ、Ｎ１６６Ａ／Ｅ１９０Ｐ、Ｎ１６６Ａ／Ｅ１９０Ｐ／Ｅ２０７Ｄ、Ｎ１６６Ａ／Ｅ２０７Ｄ、Ｎ１６６Ｇ、Ｎ１６６Ｓ、Ｎ１６６Ｓ／Ｅ２０７Ｄ、Ｎ１６６Ｖ、Ｌ１７７Ｉ／Ｅ１９５Ａ／Ｑ１９６Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｌ１７７Ｉ／Ｑ１９６Ｅ／Ｒ２４７Ｋ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｌ１７７Ｉ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｑ１９６Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｑ１９６Ｅ／Ｆ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａ／Ｋ３６１Ａ、Ｖ１９８Ｔ／Ａ２３５Ｓ／Ａ３９１Ｔ、Ｅ２０７Ｄ、Ｒ２４７Ｋ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ／Ｒ３６６Ｈ、Ｖ２５３Ｌ／Ａ３９１Ｔ、Ｔ２７７Ｖ、Ｆ２９１Ｙ、Ｆ２９１Ｙ／Ｓ３０４Ａ／Ｔ３０９Ａ、およびＦ２９１Ｙ／Ｔ３０９Ａを含み、位置は、配列番号１５６に関して番号付けされている。
【０１９４】
一部の実施形態において、本発明のバリアントトランスアミナーゼは、酵素のコードされる活性を変更しない追加の配列をさらに含む。例えば、一部の実施形態において、バリアントトランスアミナーゼは、エピトープタグまたは精製において有用な別の配列に連結される。
【０１９５】
一部の実施形態において、本発明のバリアントトランスアミナーゼポリペプチドは、それらが発現される宿主細胞（例えば、酵母または糸状菌宿主細胞）から分泌され、シグナルペプチド（すなわち、ポリペプチドのアミノ末端に連結され、コードされるポリペプチドを細胞分泌経路に誘導するアミノ酸配列）を含むプレタンパク質として発現される。
【０１９６】
操作されたポリペプチドの配列が公知であるとき、酵素をコードするポリヌクレオチドは、公知の合成方法に従い、標準的な固相方法により調製することができる。一部の実施形態において、最大約１００塩基の断片は、個別に合成され、次に、結合されて（例えば、酵素もしくは化学的ライゲーション方法により、またはポリメラーゼにより媒介される方法により）、任意の所望の連続配列を形成することができる。例えば、本発明のポリヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドは、化学合成により（例えば、Ｂｅａｕｃａｇｅら、Ｔｅｔ．  Ｌｅｔｔ．，  ２２：１８５９−６９  ［１９８１］により記載される古典的ホスホルアミダイト方法またはＭａｔｔｈｅｓら、ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ３：８０１−０５  ［１９８４］により記載される方法（これは、典型的には、自動合成方法において実施される）を使用して）調製することができる。ホスホルアミダイト方法に従い、オリゴヌクレオチドが、合成され（例えば、自動ＤＮＡ合成装置において）、精製され、アニーリングされ、ライゲーションされ、適切なベクターにおいてクローニングされる。加えて、本質的に任意の核酸は、様々な商業的供給源（例えば、Ｔｈｅ  Ｍｉｄｌａｎｄ  Ｃｅｒｔｉｆｉｅｄ  Ｒｅａｇｅｎｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｍｉｄｌａｎｄ、ＴＸ、Ｔｈｅ  Ｇｒｅａｔ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｒａｍｏｎａ、ＣＡ、ＥｘｐｒｅｓｓＧｅｎ  Ｉｎｃ．、Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ、Ｏｐｅｒｏｎ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｉｎｃ．、Ａｌａｍｅｄａ、ＣＡ、および多くの他の会社）のいずれかから得ることができる。
【０１９７】
本発明はまた、本明細書において提供される、少なくとも１つのバリアントトランスアミナーゼをコードする配列を含む組換え構築物を提供する。一部の実施形態において、本発明は、異種プロモーターに作動可能に連結されたバリアントトランスアミナーゼポリヌクレオチドを含む発現ベクターを提供する。一部の実施形態において、本発明の発現ベクターを使用して、適切な宿主細胞を形質転換して、バリアントトランスアミナーゼタンパク質を発現させる。真菌および他の生物におけるタンパク質の組換え発現方法は、当技術分野において周知であり、多数の発現ベクターが、利用可能であるか、または日常的方法を使用して構築することができる。一部の実施形態において、本発明の核酸構築物は、本発明の核酸配列が挿入されている、プラスミド、コスミド、ファージ、ウイルス、細菌の人工染色体（ＢＡＣ）、酵母の人工染色体（ＹＡＣ）などのようなベクターを含む。一部の実施形態において、本発明のポリヌクレオチドは、バリアントトランスアミナーゼポリペプチド（複数可）を発現させるのに適した様々な発現ベクターのいずれか１つに組み込まれる。適切なベクターは、これらに限定されないが、染色体、非染色体および合成ＤＮＡ配列（例えば、ＳＶ４０の誘導体）、ならびに細菌のプラスミド、ファージＤＮＡ、バキュロウイルス、酵母プラスミド、プラスミドとファージＤＮＡの組み合わせからもたらされるベクター、ワクシニア、アデノウイルス、鶏痘ウイルス、仮性狂犬病、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、および多くの他のもののようなウイルスＤＮＡを含む。遺伝物質を細胞に形質導入し、複製が望まれるなら、関連する宿主において複製可能であり、実行可能である、任意の適切なベクターが、本発明において使用される。
【０１９８】
一部の実施形態において、構築物は、タンパク質コード配列に作動可能に連結されたプロモーターを含むが、これに限定されない、制御配列をさらに含む。多数の適切なベクターおよびプロモーターは、当業者に公知である。実際に、一部の実施形態において、特定の宿主において高いレベルの発現を得るために、異種プロモーターの調節下で本発明のバリアントトランスアミナーゼを発現させることが、しばしば有用である。一部の実施形態において、プロモーター配列は、当技術分野において公知の任意の適切な方法を使用して、バリアントトランスアミナーゼコード配列の５’領域に作動可能に連結されている。バリアントトランスアミナーゼの発現に有用なプロモーターの例は、これに限定されないが、真菌由来のプロモーターを含む。一部の実施形態において、真菌株においてトランスアミナーゼ遺伝子以外の遺伝子の発現をもたらすプロモーター配列が使用される。非限定的な例として、エンドグルカナーゼをコードする遺伝子由来の真菌プロモーターが使用されてもよい。一部の実施形態において、トランスアミナーゼがもたらされた真菌株以外の真菌株におけるトランスアミナーゼ遺伝子の発現をもたらすプロモーター配列が使用される。糸状菌宿主細胞における本発明のヌクレオチド構築物の転写を誘導するのに有用な他の適切なプロモーターの例は、これらに限定されないが、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ  ＴＡＫＡアミラーゼ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉアスパラギン酸プロテイナーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ中性アルファ−アミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ酸安定性アルファ−アミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒまたはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ａｗａｍｏｒｉグルコアミラーゼ（ｇｌａＡ）、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉリパーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅアルカリプロテアーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅトリオースリン酸イソメラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓアセトアミダーゼ、およびＦｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍトリプシン様プロテアーゼ（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第９６／００７８７号を参照）の遺伝子から得られるプロモーター、ならびにＮＡ２−ｔｐｉプロモーター（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ中性アルファ−アミラーゼとＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅトリオースリン酸イソメラーゼの遺伝子由来のプロモーターのハイブリッド）、ｃｂｈ１、ｃｂｈ２、ｅｇｌ１、ｅｇｌ２、ｐｅｐＡ、ｈｆｂ１、ｈｆｂ２、ｘｙｎ１、ａｍｙ、およびｇｌａＡのようなプロモーター（例えば、それらの全てが参照により本明細書に組み込まれる、Ｎｕｎｂｅｒｇら、Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．，  ４：２３０６−２３１５  ［１９８４］；Ｂｏｅｌら、ＥＭＢＯ  Ｊ．，  ３：１５８１−８５  ［１９８４］；および欧州特許出願第１３７２８０号を参照）、ならびにその変異体、切断、およびハイブリッドプロモーターを含む。
【０１９９】
酵母宿主細胞において、有用なプロモーターは、これらに限定されないが、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅエノラーゼ（ｅｎｏ−１）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅガラクトキナーゼ（ｇａｌ１）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルコール脱水素酵素／グリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素（ＡＤＨ２／ＧＡＰ）、およびＳ．ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ３−ホスホグリセリン酸キナーゼの遺伝子由来のプロモーターを含む。酵母宿主細胞に有用な追加の有用なプロモーターは、当技術分野において公知である（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Ｒｏｍａｎｏｓら、Ｙｅａｓｔ，  ８：４２３−４８８  ［１９９２］を参照）。加えて、真菌におけるキチナーゼ生成と関連するプロモーターが本発明において使用される（例えば、両方が、参照により本明細書に組み込まれる、Ｂｌａｉｓｅａｕ  ａｎｄ  Ｌａｆａｙ，  Ｇｅｎｅ，  １２０２４３−２４８  ［１９９２］；およびＬｉｍｏｎら、Ｃｕｒｒ．  Ｇｅｎｅｔ．，  ２８：４７８−８３  ［１９９５］を参照）。
【０２００】
細菌の宿主細胞について、本開示の核酸構築物の転写を誘導するのに適切なプロモーターは、これらに限定されないが、Ｅ．ｃｏｌｉ  ｌａｃオペロン、Ｅ．ｃｏｌｉ  ｔｒｐオペロン、バクテリオファージラムダ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒアガラーゼ遺伝子（ｄａｇＡ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓレバンスクラーゼ遺伝子（ｓａｃＢ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓアルファ−アミラーゼ遺伝子（ａｍｙＬ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓマルトース生成アミラーゼ遺伝子（ａｍｙＭ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓアルファ−アミラーゼ遺伝子（ａｍｙＱ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓペニシリナーゼ遺伝子（ｐｅｎＰ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ  ｘｙｌＡおよびｘｙｌＢ遺伝子、ならびに原核生物のベータ−ラクタマーゼ遺伝子（例えば、Ｖｉｌｌａ−Ｋａｍａｒｏｆｆら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ７５：３７２７−３７３１  ［１９７８］を参照）から得られるプロモーター、ならびにｔａｃプロモーター（例えば、ＤｅＢｏｅｒら、Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ８０：２１−２５  ［１９８３］を参照）を含む。
【０２０１】
一部の実施形態において、本発明のクローニングされたバリアントトランスアミナーゼはまた、転写を終結するために宿主細胞により認識される配列である適切な転写ターミネーター配列を有する。ターミネーター配列は、ポリペプチドをコードする核酸配列の３’末端に作動可能に連結されている。選択した宿主細胞において機能的である任意のターミネーターが、本発明において使用される。糸状菌宿主細胞のための例示的な転写ターミネーターは、これらに限定されないが、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ  ＴＡＫＡアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓアントラニル酸合成酵素、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒアルファ−グルコシダーゼ、およびＦｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍトリプシン様プロテアーゼについての遺伝子から得られるものを含む（例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第７，３９９，６２７号を参照）。一部の実施形態において、酵母宿主細胞のための例示的なターミネーターは、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅエノラーゼ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅチトクロムＣ（ＣＹＣｌ）、およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅグリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素についての遺伝子から得られるものを含む。酵母宿主細胞にとって他の有用なターミネーターは、当業者に周知である（例えば、Ｒｏｍａｎｏｓら、Ｙｅａｓｔ，  ８：４２３−８８  ［１９９２］を参照）。
【０２０２】
一部の実施形態において、適切なリーダー配列は、クローニングされたバリアントトランスアミナーゼ配列の一部であり、宿主細胞による翻訳に重要であるｍＲＮＡの非翻訳領域である。リーダー配列は、ポリペプチドをコードする核酸配列の５’末端に作動可能に連結されている。選択した宿主細胞において機能的である任意のリーダー配列が、本発明において使用される。糸状菌宿主細胞のための例示的なリーダーは、これに限定されないが、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ  ＴＡＫＡアミラーゼおよびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓトリオースリン酸イソメラーゼについての遺伝子から得られるものを含む。酵母宿主細胞に適切なリーダーは、これに限定されないが、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅエノラーゼ（ＥＮＯ−１）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ３−ホスホグリセリン酸キナーゼ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルファ−因子、およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルコール脱水素酵素／グリセルアルデヒド−３−リン酸脱水素酵素（ＡＤＨ２／ＧＡＰ）についての遺伝子から得られるものを含む。
【０２０３】
一部の実施形態において、本発明の配列はまた、ポリアデニル化配列を含み、これは、核酸配列の３’末端に作動可能に連結されている配列であり、転写されたとき、転写されたｍＲＮＡにポリアデノシン残基を加えるためのシグナルとして宿主細胞により認識される。選択した宿主細胞において機能的である任意のポリアデニル化配列が、本発明において使用される。糸状菌宿主細胞についての例示的なポリアデニル化配列は、これに限定されないが、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ  ＴＡＫＡアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓアントラニル酸合成酵素、Ｆｕｓａｒｉｕｍ  ｏｘｙｓｐｏｒｕｍトリプシン様プロテアーゼ、およびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒアルファ−グルコシダーゼについての遺伝子から得られるものを含む。酵母宿主細胞に有用なポリアデニル化配列は、当技術分野において公知である（例えば、Ｇｕｏ  ａｎｄ  Ｓｈｅｒｍａｎ，  Ｍｏｌ．  Ｃｅｌｌ．  Ｂｉｏｌ．，  １５：５９８３−５９９０  ［１９９５］を参照）。
【０２０４】
一部の実施形態において、調節配列は、ポリペプチドのアミノ末端に連結したアミノ酸配列をコードするシグナルペプチドコード領域を含み、細胞の分泌経路にコードされたポリペプチドを誘導する。核酸配列のコード配列の５’末端は、分泌されるポリペプチドをコードするコード領域のセグメントと共に翻訳リーディングフレームにおいて天然で連結されるシグナルペプチドコード領域を元来含有してもよい。あるいは、コード配列の５’末端は、コード配列にとって外来であるシグナルペプチドコード領域を含有してもよい。コード配列が、シグナルペプチドコード領域を天然で含有しない場合、外来シグナルペプチドコード領域が、必要とされ得る。
【０２０５】
あるいは、外来シグナルペプチドコード領域は、ポリペプチドの分泌を増強するために、天然のシグナルペプチドコード領域と単に置き換えてもよい。しかしながら、発現されたポリペプチドを、選択した宿主細胞の分泌経路に誘導する任意のシグナルペプチドコード領域が、本発明において使用されてもよい。
【０２０６】
一部の実施形態において、シグナルペプチドは、内在性Ｖ．  ｆｌｕｖｉａｌｉｓトランスアミナーゼシグナルペプチドである。一部の追加の実施形態において、他のＶ．  ｆｌｕｖｉａｌｉｓの分泌されたタンパク質由来のシグナルペプチドが使用される。一部の実施形態において、宿主細胞および他の因子によっては、他のシグナルペプチドも使用される。
【０２０７】
細菌宿主細胞のための有効なシグナルペプチドコード領域は、これらに限定されないが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ＮＣｌＢ  １１８３７マルトース生成アミラーゼ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓアルファ−アミラーゼ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓスブチリシン、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓベータ−ラクタマーゼ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ中性プロテアーゼ（ｎｐｒＴ、ｎｐｒＳ、ｎｐｒＭ）、およびＢａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ  ｐｒｓＡについての遺伝子から得られるシグナルペプチドコード領域を含む。さらなるシグナルペプチドが、当技術分野において公知である（例えば、Ｓｉｍｏｎｅｎ  ａｎｄ  Ｐａｌｖａ，  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｒｅｖ．，  ５７：１０９−１３７  ［１９９３］を参照）。
【０２０８】
糸状菌宿主細胞に有効なシグナルペプチドコード領域は、これらに限定されないが、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅ  ＴＡＫＡアミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒ中性アミラーゼ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉアスパラギン酸プロテイナーゼ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ  ｉｎｓｏｌｅｎｓセルラーゼ、およびＨｕｍｉｃｏｌａ  ｌａｎｕｇｉｎｏｓａリパーゼの遺伝子から得られるシグナルペプチドコード領域を含む。
【０２０９】
酵母宿主細胞に有用なシグナルペプチドは、これらに限定されないが、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルファ−因子およびＳａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅインベルターゼの遺伝子を含む。他の有用なシグナルペプチドコード領域は、当技術分野において公知である（例えば、Ｒｏｍａｎｏｓら、［１９９２］、上を参照）。
【０２１０】
一部の実施形態において、調節配列は、ポリペプチドのアミノ末端に位置するアミノ酸配列をコードするプロペプチドコード領域を含む。得られたポリペプチドは、前酵素またはプロポリペプチド（または一部の場合においてチモーゲン）として公知である。プロポリペプチドは、一般に、不活性であり、プロポリペプチドからのプロペプチドの触媒または自己触媒切断により、成熟活性トランスアミナーゼポリペプチドに変換され得る。プロペプチドコード領域は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓアルカリプロテアーゼ（ａｐｒＥ）、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ中性プロテアーゼ（ｎｐｒＴ）、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅアルファ−因子、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ  ｍｉｅｈｅｉアスパラギン酸プロテイナーゼ、およびＭｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌａラクターゼについての遺伝子から得られてもよい（例えば、国際公開第９５／３３８３６号を参照）。
【０２１１】
シグナルペプチドとプロペプチド領域の両方が、ポリペプチドのアミノ末端に存在する場合、プロペプチド領域は、ポリペプチドのアミノ末端の次に位置し、シグナルペプチド領域は、プロペプチド領域のアミノ末端の次に位置する。
【０２１２】
一部の実施形態において、制御配列をまた使用して、宿主細胞の成長に関連するポリペプチドの発現の制御を可能にする。制御システムの例は、制御性化合物の存在を含む、化学的または物理的刺激に応答して、遺伝子の発現をオンまたはオフにするものである。原核生物の宿主細胞において、適切な制御配列は、これらに限定されないが、ｌａｃ、ｔａｃ、およびｔｒｐオペレーターシステムを含む。酵母宿主細胞において、適切な制御システムは、例として、ＡＤＨ２システムまたはＧＡＬ１システムを含む。糸状菌において、適切な制御配列は、ＴＡＫＡアルファ−アミラーゼプロモーター、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｇｅｒグルコアミラーゼプロモーター、およびＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅグルコアミラーゼプロモーターを含む。
【０２１３】
制御配列の他の例は、遺伝子増幅を可能にするものである。真核生物のシステムにおいて、これらは、メトトレキサートの存在下で増幅される、ジヒドロ葉酸還元酵素遺伝子、および重金属を用いて増幅される、メタロチオネイン遺伝子を含む。これらの場合において、本発明のトランスアミナーゼポリペプチドをコードする核酸配列は、制御配列と作動可能に連結されているであろう。
【０２１４】
したがって、追加の実施形態において、本発明は、それらが導入されるべき宿主のタイプに依存して、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドまたはそのバリアントをコードするポリヌクレオチドならびにプロモーターおよびターミネーターのような１つまたは複数の発現制御領域、複製開始点などを含む組換え発現ベクターを提供する。一部の実施形態において、上で記載された様々な核酸および調節配列を一緒に結合させて、１つまたは複数の好都合の制限部位でのポリペプチドをコードする核酸配列の挿入または置換を可能にするためのかかる部位を含み得る、組換え発現ベクターを生成する。あるいは、一部の実施形態において、核酸配列は、核酸配列または配列を含む核酸構築物を発現のための適切なベクターに挿入することにより、発現される。発現ベクターの生成において、コード配列が、発現のための適切な調節配列と作動可能に連結されるように、コード配列は、ベクターの中に位置する。
【０２１５】
組換え発現ベクターは、好都合に、組換えＤＮＡ手法の対象とされ得、ポリヌクレオチド配列の発現をもたらし得る、任意の適切なベクター（例えば、プラスミドまたはウイルス）を含む。ベクターの選択は、典型的には、ベクターが導入されるべき宿主細胞とのベクターの適合性に依存する。一部の実施形態において、ベクターは、直鎖または閉じた環状プラスミドである。
【０２１６】
一部の実施形態において、発現ベクターは、自己複製するベクター（すなわち、染色体外実体として存在するベクター、染色体の複製に非依存性の複製、例えば、プラスミド、染色体外エレメント、ミニ染色体、または人工染色体）である。一部の実施形態において、ベクターは、自己複製を保証する任意の手段を含有する。あるいは、一部の他の実施形態において、宿主細胞に導入される際、ベクターは、ゲノムに組み込まれ、それが組み込まれている染色体（複数可）と一緒に複製される。さらに、追加の実施形態において、宿主細胞のゲノム、またはトランスポゾンに導入されるべき全ＤＮＡを一緒に含有する単一ベクターもしくはプラスミドまたは２つもしくはそれより多いベクターもしくはプラスミドが使用される。
【０２１７】
一部の実施形態において、本発明の発現ベクターは、１つまたは複数の選択マーカーを含有し、それが、形質転換された細胞の容易な選択を可能にする。「選択マーカー」は、遺伝子、殺生物剤またはウイルス抵抗性、抗菌薬または重金属に対する抵抗性、栄養要求体への原栄養性をもたらすその生成物などである。ａｍｄＳ（アセトアミダーゼ）、ａｒｇＢ（オルニチンカルバモイルトランスフェラーゼ）、ｂａｒ（ホスフィノトリシンアセチルトランスフェラーゼ）、ｈｐｈ（ハイグロマイシンホスホトランスフェラーゼ）、ｎｉａＤ（硝酸還元酵素）、ｐｙｒＧ（オロチジン−５’−リン酸デカルボキシラーゼ）、ｓＣ（硫酸アデニルトランスフェラーゼ）、およびｔｒｐＣ（アントラニル酸合成酵素）、ならびにその等価物を含むが、これらに限定されない、糸状菌宿主細胞における使用のための任意の適切な選択マーカーが、本発明において使用される。Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓのような宿主細胞において有用な追加のマーカーは、これらに限定されないが、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｎｉｄｕｌａｎｓまたはＡｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ  ｏｒｙｚａｅのａｍｄＳおよびｐｙｒＧ遺伝子、ならびにＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ  ｈｙｇｒｏｓｃｏｐｉｃｕｓのｂａｒ遺伝子を含む。酵母宿主細胞に適切なマーカーは、これらに限定されないが、ＡＤＥ２、ＨＩＳ３、ＬＥＵ２、ＬＹＳ２、ＭＥＴ３、ＴＲＰ１、およびＵＲＡ３を含む。細菌の選択マーカーの例は、これらに限定されないが、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓもしくはＢａｃｉｌｌｕｓ  ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ由来のｄａｌ遺伝子、またはアンピシリン、カナマイシン、クロラムフェニコール、およびもしくはテトラサイクリン抵抗性のような抗生物質抵抗性を与える、マーカーを含む。
【０２１８】
一部の実施形態において、本発明の発現ベクターは、宿主細胞のゲノムへのベクターの組込みまたはゲノムに非依存性の細胞におけるベクターの自己複製を可能にするエレメント（複数可）を含有する。宿主細胞ゲノムへの組込みに関する一部の実施形態において、ベクターは、ポリペプチドをコードする核酸配列または相同もしくは非相同組換えによるゲノムへのベクターの組込みのためのベクターの任意の他のエレメントに依拠する。
【０２１９】
一部の代替の実施形態において、発現ベクターは、宿主細胞のゲノムへの相同組換えによる組込みを誘導するための追加の核酸配列を含有する。追加の核酸配列は、ベクターが、染色体（複数可）における正確な場所（複数可）において宿主細胞ゲノムに組み込まれることを可能にする。正確な場所での組込みの可能性を増大させるために、組込みエレメントは、１００〜１０，０００塩基対、好ましくは、４００〜１０，０００塩基対、最も好ましくは、８００〜１０，０００塩基対のような、十分な数のヌクレオチドを好ましくは含有し、相同組換えの確率を増強するための対応する標的配列と高度に相同である。組込みエレメントは、宿主細胞のゲノムにおける標的配列と相同である任意の配列であってもよい。さらに、組込みエレメントは、非コードまたはコード核酸配列であってもよい。他方、ベクターは、非相同組換えにより、宿主細胞のゲノムに組み込まれてもよい。
【０２２０】
自己複製のため、ベクターは、ベクターが当該宿主細胞において自己複製することを可能にする複製起点をさらに含んでもよい。細菌の複製起点の例は、Ｐ１５Ａ  ｏｒｉまたはプラスミドｐＢＲ３２２、ｐＵＣ１９、ｐＡＣＹＣｌ７７（このプラスミドは、Ｐ１５Ａ  ｏｒｉを有する）、もしくはｐＡＣＹＣ１８４（Ｅ．ｃｏｌｉにおける複製を可能にする）、およびｐＵＢ１１０、ｐＥ１９４、ｐＴＡ１０６０もしくはｐＡＭβ１（Ｂａｃｉｌｌｕｓにおける複製を可能にする）の複製起点である。酵母宿主細胞において使用するための複製起点の例は、２ミクロンの複製起点、ＡＲＳ１、ＡＲＳ４、ＡＲＳ１とＣＥＮ３の組み合わせ、およびＡＲＳ４とＣＥＮ６の組み合わせである。複製起点は、宿主細胞において温度感受性を機能させる変異を有するものであってもよい（例えば、Ｅｈｒｌｉｃｈ，  Ｐｒｏｃ．  Ｎａｔｌ．  Ａｃａｄ．  Ｓｃｉ．  ＵＳＡ  ７５：１４３３  ［１９７８］を参照）。
【０２２１】
一部の実施形態において、１つより多いコピーの本発明の核酸配列を宿主細胞に挿入して、遺伝子産物の生成を増大させる。核酸配列のコピー数における増大は、少なくとも１つの追加のコピーの配列を宿主細胞ゲノムに組み込むことにより、または増幅されたコピーの選択マーカー遺伝子、これにより追加のコピーの核酸配列を含有する細胞が、細胞を適切な選択可能な薬剤の存在下で培養することにより選択され得る場合、核酸配列と共に増幅可能な選択マーカー遺伝子を含むことにより、得られ得る。
【０２２２】
本発明において使用するための発現ベクターの多くは、市販されている。適切な市販の発現ベクターは、これに限定されないが、哺乳動物宿主細胞における発現のためのＣＭＶプロモーターおよびｈＧＨポリアデニル化部位ならびにＥ．ｃｏｌｉにおける増幅のためのｐＢＲ３２２複製起点およびアンピシリン抵抗性マーカーを含む、ｐ３ｘＦＬＡＧＴＭ（商標）発現ベクター（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ  Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ）を含む。他の適切な発現ベクターは、これらに限定されないが、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔＩＩ  ＳＫ（−）およびｐＢＫ−ＣＭＶ（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）、ならびにｐＢＲ３２２（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）、ｐＵＣ（Ｇｉｂｃｏ  ＢＲＬ）、ｐＲＥＰ４、ｐＣＥＰ４（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）またはｐＰｏｌｙからもたらされるプラスミドを含む（例えば、Ｌａｔｈｅら、Ｇｅｎｅ，  ５７：１９３−２０１  ［１９８７］を参照）。
【０２２３】
したがって、一部の実施形態において、少なくとも１つのバリアントトランスアミナーゼをコードする配列を含むベクターは、ベクターの増殖およびバリアントトランスアミナーゼ（複数可）の発現を可能にするために、宿主細胞に形質転換される。一部の実施形態において、バリアントトランスアミナーゼを翻訳後修飾して、シグナルペプチドを除去し、一部の場合では、分泌後切断されてもよい。一部の実施形態において、上で記載された形質転換された宿主細胞は、適切な栄養培地において、バリアントトランスアミナーゼ（複数可）の発現を可能にする条件下で培養される。適切な栄養補助剤を含有する最小または複合培地を含むが、これらに限定されない、宿主細胞を培養するのに有用な任意の適切な培地が、本発明において使用される。一部の実施形態において、宿主細胞は、ＨＴＰ培地において成長する。適切な培地は、様々な商業的供給者から入手可能であるか、または公開されたレシピに従い調製されてもよい（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎのカタログにおいて）。
【０２２４】
別の態様において、本発明は、本明細書において提供される改善されたトランスアミナーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む宿主細胞であって、ポリヌクレオチドが、宿主細胞におけるトランスアミナーゼ酵素の発現のための１つまたは複数の調節配列に作動可能に連結されている、宿主細胞を提供する。本発明の発現ベクターによりコードされるトランスアミナーゼポリペプチドの発現における使用のための宿主細胞は、当技術分野において周知であり、これらに限定されないが、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｋｅｆｉｒ、ＳｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓおよびＳａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ細胞のような、細菌細胞；酵母細胞（例えば、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅまたはＰｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ（ＡＴＣＣ受託番号２０１１７８））のような、真菌細胞；Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ  Ｓ２およびＳｐｏｄｏｐｔｅｒａ  Ｓｆ９細胞のような昆虫細胞；ＣＨＯ、ＣＯＳ、ＢＨＫ、２９３、およびＢｏｗｅｓメラノーマ細胞のような動物細胞；ならびに植物細胞を含む。上で記載された宿主細胞のための適切な培地および成長条件は、当技術分野において周知である。
【０２２５】
トランスアミナーゼの発現のためのポリヌクレオチドは、当技術分野において公知の様々な方法により細胞に導入されてもよい。技術は、数ある中でも、エレクトロポレーション、微粒子銃粒子照射（ｂｉｏｌｉｓｔｉｃ  ｐａｒｔｉｃｌｅ  ｂｏｍｂａｒｄｍｅｎｔ）、リポソームにより媒介されるトランスフェクション、塩化カルシウムトランスフェクション、およびプロトプラスト融合を含む。ポリヌクレオチドを細胞に導入する様々な方法は、当業者に公知である。
【０２２６】
一部の実施形態において、宿主細胞は、真核生物の細胞である。適切な真核生物の宿主細胞は、これらに限定されないが、真菌細胞、藻類細胞、昆虫細胞、および植物細胞を含む。適切な真菌宿主細胞は、これらに限定されないが、Ａｓｃｏｍｙｃｏｔａ、Ｂａｓｉｄｉｏｍｙｃｏｔａ、Ｄｅｕｔｅｒｏｍｙｃｏｔａ、Ｚｙｇｏｍｙｃｏｔａ、Ｆｕｎｇｉ  ｉｍｐｅｒｆｅｃｔｉを含む。一部の実施形態において、真菌宿主細胞は、酵母細胞および糸状菌細胞である。本発明の糸状菌宿主細胞は、亜門ＥｕｍｙｃｏｔｉｎａおよびＯｏｍｙｃｏｔａの全ての糸状形態を含む。糸状菌は、キチン、セルロースおよび他の複合体多糖から構成される細胞壁を有する栄養菌糸により特徴付けられる。本発明の糸状菌宿主細胞は、酵母と形態学的に異なる。
【０２２７】
本発明の一部の実施形態において、糸状菌宿主細胞は、Ａｃｈｌｙａ、Ａｃｒｅｍｏｎｉｕｍ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ、Ａｕｒｅｏｂａｓｉｄｉｕｍ、Ｂｊｅｒｋａｎｄｅｒａ、Ｃｅｒｉｐｏｒｉｏｐｓｉｓ、Ｃｅｐｈａｌｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｈｒｙｓｏｓｐｏｒｉｕｍ、Ｃｏｃｈｌｉｏｂｏｌｕｓ、Ｃｏｒｙｎａｓｃｕｓ、Ｃｒｙｐｈｏｎｅｃｔｒｉａ、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｉｎｕｓ、Ｃｏｒｉｏｌｕｓ、Ｄｉｐｌｏｄｉａ、Ｅｎｄｏｔｈｉｓ、Ｆｕｓａｒｉｕｍ、Ｇｉｂｂｅｒｅｌｌａ、Ｇｌｉｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｈｕｍｉｃｏｌａ、Ｈｙｐｏｃｒｅａ、Ｍｙｃｅｌｉｏｐｈｔｈｏｒａ、Ｍｕｃｏｒ、Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ、Ｐｏｄｏｓｐｏｒａ、Ｐｈｌｅｂｉａ、Ｐｉｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｙｒｉｃｕｌａｒｉａ、Ｒｈｉｚｏｍｕｃｏｒ、Ｒｈｉｚｏｐｕｓ、Ｓｃｈｉｚｏｐｈｙｌｌｕｍ、Ｓｃｙｔａｌｉｄｉｕｍ、Ｓｐｏｒｏｔｒｉｃｈｕｍ、Ｔａｌａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｔｈｅｒｍｏａｓｃｕｓ、Ｔｈｉｅｌａｖｉａ、Ｔｒａｍｅｔｅｓ、Ｔｏｌｙｐｏｃｌａｄｉｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ、Ｖｅｒｔｉｃｉｌｌｉｕｍ、および／もしくはＶｏｌｖａｒｉｅｌｌａ、ならびに／またはその有性世代、もしくは無性世代、および異名、バシオニム、もしくは分類学的等価物を含むが、これらに限定されない、任意の適切な属または種のものである。
【０２２８】
本発明の一部の実施形態において、宿主細胞は、Ｃａｎｄｉｄａ、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ、Ｐｉｃｈｉａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ、またはＹａｒｒｏｗｉａ種の細胞を含むが、これらに限定されない、酵母細胞である。本発明の一部の実施形態において、酵母細胞は、Ｈａｎｓｅｎｕｌａ  ｐｏｌｙｍｏｒｐｈａ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃａｒｌｓｂｅｒｇｅｎｓｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｄｉａｓｔａｔｉｃｕｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｎｏｒｂｅｎｓｉｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｋｌｕｙｖｅｒｉ、Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｐｏｍｂｅ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐａｓｔｏｒｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｆｉｎｌａｎｄｉｃａ、Ｐｉｃｈｉａ  ｔｒｅｈａｌｏｐｈｉｌａ、Ｐｉｃｈｉａ  ｋｏｄａｍａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  ｍｅｍｂｒａｎａｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｏｐｕｎｔｉａｅ、Ｐｉｃｈｉａ  ｔｈｅｒｍｏｔｏｌｅｒａｎｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｓａｌｉｃｔａｒｉａ、Ｐｉｃｈｉａ  ｑｕｅｒｃｕｕｍ、Ｐｉｃｈｉａ  ｐｉｊｐｅｒｉ、Ｐｉｃｈｉａ  ｓｔｉｐｉｔｉｓ、Ｐｉｃｈｉａ  ｍｅｔｈａｎｏｌｉｃａ、Ｐｉｃｈｉａ  ａｎｇｕｓｔａ、Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ  ｌａｃｔｉｓ、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓ、またはＹａｒｒｏｗｉａ  ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａである。
【０２２９】
本発明の一部の実施形態において、宿主細胞は、Ｃｈｌａｍｙｄｏｍｏｎａｓ（例えば、Ｃ．  ｒｅｉｎｈａｒｄｔｉｉ）およびＰｈｏｒｍｉｄｉｕｍ（例えば、Ｐｈｏｒｍｉｄｉｕｍ  ｓｐ．  ＡＴＣＣ２９４０９）のような藻類細胞である。
【０２３０】
一部の他の実施形態において、宿主細胞は、原核細胞である。適切な原核細胞は、これらに限定されないが、グラム陽性、グラム陰性、およびグラム不定細菌細胞を含む。Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｌｉｃｙｃｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ａｎａｂａｅｎａ、Ａｎａｃｙｓｔｉｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｃｉｄｏｔｈｅｒｍｕｓ、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ、Ａｚｏｂａｃｔｅｒ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ、Ｂｕｃｈｎｅｒａ、Ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓ、Ｃａｍｐｌｙｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｈｒｏｍａｔｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｉｌｙｏｂａｃｔｅｒ、Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｓｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｐｒｏｃｈｌｏｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｈｏｄｏｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌｕｍ、Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｃｅｎｅｄｅｓｍｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｙｎｅｃｏｃｃｕｓ、Ｓａｃｃｈａｒｏｍｏｎｏｓｐｏｒａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｔｒｏｐｈｅｒｙｍａ、Ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｔｅｍｅｃｕｌａ、Ｔｈｅｒｍｏｓｙｎｅｃｈｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔｈｅｒｍｏｃｏｃｃｕｓ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ、Ｘｙｌｅｌｌａ、ＹｅｒｓｉｎｉａおよびＺｙｍｏｍｏｎａｓを含むが、これらに限定されない、任意の適切な細菌生物が、本発明において使用される。一部の実施形態において、宿主細胞は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ａｚｏｂａｃｔｅｒ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｕｃｈｎｅｒａ、Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｒｗｉｎｉａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ、またはＺｙｍｏｍｏｎａｓの種である。一部の実施形態において、細菌宿主株は、ヒトにとって非病原性である。一部の実施形態において、細菌宿主株は、産業株である。多数の細菌の産業株が公知であり、本発明において適切である。本発明の一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ａ．ｒａｄｉｏｂａｃｔｅｒ、Ａ．ｒｈｉｚｏｇｅｎｅｓ、およびＡ．ｒｕｂｉ）である。本発明の一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ａｒｔｈｒｏｂａｃｔｅｒ種（例えば、Ａ．ａｕｒｅｓｃｅｎｓ、Ａ．ｃｉｔｒｅｕｓ、Ａ．ｇｌｏｂｉｆｏｒｍｉｓ、Ａ．ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｇｌｕｔａｍｉｃｕｓ、Ａ．ｍｙｓｏｒｅｎｓ、Ａ．ｎｉｃｏｔｉａｎａｅ、Ａ．ｐａｒａｆｆｉｎｅｕｓ、Ａ．ｐｒｏｔｏｐｈｏｎｎｉａｅ、Ａ．ｒｏｓｅｏｐａｒｑｆｆｉｎｕｓ、Ａ．ｓｕｌｆｕｒｅｕｓ、およびＡ．ｕｒｅａｆａｃｉｅｎｓ）である。本発明の一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｂａｃｉｌｌｕｓ種（例えば、Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｅｎｓｉｓ、Ｂ．ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂ．ｌｅｎｔｕｓ、Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ、Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ、Ｂ．ｌａｕｔｕｓ、Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ、Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ、Ｂ．ａｌｋａｏｐｈｉｕｓ、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂ．ｃｌａｕｓｉｉ、Ｂ．ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂ．ｈａｌｏｄｕｒａｎｓ、およびＢ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）である。一部の実施形態において、宿主細胞は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ、Ｂ．ｃｌａｕｓｉｉ、Ｂ．ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、またはＢ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓを含むが、これらに限定されない、産業上のＢａｃｉｌｌｕｓ株である。一部の実施形態において、Ｂａｃｉｌｌｕｓ宿主細胞は、Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ、Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ、Ｂ．ｓｔｅａｒｏｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ、および／またはＢ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓである。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種（例えば、Ｃ．ａｃｅｔｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃ．ｔｅｔａｎｉＥ８８、Ｃ．ｌｉｔｕｓｅｂｕｒｅｎｓｅ、Ｃ．ｓａｃｃｈａｒｏｂｕｔｙｌｉｃｕｍ、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、およびＣ．Ｂｅｉｊｅｒｉｎｃｋｉｉ）である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ種（例えば、Ｃ．ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍおよびＣ．ａｃｅｔｏａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｍ）である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ種（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）である。一部の実施形態において、宿主細胞は、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｗ３１１０である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｅｒｗｉｎｉａ種（例えば、Ｅ．ｕｒｅｄｏｖｏｒａ、Ｅ．ｃａｒｏｔｏｖｏｒａ、Ｅ．ａｎａｎａｓ、Ｅ．ｈｅｒｂｉｃｏｌａ、Ｅ．ｐｕｎｃｔａｔａ、およびＥ．ｔｅｒｒｅｕｓ）である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｐａｎｔｏｅａ種（例えば、Ｐ．ｃｉｔｒｅａ、およびＰ．ａｇｇｌｏｍｅｒａｎｓ）である。一部の実施形態において、細菌��宿主細胞は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ種（例えば、Ｐ．ｐｕｔｉｄａ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐ．ｍｅｖａｌｏｎｉｉ、およびＰ．ｓｐ．Ｄ−０ｌ  １０）である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ種（例えば、Ｓ．ｅｑｕｉｓｉｍｉｌｅｓ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、およびＳ．ｕｂｅｒｉｓ）である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ種（例えば、Ｓ．ａｍｂｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓ．ａｃｈｒｏｍｏｇｅｎｅｓ、Ｓ．ａｖｅｒｍｉｔｉｌｉｓ、Ｓ．ｃｏｅｌｉｃｏｌｏｒ、Ｓ．ａｕｒｅｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｓ．ｆｕｎｇｉｃｉｄｉｃｕｓ、Ｓ．ｇｒｉｓｅｕｓ、およびＳ．ｌｉｖｉｄａｎｓ）である。一部の実施形態において、細菌の宿主細胞は、Ｚｙｍｏｍｏｎａｓ種（例えば、Ｚ．ｍｏｂｉｌｉｓ、およびＺ．ｌｉｐｏｌｙｔｉｃａ）である。
【０２３１】
本発明において使用される多くの原核生物および真核生物株は、Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）、Ｄｅｕｔｓｃｈｅ  Ｓａｍｍｌｕｎｇ  ｖｏｎ  Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ  ｕｎｄ  Ｚｅｌｌｋｕｌｔｕｒｅｎ  ＧｍｂＨ（ＤＳＭ）、Ｃｅｎｔｒａａｌｂｕｒｅａｕ  Ｖｏｏｒ  Ｓｃｈｉｍｍｅｌｃｕｌｔｕｒｅｓ（ＣＢＳ）、およびＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ  Ｐａｔｅｎｔ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｒｅｇｉｏｎａｌ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＮＲＲＬ）のような多数の培養収集物から公開されて容易に入手可能である。
【０２３２】
一部の実施形態において、宿主細胞を遺伝子修飾して、タンパク質分泌、タンパク質安定性ならびに／またはタンパク質の発現および／もしくは分泌のため望ましい他の特性を改善する特徴を有するようにする。遺伝子修飾は、遺伝子操作技術ならびに／または古典的な微生物学的技術（例えば、化学的もしくはＵＶ変異誘発および続く選択）により達成することができる。実際に、一部の実施形態において、組換え修飾と古典的な選択技術の組み合わせを使用して、宿主細胞を産生する。組換え技法を使用して、宿主細胞内および／または培養培地においてトランスアミナーゼバリアント（複数可）の収量の増大をもたらすように、核酸分子を導入するか、欠失させるか、阻害するか、または修飾することができる。例えば、Ａｌｐ１機能のノックアウトは、プロテアーゼ欠乏である細胞をもたらし、ｐｙｒ５機能のノックアウトは、ピリミジン欠乏表現型を有する細胞をもたらす。１つの遺伝子操作アプローチにおいて、相同組換えを使用して、コードされるタンパク質の発現を抑制するようｉｎ  ｖｉｖｏで遺伝子を特異的に標的化することにより、標的化された遺伝子修飾を誘導する。代替のアプローチにおいて、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスおよび／またはリボザイムテクノロジーは、遺伝子発現の阻害において使用される。タンパク質をコードする遺伝子の全てまたは一部の欠失、遺伝子産物の発現または活性を破壊するための部位特異的変異誘発を含むが、これらに限定されない、細胞におけるタンパク質の発現を低減する様々な方法が、当技術分野において公知である。（例えば、これらの全てが参照により本明細書に組み込まれる、Ｃｈａｖｅｒｏｃｈｅら、Ｎｕｃｌ．  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，  ２８：２２  ｅ９７  ［２０００］；Ｃｈｏら、Ｍｏｌ．  Ｐｌａｎｔ  Ｍｉｃ．  Ｉｎｔｅｒａｃｔ．，  １９：７−１５  ［２００６］；Ｍａｒｕｙａｍａ  ａｎｄ  Ｋｉｔａｍｏｔｏ，  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｌｅｔｔ．，  ３０：１８１１−１８１７  ［２００８］；Ｔａｋａｈａｓｈｉら、Ｍｏｌ．  Ｇｅｎ．  Ｇｅｎｏｍ．，  ２７２：３４４−３５２  ［２００４］；およびＹｏｕら、Ａｒｃｈ．  Ｍｉｃｒｉｏｂｉｏｌ．，  １９１：６１５−６２２  ［２００９］を参照）。ランダム変異誘発、続いて、所望の変異についてのスクリーニングも使用される（例えば、これらの両方が参照により本明細書に組み込まれる、Ｃｏｍｂｉｅｒ  ｅｔ  ａｌ，  ＦＥＭＳ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｌｅｔｔ．，  ２２０：１４１−８  ［２００３］；およびＦｉｒｏｎら、Ｅｕｋａｒｙ．  Ｃｅｌｌ，  ２：２４７−５５  ［２００３］を参照）。
【０２３３】
宿主細胞へのベクターまたはＤＮＡ構築物の導入は、リン酸カルシウムトランスフェクション、ＤＥＡＥ−デキストランにより媒介されるトランスフェクション、ＰＥＧにより媒介される形質転換、エレクトロポレーション、または当技術分野において公知の他の共通の技術を含むが、これらに限定されない、当技術分野において公知の任意の適切な方法を使用して成し遂げることができる。一部の実施形態において、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ発現ベクターｐＣＫ１００９００ｉ（参照により本明細書に組み込まれる、米国特許出願公開第２００６／０１９５９４７号を参照）が使用される。
【０２３４】
一部の実施形態において、本発明の操作された宿主細胞（すなわち、「組換え宿主細胞」）は、プロモーターの活性化、形質転換体の選択、またはトランスアミナーゼポリヌクレオチドの増幅に適切であるとして改変された従来の栄養培地において培養される。温度、ｐＨなどのような、培養条件は、発現について選択された宿主細胞と共に既に使用されたものであり、当業者に周知である。注意される通り、多くの標準的な参考文献およびテキストが、細菌、植物、動物（特に、哺乳動物）、および古細菌起源の細胞を含む、多くの細胞の培養ならびに産生に利用可能である。
【０２３５】
一部の実施形態において、本発明のバリアントトランスアミナーゼポリペプチドを発現する細胞は、バッチまたは連続発酵条件下で成長する。古典的な「バッチ発酵」は、密閉システムであり、培地の組成が、発酵の開始時に設定され、発酵中に人工的な変更の対象にされない。バッチシステムのバリエーションは、本発明においてまた使用される、「流加発酵」である。このバリエーションにおいて、基質は、発酵が進行するにつれ、漸増して加えられる。カタボライト抑制が恐らく、細胞の代謝を阻害するとき、および培地において制限された量の基質を有することが望ましい場合、流加システムは有用である。バッチおよび流加発酵は、一般的であり、当技術分野において周知である。「連続発酵」は、規定の発酵培地が、バイオリアクターに連続して加えられ、等しい量の条件培地が、処理のため同時に除去される、開放システムである。連続発酵は、一般に、細胞が、主に対数期成長にある、一定の高い密度の培養物を維持する。連続発酵システムは、努めて定常状態の成長状態を維持する。連続発酵プロセスのための栄養および増殖因子を調整する方法ならびに生成物形成の速度を最大にする技術は、産業上の微生物学の技術分野において周知である。
【０２３６】
本発明の一部の実施形態において、細胞を含まない転写／翻訳システムは、バリアントトランスアミナーゼ（複数可）の生成において使用される。いくつかのシステムは、市販されており、方法は、当業者に周知である。
【０２３７】
本発明は、バリアントトランスアミナーゼポリペプチドまたはその生物学的に活性な断片を製造する方法を提供する。一部の実施形態において、方法は、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６に対して少なくとも約７０％（または少なくとも約７５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、もしくは少なくとも約９９％）の配列同一性を含む、ならびに本明細書において提供される少なくとも１つの変異を含むアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチドを用いて形質転換された宿主細胞を提供するステップ；形質転換された宿主細胞を、培養培地において、宿主細胞がコードされたバリアントトランスアミナーゼポリペプチドを発現する条件下で、培養するステップ；ならびに必要に応じて、発現したバリアントトランスアミナーゼポリペプチドを回収するステップもしくは単離するステップ、および／または発現したバリアントトランスアミナーゼポリペプチドを含有する培養培地を回収するステップもしくは単離するステップを含む。一部の実施形態において、方法は、必要に応じて、コードされるトランスアミナーゼポリペプチドを発現させた後、形質転換された宿主細胞を溶解するステップ、ならびに必要に応じて、発現されたバリアントトランスアミナーゼポリペプチドを細胞溶解物から回収するステップおよび／または単離するステップをさらに提供する。本発明は、バリアントトランスアミナーゼポリペプチドを用いて形質転換された宿主細胞を、バリアントトランスアミナーゼポリペプチドの生成に適した条件下で培養するステップ、およびバリアントトランスアミナーゼポリペプチドを回収するステップを含む、バリアントトランスアミナーゼポリペプチドを製造する方法をさらに提供する。典型的には、トランスアミナーゼポリペプチドは、宿主細胞培養培地、宿主細胞または両方から、本明細書において記載されるものを含む、当技術分野において周知のタンパク質回収技術を使用して、回収または単離される。一部の実施形態において、宿主細胞は、遠心分離により採取され、物理的または化学的手段により破壊され、得られた粗製抽出物は、さらなる精製のため保持される。タンパク質の発現において利用される微生物細胞は、凍結と融解のサイクル、超音波処理、機械的破壊、および／または細胞溶解剤の使用、ならびに当業者に周知の多くの他の適切な方法を含むが、これらに限定されない、任意の便利な方法により破壊することができる。
【０２３８】
宿主細胞により生成される操作されたトランスアミナーゼ酵素は、細胞および／または培養培地から、数ある中でも、リゾチーム処置、超音波処理、濾過、塩析、超遠心分離、およびクロマトグラフィーを含む、タンパク質精製のため当技術分野において公知の技術のいずれか１つまたは複数を使用して回収することができる。Ｅ．  ｃｏｌｉのような、細菌からのタンパク質の溶解および高い効率の抽出に適切な溶液は、商標名ＣｅｌＬｙｔｉｃ  Ｂ（商標）（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ）の下市販されている。したがって、一部の実施形態において、得られたポリペプチドは、回収され／単離され、必要に応じて、当技術分野において公知の多数の方法のいずれかにより精製される。例えば、一部の実施形態において、ポリペプチドは、栄養培地から、遠心分離、濾過、抽出、噴霧乾燥、蒸発、クロマトグラフィー（例えば、イオン交換、アフィニティー、疎水性相互作用、等電点電気泳動、およびサイズ除外）、または沈殿を含むが、これらに限定されない、従来の手法により、単離される。一部の実施形態において、タンパク質リフォールディングステップが、成熟タンパク質の配置の完了において、望まれる通り、使用される。加えて、一部の実施形態において、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）が、最終精製ステップにおいて利用される。例えば、一部の実施形態において、当技術分野において公知の方法が、本発明において使用される（例えば、これらの両方が参照により本明細書に組み込まれる、Ｐａｒｒｙら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．  Ｊ．，  ３５３：１１７  ［２００１］；およびＨｏｎｇら、Ａｐｐｌ．  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，  ７３：１３３１  ［２００７］を参照）。実際に、当技術分野において公知の任意の適切な精製方法は、本発明において使用される。
【０２３９】
トランスアミナーゼポリペプチドの単離のためのクロマトグラフ技術は、これらに限定されないが、逆相クロマトグラフィー高速液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、ゲル電気泳動、およびアフィニティークロマトグラフィーを含む。特定の酵素を精製するための条件は、当業者に公知である、正味の荷電、疎水性、親水性、分子量、分子の形などのような因子に、一部依存する。
【０２４０】
一部の実施形態において、改善されたトランスアミナーゼ酵素の単離においてアフィニティー技術が使用される。アフィニティークロマトグラフィー精製のため、トランスアミナーゼポリペプチドに特異的に結合する任意の抗体が使用されてもよい。抗体の産生のため、ウサギ、マウス、ラットなどを含むが、これらに限定されない、様々な宿主動物が、トランスアミナーゼを用いた注射により免疫化されてもよい。トランスアミナーゼポリペプチドは、ＢＳＡのような、適切な担体に、側鎖官能基または側鎖官能基に結合したリンカーにより、結合されてもよい。宿主の種に依存して、フロイント（完全および不完全）、水酸化アルミニウムのようなミネラルゲル、リゾレシチンのような表面活性物質、プルロニックポリオール、ポリアニオン、ペプチド、オイルエマルジョン、キーホールリンペットヘモシアニン、ジニトロフェノール、ならびにＢＣＧ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｃａｌｍｅｔｔｅ  Ｇｕｅｒｉｎ）およびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｒｖｕｍのような潜在的に有用なヒトアジュバントを含むが、これらに限定されない、様々なアジュバントを使用して、免疫応答が増大されてもよい。
【０２４１】
一部の実施形態において、トランスアミナーゼバリアントは、酵素を発現する細胞の形態で、粗製抽出物として、または単離もしくは精製された調製物として、調製され、使用される。一部の実施形態において、トランスアミナーゼバリアントは、粉末形態（例えば、アセトン粉末）で、凍結乾燥物として調製されるか、または酵素溶液として調製される。一部の実施形態において、トランスアミナーゼバリアントは、実質的に純粋な調製物の形態である。
【０２４２】
一部の実施形態において、トランスアミナーゼポリペプチドは、任意の適切な固体基材に結合される。固体基材は、これらに限定されないが、固相、表面、および／または膜を含む。固体支持体は、これらに限定されないが、ポリスチレン、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリフルオロエチレン、ポリエチレンオキシ、およびポリアクリルアミドのような有機ポリマー、ならびにそれらのコポリマーおよびグラフトを含む。固体支持体はまた、無機、例えば、ガラス、シリカ、制御孔質ガラス（ＣＰＧ）、逆相シリカまたは金属、例えば、金もしくは白金であり得る。基材の構成は、ビーズ、球、粒子、顆粒、ゲル、膜または表面の形態であり得る。表面は、平面、実質的に平面、または非平面であり得る。固体支持体は、多孔性または非多孔性であり得、膨張または非膨張特徴を有し得る。固体支持体は、ウェル、くぼみ、または他の容器、器、特色、または場所の形態で構成され得る。複数の支持体は、アレイ上、試薬のロボットデリバリーのためアドレス指定可能な、または検出方法および／もしくは装置により様々な場所で構成され得る。
【０２４３】
一部の実施形態において、免疫学的方法を使用して、トランスアミナーゼバリアントを精製する。１つのアプローチにおいて、従来の方法を使用したバリアントトランスアミナーゼポリペプチドに対して（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／もしくは１５６を含むが、これらに限定されない、本明細書において提供される操作されたトランスアミナーゼバリアントを含むポリペプチド、ならびに／またはその免疫原性断片に対して）生じた抗体が、ビーズに固定され、バリアントトランスアミナーゼが結合される条件下で細胞培養培地と混合され、沈殿される。関連するアプローチにおいて、イムノクロマトグラフィーが使用される。
【０２４４】
一部の実施形態において、バリアントトランスアミナーゼは、非酵素部分を含む融合タンパク質として発現される。一部の実施形態において、バリアントトランスアミナーゼ配列は、精製促進ドメインに融合される。本明細書において使用される場合、用語「精製促進ドメイン」は、それが融合されるポリペプチドの精製を媒介するドメインを指す。適切な精製ドメインは、これらに限定されないが、金属キレートペプチド、固定された金属上での精製を可能にするヒスチジン−トリプトファンモジュール、グルタチオン（例えば、ＧＳＴ）に結合する配列、赤血球凝集素（ＨＡ）タグ（インフルエンザ赤血球凝集素タンパク質からもたらされるエピトープに対応する；例えば、Ｗｉｌｓｏｎら、Ｃｅｌｌ  ３７：７６７  ［１９８４］を参照）、マルトース結合タンパク質配列、ＦＬＡＧＳ伸長／アフィニティー精製システムにおいて利用されるＦＬＡＧエピトープ（例えば、Ｉｍｍｕｎｅｘ  Ｃｏｒｐから入手可能なシステム）などを含む。本明細書において記載される組成物および方法における使用が考慮される１つの発現ベクターは、エンテロキナーゼ切断部位により分けられるポリヒスチジン領域に融合された本発明のポリペプチドを含む融合タンパク質の発現をもたらす。ヒスチジン残基は、ＩＭＩＡＣ（固定された金属イオンアフィニティークロマトグラフィー；例えば、Ｐｏｒａｔｈら、Ｐｒｏｔ．  Ｅｘｐ．  Ｐｕｒｉｆ．，  ３：２６３−２８１  ［１９９２］を参照）上での精製を促進し、一方、エンテロキナーゼ切断部位は、バリアントトランスアミナーゼポリペプチドを融合タンパク質から分ける手段をもたらす。ｐＧＥＸベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ）をまた使用して、グルタチオンＳ−トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）との融合タンパク質として外来ポリペプチドを発現させてもよい。一般に、かかる融合タンパク質は、可溶性であり、リガンド−アガロースビーズ（例えば、ＧＳＴ−融合物の場合におけるグルタチオン−アガロース）への吸着、続いて、遊離リガンドの存在下での溶出により、溶解された細胞から容易に精製することができる。
【０２４５】
操作されたトランスアミナーゼ酵素の使用方法
別の態様において、本明細書において開示される操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、基質化合物（２）またはその構造上の類似体から、化合物（１）の生成物または対応する構造上の類似体への変換のプロセスにおいて使用することができる。
【０２４６】
本明細書において記載され、実施例において説明される通り、本発明は、ｐＨ、温度、緩衝液、溶媒系、基質負荷量、基質化合物立体異性体の混合物、ポリペプチド負荷量、補助因子負荷量、圧力、および反応時間の範囲を含むが、これらに限定されない、本明細書におけるプロセスにおいて使用され得る適切な反応条件の範囲を考慮する。本明細書において記載される操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを使用して、基質化合物から生成物化合物への生体触媒性変換のプロセスを行うためのさらなる適切な反応条件は、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドおよび基質化合物を、濃度、ｐＨ、温度、溶媒条件の実験反応条件下で接触させること、および例えば、本明細書において提供される実施例において記載される方法を使用して、生成物化合物を検出することを含むが、これらに限定されない、日常的な実験により容易に最適化することができる。
【０２４７】
上で記載された通り、本発明のプロセスにおいて使用するためのトランスアミナーゼ活性を有する操作されたポリペプチドは、一般に、配列番号６〜１７２の偶数番号の配列のいずれか１つから選択される参照アミノ酸配列に対して少なくとも８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれより高い同一性を有するアミノ酸配列を含み、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、（ａ）参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）と比較して、１つまたは複数のアミノ酸残基の違いを有するアミノ酸配列を含む。一部の実施形態において、高度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする能力があるポリヌクレオチドは、上で記載されたパーセント同一性、ならびに参照配列（例えば、配列番号２、４、１８、２０、３０、４８、６６、７０、８８、１１０、１１２、１２０、１３８、および／または１５６）と比較して、１つまたは複数の残基の違いを有するトランスアミナーゼポリペプチドをコードする。
【０２４８】
反応混合物における基質化合物は、例えば、所望の量の生成物化合物、酵素活性に対する基質濃度の作用、反応条件下での酵素の安定性、および基質から生成物への変換パーセントを考慮して、変動することができる。方法の一部の実施形態において、適切な反応条件は、少なくとも約０．５〜約２００ｇ／Ｌ、１〜約２００ｇ／Ｌ、５〜約１５０ｇ／Ｌ、約１０〜約１００ｇ／Ｌ、または約５０〜約１００ｇ／Ｌの基質化合物負荷量を含む。一部の実施形態において、適切な反応条件は、少なくとも約０．５ｇ／Ｌ、少なくとも約１ｇ／Ｌ、少なくとも約５ｇ／Ｌ、少なくとも約１０ｇ／Ｌ、少なくとも約１５ｇ／Ｌ、少なくとも約２０ｇ／Ｌ、少なくとも約３０ｇ／Ｌ、少なくとも約５０ｇ／Ｌ、少なくとも約７５ｇ／Ｌ、少なくとも約１００ｇ／Ｌ、少なくとも約１５０ｇ／Ｌもしくは少なくとも約２００ｇ／Ｌ、またはさらにそれより高い基質化合物負荷量を含む。本明細書において提供される基質負荷量についての値は、化合物（２）の分子量に基づくが、等しいモル量の化合物（２）の様々な水和物および塩も、プロセスにおいて使用することができることも考慮される。
【０２４９】
本明細書において記載されるプロセスにおいて、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、アミノドナーを使用して、生成物化合物を形成させる。一部の実施形態において、反応条件におけるアミノドナーは、イソプロピルアミン（本明細書において「ＩＰＭ」とも称する）から選択される化合物または目的の反応のための任意の他の適切なアミノドナーを含む。一部の実施形態において、アミノドナーは、ＩＰＭである。一部の実施形態において、適切な反応条件は、少なくとも約０．１〜約３．０Ｍ、０．２〜約２．５Ｍ、約０．５〜約２Ｍまたは約１〜約２Ｍの濃度で存在する、アミノドナー、特に、ＩＰＭを含む。一部の実施形態において、アミノドナーは、約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、１、１．５、２、２．５または３Ｍの濃度で存在する。
【０２５０】
プロセスに適切な反応条件はまた、典型的には、反応混合物における補助因子の存在を含む。操作されたトランスアミナーゼは、典型的には、ビタミンＢ６ファミリーのメンバーを使用するので、反応条件は、−ピリドキサール−５’−ホスフェート（リン酸ピリドキサール、ＰＬＰ、Ｐ５Ｐとしても公知）、ピリドキシン（ＰＮ）、ピリドキサール（ＰＬ）、ピリドキサミン（ＰＭ）、およびそれらのリン酸化対応物；リン酸ピリドキシン（ＰＮＰ）、およびリン酸ピリドキサミン（ＰＭＰ）から選択される補助因子を含んでもよい。一部の実施形態において、適切な反応条件は、約０．１ｇ／Ｌ〜約１０ｇ／Ｌ、約０．２ｇ／Ｌ〜約５ｇ／Ｌ、約０．５ｇ／Ｌ〜約２．５ｇ／Ｌの濃度で、ＰＬＰ、ＰＮ、ＰＬ、ＰＭ、ＰＮＰ、およびＰＭＰから選択される補助因子の存在を含み得る。一部の実施形態において、補助因子は、ＰＬＰである。したがって、一部の実施形態において、適切な反応条件は、約０．１ｇ／Ｌ〜約１０ｇ／Ｌ、約０．２ｇ／Ｌ〜約５ｇ／Ｌ、約０．５ｇ／Ｌ〜約２．５ｇ／Ｌの濃度で、補助因子、ＰＬＰの存在を含み得る。一部の実施形態において、反応条件は、約１０ｇ／Ｌもしくはそれより低い、約５ｇ／Ｌもしくはそれより低い、約２．５ｇ／Ｌもしくはそれより低い、約１．０ｇ／Ｌもしくはそれより低い、約０．５ｇ／Ｌもしくはそれより低い、または約０．２ｇ／Ｌもしくはそれより低いＰＬＰ濃度を含む。
【０２５１】
プロセスの一部の実施形態（例えば、細胞全体または溶解物が使用される場合）において、補助因子は、細胞抽出物において天然で存在し、添加される必要はない。プロセスの一部の実施形態（例えば、部分的に精製された、または精製されたトランスアミナーゼ酵素を使用する）において、プロセスは、補助因子を酵素反応混合物に加えるステップをさらに含み得る。一部の実施形態において、補助因子は、反応の開始時に加えられ、および／または追加の補助因子は、反応中に加えられる。
【０２５２】
アミノ基転移反応の経過中に、反応混合物のｐＨは、変化してもよい。反応混合物のｐＨは、所望のｐＨにおいてまたは所望のｐＨ範囲内で維持されてもよい。これは、反応の経過前および／もしくは経過中、酸または塩基を加えることにより、なされてもよい。あるいは、ｐＨは、緩衝液を使用することにより、調節されてもよい。したがって、一部の実施形態において、反応条件は、緩衝液を含む。所望のｐＨ範囲を維持するのに適切な緩衝液は、当技術分野において公知であり、例示および限定でない目的で、ホウ酸緩衝液、炭酸緩衝液、リン酸緩衝液、トリエタノールアミン（ＴＥＡ）緩衝液などを含む。一部の実施形態において、緩衝液は、ＴＥＡである。プロセスの一部の実施形態において、適切な反応条件は、ＴＥＡの緩衝溶液を含み、ＴＥＡ濃度は、約０．０１〜約０．４Ｍ、０．０５〜約０．４Ｍ、０．１〜約０．３Ｍ、または約０．１〜約０．２Ｍである。一部の実施形態において、反応条件は、約０．０１、０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０７、０．１、０．１２、０．１４、０．１６、０．１８、０．２、０．３、または０．４ＭのＴＥＡ濃度を含む。一部の実施形態において、反応条件は、緩衝液が存在しない適切な溶媒として水を含む。
【０２５３】
プロセスの一部の実施形態において、反応条件は、適切なｐＨを含み得る。上で注意される通り、所望のｐＨまたは所望のｐＨ範囲は、酸もしくは塩基、適切な緩衝液、または緩衝化と酸もしくは塩基添加の組み合わせの使用により維持され得る。反応混合物のｐＨは、反応の経過前および／または経過中に調節することができる。一部の実施形態において、適切な反応条件は、溶液ｐＨ約８〜約１２．５、ｐＨ約８〜約１２、ｐＨ約９．０〜約１１．５、またはｐＨ約９．５〜約１１．０を含む。一部の実施形態において、反応条件は、約８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２または１２．５の溶液ｐＨを含む。
【０２５４】
本明細書におけるプロセスの一部の実施形態において、適切な温度が、例えば、より高い温度での反応速度における増大、反応の十分な持続時間の酵素の活性、および以下でさらに記載されるものを考慮して、反応条件のため使用され得る。例えば、本発明の操作されたポリペプチドは、天然に存在するトランスアミナーゼポリペプチドと比べて、増大した安定性を有し、本発明の操作されたポリペプチドが、増大した変換速度および反応のため改善された基質溶解度特徴のためより高い温度にて使用されるのを可能にする。したがって、一部の実施形態において、適切な反応条件は、約１０℃〜約７０℃、約１０℃〜約６５℃、約１５℃〜約６０℃、約２０℃〜約６０℃、約２０℃〜約５５℃、約３０℃〜約５５℃、または約４０℃〜約５０℃の温度を含む。一部の実施形態において、適切な反応条件は、温度約１０℃、１５℃、２０℃、２５℃、３０℃、３５℃、４０℃、４５℃、５０℃、５５℃、６０℃、６５℃、または７０℃を含む。一部の実施形態において、酵素反応中の温度は、反応の経過を通じてある温度にて維持され得る。一部の実施形態において、酵素反応中の温度は、反応の経過中に温度プロファイルにわたり調整され得る。
【０２５５】
プロセスの一部の実施形態において、適切な反応条件は、還元型補助因子であるニコチンアミドアデニンジヌクレオチド（ＮＡＤＨ）の存在をさらに含むことができ、トランスアミナーゼ酵素の不活性化を制限するよう作用することができる（例えば、ｖａｎ  Ｏｐｈｅｍら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．，  ３７（９）：２８７９−８８  ［１９９８］を参照）。ＮＡＤＨが存在するかかる実施形態において、グルコース脱水素酵素（ＧＤＨ）およびグルコースまたはギ酸脱水素酵素およびギ酸塩のような、補助因子再生システムを使用して、反応媒体においてＮＡＤＨを再生することができる。
【０２５６】
操作されたトランスアミナーゼを使用するプロセスは、一般に、溶媒において行われる。適切な溶媒は、水、水性緩衝溶液、有機溶媒、および／または共溶媒系を含み、一般に、水性溶媒および有機溶媒を含む。水性溶媒（水または水性共溶媒系）は、ｐＨ緩衝化されるか、または緩衝化されていなくてもよい。一部の実施形態において、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを使用するプロセスは、一般に、有機溶媒（例えば、エタノール、イソプロパノール（ＩＰＡ）、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、酢酸エチル、酢酸ブチル、１−オクタノール、ヘプタン、オクタン、メチルｔ−ブチルエーテル（ＭＴＢＥ）、トルエンなど）、イオン性液体（例えば、１−エチル４−メチルイミダゾリウムテトラフルオロボレート、１−ブチル−３−メチルイミダゾリウムテトラフルオロボレート、１−ブチル−３−メチルイミダゾリウムヘキサフルオロホスフェートなど）を含む水性共溶媒系において行われる。水性共溶媒系の有機溶媒成分は、単一の液相をもたらす、水性成分と混和性であってもよいか、または２つの液相をもたらす、水性成分と部分的な混和性もしくは非混和性であってもよい。例示的な水性共溶媒系は、水および１つまたは複数の有機溶媒を含む。一般に、水性共溶媒系の有機溶媒成分は、それが、トランスアミナーゼ酵素を完全に不活性化しないように、選択される。適切な共溶媒系は、本明細書において記載されるもののような、酵素活性アッセイを利用して、候補溶媒系において目的の規定の基質を用いて特定された操作されたトランスアミナーゼ酵素の酵素活性を測定することにより、容易に同定することができる。プロセスの一部の実施形態において、適切な反応条件は、約１％〜約８０％（ｖ／ｖ）、約１〜約７０％（ｖ／ｖ）、約２％〜約６０％（ｖ／ｖ）、約５％〜約４０％（ｖ／ｖ）、１０％〜約４０％（ｖ／ｖ）、１０％〜約３０％（ｖ／ｖ）、または約１０％〜約２０％（ｖ／ｖ）の濃度でＤＭＳＯを含む水性共溶媒を含む。プロセスの一部の実施形態において、適切な反応条件は、少なくとも約１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、または８０％（ｖ／ｖ）の濃度でＤＭＳＯを含む水性共溶媒を含む。
【０２５７】
適切な反応条件は、基質化合物からその対応する生成物化合物への生体触媒性変換をもたらす反応パラメーターの組み合わせを含み得る。したがって、プロセスの一部の実施形態において、反応パラメーターの組み合わせは、（ａ）約２〜２００ｇ／Ｌ基質化合物（例えば、化合物（２））の基質負荷量；（ｂ）操作されたポリペプチド濃度約０．５ｇ／Ｌ〜５ｇ／Ｌ；（ｃ）ＩＰＭ濃度約０．１〜３Ｍ；（ｄ）ＰＬＰ補助因子濃度約０．１〜１ｇ／Ｌ；（ｅ）ＤＭＳＯ濃度約０％（ｖ／ｖ）〜約６０％（ｖ／ｖ）；（ｆ）ｐＨ約８．５〜１１．５；および（ｇ）温度約４５℃〜６０℃を含む。
【０２５８】
一部の実施形態において、反応パラメーターの組み合わせは、（ａ）約５０ｇ／Ｌの基質化合物（例えば、化合物（２））；（ｂ）約２ｇ／Ｌの操作されたポリペプチド；（ｃ）約１０％（ｖ／ｖ）のジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）；（ｄ）約１Ｍのイソプロピルアミン（ＩＰＭ）；（ｅ）約１ｇ／Ｌのリン酸ピリドキサール（ＰＬＰ）；（ｆ）約ｐＨ９；および（ｇ）約５０℃を含む。
【０２５９】
一部の実施形態において、反応パラメーターの組み合わせは、（ａ）約５０ｇ／Ｌの基質化合物（例えば、化合物（２））；（ｂ）約１ｇ／Ｌの操作されたポリペプチド；（ｃ）約１０％（ｖ／ｖ）のジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）；（ｄ）約１Ｍのイソプロピルアミン（ＩＰＭ）；（ｅ）約１ｇ／Ｌのリン酸ピリドキサール（ＰＬＰ）；（ｆ）約ｐＨ１０；および（ｇ）約５５℃を含む。
【０２６０】
一部の実施形態において、反応パラメーターの組み合わせは、（ａ）約５０ｇ／Ｌの基質化合物（例えば、化合物（２））；（ｂ）約０．５ｇ／Ｌの操作されたポリペプチド；（ｃ）約１０％（ｖ／ｖ）のジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）；（ｄ）約２Ｍのイソプロピルアミン（ＩＰＭ）；（ｅ）約１ｇ／Ｌのリン酸ピリドキサール（ＰＬＰ）；（ｆ）約ｐＨ１０．５；および（ｇ）約５５℃を含む。
【０２６１】
さらに例示的な反応条件は、実施例において提供されるアッセイ条件を含む。本明細書において記載されるアミノ基転移反応の実施において、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、反応混合物に、部分的に精製された、または精製された酵素、酵素をコードする遺伝子（複数可）を用いて形質転換された細胞全体において、ならびに／またはかかる細胞の細胞抽出物および／もしくは溶解物として加えられてもよい。操作されたトランスアミナーゼ酵素をコードする遺伝子（複数可）を用いて形質転換された細胞全体または細胞抽出物、その溶解物、および単離された酵素は、固体（例えば、凍結乾燥、噴霧乾燥など）または半固体（例えば、粗製ペースト）を含む、様々な異なる形態で利用されてもよい。細胞抽出物または細胞溶解物は、凍結乾燥に先立ち、沈殿（例えば、硫酸アンモニウム、ポリエチレンイミン、熱処理など）、続いて、脱塩手法（例えば、限外濾過、透析など）により部分的に精製されてもよい。酵素調製物のいずれかは、例えば、グルタルアルデヒドのような、公知の架橋剤を使用した架橋により安定化されるか、または固相物質（例えば、樹脂、ビーズ、例えば、キトサン、Ｅｕｐｅｒｇｉｔ  Ｃ、ＳＥＰＡＢＥＡＤなど）に固定されてもよい。
【０２６２】
本明細書において記載されるアミノ基転移反応の一部の実施形態において、反応は、本明細書において記載される適切な反応条件下で行われ、操作されたトランスアミナーゼポリペプチドは、固体支持体に固定される。アミノ基転移反応を行うための操作されたトランスアミナーゼポリペプチドを固定するのに有用な固体支持体は、これらに限定されないが、エポキシド官能基を有するポリメタクリレート、アミノエポキシド官能基を有するポリメタクリレート、スチレン／ＤＶＢコポリマーもしくはオクタデシル官能基を有するポリメタクリレートを含むビーズまたは樹脂を含む。例示的な固体支持体は、これらに限定されないが、キトサンビーズ、Ｅｕｐｅｒｇｉｔ  Ｃ、ならびに次の異なるタイプのＳＥＰＡＢＥＡＤ：ＥＣ−ＥＰ、ＥＣ−ＨＦＡ／Ｓ、ＥＸＡ２５２、ＥＸＥ１１９およびＥＸＥ１２０を含む、ＳＥＰＡＢＥＡＤ（Ｍｉｔｓｕｂｉｓｈｉ）を含む。
【０２６３】
操作されたポリペプチドが、分泌されたポリペプチドの形態で発現され得る、一部の実施形態において、分泌されたポリペプチドを含有する培養培地は、本明細書におけるプロセスにおいて使用され得る。
【０２６４】
一部の実施形態において、固体反応物（例えば、酵素、塩など）は、粉末（例えば、凍結乾燥、噴霧乾燥など）、溶液、エマルジョン、懸濁物などを含む、様々な異なる形態で反応に提供されてもよい。反応物は、当業者に公知である方法および装置を使用して、容易に凍結乾燥されるか、または噴霧乾燥され得る。例えば、タンパク質溶液は、小アリコートで−８０℃にて凍結され、次に、予め冷却した凍結乾燥チャンバーに加えられ、続いて、真空適用され得る。
【０２６５】
一部の実施形態において、反応物の添加の順は、重大ではない。反応物は、同じときに、溶媒（例えば、単相溶媒、二相性水性共溶媒系など）に一緒に加えられるか、または代わりに、反応物の一部を、分けて、異なる時点にて一部一緒に加えられてもよい。例えば、補助因子、トランスアミナーゼ、およびトランスアミナーゼ基質が、溶媒にまず加えられてもよい。改善された混合効率のため、水性共溶媒系が使用されるとき、トランスアミナーゼ、および補助因子が、水相にまず加えられ、混合されてもよい。次に、有機相が加えられ、混合され、続いて、トランスアミナーゼ基質が加えられてもよい。あるいは、トランスアミナーゼ基質は、水相への添加に先立ち、有機相において予め混合されてもよい。
【０２６６】
一部の実施形態において、アミノドナーの選択が、水より高い蒸気圧（例えば、揮発性有機カルボニル化合物のような低い沸点の共生成物）を有するカルボニル副生成物を生じる場合、カルボニル副生成物が、反応溶液に非反応性のガスを吹き込むことにより、または真空を適用して反応圧を低下させ、ガス相に存在するカルボニル副生成物を除去することにより、除去され得る。非反応性ガスは、反応成分と反応しない任意のガスである。様々な非反応性ガスは、窒素および希ガス（例えば、不活性ガス）を含む。一部の実施形態において、非反応性ガスは、窒素ガスである。一部の実施形態において、プロセスにおいて使用されるアミノドナーは、イソプロピルアミン（ＩＰＭ）であり、アミノ基のアミノ基アクセプターへの転移の際、カルボニル副生成物アセトンを形成する。アセトンは、窒素ガスを吹き込むか、または真空を反応溶液に適用し、コンデンサーもしくは他の冷却トラップのような、アセトントラップによりアセトンをガス相から除去することにより、除去され得る。あるいは、アセトンは、ケト還元酵素を使用してイソプロパノールへの還元により除去され得る。
【０２６７】
カルボニル副生成物が除去される、プロセスの一部の実施形態において、対応するアミノ基ドナーをアミノ基転移反応中に加えて、アミノ基ドナーを補充し、および／または反応のｐＨを維持することができる。アミノ基ドナーの補充はまた、平衡を生成物の形成に向けてシフトし、これにより、基質から生成物への変換を増大させる。したがって、アミノ基ドナーがＩＰＭであり、アセトン生成物がｉｎ  ｓｉｔｕで除去される、一部の実施形態において、プロセスは、ＩＰＭを反応溶液に加えて、アセトン除去中に失われたアミノ基ドナーを補充し、反応のｐＨを維持するステップ（例えば、約８．５〜約ｐＨ１１．５において）をさらに含み得る。
【０２６８】
一部の実施形態において、本発明のトランスアミナーゼポリペプチドを使用した、アミンアクセプター基質化合物からキラルアミン生成物化合物への生体触媒性変換を含むプロセスが、薬学的に許容される塩もしくは酸の形成、薬学的に許容される製剤、生成物の後処理、抽出、単離、精製、および／または結晶化のステップをさらに含み得、これらのそれぞれが、一連の条件下で行われ得ることも考慮される。
【０２６９】
一部の実施形態において、本明細書において開示される操作されたポリペプチドを使用するプロセスを実行することができ、アミノ基ドナーは、イソプロピルアミン、アラニン、３−アミノ酪酸、またはメチルベンジルアミンから選択される。一部の実施形態において、アミノ基ドナーは、イソプロピルアミンである。
【０２７０】
上で開示されたプロセスにより生成される生体触媒反応混合物からアミノ化生成物化合物もしくは閉環化合物を抽出し、単離し、その塩を形成し、精製し、および／または結晶化する方法、技術ならびにプロトコールは、当業者に公知であり、および／または日常的な実験を通じて利用される。加えて、説明的な方法は、以下の実施例において提供される。
【０２７１】
本発明の様々な特性および実施形態は、次の代表的な実施例において説明され、これは、例示であり、限定ではないとことが意図される。
【実施例】
【０２７２】
本発明の様々な特性および実施形態は、次の代表的な実施例において説明され、これは、例示であり、限定ではないことが意図される。
【０２７３】
以下の実験的な本発明において、次の略語を適用する：ｐｐｍ（百万分率）；Ｍ（モル濃度）；ｍＭ（ミリモル濃度）、ｕＭおよびμＭ（マイクロモル濃度）；ｎＭ（ナノモル濃度）；ｍｏｌ（モル）；ｇｍおよびｇ（グラム）；ｍｇ（ミリグラム）；ｕｇおよびμｇ（マイクログラム）；Ｌおよびｌ（リットル）；ｍｌおよびｍＬ（ミリリットル）；ｃｍ（センチメートル）；ｍｍ（ミリメートル）；ｕｍおよびμｍ（マイクロメートル）；ｓｅｃ（秒）；ｍｉｎ（分）；ｈおよびｈｒ（時間）；Ｕ（ユニット）；ＭＷ（分子量）；ｒｐｍ（毎分回転数）；℃（摂氏度）；ＲＴ（室温）；ＣＤＳ（コード配列）；ＤＮＡ（デオキシリボ核酸）；ＲＮＡ（リボ核酸）；ａａ（アミノ酸）；ＴＢ（テリフィックブロス；１２ｇ／Ｌバクト−トリプトン、２４ｇ／Ｌ酵母抽出物、４ｍＬ／Ｌグリセロール、６５ｍＭリン酸カリウム、ｐＨ７．０、１ｍＭ  ＭｇＳＯ４）；ＬＢ（ルリアブロス）；ＣＡＭ（クロラムフェニコール）；ＰＭＢＳ（硫酸ポリミキシンＢ）；ＩＰＴＧ（イソプロピルチオガラクトシド）；ＡＴＡ（オメガ−トランスアミナーゼ）；ＴＦＡ（トリフルオロ酢酸）；ＴＥｏＡ（トリエタノールアミン）；ボラート（四ホウ酸ナトリウム十水和物）；アセトニトリル（ＭｅＣＮ）；ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）；ＨＰＬＣ（高速液体クロマトグラフィー）；ＦＩＯＰ（正の対照に対する倍数改善（ｆｏｌｄ  ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ  ｏｖｅｒ  ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ｃｏｎｔｒｏｌ））；ＨＴＰ（ハイスループット）；ＭＷＤ（多波長検出器）；ＵＶ（紫外線）；Ｃｏｄｅｘｉｓ（Ｃｏｄｅｘｉｓ，Ｉｎｃ．、Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ、ＣＡ）；Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）；Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ，Ｃｏｒｐ．、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ  ＭＡ）；Ｄｉｆｃｏ（Ｄｉｆｃｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ＢＤ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩ）；Ｄａｉｃｅｌ（Ｄａｉｃｅｌ、Ｗｅｓｔ  Ｃｈｅｓｔｅｒ、ＰＡ）；Ｇｅｎｅｔｉｘ（Ｇｅｎｅｔｉｘ  ＵＳＡ，Ｉｎｃ．、Ｂｅａｖｅｒｔｏｎ、ＯＲ）；Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ，ＬＬＣ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、ＣＡ）；Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃｏｒｐ．の子会社、Ｇｒａｎｄ  Ｉｓｌａｎｄ、ＮＹ）、Ａｇｉｌｅｎｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）；Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃの子会社、Ｗａｌｔｈａｍ、ＭＡ）；（Ｉｎｆｏｒｓ；Ｉｎｆｏｒｓ−ＨＴ、Ｂｏｔｔｍｉｎｇｅｎ／Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）；Ｃｏｒｎｉｎｇ（Ｃｏｒｎｉｎｇ，Ｉｎｃ．、Ｐａｌｏ  Ａｌｔｏ、ＣＡ）；およびＢｉｏ−Ｒａｄ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｈｅｒｃｕｌｅｓ、ＣＡ）；Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ（Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃｓ  Ｃｏｒｐ．、Ｎｅｗｔｏｎ、ＭＡ）；Ｗａｔｅｒｓ（Ｗａｔｅｒｓ  Ｃｏｒｐ．、Ｍｉｌｆｏｒｄ、ＭＡ）。
【０２７４】
（実施例１）
組換えＡＴＡ遺伝子を含有するＥ．  ｃｏｌｉ発現宿主
本発明のバリアント酵素を生成するために使用する開始ＡＴＡ酵素を、Ｃｏｄｅｘ（登録商標）ＡＴＡパネルプレート（Ｃｏｄｅｘｉｓ）において含まれるＶｉｂｒｉｏ  ｆｌｕｖｉａｌｉｓトランスアミナーゼバリアントから得た。このＡＴＡパネルプレートは、野生型ＡＴＡと比較して、改善された特性を有する操作されたＡＴＡポリペプチドの収集物を含む。ＡＴＡをコードする遺伝子を、ｌａｃＩリプレッサーの調節下ｌａｃプロモーターに作動可能に連結させた、発現ベクターｐＣＫ１１０９００にクローニングした（これらの両方が、その全体および全ての目的について参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第７，６２９，１５７号および米国特許出願公開第２０１６／０２４４７８７号を参照）。発現ベクターはまた、Ｐ１５ａ複製起点およびクロラムフェニコール抵抗性遺伝子を含有する。当技術分野において公知の標準的な方法を使用して、得られたプラスミドをＥ．ｃｏｌｉ  Ｗ３１１０に形質転換した。当技術分野において公知の通り、細胞をクロラムフェニコール選択の対象にすることにより、形質転換体を単離した（例えば、これらのそれぞれが、その全体および全ての目的について参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，３８３，３４６号および国際公開第２０１０／１４４１０３号を参照）。
【０２７５】
（実施例２）
ＨＴＰ  ＡＴＡ含有湿潤細胞ペレットの調製
モノクローナルコロニー由来の組換えＡＴＡコード遺伝子を含有するＥ．  ｃｏｌｉ細胞を、１％グルコースおよび３０μｇ／ｍＬクロラムフェニコールを含有するＬＢ１８０μｌ、９６ウェルの浅いウェルのマイクロタイタープレートのウェルに接種した。プレートを、Ｏ２透過性シールを用いて密封し、培養物を、一晩、３０℃、２００ｒｐｍおよび８５％湿度において成長させた。次に、細胞培養物のそれぞれ１０μｌを、ＴＢ３９０ｍＬおよび３０μｇ／ｍＬのＣＡＭを含有する９６ウェルの深いウェルのプレートのウェルに移した。深いウェルプレートを、Ｏ２透過性シールを用いて密封し、ＯＤ６０００．６〜０．８に達するまで、３０℃、２５０ｒｐｍおよび８５％湿度においてインキュベーションした。次に、細胞培養物を、終濃度１ｍＭのＩＰＴＧにより誘導し、一晩、元々使用したのと同じ条件下でインキュベーションした。次に、４０００ｒｐｍにおいて１０分間の遠心分離を使用して、細胞をペレット化した。上清を廃棄し、溶解に先立ち、−８０℃にてペレットを凍結した。
【０２７６】
（実施例３）
ＨＴＰ  ＡＴＡ含有細胞溶解物の調製
まず、５０ｍＭトリエタノールアミン−ＨＣｌ緩衝液、ｐＨ７．５、１ｍｇ／ｍＬのＰＬＰ、１ｍｇ／ｍＬのリゾチーム、および０．５ｍｇ／ｍＬのＰＭＢＳを含有する溶解緩衝液２００μｌを、実施例２において記載した通り生成した、それぞれのウェルにおける細胞ペレットに加えた。ベンチトップシェーカー上で振盪しながら、室温において２時間、細胞を溶解した。次に、プレートを、１５分間、４０００ｒｐｍおよび４℃において遠心分離した。次に、透明な上清を、生体触媒反応において使用して、それらの活性レベルを決定した。
【０２７７】
（実施例４）
振盪フラスコ（ＳＦ）培養物からの凍結乾燥溶解物の調製およびアッセイ
上で記載した通り成長させた、選択したＨＴＰ培養物を、１％グルコースおよび３０μｇ／ｍｌのＣＡＭを含むＬＢ寒天プレート上にプレートし、一晩、３７℃において成長させた。それぞれの培養物由来の単一コロニーを、１％グルコースおよび３０μｇ／ｍｌのＣＡＭを含むＬＢ５０ｍｌに移した。培養物を、１８時間、３０℃、２５０ｒｐｍにおいて成長させて、３０μｇ／ｍｌのＣＡＭを含有するＴＢ２５０ｍｌにおよそ１：２０で、最終ＯＤ６０００．２まで継代培養した。培養物を、およそ３時間、３０℃、２５０ｒｐｍにおいて、ＯＤ６０００．６〜０．８まで成長させ、１ｍＭのＩＰＴＧを用いて誘導した。次に、培養物を、２０時間、３０℃、２５０ｒｐｍにおいて成長させた。培養物を、４０００ｒｐｍ×２０分、遠心分離し、上清を廃棄した。細胞を、１ｇ／ＬのＰＬＰを含む１３ｍｌの５０ｍＭトリエタノールアミン−ＨＣｌ、ｐＨ７．５に再懸濁し、Ｏｎｅ−Ｓｈｏｔ（登録商標）プロセッサーシステム（Ｃｏｎｓｔａｎｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）を３３，０００ｐｓｉにおいて使用して、溶解した。溶解物をペレット化し（１０，０００ｒｐｍ×６０分）、上清を凍結し、凍結乾燥させて、振盪フラスコ（ＳＦ）酵素を得た。
【０２７８】
選択した振盪フラスコＡＴＡバリアントの活性を、バリアントが、アミンドナーとしてイソプロピルアミンを含む化合物（２）を生成物である化合物（１）およびアセトンにアミノ基転移する効率に基づき評価した。振盪フラスコ粉末を使用した反応を、９６ウェルの浅いウェルのマイクロタイタープレートにおいて行った。このアッセイにおいて、２．５〜７５ｇ／Ｌの化合物（２）、０〜５０ｇ／Ｌの振盪フラスコ粉末、２５ｍＭのホウ酸緩衝液、０．５ｇ／ＬのＰＬＰ、および１Ｍのイソプロピルアミンからなる反応溶液０．１ｍＬを、最終ｐＨ９に調整して、調製した。プレートをヒートシールし、４０〜６５℃においてインキュベーションし、６００ＲＰＭにて、Ｉｎｆｏｒｓ  Ｔｈｅｒｍｏｔｒｏｎ（登録商標）シェーカーにおいて、０〜７２時間撹拌した。プレートを取り出し、ＭｅＣＮ中の１０％ギ酸を用いて１：１（１００μＬ／ウェル）でクエンチし、次に、ＭｅＣＮ中の１０％酢酸において１：１０〜１：１００に希釈した。０．２％酢酸および０．１％トリエチルアミンを含むメタノールからなる均一濃度の移動相を使用して、２．５ｍＬ／分の流量で、Ａｓｔｅｃ  Ｃｈｉｒｏｂｉｏｔｉｃ（商標）Ｔカラム（４．６×１００ｍｍ、５μｍの粒子サイズ）を使用したＨＰＬＣにより、試料を解析した。注射容量は、１０μＬであった。合計の実行時間は、１．８分であり；ケトンは０．５４分において、（Ｒ）−ジアステレオマーは１．１分において、（Ｓ）−ジアステレオマーは、１．４分において溶出した（２４５ｎｍにおけるＵＶモニタリング）。
【０２７９】
（実施例５）
化合物（２）のアミノ基転移についてのＣｏｄｅｘ（登録商標）トランスアミナーゼキットの評価
化合物（２）に対する初期活性を有するＡＴＡを見出すために、Ｃｏｄｅｘ（登録商標）トランスアミナーゼキット（Ｃｏｄｅｘｉｓ）由来の酵素を、化合物（２）に対してスクリーニングした。スクリーニングを、本質的に実施例４において記載した通りに行った。反応濃度は、２．５ｇ／Ｌの化合物（２）、５０ｇ／ＬのＡＴＡ、１ＭのＩＰＭ、０．５ｇ／ＬのＰＬＰ、２５ｍＭのホウ酸緩衝液、４０℃において、２２時間であった。ＡＴＡキット由来の唯一の活性なバリアントは、これらの条件下で約５％の変換を生じるＡＴＡ−２１７であった。しかしながら、これは、ほぼ排他的に所望でない（Ｒ）−アミンジアステレオマーを作製する、所望の選択性とは反対のものを有した。
【０２８０】
（実施例６）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号４と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例５において記載した結果に基づき、配列番号４を開始骨格として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。
【０２８１】
ＨＴＰ反応を、１００μＬの２．５ｇ／Ｌの化合物（２）、１ＭのＩＰＭ、０．５ｇ／ＬのＰＬＰ、２５ｍＭのホウ酸緩衝液および５０ｖ／ｖ％のＡＴＡ溶解物、ｐＨ９を含有する９６ウェルの浅いウェルプレートにおいて行った。ＨＴＰプレートをヒートシールし、Ｔｈｅｒｍｏｔｒｏｎ（登録商標）シェーカーにおいて、４０℃、６００ｒｐｍにて、一晩（およそ２１時間）インキュベーションした。次に、反応を、１００μＬ／ウェルＭｅＣＮ中の１０％酢酸を用いてクエンチし、ベンチトップシェーカーを使用して１０分間混合した。次に、プレートを、４０００ｒｐｍにおいて５分間遠心分離し、実施例４において記載した通り、パラメーターを使用した解析のため、ＨＰＬＣに注入した。
【０２８２】
配列番号４と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号４が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表６．１に示す。
【表６−１】
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【表６−２】
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【０２８３】
（実施例７）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号１８と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例６において記載した結果に基づき、配列番号１８を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。実施例６において記載した通り、ＨＴＰ反応を行った。
【０２８４】
配列番号１８と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号１８が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表７．１に示す
【表７−１】
2020523023.tif 000015
【表７−２】
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【０２８５】
（実施例８）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号２０と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例７において記載した結果に基づき、配列番号２０を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。基質化合物（２）の濃度を、１０ｇ／Ｌに増大したことを除き、実施例６において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０２８６】
配列番号２０と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号２０が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表８．１に示す
【表８−１】
2020523023.tif 000017
【表８−２】
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【表８−３】
2020523023.tif 000019
【表８−４】
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【０２８７】
（実施例９）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号３０と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例８において記載した結果に基づき、配列番号３０を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。実施例８において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０２８８】
配列番号３０と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号３０が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表９．１に示す
【表９−１】
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【表９−２】
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【表９−３】
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【０２８９】
（実施例１０）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号６６と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例９において記載した結果に基づき、配列番号６６を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。次の相違点：反応を、５０℃において行ったこと、１：１でクエンチした反応物を、ＨＰＬＣ解析前に、ＭｅＣＮ中の１０％酢酸に１０倍希釈したこと以外は実施例８において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０２９０】
配列番号６６と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号６６が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表１０．１に示す
【表１０】
2020523023.tif 000024
【０２９１】
（実施例１１）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号７０と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１０において記載した結果に基づき、配列番号７０を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。反応混合物に加える前に、ＡＴＡ溶解物を、５０ｍＭのＴＥｏＡ＋１ｇ／ＬのＰＬＰ、ｐＨ７．５中４倍希釈したことを除き、実施例１０において記載される通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０２９２】
配列番号７０と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号７０が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表１１．１に示す。
【表１１−１】
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【表１１−２】
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【表１１−３】
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【０２９３】
（実施例１２）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号４８と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例９において記載した結果に基づき、配列番号４８を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。実施例１１において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０２９４】
配列番号４８と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号４８が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表１２．１に示す
【表１２−１】
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【表１２−２】
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【０２９５】
（実施例１３）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号８８と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１２において記載した結果に基づき、配列番号８８を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。反応混合物に加える前に、ＡＴＡ溶解物を、５０ｍＭのＴＥｏＡ＋１ｇ／ＬのＰＬＰ、ｐＨ７．５中１６倍希釈し、５０℃においてスクリーニングしたことを除き、実施例１２において記載される通りに、ＨＴＰ反応を行った。加えて、変異体をまた、４倍希釈した溶解物を用いて５８℃においてスクリーニングした。
【０２９６】
配列番号８８と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号８８が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。５０℃においてスクリーニングしたバリアントについての結果を、表１３．１において示し、５８℃においてスクリーニングしたバリアントについての結果を、表１３．２において示す。
【表１３−１】
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【表１３−２】
2020523023.tif 000031
【０２９７】
（実施例１４）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号１１０と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１３において記載した結果に基づき、配列番号１１０を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。反応物に加える前に、溶解物を、５０ｍＭのトリエタノールアミン−ＨＣｌ緩衝液ｐＨ７．５＋１ｇ／ＬのＰＬＰ中５０倍希釈したこと、およびライブラリーの一部を、５０℃と５８℃の両方においてスクリーニングしたことを除き、実施例１３において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０２９８】
配列番号１１０と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号１１０が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表１４．１に示す。
【表１４−１】
2020523023.tif 000032
【表１４−２】
2020523023.tif 000033
【表１４−３】
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【０２９９】
（実施例１５）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号１１２と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１４において記載した結果に基づき、配列番号１１２を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。反応物に加える前に、溶解物を、５０ｍＭのトリエタノールアミン−ＨＣｌ緩衝液ｐＨ７．５＋１ｇ／ＬのＰＬＰ中２０倍希釈し、ライブラリーを５８℃においてスクリーニングしたことを除き、実施例１４において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０３００】
配列番号１１２と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号１１２が生成した生成物のピーク面積の合計に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積の合計として計算した。結果を表１５．１に示す。
【表１５−１】
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【表１５−２】
2020523023.tif 000036
【０３０１】
（実施例１６）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号１２０と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１５において記載した結果に基づき、配列番号１２０を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。反応物に加える前に、溶解物を、５０ｍＭのトリエタノールアミン−ＨＣｌ緩衝液ｐＨ７．５＋１ｇ／ＬのＰＬＰ中６０倍希釈したことを除き、実施例１５において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。加えて、反応を、ＭｅＣＮ中の１０％酢酸を用いて１：１でクエンチした後、それらをさらに、０．１％ギ酸を含有するＭｅＣＮ中で５０００倍希釈し、製造元のプロトコールを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ  ＲａｐｉｄＦｉｒｅ３６５ハイスループット質量分析計により解析した。
【０３０２】
配列番号１２０と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号１２０が生成した生成物のピーク面積に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積として計算した。結果を表１６．１に示す。
【表１６】
2020523023.tif 000037
【０３０３】
（実施例１７）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号１３８と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１６において記載した結果に基づき、配列番号１３８を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。反応物に加える前に、溶解物を、５０ｍＭのトリエタノールアミン−ＨＣｌ緩衝液ｐＨ７．５＋１ｇ／ＬのＰＬＰ中１２０倍希釈したことを除き、実施例１６において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０３０４】
配列番号１３８と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号１３８が生成した生成物のピーク面積に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積として計算した。結果を表１７．１に示す。
【表１７−１】
2020523023.tif 000038
【表１７−２】
2020523023.tif 000039
【０３０５】
（実施例１８）
ハイスループットスクリーニングにおける配列番号１５６と比較した化合物（２）のアミノ基転移活性の改善
実施例１７において記載した結果に基づき、配列番号１５６を次の親酵素として選択した。十分に確立した技術（例えば、飽和変異誘発および既に同定した有益な変異の組換え）を使用して、操作した遺伝子のライブラリーを得た。実施例２において記載した通り、それぞれの遺伝子がコードするポリペプチドを、ＨＴＰにおいて生成させ、実施例３に記載した通り、可溶性の溶解物を得た。実施例１７において記載した通りに、ＨＴＰ反応を行った。
【０３０６】
配列番号１５６と比べた活性（ＦＩＯＰ）を、配列番号１５６が生成した生成物のピーク面積に対して、バリアントが生成した生成物のピーク面積として計算した。結果を表１８．１に示す。
【表１８−１】
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【表１８−２】
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【０３０７】
本出願において引用される全ての刊行物、特許、特許出願および他の文書は、それぞれ個々の刊行物、特許、特許出願または他の文書が、全ての目的について参照により組み込まれることが個別に示されたのと同じ程度まで、全ての目的についてそれぞれの全体が、参照により本明細書に組み込まれる。
【０３０８】
様々な具体的な実施形態が説明され、記載されてきたが、様々な変更が、本発明の精神および範囲から逸脱することなくなされ得ることが、認識されるであろう。
【配列表】
2020523023000001.app
【国際調査報告】
2020523023.tif 000042
2020523023.tif 000043
2020523023.tif 000044