(57)【要約】  本発明は、細菌メタゲノム分析を通してアルツハイマー型認知症を診断する方法に関し、より具体的には、正常ヒトおよび被検者由来サンプルを利用して細菌メタゲノム分析を行って、特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析して、アルツハイマー型認知症および軽度認知障害を診断する方法などに関する。環境に存在する細菌から分泌される細胞外小胞は、体内に吸収されて脳組織に浸透してアルツハイマー型認知症のような認知機能に直接的な影響を及ぼす。本発明によって軽度認知障害およびアルツハイマー型認知症発病の危険度をあらかじめ予測することによって、アルツハイマー型認知症の危険群を早期に診断および予測して、適切な管理により発病時期を遅らせたり、発病を予防することができ、発病後にも早期診断することができるので、アルツハイマー型認知症の発病率を低減し、治療効果を高めることができる。【選択図】図６
2020537519.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項２】
前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）、およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ｒｃ４−４、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、ウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）、およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項３】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）およびデフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、ｒｃ４−４、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、およびウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、アルツハイマー型認知症と診断することを特徴とする、請求項２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項４】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、アルツハイマー型認知症と診断することを特徴とする、請求項２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項５】
前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球であることを特徴とする、請求項２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項６】
下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断方法：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項７】
下記の段階を含む、軽度認知障害の診断のための情報提供方法：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項８】
前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項７に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項９】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、およびリゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびパエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、軽度認知障害と診断することを特徴とする、請求項８に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項１０】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、軽度認知障害と診断することを特徴とする、請求項８に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項１１】
前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球であることを特徴とする、請求項８に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項１２】
下記の段階を含む、軽度認知障害の診断方法：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項１３】
下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法：
（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項１４】
前記軽度認知障害患者および被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１３に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１５】
前記段階（ｃ）で、軽度認知障害患者由来サンプルと比較して、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、およびレプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、アルツハイマー型認知症と診断することを特徴とする、請求項１４に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１６】
前記段階（ｃ）で、軽度認知障害患者由来サンプルと比較して、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、およびベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、アルツハイマー型認知症と診断することを特徴とする、請求項１４に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１７】
前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球であることを特徴とする、請求項１４に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１８】
下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断方法：
（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、細菌メタゲノム分析を通してアルツハイマー型認知症を診断する方法に関し、より具体的には、正常ヒトおよび被検者由来サンプルを利用して細菌メタゲノム分析を行って、特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することによって、アルツハイマー型認知症を診断する方法などに関する。
【背景技術】
【０００２】
認知症（ｄｅｍｅｎｔｉａ）は、主な脳機能および記憶力の漸進的な退行をもたらす疾病である。アルツハイマー型認知症は、認知症の最もありふれた形態であり、７５％の型認知症患者がアルツハイマー型認知症である。アルツハイマー型認知症は、６５才以上の１０％、８５才以上の３０〜５０％に達する老人において現れる。
【０００３】
アルツハイマー型認知症の発病原因は、完全に理解されていない状態であるが、病理的機序で神経細胞の外にベータ−アミロイド（ｂ−ａｍｙｌｏｉｄ）プラークの過多沈着および神経細胞内過リン酸化したタウ（ｔａｕ）タンパク質の過多形成などの神経病理症状を伴い、それによる神経可塑性などの神経細胞の機能損傷および神経細胞死などによって漸進的な認知機能障害が現れる退行性神経系疾患と定義される。アルツハイマー型認知症の発病は、遺伝的な原因と環境的原因によるものに大別される。遺伝的な原因の場合としてＡｍｙｌｏｉｄ  ｐｒｅｃｕｒｓｏｒ  ｐｒｏｔｅｉｎ（ＡＰＰ）、ｐｒｅｓｅｎｉｌｉｎ  １（ＰＳ１）、ｐｒｅｓｅｎｉｌｉｎ  ２（ＰＳ２）遺伝子の突然変異の例が知られており、概して早発性型認知症を誘導するが、その頻度は、全体アルツハイマー型認知症の１％前後に過ぎない。Ａｐｏｌｉｐｏｐｒｔｅｉｎ  Ｅ４遺伝子型（ａｌｌｅｌｅ）は、遺伝的危険因子であって、６５才以上の老人において型認知症の発病比率を約１０％〜３５％増加させる遺伝的危険因子である。多くの研究者らは、アルツハイマー型認知症が、遺伝的原因の他に老化、ストレスなどの多様な非遺伝的環境因子から始まる複合的な疾患と認識しているが、まだ非遺伝的、環境的原因によるアルツハイマー型認知症の機序は、まだよく明らかにされていない。遺伝的原因による早発性アルツハイマー型認知症は、２０〜４０代にも現れることがあるが、例外的であり、多くの型認知症は、６５才以上で診断を受ける。
【０００４】
アルツハイマー型認知症は、神経病理的所見を伴う退行性神経系疾患であるにもかかわらず、現在臨床的に適用する診断は、神経精神科的検査、心理テストなどを用いて行われるが、８０〜９０％の診断正確度を示す。また、潜在的な型認知症患者、または型認知症患者らは、この方法による反復診断に対して激しい心理的拒否感を示すなどの短所がある。ｆＭＲＩで脳に沈着されるｂ−ａｍｙｌｏｉｄを映像的に探知してアルツハイマー型認知症を診断することが可能であるが、この方法は、現在研究レベルのみで使用される。また、アルツハイマー型認知症患者および正常ヒトを対象としてｆＭＲＩを使用して脳に沈着されるｂ−ａｍｙｌｏｉｄを映像的に探知する研究によれば、脳にｂ−ａｍｙｌｏｉｄ沈着の映像的所見がある場合のうち実際にアルツハイマー型認知症と判定される比率は、８０％〜８５％程度であり、また、正常ヒトの場合にも、１０％以上はｂ−ａｍｙｌｏｉｄ沈着の映像的所見があると報告された。このような結果を総合してみれば、ｆＭＲＩを使用してｂ−ａｍｙｌｏｉｄを映像的に探知する方法だけでアルツハイマー型認知症を診断することが最善の方法ではないと見られる。全地球的に老人の人口の増加によってアルツハイマー型認知症患者の数が急激に増加しているが、まだアルツハイマー型認知症の主な診断方法が神経精神科的心理テストに依存していて、費用的、技術的な面において健康および医療親和的な新しい診断方法の開発を非常に喫緊に必要としている（韓国登録特許１０−０５９５４９４）。
【０００５】
一方、人体に共生する微生物は、１００兆に達してヒト細胞より１０倍多く、微生物の遺伝子数は、ヒト遺伝子数の１００倍を超えると知られている。微生物叢（ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）は、与えられた居住地に存在する細菌（ｂａｃｔｅｒｉａ）、古細菌（ａｒｃｈａｅａ）、真核生物（ｅｕｋａｒｙａ）を含む微生物群集（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ）を言い、腸内微生物叢は、ヒトの生理現象に重要な役割をし、人体細胞と相互作用を通じてヒトの健康と疾病に大きな影響を及ぼすものと知られている。人体に共生する細菌は、他の細胞への遺伝子、タンパク質、低分子化合物などの情報を交換するために、ナノメートルサイズの小胞（ｖｅｓｉｃｌｅ）を分泌する。粘膜は、２００ナノメートル（ｎｍ）サイズ以上の粒子は通過できない物理的な防御膜を形成して、粘膜に共生する細菌である場合には、粘膜を通過しないが、細菌由来小胞は、サイズが略１００ナノメートルサイズ以下であるので、比較的自由に粘膜を通過して人体に吸収される。
【０００６】
環境ゲノミクスとも呼ばれるメタゲノム学は、環境で採取したサンプルから得られたメタゲノム資料に対する分析学と言える。最近、１６ｓリボソームＲＮＡ（１６ｓ  ｒＲＮＡ）塩基配列を基盤とした方法でヒトの微生物叢の細菌構成をリスト化することが可能になり、１６ｓリボソームＲＮＡの遺伝子である１６ｓ  ｒＤＮＡ塩基配列を次世代塩基配列分析（ｎｅｘｔ  ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ、ＮＧＳ）プラットフォームを利用して分析する。しかしながら、まだアルツハイマー型認知症の発病において、血液または尿などの人体由来物から細菌由来小胞に存在するメタゲノム分析を通して型認知症の原因因子を同定し、型認知症を予測したりあるいは診断する方法については、報告されたことがない。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
本発明者らは、アルツハイマー型認知症の原因因子および発病危険度をあらかじめ診断するために、正常ヒトおよび被検者由来サンプルである血液に存在する細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム分析を行い、その結果、アルツハイマー型認知症の原因因子として作用できる細菌由来細胞外小胞を同定したところ、これに基づいて本発明を完成した。
【０００８】
これより、本発明は、細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を通してアルツハイマー型認知症を診断するための情報提供方法、アルツハイマー型認知症の診断方法、およびアルツハイマー型認知症の発病危険度の予測方法などを提供することを目的とする。
【０００９】
また、本発明は、細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を通して軽度認知障害を診断するための情報提供方法、軽度認知障害の診断方法、および軽度認知障害の発病危険度の予測方法などを提供することを目的とする。
【００１０】
しかしながら、本発明が解決しようとする技術的課題は、以上で言及した課題に制限されず、言及されてない他の課題は、下記の記載から当業者に明確に理解され得る。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
前記のような本発明の目的を達成するために、本発明は、下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法を提供する。
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１２】
また、本発明は、下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断方法を提供する：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１３】
また、本発明は、下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００１４】
本発明の具現例において、前記段階（ｃ）でデフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００１５】
本発明の具現例において、前記段階（ｃ）でアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００１６】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）よりなる群から選ばれる目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００１７】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でスフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）、およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００１８】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でスフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ｒｃ４−４、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、ウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）、およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００１９】
本発明の一具現例において、前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）、およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ｒｃ４−４、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、ウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）、およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００２０】
本発明の他の具現例において、前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）およびデフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、ｒｃ４−４、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、およびウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、アルツハイマー型認知症と診断することができる。
【００２１】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、アルツハイマー型認知症と診断することができる。
【００２２】
前記のような本発明の目的を達成するために、本発明は、下記の段階を含む、軽度認知障害の診断のための情報提供方法を提供する。
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００２３】
また、本発明は、下記の段階を含む、軽度認知障害の診断方法を提供する：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００２４】
また、本発明は、下記の段階を含む、軽度認知障害の発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００２５】
本発明の具現例において、前記段階（ｃ）でフソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００２６】
本発明の具現例において、前記段階（ｃ）でベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００２７】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００２８】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００２９】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でクロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００３０】
本発明の一具現例において、前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００３１】
本発明の他の具現例において、前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、およびリゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびパエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、軽度認知障害と診断することができる。
【００３２】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、軽度認知障害と診断することができる。
【００３３】
前記のような本発明の目的を達成するために、本発明は、下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法を提供する。
（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００３４】
また、本発明は、下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断方法を提供する：
（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００３５】
また、本発明は、下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の発病危険度の予測方法を提供する：
（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【００３６】
本発明の具現例において、前記段階（ｃ）でフソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００３７】
本発明の具現例において、前記段階（ｃ）でフソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００３８】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でメタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）よりなる群から選ばれる目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００３９】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でマイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００４０】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）でフソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００４１】
本発明の一具現例において、前記軽度認知障害患者および被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することができる。
【００４２】
本発明の他の具現例において、前記段階（ｃ）で、軽度認知障害患者由来サンプルと比較して、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、およびレプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、アルツハイマー型認知症と診断することができる。
【００４３】
本発明のさらに他の具現例において、前記段階（ｃ）で、軽度認知障害患者由来サンプルと比較して、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、およびベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、アルツハイマー型認知症と診断することができる。
【００４４】
本発明のさらに他の具現例において、前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球でありうる。
【発明の効果】
【００４５】
環境に存在する細菌から分泌される細胞外小胞は、体内に吸収されてアルツハイマー型認知症の発生に直接的な影響を及ぼすことができ、アルツハイマー型認知症は、症状が現れる前に早期診断が難しいため、効率的な治療が難しいのが現状である。これより、本発明による人体由来サンプルを利用した細菌由来細胞外小胞のメタゲノム分析を通してアルツハイマー型認知症の原因因子および発病の危険度をあらかじめ診断することによって、アルツハイマー型認知症の危険群を早期に診断および予測可能であり、また、適切な管理により発病時期を遅らせたり、発病を予防することができる。これに加えて、発病後にも早期診断することができるので、アルツハイマー型認知症の発病率を低減し、治療効果を高めることができると共に、アルツハイマー型認知症と診断された患者においてメタゲノム分析を通して原因因子を診断してこれに対する露出を避けることによって、疾病の経過を良くしたり、再発を防止することかできるという長所がある。これに加えて、軽度認知障害も、メタゲノム分析を通して軽度認知障害の危険群を早期に診断して適切な管理により発病時期を遅らせたり、発病を予防することができ、発病後にも早期診断することができるので、軽度認知障害の発病率を低減し、治療効果を高めることができるという長所がある。
【図面の簡単な説明】
【００４６】
【図１ａ】図１ａは、マウスに腸内細菌と細菌由来小胞（ＥＶｓ）を口腔で投与した後、時間別に細菌と小胞の分布様相を撮影した写真であり、図１ｂは、口腔で投与した後１２時間目に、血液および様々な臓器を摘出して、細菌と小胞の体内分布様相を評価した図である。
【図２】図２は、アルツハイマー型認知症患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図３】図３は、アルツハイマー型認知症患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、綱（ｃｌａｓｓ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図４】図４は、アルツハイマー型認知症患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、目（ｏｒｄｅｒ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図５】図５は、アルツハイマー型認知症患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図６】図６は、アルツハイマー型認知症患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、属（ｇｅｎｕｓ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図７】図７は、軽度認知障害患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図８】図８は、軽度認知障害患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、綱（ｃｌａｓｓ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図９】図９は、軽度認知障害患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、目（ｏｒｄｅｒ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１０】図１０は、軽度認知障害患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１１】図１１は、軽度認知障害患者および正常ヒト血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、属（ｇｅｎｕｓ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１２】図１２は、軽度認知障害患者およびアルツハイマー型認知症患者の血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１３】図１３は、軽度認知障害患者およびアルツハイマー型認知症患者の血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、綱（ｃｌａｓｓ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１４】図１４は、軽度認知障害患者およびアルツハイマー型認知症患者の血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、目（ｏｒｄｅｒ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１５】図１５は、軽度認知障害患者およびアルツハイマー型認知症患者の血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【図１６】図１６は、軽度認知障害患者およびアルツハイマー型認知症患者の血液から細菌由来小胞を分離した後、メタゲノム分析を行って、属（ｇｅｎｕｓ）レベルで診断的性能が有意な細菌由来小胞（ＥＶｓ）の分布を示した結果である。
【発明を実施するための形態】
【００４７】
［発明を実施するための最良の形態］
本発明は、細菌メタゲノム分析を通してアルツハイマー型認知症および軽度認知障害を診断する方法に関し、本発明者らは、正常ヒトおよび被検者由来サンプルを利用して細菌由来細胞外小胞から遺伝子を抽出し、これに対してメタゲノム分析を行い、アルツハイマー型認知症および軽度認知障害の原因因子として作用できる細菌由来細胞外小胞を同定した。
【００４８】
これより、本発明は、（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルに存在する細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲを行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含むアルツハイマー型認知症を診断するための情報提供方法を提供する。
【００４９】
また、本発明は、（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルに存在する細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲを行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含む軽度認知障害を診断するための情報提供方法を提供する。
【００５０】
また、本発明は、（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階を含むアルツハイマー型認知症を診断するための情報提供方法を提供する。
【００５１】
本発明において使用される用語「アルツハイマー型認知症の診断」とは、患者に対してアルツハイマー型認知症が発病する可能性があるか、アルツハイマー型認知症が発病する可能性が相対的に高いか、またはアルツハイマー型認知症がすでに発病したか否かを判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対するアルツハイマー型認知症の発病危険度が高い患者にとって特別かつ適切な管理を通じて発病時期を遅らせたり発病しないようにするのに使用することができる。また、本発明の方法は、アルツハイマー型認知症を早期に診断して、最も適切な治療方式を選択することによって、治療を決定するために臨床的に使用することができる。
【００５２】
本発明において使用される用語「軽度認知障害」とは、正常な老化現象によって認知能力が減退するものであって、同じ年齢帯に比べて認知能力が低下している状態と定義する。型認知症と異なる点は、日常生活が可能であることであり、軽度認知障害の老人の場合、１０％が型認知症に進めると知られていて、軽度認知障害は、型認知症の危険因子と知られている。
【００５３】
本発明において使用される用語「軽度認知障害の診断」とは、患者に対して軽度認知障害が発病する可能性があるか、軽度認知障害が発病する可能性が相対的に高いか、または軽度認知障害がすでに発病したか否かを判別することを意味する。本発明の方法は、任意の特定患者に対する軽度認知障害の発病危険度が高い患者にとって特別かつ適切な管理を通じて発病時期を遅らせたり発病しないようにするのに使用することができる。また、本発明の方法は、軽度認知障害を早期に診断して最も適切な治療方式を選択することによって、治療を決定するために臨床的に使用することができる。
【００５４】
本発明において使用される用語「メタゲノム（ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ）」とは、「群遺伝体」とも言い、土、動物の腸など孤立した地域内のすべてのウイルス、細菌、かびなどを含む遺伝体の総和を意味するものであって、主に培養にならない微生物を分析するために、シーケンス解析装置を使用して一度に多くの微生物を同定することを説明する遺伝体の概念に使用される。特に、メタゲノムは、一種のゲノムまたは遺伝体をいうものではなく、一つの環境単位のすべての種の遺伝体であって、一種の混合遺伝体をいう。これは、オミックス的に生物学が発展する過程で一つの種を定義するとき、機能的に既存の一つの種だけでなく、多様な種が互いに相互作用して完全な種を作るという観点から出た用語である。技術的には、速い塩基配列分析法を利用して、種に関係なく、すべてのＤＮＡ、ＲＮＡを分析して、一つの環境内でのすべての種を同定し、相互作用、代謝作用を糾明する技法の対象である。本発明では、好ましくは血清から分離した細菌由来細胞外小胞を利用してメタゲノム分析を実施した。
【００５５】
本発明において、前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液または尿であり得、前記血液は、好ましくは全血、血清、血しょう、または血液単核球でありうるが、これに制限されるものではない。
【００５６】
本発明の実施例では、前記細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、および属（ｇｅｎｕｓ）レベルでそれぞれ分析して、実際にアルツハイマー型認知症発生の原因として作用できる細菌由来小胞を同定した。
【００５７】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを門レベルで分析した結果、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）門細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
【００５８】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを綱レベルで分析した結果、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）綱細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
【００５９】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目レベルで分析した結果、リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
【００６０】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科レベルで分析した結果、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）、およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
【００６１】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属レベルで分析した結果、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ｒｃ４−４、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、ウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）、およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例４参照）。
【００６２】
本発明のさらに他の実施例では、前記細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、および属（ｇｅｎｕｓ）レベルでそれぞれ分析して、実際に軽度認知障害発生の原因として作用できる細菌由来小胞を同定した。
【００６３】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを門レベルで分析した結果、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）門細菌由来細胞外小胞の含量が軽度認知障害患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例５参照）。
【００６４】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを綱レベルで分析した結果、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）綱細菌由来細胞外小胞の含量が軽度認知障害患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例５参照）。
【００６５】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目レベルで分析した結果、ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目細菌由来細胞外小胞の含量が軽度認知障害患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例５参照）。
【００６６】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科レベルで分析した結果、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）科細菌由来細胞外小胞の含量が軽度認知障害患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例５参照）。
【００６７】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属レベルで分析した結果、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）属細菌由来細胞外小胞の含量が軽度認知障害患者と正常ヒトとの間に有意な差異があった（実施例５参照）。
【００６８】
本発明のさらに他の実施例では、前記細菌由来細胞外小胞に対するメタゲノム分析を実施し、門（ｐｈｙｌｕｍ）、綱（ｃｌａｓｓ）、目（ｏｒｄｅｒ）、科（ｆａｍｉｌｙ）、および属（ｇｅｎｕｓ）レベルでそれぞれ分析して、実際にアルツハイマー型認知症発生の原因として作用できる細菌由来小胞を同定した。
【００６９】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを門レベルで分析した結果、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と軽度認知障害患者との間に有意な差異があった（実施例６参照）。
【００７０】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを綱レベルで分析した結果、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）綱細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と軽度認知障害患者との間に有意な差異があった（実施例６参照）。
【００７１】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを目レベルで分析した結果、メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と軽度認知障害患者との間に有意な差異があった（実施例６参照）。
【００７２】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを科レベルで分析した結果、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と軽度認知障害患者との間に有意な差異があった（実施例６参照）。
【００７３】
より具体的に、本発明の一実施例では、被検者由来血液サンプルに存在する小胞に対して細菌メタゲノムを属レベルで分析した結果、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）属細菌由来細胞外小胞の含量がアルツハイマー型認知症患者と軽度認知障害患者との間に有意な差異があった（実施例６参照）。
【００７４】
前記実施例の結果を通じて前記同定された細菌由来細胞外小胞の分布変数がアルツハイマー型認知症または軽度認知障害の発生の予測に有用に利用され得ることを確認した。
【実施例】
【００７５】
以下、本発明の理解を助けるために好ましい実施例を提示する。しかしながら、下記の実施例は、本発明をより容易に理解するために提供されるものに過ぎず、下記実施例によって本発明の内容が限定されるものではない。
【００７６】
［実施例１．腸内細菌および細菌由来小胞の体内吸収、分布、および排泄様相の分析］
腸内細菌と細菌由来小胞が胃腸管を介して全身的に吸収されるかを評価するために、次のような方法で実験を行った。マウスの胃腸に、蛍光で標識した腸内細菌と腸内細菌由来小胞をそれぞれ５０μｇの用量で胃腸管へ投与し、０分、５分、３時間、６時間、１２時間後に蛍光を測定した。マウス全体イメージを観察した結果、図１ａに示されたように、前記細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）である場合には、全身的に吸収されないが、細菌由来小胞（ＥＶ）である場合には、投与後５分に全身的に吸収され、投与３時間後には、膀胱に蛍光が濃く観察されて、小胞が泌尿器系に排泄されることが分かった。また、小胞は、投与１２時間まで体内に存在することが分かった。
【００７７】
腸内細菌と腸内細菌由来小胞が全身的に吸収された後、様々な臓器に浸潤された様相を評価するために、蛍光で標識した５０μｇの細菌と細菌由来小胞を前記の方法のように投与した後、１２時間目にマウスから血液（Ｂｌｏｏｄ）、心臓（Ｈｅａｒｔ）、肺（Ｌｕｎｇ）、肝（Ｌｉｖｅｒ）、腎臓（Ｋｉｄｎｅｙ）、脾臓（Ｓｐｌｅｅｎ）、脂肪組織（Ａｄｉｐｏｓｅ  ｔｉｓｓｕｅ）、および筋肉（Ｍｕｓｃｌｅ）を摘出した。前記摘出した組織で蛍光を観察した結果、図１ｂに示されたように、前記腸内細菌（Ｂａｃｔｅｒｉａ）は、各臓器に吸収されていない反面、前記腸内細菌由来細胞外小胞（ＥＶ）は、血液、心臓、肺、肝、腎臓、脾臓、脂肪組織、および筋肉に分布することを確認した。
【００７８】
［実施例２．血液から細胞外小胞の分離およびＤＮＡ抽出］
血液に存在する小胞を分離し、ＤＮＡを抽出するために、まず、１０ｍｌチューブに血液を入れ、遠心分離（３，５００×ｇ、１０ｍｉｎ、４℃）を実施して浮遊物を沈めて上澄み液だけを回収した後、新しい１０ｍｌチューブに移した。０．２２μｍフィルターを使用して前記回収した上澄み液から細菌および異物を除去した後、セントリプレップチューブ（Ｃｅｎｔｒｉｐｒｅｐ  ｃｅｎｔｒｉｆｕｇａｌ  ｆｉｌｔｅｒｓ   ５０ｋＤ）に移し、１，５００×ｇ、４℃で１５分間遠心分離して、５０ｋＤより小さい物質は捨て、１０ｍｌまで濃縮した。再び０．２２μｍフィルターを使用してバクテリアおよび異物を除去した後、Ｔｙｐｅ  ９０ｔｉローターで１５０，０００×ｇ、４℃で３時間の間超高速遠心分離方法を使用して上澄み液を捨て、固まったペレット（ｐｅｌｌｅｔ）を生理食塩水（ＰＢＳ）で溶かして小胞を得た。
【００７９】
前記方法により血液から分離した小胞１００μｌを１００℃で煮沸して、内部のＤＮＡを脂質外に放出させた後、氷に５分間冷ました。次に、残った浮遊物を除去するために、１０，０００×ｇ、４℃で３０分間遠心分離し、上澄み液だけを集めた後、Ｎａｎｏｄｒｏｐを利用してＤＮＡ量を定量した。以後、前記抽出されたＤＮＡに細菌由来ＤＮＡが存在するかを確認するために、下記表１に示した１６ｓ  ｒＤＮＡ  ｐｒｉｍｅｒでＰＣＲを行って、前記抽出された遺伝子に細菌由来遺伝子が存在することを確認した。
【００８０】
【表１】
2020537519.tif 000003
【００８１】
［実施例３．血液から抽出したＤＮＡを利用したメタゲノム分析］
前記実施例２の方法で遺伝子を抽出した後、前記表１に示した１６Ｓ  ｒＤＮＡプライマーを使用してＰＣＲを実施して遺伝子を増幅し、シーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ）を行った。結果をＳｔａｎｄａｒｄ  Ｆｌｏｗｇｒａｍ  Ｆｏｒｍａｔ（ＳＦＦ）ファイルで出力し、ＧＳ  ＦＬＸ  ｓｏｆｔｗａｒｅ（ｖ２．９）を利用してＳＦＦファイルをｓｅｑｕｅｎｃｅファイル（．ｆａｓｔａ）とｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  ｑｕａｌｉｔｙ  ｓｃｏｒｅファイルに変換した後、リードの信用度評価を確認し、ｗｉｎｄｏｗ（２０ｂｐｓ）平均ｂａｓｅ  ｃａｌｌ  ａｃｃｕｒａｃｙが９９％未満（Ｐｈｒｅｄ  ｓｃｏｒｅ＜２０）である部分を除去した。質が低い部分を除去した後、リードの長さが３００ｂｐｓ以上であるものだけ利用し（Ｓｉｃｋｌｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  １．３３）、結果分析のために、Ｏｐｅｒａｔｉｏｎａｌ  Ｔａｘｏｎｏｍｙ  Ｕｎｉｔ（ＯＴＵ）は、ＵＣＬＵＳＴとＵＳＥＡＲＣＨを利用してシークエンス類似度によりクラスタリングを行った。具体的に、属（ｇｅｎｕｓ）は９４％、科（ｆａｍｉｌｙ）は９０％、目（ｏｒｄｅｒ）は８５％、綱（ｃｌａｓｓ）は８０％、門（ｐｈｙｌｕｍ）は７５％シークエンス類似度を基準としてクラスタリングを行い、各ＯＴＵの門、綱、目、科、属レベルの分類を行い、ＢＬＡＳＴＮとＧｒｅｅｎＧｅｎｅｓの１６Ｓ  ＤＮＡシークエンスデータベース（１０８，４５３シークエンス）を利用して９７％以上のシークエンス類似度を有するバクテリアを分析した（ＱＩＩＭＥ）。
【００８２】
［実施例４．正常ヒトとアルツハイマー型認知症患者の血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム分析ベースのアルツハイマー型認知症の診断モデル］
前記実施例３の方法で、アルツハイマー型認知症患者６７人と年齢と性別をマッチングした正常ヒト７０人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシーケンシングを行った。診断モデルの開発は、まず、ｔ−検定で二つの群間のｐ値が０．０５以下であり、二つの群間に２倍以上違いが生じる菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、敏感度、および特異度を算出した。
【００８３】
血液内細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで分析した結果、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）門細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表２および図２参照）。
【００８４】
【表２】
2020537519.tif 000004
【００８５】
血液内細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）レベルで分析した結果、アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）綱細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表３および図３参照）。
【００８６】
【表３】
2020537519.tif 000005
【００８７】
血液内細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）レベルで分析した結果、リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表４および図４参照）。
【００８８】
【表４】
2020537519.tif 000006
【００８９】
血液内細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで分析した結果、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）、およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表５および図５参照）。
【００９０】
【表５】
2020537519.tif 000007
【００９１】
血液内細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）レベルで分析した結果、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ｒｃ４−４、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、ウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）、およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）属細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表６および図６参照）。
【００９２】
【表６】
2020537519.tif 000008
【００９３】
［実施例５．正常ヒトと軽度認知障害患者の血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム分析ベースの軽度認知障害の診断モデル］
前記実施例３の方法で、軽度認知障害患者６５人と年齢と性別をマッチングした正常ヒト７０人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシーケンシングを行った。診断モデルの開発は、まず、ｔ−検定で二つの群間のｐ値が０．０５以下であり、二つの群間に２倍以上違いが生じる菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、敏感度、および特異度を算出した。
【００９４】
血液内細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで分析した結果、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）門細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、軽度認知障害に対する診断的性能が有意に現れた（表７および図７参照）。
【００９５】
【表７】
2020537519.tif 000009
【００９６】
血液内細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）レベルで分析した結果、ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）綱細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、軽度認知障害に対する診断的性能が有意に現れた（表８および図８参照）。
【００９７】
【表８】
2020537519.tif 000010
【００９８】
血液内細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）レベルで分析した結果、ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、軽度認知障害に対する診断的性能が有意に現れた（表９および図９参照）。
【００９９】
【表９】
2020537519.tif 000011
【０１００】
血液内細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで分析した結果、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）科細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、軽度認知障害に対する診断的性能が有意に現れた（表１０および図１０参照）。
【０１０１】
【表１０】
2020537519.tif 000012
【０１０２】
血液内細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）レベルで分析した結果、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）属細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、軽度認知障害に対する診断的性能が有意に現れた（表１１および図１１参照）。
【０１０３】
【表１１】
2020537519.tif 000013
【０１０４】
［実施例６．軽度認知障害患者とアルツハイマー型認知症患者の血液から分離した細菌由来小胞メタゲノム分析ベースのアルツハイマー型認知症の診断モデル］
前記実施例３の方法で、アルツハイマー型認知症患者６７人と年齢と性別をマッチングした軽度認知障害患者６５人の血液から小胞を分離した後、メタゲノムシーケンシングを行った。診断モデルの開発は、まず、ｔ−検定で二つの群間のｐ値が０．０５以下であり、二つの群間に２倍以上違いが生じる菌株を選定した後、ｌｏｇｉｓｔｉｃ  ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ方法で診断的性能指標であるＡＵＣ（ａｒｅａ  ｕｎｄｅｒ  ｃｕｒｖｅ）、敏感度、および特異度を算出した。
【０１０５】
血液内細菌由来小胞を門（ｐｈｙｌｕｍ）レベルで分析した結果、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）門細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表１２および図１２参照）。
【０１０６】
【表１２】
2020537519.tif 000014
【０１０７】
血液内細菌由来小胞を綱（ｃｌａｓｓ）レベルで分析した結果、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）綱細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表１３および図１３参照）。
【０１０８】
【表１３】
2020537519.tif 000015
【０１０９】
血液内細菌由来小胞を目（ｏｒｄｅｒ）レベルで分析した結果、メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表１４および図１４参照）。
【０１１０】
【表１４】
2020537519.tif 000016
【０１１１】
血液内細菌由来小胞を科（ｆａｍｉｌｙ）レベルで分析した結果、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）科細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、アルツハイマー型認知症に対する診断的性能が有意に現れた（表１５および図１５参照）。
【０１１２】
【表１５】
2020537519.tif 000017
【０１１３】
血液内細菌由来小胞を属（ｇｅｎｕｓ）レベルで分析した結果、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）属細菌バイオマーカーにて診断モデルを開発したとき、軽度認知障害に対する診断的性能が有意に現れた（表１６および図１６参照）。
【０１１４】
【表１６】
2020537519.tif 000018
【０１１５】
上記に記述した本発明の説明は、例示のためのものであり、本発明の属する技術分野における通常の知識を有する者は、本発明の技術的思想や必須の特徴を変更することなく、他の具体的な形態に容易に変形が可能であることを理解することができる。したがって、以上で記述した実施例は、すべての面において例示的なものであり、限定的でないものと理解しなければならない。
【産業上の利用可能性】
【０１１６】
本発明による細菌メタゲノム分析を通してアルツハイマー型認知症の診断に関する情報を提供する方法は、正常ヒトおよび被検者由来サンプルを利用して細菌メタゲノム分析を行って、特定細菌由来細胞外小胞の含量増減を分析することによって、アルツハイマー型認知症および軽度認知障害の発病危険度を予測し、診断するのに利用することができる。
【図１ａ】
2020537519.tif 000019
【図１ｂ】
2020537519.tif 000020
【図２】
2020537519.tif 000021
【図３】
2020537519.tif 000022
【図４】
2020537519.tif 000023
【図５】
2020537519.tif 000024
【図６】
2020537519.tif 000025
【図７】
2020537519.tif 000026
【図８】
2020537519.tif 000027
【図９】
2020537519.tif 000028
【図１０】
2020537519.tif 000029
【図１１】
2020537519.tif 000030
【図１２】
2020537519.tif 000031
【図１３】
2020537519.tif 000032
【図１４】
2020537519.tif 000033
【図１５】
2020537519.tif 000034
【図１６】
2020537519.tif 000035
【配列表】
2020537519000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和2年6月4日(2020.6.4)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項２】
前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）、およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ｒｃ４−４、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、ウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）、およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項３】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
アルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）およびデフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ペプトコッカセエ（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、パラプレボテラセエ（Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、ゲメルラセエ（Ｇｅｍｅｌｌａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびウィルリアムシアセエ（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、ｒｃ４−４、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、プレボテラ（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、レプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、アドレクルーツィア（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）、およびウィリアムシア（Ｗｉｌｌｉａｍｓｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、アルツハイマー型認知症と判定することを特徴とする、請求項２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項４】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
ＳＲ１、シネルギステス（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）、およびサーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フラボバクテリア（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、およびデイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
リケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、ナイセリアセエ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）、ティシエレルラセエ（Ｔｉｓｓｉｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）およびデイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ロチア（Ｒｏｔｈｉａ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、アナエロコッカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ）、カプノサイトファガ（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）およびデイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、アルツハイマー型認知症と判定することを特徴とする、請求項２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項５】
前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球であることを特徴とする、請求項２〜４のいずれか一項に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項６】
下記の段階を含む、軽度認知障害の診断のための情報提供方法：
（ａ）正常ヒトおよび被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して正常ヒト由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項７】
前記正常ヒトおよび被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、パエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項６に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項８】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、オドリバクテラセエ（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、ロドバクテラセエ（Ｒｈｏｄｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、パエニバシラセエ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）、およびリゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ラクトコッカス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、およびパエニバシラス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、軽度認知障害と判定することを特徴とする、請求項７に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項９】
前記段階（ｃ）で、正常ヒト由来サンプルと比較して、
シアノバクテリア（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）、ＳＲ１、ＴＭ７、サーミ（Ｔｈｅｒｍｉ）、クロロフレクシ（Ｃｈｌｏｒｏｆｌｅｘｉ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
ベータプロテオバクテリア（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）、クロロプラスト（Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ）、ＴＭ７−３、デイノコッキ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｉ）、およびフィンブリイモナジア（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
ストレプトフィタ（Ｓｔｒｅｐｔｏｐｈｙｔａ）、およびリケッチアレス（Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
ウィクセルラセエ（Ｗｅｅｋｓｅｌｌａｃｅａｅ）、キサントモナダセエ（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、ロドサイクルラセエ（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｃｅａｅ）、ノカルディアセエ（Ｎｏｃａｒｄｉａｃｅａｅ）、オキサロバクテラセエ（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、デイノコッカセエ（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、およびフィンブリイモナダセエ（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｄａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
クロアシバクテリウム（Ｃｌｏａｃｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ステノトロホモナス（Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ）、デクロロモナス（Ｄｅｃｈｌｏｒｏｍｏｎａｓ）、ロドコッカス（Ｒｈｏｄｏｃｏｃｃｕｓ）、デイノコッカス（Ｄｅｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、シトロバクター（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ）、およびフィンブリイモナス（Ｆｉｍｂｒｉｉｍｏｎａｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、軽度認知障害と判定することを特徴とする、請求項７に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項１０】
前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球であることを特徴とする、請求項７〜９のいずれか一項に記載の軽度認知障害の診断のための情報提供方法。
【請求項１１】
下記の段階を含む、アルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法：
（ａ）軽度認知障害患者および被検者サンプルから分離した細胞外小胞からＤＮＡを抽出する段階；
（ｂ）前記抽出したＤＮＡに対して配列番号１および配列番号２のプライマーペアを利用してＰＣＲ（ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ｃｈａｉｎ  ｒｅａｃｔｉｏｎ）を行う段階；および
（ｃ）前記ＰＣＲ産物の配列分析を通して軽度認知障害患者由来サンプルと細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較する段階。
【請求項１２】
前記軽度認知障害患者および被検者サンプルは、血液であり、
前記段階（ｃ）で、フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）、デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、レプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、ベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量増減を比較することを特徴とする、請求項１１に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１３】
前記段階（ｃ）で、軽度認知障害患者由来サンプルと比較して、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルマティモナス（Ａｒｍａｔｉｍｏｎａｄｅｔｅｓ）よりなる群から選ばれる１種以上の門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
デフェリバクター（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒｅｓ）、およびアルファプロテオバクテリア（Ａｌｐｈａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
デフェリバクテラセエ（Ｄｅｆｅｒｒｉｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）、スフィンゴモナダセエ（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）、およびレプトトリチアセエ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
スフィンゴモナス（Ｓｐｈｉｎｇｏｍｏｎａｓ）、ムシスピリルム（Ｍｕｃｉｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）、パラコッカス（Ｐａｒａｃｏｃｃｕｓ）、テピディモナス（Ｔｅｐｉｄｉｍｏｎａｓ）、ポルフィロモナス（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、およびレプトトリキア（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が増加している場合、アルツハイマー型認知症と判定することを特徴とする、請求項１２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１４】
前記段階（ｃ）で、軽度認知障害患者由来サンプルと比較して、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ）門（ｐｈｙｌｕｍ）細菌由来細胞外小胞、
フソバクテリア（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）綱（ｃｌａｓｓ）細菌由来細胞外小胞、
メタノバクテリアルレス（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）目（ｏｒｄｅｒ）細菌由来細胞外小胞、
マイクロバクテリアセエ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フソバクテリアセエ（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、アエロコッカセエ（Ａｅｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ビフィドバクテラセエ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、フラボバクテリアセエ（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、リゾビアセエ（Ｒｈｉｚｏｂｉａｃｅａｅ）、およびマイクロコッカセエ（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）よりなる群から選ばれる１種以上の科（ｆａｍｉｌｙ）細菌由来細胞外小胞、または
フソバクテリウム（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、コリンセラ（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ビフィドバクテリウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、フラボバクテリウム（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ブラウティア（Ｂｌａｕｔｉａ）、オドリバクター（Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ）、およびベイロネラ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）よりなる群から選ばれる１種以上の属（ｇｅｎｕｓ）細菌由来細胞外小胞の含量が減少している場合、アルツハイマー型認知症と判定することを特徴とする、請求項１２に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【請求項１５】
前記血液は、全血、血清、血しょう、または血液単核球であることを特徴とする、請求項１２〜１４のいずれか一項に記載のアルツハイマー型認知症の診断のための情報提供方法。
【国際調査報告】
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