(57)【要約】  本発明は、骨髄腫又はＭＧＵＳのような形質細胞疾患を検出する方法、形質細胞疾患が安定性であるか進行性であるかを判定する方法、疾患再発のリスクを判定する方法、及び形質細胞疾患を有する対象による治療に対する反応を判定する方法に関する。
2020528274.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
必要とする対象において形質細胞疾患を検出する方法であって、
前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと；
ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること；
各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること；
前記スコアを第一の所定のカットオフ値と比較すること；及び
レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第一の所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象の形質細胞疾患の存在を特定すること、又は前記スコアが前記第一の所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象に形質細胞疾患が存在しないことを判定すること、前記第一の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で２０であること、
を含む、前記方法。
【請求項２】
前記形質細胞疾患が、意義不明の単クローン性γグロブリン血症（ＭＧＵＳ）又は骨髄腫である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
９０％を超える感度を有する、請求項１から３の何れか一項に記載の方法。
【請求項５】
９０％を超える特異性を有する、請求項１から４の何れか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも３２個のバイオマーカーのうちの少なくとも１個がＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はタンパク質である、請求項１から５の何れか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記バイオマーカーがＲＮＡである場合、前記ＲＮＡが逆転写されてｃＤＮＡが生成され、前記生成されたｃＤＮＡの発現レベルが検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
前記バイオマーカーと標識プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記バイオマーカーの発現レベルが検出される、請求項１から７の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
前記バイオマーカーがタンパク質である場合、前記タンパク質と標識抗体との複合体を形成することにより、前記タンパク質が検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項１０】
前記標識が蛍光標識である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記バイオマーカーがＲＮＡ又はｃＤＮＡである場合、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと標識核酸プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡが検出される、請求項６に記載の方法。
【請求項１２】
前記標識が蛍光標識である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと前記標識核酸プローブ又はプライマーとの前記複合体がハイブリダイゼーション複合体である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記試験サンプルが血液、血清、血漿、又は新生物組織（neoplastic tissue)である、請求項１から１３の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記第一の所定のカットオフ値が、腫瘍性疾患のない対象から得られた複数の参照サンプルに由来する、請求項１から１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
前記参照サンプルが血液、血清、血漿、又は非新生物組織である、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
形質細胞疾患を有すると特定された前記対象を薬物療法で治療することをさらに含む、請求項１から１６の何れか一項に記載の方法。
【請求項１８】
治療を必要とする前記対象が、形質細胞疾患と診断された対象、少なくとも１つの形質細胞疾患の症状を有する対象、又は形質細胞疾患を発症する素因や家族歴を有する対象である、請求項１から１７の何れか一項に記載の方法。
【請求項１９】
対象がヒトである、請求項１から１８の何れか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記アルゴリズムが、ＸＧＢ、ＲＦ、ｇｌｍｎｅｔ、ｃｆｏｒｅｓｔ、ＣＡＲＴ、ｔｒｅｅｂａｇ、ｋｎｎ、ｎｎｅｔ、ＳＶＭ−ｒａｄｉａｌ、ＳＶＭ−ｌｉｎｅａｒ、ＮＢ、ＮＮＥＴ、ｍｌｐ、又はロジスティック回帰モデリングである、請求項１から１９の何れか一項に記載の方法。
【請求項２１】
対象における形質細胞疾患が安定性であるか進行性であるかを判定する方法であって、
前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと；
ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること；
各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること；
前記スコアを第二の所定のカットオフ値と比較すること；及び
レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第二の所定のカットオフ値以上の場合に、前記形質細胞疾患が進行性であることを特定すること、又は前記スコアが前記第二の所定のカットオフ値未満の場合に、前記形質細胞疾患が安定性であることを特定すること、前記第二の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、
を含む、前記方法。
【請求項２２】
前記形質細胞疾患が、意義不明の単クローン性γグロブリン血症（ＭＧＵＳ）又は骨髄腫である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される、請求項２１又は２２に記載の方法。
【請求項２４】
形質細胞疾患を有する対象の疾患再発のリスクを判定する方法であって、
治療後の前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと；
ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること；
各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること；
前記スコアを第三の所定のカットオフ値と比較すること；及び
レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第三の所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象は疾患再発のリスクが高いことを特定すること、又は前記スコアが前記第三の所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象は疾患再発のリスクは低いことを特定すること、前記第三の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、
を含む、前記方法。
【請求項２５】
前記形質細胞疾患が、意義不明の単クローン性γグロブリン血症（ＭＧＵＳ）又は骨髄腫である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される、請求項２４又は２５に記載の方法。
【請求項２７】
形質細胞疾患を有する対象による治療に対する反応を判定する方法であって、
第一の時点で前記対象の第一の試験サンプルから、前記第一の試験サンプルを少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第一の発現レベルを決定すること、前記少なくとも３１個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１を含むこと；
第二の時点で前記対象の第二の試験サンプルから、前記第二の試験サンプルを前記少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第二の発現レベルを決定すること、前記第二の時点は、前記第一の時点後であり、前記対象への前記治療の実施後であること；
前記第一の発現レベルを前記第二の発現レベルと比較すること；及び
レポートを作成すること、前記レポートは、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に低下した場合、前記対象が前記治療に反応性を有することを特定すること、
を含む、前記方法。
【請求項２８】
前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施前である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施後である、請求項２７に記載の方法。
【請求項３０】
前記治療が標的療法を含む、請求項２７から２９の何れか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記標的療法がプロテアソーム阻害剤を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも２５％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している、請求項２７から３１の何れか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年７月２１日に出願された米国仮出願第６２／５３５，４１９号明細書の利益と優先権を主張し、その内容を参照により本明細書に援用される。
【０００２】
配列表の参照による援用
２０１８年７月１６日に作成されたサイズが２７６ＫＢの「ＬＢＩＯ−００２＿００１ＷＯ  Ｓｅｑ  Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」という名前のテキストファイルの内容は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
【０００３】
本発明は、形質細胞疾患の検出に関する。
【背景技術】
【０００４】
多発性骨髄腫は、終末期のＢ細胞系又は形質細胞の不治の血液悪性腫瘍である。このクローン形質細胞悪性腫瘍は、全ての癌症例の約２％、血液悪性腫瘍の約１０％を占める。びまん性Ｂ細胞リンパ腫及び慢性リンパ性白血病に次いで三番目に多いＢ細胞悪性腫瘍である。米国における発生率は、約１／１０万件と推定される。２０１７年には、この疾患による死亡数は１２，５００件を超えた。６５歳以上の患者は、診断された患者の８０％超を占めており、黒人では白人に比べて発生率が２倍に増加している。過去５０年間でこの疾患の発生率が大幅に増加している。さらに、全体の生存率は過去２０年間で中央値が約３．５年から約６年へ改善し、平均５年生存率は約５０％である。これは革新的な治療法及びプロテアソーム阻害剤と免疫調節薬との広範な使用に起因するが、多くの患者は無増悪生存率が低く、全生存率は低い。この事は、腫瘍の不均一性、薬剤耐性、及び骨微小環境内の腫瘍の免疫抑制性を反映している。
【０００５】
多発性骨髄腫は通常、無症候性の前駆段階（意義不明の単クローン性γグロブリン血症：ＭＧＵＳ）及びくすぶり型多発性骨髄腫（ＳＭＭ）から明確な疾患に進行する。多発性骨髄腫（ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｍｙｅｌｏｍａ：ＭＭ）への急速な進行を示すものもあれば、生涯にわたり遅発性疾患となるものもある。疾患の不均一性及びゲノムの複雑さ、特にクローン内の不均一性は、疾患の不均一な進化や「成功した」治療後の進行並びに治療に対する反応を裏付けるものである。
【０００６】
多発性骨髄腫は、顕著な患者間及び患者内の不均一性を示す。これは、高二倍性及び限局性又は染色体（Ｃｈｒ）アームの獲得若しくは増幅（例えば、Ｃｈｒ  １ｑ）又は損失（例えば、Ｃｈｒ  １７ｐ）、及び染色体１４の免疫グロブリン重鎖遺伝子座に関連する転座を含むコピー数の変動に反映される。これらは全て多発性骨髄腫の病因の特徴である。高二倍性及び染色体転座は最も一般的な遺伝的異常であり、両方とも主要な事象と見なされる。疾患の進行に関連する二次的な事象には、例えばＭＹＣ癌遺伝子における転座の活性化が含まれるが、これらは患者のサブセットで発生する。例えば、ＭＹＣ転座は、単独で、又はＣｈｒ  １ｑ増幅と組み合わせて、高二倍体骨髄腫の予後不良サブタイプを特定する。有用ではあるが、同じ患者に対立する結果を予測する２つのマーカーが共存する場合、細胞遺伝学的アプローチは問題になる。それらはまた、適切な治療戦略を示す際の適度の補助にすぎず、予測情報を提供するものではない。
【０００７】
標準的な血液ベースのバイオマーカー、例えば乳酸デヒドロゲナーゼ、アルブミン若しくはβ２ミクログロブリン（予後マーカー）、又は血清遊離軽鎖（ＦＬＣ）アッセイ（疾患モニタリング用）は診断及び管理において重要であるが、腎不全及び他の併存疾患を含む多くの要因や個々の疾患の細胞遺伝学的プロファイルによる影響を受ける。それらは、多発性骨髄腫の生物学的決定要因を測定又は包含しない。
【０００８】
単離された形質細胞から多くの遺伝子発現アッセイが開発された。これらには、骨髄吸引液から形質転換されたＢ細胞を単離するか、血液からＣＤ１３８陽性細胞を捕捉し、トランスクリプトームに基づいたアレイを実施することが含まれていた。これらの研究は、高リスク患者を特定するＭＭ細胞における遺伝子発現プロファイルを特定してきた。ＧＥＰ７０（７０遺伝子、３０％は予後Ｃｈｒ１遺伝子座に位置する）は、予後に関する；ＣＴＮＩは多重遺伝子セントロメア増幅に関連する予後シグネチャーである；ＩＦＭ１５には、細胞周期（予後）の制御に関連する１５の遺伝子が含まれる；ＨＺＤＣ（細胞死に関連する９７遺伝子）ー予後；ＰＩシグネチャー（５０増殖関連遺伝子）ー予後；骨髄腫細胞株に由来するシグネチャー（ＨＭＣＬー２４８遺伝子ー「ハイリスクシグネチャー」）；ＥＭＣ９２は９２遺伝子の予後シグネチャーである；ＣＩＮＧＥＣー染色体不安定性の尺度（１６０遺伝子ー予後）及び早期再発のリスクがある患者を特定可能な１７遺伝子セット。これらのシグネチャーの多くは、同じ遺伝子又は活性化の経路を特定した。それらは全て形質細胞の分離を必要とし、遺伝子発現アレイ研究を実施する必要がある。これらのシグネチャーの予後的有用性は、単独で又は他の予後遺伝子発現シグネチャー又は病期分類システムと組み合わせて、実証されているが、微小残存病変を定義するには不十分であり、予測値を提供するものではない。
【０００９】
癌及び治療反応性の複雑な性質は、標準的な経路、例えばＲＡＳ経路及びＮＦκＢ経路の活性化、並びにその他の機能、例えば免疫療法への反応などを含む一連の「特徴」を備える。例えば、新たに診断された多発性骨髄腫は、ＲＡＳ（４３％）経路及びＮＦκＢ（１７％）経路の変異が優勢である。これらは予後に関するものではないが、治療の標的となる可能性があるため、予測可能性がある。したがって、形質細胞の分離や骨髄吸引液の使用を必要とせずに、予後的及び予測的血液遺伝子シグネチャーを特定することは、この疾患に対する有望な液体生検アプローチである。
【００１０】
最近、このようなアプローチ（ＮＥＴｅｓｔ）が、神経内分泌表現型の腫瘍に対して開発された。この血液ベースの５１の特異的ｍＲＮＡの標的アッセイは、標的細胞の特定の集団の分離を必要としない。全血の遺伝子発現測定値は組織レベルと相関するため、腫瘍、その病態生理、及び安定性から進行までの進化の状態に関する直接的な情報を提供する。これは、診断ツール及び神経内分泌腫瘍の挙動の代理マーカーとして機能する。全遺伝子の発現は予後的である一方、代謝及びＲＡＳ／ＲＡＦ経路に関与する遺伝子のサブセットは、この腫瘍型のペプチド受容体放射線療法に対する反応を予測する。
【００１１】
骨髄腫の場合、疾患再発の診断又は予後診断として機能する全血由来の転写バイオマーカーパネルは存在しない。微小残存病変を判定し、再発するであろう人を特定するために使用できるバイオマーカーは現在不足している。さらに、クローン性の変化の早期検出又は予後不良の分子マーカーの同定が必要である。
【発明の概要】
【００１２】
とりわけ、ＭＧＵＳや骨髄腫などの形質細胞疾患の３２遺伝子発現ツールが本明細書に開示されている。形質細胞疾患の検出に対して高い感度と特異性（＞９５％）とを持ち、微小残存病変を進行性の活動性疾患から区別できる。さらに、治療に反応しなくなった患者を検出できる。患者の臨床状態（新たに診断、安定性／寛解又は再発／不応性）は、全体の精度が９０％を超えて予測できる。
【００１３】
本開示の一態様は、必要とする対象において形質細胞疾患を検出する方法であって、（ａ）前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、（ｄ）前記スコアを第一の所定のカットオフ値と比較すること、及び（ｅ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第一の所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象の形質細胞疾患の存在を特定すること、又は前記スコアが前記第一の所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象に形質細胞疾患が存在しないことを判定すること、前記第一の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で２０であること、を含む、前記方法に関する。
【００１４】
いくつかの実施形態では、前記方法は、形質細胞疾患を有すると特定された前記対象を薬物療法で治療することをさらに含む。
【００１５】
いくつかの実施形態では、前記第一の所定のカットオフ値が、腫瘍性疾患のない対象から得られた複数の参照サンプルに由来する。前記参照サンプルは、血液、血清、血漿、又は非新生物組織であり得る。
【００１６】
本開示の別の態様は、対象における形質細胞疾患が安定性であるか進行性であるかを判定する方法であって、（ａ）前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、（ｄ）前記スコアを第二の所定のカットオフ値と比較すること、及び（ｅ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第二の所定のカットオフ値以上の場合に、前記形質細胞疾患が進行性であることを特定すること、又は前記スコアが前記第二の所定のカットオフ値未満の場合に、前記形質細胞疾患が安定性であることを特定すること、前記第二の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、を含む、前記方法に関する。
【００１７】
本開示の別の態様は、形質細胞疾患を有する対象の疾患再発のリスクを判定する方法であって、（ａ）治療後の前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、（ｄ）前記スコアを第三の所定のカットオフ値と比較すること、及び（ｅ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第三の所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象は疾患再発のリスクが高いことを特定すること、又は前記スコアが前記第三の所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象は疾患再発のリスクは低いことを特定すること、前記第三の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、を含む、前記方法に関する。
【００１８】
本開示のさらに別の態様は、形質細胞疾患を有する対象による治療に対する反応を判定する方法であって、（ａ）第一の時点で前記対象の第一の試験サンプルから、前記第一の試験サンプルを少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第一の発現レベルを決定すること、前記少なくとも３１個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１を含むこと、（ｂ）第二の時点で前記対象の第二の試験サンプルから、前記第二の試験サンプルを前記少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第二の発現レベルを決定すること、前記第二の時点は、前記第一の時点後であり、前記対象への前記治療の実施後であること、（ｃ）前記第一の発現レベルを前記第二の発現レベルと比較すること、及び（ｄ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に低下した場合、前記対象が前記治療に反応性を有することを特定すること、を含む、前記方法に関する。
【００１９】
いくつかの実施形態では、前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施前である。いくつかの実施形態では、前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施後である。いくつかの実施形態では、前記治療が、標的療法（例えば、プロテアソーム阻害剤）を含む。
【００２０】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記形質細胞疾患はＭＧＵＳ又は骨髄腫である。
【００２１】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される。
【００２２】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記方法は、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の特異性、感度、及び／又は精度を有し得る。前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記方法は、９０％を超える感度を有する。前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記方法は、９０％を超える特異性を有する。
【００２３】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記少なくとも３２個のバイオマーカーのうちの少なくとも１個がＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はタンパク質である。前記バイオマーカーがＲＮＡである場合、前記ＲＮＡが逆転写されてｃＤＮＡが生成可能であり、前記生成されたｃＤＮＡの発現レベルが検出される。前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記バイオマーカーと標識プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記バイオマーカーの発現レベルが検出される。前記バイオマーカーがＲＮＡ又はｃＤＮＡである場合、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと標識核酸プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡが検出され得る。前記バイオマーカーがタンパク質である場合、前記タンパク質と標識抗体との複合体を形成することにより、前記タンパク質が検出され得る。前記標識は、蛍光標識であり得る。
【００２４】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記試験サンプルが血液、血清、血漿、又は新生物組織である。いくつかの実施形態では、前記参照サンプルは、血液、血清、血漿、又は非新生物組織である。
【００２５】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、治療を必要とする前記対象が、形質細胞疾患と診断された対象、少なくとも１つの形質細胞疾患の症状を有する対象、又は形質細胞疾患を発症する素因や家族歴を有する対象である。いくつかの実施形態では、前記対象はヒトである。
【００２６】
前記態様の何れかにおけるいくつかの実施形態では、前記アルゴリズムが、ＸＧＢ、ＲＦ、ｇｌｍｎｅｔ、ｃｆｏｒｅｓｔ、ＣＡＲＴ、ｔｒｅｅｂａｇ、ｋｎｎ、ｎｎｅｔ、ＳＶＭ−ｒａｄｉａｌ、ＳＶＭ−ｌｉｎｅａｒ、ＮＢ、ＮＮＥＴ、ｍｌｐ、又はロジスティック回帰モデリングである。
【図面の簡単な説明】
【００２７】
【図１−１】図１は、骨髄腫の正規化された３１個の標的転写物（２６個の遺伝子、５個のスプライスバリアント）マーカーの相互作用的及び機能的解析を示すグラフである。遺伝子転写物は、調節活性の通常のパターンと一致するインタラクトームレベルで有意に機能的に関連付けられていた。２つの転写産物、ＭＣＬ１とＣＯＰＡは、骨髄腫で増幅を示すことが知られている染色体１ｑと関連付けられていた。機能レベルで、同定されたマーカーは、血管新生、アポトーシス、免疫応答性、表現型の定義、タンパク質プロセシング（分泌）、増殖、ＲＮＡプロセシング及び生存を含む一連の生物学的プロセスを捕捉していた。多数の転写産物は、可能性のある薬物標的又は薬物標的有効性のマーカーである遺伝子をコードしていた。
【図１−２】図１は、骨髄腫の正規化された３１個の標的転写物（２６個の遺伝子、５個のスプライスバリアント）マーカーの相互作用的及び機能的解析を示すグラフである。遺伝子転写物は、調節活性の通常のパターンと一致するインタラクトームレベルで有意に機能的に関連付けられていた。２つの転写産物、ＭＣＬ１とＣＯＰＡは、骨髄腫で増幅を示すことが知られている染色体１ｑと関連付けられていた。機能レベルで、同定されたマーカーは、血管新生、アポトーシス、免疫応答性、表現型の定義、タンパク質プロセシング（分泌）、増殖、ＲＮＡプロセシング及び生存を含む一連の生物学的プロセスを捕捉していた。多数の転写産物は、可能性のある薬物標的又は薬物標的有効性のマーカーである遺伝子をコードしていた。
【００２８】
【図２Ａ】図２Ａ及び図２Ｂは、試験セットＩのＭｅｌａｎｏｍＸ（２６個の遺伝子と５個のスプライスバリアントの正規化された発現）の受信者動作曲線解析及び測定基準を示すグラフである。図２Ａは、骨髄腫（ｎ＝５７）と対照（ｎ＝２３）とを区別するための曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９９±０．００５（ｐ＜０．０００１）であることを示すグラフである。図２Ｂは、診断におけるＭｅｌａｎｏｍＸの測定基準として、感度が＞９５％、特異度が１００％、ＰＰＶが１００％、ＮＰＶが８８．５％であることを示すグラフである。試験セットＩの全体的な精度は９６％であった。
【図２Ｂ】図２Ａ及び図２Ｂは、試験セットＩのＭｅｌａｎｏｍＸ（２６個の遺伝子と５個のスプライスバリアントの正規化された発現）の受信者動作曲線解析及び測定基準を示すグラフである。図２Ａは、骨髄腫（ｎ＝５７）と対照（ｎ＝２３）とを区別するための曲線下面積（ＡＵＣ）が０．９９±０．００５（ｐ＜０．０００１）であることを示すグラフである。図２Ｂは、診断におけるＭｅｌａｎｏｍＸの測定基準として、感度が＞９５％、特異度が１００％、ＰＰＶが１００％、ＮＰＶが８８．５％であることを示すグラフである。試験セットＩの全体的な精度は９６％であった。
【００２９】
【図３Ａ】図３Ａ及び図３Ｂは、対照（ｎ＝１５５）に対するＭＧＵＳ（ｎ＝１８）におけるＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図３Ａは、ＭＧＵＳ患者（ｎ＝１８）が対照よりも有意に高い（３９±９％、ｐ＜０．０００１）スコアを示したことを示すグラフである。対照のレベルは１２±８％であった。図３Ｂは、ＭＧＵＳを対照と区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０１であったことを示すグラフである（ｐ＜０．０００１）。
【図３Ｂ】図３Ａ及び図３Ｂは、対照（ｎ＝１５５）に対するＭＧＵＳ（ｎ＝１８）におけるＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図３Ａは、ＭＧＵＳ患者（ｎ＝１８）が対照よりも有意に高い（３９±９％、ｐ＜０．０００１）スコアを示したことを示すグラフである。対照のレベルは１２±８％であった。図３Ｂは、ＭＧＵＳを対照と区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０１であったことを示すグラフである（ｐ＜０．０００１）。
【００３０】
【図４Ａ】図４Ａ及び図４Ｂは、異なる多発性骨髄腫サブグループのＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図４Ａは、新たに診断された患者（ｎ＝５３）が臨床的に安定性である疾患を有する患者（ｎ＝５６、３１±２０）よりも有意に高い（７５±２５、ｐ＜０．０００１）スコアを示したことを示すグラフである。不応性疾患の患者（ｎ＝２６）も高いスコアを示した（９２±１７、ｐ＜０．０００１対安定性疾患）。図４Ｂは、安定性疾患を不応性疾患と区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０３（ｐ＜０．０００１）であったことを示すグラフである。
【図４Ｂ】図４Ａ及び図４Ｂは、異なる多発性骨髄腫サブグループのＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図４Ａは、新たに診断された患者（ｎ＝５３）が臨床的に安定性である疾患を有する患者（ｎ＝５６、３１±２０）よりも有意に高い（７５±２５、ｐ＜０．０００１）スコアを示したことを示すグラフである。不応性疾患の患者（ｎ＝２６）も高いスコアを示した（９２±１７、ｐ＜０．０００１対安定性疾患）。図４Ｂは、安定性疾患を不応性疾患と区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０３（ｐ＜０．０００１）であったことを示すグラフである。
【００３１】
【図５Ａ】図５Ａ〜図５Ｃは、試験セットＩＩのＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図５Ａは、多発性骨髄腫の平均ＭｙｅｌｏｍＸスコア（ｎ＝８１）が対照群（ｎ＝１５５、１２±８）よりも有意に高かった（４７±１４、ｐ＜０．０００１）ことを示すグラフである。図５Ｂは、骨髄腫と対照とを区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０１（ｐ＜０．０００１）であったことを示すグラフである。図５Ｃは、診断におけるＭｅｌａｎｏｍＸの測定基準（カットオフとして２０を使用）として、感度が９７．５％、特異性が９３．６％、ＰＰＶが８８．８％、ＮＰＶが９８．６％であることを示すグラフである。試験セットＩＩの全体的な精度は９４％であった。
【図５Ｂ】図５Ａ〜図５Ｃは、試験セットＩＩのＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図５Ａは、多発性骨髄腫の平均ＭｙｅｌｏｍＸスコア（ｎ＝８１）が対照群（ｎ＝１５５、１２±８）よりも有意に高かった（４７±１４、ｐ＜０．０００１）ことを示すグラフである。図５Ｂは、骨髄腫と対照とを区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０１（ｐ＜０．０００１）であったことを示すグラフである。図５Ｃは、診断におけるＭｅｌａｎｏｍＸの測定基準（カットオフとして２０を使用）として、感度が９７．５％、特異性が９３．６％、ＰＰＶが８８．８％、ＮＰＶが９８．６％であることを示すグラフである。試験セットＩＩの全体的な精度は９４％であった。
【図５Ｃ】図５Ａ〜図５Ｃは、試験セットＩＩのＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフである。図５Ａは、多発性骨髄腫の平均ＭｙｅｌｏｍＸスコア（ｎ＝８１）が対照群（ｎ＝１５５、１２±８）よりも有意に高かった（４７±１４、ｐ＜０．０００１）ことを示すグラフである。図５Ｂは、骨髄腫と対照とを区別するためのＡＵＣが０．９７±０．０１（ｐ＜０．０００１）であったことを示すグラフである。図５Ｃは、診断におけるＭｅｌａｎｏｍＸの測定基準（カットオフとして２０を使用）として、感度が９７．５％、特異性が９３．６％、ＰＰＶが８８．８％、ＮＰＶが９８．６％であることを示すグラフである。試験セットＩＩの全体的な精度は９４％であった。
【００３２】
【図６】図６は、ＭｅｌａｎｏｍＸに対する治療の効果を示すグラフである。治療は、４０人の患者でスコアを５９±１４（治療前）から３５±１２に有意に（ｐ＜０．０００１）減少させた。スコアが高い（＞４０）１０人の患者は、早期の時点（１年以内）で再発した。
【００３３】
【図７】図７は、ＭｅｌａｎｏｍＸに対する３ヶ月のボルテモジブ（ｂｏｒｔｅｍｏｚｉｂ）療法の効果を示すグラフである。治療は、治療に反応した１５人の患者において、スコアを６４±９（治療前）から２３±１２に有意に（ｐ＜０．０００１）低下させた。不応性であった８人の患者は、スコアの上昇を示した（６０±９、ｐ＝ＮＳ対治療前）。
【００３４】
【図８Ａ】図８Ａ及び図８Ｂは、３つの異なる骨髄腫細胞株におけるＭｙｅｌｏｍＸスコアを示す一連のグラフである。図８Ａは、６０（ＭＭ−１Ｒ）〜８６（ＲＰＭＩ−８２２６）の範囲のＭｙｅｌｏｍＸスコアの発現上昇を細胞株が示すことを明らかにするものである。図８Ｂは、骨髄腫やその他の形質細胞疾患を持たない対象から血液にこれらの細胞をスパイクすると、検出可能な遺伝子発現とスコアが得られたことを示している。最小で１細胞／ｍｌの血液を一貫して特定できた。
【図８Ｂ】図８Ａ及び図８Ｂは、３つの異なる骨髄腫細胞株におけるＭｙｅｌｏｍＸスコアを示す一連のグラフである。図８Ａは、６０（ＭＭ−１Ｒ）〜８６（ＲＰＭＩ−８２２６）の範囲のＭｙｅｌｏｍＸスコアの発現上昇を細胞株が示すことを明らかにするものである。図８Ｂは、骨髄腫やその他の形質細胞疾患を持たない対象から血液にこれらの細胞をスパイクすると、検出可能な遺伝子発現とスコアが得られたことを示している。最小で１細胞／ｍｌの血液を一貫して特定できた。
【００３５】
【図９Ａ】図９Ａ及び図９Ｂは、３人の異なる多発性骨髄腫患者からの異なる蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）（ＣＤ１３８＋）したサンプル及び一致した全血サンプルにおけるＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフのセットである。図９Ａは、ＦＡＣＳサンプル及び全血からスコアを特定し、スコアが正で同一であることを明らかにしている。図９Ｂは、一致する血液サンプルと比較したＦＡＣＳサンプルでの遺伝子発現が循環多発性骨髄腫細胞を検出するアッセイと非常に一致していることを示している（相関  〜０．９０）。
【図９Ｂ】図９Ａ及び図９Ｂは、３人の異なる多発性骨髄腫患者からの異なる蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）（ＣＤ１３８＋）したサンプル及び一致した全血サンプルにおけるＭｙｅｌｏｍＸスコアを示すグラフのセットである。図９Ａは、ＦＡＣＳサンプル及び全血からスコアを特定し、スコアが正で同一であることを明らかにしている。図９Ｂは、一致する血液サンプルと比較したＦＡＣＳサンプルでの遺伝子発現が循環多発性骨髄腫細胞を検出するアッセイと非常に一致していることを示している（相関  〜０．９０）。
【発明を実施するための形態】
【００３６】
本発明の詳細は、以下の付随する説明に記載されている。本明細書に記載されるものの類似物又は均等物である方法及び材料を本発明の実施又は試験に使用することができるが、例示的な方法及び材料を本明細で説明する。本発明の他の特徴、目的、及び利点は、本明細書の説明及び特許請求の範囲から明らかであろう。明細書及び添付の特許請求の範囲では、文脈がそうでないことを明確に示さない限り、単数形は複数形も含む。別に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって通常理解されるものと同じ意味を有する。本明細書で引用された全ての特許及び刊行物は、その全体が参照により本明細書に援用されている。
【００３７】
形質細胞疾患（形質細胞障害及び形質細胞増殖性疾患とも称される）は、前悪性又は悪性形質細胞の単クローン又は複数のクローンが骨髄腫タンパク質（すなわち異常なモノクローナル抗体又はその一部）を過剰生産し血流中に分泌する、進行性のより重度の単クローン性γグロブリン血症のスペクトラムである。形質細胞疾患は様々な病期において発生する可能性がある。ＭＧＵＳの病期は、非ＩｇＭ型ＭＧＵＳ、ＩｇＭ型ＭＧＵＳ、軽鎖ＭＧＵＳ、又は腎障害を伴う単クローン性γグロブリン血症（ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  ｇａｍｍｏｐａｔｈｙ  ｏｆ  ｒｅｎａｌ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ：ＭＧＲＳ）である。くすぶり型多発性骨髄腫（ＳＭＭ）の病期は、非ＩｇＭ型ＳＭＭ、くすぶり型ワルデンシュトレームマクログロブリン血症（Ｗａｌｄｅｎｓｔｒｏｍ’ｓ  ｍａｃｒｏｇｌｏｂｕｌｉｎｅｍｉａ）、又は軽鎖ＳＭＭである。悪性の病期は、孤立性形質細胞腫、非分泌性多発性骨髄腫、慢性リンパ性白血病／モノクローナルＢ細胞リンパ球増加症を伴う形質細胞性骨髄腫、ワルデンシュトレームマクログロブリン血症、多発性骨髄腫、軽鎖多発性骨髄腫、又は形質細胞性白血病である。いくつかの実施形態では、形質細胞疾患はＭＧＵＳである。いくつかの実施形態では、形質細胞疾患は骨髄腫である。
【００３８】
多くの臓器は骨髄腫の影響を受ける可能性があるため、骨髄腫の患者では症状と徴候が大きく異なる場合がある。症状として、骨痛、貧血、腎不全、感染症、及び神経症状（例えば、脱力感、精神錯乱、疲労、頭痛、視覚変化、網膜症、神経根痛、腸・膀胱制御の喪失、又は手根管症候群）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００３９】
従来、骨髄腫は血液検査又は尿検査によって診断可能である。骨髄腫細胞は、血液検査で検出できるＭタンパク質及びβ−２ミクログロブリンを産生する。Ｍタンパク質は尿検査でも検出できる。骨髄腫は、骨髄の検査を通じて診断できる。具体的には、骨髄のサンプルを採取し、骨髄腫細胞について前記サンプルを検査する。蛍光ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）などの特殊なテストでは、骨髄腫細胞を分析して染色体異常を把握できる。骨髄腫細胞が分裂する速度を測定するための試験も実施する。画像検査を実施して、多発性骨髄腫に関連する骨の問題を検出することも可能である。試験には、Ｘ線、ＭＲＩ、ＣＴ、又はポジトロン放出断層撮影（ＰＥＴ）が含まれてもよい。
【００４０】
本開示は、とりわけ、活動性疾患の特定、治療反応の評価の提供、再発のリスクの予測、又は標準的な臨床評価及び画像化と併せた微小残存病変の特定に使用可能なＭｙｅｌｏｍＸスコアを提供する。循環形質細胞疾患の転写産物（ＭｙｅｌｏｍＸ）の測定により、形質細胞疾患を特定でき、ＭｙｅｌｏｍＸスコアの低下は、プロテアソーム阻害剤や免疫調節剤などの治療的介入の有効性と相関がある。ＲＮＡの標的遺伝子発現プロファイルは、形質細胞疾患の患者の生物学的サンプル（例えば、末梢血）から分離できる。この発現プロファイルは、アルゴリズムで評価し、出力（予測）に変換できる。
【００４１】
一態様では、本開示の一態様は、必要とする対象において形質細胞疾患を検出する方法であって、（ａ）前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、（ｄ）前記スコアを第一の所定のカットオフ値と比較すること、及び（ｅ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第一の所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象の形質細胞疾患の存在を特定すること、又は前記スコアが前記第一の所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象に形質細胞疾患が存在しないことを判定すること、前記第一の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で２０であること、を含む、前記方法に関する。
【００４２】
ＮＦＫＢＩＺ、ＮＲ４Ａ１、ＰＲＫＡＡ１、ＳＣＹＬ２、及びＳＰ１のスプライスバリアントの固有性は、表２で確認できる。
【００４３】
前記提供される方法には、ＭＧＵＳ及び骨髄腫などの形質細胞疾患を分類又は検出できる方法がある。いくつかの実施形態では、前記提供される方法は、ヒトの生物学的サンプル中の形質細胞疾患を特定又は分類できる。いくつかの実施形態では、前記生物学的サンプルは、血液、血清、血漿、又は腫瘍組織である。いくつかの例では、前記方法は、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の特異性、感度、及び／又は精度でそうした情報を提供できる。
【００４４】
前記薬剤は、バイオマーカーの検出のための任意の薬剤であり得、通常、例えば、少なくとも３２個のバイオマーカーに特異的にハイブリダイズ又は結合する、単離ポリヌクレオチド又は単離ポリペプチド若しくはタンパク質（抗体など）である。
【００４５】
前記バイオマーカーは、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、又はタンパク質であり得る。前記バイオマーカーがＲＮＡである場合、前記ＲＮＡが逆転写されてｃＤＮＡが生成可能であり（ＲＴ−ＰＣＲなどによる）、前記生成されたｃＤＮＡの発現レベルが検出される。前記バイオマーカーと標識プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記バイオマーカーの発現レベルが検出され得る。前記バイオマーカーがＲＮＡ又はｃＤＮＡである場合、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと標識核酸プローブ又はプライマーとの複合体を形成することにより、前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡが検出され得る。前記ＲＮＡ又はｃＤＮＡと前記標識核酸プローブ又はプライマーとの前記複合体がハイブリダイゼーション複合体となり得る。
【００４６】
前記バイオマーカーがタンパク質である場合、前記タンパク質と標識抗体との複合体を形成することにより、前記タンパク質が検出され得る。前記標識は、任意の標識、例えば、蛍光標識、化学発光標識、放射性標識などであり得る。前記タンパク質レベルは、免疫沈降、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロット分析、又は薬剤（例えば、遺伝子によってコードされるタンパク質を特異的に検出する抗体）を使用する免疫組織化学を含むがこれらに限定されない方法により測定され得る。
【００４７】
いくつかの実施形態では、前記方法は、前記試験サンプルを提供される薬剤の１つ、より典型的には複数の提供される薬剤、例えば、前記少なくとも３２個のバイオマーカーに特異的に結合するポリヌクレオチドのセットと接触させることにより実施される。いくつかの実施形態では、前記ポリヌクレオチドのセットには、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ＰＮＡ、ゲノムＤＮＡ、又は合成オリゴヌクレオチドが含まれる。いくつかの実施形態では、前記方法は、ＲＴ−ＰＣＲ、例えば、ＱＰＣＲによるなど、検出の前に試験サンプルからＲＮＡを単離する工程を含む。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーの検出（その発現レベルなど）は、ＲＮＡの存在、不在、又は量の検出を含む。一例では、前記ＲＮＡはＰＣＲ又はハイブリダイゼーションにより検出される。
【００４８】
いくつかの実施形態では、前記ポリヌクレオチドは、前記少なくとも３２個のバイオマーカーのそれぞれに特異的なプライマーのペアなどのセンスプライマー及びアンチセンスプライマーを含む。この実施形態の一態様では、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの検出は、ＰＣＲ、典型的には定量的ＰＣＲ又はリアルタイムＰＣＲによって実施される。例えば、一態様では、検出は、逆転写により試験サンプルからｃＤＮＡを生成することにより実施され、続いて、少なくとも３２個のバイオマーカーのパネルに特異的にハイブリダイズするセンスプライマー及びアンチセンスプライマーのペアを使用してｃＤＮＡを増幅し、増幅産物を検出する。
【００４９】
前記試験サンプルは、前記対象から得られた任意の体液であり得る。好ましくは、前記試験サンプルは、血液、血清、血漿、又は腫瘍組織である。いくつかの実施形態では、前記試験サンプルは血液サンプルである。
【００５０】
前記第一の所定のカットオフ値は、腫瘍性疾患のない対象から得られた複数の参照サンプルに由来し得る。好ましくは、前記参照サンプルは、血液、血清、血漿、又は非新生物組織である。
【００５１】
治療を必要とする前記対象が、形質細胞疾患と診断された対象、少なくとも１つの形質細胞疾患の症状を有する対象、又は形質細胞疾患を発症する素因や家族歴を有する対象であり得る。前記対象は、任意の哺乳類であり得る。好ましくは、前記対象はヒトである。「対象」及び「患者」という用語は、本明細書では交換可能に使用される。
【００５２】
いくつかの実施形態では、前記方法は、前記試験サンプル中の前記少なくとも３２個のバイオマーカーの数学的に導出された発現レベルスコアを決定することをさらに含み得る。これは、０〜１００の段階を有するＭｙｅｌｏｍＸスコアである。ＭｙｅｌｏｍＸスコアは、例えば、ＸＧＢ、ＲＦ、ｇｌｍｎｅｔ、ｃｆｏｒｅｓｔ、ＣＡＲＴ、ｔｒｅｅｂａｇ、ｋｎｎ、ｎｎｅｔ、ＳＶＭ−ｒａｄｉａｌ、ＳＶＭ−ｌｉｎｅａｒ、ＮＢ、ｍｌｐ、又はロジスティック回帰モデリングなどの予測分類アルゴリズムから構築された分類器の結果である。いくつかの実施形態では、使用される予測分類アルゴリズムはＸＧＢである。
【００５３】
前記方法は、形質細胞疾患を有すると特定された対象を、標的療法、生物学的療法、化学療法、コルチコステロイド、幹細胞移植、放射線療法、又はそれらの組み合わせで治療することをさらに含むことができる。標的療法には、プロテアソーム阻害剤の使用が含まれ得る。いくつかの実施形態では、標的療法には、ボルテゾミブ（ｂｏｒｔｅｚｏｍｉｂ）及び／又はカーフィルゾミブ（ｃａｒｆｉｌｚｏｍｉｂ）が含まれ得る。生物学的療法には免疫調節剤が含まれる場合がある。いくつかの実施形態では、生物学的療法には、サリドマイド、レナリドマイド、及び／又はポマリドマイドが含まれ得る。化学療法には、任意の公知の化学療法薬が含まれる。コルチコステロイドは、プレドニゾン又はデキサメタゾンであり得る。
【００５４】
本開示は、対象における形質細胞疾患が安定性であるか進行性であるかを判定する方法であって、（ａ）前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、（ｄ）前記スコアを第二の所定のカットオフ値と比較すること、及び（ｅ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第二の所定のカットオフ値以上の場合に、前記形質細胞疾患が進行性であることを特定すること、又は前記スコアが前記第二の所定のカットオフ値未満の場合に、前記形質細胞疾患が安定性であることを特定すること、前記第二の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、を含む、前記方法も提供する。
【００５５】
前記第二の所定のカットオフ値は、進行性の形質細胞疾患を呈する対象から得られた複数の参照サンプルに由来し得る。
【００５６】
本開示は、形質細胞疾患を有する対象の疾患再発のリスクを判定する方法であって、（ａ）治療後の前記対象の試験サンプルから、前記試験サンプルを少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現レベルを決定すること、前記少なくとも３２個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子を含むこと、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、（ｄ）前記スコアを第三の所定のカットオフ値と比較すること、及び（ｅ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記スコアが前記第三の所定のカットオフ値以上の場合に、前記対象は疾患再発のリスクが高いことを特定すること、又は前記スコアが前記第三の所定のカットオフ値未満の場合に、前記対象は疾患再発のリスクは低いことを特定すること、前記第三の所定のカットオフ値は０〜１００の段階で４０であること、を含む、前記方法も提供する。
【００５７】
前記第三の所定のカットオフ値は、形質細胞疾患が治療によって適切に制御されている対象から得られた複数の参照サンプルに由来し得る。
【００５８】
本開示は、形質細胞疾患を有する対象による治療に対する反応を判定する方法であって、（ａ）第一の時点で前記対象の第一の試験サンプルから、前記第一の試験サンプルを少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第一の発現レベルを決定すること、前記少なくとも３１個のバイオマーカーは、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１を含むこと、（ｂ）第二の時点で前記対象の第二の試験サンプルから、前記第二の試験サンプルを前記少なくとも３１個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３１個のバイオマーカーの第二の発現レベルを決定すること、前記第二の時点は、前記第一の時点後であり、前記対象への前記治療の実施後であること、（ｃ）前記第一の発現レベルを前記第二の発現レベルと比較すること、及び（ｄ）レポートを作成すること、前記レポートは、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に低下した場合、前記対象が前記治療に反応性を有することを特定すること、を含む、前記方法も提供する。
【００５９】
いくつかの実施形態では、前記方法は、薬物療法（例えば、免疫療法又は標的療法）などの形質細胞疾患治療に対する患者の治療反応性を予測する、又は患者が臨床的に安定しているか若しくは反応するか反応しないかを判定できる。いくつかの場合では、前記方法は、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、又は９９％の特異性、感度、及び／又は精度で行える。
【００６０】
いくつかの実施形態では、第一の試験サンプル及び第二の試験サンプルは同じ種類にすることができる。いくつかの実施形態では、第一の試験サンプル及び第二の試験サンプルは異なる種類にすることができる。
【００６１】
いくつかの実施形態では、前記治療は薬物療法であり得る。薬物療法は、免疫療法、標的療法、化学療法、又はそれらの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、前記治療は放射線療法であり得る。
【００６２】
いくつかの実施形態では、前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施前である。いくつかの実施形態では、前記第一の時点が、前記対象への前記治療の実施後である。前記第二の時点は、前記第一の時点から数日、数週間、又は数か月後であり得る。例えば、前記第二の時点は、前記第一の時点から少なくとも１日、少なくとも７日、少なくとも１４日、少なくとも３０日、少なくとも６０日、又は少なくとも９０日であり得る。
【００６３】
いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも１０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも２０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも２５％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも３０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも４０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも５０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも６０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも７０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも８０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。いくつかの実施形態では、前記第二の発現レベルが前記第一の発現レベルよりも少なくとも９０％低い場合、前記第一の発現レベルと比較して前記第二の発現レベルが有意に減少している。
【００６４】
いくつかの実施形態では、第三の時点で前記対象の第三の試験サンプルから、前記第三の試験サンプルを前記少なくとも３２個のバイオマーカーの発現を検出するために特異的な複数の薬剤と接触させることにより、前記少なくとも３２個のバイオマーカーの第三の発現レベルを決定すること、前記第三の時点は、前記第二の時点後であることを、前記方法はさらに含む。前記方法は、発現レベルの変化の傾向を示すプロットを作成することをさらに含むことができる。
【００６５】
本開示は、（ａ）形質細胞疾患と診断された患者又は形質細胞疾患の疑いのある対象からの試験サンプルから、基本的に以下の３２個のバイオマーカーからなるバイオマーカーの発現レベルを決定すること：ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、及び（ｄ）前記スコアを第一の所定のカットオフ値と比較すること、を含むアッセイも提供する。
【００６６】
本開示は、（ａ）形質細胞疾患と診断された患者又は形質細胞疾患の疑いのある対象からの試験サンプルから、以下の３２個のバイオマーカーからなるバイオマーカーの発現レベルを決定すること：ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、ＵＢＥ２Ｊ１、及び少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子、（ｂ）ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して正規化することにより、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各正規化された発現レベルを取得すること、（ｃ）各正規化された発現レベルをアルゴリズムに入力してスコアを生成すること、及び（ｄ）前記スコアを第一の所定のカットオフ値と比較すること、を含むアッセイも提供する。
【００６７】
いくつかの実施形態では、前記少なくとも１つのハウスキーピング遺伝子は、ＡＬＧ９、ＳＥＰＮ、ＹＷＨＡＱ、ＶＰＳ３７Ａ、ＰＲＲＣ２Ｂ、ＤＯＰＥＹ２、ＮＤＵＦＢ１１、ＮＤ４、ＭＲＰＬ１９、ＰＳＭＣ４、ＳＦ３Ａ１、ＰＵＭ１、ＡＣＴＢ、ＧＡＰＤ、ＧＵＳＢ、ＲＰＬＰ０、ＴＦＲＣ、ＭＯＲＦ４Ｌ１、１８Ｓ、ＰＰＩＡ、ＰＧＫ１、ＲＰＬ１３Ａ、Ｂ２Ｍ、ＹＷＨＡＺ、ＳＤＨＡ、ＨＰＲＴ１、ＴＯＸ４、及びＴＰＴ１からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、前記ハウスキーピング遺伝子はＴＰＴ１である。
【００６８】
いくつかの実施形態では、２つ以上のハウスキーピング遺伝子を使用して、発現レベルを正規化できる。例えば、２つのハウスキーピング遺伝子を使用する場合、前記方法は、（１）第一のハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１の各発現レベルを正規化すること、（２）第二のハウスキーピング遺伝子の発現レベルに対して、ＡＳＸＬ１、ＢＨＬＨＥ４０、ＢＴＧ２、ＣＯＰＡ、ＦＢＸＷ７、ＧＮＡ１３、ＩＬ８、ＪＭＪＤ１Ｃ、ＬＡＲＳ２、ＭＡＬＡＴ１、ＭＢＮＬ１、ＭＣＬ１、ＮＦＫＢＩＺ（２つのスプライスバリアント）、ＮＲ４Ａ１（２つのスプライスバリアント）、ＰＤＥ４Ｂ、Ｐ１ＡＳ２、ＰＲＫＡＡ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＣＹＬ２（２つのスプライスバリアント）、ＳＭＡＲＣＤ２、ＳＰ１（２つのスプライスバリアント）、ＳＲＳＦ５、ＴＡＧＡＰ、ＴＡＮＫ、ＴＬＥ４、ＴＳＣ２２Ｄ３、及びＵＢＥ２Ｊ１各発現レベルを正規化すること、及び（３）前記第一の正規化発現レベル及び前記第二の正規化発現レベルを平均して、平均化された正規化発現レベルを取得すること、を含む。
【００６９】
形質細胞疾患のバイオマーカー及びハウスキーパーの配列情報を表１に示す。
【００７０】
【表１−１】
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【表１−２】
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【表１−３】
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【表１−４】
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【表１−５】
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【表１−６】
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【表１−７】
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【表１−８】
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【表１−９】
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【表１−１０】
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【表１−１１】
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【表１−１２】
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【表１−１３】
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【表１−１４】
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【表１−１５】
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【表１−１６】
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【表１−１７】
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【表１−１８】
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【表１−１９】
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【表１−２０】
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【表１−２１】
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【表１−２２】
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【表１−２３】
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【表１−２４】
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【表１−２５】
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【表１−２６】
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【表１−２７】
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【表１−２８】
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【表１−２９】
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【表１−３０】
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【表１−３１】
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【表１−３２】
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【表１−３３】
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【表１−３４】
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【表１−３５】
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【表１−３６】
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【表１−３７】
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【表１−３８】
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【表１−３９】
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【表１−４０】
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【表１−４１】
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【表１−４２】
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【表１−４３】
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【表１−４４】
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【表１−４５】
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【表１−４６】
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【表１−４７】
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【表１−４８】
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【表１−５０】
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【表１−９９】
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【表１−１０５】
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【表１−１０６】
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【表１−１０７】
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【表１−１０８】
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【表１−１０９】
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【表１−１１０】
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【表１−１１１】
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【表１−１１２】
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【表１−１１３】
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【表１−１１４】
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【表１−１１６】
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【表１−１１７】
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【表１−１１８】
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【表１−１１９】
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【表１−１２３】
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【表１−１２７】
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【表１−１３３】
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【表１−１３４】
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【表１−１３５】
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【表１−１３６】
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【表１−１３７】
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【表１−１３８】
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【表１−１３９】
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【表１−１４０】
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【表１−１４４】
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【表１−１４５】
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【表１−１５３】
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【表１−１５５】
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【表１−１５７】
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【表１−１５８】
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【表１−１５９】
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【表１−１６０】
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【表１−１６１】
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【表１−１６３】
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【表１−１６５】
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【表１−１６６】
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【表１−１６７】
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【表１−１６８】
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【表１−１６９】
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【表１−１７０】
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【表１−１７１】
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【表１−１７２】
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【表１−１７３】
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【００７１】
定義
冠詞「ａ」及び「ａｎ」（単数形）は、本開示において、冠詞の文法的対象の１又は複数（すなわち、少なくとも１つ）を示すために使用される。例として、「要素」（単数形）とは、１つの要素又は複数の要素を意味する。
【００７２】
本開示では、「及び／又は」という用語は、特に明記しない限り、「及び」と「又は」との何れかを意味するために使用される。
【００７３】
本明細書で使用される「ポリヌクレオチド」及び「核酸分子」という用語は、リボヌクレオチド又はデオキシヌクレオチドである、少なくとも１０塩基又は塩基対の長さのヌクレオチドのポリマー型、又は何れかのタイプのヌクレオチドの修飾型を意味するために交換可能に使用され、一本鎖及び二本鎖のＤＮＡを含むことを意図している。本明細書で使用される場合、マイクロアレイ分析においてプローブとして機能する核酸分子又は核酸配列は、好ましくはヌクレオチド鎖、より好ましくはＤＮＡ及び／又はＲＮＡを含む。他の実施形態において、核酸分子又は核酸配列は、例えば、ＤＮＡ／ＲＮＡヘリックス、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、ロックド核酸（ＬＮＡ）、及び／又はリボザイムなどの他の種類の核酸構造を含む。したがって、本明細書で使用する「核酸分子」という用語は、天然ヌクレオチドと同じ機能を示す非天然ヌクレオチド、修飾ヌクレオチド、及び／又は非ヌクレオチド構成要素を含む鎖も包含する。
【００７４】
本明細書で使用される場合、ポリヌクレオチドの文脈で使用される用語「ハイブリダイズ」、「ハイブリダイズしている」、「ハイブリダイズする」及び同種のものは、５０％ホルムアミド／６ＸＳＳＣ／０．１％ＳＤＳ／１００μｇ／ｍｌ  ｓｓＤＮＡでのハイブリダイゼーションなどの従来のハイブリダイゼーション条件を指すことを意味し、その場合、ハイブリダイゼーションの温度は摂氏３７度を超え、０．１ＸＳＳＣ／０．１％ＳＤＳでの洗浄の温度は５５度を超え、好ましくは、厳密なハイブリダイゼーション条件までである。
【００７５】
本明細書で使用する「正規化」又は「正規化群」という用語は、サンプル内のバイオマーカー濃度の生物学的変動ではなく、サンプルの取り扱い、サンプルの準備、測定方法に起因する技術的変動から生じる効果を調整するための標準値に関する微分値の表現を指す。例えば、差次的に発現されるタンパク質の発現を測定する場合、タンパク質の発現の絶対値は、発現が実質的に一定である標準タンパク質の発現の絶対値に関して表現することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子の発現レベルをハウスキーピング遺伝子の発現レベルに正規化することは、遺伝子の発現レベルをハウスキーピング遺伝子の発現レベルで除することを意味する。
【００７６】
「診断」及び「診断法」という用語には、それぞれ「予後」及び「予後診断」という用語、並びに診断及び／又は予後を経時的に監視するための２つ以上の時点にわたるそのような手順の適用、及びそれに基づいたモデリングも含まれる。さらに、診断という用語には以下が含まれる：ａ．予測（患者が侵攻性疾患（過増殖性／侵襲性）を発症する可能性が高いかどうかを判断する）、ｂ．予後（将来、事前に選択した時点で患者がより良い又は悪い結果になる可能性が高いかどうかを予測する）、ｃ．療法の選択、ｄ．治療薬モニタリング、及びｅ．再発モニタリング。
【００７７】
生物学的サンプルに関して本明細書で使用される「提供する（される）」という用語は、対象から生物学的サンプルを直接又は間接的に取得することを指す。例えば、「提供する（される）」とは、対象から生物学的サンプルを直接取得する行為（例えば、採血、組織生検、洗浄及び同種のものにより）を指し得る。同様に、「提供する（される）」とは、生物学的サンプルを間接的に取得する行為を指す場合がある。例えば、提供することとは、サンプルを直接入手した当事者から検査室がサンプルを受け取るという行為、又はアーカイブからサンプルを入手する行為を指し得る。
【００７８】
「精度」とは、測定又は計算された数量（試験で報告された値）が実際の（又は真の）値に適合している度合いを指す。臨床的精度は、真の結果（真の陽性（ＴＰ）又は真の陰性（ＴＮ）対誤分類された結果（偽陽性（ＦＰ）又は偽陰性（ＦＮ））の割合に関連し、感度、特異性、陽性の予測値（ＰＰＶ）若しくは陰性の予測値（ＮＰＶ）、又は尤度、オッズ比、その他の指標として表される場合がある。
【００７９】
本明細書で使用される「生物学的サンプル」という用語は、１又は複数のバイオマーカーを含んでいる可能性がある生物学的起源の任意のサンプルを指す。生物学的サンプルの例には、組織、臓器、若しくは全血、血漿、血清、組織、洗浄液などの体液、又は疾患の検出に使用されるその他の検体が含まれる。
【００８０】
本明細書で使用される「対象」という用語は、哺乳動物、好ましくはヒトを指す。
【００８１】
状態に関して本明細書で使用される「治療」又は「治療」は、状態の予防、状態の発症又は発症速度の遅延、状態の発症リスクの低減、状態に関連する症状の発症の予防又は遅延、状態に関連する症状の軽減又は消失、状態の完全又は部分的な退行の発生、又はそれらの何らかの組み合わせを指す場合がある。
【００８２】
バイオマーカーレベルは、疾患の治療により変化する場合がある。本開示により、バイオマーカーレベルの変化を測定可能である。バイオマーカーレベルの変化は、疾患又は治療の進行をモニターするために使用される場合がある。
【００８３】
「変化した」、「変更された」、又は「有意に異なる」とは、合理的に比較可能な状態、プロファイル、測定又は同種のものからの検出可能な変更又は差異を指す。全てそのような変更である場合と、全くそうでない場合がある。それらは漸進的であってもよく、線形である必要はない。それらは桁違いであってもよい。変化は、１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、１００％、それ以上、又は０％〜１００％の任意の値であってもよい。あるいは、変化は１倍、１．５倍、２倍、３倍、４倍、５倍以上、又は１倍と５倍の間の任意の値であってもよい。変化は、ｐ値が０．１、０．０５、０．００１、又は０．０００１で統計的に有意である場合がある。
【００８４】
「安定性疾患」という用語は、形質細胞疾患の存在の診断を指し、画像データ及び／又は最も優れた臨床的判断によって判定されるように、骨髄腫は治療されており、安定した状態、すなわち進行性ではない状態を保っている。
【００８５】
「進行性疾患」という用語は、形質細胞疾患の非常に活性な状態の存在の診断を指し、画像データ及び／又は最も優れた臨床的判断によって判定されるように、すなわち、治療されておらず、安定していないか、治療されたが治療に反応していない、又は治療されたが活動性疾患のままである状態である。
【実施例】
【００８６】
本開示は、以下の実施例によってさらに説明されるが、範囲又は精神において本開示を本明細書に記載の特定の手順に限定するものと解釈されるべきではない。特定の実施形態を例示するために実施例が提供され、それにより本開示の範囲に対する限定が意図されないことを理解されたい。さらに、本開示の精神及び／又は添付の特許請求の範囲から逸脱することなく、当業者にそれ自体を示唆し得る様々な他の実施形態、改変、及びそれらの均等物に解釈を広げられることを理解されたい。
【００８７】
実施例１．３２マーカー遺伝子パネルの導出
ｎ＝１５の末梢血単核細胞サンプルからの生のプローブ強度（ｎ＝１，３５４，８９６個の特徴）を用いて、ＧＳＥ７１１６の転写プロファイルを使用して、対照と多発性骨髄腫とを最もよく識別する遺伝子を特定した。外れ値を除去後、合計３１の標的転写産物（２６遺伝子、５スプライスバリアント）及び１つのハウスキーピング遺伝子が、可能性がある骨髄腫のマーカーとして公平な方法で特定された（表２、図１）。これらの遺伝子は、多発性骨髄腫細胞株ＩＭ−９（通常の２倍体核型）及びＭＭ１Ｒ（デキサメタゾン耐性）で発現され、形質転換されたＢリンパ芽球によって産生されることが実証された。
【００８８】
その後、対照（ｎ＝４５）サンプル、反応者／安定した患者（ｎ＝２４：安定性疾患）サンプル、及び新たに診断された／再発した患者（ｎ＝６６：進行性疾患）サンプルからの全血中のこれら３１マーカー（ハウスキーピング遺伝子であるＴＰＴ１に正規化）の正規化遺伝子発現を用いて、骨髄腫疾患動態の人工知能モデルを構築した。データセットは、モデルの作成と検証のために、それぞれトレーニング・パーティション及びテスト・パーティションにランダムに分割した。１２のアルゴリズム（ＸＧＢ、ＲＦ、ｇｌｍｎｅｔ、ｃｆｏｒｅｓｔ、ＣＡＲＴ、ｔｒｅｅｂａｇ、ｋｎｎ、ｎｎｅｔ、ＳＶＭ−ｒａｄｉａｌ、ＳＶＭ−ｌｉｎｅａｒ、ＮＢ、及びｍｌｐ）を０．７〜０．８５の範囲の精度で評価した。最高のパフォーマンスを発揮するアルゴリズム（ＸＧＢ  -「勾配ブースティング」）がトレーニングデータを最もよく予測した。試験セットでは、ＸＧＢはサンプルを予測する確率スコアを生成した。各確率スコアは、未知のサンプルが「安定性疾患」又は「進行性」クラスに属するアルゴリズムの「確実性」を反映している。例えば、未知のサンプルＳ１は以下の確率ベクトルを持つことができる：［対照＝０．２、進行性＝０．８］。このサンプルは、０．８のスコアが与えられると、進行性疾患を示す骨髄腫サンプルと見なされる。前記サンプルがＭＲＤ患者又は治療中の患者からのものである場合、スコアは進行性疾患を示している（再発するであろう）か、治療に失敗しているのかを識別する。ＭｙｅｌｏｍＸスコア＞０．２は、サンプルが骨髄腫患者のものであることを示すと見なされる。
【表２−１】
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【表２−２】
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【００８９】
実施例２．診断：骨髄腫としてのサンプルの特定
試験セット１では、対照（ｎ＝２３）から活動性骨髄腫疾患の患者（ｎ＝５７）を区別するための試験の有用性に関するデータが表３に含まれている。図２Ｂには、受信者動作曲線解析及び測定基準が含まれている。スコアは０．９９の曲線下面積（ＡＵＣ）を示した。測定基準としては、感度が＞９５％、特異度が１００％、ＰＰＶが１００％、ＮＰＶが８８．５％である。全体の精度は９６％である。したがって、このツールにより、対照と侵攻性かつ安定性骨髄腫疾患を区別できる。
【００９０】
ＭＧＵＳの特定の評価により、この形質細胞疾患（ｎ＝１８、ＭｙｅｌｏｍＸ＝３９±９）と対照（ｎ＝１５５、１２±８、ｐ＜０．０００１）の間に有意差が確認された（図３Ａ）。ＭＧＵＳを対照と区別するためのＡＵＣ（０．９７）（図３Ｂ）。
【００９１】
多発性骨髄腫サブグループの具体的な評価により、新たに診断された患者（ｎ＝５３、ＭｙｅｌｏｍＸ＝７５±２５）、臨床的に安定性である疾患（ｎ＝５６、３１±２０、ｐ＜０．０００１）、及び不応性疾患（ｎ＝２６、９２±１７）の間に有意差が確認された（図４Ａ）。安定性疾患と不応性疾患とを区別するためのＡＵＣは０．９７であった（図４Ｂ）。
【００９２】
本試験を、１５５人の健康な対照と８１人の骨髄腫患者とを含む２番目の試験セット（試験セット２）で評価した。骨髄腫患者の大多数がＭＲＤを含む安定性疾患を示した。この骨髄腫群の平均ＭｙｅｌｏｍＸスコアは、４７±１４であり、それに対して対照群では１２±８あった（図５Ａ）。受信者動作曲線解析は、スコアが曲線下面積（ＡＵＣ）０．９７を示し（図５Ｂ）、測定基準が８９％〜９９％（図５Ｃ）であることを示した。
【表３】
2020528274.tif 000178
【００９３】
実施例３．微小残存病変の同定
効果的な治療法（ｎ＝４０）により、スコアは５９±１４から３５±１２に低下し、これは完全寛解に関連していた（図６）。ＭＲＤグループの評価により、早期の時点（１年以内）に再発したすべてのスコアが高い（＞４０）１０人の患者が特定された。したがって、ＭｙｅｌｏｍＸスコアにより、ＭＲＤを生化学的に定義し、進行性疾患を有し、早期の時点で再発する人を特定できる。
【００９４】
実施例４．治療反応者と不応性疾患患者の区別
治療系（ｎ＝２３）では、ボルテモジブ（ｂｏｒｔｅｍｏｚｉｂ）（プロテアソーム阻害剤−ＰＩ）による３か月間の治療により、治療反応者のＭｙｅｌｏｍＸスコアが６４±９から２３±１２（ｐ＜０．０００１）に有意に減少したが、ＰＩ治療不応性では変化しなかった（６０±９、ｐ＝ＮＳ）（図７）。これは、骨髄腫におけるプロテアソーム阻害剤療法の有効性を測定するためにＭｙｅｌｏｍＸスコアを使用できること、スコアの減少が治療介入への応答と相関し、非反応者を正確に特定できることを示す。
【００９５】
実施例５．ＭｙｅｌｏｍＸスコアを使用した、骨髄腫の診断、ＭＲＤの実証、及び治療反応の定義
両方のデータセットのＭｙｅｌｏｍＸスコアの精度を識別する混同マトリックスは、表４に含まれている。診断として、スコアは活動性疾患を識別するために９７％の精度である。ＭＲＤを決定するには、全体で７５％の精度であるが、１年以内に再発しない対象の場合、１００％の精度である。治療反応者の場合、スコアは反応者を識別するために８７％の精度であり、治療に失敗している対象又は不応性の対象の場合、９７％の精度である。
【表４】
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【００９６】
様々な骨髄腫細胞株及び患者からの蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）された多発性骨髄腫腫瘍における発現を評価することにより、骨髄腫が血液に基づいた遺伝子発現アッセイのソースであることを確認した。
【００９７】
３２個の遺伝子はすべて、３つの骨髄腫細胞株全てで高度に発現された。スコアは８６±９（ＲＰＭＩ−８２２６）〜７６±１０（ＩＭ９）〜６０±９（ＭＭ−１Ｒ）の範囲であった（図８Ａ）。
【００９８】
これら３つの細胞株と正常な全血を使用したスパイクイン（ｓｐｉｋｅ−ｉｎ）実験により、わずか１個の細胞が１ｍｌの血液にスパイクされたときに遺伝子発現スコアが検出されることが示された。単一の骨髄腫細胞が検出可能であった。スコアは３０±７（ＲＰＭＩ−８２２６）〜４１±７（ＩＭ９）〜２１±３（ＭＭ−１Ｒ）の範囲であった（図８Ｂ）。スコアは、対照血液と比較して有意に上昇した（スパイクインなし、ｐ＜０．０００１）。
【００９９】
次に、腫瘍組織（ＦＡＣ分類ＣＤ１３８＋細胞）の遺伝子発現を評価した。３２個の遺伝子（及びバリアント）は全て骨髄腫で高度に発現され、スコアは全血サンプルの値と一致していた（図９Ａ）。また、腫瘍組織の遺伝子発現を比較し、同一患者の全血と一致させた。遺伝子発現は高度に一致し（ピアソン相関係数（ｒ）：０．８７〜０．９５、中央値：０．９２）、腫瘍組織における遺伝子発現を特定し、血液は一致していた（図９Ｂ）。
【０１００】
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【０１０１】
均等物
本発明は、上記の特定の実施形態に関連して説明されたが、その多くの代替、改変、及びその他の変更は、当業者には明らかであろう。そのような全ての代替、改変、及び変更は、本発明の精神及び範囲に含まれることが意図されている。
【図１−１】
2020528274.tif 000180
【図１−２】
2020528274.tif 000181
【図２Ａ】
2020528274.tif 000182
【図２Ｂ】
2020528274.tif 000183
【図３Ａ】
2020528274.tif 000184
【図３Ｂ】
2020528274.tif 000185
【図４Ａ】
2020528274.tif 000186
【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
2020528274.tif 000188
【図５Ｂ】
2020528274.tif 000189
【図５Ｃ】
2020528274.tif 000190
【図６】
2020528274.tif 000191
【図７】
2020528274.tif 000192
【図８Ａ】
2020528274.tif 000193
【図８Ｂ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ】
2020528274.tif 000196
【配列表】
2020528274000001.app
【国際調査報告】
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