(57)【要約】  ポリヌクレオチドならびに／またはポリヌクレオチドおよびタンパク質によって形成される複合体に結合することができる低分子を特定するための構造ベースのスクリーニングプラットフォームおよび方法が本明細書において提供される。低分子とポリヌクレオチドならびに／またはポリヌクレオチドおよびタンパク質によって形成される複合体との相互作用を特徴付けるための構造ベースのスクリーニングプラットフォームおよび方法も本明細書において提供される。ＲＮＡスプライシングに関与するポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチド−タンパク質複合体に結合することができる低分子を特定する方法および組成物も、本明細書において提供される。【選択図】図４
2020537158.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、
（ｂ）標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤、第２の結合剤またはそれらの両方を接触させるステップであって、
標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が、第１の複合体を形成し、
第２の結合剤および第１の複合体が、第２の複合体を形成するステップ、
（ｃ）核磁気共鳴（ＮＭＲ）装置を使用して、第１の複合体、第２の複合体またはそれらの両方のＮＭＲスペクトルを得るステップ
を含む方法。
【請求項２】
標的ポリヌクレオチドが標的リボ核酸（ＲＮＡ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
標的ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（ｍＲＮＡ前駆体）またはその一部である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位またはその一部を含有する、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’ スプライス部位、またはそれらの任意の組合せである、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
標的ポリヌクレオチドが、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含有する、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含有する、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
標的ポリヌクレオチドが、１００〜２００ヌクレオチド長である、請求項１から１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
標的ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、請求項１から１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
第１の結合剤が、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
第１のポリヌクレオチドが、第１のＲＮＡである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
第１のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
ｓｎＲＮＡが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
第１のポリペプチドが、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である、請求項１５から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
第１のポリペプチドが、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部である、請求項１５から１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
第２の結合剤が低分子である、請求項１から２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
第１の結合剤が低分子を含む、請求項１から１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
第２の結合剤が、第２のポリヌクレオチド、第２のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、請求項１から１４および２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
第２のポリヌクレオチドが、第２のＲＮＡである、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
第２のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ｓｎＲＮＡが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
第２のポリペプチドが、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である、請求項２５から２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
第２のポリペプチドが、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部である、請求項２５から２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
第１の複合体が結合ポケットを含む、請求項１から３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
バルジまたは変異が、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
第２の結合剤が結合ポケットに結合する、請求項３３から３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
標的ポリヌクレオチドが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む、請求項１から３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
第１の複合体に関する第１のＮＭＲスペクトルが得られ、第２の複合体に関する第２のＮＭＲスペクトルが得られる、請求項１から３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルの比較に基づいて第２の結合剤を選択するステップをさらに含む、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】
第１および第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む、請求項３９から４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、
（ｂ）第１の結合剤に標的ポリヌクレオチドを接触させるステップ、および
（ｃ）ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップ
を含む方法。
【請求項４４】
標的ポリヌクレオチドが標的ＲＮＡである、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
標的ポリヌクレオチドがｍＲＮＡ前駆体またはその一部である、請求項４３または４４に記載の方法。
【請求項４６】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する、請求項４３から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する、請求項４３から４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
標的ポリヌクレオチドが、エクソン−イントロン境界を含有する、請求項４３から４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
標的ポリヌクレオチドがスプライス部位を含有する、請求項４３から４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’スプライス部位、またはそれらの一部である、請求項４３から４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、請求項４３から５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、請求項４３から５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、請求項４３から５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
標的ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、請求項４３から５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
第１の結合剤が、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、請求項４３から５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
第１のポリヌクレオチドが、第１のＲＮＡである、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
第１のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項５６に記載の方法。
【請求項５８】
ｓｎＲＮＡが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
第１のポリペプチドが、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である、請求項５５から５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、請求項５９に記載の方法。
【請求項６１】
ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
第１のポリペプチドが、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部である、請求項５５から５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が、第１の複合体を形成する、請求項４３から６２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
第１の複合体が結合ポケットを含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
バルジまたは変異が、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす、請求項６５に記載の方法。
【請求項６８】
第１の複合体に第２の結合剤を接触させるステップをさらに含む、請求項６３から６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
第２の結合剤が、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、タンパク質、低分子、イオン、塩および原子を含む群から選択される１つまたは複数の分子を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
第２の結合剤が低分子である、請求項６８または６９に記載の方法。
【請求項７１】
低分子が低分子のライブラリーである、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
第１の複合体に第２の結合剤を接触させた後に、第２のＮＭＲスペクトルを得るステップをさらに含む、請求項６８から７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
第１および第２のＮＭＲスペクトルから、１個または複数の原子のケミカルシフトを決定するステップをさらに含む、請求項４３から７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
標的ポリヌクレオチドが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む、請求項４３から７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
ポリヌクレオチドへの結合剤を選択する方法であって、
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、
（ｂ）ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップ
（ｃ）ポリヌクレオチド試料に結合剤を接触させるステップ
（ｄ）結合剤を接触させた後に、ポリヌクレオチド試料の第２のＮＭＲスペクトルを得るステップ
（ｅ）第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルを比較するステップ、および
（ｆ）比較に基づいて結合剤を選択するステップ
を含む方法。
【請求項７７】
結合剤が、低分子、ポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項７６に記載の方法。
【請求項７８】
結合剤が低分子のライブラリーを含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
ポリヌクレオチド試料が、第１のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項７６から７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが、ほぼ等モル量で添加される、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
第１のポリヌクレオチドが第１のＲＮＡである、請求項７９または８０に記載の方法。
【請求項８２】
第１のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
ｓｎＲＮＡが、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、Ｕ６、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５もしくはＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが二本鎖を形成する、請求項７９から８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
二本鎖が結合ポケットを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８７】
結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、請求項８５に記載の方法。
【請求項８８】
標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの一部を含む、請求項７６から８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含む、請求項７６から８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９０】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含む、請求項７６から８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む、請求項７６から９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、請求項７６から９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、請求項７６から９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９４】
標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、請求項７６から９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
標的ポリヌクレオチドが、１００〜２００ヌクレオチド長である、請求項７６から９４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９６】
標的ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、請求項７６から９５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９７】
第１または第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む、請求項７６から９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９８】
ポリヌクレオチドおよび結合した低分子の３次元原子分解能構造を決定するステップをさらに含む、請求項１から９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９９】
３次元原子分解能構造が、構造予測ソフトウェアによって決定される、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
構造予測ソフトウェアが、Ａｔｎｏｓ／Ｃａｎｄｉｄプログラムスイートである、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
構造予測ソフトウェアが、ＭＣ−ｆｏｌｄ｜ＭＣ−Ｓｙｍパイプラインである、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
３次元原子分解能構造を決定するステップが、ヌクレオチド配列および１つまたは複数の２次元構造予測アルゴリズムを使用する、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデルを生成するステップを含む、請求項９８から１０１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデル、ならびに場合により１つもしくは複数の既知のおよび／または仮定のポリヌクレオチド２次元モデルを使用する３次元構造予測アルゴリズムを使用して、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを生成するステップをさらに含む、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップをさらに含む、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
予測されるケミカルシフトセットとケミカルシフト（１つまたは複数）とを比較するステップをさらに含む、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
１つまたは複数の３次元原子分解能構造として、各々の予測されるケミカルシフトセットとケミカルシフト（１つまたは複数）との間の一致を有する１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを選択するステップをさらに含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
２次元構造予測アルゴリズムが近傍アルゴリズムである、請求項１０２から１０６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０８】
エネルギー最小化および／または分子動力学シミュレーションを含む１つまたは複数の関数を行うモデリングソフトウェアを使用して、選択した１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを精密化することにより、１つまたは複数の精密３次元原子分解能構造を生成するステップをさらに含む、請求項１０２から１０７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
予測されるケミカルシフトセットが、各理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルとＮＭＲデータ−構造データベースとを比較することにより生成される、請求項１０４から１０８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
予測されるケミカルシフトセットを生成するステップが、実験により決定された１つまたは複数のポリヌクレオチド３次元構造からの原子座標、スタッキング相互作用、磁化率、電磁場または二面角を含む、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップを含む、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
実験により決定された３次元ポリヌクレオチド構造の実験的ケミカルシフトとポリヌクレオチド構造メトリックとの関係を説明する、一式の数学関数またはオブジェクトを生成するための回帰アルゴリズムを使用するステップをさらに含む、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップをさらに含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
予測されるケミカルシフトセットを生成するために、一式の数学関数またはオブジェクトに、理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを入力するステップをさらに含む、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
回帰アルゴリズムが、ランダムフォレストアルゴリズムを含む機械学習アルゴリズムである、請求項１１１から１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
ＮＭＲスペクトルが、約１ＧＨｚＭＨｚ〜約２０ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる、請求項１から９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１６】
ＮＭＲスペクトルが、５００ＭＨｚ〜９００ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる、請求項１から１１５の一項に記載の方法。
【請求項１１７】
ＮＭＲ装置がＡＶＡＮＣＥ  ＩＩＩである、請求項１から１１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１８】
ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの結合速度を決定するステップをさらに含む、請求項７６から１１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１９】
ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＰの結合速度を決定するステップをさらに含む、請求項７６から１１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２０】
ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用して決定した結合速度と結合剤を使用しないで決定した結合速度を比較するステップをさらに含む、請求項１１８または１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
第１の低分子および第２の低分子を選択するステップをさらに含む、請求項７８から１１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２２】
第１の低分子を使用してまたはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの第１の結合速度、および第２の低分子を使用してまたはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
第１の結合速度と第２の結合速度を比較するステップをさらに含む、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
結合速度が、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性によって決定される、請求項１１８から１２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２５】
第１の低分子および第２の低分子の２次元モデルまたは３次元構造を決定するステップを含む、請求項１２１から１２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２６】
第１および第２の低分子の２次元モデルまたは３次元構造を比較するステップを含む、請求項１２５に記載の方法。
【請求項１２７】
（ａ）標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドにより形成される１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位の配列、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、および
（ｂ）１つまたは複数の結合ポケットに対して、１つまたは複数の低分子またはその断片を仮想スクリーニングするステップであって、仮想スクリーニングプロセスが、推定上の低分子または断片のヒットを特定するステップ
を含む方法。
【請求項１２８】
１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップが、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドを含む３次元原子分解能構造を分析するステップを含む、請求項１２７に記載の方法。
【請求項１２９】
３次元原子分解能構造がＮＭＲスペクトルによって決定される、請求項１２８に記載の方法。
【請求項１３０】
実験アッセイを使用する仮想スクリーニングから、１つもしくは複数の低分子または断片のヒットを試験するステップをさらに含む、請求項１２７から１２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３１】
実験アッセイが、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
標的ポリヌクレオチドがＲＮＡである、請求項１２７から１３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３３】
標的ポリヌクレオチドがｍＲＮＡ前駆体である、請求項１２７から１３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３４】
スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位または隠れた３’スプライス部位である、請求項１２７から１３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３５】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含む、請求項１２７から１３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３６】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含む、請求項１２７から１３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３７】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む、請求項１２７から１３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３８】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、請求項１２７から１３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３９】
標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、請求項１２７から１３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４０】
標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、請求項１２７から１３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４１】
標的ポリヌクレオチドが、１００〜２００ヌクレオチド長である、請求項１２７から１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
標的ポリヌクレオチドが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む、請求項１２７から１４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
第１の推定上の低分子または第２の推定上の低分子を特定するステップをさらに含む、請求項１２７から１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
標的ポリヌクレオチドに結合する、第１の推定上の低分子または断片のヒットの第１の結合速度、および標的ポリヌクレオチドに結合する、第２の推定上の低分子または断片のヒットの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
第１の結合速度および第２の結合速度を比較し、これによって、より強い低分子または断片のヒットを選択するステップをさらに含む、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
結合速度が、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性を使用して決定される、請求項１４５に記載の方法。
【請求項１４７】
標的ポリヌクレオチドに対する結合剤を選択する方法であって、
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含む試料に、結合剤を接触させるステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、
（ｂ）第１のアッセイにおいて結合剤および標的ポリヌクレオチドの構造を得るステップ、
（ｃ）第２のアッセイにおいて結合剤の結合速度を得るステップ、および
（ｄ）構造および結合速度に基づいて結合剤を選択するステップ
を含む方法。
【請求項１４８】
第１のアッセイおよび第２のアッセイが同じである、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１４９】
第１のアッセイおよび第２のアッセイがＮＭＲである、請求項１４８に記載の方法。
【請求項１５０】
第１のアッセイがＮＭＲであり、第２のアッセイが、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である、請求項１４７に記載の方法。
【請求項１５１】
結合剤が低分子である、請求項１４７から１５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５２】
試料が、第１のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１４７から１５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５３】
第１のポリヌクレオチドがＲＮＡである、請求項１５２に記載の方法。
【請求項１５４】
ＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項１５３に記載の方法。
【請求項１５５】
ｓｎＲＮＡが、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、Ｕ６、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５もしくはＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、請求項１５４に記載の方法。
【請求項１５６】
標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが二本鎖を形成する、請求項１４７から１５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５７】
二本鎖が結合ポケットを含む、請求項１５６に記載の方法。
【請求項１５８】
結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１５９】
結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、請求項１５７に記載の方法。
【請求項１６０】
試料が、タンパク質またはその一部をさらに含む、請求項１４７から１５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６１】
タンパク質がリボ核タンパク質である、請求項１６０に記載の方法。
【請求項１６２】
リボ核タンパク質が、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、請求項１６１に記載の方法。
【請求項１６３】
ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、請求項１６２に記載の方法。
【請求項１６４】
タンパク質が、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される、請求項１６０に記載の方法。
【請求項１６５】
標的ポリヌクレオチドが、ＧＧＡ／ｇｔｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＧＡ／ｇｕｃｃｇｕ、ＧＧＡｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇａｕ、ＵＧＡ／ｇｕｇａａｕ、ＧＧＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、またはＡＧＡ／ｇｕｇｃｇｕを含む、請求項１から１６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６６】
標的ポリヌクレオチドが、ＡＣＡ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＡＡ／ａｕａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｇａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＵＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｇｇ、ＣＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＵＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｃａａｇ、ＣＡＡ／ｇｕａａｇｇ、ＵＣＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＵＡ／ｇｕｇａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕｇａａａ、ＣＣＡ／ｇｕｇａｇａ、ＵＣＡ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＡ／ｕａａｇｕｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、またはＡＣＡ／ｇｕｕｕｇａを含む、請求項１から１６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６７】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＡ／ｇｕａａｃｕ、ＡＵＡ／ｇｕｃａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｃｕｇｇまたはＡＡＡ／ｇｕａｃａｕを含む、請求項１から１６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６８】
標的ポリヌクレオチドが、ＮＮＢｇｕｎｎｎｎ、ＮＮＢｈｕｎｎｎｎまたはＮＮＢｇｖｎｎｎｎを含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇである、請求項１から１６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６９】
標的ポリヌクレオチドが、ＮＮＢｇｕｒｒｒｎ、ＮＮＢｇｕｗｗｄｎ、ＮＮＢｇｕｖｍｖｎ、ＮＮＢｇｕｖｂｂｎ、ＮＮＢｇｕｋｄｄｎ、ＮＮＢｇｕｂｎｂｄ、ＮＮＢｈｕｎｎｇｎ、ＮＮＢｈｕｒｍｈｄまたはＮＮＢｇｖｄｎｖｎを含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇであり、ｒは、ａまたはｇであり、ｍは、ａまたはｃであり、ｄは、ａ、ｇまたはｕであり、ｋは、ｇまたはｕであり、ｗは、ａまたはｕである、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＵＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｕ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＡＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｇ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｇ、ＣＣＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｇｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＣＧ／ｇｕｇａａｃ、ＣＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａａｕ、ＵＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇａａｇ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＧＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＵ／ｇｕａｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＧＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇｇｇａ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｕｇ、ＣＧＵ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＧＧＧ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＧ／ｇｕａａａａ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＵＧ／ｇｕａａａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａａ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｇａｃ、ＵＵＧ／ｇｕａｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｇｃ、またはＡＧＣ／ｇｕａｇｇｕを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７１】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＧ／ｇｕａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｃ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｃ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａａｇ、ＡＵＣ／ｇｕｕａｇａ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、ＵＧＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕｕｕｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＵ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＵ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＵ／ｇｕａｕｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、またはＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７２】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＣＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＵＧ／ｇｕａａｃｃ、ＧＧＧ／ｇｕａａｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｃｃｃ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｃｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｃｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｃｃａ、ＣＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＧＧＧ／ｇｕａｃａｕ、ＵＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＵＧＵ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｃ、ＧＧＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＡＧＧ／ｇｕｇｃａａ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＡＵＧ／ｇｕｇａｃｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＣ／ｇｕｃａｇｕ、またはＵＡＧ／ｇｕｃａｇａを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７３】
標的ポリヌクレオチドが、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｃｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｕａ、ＡＣＧ／ｇｕａｇｃｕ、ＡＧＣ／ｇｕａｃｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｃｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃｇｃ、またはＧＡＧ／ｇｕｇｃｃｕを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７４】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＧＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｇ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｕｇｇ、ＣＵＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＵ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｕｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｕａ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＣＣＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＣ／ｇｕｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、またはＣＡＧ／ｇｕｕｇａｕを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７５】
標的ポリヌクレオチドが、ＡＵＧ／ｇｕｃａｕｕ、ＣＧＧ／ｇｕｃａｕａａｕｃ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｃｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｃｕｇまたはＣＡＧ／ｇｕｇｃｕｇを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７６】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＧＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＧＧ／ａｕａａｇｇ、ＡＣＧ／ａｕａａｇｇ、ＧＵＵ／ａｕａａｇｕ、ＣＣＵ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＵ／ａｕａａｇｃ、ＧＡＧ／ａｕｃｕｇｇ、ＡＡＣ／ａｕｇａｇｇａ、ＧＡＣ／ａｕｇａｇｇ、ＡＣＣ／ａｕｇａｇｕ、ＧＧＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｇａｇｃ、ＣＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＣＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇａｕｇａｇ、ＣＣＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＵＡＧ／ａｕｇｃｇｕ、ＣＡＧ／ａｕｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｕｕｇｕ、ＡＣＧ／ｃｕａａｇｃ、ＣＡＧ／ｃｕｇｕｇｕ、ＣＵＧ／ｕｕａａｇ、ＧＡＧ／ｕｕａａｇｕ、ＡＡＧ／ｕｕａａｇｇ、ＡＵＵ／ｕｕａａｇｃ、ＣＵＧ／ｕｕｇａｇａ、ＣＡＧ／ｕｕｕｇｇｕ、またはＧＧＧ／ａｕａａｇｕを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７７】
標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＧ／ａｕａａｃｕ、ＧＡＧ／ｃｕｇｃａｇまたはＡＡＧ／ｕｕａａｕａを含む、請求項１６９に記載の方法。
【請求項１７８】
標的ポリヌクレオチドが、ＧＣＧ／ｇａｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｇａａａａ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｃａａａａ、ＵＧＵ／ｇｃａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃａｇｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃｇｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｃｕｃｃｃ、ＣＡＧ／ｇｃｕｇｇｕまたはＡＡＧ／ｇａｕｇａｇを含む、請求項１６９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
[0001]本出願は、その全体が参照により本明細書に組み込まれている、２０１７年９月２５日に出願された米国仮特許出願第６２／５６２，９４１号への優先権を主張する。
【背景技術】
【０００２】
[0002]タンパク質−核酸相互作用は、転写、ＲＮＡスプライシング、ｍＲＮＡ分解およびｍＲＮＡ翻訳を含めた、多くの細胞機能に関与している。一本鎖または二本鎖核酸の特異的配列および構造上の構成成分に、高い親和性で結合することができる容易に入手可能な合成分子は、制御可能に、これらの相互作用を妨害する可能性を有しており、上記の分子は、分子生物学および医薬に対する魅力あるツールとなる。
【０００３】
[0003]ヒトトランスクリプトームは、スプライシングによって、さらなる多様化を受ける膨大なＲＮＡ集団からなる。ゲノムの幅広い検討は、９０％の遺伝子が、ヒトにおいて選択的にスプライシングされ、プロテオーム多様性の主なドライバー、その結果、細胞機能の決定因子がスプライシングされることに着目したものである。その程度を考慮すると、多数のスプライスアイソフォームが、がんを含めたいくつかの疾患に関連していると説明されていることは驚くことではない。興味深いことに、がんに関与するこれらのスプライスアイソフォームの多くは、同一遺伝子に由来しており、拮抗機能、例えば、血管新生促進性および抗血管新生性、またはアポトーシス促進性および抗アポトーシス促進性（それらの翻訳後のタンパク質形態で）を有する。したがって、スプライシングは、特に、非がん性からがん性へと細胞の切り替えに、重要な調節プロセスを推進することができる。
【０００４】
[0004]さらに、ｍＲＮＡ発現に影響を及ぼす変異は、疾患誘発性遺伝子変質全体のうちの最大で半分を引き起こすことが示された。この可能性は、遺伝性疾患の最も頻度の高い原因となっている。これらの変異のなかで、最も一般的な結果は、エクソンスキッピングである。この大きな配列プールにおける特定のスプライス部位の検出は、さらなる数百のスプライシング因子と協調している主要なおよび微量のスプライセオソームが担っている。コアスプライス部位モチーフの外側では、スプライシングに必要な情報の大部分は、隣接スプライス部位の使用を活性化するかまたは抑制するかのどちらかとなる配列特異的ＲＮＡ結合タンパク質因子の動員により機能する、エクソンおよびイントロンシス調節エレメントに含まれていると考えられる。この複雑さにより、スプライシングは、配列多形および有害変異に敏感となる。この先では、スプライシングの複雑で動力学的なプロセスは、いくつかの重要な相互作用が、スプライシングプロセスの間に、タイミングよく特定の動力学点で起こることが必要となり得る。実際に、ＲＮＡミススプライシングは、多数の社会的結果を伴うヒト疾患の数の増大が根底にある。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
[0005]しかし、ＲＮＡスプライシングを標的とすること、より詳細には、ＲＮＡ標的を標的とすることは、ＲＮＡの２次元および３次元構造、ＲＮＡ結合親和性または選択性を生じさせるケモタイプ、特定のｍＲＮＡスプライシングホットスポットにおいて、ＲＮＡ結合親和性および選択性を生じさせるケモタイプ、ならびに低分子結合ポケットを形成するＲＮＡ構造要素の特定などの利用可能なデータが限られるために困難である。ＲＮＡ標的に結合するための低分子ライブラリーのスクリーニングにより、ＲＮＡ結合を生じるケモタイプに関するデータが作成され得る。しかし、ＲＮＡ結合剤に富む低分子のスクリーニングコレクションはほとんどない。実際に、大部分のライブラリーは、タンパク質に結合する化合物に偏っている。さらに、入手可能なＲＮＡ結合剤のライブラリーのいくつかは、特定のＲＮＡに非特異的であるか、または非選択的である。これらの必要性などに対処するため、様々な実施形態における本開示は、ＲＮＡおよび／またはＲＮＡタンパク質複合体に結合する低分子を特定するため、特定のＲＮＡ結合ポケットに適合することができる新規分子を設計するため、および疾患関連ｍＲＮＡ前駆体スプライシング欠損に対する低分子の特異性および選択性を改善するために使用することができる構造ベースのスクリーニングプラットフォームを提供する。
参照による組み込み
[0006]本明細書において明記されている、刊行物、特許および特許出願はすべて、個々の刊行物、特許または特許出願のそれぞれが、具体的かつ個々に示されて、参照により組み込まれているのと同じ程度に、参照により本明細書に組み込まれている。
【課題を解決するための手段】
【０００６】
[0007]一部の態様では、本開示は、標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤、第２の結合剤またはそれらの両方を接触させるステップであって、標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が第１の複合体を形成し、第２の結合剤および第１の複合体が第２の複合体を形成するステップ、および核磁気共鳴（ＮＭＲ）装置を使用して、第１の複合体、第２の複合体またはそれらの両方のＮＭＲスペクトルを得るステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、標的リボ核酸（ＲＮＡ）である。一部の実施形態では、標的ＲＮＡは、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（ｍＲＮＡ前駆体）またはその一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位またはその一部を含有する。一部の実施形態では、スプライス部位は、５’スプライス部位、隠れた（ｃｒｙｐｔｉｃ、異所性）５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’スプライス部位、またはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１００〜２００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、第１の結合剤は、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、第１のＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一���である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される、タンパク質またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第２の結合剤は低分子である。一部の実施形態では、第１の結合剤は低分子を含む。一部の実施形態では、第２の結合剤は、第２のポリヌクレオチド、第２のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第２のポリヌクレオチドは、第２のＲＮＡである。一部の実施形態では、第２のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第２のポリペプチドは、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の��施形態では、第２のポリペプチドは、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される、タンパク質またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第１の複合体は結合ポケットを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まない。一部の実施形態では、バルジまたは変異は、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす。一部の実施形態では、第２の結合剤は、結合ポケットに結合する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む。
【０００７】
[0008]一部の実施形態では、第１の複合体に関する第１のＮＭＲスペクトルが得られ、第２の複合体に関する第２のＮＭＲスペクトルが得られる。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとの比較に基づいて第２の結合剤を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１および第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。
【０００８】
[0009]一部の態様では、本開示は、標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料であって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤を接触させるステップ、およびＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、標的ＲＮＡである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体またはその一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、エクソン−イントロン境界を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位を含有する。一部の実施形態では、スプライス部位は、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’スプライス部位、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、第１の結合剤は、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、第１のＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、Ａ���Ｄ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される、タンパク質またはそれらの一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤は、第１の複合体を形成する。一部の実施形態では、第１の複合体は結合ポケットを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まない。一部の実施形態では、バルジまたは変異は、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす。一部の実施形態では、本方法は、第１の複合体に第２の結合剤を接触させるステップをさらに含む。一部の実施形態では、第２の結合剤は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、タンパク質、低分子、イオン、塩および原子を含む群から選択される１つまたは複数の分子を含む。一部の実施形態では、第２の結合剤は低分子である。一部の実施形態では、低分子は、低分子のライブラリーである。一部の実施形態では、本方法は、第１の複合体に第２の結合剤を接触させた後に、第２のＮＭＲスペクトルを得るステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１および第２のＮＭＲスペクトルから、１個または複数の原子のケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む。
【０００９】
[0010]一部の態様では、本開示は、ポリヌクレオチドに対する結合剤を選択する方法であって、（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、（ｂ）ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップ、（ｃ）ポリヌクレオチド試料に結合剤を接触させるステップ、（ｄ）結合剤を接触させた後に、ポリヌクレオチド試料の第２のＮＭＲスペクトルを得るステップ、および（ｅ）第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップ、および（ｆ）この比較に基づいて結合剤を選択するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、結合剤は、低分子、ポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合剤は、低分子のライブラリーを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチド試料は、第１のポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドは、ほぼ等モル量で添加される。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、第１のＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、Ｕ６、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５もしくはＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドは、二本鎖を形成する。一部の実施形態では、二本鎖は、結合ポケットを含有する。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まない。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの一部を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１００〜２００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルまたは第２のＮＭＲスペ���トルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、ポリヌクレオチドおよび結合した低分子の３次元原子分解能構造を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、３次元原子分解能構造は、構造予測ソフトウェアによって決定される。一部の実施形態では、構造予測ソフトウェアは、Ａｔｎｏｓ／Ｃａｎｄｉｄプログラムスイート（ｐｒｏｇｒａｍ  ｓｕｉｔｅ）である。一部の実施形態では、構造予測ソフトウェアは、ＭＣ−ｆｏｌｄ｜ＭＣ−Ｓｙｍパイプラインである。一部の実施形態では、３次元原子分解能構造を決定するステップは、ヌクレオチド配列および１つまたは複数の２次元構造予測アルゴリズムを使用する、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデルを生成するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデル、ならびに場合により１つもしくは複数の既知のおよび／または仮定のポリヌクレオチド２次元モデルを使用する３次元構造予測アルゴリズムを使用して、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、予測されるケミカルシフトセットとケミカルシフト（１つまたは複数）とを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、１つまたは複数の３次元原子分解能構造として、個々の予測されるケミカルシフトセットとケミカルシフト（１つまたは複数）との間の一致を有する１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、二次元（ｄｉｍｅｎｓｉｎａｌ）構造予測アルゴリズムは、近傍アルゴリズムである。一部の実施形態では、本方法は、エネルギー最小化および／または分子動力学シミュレーションを含む１つまたは複数の関数を行うモデリングソフトウェアを使用して、選択した１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを精密化することにより、１つまたは複数の精密３次元原子分解能構造を生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットは、各理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルとＮＭＲデータ−構造データベースとを比較することにより生成される。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップは、実験により決定された１つまたは複数のポリヌクレオチド３次元構造からの原子座標、スタッキング相互作用、磁化率、電磁場または二面角を含む、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、実験により決定された３次元ポリヌクレオチド構造の実験的ケミカルシフトとポリヌクレオチド構造メトリックとの間の関係を説明する、一式の数学関数またはオブジェクトを生成するための回帰アルゴリズムを使用するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップ��さらに含む。一部の実施形態では、本方法は、予測されるケミカルシフトセットを生成するために、一式の数学関数またはオブジェクトに、理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを入力するステップをさらに含む。一部の実施形態では、回帰アルゴリズムは、ランダムフォレストアルゴリズムを含む機械学習アルゴリズムである。一部の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、約１ＧＨｚＭＨｚ〜約２０ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる。一部の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、５００ＭＨｚ〜９００ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる。一部の実施形態では、ＮＭＲ装置は、ＡＶＡＮＣＥ  ＩＩＩである。一部の実施形態では、本方法は、ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの結合速度を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＰの結合速度を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用して決定した結合速度と結合剤を使用しないで決定した結合速度を比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１の低分子および第２の低分子を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１の低分子を使用してまたはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの第１の結合速度、および第２の低分子を使用してまたはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１の結合速度と第２の結合速度を比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、結合速度は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性によって決定される。一部の実施形態では、本方法は、第１の低分子および第２の低分子の２次元モデルまたは３次元構造を決定するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、第１および第２の低分子の２次元モデルまたは３次元構造を比較するステップを含む。
【００１０】
[0011]一部の態様では、本開示は、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドによって形成される１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位の配列、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、および１つまたは複数の結合ポケットに対して１つもしくは複数の低分子またはその断片を仮想的にスクリーニングするステップであって、仮想スクリーニングプロセスが推定上の低分子または断片のヒット（ｈｉｔ）を特定するステップを含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップは、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドを含む３次元原子分解能構造を解明するステップを含む。一部の実施形態では、３次元原子分解能構造は、ＮＭＲスペクトルによって決定される。一部の実施形態では、本方法は、実験アッセイを使用する仮想スクリーニングから、１つもしくは複数の低分子または断片のヒットを試験するステップをさらに含む。一部の実施形態では、実験アッセイは、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体である。一部の実施形態では、スプライス部位は、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位または隠れた３’スプライス部位である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１００〜２００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ���ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む。一部の実施形態では、本方法は、第１の推定上の低分子または第２の推定上の低分子を特定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、標的ポリヌクレオチドに結合する、第１の推定上の低分子または断片のヒットの第１の結合速度、および標的ポリヌクレオチドに結合する、第２の推定上の低分子または断片のヒットの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１の結合速度および第２の結合速度を比較し、これによって、より強い低分子または断片のヒットを選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、結合速度は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性を使用して決定される。
【００１１】
[0012]一部の態様では、本開示は、標的ポリヌクレオチドへの結合剤を選択する方法であって、標的ポリヌクレオチドを含有する試料に結合剤を接触させるステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含有するステップ、第１のアッセイにおいて結合剤および標的ポリヌクレオチドの構造を得るステップ、第２のアッセイにおいて結合剤の結合速度を得るステップ、ならびに構造および結合速度に基づいて結合剤を選択するステップを含む方法を提供する。一部の実施形態では、第１のアッセイおよび第２のアッセイは同じである。一部の実施形態では、第１のアッセイおよび第２のアッセイは、ＮＭＲである。一部の実施形態では、第１のアッセイはＮＭＲであり、第２のアッセイは、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である。一部の実施形態では、結合剤は低分子である。一部の実施形態では、試料は、第１のポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。
【００１２】
[0013]一部の実施形態では、ＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、Ｕ６、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５もしくはＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドは、二本鎖を形成する。一部の実施形態では、二本鎖は、結合ポケットを含有する。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まない。一部の実施形態では、試料は、タンパク質またはその一部をさらに含む。一部の実施形態では、タンパク質はリボ核タンパク質である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、タンパク質は、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される。
【００１３】
[0014]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＧＧＧＡ／ｇｔｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＧＡ／ｇｕｃｃｇｕ、ＧＧＡｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇａｕ、ＵＧＡ／ｇｕｇａａｕ、ＧＧＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、またはＡＧＡ／ｇｕｇｃｇｕを含む。
【００１４】
[0015]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＣＡ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＡＡ／ａｕａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｇａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＵＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｇｇ、ＣＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＵＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｃａａｇ、ＣＡＡ／ｇｕａａｇｇ、ＵＣＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＵＡ／ｇｕｇａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕｇａａａ、ＣＣＡ／ｇｕｇａｇａ、ＵＣＡ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＡ／ｕａａｇｕｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、またはＡＣＡ／ｇｕｕｕｇａを含む。
【００１５】
[0016]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＡＡ／ｇｕａａｃｕ、ＡＵＡ／ｇｕｃａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｃｕｇｇまたはＡＡＡ／ｇｕａｃａｕを含む。
[0017]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＮＮＢｇｕｎｎｎｎ、ＮＮＢｈｕｎｎｎｎまたはＮＮＢｇｖｎｎｎｎを含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇである。
【００１６】
[0018]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＮＮＢｇｕｒｒｒｎ、ＮＮＢｇｕｗｗｄｎ、ＮＮＢｇｕｖｍｖｎ、ＮＮＢｇｕｖｂｂｎ、ＮＮＢｇｕｋｄｄｎ、ＮＮＢｇｕｂｎｂｄ、ＮＮＢｈｕｎｎｇｎ、ＮＮＢｈｕｒｍｈｄまたはＮＮＢｇｖｄｎｖｎを含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇであり、ｒは、ａまたはｇであり、ｍは、ａまたはｃであり、ｄは、ａ、ｇまたはｕであり、ｋは、ｇまたはｕであり、ｗは、ａまたはｕである。
【００１７】
[0019]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＡＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＵＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｕ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＡＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｇ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｇ、ＣＣＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｇｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＣＧ／ｇｕｇａａｃ、ＣＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａａｕ、ＵＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇａａｇ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＧＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＵ／ｇｕａｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＧＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇｇｇａ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｕｇ、ＣＧＵ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＧＧＧ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＧ／ｇｕａａａａ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＵＧ／ｇｕａａａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａａ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｇａｃ、ＵＵＧ／ｇｕａｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｇｃ、またはＡＧＣ／ｇｕａｇｇｕを含む。
【００１８】
[0020]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＡＧ／ｇｕａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｃ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｃ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａａｇ、ＡＵＣ／ｇｕｕａｇａ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、ＵＧＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕｕｕｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＵ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＵ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＵ／ｇｕａｕｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、またはＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃを含む。
【００１９】
[0021]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＣＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＵＧ／ｇｕａａｃｃ、ＧＧＧ／ｇｕａａｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｃｃｃ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｃｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｃｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｃｃａ、ＣＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＧＧＧ／ｇｕａｃａｕ、ＵＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＵＧＵ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｃ、ＧＧＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＡＧＧ／ｇｕｇｃａａ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＡＵＧ／ｇｕｇａｃｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＣ／ｇｕｃａｇｕ、またはＵＡＧ／ｇｕｃａｇａを含む。
【００２０】
[0022]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｃｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｕａ、ＡＣＧ／ｇｕａｇｃｕ、ＡＧＣ／ｇｕａｃｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｃｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃｇｃ、またはＧＡＧ／ｇｕｇｃｃｕを含む。
【００２１】
[0023]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＧＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｇ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｕｇｇ、ＣＵＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＵ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｕｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｕａ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＣＣＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＣ／ｇｕｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、またはＣＡＧ／ｇｕｕｇａｕを含む。
【００２２】
[0024]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＵＧ／ｇｕｃａｕｕ、ＣGＧ／ｇｕｃａｕａａｕｃ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｃｕ、ＧＡＧ／ｇｃｇｃｕｇ、またはＣＡＧ／ｇｕｇｃｕｇを含む。
【００２３】
一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＧＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＧＧ／ａｕａａｇｇ、ＡＣＧ／ａｕａａｇｇ、ＧＵＵ／ａｕａａｇｕ、ＣＣＵ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＵ／ａｕａａｇｃ、ＧＡＧ／ａｕｃｕｇｇ、ＡＡＣ／ａｕｇａｇｇａ、ＧＡＣ／ａｕｇａｇｇ、ＡＣＣ／ａｕｇａｇｕ、ＧＧＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｇａｇｃ、ＣＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＣＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇａｕｇａｇ、ＣＣＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＵＡＧ／ａｕｇｃｇｕ、ＣＡＧ／ａｕｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｕｕｇｕ、ＡＣＧ／ｃｕａａｇｃ、ＣＡＧ／ｃｕｇｕｇｕ、ＣＵＧ／ｕｕａａｇ、ＧＡＧ／ｕｕａａｇｕ、ＡＡＧ／ｕｕａａｇｇ、ＡＵＵ／ｕｕａａｇｃ、ＣＵＧ／ｕｕｇａｇａ、ＣＡＧ／ｕｕｕｇｇｕ、またはＧＧＧ／ａｕａａｇｕを含む。
【００２４】
[0025]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＣＡＧ／ａｕａａｃｕ、ＧＡＧ／ｃｕｇｃａｇまたはＡＡＧ／ｕｕａａｕａを含む。
[0026]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＧＣＧ／ｇａｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｇａａａａ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｃａａａａ、ＵＧＵ／ｇｃａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃａｇｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃｇｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｃｕｃｃｃ、ＣＡＧ／ｇｃｕｇｇｕまたはＡＡＧ／ｇａｕｇａｇを含む。
【００２５】
[0027]本発明の新規な特徴は、添付の特許請求の範囲に特に記載されている。本発明の特徴および利点のより良好な理解は、本発明の原理を利用する例示的な実施形態を説明する以下の詳細な説明、および以下の添付の図面を参照することにより得られる。
【図面の簡単な説明】
【００２６】
【図１】[0028]ＢＬＩによる例示的な結合速度アッセイを示す図である。
【図２】[0029]本開示の様々な実施形態において使用され得る、例示的な標的ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖を示す図である。
【図３】[0030]図３は、本開示において記載されている選択された低分子結合剤の効果を試験する、細胞をベースとするアッセイの例示的な結果を示す図である。
【図４Ａ】[0031]図４Ａ〜Ｆは、ＮＭＲまたは速度検討に関する１つまたは複数の結合剤に結合する標的ポリヌクレオチドの例示的な結合事象を示す図である。第１の結合剤および第２の結合剤のどちらも、１つまたは複数の分子を含むことができる。１つを超える分子が結合剤に含まれる場合、これらの分子は、同時にまたは逐次に加えられ得る。
【図４Ｂ】図４Ａ〜Ｆは、ＮＭＲまたは速度検討に関する１つまたは複数の結合剤に結合する標的ポリヌクレオチドの例示的な結合事象を示す図である。第１の結合剤および第２の結合剤のどちらも、１つまたは複数の分子を含むことができる。１つを超える分子が結合剤に含まれる場合、これらの分子は、同時にまたは逐次に加えられ得る。
【図４Ｃ】図４Ａ〜Ｆは、ＮＭＲまたは速度検討に関する１つまたは複数の結合剤に結合する標的ポリヌクレオチドの例示的な結合事象を示す図である。第１の結合剤および第２の結合剤のどちらも、１つまたは複数の分子を含むことができる。１つを超える分子が結合剤に含まれる場合、これらの分子は、同時にまたは逐次に加えられ得る。
【図４Ｄ】図４Ａ〜Ｆは、ＮＭＲまたは速度検討に関する１つまたは複数の結合剤に結合する標的ポリヌクレオチドの例示的な結合事象を示す図である。第１の結合剤および第２の結合剤のどちらも、１つまたは複数の分子を含むことができる。１つを超える分子が結合剤に含まれる場合、これらの分子は、同時にまたは逐次に加えられ得る。
【図４Ｅ】図４Ａ〜Ｆは、ＮＭＲまたは速度検討に関する１つまたは複数の結合剤に結合する標的ポリヌクレオチドの例示的な結合事象を示す図である。第１の結合剤および第２の結合剤のどちらも、１つまたは複数の分子を含むことができる。１つを超える分子が結合剤に含まれる場合、これらの分子は、同時にまたは逐次に加えられ得る。
【図４Ｆ】図４Ａ〜Ｆは、ＮＭＲまたは速度検討に関する１つまたは複数の結合剤に結合する標的ポリヌクレオチドの例示的な結合事象を示す図である。第１の結合剤および第２の結合剤のどちらも、１つまたは複数の分子を含むことができる。１つを超える分子が結合剤に含まれる場合、これらの分子は、同時にまたは逐次に加えられ得る。
【図５Ａ】[0032]図５Ａは、ＳＭＮ２  ＲＮＡ二本鎖の模式図である。上側の鎖は、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ  ５’末端に相当する。下側の鎖は、ＳＭＮ２エクソン７の５’スプライス部位に相当する。
【図５Ｂ】[0033]図５Ｂは、例となる化合物（化合物Ａ）の構造を示す図である。
【図５Ｃ】[0034]図５Ｃは、化合物Ａの濃度の関数としての、ＲＮＡ二本鎖（イミノ領域）の１Ｄ  １Ｈスペクトルを重ね合わせたもの（左）、および化合物Ａの濃度の関数としての、ＲＮＡ（ピリミジン領域）の２Ｄ  １Ｈ−１Ｈ  ＴＯＣＳＹスペクトルを重ね合わせたもの（右）を示す実験でのＮＭＲデータを示す図である。ＲＮＡ二本鎖：化合物Ａの比が示されている。
【図６Ａ】[0035]図６Ａは、観察されたケミカルシフトと一緒にしたプロトン（擬原子）の名称が示されている化合物Ａの平面構造を示す図である。
【図６Ｂ】[0036]図６Ｂは、特定された分子内核オーバーハウザー効果（ＮＯＥ）が示されている、化合物Ａの平面構造を示す図である。
【図６Ｃ】[0037]図６Ｃは、分子内ＮＯＥに注釈が付されている２Ｄ  １Ｈ−１Ｈ  ＮＯＥＳＹの一部を示す実験ＮＭＲデータを示す図である。
【発明を実施するための形態】
【００２７】
[0038]本明細書において使用される用語は、特定の例となる実施形態を説明するために過ぎず、限定することを意図するものでない。本明細書で使用する場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、文脈が特に明確に示さない限り、複数形も同様に含むことが意図され得る。したがって、例えば、「結合剤」という場合、結合剤の混合物を含み、「ＮＭＲ共鳴」という場合、１つを超える共鳴を含むなどである。用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含むこと（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」は包括的であり、明記されている特徴、整数、ステップ、操作、要素および／または構成成分が存在することを指定するが、他の特徴、整数、ステップ、操作、要素、構成成分および／またはそれらの群のうちの１つもしくは複数の存在または追加を排除するものではない。本明細書に記載されている方法ステップ、プロセスおよび操作は、成績の順序として具体的に特定しない限り、議論または例示されている特定の順序での成績を必ず要求しているものと解釈されるべきではない。追加のステップまたは代替ステップが使用されてもよいことをやはり理解すべきである。
【００２８】
[0039]一態様では、標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤、第２の結合剤またはそれらの両方を接触させるステップであって、標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が第１の複合体を形成し、第２の結合剤および第１の複合体が第２の複合体を形成するステップ、ならびに核磁気共鳴（ＮＭＲ）装置を使用して、第１の複合体、第２の複合体またはそれらの両方のＮＭＲスペクトルを得るステップを含む方法が、本明細書において提供される。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、標的リボ核酸（ＲＮＡ）である。一部の実施形態では、標的ＲＮＡは、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（ｍＲＮＡ前駆体）またはその一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位またはその一部を含有する。一部の実施形態では、スプライス部位は、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’ スプライス部位、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１００〜２００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、第１の結合剤は、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、第１のＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、タンパク質、またはタンパク質−ＲＮＡ複合体のタンパク質構成成分である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、トランス作用因子のタンパク質またはタンパク質構成成分である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＲＮＡスプライシングに関連するタンパク質の一部、例えば、ドメインまたはサブドメインである。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＲ、ＴＲＡ２、ＳＦ、ＳＲＳＦ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｓｍタンパク質、ＦＢＰ１１、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ２ＡＦ３５、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、ＡＳＦ、ＳＦ２、９Ｇ８、ＳＲＰ２０、ＴＲＡ２ａ／ｂ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３０Ｃ、ＳＲＰ３８、ＳＲＰ４０、ＳＲＰ５５、ＳＲＰ７５、ＨＵＲ、ＮＦＡＲ、ＮＦ４５、ＹＢ１および接合複合体タンパク質を含む群から選択されるタンパク質のうちの１つのタンパク質構成成分またはその一部である。ＲＮＡスプライシングに関連する他の例示的なタンパク質には、ｍＢＢＰ、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ｎＰＴＢ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、ＳＡＭ６８、ＳＴＡＲ／ＧＳＧ、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＤ−１、ＳＵＰ−１２、ＲＮＰＣ１、ＡＳＦ、ｓｎＲＮＰ補助因子−３５（Ｕ２ＡＦ３５）、ＡＳＦ／ＳＦ２、Ｎｏｖａ−１／２、Ｆｏｘ−１／２、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＣＥＬＦ、Ｈｕ、ＴＩＡ、ＴＩＡＲおよびそれらの別名が含まれる。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第２の結合剤は低分子である。一部の実施形態では、第１の結合剤は低分子を含む。一部の実施形態では、第２の結合剤は、第２のポリヌクレオチド、第２のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第２のポリヌクレオチドは、第２のＲＮＡである。一部の実施形態では、第２のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、第２のポリペプチドは、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、第１の複合体は結合ポケットを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、ステムループ構造に隣接する領域または配列を含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まない。一部の実施形態では、バルジまたは変異は、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす。一部の実施形態では、結合ポケットを標的とする結合剤は、結合ポケットに結合すると、３次元構造の変化を引き起こすことができる。一部の実施形態では、第２の結合剤は、結合ポケットに結合する。一部の実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体は、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、ＣＤ４６、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む。一部の実施形態では、第１の複合体に関する第１のＮＭＲスペクトルが得られ、第２の複合体に関する第２のＮＭＲスペクトルが得られる。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルの比較に基づいて第２の結合剤を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１および第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。
【００２９】
[0040]一態様では、標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップを含む方法であって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤を接触させるステップ、およびＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップを含む方法が提供される。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、標的ＲＮＡである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体またはその一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、エクソン−イントロン境界を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位またはその一部を含有する。一部の実施形態では、スプライス部位は、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’スプライス部位、またはそれらの任意の組合せである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、第１の結合剤は、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、第１のＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、第１のポリペプチドは、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である。一部の実施形態では、リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＰは、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、トランス作用因子のタンパク質またはタンパク質構成成分である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＲＮＡスプライシングに関連するタンパク質の一部、例えば、ドメインまたはサブドメインである。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＲ、ＴＲＡ２、ＳＦ、ＳＲＳＦ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓ���ＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｓｍタンパク質、ＦＢＰ１１、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ２ＡＦ３５、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、ＡＳＦ、ＳＦ２、９Ｇ８、ＳＲＰ２０、ＴＲＡ２ａ／ｂ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３０Ｃ、ＳＲＰ３８、ＳＲＰ４０、ＳＲＰ５５、ＳＲＰ７５、ＨＵＲ、ＮＦＡＲ、ＮＦ４５、ＹＢ１および接合複合体タンパク質を含む群から選択されるタンパク質のうちの１つのタンパク質構成成分またはその一部である。ＲＮＡスプライシングに関連する他の例示的なタンパク質は、ｍＢＢＰ、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ｎＰＴＢ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、ＳＡＭ６８、ＳＴＡＲ／ＧＳＧ、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＤ−１、ＳＵＰ−１２、ＲＮＰＣ１、ＡＳＦ、ｓｎＲＮＰ補助因子−３５（Ｕ２ＡＦ３５）、ＡＳＦ／ＳＦ２、Ｎｏｖａ−１／２、Ｆｏｘ−１／２、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＣＥＬＦ、Ｈｕ、ＴＩＡ、ＴＩＡＲおよびそれらの別名が含まれる。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤は、第１の複合体を形成する。一部の実施形態では、第１の複合体は結合ポケットを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、バルジまたは変異は、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす。一部の実施形態では、本方法は、第１の複合体に第２の結合剤を接触させるステップをさらに含む。一部の実施形態では、第２の結合剤は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、タンパク質、低分子、イオン、塩および原子を含む群から選択される１つまたは複数の分子を含む。一部の実施形態では、第２の結合剤は低分子である。一部の実施形態では、低分子は、低分子のライブラリーである。一部の実施形態では、第２の結合剤は、第１の複合体の検出可能な構造変化をさらに引き起こす。一部の実施形態では、本方法は、第１の複合体に第２の結合剤を接触させた後に、第２のＮＭＲスペクトルを得るステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、第１および第２のＮＭＲスペクトルから、１個または複数の原子のケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、ＣＤ４６、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む。
【００３０】
[0041]一態様では、ポリヌクレオチドに対する結合剤を選択する方法であって、標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップ、ポリヌクレオチド試料に結合剤を接触させるステップ、結合剤を接触させた後に、ポリヌクレオチド試料の第２のＮＭＲスペクトルを得るステップ、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップ、およびこの比較に基づいて結合剤を選択するステップを含む方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、結合剤は、低分子、ポリヌクレオチドもしくはタンパク質、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチド試料は、第１のポリヌクレオチドをさらに含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドは、ほぼ等モル量で添加される。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、第１のＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のＲＮＡは、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である。一部の実施形態では、ｓｎＲＮＡは、Ｕ１〜Ｕ１２  ｓｎＲＮＡまたはその一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドは、二本鎖を形成する。一部の実施形態では、二本鎖は、結合ポケットを含有する。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、変異、バルジまたはステムループを含まない。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１００〜２００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルまたは第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、ポリヌクレオチドおよび結合した低分子または分子レベルで（ｍｏｌｅｃｕｌａｒｌｙ）相互���用している低分子の３次元原子分解能構造を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、３次元原子分解能構造は、構造予測ソフトウェアによって決定される。一部の実施形態では、構造予測ソフトウェアは、Ａｔｎｏｓ／Ｃａｎｄｉｄプログラムスイートである。一部の実施形態では、構造予測ソフトウェアは、ＭＣ−ｆｏｌｄ｜ＭＣ−Ｓｙｍパイプラインである。一部の実施形態では、３次元原子分解能構造を決定するステップは、ヌクレオチド配列および１つまたは複数の２次元構造予測アルゴリズムを使用する、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデルを生成するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデル、ならびに場合により１つもしくは複数の既知のおよび／または仮定のポリヌクレオチド２次元モデルを使用する３次元構造予測アルゴリズムを使用して、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、予測されるケミカルシフトセットと１個または複数の原子のケミカルシフトとを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ＮＭＲ装置を使用して、共鳴の帰属を行い、ＮＯＥ誘導距離を特定して構造計算を推進する。一部の実施形態では、本方法は、１つまたは複数の３次元原子分解能構造として、個々の予測されるケミカルシフトセットと１個または複数の原子のケミカルシフトとの間の一致を有する１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、２次元構造予測アルゴリズムは、近傍アルゴリズムである。一部の実施形態では、本方法は、エネルギー最小化および／または分子動力学シミュレーションを含む１つまたは複数の関数を行うモデリングソフトウェアを使用して、選択した１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを精密化することにより、１つまたは複数の精密３次元原子分解能構造を生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットは、各理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルとＮＭＲデータ−構造データベースとを比較することにより生成される。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップは、実験により決定された１つまたは複数のポリヌクレオチド３次元構造からの原子座標、スタッキング相互作用、磁化率、電磁場または二面角を含む、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、実験により決定された３次元ポリヌクレオチド構造の実験的ケミカルシフトとポリヌクレオチド構造メトリックとの間の関係を説明する、一式の数学関数またはオブジェクトを生成するための回帰アルゴリズムを使用するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、���測されるケミカルシフトセットを生成するための一式の数学関数またはオブジェクトに、理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを入力するステップをさらに含む。一部の実施形態では、回帰アルゴリズムは、ランダムフォレストアルゴリズムを含む機械学習アルゴリズムである。一部の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、約１ＧＨｚＭＨｚ〜約２０ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる。一部の実施形態では、本方法は、５００ＭＨｚ〜９００ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数でＮＭＲスペクトルを得ることをさらに含む。
一部の実施形態では、ＮＭＲ装置は、ＡＶＡＮＣＥ  ＩＩＩである。一部の実施形態では、本方法は、二本鎖への結合剤の結合速度を決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、結合速度は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性によって決定される。一態様では、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドによって形成される１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップであって、第１のポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、および１つまたは複数の結合ポケットに対して１つまたは複数の低分子を仮想的にスクリーニングするステップであって、仮想スクリーニングプロセスが推定上の低分子ヒットを特定するステップを含む方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップは、第１のポリヌクレオチドおよび第２のポリヌクレオチドを含む３次元原子分解能構造を解明するステップを含む。一部の実施形態では、３次元原子分解能構造は、ＮＭＲスペクトルによって決定される。一部の実施形態では、本方法は、実験アッセイを使用する仮想スクリーニングから、１つまたは複数の低分子ヒットを試験するステップをさらに含む。一部の実施形態では、実験アッセイは、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体である。一部の実施形態では、スプライス部位は、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位または隠れた３’スプライス部位である。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含有する。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、１００〜２００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、第１のポリヌクレオチドは、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、ＣＤ４６、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む。
定義
[0042]用語「ポリヌクレオチド」は、本明細書で使用する場合、一般に、１つまたは複数の核酸サブユニットまたはヌクレオチドを含む分子を指し、「核酸」または「オリゴヌクレオチド」と互換的に使用され得る。ポリヌクレオチドは、アデノシン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、チミン（Ｔ）およびウラシル（Ｕ）またはそれらのバリアントから選択される、１つまたは複数のヌクレオチドを含むことができる。ヌクレオチドは、一般に、ヌクレオシド、および少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個またはそれより多いリン酸（ＰＯ３）基を含む。ヌクレオチドは、核酸塩基、五炭糖（リボースまたはデオキシリボースのどちらか）、および１つまたは複数のリン酸基を含むことができる。リボヌクレオチドは、糖がリボースであるヌクレオチドである。デオキシリボヌクレオチドは、糖がデオキシリボースである、ヌクレオチドである。ヌクレオチドは、ヌクレオシド一リン酸またはヌクレオシドポリリン酸とすることができる。ヌクレオチドは、例えば、デオキシリボヌクレオシド三リン酸（ｄＮＴＰ）などのデオキシリボヌクレオシドポリリン酸とすることができ、デオキシリボヌクレオシド三リン酸は、発光タグまたはマーカー（例えば、フルオロフォア）などの検出可能なタグを含む、デオキシアデノシン三リン酸（ｄＡＴＰ）、デオキシシチジン三リン酸（ｄＣＴＰ）、デオキシグアノシン三リン酸（ｄＧＴＰ）、ウリジン三リン酸（ｄＵＴＰ）およびデオキシチミジン三リン酸（ｄＴＴＰ）ｄＮＴＰから選択され得る。ヌクレオチドは、例えば、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐにより同位体標識され得る。ヌクレオチドは、成長中の核酸鎖に組み込まれ得る任意のサブユニットを含むことができる。このようなサブユニットは、Ａ、Ｃ、Ｇ、ＴもしくはＵ、あるいは１つもしくは複数の相補性Ａ、Ｃ、Ｇ、ＴまたはＵに特異的な、またはプリン（すなわち、ＡもしくはＧ、またはそれらのバリアント）もしくはピリミジン（すなわち、Ｃ、ＴもしくはＵ、またはそれらのバリアント）に相補性の任意の他のサブユニットとすることができる。一部の例では、ポリヌクレオチドは、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、リボ核酸（ＲＮＡ）、またはそれらの誘導体もしくはバリアントである。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、数例を挙げると、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、プラスミドＤＮＡ（ｐＤＮＡ）、小ヘアピンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、前駆体ｍＲＮＡ（ｍＲＮＡ前駆体）、アンチセンスＲＮＡ（ａｓＲＮＡ）であり、一本鎖、二本鎖、三本鎖、らせん形、ヘアピンなどの、ヌクレオチド配列およびその任意の構造上の実施形態のどちらも包含する。一部の場合、ポリヌクレオチド分子は、円形である。ポリヌクレオチドは、様々な長さを有することができる。核酸分子は、少なくとも、約１０塩基、２０塩基、３０塩基、４０塩基、５０塩基、１００塩基、２００塩基、３００塩基長、４００塩基、５００塩基、１キロ塩基（ｋｂ）、２ｋｂ、３ｋｂ、４ｋｂ、５ｋ、１０ｋｂ、５０ｋｂ、またはそれより多い長さを有することができる。ポリヌクレオチドは、細胞または組織から単離され得る。本明細書において具現化される通り、ポリヌクレオチド配列は、単離および精製されたＤＮＡ／ＲＮＡ分子、合成ＤＮＡ／ＲＮＡ分子、合成ＤＮＡ／ＲＮＡアナログを含むことができる。
【００３１】
[0043]ポリヌクレオチドは、非標準ヌクレオチド、非天然ヌクレオチド、ヌクレオチドアナログおよび／または修飾ヌクレオチドを含む、１つまたは複数のヌクレオチドバリアントを含むことができる。修飾ヌクレオチドの例には、以下に限定されないが、ジアミノプリン、５−フルオロウラシル、５−ブロモウラシル、５−クロロウラシル、５−ヨードウラシル、ヒポキサンチン、キサンチン、４−アセチルシトシン、５−（カルボキシヒドロキシルメチル）ウラシル、５−カルボキシメチルアミノメチル−２−チオウリジン、５−カルボキシメチルアミノメチルウラシル、ジヒドロウラシル、ベータ−Ｄ−ガラクトシルクエオシン、イノシン、Ｎ６−イソペンテニルアデニン、１−メチルグアニン、１−メチルイノシン、２，２−ジメチルグアニン、２−メチルアデニン、２−メチルグアニン、３−メチルシトシン、５−メチルシトシン、Ｎ６−アデニン、７−メチルグアニン、５−メチルアミノメチルウラシル、５−メトキシアミノメチル−２−チオウラシル、ベータ−Ｄ−マンノシルクエオシン、５’−メトキシカルボキシメチルウラシル、５−メトキシウラシル、２−メチルチオ−Ｄ４６−イソペンテニルアデニン、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、ワイブトキソシン、シュードウラシル、クエオシン、２−チオシトシン、５−メチル−２−チオウラシル、２−チオウラシル、４−チオウラシル、５−メチルウラシル、ウラシル−５−オキシ酢酸メチルエステル、ウラシル−５−オキシ酢酸（ｖ）、５−メチル−２−チオウラシル、３−（３−アミノ−３−Ｎ−２−カルボキシプロピル）ウラシル、（ａｃｐ３）ｗ、２，６−ジアミノプリンなどが含まれる。一部の場合、ヌクレオチドは、三リン酸部分への修飾を含めた、それらのリン酸部分における修飾を含むことができる。このような修飾の非限定例は、より長いリン酸鎖（例えば、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個またはそれより多いリン酸部分を有するリン酸鎖）、およびチオール部分による修飾（例えば、アルファ−チオ三リン酸およびベータ−チオ三リン酸）を含む。核酸分子はまた、塩基部分（例えば、相補性ヌクレオチドとの水素結合を形成するために通常、利用可能な１個または複数の原子において、および／または相補性ヌクレオチドと水素結合を形成することが通常、可能ではない１個または複数の原子において）、糖部分またはリン酸主鎖において修飾され得る。核酸分子はまた、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル（ＮＨＳ）などのアミン反応性部分の共有結合を可能にする、アミノアリル１−ｄＵＴＰ（ａａ−ｄＵＴＰ）およびアミノヘキシルアクリルアミド−ｄＣＴＰ（ａｈａ−ｄＣＴＰ）などのアミン修飾基を含むことができる。本開示のオリゴヌクレオチドにおける標準ＤＮＡ塩基対またはＲＮＡ塩基対への代替により、より高い密度（立方ｍｍあたりのビット数）、より高い安全性（天然毒素の偶然の合成または意図的な合成に対する抵抗性）、光プログラム化ポリメラーゼにおけるより容易な区別、またはより低い二次構造を実現することができる。デノボおよび／または増幅合成のための天然および変異体ポリメラーゼと適合可能なこのような代替塩基対は、すべての目的のために、参照により本明細書に組み込まれている、Ｂｅｔｚ  Ｋ、Ｍａｌｙｓｈｅｖ  ＤＡ、Ｌａｖｅｒｇｎｅ  Ｔ、Ｗｅｌｔｅ  Ｗ、Ｄｉｅｄｅｒｉｃｈｓ  Ｋ、Ｄｗｙｅｒ  ＴＪ、Ｏｒｄｏｕｋｈａｎｉａｎ  Ｐ、Ｒｏｍｅｓｂｅｒｇ  ＦＥ、Ｍａｒｘ  Ａ．Ｎａｔ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．２０１２年７月；８巻（７号）：６１２〜４頁に記載されている。
【００３２】
[0044]用語「ポリヌクレオチド試料」は、ポリヌクレオチド、または場合により溶媒に溶解しているある量（例えば、モル数またはある濃度のポリヌクレオチド）のポリヌクレオチドを含み、この場合、ポリヌクレオチド試料中のポリヌクレオチドは、１つのヌクレオチド配列を有する。一部の例では、ポリヌクレオチド試料中のポリヌクレオチドは、同一ヌクレオチドだけを有してもよく、またはポリヌクレオチド試料は、異なるヌクレオチドを用いて合成されたポリヌクレオチドを含有することができる。一部の例では、ポリヌクレオチドは、いかなる標識も含まない。一部の他の例では、ポリヌクレオチドは、１個または複数の原子標識により標識されている。
【００３３】
[0045]本明細書で使用する場合、用語「タンパク質」とは、ペプチド結合を介して連結しているアミノ酸残基の長いポリマーであって、１つまたは複数のポリペプチド鎖からなることができる長いポリマーを指す。より詳細には、用語「タンパク質」は、特定の順序、例えば、タンパク質をコードする遺伝子中のヌクレオチドの塩基配列によって決定される順序で、アミノ酸の１つまたは複数の鎖からなる分子を指す。タンパク質は、体細胞の構造、機能および調節、組織、ならびに臓器に必須であり、各タンパク質は、特有の機能を有する。例は、ホルモン、酵素、抗体、および任意のその断片である。一部の場合、タンパク質は、タンパク質の一部、例えば、タンパク質のドメイン、サブドメインまたはモチーフとすることができる。一部の場合、タンパク質は、１つまたは複数のアミノ酸残基が、タンパク質の天然に存在する（または、少なくとも既知の）アミノ酸配列に挿入されている、これから欠失される、および／またはこれらに置換されている、タンパク質のバリアント（または変異）とすることができる。タンパク質またはそのバリアントは、天然または組換えとすることができる。
【００３４】
[0046]本明細書で使用する場合、用語「ペプチド」は、モノマーがアミド結合を介して一緒に連結しているアミノ酸であるポリマーであり、代わりに、ポリペプチドと称される。本明細書の文脈において、アミノ酸は、Ｌ−光学異性体またはＤ−光学異性体とすることができることを理解すべきである。ペプチドは、２つ以上のアミノ酸モノマーの長さであり、多くの場合、２０を超えるアミノ酸モノマーの長さとすることができる。
【００３５】
[0047]結合ポケットは、スプライシングプロセスを本質的に阻害するまたは活性化するよう、ＲＮＡの確認（ｃｏｎｆｉｒｍａｔｉｏｎ）および構造に影響を及ぼすそのような位置において結合剤の特異的相互作用を可能にする十分な構造的複雑さ（例えば、二次または三次構造）を有するポリヌクレオチド（例えばＲＮＡ）上の任意の位置を指すことができる。結合ポケットは、ステムループ、変異含有一本鎖および二本鎖に隣接する、バルジ、非変異一本鎖および二本鎖ＲＮＡ、ステムループまたは配列を含有することができる。結合ポケットは、変異を含んでもよく、または含まなくてもよい。一部の場合、結合ポケットは、結合ポケットの上流／下流に変異を有する配列部分を含み、このような変異は、結合ポケットにおけるＲＮＡの構造に影響を及ぼす。
【００３６】
[0048]「結合剤」は、本明細書で使用する場合、核酸分子に特異的に結合することができる分子、２つ以上の核酸分子により形成される複合体、または核酸およびタンパク質により形成される複合体を指す。結合剤は、タンパク質、ペプチド、核酸、炭水化物、脂質または低分子量化合物であってもよい。本明細書において開示されている結合剤は、ＲＮＡミススプライシングをモジュレートすることができるか、または修正することができる。
【００３７】
[0049]本明細書で使用する場合、「低分子量化合物」は、「低分子」または「有機低分子」と互換的に使用され得る。低分子は、ペプチド、オリゴヌクレオチドまたはそれらのアナログ以外の化合物を指し、通常、約２，０００ダルトン未満の分子量を有する。
【００３８】
[0050]リボ核タンパク質（ＲＮＰ）は、ＲＮＡを含有する核タンパク質を指す。それは、リボ核酸とＲＮＡ結合タンパク質を一緒にする会合である。このような組合せはまた、タンパク質−ＲＮＡ複合体と呼ばれ得る。これらの複合体は、ＤＮＡ複製、遺伝子発現の調節およびＲＮＡの代謝の調節を含む、いくつかの生物学的機能において機能することができる。ＲＮＰのいくつかの例は、リボソーム、酵素のテロメラーゼ、ヴォールトリボ核タンパク質、ＲＮアーゼＰ、異質核内ＲＮＰ（ｈｎＲＮＰ）および低分子核内ＲＮＰ（ｓｎＲＮＰ）を含む。
【００３９】
[0051]ｍＲＮＡ前駆体とまとめて称される、タンパク質をコードする遺伝子、およびｍＲＮＡプロセシング中間体に由来する新生ＲＮＡ転写物は、一般に、真核細胞の核内のタンパク質によって結合される。新生転写物が、ＲＮＡポリメラーゼＩＩから最初に出現して成熟ｍＲＮＡが細胞質に輸送されるまでの期間、ＲＮＡ分子は、多数の一連の核内タンパク質に関わる。これらのタンパク質は、ｈｎＲＮＰの主要なタンパク質構成成分であり、これは、ｍＲＮＡ前駆体をまとめて指す用語である異質核内ＲＮＡ（ｈｎＲＮＡ）、および様々なサイズの他の核内ＲＮＡを含有する。
【００４０】
[0052]スプライシング因子は、スプライシングまたはスプライシング調節において機能する、タンパク質またはタンパク質複合体である。スプライシング因子は、恒常的スプライシング、調節スプライシングおよび特異的メッセージのスプライシング、または一群のメッセージに必要となり得るものを含む。関連タンパク質の一群である、ＳＲタンパク質は、恒常的ｍＲＮＡ前駆体スプライシングにおいて機能することができ、濃度依存的に、選択的スプライス部位選択をやはり調節することができる。ＳＲタンパク質は、１つまたは２つのＲＮＡ認識モチーフ（ＲＲＭ）、ならびにアルギニンおよびセリン残基（ＲＳドメイン）に富むＣ末端からなるモジュール構造を有する。選択的スプライシングにおけるその活性は、タンパク質のｈｎＲＮＰ  Ａ／Ｂのメンバーにより拮抗され得る。スプライシング因子はまた、１つまたは複数のｓｎＲＮＡに関連するタンパク質を含むことができる。ヒトにおけるＳＲタンパク質には、ＳＣ３５、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ４０、ＳＲｍ３００、ＳＦＲＳ１０、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＳＦ２／ＡＳＦ、９Ｇ８、ＳＲｐ７５、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲｐ２０およびＰ５４／ＳＦＲＳ１１が含まれる。スプライス部位の選択に関与し得るヒトにおける他のスプライシング因子には、以下に限定されないが、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ補助因子（例えばＵ２ＡＦ６５、Ｕ２ＡＦ３５）、Ｕｒｐ／Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＣＢＰ８０、ＣＢＰ２０、ＳＦ１およびＰＴＢ／ｈｎＲＮＰ１が含まれる。ヒトにおけるｈｎＲＮＰタンパク質には、以下に限定されないが、Ａ１、Ａ２／Ｂ１、Ｌ、Ｍ、Ｋ、Ｕ、Ｆ、Ｈ、Ｇ、Ｒ、ＩおよびＣ１／Ｃ２が含まれる。スプライシング因子は、安定的かつ一過的に、ｓｎＲＮＰまたは転写に関連し得る。
【００４１】
[0053]用語「イントロン」は、遺伝子内のＤＮＡ配列とプロセッシングされていないＲＡＮ転写物における対応する配列の両方を指す。ＲＮＡプロセッシング経路の一部として、イントロンは、転写直後または転写と同時のどちらかで、ＲＮＡスプライシングにより除去される。イントロンは、大部分の生物および多数のウイルスの遺伝子に見いだされる。それらは、タンパク質、リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）およびトランスファーＲＮＡ（ｔＲＮＡ）を生成するものを含めた、幅広い範囲の遺伝子に位置し得る。「エクソン」は、イントロンがＲＮＡスプライシングによって除去された後、その遺伝子によって産生された最終の成熟ＲＮＡの部分をコードする遺伝子の任意の部分とすることができる。用語「エクソン」は、遺伝子内のＤＮＡ配列と、ＲＮＡ転写物における対応する配列の両方を指す。「スプライセオソーム」は、ｓｎＲＮＡおよびタンパク質複合体から組み立てられる。スプライセオソームは、転写後ｍＲＮＡ前駆体からイントロンを取り除く。
【００４２】
[0054]本明細書で使用する場合、用語「標的」または「標的分子」は、分子上の認識部分に結合している結合剤によってモジュレートされる任意の生物分子から選択され得る分子を指す。モジュレートは、活性化、阻害、または任意の構造変化とすることができる。例えば、本開示の一部の実施形態では、結合剤は、標的分子（例えば、ｍＲＮＡ）に結合して、ＲＮＡスプライシングをモジュレートし、スプライシングにおいていくつかの欠損を修正することができる。現在の技術によって包含される標的分子は、ＲＮＡおよびＤＮＡを含めた、ポリヌクレオチド、タンパク質、ポリペプチド、オリゴペプチド、リボ核タンパク質および核酸を含む、多様な多数の化合物を含むことができる。一部の場合、標的分子は、標的ポリヌクレオチド、標的ＲＮＡまたは標的ＤＮＡとすることができる。分子上の認識部分は、結合剤と相互作用する構造部分を指す。認識部分は、１つまたは複数の分子（例えばＲＮＡおよびＲＮＡ二本鎖）によって形成される、結合ポケット（例えば、ｍＲＮＡ上の結合ポケット）とすることができる。本明細書において提供される様々な実施形態では、標的ポリヌクレオチドによって形成される結合ポケットは、バルジ、もしくは変異、もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含み、低分子などの結合剤を収容することができる。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まないことがある。
スプライシング
[0055]スプライシングまたはＲＮＡスプライシングとは、通常、新生前駆体メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ前駆体）転写の成熟メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）への編集を指す。スプライシングは、イントロンの除去とその後のエクソンライゲーションを含む生化学的プロセスである。連続エステル交換反応は、下流のイントロンにおける分岐アデノシン（分岐点；ＢＰ）による５’スプライス部位（５’ｓｓ）の求核攻撃により開始され、２’，５’−ホスホジエステル連結基を有するイントロンラリアート中間体の形成をもたらす。この後に、３’スプライス部位（３’ｓｓ）上での５’ｓｓ媒介性攻撃が続き、イントロンラリアートの除去、およびスプライシングされたＲＮＡ産生物の形成に至る。
【００４３】
[0056]スプライシングは、様々なシス作用性エレメントおよびトランス作用因子によって調節され得る。シス作用性エレメントは、ｍＲＮＡの配列であり、コアコンセンサス配列および他の調節エレメントを含むことができる。コアコンセンサス配列は、通常、５’ｓｓ、３’ｓｓ、ポリピリミジントラクトおよびＢＰ領域を含む、保存されたＲＮＡ配列モチーフを指すことができ、これは、スプライセオソームの動員に機能することができる。コアコンセンサス配列は、実験のためにインビトロで使用された場合、構築体足場と称され得る。ＢＰは、一般に、３’ｓｓの上流の５０未満のヌクレオチドである、ｍＲＮＡ前駆体の部分保存された配列を指す。ＢＰは、スプライシング反応の第１の工程の間、５’ｓｓと反応する。他の調節シス作用性エレメントは、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）およびイントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）を含むことができる。トランス作用因子は、シス作用性エレメントに結合するタンパク質またはリボ核タンパク質とすることができる。
【００４４】
[0057]スプライス部位の特定および調節されたスプライシングは、２つの動的マクロ分子機構、すなわち主要な（Ｕ２依存性）および微量の（Ｕ１２依存性）スプライセオソームによって主に行われ得る。スプライセオソームはそれぞれ、主要なスプライセオソーム（これは、すべてのイントロンの約９５．５％を有する）の場合、５つのｓｎＲＮＰｓ：Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５およびＵ６  ｓｎＲＮＰ；ならびに微量のスプライセオソームの場合、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５およびＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰを含有する。特定の構造ＲＮＡの特徴を伴うコンセンサス配列エレメントのスプライセオソーム認識。通常、Ｕ１  ｓｎＲＮＰは、イントロンの５’ｓｓにおいて、ＧＵ配列に結合する。さらに、Ｕ２核内低分子ＲＮＡ補助因子１（Ｕ２ＡＦ３５）およびＵＳＡＦ２（Ｕ２ＡＦ６５）およびスプライシング因子１（分岐点結合タンパク質としても知られているＳＦ１）を含む、いくつかのタンパク質は、時として、主要なスプライセオソーム集合体に必要となることがある。Ｕ２ＡＦ１は、イントロンの３’ｓｓにおいて結合することができ、Ｕ２ＡＦ２は、ポリピリミジントラクトに結合することができる。ＳＦ１は、イントロンＢＰ配列に結合することができる。Ｕ２  ｓｎＲＮＰは、ＳＦ１に置き換わり、分岐点配列に結合し、ＡＴＰが加水分解される。Ｕ５／Ｕ４／Ｕ６  ｓｎＲＮＰ三量体、およびＵ５  ｓｎＲＮＰは、５’部位のエクソンに結合し、Ｕ６はＵ２に結合する。Ｕ１  ｓｎＲＮＰは、次に、放出されて、Ｕ５はエクソンからイントロンに移り、Ｕ６は、５’ｓｓにおいて結合する。次に、Ｕ４が放出され、Ｕ６／Ｕ２は、エステル交換反応を触媒し、これにより、イントロンの５’末端は、イントロン上の「Ａ」にライゲーションされ、ラリアートを形成する。Ｕ５は、３’ｓｓにおいてエクソンに結合し、５’部位が開裂し、これにより、ラリアートが形成する。Ｕ２／Ｕ５／Ｕ６は、ラリアートに結合した状態のままであり、３’部位は開裂し、エクソンは、ＡＴＰ加水分解を使用してライゲーションされる。スプライシングされたＲＮＡは放出されて、ラリアートが放出されて分解し、ｓｎＲＮＰが再利用される。５’ｓｓ、３’ｓｓおよびＢＰ部位におけるコンセンサス配列エレメントのスプライセオソーム認識は、スプライシング経路における工程の１つであり、ＳＲタンパク質およびｈｎＲＮＰを含めた、補助スプライシング因子により認識され得る、ＥＳＥ、ＩＳＥ、ＥＳＳおよびＩＳＳによりモジュレートされ得る。ポリピリミジントラクト−結合タンパク質（ＰＴＢＰ、またはＰＴＢもしくはｈｎＲＮＰ１としても知られている）は、イントロンのポリピリミジントラクトに結合することができ、ＲＮＡのループ形成を促進することができる。
【００４５】
[0058]選択的スプライシングは、単一遺伝子がいくつかの異なるタンパク質を最終的に生じることができる機構である。選択的スプライシングは、ｍＲＮＡ前駆体に関連する「選択的スプライシング調節タンパク質」と呼ばれる様々な異なるタンパク質の協調作用により行われ得、個別の選択的エクソンを成熟ｍＲＮＡに含ませる。遺伝子の転写のこのような選択的形態は、特定のタンパク質の個別のアイソフォームを生じ得る。選択的スプライシング調節タンパク質に結合することができるｍＲＮＡ前駆体分子における配列は、以下に限定されないが、ＩＳＳ、ＩＳＥ、ＥＳＳ、ＥＳＥおよびポリピリミジントラクトを含めた、イントロンまたはエクソンに見いだされ得る。多数の変異または上流のシグナル伝達経路は、スプライシングパターンを改変することができる。例えば、変異は、シス作用性エレメントとすることができ、コアコンセンサス配列（例えば５’ｓｓ、３’ｓｓおよびＢＰ）、またはＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥおよびＩＳＳを含めたスプライセオソームの動員をモジュレートする調節エレメント、またはステムループなどにおけるＲＮＡ構造をモジュレートする領域に位置し得る。変異はまた、変異の結果として、スプライシング機構により活性化および認識される選択的５’ｓｓと見なされる配列に存在することができ、５’ｓｓ内の変異は、選択的５’ｓｓの使用を引き起こすことができる。例えば、ミスシグナル伝達は、多かれ少なかれトランス作用スプライシング因子をｍＲＮＡ前駆体に結合させて、特定のｍＲＮＡアイソフォームの産生をモジュレートすることができる。
【００４６】
[0059]隠れたスプライス部位、例えば隠れた５’ｓｓおよび隠れた３’ｓｓは、スプライセオソームによって通常、認識されないスプライス部位を指すことができ、したがって、通常、休眠状態にある。隠れたスプライス部位は、シス作用性エレメントまたはトランス作用因子における変異によって、認識され得るか、または活性化され得るかのどちらかとなる。
【００４７】
[0060]スプライシング因子は、がんにおいて調節解除され得、一部の場合、それ自体が発がん遺伝子および偽発がん遺伝子であり、がん進行を推進する正のフィードバックループに寄与することができる。例えば、ヒトおよびマウスの上皮における、ＣＤ４４スプライスアイソフォーム切り替えは、上皮間葉転換および乳がん進行に必須である。ＦＯＸＭ１は、３つの別個のスプライスバリアントにおいて発現し、これらのバリアントは、２つの条件的エクソンのディファレンシャルスプライシングにより、同一遺伝子から発生する。ＦｏｘＭ１ＢおよびＦｏｘＭ１Ｃは、どちらも転写活性であり、これらの転写物に由来するタンパク質は、がん細胞周期の進行を推進する一方、ＦｏｘＭ１Ａは、発現した場合、エクソンの付加により、ＦＯＸＭ１のいずれの転写活性も消失し、ドミナントネガティブ体として作用するので、転写不活性である。別の例は、ＩＧ２０／ＭＡＤＤであり、これらは、単一エクソンによって区別される、がん細胞およびマウスにおける、同格作用（ａｐｐｏｓｉｎｇ  ｅｆｆｅｃｔ）を有する２つのスプライスアイソフォームである。ＩＧ２０は、ＴＲＡＩＬ誘発性アポトーシスを防止する抗アポトーシス形態である一方、ＭＡＤＤは、ＴＲＡＩＬ誘発性アポトーシスを誘発するアポトーシス促進形態である。実際に、ＲＮＡミススプライシングは、多数の社会的結果を伴うヒト疾患の数の増大が根底にある。
【００４８】
[0061]しかし、ＲＮＡスプライシングを標的とすること、より詳細には、ＲＮＡ標的を標的とすることは、ＲＮＡの２次元および３次元構造、ＲＮＡ結合親和性または選択性を生じさせるケモタイプ、特定のｍＲＮＡスプライシングホットスポットにおいて、ＲＮＡ結合親和性および選択性を生じさせるケモタイプ、ならびに低分子結合ポケットを形成するＲＮＡ構造要素の特定などの利用可能なデータが限られるために困難である。さらに、ｍＲＮＡ前駆体のＲＮＡスプライシングは、速度論的構成成分によって大きく影響を受け、こうして、特定の３次元構造は、特定の時点で、ＲＮＡおよび／またはＲＮＡ−タンパク質複合体により形成される。ＲＮＡスプライシングは、ＲＮＡに結合して、ＲＮＡ二次および三次構造に関わるいくつかのトランス作用性タンパク質因子を必要とする動的プロセスである。したがって、ＲＮＡスプライシングを修正する特異的および選択的低分子結合剤に関するスクリーニングは、時として、ＲＮＡ上への複数の薬剤の結合を正確に評価し、結合剤の結果としての構造変化を測定／確認することができるツールの使用を必要とし、その結果、分子の会合の変化、および時として、特定の重要な結合領域、またはアイソフォームＲＮＡ発現を推進するＲＮＡの重要な領域を含ませる／排除するＲＮＡスプライシングの方向に影響を及ぼすｍＲＮＡホットスポットにおける、特定の重要なタンパク質の速度論的親和性（解離定数）を決定することができる。したがって、これらの３−Ｄ結合ポケットを有する低分子相互作用は、疾患におけるＲＮＡ誤発現に影響を及ぼし、これを修正することができる。ＲＮＡ標的に結合するための低分子ライブラリーのスクリーニングにより、ＲＮＡ結合を生じるケモタイプに関するデータが作成され得る。しかし、ＲＮＡ結合剤に富む低分子のスクリーニングコレクションはほとんどない。実際に、大部分のライブラリーは、タンパク質に結合する化合物に偏っている。さらに、入手可能なＲＮＡ結合剤のライブラリーのいくつかは、特定のＲＮＡに非特異的であるか、または非選択的である。これらの必要性などに対処するため、様々な実施形態における本開示は、ＲＮＡおよび／またはＲＮＡタンパク質複合体に結合する低分子を特定するため、特定のＲＮＡ結合ポケットに適合することができる新規分子を設計するため、および疾患関連ｍＲＮＡ前駆体スプライシング欠損に対する低分子の特異性および選択性を改善するために使用することができる構造ベースのスクリーニングプラットフォームを提供する。
標的ポリヌクレオチド
[0062]様々な実施形態における本開示は、ポリヌクレオチドおよびタンパク質によって形成されるポリヌクレオチドおよび／または複合体（すなわち、ポリヌクレオチド−タンパク質複合体）に結合することができる低分子であって、ＲＮＡの立体構造に影響を及ぼし、こうしてＲＮＡ発現に影響を及ぼす低分子を特定する、構造ベースのスクリーニングプラットフォームまたは方法を提供する。本開示はまた、ＲＮＡスプライシングに関与するポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチド−タンパク質複合体に結合することができる低分子を特定する方法を提供する。本開示はまた、ＲＮＡの構造およびトランス作用性タンパク質の結合親和性に影響を及ぼすことができる低分子を特定する方法を提供する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＲＮＡである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡである。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の一部である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、５’ｓｓ、隠れた５’ｓｓ、３’ｓｓまたは隠れた３’ｓｓを含む、スプライス部位またはその一部を含有する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、ＢＰ、ＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥ、ＩＳＳおよびポリピリミジントラクトを含めた、１つまたは複数の他のシス作用性エレメントまたはその一部を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２、３、４、５、６つもしくはそれより多いイントロンまたはその断片を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、２、３、４、５、６つもしくはそれより多いエクソンまたはその断片を含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む。本明細書で使用する場合、エクソン−イントロン境界は、イントロンとエクソンとの間の境界に位置するイントロンおよびエクソン配列を含むいずれのポリヌクレオチドも指すことができる。一部の実施形態では、エクソン−イントロン境界は、エクソンの完全配列、およびイントロンの断片配列を含有することができる。一部の他の実施形態では、エクソン−イントロン境界は、イントロンの完全配列、およびエクソンの断片配列を含有することができる。一部の場合、標的ポリヌクレオチドは、エクソンおよびイントロン配列のどちらも含有し、エクソンおよびイントロンの順序は変わり得ることを理解すべきである。例えば、エクソンは、イントロンの５’末端に存在することができるか、またはエクソンは、イントロンの３’末端に存在することができる。一部の実施形態では、エクソン−イントロン境界は、５’ｓｓを含む。一部の実施形態では、エクソン−イントロン境界は、３’ｓｓを含む。標的ポリヌクレオチドは、長さを様々とすることができる。例えば、一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも５ヌクレオチド、少なくとも８ヌクレオチド、少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１５ヌクレオチド、少なくとも２０ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド、少なくとも３０ヌクレオチド、少なくとも３５ヌクレオチド、少なくとも４０ヌクレオチド、少なくとも４５ヌクレオチド、少なくとも５０ヌクレオチド、少なくとも５５ヌクレオチド、少なくとも６０ヌクレオチド、少なくとも７０ヌクレオチド、少なくとも７５ヌクレオチド、少なくとも８０ヌクレオチド、少なくとも８５ヌクレオチド、少なくとも９０ヌクレオチド、少なくとも９５ヌクレオチド、少なくとも１００ヌクレオチド、少なくとも２００ヌクレオチド、少なくとも３００ヌクレオチド、少なくとも４００ヌクレオチド、または少なくとも５００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、最大で２０ヌクレオチド、最大で５０ヌクレオチド、最大で１００ヌクレオチド、最大で１５０ヌクレオチド、最大で２００ヌクレオチド、最大で３００ヌクレオチド、最大で４００ヌクレオチド、最大で５００ヌクレオチド、最大で６００ヌクレオチド、最大で７００ヌクレオチド、最大で８００ヌクレオチド、最大で９００ヌクレオチドまたは最大で１０００ヌクレオチド長である。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、３〜５ヌクレオチド、５〜１０ヌクレオチド、１０〜２０ヌクレオチド、２０〜４０ヌクレオチド、４０〜５０ヌクレオチド、５０〜１００ヌクレオチド、１００〜１５０ヌクレオチド、１５０〜２００ヌクレオチド、２００〜２５０ヌクレオチド、２５０〜３００ヌクレオチド、３００〜３５０ヌクレオチド、３５０〜４００ヌクレオチド、４００〜４５０ヌクレオチド、または４５０〜５００ヌクレオチド長である。
【００４９】
[0063]一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、ＣＤ４６、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される遺伝子によってコードされる配列を含む。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドは、上述した遺伝子に対して、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％の配列同一性を有する遺伝子配列によってコードされるｍＲＮＡ前駆体である。
【００５０】
[0064]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１つまたは複数のヌクレオチド上に標識化されていてもよく、または修飾されていてもよい。
[0065]本開示は、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法によって、ポリヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチド−タンパク質複合体に結合する低分子結合剤を特定する、プラットフォームスクリーニング法を提供する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、いかなる標識も含まない。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、同位体標識されているヌクレオチドを含まない。一部の他の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、１つまたは複数の原子標識により同位体標識されている少なくとも１つのヌクレオチドを含む。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、同位体標識されている２つ以上のヌクレオチドを含む。通常、ＮＭＲ分光法に使用される原子標識は、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含むことができる。
結合剤
[0066]本開示の様々な実施形態では、少なくとも１つの結合剤は、標的ポリヌクレオチドを含有する試料中に導入される。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、それ自体、認識部分、または低分子などの結合剤を収容する結合ポケットを形成することができる。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、少なくとも１つの結合剤と複合体を形成し、さらなる結合剤を収容する認識部分または結合ポケットを形成する。本明細書において開示されている結合剤は、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、リボ核タンパク質、低分子またはそれらの任意の組合せとすることができる。一部の実施形態では、結合剤は、結合剤の混合物とすることができる。一部の実施形態では、２つ以上の結合剤が、標的ポリヌクレオチドに導入される。一部の実施形態では、２つ以上の結合剤が、標的ポリヌクレオチドと一緒に導入される。一部の実施形態では、２つ以上の結合剤が、連続した順序で、標的ポリヌクレオチドに導入され得る。
【００５１】
[0067]一部の実施形態では、結合剤はポリヌクレオチドである。好ましい実施形態では、結合剤は、ｓｎＲＮＡまたはその一部ある。一部の実施形態では、結合剤は、Ｕ１  ｓｎＲＮＡまたはその一部である。一部の実施形態では、結合剤は、Ｕ２  ｓｎＲＮＡまたはその一部である。一部の他の実施形態では、結合剤は、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの任意の一部である。一部の実施形態では、結合剤は、ポリペプチドである。一部の実施形態では、結合剤は、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分である。一部の実施形態では、結合剤は、タンパク質のドメイン、モチーフ、または任意の部分である。一部の実施形態では、結合剤は、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される、タンパク質またはその一部とすることができる。一部の実施形態では、結合剤は、補助スプライシング因子またはその一部とすることができる。例示的な補助スプライシング因子には、以下に限定されないが、ＳＲタンパク質およびｈｎＲＮＰが含まれる。一部の実施形態では、結合剤は、ＳＣ３５、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ４０、ＳＲｍ３００、ＳＦＲＳ１０、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＳＦ２／ＡＳＦ、９Ｇ８、ＳＲｐ７５、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲｐ２０、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕｒｐ／Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＣＢＰ８０、ＣＢＰ  ２０、ＰＴＢ／ｈｎＲＮＰ  Ｉ、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２／Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１／Ｃ２  ｈｎＲＮＰ、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部とすることができる。一部の実施形態では、ポリペプチドは、トランス作用因子のタンパク質またはタンパク質構成成分である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＲＮＡスプライシングに関連するタンパク質の一部、例えば、ドメインまたはサブドメインである。一部の実施形態では、ポリペプチドは、ＳＲ、ＴＲＡ２、ＳＦ、ＳＲＳＦ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｓｍタンパク質、ＦＢＰ１１、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ２ＡＦ３５、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、ＡＳＦ、ＳＦ２、９Ｇ８、ＳＲＰ２０、ＴＲＡ２ａ／ｂ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３０Ｃ、ＳＲＰ３８、ＳＲＰ４０、ＳＲＰ５５、ＳＲＰ７５、ＨＵＲ、ＮＦＡＲ、ＮＦ４５、ＹＢ１および接合複合体タンパク質を含む群から選択されるタンパク質のうちの１つのタ��パク質構成成分またはその一部である。ＲＮＡスプライシングに関連する他の例示的なタンパク質には、ｍＢＢＰ、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ｎＰＴＢ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、ＳＡＭ６８、ＳＴＡＲ／ＧＳＧ、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＤ−１、ＳＵＰ−１２、ＲＮＰＣ１、ＡＳＦ、ｓｎＲＮＰ補助因子−３５（Ｕ２ＡＦ３５）、ＡＳＦ／ＳＦ２、Ｎｏｖａ−１／２、Ｆｏｘ−１／２、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＣＥＬＦ、Ｈｕ、ＴＩＡ、ＴＩＡＲおよびそれらの別名が含まれる。一部の実施形態では、タンパク質は、タンパク質バリアント、変異体またはタンパク質の一部である。一部の実施形態では、結合剤は低分子である。一部の実施形態では、結合剤は、低分子のライブラリーである。様々な低分子ライブラリーは、本明細書において開示されている方法と共に使用され得る。
【００５２】
[0068]一部の実施形態では、第１の結合剤は、標的ポリヌクレオチドに導入され、それによって、第１の結合剤および標的ポリヌクレオチドは、第１の複合体の形成が可能となる。一部の実施形態では、第２の結合剤は、標的ポリヌクレオチドに導入され、それによって、第１の複合体に接触する。一部の実施形態では、第２の結合剤は、第１の複合体と共に第２の複合体を形成する。この複合体は、核酸二本鎖、またはポリヌクレオチド−タンパク質複合体、またはポリヌクレオチド−低分子複合体とすることができる。例えば、ポリヌクレオチドを含む第１の結合剤は、標的ポリヌクレオチドに導入されて、二本鎖を形成することができ、ポリペプチドおよび低分子を含む第２の結合剤が次に、導入され得る。別の例の場合、ポリヌクレオチドを含む第１の結合剤は、標的ポリヌクレオチドに導入されて、二本鎖を形成することができ、次に、低分子を含む第２の結合剤が、導入され得る。さらに別の例の場合、ポリヌクレオチドを含む第１の結合剤は、標的ポリヌクレオチドに導入され得、次に、低分子を含む第２の結合剤が、導入され得る。標的ポリヌクレオチドに結合剤を導入するために、必要な順序はないことを理解すべきである。一部の実施形態では、結合剤は、１つを超える分子を含むことができ、それらの分子は、同時にまたは逐次に導入され得る。
【００５３】
[0069]ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド−ポリヌクレオチド複合体またはポリヌクレオチド−タンパク質複合体によって形成される結合ポケットが使用されて、低分子などの結合剤を収容することができる。様々な実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、結合ポケットを形成する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、さらなるポリヌクレオチドに結合して、結合ポケットを含む複合体を形成する。一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、タンパク質−ＲＮＡ複合体に結合し、結合ポケットを形成する。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む。一部の実施形態では、結合ポケットは、バルジ、変異およびステムループを含まないことがある。
ＭＲＮＡ前駆体変異およびミススプライシング
[0070]スプライシングのシス作用性エレメントにおける変異は、スプライシングパターンを改変することができる。共通の変異は、５’ｓｓ、３’ｓｓおよびＢＰ領域を含めたコアコンセンサス配列、またはＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥおよびＩＳＳを含めた他の調節エレメントに見いだされ得る。これらのシス作用性エレメントにおける変異は、複数の疾患をもたらす恐れがある。例示的な疾患が、表１〜３に含まれている。本開示は、シス作用性エレメントにおける１つまたは複数の変異を含有する、ｍＲＮＡ前駆体を標的とすることができる、低分子結合剤をスクリーニングする方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、スプライス部位またはＢＰ領域における１つまたは複数の変異を含有する、ｍＲＮＡ前駆体を標的とすることができる、低分子結合剤をスクリーニングする方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、他の調節エレメント、例えば、ＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥおよびＩＳＳにおける１つまたは複数の変異を含有する、ｍＲＮＡ前駆体を標的とすることができる、低分子結合剤をスクリーニングする方法を提供する。
【００５４】
[0071]シス作用性エレメントおよび上流のミスシグナル伝達における変異は、ｍＲＮＡ前駆体における３次元構造変化を誘発することができる。シス作用性エレメントおよび上流のミスシグナル伝達における変異は、ｍＲＮＡ前駆体が、少なくとも１つのｓｎＲＮＡまたは少なくとも１つのｓｎＲＮＰまたは少なくとも１つの他の補助スプライシング因子に結合している場合、ｍＲＮＡ前駆体の３次元構造変化を誘発し得る。一部の実施形態では、５’ｓｓがＵ１  ｓｎＲＮＡまたはその一部に結合している場合、結合ポケットが形成され得る。結合ポケットは、バルジ、非変異一本鎖もしくは二本鎖ＲＮＡ、ステムループ、またはステムループ、変異含有一本鎖および二本鎖ＲＮＡに隣接する配列を含有することができる。結合ポケットは、変異を含むことがあるか、または変異を含まないことがある。一部の場合、結合ポケットは、結合ポケットの上流／下流での変異を有する配列部分を含み、このような変異は、結合ポケットにおけるＲＮＡの構造に影響を及ぼす。一部の実施形態では、５’ｓｓが、スプライシングに関連する他のタンパク質結合パートナーを使用して、またはこれを使用しないでＵ１  ｓｎＲＮＡまたはその一部に結合している場合、バルジが形成され得る。一部の実施形態では、少なくとも１つの変異を含有する５’ｓｓが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡまたはその一部に結合している場合、バルジが誘発されて形成する。一部の実施形態では、変異が、Ｕ１  ｓｎＲＮＡまたはその一部に結合している場合、この変異は、隠れた５’ｓｓの使用を誘発してバルジを生成することができる。一部の実施形態では、３’ｓｓがＵ２ＡＦまたはその一部に結合している場合、結合ポケットが形成され得る。一部の実施形態では、変異が、Ｕ２ＡＦまたはその一部に結合している場合、この変異は、隠れた３’ｓｓの使用を誘発し、結合ポケットを生成することができる。一部の実施形態では、ＢＰ領域がＵ２  ｓｎＲＮＡに結合している場合、結合ポケットが形成され得る。ｓｎＲＮＰのタンパク質構成成分は、このような結合ポケットを形成するように存在することがあり、または存在しないことがある。例示的な５’ｓｓ配列が、表１に要約されている。本明細書において開示されている方法におけるポリヌクレオチドは、表１に要約されている５’ｓｓ配列のうちのいずれか１つを含有することができる。一部の実施形態では、低分子は、バルジに結合することができる。
【００５５】
[0072]本開示の一態様では、標的ポリヌクレオチド上に形成される結合ポケットは、バルジを含む。一部の実施形態では、バルジは、天然に存在する。一部の実施形態では、バルジは、スプライス部位と核内低分子ＲＮＡとの間の非標準的な塩基対により形成される。例えば、バルジは、５’ｓｓとＵ１〜Ｕ１２  ｓｎＲＮＡのいずれか１つとの間の非標準的塩基対により形成され得る。バルジは、１個のヌクレオチド、２個のヌクレオチド、３個のヌクレオチド、４個のヌクレオチド、５個のヌクレオチド、６個のヌクレオチド、７個のヌクレオチド、８個のヌクレオチド、９個のヌクレオチド、１０個のヌクレオチド、１１個のヌクレオチド、１２個のヌクレオチド、１３個のヌクレオチド、１４個のヌクレオチドまたは１５個のヌクレオチドを含むことができる。
【００５６】
[0073]一部の実施形態では、３次元構造変化は、バルジを形成することなく、変異または上流のミスシグナル伝達によって３次元構造変化が誘発され得る。ある実施形態では、バルジは、スプライス部位において、いかなる変異もなしに形成され得る。バルジ形成を伴う、または伴わないさらに例示的な５’ｓｓ変異が、表１に要約されている。本明細書において開示されている方法におけるポリヌクレオチドは、表１に要約されている５’ｓｓ配列のうちのいずれか１つを含有することができる。一部の実施形態では、認識部分は、シス作用性エレメントのいずれかにおける変異によって形成され得る。一部の実施形態では、低分子は、変異によって誘発される結合ポケットに結合することができる。
【００５７】
[0074]一部の実施形態では、本来の５’ｓｓにおける変異は、スプライシングの間に、隠れた５’ｓｓの使用を活性化することができる。例示的な変異した本来の５’ｓｓおよび対応する活性化された隠れたスプライス部位が、表２に要約されている。
【００５８】
[0075]一部の実施形態では、変異は、ＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥおよびＩＳＳを含めた、調節エレメントの１つに存在することができる。
[0076]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位を含み、スプライス部位は、ＮＧＡｇｕｎｖｒｎ、ＮＨＡｄｄｄｄｄｎ、ＮＮＢｎｎｎｎｎｎおよびＮＨＡｄｄｍｈｖｋからなる群から選択される配列を含み、Ｎ（またはｎ）は、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、Ｈは、Ａ、ＣまたはＵであり、ｄは、ａ、ｇまたはｕであり、ｍは、ａまたはｃであり、ｒは、ａまたはｇであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇであり、ｋは、ｇまたはｔである。
【００５９】
[0077]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位を含み、スプライス部位は、ＮＮＢｇｕｎｎｎｎ、ＮＮＢｈｕｎｎｎｎまたはＮＮＢｇｖｎｎｎｎからなる群から選択される配列を含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｔであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇである。
【００６０】
[0078]一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、スプライス部位を含み、スプライス部位は、ＮＮＢｇｔｒｒｒｎ、ＮＮＢｇｔｗｗｄｎ、ＮＮＢｇｔｖｍｖｎ、ＮＮＢｇｔｖｂｂｎ、ＮＮＢｇｔｋｄｄｎ、ＮＮＢｇｔｂｎｂｄ、ＮＮＢｈｔｎｎｇｎ、ＮＮＢｈｔｒｍｈｄまたはＮＮＢｇｖｄｎｖｎからなる群から選択される配列を含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇであり、ｒは、ａまたはｇであり、ｍは、ａまたはｃであり、ｄは、ａ、ｇまたはｕであり、ｋは、ｇまたはｕであり、ｗは、ａまたはｕである。
【００６１】
【表１−１】
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【００６２】
【表１−２】
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【００６３】
【表１−３】
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【００６４】
【表１−４】
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【００６５】
【表１−５】
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【００６６】
【表１−６】
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【００６７】
【表１−７】
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【００６８】
【表１−８】
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【００６９】
【表１−９】
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【００７０】
【表１−１０】
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【００７１】
【表１−１１】
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【００７２】
【表１−１２】
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【００７３】
【表１−１３】
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【００７４】
【表１−１４】
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【００７５】
【表１−１５】
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【００７６】
【表２−１】
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【００７７】
【表２−２】
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【００７８】
【表２−３】
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【００７９】
【表２−４】
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【００８０】
ＮＭＲ
[0079]核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法は、有機分子に関する定性的および定量的な情報を決定するために使用される、強力な分析技法とすることができる。ＮＭＲを使用して、小さな有機化合物からタンパク質および核酸などの複雑なポリマーに及ぶ、多様な化学および生物分子の構造に関する価値ある情報を解読して提供することができる。ＮＭＲでは、試料は磁場中に置かれ、ラーモア周波数（ｆ）： 
【００８１】
【数１】
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【００８２】
（式中、γは、核の磁気回転比であり、Ｂ０は、磁場強度である）と呼ばれる特徴的な周波数で、高周波（ＲＦ）励起が施される。磁場中の核は、供給されたエネルギーを吸収し、エネルギーを得た状態になる。吸収に必要な照射の周波数は、励起すべき核のタイプ（例えば、１Ｈまたは１３Ｃまたは１５Ｎ）に依存し、周波数は、通常、核の化学環境（例えば、様々な化学的負電荷基、塩、溶液のｐＨおよび結合剤の存在）にも依存し、最後には、周波数は、磁場が均一ではない、すなわち磁場が均質ではない場合、磁場中の空間位置にも依存する。
【００８３】
[0080]様々な実施形態では、２−Ｄ構造および／または３−Ｄ原子構造を決定する方法は、市販の分光計の周波数を有するＮＭＲ装置を利用し、例えば、約１ＧＨｚ超、約１ＧＨｚ、約１ＧＨｚ〜約２０ＭＨｚまたは約９００ＭＨｚ、約８００ＭＨｚ、約７００ＭＨｚ、約６００ＭＨｚ、約５００ＭＨｚ、約４００ＭＨｚ、約３００ＭＨｚ、約２００ＭＨｚ、約１００ＭＨｚ、約７５ＭＨｚ、約５０ＭＨｚまたは約２０ＭＨｚの１Ｈラーモア周波数が、バイオ分子、例えばポリヌクレオチドの構造を決定するために使用され得る。単なる便宜的な目的のため、本方法の開示は、ポリヌクレオチドの使用を例示しているが、本明細書に記載されている方法は、目的とする標的バイオ分子または所望のバイオ分子として、タンパク質もしくはポリペプチドの相互作用または構造の決定に適用可能である。タンパク質およびポリペプチドを選択的に標識する方法は、当分野において公知である。一部の実施形態では、本技術の方法は、３００ＭＨｚ以下の１Ｈラーモア周波数を供給するように操作可能なＮＭＲモジュールを使用して行われ得る。
【００８４】
[0081]一部の実施形態では、繰り返し遅延は、低磁場において顕著に短縮されるＴｉ緩和時間に依存するので、より低い磁場（例えば、３００ＭＨｚ以下）を使用することができ、これは、繰り返し遅延を著しく短縮することができ、全実験時間が、高磁場の繰り返し遅延の１／４〜１／５に短縮され得る。（すなわち、４〜８ｎｓの相関時間となる分子の場合、１００ＭＨｚにおけるＴｉ緩和時間は、６００ＭＨｚのＴｉ緩和時間よりも６分の１倍、短い（２５〜５０の塩基からなるオリゴヌクレオチド））。高磁場と低磁場との間におけるＴｉ緩和時間の差異は、分子量または分子のサイズが大きくなるにつれて、大きくなる。所与の時間内では、低磁場で、さらに４〜５回の測定が繰り返されて、追加されると、２倍のシグナル対ノイズゲインを得ることができる。
【００８５】
[0082]一部の実施形態では、低磁場ＮＭＲ装置、例えば、３００ＭＨｚ以下の分光計周波数を有するＮＭＲ装置を使用することが、予期せぬ利点である。一部の実施形態では、本方法は、低磁場ＮＭＲは、ポリヌクレオチドなどの複雑な構造に関する構造上の詳細な情報を得るために使用することができるという驚くべき知見から導きだされる。低磁場ＮＭＲ（すなわち、３００ＭＨｚ以下の１Ｈラーモア周波数）の使用と試料の選択的標識化とを組み合わせると、ケミカルシフト情報を使用して、複雑な３−Ｄ構造のＮＭＲ検討を可能にする十分な分解能が得られる。
【００８６】
[0083]一部の実施形態では、本開示の方法は、低磁場ＮＭＲを利用する。これらの方法は、静磁場、および３００ＭＨｚ以下、または約２９９ＭＨｚ以下、または約２５０ＭＨｚ以下、または約２２５ＭＨｚ以下、または約２００ＭＨｚ以下、または約１７５ＭＨｚ未満、または約１５０ＭＨｚ未満、または約１２５ＭＨｚ未満、または約１００ＭＨｚ未満、好ましくは約２０ＭＨｚ〜約３００ＭＨｚ、または約２０ＭＨｚ〜約２９９ＭＨｚ、または約５０ＭＨｚ〜約２７５ＭＨｚ、または約７５ＭＨｚ〜約２５０ＭＨｚ、または約７５ＭＨｚ〜約２２５ＭＨｚ、または約７５ＭＨｚ〜約２００ＭＨｚ、または約７５ＭＨｚ〜約１７５ＭＨｚ、または約１００ＭＨｚ〜約３００ＭＨｚ、または約１２５ＭＨｚ〜約２７５ＭＨｚ、または約２０ＭＨｚ〜約２５０ＭＨｚ、または約２０ＭＨｚ〜約２２５ＭＨｚ、または約２０ＭＨｚ〜約２００ＭＨｚ、または約２０ＭＨｚ〜約１５０ＭＨｚ、または約２０ＭＨｚ〜約１００ＭＨｚの範囲の基準周波数を使用して、標的または１つもしくは複数のヌクレオチドにより選択的に標識された選択されたポリヌクレオチドの調査を例示的に含む。
【００８７】
[0084]一部の実施形態では、低分子に結合した場合に決定されるバイオ分子構造に一般に依存する、コンピュータ支援薬創薬努力を含む使用のために、いくつかの低分子が結合した二分子構造が決定され得る。
【００８８】
[0085]一部の実施形態では、どの低分子がバイオ分子と相互作用するかを特定するため、均質に同位体標識されているバイオ分子試料を個別に合成するか、または比較的、密に結合している低分子の場合、組合せ様式で、ＮＭＲシグナルの変化を見ることが期待される比（低いμＭでのＫｄの場合、２：１または４：１の比が使用され得る）で各低分子を混合し、ケミカルシフト、共鳴強度および／またはＮＯＥなどのＮＭＲデータを収集し、低分子の存在下でのバイオ分子のＮＭＲデータと低分子の非存在下でのバイオ分子のＮＭＲデータを比較する、ならびにＮＭＲデータの有意な変化を引き起こす低分子を選択する。一部の実施形態では、ＮＭＲデータの変化は、ケミカルシフトの線幅の一部、例えば１本の線幅を含む。一部の実施形態では、ＮＭＲデータの変化は、低分子が存在しない場合および低分子が存在する場合のバイオ分子のＮＭＲデータの比較が有意である場合、ＮＯＥおよび／または共鳴強度の有意な低下を含む。様々な実施形態では、低分子のＮＭＲデータをモニタリングでき、目的のバイオ分子の添加時に類似の摂動が観察され、一部の実施形態では、バイオ分子は同位体標識されていない。様々な実施形態では、各試料に対する同一溶液条件（例えば、緩衝液または可溶化溶液）を使用して、溶液環境の差異によるランダムノイズを最小化する。
方法
[0086]一部の態様では、本明細書に記載されている方法は、医薬およびバイオ産業において使用される薬物発見パラダイムに適合する。第１の例において、本明細書に記載されている主題は、核酸（例えば、ＲＮＡ）を利用して、原子分解能核酸（例えば、ＲＮＡ）構造を柔軟に解いて、重要な低分子核酸（例えば、ＲＮＡ）相互作用を特定するために最適化された結合ポケットを明らかにする。様々な実施形態では、これらの結合ポケットは、標的のスクリーニングの間に、原子レベルでの誘導を伴う効率的なヒットの特定がもたらされる。第２の例では、ヒットツーリード（ｈｉｔ−ｔｏ−ｌｅａｄ）検討およびリードの最適化に低分子を探索する際に、原子レベルの相互作用により、医薬品化学者は、新規化合物を妥当に設計することが可能となる。一部の実施形態では、これにより、正確かつ効率的な標的検証がもたらされる。
【００８９】
[0087]一部の態様では、本開示は、ポリヌクレオチドの２次元（２−Ｄ）または３次元（３−Ｄ）原子分解能構造を決定するための方法を提供する。本方法は、ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料であって、ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐからなる群から選択される、１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、上記ポリヌクレオチド試料を用意するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料のＮＭＲスペクトルを得るステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、密な分子相互作用を有する１個もしくは複数の原子、または原子のサブセットのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、本方法は、ケミカルシフトから、ポリヌクレオチドの２−Ｄまたは３−Ｄ原子分解能構造を決定するステップをさらに含む。
【００９０】
[0088]一部の実施形態では、試料中の第１の複合体に関する第１のＮＭＲスペクトルを得ることができ、試料中の第２の複合体に関する第２のＮＭＲスペクトルを得ることができる。第２の複合体は、第１の複合体だけではなく、１つまたは複数の分子（例えば、ポリヌクレオチド、ポリペプチドまたは低分子）を含有することができる。一部の実施形態では、本方法は、第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む。一部の実施形態では、低分子を含まないポリヌクレオチド試料に関するＮＭＲスペクトルが得られる。一部の実施形態では、ＮＭＲスペクトルは、低分子を含有するポリヌクレオチド試料について得られる。一部の実施形態では、本方法は、様々なＮＭＲスペクトルの比較に基づいて、結合剤を選択または特定するステップを含む。一部の実施形態では、本方法は、様々なＮＭＲスペクトルの比較に基づいて、低分子を選択または特定するステップを含む。
【００９１】
[0089]一部の実施形態では、ポリヌクレオチドの２−Ｄまたは３−Ｄ構造を決定する方法は、同じヌクレオチド配列を有するが、各ポリヌクレオチドが、様々なヌクレオチド上で同位体標識されている点で互いに異なる、複数のポリヌクレオチドの調査を必要とすることがある。言い換えると、本方法は、複数のポリヌクレオチドのケミカルシフトを決定し、各ポリヌクレオチドは、分析される第１のポリヌクレオチドと同じヌクレオチド配列を有し、各ポリヌクレオチドは、１個または複数の原子標識により標識されている異なるヌクレオチドを用いて合成される。例えば、ポリヌクレオチドが５つのヌクレオチドを有する場合、本方法は、５つのポリヌクレオチド試料を必要とし、各ポリヌクレオチドは、異なるヌクレオチド上に１個または複数の原子標識により標識化されている。この同じ５量体ポリヌクレオチドの例では、本方法は、本明細書に記載されている１個または複数の原子標識を有するポリヌクレオチド中に１つまたは複数のヌクレオチドを戦略的に標識することにより、ヌクレオチドの数がヌクレオチド配列中で示すよりも少ない数の異なるポリヌクレオチドを利用することができる。一部の実施形態では、ポリヌクレオチド試料は、１つのヌクレオチド標識パターンを有するたった１つのポリヌクレオチドしか有していない。他の実施形態では、ポリヌクレオチド試料は、２つ以上のポリヌクレオチドを含有してもよく、それぞれは、１個または複数の原子標識により標識化されている様々なヌクレオチドを有する。
【００９２】
[0090]一部の態様では、本方法は、約１ＧＨｚ〜約２０ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数によってポリヌクレオチド試料を調査することにより、ポリヌクレオチド試料のＮＭＲスペクトルを得る。これらの態様の１つでは、ＮＭＲ分光計周波数は、３００ＭＨｚ以下、例えば約２０ＭＨｚ〜約１００ＭＨｚである。
【００９３】
[0091]一部の実施形態では、ＮＭＲ調査は、以下の６つのステップのうちの１つまたは複数を含む。第１に、一部の実施形態では、温度調節ステップを含む。この態様では、適切な化学環境にある目的のポリヌクレオチドを含有する液体試料を試料用導管に移送し、ＮＭＲ調査のために試料を分析空間（ｖｏｌｕｍｅ）に充填する。第２に、一部の実施形態では、試料用導管中の試料を、０〜６０℃の範囲の選択した温度で平衡にする。第３に、一部の実施形態では、チューニングおよび突合せステップが行われ得る。このプロセスは、共振回路周波数およびインピーダンスが、回路に伝送されるパルスの周波数、および伝送線のインピーダンス（通常、５０オーム）と一致するまで、これらを調整する。シグナル対ノイズが最良であり、ＲＦコイル加熱が最小となる場合、このチューニングおよび突合せが各試料について行われ得る。しかし、低磁場磁石の調整は、製造プロセス中に事前調整を用いると最小限となるか、またはこれを必要としない。第４に、一部の実施形態では、ロックするステップが行われる。このプロセスでは、磁場ドリフトが相殺され得る、内部フィードバック機構の場合、２Ｈシグナルは重水素化溶媒から見いだされる。１Ｈシグナルから離れた２Ｈシグナル（例えば、２００ＭＨｚ分光計では３０．７ＭＨｚ）が必要であり、独立して処理される。ロックシグナルはまた、ケミカルシフト基準としても働く。
【００９４】
[0092]第５に、一部の実施形態では、試料に関するＮＭＲデータを取得する前に調査されることは、シム調節ステップである。一部の実施形態では、調査ステップは、様々な幾何学形状および強度の小さな静磁場を生成して、Ｂ０の不均質性を補正する一組のコイルにおいて、電流を制御することによって、分析空間における均一磁場を生成することを必要とすることがある。本開示のバイオ分子のＮＭＲ調査に関すると、ＮＭＲを使用して試料を解析する場合、少なくとも５０ｐｐｂ（１０億分の１）の磁場の均質性を有することが好ましい。
【００９５】
[0093]第６に、一部の実施形態では、正確なパルスの順序および遅延が、分析空間周囲の各共振回路に接続されている１Ｈおよび１３Ｃ伝送線に適用され、試料中の核のスピン量子状態を操作する。その結果、１３Ｃに結合している１Ｈの核スピンなどの所望のシグナルだけが選択されて測定され、他の核に結合しているすべての他の１Ｈ核のスピンが除外されるか、または成形パルス（選択的パルス）を使用して、あるケミカルシフト範囲を有する核を検出する。１−Ｄ、２−Ｄおよび３−Ｄの実験設定において、バイオ分子の構造決定のために、多様なＨＳＱＣ、ＨＭＱＣ、ＣＯＳＹ、ＴＯＣＳＹ、ＮＯＥＳＹ、ＲＯＥＳＹを含めた様々な目的のために、多数の様々なタイプのパルスシーケンスが適用可能となり得る。一部の実施形態では、パルスシーケンスの後に、同じ共振回路（２つ以上のＲＦコイルを含む）は、分析空間の周辺の磁場の変動（ＦＩＤと呼ばれる；自由誘導減衰）を、所定の期間にデジタル化されて記録される電圧として感知する。シグナル対ノイズ（Ｓ／Ｎ）を改善するため、パルス処理および記録という一連のステップが、複数回、繰り返され、間に、パルス処理の開始前に、スピンシステムが初期状態に戻るのを可能にする遅延時間と呼ばれるある程度の遅延が追加される。
【００９６】
[0094]一部の態様では、本開示は、目的のバイオ分子と相互作用することができる、低分子、バイオ分子、リガンドまたは他の化学実体（まとめて、結合剤と称する）と混合されたときに、標的バイオ分子の構造を決定するための方法を提供する。結合剤の添加時のケミカルシフトの変化は、バイオ分子が結合剤と相互作用することができることを示す。結合剤の存在下におけるケミカルシフトを収集して、これを使用し、バイオ分子および結合した結合剤からなるバイオ分子の構造を決定することができる。この態様の一部の実施形態では、本方法は、同じヌクレオチド配列を有する複数のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップであって、各ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐからなる群から選択される１個または複数の原子標識により同位体標識されている少なくとも１つのヌクレオチドを含むステップ、ポリヌクレオチド試料を結合剤と混合して、複数の結合した複合体を形成させるステップ、ＮＭＲ装置を使用して、結合した複合体のＮＭＲスペクトルを得るステップ、１個または複数の原子標識のケミカルシフトを決定するステップ、およびケミカルシフトからポリヌクレオチドの３Ｄ原子分解能構造を決定するステップを含む。
【００９７】
[0095]本方法の一部の実施形態では、標的ポリヌクレオチドは、複数のポリヌクレオチドであって、このすべてが同一ヌクレオチド配列を有するが、同位体標識されているヌクレオチドの位置が異なる、複数のポリヌクレオチドを生成することにより分析される。一部の実施形態では、ポリヌクレオチドの二次構造を使用して、標識化されているヌクレオチドまたはヌクレオチドの存在する場所を決定し、ポリヌクレオチド試料の数を低減する。ポリヌクレオチドの一次配列を用いて、二次構造を予測する。次に、二次構造予測アルゴリズム（例えば、近傍アルゴリズム）またはコンピュータプログラムを使用して、複数の二次構造予測を計算することができる。次に、この方法は、上位の１０種またはそのような二次構造予測を用いるアライメントステップを使用し、次に、二次構造における最大分散を示す部位を決定する。次に、ＮＭＲによる検出のために、最大分散を示すポリヌクレオチド配列における部位（単数または複数）が、同位体により標識され、この場合、１つまたは複数のヌクレオチドが、ポリヌクレオチド毎に標識される。標識スキームは、ケミカルシフトデータベースから情報提供され得、これにより、ケミカルシフト分散を最大化しながら、複数の同位体標識がポリヌクレオチドに組み込まれ得る。
【００９８】
[0096]一部の実施形態では、本開示は、３−Ｄ原子分解能構造を決定するための、ポリヌクレオチド配列内の１つまたは複数のヌクレオチドの１つまたは複数の特定の同位体標識位置を決定するための、またはポリヌクレオチドの他のＮＭＲ相互作用データを収集するための方法を提供する。本方法は、１つまたは複数のポリヌクレオチドであって、１つまたは複数のポリヌクレオチドの各々が同一のポリヌクレオチド配列を有しており、１つまたは複数のポリヌクレオチドの各々が、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆまたは３１Ｐを含む同位体標識により標識されている、１つまたは複数のポリヌクレオチドを用意するステップ、計算アルゴリズム（例えば、ＭＣ−Ｓｙｍ｜ＭＣ−ｆｏｌｄ）を使用するポリヌクレオチド配列の複数の構造を予測するステップ、Ｓ２＜０．８および／またはＲＭＳＦ＞０．５Åを含むメトリックを使用して大きな構造多様を示す複数のポリヌクレオチド構造の各々に対する１つまたは複数の領域を特定するステップ、ＮｙｍｉｒｕｍのＲＡＮＤＯＭ  ＦＯＲＥＳＴ（商標）予測装置（ＲＡＭＳＥＹ）、ＳＨＩＦＴＳ、ＮＵＣＨＥＭＩＣＳ、および予測構造からのＱＭ法などのケミカルシフト予想装置を使用して大きな構造バリエーションを有する予測構造の領域から複数のケミカルシフトを計算するステップ、およびポリヌクレオチド試料の各々における１つまたは複数の特定の同位体標識位置を決定し、こうして、ケミカルシフト分散を最大化して、試料数を最小化するステップを含む。ＭＣ−Ｆｏｌｄ｜ＭＣ−ＳｙｍパイプラインはＲＮＡ二次および三次構造予測に関するウエブホスティングサービスである。このパイプラインは、ＭＣ−Ｆｏｌｄへの入力配列は、ＭＣ−Ｓｙｍに直接、入力される二次構造を出力し、これにより、三次構造が出力されることを意味する。
【００９９】
[0097]一部の態様では、本発明は、標準実験台の上に設置するのに十分に小さいＮＭＲ装置を提供する。第２の態様の一部の実施形態では、ＮＭＲ装置は、筐体、ポリヌクレオチドを含む試料を受け取るよう操作可能な試料取り扱い装置、およびＮＭＲモジュールを含む。ＮＭＲモジュールは、試料取り扱い装置からの試料の少なくとも一部を受け取るよう操作可能な分析空間を含む試料用導管、分析空間に近接して配設されている複数の高周波コイルであって、各コイルが、分析空間にわたり個別の励起周波数パルスを生成して、分析空間中のポリヌクレオチドの核の核磁気共鳴を生成するよう操作可能なコイル、ならびに分析空間および高周波コイル全体に静磁場をもたらすよう操作可能な少なくとも１つの磁石を含むことができる。ＮＭＲモジュールは、３００ＭＨｚ以下の１Ｈラーモア周波数を有することができ、ＲＦコイルは、分析空間に励起周波数パルスを伝送するよう操作可能であり、分析空間中に含まれるポリヌクレオチドの核によって生じるＮＭＲからのシグナルを検出する。場合により、この装置は、分析空間との熱的接続部において、加熱および冷却装置をさらに備える。この点に関すると、ＮＭＲ装置は、試料用導管、またはバイオ分子、例えば、タンパク質または核酸、例えば、ＲＮＡポリヌクレオチドを含有する試料を加熱するための分析空間の加熱および冷却装置の使用を用いて、ＮＭＲスペクトルの取得前に、ポリヌクレオチドをアニールしてこのポリヌクレオチドに緩和または安定立体構造をもたらす。
【０１００】
[0098]ある種の実施形態では、ポリヌクレオチド試料を用意するステップを含む方法は、それぞれ、２−Ｄまたは３−Ｄ構造予測アルゴリズムを使用して、ポリヌクレオチド配列の１つもしくは複数の２−Ｄまたは３−Ｄモデルを決定するステップ、ポリヌクレオチド配列の１つもしくは複数の２−Ｄまたは３−Ｄモデルの各々に対する１つまたは複数の構造的不均質領域を特定するステップ、１つまたは複数の構造上の不均質領域から１つまたは複数のケミカルシフトを計算するステップ、および最小化したケミカルシフトの重なりを有するポリヌクレオチドをもたらす１つまたは複数の核に位置する１つまたは複数の原子標識を有する１つまたは複数のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドを合成するステップを含む。
【０１０１】
[0099]一部の実施形態では、３−Ｄ原子分解能構造を決定するステップは、ヌクレオチド配列、および１つまたは複数の２−Ｄ構造予測アルゴリズムを使用する、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２−Ｄモデルを生成するステップ、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２−Ｄモデルおよび場合により１つもしくは複数の既知のまたは仮定のポリヌクレオチド２−Ｄモデルを使用する３−Ｄ構造予測アルゴリズムを使用して、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルを生成するステップ、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルの各々に対する予測されるケミカルシフトセットを生成するステップ、予測されるケミカルシフトセットと１個または複数の原子のケミカルシフトとを比較するステップ、および１つまたは複数の３−Ｄ原子分解能構造として、個々の予測されるケミカルシフトセットと１つまたは複数の原子標識のケミカルシフトとの間の一致（例えば、最良の一致）を有する１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルを選択するステップを含む。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットは、各理論構造上のポリヌクレオチド３−ＤモデルとＮＭＲデータのポリヌクレオチド構造データベースとを比較することにより生成される。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップは、１つまたは複数の実験的に決定されたポリヌクレオチド３−Ｄ構造からの原子座標、スタッキング相互作用、磁化率、電磁場または二面角を含むポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップ、実験的なケミカルシフトと回帰アルゴリズムを使用して、実験的に決定された３−Ｄポリヌクレオチド構造のポリヌクレオチド構造メトリックとの間の関係を説明する一組の数学関数またはオブジェクトを生成するステップ、理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップ、および各理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを、一式の数学関数またはオブジェクトに入力して、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップを含む。
【０１０２】
[0100]一部の実施形態では、回帰アルゴリズムは、ランダムフォレストアルゴリズムを含む機械学習アルゴリズムである。一部の実施形態では、一式の実験的ケミカルシフトを決定するステップは、約１ＧＨｚ〜約２０ＭＨｚのＮＭＲ分光計周波数を使用してケミカルシフトセットをモデル化するステップを含む。
【０１０３】
[0101]一部の実施形態では、３−Ｄ原子分解能構造を決定するステップは、ヌクレオチド配列、および１つまたは複数の２−Ｄ構造予測アルゴリズムを使用する、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２−Ｄモデルを生成するステップ、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２−Ｄモデルおよび場合により１つもしくは複数の既知のまたは仮定のポリヌクレオチド２−Ｄモデルを使用する３−Ｄ構造予測アルゴリズムを使用して、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルを生成するステップ、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルの各々に対する予測されるケミカルシフトセットを生成するステップ、予測されるケミカルシフトセットと１個または複数の原子のケミカルシフトとを比較するステップ、および１つまたは複数の３−Ｄ原子分解能構造として、個々の予測されるケミカルシフトセットと１つまたは複数の原子標識のケミカルシフトとの間の一致（例えば、最良の一致）を有する１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルを選択するステップを含む。
【０１０４】
[0102]一部の実施形態では、本方法はまた、１つまたは複数の３−Ｄ原子分解能構造における結合ポケットを特定するステップも含む。一部の実施形態では、本方法はまた、１つまたは複数の３−Ｄ原子分解能構造の各々の特定された結合ポケットと別の分子とが会合するステップを含む。一部の実施形態では、本方法はまた、エネルギー最小化および／または分子動力学シミュレーションを含む１つまたは複数の関数を行うモデリングソフトウェアを使用して、別の分子と１つまたは複数の３−Ｄ原子分解能構造の各々の結合ポケットとの会合を精密化するステップを含む。一部の実施形態では、本方法はまた、１つまたは複数の精密化された３−Ｄ原子分解能構造における結合ポケットを特定するステップを含む。一部の実施形態では、本方法はまた、精密化された３−Ｄ構造における会合した別の分子および１つまたは複数の３−Ｄ原子分解能構造の各々の結合ポケットの１つまたは複数の座標を使用するステップを含む。一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットは、各理論構造上のポリヌクレオチド３−ＤモデルとＮＭＲデータのポリヌクレオチド構造データベースとを比較することにより生成される。
【０１０５】
[0103]一部の実施形態では、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップは、１つまたは複数の実験的に決定されたポリヌクレオチド３−Ｄ構造からの原子座標、スタッキング相互作用、磁化率、電磁場または二面角を含むポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップ、回帰アルゴリズムを使用して、実験的なケミカルシフトと、実験的に決定された３−Ｄポリヌクレオチド構造のポリヌクレオチド構造メトリックとの間の関係を説明する一組の数学関数またはオブジェクトを生成するステップ、理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップ、および各理論構造上のポリヌクレオチド３−Ｄモデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを、一式の数学関数またはオブジェクトに入力して、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップを含む。
【０１０６】
[0104]一部の実施形態では、構造動力学は、一時的にＮＭＲによって構造情報を得ることにより決定することができる。例えば、標的ポリヌクレオチドへの低分子の結合では、標的ポリヌクレオチドに結合する低分子の構造情報は、低分子を標的ポリヌクレオチドに接触させた後のＮＭＲによって、様々な時間に決定され得る。構造情報は、様々な時点においてＮＭＲスペクトルを用いて得ることができる。様々な時点において測定したＮＭＲスペクトルを使用して、ケミカルシフトを計算することができ、結合速度を決定するために、ケミカルシフトが比較され得る。
【０１０７】
[0105]一部の実施形態では、低分子と標的ポリヌクレオチドとの間の結合速度は、当分野における様々な方法により決定され得る。例えば、結合速度を測定するための速度アッセイには、以下に限定されないが、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性が含まれる。一部の実施形態では、結合速度アッセイのうちの１つまたは複数を使用して、特定した低分子および標的ポリヌクレオチドを確認する。
【０１０８】
[0106]ＲＮＡスプライシングの結合速度は、選択的スプライシング機構が、構造ＲＮＡと関連して機能し、ｍＲＮＡ前駆体スプライシング、イントロンの除外、およびエクソンの融合という機能を実行して、最終的な成熟ｍＲＮＡアイソフォームを産生する機構を幅広く包含することができる。スプライシングの速度は、エクソン含有の正の制御因子と負の制御因子の両方に関与する高度な速度論的プロセスとなり得、こうして、全体の正味の効果は、エクソン含有またはエクソン含有となり得る。低分子などの結合剤は、このプロセスと相互作用することができ、特に、スプライセオソーム複合体を形成する関連トランス作用結合因子の親和性に影響を及ぼすことにより、１つの方向に対するエクソンスプライシングに影響を及ぼすことができる。結合速度は、ｋｏｎ、ｋｏｆｆおよびＫｄを含めた、様々なパラメータによって反映され得る。通常、Ｋｄが低いほど、強い結合であること、したがって、結合親和性が高いことを示す。
【０１０９】
[0107]標的への低分子の結合の結合速度を使用して、低分子が強い結合剤であるか否かを判定することができる。低分子を使用する、またはこれを使用しないで別のポリヌクレオチド（例えば、標的ポリヌクレオチド）に結合するポリヌクレオチドの結合速度を使用して、２つのポリヌクレオチドが、低分子の存在下でより強く結合するかまたはより弱く結合するかどうかを判定することができる。低分子を使用する、またはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するタンパク質の結合速度を使用して、このタンパク質が、低分子の存在下でより強く結合するかまたはより弱く結合するかどうかを推測することができる。Ｋｄは、一定濃度の標的の存在下で、様々な濃度の結合剤によって決定され得る。例えば、標的ｍＲＮＡまたはＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合する低分子のＫｄを決定する際に、低分子の濃度を変化させることができる。Ｋｄは、結合プロセスの間のｋｏｎおよびｋｏｆｆを測定することによっても決定することができ、これらを使用して、Ｋｄを計算することができる。
【０１１０】
[0108]一部の実施形態では、結合剤と標的ポリヌクレオチドとの間の結合速度が決定され得る。一部の実施形態では、結合剤とＲＮＡ−ＲＮＡ複合体との間の結合速度が決定され得る。一部の実施形態では、結合剤とＲＮＡ−タンパク質複合体との間の結合速度が決定され得る。例えば、低分子と標的ポリヌクレオチド（例えばｍＲＮＡ）との間の結合速度を決定して、その結合がどの程度強いかを推測することができる。
【０１１１】
[0109]一部の実施形態では、低分子結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合してＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖を形成する結合速度が決定され得る。一部の実施形態では、低分子結合剤を使用するおよびこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するポリヌクレオチドの結合速度が決定され、低分子を使用するおよびこれを使用しない結合速度を比較して、ポリヌクレオチドが、低分子により、標的ポリヌクレオチドにより強く結合するか、またはより弱く結合するかを推測することができる。
【０１１２】
[0110]一部の実施形態では、低分子結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ＲＮＡに結合してタンパク質−ＲＮＡ複合体を形成するタンパク質またはタンパク質構成成分／ポリペプチドの結合速度が決定され得る。一部の実施形態では、低分子結合剤を使用する、およびこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するタンパク質またはポリペプチドの結合の結合速度が決定され、低分子を使用する、および使用しない結合速度を比較して、タンパク質が低分子により、標的ポリヌクレオチドにより強く結合するか、またはより弱く結合するかを推測することができる。
【０１１３】
[0111]一部の実施形態では、低分子結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ＲＮＡに結合して複合体を形成するタンパク質−ＲＮＡ複合体の結合速度が決定され得る。一部の実施形態では、低分子結合剤を使用する、およびこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するタンパク質−ＲＮＡ複合体の結合速度が決定され、低分子を使用する、および使用しない結合速度を比較して、タンパク質−ＲＮＡ複合体が低分子により、標的ポリヌクレオチドに強く結合するか、またはより弱く結合するかどうかを推測することができる。
【０１１４】
[0112]一部の実施形態では、低分子結合剤は、ＮＭＲアッセイによって選択され、次に、速度アッセイにおいて試験される。例えば、速度アッセイを使用して、同一標的（例えば、ＲＮＡ、ＲＮＡ−ＲＮＡ複合体またはＲＮＡ−タンパク質複合体）に対する２つ以上の異なる分子の結合速度を測定し、Ｋｄを比較して、どの低分子が強力な結合剤であるかを推測することができる。速度アッセイは、ＮＭＲによる最初のスクリーニングの後に、二次スクリーニングアッセイとして働くことができる。一部の実施形態では、速度アッセイはまた、最初にスクリーニングアッセイとして働き、次いで、構造決定のためにＮＭＲを行うことができる。
【０１１５】
[0113]一部の実施形態では、結合速度は、ＳＰＲおよび／またはＢＬＩによって測定される。このような場合、ポリヌクレオチドは、表面上に固定される。一部の状況では、標的ポリヌクレオチド（例えば、標的ｍＲＮＡ）は、表面に固定されている。一部の状況では、ｓｎＲＮＡなどのポリヌクレオチドが表面に固定される。表面にポリヌクレオチドを固定化する方法は、ポリヌクレオチドをビオチンで標識し、その表面をストレプトアビジンによりコンジュゲートし、これにより、ビオチン−ストレプトアビジン相互作用によりポリヌクレオチドを固定化することを含むことができる。
【０１１６】
[0114]一部の実施形態では、結合速度は蛍光異方性によって測定され、ポリヌクレオチドは、フルオロフォアによって標識化され得る。一部の他の実施形態では、結合速度は、ＩＴＣによって測定される。
【０１１７】
[0115]上述の実施形態のいずれかにおいて、速度アッセイは、１つもしくは複数のポリヌクレオチド分子、あるいは１つもしくは複数のポリペプチドまたはそれらの一部の存在下で試験され得る。例えば、５’ｓｓを含む標的ｍＲＮＡに結合しているＵ１  ｓｎＲＮＰは、スプライシングに関与する１つもしくは複数の補助スプライシング因子またはタンパク質の存在下で試験され得る。本明細書において使用されるタンパク質は、一部、例えばタンパク質のドメインを含むことができる。
【０１１８】
[0116]同様に、低分子の特異性を決定するための方法が、本明細書において提供される。例えば、最初のＮＭＲスクリーニングにより選択される低分子は、上記の速度アッセイのいずれかで試験されて、様々な標的に対する低分子の結合親和性を決定することができる。標的は、タンパク質またはその一部の存在下または非存在下で、ｓｎＲＮＡに結合している標的ｍＲＮＡとすることができる。一部の実施形態では、低分子の特異的は、標的ｍＲＮＡ（例えば５’ｓｓ）およびｓｎＲＮＡ（例えばＵ１  ｓｎＲＮＡ）を含む様々なＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に対して試験される。一部の実施形態では、低分子の特異性は、標的ｍＲＮＡ（例えば５’ｓｓ）、ｓｎＲＮＡ（例えば、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ）、およびタンパク質またはタンパク質ドメイン（例えばＵ１−Ｃジンクフィンガードメイン）を含む様々なタンパク質−ＲＮＡ複合体に対して試験される。
【０１１９】
[0117]仮想スクリーニングまたは構造ベースの薬物設計は、ＮＭＲ検討に後に行われ得る。上述のＮＭＲ検討では、任意の結合パートナー（例えば、ポリヌクレオチドまたはポリペプチド）の存在下で、各標的ポリヌクレオチドに関する３次元構造のモデルが生成され得る。例えば、ｓｎＲＮＡまたはその一部に結合した標的ｍＲＮＡに対する３次元構造のモデルが生成され得、ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に対する結合ポケットが特定され得る。別の例の場合、タンパク質結合パートナーまたはタンパク質のドメインの存在下で、ｓｎＲＮＡに結合した標的ｍＲＮＡに対する３次元構造のモデルが生成され得、ＲＮＡ−タンパク質複合体の場合の結合ポケットが特定され得る。構造ベースの薬物設計または仮想スクリーニングプロセスに対する特定された結合ポケットがさらに使用され得る。構造ベースの薬物設計（または、直接的な薬物設計）は、Ｘ線結晶学またはＮＭＲ分光法などの方法によって得られた生物的標的分子（例えば、ｍＲＮＡ）の３次元構造の知識に依存し得る。標的の実験構造が入手可能でない場合、関連分子の実験構造に基づいた標的の相同性モデルを作成することが可能となることがある。生物的標的の構造を使用して、標的に高い親和性および選択性で結合することが予測される候補薬物が、対話型グラフィックスおよび医薬品化学者の直観を使用して設計され得る。代替として、様々な自動化計算手順が使用されて、新規な薬物候補を示唆することができる。
【０１２０】
[0118]構造ベースの薬物設計のための現在の方法は、大まかに３つの主な分類に分けることができる。第１の方法は、迅速なほぼ近似したドッキングプログラムを使用して、標的の結合ポケットに適合するものを見つけ出すために、低分子の３Ｄ構造の大きなデータベースを探索することにより、所与の受容体に対する新規リガンドを特定することである。第２の分類は、新規なリガンドのデノボ設計である。この方法では、リガンド分子は、段階的に小片を組み立てることにより、結合ポケットの制約内で構築される。これらの片は、個々の原子または分子断片のどちらか一方とすることができる。このような方法の重要な利点は、いかなるデータベースにも含まれていない新規な構造が示唆され得るということである。第３の方法は、結合ポケット内の提案されたアナログを評価することにより、既知のリガンドを最適化することである。構造ベースの薬物は、コンピュータプログラム（例えば、ＧＯＬＤ）によって支援され得、したがって、仮想スクリーニングプロセスと称され得る。本明細書で使用する場合、仮想スクリーニングまたはスクリーニングは、上記の方法である、構造ベースの薬物設計分類のすべてを幅広く包含することができる。本開示の一態様では、デノボでの薬物設計および／またはリードの最適化のために、低分子またはその断片を選択する仮想スクリーニングプロセスが提供される。一部の実施形態では、本開示は、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドによって形成される１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、および１つまたは複数の結合ポケットに対して１つもしくは複数の低分子またはその断片を仮想的にスクリーニングするステップであって、仮想スクリーニングプロセスが推定上の低分子または断片のヒットを特定するステップを含む方法が本明細書において提供される。一部の実施形態では、第１および第２の低分子ヒットは、仮想スクリーニングプロセスにより特定され得、第１および第２の低分子ヒットの結合速度が決定され得る。一部の実施形態では、第１および第２の低分子の結合速度が比較されて、低分子ヒットの結合親和性を推測し、より強力な低分子（すなわち、より高い結合親和性）を選択することができる。結合速度は、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性を含めた様々なアッセイによって決定され得る。
低分子およびスプライシング
[0119]ＲＮＡ転写量への変化に関連する疾患は、異常なタンパク質発現に焦点をおいて処置されることが多い。しかし、このプロセスが、スプライシングプロセス、または関連転写因子、または関連安全性因子の構成成分などの、ＲＮＡレベルの異常変化の原因となるプロセスが、低分子による処置によって標的化され得る場合、ＲＮＡ転写物または関連タンパク質の異常なレベルの発現が望ましくない作用となるようなタンパク質発現レベルを回復させることが可能になると思われる。本開示は、ＲＮＡ転写物または関連タンパク質の発現異常に関連する疾患を予防または処置する方法として、ある種の遺伝子によってコードされるＲＮＡ転写物の量をモジュレートする方法を提供する。
【０１２１】
[0120]様々な実施形態では、本開示は、標的ポリヌクレオチド、例えばｍＲＮＡに結合する低分子結合剤を特定する方法を提供する。一部の実施形態では、本開示は、ポリヌクレオチド−タンパク質複合体、例えば、スプライシングに関与するｍＲＮＡ前駆体およびタンパク質によって形成される複合体に結合する、低分子結合剤を特定する方法を提供する。様々な実施形態では、本開示は、ポリヌクレオチド−タンパク質複合体に結合することができる低分子結合剤を選択するためのスクリーニング法を提供する。様々な実施形態では、本開示は、異常なＲＮＡスプライシングを修正することができる、低分子結合剤を選択するためのスクリーニング法を提供する。様々な実施形態では、本開示は、ＮＭＲによって低分子結合剤を選択するための方法を提供する。
【０１２２】
[0121]異常なスプライシングは、以下に限定されないが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａを含めた、様々な遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体に起こり得る。
【０１２３】
[0122]そのような異常なスプライシングによって引き起こされる例示的な疾患は、嚢胞性線維症、先天性筋緊張症、プロトポルフィリン症（赤芽球性）、リンパ増殖症候群（Ｘ連鎖）、神経線維腫症、網膜炎色素沈着、遅延性脊椎骨端異形成、てんかん（進行性ミオクローヌス）、ルビンシュタイン−テイビ症候群、筋ジストロフィー（メロシン欠損型）、後頭角症候群、中鎖アシル−ＣｏＡ  ＤＨ欠乏症、結節性硬化症、パーキンソン症候群を伴う前頭側頭型認知症、骨形成不全症、先天性筋緊張症、後頭角症候群、家族性自律神経失調、脊髄性筋萎縮症、がん、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠乏症、エーラスーダンロス症候群、ファンコーニ貧血、マルファン症候群、血栓性血小板減少性紫斑病、糖原病ＩＩＩ型および非定型溶血性尿毒症症候群（ａＨＵＳ）を含むことができる。
【０１２４】
[0123]一部の実施形態では、本開示により予防／処置され得る、非がん性疾患および／またはその関連状態は、ハッチンソン−ギルフォードプロジェリア症候群（ＨＧＰＳ）、肢帯型筋ジストロフィー１Ｂ型、２型家族性部分型リポジストロフィー、パーキンソン症候群染色体１７を伴う前頭側頭型認知症、新生児低酸素症−虚血、家族性自律神経失調、ヒポキサンチンホスホリボシルトランスフェラーゼ欠乏症、エーラスーダンロス症候群、後頭角症候群、ファンコーニ貧血、マルファン症候群、血栓性血小板減少性紫斑病、糖原病ＩＩＩ型、チロシン血症（Ｉ型）、メンケス病、無アルブミン血症、先天性アセチルコリンエステラーゼ欠乏症、血友病Ｂ欠乏症（凝固第ＩＸ因子欠乏症）、劣性栄養障害性表皮水泡症、優性栄養障害性表皮水疱症、腎尿細管上皮細胞の体細胞変異、Ｘ連鎖性副腎白質ジストロフィー（Ｘ−ＡＬＤ）、ＦＶＩＩ欠乏症、ホモ接合性低ベータリポ蛋白症、毛細血管拡張性運動失調症、アンドロゲン感受性、一般的な先天性無フィブリノゲン血症、気腫のリスク、ムコ多糖症ＩＩ型（ハンター症候群）（ハンター症候群）、重度のＩＩＩ型骨形成不全症、エーラス−ダンロス症候群ＩＶ、グランツマン血小板無力症、軽度ベスレムミオパチー、ダウリング−メアラ型単純型表皮水疱症、度のＭＴＨＦＲ欠乏症、急性間欠性ポルフィリア、テイサックス症候群、筋型ホスホリラーゼ欠損症（マックアードル病）、慢性チロシン血症１型、胎盤の変異、白血球付着欠乏症、遺伝性Ｃ３欠乏症、胎盤アロマターゼ欠乏症、脳腱黄色腫症、デュシェンヌ型およびベッカー型筋ジストロフィー、重度の第Ｖ因子欠乏症、アルファ−サラセミア、ベータ−サラセミア、遺伝性ＨＬ欠乏症、レッシューナイハン症候群、家族性高コレステロール血症、ホスホグリセレートキナーゼ欠損症、カウデン症候群、Ｘ連鎖網膜色素変性（ＲＰ３）、クリグラー−ナジャー症候群１型、慢性チロシン血症Ｉ型、サンドホフ病、若年発症成人型糖尿病（ＭＯＤＹ）、家族性結節性硬化症、多発性嚢胞腎１、一次甲状腺機能亢進症、嚢胞性線維症、脊髄性筋萎縮症、神経線維腫症、神経線維腫症Ｉ型および神経線維腫症ＩＩ型からなる群から選択される非がん状態または疾患を含む。
【０１２５】
[0124]具体的な実施形態では、本開示の化合物により処置されるがんは、白血病、急性骨髄性白血病、結腸がん、胃がん、黄斑変性、急性単球性白血病、乳がん、肝細胞癌、錐体杆体ジストロフィー、胞状軟部肉腫、骨髄腫、皮膚黒色腫、前立腺炎、膵臓炎、膵臓がん、網膜炎、腺癌、咽頭扁桃炎、腺様嚢胞癌、白内障、網膜変性、胃腸管間質腫瘍、ウェゲナー肉芽腫症、肉腫、ミオパチー、前立腺腺癌、ホジキンリンパ腫、卵巣がん、非ホジキンリンパ腫、多発性骨髄腫、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、腎細胞癌、移行上皮癌、結腸直腸がん、慢性リンパ球性白血病、未分化大細胞型リンパ腫、腎臓がん、乳がん、子宮頚がんである。
【０１２６】
[0125]具体的な実施形態では、本開示により予防および／または処置されるがんは、基底細胞癌、杯細胞異形成または悪性神経膠腫、肝臓、乳房、肺、前立腺、子宮頸部、子宮、結腸、膵臓、腎臓、胃、膀胱、卵巣または脳のがんである。
【０１２７】
[0126]具体的な実施形態では、本発明により予防および／または処置されるがんには、以下に限定されないが、頭部、頸部、眼、口、咽喉、食道、食道、胸部、骨、肺、腎臓、結腸、直腸または他の胃腸管臓器、胃、脾臓、筋骨格、皮下組織、前立腺、乳房、卵巣、睾丸または他の生殖器、皮膚、甲状腺、血液、リンパ節、腎臓、肝臓、膵臓および脳または中枢神経系のがんが含まれる。
【０１２８】
[0127]本開示により予防および／または処置され得るがんの具体例には、以下に限定されないが、以下：腎がん、腎臓がん、多形膠芽細胞腫、転移性乳がん；乳癌；乳房肉腫；神経線維腫；神経線維腫症；小児腫瘍；神経芽細胞腫；悪性黒色腫；表皮の癌；白血病（以下に限定されないが、急性白血病、急性リンパ性白血病など）、急性骨髄性白血病（骨髄芽球性、前骨髄性、骨髄単球性、単球性、赤芽球系白血および骨髄異形成症候群など）、慢性白血病（以下に限定されないが、慢性骨髄性（顆粒球性）白血病、慢性リンパ球性白血病、有毛細胞白血病など）；真性多血症；以下に限定されないが、ホジキン病、非ホジキン病などのリンパ腫；以下に限定されないが、くすぶり型多発性骨髄腫、非分泌性骨髄腫、骨軟化性骨髄腫、形質細胞性白血病、孤立性形質細胞腫および髄外性形質細胞腫などの多発性骨髄腫；ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症；意義不明の単クローン性免疫グロブリン血症；良性単クローン免疫グロブリン血症；重鎖病；以下に限定されないが硬骨肉腫、骨髄腫骨疾患、多発性骨髄腫、コレステリン腫誘発骨肉腫、骨ページェット病、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性巨細胞腫瘍、骨の線維肉腫、脊索腫、骨膜肉腫、軟部組織肉腫、血管肉腫（ａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ）（血管肉腫（ｈｅｍａｎｇｉｏｓａｒｃｏｍａ））、線維肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、神経鞘種、横紋筋肉腫および滑膜肉腫などの骨がんおよび結合組織肉腫； 以下に限定されないが、神経膠腫、星状細胞腫、脳幹グリオーマ、上衣腫、乏突起神経膠腫、非グリア系腫瘍、聴神経腫、頭蓋咽頭腫、髄芽腫、髄膜腫、松果体細胞腫、松果体芽腫および原発性脳リンパ腫などの脳腫瘍；以下に限定されないが、腺癌、小葉（小細胞）癌、乳管内癌、髄様乳がん、粘液性乳がん、管状乳がん、乳頭状乳がん、パジェット病（若年性パジェット病を含む）および炎症性乳がんを含めた乳がん；以下に限定されないが、褐色細胞腫（ｐｈｅｏｃｈｒｏｍｏｃｙｔｏｍ）および副腎皮質癌などの副腎がん；以下に限定されないが、乳頭または甲状腺濾胞がん、甲状腺髄様がんおよび未分化甲状腺がんなどの甲状腺がん；以下に限定されないが、インスリノーマ、ガストリノーマ、グルカゴノーマ、ビポーマ、ソマトスタチン分泌腫瘍およびカルチノイドまたは膵島細胞腫瘍などの膵臓がん；以下に限定されないが、クッシング病、プロラクチン分泌腫瘍、先端巨大症および尿閉症（ｄｉａｂｅｔｅｓ  ｉｎｓｉｐｉｕｓ）などの下垂体がん；眼がん（以下に限定されないが、虹彩黒色腫、脈絡膜黒色腫および毛様体黒色腫などの眼内黒色腫など）および網膜芽細胞腫；扁平上皮癌、腺癌および黒色腫などの膣がん；扁平上皮癌、黒色腫、腺癌、基底細胞癌、肉腫およびパジェット病などの外陰がん；以下に限定されないが、扁平上皮癌および腺癌などの子宮頚がん；以下に限定されないが、子宮内膜癌および子宮肉腫などの子宮がん；以下に限定されないが、卵巣上皮癌、境界腫瘍、胚細胞腫瘍および間質腫瘍などの卵巣がん；子宮頸癌；以下に限定されないが、扁平がん、腺癌、腺様嚢胞癌、粘表皮癌、腺扁平上皮癌、肉腫、黒色腫、プラズマ細胞腫、疣贅性がんおよび燕麦細胞（小細胞）癌などの食道がん；以下に限定されないが、腺癌、菌状（ポリープ）、潰瘍性、表在拡大型、広範囲拡大型、悪性リンパ腫、脂肪肉腫、線維肉腫および癌肉腫などの胃がん；結腸がん；ＫＲＡＳ変異型結腸直腸がん；結腸癌；直腸がん；以下に限定されないが肝細胞癌および肝芽腫などの肝臓がん、腺癌などの胆嚢がん；以下に限定されないが乳頭性、結節性およびびまん性などの胆管癌；ＫＲＡＳ変異型非小細胞肺がん、非小細胞肺がん、扁平上皮癌（類表皮癌）、腺癌、大細胞癌および小細胞肺がんなどの肺がん；肺癌；以下に限定されないが、胚腫瘍、精上皮腫、未分化、従来的（典型的）、精母細胞、非精上皮腫、胎生期癌、奇形癌、絨毛癌（卵黄嚢腫瘍）、前立腺がん（下に限定されないが、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、腺癌、平滑筋肉腫および横紋筋肉腫など）などの精巣がん；陰茎（ｐｅｎａｌ）がん；以下に限定されないが、扁平上皮癌などの口腔がん；基底がん；以下に限定されないが腺癌、粘表皮癌および腺様嚢胞癌などの唾液腺がん；以下に限定されないが、扁平上皮細胞がんおよびいぼ状などの咽頭がん；以下に限定されないが、基底細胞癌、扁平上皮癌および黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、悪性黒子型黒色腫、末端黒子型黒色腫などの皮膚がん；以下に限定されないが、腎細胞がん、腺癌、副腎腫、線維肉腫、移行上皮がん（腎盂および／または子宮）などの腎臓がん；腎癌；ウィルムス腫瘍；以下に限定されないが、移行上皮癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫などの膀胱がんが含まれる。ないが移行上皮癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫などの膀胱がんが含まれる。さらに、がんには、粘液肉腫、骨原性肉種、内皮肉腫、リンパ管内皮細胞肉腫（ｌｙｍｐｈａｎｇｉｏｅｎｄｏｔｈｅｌｉｏｓａｒｃｏｍａ）、中皮腫、滑膜腫、血管芽細胞腫、上皮性癌、嚢胞腺癌、気管支原性癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌および乳頭腺癌が含まれる。
【０１２９】
[0128]ある種の実施形態では、本開示による予防および／または処置され得るがんには、以下：小児固形腫瘍、ユーイング肉腫、ウィルムス腫瘍、神経芽細胞腫、神経線維腫、表皮の癌、悪性黒色腫、子宮頸癌、結腸癌、肺癌、腎癌、乳癌、乳房肉腫、転移性乳がん、ＨＩＶ関連カポジ肉腫、前立腺がん、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、神経線維腫症、肺がん、非小細胞肺がん、ＫＲＡＳ変異型非小細胞肺がん、悪性黒色腫、黒色腫、結腸がん、ＫＲＡＳ変異型結腸直腸がん、多形膠芽細胞腫、腎がん、腎臓がん、膀胱がん、卵巣がん、肝細胞癌、甲状腺癌、横紋筋肉腫、急性骨髄性白血病および多発性骨髄腫が含まれる。
【０１３０】
[0129]一部の実施形態では、本開示による予防および／または処置される、がんおよびこれに関連する状態は、トリプルネガティブ乳がん、転移性結腸直腸がん、子宮内膜がん、転移性黒色腫、遺伝性非ポリポーシス結腸直腸がん、腺癌、肉腫、黒色腫、肝臓がん、肝細胞癌、肝芽腫、肝臓癌、前立腺がん、前立腺腺癌、アンドロゲン非依存性前立腺がん、アンドロゲン依存性前立腺がん、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、前立腺癌、脳がん、神経膠腫、星状細胞腫、脳幹グリオーマ、上衣腫、乏突起神経膠腫、非グリア系腫瘍、聴神経腫、頭蓋咽頭腫、髄芽腫、髄膜腫、松果体細胞腫、松果体芽腫、原発性脳リンパ腫、退形成性星細胞腫、若年性毛様細胞性星細胞腫、乏突起神経膠腫と星状細胞腫要素との混合物型、乳がん、転移性乳がん、乳癌、乳房肉腫、腺癌、小葉（小細胞）癌、乳管内癌、髄様乳がん、粘液性乳がん、管状乳がん、乳頭性乳がん、パジェット病、若年性パジェット病、炎症乳がん、肺がん、ＫＲＡＳ変異型非小細胞肺がん、非小細胞肺がん、扁平上皮癌（類表皮癌）、腺癌、大細胞癌、小細胞肺がん、肺癌、結腸がん、ＫＲＡＳ変異型結腸直腸がん、結腸癌、膵臓がん、インスリノーマ、ガストリノーマ、グルカゴノーマ、ビポーマ、ソマトスタチン分泌腫瘍、カルチノイド腫瘍、膵島細胞腫瘍、膵臓癌、皮膚がん、皮膚黒色腫、基底細胞癌、扁平上皮癌、黒色腫、表在拡大型黒色腫、結節型黒色腫、悪性黒子型黒色腫、末端黒子型黒色腫、皮膚癌、子宮頚がん、子宮頚がん、扁平上皮癌、腺癌、子宮頸癌、卵巣がん、卵巣上皮癌、境界腫瘍、胚細胞腫瘍、間質腫瘍、卵巣癌、口腔のがん、血液がん、白血病、急性骨髄性白血病、急性単球性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、慢性リンパ球性白血病、急性白血病、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、骨髄芽球性白血病、前骨髄球性白血病、骨髄単球性白血病、単球性白血病、赤白血病、骨髄異形成症候群、慢性白血病、慢性骨髄性（顆粒球性）白血病、慢性リンパ球性白血病、有毛細胞白血病、形質細胞性白血病、神経系のがん、中枢神経系のがん、原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、ＣＮＳ胚細胞腫瘍、杯細胞化生、腎臓がん、腎細胞がん、腺癌、副腎腫、線維肉腫、移行上皮がん（腎盂および／または子宮）、膀胱がん、移行上皮癌、扁平上皮細胞がん、腺癌、癌肉腫、胃がん、胃がん、腺癌、菌状（ポリープ）、潰瘍性、表在拡大型、広範囲拡大型、悪性リンパ腫、脂肪肉腫、線維肉腫、癌肉腫、子宮がん、子宮内膜癌、子宮肉腫、食道がん、扁平がん、腺癌、腺様嚢胞癌、粘表皮癌、腺扁平上皮癌、肉腫、黒色腫、プラズマ細胞腫、疣贅性がんおよび燕麦細胞（小細胞）癌、食道癌、直腸のがん、結腸直腸がん、直腸がん、直腸結腸癌、胆嚢がん、腺癌、胆管癌、乳頭型胆管癌、結節胆管癌、びまん性胆管癌、精巣がん、胚腫瘍、精上皮腫、未分化精巣がん、従来的な（典型的な）精巣がん、精母細胞性精巣がん、非精上皮腫、精巣がん、胎生期癌、奇形癌、絨毛癌（卵黄嚢腫瘍）、胃がん、胃腸管間質腫瘍、他の消化管臓器のがん、胃癌、骨がん、結合組織肉腫、硬骨肉腫、骨髄腫骨疾患、多発性骨髄腫、コレステリン腫誘発骨肉腫、骨ページェット病、骨肉腫、軟骨肉腫、ユーイング肉腫、悪性巨細胞腫瘍、骨の線維肉腫、脊索腫、骨膜肉腫、軟部組織肉腫、血管肉腫（血管肉腫）、線維肉腫、カポジ肉腫、平滑筋肉腫、脂肪肉腫、リンパ管肉腫、神経鞘種、横紋筋肉腫、滑膜肉腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、未分化大細胞型リンパ腫、リンパ節のがん、リンパ管内皮腫、骨髄腫、多発性骨髄腫、くすぶり型多発性骨髄腫、非分泌性骨髄腫、骨軟化性骨髄腫、孤立性形質細胞腫、髄外性形質細胞腫、胞状軟部肉腫、腺様嚢胞癌、腎細胞癌、移行上皮癌、胚細胞がん、悪性神経膠腫、腎癌、膣がん、扁平上皮癌、腺癌、黒色腫、外陰がん、扁平上皮癌、黒色腫、腺癌、肉腫、パジェット病、他の生殖器のがん、甲状腺がん、甲状腺乳頭がん、甲状腺濾胞がん、甲状腺髄様がん、未分化甲状腺がん、甲状腺癌、唾液腺がん、腺癌、粘表皮癌、眼がん、眼内黒色腫、虹彩黒色腫、脈絡膜黒色腫、毛様体黒色腫、網膜芽細胞腫、陰茎がん、口腔がん、扁平上皮癌、基底がん、咽頭がん、扁平上皮細胞がん、いぼ状咽頭がん、ウィルムス腫瘍、頭部のがん、頸部のがん、眼のがん、咽頭部のがん、胸部のがん、脾臓のがん、骨格筋のがん、皮下組織のがん、副腎がん、褐色細胞腫、副腎皮質癌、下垂体がん、クッシング病、プロラクチン分泌腫瘍、先端巨大症、夜尿病、粘液肉腫、骨原性肉種、内皮肉腫、中皮腫、滑膜腫、血管芽細胞腫、上皮性癌、嚢胞腺癌、気管支原性癌、汗腺癌、脂腺癌、乳頭状癌、乳頭腺癌、脳室上皮腫（ｅｐｅｎｄｙｏｍａ）、視神経膠腫、原始神経外胚葉性腫瘍、ラブドイド腫瘍、腎がん、多形膠芽細胞腫、神経線維腫、神経線維腫症、小児がん、神経芽細胞腫、悪性黒色腫、表皮の癌、真性多血症、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、意義不明の単クローン性免疫グロブリン血症、良性単クローンガンマグロブリン血症、重鎖病、小児固形腫瘍、ユーイング肉腫、ウィルムス腫瘍、表皮の癌、ＨＩＶ関連カポジ肉腫、横紋筋肉腫、卵胞膜細胞腫、男化腫瘍、子宮内膜癌、子宮内膜過形成、子宮内膜症、線維肉腫、絨毛癌、鼻咽頭癌、喉頭癌、肝芽腫、カポジ肉腫、血管腫、海綿状血管腫、血管芽細胞腫、網膜芽細胞腫、神経膠芽腫、神経鞘腫、神経芽細胞腫、横紋筋肉腫、骨原性肉種、平滑筋肉腫、尿路癌、母斑症を伴う異常血管増殖、浮腫（脳腫瘍に関連するものなど）、メイグス症候群、下垂体腺腫、原始神経外胚葉性腫瘍、髄芽腫（ｍｅｄｕｌｌｂｌａｓｔｏｍａ）および聴神経鞘腫である。
【０１３１】
[0130]ある種の実施形態では、本開示により予防および／または処置されるがんならびにそれに関連する状態は、乳癌、肺癌、胃癌、食道癌、結腸直腸癌、肝臓癌、卵巣癌、卵胞膜細胞腫、男化腫瘍、子宮癌、子宮内膜癌、子宮内膜過形成、子宮内膜症、線維肉腫、絨毛癌、頭頸部がん、鼻咽頭癌、喉頭癌、肝芽腫、カポジ肉腫、黒色腫、皮膚癌、血管腫、海綿状血管腫、血管芽細胞腫、脾臓癌、網膜芽細胞腫、星状細胞腫、神経膠芽腫、神経鞘腫、乏突起神経膠腫、髄芽腫、神経芽細胞腫、横紋筋肉腫、骨原性肉種、平滑筋肉腫、尿路癌、甲状腺癌、ウィルムス腫瘍、腎細胞癌、前立腺癌、母斑症を伴う異常血管増殖、浮腫（脳腫瘍に関連するものなど）またはメイグス症候群である。具体的な実施形態では、がん、星状細胞腫、乏突起神経膠腫、乏突起神経膠腫と星状細胞腫要素との混合型、上衣腫、髄膜腫、下垂体腺腫、原始神経外胚葉性腫瘍、髄芽腫、原発性中枢神経系（ＣＮＳ）リンパ腫、またはＣＮＳ胚細胞腫瘍。
【０１３２】
[0131]具体的な実施形態では、本開示により処置されるがんは、聴神経鞘腫、退形成性星細胞腫、多形膠芽細胞腫または髄膜腫である。
[0132]他の具体的な実施形態では、本開示により処置されるがんは、脳幹グリオーマ、頭蓋咽頭腫、脳室上皮腫、若年性毛様細胞性星細胞腫、髄芽腫、視神経膠腫、原始神経外胚葉性腫瘍またはラブドイド腫瘍である。
【０１３３】
[0133]本開示の一部の態様では、スクリーニング法によって特定される低分子は、静脈内投与、皮下投与、経口投与、吸入、鼻腔投与、皮膚投与または眼投与による哺乳動物への投与向けに製剤化され得る。一態様では、スクリーニング法によって特定された低分子が使用されて、疾患または状態に関連するタンパク質のＲＮＡスプライシングをモジュレートすることにより処置され得る疾患または状態を処置することができる。
【０１３４】
[0134]一部の実施形態では、本開示により特定される低分子は、最大で約２０００ダルトン、１５００ダルトン、１０００ダルトンまたは９００ダルトンの分子量を有する。一部の実施形態では、本開示により特定される低分子は、少なくとも１００ダルトン、２００ダルトン、３００ダルトン、４００ダルトンまたは５００ダルトンの分子量を有する。一部の実施形態では、本開示により特定される低分子は、ホスホジエステル連結基を含まない。
【０１３５】
[0135]本開示において特定される低分子を使用して、５’ｓｓ、隠れた５’ｓｓ、３’ｓｓ、隠れた３’ｓｓ、ＥＳＥ、ＥＳＳ、ＩＳＥおよび／またはＩＳＳの変異により引き起こされるスプライシングの異常をモジュレートすることができる。モジュレートは、増強／活性化および予防／阻止の両方を含むことができる。一部の実施形態では、モジュレートは、増強／活性化とすることができ、この場合、低分子は、標的ポリヌクレオチドに結合する１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチドの結合を安定化または増強する。例えば、低分子は、標的ｍＲＮＡに結合することができ、したがって、標的ポリヌクレオチドに結合する追加のポリヌクレオチドまたはポリペプチドの結合を促進することができる。一部の場合、低分子は、標的ｍＲＮＡに結合するＲＮＡの結合を促進することができる。一部の場合、低分子は、標的ｍＲＮＡに結合するタンパク質またはその一部の結合を促進することができる。一部の場合、低分子は、標的ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合するタンパク質またはその一部の結合を促進することができる。一部の場合、低分子は、標的ｍＲＮＡに結合するタンパク質−ＲＮＡ複合体（例えば、ｓｎＲＮＰ）の結合を促進することができる。一部の場合、低分子は、標的ｍＲＮＡの二次もしくは三次構造、または分子部分を変更することにより、標的ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合するタンパク質またはその一部の結合を促進することができる。例えば、低分子は、５’ｓｓもしくは３’ｓｓ、またはそれらの一部を含有する標的ｍＲＮＡに結合するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドの結合を促進し、これにより、隣接エクソンの取り込みを促進することができる。
【０１３６】
[0136]一部の実施形態では、モジュレートは、予防／阻害とすることができ、この場合、低分子は、１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、標的ポリヌクレオチドに結合するのを不安定化または阻止する。例えば、低分子は、標的ｍＲＮＡに結合することができ、したがって、追加のポリヌクレオチドまたはポリペプチドが、標的ポリヌクレオチドに結合するのを阻止する。一部の場合、低分子は、ＲＮＡが標的ｍＲＮＡに結合するのを阻止することができる。一部の場合、低分子は、タンパク質またはその一部が標的ｍＲＮＡに結合するのを阻止することができる。一部の場合、低分子は、タンパク質またはその一部が標的ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合するのを阻止することができる。一部の場合、低分子は、タンパク質−ＲＮＡ複合体（例えばｓｎＲＮＰ）が標的ｍＲＮＡに結合するのを阻止することができる。一部の場合、低分子は、標的ｍＲＮＡの二次もしくは三次構造、または分子部分を変更することにより、標的ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合するタンパク質またはその一部の結合を促進することができる。例えば、低分子は、隠れた５’ｓｓもしくは隠れた３’ｓｓ、またはそれらの一部を含有する標的ｍＲＮＡに結合するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドを阻止し、これにより、隣接エクソンの取り込みを促進することができる。例えば、低分子は、本来の５’ｓｓもしくは本来の３’ｓｓ、またはそれらの一部を含有する標的ｍＲＮＡに結合するポリヌクレオチドおよび／またはポリペプチドを阻止し、これにより、エクソンの喪失を促進することができる。
【０１３７】
[0137]本開示において特定される低分子を使用して、１つまたは複数のタンパク質におけるスプライシングの異常に関連する疾患または状態を処置することができる。本開示において特定された低分子が使用されて、スプライシングをモジュレートする、例えば、産生したＲＮＡ転写物の量をモジュレートすることができる。一部の実施形態では、本開示において特定された低分子が使用されて、シス作用性エレメントにおけるいかなる変異にも関連しないスプライシングをモジュレートすることができる。
【０１３８】
[0138]一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＧＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＧＡ／ｇｕｃｃｇｕ、ＧＧＡｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇａｕ、ＵＧＡ／ｇｕｇａａｕ、ＧＧＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、またはＡＧＡ／ｇｕｇｃｇｕを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＡＣＡ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＡＡ／ａｕａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｇａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＵＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｇｇ、ＣＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＵＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕａａｇｃ、ＣＡＡ／ｇｕａａｇｇ、ＵＣＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＵＡ／ｇｕｇａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕｇａａａ、ＣＣＡ／ｇｕｇａｇａ、ＵＣＡ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＡ／ｕａａｇｕｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、またはＡＣＡ／ｇｕｕｕｇａを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＡＡ／ｇｕａａｃｕ、ＡＵＡ／ｇｕｃａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｃｕｇｇ、ＡＡＡ／ｇｕａｃａｕを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＮＮＢｇｕｎｎｎｎ、ＮＮＢｈｕｎｎｎｎまたはＮＮＢｇｖｎｎｎｎを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＮＮＢｇｕｒｒｒｎ、ＮＮＢｇｕｗｗｄｎ、ＮＮＢｇｕｖｍｖｎ、ＮＮＢｇｕｖｂｂｎ、ＮＮＢｇｕｋｄｄｎ、ＮＮＢｇｕｂｎｂｄ、ＮＮＢｈｕｎｎｇｎ、ＮＮＢｈｕｒｍｈｄまたはＮＮＢｇｖｄｎｖｎを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。それらの実施形態では、Ｎ（またはｎ）は、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂ（またはｂ）は、Ｃ、ＧまたはＵであり、Ｈ（またはｈ）は、Ａ、ＣまたはＵであり、ｄは、ａ、ｇまたはｕであり、ｍは、ａまたはｃであり、ｒは、ａまたはｇであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇであり、ｋは、ｇまたはｕであり、ｗは、ａまたはｕである。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＡＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＵＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｕ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＡＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｇ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｇ、ＣＣＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｇｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＣＧ／ｇｕｇａａｃ、ＣＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａａｕ、ＵＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇａａｇ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＧＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＵ／ｇｕａｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＧＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇｇｇａ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｕｇ、ＣＧＵ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＧＧＧ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＧ／ｇｕａａａａ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＵＧ／ｇｕａａａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａａ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｇａｃ、ＵＵＧ／ｇｕａｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｇｃ、またはＡＧＣ／ｇｕａｇｇｕを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＡＧ／ｇｕａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｃ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｃ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａａｇ、ＡＵＣ／ｇｕｕａｇａ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、ＵＧＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕｕｕｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＵ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＵ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＵ／ｇｕａｕｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、またはＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＣＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＵＧ／ｇｕａａｃｃ、ＧＧＧ／ｇｕａａｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｃｃｃ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｃｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｃｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｃｃａ、ＣＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＧＧＧ／ｇｕａｃａｕ、ＵＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＵＧＵ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｃ、ＧＧＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＡＧＧ／ｇｕｇｃａａ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＡＵＧ／ｇｕｇａｃｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＣ／ｇｕｃａｇｕ、またはＵＡＧ／ｇｕｃａｇａを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｃｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｕａ、ＡＣＧ／ｇｕａｇｃｕ、ＡＧＣ／ｇｕａｃｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｃｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃｇｃ、またはＧＡＧ／ｇｕｇｃｃｕを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＧＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｇ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｕｇｇ、ＣＵＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＵ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｕｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｕａ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＣＣＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＣ／ｇｕｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、またはＣＡＧ／ｇｕｕｇａｕを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。
一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＡＵＧ／ｇｕｃａｕｕ、ＣＧＧ／ｇｕｃａｕａａｕｃ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｃｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｃｕｇまたはＣＡＧ／ｇｕｇｃｕｇを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＧＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＧＧ／ａｕａａｇｇ、ＡＣＧ／ａｕａａｇｇ、ＧＵＵ／ａｕａａｇｕ、ＣＣＵ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＵ／ａｕａａｇｃ、ＧＡＧ／ａｕｃｕｇｇ、ＡＡＣ／ａｕｇａｇｇａ、ＧＡＣ／ａｕｇａｇｇ、ＡＣＣ／ａｕｇａｇｕ、ＧＧＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｇａｇｃ、ＣＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＣＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇａｕｇａｇ、ＣＣＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＵＡＧ／ａｕｇｃｇｕ、ＣＡＧ／ａｕｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｕｕｇｕ、ＡＣＧ／ｃｕａａｇｃ、ＣＡＧ／ｃｕｇｕｇｕ、ＣＵＧ／ｕｕａａｇ、ＧＡＧ／ｕｕａａｇｕ、ＡＡＧ／ｕｕａａｇｇ、ＡＵＵ／ｕｕａａｇｃ、ＣＵＧ／ｕｕｇａｇａ、ＣＡＧ／ｕｕｕｇｇｕ、またはＧＧＧ／ａｕａａｇｕを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＣＡＧ／ａｕａａｃｕ、ＧＡＧ／ｃｕｇｃａｇまたはＡＡＧ／ｕｕａａｕａを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。一部の実施形態では、本開示において特定される低分子は、配列ＧＣＧ／ｇａｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｇａａａａ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｃａａａａ、ＵＧＵ／ｇｃａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃａｇｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃｇｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｃｕｃｃｃ、ＣＡＧ／ｇｃｕｇｇｕまたはＡＡＧ／ｇａｕｇａｇを含むスプライス部位配列のスプライシングをモジュレートする。
【０１３９】
[0139]本開示によって特定され得る例示的な低分子が、表３に要約されている。
【０１４０】
【表３−１】
2020537158.tif 000023
【０１４１】
【表３−２】
2020537158.tif 000024
【０１４２】
【表３−３】
2020537158.tif 000025
【０１４３】
【表３−４】
2020537158.tif 000026
【０１４４】
【表３−５】
2020537158.tif 000027
【０１４５】
【表３−６】
2020537158.tif 000028
【０１４６】
【表３−７】
2020537158.tif 000029
【０１４７】
【表３−８】
2020537158.tif 000030
【０１４８】
【表３−９】
2020537158.tif 000031
【０１４９】
【表３−１０】
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【０１５０】
【表３−１１】
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【０１５１】
【表３−１２】
2020537158.tif 000034
【０１５２】
【表３−１３】
2020537158.tif 000035
【０１５３】
【表３−１４】
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【０１５４】
【表３−１５】
2020537158.tif 000037
【０１５５】
【表３−１６】
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【０１５６】
【表３−１７】
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【０１５７】
【表３−１８】
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【０１５８】
【表３−１９】
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【０１５９】
【表３−２０】
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【０１６０】
【表３−２１】
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【０１６１】
【表３−２２】
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【０１６２】
【表３−２３】
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【実施例】
【０１６３】
実施例１
[0140]本実施例は、標的ＲＮＡに結合する結合剤を特定するための、本明細書において提供されている方法を使用する例示的な実験計画を提供する。この実験は、以下の工程を含む：
[0141]工程１は、ＲＮＡ二本鎖形成およびＮＭＲスクリーニングを含むことができる。低分子を使用したＮＭＲと低分子を使用しないＮＭＲスペクトルを比較して、低分子がＲＮＡ二本鎖に結合するかどうかを判定することができる。本明細書に記載されている標的遺伝子のスプライシングモディファイヤーを特定するため、化合物のライブラリーは、ＲＮＡ二本鎖に結合する能力に関して試験することができる。この場合、フリーＲＮＡ二本鎖の２Ｄ  １Ｈ−１Ｈ  ＴＯＣＳＹの指紋領域を記録し、候補分子を添加した後の同じ指紋領域と比較する。これらの２つの指紋スペクトルを比較することにより、これらのスペクトルが差異を示すか否かを迅速に分かり得る。候補分子の添加により、ＲＮＡのケミカルシフトの変化が誘発された場合、これは、分子とＲＮＡ二本鎖との間に直接的な相互作用があることを支持する。２つの異なるスペクトルに由来するケミカルシフトと指紋領域の比較から、本発明者らは、ＲＮＡ二本鎖に結合する低分子またはＲＮＡ二本鎖に結合しない分子を判定して特定することができる。
【０１６４】
[0142]工程２は、Ｕ１−Ｃジンクフィンガードメインの結合特異性および効果を含むことができる。このスクリーニングは、自由ＲＮＡと、低分子添加後との間の比較に基づく。さらなる検討のため、ＲＮＡ二本鎖結合剤を選択する。第１に、相互作用の強度を決定することができる。目的の低分子によりＲＮＡの滴定を行うことにより、相互作用の強度を判定することができる。第２に、相互作用の特異性を判定することができ、目的の低分子は、いくつかの異なるＲＮＡ二本鎖に対して試験することができるので、他のＲＮＡ二本鎖上のヒット分子を試験することにより、特定された相互作用の特異性を試験することができる。第３に、ＲＮＡ二本鎖上の低分子結合剤の特異性および特有の結合位置は、様々なＲＮＡ結合剤を互いに比較することにより、解明することができる。最後に、Ｕ１−Ｃのジンクフィンガーをアッセイに加え、これがＲＮＡ二本鎖−低分子の相互作用にどのように影響を及ぼすか、または相互作用と競合するかどうかを試験する可能性を提供する。
【０１６５】
[0143]工程３は、ＲＮＡ二本鎖−低分子複合体のＮＭＲ構造決定を含むことができる。溶液状態のＮＭＲを使用して構造決定を行うために、最も有望な低分子−ＲＮＡ二本鎖を選択する。このような複合体の構造を解明するために、共鳴帰属を行うためだけではなく、ＮＯＥ誘導距離を特定して構造計算を推進するのにも高磁場ＮＭＲ分光計の利用が極めて重要である。このような複合体の構造を解明するため、ＮＭＲ９００ＭＨｚ以上の分光計を使用してデータを修正することが要求されることがある。
【０１６６】
実施例２
[0144]この実施例は、最大で２００ヌクレオチド長を有するエクソン−イントロン境界を含有するｍＲＮＡ断片を使用する方法を提供する。いくつかの実験では、ｍＲＮＡは標識化されていない。非標識化標的の１Ｈスペクトルを得る。他のいくつかの例では、５’ｓｓ配列の８〜１２のヌクレオチドに関与するエクソン／イントロンヌクレオチドは、ＮＭＲを用いる測定のために、同位体標識され得る。これにより、本発明者らは、この実験の分解能をなんら失うことなく、および配列の残りに結合する化合物を判定できなくなることなく、ｍＲＮＡの二次構造を保存することが可能となる。様々な標的のＵ１（５’−ＡＵＡＣΨΨＡＣＣＵＧ−３’）の５’末端と５’ｓｓとの間の二本鎖ＲＮＡ（表１〜２を参照されたい）は、ＮＭＲ緩衝液中で、Ｕ１  ｓｎＲＮＡおよび５’ｓｓをほぼ等モル量で添加することにより形成され得る。この実験は、以下の工程：１）ｍＲＮＡ配列のより大きな領域を非標識状態に留めながら、ｍＲＮＡ配列の区域、この場合、５’ｓｓを場合により放射標識する工程（しかし、２−Ｄ／３−Ｄの精巧な構造を提供する）、２）ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料、例えば二本鎖ＲＮＡのＮＭＲスペクトルを得る工程、３）Ｕ１タンパク質、次に目的の低分子を導入して、ｓｎＲＮＡとの５’ｓｓ二本鎖の１個または複数の原子のケミカルシフトを決定する工程、４）Ｕ１タンパク質の添加時に、ケミカルシフトの変化を測定し、ｍＲＮＡがＵ１タンパク質と相互作用し得るか、または相互作用し得ないかを示す工程、５）低分子およびＵ１タンパク質の添加時にケミカルシフトの変化を測定し、ｍＲＮＡが、低分子およびタンパク質と、Ｕ１タンパク質単独の添加とは異なる相互作用し得ることを示す工程、および６）Ｕ１タンパク質および／または低分子の存在下で、ケミカルシフトを収集する工程を含む。ケミカルシフトを使用して、ｍＲＮＡの二分子構造および結合した低分子を決定することができる。ＮＭＲスペクトルから、５’ｓｓと低分子との構造の２−Ｄまたは３−Ｄ原子分解能を計算によりモデル化することができる。二次構造予測アルゴリズム（例えば、近傍アルゴリズム）またはコンピュータプログラムを使用して、複数の二次構造予測を計算することができる。ＭＣ−ｆｏｌｄ｜ＭＣ−Ｓｙｍパイプラインとは、ＲＮＡ二次および三次構造予測に関するウエブホスティングサービスである。このパイプラインは、ＭＣ−Ｆｏｌｄへの入力配列は、ＭＣ−ｓｙｍに直接、入力される二次構造を出力し、これにより、三次構造が出力されることを意味する。
【０１６７】
実施例３
[0145]この実施例は、ＲＮＡのＮＭＲ調製、およびＲＮＡ−化合物複合体の試料に関する例示的な実験手順を提供する。運動ニューロン（ＳＭＮ）タンパク質が生存するためのＲＮＡを、ここでは実施例として使用する。ＳＭＮ  ５’ｓｓ  ＲＮＡ（５’−ＧＧＡＧＵＡＡＧＵＣＵ）、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ（５’−ＧＡＵＡＣＵＵＡＣＣＵＧ）およびＳＭＮ  ｓｓＲＮＡ／Ｕ１  ｓｎＲＮＰ連結ＲＮＡ（５’−ＧＧＡＧＵＡＡＧＵＣＵ−ＧＡＵＡＣＵＵＡＣＣＵＧ）は、ＴｒｉＬｉｎｋ  ＢｉｏＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓまたはＩｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓによって合成することができる。ｄｓＲＮＡは、ＮＭＲ緩衝液（２０ｍＭリン酸カリウム、ｐＨ６．２、１００ｍＭ  ＫＣｌおよび０．１ｍＭ  ＥＤＴＡ）中で、等モル濃度のＳＭＮ  ｓｓＲＮＡおよびＵ１  ｓｎＲＮＡを混合することにより調製することができる。様々なＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖をこの実験に使用することができ、図２に例がある。この混合物を５分間、６０℃に加熱し、次に、室温まで冷却することができる。１次元ＮＭＲ結合検討のための試料は、Ｄ２Ｏ緩衝液中で、１００μＭの化合物および５μＭのｄｓＲＮＡを用いて作製することができる。ＳＭＮ  ｓｓＲＮＡ／Ｕ１  ｓｎＲＮＰ連結ＲＮＡは、ステムループ塩基対パターンが、ＴＯＣＳＹによって、ＳＭＮ  ｓｓＲＮＡ／ｓｎＲＮＰ  ＲＮＡ  ｄｓＲＮＡのそれと同じであることを確認した後に、計算によるモデル構造の決定に使用することができる。Ｄ２ＯまたはＨ２Ｏ  緩衝液中のＳＭＮ  ｓｓＲＮＡとＵ１  ｓｎＲＮＡとのＴＯＣＳＹ用の試料を５分間、８５℃に加熱し、次に、室温まで冷却することができる。ＳＭＮ  ｓｓＲＮＡ−Ｕ１  ｓｎＲＮＡ−ＮＶＳ−ＳＭ２複合体は、化合物濃度が飽和に到達するまで、３５０〜５００μＭのｄｓＲＮＡにＮＶＳ−ＳＭ２の１０ｍＭ  ＤＭＳＯ−ｄ６保存溶液を加えることにより調製することができる。
【０１６８】
実施例４
[0146]ＡＶＡＮＣＥ  ＩＩＩ  ６００ＭＨｚまたは８００ＭＨｚの分光計（Ｂｒｕｋｅｒ）でＮＭＲ実験を行うことができる。試料温度は、ｄｓＲＮＡを使用する結合実験の場合、２０℃とすることができ、ＲＮＡ−１１およびＲＮＡ−１２を用いる、１Ｄ  １Ｈ、ならびに２−Ｄ  ＣＯＳＹおよびＴＯＣＳＹを含めた構造決定実験の場合、５〜３７℃とすることができる。このモデルは、ＴＯＣＳＹスペクトルの分析を含んだデータセットから組み立てた。
【０１６９】
[0147]ＮＭＲスペクトルは、クライオプローブを装備したＢｒｕｋｅｒ  Ａｖａｎｃｅ  ＩＩＩ  ５００、６００、７００または９００ＭＨｚの分光計、および室温プローブを装備したＢｒｕｋｅｒ  Ａｖａｎｃｅ  ＩＩＩ  ７５０ＭＨｚ分光計で、ＲＮＡ−タンパク質複合体の場合、３０３Ｋおよび３１３Ｋで、または他のすべてのタンパク質複合体の場合、３１３Ｋで取得することができる。スペクトルは、Ｔｏｐｓｐｉｎ２．１またはＴｏｐｓｐｉｎ３．０で処理し、Ｓｐａｒｋｙ  ３．０で解析することができる。ＲＮＡおよびタンパク質の１Ｈ、１３Ｃおよび１５Ｎの帰属は、当分野における標準法によって実現することができる。ＲＮＡ−タンパク質複合体のモデル化の場合、ＨＨＣ−およびＨＨＮ−３Ｄ−ＮＯＥＳＹ実験、ならびに主鎖アミドおよびＲＮＡ−Ｃ１’−Ｈ１’、Ｃ５−Ｈ５、Ｃ６−Ｈ６、Ｃ８−Ｈ８およびＣ２−Ｈ２結合について測定した残余双極子カップリングから誘導した分子内距離拘束を使用することができる。分子内距離拘束は、１３Ｃ１５Ｎ標識タンパク質および非標識ＲＮＡから、または１５Ｎ標識タンパク質および１３Ｃ１５Ｎ標識ＲＮＡのどちらか一方から再構成した複合体に関して記録した、３−Ｄ  １３Ｃ−Ｆ１編集、Ｆ３−フィルター−ＮＯＥＳＹ−ＨＳＱＣおよび２−Ｄ  １Ｈ−１Ｈ  Ｆ１−１３Ｃ−フィルター、Ｆ２−１３Ｃ−編集ＮＯＥＳＹスペクトルから抽出することができる。
【０１７０】
実施例５
[0148]この実施例は、例示的なモデル化戦略を提供する。ＲＮＡ−タンパク質複合体のモデル化は、構造予測およびタンパク質−ＲＮＡ複合体の決定に古典的に必要な様々なソフトウェアの組合せ物を用いて実行することができる。Ａｔｎｏｓ／Ｃａｎｄｉｄプログラムスイートおよび人工ＲＲＭ  ＮＯＥＳＹマトリックスを使用して、ＲＲＭ  ｆｏｌｄに典型的な分子内ＮＯＥＳＹパターンに対応するピークリストを作成することができる。ＣＹＡＮＡ３．０およびより詳細にはＣＹＡＮＡのｎｏｅａｓｓｉｇｎコマンドを使用して、距離および角拘束を一体化して、モデルを計算することができる。モデル化の場合、架橋部位は、それぞれ、核酸の塩基環とアミノ酸の側鎖との間の様々な距離を規定するので、ＣＬＩＲ−ＭＳ／ＭＳ−データは、曖昧な距離拘束として盛り込まれ得る。分子内拘束は、ＲＣＳＢタンパク質データバンク（ＰＤＢ）における公開されているタンパク質構造、ならびにＭＣ−ＦＯＬＤおよびＭＣ−ＳＹＭによって予測されるＲＮＡ構造から誘導することができる。入手可能な複合体構造から抽出した追加的な特異的タンパク質−ＲＮＡ拘束は、明確な距離拘束として統合され得る。すべてのモデルに関して、サイクル当たり約２００の構造が計算され得、最低エネルギーのうちの約２０種が、次のサイクルの開始集団として選択され得る。ＲＮＡ−タンパク質複合体のモデル化の場合、ＲＮＡ部分を除いた、サイクル１におけるＰＢＤからの平均的なタンパク質−ＲＮＡ複合体構造を用いて、ＣＹＡＮＡ  ｎｏｅａｓｓｉｇｎ計算を開始することができる。立体衝突を回避し、静電性および疎水性タンパク質−ＲＮＡ拘束を改善するため、ａｍｂｅｒ１２力場により、ＣＹＡＮＡ  ｎｏｅａｓｓｉｇｎを用いて得られた最終的な２０種の最低エネルギーモデルを精密化した。
【０１７１】
実施例６
[0149]この実施例は、ＲＮＡに結合するＵ１  ｓｎＲＮＰのＳＰＲ分析による結合速度を示す。ビオチン化ＲＮＡ（５’−ビオチンＴＥＧ／ＵＣＵＡＡＧＧＣＧＵＡＡＧＵＣＵＧＣＣＡＧ−３’および５’−ビオチンＴＥＧ／ＵＣＵＡＡＧＣＡＧＵＡＡＧＵＣＵＧＣＣＡＧ−３’）は、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓにより合成することができる。結合相において化合物だけを用いた最初のＳＲＰ検討は、２５℃でＢｉａｃｏｒｅ  Ｔ１００で行うことができる。ＳＰＲ緩衝液（３８ｍＭ  ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．６、６０ｍＭ  ＫＣｌ、０．１２ｍＭ  ＥＤＴＡ、３．２ＭｇＣｌ２、０．０５％  Ｐ２０）にＲＮＡを希釈し、９０℃まで加熱し、室温までゆっくりと冷却し、１４，０００ｇで１０分間、遠心分離にかけ、１１０相対単位（ＲＵ）の目標レベルを、ストレプトアビジンコーティングＳＡチップ（ＧＥ  Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）に捕捉する。ＤＭＳＯまたは化合物のどちらか一方を含有するＳＰＲ緩衝液を用いて、Ｕ１  ｓｎＲＮＰを１：５０に希釈する。最終ＤＭＳＯ濃度は０．５％であり、泳動用緩衝液を同じ割合に調節する。表面を１Ｍ  ＮａＣｌ、１０ｍＭ  ＮａＯＨを用いて再生成させる。２５ＲＵという最小限の表面にロードした標的ＲＮＡを用いて、ＮＬＣチップ（Ｂｉｏ−Ｒａｄ）を使用して、２５℃でＰｒｏｔｅＯｎ  ＸＰＲ３６で同じ緩衝条件下で共注入実験を行う。ＰｒｏｔｅＯｎの共注入機能により、結合相および解離相の両方において、ＮＶＳ−ＳＭ２またはＤＭＳＯの試験が可能となった。解離速度定数は、分析対象物の濃度に無関係であり、二連の注入からＰｒｏｔｅＯｎソフトウェアを使用して測定することができる。データはすべて、タンパク質だけの表面、および緩衝液の注入に二重参照し、体積を除外するためのＤＭＳＯ補正を行う。
【０１７２】
実施例７
[0150]この実施例は、ＲＮＡに結合するＵ１  ｓｎＲＮのＳＰＲ分析による結合速度を示す。３００ＲＵという最小限の表面にロードした標的ＲＮＡを用い、ＮＬＣチップ（ＢｉｏＲａｄ）を使用して、２０℃でＰｒｏｔｅＯｎ  ＸＰＲ３６でＳＰＲ検討を行う。ＤＭＳＯまたは化合物のどちらか一方を含有するＳＰＲ緩衝液を用いて、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ（５’−ＡＵＡＣＵＵＡＣＣＵＧ−３’）を１μＭまで希釈する。共注入機構を使用し、その結果、結合相および解離相は、ＤＭＳＯまたは化合物のどちらかを含んだ。表面再生成および参照は、上記の実施例５として行う。
【０１７３】
実施例８
[0151]図１は、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）による、結合速度アッセイの模式図を示している。この例示的な実験設計では、ｓｎＲＮＡは、例えば、ビオチン−ストレプトアビジン相互作用により表面に固定する。溶液中で、標的ｍＲＮＡおよびＵ１−Ｃジンクフィンガードメインを加え、これらは、固定化したｓｎＲＮＡに結合して、複合体を形成する。低分子結合剤の存在下で、上記の複合体は、ＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合して、タンパク質がＲＮＡ−ＲＮＡ二本鎖に結合するのを阻害することにより、タンパク質−ＲＮＡ複合体を不安定化することができる。結合速度を決定するため、様々な濃度の低分子を同じ標的複合体（例えばｍＲＮＡ−ｓｎＲＮＡ−Ｕ１−Ｃ）に滴定する。Ｋｄは、低分子滴定により決定することができる。
【０１７４】
実施例９
[0152]本明細書において開示されている目的の低分子は、有効性測定に関する、細胞をベースとするアッセイ、例えば、ＩＣ５０で試験することができる。細胞生存率を測定するため、５×１０３細胞／ウェルの密度で９６ウェルのプラスチック組織培養プレートでプレート培養した。プレート培養して２４時間後に、細胞をＲＧ−１１−１  化合物で処置した。７２時間後、細胞培養培地を取り除き、０．５％クリスタルバイオレットおよび２５％メタノールを含有する溶液１００ｍＬ／ウェルを使用してプレートを染色し、脱イオン水でゆすぎ、一晩、乾燥させて、１００ｍｌのクエン酸緩衝液（５０％エタノール中の０．１Ｍクエン酸ナトリウム）中で再懸濁させて、プレート培養効率を評価した。５７０ｎｍで評価し、Ｖｍａｘ  ＫｉｎｅｔｉｃマイクロプレートリーダーおよびＳｏｆｔｍａｘソフトウェア（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｄｅｖｉｃｅｓ  Ｃｏｒｐ．、Ｍｅｎｌｏ  Ｐａｒｋ、ＣＡ）を使用して定量したクリスタルバイオレット染色の強度は、細胞数に直接、比例した。データをビヒクル処置細胞に正規化し、代表的な実験からの平均値±ＳＥとして図３Ａ〜Ｆに表す。
【０１７５】
実施例１０
[0153]例えば、開示されている方法を使用して、ＦＯＸＭ１遺伝子から発現したｍＲＮＡのスプライシングをモジュレートするための低分子結合剤を選択することができる。例示的な低分子は、ＦＯＸＭ１  ｍＲＮＡ（エクソン９の５’ｓｓ）の５’ｓｓを標的とすることができる。これらの低分子はまた、ｍＲＮＡの一部の他のエレメントを標的とすることができるか、または他の遺伝子の場合、他のｍＲＮＡを標的とすることができる。例示的な構造は、本明細書において要約されている：
[0154]一態様では、本開示の方法によって特定することができる化合物は、式（Ｉ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１７６】
【化１】
2020537158.tif 000046
【０１７７】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０１７８】
[0155]別の態様では、本開示の方法によって特定することができる化合物は、式（ＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１７９】
【化２】
2020537158.tif 000047
【０１８０】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
Ｒ２は、Ｈ、Ｄ、−Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２である）
を有する。
【０１８１】
[0156]一部の実施形態では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＩＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１８２】
【化３】
2020537158.tif 000048
【０１８３】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
環Ｂは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルから独立して選択され、
環Ｄは、単環式炭素環または単環式複素環であり、
ＲＤはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ５は、−Ｘ３−Ｌ６−または−Ｌ６−Ｘ３−であり、
Ｘ３は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ６は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６であり、
ｐは、０、１、２、３または４である）
を有する。
【０１８４】
[0157]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＩＶ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１８５】
【化４】
2020537158.tif 000049
【０１８６】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
Ｒ２は、Ｈ、Ｄ、−Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルから独立して選択され、
環Ｄは、単環式炭素環または単環式複素環であり、
ＲＤはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ５は、−Ｘ３−Ｌ６−または−Ｌ６−Ｘ３−であり、
Ｘ３は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ６は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｐは、０、１、２、３または４である）
を有する。
【０１８７】
[0158]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（Ｖ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１８８】
【化５】
2020537158.tif 000050
【０１８９】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
Ｙ１は、−Ｗ１−Ｙ２−または−Ｙ２−Ｗ１−であり、
Ｗ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｙ２は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０１９０】
[0159]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＶＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１９１】
【化６】
2020537158.tif 000051
【０１９２】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、  Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
Ｙ１は、−Ｗ１−Ｙ２−または−Ｙ２−Ｗ１−であり、
Ｗ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｙ２は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
Ｒ２は、Ｈ、Ｄ、−Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２である）
を有する。
【０１９３】
[0160]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＶＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１９４】
【化７】
2020537158.tif 000052
【０１９５】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
Ｙ１は、−Ｗ１−Ｙ２−または−Ｙ２−Ｗ１−であり、
Ｗ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｙ２は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルから独立して選択され、
環Ｄは、単環式炭素環または単環式複素環であり、
ＲＤはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ５は、−Ｘ３−Ｌ６−または−Ｌ６−Ｘ３−であり、
Ｘ３は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ６は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６であり、
ｐは、０、１、２、３または４である）
を有する。
【０１９６】
[0161]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＶＩＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０１９７】
【化８】
2020537158.tif 000053
【０１９８】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
Ｙ１は、−Ｗ１−Ｙ２−または−Ｙ２−Ｗ１−であり、
Ｗ１は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｙ２は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、ＮＲ１０Ｃ（＝Ｎ−ＣＮ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
Ｒ２は、Ｈ、Ｄ、−Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルから独立して選択され、
環Ｄは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＤはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ５は、−Ｘ３−Ｌ６−または−Ｌ６−Ｘ３−であり、
Ｘ３は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ６は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ４アルキレンであり、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｐは、０、１、２、３または４である）
を有する。
【０１９９】
[0162]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＩＸ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２００】
【化９】
2020537158.tif 000054
【０２０１】
（式中、
環Ａは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−または−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２０２】
[0163]一態様では、式（Ｘ）の構造を有する化合物または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物が、本明細書に記載されている：
【０２０３】
【化１０】
2020537158.tif 000055
【０２０４】
（式中、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−または−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、アリールまたはヘテロアリールであり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２０５】
[0164]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２０６】
【化１１】
2020537158.tif 000056
【０２０７】
（式中、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルケニル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ６アルキニル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキルおよび置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−または−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のフェニル、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−または−ＮＲ１−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ３アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１または２であり、
ｍは、０、１または２であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２０８】
[0165]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２０９】
【化１２】
2020537158.tif 000057
【０２１０】
（式中、
Ａはそれぞれ、独立して、ＮまたはＣＲＡであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ハロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換アリール、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｍは、０、１、２または３であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２１１】
[0166]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＩＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２１２】
【化１３】
2020537158.tif 000058
【０２１３】
（式中、
Ａはそれぞれ、独立して、ＮまたはＣＲＡであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ハロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換アリール、または置換もしくは無置換ヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
ＲＣは、−ＣＮ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルであり、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｍは、０、１、２または３である）
を有する。
【０２１４】
[0167]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＩＶ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２１５】
【化１４】
2020537158.tif 000059
【０２１６】
（式中、
Ａはそれぞれ、独立して、ＮまたはＣＲＡ１であり、
ＲＡ１はそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
ＲＡ２は、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ハロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のアリール、または置換または無置換のヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、  Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｍは、０、１、２または３であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２１７】
[0168]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＶ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２１８】
【化１５】
2020537158.tif 000060
【０２１９】
（式中、
Ａはそれぞれ、独立して、ＮまたはＣＲＡ１であり、
ＲＡ１はそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
ＲＡ２は、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ３〜Ｃ６シクロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキルであり、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ３は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ハロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のアリール、または置換または無置換のヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
ＲＣは、−ＣＮ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、または置換もしくは無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルであり、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｍは、０、１、２または３である）
を有する。
【０２２０】
[0169]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＶＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２２１】
【化１６】
2020537158.tif 000061
【０２２２】
（式中、
環Ａは、６員のアリールまたは６員のヘテロアリールであり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１Ａ−Ｌ３−Ｘ１Ｂ−、−Ｌ３−Ｘ１Ａ−Ｘ１Ｂ−または−Ｘ１Ａ−Ｘ１Ｂ−Ｌ３−であり、
Ｘ１Ａは、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｎ−ＯＲ２）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−，−ＮＯＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−、−ＣＲ２＝ＣＲ２−、−Ｎ＝ＣＲ２−、−ＣＲ２＝Ｎ−、または−ＮＲ２−ＮＲ２−であり、
Ｌ３は、存在しない、置換または無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであるか、または
【０２２３】
【化１７】
2020537158.tif 000062
【０２２４】
であり、
Ｘ１Ｂは、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｎ−ＯＲ２）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−，−ＮＯＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−、−ＣＲ２＝ＣＲ２−、−Ｎ＝ＣＲ２−、−ＣＲ２＝Ｎ−、または−ＮＲ２−ＮＲ２−であり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくじゃ無置換のアリール、または置換もしくは無置換のヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｍは、０、１、２または３であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２２５】
[0170]一態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＶＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２２６】
【化１８】
2020537158.tif 000063
【０２２７】
（式中、
環Ａは、二環式炭素環または二環式複素環であり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｎ−ＯＲ２）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−，−ＮＯＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−、−ＣＲ２＝ＣＲ２−、−Ｎ＝ＣＲ２−、−ＣＲ２＝Ｎ−、−Ｃ≡Ｃ−、または−ＮＲ２−ＮＲ２−であり、
Ｌ３は、存在しない、置換または無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレン、または
【０２２８】
【化１９】
2020537158.tif 000064
【０２２９】
であり、
環Ｂは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のアリール、または置換もしくは無置換のヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）ＯＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｍは、０、１、２または３であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２３０】
[0171]別の態様では、本明細書において特定することができる化合物は、式（ＸＶＩＩＩ）の構造、または薬学的に許容されるその塩もしくは溶媒和物：
【０２３１】
【化２０】
2020537158.tif 000065
【０２３２】
（式中、
環Ａは、二環式炭素環または二環式複素環であり、
ＲＡはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｌ１は、−Ｘ１−Ｌ３−または−Ｌ３−Ｘ１−であり、
Ｘ１は、存在しない、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｎ−ＯＲ２）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−、−ＮＲ１−，−ＮＯＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）Ｒ２−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−、−ＣＲ２＝ＣＲ２−、−Ｎ＝ＣＲ２−、−ＣＲ２＝Ｎ−、−Ｃ≡Ｃ−、または−ＮＲ２−ＮＲ２−であり、
Ｌ３は、存在しない、置換または無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレン、または
【０２３３】
【化２１】
2020537158.tif 000066
【０２３４】
であり、
ＲＢはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、ハロゲン、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、＝Ｏ、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）Ｒ２、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ２、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｒ２）２、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキル、置換または無置換のＣ２〜Ｃ７ヘテロシクロアルキル、置換または無置換のアリールおよび置換または無置換の単環式ヘテロアリールから独立して選択され、
Ｒ１はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換もしくは無置換のアリール、または置換もしくは無置換のヘテロアリールであり、
Ｒ２はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｄ、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のアリール、置換または無置換の単環式ヘテロアリール、−ＯＨ、−ＯＲ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２ＯＲ１、−Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２または−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１であり、
Ｌ２は、−Ｘ２−Ｌ４−または−Ｌ４−Ｘ２−であり、
Ｘ２は、−Ｏ−、−Ｓ−、−Ｓ（＝Ｏ）−、−Ｓ（＝Ｏ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）（＝ＮＲ１）−、−ＣＨ２−、−ＣＨ＝ＣＨ−、−Ｃ≡Ｃ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＯＣ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｏ−、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）−、−ＯＣ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｏ−、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＮＲ１−、−ＮＲ１Ｓ（＝Ｏ）２−，−Ｓ（＝Ｏ）２ＮＲ１−、−ＮＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）ＯＲ１−、−Ｐ（＝Ｏ）（Ｎ（Ｒ１）２）−、または−Ｐ（＝Ｏ）（ＣＲ１３）−であり、
Ｌ４は、存在しない、または置換もしくは無置換のＣ１〜Ｃ２アルキレンであり、
環Ｃは、単環式炭素環、二環式炭素環、単環式複素環または二環式複素環であり、
ＲＣはそれぞれ、Ｈ、Ｄ、Ｆ、−ＣＮ、−ＯＨ、−ＯＲ１、−ＳＲ１、−Ｓ（＝Ｏ）Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｎ（Ｒ１）２、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＨＳ（＝Ｏ）２Ｒ１、−Ｓ（＝Ｏ）２Ｎ（Ｒ１）２、−Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＣＯ２Ｒ１、−ＯＣＯ２Ｒ１、−Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＯＣ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｒ１）２、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）Ｒ１、−ＮＲ１Ｃ（＝Ｏ）ＯＲ１、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６アルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６フルオロアルキル、置換または無置換のＣ１〜Ｃ６ヘテロアルキル、置換または無置換のＣ３〜Ｃ８シクロアルキルおよび置換または無置換のＣ２〜Ｃ８ヘテロシクロアルキルから独立して選択され、
ｎは、０、１、２または３であり、
ｑは、０、１、２、３、４、５または６である）
を有する。
【０２３５】
実施例１１
[0172]新規なＳＭＮ２スプライシングモディファイヤーを開発またはスクリーニングするため、化合物Ａによって媒介されるＳＭＮ２特異的スプライシング修正に関する分子的基礎を探索した。Ｕ１  ｓｎＲＮＡの５’末端およびＳＭＮ２エクソン７の５’スプライス部位により形成されるＲＮＡ二本鎖に、スプライシングモディファイヤー化合物Ａが結合する能力を最初に確認した。次に、化合物Ａ−ＲＮＡ二本鎖複合体の溶液中での構造を、溶液状態のＮＭＲ分光法により解明した。自由ＲＮＡ二本鎖の溶液中での構造と、スプライシングモディファイヤーとの複合体での溶液中の構造を比較することにより、化合物Ａの作用機序を決定した。化合物Ａは、主溝におけるエクソン−イントロンのレベルにおいて、ＲＮＡ二本鎖と相互作用し、ＲＮＡらせんの塩基スタックに不対アデニンを引っ張る。スプライシングモディファイヤーは、ＳＭＮ２エクソン７の弱い５’スプライス部位をより強い５’スプライス部位に変換する。複合体の構造により、化合物Ａは、位置−１におけるバルジを修復し、ＳＭＮ２エクソン７のスプライシングを修正することが明らかになった。
【０２３６】
[0173]脊髄性筋萎縮症（ＳＭＡ）は、幼児の死亡の主要な遺伝的原因を呈する常染色体劣性神経筋疾患である。この障害は、脊髄および脳幹からの運動ニューロンの進行性変性を特徴とし、筋力低下および萎縮に至る。ＳＭＡは、複数の細胞プロセスにおいて偏在的に発現して、これに関与するＳＭＮタンパク質の主要源である、運動ニューロン−１遺伝子（ＳＭＮ１）の生存の遺伝性ホモ接合性不活性化によって引き起こされる。パラログ遺伝子ＳＭＮ２は、ヒトゲノムに見いだされるが、エクソン７を欠失し、不安定なタンパク質をコードする異なるｍＲＮＡアイソフォームの産生を主に誘発する、いくつかのサイレント変異（エクソン７におけるＣ６Ｔ変異を含む）により異なる。機能性ＳＭＮタンパク質量の低下は、運動ニューロンの機能を損なう恐れがあるが、正確な機構は依然として不明瞭である。ＳＭＮ２は依然として、少量の機能性ＳＭＮタンパク質（約２０％）を産生するが、ＳＭＮ１の喪失を相殺するほど十分ではないので、ＳＭＡ患者はすべて、ＳＭＮ２遺伝子の少なくとも１つのコピーを有しており、この疾患の重症度は、ＳＭＮ２遺伝子コピー数と逆相関する。最近、ＳＭＮ２  Ｅ７の取り込みを促進するスプライシングモディファイヤーが発見された。それらは、機能性ＳＭＮタンパク質の産生、およびＳＭＡマウスモデルの生存を向上することができる。スプライシングモディファイヤーは、ＳＭＮ２  Ｅ７に対して高い特異性で、ｍＲＮＡ前駆体スプライシングレベルで作用することができ、５’ｓｓ  Ｅ７における特異的エンハンサー複合体を安定化することにより、スプライセオソーム集合体の早期プロセスに好都合となることがある。スプライシングの補正が原子レベルでどのように推進されるかを深く理解するため、および新規治療分子を開発するため、化合物Ａによって媒介されるＳＭＮ２スプライシング修正の分子機構を探索した。
化合物Ａは、ＳＭＮエクソン７のＵ１  ｓｎＲＮＡ５’末端および５’スプライス部位により形成されるＲＮＡ二本鎖に結合する。
【０２３７】
[0174]化合物Ａは、ｍＲＮＡ前駆体レベルで作用し、ＳＭＮ２エクソン７の５’スプライス部位におけるスプライシングエンハンサーに好都合となるはずである。スプライセオソーム集合時におけるＲＮＡ二本鎖への化合物Ａの結合を評価するため、インビトロ結合アッセイを溶液状態ＮＭＲにより行った。ＲＮＡ二本鎖は、ＭＥＳ  ｄ−８  ５ｍＭ  ｐＨ５．５、ＮａＣｌ  ５０ｍＭ中、２５０μＭで調製し、参照スペクトル（１Ｄ  １Ｈおよび２Ｄ  １Ｈ−１Ｈ  ＴＯＣＳＹ）は、クライオプローブを装備した６００ＭＨｚ  ＡＶＩＩＩ  ＨＤ分光計で記録した。次に、同じ緩衝液に溶解した化合物ＡをＲＮＡ試料に加えた。スプライシングモディファイヤーを添加すると、ＲＮＡの共鳴は、両パートナー間の直接相互作用と一致する、ケミカルシフトの変化を受けた（図５Ｃ）。留意すべきことに、ケミカルシフトの変化は、Ｕ＋２のＨ５−Ｈ６芳香族プロトンおよびＣ８、ならびにイミノプロトンＧ−２に観察された。要するに、これらのプロトンは、エクソン−イントロン連結部における主溝に位置するＲＮＡ上の分子結合ポケットを規定している。
化合物ＡとＲＮＡ二本鎖との間の分子内ＮＯＥ誘導距離の特定
[0175]化合物Ａによって誘発される特異的スプライシング修正に関する構造的な洞察を得るため、化合物Ａに結合しているＲＮＡ二本鎖の溶液中での構造を調査した。第１の工程として、化合物Ａのプロトン共鳴を帰属した（図６Ａ）。ケミカルシフト予測ツール（ｎｍｒｄｂ．ｃｏｍ）を使用して、化合物Ａのケミカルシフトを、複合体の等核ＮＭＲスペクトルに関して特定した。化合物Ａの共鳴を一旦、帰属すると、２Ｄ  １Ｈ−１Ｈ  ＴＯＣＳＹおよびＮＯＥＳＹスペクトルを解析して、ＲＮＡ二本鎖の共鳴、およびスプライシングモディファイヤーの１個のプロトンとＲＮＡ二本鎖の１個のプロトンとの間の相関関係に相当する分子内ＮＯＥを特定した。化合物Ａが４個のメチル基を含有しているので、分子内接点の大部分が特定された（３０個の分子内距離）（図６Ｂ）。第１の環は、分子内ＮＯＥを主に提供し、分子のこの部分は、５’スプライス部位の領域Ｇ−１−Ｇ＋１と相互作用することを示す。中央の芳香族環は、いかなる分子内拘束ももたらさない一方、ピペラジン部分は、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ  ５’末端からＣ９の最近接部に存在する。ＮＯＥＳＹスペクトルに関する分子内ＮＯＥの存在を示す実験データが図６Ｃに例示されている。次に、これらの分子内ＮＯＥは、ＮＯＥ誘導距離に変換され、化合物Ａ−ＲＮＡ二本鎖の複合体の構造計算を導くために使用した。
化合物Ａ−ＲＮＡ二本鎖複合体の溶液中の構造
[0176]化合物Ａ−ＲＮＡ二本鎖複合体の溶液中の構造は、ＲＮＡ二本鎖の１８の制約に対して３１６の分子内距離を使用して解き、塩基対、１４６の角度拘束を維持して、リボースパッカーおよび３０の分子内ＮＯＥを確保にした。ＲＮＡの構造は、提供されるケミカルシフトに基づいてＮＭＲデータを解析し、この解釈を、ひずみ角をシミュレーテッドアニーリングに連携するＣＹＡＮＡ  ＮＯＥＡＳＳＩＧＮを使用して、ＲＮＡ部分に半自動化手法を使用して計算した。このプログラムは、ＮＯＥの帰属、較正、構造計算、および構造と実験データとの間の一致の評価というサイクルを７回、行う。次に、自動構造計算からの出力を、手作業で統合した分子内ＮＯＥ誘導距離と組み合わせて、依然としてひずみ角空間にある複合体の構造を計算した。一旦、標的の低い関数が実現すると、この構造をＡＭＢＥＲ１２のＳＡＮＤＥＲモジュールを使用して、カルテシアン空間におけるシミュレーテッドアニーリングにより精密化した。次に、この構造を利用して、新規なＳＭＮ２スプライシングモディファイヤーを開発してスクリーニングした。
【０２３８】
[0177]ＳＭＮ２エクソン７およびＵ１  ｓｎＲＮＰの５’スプライス部位を認識すると形成されるＲＮＡ二本鎖に結合している化合物Ａスプライシングモディファイヤーの溶液中の構造を解明することにより、化合物Ａは、エクソン−イントロン連結部における、不対アデニンを安定化して、ＲＮＡらせん塩基スタックにすることが見いだされた。アデニンの立体構造の切り替えは、強力な５’スプライス部位を疑似し、特異的なスプライシング修正を誘発する。化合物Ａの結合ポケットの原子の詳細は、ＳＭＮ２および他の標的に対する新規なスプライシングモディファイヤーを合理的に設計することができることを例示するものである。
【０２３９】
[0178]本発明の好ましい実施形態が本明細書に示されて、記載されているが、このような実施形態が単なる例として提示されていることは、当業者に明白である。本発明から逸脱することなく、多数の変形、変更および置換が、今や、当業者に思いつくであろう。本発明の実施に、本明細書に記載されている本発明の実施形態の様々な代替を使用することができることを理解すべきである。以下の特許請求の範囲は、本発明の範囲を規定すること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの等価物が、これらにより包含されることを意図とする。
【図１】
2020537158.tif 000067
【図２】
2020537158.tif 000068
【図３】
2020537158.tif 000069
【図４Ａ】
2020537158.tif 000070
【図４Ｂ】
2020537158.tif 000071
【図４Ｃ】
2020537158.tif 000072
【図４Ｄ】
2020537158.tif 000073
【図４Ｅ】
2020537158.tif 000074
【図４Ｆ】
2020537158.tif 000075
【図５Ａ】
2020537158.tif 000076
【図５Ｂ】
2020537158.tif 000077
【図５Ｃ】
2020537158.tif 000078
【図６Ａ】
2020537158.tif 000079
【図６Ｂ】
2020537158.tif 000080
【図６Ｃ】
2020537158.tif 000081
【配列表】
2020537158000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和2年5月26日(2020.5.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、
（ｂ）標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤、第２の結合剤またはそれらの両方を接触させるステップであって、
標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が、第１の複合体を形成し、
第２の結合剤および第１の複合体が、第２の複合体を形成するステップ、
（ｃ）核磁気共鳴（ＮＭＲ）装置を使用して、第１の複合体、第２の複合体またはそれらの両方のＮＭＲスペクトルを得るステップ
を含む方法。
【請求項２】
標的ポリヌクレオチドが、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（ｍＲＮＡ前駆体）またはその一部である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位またはその一部を含有し、スプライス部位またはその一部が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’ スプライス部位、またはそれらの任意の組合せである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
第１の結合剤が、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
第１の結合剤が、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
第１の結合剤が低分子を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
第１の複合体が結合ポケットを含み、結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
（ａ）標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドにより形成される１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位の配列、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、および
（ｂ）１つまたは複数の結合ポケットに対して、１つまたは複数の低分子またはその断片を仮想スクリーニングするステップであって、仮想スクリーニングプロセスが、推定上の低分子または断片のヒットを特定するステップ
を含む方法。
【請求項１０】
実験アッセイを使用する仮想スクリーニングから、１つもしくは複数の低分子または断片のヒットを試験するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
標的ポリヌクレオチドがｍＲＮＡ前駆体である、請求項９に記載の方法。
【請求項１２】
スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位または隠れた３’スプライス部位である、請求項９に記載の方法。
【請求項１３】
第１の推定上の低分子または第２の推定上の低分子を特定するステップをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１４】
標的ポリヌクレオチドに結合する、第１の推定上の低分子または断片のヒットの第１の結合速度、および標的ポリヌクレオチドに結合する、第２の推定上の低分子または断片のヒットの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
標的ポリヌクレオチドに対する結合剤を選択する方法であって、
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含む試料に、結合剤を接触させるステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、
（ｂ）第１のアッセイにおいて結合剤および標的ポリヌクレオチドの構造を得るステップ、
（ｃ）第２のアッセイにおいて結合剤の結合速度を得るステップ、および
（ｄ）構造および結合速度に基づいて結合剤を選択するステップ
を含む方法。
【請求項１６】
結合剤が低分子である、請求項１４７から１５０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
試料が、第１のポリヌクレオチドをさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１８】
第１のポリヌクレオチドが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが二本鎖を形成し、二本鎖が、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む結合ポケットを含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項２０】
試料が、リボ核タンパク質またはその一部をさらに含む、請求項１５に記載の方法。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【０２３９】
[0178]本発明の好ましい実施形態が本明細書に示されて、記載されているが、このような実施形態が単なる例として提示されていることは、当業者に明白である。本発明から逸脱することなく、多数の変形、変更および置換が、今や、当業者に思いつくであろう。本発明の実施に、本明細書に記載されている本発明の実施形態の様々な代替を使用することができることを理解すべきである。以下の特許請求の範囲は、本発明の範囲を規定すること、ならびにこれらの特許請求の範囲内の方法および構造、ならびにそれらの等価物が、これらにより包含されることを意図とする。本明細書は以下の発明の開示を包含する。
［１］（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、
（ｂ）標的ポリヌクレオチドに第１の結合剤、第２の結合剤またはそれらの両方を接触させるステップであって、
標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が、第１の複合体を形成し、
第２の結合剤および第１の複合体が、第２の複合体を形成するステップ、
（ｃ）核磁気共鳴（ＮＭＲ）装置を使用して、第１の複合体、第２の複合体またはそれらの両方のＮＭＲスペクトルを得るステップ
を含む方法。
［２］標的ポリヌクレオチドが標的リボ核酸（ＲＮＡ）である、［１］に記載の方法。
［３］標的ＲＮＡが、メッセンジャーＲＮＡ前駆体（ｍＲＮＡ前駆体）またはその一部である、［２に記載の方法。
［４］標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位またはその一部を含有する、［１］から［３］のいずれかに記載の方法。
［５］スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’ スプライス部位、またはそれらの任意の組合せである、［４］に記載の方法。
［６］標的ポリヌクレオチドが、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含有する、［１］から［３］のいずれかに記載の方法。
［７］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する、［１］から［６］のいずれかに記載の方法。
［８］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する、［１］から［７］のいずれかに記載の方法。
［９］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含有する、［１］から［８］のいずれかに記載の方法。
［１０］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、［１］から［９］のいずれかに記載の方法。
［１１］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、［１］から［１０］のいずれかに記載の方法。
［１２］標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、［１］から［１０］のいずれかに記載の方法。
［１３］標的ポリヌクレオチドが、１００〜２００ヌクレオチド長である、［１］から［１２］のいずれかに記載の方法。
［１４］標的ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、［１］から［１３］のいずれかに記載の方法。
［１５］第１の結合剤が、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、［１］から［１４］のいずれかに記載の方法。
［１６］第１のポリヌクレオチドが、第１のＲＮＡである、［１５］に記載の方法。
［１７］第１のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、［１６］に記載の方法。
［１８］ｓｎＲＮＡが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、［１７］に記載の方法。
［１９］第１のポリペプチドが、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である、［１５］から［１８］のいずれかに記載の方法。
［２０］リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、［１９］に記載の方法。
［２１］ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、［２０］に記載の方法。
［２２］第１のポリペプチドが、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部である、［１５］から［１８］のいずれかに記載の方法。
［２３］第２の結合剤が低分子である、［１］から［２２］のいずれかに記載の方法。
［２４］第１の結合剤が低分子を含む、［１］から［１４］のいずれかに記載の方法。
［２５］第２の結合剤が、第２のポリヌクレオチド、第２のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、［１］から［１４］および［２４］のいずれかに記載の方法。
［２６］第２のポリヌクレオチドが、第２のＲＮＡである、［２５］に記載の方法。
［２７］第２のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、［２６］に記載の方法。
［２８］ｓｎＲＮＡが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、［２７］に記載の方法。
［２９］第２のポリペプチドが、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である、［２５］から［２８］のいずれかに記載の方法。
［３０］リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、［２９］に記載の方法。
［３１］ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、［３０］に記載の方法。
［３２］第２のポリペプチドが、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部である、［２５］から［２８］のいずれかに記載の方法。
［３３］第１の複合体が結合ポケットを含む、［１］から［３２］のいずれかに記載の方法。
［３４］結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、［３３］に記載の方法。
［３５］結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、［３３］に記載の方法。
［３６］バルジまたは変異が、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす、［３４］に記載の方法。
［３７］第２の結合剤が結合ポケットに結合する、［３３］から［３６］のいずれかに記載の方法。
［３８］標的ポリヌクレオチドが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む、［１］から［３７］のいずれかに記載の方法。
［３９］第１の複合体に関する第１のＮＭＲスペクトルが得られ、第２の複合体に関する第２のＮＭＲスペクトルが得られる、［１］から［３８］のいずれかに記載の方法。
［４０］第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む、［３９］に記載の方法。
［４１］第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルの比較に基づいて第２の結合剤を選択するステップをさらに含む、［４０］に記載の方法。
［４２］第１および第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む、［３９］から［４１］のいずれかに記載の方法。
［４３］（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、
（ｂ）第１の結合剤に標的ポリヌクレオチドを接触させるステップ、および
（ｃ）ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップ
を含む方法。
［４４］標的ポリヌクレオチドが標的ＲＮＡである、［４３］に記載の方法。
［４５］標的ポリヌクレオチドがｍＲＮＡ前駆体またはその一部である、［４３］または［４４］に記載の方法。
［４６］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含有する、［４３］から［４５］のいずれかに記載の方法。
［４７］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含有する、［４３］から［４６］のいずれかに記載の方法。
［４８］標的ポリヌクレオチドが、エクソン−イントロン境界を含有する、［４３］から［４７］のいずれかに記載の方法。
［４９］標的ポリヌクレオチドがスプライス部位を含有する、［４３］から［４８］のいずれかに記載の方法。
［５０］スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位もしくは隠れた３’スプライス部位、またはそれらの一部である、［４３］から［４９］のいずれかに記載の方法。
［５１］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、［４３］から［５０］のいずれかに記載の方法。
［５２］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、［４３］から［５１］のいずれかに記載の方法。
［５３］標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、［４３］から［５２］のいずれかに記載の方法。
［５４］標的ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、［４３］から［５３］のいずれかに記載の方法。
［５５］第１の結合剤が、第１のポリヌクレオチド、第１のポリペプチドまたはそれらの組合せを含む、［４３］から［５４］のいずれかに記載の方法。
［５６］第１のポリヌクレオチドが、第１のＲＮＡである、［５５］に記載の方法。
［５７］第１のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、［５６］に記載の方法。
［５８］ｓｎＲＮＡが、Ｕ１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＡ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＡ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、Ｕ５  ｓｎＲＮＡ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、［５７］に記載の方法。
［５９］第１のポリペプチドが、リボ核タンパク質のタンパク質構成成分またはその一部である、［５５］から［５８］のいずれかに記載の方法。
［６０］リボ核タンパク質は、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、［５９］に記載の方法。
［６１］ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、［６０］に記載の方法。
［６２］第１のポリペプチドが、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択されるタンパク質またはその一部である、［５５］から［５８］のいずれかに記載の方法。
［６３］標的ポリヌクレオチドおよび第１の結合剤が、第１の複合体を形成する、［４３］から［６２］のいずれかに記載の方法。
［６４］第１の複合体が結合ポケットを含む、［６３］に記載の方法。
［６５］結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、［６４］に記載の方法。
［６６］結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、［６４］に記載の方法。
［６７］バルジまたは変異が、第１のポリヌクレオチドにおいて、３次元構造変化を引き起こす、［６５］に記載の方法。
［６８］第１の複合体に第２の結合剤を接触させるステップをさらに含む、［６３］から［６７］のいずれかに記載の方法。
［６９］第２の結合剤が、ポリヌクレオチド、ポリペプチド、タンパク質、低分子、イオン、塩および原子を含む群から選択される１つまたは複数の分子を含む、［６８］に記載の方法。
［７０］第２の結合剤が低分子である、［６８］または［６９］に記載の方法。
［７１］低分子が低分子のライブラリーである、［７０］に記載の方法。
［７２］第１の複合体に第２の結合剤を接触させた後に、第２のＮＭＲスペクトルを得るステップをさらに含む、［６８］から［７１］のいずれかに記載の方法。
［７３］第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルとを比較するステップをさらに含む、［７２］に記載の方法。
［７４］第１および第２のＮＭＲスペクトルから、１個または複数の原子のケミカルシフトを決定するステップをさらに含む、［４３］から［７３］のいずれかに記載の方法。
［７５］標的ポリヌクレオチドが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む、［４３］から［７４］のいずれかに記載の方法。
［７６］ポリヌクレオチドへの結合剤を選択する方法であって、
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド試料を用意するステップ、
（ｂ）ＮＭＲ装置を使用して、ポリヌクレオチド試料の第１のＮＭＲスペクトルを得るステップ
（ｃ）ポリヌクレオチド試料に結合剤を接触させるステップ
（ｄ）結合剤を接触させた後に、ポリヌクレオチド試料の第２のＮＭＲスペクトルを得るステップ
（ｅ）第１のＮＭＲスペクトルと第２のＮＭＲスペクトルを比較するステップ、および
（ｆ）比較に基づいて結合剤を選択するステップ
を含む方法。
［７７］結合剤が、低分子、ポリヌクレオチドもしくはポリペプチド、またはそれらの任意の組合せを含む、［７６］に記載の方法。
［７８］結合剤が低分子のライブラリーを含む、［７７］に記載の方法。
［７９］ポリヌクレオチド試料が、第１のポリヌクレオチドをさらに含む、［７６］から［７８］のいずれかに記載の方法。
［８０］標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが、ほぼ等モル量で添加される、［７９に記載の方法。
［８１］第１のポリヌクレオチドが第１のＲＮＡである、［７９］または［８０］に記載の方法。
［８２］第１のＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、［８１に記載の方法。
［８３］ｓｎＲＮＡが、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、Ｕ６、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５もしくはＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、［８２］に記載の方法。
［８４］標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが二本鎖を形成する、［７９］から［８３］のいずれかに記載の方法。
［８５］二本鎖が結合ポケットを含む、［８４］に記載の方法。
［８６］結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、［８５に記載の方法。
［８７］結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、［８５］に記載の方法。
［８８］標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの一部を含む、［７６］から［８７］のいずれかに記載の方法。
［８９］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含む、［７６］から［８８］のいずれかに記載の方法。
［９０］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含む、［７６］から［８９］のいずれかに記載の方法。
［９１］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む、［７６］から［９０］のいずれかに記載の方法。
［９２］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、［７６］から［９１］のいずれかに記載の方法。
［９３］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、［７６］から［９２］のいずれかに記載の方法。
［９４］標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、［７６］から［９３］のいずれかに記載の方法。
［９５］標的ポリヌクレオチドが、１００〜２００ヌクレオチド長である、［７６］から［９４］のいずれかに記載の方法。
［９６］標的ポリヌクレオチドが、２Ｈ、１３Ｃ、１５Ｎ、１９Ｆおよび３１Ｐを含む１個または複数の原子標識により同位体標識されているヌクレオチドを含んでいないか、または少なくとも１つ含む、［７６］から［９５］のいずれかに記載の方法。
［９７］第１または第２のＮＭＲスペクトルのケミカルシフトを決定するステップをさらに含む、［７６］から［９６］のいずれかに記載の方法。
［９８］ポリヌクレオチドおよび結合した低分子の３次元原子分解能構造を決定するステップをさらに含む、［１］から［９７］のいずれかに記載の方法。
［９９］３次元原子分解能構造が、構造予測ソフトウェアによって決定される、［９８］に記載の方法。
［１００］構造予測ソフトウェアが、Ａｔｎｏｓ／Ｃａｎｄｉｄプログラムスイートである、［９９］に記載の方法。
［１０１］構造予測ソフトウェアが、ＭＣ−ｆｏｌｄ｜ＭＣ−Ｓｙｍパイプラインである、［９９に記載の方法。
［１０２］３次元原子分解能構造を決定するステップが、ヌクレオチド配列および１つまたは複数の２次元構造予測アルゴリズムを使用する、複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデルを生成するステップを含む、［９８］から［１０１］のいずれかに記載の方法。
［１０３］複数の理論構造上のポリヌクレオチド２次元モデル、ならびに場合により１つもしくは複数の既知のおよび／または仮定のポリヌクレオチド２次元モデルを使用する３次元構造予測アルゴリズムを使用して、複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを生成するステップをさらに含む、［１０２］に記載の方法。
［１０４］複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、予測されるケミカルシフトセットを生成するステップをさらに含む、［１０３］に記載の方法。
［１０５］予測されるケミカルシフトセットとケミカルシフト（１つまたは複数）とを比較するステップをさらに含む、［１０４］に記載の方法。
［１０６］１つまたは複数の３次元原子分解能構造として、各々の予測されるケミカルシフトセットとケミカルシフト（１つまたは複数）との間の一致を有する１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを選択するステップをさらに含む、［１０５］に記載の方法。
［１０７］２次元構造予測アルゴリズムが近傍アルゴリズムである、［１０２］から［１０６］のいずれかに記載の方法。
［１０８］エネルギー最小化および／または分子動力学シミュレーションを含む１つまたは複数の関数を行うモデリングソフトウェアを使用して、選択した１つまたは複数の理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルを精密化することにより、１つまたは複数の精密３次元原子分解能構造を生成するステップをさらに含む、［１０２］から［１０７］のいずれかに記載の方法。
［１０９］予測されるケミカルシフトセットが、各理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルとＮＭＲデータ−構造データベースとを比較することにより生成される、［１０４］から［１０８］のいずれかに記載の方法。
［１１０］予測されるケミカルシフトセットを生成するステップが、実験により決定された１つまたは複数のポリヌクレオチド３次元構造からの原子座標、スタッキング相互作用、磁化率、電磁場または二面角を含む、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップを含む、［１０９］に記載の方法。
［１１１］実験により決定された３次元ポリヌクレオチド構造の実験的ケミカルシフトとポリヌクレオチド構造メトリックとの関係を説明する、一式の数学関数またはオブジェクトを生成するための回帰アルゴリズムを使用するステップをさらに含む、［１１０］に記載の方法。
［１１２］理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対する、ポリヌクレオチド構造メトリックを計算するステップをさらに含む、［１１１］に記載の方法。
［１１３］予測されるケミカルシフトセットを生成するために、一式の数学関数またはオブジェクトに、理論構造上のポリヌクレオチド３次元モデルの各々に対するポリヌクレオチド構造メトリックを入力するステップをさらに含む、［１１２］に記載の方法。
［１１４］回帰アルゴリズムが、ランダムフォレストアルゴリズムを含む機械学習アルゴリズムである、［１１１］から［１１３］のいずれかに記載の方法。
［１１５］ＮＭＲスペクトルが、約１ＧＨｚＭＨｚ〜約２０ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる、［１］から［９６］のいずれかに記載の方法。
［１１６］ＮＭＲスペクトルが、５００ＭＨｚ〜９００ＭＨｚの範囲のＮＭＲ分光計周波数で得られる、［１］から［１１５］の一項に記載の方法。
［１１７］ＮＭＲ装置がＡＶＡＮＣＥ  ＩＩＩである、［１］から［１１６］のいずれかに記載の方法。
［１１８］ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの結合速度を決定するステップをさらに含む、［７６］から［１１７］のいずれかに記載の方法。
［１１９］ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用してまたはこれを使用しないで、標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＰの結合速度を決定するステップをさらに含む、［７６］から［１１７］のいずれかに記載の方法。
［１２０］ステップ（ｆ）から選択される結合剤を使用して決定した結合速度と結合剤を使用しないで決定した結合速度を比較するステップをさらに含む、［１１８］または［１１９］に記載の方法。
［１２１］第１の低分子および第２の低分子を選択するステップをさらに含む、［７８］から［１１７］のいずれかに記載の方法。
［１２２］第１の低分子を使用してまたはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの第１の結合速度、および第２の低分子を使用してまたはこれを使用しないで標的ポリヌクレオチドに結合するｓｎＲＮＡの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む、［１２１］に記載の方法。
［１２３］第１の結合速度と第２の結合速度を比較するステップをさらに含む、［１２２］に記載の方法。
［１２４］結合速度が、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性によって決定される、［１１８］から［１２３］のいずれかに記載の方法。
［１２５］第１の低分子および第２の低分子の２次元モデルまたは３次元構造を決定するステップを含む、［１２１］から［１２４］のいずれかに記載の方法。
［１２６］第１および第２の低分子の２次元モデルまたは３次元構造を比較するステップを含む、［１２５］に記載の方法。
［１２７］（ａ）標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドにより形成される１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位の配列、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、および
（ｂ）１つまたは複数の結合ポケットに対して、１つまたは複数の低分子またはその断片を仮想スクリーニングするステップであって、仮想スクリーニングプロセスが、推定上の低分子または断片のヒットを特定するステップ
を含む方法。
［１２８］１つまたは複数の結合ポケットを特定するステップが、標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドを含む３次元原子分解能構造を分析するステップを含む、［１２７］に記載の方法。
［１２９］３次元原子分解能構造がＮＭＲスペクトルによって決定される、［１２８］に記載の方法。
［１３０］実験アッセイを使用する仮想スクリーニングから、１つもしくは複数の低分子または断片のヒットを試験するステップをさらに含む、［１２７］から［１２９］のいずれかに記載の方法。
［１３１］実験アッセイが、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である、［１３０］に記載の方法。
［１３２］標的ポリヌクレオチドがＲＮＡである、［１２７］から［１３１］のいずれかに記載の方法。
［１３３］標的ポリヌクレオチドがｍＲＮＡ前駆体である、［１２７］から［１３２］のいずれかに記載の方法。
［１３４］スプライス部位が、５’スプライス部位、隠れた５’スプライス部位、３’スプライス部位または隠れた３’スプライス部位である、［１２７］から［１３３］のいずれかに記載の方法。
［１３５］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのイントロンまたはその断片を含む、［１２７］から［１３４］のいずれかに記載の方法。
［１３６］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソンまたはその断片を含む、［１２７］から［１３５］のいずれかに記載の方法。
［１３７］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのエクソン−イントロン境界を含む、［１２７］から［１３６］のいずれかに記載の方法。
［１３８］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも８ヌクレオチド長である、［１２７］から［１３７］のいずれかに記載の方法。
［１３９］標的ポリヌクレオチドが、少なくとも２５ヌクレオチド長である、［１２７］から［１３８］のいずれかに記載の方法。
［１４０］標的ポリヌクレオチドが、最大で１０００ヌクレオチド長である、［１２７］から［１３９］のいずれかに記載の方法。
［１４１］標的ポリヌクレオチドが、１００〜２００ヌクレオチド長である、［１２７］から［１４０］のいずれかに記載の方法。
［１４２］標的ポリヌクレオチドが、ＡＢＣＡ４、ＡＢＣＢ４、ＡＢＣＤ１、ＡＣＡＤＳＢ、ＡＤＡ、ＡＤＡＭＴＳ１３、ＡＧＬ、ＡＬＢ、ＡＬＤＨ３Ａ２、ＡＬＧ６、ＡＰＣ、ＡＰＯＢ、ＡＲ、ＡＴＭ、ＡＴＰ７Ａ、ＡＴＲ、Ｂ２Ｍ、ＢＭＰ２Ｋ、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＢＴＫ、Ｃ３、ＣＡＴ、ＣＤ４６、ＣＤＨ１、ＣＤＨ２３、ＣＦＴＲ、ＣＨＭ、ＣＯＬ１１Ａ１、ＣＯＬ１１Ａ２、ＣＯＬ１Ａ１、ＣＯＬ１Ａ２、ＣＯＬ２Ａ１、ＣＯＬ３Ａ１、ＣＯＬ４Ａ５、ＣＯＬ６Ａ１、ＣＯＬ６Ａ３、ＣＯＬ７Ａ１、ＣＯＬ９Ａ２、ＣＯＬＱ、ＣＵＬ４Ｂ、ＣＹＢＢ、ＣＹＰ１７、ＣＹＰ１９、ＣＹＰ２７、ＣＹＰ２７Ａ１、ＤＥＳ、ＤＭＤ、ＤＹＳＦ、ＥＧＦＲ、ＥＭＤ、ＥＴＶ４、Ｆ１３Ａ１、Ｆ５、Ｆ７、Ｆ８、ＦＡＨ、ＦＡＮＣＡ、ＦＡＮＣＣ、ＦＡＮＣＧ、ＦＢＮ１、ＦＥＣＨ、ＦＧＡ、ＦＧＦＲ２、ＦＧＧ、ＦＩＸ、ＦＬＮＡ、ＦＯＸＭ１、ＦＲＡＳ１、ＧＡＬＣ、ＧＨ１、ＧＨＶ、ＨＡＤＨＡ、ＨＢＡ２、ＨＢＢ、ＨＥＸＡ、ＨＥＸＢ、ＨＬＣＳ、ＨＭＢＳ、ＨＭＧＣＬ、ＨＮＦ１Ａ、ＨＰＲＴ１、ＨＰＲＴ２、ＨＳＦ４、ＨＳＰＧ２、ＨＴＴ、ＩＤＳ、ＩＫＢＫＡＰ、ＩＮＳＲ、ＩＴＧＢ２、ＩＴＧＢ３、ＪＡＧ１、ＫＲＡＳ、ＫＲＴ５、Ｌ１ＣＡＭ、ＬＡＭＡ３、ＬＤＬＲ、ＬＭＮＡ、ＬＰＬ、ＭＡＤＤ、ＭＡＰＴ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＴ１Ｒ、ＭＴＨＦＲ、ＭＵＴ、ＭＶＫ、ＮＦ１、ＮＦ２、ＯＡＴ、ＯＰＡ１、ＯＴＣ、ＰＡＨ、ＰＢＧＤ、ＰＣＣＡ、ＰＤＨ１、ＰＧＫ１、ＰＨＥＸ、ＰＫＤ２、ＰＫＬＲ、ＰＬＥＫＨＭ１、ＰＬＫＲ、ＰＯＭＴ２、ＰＲＤＭ１、ＰＲＫＡＲ１Ａ、ＰＲＯＣ、ＰＳＥＮ１、ＰＴＣＨ１、ＰＴＥＮ、ＰＹＧＭ、ＲＰ６ＫＡ３、ＲＰＧＲ、ＲＳＫ２、ＳＢＣＡＤ、ＳＣＮ５Ａ、ＳＥＲＰＩＮＡ１、ＳＬＣ１２Ａ３、ＳＬＣ６Ａ８、ＳＭＮ２、ＳＰＩＮＫ５、ＳＰＴＡ１、ＴＰ５３、ＴＲＡＰＰＣ２、ＴＳＣ１、ＴＳＣ２、ＴＳＨＢ、ＵＧＴ１Ａ１、およびＵＳＨ２Ａからなる群から選択される、遺伝子またはその遺伝子バリアントによってコードされる配列を含む、［１２７］から［１４１］のいずれかに記載の方法。
［１４３］第１の推定上の低分子または第２の推定上の低分子を特定するステップをさらに含む、［１２７］から［１４２］のいずれかに記載の方法。
［１４４］標的ポリヌクレオチドに結合する、第１の推定上の低分子または断片のヒットの第１の結合速度、および標的ポリヌクレオチドに結合する、第２の推定上の低分子または断片のヒットの第２の結合速度を決定するステップをさらに含む、［１４３］に記載の方法。
［１４５］第１の結合速度および第２の結合速度を比較し、これによって、より強い低分子または断片のヒットを選択するステップをさらに含む、［１４４］に記載の方法。
［１４６］結合速度が、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性を使用して決定される、［１４５］に記載の方法。
［１４７］標的ポリヌクレオチドに対する結合剤を選択する方法であって、
（ａ）標的ポリヌクレオチドを含む試料に、結合剤を接触させるステップであって、標的ポリヌクレオチドが、スプライス部位、分岐点（ＢＰ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、イントロンスプライシングエンハンサー（ＩＳＥ）、イントロンスプライシングサイレンサー（ＩＳＳ）もしくはポリピリミジントラクト、またはそれらの任意の組合せを含むステップ、
（ｂ）第１のアッセイにおいて結合剤および標的ポリヌクレオチドの構造を得るステップ、
（ｃ）第２のアッセイにおいて結合剤の結合速度を得るステップ、および
（ｄ）構造および結合速度に基づいて結合剤を選択するステップ
を含む方法。
［１４８］第１のアッセイおよび第２のアッセイが同じである、［１４７］に記載の方法。
［１４９］第１のアッセイおよび第２のアッセイがＮＭＲである、［１４８］に記載の方法。
［１５０］第１のアッセイがＮＭＲであり、第２のアッセイが、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）技術（Ｏｃｔｅｔ  Ｓｙｓｔｅｍｓ）、等温滴定熱量計（ＩＴＣ）または蛍光異方性である、［１４７］に記載の方法。
［１５１］結合剤が低分子である、［１４７］から［１５０］のいずれかに記載の方法。
［１５２］試料が、第１のポリヌクレオチドをさらに含む、［１４７］から［１５１］のいずれかに記載の方法。
［１５３］第１のポリヌクレオチドがＲＮＡである、［１５２］に記載の方法。
［１５４］ＲＮＡが、核内低分子ＲＮＡ（ｓｎＲＮＡ）またはその一部である、［１５３］に記載の方法。
［１５５］ｓｎＲＮＡが、Ｕ１、Ｕ２、Ｕ４、Ｕ５、Ｕ６、Ｕ１１、Ｕ１２、Ｕ４ａｔａｃ、Ｕ５もしくはＵ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＡ、またはそれらの一部である、［１５４］に記載の方法。
［１５６］標的ポリヌクレオチドおよび第１のポリヌクレオチドが二本鎖を形成する、［１４７］から［１５５］のいずれかに記載の方法。
［１５７］二本鎖が結合ポケットを含む、［１５６］に記載の方法。
［１５８］結合ポケットが、バルジもしくは変異もしくはステムループ、またはそれらの任意の組合せを含む、［１５７］に記載の方法。
［１５９］結合ポケットが、バルジ、変異およびステムループを含まない、［１５７］に記載の方法。
［１６０］試料が、タンパク質またはその一部をさらに含む、［１４７］から［１５９］のいずれかに記載の方法。
［１６１］タンパク質がリボ核タンパク質である、［１６０］に記載の方法。
［１６２］リボ核タンパク質が、核内低分子リボ核タンパク質（ｓｎＲＮＰ）またはその一部である、［１６１］に記載の方法。
［１６３］ｓｎＲＮＰが、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ４ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６ａｔａｃ  ｓｎＲＮＰ、またはそれらの一部である、［１６２］に記載の方法。
［１６４］タンパク質が、９Ｇ８、Ａ１  ｈｎＲＮＰ、Ａ２  ｈｎＲＮＰ、ＡＳＤ−１、ＡＳＤ−２ｂ、ＡＳＦ、Ｂ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ１  ｈｎＲＮＰ、Ｃ２  ｈｎＲＮＡＰ、ＣＢＰ２０、ＣＢＰ８０、ＣＥＬＦ、Ｆ  ｈｎＲＮＰ、ＦＢＰ１１、Ｆｏｘ−１、Ｆｏｘ−２、Ｇ  ｈｎＲＮＰ、Ｈ  ｈｎＲＮＰ、ｈｎＲＮＰ  １、ｈｎＲＮＰ  ３、ｈｎＲＮＰ  Ｃ、ｈｎＲＮＰ  Ｇ、ｈｎＲＮＰ  Ｋ、ｈｎＲＮＰ  Ｍ、ｈｎＲＮＰ  Ｕ、Ｈｕ、ＨＵＲ、Ｉ  ｈｎＲＮＰ、Ｋ  ｈｎＲＮＰ、ＫＨタイプスプライシング調節タンパク質（ＫＳＲＰ）、Ｌ  ｈｎＲＮＰ、Ｍ  ｈｎＲＮＰ、ｍＢＢＰ、マッスルブラインド様（ＭＢＮＬ）、ＮＦ４５、ＮＦＡＲ、Ｎｏｖａ−１、Ｎｏｖａ−２、ｎＰＴＢ、Ｐ５４／ＳＦＲＳ１１、ポリピリミジントラクト結合タンパク質（ＰＴＢ）、ＰＲＰ１９複合体タンパク質、Ｒ  ｈｎＲＮＰ、ＲＮＰＣ１、ＳＡＭ６８、ＳＣ３５、ＳＦ、ＳＦ１／ＢＢＰ、ＳＦ２、ＳＦ３Ａ、ＳＦ３Ｂ、ＳＦＲＳ１０、Ｓｍタンパク質、ＳＲタンパク質、ＳＲｍ３００、ＳＲｐ２０、ＳＲｐ３０ｃ、ＳＲＰ３５Ｃ、ＳＲＰ３６、ＳＲＰ３８、ＳＲｐ４０、ＳＲｐ５５、ＳＲｐ７５、ＳＲＳＦ、ＳＴＡＲ、ＧＳＧ、ＳＵＰ−１２、ＴＡＳＲ−１、ＴＡＳＲ−２、ＴＩＡ、ＴＩＡＲ、ＴＲＡ２、ＴＲＡ２ａ／ｂ、Ｕ  ｈｎＲＮＰ、Ｕ１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１１  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ１−Ｃ、Ｕ２  ｓｎＲＮＰ、Ｕ２ＡＦ１−ＲＳ２、Ｕ２ＡＦ３５、Ｕ２ＡＦ６５、Ｕ４  ｓｎＲＮＰ、Ｕ５  ｓｎＲＮＰ、Ｕ６  ｓｎＲＮＰ、Ｕｒｐ、ＹＢ１、またはそれらの任意の組合せを含む群から選択される、［１６０］に記載の方法。
［１６５］標的ポリヌクレオチドが、ＧＧＡ／ｇｔｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＧＡ／ｇｕｃｃｇｕ、ＧＧＡｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｇ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇａ、ＡＧＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇａｕ、ＵＧＡ／ｇｕｇａａｕ、ＧＧＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＡＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、ＧＧＡ／ｇｕａｇｇｕ、またはＡＧＡ／ｇｕｇｃｇｕを含む、［１］から［１６４］のいずれかに記載の方法。
［１６６］標的ポリヌクレオチドが、ＡＣＡ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＡＡ／ａｕａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｇａａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＵＡ／ｇｕｇａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｇｇ、ＣＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＵＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｃ、ＵＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＡ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＡ／ｇｃａａｇ、ＣＡＡ／ｇｕａａｇｇ、ＵＣＡ／ｇｕａａｇｕ、ＡＵＡ／ｇｕｇａａｕ、ＣＡＡ／ｇｕｇａａａ、ＣＣＡ／ｇｕｇａｇａ、ＵＣＡ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＡ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＡ／ｕａａｇｕｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＡ／ｇｕａｕｇｕ、ＣＡＡ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＡ／ｇｕｕａｇｕ、またはＡＣＡ／ｇｕｕｕｇａを含む、［１］から［１６４］のいずれかに記載の方法。
［１６７］標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＡ／ｇｕａａｃｕ、ＡＵＡ／ｇｕｃａｇｕ、ＧＡＡ／ｇｕｃｕｇｇまたはＡＡＡ／ｇｕａｃａｕを含む、［１］から［１６４］のいずれかに記載の方法。
［１６８］標的ポリヌクレオチドが、ＮＮＢｇｕｎｎｎｎ、ＮＮＢｈｕｎｎｎｎまたはＮＮＢｇｖｎｎｎｎを含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇである、［１］から［１６４］のいずれかに記載の方法。
［１６９］標的ポリヌクレオチドが、ＮＮＢｇｕｒｒｒｎ、ＮＮＢｇｕｗｗｄｎ、ＮＮＢｇｕｖｍｖｎ、ＮＮＢｇｕｖｂｂｎ、ＮＮＢｇｕｋｄｄｎ、ＮＮＢｇｕｂｎｂｄ、ＮＮＢｈｕｎｎｇｎ、ＮＮＢｈｕｒｍｈｄまたはＮＮＢｇｖｄｎｖｎを含み、Ｎ／ｎは、Ａ、Ｕ、ＧまたはＣであり、Ｂは、Ｃ、ＧまたはＵであり、ｈは、ａ、ｃまたはｕであり、ｖは、ａ、ｃまたはｇであり、ｒは、ａまたはｇであり、ｍは、ａまたはｃであり、ｄは、ａ、ｇまたはｕであり、ｋは、ｇまたはｕであり、ｗは、ａまたはｕである、［１６８］に記載の方法。
［１７０］標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｇｇ、ＵＵＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｇｕ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＵＵＵ／ｇｕｇａｇｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｇｇ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＡＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｇ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＣ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＡＵ／ｇｕａａｇｇ、ＣＣＵ／ｇｕａａｇｃ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＡＧＵ／ｇｕａａｇｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｇｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＣＧ／ｇｕｇａａｃ、ＣＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇａａｕ、ＵＵＧ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇａａｇ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＧＵ／ｇｕｇａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕｇａａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｇｇａ、ＣＡＵ／ｇｕａｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇａｕ、ＣＧＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇｇｇａ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕｇｇｇｕｇ、ＣＧＵ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＧＧＧ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＧ／ｇｕａａａａ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＵＧ／ｇｕａａａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａａａａ、ＧＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａａａｇ、ＵＧＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＵＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＵＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａａｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｇａｃ、ＵＵＧ／ｇｕａｇａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇａｇ、ＡＡＵ／ｇｕｇａｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｇｃ、またはＡＧＣ／ｇｕａｇｇｕを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７１］標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＧ／ｇｕａａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｃ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕａａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｕｇｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＣＵ／ｇｕａａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＣＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＡＵ／ｇｕａａｕｕ、ＡＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＧＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕａｃ、ＵＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａａｇ、ＡＵＣ／ｇｕｕａｇａ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、ＵＧＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＧＣＧ／ｇｕｕａｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕｕｕｇｕ、ＣＵＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕａｕｇｇ、ＡＡＵ／ｇｕａｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＵＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｕｇ、ＣＡＵ／ｇｕａｕｕｕ、ＡＣＵ／ｇｕａｕｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕａａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｕｕｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕｕｕｇｇ、またはＵＧＧ／ｇｕａｕｇｃを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７２］標的ポリヌクレオチドが、ＣＣＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＵＧ／ｇｕａａｃｃ、ＧＧＧ／ｇｕａａｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａａｃｕ、ＵＵＧ／ｇｕａａｃａ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＡＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＧＣＵ／ｇｕａａｃｕ、ＵＡＧ／ｇｕａｃｃｃ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｃｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｃｇ、ＵＧＧ／ｇｕａｃｃａ、ＣＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃａａｇ、ＡＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＧＧＧ／ｇｕａｃａｕ、ＵＵＧ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＧＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＡＡＧ／ｇｕａｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｃａａ、ＵＧＵ／ｇｕａｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｃ、ＧＧＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｃａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃａｇ、ＡＧＧ／ｇｕｇｃａａ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＵＣＣ／ｇｕｇａｃｕ、ＣＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＧＧ／ｇｕｇａｃｇ、ＧＣＧ／ｇｕｇａｃｕ、ＡＵＧ／ｇｕｇａｃｃ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｃｕ、ＧＧＣ／ｇｕｃａｇｕ、またはＵＡＧ／ｇｕｃａｇａを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７３］標的ポリヌクレオチドが、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｇｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃａ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｇ、ＡＡＧ／ｇｕａｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｃｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｇｕａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｕａ、ＡＣＧ／ｇｕａｇｃｕ、ＡＧＣ／ｇｕａｃｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕａｃｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｇｕｇ、ＣＡＧ／ｇｕａｕｃｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｃｇｃ、またはＧＡＧ／ｇｕｇｃｃｕを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７４］標的ポリヌクレオチドが、ＣＧＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＵＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕａｇ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕａｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＵＧＧ／ｇｕｇｕｇｇ、ＣＵＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＣＧＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｃ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇａ、ＡＡＵ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｕｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｕｇｕａ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｕｕ、ＡＡＣ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｇａｕａ、ＡＧＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＧＵＧ／ｇｕｇａｕｃ、ＣＣＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＧＡＵ／ｇｕｇａｕｕ、ＣＡＣ／ｇｕｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｇｃ、ＡＡＧ／ｇｕｕａｇｃ、またはＣＡＧ／ｇｕｕｇａｕを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７５］標的ポリヌクレオチドが、ＡＵＧ／ｇｕｃａｕｕ、ＣＧＧ／ｇｕｃａｕａａｕｃ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｇ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇａ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｇａ、ＧＡＧ／ｇｕｃｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＡＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＡＧＧ／ｇｕｇｕｃｕ、ＣＵＧ／ｇｕｇｃｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｃｕｕｕ、ＣＡＧ／ｇｕｕｇｃｕ、ＧＡＧ／ｇｕｇｃｕｇまたはＣＡＧ／ｇｕｇｃｕｇを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７６］標的ポリヌクレオチドが、ＣＧＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＣ／ａｕａａｇｕ、ＵＧＧ／ａｕａａｇｇ、ＡＣＧ／ａｕａａｇｇ、ＧＵＵ／ａｕａａｇｕ、ＣＣＵ／ａｕａａｇｕ、ＵＵＵ／ａｕａａｇｃ、ＧＡＧ／ａｕｃｕｇｇ、ＡＡＣ／ａｕｇａｇｇａ、ＧＡＣ／ａｕｇａｇｇ、ＡＣＣ／ａｕｇａｇｕ、ＧＧＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｇａｇｃ、ＣＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＡＧ／ａｕｇａｇｇ、ＧＣＧ／ａｕｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇａｕｇａｇ、ＣＣＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＧＡＵ／ａｕｇａｇｕ、ＵＡＧ／ａｕｇｃｇｕ、ＣＡＧ／ａｕｕｇｇｕ、ＡＡＧ／ａｕｕｕｇｕ、ＡＣＧ／ｃｕａａｇｃ、ＣＡＧ／ｃｕｇｕｇｕ、ＣＵＧ／ｕｕａａｇ、ＧＡＧ／ｕｕａａｇｕ、ＡＡＧ／ｕｕａａｇｇ、ＡＵＵ／ｕｕａａｇｃ、ＣＵＧ／ｕｕｇａｇａ、ＣＡＧ／ｕｕｕｇｇｕ、またはＧＧＧ／ａｕａａｇｕを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７７］標的ポリヌクレオチドが、ＣＡＧ／ａｕａａｃｕ、ＧＡＧ／ｃｕｇｃａｇまたはＡＡＧ／ｕｕａａｕａを含む、［１６９］に記載の方法。
［１７８］標的ポリヌクレオチドが、ＧＣＧ／ｇａｇａｇｕ、ＡＡＧ／ｇｇａａａａ、ＡＵＣ／ｇｇｕａａａａ、ＡＡＧ／ｇｃａａａａ、ＵＧＵ／ｇｃａａｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃａｇｇｕ、ＧＡＧ／ｇｃｇｕｇｇ、ＧＡＧ／ｇｃｕｃｃｃ、ＣＡＧ／ｇｃｕｇｇｕまたはＡＡＧ／ｇａｕｇａｇを含む、［１６９］に記載の方法。
【国際調査報告】
2020537158.tif 000082
2020537158.tif 000083
2020537158.tif 000084
2020537158.tif 000085