(57)【要約】本開示は、クローン病の患者の粘膜治癒を評価する方法を提供する。この方法は、患者の血清試料で分析物の発現レベルを検出するステップと、数学的アルゴリズムを発現レベルに適用し、それによって患者の粘膜治癒指数スコアを生成するステップとを含む。本開示はまた、２つ以上の結合相手を含み、結合相手のそれぞれが開示した粘膜治癒評価法において測定した様々な分析物に結合することができるキットを提供する。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
クローン病（ＣＤ）の患者の粘膜治癒を評価する方法であって、
患者からの血清試料を用意するステップと、
前記血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップと、
数学的アルゴリズムを前記２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって前記患者の粘膜治癒指数（ＭＨＩ）スコアを生成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記検出ステップが、前記血清試料を、前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
各結合相手が抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記検出ステップが、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを測定することを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０以下のとき、前記患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する高い前記確率が９２％以上である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記寛解がクローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）の３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する、請求項５又は６に記載の方法。
【請求項８】
軽度の前記内視鏡的疾患がＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する、請求項５又は６に記載の方法。
【請求項９】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
内視鏡的に活動性の前記疾患を有する高い前記確率が８７％以上である、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
内視鏡的に活動性の前記疾患がＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する、請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０と５０との間のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するステップをさらに含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
内視鏡的に活動性の疾患を有する中程度の前記確率が７８％以上である、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記数学的アルゴリズムが、前記バイオマーカーの発現レベルを内視鏡スコアと関連付ける２つ以上のモデルを含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、分類及び回帰木を使用することによって得られ、及び／又は前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、最小２乗回帰を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、ランダムフォレスト学習分類を使用することによって得られ、及び／又は前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が分位数分類を使用することによって得られる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１７】
前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、ロジスティック回帰を使用して診断感度をモデル化することによって得られ、及び／又は前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、ロジスティック回帰を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記患者が生物学的又は非生物学的療法を受けている、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置の粘膜治癒を評価する、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
手術後の前記患者の粘膜治癒を評価する、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記患者の術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する、請求項１〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
ＣＤの患者の粘膜治癒を評価する方法であって、
（ａ）前記患者の血清試料で、以下のバイオマーカー：Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７の発現を検出するステップと、
（ｂ）数学的アルゴリズムをステップ（ａ）のバイオマーカーの発現に適用して前記患者のＭＨＩを生成するステップであり、
前記ＭＨＩが０〜１００の尺度で、
前記ＭＨＩが０〜４０のとき、前記患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有し、
前記ＭＨＩが５０〜１００のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有するステップと
を含む方法。
【請求項２５】
前記患者が生物学的又は非生物学的療法を受けている、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置の粘膜治癒を評価する、請求項２４〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
手術後の前記患者の粘膜治癒を評価する、請求項２４〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記患者の術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
前記寛解がクローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）の３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する、請求項２４〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
軽度の前記内視鏡的疾患がＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する、請求項２４〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
内視鏡的に活動性の前記疾患がＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する、請求項２４〜２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
前記患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する、請求項２４〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
ＣＤの患者に投与した療法の有効性を評定する方法であって、
前記患者からの血清試料を用意するステップと、
前記血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップと、
数学的アルゴリズムを前記２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって前記患者のＭＨＩスコアを生成するステップと、
前記療法を前記ＭＨＩスコアに応じて調整するステップと
を含む方法。
【請求項３５】
前記検出ステップが、前記血清試料を、前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することを含む、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
各結合相手が抗体である、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
前記調整ステップが、前記ＭＨＩスコアが０〜１００の尺度で４０以下のとき、前記療法のその後の用量を低減させることを含む、請求項３４〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記調整ステップが、前記ＭＨＩスコアが０〜１００の尺度で５０以上のとき、前記療法のその後の用量を増加させることを含む、請求項３４〜３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
前記療法が、１つ又は複数の生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品又はそれらの組み合わせを含む、請求項３４〜３８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４０】
クローン病の患者のＡｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーの発現レベルを検出する方法であって、
前記患者からの血清試料を得るステップと、
前記血清試料を、前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することによって前記血清試料で前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップと
を含む方法。
【請求項４１】
各結合相手が抗体である、請求項４０に記載のクローン病の患者のＡｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーの発現レベルを検出する方法。
【請求項４２】
クローン病の患者の粘膜治癒を評価する方法であって、
前記患者からの血清試料を得るステップと、
前記血清試料と、前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手を接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することによって前記血清試料で前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップであり、前記２つ以上のバイオマーカーのそれぞれがＡｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から独立して選択されるステップと、
数学的アルゴリズムを前記２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって前記患者のＭＨＩスコアを生成するステップと
を含む方法。
【請求項４３】
各結合相手が抗体である、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０以下のとき、前記患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む、請求項４２又は４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む、請求項４２〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
クローン病の患者の粘膜治癒を評価し、前記患者のクローン病を治療する方法であって、
患者からの血清試料を得るステップと、
前記血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップと、
数学的アルゴリズムを前記２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって前記患者のＭＨＩスコアを生成するステップと、
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いと診断するステップと、
有効量の治療薬を、診断した前記患者に投与するステップと
を含む方法。
【請求項４７】
前記治療薬が、１つ又は複数の生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品又はそれらの組み合わせを含む、請求項４６に記載のクローン病の患者の粘膜治癒を評価し、前記患者のクローン病を治療する方法。
【請求項４８】
クローン病の患者を治療する方法であって、有効量の治療薬を請求項４５に記載の方法によって内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いと診断された患者に投与するステップを含む方法。
【請求項４９】
前記治療薬が、１つ又は複数の生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品又はそれらの組み合わせを含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
２つ以上の結合相手を含むキットであって、前記２つ以上の結合相手のそれぞれが１つ又は複数の支持体に付加されており、前記２つ以上の結合相手のそれぞれが、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される異なる分析物に結合することができる、２つ以上の結合相手を含むキット。
【請求項５１】
前記２つ以上の結合相手のそれぞれが異なる固相支持体に付加されている、請求項５０に記載のキット。
【請求項５２】
１つ又は複数の前記固相支持体を患者の血清試料と接触させるステップと、
前記血清試料で１つ又は複数の結合相手に結合した分析物のそれぞれの発現レベルを検出するステップと、
数学的アルゴリズムを前記分析物の発現レベルに適用し、それによって前記患者の粘膜治癒指数（ＭＨＩ）スコアを生成するステップと
のための指示書をさらに含む、請求項５０又は５１に記載のキット。
【請求項５３】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０以下のとき、前記患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するための指示書をさらに含む、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するための指示書をさらに含む、請求項５２又は５３に記載のキット。
【請求項５５】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０と５０との間のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するための指示書をさらに含む、請求項５２〜５４のいずれか一項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、クローン病患者の粘膜治癒を評価する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
[0002]クローン病（ＣＤ）は、腸切除後の患者の大多数で再発し、術後１年以内に患者の７０〜９０％において吻合部位に新たな病変が発生する。内視鏡による視覚検査で通常潰瘍無しと定義される粘膜治癒（ＭＨ）は、ＣＤの主要治療目的となっている所望の臨床エンドポイントである。しかし、現在のＭＨを評価するためのゴールドスタンダードである回腸結腸鏡検査は、侵襲性で、時間のかかる手法で、患者から受け入れられにくい。これによって、粘膜疾患の活動性及び治療に応答したＭＨ状態の連続モニタリングの実際の実現可能性が制限される。術後の疾患再発の非侵襲的モニタリングは、肉眼的に関与の認められる腸を除去した後の疾患負荷が少ないので、このような患者の臨床管理に有用であろうが特に困難である。特に、非侵襲性の、代わりとなる検査は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）患者管理のために内視鏡検査の補助又は代替として魅力的な選択肢となることができ、ＣＤは全層性で、小腸への内視鏡の最適な接近が不十分であるためＣＤの患者には特に有用である。本開示は、このような必要性及びその他の必要性に取り組み、関連する利点をもたらす。
【発明の概要】
【０００３】
[0003]一態様では、本開示は、クローン病（ＣＤ）の患者の粘膜治癒を評価する方法を提供する。この方法は、患者からの血清試料を用意するステップを含む。この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップをさらに含む。この方法は、数学的アルゴリズムを２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって患者の粘膜治癒指数（ＭＨＩ）スコアを生成するステップをさらに含む。ある特定の態様では、ＭＨＩスコアは０から１００の尺度を有する。
【０００４】
[0004]一部の実施形態では、検出ステップは、血清試料を、２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することを含む。ある特定の態様では、各結合相手は抗体である。一部の実施形態では、検出ステップは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを測定することを含む。ある特定の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが４０以下のとき、患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する高い確率は９２％以上である。一部の態様では、寛解はクローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）の３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する。一部の実施形態では、軽度の内視鏡的疾患はＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する。ある特定の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが５０以上のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、内視鏡的に活動性の疾患を有する高い確率は８７％以上である。一部の態様では、内視鏡的に活動性の疾患はＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する。一部の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが４０と５０との間のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、内視鏡的に活動性の疾患を有する中程度の確率は７８％以上である。
【０００５】
[0005]ある特定の態様では、数学的アルゴリズムは、バイオマーカーの発現レベルを内視鏡スコアと関連付ける２つ以上のモデルを含む。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は最小２乗回帰を使用することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、最小２乗回帰を使用して診断感度をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、最小２乗回帰を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、最小２乗回帰を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用して診断特異性をモデル化することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は最小２乗回帰を使用することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用して診断感度をモデル化することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は最小２乗回帰を使用することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分類及び回帰木を使用して診断特異性をモデル化することによって得られ、最小２乗回帰を使用して及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は診断感度をモデル化することによって得られる。
【０００６】
[0006]ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は分位数分類を使用することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用して診断感度をモデル化することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は分位数分類を使用することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用して診断特異性をモデル化することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は分位数分類を使用することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分位数分類を使用して診断感度をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分位数分類を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用して診断特異性をモデル化することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分位数分類を使用して診断感度をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ランダムフォレスト学習分類を使用して診断特異性をモデル化することによって得られ、及び／又は２つ以上のモデルの１つ又は複数は、分位数分類を使用して診断感度をモデル化することによって得られる。ある特定の実施形態では、２つ以上のモデルの１つ又は複数は、ロジスティック回帰を使用して診断感度をモデル化することによって得られ、ロジスティック回帰を使用して２つ以上のモデルの１つ又は複数は診断特異性をモデル化することによって得られる。
【０００７】
[0007]一部の態様では、患者は生物学的又は非生物学的療法を受けている。一部の実施形態では、この方法は療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する。ある特定の態様では、この方法は、患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置での粘膜治癒を評価する。ある特定の実施形態では、この方法は手術後の患者の粘膜治癒を評価する。一部の実施形態では、この方法は患者における術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する。ある特定の態様では、この方法は、患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する。
【０００８】
[0008]別の態様では、本開示は、ＣＤの患者の粘膜治癒を評価する方法を提供する。この方法は、（ａ）患者の血清試料で、以下のバイオマーカー、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７の発現を検出するステップを含む。この方法は、（ｂ）数学的アルゴリズムをステップ（ａ）のバイオマーカーの発現に適用して患者のＭＨＩを生成するステップであって、ＭＨＩが０〜１００の尺度であり、ＭＨＩが０〜４０の間のとき、患者は寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有し、ＭＨＩが５０〜１００の間のとき、患者は内視鏡的に活動性の疾患を有するステップをさらに含む。
【０００９】
[0009]一部の実施形態では、患者は生物学的又は非生物学的療法を受けている。ある特定の態様では、この方法は療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する。ある特定の実施形態では、この方法は、患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置での粘膜治癒を評価する。一部の態様では、この方法は患者の術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する。一部の実施形態では、寛解はＣＤＥＩＳの３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する。ある特定の態様では、軽度の内視鏡的疾患はＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する。一部の実施形態では、内視鏡的に活動性の疾患はＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する。ある特定の態様では、この方法は、患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する。
【００１０】
[0010]別の態様では、本開示は、ＣＤの患者に投与した療法の有効性を評定する方法に対するものである。この方法には、患者からの血清試料を用意するステップを含む。この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップをさらに含む。この方法は、数学的アルゴリズムを２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって患者のＭＨＩスコアを生成するステップをさらに含む。この方法は、ＭＨＩスコアに応じて療法を調整するステップをさらに含む。
【００１１】
[0011]一部の実施形態では、検出ステップは、血清試料を、２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することを含む。ある特定の態様では、各結合相手は抗体である。一部の実施形態では、調整ステップは、ＭＨＩスコアが０〜１００の尺度で４０以下のとき、療法を低減させることを含む。ある特定の態様では、調整ステップは、ＭＨＩスコアが０〜１００の尺度で５０以上のとき、療法を増加させることを含む。ある特定の実施形態では、この療法は、１つ又は複数の生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品又はそれらの組み合わせを含む。
【００１２】
[0012]別の態様では、本開示は、クローン病の患者でＡｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーの発現レベルを検出する方法に対するものである。この方法は、患者からの血清試料を得るステップを含む。この方法は、血清試料を、２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することによって血清試料で２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップをさらに含む。一部の実施形態では、各結合相手は抗体である。
【００１３】
[0013]別の態様では、本開示は、クローン病の患者の粘膜治癒を評価する方法に対するものである。この方法は、患者からの血清試料を得るステップを含む。この方法は、血清試料を、２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することによって、血清試料で２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップをさらに含む。２つ以上のバイオマーカーのそれぞれは、独立してＡｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ又はＩＬ−７であり得る。この方法は、数学的アルゴリズムを２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって患者のＭＨＩスコアを生成するステップをさらに含む。
【００１４】
[0014]一部の実施形態では、各結合相手は抗体である。ある特定の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０以下のとき、患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む。ある特定の実施形態では、この方法は、ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む。
【００１５】
[0015]別の態様では、本開示は、クローン病の患者の粘膜治癒を評価し、患者のクローン病を治療する方法に対するものである。この方法は、患者からの血清試料を得るステップを含む。この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップをさらに含む。この方法は、数学的アルゴリズムを２つ以上のバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって患者のＭＨＩスコアを生成するステップをさらに含む。この方法は、ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いと診断するステップをさらに含む。この方法は、有効量の治療薬を、診断した患者に投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、この治療薬は、１つ又は複数の生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品又はそれらの組み合わせを含む。
【００１６】
[0016]別の態様では、本開示は、クローン病の患者を治療する方法に対するものである。この方法は、有効量の治療薬を開示した方法によって内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いと診断された患者に投与するステップを含む。一部の実施形態では、この治療薬は、１つ又は複数の生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品又はそれらの組み合わせを含む。
【００１７】
[0017]別の態様では、本開示は、２つ以上の結合相手を含むキットを提供する。２つ以上の結合相手のそれぞれは１つ又は複数の固相支持体に付加されている。２つ以上の結合相手のそれぞれはまた、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される異なる分析物に結合することができる。
【００１８】
[0018]一部の実施形態では、２つ以上の結合相手のそれぞれは、１つ又は複数の固相支持体に共有結合的に付加されている。ある特定の態様では、２つ以上の結合相手のそれぞれは異なる固相支持体に付加されている。一部の実施形態では、このキットは、１つ又は複数の固相支持体を患者の血清試料と接触させるための指示書をさらに含む。この指示書はさらに、血清試料で１つ又は複数の結合相手が結合した分析物のそれぞれの発現レベルを検出するためのものであってもよい。この指示書はさらに、数学的アルゴリズムを分析物の発現レベルに適用し、それによって患者のＭＨＩスコアを生成するためのものであってもよい。ある特定の態様では、ＭＨＩスコアは０から１００の尺度を有する。
【００１９】
[0019]一部の実施形態では、この指示書はさらに、ＭＨＩスコアが４０以下のとき、患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するためのものであってもよい。ある特定の態様では、寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する高い確率は９２％以上である。ある特定の実施形態では、寛解はＣＤＥＩＳの３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する。一部の態様では、軽度の内視鏡的疾患はＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する。ある特定の態様では、この指示書はさらに、ＭＨＩスコアが５０以上のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するためのものであってもよい。一部の実施形態では、内視鏡的に活動性の疾患を有する高い確率は８７％以上である。ある特定の態様では、内視鏡的に活動性の疾患はＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する。ある特定の実施形態では、この指示書はさらに、ＭＨＩスコアが４０と５０との間のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するためのものであってもよい。一部の態様では、内視鏡的に活動性の疾患を有する中程度の確率は７８％以上である。
【００２０】
[0020]一部の実施形態では、患者は生物学的又は非生物学的療法を受けている。ある特定の態様では、キットは療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する。ある特定の実施形態では、キットは、患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置での粘膜治癒を評価する。一部の態様では、キットは手術後の患者の粘膜治癒を評価する。一部の実施形態では、キットは患者の術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する。ある特定の態様では、キットは、患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する。
【００２１】
[0021]本開示のその他の目的、特性及び利点は、以下の詳細な説明及び図面から当業者には明らかであろう。
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１】粘膜治癒（ＭＨ）検査のためのマーカー選択は、視覚による内視鏡的疾患重症度に対するマーカー発現の対応付けが関与した反復法であったことを示した図である。多数のシグナル伝達経路のマーカーを考慮した。最終モデルには、粘膜の恒常性の維持に関与することが知られている６つの広範な生物学的カテゴリーを表す１３個のマーカーが含まれた。最終モデルは、炎症マーカーに単純には限定されないマーカーを含むことに注意されたい。Ａｎｇ１、２、アンジオテンシン１、２；ＴＧＦα、トランスフォーミング成長因子アルファ；ＭＭＰ１、２、３＆９、マトリクスメタロプロテイナーゼ１、２、３＆９；ＥＭＭＰＲＩＮ、細胞外マトリクスメタロプロテイナーゼ誘導因子；ＶＣＡＭ、血管細胞接着分子；ＣＥＡＣＡＭ、癌胎児抗原関連細胞接着分子；ＩＬ−７、インターロイキン−７；ＣＲＰ、Ｃ反応性タンパク質；ＳＡＡ１、血清アミロイドＡ１。
【図２Ａ】ＭＨＩの開発及び検証を示した図である。粘膜疾患の活動性の内視鏡的評価との９０％合致が認められた。図２Ａ：ＣＤ患者３９６人の血清試料を訓練セット（コホート１〜４）及び検証セット（コホート５）に分けた。多重ロジスティック回帰式を使用して、ＭＨＩと称する内視鏡的疾患の活動性に対する１３個のバイオマーカーモデルを開発し、独立した縦断コホートで検証した。図２Ｂ：ＭＨＩ０〜４０及びＭＨＩ５０〜１００スコア範囲の説明。検証コホート全体（図２Ｃ）及び疾患の位置（図２Ｄ）によるＭＨＩ診断性能を示す。
【図２Ｂ】ＭＨＩの開発及び検証を示した図である。粘膜疾患の活動性の内視鏡的評価との９０％合致が認められた。図２Ａ：ＣＤ患者３９６人の血清試料を訓練セット（コホート１〜４）及び検証セット（コホート５）に分けた。多重ロジスティック回帰式を使用して、ＭＨＩと称する内視鏡的疾患の活動性に対する１３個のバイオマーカーモデルを開発し、独立した縦断コホートで検証した。図２Ｂ：ＭＨＩ０〜４０及びＭＨＩ５０〜１００スコア範囲の説明。検証コホート全体（図２Ｃ）及び疾患の位置（図２Ｄ）によるＭＨＩ診断性能を示す。
【図２Ｃ】ＭＨＩの開発及び検証を示した図である。粘膜疾患の活動性の内視鏡的評価との９０％合致が認められた。図２Ａ：ＣＤ患者３９６人の血清試料を訓練セット（コホート１〜４）及び検証セット（コホート５）に分けた。多重ロジスティック回帰式を使用して、ＭＨＩと称する内視鏡的疾患の活動性に対する１３個のバイオマーカーモデルを開発し、独立した縦断コホートで検証した。図２Ｂ：ＭＨＩ０〜４０及びＭＨＩ５０〜１００スコア範囲の説明。検証コホート全体（図２Ｃ）及び疾患の位置（図２Ｄ）によるＭＨＩ診断性能を示す。
【図２Ｄ】ＭＨＩの開発及び検証を示した図である。粘膜疾患の活動性の内視鏡的評価との９０％合致が認められた。図２Ａ：ＣＤ患者３９６人の血清試料を訓練セット（コホート１〜４）及び検証セット（コホート５）に分けた。多重ロジスティック回帰式を使用して、ＭＨＩと称する内視鏡的疾患の活動性に対する１３個のバイオマーカーモデルを開発し、独立した縦断コホートで検証した。図２Ｂ：ＭＨＩ０〜４０及びＭＨＩ５０〜１００スコア範囲の説明。検証コホート全体（図２Ｃ）及び疾患の位置（図２Ｄ）によるＭＨＩ診断性能を示す。
【図３Ａ】モニタリング手段としてのＭＨＩの有用性を示す検証コホートの代表的な症例研究を示した図である。ＭＨＩは、クローン病患者の粘膜の健康状態をモニターすることができる。図３Ａ：症例研究番号１；図３Ｂ：症例研究番号２；図３Ｃ：症例研究番号３。
【図３Ｂ】モニタリング手段としてのＭＨＩの有用性を示す検証コホートの代表的な症例研究を示した図である。ＭＨＩは、クローン病患者の粘膜の健康状態をモニターすることができる。図３Ａ：症例研究番号１；図３Ｂ：症例研究番号２；図３Ｃ：症例研究番号３。
【図３Ｃ】モニタリング手段としてのＭＨＩの有用性を示す検証コホートの代表的な症例研究を示した図である。ＭＨＩは、クローン病患者の粘膜の健康状態をモニターすることができる。図３Ａ：症例研究番号１；図３Ｂ：症例研究番号２；図３Ｃ：症例研究番号３。
【図４】粘膜治癒検査マーカーを示した図である。Ａｎｇ１、２、アンジオテンシン１、２；ＴＧＦα、トランスフォーミング成長因子アルファ；ＭＭＰ１、２、３＆９、マトリクスメタロプロテイナーゼ１、２、３＆９；ＥＭＭＰＲＩＮ、細胞外マトリクスメタロプロテイナーゼ誘導因子；ＶＣＡＭ、血管細胞接着分子；ＣＥＡＣＡＭ、癌胎児抗原関連細胞接着分子；ＩＬ−７、インターロイキン−７；ＣＲＰ、Ｃ反応性タンパク質；ＳＡＡ１、血清アミロイドＡ１。
【図５】ＭＨＩ及びアッセイ能を示した図である。ＭＨ検査は、治療の選択肢に関係なく、高い精度を有する。
【図６】ＭＨＩスコア及び内視鏡的疾患重症度を示した図である。ＭＨ指数は内視鏡的疾患の活動性と共に増加する。
【図７】ＴＡＩＬＯＲＩＸ研究におけるＣＤＥＩＳ対ＳＥＳ−ＣＤスコアを示した図である。内視鏡的疾患重症度の群分けは、ＣＤＥＩＳとＳＥＳ−ＣＤ指数の間で整合しない。中央で読み取られたＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアは、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床試験において同じ患者から同時に収集された。２つのスコアは、以前の報告（Ｄａｐｅｒｎｏ等、Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  Ｅｎｄｏｓｃｏｐｙ（２００４）６０（４）：５０５〜５１２；Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ  ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ：Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＣＤＥＩＳ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ＳＥＳ−ＣＤ．Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２０１０、１６：２１３１〜２１３６）と一致して９２％（ピアソンｒ＝０．９２）の全体的相関性を明示した。しかし、４１％（１７０／４１１）の内視鏡的疾患重症度の群分けが、ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアの標準的定義を使用するとＣＤＥＩＳとＳＥＳ−ＣＤの間で一致しなかった（色付けされた領域によって示した）。ＣＤＥＩＳで内視鏡的に寛解と考えられた３３％（５８／１７５）の試料は、ＳＥＳ−ＣＤによって活動性疾患を有することが示された（図８Ａ）。
【図８Ａ】ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアの正規化前後の分割表を示した図である。ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの内視鏡的疾患重症度の群分けの間の一致は、正規化の後でも８０％までしか改善しない。図８Ａ：調整前のＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの疾患重症度の群分けの間の一致は５９％（２４１／４１１）である。図８Ｂ：線形回帰式の適用後のＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの疾患重症度の群分けの間の一致は８０％（３２８／４１１）まで増加する。２つの表における楕円は一致した試料を示す。右の表は、ＳＥＳ−ＣＤスコアをＣＤＥＩＳに変換するための線形回帰式を示す。
【図８Ｂ】ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアの正規化前後の分割表を示した図である。ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの内視鏡的疾患重症度の群分けの間の一致は、正規化の後でも８０％までしか改善しない。図８Ａ：調整前のＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの疾患重症度の群分けの間の一致は５９％（２４１／４１１）である。図８Ｂ：線形回帰式の適用後のＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの疾患重症度の群分けの間の一致は８０％（３２８／４１１）まで増加する。２つの表における楕円は一致した試料を示す。右の表は、ＳＥＳ−ＣＤスコアをＣＤＥＩＳに変換するための線形回帰式を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２３】
Ｉ．導入
[0030]一般的に、本明細書では、ＣＤ患者の非侵襲的で正確な血清学的診断検査のための方法及びキットを提供する。発見したプロテオミクスをベースにした検査が、ＣＤ患者の腸粘膜状態を評価するための有効な代替法であることが見出されたことは驚くべきことであり、有利なことである。この診断検査法は、使用した治療の種類に関係なく使用することができ、内視鏡による外観及びＭＨを良好な精度で予測することによって、毎日患者を臨床管理する必要性に対処することができる。提供した方法及びキットには、ＣＤ患者の粘膜の恒常性の維持のために重要な生物学的経路に関連している一連のバイオマーカーを組み込んだ、血清をベースにした多分析物ＭＨアルゴリズムが関与する。これらのアルゴリズムを使用して、ＣＤ患者の回腸結腸鏡検査を介して評価した粘膜の内視鏡的活動性の非侵襲的代替法として使用することができる、末梢血をベースにした検査を開発した。この検査の現行法への組み込みは、ＣＤ患者の管理において一助となることができ、治療対標的戦略における治療の有効性の決定を支援することができる。このように、提供された方法及びキットは、患者に関連したアウトカム及び処方された療法の遵守を有利に改善することができる。
【００２４】
ＩＩ．定義
[0031]本明細書で使用したように、以下の用語は、別段に明記しない限り、用語が持っている意味を有する。
【００２５】
[0032]本明細書で使用したような用語「粘膜治癒」は、以前に炎症を起こした領域の正常粘膜の外観の回復並びに内視鏡的及び顕微鏡的レベルでの潰瘍形成及び炎症の完全な又は実質的な非存在を意味する。粘膜治癒は、粘膜、粘膜下層及び筋層の修復及び回復を含む。粘膜治癒はまた、腸壁の神経及びリンパ管形成要素を含むことができる。
【００２６】
[0033]本明細書で使用したような用語「粘膜治癒指数」及び「ＭＨＩ」は、関連のあるバイオマーカーの分析に基づいて得られる経験的に得られた指数を意味する。一態様では、バイオマーカーの測定された濃度は、コンピュータにあるアルゴリズムによって指数に変換される。ある特定の態様では、この指数は、合成又はヒト由来の出力、スコア又はカットオフ値（複数可）であり、数字で生物学的データを表現している。この指数を使用して、臨床的決定を判断するか、又は決定を下すか、又は決定の一助とすることができる。粘膜治癒指数は、経時的に複数回測定することができる。一態様では、アルゴリズムは、公知の試料で訓練して、その後アイデンティティーの知られている試料で検証することができる。
【００２７】
[0034]本明細書で使用したような用語「マーカー」及び「バイオマーカー」は、試料で測定することができる任意の生化学マーカー、血清学的マーカー、タンパク質マーカー、遺伝子マーカー、分析物及び／又はその他の臨床的若しくは超音波検査的特徴を含む。ある特定の実施形態では、マーカーは、ＣＤ及び潰瘍性大腸炎を含むＩＢＤなどの疾患を有する個体の試料の粘膜治癒を検出するために使用することができる。
【００２８】
[0035]本明細書で使用したような用語「分析物」は、その存在、量及び／又はアイデンティティーを決定する、目的の任意の分子、典型的にはポリペプチドなどの高分子を含む。ある特定の場合では、分析物は、単独で、又は１つ若しくは複数のその他の分析物と組み合わせて、疾患状態のマーカーである。
【００２９】
[0036]本明細書で使用したような用語「試料」は、対象又は患者から得られた任意の生物学的標本を含む。試料は、限定はしないが、全血、血漿、血清、赤血球、白血球（例えば、末梢血単核球（ＰＢＭＣ）、多形核（ＰＭＮ）細胞）、乳管洗浄液、乳頭吸引液、リンパ液（例えば、リンパ節の播種性腫瘍細胞）、骨髄吸引液、唾液、尿、便（すなわち、糞便）、痰、気管支洗浄液、涙、穿刺吸引液（例えば、無作為な乳輪周囲穿刺吸引によって採取した）、任意のその他の体液、炎症部位の生検（例えば、針生検）などの組織試料及びそれらの細胞抽出物を含む。
【００３０】
[0037]本明細書で使用したような用語「対象」、「患者」又は「個体」は、ヒトを意味するが、例えば、その他の霊長類、齧歯類、イヌ科、ネコ科、ウマ科、ヒツジ、ブタなどを含むその他の動物も意味する。
【００３１】
[0038]本明細書で使用したような用語「統計学的解析」、「統計学的アルゴリズム」及び「統計学的方法」は、変数間の関係を決定するために使用した様々な方法及びモデルのいずれかを含む。
【００３２】
ＩＩＩ．例示的実施形態の説明
[0039]一実施形態では、ＣＤの患者の粘膜治癒を評価するための方法を開示する。この方法は、患者の試料を用意するステップを含む。一部の実施形態では、試料は血清試料である。この方法は、試料で、ＣＤ患者の粘膜の恒常性の維持のために重要な生物学的経路に関連していることが当業界で一般的に知られているバイオマーカーの発現レベルを検出するステップをさらに含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＡｎｇ１又はＡｎｇ２などの１つ又は複数のアンジオポエチンを含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＣＥＡＣＡＭ１又はＶＣＡＭ１などの１つ又は複数の接着タンパク質を含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＴＧＦαなどの１つ又は複数の成長因子を含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＣＲＰなどの１つ又は複数の炎症応答タンパク質を含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＳＡＡ１などの１つ又は複数のアポリポタンパク質を含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９又はＥＭＭＰＲＩＮなどの１つ又は複数のマトリクスメタロプロテイナーゼ及び関連する誘導因子を含む。一部の実施形態では、バイオマーカーはＩＬ−７などの１つ又は複数のサイトカインを含む。
【００３３】
[0040]ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される２つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。２つ以上のバイオマーカーは、例えば、Ａｎｇ１及びＡｎｇ２、Ａｎｇ１及びＣＥＡＣＡＭ１、Ａｎｇ１及びＶＣＡＭ１、Ａｎｇ１及びＴＧＦα、Ａｎｇ１及びＣＲＰ、Ａｎｇ１及びＳＡＡ１、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−１、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−２、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−３、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−９、Ａｎｇ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＡｎｇ１及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、Ａｎｇ２及びＣＥＡＣＡＭ１、Ａｎｇ２及びＶＣＡＭ１、Ａｎｇ２及びＴＧＦα、Ａｎｇ２及びＣＲＰ、Ａｎｇ２及びＳＡＡ１、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−１、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−２、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−３、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−９、Ａｎｇ２及びＥＭＭＰＲＩＮ、又はＡｎｇ２及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＣＥＡＣＡＭ１及びＶＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ１及びＴＧＦα、ＣＥＡＣＡＭ１及びＣＲＰ、ＣＥＡＣＡＭ１及びＳＡＡ１、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−１、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−２、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−３、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−９、ＣＥＡＣＡＭ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＣＥＡＣＡＭ１及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＶＣＡＭ１及びＴＧＦα、ＶＣＡＭ１及びＣＲＰ、ＶＣＡＭ１及びＳＡＡ１、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−１、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−２、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−３、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−９、ＶＣＡＭ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＶＣＡＭ１及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＴＧＦα及びＣＲＰ、ＴＧＦα及びＳＡＡ１、ＴＧＦα及びＭＭＰ−１、ＴＧＦα及びＭＭＰ−２、ＴＧＦα及びＭＭＰ−３、ＴＧＦα及びＭＭＰ−９、ＴＧＦα及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＴＧＦα及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＣＲＰ及びＳＡＡ１、ＣＲＰ及びＭＭＰ−１、ＣＲＰ及びＭＭＰ−２、ＣＲＰ及びＭＭＰ−３、ＣＲＰ及びＭＭＰ−９、ＣＲＰ及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＣＲＰ及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−１、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−２、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−３、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−９、ＳＡＡ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＳＡＡ１及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＭＭＰ−１及びＭＭＰ−２、ＭＭＰ−１及びＭＭＰ−３、ＭＭＰ−１及びＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−１及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＭＭＰ−２及びＭＭＰ−３、ＭＭＰ−２及びＭＭＰ−９、ＭＭＰ−２及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−２及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＭＭＰ−３及びＭＭＰ−９、ＭＭＰ−３及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−３及びＩＬ−７を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーは、ＭＭＰ−９及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−９及びＩＬ−���を含むことができる。２つ以上のバイオマーカーはＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７を含むことができる。
【００３４】
[0041]ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される３つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される４つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される５つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される６つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される７つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される８つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される９つ以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される１０個以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される１１個以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１���ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される１２個以上のバイオマーカーのそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７のそれぞれの発現レベルを検出するステップを含む。ある特定の態様では、この方法は、血清試料で、ＣＤ患者の粘膜の恒常性の維持のために重要な生物学的経路に関連していることが当業界で一般的に知られている１つ又は複数の追加的バイオマーカーを検出するステップを含む。
【００３５】
[0042]ある特定の態様では、１つ又は複数のバイオマーカー又は分析物の発現レベルは、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイ又は増幅をベースにしたアッセイなどのアッセイでｍＲＮＡ発現を用いて測定する。一部の実施形態では、１つ又は複数のバイオマーカー又は分析物の発現レベルは、例えば、免疫アッセイ（例えば、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）若しくは協調的酵素増強反応免疫アッセイ（ＣＥＥＲ））、均質移動度シフトアッセイ（ＨＭＳＡ）又は免疫組織化学アッセイを使用してタンパク質発現を用いて測定する。血清、血漿、唾液又は尿試料中の成長因子、炎症マーカー又は抗炎症マーカーの存在又はレベルを決定するために適切なＥＬＩＳＡキットは、例えば、Ａｎｔｉｇｅｎｉｘ  Ａｍｅｒｉｃａ  Ｉｎｃ．（Ｈｕｎｔｉｎｇｔｏｎ  Ｓｔａｔｉｏｎ、ＮＹ）、Ｐｒｏｍｅｇａ（Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）、Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｍａｒｉｌｌｏ、ＣＡ）、ＣＨＥＭＩＣＯＮ  Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ，Ｉｎｃ．（Ｔｅｍｅｃｕｌａ、ＣＡ）、Ｎｅｏｇｅｎ  Ｃｏｒｐ．（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ、ＫＹ）、ＰｅｐｒｏＴｅｃｈ（Ｒｏｃｋｙ  Ｈｉｌｌ、ＮＪ）、Ａｌｐｃｏ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｓａｌｅｍ、ＮＨ）、Ｐｉｅｒｃｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｉｎｃ．（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬ）及び／又はＡｂａｚｙｍｅ（Ｎｅｅｄｈａｍ、ＭＡ）から市販されている。ＣＥＥＲは、以下の特許文書に記載されており、特許文書のそれぞれはあらゆる目的のために全体が参照として本明細書に組み込まれている：国際特許出願である国際公開第２００８／０３６８０２号、国際公開第２００９／０１２１４０号、国際公開第２００９／１０８６３７号、国際公開第２０１０／１３２７２３号、国際公開第２０１１／００８９９０号、国際公開第２０１１／０５００６９号、国際公開第２０１２／０８８３３７号、国際公開第２０１２／１１９１１３号及び国際公開第２０１３／０３３６２３号。
【００３６】
[0043]提供された方法は、数学的アルゴリズムをバイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって患者の粘膜治癒指数（ＭＨＩ）スコアを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、ＭＨＩスコアは０から１００の尺度を有する。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムは、バイオマーカーの測定された発現レベルを内視鏡スコアリング指数に関連付ける１つ又は複数の式を含む。数学的アルゴリズムは、例えば、２つ以上の式、３つ以上の式、４つ以上の式、５つ以上の式、６つ以上の式、７つ以上の式、８つ以上の式、９つ以上の式又は１０個以上の式を含むことができる。式は、バイオマーカー発現レベルの生データ又は発現レベルの変換データに関連することができる。一部の実施形態では、式はバイオマーカー発現レベルの自然対数に関連する。
【００３７】
[0044]バイオマーカー発現レベルは、クローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）又はクローン病の簡便な内視鏡スコア（ＳＥＳ−ＣＤ）などの内視鏡スコアリング指数に関連付けることができる。ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤはそれぞれ、ＣＤ患者の粘膜疾患の状態を評価し、粘膜状態を採点し、エンドポイントとして粘膜治癒を利用する臨床試験のアウトカムを決定するための基準として従来使用されている、一般的に受け入れられている内視鏡スコアリング指数である。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムの式は、患者の測定されたバイオマーカー発現レベルを患者の予測ＣＤＥＩＳに関連付ける。ある特定の態様では、式は、患者の測定されたバイオマーカー発現レベルを患者の予測ＳＥＳ−ＣＤに関連付ける。一部の実施形態では、ＣＤＥＩＳ値はＳＥＳ−ＣＤ値に換算される。一部の実施形態では、ＳＥＳ−ＣＤ値はＣＤＥＩＳ値に換算される。ＣＤＥＩＳとＳＥＳ−ＣＤとの間の線形オフセットは広く許容されているが、提供された方法は、１つの指数のスコアから別の指数のスコアに換算するために様々な統計学的方法を使用することができる。
【００３８】
[0045]バイオマーカー発現レベルと内視鏡的スコアリング指数、粘膜治癒指数及び診断予測値との間の関係は、いくつかの統計学的方法又は統計学的解析技術のいずれかによって得ることができる。一部の実施形態では、ロジスティック回帰を使用して数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式を得る。一部の実施形態では、線形回帰を使用してアルゴリズムの１つ又は複数の式を得る。一部の実施形態では、最小２乗回帰又は条件無しロジスティック回帰を使用してアルゴリズムの１つ又は複数の式を得る。
【００３９】
[0046]一部の実施形態では、統計学的解析は、１つ又は複数のバイオマーカーの分位数測定を含む。分位数は、データのサンプルを（可能な限り）等しい観察数を含有する群に分割する一連の「カットポイント」である。例えば、四分位数は、データのサンプルを（可能な限り）等しい観察数を含有する４つの群に分割する値である。下位四分位数は、順位付けられたデータセットの下から４分の１のデータ値であり、上位四分位数は、順位付けられたデータセットの上から４分の１のデータ値である。五分位数は、データのサンプルを（可能な限り）等しい観察数を含有する５つの群に分割する値である。アルゴリズムは、統計解析の変数として（ちょうど連続変数と同じように）マーカーレベルの百分位数範囲（例えば、三分位数、四分位数、五分位数等）、又は百分位数範囲の累積指数（例えば、四分位数合計スコア（ＱＳＳ）を得るためのマーカーレベルの四分位数合計等）の使用も含むことができる。
【００４０】
[0047]一部の実施形態では、統計学的解析は、１つ又は複数の学習統計的分類子システムを含む。本明細書で使用したように、用語「学習統計的分類子システム」は、複雑なデータセット（例えば、目的のマーカーのパネル）に適応し、このようなデータセットに基づいて判断を行うことができる、機械学習アルゴリズム技術を含む。一部の実施形態では、決定／分類木（例えば、ランダムフォレスト（ＲＦ）若しくは分類及び回帰木（Ｃ＆ＲＴ））などの単一の学習統計的分類子システムを使用する。一部の実施形態では、２、３、４、５、６、７、８、９、１０又はそれ以上の学習統計的分類子システムの組合せを、好ましくは直列で使用する。学習統計的分類子システムの例は、限定はしないが、帰納学習（例えば、ＲＦ、Ｃ＆ＲＴ、ブーストされた木等の決定／分類木）、プロバブリーアプロキシメトリーコレクト（Ｐｒｏｂａｂｌｙ  Ａｐｐｒｏｘｉｍａｔｅｌｙ  Ｃｏｒｒｅｃｔ）（ＰＡＣ）学習、コネクショニスト学習（ｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎｉｓｔ  ｌｅａｒｎｉｎｇ）（例えば、ニューラルネットワーク（ＮＮ）、人工ニューラルネットワーク（ＡＮＮ）、ニューロファジーネットワーク（ＮＦＮ）、ネットワーク構造、コックス比例ハザードモデル（ＣＰＨＭ）、多層パーセプトロンなどのパーセプトロン、多層フィードフォワードネットワーク（ｍｕｌｔｉ−ｌａｙｅｒ  ｆｅｅｄ−ｆｏｒｗａｒｄ  ｎｅｔｗｏｒｋｓ）、ニューラルネットワークの適用、信念ネットワークにおけるベイズ学習等）、強化学習（例えば、ナイーブ学習（ｎａｉｖｅ  ｌｅａｒｎｉｎｇ）、適応型動的（ａｄａｐｔｉｖｅ  ｄｙｎａｍｉｃ）学習及び時間差学習などの既知環境下での受動的学習、未知環境下での受動的学習、未知環境下での能動的学習、学習行動価値関数、強化学習の適用等）並びに遺伝的アルゴリズム及び進化的プログラミングを用いた学習統計的分類子システムを含む。その他の学習統計的分類子システムは、サポートベクターマシン（例えば、カーネル法）、多変量適応回帰スプライン（ＭＡＲＳ）、レーベンバーグマルカートアルゴリズム、ガウス−ニュートンアルゴリズム、ガウス混合、勾配降下アルゴリズム（ｇｒａｄｉｅｎｔ  ｄｅｓｃｅｎｔ  ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ）及び学習ベクトル量子化（ＬＶＱ）を含む。
【００４１】
[0048]ランダムフォレストは、Ｌｅｏ  Ｂｒｅｉｍａｎ及びＡｄｅｌｅ  Ｃｕｔｌｅｒによって開発されたアルゴリズムを使用して構築される学習統計的分類子システムである。ランダムフォレストは、多数の個々の決定木を使用して、個々の木によって決定されるクラスのモード（すなわち、最も頻繁に起こる）を選択することによってクラスを決定する。ランダムフォレスト解析は、例えば、Ｓａｌｆｏｒｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）から入手することができるランダムフォレストソフトウェアを使用して実施することができる。ランダムフォレストの説明については、例えば、Ｂｒｅｉｍａｎ、Ｍａｃｈｉｎｅ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ、４５：５〜３２（２００１）及びｈｔｔｐ：／／ｓｔａｔ−ｗｗｗ．ｂｅｒｋｅｌｅｙ．ｅｄｕ／ｕｓｅｒｓ／ｂｒｅｉｍａｎ／ＲａｎｄｏｍＦｏｒｅｓｔｓ／ｃｃ＿ｈｏｍｅ．ｈｔｍを参照のこと。
【００４２】
[0049]分類及び回帰木は、適合古典的回帰モデルに代わるコンピュータを駆使した代替手段であり、典型的には、１つ又は複数の予測因子に基づいて目的のカテゴリカル又は連続的応答のために考えられる最良のモデルを決定するために使用される。分類及び回帰木解析は、例えば、Ｓａｌｆｏｒｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓから入手することができるＣ＆ＲＴソフトウェア又はＳｔａｔＳｏｆｔ，Ｉｎｃ．（Ｔｕｌｓａ，ＯＫ）から入手することができるＳｔａｔｉｓｔｉｃａデータ解析ソフトウェアを使用して実施することができる。分類及び回帰木の説明は、例えば、Ｂｒｅｉｍａｎ等、「Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｇｒｅｓｓｉｏｎ  Ｔｒｅｅｓ」Ｃｈａｐｍａｎ  ａｎｄ  Ｈａｌｌ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ（１９８４）；及びＳｔｅｉｎｂｅｒｇ等、「ＣＡＲＴ：Ｔｒｅｅ−Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｄ  Ｎｏｎ−Ｐａｒａｍｅｔｒｉｃ  Ｄａｔａ  Ａｎａｌｙｓｉｓ」Ｓａｌｆｏｒｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、（１９９５）に見出される。
【００４３】
[0050]ニューラルネットワークは、計算に対するコネクショニストアプローチに基づいて、情報処理のための数学的又は計算モデルを使用する人工ニューロンの相互接続した群である。ニューラルネットワークは、ネットワークを流れる外部又は内部情報に基づいて構造を変化させる適応システムが典型的である。ニューラルネットワークの具体例は、パーセプトロン、単層パーセプトロン、多層パーセプトロン、バックプロパゲーションネットワーク、ＡＤＡＬＩＮＥネットワーク、ＭＡＤＡＬＩＮＥネットワーク、ラーンマトリクス（Ｌｅａｒｎｍａｔｒｉｘ）ネットワーク、放射基底関数（ＲＢＦ）ネットワーク及び自己組織化マップ又はコホーネン自己組織化ネットワークなどのフィードフォワードニューラルネットワーク；単純再起型ネットワーク及びホップフィールドネットワークなどの再起型ニューラルネットワーク；ボルツマンマシンなどの確率的ニューラルネットワーク；コミッティマシン（ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｆ  ｍａｃｈｉｎｅｓ）及び連想型ニューラルネットワークなどのモジュール型ニューラルネットワーク；並びに即時訓練型ニューラルネットワーク、スパイキングニューラルネットワーク、動的ニューラルネットワーク及びカスケーディングニューラルネットワークなどのその他の種類のネットワークを含む。ニューラルネットワーク解析は、例えば、ＳｔａｔＳｏｆｔ，Ｉｎｃ．から入手することができるＳｔａｔｉｓｔｉｃａデータ解析ソフトウェアを使用して実施することができる。ニューラルネットワークの説明については、例えば、Ｆｒｅｅｍａｎ等、「Ｎｅｕｒａｌ  Ｎｅｔｗｏｒｋｓ：Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ，Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  Ｐｒｏｇｒａｍｍｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ」Ａｄｄｉｓｏｎ−Ｗｅｓｌｅｙ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ（１９９１）；Ｚａｄｅｈ，Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌ、８：３３８〜３５３（１９６５）；Ｚａｄｅｈ「ＩＥＥＥ  Ｔｒａｎｓ．ｏｎ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍａｎ  ａｎｄ  Ｃｙｂｅｒｎｅｔｉｃｓ」３：２８〜４４（１９７３）；Ｇｅｒｓｈｏ等、「Ｖｅｃｔｏｒ  Ｑｕａｎｔｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｓｉｇｎａｌ  Ｃｏｍｐｒｅｓｓｉｏｎ」Ｋｌｕｙｗｅｒ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、Ｂｏｓｔｏｎ、Ｄｏｒｄｒｅｃｈｔ、Ｌｏｎｄｏｎ（１９９２）；及びＨａｓｓｏｕｎ「Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ  ｏｆ  Ａｒｔｉｆｉｃｉａｌ  Ｎｅｕｒａｌ  Ｎｅｔｗｏｒｋｓ」ＭＩＴ  Ｐｒｅｓｓ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ、Ｌｏｎｄｏｎ（１９９５）を参照されたい。
【００４４】
[0051]サポートベクターマシンは、分類及び回帰のために使用される一連の関連する教師あり学習技術であり、例えば、Ｃｒｉｓｔｉａｎｉｎｉ等、「Ａｎ  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｓｕｐｐｏｒｔ  Ｖｅｃｔｏｒ  Ｍａｃｈｉｎｅｓ  ａｎｄ  Ｏｔｈｅｒ  Ｋｅｒｎｅｌ−Ｂａｓｅｄ  Ｌｅａｒｎｉｎｇ  Ｍｅｔｈｏｄｓ」Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ（２０００）に記載されている。サポートベクターマシン解析は、例えば、Ｔｈｏｒｓｔｅｎ  Ｊｏａｃｈｉｍｓ（Ｃｏｒｎｅｌｌ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）によって開発されたＳＶＭｌｉｇｈｔソフトウェアを使用して、又はＣｈｉｈ−Ｃｈｕｎｇ  Ｃｈａｎｇ及びＣｈｉｈ−Ｊｅｎ  Ｌｉｎ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｔａｉｗａｎ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）によって開発されたＬＩＢＳＶＭソフトウェアを使用して実施することができる。
【００４５】
[0052]本明細書で記載した様々な統計学的方法及びモデルは、健常者、ＩＢＤ又は非ＩＢＤ個体の試料（例えば、血清学的試料）のコホートを使用して訓練し、試験することができる。数学的アルゴリズムの式は、例えば、１つ又は複数の横断研究、例えば、各調査時点の異なる患者試料を含む研究の臨床データを使用して訓練することができる。数学的アルゴリズムの式は、１つ又は複数の縦断研究、例えば、多数の調査時点での同じ患者試料を含む研究の臨床データを使用して訓練することができる。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式は、横断データを使用して訓練し、数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式は、縦断データを使用して訓練する。数学的アルゴリズムの式は、例えば、１つ又は複数の横断研究の臨床データを使用して検証することができる。数学的アルゴリズムの式は、１つ又は複数の縦断研究の臨床データを使用して検証することができる。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式は、横断データを使用して検証し、数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式は、縦断データを使用して検証する。
【００４６】
[0053]ある特定の態様では、数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式は、診断感度、例えば、それ自体正確に同定される実際の陽性の比率をモデル化するために得られる。例えば、１つ又は複数の式は、活動性の疾患の診断対測定したバイオマーカー発現レベルによる寛解の診断を予測するためにデータを使用して訓練することができる。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムの１つ又は複数の式は、診断特異性、例えば、それ自体正確に同定される実際に陰性の比率をモデル化するために得られる。例えば、１つ又は複数の式は、軽度の疾患又は寛解の診断対測定したバイオマーカー発現レベルによる重度の疾患又は中程度の疾患の診断を予測するために、データを使用して訓練することができる。一部の実施形態では、数学的アルゴリズムは、２つ以上の式を含み、そのうちの１つ又は複数は診断感度をモデル化するために得られ、そのうちの１つ又は複数は診断特異性をモデル化するために得られる。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムは、ＭＨＩスコア又は値を生成するために、一連の１つ又は複数の診断特異性の式を適用する前に、１つ又は複数の診断感度の式を適用する。ある特定の態様では、数学的アルゴリズムは、ＭＨＩスコア又は値を生成するために、一連の１つ又は複数の診断感度の式を適用する前に、１つ又は複数の診断特異性の式を適用する。
【００４７】
[0054]ある特定の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが４０以下のとき、患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、寛解の診断は３未満のＣＤＥＩＳに対応する。一部の実施形態では、軽度の内視鏡的疾患の診断は３と８の間のＣＤＥＩＳに対応する。ＭＨＩスコアが４０以下の患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する（例えば、８未満のＣＤＥＩＳを有する）高い確率は、例えば、８３％と９８％との間、例えば、８３％と９２％との間、８４．５％と９３．５％との間、８６％と９５％との間、８７．５％と９６．５％との間、又は８９％と９８％との間であり得る。下限に関して、ＭＨＩスコアが４０以下である患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する高い確率は、８３％以上、例えば、８４．５％以上、８６％以上、８７．５％以上、８９％以上、９０．５％以上、９２％以上、９３．５％以上、９５％以上又は９６．５％以上であり得る。高い確率、例えば、９８％以上も検討される。
【００４８】
[0055]ある特定の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが５０以上のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む。一部の実施形態では、内視鏡的に活動性の疾患の診断は３以上のＣＤＥＩＳに対応する。ＭＨＩスコアが５０以上の患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する高い確率は、例えば、８０％と９５％との間、例えば、８０％と８９％との間、８１．５％と９０．５％との間、８３％と９２％との間、８４．５％と９３．５％との間又は８６％と９５％との間であり得る。下限に関して、ＭＨＩスコアが５０以上である患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する高い確率は、８０％以上、例えば、８１．５％以上、８３％以上、８４．５％以上、８６％以上、８７．５％以上、８９％以上、９０．５％以上、９２％以上又は９３．５％以上であり得る。高い確率、例えば、９５％以上も検討される。
【００４９】
[0056]ある特定の態様では、この方法は、ＭＨＩスコアが４０と５０との間のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するステップをさらに含む。ＭＨＩスコアが４０と５０との間の患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する中程度の確率は、例えば、７０％と８５％との間、例えば、７０％と７９％との間、７１．５％と８０．５％との間、７３％と８２％との間、７４．５％と８３．５％との間又は７６％と８５％との間であり得る。下限に関して、ＭＨＩスコアが４０と５０との間である患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する中程度の確率は、７０％以上、例えば、７１．５％以上、７３％以上、７４．５％以上、７６％以上、７７．５％以上、７９％以上、８０．５％以上、８２％以上又は８３．５％以上であり得る。高い確率、例えば、８５％以上も検討される。
【００５０】
[0057]開示された方法は、生物学的又は非生物学的療法を受けている患者などの患者の粘膜治癒の可能性の予測及び／又は粘膜治癒のモニターのための非侵襲的手段を提供する。さらに、本開示は、療法の有効性の決定又は評定、並びに対象の粘膜治癒の進行に基づいた患者の治療応答、再発の危険性及び手術の危険性を予測する方法を提供する。特に、本開示の方法は、継続治療用の療法の選択、治療有効性の最適化及び／又は毒性の低減のためにその後の治療薬用量をいつ又はどのように調整又は変更するのか（例えば、増加又は減少）の決定、並びに／或いは現在の治療過程をいつ又はどのように変化させるのか（例えば、異なる薬物若しくは異なる機構を標的とする薬物への切り替え）の決定のために有用性を見出す。開示した方法はまた、患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置での粘膜治癒を評価するため、並びに、患者の術後の内視鏡的再発を同定することなどによって、手術後の患者の粘膜治癒を評価するために使用することができる。
【００５１】
[0058]療法は、必要ならば適切な薬学的賦形剤と共に治療薬を投与するステップを含むことができ、許容される投与方法のいずれかを介して実施することができる。開示した方法で使用するために適切な治療薬は、限定はしないが、抗体などの生物学的薬剤、従来薬、栄養補助食品及びそれらの組み合わせを含む。投与は、例えば、静脈内、局所的、皮下、経皮的（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、経皮的（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）、筋肉内、経口、頬側、舌下、歯肉、口蓋、関節内、非経口、細動脈内、皮内、心室内、頭蓋内、腹腔内、病巣内、鼻腔内、直腸内、腟内又は吸入によるものであってもよい。治療薬は、第２の薬物（例えば、第２の治療薬、第１の治療薬の副作用を低減するために有用な薬物等）の投与と同時、直前、又は直後に投与することができる。
【００５２】
[0059]治療有効量の治療薬は、繰り返して、例えば、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、若しくはそれ以上の回数で投与することができ、又はその用量を持続点滴によって投与することができる。用量は、例えば、錠剤、丸剤、ペレット剤、カプセル剤、散剤、液剤、懸濁液、乳濁液、坐剤、停留浣腸、クリーム、軟膏、ローション、ゲル、エアロゾル、フォーム等の固体、半固体、凍結乾燥粉末又は液体剤形の形態、好ましくは正確な投薬量の簡単な投与のために適切な単位剤形の形態をとることができる。
【００５３】
[0060]治療薬は、ヒト対象者及びその他の哺乳類に対する単位投薬量として適切な物理的に分離した単位で投与することができ、各単位は望ましい作用発現、忍容性及び／又は治療効果を生ずるように計算された治療薬の所定量を、適切な薬学的賦形剤を伴って含有する（例えば、アンプル）。さらに、より濃縮された剤形を調製することができ、次にその剤形からより希釈された単位剤形を生成してもよい。このように、より濃縮された剤形は、実質的に、治療薬の、例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０倍又はそれを上回る量を含有する。
【００５４】
[0061]このような剤形を調製する方法は、当業者には公知である（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、１８編、Ｍａｃｋ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏ．、Ｅａｓｔｏｎ、ＰＡ（１９９０）を参照のこと）。剤形は、従来の薬学的担体又は賦形剤を含むことが典型的であり、その他の医薬品、担体、アジュバント、希釈剤、組織透過促進剤及び可溶化剤等をさらに含んでいてもよい。適切な賦形剤は、当業界で周知の方法によって特定の剤形及び投与経路に合わせることができる（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、前述を参照のこと）。
【００５５】
[0062]適切な賦形剤の例は、限定はしないが、ラクトース、デキストロース、スクロース、ソルビトール、マンニトール、デンプン、アカシアゴム、リン酸カルシウム、アルギン酸塩、トラガカント、ゼラチン、ケイ酸カルシウム、結晶性セルロース、ポリビニルピロリドン、セルロース、水、生理食塩水、シロップ、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びＣａｒｂｏｐｏｌ、例えば、Ｃａｒｂｏｐｏｌ９４１、Ｃａｒｂｏｐｏｌ９８０、Ｃａｒｂｏｐｏｌ９８１等のポリアクリル酸を含む。剤形は、タルク、ステアリン酸マグネシウム及び鉱油等の滑沢剤、湿潤剤、乳化剤、懸濁剤、メチル−、エチル−及びプロピル−ヒドロキシ−ベンゾエート（すなわち、パラベン）等の保存剤、無機及び有機の酸及び塩基等のｐＨ調整剤、甘味料並びに香味料をさらに含むことができる。剤形は、生分解性ポリマービーズ、デキストラン及びシクロデキストリン包接錯体も含むことができる。
【００５６】
[0063]経口投与のために、治療有効用量は、錠剤、カプセル剤、乳濁液、懸濁液、液剤、シロップ剤、噴霧剤、ロゼンジ、散剤及び徐放性製剤の形態であってもよい。経口投与に適切な賦形剤は、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム、セルロース、グルコース、ゼラチン、スクロース及び炭酸マグネシウム等を含む。
【００５７】
[0064]一部の実施形態では、治療有効用量は、丸剤、錠剤、又はカプセル剤の形態をとり、したがって、剤形は治療薬と共に以下のいずれかを含有することができる：ラクトース、スクロース、リン酸二カルシウム等の希釈剤；デンプン又はその誘導体などの崩壊剤；ステアリン酸マグネシウム等の滑沢剤並びにデンプン、アカシアガム、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、セルロース及びその誘導体などの結合剤。治療薬は、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）担体中に配置された坐剤に製剤化することもできる。
【００５８】
[0065]液体剤形は、例えば、経口、局所的又は静脈内投与のための液剤又は懸濁液を形成するために、例えば、水性生理食塩水（例えば、塩化ナトリウム０．９％ｗ／ｖ）、水性デキストロース、グリセロール、エタノール等の担体中に治療薬及び任意選択で１つ又は複数の薬学的に許容できるアジュバントを溶解又は分散させることによって調製することができる。治療薬は、停留浣腸に製剤化することもできる。
【００５９】
[0066]局所的投与のために、治療有効用量は、乳濁液、ローション、ゲル、フォーム、クリーム、ゼリー、液剤、懸濁液、軟膏及び経皮パッチの形態であってもよい。吸入による投与のために、治療薬は乾燥粉末として、又はネブライザーを介して液体の形態で送達することができる。非経口的投与のために、治療有効用量は、滅菌した注射用溶液及び滅菌包装された散剤の形態であってもよい。注射用溶液は、約４．５〜約７．５のｐＨで製剤化することが好ましい。
【００６０】
[0067]治療有効用量は、凍結乾燥形態で用意することもできる。このような剤形は、投与前の復元のために、緩衝剤、例えば、炭酸水素塩を含んでいてもよく、又は、例えば、水による復元のために、凍結乾燥剤形中に緩衝剤が含まれていてもよい。凍結乾燥剤形は、適切な血管収縮剤、例えば、エピネフリンをさらに含んでいてもよい。凍結乾燥剤形は、復元された剤形をすぐに個体に投与することができるように、任意選択で復元用の緩衝剤と組み合わせて包装されたシリンジ中に用意することができる。
【００６１】
[0068]本明細書で使用したように、用語「治療薬」は、ＣＤに関連した１つ又は複数の症状を治療するために有用な薬物の薬学的に許容できる全形態を含む。例えば、治療薬は、ラセミ又は異性体混合物、イオン交換樹脂に結合している固体複合体等であってもよい。さらに、治療薬は溶媒和型であってもよい。この用語はまた、記載されている治療薬の薬学的に許容できる全ての塩、誘導体及び類似体並びにそれらの組み合わせを含むものとする。例えば、治療薬の薬学的に許容できる塩は、限定はしないが、それらの酒石酸塩、コハク酸塩、タルタレート（ｔａｒｔａｒａｔｅ）、バイタルタレート（ｂｉｔａｒｔａｒａｔｅ）、ジヒドロクロリド、サリチル酸塩、ヘミコハク酸塩、クエン酸塩、マレイン酸塩、塩酸塩、カルバミン酸塩、硫酸塩、硝酸塩及び安息香酸塩型並びにそれらの組み合わせ等を含む。治療薬の任意の形態、例えば、治療薬の薬学的に許容できる塩、治療薬の遊離塩基又はそれらの混合物は、本発明の方法で使用するために適切である。
【００６２】
[0069]生物学的薬剤は、例えば、抗腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦα）抗体などの抗サイトカイン及びケモカイン抗体を含む。抗ＴＮＦα抗体の非限定的例は、キメラＩｇＧ１抗ＴＮＦαモノクローナル抗体であるインフリキシマブ（レミケード（Ｒｅｍｉｃａｄｅ）（登録商標））（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ，Ｉｎｃ．；Ｈｏｒｓｈａｍ、ＰＡ）等のキメラモノクローナル抗体；ＣＤＰ５７１及びＰＥＧ化ＣＤＰ８７０等のヒト化モノクローナル抗体；アダリムマブ（ヒュミラ（Ｈｕｍｉｒａ）（登録商標））（Ａｂｂｏｔｔ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ；Ａｂｂｏｔｔ  Ｐａｒｋ、ＩＬ）等の完全ヒトモノクローナル抗体；エタネルセプト（エンブレル（Ｅｎｂｒｅｌ）（登録商標））（Ａｍｇｅｎ；Ｔｈｏｕｓａｎｄ  Ｏａｋｓ、ＣＡ；Ｗｙｅｔｈ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ  Ｉｎｃ．；Ｃｏｌｌｅｇｅｖｉｌｌｅ、ＰＡ）等のｐ７５融合タンパク質；低分子（例えば、ＭＡＰキナーゼ阻害剤）；並びにそれらの組み合わせを含む。Ｇｈｏｓｈ、Ｎｏｖａｒｔｉｓ  Ｆｏｕｎｄ  Ｓｙｍｐ．２６３：１９３〜２０５（２００４）を参照のこと。
【００６３】
[0070]その他の生物学的薬剤は、例えば、細胞接着分子α４−インテグリンに対するヒト化モノクローナル抗体であるナタリズマブ（タイサブリ（Ｔｙｓａｂｒｉ）（登録商標））（Ｅｌａｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．；Ｄｕｂｌｉｎ、Ｉｒｅｌａｎｄ；Ｂｉｏｇｅｎ  Ｉｄｅｃ；Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）及びヒト化ＩｇＧ１抗α４β７−インテグリンモノクローナル抗体であるＭＬＮ−０２（Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ；Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）等の抗細胞接着抗体；抗Ｔ細胞薬；ヒト化ＩｇＧ２Ｍ３抗ＣＤ３モノクローナル抗体であるビジリズマブ（ヌヴィオン（Ｎｕｖｉｏｎ）（登録商標））（ＰＤＬ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ；Ｉｎｃｌｉｎｅ  Ｖｉｌｌａｇｅ、ＮＶ）等の抗ＣＤ３抗体；キメラ抗ＣＤ４モノクローナル抗体であるプリリキシマブ（ｃＭ−Ｔ４１２）（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ，Ｉｎｃ．；Ｈｏｒｓｈａｍ、ＰＡ）等の抗ＣＤ４抗体；ヒト化ＩｇＧ１抗ＣＤ２５モノクローナル抗体であるダクリズマブ（ゼナパックス（登録商標））（ＰＤＬ  ＢｉｏＰｈａｒｍａ；Ｉｎｃｌｉｎｅ  Ｖｉｌｌａｇｅ、ＮＶ；Ｒｏｃｈｅ；Ｎｕｔｌｅｙ、ＮＪ）等の抗ＩＬ−２受容体アルファ（ＣＤ２５）抗体；キメラＩｇＧ１抗ＣＤ２５モノクローナル抗体であるバシリキマブ（シムレクト（Ｓｉｍｕｌｅｃｔ）（登録商標））（Ｎｏｖａｒｔｉｓ；Ｂａｓｅｌ、Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）；インテグリンα４β７に対するヒト化抗体であるベドリズマブ（エンタイビオ（Ｅｎｔｙｖｉｏ）（登録商標））（Ｍｉｌｌｅｎｎｉｕｍ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ）；ＩＬ−１２及びＩＬ−２３に対するヒト化抗体であるウステキヌマブ（ステラーラ（Ｓｔｅｌａｒａ）（登録商標））（Ｃｅｎｔｏｃｏｒ）並びにそれらの組み合わせを含む。
【００６４】
[0071]従来薬の例は、限定はしないが、アミノサリチル酸塩（例えば、メサラジン、スルファサラジン等）、副腎皮質ステロイド（例えば、プレドニゾン）、チオプリン（例えば、アザチオプリン、６−メルカプトプリン等）、メトトレキセート、それらの遊離塩基、それらの薬学的に許容できる塩、それらの誘導体、それらの類似体及びそれらの組み合わせを含む。
【００６５】
[0072]本明細書では、２つ以上の結合相手を含むキットも開示する。２つ以上の結合相手のそれぞれは、１つ又は複数の固相支持体に付加されており、２つ以上の結合相手のそれぞれは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される異なる分析物に結合することができる。２つ以上の結合相手は、例えば、Ａｎｇ１及びＡｎｇ２、Ａｎｇ１及びＣＥＡＣＡＭ１、Ａｎｇ１及びＶＣＡＭ１、Ａｎｇ１及びＴＧＦα、Ａｎｇ１及びＣＲＰ、Ａｎｇ１及びＳＡＡ１、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−１、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−２、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−３、Ａｎｇ１及びＭＭＰ−９、Ａｎｇ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＡｎｇ１及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、Ａｎｇ２及びＣＥＡＣＡＭ１、Ａｎｇ２及びＶＣＡＭ１、Ａｎｇ２及びＴＧＦα、Ａｎｇ２及びＣＲＰ、Ａｎｇ２及びＳＡＡ１、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−１、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−２、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−３、Ａｎｇ２及びＭＭＰ−９、Ａｎｇ２及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＡｎｇ２及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＣＥＡＣＡＭ１及びＶＣＡＭ１、ＣＥＡＣＡＭ１及びＴＧＦα、ＣＥＡＣＡＭ１及びＣＲＰ、ＣＥＡＣＡＭ１及びＳＡＡ１、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−１、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−２、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−３、ＣＥＡＣＡＭ１及びＭＭＰ−９、ＣＥＡＣＡＭ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＣＥＡＣＡＭ１及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＶＣＡＭ１及びＴＧＦα、ＶＣＡＭ１及びＣＲＰ、ＶＣＡＭ１及びＳＡＡ１、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−１、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−２、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−３、ＶＣＡＭ１及びＭＭＰ−９、ＶＣＡＭ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＶＣＡＭ１及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＴＧＦα及びＣＲＰ、ＴＧＦα及びＳＡＡ１、ＴＧＦα及びＭＭＰ−１、ＴＧＦα及びＭＭＰ−２、ＴＧＦα及びＭＭＰ−３、ＴＧＦα及びＭＭＰ−９、ＴＧＦα及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＴＧＦα及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＣＲＰ及びＳＡＡ１、ＣＲＰ及びＭＭＰ−１、ＣＲＰ及びＭＭＰ−２、ＣＲＰ及びＭＭＰ−３、ＣＲＰ及びＭＭＰ−９、ＣＲＰ及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＣＲＰ及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−１、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−２、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−３、ＳＡＡ１及びＭＭＰ−９、ＳＡＡ１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＳＡＡ１及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＭＭＰ−１及びＭＭＰ−２、ＭＭＰ−１及びＭＭＰ−３、ＭＭＰ−１及びＭＭＰ−９、ＭＭＰ−１及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−１及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＭＭＰ−２及びＭＭＰ−３、ＭＭＰ−２及びＭＭＰ−９、ＭＭＰ−２及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−２及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＭＭＰ−３及びＭＭＰ−９、ＭＭＰ−３及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−３及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は���ＭＭＰ−９及びＥＭＭＰＲＩＮ又はＭＭＰ−９及びＩＬ−７に結合することができる。２つ以上の結合相手は、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７に結合することができる。
【００６６】
[0073]ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される３つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される４つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される５つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される６つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される７つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される８つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される９つ以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される１０個以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される１１個以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７からなる群から選択される１２個以上の分析物のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７のそれぞれの結合相手を含む。ある特定の態様では、キットは、ＣＤ患者��粘膜の恒常性の維持のために重要な生物学的経路に関連していることが当業界で一般的に知られている１つ又は複数の追加的分析物の結合相手を含む。
【００６７】
[0074]一部の実施形態では、１つ又は複数の結合相手は抗体である。ある特定の態様では、抗体は多重ハイスループット単一検出（すなわち、２抗体）アッセイにおいて目的の分析物を検出するために使用することができる。非限定的な例として、このアッセイで使用される２つの抗体は、（１）分析物に特異的な捕捉抗体、及び（２）分析物の活性化形態に特異的な検出抗体（すなわち、活性化状態依存抗体）を含むことができる。活性化状態依存抗体は、例えば、分析物のリン酸化、ユビキチン化及び／又は複合体形成状態を検出することができる。或いは、検出抗体は、試料中の分析物の全量を検出する、活性化状態非依存抗体を含む。活性化状態非依存抗体は一般的に、分析物の活性化及び非活性化形態の両方を検出することができる。
【００６８】
[0075]ある特定の態様では、１つ又は複数の結合相手は、多重ハイスループット近接（すなわち、３抗体）アッセイにおいて目的の分析物を検出するために使用することができる抗体である。非限定的な例として、近接アッセイで使用される３抗体は、（１）分析物に特異的な捕捉抗体、（２）分析物の活性化形態に特異的な検出抗体（すなわち、活性化状態依存抗体）、及び（３）分析物の全量を検出する検出抗体（すなわち、活性化状態非依存抗体）を含むことができる。活性化状態依存抗体は、例えば、分析物のリン酸化、ユビキチン化及び／又は複合体形成状態を検出することができる。活性化状態依存抗体は一般的に、分析物の活性化及び非活性化形態の両方を検出することができる。
【００６９】
[0076]当業者であれば、患者試料の１つ又は複数の分析物を固定及び／又は検出するために、抗体以外の結合相手を提供されたキットで使用することができることを理解するだろう。このような結合相手の非限定的例は、分析物のリガンド又は受容体、分析物の基質、結合ドメイン（例えば、ＰＴＢ、ＳＨ２等）、アプタマー等を含む。
【００７０】
[0077]ある特定の態様では、結合相手による分析物の結合は、イオン相互作用を含むことができる。ある特定の態様では、結合相手による分析物の結合は、非イオン相互作用を含むことができる。ある特定の態様では、結合相手による分析物の結合は、共有結合相互作用を含むことができる。
【００７１】
[0078]キットの１つ又は複数の固相支持体は、例えば、ガラス（例えば、ガラススライド）、プラスティック、チップ、ピン、フィルター、ビーズ（例えば、磁気ビーズ、ポリスチレンビーズ等）、紙、膜（例えば、ナイロン、ニトロセルロース、ＰＶＤＦ等）、繊維束、ゲル、金属、セラミックス又は任意のその他の適切な基材を含むことができる。一部の実施形態では、２つ以上の結合相手は、１つ又は複数の固相支持体に共有結合的に付加されている。
【００７２】
[0079]一部の実施形態では、結合相手はビーズに付加されている。ある特定の態様では、キットに含まれる結合相手のそれぞれのカテゴリーは、多重アッセイを可能にするために異なる種類のビーズに付加されている。例えば、各結合相手のカテゴリーは、レーザー、発光ダイオード（ＬＥＤ）、デジタルシグナルプロセッサ、光検出器、電荷結合素子（ＣＣＤ）撮像装置又はその他の機器を使用して区別することができる色などの明確に区別できる特性を有するビーズに付加することができる。提供されたキット及び方法で使用するために適切な固相支持体の例は、Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ａｕｓｔｉｎ、ＴＸ）から市販されているＬＵＭＩＮＥＸ（ルミネックス）（登録商標）ビーズを含む。
【００７３】
[0080]ある特定の態様では、キットは、ＣＤの患者の粘膜治癒を評価するためのキットを使用する方法の指示書をさらに含む。この指示書は、前述した方法ステップのいずれかについてであってもよい。例えば、キット指示書は、１つ又は複数の固相支持体を患者の血清試料と接触させるステップについてであってもよい。キット指示書は、血清試料で、１つ又は複数の結合相手が結合した分析物のそれぞれの発現レベルを検出するステップについでであってもよい。キット指示書は、数学的アルゴリズムを分析物の発現レベルに適用し、それによって患者のＭＨＩスコアを生成するステップについてであってもよい。ある特定の態様では、ＭＨＩスコアは０から１００の尺度を有する。キット指示書は、ＭＨＩスコアが４０以下のとき、患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップについてであってもよい。キット指示書は、ＭＨＩスコアが５０以上のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップについてであってもよい。キット指示書は、ＭＨＩスコアが４０と５０との間のとき、患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するステップについてであってもよい。
【００７４】
[0081]キットは、本開示の特定の方法を実施するために有用な追加的試薬をさらに含むことができる。キットは、例えば、アッセイ基材、標準物、希釈物、ビオチン−抗体、洗浄緩衝液、捕捉／放出試薬又はそれらの組み合わせを含むことができる。
【実施例】
【００７５】
[0082]以下の実施例は、例示目的で提示されており、どのような方法によっても本開示を制限するものではない。当業者であれば、本質的に同じ結果を得るために変化又は変更することができる様々な重大ではないパラメータをすぐに認識するであろう。
【００７６】
実施例１：血清分析物レベルを診断評価に関連付ける数学的アルゴリズムの開発
[0083]血清分析物発現レベル及びＳＥＳ−ＣＤスコアを含む臨床データセットを提供する。自然対数変換を２つ以上の血清分析物、例えば、バイオマーカーの発現レベルに適用して、データ歪度を低減し、ガウス分布を生成する。最尤推定値（ＭＬＥ）を使用して、変換した血清分析物発現レベル間の相関マトリクスを生成する。線形回帰を使用して、ＳＥＳ−ＣＤ値をＣＤＥＩＳ値に換算し、単回帰／ロジスティック回帰解析を使用して、ＣＤＥＩＳバイナリエンドポイントとバイオマーカー発現レベルとの間の関連を検査する。次に、赤池情報量基準（ＡＩＣ）による後退排除を使用したステップワイズ回帰／ロジスティック回帰を使用して、バイオマーカーをＣＤＥＩＳバイナリアウトカムに適合させる。
【００７７】
[0084]提供された臨床データをモデルアルゴリズム訓練セット及びモデルアルゴリズム検証セットに分ける。モデル訓練セットは、反復測定による偏りを最小限にするために横断試料を含み、検証セットは患者モニタリング手段としてのアルゴリズムの使用を探索するために縦断試料を含む。１モデルは、ＣＤＥＩＳバイナリアウトカムとして活動性の疾患対寛解のデータを使用して訓練し、１モデルはＣＤＥＩＳバイナリアウトカムとして中程度／重度の疾患対寛解／軽度の疾患のデータを使用して訓練する。モデルを順次適用して０〜１００の連続範囲内にＭＨＩスコアを作る。
【００７８】
実施例２：クローン病患者の粘膜治癒の評価のための多重マーカー血清検査の開発及び検証
[0085]回腸結腸内視鏡検査時又はその寸前に成人ＣＤ患者から採取した後向き血清試料及び一群の血清プロテオミクスバイオマーカーを使用して、ＣＤＥＩＳ又はＳＥＳ−ＣＤスコアのいずれかによって決定された視覚による内視鏡的疾患重症度に対してロジスティック回帰モデルを訓練した。ＭＨは、内視鏡検査で潰瘍無しと定義された。モデルは、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床試験の１１８人の患者の前向きに収集した、中央で読み取られた、縦断コホートにおいて独立して検証した。最終モデルは、１３個のバイオマーカーを利用して、粘膜治癒指数（ＭＨＩ）と称する０〜１００の尺度を生成した。マーカーは、血管新生（Ａｎｇ１、Ａｎｇ２）、細胞接着（ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１）、成長因子シグナル伝達（ＴＧＦα）、炎症（ＣＲＰ、ＳＡＡ１）、マトリクス再構築（ｍｍｐ−１、−２、−３、−９及びＥＭＭＰＲＩＮ）並びに免疫調節（ＩＬ７）を含むＭＨ過程に関与すると考えられる多数の生物学的経路を表す。
【００７９】
[0086]３９６人の患者の全部で７４８個の試料（平均年齢：３４歳、男性４９％、回腸疾患２６％、回腸結腸疾患５２％及び結腸疾患２２％）をＭＨ検査の訓練及び検証のために使用した。試験の全体的精度は９０％で、寛解中（ＣＤＥＩＳ＜３）又は軽度（ＣＤＥＩＳ３〜８）の内視鏡的疾患（ＭＨＩ範囲０〜４０）の患者を同定するための陰性適中率（ＮＰＶ）は９２％で、活動性疾患の内視鏡的証拠を有する患者（ＣＤＥＩＳ≧３；ＭＨＩ範囲５０〜１００）を同定するための陽性適中率（ＰＰＶ）は８７％であった。標本の１４％が中間帯（ＭＨＩ４１〜４９）に入り、活動性疾患の７８％の確率が認められた。検査性能を表１に示す。
【００８０】
【表１】
2020523560.tif 000003
【００８１】
実施例３：クローン病の患者の粘膜の健康に対する生物学的又は非生物学的療法の有効性を評価するための非侵襲性血清学的検査の検証
[0087]この検査は、インフリキシマブで治療した患者のＣＤコホートで検証した。この研究は、生物学的又は非生物学的療法いずれかの選択肢で治療した（療法にとらわれない）ＣＤの患者のコホートで、この検査の性能を検証することを目的とする。様々な施設で登録され、様々な療法で治療されたＣＤの患者の横断標本を、内視鏡検査時又はその寸前に収集した。試料は、粘膜治癒指数（ＭＨＩ）と称される０〜１００の尺度を生成するために数学的アルゴリズムとしてモデル化された１３個のタンパク質バイオマーカーの発現を利用する血清検査を使用して評定した。腸粘膜の健康の維持に関与する生物学的経路を表すバイオマーカーは、Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＣＲＰ、ＥＭＭＰＲＩＮ、ＩＬ７、ｍｍｐ−１、−２、−３、−９、ＳＡＡ１、ＴＧＦα及びＶＣＡＭ１である。内視鏡的疾患重症度に関するデータは、ＣＤＥＩＳ又はＳＥＳ−ＣＤのいずれかによって決定した。ＭＨは、内視鏡検査で潰瘍無しと定義された。
【００８２】
[0088]患者の特徴を表２に示す。コホートの５０％は、生物学的選択肢で治療した患者から構成された。残りの患者の４２％は、抗ＴＮＦαナイーブであるか又はチオプリン若しくはメサラミンで治療中であった。療法の情報は、解析から除外した２２／２７８の患者（８％）については入手できなかった。このＣＤ患者集団におけるＭＨの存在（すなわち、薬物の有効性）の決定のための全体的検査精度は、９０％であった（表３）。寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する患者を同定するための陰性適中率（ＮＰＶ）は８９％であった。内視鏡的に活動性の疾患を有する患者（ＣＤＥＩＳ＞３）を同定するための陽性適中率（ＰＰＶ）は９０％であった。標本の１６％である中間帯は、活動性の疾患の７９％の確率を示した。
【００８３】
【表２】
2020523560.tif 000004
【００８４】
【表３】
2020523560.tif 000005
【００８５】
[0089]これらの結果は、検査の性能が、使用した治療の種類に関係なく類似していることを明示している。この検査は、ＣＤの患者の看護のモニター及び管理を行うための非侵襲的手段として利用することができた。
【００８６】
実施例４：クローン病患者の位置による粘膜治癒状態を示すための新規血清検査
[0090]本研究の目的は、この新規血清学的検査の臨床的有用性を理解するために、疾患の位置によって分類されたＣＤ患者の特定のサブタイプにおいてこの検査の診断性能を比較することであった。
【００８７】
[0091]本研究では、疾患の位置によるＭＨＩの検証性能は、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床試験中に収集した１１８人のＣＤ患者の４１２個の縦断標本で評定した。標本は、内視鏡検査時又は寸前に患者から収集した。内視鏡スコアリングは中央で読み取られ、ＭＨは内視鏡による視覚検査で潰瘍無しとして定義された。ＭＨＩ検査アッセイの性能は、組み合わせ群において、及び各疾患位置によって、感度、特異性、陽性適中率（ＰＰＶ）及び陰性適中率（ＮＰＶ）について評価した。
【００８８】
[0092]患者の特徴を表４に示す。疾患の位置はモントリオール分類に従って分類した。検査精度は、結腸疾患で８７％、回腸結腸疾患で９０％及び回腸疾患で９５％であった。疾患位置全体にわたる詳細な性能を表５に示す。
【００８９】
【表４】
2020523560.tif 000006
【００９０】
【表５】
2020523560.tif 000007
【００９１】
[0093]これらの結果は、粘膜の健康の非侵襲的評定のための新規血清検査が、ＣＤの患者の回腸、回腸結腸及び結腸の解剖学的疾患位置全体にわたって同程度の性能を示すことを明示している。これらの結果は、疾患の位置に関係なく、ＣＤ患者の腸粘膜の状態を評価するのに有益な援助として、この試験の臨床的有用性をさらに検証する。
【００９２】
実施例５：クローン病活動性の評定のための様々なスコアリング指数の効果
[0094]ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアはいずれも、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床試験において、１１８人のＣＤ患者の、中央での読み取られた、前向きに収集された縦断コホートにおいて同じ医師によって同時に収集された。１年の期間にわたって、各患者から最高３個の回腸結腸内視鏡スコアが入手することができた。標準的な内視鏡的疾患重症度の定義を、内視鏡検査毎に得られたＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアの両方に適用した。ＣＤＥＩＳスコアは、寛解＜３、軽度３〜８、中程度９〜１２及び重度＞１２に分類した。ＳＥＳ−ＣＤについても、同じ群をそれぞれ＜３、３〜６、７〜１５及び＞１５として定義した。２つの指数は、線形回帰を使用して正規化し、エンドポイントのカテゴリカルアウトカムについては正規化前後の両方で分割表を作った。
【００９３】
[0095]生ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアを使用すると、分割表（表７；未補正の一致）は、内視鏡的疾患重症度状態（寛解、軽度、中程度及び重度）における全体の一致がほんの５９％（２４２／４１１）であることを示す。ＣＤＥＩＳによって寛解中の疾患と考えられたスコアの３３％（５８／１７５）は、ＳＥＳ−ＣＤによって活動性の疾患として分類されている。同様に、ＣＤＥＩＳによって軽度の疾患の症例の８１／１４６（約５６％）は、ＳＥＳ−ＣＤではより重症度が高い疾患、すなわち、中程度の疾患を有することが示唆されている。
【００９４】
【表６】
2020523560.tif 000008
【００９５】
２つのスコアを正規化するために、認められた線形回帰式（ＣＤＥＩＳ＝０．２５＋０．６９＊ＳＥＳＣＤ；ｒ＝０．９２）を適用した後、全体の一致は８０％まで改善する（表６；正規化した一致）。
【００９６】
[0096]ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアは十分に相関し、粘膜疾患の状態を評価するための内視鏡検査のゴールドスタンダードエンドポイントと考えられることが多いが、本発明者らのデータは、「内視鏡的カテゴリカル判定」の一致がほんの５９％の確率に過ぎないので、２つが同等ではないことを明示している。データは、両スコアの公知のオフセットを考慮した後でも、一致はまだほんの８０％に過ぎないことをさらに示す。これらの結果は、現在受け入れられている２つのゴールドスタンダードの差を強調し、主観的なゴールドスタンダードを使用することの不完全さを明らかにしている。
【００９７】
実施例６：クローン病患者の粘膜治癒の評価のための多重マーカー血清検査の開発及び検証
[0097]回腸結腸内視鏡検査時又は３０日以内の成人ＣＤ患者３９６人から得られた７４８個の血清試料（表７〜９）を後向きに解析した。多重ロジスティック回帰式を使用して、マーカーの大きなセットから選択した血清タンパク質バイオマーカーのセット（図１）の発現レベルを、ＣＤＥＩＳスコアによって測定した視覚による内視鏡的疾患重症度に対して数学的にモデル化した（Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ  ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ：Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＣＤＥＩＳ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ＳＥＳ−ＣＤ．Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２０１０、１６：２１３１〜２１３６；Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｓｓｅｓｓｅｄ  ｂｙ  ｆｅｃａｌ  ｃａｌｐｒｏｔｅｃｔｉｎ  ａｎｄ  ｌａｃｔｏｆｅｒｒｉｎ：ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎｄｅｘ  ａｎｄ  ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ  ｆｉｎｄｉｎｇｓ．Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２００８、１４：４０〜４６）。ＭＨモデルの出力は、粘膜治癒指数（ＭＨＩ）と称する０〜１００の尺度である。モデルは、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床試験の１１８人の患者（（Ｎ＝４１２試料）の前向きに収集した、中央で読み取られた、縦断コホートにおいて独立して検証された（表８）。最終モデルは、血管新生（Ａｎｇ１、Ａｎｇ２）、成長因子シグナル伝達（ＴＧＦα）、マトリクス再構築（ＭＭＰ−１、−２、−３、−９及びＥＭＭＰＲＩＮ）、細胞接着（ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１）、免疫調節（ＩＬ７）及び炎症（ＣＲＰ、ＳＡＡ１）を含むＭＨ過程に関与すると考えられる生物学的経路を表す１３個のバイオマーカーを利用した（図１）。
【００９８】
【表７】
2020523560.tif 000009
【００９９】
【表８】
2020523560.tif 000010
【０１００】
【表９】
2020523560.tif 000011
【０１０１】
[0098]患者３９６人（平均年齢：３４歳、男性４９％）の全部で７４８個の試料を使用してＭＨ検査を開発した。表７〜９は、訓練及び検証コホートで使用した患者及び試料の特徴を示している。ＭＨ検査は、粘膜の恒常性の維持に関与する多数の生物学的経路を表す１３個のバイオマーカーを含んだ（図１）。ＭＨ検査の出力は、０〜１００の範囲の粘膜治癒指数（ＭＨＩ）スコアである（図２Ａ〜２Ｄ）。ＭＨＩの全体的精度は９０％で（図２Ａ〜２Ｄ）、寛解中（ＣＤＥＩＳ＜３）又は軽度（ＣＤＥＩＳ３〜８）の内視鏡的疾患（ＭＨＩ範囲０〜４０）の患者を同定するための陰性適中率（ＮＰＶ）は９２％で、活動性疾患の内視鏡的証拠を有する患者（ＣＤＥＩＳ≧３；ＭＨＩ範囲５０〜１００）を同定するための陽性適中率（ＰＰＶ）は８７％であった。標本の１４％が中間帯（ＭＨＩ４１〜４９）内に入り、活動性疾患の確率が７８％であることが認められた。ＭＨＩは、疾患の位置及び使用した治療選択肢に関係なく、全ＣＤ患者で使用することができる。ＭＨＩは、臨床的に診断したクローン病患者の腸粘膜の疾患状態を縦断的に追跡するために使用することができるモニタリング手段である（図３Ａ〜３Ｃ）。
【０１０２】
実施例７：クローン病の患者の粘膜の健康に対する生物学的及び非生物学的療法の有効性を評価するための非侵襲性血清学的検査
[0099]本研究の目的は、生物学的又は非生物学的療法のいずれかの選択肢で治療した（すなわち、療法にとらわれない）ＣＤの患者の独立したコホートでＭＨ検査の性能をさらに検証することである。この検証セットは、欧州、カナダ及び合衆国の地理的に多様な領域での５つの別々の研究の試料からなる（ｎ＝２７８患者；表１０）。療法のデータは、解析で使用したｎ＝２５６の患者から入手することができた。
【０１０３】
【表１０】
2020523560.tif 000012
【０１０４】
[0100]ＣＤ患者の独立した多施設横断コホート研究。内視鏡的重症度は、ＣＤＥＩＳを使用してカテゴリー化し、活動性の内視鏡的疾患はＣＤＥＩＳ≧３と定義する（ＳＥＳ−ＣＤスコアはＣＤＥＩＳに換算した、以下の実施例８を参照のこと）。ＭＨ検査は、ＭＨ過程の多数の生物学的経路を表す１３個のバイオマーカーからなる（図４）。データに適用したロジスティック回帰は、粘膜治癒指数（ＭＨＩ）と称する０〜１００の尺度を生成する（図５）。一元配置ＡＮＯＶＡを使用して、内視鏡的疾患重症度カテゴリー全体にわたるＭＨＩの平均差を決定した。＊ｐ＜０．０５は有意と考えられた。
【０１０５】
[0101]患者の年齢中央値は３４歳であった（範囲：１８〜８８歳；男性：４３．９％）。患者集団には、全疾患位置：回腸、回腸−結腸及び結腸が含まれた。ＭＨ検査は、疾患の位置又は治療選択に関係なく、全ＣＤ患者で同等に実施した。コホートの約５０％は生物学的薬剤で治療された患者から構成された：ＡＤＡ：１８．３％、ＩＦＸ：１５％、抗インテグリン：１０．９％、ＵＳＴ：６．５％（表１１）。残りの４２％は抗−ＴＮＦαナイーブ、チオプリン、メサラミンであるか又は治療薬無しであった。このＣＤ患者集団における全体の検査精度は９０％であった。寛解中又は軽度の内視鏡的疾患の患者を同定するための陰性適中率（ＮＰＶ）は８９％であった。内視鏡的に活動性の疾患を有する患者（ＣＤＥＩＳ＞３）を同定するための陽性適中率（ＰＰＶ）は９０％であった（図５）。平均ＭＨＩ値は、内視鏡的疾患重症度の増加と有意な相関を示した（図６；表１２）。生物学的対非生物学的薬剤で治療された患者における検査の精度に有意な変化はなかった。
【０１０６】
【表１１】
2020523560.tif 000013
【０１０７】
【表１２】
2020523560.tif 000014
【０１０８】
[0102]ＭＨ検査は、いくつかの異なる種類の療法クラスにわたって、疾患の位置に関係なく、ＣＤ患者のＭＨを正確に評価する客観的指数スコアを提供する。この検査は、療法に関係なく、全ＣＤ患者の看護の管理を判定、モニター及び援助するための非侵襲的手段として利用することができる。
【０１０９】
実施例８：クローン病活動性の評定のための内視鏡スコアリング指数間の変動の評価
[0103]クローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）及びクローン病の簡便な内視鏡スコア（ＳＥＳ−ＣＤ）は、ＣＤ患者の粘膜疾患の状態を評価し、エンドポイントとして粘膜治癒を利用する臨床試験のアウトカムを決定するために通常使用される２つの検証された内視鏡指数である。ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤ指数は高い相関を示しているが（Ｄａｐｅｒｎｏ等、Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  Ｅｎｄｏｓｃｏｐｙ（２００４）６０（４）：５０５〜５１２；Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ  ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ：Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ  ｏｆ  ｔｈｅ  ＣＤＥＩＳ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ＳＥＳ−ＣＤ．Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２０１０、１６：２１３１〜２１３６）、２つの指数の間には顕著な差がある（表１３）。さらに、これらの間の疾患重症度群分けは十分に整合しておらず、内視鏡的疾患活動性のアウトカムの解釈に影響を及ぼし得る（Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２０１０、１６：２１３１〜２１３６）。ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤの間の線形オフセットは広く受け入れられているが（Ｄａｐｅｒｎｏ等、Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ  Ｅｎｄｏｓｃｏｐｙ（２００４）６０（４）：５０５〜５１２）、２つのスコアリング指数の使用の精度及び影響のより詳しい調査は、十分には研究されてこなかった。
【０１１０】
【表１３】
2020523560.tif 000015
【０１１１】
本研究の目的は、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床コホートにおいてＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤ指数によって決定した内視鏡的疾患重症度を比較することであった（Ｇ．Ｄ’Ｈａｅｎｓ、Ｓ．Ｖｅｒｍｉｅｒｅ，Ｄ．Ｌａｈａｒｉｅ等、Ｄｒｕｇ−ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ  ｖｅｒｓｅｓ  ｓｙｍｐｔｏｍ−ｄｒｉｖｅｎ  ｄｏｓｅ  ａｄａｐｔａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｉｎｆｌｉｘｉｍａｂ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ａｃｔｉｖｅ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ：ａ  ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ，ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  ｍｕｌｔｉｃｅｎｔｅｒ  ｔｒｉａｌ（ＴＡＩＬＯＲＩＸ）Ｏｒａｌ  Ｐｒｅｓｅｎｔａｔｉｏｎ、ＥＣＣＯ  ２０１６）。
【０１１２】
[0104]ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアはいずれも、ＴＡＩＬＯＲＩＸ臨床試験において、１１８人のＣＤ患者の、中央で読み取られた、前向きに収集された縦断コホートで同時に収集された（図７）。最高３つの内視鏡スコアが１年の期間にわたって各患者から入手することができた。標準的な疾患重症度の定義を両ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアに適用した。ＣＤＥＩＳスコア（Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２０１０、１６：２１３１〜２１３６；Ｓｉｐｐｏｎｅｎ等、Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｓｓｅｓｓｅｄ  ｂｙ  ｆｅｃａｌ  ｃａｌｐｒｏｔｅｃｔｉｎ  ａｎｄ  ｌａｃｔｏｆｅｒｒｉｎ：  ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎｄｅｘ  ａｎｄ  ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ  ｆｉｎｄｉｎｇｓ．Ｉｎｆｌａｍｍ  Ｂｏｗｅｌ  Ｄｉｓ、２００８、１４：４０〜４６）を寛解＜３、軽度３〜８、中程度９〜１２及び重度＞１２に分類した。ＳＥＳ−ＣＤ（Ｍｏｓｋｏｖｉｔｚ等、Ｄｅｆｉｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｖａｌｉｄａｔｉｎｇ  ｃｕｔ−ｏｆｆｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｓｉｍｐｌｅ  Ｅｎｄｏｓｃｏｐｉｃ  Ｓｃｏｒｅ  ｆｏｒ  Ｃｒｏｈｎ’ｓ  Ｄｉｓｅａｓｅ．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ、２００７、１３２：Ｓ１０９７）については、同じ群をそれぞれ＜３、３〜６、７〜１５及び＞１５として定義した。ＴＡＩＬＯＲＩＸデータを使用して、線形回帰式を得て、ＳＥＳ−ＣＤスコアから対応するＣＤＥＩＳスコアを予測した。
【０１１３】
[0105]生ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアを使用して、分割表（図８Ａ）は、疾患重症度状態（寛解、軽度、中程度及び重度）における全体の一致がほんの５９％（２４１／４１１）に過ぎないことを示す。ＣＤＥＩＳによって寛解中の疾患と考えられたスコアの３３％（５８／１７５）は、ＳＥＳ−ＣＤによって活動性の疾患として分類されている。同様に、ＣＤＥＩＳによって軽度の疾患分類の８１／１４６（約５６％）は、ＳＥＳ−ＣＤでは中程度の疾患を有することが示唆された。２つのスコアを正規化するために観察された線形回帰式（ＣＤＥＩＳ＝０．６９＊ＳＥＳ−ＣＤ＋０．２５；ｒ＝０．９２）を適用した後、全体の一致は８０％（３２８／４１１）まで改善した（図８Ｂ）。
【０１１４】
[0106]ＣＤＥＩＳ及びＳＥＳ−ＣＤスコアが十分に相関し、内視鏡検査のゴールドスタンダードエンドポイントとして独立して利用されているが、データは、これらのスコアの「内視鏡的カテゴリカル判定」の一致がほんの５９％の確率に過ぎないので、２つが同等ではないことを明示している。それらの公知のオフセットを考慮した後でも、一致はまだほんの８０％に過ぎない（３２８／４１１）（図８Ｂ）。これらの結果は、現在受け入れられている２つのゴールドスタンダードの差を強調し、ＣＤの患者の粘膜状態を評価するための単一の客観的スコアを確立するための重要性及び臨床的に解決されていない必要性を明らかにしている。
【０１１５】
[0107]前記の開示は、理解を明瞭にするための例示及び実施例によっていくらか詳細に記載されているが、当業者であれば、添付の特許請求の範囲内で、ある特定の変化及び変更を実践してもよいことを理解するだろう。さらに、本明細書で提供したそれぞれの参照物は、各参照物が個々に参照として組み込まれたかのように、その全体が同じ範囲まで参照として組み込まれる。
【０１１６】
［関連出願の相互参照］
[0001]本出願は、２０１７年５月３１日出願の米国特許仮出願第６２／５１２９４７号及び２０１７年９月２１日出願の米国特許仮出願第６２／５６１４５９号の優先権を主張するものであり、あらゆる目的のためにその開示の全体を参照として本明細書に組み込む。
【図１】
2020523560.tif 000016
【図２Ａ】
2020523560.tif 000017
【図２Ｂ】
2020523560.tif 000018
【図２Ｃ】
2020523560.tif 000019
【図２Ｄ】
2020523560.tif 000020
【図３Ａ】
2020523560.tif 000021
【図３Ｂ】
2020523560.tif 000022
【図３Ｃ】
2020523560.tif 000023
【図４】
2020523560.tif 000024
【図５】
2020523560.tif 000025
【図６】
2020523560.tif 000026
【図７】
2020523560.tif 000027
【図８Ａ】
2020523560.tif 000028
【図８Ｂ】
2020523560.tif 000029
【手続補正書】
【提出日】令和2年1月27日(2020.1.27)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
クローン病（ＣＤ）の患者の粘膜治癒を評価する方法であって、
患者からの血清試料を用意するステップと、
前記血清試料で、以下のバイオマーカー：Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７のそれぞれの発現レベルを検出するステップと、
数学的アルゴリズムを前記バイオマーカーの発現レベルに適用し、それによって前記患者の粘膜治癒指数（ＭＨＩ）スコアを生成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記検出ステップが、前記血清試料を、前記バイオマーカーのそれぞれの結合相手と接触させること及び各バイオマーカーとそのそれぞれの結合相手との間の結合を検出することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
各結合相手が抗体である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０以下のとき、前記患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有する高い前記確率が９２％以上である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記寛解がクローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）の３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項７】
軽度の前記内視鏡的疾患がＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する、請求項４又は５に記載の方法。
【請求項８】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で５０以上のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が高いことを決定するステップをさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
内視鏡的に活動性の前記疾患を有する高い前記確率が８７％以上である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
内視鏡的に活動性の前記疾患がＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する、請求項８又は９に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＭＨＩスコアが０から１００の尺度で４０と５０との間のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有する確率が中程度であることを決定するステップをさらに含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
内視鏡的に活動性の疾患を有する中程度の前記確率が７８％以上である、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記数学的アルゴリズムが、前記バイオマーカーの発現レベルを内視鏡スコアと関連付ける２つ以上のモデルを含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、分類及び回帰木を使用することによって得られ、及び／又は前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、最小２乗回帰を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、ランダムフォレスト学習分類を使用することによって得られ、及び／又は前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が分位数分類を使用することによって得られる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、ロジスティック回帰を使用して診断感度をモデル化することによって得られ、及び／又は前記２つ以上のモデルの１つ又は複数が、ロジスティック回帰を使用して診断特異性をモデル化することによって得られる、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記患者が生物学的又は非生物学的療法を受けている、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
前記患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置の粘膜治癒を評価する、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
手術後の前記患者の粘膜治癒を評価する、請求項１〜１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記患者の術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
ＣＤの患者の粘膜治癒を評価する方法であって、
（ａ）前記患者の血清試料で、以下のバイオマーカー：Ａｎｇ１、Ａｎｇ２、ＣＥＡＣＡＭ１、ＶＣＡＭ１、ＴＧＦα、ＣＲＰ、ＳＡＡ１、ＭＭＰ−１、ＭＭＰ−２、ＭＭＰ−３、ＭＭＰ−９、ＥＭＭＰＲＩＮ及びＩＬ−７の発現を検出するステップと、
（ｂ）数学的アルゴリズムをステップ（ａ）のバイオマーカーの発現に適用して前記患者のＭＨＩを生成するステップであり、
前記ＭＨＩが０〜１００の尺度で、
前記ＭＨＩが０〜４０のとき、前記患者が寛解中であるか、又は軽度の内視鏡的疾患を有し、
前記ＭＨＩが５０〜１００のとき、前記患者が内視鏡的に活動性の疾患を有するステップと
を含む方法。
【請求項２４】
前記患者が生物学的又は非生物学的療法を受けている、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記療法の有効性を決定することによって粘膜治癒を評価する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記患者の結腸、回腸結腸及び／又は回腸疾患の位置の粘膜治癒を評価する、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
手術後の前記患者の粘膜治癒を評価する、請求項２３〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記患者の術後の内視鏡的再発を同定することによって粘膜治癒を評価する、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記寛解がクローン病の重症度の内視鏡指数（ＣＤＥＩＳ）の３未満（ＣＤＥＩＳ＜３）に対応する、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
軽度の前記内視鏡的疾患がＣＤＥＩＳの３〜８の間（ＣＤＥＩＳ３〜８）に対応する、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
内視鏡的に活動性の前記疾患がＣＤＥＩＳの３以上（ＣＤＥＩＳ≧３）に対応する、請求項２３〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記患者の粘膜状態を予測又はモニターすることによって粘膜治癒を評価する、請求項２３〜３１のいずれか一項に記載の方法。
【国際調査報告】
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