(57)【要約】ヒトリンパ球に対する腫瘍抗原を同定するため、ならびに、がん治療のための対象を同定するための方法および組成物が本明細書に提示される。本発明は、とりわけ、ヒトリンパ球に対する腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を同定する方法、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を選択する方法ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を含む組成物、そのような組成物を作出する方法、ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を使用する方法を特徴とする。本発明は、例えば、がん対象をがん治療の開始、継続、改変、および／または中止のために同定および／または選択するためにがん対象における免疫応答を評価する方法も特徴とする。【特許請求の範囲】
【請求項１】
対象応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害、および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。
【請求項２】
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
標的応答プロファイルを得るまたは生成する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記ライブラリーの前記細菌細胞またはビーズを、がんに対する応答を示すまたは以前示した対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法。
【請求項４】
前記対象が、がんに対して少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した、請求項３に記載の方法。
【請求項５】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答、例えば、１つまたは複数の正の臨床的エンドポイントを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記有益な応答が、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項９】
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項１０】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する測定可能な毒性の応答または副作用がないことを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項１１】
前記対象が、がんに対して少なくとも１つの有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した、請求項３に記載の方法。
【請求項１２】
前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記有害な応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１４】
前記有害な応答が、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１５】
前記有害な応答が、負のがん予後を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１６】
前記有害な応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）を含む、請求項１１に記載の方法。
【請求項１７】
前記標的応答プロファイルを得るために使用される前記ライブラリーが、請求項１に記載の対象応答プロファイルを得るために使用されるものと同じライブラリーである、請求項３から１６までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
追加的な対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）および／またはリンパ球を用いてステップａ）からｅ）を繰り返して、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを得るステップをさらに含む、請求項３から１７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項２から１８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
対象をがん治療の候補として同定する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
ｆ）前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較して、前記対象をがん治療の開始、継続、改変、中止または不開始の候補対象として選択するステップと
を含む方法。
【請求項２１】
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
ｇ）前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｈ）前記ＡＰＣを、前記標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｉ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｊ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項２０または２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項２０から２３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２７】
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
前記有益な応答が、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項３０】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項３１】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項２０から２３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３５】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３６】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む、請求項３１に記載の方法。
【請求項３７】
がん治療またはがん治療の組合せの開始のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、請求項２０から３６までのいずれかに記載の方法。
【請求項３８】
がん治療またはがん治療の組合せの継続のための前記候補対象を選択するステップをさらに含む、請求項２０から３６までのいずれかに記載の方法。
【請求項３９】
（ｉ）前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する１つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および／または（ｉｉ）前記対象応答プロファイルが、前記がん治療または組合せに対する１つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した前記標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象を候補対象として選択するステップを含む、請求項３７または請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記候補対象を、がん治療の改変のために選択するステップをさらに含む、請求項２０から３６までのいずれかに記載の方法。
【請求項４１】
前記候補対象を、がん治療の中止または不開始のために選択するステップをさらに含む、請求項２０から３６までのいずれかに記載の方法。
【請求項４２】
（ｉ）前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する１つまたは複数の有害な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似している場合、および／または（ｉｉ）前記対象応答プロファイルが、前記がん治療に対する１つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した標的対象由来の前記標的応答プロファイルと類似していない場合、前記対象をがん治療の改変、中止、および／または不開始の候補対象として選択するステップを含む、請求項４０または４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記がん治療またはがん治療の組合せを前記候補対象に施行するステップをさらに含む、請求項３７から３９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記候補対象に施行する前記がん治療を改変するステップをさらに含む、請求項４０から４２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記候補対象に対する前記がん治療を中止するまたは開始しないステップをさらに含む、請求項４０から４２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
腫瘍抗原を選択する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害、および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
ｆ）前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
ｇ）前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
【請求項４７】
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ｈ）前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｉ）前記ＡＰＣを、前記標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｊ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｋ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項４６または４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する１つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項４６から４９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５３】
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５４】
前記有益な応答が、例えば、所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたる、がんの再燃、再発、および／または転移を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５５】
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５６】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）がないことを含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５７】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する１つまたは複数の有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項４６から４９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６１】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６２】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６３】
がんに対する有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および／または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、請求項４６から６２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ、および／または、がんに対する有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、請求項４６から６２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
第１の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項６３に記載の方法。
【請求項６６】
前記第１の対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
前記第１の対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項６５または６６に記載の方法。
【請求項６８】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇またはレベルの低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
ｆ）前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
ｇ）前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｈ）前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項６９】
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
ｉ）前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｊ）前記ＡＰＣを、前記標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｋ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｌ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項６８または６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項６８から７１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７５】
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７６】
前記有益な応答が、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７７】
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７８】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７９】
（ｉ）がんに対する１つまたは複数の有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉ）がんに対する１つまたは複数の有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択し、投与するステップを含む、請求項６８から７８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、
ｆ）前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
ｇ）前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｈ）前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項８１】
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
ｉ）前記細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｊ）前記ＡＰＣを、前記標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｋ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｌ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、前記標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップと
を含む方法によって前記標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む、請求項８０または８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記標的応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項８２に記載の方法。
【請求項８４】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項８０から８３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８７】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８８】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８９】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項９０】
がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップを含む、請求項８０から８９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項５６から９０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
腫瘍抗原を選択する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原を選択する、および／または、がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
【請求項９３】
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９８】
前記有益な応答が、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項９９】
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項１００】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む、請求項９４に記載の方法。
【請求項１０１】
前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項９２から１０１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
腫瘍抗原を選択する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
【請求項１０３】
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項１０３に記載の方法。
【請求項１０５】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０６】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０７】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０８】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１０９】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む、請求項１０４に記載の方法。
【請求項１１０】
前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項１０２から１０９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項１０１または１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｇ）前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項１１３】
前記免疫原性組成物を投与するステップの前に、前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項１１２に記載の方法。
【請求項１１４】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１５】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１６】
前記有益な応答が、がんに対する自然応答を含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１７】
前記有益な応答が、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１８】
前記有益な応答が、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１１９】
前記有益な応答が、正のがん予後を含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１２０】
前記有益な応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む、請求項１１３に記載の方法。
【請求項１２１】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、
ｆ）前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、
ｇ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｈ）前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項１２２】
前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、前記比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
前記標的応答プロファイルが、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２５】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２６】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２７】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、負のがん予後を含む、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２８】
前記有害な応答および／または有益でない応答が、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２９】
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項１１２、１１３、１２１または１２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３０】
腫瘍抗原を同定する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと
を含む方法。
【請求項１３１】
腫瘍抗原を選択する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを提供するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと
を含む方法。
【請求項１３２】
前記同定されたポリペプチドの中から、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを選択するステップをさらに含む、請求項１３１に記載の方法。
【請求項１３３】
潜在的な腫瘍抗原を選択する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制する１つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
ｆ）前記同定されたポリペプチドの中から、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを選択するステップ
を含む方法。
【請求項１３４】
ＡＰＣへの曝露の１つまたは複数の前のラウンドを受けた、前記対象由来のリンパ球を用いて、ステップｂ）からｅ）まで、またはステップｃ）からｅ）を繰り返すステップをさらに含む、請求項１３３に記載の方法。
【請求項１３５】
前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む、請求項１３３または１３４に記載の方法。
【請求項１３６】
前記対象に、前記選択された腫瘍抗原または選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項１３３から１３５までのいずれかに記載の方法。
【請求項１３７】
前記対象に前記選択された腫瘍抗原および選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数の組合せを含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項１３３から１３５までのいずれかに記載の方法。
【請求項１３８】
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項１３６または１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
腫瘍抗原を選択する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現されるがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制する１つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップ
を含む方法。
【請求項１４０】
前記対象に、前記選択された腫瘍抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項１４０に記載の方法。
【請求項１４２】
前記ＡＰＣが、前記対象から単離されたヒトＡＰＣである、請求項１から１４１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
前記細菌細胞が、細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む、請求項１から１４２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
前記細胞溶解素ポリペプチドが、リステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である、請求項１４３に記載の方法。
【請求項１４５】
前記ＡＰＣがアレイにおいて提供され、前記アレイの各位置にある前記ＡＰＣが、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触される、請求項１から１４４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４６】
前記ＡＰＣおよびリンパ球が、末梢血から単離されたものである、請求項１から１４５までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４７】
前記ＡＰＣが、不死化細胞を含む、請求項１から１４５までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４８】
前記リンパ球が、がんまたは腫瘍に由来するものである、請求項１から１４７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４９】
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドを含む、請求項１から１４８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５０】
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、または転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、請求項１から１４８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５１】
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む、請求項１から１４８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５２】
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に存在するウイルスまたは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、請求項１から１４８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５３】
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む、請求項１から１４８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５４】
前記腫瘍抗原が、がんまたは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む、請求項１から１４８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５５】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｇ）前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項１５６】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
ｆ）前記同定されたポリペプチドの中から、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを選択するステップと、
ｇ）前記対象に、前記選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項１５７】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、前記ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原およびポリペプチドから、（ｉ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチド、（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｇ）前記対象に、前記選択された腫瘍抗原およびポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項１５８】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを前記対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、
ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、
ｆ）前記同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、
ｇ）前記対象に、前記選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項１５９】
前記対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む、請求項１５６から１５８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６０】
前記複数の腫瘍抗原が、少なくとも１種、３種、５種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、５０種、１００種、１５０種、２５０種、５００種、７５０種、１０００種またはそれよりも多くの異なる腫瘍抗原、またはその一部分を含む、請求項１から１５９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６１】
１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを決定するステップが、１つまたは複数の免疫メディエーターのレベルを測定することを含む、請求項１から１６０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６２】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、前記リンパ球によって発現されるサイトカイン、可溶性メディエーター、および細胞表面マーカーからなる群から選択される、請求項１から１６１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６３】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、請求項１から１６２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６４】
前記１つまたは複数のサイトカインが、ＴＲＡＩＬ、ＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−２、ＴＮＦ−アルファ、ＭＩＰ１−アルファ、ＭＩＰ１−ベータ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＭＣＰ１、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ−１ベータ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＣＸＣＬ１１、ＩＬ−３、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３Ａ、ＩＬ−２４、ＩＬ−２７、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＴＧＦ−ベータ、ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＲＡＮＣＥ（ＲＡＮＫ  Ｌとしても公知）、ＭＩＰ３−アルファ、およびフラクタルカインからなる群から選択される、請求項１６３に記載の方法。
【請求項１６５】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、請求項１から１６４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６６】
前記１つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムＡ、グランザイムＢ、ｓＦａｓ、ｓＦａｓＬ、パーフォリン、およびグラニュライシンからなる群から選択される、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、請求項１から１６４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６８】
前記１つまたは複数の細胞表面マーカーが、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ１５４（ＣＤ４０Ｌ）、ＫＬＲＧ−１、ＣＤ７１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１２２（ＩＬ−２ＲＢ）、ＣＤ２８、ＩＬ７Ｒａ（ＣＤ１２７）、ＣＤ３８、ＣＤ２６、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２）、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３（ＣＤ３６６）、ＣＤ３９、ＰＤ１（ＣＤ２７９）、ＦｏｘＰ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、およびＫＬＲＧ１からなる群から選択される、請求項１６７に記載の方法。
【請求項１６９】
前記リンパ球が、ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む、請求項１から１６８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７０】
前記リンパ球が、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項１から１６８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７１】
前記リンパ球が、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、またはＮＫ細胞を含む、請求項１から１６８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７２】
前記リンパ球が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、およびＮＫ細胞の任意の組合せを含む、請求項１から１６８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７３】
リンパ球活性化が、対照レベルよりも少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、または２００％高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項１から１７２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７４】
リンパ球活性化が、対照レベルの平均よりも少なくとも１、２、または３標準偏差高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項１から１７２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７５】
リンパ球活性化が、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項１から１７２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７６】
リンパ球非応答性が、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが対照レベルの５％以内、１０％、１５％、または２０％であることを評価することにより決定される、請求項１から１７２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７７】
リンパ球非応答性が、対照レベルの平均よりも１標準偏差未満または２標準偏差未満高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項１から１７２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７８】
リンパ球非応答性が、対照に対する応答レベル中央値よりも１中央絶対偏差（ＭＡＤ）未満または２中央絶対偏差（ＭＡＤ）よりも高いまたはそれよりも低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される、請求項１から１７２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７９】
前記対象応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項１から１７８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８０】
前記対象応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項１から１７８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８１】
前記対象応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項１から１７８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８２】
前記対象応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、請求項１から１７８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８３】
前記標的応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８４】
前記標的応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８５】
前記標的応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８６】
前記標的応答プロファイルが、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８７】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる異なる腫瘍抗原の平均数を含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８８】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する異なる腫瘍抗原の平均数を含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８９】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の平均数を含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９０】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の組合せを含む、請求項１から１８２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９１】
前記対象応答プロファイルの腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの抗原の数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、または１０以下異なる場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、請求項１から１９０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９２】
前記対象応答プロファイルが、活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される複数のサイトカインのそれぞれに対する異なる腫瘍抗原の数を含む、請求項１から１９１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９３】
前記標的応答プロファイルが、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の数を含む、請求項１９２に記載の方法。
【請求項１９４】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、請求項１９２に記載の方法。
【請求項１９５】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む、請求項１９２に記載の方法。
【請求項１９６】
前記標的応答プロファイルが、前記がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、または前記がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の組合せを含む、請求項１９２に記載の方法。
【請求項１９７】
前記対象応答プロファイルの複数のサイトカインのうちの少なくとも２つに対する腫瘍抗原の数が、前記標的応答プロファイルの対応する複数のサイトカインに対する抗原の数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、または１０以下異なるである場合、前記対象応答プロファイルが前記標的応答プロファイルと類似している、請求項１から１９０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９８】
対象が、前記がん治療に対する臨床的応答性の尺度または指標の少なくとも１つを示す、請求項１から１９７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９９】
対象が、前記がん治療に対する臨床的応答不全の尺度または指標の少なくとも１つを示す、請求項１から１９７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２００】
前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断治療を含む、請求項１から１９９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０１】
前記免疫チェックポイント遮断治療が、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、またはセミプリマブの投与を含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０２】
前記免疫チェックポイント遮断治療が、２つまたはそれよりも多くの免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む、請求項２００または２０１に記載の方法。
【請求項２０３】
前記がん治療が、免疫抑制遮断治療を含む、請求項１から２０２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０４】
前記免疫抑制遮断治療が、Ｖｉｓｔａ（Ｂ７−Ｈ５、Ｔ細胞活性化のｖ−ドメインＩｇサプレッサー）阻害剤、Ｌａｇ−３（リンパ球活性化遺伝子３、ＣＤ２２３）阻害剤、ＩＤＯ（インドールアミン−ピロール−２，３−ジオキシゲナーゼ−１，２）阻害剤、またはＫＩＲ受容体ファミリー（キラー細胞免疫グロブリン様受容体）阻害剤、ＣＤ４７阻害剤、またはＴｉｇｉｔ（ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体）阻害剤の投与を含む、請求項２０３に記載の方法。
【請求項２０５】
前記免疫抑制遮断治療が、２つまたはそれよりも多くの免疫抑制阻害剤の投与を含む、請求項２０３または２０４に記載の方法。
【請求項２０６】
前記がん治療が、免疫活性化治療を含む、請求項１から２０５までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０７】
前記免疫活性化治療が、ＣＤ４０アゴニスト、ＧＩＴＲ（グルココルチコイド誘導性ＴＮＦ−Ｒ関連タンパク質、ＣＤ３５７）アゴニスト、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）アゴニスト、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）アゴニスト、ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ細胞刺激物質、ＣＤ２７８）アゴニスト、ＩＬ−２（インターロイキン２）アゴニスト、またはインターフェロンアゴニストの投与を含む、請求項２０６に記載の方法。
【請求項２０８】
免疫活性化が、２つまたはそれよりも多くの免疫活性化因子の投与を含む、請求項２０６または２０７に記載の方法。
【請求項２０９】
前記がん治療が、アジュバント治療を含む、請求項１から２０８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１０】
前記アジュバント治療が、ＴＬＲアゴニスト（例えば、ＣｐＧまたはポリＩ：Ｃ）、ＳＴＩＮＧアゴニスト、自然免疫の非特異的刺激、樹状細胞、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２、ＩＬ−７、Ｆｌｔ−３、または他のサイトカインの投与を含む、請求項２０９に記載の方法。
【請求項２１１】
前記がん治療が、腫瘍溶解性ウイルス治療を含む、請求項１から２１０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１２】
前記腫瘍溶解性ウイルス治療が、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を含む、請求項２１１に記載の方法。
【請求項２１３】
前記がん治療が、１つまたは複数の化学療法剤の投与を含む、請求項１から２１２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１４】
前記がん治療が、放射線照射を含む、請求項１から２１３までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１５】
前記がん治療が、外科的切除を含む、請求項１から２１４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１６】
前記がん治療が、細胞に基づく治療を含む、請求項１から２１５までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１７】
前記細胞に基づく治療が、樹状細胞、キメラ抗原受容体Ｔ（ＣＡＲ−Ｔ）細胞、Ｔ細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）、またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の投与を含む、請求項２１６に記載の方法。
【請求項２１８】
前記がん治療が、局所温熱療法または低温療法を含む、請求項１から２１７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１９】
前記がん治療が、１つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む、請求項１から２１８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２０】
前記抗腫瘍抗体が、二重特異性抗体を含む、請求項２１９に記載の方法。
【請求項２２１】
前記がん治療が、１つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む、請求項１から２２０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２２】
前記がん治療が、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む、請求項１から２２１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２３】
１つまたは複数の選択された抗原を用いて対象における免疫応答を誘導する方法であって、
ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、前記ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｂ）前記細菌細胞またはビーズを第１の対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、前記ＡＰＣが、前記細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、
ｃ）前記ＡＰＣを、前記第１の対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の刺激または阻害および／もしくは抑制に適した条件下で接触させるステップと、
ｄ）リンパ球を刺激する１つまたは複数の刺激性腫瘍抗原を同定し、リンパ球を刺激しない１つまたは複数の非刺激性腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを生成するステップと、
ｅ）前記対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップであって、前記標的応答プロファイルが、がん治療に臨床的に応答する第２の対象由来のものであり、前記標的応答プロファイルが、リンパ球を刺激する１つまたは複数の同定された刺激性腫瘍抗原を含み、かつ、リンパ球を刺激しない１つまたは複数の同定された非刺激性腫瘍抗原を含む、ステップと、
ｆ）１つまたは複数の抗原を選択するステップであって、前記１つまたは複数の抗原が前記対象応答プロファイルにおいて非刺激性であると同定され、同じ１つまたは複数の抗原が前記標的応答プロファイルにおいて刺激性であると同定される、ステップと、
ｇ）前記第１の対象に、前記選択された抗原の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップと
を含む方法。
【請求項２２４】
がん治療を前記対象に施行するステップをさらに含む、請求項２２３に記載の方法。
【請求項２２５】
前記対象応答プロファイルが、前記複数の腫瘍抗原に関連する前記１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、請求項２２３または２２４に記載の方法。
【請求項２２６】
請求項１から２２５までのいずれか一項に従って得られたまたは作成された標的応答プロファイルの１つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
【請求項２２７】
請求項１から２２５までのいずれか一項に従って選択された１つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物。
【請求項２２８】
（ｉ）１つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたはその免疫原性断片および（ｉｉ）ＳＭＡＤ４ポリペプチドまたはその免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
【請求項２２９】
前記１つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたは断片および前記ＳＭＡＤ４ポリペプチドまたは断片が、それぞれ８〜２９アミノ酸の長さである、請求項２２８に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３０】
前記ヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列を含む、請求項２２９または２２９に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３１】
前記ＳＭＡＤ４ポリペプチドが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、請求項２２８から２３０までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３２】
配列番号６、配列番号７、または配列番号８のアミノ酸の総数の約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％からなる１つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項２２８から２３１までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３３】
約１アミノ酸、約２アミノ酸、約３アミノ酸、約４アミノ酸、約５アミノ酸、約１０アミノ酸、約１５アミノ酸、約２０アミノ酸、約２５アミノ酸、約３０アミノ酸、約３５アミノ酸、約４０アミノ酸、約４５アミノ酸、約５０アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号６、配列番号７、または配列番号８からなる１つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項２２８から２３２までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３４】
前記１つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドが、配列番号６または配列番号７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２２８から２３３までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３５】
前記ＳＭＡＤ４ポリペプチドが、配列番号８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２２８から２３４までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３６】
ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム２ポリペプチドまたは免疫原性断片、およびＳＭＡＤ４ポリペプチドまたは免疫原性断片を含む免疫原性組成物。
【請求項２３７】
前記ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドまたは免疫原性断片、前記ヘパラナーゼアイソフォーム２ポリペプチドまたは免疫原性断片および前記ＳＭＡＤ４ポリペプチドまたは免疫原性断片が、それぞれ８〜２９アミノ酸の長さである、請求項２３６に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３８】
前記ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドが、配列番号１のアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム２ポリペプチドが、配列番号２のアミノ酸配列を含む、請求項２３６または２３７に記載の免疫原性組成物。
【請求項２３９】
前記ＳＭＡＤ４ポリペプチドが、配列番号３のアミノ酸配列を含む、請求項２３６から２３８までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４０】
配列番号６、配列番号７、または配列番号８のアミノ酸の総数の約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％からなる１つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項２３６から２３９までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４１】
約１アミノ酸、約２アミノ酸、約３アミノ酸、約４アミノ酸、約５アミノ酸、約１０アミノ酸、約１５アミノ酸、約２０アミノ酸、約２５アミノ酸、約３０アミノ酸、約３５アミノ酸、約４０アミノ酸、約４５アミノ酸、約５０アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号６、配列番号７、または配列番号８からなる１つまたは複数の免疫原性断片を含む、請求項２３６から２４０までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４２】
前記ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドが、配列番号６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含み、前記ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドが、配列番号７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２３６から２４１までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４３】
前記ＳＭＡＤ４ポリペプチドが、配列番号８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項２３６から２４２までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４４】
アジュバントをさらに含む、請求項２８８から２４２までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
【請求項２４５】
がんを処置する方法であって、対象に請求項２２８から２４４までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
【請求項２４６】
前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および／または１つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および／または１つまたは複数のがんの危険因子を示す、請求項２４５に記載の方法。
【請求項２４７】
前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、請求項２４５または２４６に記載の方法。
【請求項２４８】
対象における免疫応答を誘導する方法であって、対象に請求項２２８から２４４までのいずれか一項に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む方法。
【請求項２４９】
前記免疫応答が、１つまたは複数のリンパ球の活性化を含む、請求項２４８に記載の方法。
【請求項２５０】
前記１つまたは複数のリンパ球が、ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む、請求項２４９に記載の方法。
【請求項２５１】
前記１つまたは複数のリンパ球が、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む、請求項２４９または２５０に記載の方法。
【請求項２５２】
前記１つまたは複数のリンパ球が、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、またはＮＫ細胞を含む、請求項２４９から２５１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５３】
前記１つまたは複数のリンパ球が、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、およびＮＫ細胞の任意の組合せを含む、請求項２４９から２５２までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５４】
前記免疫応答が、対照と比べた１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大を含む、請求項２４８に記載の方法。
【請求項２５５】
リンパ球シグナル伝達分子が免疫メディエーターの中から選択される、請求項２５４に記載の方法。
【請求項２５６】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、サイトカインである、請求項２５４または２５５に記載の方法。
【請求項２５７】
前記１つまたは複数のサイトカインが、ＴＲＡＩＬ、ＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−２、ＴＮＦ−アルファ、ＭＩＰ１−アルファ、ＭＩＰ１−ベータ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＭＣＰ１、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ−１ベータ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＣＸＣＬ１１、ＩＬ−３、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３Ａ、ＩＬ−２４、ＩＬ−２７、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＴＧＦ−ベータ、ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＲＡＮＣＥ（ＲＡＮＫ  Ｌとしても公知）、ＭＩＰ３−アルファ、ＭＣＰ１、およびフラクタルカインから選択される、請求項２５５または２５６に記載の方法。
【請求項２５８】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、可溶性メディエーターである、請求項２５４または２５５に記載の方法。
【請求項２５９】
前記１つまたは複数の可溶性メディエーターが、グランザイムＡ、グランザイムＢ、ｓＦａｓ、ｓＦａｓＬ、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される、請求項２５５または２５８に記載の方法。
【請求項２６０】
前記１つまたは複数の免疫メディエーターが、細胞表面マーカーである、請求項２５４または２５５に記載の方法。
【請求項２６１】
前記１つまたは複数の細胞表面マーカーが、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ１５４（ＣＤ４０Ｌ）、ＫＬＲＧ−１、ＣＤ７１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１２２（ＩＬ−２ＲＢ）、ＣＤ２８、ＩＬ７Ｒａ（ＣＤ１２７）、ＣＤ３８、ＣＤ２６、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２）、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３（ＣＤ３６６）、ＣＤ３９、ＰＤ１（ＣＤ２７９）、ＦｏｘＰ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、およびＫＬＲＧ１から選択される、請求項２５５または２６０に記載の方法。
【請求項２６２】
１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、対照レベルよりも少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、または２００％高い、請求項２４８から２６１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６３】
対照レベルの平均よりも少なくとも１、２、または３標準偏差高い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、請求項２４８から２６１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６４】
対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルが、リンパ球活性化を示す、請求項２４８から２６１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６５】
前記免疫応答が、体液性応答および／または細胞応答を含む、請求項２４８に記載の方法。
【請求項２６６】
前記体液性応答が、応答の大きさの増大または抗原特異的免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）レベルおよび／または抗原特異的中和抗体レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、請求項２５４に記載の方法。
【請求項２６７】
前記体液性応答が、ＩｇＧ力価のベースラインから４倍またはそれよりも大きな上昇を含む、請求項２６５または２６６に記載の方法。
【請求項２６８】
前記体液性応答が、５０％中和抗体力価のベースラインから２倍またはそれよりも大きな上昇を含む、請求項２６５から２６７までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６９】
前記細胞応答が、グランザイムＢ（ＧｒＢ）の分泌を含む、請求項２６５から２６８までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７０】
前記細胞応答が、応答の大きさの増大またはグランザイムＢ（ＧｒＢ）レベルのベースラインからの倍の上昇を含む、請求項２６５から２６９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７１】
前記細胞応答が、Ｔ細胞のＩＦＮ−ガンマ分泌の増大を含む、請求項２６５から２７０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７２】
前記対象が、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および／または１つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および／または１つまたは複数のがんの危険因子を示す、請求項２４８から２７１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７３】
前記がんが、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである、請求項２７２に記載の方法。
【請求項２７４】
免疫原性組成物を製造するための方法であって、請求項１から２５５までに記載の方法によって同定された１つまたは複数の抗原と担体を組み合わせるステップを含む方法。
【請求項２７５】
前記抗原が、適切な宿主細胞において組換えＤＮＡ技術を使用して産生される、請求項２７４に記載の方法。
【請求項２７６】
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップを含む、請求項２７４または２７５に記載の方法。
【請求項２７７】
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造するための方法であって、
ａ．複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、
ｂ．標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記標的応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する（例えば、それと共に決定、測定、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
ｃ．対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、前記対象応答プロファイルが、前記複数の抗原に関連する（例えば、それと共に決定、測定、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、
ｄ．前記標的応答プロファイルと前記対象応答プロファイルを比較するステップと、
ｅ．前記比較に基づいて１つまたは複数の抗原を選択するステップと、
ｆ．前記１つまたは複数の選択された抗原を含む１つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
【請求項２７８】
前記選択するステップが、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／または抑制する１つまたは複数の抗原を選択することを含む、請求項２７７に記載の方法。
【請求項２７９】
前記複数の抗原性組成物が、溶液であるか、凍結乾燥されたものであるか、または合成マトリックス上にある、請求項２７７または２７８に記載の方法。
【請求項２８０】
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
請求項１から２２５までのいずれか一項に記載の方法によって同定された１つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
１つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記１つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
【請求項２８１】
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
請求項１から２２５までのいずれか一項に記載の方法によって同定された１つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
１つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記１つまたは複数の抗原またはその断片は、前記１つまたは複数の抗原が前記対象のリンパ球により、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小であることが示されているか否かに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
【請求項２８２】
それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、
請求項１から２２５までのいずれか一項に記載の方法によって同定された１つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
１つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、前記１つまたは複数の抗原またはその断片が、前記対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、
前記免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップと
を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１７年１１月８日に出願された米国仮出願第６２／５８３，２３３号、２０１７年４月１１日に出願された米国仮出願第６２／４８４，２５８号、および２０１７年３月２０日に出願された米国仮出願第６２／４７３，８９９号の利益を主張し、これらそれぞれの内容全体が、参照によって本明細書に援用される。
【背景技術】
【０００２】
がんは、異常な細胞の増殖を特徴とする。多くの処置は、高価であり、有痛性の外科手術および化学療法を含む。患者自身の免疫系を使用してがん性細胞を標的とするがん治療への関心が高まっているが、そのような治療では限られた成功しか得られていない。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００３】
本発明は、とりわけ、ヒトリンパ球に対する腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を同定する方法、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を選択する方法ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を含む組成物、そのような組成物を作出する方法、ならびに腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を使用する方法を特徴とする。本発明は、例えば、がん対象をがん治療の開始、継続、改変、および／または中止のために同定および／または選択するためにがん対象における免疫応答を評価する方法も特徴とする。
【０００４】
したがって、一態様では、本開示は、対象応答プロファイルを得るまたは生成する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）ライブラリーの細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害、および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む。
【０００５】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【０００６】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【０００７】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【０００８】
別の態様では、本開示は、標的応答プロファイルを得るまたは生成する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）ライブラリーの細菌細胞またはビーズを、がんに対する応答を示すまたは以前示した対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む。
【０００９】
一部の実施形態では、対象は、がんに対して少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答、例えば、１つまたは複数の正の臨床的エンドポイントを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する測定可能な毒性の応答または副作用がないことを含む。
【００１０】
一部の実施形態では、対象は、がんに対して少なくとも１つの有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した。一部の実施形態では、有害な応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答は、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、有害な応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）を含む。
【００１１】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルを得るために使用されるライブラリーは、対象応答プロファイルを得るために使用されるものと同じライブラリーである。
【００１２】
一部の実施形態では、方法は、追加的な対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）および／またはリンパ球を用いてステップａ）からｅ）を繰り返して、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを得るステップをさらに含む。
【００１３】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００１４】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００１５】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００１６】
別の態様では、本開示は、対象をがん治療の候補として同定する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、ｆ）対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較して、対象をがん治療の開始、継続、改変、中止または不開始の候補対象として選択するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００１７】
一部の実施形態では、方法は、ｇ）細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｈ）ＡＰＣを、標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｉ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｊ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００１８】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む。
【００１９】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む。
【００２０】
一部の実施形態では、方法は、がん治療またはがん治療の組合せの開始の候補対象を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象をがん治療またはがん治療の組合せの継続のために選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ｉ）対象応答プロファイルが、がん治療もしくは組合せに対する１つもしくは複数の有益な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および／または（ｉｉ）対象応答プロファイルが、がん治療もしくは組合せに対する１つもしくは複数の有害な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、対象を候補対象として選択するステップを含む。一部の実施形態では、方法は、がん治療またはがん治療の組合せを候補対象に施行するステップをさらに含む。
【００２１】
一部の実施形態では、方法は、候補対象を、がん治療の改変のために選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象を、がん治療の中止または不開始のために選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、（ｉ）対象応答プロファイルが、がん治療に対する１つもしくは複数の有害な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似している場合、および／または（ｉｉ）対象応答プロファイルが、がん治療に対する１つもしくは複数の有益な応答を示すもしくは以前示した標的対象由来の標的応答プロファイルと類似していない場合、対象をがん治療の改変、中止、および／または不開始の候補対象として選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象に施行するがん治療を改変するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、候補対象に対するがん治療を中止するまたは開始しないステップをさらに含む。
【００２２】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００２３】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００２４】
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害、および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、ｆ）対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、ｇ）比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００２５】
一部の実施形態では、方法は、ｈ）細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｉ）ＡＰＣを、標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｊ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｋ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００２６】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する１つまたは複数の有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば、所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたる、がんの再燃、再発、および／または転移を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）がないことを含む。
【００２７】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する１つまたは複数の有害な応答または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む。
【００２８】
一部の実施形態では、方法は、（ｉ）がんに対する有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００２９】
一部の実施形態では、方法は、（ｉ）がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００３０】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００３１】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００３２】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇またはレベルの低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、ｆ）対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、ｇ）比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｈ）対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００３３】
一部の実施形態では、方法は、ｉ）細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｊ）ＡＰＣを、標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｋ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｌ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００３４】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む。
【００３５】
一部の実施形態では、方法は、（ｉ）がんに対する１つまたは複数の有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉ）がんに対する１つもしくは複数の有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択し、対象に投与するステップをさらに含む。
【００３６】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００３７】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００３８】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００３９】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るまたは生成するステップと、ｆ）対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップと、ｇ）比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｈ）対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップとを含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００４０】
一部の実施形態では、方法は、ｉ）細菌細胞またはビーズを標的対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｊ）ＡＰＣを、標的対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｋ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｌ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、標的応答プロファイルを得るまたは生成するステップとを含む方法によって標的応答プロファイルを生成するステップをさらに含む。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００４１】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む。
【００４２】
一部の実施形態では、方法は、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。
【００４３】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００４４】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００４５】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００４６】
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原を選択し、および／または、がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
【００４７】
一部の実施形態では、方法は、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
【００４８】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む。
【００４９】
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。
【００５０】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００５１】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００５２】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００５３】
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるかどうかを、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
【００５４】
一部の実施形態では、方法は、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
【００５５】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む。
【００５６】
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。
【００５７】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００５８】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００５９】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００６０】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｇ）対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
【００６１】
一部の実施形態では、方法は、免疫原性組成物を投与するステップの前に、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
【００６２】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する少なくとも１つの有益な応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんに対する自然応答を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がんのクリアランス、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスに関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、例えば所定の期間（例えば、少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、または少なくとも１カ月、２カ月、３カ月、４カ月、５カ月、６カ月、７カ月、８カ月、９カ月、１０カ月、１１カ月、１２カ月、または少なくとも１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年）にわたって、がんの再燃、再発、および／または転移がないことを含む。一部の実施形態では、有益な応答は、正のがん予後を含む。一部の実施形態では、有益な応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答または副作用）がないことを含む。
【００６３】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００６４】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００６５】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００６６】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを得るステップと、ｆ）対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、ｇ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｈ）対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
【００６７】
一部の実施形態では、方法は、対象応答プロファイルを標的応答プロファイル、例えば、本明細書に記載の方法を使用して生成された標的応答プロファイルと比較するステップと、比較に基づいて１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとをさらに含む。
【００６８】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、がんに対する１つまたは複数の有害な応答および／または有益でない応答を示すまたは以前示した１または複数の標的対象に由来する。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答および／または応答不全を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんのクリアランスの欠如、例えば、あるレベルの、がんのクリアランスの欠如に関連する１つまたは複数の臨床的尺度を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がんの再燃、再発、および／または転移の少なくとも１つを含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、負のがん予後を含む。一部の実施形態では、有害な応答および／または有益でない応答は、がん治療または治療の組合せに対する１つまたは複数の毒性の応答および／または副作用（例えば、１つまたは複数の測定可能な毒性の応答および／または副作用）を含む。
【００６９】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００７０】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００７１】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００７２】
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を同定する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップとを含む。
【００７３】
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを提供するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
【００７４】
一部の実施形態では、方法は、同定されたポリペプチドの中から、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを選択するステップをさらに含む。
【００７５】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００７６】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００７７】
別の態様では、本開示は、潜在的な腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制する１つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、ｆ）同定されたポリペプチドの中から、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを選択するステップとを含む。
【００７８】
一部の実施形態では、方法は、ＡＰＣへの曝露の１つまたは複数の前のラウンドを受けた対象由来のリンパ球を用いて、ステップｂ）からｅ）まで、またはステップｃ）からｅ）を繰り返すステップをさらに含む。
【００７９】
一部の実施形態では、方法は、同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップをさらに含む。
【００８０】
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された腫瘍抗原または選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された腫瘍抗原および選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数の組合せを含む免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００８１】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００８２】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００８３】
別の態様では、本開示は、腫瘍抗原を選択する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制する１つまたは複数のポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップとを含む。
【００８４】
一部の実施形態では、方法は、対象に、選択された腫瘍抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップをさらに含む。一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００８５】
一部の実施形態では、ＡＰＣは対象から単離されたヒトＡＰＣである；および／または、細菌細胞は細胞溶解素ポリペプチドをさらに含む；および／または、細胞溶解素ポリペプチドはリステリオリジンＯ（ＬＬＯ）である；および／または、ＡＰＣをアレイで提供する；および／または、アレイの各位置にあるＡＰＣを、各セットが異なる腫瘍抗原を含む細菌細胞のセットと接触させる；および／または、ＡＰＣおよびリンパ球は、末梢血から単離されたものである；および／または、ＡＰＣは不死化細胞を含む；および／または、リンパ球はがんもしくは腫瘍に由来するものである。
【００８６】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在する突然変異、スプライスバリアント、もしくは転座をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に存在するウイルスもしくは他の感染因子によってコードされる全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドを含む；および／または、腫瘍抗原は、がんもしくは腫瘍に関連する自己抗原をコードする全長ポリペプチドの断片であるポリペプチドを含む。
【００８７】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｇ）対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
【００８８】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、ｆ）同定されたポリペプチドの中から、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを選択するステップと、ｇ）対象に、選択されたポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
【００８９】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定するステップであって、刺激、阻害および／または抑制により、ポリペプチドが腫瘍抗原であることが示される、ステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原およびポリペプチドから、（ｉ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチド、（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｇ）対象に、選択された腫瘍抗原およびポリペプチドまたはその免疫原性断片の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
【００９０】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００９１】
別の態様では、本開示は、対象における免疫応答を誘導する方法を特徴とする。一部の実施形態では、方法は、ａ）細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、対象のがんまたは腫瘍細胞において発現される１つまたは複数の突然変異、スプライスバリアント、または転座を含む異なる異種ポリペプチドを含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示されるポリペプチドによるリンパ球の活性化に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドによって活性化されるのか、または１つまたは複数のＡＰＣによって提示される１つまたは複数のポリペプチドに対して応答性ではないのかを、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベル（例えば、対照と比べたレベルの上昇または低下）を評価する（例えば、検出または測定する）ことによって決定するステップと、ｅ）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数のポリペプチドを同定し、刺激、阻害および／または抑制するポリペプチドを腫瘍抗原として同定するステップと、ｆ）同定された腫瘍抗原の中から、（ｉ）がんに対する少なくとも１つの有害な応答および／または有益でない応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の腫瘍抗原、および／または（ｉｉ）がんに対する少なくとも１つの有益な応答に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の腫瘍抗原を選択するステップと、ｇ）対象に、選択された抗原またはその免疫原性断片の１つまたは複数を含まない免疫原性組成物を投与するステップとを含む。
【００９２】
一部の実施形態では、方法は、対象に、がん治療または治療の組合せを施行するステップをさらに含む。
【００９３】
本明細書に記載の態様のいずれかでは、複数の腫瘍抗原は、少なくとも１種、３種、５種、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、５０種、１００種、１５０種、２５０種、５００種、７５０種、１０００種もしくはそれよりも多くの異なる腫瘍抗原、またはその一部分を含む；および／または、１つまたは複数のリンパ球は、１つまたは複数の腫瘍抗原によって活性化されるのか、または１つまたは複数の腫瘍抗原に対して応答性ではないのかを決定するステップは、１つまたは複数の免疫メディエーターのレベルを測定することを含む；および／または、１つまたは複数の免疫メディエーターが、リンパ球によって発現されるサイトカイン、可溶性メディエーター、および細胞表面マーカーからなる群から選択される；および／または、１つまたは複数の免疫メディエーターは、サイトカインである；および／または、１つまたは複数のサイトカインは、ＴＲＡＩＬ、ＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−２、ＴＮＦ−アルファ、ＭＩＰ１−アルファ、ＭＩＰ１−ベータ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＭＣＰ１、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ−１ベータ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＣＸＣＬ１１、ＩＬ−３、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３Ａ、ＩＬ−２４、ＩＬ−２７、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＴＧＦ−ベータ、ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＲＡＮＣＥ（ＲＡＮＫ  Ｌとしても公知）、ＭＩＰ３−アルファ、およびフラクタルカインからなる群から選択される；および／または、１つまたは複数の免疫メディエーターは、可溶性メディエーターである；および／または、１つまたは複数の可溶性メディエーターは、グランザイムＡ、グランザイムＢ、ｓＦａｓ、ｓＦａｓＬ、パーフォリン、およびグラニュライシンからなる群から選択される；および／または、１つまたは複数の免疫メディエーターは、細胞表面マーカーである；および／または、１つまたは複数の細胞表面マーカーは、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ１５４（ＣＤ４０Ｌ）、ＫＬＲＧ−１、ＣＤ７１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１２２（ＩＬ−２ＲＢ）、ＣＤ２８、ＩＬ７Ｒａ（ＣＤ１２７）、ＣＤ３８、ＣＤ２６、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２）、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３（ＣＤ３６６）、ＣＤ３９、ＰＤ１（ＣＤ２７９）、ＦｏｘＰ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、およびＫＬＲＧ１からなる群から選択される；および／または、リンパ球は、ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む；および／または、リンパ球は、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む；および／または、リンパ球は、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、またはＮＫ細胞を含む；および／または、リンパ球は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、およびＮＫ細胞の任意の組合せを含む；および／または、リンパ球活性化は、対照レベルよりも少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、または２００％高いまたは低い、１つまたは複���の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される；および／または、リンパ球活性化は、対照レベルの平均よりも少なくとも１、２、または３標準偏差高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される；および／または、リンパ球活性化は、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される；および／または、リンパ球非応答性は、対照レベルの５％、１０％、１５％、または２０％以内である、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される；および／または、リンパ球非応答性は、対照レベルの平均よりも１標準偏差未満または２標準偏差未満高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される；および／または、リンパ球非応答性は、対照に対する応答レベル中央値よりも１中央絶対偏差（ＭＡＤ）未満または２中央絶対偏差（ＭＡＤ）未満高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルを評価することにより決定される；および／または、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む；および／または、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む；および／または、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む；および／または、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む；および／または、標的応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む；および／または、標的応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む；および／または、標的応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原を含む；および／または、標的応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である１つまたは複数の異なる腫瘍抗原の組合せを含む；および／���たは、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを上昇させる異なる腫瘍抗原の平均数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象由来の１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルを阻害および／または抑制する異なる腫瘍抗原の平均数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象由来の、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の平均数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小である異なる腫瘍抗原の組合せを含む；および／または、対象応答プロファイルの腫瘍抗原の数が、標的応答プロファイルの抗原の数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、または１０以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している；および／または、対象応答プロファイルは、活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される複数のサイトカインのそれぞれに対する異なる腫瘍抗原の数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の平均数を含む；および／または、標的応答プロファイルは、がん治療に臨床的に応答する対象の集団由来の、またはがん治療に臨床的に応答することができない対象の集団由来の活性化リンパ球および／または非応答性リンパ球によって発現および／または分泌される、対応する複数のサイトカインのそれぞれに対する抗原の組合せを含む；および／または、対象応答プロファイルの複数のサイトカインのうちの少なくとも２つに対する腫瘍抗原の数が、標的応答プロファイルの対応する複数のサイトカインに対する抗原の数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、または１０以下異なる場合、対象応答プロファイルが標的応答プロファイルと類似している；および／または、対象は、がん治療���対する臨床的応答性の尺度または指標の少なくとも１つを示す；および／または、対象は、がん治療に対する臨床的応答不全の尺度または指標の少なくとも１つを示す；および／または、がん治療は、免疫チェックポイント遮断治療を含む；および／または、免疫チェックポイント遮断治療は、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、イピリムマブ、アテゾリズマブ、アベルマブ、デュルバルマブ、トレメリムマブ、またはセミプリマブの投与を含む；および／または、免疫チェックポイント遮断治療は、２つまたはそれよりも多くの免疫チェックポイント阻害剤の投与を含む；および／または、がん治療は、免疫抑制遮断治療を含む；および／または、免疫抑制遮断治療は、Ｖｉｓｔａ（Ｂ７−Ｈ５、Ｔ細胞活性化のｖ−ドメインＩｇサプレッサー）阻害剤、Ｌａｇ−３（リンパ球活性化遺伝子３、ＣＤ２２３）阻害剤、ＩＤＯ（インドールアミン（indolemamine）−ピロール−２，３−ジオキシゲナーゼ（2,3,-dioxygenase）−１，２）阻害剤、またはＫＩＲ受容体ファミリー（キラー細胞免疫グロブリン様受容体）阻害剤、ＣＤ４７阻害剤、またはＴｉｇｉｔ（ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体）阻害剤の投与を含む；および／または、免疫抑制遮断治療は、２つまたはそれよりも多くの免疫抑制阻害剤の投与を含む；および／または、がん治療は、免疫活性化治療を含む；および／または、免疫活性化治療は、ＣＤ４０アゴニスト、ＧＩＴＲ（グルココルチコイド誘導性ＴＮＦ−Ｒ関連タンパク質、ＣＤ３５７）アゴニスト、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）アゴニスト、４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）アゴニスト、ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ細胞刺激物質、ＣＤ２７８）アゴニスト、ＩＬ−２（インターロイキン２）アゴニスト、またはインターフェロンアゴニストの投与を含む；および／または、免疫活性化は、２つまたはそれよりも多くの免疫活性化因子の投与を含む；および／または、がん治療は、アジュバント治療を含む；および／または、アジュバント治療は、ＴＬＲアゴニスト（例えば、ＣｐＧまたはポリＩ：Ｃ）、ＳＴＩＮＧアゴニスト、自然免疫の非特異的刺激、樹状細胞、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−１２、ＩＬ−７、Ｆｌｔ−３、または他のサイトカインの投与を含む；および／または、がん治療は、腫瘍溶解性ウイルス治療を含む；および／または、腫瘍溶解性ウイルス治療は、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を含む；および／または、がん
治療は、１つまたは複数の化学療法剤の投与を含む；および／または、がん治療は、放射線照射を含む；および／または、がん治療は、外科的切除を含む；および／または、がん治療は、細胞に基づく治療を含む；および／または、細胞に基づく治療は、樹状細胞、キメラ抗原受容体Ｔ（ＣＡＲ−Ｔ）細胞、Ｔ細胞受容体形質導入細胞、腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）、またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞の投与を含む；および／または、がん治療は、局所温熱療法または低温療法を含む；および／または、がん治療は、１つまたは複数の抗腫瘍抗体の投与を含む；および／または、抗腫瘍抗体は、二重特異性抗体を含む；および／または、がん治療は、１つまたは複数の抗血管新生剤の投与を含む；および／または、がん治療は、免疫チェックポイント遮断による治療、免疫抑制遮断による治療、免疫活性化による治療、アジュバント治療、腫瘍溶解性ウイルスによる治療、化学療法薬による治療、放射線照射による治療、外科的治療、細胞に基づく治療、温熱療法による治療、低温療法による治療、抗腫瘍抗体による治療、および抗血管新生治療の任意の組合せを含む。
【００９４】
別の態様では、本開示は、１つまたは複数の選択された抗原を用いて対象における免疫応答を誘導する方法であって、ａ）複数の腫瘍抗原を含む細菌細胞またはビーズを含むライブラリーを得る、提供する、または生成するステップであって、ライブラリーの各細菌細胞またはビーズが、異なる腫瘍抗原を含む、ステップと、ｂ）細菌細胞またはビーズを第１の対象由来の抗原提示細胞（ＡＰＣ）と接触させるステップであって、ＡＰＣが、細菌細胞またはビーズを内部に取り込む、ステップと、ｃ）ＡＰＣを、第１の対象由来のリンパ球と、１つまたは複数のＡＰＣによって提示される腫瘍抗原によるリンパ球の刺激または阻害および／もしくは抑制に適した条件下で接触させるステップと、ｄ）リンパ球を刺激する１つまたは複数の刺激性腫瘍抗原を同定し、リンパ球を刺激しない１つまたは複数の非刺激性腫瘍抗原を同定して、対象応答プロファイルを生成するステップと、ｅ）対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するステップであって、標的応答プロファイルが、がん治療に臨床的に応答する第２の対象由来のものであり、標的応答プロファイルは、リンパ球を刺激する１つまたは複数の同定された刺激性腫瘍抗原を含み、かつ、リンパ球を刺激しない１つまたは複数の同定された非刺激性腫瘍抗原を含む、ステップと、ｆ）１つまたは複数の抗原を選択するステップであって、１つまたは複数の抗原が対象応答プロファイルにおいて非刺激性であると同定され、同じ１つまたは複数の抗原が標的応答プロファイルにおいて刺激性であると同定される、ステップと、ｇ）第１の対象に、選択された抗原の１つまたは複数を含む免疫原性組成物を投与するステップとを含む方法を特徴とする。
【００９５】
一部の実施形態では、方法は、がん治療を対象に施行するステップをさらに含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、複数の腫瘍抗原に関連する１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む。
【００９６】
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の方法のいずれかに従って得られたまたは生成された標的応答プロファイルの１つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物を特徴とする。
【００９７】
別の態様では、本開示は、本明細書に記載の方法のいずれかに従って選択された１つまたは複数の抗原を含む本発明の免疫原性組成物を特徴とする。
【００９８】
別の態様では、本開示は、（ｉ）１つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたはその免疫原性断片および（ｉｉ）ＳＭＡＤ４ポリペプチドまたはその免疫原性断片を含む免疫原性組成物を特徴とする。
【００９９】
一部の実施形態では、１つまたは複数のヘパラナーゼポリペプチドまたは断片およびＳＭＡＤ４ポリペプチドまたは断片は、それぞれ８〜２９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、ヘパラナーゼポリペプチドは、配列番号６または配列番号７のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＳＭＡＤ４ポリペプチドは、配列番号８のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫原性断片は、配列番号６、配列番号７、または配列番号８のアミノ酸の総数の約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％からなる。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫原性断片は、約１アミノ酸、約２アミノ酸、約３アミノ酸、約４アミノ酸、約５アミノ酸、約１０アミノ酸、約１５アミノ酸、約２０アミノ酸、約２５アミノ酸、約３０アミノ酸、約３５アミノ酸、約４０アミノ酸、約４５アミノ酸、約５０アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号６、配列番号７、または配列番号８からなる。一部の実施形態では、１つまたは複数のヘパラナーゼ（heparanse）ポリペプチドは、配列番号６または配列番号７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＳＭＡＤ４ポリペプチドは、配列番号８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。
【０１００】
別の態様では、本開示は、ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム２ポリペプチドまたは免疫原性断片、およびＳＭＡＤ４ポリペプチドまたは免疫原性断片を含む免疫原性組成物を特徴とする。
【０１０１】
一部の実施形態では、ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドまたは免疫原性断片、ヘパラナーゼアイソフォーム２ポリペプチドまたは免疫原性断片およびＳＭＡＤ４ポリペプチドまたは免疫原性断片は、それぞれ８〜２９アミノ酸の長さである。一部の実施形態では、ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドは、配列番号１のアミノ酸配列を含み、ヘパラナーゼアイソフォーム２ポリペプチドは、配列番号２のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＳＭＡＤ４ポリペプチドは、配列番号３のアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫原性断片は、配列番号６、配列番号７、または配列番号８のアミノ酸の総数の約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％からなる。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫原性断片は、約１アミノ酸、約２アミノ酸、約３アミノ酸、約４アミノ酸、約５アミノ酸、約１０アミノ酸、約１５アミノ酸、約２０アミノ酸、約２５アミノ酸、約３０アミノ酸、約３５アミノ酸、約４０アミノ酸、約４５アミノ酸、約５０アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸を欠く配列番号６、配列番号７、または配列番号８からなる。一部の実施形態では、ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドは、配列番号６と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含み、ヘパラナーゼアイソフォーム１ポリペプチドは、配列番号７と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、ＳＭＡＤ４ポリペプチドは、配列番号８と少なくとも８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、組成物は、アジュバントをさらに含む。
【０１０２】
本発明の別の態様では、がんを処置する方法は、対象に本明細書に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む。一部の実施形態では、対象は、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および／または１つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および／または１つまたは複数のがんの危険因子を示す。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである。
【０１０３】
本発明の別の態様では、対象における免疫応答を誘導する方法は、対象に本明細書に記載の免疫原性組成物を投与するステップを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、１つまたは複数のリンパ球の活性化を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のリンパ球は、ＣＤ４＋Ｔ細胞を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のリンパ球は、ＣＤ８＋Ｔ細胞を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のリンパ球は、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、またはＮＫ細胞を含む。一部の実施形態では、１つまたは複数のリンパ球は、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＣＤ８＋Ｔ細胞、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、およびＮＫ細胞の任意の組合せを含む。一部の実施形態では、免疫応答は、対照と比べた１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大を含む。一部の実施形態では、リンパ球シグナル伝達分子は免疫メディエーターの中から選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫メディエーターは、サイトカインである。一部の実施形態では、１つまたは複数のサイトカインは、ＴＲＡＩＬ、ＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−２、ＴＮＦ−アルファ、ＭＩＰ１−アルファ、ＭＩＰ１−ベータ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＭＣＰ１、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ−１ベータ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＣＸＣＬ１１、ＩＬ−３、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３Ａ、ＩＬ−２４、ＩＬ−２７、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＴＧＦ−ベータ、ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＲＡＮＣＥ（ＲＡＮＫ  Ｌとしても公知）、ＭＩＰ３−アルファ、ＭＣＰ１、およびフラクタルカインから選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫メディエーターは、可溶性メディエーターである。一部の実施形態では、１つまたは複数の可溶性メディエーターは、グランザイムＡ、グランザイムＢ、ｓＦａｓ、ｓＦａｓＬ、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の免疫メディエーターは、細胞表面マーカーである。一部の実施形態では、１つまたは複数の細胞表面マーカーは、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ１５４（ＣＤ４０Ｌ）、ＫＬＲＧ−１、ＣＤ７１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１２２（ＩＬ−２ＲＢ）、ＣＤ２８、ＩＬ７Ｒａ（ＣＤ１２７）、ＣＤ３８、ＣＤ２６、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２）、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３（ＣＤ３６６）、ＣＤ３９、ＰＤ１（ＣＤ２７９）、ＦｏｘＰ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、およびＫＬＲＧ１から選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルは、対照レベルよりも少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、または２００％高い。一部の実施形態では、対照レベルの平均よりも少なくとも１、２、または３標準偏差高い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルは���リンパ球活性化を示す。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌された免疫メディエーターのレベルは、リンパ球活性化を示す。一部の実施形態では、免疫応答は、体液性応答および／または細胞応答を含む。一部の実施形態では、体液性応答は、応答の大きさの増大または抗原特異的免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）レベルおよび／または抗原特異的中和抗体レベルのベースラインからの倍の上昇を含む。一部の実施形態では、体液性応答は、ＩｇＧ力価のベースラインから４倍またはそれよりも大きな上昇を含む。一部の実施形態では、体液性応答は、５０％中和抗体力価のベースラインから２倍またはそれよりも大きな上昇を含む。一部の実施形態では、細胞応答は、グランザイムＢ（ＧｒＢ）の分泌を含む。一部の実施形態では、細胞応答は、応答の大きさの増大またはグランザイムＢ（ＧｒＢ）レベルのベースラインからの倍の上昇を含む。一部の実施形態では、細胞応答は、Ｔ細胞のＩＦＮ−ガンマ分泌の増大を含む。一部の実施形態では、対象は、がんを有するかもしくはがんのリスクがあり、および／または１つまたは複数のがんの徴候または症状を示し、および／または１つまたは複数のがんの危険因子を示す。一部の実施形態では、がんは、結腸直腸がん、黒色腫、または肺がんである。
【０１０４】
別の態様では、本開示は、免疫原性組成物を製造するための方法であって、本明細書に記載の任意の方法によって同定された１つまたは複数の抗原と担体を組み合わせるステップを含む方法を特徴とする。
【０１０５】
一部の実施形態では、抗原は、適切な宿主細胞において組換えＤＮＡ技術を使用して産生される。一部の実施形態では、方法は、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップを含む。
【０１０６】
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造するための方法であって、ａ．複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、ｂ．標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、標的応答プロファイルが、複数の抗原に関連する（例えば、それと共に決定、測定、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、ｃ．対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、対象応答プロファイルが、複数の抗原に関連する（例えば、それと共に決定、測定、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、ｄ．標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較するステップと、ｅ．比較に基づいて１つまたは複数の抗原を選択するステップと、ｆ．１つまたは複数の選択された抗原を含む１つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
【０１０７】
一部の実施形態では、選択するステップは、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／または抑制する１つまたは複数の抗原を選択することを含む。一部の実施形態では、複数の抗原性組成物は、溶液の状態であるか、凍結乾燥されたものであるか、または合成マトリックス上にある。
【０１０８】
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、本明細書に記載の方法のいずれかによって同定された１つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、１つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、１つまたは複数の抗原またはその断片が、対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
【０１０９】
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、本明細書に記載の任意の方法によって同定された１つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、１つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、１つまたは複数の抗原またはその断片は、１つまたは複数の抗原が、対象のリンパ球により、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を、刺激、阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルに対する影響が最小であることが示されているか否かに従って選択される、ステップと、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
【０１１０】
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、本明細書に記載の任意の方法によって同定された１つまたは複数の抗原またはその断片を調製するステップと、
【０１１１】
１つまたは複数の抗原またはその断片を組み合わせるステップであって、１つまたは複数の抗原またはその断片が、対象の応答プロファイルに従って選択される、ステップと、免疫原性組成物を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を特徴とする。
【０１１２】
本明細書に記載の本教示は、以下の種々の例示的な実施形態の説明を付属図と共に読めばより詳細に理解されよう。下記の図は単に例証するためのものであり、本教示の範囲を決して限定しないことが理解されるべきである。
【図面の簡単な説明】
【０１１３】
【図１】図１は、免疫チェックポイント遮断治療を受けた代表的な黒色腫患者由来のＴ細胞によって上清中に分泌されたＩＦＮγを示すグラフである。Ｔ細胞を、種々の腫瘍関連抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞と共培養した。
【０１１４】
【図２】図２は、免疫チェックポイント遮断治療に対して非応答者であった黒色腫患者または応答者であった黒色腫患者由来のＣＤ４＋Ｔ細胞による上清中へのサイトカイン分泌を刺激したＴ細胞抗原の数を示すグラフである。Ｔ細胞を、種々の腫瘍関連抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞と共培養した。
【０１１５】
【図３】図３は、免疫チェックポイント遮断治療に対して非応答者であった黒色腫患者または応答者であった黒色腫患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞による上清中へのサイトカイン分泌を刺激したＴ細胞抗原の数を示すグラフである。Ｔ細胞を、種々の腫瘍関連抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞と共培養した。
【０１１６】
【図４】図４は、推定上の新抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞による刺激後の代表的なＮＳＣＬＣ患者由来のＴ細胞によって分泌されるサイトカインについての反復測定間の良好なアラインメントを示す散布図である。
【０１１７】
【図５】図５は、チェックポイント遮断治療前およびチェックポイント遮断治療後に採取された代表的なＮＳＣＬＣ患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞からの、推定上の新抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞との共培養後のＩＦＮγおよびＴＮＦα分泌についての結果を示すグラフである。
【０１１８】
【図６】図６は、チェックポイント遮断治療前およびチェックポイント遮断治療後に採取された代表的なＮＳＣＬＣ患者由来のＣＤ４＋Ｔ細胞からの、推定上の新抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞との共培養後のＩＦＮγおよびＴＮＦα分泌についての結果を示すグラフである。
【０１１９】
【図７】図７は、本開示の方法およびエピトープ予測アルゴリズムを使用して同定された代表的なＮＳＣＬＣ患者由来のＣＤ８＋特異的Ｔ細胞新抗原間の限定された重複を示すベン図である。
【０１２０】
【図８】図８は、エピトープ予測では偽陽性率が高く、関連性のある抗原が見落とされ、抑制性および／または阻害性新抗原を同定することができなかったことを示す概略図である。
【０１２１】
【図９】図９は、代表的な結腸直腸がんの患者由来のＴ細胞によって上清中に分泌されたＩＦＮγおよびＴＮＦ−αを示すグラフである。Ｔ細胞を、種々の腫瘍関連抗原を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした自己由来抗原提示細胞と共培養した。ＮＧ＝ｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎ。
【０１２２】
【図１０】図１０は、陰性対照応答平均値の３標準偏差を超えるＩＦＮγ分泌によって測定される、各ＴＡＡに応答した結腸直腸がん患者のパーセンテージを示すグラフである。
【０１２３】
【図１１】図１１は、患者に独特の３１種の突然変異を発現するＥ．ｃｏｌｉを用いてパルスした抗原提示細胞と共培養した後の、結腸直腸癌の患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞からのＩＦＮγおよびＴＮＦ−α分泌についての結果を示すグラフである。
【０１２４】
【図１２】図１２Ａおよび１２Ｂは、ＡＴＬＡＳおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたＣＤ８＋特異的Ｔ細胞新抗原間の限定された重複を表すベン図である。図１２Ａは、突然変異体ペプチド（新抗原）には５００ｎＭを下回ると推定される結合親和性を有したが、その野生型対応物に対してはそれを有さず、また、ＩＥＤＢパーセンタイル順位が突然変異体ペプチドについては≦１であったが野生型については≦１でないことが予測されたエピトープを表す。図１２Ｂは、野生型対応物予測とは無関係に、結合親和性が５００ｎＭを下回る、またはＩＥＤＢパーセンタイル順位が≦１であることが予測されたエピトープを表す。
【０１２５】
【図１３】図１３Ａおよび１３Ｂは、ＡＴＬＡＳおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたＣＤ８＋特異的Ｔ細胞阻害性および／または抑制性新抗原間の限定された重複を表すベン図である。図１３Ａは、突然変異体ペプチド（新抗原）には５００ｎＭを下回ると推定される結合親和性を有したが、その野生型対応物に対してはそれを有さず、また、ＩＥＤＢパーセンタイル順位が突然変異体ペプチドについては≦１であったが野生型については≦１でないことが予測されたエピトープを表す。図１３Ｂは、野生型対応物予測とは無関係に、結合親和性が５００ｎＭを下回る、またはＩＥＤＢパーセンタイル順位が≦１であることが予測されたエピトープを表す。
【０１２６】
【図１４】図１４は、推定上の抗原に対する想起応答についてのインジケーターとしてＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γ分泌を使用した、疾患の全てのステージのＣＲＣ患者にわたる、２５種のＣＲＣ関連ＴＡＡに対する応答プロファイルを示すグラフである。
【０１２７】
【図１５Ａ】図１５Ａおよび１５Ｂは、３種の新規のＡＴＬＡＳにより同定されたＴＡＡに対するＴ細胞刺激性応答が治療用ワクチンとして臨床開発中であるまたは臨床開発中であった３種のＴＡＡと比較して高頻度であることを示すグラフである。
【図１５Ｂ】図１５Ａおよび１５Ｂは、３種の新規のＡＴＬＡＳにより同定されたＴＡＡに対するＴ細胞刺激性応答が治療用ワクチンとして臨床開発中であるまたは臨床開発中であった３種のＴＡＡと比較して高頻度であることを示すグラフである。
【０１２８】
【図１６】図１６は、早期または後期疾患を有し、ＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γサイトカイン放出を有するＣＲＣ患者由来のＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットおよびＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットの両方についての４種の選択されたＴＡＡに対する刺激性応答率を示すグラフである。
【０１２９】
【図１７】図１７は、ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットおよびＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットについて、ならびにＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γ放出についての、健康な個体および種々の病態（ポリープまたはＣＲＣ）を有するドナーにおける４種の選択されたＴＡＡに応答して放出された、正規化されたサイトカイン濃度を示すグラフである。
【０１３０】
【図１８】図１８は、プロファイルされたＴＡＡに対するＴ細胞応答の例示的な経験的決定を示すグラフである。単一の肺がん患者についての例示的なデータが示されている。Ｔ細胞応答は、ＭＳＤ標準曲線から推定され、陰性対照タンパク質に対する患者の応答に対して正規化された自然対数濃度として報告される。
【０１３１】
【図１９】図１９は、以前に記載されたＴＡＡ（ＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＵＣ１、およびＭＡＧＥＡ３）と比較した、２種の新規ＴＡＡに対する高頻度のＣＤ４＋Ｔ細胞応答を示すグラフである。各点は、陰性対照タンパク質に対する患者の応答に対して正規化された、そのＴＡＡに対する患者の応答を表す。刺激性応答は黒色である。
【０１３２】
【図２０】図２０は、肺がん患者由来の広範囲のＴＡＡに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示すグラフである。
【０１３３】
【図２１】図２１は、肺がん患者にわたって最も多くプロファイルされたＴＡＡに関して検出された阻害性および／または抑制性Ｔ細胞応答を示すグラフである。
【０１３４】
【図２２】図２２は、患者に特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答を同定するＡＴＬＡＳを用いた新抗原スクリーニングを示すグラフである。各ドットは、技術的反復を表す。水平の点線は、それぞれ＋３および−３中央絶対偏差（ＭＡＤ）の、刺激性新抗原ならびに阻害性および／または抑制性新抗原を定義するために使用したカットオフを示す。
【０１３５】
【図２３Ａ−Ｂ】図２３Ａ、２３Ｂ、２３Ｃ、および２３Ｄは、ＭＨＣクラスＩ結合のアルゴリズム予測ではＣＤ８＋Ｔ細胞応答または応答の型が正確に予測されないことを示す図である。図２３Ａおよび２３Ｃは、アルゴリズムによって予測された新抗原およびＡＴＬＡＳにおいて観察された新抗原の総数および重複を示す。図２３Ｂおよび２３Ｄは、強い結合（＜１５０ｎＭ）、弱い結合（＜５００ｎＭ）、または結合せず（≧５００ｎＭ）の予測の内訳を示す。結合予測群にわたってＣＤ８＋Ｔ細胞における刺激性応答または阻害性および／もしくは抑制性応答のいずれの濃縮もなかった。
【図２３Ｃ−Ｄ】図２３Ａ、２３Ｂ、２３Ｃ、および２３Ｄは、ＭＨＣクラスＩ結合のアルゴリズム予測ではＣＤ８＋Ｔ細胞応答または応答の型が正確に予測されないことを示す図である。図２３Ａおよび２３Ｃは、アルゴリズムによって予測された新抗原およびＡＴＬＡＳにおいて観察された新抗原の総数および重複を示す。図２３Ｂおよび２３Ｄは、強い結合（＜１５０ｎＭ）、弱い結合（＜５００ｎＭ）、または結合せず（≧５００ｎＭ）の予測の内訳を示す。結合予測群にわたってＣＤ８＋Ｔ細胞における刺激性応答または阻害性および／もしくは抑制性応答のいずれの濃縮もなかった。
【０１３６】
【図２４Ａ】図２４Ａおよび２４Ｂは、候補新抗原に対してＡＴＬＡＳによって同定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答は任意の突然変異型について濃縮されないことを示すグラフである。
【図２４Ｂ】図２４Ａおよび２４Ｂは、候補新抗原に対してＡＴＬＡＳによって同定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答は任意の突然変異型について濃縮されないことを示すグラフである。
【０１３７】
【図２５Ａ】図２５Ａおよび２５Ｂは、ＤＮＡ突然変異体対立遺伝子の発生頻度がＣＤ８＋Ｔ細胞応答の発生頻度に関連しないことを示すグラフである。
【図２５Ｂ】図２５Ａおよび２５Ｂは、ＤＮＡ突然変異体対立遺伝子の発生頻度がＣＤ８＋Ｔ細胞応答の発生頻度に関連しないことを示すグラフである。
【０１３８】
【図２６Ａ】図２６Ａおよび２６Ｂは、ＲＮＡにおける突然変異の検出では候補新抗原によりＣＤ８＋Ｔ細胞における想起応答が引き出されるかどうかは予測されないことを示すグラフである。
【図２６Ｂ】図２６Ａおよび２６Ｂは、ＲＮＡにおける突然変異の検出では候補新抗原によりＣＤ８＋Ｔ細胞における想起応答が引き出されるかどうかは予測されないことを示すグラフである。
【０１３９】
【図２７Ａ】図２７Ａおよび２７Ｂは、候補新抗原に対するＡＴＬＡＳによって同定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答は遺伝子発現と相関しないことを示すグラフである。
【図２７Ｂ】図２７Ａおよび２７Ｂは、候補新抗原に対するＡＴＬＡＳによって同定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答は遺伝子発現と相関しないことを示すグラフである。
【０１４０】
【図２８】図２８は、単一の患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞のスクリーニングにおいて６種の代表的な新抗原によって引き出される異なるサイトカイン応答プロファイルを例示するグラフである。
【０１４１】
【図２９】図２９は、健康なドナーおよびがん患者についてのＣＤ８＋Ｔ細胞データを示すグラフである。ＩＦＮγ分泌によって分析した場合、健康なドナーコホートでは大きな阻害性応答があり、これは、がん患者コホートにおける阻害性応答を著しく超えるものであった。逆に、ＴＮＦα分泌を考察した場合には、がんコホートにおける阻害性応答の中央値がより大きかった。
【発明を実施するための形態】
【０１４２】
定義
活性化する：本明細書で使用される場合、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって提示されるペプチドに抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後にリンパ球活性が検出可能にモジュレートされる場合、ＡＰＣによって提示されるペプチドは、リンパ球を「活性化する」。リンパ球活性の任意のインジケーターを評価して、リンパ球が活性化されるかどうか、例えば、Ｔ細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大または減少、１つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少を決定する。
【０１４３】
投与：本明細書で使用される場合、「投与」という用語は、一般には、対象または系への組成物の投与を指す。当業者は、妥当な状況下で、対象、例えば、ヒトへの投与のために利用することができる種々の経路を認識するであろう。例えば、一部の実施形態では、投与は、全身的または局所的であり得る。一部の実施形態では、投与は、経腸または非経口であり得る。一部の実施形態では、投与は、注射（例えば、筋肉内、静脈内、または皮下注射）によるものであり得る。一部の実施形態では、注射は、ボーラス注射、点滴、灌流、または注入を伴い得る。一部の実施形態では、投与は局部的であり得る。当業者は、例えば、www.fda.govに列挙されているものの中から、本明細書に記載の特定の治療と共に使用するための妥当な投与経路を認識するであろう。これらとしては、耳介（耳）、頬側、結膜、皮膚、歯、子宮頸管内、洞内（ｅｎｄｏｓｉｎｕｓｉａｌ）、気管内、経腸、硬膜外、羊膜外、体外、間質性、腹腔内（ｉｎｔｒａ−ａｂｄｏｍｉｎａｌ）、羊膜内、動脈内、関節内、胆管内、気管支内、滑液包内、心臓内、軟骨内、尾内、空洞内、腔内（ｉｎｔｒａｃａｖｉｔａｒｙ）、脳内、大槽内、角膜内、歯冠内、海綿体内、皮内、結節内、円板内、管内（ｉｎｔｒａｄｕｃｔａｌ）、十二指腸内、硬膜内、表皮内、食道内、胃内、歯肉内、病巣内、腔内（ｉｎｔｒａｌｕｍｉｎａｌ）、リンパ内、髄内、髄膜内、筋肉内、眼内、卵巣内、心膜内、腹腔内（ｉｎｔｒａｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ）、胸膜内、前立腺内、肺内、洞内（ｉｎｔｒａｓｉｎａｌ）、脊髄内、滑液包内、腱内、精巣内、髄腔内、胸腔内、管内（ｉｎｔｒａｔｕｂｕｌａｒ）、腫瘍内、中耳内、子宮内、血管内、静脈内、静脈内ボーラス、点滴静注、脳室内、硝子体内、喉頭、経鼻、経鼻胃、点眼、経口、中咽頭、非経口、経皮（ｐｅｒｃｕｔａｎｅｏｕｓ）、関節周囲、硬膜外、神経周囲、歯周、直腸、呼吸器（例えば、吸入）、眼球後、軟部組織、くも膜下、結膜下、皮下、舌下、粘膜下、局部、経皮（ｔｒａｎｓｄｅｒｍａｌ）、経粘膜、経胎盤性、経気管、尿管、尿道、または膣が挙げられる。一部の実施形態では、投与は、電気浸透、血液透析、浸潤、イオン導入、洗浄、および／または密封包帯を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、断続的投薬（例えば、時間が隔てられた複数回投薬）および／または周期的投薬（例えば、共通の期間で隔てられた個々の投薬）を伴い得る。一部の実施形態では、投与は、継続的投薬を伴い得る。
【０１４４】
抗原：「抗原」という用語は、本明細書で使用される場合、特異的な免疫応答を引き出す分子（例えば、ポリペプチド）を指す。抗原特異的免疫学的応答は、適応免疫応答としても公知であり、抗原受容体（例えば、Ｔ細胞受容体、Ｂ細胞受容体）を発現するリンパ球（例えば、Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞）によって媒介される。ある特定の実施形態では、抗原はＴ細胞抗原であり、細胞性免疫応答を引き出す。ある特定の実施形態では、抗原はＢ細胞抗原であり、体液性（すなわち、抗体）応答を引き出す。ある特定の実施形態では、抗原はＴ細胞抗原およびＢ細胞抗原の両方である。本明細書で使用される場合、「抗原」という用語は、全長ポリペプチドもポリペプチドの一部分または免疫原性断片もどちらも、およびポリペプチド内のペプチドエピトープ（例えば、主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子（例えば、ＭＨＣクラスＩ、またはＭＨＣクラスＩＩ）が結合するペプチドエピトープ）を包含する。
【０１４５】
抗原提示細胞：「抗原提示細胞」または「ＡＰＣ」とは、Ｔ細胞による認識のためにＭＨＣクラスＩおよび／またはＭＨＣクラスＩＩ分子上にペプチドを提示する細胞を指す。ＡＰＣは、ナイーブなリンパ球を刺激する能力を有するプロフェッショナルＡＰＣ（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞）と、非プロフェッショナルＡＰＣ（例えば、線維芽細胞、上皮細胞、内皮細胞、グリア細胞）の両方を含む。ある特定の実施形態では、ＡＰＣは、候補抗原として異種ポリペプチドを発現するライブラリーのメンバー（例えば、細菌細胞のライブラリーの細胞）を内部に取り込む（例えば、エンドサイトーシスにより取り込む）ことができる。
【０１４６】
自己溶菌酵素ポリペプチド：「自己溶菌酵素ポリペプチド」は、真核細胞によって内部に取り込まれた細胞（例えば、細菌細胞）の自己分解を容易にするまたは媒介するポリペプチドである。一部の実施形態では、自己溶菌酵素ポリペプチドは、細菌の自己溶菌酵素ポリペプチドである。自己溶菌酵素ポリペプチドとしては、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）に受託番号ＮＰ＿３８８８２３．１、ＮＰ＿２６６４２７．１、およびＰ０ＡＧＣ３．１の下で配列が開示されているポリペプチドが挙げられ、これらに限定されない。
【０１４７】
がん：本明細書で使用される場合、「がん」という用語は、細胞が、比較的異常な、コントロールされていない、および／または自律的な成長を示し、したがって、細胞増殖のコントロールの有意な喪失を特徴とする異常に上昇した増殖率および／または異常な成長表現型を示す疾患、障害、または状態を指す。一部の実施形態では、がんは、１つまたは複数の腫瘍を特徴とし得る。例えば、副腎皮質癌、星状細胞腫、基底細胞癌、カルチノイド、心臓、胆管細胞癌、脊索腫、慢性骨髄増殖性新生物、頭蓋咽頭腫、非浸潤性乳管癌、上衣腫、眼内黒色腫、消化管カルチノイド腫瘍、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、妊娠性栄養膜疾患、神経膠腫、組織球増殖症、白血病（例えば、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ球性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、ヘアリー細胞白血病、骨髄性白血病（ｍｙｅｌｏｇｅｎｏｕｓ  ｌｅｕｋｅｍｉａ）、骨髄性白血病（ｍｙｅｌｏｉｄ  ｌｅｕｋｅｍｉａ））、リンパ腫（例えば、バーキットリンパ腫［非ホジキンリンパ腫］、皮膚Ｔ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫、菌状息肉腫、セザリー症候群、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞性リンパ腫）、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、骨髄腫（例えば、多発性骨髄腫）、骨髄異形成症候群、乳頭腫症、傍神経節腫、褐色細胞腫、胸膜肺芽腫、網膜芽細胞腫、肉腫（例えば、ユーイング肉腫、カポジ肉腫、骨肉腫、横紋筋肉腫、子宮肉腫、血管の肉腫）、ウィルムス腫瘍、および／または副腎皮質、肛門、虫垂、胆管、膀胱、骨、脳、乳房、気管支、中枢神経系、子宮頸部、結腸、子宮内膜、食道、眼、卵管、胆嚢、胃腸管、生殖細胞、頭頸部、心臓、腸、腎臓（例えば、ウィルムス腫瘍）、喉頭、肝臓、肺（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、口、鼻腔、口腔、卵巣、膵臓、直腸、皮膚、胃、精巣、のど、甲状腺、陰茎、咽頭、腹膜、下垂体、前立腺、直腸、唾液腺、尿管、尿道、子宮、膣、もしくは外陰部のがんを含めた種々の型のがんを当業者は承知している。
【０１４８】
細胞溶解素ポリペプチド：「細胞溶解素ポリペプチド」は、真核細胞の膜内に細孔を形成する能力を有するポリペプチドである。細胞溶解素ポリペプチドは、真核細胞によって内部に取り込まれた宿主細胞（例えば、細菌細胞）において発現されると、宿主細胞成分（例えば、宿主細胞ポリペプチドなどの宿主細胞巨大分子）の、内部に取り込まれている細胞の細胞質基質内への放出を容易にする。一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、細菌細胞溶解素ポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。細胞溶解素ポリペプチドとしては、米国特許第６，００４，８１５号において、およびＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）において受託番号ＮＰ＿４６３７３３．１、ＮＰ＿９７９６１４、ＮＰ＿８３４７６９、ＹＰ＿０８４５８６、ＹＰ＿８９５７４８、ＹＰ＿６９４６２０、ＹＰ＿０１２８２３、ＮＰ＿３４６３５１、ＹＰ＿５９７７５２、ＢＡＢ４１２１２．２、ＮＰ＿５６１０７９．１、ＹＰ＿００１１９８７６９、およびＮＰ＿３５９３３１．１の下で配列が開示されているポリペプチドが挙げられ、これらに限定されない。
【０１４９】
細胞質細胞溶解素ポリペプチド：「細胞質細胞溶解素ポリペプチド」は、真核細胞の膜内に細孔を形成する能力を有し、また、細菌細胞において細胞質ポリペプチドとして発現される細胞溶解素ポリペプチドである。細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細菌細胞によって有意には分泌されない。細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、種々の手段によってもたらすことができる。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細胞質細胞溶解素ポリペプチドをコードする核酸としてもたらされる。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、ビーズに付着した状態でもたらされる。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、分泌された細胞溶解素ポリペプチドの配列と比べて変更された（例えば、非機能性になるように欠失またはシグナル配列の変更によって変更された）配列を有する。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、分泌インコンピテント細胞において発現されることから、細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細胞において発現されることから、細胞溶解素ポリペプチドと連結したシグナル配列の分泌を認識および媒介しない細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞質細胞溶解素ポリペプチドは、細菌細胞溶解素ポリペプチドである。
【０１５０】
異種：「異種」という用語は、遺伝子またはポリペプチドに言及するために本明細書で使用される場合、それが存在し、かつ／もしくは発現される生物体に天然には存在せず、かつ／または人間の手によって生物体に導入された遺伝子またはポリペプチドを指す。一部の実施形態では、異種ポリペプチドは、本明細書に記載の腫瘍抗原である。
【０１５１】
免疫メディエーター：本明細書で使用される場合、「免疫メディエーター」という用語は、免疫応答に関与する細胞およびプロセスに影響を及ぼす任意の分子を指す。免疫メディエーターとしては、サイトカイン、ケモカイン、可溶性タンパク質、および細胞表面マーカーが挙げられる。
【０１５２】
改善する、増大させる、阻害する、刺激する、抑制する、または低減する：本明細書で使用される場合、「改善する」、「増大させる」、「阻害する」、「刺激する」、「抑制する」、「低減する」という用語またはその文法上の等価表現は、ベースラインまたは他の参照測定値と比べた値を示す。一部の実施形態では、妥当な参照測定値は、特定の作用剤または処置が存在しないかまたは存在し（例えば、その前および／または後）、他の点では同等の条件下での、または、妥当な同等の参照作用剤の存在下での、特定の系（例えば、単一の個体）における測定値であり得るまたはそれを含み得る。特定の作用剤または処置の影響は、直接的または間接的であり得る。一部の実施形態では、妥当な参照測定値は、関連性のある作用剤または処置の存在下で、特定の方法で応答することが分かっているまたは応答することが予測される同等の系における測定値であり得るまたはそれを含み得る。一部の実施形態では、抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって提示されるペプチドは、リンパ球が、ＡＰＣによって提示されるペプチドに、抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後、例えば、対照と比べたＴ細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大または減少、１つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少によって観察される通り、活性化されて有益な応答に関連する表現型になる場合、リンパ球を「刺激する」またはそれに対して「刺激性」である。一部の実施形態では、抗原提示細胞によって提示されるペプチドは、リンパ球が、ＡＰＣによって提示されるペプチドに、抗原特異的認識が起こることが可能になる条件下で曝露した後、例えば、対照と比べた受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大または減少、１つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少によって観察される通り、活性化されて有害な応答または有益でない応答に関連する表現型になる場合、リンパ球を「抑制する」、「阻害する」またはそれに対して「阻害性」である。
【０１５３】
インベイシンポリペプチド：「インベイシンポリペプチド」は、真核細胞による細胞（例えば、細菌細胞）の取り込みを容易にするまたは媒介するポリペプチドである。非侵襲的な細菌細胞におけるインベイシンポリペプチドの発現により、細胞に、真核細胞に侵入する能力が付与される。一部の実施形態では、インベイシンポリペプチドは、細菌インベイシンポリペプチドである。一部の実施形態では、インベイシンポリペプチドは、Ｙｅｒｓｉｎｉａインベイシンポリペプチド（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）において受託番号ＹＰ＿０７０１９５．１の下で開示されている配列を含むＹｅｒｓｉｎｉａインベイシンポリペプチド）である。
【０１５４】
リステリオリジンＯ（ＬＬＯ）：「リステリオリジンＯ」または「ＬＬＯ」という用語は、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓのリステリオリジンＯポリペプチドおよび細孔形成能を保持するその短縮形態（例えば、シグナル配列を欠く短縮形態を含めた細胞質形態のＬＬＯ）を指す。一部の実施形態では、ＬＬＯは、細胞質ＬＬＯである。例示的なＬＬＯ配列を下の表１に示す。
【０１５５】
ポリペプチド：「ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用される場合、一般に、少なくとも３つのアミノ酸のポリマーという、その当技術分野で認められている意味を有する。しかし、「ポリペプチド」という用語は、本明細書（または本明細書に具体的に記載されている参考文献もしくはデータベース）において列挙されている完全な配列を有するポリペプチドを包含するだけでなく、そのような完全なポリペプチドの機能性断片（すなわち、少なくとも１つの活性を保持する断片）および免疫原性断片であるポリペプチドも包含することが十分に一般的であることが意図されていることが当業者には理解されよう。さらに、タンパク質配列は、一般に、活性を破壊しないいくつかの置換が許容されることが当業者には理解される。したがって、活性を保持し、かつ、同じクラスの別のポリペプチドに対して、少なくとも約３０〜４０％の全体的な配列同一性、多くの場合には約５０％、６０％、７０％、または８０％を超える全体的な配列同一性を共有し、さらに通常は、通常少なくとも３〜４個、および多くの場合には２０個に至るまでまたはそれよりも多くのアミノ酸を包含する１つまたは複数の高度に保存された領域内の、同一性がはるかに高い、多くの場合には９０％を超えるまたはさらには９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％である少なくとも１つの領域を含む任意のポリペプチドが、本明細書で使用される、関連する用語「ポリペプチド」に包含される。類似点および／または同一性の他の領域は、当業者が種々のポリペプチドの配列を分析することによって決定することができる。
【０１５６】
初代細胞：本明細書で使用される場合、「初代細胞」は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで不死化されていない生物体由来の細胞を指す。一部の実施形態では、初代細胞は、対象（例えば、ヒト）から直接取得した細胞である。一部の実施形態では、初代細胞は、対象から取得した細胞の後代（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで継代された細胞）である。初代細胞は、培養物中で刺激して増殖させた細胞を含む。
【０１５７】
応答：対象（患者または実験用生物体）に関して本明細書で使用される場合、「応答」、「応答性の」、または「応答性」とは、処置の結果として生じるまたは処置と相関する、対象の状態の変更を指す。ある特定の実施形態では、応答は、有益な応答である。ある特定の実施形態では、有益な応答は、対象の状態の安定化（例えば、処置しなければ生じることが予測されるまたは典型的に観察される悪変の防止または遅延）、状態の１つまたは複数の症状の好転（例えば、発生頻度および／または強度の低減）、ならびに／または状態が治癒する見込みの改善などを含み得る。ある特定の実施形態では、がんを有する対象に関しては、有益な応答は、以下を含み得る：対象が、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を有する；対象が、がんに対する自然応答を有する；対象が、がんの部分寛解または完全寛解の状態にある；対象のがんが取り除かれている；対象が、がんの再燃も再発も転移も有していない；対象が、正のがん予後を有する；対象が、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答も副作用も経験していない。ある特定の実施形態では、がんを有していた対象に関しては、有益な応答は、過去に生じたものまたは進行中のものである。
【０１５８】
ある特定の実施形態では、応答は、有害な応答または有益でない応答である。ある特定の実施形態では、有害な応答または有益でない応答は、対象の状態の悪変、状態の１つまたは複数の症状が好転しないこと（例えば、発生頻度および／または強度が低減しないこと）、ならびに／または状態が治癒する見込みの低下などを含み得る。ある特定の実施形態では、がんを有する対象に関しては、有害な応答または有益でない応答は、以下を含み得る：対象が、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答を有する；対象が、がんの寛解の状態にない；対象のがんが取り除かれていない；対象が、がんの再燃、再発または転移を有していた；対象が、負のがん予後を有する；対象が、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答または副作用を経験した。ある特定の実施形態では、がんを有していた対象に関しては、有害な応答または有益でない応答は過去に生じたものまたは進行中のものである。
【０１５９】
細胞、器官、組織、または細胞成分、例えばリンパ球に関して本明細書で使用される場合、「応答」、「応答性の」、または「応答性」とは、作用剤、例えば腫瘍抗原の投与またはそれへの曝露の結果として生じるまたはそれと相関する細胞活性の変更を指す。ある特定の実施形態では、有益な応答は、対象における正の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大を含み得る。ある特定の実施形態では、有益な応答は、対象における負の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および／または分泌の減少を含み得る。ある特定の実施形態では、有害な応答または有益でない応答は、対象における負の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大を含み得る。ある特定の実施形態では、有害な応答または有益でない応答は、対象における正の臨床応答または転帰に関連する免疫メディエーターの発現および／または分泌の減少を含み得る。ある特定の実施形態では、応答は、臨床応答である。ある特定の実施形態では、応答は、細胞応答である。ある特定の実施形態では、応答は、直接的な応答である。ある特定の実施形態では、応答は、間接的な応答である。ある特定の実施形態では、「非応答」、「非応答性の」、または「非応答性」とは、応答が最小であることまたは検出可能な応答がないことを意味する。ある特定の実施形態では、「応答が最小であること」は、検出可能な応答がないことを含む。ある特定の実施形態では、応答の存在、程度、および／または性質を特定の判断基準に従って測定し、かつ／または特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、そのような判断基準は、臨床的な判断基準および／または客観的な判断基準を含み得る。ある特定の実施形態では、応答を評価するための技法としては、これだけに限定されないが、臨床検査、陽電子放出断層撮影法、胸部Ｘ線、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、超音波、内視鏡検査、腹腔鏡検査、試料中の特定のマーカーの存在もしくはレベル、細胞診、および／または組織学的検査を挙げることができる。目的の応答が治療に対する腫瘍の応答である場合、当業者は、例えば、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、腫瘍のステージを決定するためのものなどを含めた、そのような応答を評価するための種々の確立された技法を認識するであろう。処置に対する応答を評価するための方法およびガイドラインは、Therasseら、J. Natl. Cancer Inst.、２０００年、９２巻（３号）：２０５〜２１６頁；およびSeymourら、Lancet Oncol.、２０１７年、１８巻：ｅ１４３〜５２頁において考察されている。正確な応答の判断基準は、腫瘍、患者もしくは実験用生物体、および／または細胞、器官、組織、もしくは細胞成分の群を比較する場合に、比較される群を、応答率を決定するための同じまたは同等の判断基準に基づいて評価するという条件で、任意の適切な様式で選択することができる。当業者は妥当な判断基準を選択することができるであろう。
【０１６０】
腫瘍：本明細書で使用される場合、「腫瘍」という用語は、細胞または組織の異常な成長を指す。一部の実施形態では、腫瘍は、前がん性（例えば、良性）、悪性、前転移性、転移性、および／または非転移性である細胞を含み得る。一部の実施形態では、腫瘍は、がんに関連する、または、がんの顕在化である。一部の実施形態では、腫瘍は、分散腫瘍または液性腫瘍であり得る。一部の実施形態では、腫瘍は、固形腫瘍であり得る。
【０１６１】
がん免疫療法のためのイピリムマブ、ニボルマブ、およびペムブロリズマブなどの免疫チェックポイント阻害剤による治療における最近の進歩の結果、他の適応症の中でもＮＳＣＬＣに罹患している対象において劇的な有効性がもたらされている。ニボルマブおよびペムブロリズマブ（pembroluzimab）は、以前に化学療法を用いて処置されていた進行ＮＳＣＬＣの患者における使用に関してＦｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ（ＦＤＡ）および欧州医薬品庁（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅｓ  Ａｇｅｎｃｙ）（ＥＭＡ）により認可されている。これらにより、腫瘍のコントロールにおけるＴ細胞応答の重要性が固められた。正常なヒトゲノムが全くない潜在的ながん拒絶反応抗原である新抗原が腫瘍コントロールに関連すると仮定される。しかし、当該新抗原および腫瘍クリアランスにおけるそれらの役割を定義するための試みは、それらを生物学的に関連する不偏の方法で定義するために利用可能なツールが不足していることにより妨げられている（SchumacherおよびSchreiber、２０１５年、Science、３４８巻：６９〜７４頁、Gilchukら、２０１５年、Curr Opin Immunol、３４巻：４３〜５１頁）。
【０１６２】
非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を例として、ペムブロリズマブを用いた処置を受けた患者由来のＮＳＣＬＣ腫瘍の全エキソームシーケンシングから、腫瘍において同義でない突然変異負荷量がより高いことが、客観的応答、恒久的な臨床的有用性、および無増悪生存期間の改善に関連づけられることが示された（Rizviら、（２０１５年）Science、３４８巻（６２３０号）：１２４〜８頁）。この試験では、同義でない突然変異負荷量の中央値は発見コホートでは２０９であり、検証コホートでは２００であった。しかし、単に、突然変異はシーケンシングによって同定されたので、それにより創出されるエピトープがＴ細胞によって認識され得るまたはＴ細胞応答に対する防御抗原としての機能を果たし得ることを意味するわけではなく（Gilchukら、２０１５年、Curr Opin Immunol、３４巻：４３〜５１頁）、これにより、新抗原という単語の使用がいくらか誤称になる。ＮＳＣＬＣにおけるＴ細胞の潜在的な標的は２００種またはそれよりも多く、突然変異のいずれが新抗原としての機能を果たすか、およびいずれの新抗原が腫瘍コントロールの臨床的エビデンスに関連するかを決定するためにあらゆる予測されるエピトープを試験することは実行可能ではない。最近、McGranahanらによる試験から、原発性肺腺癌におけるクローン新抗原負荷量および全生存が関連することが示された。しかし、クローン新抗原の濃縮でさえ、結果としてもたらされる潜在的な抗原標的は５０種からおよそ４００種の範囲である（McGranahanら、２０１６年、Science、３５１巻：１４６３〜６９頁）。イピリムマブによる治療に応答した黒色腫患者について（Snyderら、２０１５年、NEJM；VanAllenら、２０１５年、Science）、およびペムブロリズマブを用いた処置を受けた、ミスマッチ修復欠損結腸直腸がんを有する患者において（Leら、２０１５年、NEJM）、類似の所見が記載されている。
【０１６３】
本開示は、Ｔ細胞応答を引き出し、特にヒトＴ細胞応答を引き出す腫瘍抗原（例えば、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ、または新抗原）、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、または、がん／精巣抗原（ＣＴＡ））、ならびに、潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチドを迅速に同定するための方法およびシステムを提供する。本開示の目的に関して、「腫瘍抗原」とは、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原の両方を含む。本明細書に記載の通り、本開示の方法により、公知のアルゴリズムによって同定されなかった刺激性腫瘍抗原が同定された。さらに、本開示の方法により、公知のアルゴリズムによって同定可能でない抑制性および／または阻害性腫瘍抗原が同定された。本開示の方法により、潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチド、すなわち、非がん性対象のＴ細胞は活性化するが、がんに罹患している対象のＴ細胞は活性化しないポリペプチドも同定された。本開示は、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を選択する方法、選択された腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を使用する方法、選択された腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を含む免疫原性組成物、ならびに免疫原性組成物を製造する方法も提供する。本開示は、例えば、がん治療の開始、継続、改変、および／または中止に関して対象を同定または選択するために、がん対象における免疫応答を評価する方法も提供する。
【０１６４】
ライブラリー生成
ライブラリーは、メンバー（例えば、ウイルス粒子、リポソーム、またはビーズ（例えば、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで翻訳されたポリペプチドなどのポリペプチドでコーティングされたビーズ、例えば、親和性ビーズ、例えば、抗体でコーティングされたビーズ、もしくは目的のポリペプチドと結合したＮＴＡ−Ｎｉビーズ）などの細胞または非細胞粒子）の収集物である。本開示によると、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを含む（例えば、内部で発現するまたは保有する）。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本明細書に記載の目的のポリペプチドを内部で発現する細胞である。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは粒子であり、目的のポリペプチドを保有し、かつ／またはそれと結合している。アッセイ系におけるライブラリーの使用により、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて多数の候補抗原に対する細胞応答を同時評価することが可能になる。本開示によると、ライブラリーは、ヒト抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、したがって、内部で発現された目的のポリペプチド由来のペプチドを含めたライブラリーメンバー由来のペプチドが、Ｔ細胞による認識のために抗原提示細胞のＭＨＣ分子上に提示されるように設計される。
【０１６５】
ライブラリーは、ヒトＭＨＣクラスＩおよびＭＨＣクラスＩＩ分子によって提示されるペプチドを検出するアッセイにおいて使用することができる。内部に取り込まれたライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドは、ヒト細胞の細胞内エンドサイトーシス区画（例えば、ファゴソーム、エンドソーム、リソソーム）内で消化され、ＭＨＣクラスＩＩ分子上に提示され、これが、ヒトＣＤ４＋Ｔ細胞によって認識される。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、目的のポリペプチドに加えて、細胞溶解素ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、目的のポリペプチドに加えて、インベイシンポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、目的のポリペプチドに加えて、自己溶菌酵素ポリペプチドを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、細胞溶解素ポリペプチドを発現する細胞と共にもたらされる（すなわち、細胞溶解素と目的のポリペプチドを同じ細胞においては発現させず、抗原提示細胞を、細胞溶解素を含むメンバーおよび目的のポリペプチドを含むメンバーに曝露させ、その結果、両方が抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、その結果、細胞溶解素により、目的のポリペプチドの抗原提示細胞のＭＨＣクラスＩ経路への送達が容易になる）。細胞溶解素ポリペプチドは、細胞において構成的に発現させることもでき、誘導性発現系（例えば、誘導性プロモーター）のコントロール下に置くこともできる。一部の実施形態では、細胞溶解素を発現する細胞に対する細胞傷害性を最小にするために、細胞溶解素を誘導性プロモーターのコントロール下で発現させる。
【０１６６】
細胞溶解素ポリペプチドは、ヒト細胞によって内部に取り込まれると、ヒト細胞内の細胞内区画に貫入し、それにより、ライブラリーメンバーによって発現されたポリペプチドがヒト細胞の細胞質基質に接近することが可能になる。細胞質基質中に放出されたポリペプチドは、ＭＨＣクラスＩ分子上に提示され、それがＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される。
【０１６７】
ライブラリーは、本明細書に記載の方法における使用のための抗原提示細胞によって内部に取り込まれ、目的のポリペプチド（および、細胞溶解素ポリペプチドが望ましい適用では、細胞溶解素ポリペプチド）を送達することが可能な任意の細胞型または粒子を含み得る。「細胞」という用語は、本明細書全体を通して、ライブラリーメンバーに言及するために使用されるが、一部の実施形態では、ライブラリーメンバーはウイルス粒子、リポソーム、またはビーズなどの非細胞粒子であることが理解される。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、目的のポリペプチド（および細胞溶解素ポリペプチド）をコードし、抗原提示細胞によって内部に取り込まれる前、および／またはその間に目的のポリペプチド（および細胞溶解素ポリペプチド）を発現するように誘導することが可能なポリヌクレオチドを含む。
【０１６８】
一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、それを発現させるライブラリー細胞に対して異種であり、ライブラリー細胞によって発現されるポリペプチドの、ライブラリー細胞が内部に取り込まれたヒト細胞の細胞質基質への送達を容易にするものである。細胞溶解素ポリペプチドとしては、リステリオリジンＯ（ＬＬＯ）、ストレプトリジンＯ（ＳＬＯ）、およびパーフリンゴリジンＯ（ＰＦＯ）などの細菌細胞溶解素ポリペプチドが挙げられる。追加的な細胞溶解素ポリペプチドは、米国特許第６，００４，８１５号に記載されている。ある特定の実施形態では、ライブラリーメンバーは、ＬＬＯを発現する。一部の実施形態では、細胞溶解素ポリペプチドは、ライブラリー細胞によって有意には分泌されない（例えば、細胞によって産生される細胞溶解素ポリペプチドの２０％未満、１０％未満、５％未満、または１％未満が分泌される）。例えば、細胞溶解素ポリペプチドは、細胞質ＬＬＯポリペプチド（例えば、Ｎ末端シグナル配列を欠くＬＬＯの一形態、Higginsら、Mol. Microbiol.、３１巻（６号）：１６３１〜１６４１頁、１９９９年に記載）などの細胞質細胞溶解素ポリペプチドである。例示的な細胞溶解素ポリペプチド配列を表１に示す。表１の２行目に示されているリステリオリジンＯ（Δ３−２５）配列は、表１の１行目に示されているＬＬＯ配列と比べて残基３〜２５の欠失を有し、また、細胞質ＬＬＯポリペプチドである。一部の実施形態では、細胞溶解素をライブラリー宿主細胞において構成的に発現させる。他の実施形態では、細胞溶解素を誘導性プロモーターのコントロール下で発現させる。細胞溶解素ポリペプチドは、ライブラリー細胞において目的のポリペプチドと同じベクターから発現させることもでき、異なるベクターから発現させることもできる。
【表１−１】
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【表１−２】
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【０１６９】
一部の実施形態では、ライブラリーメンバー（例えば、細菌細胞であるライブラリーメンバー）は、抗原提示細胞による取り込みを容易にするインベイシンを含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、抗原提示細胞内でのライブラリーメンバーの自己分解を容易にする自己溶菌酵素を含む。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、インベイシンおよび自己溶菌酵素の両方を含む。一部の実施形態では、Ｅ．ｃｏｌｉ細胞であるライブラリーメンバーは、インベイシンおよび／または自己溶菌酵素を含む。種々の実施形態では、インベイシンおよび／または自己溶菌酵素を発現するライブラリー細胞を、細胞株由来の非プロフェッショナル抗原提示細胞または抗原提示細胞も使用する方法において使用する。Isbergら（Cell、１９８７年、５０巻：７６９〜７７８頁）、Sizemoreら（Science、１９９５年、２７０巻：２９９〜３０２頁）およびCourvalinら（C.R. Acad. Sci. Paris、１９９５年、３１８巻：１２０７〜１２頁）は、標的細胞による細菌のエンドサイトーシスをもたらすためのインベイシンの発現を記載している。自己溶菌酵素は、Caoら、Infect. Immun. １９９８年、６６巻（６号）：２９８４〜２９８６頁；Margotら、J. Bacteriol.、１９９８年、１８０巻（３号）：７４９〜７５２頁；Buistら、Appl. Environ. Microbiol.、１９９７年、６３巻（７号）：２７２２〜２７２８頁；Yamanakaら、FEMS Microbiol. Lett.、１９９７年、１５０巻（２号）：２６９〜２７５頁；Romeroら、FEMS Microbiol. Lett.、１９９３年、１０８巻（１号）：８７〜９２頁；BetznerおよびKeck、Mol.Gen. Genet.、１９８９年、２１９巻（３号）：４８９〜４９１頁；Lubitzら、J. Bacteriol.、１９８４年、１５９巻（１号）：３８５〜３８７頁；およびTomaszら、J. Bacteriol.、１９８８年、１７０巻（１２号）：５９３１〜５９３４頁によって記載されている。一部の実施形態では、自己溶菌酵素は、溶解の遅延を許容する特徴を有し、例えば、自己溶菌酵素は、温度感受性または時間感受性である（例えば、Changら、１９９５年、J. Bact.、１７７巻、３２８３〜３２９４頁；Raabら、１９８５年、J. Mol. Biol.、１９巻、９５〜１０５頁；Gerdsら、１９９５年、Mol. Microbiol.、１７巻、２０５〜２１０頁を参照されたい）。有用な細胞溶解素としては、嗜癖（毒物／解毒薬）自己溶菌酵素も挙げられる（例えば、Magnuson Rら、１９９６年、J. Biol. Chem.、２７１巻（３１号）、１８７０５〜１８７１０頁；Smith A Sら、１９９７年、Mol. Microbiol.、２６巻（５号）、９６１〜９７０頁を参照されたい）。
【０１７０】
一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、細菌細胞を含む。ある特定の実施形態では、ライブラリーは、非病原性、非病毒性細菌細胞を含む。ライブラリーメンバーとして使用するための細菌の例としては、Ｅ．ｃｏｌｉ、マイコバクテリウム属、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ  ｆｌｅｘｎｅｒｉ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｕｂｔｉｌｉｓ、またはサルモネラ属が挙げられる。
【０１７１】
一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、真核細胞（例えば、酵母細胞）を含む。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、ウイルス（例えば、バクテリオファージ）を含む。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、リポソームを含む。細胞溶解素および他の作用剤を含むリポソームを調製するための方法は、Kyung-Dallら、米国特許第５，６４３，５９９号に記載されている。一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、ビーズを含む。ビーズで構成されるライブラリーを調製するための方法は、例えば、Lamら、Nature、３５４巻：８２〜８４頁、１９９１年、米国特許第５，５１０，２４０号および第７，２６２，２６９号、およびそこで引用されている参考文献に記載されている。
【０１７２】
ある特定の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、またはその一部分を、ライブラリーの細胞において目的のポリペプチドを発現するベクターにクローニングすることによってライブラリーを構築する。ポリヌクレオチドは、合成的に合成することができる。ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドを増幅するプライマーを設計することによってクローニングすることができる。プライマーは、Ｐｒｉｍｅｒ３Ｐｌｕｓ（以下のＵＲＬから入手可能：bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi；RozenおよびSkaletsky、KrawetzS、In: Misener S（編）BioinformaticsMethods and Protocols: Methods in Molecular Biology. Humana Press、Totowa、NJ、３６５〜３８６頁、２０００年を参照されたい）などの利用可能なソフトウェアを使用して設計することができる。プライマーを設計するための他の方法は、当業者に公知である。一部の実施形態では、効率的な発現が促進されるように、短縮され、かつ／または疎水性領域（例えば、シグナル配列または膜貫通領域）を欠くポリペプチドが産生されるようにプライマーを構築する。所与のオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）配列内の予測されるシグナル配列および予測されるシグナル配列切断部位の場所は、利用可能なソフトウェアを使用して決定することができる。例えば、Dyrlovら、J. Mol. Biol.、３４０巻：７８３〜７９５頁、２００４年、および以下のＵＲＬ：cbs.dtu.dk/services/SignalP/を参照されたい。例えば、シグナル配列が、所与のポリペプチド配列のＮ末端の２０アミノ酸に存在することが予測される場合、プライマーを、Ｎ末端の２０アミノ酸をコードするヌクレオチドの下流のコード配列とアニーリングするように設計し、したがって、増幅される配列は、このシグナル配列を欠く産物をコードする。
【０１７３】
プライマーは、その後のクローニングステップを容易にする配列を含むように設計することもできる。ＯＲＦは、ゲノムＤＮＡ（例えば、腫瘍細胞のゲノムＤＮＡ）から直接増幅させることもでき、腫瘍細胞によって発現されるｍＲＮＡの逆転写（ＲＴ−ＰＣＲ）によって産生されるポリヌクレオチドから増幅させることもできる。ｍＲＮＡのＲＴ−ＰＣＲは、例えば、目的のゲノム配列がイントロン領域を含有する場合に有用である。ＰＣＲで増幅させたＯＲＦを妥当なベクターにクローニングし、免疫学的アッセイにおいて使用する前にＯＲＦのサイズ、配列、および発現を検証することができる。
【０１７４】
一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、タグ（例えば、Ｎ末端もしくはＣ末端エピトープタグ）またはレポータータンパク質（例えば、蛍光タンパク質）をコードする配列と連結する。エピトープタグおよびレポータータンパク質により、発現されたポリペプチドの精製が容易になり、また、所与のポリペプチドがライブラリー宿主細胞において適正に発現されていることを、例えば、細胞をスクリーニングにおいて使用する前に、検証することが可能になり得る。有用なエピトープタグとしては、例えば、ポリヒスチジン（Ｈｉｓ）タグ、パラミクソウイルスのＰタンパク質およびＶタンパク質由来のＶ５エピトープタグ、赤血球凝集素（ＨＡ）タグ、ｍｙｃタグ、およびその他が挙げられる。一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、公知の抗原エピトープ（例えば、オボアルブミンなどのモデル抗原のＭＨＣクラスＩ制限Ｔ細胞エピトープおよび／またはＭＨＣクラスＩＩ制限Ｔ細胞エピトープ）であるタグをコードする配列と融合し、これを、目的のポリペプチドが発現されていること、および、抗原提示アッセイにおいてポリペプチド−タグ融合タンパク質が処理され、提示されることを検証するために使用することができる。一部の実施形態では、タグは、マウスＴ細胞（例えば、マウスＴ細胞株）のＴ細胞エピトープを含む。一部の実施形態では、目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、精製を容易にするタグおよび公知の抗原エピトープであるタグに連結する。有用なレポータータンパク質としては、天然に存在する蛍光タンパク質およびそれらの誘導体、例えば、緑色蛍光タンパク質（Ａｅｑｕｏｒｅａ  Ｖｉｃｔｏｒｉａ）およびＮｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（Ｂｒａｎｃｈｉｏｓｔｏｍａ  ｌａｎｃｅｏｌａｔｕｍ）が挙げられる。合成的に導き出した蛍光および発色性タンパク質のパネルも商業的な供給源から入手可能である。
【０１７５】
目的のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを、ライブラリー宿主細胞への導入のために発現ベクターにクローニングする。Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）クローニングシステム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）などの、ポリヌクレオチドのクローニングおよび操作を容易にする種々のベクター系が入手可能である。当業者には公知の通り、発現ベクターは、ライブラリー宿主細胞においてポリヌクレオチドによってコードされる目的のポリペプチドの産生を駆動するエレメント（例えば、プロモーターおよび他の制御エレメント）を含む。一部の実施形態では、ポリペプチド発現を、誘導性エレメント（例えば、ほんの数例を挙げると、誘導性プロモーター、例えば、ＩＰＴＧ誘導性プロモーターもしくはアラビノース誘導性プロモーター、またはＩＰＴＧ誘導性ファージＴ７  ＲＮＡポリメラーゼ系、ラクトース（ｌａｃ）プロモーター、トリプトファン（ｔｒｐ）プロモーター、ｔａｃプロモーター、ｔｒｃプロモーター、ファージラムダプロモーター、アルカリホスファターゼ（ｐｈｏＡ）プロモーター；Cantrell、Meth. in Mol. Biol.、２３５巻：２５７〜２７６頁、Humana Press、CasaliおよびPreston編を参照されたい）によってコントロールする。一部の実施形態では、ポリペプチドを、細胞質ポリペプチドとして発現させる。一部の実施形態では、ポリペプチド発現のために使用されるベクターは、ライブラリー宿主細胞におけるコピー数が大きいベクターである。一部の実施形態では、発現のために使用されるベクターのコピー数は、細胞当たり２５コピーよりも多く、５０コピーよりも多く、７５コピーよりも多く、１００コピーよりも多く、１５０コピーよりも多く、２００コピーよりも多く、または２５０コピーよりも多くである。一部の実施形態では、発現のために使用されるベクターは、ＣｏｌＥ１複製開始点を有する。細菌におけるポリペプチド発現のために有用なベクターとしては、ｐＥＴベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ）、Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）ｐＤＥＳＴベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＧＥＸベクター（Ａｍｅｒｓｈａｍ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ｐＰＲＯベクター（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、ｐＢＡＤベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＬＥＸベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＭＡＬ（商標）ベクター（Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  ＢｉｏＬａｂｓ）、ｐＧＥＭＥＸベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ）、およびｐＱＥベクター（Ｑｉａｇｅｎ）が挙げられる。ファージライブラリーを作製するためのベクター系は公知であり、それらとして、Ｎｏｖａｇｅｎ  Ｔ７Ｓｅｌｅｃｔ（登録商標）ベクター、およびＮｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｂｉｏｌａｂｓ  Ｐｈ．Ｄ．（商標）Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｄｉｓｐｌａｙ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍが挙げられる。
【０１７６】
一部の実施形態では、ライブラリー宿主細胞は、目的のポリペプチドを、総細胞タンパク質の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、または７０％まで発現する（選択される発現系に応じて、構成的に、または誘導された場合に、のいずれかで）。一部の実施形態では、ライブラリーメンバー（例えば、細胞、ウイルス粒子、リポソーム、ビーズ）の中または上で利用可能なポリペプチドのレベルは、十分な数量のライブラリーメンバーに曝露した抗原提示細胞により、ＭＨＣ分子上に、ポリペプチドエピトープが、精製されたペプチドでパルスした抗原提示細胞によって提示される密度と同等の密度で提示されるようなレベルである。
【０１７７】
ライブラリーの効率的な大規模作製のための方法が利用可能である。例えば、部位特異的リコンビナーゼまたはレアカッティング（ｒａｒｅ−ｃｕｔｔｉｎｇ）制限酵素を使用して、発現ベクター間のポリヌクレオチドを妥当な配向および読み枠に移行させることができる（Walhoutら、Meth. Enzymol.、３２８巻：５７５〜５９２頁、２０００年；Marsischkyら、Genome Res.、１４巻：２０２０〜２０２頁、２００４年；Blommelら、Protein Expr. Purif.、４７巻：５６２〜５７０頁、２００６年）。
【０１７８】
リポソームライブラリーを作製するために、発現されたポリペプチド（例えば、精製されたまたは部分的に精製されたポリペプチド）を、例えば、Wassefら、米国特許第４，８６３，８７４号；Wheatleyら、米国特許第４，９２１，７５７号；Huangら、米国特許第４，９２５，６６１号；またはMartinら、米国特許第５，２２５，２１２号に記載されている通り、リポソーム膜中に閉じ込めることができる。
【０１７９】
ライブラリーは、全長ポリペプチドおよび／またはポリペプチドの一部分を含むように設計することができる。全長ポリペプチドの発現により、ヒト抗原提示細胞による提示に利用可能なエピトープが最大になり、それにより、抗原が同定される可能性が増大する。しかし、一部の実施形態では、効率的な発現を実現するために、ポリペプチドの一部分または他の点で変更されたポリペプチドを発現させることが有用である。例えば、一部の実施形態では、伸長した疎水性領域、シグナルペプチド、膜貫通ドメイン、または細胞毒性を引き起こすドメインを有する大きな（例えば、１，０００アミノ酸よりも大きな）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを修飾して（例えば、Ｃ末端短縮、Ｎ末端短縮、または内部の欠失）、細胞傷害性を低減し、ライブラリー細胞での効率的な発現を可能にし、それにより今度はコードされるポリペプチドのヒト細胞上での提示を容易にする。点突然変異またはコドン最適化などの他の型の修飾も、発現を増強するために使用することができる。
【０１８０】
ライブラリーに含まれるポリペプチドの数は、変動させることができる。例えば、一部の実施形態では、標的細胞（例えば、腫瘍細胞）においてＯＲＦの少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、またはそれよりも多くからポリペプチドが発現されるようにライブラリーを設計することができる。一部の実施形態では、ライブラリーは、少なくとも１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、４０種、５０種、７５種、１００種、１５０種、２００種、２５０種、３００種、３５０種、４００種、４５０種、５００種、５５０種、６００種、６５０種、７００種、７５０種、８００種、８５０種、９００種、９５０種、１０００種、２５００種、５０００種、１０，０００種、またはそれよりも多くの異なる目的のポリペプチドを発現し、そのそれぞれが、単一の全長ポリヌクレオチドまたはその一部分によってコードされるポリペプチドであり得る。
【０１８１】
一部の実施形態では、アッセイは、例えば、体液性免疫応答および細胞媒介性免疫応答のどちらの標的にもなり得る抗原を同定するために、分泌型ポリペプチド、細胞表面で発現されたポリペプチド、または病毒性決定因子である抗原を同定することに焦点を当てたものであり得る。
【０１８２】
ライブラリーは、目的のポリペプチドに加えて、目的のポリペプチドのＭＨＣ提示を容易に精製、分析、または評価することを可能にするタグまたはレポータータンパク質を含み得る。一部の実施形態では、ライブラリーによって発現されるポリペプチドは、ニワトリオボアルブミン（ＯＶＡ）などのモデル抗原由来のＭＨＣクラスＩ制限Ｔ細胞エピトープおよびＭＨＣクラスＩＩ制限Ｔ細胞エピトープの両方を含むＣ末端タグを含む。ライブラリーによるタンパク質発現およびＭＨＣ提示をこれらのエピトープを使用して検証する。一部の実施形態では、エピトープは、それぞれ、ＧｅｎＢａｎｋ（登録商標）において受託番号ＮＰ＿９９０４８３の下で見いだされるアミノ酸配列内の位置に対応するＯＶＡ２４７〜２６５およびＯＶＡ２５８〜２６５である。連結したＯＲＦの発現および提示を、これらのエピトープを特異的に認識するＴ細胞ハイブリドーマ（例えば、Ｈ２−Ｋｂ制限型であるＢ３Ｚ  Ｔハイブリドーマ細胞、およびＨ２−Ａｋ制限型であるＫＺＯ  Ｔハイブリドーマ細胞）を使用した抗原提示アッセイを用いて検証することができる。
【０１８３】
ライブラリーメンバー（例えば、細菌細胞）のセットは、アレイ上（例えば、９６ウェルプレートなどの固体支持体上）に提供し、各場所のメンバーが異なる目的のポリペプチド、または目的のポリペプチドの異なるセットを発現するように分離することができる。
【０１８４】
Ｔ細胞抗原を同定するためにライブラリーメンバーを使用する方法は、下で詳述されている。これらの方法に加えて、ライブラリーメンバーには、Ｂ細胞抗原を同定するためのアッセイにおける有用性もある。例えば、対象において存在する抗体が目的のポリペプチドと反応するかどうかを決定するために、目的のポリペプチドを含むライブラリーメンバーから調製された溶解物を使用して、対象（例えば、目的の感染因子に曝露された対象、がんを有する対象、および／または対照の対象）由来の抗体を含む試料（例えば、血清試料）をスクリーニングすることができる。抗体反応性を評価するために適した方法は公知であり、それらとして、例えば、ＥＬＩＳＡアッセイが挙げられる。
【０１８５】
目的のポリペプチド
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、目的のポリペプチドに対する免疫応答を同定および／または検出することができる。一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、標的腫瘍細胞由来のＯＲＦによってコードされ、ライブラリーのメンバーは、標的腫瘍細胞由来のＯＲＦを含む（例えば、内部で発現するまたは保有する）。一部のそのような実施形態では、ライブラリーを本明細書に記載の方法において使用して、１つまたは複数のＯＲＦによってコードされる１つまたは複数の目的のポリペプチドに対する免疫応答を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の目的のポリペプチドが刺激性抗原（例えば、免疫応答、例えば、Ｔ細胞応答、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を刺激するもの）として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、免疫応答（例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌）に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない１つまたは複数の目的のポリペプチドが抗原または潜在的な抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の目的のポリペプチドが阻害性および／または抑制性抗原（例えば、免疫応答、例えば、Ｔ細胞応答、例えば、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を阻害する、抑制する、下方制御する、損なう、かつ／または妨げる）として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の目的のポリペプチドが腫瘍抗原または潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ、もしくは新抗原）、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、または、がん／精巣抗原（ＣＴＡ）として同定される。
【０１８６】
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、推定上の腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、１つまたは複数の推定上の腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および／または検出することができる。例えば、ライブラリーのメンバーは、推定上の腫瘍抗原（例えば、以前に腫瘍抗原として同定された（例えば、第３者によって）ポリペプチド、例えば、本開示の方法以外の方法を使用して腫瘍抗原として同定されたポリペプチド）を含む（例えば、内部で発現するまたは保有する）。一部の実施形態では、推定上の腫瘍抗原は、本明細書に記載の腫瘍抗原である。一部のそのような実施形態では、そのようなライブラリーを使用して、そのような推定上の腫瘍抗原が免疫応答を媒介するかどうか、および／またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の推定上の腫瘍抗原が刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の推定上の腫瘍抗原が免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の推定上の腫瘍抗原が阻害性および／または抑制性抗原として同定される。
【０１８７】
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、予め選択された腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、１つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および／または検出することができる。例えば、一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本開示の方法を使用して、かつ／または本開示の方法以外の方法を使用して腫瘍抗原として同定された１つまたは複数のポリペプチドを含む（例えば、内部で発現するまたは保有する）。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載の１つまたは複数の応答プロファイルを得るために、そのようなライブラリーを使用して、そのような腫瘍抗原が、１または複数の対象（例えば、がんを有する対象および／または対照の対象）由来の免疫細胞による免疫応答を媒介するかどうか、ならびに／またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原が、１または複数の対象にとっての刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原が、１または複数の対象にとっての免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の予め選択された腫瘍抗原が、１または複数の対象にとっての阻害性および／または抑制性抗原として同定される。
【０１８８】
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、公知の腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、１つまたは複数の公知の腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および／または検出することができる。例えば、一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本開示の方法を使用して、かつ／または本開示の方法以外の方法を使用して腫瘍抗原として同定された１つまたは複数のポリペプチドを含む（例えば、内部で発現するまたは保有する）。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載の１つまたは複数の応答プロファイルを得るために、そのようなライブラリーを使用して、そのような腫瘍抗原が、１または複数の対象（例えば、がんを有する対象および／または対照の対象）由来の免疫細胞による免疫応答を媒介するかどうか、および／またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の公知の腫瘍抗原が１または複数の対象にとっての刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の公知の腫瘍抗原が１または複数の対象にとっての免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数の公知の腫瘍抗原が１または複数の対象にとっての阻害性および／または抑制性抗原として同定される。
【０１８９】
一部の実施形態では、目的のポリペプチドは、潜在的な腫瘍抗原であり、本明細書に記載の方法および組成物を使用して、１つまたは複数の潜在的な腫瘍抗原に対する免疫応答を同定および／または検出することができる。例えば、一部の実施形態では、ライブラリーのメンバーは、本開示の方法を使用し、かつ／または本開示の方法以外の方法を使用して、目的のものであること、例えば、腫瘍に関連する突然変異をコードすることが同定された１つまたは複数のポリペプチドを含む（例えば、内部で発現するまたは保有する）。一部のそのような実施形態では、本明細書に記載の１つまたは複数の応答プロファイルを得るために、そのようなライブラリーを使用して、そのようなポリペプチドのいずれが１または複数の対象（例えば、がんを有する対象および／または対照の対象）由来の免疫細胞による免疫応答を媒介するか、および／またはその程度を評価することができる。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数のポリペプチドが１または複数の対象にとっての刺激性抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数のポリペプチドが１または複数の対象にとっての免疫応答に対する影響が最小であるまたは影響を及ぼさない抗原として同定される。一部の実施形態では、本開示の方法により、１つまたは複数のポリペプチドが１または複数の対象にとっての阻害性および／または抑制性抗原として同定される。
【０１９０】
腫瘍抗原
本明細書に記載の方法およびシステムにおいて使用される目的のポリペプチドは、腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原、例えば、腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ、または新抗原）、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）、および／または、がん／精巣抗原（ＣＴＡ）を含む。例示的な腫瘍抗原としては、例えば、ＭＡＲＴ−１／ＭｅｌａｎＡ（ＭＡＲＴ−ＩまたはＭＬＡＮＡ）、ｇｐ１００（Ｐｍｅｌ  １７またはＳＩＬＶ）、チロシナーゼ、ＴＲＰ−１、ＴＲＰ−２、ＭＡＧＥ−１、ＭＡＧＥ−３（ＨＩＰ８としても公知）、ＢＡＧＥ、ＧＡＧＥ−１、ＧＡＧＥ−２、ｐ１５、カルシトニン、カルレチニン、癌胎児性抗原（ＣＥＡ）、クロモグラニン、サイトケラチン、デスミン、上皮の膜タンパク質（ＥＭＡ）、第ＶＩＩＩ因子、グリア線維酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）、肉眼的嚢胞性疾患体液タンパク質（Ｇｒｏｓｓ  ｃｙｓｔｉｃ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｆｌｕｉｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ）（ＧＣＤＦＰ−１５）、ＨＭＢ−４５、ヒト絨毛膜ゴナドトロピン（ｈＣＧ）、インヒビン、リンパ球マーカー、ＭＡＲＴ−１（メランＡ）、Ｍｙｏ  Ｄ１、筋肉特異的アクチン（ＭＳＡ）、ニューロフィラメント、神経特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、胎盤アルカリホスファターゼ（ＰＬＡＰ）、前立腺特異的抗原、ＰＴＰＲＣ（ＣＤ４５）、Ｓ１００タンパク質、平滑筋アクチン（ＳＭＡ）、シナプトフィジン、サイログロブリン、甲状腺転写因子−１、腫瘍Ｍ２−ＰＫ、ビメンチン、ｐ５３、Ｒａｓ、ＨＥＲ−２／ｎｅｕ、ＢＣＲ−ＡＢＬ、Ｅ２Ａ−ＰＲＬ、Ｈ４−ＲＥＴ、ＩＧＨ−ＩＧＫ、ＭＹＬ−ＲＡＲ、エプスタイン・バーウイルス抗原（例えば、ＥＢＮＡ１）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原Ｅ６またはＥ７（ＨＰＶ＿Ｅ６またはＨＰＶ＿Ｅ７）、ＴＳＰ−１８０、ＭＡＧＥ−４、ＭＡＧＥ−５、ＭＡＧＥ−６、ＲＡＧＥ、ＮＹ−ＥＳＯ−１（ＣＴＡＧ１Ｂとしても公知）、ｅｒｂＢ、ｐ１８５ｅｒｂＢ２、ｐ１８０ｅｒｂＢ−３、ｃ−ｍｅｔ、ｎｍ−２３Ｈ１、ＰＳＡ、ＴＡＧ−７２、ＣＡ  １９−９、ＣＡ  ７２−４、ＣＡＭ  １７．１、ＮｕＭａ、Ｋ−ｒａｓ、ベータカテニン、ＣＤＫ４、Ｍｕｍ−１、ｐ１５、ｐ１６、４３−９Ｆ、５Ｔ４、７９１Ｔｇｐ７２、アルファ−フェトプロテイン（ＡＦＰ）、ベータ−ＨＣＧ、ＢＣＡ２２５、ＢＴＡＡ、ＣＡ  １２５、ＣＡ  １５−３＼ＣＡ  ２７．２９＼ＢＣＡＡ、ＣＡ  １９５、ＣＡ  ２４２、ＣＡ−５０、ＣＡＭ４３、ＣＤ６８＼Ｐ１、ＣＯ−０２９、ＦＧＦ−５、Ｇ２５０、Ｇａ７３３＼ＥｐＣＡＭ、ＨＴｇｐ−１７５、Ｍ３４４、ＭＡ−５０、ＭＧ７−Ａｇ、ＭＯＶ１８、ＮＢ／７０Ｋ、ＮＹ−ＣＯ−１、ＲＣＡＳ１、ＳＤＣＣＡＧ１６、ＴＡ−９０＼Ｍａｃ−２結合性タンパク質＼シクロフィリンＣ関連タンパク質、ＴＡＡＬ６、ＴＡＧ７２、ＴＬＰ、ＭＵＣ１６、ＩＬ１３Ｒα２、ＦＲα、ＶＥＧＦＲ２、Ｌｅｗｉｓ  Ｙ、ＦＡＰ、ＥｐｈＡ２、ＣＥＡＣＡＭ５、ＥＧＦＲ、ＣＡ６、ＣＡ９、ＧＰＮＭＢ、ＥＧＰ１、ＦＯＬＲ１、内皮受容体、ＳＴＥＡＰ１、ＳＬＣ４４Ａ４、Ｎｅｃｔｉｎ−４、ＡＧＳ−１６、グアニリルシクラーゼ（guanalyl cyclase）Ｃ、ＭＵＣ−１、ＣＦＣ１Ｂ、インテグリンアルファ３鎖（ａ３ｂ１、ラミニン受容体鎖）、ＴＰＳ、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、Ｃ���３０、ＣＤ３１、ＣＤ７２、ＣＤ１８０、ＣＤ１７１（Ｌ１ＣＡＭ）、ＣＤ１２３、ＣＤ１３３、ＣＤ１３８、ＣＤ３７、ＣＤ７０、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ５６、ＣＤ７４、ＣＤ１６６、ＣＤ７１、ＣＤ３４、ＣＤ９９、ＣＤ１１７、ＣＤ８０、ＣＤ２８、ＣＤ１３、ＣＤ１５、ＣＤ２５、ＣＤ１０、ＣＬＬ−１／ＣＬＥＣ１２Ａ、ＲＯＲ１、グリピカン３（ＧＰＣ３）、メソテリン、ＣＤ３３／ＩＬ３Ｒａ、ｃ−Ｍｅｔ、ＰＳＣＡ、ＰＳＭＡ、糖脂質Ｆ７７、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＢＣＭＡ、ＧＤ−２、ＰＳＡＰ、プロステイン（Ｐ５０１Ｓとしても公知）、ＰＳＭＡ、サバイビン（ＢＩＲＣ５としても公知）、およびＭＡＧＥ−Ａ３、ＭＡＧＥＡ２、ＭＡＧＥＡ４、ＭＡＧＥＡ６、ＭＡＧＥＡ９、ＭＡＧＥＡ１０、ＭＡＧＥＡ１２、ＢＩＲＣ５、ＣＤＨ３、ＣＥＡＣＡＭ３、ＣＧＢ＿アイソフォーム２、ＥＬＫ４、ＥＲＢＢ２、ＨＰＳＥ１、ＨＰＳＥ２、ＫＲＡＳ＿アイソフォーム１、ＫＲＡＳ＿アイソフォーム２、ＭＵＣ１、ＳＭＡＤ４、ＴＥＲＴ．２、ＴＥＲＴ．３、ＴＧＦＢＲ２、ＥＧＡＧ９＿アイソフォーム１、ＴＰ５３、ＣＧＢ＿アイソフォーム１、ＩＭＰＤＨ２、ＬＣＫ、アンジオポエチン−１（Ａｎｇ１）（ＡＮＧＰＴ１としても公知）、ＸＩＡＰ（ＢＩＲＣ４としても公知）、ガレクチン−３（ＬＧＡＬＳ３としても公知）、ＶＥＧＦ−Ａ（ＶＥＧＦとしても公知）、ＡＴＰ６Ｓ１（ＡＴＰ６ＡＰ１としても公知）、ＭＡＧＥ−Ａ１、ｃＩＡＰ−１（ＢＩＲＣ２としても公知）、マクロファージ遊走阻止因子（ＭＩＦ）、ガレクチン−９（ＬＧＡＬＳ９としても公知）、プログラニュリンＰＧＲＮ（グラニュリンとしても公知）、ＯＧＦＲ、ＭＬＩＡＰ（ＢＩＲＣ７としても公知）、ＴＢＸ４（ＩＣＰＰＳ、ＳＰＳまたはＴ−ボックス４としても公知）、分泌型白血球タンパク質阻害物質（ｓｅｃｒｅｔｏｒｙ  ｌｅｕｋｏｃｙｔｅ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）（Ｓｌｐｉ）（抗ロイコプロテイナーゼ（ａｎｔｉｌｅｕｋｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ）としても公知）、Ａｎｇ２（ＡＮＧＰＴ２としても公知）、ガレクチン−１（ＬＧＡＬＳ１としても公知）、ＴＲＰ−２（ＤＣＴとしても公知）、ｈＴＥＲＴ（テロメラーゼ逆転写酵素）チロシナーゼ関連タンパク質１（ＴＲＰ−１、ＴＹＲＰ１）、ＮＯＲ−９０／ＵＢＦ−２（ＵＢＴＦとしても公知）、ＬＧＭＮ、ＳＰＡ１７、ＰＲＴＮ３、ＴＲＲＡＰ＿１、ＴＲＲＡＰ＿２、ＴＲＲＡＰ＿３、ＴＲＲＡＰ＿４、ＭＡＧＥＣ２、ＰＲＡＭＥ、ＳＯＸ１０、ＲＡＣ１、ＨＲＡＳ、ＧＡＧＥ４、ＡＲ、ＣＹＰ１Ｂ１、ＭＭＰ８、ＴＹＲ、ＰＤＧＦＲＢ、ＫＬＫ３、ＰＡＸ３、ＰＡＸ５、ＳＴ３ＧＡＬ５、ＰＬＡＣ１、ＲｈｏＣ、ＭＹＣＮ、ＲＥＧ３Ａ、ＣＳＡＧ２、ＣＴＡＧ２−１ａ、ＣＴＡＧ２−１ｂ、ＰＡＧＥ４、ＢＲＡＦ、ＧＲＭ３、ＥＲＢＢ４、ＫＩＴ、ＭＡＰＫ１、ＭＦＩ２、ＳＡＲＴ３、ＳＴ８ＳＩＡ１、ＷＤＲ４６、ＡＫＡＰ−４、ＲＧＳ５、ＦＯＳＬ１、ＰＲＭ２、ＡＣＲＢＰ、ＣＴＣＦＬ、ＣＳＰＧ４、ＣＣＮＢ１、ＭＳＬＮ、ＷＴ１、ＳＳＸ２、ＫＤＲ、ＡＮＫＲＤ３０Ａ、ＭＡＧＥＤ１、ＭＡＰ３Ｋ９、ＸＡＧＥ１Ｂ、ＰＲＥＸ２、ＣＤ２７６、ＴＥＫ、ＡＩＭ１、ＡＬＫ、ＦＯＬＨ１、ＧＲＩＮ２Ａ  ＭＡＰ３Ｋ５および��意の前述の腫瘍抗原の１つまたは複数のアイソフォームが挙げられる。例示的な腫瘍抗原を付随的な配列の一覧に提示する。
【０１９１】
腫瘍特異的抗原（ＴＳＡ、または新抗原）は、正常な宿主ゲノムにおいてはコードされない腫瘍抗原である（例えば、Yarchoanら、Nat. Rev. Cancer.、２０１７年２月２４日、ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｒｃ．２０１６．１５４；Gubinら、J. Clin. Invest.、１２５巻：３４１３〜３４２１頁（２０１５年）を参照されたい）。一部の実施形態では、ＴＳＡは、体細胞突然変異および／または他の遺伝学的変更から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、ミスセンスまたはインフレーム突然変異から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、フレームシフト突然変異または終止コドン消失（ｌｏｓｓ−ｏｆ−ｓｔｏｐ−ｃｏｄｏｎ）突然変異から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、挿入または欠失突然変異から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、重複または反復拡大突然変異から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、スプライスバリアントまたは不適切なスプライシングから生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、遺伝子融合から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、転座から生じる。一部の実施形態では、ＴＳＡは、腫瘍形成ウイルスタンパク質を含む。例えば、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＰｙＶ）に関連するメルケル細胞癌（ＭＣＣ）ならびにヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）に関連する子宮頸部、中咽頭および他の部位のがんと同様に、ＴＳＡは、ウイルスオープンリーディングフレームによってコードされるタンパク質を含む。本開示の目的に関して、「突然変異」および「突然変異（複数可）」という用語は、対象のがんまたは腫瘍細胞のゲノムではコードされるが、同じ対象の正常なまたは非がん性細胞ではコードされない抗原に生じ得る全ての突然変異および遺伝学的変更を包含する。一部の実施形態では、ＴＳＡは、対象に特異的（個人的）である。一部の実施形態では、ＴＳＡは、１よりも多くの対象、例えば、がんに罹患している対象の１％未満、１〜３％未満、１〜５％未満、１〜１０％未満、またはそれよりも多くにより共有される。一部の実施形態では、１よりも多くの対象により共有されるＴＳＡは、公知のものであり得るまたは予め選択され得る。
【０１９２】
一部の実施形態では、ＴＳＡは、ウイルス由来のオープンリーディングフレームによってコードされる。例えば、ライブラリーを、以下のウイルスのうちの１つからポリペプチドが発現されるように設計することができる：免疫不全ウイルス（例えば、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）、例えば、ＨＩＶ−１、ＨＩＶ−２）、肝炎ウイルス（例えば、Ｂ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）、Ｃ型肝炎ウイルス（ＨＣＶ）、Ａ型肝炎ウイルス、非Ａ型肝炎ウイルスおよび非Ｂ型肝炎ウイルス）、ヘルペスウイルス（例えば、単純ヘルペスウイルスＩ型（ＨＳＶ−１）、ＨＳＶ−２、水痘帯状疱疹ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、ヒトサイトメガロウイルス、ヒトヘルペスウイルス６（ＨＨＶ−６）、ＨＨＶ−７、ＨＨＶ−８）、ポックスウイルス（例えば、痘瘡、ワクシニア、サル痘、伝染性軟属腫ウイルス）、インフルエンザウイルス、ヒトパピローマウイルス、アデノウイルス、ライノウイルス、コロナウイルス、呼吸器合胞体ウイルス、狂犬病ウイルス、コクサッキーウイルス、ヒトＴ細胞白血病ウイルス（Ｉ型、ＩＩ型およびＩＩＩ型）、パラインフルエンザウイルス、パラミクソウイルス、ポリオウイルス、ロタウイルス、ライノウイルス、風疹ウイルス、麻疹ウイルス、流行性耳下腺炎ウイルス、アデノウイルス、黄熱ウイルス、ノーウォークウイルス、西ナイルウイルス、デングウイルス、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（ＳＡＲＳ−ＣｏＶ）、ブニヤウイルス、エボラウイルス、マールブルグウイルス、東部ウマ脳炎ウイルス、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、日本脳炎ウイルス、セントルイス脳炎ウイルス、フニンウイルス、ラッサウイルス、およびリンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス。他のウイルスのライブラリーも作製し、本明細書に記載の方法に従って使用することができる。
【０１９３】
腫瘍特異的抗原は、当技術分野で公知であり、そのいずれも、本明細書に記載の方法において使用することができる。一部の実施形態では、潜在的なまたは推定上の新抗原であるポリペプチドをコードする遺伝子配列を、がんを有する対象由来の腫瘍組織および健康な組織のゲノムおよび／またはエキソームを次世代シーケンシング技術を使用してシーケンシングすることによって決定する。一部の実施形態では、突然変異の発生頻度および潜在的なまたは推定上の新抗原をコードする能力に基づいて選択される遺伝子を、次世代シーケンシング技術を使用してシーケンシングする。次世代シーケンシングは、ゲノムシーケンシング、ゲノムリシーケンシング、トランスクリプトームプロファイリング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）、ＤＮＡ−タンパク質相互作用（ＣｈＩＰ−シーケンシング）、およびエピゲノム特徴付けに当てはまる（de Magalhaesら（２０１０年）Ageing Research Reviews、９巻（３号）：３１５〜３２３頁；Hall N（２００７年）J. Exp. Biol. ２０９巻（Ｐｔ９）：１５１８〜１５２５頁；Church（２００６年）Sci. Am.、２９４巻（１号）：４６〜５４頁；ten Boschら（２００８年）Journal of MolecularDiagnostics、１０巻（６号）：４８４〜４９２頁；Tucker Tら（２００９年）The American Journal of Human Genetics、８５巻（２号）：１４２〜１５４頁）。次世代シーケンシングを使用して、個々の腫瘍におけるコーディング突然変異、例えば、単一のアミノ酸の変化（例えば、ミスセンス突然変異、インフレーム突然変異）またはフレームシフト挿入、欠失、遺伝子融合、終止コドンのリードスルー突然変異、重複もしくは反復拡大突然変異、およびスプライスバリアントもしくは不適切にスプライスされたイントロンの翻訳、および転座（例えば、「ｎｅｏＯＲＦ」）によって生じる新規のアミノ酸のひと続きなどの、別個の突然変異の存在を急速に明らかにすることができる。
【０１９４】
潜在的なまたは推定上の新抗原を同定するための別の方法は、直接タンパク質シーケンシングである。タンデム質量分析（ＭＳ／ＭＳ）を含む多次元ＭＳ技法（ＭＳｎ）を使用した酵素的消化物のタンパク質シーケンシングを使用して新抗原を同定することもできる。そのようなプロテオミクス手法を迅速な、高度に自動化された分析のために使用することができる（例えば、Gevaertら、Electrophoresis、２１巻：１１４５〜１１５４頁（２０００年）を参照されたい）。発現された潜在的なまたは推定上の新抗原を同定するために、未知のタンパク質の新規シーケンシングのためのハイスループットな方法を使用して対象の腫瘍のプロテオームを分析することもできる。例えば、メタショットガンタンパク質シーケンシングを使用して、発現された潜在的なまたは推定上の新抗原を同定することができる（例えば、Guthalsら（２０１２年）Molecular and CellularProteomics、１１巻（１０号）：１０８４〜９６頁を参照されたい）。
【０１９５】
新抗原特異的Ｔ細胞応答を同定するために、ＭＨＣ多量体を使用して潜在的なまたは推定上の新抗原を同定することもできる。例えば、患者試料における新抗原特異的Ｔ細胞応答のハイスループットな分析を、ＭＨＣ四量体に基づくスクリーニング技法を使用して実施することができる（例えば、Hombrinkら（２０１１年）PLoS One；６巻（８号）：ｅ２２５２３頁；Hadrupら（２００９年）Nature Methods、６巻（７号）：５２０〜２６頁；van Rooijら（２０１３年）Journal of ClinicalOncology、３１巻：１〜４頁；およびHeemskerkら（２０１３年）EMBO Journal、３２巻（２号）：１９４〜２０３頁を参照されたい）。
【０１９６】
一部の実施形態では、これらの方法のうちの１つを使用して同定された１つまたは複数の公知のまたは予め選択された腫瘍特異的抗原、または１つまたは複数の潜在的なまたは推定上の腫瘍特異的抗原を本明細書に記載のライブラリーに含めることができる。
【０１９７】
腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）は、正常なゲノムにおいてコードされるタンパク質を含む（例えば、Wardら、Adv. Immunol.、１３０巻：２５〜７４頁（２０１６年）を参照されたい）。一部の実施形態では、ＴＡＡは、正常分化抗原または異常に発現された正常なタンパク質のいずれかである。ウィルムス腫瘍１（ＷＴ１）（Ohminamiら、Blood、９５巻：２８６〜２９３頁（２０００年））またはＨｅｒ２／ｎｅｕ（Kawashimaら、Cancer Res.、５９巻：４３１〜４３５頁（１９９９年））などの、成長／生存促進機能を保有する過剰発現された正常なタンパク質は、腫瘍形成プロセスに直接関与するＴＡＡである。タンパク質のリン酸化などの翻訳後修飾によってもＴＡＡの形成が導かれる可能性がある（Doyle、J. Biol. Chem.、２８１巻：３２６７６〜３２６８３頁（２００６年）；Cobbold、Sci. Transl. Med.、５巻：２０３ｒａ１２５（２０１３年））。ＴＡＡは、一般に、１よりも多くの対象、例えば、がんに罹患している対象の１％未満、１〜３％未満、１〜５％未満、１〜１０％未満、１〜２０％未満、またはそれよりも多くによって共有される。一部の実施形態では、ＴＡＡは、公知のまたは予め選択された腫瘍抗原である。一部の実施形態では、個々の対象に関して、ＴＡＡは、潜在的なまたは推定上の腫瘍抗原である。がん／精巣抗原（ＣＴＡ）は、種々の腫瘍型によって、および生殖組織（例えば、精巣、胎児卵巣および栄養膜）によって発現されるが、成体では他の正常組織における発現は限られている、または検出可能な発現はなく、一般に、正常な生殖細胞には存在せず、これは、これらの組織がＭＨＣクラスＩ分子を発現しないからである（例えば、Coulieら、Nat. Rev. Cancer、１４巻：１３５〜１４６頁（２０１４年）；Simpsonら、Nat. Rev. Cancer、５巻：６１５〜６２５頁（２００５年）；Scanlanら、Immunol. Rev.、１８８巻：２２〜３２頁（２００２年）を参照されたい）。
ライブラリースクリーニング
【０１９８】
抗原の提示のためのヒト細胞
本発明は、とりわけ、ヒト免疫細胞によって認識される腫瘍抗原を同定するための組成物および方法を提供する。ヒト抗原提示細胞は、ヒトリンパ球上の抗原受容体および他の免疫活性化分子のリガンドを発現する。ＭＨＣペプチド結合特異性および抗原プロセシング酵素の種間での差異を考慮すると、ヒト細胞によってプロセシングされ、提示される抗原は、非ヒト系において同定された抗原よりもｉｎ  ｖｉｖｏにおいてヒト抗原と生理的に関連する可能性が高い。したがって、これらの抗原を同定する方法では、候補腫瘍抗原ポリペプチドを提示させるためにヒト細胞を使用する。ライブラリーメンバーを内部に取り込まれ、ライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドをＭＨＣ分子上に提示する任意のヒト細胞を、本開示に従って抗原提示細胞として使用することができる。一部の実施形態では、抗原の提示のために使用されるヒト細胞は、初代ヒト細胞である。細胞は、ヒトの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含み得る。一部の実施形態では、抗原提示アッセイにおいて使用する前に末梢血液細胞をサブセット（例えば、樹状細胞、マクロファージ、単球、Ｂ細胞、またはこれらの組合せを含むサブセット）に分離する。一部の実施形態では、ＭＨＣクラスＩＩを発現する細胞のサブセットを末梢血から選択する。一実施例では、樹状細胞を含む細胞集団を末梢血から単離する。一部の実施形態では、樹状細胞のサブセットを単離する（例えば、形質細胞様、骨髄性、またはそのサブセット）。ヒト樹状細胞マーカーとしては、ＣＤ１ｃ、ＣＤ１ａ、ＣＤ３０３、ＣＤ３０４、ＣＤ１４１、およびＣＤ２０９が挙げられる。細胞は、これらのマーカーの１つまたは複数の発現に基づいて選択することができる（例えば、ＣＤ３０３、ＣＤ１ｃ、およびＣＤ１４１を発現する細胞）。
【０１９９】
樹状細胞は、市販のキット（例えば、Ｍｉｌｔｅｎｙｉ  Ｂｉｏｔｅｃ  Ｉｎｃ．）を使用し、末梢血からの正の選択によって単離することができる。一部の実施形態では、樹状細胞を、アッセイにおいて使用する前にｅｘ  ｖｉｖｏで増大させる。樹状細胞は、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける単球前駆体の樹状細胞への分化が促進される条件下で末梢血液細胞を培養することによっても作製することができる。これらの条件は、一般には、細胞をＧＭ−ＣＳＦおよびＩＬ−４などのサイトカインの存在下で培養することを含む（例えば、Inabaら、Isolation of dendritic cells、Curr. Protoc. Immunol. May；第３章：第３．７部、２００１年を参照されたい）。造血幹細胞および造血前駆細胞（例えば、骨髄または末梢血から取得したもの）のｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける増大、ならびに、これらの細胞のｉｎ  ｖｉｔｒｏにおける樹状細胞への分化の手順は、米国特許第５，１９９，９４２号、および米国特許公開第２００３００７７２６３号に記載されている。簡単に述べると、ＣＤ３４＋造血幹細胞および造血前駆細胞を末梢血または骨髄から単離し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて、Ｆｌｔ３−Ｌ、ＩＬ−１、ＩＬ−３、およびｃ−ｋｉｔリガンドの１つまたは複数を含む培養条件で増大させる。
【０２００】
一部の実施形態では、ヒトＭＨＣ分子（例えば、ヒト細胞、またはヒトＭＨＣ分子を発現するように工学的に操作された非ヒト細胞）を発現する不死化細胞を抗原提示のために使用する。例えば、ヒトＭＨＣ分子をトランスフェクトしたＣＯＳ細胞、またはＨｅＬａ細胞をアッセイに使用することができる。
【０２０１】
一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞および免疫細胞はどちらも同じ対象に由来するものである（例えば、自己由来Ｔ細胞およびＡＰＣを使用する）。これらの実施形態では、アッセイに利用可能な細胞の収率を最大にするために、対象の末梢血由来の細胞のサブセットを逐次的に単離することが有利であり得る。例えば、まず、ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットおよびＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットを末梢血から単離することができる。次に、樹状細胞（ＤＣ）をＴ細胞枯渇細胞集団から単離する。残りのＴ枯渇およびＤＣ枯渇細胞を、アッセイへのＤＣの補充に使用するか、または、単独で抗原提示細胞として使用する。一部の実施形態では、ＤＣをＴ枯渇およびＤＣ枯渇細胞と共に、１：２、１：３、１：４、または１：５の比率でアッセイに使用する。一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞および免疫細胞は、異なる対象に由来するものである（例えば、異種Ｔ細胞およびＡＰＣを使用する）。
【０２０２】
抗原提示細胞は、末梢血以外の供給源から単離することができる。例えば、抗原提示細胞は、スクリーニングアッセイにおいて使用するために、粘膜組織（例えば、鼻、口、気管支組織、気管組織、胃腸管、生殖路（例えば、膣組織）、または関連するリンパ組織）、腹膜腔、リンパ節、脾臓、骨髄、胸腺、肺、肝臓、腎臓、ニューロン組織、内分泌組織、または他の組織から取得することができる。一部の実施形態では、細胞を免疫応答が活発な部位である組織（例えば、潰瘍、びらん、または膿瘍）から取得する。細胞は、外科的に、洗浄によって、または他の手段で取り出した組織から単離することができる。
【０２０３】
本明細書に記載の方法において有用な抗原提示細胞は、「プロフェッショナル」抗原提示細胞に限定されない。一部の実施形態では、非プロフェッショナル抗原提示細胞を本開示の方法の実施において有効に利用することができる。非プロフェッショナル抗原提示細胞としては、線維芽細胞、上皮細胞、内皮細胞、ニューロン／グリア細胞、プロフェッショナル抗原提示細胞ではないリンパ系または骨髄細胞（例えば、Ｔ細胞、好中球）、筋肉細胞、肝細胞、および他の型の細胞が挙げられる。
【０２０４】
抗原提示細胞を、目的のポリペプチド（および、所望であれば、細胞溶解素ポリペプチド）を発現するライブラリーメンバーと一緒に、抗原提示細胞によりライブラリーメンバーによって発現されるポリペプチドが内部に取り込まれ、プロセシングされ、ＭＨＣ分子上に提示される条件下で培養する。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーを、抗原提示細胞と一緒に培養する前に死滅させるまたは不活化する。細胞またはウイルスは、任意の適切な作用剤によって不活化することができる（例えば、有機溶媒を用いた固定、照射、凍結）。一部の実施形態では、ライブラリーメンバーは、タグ（例えば、１つまたは複数の公知のＴ細胞エピトープを含むタグ）またはレポータータンパク質と連結したＯＲＦを発現する細胞であり、その発現は培養前に検証されている。
【０２０５】
一部の実施形態では、抗原提示細胞をライブラリーメンバーと一緒に３７℃で３０分から５時間の間にわたって（例えば、４５分〜１．５時間にわたって）インキュベートする。インキュベート後、抗原提示細胞を洗浄して、内部に取り込まれなかったライブラリーメンバーを除去することができる。ある特定の実施形態では、抗原提示細胞は非接着性であり、洗浄には細胞の遠心分離が必要になる。洗浄された抗原提示細胞を、抗原プロセシングを可能にするために、リンパ球に曝露させる前に３７℃でさらなる期間（例えば、３０分〜２時間）にわたってインキュベートすることができる。一部の実施形態では、抗原提示細胞を、リンパ球に曝露させる前に固定し、死滅させることが望ましい（例えば、細胞を１％パラホルムアルデヒドで処理することによって）。
【０２０６】
抗原提示細胞およびライブラリーメンバーの数は、ライブラリーメンバーによりＭＨＣ分子上への提示に十分な数量の目的のポリペプチドがもたらされる限りは、変動させることができる。一部の実施形態では、抗原提示細胞をアレイにおいて提供し、各セットが異なる目的のポリペプチドを発現するライブラリー細胞のセットと接触させる。ある特定の実施形態では、アレイ内の各場所に抗原提示細胞を１×１０３〜１×１０６個含め、細胞を、細菌細胞であるライブラリー細胞１×１０３〜１×１０８個と接触させる。
【０２０７】
本明細書に記載の実施形態のいずれかでは、抗原提示細胞を、ライブラリー細胞と一緒にインキュベートする前またはライブラリー細胞と一緒にインキュベートした後に、新鮮に単離し、培養物で維持し、かつ／または凍結保管から解凍することができる。
【０２０８】
ヒトリンパ球
本開示の方法では、ヒトリンパ球を、抗原提示細胞、例えば、上記の通り目的のポリペプチドを発現するライブラリーと一緒にインキュベートした抗原提示細胞に対する抗原特異的反応性について試験する。本開示の方法により、個体から単離されたリンパ球、または当該細胞の後代のプールを使用してヒト抗原を迅速に同定することが可能になる。抗原特異的応答の検出は、個々のＴ細胞クローンを単離するために労力を要する手順に依拠するものではない。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、初代リンパ球である。一部の実施形態では、ヒトリンパ球は、ＮＫＴ細胞、ガンマ−デルタＴ細胞、またはＮＫ細胞である。抗原提示細胞を抗原提示アッセイにおいて使用する前にサブセットに分離することができるのと同じく、特定のマーカーまたは他の特徴を有するリンパ球の集団を使用することができる。一部の実施形態では、Ｔリンパ球の集団を単離する。一部の実施形態では、ＣＤ４＋Ｔ細胞の集団を単離する。一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞の集団を単離する。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子との関連で提示されるペプチド抗原を認識する。したがって、一部の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、目的のポリペプチドに加えて細胞溶解素ポリペプチドを同時発現するライブラリー宿主細胞に曝露させた抗原提示細胞と共に使用する。例えば、特定の表現型を有する細胞をもたらすために、他の細胞表面マーカーを発現するＴ細胞サブセットを単離することもできる。これらとしては、ＣＬＡ（皮膚ホーミングＴ細胞に関して）、ＣＤ２５、ＣＤ３０、ＣＤ６９、ＣＤ１５４（活性化Ｔ細胞に関して）、ＣＤ４５ＲＯ（メモリーＴ細胞に関して）、ＣＤ２９４（Ｔｈ２細胞に関して）、γ／δＴＣＲ発現細胞、ＣＤ３およびＣＤ５６（ＮＫ  Ｔ細胞に関して）が挙げられる。他のサブセットを選択することもできる。
【０２０９】
リンパ球は、当技術分野で公知の任意の手段によって単離し、分離することができる（例えば、磁気ビーズ分離、パニング、またはフローサイトメトリーを使用するものなどの、抗体に基づく方法を使用して）。ヒトリンパ球およびそのサブセットを同定し、単離するための試薬は周知であり、市販されている。
【０２１０】
本明細書に記載の方法における使用のためのリンパ球は、末梢血単核細胞から単離することもでき、ヒトの他の組織から単離することもできる。一部の実施形態では、リンパ球を腫瘍、リンパ節、粘膜組織（例えば、鼻、口、気管支組織、気管組織、胃腸管、生殖路（例えば、膣組織）、または関連するリンパ組織）、腹膜腔、脾臓、胸腺、肺、肝臓、腎臓、ニューロン組織、内分泌組織、腹膜腔、骨髄、または他の組織から取得する。一部の実施形態では、細胞を免疫応答が活発な部位である組織（例えば、潰瘍、びらん、または膿瘍）から取得する。細胞は、外科的に、洗浄によって、または他の手段で取り出した組織から単離することができる。
【０２１１】
個体から取得したリンパ球は、抗原提示アッセイにおいて使用するまで培養物中で維持することもでき、凍結させることもできる。一部の実施形態では、新鮮に単離したリンパ球を、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて、上記の通りライブラリー細胞に曝露させた抗原提示細胞によって刺激することができる。一部の実施形態では、これらのリンパ球は、事前の非抗原特異的増大を必要とせずに、検出可能な刺激を示す。しかし、初代リンパ球では、最初にｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて非特異的に刺激した時に検出可能な抗原特異的応答も引き出される。したがって、一部の実施形態では、リンパ球を抗原提示アッセイにおいて使用する前にｉｎ  ｖｉｔｒｏで非抗原特異的に刺激して増殖させる。リンパ球を抗原提示アッセイにおいて使用する前に抗原特異的に刺激することもできる。一部の実施形態では、細胞をライブラリーによって刺激して増殖させる（例えば、ライブラリーを使用する抗原提示アッセイにおいて使用する前に）。細胞をｉｎ  ｖｉｔｒｏで増大させることにより、アッセイにおいて使用するための細胞がより多数もたらされる。初代Ｔ細胞を、例えば、フィトヘマグルチニンまたはコンカナバリンなどのポリクローナルＴ細胞マイトジェンに曝露させることによって、増殖を刺激する抗体で処理することによって、または抗体でコーティングされた粒子で処理することによって、刺激して増大させることができる。一部の実施形態では、Ｔ細胞を、抗ＣＤ２抗体、抗ＣＤ３抗体、および抗ＣＤ２８抗体で処理することによって増大させる。一部の実施形態では、Ｔ細胞を、インターロイキン２で処理することによって増大させる。一部の実施形態では、リンパ球を、抗原提示細胞と接触させる前に、凍結保管から解凍し、増大させる（例えば、例えば、非抗原特異的にまたは抗原特異的に、刺激して増殖させる）。一部の実施形態では、リンパ球を、抗原提示細胞と接触させる前に凍結保管から解凍し、増大させない。一部の実施形態では、リンパ球を、抗原提示細胞と接触させる前に、新鮮に単離し、増大させる（例えば、例えば、非抗原特異的にまたは抗原特異的に、刺激して増殖させる）。
【０２１２】
抗原提示アッセイ
抗原提示アッセイでは、Ｔ細胞を上記の方法に従って調製した抗原提示細胞と一緒に、抗原提示細胞上のＭＨＣ分子によって提示されるペプチドのＴ細胞による認識が可能になる条件下で培養する。一部の実施形態では、Ｔ細胞を抗原提示細胞と一緒に、３７℃で１２〜４８時間（例えば、２４時間）インキュベートする。一部の実施形態では、Ｔ細胞を抗原提示細胞と一緒に、３７℃で３日間、４日間、５日間、６日間、７日間、または８日間インキュベートする。抗原提示細胞およびＴ細胞の数は、変動させることができる。一部の実施形態では、所与のアッセイにおけるＴ細胞の抗原提示細胞に対する比は、１：１０、１：５、１：２、１：１、２：１、５：１、１０：１、２０：１、２５：１、３０：１、３２：１、３５：１または４０：１である。一部の実施形態では、抗原提示細胞をアレイにおいて提供し（例えば、９６ウェルプレート中）、アレイの各場所の細胞は、各セットが異なる目的のポリペプチドを含むライブラリー細胞のセットと接触させたものである。ある特定の実施形態では、アレイ内の各場所に抗原提示細胞１×１０３〜１×１０６個を含め、当該細胞をＴ細胞１×１０３〜１×１０６個と接触させる。
【０２１３】
Ｔ細胞を抗原提示細胞と一緒にインキュベートした後、培養物を活性化についてアッセイする。リンパ球活性化は、当技術分野で公知の任意の手段、例えば、Ｔ細胞増殖、受容体のリン酸化または脱リン酸化、カルシウム流、細胞骨格再構成、サイトカインまたは可溶性メディエーターなどの免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大または減少、１つまたは複数の細胞表面マーカーの発現の増大または減少によって検出することができる。一部の実施形態では、培養上清を回収し、活性化に関連する１つまたは複数のポリペプチド、例えば、サイトカイン、可溶性メディエーター、細胞表面マーカー、または他の免疫メディエーターの発現および／または分泌の増大および／または減少についてアッセイする。一部の実施形態では、１つまたは複数のサイトカインは、ＴＲＡＩＬ、ＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−１２ｐ７０、ＩＬ−２、ＴＮＦ−アルファ、ＭＩＰ１−アルファ、ＭＩＰ１−ベータ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＭＣＰ１、ＲＡＮＴＥＳ、ＩＬ−１ベータ、ＩＬ−４、ＩＬ−６、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１５、ＣＸＣＬ１１、ＩＬ−３、ＩＬ−５、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８、ＩＬ−２１、ＩＬ−２２、ＩＬ−２３Ａ、ＩＬ−２４、ＩＬ−２７、ＩＬ−３１、ＩＬ−３２、ＴＧＦ−ベータ、ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、ＴＲＡＮＣＥ（ＲＡＮＫ  Ｌとしても公知）、ＭＩＰ３−アルファ、およびフラクタルカインから選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の可溶性メディエーターは、グランザイムＡ、グランザイムＢ、ｓＦａｓ、ｓＦａｓＬ、パーフォリン、およびグラニュライシンから選択される。一部の実施形態では、１つまたは複数の細胞表面マーカーは、ＣＤ１０７ａ、ＣＤ１０７ｂ、ＣＤ２５、ＣＤ６９、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ１３７（４−１ＢＢ）、ＣＤ４４、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ２７、ＣＣＲ７、ＣＤ１５４（ＣＤ４０Ｌ）、ＫＬＲＧ−１、ＣＤ７１、ＨＬＡ−ＤＲ、ＣＤ１２２（ＩＬ−２ＲＢ）、ＣＤ２８、ＩＬ７Ｒａ（ＣＤ１２７）、ＣＤ３８、ＣＤ２６、ＣＤ１３４（ＯＸ−４０）、ＣＴＬＡ−４（ＣＤ１５２）、ＬＡＧ−３、ＴＩＭ−３（ＣＤ３６６）、ＣＤ３９、ＰＤ１（ＣＤ２７９）、ＦｏｘＰ３、ＴＩＧＩＴ、ＣＤ１６０、ＢＴＬＡ、２Ｂ４（ＣＤ２４４）、およびＫＬＲＧ１から選択される。培養上清中のサイトカイン分泌は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ビーズアレイによって、例えば、Ｌｕｍｉｎｅｘ（登録商標）アナライザーを用いて検出することができる。サイトカイン産生も、Ｔ細胞から単離されたｍＲＮＡのＲＴ−ＰＣＲによって、またはＴ細胞によって放出されたサイトカインのＥＬＩＳＰＯＴ分析によってアッセイすることができる。一部の実施形態では、培養物中でのＴ細胞の増殖を決定する（例えば、３Ｈチミジンの組み入れを検出することによって）。一部の実施形態では、標的細胞溶解を決定する（例えば、Ｎａ２５１ＣｒＯ４で標識された抗原提示細胞のＴ細胞依存的溶解を検出することによって）。標的細胞溶解アッセイは、一般にはＣＤ８＋Ｔ細胞を用いて実施される。これらの検出方法に関するプロトコールは公知である。例えば、Current Protocols In Immunology、John E.Coliganら（編）、Wiley and Sons、NewYork、N.Y.、２００７年を参照されたい。これらの検出方法では、例えば、非抗原特異的バックグラウンド活性化を調整するため、抗原提示細胞の提示能力を確認するため、およびリンパ球の生存能力を確認するために妥当な対照を使用することが当業者には理解される。
【０２１４】
一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞およびリンパ球は、同じ個体由来である。一部の実施形態では、方法において使用される抗原提示細胞およびリンパ球は、異なる個体由来である。
【０２１５】
一部の実施形態では、例えば、応答の検出を増強するため、または弱い最初の応答を増強するために、抗原提示細胞への曝露の１つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来のリンパ球を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。一部の実施形態では、例えば、応答の検出を増強するため、または弱い最初の応答を増強するために、ライブラリーへの曝露の１つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来の抗原提示細胞を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。一部の実施形態では、例えば、応答の検出を増強するため、または弱い最初の応答を増強するために、抗原提示細胞への曝露の１つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来のリンパ球、およびライブラリーへの曝露の１つまたは複数の前のラウンドを受けた同じ個体由来の抗原提示細胞を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。一部の実施形態では、例えば、多数の個体によって認識される抗原を同定する、または個体間で異なる反応性を比較するために、異なる個体由来の抗原提示細胞およびリンパ球を使用して抗原提示アッセイを繰り返す。
【０２１６】
腫瘍抗原を同定する方法
本明細書に記載の方法の１つの利点は、臨床的に意義のあるヒト抗原を同定できることである。がんを有するヒトは、以前の曝露から生じる適応免疫応答の産物である、腫瘍抗原を特異的に認識するリンパ球を有する可能性がある。一部の実施形態では、これらの細胞は、がんを有さない個体由来の細胞よりも高い発生頻度で存在し、かつ／または、これらの細胞は、妥当な抗原性刺激に再曝露すると容易に再活性化される（例えば、細胞は、「メモリー」細胞である）。したがって、がんを有するまたはがんを有していたヒトは、ｉｎ  ｖｉｔｒｏにおいて抗原を同定するための細胞の特に有用なドナーである。個体は、がんから回復した個体であり得る。一部の実施形態では、個体は、最近がんと診断された（例えば、個体は、リンパ球および／または抗原提示細胞を当該個体から単離する前１年未満、３カ月未満、２カ月未満、１カ月未満、または２週間未満のうちに診断された）。一部の実施形態では、個体は、リンパ球および／または抗原提示細胞を単離する３カ月前よりも前、６カ月前よりも前、または１年前よりも前にがんを有すると最初に診断された。
【０２１７】
一部の実施形態では、メンバーが目的のポリペプチドを発現するまたは保有する、細胞のライブラリーと接触させた抗原提示細胞に対してリンパ球をスクリーニングし、リンパ球は、がんと診断されていない個体由来のものである。一部の実施形態では、そのようなリンパ球を使用して、バックグラウンド（すなわち、非抗原特異的な）反応性を決定する。一部の実施形態では、そのようなリンパ球を使用して、非がん個体に存在する、当該リンパ球に反応性の抗原を同定する。
【０２１８】
多数のドナー（例えば、がんを有する多数の対象）由来の細胞を採取し、本明細書に記載の方法においてアッセイすることができる。一部の実施形態では、所与の腫瘍抗原が集団の広範な部分において反応性であるかどうかを決定するため、または集団の広範な部分で有効である免疫原性組成物を作製するために後で組み合わせることができる多数の腫瘍抗原を同定するために、多数のドナー由来の細胞をアッセイする。
【０２１９】
抗原提示アッセイは、感染性疾患および非感染性疾患のどちらの状況においても有用である。本明細書に記載の方法は、ヒト細胞性免疫の迅速な評価が有益である任意の状況に適用可能である。一部の実施形態では、新生細胞（例えば、腫瘍細胞）によって示差的に発現されるポリペプチドに対する抗原反応性を評価する。新生細胞によって示差的に発現される核酸のセットがサブトラクティブハイブリダイゼーションなどの確立された技法を使用して同定されている。本明細書に記載の方法を使用して、抗腫瘍免疫応答が生じた対象において機能的であった抗原を同定することができる。他の実施形態では、方法を使用して、対象が腫瘍抗原または腫瘍抗原のセットと反応するリンパ球を有するかどうかを評価する。
【０２２０】
一部の実施形態では、抗原提示アッセイを使用して、個体、例えば、自己免疫性状態の素因がある、またはそれに罹患している個体の細胞における自己抗原に対する反応性を調査する。そのような方法を、個体の病態に関する診断または予後インジケーターをもたらすため、または自己抗原を同定するために使用することができる。これらのアッセイのために、一部の実施形態では、ヒトポリペプチドのアレイを含むライブラリーを調製する。一部の実施形態では、自己抗原に対する交差反応性応答を引き出す疑いがある感染因子由来のポリペプチドを含むライブラリーを調製する。交差反応性自己免疫応答を引き出すと考えられる感染因子由来の抗原の例については、Barzilaiら、Curr Opin Rheumatol.、１９巻（６号）：６３６〜４３頁、２００７年；Ayadaら、Ann N Y Acad Sci.、１１０８巻：５９４〜６０２頁、２００７年；Drouinら、Mol Immunol.、４５巻（１号）：１８０〜９頁、２００８年；およびBach、J Autoimmun.、２５巻補遺：７４〜８０頁、２００５年を参照されたい。
【０２２１】
考察の通り、本開示は、目的のポリペプチドをライブラリー内に含める（例えば、ライブラリー細胞において発現させるまたは粒子もしくはビーズ中もしくは上に保有させる）方法を含む。ライブラリーのメンバーが抗原提示細胞によって内部に取り込まれた後、目的のポリペプチドは抗原提示細胞内でタンパク質分解によりプロセシングされ、ポリペプチドのペプチド断片が抗原提示細胞において発現されるＭＨＣ分子上に提示される。本明細書に記載のアッセイにおいてヒトリンパ球を刺激するポリペプチドの同一性は、刺激を生じさせた抗原提示細胞にもたらされたライブラリー細胞のセットの調査から決定することができる。一部の実施形態では、観察された刺激を生じさせるためにＭＨＣ分子が結合するポリペプチド内のエピトープをマッピングすることが有用である。このエピトープ、またはそれが由来するより長いポリペプチド（どちらも本明細書では「抗原」と称される）は、免疫原性組成物のための、または今後の抗原提示アッセイにおける抗原性刺激のための基礎を形成し得る。
【０２２２】
ＭＨＣ分子が結合するペプチドを同定する方法は公知である。一部の実施形態では、目的のポリペプチドの欠失突然変異体を生成し、これらを、リンパ球を刺激する能力について試験することによってエピトープを同定する。抗原提示細胞によってプロセシングされ、提示された時にリンパ球を刺激する能力を失う欠失では、ペプチドエピトープが失われている。一部の実施形態では、目的のポリペプチドの一部分に対応するペプチドを合成し、ペプチドを、リンパ球を刺激する能力について試験すること（例えば、抗原提示細胞をペプチドでパルスする抗原提示アッセイにおいて）によってエピトープを同定する。ＭＨＣが結合するペプチドを同定する他の方法は、抗原性ペプチドを含む抗原提示細胞の溶解、細胞溶解物由来のＭＨＣ分子のアフィニティー精製、ならびにその後の、ＭＨＣからのペプチドの溶出および分析を伴う（Falk, K.ら、Nature、３５１巻：２９０頁、１９９１年、および米国特許第５，９８９，５６５号）。
【０２２３】
他の実施形態では、抗原に応答して増大したクローンＴ細胞受容体を同定することが有用である。クローンＴ細胞受容体は、Ｔ細胞受容体レパートリーのＤＮＡシーケンシングによって同定される（Howieら、２０１５年、Sci Trans Med、７巻：３０１頁）。ＴＣＲ特異性および機能を同定することにより、ＴＣＲを他の細胞型にトランスフェクトし、機能的研究においてまたは新規の免疫療法のために使用することができる。
他の実施形態では、対象における腫瘍抗原に対して応答性のＴ細胞を同定し、単離することが有用である。単離されたＴ細胞をｅｘ  ｖｉｖｏで増大させ、がん治療または予防法のために対象に投与することができる。
【０２２４】
対象の免疫応答を同定する方法
本開示は、１または複数の対象（例えば、試験対象、または標的対象）の免疫応答を同定する方法を提供する。一部の実施形態では、１または複数の対象（例えば、試験対象または標的対象）の免疫応答を、ａ）腫瘍抗原（例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および／もしくは他の目的のポリペプチド）のパネルを含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、ｂ）ライブラリーを対象由来の抗原提示細胞と接触させ、ｃ）抗原提示細胞を対象由来のリンパ球と接触させ、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および／または抑制されるのか、活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定することによって決定する。一部の実施形態では、ライブラリーは、約１種、約３種、約５種、約１０種、約１５種、約２０種、約２５種、約３０種、約４０種、約５０種、約６０種、約７０種、約８０種、約９０種、約１００種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。
【０２２５】
一部の実施形態では、試験対象は、（ｉ）がん治療を受けていないがん対象；（ｉｉ）がん治療に対して、臨床的に、応答しなかったおよび／または応答していないおよび／または負に応答した、がん対象；または（ｉｉｉ）がんと診断されていない対象である。
【０２２６】
一部の実施形態では、標的対象は、（ｉ）がん治療に対して臨床的に正に応答するまたは応答したがん対象（「応答性対象」）；（ｉｉ）がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび／または応答していないおよび／または負に応答したがん対象（「非応答性対象」）；（ｉｉｉ）がんに対して自然に応答するまたは応答したがん対象（「自然標的対象」）；または（ｖｉ）がんと診断されていない対象（「正常な対象」）である。
【０２２７】
一部の実施形態では、リンパ球の刺激、非刺激、阻害および／もしくは抑制、活性化、ならびに／または非応答性を、本明細書に記載の１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインまたは他の免疫メディエーターのレベルを評価することによって決定する。一部の実施形態では、対照レベルよりも少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、２００％またはそれよりも大きく高い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の刺激が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均よりも少なくとも１、２、３、４または５標準偏差大きい、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の刺激が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）大きい、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の刺激が示される。一部の実施形態では、対照は、陰性対照、例えば、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローンである。一部の実施形態では、対照レベルよりも少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、２００％またはそれよりも大きく低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の阻害および／または抑制が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均より少なくとも１、２、３、４または５標準偏差低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の阻害および／または抑制が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値より少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の阻害および／または抑制が示される。一部の実施形態では、対照は、陰性対照、例えば、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローンである。一部の実施形態では、対照レベルより少なくとも２０％、４０％、６０％、８０％、１００％、１２０％、１４０％、１６０％、１８０％、２００％またはそれよりも大きく高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球活性化が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均より少なくとも１、２、３、４または５標準偏差高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球活性化が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値よりも少なくとも１、２、３、４または５中央絶対偏差（ＭＡＤ）高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球活性化が示される。一部の実施形態では、対照は、陰性対照、例えば、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローンである。一部の実施形態では、対照レベルの約２０％、１５％、１０％、５％、またはそれ未満の範囲内である、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の非応答性または非刺激が示される。一部の実施形態では、対照レベルの平均より１標準偏差未満または２標準偏差未満高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の非応答性または非刺激が示される。一部の実施形態では、対照に対する応答レベル中央値より１中央絶対偏差（ＭＡＤ）未満または２中央絶対偏差（ＭＡＤ）未満高いまたは低い、１つまたは複数の発現または分泌されたサイトカインのレベルにより、リンパ球の非応答性または非刺激が示される。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、異なるサイトカイン（例えば、１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１２種、１４種、１６種、１８種、２０種、またはそれよりも多くのサイトカイン）のパネル、ならびに、サイトカインのパネルの各メンバーの産生、発現または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および／もしくは抑制する、活性化する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である腫瘍抗原の総数（例えば、ライブラリー由来の異なる腫瘍抗原の全部または一部分の総数）の数量化、同定、および／または表示を含み得る。
【０２２８】
対象応答プロファイルを得る方法
本開示は、試験対象から対象応答プロファイル（「対象応答プロファイル」）を得るための方法を提供する。
【０２２９】
一部の実施形態では、試験対象の対象応答プロファイルを、ａ）腫瘍抗原（例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および／もしくは他の目的のポリペプチド）のパネルを含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、ｂ）ライブラリーを試験対象由来の抗原提示細胞と接触させ、ｃ）抗原提示細胞を試験対象由来のリンパ球と接触させ、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および／または抑制されるのか、活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定して、対象応答プロファイルを得ることによって得る。一部の実施形態では、ライブラリーは、約１種、約３種、約５種、約１０種、約１５種、約２０種、約２５種、約３０種、約４０種、約５０種、約６０種、約７０種、約８０種、約９０種、約１００種、約１５０種、約２００種、約２５０種、約５００種、約１０００種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。
【０２３０】
対象応答プロファイルは、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、リンパ球を阻害および／または抑制する、リンパ球を活性化する、またはリンパ球がそれに対して非応答性である、本開示の方法によって同定される腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および／または表示を含み得る。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、１つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および／または表示をさらに含む。
【０２３１】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現または分泌を刺激する、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または免疫メディエーターの発現または分泌に影響を及ぼさないもしくは最小の影響を及ぼす、本開示の方法によって同定される腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および／または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、１つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および／または表示をさらに含む。
【０２３２】
標的応答プロファイルを得る方法
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、標的対象、例えばがん治療に対して臨床的に応答するおよび／または応答したがん対象；がん治療に対して臨床的に応答しないおよび／または応答しなかったがん対象；がんに対する自然応答を有する、または有していた対象；またはがんと診断されていない対象由来の対応する応答プロファイル（標的対象の「標的応答プロファイル」）と比較する。
【０２３３】
本開示は、標的対象から標的応答プロファイルを得るための方法を提供する。標的対象の標的応答プロファイルを、ａ）対象応答プロファイルを生成するために使用されるのと同じ腫瘍抗原（例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載の腫瘍抗原、または本明細書に記載の方法を使用して同定された腫瘍抗原、潜在的な腫瘍抗原、および／もしくは他の目的のポリペプチド）のパネルの全部または一部分を含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、ｂ）ライブラリーを標的対象由来の抗原提示細胞と接触させ、ｃ）抗原提示細胞を標的対象由来のリンパ球と接触させ、ｄ）１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および／もしくは抑制されるのか、それによって活性化されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定して、標的応答プロファイルを得ることによって得る。
【０２３４】
標的応答プロファイルは、標的対象由来の細胞の、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原のパネルに対する免疫応答の数量化、同定、および／または表示を含む。
【０２３５】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、リンパ球を阻害および／もしくは抑制する、リンパ球を活性化する、ならびに／またはリンパ球がそれに対して非応答性である腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および／または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、１つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および／または表示をさらに含む。
【０２３６】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌を刺激する、１つまたは複数の免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／もしくは抑制する、ならびに／または免疫メディエーターの発現および／または分泌に影響を及ぼさないもしくは最小の影響を及ぼす、本開示の方法によって同定される腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および／または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルは、１つまたは複数の免疫メディエーター、例えば、１つまたは複数のサイトカインの発現または分泌のレベルの数量化、同定、および／または表示をさらに含む。
【０２３７】
対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較
リンパ球
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
【０２３８】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。
【０２３９】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
【０２４０】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球を活性化する同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しないまたはリンパ球がそれに対して非応答性である同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイルにおけるリンパ球がそれに対して応答性ではないまたは最小に応答性である同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。
【０２４１】
サイトカイン
一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、サイトカインの産生、発現および／または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および／もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である１つまたは複数のサイトカインおよび腫瘍抗原の総数（例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数）の数量化、同定、および／または表示を含み得る。一部の実施形態では、標的応答プロファイルは、異なるサイトカインのパネル（例えば、対象応答プロファイルに含まれるサイトカインのうちの１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１２種、１４種、１６種、１８種、２０種、またはそれよりも多く（例えば、全て））、ならびにサイトカインのパネルの産生、発現および／または分泌を刺激する、刺激しない、阻害および／もしくは抑制する、またはそれに対して影響を及ぼさないもしくはそれに対する影響が最小である腫瘍抗原の総数（例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数）の数量化、同定、および／または表示を含み得る。
【０２４２】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌を刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌を刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを阻害および／または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌を阻害および／または抑制する抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌に対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインに対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似している。
【０２４３】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌を刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌を刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌を阻害および／または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを阻害および／または抑制する抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインの発現および／または分泌に対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数が、標的応答プロファイルに含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインに対して影響を及ぼさないまたはそれに対する影響が最小である抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。
【０２４４】
前述の方法は、潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチド、ならびに腫瘍抗原をコードするライブラリーを用いて得られる対象応答プロファイルおよび標的応答プロファイルに適用される。
【０２４５】
対象をがん治療のために同定／選択する方法
本開示は、試験対象、例えば、がん対象を、がん治療（例えば、本明細書に記載のがん治療）の開始、継続、改変、および／または中止または一部の場合では不開始のために同定する方法を提供する。一般に、そのような方法は、がん治療を受けていないがん対象（またはがん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび／または応答していないおよび／または負に応答したがん対象）の１つまたは複数の免疫応答を、（ｉ）がん治療に対して臨床的に正に応答するまたは応答したがん対象（「応答性対象」）；（ｉｉ）がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび／または応答していないおよび／または負に応答したがん対象（「非応答性対象」）；（ｉｉｉ）がんに対して自然に応答するまたは応答したがん対象（「自然対象」）；ならびに／または、（ｖｉ）がんと診断されていない対象（「正常な対象」）であり得る標的対象の１つまたは複数の免疫応答と比較することを含む。
【０２４６】
応答性対象の１つまたは複数の免疫応答と同じまたは類似している、および／または、非応答性対象の１つまたは複数の免疫応答と類似していない試験対象の１つまたは複数の免疫応答により、試験対象が、がん治療を開始するべきである、および／または継続するべきである、および／または改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきであることが示される。応答性対象の１つまたは複数の免疫応答と類似していない、および／または、非応答性対象の１つまたは複数の免疫応答と類似している（または同じである）試験対象の１つまたは複数の免疫応答により、がん対象が、がん治療を開始するべきでない、および／または中止するべきである、および／または改変する（例えば、低減する、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきである、および／または代替がん治療を開始するべきである、または一部の場合では、がん治療を開始するべきでないことが示される。
【０２４７】
一部の実施形態では、標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似している対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始するべきである、および／または継続するべきである、および／または改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、試験対象を、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似している場合に、がん治療の開始および／または継続および／または改変（例えば、増大および／または１つまたは複数の他のモダリティとの組合せ）のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を開始する、および／または継続する、および／または改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）ことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象にがん治療を施行することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）ことを含む。
【０２４８】
一部の実施形態では、標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似していない対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始するべきでない、および／または改変する（例えば、低減する、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきである、および／または中止するべきである、および／または代替がん治療を開始するべきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似していない場合には、試験対象を、開始のために選択せず、および／または、試験対象を、がん治療の改変（例えば、低減および／または１つまたは複数の他のモダリティとの組合せ）および／または中止および／または代替がん治療の開始のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似していない場合には、試験対象へのがん治療の施行を開始しないことおよび／または改変すること（例えば、低減することおよび／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること）、および／または中止すること、および／または代替がん治療の開始を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似していない場合には、試験対象にがん治療を施行しないことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似していない場合には、試験対象へのがん治療の施行を改変すること（例えば、低減することおよび／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること）を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（応答性対象のもの）と類似していない場合には、試験対象に代替がん治療を施行することを含む。
【０２４９】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答しなかったおよび／または応答していないおよび／または負に応答するがん対象由来の対応する応答プロファイル（非応答性対象の「標的応答プロファイル」）と比較する。一部の実施形態では、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）を、対象応答プロファイルを生成するために使用されるのと同じ腫瘍抗原（例えば、公知の腫瘍抗原、本明細書に記載されているまたは本明細書に記載の方法を使用して同定される腫瘍抗原）のパネルの全部または一部分を含む本明細書に記載のライブラリーを提供し、ライブラリーを非応答性対象由来の抗原提示細胞と接触させ、抗原提示細胞を非応答性対象由来のリンパ球と接触させ、１つまたは複数のリンパ球が、１つまたは複数の抗原提示細胞によって提示される１つまたは複数の腫瘍抗原によって刺激されるのか、阻害および／もしくは抑制されるのか、またはそれに対して非応答性であるのかを決定することによって得る。標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）は、非応答性がん対象由来の細胞の、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原のパネルに対する免疫応答の数量化、同定、および／または表示を含む。
【０２５０】
対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するための方法、ならびに対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの類似点および非類似点を決定するためのパラメータは本開示において提供される。
【０２５１】
一部の実施形態では、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）は、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、ならびに／またはリンパ球を阻害および／または抑制する腫瘍抗原のパネルの全部または一部分の数量化、同定、および／または表示を含む。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイルと類似していない。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と１％以下、２％以下、３％以下、４％以下、５％以下、１０％以下、１５％以下、２０％以下、または２５％以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している。一部の実施形態では、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激する同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルにおけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を刺激しない同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルにおけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）におけるリンパ球を阻害および／または抑制する同定された腫瘍抗原と５％を超える、６％を超える、７％を超える、８％を超える、９％を超える、１０％を超える、２０％を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない。
【０２５２】
一部の実施形態では、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）は、１つまたは複数のサイトカイン、ならびに、サイトカインの産生、発現および／または分泌を刺激する、刺激しない、ならびに／または阻害および／もしくは抑制する腫瘍抗原の総数（例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数）の数量化、同定、および／または表示を含み得る。一部の実施形態では、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）は、サイトカインのパネルの産生、発現および／または分泌を刺激する、刺激しない、ならびに／または阻害および／もしくは抑制する異なるサイトカインのパネル（例えば、対象応答プロファイルに含まれるサイトカインのうちの１種、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、１２種、１４種、１６種、１８種、２０種、またはそれよりも多く（例えば、全て））および腫瘍抗原の総数（例えば、対象応答プロファイルに含まれるものと同じ腫瘍抗原の総数）の数量化、同定、および／または表示を含み得る。一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）に含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）に含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを阻害および／または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）に含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを阻害および／または抑制する抗原の総数と１以下、２以下、３以下、４以下、５以下、１０以下、１５以下、２０以下、または２５以下異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している。一部の実施形態では、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）に含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激する抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）に含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを刺激しない抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合；ならびに／または、対象応答プロファイルに含まれる１つまたは複数のサイトカインを阻害および／または抑制する抗原の総数が、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）に含まれる同じ１つまたは複数のサイトカインを阻害および／または抑制する抗原の総数と５を超える、６を超える、７を超える、８を超える、９を超える、１０を超える、２０を超える、またはそれよりも大きく異なる場合、対象応答プロファイルは標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない。
【０２５３】
一部の実施形態では、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始する、および／または継続する、および／または改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない場合に、試験対象を、がん治療の開始および／または継続および／または改変（例えば、増大および／または１つまたは複数の他のモダリティとの組合せ）のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない場合に、試験対象へのがん治療の施行を開始する、および／または継続する、および／または改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）ことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない場合に、試験対象にがん治療を施行することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似していない場合に、試験対象へのがん治療の施行を改変する（例えば、増大させる、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）ことを含む。
【０２５４】
一部の実施形態では、標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している対象応答プロファイルにより、試験対象が、がん治療を開始するべきでない、および／または改変する（例えば、低減する、および／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきである、および／またはがん治療を中止するべきである、および／または代替がん治療を開始するべきであることが示される。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象を、開始のために選択せず、および／または、試験対象を、がん治療の改変（例えば、低減および／または１つまたは複数の他のモダリティとの組合せ）および／または中止および／または代替がん治療の開始のために選択することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を開始しないことおよび／または改変すること（例えば、低減することおよび／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること）、および／または中止することおよび／または代替がん治療を開始することを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象にがん治療を施行しないことを含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象へのがん治療の施行を改変すること（例えば、低減することおよび／または１つまたは複数の他のモダリティと組み合わせること）を含む。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法は、対象応答プロファイルが標的応答プロファイル（非応答性対象のもの）と類似している場合に、試験対象に代替がん治療を施行することを含む。
【０２５５】
一部の実施形態では、本明細書に記載の対象応答プロファイルを、１または複数の応答性対象の、および／または１または複数の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれよりも多くの）非応答性対象の１つまたは複数の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれよりも多くの）標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、本明細書に記載の標的応答プロファイル（例えば、応答性対象または非応答性対象のもの）は、それぞれ応答性対象の集団または非応答性対象の集団由来の１つまたは複数の免疫応答（本明細書に記載のもの）の平均を含む。一部の実施形態では、試験対象の１つまたは複数の（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれよりも多くの）対象応答プロファイルを得る（例えば、がん治療の施行の開始、改変、および／または中止の前、その間、および／またはその後に）。
【０２５６】
腫瘍抗原を選択する方法および対象における免疫応答を誘導する方法
一般に、免疫応答は、それらの統合された機能的な最終的効果に関して有用に定義することができる。Dhabarら（２０１４年）は、免疫応答を、免疫保護性、免疫病理学的、および免疫制御性／阻害性とカテゴリー化できることを提唱した。これらのカテゴリーにより、観念を組織化するための有用な構築物がもたらされるが、全体的なｉｎ  ｖｉｖｏ免疫応答は、各カテゴリーが様々な量で優勢になるいくつかの応答の型からなる可能性が高い。免疫保護性または有益な応答は、効率的な創傷治癒を促進し、感染およびがんを除外し、また、ワクチンにより誘導される免疫記憶を媒介する応答と定義される。これらの応答は、例えばＩＦＮ−ガンマ、ＩＬ−１２、ＩＬ−２、グランザイムＢ、ＣＤ１０７などのサイトカインおよびメディエーターに関連する。免疫病理学的または有害な応答は、自己に向けられるもの（多発性硬化症、関節炎、ループスのような自己免疫疾患）または無害な抗原（喘息、アレルギー）および慢性の非消散性炎症を伴う応答を増大させるものと定義される。これらの応答は、免疫保護性応答に関係づけられる分子に関連する場合もあるが、例えばＴＮＦ−アルファ、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３、ＩＬ−１７、ＩＬ−４、ＩｇＥ、ヒスタミンなどの免疫メディエーターも含む。免疫制御性応答は、他の免疫細胞の機能を制御する（大部分は下方制御する）免疫細胞および因子を伴うものと定義される。最近の試験により、免疫応答を阻害するように機能する免疫系のアームが存在することが示唆される。例えば、制御性ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３＋Ｔ細胞、ＩＬ−１０、およびＴＧＦ−ベータは、とりわけ、免疫制御性／阻害性機能を有することが示されている。これらの因子の生理機能は、炎症促進性応答、アレルギー性応答、および自己免疫応答を抑えることであるが、これらはまた、抗腫瘍免疫の抑制もし、がんについての負の予後を示すものである。腫瘍に関しては、共刺激分子の発現が多くの場合に減少し、共阻害リガンドの発現が増大する。ＭＨＣ分子は、多くの場合、腫瘍細胞において下方制御され、これはそれらのエスケープに好都合である。間質細胞を含めた腫瘍微小環境、腫瘍に関連する免疫細胞、および他の細胞型により、ＩＬ−１０、ＴＧＦ−β、およびＩＤＯなどの多くの阻害性因子が産生される。Ｔ  ｒｅｇ、Ｔｒ１細胞、未成熟ＤＣ（ｉＤＣ）、ｐＤＣ、およびＭＤＳＣを含めた阻害性免疫細胞が腫瘍微小環境において見出され得る（Y Li UT GSBS Thesis、２０１６年）。メディエーターの例およびそれらの免疫効果を表２に示す。
【表２−１】
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【表２−２】
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【表２−３】
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【表２−４】
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【０２５７】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有益である１つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない１つまたは複数のリンパ球応答を阻害および／または抑制する。有益な抗腫瘍応答を導き得る免疫応答の例としては、これだけに限定されないが、１）がん細胞を有効に死滅させ、メディエーターであるパーフォリンおよび／またはグランザイムを放出して、腫瘍細胞死を駆動することができる細胞傷害性ＣＤ８＋Ｔ細胞；および２）宿主防御において重要な役割を果たし、ＩＬ−２、ＩＦＮ−ガンマおよびＴＮＦ−アルファを分泌することができるＣＤ４＋Ｔｈ１  Ｔ細胞が挙げられる。これらは、他のサイトカインの中でもＩＬ−１２、ＩＬ−２、およびＩＦＮガンマによって誘導される。
【０２５８】
一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない１つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、腫瘍抗原は、対象にとって有益である１つまたは複数のリンパ球応答を阻害および／または抑制する。有害なまたは有益でない抗腫瘍応答を導き得る免疫応答の例としては、これだけに限定されないが、１）免疫応答を抑制し、ＴＧＦ−ベータおよびＩＬ−１０などの免疫抑制性サイトカインを分泌し、かつ、分子ＣＤ２５およびＦｏｘＰ３を発現することができるＴ細胞の集団である制御性Ｔ細胞；ならびに２）アレルゲンに対する応答を標的とするが、がんに対しては増殖性でないＴｈ２細胞が挙げられる。これらは、ＩＬ−４およびＩＬ−１０の増大によって誘導され、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−９およびＩＬ−１３を分泌することができる。
【０２５９】
本開示は、腫瘍抗原を同定し、選択するための方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象（またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および／または応答していないがん対象）において、それに対する１つまたは複数の免疫応答が刺激される、１つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象（またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および／または応答していないがん対象）において、それに対する１つまたは複数の免疫応答が刺激されない、１つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象（またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および／または応答していないがん対象）において、それに対する１つまたは複数の免疫応答が阻害および／または抑制される、１つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。一部の実施形態では、本明細書に記載の方法およびシステムにより、がん治療を受けていないがん対象（またはがん治療に対して臨床的に応答しなかった、および／または応答していないがん対象）において、免疫応答を引き出さないまたは最小の免疫応答を引き出す１つまたは複数の腫瘍抗原を同定し、選択することができる。
【０２６０】
一部の実施形態では、１つまたは複数の選択された腫瘍抗原を含む組成物を、がん対象に、がん治療の施行の前、その間、および／またはその後に投与する。
【０２６１】
本開示は、本発明の方法によって同定された腫瘍抗原を、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較に基づいて選択するための方法を提供する。本開示は、本発明の方法によって同定された腫瘍抗原を、望ましいまたは有益な応答との関連に基づいて選択（または選択解除）するための方法も提供する。本開示は、本発明の方法によって同定された腫瘍抗原を、望ましくない、有害な応答または有益でない応答との関連に基づいて選択（または選択解除）するための方法も提供する。一部の実施形態では、腫瘍抗原を選択するための方法を組み合わせる。方法は、任意の順序で組み合わせることができ、例えば、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較による選択を行い、その後、望ましい（もしくは望ましくない）応答との関連に基づく選択を行うこともでき、または望ましい（もしくは望ましくない）応答との関連に基づく選択を行い、その後、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの比較を行うこともできる。
【０２６２】
腫瘍抗原および潜在的な腫瘍抗原を同定する方法が本明細書に提示される。対象応答プロファイルを生成するまたは得るための方法が本明細書に提示される。標的応答プロファイル、例えば、集団に基づくまたは複合的な標的応答プロファイルを生成するまたは得るための方法が本明細書に提示される。対象応答プロファイルを標的応答プロファイルと比較するための方法が本明細書に提示される。対象応答プロファイルが標的応答プロファイルと類似しているかどうかを決定するための方法が本明細書に提示される。
【０２６３】
一部の実施形態では、対象応答プロファイルおよび標的応答プロファイルを、同じ複数の目的のポリペプチドを使用して生成するまたは得る。一部の実施形態では、対象応答プロファイルおよび標的応答プロファイルを、同じ複数の腫瘍抗原を使用して生成するまたは得る。
【０２６４】
標的応答プロファイルは、リンパ球を刺激する、リンパ球を刺激しない、リンパ球を阻害および／もしくは抑制する、リンパ球を活性化する、ならびに／またはリンパ球がそれに対して非応答性である、１つまたは複数の腫瘍抗原の数量化、同定、および／または表示を含む。
【０２６５】
一部の実施形態では、１つまたは複数の腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球を阻害および／または抑制するとして同定され（例えば、対象応答プロファイルから同定される）、同じ１つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球を刺激するとして同定される（例えば、標的応答プロファイルから同定される）。一部の実施形態では、１つまたは複数の腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球を刺激するとして同定され（例えば、対象応答プロファイルから同定される）、同じ１つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球を阻害および／または抑制するとして同定される（例えば、標的応答プロファイルから同定される）。一部の実施形態では、１つまたは複数の腫瘍抗原または潜在的な腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球から最小の応答を引き出すまたは応答を引き出さないとして同定され（例えば、対象応答プロファイルから同定される）、同じ１つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球を刺激するまたは阻害および／もしくは抑制するとして同定される（例えば、標的応答プロファイルから同定される）。一部の実施形態では、１つまたは複数の腫瘍抗原が、試験対象においてリンパ球を刺激するまたは阻害および／もしくは抑制するとして同定され（例えば、対象応答プロファイルから同定される）、同じ１つまたは複数の腫瘍抗原が、標的対象においてリンパ球から最小の応答を引き出すまたは応答を引き出さないとして同定される（例えば、標的応答プロファイルから同定される）。
【０２６６】
腫瘍抗原は、対象応答プロファイルと標的応答プロファイルの類似点または非類似点に基づいて同定および／または選択することができる。腫瘍抗原は、望ましいまたは有益な応答との関連に基づいて同定および／または選択（もしくは選択解除）することができる。腫瘍抗原は、望ましくない、有害な応答または有益でない応答との関連に基づいて同定および／または選択（もしくは選択解除）することができる。腫瘍抗原は、任意の順序で適用される、前述の方法の組合せに基づいて同定および／または選択（もしくは選択解除）することができる。
【０２６７】
全ての正の応答者
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答するおよび／または応答したがん対象由来の対応する応答プロファイル（本明細書に記載の応答性対象の「標的応答プロファイル」）と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんと診断されていない標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有益な応答を有する（または有していた）標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する正の臨床応答を有する（または有していた）。一部の実施形態では、対象は、がんに対する自然応答を有していた。一部の実施形態では、対象は、がんの部分寛解または完全寛解の状態にある。一部の実施形態では、対象のがんが取り除かれている。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃も再発も転移も有していない。一部の実施形態では、対象は正のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答も副作用も経験していない。
【０２６８】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルの同じ腫瘍抗原によって引き出される応答とは異なる、または類似していない応答を引き出す、対象応答プロファイルの１つまたは複数の腫瘍抗原を選択する。一部の実施形態では、望ましいまたは有益な免疫応答との関連に基づいて、１つまたは複数の腫瘍抗原を選択（または選択解除）する。一部の実施形態では、望ましくない、有害な、または有益でない免疫応答との関連に基づいて、１つまたは複数の腫瘍抗原を選択（または選択解除）する。
【０２６９】
それによって腫瘍抗原またはその免疫原性断片が（ｉ）対象にとって有益なリンパ球応答を刺激する、（ｉｉ）対象にとって有益なサイトカインの発現を刺激する、（ｉｉｉ）対象にとって有害であるまたは有益でないリンパ球応答を阻害および／または抑制する、または（ｉｖ）対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現を阻害および／または抑制する応答は、「有益な応答」と称される。
【０２７０】
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益である１つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない１つまたは複数のリンパ球応答を阻害および／または抑制する。
【０２７１】
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益であるサイトカインの発現および／または分泌を増大させる。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現を阻害および／または抑制する。
【０２７２】
一部の実施形態では、対象への１つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象の免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、対象への１つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象の有益な免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、対象への１つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象の有益な応答が引き出される。一部の実施形態では、対象への１つまたは複数の選択された腫瘍抗原の投与により、対象のがん治療に対する臨床応答が改善される。
【０２７３】
全ての負の応答者
一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がん治療に対して臨床的に応答しないおよび／または応答しなかったがん対象由来の対応する応答プロファイル（本明細書に記載の非応答性対象の「標的応答プロファイル」）と比較する。一部の実施形態では、対象応答プロファイルを、がんに対する有害な応答または有益でない応答を有する（または有していた）標的対象由来の標的応答プロファイルと比較する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する負の臨床応答を有する（または有していた）。一部の実施形態では、対象のがんは取り除かれていない。一部の実施形態では、対象は、がんの再燃、再発または転移を有していた。一部の実施形態では、対象は、負のがん予後を有する。一部の実施形態では、対象は、がん治療または治療の組合せに対する毒性の応答または副作用を経験した。
【０２７４】
それによって腫瘍抗原またはその免疫原性断片が（ｉ）対象にとって有害であるまたは有益でないリンパ球応答を刺激する、（ｉｉ）対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現を刺激する、（ｉｉｉ）対象にとって有益であるリンパ球応答を阻害および／または抑制する、または（ｉｖ）対象にとって有益なサイトカインの発現を阻害および／または抑制する応答は、「有害な応答または有益でない応答」と称される。
【０２７５】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルの同じ腫瘍抗原によって引き出される応答と同じである、または類似の応答を引き出す対象応答プロファイルの１つまたは複数の腫瘍抗原を選択する。一部の実施形態では、望ましいまたは有益な免疫応答との関連に基づいて、１つまたは複数の腫瘍抗原を選択（または選択解除）する。一部の実施形態では、望ましくない、有害な、または有益でない免疫応答との関連に基づいて、１つまたは複数の腫瘍抗原を選択（または選択解除）する。
【０２７６】
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でない１つまたは複数のリンパ球応答を刺激する。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益である１つまたは複数のリンパ球応答を阻害および／または抑制する。
【０２７７】
一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有害であるまたは有益でないサイトカインの発現および／または分泌を増大させる。一部の実施形態では、選択された腫瘍抗原は、対象にとって有益なサイトカインの発現を阻害および／または抑制する。
【０２７８】
一部の実施形態では、本発明の方法によって１つまたは複数の腫瘍抗原を選択解除する。
【０２７９】
一部の実施形態では、１つまたは複数の選択された腫瘍抗原を対象への投与から除外する。
【０２８０】
潜在的な腫瘍抗原を選択する方法
十分に確立された腫瘍では、多くの場合、内在性の抗腫瘍Ｔ細胞応答の活性化は完全な腫瘍退縮をもたらすためには不十分である。さらに、腫瘍微小環境の状況で訓練されたＴ細胞は、時には、最適以下に活性化され、低結合活性を有し、最終的に、抗原を発現する腫瘍細胞を認識できない。さらに、腫瘍は複雑であり、突然変異した遺伝子の発現の程度が変動する多数の細胞型を含み、これにより、腫瘍成長のコントロールに適したポリクローナルＴ細胞応答を生じさせることが難しくなっている。結果として、当分野の研究者により、がん対象においては、がん対象において当該対象のＴ細胞によって認識されることが確認されているものに加えて、「潜在的な腫瘍抗原」である突然変異を同定することが重要であることが提唱された。
【０２８１】
現在のところ、潜在的な腫瘍抗原を包括的に同定する信頼できる方法は存在しない。何が抗原であるかを予測するための試みにおいて、コンピュータによる方法が開発されてきたが、これらの手法には多くの限定が存在する。第１に、エピトープ予測および提示のモデリングには、ＭＨＣ分子をコードするＨＬＡ対立遺伝子を１２，０００種よりも多く考慮にいれる必要があり、各対象は、それらのうちの１４種も発現し、それらの全てが異なるエピトープ親和性を有する。第２に、予測されるエピトープの大部分は、質量分析を使用して評価した場合に、腫瘍によって提示されて見いだすことができない。第３に、予測アルゴリズムでは、抗原のＴ細胞による認識を考慮にいれず、大多数の予測されるエピトープは、存在している場合であっても、Ｔ細胞応答を引き出すことができない。最後に、細胞性免疫の第２のアームであるＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットは、多くの場合、見過ごされる；大多数のｉｎ  ｓｉｌｉｃｏツールは、ＭＨＣクラスＩ結合物質に焦点を当てたものである。ＭＨＣクラスＩＩエピトープを予測するためのツールが開発中であり、より可変的である。
【０２８２】
本開示は、ａ）本開示の抗原提示アッセイにおいて潜在的な腫瘍抗原であるポリペプチドを同定するため、およびｂ）ポリペプチドを抗原性の潜在性に基づいて選択するための方法を提供する。方法は、何がＴ細胞応答の標的になり得るかまたはＭＨＣによって提示され得るかに関する予測を行わずに、また、デコンボリューションを必要とせずに実施される。方法は、免疫原性組成物またはワクチン製剤に含めるのに最も適したこれらの潜在的な腫瘍抗原を同定するために、対象と同じＭＨＣ対立遺伝子を共有する健康な対象における抗原性の潜在性を探究するために拡張することができる。方法により、潜在的な腫瘍抗原が対象ＭＨＣ分子との関連でプロセシングされ、提示されること、およびＴ細胞が、潜在的な腫瘍抗原に正しい条件下で曝露された場合に、潜在的な腫瘍抗原に応答し得ること（例えば、アジュバントまたは送達系からの強力な危険シグナルを伴うワクチンの状況で）が確実になる。
【０２８３】
腫瘍抗原を選択するための前述の方法は、対象のがんまたは腫瘍細胞に存在するまたはそこで発現される潜在的な腫瘍抗原、すなわち１つまたは複数の突然変異をコードするポリペプチドの選択に適用することができる。
【０２８４】
免疫原性組成物およびその使用
本開示は、本明細書に記載の方法によって同定または選択された腫瘍抗原（１つまたは複数）を含む組成物、腫瘍抗原をコードする核酸、および組成物を使用する方法を提供する。一部の実施形態では、組成物は、８〜４０アミノ酸、８〜６０アミノ酸、８〜１００、８〜１５０または８〜２００アミノ酸の長さのペプチド（例えば、ＭＨＣ結合性ペプチド、例えば、２３〜２９、２４〜２８、２５〜２７、８〜３０、８〜２９、８〜２８、８〜２７、８〜２６、８〜２５、８〜２４、８〜２３、８〜２２、８〜２１、８〜２０、８〜１５、８〜１２アミノ酸の長さのペプチド）である腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドの長さの約７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％である１つまたは複数の腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、組成物は、全長ポリペプチドと比べて約１アミノ酸、約２アミノ酸、約３アミノ酸、約４アミノ酸、約５アミノ酸、約１０アミノ酸、約１５アミノ酸、約２０アミノ酸、約２５アミノ酸、約３０アミノ酸、約３５アミノ酸、約４０アミノ酸、約４５アミノ酸、約５０アミノ酸、またはそれよりも多くのアミノ酸が短縮された１つまたは複数の腫瘍抗原を含む。組成物は、ＭＨＣクラスＩ結合性ペプチド、ＭＨＣクラスＩＩ結合性ペプチド、またはＭＨＣクラスＩ結合性ペプチドとＭＨＣクラスＩＩ結合性ペプチドの両方であるまたはそれを含む腫瘍抗原を含み得る。組成物は、単一の腫瘍抗原、または多数の腫瘍抗原を含み得る。一部の実施形態では、組成物は、２種、３種、４種、５種、６種、７種、８種、９種、１０種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原のセットを含む。一部の実施形態では、組成物は、１０種、１５種、２０種、２５種、３０種、またはそれよりも多くの腫瘍抗原を含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原またはペプチドは、１つまたは複数の融合タンパク質として提供される。一部の実施形態では、組成物は、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドを含む。一部の実施形態では、腫瘍抗原をコードする核酸またはペプチドは、１つまたは複数の融合構築物として提供される。
【０２８５】
本開示は、２種または３種のＴＡＡ：ＨＰＳＥ１（配列番号６）、ＨＰＳＥ２（配列番号７）、および／またはＳＭＡＤ４（配列番号８）の任意の組合せを含む免疫原性組成物を提供する。
【０２８６】
ＨＰＳＥは、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（ＨＳＰＧ）をヘパラン硫酸側鎖と中心部プロテオグリカンに切断するエンドグリコシダーゼであるヘパリナーゼをコードする。ＨＰＳＥは、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）分解およびリモデリングに関与する。単一の機能的なヘパリナーゼ：５４３アミノ酸のタンパク質であるＨＰＳＥアイソフォーム１（ＨＰＳＥ１）が存在する。スプライスバリアントであるＨＰＳＥアイソフォーム２（ＨＰＳＥ２）は酵素活性を有さないが、ＨＰＳＥ１活性を制御することができる。ＨＰＳＥ１の活性なタンパク質形態は、非共有結合により連結した８ｋＤａのサブユニットと５０ｋＤａのサブユニットのヘテロ二量体である。このタンパク質のＴＩＭバレルフォールドドメインは活性部位を有し、Ｃ末端ドメインは非酵素的シグナル伝達および分泌機能に関与する。ＨＰＳＥ内の潜在的なＴ細胞エピトープが記載されている（Tang. In vitro and ex vivo evaluation of a multi−epitope heparinase vaccine for various malignancies. Cancer Sci、１０５巻（２０１４年）９〜１７頁）。ＨＰＳＥ１およびＨＰＳＥ２のタンパク質配列は、公的に利用可能なデータベース、ＵｎｉＰｒｏｔ（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ上、それぞれhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q9Y251）およびhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q8WWQ2）において検索することによって見いだすことができる。ＨＰＳＥ１およびＨＰＳＥ２のＤＮＡ配列は、公的に利用可能なデータベース、Ｅｎｔｒｅｚ（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ上、それぞれhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/10855およびhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/60495）において検索することによって見いだすことができる。
【０２８７】
ＳＭＡＤ４は、ＴＧＦｂシグナル伝達経路における下流の転写アウトプットの中心的なメディエーターであるシグナルトランスダクションタンパク質および腫瘍サプレッサー遺伝子であるＭｏｔｈｅｒｓ  ａｇａｉｎｓｔ  ｄｅｃａｐｅｎｔａｐｌｅｇｉｃホモログ４をコードする。ＳＭＡＤ４は、５５２アミノ酸、６０．４ＫＤａのタンパク質である。ＳＭＡＤ４は、ＴＧＦ−ベータ活性化の不在下では単量体として存在し、ＴＧＦ−ベータ活性化に際してヘテロ二量体として存在する。ＳＭＡＤ４は、Ｃ末端リン酸化されたＲ−ＳＭＡＤ分子、ＳＭＡＤ２またはＳＭＡＤ３の２つの分子、およびＳＭＡＤ４の１つの分子で構成されて、転写性の活性なＳＭＡＤ２／ＳＭＡＤ３−ＳＭＡＤ４複合体を形成する。ＳＭＡＤ４は、ＤＮＡへの結合、Ｓｍａｄ結合性エレメント（ＳＢＥ）と称される８ｂｐのパリンドローム配列（ＧＴＣＴＡＧＡＣ）の認識を通じて、いくつもの標的遺伝子の転写を制御する。タンパク質は、腫瘍サプレッサーとして作用し、上皮細胞増殖を阻害する。ＳＭＡＤ４のタンパク質およびＤＮＡ配列は、公的に利用可能なデータベース、ＵｎｉＰｒｏｔおよびＥｎｔｒｅｚ（Ｗｏｒｌｄ  Ｗｉｄｅ  Ｗｅｂ上、それぞれhttp://www.uniprot.org/uniprot/Q13485およびhttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4089）において検索することによって見いだすことができる。
【０２８８】
本開示は、腫瘍抗原をコードする核酸も提供する。この核酸を使用して、例えば、腫瘍抗原の組換えによる産生のため、またはｉｎ  ｖｉｖｏにおける核酸に基づく投与（例えば、ＤＮＡワクチン接種）のための発現ベクターを作製することができる。
【０２８９】
一部の実施形態では、腫瘍抗原を診断アッセイにおいて使用する。これらのアッセイに関しては、腫瘍抗原を含む組成物を、例えば、個体由来の試料における抗体反応性、または細胞反応性を検出するためのキットとして提供することができる。
【０２９０】
一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物を使用して、対象における免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、対象は、ヒトである。一部の実施形態では、対象は、非ヒト動物である。腫瘍抗原組成物を使用して、例えば、診断アッセイにおける使用のため、および治療への適用のための抗体を生じさせることができる（例えば、マウス、ラット、ハムスター、またはヤギなどの非ヒト動物において）。治療的使用の例に関しては、本明細書に記載の方法によって発見された腫瘍抗原は、強力なＴ細胞および／またはＢ細胞抗原であり得る。抗体の調製物は、対象を腫瘍抗原で免疫し、対象から抗血清を単離することによって作製することができる。高力価、高親和性の抗原特異的抗体を引き出すため、および腫瘍抗原特異的抗体を抗血清から単離するための方法は、当技術分野で公知である。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物を使用して、モノクローナル抗体、例えば、ヒトモノクローナル抗体を生じさせる。
【０２９１】
一部の実施形態では、治療応答をもたらすために、腫瘍抗原組成物を使用してヒト対象における免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物を使用して、望ましくない免疫応答を方向付け直すヒト対象における免疫応答を誘導する。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物により、対象が、例えば、腫瘍抗原組成物を投与されていない対象と比較して本明細書に記載の正の臨床応答を有するようにする免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、腫瘍抗原組成物により、対象が、例えば、腫瘍抗原組成物を投与されていない対象と比較して改善された臨床応答を有するようにする免疫応答が引き出される。一部の実施形態では、待機的効果のために、腫瘍抗原組成物を使用してヒト対象における免疫応答を誘導する。応答は、完全な治療または部分的な治療であり得る。
【０２９２】
一部の実施形態では、予防的応答をもたらすために、腫瘍抗原組成物を使用してヒト対象における免疫応答を誘導する。応答は、完全な保護または部分的な保護であり得る。
【０２９３】
一部の実施形態では、腫瘍抗原の免疫原性をｉｎ  ｖｉｖｏで評価する。一部の実施形態では、腫瘍抗原に対する体液性応答を評価する（例えば、投与された腫瘍抗原に対する抗体価を検出することによって）。一部の実施形態では、腫瘍抗原に対する細胞性免疫応答を、例えば、対象由来の試料中の抗原特異的細胞の頻度を検出することによって（例えば、対象由来のＴ細胞を、抗原性ペプチドを含有するＭＨＣ／ペプチド四量体で染色して、抗原特異的Ｔ細胞を検出することによって、または本明細書に記載のアッセイなどの抗原提示アッセイを使用して抗原特異的細胞を検出することによって）評価する。一部の実施形態では、動物モデルにおいて、腫瘍抗原または抗原の保護的または治療的免疫を引き出す能力を評価する。一部の実施形態では、動物モデルにおいて、腫瘍抗原または抗原の免疫を刺激する、または抑制および／もしくは阻害する能力を評価する。
【０２９４】
一部の実施形態では、組成物は、薬学的に許容される担体または賦形剤を含む。免疫原性組成物は、製剤の免疫原性を増強するためのアジュバント（例えば、水中油、不完全フロイントアジュバント、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、サポニンアジュバント、ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、またはムラミルジペプチド）も含み得る。他のアジュバントは、当技術分野で公知である。
【０２９５】
一部の実施形態では、免疫原性組成物は、担体タンパク質と連結した腫瘍抗原を含む。担体タンパク質の例としては、例えば、突然変異体であってもよく突然変異体でなくてもよい毒素およびトキソイド（化学的なまたは遺伝学的な）、例えば、炭疽毒素、ＰＡおよびＤＮＩ（ＰｈａｒｍＡｔｈｅｎｅ，Ｉｎｃ．）、ジフテリアトキソイド（Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ  Ｓｔａｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｌａｂｓ；Ｓｅｒｕｍ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｉｎｄｉａ，Ｌｔｄ．）またはＣＲＭ  １９７、破傷風毒素、破傷風トキソイド（Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ  Ｓｔａｔｅ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｌａｂｓ；Ｓｅｒｕｍ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｉｎｄｉａ，Ｌｔｄ．）、破傷風毒素断片Ｚ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａの外毒素Ａまたは外毒素Ａの突然変異体、細菌フラジェリン、ニューモリシン、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ（ＡＴＣＣ（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｙｐｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ、Ｍａｎａｓｓａｓ、Ｖａ．）から入手可能な株）の外膜タンパク質、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ  Ｈｃｐ１タンパク質、Ｅ．ｃｏｌｉ熱不安定エンテロトキシン、志賀毒素様毒素、ヒトＬＴＢタンパク質、細菌細胞全体からのタンパク質抽出物、およびリンカーによって架橋することができる任意の他のタンパク質が挙げられる。他の有用な担体タンパク質としては、高密度リポタンパク質（ＨＤＬ）、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、Ｐ４０、およびニワトリリボフラビンが挙げられる。多くの担体タンパク質は、市販されている（例えば、Ｓｉｇｍａ  Ａｌｄｒｉｃｈ．から）。
【０２９６】
一部の実施形態では、本明細書に記載の方法によって同定される腫瘍抗原を含む免疫原性組成物を、入手可能なワクチンと併せて使用する。例えば、本明細書に記載の通り同定された抗原を、ワクチン製剤の補足成分として、またはワクチン接種プロトコールにおける追加免疫抗原として使用することができる。
【０２９７】
一部の実施形態では、免疫原性組成物は、皮下注射用に約０．５ｍＬの体積であるか、皮内注射用に０．１ｍＬであるか、または経皮（ｐｅｒｃｕｔａｎｅｏｕｓ）投与用に０．００２〜０．０２ｍＬである。０．５ｍｌ用量の組成物は、およそ２〜５００μｇの腫瘍抗原を含み得る。
【０２９８】
一部の実施形態では、免疫原性組成物を非経口的に投与する（例えば、皮下注射、筋肉内注射、静脈内注射、または皮内注射によって）。一部の実施形態では、皮膚層を物理的に透過する手段による送達を使用する（例えば、ニードル、エアガン、または摩擦）。
【０２９９】
一部の実施形態では、免疫原性組成物を対象に、例えば、筋肉内注射、皮内注射、または妥当な免疫アジュバントを用いた経皮（ｔｒａｎｓｃｕｔａｎｅｏｕｓ）免疫によって投与する。組成物は、１回または複数回投与することができ、多くの場合、対象における免疫応答が追加免疫されるように設計された第２の投与が含まれる。組成物の投薬の頻度および数量は、組成物の特異的活性および対象の臨床応答に応じて変動し得、常套的な実験によって決定することができる。
【０３００】
免疫原性組成物の製剤は、単位用量または複数回用量容器、例えば、密閉されたアンプルおよびバイアルに入れて提供し、使用する直前に滅菌された液体担体を添加することしか必要としないフリーズドライ（凍結乾燥）した状態で保管することができる。
【０３０１】
腫瘍抗原の産生
本開示の任意の方法または組成物での使用に適した腫瘍抗原は、組換えによってまたは合成的になどの任意の利用可能な手段によって産生することができる（例えば、Jaradat Amino Acids、５０巻：３９〜６８頁（２０１８年）；Behrendtら、J. Pept. Sci.、２２巻：４〜２７頁（２０１６年）を参照されたい）。例えば、腫瘍抗原コード核酸を発現するように工学的に操作された宿主細胞系を利用することにより、腫瘍抗原を組換えによって産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、内在性遺伝子を活性化することによって腫瘍抗原を産生させることができる。その代わりにまたはそれに加えて、化学合成によって腫瘍抗原を部分的にまたは完全に調製することができる。
【０３０２】
タンパク質を組換えによって産生させる場合、任意の発現系を使用することができる。いくつか例を挙げると、公知の発現系として、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、卵、バキュロウイルス、植物、酵母、または哺乳動物細胞が挙げられる。
【０３０３】
一部の実施形態では、本発明に適した組換え腫瘍抗原を哺乳動物細胞において産生させる。本発明に従って使用することができる哺乳動物細胞の非限定的な例としては、ＢＡＬＢ／ｃマウス骨髄腫株（ＮＳＯ／１、ＥＣＡＣＣ  Ｎｏ：８５１１０５０３）；ヒト網膜芽細胞（ＰＥＲ．Ｃ６、ＣｒｕＣｅｌｌ、Ｌｅｉｄｅｎ、Ｔｈｅ  Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ）；ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １６５１）；ヒト胎児由来腎臓株（懸濁培養物における成長のためにサブクローニングされたＨＥＫ２９３または２９３細胞、Grahamら、J. Gen Virol.、３６巻：５９頁、１９７７年）；ヒト線維肉腫細胞株（例えば、ＨＴ１０８０）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ２１、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  １０）；チャイニーズハムスター卵巣細胞＋／−ＤＨＦＲ（ＣＨＯ、UrlaubおよびChasin、Proc.Natl. Acad. Sci. USA、７７巻：４２１６頁、１９８０年）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４、Mather、Biol. Reprod.、２３巻：２４３〜２５１頁、１９８０年）；サル腎臓細胞（ＣＶ１  ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ７０）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６、ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−１  ５８７）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨｅＬａ、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ２）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ３４）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ  ３Ａ、ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ７５）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２、ＨＢ  ８０６５）；マウス乳房腫瘍（ＭＭＴ  ０６０５６２、ＡＴＣＣ  ＣＣＬ５１）；ＴＲＩ細胞（Matherら、Annals N.Y. Acad. Sci.、３８３巻：４４〜６８頁、１９８２年）；ＭＲＣ  ５細胞；ＦＳ４細胞；およびヒトヘパトーマ株（Ｈｅｐ  Ｇ２）が挙げられる。
【０３０４】
一部の実施形態では、本発明は、ヒト細胞から産生された組換え腫瘍抗原を提供する。一部の実施形態では、本発明は、ＣＨＯ細胞またはＨＴ１０８０細胞から産生された組換え腫瘍抗原を提供する。
【０３０５】
一般には、組換え腫瘍抗原を発現するように工学的に操作された細胞は、本明細書に記載の組換え腫瘍抗原をコードする導入遺伝子を含み得る。組換え腫瘍抗原をコードする核酸は、組換え腫瘍抗原を発現させるための制御配列、遺伝子対照配列、プロモーター、非コード配列および／または他の妥当な配列を含有し得ることが理解されるべきである。一般には、コード領域をこれらの核酸成分の１つまたは複数と作動可能に連結する。
【０３０６】
導入遺伝子のコード領域は、特定の細胞型に対するコドン使用を最適化するための１つまたは複数のサイレント突然変異を含み得る。例えば、腫瘍抗原導入遺伝子のコドンを脊椎動物細胞における発現のために最適化することができる。一部の実施形態では、腫瘍抗原導入遺伝子のコドンを哺乳動物細胞における発現のために最適化することができる。一部の実施形態では、腫瘍抗原導入遺伝子のコドンをヒト細胞における発現のために最適化することができる。
【０３０７】
免疫原性組成物を製造する方法
一部の実施形態では、本開示は、それを必要とする対象に投与するための免疫原性組成物を製造する方法であって、ａ）複数の抗原を含む複数の抗原性組成物を提供する、調製する、または得るステップであって、各組成物が、異なる抗原を含む、ステップと、ｂ）標的応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、標的応答プロファイルが、複数の抗原に関連する（例えば、それと共に決定、測定、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、ｃ）対象応答プロファイルを提供する、調製する、または得るステップであって、対象応答プロファイルが、複数の抗原に関連する（例えば、それと共に決定、測定、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む、ステップと、ｄ）標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較するステップと、ｅ）比較に基づいて１つまたは複数の抗原を選択するステップと、ｆ）１つまたは複数の選択された抗原を含む１つまたは複数の抗原性組成物の少なくとも一部分を医薬組成物として製剤化するステップとを含む方法を提供する。
【０３０８】
一部の例では、約１、２、５、１０、２０、４０、６０、８０、１００、１５０、２００またはそれよりも多くの、抗原性組成物を提供する、調製する、または得る。例えば、複数の抗原を、本明細書に記載の方法を使用して、例えば、組換えによってまたは合成的に産生することができる。抗原を溶液または凍結乾燥された組成物などの適切な組成物として提供することができる。一部の例では、抗原を合成的に産生することができる。一部の例では、合成的に産生された抗原は、固体支持体に付着したままである。一部の例では、抗原を製剤化するステップは、抗原性組成物の一部分の一定分量を取ること、凍結乾燥された抗原性組成物の少なくとも一部分を再構成すること、および／または合成的に産生された抗原を固体支持体から放出させることを含む。
【０３０９】
抗原性組成物を調製するまたは得て、懸濁液中、溶液中、または凍結乾燥された形態などの種々の形態で保管することができる。抗原性組成物は、−８０℃未満から約室温までにわたる温度、例えば約−８０℃、約−２０℃、約−１５℃、約−１０℃、約４℃または約室温で保管することができる。一部の実施形態では、抗原性組成物は、担体、賦形剤、安定剤、防腐剤および／またはアジュバントを含み得る。
【０３１０】
複数の抗原は、標的応答プロファイルが複数の抗原に関連する（例えば、決定される、測定される、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む場合、標的応答プロファイルに由来し得る。
【０３１１】
複数の抗原は、対象応答プロファイルが複数の抗原に関連する（例えば、決定される、測定される、観察される）１つまたは複数の免疫メディエーターの発現および／または分泌のレベルの表示を含む場合、対象応答プロファイルに由来し得る。
【０３１２】
一部の実施形態では、標的応答プロファイルと対象応答プロファイルを比較し、比較に基づいて１つまたは複数の抗原を選択する。一部の実施形態では、がんに対する有益な応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を増大させる１つまたは複数の抗原、ならびに／または、がんに対する有害な応答または有益でない応答に関連する免疫メディエーターの発現または分泌を阻害および／もしくは抑制する１つまたは複数の抗原を選択する。選択された抗原または選択された抗原の一部分を医薬組成物として製剤化することができる。
【０３１３】
がんおよびがん治療
本開示は、腫瘍などのがんを有するまたはそれと診断された対象に関する方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、腫瘍は、これだけに限定されないが、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ球性白血病、慢性骨髄性白血病、ヘアリー細胞白血病、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、多発性骨髄腫、または骨髄増殖性新生物を含めた血液の悪性腫瘍であるまたはそれを含む。
【０３１４】
一部の実施形態では、腫瘍は、これだけに限定されないが、乳癌、扁平上皮細胞癌、結腸がん、頭頸部がん、卵巣がん、肺がん、中皮腫、尿生殖器のがん、直腸がん、胃がん、または食道がんを含めた固形腫瘍であるまたはそれを含む。
【０３１５】
一部の特定の実施形態では、腫瘍は、進行腫瘍および／または不応性腫瘍であるまたはそれを含む。一部の実施形態では、腫瘍は、腫瘍において（例えば、腫瘍から得た生検試料などの組織試料において）ある特定の病理が観察された場合、および／または、そのような腫瘍を有するがん患者が従来の化学療法の候補にならないと一般に考えられる場合、進行したものと特徴付けられる。一部の実施形態では、腫瘍を進行したものと特徴付ける病理は、腫瘍サイズ、遺伝子マーカーの発現の変更、腫瘍細胞による隣接器官および／またはリンパ節への浸潤を含み得る。一部の実施形態では、腫瘍は、そのような腫瘍を有する患者が１つまたは複数の公知の治療モダリティ（例えば、１つまたは複数の従来の化学療法レジメン）に対して抵抗性である場合、および／または、特定の患者が、１つまたは複数のそのような公知の治療モダリティに対して抵抗性（例えば、応答性の欠如）を示した場合、不応性と特徴付けられる。
【０３１６】
一部の実施形態では、本開示は、がん治療に関する方法およびシステムを提供する。本開示は、特異的ながん治療のいずれにも限定されず、また、任意の公知のまたは開発されたがん治療が本開示に包含される。公知のがん治療としては、例えば、化学療法剤、放射線療法、外科的切除、腫瘍の外科的切除後の化学療法、アジュバント治療、局所低温療法または温熱療法、抗腫瘍抗体、および抗血管新生剤の投与が挙げられる。一部の実施形態では、がんおよび／またはアジュバント治療は、ＴＬＲアゴニスト（例えば、ＣｐＧ、ポリＩ：Ｃなど、例えば、Wittigら、Crit. Rev. Oncol. Hematol.、９４巻：３１〜４４頁（２０１５年）；Huenら、Curr. Opin. Oncol.、２６巻：２３７〜４４頁（２０１４年）；Kaczanowskaら、J. Leukoc. Biol.、９３巻：８４７〜８６３頁（２０１３年）を参照されたい）、ＳＴＩＮＧアゴニスト（例えば、ＵＳ２０１６０３６２４４１；ＵＳ２０１４０３２９８８９；Fuら、Sci. Transl. Med.、７巻：２８３ｒａ５２（２０１５年）；およびＷＯ２０１４１８９８０５を参照されたい）、自然免疫および／もしくは樹状細胞の非特異的刺激、またはＧＭ−ＣＳＦ、インターロイキン−１２、インターロイキン−７、Ｆｌｔ−３、もしくは他のサイトカインの投与を含む。一部の実施形態では、がん治療は、腫瘍溶解性ウイルス治療、例えば、タリモジーン・ラハーパレプベックであるまたはそれを含む（例えば、Fukuharaら、Cancer Sci.、１０７巻：１３７３〜１３７９頁（２０１６年）を参照されたい）。一部の実施形態では、がん治療は、二重特異性抗体療法であるまたはそれを含む（例えば、Choiら、２０１１年、Expert Opin Biol Ther；Huehlsら、２０１５年、Immunol and Cell Biol）。一部の実施形態では、がん治療は、キメラ抗原受容体Ｔ（ＣＡＲ−Ｔ）細胞、ＴＣＲを形質導入されたＴ細胞、樹状細胞、腫瘍浸潤性リンパ球（ＴＩＬ）、またはナチュラルキラー（ＮＫ）細胞などの細胞療法であるまたはそれを含む（例えば、SharpeおよびMount、２０１５年、Dis Model Mech、８巻：３３７〜５０頁に概説されている通り）。
【０３１７】
抗腫瘍抗体治療（すなわち、１つまたは複数の抗腫瘍抗体作用剤の投与を伴う治療レジメン）は、急速に、多くの腫瘍を処置するための標準治療になっている。抗体作用剤は、腫瘍抗原、特に腫瘍細胞の表面で発現されるものに結合するように設計または選択されている。有用な抗腫瘍抗体作用剤が記載されている種々の総説が公開されている（例えば、Adlerら、Hematol. Oncol. Clin. North Am.、２６巻：４４７〜８１頁（２０１２年）；Liら、Drug Discov. Ther.、７巻：１７８〜８４頁（２０１３年）；Scottら、Cancer Immun.、１２巻：１４頁（２０１２年）；およびSliwkowskiら、Science、３４１巻：１１９２〜１１９８頁（２０１３年）を参照されたい）。以下の表８に、公知の入手可能な抗体作用剤によって標的とされるある特定のヒト抗原の非包括的一覧を提示し、適応がんを示す。
【０３１８】
抗体作用剤が有用であると提唱されているある特定の適応がん：
【表８−１】
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【表８−２】
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【表８−３】
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【０３１９】
一部の実施形態では、がん治療は、免疫チェックポイント遮断治療（例えば、Martin−Liberalら、Cancer Treat. Rev.、５４巻：７４〜８６頁（２０１７年）；Menonら、Cancers（Basel）８巻：１０６頁（２０１６年）を参照されたい）、または免疫抑制遮断治療である、またはそれを含む。ある特定のがん細胞は、特に腫瘍抗原に対して特異的であるＴ細胞に対する免疫抵抗性の主要な機構として免疫チェックポイント経路を利用することによってよく育つ。例えば、ある特定のがん細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞応答の阻害に関与する１つまたは複数の免疫チェックポイントタンパク質を過剰発現し得る。したがって、阻害性シグナルを克服し、がん細胞に対する免疫攻撃を可能にするおよび／または強化するために免疫チェックポイント遮断治療を施行することができる。免疫チェックポイント遮断治療により、負の免疫応答制御因子（例えば、ＣＴＬＡ−４）によるシグナル伝達を低下させるか、阻害するか、または抑止することによって、がん細胞に対する免疫細胞応答を容易にすることができる。一部の実施形態では、がん治療により、免疫応答の正の制御因子（例えば、ＣＤ２８）のシグナル伝達を刺激または増強することができる。
【０３２０】
免疫チェックポイント遮断および免疫抑制遮断治療の例としては、Ａ２ＡＲ、Ｂ７−Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、ＧＩＴＲ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＧ−３、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＯＸ４０、ＴＩＭ−３、およびＶＩＳＴＡの１つまたは複数を標的とする作用剤が挙げられる。免疫チェックポイント遮断剤の特定の例としては、以下のモノクローナル抗体：イピリムマブ（標的ＣＴＬＡ−４）；トレメリムマブ（標的ＣＴＬＡ−４）；アテゾリズマブ（標的ＰＤ−Ｌ１）；ペムブロリズマブ（標的ＰＤ−１）；ニボルマブ（標的ＰＤ−１）；アベルマブ；デュルバルマブ；およびセミプリマブが挙げられる。
【０３２１】
免疫抑制遮断剤の特定の例としては、Ｖｉｓｔａ（Ｂ７−Ｈ５、Ｔ細胞活性化のｖ−ドメインＩｇサプレッサー）阻害剤；Ｌａｇ−３（リンパ球活性化遺伝子３、ＣＤ２２３）阻害剤；ＩＤＯ（インドールアミン−ピロール−２，３−ジオキシゲナーゼ−１，２）阻害剤；ＫＩＲ受容体ファミリー（キラー細胞免疫グロブリン様受容体）阻害剤；ＣＤ４７阻害剤；およびＴｉｇｉｔ（ＩｇおよびＩＴＩＭドメインを有するＴ細胞免疫受容体）阻害剤が挙げられる。
【０３２２】
一部の実施形態では、がん治療は、免疫活性化治療であるまたはそれを含む。免疫活性化因子の特定の例としては、ＣＤ４０アゴニスト；ＧＩＴＲ（グルココルチコイド誘導性ＴＮＦ−Ｒ関連タンパク質、ＣＤ３５７）アゴニスト；ＯＸ４０（ＣＤ１３４）アゴニスト；４−１ＢＢ（ＣＤ１３７）アゴニスト；ＩＣＯＳ（誘導性Ｔ細胞刺激物質）；ＣＤ２７８アゴニスト；ＩＬ−２（インターロイキン２）アゴニスト；およびインターフェロンアゴニストが挙げられる。
【０３２３】
一部の実施形態では、がん治療は、１つまたは複数の免疫チェックポイント遮断剤、免疫抑制遮断剤、および／または免疫活性化因子の組合せ、または１つまたは複数の免疫チェックポイント遮断剤、免疫抑制遮断剤、および／または免疫活性化因子、および他のがん治療の組合せであるまたはそれを含む。
【０３２４】
本明細書で考察する通り、一部の実施形態では、本開示は、がん治療に対して応答しないおよび／もしくは応答しなかった；または応答するおよび／もしくは応答した（例えば、臨床的に応答性である、例えば、臨床的に正に応答性または臨床的に負に応答性である）対象に関する方法およびシステムを提供する。一部の実施形態では、対象は、がん治療に対して臨床的に正に応答するおよび／または応答した。一部の実施形態では、対象は、がん治療に対して臨床的に負に応答するおよび／または応答した。一部の実施形態では、対象は、がん治療に対して応答しないおよび／または応答しなかった（例えば、臨床的に非応答性である）。
【０３２５】
対象が、がん治療に対して正に応答するか、負に応答するか、および／または応答できないかを特定の判断基準に従って測定し、かつ／または特徴付けることができる。ある特定の実施形態では、そのような判断基準は、臨床的な判断基準および／または客観的な判断基準を含み得る。ある特定の実施形態では、応答を評価するための技法としては、これだけに限定されないが、臨床検査、陽電子放出断層撮影法、胸部Ｘ線、ＣＴスキャン、ＭＲＩ、超音波、内視鏡検査、腹腔鏡検査、試料中の特定のマーカーの存在もしくはレベル、細胞診、および／または組織学的検査を挙げることができる。治療に対する腫瘍の正の応答、負の応答、および／または不応答は、当業者が、例えば、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、腫瘍のステージなどのうちの１つまたは複数を決定するためのものを含めた、そのような応答を評価するための種々の確立された技法を使用して評価することができる。処置に対する応答を評価するための方法およびガイドラインは、Therasseら、J. Natl. Cancer Inst.、２０００年、９２巻（３号）：２０５〜２１６頁；およびSeymourら、Lancet Oncol.、２０１７年、１８巻：ｅ１４３〜５２頁において考察されている。
【０３２６】
一部の実施形態では、応答性対象は、がん治療が施行されると、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、および／または腫瘍のステージの低下を示す。一部の実施形態では、非応答性対象は、がん治療が施行されても、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、または腫瘍のステージのいずれの低下も示さない。一部の実施形態では、非応答性対象は、がん治療が施行されても、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、または腫瘍のステージの増大を示す。
【０３２７】
一部の実施形態では、がん対象を、本明細書に記載のがん治療の施行のために同定および／または選択する。一部の実施形態では、がん治療を対象に施行する。一部の実施形態では、がん治療が施行されると、対象は、がん治療に対する正の臨床応答を示す、例えば、１つまたは複数の臨床的な判断基準および／または客観的な判断基準に基づいた改善を示す（例えば、腫瘍負荷量、腫瘍サイズ、および／または腫瘍のステージの低下を示す）。一部の実施形態では、臨床応答は、がん治療を開始するべきでない、および／または改変する（例えば、低減する、および／または１つもしくは複数の他のモダリティと組み合わせる）べきである、および／または中止するべきである、および／または代替がん治療を開始するべきである、がん対象として同定される（本明細書に記載の方法を使用して）がん対象に施行されたがん治療に対する臨床応答よりも大きく正である。
【０３２８】
本明細書に記載の方法は、電子形態、ウェブに基づく形態、または紙形態などの報告書を作成および／または提供することを含み得る。報告書は、本明細書に記載の方法、例えば、本明細書に記載の対象応答プロファイルからの１つまたは複数のアウトプットを含み得る。一部の実施形態では、報告書は、がん患者、および必要に応じて、推奨されるがん治療の経過に関して、１つまたは複数の腫瘍抗原（例えば、本明細書に記載の、１つまたは複数の刺激性および／または阻害性および／もしくは抑制性腫瘍抗原、またはリンパ球が応答性ではない腫瘍抗原）の存在または非存在を同定する、紙または電子形態などで生成される。一部の実施形態では、報告書は、がん患者に対する識別子を含む。一実施形態では、報告書は、ウェブに基づく形態である。
【０３２９】
一部の実施形態では、それに加えて、またはその代わりに、報告書は、予後、抵抗性、または潜在的なもしくは示唆される治療選択肢に関する情報を含む。報告書は、治療選択肢の可能性のある効果、治療選択肢の許容性、または治療選択肢を、例えば、報告書において同定されているがん患者に適用することの可否に関する情報を含み得る。例えば、報告書は、がん治療の施行、例えば、予め選択された投与量または予め選択された処置レジメンで、例えば、１つまたは複数の代替がん治療と組み合わせて患者に施行することに関する情報、または推奨を含み得る。報告書は、例えば、本明細書に記載の実体に、本明細書に記載の方法の実施から７日以内、１４日以内、２１日以内、３０日以内、または４５日以内に送達することができる。一部の実施形態では、報告書は、個人向けのがん処置報告書である。
【０３３０】
一部の実施形態では、報告書は、がん対象が本明細書に記載の方法を使用して検査されることを毎回記録するために生成される。がん対象を、毎月、２カ月ごと、６カ月ごと、または１年ごとなどの間隔で、またはより高いもしくは低い頻度で再評価して、対象を、がん治療に対する応答性について、および／または例えば本明細書に記載されている１つまたは複数のがん症状の改善についてモニタリングすることができる。一部の実施形態では、報告書には少なくともがん対象の処置履歴を記録することができる。
【０３３１】
一実施形態では、方法は、報告書を別の関係者に提供することをさらに含む。他の関係者は、例えば、がん対象、介護者、医師、腫瘍専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社または官庁であり得る。
【０３３２】
本明細書において言及されている全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、その全体が参照により組み込まれる。さらに、材料、方法および実施例は単に例示的なものであり、それに限定されるものではない。特に定義されていなければ、本明細書において使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者に一般に理解されているものと同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似しているまたは同等である方法および材料を本発明の実施または試験に使用することができるが、適切な方法および材料が本明細書に記載されている。
【０３３３】
本開示を以下の実施例によってさらに例示する。実施例は、例示する目的でのみ提供される。実施例は、本開示の範囲または内容をどのようにしても限定するものとは解釈されない。
【実施例】
【０３３４】
（実施例１）
ＡＴＬＡＳ黒色腫腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）ライブラリーに対する免疫応答−単一の患者の応答
ＡＴＬＡＳ黒色腫ＴＡＡライブラリーの生成
２３種の全長遺伝子（Ｕｎ００１〜０２３と標識、以下の表３に示す通り公知のＴＡＡをコードする）をＨａｒｖａｒｄ  Ｍｅｄｉｃａｌ  ＳｃｈｏｏｌにあるＤＮＡリソースコアから得、ＡＴＬＡＳ発現ベクター（Ｇｅｎｏｃｅａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）に再クローニングし、配列を検証した。各ＴＡＡをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのＣ末端、終止コドンの上流に挿入されたＣ５７ＢＬ／６マウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬを認識する代理Ｔ細胞アッセイ（Ｂ３Ｚハイブリドーマ）を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照（抗原提示細胞上にパルスされた最小のＳＩＩＮＦＥＫＬエピトープ）の５％を超えるＢ３Ｚ応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
【表３−１】
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【表３−２】
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【表３−３】
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【表３−４】
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【表３−５】
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【表３−６】
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【表３−７】
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【表３−８】
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【表３−９】
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【表３−１０】
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【表３−１１】
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【表３−１２】
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【０３３５】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
同意を得た、以前にチェックポイント阻害剤（ペムブロリズマブ）を用いた治療を受け、治療に応答した黒色腫患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３３６】
ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率１００：１で、反復でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖ−ＰＬＥＸ  Ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｐａｎｅｌ１（ヒト）Ｋｉｔを使用して分析した。
【０３３７】
データ分析
バックグラウンドと統計学的に異なり（ウィルコクソン順位和、ｐ＜０．０５）、陰性対照ＧＦＰクローンの平均（Ｎ＝１０）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均ＩＦＮγ応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
【０３３８】
図１は、単一の黒色腫患者についての代表的な結果を示す。バックグラウンドと統計学的に異なり（ウィルコクソン順位和、ｐ＜０．０５）、陰性対照ＧＦＰクローンの平均（Ｎ＝１０）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均ＩＦＮγ応答を誘導したクローンを抗原とみなした（水平の点線で示されている）。ＣＥＦ＝陽性対照ペプチドプール。ＧＦＰ＝緑色蛍光タンパク質。各符号は、個々の測定値を表し、横線＝平均値である。Ｕｎ０２２およびＵｎ０２３はＣＤ８＋ライブラリーに含まれなかった。
【０３３９】
（実施例２）
チェックポイント遮断治療後の黒色腫患者における防御免疫に関連するＴＡＡに対するコホート特異的Ｔ細胞応答
多数の対象を試験に動員し、チェックポイント阻害剤による治療後の臨床転帰に基づいてコホート化した。安定疾患または腫瘍退縮を有した対象を、防御されたとみなし、疾患の悪化（腫瘍成長）を有した対象を、防御されなかったとみなした。腫瘍イメージングスキャンによって臨床的決定を行った。
【０３４０】
簡単に述べると、同意を得た、以前にチェックポイント阻害剤による治療を受けた黒色腫患者３２名から血液試料を採取した（対象１名から２つの別々の採取物を得た）。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を密度勾配遠心分離によって濃縮した。ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、ＣＤ１４＋単球を樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。公知のＴＡＡ（表３において上記の通りＵｎ００１〜０２３と標識されている）を含むライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率１００：１で、２連でスクリーニングした；ＧＦＰを発現するＥ．ｃｏｌｉの１０反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を２４時間の時点で回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖ−ＰＬＥＸ  Ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｐａｎｅｌ１（ヒト）Ｋｉｔを使用して分析した。
【０３４１】
データ分析
バックグラウンドと統計学的に異なり（ウィルコクソン順位和、ｐ＜０．０５）、陰性対照ＧＦＰクローンに対する平均応答（Ｎ＝１０）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。各コホートが各サイトカインを伴って応答した抗原の平均数を比較して、防御された（応答者）コホートと防御されなかった（非応答者）コホートの間に差異があるかどうかを決定した。
【０３４２】
図２は、ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットについてのコホートデータを示す。対象を、疾患の臨床的評価に基づいて「応答者」群（灰色の棒）または「非応答者」群（黒色の棒）にコホート化した。患者ごとに評価した各サイトカインについて陰性対照応答の平均を上回る３ＳＤのカットオフを使用し、各対象がそれらのＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットを伴って応答したＴＡＡの数を表した。応答者コホートとは対照的に、非応答者群は、ライブラリーに含まれたＴＡＡのいずれに対しても、評価されたサイトカインの大多数による最小の識別可能なＣＤ４＋Ｔ細胞応答を有した。データは、各コホートが測定された各サイトカインを伴って応答したＴＡＡの平均数（±ＳＥ）として示されている。
【０３４３】
図３は、ＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットについてのコホートデータを示す。対象を、疾患の臨床的評価に基づいて「応答者」群（灰色の棒）または「非応答者」群（黒色の棒）にコホート化した。患者ごとに評価した各サイトカインについて陰性対照応答の平均を上回る３ＳＤのカットオフを使用し、各対象がそれらのＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットを伴って応答したＴＡＡの数を表した。ＩＦＮγを分泌するＣＤ８＋Ｔ細胞は、非応答者では検出不可能であったが、応答者は、平均で約２種のＴＡＡに応答した。データは、各コホートが測定された各サイトカインを伴って応答したＴＡＡの平均数（±ＳＥ）として示されている。
【０３４４】
（実施例３）
非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）患者においてＡＴＬＡＳを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ＡＴＬＡＳ新抗原ライブラリーの生成
ＡＴＬＡＳ（Ｇｅｎｏｃｅａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を適用して、同意を得た、ペムブロリズマブ（αＰＤ−１抗体（Ａｂ）、０日目に開始して隔週）を用いて首尾よく処置されたＮＳＣＬＣ患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特の突然変異２０２種のうち２０１種を発現するＡＴＬＡＳライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する１１３アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのＣ末端、終止コドンの上流に挿入されたＣ５７ＢＬ／６マウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬを認識する代理Ｔ細胞アッセイ（Ｂ３Ｚハイブリドーマ）を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照（抗原提示細胞上にパルスされた最小のＳＩＩＮＦＥＫＬエピトープ）の５％を超えるＢ３Ｚ応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
【０３４５】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
チェックポイント遮断治療の前後のＮＳＣＬＣ患者から末梢血試料を採取した。末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を密度勾配遠心分離によって濃縮した。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３４６】
処置の０日目および４２日目（３回目の注射後）のＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を、それぞれライブラリークローン２０１種のうち１９５種および２０１種に対して、ならびに陰性対照である、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローン２０種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ２，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率２５０：１で、２連でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖ−ＰＬＥＸ  Ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｐａｎｅｌ１（ヒト）Ｋｉｔを使用して分析した。
【０３４７】
データ分析
バックグラウンドと統計学的に異なり（ウィルコクソン順位和、ｐ＜０．０５）、陰性対照Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎクローンに対する平均応答（Ｎ＝２０）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした（水平の点線で示されている）。
【０３４８】
図４は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答についてのサイトカインＩＦＮγおよびＴＮＦαの２連の測定値間の良好なアラインメントを示し、反復の７４％よりも多くが互いから１．５倍以内に入った。
【０３４９】
図５は、処置前および処置後のＣＤ８＋Ｔ細胞についてのＩＦＮγおよびＴＮＦαについての結果を示す（それぞれ左側のパネルおよび右側のパネル）。このＮＳＣＬＣ患者では、スクリーニングされた突然変異の５％（２０１種のうち９種）が、処置前および処置後に取得した当該患者の末梢血ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される新抗原として同定された。同定された新抗原で処置前および処置後の両方で見いだされたものは１％だけであった。上の点線の上の点は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を刺激する新抗原を示す。下の点線の下の点は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を抑制および／または阻害する新抗原を示す。
【０３５０】
図６は、処置前および処置後のＣＤ４＋Ｔ細胞についてのＩＦＮγおよびＴＮＦαについての結果を示す（それぞれ左側のパネルおよび右側のパネル）。このＮＳＣＬＣ患者では、スクリーニングされた突然変異の１０％（１９５種のうち２０種）が、処置前に取得された当該患者の末梢血ＣＤ４＋Ｔ細胞によって認識される新抗原と同定され、処置後には、スクリーニングされた突然変異の１７％（１９５種のうち３３種）に増大した。同定された新抗原の５パーセントが処置前および処置後の両方で見いだされた。上の点線の上の点は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を刺激する新抗原を示す。下の点線の下の点は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答を抑制および／または阻害する新抗原を示す。これらの結果から、特にＩＦＮγに関して、チェックポイント阻害剤による治療後に、新抗原に対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答の幅が増大したことが示される。
【表４】
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【０３５１】
図７は、ＡＴＬＡＳおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたＣＤ８＋特異的Ｔ細胞新抗原間の限定された重複を示す。ＭＨＣクラスＩエピトープを、ＮＳＣＬＣ患者由来のスクリーニングされた新抗原全てについて、一般に使用されるアルゴリズム３種：ＮｅｔＭＨＣ、ＮｅｔＣＴＬｐａｎおよびＩＥＤＢを使用して、ならびに患者に特異的なハプロタイプＨＬＡ−Ａ＊０２：０１／＊３２：０１、ＨＬＡ−Ｂ＊４０：０１：０２／＊４５：０１：０１、ＨＬＡＣ＊０６：０２／＊０３：０４１を使用して予測した（Rizviら、（２０１５年）Science.、３４８巻（６２３０号）：１２４〜８頁を参照されたい）。ＡＴＬＡＳによって同定された抗原のうち８種は、ＮｅｔＭＨＣ、ＮｅｔＣＴＬｐａｎ、またはＩＥＤＢのいずれによっても予測されなかった（ＭＨＣクラスＩＩエピトープは現在利用可能なアルゴリズムを使用して有効に予測することはできないことに留意されたい）。
【０３５２】
図８は、エピトープ予測では、偽陽性率が高いこと、関連性のある刺激性新抗原が見落とされること、および抑制性および／または阻害性新抗原を同定できないことをさらに示す。少なくとも１種のアルゴリズムによって予測された新抗原１３７種のうち、１５種（または１１％）のみが、ＮＳＣＬＣ患者におけるＣＤ８＋Ｔ細胞応答をもたらすことがＡＴＬＡＳによって確認された。これらの１５種の新抗原のうち６種は、抑制性および／または阻害性であることが見いだされた。総じて、ＡＴＬＡＳでは、９＋８種の刺激性新抗原、および６＋３種の抑制性および／または阻害性新抗原が同定された。したがって、ＡＴＬＡＳによって見いだされた刺激性抗原の４７％がアルゴリズムでは見落とされ、ＡＴＬＡＳによって見いだされた抑制性および／または阻害性新抗原の３３％がアルゴリズムでは同定できなかった。
【０３５３】
（実施例４）
ＡＴＬＡＳ結腸直腸がん（ＣＲＣ）腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）ライブラリーに対する免疫応答−単一の患者の応答
ＡＴＬＡＳ結腸直腸がんＴＡＡライブラリーの生成
２６種のＴＡＡ遺伝子（２３種の独特の遺伝子を表す；「ｔａａ１〜２６」と標識し、以下の表５に示す）を、ＡＴＬＡＳ発現ベクター（Ｇｅｎｏｃｅａ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）にクローニングし、配列を検証した。各ＴＡＡをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させた。各オープンリーディングフレームのＣ末端、終止コドンの上流に挿入されたＣ５７ＢＬ／６マウスＴ細胞エピトープＳＩＩＮＦＥＫＬを認識する代理Ｔ細胞アッセイ（Ｂ３Ｚハイブリドーマ）を使用してタンパク質発現を検証した。陽性対照（抗原提示細胞上にパルスされた最小のＳＩＩＮＦＥＫＬエピトープ）の５％を超えるＢ３Ｚ応答を誘導したタンパク質を、発現されたとみなした。
【０３５４】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）バイアルをＢｉｏｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎ  ＩＶＴから購入した。ＰＢＭＣは、ステージＩＶ結腸直腸がんを有する５０歳のコーカサス人男性に由来するものであった。ＣＤ８＋Ｔ細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。単球を樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３５５】
ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率１００：１で、反復でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。陰性対照は、ｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するＥ．ｃｏｌｉの１３反復を含んだ。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖ−ＰＬＥＸ  Ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｐａｎｅｌ１（ヒト）Ｋｉｔを使用して分析した。
【０３５６】
データ分析
各サイトカインの標準曲線に関して検出の下限を下回った測定値を遮蔽した。陰性対照ｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）クローンの平均（Ｎ＝１３）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均ＩＦＮγまたはＴＮＦα応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
【０３５７】
図９は、単一のＣＲＣ患者についての代表的な結果を示す。陰性対照ＮＧクローンの平均（Ｎ＝１０）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均ＩＦＮγおよび／またはＴＮＦα応答を誘導したクローンを抗原とみなした（水平の点線、黒色の符号で示されている）。ＮＧ＝ｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎ。各符号は、個々の測定値を表し、小さな横線＝２連の測定値の平均値である。ＴＡＡコード付け規約を下の表５に示す。
【０３５８】
（実施例５）
ＣＲＣ患者のコホートにおけるＣＲＣ  ＴＡＡに対するＴ細胞応答
ＣＲＣ患者２１名由来のＰＢＭＣを２６種の公知のＴＡＡ（表５に示されている）のライブラリーに対してスクリーニングした。ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、ＣＤ１４＋単球を樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率１００：１で、２連でスクリーニングした；ｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するＥ．ｃｏｌｉの１３反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を２４時間の時点で回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖ−ＰＬＥＸ  Ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｐａｎｅｌ１（ヒト）Ｋｉｔを使用して分析した。
【０３５９】
データ分析
陰性対照ＮＧクローンに対する平均応答（Ｎ＝１０）の３標準偏差（ＳＤ）を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。
【０３６０】
図１０は、ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセット（灰色の棒）およびＣＤ８＋Ｔ細胞サブセット（黒色の棒）の両方についてのデータを示す。平均陰性対照（ＮＧ）応答の３標準偏差を超えるＩＦＮγ分泌によって測定された各ＴＡＡに応答した対象のパーセンテージが表されている。全体的に、２６種の抗原のうち９種が、ＣＲＣ患者の少なくとも１名からＣＤ８＋Ｔ細胞応答を誘導した。３種のＴＡＡ（ＨＰＳＥ１、ＨＰＳＥ２、ＳＭＡＤ４）が、スクリーニングされたほぼ全ての対象由来のＣＤ８＋Ｔ細胞に対する抗原であり、２種のＴＡＡ（ＨＰＳＥ１、ＨＰＳＥ２）も各対象のＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットに対する抗原であった。結果を以下の表５に要約する。
【表５】
2020514378.tif 000024
【０３６１】
（実施例６）
結腸直腸がん（ＣＲＣ）患者においてＡＴＬＡＳを使用して同定された新抗原に対する免疫応答
ＡＴＬＡＳ新抗原ライブラリーの生成
ＡＴＬＡＳを適用して、同意を得た結腸直腸がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である３１種の突然変異を発現するＡＴＬＡＳライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する１１３アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
【０３６２】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＣｏｎｖｅｒｓａｎｔ  Ｂｉｏから購入した。解凍後、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。ＣＤ１４＋単球も抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３６３】
ＣＤ８＋Ｔ細胞を、ライブラリークローン３１種に対して、ならびに陰性対照である、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローン２種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  １，５００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率３３３：１でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙカスタムプレートを使用して分析した。
【０３６４】
データ分析
陰性対照であるＮｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎクローンに対する応答中央値（Ｎ＝２）の３中央絶対偏差（ＭＡＤ）を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン（図１１において水平の点線で示されている）を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を３ＭＡＤ下回るまで低減したクローンを阻害性および／または抑制性抗原とみなした。
【０３６５】
図１１は、患者のＣＤ８＋Ｔ細胞由来のＩＦＮγおよびＴＮＦαについての結果を示す。Ｘは、陰性対照に対する応答中央値を示す。上の点線の上の点は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を刺激する新抗原を示す（黒い丸）。下の点線の下の点は、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を阻害および／または抑制する新抗原を示す（黒色の四角）。この患者では、スクリーニングされた突然変異の１６％（３１種のうち５種）が、当該患者の末梢血ＣＤ８＋Ｔ細胞によって認識される新抗原として同定された。さらに、スクリーニングされた突然変異の１３％（３１種のうち４種）が阻害性および／または抑制性新抗原として同定された。ＴＮＦαと比較して、ＩＦＮγを誘導した新抗原の重複はなかったが、阻害性新抗原のうちの２種がＩＦＮγおよびＴＮＦαの両方を抑制した。
【０３６６】
図１２Ａおよび１２Ｂは、ＡＴＬＡＳおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたＣＤ８＋特異的Ｔ細胞新抗原間の限定された重複を表すベン図を示す。ＭＨＣクラスＩエピトープを、スクリーニングされた新抗原全てについて、一般に使用されるアルゴリズム３種：ＮｅｔＭＨＣ、ＮｅｔＣＴＬｐａｎおよびＩＥＤＢを使用して、ならびに患者に特異的なハプロタイプＨＬＡ−Ａ＊３０：０２／＊３２：０１、Ｂ＊１８：０１／＊１４：０１、Ｃ＊０５：０１／＊０８：０２を使用して予測した。図１２Ａは、突然変異体ペプチド（新抗原）には５００ｎＭを下回ると推定される結合親和性を有したが、その野生型対応物に対してはそれを有さず、また、ＩＥＤＢパーセンタイル順位が突然変異体ペプチドについては≦１であったが野生型については≦１でないことが予測されたエピトープを表す。図１２Ｂは、野生型対応物予測とは無関係に、結合親和性が５００ｎＭを下回る、またはＩＥＤＢパーセンタイル順位が≦１であることが予測されたエピトープを表す。前者の場合では、ＡＴＬＡＳによって同定された新抗原のいずれもアルゴリズムでは予測されず、経験的には同定されなかった６種のエピトープが予測された（偽陽性率１００％および偽陰性率１００％）。後者に関しては、ＡＴＬＡＳを使用して同定され、使用された３種全てのアルゴリズムによっても予測された新抗原が１種あった。残りの４種の新抗原は、いずれのアルゴリズムによっても予測されなかった。予測されたエピトープの２６種はＡＴＬＡＳでは確認することができなかった（したがって、アルゴリズムの偽陽性率は９６％であり、偽陰性率は８０％であった）。
【０３６７】
図１３Ａおよび１３Ｂは、ＡＴＬＡＳおよびエピトープ予測アルゴリズムによって同定されたＣＤ８＋特異的Ｔ細胞阻害性および／または抑制性新抗原間の限定された重複を表すベン図を示す。エピトープ予測では、刺激性抗原または阻害性および／もしくは抑制性抗原が識別されず、したがって、図１２Ａおよび１２Ｂに関して使用されたものと同じＭＨＣ予測を、刺激性新抗原ではなく阻害性および／または抑制性新抗原に適用した。図１３Ａは、突然変異体ペプチド（新抗原）には５００ｎＭを下回ると推定される結合親和性を有したが、その野生型対応物に対してはそれを有さず、また、ＩＥＤＢパーセンタイル順位が突然変異体ペプチドについては≦１であったが野生型については≦１でないことが予測されたエピトープを表す。図１３Ｂは、野生型対応物予測とは無関係に、結合親和性が５００ｎＭを下回る、またはＩＥＤＢパーセンタイル順位が≦１であることが予測されたエピトープを表す。前者の場合では、ＡＴＬＡＳによって同定された阻害性および／または抑制性新抗原のいずれもアルゴリズムでは予測されず、予測されたエピトープ６種が経験的には同定されなかった（偽陽性率１００％および偽陰性率１００％）。後者に関しては、ＡＴＬＡＳを使用して同定され、アルゴリズム３種のうち１種（ｎｅｔＭＨＣｐａｎ＿ＭＴ）によっても予測された新抗原が１種あった。ＡＴＬＡＳを用いて経験的に同定された残りの３種の新抗原は、いかなるアルゴリズムでも予測されなかった。繰り返すと、予測されたエピトープの２６種がＡＴＬＡＳでは確認することができなかった。
【０３６８】
（実施例７）
結腸直腸癌患者におけるＴ細胞応答プロファイリングにより、腫瘍関連抗原に特異的な応答の濃縮が明らかになる
ＡＴＬＡＳ腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ＡＴＬＡＳ（商標）を適用して、種々のステージのＣＲＣおよび前悪性病変を有する対象３４名における、ＨＬＡ非依存的な、腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）のセットに対するＴ細胞想起応答をプロファイルした。２６種のＴＡＡ遺伝子（２３種の独特の遺伝子を表す、表５に示されている）を、ＡＴＬＡＳ発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各ＴＡＡをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
【表６−１】
2020514378.tif 000025
【表６−２】
2020514378.tif 000026
【表６−３】
2020514378.tif 000027
【０３６９】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＣｏｎｖｅｒｓａｎｔ  Ｂｉｏ（Ａｌａｂａｍａ）から購入したか、またはＭａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃの共同研究者から入手した。解凍後、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ１４＋単球も選別し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３７０】
凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＣｏｎｖｅｒｓａｎｔ  Ｂｉｏ（Ａｌａｂａｍａ）から購入したか、またはＭａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃの共同研究者から入手した。解凍後、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ１４＋単球も選別し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３７１】
ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を、ライブラリークローン２６種に対して、ならびに陰性対照である、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローン１０種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  １，０００〜５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率３３３：１でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインレベルを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙカスタムプレートを使用して分析した。
【０３７２】
データ分析
陰性対照であるＮｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）クローンに対する応答中央値（Ｎ＝１０）の２中央絶対偏差（ＭＡＤ）を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン（図１４において垂直の点線で、および図１７において水平の点線で示されている）を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を２ＭＡＤ下回るまで低減したクローンを阻害性および／または抑制性抗原とみなした。ＣＲＣ患者では、２６種の試験したＴＡＡに対する想起応答の幅は変動したが、３種のＴＡＡのサブセットに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答が強力に濃縮され、これは、健康な個体では見られなかった。
【０３７３】
図１４は、ＣＲＣ患者にわたる、２５種のＣＲＣ関連ＴＡＡに対する応答プロファイルを示す。疾患のステージ全てにわたるＣＲＣ患者由来のＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を２５種のＴＡＡに対する応答についてプロファイルし、推定上の抗原に対する想起応答についてのインジケーターとしてＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γ分泌を使用した。各抗原に応答して放出された、正規化されたサイトカイン濃度の分布が示されており、各行が１つの抗原を表す。縦の破線は、ＮＧ陰性対照抗原に応答したサイトカイン放出の中央値から２ＭＡＤを示す。プロットの右側へのシフトによって示される正の値は、刺激性Ｔ細胞の想起応答を示す。プロットの左側へのシフトによって示される負の値は、阻害性および／または抑制性Ｔ細胞の想起応答を示す。
【０３７４】
図１５Ａおよび１５Ｂは、アルゴリズムによって以前同定されなかった３種のＴＡＡに対する高頻度のＴ細胞応答を示す。ＣＲＣの個体における、治療用ワクチンとして臨床開発中であるまたは臨床開発中であった３種のＴＡＡと比較した、ＡＴＬＡＳにより同定されたＴＡＡ３種に対する応答率。図１５Ａは、ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞のＨＰＳＥ１およびＨＰＳＥ２に対する応答率を、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥＡ３、およびＴＰ５３と比較して示す。図１５Ｂは、ＣＤ８＋Ｔ細胞のＨＰＳＥ１、ＨＰＳＥ２およびＳＭＡＤ４に対する応答率を、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥＡ３、およびＴＰ５３と比較して示す。刺激性（上のパネル）ならびに阻害性および／または抑制性（下のパネル）Ｔ細胞想起応答が示されている。
【０３７５】
図１６は、早期または後期疾患を有するＣＲＣ患者における選択されたＴＡＡに対するＴ細胞応答を示す（ＮＲ、不応答者）。４種の選択されたＴＡＡに対する刺激性応答率がＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットおよびＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットの両方について、ならびにＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γサイトカイン放出について示されている（パネルＡ＝ＨＰＳＥ１；パネルＢ＝ＨＰＳＥ２；パネルＣ＝ＴＰ５３；パネルＤ＝ＭＡＧＥＡ３）。患者を疾患のステージによって群分けし、早期は、ステージＩおよびＩＩ、すなわち、局所領域的疾患を表し、後期は、ステージＩＩＩおよびＩＶ、すなわち、リンパ節または遠位部位への転移を伴うものを表す。刺激性応答（示されている）または阻害性および／もしくは抑制性応答（示されていない）のいずれについても早期疾患と後期疾患の間で応答率に有意な差異はなかった。がんのステージはＴ細胞応答サインに影響を及ぼさなかった。
【０３７６】
図１７は、種々の病態を有する健康な個体およびドナーにおける選択されたＴＡＡに対するＴ細胞応答を示す。３コホートにおける、４種の選択されたＴＡＡに応答して放出された、正規化されたサイトカイン濃度がＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットおよびＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットについて、ならびにＴＮＦ−αおよびＩＦＮ−γ放出について示されている（パネルＡ＝ＨＰＳＥ１；パネルＢ＝ＨＰＳＥ２；パネルＣ＝ＴＰ５３；パネルＤ＝ＭＡＧＥＡ３）。各データポイントは１個体を表す。異なるコホートにおけるＩＦＮ−γ放出をウィルコクソン順位和検定を使用して比較した。アスタリスクは、別段の指定のない限り、健康なドナーにおけるサイトカイン放出と比較した統計的有意性を示す。＊ｐ＜０．０５；＊＊ｐ＜０．０１；＊＊＊ｐ＜０．００１。ＴＮＦ−αレベルに基づく有意差を同じ群にわたって検出した（示されていない）。重要なことに、前悪性腺腫性ポリープを有する個体におけるＴＡＡのサブセット（ＨＰＳＥ１、ＨＰＳＥ２、ＳＭＡＤ４）に対するＴ細胞応答は、ＣＲＣ患者におけるものと類似しており、健康な個体における稀な応答とは明白に区別可能であった。このパターンは、治療用ワクチンとして現在調査されているまたは以前に調査されたＴＡＡ（ＭＵＣ１、ＴＰ５３、ＭＡＧＥＡ３）に対する応答については観察されなかった。
【０３７７】
（実施例８）
チェックポイント阻害剤を用いた処置を受けた肺がん患者における腫瘍関連抗原に対するＴ細胞応答のプロファイリング
ＡＴＬＡＳ腫瘍関連抗原ライブラリーの生成
ＡＴＬＡＳを適用して、ＩＣＩ治療を受けている肺がん患者の多様な試料における腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）に対するＴ細胞応答を特徴付け、プロファイルした。７６種のＴＡＡ遺伝子（７４種の独特の遺伝子を表す、表７に示されている）を、ＡＴＬＡＳ発現ベクターにクローニングし、配列を検証した。各ＴＡＡをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
【表７−１】
2020514378.tif 000028
【表７−２】
2020514378.tif 000029
【表７−３】
2020514378.tif 000030
【表７−４】
2020514378.tif 000031
【表７−５】
2020514378.tif 000032
【表７−６】
2020514378.tif 000033
【０３７８】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
同意を得た、ＩＣＩ治療を受けている患者１３名から血液試料を採取した。凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＢｉｏｒｅｃｌａｍａｔｉｏｎ（Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）から購入した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ１４＋単球も選別し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３７９】
ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を、ライブラリークローン７６種に対して、ならびに陰性対照である、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローン１０種に対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  １，０００〜５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率３３３：１でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインレベルを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙカスタムプレートを使用して分析した。
【０３８０】
データ分析
陰性対照であるＮｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎクローンに対する応答中央値（Ｎ＝１０）の２中央絶対偏差（ＭＡＤ）を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン（図１８および図１９において水平の点線によって示されている）を抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を２ＭＡＤ下回るまで低減したクローンを阻害性および／または抑制性抗原とみなした。
【０３８１】
図１８は、プロファイルされたＴＡＡに対するＴ細胞応答の例示的な経験的決定を示す。単一の肺がん患者についての例示的なデータが示されている。Ｔ細胞応答を、ＭＳＤ標準曲線から逆算し、陰性対照タンパク質に対する患者の応答に対して正規化した自然対数濃度として報告した。刺激性応答を、濃度中央値が陰性対照反復の中央値を２ＭＡＤよりも大きく上回るＴＡＡと定義した。この閾値は上の横の破線として示されており、刺激性応答が黒塗りの丸として示されている。阻害性および／または抑制性応答を、陰性対照反復の中央値を下回る陰性対照反復の２ＭＡＤよりも大きい濃度中央値を有するＴＡＡと定義した。この閾値は下の横の破線として示されており、阻害性および／または抑制性応答が黒塗りの三角形として示されている。
【０３８２】
図１９は、以前に記載されたＴＡＡと比較した、新規のＴＡＡに対する高頻度のＣＤ４＋Ｔ細胞応答を示す。患者にわたって、２種の新規ＴＡＡ（新規のＴＡＡ１＝ＨＰＳＥ１；新規のＴＡＡ２＝ＨＰＳＥ２）に対するＩＦＮ−γ  ＣＤ４＋Ｔ細胞応答は、肺がん患者の処置に関する臨床試験においてがんワクチンに利用された３種のＴＡＡであるＮＹ−ＥＳＯ−１、ＭＵＣ１、およびＭＡＧＥＡ３に対する応答よりも強力であると思われた。各点は、無関連の陰性対照タンパク質に対する患者の応答に対して正規化された、そのＴＡＡに対する患者の応答を表す。上の水平の点線によって示される２×ＭＡＤカットオフを上回る刺激性応答が黒色に色付けされている。正規化された濃度の中央値およびこれらの２種のＴＡＡに対する刺激性応答の割合の両方が３種の他のＴＡＡのものよりも高かった。これらの５種のＴＡＡに対するＣＤ８＋応答は患者にわたってより類似していた（示されていない）。
【０３８３】
図２０は、肺がん患者において広範囲のＴＡＡに対するＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答が発生することを示す。肺がん患者にわたって、少なくとも１個体において、７６種のプロファイルされたＴＡＡの明らかに大多数に対する刺激性ＣＤ４＋および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答が観察された。各ＴＡＡに対する刺激性Ｔ細胞応答が生じた患者のパーセントがＣＤ４＋Ｔ細胞（灰色の棒）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（黒色の棒）について別々に示されている。ＩＦＮ−γ応答が上の２つのパネルに示されており、ＴＮＦ−α応答が下の２つのパネルに示されている。患者でＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答の両方が発生した抗原（左側のパネル）を患者でＣＤ４＋Ｔ細胞応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答のいずれかが発生した抗原（右側のパネル）と区別した。
【０３８４】
図２１は、プロファイルされたＴＡＡの大多数に関して阻害性および／または抑制性Ｔ細胞応答が検出されたことを示す。プロファイルされた肺がん患者にわたって、ＴＡＡに対する阻害性および／または抑制性Ｔ細胞応答が高頻度で観察された。プロファイルされたＴＡＡそれぞれについて、陰性対照タンパク質に対する応答よりも２ＭＡＤ低い応答と定義される阻害性および／または抑制性Ｔ細胞応答が生じた患者のパーセントがＣＤ４＋Ｔ細胞（白色の棒）およびＣＤ８＋Ｔ細胞（灰色の棒）について示されている。ＩＦＮ−γ応答が上の２つのパネルに示されており、ＴＮＦ−α応答が下の２つのパネルに示されている。患者でＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答の両方が発生した抗原（左側のパネル）を患者でＣＤ４＋Ｔ細胞応答またはＣＤ８＋Ｔ細胞応答のいずれかが発生した抗原（右側のパネル）と区別した。
【０３８５】
（実施例９）
多数の腫瘍型にわたるＡＴＬＡＳＴを使用した新抗原同定
ＡＴＬＡＳ新抗原ライブラリーの生成
がん患者の多様なセットにおける腫瘍特異的突然変異に対する既存のＴ細胞応答を特徴付け、プロファイルするためにＡＴＬＡＳを適用した。同意を得た患者１９名から腫瘍生検材料および正常な組織試料を採取した。腫瘍試料の全エキソームおよびＲＮＡシーケンシングならびにマッチさせた正常な試料の全エキソームシーケンシングにより、腫瘍に独特であり、患者の生殖細胞系列には存在しない突然変異が同定された。体細胞タンパク質を変更させる突然変異のそれぞれを、ＡＴＬＡＳ発現ベクターで個々のクローンにおいて発現させ、配列を検証した。各クローンをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロット分析を使用して発現を検証した。
【０３８６】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
同意を得た患者１９名から血液試料を採取し、ＰＢＭＣを標準の手順を使用して単離した。凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＣｏｎｖｅｒｓａｎｔ（Ａｌａｂａｍａ）から購入したか、または共同研究者から入手した。解凍後、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ１４＋単球も選別し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで骨髄性樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３８７】
ＣＤ４＋Ｔ細胞およびＣＤ８＋Ｔ細胞を、個体の特異的なライブラリークローンに対して、ならびに、多数の陰性対照である、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローンに対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  １，０００〜５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率３３３：１でスクリーニングした。２４時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインレベルを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙカスタムプレートを使用して分析した。
【０３８８】
データ分析
陰性対照であるＮｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎクローンに対する応答中央値の２中央絶対偏差（ＭＡＤ）を超えるサイトカイン応答中央値を誘導したクローン（図２２において水平の点線で示されている）を刺激性新抗原とみなした。サイトカイン応答中央値を陰性対照応答中央値を２ＭＡＤ下回るまで低減したクローンを阻害性および／または抑制性新抗原とみなした。
【０３８９】
図２２は、例示的な患者に特異的なＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答を同定するＡＴＬＡＳを用いた新抗原スクリーニングを示す。１名の膵がん対象について、各候補新抗原に応答して観察されたＣＤ４＋Ｔ細胞応答およびＣＤ８＋Ｔ細胞応答が示されている。各ドットは、技術的反復を表す。水平の点線は、それぞれ＋３および−３中央絶対偏差（ＭＡＤ）である、刺激性新抗原ならびに阻害性および／または抑制性新抗原を定義するために使用したカットオフを示す。
【０３９０】
図２３Ａ、２３Ｂ、２３Ｃ、および２３Ｄは、ＭＨＣクラスＩ結合を予測するアルゴリズムではＣＤ８＋Ｔ細胞応答または応答の型が正確に予測されなかったことを示す。図は、ＭＨＣクラスＩアルゴリズムに基づく結合予測（結合親和性カットオフ＜５００ｎＭを用いたＮｅｔＭＨＣｐａｎ予測）と、ＡＴＬＡＳにおいて最初の対象１１名にわたっておよび１９名の対象全員にわたって観察されたＴ細胞応答を比較するものである。図２３Ａおよび２３Ｃは、それぞれ最初の対象１１名についておよび１９名の対象全員についての、アルゴリズムによって予測された新抗原とＡＴＬＡＳにおいて観察された新抗原の総数および重複を示す。図２３Ｂおよび２３Ｄは、それぞれ最初の対象１１名についておよび１９名の対象全員についての、強い結合（＜１５０ｎＭ）、弱い結合（＜５００ｎＭ）、または結合せず（≧５００ｎＭ）の予測の内訳を示す。結合予測群にわたって、ＣＤ８＋Ｔ細胞における刺激性応答または阻害性および／もしくは抑制性応答のいずれの濃縮もなかった。
【０３９１】
図２４Ａおよび２４Ｂは、候補刺激性新抗原に対する、ＡＴＬＡＳによって同定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答がいずれの突然変異型についても濃縮されなかったことを示す。図２４Ａでは、最初の対象１１名についての突然変異型をミスセンス、インフレーム、またはフレームシフトと定義した。図２４Ｂでは、１９名の対象全員についての突然変異型を、短いバリアント（野生型遺伝子配列と比べて１〜２アミノ酸の変化をもたらすミスセンス突然変異とインフレーム突然変異の組合せ）およびｎｅｏＯＲＦ（野生型遺伝子配列と比べて３アミノ酸またはそれよりも多くのアミノ酸の変化をもたらすフレームシフトと終止コドン消失突然変異の組合せ）と定義した。本実施例では、候補阻害性および／または抑制性新抗原は、ミスセンスのまたは短いバリアント突然変異と関連する頻度がいくらか高かった。
【０３９２】
図２５Ａおよび２５Ｂは、ＤＮＡ突然変異体対立遺伝子の発生頻度が低いことがＣＤ８＋Ｔ細胞応答の発生頻度に中等度に関連することを示す（Ｐ値＝０．０３７）。突然変異体ＤＮＡ対立遺伝子の発生頻度を全エキソームシーケンシングから導き出し、観察される応答型と比較した。図２５Ａは、最初の対象１１名についての結果を示す。図２５Ｂは、１９名の対象全員についての結果を示す。
【０３９３】
図２６Ａおよび２６Ｂは、ＲＮＡにおける突然変異の検出では刺激性または阻害性／抑制性抗原の候補がＣＤ８＋Ｔ細胞において想起応答を有するかどうかが予測されなかったことを示す。ＲＮＡ−ｓｅｑを腫瘍材料に対して実施した。体細胞突然変異を全エキソームシーケンシングによって同定し、ＲＮＡ−ｓｅｑデータを、ＤＮＡにおいて同定される突然変異の存在または非存在について調べた。図２６Ａは、最初の対象１１名のうち８名についての結果を示す。図２６Ｂは、１９名の対象全員についての結果を示す。
【０３９４】
図２７Ａおよび２７Ｂは、候補新抗原に対してＡＴＬＡＳによって同定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答が遺伝子発現と相関しなかったことを示す。ＲＮＡ−ｓｅｑを腫瘍材料に対して実施した；候補新抗原を有する各遺伝子について定量的遺伝子発現値を算出し、正規化されたサイトカイン測定値と比較した。図２７Ａは、最初の対象１１名のうち１０名についての結果を示す。図２７Ｂは、１９名の対象全員についての結果を示す。
【０３９５】
（実施例１０）
膵がん患者における、ＡＴＬＡＳを使用して同定された異なる新抗原に対する異なるサイトカイン応答
ＡＴＬＡＳ新抗原ライブラリーの生成
ＡＴＬＡＳを適用して、同意を得た膵がん患者の腫瘍において同定された突然変異の全必要数をスクリーニングした。この患者に独特である２２種の突然変異を発現するＡＴＬＡＳライブラリーを作り上げた。各クローンに構築物の中心付近に突然変異が位置する１１３アミノ酸を含有させ、配列を検証した。各クローンをＥ．ｃｏｌｉにおいて組換えにより発現させ、ウエスタンブロットを使用してタンパク質発現を検証した。
【０３９６】
ＡＴＬＡＳライブラリースクリーニング
凍結末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）をＣｏｎｖｅｒｓａｎｔ  Ｂｉｏから購入した。解凍後、ＣＤ８＋Ｔ細胞を、抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用して選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８刺激で非特異的に増大させた。抗体をコンジュゲートした磁気ビーズを使用してＣＤ１４＋単球も選別し、ｉｎ  ｖｉｔｒｏで樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。
【０３９７】
ＣＤ８＋Ｔ細胞を、２２種のライブラリークローンに対して、ならびに陰性対照である、Ｎｅｏｎ  Ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するクローンに対してスクリーニングした。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率３３３：１でスクリーニングした。１９．５時間インキュベートした後、アッセイ上清を回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインＣＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＭＩＦ、ＴＮＦα、およびＴＲＡＩＬを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙカスタムプレートを使用して分析した。
【０３９８】
データ分析
図２８は、患者由来のＣＤ８＋Ｔ細胞のスクリーニングにおいて６種の代表的な新抗原によって引き出された異なるＣＭ−ＣＳＦ、ＩＦＮγ、ＩＬ−１０、ＭＩＦ、ＴＮＦα、およびＴＲＡＩＬ応答プロファイルを示す。各パネルは、１種の新抗原に対応する（Ｇ−３６１８、Ｇ−３６２４、Ｇ−３６２０、Ｇ−３６２７、Ｇ−３６１７、およびＧ−３６３２と示されている）。各パネルの横線は、陰性対照に対する応答中央値を示す。横線の上の棒は、サイトカイン分泌の刺激を示す。横線の下の棒は、サイトカイン分泌の阻害および／または抑制を示す。パネルは、各新抗原によって引き出される異なるサイトカイン応答を例示する。
【０３９９】
（実施例１１）
がん患者および健康なドナーのコホートにおける、ＶＥＧＦに対するＴ細胞応答
がん患者８名（肺がん７名、結腸直腸がん１名）および健康なドナー１３名由来のＰＢＭＣを、公知のＴＡＡであるＶＥＧＦに対して２連でスクリーニングした。ＣＤ８＋Ｔ細胞を選別し、抗ＣＤ３および抗ＣＤ２８でコーティングしたマイクロビーズを使用して非特異的に増大させ、ＣＤ１４＋単球を樹状細胞（ＭＤＤＣ）に分化させた。ライブラリークローンを、ＭＤＤＣ  ５，０００個およびＴ細胞８０，０００個を使用し、Ｅ．ｃｏｌｉ：ＭＤＤＣ比率１００：１で、２連でスクリーニングした；ｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎ（ＮＧ）を発現するＥ．ｃｏｌｉの反復を陰性対照として含めた。アッセイ上清を２４時間の時点で回収し、−８０℃で保管した。上清サイトカインを、Ｍｅｓｏ  Ｓｃａｌｅ  Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ  Ｖ−ＰＬＥＸ  Ｐｒｏｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  Ｐａｎｅｌ１（ヒト）Ｋｉｔを使用して分析した。
【０４００】
データ分析
陰性対照であるＮＧクローンに対する応答中央値（Ｎ＝１０）の２中央値平均偏差（ＭＡＤ）を超える平均サイトカイン応答を誘導したクローンを抗原とみなした。図２９は、健康なドナー（黒色の棒）およびがん患者（白色の棒）についてのＣＤ８＋Ｔ細胞データを示す。各対象コホートについてｎｅｏｎ  ｇｒｅｅｎに対して正規化された中央値対数サイトカイン応答が示されている。ＩＦＮγ分泌によって分析した場合、健康なドナーコホートでは大きな阻害性応答があり、これは、がん患者コホートにおける阻害性応答を著しく超えるものであった。逆に、ＴＮＦα分泌を考察した場合には、がんコホートにおける阻害性応答の中央値がより大きかった。
【０４０１】
（実施例１２）
３種のＴＡＡの組合せを使用したｉｎ  ｖｉｔｒｏ免疫
ｉｎ  ｖｉｔｒｏ免疫についてのプロトコール
健康なドナー由来のＰＢＭＣを標準のプロトコールを使用して濃縮する。洗浄したＰＢＭＣを補充ＲＰＭＩ−１６４０培地に再懸濁させる。細胞１００μＬ（１ｍＬ当たり細胞２×１０６個）を９６ウェル平底アッセイプレートの各ウェルに添加する。ＴＡＡであるＨＰＳＥ１、ＨＰＳＥ２、ＳＭＡＤ４、ＭＵＣ１、ＭＡＧＥＡ３、およびＴＰ５３に対応する重複するペプチドを培養物に最終濃度５０μｇ／ｍＬで添加する。培養物を５日間インキュベートし、ペプチド含有培地を除去し、次いで、培養物にヒトＩＬ−２（１０Ｕ／ｍＬ）を提供して１１日間置き、ＩＬ−２含有培地を３日ごとに補給した。ペプチドと共に５日間プラスＩＬ−２と共に１１日間のインキュベート時間で１サイクルが構成される。その後、１６日目に初代培養物を同じペプチド（５０ｎｇ／ｍＬ）で再刺激して次のサイクルを開始する。照射した（４０００ｒａｄ）自己由来末梢血単核細胞（５×１０５）をＡＰＣとして体積５０μＬで完全培地に添加する。各サイクルの最後にＥＬＩＳＰＯＴを細胞の一定分量に対して実施して、ペプチドに対する新規の応答を観察する。
【化１】
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【化２】
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【化３】
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【化４】
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【化７】
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【化９】
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【化１９】
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【化２１】
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【化２７】
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【化２９】
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【化３０】
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【化３１】
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【化４７】
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【化４８】
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【化７５】
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【化８０】
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【化８１】
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【化８３】
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【化８４】
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【化８５】
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【化８６】
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【化８７】
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【化８９】
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【化９０】
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【化９１】
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【化９２】
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【化９３】
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【０４０２】
均等物
本開示は、その詳細な説明と併せて記載されているが、前述の説明は、添付の特許請求の範囲の範囲によって定義される本発明の範囲を例示するものであり、限定するものではないことが理解されるべきである。他の態様、利点、および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内に入る：
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１４】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３Ａ−Ｂ】
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【図２３Ｃ−Ｄ】
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【図２４Ａ】
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【図２４Ｂ】
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【図２５Ａ】
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【図２５Ｂ】
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【図２６Ａ】
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【図２６Ｂ】
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【図２７Ａ】
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【図２７Ｂ】
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【図２８】
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【図２９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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