(57)【要約】１つ又は複数の虫垂関連コンディションを特性評価するための方法及び／又はシステムの実施形態は、対象のセットに関連する微生物データセットを決定するステップ、及び／又は前記微生物データセットに基づいて、前記１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関連する特性評価プロセスを実行するステップを含むことができ、前記特性評価プロセスを実行するステップは、前記１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについての虫垂関連特性評価プロセスを実行すること、及び／又は１つ若しくは複数の治療を決定することを、加えて又は代替的に含むことができる。【選択図】  図２
2020528285.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
微生物に関連する虫垂関連コンディションを特性評価する方法であって、
対象のセットに関連する微生物配列データセットを、前記対象のセットに関連するサンプルからの微生物核酸に基づいて決定するステップであり、前記サンプルが、前記虫垂関連コンディションに関連する少なくとも１つのサンプルを含む、ステップ；
前記対象のセットについて、前記虫垂関連コンディションに関連する補足データを収集するステップ；
前記微生物配列データセットに基づいて、マイクロバイオーム組成特徴のセット及びマイクロバイオーム機能的特徴のセットの少なくとも一方を含むマイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップ；
前記補足データ及び前記マイクロバイオーム特徴のセットに基づいて、虫垂関連特性評価モデルを生成するステップであり、前記虫垂関連特性評価モデルが、前記虫垂関連コンディションに関連する、ステップ；
前記虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び
前記虫垂関連特性評価に基づいて前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための治療をユーザーに提供するステップ
を含む方法。
【請求項２】
前記サンプルが、腸部位に関連する第１の部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、腸部位と、ナイセリア科（科）、ナイセリア・ムコサ（種）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（種）、バクテロイデス・ユニフォルミス（種）、バクテロイデス・ブルガータス（種）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、メガスファエラ属（属）、プロテオバクテリア門（門）、ミクロコッカス科（科）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、ゲメラ属（属）、クロストリジウム属（属）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、アクチノマイセス目（目）、アクチノマイセス科（科）、ベータプロテオバクテリア綱（綱）、ゲメラ・モルビロルム（種）、ロチア属（属）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、シュードモナス目（目）、オキサロバクター科（科）、バークホルデリア目（目）、ゲメラ属種９３３−８８（種）、ミクロコッカス目（目）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、モギバクテリウム属（属）、バクテロイデス属種ＡＲ２０（種）、バクテロイデス属種ＡＲ２９（種）、バークホリデリア科（科）、エリュシペロトリクス科（科）、キサントモナス目（目）、シュードモナス科（科）、アクチノマイセス属種経口株Ｈａｌ−１０６５（種）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、ポルフィロモナス科（科）、シャトレワーシア属（属）、クロストリジウム綱（綱）、クロストリジウム目（目）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ペプトコッカス科（科）、カルノバクテリウム科（科）、ディアリスター属種Ｅ２＿２０（種）、ナイセリア目（目）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）、モリエラ属（属）、シネルギステス門（門）、エリュシペロトリクス綱（綱）、エリュシペロトリクス目（目）、クロストリジウム目第ＸＩＩＩ科所属不明（科）、ロセブリア属種１１ＳＥ３９（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  Ｄ２２（種）、シネルギステス綱（綱）、シネルギステス目（目）、シネルギステス科（科）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）、フラボニフラクター属（属）、サテレラ科（科）、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ（種）、ストレプトコッカス属種２０１１＿経口＿ＭＳ＿Ａ３（種）、ベイロネラ属種２０１１＿経口＿ＶＳＡ＿Ｄ３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ９  ＡＡ１−５（種）、フレチバクテリウム属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、ペプトクロストリジウム属（属）、インテスチニバクター（属）、アシネトバクター属（属）、クレブシエラ属（属）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（種）、ブチリビブリオ属（属）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（種）、ヘルバスピリルム属（属）、ハーバスピリラム・セロペディカエ（種）、ペディオコッカス属（属）、フィネゴルディア・マグナ（種）、ブラウティア・ハンセニイ（種）、エンテロコッカス・フェカリス（種）、ラクトコッカス・ラクチス（種）、バシラス属（属）、クロストリジウム・ディフィシル（種）、ブラウティア・ココイデス（種）、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム（種）、ワイセラ・コンフューザ（種）、ラクトバチルス・プランタルム（種）、ラクトバチルス・パラカセイ（種）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（種）、ビフィドバクテリウム・ブレベ（種）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（種）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（種）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム（種）、バクテロイデス・オバツス（種）、ペプトニフィラス・ラクリマリス（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、ラーネラ属（属）、ビロフィラ・ワーズワーシア（種）、スネアチア・サングイネゲンス（種）、サクシニクラスティカム属（属）、スポロバクター属（属）、シュードブチリビブリオ・ルミニス（種）、ワイセラ属（属）、バクテロイデス・スターコリス（種）、ラクトバチルス・ラムノサス（種）、パントエア属（属）、ホールディマニア属（属）、ホールディマニア・フィリフォルミス（種）、サーモアナエロバクター目（目）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（種）、ビフィドバクテリウム・プロラム（種）、ロイコノストック科（科）、エガセラ・レンタ（種）、パピリバクター属（属）、アナエロスティペス・カカエ（種）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（種）、アナエロボラックス属（属）、パラスポロバクテリウム属（属）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（種）、オシロスピラ属（属）、オシロスピラ・グイリエルモンディイ（種）、アクチノマイセス・ツリセンシス（種）、アナエロシヌス属（属）、スネアチア属（属）、ブレビバクテリウム・パウシボランス（種）、ラクトバチルス属種ＣＲ−６０９Ｓ（種）、サーモアナエロバクター科（科）、バシラス科（科）、ゲルリア属（属）、アキドバクテリウム目（目）、バクテロイデス・マシリエンシス（種）、ロドシクルス目（目）、アナエロフスティス・ステルコリホミニス（種）、アリスティペス・ファインゴールディイ（種）、オシロスピラ科（科）、ペプトニフィラス属種２００２−３８３２８（種）、ヘスペリア属（属）、バクテロイデス属種３５ＡＥ３７（種）、マルビンブリアンチア属（属）、アナエロスポロバクター・モビリス（種）、アナエロフスティス属（属）、カタバクター属（属）、フラボニフラクター・プラウティ（種）、プロテイニフィルム属（属）、ロセブリア・ファエシス（種）、ストレプトコッカス属種Ｓ１６−１１（種）、バクテロイデス属種４０７２（種）、アリスティペス・シャーイイ（種）、バクテロイデス・インテスティナリス（種）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（種）、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ（種）、バクテロイデス・ドレイ（種）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（種）、クロノバクター属（属）、アロスカルドビア属（属）、アロスカルドビア・オムニコレンス（種）、ラクトニファクター属（属）、カタバクター科（科）、アドレクロウチア・エクオリファシエンス（種）、アドレクロウチア属（属）、アリスティペス属種ＥＢＡ６−２５ｃｌ２（種）、バクテロイデス属種ＥＢＡ５−１７（種）、オシリバクター属（属）、ゴルドニバクター・パメラエアエ（種）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（種）、ミツオケラ属種ＤＪＦ＿ＲＲ２１（種）、ブチリシモナス属（属）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（種）、アリスティペス・インディスティンクタス（種）、ゴルドニバクター属（属）、アナエロスティペス・ハドラス（種）、クレブシエラ属種Ｂ１２（種）、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２（種）、アナエロスポロバクター属（属）、バクテロイデス・ファエシス（種）、ブラウティア属種Ｓｅｒ５（種）、バクテロイデス・チンチラエ（種）、ビロフィラ属種４＿１＿３０（種）、カルディコプロバクター科（科）、エンテロバクター属種ＵＤＣ３４５（種）、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ（種）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）、エンテロコッカス属種Ｃ６Ｉ１１（種）、シュードフラボニフラクター属（属）、バクテロイデス属種ｄｎＬＫＶ９（種）、メガスファエラ属種ＢＶ３Ｃ１６−１（種）、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群１４７（種）、バリバキュラム属種ＣＣＵＧ  ４５１１４（種）、ブチリシモナス属種２１４−４（種）、アナエロスティペス・ラムノシボランス（種）、ネガティビコッカス属種Ｓ５−Ａ１５（種）、［コリンセラ属］マシリエンシス（種）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、ロセブリア属種４９９（種）、ディアリスター属種Ｓ７ＭＳＲ５（種）、アナエロコッカス属種Ｓ８  ８７−３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ８  Ｆ７（種）、ムルドキエラ属種Ｓ９  ＰＲ−１０（種）、ペプトニフィラス属種Ｓ９  ＰＲ−１３（種）、バクテロイデス属種Ｊ１５１１（種）、コリネバクテリウム属種７１３１８２／２０１２（種）、ラーネラ属種ＢＳＰ１８（種）、インテスティニモナス属（属）、ロビンソニエラ属種ＫＮＨｓ２１０（種）、カンジダタス・ソレアフェレア（属）、ブチリシモナス・フェシホミニス（種）、セネガリマッシリア（属）、ペプトニフィラス属種ＤＮＦ００８４０（種）、ロンバウツシア（属）、及びコプロバクター・セカンドゥス（種）のうちの少なくとも１つとに関連する第１の部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを、前記微生物配列データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記第１の部位特異的組成特徴に基づいて、第１の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記第１の部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、腸部位と、神経変性疾患、シグナル伝達分子及び相互作用、生体異物の生体内分解及び代謝、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝、ハンチントン病、イノシトールリン酸代謝、プロパン酸代謝、デンプン及びショ糖代謝、カプロラクタム分解、細胞運動性及び分泌、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解、トリプトファン代謝、Ｉ型糖尿病、フェニルアラニン代謝、セレン化合物代謝、リシン分解、多環式芳香族炭化水素分解、グリカン生合成及び代謝、腎細胞癌、ブタン酸代謝、原核生物における炭素固定経路、クエン酸回路（ＴＣＡ回路）、リポ多糖生合成、ＲＮＡ輸送、チアミン代謝、１，１，１−トリクロロ−２，２−ビス（４−クロロフェニル）エタン（ＤＤＴ）分解、電子移動担体、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、プリオン病、トルエン分解、及びアルファリノレイン酸代謝のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的機能的特徴を含む、マイクロバイオーム機能的特徴のセットを、前記微生物配列データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ、前記第１の部位特異的組成特徴及び前記部位特異的機能的特徴に基づいて、前記第１の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも１つに関連する第２の部位特異的サンプルを収集するステップ；
前記皮膚部位、前記生殖器部位、前記口部位及び前記鼻部位のうちの少なくとも１つに関連する第２の部位特異的組成特徴を判定するステップであり、前記第２の部位特異的組成特徴が、ゲメラ属（属）、ベイロネラ・アティピカ（種）、ディアリスター・ニューモシンテス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、フィロバクテリウム科（科）、アクアバクテリウム属（属）、アナエログロブス属（属）、アナエログロブス・ゲミナツス（種）、オクトバクテリウム属（属）、モビルンカス・クルティシイ（種）、アクチノマイセス・ノウイイ（種）、アナエロコッカス・ラクトリティカス（種）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（種）、ウェルコミクロビウム目（目）、ウェルコミクロビウム門（門）、ウェルコミクロビウム網（綱）、ウェルコミクロビウム科（科）、ディアリスター・サクシナティフィラス（種）、アトポビウム属種Ｆ０２０９（種）、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、アナエロコッカス属種９４０１４８７（種）、メソリゾビウム属（属）、ラクトバチルス・ロイテリ（種）、メガスファエラ属種ＵＰＩＩ  １９９−６（種）、ラクトバチルス属種Ｃ３０Ａｎ８（種）、ペプトコッカス属種Ｓ９  Ｐｒ−１２（種）、ヘルココッカス・シアトレンシス（種）、モラクセラ科（科）、モラクセラ属（属）、エイケネラ属（属）、エイケネラ・コローデンス（種）、バゴコッカス属（属）、フィロバクテリウム属（属）、ベイロネラ・ディスパー（種）、サテレラ・ワズワースエンシス（種）、ジョンソネラ・イグナバ（種）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、レプトトリキア・ホフスタディイ（種）、レプトトリキア・シャーイイ（種）、カプノサイトファーガ属種ＡＨＮ９７５６（種）、バージイエラ属種ＡＦ１４（種）、オルセネラ属種Ｆ０００４（種）、バクテロイデス属種Ｄ２２（種）、フィロバクテリウム属種Ｔ５０（種）、アクチノマイセス属種ＩＣＭ４７（種）、フソバクテリウム属種ＡＳ２（種）、レプトトリキア科（科）、コマモナス属（属）、ペプトストレプトコッカス属（属）、アクチノマイセス・ビスコサス（種）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、ビフィドバクテリウム目（目）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、タラソスピラ属（属）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（種）、アグリゲイティバクター属（属）、ストレプトコッカス属種１１ａＴｈａ１（種）、サテレラ科（科）、フラボバクテリウム属（属）、クロノバクター・サカザキ（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、ブルセラ科（科）、スフィンゴバクテリア目（目）、アッカーマンシア属（属）、ペプトニフィラス属種ｇｐａｃ０１８Ａ（種）、シトロバクター属種ＢＷ４（種）、クロノバクター属（属）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、黄色ブドウ球菌（種）、ブレブンディモナス属（属）、カウロバクター科（科）、カウロバクター目（目）、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス（種）、アナエロバチルス属（属）、アシネトバクター属種��Ｂ２２−２３（種）、シュードモナス属（属）、ナイセリア科（科）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、プレボテラ属（属）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、アクネ菌（種）、ベイロネラ科（科）、レプトトリキア属（属）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、フラボバクテリウム科（科）、デルフチア属（属）、フラボバクテリウム綱（綱）、プレボテラ科（科）、ラクノスピラ科（科）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ドレア属（属）、フラボバクテリウム目（目）、ナイセリア目（目）、パラバクテロイデス属（属）、ストレプトコッカス属種経口分類群Ｇ６３（種）、アシダミノコッカス科（科）、ベイロネラ属種ＣＭ６０（種）、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２（種）、フシカテニバクター・サッカリボランス（種）、フシカテニバクター属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、パラバクテロイデス・メルダエ（種）、コリンセラ・アエロファシエンス（種）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、プロピオニバクテリウム属種ＫＰＬ１８４４（種）、メチロバクテリウム・ロンガム（種）、及びブドウ球菌属種Ｃ５Ｉ１６（種）のうちの少なくとも１つに関連する、ステップ；
前記第２の部位特異的組成特徴に基づいて、第２の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成するステップ；
追加のユーザーからユーザーサンプルを収集するステップであり、前記ユーザーサンプルが、前記皮膚部位、前記生殖器部位、前記口部位及び前記鼻部位のうちの少なくとも１つに関連する、ステップ；及び
前記第２の部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記追加のユーザーの追加の虫垂関連特性評価を決定するステップ
をさらに含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記サンプルが、皮膚部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、前記皮膚部位と、シュードモナス属（属）、ナイセリア科（科）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、プレボテラ属（属）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、アクネ菌（種）、ベイロネラ科（科）、レプトトリキア属（属）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、フラボバクテリウム科（科）、デルフチア属（属）、フラボバクテリウム綱（綱）、プレボテラ科（科）、ラクノスピラ科（科）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ドレア属（属）、フラボバクテリウム目（目）、ナイセリア目（目）、パラバクテロイデス属（属）、ストレプトコッカス属経口分類群Ｇ６３（種）、アシダミノコッカス科（科）、ベイロネラ属種ＣＭ６０（種）、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２（種）、レプトトリキア科（科）、フシカテニバクター・サッカリボランス（種）、フシカテニバクター属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、パラバクテロイデス・メルダエ（種）、コリンセラ・アエロファシエンス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、スフィンゴバクテリア目（目）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アナエロバチルス属（属）、プロピオニバクテリウム属種ＫＰＬ１８４４（種）、メチロバクテリウム・ロンガム（種）、及びブドウ球菌属種Ｃ５Ｉ１６（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記サンプルが、生殖器部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、前記生殖器部位と、ゲメラ属（属）、ベイロネラ・アティピカ（種）、ディアリスター・ニューモシンテス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、フィロバクテリウム科（科）、アクアバクテリウム属（属）、アナエログロブス属（属）、アナエログロブス・ゲミナツス（種）、オクトバクテリウム属（属）、モビルンカス・クルティシイ（種）、アクチノマイセス・ノウイイ（種）、アナエロコッカス・ラクトリティカス（種）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（種）、ウェルコミクロビウム目（目）、ウェルコミクロビウム門（門）、ウェルコミクロビウム網（綱）、ウェルコミクロビウム科（科）、ディアリスター・サクシナティフィラス（種）、アトポビウム属種Ｆ０２０９（種）、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、アナエロコッカス属種９４０１４８７（種）、メソリゾビウム属（属）、ラクトバチルス・ロイテリ（種）、メガスファエラ属種ＵＰＩＩ  １９９−６（種）、ラクトバチルス属種Ｃ３０Ａｎ８（種）、ペプトコッカス属種Ｓ９  Ｐｒ−１２（種）、及びヘルココッカス・シアトレンシス（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
前記サンプルが、口部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、口部位と、モラクセラ科（科）、モラクセラ属（属）、エイケネラ属（属）、エイケネラ・コローデンス（種）、バゴコッカス属（属）、フィロバクテリウム属（属）、ベイロネラ・ディスパー（種）、サテレラ・ワズワースエンシス（種）、ジョンソネラ・イグナバ（種）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、レプトトリキア・ホフスタディイ（種）、レプトトリキア・シャーイイ（種）、カプノサイトファーガ属種ＡＨＮ９７５６（種）、バージイエラ属種ＡＦ１４（種）、オルセネラ属種Ｆ０００４（種）、バクテロイデス属種Ｄ２２（種）、フィロバクテリウム属種Ｔ５０（種）、アクチノマイセス属種ＩＣＭ４７（種）、フソバクテリウム属種ＡＳ２（種）、及びレプトトリキア科（科）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記サンプルが、鼻部位に関連する部位特異的サンプルを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが鼻部位と、コマモナス属（属）、ペプトストレプトコッカス属（属）、アクチノマイセス・ビスコサス（種）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、ビフィドバクテリウム目（目）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、タラソスピラ属（属）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（種）、アグリゲイティバクター属（属）、ストレプトコッカス属種１１ａＴｈａ１（種）、サテレラ科（科）、フラボバクテリウム属（属）、オクトバクテリウム属（属）、クロノバクター・サカザキ（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、ブルセラ科（科）、スフィンゴバクテリア目（目）、アッカーマンシア属（属）、ペプトニフィラス属種ｇｐａｃ０１８Ａ（種）、シトロバクター属種ＢＷ４（種）、クロノバクター属（属）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、黄色ブドウ球菌（種）、ブレブンディモナス属（属）、カウロバクター科（科）、カウロバクター目（目）、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス（種）、アナエロバチルス属（属）、及びアシネトバクター属種ＷＢ２２−２３（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項９】
前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、エンテロコッカス・ラフィノーサス（種）、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２（種）、ゲメラ属種９３３−８８（種）、ベイロネラ属（属）、ガンマプロテオバクテリア綱（綱）、ブドウ球菌属種ＳＩ−４（種）、エンテロバクター目（目）、腸内細菌科（科）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、オドリバクター属（属）、ルミノコッカス科（科）、アシダミノコッカス科（科）、ビロフィラ属種４＿１＿３０（種）、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ（種）、デスルホビブリオ科（科）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（種）、デスルホビブリオ目（目）、フィーカリバクテリウム属（属）、デルタプロテオバクテリア綱（綱）、バークホリデリア科（科）、アリスティペス属ＲＭＡ  ９９１２（種）、メタノブレビバクター属（属）、オドリバクター・スプランクニカス（種）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）、ゲメラ属（属）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（種）、メタノブレビバクター・スミシー（種）、インテスティニモナス属（属）、ラクトバチルス属７＿１＿４７ＦＡＡ（種）、メタノバクテリア科（科）、ビロフィラ属（属）、メタノバクテリア目（目）、クロストリジウム科（科）、ユーリアーキオータ門（門）、メタノバクテリア綱（綱）、フラボニフラクター・プラウティ（種）、カルノバクテリウム科（科）、クライベラ属（属）、クライベラ・ジオルジアーナ（種）、ブラウティア・ファエシス（種）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（種）、ロセブリア属種１１ＳＥ３９（種）、バクテロイデス属ＡＲ２９（種）、コリンセラ属（属）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）、プレボテラ・チモネンシス（種）、アナエロスティペス属（属）、ラクトニファクター属（属）、アリスティペス属種３＿２＿５６ＦＡＡ（種）、コリオバクテリウム科（科）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）、メガスファエラ属種ＤＮＦ００９１２（種）、ベイロネラ・ディスパー（種）、ラクトバチルス・ムコーサエ（種）、バクテロイデス・フラジリス（種）、ストレプトコッカス・エクイナス（種）、バクテロイデス・プレビウス（種）、プロピオニバクテリウム属種ＭＳＰ０９Ａ（種）、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス（種）、アナエロビブリオ属種７６５（種）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（種）、アクチノマイセス・ツリセンシス（種）、クロノバクター・サカザキ（種）、ベイロネラ・ロゴサエ（種）、ブラウティア・グルセラセア（種）、アシダミノコッカス・インテスティニ（種）、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム（種）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（種）、フソバクテリウム属種ＣＭ２１（種）、ペディオコッカス属種ＭＦＣ１（種）、ツリシバクター・サングイニス（種）、サルシナ・ベントリクリ（種）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）、ストレプトコッカス属種ＢＳ３５ａ（種）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（種）、フソバクテリウム・ウルセランス（種）、モーガネラ・モーガニイ（種）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）、バクテロイデス・エガーシ���（種）、バクテロイデス・コプロコーラ（種）、バクテロイデス属種ＣＢ５７（種）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（種）、ベイロネラ・アティピカ（種）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、ベイロネラ属種ＭＳＡ１２（種）、アサッカロスポラ・イレギュラリス（種）、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム（種）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（種）、ラクトバチルス属種Ｃ４Ｉ２（種）、パラバクテロイデス属種１５７（種）、クレブシエラ属（属）、エプロピスシウム属（属）、ストレプトコッカス属（属）、プロピオニバクテリウム属（属）、クロノバクター属（属）、アナエロビブリオ属（属）、インテスチニバクター属（属）、ブドウ球菌属（属）、ツリシバクター属（属）、アロプレボテラ属（属）、ペディオコッカス属（属）、モルガネラ属（属）、アシダミノコッカス属（属）、サクシニビブリオ属（属）、アナエロフィルム属（属）、メガスファエラ属（属）、アサッカロスポラ属（属）、ブチリビブリオ属（属）、フィネゴルディア属（属）、アナエロコッカス属（属）、ストレプトコッカス科（科）、プロピオニバクテリウム科（科）、ベイロネラ科（科）、ブドウ球菌科（科）、スフィンゴバクテリア科（科）、クロストリジウム目第ＸＩ科所属不明（科）、ペプトストレプトコッカス科（科）、サクシニビブリオ科（科）、デルマバクター科（科）、コリネバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、セレノモナス目（目）、ラクトバチルス目（目）、クロストリジウム目（目）、キサントモナス目（目）、バシラス目（目）、プレウロカプサ目（目）、エアロモナス目（目）、シュードモナス目（目）、バシラス綱（綱）、ネガティビコッカス綱（綱）、クロストリジウム綱（綱）、プロテオバクテリア門（門）、シアノバクテリア門（門）、バクテロイデス・ファインゴールディー（種）、アリスティペス・ピュトレディニス（種）、アシネトバクター綱（綱）、ラクトバチルス科（科）、ビフィドバクテリウム科（科）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム目（目）、及びオシロスピラ科（科）のうちの少なくとも１つに関連するマイクロバイオーム組成特徴のセットを判定することを含み、前記虫垂関連特性評価モデルを生成するステップが、前記補足データ及び前記マイクロバイオーム組成特徴のセットに基づいて前記虫垂関連特性評価モデルを生成することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
前記微生物配列データセットを決定するステップが、前記微生物核酸の少なくともサブセットに基づいてメタゲノムライブラリー及びメタトランスクリプトームライブラリーの少なくとも一方を決定することを含み、前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、前記メタゲノムライブラリー及びメタトランスクリプトームライブラリーの少なくとも一方に基づいて前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記マイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップが、一連の分析手法を適用して、微生物配列データセットに基づいて、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の存在、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の非存在、前記虫垂関連コンディションに関連する異なる分類群の相対存在量を記述する相対存在量特徴、異なる分類群に関連する少なくとも２つのマイクロバイオーム特徴間の比率を記述する比率特徴、異なる分類群間の相互作用を記述する相互作用特徴、並びに異なる分類群間の系統発生学的距離を記述する系統発生学的距離特徴のうちの少なくとも１つを判定することを含み、前記一連の分析手法が、単変量統計検定、多変量統計検定、次元縮小手法及び人工知能アプローチのうちの少なくとも１つを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記治療が、摂取可能なもの、デバイス関連治療、外科手術、心理学的関連療法、及び行動修正療法のうちの少なくとも１つを含み、前記治療を提供するステップが、前記ユーザーの前記ユーザーに関連付けられたコンピュータデバイスに前記治療の推奨を提供することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
微生物に関連する虫垂関連コンディションを特性評価する方法であって、
ユーザーからサンプルを収集するステップであり、前記サンプルが、前記虫垂関連コンディションに関連する微生物に対応する微生物核酸を含む、ステップ；
前記サンプルの微生物核酸に基づいて前記ユーザーに関連する微生物データセットを決定するステップ：
前記微生物データセットに基づいてユーザーマイクロバイオーム組成特徴及びユーザーマイクロバイオーム機能的特徴の少なくとも一方を含むユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップであり、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、前記虫垂関連コンディションに関連する、ステップ；
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴に基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び
前記虫垂関連特性評価に基づいて前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための前記ユーザーに対する治療に関する治療的介入を助長するステップ
を含む方法。
【請求項１４】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、腸部位と、ナイセリア科（科）、ナイセリア・ムコサ（種）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（種）、バクテロイデス・ユニフォルミス（種）、バクテロイデス・ブルガータス（種）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、メガスファエラ属（属）、プロテオバクテリア門（門）、ミクロコッカス科（科）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、ゲメラ属（属）、クロストリジウム属（属）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、アクチノマイセス目（目）、アクチノマイセス科（科）、ベータプロテオバクテリア綱（綱）、ゲメラ・モルビロルム（種）、ロチア属（属）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、シュードモナス目（目）、オキサロバクター科（科）、バークホルデリア目（目）、ゲメラ属種９３３−８８（種）、ミクロコッカス目（目）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、モギバクテリウム属（属）、バクテロイデス属種ＡＲ２０（種）、バクテロイデス属種ＡＲ２９（種）、バークホリデリア科（科）、エリュシペロトリクス科（科）、キサントモナス目（目）、シュードモナス科（科）、アクチノマイセス属種経口株Ｈａｌ−１０６５（種）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、ポルフィロモナス科（科）、シャトレワーシア属（属）、クロストリジウム綱（綱）、クロストリジウム目（目）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ペプトコッカス科（科）、カルノバクテリウム科（科）、ディアリスター属種Ｅ２＿２０（種）、ナイセリア目（目）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）、モリエラ属（属）、シネルギステス門（門）、エリュシペロトリクス綱（綱）、エリュシペロトリクス目（目）、クロストリジウム目第ＸＩＩＩ科所属不明（科）、ロセブリア属種１１ＳＥ３９（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  Ｄ２２（種）、シネルギステス綱（綱）、シネルギステス目（目）、シネルギステス科（科）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）、フラボニフラクター属（属）、サテレラ科（科）、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ（種）、ストレプトコッカス属種２０１１＿経口＿ＭＳ＿Ａ３（種）、ベイロネラ属種２０１１＿経口＿ＶＳＡ＿Ｄ３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ９  ＡＡ１−５（種）、フレチバクテリウム属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、ペプトクロストリジウム属（属）、インテスチニバクター（属）、アシネトバクター属（属）、クレブシエラ属（属）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（種）、ブチリビブリオ属（属）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（種）、ヘルバスピリルム属（属）、ハーバスピリラム・セロペディカエ（種）、ペディオコッカス属（属）、フィネゴルディア・マグナ（種）、ブラウティア・ハンセニイ（種）、エンテロコッカス・フェカリス（種）、ラクトコッカス・ラクチス（種）、バシラス属（属）、クロストリジウム・ディフィシル（種）、ブラウティア・ココイデス（種）、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム（種）、ワイセラ・コンフューザ（種）、ラクトバチルス・プランタルム（種）、ラクトバチルス・パラカセイ（種）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（種）、ビフィドバクテリウム・ブレベ（種）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（種）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（種）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム（種）、バクテロイデス・オバツス（種）、ペプトニフィラス・ラクリマリス（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、ラーネラ属（属）、ビロフィラ・ワーズワーシア（種）、スネアチア・サングイネゲンス（種）、サクシニクラスティカム属（属）、スポロバクター属（属）、シュードブチリビブリオ・ルミニス（種）、ワイセラ属（属）、バクテロイデス・スターコリス（種）、ラクトバチルス・ラムノサス（種）、パントエア属（属）、ホールディマニア属（属）、ホールディマニア・フィリフォルミス（種）、サーモアナエロバクター目（目）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（種）、ビフィドバクテリウム・プロラム（種）、ロイコノストック科（科）、エガセラ・レンタ（種）、パピリバクター属（属）、アナエロスティペス・カカエ（種）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（種）、アナエロボラックス属（属）、パラスポロバクテリウム属（属）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（種）、オシロスピラ属（属）、オシロスピラ・グイリエルモンディイ（種）、アクチノマイセス・ツリセンシス（種）、アナエロシヌス属（属）、スネアチア属（属）、ブレビバクテリウム・パウシボランス（種）、ラクトバチルス属種ＣＲ−６０９Ｓ（種）、サーモアナエロバクター科（科）、バシラス科（科）、ゲルリア属（属）、アキドバクテリウム目（目）、バクテロイデス・マシリエンシス（種）、ロドシクルス目（目）、アナエロフスティス・ステルコリホミニス（種）、アリスティペス・ファインゴールディイ（種）、オシロスピラ科（科）、ペプトニフィラス属種２００２−３８３２８（種）、ヘスペリア属（属）、バクテロイデス属種３５ＡＥ３７（種）、マルビンブリアンチア属（属）、アナエロスポロバクター・モビリス（種）、アナエロフスティス属（属）、カタバクター属（属）、フラボニフラクター・プラウティ（種）、プロテイニフィルム属（属）、ロセブリア・ファエシス（種）、ストレプトコッカス属種Ｓ１６−１１（種）、バクテロイデス属種４０７２（種）、アリスティペス・シャーイイ（種）、バクテロイデス・インテスティナリス（種）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（種）、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ（種）、バクテロイデス・ドレイ（種）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（種）、クロノバクター属（属）、アロスカルドビア属（属）、アロスカルドビア・オムニコレンス（種）、ラクトニファクター属（属）、カタバクター科（科）、アドレクロウチア・エクオリファシエンス（種）、アドレクロウチア属（属）、アリスティペス属種ＥＢＡ６−２５ｃｌ２（種）、バクテロイデス属種ＥＢＡ５−１７（種）、オシリバクター属（属）、ゴルドニバクター・パメラエアエ（種）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（種）、ミツオケラ属種ＤＪＦ＿ＲＲ２１（種）、ブチリシモナス属（属）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（種）、アリスティペス・インディスティンクタス（種）、ゴルドニバクター属（属）、アナエロスティペス・ハドラス（種）、クレブシエラ属種Ｂ１２（種）、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２（種）、アナエロスポロバクター属（属）、バクテロイデス・ファエシス（種）、ブラウティア属種Ｓｅｒ５（種）、バクテロイデス・チンチラエ（種）、ビロフィラ属種４＿１＿３０（種）、カルディコプロバクター科（科）、エンテロバクター属種ＵＤＣ３４５（種）、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ（種）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）、エンテロコッカス属種Ｃ６Ｉ１１（種）、シュードフラボニフラクター属（属）、バクテロイデス属種ｄｎＬＫＶ９（種）、メガスファエラ属種ＢＶ３Ｃ１６−１（種）、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群１４７（種）、バリバキュラム属種ＣＣＵＧ  ４５１１４（種）、ブチリシモナス属種２１４−４（種）、アナエロスティペス・ラムノシボランス（種）、ネガティビコッカス属種Ｓ５−Ａ１５（種）、［コリンセラ属］マシリエンシス（種）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、ロセブリア属種４９９（種）、ディアリスター属種Ｓ７ＭＳＲ５（種）、アナエロコッカス属種Ｓ８  ８７−３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ８  Ｆ７（種）、ムルドキエラ属種Ｓ９  ＰＲ−１０（種）、ペプトニフィラス属種Ｓ９  ＰＲ−１３（種）、バクテロイデス属種Ｊ１５１１（種）、コリネバクテリウム属種７１３１８２／２０１２（種）、ラーネラ属種ＢＳＰ１８（種）、インテスティニモナス属（属）、ロビンソニエラ属種ＫＮＨｓ２１０（種）、カンジダタス・ソレアフェレア（属）、ブチリシモナス・フェシホミニス（種）、セネガリマッシリア（属）、ペプトニフィラス属種ＤＮＦ００８４０（種）、ロンバウツシア（属）、及びコプロバクター・セカンドゥス（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、皮膚部位と、シュードモナス属（属）、ナイセリア科（科）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、プレボテラ属（属）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、アクネ菌（種）、ベイロネラ科（科）、レプトトリキア属（属）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、フラボバクテリウム科（科）、デルフチア属（属）、フラボバクテリウム綱（綱）、プレボテラ科（科）、ラクノスピラ科（科）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ドレア属（属）、フラボバクテリウム目（目）、ナイセリア目（目）、パラバクテロイデス属（属）、ストレプトコッカス属経口分類群Ｇ６３（種）、アシダミノコッカス科（科）、ベイロネラ属種ＣＭ６０（種）、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２（種）、レプトトリキア科（科）、フシカテニバクター・サッカリボランス（種）、フシカテニバクター属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、パラバクテロイデス・メルダエ（種）、コリンセラ・アエロファシエンス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、スフィンゴバクテリア目（目）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アナエロバチルス属（属）、プロピオニバクテリウム属種ＫＰＬ１８４４（種）、メチロバクテリウム・ロンガム（種）、及びブドウ球菌属種Ｃ５Ｉ１６（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１６】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、生殖器部位と、ゲメラ属（属）、ベイロネラ・アティピカ（種）、ディアリスター・ニューモシンテス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、フィロバクテリウム科（科）、アクアバクテリウム属（属）、アナエログロブス属（属）、アナエログロブス・ゲミナツス（種）、オクトバクテリウム属（属）、モビルンカス・クルティシイ（種）、アクチノマイセス・ノウイイ（種）、アナエロコッカス・ラクトリティカス（種）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（種）、ウェルコミクロビウム目（目）、ウェルコミクロビウム門（門）、ウェルコミクロビウム網（綱）、ウェルコミクロビウム科（科）、ディアリスター・サクシナティフィラス（種）、アトポビウム属種Ｆ０２０９（種）、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、アナエロコッカス属種９４０１４８７（種）、メソリゾビウム属（属）、ラクトバチルス・ロイテリ（種）、メガスファエラ属種ＵＰＩＩ  １９９−６（種）、ラクトバチルス属種Ｃ３０Ａｎ８（種）、ペプトコッカス属種Ｓ９  Ｐｒ−１２（種）、及びヘルココッカス・シアトレンシス（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１７】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、口部位と、モラクセラ科（科）、モラクセラ属（属）、エイケネラ属（属）、エイケネラ・コローデンス（種）、バゴコッカス属（属）、フィロバクテリウム属（属）、ベイロネラ・ディスパー（種）、サテレラ・ワズワースエンシス（種）、ジョンソネラ・イグナバ（種）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、レプトトリキア・ホフスタディイ（種）、レプトトリキア・シャーイイ（種）、カプノサイトファーガ属種ＡＨＮ９７５６（種）、バージイエラ属種ＡＦ１４（種）、オルセネラ属種Ｆ０００４（種）、バクテロイデス属種Ｄ２２（種）、フィロバクテリウム属種Ｔ５０（種）、アクチノマイセス属種ＩＣＭ４７（種）、フソバクテリウム属種ＡＳ２（種）、及びレプトトリキア科（科）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１８】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、鼻部位と、コマモナス属（属）、ペプトストレプトコッカス属（属）、アクチノマイセス・ビスコサス（種）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、ビフィドバクテリウム目（目）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、タラソスピラ属（属）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（種）、アグリゲイティバクター属（属）、ストレプトコッカス属種１１ａＴｈａ１（種）、サテレラ科（科）、フラボバクテリウム属（属）、オクトバクテリウム属（属）、クロノバクター・サカザキ（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、ブルセラ科（科）、スフィンゴバクテリア目（目）、アッカーマンシア属（属）、ペプトニフィラス属種ｇｐａｃ０１８Ａ（種）、シトロバクター属種ＢＷ４（種）、クロノバクター属（属）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、黄色ブドウ球菌（種）、ブレブンディモナス属（属）、カウロバクター科（科）、カウロバクター目（目）、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス（種）、アナエロバチルス属（属）、及びアシネトバクター属種ＷＢ２２−２３（種）のうちの少なくとも１つとに関連する部位特異的組成特徴を含む、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項１９】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、神経変性疾患、シグナル伝達分子及び相互作用、生体異物の生体内分解及び代謝、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝、ハンチントン病、イノシトールリン酸代謝、プロパン酸代謝、デンプン及びショ糖代謝、カプロラクタム分解、細胞運動性及び分泌、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解、トリプトファン代謝、Ｉ型糖尿病、フェニルアラニン代謝、セレン化合物代謝、リシン分解、多環式芳香族炭化水素分解、グリカン生合成及び代謝、腎細胞癌、ブタン酸代謝、原核生物における炭素固定経路、クエン酸回路（ＴＣＡ回路）、リポ多糖生合成、ＲＮＡ輸送、チアミン代謝、１，１，１−トリクロロ−２，２−ビス（４−クロロフェニル）エタン（ＤＤＴ）分解、電子移動担体、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、プリオン病、トルエン分解、及びアルファリノレイン酸代謝、［Ｖ］防御機構、［Ｏ］翻訳後修飾、タンパク質代謝回転及びシャペロン、［Ｒ］一般機能予測のみ、［Ｉ］脂質輸送及び代謝、［Ｈ］補酵素輸送及び代謝、エネルギー代謝、神経系、シグナル伝達、細胞プロセス及びシグナル伝達、翻訳、代謝、細胞成長及び死、内分泌系、アミノ酸代謝、補因子及びビタミンの代謝、複製及び修復、テルペノイド及びポリケチドの代謝、感染性疾患、アミノ酸関連酵素、光合成、パントテン酸塩及びＣｏＡ生合成、光合成タンパク質、グルタミン酸作動性シナプス、結核、二成分合成、アミノアシル−ｔＲＮＡ生合成、リボソーム、他のイオン共役輸送体、テルペノイド骨格生合成、細胞周期−カウロバクター属、他の輸送体、塩基除去修復、ペプチドグリカン生合成、コレラ菌病原性サイクル、リモネン及びピネン分解、分泌系、ヌクレオチド除去修復、翻訳因子、アラニン、アスパラギン酸及びグルタミン酸代謝、リボソーム生合成、その他（ＫＥＧＧ３）、真核生物におけるリボソーム新生、ポリケチド糖単位生合成、ストレプトマイシン生合成、相同組換え、酸化的リン酸化、機能不明、光合成生物における炭素固定、細胞骨格タンパク質、ＤＮＡ修正及び組換えタンパク質、無機イオン輸送体及び代謝、アミノ酸代謝、ゲラニオール分解、タンパク質核外輸送、フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファン生合成、リシン生合成、エチルベンゼン分解、転写機構、ＲＮＡポリメラーゼ、バンコマイシン群抗生物質の生合成、ミスマッチ修復、ナフタレン分解、ピリミジン代謝、Ｄ−グルタミン及びＤ−グルタミン酸代謝、ゼアチン生合成、Ｋ０２００４（ＫＥＧＧ４）、並びにＫ０３１００（ＫＥＧＧ４）のうちの少なくとも１つに関連する、前記ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項１３に記載の方法。
【請求項２０】
前記治療が、プロバイオティクス治療及びプレバイオティクス治療の少なくとも一方を含み、治療的介入を助長するステップが、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するために前記ユーザーに対する前記プロバイオティクス治療及び前記プレバイオティクス治療の少なくとも一方を促進することを含み、前記プロバイオティクス治療及び前記プレバイオティクス治療の少なくとも一方が、エンテロコッカス・ラフィノーサス、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２、ゲメラ属種９３３−８８、エンテロコッカス属種ＳＩ−４、ビロフィラ属種４＿１＿３０、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２、オドリバクター・スプランクニカス、アリスティペス属種ＨＧＢ５、サブドリグラヌルム・バリアビレ、メタノブレビバクター・スミシー、ラクトバチルス属種、７＿１＿４７ＦＡＡ、フラボニフラクター・プラウティ、クライベラ・ジオルジアーナ、ブラウティア・ファエシス、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス、ロセブリア属種１１ＳＥ３９、バクテロイデス属種ＡＲ２９、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４、プレボテラ・チモネンシス、アナエロスティペス属種３＿２＿５６ＦＡＡ、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９、メガスファエラ属種ＤＮＦ００９１２、ベイロネラ・ディスパー、ラクトバチルス・ムコーサエ、バクテロイデス・フラジリス、ストレプトコッカス・エクイナス、バクテロイデス・プレビウス、プロピオニバクテリウム属種ＭＳＰ０９Ａ、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス、アナエロビブリオ属種７６５、アッカーマンシア・ムシニフィラ、アクチノマイセス・ツリセンシス、クロノバクター・サカザキ、ベイロネラ・ロゴサエ、ブラウティア・グルセラセア、アシダミノコッカス・インテスティニ、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、フソバクテリウム属種ＣＭ２１、ペディオコッカス属種ＭＦＣ１、ツリシバクター・サングイニス、サルシナ・ベントリクリ、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１、ストレプトコッカス属種ＢＳ３５ａ、ストレプトコッカス・サーモフィルス、フソバクテリウム・ウルセランス、モーガネラ・モーガニイ、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８、バクテロイデス・エガーシイ、バクテロイデス・コプロコーラ、バクテロイデス属種ＣＢ５７、ビフィドバクテリウム・ステルコリス、ベイロネラ・アティピカ、フソバクテリウム・ネクロゲネス、ラクトバチルス・クリスパタス、ベイロネラ属種ＭＳＡ１２、アサッカロスポラ・イレギュラリス、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス、ラクトバチルス属種Ｃ４Ｉ２、パラバクテロイデス属種１５７、バクテロイデス・ファインゴールディー、及びアリスティペス・ピュトレディニスのうちの少なくとも１つに関連する、請求項１３に記載の方法。
【請求項２１】
微生物に関連する虫垂関連コンディションを特性評価する方法であって、
ユーザーからサンプルを収集するステップであり、前記サンプルが、前記虫垂関連コンディションに関連する微生物に対応する微生物核酸を含む、ステップ；
前記サンプルの微生物核酸に基づいて前記ユーザーに関連する微生物データセットを決定するステップ：
前記微生物データセットに基づいてユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップであり、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、前記虫垂関連コンディションに関連する、ステップ；及び
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴に基づいて前記虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ
を含む、方法。
【請求項２２】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、ゲメラ属（属）、ベイロネラ・アティピカ（種）、ディアリスター・ニューモシンテス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、フィロバクテリウム科（科）、アクアバクテリウム属（属）、アナエログロブス属（属）、アナエログロブス・ゲミナツス（種）、オクトバクテリウム属（属）、モビルンカス・クルティシイ（種）、アクチノマイセス・ノウイイ（種）、アナエロコッカス・ラクトリティカス（種）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（種）、ウェルコミクロビウム目（目）、ウェルコミクロビウム門（門）、ウェルコミクロビウム網（綱）、ウェルコミクロビウム科（科）、ディアリスター・サクシナティフィラス（種）、アトポビウム属種Ｆ０２０９（種）、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、アナエロコッカス属種９４０１４８７（種）、メソリゾビウム属（属）、ラクトバチルス・ロイテリ（種）、メガスファエラ属種ＵＰＩＩ  １９９−６（種）、ラクトバチルス属種Ｃ３０Ａｎ８（種）、ペプトコッカス属種Ｓ９  Ｐｒ−１２（種）、ヘルココッカス・シアトレンシス（種）ナイセリア科（科）、ナイセリア・ムコサ（種）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（種）、バクテロイデス・ユニフォルミス（種）、バクテロイデス・ブルガータス（種）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、メガスファエラ属（属）、プロテオバクテリア門（門）、ミクロコッカス科（科）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、クロストリジウム属（属）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、アクチノマイセス目（目）、アクチノマイセス科（科）、ベータプロテオバクテリア綱（綱）、ゲメラ・モルビロルム（種）、ロチア属（属）、シュードモナス目（目）、オキサロバクター科（科）、バークホルデリア目（目）、ゲメラ属種９３３−８８（種）、ミクロコッカス目（目）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、モギバクテリウム属（属）、バクテロイデス属種ＡＲ２０（種）、バクテロイデス属種ＡＲ２９（種）、バークホリデリア科（科）、エリュシペロトリクス科（科）、キサントモナス目（目）、シュードモナス科（科）、アクチノマイセス属種経口株Ｈａｌ−１０６５（種）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、ポルフィロモナス科（科）、シャトレワーシア属（属）、クロストリジウム綱（綱）、クロストリジウム目（目）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ペプトコッカス科（科）、カルノバクテリウム科（科）、ディアリスター属種Ｅ２＿２０（種）、ナイセリア目（目）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）、モリエラ属（属）、シネルギステス門（門）、エリュシペロトリクス綱（綱）、エリュシペロトリクス目（目）、クロストリジウム目第ＸＩＩＩ科所属不明（科）、ロセブリア属種１１ＳＥ３９（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  Ｄ２２（種）、シネルギステス綱（綱）、シネルギステス目（目）、シネルギステス科（科）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）、フラボニフラクター属（属）、サテレラ科（科）、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ���種）、ストレプトコッカス属種２０１１＿経口＿ＭＳ＿Ａ３（種）、ベイロネラ属種２０１１＿経口＿ＶＳＡ＿Ｄ３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ９  ＡＡ１−５（種）、フレチバクテリウム属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、ペプトクロストリジウム属（属）、インテスチニバクター（属）、アシネトバクター属（属）、クレブシエラ属（属）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（種）、ブチリビブリオ属（属）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（種）、ヘルバスピリルム属（属）、ハーバスピリラム・セロペディカエ（種）、ペディオコッカス属（属）、フィネゴルディア・マグナ（種）、ブラウティア・ハンセニイ（種）、エンテロコッカス・フェカリス（種）、ラクトコッカス・ラクチス（種）、バシラス属（属）、クロストリジウム・ディフィシル（種）、ブラウティア・ココイデス（種）、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム（種）、ワイセラ・コンフューザ（種）、ラクトバチルス・プランタルム（種）、ラクトバチルス・パラカセイ（種）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（種）、ビフィドバクテリウム・ブレベ（種）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（種）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（種）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム（種）、バクテロイデス・オバツス（種）、ペプトニフィラス・ラクリマリス（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、ラーネラ属（属）、ビロフィラ・ワーズワーシア（種）、スネアチア・サングイネゲンス（種）、サクシニクラスティカム属（属）、スポロバクター属（属）、シュードブチリビブリオ・ルミニス（種）、ワイセラ属（属）、バクテロイデス・スターコリス（種）、ラクトバチルス・ラムノサス（種）、パントエア属（属）、ホールディマニア属（属）、ホールディマニア・フィリフォルミス（種）、サーモアナエロバクター目（目）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（種）、ビフィドバクテリウム・プロラム（種）、ロイコノストック科（科）、エガセラ・レンタ（種）、パピリバクター属（属）、アナエロスティペス・カカエ（種）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（種）、アナエロボラックス属（属）、パラスポロバクテリウム属（属）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（種）、オシロスピラ属（属）、オシロスピラ・グイリエルモンディイ（種）、アクチノマイセス・ツリセンシス（種）、アナエロシヌス属（属）、スネアチア属（属）、ブレビバクテリウム・パウシボランス（種）、ラクトバチルス属種ＣＲ−６０９Ｓ（種）、サーモアナエロバクター科（科）、バシラス科（科）、ゲルリア属（属）、アキドバクテリウム目（目）、バクテロイデス・マシリエンシス（種）、ロドシクルス目（目）、アナエロフスティス・ステルコリホミニス（種）、アリスティペス・ファインゴールディイ（種）、オシロスピラ科（科）、ペプトニフィラス属種２００２−３８３２８（種）、ヘスペリア属（属）、バクテロイデス属種３５ＡＥ３７（種）、マルビンブリアンチア属（属）、アナエロスポロバクター・モビリス（種）、アナエロフスティス属（属）、カタバクター属（属）、フラボニフラクター・プラウティ（種）、プロテイニフィルム属（属）��ロセブリア・ファエシス（種）、ストレプトコッカス属種Ｓ１６−１１（種）、バクテロイデス属種４０７２（種）、アリスティペス・シャーイイ（種）、バクテロイデス・インテスティナリス（種）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（種）、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ（種）、バクテロイデス・ドレイ（種）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（種）、クロノバクター属（属）、アロスカルドビア属（属）、アロスカルドビア・オムニコレンス（種）、ラクトニファクター属（属）、カタバクター科（科）、アドレクロウチア・エクオリファシエンス（種）、アドレクロウチア属（属）、アリスティペス属種ＥＢＡ６−２５ｃｌ２（種）、バクテロイデス属種ＥＢＡ５−１７（種）、オシリバクター属（属）、ゴルドニバクター・パメラエアエ（種）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（種）、ミツオケラ属種ＤＪＦ＿ＲＲ２１（種）、ブチリシモナス属（属）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（種）、アリスティペス・インディスティンクタス（種）、ゴルドニバクター属（属）、アナエロスティペス・ハドラス（種）、クレブシエラ属種Ｂ１２（種）、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２（種）、アナエロスポロバクター属（属）、バクテロイデス・ファエシス（種）、ブラウティア属種Ｓｅｒ５（種）、バクテロイデス・チンチラエ（種）、ビロフィラ属種４＿１＿３０（種）、カルディコプロバクター科（科）、エンテロバクター属種ＵＤＣ３４５（種）、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ（種）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）、エンテロコッカス属種Ｃ６Ｉ１１（種）、シュードフラボニフラクター属（属）、バクテロイデス属種ｄｎＬＫＶ９（種）、メガスファエラ属種ＢＶ３Ｃ１６−１（種）、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群１４７（種）、バリバキュラム属種ＣＣＵＧ  ４５１１４（種）、ブチリシモナス属種２１４−４（種）、アナエロスティペス・ラムノシボランス（種）、ネガティビコッカス属種Ｓ５−Ａ１５（種）、［コリンセラ属］マシリエンシス（種）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、ロセブリア属種４９９（種）、ディアリスター属種Ｓ７ＭＳＲ５（種）、アナエロコッカス属種Ｓ８  ８７−３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ８  Ｆ７（種）、ムルドキエラ属種Ｓ９  ＰＲ−１０（種）、ペプトニフィラス属種Ｓ９  ＰＲ−１３（種）、バクテロイデス属種Ｊ１５１１（種）、コリネバクテリウム属種７１３１８２／２０１２（種）、ラーネラ属種ＢＳＰ１８（種）、インテスティニモナス属（属）、ロビンソニエラ属種ＫＮＨｓ２１０（種）、カンジダタス・ソレアフェレア（属）、ブチリシモナス・フェシホミニス（種）、セネガリマッシリア（属）、ペプトニフィラス属種ＤＮＦ００８４０（種）、ロンバウツシア（属）、コプロバクター・セカンドゥス（種）、モラクセラ科（科）、モラクセラ属（属）、エイケネラ属（属）、エイケネラ・コローデンス（種）、バゴコッカス属（属）、フィロバクテリウム属��属）、ベイロネラ・ディスパー（種）、サテレラ・ワズワースエンシス（種）、ジョンソネラ・イグナバ（種）、レプトトリキア・ホフスタディイ（種）、レプトトリキア・シャーイイ（種）、カプノサイトファーガ属種ＡＨＮ９７５６（種）、バージイエラ属種ＡＦ１４（種）、オルセネラ属種Ｆ０００４（種）、フィロバクテリウム属種Ｔ５０（種）、アクチノマイセス属種ＩＣＭ４７（種）、フソバクテリウム属種ＡＳ２（種）、レプトトリキア科（科）、コマモナス属（属）、ペプトストレプトコッカス属（属）、アクチノマイセス・ビスコサス（種）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、ビフィドバクテリウム目（目）、タラソスピラ属（属）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（種）、アグリゲイティバクター属（属）、ストレプトコッカス属種１１ａＴｈａ１（種）、フラボバクテリウム属（属）、クロノバクター・サカザキ（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、ブルセラ科（科）、スフィンゴバクテリア目（目）、アッカーマンシア属（属）、ペプトニフィラス属種ｇｐａｃ０１８Ａ（種）、シトロバクター属種ＢＷ４（種）、黄色ブドウ球菌（種）、ブレブンディモナス属（属）、カウロバクター科（科）、カウロバクター目（目）、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス（種）、アナエロバチルス属（属）、アシネトバクター属種ＷＢ２２−２３（種）、シュードモナス属（属）、プレボテラ属（属）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、アクネ菌（種）、ベイロネラ科（科）、レプトトリキア属（属）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、フラボバクテリウム科（科）、デルフチア属（属）、フラボバクテリウム綱（綱）、プレボテラ科（科）、ラクノスピラ科（科）、ドレア属（属）、フラボバクテリウム目（目）、パラバクテロイデス属（属）、ストレプトコッカス属種経口分類群Ｇ６３（種）、アシダミノコッカス科（科）、ベイロネラ属種ＣＭ６０（種）、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２（種）、フシカテニバクター・サッカリボランス（種）、フシカテニバクター属（属）、パラバクテロイデス・メルダエ（種）、コリンセラ・アエロファシエンス（種）、プロピオニバクテリウム属種ＫＰＬ１８４４（種）、メチロバクテリウム・ロンガム（種）、ブドウ球菌属種Ｃ５Ｉ１６（種）、エンテロコッカス・ラフィノーサス（種）、ベイロネラ
属（属）、ガンマプロテオバクテリア綱（綱）、エンテロコッカス属種ＳＩ−４（種）、エンテロバクター目（目）、エンテロバクター科（科）、オドリバクター属（属）、ルミノコッカス科（科）、デスルホビブリオ科（科）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（種）、デスルホビブリオ目（目）、フィーカリバクテリウム属（属）、デルタプロテオバクテリア綱（綱）、メタノブレビバクター属（属）、オドリバクター・スプランクニカス（種）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（種）、メタノブレビバクター・スミシー（種）、ラクトバチルス属７＿１＿４７ＦＡＡ（種）、メタノブレビバクター科（科）、ビロフィラ属（属）、メタノバクテリア目（目）、クロストリジウム科（科）、ユーリアーキオータ門（門）、メタノバクテリア綱（綱）、クライベラ属（属）、クライベラ・ジオルジアーナ（種）、ブラウティア・ファエシス（種）、コリンセラ属（属）、プレボテラ・チモネンシス（種）、アナエロスティペス属（属）、アナエロスティペス属種３＿２＿５６ＦＡＡ（種）、コリオバクテリウム科（科）、メガスファエラ属種ＤＮＦ００９１２（種）、ラクトバチルス・ムコーサエ（種）、バクテロイデス・フラジリス（種）、ストレプトコッカス・エクイナス（種）、バクテロイデス・プレビウス（種）、プロピオニバクテリウム属種ＭＳＰ０９Ａ（種）、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス（種）、アナエロビブリオ属種７６５（種）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（種）、ベイロネラ・ロゴサエ（種）、ブラウティア・グルセラセア（種）、アシダミノコッカス・インテスティニ（種）、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム（種）、フソバクテリウム属種ＣＭ２１（種）、ペディオコッカス属種ＭＦＣ１（種）、ツリシバクター・サングイニス（種）、サルシナ・ベントリクリ（種）、ストレプトコッカス属種ＢＳ３５ａ（種）、フソバクテリウム・ウルセランス（種）、モーガネラ・モーガニイ（種）、バクテロイデス・エガーシイ（種）、バクテロイデス・コプロコーラ（種）、バクテロイデス属種ＣＢ５７（種）、ベイロネラ属種ＭＳＡ１２（種）、アサッカロスポラ・イレギュラリス（種）、ラクトバチルス属種Ｃ４Ｉ２（種）、パラバクテロイデス属種１５７（種）、エプロピスシウム属（属）、ストレプトコッカス属（属）、プロピオニバクテリウム属（属）、アナエロビブリオ属（属）、ブドウ球菌属（属）、ツリシバクター属（属）、アロプレボテラ属（属）、モルガネラ属（属）、アシダミノコッカス属（属）、サクシニビブリオ属（属）、アナエロフィルム属（属）、アサッカロスポラ属（属）、フィネゴルディア属（属）、アナエロコッカス属（属）、ストレプトコッカス科（科）、プロピオニバクテリウム科（科）、ブドウ球菌科（科）、スフィンゴバクテリア科（科）、サクシニビブリオ科（科）、デルマバクター科（科）、コリネバクテリウム科（科）、セレノモナス目（目）、ラクトバチルス目（目）、バシラス目（目）、プレウロカプサ目（目）、エアロモナス目（目）、バシラス綱（綱）、ネガティビコッカス綱（綱）、シアノバクテリア門（門）、バクテロイデス・ファインゴールディー（種）、アリスティペス・ピュトレディニス（種）、アシネトバクター綱（綱）、及びラクトバチルス科（科）のうちの少なくとも１つに関連する、ユーザーマイクロバイオーム組成特徴を含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連コンディションを判定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記サンプルが、腸部位、皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも１つを含む、第１の身体部位に関連し、
前記ユーザーマイクロバイオーム組成特徴が、部位特異的組成特徴を含み、各々の部位特異的組成特徴が、前記第１の身体部位に関連し、
前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含み、
前記方法が、前記虫垂関連特性評価に基づいて、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための第１の部位特異的治療を前記ユーザーに提供するステップであって、前記第１の部位特異的治療が、前記第１の身体部位に関連する、ステップをさらに含む、
請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記第１の部位特異的治療の提供後に前記ユーザーから治療後サンプルを収集するステップであって、前記治療後サンプルが、前記腸部位、前記皮膚部位、前記生殖器部位、前記口部位及び前記鼻部位のうちの少なくとも１つを含む第２の身体部位に関連する、ステップ；
前記第２の身体部位に関連する部位特異的特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの治療後虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び
前記治療後虫垂関連特性評価に基づいて、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための第２の部位特異的治療を前記ユーザーに提供するステップであって、前記第２の部位特異的治療が、前記第２の身体部位に関連する、ステップ
をさらに含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、腸部位と、ナイセリア科（科）、ナイセリア・ムコサ（種）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（種）、バクテロイデス・ユニフォルミス（種）、バクテロイデス・ブルガータス（種）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、メガスファエラ属（属）、プロテオバクテリア門（門）、ミクロコッカス科（科）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、ゲメラ属（属）、クロストリジウム属（属）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、アクチノマイセス目（目）、アクチノマイセス科（科）、ベータプロテオバクテリア綱（綱）、ゲメラ・モルビロルム（種）、ロチア属（属）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、シュードモナス目（目）、オキサロバクター科（科）、バークホルデリア目（目）、ゲメラ属種９３３−８８（種）、ミクロコッカス目（目）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、モギバクテリウム属（属）、バクテロイデス属種ＡＲ２０（種）、バクテロイデス属種ＡＲ２９（種）、バークホリデリア科（科）、エリュシペロトリクス科（科）、キサントモナス目（目）、シュードモナス科（科）、アクチノマイセス属種経口株Ｈａｌ−１０６５（種）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、ポルフィロモナス科（科）、シャトレワーシア属（属）、クロストリジウム綱（綱）、クロストリジウム目（目）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ペプトコッカス科（科）、カルノバクテリウム科（科）、ディアリスター属種Ｅ２＿２０（種）、ナイセリア目（目）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）、モリエラ属（属）、シネルギステス門（門）、エリュシペロトリクス綱（綱）、エリュシペロトリクス目（目）、クロストリジウム目第ＸＩＩＩ科所属不明（科）、ロセブリア属種１１ＳＥ３９（種）、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．  Ｄ２２（種）、シネルギステス綱（綱）、シネルギステス目（目）、シネルギステス科（科）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）、フラボニフラクター属（属）、サテレラ科（科）、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ（種）、ストレプトコッカス属種２０１１＿経口＿ＭＳ＿Ａ３（種）、ベイロネラ属種２０１１＿経口＿ＶＳＡ＿Ｄ３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ９  ＡＡ１−５（種）、フレチバクテリウム属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、ペプトクロストリジウム属（属）、インテスチニバクター（属）、アシネトバクター属（属）、クレブシエラ属（属）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（種）、ブチリビブリオ属（属）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（種）、ヘルバスピリルム属（属）、ハーバスピリラム・セロペディカエ（種）、ペディオコッカス属（属）、フィネゴルディア・マグナ（種）、ブラウティア・ハンセニイ（種）、エンテロコッカス・フェカリス（種）、ラクトコッカス・ラクチス（種）、バシラス属（属）、クロストリジウム・ディフィシル（種）、ブラウティア・ココイデス（種）、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム（種）、ワイセラ・コンフューザ（種）、ラクトバチルス・プランタルム（種）、ラクトバチルス・パラカセイ（種）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（種）、ビフィドバクテリウム・ブレベ（種）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（種）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（種）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム（種）、バクテロイデス・オバツス（種）、ペプトニフィラス・ラクリマリス（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、ラーネラ属（属）、ビロフィラ・ワーズワーシア（種）、スネアチア・サングイネゲンス（種）、サクシニクラスティカム属（属）、スポロバクター属（属）、シュードブチリビブリオ・ルミニス（種）、ワイセラ属（属）、バクテロイデス・スターコリス（種）、ラクトバチルス・ラムノサス（種）、パントエア属（属）、ホールディマニア属（属）、ホールディマニア・フィリフォルミス（種）、サーモアナエロバクター目（目）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（種）、ビフィドバクテリウム・プロラム（種）、ロイコノストック科（科）、エガセラ・レンタ（種）、パピリバクター属（属）、アナエロスティペス・カカエ（種）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（種）、アナエロボラックス属（属）、パラスポロバクテリウム属（属）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（種）、オシロスピラ属（属）、オシロスピラ・グイリエルモンディイ（種）、アクチノマイセス・ツリセンシス（種）、アナエロシヌス属（属）、スネアチア属（属）、ブレビバクテリウム・パウシボランス（種）、ラクトバチルス属種ＣＲ−６０９Ｓ（種）、サーモアナエロバクター科（科）、バシラス科（科）、ゲルリア属（属）、アキドバクテリウム目（目）、バクテロイデス・マシリエンシス（種）、ロドシクルス目（目）、アナエロフスティス・ステルコリホミニス（種）、アリスティペス・ファインゴールディイ（種）、オシロスピラ科（科）、ペプトニフィラス属種２００２−３８３２８（種）、ヘスペリア属（属）、バクテロイデス属種３５ＡＥ３７（種）、マルビンブリアンチア属（属）、アナエロスポロバクター・モビリス（種）、アナエロフスティス属（属）、カタバクター属（属）、フラボニフラクター・プラウティ（種）、プロテイニフィルム属（属）、ロセブリア・ファエシス（種）、ストレプトコッカス属種Ｓ１６−１１（種）、バクテロイデス属種４０７２（種）、アリスティペス・シャーイイ（種）、バクテロイデス・インテスティナリス（種）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（種）、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ（種）、バクテロイデス・ドレイ（種）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（種）、クロノバクター属（属）、アロスカルドビア属（属）、アロスカルドビア・オムニコレンス（種）、ラクトニファクター属（属）、カタバクター科（科）、アドレクロウチア・エクオリファシエンス（種）、アドレクロウチア属（属）、アリスティペス属種ＥＢＡ６−２５ｃｌ２（種）、バクテロイデス属種ＥＢＡ５−１７（種）、オシリバクター属（属）、ゴルドニバクター・パメラエアエ（種）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（種）、ミツオケラ属種ＤＪＦ＿ＲＲ２１（種）、ブチリシモナス属（属）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（種）、アリスティペス・インディスティンクタス（種）、ゴルドニバクター属（属）、アナエロスティペス・ハドラス（種）、クレブシエラ属種Ｂ１２（種）、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２（種）、アナエロスポロバクター属（属）、バクテロイデス・ファエシス（種）、ブラウティア属種Ｓｅｒ５（種）、バクテロイデス・チンチラエ（種）、ビロフィラ属種４＿１＿３０（種）、カルディコプロバクター科（科）、エンテロバクター属種ＵＤＣ３４５（種）、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ（種）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）、エンテロコッカス属種Ｃ６Ｉ１１（種）、シュードフラボニフラクター属（属）、バクテロイデス属種ｄｎＬＫＶ９（種）、メガスファエラ属種ＢＶ３Ｃ１６−１（種）、フィーカリバクテリウム属フィーカリバクテリウム属種イヌ経口分類群１４７（種）、バリバキュラム属種ＣＣＵＧ  ４５１１４（種）、ブチリシモナス属種２１４−４（種）、アナエロスティペス・ラムノシボランス（種）、ネガティビコッカス属種Ｓ５−Ａ１５（種）、［コリンセラ属］マシリエンシス（種）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、ロセブリア属種４９９（種）、ディアリスター属種Ｓ７ＭＳＲ５（種）、アナエロコッカス属種Ｓ８  ８７−３（種）、フィネゴルディア属種Ｓ８  Ｆ７（種）、ムルドキエラ属種Ｓ９  ＰＲ−１０（種）、ペプトニフィラス属種Ｓ９  ＰＲ−１３（種）、バクテロイデス属種Ｊ１５１１（種）、コリネバクテリウム属種７１３１８２／２０１２（種）、ラーネラ属種ＢＳＰ１８（種）、インテスティニモナス属（属）、ロビンソニエラ属種ＫＮＨｓ２１０（種）、カンジダタス・ソレアフェレア（属）、ブチリシモナス・フェシホミニス（種）、セネガリマッシリア（属）、ペプトニフィラス属種ＤＮＦ００８４０（種）、ロンバウツシア（属）、及びコプロバクター・セカンドゥス（種）のうちの少なくとも１つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、神経変性疾患、シグナル伝達分子及び相互作用、生体異物の生体内分解及び代謝、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝、ハンチントン病、イノシトールリン酸代謝、プロパン酸代謝、デンプン及びショ糖代謝、カプロラクタム分解、細胞運動性及び分泌、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解、トリプトファン代謝、Ｉ型糖尿病、フェニルアラニン代謝、セレン化合物代謝、リシン分解、多環式芳香族炭化水素分解、グリカン生合成及び代謝、腎細胞癌、ブタン酸代謝、原核生物における炭素固定経路、クエン酸回路（ＴＣＡ回路）、リポ多糖生合成、ＲＮＡ輸送、チアミン代謝、１，１，１−トリクロロ−２，２−ビス（４−クロロフェニル）エタン（ＤＤＴ）分解、電子移動担体、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、プリオン病、トルエン分解、及びアルファリノレイン酸代謝、［Ｖ］防御機構、［Ｏ］翻訳後修飾、タンパク質代謝回転及びシャペロン、［Ｒ］一般機能予測のみ、［Ｉ］脂質輸送及び代謝、［Ｈ］補酵素輸送及び代謝、エネルギー代謝、神経系、シグナル伝達、細胞プロセス及びシグナル伝達、翻訳、代謝、細胞成長及び死、内分泌系、アミノ酸代謝、補因子及びビタミンの代謝、複製及び修復、テルペノイド及びポリケチドの代謝、感染性疾患、アミノ酸関連酵素、光合成、パントテン酸塩及びＣｏＡ生合成、光合成タンパク質、グルタミン酸作動性シナプス、結核、二成分合成、アミノアシル−ｔＲＮＡ生合成、リボソーム、他のイオン共役輸送体、テルペノイド骨格生合成、細胞周期−カウロバクター属、他の輸送体、塩基除去修復、ペプチドグリカン生合成、コレラ菌病原性サイクル、リモネン及びピネン分解、分泌系、ヌクレオチド除去修復、翻訳因子、アラニン、アスパラギン酸及びグルタミン酸代謝、リボソーム生合成、その他（ＫＥＧＧ３）、真核生物におけるリボソーム新生、ポリケチド糖単位生合成、ストレプトマイシン生合成、相同組換え、酸化的リン酸化、機能不明、光合成生物における炭素固定、細胞骨格タンパク質、ＤＮＡ修正及び組換えタンパク質、無機イオン輸送体及び代謝、アミノ酸代謝、ゲラニオール分解、タンパク質核外輸送、フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファン生合成、リシン生合成、エチルベンゼン分解、転写機構、ＲＮＡポリメラーゼ、バンコマイシン群抗生物質の生合成、ミスマッチ修復、ナフタレン分解、ピリミジン代謝、Ｄ−グルタミン及びＤ−グルタミン酸代謝、ゼアチン生合成、Ｋ０２００４（ＫＥＧＧ４）、並びにＫ０３１００（ＫＥＧＧ４）のうちの少なくとも１つに関連する、ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記ユーザーマイクロバイオーム機能的特徴及び前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、皮膚部位と、シュードモナス属（属）、ナイセリア科（科）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）、プレボテラ属（属）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）、アクネ菌（種）、ベイロネラ科（科）、レプトトリキア属（属）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、フラボバクテリウム科（科）、デルフチア属（属）、フラボバクテリウム綱（綱）、プレボテラ科（科）、ラクノスピラ科（科）、ペプトストレプトコッカス科（科）、ドレア属（属）、フラボバクテリウム目（目）、ナイセリア目（目）、パラバクテロイデス属（属）、ストレプトコッカス属経口分類群Ｇ６３（種）、アシダミノコッカス科（科）、ベイロネラ属種ＣＭ６０（種）、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２（種）、レプトトリキア科（科）、フシカテニバクター・サッカリボランス（種）、フシカテニバクター属（属）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）、パラバクテロイデス・メルダエ（種）、コリンセラ・アエロファシエンス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、スフィンゴバクテリア目（目）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）、アナエロバチルス属（属）、プロピオニバクテリウム属種ＫＰＬ１８４４（種）、メチロバクテリウム・ロンガム（種）、及びブドウ球菌属種Ｃ５Ｉ１６（種）のうちの少なくとも１つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２８】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、生殖器部位と、ゲメラ属（属）、ベイロネラ・アティピカ（種）、ディアリスター・ニューモシンテス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、フィロバクテリウム科（科）、アクアバクテリウム属（属）、アナエログロブス属（属）、アナエログロブス・ゲミナツス（種）、オクトバクテリウム属（属）、モビルンカス・クルティシイ（種）、アクチノマイセス・ノウイイ（種）、アナエロコッカス・ラクトリティカス（種）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（種）、ウェルコミクロビウム目（目）、ウェルコミクロビウム門（門）、ウェルコミクロビウム網（綱）、ウェルコミクロビウム科（科）、ディアリスター・サクシナティフィラス（種）、アトポビウム属種Ｆ０２０９（種）、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ（種）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）、アナエロコッカス属種９４０１４８７（種）、メソリゾビウム属（属）、ラクトバチルス・ロイテリ（種）、メガスファエラ属種ＵＰＩＩ  １９９−６（種）、ラクトバチルス属種Ｃ３０Ａｎ８（種）、ペプトコッカス属種Ｓ９  Ｐｒ−１２（種）、及びヘルココッカス・シアトレンシス（種）のうちの少なくとも１つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２９】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、口部位と、モラクセラ科（科）、モラクセラ属（属）、エイケネラ属（属）、エイケネラ・コローデンス（種）、バゴコッカス属（属）、フィロバクテリウム属（属）、ベイロネラ・ディスパー（種）、サテレラ・ワズワースエンシス（種）、ジョンソネラ・イグナバ（種）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）、レプトトリキア・ホフスタディイ（種）、レプトトリキア・シャーイイ（種）、カプノサイトファーガ属種ＡＨＮ９７５６（種）、バージイエラ属種ＡＦ１４（種）、オルセネラ属種Ｆ０００４（種）、バクテロイデス属種Ｄ２２（種）、フィロバクテリウム属種Ｔ５０（種）、アクチノマイセス属種ＩＣＭ４７（種）、フソバクテリウム属種ＡＳ２（種）、及びレプトトリキア科（科）のうちの少なくとも１つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項３０】
前記ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定するステップが、鼻部位と、コマモナス属（属）、ペプトストレプトコッカス属（属）、アクチノマイセス・ビスコサス（種）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、ビフィドバクテリウム目（目）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）、タラソスピラ属（属）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（種）、アグリゲイティバクター属（属）、ストレプトコッカス属種１１ａＴｈａ１（種）、サテレラ科（科）、フラボバクテリウム属（属）、オクトバクテリウム属（属）、クロノバクター・サカザキ（種）、アナエロコツカス・バギナリス（種）、スフィンゴバクテリア綱（綱）、ブルセラ科（科）、スフィンゴバクテリア目（目）、アッカーマンシア属（属）、ペプトニフィラス属種ｇｐａｃ０１８Ａ（種）、シトロバクター属種ＢＷ４（種）、クロノバクター属（属）、コリネバクテリウム属種ｊｗ３７（種）、黄色ブドウ球菌（種）、ブレブンディモナス属（属）、カウロバクター科（科）、カウロバクター目（目）、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス（種）、アナエロバチルス属（属）、及びアシネトバクター属種ＷＢ２２−２３（種）のうちの少なくとも１つとに関連する、部位特異的組成特徴を、前記微生物データセットに基づいて判定することを含み、前記虫垂関連特性評価を決定するステップが、前記部位特異的組成特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含む、請求項２１に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
[0003]本開示は、一般には、ゲノミクス及び微生物学に関する。
【背景技術】
【０００２】
[0004]マイクロバイオームは、生物に付随する共生、相利共生及び病原性微生物の生態学的共同体を含みうる。ヒトマイクロバイオームの特性評価は、複雑なプロセスである。ヒトマイクロバイオームは、ヒト細胞の１０倍の微生物細胞を含むが、ヒトマイクロバイオームの特性評価は、例えば、サンプル処理手法、遺伝子解析手法及び大量のデータを処理するための資金が限られているため、まだ初期段階である。現在の知識は、複数の健康コンディションとマイクロバイオームの関連性の役割を明確に確立しているが、ヒト疾患発症に関する宿主の遺伝的及び環境的要因の媒介因子が益々認識されている。マイクロバイオームは、多数の健康／疾患関連状態に少なくとも部分的に関与することが疑われる。さらに、マイクロバイオームは、ヒト、植物及び／又は動物の健康に対する環境的要因の効果を媒介する可能性がある。ユーザーの健康に影響を与えることへのマイクロバイオームの顕著な関与を考えると、マイクロバイオームの特性評価に関連する努力、特性評価から洞察の生成、及びディスバイオシス状態を是正するように構成された治療法の生成を追求すべきである。しかし、ヒトのマイクロバイオームを分析するための方法及びシステム、並びに／又は得られた洞察に基づく治療方針の提供は、多くの問題が残されたままになっている。
【０００３】
[0005]しかるが故に、個別化された及び／又は集団規模の使用などのための、１つ又は複数の微生物関連健康コンディションの特性評価、モニタリング、診断及び／又は介入のための、新規の有用な方法及び／又はシステムが、当分野で必要とされている。
【図面の簡単な説明】
【０００４】
【図１Ａ】方法の実施形態の変形形態のフローチャート表現である。
【図１Ｂ】方法の実施形態の変形形態のフローチャート表現である。
【図２】方法及びシステムの実施形態を示す。
【図３】方法の実施形態における特性評価モデルの生成プロセスの変形形態を示す。
【図４】プロバイオティックスに基づく治療が方法の実施形態において機能するメカニズムの変形形態を示す。
【図５】方法の実施形態におけるサンプル処理の変形形態を示す。
【図６】通知提供の実施例を示す。
【図７】方法の実施形態の変形形態の模式図を示す。
【図８Ａ】モデルを用いる特性評価プロセスの実行の変形形態を示す。
【図８Ｂ】モデルを用いる特性評価プロセスの実行の変形形態を示す。
【図９】方法の実施形態における治療の促進を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００５】
〔実施形態の説明〕
[0015]実施形態の以下の説明は、実施形態を限定することを意図したものではなく、むしろ、当技術分野におけるあらゆる当業者が実施及び使用できるようにするためのものである。
【０００６】
１．大要
[0016]図１Ａ〜１Ｂに示されているように、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを特性評価する方法１００の実施形態は、ユーザーのセットに関連する微生物データセット（例えば、微生物配列データセット、マイクロバイオーム組成多様性データセット、例えば微生物配列データセットに基づくもの、マイクロバイオーム機能多様性データセット、例えば微生物配列データセットの基づくもの、など）を決定するステップ（例えば、対象のセットからのサンプルに基づく微生物データセットを決定するステップ）Ｓ１１０；及び／又は前記微生物データセットに基づいて（例えば、前記微生物データセットに由来する且つ１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する、マイクロバイオーム組成特徴及び／又はマイクロバイオーム機能的特徴など、に基づいて）前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する特性評価プロセス（例えば、前処理、特徴判定、特徴処理、虫垂関連特性評価モデル処理など）を実行するステップＳ１３０を含み、前記特性評価プロセスを実行するステップは、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについての虫垂関連特性評価プロセスを実行することＳ１３５、及び／又は１つ若しくは複数の治療を決定すること（例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを予防すること、改善すること、そのようなコンディションのリスクを低下させること、及び／又はそのようなコンディションを別様に向上させること）Ｓ１４０を、加えて又は代替的に含むことができる。
【０００７】
[0017]方法１００の実施形態は、次のうちの１つ又は複数を加えて又は代替的に含むことができる：１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関連する（例えば、の情報をもたらす；を記述する；を示す；と相関関係がある、など）補足データを処理するステップＳ１２０；ユーザー（例えば、対象、ヒト、動物、患者など）に関連する１つ若しくは複数の生体サンプルを処理するステップＳ１５０；ユーザーの生体サンプルに関連するユーザー微生物データセット（例えば、ユーザー微生物配列データセット；ユーザーマイクロバイオーム組成データセット；ユーザーマイクロバイオーム機能データセット；ユーザー微生物データセットに由来するユーザーマイクロバイオーム特徴であって、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、１つ又は複数の特性評価プロセスから決定されるマイクロバイオーム特徴の特徴値に対応しうる、ユーザーマイクロバイオーム特徴；など）に基づいて、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を、１つ又は複数の特性評価プロセスを用いて、決定するステップＳ１６０；ユーザーの１つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入を（例えば、前記虫垂関連特性評価及び／又は治療モデルなどに基づいて）助長するステップＳ１７０；ユーザーについて１つ若しくは複数の治療の有効性をモニタリングする及び／又は他の適切な構成要素（例えば、マイクロバイオーム特性など）をモニタリングするステップであって（例えば、ユーザーからの一連の生体サンプルを処理することに基づいて）経時的に（例えば、経時的にユーザーについて治療に関連するユーザーマイクロバイオーム組成特徴及び／又は機能的特徴などのユーザーマイクロバイオーム特性を評定するなどのために）モニタリングするステップＳ１８０；及び／又は任意の他の適切なプロセス。
【０００８】
[0018]特定の実施例では、方法１００は、対象のセット（例えば、虫垂関連コンディションを有する対象を含むセット；そのような対象に関連するサンプル及び／又はデータが対照としての役割を果たすことができる、虫垂関連コンディションを有さない対象を含むセット；など）に関連する微生物配列データセットを、前記対象のセットに関連するサンプルからの微生物核酸に基づいて決定するステップであって、前記サンプルが、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する少なくとも１つのサンプルを含む、ステップ；前記対象のセットについて、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する補足データを収集するステップ；前記微生物配列データセットに基づいて、マイクロバイオーム組成特徴のセット及びマイクロバイオーム機能的特徴のセットの少なくとも一方を含むマイクロバイオーム特徴のセットを判定するステップ；前記補足データ及び前記マイクロバイオーム特徴のセットに基づいて、虫垂関連特性評価モデルを生成するステップであって、前記虫垂関連特性評価モデルが、前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する、ステップ；前記虫垂関連特性評価モデルに基づいて前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び前記虫垂関連特性評価に基づいて前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションのためのユーザーに対する治療的介入を助長するステップ（例えば、前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションの改善を助長するために、ユーザーに治療を提供するステップなど）を含むことができる。
【０００９】
[0019]特定の実施例では、方法１００は、ユーザーからサンプルを（例えば、サンプルキット提供及び回収によって）収集するステップであって、前記サンプルが、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する微生物に対応する微生物核酸を含む、ステップ；前記サンプルの微生物核酸に基づいて（例えば、サンプル調製及び／又はサンプルに関するシークエンシングなどに基づいて）ユーザーに関連する微生物データセットを決定するステップ；前記微生物データセットに基づいてユーザーマイクロバイオーム特徴（例えば、ユーザーマイクロバイオーム組成特徴及びユーザーマイクロバイオーム機能的特徴の少なくとも一方を含むものなど）を判定するステップであって、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴が、前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する、ステップ；前記ユーザーマイクロバイオーム特徴に基づいて前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び／又は前記虫垂関連特性評価に基づいて前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションの向上を助長するためのユーザーに対する治療に関する治療的介入を助長する（例えば、ユーザーに対する治療を促進する、など）ステップを含むことができる。
【００１０】
[0020]方法１００及び／又はシステム２００の実施形態は、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを特性評価する（例えば、評定する、評価する、診断する、記述する、など）（例えば、虫垂関連コンディション自体を特性評価する、例えば、虫垂関連コンディションと相関関係がある及び／若しくは虫垂関連コンディションに別様に関連するマイクロバイオーム特徴を判定する；１若しくは複数のユーザーについての１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを特性評価する、例えば、１若しくは複数のユーザーについての１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションの傾向メトリクスを決定する、など）ように、及び／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについて１若しくは複数のユーザーを特性評価するように機能することができる。
【００１１】
[0021]加えて又は代替的に、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴及び／又は他の適切なデータ（例えば、そのようなコンディションと正の相関関係があるもの、そのようなコンディションと負の相関関係があるもの、など）を、例えば、バイオマーカー（例えば、診断プロセスのためのもの、処置プロセスのためのものなど）としての使用のために、同定するように機能することができる。実施例では、虫垂関連特性評価は、マイクロバイオーム組成（例えば、マイクロバイオーム組成多様性など）、マイクロバイオーム機能（例えば、マイクロバイオーム機能的多様性など）及び／又は他の適切なマイクロバイオーム関連態様のうちの少なくとも１つ又は複数に関連しうる。ある実施例では、微生物特徴（例えば、ユーザーのマイクロバイオームに存在する微生物の相対存在量に関して、例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを示す対象について、認識可能なパターンの組成、機能及び／又は多様性を記述するもの）及び／又は微生物データセット（例えば、マイクロバイオーム特徴を得ることができるもの、など）は、特性評価（例えば、診断、リスク評定など）、治療的介入助長、モニタリング、及び／又は他の適切な目的に、例えば、バイオインフォマティクスパイプライン、分析手法、及び／又は本明細書に記載の適切なアプローチを使用することにより、使用することができる。加えて又は代替的に、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態は、多数の虫垂関連コンディションについて相互コンディション分析（ｃｒｏｓｓ−ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ）（例えば、異なる虫垂関連コンディション間の相関関係、共分散、併存性及び／又は他の適切な関連性を判定することなどの、多数の虫垂関連コンディションについての特性評価プロセスを実行する分析）を、例えば、ユーザーの特性評価（例えば、診断；関係する情報の提供など）及び／又は処置に関連して、実行するように機能することができる。
【００１２】
[0022]加えて又は代替的に、実施形態は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入（例えば、治療選択；治療促進及び／又は提供；治療モニタリング；治療評価など）を、例えば、関連治療（例えば、腸部位、皮膚部位、鼻部位、口部位、生殖器部位、他の適切な身体部位、他の収集部位などの、特定の身体部位に関して、治療モデルにより決定された治療など）の促進によって、助長するように機能することができる。加えて又は代替的に、実施形態は、モデル（例えば、虫垂関連特性評価モデル、例えば表現型予測のためのもの；治療モデル、例えば治療決定のためのもの；機械学習モデル、例えば特徴処理のためのもの、など）、例えば、ユーザーを彼らのマイクロバイオームに基づいて特性評価及び／若しくは診断するために使用することができるモデル（例えば、ユーザーマイクロバイオーム特徴；臨床診断として；比較診断として、など）；並びに／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関する対象のための治療を選択及び／若しくは提供するために使用することができるモデルを生成するように機能することができる。加えて又は代替的に、実施形態は、本明細書に記載の任意の適切な機能性を実行することができる。
【００１３】
[0023]しかるが故に、ユーザーの集団（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する対象の集団；１つ又は複数の虫垂関連コンディションと正又は負の相関関係がある対象の集団など）からのデータを使用して、後続のユーザーを、例えば、健康及び／若しくは改善領域の微生物関連状態を示すために、特性評価することができ、並びに／又は治療的介入（例えば、１つ若しくは複数の治療を促進する治療的介入；１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関連する健康状態の向上と相関関係がある状態などの、所望の平衡状態のセットのうちの１つ若しくは複数への、ユーザーのマイクロバイオームの組成及び／若しくは機能的多様性の調節を助長する治療的介入；など）、例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関する治療的介入を助長することができる。方法１００の変形形態は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについてのものなどの補足データの経時的な処理に加えて、又はそのような処理の代わりに、身体部位にわたっての（例えば、腸部位、口部位、鼻部位、皮膚部位、生殖器部位などの特定の身体部位タイプに対応する収集部位などのユーザーのサンプル収集部位、などにわたっての）、経時的なユーザーからの追加のサンプルの収集及び分析（例えば、虫垂関連特性評価モデルを用いる収集及び分析）などによって（例えば、治療レジメンの過程を通して、虫垂関連コンディションに関してユーザーが経験する程度によって、など）、ユーザーに提供する治療の選択、モニタリング（例えば、効力モニタリング）及び／又は調整を、さらに助長することができる。しかし、集団、部分群、個体及び／又は他の適切なエンティティからのデータを、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態の任意の適切な部分によって、任意の適切な目的のために使用されうる。
【００１４】
[0024]方法１００及び／又はシステム２００の実施形態は、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについての特性評価及び／若しくは治療を、好ましくは決定及び／若しくは促進する（例えば、提供する、提示する、そのような特性評価及び／若しくは治療に関して通知する）ことができ、並びに／又は方法１００及び／若しくはシステム２００の実施形態の任意の適切な部分を虫垂関連コンディションに関して実行することができる。虫垂関連コンディションは、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：虫垂炎（例えば、急性虫垂炎；虫垂炎の疑い；など）、虫垂炎症、虫垂がん（例えば、虫垂癌）、カルチノイド腫瘍、カルチノイド症候群、糞石、卵巣粘液性腫瘍、クローン病（例えば、虫垂クローン病）、リンパ過形成、先天性異常（例えば、先天的欠損、虫垂重複、など）、虫垂子宮内膜症、腹膜卵管内膜症（ｐｅｒｉｔｏｎｅａｌ  ｅｎｄｏｓａｌｐｉｎｇｉｏｓｉｓ）、血管炎（例えば、虫垂の血管炎、など）、神経細胞増殖（例えば、虫垂の神経細胞増殖など）、間葉腫瘍、非筋原性腫瘍、リンパ腫、過敏性腸症候群、単核球症、麻疹、胃腸感染症、腸重積症、腺腫、憩質性疾患、腸免疫関連コンディション、感染症；虫垂に関連する併存性コンディション及び／又は他の適切なコンディション。
【００１５】
[0025]加えて又は代替的に、虫垂関連コンディションは、次のうちの１つ又は複数を含むことができる：疾患、症状（例えば；血流抑止；組織死；過剰細胞産生；虫垂の近位の鈍痛；食欲喪失；組織破裂；疼痛；虫垂腫脹；腹部腫脹；放屁不能；排尿時痛；鋭痛；痙攣；悪心；嘔吐；発熱；反跳圧痛；腹部などの身体領域腫脹；背部痛；便秘症；下痢；腹膜炎；膿瘍形成；臓器不全；筋性防御；便秘；瘢痕組織、など）、原因（例えば；誘発因子；糞便物質埋状；リンパ過形成；閉塞、例えば、便、寄生虫、成長に起因する、閉塞；腹部外傷など）、障害、関連リスク（例えば、傾向スコアなど）、関連重症度、行動（例えば、身体活動行動；アルコール摂取；喫煙行動；ストレス関連特性；他の心理学的特性；病気；社会的行動；カフェイン摂取；アルコール摂取；睡眠習慣；他の習慣；食事関連行動、例えば、繊維摂取、果物摂取、野菜摂取；瞑想及び／若しくは他のリラクゼーション行動；虫垂関連コンディションに関連する生活習慣コンディション；虫垂関連コンディションに対する診断及び／又は治療的介入の情報をもたらす、と相関関係がある、を示す、を助長する、及び／又は、に別様に関連する、生活習慣コンディション；虫垂及び／又は虫垂関連コンディションに影響を与える及び／又は別様に関連する行動、など）、環境的要因、人口統計学関連特性（例えば、年齢、体重、人種、性別など）、表現型（例えば、ヒト、動物、植物、真菌体の測定可能な表現型；虫垂及び／又は他の関連態様に関連する表現型など）、及び／又は虫垂関連コンディションに関連する任意の他の適切な態様。ある実施例では、１つ又は複数の虫垂関連コンディションは、正常な身体、精神、社会及び／又は情緒機能に干渉しうる。実施例において、１つ又は複数の虫垂関連コンディションは、コンピュータ断層撮影（ＣＴスキャン）、超音波、結腸内視鏡検査、生検、血液検査、腹部検査（例えば、炎症を検出するためのものなど）、尿検査（例えば、感染症を検出するためのものなど）、画像診断、問診、病歴、調査、センサーデータにより、及び／又は任意の適切な手法（例えば、虫垂関連コンディションの診断に利用可能な手法など）によって、特性評価及び／又は診断することができる。
【００１６】
[0026]方法１００及び／又はシステム２００の実施形態は、治療的介入を助長する虫垂関連特性評価のために、及び／又は任意の他の適切な目的のために、単一のユーザーに対して、例えば、前記ユーザーからの１つ又は複数の生体サンプル（例えば、１つ又は複数の収集部位にわたって収集されたもの、など）を処理するための１つ又は複数サンプル取扱いプロセス及び／又は特性評価プロセスの適用に関連して、実施することができる。加えて又は代替的に、実施形態を、対象の集団（例えば、ユーザーを含む、ユーザーを除外する集団）であって、任意の適切なタイプの特性について（例えば、虫垂関連コンディション、人口統計学的特性、行動、マイクロバイオーム組成及び／又は機能などに関して）任意の他の対象と似ている及び／又は似ていない対象を含むことができる、対象の集団に対して実施することができ；ユーザーの部分群（例えば、虫垂関連特性評価及び／又は治療決定に影響を与える特性などの、特性を共有する部分群）に対して実施することができ；植物、動物、微生物及び／又は任意の他の適切なエンティティに対して実施することができる。したがって、対象のセット（例えば、対象の集団、対象のセット、ユーザーの部分群など）から得られる情報を使用して、後続のユーザーについての追加の洞察を得ることができる。変形形態では、生体サンプルの集計セットは、多種多様な対象に関連するのが好ましく、多種多様な対象について処理されるのが好ましく、そのような対象は、例えば、次のうちの１つ又は複数を有する対象を含む：異なる人口統計学的特性（例えば、性別、年齢、婚姻状態、民族性、国民性、社会経済的状況、性的指向など）、異なる虫垂関連コンディション（例えば、健康及び疾患状態；異なる遺伝的素因など）、異なる生活状況（例えば、独居、ペットと同居、大切な他者と同居、子供と同居など）、異なる食習慣（例えば、雑食性、菜食主義者、完全菜食主義者、糖分摂取、酸摂取、カフェイン摂取など）、異なる行動傾向（例えば、身体活動レベル、薬物使用、アルコール使用など）、異なる移動度レベル（例えば、所与の期間内に移動した距離に関する）、及び／又は任意の他の適切な特性（例えば、マイクロバイオーム組成及び／若しくは機能に影響を与える、と相関関係がある、及び／若しくは、に別様に関連する特性、など）。実施例では、対象の数が増加するにつれて、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態の一部分において実施されるプロセスの予測力、例えば、後続のユーザー（例えば、様々な特性を有する者など）についての彼らのマイクロバイオームに基づく（例えば、ユーザーのサンプルについての異なる収集部位などに関する）特性評価に関する予測力は、増加しうる。しかし、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態の一部分を、任意の適切なエンティティ（単数又は複数）のために、任意の適切な方法で実行及び／又は構成することができる。
【００１７】
[0027]本明細書に記載のデータ（例えば、マイクロバイオーム特徴、微生物データセット、モデル、虫垂関連特性評価、補足データ、通知など）は、次の１つ又は複数を含む、任意の適切な時間的指標（例えば、秒、分、時間、日、週など）を伴うことがある：データを収集（例えば、サンプルを収集した時を示す時間的指標など）、判定、送信、受信及び／若しくは別様に処理した時を示す時間的指標；データにより記述される内容にコンテキストを与える時間的指標（例えば、虫垂関連特性評価に関連する時間的指標、例えば、前記虫垂関連特性が特定の時点で虫垂関連コンディション及び／若しくはユーザーマイクロバイオーム状態を記述する場合の時間的指標など）；時間的指標の変化（例えば、経時的な、例えば、治療を受けたことに応答しての、虫垂関連特性評価の変化；サンプル収集、サンプル分析、ユーザーへの虫垂関連特性評価若しくは治療の提供、及び／又は方法１００の実施形態の他の適切な部分の間の待ち時間の変化など）；並びに／又は時間に関する任意の他の適切な指標。
【００１８】
[0028]加えて又は代替的に、パラメータ、メトリクス、インプット、アウトプット及び／又は他の適切なデータは、次のものを含む値タイプを伴うことがある：スコア（例えば、虫垂関連コンディション傾向スコア；特徴関連度スコア；相関スコア、共分散スコア、マイクロバイオーム多様性スコア、重症度スコアなど）、個別値（例えば、異なる収集部位についての個別の虫垂関連コンディションスコア、例えばコンディション傾向スコア、など）、集計値（例えば、異なる収集部位についての個別の微生物関連スコアに基づく総合スコア、など）、２進値（例えば、マイクロバイオーム特徴の存在又は非存在；虫垂関連コンディションの存在又は非存在、など）、相対値（例えば、相対分類群存在量、相対マイクロバイオーム機能存在量、相対特徴存在量、など）、分類（例えば、ユーザーについての虫垂関連コンディション分類及び／又は診断；特徴分類；行動分類；人口統計学的特性分類、など）、信頼度レベル（例えば、微生物配列データセットに、マイクロバイオーム多様性スコアに、他の虫垂関連特性評価に、他のアウトプットなどに、関連する信頼度レベル）、識別子、スペクトルに沿った値、及び／又は値の他の適切なタイプ。本明細書に記載のデータの任意の適切なタイプを、インプット（例えば、本明細書に記載の異なる分析手法、モデル及び／若しくは他の適切な構成要素についてのインプット）として使用することができ、アウトプット（例えば、異なる分析手法、モデルなどの、アウトプット）として生成することができ、並びに／又は方法１００及び／若しくはシステム２００に関連する任意の適切な構成要素のために任意の適切な方法で操作することができる。
【００１９】
[0029]本明細書に記載の方法１００及び／又はプロセスの実施形態の１つ又は複数のインスタンス及び／又は部分を、非同期的に（例えば、逐次的に）、同時に（例えば、並行データ処理；同時相互コンディション分析；マルチプレックスサンプル処理、例えば、虫垂関連コンディションに関連する標的配列に対応する微生物核酸断片のマルチプレックス増幅；虫垂関連コンディションのパネルを実質的に同時に評価するためのサンプル処理及び分析の実行；微生物データセット、マイクロバイオーム特徴のコンピュータによる判定、及び／又は多数のユーザーについての並行した虫垂関連コンディションの特性評価；例えば、システム処理能力を向上させるために並列計算の異なるスレッドで同時に、など）、誘発事象（例えば、方法１００の一部分の実行）に時間的に関連して（例えば、誘発事象と実質的に同時に、誘発事象に応答して、順次、誘発事象の前に、誘発事象と同時に、など）、任意の適切な順序で、任意の適切な時点で及び頻度で、並びに／或いは本明細書に記載のシステム２００、構成要素及び／若しくはエンティティの１つ若しくは複数のインスタンスによって及び／又はそのようなインスタンスを使用して、実行することができる。ある実施例では、方法１００は、サンプル取扱いシステムの次世代シークエンシングプラットフォームのブリッジ増幅基板（及び／又は他の適切なシークエンシングシステム）で１つ又は複数の生体サンプルの微生物核酸を処理することに基づいて微生物データセットを生成するステップ、及び前記次世代シークエンシングプラットフォームと通信するように操作可能なコンピュータデバイスでマイクロバイオーム特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴を判定するステップを含むことができる。しかし、方法１００及び／又はシステム２００を任意の適切な方法で構成することができる。
【００２０】
２．実施例
[0030]マイクロバイオーム分析は、微生物によって引き起こされる、微生物と相関関係がある、及び／又は微生物に別様に関連する虫垂関連コンディションについての正確な及び／又は効率的な特性評価及び／又は治療提供を（例えば、方法１００の実施形態の一部分などに従って）可能にすることができる。この技術の特定の実施例は、虫垂関連コンディションの特性評価及び／又は治療的介入の助長の際に従来のアプローチが直面する幾つかの課題を克服することができる。第１に、従来のアプローチでは、患者が、虫垂関連コンディションについて（例えば、診断医療手順によって）特性評価及び／又は治療推奨を受けるために１又は複数のケアプロバイダーを訪問する必要がある場合があり、この必要は、診断及び／若しくは処置までの時間に、医療の質の非一貫性に、並びに／又はケアプロバイダー訪問の他の態様に関連する、効率の悪さ及び／又は健康リスクを意味する。第２に、ヒトゲノムシークエンシングのための従来の遺伝子シークエンシング及び分析技術は、マイクロバイオームに適用されたとき（例えば、ヒトマイクロバイオームが、ヒト細胞の１０倍を超える微生物細胞を含みうる場合；実行可能な分析手法、及び分析手法を利用する手段が、異なりうる場合；最適なサンプル処理手法、例えば、増幅バイアスを低減させるための最適なサンプル処理手法が、異なりうる場合；異なる虫垂関連特性評価アプローチが利用されうる場合；コンディションのタイプ及び相関関係のタイプが異なりうる場合；関連コンディションの原因、及び／又は関連コンディションに利用可能な治療が、異なりうる場合；配列参照データベースが異なりうる場合；マイクロバイオームが、ユーザーの身体部位によって、例えば収集部位によって、変わりうる場合、など）、適合しないこと及び／又は非効率的であることがある。第３に、シークエンシング技術（例えば、次世代シークエンシング、関連技術など）の開始は、遺伝物質のシークエンシングに関連する速度及びデータ生成の前例のない進歩を除けば、存在しなかった技術的問題（例えば、生成される大量の配列データについてのデータ処理及び分析の問題；マルチプレックス方式で多数の生体サンプルを処理することに伴う問題；情報表示問題；治療予測問題；治療提供問題、など）を生じさせた。方法１００及び／又はシステム２００の特定の実施例は、少なくとも上記の課題に対する技術に根ざした解決策をもたらすことができる。
【００２１】
[0031]第１に、技術についての特定の実施例は、エンティティ（例えば、ユーザー、生体サンプル、医療デバイスを含む治療助長システムなど）を異なる状態又は事に変換することができる。例えば、技術は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関する（例えば、次世代シークエンシングシステム、マルチプレックス増幅操作の使用などによる）ユーザーの特性評価に使用できる微生物データセット及び／又はマイクロバイオーム特徴を生成するために、シークエンシング及び分析することができる成分に、生体サンプルを変換することができる。別の実施例では、技術は、治療（例えば、虫垂関連特性評価に基づく個別化治療、など）を同定、抑止及び／若しくは促進する（例えば、提示する、推奨する、提供する、投与する、など）ことができ；並びに／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを予防及び／若しくは改善することができる治療的介入を別様に助長すること（例えば、ユーザーのマイクロバイオーム組成、マイクロバイオーム機能性、などの修飾を助長すること）ができ、例えば、それによって、マイクロバイオーム及び／若しくは患者の健康を転換すること（例えば、虫垂関連コンディションに関連する健康状態を向上させること、など）、例えば、１つ若しくは複数のマイクロバイオーム特徴を適用すること（例えば、マイクロバイオーム特徴と１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションとの相関関係、関係及び／若しくは他の適切な関連性を適用すること）ができる。別の実施例では、技術は、ユーザーの１つ又は複数の異なる身体部位（例えば、１つ又は複数の異なる収集部位、など）におけるマイクロバイオーム組成及び／又は機能を転換することができ、したがって、例えば、腸、鼻、皮膚、口及び／又は生殖器マイクロバイオームに関連する微生物を（例えば、１つ又は複数の部位特異的治療に関する治療液介入を助長することにより）標的化及び／又は形質転換することができる。別の実施例では、技術は、治療助長システム（例えば、食事システム；服薬支援器（ａｕｔｏｍａｔｅｄ  ｍｅｄｉｃａｔｉｏｎ  ｄｉｓｐｅｎｓｅｒ）；行動修正システム；診断システム：疾患治療助長システムなど）を、治療を促進するように（例えば、治療助長システムに対する実行の制御命令を生成することなどによって）制御し、それによって治療助長システムを転換することができる。
【００２２】
[0032]第２に、技術の特定の実施例は、コンピュータ関連技術の向上（例えば、虫垂関連コンディションについての微生物関連データを保存、読出し及び／又は処理する点でのコンピュータによる効率；生体サンプル処理に関連するコンピュータによる処理、の向上）を、例えば、以前は実行できなかった機能のコンピュータによる実行を助長することによって、もたらすことができる。例えば、技術は、虫垂関連特性評価を向上させる及び／又は虫垂関連コンディションのための治療的介入を助長するために、一連の分析手法を、非一般的な方法で、非一般的微生物データセット及び／又はマイクロバイオーム特徴（例えば、サンプル処理手法及び／又はシークエンシング技術の進歩のため、最近、生成することが可能に及び／又は実行可能になったもの）に適用することができる。
【００２３】
[0033]第３に、技術の特定の実施例は、処理速度、虫垂関連特性評価、正確度、マイクロバイオーム関連治療決定及び促進、並びに／又は虫垂関連コンディションに関する他の適切な態様、の向上をもたらすことができる。例えば、技術は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに特に関連性のあるマイクロバイオーム特徴（例えば、虫垂関連コンディションに関連性のある処理されたマイクロバイオーム特徴；多数の虫垂関連コンディションと関連性のある、コンディション間相共通のマイクロバイオーム特徴、など）を決定、選択及び／又は別様に処理するために、非一般的微生物データセットを利用することができ、利用することができることで、正確度の向上させることができ（例えば、最も関連性の高いマイクロバイオーム特徴を使用することにより；目的に合った分析技術を利用することにより、など）；処理速度を向上させることができ（例えば、関連性のあるマイクロバイオーム特徴のサブセットを選択することにより；次元縮小法を実行することにより；目的に合った分析技術を利用することにより；など）；並びに／又は表現型予測（例えば、虫垂関連コンディションの指摘など）、他の適切な特性評価、治療介入助長及び／若しくは他の適切な目的に関しての他のコンピュータによる向上を助長することができる。特定の実施例では、技術は、特性評価及び／又は治療を生成、適用及び／又は別様に助長するために（例えば、モデルなどによって）、特徴選択ルールを適用（例えば、組成、機能についてのマイクロバイオーム特徴選択規則；補足データベースから抽出した補足的特徴に対して；など）して、特徴の膨大な潜在的プール（例えば、配列データなどの、多量のマイクロバイオームデータから抽出可能なもの；単変量統計検定により同定可能なもの、など）から、特徴の最適なサブセット（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関するマイクロバイオーム機能的特徴；マイクロバイオーム組成多様性特徴、例えば、虫垂関連コンディションに関連する分類群についての健康、存在、非存在及び／又は他の適切な範囲を示す参照相対存在量特徴；虫垂関連コンディション及び／又は治療応答と相関関係がある参照相対存在量特徴と比較することができるユーザー相対存在量特徴、など）を選択することができる。マイクロバイオーム（例えば、ヒトマイクロバイオーム、動物マイクロバイオームなど）の潜在的サイズは、大量のデータと言い換えることができ、この大量のデータは、虫垂関連コンディションに関する実行可能なマイクロバイオーム洞察を生成するために莫大なデータを如何にして処理し、分析するかという問題を生じさせる。しかし、特徴選択ルール及び／又は他の適切なコンピュータ実施可能なルールは、次のうちの１つ又は複数を可能にすることができる：より短い生成及び実行時間（例えば、モデルを生成及び／又は適用するための；虫垂関連特性評価及び／又は関連治療を決定するための；など）；最適化されたサンプル処理手法（例えば、虫垂関連コンディションに関連する分類群、配列及び／又は他の適切なデータのコンピュータ分析によって同定された、プライマータイプ、他の生体分子及び／又は他のサンプル処理成分を使用することによって、生体サンプルからの微生物核酸の転換を向上させる、例えば、その上、特異度の向上、増幅バイアスの低減及び／又は他の適切なパラメータについて最適化する；など）；結果の効率的解釈を助長するモデル単純化；過剰フィッティングの低減；虫垂関連コンディションに関する経時的な多数のユーザーについての虫垂関連特性評価の生成、保存及び適用に関連するネットワーク効果（例えば、虫垂関連特性評価及び／又は治療決定の予測力を向上させるために漸増数のユーザーに関連する増量のマイクロバイオーム関連データを収集及び処理することによって；など）；データ保存及び読出しの向上（例えば、虫垂関連特性評価モデルを保存及び／又は読み出すこと；特定のモデルを、例えば、異なる虫垂関連コンディションを有する、異なるユーザー及び／又はユーザーセットに関連して、保存すること；ユーザーアカウントに関連して微生物データセットを保存すること；１つ若しくは複数の治療及び／又は治療を受けているユーザーに関連して治療モニタリングデータを保存すること；虫垂関連コンディションについての個別化特性評価及び／又は処置の送達を向上させるために、ユーザー、ユーザーのセット、及び／又は他のエンティティに関連して、特徴、虫垂関連特性評価、及び／又は他の適切なデータを保存すること、など）；並びに／又は技術分野の他の適切な向上。
【００２４】
[0034]第４に、技術の特定の実施例は、サンプル取扱いシステムが、多数のユーザーからの生体サンプルの（例えば、マルチプレックス方式での）実質的同時処理を取り扱うことができ、生体サンプルが、虫垂関連特性評価システムによって、虫垂関連コンディションについての個別化特性評価及び／又は治療（例えば、ユーザーのマイクロバイオームに、例えば、ユーザーの食事行動、プロバイオティクス関連行動、病歴、人口統計学的特性、他の行動、嗜好などに関連して、カスタマイズされたもの）の生成に利用されうる、サンプル取扱いシステム、虫垂関連特性評価システム及び多数のユーザーを含む構成要素にわたっての機能性の独創的な分配を意味する。
【００２５】
[0035]第５に、技術の特定の実施例は、少なくともゲノミクス、微生物学、マイクロバイオーム関連コンピュータ利用、診断法、治療法、マイクロバイオーム関連デジタル医薬、デジタル医薬全般、モデル化及び／又は他の関連分野の技術分野を向上させることができる。ある実施例では、技術は、異なる虫垂関連コンディションを、例えば、虫垂関連コンディションについての関連微生物特徴（例えば、診断法、治療的介入の助長などに使用されるバイオマーカーとしての役割を果たすことができるもの）のコンピュータによる同定によって、モデル化及び／又は特性評価することができる。別の実施例では、技術は、相互コンディション分析を実行して、複数の虫垂関連コンディション（例えば、疾患、表現型など）に関連する（例えば、にわたって共有される、にわたって相関関係がある、など）、コンディション間共通のマイクロバイオーム特徴を同定及び評価することができる。マイクロバイオーム特徴のそのような同定及び特性評価は、併存及び／又は多併存虫垂関連コンディションのリスク及び罹患率（例えば、環境的要因に関連しうる及びその結果、マイクロバイオームなどに関連しうる）を低下させることにより、医療実践向上を（例えば、診断及び治療的介入などを助長することなどによる、集団及び個体レベルで）助長することができる。特定の実施例では、技術は、非従来のプロセス（例えば、サンプル処理プロセス、コンピュータ分析プロセスなど）を応用して、例えば、技術分野の向上をもたらすことができる。
【００２６】
[0036]第６に、技術は、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態に付随する適切な部分の実行に、専門コンピュータデバイス（例えば、サンプル取扱いシステム、例えば、次世代シークエンシングシステム、虫垂関連特性評価システム、治療助長システムなどに付随する、デバイス）を利用することができる。
【００２７】
[0037]しかし、技術の特定の実施例は、虫垂関連特性評価、マイクロバイオーム調節のための、及び／又は方法１００の実施形態の適切な部分を実行するための、非汎用構成要素及び／又はシステム２００の実施形態の適切な構成要素の使用に関連して、任意の適切な向上を提供することができる。
【００２８】
３．システム。
[0038]図２に示すように、システム２００の実施形態（例えば、虫垂関連コンディションを特性評価するためのもの）は、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：微生物データセット（例えば、微生物遺伝子配列、微生物配列データセットなど）の判定を助長するための、１若しくは複数のユーザー（例えば、ヒト対象、患者、動物対象、環境エコシステム、ケアプロバイダーなど）からの生体サンプル（例えば、ユーザーにより収集され、前処理試薬が入っている容器に入れられたもの、など）を収集及び／又は処理するように操作可能な取扱いシステム（例えば、サンプル取扱いシステムなど）２１０；マイクロバイオーム特徴（例えば、マイクロバイオーム組成特徴；マイクロバイオーム機能的特徴；多様性特徴；関連存在量範囲；例えば、微生物データセット及び／又は他の適切なデータに基づくもの、など）を判定し、虫垂関連特性評価（例えば、虫垂関連コンディション特性評価、治療関連特性評価、ユーザーについての特性評価、など）を決定するように操作可能な虫垂関連特性評価システム２２０；及び／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入（例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに基づく治療的介入；１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを向上させるための治療的介入、など）を助長する（例えば、治療を促進する、など）ように操作可能な治療助長システム２３０。
【００２９】
[0039]システム２００の実施形態は、生体サンプルを受け取って、及び／又は処理（断片化、増幅、シークエンシング、関連データベースの生成など）して、生体サンプルの微生物核酸及び／又は他の成分を、虫垂関連特性評価の生成及び／又は治療的介入を助長するためのデータ（例えば、後にアラインメント及び分析することができる遺伝子配列；微生物データセット、など）に変換するように機能することができる、１つ又は複数の取扱いシステム２１０を備えることができる。取扱いシステム２１０は、サンプルキット２５０（例えば、サンプル容器、１つ又は複数の収集部位からサンプルを収集するための説明書、などを含む）を、例えばメール配信システム経由で、多数のユーザーに（例えば、サンプルキット２５０の注文書に応じて）提供するように、加えて又は代替的に機能することができる。取扱いシステム２１０は、微生物データ（例えば、微生物配列データ、微生物データセットの他のデータ、など）を生成する際などに、１つ又は複数の生体サンプルをシークエンシングする（例えば、生体サンプルからの微生物核酸をシークエンシングする、など）ための、１つ又は複数のシークエンシングシステム２１５（例えば、次世代シークエンシングシステム；標的アンプリコンシークエンシング、メタトランスクリプトームシークエンシング、メタゲノムシークエンシング、シークエンシング・バイ・シンセシス（ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ−ｂｙ−ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ）法、キャピラリーシークエンシング法、サンガーシークエンシング、パイロシークエンシング、ナノポアシークエンシング法などのための、シークエンシングシステム）を備えることができる。次世代シークエンシングシステム（例えば、次世代シークエンシングプラットフォームなど）は、ハイスループットシークエンシング（例えば、ハイスループットシークエンシング技術によって助長されるもの；大規模並列シグネチャシークエンシング（ｍａｓｓｉｖｅｌｙ  ｐａｒａｌｌｅｌ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）、ポリニー（Ｐｏｌｏｎｙ）シークエンシング、４５４パイロシークエンシング、イルミナ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）シークエンシング、ＳＯＬｉＤシークエンシング、イオントンネル半導体シークエンシング、ＤＡＮナノボールシークエンシング、ヘリスコープ（Ｈｅｌｉｓｃｏｐｅ）単分子シークエンシング、単分子リアルタイム（ＳＭＲＴ）シークエンシング、ナノポアＤＮＡシークエンシングなど）、任意の世代数のシークエンシング技術（例えば、第二世代シークエンシング技術、第三世代シークエンシング技術、第四世代シークエンシング技術など）、アンプリコン関連シークエンシング（例えば、標的アンプリコンシークエンシング）、メタゲノム関連シークエンシング（例えば、メタトランスクリプトームシークエンシング、メタゲノムシークエンシング、など）、シークエンシング・バイ・シンセシス、トンネル電流シークエンシング、ハイブリダイゼーションによるシークエンシング、質量分析シークエンシング、顕微鏡に基づく技術及び／又は任意の適する次世代シークエンシング技術のうちの１つ又は複数のための、任意の適切なシークエンシングシステム（例えば、シークエンシングプラットフォームなど）を含むことができる。加えて又は代替的に、シークエンシングシステム２１５は、キャピラリーシークエンシング、サンガーシークエンシング（例えば、マイクロ流体サンガーシークエンシングなど）、パイロシークエンシング、ナノポアシークエンシング（オックスフォード（Ｏｘｆｏｒｄ）ナノポアシークエンシングなど）、及び／又は任意の適切なシークエンシング技術によって助長される他の適切なタイプのシークエンシングのうちの、いずれか１つ又は複数を実施することができる。
【００３０】
[0040]取扱いシステム２１０は、シークエンシングシステムによりシークエンシングされるようにマルチプレックス方式で生体サンプルを自動的に調製する（例えば、断片化し、虫垂関連コンディションに関連する遺伝子標的と適合性のプライマーを使用して増幅する）ように操作可能なライブラリー調製システム；及び／又は任意の適切な構成要素を、加えて又は代替的に、含むことができる。取扱いシステム２１０は、本明細書に記載の任意の適切なサンプル処理手法を実行することができる。しかし、取扱いシステム２１０及び関連構成要素を任意の適切な方法で構成することができる。
【００３１】
[0041]システム２００の実施形態は、微生物データセット（例えば、微生物遺伝子配列につながる処理された生体サンプル、参照配列へのアラインメント、などに基づくもの）、マイクロバイオーム特徴（例えば、個別変数；変数群；統計的記述のための表現型予測に適切である特徴；個体から得たサンプルに関連する変数；虫垂関連コンディションに関連する変数；サンプルのマイクロバイオーム組成及び／又は機能性を完全に又は部分的に、相対又は絶対量で記述する変数、など）、モデル、並びに／又は虫垂関連特性評価及び／若しくは治療的介入を助長するための他の適切なデータセットを、決定、分析、特性評価及び／又は別様に処理する機能を果たすことができる、１つ又は複数の虫垂関連特性評価システム２２０を含むことができる。実施例では、虫垂関連特性評価システム２２０は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するサンプル（例えば、虫垂関連コンディションの存在、非存在、リスク、傾向、及び／又は虫垂関連コンディションに関連する他の態様などに関連するサンプル）間の差異を統計的に記述する特徴についての情報に関連するデータを同定することができ、例えば、この場合、多様な分析により、異なるサンプルを区別する（例えば、コンディションの存在又は非存在などに関連するサブグループを区別する）特徴に対する補完見解を得ることができる。特定の実施例では、個別の予測器、特定の生物学的プロセス、及び／又は統計的に推論される潜在変数により、特性評価、診断及び／又は処置に関する多様な下流の機会を助長するための補完的情報を異なるデータ複雑性レベルで得ることができる。別の特定の実施例では、虫垂関連特性評価システム２２０は、１つ又は複数の特性評価プロセスを実行するための補足データを処理する。
【００３２】
[0042]虫垂関連特性評価システム２２０は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションの特性評価（例えば、１又は複数のユーザーについての１つ又は複数の虫垂関連コンディションの傾向の判定、など）のための虫垂関連コンディションモデル、治療を決定するための治療モデル、並びに／又はシステム２００及び／若しくは方法１００の実施形態に関連する任意の適切な目的のための任意の他の適切なモデルのうちの、いずれか１つ又は複数を含みうる、虫垂関連特性評価モデルを、備えること、生成すること、適用すること及び／又は別様に処理することができる。特定の実施例では、虫垂関連特性評価システム２２０は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを処置するために使用される治療を同定及び／又は特性評価するための治療モデルを（例えば、相互コンディション分析などに基づいて）生成及び／又は適用することができる。異なる虫垂関連特性評価モデル（例えば、虫垂関連特性評価モデルの異なる組合せ；異なる分析手法を適用する異なるモデル；異なるインプット及び／若しくはアウトプットタイプ；時間及び／又は頻度などに関して異なる方法で適用されるもの、など）を、次のうちの１つ又は複数に基づいて、適用すること（例えば、実行すること、選択すること、読み出すこと、保存することなど）ができる：虫垂関連コンディション（例えば、虫垂関連コンディション又は特性評価されるコンディションに依存して異なる虫垂関連特性評価モデルを使用し、例えば、この場合、異なる虫垂関連特性評価によって、異なる虫垂関連コンディション及び／又はコンディションの組合せなどに関するデータの処置について異なるレベルの適合性が処理される）、ユーザー（例えば、異なるユーザーデータ及び／又は特性、人口統計学的特性、遺伝的特徴、環境的要因などに基づく、異なる虫垂関連特性評価モデル）、虫垂関連特性評価（例えば、異なるタイプの特性評価、例えば、診断関連特性評価に対する治療関連特性評価のための、例えば、虫垂関連コンディションの傾向スコアの決定に対する関連マイクロバイオーム組成の同定のための、異なる虫垂関連特性評価モデル、など）、治療（例えば、異なる治療の効力をモニタリングするための異なる虫垂関連特性評価モデル、など）、身体部位（例えば、異なるサンプル収集部位からの生体サンプルに対応する微生物データセットを処理するための異なる虫垂関連特性評価モデル、など）、補足データ、及び／又は任意の他の適切な構成要素。しかし、虫垂関連特性評価モデルを、任意の適切な方法で、虫垂関連特性評価及び／又は治療的介入の助長に合わせること及び／又は使用することができる。
【００３３】
[0043]虫垂関連特性評価システム２２０は、部位特異的虫垂関連特性評価（例えば、部位特異的分析）を好ましくは決定することができる。実施例では、虫垂関連特性評価システム２２０は、異なる部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成及び／又は適用することができる。特定の実施例では、異なる部位特異的虫垂関連特性評価モデルを、異なるマイクロバイオーム特徴、例えば、部位特異的虫垂関連特性評価モデルが関連する１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的特徴（例えば、対象の腸収集部位で収集されたサンプルに由来する且つ１つ又は複数の虫垂関連コンディションと相関関係がある、腸部位特異的特徴、例えば、ユーザー腸収集部位で収集されたユーザーサンプルに基づく特性評価の決定に適用することができる腸部位特異的虫垂関連特性評価モデルを生成するための、腸部位特異的特徴）に基づいて、生成することができ、及び／又は適用することができる。部位特異的虫垂関連特性評価モデル、部位特異的特徴、サンプル、部位特異的治療及び／又は他の適切なエンティティ（例えば、身体部位に関連しうるもの、など）は、腸部位（例えば、便サンプルなどに基づいて特性評価可能）、皮膚部位、鼻部位、生殖器部位（例えば、生殖器、生殖器官などに関連するもの）、口部位及び／又は任意の適切な身体領域のうちの１つ又は複数を含む、少なくとも１つの身体部位（例えば、サンプル収集部位に対応する身体部位など）に好ましくは関連する。実施例では、異なる虫垂関連特性評価モデルを、異なるタイプのインプット、アウトプット、虫垂関連特性評価、虫垂関連コンディション（例えば、特性評価する必要がある異なる表現型測定量）及び／又は任意の他の適切なエンティティに合わせることができる。しかし、部位特異的虫垂関連特性評価を、任意の方法で構成することができ、虫垂関連特性評価システム２２０及び／又は他の適切な構成要素によって任意の方法で決定することができる。
【００３４】
[0044]虫垂関連特性評価モデル、他のモデル、システム２００の実施形態の他の構成要素、及び／又は方法１００の実施形態の適切な部分（例えば、特性評価プロセス、マイクロバイオーム特徴の判定、虫垂関連特性評価の決定など）は、次のうちの１つ又は複数を含む、分析手法を利用することができる：単変量統計検定、多変量統計検定、次元縮小法、人工知能アプローチ（例えば、機械学習アプローチなど）、データに関するパターン認識の実行（例えば、虫垂関連コンディションとマイクロバイオーム特徴の間の相関関係の同定、など）、複数の供給元からのデータの融合（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する複数のユーザーからのマイクロバイオームデータ及び／又は補足データに基づく、例えば、前記データから抽出されたマイクロバイオーム特徴に基づく、特性評価モデルの生成、など）、値の組合せ（例えば、平均値など）、組成、変換（例えば、デジタルからアナログへの変換、アナログからデジタルへの変換）、データに関する統計的推定（例えば、通常最小二乗回帰、非負の最小二乗回帰、主成分分析、リッジ回帰など）の実行、波長変調、正規化、アップデート（例えば、処理された生体サンプルに基づく経時的な特性評価モデル及び／又は治療モデルのアップデート）、ランク付け（例えば、マイクロバイオーム特徴、治療など）、重み付け（例えば、マイクロバイオーム特徴など）、検証、フィルタリング（例えば、ベースライン補正、データクロッピングなどのためのフィルタリング）、ノイズ低減、平滑化、フィリング（例えば、ギャップフィリング）、アラインメント、モデルフィッティング、ビニング、ウィンドウィング、クリッピング、変換、数学演算（例えば、導関数、移動平均、加算、減算、乗算、除算など）、データ関連付け、多重化、逆多重化、内挿、外挿、クラスタリング、画像処理手法、他のシグナル処理操作、他の画像処理操作、可視化及び／又は任意の他の適切な処理操作。人工知能アプローチは、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：教師あり学習（例えば、ロジスティック回帰を使用するもの、誤差逆伝播ニューラルネットワークを使用するもの、ランダムフォレストを使用するもの、決定木など）、教師なし学習（例えば、アプリオリ（Ａｐｒｉｏｒｉ）アルゴリズムを使用するもの、Ｋ平均クラスタリングを使用するもの）、半教師あり学習、深層学習アルゴリズム（例えば、ニューラルネットワーク、制限ボルツマンマシン、深層信念ネットワーク法、畳み込みニューラルネットワーク法、再帰型ニューラルネットワーク法、積層自己符号化器方法など）、強化学習（例えば、Ｑ学習アルゴリズムを使用するもの、時間的差分学習を使用するもの）、回帰アルゴリズム（例えば、通常最小二乗、ロジスティック回帰、段階的回帰、多変量適応回帰スプライン、局所推定散布図平滑化など）、インスタンスに基づく方法（例えば、ｋ近傍法、学習ベクトル量子化、自己組織化マップなど）、正則化法（例えば、リッジ回帰、最小絶対収縮及び選択演算子（ｌｅａｓｔ  ａｂｓｏｌｕｔｅ  ｓｈｒｉｎｋａｇｅ  ａｎｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｐｅｒａｔｏｒ）、エラスティックネットなど）、決定木学習法（例えば、分類及び��帰木、反復二分類器３（ｉｔｅｒａｔｉｖｅ  ｄｉｃｈｏｔｏｍｉｓｅｒ  ３）、Ｃ４．５、カイ二乗自動相互作用検出、決定株、ランダムフォレスト、多変量適応回帰スプライン、勾配ブースティングマシンなど）、ベイズ法（例えば、単純ベイズ、平均的単一依存関係推定子（ａｖｅｒａｇｅｄ  ｏｎｅ−ｄｅｐｅｎｄｅｎｃｅ  ｅｓｔｉｍａｔｏｒ）、ベイズ確信ネットワークなど）、カーネル法（例えば、サポートベクトルマシン、動径基底関数、線形判別分析など）、クラスタリング法（例えば、ｋ平均クラスタリング、期待値最大化など）、相関ルール学習アルゴリズム（例えば、アプリオリアルゴリズム、エクラ（Ｅｃｌａｔ）アルゴリズムなど）、人工ニューラルネットワークモデル（例えば、パーセプトロン法、誤差逆伝播法、ホップフィールドネットワーク法、自己組織化マップ法、学習ベクトル量子化法など）、アンサンブル法（例えば、ブースティング、ブートストラップアグリゲーション、ＡｄａＢｏｏｓｔ、積み重ね一般化、勾配ブースティングマシン法、ランダムフォレスト法など）、及び／又は任意の適切な人工知能アプローチ。しかし、データ処理を任意の適切な方法で利用することができる。
【００３５】
[0045]虫垂関連特性評価システム２２０は、多数の虫垂関連コンディションについて相互コンディション分析（例えば、多コンディションのマイクロバイオーム特徴などの、異なる虫垂関連特性評価モデルのアウトプットに基づく、多コンディション虫垂関連特性評価の生成）を実行することができる。例えば、虫垂関連特性評価システムは、多数の虫垂関連コンディションに関連する（例えば、で診断される、により特性評価される、など）、ユーザーの微生物データ、マイクロバイオーム特徴及び／又は他の適切なマイクロバイオーム特性に基づいて、虫垂関連コンディション間の関係を特性評価することができる。特定の実施例では、相互コンディション分析を、個別の虫垂関連コンディションについての特性評価（例えば、個別の虫垂関連コンディションについての虫垂関連特性評価モデルからのアウトプット、など）に基づいて実行することができる。相互コンディション分析は、コンディション特異的特徴（例えば、単一の虫垂関連コンディションに排他的に関連するもの）、多コンディション特徴（例えば、２つ以上の虫垂関連コンディションに関連するものなど）及び／又は任意の他の適切なタイプの特徴の同定を含むことができる。相互コンディション分析は、２つ以上の虫垂関連コンディション間の、相関関係を知らせるパラメータ、一致を知らせるパラメータ、及び／又は関係を記述する他の類似のパラメータの決定を含むことができる。しかし、虫垂関連特性評価システム及び／又は他の適切な構成要素を、任意の適する方法で、相互コンディション分析を助長する（例えば、相互コンディション分析を目的として分析手法を適用する；相互コンディション特性評価などを生成する）ように構成することができる。
【００３６】
[0046]虫垂関連特性評価システム２２０は、遠隔コンピュータシステムを（例えば、虫垂関連特性評価モデルを適用するために）好ましくは含むが、任意の適切なコンピュータシステム（例えば、ローカルコンピュータシステム、ユーザーデバイス、取扱いシステム構成要素など）を、加えて又は代替的に含むことができる。しかし、虫垂関連特性評価システム２２０を任意の適切な方法で構成することができる。
【００３７】
[0047]システム２００の実施形態は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入を助長する（例えば、１つ又は複数の治療を促進する、など）ように機能することができる（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関するユーザーの状態を向上させるためのユーザーマイクロバイオーム組成及び機能的多様性の調節を助長する）１つ又は複数の治療助長システム２３０を含むことができる。治療助長システム２３０は、身体部分の任意の数（例えば、サンプルの収集部位の任意の適切な数に相当する数など）に関連する虫垂関連コンディションの任意の数のための治療的介入を、例えば、部位特異的特性評価（例えば、多数の身体部位に関連する多部位特性評価など）、多コンディション特性評価、他の特性評価、及び／又は任意の他の適切なデータに基づいて、助長することができる。治療助長システム２３０は、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：通信システム（例えば、治療の推奨、選択、抑止及び／又は他の適切な治療関連情報を、コンピュータデバイス（例えば、ユーザーデバイス及び／若しくはケアプロバイダーデバイス；モバイルデバイス；スパートフォン；デスクトップコンピュータ；ウェブサイトでのウェブアプリケーション、並びに／又はコンピュータデバイスによりアクセスされるモバイルアプリケーション、など）に通信するためのもの；虫垂関連コンディションに関してのケアプロバイダーと対象間での遠隔医療を可能にするもの、など）、ユーザーデバイスで実行可能なアプリケーション（例えば、ユーザーのマイクロバイオーム組成及び／又は機能性を示すものなど）、医療デバイス（例えば、生体サンプリングデバイス、例えば、異なる収集部位からのサンプルを収集するためのもの；投薬デバイス；外科手術システムなど）、ユーザーデバイス（例えば、バイオメトリックセンサー）、及び／又は他の適切な構成要素。１つ又は複数の治療助長システム２３０は、虫垂関連特性評価システム２２０で制御可能であること、虫垂関連特性評価システム２２０と通信可能であること、及び／又は虫垂関連特性評価システム２２０と別様に関連していることがある。例えば、虫垂関連特性評価システム２２０は、治療助長システム２３０についての１つ又は複数の虫垂関連コンディションの特性評価を生成して、対応するユーザーに（例えば、インターフェース２４０などで）提示する（例えば、送信する、通信する、など）ことができる。別の実施例では、治療助長システム２３０は、デバイス（例えば、ユーザースマートフォン）のアプリケーション及び／又はソフトウェアをアップデート及び／又は別様に修正して、治療を促進すること（例えば、ｔｏ−ｄｏリストアプリケーションで、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するユーザーの状態を向上させるための生活習慣変化を促進すること、など）ができる。しかし、治療助長システム２３０を任意の他の方法で構成することができる。
【００３８】
[0048]図９に示すように、システム２００の実施形態は、マイクロバイオーム特性、虫垂関連コンディション情報（例えば、傾向メトリクス；治療推奨；他のユーザーとの比較；他の特性評価など）及び／又は１つ若しくは複数の虫垂関連特性評価に関連する（例えば、に含まれている、に関する、から得ることができる、など）特定の情報（例えば、本明細書に記載の適切なデータ）の提示を、向上させるように機能することができる、インターフェース２４０を加えて又は代替的に備えることができる。実施例では、インターフェース２４０は、マイクロバイオーム組成（例えば、分類群；相対存在量など）、機能的多様性（例えば、特定の機能に関連する遺伝子の相対存在量）、及び１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての傾向メトリクス、例えば、人口統計学的特性を共有するユーザー群（例えば、喫煙者、運動をする者、異なる食事療法を用いているユーザー、プロバイオティクスの摂取者、抗生物質ユーザー、特定の治療を受けている群など）に関するものを含む、虫垂関連コンディション情報を提示することができる。しかし、インターフェース２４０を任意の適切な方法で構成することができる。
【００３９】
[0049]システム２００の実施形態の構成要素を、別個の構成要素として一般に記載するが、それらの構成要素を任意の方法で物理的に及び／又は論理的に統合することができる。例えば、コンピュータシステム（例えば、遠隔コンピュータシステム、ユーザーデバイスなど）は、虫垂関連特性評価システム２２０の一部分及び／又は全てを実施する（例えば、虫垂関連コンディションモデルに適用してユーザーについての虫垂関連コンディションの特性評価を生成する、など）ことができ、治療助長システム２３０の一部分及び／又は全てを実施する（例えば、マイクロバイオーム組成及び／又は機能に関連する洞察を提示すること、治療推奨及び／又は情報を提示すること、虫垂関連事項を向上させるためにスマートフォンのカレンダーアプリケーションで毎日のイベントをスケジュールに入れて治療に関してユーザーに通知すること、などによって、治療的介入を助長する）ことができる。ある実施例では、システム２００の実施形態は、治療助長システム２３０を省くことができる。しかし、システム２００の実施形態の機能性を、任意の適切な方法で、任意の適切なシステム構成要素に分配することができる。しかし、システム２００の実施形態の構成要素を任意の適切な方法で構成することができる
【００４０】
４．１  微生物データセットの判定。
[0050]方法１００の実施形態は、ユーザーのセットに関連する微生物データセット（例えば、微生物配列データセット；マイクロバイオーム組成多様性データセット、例えば、微生物配列データセットに基づくもの；マイクロバイオーム機能的多様性データセット、例えば、微生物配列データセットに基づくもの、など）を判定するステップを含むことができる、ブロックＳ１１０を含むことができる。ブロックＳ１１０は、サンプル（例えば、生体サンプル；非生体サンプル：人口統計学的特性及び／又は他の適切な特性を共有する対象の集団、対象の部分集団、対象の部分群に関連するサンプルの集計セット；ユーザーサンプルなど）を処理して、対応するマイクロバイオームに関する組成的、機能的、薬理ゲノミクス及び／又は他の適する態様を、例えば１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関して、判定するように機能することができる。組成的及び／又は機能的態様は、界、門、綱、目、科、属、種、亜種、株及び／又は任意の他の適切な亜種以下分類群の異なる群にわたっての微生物の分布に関する（例えば、各群の全存在量、各群の相対存在量、表示される群の総数などで測定されるような）パラメータを含む、微生物レベル（及び／又は他の適切な粒度）での態様のうちの１つ又は複数を含むことができる。組成的及び／又は機能的態様を操作的分類単位（ＯＴＵ）によって表すこともできる。組成的及び／又は機能的態様は、遺伝子レベル（例えば、多座位配列タイピングにより決定される領域、１６Ｓ配列、１８Ｓ配列、ＩＴＳ配列、他の遺伝子マーカー、他の系統発生学的マーカーなど）での組成的態様を、加えて又は代替的に含むことができる。組成的及び機能的態様は、特定の機能（例えば、酵素活性、輸送体機能、免疫活性など）に関連する遺伝子の存在又は非存在又は量を含むことができる。したがって、ブロックＳ１１０のアウトプットを使用して、ブロックＳ１３０及び／又は方法１００の実施形態の他の適切な部分の特性評価プロセスについてのマイクロバイオーム特徴の判定（例えば、マイクロバイオーム特徴の同定に使用可能な微生物配列データセットの生成）を助長することができ、（例えば、この場合、ブロックＳ１１０は、マイクロバイオーム組成データセット、マイクロバイオーム機能のデータセット、及び／又はマイクロバイオーム特徴を抽出することができる他の適切な微生物データセットなどのアウトプットをもたらすことができ）、前記特徴は、微生物に基づくこともあり（例えば、細菌属の存在）、遺伝子に基づく（例えば、特定の遺伝子領域及び／又は配列の表示に基づく）こともあり、機能に基づくこともあり（例えば、特定の触媒活性の存在）、及び／又は任意の他の適切なマイクロバイオーム特徴であることもある。
【００４１】
[0051]変形形態では、ブロックＳ１１０は、リボソームタンパク質Ｓ２、リボソームタンパク質Ｓ３、リボソームタンパク質Ｓ５、リボソームタンパク質Ｓ７、リボソームタンパク質Ｓ８、リボソームタンパク質Ｓ９、リボソームタンパク質Ｓ１０、リボソームタンパク質Ｓ１１、リボソームタンパク質Ｓ１２／Ｓ２３、リボソームタンパク質Ｓ１３、リボソームタンパク質Ｓ１５Ｐ／Ｓ１３ｅ、リボソームタンパク質Ｓ１７、リボソームタンパク質Ｓ１９、リボソームタンパク質Ｌ１、リボソームタンパク質Ｌ２、リボソームタンパク質Ｌ３、リボソームタンパク質Ｌ４／Ｌ１ｅ、リボソームタンパク質Ｌ５、リボソームタンパク質Ｌ６、リボソームタンパク質Ｌ１０、リボソームタンパク質Ｌ１１、リボソームタンパク質Ｌ１４ｂ／Ｌ２３ｅ、リボソームタンパク質Ｌ１５、リボソームタンパク質Ｌ１６／Ｌ１０Ｅ、リボソームタンパク質Ｌ１８Ｐ／Ｌ５Ｅ、リボソームタンパク質Ｌ２２、リボソームタンパク質Ｌ２４、リボソームタンパク質Ｌ２５／Ｌ２３、リボソームタンパク質Ｌ２９、翻訳伸長因子ＥＦ−２、翻訳開始因子ＩＦ−２、メタロエンドペプチダーゼ、ｆｆｈシグナル認識粒子タンパク質、フェニルアラニル−ｔＲＮＡシンテターゼベータサブユニット、フェニルアラニル−ｔＲＮＡシンテターゼアルファサブユニット、ｔＲＮＡプソイドウリジンシンターゼＢ、ポルフォビリノーゲンデアミナーゼ、リボソームタンパク質Ｌ１３、ホスホリボシルホルミルグリシンアミジンシクロリガーゼ、及びリボヌクレアーゼＨＩＩのうちの１つ又は複数に関連する遺伝子ファミリーに関する、細菌及び／又は古細菌に由来する系統発生学的マーカーに基づく（例えば、微生物データセットを生成するための）評定及び／又は処理を含むことができる。加えて又は代替的に、マーカーは、標的配列（例えば、微生物分類群に関連する配列；機能的態様に関連する配列；虫垂関連コンディションと相関関係がある配列；異なる治療に対するユーザーの応答性を示す配列；対象の集団及び／又は任意の適切なセットにわたって不変である配列、例えば、プライマー配列を共有するプライマータイプを使用するマルチプレックス増幅を助長するためのもの；保存配列；突然変異、多型を含む配列；ヌクレオチド配列；アミノ酸配列など）、タンパク質（例えば、血清タンパク質、抗体など）、ペプチド、炭水化物、脂質、他の核酸、全細胞、代謝物、天然産物、遺伝的素因バイオマーカー、診断バイオマーカー、予後予測バイオマーカー、予測バイオマーカー、他の分子バイオマーカー、遺伝子発現マーカー、イメージングバイオマーカー、及び／又は他の適切なマーカーを含むことができる。しかし、マーカーは、マイクロバイオーム組成、マイクロバイオーム機能性及び／又は虫垂関連コンディションに関連する任意の他の適切なマーカー（複数可）を含むことができる。
【００４２】
[0052]したがって、生体サンプルの集計セットの各々についてのマイクロバイオーム組成及び／又は機能的態様の特性評価は、対象又は対象の集団からの生体サンプル各々に関連するマイクロバイオーム及び機能的態様を定量的に及び／又は定性的に特性評価するために、アンプリコンシークエンシング（例えば、１６Ｓ、１８Ｓ、ＩＴＳ）、ＵＭＩ、３ステップＰＣＲ、ＣＲＩＳＰＲ、メタゲノムアプローチ、メタトランスクリプトミクス、ランダムプライマーの使用、及びコンピュータによる手法（例えば、バイオインフォマティクスツールの利用）を含むがこれらに限定されない、サンプル処理手法（例えば、ウェットラボラトリー手法；図５に示すようなもの）の組合せを、好ましくは含む。例えば、微生物データセット（例えば、微生物配列データセットなど）の判定は、１つ又は複数のサンプルの微生物核酸（例えば、サンプルに存在する微生物核酸の少なくともサブセット、など）に基づいてメタゲノムライブラリー及びメタトランスクリプトームライブラリーの少なくとも一方を判定することを含むことができ、マイクロバイオーム特徴のセットの判定は、メタゲノムライブラリー及びメタトランスクリプトームライブラリーの少なくとも一方に基づくことができる。
【００４３】
[0053]変形形態では、ブロックＳ１１０におけるサンプル処理は、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：生体サンプルの溶解、生体サンプルの細胞の膜の破壊、生体サンプルからの望ましくない要素（例えば、ＲＮＡ、タンパク質）の分離、生体サンプル中の核酸（例えば、ＤＮＡ）の精製、生体サンプルからの核酸の増幅、生体サンプルの増幅された核酸のさらなる精製、及び生体サンプルの増幅された核酸のシークエンシング。ある実施例では、ブロックＳ１１０は、ユーザーのセットから生体サンプル（例えば、サンプル容器を含むサンプリングキットを用いてユーザーにより収集された生体サンプル）を収集することを含むことができ、前記生体サンプルは、虫垂関連コンディションに関連する微生物核酸（例えば、虫垂関連コンディションと相関関係がある標的配列を含む微生物核酸、など）を含む。別の実施例では、ブロックＳ１１０は、ユーザーのセットにサンプリングキットのセットを提供することを含むことができ、前記サンプリングキットのセットの各々のサンプリングキットは、前記ユーザーのセットのうちのユーザーから生体サンプルを受け取るように操作可能なサンプル容器（例えば、溶解試薬などの前処理試薬が入っているもの、など）を含む。
【００４４】
[0054]変形形態では、生体サンプルの溶解及び／又は生体サンプルの細胞の膜の破壊は、シークエンシング時に、ある特定の細菌群の表示に偏りを生じさせる、ある特定の試薬を取り除く、物理的方法（例えば、ビーズビーティング、窒素減圧、均質化、音波処理）を好ましくは含む。加えて又は代替的に、ブロックＳ１１０における溶解又は破壊は、化学的方法（例えば、洗浄剤の使用、溶媒の使用、界面活性剤の使用など）を伴うことができる。加えて又は代替的に、ブロックＳ１１０における溶解又は破壊は、生物学的方法を伴うことができる。変形形態では、望ましくない要素の分離は、リボヌクレアーゼを使用するＲＮＡの除去、及び／又はプロテアーゼを使用するタンパク質の除去を含むことができる。変形形態では、核酸の精製は、次のうちの１つ又は複数を含むことができる：生体サンプルからの核酸の沈殿（例えば、アルコールに基づく沈殿法を使用する）；液体窒素に基づく精製手法（例えば、フェノールークロロホルム抽出）、クロマトグラフィーに基づく精製手法（例えば、カラム吸着）；核酸に結合するように構成され、溶出環境（例えば、溶出溶液を有する環境、ｐＨシフトをもたらす環境、温度変化をもたらす環境など）の存在下で核酸を放出するように構成された、結合性部分結合粒子（例えば、磁気ビーズ、浮遊ビーズ、サイズ分布を有するビーズ、超音波応答性ビーズなど）の使用を伴う精製技術；及び任意の他の適切な精製手法。
【００４５】
[0055]変形形態では、精製された核酸の増幅は、次のうちの１つ又は複数を含むことができる：ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）に基づく技術（例えば、固相ＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ｑＰＣＲ、マルチプレックスＰＣＲ、タッチダウンＰＣＲ、ナノＰＣＲ、ネステッドＰＣＲ、ホットスタートＰＣＲなど）、ヘリカーゼ依存性増幅（ＨＤＡ）、ループ介在等温増幅（ＬＡＭＰ）、自家持続配列複製法（３ＳＲ）、核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、及び任意の他の適切な増幅手法。精製された核酸の増幅において、使用されるプライマーは、増幅バイアスを防止又は最小化するように選択されることが好ましく、並びに分類学的に、系統発生学的に、診断のために、製剤化のために（例えば、プロバイオティック製剤化のために）、及び／又は任意の他の適切な目的のために情報価値がある、核酸領域／配列（例えば、１６Ｓ領域、１８Ｓ領域、ＩＴＳ領域などの配列）を増幅するように構成されることが好ましい。したがって、増幅バイアスを回避するように構成されたユニバーサルプライマー（例えば、１６Ｓ  ＲＮＡ用のＦ２７−Ｒ３３８プライマーセット、１６Ｓ  ＲＮＡ用のＦ５１５−Ｒ８０６プライマーセットなど）を増幅に使用することができる。加えて又は代替的に、シークエンシング後の同定プロセス（例えば、マイクロバイオーム組成及び／又はマイクロバイオーム機能態様への配列リードのマッピングなどのための同定）を助長することができる、生体試料に、ユーザーに、虫垂関連コンディションに、分類群に、標的配列に及び／又は任意の他の適切な構成要素に特異的な、組み込まれたバーコード配列及び／又はＵＭＩを含む。ブロックＳ１１０の変形形態において使用されるプライマーは、相補的アダプターを伴うシークエンシング手法（例えば、イルミナシークエンシング）と協調するように構成されたアダプター領域を、加えて又は代替的に含むことができる。加えて又は代替的に、ブロックＳ１１０は、処理を（例えば、ネクステラ（Ｎｅｘｔｅｒａ）キットを使用して）助長するように構成された任意の他のステップを実施することができる。特定の実施例では、増幅及び／又はサンプル処理操作の実行は、マルチプレックス方式での（例えば、単一の生体サンプルのための、複数のユーザーにわたっての多数の生体サンプルのための、などの）ものであることができる。別の特定の実施例では、増幅の実行は、出発物質の量に関係なく混合物中の全てのアンプリコンを検出するためにライブラリーのバランスをとる正規化ステップ、例えば、３ステップＰＣＲ、ビーズに基づく正規化、及び／又は他の適切な手法を含むことができる。
【００４６】
[0056]変形形態では、精製された核酸のシークエンシングは、シークエンシング・バイ・シンセシス法（例えば、イルミナシークエンシング）、キャピラリーシークエンシング法（例えば、サンガーシークエンシング）、パイロシークエンシング法及びナノポアシークエンシング法（例えば、オックスフォードナノポア法を使用するもの）のうちの１つ又は複数を含む手法を実施する、標的アンプリコンシークエンシング、メタトランスクリプトームシークエンシング及び／又はメタゲノムシークエンシングを伴う方法を含むことができる。
【００４７】
[0057]特定の実施例では、生体サンプルのセットのうちの生体サンプルからの核酸の増幅及びシークエンシングは、オリゴアダプターでの基板上の生体試料のＤＮＡ断片のブリッジ増幅を伴う固相ＰＣＲであって、前記増幅が、フォワードインデックス配列（例えば、ＭｉＳｅｑ／ＮｅｘｔＳｅｑ／ＨｉＳｅｑプラットフォーム用のイルミナフォワードインデックスに対応するもの）と、フォワードバーコード配列と、トランスポザーゼ配列（例えば、ＭｉＳｅｑ／ＮｅｘｔＳｅｑ／ＨｉＳｅｑプラットフォーム用のトランスポザーゼ結合部位に対応するもの）と、リンカー（例えば、均一性を低下させるように及び配列結果を向上させるように構成されたゼロ、１又は２塩基断片）と、追加のランダム塩基と、ＵＭＩと、特定の標的領域（例えば、１６Ｓ領域、１８Ｓ領域、ＩＴＳ領域）を標的化するための配列と、リバースインデックス配列（例えば、ＭｉＳｅｑ／ＨｉＳｅｑプラットフォーム用のイルミナリバースインデックスに対応するもの）と、リバースバーコード配列とを有するプライマーを必要とする、固相ＰＣＲ増幅を含む。特定の実施例では、シークエンシングは、シークエンシング・バイ・シンセシス法を使用するイルミナシークエンシング（例えば、ＨｉＳｅｑプラットフォームを用いるもの、ＭｉＳｅｑプラットフォームを用いるもの、ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームを用いるもの、など）を含むことができる。別の特定の例では、方法１００は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する１つ又は複数の遺伝子標的（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションのバイオマーカー；と正の相関関係があるもの；と負の相関関係があるもの；の原因となるもの；など）と適合性の１つ又は複数のプライマータイプを同定するステップ；前記１つ若しくは複数のプライマータイプに基づいて（例えば、前記１つ若しくは複数のプライマータイプに対応するプライマーに基づいて、及び収集された生体試料に含まれている微生物核酸に基づいて、など）、１若しくは複数のユーザー（例えば、対象のセット）についての微生物データセットを決定するステップ（例えば、微生物配列データセットを；例えば、次世代シークエンシングシステムで、など）であって、例えば、微生物核酸を断片化することによって、及び／又は断片化された微生物核酸についてのシングルプレックス増幅プロセス及び／若しくはマルチプレックス増幅プロセスを、虫垂関連コンディションに関連する１つ若しくは複数の遺伝子標的と適合性の１つ若しくは複数の同定されたプライマータイプ（例えば、前記プライマータイプに対応するプライマー、など）に基づいて、実行することによって、判定するステップ；及び／又は微生物データセットから得られる虫垂関連特性評価に基づいて、ユーザーコンディションのための治療（例えば、虫垂関連コンディションのための治療；所望の分類群の集団サイズ及び所望のマイクロバイオーム機能の少なくとも一方に関するユーザーのマイクロバイオームの選択的調節を可能にする治療、など）を促進する（例えば、提供する）ステップを含むことができる。特定の実施例では、この場合の微生物データセットを決定するステップは、微生物核酸のシングルプレックス増幅プロセス及びマルチプレックス増幅プロセスの少なくとも一方によって、増幅されえた微生物核酸を生成すること；及び増幅された微生物核酸に基づく微生物データセットを、次世代シークエンシングシステムを用いて決定することを含むことができる。
【００４８】
[0058]実施例では、生体サンプルは、腸収集部位（例えば、腸部位の身体部位タイプに対応する）、皮膚収集部位（例えば、皮膚部位の身体部位タイプに対応する）、鼻収集部位（例えば、鼻部位の身体部位タイプに対応する）、口収集部位（例えば、口部位の身体部位タイプに対応する）及び生殖器収集部位（例えば、生殖器部位の身体部位タイプに対応する）のうちの少なくとも１つを含む、１つ又は複数の収集部位に対応しうる。特定の実施例では、微生物データセット（例えば、微生物配列データセットなど）を決定するステップは、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する第１の遺伝子標的及び収集部位のセットの第１の収集部位と適合性の、第１のプライマータイプを同定すること；１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する第２の遺伝子標的及び収集部位のセットの第２の収集部位と適合性の、第２のプライマータイプを同定すること；及び微生物核酸、第１のプライマータイプに対応する第１のプライマー、及び第２のプライマータイプに対応する第２のプライマーに基づいて、対象のセットについての微生物データセットを生成することを、含むことができる。
【００４９】
[0059]変形形態では、ブロックＳ１１０及び／又は方法１００の実施形態の他の適切な部分で使用されるプライマー（例えば、プライマー配列に対応するプライマータイプのものなど）は、タンパク質遺伝子（例えば、多数の分類群にわたって保存されるタンパク質遺伝子配列をコードする、例えば、多数の標的及び／又は分類群のマルチプレックス増幅を可能にするための、タンパク質遺伝子、など）に関連するプライマーを含むことができる。プライマーは、虫垂関連コンディション（例えば、虫垂関連コンディションと相関関係がある微生物についての微生物配列バイオマーカーを含む遺伝子標的と適合性のプライマーなど）、マイクロバイオーム組成特徴（例えば、虫垂関連コンディションと相関関係がある分類群の群に関連するマイクロバイオーム組成特徴に対応する遺伝子標的と適合性の同定されたプライマー；相対存在量特徴が得られる遺伝子配列など）、機能的多様性特徴、補足的特徴、並びに／又は他の適切な特徴及び／若しくはデータに、加えて又は代替的に関連しうる。プライマー（並びに／又は本明細書に記載の他の適切な分子、マーカー及び／若しくは生体物質）は、任意の適切なサイズ（例えば、配列長、塩基対の数、保存配列長、可変領域長など）を有することができる。加えて又は代替的に、プライマーの任意の適切な数を、特性評価（例えば、虫垂関連特性評価など）を実行するためのサンプル処理において、サンプル処理を（例えば、増幅バイアスを低減させることなどによって）向上させるために、及び／又は任意の適切な目的のために、使用することができる。プライマーは、任意の適切な数の標的、配列、分類群、コンディション及び／又は他の適切な態様と関連しうる。ブロックＳ１１０及び／又は方法１００の実施形態の他の適切な部分において使用されるプライマーは、ブロックＳ１１０に関して記載したプロセス（例えば、分類学的データベースを生成する際に使用するパラメータに基づくプライマー選択）、及び／又は方法１００の実施形態の任意の他の部分に関して記載したプロセスによって、選択することができる。加えて又は代替的に、プライマー（及び／又はプライマーに関連するプロセス）は、この参照によってその全体が本明細書に組み込まれる、２０１５年１０月２１日に出願された米国特許出願第１４／９１９，６１４号に記載されている類似体を含むこともあり、及び／又はそのような類似体であることもある。しかし、プライマーの同定及び／又は使用法を、任意の適切な方法で構成することができる。
【００５０】
[0060]サンプル処理の幾つかの変形形態は、増幅された核酸（例えば、ＰＣＲ産物）のシークエンシング前の精製をさらに含むことができ、この精製は、過剰な増幅要素（例えば、プライマー、ｄＮＴＰ、酵素、塩など）を除去するように機能する。実施例では、精製キット、緩衝剤、アルコール、ｐＨ指示薬、カオトロピック塩、核酸結合フィルター、遠心分離及び／又は任意の他の適切な精製手法のうちのいずれか１つ又は複数を使用して、追加の精製を助長することができる。
【００５１】
[0061]変形形態では、ブロックＳ１１０におけるコンピュータ処理は、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：マイクロバイオーム由来配列の同定（例えば、対象配列及び夾雑物と対照させて）、マイクロバイオーム由来配列のアラインメント及びマッピング（例えば、シングルエンドアラインメント、ギャップなしアラインメント、ギャップ付きアラインメント、対合のうちの１つ又は複数を使用する、断片化配列のアラインメント）、並びに生体試料に関連するマイクロバイオームの組成的及び／又は機能的態様に関連する（例えば、に由来する）特徴の生成。
【００５２】
[0062]マイクロバイオーム由来配列の同定は、対象ゲノム由来配列を除去するために、サンプル処理からの配列データを対象参照ゲノム（例えば、ゲノムリファレンスコンソーシアム（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）により提供されたもの）にマッピングすることを含むことができる。次いで、対象参照ゲノムへの配列データのマッピング後に残存する未同定の配列を、配列類似性及び／又は参照に基づくアプローチに基づいて（例えば、ＶＡＭＰＳを使用して、ＭＧ−ＲＡＳＴを使用して、ＱＩＩＭＥデータベースを使用して）操作的分類単位（ＯＴＵ）へとさらにクラスタリングし、アラインメントし（例えば、ゲノムハッシングアプローチを使用して、ニードルマン・ウンシュアルゴリズムを使用して、スミス・ウォーターマンアルゴリズムを使用して、アラインメントし）、アラインメントアルゴリズム（例えば、ベーシックローカルアラインメントサーチツール（Ｂａｓｉｃ  Ｌｏｃａｌ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  Ｓｅａｒｃｈ  Ｔｏｏｌ）、ＦＰＧＡ高速化アラインメントツール、ＢＷＡでのＢＷＴインデックス化、ＳＯＡＰでのＢＷＴインデックス化、ＢｏｗｔｉｅでのＢＷＴインデックス化など）を使用して参照細菌ゲノム（例えば、米国国立生物学情報センター（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）により提供されたもの）にマッピングすることができる。未同定配列のマッピングは、参照古細菌ゲノム、ウイルスゲノム及び／又は真核生物ゲノムへのマッピングを加えて又は代替的に含むことができる。さらに、分類群のマッピングを既存データベースに関して及び／又はカスタム生成されたデータベースに関して実行することができる。
【００５３】
[0063]しかし、生体サンプルの処理、微生物データセットの生成、及び／又はブロックＳ１１０に関連する他の態様を、任意の適切な方法で実行することができる。
【００５４】
４．２  補足データの処理。
[0064]方法１００の実施形態は、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディション、１若しくは複数のユーザー、及び／又は他の適切なエンティティに関連する（例えば、の情報をもたらす；を記述する；を示す；と相関関係がある、など）補足データ（例えば、１つ又は複数の補足データセットなど）を、処理すること（例えば、受け取ること、収集すること、変換すること、補足的特徴を判定すること、補足的特徴をランク付けすること、相関関係を同定すること）を含むことができるブロックＳ１２０を、加えて又は代替的に含むことができる。ブロックＳ１２０は、微生物データセット、マイクロバイオーム特徴を（例えば、虫垂関連特性評価を決定すること及び／又は治療的介入を助長することとの関連で）補足するためのデータを処理するように機能することができ、並びに／又は方法１００及び／若しくはシステム２００の任意の適切な部分を補足するように機能すること（例えば、１つ又は複数の特性評価プロセス、例えばブロックＳ１３０におけるそのような特性評価プロセス、を助長するための；例えば、虫垂関連特性評価モデルのトレーニング、検証、生成、決定、適用及び／又は別様の処理を助長すること、などのための、補足データを処理すること）ができる。ある実施例では、補足データは、調査から得られるデータ、ユーザーデータ、部位特異的データ及びデバイスデータ（及び／又は他の適切な補足データ）のうちの少なくとも１つを含むことができ、この場合、方法１００のある実施例は、調査から得られるデータ、ユーザーデータ、部位特異的データ及びデバイスデータ（及び／又は他の適切な補足データ）のうちの少なくとも１つに基づく補足的特徴のセットを判定するステップ；及び前記補足的特徴、マイクロバイオーム特徴及び／又は他の適切なデータに基づいて１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを生成するステップを含むことができる。
【００５５】
[0065]補足データは、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：調査から得られるデータ（例えば、任意の適切なタイプの本明細書記載のデータについて、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについて調査する１つ又は複数の調査に対する回答からのデータ、など）；部位特異的データ（例えば、特定の収集部位におけるマイクロバイオームと１つ又は複数の虫垂関連コンディションの間の相関関係を示す過去の生物学的知識などの、異なる収集部位の情報をもたらすデータ、など）；虫垂関連コンディションデータ（例えば、マイクロバイオーム特性、治療、ユーザーなどに関するものなどの、異なる虫垂関連コンディションの情報をもたらすデータ）；デバイスデータ（例えば、センサーデータ；虫垂に関連するコンテキストセンサーデータ；ウェアラブルデバイスデータ；医療デバイスデータ；携帯電話アプリケーションデータなどのユーザーデバイスデータ；ウェブアプリケーションデータなど）；ユーザーデータ（例えば、ユーザー医療データ現在及び過去の医療データ、例えば、過去の治療、過去の健康診断データ；医療デバイスから得たデータ；生理的データ；医学的検査に関連するデータ；ソーシャルメディアデータ；人口統計学的データ；家族歴データ；行動を記述する行動データ；環境的要因を記述する環境的要因データ；食事関連データ、例えば、フードエスタブリッシュメントチェックインからのデータ、分光光度分析からのデータ、ユーザーがインプットしたデータ、プロバイオティクス及び／若しくはプロバイオティック食品、摂取した食物のタイプ、摂取した食物の量に関連する栄養摂取データ、カロリーデータ、食事療法データ、並びに／又は他の適切な食事関連データ；など）；過去の生物学的知識（例えば、虫垂関連コンディション、マイクロバイオーム特性、マイクロバイオーム特性と虫垂関連コンディションとの間の関連性、など）；及び／又は任意の他の適切なタイプの補足データ。
【００５６】
[0066]変形形態では、補足データの処理は、調査から得られるデータの処理を含むことができ、前記調査から得られるデータは、生理的データ、人口統計学的データ、行動データ、環境的要因データ（例えば、環境的要因を記述するもの、など）、他のタイプの補足データ、及び／又は任意の他の適切なデータを提供することができる。生理的データは、生理的特徴（例えば、身長、体重、ボディーマスインデックス、体脂肪率、体毛レベル、病歴など）に関する情報を含むことができる。人口統計学的データは、人口統計学的特性（例えば、性別、年齢、民族性、婚姻状態、兄弟姉妹の数、社会経済的状況、性的指向など）に関する情報を含むことができる。行動データは、次のうちの１つ又は複数を含む行動を記述することができる：健康関連の状態（例えば、健康及び疾病の状態）、食習慣（例えば、アルコール摂取、カフェイン摂取、雑食性、菜食主義者、完全菜食主義者、糖分摂取、酸摂取、コムギ、卵、ダイズ、木の実、ピーナッツ、甲殻類の摂取、食べ物の好み、アレルギー特性、他の食品の摂取及び／又は回避、など）、行動の傾向（例えば、身体活動レベル、薬物使用、アルコール使用、習慣発生、など）、異なる移動度レベル（例えば、運動量、例えば、低い、中等度の及び／又は過剰な肉体運動活動；所与の期間内に移動した距離に関するレベル；運動及び／又は位置センサーなどの移動度センサーにより示されるレベル、など）、異なる性行為レベル（例えば、パートナーの数及び性的指向に関する）、及び任意の他の適切な行動データ。調査から得られるデータは、定量的データ、定性的データ、及び／又は他の適切なタイプの調査から得られるデータを含むことができ、例えば、前記定性的データを（例えば、重症度の規模、定量されたスコアへの定性的応答のマッピング、などを使用して）定量的データに変換することができる。調査から得られるデータの処理は、調査から得られるデータの収集を、例えば、１つ又は複数の調査を１又は複数のユーザー、対象及び／又は他の適切なエンティティに対して行うことなどにより、助長することを含むことができる。調査は、本人に直接（例えば、サンプルキット提供及び／又はサンプルの受け取りと協調して、など）、電子的に（例えば、アカウント設定中に；対象の電子デバイスで実行するアプリケーションで、インターネット接続によってアクセス可能なウェブアプリケーション及び／又はウェブサイトで、など）、及び／又は任意の他の適切な方法で、行うことができる。
【００５７】
[0067]加えて又は代替的に、補足データの処理は、センサーデータの処理を含むことができる（例えば、虫垂関連デバイス、ウェアラブルコンピュータデバイス、モバイルデバイス、のセンサー；ユーザーに関連するバイオメトリックセンサー、例えば、ユーザースマートフォンのバイオメトリックセンサー、など）。センサーデータは、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：身体活動及び／若しくは肉体的行為に関するデータ（例えば、加速度計データ、ジャイロスコープデータ、位置センサーデータ、例えばＧＰＳデータ、並びに／又は１つ若しくは複数のデバイス、例えばモバイルデバイス及び／若しくはウェアラブル電子デバイス、からの他の移動度センサーデータ、など）、環境的要因を記述するセンサーデータ（例えば、温度データ、高度データ、気候データ、光パラメータデータ、圧力データ、大気質データなど）、バイオメトリックセンサーデータ（例えば、血圧データ；温度データ；膨張に関連する圧力データ；心拍数センサーデータ；指紋センサーデータ；光学センサーデータ、例えば顔画像及び／又はビデオ；モバイルデバイスのセンサーによって記録されたデータ；ウェアラブル又は他の周辺デバイスによって記録されたデータ、など）、及び／又はセンサーに関連する任意の他の適切なデータ。加えて又は代替的に、センサーデータは、次のうちの１つ又は複数においてサンプリングされたデータを含むことができる：光学センサー（例えば、画像センサー、光センサー、カメラなど）、オーディオセンサー（例えば、マイクロホンなど）、温度センサー、揮発性化合物センサー、大気質センサー、重量センサー、湿度センサー、深度センサー、位置センサー（例えば、ＧＰＳレシーバー；ビーコン；室内測位システム；コンパスなど）、運動センサー（例えば、加速度計、ジャイロスコープ、磁力計、ユーザーが身に着けているデバイスに組み込まれた運動センサー、など）、バイオメトリックセンサー（例えば、心拍数センサー、例えば、心拍数のモニタリング用のもの；指紋センサー；顔認識センサー；生体インピーダンスセンサー、など）、圧力センサー、近接センサー（例えば、ユーザーアペンディクスピリオドに関連する第三者オブジェクトの運動及び／又は他の態様の監視用のもの、など）、流量センサー、電力センサー（例えば、ホール効果センサー）、仮想現実関連センサー、拡大現実関連センサー、及び／又は任意の他の適切なタイプのセンサー。
【００５８】
[0068]加えて又は代替的に、補足データは、医療記録データ及び／又は臨床データを含むことができる。しかるが故に、補足データセットの一部分を１つ又は複数の電子健康記録（ＥＨＲ）から得ることができる。加えて又は代替的に、補足データは、任意の他の適切な診断情報（例えば、臨床診断情報）を含むことができる。任意の適切な補足データ（例えば、抽出された補足的特徴などの形態でのもの）を、方法１００の実施形態の一部分の実行（例えば、特性評価プロセスの実行、など）及び／又はシステム２００の実施形態の一部分の実行のために、マイクロバイオーム特徴及び／又は他の適切なデータと、組み合わせること及び／又はともに使用することができる。例えば、コンピュータ断層撮影（ＣＴスキャン）、超音波、結腸内視鏡検査、生検、血液検査、腹部検査（例えば、炎症を検出するためのものなど）、尿検査（例えば、感染症を検出するためのものなど）、画像診断、虫垂関連コンディションに関連する他の適切な診断手順、調査関連情報及び／又は任意の他の適切な検査に関連する（例えば、から得られる）補足データを使用して（例えば、方法１００及び／又はシステム２００の実施形態の任意の適切な部分について）補足することができる。
【００５９】
[0069]加えて又は代替的に、補足データは、次のうちの１つ又複数を含む、治療関連データを含むことができる：治療レジメン、治療のタイプ、推奨された治療、ユーザーにより使用された治療、治療遵守率、及び／又は治療に関する他の適切なデータ。例えば、補足データは、１つ又は複数の治療（例えば、推奨された治療、など）に関するユーザーの順守率メトリクス（例えば、服薬遵守率、プロバイオティクス順守率、身体運動順守率、食事順守率、など）を含むことができる。しかし、補足データの処理を任意の適切な方法で実行することができる。
【００６０】
４．３  特性評価プロセスの実行
[0070]方法１００の実施形態は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する特性評価プロセス（例えば、前処理；特徴生成；特徴処理；部位特異的特性評価、例えば、１つ又は複数の特定の身体部位に特異的な、例えば、前記身体部位に対応する収集部位で収集されたサンプルについての、特性評価、例えば、多数の身体部位についての多部位特性評価；多数の虫垂関連コンディションについての相互コンディション分析；モデル生成、など）を、例えば、微生物データセット（例えば、ブロックＳ１１０から得られるもの、など）及び／又は他の適切なデータ（例えば、補足データセット、など）に基づいて、実行するステップＳ１３０を含むことができる、ブロックＳ１３０を含むことができる。ブロックＳ１３０は、ユーザー又はユーザーのセットについての虫垂関連特性評価を、彼らのマイクロバイオーム組成（例えば、マイクロバイオーム組成多様性特徴、など）、機能（例えば、マイクロバイオーム機能的多様性特徴）及び／又は他の適切なマイクロバイオーム特徴に基づいて（例えば、虫垂関連特性評価の決定などのための特性評価モデルの生成及び適用などによって）決定するために使用することができる、特徴及び／又は特徴の組合せを、同定、判定、抽出及び／又は別様に処理するように機能することができる。しかるが故に、特性評価プロセスは、対象の健康状態（例えば、虫垂関連コンディション状態）、行動形質、医学的コンディション、人口統計学的特性及び／又は任意の他の適切な形質のうちの１つ又は複数に関する、対象のマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴に基づいて、対象を（例えば、行動形質に関して、医学的コンディションに関して、人口統計学的特性、などに関して）特性評価することができる診断ツールとして使用できる。そのような特性評価を使用して、治療（例えば、個別化治療、例えば、治療モデルによって決定される個別化治療、など）を決定、推奨及び／若しくは提供することができ、並びに／又は治療的介入を別様に助長することができる。
【００６１】
[0071]特性評価プロセスを実行するステップＳ１３０は、微生物データセット、マイクロバイオーム特徴、及び／又は下流の処理（例えば、虫垂関連特性評価の決定）の助長のための他の適切なデータを前処理することを含むことができる。ある実施例では、特性評価プロセスを実行するステップは、微生物データセットのフィルタリング（例えば、微生物配列データセットのフィルタリング、例えば、マイクロバイオーム特徴を判定するための一連の分析手法の適用前のフィルタリングなど）を、次のうちのいずれ１つによって行うことを含むことができる：ａ）生体サンプル（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する生体サンプル）のセットの第１のサンプル異常値に対応する第１のサンプルデータであって、例えば、前記第１のサンプル異常値が、主成分分析、次元縮小手法及び多変量方法論のうちの少なくとも１つにより決定される、第１のサンプルデータを除去すること；ｂ）前記生体サンプルセットの第２のサンプル異常値に対応する第２のサンプルデータであって、前記第２のサンプル異常値が、前記マイクロバイオーム特徴のセットについての対応するデータの品質に基づいて決定されうる、第２のサンプルデータを除去すること（例えば、閾値条件未満の高品質データを有する多数のマイクロバイオーム特徴に対応するサンプルを除去すること）；及びｃ）閾値サンプル数条件を満たすことができないマイクロバイオーム特徴についてのサンプル数であって、前記マイクロバイオーム特徴についての高品質データに関連するサンプルの数に対応するサンプル数に基づいて、前記マイクロバイオーム特徴のセットから１つ又は複数のマイクロバイオーム特徴を除去すること。しかし、前処理を、任意の適切な方法で任意の適切な分析手法を用いて行うことができる。
【００６２】
[0072]特性評価プロセスを実行するステップにおいて、ブロックＳ１３０は、コンピュータによる方法（例えば、統計的方法、機械学習方法、人工知能方法、バイオインフォマティクス方法など）を使用して、対象を、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する特徴（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを有するユーザーのセットに特有の特徴）を示すと特性評価することができる（例えば、この場合、ユーザーマイクロバイオーム特徴の判定は、特性評価プロセスにより１つ又は複数の虫垂関連コンディションと相関関係がある、及び／又は、に関連すると、同定されたマイクロバイオーム特徴の特徴値の判定を含むことができる）。
【００６３】
[0073]図３に示されているように、特性評価プロセスを実行するステップは、１つ又は複数の分析手法を適用することなどにより１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する１つ又は複数のマイクロバイオーム特徴を判定すること（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションとの関連性が最も高いマイクロバイオーム特徴を同定すること；１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する同定されたマイクロバイオーム特徴に対応するユーザーマイクロバイオーム特徴の存在、非存在及び／又は値などの、ユーザーマイクロバイオーム特徴を判定すること；など）を含むことができる。ある実施例では、マイクロバイオーム特徴（例えば、マイクロバイオーム組成特徴、マイクロバイオーム機能的特徴など）の判定は、単変量統計検定、多変量統計検定、次元縮小手法及び人工知能アプローチのうちの少なくとも１つを含む一連の分析手法を、例えば、微生物データセット（例えば、微生物配列データセット）に基づいて、適用することを＿＿＿でき、前記マイクロバイオーム特徴を、ユーザーについての虫垂関連特性評価の決定に関連するコンピュータシステム関連機能性を（例えば、正確度、誤差低減、処理速度、スケーリングなどに関して）向上させるように構成することができる。ある実施例では、マイクロバイオーム特徴（例えば、ユーザーマイクロバイオーム特徴など）の判定は、一連の分析手法を適用して、例えば微生物データセットに基づいて、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の存在、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の非存在、第１の虫垂関連コンディションに関連する異なる分類群の相対存在量を記述する相対存在量特徴、異なる分類群に関連する少なくとも２つのマイクロバイオーム特徴間の比率を記述する比率特徴、異なる分類群間の相互作用を記述する相互作用特徴、並びに異なる分類群間の系統発生学的距離を記述する系統発生学的距離特徴のうちの少なくとも１つを判定することを含むことができ、前記一連の分析手法は、単変量統計検定、多変量統計検定、次元縮小手法及び人工知能アプローチのうちの少なくとも１つを含むことができる。
【００６４】
[0074]変形形態では、生体サンプルに関連するマイクロバイオームの微生物の表示群の同定時に、生体試料に関連するマイクロバイオームの組成的及び機能的態様に関連する（例えば、由来する）特徴の生成を実行することができる。変形形態では、特徴の生成は、方法１００の後続のブロックにおける特性評価に有用なマーカーを同定するための、多座位配列タイピング（ＭＳＬＴ）に基づく特徴の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、生成される特徴は、微生物のある特定の分類群の存在若しくは非存在及び／又は微生物の示される分類群間の比率を記述する特徴を生成することを含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、次のうちの１つ又は複数を記述する特徴の生成を含むことができる：表示分類群の量、表示分類群のネットワーク、異なる分類群の表示に関する相関関係、異なる分類群間の相互作用、異なる分類群により産生される産物、異なる分類群により産生される産物間の相互作用、死滅微生物と生存微生物間の比率（例えば、ＲＮＡの分析に基づく、異なる表示分類群について）、系統発生学的距離（例えば、カントロヴィッチ・ルビンスタイン（Ｋａｎｔｏｒｏｖｉｃｈ−Ｒｕｂｉｎｓｔｅｉｎ）距離、ワッサースタイン（Ｗａｓｓｅｒｓｔｅｉｎ）距離などで）、任意の他の適切な分類群関連特徴（複数可）、任意の他の適切な遺伝的又は機能的態様（複数可）。
【００６５】
[0075]加えて又は代替的に、特徴の生成は、異なる微生物群の相対存在量を記述する特徴の生成、例えば、ｓｐａｒＣＣアプローチを使用する；ゲノム相対存在量及び平均サイズ（ＧＡＡＳ）アプローチを使用する；及び／又は配列類似性データを使用して１つ若しくは複数の微生物群の相対存在量の最大尤度推定を行う混合モデル理論（ＧＲＡＭＭｙ）を使用するゲノム相対存在量を使用する、特徴の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、存在量メトリクスから導出されるような、分類学的変動の統計的尺度の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、相対存在量因子に関連する（例えば、由来する）（例えば、他の分類群の存在量に影響を与える分類群の存在量の変化に関する）特徴の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、単独で及び／又は組合せで、１つ又は複数の分類群の存在を記述する定性的特徴の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、生体サンプルに関連するマイクロバイオームの微生物を特徴付ける遺伝子マーカー（例えば、代表的１６Ｓ、１８Ｓ及び／又はＩＴＳ配列）に関する特徴の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、特定の遺伝子の及び／又は特定の遺伝子を有する生物の機能的関連性に関する特徴の生成を含むことができる。加えて又は代替的に、特徴の生成は、分類群の及び／又は分類群に帰属する産物の病原性に関する特徴の生成を含むことができる。しかし、ブロックＳ１３０は、生体サンプルの核酸のシークエンシング及びマッピングから導出される任意の他の適切な特徴（複数可）の判定を含むことができる。例えば、特徴（複数可）は、組合せにより特徴付けられる（例えば、ペア、トリプレットを含む）こともあり、相関的である（例えば、異なる特徴間の相関関係に関する）こともあり、及び／又は特徴の変化（例えば、時間的変化、サンプル部位にわたっての変化など、空間的変化など）に関することもある。しかし、マイクロバイオーム特徴の判定を任意の適切な方法で実行することができる。
【００６６】
[0076]変形形態では、特性評価プロセスを実行するステップは、多数の収集部位に関連する１つ又は複数の多部位分析（例えば、虫垂関連特性評価モデルを用いて、多部位特性評価を生成すること、など）を実行すること、例えば、第１の身体部位に関連する部位特異的特徴の第１のサブセットと第２の身体部位に関連する部位特異的特徴の第２のサブセットとを含む部位特異的特徴のセットに基づいて虫垂関連特性評価を実行することを含むことができる。しかし、多部位分析を任意の適切な方法で実行することができる。
【００６７】
[0077]変形形態では、特性評価プロセスを実行するステップは、多数の虫垂関連コンディションについての１つ又は複数の相互コンディション分析を（例えば、虫垂関連特性評価モデルを使用して）実行することを含むことができる。ある実施例では、相互コンディション分析の実行は、１つ又は複数の分析手法に基づいて多数の虫垂関連コンディション（例えば、第１の虫垂関連コンディション及び第２の虫垂関連コンディションなど）に関連するコンディション間共通特徴のセットを（例えば、マイクロバイオーム特徴判定の一部として）判定することを含むことができ、この場合、虫垂関連特性評価の決定は、１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルに基づいて多数の虫垂関連コンディション（例えば、第１及び第２の虫垂関連コンディションなど）についてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定することを含むことができ、前記コンディション間共通特徴のセットは、前記多数の虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価の決定に関連するコンピュータシステム関連機能性を向上させるように構成される。相互コンディション分析の実行は、相互コンディション相関メトリクス（例えば、異なる虫垂関連コンディションに対応するデータ間の相関関係及び／又は共分散、など）、及び／又は相互コンディション分析に関連する他の適切なメトリクスを決定することを含む。しかし、相互コンディション分析の実行は、任意の適切な方法で実行することができる。
【００６８】
[0078]変形形態では、特性評価は、標的状態（例えば、虫垂関連コンディション状態）を示す対象の第１の群と標的状態を示さない（例えば、「正常」状態）対象の第２の群との間の類似性及び／又は差異についての統計的分析（例えば、確率分布の分析）に関連する（例えば、から得られる）特徴に基づくことができる。この変形形態を実施する際、コルモゴロフ・スミルノフ（Ｋｏｌｍｏｇｏｒｏｖ−Ｓｍｉｒｎｏｖ）（ＫＳ）検定、順列検定、クラーメル・フォンミーゼス（Ｃｒａｍｅｒ−ｖｏｎ  Ｍｉｓｅｓ）検定、任意の他の統計検定（例えば、ｔ検定、ｚ検定、カイ二乗検定、分布に関連する検定など）のうちの１つ若しくは複数、及び／又は他の適切な分析手法を使用することができる。特に、１つ又は複数のそのような統計的仮説検定を使用して、標的状態（例えば、病的状態）を示す対象の第１の群及び標的状態を示さない（例えば、正常状態を有する）対象の第２の群において様々な程度の存在量を有する特徴のセットを評定することができる。より詳細には、評定される特徴のセットを、対象の第１の群及び対象の第２の群に関連して多様性に関する存在量パーセント及び／又は任意の他の適切なパラメータに基づいて制約して、特性評価の信頼度を増加又は減少させることができる。この実施例の特定の実施では、特徴は、ある特定のパーセンテージの第１の群の対象及び第２の群の対象に大量に存在する細菌の分類群に由来することがあり、対象の第１の群と対象の第２の群の間の分類群の相対存在量は、有意性の（例えば、ｐ値での）指標とともに、ＫＳ検定から決定することができる。したがって、ブロックＳ１３０のアウトプットは、有意性の指標（例えば、０．００１３のｐ値）を用いて正規化された相対存在量値（例えば、虫垂関連コンディションを有さない対象に対して虫垂関連コンディションを有する対象におけるほうが、健常対象に対して病気の対象におけるほうが、２５％多い、分類群の存在量）を含むことができる。特徴生成の変形形態は、加えて又は代替的に、機能的特徴又はメタデータ特徴（例えば、非細菌マーカー）を実装することができ、又はそのような特徴から導出することができる。加えて又は代替的に、任意の適切なマイクロバイオーム特徴を、予測分析、多仮説検定、ランダムフォレスト検定、主成分分析及び／又は他の適切な分析手法のうちのいずれか１つ又は複数を含む、統計的分析（例えば、微生物配列データセット及び／又は他の適切な微生物データセットなどに適用される統計的分析）に基づいて、得ることができる。
【００６９】
[0079]特性評価プロセスを実行するステップでは、ブロックＳ１３０は、マイクロバイオーム組成多様性データセット及びマイクロバイオーム機能的多様性データセットの少なくとも１つからのインプットデータを、対象の集団の特性評価の予測における効力について試験することができる特徴ベクトルに、加えて又は代替的に、変換することができる。特性評価プロセスを、候補特徴及び候補分類のトレーニングデータセットでトレーニングして、分類を正確に予測する点で高度又は低度の予測力を有する特徴及び／又は特徴の組合せを同定する場合、補足データセットからのデータを使用して、特性評価のセットのうちの１つ又は複数の特性評価の指標を提供することができる。しかるが故に、トレーニングデータセットを用いる特性評価プロセスの洗練によって、対象の特定の分類と高い相関関係を有する特徴セット（例えば、対象特徴の特徴セット、特徴の組合せの特徴セット）が同定される。
【００７０】
[0080]変形形態では、特性評価プロセスの分類の予測に有効な特徴ベクトル（及び／又は特徴に任意の適切なセット）は、次のうちの１つ又は複数に関する特徴を含むことができる：マイクロバイオーム多様性メトリクス（例えば、分類群にわたっての分布に関してのもの、古細菌、細菌、ウイルス及び／又は真核生物群にわたっての分布に関してのもの）、１個体のマイクロバイオームにおける分類群の存在、１個体のマイクロバイオームにおける特定の遺伝子配列（例えば、１６Ｓ配列）の表示、１個体のマイクロバイオームにおける分類群の相対存在量、マイクロバイオーム回復力メトリクス（例えば、補足データセットから決定される摂動に応じてのもの）、所与の機能を有するタンパク質又はＲＮＡ（酵素、輸送体、免疫系からのタンパク質、ホルモン、干渉ＲＮＡなど）をコードする遺伝子の存在量、並びにマイクロバイオームデータセット及び／又は補足データセットに関連する（例えば、から得られる）任意の他の適切な特徴。変形形態では、マイクロバイオーム特徴は、次のうちの少なくとも１つに関連しうる（例えば、を含むこと、に対応すること、を象徴すること、などができる）：前記マイクロバイオーム特徴（複数）（例えば、ユーザーマイクロバイオーム特徴（複数）、など）からのマイクロバイオーム特徴（単数）の存在、前記マイクロバイオーム特徴（複数）からのマイクロバイオーム特徴（単数）の非存在、虫垂関連コンディションに関連する異なる分類群の相対存在量、異なる分類群に関連する少なくとも２つのマイクロバイオーム特徴間の比率、異なる分類群間の相互作用、及び異なる分類群間の系統発生学的距離。特定の実施例では、マイクロバイオーム特徴は、マイクロバイオーム組成多様性特徴（例えば、異なる分類群に関連する相対存在量、など）及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴（例えば、異なる機能的特徴に対応する配列の相対存在量、など）の少なくとも一方に関連する１つ又は複数の相対存在量特性を含むことができる。相対存在量特性及び／又は他の適切なマイクロバイオーム特徴（及び／又は本明細書に記載の他の適切なデータ）は、正規化、潜在変数の線形回帰及び潜在変数の非線形回帰の少なくとも一方から導出される特徴ベクトル、線形回帰、非線形回帰、カーネル法、特徴埋め込み法、機械学習法、統計的推定法、並びに／又は他の適切な分析手法に基づいて抽出及び／又は別様に判定することができる。加えて又は代替的に、特徴の組合せを、特徴ベクトルに使用することができ、この場合、特徴は、組み合わせた特徴を特徴セットの一部として提供する際に群分け及び／又は重み付けされうる。例えば、１つの特徴又は特徴セットは、１個体のマイクロバイオームにおける細菌の表示される綱の数の重み付き合成数、１個体のマイクロバイオームの特定の属の存在、１個体のマイクロバイオームにおける特定の１６Ｓ配列の表示、及び細菌の第１の門の第２の門に対する相対存在量を含むことができる。しかし、特徴ベクトルを、任意の他の適切な方法で、加えて又は代替的に決定することができる。
【００７１】
[0081]変形形態では、トレーニングデータセットからの特徴のランダムセットのバギング（例えば、ブートストラップアグリゲーション）と選択を併用して前記特徴のランダムセットに関連する決定木、Ｔ、を構築するランダムフォレスト予測器（ＲＦＰ）アルゴリズムに従って、特徴評価プロセスを生成してトレーニングすることができる。ランダムフォレストアルゴリズムを使用する場合、決定木のセットからのＮ個のケースを置換で無作為にサンプリングして決定木のサブセットを作成し、各ノードについて、ｍ個の予測特徴を評定のために全ての予測特徴から選択する。ノードにおいて（例えば、目的関数に従って）最良の分割をもたらす予測特徴を使用して、分割を（例えば、ノードにおける二分岐として、ノードにおける三分岐として）実行する。大きいデータセットから何回もサンプリングすることにより、分類の予測に強い特徴を同定する際の特性評価の強度を大幅に上昇させることができる。この変形形態では、処理中のバイアス（例えば、サンプリングバイアス）を防止するための及び／又はバイアス量を説明するための対策を含めて、例えば、モデルのロバストネスを増大させることができる。
【００７２】
[0082]変形形態では、ブロックＳ１３０及び／又は方法１００の実施形態の他の部分は、集団レベルデータを処理するためにコンピュータ実施ルール（例えば、モデル、特徴選択ルールなど）を適用することを含むことができるが、人口統計学的特性特異的バイアスがかかっているマイクロバイオーム関連データ（例えば、治療レジメン、食事療法、身体活動レジメン、民族性、年齢、性別、体重、行動などのような１つ又は複数の人口統計学的特性を共有する部分群）を処理するためにコンピュータ実施ルールを適用すること、コンディション特性特異的バイアスがかかっているマイクロバイオーム関連データ（例えば、特定の虫垂関連コンディション、虫垂関連コンディションの組合せ、虫垂関連コンディションの誘発因子、関連症状などを示す、部分群）を処理するためにコンピュータ実施ルールを適用すること、サンプル特異的特性特異的バイアスがかかっているマイクロバイオーム関連データを処理するためにコンピュータ実施ルールを適用すること（例えば、異なる収集部位から得られたマイクロバイオームデータを処理するために異なるコンピュータ実施ルールを適用すること）、ユーザーバイアスがかかっているマイクロバイオーム関連データを処理するためにコンピュータ実施ルール（例えば、異なるユーザーに異なるコンピュータ実施ルール）を適用すること、及び／又は任意の他の適切なバイアスがかかっているマイクロバイオーム関連データを処理するためにコンピュータ実施ルールを適用することを、加えて又は代替的に含むことができる。しかるが故に、ブロックＳ１３０は、ユーザーの集団からユーザーを１つ又は複数の部分群に割り当てること；及び異なる部分群に対して、特徴（例えば、使用される異なるタイプの特徴セット；特徴から生成される特性評価モデルのタイプ）を判定するために異なるコンピュータ実施ルールを適用することを含むことができる。しかし、コンピュータ実施ルールの適用を、任意の適切な方法で実行することができる。
【００７３】
[0083]別の変形形態では、ブロックＳ１３０は、１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデル（例えば、虫垂関連コンディションモデル、治療モデルなど）を、１つ又は複数の虫垂関連コンディションのために（例えば、虫垂関連コンディションに関するユーザーマイクロバイオーム特性を記述するユーザーについての特性評価をアウトプットすること；１つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療の決定をアウトプットするための治療モデル；などのために）処理（例えば、生成、トレーニング、アップデート、実行、保存など）することを含む。特性評価モデルは、マイクロバイオーム特徴をインプットとして利用することが好ましく、虫垂関連特性評価及び／又はそれらの任意の適切な構成要素をアウトプットすることが好ましいが、特性評価モデルは、任意の適切なインプットを使用して任意の適切なアウトプットを生成することができる。実施例では、ブロックＳ１３０は、補足データ、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴、他のマイクロバイオーム特徴、虫垂関連特性評価モデルのアウトプット、並びに／又は他の適切なデータを、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての１つ又は複数の特性評価モデルに変換すること（例えば、補足データ及びマイクロバイオーム特徴に基づいて虫垂関連特性評価モデルをトレーニングすること；など）を含むことができる。別の実施例では、方法１００は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての集団微生物配列データセット（例えば、集団の異なるユーザーについての微生物配列アウトプット、などを含む）を、ユーザーの集団からのサンプルのセットに基づいて（例えば、及び／又は虫垂関連コンディションに関連する１つ若しくは複数のプライマータイプに基づいて）決定するステップ；前記対象の集団についての１つ又は複数の虫垂関連コンディションの診断に関連する補足データセットを収集するステップ；及び前記集団微生物配列データセット及び補足データセットに基づいて、虫垂関連特性評価モデルを生成するステップを含むことができる。ある実施例では、方法１００は、ユーザーからのサンプルに基づくユーザーについてのユーザーマイクロバイオーム特徴のセットであって、対象のセットに関連するマイクロバイオーム特徴に関連する、ユーザーマイクロバイオーム特徴のセット（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する対象のセットに対応する生体サンプルを処理することに基づいて、１つ又は複数の虫垂関連コンディションと相関関係があると判定されたマイクロバイオーム特徴；マイクロバイオーム組成特徴のセット及びマイクロバイオーム機能的特徴のセット；など）を、判定するステップ；治療モデルに及びユーザーマイクロバイオーム特徴のセットに基づいて１つ又は複数の虫垂関連コンディションのためのユーザーに対する治療を決定することを含む、虫垂関連特性評価を決定するステップ；治療を提供するステップ（例えば、ユーザーの、ユーザーに関連付けられたコンピュータデバイスに、治療の推奨を提供することなど）及び／又は治療的介入を別様に助長するステップを含むことができる。
【００７４】
[0084]図８Ａ〜８Ｂに示すような、別の変形形態では、異なる虫垂関連特性評価モデル及び／又は他の適切なモデル（例えば、異なるアルゴリズムを用いて、異なる特徴セットを用いて、異なるインプット及び／又はアウトプットタイプを用いて生成されるもの、モデルを適用する時間、頻度、構成要素との関連で異なる方法で適用されるもの、など）を、異なる虫垂関連コンディション、異なるユーザー人口統計学的特性（例えば、年齢、性別、体重、身長、民族性などに基づく）、異なる身体部位（例えば、腸部位モデル、鼻部位モデル、皮膚部位モデル、口部位モデル、生殖器部位モデル、など）、個別ユーザー、補足データ（例えば、生物学的特徴の過去の知識、虫垂関連コンディション及び／若しくは他の適切な構成要素を含むモデル；補足データとは無関係のモデルに対するバイオメトリックセンサーデータ及び／又は調査回答データに関連する特徴、など）、及び／又は他の適切な基準のために、生成することができる。ある特定の実施例では、方法１００は、第１の身体部位に関連する第１の部位特異的サンプル（例えば、腸部位；第１の身体部位に対応する身体収集部位においてユーザーにより収集されたサンプル；１つ又は複数の適切な身体部位；など）を収集するステップ；前記部位特異的サンプルに基づいて微生物データセットを決定するステップ；前記微生物データセットに基づいて第１の部位特異的特徴（例えば、部位特異的組成特徴；部位特異的機能的特徴；虫垂関連コンディションに関して本明細書に記載の適切なマイクロバイオーム特徴；第１の身体部位に関連する特徴；など）を判定するステップ；前記第１の部位特異的マイクロバイオーム特徴に基づいて第１の部位特異的虫垂関連特性評価モデル（例えば、腸部位特異的虫垂関連特性評価モデル、など）を決定するステップ；及び前記第１の部位特異的虫垂関連特性評価モデルに基づいて（例えば、前記第１の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを使用して、前記第１の身体部位に対応するユーザーの身体収集部位において収集されたユーザーサンプルに基づいて得られる、ユーザー部位特異的マイクロバイオーム特徴などの、ユーザーマイクロバイオーム特徴を処理して、など）、虫垂関連コンディションについてユーザーの虫垂関連コンディションを判定するステップを含むことができる。ある特定の実施例では、方法１００は、第２の身体部位（例えば、皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも１つ；１つ又は複数の適切な身体部位；など）に関連する第２の部位特異的サンプルを収集するステップ；第２の部位特異的マイクロバイオーム特徴（例えば、部位特異的組成特徴；部位特異的機能的特徴；前記第２の身体部位に関連する特徴；など）を判定するステップ；前記第２の部位特異的組成特徴に基づいて、第２の部位特異的虫垂関連特性評価モデル（例えば、前記第２の身体部位に関連するもの、など）を生成するステップ；追加のユーザーからのユーザーサンプルであって、前記第２の身体部位に関連する（例えば、前記第２の身体部位に対応する収集部位において追加のユーザーにより収集された）ユーザーサンプルを、収集するステップ；及び前記第２の部位特異的特性評価モデルに基づいて前記虫垂関連コンディションについての前記追加のユーザーの追加の虫垂関連特性評価を決定するステップ（例えば、ユーザーサンプルと身体部位の間の関連性に基づいて、適用するための第２の部位特異的虫垂関連特性評価モデルを部位特異的虫垂関連特性評価のセットから選択するステップ、例えば、ユーザーの皮膚収集部位から収集されるユーザーサンプルに基づいて、適用するための皮膚特異的虫垂関連特性評価モデルを選択するステップ、など）ステップを含むことができる。
【００７５】
[0085]変形形態では、虫垂関連特性評価及び／又は任意の他の適切な特性評価を決定するステップは、特定の身体部位（例えば、腸、健常な腸、皮膚、鼻、口、生殖器、他の適切な身体部位、他のサンプル収集部位など）に関する虫垂関連特性評価を含む、部位特異的虫垂関連特性評価（例えば、部位特異的分析）を、例えば、次のうちのいずれか１つ又は複数によって、決定することを含むことができる：部位特異的データに基づいて得られる虫垂関連特性評価モデルに基づいて虫垂関連特性評価を決定すること（例えば、虫垂関連コンディションと、１つ若しくは複数の身体部位に関連するマイクロバイオーム特徴との相関関係を定義すること）；１つ若しくは複数の身体部位で収集されたユーザー生体サンプルに基づいて虫垂関連特性評価を決定すること、及び／又は他の適切な部位関連プロセス。実施例では、機械学習アプローチ（例えば、分類器、深層学習アルゴリズム、ＳＶＭ、ランダムフォレスト）、パラメータ最適化アプローチ（例えば、ベイズパラメータ最適化）、検証アプローチ（例えば、交差検証アプローチ）、統計検定（例えば、単変量統計的手法、多変量統計的手法、古典的相関分析などの相関分析など）、次元縮小手法（例えば、ＰＣＡ）及び／又は他の適切な分析手法（例えば、本明細書に記載のもの）を、部位関連（例えば、身体部位関連、など）特性評価の決定（例えば、１つ若しくは複数のサンプル収集部位について、例えばサンプル収集部位の各タイプについて、１つ若しくは複数のアプローチを使用する決定、など）、他の適切な特性評価の決定、治療の決定及び／又は任意の他の適切なアウトプットの決定に、適用することができる。特定の例では、特性評価プロセス（例えば、虫垂関連特性評価の決定；マイクロバイオーム特徴の決定；虫垂関連特性評価モデルに基づくもの；など）を実行するステップは、機械学習アプローチ、パラメータ最適化アプローチ、統計検定、次元縮小アプローチ及び／又は他の適切なアプローチ（例えば、マイクロバイオーム特徴、例えば、マイクロバイオーム組成多様性特徴のセット及び／又はマイクロバイオーム機能的多様性特徴のセットを、腸部位、皮膚部位、鼻部位、口部位、生殖器部位などのうちの少なくとも１つで収集された微生物に関連付けることができるアプローチ）のうちの少なくとも１つを適用することを含むことができる。別の特定の実施例では、多数のサンプル収集部位について行われた特性評価プロセスを使用して個別の特性評価を生成することができ、それらの個別の特性評価を組み合わせて、集計的特性評価（例えば、集計マイクロバイオームスコア、例えば、本明細書に記載の１つ又は複数のコンディションについてのもの、など）を決定することができる。しかし、方法１００は、部位特異度及び／又は他の部位関連度を用いて、任意の方法で、任意の適切な部位関連（例えば、部位特異的）アウトプットを決定するステップ及び／又は方法１００の実施形態の任意の他の部分（例えば、サンプルの収集、サンプルの処理、治療の決定）を実行するステップを含むことができる。
【００７６】
[0086]対象（複数可）の特性評価は、方法１００の実施形態に従って生成される特性評価プロセスの感度を確証分析でさらに分析するための高偽陽性検査及び／又は高偽陰性検査の使用を、加えて又は代替的に遂行することができる。しかし、１つ又は複数の特性評価プロセスを実行するステップＳ１３０を、任意の好適な方法で実行することができる。
【００７７】
４．３．Ａ  虫垂関連特性評価プロセス。
[0087]特性評価プロセスを実行するステップＳ１３０は、虫垂関連特性評価、例えば、１若しくは複数のユーザーについて（例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連特性評価モデルを生成するために、対象のセット、例えば、１若しくは複数の対象が、虫垂関連コンディションに関連付けられる、例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションを有すると診断された対象である、対象のセット、からのサンプルに対応するデータについて；ユーザーについての虫垂関連特性評価を、例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連特性評価モデルを使用することによって、例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連特性評価モデルを、ユーザーからのサンプルのシークエンシングから導出されたユーザーマイクロバイオーム配列データセットに適用すること、などによって、生成するために、単一ユーザーについて）の及び／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションについての、虫垂関連特性評価を実行すること（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての特性評価を決定すること；１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを決定及び／又は適用すること；など）Ｓ１３５を、含むことができる。
【００７８】
[0088]変形形態では虫垂関連特性評価プロセスを実行するステップは、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴を判定することを含むことができる。ある実施例では、虫垂関連特性評価プロセスを実行するステップは、１つ又は複数の分析手法（例えば、統計的分析）を適用して、１つ又は複数の虫垂関連コンディションと高度な相関関係（例えば、正の相関関係、負の相関関係、など）を有する、マイクロバイオーム特徴のセット（マイクロバイオーム組成特徴、マイクロバイオーム組成多様性特徴、マイクロバイオーム機能的特徴、マイクロバイオーム機能的多様性特徴、など）（例えば、単一の虫垂関連コンディションに関連する特徴、複数の虫垂関連コンディション及び／又は他の適切な虫垂関連コンディションに関連するコンディション間共通の特徴、など）を同定することを、含むことができる。ある実施例では、マイクロバイオーム特徴のセット（例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションと相関関係がある、及び／又は、に別様に関連している、マイクロバイオーム特徴；１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルの生成に使用するためのマイクロバイオーム特徴、など）の判定は、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の存在、マイクロバイオーム組成多様性特徴及びマイクロバイオーム機能的多様性特徴の少なくとも一方の非存在、虫垂関連コンディションに関連する異なる分類群の相対存在量を記述する相対存在量特徴、異なる分類群に関連する少なくとも２つのマイクロバイオーム特徴間の比率を記述する比率特徴、異なる分類群間の相互作用を記述する相互作用特徴、並びに異なる分類群間の系統発生学的距離を記述する系統発生学的距離特徴のうちの少なくとも１つを、微生物配列データセットに基づいて判定するための一連の分析手法を適用することを含むことができ、並びに／又は前記一連の分析手法は、単変量統計検定、多変量統計検定、次元縮小手法及び人工知能アプローチのうちの少なくとも１つを含むことができる。
【００７９】
[0089]特定の実施例では、虫垂関連特性評価プロセスを実行するステップは、１つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入を、例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関する１又は複数のユーザーの状態に対してプラスの効果がある治療に関連する介入を助長することによって、助長することができる。別の特定の実施例では、虫垂関連特性評価プロセス（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションとの相関関係が最も高い特徴を判定すること、など）を実行するステップは、対象（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを有する対象；１つ又は複数の虫垂関連コンディションを有さない対象、など）の集団のサブセットから導出されたトレーニングデータセットでトレーニングされ、対象の集団のサブセットから導出された検証データセットで検証された、ランダムフォレスト予測アルゴリズムに基づきうる。しかし、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴及び／又は他の適切な態様の判定を、任意の適切な方法で行うことができる。
【００８０】
[0090]変形形態では、虫垂関連特性評価プロセスを実行するステップは、虫垂の非存在（例えば、虫垂除去など）及び／又は虫垂に関連する炎症（例えば、虫垂炎；虫垂炎領域の近位の大腸部分の炎症コンディション；など）を含む、虫垂関連コンディションについての虫垂関連特性評価プロセスを実行することを含むことができる。実施例では、虫垂関連特性評価を実行するプロセスは、虫垂の非存在及び／又は虫垂に関連する炎症（及び／又は他の適切な虫垂関連コンディション、例えば、１つ若しくは複数の治療がプラスの効果をもたらす虫垂関連コンディション）と相関関係がある（例えば、高度な相関関係がある；正の相関関係がある；負の相関関係がある；など）マイクロバイオーム特徴を、例えば、対象の集団のサブセットから導出されたトレーニングデータセットでトレーニングされ、対象の集団のサブセットから誘導された検証データセットで検証された、ランダムフォレスト予測アルゴリズムに基づいて、同定することを含むことができる。特定の実施例では、虫垂関連コンディションは、血液検査、尿検査、画像診断検査（例えば、超音波、ＣＴスキャンなど）及び／又は他の適切な診断手順（例えば、本明細書に記載のものなど）のうちの１つ又は複数によって特性評価可能な（例えば、診断可能な、など）状態を含むことができる。
【００８１】
[0091]１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する（例えば、と正の相関関係がある；と負の相関関係がある；診断に有用な；など）マイクロバイオーム特徴（例えば、マイクロバイオーム組成特徴；１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的組成特徴；１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的機能的特徴；など）は、下記の分類群のうちの１つ又は複数の任意の組合せに関連する、例えば１つ又は複数の身体部位に関する、特徴（例えば、マイクロバイオーム組成特徴、など）（例えば、前記任意の組合せの存在量を記述する特徴；前記任意の組合せの相対存在量を記述する特徴；前記任意の組合せに関連する機能的態様を記述する特徴；前記任意の組合せに由来する特徴；前記任意の組合せの存在及び／又は非存在を記述する特徴；など）を（例えば、マイクロバイオーム組成特徴が、１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的組成特徴を含むことができる場合、例えば、組成特徴と１つ又は複数の虫垂関連コンディションとの間の相関関係が、１つ又は複数の身体部位に特異的でありうる、例えば、身体部位に対応する身体収集部位で収集されたサンプルからの身体部位において観察されるマイクロバイオーム組成に特異的でありうる場合）含むことができる：ゲメラ属（Ｇｅｍｅｌｌａ）（属）（例えば、生殖器部位）、ベイロネラ・アティピカ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ａｔｙｐｉｃａ）（種）（例えば、生殖器部位）、ディアリスター・ニューモシンテス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｐｎｅｕｍｏｓｉｎｔｅｓ）（種）（例えば、生殖器部位）、ラクトバチルス・クリスパタス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｒｉｓｐａｔｕｓ）（種）（例えば、生殖器部位）、フィロバクテリウム科（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、生殖器部位）、アクアバクテリウム属（Ａｑｕａｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、生殖器部位）、アナエログロブス属（Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ）（属）（例えば、生殖器部位）、アナエログロブス・ゲミナツス（Ａｎａｅｒｏｇｌｏｂｕｓ  ｇｅｍｉｎａｔｕｓ）（種）（例えば、生殖器部位）、オクトバクテリウム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ）（属）（例えば、生殖器部位）、モビルンカス・クルティシイ（Ｍｏｂｉｌｕｎｃｕｓ  ｃｕｒｔｉｓｉｉ）（種）（例えば、生殖器部位）、アクチノマイセス・ノウイイ（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｎｅｕｉｉ）（種）（例えば、生殖器部位）、アナエロコッカス・ラクトリティカス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）（種）（例えば、生殖器部位）、ラクトバチルス・ジョンソニイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｊｏｈｎｓｏｎｉｉ）（種）（例えば、生殖器部位）、ウェルコミクロビウム目（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｌｅｓ）（目）（例えば、生殖器部位）、ウェルコミクロビウム門（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａ）（門）（例えば、生殖器部位）、ウェルコミクロビウム網（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｅ）（綱）（例えば、生殖器部位）、ウェルコミクロビウム科（Ｖｅｒｒｕｃｏｍｉｃｒｏｂｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、生殖器部位）、ディアリスター・サクシナティフィラス（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｕｃｃｉｎａｔｉｐｈｉｌｕｓ）（種）（例えば、生殖器部位）、アトポビウム属種（Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ  ｓｐ．）Ｆ０２０９（種）（例えば、生殖器部位）、コリネバクテリウム・フレイブルゲンセ（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｆｒｅｉｂｕｒｇｅｎｓｅ）（種）（例えば、生殖器部位）、ラクトバチルス属種（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｓｐ．）Ａｋｈｍｒｏ１（種）（例えば、生殖器部位）、アナエロコッカス属種（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）９４０１４８７（種）（例えば、生殖器部位）、メソリゾビウム属（Ｍｅｓｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ）（属）（例えば、生殖器部位）、ラクトバチルス・ロイテリ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｅｕｔｅｒｉ）（種）（例えば、生殖器部位）、メガスファエラ属種（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ  ｓｐ．）ＵＰＩＩ  １９９−６（種）（例えば、生殖器部位）、ラクトバチルス属種Ｃ３０Ａｎ８（種）（例えば、生殖器部位）、ペプトコッカス属種（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）Ｓ９  Ｐｒ−１２（種）（例えば、生殖器部位）、ヘルココッカス・シアトレンシス（Ｈｅｌｃｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｅａｔｔｌｅｎｓｉｓ）（種）（例えば、生殖器部位）、ナイセリア科（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ナイセリア・ムコサ（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｕｃｏｓａ）（種）（例えば、腸部位）、アグリゲイティバクター・アフロフィルス（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ  ａｐｈｒｏｐｈｉｌｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・ユニフォルミス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｕｎｉｆｏｒｍｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・ブルガータス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｖｕｌｇａｔｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、メガスフェラ（Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ）（属）（例えば、腸部位）、プロテオバクテリア門（Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）（門）（例えば、腸部位）、ミクロコッカス科（Ｍｉｃｒｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｈｅｒｍｏｐｈｉｌｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐａｒａｓａｎｇｕｉｎｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ゲメラ属（属）（例えば、腸部位）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｏｄｏｎｔｏｌｙｔｉｃｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、アクチノマイセス目（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、アクチノマイセス科（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ベータプロテオバクテリア綱（Ｂｅｔａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ）（綱）（例えば、腸部位）、ゲメラ・モルビロルム（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、ロチア属（Ｒｏｔｈｉａ）（属）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）（例えば、腸部位）、シュードモナス目（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）（目）���例えば、腸部位）、オキサロバクター科（Ｏｘａｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、バークホルデリア目（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、ゲメラ属種（Ｇｅｍｅｌｌａ  ｓｐ．）９３３−８８（種）（例えば、腸部位）、ミクロコッカス目（目）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）（例えば、腸部位）、モギバクテリウム属（Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種ＡＲ２０（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｐ．）ＡＲ２０（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種ＡＲ２９（種）（例えば、腸部位）、バークホルデリア科（Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、エリュシペロトリクス科（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、キサントモナス目（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、シュードモナス科（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、アクチノマイセス属種（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｓｐ．）経口株Ｈａｌ−１０６５（種）（例えば、腸部位）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）（例えば、腸部位）、ポルフィロモナス科（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、シャトレワーシア属（属）（例えば、腸部位）、クロストリジウム綱（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ）（綱）（例えば、腸部位）、クロストリジウム目（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、ペプトストレプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ペプトコッカス科（Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、カルノバクテリウム科（Ｃａｒｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ディアリスター属種（Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ  ｓｐ．）Ｅ２＿２０（種）（例えば、腸部位）、ナイセリア目（目）（例えば、腸部位）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）（例えば、腸部位）、モリエラ属（Ｍｏｒｙｅｌｌａ）（属）（例えば、腸部位）、シネルギステス門（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｅｔｅｓ）（門）（例えば、腸部位）、エリュシペロトリクス網（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈｉａ）（綱）（例えば、腸部位）、エリュシペロトリクス目（Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、クロストリジウム目第ＸＩＩＩ科所属不明（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ  Ｆａｍｉｌｙ  ＸＩＩＩ．  Ｉｎｃｅｒｔａｅ  Ｓｅｄｉｓ）（科）（例えば、腸部位）、ロゼブリア属種（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｓｐ．）１１ＳＥ３９（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種Ｄ２２（種）（例えば、腸部位）、シネルギステス綱（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔｉａ）（綱）（例えば、腸部位）、シネルギステス目（目）（例えば、腸部位）、シネルギステス科（Ｓｙｎｅｒｇｉｓｔａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）（例えば、腸部位）、フラボニフラクター属（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ）（属）（例えば、腸部位）、サテレラ科（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、アナエ���スティペス属種（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｓｐ．）５＿１＿６３ＦＡＡ（種）（例えば、腸部位）、ストレプトコッカス属種（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）２０１１＿経口＿ＭＳ＿Ａ３（種）（例えば、腸部位）、ベイロネラ属種（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｓｐ．）２０１１＿経口＿ＶＳＡ＿Ｄ３（種）（例えば、腸部位）、フィネゴルディア属種（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｓｐ．）Ｓ９  ＡＡ１−５（種）（例えば、腸部位）、フレチバクテリウム属（Ｆｒｅｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、ストレプトコッカス属種３３４８Ｏ２（種）（例えば、腸部位）、ペプトクロストリジウム属（Ｐｅｐｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、インテスチニバクター属（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、アシネトバクター属（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ）（属）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ）（種）（例えば、腸部位）、ブチリビブリオ属（Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ）（属）（例えば、腸部位）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｅｃｒｏｇｅｎｅｓ）（種）（例えば、腸部位）、ヘルバスピリルム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、ハーバスピリラム・セロペディカエ（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ  ｓｅｒｏｐｅｄｉｃａｅ）（種）（例えば、腸部位）、ペディオコッカス属（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ）（属）（例えば、腸部位）、フィネゴルディア・マグナ（Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎａ）（種）（例えば、腸部位）、ブラウティア・ハンセニイ（Ｂｌａｕｔｉａ  ｈａｎｓｅｎｉｉ）（種）（例えば、腸部位）、エンテロコッカス・フェカリス（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｆａｅｃａｌｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトコッカス・ラクチス（Ｌａｃｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、バシラス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）（属）（例えば、腸部位）、クロストリジウム・ディフィシル（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ）（種）（例えば、腸部位）、ブラウティア・ココイデス（Ｂｌａｕｔｉａ  ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ）（種）（例えば、腸部位）、エ
リシペロトクロストリジウム・ラモーサム（Ｅｒｙｓｉｐｅｌａｔｏｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、ワイセラ・コンフューザ（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ  ｃｏｎｆｕｓａ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス・プランタルム（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌａｎｔａｒｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス・パラカセイ（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐａｒａｃａｓｅｉ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・ブレベ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｒｅｖｅ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・デンティウム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｅｎｔｉｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・アニマリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｎｉｍａｌｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラータム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｓｅｕｄｏｃａｔｅｎｕｌａｔｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・オバツス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｏｖａｔｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、ペプトニフィラス・ラクリマリス（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｌａｃｒｉｍａｌｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、アナエロコツカス・バギナリス（Ａｎａｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ラーネラ属（Ｒａｈｎｅｌｌａ）（属）（例えば、腸部位）、ビロフィラ・ワーズワーシア（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｉａ）（種）（例えば、腸部位）、スネアチア・サングイネゲンス（Ｓｎｅａｔｈｉａ  ｓａｎｇｕｉｎｅｇｅｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、サクシニクラスティカム属（Ｓｕｃｃｉｎｉｃｌａｓｔｉｃｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、シュードブチリビブリオ・ルミニス（Ｐｓｅｕｄｏｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｒｕｍｉｎｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ワイセラ属（Ｗｅｉｓｓｅｌｌａ）（属）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・スターコリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス・ラムノサス（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｒｈａｍｎｏｓｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ）（属）（例えば、腸部位）、ホールディマニア属（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ）（属）（例えば、腸部位）、ホールディマニア・フィリフォルミス（Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ  ｆｉｌｉｆｏｒｍｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、サーモアナエロバクター目（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・ガリクム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇａｌｌｉｃｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・プロラム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｕｌｌｏｒｕｍ）（種）（例えば、腸部位）、ロイコノストック科（Ｌｅｕｃｏｎｏｓｔｏｃａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、エガセラ・レンタ（Ｅｇｇｅｒｔｈ��ｌｌａ  ｌｅｎｔａ）（種）（例えば、腸部位）、パピリバクター属（Ｐａｐｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、アナエロスティペス・カカエ（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｃａｃｃａｅ）（種）（例えば、腸部位）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、アナエロボラックス属（Ａｎａｅｒｏｖｏｒａｘ）（属）（例えば、腸部位）、パラスポロバクテリウム属（Ｐａｒａｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、パラスポロバクテリウム・パウシボランス（Ｐａｒａｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、オシロスピラ属（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ）（属）（例えば、腸部位）、オシロスピラ・グイリエルモンディイ（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａ  ｇｕｉｌｌｉｅｒｍｏｎｄｉｉ）（種）（例えば、腸部位）、アクチノマイセス・ツリセンシス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｔｕｒｉｃｅｎｓｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、アナエロシヌス属（Ａｎａｅｒｏｓｉｎｕｓ）（属）（例えば、腸部位）、スネアチア属（Ｓｎｅａｔｈｉａ）（属）（例えば、腸部位）、ブレビバクテリウム・パウシボランス（Ｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐａｕｃｉｖｏｒａｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス属種ＣＲ−６０９Ｓ（種）（例えば、腸部位）、サーモアナエロバクター科（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、バシラス科（Ｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ）（属）（例えば、腸部位）、アキドバクテリウム目（Ａｃｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・マシリエンシス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ロドシクルス目（Ｒｈｏｄｏｃｙｃｌａｌｅｓ）（目）（例えば、腸部位）、アナエロフスティス・ステルコリホミニス（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｈｏｍｉｎｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、アリスティペス・ファインゴールディイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）（種）（例えば、腸部位）、オシロスピラ科（Ｏｓｃｉｌｌｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、ペプトニフィラス属種（Ｐｅｐｔｏｎｉｐｈｉｌｕｓ  ｓｐ．）２００２−３８３２８（種）（例えば、腸部位）、ヘスペリア属（Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ）（属）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種３５ＡＥ３７（種）（例えば、腸部位）、マルビンブリアンチア属（Ｍａｒｖｉｎｂｒｙａｎｔｉａ（属）（例えば、腸部位）、アナエロスポロバクター・モビリス（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ  ｍｏｂｉｌｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、アナエロフスティス属（Ａｎａｅｒｏｆｕｓｔｉｓ）（属）（例えば、腸部位）、カタバクター属（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、フラボニフラクター・プラウティ（Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｐｌａｕｔｉｉ）（種）（例えば、腸部位）、プロテイニフィルム属（Ｐｒｏｔｅｉｎｉｐｈｉｌｕｍ）（属）（例えば、腸部位）、ロセブリア・ファエシス（Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ  ｆａｅｃｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ストレプトコッカス属種Ｓ１６−１１（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種４０７２（種）（例えば、腸部位）、アリスティペス・シャーイイ（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｈａｈｉｉ）（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・インテスティナリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ  ｌｏｎｇｏｖｉｆｏｒｍｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・ツルミエンセ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｓｕｒｕｍｉｅｎｓｅ）（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・ドレイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｏｒｅｉ）（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・キシラニソルベンス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｘｙｌａｎｉｓｏｌｖｅｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、クロノバクター属（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、アロスカルドビア属（Ａｌｌｏｓｃａｒｄｏｖｉａ）（属）（例えば、腸部位）、アロスカルドビア・オムニコレンス（Ａｌｌｏｓｃａｒｄｏｖｉａ  ｏｍｎｉｃｏｌｅｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、ラクトニファクター属（Ｌａｃｔｏｎｉｆａｃｔｏｒ）（属）（例えば、腸部位）、カタバクター科（Ｃａｔａｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、アドレクロウチア・エクオリファシエンス（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ  ｅｑｕｏｌｉｆａｃｉｅｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、アドレクロウチア属（Ａｄｌｅｒｃｒｅｕｔｚｉａ）（属）（例えば、腸部位）、アリスティペス属種（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｓｐ．）ＥＢＡ６−２５ｃｌ２（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種ＥＢＡ５−１７（種）（例えば、腸部位）、オシリバクター属（Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、ゴルドニバクター・パメラエアエ（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ  ｐａｍｅｌａｅａｅ）（種）（例えば、腸部位）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）（例えば、腸部位）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｅｘｃｒｅｍｅｎｔｉｈｏｍｉｎｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ミツオケラ属種（Ｍｉｔｓｕｏｋｅｌｌａ  ｓｐ．）ＤＪＦ＿ＲＲ２１（種）（例えば、腸部位）、ブチリシモナス属（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ）（属）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、アリスティペス・インディスティンクタス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｉｎｄｉｓｔｉｎｃｔｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、ゴルドニバクター属（Ｇｏｒｄｏｎｉｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、アナエロスティペス・ハドラス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、クレブシエラ属種Ｂ１２（種）（例えば、腸部位）、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２（種）（例えば、腸部位）、アナエロスポロバクター属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・ファエシス（Ｂ��ｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆａｅｃｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、ブラウティア属種Ｓｅｒ５（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス・チンチラエ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｈｉｎｃｈｉｌｌａｅ）（種）（例えば、腸部位）、ビロフィラ属種（Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ  ｓｐ．）４＿１＿３０（種）（例えば、腸部位）、カルディコプロバクター科（Ｃａｌｄｉｃｏｐｒｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）（科）（例えば、腸部位）、エンテロバクター属種（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．）ＵＤＣ３４５（種）（例えば、腸部位）、ビフィドバクテリウム・ビアバティイ（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉａｖａｔｉｉ）（種）（例えば、腸部位）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）（例えば、腸部位）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）（例えば、腸部位）、ラクトバチルス属種Ａｋｈｍｒｏ１（種）（例えば、腸部位）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）（例えば、腸部位）、エンテロコッカス属種（Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）Ｃ６Ｉ１１（種）（例えば、腸部位）、シュードフラボニフラクター属（Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ）（属）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種ｄｎＬＫＶ９（種）（例えば、腸部位）、メガスファエラ属種ＢＶ３Ｃ１６−１（種）（例えば、腸部位）、フィーカリバクテリウム属種（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）イヌ経口分類群１４７（種）（例えば、腸部位）、バリバキュラム属種（Ｖａｒｉｂａｃｕｌｕｍ  ｓｐ．）ＣＣＵＧ  ４５１１４（種）（例えば、腸部位）、ブチリシモナス属種（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｓｐ．）２１４−４（種）（例えば、腸部位）、アナエロスティペス・ラムノシボランス（Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｒｈａｍｎｏｓｉｖｏｒａｎｓ）（種）（例えば、腸部位）、ネガティビコッカス属種（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）Ｓ５−Ａ１５（種）（例えば、腸部位）、［コリンセラ属（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）］  マシリエンシス（ｍａｓｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、コリネバクテリウム属種（Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）ｊｗ３７（種）（例えば、腸部位）、ロセブリア属種４９９（種）（例えば、腸部位）、ディアリスター属種Ｓ７ＭＳＲ５（種）（例えば、腸部位）、アナ
エロコッカス属種Ｓ８  ８７−３（種）（例えば、腸部位）、フィネゴルディア属種Ｓ８  Ｆ７（種）（例えば、腸部位）、ムルドキエラ属種（Ｍｕｒｄｏｃｈｉｅｌｌａ  ｓｐ．）Ｓ９  ＰＲ−１０（種）（例えば、腸部位）、ペプトニフィラス属種Ｓ９  ＰＲ−１３（種）（例えば、腸部位）、バクテロイデス属種Ｊ１５１１（種）（例えば、腸部位）、コリネバクテリウム属種７１３１８２／２０１２（種）（例えば、腸部位）、ラーネラ属種（Ｒａｈｎｅｌｌａ  ｓｐ．）ＢＳＰ１８（種）（例えば、腸部位）、インテスティニモナス属（Ｉｎｔｅｓｔｉｎｉｍｏｎａｓ）（属）（例えば、腸部位）、ロビンソニエラ属種（Ｒｏｂｉｎｓｏｎｉｅｌｌａ  ｓｐ．）ＫＮＨｓ２１０（種）（例えば、腸部位）、カンジダタス・ソレアフェレア（Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ  Ｓｏｌｅａｆｅｒｒｅａ）（属）（例えば、腸部位）、ブチリシモナス・フェシホミニス（Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ  ｆａｅｃｉｈｏｍｉｎｉｓ）（種）（例えば、腸部位）、セネガリマッシリア属（Ｓｅｎｅｇａｌｉｍａｓｓｉｌｉａ）（属）（例えば、腸部位）、ペプトニフィラス属種  ＤＮＦ００８４０（種）（例えば、腸部位）、ロンバウツシア属（Ｒｏｍｂｏｕｔｓｉａ）（属）（例えば、腸部位）、コプロバクター・セカンドゥス（Ｃｏｐｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｅｃｕｎｄｕｓ）（種）（例えば、腸部位）、モラクセラ科（Ｍｏｒａｘｅｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、口部位）、モラクセラ属（Ｍｏｒａｘｅｌｌａ）（属）（例えば、口部位）、エイケネラ属（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ）（属）（例えば、口部位）、エイケネラ・コローデンス（Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ  ｃｏｒｒｏｄｅｎｓ）（種）（例えば、口部位）、バゴコッカス属（Ｖａｇｏｃｏｃｃｕｓ）（属）（例えば、口部位）、フィロバクテリウム属（Ｐｈｙｌｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、口部位）、ベイロネラ・ディスパー（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｄｉｓｐａｒ）（種）（例えば、口部位）、サテレラ・ワズワースエンシス（Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ  ｗａｄｓｗｏｒｔｈｅｎｓｉｓ）（種）（例えば、口部位）、ジョンソネラ・イグナバ（Ｊｏｈｎｓｏｎｅｌｌａ  ｉｇｎａｖａ）（種）（例えば、口部位）、バクテロイデス・アシディファシェンス（種）（例えば、口部位）、レプトトリキア・ホフスタディイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｈｏｆｓｔａｄｉｉ）（種）（例えば、口部位）、レプトトリキア・シャーイイ（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ  ｓｈａｈｉｉ）（種）（例えば、口部位）、カプノサイトファーガ属種（Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ  ｓｐ．）ＡＨＮ９７５６（種）（例えば、口部位）、バージイエラ属種（Ｂｅｒｇｅｙｅｌｌａ  ｓｐ．）ＡＦ１４（種）（例えば、口部位）、オルセネラ属種（Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ  ｓｐ．）Ｆ０００４（種）（例えば、口部位）、バクテロイデス属種Ｄ２２（種）（例えば、口部位）、フィロバクテリウム属種Ｔ５０（種）（例えば、口部位）、アクチノマイセス属種ＩＣＭ４７（種）（例えば、口部位）、フソバクテリウム属種（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）ＡＳ２（種）（例えば、口部位）、レプトトリキア科（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、口部位）、コマモナス属（Ｃｏｍａｍｏｎａｓ）（属）（例えば、鼻部位）、ペプトストレプトコッカス属（Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）（属）（例えば、鼻部位）、アクチノマイセス・ビスコサス（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｖｉｓｃｏｓｕｓ）（種）（例えば、鼻部位）、アクチノマイセス・オドントリティカス（種）（例えば、鼻部位）、ビフィドバクテリウム属（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、鼻部位）、ビフィドバクテリウム科（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、鼻部位）、ロドスピリルム科（Ｒｈｏｄｏｓｐｉｒｉｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、鼻部位）、ビフィドバクテリウム目（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）（目）（例えば、鼻部位）、ロゼブリア・インテスティナーリス（種）（例えば、鼻部位）、タラソスピラ属（Ｔｈａｌａｓｓｏｓｐｉｒａ）（属）（例えば、鼻部位）、ビフィドバクテリウム・ロンガム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）（種）（例えば、鼻部位）、アグリゲイティバクター属（Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、鼻部位）、ストレプトコッカス属種１１ａＴｈａ１（種）（例えば、鼻部位）、サテレラ科（科）（例えば、鼻部位）、フラボバクテリウム属（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、鼻部位）、オクトバクテリウム属（属）（例えば、鼻部位）、クロノバクター・サカザキ（Ｃｒｏｎｏｂａｃｔｅｒ  ｓａｋａｚａｋｉｉ）（種）（例えば、鼻部位）、アナエロコツカス・バギナリス（種）（例えば、鼻部位）、スフィンゴバクテリア綱（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）（綱）（例えば、鼻部位）、ブルセラ科（Ｂｒｕｃｅｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、鼻部位）、スフィンゴバクテリア目（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）（目）（例えば、鼻部位）、アッカーマンシア属（Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ）（属）（例えば、鼻部位）、ペプトニフィラス属種ｇｐａｃ０１８Ａ（種）（例えば、鼻部位）、シトロバクター属種（Ｃｉｔｒｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．）ＢＷ４（種）（例えば、鼻部位）、クロノバクター属（属）（例えば、鼻部位）、コリネバクテリウム属種  ｊｗ３７（種）（例えば、鼻部位）、黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）（種）（例えば、鼻部位）、ブレブンディモナス属（Ｂｒｅｖｕｎｄｉｍｏｎａｓ）（属）（例えば、鼻部位）、カウロバクター科（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）（科）（例えば、鼻部位）、カウロバクター目（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒａｌｅｓ）（目）（例えば、鼻部位）、アナエロバチルス・アルカリジアゾトロフィカス（Ａｎａｅｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｌｋａｌｉｄｉａｚｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）（種）（例えば、鼻部位）、アナエロバチルス属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｉｌｌｕｓ）（属）（例えば、鼻部位）、アシネトバクター属種（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｓｐ．）ＷＢ２２−２３（種）（例えば、鼻部位）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）（属）（例えば、皮膚部位）、ナイセリア科（科）（例えば、皮膚部位）、パラバクテロイデス・ディスタソニス（種）（例えば、皮膚部位）、プレボテラ属（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）（属）（例えば、皮��部位）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）（種）（例えば、皮膚部位）、ストレプトコッカス・パラサングイニス（種）（例えば、皮膚部位）、アクネ菌（Ｃｕｔｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ）（種）（例えば、皮膚部位）、ベイロネラ科（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、皮膚部位）、レプトトリキア属（Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）（属）（例えば、皮膚部位）、ファスコラルクトバクテリウム属（Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）（属）（例えば、皮膚部位）、フラボバクテリウム科（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）（例えば、皮膚部位）、デルフチア属（Ｄｅｌｆｔｉａ）（属）（例えば、皮膚部位）、フラボバクテリウム綱（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉｉａ）（綱）（例えば、皮膚部位）、プレボテラ科（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）（科）（例えば、皮膚部位）、ラクノスピラ科（Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）（科）（例えば、皮膚部位）、ペプトストレプトコッカス科（科）（例えば、皮膚部位）、ドレア属（Ｄｏｒｅａ）（属）（例えば、皮膚部位）、フラボバクテリウム目（Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）（目）（例えば、皮膚部位）、ナイセリア目（目）（例えば、皮膚部位）、パラバクテロイデス属（属）（例えば、皮膚部位）、ストレプトコッカス属種経口分類群Ｇ６３（種）（例えば、皮膚部位）、アシダミノコッカス科（科）（例えば、皮膚部位）、ベイロネラ属種ＣＭ６０（種）（例えば、皮膚部位）、ブドウ球菌属種（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）Ｃ９Ｉ２（種）（例えば、皮膚部位）、レプトトリキア科（科）（例えば、皮膚部位）、フシカテニバクター・サッカリボランス（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ  ｓａｃｃｈａｒｉｖｏｒａｎｓ）（種）（例えば、皮膚部位）、フシカテニバクター属（Ｆｕｓｉｃａｔｅｎｉｂａｃｔｅｒ）（属）（例えば、皮膚部位）、ブドウ球菌属種３３４８Ｏ２（種）（例えば、皮膚部位）、パラバクテロイデス・メルダエ（Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｍｅｒｄａｅ）（種）（例えば、皮膚部位）、コリンセラ・アエロファシエンス（Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ）（種）（例えば、皮膚部位）、スフィンゴバクテリア綱（綱）（例えば、皮膚部位）、スフィンゴバクテリア目（目）（例えば、皮膚部位）、ペプトニフィラス属種１−１４（種）（例えば、皮膚部位）、アナエロバチルス属（属）（例えば、皮膚部位）、プロピオニバクテリウム属種（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｐ．）ＫＰＬ１８４４（種）（例えば、皮膚部位）、メチロバクテリウム・ロンガム（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ）（種）（例えば、皮膚部位）、ブドウ球菌属種Ｃ５Ｉ１６（種）（例えば、皮膚部位）、及び／又は他の適切な分類群（例えば、任意の適切な身体部位に関連するもの、など）。
【００８２】
[0092]加えて又は代替的に、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴は、下記の分類群（例えば、１つ又は複数の身体部位に関する分類群、など）のうちの１つ又は複数についての任意の組合せに関連する特徴（例えば、マイクロバイオーム組成特徴；など）を含むことができる：ファーミキューテス門（門）、エンテロコッカス・ラフィノーサス（種）、ブドウ球菌属種  Ｃ９Ｉ２（種）、ゲメラ属種９３３−８８（種）、ベイロネラ属（属）、ガンマプロテオバクテリア綱（綱）、エンテロコッカス属種ＳＩ−４（種）、エンテロバクター目（目）、エンテロバクター科（科）、ファスコラルクトバクテリウム属（属）、オドリバクター属（属）、ルミノコッカス科（科）、アシダミノコッカス科（科）、ビロフィラ属種４＿１＿３０（種）、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ（種）、デスルホビブリオ科（科）、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム（種）、デスルホビブリオ目（目）、フィーカリバクテリウム属（属）、デルタプロテオバクテリア綱（綱）、バークホリデリア科（科）、アリスティペス属ＲＭＡ  ９９１２（種）、メタノブレビバクター属（Ｍｅｔｈａｎｏｂｒｅｖｉｂａｃｔｅｒ）（属）、オドリバクター・スプランクニカス（種）、アリスティペス属種ＨＧＢ５（種）、ゲメラ属（属）、サブドリグラヌルム・バリアビレ（種）、メタノブレビバクター・スミシー（種）、インテスティニモナス属（属）、ラクトバチルス属種７＿１＿４７ＦＡＡ（種）、メタノバクテリア科（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）、ビロフィラ属（属）、メタノバクテリア目（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａｌｅｓ）（目）、クロストリジウム科（科）、ユーリアーキオータ門（門）、メタノバクテリア綱（Ｍｅｔｈａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）（綱）、フラボニフラクター・プラウティ（種）、カルノバクテリウム科（科）、クライベラ属（Ｋｌｕｙｖｅｒａ）（属）、クライベラ・ジオルジアーナ（Ｋｌｕｙｖｅｒａ  ｇｅｏｒｇｉａｎａ）（種）、ブラウティア・ファエシス（種）、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ（種）、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス（種）、ロセブリア属種１１ＳＥ３９（種）、バクテロイデス属種ＡＲ２９（種）、コリンセラ属（属）、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４（種）、プレボテラ・チモネンシス（Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｔｉｍｏｎｅｎｓｉｓ）（種）、アナエロスティペス属（属）、ラクトニファクター属（属）、アナエロスティペス属種３＿２＿５６ＦＡＡ（種）、コリオバクテリウム科（Ｃｏｒｉｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）、クレブシエラ属種ＳＯＲ８９（種）、メガスファエラ属種ＤＮＦ００９１２（種）、ベイロネラ・ディスパー（種）、ラクトバチルス・ムコーサエ（種）、バクテロイデス・フラジリス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ）（種）、ストレプトコッカス・エクイナス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｑｕｉｎｕｓ）（種）、バクテロイデス・プレビウス（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｐｌｅｂｅｉｕｓ）（種）、プロピオニバクテリウム属種ＭＳＰ０９Ａ（種）、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃ���ｓ  ｐａｓｔｅｕｒｉａｎｕｓ）（種）、アナエロビブリオ属種７６５（種）、アッカーマンシア・ムシニフィラ（種）、アクチノマイセス・ツリセンシス（種）、クロノバクター・サカザキ（種）、ベイロネラ・ロゴサエ（Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ  ｒｏｇｏｓａｅ）（種）、ブラウティア・グルセラセア（Ｂｌａｕｔｉａ  ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ）（種）、アシダミノコッカス・インテスティニ（種）、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｇｒａｎｕｌｏｓｕｍ）（種）、バクテロイデス・テタイオタオミクロン（種）、フソバクテリウム属種ＣＭ２１（種）、ペディオコッカス属種（Ｐｅｄｉｏｃｏｃｃｕｓ  ｓｐ．）ＭＦＣ１（種）、ツリシバクター・サングイニス（種）、サルシナ・ベントリクリ（Ｓａｒｃｉｎａ  ｖｅｎｔｒｉｃｕｌｉ）（種）、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１（種）、ストレプトコッカス属種ＢＳ３５ａ（種）、ストレプトコッカス・サーモフィルス（種）、フソバクテリウム・ウルセランス（Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ）（種）、モーガネラ・モーガニイ（Ｍｏｒｇａｎｅｌｌａ  ｍｏｒｇａｎｉｉ）（種）、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８（種）、バクテロイデス・エガーシイ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ）（種）、バクテロイデス・コプロコーラ（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏｐｒｏｃｏｌａ）（種）、バクテロイデス属種ＣＢ５７（種）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（種）、ベイロネラ・アティピカ（種）、フソバクテリウム・ネクロゲネス（種）、ラクトバチルス・クリスパタス（種）、ベイロネラ属種ＭＳＡ１２（種）、アサッカロスポラ・イレギュラリス（Ａｓａｃｃｈａｒｏｓｐｏｒａ  ｉｒｒｅｇｕｌａｒｉｓ）（種）、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム（種）、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２（種）、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス（種）、ラクトバチルス属種Ｃ４Ｉ２（種）、パラバクテロイデス属種１５７（種）、クレブシエラ属（属）、エプロピスシウム属（Ｅｐｕｌｏｐｉｓｃｉｕｍ）（属）、ストレプトコッカス属（属）、プロピオニバクテリウム属（属）、クロノバクター属（属）、アナエロビブリオ属（属）、インテスチニバクター属（属）、ブドウ球菌属（属）、ツリシバクター属（Ｔｕｒｉｃｉｂａｃｔｅｒ）（属）、アロプレボテラ属（Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）（属）、ペディオコッカス属（属）、モルガネラ属（属）、アシダミノコッカス属（Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）（属）、サクシニビブリオ属（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ）（属）、アナエロフィルム属（Ａｎａｅｒｏｆｉｌｕｍ）（属）、メガスファエラ属（属）、アサッカロスポラ属（Ａｓａｃｃｈａｒｏｓｐｏｒａ）（属）、ブチリビブリオ属（属）、フィネゴルディア属（属）、アナエロコッカス属（属）、ストレプトコッカス科（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）（科）、プロピオニバクテリウム科（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）、ベイロネラ科（科）、ブドウ球菌科（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）（科）、スフィンゴバクテリア科（Ｓｐｈｉｎｇｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）（科）、クロストリジウム目第ＸＩ科所属不明（科）、ペプトストレプトコッカス科（科）、サクシニビブリオ科（Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏｎａｃｅａｅ）（科）、デルマバクター科（Ｄｅｒｍａｂａｃｔｅｒａｃｅａｅ）（科）、コリオバクテリウム科（科）、ロドスピリルム科（科）、セレノモナス目（Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）（目）、ラクトバチルス目（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）（目）、クロストリジウム目（目）、キサントモナス目（目）、バシラス目（Ｂａｃｉｌｌａｌｅｓ）（目）、プレウロカプサ目（Ｐｌｅｕｒｏｃａｐｓａｌｅｓ）（目）、エアロモナス目（Ａｅｒｏｍｏｎａｄａｌｅｓ）（目）、シュードモナス目（目）、バシラス綱（Ｂａｃｉｌｌｉ）（綱）、ネガティビコッカス綱（Ｎｅｇａｔｉｖｉｃｕｔｅｓ）（綱）、クロストリジウム綱（綱）、プロテオバクテリア門（門）、シアノバクテリア門（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）（門）、バクテロイデス・ファインゴールディー（Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｉｎｅｇｏｌｄｉｉ）（種）、アリスティペス・ピュトレディニス（Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ  ｐｕｔｒｅｄｉｎｉｓ）（種）、アシネトバクター綱（Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ）（綱）、ラクトバチルス科（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌａｃｅａｅ）（科）、ビフィドバクテリウム科（科）、ビフィドバクテリウム属（属）、ビフィドバクテリウム目（目）、オシロスピラ科（科）、及び／又は他の適切な分類群（例えば、任意の身体部位に関連する分類群、など）。
【００８３】
[0093]加えて又は代替的に、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴は、下記のうちの１つ又は複数からの、及び／又は、に別様に関連する、機能に対応する（例えば、マイクロバイオーム機能的特徴が、１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的機能的特徴を含むことができる場合の、例えば、前記機能的特徴と前記１つ又は複数の虫垂関連コンディションの間の相関関係が、前記身体部位に特異的であり、例えば、前記身体部位に対応する身体収集部位で収集されたサンプルからの身体部位で観察される微生物に対応するマイクロバイオーム機能に特異的である場合の、１つ又は複数の身体部位に関して、などのような）、マイクロバイオーム機能的特徴（例えば、１つ又は複数の微生物、例えば本明細書に記載の分類群に従って分類された微生物、に関連する機能を記述する特徴；機能的多様性を記述する特徴；存在、非存在、存在量及び／又は相対存在量を記述する特徴；など）を含むことができる：神経変性疾患（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル２）（例えば、腸部位）、シグナル伝達分子及び相互作用（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル２）（例えば、腸部位）、生体異物の生体内分解及び代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル２）（例えば、腸部位）、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、ハンチントン病（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、イノシトールリン酸代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、プロパン酸代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、デンプンスクロース代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、カプロラクタム分解（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、細胞運動性及び分泌（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、バリン、ロイシン及びイソロイシン分解（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、トリプトファン代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、Ｉ型糖尿病（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、フェニルアラニン代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、セレン化合物代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、リシン分解（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、多環式芳香族炭化水素分解（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、グリカン生合成及び代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、腎細胞癌（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、ブタン酸代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、原核生物における炭素固定経路（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、クエン酸回路（ＴＣＡ回路）（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、リポ多糖生合成（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、ＲＮＡ輸送（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、チアミン代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、１，１，１−トリクロロ−２，２−ビス（４−クロロフェニル）エタン（ＤＤＴ）分解（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、電子移動担体（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、プリオン病（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、トルエン分解（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）、及びアルファリノレイン酸代謝（例えば、ＫＥＧＧ経路レベル３）（例えば、腸部位）。加えて又は代替的に、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴は、下記のうちの１つ又は複数からの、及び／又は、に関連する、機能に対応するマイクロバイオーム機能的特徴を含むことができる：［Ｖ］防御機構（ＣＯＧ２）、［Ｏ］翻訳後修飾、タンパク質代謝回転及びシャペロン（ＣＯＧ２）、［Ｒ］一般機能予測のみ（ＣＯＧ２）、［Ｉ］脂質輸送及び代謝（ＣＯＧ２）、［Ｈ］補酵素輸送及び代謝（ＣＯＧ２）、エネルギー代謝（ＫＥＧＧ２）、神経系（ＫＥＧＧ２）、シグナル伝達（ＫＥＧＧ２）、細胞プロセス及びシグナル伝達（ＫＥＧＧ２）、翻訳（ＫＥＧＧ２）、代謝（ＫＥＧＧ２）、細胞成長及び死（ＫＥＧＧ２）、内分泌系（ＫＥＧＧ２）、アミノ酸代謝（ＫＥＧＧ２）、補因子及びビタミンの代謝（ＫＥＧＧ２）、生体異物の生体内分解性及び代謝（ＫＥＧＧ２）、複製及び修復（ＫＥＧＧ２）、テルペノイド及びポリケチドの代謝（ＫＥＧＧ２）、感染性疾患（ＫＥＧＧ２）、アミノ酸関連酵素（ＫＥＧＧ３）、多環式芳香族炭化水素分解（ＫＥＧＧ３）、光合成（ＫＥＧＧ３）、パントテン酸塩及びＣｏＡ生合成（ＫＥＧＧ３）、光合成タンパク質（ＫＥＧＧ３）、グルタミン酸作動性シナプス（ＫＥＧＧ３）、結核（ＫＥＧＧ３）、二成分合成（ＫＥＧＧ３）、アミノアシル−ｔＲＮＡ生合成（ＫＥＧＧ３）、チアミン代謝（ＫＥＧＧ３）、リボソーム（ＫＥＧＧ３）、他のイオン共役輸送体（ＫＥＧＧ３）、テルペノイド骨格生合成（ＫＥＧＧ３）、細胞周期−カウロバクター属（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒ）（ＫＥＧＧ３）、他の輸送体（ＫＥＧＧ３）、塩基除去修復（ＫＥＧＧ３）、ペプチドグリカン生合成（ＫＥＧＧ３）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ）病原性サイクル（ＫＥＧＧ３）、リモネン及びピネン分解（ＫＥＧＧ３）、分泌系（ＫＥＧＧ３）、ヌクレオチド除去修復（ＫＥＧＧ３）、翻訳因子（ＫＥＧＧ３）、アラニン、アスパラギン酸及びグルタミン酸代謝（ＫＥＧＧ３）、リボソーム生合成（ＫＥＧＧ３）、ブタン酸代謝（ＫＥＧＧ３）、その他（ＫＥＧＧ３）、真核生物におけるリボソーム新生（ＫＥＧＧ３）、ポリケチド糖単位生合成（ＫＥＧＧ３）、ストレプトマイシン生合成（ＫＥＧＧ３）、アスコルビン酸及びアルダン酸代謝（ＫＥＧＧ３）、相同組換え（ＫＥＧＧ３）、酸化的リン酸化（ＫＥＧＧ３）、機能不明（ＫＥＧＧ３）、光合成生物における炭素固定（ＫＥＧＧ３）、細胞骨格タンパク質（ＫＥＧＧ３）、ＤＮＡ修正及び組換えタンパク質（ＫＥＧＧ３）、リシン分解（ＫＥＧＧ３）、無機イオン輸送体及び代謝（ＫＥＧＧ３）、アミノ酸代謝（ＫＥＧＧ３）、ゲラニオール分解（ＫＥＧＧ３）、タンパク質核外輸送（ＫＥＧＧ３）、フェニルアラニン、チロシン及びトリプトファン生合���（ＫＥＧＧ３）、リシン生合成（ＫＥＧＧ３）、エチルベンゼン分解（ＫＥＧＧ３）、転写機構（ＫＥＧＧ３）、ＲＮＡポリメラーゼ（ＫＥＧＧ３）、バンコマイシン群抗生物質の生合成（ＫＥＧＧ３）、ミスマッチ修復（ＫＥＧＧ３）、ナフタレン分解（ＫＥＧＧ３）、ピリミジン代謝（ＫＥＧＧ３）、トリプトファン代謝（ＫＥＧＧ３）、Ｄ−グルタミン及びＤ−グルタミン酸代謝（ＫＥＧＧ３）、ゼアチン生合成（ＫＥＧＧ３）、Ｋ０２００４（ＫＥＧＧ４）、Ｋ０３１００（ＫＥＧＧ４）、及び／又は他の適切な機能的特徴。加えて又は代替的に、マイクロバイオーム機能的特徴は、クラスター・オブ・オルソロガス・グループス（ＣＯＧ）データベース（例えば、ＣＯＧ、ＣＯＧ２など）、京都エンサイクロペディア・オブ・ジーンズ・アンド・ゲノムス（ＫＥＧＧ）データベース（例えば、ＫＥＧＧ２、ＫＥＧＧ３、ＫＥＧＧ４など）、及び／又は利用可能な任意の他のデータベース（例えば、微生物機能データを有するデータベース、など）に関して記載されている任意の適切な機能に関連しうる。しかし、マイクロバイオーム特徴は、任意の適切な微生物機能、ヒト機能及び／又は他の適切な機能性に関連する、任意の適切なマイクロバイオーム機能的特徴を含むことができる。
【００８４】
[0094]変形形態では、部位特異的虫垂関連特性評価モデル（例えば、部位特異的虫垂関連特性評価モデルにも関連する１つ若しくは複数の身体部位に関連するユーザー部位特異的マイクロバイオーム特徴の処理に基づいて虫垂関連特性評価を決定するためのもの；など）及び／又は虫垂関連特性評価（例えば、身体部位に関連するもの、など）は、本明細書に記載の部位特異的マイクロバイオーム特徴（例えば、１つ又は複数の身体部位に関連するもの、など）（例えば、部位特異的組成特徴；部位特異的機能的特徴；など）に基づいて決定することができる。実施例では、方法１００は、１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的マイクロバイオーム特徴を含む、ユーザーのマイクロバイオーム特徴（例えば、虫垂関連特性評価及び／又は治療を決定及び／又は促進することができる、ユーザーについてのもの；１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連すると、例えば、と相関関係がある、と判定されたマイクロバイオーム特徴についてのユーザーの特徴値を決定するもの；など）を判定するステップを含むことができる。
【００８５】
[0095]変形形態では、虫垂関連特性評価モデル及び／又は虫垂関連特性評価は、マイクロバイオーム組成特徴（例えば、部位特異的組成特徴、など）及びマイクロバイオーム機能的特徴（例えば、部位特異的機能的特徴、など）を含む、マイクロバイオーム特徴（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する；など）に基づいて、決定することができる。ある実施例では、方法１００は、部位特異的組成特徴（例えば、腸部位に関連するもの；本明細書に記載の組成特徴；など）及び部位特異的機能的特徴（例えば、腸部位に関連するもの；本明細書に記載の機能的特徴；など）を判定するステップ；前記部位特異的組成特徴、前記部位特異的機能的特徴及び／又は他の適切なデータ（例えば、補足データ、など）に基づいて、部位特異的虫垂関連特性評価モデル（例えば、腸部位に関連するもの；腸収集部位で収集されたサンプルから得られるデータを処理するためのもの；など）を生成するステップ；及び／又は前記部位特異的虫垂関連特性評価モデル及びユーザーマイクロバイオーム特徴（例えば、腸収集部位で収集されたユーザーサンプルから得られるもの）に基づいて、１つ又は複数のユーザーについての１つ又は複数の虫垂関連特性評価を決定するステップを含むことができる。
【００８６】
[0096]特定の実施例では、本明細書に記載のマイクロバイオーム組成特徴（例えば、部位特異的組成特徴などを含む）、本明細書に記載のマイクロバイオーム機能的特徴及び／又は他の適切なマイクロバイオーム特徴は、虫垂関連コンディションを有する対象のセット（例えば、虫垂関連コンディション、例えば虫垂の非存在、及び／又は他の虫垂関連コンディションを有する対象を含む、対象のセット；虫垂関連コンディションを有さない対象、例えば虫垂を有する対象を含む、対象のセット（この場合、そのようなサンプル及び／又は関連データが対照としての役割を果たすことができる）；対象の集団；など）からのサンプル（例えば、サンプルの微生物核酸のシークエンシング、など）に基づいて決定された１つ又は複数の微生物データセット（例えば、微生物配列データセット、など）に基づいて、判定することができる。
【００８７】
[0097]変形形態では、本明細書に記載のマイクロバイオーム特徴の任意の適切な組合せを、虫垂炎評価プロセス（例えば、虫垂炎コンディションの診断及び／又は適切な特性評価を実行するために虫垂炎特性評価モデルを決定及び／又は適用すること；虫垂炎コンディションのための治療モデル及び／又は治療の決定及び／又は適用を助長すること；など）に使用することができる。ある実施例では、マイクロバイオーム特徴の組合せは、腸サンプル分析から導出される存在、非存在、相対存在量又は任意の他のマイクロバイオーム特徴を含む、個人の虫垂炎の尤度を、彼／彼女自身の腸マイクロバイオームサンプルに基づいて予示することができる。
【００８８】
[0098]変形形態では、本明細書に記載のマイクロバイオーム特徴の任意の適切な組合せを、ヒト腸マイクロバイオーム及び／又は適切な身体部位に関連する他の適切なマイクロバイオームにおける微生物の存在、非存在又は相対存在量の（例えば、虫垂を有し、且つ炎症性腸疾患に関連する症状を有さない及び／又は他の適切な虫垂関連コンディションを有する、ユーザーに関連する、標的マイクロバイオーム組成及び／又は機能性に向けての）調節などを含む、腸管微生物叢の健常なコホートへの回復（例えば、マイクロバイオーム多様性の向上）などのための、微生物に関連する１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションの予防、処置、及び／又はそのような虫垂関連コンディションのための治療的介入の適切な助長に、使用することができる。しかし、虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴を、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションの予防、治療、及び／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入の適切な助長に、任意の適切な方法で適用することができる。
【００８９】
[0099]ある実施例では、方法１００は、第１の虫垂関連コンディション及び第２の虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を、組成特徴の第１のセット（例えば、第１の変形形態に関する上記のマイクロバイオーム特徴のうちの少なくとも１つ又は複数を含むもの；マイクロバイオーム特徴の任意の適切な組合せを含むもの；など）、第１の虫垂関連特性評価モデル、組成特徴の第２のセット（例えば、第２の変形形態に関する上記のマイクロバイオーム特徴のうちの少なくとも１つ又は複数を含むもの；マイクロバイオーム特徴の任意の適切な組合せを含むもの；など）、及び第２の虫垂関連特性評価モデルに基づいて、決定するステップであって、前記第１の虫垂関連特性評価モデルが、第１の虫垂関連コンディションに関連し（例えば、第１の虫垂関連特性評価モデルが、第１の虫垂関連コンディションについての特性評価を決定する、など）、前記第２の虫垂関連特性評価モデルが、第２の虫垂関連コンディションに関連する（例えば、第２の虫垂関連特性評価モデルが、第２の虫垂関連コンディションについての特性評価を決定する、など）に基づいて、決定するステップを含むことができる。実施例では、ユーザーマイクロバイオーム特徴の判定は、第１の機能に関連する第１のユーザーマイクロバイオーム機能的特徴であって、第１の虫垂関連コンディションに関連する第１のユーザーマイクロバイオーム機能的特徴を、クラスター・オブ・オルソロガス・グループス（Ｃｌｕｓｔｅｒ  ｏｆ  Ｏｒｔｈｏｌｏｇｏｕｓ  Ｇｒｏｕｐｓ）（ＣＯＧ）データベース及び京都エンサイクロペディア・オブ・ジーンズ・アンド・ゲノムス（Ｋｙｏｔｏ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅｓ）（ＫＥＧＧ）データベースの少なくとも一方から判定すること；及び第２の機能に関連する第２のユーザーマイクロバイオーム機能的特徴であって、第２の虫垂関連コンディションに関連する第２のユーザーマイクロバイオーム機能的特徴を、ＣＯｇデータベース及びＫＥＧＧデータベースの少なくとも一方から判定することを含むことができ、この場合、虫垂関連特性評価の判定は、第１の虫垂関連コンディション及び第２の虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を、組成特徴の第１のセット、第１のユーザーマイクロバイオーム機能的特徴、第１の虫垂関連特性評価モデル、組成特徴の第２のセット、第２のユーザーマイクロバイオーム機能的特徴、及び第２の虫垂関連特性評価モデルに基づいて、決定することを含むことができる。加えて又は代替的に、マイクロバイオーム特徴の任意の組合せを、任意の適切な数及びタイプの虫垂関連特性評価モデルとともに使用して、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての虫垂関連特性評価を、任意の適切な方法で判定することができる。
【００９０】
[00100]実施例では、方法１００は、１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを、上記の及び／又は本明細書に記載のマイクロバイオーム特徴の任意の適切な組合せに基づいて（例えば、本明細書に記載の分類群のうちの少なくとも１つに関連する特徴を含む、マイクロバイオーム組成特徴のセットに基づいて；及び／又は本明細書に記載の、例えば、本明細書に記載のデータベースからの機能に対応する、マイクロバイオーム機能的特徴に基づいて）生成することを含むことができる。実施形態では、ユーザーについての特性評価プロセスの実行は、例えば、本明細書に記載のマイクロバイオーム特徴（例えば、上記のマイクロバイオーム特徴、など）の検出、そのようなマイクロバイオーム特徴に対応する値、及び／又はそのようなマイクロバイオーム特徴に関する態様に基づいて、例えば、虫垂関連コンディションに関連する典型的な診断アプローチ、他の特性評価（例えば、治療関連特性評価、など）、処置、モニタリング及び／又は他の適切なアプローチに対する、追加的（例えば、補足的、補完的、など）又は代替的なものである方法で、ユーザーを、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを有すると特性評価することを含むことができる。変形形態では、マイクロバイオーム特徴を、虫垂関連コンディションに関連する、診断法、他の特性評価、処置、モニタリング、並びに／又は任意の他の適切な目的及び／若しくはアプローチに使用することができる。しかし、１つ又は複数の虫垂関連特性評価の決定を、任意の適切な方法で実行することができる。
【００９１】
４．３．Ｂ  治療の決定
[00101]特性評価プロセスを実行するステップＳ１３０（例えば、虫垂関連治療を実行するステップ）は、１つ又は複数の治療（例えば、マイクロバイオーム組成、機能、多様性及び／又は他の適切な態様を、例えば、虫垂関連コンディションに関連する１つ又は複数の態様を向上させるために、例えば、１つ又は複数の特性評価プロセスに基づいて特性評価されるユーザーにおいて、調節するように構成された治療；など）を決定することを含むことができる、ブロックＳ１４０を含むことができる。ブロックＳ１４０は、治療を同定する、選択する、ランク付けする、優先順位をつける、予測する、抑止する及び／又は別様に決定する（例えば、治療決定を助長する）ように機能することができる。例えば、ブロックＳ１４０は、プロバイオティクスに基づく治療、バクテリオファージに基づく治療、小分子に基づく治療、及び／又は他の適切な治療、例えば、対象のマイクロバイオーム組成、機能、密度及び／又は他の特性（例えば、任意の適切な部位におけるマイクロバイオーム、など）を、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションの状態修正するために、及び／又は他の適切な目的のために、ユーザーの健康の促進で所望の状態（例えば、平衡状態など）の方にシフトさせることができる治療、のうちの１つ又は複数を決定することを含むことができる。
【００９２】
[00102]治療（例えば、虫垂関連治療など）は、次のうちの１つ又は複数を含むことができる：摂取可能なもの（ｃｏｎｓｕｍａｂｌｅ）（例えば、プロバイオティクス治療、プレバイオティクス治療、薬物療法、例えば、抗生物質、アレルギー又は風邪薬、バクテリオファージに基づく治療、基礎コンディションのために摂取可能なもの、小分子治療薬、など）；デバイス関連治療（例えば、モニタリングデバイス；センサーに基づくデバイス；医療デバイス；植込み型医療デバイス；など）；外科手術（例えば、虫垂切除術、予防的虫垂切除術、腹部手術、腹腔鏡手術、切開手術、など）；心理学的関連療法（例えば、認知行動療法、不安治療、会話療法、精神力動療法、行動指向療法、論理情動行動療法、対人関係療法、弛緩訓練、深呼吸療法、漸進的筋弛緩法、虫垂制限療法（ａｐｐｅｎｄｉｘ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｔｈｅｒａｐｙ）、瞑想、など）；行動修正療法（例えば、疼痛治療薬の自制、制酸薬、緩下剤、温熱バッド並びに／又は他の適切な処置及び／若しくは活動；身体活動についての推奨、例えば、運動増加；食事についての推奨、例えば、糖分摂取量を低減させること、野菜摂取量の増加、魚摂取量の増加、カフェイン摂取の減少、アルコール摂取の減少、炭水化物摂取量の減少；喫煙についての推奨、例えば、タバコ摂取を減少させること；体重に関する推奨；睡眠習慣についての推奨、など）；局所投与療法（例えば、局所プロバイオティック、プレバイオティク及び／又は抗生物質；バクテリオファージに基づく治療）；環境的要因修正療法；１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関連する任意の他の適切な態様の修正；並びに／又は任意の他の適切な治療（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連する健康状態を向上させるもの；例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションを向上させる治療、１つ又は複数の虫垂関連コンディションのリスクを低下させる治療、など）。実施例では、治療のタイプは、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：プロバイオティクス治療、バクテリオファージに基づく治療、小分子に基づく治療、認知／行動治療法、身体リハビリテーション療法、臨床治療、薬物療法に基づく治療、食事関連療法、及び／又はユーザーの健康の促進に任意の適切な方法で働くように設計された他の適切な治療。
【００９３】
[00103]変形形態では、治療は、１つ又は複数の身体部位に関連する部位特異的治療であって、例えば、ユーザーの１つ又は複数の異なる身体部位（例えば、１つ又は複数の異なる収集部位、など）でのマイクロバイオーム組成及び／又は機能の修飾、例えば、腸部位、鼻部位、皮膚部位、口部位及び／又は生殖器部位に関連する微生物を標的とする及び／又はそのような微生物を形質転換させる修飾を（例えば、ユーザーの身体部位のうちの１つ又は複数におけるマイクロバイオームなどの、１つ又は複数のユーザーの身体部位を特異的に標的とするように構成された１つ又は複数の治療に関する治療的介入を助長することにより）助長するための、例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションの向上を（例えば、特定のユーザー身体部位におけるユーザーマイクロバイオーム組成及び／又は機能を、標的マイクロバイオーム組成及び／又は機能、例えば、特定の身体部位における、並びに健常な虫垂状態に及び／又は１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションの欠如に関連する、マイクロバイオーム組成及び／又は機能、を目指して修飾すること、などにより）助長するための、治療を含むことができる。部位特異的治療は、摂取可能なもの（例えば、腸部位特異的マイクロバイオーム及び／又は任意の適切な身体部位に関連するマイクロバイオームを標的とするもの；など）、局所療法（例えば、皮膚マイクロバイオーム、鼻マイクロバイオーム、口マイクロバイオーム、生殖器マイクロバイオームなどを改変するためのもの）；及び／又は任意の他の適切なタイプの治療のうちの、いずれか１つ又は複数を含むことができる。ある実施例では、方法１００は、第１の身体部位（例えば、腸部位、皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも１つを含む）に関連するサンプルをユーザーから収集するステップ；前記第１の身体部位に関連する部位特異的組成特徴を判定するステップ；前記部位特異的組成特徴に基づいて虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び前記虫垂関連特性評価に基づいて、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための前記ユーザーに対する第１の部位特異的治療に関する治療的介入を助長するステップ（例えば、前記ユーザーに前記第１の部位特異的治療を提供するステップ、など）であって、前記第１の部位特異的治療が、前記第１の身体部位に関連する、ステップを含むことができる。ある実施例では、方法１００は、第１の部位特異的治療に関する治療的介入の助長後（例えば、第１の部位特異的治療の提供後、など）にユーザーから治療後サンプルを収集するステップであって、前記治療後サンプルが、第２の身体部位（例えば、腸部位、皮膚部位、生殖器部位、口部位及び鼻部位のうちの少なくとも１つを含む、第２の身体部位；など）に関連する、ステップ；前記第２の身体部位に関連する部位特異的特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの治療後虫垂関連特性評価を決定するステップ；及び前記治療後虫垂関連特性評価に基づいて、前記虫垂関連コンディションの向上を助長するための前記ユーザーに対する第２の部位特異的治療に関する治療的介入を助長するステップ（例��ば、前記ユーザーに前記第２の部位特異的治療を提供するステップ、など）であって、前記第２の部位特異的治療が、前記第２の身体部位に関連する、ステップを含むことができる。
【００９４】
[00104]変形形態では、治療は、１つ又は複数の、バクテリオファージに基づく治療（例えば、摂取可能なものの形態での治療、局所投与療法の形態での治療、など）であって、対象に関して表示される、ある特定の細菌（又は他の微生物）に特異的なバクテリオファージの１つ又は複数の集団（例えば、コロニー形成単位で）を使用して、ある特定の細菌の集団を下方制御又は別様に排除することができる、バクテリオファージに基づく治療を含むことができる。しかるが故に、バクテリオファージに基づく治療を使用して、対象に関して表示される細菌の望ましくない集団（複数可）のサイズ（複数可）を低減させることができる。加えて又は代替的に、バクテリオファージに基づく治療を使用して、使用するバクテリオファージ（複数可）の標的とならない細菌集団の相対存在量を増加させることができる。しかし、バクテリオファージに基づく治療を使用してマイクロバイオームの特性（例えば、マイクロバイオーム組成、マイクロバイオーム機能など）を任意の適切な方法で調節することができ、及び／又はバクテリオファージに基づく治療を任意の適切な目的に使用することができる。
【００９５】
[00105]変形形態では、治療は、本明細書に記載の任意の適切な分類群（例えば、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関連する１つ若しくは複数のマイクロバイオーム組成特徴に関するもの）のうちの少なくとも１つ若しくは複数についての任意の組合せ（例えば、前記分類群のうちの少なくとも１つ若しくは複数についての、任意の適切な量及び／又は濃度、例えば、任意の適切な相対量及び／又は濃度での、任意の組合せ、などを含む）、及び／又はエンテロコッカス・ラフィノーサス、ブドウ球菌属種Ｃ９Ｉ２、ゲメラ属種９３３−８８、エンテロコッカス属種ＳＩ−４、ビロフィラ属種４＿１＿３０、アナエロスティペス属種５＿１＿６３ＦＡＡ、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム、アリスティペス属種ＲＭＡ  ９９１２、オドリバクター・スプランクニカス、アリスティペス属種ＨＧＢ５、サブドリグラヌルム・バリアビレ、メタノブレビバクター・スミシー、ラクトバチルス属種、７＿１＿４７ＦＡＡ、フラボニフラクター・プラウティ、クライベラ・ジオルジアーナ、ブラウティア・ファエシス、フィーカリバクテリウム・プラウスニッツィイ、ラクトニファクター・ロンゴビフォルミス、ロセブリア属種１１ＳＥ３９、バクテロイデス属種ＡＲ２９、アリスティペス属種ＮＭＬ０５Ａ００４、プレボテラ・チモネンシス、アナエロスティペス属種３＿２＿５６ＦＡＡ、クレブシエラ属ＳＯＲ８９、メガスファエラ属種ＤＮＦ００９１２、ベイロネラ・ディスパー、ラクトバチルス・ムコーサエ、バクテロイデス・フラジリス、ストレプトコッカス・エクイナス、バクテロイデス・プレビウス、プロピオニバクテリウム属種ＭＳＰ０９Ａ、ストレプトコッカス・パスツーリアヌス、アナエロビブリオ属種７６５、アッカーマンシア・ムシニフィラ、アクチノマイセス・ツリセンシス、クロノバクター・サカザキ、ベイロネラ・ロゴサエ、ブラウティア・グルセラセア、アシダミノコッカス・インテスティニ、プロピオニバクテリウム・グラヌローサム、バクテロイデス・テタイオタオミクロン、フソバクテリウム属種ＣＭ２１、ペディオコッカス属種ＭＦＣ１、ツリシバクター・サングイニス、サルシナ・ベントリクリ、メガスファエラ属ゲノム種Ｃ１、ストレプトコッカス属種ＢＳ３５ａ、ストレプトコッカス・サーモフィルス、フソバクテリウム・ウルセランス、モーガネラ・モーガニイ、バクテロイデス属種ＳＬＣ１−３８、バクテロイデス・エガーシイ、バクテロイデス・コプロコーラ、バクテロイデス属種ＣＢ５７、ビフィドバクテリウム・ステルコリス、ベイロネラ・アティピカ、フソバクテリウム・ネクロゲネス、ラクトバチルス・クリスパタス、ベイロネラ属種ＭＳＡ１２、アサッカロスポラ・イレギュラリス、エリシペロトクロストリジウム・ラモーサム、ラクトバチルス属種ＴＡＢ−２２、パラサテレラ・エクスクレメンティホミニス、ラクトバチルス属種Ｃ４Ｉ２、パラバクテロイデス属種１５７、バクテロイデス・ファインゴールディー、アリスティペス・ピュトレディニスのうちの１つ若しくは複数、及び／又は任意の適切な分類群に関連する任意の他の適切な微生物（例えば、本明細書に、例えばマイクロバイオーム特徴に関して、記載の分類群からの細菌；本明細書に記載の機能的特徴に関連する分類群からの細菌、など）に関連する、１つ又は複数のプロバイオティクス治療及び／又はプレバイオティクス治療を含むことができる。１つ若しくは複数のプロバイオティクス治療及び／又は他の適切な治療のために、所与の分類群に関連する微生物及び／又は微生物の任意の適切な組合せを、１００，０００〜１，００００，０００，０００ＣＦＵの投薬量で、及び／又は任意の適切な量（例えば、治療に応答しての患者のマイクロバイオームに対する正の調整を予測する治療モデルから決定されるような量；異なる分類群について異なる量；異なる分類群について同じ又は異なる量；など）で提供することができる。ある実施例では、対象に、彼／彼女の生理（例えば、ボディー・マス・インデックス、体重、身長）、人口統計学的特性（例えば、性別、年齢）、ディスバイオシスの重症度、薬物に対する感度、及び任意の他の適切な要因のうちの１つ又は複数に合わせたレジメンに従って、プロバイオティクス製剤を含むカプセルを経口摂取するように指示することができる。実施例では、プロバイオティクス治療及び／又はプレバイオティクス治療を使用して、１つ又は複数の虫垂関連コンディションの向上を助長するためにユーザーのマイクロバイオームを（例えば、組成、機能などに関して）調節することができる。実施例では、治療的介入の助長は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションの向上の助長などのために、ユーザーに対する１つ又は複数のプロバイオティクス治療及び／又はプレバイオティクス治療を促進すること（例えば、そのような治療を推奨すること、そのような治療に関してユーザーに知らせること、そのような治療を提供すること、そのような治療を投与すること、そのような治療を受けることを助長すること、など）を含むことができる。
【００９６】
[00106]プロバイオティクス治療の特定の実施例では、図４に示すように、治療モデルの候補治療は、次のうちの１つ又は複数を実行することができる：物理的バリアを提供することにより（例えば、定着抵抗性により）上皮細胞への病原体侵入を阻止すること、杯細胞の刺激により粘膜バリアの形成を誘導すること、対象の上皮細胞間の頂端タイトジャンクションの統合性を（例えば、タイトジャンクションタンパク質再分布を防止することにより、ゾナオクルーデンス１の上方制御を刺激することにより）強化すること、抗微生物因子を産生すること、抗炎症性サイトカインの産生を（例えば、樹状細胞のシグナル伝達及び調節性Ｔ細胞の誘導により）刺激すること、免疫応答を誘発すること、及びディスバイオシス状態を脱するように対象のマイクロバイオームを調整する任意の他の適切な機能を実行すること。しかし、プロバイオティクス治療及び／又はプレバイオティクス治療を任意の適切な方法で構成することができる。
【００９７】
[00107]別の特定の実施例では、治療は、医療デバイスに基づく治療（例えば、ヒト行動修正に関連するそのような治療、疾患関連コンディションの処置に関連するそのような治療、など）を含むことができる。
【００９８】
[00108]変形形態では、治療モデルは、対象の大集団からのデータに基づくことが好ましく、前記大集団は、様々な治療手段への曝露前及び曝露後のマイクロバイオーム組成及び／若しくは機能的特徴又は健康状態が良好に特性評価されるブロックＳ１１０においてマイクロバイオーム多様性セータセットが得られる対象の集団を含むことができる。そのようなデータを使用して、治療提供モデルを、対象の望ましいアウトカムをもたらす治療方針を異なる虫垂関連特性評価に基づいて同定することに関して、トレーニング及び検証することができる。変形形態では、教師あり機械学習アルゴリズムのような、サポートベクトルマシンを使用して、治療提供モデルを生成することができる。しかし、上記のいずれの他の適切な機械学習アルゴリズムも、治療提供モデルの生成を助長することができる。
【００９９】
[00109]加えて又は代替的に、良好な健康状態であると同定される対象集団の対象から評定される、「正常」又はベースラインマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴の同定との関連で、治療モデルを、得ることができる。良好な健康状態である対象集団の対象のサブセットが（例えば、特性評価プロセスの特徴を使用して）同定されると、マイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴を、良好な健康状態の対象のものを目指して調節する治療を、ブロックＳ１４０において生成することができる。したがって、ブロックＳ１４０は、１つ又は複数のベースラインマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴（例えば、人口統計学的特性のセット各々に１つのベースラインマイクロバイオーム）の同定と、ディスバイオシス状態である対象のマイクロバイオームを同定されたベースラインマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴のものにシフトさせることができる可能性のある治療用製剤及び治療レジメンの同定とを含むことができる。しかし、治療モデルを、任意の他の適切な方法で、生成及び／又は洗練することができる。
【０１００】
[00110]プロバイオティクス治療及び／又はプレバイオティクス治療に関連する（例えば、治療助長システムなどにより適用される治療モデルにより決定されたプロバイオティクス治療に関連する）微生物組成物は、培養可能である（例えば、スケーラブルな治療を提供するために拡大することができる）及び／又は非致死性（例えば、それらの望ましい治療投薬量で非致死性）である、微生物を含むことができる。さらに、微生物組成物は、対象のマイクロバイオームに対して急性の又は適度の効果がある、単一の微生物タイプを含むことができる。加えて又は代替的に、微生物組成物は、互いに協調して対象のマイクロバイオームを望ましい状態にさせるように構成されている複数の微生物タイプについてのバランスの取れた組合せを含むことができる。例えば、プロバイオティクス治療における複数の細菌タイプについての組合せは、対象のマイクロバイオームにプラスの影響を与える点で強い効果がある第２の細菌タイプにより使用される産物を生成する第１の細菌タイプを含むことができる。加えて又は代替的に、プロバイオティクス治療における複数の細菌タイプについての組合せは、対象のマイクロバイオームにプラスの影響を与える同じ機能を有するタンパク質を産生する幾つかの細菌タイプを含むことができる。
【０１０１】
[00111]プロバイオティクス及び／又はプレバイオティクス組成物は、天然由来であることもあり、又は合成により誘導されることもある。例えば、１つの応用では、プロバイオティクス組成物は、糞便物質又は他の生体物質（例えば、特性評価プロセス及び治療モデルを使用して同定されるようなベースラインマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴を有する、１又は複数の対象のそのような物質）からの天然由来でありうる。加えて又は代替的に、プロバイオティック組成物を、特性評価プロセス及び治療モデルを使用して同定されるようなベースラインマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴に基づいて合成により誘導する（例えば、ベンチトップ法を使用して誘導する）ことができる。変形形態では、プロバイオティクス治療に使用することができる微生物剤は、次のうちの１つ又複数を含むことができる：酵母菌（例えば、サッカロマイセス・ブラウディ（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｂｏｕｌａｒｄｉｉ））、グラム陰性菌（例えば、大腸菌ニッスル（Ｅ．  ｃｏｌｉ  Ｎｉｓｓｌｅ））、グラム陽性菌（例えば、ビフィドバクテリウム・ビフィダム（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｂｉｆｉｄｕｍ）、ビフィドバクテリウム・インファンティス（Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ  ｉｎｆａｎｔｉｓ）、ラクトバチルス・ラムノサス、ラクトコッカス・ラクチス、ラクトバチルス・プランタルム、アシドフィルス菌（Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｃｉｄｏｐｈｉｌｕｓ）、カゼイ菌、バシラス・ポリフェルメンティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｏｌｙｆｅｒｍｅｎｔｉｃｕｓ）、など）、及び任意の他のタイプの微生物剤。しかし、プロバイオティクス治療、プレバイオティクス治療及び／若しくは他の適切な治療は、本明細書に記載の任意の適切な分類群に関連する微生物の任意の適切な組合せを含むことができ、並びに／又は治療を任意の適切な方法で構成することができる。
【０１０２】
[00112]ブロックＳ１４０は、１つ又は複数の治療を決定するための１つ又は複数の治療モデルを実行する、保存する、読み出す及び／又は別様に処理することができる。１つ又は複数の治療モデルの処理は、マイクロバイオーム特徴に基づくことが好ましい。例えば、治療モデルの生成は、１つ若しくは複数の虫垂関連コンディションに関連するマイクロバイオーム特徴、マイクロバイオーム特性に関する治療効力などの治療関連態様、及び／又は他の適切なデータに基づきうる。加えて又は代替的に、治療モデルの処理は、任意の適切なデータに基づきうる。ある実施例では、治療モデルの処理は、１つ若しくは複数の治療モデル、ユーザーマイクロバイオーム特徴（例えば、ユーザーマイクロバイオーム特徴を１つ若しくは複数の治療モデルにインプットすること、など）、補足データ（例えば、治療に関連する、例えば微生物関連代謝に関する、過去の知識；ユーザー病歴；ユーザー人口統計学的データ、例えば人口統計学的特性を記述するもの；など）、及び／又は任意の他の適切なデータに基づいて、ユーザーのための１つ又は複数の治療を決定することを含むことができる。しかし、治療モデルのプロセシングは、任意の適切な形で任意の適切なデータに基づきうる。
【０１０３】
[00113]虫垂関連特性評価モデルは、１つ又は複数の治療モデルを含むことができる。ある実施例では、１つ又は複数の虫垂関連特性評価（例えば、１又は複数のユーザーについてのもの、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについてのもの、など）を決定するステップは、１つ若しくは複数の治療モデルに基づいて（例えば、１つ若しくは複数の治療モデルを適用して、など）、及び／又は他の適するデータ（例えば、マイクロバイオーム特徴、例えばユーザーマイクロバイオーム特徴、微生物データセット、例えばユーザー微生物データセット、など）に基づいて、１つ若しくは複数の治療を決定することを含むことができる。特定の実施例では、１つ又は複数の虫垂関連特性評価を決定するステップは、ユーザーについての第１の虫垂関連特性評価（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての傾向を記述するもの、など）を決定すること、及び前記第１の虫垂関連特性評価に基づいてユーザーについての第２の虫垂関連特性評価を決定すること（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションについての傾向に基づいて１つ又は複数の治療を、例えばユーザーへの推奨のために、決定すること）を含むことができる。特定の態様では、虫垂関連特性評価は、傾向関連データ（例えば、診断データ；関連マイクロバイオーム組成、機能、多様性及び／又は他の特性；など）と治療関連データ（例えば、推奨される治療；可能性のある治療；など）の両方を含むことができる。しかし、虫垂関連特性評価は、任意の適切なデータ（例えば、本明細書に記載のデータの任意の組合せ、など）を含むことができる。
【０１０４】
[00114]治療モデルの処理は、多数の治療モデルを処理することを含むことができる。例えば、異なる治療のために異なる治療モデル（例えば、異なる個別治療のために、異なるモデル；治療の異なる組合せ及び／又はカテゴリーのために、異なるモデル、例えば、摂取可能な治療を決定するための第１の治療モデル、及び生理学的関連療法を決定するための第２の治療モデル；など）を処理することができる。ある実施例では、異なる虫垂関連コンディションのために異なる治療モデル（例えば、異なる個別虫垂関連コンディションのために異なるモデル；虫垂関連コンディションの異なる組合せ及び／又はカテゴリーのために異なるモデル）を処理することができる。加えて又は代替的に、任意の適切なデータ及び／又はエンティティのために多数の治療モデルの処理（例えば、そのようなデータ及び／又はエンティティに基づく処理；そのようなデータ及び／又はエンティティのための異なる治療モデルの処理、など）を実行することができる。しかし、多数の治療モデルの処理を任意の適切な方法で実行することができ、１つ又は複数の治療モデルの決定及び／又は適用を任意の適切な方法で実行することができる。
【０１０５】
４．４  ユーザー生体サンプルの処理
[00115]方法１００の実施形態は、ユーザーからの１つ又は複数の生体試料（例えば、ユーザーの異なる収集部位からの生体試料、など）を処理することを含むことができる、ブロックＳ１５０を加えて又は代替的に含むことができる。ブロックＳ１５０は、ユーザーのための、例えば特性評価プロセス用のインプットを得るのに使用するための、微生物データセットの生成を（例えば、ユーザーの虫垂関連特性評価の生成のために、例えば、１つ又は複数の虫垂関連特性評価モデルを適用することなどによって）助長するように機能することができる。しかるが故に、ブロックＳ１５０は、１又は複数のユーザーからの１つ又は複数の生体サンプル（例えば、同じユーザーについての経時的な複数の生体サンプル、異なるユーザーについて異なる生体サンプル、など）を受け取ること、処理すること及び／又は分析することを含むことができる。ブロックＳ１５０では、生体サンプルをユーザー及び／又はユーザーの環境から非侵襲的手段で生成することが好ましい。変形形態では、サンプルを受け取る非侵襲的手段は、次のうちのいずれか１つ又は複数を使用することができる：ユーザーの身体の領域からサンプルを受け取るように構成された、透過性基材（例えば、ユーザーの身体の領域を拭き取るように構成されたスワブ、トイレットペーパー、スポンジなど）、非透過性基材（例えば、スライド、テープなど）及び容器（例えば、バイアル、チューブ、バッグなど）、並びに任意の他の適切なサンプル受け取り要素。特定の実施例では、生体サンプルを、非侵襲的手段で（例えば、スワブ及びバイアルを使用して）ユーザーの鼻、皮膚、生殖器、口及び腸のうちの少なくとも１つ又は複数から（例えば、便サンプルなどによって）収集することができる。しかし、生体サンプルを、加えて又は代替的に、半侵襲的方法又は侵襲的方法で受け取ることができる。変形形態では、サンプルを受け取る侵襲的手段は、次のうちの少なくとも１つ又は複数を使用することができる。針、注射器、生検要素、ランス、及び半侵襲的又は侵襲的手段でサンプルを収集するための任意の他の適切な器具。特定の実施例では、サンプルは、血液サンプル、血漿／血清サンプル（例えば、無細胞ＤＮＡの抽出を可能にするために）、及び組織サンプルを含むことができる。
【０１０６】
[00116]上記変形形態及び実施例では、別のエンティティ（例えば、ユーザーに関連する介護者、医療専門家、自動又は半自動サンプル収集装置、など）による助長がなくても、生体サンプルをユーザーの身体から採取することができる、又は代替的に、別のエンティティの支援によりユーザーの身体から採取することができる。サンプル抽出プロセスで別のエンティティによる助長がなしにユーザーから生体サンプルを採取する一実施例では、サンプル提供キットをユーザーに提供することができる。実施例では、キットは、サンプル獲得用の１つ又は複数のスワブ；スワブ（複数可）を受け取るように構成された１つ又は複数の保管用容器；サンプル提供及びユーザーアカウントの設定についての説明書；サンプル（複数可）をユーザーと関連付けるように構成された要素（例えば、バーコード識別子、タグなど）；並びにユーザーからのサンプル（複数可）のサンプル処理操作への（例えば、メール配信システムによる）配信を可能にする入れ物を含むことができる。別のエンティティを活用してユーザーから生体サンプルを抽出する別の実施例では、１つ又は複数のサンプルを、臨床又は研究の場でユーザーから（例えば、診療予約中に）収集することができる。しかし、生体サンプルを、任意の他の適切な方法でユーザーから受け取ることができる。
【０１０７】
[00117]さらに、ユーザーからの生体サンプルの（例えば、ユーザー微生物データセットを生成するなどのための）処理及び分析は、上記ブロックＳ１１０に関して並びに／又は方法１００及び／若しくはシステム２００の実施形態の任意の他の適切な部分に関して説明した、サンプル受け取りの実施形態、変形形態及び／又は実施例のものと同様の方法で実行することが好ましい。しかるが故に、ブロックＳ１５０における生体サンプルの受け取り及び処理は、プロセスの一貫性を生じさせることなどのために、方法１００の特性評価プロセスを実行するために使用する生体サンプルの受け取り及び処理のためのプロセスと同様のプロセスを使用してユーザーに対して実行することができる。しかし、ブロックＳ１５０における生体サンプルの受け取り及び処理を、加えて又は代替的に、任意の他の適切な方法で実行することができる。
【０１０８】
４．５  虫垂関連特性評価の決定。
[00118]方法１００の実施形態は、１つ又は複数の特性評価プロセス（例えば、ブロックＳ１３０に関して記載した１つ又は複数の特性評価プロセス、など）を用いて、ユーザーについての虫垂関連特性評価を、例えば、ユーザーの生体サンプルから得られる１つ又は複数の微生物データセットの処理（例えば、ユーザー微生物配列データセット、マイクロバイオーム組成データセット、マイクロバイオーム機能的多様性データセット；１つ又は複数の虫垂関連特性評価を決定するために使用することができるユーザーマイクロバイオーム特徴を抽出する（例えば、特徴値を抽出する、など）ための前記微生物データセットの処理；など）に基づいて、決定することを含むことができる、ブロックＳ１６０を、加えて又は代替的に含むことができる。ブロックＳ１６０は、ユーザーについての１つ又は複数の虫垂関連コンディションを、例えば、前記ユーザーのマイクロバイオームから得られるデータから特徴を抽出することによって、及び上記ブロックＳ１３０に関して説明した特性評価プロセスの実施形態、変形形態又は実施例へのインプットとして前記特徴を使用して（例えば、前記ユーザーマイクロバイオーム特徴をマイクロバイオーム関連コンディション特性評価モデルなどへのインプットとして使用して）、特性評価するように機能することができる。ある実施例では、ブロックＳ１６０は、ユーザーマイクロバイオーム特徴及び虫垂関連コンディションモデル（例えば、ブロックＳ１３０において生成されたもの）に基づいて、ユーザーについての虫垂関連特性評価を生成することを含むことができる。虫垂関連特性評価は、虫垂関連コンディション（例えば、虫垂関連コンディションの組合せ、単一の虫垂関連コンディション、及び／又は他の適切な虫垂関連コンディション；など）、ユーザー、収集部位及び／又は他の適切なエンティティの、任意の数及び／又は組合せについてのものでありうる。虫垂関連特性評価は、次のうちの１つ又は複数を含むことができる：診断（例えば、虫垂関連コンディションの存在又は非存在；など）；リスク（例えば、虫垂関連コンディションの発生及び／又は存在についてのリスクスコア）；虫垂関連特性評価に関する情報（例えば、症状、徴候、誘発因子、関連コンディションなど）；比較（例えば、他の部分群、集団、ユーザー、ユーザーの過去の健康状態、例えば過去のマイクロバイオーム組成及び／又は機能的多様性、との比較；虫垂関連コンディションに関連する比較；など）；治療決定；特性評価プロセスに関連する他の適切なアウトプット；及び／又は任意の他の適切なデータ。
【０１０９】
[00119]別の変形形態では、虫垂関連特性評価は、１つ又は複数の虫垂関連コンディションと相関関係があるマイクロバイオーム多様性スコアに関連する（例えば、そのようなスコアと相関関係がある；そのようなスコアと負の相関関係がある；そのようなスコアと正の相関関係がある；など）、マイクロバイオーム多様性スコア（例えば、マイクロバイオーム組成、機能などに関するもの）を含むことができる。実施例では、虫垂関連特性評価は、経時的なマイクロバイオーム多様性スコア（例えば、経時的に収集されたユーザーの多数の生体サンプルについて算出さえたもの）、他のユーザーのマイクロバイオーム多様性スコア及び／又は任意の他の適切なタイプのマイクロバイオーム多様性スコアとの比較を含むことができる。しかし、マイクロバイオーム多様性スコアの処理（例えば、マイクロバイオーム多様性スコアを決定すること；マイクロバイオーム多様性スコアを使用して治療を決定及び／又は提供すること；など）を、任意の適切な方法で実行することができる。
【０１１０】
[00120]ブロックＳ１６０における虫垂関連特性評価の決定は、ユーザーのマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴に関連する特徴及び／又は特徴の組合せを判定すること（例えば、ユーザーに関連する特徴値であって、ブロックＳ１３０において判定されたマイクロバイオーム特徴に対応する特徴値、などを決定すること）；前記特徴を特性評価プロセスにインプットすること；並びに行動群、性別群、食事群、疾患状態群、及び特性評価プロセスにより同定することが可能な任意の他の適切な群のうちのいずれか１つ又は複数に属するとユーザーを特性評価するアウトプットを受け取ることを、含むことが好ましい。ブロックＳ１６０は、ユーザーの特性評価に関連する信頼度メトリクスの生成及び／又はアウトプットを、加えて又は代替的に含むことができる。例えば、信頼度メトリクスは、特性評価を生成するために使用した特徴の数、特性評価を生成するために使用した特徴の相対重み又はランク付け、特性評価プロセスにおけるバイアスの測定量、及び／又は特性評価プロセスの態様に関連する任意の他の適切なパラメータから導出することができる。しかし、ユーザーマイクロバイオーム特徴の利用を任意の適切な方法で実行して、任意の適切な虫垂関連特性評価を生成することができる。
【０１１１】
[00121]幾つかの変形形態では、ユーザーの微生物データセットから抽出された特徴を、補足的特徴（例えば、ユーザーについて収集された補足データ、例えば、調査から導出された特徴、病歴から導出された特徴、センサーデータなど、から抽出されるもの）で補足することができ、そのようなデータ、ユーザーマイクロバイオームデータ、及び／又は他の適切なデータを使用して、ブロックＳ１３０、ブロックＳ１６０、及び／又は方法１００の実施形態の他の適切な部分の、特性評価プロセスをさらに洗練することができる。
【０１１２】
[00122]虫垂関連特性評価の決定は、ユーザーについての（例えば、ユーザーマイクロバイオームデータセットに基づく）ユーザーマイクロバイオーム特徴（例えば、ユーザーマイクロバイオーム組成多様性特徴；ユーザーマイクロバイオーム機能的多様性特徴；特徴値を抽出するもの；など）、特性評価モデル、及び／又は他の適切な構成要素を、例えば、ブロックＳ１３０に関して説明したプロセスを利用することにより、及び／又は本明細書に記載の任意の適切なアプローチを利用することにより、抽出及び適用することを、含むことが好ましい。
【０１１３】
[00123]変形形態では、図６に示すように、ブロックＳ１６０は、虫垂関連特性評価（例えば、虫垂関連特性評価から抽出された情報；治療的介入の一部として；など）を、例えば、ウェブインターフェース、モバイルアプリケーション、及び／又は任意の他の適切なインターフェースに提示することを含むことができるが、情報の提示を任意の適切な方法で実行することができる。しかし、ユーザーの微生物データセットを、加えて又は代替的に、任意の他の適切な方法で使用して方法１００のモデルを強化することができ、ブロックＳ１６０を任意の適切な方法で実行することができる。
【０１１４】
４．６  治療的介入の助長。
[00124]図９に示すように、方法１００の実施形態は、１又は複数のユーザーについての１つ又は複数の虫垂関連コンディションのための治療的介入を（例えば、虫垂関連特性評価及び／又は治療モデルに基づいて）助長すること（例えば、治療を促進すること、治療を提供すること、治療の提供を助長すること、など）を含むことができるブロックＳ１７０を、加えて又は代替的に、含むことができる。ブロックＳ１７０は、ユーザーに対する１つ又は複数の治療に関する治療的介入、例えば、ユーザーのマイクロバイオーム組成及び／又は機能的多様性を１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関して所望の状態（及び／又は虫垂関連コンディションの状態などを別様に向上させる）の方にシフトさせるための治療的介入を、推奨、促進、提供及び／又は別様に助長するように機能することができる。ブロックＳ１７０は、ユーザーへの、彼らのマイクロバイオーム組成及び機能的特徴に従ってカスタマイズされた治療の、提供を含むことができ、前記カスタマイズされた治療は、特性評価が同定されたユーザーのディスバイオシス特性を補正するように構成された微生物の製剤を含むことができる。しかるが故に、ブロックＳ１４０のアウトプットを使用して、トレーニングされた治療モデルに基づいてユーザーに向けての治療製剤及びレジメン（例えば、投薬量、使用説明書）のカスタマイズを直接促進することができる。加えて又は代替的に、治療提供は、マイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴を所望の状態の方にシフトさせるように構成された利用可能な治療方針の推奨を含むことができる。変形形態では、治療は、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：摂取可能なもの、局所療法（例えば、ローション、軟膏、消毒薬など）、薬物療法（例えば、任意の適する薬物療法タイプ及び／又は投薬量に関連する薬物療法、など）、バクテリオファージ、環境的処置、行動修正（例えば、食事修正療法、ストレス解消療法、身体活動関連療法、など）、診断手順、他の医療関連手順、及び／又は虫垂関連コンディションに関連する任意の他の適切な治療。摂取可能なものは、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：食品及び／若しくは飲料品（例えば、プロバイオティクス及び／若しくはプレバイオティックス食品及び／若しくは飲料品、など）、栄養補給食品（例えば、ビタミン、ミネラル、繊維、脂肪酸、アミノ酸、プレバイオティクス、プロバイオティクス、など）、摂取可能な薬物並びに／又は任意の他の適切な治療手段。ある実施例では、１つ若しくは複数の治療の提供、及び／又は治療的介入の別様の助長は、１つ又は複数の治療についての推奨を、１又は複数のユーザーの、該１又は複数のユーザーに関連付けられた１つ又は複数のコンピュータデバイスに（例えば、前記コンピュータデバイスに提示される、ウェブアプリケーションなどのユーザーインターフェース、などに）提供することを含むことができる。
【０１１５】
[00125]例えば、市販のプロバイオティクスサプリメントの組合せは、治療モデルのアウトプットに従ってのユーザーにとって適切なプロバイオティクス治療を含みうる。別の実施例では、方法１００は、虫垂関連コンディションについてのユーザーの虫垂関連コンディションリスクを虫垂関連コンディションモデル（例えば、及び／又はユーザーマイクロバイオーム特徴）に基づいて判定するステップ；及び前記虫垂関連コンディションリスクに基づいて前記ユーザーに対する治療を促進するステップを含むことができる。
【０１１６】
[00126]変形形態では、治療的介入の助長は、診断手順を促進することを（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するユーザー健康状態を向上させるためのユーザーマイクロバイオームの調節などのための、他の治療の後続の促進の意欲を引き出すことができる、虫垂関連コンディションの検出を助長するなどのために）含むことができる。診断手順は、次のうちのいずれか１つ又は複数を含むことができる：病歴分析、画像検査、細胞培養試験、抗体検査、皮膚プリックテスト、パッチテスト、血液検査、負荷試験、方法１００の実施形態の部分の実行、及び／又は虫垂関連コンディションの検出（例えば、観察、予測など）を助長するための任意の他の適切な手順。加えて又は代替的に、診断デバイス関連情報及び／又は他の適切な診断情報を、補足データセットの一部として（例えば、そのようなデータを特性評価、治療モデル及び／又は他の適切なモデルの決定及び／又は適用に使用することができるブロックＳ１２０、などとの関連で）処理しうること、並びに／又は方法１００の実施形態の任意の適切な部分との関連で収集、使用及び／若しくは別様に処理すること（例えば、ブロックＳ１８０との関連で治療効力のモニタリングのためにユーザーに診断手順を投与すること；など）ができる。
【０１１７】
[00127]別の変形形態では、ブロックＳ１７０は、バクテリオファージに基づく治療を促進することを含むことができる。より詳細には、ユーザーに関して表示される、ある特定の細菌（又は他の微生物）に特異的なバクテリオファージの１つ又は複数の集団（例えば、コロニー形成単位で）を使用して、前記ある特定の細菌の集団を下方制御又は別様に排除することができる。しかるが故に、バクテリオファージに基づく治療を使用して、ユーザーにおいて表示される細菌の望ましくない集団（複数可）のサイズ（複数可）を低減させることができる。相補的に、バクテリオファージに基づく治療を使用して、使用するバクテリオファージ（複数可）の標的とならない細菌集団の相対存在量を増加させることができる。
【０１１８】
[00128]別の変形形態では、治療的介入の助長（例えば、治療の提供など）は、推奨された治療、他の形態の治療、虫垂関連特性評価、及び／又は他の適切なデータに関するユーザーへの通知の提供を含むことができる。特定の実施例では、ユーザーへの治療の提供は、治療推奨を（例えば、ユーザーについての虫垂関連特性評価から得た情報の提供と実質的に同時に）、及び／又は他の適切な治療関連情報（例えば、治療効力；他の個別のユーザー、ユーザーの部分群、及び／又はユーザーの集団との比較；治療比較；過去の治療及び／又は関連治療に関係する情報；認知行動療法などのための心理療法ガイド；など）を、例えば、ウェブインターフェースに通知を提示することによって（例えば、ユーザーに関連付けられた、ユーザーを特定する、ユーザーアカウント、などによって）提供することを含むことができる。通知は、通知提供用に構成されたアプリケーション、ウェブインターフェース及び／又はメッセージングクライアントを実行する電子デバイス（例えば、パーソナルコンピュータ、モバイルデバイス、タブレット、ウェアラブル、頭部装着型ウェアラブルコンピュータデバイス、手首装着型ウェアラブルコンピュータデバイス、など）によって、ユーザーに提供することができる。一実施形態では、ユーザーに関連付けられたパーソナルコンピュータ又はラップトップのウェブインターフェースは、ユーザーのユーザーアカウントであって、ユーザーの虫垂関連特性評価、ユーザーのマイクロバイオームの態様の詳細な特性評価に関する（例えば、虫垂関連コンディションとの相関関係などに関する）情報、及び／又は提案された治療方針（例えば、ブロックＳ１４０及び／又はＳ１７０において生成された治療方針など）に関する通知を含むユーザーアカウントに、ユーザーがアクセスできるようにすることができる。別の実施例では、個人用電子デバイス（例えば、スマートフォン、スマートウォッチ、頭部装着型スマートデバイス）で実行するアプリケーションを、ブロックＳ１７０の治療モデルにより生成された治療の提案に関する通知を（例えば、ディスプレイに、触覚的に、聴覚的手段で、など）提供するように構成することができる。通知及び／又はプロバイオティクス治療は、加えて又は代替的に、ユーザーに関連するエンティティ（例えば、介護者、配偶者、大切な他者、医療専門家など）が、直接提供することができる。幾つかのさらなる変形形態では、通知を、ユーザーに関連するエンティティ（例えば、医療専門家）に、例えば、前記エンティティが治療の提供を（例えば、処方箋によって、治療セッションを行うことによって、コンピュータデバイスの光学及び／又はオーディオセンサーを使用するデジタル遠隔医療セッション、などによって）助長することができる場合、加えて又は代替的に、提供することができる。しかし、通知の提供、及び／又は治療法の別様の助長を、任意の適切な方法で実行することができる。
【０１１９】
４．７  治療有効性のモニタリング。
[00129]図７に示すように、方法は、１つ若しくは複数の治療の有効性のモニタリング及び／又は他の適切な構成要素（例えば、マイクロバイオーム特徴など）のモニタリングであって、ユーザーについての（例えば、ユーザーの一連の生体サンプルを処理することに基づく）経時的なモニタリングを含むことができるブロックＳ１８０を、加えて又は代替的に含むことができる。ブロックＳ１８０は、１つ若しくは複数の治療の（例えば、所与の特性評価のユーザーについての治療モデルなどによって示唆される）プラス効果、マイナス効果及び／若しくは有効性の欠如に関する並びに／又はマイクロバイオーム特性評価のモニタリングに関する追加のデータを（例えば、一連の時点でユーザーについてのマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴を評価するなどのために）集めるように機能することができる。
【０１２０】
[00130]したがって、治療モデルにより促進された治療中の（例えば、治療全体を通してユーザーから生体サンプルを受け取り、分析することによる、治療全体を通して調査から得られるデータユーザーから受け取ることによる）ユーザーのモニタリングを使用して、ブロックＳ１３０の特性評価プロセスにより提供される特性評価の各々についての、並びにブロックＳ１４０及びＳ１７０で提供される推奨される治療方針の各々についての、治療有効性モデルを生成することができる。
【０１２１】
[00131]ブロックＳ１８０では、治療を取り入れる治療レジメンの１つ又は複数の肝要な時点で追加の生体サンプル、補足データ及び／又は他の適切なデータを提供するようにユーザーに促すことができ、前記追加の生体サンプル（複数可）を（例えば、ブロックＳ１２０に関して説明したものと同様の方法で）処理及び分析して、ユーザーのマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴の調節を特性評価するメトリクスを生成することができる。例えば、ユーザーのマイクロバイオームにおいて最も早い時点で表示される１つ又は複数の分類群の相対存在量の変化、ユーザーのマイクロバイオームの特定の分類群の表示の変化、ユーザーのマイクロバイオームの細菌の第１の分類群の存在量と細菌の第２の分類群の存在量との間の比、ユーザーのマイクロバイオームにおける１つ又は複数の機能的ファミリーの相対存在量の変化、及び任意の他の適切なメトリクスのうちの、１つ又は複数に関するメトリクスを使用して、マイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴の変化から治療有効性を評定することができる。加えて又は代替的に、治療中のユーザーの経験（例えば、経験した副作用、向上についての個人的評定、行動修正、症状改善、など）に関する、ユーザーからの調査から得られるデータを使用して、ブロックＳ１８０において治療の有効性を判定することができる。例えば、方法１００は、ユーザーから治療後生体サンプルを受け取るステップ；ユーザーから補足データセットを収集するステップであって、前記補足データセットが、治療（例えば、決定及び促進された治療）に対するユーザー順守率及び／又は他の適切なユーザー特性（例えば、行動、コンディションなど）を記述するものである、ステップ；虫垂関連特性評価モデル及び治療後生体サンプルに基づいて虫垂関連コンディションに関する第１のユーザーの治療後虫垂関連特性評価を生成するステップ；及び治療後虫垂関連特性評価に基づいて（例えば、治療後虫垂関連特性評価と治療前虫垂関連特性評価との間の比較、などに基づいて）及び／又は治療に対するユーザーの順守率に基づいて（例えば、虫垂関連コンディションに関するユーザーマイクロバイオームの肯定的又は否定的結果に基づいて治療を修正するなどして）、虫垂関連コンディションのためのユーザーに対するアップデートされた治療を促進するステップを含むことができる。加えて又は代替的に、他の適切なデータ（例えば、１つ又は複数の虫垂関連コンディションに関連するユーザーの行動を記述する補足データ；観察された症状などの虫垂関連コンディションを記述する補足データ；など）を、治療後特性評価（例えば、虫垂関連コンディションに関する治療前から治療後への変化度；など）の決定、アップデートされた治療の決定（例えば、有効性及び／又は促進された治療に対する順守率に基づくアップデートされた治療の決定、など）に、使用することができる。
【０１２２】
[00132]ある実施例では、方法１００は、補足データ（例えば、調査から得られるデータ；症状重症度などに関する虫垂関連コンディションの状態を知らせるもの、など）を収集するステップ；ユーザーマイクロバイオーム特徴及び前記補足データに基づいて、ユーザーについての虫垂関連特性評価を決定するステップ；前記虫垂関連特性評価に基づいて虫垂関連コンディションのための治療に関する治療的介入を助長する（例えば、ユーザーに対する治療を促進する、など）ステップ；ユーザーから（前記治療的介入の助長後、などに）治療後生体サンプルを収集するステップ；後続の補足データ（例えば、第２の調査から得られるデータ及びデバイスデータの少なくとも１つを含むものなど）を収集するステップ；及び前記後続の補足データ、及び前記治療後生体サンプルに関する治療後ユーザーマイクロバイオーム特徴に基づいて、前記虫垂関連コンディションについての前記ユーザーの治療後虫垂関連特性評価を決定するステップを含むことができる。実施例では、方法１００は、治療後虫垂関連特性評価に基づいて、虫垂関連コンディションを向上するためのユーザーのためのアップデートされた治療（例えば、治療の修正；異なる治療など）に関する治療的介入を助長するステップであって、例えば、前記アップデートされた治療が、摂取可能なもの、デバイス関連治療、外科手術、心理学的関連療法、行動修正療法、及び環境的要因修正療法のうちの少なくとも１つを含むことができる、ステップを、含むことができる。実施例では、治療後虫垂関連特性評価を決定するステップは、ユーザーのマイクロバイオーム特性と、虫垂関連コンディションに関連する行動及び環境的要因の少なくとも一方（並びに／又は他の適切な特性）を共有するユーザー部分群に対応する参照マイクロバイオーム特性との比較を、治療後マイクロバイオーム特徴に基づいて決定することを含むことができ、アップデートされた治療に関する治療的介入を助長するステップは、行動修正療法及び環境的要因修正療法の少なくとも一方並びに／又は他の適切な治療についての比較をユーザーに提示することを含むことができる。しかし、ブロックＳ１８０を、追加の生体サンプル、追加の補足データ、及び／又は他の適切な追加データに関して、任意の適切な方法で実行することができる。
【０１２３】
[00133]治療有効性、追加の生体サンプルの（例えば、追加の虫垂関連特性評価、治療などを決定するための）処理、並びに／又は虫垂関連コンディションに関する継続生体サンプル収集、処理及び分析に関連する他の適切な態様を、モデル（例えば、特性評価モデル、治療モデルなど）を生成、アップデート及び／若しくは別様に処理するために、並びに／又は任意の他の適切な目的に（例えば、方法１００の実施形態の他の部分に関連するインプットとして）、任意の適切なときに及び頻度で、実行することができる。しかし、ブロックＳ１８０を任意の適切な方法で実行することができる。
【０１２４】
[00134]しかし、方法１００の実施形態は、対象からの生体サンプルの受け取り、対象からの生体サンプルの処理、生体サンプルから得られるデータの分析、並びに対象の特定のマイクロバイオーム組成及び／又は機能的特徴に従ってカスタマイズされた診断法及び／又はプロバイオティクスに基づく治療を提供するために使用することができるモデルの生成を、助長するように構成することができる、任意の他の適切なブロック又はステップを含むことができる。
【０１２５】
[00135]方法１００及び／又はシステム２００の実施形態は、方法１００及び／又は本明細書に記載のプロセスの実施形態の部分を、非同期的に（例えば、逐次的に）、同時に（例えば、並行して）、又は任意の他の順序で、システム２００及び／若しくは本明細書に記載の他のエンティティについての１つ若しくは複数のインスタンス、要素、構成要素及び／若しくは他の態様により、並びに／又はそのようなインスタンス、要素、構成要素及び／若しくは他の態様を使用して実行することができる、任意の変形例（例えば、実施形態、変形形態、実施例、特定の実施例、図など）を含む、様々なシステム構成要素及び様々な方法プロセスのあらゆる組合せ及び順列を含むことができる。
【０１２６】
[00136]本明細書に記載の変形例のうちのいずれか（例えば、実施形態、変形形態、実施例、特定の実施例、図など）及び／又は本明細書に記載の変形例の任意の部分を、加えて又は代替的に、組み合わせること、集約すること、除外すること、使用すること、順次実行すること、並行して実行すること、及び／又は別様に適用することができる。
【０１２７】
[00137]方法１００及び／又はシステム２００の実施形態の部分を、少なくとも一部は、コンピュータ可読命令を保存するコンピュータ可読媒体を受けるように構成された機械として具現及び／又は実施することができる。システムと統合することができる、コンピュータにより実行可能な構成要素によって、命令を実行することができる。コンピュータ可読媒体を、任意の適切なコンピュータ可読媒体、例えば、ＲＡＭ、ＲＯＭ、フラッシュメモリー、ＥＥＰＲＯＭ、光学デバイス（ＣＤ若しくはＤＶＤ）、ハードドライブ、フロッピードライブ又は任意の適切なデバイスに保存することができる。コンピュータにより実行可能な構成要素は、一般的又は特定用途向けプロセッサーであることができるが、いずれの適切な専用ハードウェア又はハードウェア／ファームウェアの組合せデバイスも、加えて又は代替的に、命令を実行することができる。
【０１２８】
[00138]前述の詳細な説明から並びに図及び特許請求の範囲から当業者には理解されるように、方法１００の実施形態、システム２００の実施形態及び／又は変形例に、特許請求の範囲に記載の範囲から逸脱することなく修飾及び変更を加えることができる。
【０１２９】
〔関連出願の相互参照〕
[0001]本願は、この参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、２０１７年７月１８日に出願した米国特許仮出願第６２／５３３，８１６号の利益を主張するものである。
【０１３０】
[0002]本願は、この参照により各々その全体が本明細書に組み込まれる、２０１４年１０月２１日に出願した米国特許出願第６２／０６６，３６９号、２０１４年１２月４日に出願した米国特許出願第６２／０８７，５５１号、２０１４年１２月１７日に出願した米国特許出願第６２／０９２，９９９号、２０１５年４月１４日に出願した米国特許出願第６２／１４７，３７６号、２０１５年４月１４日に出願した米国特許出願第６２／１４７，２１２号、２０１５年４月１４日に出願した米国特許出願第６２／１４７，３６２号、２０１５年４月１３日に出願した米国特許出願第６２／１４６，８５５号及び２０１５年８月１８日に出願した米国特許出願第６２／２０６，６５４号の優先権を主張する、２０１５年１０月２１日に出願した米国特許出願第１４／９１９，６１４号の継続である、２０１７年５月２６日に出願した米国特許仮出願第１５／６０６，７４３号に関係する。
【図１Ａ】
2020528285.tif 000003
【図１Ｂ】
2020528285.tif 000004
【図２】
2020528285.tif 000005
【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８Ａ】
2020528285.tif 000011
【図８Ｂ】
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【図９】
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【国際調査報告】
2020528285.tif 000014
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