(57)【要約】本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチドを含有するライブラリーであり、ポリヌクレオチドのうちの１つは、特定の超可変領域ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２を含む抗体重鎖をコードする。本明細書で更に提供されるのは、複数のユニーク抗体をコードするポリヌクレオチドを含有するライブラリーであり、各抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。また、それに関する抗体、ポリペプチドライブラリー、ベクターライブラリー、細胞、非ヒト動物、抗体重鎖、抗体ライブラリーの作製方法、キット、及び二重特異性抗体の生成方法も提供される。【選択図】図１Ａ
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、前記ポリヌクレオチドのうちの１つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、
前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ライブラリー。
【請求項２】
前記ポリヌクレオチドの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つまたは少なくとも１０が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域をコードし、
前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項１に記載のライブラリー。
【請求項３】
前記ＨＶＲ−Ｈ２が、
（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０８）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０９）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；及び
（式ＸＩＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（配列番号２１０）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項１または２に記載のライブラリー。
【請求項４】
前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖をコードし、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜３のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項５】
前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖をコードし、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜４のいずれか1項に記載のライブラリー。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖をコードし、前記ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜５のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖をコードし、前記ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜６のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドが、約６．５＊１０４未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む、請求項１〜７のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項９】
前記ポリヌクレオチドが、約６７００未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む、請求項８に記載のライブラリー。
【請求項１０】
前記ポリヌクレオチドが、約６６６０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む、請求項９に記載のライブラリー。
【請求項１１】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含み、前記抗体のＨＶＲ−Ｈ２が、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜１０のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１２】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含み、前記抗体のＨＶＲ−Ｈ２が、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１３】
前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項１４】
前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項１５】
前記重鎖可変領域が、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む、請求項１〜１４のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１６】
前記重鎖可変領域が、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び／または配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を含む、請求項１〜１５のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１７】
前記重鎖可変領域が、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列を含む、請求項１に記載のライブラリー。
【請求項１８】
前記ポリヌクレオチドが、全長抗体重鎖をコードする、請求項１〜１７のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１９】
抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを更に含む、請求項１〜１８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項２０】
前記抗体軽鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／または前記ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項１９に記載のライブラリー。
【請求項２１】
抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのユニーク配列を含む、請求項１９または２０に記載のライブラリー。
【請求項２２】
抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも約２８０のユニーク配列を含む、請求項１９〜２１のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項２３】
抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも約１０５のユニーク配列を含む、請求項１９〜２２のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項２４】
複数のユニーク抗体をコードするポリヌクレオチドを含む、ライブラリーであって、各抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含み、前記複数の各抗体の前記重鎖可変領域は、同一の配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ライブラリー。
【請求項２５】
前記ＨＶＲ−Ｈ２が、
（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０８）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０９）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；及び
（式ＸＩＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（配列番号２１０）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項２４に記載のライブラリー。
【請求項２６】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む、請求項２４または２５に記載のライブラリー。
【請求項２７】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む、請求項２４〜２６のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項２８】
前記重鎖可変領域が、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む、請求項２４〜２７のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項２９】
前記重鎖可変領域が、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む、請求項２４〜２８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３０】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、請求項２４〜２９のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３１】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含み、前記抗体のＨＶＲ−Ｈ２が、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２４〜３０のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３２】
前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される、請求項２４に記載のライブラリー。
【請求項３３】
前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される、請求項２４に記載のライブラリー。
【請求項３４】
前記重鎖可変領域が、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む、請求項２４〜３３のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３５】
前記重鎖可変領域が、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び／または配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を含む、請求項２４〜３４のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３６】
前記重鎖可変領域が、配列番号配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列を含む、請求項２４に記載のライブラリー。
【請求項３７】
前記軽鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／または前記ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項２４〜３６のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３８】
前記ライブラリー中の前記抗体の前記軽鎖可変領域が、少なくとも１つのユニーク配列を有する、請求項２４〜３７のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項３９】
前記ライブラリー中の前記抗体の前記軽鎖可変領域が、少なくとも約２８０のユニーク配列を有する、請求項２４〜３８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項４０】
前記ライブラリー中の前記抗体の前記軽鎖可変領域が、少なくとも約１０５のユニーク配列を有する、請求項２４〜３９のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項４１】
前記抗体重鎖可変領域の前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２のうちの少なくとも１つが、構造決定及び／またはコンピューターモデリングによって評価されたとき、複数の立体構造を取る、請求項１〜４０のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項４２】
前記抗体重鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つがベクター中にある、請求項１〜４１のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項４３】
前記ベクターが、発現ベクターである、請求項４２に記載のライブラリー。
【請求項４４】
前記ベクターが、ディスプレイベクターである、請求項４２に記載のライブラリー。
【請求項４５】
前記抗体重鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つが細胞中にある、請求項１〜４４のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項４６】
前記細胞が、細菌、酵母、または哺乳類の細胞である、請求項４５に記載のライブラリー。
【請求項４７】
ポリヌクレオチドを含む非ヒト動物であって、前記ポリヌクレオチドのうちの１つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、
前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記非ヒト動物。
【請求項４８】
前記非ヒト動物が、哺乳類である、請求項４７に記載の非ヒト動物。
【請求項４９】
表面上に提示された少なくとも１つのポリペプチドを含むファージであって、前記少なくとも１つのポリペプチドは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域を含む抗原結合ドメインを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ファージ。
【請求項５０】
ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を含む抗体重鎖であって、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記抗体重鎖。
【請求項５１】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む、請求項５０に記載の抗体重鎖。
【請求項５２】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む、請求項５０または５１に記載の抗体重鎖。
【請求項５３】
前記重鎖可変領域が、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む、請求項５０〜５２のいずれか１項に記載の抗体重鎖。
【請求項５４】
前記重鎖可変領域が、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む、請求項５０〜５３のいずれか１項に記載の抗体重鎖。
【請求項５５】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、請求項５０〜５４のいずれか１項に記載の抗体重鎖。
【請求項５６】
前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、請求項５０〜５５のいずれか１項に記載の抗体重鎖。
【請求項５７】
前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される、
請求項５０に記載の抗体重鎖。
【請求項５８】
前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される、請求項５０に記載の抗体重鎖。
【請求項５９】
前記重鎖可変領域が、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む、請求項５０〜５８のいずれか１項に記載の抗体重鎖。
【請求項６０】
前記重鎖可変領域が、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び／または配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を含む、請求項５０〜５９のいずれか１項に記載の抗体重鎖。
【請求項６１】
前記重鎖可変領域が、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列を含む、請求項５０に記載の抗体重鎖。
【請求項６２】
重鎖及び軽鎖を含む抗体であって、前記重鎖が、請求項５０〜６１のいずれか１項に記載の重鎖である、前記抗体。
【請求項６３】
約１０−７〜約１０−１１Ｍの平衡解離定数（Ｋｄ）で、少なくとも１つの標的に結合する、請求項６２に記載の抗体。
【請求項６４】
前記抗体が、約６０℃〜約９０℃の溶解温度（Ｔｍ）を有する、請求項６２または６３に記載の抗体。
【請求項６５】
抗原結合ドメインを含むライブラリーであって、前記抗原結合ドメインのうちの１つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域を含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ライブラリー。
【請求項６６】
前記重鎖可変領域が、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む、請求項６５に記載のライブラリー。
【請求項６７】
前記抗原結合ドメインが、抗体軽鎖可変領域を更に含む、請求項６５または６６に記載のライブラリー。
【請求項６８】
前記抗体軽鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／または前記ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項６７に記載のライブラリー。
【請求項６９】
前記ライブラリーがファージを含み、前記抗原結合ドメインが前記ライブラリーの少なくとも１つのファージの表面上に提示される、請求項６５〜６８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項７０】
請求項１〜４６のいずれか１項に記載のライブラリーのポリヌクレオチド配列を準備し、組み立てることを含む、ライブラリーの調製方法。
【請求項７１】
（ａ）複数の立体構造を有する配列を含む１、２または３つの重鎖ＨＶＲを選択するステップと、（ｂ）ポリヌクレオチド配列を組み立てて、複数の抗体重鎖可変領域配列をコードするポリヌクレオチドのライブラリーを生成するステップと、を含む、抗体ライブラリーの作製方法。
【請求項７２】
前記抗体重鎖可変領域配列が、ヒト抗体配列である、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記抗体重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項７１に記載の方法。
【請求項７４】
２つの抗体重鎖可変領域及び２つの同一の軽鎖可変領域を含む、二重特異性抗体の生成方法であって、（ａ）第１の抗原に結合する第１の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、前記第１の抗原結合ドメインは、第１の抗体重鎖可変領域及び第１の抗体軽鎖可変領域を含み、前記第１の抗体重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、前記スクリーニングすることと、
（ｂ）第２の抗原に結合する第２の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、前記第２の抗原結合ドメインは、第２の抗体重鎖可変領域及び第２の抗体軽鎖可変領域を含み、前記第２の抗体重鎖可変領域は、前記第１の抗体重鎖可変領域と同じ配列を有する、前記スクリーニングすることと、
（ｃ）前記第１の抗原結合ドメイン及び前記第２の抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体を生成することと、を含む、
前記生成方法。
【請求項７５】
二重特異性抗体であって、（ａ）第１の重鎖可変領域及び第１の軽鎖可変領域を含む第１の結合ドメインであって、第１の標的に結合する、前記第１の結合ドメインと、（ｂ）第２の重鎖可変領域及び第２の軽鎖可変領域を含む第２の結合ドメインであって、前記第２の結合ドメインは、第２の標的に結合し、前記第２の重鎖可変領域は、前記第１の重鎖可変領域配列と同一の配列を有する、前記第２の結合ドメインと、を含み、前記第１及び第２の重鎖可変領域のそれぞれは、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記二重特異性抗体。
【請求項７６】
前記第１の重鎖可変領域が、第１の重鎖定常領域に連結され、前記第２の重鎖可変領域が、第２の重鎖定常領域に連結され、前記第１の抗体軽鎖可変領域が、第１の軽鎖定常領域に連結され、前記第２の抗体軽鎖可変領域が、第２の軽鎖定常領域に連結され、前記第１及び前記第２の抗体重鎖が、同一の配列を有する、請求項７５に記載の二重特異性抗体。
【請求項７７】
請求項１〜４６のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドのライブラリーを含む、キット。
【請求項７８】
ポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、前記ポリヌクレオチドのうちの１つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／または前記ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、前記ライブラリー。
【請求項７９】
前記ＨＶＲ−Ｈ１が、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／または前記ＨＶＲ−Ｈ２が、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項７８に記載のライブラリー。
【請求項８０】
前記重鎖可変領域が、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む、請求項７８または７９に記載のライブラリー。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、抗体重鎖（例えば、ダイナミックヒト抗体の重鎖）をコードする合成ポリヌクレオチドを含有するライブラリー、ならびにそれに関する抗体重鎖、抗体、細胞、動物、方法、及びキットに関する。
【背景技術】
【０００２】
モノクローナル抗体は、生物学的研究、医学的診断、及び医薬品を含む、様々な分野で非常に有用なものとなった。その潜在的な結合特異性の多様性により、有益な特異性及び能力を持つ抗体ができる。しかしながら、この多様性のために、膨大な数の抗体をスクリーニングして、所望の特性を有する１つ以上の抗体を特定するのは、困難であり、手のかかるものである。
【０００３】
目的の抗体を特定する１つの方法は、クローニングしたＢ細胞配列のライブラリー、ファージディスプレイライブラリー、酵母ディスプレイライブラリーなどの抗体ライブラリーをスクリーニングすることである。これらのライブラリーにより、多数のユニーク抗体配列を表す多数の抗体をスクリーニングして、目的の特異的性質、例えば、特定の標的への結合、結合親和性、選択性などを有する抗体を特定することができる。しかしながら、現在のライブラリーには、特定の制限がある。ヒトＢ細胞レパートリーなどの生物源に由来するライブラリーは、その生物源からクローニングすることができる抗体配列に限られる。合成ライブラリーは、生物学的に得られたライブラリーと比較して、非天然配列を含み得るが、これについても、特定の時間枠で合成することができる抗体の量という制限がある。更に、非常に大きなライブラリーには、より多くの時間と、網羅的なスクリーニングアプローチが必要であり、そうでなければ、目的の抗体について、ライブラリーのごく一部しか実際にスクリーニングすることができない。
【０００４】
したがって、潜在的に機能関連性の高いダイナミック抗体を設計及び構築するために、明確に定義された開発可能な配列プロファイルを有する、十二分な一連のダイナミックユニットを含有するダイナミック抗体ライブラリーの開発が必要とされている。そのようなライブラリーは、ライブラリー中の抗体上の抗体結合部位の多様性だけでなく、所与の抗原上の新規エピトープ及び／または立体構造エピトープを備える抗体スクリーニングの効率も大きく改善させるだろう。更に、そのようなライブラリーにより、高い親和性及び開発可能性プロファイルを有する目的の特定の抗体が特定される可能性が高まるだろう。
【０００５】
本明細書で引用される全ての参考文献は、特許出願、特許公報、非特許文献及びＵｎｉＰｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔアクセッション番号を含め、それぞれの個々の参考文献が参照により援用されることが具体的かつ個別に示される場合と同様に、その全体が参照により本明細書に援用される。
【発明の概要】
【０００６】
上記及び他の必要性を満たすために、本明細書で開示されるのは、ダイナミックヒト抗体を可能にする、重鎖超可変領域（ＨＶＲ）及び重鎖可変領域（例えば、ＶＨ領域）などの抗体配列である。これらの配列は、高い能力で標的に結合し、及び／または複数の有用なエピトープを認識し、及び／または低い配列同一性（およそ６０％以下の配列同一性）で異なる種間で共有されるエピトープと交差反応することができる、柔軟性の高いＨＶＲ配列ループを有する抗体ができるように設計された。有利には、これらの抗体配列により、より小さなライブラリーでありながら、多数の有用な抗体を含有し、及び／または所与のライブラリーサイズで多様性がはるかに大きいライブラリーの作製が可能となる。そのようなライブラリーは、広範囲の標的に特異的である目的の新規抗体、またはいくつかの場合では、目的の複数の標的と交差反応する新規抗体を特定するために使用することができる。更に、新たに特定されたダイナミックユニットを使用して、物理的にコンパクトなライブラリーで抗体結合部位の幅広い立体構造の柔軟性を把握する、ダイナミック抗体ライブラリーを設計及び構築するための新しい概念及び方法論が、本明細書で紹介され、実施される。更に、そのような抗体を使用した結果（以下に記載）は、これらのライブラリーから、配列同一性の低い（例えば、６０％〜７０％未満の）異種由来の所与の抗原上の立体構造エピトープ及び／または進化的に保存された部位を標的とする抗体が特定できることを浮き彫りにしている。
【０００７】
したがって、一態様において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のＨＶＲ−Ｈ１アミノ酸配列、及び／または当該アミノ酸配列をコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）：Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；式（ＩＩ）：ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び式（ＩＩＩ）：ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０００８】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のＨＶＲ−Ｈ２アミノ酸配列、及び／または当該アミノ酸配列をコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）：ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；式（Ｖ）：ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；式（ＶＩ）：ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；式（ＶＩＩ）：ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；式（ＶＩＩＩ）：ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；式（ＩＸ）：ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）；式（ＶＩＩ）；式（ＶＩＩＩ）；式（ＩＸ）；式（ＸＩ）：ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０８）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；式（ＸＩＩ）：ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０９）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；及び式（ＸＩＩＩ）：ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（配列番号２１０）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０００９】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のＨＶＲ−Ｈ３アミノ酸配列、及び／または当該アミノ酸配列をコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１０】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のＨＶＲ−Ｌ１アミノ酸配列、及び／または当該アミノ酸配列をコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、１つ以上のＨＶＲ−Ｌ３アミノ酸配列、及び／または当該アミノ酸配列をコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドのそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号２、３、１４、１５、３０、３２、３５、３７、３９、４１、４４、４６、及び４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号６、１０、１７、２９、３６、及び５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１４】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１５】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４の少なくとも２つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または４つ全て）を任意の組み合わせで含む。いくつかの実施形態において、ＦＷ−Ｈ３配列は、配列番号１６７のＲ１９に、アルギニンからリシンへの変異を含む。
【００１６】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドのそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００１７】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドのそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００１８】
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５５、５６、５９、６１、６２、６４、６８、６９、７１、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、７２、８１、８３、８６、９０、９１、９９、１００、１０３、１０６、１０７、１０８、１１２、１１３、１１６、１１８、１２６、１３５、及び１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５４、５７、５８、８０、８４、８５、８７、８８、９２、９４、９６、９７、９８、１０１、１０２、１０４、１１１、１１４、１１５、１１９、１２０、１２５、１２７及び１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００１９】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００２０】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４の少なくとも２つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または４つ全て）を任意の組み合わせで含む。いくつかの実施形態において、ＦＷ−Ｈ３配列は、配列番号１６７のＲ１９に、アルギニンからリシンへの変異を含む。
【００２１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドのそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００２２】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリヌクレオチドのそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００２３】
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号２、３、１４、１５、３０、３２、３５、３７、３９、４１、４４、４６、及び４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５５、５６、５９、６１、６２、６４、６８、６９、７１、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、７２、８１、８３、８６、９０、９１、９９、１００、１０３、１０６、１０７、１０８、１１２、１１３、１１６、１１８、１２６、１３５、及び１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号６、１０、１７、２９、３６、及び５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５４、５７、５８、８０、８４、８５、８７、８８、９２、９４、９６、９７、９８、１０１、１０２、１０４、１１１、１１４、１１５、１１９、１２０、１２５、１２７及び１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００２４】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【００２５】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【００２６】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、約６．５＊１０４未満（例えば、約６．５＊１０４未満、約５．５＊１０４未満、約２．５＊１０４未満、約１＊１０４未満、約６７００未満、約６６６０未満、約５０００未満、約２５００未満、約１０００未満、約６９０未満、約５００未満、約１００未満、約５０未満など）のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー（例えば、合成ポリヌクレオチド）中のポリヌクレオチドは、約６２２７２以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー（例えば、合成ポリヌクレオチド）中のポリヌクレオチドは、約６０９２８以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー（例えば、合成ポリヌクレオチド）中のポリヌクレオチドは、約５４６５６以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー（例えば、合成ポリヌクレオチド）中のポリヌクレオチドは、約６６６０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー（例えば、合成ポリヌクレオチド）中のポリヌクレオチドは、約６９０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変領域のＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２のうちの少なくとも１つは、構造決定及び／またはコンピューターモデリングによって評価されたとき、複数の立体構造を取る。
【００２７】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４の少なくとも２つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または４つ全て）を任意の組み合わせで含む。いくつかの実施形態において、ＦＷ−Ｈ３配列は、配列番号１６７のＲ１９に、アルギニンからリシンへの変異を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列を含む。
【００２９】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、全長抗体重鎖をコードする。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、抗体軽鎖可変領域をコードする１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を更に含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、少なくとも１つのユニーク配列、少なくとも１００のユニーク配列、少なくとも２８０のユニーク配列、少なくとも１０３のユニーク配列、少なくとも１０４のユニーク配列、少なくとも１０５のユニーク配列、少なくとも１０６のユニーク配列、少なくとも１０７のユニーク配列、少なくとも１０８のユニーク配列、または少なくとも約１０９のユニーク配列を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域をコードする、ライブラリー中の１つ以上のポリヌクレオチドは、全長の抗体軽鎖をコードする。
【００３０】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、複数のユニーク抗体をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）であり、各抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含み、複数の各抗体の重鎖可変領域は、同一の配列を含み、上記のような重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドのいずれかによってコードされる。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、複数のユニーク抗体をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）を含むライブラリーであり、各抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含み、複数の各抗体の重鎖可変領域は、同一の配列を含み、上記のような重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドのいずれかによってコードされる。
【００３１】
いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の抗体の軽鎖可変領域は、少なくとも１つのユニーク配列、少なくとも１００のユニーク配列、少なくとも２８０のユニーク配列、少なくとも１０３のユニーク配列、少なくとも１０４のユニーク配列、少なくとも１０５のユニーク配列、少なくとも１０６のユニーク配列、少なくとも１０７のユニーク配列、少なくとも１０８のユニーク配列、または少なくとも約１０９のユニーク配列を含む。
【００３２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、上記のようなポリヌクレオチドのいずれかを含むベクターである。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ベクターを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のベクターの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも２５、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも６９０、少なくとも７５０、少なくとも１０００、少なくとも２５００、少なくとも５０００、少なくとも６０００、少なくとも６５００など）は、上記のようなポリヌクレオチドのいずれかを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中のベクターの少なくとも２つは、上記のようなポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中のベクターの少なくとも１００は、上記のようなポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中のベクターの少なくとも５００は、上記のようなポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中のベクターの少なくとも１０００は、上記のようなポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中のベクターの少なくとも５０００は、上記のようなポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中のベクターの少なくとも６５００は、上記のようなポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ベクターを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のベクターのそれぞれは、上記のようなポリヌクレオチドのいずれかを含む。いくつかの実施形態において、ベクターは、発現ベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、ディスプレイベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターを含むライブラリーは、軽鎖可変領域ポリペプチドをコードする少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも２５、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも６９０、少なくとも７５０、少なくとも１０００、少なくとも２５００、少なくとも５０００、少なくとも６０００、少なくとも６５００など）のベクターを更に含む。いくつかの実施形態において、軽鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の少なくとも１つのベクターは、少なくとも１つのユニーク配列、少なくとも１００のユニーク配列、少なくとも２８０のユニーク配列、少なくとも１０３のユニーク配列、少なくとも１０４のユニーク配列、少なくとも１０５のユニーク配列、少なくとも１０６のユニーク配列、少なくとも１０７のユニーク配列、少なくとも１０８のユニーク配列、または少なくとも約１０９のユニーク配列を含む軽鎖可変領域をコードする。
【００３３】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、上記のようなポリヌクレオチド及び／またはベクターのいずれかを含む細胞である。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、細胞の集団を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の細胞の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも１００、少なくとも１０３、少なくとも１０４、少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９など）は、上記のようなポリヌクレオチド及び／またはベクターのいずれかを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の細胞の少なくとも２つは、上記のようなポリヌクレオチド及び／またはベクターを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の細胞の少なくとも１００は、上記のようなポリヌクレオチド及び／ベクターを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、細胞の集団を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の細胞のそれぞれは、上記のようなポリヌクレオチド及び／またはベクターのいずれかを含む。いくつかの実施形態において、細胞は、細菌、酵母、または哺乳類の細胞（例えば、非ヒト動物細胞または単離ヒト細胞）である。
【００３４】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域のそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００３５】
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号２、３、１４、１５、３０、３２、３５、３７、３９、４１、４４、４６、及び４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号６、１０、１７、２９、３６、及び５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００３６】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００３７】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４の少なくとも２つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または４つ全て）を任意の組み合わせで含む。いくつかの実施形態において、ＦＷ−Ｈ３配列は、配列番号１６７のＲ１９に、アルギニンからリシンへの変異を含む。
【００３８】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域であり、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域のそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００３９】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域であり、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域のそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００４０】
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５５、５６、５９、６１、６２、６４、６８、６９、７１、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、７２、８１、８３、８６、９０、９１、９９、１００、１０３、１０６、１０７、１０８、１１２、１１３、１１６、１１８、１２６、１３５、及び１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５４、５７、５８、８０、８４、８５、８７、８８、９２、９４、９６、９７、９８、１０１、１０２、１０４、１１１、１１４、１１５、１１９、１２０、１２５、１２７及び１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００４１】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００４２】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４の少なくとも２つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または４つ全て）を任意の組み合わせで含む。いくつかの実施形態において、ＦＷ−Ｈ３配列は、配列番号１６７のＲ１９に、アルギニンからリシンへの変異を含む。
【００４３】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域のそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、及び式（Ｘ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００４４】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも１０など）は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の重鎖可変領域のそれぞれは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。
【００４５】
いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号２、３、１４、１５、３０、３２、３５、３７、３９、４１、４４、４６、及び４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５５、５６、５９、６１、６２、６４、６８、６９、７１、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、７２、８１、８３、８６、９０、９１、９９、１００、１０３、１０６、１０７、１０８、１１２、１１３、１１６、１１８、１２６、１３５、及び１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号６、１０、１７、２９、３６、及び５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５４、５７、５８、８０、８４、８５、８７、８８、９２、９４、９６、９７、９８、１０１、１０２、１０４、１１１、１１４、１１５、１１９、１２０、１２５、１２７及び１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００４６】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【００４７】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【００４８】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【００４９】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を更に含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４の少なくとも２つ（例えば、少なくとも２つ、少なくとも３つ、または４つ全て）を任意の組み合わせで含む。いくつかの実施形態において、ＦＷ−Ｈ３配列は、配列番号１６７のＲ１９に、アルギニンからリシンへの変異を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列を含む。
【００５０】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、ライブラリー中の重鎖可変領域は、約６．５＊１０４未満（例えば、約６．５＊１０４未満、約５．５＊１０４未満、約２．５＊１０４未満、約１＊１０４未満、約６７００未満、約６６６０未満、約５０００未満、約２５００未満、約１０００未満、約６９０未満、約５００未満、約１００未満、約５０未満など）のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の重鎖可変領域は、約６２２７２以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の重鎖可変領域は、約６０９２８以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の重鎖可変領域は、約５４６５６以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の重鎖可変領域は、約６６６０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の重鎖可変領域は、約６９０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変領域のＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２のうちの少なくとも１つは、構造決定及び／またはコンピューターモデリングによって評価されたとき、複数の立体構造を取る。
【００５１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域及び抗体軽鎖可変領域であり、当該抗体重鎖可変領域は、本明細書に記載されるような重鎖可変領域のいずれかである。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域及び抗体軽鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の抗体重鎖可変領域の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも１００など）は、本明細書に記載されるような重鎖可変領域のいずれかである。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域及び抗体軽鎖可変領域を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の抗体重鎖可変領域のそれぞれは、本明細書に記載されるような重鎖可変領域のいずれかである。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の軽鎖可変領域は、少なくとも１つのユニーク配列、少なくとも１００のユニーク配列、少なくとも２８０のユニーク配列、少なくとも１０３のユニーク配列、少なくとも１０４のユニーク配列、少なくとも１０５のユニーク配列、少なくとも１０６のユニーク配列、少なくとも１０７のユニーク配列、少なくとも１０８のユニーク配列、または少なくとも約１０９のユニーク配列を含む。
【００５２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含む抗原結合ドメインであり、当該抗原結合ドメインは、本明細書に記載されるような抗体重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含む抗原結合ドメインを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の抗原結合ドメインの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも１００など）は、本明細書に記載されるような重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含む抗原結合ドメインを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の抗原結合ドメインのそれぞれは、本明細書に記載されるような重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、抗原結合ドメインは、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体軽鎖可変領域を更に含み、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の軽鎖可変領域を含む抗原結合ドメインは、少なくとも１つのユニーク配列、少なくとも１００のユニーク配列、少なくとも２８０のユニーク配列、少なくとも１０３のユニーク配列、少なくとも１０４のユニーク配列、少なくとも１０５のユニーク配列、少なくとも１０６のユニーク配列、少なくとも１０７のユニーク配列、少なくとも１０８のユニーク配列、または少なくとも約１０９のユニーク配列を含む軽鎖可変領域を含む。
【００５３】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、抗体重鎖可変領域を含む抗体であり、当該抗体は、本明細書に記載されるような抗体重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の抗体の少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも１００など）は、本明細書に記載されるような抗体重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、抗体を含むライブラリーであり、当該ライブラリー中の抗体のそれぞれは、本明細書に記載されるような重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含む抗体軽鎖可変領域を更に含み、当該ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の軽鎖可変領域を含む抗体は、少なくとも１つのユニーク配列、少なくとも１００のユニーク配列、少なくとも２８０のユニーク配列、少なくとも１０３のユニーク配列、少なくとも１０４のユニーク配列、少なくとも１０５のユニーク配列、少なくとも１０６のユニーク配列、少なくとも１０７のユニーク配列、少なくとも１０８のユニーク配列、または少なくとも約１０９のユニーク配列を含む軽鎖可変領域を含む。
【００５４】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、抗体は、約６．５＊１０４未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、抗体は、約５．５＊１０４未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、約６２２７２以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、約６０９２８以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、約５４６５６以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、約６６６０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体は、約６９０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変領域のＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２のうちの少なくとも１つは、構造決定及び／またはコンピューターモデリングによって評価されたとき、複数の立体構造を取る。
【００５５】
先行実施形態のいずれかと組み合わせることができるいくつかの実施形態において、抗体は、約１０−７〜約１０−１１Ｍの平衡解離定数（Ｋｄ）で、少なくとも１つの標的に結合する。いくつかの実施形態において、抗体は、約６０℃〜約９０℃の融解温度（Ｔｍ）を有する。
【００５６】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、１つ以上（例えば、１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上など）の本開示のＨＶＲを含むポリペプチド（例えば、スカフォールドポリペプチド）である。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリペプチドを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリペプチドのうちの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも２５、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも７５０、少なくとも１０００、少なくとも２５００、少なくとも５０００、少なくとも６０００、少なくとも６５００など）は、本開示の１つ以上のＨＶＲを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ポリペプチドを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のポリペプチドのそれぞれは、本開示の１つ以上のＨＶＲを含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるような任意のＨＶＲ−Ｈ１配列（例えば、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）；ならびに配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択される式に従うＨＶＲ−Ｈ１）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるような任意のＨＶＲ−Ｈ２（例えば、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（Ｘ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）及び式（ＸＩＩＩ）；ならびに配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択される式に従うＨＶＲ−Ｈ２）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるような任意のＨＶＲ−Ｈ３配列（例えば、配列番号２２３〜２５６）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるような任意のＨＶＲ−Ｌ１配列（例えば、配列番号２５７〜２６４）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるような任意のＨＶＲ−Ｌ３配列（例えば、配列番号２６５〜２７４）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３配列のうちの２つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ全て）を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、上記のようなポリペプチドのいずれかをコードするポリヌクレオチドと、ポリヌクレオチドを含むライブラリーである。
【００５７】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、少なくとも１つのポリペプチドを表面上に含むファージであり、当該少なくとも１つのポリペプチドは、本明細書に記載される抗体重鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのポリペプチドは、本明細書に記載されるような抗原結合ドメインのいずれかである。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ファージのライブラリーであり、当該ライブラリー中のファージの少なくとも１つ（例えば、少なくとも１つ、少なくとも２つ、少なくとも５つ、少なくとも１０、少なくとも２５、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも７５０、少なくとも１０００、少なくとも２５００、少なくとも５０００、少なくとも６０００、少なくとも６５００など）は、その表面上に、本明細書に記載される抗体重鎖可変領域のいずれかを含む少なくとも１つのポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、ライブラリー中の少なくとも１つのファージは、その表面上に、本明細書に記載されるような抗原結合ドメインのいずれかを含む少なくとも１つのポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ファージを含むライブラリーであり、当該ライブラリー中のファージのそれぞれは、その表面上に、本明細書に記載される抗体重鎖可変領域のいずれかを含む少なくとも１つのポリペプチドを含む。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのポリペプチドは、本明細書に記載されるような抗原結合ドメインのいずれかである。
【００５８】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載される抗体重鎖可変領域のいずれかをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド（例えば、本明細書に記載されるポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチドライブラリーのいずれか）を含む非ヒト動物である。いくつかの実施形態において、非ヒト動物は、本明細書に記載される抗体のいずれかをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、非ヒト動物は、哺乳類（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ラクダ、または非ヒト霊長類）である。
【００５９】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるようなライブラリーのポリヌクレオチド配列のいずれかを準備し、組み立てることを含む、ライブラリーの調製方法である。
【００６０】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるポリペプチドを含むライブラリー（例えば、抗原結合ドメインのライブラリー、抗体のライブラリー、ファージのライブラリーなど）のいずれかを標的とインキュベートすることと、標的に結合するライブラリーから１つ以上のポリペプチドを選択することと、を含む、標的に結合するポリペプチドのスクリーニング方法である。
【００６１】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、（ａ）複数の立体構造を有する配列を含む、１つ、２つまたは３つの重鎖ＨＶＲを選択するステップと、（ｂ）ポリヌクレオチド配列を組み立てて、複数の抗体重鎖可変領域配列をコードする合成ポリヌクレオチドのライブラリーを生成するステップと、を含む、抗体ライブラリーの作製方法である。いくつかの実施形態において、複数の抗体重鎖可変領域配列のうちの少なくとも１つは、本明細書に記載される重鎖可変領域配列のいずれかである。いくつかの実施形態において、複数の抗体重鎖可変領域配列のそれぞれは、本明細書に記載される重鎖可変領域配列のいずれかである。
【００６２】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、上記のようなポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドライブラリー、ベクター、及び／またはベクターライブラリーのいずれかを含む細胞を培養して、ポリペプチドを産生することを含む、ポリペプチド（例えば、重鎖可変領域、抗体重鎖、抗体、スカフォールドポリペプチドなど）の調製方法である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、培養細胞から回収され、更に精製される。
【００６３】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、（ａ）第１の抗原に結合する第１の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、当該第１の抗原結合ドメインは、第１の抗体重鎖可変領域及び第１の抗体軽鎖可変領域を含み、当該第１の抗体重鎖可変領域は、本明細書に記載される重鎖可変領域のいずれかを含む、当該スクリーニングすることと、（ｂ）第２の抗原に結合する第２の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、当該第２の抗原結合ドメインは、第２の抗体重鎖可変領域及び第２の抗体軽鎖可変領域を含み、当該第２の抗体重鎖可変領域は、当該第１の抗体重鎖可変領域と同じ配列を有する、当該スクリーニングすることと、（ｃ）当該第１の抗原結合ドメイン及び当該第２の抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体を生成することと、を含む、２つの抗体重鎖可変領域及び２つの同一の軽鎖可変領域を含む二重特異性抗体の作製方法である。
【００６４】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、（ａ）第１の重鎖可変領域及び第１の軽鎖可変領域を含む第１の結合ドメインであって、第１の標的に結合する、当該第１の結合ドメインと、（ｂ）第２の重鎖可変領域及び第２の軽鎖可変領域を含む第２の結合ドメインであって、当該第２の結合ドメインは、第２の標的に結合し、当該第２の重鎖可変領域は、当該第１の重鎖可変領域配列と同一の配列を有する、当該第２の結合ドメインと、を含み、当該第１及び第２の重鎖可変領域のそれぞれは、本明細書に記載される重鎖可変領域のいずれかを含む、二重特異性抗体である。いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、第１の軽鎖及び第２の軽鎖を含み、当該第１の軽鎖は、第１の軽鎖可変領域を含み、当該第２の軽鎖は、第２の軽鎖可変領域を含み、当該第１と第２の両軽鎖はそれぞれカッパＣＬドメイン（例えば、ヒトカッパＣＬドメイン）を含む。いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、第１の軽鎖及び第２の軽鎖を含み、当該第１の軽鎖は、第１の軽鎖可変領域を含み、当該第２の軽鎖は、第２の軽鎖可変領域を含み、当該第１と第２の両軽鎖はそれぞれラムダＣＬドメイン（例えば、ヒトラムダＣＬドメイン）を含む。いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、第１の軽鎖及び第２の軽鎖を含み、当該第１の軽鎖は、第１の軽鎖可変領域及びカッパＣＬドメイン（例えば、ヒトカッパＣＬドメイン）を含み、当該第２の軽鎖は、第２の軽鎖可変領域及びラムダＣＬドメイン（例えば、ヒトラムダＣＬドメイン）を含む。いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、第１の軽鎖及び第２の軽鎖を含み、当該第１の軽鎖は、第１の軽鎖可変領域及びラムダＣＬドメイン（例えば、ヒトラムダＣＬドメイン）を含み、当該第２の軽鎖は、第２の軽鎖可変領域及びカッパＣＬドメイン（例えば、ヒトカッパＣＬドメイン）を含む。
【００６５】
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるようなポリヌクレオチド、ポリヌクレオチドライブラリー、ベクター、及び／またはベクターライブラリー（またはそれらを含む任意の細胞もしくは細胞の集団）のいずれかを含むキットである。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるような重鎖可変領域、重鎖可変領域ライブラリー、抗原結合ドメイン、抗原結合ドメインライブラリー、抗体、抗体ライブラリー、ポリペプチド（例えば、スカフォールドポリペプチド）、ポリペプチドライブラリー、ファージ、及び／またはファージライブラリーのいずれかを含むキットである。
【００６６】
上記及び本明細書に記載される様々な実施形態の特性の１つ、複数または全てが組み合わされ、本発明の他の実施形態が形成され得ることを理解されたい。本開示のこれらの態様及び他の態様は、当業者に明らかとなるだろう。本開示のこれらの実施形態及び他の実施形態は、以下の詳細な説明によって更に詳述される。
【図面の簡単な説明】
【００６７】
【図１】図１Ａは、ＶＨドメインのアミノ酸のエントロピープロットを残基番号ごとに示す。１１３のヒト抗体のＶＨ構造を使用して、エントロピーを計算した。図１Ｂは、例示的な抗体重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列（配列番号１９７）について、本明細書で使用される超可変領域（ＨＶＲ）の定義を、同じＶＨ配列の相補性決定領域（ＣＤＲ）のＫａｂａｔ定義と比較して示す。
【図２Ａ】抗原ＴＡＧＴ−１〜ＴＡＧＴ−１２への結合が確認されたｆａｂの親和性測定値を示す。
【図２Ｂ】抗原ＴＡＧＴ−１〜ＴＡＧＴ−１２への結合が確認されたｆａｂの融解温度（Ｔｍ）測定値を示す。
【発明を実施するための形態】
【００６８】
本開示は、抗体重鎖（例えば、ダイナミックヒト抗体の重鎖）をコードする合成（例えば、非天然）ポリヌクレオチドを含有するライブラリーを提供する。有利には、本明細書で開示される抗体重鎖は、目的の複数の基質に対するより効果的な基質結合及び／または特異性を得るための柔軟性の高いループを生成するように設計されたＨＶＲ配列を含む。これらのＨＶＲ配列により、既存の技法よりも広いエピトープカバレッジを有する、より小さな抗体ライブラリーの作製が可能となる。
【００６９】
Ｉ．一般的技法
本明細書中に記載されるまたは参照される技法及び手順は、当業者によって一般に十分に理解されており、従来の方法論、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ｅｔ  ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  ３ｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（２００１）Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，（２００３））；ｔｈｅ  ｓｅｒｉｅｓ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）：ＰＣＲ  ２：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ａｎｄ  Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ  ｅｄｓ．（１９９５）），Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｌａｎｅ，ｅｄｓ．（１９８８）Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ａｎｄ  Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．（１９８７））；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ；Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ），ｅｄ．，１９８７）；Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ  ａｎｄ  Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ  Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ  ａｎｄ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ  Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３−８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ；Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ  ａｎｄ  Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）；Ｓｈｏｒｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ，１９９９）；Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ  ａｎｄ  Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ  Ｐｒｅｓｓ，１９８８−１９８９）；Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｐｒａｃｔｉｃａｌ  Ａｐｐｒ��ａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ  ａｎｄ  Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｐｒｅｓｓ，２０００）；Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ  ａｎｄ  Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，１９９９）；Ｔｈｅ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ  ａｎｄ  Ｊ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ  Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）；及びＣａｎｃｅｒ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ（Ｖ．Ｔ．ＤｅＶｉｔａ  ｅｔ  ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊ．Ｂ．Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｃｏｍｐａｎｙ，１９９３）に記載される、広く利用されている方法論などを使用して、一般的に用いられる。
【００７０】
ＩＩ．定義
本開示を詳述する前に、本開示は、特定の組成物または生物系に限定されず、当然のことながら、変わり得ることを理解されたい。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を記載する目的でのみ使用され、限定を意図するものではないことを理解されたい。
【００７１】
本明細書及び添付の特許請求の範囲で使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈により別途明示される場合を除き、複数の指示対象を含む。したがって、例えば、「分子（ａ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ）」への言及は、任意選択により、２つ以上のかかる分子の組み合わせなどを含む。
【００７２】
本明細書で使用される「約」という用語は、本技術分野の当業者であれば容易に理解する、それぞれの値の通常の誤差範囲を指す。本明細書における「約」を付した値またはパラメータへの言及は、その値またはパラメータ自体を対象とする実施形態を含む（及び記載する）。
【００７３】
本明細書に記載される本開示の態様及び実施形態は、態様及び実施形態を「含む」、態様及び実施形態「からなる」、ならびに態様及び実施形態「から本質的になる」ことを含むことを理解されたい。
【００７４】
「抗体」という用語は、本明細書中、その最も広い意味で使用され、所望の生物学的活性を呈する限り、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び抗体フラグメント（例えば、単鎖可変フラグメントまたはｓｃＦｖ）を具体的に含む。
【００７５】
基本的な４本鎖の抗体単位は、２本の同一の軽鎖（Ｌ）と２本の同一の重鎖（Ｈ）とから構成されるヘテロ四量体糖タンパク質である。ＶＨとＶＬとが一緒に対合することにより、単一の抗原結合部位が形成される。異なる抗体クラスの構造及び特性については、例えば、Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，８ｔｈ  Ｅｄ．，Ｄａｎｉｅｌ  Ｐ．Ｓｔｉｔｅｓ，Ａｂｂａ  Ｉ．Ｔｅｒｒ  ａｎｄ  Ｔｒｉｓｔｒａｍ  Ｇ．Ｐａｒｓｌｏｗ（ｅｄｓ．），Ａｐｐｌｅｔｏｎ＆Ｌａｎｇｅ，Ｎｏｒｗａｌｋ，ＣＴ，１９９４，ｐａｇｅ  ７１  ａｎｄ  Ｃｈａｐｔｅｒ  ６を参照されたい。
【００７６】
任意の脊椎動物種に由来するＬ鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（「κ」）及びラムダ（「λ」）と呼ばれる２つの明確に異なる種類のうちの１つに割り当てることができる。免疫グロブリンは、その重鎖の定常ドメイン（ＣＨ）のアミノ酸配列に応じて、異なるクラスまたはアイソタイプに割り当てることができる。免疫グロブリンには、ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭの５つのクラスがあり、それぞれ、アルファ（「α」）、デルタ（「δ」）、イプシロン（「ε」）、ガンマ（「γ」）及びミュー（「μ」）と表記される重鎖を有する。γ及びαのクラスは、ＣＨ配列及び機能における比較的わずかな相違に基づいて、サブクラス（アイソタイプ）に更に分類され、例えば、ヒトは、次のサブクラス：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２を発現する。種々の免疫グロブリンクラスのサブユニット構造及び三次元構成は既知であり、例えば、Ａｂｂａｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃｅｌｌｕｌａｒ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ  ｅｄ．（Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ  Ｃｏ．，２０００）に概説されている。
【００７７】
抗体の「可変領域」または「可変ドメイン」は、抗体の重鎖または軽鎖のアミノ末端ドメインを指す。重鎖の可変ドメインは、「ＶＨ」と呼ばれることもある。軽鎖の可変ドメインは、「ＶＬ」と呼ばれることもある。これらのドメインは、一般に、可変性が最も高い抗体部分であり、抗原結合部位を含有する。
【００７８】
「Ｋａｂａｔにおける可変ドメイン残基ナンバリング」または「Ｋａｂａｔにおけるアミノ酸位置ナンバリング」という用語及びその変形は、Ｋａｂａｔら（上掲）において、抗体の重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインの編成に使用されるナンバリングシステムを指す。このナンバリングシステムを使用する場合、実際の直鎖状アミノ酸配列は、可変ドメインのＦＲまたはＨＶＲの短縮に応じてアミノ酸がより少ないこともあれば、ＦＲまたはＨＶＲへの挿入に応じて追加のアミノ酸を含有することもある。例えば、重鎖可変ドメインは、Ｈ２の残基５２の後に１つのアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従うと残基５２ａ）を含み得、重鎖ＦＲ残基８２の後に複数の挿入された残基（例えば、Ｋａｂａｔに従うと残基８２ａ、８２ｂ及び８２ｃなど）を含み得る。所与の抗体に対する残基のＫａｂａｔナンバリングは、抗体の配列と「標準的な」Ｋａｂａｔナンバリング配列との相同領域でのアラインメントによって決定され得る。
【００７９】
Ｋａｂａｔナンバリングシステムは、一般に、可変ドメイン中の残基（概ね、軽鎖の残基１〜１０７及び重鎖の残基１〜１１３）について言及する際に使用される（例えば、Ｋａｂａｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ．５ｔｈ  Ｅｄ．Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ，Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｂｅｔｈｅｓｄａ，Ｍｄ．（１９９１））。「ＥＵナンバリングシステム」または「ＥＵインデックス」は、一般に、免疫グロブリン重鎖定常領域中の残基について言及する際に使用される（例えば、Ｋａｂａｔら（上掲）で報告されるＥＵインデックス）。「Ｋａｂａｔに従うＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の残基ナンバリングを指す。
【００８０】
「定常ドメイン」という用語は、免疫グロブリンの他の部分である、抗原結合部位を含有する可変ドメインと比べて、より保存されたアミノ酸配列を有する免疫グロブリン分子の部分を指す。定常ドメインは、重鎖のＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３ドメイン（総称して、ＣＨ）及び軽鎖のＣＨＬ（またはＣＬ）ドメインを含有する。
【００８１】
「全長抗体」という用語（「インタクト」抗体または「全」抗体という用語は、本明細書で区別なく使用され得る）は、抗体フラグメントとは対照的に、実質的にインタクトな形態の抗体を指し得る。同様に「全長抗体重鎖」という用語（「インタクト」抗体重鎖または「全」抗体重鎖という用語は、本明細書で区別なく使用され得る）は、抗体重鎖フラグメントとは対照的に、実質的にインタクトな形態の抗体重鎖を指し得る。具体的には、全抗体は、Ｆｃ領域を含む重鎖及び軽鎖を有するものを含む。定常ドメインは、天然配列の定常ドメイン（例えば、ヒト天然配列の定常ドメイン）であってもよいし、そのアミノ酸配列バリアントであってもよい。いくつかの場合において、インタクト抗体は、１つ以上のエフェクター機能を有し得る。
【００８２】
本明細書に使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に同種の抗体集団から得られる抗体を指す。すなわち、その集団に含まれる個々の抗体は、微量で存在し得る可能性のある自然発生の変異及び／または翻訳後修飾（例えば、異性化、アミド化）を除き、同一である。モノクローナル抗体は、高度に特異的であり、単一の抗原部位を対象とする。異なる決定基（エピトープ）を対象とする種々の抗体を典型的に含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基を対象とする。「モノクローナル」という修飾語句は、実質的に同種の抗体集団から得られる抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするものと解釈されるべきではない。例えば、本開示に従って使用されるモノクローナル抗体は、例えば、様々な技法によって作製することができ、これらには、例えば、ハイブリドーマ法（例えば、Ｋｏｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ．，Ｎａｔｕｒｅ，２５６：４９５−９７（１９７５）；Ｈｏｎｇｏ  ｅｔ  ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ，１４（３）：２５３−２６０（１９９５），Ｈａｒｌｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，２ｄ  ｅｄ．１９８８）；Ｈａｍｍｅｒｌｉｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ｉｎ：Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｔ−Ｃｅｌｌ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ５６３−６８１（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ｎ．Ｙ．，１９８１））、組み換えＤＮＡ法（例えば、米国特許第４，８１６，５６７号参照）、ファージディスプレイ法（例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３５２：６２４−６２８（１９９１）；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１−５９７（１９９２）；Ｓｉｄｈｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３３８（２）：２９９−３１０（２００４）；Ｌｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３４０（５）：１０７３−１０９３（２００４）；Ｆｅｌｌｏｕｓｅ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  １０１（３４）：１２４６７−４７２（２００４）；及びＬｅｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ  ２８４（１−２）：１１９−１３２（２００４）参照、及びヒト免疫グロブリン配列をコードするヒト免疫グロブリン遺伝子座または遺伝子の一部または全てを有する動物におけるヒト抗体またはヒト様抗体の産生技術（例えば、ＷＯ１９９８／２４８９３；ＷＯ１９９６／３４０９６；ＷＯ１９９６／３３７３５；ＷＯ１９９１／１０７４１；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ  Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３６２：２５５−２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｙｅａｒ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．７：３３（１９９３）；米国特許第５，５４５，８０７号；同第５，５４５，８０６号；同第５，５６９，８２５号；同第５，６２５，１２６号；同第５，６３３，４２５号及び同第５，６６１，０１６号；Ｍａｒｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏ／Ｔ���ｃｈｎｏｌｏｇｙ  １０：７７９−７８３（１９９２）；Ｌｏｎｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８５６−８５９（１９９４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｎａｔｕｒｅ  ３６８：８１２−８１３（１９９４）；Ｆｉｓｈｗｉｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８４５−８５１（１９９６）；Ｎｅｕｂｅｒｇｅｒ，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１４：８２６（１９９６）；ならびにＬｏｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｈｕｓｚａｒ，Ｉｎｔｅｒｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３：６５−９３（１９９５）参照）が含まれる。
【００８３】
本明細書で使用されるとき、「超可変領域（ＨＶＲ）」は、配列が超可変性であり、及び／または構造的に定義されたループを形成する、抗体ドメインの領域を指す。一般に、抗体は、６つのＨＶＲを含み、３つがＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）にあり、３つがＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）にある。例えば、Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｍｍｕｎｉｔｙ  １３：３７−４５（２０００）；Ｊｏｈｎｓｏｎ  ａｎｄ  Ｗｕ  ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ２４８：１−２５（Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．，２００３）を参照されたい。各ＶＨ及びＶＬは、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、次の順序：ＦＷ１−ＨＶＲ１−ＦＷ２−ＨＶＲ２−ＦＷ３−ＨＶＲ３−ＦＷ４で配置された、３つのＨＶＲ及び４つのフレームワーク（ＦＷ）領域から構成される。本開示全体を通して、重鎖の３つのＨＶＲは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３と称される。本開示全体を通して、重鎖の４つのフレームワーク領域は、ＦＷ−Ｈ１、ＦＷ−Ｈ２、ＦＷ−Ｈ３及びＦＷ−Ｈ４と称される。比較のために、図１Ｂに示される例示的な抗体重鎖可変ドメインのＨＶＲの定義（本明細書で使用されるもの）は、相補性決定領域（ＣＤＲ）のＫａｂａｔ定義とは異なる（Ｙｖｏｎｎｅ  Ｃｈｅｎ  ｅｔ  ａｌ．（１９９９）“Ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ａｎ  Ｏｐｔｉｍｉｚｅｄ  Ａｎｔｉ−ＶＥＧＦ  Ａｎｔｉｂｏｄｙ：Ｃｒｙｓｔａｌ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ａｎ  Ａｆｆｉｎｉｔｙ−ｍａｔｕｒｅｄ  Ｆａｂ  ｉｎ  Ｃｏｍｐｌｅｘ  ｗｉｔｈ  Ａｎｔｉｇｅｎ”，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２９３，８６５−８８１）。
【００８４】
本明細書で使用されるとき、「ライブラリー」は、共通のクラスを有する２つ以上の実体の集まりを指す。例えば、ポリヌクレオチドを含有するライブラリーは、２つ以上のポリヌクレオチドの集まりを指し得る。「ライブラリー」という用語は、本明細書中、その最も広い意味で使用され、合わせても合わせなくてもよいサブライブラリーを具体的に含む。
【００８５】
本明細書で使用されるとき、「ユニーク」は、１つの集まりの１メンバーであって、その集まりの他のメンバーとは異なる１メンバーを指す。例えば、抗体をコードする複数のポリヌクレオチドをコードするライブラリーに由来するユニーク抗体は、当該ライブラリーによってコードされる他の抗体によって共有されない特定の配列を有する抗体を指し得る。実際問題として、ライブラリーが物理的に実現した「ユニーク」メンバーは、２つ以上のコピーで存在し得ることを理解されたい。例えば、ライブラリーは、複数の「ユニーク」抗体を含有し得、「ユニーク」抗体分子のうちの１つ以上は、２つ以上のコピーで生じ得る。
【００８６】
本明細書で使用されるとき、「多様性」は、可変性及び／または不均一性を指す。例えば、ライブラリー中の抗体の多様性は、ライブラリー中に存在するユニーク配列を含む抗体が様々であることを指し得る。
【００８７】
「ポリペプチド」、「タンパク質」、及び「ペプチド」という用語は、本明細書で区別なく使用され、２つ以上のアミノ酸の重合体を指し得る。
【００８８】
本明細書で区別なく使用される「ポリヌクレオチド」または「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドの重合体を指し、ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、及び／またはそれらの類似体、あるいはＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼによりまたは合成反応により重合体中に組み込まれ得る任意の基質であり得る。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びその類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。存在する場合、ヌクレオチド構造に対する修飾は、重合体の組み立て前または後に付与され得る。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド成分によって中断されてもよい。ポリヌクレオチドは、標識へのコンジュゲーションなど、合成後になされた修飾（複数可）を含み得る。他の修飾タイプには、例えば、「キャップ」、類似体による天然ヌクレオチドのうちの１つ以上の置換、ヌクレオチド間修飾、例えば、非荷電結合（例えば、メチルホスホネート、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメートなど）による修飾、及び荷電結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）による修飾、ペンダント部分、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ポリ−Ｌ−リシンなど）を含有する修飾、インターカレーター（例えば、アクリジン、ソラレンなど）による修飾、キレート化剤（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属など）を含有する修飾、アルキル化剤を含有する修飾、修飾結合による修飾（例えば、αアノマー核酸など）、ならびにポリヌクレオチド（複数可）の未修飾形態が含まれる。更に、糖内に通常存在するヒドロキシル基のうちのいずれかを、例えば、ホスホン酸基、リン酸基によって置き換えてもよいし、標準的な保護基によって保護してもよいし、活性化させて追加のヌクレオチドへの更なる結合を生成してもよいし、固体または半固体の支持体にコンジュゲートしてもよい。５’末端及び３’末端のＯＨを、リン酸化してもよいし、アミンまたは１〜２０個の炭素原子の有機キャッピング基部分で置換してもよい。他のヒドロキシルも、標準的な保護基に誘導体化してもよい。ポリヌクレオチドはまた、当該技術分野において一般的に知られているリボース糖またはデオキシリボース糖の類似形態も含み得、例えば、２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル−、２’−フルオロ−または２’−アジド−リボース、炭素環糖類似体、α−アノマー糖、アラビノース、キシロースまたはリキソースなどのエピマー糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及びメチルリボシドなどの塩基性ヌクレオシド類似体を含む。１つ以上のホスホジエステル結合は、代替連結基に置き換えられてもよい。これらの代替連結基には、限定されないが、リン酸が、Ｐ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯまたはＣＨ２（「ホルムアセタール」）に置き換えられる実施形態が含まれ、式中、各ＲまたはＲ’は、独立して、Ｈ、置換もしくは無置換アルキル（１〜２０Ｃ）（任意にエーテル（−Ｏ−）結合を含有する）、アリール、��ルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニルまたはアラルジルである。ポリヌクレオチド内の全ての結合が同一である必要はない。前述の説明は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む、本明細書において言及される全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００８９】
細胞（例えば、合成ポリヌクレオチドまたは合成ポリヌクレオチドのライブラリーを含む細胞または細胞の集団）は、ポリヌクレオチド挿入物を組み込むためのベクター（複数可）のレシピエントになり得るか、レシピエントになっている個々の細胞または細胞培養物を含む。宿主細胞は、単一の宿主細胞の子孫を含み、その子孫は、自然発生的、偶発的または意図的な変異により、元の親細胞とは必ずしも完全に同一でない場合がある（形態学的またはゲノムＤＮＡ相補体において）。宿主細胞は、ポリヌクレオチド（複数可）（例えば、本開示の抗体重鎖可変領域をコードする合成ポリヌクレオチド）をｉｎ  ｖｉｖｏでトランスフェクトした細胞を含む。
【００９０】
「非ヒト動物」は、家畜、農場または動物園の動物、競技用動物、ペット動物（イヌ、ウマ、ネコ、ウシなど）及び研究に使用される動物などのヒトに分類されない任意の動物を指す。研究動物は、限定するものではないが、線虫類、節足動物、脊椎動物、哺乳類、カエル、げっ歯類（例えば、マウスまたはラット）、魚類（例えば、ゼブラフィッシュまたはフグ）、鳥類（例えば、ニワトリ）、イヌ、ネコ、及び非ヒト霊長類（例えば、アカゲザル、カニクイザル、チンパンジーなど）を指し得る。好ましい実施形態において、動物は、抗体を産生する動物である。
【００９１】
ＩＩＩ．抗体ライブラリー及びライブラリーの作製
本開示のある特定の態様は、ポリヌクレオチド、例えば、抗体重鎖可変領域（ＶＨ）または軽鎖可変領域（ＶＬ）をコードするポリヌクレオチドのライブラリーに関する。本開示のライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを１つ以上含有し得、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１及び／またはＨＶＲ−Ｈ２のいずれかである。
【００９２】
いくつかの実施形態において、本開示のライブラリーは、典型的な抗体ライブラリーよりも少ない数のユニーク重鎖ＨＶＲ配列及び／またはユニークＶＨ配列を含有する。有利には、そのようなライブラリーは、目的の多数の抗原のうちの１つ以上に結合する抗体の特定に十分な多様性をもたらすことができるとともに、ライブラリーサイズが小さくなったことにより効率的なスクリーニングも可能となる。いくつかの実施形態において、本開示のライブラリーは、約１００００未満、約９０００未満、約８０００未満、または約７０００未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含むポリヌクレオチドを含むか、それらからなる。ある特定の実施形態において、本開示のライブラリーは、約６６００以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含むポリヌクレオチドを含むか、それらからなる。
【００９３】
いくつかの実施形態において、ライブラリーは、複数のポリヌクレオチドを含有し、当該ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、本開示の抗体重鎖可変領域（例えば、本開示のＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２を含む）をコードする。
【００９４】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリーの１つ以上のポリヌクレオチドは、ベクター（例えば、発現ベクターまたはディスプレイベクター）中にある。
【００９５】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、少なくとも２２５、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１２５０、少なくとも１５００、少なくとも１７５０、少なくとも２０００、少なくとも２２５０、少なくとも２５００、少なくとも２７５０、少なくとも３０００、少なくとも３２５０、少なくとも３５００、少なくとも３７５０、少なくとも４０００、少なくとも４２５０、少なくとも４５００、少なくとも４７５０、少なくとも５０００、少なくとも５２５０、少なくとも５５００、少なくとも５７５０、少なくとも６０００、少なくとも６２５０、または少なくとも６５００は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、及び／または（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び／またはポリヌクレオチドのうちの約６．５＊１０４未満（例えば、約６．５＊１０４未満、約５．５＊１０４未満、約２．５＊１０４未満、約１＊１０４未満、約６７００未満、約６６６０未満、約５０００未満、約２５００未満、約１０００未満、約６９０未満、約５００未満、約１００未満、約５０未満など）、６２２７２以下、６０９２８以下、５４６５６以下、または６６６０以下は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２。いくつかの実施形態において、ライブラリーの１つ以上のポリヌクレオチドは、ベクター（例えば、発現ベクターまたはディスプレイベクター）中にある。
【００９６】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドのうちの少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つ、少なくとも６つ、少なくとも７つ、少なくとも８つ、少なくとも９つ、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも３５、少なくとも４０、少なくとも４５、少なくとも５０、少なくとも５５、少なくとも６０、少なくとも６５、少なくとも７０、少なくとも７５、少なくとも８０、少なくとも８５、少なくとも９０、少なくとも９５、少なくとも１００、少なくとも１１０、少なくとも１２０、少なくとも１３０、少なくとも１４０、少なくとも１５０、少なくとも１６０、少なくとも１７０、少なくとも１８０、少なくとも１９０、少なくとも２００、少なくとも２２５、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも１０００、少なくとも１２５０、少なくとも１５００、少なくとも１７５０、少なくとも２０００、少なくとも２２５０、少なくとも２５００、少なくとも２７５０、少なくとも３０００、少なくとも３２５０、少なくとも３５００、少なくとも３７５０、少なくとも４０００、少なくとも４２５０、少なくとも４５００、少なくとも４７５０、少なくとも５０００、少なくとも５２５０、少なくとも５５００、少なくとも５７５０、少なくとも６０００、少なくとも６２５０、または少なくとも６５００は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、及び／または（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；及び／またはポリヌクレオチドのうちの約６．５＊１０４未満（例えば、約６．５＊１０４未満、約５．５＊１０４未満、約２．５＊１０４未満、約１＊１０４未満、約６７００未満、約６６６０未満、約５０００未満、約２５００未満、約１０００未満、約６９０未満、約５００未満、約１００未満、約５０未満など）、６２２７２以下、６０９２８以下、５４６５６以下、または６６６０以下は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２。いくつかの実施形態において、ライブラリーの１つ以上のポリヌクレオチドは、ベクター（例えば、発現ベクターまたはディスプレイベクター）中にある。
【００９７】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、式Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、抗体重鎖可変領域をコードする。
【００９８】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、式Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、抗体重鎖可変領域をコードする。
【００９９】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、式ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、抗体重鎖可変領域をコードする。
【０１００】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、式ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、抗体重鎖可変領域をコードする。
【０１０１】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、式ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、抗体重鎖可変領域をコードする。
【０１０２】
いくつかの実施形態において、ライブラリー中のポリヌクレオチドは、式ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む、抗体重鎖可変領域をコードする。
【０１０３】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１０４】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１０５】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、または当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（Ｘ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、または当該ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、またはＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号２、３、１４、１５、３０、３２、３５、３７、３９、４１、４４、４６、及び４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、またはＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５５、５６、５９、６１、６２、６４、６８、６９、７１、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、７２、８１、８３、８６、９０、９１、９９、１００、１０３、１０６、１０７、１０８、１１２、１１３、１１６、１１８、１２６、１３５、及び１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号６、１０、１７、２９、３６、及び５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、またはＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５４、５７、５８、８０、８４、８５、８７、８８、９２、９４、９６、９７、９８、１０１、１０２、１０４、１１１、１１４、１１５、１１９、１２０、１２５、１２７及び１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１０６】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドライブラリーは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む抗体重鎖可変領域をコードし、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、当該技術分野において知られている任意のＨＶＲ−Ｈ３である。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３−２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１０７】
本明細書に記載される重鎖ＨＶＲ配列は、本開示のライブラリー中に、任意の組み合わせで含まれ得る。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。
【０１０８】
ある特定の実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【０１０９】
ある特定の実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【０１１０】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、表１に列挙される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列、または配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５から選択される配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０１１１】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、次式：（ＦＷ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＷ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＷ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＷ−Ｈ４）に従うとおり、ＨＶＲの間に近接して配置される可変領域重鎖フレームワーク配列を更に含む。いくつかの実施形態において、フレームワーク配列のうちの１つ、２つ、３つ、または４つは、以下である。
ＦＷ−Ｈ１は、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧ（配列番号１６５）であり、
ＦＷ−Ｈ２は、ＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷ（配列番号１６６）であり、
ＦＷ−Ｈ３は、ＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣ（配列番号１６７）であり、
ＦＷ−Ｈ４は、ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１６８）である。
【０１１２】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のＲ１９にアルギニンからリシンへの変異を有する、代替ＦＷ−Ｈ３配列を含む。いくつかの実施形態において、フレームワーク配列のうちの１つ、２つ、３つ、または４つは、配列番号１６５のＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のＦＷ−Ｈ２、Ｒ１９にアルギニンからリシンへの変異を有する配列番号１６７またはＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のＦＷ−Ｈ４である。
【０１１３】
いくつかの実施形態において、ライブラリーは、複数のポリヌクレオチドを含有し、当該ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つは、抗体軽鎖可変領域（例えば、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及びＨＶＲ−Ｌ３を含む）をコードする。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＶＲ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＶＲ−Ｌ３を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１と、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３と、を含む。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、少なくとも１つ、少なくとも５０、少なくとも１００、少なくとも２５０、少なくとも５００、少なくとも１０３、少なくとも１０４、少なくとも１０５、少なくとも１０６、少なくとも１０７、少なくとも１０８、少なくとも１０９、少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、または少なくとも１０１２の抗体軽鎖可変領域のユニーク配列をコードする、複数のポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、少なくとも１０３の抗体軽鎖可変領域のユニーク配列をコードする、複数のポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、少なくとも１０５の抗体軽鎖可変領域のユニーク配列をコードする、複数のポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、少なくとも１０９の抗体軽鎖可変領域のユニーク配列をコードする、複数のポリヌクレオチドを含有する。他の実施形態において、ライブラリーは、１つの抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態において、ライブラリーは、１〜約１０３の抗体軽鎖可変領域のユニーク配列をコードする、複数のポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、代理人整理番号６９５４０−３０００１００、６９５４０−２０００１４０、及び／または６９５４０−２０００１００で提出された特許出願（その開示は、その全体がそれぞれ参照により本明細書に援用される）に認められる抗体軽鎖可変領域のいずれかである。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、代理人整理番号６９５４０−３０００１００、６９５４０−２０００１４０、及び／または６９５４０−２０００１００で提出された特許出願（その開示は、その全体がそれぞれ参照により本明細書に援用される）に認められるＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３の各配列のいずれかを含む。
【０１１４】
いくつかの実施形態において、ライブラリーのポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、全長抗体重鎖（複数可）をコードする。他の実施形態において、ライブラリーのポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、重鎖Ｆａｂフラグメント（複数可）をコードする。いくつかの実施形態において、ライブラリーのポリヌクレオチドのうちの１つ以上は、単鎖可変フラグメント（複数可）をコードする。
【０１１５】
いくつかの実施形態において、ライブラリーは、複数のユニーク抗体をコードする複数のポリヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態において、各抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態において、複数の各抗体の重鎖可変領域は、同一の配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２のうちの少なくとも１つまたは少なくとも２つは、本開示のＨＶＲ−Ｈ１配列（例えば、Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及びＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）；ならびに配列番号１〜５２及び１３７〜１５８）、及び本開示のＨＶＲ−Ｈ２配列（例えば、ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及びＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）；ならびに配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４）から選択されるアミノ酸配列を含む。本明細書に記載される重鎖ＨＶＲ配列は、１つ以上の軽鎖可変領域（複数可）をコードするポリヌクレオチドも含む本開示のライブラリー中に、任意の組み合わせで含まれ得る。
【０１１６】
いくつかの実施形態において、本開示のライブラリーは、本開示の１つ以上のポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）をコードする１つ以上のベクターを含む。
【０１１７】
本明細書で更に提供されるのは、例えば、本開示のライブラリーのポリヌクレオチド配列（例えば、合成ポリヌクレオチド（複数可））を準備し、組み立てることによる、ライブラリーの調製方法である。本明細書で更に提供されるのは、例えば、複数の立体構造を有する配列を含む、１つ、２つ、または３つの重鎖ＨＶＲ（例えば、本開示の１つまたは２つの重鎖ＨＶＲ）を選択することと、ポリヌクレオチド配列を組み立てて、複数の抗体重鎖可変領域配列をコードするポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）のライブラリーを生成することと、を含む、ライブラリーの作製方法である。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変領域配列は、ヒト抗体配列である。いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及び／またはＨＶＲ−Ｈ２は、本開示のＨＶＲ−Ｈ１配列（例えば、Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及びＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）；ならびに配列番号１〜５２及び１３７〜１５８）、及び本開示のＨＶＲ−Ｈ２配列（例えば、ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及びＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）；ならびに配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４）から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１１８】
いくつかの実施形態において、抗体重鎖可変領域のＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３のうちの少なくとも１つは、複数の立体構造を取る。いくつかの実施形態において、複数の立体構造は、限定するものではないが、構造決定（例えば、Ｘ線結晶学またはＮＭＲ）及び／またはコンピューターモデリングを含む、当該技術分野において既知の技術を使用して、評価または検出することができる。
【０１１９】
一連の抗体軽鎖及び／または重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドは、軽鎖配列または重鎖配列の一部または全体の発現に適した任意のベクターにクローニングすることができる。いくつかの実施形態において、ベクターにクローニングされた当該ポリヌクレオチドにより、ウイルスコートタンパク質の全てまたは一部に融合され（すなわち、融合タンパク質の生成）、粒子または細胞の表面上に提示された軽鎖配列または重鎖配列の一部または全体の生成が可能となる。例えば、ファージミドベクターなどのいくつかの種類のベクターが利用可能であり、本開示の実施に使用することができる。ファージミドベクターは、一般に、プロモーター、シグナル配列、表現型選択遺伝子、複製起点部位、及び当業者に知られている他の必要な構成要素を含む、様々な構成要素を含有している。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖及び／または重鎖可変領域のセットをコードするポリヌクレオチドは、細菌ディスプレイ用の細菌細胞または酵母ディスプレイ用の酵母細胞において発現させるためのベクターにクローニングすることができる。例示的なベクターは、米国特許出願公開第ＵＳ２０１６０１４５６０４号に記載されている。いくつかの実施形態において、ベクターは、５’から３’へ、表面（例えば、ファージ、細菌、酵母、または哺乳類の細胞の表面）上に提示されるアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド、制限部位、表面上への提示能力を有する表面ペプチドをコードする第２のポリヌクレオチド、及び第２の制限部位を含む、ディスプレイベクターである。いくつかの実施形態において、第２のポリヌクレオチドは、ファージコートタンパク質、酵母外壁タンパク質、細菌外膜タンパク質、細胞表面テザードメイン、もしくはアダプター、またはその短縮型もしくは誘導体をコードする。ある特定の実施形態において、第２のポリヌクレオチドは、繊維状ファージＭ１３の遺伝子ＩＩＩ、またはその短縮型もしくは誘導体である。いくつかの実施形態において、表面ペプチドは、ファージディスプレイ、酵母ディスプレイ、細菌ディスプレイもしくは哺乳類ディスプレイ、またはこれらを横断するシャトリングディスプレイ用のものである。いくつかの実施形態において、アミノ酸配列及び表面ペプチドは、発現されると、表面上に融合タンパク質として提示される。いくつかの実施形態において、ベクターは、第１の制限部位の５’側または第２の制限部位の３’側に融合タグを更に含む。
【０１２０】
本開示のある特定の態様は、本明細書に記載されるベクター（複数可）を含有する細胞の集団に関する。本明細書に記載される技法、または他の好適な技法のいずれかによって生成されたポリヌクレオチドによってコードされる抗体の軽鎖及び／または重鎖を発現させ、スクリーニングして、所望の構造及び／または活性を有する抗体を特定することができる。抗体の発現は、例えば、無細胞抽出物（例えば、リボソームディスプレイ）、ファージディスプレイ、原核細胞（例えば、細菌ディスプレイ）、または真核細胞（例えば、酵母ディスプレイ）を使用して、実施することができる。いくつかの実施形態において、細胞は、細菌細胞、酵母細胞、または哺乳類細胞である。細菌細胞、酵母細胞、または哺乳類細胞にトランスフェクトするための方法は、当該技術分野において知られており、本明細書に引用される参考文献に記載されている。これらの細胞種におけるポリペプチド（例えば、抗体鎖）の発現（例えば、本開示のライブラリーからの発現）及び目的の抗体のスクリーニングは、以下に詳述される。
【０１２１】
あるいは、ポリヌクレオチドは、Ｐｌｕｃｋｔｈｕｎ及びＳｋｅｒｒａ（Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１９８９，１７８：４７６；Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９１，９：２７３）に記載されているものなどのＥ．ｃｏｌｉ発現系で発現させることができる。変異タンパク質は、Ｂｅｔｔｅｒ  ａｎｄ  Ｈｏｒｗｉｔｚ，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１９８９，１７８：４７６によって記載されているように、培地中及び／または細菌の細胞質中における分泌により発現させることができる。いくつかの実施形態において、ＶＨ及びＶＬをコードする単一ドメインは、ｏｍｐＡ、ｐｈｏＡまたはｐｅｌＢシグナル配列などのシグナル配列をコードする配列の３’末端にそれぞれ結合される（Ｌｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．，１９８７，１６９：４３７９）。これらの遺伝子の融合体は、ジシストロンコンストラクトに組み立てられ、それにより、これらの融合体は、単一のベクターから発現され、Ｅ．ｃｏｌｉのペリプラズム中に分泌され、そこで再度フォールディングし、活性型で回収することができる（Ｓｋｅｒｒａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，１９９１，９：２７３）。例えば、抗体重鎖遺伝子は、抗体軽鎖遺伝子とともに発現させて、抗体または抗体フラグメントを生成することができる。
【０１２２】
他の実施形態において、抗体配列は、例えば、ＵＳ２００４００７２７４０；ＵＳ２００３０１０００２３；及びＵＳ２００３００３６０９２に記載されているように、分泌シグナル及び脂質化部分を使用して、原核生物、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉの膜表面上に発現される。
【０１２３】
あるいは、抗体は、例えば、Ｊｅｏｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００７，１０４：８２４７に記載されているようなアンカーペリプラズム発現（ＡＰＥｘ２−ハイブリッド表面ディスプレイ）によって、または、例えば、Ｍａｚｏｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２００７，２５：５６３に記載されるような他のアンカリング法によって、発現及びスクリーニングすることができる。
【０１２４】
哺乳類細胞、例えば、骨髄腫細胞（例えば、ＮＳ／０細胞）、ハイブリドーマ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）、及びヒト胎児腎（ＨＥＫ）細胞などの高等真核細胞もまた、本開示の抗体の発現に使用することができる。典型的に、哺乳類細胞で発現される抗体は、培地中に分泌されるか、細胞の表面上に発現されるように設計される。抗体または抗体フラグメントは、例えば、インタクト抗体分子として、または個々のＶＨ及びＶＬフラグメント、Ｆａｂフラグメント、単一ドメインとして、または一本鎖（ｓｃＦｖ）として、生成され得る。
【０１２５】
他の実施形態において、抗体は、哺乳類細胞ディスプレイを使用して選択することができる（Ｈｏ  ｅｔ  ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００６，１０３：９６３７）。上記及び以下に例示されるいくつかの実施形態において、抗体は、例えば、ファージディスプレイを使用して、ウイルスコードタンパク質の全てまたは一部に融合され（すなわち、融合タンパク質の生成）、粒子または細胞の表面上に提示された軽鎖配列または重鎖配列の一部または全体が生成された後に選択することができる。
【０１２６】
本開示のある特定の態様は、本開示のポリヌクレオチドライブラリーを含む非ヒト動物に関する。例えば、本開示の非ヒト動物は、そのゲノムが、本開示の重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを含むように改変され得る。非限定的な例において、本開示の重鎖可変領域のうちの１つ以上を発現するように改変された重鎖免疫グロブリン遺伝子座を含む、トランスジェニックマウスが作製される。いくつかの実施形態において、トランスジェニック動物（例えば、マウス）は、ポリヌクレオチドによってコードされる抗体または重鎖を発現する。非ヒト動物の１つ以上の免疫グロブリン遺伝子座を改変する技法は、当該技術分野において知られている（例えば、Ｘｅｎｏｍｏｕｓｅ（商標）を作製するために使用される方法）。
【０１２７】
本開示のライブラリーに由来する抗体のスクリーニングは、当該技術分野において知られている任意の適切な手段によって実施することができる。例えば、結合活性は、標準的なイムノアッセイ及び／またはアフィニティークロマトグラフィーによって評価することができる。触媒機能（例えば、タンパク質分解機能）についての本開示の抗体のスクリーニングは、標準的なアッセイ、例えば、ヘモグロビンプラークアッセイを使用して達成することができる。標的に対する抗体の結合親和性の決定は、様々な既知の技法、例えば、所与の標的または抗原に対する抗体の結合速度を表面プラズモン共鳴に基づいて測定するＢＩＡＣＯＲＥ（商標）機器、またはＦｏｒｔｅＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔ（登録商標）ＲＥＤ９６プラットフォーム（Ｐａｌｌ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用した、以下に例示するようなＢｉｏ−Ｌａｙｅｒ  Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｍｅｔｒｙ（ＢＬＩ）を使用して、ｉｎ  ｖｉｔｒｏでアッセイすることができる。ｉｎ  ｖｉｖｏアッセイは、多数の動物モデルのいずれかの使用によって実施した後、必要に応じて、ヒトで試験することができる。細胞ベースの生物学的アッセイもまた企図される。抗体または抗原結合フラグメントは、機能活性、例えば、アンタゴニスト活性またはアゴニスト活性について更に選択することができる。例示的なスクリーニング方法が本明細書に記載される。例えば、いくつかの実施形態において、ｆａｂフラグメント（複数可）と１つ以上の標的（複数可）との間の結合親和性は、抗原にヒトＩｇＧ１−Ｆｃタグをタグ付けし、それをＡｎｔｉ−ｈＩｇＧ−Ｆｃ  Ｃａｐｔｕｒｅ（ＡＨＣ）Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒによって捕捉することにより、ＢＬＩを使用して測定される。Ｆａｂは、ＣＨ１ドメインのＣ末端にＨｉｓ６タグがタグ付けされ、Ｅ．ｃｏｌｉなどの宿主細胞中で過剰発現され、例えば、Ｎｉ−ＮＴＡ樹脂を使用して精製され得る。次いで、カイネティクスバッファーで、例えば、５〜１０μｇ／ｍＬまで希釈した精製ｆａｂを含有するウェル中に浸漬させたＡＨＣセンサー（抗ヒトＩｇＧ−Ｆｃ捕捉ディップ及び読み取りバイオセンサー）を使用して、親和性が測定され得る。
【０１２８】
標的もしくは抗原への結合、及び／または機能アッセイによってバインダーを特定した後に、核酸が抽出され得る。次いで、抽出したＤＮＡを、Ｅ．ｃｏｌｉ宿主細胞の形質転換に直接使用してもよいし、あるいは、コード配列を、例えば、好適なプライマーとのＰＣＲを使用して増幅し、任意の典型的なシーケンシング法によって配列決定してもよい。バインダーの可変ドメインＤＮＡを制限酵素で消化し、次いで、タンパク質発現用ベクターに挿入することができる。
【０１２９】
ＩＶ．抗体及び抗体産生
本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるライブラリーから定義及び選択される抗体である。本開示のある特定の態様は、抗体の軽鎖もしくは重鎖のＨＶＲ、ＨＶＲを含む可変領域及び／またはそれをコードするポリヌクレオチド（複数可）に関する。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ及び／または可変領域は、抗体フラグメント、全長抗体、または単鎖可変フラグメント（ｓｃＦｖ）の一部である。
【０１３０】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及び（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２。
【０１３１】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、式Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。
【０１３２】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、式Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。
【０１３３】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、式ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。
【０１３４】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、式ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。
【０１３５】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、式ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；及び（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。
【０１３６】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、式ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、（式ＸＩ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；（式ＸＩＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及び（式ＸＩＩ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。
【０１３７】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及び／またはＨＶＲ−Ｈ２は、以下の表１に列挙されるアミノ酸配列を含む。
表１：重鎖ＨＶＲ配列
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【０１３８】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ３は、当該技術分野において知られている任意のＨＶＲ−Ｈ３である。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１３９】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を有する抗体重鎖であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１及び／またはＨＶＲ−Ｈ２は、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１及び／またはＨＶＲ−Ｈ２のいずれかである。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、本開示の任意のＨＶＲ−Ｈ１配列（例えば、Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及びＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）；ならびに配列番号１〜５２及び１３７〜１５８）から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、本開示の任意のＨＶＲ−Ｈ２（例えば、ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及びＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）；ならびに配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４）から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１４０】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を有する抗体重鎖であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１４１】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を有する抗体重鎖であり、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１４２】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を有する抗体重鎖であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、式（Ｉ）、式（ＩＩ）、及び式（ＩＩＩ）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、または当該ＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＶ）、式（Ｖ）、式（ＶＩ）、式（ＶＩＩ）、式（ＶＩＩＩ）、式（ＩＸ）、式（Ｘ）、式（ＸＩ）、式（ＸＩＩ）、及び式（ＸＩＩＩ）からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を有する抗体重鎖であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、または当該ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１、４、５、７、８、９、１１、１３、１６、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、３１、３３、３４、３８、４０、４２、４３、４５、４７、４９、５０、及び５１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、またはＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３、６０、６３、６５、６６、６７、７０、８２、８９、９３、９５、１０５、１０９、１１０、１１７、１２１、１２２、１２３、１２４、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、及び１３４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号２、３、１４、１５、３０、３２、３５、３７、３９、４１、４４、４６、及び４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、またはＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５５、５６、５９、６１、６２、６４、６８、６９、７１、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、７２、８１、８３、８６、９０、９１、９９、１００、１０３、１０６、１０７、１０８、１１２、１１３、１１６、１１８、１２６、１３５、及び１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号６、１０、１７、２９、３６、及び５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、またはＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５４、５７、５８、８０、８４、８５、８７、８８、９２、９４、９６、９７、９８、１０１、１０２、１０４、１１１、１１４、１１５、１１９、１２０、１２５、１２７及び１３３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１４３】
いくつかの実施形態において、本明細書で提供されるのは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を有する抗体重鎖であり、当該ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８から選択されるアミノ酸配列を含み、当該ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１は、配列番号１〜５２から選択されるアミノ酸配列を含み、ＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号５３〜１３６から選択されるアミノ酸配列を含む。
【０１４４】
ある特定の実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｘ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＸＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【０１４５】
本明細書に記載される重鎖ＨＶＲ配列は、本開示の抗体重鎖または重鎖可変領域に、任意の組み合わせで含まれ得る。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２と、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３と、を含む。
【０１４６】
ある特定の実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、当該ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号９７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１０９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１５９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される。
【０１４７】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、表１に列挙される。いくつかの実施形態において、ＨＶＲ−Ｈ３は、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５から選択される配列、または配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５から選択される配列に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、もしくは少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を含む。
【０１４８】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、次式：（ＦＷ−Ｈ１）−（ＨＶＲ−Ｈ１）−（ＦＷ−Ｈ２）−（ＨＶＲ−Ｈ２）−（ＦＷ−Ｈ３）−（ＨＶＲ−Ｈ３）−（ＦＷ−Ｈ４）に従うとおり、ＨＶＲの間に近接して配置される可変領域重鎖フレームワーク配列を更に含む。いくつかの実施形態において、フレームワーク配列のうちの１つ、２つ、３つ、または４つは、以下である。
ＦＷ−Ｈ１は、ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧ（配列番号１６５）であり、
ＦＷ−Ｈ２は、ＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷ（配列番号１６６）であり、
ＦＷ−Ｈ３は、ＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣ（配列番号１６７）であり、
ＦＷ−Ｈ４は、ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１６８）である。
【０１４９】
いくつかの実施形態において、重鎖可変領域は、配列番号１６７のＲ１９にアルギニンからリシンへの変異を有する、代替ＦＷ−Ｈ３配列を含む。いくつかの実施形態において、フレームワーク配列のうちの１つ、２つ、３つ、または４つは、配列番号１６５のＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のＦＷ−Ｈ２、Ｒ１９にアルギニンからリシンへの変異を有する配列番号１６７またはＦＷ−Ｈ３、及び配列番号１６８のＦＷ−Ｈ４である。
【０１５０】
いくつかの実施形態において、本明細書で更に提供されるのは、重鎖及び軽鎖を含む抗体であり、当該重鎖は、本開示の重鎖可変領域を含み、当該軽鎖は、当該技術分野において知られている任意の軽鎖可変領域（例えば、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及びＨＶＲ−Ｌ３を含む）を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＶＲ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、ＨＶＲ−Ｌ３を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖可変領域は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１と、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３と、を含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖は、代理人整理番号６９５４０−３０００１００、６９５４０−２０００１４０、及び／または６９５４０−２０００１００で提出された特許出願（その開示は、その全体がそれぞれ参照により本明細書に援用される）に認められる抗体軽鎖可変領域のいずれかを含む。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖は、代理人整理番号６９５４０−３０００１００、６９５４０−２０００１４０、及び／または６９５４０−２０００１００で提出された特許出願（その開示は、その全体がそれぞれ参照により本明細書に援用される）に認められるＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３の各配列のいずれかを含む軽鎖可変領域を含む。
【０１５１】
Ｆａｂ及び一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）ならびに安定化されたＦｖまたはｓｃＦｖなどのＩｇＧ由来スカフォールドは、抗原を特異的に認識し、強固に結合する能力を有するように設計及び調製されている。類似の用途のための代替タンパク質スカフォールド、または非ＩｇＧ様スカフォールドが探索されている。プロテインＡ、フィブロネクチン、アンキリンリピート、アドネクチン、アフィボディ、アンチカリン、ＤＡＲＰｉｎ、操作されたＫｕｎｉｔｚ阻害物質またはリポカリン、環式及び多環式ペプチドなどの非Ｉｇ構造を有するいくつかのタンパク質ファミリーは、ファージディスプレイ、酵母ディスプレイ、または他の分子選択技法と組み合わせた、部位特異的ランダム変異導入などのコンビナトリアルエンジニアリングの方法を採用することによって、新しい結合部位を与えることができる。これらの新しい代替結合試薬は、操作されたタンパク質スカフォールドと総称され、本明細書で紹介されるダイナミック結合モチーフまたはユニットを使用して所定の標的に対する既存の結合部位を改変し、または新規の結合部位を与えるには、強固な天然タンパク質構造が使用されるという事実を示す。これらのタンパク質スカフォールドは、抗体またはその組み換えフラグメントと比較して、多くの場合、微生物発現系における安定性の向上及び高い生産収率を含む、実用的な利点をもたらす。これらの新規結合タンパク質は、密な標的結合活性を達成するために生体分子工学プロセスによって得られるので、他の所望の特性（例えば、溶解性、熱安定性、プロテアーゼ耐性など）に焦点を当てた更なる選択スキームに供することもできる。その結果、操作されたタンパク質スカフォールドは、バイオテクノロジー及び生物医学研究における多くの用途にとって、特に、多重特異性結合モチーフにとって、魅力的なものになっている。有益な特性を有するそのような代替結合タンパク質を生成する努力は、生体分子の構造及び機能を特に重要視した治療使用、ならびに臨床用途に向けたアプローチに向けられている。
【０１５２】
いくつかの実施形態において、本明細書で更に提供されるのは、本明細書に記載されるＨＶＲを１つ以上含む、１つ以上のポリペプチド（例えば、ＩｇＧ由来スカフォールドポリペプチド（Ｆａｂ、一本鎖Ｆｖ、及び安定化Ｆｖなど）または非ＩｇＧ由来スカフォールドポリペプチド（プロテインＡ、フィブロネクチン、アンキリンリピート、アドネクチン、アフィボディ、アンチカリン、ＤＡＲＰｉｎ、操作されたＫｕｎｉｔｚ阻害物質またはリポカリン、環式及び多環式ペプチドなど）を含む、スカフォールドポリペプチド）である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本開示の任意のＨＶＲ−Ｈ１配列（例えば、Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）；ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）；及びＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）；ならびに配列番号１〜５２及び１３７〜１５８）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本開示の任意のＨＶＲ−Ｈ２（例えば、ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）；ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）；ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）；ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）；ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）；ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）；ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）；及びＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）；ならびに配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本開示の任意のＨＶＲ−Ｈ３配列（例えば、配列番号２２３〜２５６）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本開示の任意のＨＶＲ−Ｌ１配列（例えば、配列番号２５７〜２６４）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本開示の任意のＨＶＲ−Ｌ３配列（例えば、配列番号２６５〜２７４）から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む。
【０１５３】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３配列のうちの２つ以上（例えば、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ全て）を含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３の各配列のうちの２つを含み、この２つは、ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２；ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ３；ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３；ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ３及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ３及びＨＶＲ−Ｌ３；またはＨＶＲ−Ｌ１及びＨＶＲ−Ｌ３である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３の各配列のうちの３つを含み、この３つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ３、及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ３、及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｌ１及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｌ１、及びＨＶＲ−Ｌ３；またはＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及びＨＶＲ−Ｌ３である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３の各配列のうちの４つを含み、この４つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、及びＨＶＲ−Ｌ１；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｌ１、及びＨＶＲ−Ｌ３；ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及びＨＶＲ−Ｌ３；またはＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及びＨＶＲ−Ｌ３である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、本明細書に記載されるＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及び／またはＨＶＲ−Ｌ３の各配列のうちの５つを含み、この５つは、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、ＨＶＲ−Ｈ３、ＨＶＲ−Ｌ１、及びＨＶＲ−Ｌ３である。
【０１５４】
いくつかの実施形態において、本明細書で更に提供されるのは、本開示の軽鎖可変領域及び重鎖可変領域を含む、抗体フラグメントまたはｓｃＦｖである。
【０１５５】
いくつかの実施形態において、本開示の抗体または抗体フラグメントは、特定の結合親和性で、少なくとも１つの標的（例えば、標的タンパク質または標的エピトープ）または少なくとも２つの標的に結合する。例えば、いくつかの実施形態において、本開示の抗体または抗体フラグメントは、約１０−７Ｍ以下、１０−８Ｍ以下、１０−９Ｍ以下、１０−１０Ｍ以下、または１０−１１Ｍ以下の平衡解離定数（Ｋｄ）で、少なくとも１つの標的または少なくとも２つの標的に結合する。いくつかの実施形態において、本開示の抗体または抗体フラグメントは、約１０−７〜約１０−１１Ｍの平衡解離定数（Ｋｄ）で、少なくとも１つの標的または少なくとも２つの標的に結合する。結合親和性を決定するための例示的なアッセイは、以下に記載され、例示される（例えば、以下の実施例４のＦｏｒｔｅＢｉｏアッセイ参照）。
【０１５６】
いくつかの実施形態において、本開示の抗体または抗体フラグメントは、少なくとも６０℃の融解温度（Ｔｍ）を有する。例えば、いくつかの実施形態において、本開示の抗体または抗体フラグメントは、約６０℃〜約９０℃、約６５℃〜約９０℃、約７０℃〜約９０℃、約７５℃〜約９０℃、約８０℃〜約９０℃、約８５℃〜約９０℃、または少なくとも約６５℃、少なくとも約７０℃、少なくとも約７２℃、少なくとも約７５℃、少なくとも約８０℃、もしくは少なくとも約８５℃のＴｍを有する。いくつかの実施形態において、本開示の抗体または抗体フラグメントは、約６０℃〜約９０℃のＴｍを有する。抗体または抗体フラグメントのＴｍを測定する方法は、様々なものが当該技術分野において知られている。抗体のＴｍを決定するための例示的なアッセイは、以下に記載され、例示される（例えば、以下の実施例４のＤＳＦアッセイ参照）。
【０１５７】
本開示の抗体は、例えば、米国特許第４，８１６，５６７号に記載の組み換え方法及び組成物を使用して産生され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に記載される任意の抗体をコードする、単離された核酸が提供される。そのような核酸は、抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び／またはＶＨを含むアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／または重鎖）をコードし得る。いくつかの実施形態において、そのような核酸を含む１つ以上のベクター（例えば、発現ベクター）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態において、そのような核酸を含む宿主細胞が提供される。そのような一実施形態において、宿主細胞は、（１）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含むベクター、または（２）抗体のＶＬを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第１のベクター及び抗体のＶＨを含むアミノ酸配列をコードする核酸を含む第２のベクターを含む（例えば、当該ベクターで形質転換されている）。いくつかの実施形態において、宿主細胞は、真核生物、例えば、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞またはリンパ系細胞ｌ（例えば、Ｙ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。いくつかの実施形態において、抗体の作製方法が提供され、当該方法は、上記抗体をコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体の発現に好適な条件下で培養することと、任意選択により、抗体を宿主細胞（または宿主細胞培地）から回収することと、を含む。
【０１５８】
本開示の抗体を組み換え産生するには、例えば、上述の抗体をコードする核酸を単離し、それを、宿主細胞における更なるクローニング及び／または発現のために、１つ以上のベクター中に挿入する。かかる核酸は、従来の手順を使用して（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合する能力を有するオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）、容易に単離され、配列決定することができる。
【０１５９】
抗体コーディングベクターのクローニングまたは発現に好適な宿主細胞には、原核細胞または真核細胞が含まれる。例えば、抗体は、特にグリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合には、細菌において産生され得る。細菌での抗体フラグメント及びポリペプチドの発現については、例えば、米国特許第５，６４８，２３７号、同第５，７８９，１９９号及び同第５，８４０，５２３号を参照されたい（Ｃｈａｒｌｔｏｎ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ，２００３），ｐｐ．２４５−２５４（Ｅ．ｃｏｌｉ．での抗体フラグメントの発現に関する記載）も参照されたい）。発現後、抗体は、可溶性画分中の細菌細胞ペーストから単離され得、更に精製され得る。
【０１６０】
原核生物に加えて、糸状菌または酵母などの真核微生物も、抗体コーディングベクターに好適なクローニング宿主または発現宿主であり、これらには、グリコシル化経路が「ヒト化」されており、部分的または完全なヒトグリコシル化パターンを有する抗体の産生をもたらす、真菌株及び酵母株が含まれる。Ｇｅｒｎｇｒｏｓｓ，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２２：１４０９−１４１４（２００４），ａｎｄ  Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．２４：２１０−２１５（２００６）を参照されたい。
【０１６１】
グリコシル化抗体の発現に好適な宿主細胞は、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）から得ることもできる。無脊椎動物細胞の例には、植物細胞及び昆虫細胞が挙げられる。昆虫細胞とともに、特に、Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ  ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ細胞のトランスフェクションに使用することができる、多数のバキュロウイルス株が同定されている。
【０１６２】
植物細胞培養物もまた、宿主として利用することができる。例えば、米国特許第５，９５９，１７７号、同第６，０４０，４９８号、同第６，４２０，５４８号、同第７，１２５，９７８号、及び同第６，４１７，４２９号（トランスジェニック植物中で抗体を産生するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ（商標）技術を記載）を参照されたい。
【０１６３】
脊椎動物細胞もまた、宿主として使用され得る。例えば、懸濁液中で成長するように適合された哺乳類の細胞株が、有用であり得る。有用な哺乳類宿主細胞株の他の例は、ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株（ＣＯＳ−７）；ヒト胚性腎臓株（２９３細胞または例えばＧｒａｈａｍ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ．Ｇｅｎ  Ｖｉｒｏｌ．３６：５９（１９７７）に記載されているような２９３細胞）；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えば、Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．２３：２４３−２５１（１９８０）に記載されているようなＴＭ４細胞）；サル腎臓細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ科腎臓細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ  ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ  ０６０５６２）；例えば、Ｍａｔｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎａｌｓ  Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．３８３：４４−６８（１９８２）に記載されているようなＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳類宿主細胞株には、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞（Ｕｒｌａｕｂ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ７７：４２１６（１９８０））を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞；ならびにＹ０、ＮＳ０及びＳｐ２／０などの骨髄腫細胞株が含まれる。抗体産生に適したある特定の哺乳類宿主細胞株の総説については、例えば、Ｙａｚａｋｉ  ａｎｄ  Ｗｕ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４８（Ｂ．Ｋ．Ｃ．Ｌｏ，ｅｄ．，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，ＮＪ），ｐｐ．２５５−２６８（２００３）を参照されたい。
【０１６４】
同一／共通／単一の重鎖を有する二重特異性抗体
本明細書で更に提供されるのは、本開示の同一の重鎖可変領域を有する二重特異性抗体である（例えば、異なる結合特異性を有する２つの軽鎖可変領域と、２つの同一の重鎖可変領域とを有する）。いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、２つの異なる軽鎖を含み、第１の軽鎖は、カッパＣＬドメイン（例えば、ヒトカッパＣＬドメイン）を含み、第２の軽鎖は、ラムダＣＬドメイン（例えば、ヒトラムダＣＬドメイン）を含む。カッパＣＬドメイン及びラムダＣＬドメインを含む二重特異性抗体の作製方法及び／または精製方法は、当該技術分野において知られている（例えば、Ｆｉｓｃｈｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（２０１５），Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．６：６１１３；ＵＳ２０１４０１７９５４７参照）。例えば、ａ）２つの同一の重鎖可変領域（例えば、本明細書に記載される重鎖可変領域のいずれか１つ）と、ｂ）第１の軽鎖可変領域及びカッパＣＬドメインを含む第１の軽鎖と、ｃ）第２の軽鎖可変領域及びラムダＣＬドメインを含む第２の軽鎖（例えば、カッパＣＬドメインを含む第２の軽鎖の定常領域がラムダＣＬドメインに置き換えられている）と、を含む、二重特異性抗体を構築し、発現させることができる（例えば、１つ以上の発現ベクターにクローニングし、１つ以上の好適な宿主細胞で発現させる）。この方法で構築され、得られた二重特異性ＩｇＧ（例えば、カッパとラムダの両方のＣＬドメインを含む二重特異性ＩｇＧ）は、以下のステップを使用して精製することができる。まず、プロテインＡまたはＩｇＧ−ＣＨ１  ＣａｐｔｕｒｅＳｅｌｅｃｔアフィニティークロマトグラフィーを使用して、培養上清からトータルＩｇＧを回収する。これにより、遊離軽鎖及び他の夾雑物が除去される。次に、ＫａｐｐａＳｅｌｅｃｔアフィニティー樹脂を使用して、カッパＣＬドメインを含有するＩｇＧを捕捉し、ラムダＣＬドメインのみを含有する軽鎖を含む単一特異性ＩｇＧをカラムフロースルーで除去する。最後に、ＬａｍｂｄａＦａｂＳｅｌｅｃｔアフィニティー樹脂を使用して、純粋な二重特異性カッパ−ラムダボディを回収し、樹脂に結合しないカッパＣＬドメインのみを含有する軽鎖を有する単一特異性ＩｇＧから分離する。あるいは、二重特異性共通重鎖ＩｇＧ（例えば、上記のようなＩｇＧ）をプロテインＡによって精製し、異なる軽鎖の生物物理学的特性の１つ以上の違い（例えば、異なる分子量、異なる等電点（ｐＩ）など）に基づいた、各軽鎖ＣＬドメインに特異的な樹脂を使用して分けることができる。
【０１６５】
いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、２つの抗体軽鎖可変領域及び２つの同一の重鎖可変領域を含み、当該二重特異性抗体は、第１の標的または抗原に結合し、第１の抗体軽鎖可変領域及び第１の重鎖可変領域を含む、第１の結合ドメインと、第２の標的または抗原に結合し、第２の抗体軽鎖可変領域及び第２の抗体重鎖可変領域を含む、第２の結合ドメインと、を含み、当該第２の抗体重鎖可変領域は、当該第１の抗体重鎖可変領域配列と同一の配列を有する。いくつかの実施形態において、第１及び第２の結合ドメインは、異なる標的生体分子に結合する。いくつかの実施形態において、第１及び第２の結合ドメインは、同じ生体分子上の異なるエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、第１の抗体重鎖可変領域は、第１の重鎖可変領域及び第１の重鎖定常領域（例えば、ＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３を含む）を含む第１の抗体重鎖の一部である。いくつかの実施形態において、第２の抗体重鎖可変領域は、第２の重鎖可変領域及び第２の重鎖定常領域（例えば、ＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２及びＣＨ３を含む）を含む第２の抗体重鎖の一部である。いくつかの実施形態において、第１の抗体軽鎖可変領域は、第１の軽鎖可変領域及び第１の軽鎖定常領域を含む第１の抗体軽鎖の一部である。いくつかの実施形態において、第２の抗体軽鎖可変領域は、第２の軽鎖可変領域及び第２の軽鎖定常領域を含む第２の抗体軽鎖の一部である。いくつかの実施形態において、第１及び第２の抗体重鎖は、本開示の重鎖と同一の配列を有する。
【０１６６】
本明細書で更に提供されるのは、本開示の同一の重鎖可変領域を有する二重特異性抗体（例えば、異なる結合特異性を有する２つの軽鎖可変領域と、２つの同一の重鎖可変領域とを有する）の作製方法である。いくつかの実施形態において、方法は、（ａ）第１の抗原に結合し、本開示の第１の抗体軽鎖可変領域及び第１の重鎖可変領域を含む、第１の抗原結合ドメインを選択することと、（ｂ）第２の抗原に結合し、本開示の第２の抗体軽鎖可変領域及び第２の重鎖可変領域を含む、第２の抗原結合ドメインを選択することであって、当該第２の抗体重鎖可変領域は、第１の抗体重鎖可変領域配列と同一の配列を有する、当該選択することと、（ｃ）第１の抗体軽鎖可変領域のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、第２の抗体軽鎖可変領域のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域、第１の抗体重鎖可変領域配列のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域、及び第２の抗体重鎖可変領域配列のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域を含む、二重特異性抗体を生成することと、を含む。いくつかの実施形態において、第１の重鎖可変領域は、本開示のライブラリーに由来するポリヌクレオチドによってコードされる。
【０１６７】
いくつかの実施形態において、本明細書に記載される二重特異性抗体は、更なる特異性を有してもよい。例えば、二重特異性抗体の抗原結合部位または標的結合部位のうちの１つは、２つ以上の標的に特異的に結合し得る。
【０１６８】
二重特異性抗体を作製／生成する方法は、当該技術分野において知られている。全長二重特異性抗体の産生は、２つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖ペアの共発現に基づくことができ、これらの２つの鎖は、異なる特異性を有する（Ｍｉｌｌｓｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，３０５：５３７−５３９（１９８３））。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖は、ランダムな組み合わせであるため、これらのハイブリドーマ（クアドローマ）は、１０種の異なる抗体分子の混合物を産生する可能性があり、正しい二重特異性構造を有するのは、これらのうちの１つのみである。正しい分子の精製は、通常、アフィニティークロマトグラフィーステップにより行われるが、かなり煩雑であり、生成物の収率は低い。同様の手法がＷＯ９３／０８８２９及びＴｒａｕｎｅｃｋｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，ＥＭＢＯ  Ｊ．，１０：３６５５−３６５９（１９９１）に開示されている。
【０１６９】
Ｖ．キット
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本開示のポリヌクレオチドのライブラリーを含むキットである。いくつかの実施形態において、キットは、例えば、目的の抗体ＨＶＲまたは可変領域を特定するために、ライブラリーを発現、修飾、スクリーニング、または別の方法で使用するための説明を含む、添付文書を更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、例えば、ポリヌクレオチド（例えば、合成ポリヌクレオチド）のうちの１つ以上を保存、移動、トランスフェクト、または別の方法で使用するための１つ以上のバッファーを更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、ポリヌクレオチドのうちの１つ以上を保存するための１つ以上の容器を更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、例えば、ポリヌクレオチドのうちの１つ以上を宿主細胞にトランスフェクションするための１つ以上のベクターを更に含む。
【実施例】
【０１７０】
本開示は、以下の実施例を参照することによって、より十分に理解されるであろう。しかしながら、実施例は、本開示の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。本明細書に記載される実施例及び実施形態は、例示のみを目的にするものであり、それらを考慮した様々な変形または変更が当業者に想起され、本出願の趣旨及び範囲ならびに添付の特許請求の範囲内に含まれることを理解されたい。
【０１７１】
実施例１：超可変領域のダイナミックモチーフ最小セットの特定
抗体可変ドメインの可変性を構造レベルで理解するために、抗体可変ドメインの幾何学的アラインメントをマッピングし、更に、その幾何学的アラインメントに基づいて、構造エントロピー及び配列エントロピーを計算するアルゴリズムを開発した。そのようなアプローチを取ることは、よく確立されたＶ（Ｄ）Ｊ遺伝子再構成プロセスによって決定される抗体多様性の古典的理論を、ダイナミックユニットによる立体構造多様性（Ｌｉｎｕｓ  Ｐａｕｌｉｎｇによる鋳型指向立体構造選択；例えば、Ｊａｍｅｓ，Ｌ．ａｎｄ  Ｔａｗｆｉｋ，Ｄ．“Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ａｎｄ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ−ａ  ６０−ｙｅａｒ−ｏｌｄ  ｈｙｐｏｔｈｅｓｉｓ  ｒｅｖｉｓｉｔｅｄ”，Ｔｒｅｎｄｓ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｓｃｉ．２００３  Ｊｕｌ；２８（７）：３６１−８参照）と組み合わせて併用し、抗体結合部位の選択及び適合によって、ほぼ無限のエピトープ空間のサンプリングを可能にするものである。一例として、本アルゴリズムを使用して、１１３のヒト抗体可変重鎖ドメインの高解像度結晶構造に関する構造及び配列の可変性を解析した。可変重鎖ドメインの全ての位置について、エントロピーを計算し、それをプロットした（図１Ａ；構造エントロピーは太線、配列エントロピーは点線）。幾何学的アラインメントに基づいた構造エントロピー及び配列エントロピーの計算によって得られた結果を使用して、超可変（ＨＶＲ）領域を特定し、これらの可変領域上の重要な位置を特定した。比較のために、例示的な抗体重鎖可変ドメイン配列のＨＶＲ（上記の方法によって定義）及びＣＤＲ（Ｋａｂａｔによって定義）を特定した（図１Ｂ）。
【０１７２】
興味深いことに、構造アラインメントによって評価された可変性は、配列アラインメントで観察された可変性よりも概して低かった。構造アラインメントによって評価した場合、可変性は概して低かったが、劇的な構造変化を伴う部位／領域は多数あり、これらの可変部位が抗体機能に重要な役割を果たす可能性が示唆される。更に、これらの超可変領域のいくつかは、複数の立体構造を持ち、高い柔軟性を示した。可変性の高い残基領域の特定により、新しい抗体設計に活用できる、抗体可変ドメインの保存及び可変性に関するより包括的な全体像が得られた。このダイナミックモチーフの特定により、少ないアミノ酸配列数で広範囲な構造多様性をカバーすることが可能になった。抗体設計に対するこのアプローチの驚くべき利点は、より限定された数のダイナミックモチーフを可変領域に利用して広範囲の抗体構造多様性をカバーし、目的の複数の抗原への結合を可能にし得る幅広い柔軟性をこれらの抗体に提供できることであった。したがって、ダイナミック重鎖ライブラリーは、不変残基には単一のヒト生殖細胞系列配列またはヒト生殖細胞系列由来配列を使用して構築したが、超可変領域のＨＶＲ＿Ｈ１及びＨＶＲ＿Ｈ２には限定された数のダイナミックモチーフ（１０６、１０１０またはそれ以上と比べて）を使用することで、これらの２つの領域で特定された広範囲の構造可変性を把握した。
【０１７３】
実施例２：共通重鎖ライブラリーの構築
重鎖ライブラリーの構築
重鎖ライブラリーの構築を開始するために、可変領域ＨＶＲ−Ｈ１について、表２に示される式に基づき、３グループの縮重オリゴを設計し、１１２のユニークＨＶＲ−Ｈ１配列を得た。可変領域ＨＶＲ−Ｈ２については、表２に示される式に基づき、７グループの縮重オリゴを設計し、５６５のユニークＨＶＲ−Ｈ２配列を得た。合成した縮重オリゴを、次のプロトコルにより、二本鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ  ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマー、１μＬの１００μＭリバースプライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ  ＨＳ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。ＶＨ＿ｖｒ１は、プライマーペアＦ＿１９９９（ＣＧＴＴＴＧＴＣＣＴＧＴＧＣＡＧＣＴＴＣＣＧＧ）（配列番号２１１）及びＲ＿１９９９（ＣＧＡＧＧＣＣＣＴＴＡＣＣＣＧＧＧＧＣＣＴＧＡＣＧ）（配列番号２１２）を使用して増幅し、一方、ＶＨ＿ｖｒ２は、プライマーペアＦ＿２００３（ＣＣＧＧＧＴＡＡＧＧＧＣＣＴＣＧＡＧＴＧＧ）（配列番号２１３）及びＲ＿２００３（ＧＡＧＣＡＣＧＴＣＣＧＴＴＣＧＡＡＴＴＧＴＣＧＣＧＡＣＴＴＡＴＡＧ）（配列番号２１４）を使用して増幅した。
【０１７４】
二本鎖のＶＨ＿ｖｒ１及びＶＨ＿ｖｒ２を、その５’末端または３’末端にある重複配列を介して結合させた。使用したプロトコルは、次のとおりであった。２０ｎｇのＶＨ＿ｖｒ１及び２０ｎｇのＶＨ＿ｖｒ２鋳型を、１０μＬの５ｘ  ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭ  Ｆ＿１９９９プライマー、１μＬの１００μＭ  Ｒ＿２００３プライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ  ＨＳ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び水（最大５０μＬ）と混合し、その混合物を、９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で１０秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。次いで、これらのＰＣＲフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＢｓｐＥＩ及びＢｓｔＢＩ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１４にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＨ−ｖｒ１２を構成した。
表２：ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２設計バリアント配列の式
2020537632.tif 000008
2020537632.tif 000009
【０１７５】
次のプロトコルにより、１０５に近い配列多様性を有するＶＨ＿ｖｒ３をコードする数百の縮重オリゴを設計し、合成し、二重鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ  ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマー、１μＬの１００μＭリバースプライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ  ＨＳ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。フォワードプライマーは、Ｓ１０８９（ＡＣＡＡＣＴＧＡＡＣＡＧＣＴＴＡＡＧＡＧＣＴＧＡＧＧＡＣＡＣＴＧＣＣＧＴＣＴＡＴＴＡＴＴＧ）（配列番号２１５）であり、リバースプライマーは、Ｓ１０９０（ＧＡＧＧＡＧＡＣＧＧＴＧＡＣＴＡＧＴＧＴＴＣＣＴＴＧＡＣＣＣＣＡ）（配列番号２１６）であった。次いで、得られた合成ＤＮＡをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＡｆｌＩＩ及びＳｐｅＩ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの制限酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１２にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＨ−ｖｒ３を構成した。
【０１７６】
全長ＶＨライブラリーを組み立てるために、精製したＶＨ−ｖｒ３ライブラリープラスミド混合物をＡｆｌＩＩ及びＳｐｅＩ（ＮＥＢ）で消化し、ｖｒ３コードフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、同じ２つの制限酵素で消化したＶＨ−ｖｒ１２ライブラリープラスミド混合物にクローニングした。ライゲーション産物を脱塩した後（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ））、ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）を実施した。ＲＣＡは、以下のように実施した。４０ｎｇのライゲーション産物を、１０μＬの１０ｘ  ＮＥＢｕｆｆｅｒ４、５０μＬの１００μＭ  ｐｄ（Ｎ）８、及び水（最大８８．５μＬ）と混合し、９５℃で３分間加熱し、１サイクルずつ１℃下がる６５サイクル（各サイクル３０秒）でアニーリングした。１０μＬの１０ｍＭ  ｄＮＴＰミックス、１μＬの１００×ＢＳＡ、及び０．５μＬのＰｈｉ２９ＤＮＡポリメラーゼを添加した後、アニーリングした反応物を３０℃で一晩インキュベートした。ＲＣＡ産物を最初にＮｏｔＩで消化し、ＤＮＡフラグメントを精製し（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ）、ＸｈｏＩで更に消化した。次いで、消化した産物をＴ４  ＤＮＡリガーゼ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）でライゲートした。エタノール沈殿による精製後、このライゲーション産物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行った。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＨ−ｖｒ１２３を構成した。これらのコンストラクトはそれぞれ同じフレームワーク領域、すなわち、ＦＷ−Ｈ１（配列番号１６５）、ＦＷ−Ｈ２（配列番号１６６）、ＦＷ−Ｈ３（配列番号１６７）、及びＦＷ−Ｈ４（配列番号１６８）を共有した。
【０１７７】
上記の２つの重鎖ライブラリーのプラスミド混合物をＰｖｕＩ及びＡｃｃ６５Ｉで消化し、同じ２つの制限酵素で同じく消化したファージミドベクターＦａｄ４０にライゲートした。このライゲーション混合物を用いて、ＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、得られたライブラリーを精製し、定量し、完全なファージミドライブラリーの組み立てのために保存した。
【０１７８】
ＶＬライブラリーの構築
軽鎖ライブラリーの構築を開始するために、可変領域ＶＬ＿ｖｒ１及びＶＬ＿ｖｒ２のそれぞれについて、縮重オリゴ１８グループ及び定義済みオリゴ５つを設計した。これらを、次のプロトコルにより二本鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ  ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマー、１μＬの１００μＭリバースプライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ  ＨＳ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。ＶＬ＿ｖｒ１は、プライマーペアＦ＿２８９８（ＴＡＣＴＴＡＴＧＴＡＧＧＣＧＡＴＣＧＧＧＴＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＴＧＣ）（配列番号２１７）及びＲ＿２８９８（ＣＧＧＡＧＣＴＴＴＴＣＣＴＧＧＴＴＴＣＴＧＴＴＧＡＴＡＣ）（配列番号２１８）を使用して増幅し、一方、ＶＬ＿ｖｒ２は、プライマーペアＦ＿２０１３（ＧＡＡＡＣＣＡＧＧＡＡＡＡＧＣＴＣＣＧＡＡＧ）（配列番号２１９）及びＲ＿２０１３（ＣＧＴＣＣＣＧＧＡＡＣＣＧＧＡＴＣＣＡＧＡＧＡＡＧＣＧＡＧ）（配列番号２２０）を使用して増幅した。
【０１７９】
二本鎖のＶＬ＿ｖｒ１及びＶＬ＿ｖｒ２を、その５’末端または３’末端にある重複配列を介して結合させた。使用したプロトコルは、次のとおりであった。２０ｎｇのＶＬ＿ｖｒ１及び２０ｎｇのＶＬ＿ｖｒ２鋳型を、１０μＬの５ｘ  ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭ  Ｆ＿２８９８プライマー、１μＬの１００μＭ  Ｒ＿２０１３プライマー、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ  ＨＳ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び水（最大５０μＬ）と混合し、その混合物を、９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で１０秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。次いで、これらのＰＣＲフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＰｖｕＩ及びＢａｍＨＩ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１５にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＬ−ｖｒ１２を構成した。
【０１８０】
次のプロトコルにより、ＶＬ＿ｖｒ３をコードする縮重オリゴを２２グループ設計し、合成し、二本鎖ＤＮＡに変換した。０．７５μＬの０．２μＭ鋳型オリゴを、１０μＬの５ｘ  ＰｒｉｍｅＳＴＡＲバッファー、４μＬのｄＮＴＰ混合物、１μＬの１００μＭフォワードプライマーＦ２９２９（ＡＣＣＡＴＣＡＧＣＡＧＴＣＴＧＣＡＧＣＣＧＧＡＡＧＡＣＴＴＣＧＣＡＡＣ）（配列番号２２１）、１μＬの１００μＭリバースプライマーＲ２９２９（ＧＡＴＣＴＣＣＡＣＣＴＴＧＧＴＡＣＣＣＴＧＴＣＣＧＡＡ）（配列番号２２２）、０．５μＬのＰｒｉｍｅＳＴＡＲ  ＨＳ  ＤＮＡ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ（２．５Ｕ／μＬ）、及び３３μＬの水と混合した。ＰＣＲ溶液を９６℃で５分間予熱し、次いで、１４サイクル（９６℃で１５秒、６０℃で１５秒、７２℃で６秒）を実施し、続いて、７２℃で３分間伸長した。次いで、ＶＬ＿ｖｒ３をコードする二本鎖ＤＮＡをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、ＰｓｔＩ及びＡｃｃ６５Ｉ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化し、その後、同じ２つの制限酵素で消化したフィルターベクターＦＴＶ０１３にクローニングした。このライゲーション混合物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＬ−ｖｒ３を構成した。
【０１８１】
全長ＶＬライブラリーを組み立てるために、精製したＶＬ−ｖｒ３ライブラリープラスミド混合物をＰｓｔＩ及びＡｃｃ６５Ｉ（ＮＥＢ）で消化し、ｖｒ３コードフラグメントをゲル電気泳動（ＧＥＮＥｒａｙ  Ｇｅｌ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎキット）により精製し、その後、同じ２つの制限酵素で消化したＶＬ−ｖｒ１２ライブラリープラスミド混合物にクローニングした。このライゲーション産物を用いて、エレクトロポレーションによるＤＨ１０Ｂ細胞の形質転換を行い、計算した多様性の１０倍を超える数のコロニーをプラスミド調製物のために回収した。精製したプラスミドは、ライブラリーＶＬ−ｖｒ１２３を構成した。次いで、制限酵素ＰｖｕＩ及びＡｃｃ６５Ｉを使用して、ライブラリープラスミドＶＬ−ｖｒ１２３のｖｒ１２３インサートをファージミドベクターＦａｄ４０に移した。Ｆａｄ４０−ｖｒ１２３を含有するライブラリーのサイズは、４＊１０７に達した。
【０１８２】
完全なダイナミックライブラリーの構築
ダイナミックライブラリーは、ＶＨ−ｖｒ１２３ライブラリーに由来する重鎖ライブラリーと、Ｆａｄ４０−ｖｒ１２３ライブラリーに由来する軽鎖ライブラリーとから構成された。ＶＨ−ｖｒ１２３ライブラリープラスミドとＦａｄ４０−ｖｒ１２３ライブラリープラスミドの両方をＢｓｐＥＩ及びＳｐｅＩ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）で消化した。ＶＨ−ｖｒ１２３ライブラリーに由来する重鎖をコードするＤＮＡフラグメントを、Ｆａｄ４０−ｖｒ１２３ライブラリーに由来するベクター骨格にクローニングした。ローリングサークル増幅（ＲＣＡ）前に、ライゲーション産物を脱塩した（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ））。ＲＣＡは、以下のように実施した。４０ｎｇのライゲーション産物を、１０μＬの１０ｘ  ＮＥＢｕｆｆｅｒ４、５０μＬの１００μＭ  ｐｄ（Ｎ）８、及び水（最大８８．５μＬ）と混合し、９５℃で３分間加熱し、１サイクルずつ１℃下がる６５サイクル（各サイクル３０秒）でアニーリングした。１０μＬの１０ｍＭ  ｄＮＴＰミックス、１μＬの１００×ＢＳＡ、及び０．５μＬのＰｈｉ２９ＤＮＡポリメラーゼを添加した後、アニーリングした反応物を３０℃で一晩インキュベートした。ＲＣＡ産物を最初にＮｏｔＩで消化し、ＤＮＡフラグメントを精製し（ＱＩＡｑｕｉｃｋ（登録商標）ＰＣＲ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ）、Ａｃｃ６５Ｉで更に消化した。次いで、消化した産物をＴ４  ＤＮＡリガーゼ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）でライゲートした。エタノール沈殿による精製後、ライゲーション産物でＥＲ２７３８細胞をエレクトロポレーションによって形質転換した。プレートから合計１．４＊１０１０のコロニーを回収し（２ｘＹＴ、１％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン）、ＤＰＬ６ライブラリーを作製した。
【０１８３】
実施例３：目的の抗体を単離するための共通重鎖ライブラリーのスクリーニング
ダイナミックライブラリーファージミド粒子の調製
抗原パンニングのためのダイナミックライブラリーファージミド粒子を調製するために、ダイナミックライブラリーを含むＥＲ２７３８細胞（上の実施例２に記載）５．０リットルを、０．１の開始ＯＤ６００で、２ｘＹＴ、２％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリンを含む培地中に播種した。培養液を、２５０ｒｐｍで振盪しながら、０．６〜０．８のＯＤ６００に達するまで、３７℃で成長させた。次いで、多重感染度（ＭＯＩ）１０で、３７℃で３０分間、細胞にＭ１３ＫＯ７ヘルパーファージを感染させた。感染したＥＲ２７３８細胞を、２ｘＹＴ、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び５０μｇ／ｍＬのカナマイシンを含む３．２リットルの培地中、２２℃で一晩、成長させた。次いで、培養上清を１０，０００ｒｐｍで１５分間、遠心分離によって回収し、０．４５μｍの低結合メンブレンフィルター（Ｃｏｒｎｉｎｇ）に通して濾過した。次いで、ＰＥＧ／ＮａＣｌを使用して、濾過した上清からファージミド粒子を沈殿させ、ＰＢＳ中に再懸濁した。ＰＥＧ／ＮａＣｌによる沈殿と、それに続くＰＢＳ中への再懸濁のラウンドを追加で実施した。ファージ濃度をＯＤ２６８の測定（ＯＤ２６８の１単位を約１＊１０１３ファージ粒子／ｍＬと仮定）によって決定し、プラークアッセイによって確認した。ライブラリーファージミド粒子を、２０％グリセロール中、−８０℃で保存した。
【０１８４】
ファージライブラリーパンニング
１〜３０μｇ／ｍｌの濃度の抗原タンパク質をＭａｘｉｓｏｒｐストリップ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ、カタログ番号４４６４６９）上に４℃で一晩コーティングした。各ライブラリーに対して、複数の抗原ウェルを準備した。コーティングしたウェルを、まず、５％ミルク含有ＰＢＳを用いて、室温で１〜２時間ブロッキングし、ＰＢＳで洗浄した。次いで、１，１００μＬ／ウェルのファージミド粒子溶液（典型的に、２％ミルク含有ＰＢＳ中、１〜５＊１０１２個のファージ）を４つの平行ウェルに添加し、１〜２時間インキュベートした。次いで、Ｔｗｅｅｎ  ２０の濃度を上げながら（０．１％から０．３％）、ＰＢＳでウェルを数回洗浄し、最後にＰＢＳだけで洗浄した。結合したファージミド粒子を、１００μＬの０．２Ｍグリシン−ＨＣｌを用いて、室温で１０分間、ウェルから溶出した。溶出したファージを、直ちに、１８μＬの１Ｍ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌで中和した（ｐＨ９．１）。
【０１８５】
あるいは、ＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（Ｍ２８０、ストレプトアビジン、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、カタログ番号６０２１０）を製造元の説明書に従って使用して、ファージミドライブラリーパンニングを実施した。３００μＬのＤｙｎａｂｅａｄｓをＰＢＳで洗浄し、ビオチン化した抗ヒトＦｃとともに、室温で２０分間、インキュベートした。次いで、ビーズを５％ＢＳＡのＰＢＳで、室温で１時間、ブロッキングした。Ｆｃ融合抗原（７０〜１００ｐｍｏｌ）を１時間の室温でのインキュベーションによって捕捉した。次いで、ビーズをＰＢＳで１回洗浄し、１ｍＬのファージライブラリー溶液（典型的に、５％ＢＳＡ−ＰＢＳ中５＊１０１２〜１＊１０１３個のファージ粒子）とともに１〜２時間インキュベートした。次いで、ビーズをＰＢＳ／Ｔｗｅｅｎ（０．１％〜０．３％）及びＰＢＳで数回洗浄し、結合したファージを、１００μＬの０．２Ｍグリシン−ＨＣｌを用いて、室温で１０分間、ビーズから溶出した。溶出したファージを、直ちに、１８μＬの１Ｍ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌで中和した（ｐＨ９．１）。抗原のそれぞれに対して、合計３ラウンドまたは４ラウンドのパンニングを実施し、１０倍を超える過剰量の精製ヒトＦｃを含めて、バックグラウンド結合を減らした。
【０１８６】
試験した抗原のいくつかについては、２ｍＬの抗原（１０〜３０μｇ／ｍＬ）を使用して、イムノチューブを４℃で一晩コーティングした。ブロッキング、洗浄、及び溶出の各溶液の量は、必要に応じて増やした。
【０１８７】
濃縮したファージの増幅
溶出した濃縮ファージプールを次のように更に増幅した。溶出したファージミド粒子をＥＲ２７３８細胞に３７℃で３０分間、感染させた。次いで、感染細胞を、２％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリンを含む２ｘＹＴ寒天プレート上に播種した。プレートからコロニーを回収し、１００ｍｌの２％グルコース、１００μｇ／ｍＬのアンピシリン及び１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン中で成長させ、Ｍ１３ＫＯ７ヘルパーファージを感染させた。増幅したファージを上記プロセスによって精製及び定量した。通常、パンニングの最終ラウンド後に溶出したファージを使用してＥＲ２７３８細胞の感染を行い、得られたＥＲ２７３８コロニーを上清ＥＬＩＳＡスクリーニングアッセイのために採取した。
【０１８８】
上清サンドイッチＥｌｉｓａアッセイ
細菌上清中に存在するＦａｂを測定するために、高感度サンドイッチＥｌｉｓａアッセイを構築した。マイクロプレートをポリクローナル抗ヒトＩｇＧ（Ｆａｂ特異的）（Ｓｉｇｍａ  Ｉ５２６０）でコーティングして、細菌上清中に存在するＦａｂを捕捉し、次いで、ＨＲＰ標識ヤギ抗ヒトＦｃを使用して、Ｆａｂの捕捉量を検出した。各ウェルのＡ４５０を測定して、Ｆａｂ結合活性を決定した。一次ヒットは、ＥＬＩＳＡシグナルがバックグラウンドの少なくとも２倍であるものと定義し、以下の実施例（実施例４）で更に特徴付けた。
【０１８９】
構築したライブラリーを用いて、１２のヒト標的（ＴＡＧＴ−１、ＴＡＧＴ−２、ＴＡＧＴ−３、ＴＡＧＴ−４、ＴＡＧＴ−５、ＴＡＧＴ−６、ＴＡＧＴ−７、ＴＡＧＴ−８Ｈ、ＴＡＧＴ−９、ＴＡＧＴ−１０Ｈ、ＴＡＧＴ−１１、及びＴＡＧＴ−１２）、及び２つの対応するマウス標的（ＴＡＧＴ−８Ｍ及びＴＡＧＴ−１０Ｍ）をスクリーニングした。これらの１４の抗原を用いて、合計６９０の親和性の高いユニークポジティブヒットが特定された。バリアントグループの大部分（表２）が、異なる標的抗原に結合する抗体、または２つの種間で交差反応する抗体（例えば、ＴＡＧＴ−８Ｈ及びＴＡＧＴ−８Ｍに結合）を形成することができた。確認されたバインダーのバリアントグループは、表２に示される設計バリアントグループのサブセットであった。設計バリアントの大部分が、確認されたバインダー中にも認められた（表３）。（表２の設計式と、表３のポジティブヒットの式を対比して参照されたい）。
表３：ポジティブヒットしたＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２設計バリアント配列の式
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【０１９０】
実施例４：ｉｎ  ｖｉｔｒｏでの抗体の特徴付け
上の実施例３で特定された一次ヒットに対応するＦａｂに、Ｈｉｓ６タグをＣＨ１ドメインのＣ末端にタグ付けし、Ｅ．ｃｏｌｉで過剰発現させ、Ｎｉ−ＮＴＡ樹脂（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）により、製造元の説明書に従って精製した。親和性をＦｏｒｔｅＢｉｏ  Ｏｃｔｅｔ  ＲＥＤ９６  Ｓｙｓｔｅｍによって測定した。簡潔に述べれば、抗原Ｆｃ−Ｈｉｓ融合タンパク質（Ｓｉｎｏ  Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  ＃１００３９−Ｈ０３Ｈ）を捕捉するために、ＡＨＣセンサー（抗ヒトＩｇＧ−Ｆｃ捕捉ディップ及び読み取りバイオセンサー）を使用し、カイネティクスバッファーで５〜１０μｇ／ｍＬまで希釈した精製Ｆａｂを含有するウェル中に浸漬させた（ＳＦｏｒｔｅＢｉｏ，Ａｎｔｉ−ｈｕｍａｎ  ＩｇＧ  Ｃａｐｔｕｒｅ（ＡＨＣ）Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ，Ｐｒｏｄｕｃｔ  Ｉｎｓｅｒｔ  ４１−００７２−ＰＤ（２００８）；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．（２０１６），Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５０８：７８−９６も参照）。取得したＦｏｒｔｅＢｉｏデータをＤａｔａ  Ａｃｑｕｉｓｉｔｉｏｎソフトウェア７．１で処理し、カイネティクスデータを１：１  Ｌａｎｇｍｕｉｒ結合モデルにフィッティングさせた。Ｆａｂの溶解温度をＤｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  Ｓｃａｎｎｉｎｇ  Ｆｌｕｏｒｉｍｅｔｒｙ（ＤＳＦ）アッセイによって測定した。簡潔に述べれば、ｑＰＣＲ装置（リアルタイムＰＣＲ）を使用して、温度及び蛍光モニタリングを行った。ＳＹＰＲＯ（登録商標）Ｏｒａｎｇｅを５０００ｘストック溶液５０倍から１００ｘにＰＢＳバッファーで希釈し、１６μｌの各Ｆａｂ（約０．５ｍｇ／ｍｌ）を９６ウェルマイクロプレートの各ウェルに添加し、４μｌの１００ｘ  ＳＹＰＲＯ（登録商標）Ｏｒａｎｇｅと混合した。ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）４８０  Ｓｙｓｔｅｍを使用して、蛍光強度を測定した。励起波長は４８３ｎｍに設定し、発光波長は５６８ｎｍに設定した。温度を２５℃から９０℃へ毎分１．２〜１．３℃の増分で上昇させ、各測定温度で１５秒の平衡時間を適用した。ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）４８０  Ｓｏｆｔｗａｒｅを使用してデータを解析した。疎水性露出の中点であるＴｍは、一次蛍光遷移の一次導関数の最大値に対応する温度として定義した。（Ｌａｖｉｎｄｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（２００９），Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１３１：３７９４−３７９５；Ｅｒｉｃｓｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．（２００６），Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ３５７：２８９−２９８；Ｐｈｉｌｌｉｐｓ  ａｎｄ  Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ  ｄｅ  ｌａ  Ｐｅｎａ（２０１１），Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．９４：１０．２８．１−１０．２８．１５も参照）。
【０１９１】
１２のヒト標的抗原（ＴＡＧＴ−１、ＴＡＧＴ−２、ＴＡＧＴ−３、ＴＡＧＴ−４、ＴＡＧＴ−５、ＴＡＧＴ−６、ＴＡＧＴ−７、ＴＡＧＴ−８Ｈ、ＴＡＧＴ−９、ＴＡＧＴ−１０Ｈ、ＴＡＧＴ−１１及びＴＡＧＴ−１２）は、２６％未満の配列同一性を有する無関係のタンパク質であった。ヒト抗原ＴＡＧＴ−８Ｈとマウス抗原ＴＡＧＴ−８Ｍとの間の配列同一性は７０％であったが、ヒト抗原ＴＡＧＴ−１０Ｈとマウス抗原ＴＡＧＴ−１０Ｍとの間の配列同一性は６０％であった。１４の異なる抗原を標的とする親和性の高い複数の抗体がダイナミックライブラリーから問題なく特定され、選択された。ほとんどのバインダーの親和性は、ナノモル範囲であったが、一部は、サブナノモル範囲にまで達した（図２Ａ）。加えて、確認されたバインダーは、良好な安定性を示した。その範囲を図２Ｂに示す。
【０１９２】
実施例５：ダイナミック重鎖ライブラリーのアプリケーション
重鎖ライブラリーのロバスト性及び柔軟性を更に調べるために、１０７〜２８０及び更には単一の軽鎖（すなわち、共通の軽鎖）にまで及ぶ多様性を有する種々の軽鎖ライブラリーと重鎖をペアリングすることによって、上の実施例４に記載される１４の標的抗原に対してライブラリーをスクリーニングした。軽鎖自体の柔軟性及び／またはダイナミック多様性を探索しながら、重鎖と軽鎖の両ライブラリーにおける多様性設計の限界を、それぞれのペアリングパートナーの物理的サイズ（例えば、１０７〜２８０、２０、及び単一の軽鎖にまで及ぶ多様性を有する軽鎖ライブラリー）を調整することによって探索した。ダイナミック重鎖ライブラリーとのペアリングにおけるこれらのダイナミック軽鎖ライブラリーの能力は、既知の困難な標的抗原に対する多様な抗体ヒット／リードを作製及び操作する際のライブラリー設計に対して、強い論理的根拠を与えた。試験したライブラリーのそれぞれから高い親和性を有するポジティブヒットを特定し、合計６９０のユニークポジティブヒットを測定し、親和性データにより確認した（表４）。異なる標的に結合する能力及びそのエピトープ変異（限定するものではないが、約６０％の配列同一性を有するヒト標的とマウス標的での種交差反応に示されるような２つの種間のエピトープ認識の微細な違いを含む）を調べた。ＨＶＲ−Ｈ１＿１、ＨＶＲ−Ｈ１＿２、またはＨＶＲＨ−１＿３と、ＨＶＲ−Ｈ２＿１、ＨＶＲ−Ｈ２＿２、またはＨＶＲＨ−２＿３、ＨＶＲ−Ｈ２＿４、ＨＶＲ−Ｈ＿５、ＨＶＲＨ−２＿６、またはＨＶＲ−Ｈ２＿７の各組み合わせを使用したポジティブヒットを観察した。これらの結果は、抗体（及び／または代替タンパク質）のスカフォールドにグラフト化または設計された場合、治療、診断及び／または研究試薬の幅広い標的を認識する、抗体及びタンパク質ライブラリーの作製に、これらのダイナミック超可変領域ユニットを使用する威力及び潜在力を示している。抗体（及び／または非抗体）スカフォールドの設計及び構築における、幅広い多様性（例えば、１０７〜２８０、更に単一のユニーク配列までの範囲）を有する軽鎖ライブラリーとペアリングした場合のこれらの重鎖超可変領域ユニットのダイナミック特性は、治療、診察及び／または研究環境で有用な新規結合試薬を創生するダイナミック抗体設計コンセプトの強力な実証である。
表４：確認されたヒットの親和性データ
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【０１９３】
同じＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列を含有するヒットは、これらのＨＶＲ−Ｈ１及び２配列を異なるＨＶＲ−Ｈ３及びＶＬ配列とペアリングすると、異なる標的抗原に結合することができることが発見された。例えば、ヒットＩＤ  ４０２９、７０９７、及び５９０６は、同じ組み合わせのＨＶＲ−Ｈ１とＨＶＲ−Ｈ２（ＨＶＲ−Ｈ１＿２及びＨＶＲ−Ｈ２＿４）を含有するが、異なるＨＶＲ−Ｈ３及びＶＬ配列とペアリングすると、３つの異なる標的抗原（それぞれＴＡＧＴ−８、ＴＡＧＴ−６、及びＴＡＧＴ−１２）に結合した。ヒット７０４０及び５９２４は、同じ組み合わせのＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２（ＨＶＲ−Ｈ１＿２及びＨＶＲ−Ｈ２＿６）を含有するが、異なるＨＶＲ−Ｈ３及びＶＬ配列とペアリングすると、２つの異なる標的抗原（それぞれＴＡＧＴ−８及びＴＡＧＴ−１２）に結合した。
【０１９４】
以下の表５は、ライブラリー解析中に特定されたＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の配列使用率と、標的結合数を示す。理論に束縛されることを望むものではないが、所与の超可変領域を含む抗体が結合する抗原の数が多いことは、その特定の超可変領域の柔軟性の程度が高いことを示し得、一方、所与の超可変領域のセグメント使用率が高いことは、超可変領域（及び周辺のポリペプチド配列）のフォールディングがロバストであることを示し得ると考えられる。
表５：ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２設計バリアントの標的結合能力
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【０１９５】
以下の表６は、ライブラリー解析中に特定されたＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の組み合わせの配列使用率及び抗原結合数を示す。
表６：ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の設計バリアントの組み合わせ使用率
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【０１９６】
７４のＨＶＲ−Ｈ１配列（配列番号１〜５２及び１３７〜１５８、表１）及び９０のＨＶＲ−Ｈ２配列（配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４、表１）は、上記のユニーク抗体ヒットのうち１を超えて出現することが特定された。これらのＨＶＲは、様々なＨＶＲ−Ｈ３及び可変軽鎖ドメインと組み合わせると、複数の抗原に結合する抗体を形成することが可能であった。追加の６５の新しいＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の配列組み合わせは、上記のユニーク抗体ヒットのうち１を超えて出現することが特定された。以下の表７は、これらの新しいＨＶＲ配列を使用してライブラリー解析した際のＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の使用及び抗原結合数を示す。
表７：新しいＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の配列使用
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【０１９７】
以下の表８は、新しいＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列の組み合わせ使用及び抗原結合数を示す。
表８：新しいＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２の組み合わせ使用
2020537632.tif 000054
2020537632.tif 000055
【０１９８】
表９は、示されている新しいＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列を使用したユニークヒットの親和性データを示す。
表９：新しいＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列を使用して確認されたヒットの親和性データ
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【０１９９】
配列番号１６を含むＨＶＲ−Ｈ１は、８つのユニークヒットで使用された。ＨＶＲ−Ｈ１配列はこれと同じであるが、他のＨＶＲには異なる配列を使用すると、これらの８つのヒットは、５つの異なる標的抗原に結合する能力を有した。例示的なヒットＩＤ４０３４、６０１０、及び７１８３は、ＴＡＧＴ−８、ＴＡＧＴ−１２、及びＴＡＧＴ−６にそれぞれ結合し、配列番号１６を含むＨＶＲ−Ｈ１を含有した。
【０２００】
配列番号６３を含有するＨＶＲ−Ｈ２は、４０のユニークヒットで使用された。ＨＶＲ−Ｈ２配列はこれと同じであるが、他のＨＶＲには異なる配列を使用すると、これらの４０のヒットは、７つの異なる標的抗原に結合する能力を有した。例示的なヒットＩＤ  ４０３６、５１１５、及び５４０４は、ＴＡＧＴ−８、ＴＡＧＴ−１２、及びＴＡＧＴ−６にそれぞれ結合し、配列番号６３を含むＨＶＲ−Ｈ２を含有した。
【０２０１】
例示的なヒットＩＤ  ３７５７及び５１０３は、同じＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列（配列番号１及び１２２）を含み、同じ重鎖可変領域を含有するが、異なる可変軽鎖ドメインと組み合わせると、２つの異なる標的抗原（それぞれＴＡＧＴ−６及びＴＡＧＴ−１０）に結合した。これらと同じＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列を有する２つの追加ヒットは、別の標的抗原であるＴＡＧＴ−１１に結合することができた。
【０２０２】
配列番号３１及び１２４のＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列を含有する、例示的なヒットＩＤ  ４０２７は、２つの異なる種に由来する同じ抗原（ＴＡＧＴ−８Ｈ及びＴＡＧＴ−８Ｍ）に結合することが可能であった。これらと同じＨＶＲ−Ｈ１配列及びＨＶＲ−Ｈ２配列を有する他のヒットのいくつかは、種交差反応性を示した。
【０２０３】
構造及び配列可変性に基づいて再定義された抗体の超可変領域をダイナミックモチーフの特定に採用した新規方法により、ＶＨ構成要素がペアリングされるＶＬセグメントに応じて同一または複数の異なる標的に結合することができる、限定された数のＶＨ構成要素の設計が可能になった。本明細書に記載されるデータ及び抗体は、その重鎖ライブラリーが、セット全体またはサブセットのいずれで使用される場合でも、抗体発見に関し、ＶＨ構成要素として機能するのに十分ロバストであることを明らかにしている。
配列
特に明記しない限り、ポリペプチド配列は全て、Ｎ末端からＣ末端への記載である。
特に明記しない限り、ポリヌクレオチド配列は全て、５’から３’への記載である。
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１：ＦＴＦＴＤＹＧＩＨＷＶ（配列番号１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２：ＦＴＦＴＧＹＡＩＨＷＶ（配列番号２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３：ＦＴＦＴＮＹＧＩＨＷＶ（配列番号３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４：ＹＴＦＳＤＹＡＩＨＷＶ（配列番号４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５：ＹＴＦＳＤＹＧＩＨＷＶ（配列番号５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６：ＹＴＦＳＧＹＡＩＨＷＶ（配列番号６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列７：ＹＴＦＳＧＹＧＩＨＷＶ（配列番号７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列８：ＹＴＦＳＮＹＧＩＨＷＶ（配列番号８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列９：ＹＴＦＳＳＹＧＩＨＷＶ（配列番号９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１０：ＹＴＦＳＧＹＷＩＨＷＶ（配列番号１０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１１：ＹＴＦＳＮＹＷＩＨＷＶ（配列番号１１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１２：ＦＴＦＳＧＹＷＩＨＷＶ（配列番号１２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１３：ＦＴＦＳＮＹＷＩＨＷＶ（配列番号１３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１４：ＹＴＦＳＤＹＷＩＨＷＶ（配列番号１４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１５：ＹＳＩＳＳＧＨＨＷＡＷＩ（配列番号１５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１６：ＹＳＩＳＳＧＨＹＷＮＷＩ（配列番号１６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１７：ＹＳＩＳＳＧＨＹＷＳＷＩ（配列番号１７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１８：ＹＳＩＳＳＧＨＹＷＴＷＩ（配列番号１８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列１９：ＹＳＩＳＳＧＹＨＷＡＷＩ（配列番号１９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２０：ＹＳＩＳＳＧＹＨＷＤＷＩ（配列番号２０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２１：ＹＳＩＳＳＧＹＨＷＧＷＩ（配列番号２１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２２：ＹＳＩＳＳＧＹＨＷＮＷＩ（配列番号２２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２３：ＹＳＩＳＳＧＹＨＷＳＷＩ（配列番号２３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２４：ＹＳＩＳＳＧＨＨＷＤＷＩ（配列番号２４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２５：ＹＳＩＳＳＧＹＹＷＤＷＩ（配列番号２５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２６：ＹＳＩＳＳＧＹＹＷＮＷＩ（配列番号２６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２７：ＹＳＩＳＳＧＹＹＷＴＷＩ（配列番号２７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２８：ＹＳＩＴＳＧＨＨＷＡＷＩ（配列番号２８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列２９：ＹＳＩＴＳＧＨＨＷＤＷＩ（配列番号２９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３０：ＹＳＩＴＳＧＨＨＷＧＷＩ（配列番号３０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３１：ＹＳＩＴＳＧＨＨＷＮＷＩ（配列番号３１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３２：ＹＳＩＴＳＧＨＨＷＳＷＩ（配列番号３２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３３：ＹＳＩＳＳＧＨＨＷＧＷＩ（配列番号３３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３４：ＹＳＩＴＳＧＨＹＷＡＷＩ（配列番号３４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３５：ＹＳＩＴＳＧＨＹＷＤＷＩ（配列番号３５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３６：ＹＳＩＴＳＧＨＹＷＧＷＩ（配列番号３６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３７：ＹＳＩＴＳＧＨＹＷＮＷＩ（配列番号３７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３８：ＹＳＩＴＳＧＨＹＷＳＷＩ（配列番号３８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列３９：ＹＳＩＴＳＧＹＨＷＡＷＩ（配列番号３９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４０：ＹＳＩＴＳＧＹＨＷＧＷＩ（配列番号４０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４１：ＹＳＩＳＳＧＨＨＷＮＷＩ（配列番号４１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４２：ＹＳＩＴＳＧＹＨＷＮＷＩ（配列番号４２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４３：ＹＳＩＴＳＧＹＨＷＳＷＩ（配列番号４３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４４：ＹＳＩＴＳＧＹＹＷＤＷＩ（配列番号４４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４５：ＹＳＩＳＳＧＨＨＷＴＷＩ（配列番号４５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４６：ＹＳＩＳＳＧＨＹＷＤＷＩ（配列番号４６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４７：ＦＳＬＳＴＳＧＶＡＶＳＷＩ（配列番号４７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４８：ＦＳＬＳＴＧＧＶＡＶＧＷＩ（配列番号４８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列４９：ＦＳＬＳＴＧＧＶＡＶＳＷＩ（配列番号４９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５０：ＦＳＬＳＴＧＧＶＧＶＡＷＩ（配列番号５０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５１：ＦＳＬＳＴＧＧＶＧＶＳＷＩ（配列番号５１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５２：ＦＳＬＳＴＳＧＶＡＶＡＷＩ（配列番号５２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５３：ＦＴＦＳＤＹＡＩＨＷＶ（配列番号１３７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５４：ＦＴＦＳＤＹＧＩＨＷＶ（配列番号１３８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５５：ＹＴＦＳＮＹＡＩＨＷＶ（配列番号１３９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５６：ＹＴＦＳＳＹＡＩＨＷＶ（配列番号１４０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５７：ＹＴＦＴＤＹＡＩＨＷＶ（配列番号１４１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５８：ＹＴＦＴＤＹＧＩＨＷＶ（配列番号１４２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列５９：ＹＴＦＴＮＹＡＩＨＷＶ（配列番号１４３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６０：ＹＴＦＴＮＹＧＩＨＷＶ（配列番号１４４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６１：ＦＴＦＳＧＹＧＩＨＷＶ（配列番号１４５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６２：ＦＴＦＳＮＹＡＩＨＷＶ（配列番号１４６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６３：ＦＴＦＳＳＹＧＩＨＷＶ（配列番号１４７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６４：ＦＴＦＳＤＹＷＩＨＷＶ（配列番号１４８）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６５：ＦＴＦＴＳＹＷＩＨＷＶ（配列番号１４９）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６６：ＹＳＩＳＳＧＹＹＷＧＷＩ（配列番号１５０）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６７：ＹＳＩＴＳＧＹＹＷＮＷＩ（配列番号１５１）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６８：ＹＳＩＴＳＧＹＹＷＳＷＩ（配列番号１５２）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列６９：ＹＳＩＳＳＧＨＹＷＡＷＩ（配列番号１５３）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列７０：ＹＳＩＳＳＧＨＹＷＧＷＩ（配列番号１５４）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列７１：ＦＳＬＳＴＳＧＶＡＶＧＷＩ（配列番号１５５）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列７２：ＦＳＬＳＴＳＧＶＧＶＡＷＩ（配列番号１５６）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列７３：ＦＳＬＳＴＳＧＶＧＶＧＷＩ（配列番号１５７）
設計したＨＶＲ−Ｈ１配列７４：ＦＳＬＳＴＧＧＶＧＶＧＷＩ（配列番号１５８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１：ＬＡＲＩＤＷＤＤＤＫＲＹＳＰＳＬＫＳＲＬ（配列番号５３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２：ＬＡＬＩＤＷＤＤＤＫＲＹＳＰＳＬＫＳＲＬ（配列番号５４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３：ＬＡＬＩＤＷＤＤＤＫＲＹＳＴＳＬＫＳＲＬ（配列番号５５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４：ＬＡＬＩＤＷＤＤＤＫＹＹＳＰＳＬＫＳＲＬ（配列番号５６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５：ＬＡＬＩＤＷＡＤＤＫＹＹＳＰＳＬＫＳＲＬ（配列番号５７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６：ＬＡＬＩＤＷＡＧＤＫＳＹＳＴＳＬＫＳＲＬ（配列番号５８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７：ＬＡＲＩＤＷＤＤＤＫＹＹＳＰＳＬＫＳＲＬ（配列番号５９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８：ＬＡＲＩＤＷＤＤＤＫＹＹＳＴＳＬＫＳＲＬ（配列番号６０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列９：ＬＡＲＩＤＷＤＧＤＫＹＹＳＴＳＬＫＳＲＬ（配列番号６１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１０：ＩＧＤＩＹＨＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１１：ＩＧＥＩＹＨＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１２：ＩＧＥＩＹＹＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１３：ＩＧＳＩＹＨＳＧＮＴＮＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１４：ＩＧＥＩＹＨＳＧＮＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１５：ＩＧＥＩＹＨＳＧＳＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１６：ＩＧＥＩＹＹＳＧＳＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１７：ＩＧＤＩＹＨＳＧＮＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号６９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１８：ＩＧＤＩＹＨＳＧＳＴＹＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号７０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列１９：ＶＳＡＩＳＧＹＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２０：ＶＳＡＩＳＧＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２１：ＶＳＡＩＳＧＹＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２２：ＶＳＧＩＳＧＡＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２３：ＶＳＧＩＳＧＤＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２４：ＶＳＧＩＳＧＤＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２５：ＶＳＧＩＳＧＹＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２６：ＶＳＧＩＳＧＹＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２７：ＶＳＶＩＳＧＤＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号７９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２８：ＶＳＶＩＳＧＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列２９：ＶＳＧＩＳＧＤＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３０：ＶＳＧＩＳＧＹＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３１：ＶＳＶＩＳＧＳＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３２：ＶＳＶＩＳＧＹＧＳＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３３：ＶＳＶＩＳＧＹＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３４：ＶＳＡＩＳＧＹＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３５：ＶＳＳＩＳＧＹＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３６：ＶＳＳＩＳＧＹＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３７：ＶＳＳＩＳＧＹＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号８９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３８：ＶＳＹＩＳＧＡＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列３９：ＶＳＳＩＳＧＡＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４０：ＶＳＹＩＳＧＡＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４１：ＶＳＹＩＳＧＤＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４２：ＶＳＹＩＳＧＤＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４３：ＶＳＹＩＳＧＤＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４４：ＶＳＹＩＳＧＳＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４５：ＶＳＳＩＳＧＡＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４６：ＶＳＹＩＳＧＹＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４７：ＶＳＹＩＳＧＹＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号９９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４８：ＶＳＳＩＳＧＡＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１００）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列４９：ＶＳＳＩＳＧＤＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５０：ＶＳＳＩＳＧＤＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５１：ＶＳＳＩＳＧＡＧＳＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５２：ＶＳＳＩＳＧＡＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５３：ＶＳＳＩＳＧＤＧＳＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５４：ＶＳＳＩＳＧＤＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５５：ＶＳＳＩＳＧＹＧＳＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５６：ＶＳＳＩＳＧＹＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１０８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５７：ＩＧＷＩＮＰＮＲＧＤＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１０９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５８：ＩＧＷＩＮＰＮＲＧＤＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列５９：ＩＧＷＩＮＰＮＲＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６０：ＩＧＷＩＮＰＮＲＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６１：ＩＧＷＩＮＰＮＲＧＳＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６２：ＩＧＷＩＮＰＮＲＧＳＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６３：ＩＧＲＩＮＰＮＦＧＤＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６４：ＩＧＷＩＮＰＮＦＧＤＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６５：ＩＧＷＩＮＰＮＦＧＳＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６６：ＩＧＷＩＮＰＮＦＧＳＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６７：ＩＧＩＩＮＰＮＲＧＤＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１１９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６８：ＩＧＩＩＮＰＮＲＧＤＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列６９：ＩＧＩＩＮＰＮＦＧＤＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７０：ＩＧＷＩＳＰＳＧＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７１：ＩＧＷＩＳＰＳＧＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７２：ＩＧＷＩＳＰＳＳＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７３：ＩＧＷＩＳＰＳＳＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７４：ＩＧＷＩＹＰＳＧＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７５：ＩＧＷＩＹＰＳＧＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２７）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７６：ＩＧＷＩＳＰＳＧＧＳＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２８）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７７：ＩＧＷＩＳＰＳＳＧＳＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１２９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７８：ＩＧＷＩＳＰＳＳＧＳＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１３０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列７９：ＩＧＷＩＳＰＳＧＧＳＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１３１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８０：ＩＧＩＩＹＰＳＧＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１３２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８１：ＩＧＩＩＳＰＳＧＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１３３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８２：ＩＧＩＩＳＰＳＧＧＧＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１３４）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８３：ＩＧＩＩＹＰＳＧＧＳＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号１３５）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８４：ＶＧＲＩＫＳＫＴＤＧＹＴＴＥＹＡＡＰＶＫＧＲＦ（配列番号１３６）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８５：ＶＳＡＩＳＧＳＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１５９）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８６：ＶＳＳＩＳＧＳＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１６０）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８７：ＶＳＳＩＳＧＳＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１６１）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８８：ＶＳＳＩＳＧＳＧＧＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１６２）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列８９：ＶＳＳＩＳＧＤＧＧＳＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１６３）
設計したＨＶＲ−Ｈ２配列９０：ＶＳＳＩＳＧＳＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号１６４）
フレームワークＦＷ−Ｈ１配列：ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧ（配列番号１６５）
フレームワークＦＷ−Ｈ２配列：ＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷ（配列番号１６６）
フレームワークＦＷ−Ｈ３配列：ＴＩＳＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣ（配列番号１６７）
フレームワークＦＷ−Ｈ４配列：ＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１６８）
ヒットＩＤ  ４０２９−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＴＳＧＹＨＷＧＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＹＩＳＧＡＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＹＧＤＹＹＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１６９）
ヒットＩＤ  ４０２９−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＤＦＹＧＩＳＦＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＲＴＰＦＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１７０）
ヒットＩＤ  ７０９７−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＨＨＷＤＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＹＩＳＧＡＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＳＤＡＶＬＧＤＷＦＡＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１７１）
ヒットＩＤ  ７０９７−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１７２）
ヒットＩＤ  ５９０６−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＹＨＷＮＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＹＩＳＧＤＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＬＧＧＹＹＧＷＧＲＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１７３）
ヒットＩＤ  ５９０６−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１７４）
ヒットＩＤ  ７０４０−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＹＹＷＮＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＷＩＳＰＳＧＧＳＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＬＴＡＧＧＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１７５）
ヒットＩＤ  ７０４０−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＧＩＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１７６）
ヒットＩＤ  ５９２４−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＹＨＷＧＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＩＩＳＰＳＳＧＳＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＡＧＶＨＹＡＬＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１７７）
ヒットＩＤ  ５９２４−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１７８）
ヒットＩＤ  ４０３４−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＨＹＷＮＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＳＧＹＧＳＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＲＹＹＧＳＴＤＹＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１７９）
ヒットＩＤ  ４０３４−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＳＡＳＳＲＶＳＨＶＦＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＴＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＦＣＬＱＧＴＨＦＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１８０）
ヒットＩＤ  ６０１０−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＨＹＷＮＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＷＩＮＰＮＲＧＤＴＮＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＤＹＹＧＤＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１８１）
ヒットＩＤ  ６０１０−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＨＨＹＧＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１８２）
ヒットＩＤ  ７１８３−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＨＹＷＮＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＳＩＳＧＹＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＧＳＤＴＶＬＧＤＷＦＡＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１８３）
ヒットＩＤ  ７１８３−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＴＰＰＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１８４）
ヒットＩＤ  ４０３６−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＳＬＳＴＳＧＶＧＶＧＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＥＩＹＨＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＲＹＧＳＹＹＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１８５）
ヒットＩＤ  ４０３６−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＤＦＹＧＫＳＦＬＤＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＳＬＥＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＲＩＰＰＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１８６）
ヒットＩＤ  ５１１５−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＨＹＷＧＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＥＩＹＨＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＳＹＹＡＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１８７）
ヒットＩＤ  ５１１５−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＡＡＳＴＬＱＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＹＴＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１８８）
ヒットＩＤ  ５４０４−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＳＳＧＹＨＷＡＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＥＩＹＨＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶＴＩＳＲ
ＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＳＰＹＹＹＧＶＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１８９）
ヒットＩＤ  ５４０４−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＳＡＳＳＲＶＧＳＶＹＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴ
ＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＹＴＨＤＰＶＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１９０）
ヒットＩＤ  ３７５７−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＴＤＹＧＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＷＩＳＰＳＧＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＨＳＹＹＧＶＧＤＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１９１）
ヒットＩＤ  ３７５７−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１９２）
ヒットＩＤ  ５１０３−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＴＤＹＧＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＷＩＳＰＳＧＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＨＳＹＹＧＶＧＤＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１９３）
ヒットＩＤ  ５１０３−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＬＥＴＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＴＰＬＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１９４）
ヒットＩＤ  ４０２７−ＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＹＳＩＴＳＧＨＨＷＮＷＩＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＩＧＷＩＳＰＳＳＧＧＴＫＹＡＱＫＦＱＧＲＶＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＧＦＤＧＦＨＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１９５）
ヒットＩＤ  ４０２７−ＶＬ
ＤＩＱＬＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＲＡＳＥＳＶＤＦＹＧＩＳＦＬＰＷＹＱＱＫＰＧＫＡＰＫＬＬＩＹＤＡＳＮＲＡＴＧＩＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＦＡＴＹＹＣＱＱＳＹＳＷＰＷＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲ（配列番号１９６）
図１Ｂ中のＶＨ
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＲＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＴＳＹＧＩＨＷＶＲＱＡＰＧＫＧＬＥＷＶＳＧＩＳＧＡＧＤＴＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＮＳＫＮＴＬＹＬＱＬＮＳＬＲＡＥＤＴＡＶＹＹＣＡＲＥＲＤＹＤＦＤＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号１９７）
式（Ｉ）
Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）（配列番号１９８）
式（ＩＩ）
ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）（配列番号１９９）
式（ＩＩＩ）
ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）（配列番号２００）
式（ＩＶ）
ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）（配列番号２０１）
式（Ｖ）
ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０２）
式（ＶＩ）
ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０３）
式（ＶＩＩ）
ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）（配列番号２０４）
式（ＶＩＩＩ）
ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）（配列番号２０５）
式（ＩＸ）
ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）（配列番号２０６）
式（Ｘ）
ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）（配列番号２０７）
式（ＸＩ）
ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、またはＥであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）（配列番号２０８）
式（ＸＩＩ）
ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、またはＳであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）（配列番号２０９）
式（ＸＩＩＩ）
ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＥＹＡＡＸ５ＶＫＧＲＦ（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＰまたはＳである）（配列番号２１０）
プライマーＦ＿１９９９
ＣＧＴＴＴＧＴＣＣＴＧＴＧＣＡＧＣＴＴＣＣＧＧ（配列番号２１１）
プライマーＲ＿１９９９
ＣＧＡＧＧＣＣＣＴＴＡＣＣＣＧＧＧＧＣＣＴＧＡＣＧ（配列番号２１２）
プライマーＦ＿２００３
ＣＣＧＧＧＴＡＡＧＧＧＣＣＴＣＧＡＧＴＧＧ（配列番号２１３）
プライマーＲ＿２００３
ＧＡＧＣＡＣＧＴＣＣＧＴＴＣＧＡＡＴＴＧＴＣＧＣＧＡＣＴＴＡＴＡＧ（配列番号２１４）
プライマーＳ１０８９
ＡＣＡＡＣＴＧＡＡＣＡＧＣＴＴＡＡＧＡＧＣＴＧＡＧＧＡＣＡＣＴＧＣＣＧＴＣＴＡＴＴＡＴＴＧ（配列番号２１５）
プライマーＳ１０９０
ＧＡＧＧＡＧＡＣＧＧＴＧＡＣＴＡＧＴＧＴＴＣＣＴＴＧＡＣＣＣＣＡ（配列番号２１６）
プライマーＦ＿２８９８
ＴＡＣＴＴＡＴＧＴＡＧＧＣＧＡＴＣＧＧＧＴＣＡＣＣＡＴＣＡＣＣＴＧＣ（配列番号２１７）
プライマーＲ＿２８９８
ＣＧＧＡＧＣＴＴＴＴＣＣＴＧＧＴＴＴＣＴＧＴＴＧＡＴＡＣ（配列番号２１８）
プライマーＦ＿２０１３
ＧＡＡＡＣＣＡＧＧＡＡＡＡＧＣＴＣＣＧＡＡＧ（配列番号２１９）
プライマーＲ＿２０１３
ＣＧＴＣＣＣＧＧＡＡＣＣＧＧＡＴＣＣＡＧＡＧＡＡＧＣＧＡＧ（配列番号２２０）
プライマーＦ２９２９
ＡＣＣＡＴＣＡＧＣＡＧＴＣＴＧＣＡＧＣＣＧＧＡＡＧＡＣＴＴＣＧＣＡＡＣ（配列番号２２１）
プライマーＲ２９２９
ＧＡＴＣＴＣＣＡＣＣＴＴＧＧＴＡＣＣＣＴＧＴＣＣＧＡＡ（配列番号２２２）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１：ＡＲＤＬＧＧＹＹＧＷＧＲＹＦＤＹ（配列番号２２３）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２：ＡＲＤＬＴＡＧＧＦＤＹ（配列番号２２４）
ＨＶＲ−Ｈ３配列３：ＡＲＤＰＧＶＧＧＦＤＶ（配列番号２２５）
ＨＶＲ−Ｈ３配列４：ＡＲＤＰＧＹＴＷＹＦＤＶ（配列番号２２６）
ＨＶＲ−Ｈ３配列５：ＡＲＤＹＧＤＹＹＧＦＤＹ（配列番号２２７）
ＨＶＲ−Ｈ３配列６：ＡＲＤＹＧＹＴＷＹＦＤＶ（配列番号２２８）
ＨＶＲ−Ｈ３配列７：ＡＲＤＹＹＧＤＦＤＹ（配列番号２２９）
ＨＶＲ−Ｈ３配列８：ＡＲＥＧＳＤＡＶＬＧＤＷＦＡＹ（配列番号２３０）
ＨＶＲ−Ｈ３配列９：ＡＲＥＧＳＤＴＶＬＧＤＷＦＡＹ（配列番号２３１）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１０：ＡＲＥＲＹＧＳＹＹＦＤＹ（配列番号２３２）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１１：ＡＲＥＲＹＹＧＳＴＤＹＡＦＤＹ（配列番号２３３）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１２：ＡＲＥＳＹＹＡＦＤＹ（配列番号２３４）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１３：ＡＲＧＡＧＶＨＹＡＬＤＹ（配列番号２３５）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１４：ＡＲＧＦＤＧＦＨＹ（配列番号２３６）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１５：ＡＲＧＦＹＧＧＡＬＤＶ（配列番号２３７）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１６：ＡＲＧＧＧＧＹＹＦＤＶ（配列番号２３８）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１７：ＡＲＧＧＧＬＧＦＤＹ（配列番号２３９）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１８：ＡＲＧＧＬＧＰＦＤＩ（配列番号２４０）
ＨＶＲ−Ｈ３配列１９：ＡＲＧＧＳＤＴＶＩＧＤＷＦＡＹ（配列番号２４１）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２０：ＡＲＧＧＶＧＰＦＤＩ（配列番号２４２）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２１：ＡＲＧＧＹＧＧＹＬＤＶ（配列番号２４３）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２２：ＡＲＧＬＳＳＧＹＦＤＹ（配列番号２４４）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２３：ＡＲＧＳＷＹＦＤＶ（配列番号２４５）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２４：ＡＲＧＴＲＧＬＤＹ（配列番号２４６）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２５：ＡＲＧＹＳＤＹＦＤＹ（配列番号２４７）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２６：ＡＲＧＹＹＹＧＲＡＦＤＹ（配列番号２４８）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２７：ＡＲＨＳＹＹＧＶＧＤＦＤＹ（配列番号２４９）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２８：ＡＲＬＦＥＧＦＰＹ（配列番号２５０）
ＨＶＲ−Ｈ３配列２９：ＡＲＬＹＤＹＦＡＹ（配列番号２５１）
ＨＶＲ−Ｈ３配列３０：ＡＲＳＧＹＹＡＬＤＹ（配列番号２５２）
ＨＶＲ−Ｈ３配列３１：ＡＲＳＰＹＹＹＧＶＦＤＹ（配列番号２５３）
ＨＶＲ−Ｈ３配列３２：ＡＲＳＹＶＹＦＤＹ（配列番号２５４）
ＨＶＲ−Ｈ３配列３３：ＡＲＤＧＬＧＬＲＧＶＹＹＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号２５５）
ＨＶＲ−Ｈ３配列３４：ＡＲＶＧＥＳＧＧＩＥＳＰＹＹＹＹＧＬＤＶ（配列番号２５６）
ＨＶＲ−Ｌ１配列１：ＲＡＳＥＳＶＤＦＹＧＩＳＦＬＰ（配列番号２５７）
ＨＶＲ−Ｌ１配列２：ＲＡＳＱＳＶＤＦＹＧＩＳＦＬＡ（配列番号２５８）
ＨＶＲ−Ｌ１配列３：ＲＡＳＱＳＶＤＦＹＧＫＳＦＬＤ（配列番号２５９）
ＨＶＲ−Ｌ１配列４：ＳＡＳＳＲＶＧＳＶＹ（配列番号２６０）
ＨＶＲ−Ｌ１配列５：ＳＡＳＳＲＶＳＨＶＦ（配列番号２６１）
ＨＶＲ−Ｌ１配列６：ＲＡＳＱＧＩＳＳＹＬＡ（配列番号２６２）
ＨＶＲ−Ｌ１配列７：ＲＡＳＱＳＶＳＳＹＬＡ（配列番号２６３）
ＨＶＲ−Ｌ１配列８：ＲＡＳＱＳＩＳＳＹＬＮ（配列番号２６４）
ＨＶＲ−Ｌ３配列１：ＦＣＬＱＧＴＨＦＰＷＴ（配列番号２６５）
ＨＶＲ−Ｌ３配列２：ＹＣＱＱＳＹＲＴＰＦＴ（配列番号２６６）
ＨＶＲ−Ｌ３配列３：ＹＣＱＱＳＹＳＷＰＷＴ（配列番号２６７）
ＨＶＲ−Ｌ３配列４：ＹＣＱＱＹＴＨＤＰＶＴ（配列番号２６８）
ＨＶＲ−Ｌ３配列５：ＹＣＱＱＹＹＲＩＰＰＴ（配列番号２６９）
ＨＶＲ−Ｌ３配列６：ＹＣＱＨＨＹＧＴＰＬＴ（配列番号２７０）
ＨＶＲ−Ｌ３配列７：ＹＣＱＱＳＹＳＴＰＬＴ（配列番号２７１）
ＨＶＲ−Ｌ３配列８：ＹＣＱＱＳＹＳＴＰＰＴ（配列番号２７２）
ＨＶＲ−Ｌ３配列９：ＹＣＱＱＹＹＳＴＰＬＴ（配列番号２７３）
ＨＶＲ−Ｌ３配列１０：ＹＣＱＱＹＹＴＴＰＬＴ（配列番号２７４）
【図１】
2020537632.tif 000114
【図２Ａ】
2020537632.tif 000115
【図２Ｂ】
2020537632.tif 000116
【配列表】
2020537632000001.app
【手続補正書】
【提出日】令和2年8月21日(2020.8.21)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２及びＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖可変領域を含む抗体重鎖であって、前記ＨＶＲ−Ｈ１は、
（式Ｉ）Ｘ１ＴＦＸ２Ｘ３ＹＸ４ＩＨＷＶ（配列番号１９８）（式中、Ｘ１はＦまたはＹであり、Ｘ２はＳまたはＴであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、Ｎ、またはＳであり、Ｘ４はＡ、Ｇ、またはＷである）；
（式ＩＩ）ＹＳＩＸ１ＳＧＸ２Ｘ３ＷＸ４ＷＩ（配列番号１９９）（式中、Ｘ１はＳまたはＴであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹであり、Ｘ４はＡ、Ｄ、Ｇ、Ｎ、Ｓ、またはＴである）；及び
（式ＩＩＩ）ＦＳＬＳＴＸ１ＧＶＸ２ＶＸ３ＷＩ（配列番号２００）（式中、Ｘ１はＧまたはＳであり、Ｘ２はＡまたはＧであり、Ｘ３はＡ、Ｇ、Ｓ、またはＴである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記ＨＶＲ−Ｈ２は、
（式ＩＶ）ＬＡＸ１ＩＸ２ＷＸ３Ｘ４ＤＫＸ５ＹＳＸ６ＳＬＫＳＲＬ（配列番号２０１）（式中、Ｘ１はＬまたはＲであり、Ｘ２はＤまたはＹであり、Ｘ３はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ４はＤまたはＧであり、Ｘ５はＲ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ６はＰまたはＴである）；
（式Ｖ）ＩＧＸ１ＩＸ２Ｘ３ＳＧＳＴＹＹＳＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０２）（式中、Ｘ１はＡ、Ｄ、Ｅ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＨまたはＹである）；
（式ＶＩ）ＩＧＸ１ＩＹＸ２ＳＧＸ３ＴＸ４ＹＮＰＳＬＫＳＲＶ（配列番号２０３）（式中、Ｘ１はＤ、Ｅ、Ｒ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ２はＨまたはＹであり、Ｘ３はＮまたはＳであり、Ｘ４はＮまたはＹである）；
（式ＶＩＩ）ＶＳＸ１ＩＳＧＸ２ＧＸ３Ｘ４ＴＹＹＡＤＳＶＫＧＲＦ（配列番号２０４）（式中、Ｘ１はＡ、Ｇ、Ｓ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ２はＡ、Ｄ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＳまたはＴである）；
（式ＶＩＩＩ）ＩＧＸ１ＩＮＰＮＸ２ＧＸ３ＴＸ４ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０５）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＦまたはＲであり、Ｘ３はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ４はＫまたはＮである）；
（式ＩＸ）ＩＧＸ１ＩＸ２ＰＳＸ３ＧＸ４ＴＸ５ＹＡＱＫＦＱＧＲＶ（配列番号２０６）（式中、Ｘ１はＩ、Ｒ、またはＷであり、Ｘ２はＳまたはＹであり、Ｘ３はＧまたはＳであり、Ｘ４はＤ、Ｇ、またはＳであり、Ｘ５はＫまたはＮである）；及び
（式Ｘ）ＶＧＲＩＸ１ＳＫＸ２Ｘ３ＧＸ４ＴＴＸ５ＹＡＡＸ６ＶＫＧＲＦ（配列番号２０７）（式中、Ｘ１はＫまたはＲであり、Ｘ２はＡまたはＴであり、Ｘ３はＤまたはＹであり、Ｘ４はＧまたはＹであり、Ｘ５はＤまたはＥであり、Ｘ６はＰまたはＳである）
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
抗体重鎖。
【請求項２】
ａ．前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む；
ｂ．前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１を含む；
ｃ．前記重鎖可変領域が、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む；
ｄ．前記重鎖可変領域が、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２を含む；
ｅ．前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２及び１３７〜１５８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６及び１５９〜１６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のＨＶＲ−Ｈ２と、を含む；
ｆ．前記重鎖可変領域が、配列番号１〜５２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１と、配列番号５３〜１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のＨＶＲ−Ｈ２と、を含む；
ｇ．前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＸ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＩＶ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；式（ＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（Ｖ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに式（Ｉ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び式（ＶＩＩＩ）のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される；
ｈ．前記重鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｈ１、ＨＶＲ−Ｈ２、及びＨＶＲ−Ｈ３の３つを含み、前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２は、配列番号１５７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号６７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１００のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号５１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２６のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１３のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号３１のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１２４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号２５のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５０のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１５８のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１６２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号８２のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；配列番号１４９のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１１７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２；ならびに配列番号７のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ１及び配列番号１３４のアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ２からなる群から選択される；または
ｉ．前記重鎖可変領域が、配列番号２２３〜２５６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む、
請求項１に記載の抗体重鎖。
【請求項３】
ａ．前記重鎖可変領域が、配列番号１６５のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ１、配列番号１６６のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ２、配列番号１６７のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ３、及び／または配列番号１６８のアミノ酸配列を含むＦＷ−Ｈ４を含む；及び／または
ｂ．前記重鎖可変領域が、配列番号１６９、１７１、１７３、１７５、１７７、１７９、１８１、１８３、１８５、１８７、１８９、１９１、１９３、及び１９５からなる群から選択される配列を含む、
請求項１または２に記載の抗体重鎖。
【請求項４】
重鎖及び軽鎖を含む抗体であって、前記重鎖が、請求項１〜３のいずれか１項に記載の抗体重鎖であり：任意選択的に、
ａ．前記抗体が、約１０−７〜約１０−１１Ｍの平衡解離定数（Ｋｄ）で、少なくとも１つの標的に結合し；及び／または
ｂ．前記抗体が、約６０℃〜約９０℃の溶解温度（Ｔｍ）を有する、
抗体。
【請求項５】
ポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、前記ポリヌクレオチドのうちの１つは、請求項１〜３のいずれか１項に記載の抗体重鎖可変領域をコードする、ライブラリー。
【請求項６】
前記ポリヌクレオチドが、約６．５＊１０４未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含み、任意選択的に、
ａ．前記ポリヌクレオチドが、約６７００未満のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む、または
ｂ．前記ポリヌクレオチドが、約６６６０以下のＨＶＲ−Ｈ１配列とＨＶＲ−Ｈ２配列のユニークな組み合わせを含む、請求項５に記載のライブラリー。
【請求項７】
前記ポリヌクレオチドが、完全長抗体重鎖をコードする、請求項５または６に記載のライブラリー。
【請求項８】
抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを更に含み、任意選択的に、
ａ．前記抗体軽鎖可変領域が、ＨＶＲ−Ｌ１、ＨＶＲ−Ｌ２及びＨＶＲ−Ｌ３を含み、前記ＨＶＲ−Ｌ１は、配列番号２５７〜２６４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び／または前記ＨＶＲ−Ｌ３は、配列番号２６５〜２７４からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む；
ｂ．抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも１つのユニーク配列を含む；
ｃ．抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも約２８０のユニーク配列を含む；
ｄ．抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも約１０５のユニーク配列を含む；及び／または
ｅ．前記ポリヌクレオチドが複数のユニーク抗体をコードし、任意選択的に、前記複数の各抗体の前記重鎖可変領域は、同一の配列を含む、
請求項５〜７のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項９】
ａ．前記抗体重鎖可変領域の前記ＨＶＲ−Ｈ１及びＨＶＲ−Ｈ２のうちの少なくとも１つが、構造決定及び／またはコンピューターモデリングによって評価されたとき、複数の立体構造を取る；
ｂ．前記抗体重鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つがベクター中にあり、任意選択的に、前記ベクターが、発現ベクターまたはディスプレイベクターであり；及び／または
ｃ．前記抗体重鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つが細胞中にあり、任意選択的に、前記細胞が、細菌、酵母、または哺乳類の細胞である、
請求項５〜８のいずれか１項に記載のライブラリー。
【請求項１０】
請求項５〜９のいずれか１項に記載のライブラリーを含む、キット。
【請求項１１】
請求項５〜９のいずれか１項に記載のライブラリーのポリヌクレオチド配列を準備し、組み立てることを含む、ライブラリーの調製方法。
【請求項１２】
抗体ライブラリーの作製方法であって、
ａ．複数の立体構造を有する配列を含む１、２または３つの重鎖ＨＶＲを選択するステップと、
ｂ．ポリヌクレオチド配列を組み立てて、複数の抗体重鎖可変領域配列をコードするポリヌクレオチドのライブラリーを生成するステップと、を含み、
前記ポリヌクレオチドのうちの１つが、請求項１〜３のいずれか１項に記載の前記抗体重鎖可変領域をコードし、
任意選択的に、前記抗体重鎖可変領域配列が、ヒト抗体配列である、作製方法。
【請求項１３】
ポリヌクレオチドを含む非ヒト動物であって、前記ポリヌクレオチドのうちの１つが、請求項１〜３のいずれか１項に記載の前記抗体重鎖可変領域をコードする、非ヒト動物。
【請求項１４】
表面上に提示された少なくとも１つのポリペプチドを含むファージであって、前記少なくとも１つのポリペプチドが、請求項１〜３のいずれか１項に記載の前記抗体重鎖可変領域を含む、ファージ。
【請求項１５】
抗原結合ドメインを含むライブラリーであって、前記抗原結合ドメインのうちの１つが、請求項１〜３のいずれか１項に記載の前記抗体重鎖可変領域を含む、ライブラリー。
【請求項１６】
２つの同一の抗体重鎖可変領域及び２つの軽鎖可変領域を含む、二重特異性抗体の生成方法であって、
ａ．第１の抗原に結合する第１の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、前記第１の抗原結合ドメインは、第１の抗体重鎖可変領域及び第１の抗体軽鎖可変領域を含み、前記第１の抗体重鎖可変領域は、請求項１〜３のいずれか１項に記載の前記抗体重鎖可変領域である、前記スクリーニングすることと、
ｂ．第２の抗原に結合する第２の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、前記第２の抗原結合ドメインは、第２の抗体重鎖可変領域及び第２の抗体軽鎖可変領域を含み、前記第２の抗体重鎖可変領域は、前記第１の抗体重鎖可変領域と同じ配列を有する、前記スクリーニングすることと、
ｃ．前記第１の抗原結合ドメイン及び前記第２の抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体を生成することと、を含む、
生成方法。
【請求項１７】
二重特異性抗体であって、
ａ．第１の重鎖可変領域及び第１の軽鎖可変領域を含む第１の結合ドメインであって、第１の標的に結合する、前記第１の結合ドメインと、
ｂ．第２の重鎖可変領域及び第２の軽鎖可変領域を含む第２の結合ドメインであって、前記第２の結合ドメインは、第２の標的に結合し、前記第２の重鎖可変領域は、前記第１の重鎖可変領域配列と同一の配列を有する、前記第２の結合ドメインと、を含み、
前記第１の抗体重鎖可変領域は、請求項１〜３のいずれか１項に記載の前記抗体重鎖可変領域である、二重特異性抗体。
【国際調査報告】
2020537632.tif 000117
2020537632.tif 000118