(57)【要約】  提供されるのは、早期肺癌の検出、および肺癌を有するリスクの決定のための方法および関連するキットである。
2020510816.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中のＣＥＡのレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のＣＡ１２５のレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定すること
を含み；
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項２】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記サンプルを、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記サンプルを、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記サンプルを、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記サンプルを、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のレポーター分子と接触させること
を含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、および前記第４のレポーター分子の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項３】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合する表面を提供すること；
前記生体サンプルと共に前記表面をインキュベートすること；
前記表面を、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のレポーター分子と接触させること；
前記表面と会合している前記第１のレポーター分子の量を測定すること；
前記表面と会合している前記第２のレポーター分子の量を測定すること；
前記表面と会合している前記第３のレポーター分子の量を測定すること；
前記表面と会合している前記第４のレポーター分子の量を測定すること
を含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、および前記第４のレポーター分子の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項４】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
ＣＥＡに結合するための手段を有する第１の表面を提供すること；
ＣＡ１２５に結合するための手段を有する第２の表面を提供すること；
ＣＹＦＲＡ２１−１に結合するための手段を有する第３の表面を提供すること；
プロ−ＳＦＴＰＢに結合するための手段を有する第４の表面を提供すること；
前記生体サンプルと共に前記第１の表面をインキュベートすること；
前記生体サンプルと共に前記第２の表面をインキュベートすること；
前記生体サンプルと共に前記第３の表面をインキュベートすること；
前記生体サンプルと共に前記第４の表面をインキュベートすること；
前記第１の表面を、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記第２の表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記第３の表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記第４の表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記第１の表面と会合している前記第１のレポーター分子の量を測定すること；
前記第２の表面と会合している前記第２のレポーター分子の量を測定すること；
前記第３の表面と会合している前記第３のレポーター分子の量を測定すること；
前記第４の表面と会合している前記第３のレポーター分子の量を測定すること
を含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、および前記第４のレポーター分子の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項５】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合するための手段を有する表面を提供すること；
前記生体サンプルと共に前記表面をインキュベートすること；
前記表面を、ＣＥＡに結合する第１のリレー分子と接触させること；
前記表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のリレー分子と接触させること；
前記表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のリレー分子と接触させること；
前記表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のリレー分子と接触させること；
前記表面を、前記第１のリレー分子に結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、前記第２のリレー分子に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、前記第３のリレー分子に結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、前記第４のリレー分子に結合する第４のレポーター分子と接触させること；
前記第１のリレー分子およびＣＥＡと会合している前記第１のレポーター分子の量を測定すること；
前記第２のリレー分子およびＣＡ１２５と会合している前記第２のレポーター分子の量を測定すること；
前記第３のリレー分子およびＣＹＦＲＡ２１−１と会合している前記第３のレポーター分子の量を測定すること；
前記第４のリレー分子およびプロ−ＳＦＴＰＢと会合している前記第４のレポーター分子の量を測定すること
を含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、および前記第４のレポーター分子の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項６】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
ＣＥＡに結合するための手段を有する第１の表面を提供すること；
ＣＡ１２５に結合するための手段を有する第２の表面を提供すること；
ＣＹＦＲＡ２１−１に結合するための手段を有する第３の表面を提供すること；
プロ−ＳＦＴＰＢに結合するための手段を有する第４の表面を提供すること；
前記生体サンプルと共に前記第１の表面をインキュベートすること；
前記生体サンプルと共に前記第２の表面をインキュベートすること；
前記生体サンプルと共に前記第３の表面をインキュベートすること；
前記生体サンプルと共に前記第４の表面をインキュベートすること；
前記第１の表面を、ＣＥＡに結合する第１のリレー分子と接触させること；
前記第２の表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のリレー分子と接触させること；
前記第３の表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のリレー分子と接触させること；
前記第４の表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のリレー分子と接触させること；
前記第１の表面を、前記第１のリレー分子に結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記第２の表面を、前記第２のリレー分子に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記第３の表面を、前記第３のリレー分子に結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記第４の表面を、前記第４のリレー分子に結合する第４のレポーター分子と接触させること；
前記第１のリレー分子およびＣＥＡと会合している前記第１のレポーター分子の量を測定すること；
前記第２のリレー分子およびＣＡ１２５と会合している前記第２のレポーター分子の量を測定すること；
前記第３のリレー分子およびＣＹＦＲＡ２１−１と会合している前記第３のレポーター分子の量を測定すること；
前記第４のリレー分子およびプロ−ＳＦＴＰＢと会合している前記第４のレポーター分子の量を測定すること
を含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、および前記第４のレポーター分子の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項７】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢまたはそれに結合された前記レポーター分子の量は、健康対象と比較して、前記対象において上昇している、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーに選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原の量は、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記参照対象または参照群は、健康である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含み；
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、前記患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記生体サンプルは、血清である、請求項１３に記載の方法。
【請求項１５】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記対象は、前記バイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される、請求項１〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記生体サンプル中の各バイオマーカーの前記測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記パネルは、
ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；または
ｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネル
からなる群から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
前記表面の少なくとも１つは、固体粒子の表面である、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記固体粒子は、ビーズである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている、請求項２〜２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する、請求項２〜２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
前記分光測定法は、質量分析法である、請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項１〜２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する、請求項２〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する、請求項２〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３１】
前記第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する、請求項２〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３２】
前記第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する、請求項２〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３３】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる、請求項１〜３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３４】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる、請求項１〜３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３５】
肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含を含む、請求項１〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む、請求項１〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、
前記対象を、請求項１〜３７のいずれか一項に記載の方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること、および
前記癌に対して治療上有効な量の処置を施すこと
を含む方法。
【請求項３９】
前記処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである、請求項３８に記載の処置する方法。
【請求項４０】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項１〜３９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４１】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４２】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む、請求項１〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項４３に記載の方法。
【請求項４６】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項４３に記載の方法。
【請求項４７】
前記肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている、請求項１〜４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記肺癌は、切除可能病期で診断されている、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプルをＣＥＡ抗体と接触させ、かつＣＥＡと前記抗体との間の結合を観察することにより、前記生体サンプル中のＣＥＡのレベルを測定すること；
前記生体サンプルをＣＡ１２５抗体と接触させ、かつＣＡ１２５と前記抗体との間の結合を観察することにより、前記生体サンプル中のＣＡ１２５のレベルを測定すること；
前記生体サンプルをＣＹＦＲＡ２１−１抗体と接触させ、かつＣＹＦＲＡ２１−１と前記抗体との間の結合を観察することにより、前記生体サンプル中のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを測定すること；
前記生体サンプルをプロ−ＳＦＴＰＢ抗体と接触させ、かつプロ−ＳＦＴＰＢと前記抗体との間の結合を観察することにより、前記生体サンプル中のプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定すること；
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの測定値によって決定されるように、前記対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないかのいずれかに割り当てること
を含む方法。
【請求項５０】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中のＣＥＡのレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のＣＡ１２５のレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定すること；
第１の標準値と比較してＣＥＡのレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；
第２の標準値と比較してＣＡ１２５のレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；
第３の標準値と比較してＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；および
第４の標準値と比較してプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；および
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの前記比の統計分析によって決定されるように、前記対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないかのいずれかに割り当てること
を含む方法。
【請求項５１】
肺癌を有する対象のリスクを予測する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢバイオマーカーのレベルを測定すること；および
前記ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの統計分析によって決定されるように、予測因子を算出すること
を含む方法。
【請求項５２】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢバイオマーカーのレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルの統計分析によって決定されるように、前記対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないかのいずれかに割り当てること
を含む方法。
【請求項５３】
肺癌を有する疑いがある対象から得られた生体サンプルを用いて、肺癌を有する対象のリスクを決定するための方法であって、
前記生体サンプル中に存在するＣＥＡのレベルに関して、ＣＥＡに特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；および
前記生体サンプル中に存在するＣＡ１２５のレベルに関して、ＣＡ１２５に特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；および
前記生体サンプル中に存在するＣＹＦＲＡ２１−１のレベルに関して、ＣＹＦＲＡ２１−１に特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；および
前記生体サンプル中に存在するプロ−ＳＦＴＰＢのレベルに関して、プロ−ＳＦＴＰＢに特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；および
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルが、肺癌を有する前記対象の指標であるかどうかを決定すること
を含む方法。
【請求項５４】
肺癌を有する対象のリスクを決定するための方法であって、
対象から生体サンプルサンプルを得ること；
抗ＣＥＡ抗体またはその抗原結合断片による前記サンプルへのイムノアッセイを実施すること；
抗ＣＡ１２５抗体またはその抗原結合断片による前記サンプルへのイムノアッセイを実施すること；
抗ＣＹＦＲＡ２１−１抗体またはその抗原結合断片による前記サンプルへのイムノアッセイを実施すること；
抗プロ−ＳＦＴＰＢ抗体またはその抗原結合断片による前記サンプルへのイムノアッセイを実施すること
を含み；
前記抗体の結合は、前記対象中での肺癌の指標であり、かつ前記イムノアッセイは、早期肺癌を検出し得る、方法。
【請求項５５】
肺癌を有する対象のリスクを決定するための方法であって、
前記対象から生体サンプルサンプルを得ること；
抗ＣＥＡ抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；
抗ＣＡ１２５抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；
抗ＣＹＦＲＡ２１−１抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；
抗プロ−ＳＦＴＰＢ抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルが、肺癌を有する前記対象の指標であるかどうかを決定すること
を含む方法。
【請求項５６】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルは、健康対象と比較して、前記対象において上昇している、請求項４９〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項４９〜５６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５８】
前記参照対象または参照群は、健康である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む、請求項４９〜５８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６０】
前記表面の少なくとも１つは、固体粒子の表面である、請求項４９〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含み；
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、前記患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、請求項４９〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む、請求項４９〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
前記生体サンプルは、血清である、請求項６２に記載の方法。
【請求項６４】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される、請求項４９〜６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６５】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む、請求項４９〜６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６６】
前記固体粒子は、ビーズである、請求項６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている、請求項４９〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する、請求項４９〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される、請求項４９〜６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７１】
前記対象は、前記バイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される、請求項４９〜７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記生体サンプル中の各バイオマーカーの前記測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む、請求項４９〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記パネルは、
ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；または
ｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネル
からなる群から選択される、請求項４９〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項４９〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項４９〜７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７７】
前記第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する、請求項４９〜７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
前記第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する、請求項４９〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
前記第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する、請求項４９〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
前記第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する、請求項４９〜７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる、請求項４９〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる、請求項４９〜８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８３】
肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含を含む、請求項４９〜８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む、請求項４９〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、
前記対象を、請求項４９〜８５のいずれか一項に記載の方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；および
前記癌に対して治療上有効な量の処置を施すこと
を含む方法。
【請求項８７】
前記処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである、請求項８６に記載の処置する方法。
【請求項８８】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項４９〜８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８９】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項４９〜８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９０】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項４９〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９１】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む、請求項４９〜８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９２】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項９１に記載の方法。
【請求項９３】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項９１に記載の方法。
【請求項９４】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項４９〜９３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている、請求項４９〜９４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９６】
前記肺癌は、切除可能病期で診断されている、請求項４９〜９５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９７】
ＣＥＡの検出のための第１の溶質；
ＣＡ１２５の検出のための第２の溶質；
ＣＹＦＲＡ２１−１の検出のための第３の溶質；および
プロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質
を含む試薬溶液を含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法のためのキット。
【請求項９８】
ＣＥＡの検出のための第１の溶質を含む第１の試薬溶液；
ＣＡ１２５の検出のための第２の溶質を含む第２の試薬溶液；
ＣＹＦＲＡ２１−１の検出のための第３の溶質を含む第３の試薬溶液；および
プロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質を含む第４の試薬溶液
を含む、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法のためのキット。
【請求項９９】
ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；
ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；
ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；
プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；および
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質
を含む試薬溶液をさらに含む、請求項９７〜９８のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１００】
前記試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスを含む、請求項９７〜９９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０１】
少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む、請求項９７〜１００のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０２】
前記少なくとも１つのバイオマーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される、請求項９７〜１０１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０３】
前記少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む、請求項９７〜１０２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０４】
前記代謝産物バイオマーカージアセチルスペルミン（ＤＡＳ）に結合する抗体またはその抗原結合断片をさらに含む、請求項９７〜１０３のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０５】
前記抗原結合試薬は、抗体またはその抗原結合断片、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを含む、請求項９７〜１０４のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１０６】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記患者から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定すること
を含み；
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項１０７】
血漿由来バイオマーカーパネルおよびタンパク質マーカーパネルを含む、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記血漿由来バイオマーカーパネルは、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）を含み；
前記タンパク質バイオマーカーパネルは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢを含み；
前記方法は、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中の前記血漿由来バイオマーカーおよび前記タンパク質バイオマーカーのレベルを測定すること
を含み；
前記血漿由来バイオマーカーおよび前記タンパク質バイオマーカーの量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項１０８】
１つまたは複数のタンパク質バイオマーカーおよび１つまたは複数の代謝産物マーカーのレベルを決定することを含む、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記サンプルを、ＣＥＡ抗原に結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記サンプルを、ＣＡ１２５抗原に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記サンプルを、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原に結合する第３のレポーター分子と接触させること；および
前記サンプルを、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原に結合する第４のレポーター分子と接触させること；および
前記１つまたは複数のバイオマーカーのレベルを決定することであって、前記１つまたは複数のバイオマーカーは、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる群から選択される、決定すること
を含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、前記第４のレポーター分子、および前記１つまたは複数のバイオマーカーの量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【請求項１０９】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
前記対象から生体サンプルを得ること；
前記生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルを測定すること；および
前記生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる群から選択される１つまたは複数の代謝産物マーカーのレベルを測定すること；
前記生体サンプル中のＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルの統計分析によって決定されるように、前記対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと割り当てること
を含む方法。
【請求項１１０】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢまたはそれに結合された前記レポーター分子のレベルは、健康対象と比較して、前記対象において上昇している、請求項１０６〜１０９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１０６〜１１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
前記参照対象または参照群は、健康である、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子を含む、請求項１０６〜１１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
前記生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含み；
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、前記患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、請求項１０６〜１１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１５】
前記サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む、請求項１０６〜１１４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１６】
前記生体サンプルは、血清である、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される、請求項１０６〜１１６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１８】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む、請求項１０６〜１１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１９】
前記固体粒子は、ビーズである、請求項１１８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている、請求項１０６〜１１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２１】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する、請求項１０６〜１２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２２】
前記検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である、請求項１２１に記載の方法。
【請求項１２３】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される、請求項１０６〜１２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２４】
前記対象は、前記バイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される、請求項１０６〜１２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２５】
前記測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される、請求項１０６〜１２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２６】
前記生体サンプル中の各バイオマーカーの前記測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む、請求項１０６〜１２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２７】
前記パネルは、
ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；または
ｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネル
からなる群から選択される、請求項１０６〜１２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２８】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項１０６〜１２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２９】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項１０６〜１２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３０】
前記第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する、請求項１０６〜１２９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３１】
前記第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する、請求項１０６〜１３０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３２】
前記第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する、請求項１０６〜１３１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３３】
前記第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する、請求項１０６〜１３２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３４】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる、請求項１０６〜１３３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３５】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる、請求項１０６〜１３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３６】
肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含を含む、請求項１０６〜１３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３７】
肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む、請求項１０６〜１３６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３８】
前記少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む、請求項１３７に記載の方法。
【請求項１３９】
肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、
前記対象を、請求項１０６〜１３８のいずれか一項に記載の方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；および
前記癌に対して治療上有効な量の処置を施すこと
を含む方法。
【請求項１４０】
前記処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである、請求項１３９に記載の処置する方法。
【請求項１４１】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項１０６〜１４０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４２】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１０６〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１０６〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む、請求項１０６〜１４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４５】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４６】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項１４４に記載の方法。
【請求項１４７】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項１０６〜１４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４８】
前記肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている、請求項１０６〜１４７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４９】
前記肺癌は、切除可能病期で診断されている、請求項１０６〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５０】
ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；
ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；
ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；
プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；および
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質
を含む試薬溶液を含む、請求項１０６〜１４９のいずれか一項に記載の方法のためのキット。
【請求項１５１】
ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質を含む第１の試薬溶液；
ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質を含む第２の試薬溶液；
ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質を含む第３の試薬溶液；
プロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質を含む第４の試薬溶液；
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む第５の試薬溶液
を含む、請求項１０６〜１５０のいずれか一項に記載の方法のためのキット。
【請求項１５２】
ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；
ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；
ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；
プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；および
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質
を含む試薬溶液をさらに含む、請求項１５０〜１５１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５３】
前記試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスを含む、請求項１５０〜１５２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５４】
少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む、請求項１５０〜１５２のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５５】
前記少なくとも１つのバイオマーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される、請求項１５４に記載のキット。
【請求項１５６】
前記少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む、請求項１５４に記載のキット。
【請求項１５７】
前記代謝産物バイオマーカージアセチルスペルミン（ＤＡＳ）に結合する抗体またはその抗原結合断片をさらに含む、請求項１５０〜１５６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５８】
前記抗原結合試薬は、抗体またはその抗原結合断片、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを含む、請求項１５０〜１５７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項１５９】
対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法であって、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、前記対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類し、前記方法は、
ｉ．肺癌を有する前記対象に化学療法剤を投与すること；
ｉｉ．肺癌を有する前記対象に治療放射線を投与すること；および
ｉｉｉ．肺癌を有する前記対象の癌性組織の部分的または完全な外科的切除のための外科手術
の１つまたは複数を含む、方法。
【請求項１６０】
対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法であって、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルは、前記対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類し、前記方法は、
ｉ）肺癌を有する前記対象に化学療法剤を投与すること；
ｉｉ）肺癌を有する前記対象に治療放射線を投与すること；および
ｉｉｉ）肺癌を有する前記対象の癌性組織の部分的または完全な外科的切除のための外科手術
の１つまたは複数を含む、方法。
【請求項１６１】
肺癌を検出および処置するための方法であって、
イムノアッセイによって、ヒトから得られた生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢを検出すること；
前記採取されたサンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を定量すること；
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、カットオフ値と比較して、前記ヒトに、肺癌を有する増加したリスクがあるか否かを決定することであって；前記レベルが前記カットオフ値を超える場合、前記ヒトは肺癌を有する、決定すること、および
肺癌を有する前記ヒトに肺癌のための処置を施すこと
を含む方法。
【請求項１６２】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、
分析を必要とする対象からの生体サンプル中で、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの濃度を測定すること；および
分析を必要とする前記対象の前記サンプル中の前記バイオマーカーの濃度、および正常または非罹患対象中の濃度を比較すること
を含み、
分析を必要とする前記対象は、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあり、前記決定は、表１０に記載される感度または特異度値でのカットオフ値に基づいている、方法。
【請求項１６３】
生体サンプル中の肺癌のエビデンスを決定する方法であって、対象からの生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）、ならびにその識別可能な部分を含むバイオマーカーパネルの濃度を測定することを含み、表１０に記載されるカットオフに対する感度または特異度に基づく前記バイオマーカーのそれぞれの濃度の変化が、肺癌の特徴である、方法。
【請求項１６４】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢまたはそれに結合された前記レポーター分子のレベルは、健康対象と比較して、前記対象において上昇している、請求項１５９〜１６３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６５】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１５９〜１６４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６６】
前記参照対象または参照群は、健康である、請求項１６５に記載の方法。
【請求項１６７】
前記表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む、請求項１５９〜１６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６８】
前記表面の少なくとも１つは、固体粒子の表面である、請求項１５９〜１６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６９】
前記固体粒子は、ビーズを含む、請求項１６８に記載の方法。
【請求項１７０】
前記生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することを含み；
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、前記患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、請求項１５９〜１６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７１】
前記サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む、請求項１５９〜１７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７２】
前記生体サンプルは、血清である、請求項１７１に記載の方法。
【請求項１７３】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される、請求項１５９〜１７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７４】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む、請求項１５９〜１７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７５】
前記固体粒子は、ビーズである、請求項１７４に記載の方法。
【請求項１７６】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている、請求項１５９〜１７５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７７】
前記レポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する、請求項１５９〜１７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７８】
前記検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である、請求項１７７に記載の方法。
【請求項１７９】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される、請求項１５９〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８０】
前記対象は、前記バイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される、請求項１５９〜１７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８１】
前記測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される、請求項１５９〜１８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８２】
前記生体サンプル中の各バイオマーカーの前記測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む、請求項１５９〜１８１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８３】
前記パネルは、
ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；または
ｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネル
からなる群から選択される、請求項１５９〜１８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８４】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項１５９〜１８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８５】
前記パネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む、請求項１５９〜１８４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８６】
前記第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する、請求項１５９〜１８５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８７】
前記第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する、請求項１５９〜１８６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８８】
前記第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する、請求項１５９〜１８７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８９】
前記第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する、請求項１５９〜１８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９０】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる、請求項１５９〜１８９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９１】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる、請求項１５９〜１９０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９２】
肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含を含む、請求項１５９〜１９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９３】
肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む、請求項１５９〜１９２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９４】
前記少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む、請求項１９３に記載の方法。
【請求項１９５】
肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、
前記対象を、請求項１５９〜１９４のいずれか一項に記載の方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；および
前記癌に対して治療上有効な量の処置を施すこと
を含む方法。
【請求項１９６】
前記処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである、請求項１９５に記載の処置する方法。
【請求項１９７】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項１５９〜１９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９８】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１５９〜１９７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９９】
ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している、請求項１５９〜１９８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２００】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む、請求項１５９〜１９９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０１】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０２】
前記カットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む、請求項２００に記載の方法。
【請求項２０３】
前記対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する、請求項１５９〜２０２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０４】
前記肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている、請求項１５９〜２０３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０５】
前記肺癌は、切除可能病期で診断されている、請求項１５９〜２０４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０６】
ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合する表面を提供すること；
前記生体サンプルと共に前記表面をインキュベートすること；
前記表面を、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；
前記表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のレポーター分子と接触させること；
前記表面と会合している前記第１のレポーター分子の量を測定すること；
前記表面と会合している前記第２のレポーター分子の量を測定すること；
前記表面と会合している前記第３のレポーター分子の量を測定すること；
前記表面と会合している前記第４のレポーター分子の量を測定すること
をさらに含み；
前記第１のレポーター分子、前記第２のレポーター分子、前記第３のレポーター分子、および前記第４のレポーター分子の量は、前記対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、請求項１５９〜２０５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０７】
対象からのサンプル中の肺癌の指標の存在を決定するためのキットであって、
（ａ）ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択されるタンパク質バイオマーカーのそれぞれに結合する抗原結合試薬、または前記抗原結合試薬を含むアレイ；および
（ｂ）個体における肺癌の存在を決定するための方法を実施するための説明書
を含むキット。
【請求項２０８】
ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；
ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；
ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；
プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；および
ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質
を含む試薬溶液をさらに含む、請求項２０５に記載のキット。
【請求項２０９】
前記試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスを含む、請求項２０５〜２０６のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２１０】
少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む、請求項２０５〜２０７のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２１１】
前記少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される、請求項２０８に記載のキット。
【請求項２１２】
前記少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む、請求項２０５〜２０９のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２１３】
前記代謝産物バイオマーカージアセチルスペルミン（ＤＡＳ）に結合する抗体またはその抗原結合断片をさらに含む、請求項２０５〜２１０のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２１４】
前記抗原結合試薬は、抗体またはその抗原結合断片、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを含む、請求項２０５〜２１１のいずれか一項に記載のキット。
【請求項２１５】
ａ）肺癌の症状のない対象からサンプルを得ること；
ｂ）前記サンプル中のマーカーのパネルを測定することであって、前記マーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、Ｃｙｆｒａ  ２１−１、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）を含む、測定すること；
ｃ）各マーカーについてのバイオマーカースコアを決定すること；
ｄ）各マーカーについての前記バイオマーカースコアを合計して、各対象についての集成スコアを得て、リスクスコアとして前記対象の肺癌の存在についての増加したリスクを定量することであって、前記集成スコアは、層別対象集団の分類のリスクカテゴリーに適合され、各リスクカテゴリーは、単一の閾値の使用と比較して、集成スコアの範囲に相関する、肺癌を有する増加した可能性を示す乗数を含み、前記乗数は、後ろ向きサンプルの正の予測スコアから決定される、定量すること；および、
ｅ）肺癌の存在について定量された増加したリスクを有する前記対象に、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンまたは他のイメージングモダリティを施すこと
を含む方法。
【請求項２１６】
前記マーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる、請求項２１５に記載の方法。
【請求項２１７】
前記サンプルは、血液、血清、血漿、またはその一部である、請求項２１５または２１６に記載の方法。
【請求項２１８】
層別対象集団の前記分類、前記癌を有する増加した可能性を示す前記乗数および集成スコアの前記範囲は、集団の後ろ向き臨床サンプルから決定される、請求項２１５〜２１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１９】
前記リスクカテゴリーは、リスク識別子をさらに含む、請求項２１５〜２１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２０】
前記リスク識別子は、低リスク、中−低リスク、中リスク、中−高リスクおよび最も高いリスクから選択される、請求項２１５〜２１９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２１】
各リスクカテゴリーについて前記癌を有する増加した可能性を示す前記乗数を算出することは、後ろ向きバイオマーカースコアに基づいて前記対象コホートを層別し、各層別集団について正の予測スコアによって前記コホート中の前記癌の既知の有病率を重み付けすることを含む、請求項２１５〜２２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２２】
層別対象集団の前記分類は、少なくとも３つのリスクカテゴリーを含み、癌を有する増加した可能性を示す前記乗数は、約２以上である、請求項２１５〜２２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２３】
層別対象集団の前記分類は、少なくとも２つのリスクカテゴリーを含み、癌を有する増加した可能性を示す前記乗数は、約５以上である、請求項２１５〜２２２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２４】
前記対象は、５０歳以上であり、喫煙歴を有する、請求項２１５〜２２３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２５】
リスク分類表を作成することであって、マーカーのパネルが測定され、各マーカーについてのバイオマーカースコアが決定され、前記バイオマーカースコアを合計することによって、集成スコアが得られる、作成すること；前記集成スコアをリスク群に分けるのに使用される閾値を決定し、癌の存在について定量された増加したリスクを有する無症状の対象の可能性を示す乗数を各群に割り当てることをさらに含む、請求項２１５〜２２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２６】
前記群は、電子表形態、ソフトウェアアプリケーション、コンピュータプログラム、およびエクセルのスプレッドシートから選択される形態である、請求項２１５〜２２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２７】
マーカーの前記パネルは、結合アッセイで測定されるタンパク質、ポリペプチド、または代謝産物を含む、請求項２１５〜２２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２８】
マーカーの前記パネルは、フローサイトメーターを用いて測定されるタンパク質またはポリペプチドを含む、請求項２１５〜２２７のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年２月９日に出願された米国仮特許出願第６２／４５６，７３１号明細書の利益を主張するものであり、これらの開示は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表の援用
Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｗｉｎｄｏｗｓオペレーティングシステムにおいて測定した際に１４０キロバイトであり、２０１８年１月４日に作成された、「ＭＤＡ００２５４０１ＰＣ＿ＳＴ２５」という名称のファイルに含まれる配列表は、本明細書と共に電子出願され、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００３】
連邦政府による資金提供を受けた研究開発の記載
本発明は、Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｄｅｆｅｎｓｅにより与えられた助成金番号Ｗ８１ＸＷＨ−１−１−６３２の下で政府の支援により行われた。政府は、本発明において一定の権利を有する。
【背景技術】
【０００４】
肺癌は、米国で最も多く見られる癌であり、５年生存率が１５％未満である。肺癌の治療は、放射線、葉酸代謝、白金系薬剤、および／またはタキソール系薬剤からなる限られた治療選択の使用から、腫瘍および／または主要なバイオマーカーもしくは治療標的タンパク質の存在もしくは非存在の組織学的特性評価を必要とするより標的化された処置へと移行している。
【０００５】
肺癌は、世界的に主要な癌死亡原因であり、米国における全ての癌死亡者の４分に１を占める。全米肺スクリーニング試験（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｕｎｇ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  Ｔｒｉａｌ）（ＮＬＳＴ）からのデータは、高リスクの現在の喫煙者および過去の喫煙者の胸部ＬＤＣＴによる年１回のスクリーニングが、肺癌死亡率を２０％低下させ、全死亡率を７％低下させることを示唆している。結果として、米国予防医学専門委員会（Ｕ．Ｓ．Ｐｒｅｖｅｎｔｉｖｅ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ  Ｔａｓｋ  Ｆｏｒｃｅ）（ＵＳＰＳＴＦ）は、３０パックイヤー喫煙していた、禁煙してから１５年以下の５５〜８０歳の喫煙経験者における肺癌についてのＬＤＣＴスクリーニングを推奨している。しかしながら、ＮＬＳＴ試験は、過剰診断に関連する死亡率、良性小結節の処置、および財務コストに関して、ＣＴスクリーニングに関連するいくつかの重要な負の側面を強調した。重要なことには、現在のスクリーニング基準に基づいて、肺癌による死亡の総数におけるパーセンテージとしての、スクリーニングによって救われ得る命の数は、比較的小規模であると推定される。さらに、一般集団コホートから集められた１００万人以上の対象からのデータ（ＵＫバイオバンク（ＵＫ  Ｂｉｏｂａｎｋ）および欧州の癌と栄養に関する前向き研究（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  ｉｎｔｏ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）（ＥＰＩＣ）試験）は、新規診断肺癌症例の５０％未満が、ＵＳＰＳＴＦ基準に基づくスクリーニングに適格であったであろうことを示す。
【０００６】
ＣＴスクリーニングについて対象を同定するとき、二分法によるＵＳＰＳＴＦスクリーニング基準をリスクベースモデルに置き換える利益についての説得力のある議論を提供する肺癌リスク予測に関する多くの文献が存在する。例えば、最近、２０％のさらなる肺癌死亡が、個々のリスク評価に基づくスクリーニング基準を用いることによって避けられ得ると推定された。このようなリスク予測ツールを用いるのに必要とされる情報が、一般医師によって容易に確認され得るか、あるいはオンラインリスクカリキュレータを用いて自己評価され得ることを考慮すると、将来の肺癌スクリーニングプログラムは、スクリーニング適格性を評価するときにこのようなツールを実施する可能性が高いと考えられる。
【０００７】
ＵＳＰＳＴＦスクリーニング基準の代替は、各個体の近い将来（例えば、１〜３年以内）の肺癌のリスクを正確に推定する個体レベルのリスクベーススクリーニング基準であろう。人口統計データ（年齢および性別）およびアンケートからの危険因子データ（主に喫煙）に依拠するいくつかのリスク予測モデルが公表されている。しかしながら、大幅な改善が、アンケートで獲得できなかった情報を組み込むバイオマーカーを組み込むことによって得られるであろう。
【０００８】
肺癌の早期検出のための血液ベースのバイオマーカーを開発する取り組みは、核酸、タンパク質、および代謝産物、ならびに循環腫瘍細胞および微粒子を標的にする様々な分析プラットフォームを用いて、現在進行中である。例えば、プロテオーム研究が、界面活性剤タンパク質Ｂ（ＳＦＴＰＢ）、およびその前駆体形態（プロ−ＳＦＴＰＢ）を含むいくつかの候補循環マーカーの同定をもたらし、これは、ＬＤＣＴ時に採取された血液サンプル（ＡＵＣ改善：０．６７〜０．７４）を用いて、ならびに医師健康試験（Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｔｕｄｙ）からの診断前血液サンプルにおいてアッセイされるとき、喫煙情報と組み合わせて肺癌リスク予測を実質的に改善することが実証されている。他の循環タンパク質が、肺癌のレベルの増加を示すことが分かったが、肺癌スクリーニングのための単一のマーカーとして有用性を有するには感度および特異度が限られている。
【０００９】
肺癌の診断前、およびスクリーニング設定において採取されたサンプルにおけるＳＦＴＰＢおよびその前駆体形態プロ−ＳＦＴＰＢの性能を考えると、選択された腫瘍関連タンパク質のパネルを用いてＵＳＰＳＴＦ基準に対する改善の可能性を調べた。試験は、高リスク肺癌前向きコホート、パネルを構築するためのβ−カロテンおよびレチノール有効性試験（ＣＡＲＥＴ）研究、ならびに２つの、大規模、一般集団コホートから選択される症例およびコントロール、欧州の癌と栄養に関する前向き研究（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  ｉｎｔｏ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）（ＥＰＩＣ）試験、および北スウェーデンの健康と病気に関する研究（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｓｗｅｄｅｎ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｓｔｕｄｙ）（ＮＳＨＤＳ）に基づいており、これらは、検証のために３６７，０００人の参加者を必要とした。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００１０】
本開示は、肺癌の早期検出のための方法およびキットを提供する。この方法およびキットは、対象から得られた生体サンプルに含まれるバイオマーカーの多重アッセイを使用する。少なくとも４種のバイオマーカー：ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの複合分析は、肺癌状態、即ち、肺癌陽性、または肺癌陰性が既知であるコホートに対してスクリーニングされた場合、肺癌の高精度診断をもたらす。任意に、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルが、同様に分析され得る。
【００１１】
対象からの生体サンプルで見出されるＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルに基づいて、この対象の肺癌状態を予測し得る回帰モデルが明らかにされた。
【００１２】
４種の別個のバイオマーカーに基づくバイオマーカースコアが、米国コホートにおいて開発され、２つの欧州コホートにおける外部検証により、統合リスク予測モデルにおいてバイオマーカースコアを喫煙情報と組み合わせることが、喫煙情報のみに基づくモデルと比較して、症例とコントロールとの間の全体的識別（ｏｖｅｒａｌｌ  ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｏｎ）の著しい改善をもたらしたことが確認された。統合リスク予測モデルは、偽陽性例数を増加させずに、ＵＳＰＳＴＦスクリーニング基準の４２％と比較した際に、検証サンプルにおける将来の肺癌症例の７６％を同定した。
【００１３】
したがって、本明細書で提供されるのは、
・対象の肺癌および肺癌のリスクの検出の方法；
・対象における肺癌の存在の増加したリスクを決定および／または定量する方法；
・肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であり；
それぞれ、対象からのサンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢ、および任意に、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することを含む。
【００１４】
同様に提供されるのは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢ、および任意に、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルが、対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類する、対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法である。
【００１５】
同様に提供されるのは、対象からのサンプル中の肺癌の指標の存在を決定するため、対象の肺癌および肺癌のリスクの検出のため、ならびに対象における肺癌の存在の増加したリスクを決定および／または定量するための対応するキットであって、サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢ、および任意に、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）を測定するための材料を含む、キットである。
【００１６】
いくつかの実施形態では、対象から採取された血液サンプル中のバイオマーカーが測定される。いくつかの実施形態では、生体サンプル中でのバイオマーカーの存否が決定され得る。いくつかの実施形態では、生体サンプル中のバイオマーカーのレベルが定量され得る。
【００１７】
いくつかの実施形態では、生体サンプルを分析するために表面が提供される。いくつかの実施形態では、この表面上には、目的のバイオマーカーが非特異的に吸着する。いくつかの実施形態では、この表面上には、目的のバイオマーカーに特異的なレセプターが組み込まれている。いくつかの実施形態では、この表面は、粒子（例えば、ビーズ）と会合している。
【００１８】
いくつかの実施形態では、本バイオマーカーは、特定のレセプター分子に結合し、バイオマーカー−レセプター複合体の存否を決定し得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカー−レセプター複合体の量が定量され得る。いくつかの実施形態では、このレセプター分子は、酵素に連結されており、検出および定量を容易にする。
【００１９】
いくつかの実施形態では、本バイオマーカーは、特定のリレー分子（ｒｅｌａｙ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ）に結合し、バイオマーカー−リレー分子複合体は、次にレセプター分子に結合する。いくつかの実施形態では、このバイオマーカー−リレー−レセプター複合体の存否が決定され得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカー−リレー−レセプター複合体の量が定量され得る。いくつかの実施形態では、このレセプター分子は、酵素に連結されており、検出および定量を容易にする。
【００２０】
いくつかの実施形態では、生体サンプルは、個々のバイオマーカーに関して順次分析される。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、別々の部分に分割され、複数のバイオマーカーに関する同時分析を可能にする。いくつかの実施形態では、生体サンプルは、複数のバイオマーカーについての単一のプロセスで分析される。
【００２１】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーの存否が目視検査によって決定され得る。いくつかの実施形態では、バイオマーカーの量が分光学的技術の使用によって決定され得る。いくつかの実施形態では、この分光学的技術は、質量分析である。いくつかの実施形態では、この分光学的技術は、ＵＶ／Ｖｉｓ分光法である。いくつかの実施形態では、この分光学的技術は、蛍光分光法等の励起／発光技術である。
【００２２】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの分析は、さらなるバイオマーカーの分析と組み合わされ得る。いくつかの実施形態では、このさらなるバイオマーカーは、タンパク質バイオマーカーであり得る。いくつかの実施形態では、このさらなるバイオマーカーは、非タンパク質バイオマーカーであり得る。いくつかの実施形態では、非タンパク質バイオマーカーは、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）であり得る。いくつかの実施形態では、そのような方法は、生体サンプル中の代謝産物、例えばジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含んでもよく；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する。いくつかの実施形態では、さらなる代謝産物が、必要に応じて組み込まれ得る。
【００２３】
いくつかの実施形態では、生体サンプルの分析のためのキットが提供される。いくつかの実施形態では、このキットは、この分析を実施するのに必要な化学物質および試薬を含み得る。いくつかの実施形態では、このキットは、避けられない操作者の介入を最小限に抑えるために生体サンプルを扱う手段を含む。いくつかの実施形態では、キットは、デジタルで分析の結果を記録し得る。いくつかの実施形態では、キットは、分析によって生成されたデータの任意の必要とされる数学的処理を行い得る。
【００２４】
別の態様では、本開示は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することを含み；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００２５】
別の態様では、本開示は、血漿由来バイオマーカーパネルおよびタンパク質マーカーパネルを含む、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この血漿由来バイオマーカーパネルは、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）を含み；このタンパク質バイオマーカーパネルは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢを含み；この方法は、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中の血漿由来バイオマーカーおよびタンパク質バイオマーカーのレベルを測定することを含み；血漿由来バイオマーカーおよびタンパク質バイオマーカーの量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００２６】
別の態様では、本開示は、１つまたは複数のタンパク質バイオマーカーおよび１つまたは複数の代謝産物マーカーのレベルを決定することを含む、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；このサンプルを、ＣＥＡ抗原に結合する第１のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、ＣＡ１２５抗原に結合する第２のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原に結合する第３のレポーター分子と接触させること；およびこのサンプルを、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原に結合する第４のレポーター分子と接触させること；およびこの１つまたは複数のバイオマーカーのレベルを決定することであって、この１つまたは複数のバイオマーカーは、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる群から選択される、決定することを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、第４のレポーター分子、およびこの１つまたは複数のバイオマーカーの量は、この対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００２７】
別の態様では、本開示は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルを測定すること；およびこの生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる群から選択される１つまたは複数の代謝産物マーカーのレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルの統計分析によって決定されるように、この対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと割り当てることを含む方法を提供する。
【００２８】
別の態様では、本開示は、肺癌を有する疑いがあるか、または肺癌を有するリスクがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で説明される方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；この癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法を提供する。一実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子を含む。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズである。別の実施形態では、本レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている。別の実施形態では、本タンパク質マーカーまたは本代謝産物マーカーの少なくとも１つは、検出可能なシグナルを生成する。別の実施形態では、この検出可能なシグナルは、分光測定法によって検出可能である。別の実施形態では、この分光測定法は、質量分析法である。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの患者の病歴情報の包含を含む。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有すると割り当てられた患者に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む。
【００２９】
別の態様では、本開示は、本明細書で説明される方法のためのキットであって、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む試薬溶液を含むキットを提供する。
【００３０】
別の態様では、本開示は、本明細書で説明される方法のためのキットであって、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質を含む第１の試薬溶液；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質を含む第２の試薬溶液；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質を含む第３の試薬溶液；プロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質を含む第４の試薬溶液；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む第５の試薬溶液を含むキットを提供する。
【００３１】
一実施形態では、そのようなキットは、この試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスを含む。別の実施形態では、そのようなキットは、少なくとも１つの抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの抗原は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される。別の実施形態では、この少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む。
【００３２】
別の態様では、本開示は、肺癌を有するリスクの疑いがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で説明される方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；この肺癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法を提供する。一実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子を含む。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、またはジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズである。別の実施形態では、本レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている。別の実施形態では、本タンパク質または代謝産物マーカーの少なくとも１つは、検出可能なシグナルを生成する。別の実施形態では、検出可能なシグナルは、分光測定法によって検出可能である。別の実施形態では、この分光測定法は、質量分析法である。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの患者の病歴情報の包含を含む。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有すると割り当てられた患者に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む。
【００３３】
別の態様では、本開示は、対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法であって、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類し、この方法は、肺癌を有する対象に化学療法剤を投与すること；肺癌を有する対象に治療放射線を投与すること；および肺癌を有する対象の癌性組織の部分的または完全な外科的切除のための外科手術の１つまたは複数を含む、方法を提供する。一実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この参照対象または参照群は、健康である。別の実施形態では、ＡＵＣ（９５％ＣＩ）は、少なくとも０．８３であるか、または少なくとも０．８０である。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＡＵＣ（９５％ＣＩ）は、少なくとも０．８３０または少なくとも０．８００である。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、肺癌は、切除可能境界病期（ｂｏｒｄｅｒｌｉｎｅ  ｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ  ｓｔａｇｅ）においてまたはその前に診断されている。別の実施形態では、肺癌は、切除可能病期で診断されている。
【００３４】
別の態様では、本開示は、対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法であって、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルは、対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類し、この方法は、肺癌を有する対象に化学療法剤を投与すること；肺癌を有する対象に治療放射線を投与すること；および肺癌を有する対象の癌性組織の部分的または完全な外科的切除のための外科手術の１つまたは複数を含む、方法を提供する。一実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この参照対象または参照群は、健康である。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この対象は、肺癌のリスクが高い。
【００３５】
別の態様では、本開示は、肺癌を有するリスクの疑いがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で開示された方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；この肺癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法を提供する。一実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。
【図面の簡単な説明】
【００３６】
【図１】４種のマーカーパネルと共にＣＡＲＥＴにおける全ての５種のバイオマーカーについてのＲＯＣ曲線を示す。
【図２】診断から０〜６ヶ月にわたる、４種のマーカーパネルと共にＣＡＲＥＴにおける全ての５種のバイオマーカーについてのＲＯＣ曲線を示す。
【図３】診断から６〜１２ヶ月以上にわたる、４種のマーカーパネルと共にＣＡＲＥＴにおける全ての５種のバイオマーカーについてのＲＯＣ曲線を示す。
【図４】４種のマーカーパネル（濃い灰色の線）、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の添加を伴う４種のマーカーパネル（点線）、および分析される全てのサンプルについてＤＡＳ単独（薄い灰色の線）（左上のパネル）、腺癌サンプル（右上のパネル）、扁平上皮型肺癌（左下のパネル）、ならびに扁平上皮型肺癌および腺癌以外のサンプル（右下のパネル）についてのＲＯＣ曲線を示す。
【発明を実施するための形態】
【００３７】
一態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のＣＥＡのレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＡ１２５のレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを測定すること；この生体サンプル中のプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定することを含み；ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量は、この対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００３８】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；このサンプルを、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のレポーター分子と接触させることを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、および第４のレポーター分子の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００３９】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合する表面を提供すること；この生体サンプルと共にこの表面をインキュベートすること；この表面を、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；この表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；この表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；この表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のレポーター分子と接触させること；この表面と会合しているこの第１のレポーター分子の量を測定すること；この表面と会合しているこの第２のレポーター分子の量を測定すること；この表面と会合しているこの第３のレポーター分子の量を測定すること；この表面と会合しているこの第４のレポーター分子の量を測定することを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、および第４のレポーター分子の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００４０】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；ＣＥＡに結合するための手段を有する第１の表面を提供すること；ＣＡ１２５に結合するための手段を有する第２の表面を提供すること；ＣＹＦＲＡ２１−１に結合するための手段を有する第３の表面を提供すること；プロ−ＳＦＴＰＢに結合するための手段を有する第４の表面を提供すること；この生体サンプルと共にこの第１の表面をインキュベートすること；この生体サンプルと共にこの第２の表面をインキュベートすること；この生体サンプルと共にこの第３の表面をインキュベートすること；この生体サンプルと共にこの第４の表面をインキュベートすること；この第１の表面を、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；この第２の表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；この第３の表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；この第４の表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第３のレポーター分子と接触させること；この第１の表面と会合しているこの第１のレポーター分子の量を測定すること；この第２の表面と会合しているこの第２のレポーター分子の量を測定すること；この第３の表面と会合しているこの第３のレポーター分子の量を測定すること；この第４の表面と会合しているこの第３のレポーター分子の量を測定することを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、および第４のレポーター分子の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００４１】
肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合するための手段を有する表面を提供すること；この生体サンプルと共にこの表面をインキュベートすること；この表面を、ＣＥＡに結合する第１のリレー分子（ｒｅｌａｙ  ｍｏｌｅｃｕｌｅ）と接触させること；この表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のリレー分子と接触させること；この表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のリレー分子と接触させること；この表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のリレー分子と接触させること；この表面を、この第１のリレー分子に結合する第１のレポーター分子と接触させること；この表面を、この第２のリレー分子に結合する第２のレポーター分子と接触させること；この表面を、この第３のリレー分子に結合する第３のレポーター分子と接触させること；この表面を、この第４のリレー分子に結合する第４のレポーター分子と接触させること；この第１のリレー分子およびＣＥＡと会合しているこの第１のレポーター分子の量を測定すること；この第２のリレー分子およびＣＡ１２５と会合しているこの第２のレポーター分子の量を測定すること；この第３のリレー分子およびＣＹＦＲＡ２１−１と会合しているこの第３のレポーター分子の量を測定すること；この第４のリレー分子およびプロ−ＳＦＴＰＢと会合しているこの第４のレポーター分子の量を測定することを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、および第４のレポーター分子の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法。
【００４２】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；ＣＥＡに結合するための手段を有する第１の表面を提供すること；ＣＡ１２５に結合するための手段を有する第２の表面を提供すること；ＣＹＦＲＡ２１−１に結合するための手段を有する第３の表面を提供すること；プロ−ＳＦＴＰＢに結合するための手段を有する第４の表面を提供すること；この生体サンプルと共にこの第１の表面をインキュベートすること；この生体サンプルと共にこの第２の表面をインキュベートすること；この生体サンプルと共にこの第３の表面をインキュベートすること；この生体サンプルと共にこの第４の表面をインキュベートすること；この第１の表面を、ＣＥＡに結合する第１のリレー分子と接触させること；この第２の表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のリレー分子と接触させること；この第３の表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のリレー分子と接触させること；この第４の表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のリレー分子と接触させること；この第１の表面を、この第１のリレー分子に結合する第１のレポーター分子と接触させること；この第２の表面を、この第２のリレー分子に結合する第２のレポーター分子と接触させること；この第３の表面を、この第３のリレー分子に結合する第３のレポーター分子と接触させること；この第４の表面を、この第４のリレー分子に結合する第４のレポーター分子と接触させること；この第１のリレー分子およびＣＥＡと会合しているこの第１のレポーター分子の量を測定すること；この第２のリレー分子およびＣＡ１２５と会合しているこの第２のレポーター分子の量を測定すること；この第３のリレー分子およびＣＹＦＲＡ２１−１と会合しているこの第３のレポーター分子の量を測定すること；この第４のリレー分子およびプロ−ＳＦＴＰＢと会合しているこの第４のレポーター分子の量を測定することを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、および第４のレポーター分子の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００４３】
一実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢまたはそれに結合されたレポーター分子の量は、健康対象と比較して、対象において上昇している。表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーに選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原の量は、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む。別の実施形態では、この参照対象または参照群は、健康である。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含み；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、この患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する。別の実施形態では、サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む。別の実施形態では、生体サンプルは、血清である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される。別の実施形態では、この対象は、このバイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される。別の実施形態では、この測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中の各バイオマーカーのこの測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む。別の実施形態では、このパネルは、ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；またはｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネルからなる群から選択される。別の実施形態では、この表面の少なくとも１つは、固体粒子の表面である。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズである。別の実施形態では、本レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている。別の実施形態では、このレポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する。別の実施形態では、この検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である。別の実施形態では、この分光測定法は、質量分析法である。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、この第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する。別の実施形態では、この第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する。別の実施形態では、この第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する。別の実施形態では、この第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含を含む。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む。
【００４４】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で説明される方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること、およびこの癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法を提供する。一実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている。別の実施形態では、肺癌は、切除可能病期で診断されている。
【００４５】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプルをＣＥＡ抗体と接触させ、かつＣＥＡとこの抗体との間の結合を観察することにより、この生体サンプル中のＣＥＡのレベルを測定すること；この生体サンプルをＣＡ１２５抗体と接触させ、かつＣＡ１２５とこの抗体との間の結合を観察することにより、この生体サンプル中のＣＡ１２５のレベルを測定すること；この生体サンプルをＣＹＦＲＡ２１−１抗体と接触させ、かつＣＹＦＲＡ２１−１とこの抗体との間の結合を観察することにより、この生体サンプル中のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを測定すること；この生体サンプルをプロ−ＳＦＴＰＢ抗体と接触させ、かつプロ−ＳＦＴＰＢとこの抗体との間の結合を観察することにより、この生体サンプル中のプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定すること；ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの測定値によって決定されるように、この対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないかのいずれかに割り当てることを含む方法を提供する。
【００４６】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のＣＥＡのレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＡ１２５のレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを測定すること；この生体サンプル中のプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定すること；第１の標準値と比較してＣＥＡのレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；第２の標準値と比較してＣＡ１２５のレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；第３の標準値と比較してＣＹＦＲＡ２１−１のレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；および第４の標準値と比較してプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを決定することであって、比は、肺癌の存在を予測する、決定すること；およびＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルのこの比の統計分析によって決定されるように、この対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないかのいずれかに割り当てることを含む方法を提供する。
【００４７】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを予測する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢバイオマーカーのレベルを測定すること；およびＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの統計分析によって決定されるように、予測因子を算出することを含む方法を提供する。
【００４８】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢバイオマーカーのレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルの統計分析によって決定されるように、この対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないかのいずれかに割り当てることを含む方法を提供する。
【００４９】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する疑いがある対象から得られた生体サンプルを用いて、肺癌を有する対象のリスクを決定するための方法であって、この生体サンプル中に存在するＣＥＡのレベルに関して、ＣＥＡに特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；およびこの生体サンプル中に存在するＣＡ１２５のレベルに関して、ＣＡ１２５に特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；およびこの生体サンプル中に存在するＣＹＦＲＡ２１−１のレベルに関して、ＣＹＦＲＡ２１−１に特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；およびこの生体サンプル中に存在するプロ−ＳＦＴＰＢのレベルに関して、プロ−ＳＦＴＰＢに特異的な少なくとも１つの抗体または抗体画分を使用してアッセイすること；およびＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルが、肺癌を有するこの対象の指標であるかどうかを決定することを含む方法を提供する。
【００５０】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定するための方法であって、対象から生体サンプルサンプルを得ること；抗ＣＥＡ抗体またはその抗原結合断片によるこのサンプルへのイムノアッセイを実施すること；抗ＣＡ１２５抗体またはその抗原結合断片によるこのサンプルへのイムノアッセイを実施すること；抗ＣＹＦＲＡ２１−１抗体またはその抗原結合断片によるこのサンプルへのイムノアッセイを実施すること；抗プロ−ＳＦＴＰＢ抗体またはその抗原結合断片によるこのサンプルへのイムノアッセイを実施することを含み；この抗体の結合は、この対象中での肺癌の指標であり、かつこのイムノアッセイは、早期肺癌を検出し得る、方法を提供する。
【００５１】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定するための方法であって、この対象から生体サンプルサンプルを得ること；抗ＣＥＡ抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；抗ＣＡ１２５抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；抗ＣＹＦＲＡ２１−１抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；抗プロ−ＳＦＴＰＢ抗体またはその抗原結合断片によるイムノアッセイを実施すること；ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルが、肺癌を有するこの対象の指標であるかどうかを決定することを含む方法を提供する。一実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルは、健康対象と比較して、この対象において上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この参照対象または参照群は、健康である。別の実施形態では、この表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む。別の実施形態では、この表面の少なくとも１つは、固体粒子の表面である。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含み；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、この患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する。別の実施形態では、サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む。別の実施形態では、生体サンプルは、血清である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズである。別の実施形態では、本レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている。別の実施形態では、このレポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する。別の実施形態では、この検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される。別の実施形態では、この対象は、このバイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される。別の実施形態では、この測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中の各バイオマーカーのこの測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む。別の実施形態では、このパネルは、ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；またはｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネルからなる群から選択される。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、この第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する。別の実施形態では、この第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する。別の実施形態では、この第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する。別の実施形態では、この第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含をさらに含む。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む。
【００５２】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で説明される方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；およびこの癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法を提供する。別の実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている。別の実施形態では、肺癌は、切除可能病期で診断されている。
【００５３】
別の態様では、本発明は、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法のためのキットであって、ＣＥＡの検出のための第１の溶質；ＣＡ１２５の検出のための第２の溶質；ＣＹＦＲＡ２１−１の検出のための第３の溶質；およびプロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質を含む試薬溶液を含むキットを提供する。
【００５４】
別の態様では、本発明は、請求項１〜２４のいずれか一項に記載の方法のためのキットであって、ＣＥＡの検出のための第１の溶質を含む第１の試薬溶液；ＣＡ１２５の検出のための第２の溶質を含む第２の試薬溶液；ＣＹＦＲＡ２１−１の検出のための第３の溶質を含む第３の試薬溶液；およびプロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質を含む第４の試薬溶液を含むキットを提供する。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む試薬溶液をさらに含む。別の実施形態では、そのような方法は、この試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスをさらに含む。別の実施形態では、そのような方法は、少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む。別の実施形態では、この少なくとも１つのバイオマーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される。別の実施形態では、この少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む。別の実施形態では、そのような方法は、この代謝産物バイオマーカージアセチルスペルミン（ＤＡＳ）に結合する抗体またはその抗原結合断片をさらに含む。別の実施形態では、この抗原結合試薬は、抗体またはその抗原結合断片、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを含む。
【００５５】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この患者から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することを含み；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、この対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００５６】
別の態様では、本発明は、血漿由来バイオマーカーパネルおよびタンパク質マーカーパネルを含む、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この血漿由来バイオマーカーパネルは、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）を含み；このタンパク質バイオマーカーパネルは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢを含み；この方法は、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中の血漿由来バイオマーカーおよびタンパク質バイオマーカーのレベルを測定することを含み；血漿由来バイオマーカーおよびタンパク質バイオマーカーの量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００５７】
別の態様では、本発明は、１つまたは複数のタンパク質バイオマーカーおよび１つまたは複数の代謝産物マーカーのレベルを決定することを含む、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；このサンプルを、ＣＥＡ抗原に結合する第１のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、ＣＡ１２５抗原に結合する第２のレポーター分子と接触させること；このサンプルを、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原に結合する第３のレポーター分子と接触させること；およびこのサンプルを、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原に結合する第４のレポーター分子と接触させること；およびこの１つまたは複数のバイオマーカーのレベルを決定することであって、この１つまたは複数のバイオマーカーは、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる群から選択される、決定することを含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、第４のレポーター分子、およびこの１つまたは複数のバイオマーカーの量は、この対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する、方法を提供する。
【００５８】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、この対象から生体サンプルを得ること；この生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルを測定すること；およびこの生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる群から選択される１つまたは複数の代謝産物マーカーのレベルを測定すること；この生体サンプル中のＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルの統計分析によって決定されるように、この対象の状態を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと割り当てることを含む方法を提供する。一実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢまたはそれに結合されたこのレポーター分子のレベルは、健康対象と比較して、この対象において上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この参照対象または参照群は、健康である。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子を含む。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することをさらに含み；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、この患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する。別の実施形態では、サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む。別の実施形態では、生体サンプルは、血清である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズである。別の実施形態では、本レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている。別の実施形態では、このレポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する。別の実施形態では、この検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される。別の実施形態では、この対象は、このバイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される。別の実施形態では、この測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中の各バイオマーカーのこの測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む。別の実施形態では、このパネルは、ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；またはｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネルからなる群から選択される。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、この第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する。別の実施形態では、この第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する。別の実施形態では、この第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する。別の実施形態では、この第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含をさらに含む。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む。
【００５９】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で記載される方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；およびこの癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法を提供する。別の実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている。別の実施形態では、肺癌は、切除可能病期で診断されている。
【００６０】
別の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される方法のためのキットであって、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む試薬溶液を含むキットを提供する。
【００６１】
別の実施形態では、本発明は、本明細書で説明される方法のためのキットであって、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質を含む第１の試薬溶液；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質を含む第２の試薬溶液；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質を含む第３の試薬溶液；プロ−ＳＦＴＰＢの検出のための第４の溶質を含む第４の試薬溶液；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む第５の試薬溶液を含むキットを提供する。別の実施形態では、そのようなキットは、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む試薬溶液をさらに含む。別の実施形態では、キットは、この試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスを含む。別の実施形態では、そのようなキットは、少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む。別の実施形態では、この少なくとも１つのバイオマーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される。別の実施形態では、この少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む。別の実施形態では、そのようなキットは、この代謝産物バイオマーカージアセチルスペルミン（ＤＡＳ）に結合する抗体またはその抗原結合断片をさらに含む。別の実施形態では、この抗原結合試薬は、抗体またはその抗原結合断片、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを含む。
【００６２】
別の態様では、本発明は、対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法であって、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類し、この方法は、肺癌を有する対象に化学療法剤を投与すること；肺癌を有する対象に治療放射線を投与すること；および肺癌を有する対象の癌性組織の部分的または完全な外科的切除のための外科手術の１つまたは複数を含む、方法を提供する。
【００６３】
別の態様では、本発明は、対象の肺癌の処置または肺癌の進行の予防の方法であって、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、プロ−ＳＦＴＰＢ抗原、ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルは、対象を、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあると分類し、この方法は、肺癌を有する対象に化学療法剤を投与すること；肺癌を有する対象に治療放射線を投与すること；および肺癌を有する対象の癌性組織の部分的または完全な外科的切除のための外科手術の１つまたは複数を含む、方法を提供する。
【００６４】
別の態様では、本発明は、肺癌を検出および処置するための方法であって、イムノアッセイによって、ヒトから得られた生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢを検出すること；前記採取されたサンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を定量すること；ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、カットオフ値と比較して、前記ヒトに、肺癌を有する増加したリスクがあるか否かを決定することであって；このレベルがこのカットオフ値を超える場合、前記ヒトは肺癌を有する、決定すること、および肺癌を有する前記ヒトに肺癌のための処置を施すことを含む方法を提供する。
【００６５】
別の態様では、本発明は、肺癌を有する対象のリスクを決定する方法であって、分析を必要とする対象からの生体サンプル中で、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの濃度を測定すること；および診断を必要とするこの対象のこのサンプル中のこのバイオマーカーの濃度、および正常または非罹患対象中の濃度を比較することを含み、診断を必要とするこの対象は、肺癌と診断され、診断は、表１０に記載される感度または特異度値でのカットオフ値に基づいている、方法を提供する。
【００６６】
別の態様では、本発明は、生体サンプル中の肺癌のエビデンスを決定する方法であって、対象からの生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）、ならびにその識別可能な部分を含むバイオマーカーパネルの濃度を測定することを含み、表１０に記載されるカットオフに対する感度または特異度に基づくこのバイオマーカーのそれぞれの濃度の変化が、肺癌の特徴である、方法を提供する。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢまたはそれに結合されたこのレポーター分子のレベルは、健康対象と比較して、この対象において上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、肺癌を有しない参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、この参照対象または参照群は、健康である。別の実施形態では、この表面の少なくとも１つは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢから選択されるバイオマーカーまたは抗原に選択的に結合する少なくとも１つのレポーター分子をさらに含む。別の実施形態では、この表面の少なくとも１つは、固体粒子の表面である。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズを含む。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中のジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）のレベルを測定することを含み；ジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量は、この患者を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する。別の実施形態では、サンプルは、血液、血漿、および血清から選択される生体サンプルを含む。別の実施形態では、生体サンプルは、血清である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量が定量される。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の量の検出は、固体粒子の使用を含む。別の実施形態では、この固体粒子は、ビーズである。別の実施形態では、本レポーター分子の少なくとも１つは、酵素に連結されている。別の実施形態では、このレポーター分子の少なくとも１つは、検出可能なシグナルを提供する。別の実施形態では、この検出可能なシグナルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法によって検出可能である。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の濃度が測定される。別の実施形態では、この対象は、このバイオマーカーの測定された濃度に基づいて、肺癌を有すると決定される。別の実施形態では、この測定された濃度は、表１０に記載されるカットオフでの感度および特異度値に基づいてバイオマーカースコアを算出するのに使用される。別の実施形態では、そのような方法は、この生体サンプル中の各バイオマーカーのこの測定された濃度を、統計モデルの予測と比較する工程をさらに含む。別の実施形態では、このパネルは、ａ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなるパネル；またはｂ．ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなるパネルからなる群から選択される。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法、質量分析法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法から選択される方法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、このパネルは、ＵＶ−可視分光法またはプロトンＮＭＲ分光法により同定されたバイオマーカーを含む。別の実施形態では、この第１のレポーターは、ＣＥＡに選択的に結合する。別の実施形態では、この第２のレポーターは、ＣＡ１２５に選択的に結合する。別の実施形態では、この第３のレポーターは、ＣＹＦＲＡ２１−１に選択的に結合する。別の実施形態では、この第４のレポーターは、プロ−ＳＦＴＰＢに選択的に結合する。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、実質的に同時に行われる。別の実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢレベルの決定は、段階的に行われる。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないという割り当てへの対象の病歴情報の包含を含む。別の実施形態では、そのような方法は、肺癌を有すると割り当てられた対象に少なくとも１つの代替診断試験を施すことを含む。別の実施形態では、この少なくとも１つの代替診断試験は、少なくとも１つのｃｔＤＮＡのアッセイまたは配列決定を含む。
【００６７】
別の実施形態では、肺癌を有する疑いがある対象を処置する方法であって、この対象を、本明細書で説明される方法により、肺癌を有するリスクに関して分析すること；およびこの癌に対して治療上有効な量の処置を施すことを含む方法。別の実施形態では、この処置は、外科手術、化学療法、免疫療法、放射線療法、標的療法、またはこれらの組合せである。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、腺癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、ＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルは、扁平上皮細胞癌を有する参照対象または参照群でのＣＥＡ抗原、ＣＡ１２５抗原、ＣＹＦＲＡ２１−１抗原、およびプロ−ＳＦＴＰＢ抗原のレベルと比較して上昇している。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの量を、表１０に例示されるカットオフ値と比較することをさらに含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、このカットオフ値は、少なくとも０．８０のＡＵＣ（９５％ＣＩ）を含む。別の実施形態では、対象の肺癌を有するとの分類は、それぞれ７８％および９４％の特異度で０．７６および０．４２の感度を有する。別の実施形態では、肺癌は、切除可能境界病期においてまたはその前に診断されている。別の実施形態では、肺癌は、切除可能病期で診断されている。別の実施形態では、そのような方法は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合する表面を提供すること；この生体サンプルと共にこの表面をインキュベートすること；この表面を、ＣＥＡに結合する第１のレポーター分子と接触させること；この表面を、ＣＡ１２５に結合する第２のレポーター分子と接触させること；この表面を、ＣＹＦＲＡ２１−１に結合する第３のレポーター分子と接触させること；この表面を、プロ−ＳＦＴＰＢに結合する第４のレポーター分子と接触させること；この表面と会合しているこの第１のレポーター分子の量を測定すること；この表面と会合しているこの第２のレポーター分子の量を測定すること；この表面と会合しているこの第３のレポーター分子の量を測定すること；この表面と会合しているこの第４のレポーター分子の量を測定することをさらに含み；この第１のレポーター分子、第２のレポーター分子、第３のレポーター分子、および第４のレポーター分子の量は、対象を、肺癌を有するリスクがあるか、または肺癌を有するリスクがないと分類する。
【００６８】
別の態様では、本発明は、対象からのサンプル中の肺癌の指標の存在を決定するためのキットであって、（ａ）ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択されるタンパク質バイオマーカーのそれぞれに結合する抗原結合試薬、または前記抗原結合試薬を含むアレイ；および（ｂ）個体における肺癌の存在を決定するための方法を実施するための説明書を含むキットを提供する。一実施形態では、そのようなキットは、ＣＥＡ抗原の検出のための第１の溶質；ＣＡ１２５抗原の検出のための第２の溶質；ＣＹＦＲＡ２１−１抗原の検出のための第３の溶質；プロ−ＳＦＴＰＢ抗原の検出のための第４の溶質；およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）の検出のための第５の溶質を含む試薬溶液をさらに含む。別の実施形態では、そのようなキットは、この試薬溶液を生体サンプルと接触させるためのデバイスを含む。別の実施形態では、そのようなキットは、少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原に結合するための手段を有する少なくとも１つの表面を含む。別の実施形態では、この少なくとも１つのバイオマーカーまたは抗原は、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢからなる群から選択される。別の実施形態では、少なくとも１つの表面は、ｃｔＤＮＡに結合するための手段を含む。別の実施形態では、そのようなキットは、この代謝産物バイオマーカージアセチルスペルミン（ＤＡＳ）に結合する抗体またはその抗原結合断片をさらに含む。別の実施形態では、この抗原結合試薬は、抗体またはその抗原結合断片、ＲＮＡ、ＤＮＡ、またはＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドを含む。
【００６９】
別の態様では、本発明は、ａ）肺癌の症状のない対象からサンプルを得ること；ｂ）このサンプル中のマーカーのパネルを測定することであって、このマーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、Ｃｙｆｒａ  ２１−１、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）を含む、測定すること；ｃ）各マーカーについてのバイオマーカースコアを決定すること；ｄ）各マーカーについてのこのバイオマーカースコアを合計して、各対象についての集成スコアを得て、リスクスコアとしてこの対象の肺癌の存在についての増加したリスクを定量することであって、この集成スコアは、層別対象集団の分類のリスクカテゴリーに適合され、各リスクカテゴリーは、単一の閾値の使用と比較して、集成スコアの範囲に相関する、肺癌を有する増加した可能性を示す乗数を含み、この乗数は、後ろ向きサンプルの正の予測スコアから決定される、定量すること；および、ｅ）肺癌の存在について定量された増加したリスクを有するこの対象に、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）スキャンまたは他のイメージングモダリティ（ｉｍａｇｉｎｅ  ｍｏｄａｌｉｔｙ）を施すことを含む方法を提供する。別の実施形態では、このマーカーは、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびジアセチルスペルミン（ＤＡＳ）からなる。別の実施形態では、このサンプルは、血液、血清、血漿、またはその一部である。別の実施形態では、層別対象集団の分類、前記癌を有する増加した可能性を示す乗数および集成スコアの範囲は、集団の後ろ向き臨床サンプルから決定される。別の実施形態では、このリスクカテゴリーは、リスク識別子をさらに含む。別の実施形態では、このリスク識別子は、低リスク、中−低リスク、中リスク、中−高リスクおよび最も高いリスクから選択される。別の実施形態では、各リスクカテゴリーについてこの癌を有する増加した可能性を示すこの乗数を算出することは、後ろ向きバイオマーカースコアに基づいてこの対象コホートを層別し、各層別集団について正の予測スコアによってこのコホート中のこの癌の既知の有病率を重み付けすることを含む。別の実施形態では、層別対象集団のこの分類は、少なくとも３つのリスクカテゴリーを含み、癌を有する増加した可能性を示す乗数は、約２以上である。別の実施形態では、層別対象集団のこの分類は、少なくとも２つのリスクカテゴリーを含み、癌を有する増加した可能性を示すこの乗数は、約５以上である。別の実施形態では、この対象は、５０歳以上であり、喫煙歴を有する。別の実施形態では、そのような方法は、リスク分類表を作成することであって、マーカーのパネルが測定され、各マーカーについてのバイオマーカースコアが決定され、このバイオマーカースコアを合計することによって、集成スコアが得られる、作成すること；この集成スコアをリスク群に分けるのに使用される閾値を決定し、癌の存在について定量された増加したリスクを有する無症状の対象の可能性を示す乗数を各群に割り当てることをさらに含む。別の実施形態では、この群は、電子表形態、ソフトウェアアプリケーション、コンピュータプログラム、およびエクセルのスプレッドシートから選択される形態である。別の実施形態では、マーカーのこのパネルは、結合アッ��イで測定されるタンパク質、ポリペプチド、または代謝産物を含む。別の実施形態では、マーカーのこのパネルは、フローサイトメーターを用いて測定されるタンパク質またはポリペプチドを含む。
【００７０】
提供されるのは、対象において肺癌を同定するための方法であって、（ａ）この対象から得られた血液サンプルを、４種のバイオマーカー：ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの分析に適用すること；（ｂ）この血液サンプル中に存在する４種のバイオマーカーの量を定量すること；および（ｃ）存在するバイオマーカーの量に基づく統計分析を適用して、対応する肺癌に関するバイオマーカースコアを決定し、それによって、対象を、肺癌に関して陽性または癌に関して陰性のいずれかに分類することを概して含む方法である。
【００７１】
本明細書で示される方法は、高リスク対象のスクリーニングを可能にし、肺癌の家族歴を有するもの、または他の危険因子（例えば、肥満、重度の喫煙、および場合により糖尿病）を有する対象のスクリーニングを可能にする。本明細書で開示されたロジスティック回帰モデルは、これらの因子をその分類方法に組み込み得る。
【００７２】
本明細書で使用される場合、「肺癌状態」は、肺癌を有するか、または肺癌を有しないかの、個体、対象、または患者の分類を指す。いくつかの実施形態では、肺癌を有する個体は、「肺癌陽性」と呼ばれる。他の実施形態では、肺癌を有しない個体は、「肺癌陰性」と呼ばれる。肺癌陽性と分類される対象については、肺癌状態を明らかにするためのさらなる方法が提供され得る。肺癌陽性との分離後、コンピュータ断層撮影法（ＣＴ）が挙げられるが、これらに限定されない方法が続き得る。
【００７３】
ＣＥＡの検出を、配列番号１に記載される配列を有する生体分子との接触により達成し得る。
【００７４】
ＣＡ１２５の検出を、配列番号２に記載される配列を有する生体分子との接触により達成し得る。
【００７５】
ＣＹＦＲＡ２１−１の検出を、配列番号３に記載される配列を有する生体分子との接触により達成し得る。
【００７６】
プロ−ＳＦＴＰＢの検出を、配列番号４に記載される配列を有する生体分子との接触により達成し得る。
【００７７】
少なくとも４種のバイオマーカーＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの組合せにより、これまでにない信頼性の高い肺癌予測力を得ることができる。統合リスク予測モデルは、喫煙情報のみを含むモデルの０．７２のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．６５〜０．７９）と比較して、０．８３のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．７７〜０．８９）をもたらした（ＡＵＣの差についてのｐ値：０．００１）。０．７８（９５％ＣＩ：０．６４〜０．８７）のＵＳＰＳＴＦ特異度で、統合リスク予測モデルについての感度は、喫煙モデルについての０．４１（９５％ＣＩ：０．２８〜０．６６）と比較して、０．７６（９５％ＣＩ：０．５７〜０．８６）であった。逆に、０．４２（９５％ＣＩ：０．２６〜０．５４）のＵＳＰＳＴＦ感度で、統合リスク予測モデルの特異度は、喫煙モデルの０．７８（９５％ＣＩ：０．７０〜０．９０）と比較して、０．９４（９５％ＣＩ：０．８８〜０．９８）であった。ＡＵＣ、感度および特異度推定値のこれらの改善は、性別および喫煙状態によって定義される関連する層にわたって一貫して観察された。
【００７８】
バイオマーカーの検出に関して、本開示は、本明細書で報告された特定の生体分子に限定されない。他の実施形態では、使用のために他の分子が選択され得、この分子として、タンパク質、抗体、核酸、アプタマー、および合成有機化合物に基づく生体分子が挙げられるが、これに限定されない。他の分子は、感度、効率、アッセイ速度、費用、安全性、または製造もしくは貯蔵の容易さの観点で利点を示し得る。
【００７９】
いくつかの実施形態では、生体サンプル中のＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを測定する。いくつかの実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢをレポーター分子と接触させ、それぞれのレポーター分子のレベルを測定する。いくつかの実施形態では、それぞれＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢに特異的に結合する４種のレポーター分子が提供される。レポーター分子の使用により、アッセイの利便性および感度が増大し得る。
【００８０】
いくつかの実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢは、キットに備えられた表面上に吸着される。いくつかの実施形態では、レポーター分子は、表面に吸着されたＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢに結合する。バイオマーカーの吸着は、非選択的または選択的であり得る。いくつかの実施形態では、この表面は、１つまたは複数のバイオマーカーの吸着に対する選択性を増加させるためのレセプター官能基を含む。
【００８１】
いくつかの実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢは、これらのバイオマーカーの１つまたは複数に対して選択的な４種の表面上に吸着される。次いで、あるレポーター分子または複数のレポーター分子が、表面に吸着されたバイオマーカーに結合し得、特定の表面と会合しているレポーター分子のレベルは、この表面上に存在する特定のバイオマーカーの容易な定量を可能にし得る。
【００８２】
いくつかの実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢは、キットに備えられた表面上に吸着され、これらのバイオマーカーの１つまたは複数に対して特異的なリレー分子が、表面に吸着されたバイオマーカーに結合し、１つまたは複数のリレー分子に特異的なレセプター分子がリレー分子に結合する。リレー分子は、特定のバイオマーカーに対する特異性を付与し得、レセプター分子は、検出を可能にし得る。
【００８３】
いくつかの実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢに特異的に結合する４種のリレー分子が用意される。これらのリレー分子は、バイオマーカーに対して意図的に特異的に設計され得るか、またはこれらの結合特性に起因して候補のプールから選択され得る。
【００８４】
いくつかの実施形態では、ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１およびプロ−ＳＦＴＰＢは、キットに備えられた４種の別々の表面上に吸着され、これらのバイオマーカーの１つまたは複数に特異的なリレー分子が、表面に吸着されたバイオマーカーに結合し、レセプター分子がリレー分子に結合する。これらの表面の分析を段階的にまたは同時に達成し得る。
【００８５】
いくつかの実施形態では、本レポーター分子は、酵素に連結されており、このレポーター分子の定量は、容易である。いくつかの実施形態では、定量は、望ましい分光特性を有する物質の触媒産生により達成され得る。
【００８６】
いくつかの実施形態では、バイオマーカーの量を、分光法を使用して決定する。いくつかの実施形態では、用いられる分光法は、ＵＶ−可視分光法である。いくつかの実施形態では、用いられる分光法は、質量分析法である。他の実施形態では、用いられる分光法は、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分光法であり、例えば、プロトンＮＭＲ分光法、核磁気共鳴（ＮＭＲ）分析法、ガスクロマトグラフィー−質量分析法（ＧＣ−ＭＳ）、液体クロマトグラフィー−質量分析法（ＬＣ−ＭＳ）、相関分光法（ＣＯＳｙ）、核オーバーハウザー効果分光法（ＮＯＥＳＹ）、回転フレーム核オーバーハウザー効果分光法（ＲＯＥＳＹ）、ＬＣ−ＴＯＦ−ＭＳ、ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、およびキャピラリー電気泳動−質量分析法が挙げられるが、これに限定されない。
【００８７】
特定のアッセイで見出されたバイオマーカー（単数または複数）の量は、オペレータに直接報告され得るか、あるいはデジタル的に保存されて数学的処理に容易に利用され得る。数学的分析を実施するためにシステムが設けられ得、肺癌陽性または肺癌陰性としての分類がオペレータにさらに報告され得る。
【００８８】
いくつかの実施形態では、当業者に既知のさらなるアッセイが本発明の開示とともに機能し得る。他のアッセイの例として、下記を利用するアッセイが挙げられるが、これらに限定されない：質量分析法、免疫親和性ＬＣ−ＭＳ／ＭＳ、表面プラズモン共鳴、クロマトグラフィー、電気化学、音波、免疫組織化学およびアレイ技術。
【００８９】
特定の実施形態では、肺癌は、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である。
【００９０】
本明細書で説明される様々なシステム構成要素は、以下の１つまたは複数を含み得る：デジタルデータを処理するための１つまたは複数のプロセッサを含むコンピュータ；短期もしくは長期デジタル記憶装置；デジタル化データを提供するための入力アナログ−デジタル変換回路；プロセッサによるデジタルデータの処理を指令するためにプロセッサが利用可能なアプリケーションプログラム；対象もしくはオペレータからの情報を収集するための入力デバイス、および対象もしくはオペレータに情報を表示するための出力デバイス。
【００９１】
同様に本明細書で提供されるのは、肺癌陽性と分類された対象の処置方法である。肺癌陽性患者の処置として、外科手術、化学療法、放射線療法、標的療法またはこれらの組合せを挙げ得るがこれらに限定されない。
【００９２】
本明細書で詳述されたバイオマーカーの検出に関して、本開示は、本明細書で報告された特定の生体分子に限定されない。いくつかの実施形態では、本開示のバイオマーカーの検出および分析のために他の生体分子が選択され得、この生体分子として、タンパク質、抗体、核酸、アプタマー、および合成有機化合物に基づく生体分子が挙げられるが、これに限定されない。他の分子は、感度、効率、アッセイ速度、費用、安全性、または製造もしくは貯蔵の容易さの観点で利点を示し得る。これに関して、本明細書で開示されたバイオマーカーの予測力および診断力は、これらのバイオマーカーのタンパク質形態のみならず、さらにはこのバイオマーカーの他の表現（例えば、核酸）の分析まで及び得ることを当業者は認識するであろう。さらに、本明細書で開示されたバイオマーカーの予測力および診断力はまた、肺癌と関連する他のバイオマーカーの分析と組み合わせて使用され得ることを当業者は認識するであろう。いくつかの実施形態では、肺癌と関連する他のバイオマーカーは、タンパク質ベースのバイオマーカーであり得る。いくつかの実施形態では、肺癌と関連する他のバイオマーカーは、非タンパク質ベースのバイオマーカー（例えば、ｃｔＤＮＡ）であり得る。
【００９３】
上記は、詳細な説明がよりよく理解され得るように本開示の特徴および技術的利益をやや広く概説している。開示された具体的な実施形態は、本開示の同一の目的を実行するための他の構造またはプロセスの改変または設計の基礎として容易に利用され得ることを当業者は認識すべきである。本開示は、説明される特定の実施形態に限定されないことを理解すべきであり、なぜなら、この特定の実施形態の変更形態がなされ得、かつ添付された特許請求の範囲内に依然として含まれるからである。
【００９４】
定義
本明細書で使用される場合、用語「肺癌」は、細胞の異常な増殖を特徴とする肺の悪性新生物を意味し、この細胞の増殖は、この細胞の周囲の正常な組織の増殖を上回りかつこの正常な細胞の増殖と調和していない。
【００９５】
本明細書で使用される場合、用語「肺癌陽性」は、肺癌を有するとの対象の分類を指す。
【００９６】
本明細書で使用される場合、用語「肺癌陰性」は、肺癌を有しないとの対象の分類を指す。
【００９７】
本明細書で使用される場合、用語「対象」または「患者」は、肺癌陽性または肺癌陰性としての分類が望まれており、かつさらなる処置が施され得る哺乳動物（好ましくはヒト）を指す。
【００９８】
本明細書で使用される場合、「参照患者」、「参照対象」、または「参照群」は、肺癌を有する疑いがあるか、または肺癌を有するリスクがある患者または対象からの試験サンプルが比較され得る患者または対象の群を指す。いくつかの実施形態では、そのような比較は、試験対象が肺癌を有するかどうかを決定するために使用され得る。参照患者または参照群は、試験または診断の目的のためのコントロールとして役立ち得る。本明細書で説明される場合、参照患者または参照群は、単一の患者から得られたサンプルであり得、またはサンプル群（例えば、プールされたサンプル群）を表し得る。
【００９９】
本明細書で使用される場合、「健康な」は、肺癌のエビデンスが見られない個体を指し、即ち、この個体は、肺癌を有しない。そのような個体は、「肺癌陰性」または健康な肺、もしくは正常な、障害のない肺機能を有すると分類され得る。健康な患者または対象は、肺癌または他の肺疾患の症状を有しない。いくつかの実施形態では、健康な患者または対象は、ある患者または患者の群での肺癌の決定のための罹患サンプルまたは罹患が疑われるサンプルとの比較のための参照患者として使用され得る。
【０１００】
本明細書で使用される場合、用語「処置」または「処置すること」は、対象または患者が患っている場合の虚弱、または病気、または状態、または事象の発症または再発の予防（ｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）（予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ））、あるいはこの発症または再発の程度または可能性の治癒または低減のための、この対象に関する医薬の投与または医療処置の実施を指す。本開示に関連して、この用語は、薬理学的物質もしくは製剤の投与または非薬理学的方法（例えば、限定されないが、放射線療法および外科手術）の実施も意味し得る。本明細書で使用される薬理学的物質として、下記が挙げられ得るが、これらに限定されない：当技術分野で確立されている化学療法剤、例えばエルロチニブ（ＴＡＲＣＥＶＡなど）、アファチニブ（ＧＩＬＯＴＲＩＦ）、ゲフィチニブ（ＩＲＥＳＳＡ）、ベバシズマブ（ＡＶＡＳＴＩＮ）、クリゾチニブ（ＸＡＬＫＯＲＩ）、セリチニブ（ＺＹＫＡＤＩＡ）、シスプラチン（ＰＬＡＴＩＮＯＬ）、カルボプラチン（ＰＡＲＡＰＬＡＴＩＮ）、ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ）、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ）、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬなど）、ビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥなど）、またはペメトレキセド（ＡＬＩＭＴＡ）。薬理学的物質は、免疫療法で使用される物質（例えば、チェックポイント阻害剤）を含み得る。処置は、多様な薬理学的物質または多様な処置方法（例えば、限定されないが、外科手術および化学療法）を含み得る。
【０１０１】
本明細書で使用される場合、用語「ＣＡＲＥＴ」は、β−カロテンおよびレチノール有効性試験を指す。
【０１０２】
本明細書で使用される場合、用語「ＮＬＳＴ」は、全米肺スクリーニング試験（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｌｕｎｇ  Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ  Ｔｒｉａｌ）を指す。
【０１０３】
本明細書で使用される場合、用語「ＵＳＰＳＴＦ」は、米国予防医学専門委員会（ＵＳ  Ｐｒｅｖｅｎｔｉｖｅ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ  Ｔａｓｋ  Ｆｏｒｃｅ）を指す。
【０１０４】
本明細書で使用される場合、用語「ＥＰＩＣ」は、欧州の癌と栄養に関する前向き研究（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  ｉｎｔｏ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）を指す。
【０１０５】
本明細書で使用される場合、用語「ＮＳＨＤＳ」は、北スウェーデンの健康と病気に関する研究（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｓｗｅｄｅｎ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｓｔｕｄｙ）を指す。
【０１０６】
本明細書で使用される場合、用語「ＩＣＤ−Ｏ−２」は、国際疾病分類腫瘍学第２版（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ｆｏｒ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）を指す。
【０１０７】
本明細書で使用される場合、用語「ＥＬＩＳＡ」は、酵素結合免疫吸着アッセイを指す。このアッセイは、概して、タンパク質の蛍光タグ付きサンプルを、そのタンパク質に対して特異的親和性を有する抗体と接触させることを含む。このタンパク質の検出は、レーザー蛍光定量法が挙げられるが、これに限定されない様々な手段により達成され得る。
【０１０８】
本明細書で使用される場合、用語「回帰」は、サンプルの観察可能な形質（または観察可能な形質のセット）に基づいて、前記サンプルの基本的な特性についての予測値を割り当て得る統計的方法を指す。いくつかの実施形態では、この特性は、直接観察可能ではない。例えば、本明細書で使用される回帰方法は、特定の対象に関する特定のバイオマーカー試験またはバイオマーカー試験のセットの定性的または定量的な結果を、前記対象が肺癌陽性であるという可能性に関連付け得る。
【０１０９】
本明細書で使用される場合、用語「ロジスティック回帰」は、モデルからの予測の割り当てがいくつかの許容離散値の１つを有し得る回帰方法を指す。例えば、本明細書で使用されるロジスティック回帰モデルは、特定の対象に関して肺癌陽性または肺癌陰性のいずれかの予測を割り当て得る。
【０１１０】
本明細書で使用される場合、用語「バイオマーカースコア」は、特定の対象に関する特定のバイオマーカーレベルを統計的方法に入力することにより算出される、前記対象に関する数値スコアを指す。
【０１１１】
本明細書で使用される場合、用語「集成スコア」は、対象からのサンプルにおいて測定される所定のマーカーについての正規化値の和を指す。一実施形態では、正規化値が、バイオマーカースコアとして報告され、次に、それらのバイオマーカースコア値が、合計されて、試験される各対象についての集成スコアが得られる。リスク分類表の文脈において使用され、およびリスク分類表中の集成スコアの範囲に基づく層別分類に相関される場合、「集成スコア」は、試験される各対象についての「リスクスコア」を決定するのに使用され、層別分類について癌を有する増加した可能性を示す乗数は、「リスクスコア」になる。
【０１１２】
本明細書で使用される場合、用語「リスクスコア」は、疾患コホートにおける癌の既知の有病率と比較した、癌を有することに対する無症状のヒト対象の増加したリスクを示す単一の数値を指す。特定の実施形態では、集成スコアは、ヒト対象について算出され、癌を有する増加したリスクを示す乗数に相関され、集成スコアは、リスク分類表中の各層別分類についての集成スコアの範囲に基づいて相関される。このように、集成スコアは、集成スコアについて最良の適合である分類について、癌を有する増加した可能性を示す乗数に基づいてリスクスコアに変換される。
【０１１３】
本明細書で使用される場合、用語「カットオフ」または「カットオフポイント」は、対象のバイオマーカースコアに基づいて前記対象に肺癌陽性または肺癌陰性の分類を割り当てるために使用され得る具体的な統計的方法と関連する数学的値を指す。
【０１１４】
本明細書で使用される場合、カットオフ値超またはカットオフ値未満の数値が「肺癌の特徴である」場合、そのサンプルの分析により値を生じる対象が、肺癌を有するか、または肺癌を有するリスクがあるかのいずれかを意味する。
【０１１５】
本明細書で使用される場合、「肺癌を有するリスク」がある対象は、肺癌の明らかな症状のエビデンスはまだ示さないが、対象が肺癌を有するか、または近い将来肺癌を発症し得ることを示すバイオマーカーのレベルを生じている対象である。肺癌を有するか、または肺癌を有する疑いがある対象は、癌または疑われる癌のために処置され得る。
【０１１６】
本明細書で使用される場合、用語「分類」は、対象に関して得られたバイオマーカースコアの結果に基づく、肺癌陽性または肺癌陰性のいずれかとしての前記対象の割り当てを指す。
【０１１７】
本明細書で使用される場合、用語「肺癌陽性」は、本開示の方法の転帰の結果に基づいて対象が肺癌を有するリスクがあると予測される指標を指す。
【０１１８】
本明細書で使用される場合、用語「肺癌陰性」は、本開示の方法の転帰の結果に基づいて対象が肺癌を有するリスクがないと予測される指標を指す。
【０１１９】
本明細書で使用される場合、用語「Ｗｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定」（Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ  Ｕ検定、Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ−Ｗｉｌｃｏｘｏｎ検定またはＷｉｌｃｏｘｏｎ−Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ検定としても既知である）は、２つの集団の比較に使用される特定の統計的方法を指す。例えば、本明細書では、この検定を使用して、観察可能な形質（特にバイオマーカーレベル）を特定の集団の対象での肺癌の有無に関連付け得る。
【０１２０】
本明細書で使用される場合、用語「真陽性率」は、特定の方法により陽性と分類された所与の対象が真に陽性である確率を指す。
【０１２１】
本明細書で使用される場合、用語「偽陽性率」は、特定の方法により陽性と分類された所与の対象が真には陰性である確率を指す。
【０１２２】
本明細書で使用される場合、用語「感度」は、様々な生化学アッセイとの関連で、疾患を有するものを正確に同定するアッセイの能力（即ち真陽性率）を指す。比較すると、本明細書で使用される場合、用語「特異度」は、様々な生化学アッセイとの関連で、疾患を有しないものを正確に同定するアッセイの能力（即ち真陰性率）を指す。感度および特異度は、二値分類検定の能力（即ち分類関数）の統計的尺度である。感度は、偽陰性の回避を定量化し、特異度は、偽陽性に監視で同じことをする。
【０１２３】
本明細書で使用される場合、「サンプル」は、本明細書で説明されるバイオマーカーの存在、およびそのレベルまたは濃度について試験される被検物質を指す。サンプルは、本開示にしたがって適切な任意の物質であり得、この物質として、血液、血清、血漿、またはその任意の部分が挙げられるがこれらに限定されない。
【０１２４】
本明細書で使用される場合、「抗原」は、抗体または抗原結合試薬または断片が、本明細書で説明されるバイオマーカーの検出のために結合し得る、タンパク質、代謝産物、または他の分子を指す。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、抗原として役立ち得る。他の実施形態では、バイオマーカーの一部が、抗原として役立ち得る。いくつかの実施形態では、抗体は、本明細書で説明される抗原の検出のために使用され得る。他の実施形態では、抗原に結合することが可能な、核酸、例えばＤＮＡ、ＲＮＡ、ＤＮＲ／ＲＮＡハイブリッド、抗体、抗体断片、または任意の他の化合物または分子が、本明細書で説明されるバイオマーカーなどの抗原を検出するのに使用され得る。本明細書で説明される抗原は、本明細書で説明される方法と共に使用するためのタンパク質または代謝産物マーカーのレベル、濃度、または量の検出のための根拠として役立ち得る。
【０１２５】
本明細書で使用される場合、用語「ＣＥＡ」は、癌胎児性抗原を指す。
【０１２６】
本明細書で使用される場合、用語「ＣＡ１２５」は、癌抗原１２５を指す。
【０１２７】
本明細書で使用される場合、Ｃｙｆｒａ  ２１−１としても既知である用語「ＣＹＦＲＡ２１−１」は、サイトケラチン−１９断片としても既知であるサイトケラチン断片１９を指す。
【０１２８】
本明細書で使用される場合、用語「ＳＦＴＰＢ」は、界面活性剤タンパク質Ｂを指す。
【０１２９】
本明細書で使用される場合、用語「プロ−ＳＦＴＰＢ」は、ＳＦＴＰＢの前駆体形態である、プロ−界面活性剤タンパク質Ｂを指す。
【０１３０】
本明細書で使用される場合、ＷＦＤＣ２としても既知である用語「ＨＥ４」は、ヒト精巣上体タンパク質４を指す。
【０１３１】
本明細書で使用される場合、用語「ｃｔＤＮＡ」は、無細胞ＤＮＡまたは血中循環腫瘍ＤＮＡを指す。ｃｔＤＮＡは、癌患者の血液中を自由に循環していることが分かっている腫瘍ＤＮＡである。理論に制限されることなく、ｃｔＤＮＡは、死滅しかけている腫瘍細胞から生じると考えられ、様々なレベルおよび変異対立遺伝子画分ではあるが、広範囲の癌で存在し得る。一般に、ｃｔＤＮＡは、元々の腫瘍細胞中で形成され、かつ宿主の健康な細胞中で見出されない特有の体細胞変異を持つ。従って、このｃｔＤＮＡ体細胞変異は、癌に特異的なバイオマーカーとして作用し得る。
【０１３２】
本明細書で使用される場合、「代謝産物」は、細胞代謝の中間体および／または産物である小分子を指す。代謝産物は、細胞中で様々な機能を発揮し得、例えば酵素に対する構造的な、シグナル伝達の、刺激性のおよび／または阻害性の効果を発揮し得る。いくつかの実施形態では、代謝産物は、非タンパク質の血漿由来代謝産物マーカーであり得、このマーカーとして、例えばアセチルスペルミジン、ジアセチルスペルミン、リゾホスファチジルコリン（１８：０）、リゾホスファチジルコリン（２０：３）およびインドール誘導体が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１３３】
本明細書で使用される場合、用語「ＲＯＣ」は、様々なカットオフポイントでの特定の診断方法の性能を評価するために本明細書で使用されるグラフィカルプロットである受信者動作特性を指す。ＲＯＣプロットを様々なカットオフポイントでの真陽性および偽陽性の割合から構築し得る。
【０１３４】
本明細書で使用される場合、用語「ＡＵＣ」は、ＲＯＣプロットの曲線下面積を指す。ＡＵＣを使用して特定の診断試験の予測力を推定し得る。一般に、より大きいＡＵＣは、予測誤差の頻度の減少と共に予測力の増加に対応する。ＡＵＣの可能な値は、０．５〜１．０の範囲であり、後者の値は、誤差のない予測方法の特性である。
【０１３５】
本明細書で使用される場合、用語「ｐ値」または「ｐ」は、肺癌陽性および肺癌陰性の対象に関するバイオマーカースコアの分布がＷｉｌｃｏｘｏｎ順位和検定との関連で同一である確率を指す。一般に、ゼロに近いｐ値は、特定の統計的方法が対象の分類で高い予測力を有するであろうことを示す。
【０１３６】
本明細書で使用される場合、用語「ＣＩ」は、信頼区間（即ち特定の値が特定の信頼レベルにあると予測され得る区間）を指す。本明細書で使用される場合、用語「９５％ＣＩ」は、特定の値が９５％の信頼レベルにあると予測され得る区間を指す。
【０１３７】
用語「ＡＩＣ」は、データセットについての様々な回帰モデルの優劣を評価するのに使用され得る情報理論に基づく方法である、赤池情報量規準（Ａｋａｉｋｅ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ）を指す。
【実施例】
【０１３８】
下記の実施例は、本開示の実施形態を実証するために含まれる。下記の実施例は、例証としてのみかつ本開示を使用する当業者を補助するために示される。実施例は、本開示の範囲を別途限定することを決して意図しない。当業者は、本開示に照らして、開示された具体的な実施形態に対する多くの変更形態がなされ得、本開示の趣旨および範囲から逸脱することなく同様のまたは類似の結果が依然として得られることを認識すべきである。
【０１３９】
実施例１：血液サンプルセット。
全ての試験参加者からの血漿サンプルを、ドライアイス上でＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ（ＴＸ，ＵＳ）の実験室に搬送し、そこで、それらを分析まで−８０℃未満に保持した。
【０１４０】
訓練コホート：β−カロテンおよびレチノール有効性試験（ＣＡＲＥＴ）研究。
ＣＡＲＥＴ参加者（現在または過去の重度喫煙者）からの診断前血清サンプルを用いて、潜在的なタンパク質ベースのリスク予測マーカーのバイオマーカースコアを訓練した。ＣＡＲＥＴは、肺癌の高リスクを有する１８，３１４人における３０ｍｇのβ−カロテンおよび２５，０００ＩＵのパルミチン酸レチノールの毎日の補給の癌予防有効性および安全性を評価する、無作為化した二重盲検プラセボ対照試験であった。適格な参加者は、２つの高リスク集団：少なくとも２０パックイヤーの喫煙に曝された現在の喫煙者または過去の喫煙者（過去６年以内に禁煙）である５０〜６９歳の１４，２５４人の男性および女性、ならびに現在の喫煙者または過去の喫煙者（試験の開始前１５年以内に禁煙）であり、かなりの職業的アスベスト曝露歴を有する４５〜６９歳の４，０６０人の男性を含んでいた。参加者は、１９８５〜１９９４年に６つの米国のセンターに登録され、２００５年まで癌および死亡率結果について追跡調査された。全体で、血液サンプルを提供後１２ヶ月以内に非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を後に発症した１０８人の対象、ならびにベースライン時の年齢（５年群）、性別、ベースライン喫煙状態（現在の喫煙者対過去の喫煙者）、および試験登録期間に基づいて各事例に適合された２１６人のコントロールからのサンプルをアッセイした。
【０１４１】
非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を後に発症した１０８人の対象および２１６人の適合コントロールからなるＣＡＲＥＴ参加者（現在または過去の重度喫煙者）からの診断前血清サンプルを用いて、プロ−ＳＦＴＰＢを含む潜在的なタンパク質ベースのリスク予測マーカーのセットを試験した。これらのサンプルのいずれも、試験される候補マーカーの過去のアッセイの一部ではなく、したがって、１０８人のＮＳＣＬＣおよび２１６人の適合コントロールからなるマーカーアッセイのための独立したセットであった。症例サンプルは、ＮＳＣＬＣの診断の１年前までに収集した。
【０１４２】
検証コホート：ＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ試験。
この試験に使用される検証コホートは、２つの欧州の前向き研究：欧州の癌と栄養に関する前向き研究（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  ｉｎｔｏ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）（ＥＰＩＣ）試験および北スウェーデンの健康と病気に関する研究（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｓｗｅｄｅｎ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｓｔｕｄｙ）（ＮＳＨＤＳ）から得られた。
【０１４３】
欧州の癌と栄養に関する前向き研究（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ  Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎ  ｉｎｔｏ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ）
ＥＰＩＣ試験は、欧州１０か国にわたる２３の施設から１９９２〜１９９８年の間に５２１，３３０人の参加者を集めた進行中の多施設前向きコホートである。現在のバイオマーカー試験は、試験参加募集時に血液サンプルを提供した７か国（ギリシャ、オランダ、イギリス、フランス、ドイツ、スペイン、およびイタリア）からのＥＰＩＣ参加者を含んでおり、これらの血液サンプルは、リヨン（Ｌｙｏｎ）の国際癌研究機関（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ａｇｅｎｃｙ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ）（ＩＡＲＣ）において液体窒素中で維持されたバイオレポジトリーの一部であった。
【０１４４】
北スウェーデンの健康と病気に関する研究（Ｎｏｒｔｈｅｒｎ  Ｓｗｅｄｅｎ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｓｔｕｄｙ）
ＮＳＨＤＳは、北スウェーデンのヴェステルボッテン県（Ｖａｅｓｔｅｒｂｏｔｔｅｎ  Ｃｏｕｎｔｙ）の一般集団の進行中の前向きコホートである。１９８５年の試験開始後、全ての県居住者は、４０、５０、および６０歳で健康診断を受けることによって参加するよう勧められた。２０１４年現在、コホートは、将来の研究のために血液サンプルを提供した９９，４０４人の試験参加者を集めた。ＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ試験参加募集手順、アンケートおよび身体計測データの収集、ならびに血液サンプル採取および貯蔵についての詳細は、他の箇所に詳細に記載されている。ＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ検証コホートについての特性が、表１において以下に示される。
【０１４５】
ＣＡＲＥＴ訓練試験ならびにＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ検証試験における症例およびコントロールのベースライン特性が、表１に示される。喫煙モデルを訓練するのに使用されるＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ試験サンプルの特性が、表２に示される。
【０１４６】
【表１】
2020510816.tif 000003
【０１４７】
【表２】
2020510816.tif 000004
【０１４８】
【表３】
2020510816.tif 000005
【０１４９】
新規診断癌症例についてのフォローアップを、地域または全国癌登録との記録連動、ならびに健康保険記録、癌および病理学登録、ならびに試験対象およびその近親者にわたる積極的なフォローアップを含む方法の組合せを用いて実施した。肺癌症例は、国際疾病分類腫瘍学第２版（Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ｆｏｒ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ）（ＩＣＤ−Ｏ−２）に基づいて定義され、Ｃ３４として符号化された全ての浸潤癌を含んでいた。別の癌（非黒色腫皮膚癌を除く）の病歴を有する症例および血液サンプルまたは喫煙情報がない症例を除外した後、ＥＰＩＣにおいて採血の１年以内に診断された４８例の新規診断症例、およびＮＳＨＤＳにおいて採血の２年以内に診断された３５例の新規診断症例が、今回の試験に利用可能であった。イタリア、オランダ、スペイン、スウェーデン、およびイギリスにおいて、新規診断癌症例を、地域または全国癌登録との記録連動によって同定した。フランス、ドイツ、およびギリシャにおいて、フォローアップは、健康保険記録、癌および病理学登録、ならびに試験対象およびその近親者にわたる積極的なフォローアップを含む方法の組合せに基づいていた。
【０１５０】
各初発症例について、初発症例の診断時に癌（非黒色腫皮膚癌を除く）に罹患していない生存する全てのコホートメンバーからなるリスクセットから、２人のコントロールを無作為に選択した。適合基準は、研究センター、性別、血液採取日（±１ヶ月、利用可能なコントロールを含まないセットについては±１２ヶ月まで緩和される）、血液採取の時間（±１時間、±１２時間まで緩和される）、および血液採取時の年齢（±３ヶ月、±５年まで緩和される）であった。喫煙層別分析における統計的検出力（ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｐｏｗｅｒ）を改善するために、コントロールの各自が、５つのカテゴリー；喫煙未経験者、過去の喫煙者の中の短期および長期禁煙者（禁煙から１０年未満、１０年以上）、ならびに現在の喫煙者の中の軽度および重度喫煙者（１５年未満、１日当たり１５以上の喫煙本数）からの初発症例の喫煙状態に基づいてさらに適合された。
【０１５１】
ＥＰＩＣ（採血の１年以内に診断された症例）およびＮＳＨＤＳ（採血の２年以内に診断された症例）からの最終的な組合せ検証試験は、８３例の新規診断肺癌症例および１５８例の適合コントロールを含んでいた。全ての試験参加者から、試験に参加するための書面によるインフォームドコンセントが得られ、調査は、参加国における地方倫理委員会、ならびにＩＡＲＣおよびＭＤ  Ａｎｄｅｒｓｏｎ倫理審査委員会によって承認された。
【０１５２】
各ＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ初発症例について、初発症例の診断時に癌（非黒色腫皮膚癌を除く）に罹患していない生存する全てのコホートメンバーからなるリスクセットから、２人のコントロールを無作為に選択した。各症例について、初発症例の診断時に癌（非黒色腫皮膚癌を除く）に罹患していない生存する全てのコホートメンバーからなるリスクセットから、１人のコントロールを無作為に選択した。適合基準は、研究センター、性別、血液採取日（±１ヶ月、利用可能なコントロールを含まないセットについては±３ヶ月まで緩和される）、および生年月日（±１年、±３年まで緩和される）であった。喫煙層別分析における統計的検出力を改善するために、コントロールの１人が、５つのカテゴリー；喫煙未経験者、過去の喫煙者の中の短期および長期禁煙者（禁煙から１０年未満、１０年以上）、ならびに現在の喫煙者の中の軽度および重度喫煙者（１５年未満、１日当たり１５本以上の喫煙本数）からの初発症例の喫煙状態についてさらに適合された。
【０１５３】
ＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳからの総合的な組合せ検証コホートは、喫煙未経験者症例およびコントロールを除外した後、７４例の新規診断肺癌症例および１０９例の適合コントロールを含んでいた。全ての参加者から、試験に参加するための書面によるインフォームドコンセントが得られ、調査は、参加国における地方倫理委員会およびＩＡＲＣ治験審査委員会によって承認された。
【０１５４】
実施例２：バイオマーカーパネル候補の選択。
バイオマーカーの最初のスクリーニングを、一連の５種の候補：ＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ  ２１−１、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびＨＥ４について実施した。ＣＥＡおよびＣＡ１２５は、周知の腫瘍バイオマーカーであり、それぞれ、大腸癌および卵巣癌の予測および診断マーカーとして慣例的に使用される。ＣＹＦＲＡ  ２１−１は、９０年代以来、非小細胞肺癌のマーカーとして関与している。ＳＦＴＰＢおよびＨＥ４は、適合コントロールと比較して、肺癌のマウスモデルおよび臨床診断の１年前までに採取された血液サンプルの両方において肺癌に有意に関連している（Ｂａｃｈ  ｅｔ  ａｌ．，Ｊ  Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ  ９５：４７０−８，２００３）。ＳＦＴＰＢの前駆体形態（プロ−ＳＦＴＰＢ）は、汎カナダ肺癌早期検出試験（Ｐａｎ−Ｃａｎａｄｉａｎ  Ｅａｒｌｙ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｌｕｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔｕｄｙ）、医師健康試験（Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｔｕｄｙ）、およびＣＡＲＥＴ試験を包含する前向きコホート試験において肺癌リスクを予測した（Ｃａｓｓｉｄｙ  ｅｔ  ａｌ．，Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ９８：２７０−６，２００８；Ｈｏｇｇａｒｔ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｐｒｅｖ  Ｒｅｓ（Ｐｈｉｌａ）５：８３４−４６，２０１２；Ｓｐｉｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ  Ｐｒｅｖ  Ｒｅｓ（Ｐｈｉｌａ）１：２５０−４，２００８）。プロ−ＳＦＴＰＢは、肺癌を有するマウスの血漿中で上昇することが元々分かっている。
【０１５５】
このセットから、４種のバイオマーカーを、訓練コホートにおけるそれらの性能に基づいて、パネルのために選択した：ＣＡ−１２５、ＣＹＦＲＡ  ２１−１、ＣＥＡ、およびプロ−ＳＦＴＰＢ。
【０１５６】
コントロール集団についてバイオマーカーの観察されるレベルが、表３に記載される。健康対象におけるこれらの値の典型的な範囲も示される。
【０１５７】
【表４】
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【０１５８】
癌集団についてのバイオマーカーの観察されるレベルが、表４に記載される。癌に罹患した対象におけるこれらの値の典型的な範囲も示される。
【０１５９】
【表５】
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【０１６０】
実施例３：サンプルの分析。
５種の候補マーカーを、訓練コホートからの血清サンプルを用いて、イムノアッセイによって分析した。ＣＡ１２５、ＣＥＡ、プロ−ＳＦＴＰＢ、ＣＹＦＲＡ  ２１−１およびＨＥ４の濃度を、ＭＡＧＰＩＸ（Ｒ）機器（Ｌｕｍｉｎｅｘ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ａｕｓｔｉｎ  ＴＸ）においてビーズベースのイムノアッセイを用いて決定した。サンプルを、３６例のサンプルのバッチにおいて二重に分析し、品質コントロール手順は、各バッチ中に、７つの校正サンプル、２つの品質コントロールサンプル、および１つのブランクサンプルを含んでいた。バッチ内およびバッチ間の変動係数（ＣＶ）はそれぞれ、ＣＡ１２５について６．８６％および１５．５４％、ＣＥＡについて１．４５％および９．３２％、プロ−ＳＦＴＰＢについて６．５５％および１７．２６％、ならびにＣＹＦＲＡ  ２１−１について５．５６％および２８．７１％であった。全ての肺癌症例およびそれらの個々に適合されたコントロールを、無作為な順序で同じバッチ内で一緒に分析した。実験室の職員は、血液サンプルの症例−コントロール状態を知らされていなかった。
【０１６１】
実施例４：回帰モデル。
各評価されるバイオマーカーを、最初に対数変換し、各試験サンプル内で別々に標準化した。バイオマーカーＣＡ１２５、ＣＥＡ、プロ−ＳＦＴＰＢ、およびＣＹＦＲＡを、ロジスティック回帰モデルをフィットさせることによって、バイオマーカーベースのリスクスコア（バイオマーカースコア）へと組み合わせた。ＣＡＲＥＴ２中のＣＹＦＲＡは、４７．５３％のサンプルについてのデータが欠落していた。モデル構築のためにできるだけ多くの観察を使用するために、２段階方法を用いた：第１の段階において、最適なバイオマーカーパネルを、ロジスティック回帰を用いてＣＹＦＲＡ以外の全てのバイオマーカーを用いることによって、赤池情報量規準（Ａｋａｉｋｅ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ）に基づいて選択し；第２の段階において、第１の段階からの集成スコアを固定し、ＣＹＦＲＡと組み合わせて、最終的なモデルを得た。そのような２段階方法は、観察がモデル訓練にも寄与することを可能にする。全ての推定は、健康および罹患について別々の置き換えを有する１０００例のサンプルを用いるブートストラップに基づいている。
【０１６２】
バイオマーカースコアが喫煙曝露歴に基づいてリスク予測モデルについて改善し得る程度を評価するために、本発明者らは、検証試験（１，００８例の症例および１，８７３例のコントロール）と同じ適合基準で個別に適合されたコントロールによる試験参加の２〜１０年後に診断された症例によって定義される、検証試験に使用されなかったＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳからのデータを用いて喫煙モデルをフィットさせた。条件付きロジスティック回帰および個々の症例セットに対する条件付けの使用を伴い、喫煙モデルは、喫煙状態（過去の喫煙者対喫煙未経験者、現在の喫煙者対喫煙未経験者）、現在の喫煙者についての１日当たりの喫煙本数（連続［過去の喫煙者では入手不可能］）、喫煙期間（過去の喫煙者および現在の喫煙者において連続）、および過去の喫煙者における禁煙からの時間［連続］を含んでいた。
【０１６３】
本発明者らは、条件なしロジスティック回帰を用いて、喫煙変数を含むモデル（喫煙モデル）をまずフィットさせることによって、組み合わされたＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳサンプルを用いて、喫煙変数単独に基づくリスク予測モデルを改善するその可能性についてバイオマーカースコアを評価した。このモデルは、年齢（連続）、性別（二分法）、コホート（二分法）、喫煙状態（過去の喫煙者／現在の喫煙者）、現在の喫煙者における１日当たりの喫煙本数（連続［過去の喫煙者では入手不可能］）、喫煙期間（連続）、および過去の喫煙者における禁煙からの時間［連続］を含んでいた。喫煙モデルについてのパラメータ推定値が、表５に示される。
【０１６４】
その後、それぞれのモデルを、検証試験における各参加者（採血の０〜２年後に診断された症例）に割り当てることによって、バイオマーカースコアおよび喫煙モデルが新規診断肺癌症例とコントロールとを区別し得る程度を、外部的におよび非パラメータ的に評価した。さらに、バイオマーカースコアを喫煙モデルと組み合わせる可能性を評価するために、統合リスク予測モデルを、検証試験における２つの別個の共変量として喫煙モデルベースのリスクスコアおよびバイオマーカースコアを用いて条件付きロジスティック回帰モデルをフィットさせることによって開発した。
【０１６５】
【表６】
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【０１６６】
バイオマーカー濃度の対数の係数は、以下の通りであった：ＣＡ−１２５、０．４７３０；ＣＹＦＲＡ  ２１−１、０．２６１２；ＣＥＡ、０．６５３１；およびプロ−ＳＦＴＰＢ、０．９２３８；定数、−８．４９２７。
ｌｏｇｉｔ（ｐ）＝−８．４９２７＋０．４７３０×ｌｏｇＣＡ１２５＋０．２６１２×ｌｏｇＣＹＦＲＡ２１１＋０．６５３１×ｌｏｇＣＥＡ＋０．９２３８×ｌｏｇＰｒｏＳＦＴＰＢ
【０１６７】
実施例５：回帰モデルの性能。
各候補バイオマーカーは、ＣＡＲＥＴ訓練試験（ｐ値＜０．０５）において症例とコントロールとを区別し、ＡＵＣ推定値は、０．６０（９５％ＣＩ：０．５３〜０．６７、ＣＡ１２５）〜０．７０（９５％ＣＩ：０．６４〜０．７６、プロ−ＳＦＴＰＢ）の範囲であった（表６）。ＡＩＣに基づいて、ＨＥ４は、モデルから除外され、最終的なバイオマーカースコアは、ＣＡ１２５、ＣＥＡ、プロ−ＳＦＴＢＰおよびＣＹＦＲＡ  ２１−１によって定義され、訓練サンプルにおいて０．８０（９５％ＣＩ  ０．７２〜０．８７）の全ＡＵＣが得られた（図１）。
【０１６８】
【表７】
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【０１６９】
バイオマーカースコアは、訓練試験において肺癌の２つの最も一般的な組織型について同様に区別し、ＡＵＣは、肺腺癌について０．７９（９５％ＣＩ：０．６７〜０．９２）および肺扁平上皮癌について０．７９（９５％ＣＩ：０．６２〜０．９６）であった（表７）。ＡＵＣは、採血の６ヶ月〜１２ヶ月後に診断された症例（ＡＵＣ：０．７７、９５％ＣＩ：０．６６〜０．８８）と比較して、採血の６ヶ月以内に診断された肺癌症例についてより高かった（ＡＵＣ：０．８６、９５％ＣＩ：０．７６〜０．９６）（表７）。
【０１７０】
【表８】
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【０１７１】
検証試験におけるバイオマーカースコアの識別性能（ｄｉｓｃｒｉｍｉｎａｔｉｖｅ  ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ）は、０．８９のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．８４〜０．９３）をもたらした。２つの推定値間の差についてのＰ値０．００２を有する、０．７９のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．７３〜０．８５）における喫煙モデル（図１、表６）。バイオマーカースコアについてのＡＵＣは、関連する層にわたって喫煙モデルについてのものより一貫してより高く、過去の喫煙者についての０．８３と、軽度喫煙者についての０．９３（３０パックイヤー未満の喫煙歴を有する対象、表８）の間で変動していた。統合リスク予測モデルにおいてバイオマーカースコアを喫煙モデルと組み合わせることは、バイオマーカースコア単独と比較して、ＡＵＣを著しく改善しなかった（統合リスク予測モデルについてのＡＵＣ：０．９０、９５％ＣＩ：０．８６〜０．９４、図１）。
【０１７２】
喫煙モデル、バイオマーカースコア、および統合リスク予測モデルの識別性能を、検証試験においてＲＯＣ分析を用いて評価した。様々なモデルを用いて同定されたであろう将来の肺癌症例の割合を推定するために、本発明者らは、検証試験においてＵＳＰＳＴＦスクリーニング適格性基準を各対象に適用することによって提供されるものに対応する特異度レベルで各モデルの感度を推定した。逆に、本発明者らはまた、肺癌を発症しない予定の対象についてスクリーニングが回避され得る程度を推定するために、ＵＳＰＳＴＦ基準を用いて得られる感度のレベルでモデル特異度を評価した。
【０１７３】
検証試験への二分法によるＵＳＰＳＴＦスクリーニング基準の適用は、０．３７（９５％ＣＩ：０．２３〜０．４８）の感度および０．８５（９５％ＣＩ：０．７２〜０．９１）の特異度をもたらした（表８）。０．８５のＵＳＰＳＴＦスクリーニング基準の特異度でのバイオマーカースコアは、０．７８（９５％ＣＩ：０．６５〜０．８７）の感度をもたらした一方、喫煙モデルは、０．５８（９５％ＣＩ：０．３１〜０．７１）の感度をもたらした。バイオマーカースコアの感度は、層にわたって０．６５〜０．８５で変動していた（表８）。比較すると、同じ特異度での喫煙モデルの感度は、層にわたって０．１２〜０．７３で変動していた。本発明者らはまた、肺癌を発症する可能性が低い対象のスクリーニングを回避するために、ＵＳＰＴＳＦ基準と比較して特異度を改善する可能性を評価した。ＵＳＰＳＴＦ基準に基づく０．３７の全体感度で、バイオマーカースコアを用いた検証試験における対応する特異度は、喫煙モデルについての０．９０（９５％ＣＩ：０．８４〜０．９４）と比較して、０．９８（９５％ＣＩ：０．９６〜１．００）であった。バイオマーカースコアの特異度は、層にわたって０．９６〜１．００で変動し、現在の喫煙者の喫煙モデルのものより一貫して著しく高かった（表３および９）。
【０１７４】
【表９】
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【０１７５】
【表１０】
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【０１７６】
【表１１】
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【０１７７】
【表１２】
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【０１７８】
９５％の特異度でのパネルの感度は、採血の６ヶ月以内に肺癌と診断された対象について３８％であり（図２）、採血後６ヶ月超かつ１２ヶ月以下で肺癌と診断された対象について２１％であった（図３）（それぞれ、ＡＵＣ＝０．８５８、９５％ＣＩ：０．７６〜０．９６；ＡＵＣ＝０．７７０、９５％ＣＩ：０．６６〜０．８８）。パネルは、肺癌の２つの最も一般的な組織型についての同等の分類を与えた：肺腺癌について０．７９４のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．６７〜０．９２；ＳＮ＝２１％、ＳＰ＝９５％）、肺扁平上皮癌において０．７９０のＡＵＣ（９５％ＣＩ：０．６２〜０．９６；ＳＮ＝１５％、ＳＰ＝９５％）。ＮＳＣＬＣの残りは、３３％（ＳＰ＝９５％）の感度で０．８０４（９５％ＣＩ：０．６８〜０．９３）のＡＵＣで分類された。女性のパネル性能は、（ＡＵＣ＝０．８２９；９５％ＣＩ：０．７０〜０．９６）であり、男性は（ＡＵＣ＝０．７８３；９５％ＣＩ：０．６９〜０．８８）であった。
【０１７９】
ＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳサンプルを組み合わせて、各参加者にバイオマーカースコアを割り当て、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線分析を用いて性能を評価することによって、バイオマーカースコアが新規診断肺癌症例とコントロールとを区別し得る程度を、外部的におよび非パラメータ的に評価した。
【０１８０】
条件なしロジスティック回帰を用いて喫煙変数を含むモデル（喫煙モデル）をまずフィットさせることによって、組み合わされたＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳサンプルを用いて、喫煙変数単独に基づくリスク予測モデルを改善するその可能性についてバイオマーカースコアを評価した。このモデルは、年齢（連続）、性別（二分法）、コホート（二分法）、喫煙状態（過去の喫煙者／現在の喫煙者）、現在の喫煙者における１日当たりの喫煙本数（連続［過去の喫煙者では入手不可能］）、喫煙期間（連続）、および過去の喫煙者における禁煙からの時間（連続）を含んでいた。その後、統合リスク予測モデルを、喫煙モデルと共にバイオマーカースコアも含む新たなモデルをフィットさせることによって決定した。喫煙モデルと比較した統合リスク予測モデルの識別性能を、主に、組み合わされたＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳサンプルを分析することによって評価した。
【０１８１】
様々なモデルを用いて同定された将来の肺癌症例の割合を推定するために、ＵＳＰＳＴＦスクリーニング適格性基準を適用することによって提供されるものに対応する特異度での各モデルの感度を設定した。逆に、肺癌を発症しないであろう対象においてスクリーニングが回避され得る程度を推定するために、モデル特異度も、ＵＳＰＳＴＦ感度で調べた。
【０１８２】
ＲＯＣ分析において、組み合わされたＥＰＩＣおよびＮＳＨＤＳ検証サンプルにおいて症例とコントロールとを区別する喫煙モデル（人口統計およびアンケートベースの喫煙変数のみ）の全体的性能を、０．７２のＡＵＣで推定した（９５％ＣＩ：０．６５〜０．７９、図１）。バイオマーカースコア単独の対応する識別性能を、０．８０のＡＵＣで推定した（９５％ＣＩ：０．７４〜０．８７、ＡＵＣを喫煙モデルと比較するｐ値：０．０７）。統合リスク予測モデルにおいてバイオマーカースコアを喫煙モデルと組み合わせることは、０．８３のＡＵＣをもたらした（９５％ＣＩ：０．７７〜０．８９、ＡＵＣを喫煙モデルと比較するｐ値：０．００１）。
【０１８３】
統合リスク予測モデルによって与えられるＡＵＣ推定値は、性別および喫煙状態（範囲：０．７９〜０．８４）によって層別する場合と同様であったが、３０パックイヤー超を喫煙する試験参加者（ＡＵＣ：０．６７、９５％ＣＩ：０．５３〜０．８１、ｐ値：０．００５３）と比較して、喫煙本数が３０パックイヤー未満の試験参加者においてより高かった（ＡＵＣ：０．９０、９５％ＣＩ：０．８３〜０．９６）。
【０１８４】
検証サンプルに対する二分法によるＵＳＰＳＴＦスクリーニング基準を適用することは、０．４２（９５％ＣＩ：０．２６〜０．５４）の全体感度および０．７８（９５％ＣＩ：０．６４〜０．８７）の特異度をもたらした。限定使用されているＵＳＰＳＴＦ基準を適用するのと対照的に、スクリーニングされる将来の肺癌症例に言及するときの感度を改善する可能性を評価するために、ＵＳＰＳＴＦ基準の特異度での統合リスク予測モデルの感度を評価した。したがって、０．７８の特異度で、統合リスク予測モデルについての感度は、０．７６（９５％ＣＩ：０．５７〜０．８６）であり、層にわたって０．６１〜０．８３で変動したが、ＵＳＰＳＴＦ基準のものより一貫して高かった（表９）。比較すると、同じ特異度での喫煙モデルの全体感度は、０．４１（９５％ＣＩ：０．２８〜０．６６）であり、層にわたって０．２１および０．５７で変動していた。逆に、肺癌を発症しない参照対象のスクリーニングを回避するために、ＵＳＰＴＳＦ基準の特異度を改善するための試験を行った。ここで、０．４２の全体感度（ＵＳＰＳＴＦ基準のもの）で、統合リスク予測モデルを用いた対応する特異度は、喫煙モデルの０．７８（９５％ＣＩ：０．７０〜０．９０）と対照的に、０．９４（９５％ＣＩ：０．８８〜０．９８）であった。同様に、統合リスク予測モデルの特異度は、喫煙モデルのものより一貫して著しく高く、層にわたって０．８８〜１．００で変動していた。
【０１８５】
実施例６：さらなるバイオマーカーによるパネルの拡張。
予備解析において、１６種のさらなる有望なバイオマーカーも、リスク予測においてそれらの可能性を評価するために検証コホートに対して分析した。これらの１６種のバイオマーカーについてのデータに基づいて、ＣＡＲＥＴにおいて開発されたバイオマーカースコアの識別性能に対するさらなる改善を追求した。ペナルティ付きロジスティック回帰（ｌａｓｓｏ）に基づいて、２種のさらなるバイオマーカーを、バイオマーカースコアに加えて１６種のアッセイされるバイオマーカーから選択し、バイオマーカースコア単独の０．８０（９５％ＣＩ：０．７４〜０．８７）と比較して、全体的に０．８３（９５％ＣＩ：０．７７〜０．９０）の名目上より高いＡＵＣをもたらした（ｐ値：０．１１）。ブートストラップ−楽観（ｂｏｏｔｓｔｒａｐ−ｏｐｔｉｍｉｓｍ）補正されたＡＵＣ推定値は、０．８０であり、これは、さらなる１６種のバイオマーカーが肺癌リスク予測をさらに改善する可能性が限られることを示す。
【０１８６】
実施例７：回帰モデルの診断スコアの範囲における特異度および感度。
様々な試薬を使用することを含み得る、バイオマーカーの検出、定量および分析の様々な方法またはアッセイは、この回帰モデルの改変を必要とする場合がある様々な結果を生じることを当業者は認識するであろう。具体的には、様々なアッセイは、例えば、様々な単位で表される結果を生じ得る。さらに、同一サンプルの二重アッセイにおける二重反応も異なる生結果を生じ得る。しかしながら、少なくとも４種のバイオマーカーＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの組み合わされた検出、定量および分析は、本明細書で開示された回帰モデルに組み込まれた場合に肺癌の決定的な診断をもたらす。
【０１８７】
４種のバイオマーカーの検出、定量および分析に使用される特定の各アッセイに関して報告される結果の範囲は、感度または特異度の程度に部分的に依存する、得られた肺癌予測スコアの範囲を有する（表１０；Ｙｏｕｄｅｎ  Ｉｎｄｅｘに基づく好ましいカットオフは、特異度が０．７１４であり、感度が０．８２２である−１．０７３である）。肺癌予測スコアを生成するために使用される回帰モデルは、マーカーを試験するために利用される特定のアッセイに依存する可能性がある。当業者に理解されるように、様々なアッセイは、４種のバイオマーカーの異なるエピトープを標的とし得るか、または異なる親和性および感度を有し得る。従って、肺癌予測スコアを生成するために使用される回帰モデルアルゴリズムは、これらのアッセイ変動を考慮するために改変され得る。
【０１８８】
実施例８：サンプルのアッセイおよび肺癌患者の診断。
一例では、本明細書で開示された４種のバイオマーカーパネルに基づいて肺癌に関してスクリーニングされた患者から血液サンプル（または他の流体生検もしくは組織生検）を採取し、ＥＬＩＳＡ（または他のアッセイ）で評価して、この患者中でのＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢのレベルを定量した。使用される特定のアッセイを考慮する少なくともこれらのバイオマーカーの正規化値は、例えば、ＣＥＡ＝３．２ｎｇ／ｍＬ；ＣＡ１２５＝３．５Ｕ／ｍＬ；ＣＹＦＲＡ２１−１＝２．１ｎｇ／ｍＬ；およびプロ−ＳＦＴＰＢ＝６ｎｇ／ｍＬであり得た。次いで、生アッセイデータをｌｏｇ２変換し、各コホートにおける健康サンプルに関する平均および標準偏差を算出する。次いで、健康サンプルが０の平均および１の標準偏差を有するようにデータを標準化し（Ｒｅａｄｊ−ｍｅａｎｈｅａｌｔｈｙ）／（ｓｔｄｈｅａｌｔｈｙ）、ここで、ｊは、ｊ番目のサンプルである。
【０１８９】
下記の回帰モデル：
ｌｏｇｉｔ（ｐ）＝−８．４９２７＋０．４７３０×ｌｏｇＣＡ１２５＋０．２６１２×ｌｏｇＣＹＦＲＡ２１１＋０．６５３１×ｌｏｇＣＥＡ
を使用して分析された場合、上記の患者は、１．３４４の組み合わされたスコアを有することになる。特異度および感度の両方の考慮のための好ましいカットオフを考慮すると（表１０）、そのような組み合わされたスコアを有する患者は、ほぼ確実に肺癌を有するはずであり、その結果として、本明細書で論じたおよび当業者に既知の他のモダリティを使用する肺癌の追跡試験および処置に向けられる。本明細書で説明される回帰モデルを使用すると、組み合わされた肺癌予測スコアがプラスであるほど、患者は、より確実に肺癌を有する。逆に、組み合わされた肺癌予測スコアがマイナスであるほど、患者は、より確実に肺癌を有しない。
【０１９０】
対照的に、別の例では、使用される特定のアッセイを考慮するバイオマーカーＣＥＡ、ＣＡ１２５、ＣＹＦＲＡ２１−１、およびプロ−ＳＦＴＰＢの正規化値は、例えば、ＣＥＡ＝０．１ｎｇ／ｍＬ；ＣＡ１２５＝２．０Ｕ／ｍＬ；ＣＹＦＲＡ２１−１＝−１．２ｎｇ／ｍＬ；およびプロ−ＳＦＴＰＢ＝４．０ｎｇ／ｍＬであり得た。上記と同一の回帰モデルを使用して分析した場合、そのような患者は、−４．３３４７の組み合わされたスコアを有することになる。特異度および感度の両方の考慮のための好ましいカットオフを考慮すると（表１０）、そのような組み合わされたスコアを有する患者は、ほぼ確実に肺癌を有しないはずであり、従って、続いて任意の他の臨床条件の強さに基づくさらなる試験を行っても行わなくてもよい。
【０１９１】
【表１３】
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【０１９２】
【表１４】
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【０１９３】
【表１５】
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【０１９４】
実施例９：代謝産物およびタンパク質マーカーの相加効果。
非小細胞肺癌のマーカーとして既に同定されたジ−アセチルスペルミン（ＤＡＳ）などの代謝産物を、４種のマーカー肺癌パネルに加えることの寄与を評価するために、研究を実施した。データは、特に、非腺癌症例において、相加的性能を示した（図４）。
【０１９５】
１００例の肺癌症例の群および２倍多いコントロールからの診断前血液サンプル中の代謝産物およびタンパク質マーカーの組合せは、４種のマーカーパネル単独と比較して改善された性能を示し、扁平上皮肺癌または扁平上皮癌もしくは腺癌以外とその後診断された対象について特に改善された性能を有していた。したがって、タンパク質マーカーのパネルへのＤＡＳなどの代謝産物マーカーの追加は、タンパク質マーカー単独と比較して、肺癌の改善された早期検出を可能にする。
【０１９６】
他の実施形態
上記の詳細な説明は、本開示の実施において当業者を補助するために提供される。しかしながら、本明細書で説明されかつ特許請求された開示は、本明細書で開示された具体的な実施形態により範囲が限定されるべきではなく、なぜなら、この実施形態は、本開示のいくつかの態様の例示として意図されているからである。あらゆる均等な実施形態が本開示の範囲内であることが意図されている。実際には、本開示の様々な改変形態は、本明細書で示されかつ説明されたものに加えて、本発明の発見の趣旨または範囲から逸脱しない上述の説明から当業者に明らかになるであろう。そのような改変形態も添付の特許請求の範囲に含まれることが意図されている。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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