(57)【要約】  ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックを含む併用療法による治療に応答する様々ながんを同定するのに有用なバイオマーカーが提供される。ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片による単剤療法に対して耐性を有するがんを治療する方法が提供される。低いＣＤ８＋密度、低い若しくは陰性のインターフェロンガンマシグネチャー及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態を有する腫瘍を有する対象におけるがんを治療する方法もまた提供される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含む腫瘍を有する対象を選択するステップと、
タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に投与するステップと、
ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップと
を含む、対象における腫瘍を治療する方法。
【請求項２】
腫瘍が、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、シグナル伝達兼転写活性化因子１（ＳＴＡＴ１）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体５型（ＣＣＲ５）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド９（ＣＸＣＬ９）、パーフォリン１（ＰＲＦ１）、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１０（ＣＸＣＬ１０）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１１（ＣＸＣＬ１１）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１（ＩＤＯ１）及びグランザイムＡ（ＧＺＭＡ）からなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値と比較して、投与する前に、より低いレベルの２、３、４又は５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に、腫瘍がＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現しない、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に、腫瘍が約５０％未満のプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）状態を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に、腫瘍が約１％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ペンブロリズマブ又はこの抗原結合断片の投与前に、タリモジーン・ラハーパレプベックが対象に投与される、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
対象が、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
黒色腫が、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、
乳がんが、ＨＥＲ２＋乳がん、ＨＥＲ２−ＨＲ＋乳がん若しくはトリプルネガティブ乳がんであり、
前立腺がんが、去勢抵抗性前立腺がんであり、
膀胱がんが、移行上皮がん若しくは尿路上皮がんであり、
頭頸部がんが、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌であり、及び／又は
肉腫が、軟組織肉腫若しくは骨肉腫である、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
腫瘍が、約１０００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１０】
ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片による単剤療法に対して不十分に応答する又は応答しない対象における腫瘍を治療する方法であって、
タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に投与するステップと、
ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１１】
腫瘍が、投与する前に、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含み、
投与する前に、腫瘍が、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの２、３、４若しくは５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現し、並びに／又は
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に、腫瘍が約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片による単剤療法の間に進行した対象における腫瘍を治療する方法であって、
タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に投与するステップと、
ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップと
を含む、方法。
【請求項１３】
投与する前に、腫瘍が、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含み、
投与する前に、腫瘍が、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの２、３、４若しくは５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現し、並びに／又は
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に、腫瘍が約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する腫瘍を治療する方法であって、タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片に腫瘍を接触させるステップを含む、方法。
【請求項１５】
腫瘍が、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象に由来する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
黒色腫が、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、及び／又は
頭頸部がんが、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌である、
請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
接触させる前に、腫瘍が、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの２、３、４又は５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させる前に、腫瘍が約５０％未満のＰＤ−Ｌ１を有する、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
治療前に、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの２、３、４若しくは５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する腫瘍を治療する方法であって、腫瘍を、タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させるステップを含む、方法。
【請求項２０】
腫瘍が、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象に由来する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
黒色腫が、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、及び／又は
頭頸部がんが、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌である、
請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
接触させる前に、腫瘍が、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２３】
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させる前に、腫瘍が約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する、請求項１９に記載の方法。
【請求項２４】
治療前に約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する腫瘍を治療する方法であって、腫瘍を、タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させるステップを含む、方法。
【請求項２５】
腫瘍が、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象に由来する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
黒色腫が、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、及び／又は
頭頸部がんが、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌である、
請求項２５に記載の方法。
【請求項２７】
接触させる前に、腫瘍が、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２８】
接触させる前に、腫瘍が、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの２、３、４又は５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する、請求項２４に記載の方法。
【請求項２９】
約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有し、治療前に、インターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの５種以下のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する腫瘍を治療する方法であって、腫瘍を、タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させるステップを含む、方法。
【請求項３０】
腫瘍が、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象由来である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
黒色腫が、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、及び／又は
頭頸部がんが、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌である、
請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
タリモジーン・ラハーパレプベック、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させる前に、腫瘍が約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する、請求項２９に記載の方法。
【請求項３３】
後にタリモジーン・ラハーパレプベックに曝露される対象における、すでにペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片に対する耐性を有する腫瘍を治療する方法であって、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップを含む、方法。
【請求項３４】
対象が、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
黒色腫が、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、及び／又は
頭頸部がんが、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌である、
請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
対象におけるペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片による単剤療法に対して耐性を有する腫瘍を、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片に対して感受性にする方法であって、腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させるステップを含む、方法。
【請求項３７】
腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させた後に対象から採取した腫瘍の試料が、腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させる前に採取した腫瘍の試料に対して、増加したレベルのＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＩＦＮγ、ＣＤ２０＋Ｂ細胞、記憶Ｔ細胞、制御性Ｔ細胞及びＣＤ５６＋細胞のうちの１つ又はいずれかの組合せを有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
腫瘍が、タリモジーン・ラハーパレプベックと接触させた後、１０００細胞／ｍｍ２より多いＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する、請求項３６に記載の方法。
【請求項３９】
約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含む腫瘍を有する対象を選択するステップ、
初回用量、続いて１回以上の二次用量としてタリモジーン・ラハーパレプベックを対象に腫瘍内で投与するステップ、及び
初回用量、続いて１回以上の二次用量としてペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に全身的に投与するステップ
を含む、対象における腫瘍を治療する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願
本出願は、２０１７年４月２８日に出願された米国仮出願第６２／４９１，７４６号の優先権の利益を主張する。前述の出願の内容は、全ての目的のためにその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
発明の分野
本発明は、がん療法の分野に関する。特に、本発明は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片並びにタリモジーン・ラハーパレプベックを含む併用療法により治療され得る様々ながんを同定するのに有用なバイオマーカーに関する。
【背景技術】
【０００３】
抗ＰＤ−１又は抗ＰＤ−Ｌ１抗体による治療は、様々ながんを有する患者において長期にわたる抗腫瘍応答をもたらし、転移性黒色腫、頭頸部癌、肺癌、腎癌及び膀胱癌並びにメルケル細胞癌及びホジキン病を有する患者にとっての標準的な治療方法となってきている（Ｓｈａｒｍａ，Ｐ．及びＡｌｌｉｓｏｎ，Ｊ．Ｐ．（２０１５年）、Ｔｈｅ  ｆｕｔｕｒｅ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｔｈｅｒａｐｙ、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４８、５６〜６１頁）。しかしながら、これらの適応症の全てにおいて、患者の一部のみが療法に対して応答し、患者の大部分は主にＰＤ−１遮断に対して耐性を有する。したがって、ＰＤ−１遮断耐性がんを標的とする新たながん治療が必要とされている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００４】
【非特許文献１】Ｓｈａｒｍａ，Ｐ．及びＡｌｌｉｓｏｎ，Ｊ．Ｐ．（２０１５年）、Ｔｈｅ  ｆｕｔｕｒｅ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｔｈｅｒａｐｙ、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３４８、５６〜６１頁
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
（発明の要旨）
本開示は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックによる併用療法に応答する腫瘍を同定するために使用され得るバイオマーカー（例えば、腫瘍内バイオマーカー）の発見に基づく。本発明は、単剤療法により（すなわち、チェックポイント阻害剤により（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）により））以前に治療不可能であったか又は十分に治療できなかった対象における腫瘍を治療するのに、特に有用である。腫瘍溶解性ウイルスであるタリモジーン・ラハーパレプベック（腫瘍内で優先的に複製し、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）を産生するように設計された単純ヘルペスウイルス１型）の腫瘍内投与は、ヒト患者において細胞傷害性Ｔ細胞によって腫瘍内浸潤を増加させ、これによって、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度、低い若しくは陰性のインターフェロンガンマシグネチャー及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態を示す腫瘍を有する対象において、並びに／又は以前のチェックポイント阻害剤療法（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法若しくは抗ＰＤ−１療法（例えばペンブロリズマブ）による）に対して応答しなかったか若しくはほとんど応答しなかった対象において、又は例えば低いＰＤ−Ｌ１状態に起因してチェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に対して応答する可能性が低い対象において、併用療法として使用した場合、抗ＰＤ−１抗体ペンブロリズマブの抗腫瘍活性を改善することが決定された。
【０００６】
一態様では、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含む腫瘍を有する対象を選択するステップ、タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に投与するステップ、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップを含む、対象における腫瘍を治療する方法が提供される。
【０００７】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、ＩＦＮγ、シグナル伝達兼転写活性化因子１（ＳＴＡＴ１）、Ｃ−Ｃケモカイン受容体５型（ＣＣＲ５）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド９（ＣＸＣＬ９）、パーフォリン１（ＰＲＦ１）、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１０（ＣＸＣＬ１０）、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１１（ＣＸＣＬ１１）、インドールアミン２，３−ジオキシゲナーゼ１（ＩＤＯ１）及びグランザイムＡ（ＧＺＭＡ）からなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値と比較して、投与する前に、より低いレベルの２、３、４又は５種のインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）シグネチャー遺伝子を発現する。ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前にＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現しない。
【０００８】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に約５０％未満のプログラム死リガンド１（ＰＤ−Ｌ１）状態を有する。ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に約１％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する。
【０００９】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは対象に腫瘍内で投与される及び／又はペンブロリズマブ若しくはこの抗原結合断片は対象に全身的に投与される。
【００１０】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、ペンブロリズマブ又はこの抗原結合断片の投与前に対象に投与される。
【００１１】
ある特定の実施形態では、注射された腫瘍のサイズの減少及び／又は注射されていない腫瘍のサイズの減少は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与した後に生じる。
【００１２】
ある特定の実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度は、タリモジーン・ラハーパレプベックを投与した後の腫瘍において増加する。ある特定の実施形態では、対象において循環している分裂ＣＤ８＋Ｔ細胞は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与した後に増加する。
【００１３】
ある特定の実施形態では、対象は、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する。ある特定の実施形態では、黒色腫は、皮膚黒色腫、転移性黒色腫若しくはぶどう膜黒色腫であり、乳がんは、ＨＥＲ２＋乳がん、ＨＥＲ２−ＨＲ＋乳がん若しくはトリプルネガティブ乳がんであり、前立腺がんは、去勢抵抗性前立腺がんであり、膀胱がんは、移行上皮がん若しくは尿路上皮がんであり、頭頸部がんは、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌であり、及び／又は肉腫は、軟組織肉腫若しくは骨肉腫である。
【００１４】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、約１０００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含む。
【００１５】
一態様では、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に対してほとんど応答しない又は応答しない対象における腫瘍を治療する方法であって、タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に投与するステップ、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
【００１６】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、投与する前に、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含み、腫瘍は、投与する前に、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの、２、３、４若しくは５種のインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）シグネチャー遺伝子を発現し、並びに／又は腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に、約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する。
【００１７】
一態様では、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法の間に進行した対象における腫瘍を治療する方法であって、タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に投与するステップ、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
【００１８】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、投与する前に、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満若しくは約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含み、腫瘍は、投与する前に、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの、所定の閾値より低いレベルの２、３、４若しくは５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現し、並びに／又は腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を投与する前に約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する。
【００１９】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、初回用量、続いて１回以上の二次用量として連続して投与される。ある特定の実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は、初回用量、続いて１回以上の二次用量として連続して投与される。ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、初回用量、続いて１回以上の二次用量として連続して投与され、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は、タリモジーン・ラハーパレプベックの１回以上の二次用量と連続してかつ同時に投与される。
【００２０】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは腫瘍内で投与され、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は全身的に投与される。ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は腫瘍内で投与される。
【００２１】
一態様では、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する腫瘍を治療する方法であって、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と腫瘍を接触させるステップを含む、方法が提供される。
【００２２】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象由来である。ある特定の実施形態では、がんは皮膚黒色腫である。ある特定の実施形態では、がんは頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌である。
【００２３】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、接触させる前に、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの、所定の閾値より低いレベルの２、３、４若しくは５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する。
【００２４】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させる前に約５０％未満のＰＤ−Ｌ１を有する。
【００２５】
一態様では、治療前に、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの、所定の閾値より低いレベルの２、３、４又は５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する腫瘍を治療する方法であって、腫瘍を、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させるステップを含む、方法が提供される。
【００２６】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象由来である。ある特定の実施形態では、がんは黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）である。ある特定の実施形態では、がんは頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）である。
【００２７】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、接触させる前に、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する。
【００２８】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させる前に約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する。
【００２９】
一態様では、治療前に約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する腫瘍を治療する方法であって、腫瘍を、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させるステップを含む、方法が提供される。
【００３０】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象由来である。ある特定の実施形態では、がんは黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）である。ある特定の実施形態では、がんは頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）である。
【００３１】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、接触させる前に、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する。
【００３２】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、接触させる前に、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの２、３、４若しくは５種のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する。
【００３３】
一態様では、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有し、治療前に、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤＯ１及びＧＺＭＡからなる群から選択されるシグネチャー遺伝子の対照パネルの所定の閾値より低いレベルの５種以下のＩＦＮγシグネチャー遺伝子を発現する腫瘍を治療する方法であって、腫瘍を、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させるステップを含む、方法が提供される。
【００３４】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する対象由来である。ある特定の実施形態では、がんは黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）である。ある特定の実施形態では、がんは頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）である。
【００３５】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と接触させる前に約５０％未満のＰＤ−Ｌ１状態を有する。
【００３６】
一態様では、後でタリモジーン・ラハーパレプベックに曝露される対象における、以前にペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片に耐性を有した腫瘍を治療する方法であって、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を対象に投与するステップを含む、方法が提供される。
【００３７】
ある特定の実施形態では、対象は、黒色腫、非小細胞肺がん、頭頸部がん、大腸がん、乳がん、卵巣がん、膀胱がん、前立腺がん、肉腫、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんからなる群から選択されるがんを有する。ある特定の実施形態では、がんは黒色腫（例えば、皮膚黒色腫）である。ある特定の実施形態では、がんは頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）である。
【００３８】
一態様では、対象におけるチェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に対して耐性を有する腫瘍を、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片に対して感受性にする方法であって、腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させるステップを含む、方法が提供される。
【００３９】
ある特定の実施形態では、腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させた後に対象から採取した腫瘍の試料は、腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させる前に採取した腫瘍の試料に対して増加したレベルのＣＤ８＋Ｔ細胞、ＣＤ４＋Ｔ細胞、ＩＦＮγ、ＣＤ２０＋Ｂ細胞、記憶Ｔ細胞、制御性Ｔ細胞及びＣＤ５６＋細胞のうちの１つ又はいずれかの組合せを有する。
【００４０】
ある特定の実施形態では、腫瘍は、タリモジーン・ラハーパレプベックと接触させた後、１０００細胞／ｍｍ２より多いＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を有する。
【００４１】
ある特定の実施形態では、腫瘍をタリモジーン・ラハーパレプベックと接触させた後に対象から採取した血液試料は、接触させる前に対象から採取した血液試料と比較して増加したレベルのＣＤ８＋Ｔ細胞及び／又はＣＤ４＋Ｔ細胞を有し、任意選択的にＣＤ８＋Ｔ細胞は分裂ＣＤ８＋Ｔ細胞である。
【００４２】
一態様では、対象における腫瘍を治療する方法であって、約１５００細胞／ｍｍ２未満、約１４００細胞／ｍｍ２未満、約１３００細胞／ｍｍ２未満、約１２００細胞／ｍｍ２未満、約１１００細胞／ｍｍ２未満、約１０００細胞／ｍｍ２未満、約９００細胞／ｍｍ２未満、約８００細胞／ｍｍ２未満、約７００細胞／ｍｍ２未満、約６００細胞／ｍｍ２未満又は約５００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度を含む腫瘍を有する対象を選択するステップ、初回用量後、１回以上の二次用量として、タリモジーン・ラハーパレプベックを対象に腫瘍内で投与するステップ、及びペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片を、初回用量後、１回以上の二次用量として対象に全身的に投与するステップを含む、方法が提供される。
【００４３】
ある特定の実施形態では、二次用量は２週間に１回（Ｑ２Ｗ）投与される。ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックの初回用量は１週目の１日目に投与され、タリモジーン・ラハーパレプベックの二次用量は、４週目の１日目、６週目の１日目に投与され、その後Ｑ２Ｗで投与される。ある特定の実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片の初回用量は、６週目の１日目に投与され、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片の二次用量は、８週目の１日目に投与され、その後Ｑ２Ｗで投与される。
【００４４】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックの初回用量は、１０６プラーク形成単位（ｐｆｕ）／ｍＬの用量にて投与され、タリモジーン・ラハーパレプベックの二次用量は、１０８ｐｆｕ／ｍＬの用量にて投与される。
【００４５】
ある特定の実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片の初回用量は２００ｍｇの用量にて投与され、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片の二次用量は２００ｍｇの用量にて投与される。
【００４６】
上記の開示の概要は非限定的であり、開示されたバイオマーカー及び方法の他の特徴及び利点は、以下の図面、本開示の詳細な説明及び特許請求の範囲から明らかになる。
【図面の簡単な説明】
【００４７】
【図１Ａ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに対する黒色腫の研究設計及び臨床応答を示す図である。（Ａ）第１ｂ相研究設計のスキーマを示す。星印は、予定された腫瘍生検の時間を示す。
【図１Ｂ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに対する黒色腫の研究設計及び臨床応答を示す図である。（Ｂ）併用療法に応答した２人の患者のコンピュータ断層撮影スキャンを示す。黒色腫転移はベースラインにおいて青色の矢印でマークされている。
【図１Ｃ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに対する黒色腫の研究設計及び臨床応答を示す図である。（Ｃ）ベースラインからの腫瘍負荷の最適な応答変化のウォーターフォールプロットを示す。患者は、ベースラインを有し、１回以上のベースライン後腫瘍評価を含める必要があった。
【図１Ｄ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに対する黒色腫の研究設計及び臨床応答を示す図である。（Ｄ）経時的な腫瘍負荷の変化を示す。
【図１Ｅ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに対する黒色腫の研究設計及び臨床応答を示す図である。（Ｅ）無増悪生存率のカプランマイヤー分析を示す。
【図１Ｆ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに対する黒色腫の研究設計及び臨床応答を示す図である。（Ｆ）全生存率のカプランマイヤー分析を示す。
【図２Ａ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せが、低い腫瘍ＣＤ８密度を有する患者において有効であったことを示す図である。（Ａ）腫瘍生検におけるベースラインＣＤ８密度を応答率に従って示す。棒の大きさは各患者のベースライン生検におけるベースライン腫瘍ＣＤ８密度を示し、最良な全奏効をｘ軸に棒の色によって示す。赤色：完全奏効（ＣＲ）、ピンク色：部分奏効（ＰＲ）、黒色：進行性疾患（ＰＤ）。
【図２Ｂ】タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せが、低い腫瘍ＣＤ８密度を有する患者において有効であったことを示す図である。（Ｂ）ＩＨＣ状態（１％カットオフ）によるベースラインＰＤ−Ｌ１及びＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ分析によるインターフェロンガンマシグネチャースコアを、各患者のＣＤ８結果に基づいて示す。治験責任医師による最良な全奏効を２０１６年８月のカットオフ日時のものとして示す。ｎ．ａ．＝利用可能な結果なし。
【図３Ａ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに応答する患者において腫瘍ＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。（Ａ）タリモジーン・ラハーパレプベック前（１週）及び後（６週）並びにタリモジーン・ラハーパレプベック＋ペンブロリズマブ（３０週）の腫瘍生検におけるＣＤ８＋Ｔ細胞密度の例を示す。赤色色素原によりＣＤ８抗体を染色した細胞を可視化した。タリモジーン・ラハーパレプベックを注射した腫瘍について示したように、腫瘍内のＣＤ８密度を含む目的の組織領域について染色を定量した。
【図３Ｂ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに応答する患者において腫瘍ＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。（Ｂ）ベースライン及びベースライン後の生検について示されるＣＤ８密度を示す。各パネルの左側は注射された病変からのベースライン後の結果を示し、各パネルの右側は注射されなかった病変からの結果を示す。白丸は、黒色腫細胞が枯渇したが、メラニン沈着物のような黒色腫細胞が以前に浸潤している病理学的特徴を有した腫瘍生検からの結果を示す。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図３Ｃ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに応答する患者において腫瘍ＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。（Ｃ）ベースライン及びベースライン後の生検について示されるグランザイム−Ｂ  Ｈスコアを示す。各パネルの左側は注射された病変からのベースライン後の結果を示し、各パネルの右側は注射されなかった病変からの結果を示す。白丸は、黒色腫細胞が枯渇したが、メラニン沈着物のような黒色腫細胞が以前に浸潤している病理学的特徴を有した腫瘍生検からの結果を示す。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図３Ｄ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに応答する患者において腫瘍ＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。（Ｄ）ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｐａｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  Ｐａｎｅｌにおいて測定したＣＤ８α正規化ｍＲＮＡ転写産物数を示す。
【図３Ｅ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せに応答する患者において腫瘍ＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。（Ｅ）ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｐａｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  Ｐａｎｅｌにおいて測定したインターフェロンガンマ正規化ｍＲＮＡ転写産物数を示す。
【図４Ａ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、腫瘍における腫瘍浸潤リンパ球密度及びＰＤ−Ｌ１発現を増加させることを示す図である。１２色の免疫蛍光染色を、１３人の患者の各々からの対になったタリモジーン・ラハーパレプベック前及び後の腫瘍生検からの単一のスライドにおいて実施した。評価したマーカーには、Ｓ１００（黒色腫セグメンテーションマーカーとして）、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４５ＲＯ、Ｆｏｘｐ３、ＣＤ５６、ＣＤ６８及びＣＤ２０が含まれた。（Ａ）統計的有意性（ＰＤ−Ｌ１、ＰＤ−１、ＣＤ８、ＣＤ４、ＣＤ５６、ＣＤ２０、ＣＤ４５ＲＯ及びＦｏｘｐ３）を有する結果について、マーカー細胞陽性細胞密度のベースラインから６週目の変化のサブセットを、注射されていない試料（左）及び注射された試料（右）についてグラフ化したものを示す。各サブセットについての変化の中央値は水平線により示されている。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図４Ｂ】タリモジーン・ラハーパレプベックが、腫瘍における腫瘍浸潤リンパ球密度及びＰＤ−Ｌ１発現を増加させることを示す図である。１２色の免疫蛍光染色を、１３人の患者の各々からの対になったタリモジーン・ラハーパレプベック前及び後の腫瘍生検からの単一のスライドにおいて実施した。評価したマーカーには、Ｓ１００（黒色腫セグメンテーションマーカーとして）、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４５ＲＯ、Ｆｏｘｐ３、ＣＤ５６、ＣＤ６８及びＣＤ２０が含まれた。（Ｂ）Ｓ１００（青色）、ＣＤ８（緑色）及びＰＤ−Ｌ１（赤色）染色の組合せの例が、部分奏効（１週）、タリモジーン・ラハーパレプベックの注射から６週後並びにタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの組合せによる長期治療から３０週後の患者からのベースライン生検について低倍率（上列）及び高倍率（下列）にて示される。ＮＩ：注射されていない転移の生検；Ｉ：注射された転移の生検。
【図５Ａ】循環Ｔ細胞サブセット及び活性化マーカーの発現を示す図である。ベースライン、１週、６週、８週及び第３０週から得られた末梢血細胞をフローサイトメトリーによって分析した。（Ａ）絶対ＣＤ３＋／ＣＤ８＋細胞の変化倍率。ベースラインとの比較のためのＰ値は、線形混合効果モデリングからの対比に基づいて、ベースライン後の各来院について下のデータに示される。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図５Ｂ】循環Ｔ細胞サブセット及び活性化マーカーの発現を示す図である。ベースライン、１週、６週、８週及び第３０週から得られた末梢血細胞をフローサイトメトリーによって分析した。（Ｂ）絶対ＣＤ３＋／ＣＤ４＋細胞の変化倍率を示す。ベースラインとの比較のためのＰ値は、線形混合効果モデリングからの対比に基づいて、ベースライン後の各来院について下のデータに示される。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図５Ｃ】循環Ｔ細胞サブセット及び活性化マーカーの発現を示す図である。ベースライン、１週、６週、８週及び第３０週から得られた末梢血細胞をフローサイトメトリーによって分析した。（Ｃ）Ｋｉ６７＋（ＣＤ３＋／ＣＤ８＋）細胞における変化率（パーセント）を示す。ベースラインとの比較のためのＰ値は、線形混合効果モデリングからの対比に基づいて、ベースライン後の各来院について下のデータに示される。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図５Ｄ】循環Ｔ細胞サブセット及び活性化マーカーの発現を示す図である。ベースライン、１週、６週、８週及び第３０週から得られた末梢血細胞をフローサイトメトリーによって分析した。（Ｄ）ペンブロリズマブにより開始した後、染色抗体が同じエピトープを競合したため、１週及び６週のみにおけるＰＤ−１＋（ＣＤ３＋／ＣＤ８＋）細胞の変化率（パーセント）を示す。ベースラインとの比較のためのＰ値は、線形混合効果モデリングからの対比に基づいて、ベースライン後の各来院について下のデータに示される。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図５Ｅ】循環Ｔ細胞サブセット及び活性化マーカーの発現を示す図である。ベースライン、１週、６週、８週及び第３０週から得られた末梢血細胞をフローサイトメトリーによって分析した。（Ｅ）ＴＩＭ３＋（ＣＤ３＋／ＣＤ８＋）細胞の変化率（パーセント）を示す。ベースラインとの比較のためのＰ値は、線形混合効果モデリングからの対比に基づいて、ベースライン後の各来院について下のデータに示される。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図５Ｆ】循環Ｔ細胞サブセット及び活性化マーカーの発現を示す図である。ベースライン、１週、６週、８週及び第３０週から得られた末梢血細胞をフローサイトメトリーによって分析した。（Ｆ）ＢＴＬＡ＋（ＣＤ３＋／ＣＤ８＋）細胞における変化率（パーセント）を示す。ベースラインとの比較のためのＰ値は、線形混合効果モデリングからの対比に基づいて、ベースライン後の各来院について下のデータに示される。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図６Ａ】研究に登録された患者の素因及びバイオマーカー試験のための生検の利用可能性を示す図である。
【図６Ｂ】研究に登録された患者の素因及びバイオマーカー試験のための生検の利用可能性を示す図である。
【図７Ａ】病変レベルでの腫瘍負荷の変化を示す図である。（Ａ）注射した病変の応答を示す。
【図７Ｂ】病変レベルでの腫瘍負荷の変化を示す図である。（Ｂ）注射していない、非内臓病変の応答を示す。
【図７Ｃ】病変レベルでの腫瘍負荷の変化を示す図である。（Ｃ）注射していない、内臓病変の応答を示す。
【図８Ａ】応答者が、タリモジーン・ラハーパレプベック投与後、注射した病変においてＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。タリモジーン・ラハーパレプベック治療後であるが、併用療法の開始前（Ｗ６）にＩＨＣによって測定したＣＤ８密度のベースライン（ＢＬ、１週）からの変化を、応答者及び非応答者について別々にプロットしている。左側のパネルは、変化倍率のスケールにおいて注射した病変（ＩｎＪ）の変化を示す。応答は治験責任医師によって最良な全奏効をＣＲ又はＰＲと定義し、無応答をＰＤ又はＳＤと定義した。腫瘍枯渇試料は白丸で示す。変化倍率の中央値は水平線で示す（全ての試料については実線、腫瘍が存在する試料のみについては破線）。
【図８Ｂ】応答者が、タリモジーン・ラハーパレプベック投与後、注射した病変においてＣＤ８密度を増加させたことを示す図である。タリモジーン・ラハーパレプベック治療後であるが、併用療法の開始前（Ｗ６）にＩＨＣによって測定したＣＤ８密度のベースライン（ＢＬ、１週）からの変化を、応答者及び非応答者について別々にプロットしている。右側のパネルは、変化倍率のスケールにおいて注射していない（Ｎｏｔ  Ｉｎｊ）病変の変化を示す。応答は治験責任医師によって最良な全奏効をＣＲ又はＰＲと定義し、非奏効をＰＤ又はＳＤと定義した。腫瘍枯渇試料は白丸で示す。変化倍率の中央値は水平線で示す（全ての試料については実線、腫瘍が存在する試料のみについては破線）。
【図９】タリモジーン・ラハーパレプベックが、腫瘍内のＣＤ４Ｔ細胞のＴｒｅｇ画分を減少させることを示す図である。１２色免疫蛍光染色を、１３人の患者の各々からのタリモジーン・ラハーパレプベック前及び後における対になった腫瘍生検からの単一スライド上で実施した。評価したマーカーには、Ｓ１００（黒色腫セグメンテーションマーカーとして）、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ４５ＲＯ、Ｆｏｘｐ３、ＣＤ５６、ＣＤ６８及びＣＤ２０が含まれた。６週におけるＣＤ４Ｔ細胞のＴｒｅｇ画分のベースラインからの変化を、注射していない試料（左）及び注射した試料（右）についてグラフ化している。各サブセットについての変化の中央値は水平線で示されている。応答は、治験責任医師によって最良な全奏効について色分けされている：完全奏効又は部分奏効は赤色であり、非奏効は青色である。
【図１０Ａ】療法に対する部分奏効を有する患者からのさらなるマルチパラメーターイメージング（ＭｕｌｔｉＯｍｙｘ（商標）プラットフォーム）の例を示す図であり、（Ａ）タリモジーン・ラハーパレプベックの注射後、ベースライン（１週）、６週における、並びにタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの併用による長期治療後３０週におけるＳ１００、ＣＤ８及びＰＤ−Ｌ１の組合せ（０．６ｍｍ２及び０．０４ｍｍ２画像領域）について示す。
【図１０Ｂ】療法に対する部分奏効を有する患者からのさらなるマルチパラメーターイメージング（ＭｕｌｔｉＯｍｙｘ（商標）プラットフォーム）の例を示す図であり、（Ｂ）さらなる患者についてのＳ１００、ＣＤ３、ＣＤ４及びＦｏｘｐ３染色（０．６ｍｍ２及び０．０４ｍｍ２画像領域）を示す。
【図１１−１】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−２】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−３】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−４】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−５】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−６】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−７】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−８】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１１−９】本発明のある特定の実施形態に係るＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーパネルを示す図である。
【図１２】対象が、ペンブロリズマブの最初の用量の日から２４ケ月まで又は注射可能な病変の消失、完全奏効、ｉｒＲＣ−ＲＥＣＩＳＴによる疾患進行若しくは研究治療の不寛容（ＡＥ）に起因する治療の終了までタリモジーン・ラハーパレプベック＋ペンブロリズマブ（群１）又はプラセボ＋ペンブロリズマブ（群２）により治療される、第３相研究設計及び治療スキーマの概略を示す図である。ＡＥ、研究治療の永続的な中止を必要とする有害事象；ＣＲ、完全奏効；ＰＤ、進行性疾患；Ｒｘ、治療；Ｔ−ＶＥＣ、タリモジーン・ラハーパレプベック。ａ対象は、タリモジーン・ラハーパレプベックの最後の用量又はペンブロリズマブの最後の用量のいずれか遅い日から９０（＋７）日後まで重篤な有害事象について追跡される。ｂ長期追跡が、最後の対象が第３相に登録されてから約６０ヶ月後まで１２週（±２８日）ごとに実施される。
【発明を実施するための形態】
【００４８】
腫瘍内の高レベルのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤、高レベルのＰＤ−Ｌ１及び／又は陽性ＩＦＮγ遺伝子シグネチャーが、ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１アンタゴニストを使用した腫瘍の首尾よい治療に必要とされることは確立されている。実際、プログラム死−１（ＰＤ−１）受容体を標的とする現在のがん療法は、治療的ＰＤ−１遮断後の腫瘍退縮を含む、種々のがん型を有する患者において前例のない持続的臨床応答率を示す。このような結果には、高レベルの既存のＣＤ８＋Ｔ細胞が必須である（Ｔｕｍｅｈら、（２０１４年）Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：５６８〜５７１頁）。抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、高レベルのＰＤ−Ｌ１を発現する腫瘍を有する患者における複数のがん型を治療する際に有効であることが決定された（Ｈｅｒｂｓｔら、（２０１４年）Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：５６３〜７頁）。さらに、腫瘍内の高いインターフェロンガンマ（ＩＦＮγ）遺伝子シグネチャーの存在はＰＤ−１アンタゴニストを用いて腫瘍を治療する能力と相関する（ＷＯ２０１５／０９４９９２；出願人、Ｍｅｒｃｋ  Ｓｈａｒｐ  ＆  Ｄｏｈｍｅ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）。
【００４９】
驚くべきことに、そして、ＰＤ−１アンタゴニストを用いて腫瘍を首尾よく治療するために、高レベルのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤、高いＰＤ−Ｌ１レベル及び／又は陽性ＩＦＮγ遺伝子シグネチャーが必要であるという、認められた定説とは相容れないが、低レベルのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は低い若しくは陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャープロファイルを有する腫瘍が、タリモジーン・ラハーパレプベックとの併用療法アプローチを使用して、ＰＤ−１アンタゴニストペンブロリズマブにより、効果的に治療され得ることが発見された。この発見は、タリモジーン・ラハーパレプベックが、ＰＤ−１アンタゴニストペンブロリズマブによる腫瘍の効率的な標的化を可能にするのに十分な、インビボでの腫瘍における免疫応答を誘発し得ることの、最初の臨床的実証を表す。
【００５０】
さらに、タリモジーン・ラハーパレプベックの腫瘍内投与は、例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤を増加させ、ＰＤ−Ｌ１発現を増加させ、及び／又はより陽性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーを産生し、これによって腫瘍細胞を抗ＰＤ−１療法に対してより感受性にすることによって、注射した病変の腫瘍微小環境を好都合に変化させることが発見された。ＰＤ−Ｌ１の発現はタリモジーン・ラハーパレプベックによる治療後に増加したが、その後のペンブロリズマブによるＰＤ−１遮断によって押しとどめられた。タリモジーン・ラハーパレプベックの病変への注射後、腫瘍抗原特異的ＣＤ８＋Ｔ細胞は局所病変及び遠隔転移性病変の両方に輸送され、浸潤した。ペンブロリズマブ及びタリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法を使用すると、抗ＰＤ−１遮断は免疫応答のチェックポイントタンパク質に媒介される阻害に対抗するように作用した。
【００５１】
したがって、腫瘍溶解性ウイルスの投与は、「冷たい（ｃｏｌｄ）」腫瘍（すなわち、低レベルの免疫浸潤を示す腫瘍（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞による）、陰性ＩＦＮγ遺伝子シグネチャー及び／又は低いＰＤ−Ｌ１状態）を、「熱い（ｈｏｔ）」腫瘍（すなわち、高レベルの免疫浸潤を示す腫瘍（例えば、ＣＤ８＋Ｔ細胞による）、陽性ＩＦＮγ遺伝子シグネチャー及び／又は高いＰＤ−Ｌ１状態）に変換することによって、ペンブロリズマブ遮断療法に対してより感受性にした。したがって、以前はチェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ又はこのバリアント若しくは抗原結合断片）による）単剤療法に対してほとんど反応しなかったか又は全く反応しなかった腫瘍を、ペンブロリズマブ又はこのバリアント若しくは抗原結合断片による療法に対して感受性にすることができた。
【００５２】
したがって、一実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックの組合せは、患者におけるペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片単独と比較して腫瘍特異的Ｔ細胞応答の大きさ増加させるために使用される。この効果は特に、以前に治療されておらず、切除不可能で、安定なＩＩＩｂ−ＩＶ黒色腫で観察され得る。ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックの組合せは、腫瘍におけるタリモジーン・ラハーパレプベックの溶解複製後の腫瘍抗原に対する全身性抗腫瘍応答を増強することを意図する。したがって、併用療法は、全体の腫瘍応答率及び応答の持続時間を改善させるために、注射した腫瘍並びに微小転移性疾患を含む、注射していない／遠隔腫瘍の破壊の増強をもたらし得る。全体として、これらの効果は、特にチェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法と比較して全生存率の改善に寄与することができる。ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と組み合わせたタリモジーン・ラハーパレプベックの使用は、異なる機構を介してＴ細胞活性化を増強し、ＧＭ−ＣＳＦの局所発現を介して増強された溶解性ウイルス複製による腫瘍抗原の放出後にそれぞれ樹状細胞媒介性腫瘍抗原提示を増大させ（Ｋａｕｆｍａｎら、Ａｎｎ  Ｓｕｒｇ  Ｏｎｃｏｌ．、１７（３）：７１８〜７３０頁、２０１０年）、免疫チェックポイント阻害剤によって媒介される阻害シグナルを遮断することによって免疫耐性に拮抗すること（Ｋａｐａｄｉａ及びＦｏｎｇ、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．、２３：８９２６〜８９２８頁、２００５年）を意図する。
【００５３】
ある特定の実施形態では、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーを有する冷たい腫瘍に関連するがんは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックの組合せにより治療される。このような腫瘍には、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん及び膵がんが含まれる。
【００５４】
他の実施形態では、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答する熱い腫瘍（又は熱い腫瘍に関連するがん）（すなわち、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は低レベルのＩＦＮγ遺伝子シグネチャー発現のうちの１つ以上に関連しないがん）は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックの組合せにより治療される。このようながんには、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）及び中皮腫が含まれる。
【００５５】
定義
本発明がより容易に理解され得るように、ある特定の技術的及び科学的用語を以下に具体的に定義する。本文書の他の箇所で特に定義されない限り、本明細書に使用されている全ての他の技術的及び科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解されている意味を有する。
【００５６】
添付の特許請求の範囲を含む、本明細書に使用されている場合、「一つの（ａ）」、「一つの（ａｎ）」及び「この（ｔｈｅ）」のような単数形の単語は、文脈が明確に別様を指示しない限り、これらの対応する複数の参照を含む。
【００５７】
数値的に定義されたパラメーター（例えば、本明細書に説明されている遺伝子シグネチャーについての遺伝子シグネチャースコア又はペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片若しくはタリモジーン・ラハーパレプベックの投薬量又はペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片若しくはタリモジーン・ラハーパレプベックによる治療期間の長さ）を修飾するために使用されている場合、「約」は、パラメーターが、このパラメーターについて述べられた数値よりも１０％多く又は少なく変化し得ることを意味する。例えば、約１０個の遺伝子からなる遺伝子シグネチャーは９〜１１個の遺伝子を有し得る。
【００５８】
「投与」及び「治療」は、これが動物、ヒト、実験対象、細胞、組織、器官又は生体液に適用される場合、外因性薬剤、治療剤、診断剤又は組成物の、動物、ヒト、対象、細胞、組織、器官又は生体液との接触を指す。細胞の治療は、試薬の細胞との接触及び流体が細胞と接触する場合、試薬と流体との接触を包含する。「投与」及び「治療」はまた、例えば、試薬、診断剤、結合化合物による、又は別の細胞による、細胞のインビトロ及びエキソビボ治療も意味する。
【００５９】
本明細書に使用されている場合、「抗体」という用語は、所望の生物学的活性又は結合活性を示す抗体の任意の形態を指す。したがって、これは最も広い意味で使用され、特に、限定されないが、モノクローナル抗体（全長モノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、ヒト化抗体、完全ヒト抗体、キメラ抗体及びラクダ化単一ドメイン抗体を包含する。「親抗体」は、ヒト治療剤として使用するための抗体のヒト化のような、意図される使用のための抗体の改変の前に免疫系の抗原への曝露によって得られる抗体である。
【００６０】
一般に、基本抗体構造単位は、四量体を含む。各四量体は、２つの同一対のポリペプチド鎖を含み、各対は１つの「軽」鎖（約２５ｋＤａ）及び１つの「重」鎖（約５０〜７０ｋＤａ）を有する。各鎖のアミノ末端部分は、主に抗原認識に関与する約１００〜１１０又はこれ以上のアミノ酸の可変領域を含む。重鎖のカルボキシ末端部分は、主にエフェクター機能に関与する定常領域を規定し得る。典型的に、ヒト軽鎖はカッパ及びラムダ軽鎖として分類される。さらに、ヒト重鎖は典型的に、ミュー、デルタ、ガンマ、アルファ又はイプシロンとして分類され、抗体のアイソタイプをそれぞれＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ及びＩｇＥと規定する。軽鎖及び重鎖内で、可変領域及び定常領域は、約１２又はこれ以上のアミノ酸の「Ｊ」領域によって連結され、重鎖はまた、約１０より多いアミノ酸の「Ｄ」領域を含む。概して、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ  Ｃｈ．７（Ｐａｕｌ，Ｗ．、ｅｄ．、第２版、Ｒａｖｅｎ  Ｐｒｅｓｓ、Ｎ．Ｙ．（１９８９年））を参照のこと。
【００６１】
各軽鎖／重鎖対の可変領域は、抗体結合部位を形成する。したがって、一般に無傷（ｉｎｔａｃｔ）抗体は２つの結合部位を有する。二機能性又は二重特異性抗体を除いて、２つの結合部位は一般に同じである。
【００６２】
典型的に、重鎖及び軽鎖の両方の可変ドメインは、相対的に保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）内に位置する、相補性決定領域（ＣＤＲ）とも呼ばれる３つの超可変領域を含む。ＣＤＲは、通常、フレームワーク領域によって整列され、特異的エピトープとの結合を可能にする。一般に、Ｎ末端からＣ末端まで、軽鎖可変ドメイン及び重鎖可変ドメインの両方は、ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３及びＦＲ４を含む。各ドメインに対するアミノ酸の割り当ては、一般に、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、Ｋａｂａｔら；Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．；第５版；ＮＩＨ  Ｐｕｂｌ．Ｎｏ．９１〜３２４２（１９９１年）；Ｋａｂａｔ（１９７８年）Ａｄｖ．Ｐｒｏｔ．Ｃｈｅｍ．３２：１〜７５頁；Ｋａｂａｔら、（１９７７年）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２５２：６６０９〜６６１６頁；Ｃｈｏｔｈｉａら、（１９８７年）Ｊ  Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１〜９１７頁又はＣｈｏｔｈｉａら、（１９８９年）Ｎａｔｕｒｅ  ３４２：８７８〜８８３頁の定義に従う。
【００６３】
本明細書に使用されている場合、「超可変領域」という用語は、抗原結合に関与する抗体のアミノ酸残基を指す。超可変領域は、「相補性決定領域」又は「ＣＤＲ」（すなわち、軽鎖可変ドメイン内のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３並びに重鎖可変ドメイン内のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３）由来のアミノ酸残基を含む。Ｋａｂａｔら、（１９９１年）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．（ｄｅｆｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ＣＤＲ  ｒｅｇｉｏｎｓ  ｏｆ  ａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｂｙ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）を参照のこと。Ｃｈｏｔｈｉａ及びＬｅｓｋ（１９８７年）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１〜９１７頁（ｄｅｆｉｎｉｎｇ  ｔｈｅ  ＣＤＲ  ｒｅｇｉｏｎｓ  ｏｆ  ａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｙ  ｂｙ  ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ）も参照のこと。本明細書に使用されている場合、「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基という用語は、ＣＤＲ残基として本明細書に定義されている超可変領域残基以外のこれらの可変ドメイン残基を指す。
【００６４】
本明細書に使用されている場合、他に示されていない限り、「抗体断片」又は「抗原結合断片」とは、抗体の抗原結合断片、すなわち、全長抗体が結合した抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体断片、例えば１つ以上のＣＤＲ領域を保持する断片を指す。抗体結合断片の例には、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２及びＦｖ断片；ダイアボディ；線形抗体；一本鎖抗体分子、例えばｓｃ−Ｆｖ；ナノボディ及び抗体断片から形成された多重特異性抗体が含まれる。
【００６５】
特定の標的タンパク質「に特異的に結合する」抗体は、他のタンパク質と比較してその標的への優先的な結合を示す抗体であるが、この特異性は絶対的な結合特異性である必要はない。抗体は、この結合が、例えば、偽陽性のような望ましくない結果を生じることなく、試料中の標的タンパク質の存在を決定する場合、その意図される標的に対して「特異的」であると考えられる。本発明において有用な抗体又はこの結合断片は、非標的タンパク質との親和性より少なくとも２倍大きい、好ましくは少なくとも１０倍大きい、より好ましくは少なくとも２０倍大きい、最も好ましくは少なくとも１００倍大きい親和性で標的タンパク質に結合する。本明細書に使用されている場合、抗体は、所定のアミノ酸配列、例えば、成熟ヒトＰＤ−１又はヒトＰＤ−Ｌ１分子のアミノ酸配列を含むポリペプチドに結合するが、この配列を欠くタンパク質に結合しない場合、この配列を含むポリペプチドに特異的に結合すると言われる。
【００６６】
「キメラ抗体」とは、重鎖及び／又は軽鎖の一部が、特定の種（例えばヒト）に由来するか又は特定の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と、同一であるか又は相同であり、一方、鎖の残りは、別の種（例えばマウス）に由来するか又は別の抗体クラス若しくはサブクラスに属する抗体における対応する配列と、同一であるか又は相同である抗体、並びに所望の生物学的活性を示す限り、このような抗体の断片を指す。
【００６７】
「ヒト抗体」とは、ヒト免疫グロブリンタンパク質配列のみを含む抗体を指す。ヒト抗体は、マウス、マウス細胞又はマウス細胞に由来するハイブリドーマにおいて産生される場合、マウス炭水化物鎖を含有し得る。同様に、「マウス抗体」又は「ラット抗体」とは、それぞれマウス又はラット免疫グロブリン配列のみを含む抗体を指す。
【００６８】
「ヒト化抗体」とは、非ヒト（例えば、マウス）抗体由来の配列を含有する抗体及びヒト抗体の形態を指す。このような抗体は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含有する。一般に、ヒト化抗体は、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含み、超可変ループの全て又は実質的に全ては非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、ＦＲ領域の全て又は実質的に全てはヒト免疫グロブリン配列のものである。ヒト化抗体はまた任意選択的に、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部も含む。接頭辞「ｈｕｍ」、「ｈｕ」又は「ｈ」は、親げっ歯類動物抗体からヒト化抗体を区別するために必要な場合、抗体クローン名称に付加される。げっ歯類動物抗体のヒト化形態は一般に親げっ歯類動物抗体の同じＣＤＲ配列を含むが、ある特定のアミノ酸置換が、親和性を増加させるために含まれてもよく、ヒト化抗体の安定性を増加させるために含まれてもよく、又は他の理由のために含まれてもよい。
【００６９】
「生物療法剤（ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ  ａｇｅｎｔ）」とは、腫瘍維持及び／若しくは成長を支持する又は抗腫瘍免疫応答を抑制する任意の生物学的経路において、リガンド／受容体シグナル伝達を遮断する並びに／又は腫瘍へのＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤を動員する抗体のような生体分子を意味する。
【００７０】
「がん」、「がん性」又は「悪性」という用語は、典型的に、調節されていない細胞成長を特徴とする哺乳動物における生理学的状態を指す又は表す。１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は低レベルのＩＦＮγ遺伝子シグネチャー発現のうちの１つ以上に関連するがんの例には、限定されないが、癌、リンパ腫、白血病、芽細胞腫及び肉腫が含まれる。
【００７１】
１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は低レベルのＩＦＮγ遺伝子シグネチャー発現のうちの１つ以上に関連する特定のがんの例には、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がんが含まれる。
【００７２】
１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し得る又は関連し得ない、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答する特定のがんの例には、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫が含まれる。ある特定の実施形態では、特定のがん型は、熱い（すなわち、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連しない）１つ以上のサブセット、及び冷たい（すなわち、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）１０００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連する）１つ以上のサブセットを有し得る。
【００７３】
本発明に従って治療され得る特に好ましいがんには、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度、低い若しくは陰性のインターフェロンガンマシグネチャー及び低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態のうちの１つ又はいずれかの組合せを特徴とするものが含まれる。ある特定の実施形態では、がんは「冷たい」。これは、例えば、典型的に、このような腫瘍を「熱い」腫瘍に変換することによって抗ＰＤ−１遮断療法に対して感受性ではないＣＤ８＋Ｔ細胞による低レベルの免疫浸潤を示すがんを指す。ある特定の実施形態では、冷たい腫瘍は、１ｍｍ２又は１ｍＬ（すなわち、１ｃｍ３）試料当たり、約３０００細胞以下、例えば、約３０００細胞未満、約２９００細胞未満、約２８００細胞未満、約２７００細胞未満、約２６００細胞未満、約２５００細胞未満、約２４００細胞未満、約２３００細胞未満、約２２００細胞未満、約２１００細胞未満、約２０００細胞未満、約１９００細胞未満、約１８００細胞未満、約１７００細胞未満、約１６００細胞未満、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満又は約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞密度を有する。
【００７４】
本明細書に使用されている場合、「熱い」腫瘍は、冷たい腫瘍よりも、例えばＣＤ８＋Ｔ細胞による高いレベルの免疫浸潤を示す腫瘍である。ある特定の実施形態では、熱い腫瘍は、１ｍｍ２試料当たり、約３０００細胞より多い、例えば約４０００細胞より多い又は約５０００細胞より多いＣＤ８＋Ｔ細胞密度を有する。
【００７５】
ＣＤ８＋（細胞傷害性）Ｔ細胞は胸腺内で生成され、Ｔ細胞受容体を発現する。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、通常、１つのＣＤ８α及び１つのＣＤ８β鎖から構成される二量体共受容体である、ＣＤ８を発現する。ＣＤ８＋Ｔ細胞は、全ての有核細胞に見出されるＭＨＣクラスＩ分子によって提示されるペプチドを認識する。ＣＤ８ヘテロ二量体は、Ｔ細胞／抗原提示細胞相互作用の間、ＭＨＣクラスＩの保存された部分（α３領域）に結合する。ＣＤ８＋Ｔ細胞が抗原を認識して活性化されると、これはサイトカインを分泌し、細胞傷害性顆粒を産生して放出し、悪性細胞を殺傷するためにカスパーゼカスケードを活性化することができる。
【００７６】
高密度の腫瘍浸潤ＣＤ８＋Ｔ細胞は、当該技術分野において非常に広範囲のがんにおける有益な臨床転帰と高い頻度で関連し、進行中の宿主免疫応答を示し、臨床転帰に対する高密度の腫瘍浸潤リンパ球の予後値が、様々ながん実体において評価されている（Ｚｈａｎｇら、（２００３年）ＮＥＪＭ  ３４８：２０３〜１３頁；Ｇａｌｏｎら、（２００６年）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３１３：１９６０〜６４頁；Ｇａｏら、（２００７年）Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．２５：２５８６〜９３頁；Ｇｏｏｄｅｎら、（２０１１年）Ｂｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  １０５：９３〜１０３頁）。
【００７７】
「ＣＤ８密度」、「ＣＤ８＋密度」又は「ＣＤ８＋Ｔ細胞密度」という用語は、試料、例えば腫瘍試料に存在するＣＤ８＋Ｔ細胞の数を指す。例示的な実施形態では、ＣＤ８＋Ｔ細胞密度は、試料、例えば、対象由来の腫瘍の１ｍｍ２試料（例えばパンチ生検）又は１ｍＬ（すなわち１ｃｍ３）試料（例えば液体生検）に存在する細胞の数である。ある特定の例示的な実施形態では、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度（これは「冷たい」腫瘍に関連する）は、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約３０００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２９００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２８００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２７００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２６００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２５００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２４００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２３００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２２００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２１００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり約２０００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり約１９００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１８００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１７００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１６００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１５００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１４００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１３００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１２００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１１００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１０００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約９００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約８００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約７００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約６００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約５００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約４００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約３００細胞未満、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２００細胞未満又は１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１００細胞未満である。ある特定の例示的な実施形態では、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度は、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約３０００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２９００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２８００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２７００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２６００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２５００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２４００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２３００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２２００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２１００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２０００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１９００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１８００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１７００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１６００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１５００〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１４００〜６００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１３００〜７００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１２００〜８００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１１００〜９００細胞又は１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１０５０〜９５０細胞である。ある特定の例示的な実施形態では、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度は、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約１０〜１０００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約２０〜９００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約３０〜８００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約４０〜７００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約５０〜６００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約６０〜５００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約７０〜４００細胞、１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約８０〜３００細胞又は１ｍｍ２試料当たり若しくは１ｍＬ試料当たり約９０〜１００細胞である。ある特定の例示的な実施形態では、試料は検出可能なＣＤ８＋Ｔ細胞を含有しない。
【００７８】
本明細書に使用されている場合、「ＣＤＲ」又は「ＣＤＲｓ」は、他に示されていない限り、Ｋａｂａｔ番号付けシステムを使用して定義されている、（１つ又は複数の）免疫グロブリン可変領域における相補性決定領域を意味する。
【００７９】
「チェックポイント阻害剤」とは、１つ以上のチェックポイントタンパク質を完全に又は部分的に低減させるか、阻害するか、妨害するか、又はモジュレートする分子を指す。チェックポイントタンパク質はＴ細胞の活性化又は機能を調節する。ＣＴＬＡ−４並びにこのリガンドＣＤ８０及びＣＤ８６；並びにＰＤ１及びこのリガンドＰＤＬ１及びＰＤＬ２のような多数のチェックポイントタンパク質が知られている（Ｐａｒｄｏｌｌ（２０１２年）Ｎａｔｕｒｅ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  Ｃａｎｃｅｒ  １２：２５２〜２６４頁）。これらのタンパク質はＴ細胞応答の共刺激又は阻害相互作用に関与している。チェックポイントタンパク質は、自己寛容並びに生理学的免疫応答の持続時間及び振幅を調節し、維持する。ある特定の実施形態では、チェックポイント阻害剤は抗体を含む又は抗体に由来し得る。
【００８０】
「化学療法剤」は、がんの治療に有用な化合物である。化学療法剤のクラスには、限定されないが、アルキル化剤、代謝拮抗剤、キナーゼ阻害剤、紡錘体毒植物性アルカロイド、細胞傷害性／抗腫瘍抗生物質、トポイソメラーゼ阻害剤、光増感剤、抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）、抗プロゲステロン、エストロゲン受容体ダウンレギュレーター（ＥＲＤ）、エストロゲン受容体アンタゴニスト、黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト（ｌｅｕｔｉｎｉｚｉｎｇ  ｈｏｒｍｏｎｅ−ｒｅｌｅａｓｉｎｇ  ｈｏｒｍｏｎｅ  ａｇｏｎｉｓｔ）、抗アンドロゲン、アロマターゼ阻害剤、ＥＧＦＲ阻害剤、ＶＥＧＦ阻害剤、異常な細胞増殖又は腫瘍成長に関与する遺伝子の発現を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチドが含まれる。本発明の治療方法に有用な化学療法剤には、細胞増殖抑制剤及び／又は細胞傷害剤が含まれる。
【００８１】
本明細書に使用されている場合、「Ｃｌｏｔｈｉａ」は、Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉら、ＪＭＢ  ２７３：９２７〜９４８頁（１９９７年）に記載されている抗体番号付けシステムを意味する。
【００８２】
「保存的に改変されたバリアント」又は「保存的置換」とは、タンパク質の生物学的活性又は抗原親和性及び／若しくは特異性のような他の所望の特性を変化させる（又は実質的に変化させる）ことなく変化が頻繁に行われ得るような、類似の特徴（例えば、電荷、側鎖サイズ、疎水性／親水性、骨格コンホメーション及び剛性など）を有する他のアミノ酸によるタンパク質におけるアミノ酸の置換を指す。当業者は一般に、ポリペプチドの非必須領域における単一アミノ酸置換が生物学的活性を実質的に変化させないことを認識する（例えば、Ｗａｔｓｏｎら、（１９８７年）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｇｅｎｅ、Ｔｈｅ  Ｂｅｎｊａｍｉｎ／Ｃｕｍｍｉｎｇｓ  Ｐｕｂ．Ｃｏ．、２２４頁（第４版）を参照のこと）。さらに、構造的又は機能的に類似したアミノ酸の置換は生物学的活性を破壊する可能性が低い。
【００８３】
「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」若しくは「から構成される（ｃｏｍｐｒｉｓｅｄ  ｏｆ）」のような変形は、包括的な意味で、すなわち、述べられた特徴の存在を特定するためであるが、明示的な言語又は必要な含意のために文脈が別様を必要としない限り、本発明の実施形態のいずれかの操作又は有用性を実質的に高めることができるさらなる特徴の存在又は追加を除外しないように本明細書及び特許請求の範囲全体にわたって使用されている。
【００８４】
本明細書及び特許請求の範囲全体にわたって使用されている場合、「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」及び「から本質的になる（ｃｏｎｓｉｓｔ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」又は「から本質的になっている（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」のような変形は、任意の列挙された要素又は要素の群の包含、及び指定された投薬レジメン、方法又は組成物の基本的特性又は新規特性を実質的に変化させない、他の要素、列挙された要素と類似又は異なる性質の任意選択的な包含を示す。非限定的な例として、遺伝子シグネチャースコアが遺伝子の指定されたリストからなる遺伝子の組についての複合ＲＮＡ発現スコアとして定義される場合、当業者は、この遺伝子シグネチャースコアが、このような包含が予測力に実質的に影響を及ぼさないならば、１つ以上のさらなる遺伝子、好ましくは３つ以下のさらなる遺伝子について決定されたＲＮＡ発現レベルを含み得ることを理解する。
【００８５】
本明細書に使用されている場合、「フレームワーク領域」又は「ＦＲ」は、ＣＤＲ領域を除く免疫グロブリン可変領域を意味する。
【００８６】
「相同性」とは、２つのポリペプチド配列が最適に整列される場合のこれらの間の配列類似性を指す。２つの比較される配列の両方における位置が同じアミノ酸モノマーサブユニットによって占められる場合、例えば、２つの異なるＡｂの軽鎖ＣＤＲにおける位置がアラニンによって占められる場合、２つのＡｂはこの位置において相同である。相同性のパーセントは、比較される位置の総数で割った、２つの配列によって共有される相同位置の数×１００である。例えば、配列が最適に整列される場合、２つの配列中の１０個の位置のうちの８個が一致又は相同である場合、２つの配列は８０％相同である。一般に、比較は、２つの配列が最大パーセント相同性を与えるように整列される場合に行われる。例えば、比較はＢＬＡＳＴアルゴリズムによって実施されてもよく、アルゴリズムのパラメーターは、それぞれの参照配列の全長にわたるそれぞれの配列間の最大の一致を与えるように選択される。
【００８７】
以下の参考文献は、しばしば配列分析のために使用されるＢＬＡＳＴアルゴリズムに関する：ＢＬＡＳＴ  ＡＬＧＯＲＩＴＨＭＳ：Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、（１９９０年）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３〜４１０頁；Ｇｉｓｈ，Ｗ．ら、（１９９３年）Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．３：２６６〜２７２頁；Ｍａｄｄｅｎ，Ｔ．Ｌ．ら、（１９９６年）Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．２６６：１３１〜１４１頁；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、（１９９７年）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９〜３４０２頁；Ｚｈａｎｇ，Ｊ．ら、（１９９７年）Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．７：６４９〜６５６頁；Ｗｏｏｔｔｏｎ，Ｊ．Ｃ．ら、（１９９３年）Ｃｏｍｐｕｔ．Ｃｈｅｍ．１７：１４９〜１６３頁；Ｈａｎｃｏｃｋ，Ｊ．Ｍ．ら、（１９９４年）Ｃｏｍｐｕｔ．Ａｐｐｌ．Ｂｉｏｓｃｉ．１０：６７〜７０頁；ＡＬＩＧＮＭＥＮＴ  ＳＣＯＲＩＮＧ  ＳＹＳＴＥＭＳ：Ｄａｙｈｏｆｆ，Ｍ．Ｏ．ら、「Ａ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｃｈａｎｇｅ  ｉｎ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ．」、Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ、（１９７８年）ｖｏｌ．５、ｓｕｐｐｌ．３．Ｍ．Ｏ．Ｄａｙｈｏｆｆ（ｅｄ．）、３４５〜３５２頁、Ｎａｔｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｆｏｕｎｄ．、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、Ｄ．Ｃ．；Ｓｃｈｗａｒｔｚ，Ｒ．Ｍ．ら、「Ｍａｔｒｉｃｅｓ  ｆｏｒ  ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ  ｄｉｓｔａｎｔ  ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ．」、Ａｔｌａｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ、（１９７８年）ｖｏｌ．５、ｓｕｐｐｌ．３．Ｍ．Ｏ．Ｄａｙｈｏｆｆ（ｅｄ．）、３５３〜３５８頁、Ｎａｔｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｒｅｓ．Ｆｏｕｎｄ．、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ、Ｄ．Ｃ．；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．、（１９９１年）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１９：５５５〜５６５頁；Ｓｔａｔｅｓ，Ｄ．Ｊ．ら、（１９９１年）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ３：６６〜７０頁；Ｈｅｎｉｋｏｆｆ，Ｓ．ら、（１９９２年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８９：１０９１５〜１０９１９頁；Ａｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．ら、（１９９３年）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｖｏｌ．３６：２９０〜３００頁；ＡＬＩＧＮＭＥＮＴ  ＳＴＡＴＩＳＴＩＣＳ：Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、（１９９０年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８７：２２６４〜２２６８頁；Ｋａｒｌｉｎ，Ｓ．ら、（１９９３年）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９０：５８７３〜５８７７頁；Ｄｅｍｂｏ，Ａ．ら、（１９９４年）Ａｎｎ．Ｐｒｏｂ．２２：２０２２〜２０３９頁；及びＡｌｔｓｃｈｕｌ，Ｓ．Ｆ．、「Ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ  ｔｈｅ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｐｌｅ  ｄｉｓｔｉｎｃｔ  ｌｏｃａｌ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ．」、Ｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌ  ａｎｄ  Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（Ｓ．Ｓｕｈａｉ、ｅｄ．）、（１９９７年）、１〜１４頁、Ｐｌｅｎｕｍ、Ｎ．Ｙ。
【００８８】
「単離された抗体」及び「単離された抗体断片」とは、精製状態を指し、このような文脈において、名を挙げられた分子は、核酸、タンパク質、脂質、炭水化物のような他の生物学的分子又は細胞残屑及び成長培地のような他の物質を実質的に含まないことを意味する。一般に、「単離された」という用語は、本明細書に記載されているような結合化合物の実験的又は治療的使用を実質的に妨害する量で存在しない限り、このような物質の完全な不在又は水、緩衝剤若しくは塩の不在を指すことを意図しない。
【００８９】
本明細書に使用されている場合、「Ｋａｂａｔ」は、Ｅｌｖｉｎ  Ａ．Ｋａｂａｔ（（１９９１年）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ｏｆ  Ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ）によって開発された免疫グロブリンアラインメント及び番号付けシステムを意味する。
【００９０】
本明細書に使用されている場合、「モノクローナル抗体」又は「ｍＡｂ」又は「Ｍａｂ」は、実質的に均一な抗体の集団を指し、すなわち、集団を含む抗体分子は、少量で存在し得る天然に存在し得る突然変異を除いて、アミノ酸配列において同一である。対照的に、従来の（ポリクローナル）抗体調製物は、典型的に、しばしば異なるエピトープに特異的である、これらの可変ドメイン、特にこれらのＣＤＲに異なるアミノ酸配列を有する多数の異なる抗体を含む。「モノクローナル」という修飾語は、実質的に均一な抗体の集団から得られているという抗体の特徴を示し、任意の特定の方法による抗体の産生を必要とするとは解釈されない。例えば、本発明に従って使用されているモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒら、（１９７５年）Ｎａｔｕｒｅ  ２５６：４９５頁によって最初に記載されたハイブリドーマ法によって作製されてもよく、又は組換えＤＮＡ法によって作製されてもよい（例えば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．４，８１６，５６７を参照のこと）。「モノクローナル抗体」はまた、例えば、Ｃｌａｃｋｓｏｎら、（１９９１年）Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４〜６２８及びＭａｒｋｓら、（１９９１年）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：５８１〜５９７頁に記載されている技術を使用してファージ抗体ライブラリーから単離されてもよい。Ｐｒｅｓｔａ（２００５年）Ｊ．Ａｌｌｅｒｇｙ  Ｃｌｉｎ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１６：７３１頁も参照のこと。
【００９１】
「インターフェロンガンマ」及び「ＩＦＮγ」（免疫又はＩＩ型インターフェロンとも呼ばれる）とは、Ｔ細胞、Ｂ細胞、マクロファージ、ＮＫ細胞並びに内皮細胞及び線維芽細胞のような他の細胞型の活性化、成長及び分化を含む、免疫及び炎症応答のほぼ全ての段階の調節に関与する多面的サイトカインを指す。ＩＦＮγは、抗原提示細胞におけるＭＨＣ発現を増強し、また、抗腫瘍効果を増強するためにリンパ球を活性化する際に重要な役割も果たす。
【００９２】
ＩＦＮγは、腫瘍特異的Ｔ細胞に対する腫瘍抗原提示を増加させ、ＮＫ細胞障害性に対する感受性を増加させることによって腫瘍進行及び成長の抑制に寄与し得る。腫瘍に対する免疫応答を促進することに加えて、ＩＦＮ−γはまた、腫瘍抑制因子の発現を誘導することもできる。
【００９３】
本明細書に使用されている場合、「遺伝子改変された腫瘍溶解性ウイルス」とは、典型的には１つ以上の遺伝子を除去する及び／又は挿入するように、ウイルスの野生型バージョンと比較して改変されている、腫瘍溶解性ウイルスを指す。本発明の好ましい遺伝子改変された腫瘍溶解性ウイルスは、Ａｍｇｅｎ  Ｉｎｃ．（Ｔｈｏｕｓａｎｄ  Ｏａｋｓ、ＣＡ）から市販されている遺伝子操作されたヘルペスウイルスである、ＩＭＬＹＧＩＣ（登録商標）（ＩＮＮ＝タリモジーン・ラハーパレプベック）としても知られている、タリモジーン・ラハーパレプベックである。タリモジーン・ラハーパレプベックは、例えば、その全体が全ての目的のために参照により本明細書に組み込まれているＷＯ２０１４０３６４１２に記載されている。
【００９４】
タリモジーン・ラハーパレプベック、ＨＳＶ−１（ＪＳ１株）ＩＣＰ３４．５−／ＩＣＰ４７−／ｈＧＭ−ＣＳＦ（ＯｎｃｏＶｅｘＧＭ−ＣＳＦとして以前に知られている）は、固形腫瘍において選択的に複製する免疫増強ＨＳＶ−１を含む、腫瘍内送達腫瘍溶解性免疫療法である（Ｌｕｉら、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ、１０：２９２〜３０３頁、２００３年；ＵＳ  Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．７，２２３，５９３及びＵＳ  Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．７，５３７，９２４）。ＨＳＶ−１は、受託番号０１０１０２０９として細胞培養物の欧州コレクション（Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｅｌｌ  ｃｕｌｔｕｒｅｓ）（ＥＣＡＡＣ）に寄託されたＪＳ１株に由来している。タリモジーン・ラハーパレプベックにおいて、ＩＣＰ３４．５をコードするＨＳＶ−１ウイルス遺伝子は機能的に欠失している。ＨＳＶ感染の間に毒性因子として作用するＩＣＰ３４．５の機能的欠失は、非分裂細胞における複製を制限し、ウイルスを非病原性にする。さらに、タリモジーン・ラハーパレプベックにおいて、ＩＣＰ４７をコードするＨＳＶ−１ウイルス遺伝子（主要組織適合遺伝子複合体クラスＩ及びＩＩ分子に対するウイルス抗原提示を遮断する）は、機能的に欠失している。ＩＣＰ４７の機能的欠失はまた、腫瘍選択性を減少させることなく腫瘍細胞におけるウイルス成長を促進する遺伝子である、ＵＳ１１のより早期の発現を導く。最後に、免疫応答の刺激に関与するサイトカインである、ヒトＧＭ−ＣＳＦについてのコード配列が、タリモジーン・ラハーパレプベックのウイルスゲノムに挿入されている。ヒトＧＭ−ＣＳＦをコードする遺伝子の挿入は、これがＩＣＰ３４．５遺伝子のほぼ全てを置き換えるようなものであり、タリモジーン・ラハーパレプベックと野生型ウイルスとの間の任意の潜在的な組換え事象が、機能しない非病原性ウイルスのみを生じ得、ヒトＧＭ−ＣＳＦについての遺伝子を保有する野生型ウイルスの生成をもたらすことがないことを確実にする。ＨＳＶチミジンキナーゼ（ＴＫ）遺伝子は、タリモジーン・ラハーパレプベックにおいて無傷なままであり、これは、ウイルスをアシクロビルのような抗ウイルス剤に対して感受性にする。したがって、アシクロビルは、必要であれば、タリモジーン・ラハーパレプベック複製を遮断するために使用され得る。
【００９５】
以前の第３相臨床試験では、タリモジーン・ラハーパレプベックの黒色腫転移への腫瘍内注射は、進行性黒色腫を有する患者における皮下ＧＭ−ＣＳＦと比較して持続的奏効率を改善した（Ａｎｄｔｂａｃｋａら、（２０１５年）、Ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  Ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ  Ｉｍｐｒｏｖｅｓ  Ｄｕｒａｂｌｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｒａｔｅ  ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３３、２７８０〜２７８８頁）。また、タリモジーン・ラハーパレプベックが、細胞障害性Ｔ細胞関連抗原４（ＣＴＬＡ−４）を遮断するチェックポイント阻害剤であるイピリムマブと一緒に与えられた場合、有望な抗腫瘍活性が実証された（Ｃｈｅｓｎｅｙ，Ｊ．、Ｃｏｌｌｉｃｈｉｏ，Ｆ．、Ａｎｄｔｂａｃｋａ，Ｒ．Ｈ．、Ｐｕｚａｎｏｖ，Ｉ．、Ｇｌａｓｐｙ，Ｊ．Ａ．、Ｍｉｌｈｅｍ，Ｍ．、Ｈａｍｉｄ，Ｏ．、Ｃｒａｎｍｅｒ，Ｌ．、Ｓａｅｎｇｅｒ，Ｙ．、Ｒｏｓｓ，Ｍ．ら、（２０１６年）、Ｉｎｔｅｒｉｍ  ｓａｆｅｔｙ  ａｎｄ  ｅｆｆｉｃａｃｙ  ｏｆ  ａ  ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ（１：１），ｏｐｅｎ−ｌａｂｅｌ  ｐｈａｓｅ  ２  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ（Ｔ）  ａｎｄ  ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ（Ｉ）  ｖｓ  Ｉ  ａｌｏｎｅ  ｉｎ  ｕｎｒｅｓｅｃｔｅｄ，ｓｔａｇｅ  ＩＩＩＢ−ＩＶ  ｍｅｌａｎｏｍａ、Ａｎｎ  Ｏｎｃｏｌ  ２７（６）、３７９〜４００頁；Ｐｕｚａｎｏｖ，Ｉ．、Ｍｉｌｈｅｍ，Ｍ．Ｍ．、Ｍｉｎｏｒ，Ｄ．、Ｈａｍｉｄ，Ｏ．、Ｌｉ，Ａ．、Ｃｈｅｎ，Ｌ．、Ｃｈａｓｔａｉｎ，Ｍ．、Ｇｏｒｓｋｉ，Ｋ．Ｓ．、Ａｎｄｅｒｓｏｎ，Ａ．、Ｃｈｏｕ，Ｊ．ら、（２０１６年）、Ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  Ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ  ｉｎ  Ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ  ｉｎ  Ｐｒｅｖｉｏｕｓｌｙ  Ｕｎｔｒｅａｔｅｄ，Ｕｎｒｅｓｅｃｔａｂｌｅ  Ｓｔａｇｅ  ＩＩＩＢ−ＩＶ  Ｍｅｌａｎｏｍａ、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３４、２６１９〜２６２６頁）。
【００９６】
タリモジーン・ラハーパレプベック（ＩＭＬＹＧＩＣ（登録商標））は、２０１５年に米国、欧州連合及びオーストラリアにおいて転移性黒色腫についての単剤療法治療として承認された。外科的に取り除くことができない転移性黒色腫を有する患者を登録している多施設第３相臨床試験であるＯＰＴｉＭでは、タリモジーン・ラハーパレプベックを与えられた患者は、比較療法であるＧＭ−ＣＳＦを与えられた患者と比較して、持続的奏効を経験する可能性が有意に高かった（Ａｎｄｔｂａｃｋａ  ＲＨＩら、Ｊ．Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．、３３：２７８０〜２７８８頁（２０１５年））。
【００９７】
さらに、ＩＣＰ３４．５が機能的に欠失したＨＳＶの安全性は複数の臨床研究において示されている（ＭａｃＫｉｅら、Ｌａｎｃｅｔ  ３５７：５２５〜５２６頁、２００１年；Ｍａｒｋｅｒｔら、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ７：８６７〜８７４頁、２０００年；Ｒａｍｐｌｉｎｇら、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  ７：８５９〜８６６頁、２０００年；Ｓｕｎｄａｒｅｓａｎら、Ｊ．Ｖｉｒｏｌ  ７４：３８２２〜３８４１頁、２０００年；Ｈｕｎｔｅｒら、Ｊ  Ｖｉｒｏｌ  Ａｕｇ；７３（８）：６３１９〜６３２６頁、１９９９年）。
【００９８】
タリモジーン・ラハーパレプベックは、腫瘍におけるウイルスの複製、及びＧＭ−ＣＳＦの局所発現によって増強された抗腫瘍免疫応答の誘導によって直接的な腫瘍溶解性効果を生じる。意図される臨床効果には、限定されないが、注射された腫瘍の破壊；局所、局所−領域及び遠隔の注射されていない腫瘍の破壊；新たな転移の発生の減少；全体的な進行の速度の減少；及び延長された全生存が含まれる。
【００９９】
タリモジーン・ラハーパレプベックは、様々なインビトロ（細胞株）及びインビボマウス腫瘍モデルにおいて有効性について試験されており、臨床研究において使用される用量に匹敵する用量にて腫瘍を根絶するか、又は腫瘍の成長を実質的に阻害することが示されている。また、非臨床評価により、ＧＭ−ＣＳＦが、生じた免疫応答を増強し、注射された腫瘍応答及び注射されていない腫瘍応答の両方を増強すること、並びにＩＣＰ４７の欠失に起因してＭＨＣクラスＩ分子の表面レベルを増加させることが確認された。タリモジーン・ラハーパレプベックは、この安全性を評価するために正常マウス及び腫瘍を有するマウスに注射された。概して、ウイルスは良好な耐容性を示し、１×１０８ＰＦＵ／用量までの投与は、いかなる安全性の懸念の兆候も与えていない（例えば、Ｌｉｕら、Ｇｅｎｅ  Ｔｈｅｒ  １０：２９２〜３０３頁、２００３年を参照のこと）。
【０１００】
臨床研究は、いくつかの進行性腫瘍型（進行性固形腫瘍、黒色腫、頭頸部の扁平上皮がん及び膵がん）において行われてきたか、又は行われており、４００を超える対象がタリモジーン・ラハーパレプベックにより治療されている（例えば、Ｈｕら、Ｃｌｉｎ  Ｃａｎ  Ｒｅｓ  １２：６７３７〜６７４７頁、２００６年；Ｈａｒｒｉｎｇｔｏｎら、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ．２７（１５ａ）：要約書６０１８頁、２００９年；Ｋａｕｆｍａｎら、Ａｎｎ  Ｓｕｒｇｉｃ  Ｏｎｃｏｌ．１７：７１８〜７３０頁、２０１０年；Ｋａｕｆｍａｎ及びＢｉｎｅｓ、Ｆｕｔｕｒｅ  Ｏｎｃｏｌ．６（６）：９４１〜９４９頁、２０１０年を参照のこと）。
【０１０１】
「オリゴヌクレオチド」とは、通常、長さが５〜１００の連続塩基であり、最も頻繁には、長さが１０〜５０、１０〜４０、１０〜３０、１０〜２５、１０〜２０、１５〜５０、１５〜４０、１５〜３０、１５〜２５、１５〜２０、２０〜５０、２０〜４０、２０〜３０又は２０〜２５の連続塩基である核酸を指す。
【０１０２】
「患者」又は「対象」とは、療法が所望される又は臨床試験、疫学研究に参加している若しくは対照として使用されている任意の単一の対象を指し、ヒト、非ヒト霊長類、ウシ、ウマ、イヌ、ネコなどのような哺乳動物獣医学的患者並びに非ヒト霊長類、ラット、マウス、イヌ、ウサギなどのような研究動物が含まれる。
【０１０３】
ペンブロリズマブは、ＰＤ−１に結合し、これを遮断するヒト化モノクローナル抗体である。ペンブロリズマブは、ＰＤ−１と、このリガンドであるＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２との間の相互作用を遮断し、これによって腫瘍細胞及び健康な細胞の両方に影響を及ぼし得るＴリンパ球を活性化させることによって、腫瘍細胞を検出し、これに対抗するのに役立つ身体の免疫系の能力を増加させることによって作用する。
【０１０４】
ペンブロリズマブ単剤療法は、非応答個体において見出されるレベルよりも高い、ベースラインＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤の密度、ＩＦＮγ遺伝子シグネチャー及びＰＤ−Ｌ１発現を有する罹患した個体において黒色腫、非小細胞肺がん及び頭頸部の扁平上皮癌を治療することが知られている。このことにより、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度、陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャー及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態を有する個体におけるペンブロリズマブの有用性を制限することが当業者によって理解された。
【０１０５】
本明細書に使用されている場合、「ペンブロリズマブ」とは、全ての目的のために全体が参照により本明細書に組み込まれる、ＷＯ２０１６１９６１７３並びにＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．８，３５４，５０９及び８，９００，５８７に記載されている、商標名ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（Ｍｅｒｃｋ  Ｓｈａｒｐ  ＆  Ｄｏｈｍｅ  Ｃｏｒｐ．、Ｗｈｉｔｅｈｏｕｓｅ  Ｓｔａｔｉｏｎ、ＮＪ）として市販されているモノクローナル抗体並びにこれらのバリアント及び抗原結合断片を指す。ペンブロリズマブは、以下に記載されている、重鎖ドメイン、軽鎖ドメイン、重鎖可変ドメイン、軽鎖可変ドメイン、重鎖相補性決定配列及び軽鎖相補性決定配列のうちの１つ又はいずれかの組合せによって特徴付けられ得る。
【０１０６】
ペンブロリズマブは、
【０１０７】
【化１】
2020517715.tif 000002
2020517715.tif 000003
として示される重鎖配列及び
【０１０８】
【化２】
2020517715.tif 000004
として示される軽鎖配列を含み得る。
【０１０９】
ペンブロリズマブは、
【０１１０】
【化３】
2020517715.tif 000005
として示される重鎖可変（ＶＨ）ドメイン配列及び
【０１１１】
【化４】
2020517715.tif 000006
として示される軽鎖可変（ＶＬ）ドメインを含み得る。
【０１１２】
ペンブロリズマブは、以下の重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）：ＮＹＹＭＹ（ＨＣＤＲ１、配列番号５）；ＧＩＮＰＳＮＧＧＴＮＦＮ（ＨＣＤＲ２、配列番号６）；及びＲＤＹＲＦＤＭＧＦＤＹ（ＨＣＤＲ３、配列番号７）を含み得る。
【０１１３】
ペンブロリズマブは、以下の軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）：ＲＡＳＫＧＶＳＴＳＧＹＳＹＬＨ（ＬＣＤＲ１、配列番号８）；ＬＡＳＹＬＥＳ（ＬＣＤＲ２、配列番号９）；及びＱＨＳＲＤＬＰＬＴ（ＬＣＤＲ３、配列番号１０）を含み得る。
【０１１４】
ある特定の実施形態では、配列番号５、６及び７の重鎖ＣＤＲ並びに配列番号８、９及び１０の軽鎖ＣＤＲを含む、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片が提供される。
【０１１５】
他の実施形態では、配列番号３及び配列番号４のＶＨ／ＶＬ配列対由来の重鎖及び軽鎖ＣＤＲ配列を含む、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片が提供される。
【０１１６】
さらに他の好ましい実施形態では、配列番号３を含む重鎖可変領域若しくはこのバリアント及び／又は配列番号４を含む軽鎖可変領域若しくはこのバリアントを含む、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片が提供される。他の実施形態では、ペンブロリズマブバリアント又はこの抗原結合断片は、配列番号３に対して少なくとも８０％の配列相同性若しくは同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％）を有する配列を含む重鎖可変領域及び／又は配列番号４に対して少なくとも８０％の配列相同性又は同一性（ｉｄｅｎｔｉｆｙ）（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％）を有する配列を含む軽鎖可変領域を含む。
【０１１７】
本明細書に使用されている場合、「重鎖可変領域配列のバリアント」は、フレームワーク領域（すなわち、ＣＤＲの外側）において１７個までの保存的アミノ酸置換を有すること、好ましくはフレームワーク領域において１０個未満、９個未満、８個未満、７個未満、６個未満又は５個未満の保存的アミノ酸置換を有することを除いて、参照配列と同一である配列である。本明細書に使用されている場合、「軽鎖可変領域配列のバリアント」は、フレームワーク領域（すなわち、ＣＤＲの外側）において５個までの保存的アミノ酸置換を有すること、好ましくはフレームワーク領域において４個未満、３個未満又は２個未満の保存的アミノ酸置換を有することを除いて、参照配列と同一である配列である。
【０１１８】
さらに他の実施形態では、配列番号１を含む重鎖若しくはこのバリアント及び／又は配列番号２を含む軽鎖若しくはこのバリアントを含む、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片が提供される。他の実施形態では、ペンブロリズマブバリアント又はこの抗原結合断片は、配列番号１に対して少なくとも８０％の配列相同性若しくは同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％）を有する配列を含む重鎖及び／又は配列番号２に対して少なくとも８０％の配列相同性若しくは同一性（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％又は９９％）を有する配列を含む軽鎖を含む。
【０１１９】
本明細書に使用されている場合、「ペンブロリズマブバリアント」とは、フレームワーク領域（すなわち、ＣＤＲの外側）において５個までの保存的アミノ酸置換を有すること、好ましくはフレームワーク領域において４個未満、３個未満又は２個未満の保存的アミノ酸置換を有すること、及びフレームワーク領域（すなわち、ＣＤＲの外側）において１７個までの保存的アミノ酸置換を有すること、好ましくはフレームワーク領域において１０個未満、９個未満、８個未満、７個未満、６個未満又は５個未満の保存的アミノ酸置換を有すること、好ましくはフレームワーク領域において４個未満、３個未満又は２個未満の保存的アミノ酸置換を有することを除いて、ペンブロリズマブの配列と同一である重鎖及び軽鎖配列を含む、モノクローナル抗体を指す。つまり、ペンブロリズマブ及びペンブロリズマブバリアントは同一のＣＤＲ配列を含むが、これらの全長軽鎖及び重鎖配列において、それぞれ３個以下又は６個以下の他の位置に保存的アミノ酸置換を有することに起因して互いに異なる。ペンブロリズマブバリアントは、以下の特性：ＰＤ−１に対する結合親和性及びインビボでの中和作用に関して、ペンブロリズマブと実質的に同じである又はペンブロリズマブよりも良好である。
【０１２０】
ある特定の実施形態では、ペンブロリズマブのバイオシミラーが提供される。本明細書に使用されている場合、「バイオシミラー」という用語は、バイオシミラー製品を（臨床的に不活性な成分におけるわずかな相違にもかかわらず）参照製品と「非常に類似している」製品であると定義している、米国食品医薬品局によって公布された実用的定義と一致するように使用されている。実際には、安全性、純度及び効力に関して、参照製品とバイオシミラー製品との間に臨床的に有意義な相違は存在し得ない（公衆衛生（ＰＨＳ）法§２６２）。ある特定の実施形態では、二重盲検の単回用量比較薬物動態（ＰＫ）交差研究が、ペンブロリズマブを候補バイオシミラー抗体と比較して同等のバイオアベイラビリティを決定するために実施される。
【０１２１】
本明細書に使用されている場合、「参照製品」という用語は、市販されているペンブロリズマブを指すために使用される。
【０１２２】
ＰＤ−１受容体（ＣＤ２７９としても知られている）は活性化Ｔ細胞の表面において発現される。このリガンドであるＰＤ−Ｌ１（Ｂ７−Ｈ１；ＣＤ２７４）及びＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣ；ＣＤ２７３）は、通常、樹状細胞又はマクロファージの表面において発現される。ＰＤ１及びＰＤ−Ｌ１／ＰＤ−Ｌ２は、Ｔ細胞応答の発生を停止し得る又は制限し得る共阻害因子として作用する免疫チェックポイントタンパク質のファミリーに属する。ＰＤ１／ＰＤ−Ｌ１相互作用により、免疫系が、慢性自己免疫炎症の可能性を最小限にするために、適切な時間にのみ活性化されることが確実にされる。ＰＤ−Ｌ１がＰＤ−１に結合すると、阻害シグナルがＴ細胞に伝達され、これにより、サイトカイン産生が低減し、Ｔ細胞増殖が抑制される。腫瘍細胞は、この免疫チェックポイント経路を、検出を回避し、免疫応答を阻害する機構として利用する。
【０１２３】
ＰＤ−Ｌ１は一般に、腫瘍微小環境において、腫瘍細胞上で過剰発現されるか、又は非形質転換細胞上で過剰発現される。腫瘍細胞上で発現されたＰＤ−Ｌ１は、活性化Ｔ細胞上のＰＤ−１受容体に結合し、これにより、細胞傷害性Ｔ細胞の阻害がもたらされる。これらの不活性化されたＴ細胞は、腫瘍微小環境において阻害されたままである。ＰＤ１／ＰＤ−Ｌ１経路は、内因性抗腫瘍活性に応答して腫瘍細胞によって発揮される適応免疫耐性機構を表す。
【０１２４】
本明細書に使用されている場合、「ＰＤ−Ｌ１状態」又は「ＰＤ−Ｌ１発現状態」とは、試料、例えば、腫瘍試料に存在するＰＤ−Ｌ１のレベルを指す。ある特定の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１状態は、「腫瘍比率スコア」又は「ＴＰＳ」として表され、これは、検出可能なレベルのＰＤ−Ｌ１を発現する試料中の腫瘍細胞のパーセンテージを指す（Ｇａｒｏｎら、（２０１５年）ＮＥＪＭ  ３７２：２０１８〜２８頁を参照のこと）。ＰＤ−Ｌ１が試料中の腫瘍細胞の約１％〜約４９％で発現される場合、すなわち、ＰＤ−Ｌ１状態が約１％〜約４９％である場合、ＰＤ−Ｌ１状態は、「過小発現された」又は「低減した」又は「低い」。ＰＤ−Ｌ１が試料中の腫瘍細胞の約１％未満で発現される場合、すなわち、ＰＤ−Ｌ１状態が約１％未満である場合、ＰＤ−Ｌ１状態は「陰性」である。ＰＤ−Ｌ１が、試料中の腫瘍細胞の約５０％以上で発現される場合、すなわち、ＰＤ−Ｌ１状態が約５０％以上である場合、ＰＤ−Ｌ１状態は「高い」。
【０１２５】
一部の好ましい実施形態では、過少発現された、低減した又は低いＰＤ−Ｌ１状態は、約５０％未満である、又は約４９％、約４８％、約４７％、約４６％、約４５％、約４４％、約４３％、約４２％、約４１％、約４０％、約３９％、約３８％、約３７％、約３６％、約３５％、約３４％、約３３％、約３２％、約３１％、約３０％、約２９％、約２８％、約２７％、約２６％、約２５％、約２４％、約２３％、約２２％、約２１％、約２０％、約１９％、約１８％、約１７％、約１６％、約１５％、約１４％、約１３％、約１２％、約１１％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％若しくは約１％である。特に好ましい実施形態では、過少発現された、低減した又は低いＰＤ−Ｌ１状態は、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％又は約１％である。一部の好ましい実施形態では、過少発現された、低減した又は低いＰＤ−Ｌ１状態は、約１％〜約１０％、約１％〜約９％、約１％〜約８％、約１％〜約７％、約１％〜約６％、約１％〜約５％、約１％〜約４％、約１％〜約３％、約１％〜約２％、約２％〜約６％、約３％〜約７％、約４％〜約８％又は約５％〜約９％である。
【０１２６】
一部の好ましい実施形態では、陰性のＰＤ−Ｌ１状態は、約１％未満である、又は約０．９％、約０．８％、約０．７％、約０．６％、約０．５％、約０．４％、約０．３％、約０．２％、約０．１％、約０．０５％、約０．０１％、約０．００５％、約０．００１％若しくは約０％（すなわち、いずれの腫瘍細胞も検出可能なレベルのＰＤ−Ｌ１を有さない）である。
【０１２７】
一部の好ましい実施形態では、高いＰＤ−Ｌ１状態は約５０％以上であり、例えば、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％若しくは約１００％（すなわち、腫瘍細胞の全てが検出可能なレベルのＰＤ−Ｌ１を有する）である。
【０１２８】
ある特定の好ましい実施形態では、ＰＤ−Ｌ１発現は、ＩＨＣアッセイにおいて、対象から除去された腫瘍試料のＦＦＰＥ又は凍結組織切片に対する診断用抗ヒトＰＤ−Ｌ１抗体又はこの抗原結合断片を使用して検出される。ある特定の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１発現は、ＰＤ−Ｌ１  ＩＨＣ  ２２Ｃ３  ｐｈａｒｍＤｘ免疫組織化学アッセイ（Ｄａｋｏ  Ｎｏｒｔｈ  Ａｍｅｒｉｃａ、Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ、ＣＡ）を使用して試料（例えば、腫瘍試料）中で評価され得る（Ｄａｕｄ，Ａ．Ｉ．、Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｊ．Ｄ．、Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．、Ｈｗｕ，Ｗ．Ｊ．、Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｓ．、Ｒｉｂａｓ，Ａ．、Ｈｏｄｉ，Ｆ．Ｓ．、Ｊｏｓｈｕａ，Ａ．Ｍ．、Ｋｅｆｆｏｒｄ，Ｒ．、Ｈｅｒｓｅｙ，Ｐ．ら、（２０１６年）、Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  Ｄｅａｔｈ−Ｌｉｇａｎｄ  １  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ａｎｔｉ−Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  Ｄｅａｔｈ  １  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ  ｉｎ  Ｍｅｌａｎｏｍａ、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３４、４１０２〜４１０９頁を参照のこと）。典型的に、対象の医師は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片並びに／又はタリモジーン・ラハーパレプベックによる治療の開始前に、患者から除去された腫瘍組織試料中のＰＤ−Ｌ１発現を決定するための診断試験を指示するが、医師は、例えば、治療サイクルの完了後のような治療の開始後の任意の時点にて最初又は後続の診断試験を指示することができることが想定される。
【０１２９】
本明細書に使用されている場合、「一次ペンブロリズマブ抗体」及び「一次ペンブロリズマブバリアント抗体」とは、組織切片中のＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する抗体を指し、一般に、腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１発現のＩＨＣアッセイに使用される最初の抗体である。一実施形態では、一次抗体はＩＨＣアッセイに使用される唯一の抗体である。
【０１３０】
本明細書に使用されている場合、「二次抗体」とは、一次ペンブロリズマブ抗体又は一次ペンブロリズマブバリアント抗体に特異的に結合し、これによって一次抗体と、もしあれば、後続の検出試薬との間に架橋を形成する抗体を指す。二次抗体は一般に、腫瘍試料中のＰＤ−Ｌ１発現のＩＨＣアッセイに使用される二次抗体である。
【０１３１】
本明細書に使用されている場合、「患者」とは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックの組合せによって治療されるがんを有する対象を指す。
【０１３２】
ある特定の実施形態では、患者は、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い又は陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び低レベルのＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がんを含む、がんを有する。
【０１３３】
他の実施形態では、患者は、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答するがんを有し、このがんは、任意選択的に、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い又は陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び低レベルのＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し得、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ２＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫を含む。
【０１３４】
本明細書に使用されている場合、「プローブ」は、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、目的の遺伝子によって発現される転写産物に特異的にハイブリダイズすることができ、一部の好ましい実施形態では、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、目的の遺伝子についての特定の転写産物に特異的にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを意味する。
【０１３５】
本明細書に使用されている場合、「ＲＥＣＩＳＴ  １．１応答基準」は、必要に応じて、応答が測定される状況に基づいて標的病変又は非標的病変について、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒら、Ｅ．Ａ．ら、Ｅｕｒ．Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ４５：２２８〜２４７頁（２００９年）に記載されている定義を意味する。
【０１３６】
本明細書に使用されている場合、「参照ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャースコア」は、試験対象と同じ腫瘍型を有し、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片並びにタリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法により治療されている対象の参照集団における非応答者の少なくとも大部分から応答者の少なくとも大部分を分けることが決定されているＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーについてのスコアを意味する。好ましくは、参照集団における応答者の６０％、７０％、８０％又は９０％のうちの少なくともいずれかは、選択された参照スコア（例えば、対照パネルの規定された閾値）未満であるＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャースコア（すなわち、陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャー）を有するが、参照集団における非応答者の６０％、７０％、８０％、９０％又は９５％のうちの少なくともいずれかについてのＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーは、選択された参照スコアよりも大きい（すなわち、陽性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャー）。一部の好ましい実施形態では、参照集団における応答者は、ＲＥＣＩＳＴ  １．１基準によって測定して部分奏効（ＰＲ）又は完全奏効（ＣＲ）を達成した対象として定義され、非応答者は、ＲＥＣＩＳＴ  １．１臨床応答を達成しなかったものとして定義される。
【０１３７】
本明細書に記載されている併用療法による治療に対する特異的抗腫瘍応答に言及する場合、「応答患者」は、患者が抗腫瘍応答を示したことを意味する。
【０１３８】
本明細書に参照される腫瘍又は任意の他の生物学的物質に言及する場合、「試料」は、対象から除去された試料を意味する。
【０１３９】
「持続的応答」は、治療剤又は本明細書に記載されている併用療法による治療の停止後の持続的治療効果を意味する。一部の実施形態では、持続的応答は、治療期間と少なくとも同じである又は治療期間より少なくとも１．５、２．０、２．５若しくは３倍長い持続時間を有する。
【０１４０】
「組織切片」とは、組織試料の単一の部分又は片、例えば、正常組織又は腫瘍の試料から切断された組織の薄い切片を指す。
【０１４１】
本明細書に使用されている場合、がんを「治療する」又は「治療すること」は、例えば、がん細胞の数の低減、腫瘍サイズの低減、末梢器官へのがん細胞浸潤の速度の低減又は腫瘍転移若しくは腫瘍成長の速度の低減のような少なくとも１つの陽性の治療効果を達成するために、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント若しくはこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベック並びに／又は別の治療剤を、がんを有する又はがんと診断された対象に投与することを意味する。がんにおける陽性の治療効果は多くの手段において測定され得る（Ｗ．Ａ．Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｎｕｌｌ．Ｍｅｄ．５０：１Ｓ−１０Ｓ（２００９年）；Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒら、前出を参照のこと）。一部の好ましい実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片並びに／又はタリモジーン・ラハーパレプベックに対する応答は、ＲＥＣＩＳＴ  １．１基準を使用して評価される。一部の実施形態では、治療的に有効な量によって達成される治療は、部分奏効（ＰＲ）、完全奏効（ＣＲ）、無増悪生存率（ＰＦＳ）、無病生存率（ＤＦＳ）、客観的奏効（ＯＲ）又は全生存率（ＯＳ）のうちのいずれかである。一部の好ましい実施形態では、本発明のＣＤ８＋細胞密度、遺伝子シグネチャーバイオマーカー及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態は、固形腫瘍を有する対象がＰＲ又はＣＲを達成する可能性が高いかどうかを予測する。がん患者を治療するのに有効である本明細書に記載されている療法の投薬レジメンは、患者の疾患状態、年齢及び体重並びに対象において抗がん応答を誘発する療法の能力のような要因に応じて変化し得る。本発明の治療方法、医薬及び使用の実施形態は、あらゆる対象において陽性の治療効果を達成するのに有効ではないかもしれないが、スチューデントのｔ検定、カイ二乗検定、マン・ホイットニーによるＵ検定、クラスカル・ウォリス検定（Ｈ検定）、ヨンクヒール・タプストラ検定及びウィルコクソン検定のような当該技術分野において公知の任意の統計的検定によって決定して統計学的に有意な数の対象において有効でなければならない。
【０１４２】
「腫瘍」とは、がんと診断された対象又はがんを有することが疑われる対象に適用される場合、いずれかの大きさの悪性又は潜在的に悪性の新生物又は組織塊を指し、原発腫瘍及び続発性新生物を含む。固形腫瘍は、通常、嚢胞又は液体領域を含有しない組織の異常な成長又は塊である。異なる型の固形腫瘍は、これらを形成する細胞の型に由来する。固形腫瘍の例は、肉腫、癌及びリンパ腫である。白血病（血液がん）は一般に固形腫瘍を形成しない（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｔｅｒｍｓ）。
【０１４３】
「腫瘍細胞量」とも呼ばれる「腫瘍負荷」とは、全身に分布する腫瘍物質の総量を指す。腫瘍負荷とは、リンパ節及び骨髄（ｂｏｎｅ  ｎａｒｒｏｗ）を含む、全身のがん細胞の総数又は腫瘍の全体のサイズを指す。腫瘍負荷は、例えば、キャリパーを使用して、例えば、対象から除去したときの腫瘍の寸法を測定すること、又はイメージング技術、例えば、超音波、骨スキャン、コンピュータ断層撮影（ＣＴ）若しくは磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）スキャンを使用して体内にある間に腫瘍の寸法を測定することなどの、当該技術分野において公知の様々な方法によって決定され得る。
【０１４４】
「腫瘍サイズ」という用語は、腫瘍の長さ及び幅として測定され得る腫瘍の全体のサイズを指す。腫瘍サイズは、例えば、キャリパーを使用して、例えば、対象から除去したときの腫瘍の寸法を測定すること、又はイメージング技術、例えば、骨スキャン、超音波、ＣＴ若しくはＭＲＩスキャンを使用して体内にある間に腫瘍の寸法を腫瘍の寸法を測定することのような、当該技術分野において公知の様々な方法によって決定され得る。
【０１４５】
本明細書に使用されている場合、「可変領域」又は「Ｖ領域」は、異なる抗体間で配列が可変であるＩｇＧ鎖のセグメントを意味する。これは軽鎖のＫａｂａｔ残基１０９及び重鎖のＫａｂａｔ残基１１３にまで及ぶ。
【０１４６】
本明細書に開示されている本発明の治療方法、医薬及び使用の一部の実施形態では、個体はヒトであり、がんは、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は低い若しくは陰性のＣＤ８＋Ｔ細胞密度と相関し、限定されないが、黒色腫（一般に高いＴ細胞浸潤である高い％のＰＤ−Ｌ１＋；サブセットＰＤ−Ｌ１／ＴＩＬ低、Ｔｕｍｅｈら、Ｎａｔｕｒｅ  ２０１４年；Ｄａｕｄ、ＪＣＯ  ２０１６年）；非小細胞肺がん（一部の高い％のＰＤ−Ｌ１＋；サブセットＰＤ−Ｌ１／ＴＩＬ低、Ｔｏｐａｌｉａｎ  ＮＥＪＭ  ２０１２年；Ｇａｒｏｎら、ＮＥＪＭ  ２０１５年；Ａｍｅｒａｔｕｎｇａ  ＰｌｏｓＯｎｅ  ２０１６年）；頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌；ＨＰＶ陽性頭頸部がん又はＨＰＶ陰性頭頸部がん（一般に高いＴ細胞浸潤である高い％のＰＤ−Ｌ１＋；サブセットＰＤ−Ｌ１／ＴＩＬ低はＨＰＶ＋及びＨＰＶ−頭頸部がんの両方に当てはまるようである、Ｌｙｆｏｒｄ−Ｐｙｋｅ  ＣａｎＲｅｓ  ２０１３年；Ｍａｌｍ  Ｈｅａｄ  Ｎｅｃｋ  ２０１５年；Ｍａｎｄａｌら、ＪＣＩ  ２０１６年）；大腸がん（ミスマッチ修復欠損ＣＲＣ／リンチ症候群の高いＰＤ−Ｌ１＋ＴＩＬ浸潤である；一般にＭＳＩ安定性ＣＲＣの冷たい腫瘍、Ｌｅら、ＮＥＪＭ  ２０１５年；Ｍａｂｙ  ＣａｎＲｅｓ  ２０１５年）；ＨＥＲ２＋乳がん（ＣＤ８＋高（６１％）Ｆｏｘｐ３  Ｔｒｅｇ高；リンパ球優位型乳がん（１６％）、Ｓｔａｎｔｏｎ  ＪＡＭＡ（２０１６年））；ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）乳がん（ＣＤ８＋中（４３％）、低Ｆｏｘｐ３  Ｔｒｅｇ；リンパ球優位型乳がん（６％）、Ｓｔａｎｔｏｎ  ＪＡＭＡ（２０１６年））；トリプルネガティブ乳がん（ＣＤ８＋高（６０％）Ｆｏｘｐ３  Ｔｒｅｇ高；リンパ球優位型乳がん（２０％）、Ｓｔａｎｔｏｎ  ＪＡＭＡ（２０１６年））；卵巣がん（黒色腫に類似したＴＩＬ周囲の予後データ；Ｈａｍａｎｉｓｈｉ  ＪＣＯにおいて奏効率１５〜４０％、Ｈａｍａｎｉｓｈｉ  ＪＣＯ、２０１５年；Ｍａｎｄａｉ  ＩＪＣＯ  ２０１６年）；膀胱がん（ＰＤ−Ｌ１と相関；チェックポイント阻害剤に対する可能性のあるＴＩＬ膀胱がん相関、Ｐｏｗｌｅｓ  Ｎａｔｕｒｅ  ２０１４年（Ａｔｅｚｏ）；Ｋｉｍ  ＩＣＵ  ２０１６年）；ぶどう膜黒色腫（ｂｍｘデータが提示されたＰｉｐｅｒｎｏ−Ｎｅｕｍａｎｎ  ＡＳＣＯ  ２０１６年、ぶどう膜黒色腫）；去勢抵抗性前立腺がん（前立腺がんにおける少量のＰＤ−Ｌ１発現：先天性及び適応性免疫耐性、Ｍａｒｔｉｎ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ  ａｎｄ  Ｐｒｏｓｔａｔｉｃ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ  ２０１５年、Ｋｉｍ  ＩＣＵ  ２０１６年）；軟組織又は骨肉腫（わずかな奏効率；ＴＩＬ対チェックポイント阻害剤応答−に関する臨床データを見つけるために必要とされる利用可能な又は（ｏｒｅ）調査される予後ＰＤ−Ｌ１／ＴＩＬデータ、Ｌ．Ｐａｏｌｕｚｚｉ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓａｒｃｏｍａ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ２０１６年；Ｄ’Ａｎｇｅｌｏ  ＳＰ  Ｈｕｍａｎ  Ｐａｔｈｏｌ  ２０１５年）；及び腎細胞がん（主にＲＣＣにおいてＩｐｉ、アキシチニブ、抗ＶＥＧＦなどと組み合わせて使用したペンブロリズマブ、一般に高いＴ細胞浸潤である高い％のＰＤ−Ｌ１＋；サブセットＰＤ−Ｌ１／ＴＩＬ低、Ｔａｕｂｅ  Ｃｌｉｎ  Ｃａｎ  Ｒｅｓ  ２０１４年）を含む。
【０１４７】
本明細書に開示されている本発明の治療方法、医薬及び使用の他の実施形態では、個体はヒトであり、がんは、低い又は陰性のＩＦＮγ  ｍＲＮＡシグネチャーと相関し、限定されないが、黒色腫（ＩＦＮγシグネチャーとのＯＲＲ／ＰＦＳ相関、Ａｙｅｒｓら、ＪＩＴＣ  ２０１５年）；頭頸部がん（「炎症性表現型」シグネチャーは、ＰＤ−Ｌ１＋であると既に考えられている患者の群の中でもＨＮＳＣＣについての抗ＰＤ−１治療による臨床的有用性の強力な予測因子である；臨床試験情報：ＮＣＴ０１８４８８３４、Ｓｅｉｗｅｒｔ  ＡＳＣＯら、ＪＩＴＣ）；胃がん（ＩＦＮγシグネチャーとのＰＦＳ相関、Ａｙｅｒｓら、ＪＩＴＣ  ２０１５年）；食道がん（全体として、より高いシグネチャースコアを有するものは、ペンブロリズマブに対してより強い応答及び進行の実質的な遅延を経験した；非炎症性の低スコア群において、ＯＲＲは、より高いシグネチャースコアを有するものについての４３％と比較して１１％であった、Ｄｏｉら、ＧＣＳ  ２０１６年；５つのがんからのこのＲＮＡプロファイリングデータセットは、活性化Ｔ細胞による腫瘍浸潤が、ＰＤ−１チェックポイント遮断に対する応答の必要条件であるという証拠の増加につながっており、Ｔ細胞炎症性遺伝子発現シグネチャーが、抗ＰＤ−１治療による臨床的有用性のｐａｎがん予測因子であることを実証する、Ｐｉｈａ−Ｐａｕｌら、ＡＳＣＯ  ２０１６年）；肛門管がん（Ｐｉｈａ−Ｐａｕｌら、ＡＳＣＯ  ２０１６年の通り）；胆道がん（Ｐｉｈａ−Ｐａｕｌら、ＡＳＣＯ  ２０１６年の通り）；大腸がん（Ｐｉｈａ−Ｐａｕｌら、ＡＳＣＯ  ２０１６年の通り）；卵巣がん（Ｐｉｈａ−Ｐａｕｌら、ＡＳＣＯ  ２０１６年の通り）；及び移行上皮がん（ＩＦＮγシグネチャーの予測値に関して黒色腫、ＳＣＣＨＮ及び胃と類似）を含む。
【０１４８】
上記の治療方法、医薬及び使用の他の実施形態では、個体はヒトであり、がんは、低い又は陰性のＰＤ−Ｌ１  ｍＲＮＡ発現と相関し、限定されないが、膵がん（４％ＰＤ−Ｌ１＋、Ａｙｅｒｓら、ＡＡＣＲ  ２０１５年）；前立腺がん（１４％ＰＤ−Ｌ１＋、Ｉｄ．）；トリプルネガティブ乳がん（２９％ＰＤ−Ｌ１＋、Ｉｄ．）；黒色腫（４１％ＰＤ−Ｌ１＋、Ｉｄ．）；非小細胞肺がん（４２％ＰＤ−Ｌ１＋、Ｉｄ．）；尿路上皮がん（４２％ＰＤ−Ｌ１＋、Ｉｄ．）；及び頭頸部がん（５９％ＰＤ−Ｌ１＋、Ｉｄ．）（例えば、頭頸部の再発性又は転移性扁平上皮癌）を含む。
【０１４９】
方法、使用及び医薬
一態様では、本発明は、個体におけるがんを治療する方法であって、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片及びタリモジーン・ラハーパレプベックを含む併用療法を個体に投与するステップを含む、方法に関する。
【０１５０】
併用療法はまた、１種以上のさらなる治療剤も含んでもよい。さらなる治療剤は、例えば、化学療法剤、生物療法剤、免疫原性物質（例えば、弱毒化がん細胞、腫瘍抗原、腫瘍由来抗原又は核酸によりパルス化された樹状細胞のような抗原提示細胞、免疫刺激サイトカイン（例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮα２、ＧＭ−ＣＳＦ）及び限定されないが、ＧＭ−ＣＳＦのような免疫刺激サイトカインをコードする遺伝子をトランスフェクトされた細胞）であってもよい。さらなる治療剤の特定の投薬量及び投薬スケジュールは、さらに変化させてもよく、最適な用量、投与スケジュール及び投与経路は、使用される特定の治療剤に基づいて決定される。
【０１５１】
化学療法剤の例には、チオテパ及びシクロホスファミド（ｃｙｃｌｏｓｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）のようなアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンのようなアルキルスルホネート；ベンゾドパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）及びウレドパ（ｕｒｅｄｏｐａ）のようなアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド及びトリメチロロメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）を含むエチレンイミン及びメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅ）；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体のトポテカンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン（ｃａｌｌｙｓｔａｔｉｎ）；ＣＣ−１０６５（このアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体であるＫＷ−２１８９及びＣＢＩ−ＴＭＩを含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン（ｐａｎｃｒａｔｉｓｔａｔｉｎ）；サルコジクチイン；スポンジスタチン（ｓｐｏｎｇｉｓｔａｔｉｎ）；クロラムブチル、クロルナファジン、コロホスファミド（ｃｈｏｌｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベムビチン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド、ウラシルマスタードのようなナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチンのようなニトロソウレア（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａ）；エンジイン抗生物質のような抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマｌｌ（ｇａｍｍａｌｌ）及びカリケアマイシンファイｌｌ（ｐｈｉｌｌ）、例えば、Ａｇｎｅｗ、Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．、３３：１８３〜１８６頁（１９９４年）を参照のこと；ジネマイシンＡを含むジネマイシン；クロドロネートのようなビスホスホネート；エスペラミシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カミノマイシン（ｃａｍｉｎｏｍｙｃｉｎ）、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン（ｄｅｔｏｒｕｂｉｃｉｎ）、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ（ｐｙｒｒｏｌｉｎｏ）−ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン（ｅｓｏｒｕｂｉｃｉｎ）、イダルビシン、マルセロマイシン（ｍａｒｃｅｌｌｏｍｙｃｉｎ）、マイトマイシンＣのようなマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、ケラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン（ｔｕｂｅｒｃｉｄｉｎ）、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）のような抗代謝産物；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートのような葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンのようなプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンのようなピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンのようなアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンのような抗副腎剤（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌ）；フロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）のような葉酸補充剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルシン；ジアジコン；エルフォルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム（ｅｌｌｉｐｔｉｎｉｕｍ  ａｃｅｔａｔｅ）；エポチロン（ｅｐｏｔｈｉｌｏｎｅ）；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダミン；メイタンシン及びアンサマイトシンのようなメイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダモール（ｍｏｐｉｄａｍｏｌ）；ニトラクリン；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃ  ａｃｉｄ）；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン（ｓｉｚｏｆｕｒａｎ）；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特にＴ−２トキシン、ベラクリン（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ）Ａ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えばパクリタキセル及びドキセタキセル（ｄｏｘｅｔａｘｅｌ）；クロラムブシル；ゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン及びカルボプラチンのようなプラチナ類似体；ビンブラスチン；プラチナ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン（ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ）；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；ＣＴＰ−１１；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ｄｉｆｌｕｏｒｏｍｅｔｈｙｌｏｒｍｔｈｉｎｅ）（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸のようなレチノイド；カペシタビン；並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体が含まれる。また、例えば、タモキシフェン、ラロキシフェン、ドロロキシフェン、４−ヒドロキシタモキシフェン、トリオキシフェン、ケオキシフェン（ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ）、ＬＹＩ  １７０１８、オナプリストン及びトレミフェン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ）を含む、抗エストロゲン及び選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）のような腫瘍に対するホルモン作用を調節する又は阻害するように作用する抗ホルモン剤；例えば、４（５）−イミダゾール、アミノグルテチミド、酢酸メゲストロール、エキセメスタン、ホルメスタン、ファドロゾール、ボロゾール、レトロゾール及びアナストロゾールのような、副腎におけるエストロゲン産生を調節する、酵素アロマターゼを阻害するアロマターゼ阻害剤；フルタミド、ニルタミド、ビカルタミド、ロイプロリド及びゴセレリンのような抗アンドロゲン；並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体も含まれる。
【０１５２】
本発明の併用療法における各々の治療剤は、標準的な薬務に従って、単独で投与され得る又は治療剤並びに１種以上の薬学的に許容される担体、賦形剤及び希釈剤を含む医薬（本明細書において医薬組成物とも称される）中で投与され得る。
【０１５３】
本発明の併用療法における各々の治療剤は、同時に（すなわち、同じ医薬中で）投与され得る、併用して（すなわち、任意の順序で一方の直後に他方が投与される別々の医薬中で）投与され得る、又は任意の順序で連続して投与され得る。連続投与は、併用療法における治療剤が、異なる投薬形態（１つの薬剤は錠剤又はカプセルであり、別の薬剤は滅菌液である）であり、及び／又は異なる投薬スケジュールで投与され、例えば、化学療法剤が少なくとも毎日投与され、生物療法剤が、１週間に１回、２週間に１回若しくは３週間に１回のような少ない頻度で投与され、及び／又は身体の異なる部分に投与され、例えば、１種の治療剤が腫瘍内に投与され、１種の治療剤が全身に投与される場合、特に有用である。
【０１５４】
特に好ましい実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片の投与前に投与される。他の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片の投与後に投与される。別の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片と併用して投与される。
【０１５５】
一部の実施形態では、併用療法における治療剤のうちの少なくとも１つは、同じがんを治療するための単剤療法として薬剤が使用される場合に典型的に利用される同じ投薬レジメン（用量、頻度及び治療期間）を使用して投与される。他の実施形態では、患者は、薬剤が単剤療法として使用される場合より、併用療法における治療剤の少なくとも１種の少ない総量、例えば、より少ない用量、より少ない頻度の用量及び／又はより短い治療期間を受ける。
【０１５６】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは腫瘍内に投与される。ある特定の実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は非経口的に投与される。
【０１５７】
本発明の併用療法は、腫瘍を除去するための手術の前又は後に使用されてもよく、放射線療法の前、間又は後に使用されてもよい。
【０１５８】
一部の実施形態では、本発明の併用療法は、以前に生物療法剤又は化学療法剤により治療されていなかった患者、すなわち、がん治療未経験である患者に投与される。他の実施形態では、併用療法は、以前の療法の後（例えば、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）又は化学療法剤による不成功又は無効な療法の後に持続的応答を達成できなかった患者、すなわち、がん治療経験のある患者に投与される。
【０１５９】
本発明の併用療法は典型的に、触診によって見出される、又はＭＲＩ、超音波若しくはＣＡＴスキャンのような当該技術分野において周知のイメージング技術によって見出されるのに十分な大きさである腫瘍を治療するために使用される。
【０１６０】
本発明の併用療法は好ましくは、低いＣＤ８＋Ｔ細胞密度、陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーを有するがん及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態を有するがんを有するヒト患者に投与される。
【０１６１】
本発明の併用療法のための投薬レジメン（本明細書において投与レジメンとも称される）の選択は、実体（ｅｎｔｉｔｙ）の血清又は組織代謝回転速度、症状のレベル、実体の免疫原性及び治療される個体における標的細胞、組織又は器官の接近可能性を含む、いくつかの要因に依存する。好ましくは、投薬レジメンは、許容可能なレベルの副作用と調和して患者に送達される各治療剤の量を最大にする。したがって、組合せにおける各々の生物療法剤及び化学療法剤の用量及び投薬頻度は、特定の治療剤、治療されるがんの重症度及び患者の特徴に部分的に依存する。抗体、サイトカイン及び低分子の適切な用量を選択する際の指針は入手可能である。例えば、Ｗａｗｒｚｙｎｃｚａｋ（１９９６年）Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｔｈｅｒａｐｙ、Ｂｉｏｓ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ  Ｐｕｂ．Ｌｔｄ、Ｏｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ、ＵＫ；Ｋｒｅｓｉｎａ（ｅｄ．）（１９９１年）Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ、Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ  ａｎｄ  Ａｒｔｈｒｉｔｉｓ、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ；Ｂａｃｈ（ｅｄ．）（１９９３年）Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ａｎｄ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｔｈｅｒａｐｙ  ｉｎ  Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｅ  Ｄｉｓｅａｓｅｓ、Ｍａｒｃｅｌ  Ｄｅｋｋｅｒ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、ＮＹ；Ｂａｅｒｔら、（２００３年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：６０１〜６０８頁；Ｍｉｌｇｒｏｍら、（１９９９年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４１：１９６６〜１９７３頁；Ｓｌａｍｏｎら、（２００１年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４４：７８３〜７９２頁；Ｂｅｎｉａｍｉｎｏｖｉｔｚら、（２０００年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４２：６１３〜６１９頁；Ｇｈｏｓｈら、（２００３年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４８：２４〜３２頁；Ｌｉｐｓｋｙら、（２０００年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４３：１５９４〜１６０２頁；Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ  ２００３年（Ｐｈｙｓｉｃｉａｎｓ’  Ｄｅｓｋ  Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ、第５７版）；Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｅｃｏｎｏｍｉｃｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ；ＩＳＢＮ：１５６３６３４４５７；第５７版（２００２年１１月）を参照のこと。適切な投薬レジメンの決定は、例えば、治療に影響を及ぼすか又は治療に影響を及ぼすと予測される、当該技術分野において公知である又は疑われるパラメーター又は要因を使用して臨床医によってなされ得、例えば、患者の病歴（例えば、以前の療法）、治療されるがんの種類及びステージ並びに併用療法における治療剤のうちの１種以上に対する応答のバイオマーカーに依存する。タリモジーン・ラハーパレプベックと併用したペンブロリズマブについての最適な用量は、これらの薬剤の一方又は両方の用量漸増又は用量漸減によって同定され得る。
【０１６２】
本発明はまた、上記のペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片並びに薬学的に許容される賦形剤を含む医薬を提供する。ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片は、従来の細胞培養及び回収／精製技術を使用してＣＨＯ細胞中で産生され得る。
【０１６３】
一部の実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を含む医薬は、液体製剤として提供されてもよく、又は使用前に注射用の滅菌水を用いて凍結乾燥粉末を再構成することによって調製されてもよい。ＷＯ２０１２／１３５４０８は、本発明における使用に適したペンブロリズマブを含む液体及び凍結乾燥医薬の調製を記載している。一部の実施形態では、ペンブロリズマブを含む医薬は、４ｍｌの溶液中に約１００ｍｇのペンブロリズマブを含有するガラスバイアル中に提供される。各１ｍＬの溶液は２５ｍｇのペンブロリズマブを含有し、Ｌ−ヒスチジン（１．５５ｍｇ）、ポリソルベート８０（０．２ｍｇ）、スクロース（７０ｍｇ）及び注射用水、ＵＳＰ中で製剤化される。溶液はＩＶ輸注のために希釈を必要とする。
【０１６４】
本発明の併用療法における生物療法剤は、持続輸注によって投与され得る、又は例えば、毎日、１日おき、１週間に３回若しくは１週間に１回、２週間に１回、３週間に１回、１ヶ月に１回、２ヶ月に１回などの間隔での用量によって投与され得る。１週間の総用量は一般に、少なくとも０．０５μｇ／ｋｇ体重、０．２μｇ／ｋｇ体重、０．５μｇ／ｋｇ体重、１μｇ／ｋｇ体重、１０μｇ／ｋｇ体重、１００μｇ／ｋｇ体重、０．２ｍｇ／ｋｇ体重、１．０ｍｇ／ｋｇ体重、２．０ｍｇ／ｋｇ体重、１０ｍｇ／ｋｇ体重、２５ｍｇ／ｋｇ体重、５０ｍｇ／ｋｇ体重又はこれ以上である。例えば、Ｙａｎｇら、（２００３年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４９：４２７〜４３４頁；Ｈｅｒｏｌｄら、（２００２年）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．３４６：１６９２〜１６９８頁；Ｌｉｕら、（１９９９年）Ｊ．Ｎｅｕｒｏｌ．Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．Ｐｓｙｃｈ．６７：４５１〜４５６頁；Ｐｏｒｔｉｅｌｊｉら、（２０００３）Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５２：１３３〜１４４頁を参照のこと。
【０１６５】
ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を利用するある特定の実施形態では、投薬レジメンは、治療の過程全体を通して、約１４日（±２日）又は約２１日（±２日）又は約３０日（±２日）の間隔で、１、２、３、５又は１０ｍｇ／ｋｇの用量にて、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を投与することを含む。好ましい実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は、（例えば、黒色腫について）３週間ごとに２ｍｇ／ｋｇの用量にて使用される。別の好ましい実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片は、（例えば、非小細胞肺がん、頭頸部扁平上皮癌及び／又はホジキンリンパ腫について）３週間ごとに２００ｍｇ（固定）の用量にて使用される。
【０１６６】
併用療法においてペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を利用する他の実施形態では、投薬レジメンは、患者内での用量漸増を伴って約０．００５ｍｇ／ｋｇ〜約１０ｍｇ／ｋｇの用量にて、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を投与することを含む。他の漸増用量の実施形態では、用量間の間隔は漸進的に短縮され、例えば、第１の用量と第２の用量との間で約３０日（±２日）、第２の用量と第３の用量との間で約１４日（±２日）である。ある特定の実施形態では、投薬間隔は、第２の用量の後の用量について、約１４日（±２日）である。
【０１６７】
ある特定の実施形態では、対象は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片のいずれかを含む医薬の非経口投薬、例えば静脈内（ＩＶ）輸注により投与される。
【０１６８】
本発明の好ましい実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片は、２週間ごとに１ｍｇ／ｋｇ（Ｑ２Ｗ）、２ｍｇ／ｋｇ  Ｑ２Ｗ、３ｍｇ／ｋｇ  Ｑ２Ｗ、５ｍｇ／ｋｇ  Ｑ２Ｗ、１０ｍｇ／ｋｇ  Ｑ２Ｗ、３週間ごとに１ｍｇ／ｋｇ（Ｑ３Ｗ）、２ｍｇ／ｋｇ  Ｑ３Ｗ、３ｍｇ／ｋｇ  Ｑ３Ｗ、５ｍｇ／ｋｇ  Ｑ３Ｗ、１０ｍｇ  Ｑ３Ｗ及びこれらの用量のいずれかの等価な一定用量（ｆｌａｔ−ｄｏｓｅ  ｅｑｕｉｖａｌｅｎｔ）、すなわち、例えば２００ｍｇ  Ｑ３Ｗからなる群から選択される用量にて液体医薬中で投与される。一部の実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片は、２５ｍｇ／ｍｌのペンブロリズマブ、７％（ｗ／ｖ）のスクロース、０．０２％（ｗ／ｖ）のポリソルベート８０を１０ｍＭのヒスチジン緩衝剤（ｐＨ５．５）中に含む液体医薬として提供される。
【０１６９】
一部の実施形態では、選択された用量のペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片は、ＩＶ輸注によって投与される。一実施形態では、選択された用量のペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片は、２５〜４０分又は約３０分の時間にわたってＩＶ輸注によって投与される。
【０１７０】
本発明はまた、タリモジーン・ラハーパレプベック及び薬学的に許容される賦形剤を含む医薬を提供する。タリモジーン・ラハーパレプベックは腫瘍内注射のために生理学的緩衝剤中に懸濁され得る。
【０１７１】
ある特定の実施形態では、タリモジーン・ラハーパレプベックは、１週目の１日目に最大で４．０ｍｌまでの１０６プラーク形成単位／ｍＬ（ＰＦＵ／ｍＬ）の用量にて注射可能な腫瘍への腫瘍内注射によって投与され、続いて、４週目及び６週目の１日目、その後、２週（±３日）ごとに最大で４．０ｍｌまでの１０８ＰＦＵ／ｍＬの用量にて投与される。腫瘍内に注射されるタリモジーン・ラハーパレプベックの推奨される体積は、腫瘍のサイズに依存し、表１の注射体積ガイドラインに従って決定されるべきである。
【０１７２】
【表１】
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【０１７３】
全ての合理的に注射可能な病変（超音波誘導を用いて又は用いずに注射され得る皮膚、皮下及び結節性疾患）は、個々の投薬時に利用可能な最大投薬体積を注射されるべきである。各治療日に、注射の優先順位付けは、以下のように推奨される：最後の注射から現れたいずれかの新たな注射可能な腫瘍；最大の腫瘍から開始して腫瘍サイズによる；現在注射可能であるいずれかの以前に注射不可能な腫瘍。組成物は、緩衝剤、アスコルビン酸のような酸化防止剤、（１０未満のアミノ酸を有するもののような）低分子量ポリペプチド、タンパク質、アミノ酸、グルコース、スクロース又はデキストリンのような炭水化物、ＥＤＴＡのようなキレート剤、グルタチオン、安定剤及び賦形剤からなる群から選択される１種以上の物質を含んでもよい。特定の血清アルブミンと混合された中性緩衝生理食塩水又は生理食塩水が、適切な希釈剤の例である。適切な業界標準に従って、ベンジルアルコールのような防腐剤も添加されてもよい。組成物は、希釈剤として適切な賦形剤溶液（例えば、スクロース）を使用して凍結乾燥物として製剤化され得る。適切な成分は、利用される投薬量及び濃度にて受容者に対して無毒である。
【０１７４】
一部の実施形態では、患者が、（１）１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーを有し、（２）黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がんと診断されている場合、この患者は本発明の併用療法による治療のために選択される。
【０１７５】
他の実施形態では、患者が、（１）チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答するがんを有し、（２）１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に任意選択的に関連し得、（３）黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ２＋／ＨＥＲ２−乳がん、炎症性のトリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫と診断されている場合、この患者は本発明の併用療法による治療のために選択される。
【０１７６】
本明細書に記載されている医薬は、第１の容器及び第２の容器並びに添付文書を含むキットとして提供され得る。第１の容器は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を含む少なくとも１回の用量の医薬を含有し、第２の容器は、少なくとも１回の用量のタリモジーン・ラハーパレプベックを含有する。キットは、医薬を使用してがんについて患者を治療するための説明書を含む、添付文書又はラベルを任意選択的に含んでもよい。第１の容器及び第２の容器は、同じ又は異なる形状（例えば、バイアル、注射器及びボトル）及び／又は材料（例えば、プラスチック又はガラス）から構成されてもよい。キットは、希釈剤、フィルター、ＩＶバッグ及びライン、針及び注射器のような、医薬を投与するのに有用であり得る他の材料をさらに含んでもよい。キットの一部の好ましい実施形態では、説明書は、医薬が、１，０００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋Ｔ細胞密度、陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャー及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態を有するがんを有する患者を治療する際の使用を意図することを記載している。
【０１７７】
医薬組成物
本発明は、下記に記載されている予防的治療及び／又は治療的治療のための上記の薬剤の使用に関する。したがって、本発明のペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片並びに／又はタリモジーン・ラハーパレプベックは、投与に適した医薬組成物に組み込まれ得る。このような組成物は典型的に、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片又はタリモジーン・ラハーパレプベック並びに薬学的に許容される担体を含む。本明細書に使用されている場合、「薬学的に許容される担体」という言語は、薬学的投与に適合する、あらゆる全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤などを含むことが意図される。薬学的に活性な物質のためのこのような媒体及び薬剤の使用は、当該技術分野において周知である。任意の従来の媒体又は薬剤が活性化合物と不適合であることを除いて、組成物におけるこれらの使用が意図される。補助活性化合物も組成物に組み込まれてもよい。
【０１７８】
本発明の医薬組成物は、この意図される投与経路と適合するように製剤化される。投与経路の例には、非経口、例えば、静脈内、皮内、皮下、腹腔内、筋肉内、経皮（局所）及び経粘膜投与が含まれる。非経口、皮内又は皮下適用のために使用される溶液又は懸濁液は、以下の成分：注射用水、生理食塩水溶液、不揮発性油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール又は他の合成溶媒のような滅菌希釈剤；ベンジルアルコール又はメチルパラベンのような抗菌剤；アスコルビン酸又は亜硫酸水素ナトリウムのような酸化防止剤；エチレンジアミン四酢酸のようなキレート剤；酢酸塩、クエン酸塩又はリン酸塩のような緩衝剤及び塩化ナトリウム又はデキストロースのような等張性を調節するための薬剤を含んでもよい。ｐＨは、塩酸又は水酸化ナトリウムのような酸又は塩基により調整され得る。非経口製剤は、ガラス又はプラスチックから作製されたアンプル、使い捨て注射器又は複数回用量バイアル中に封入され得る。
【０１７９】
注射用途に適した医薬組成物には、滅菌水溶液（水溶性の場合）又は分散液及び滅菌注射用溶液又は分散液の即時調製のための滅菌粉末が含まれる。静脈内、ＩＳ、ＩＣＶ及び／又はＩＴ投与に関して、適切な担体には、生理食塩水、静菌水、Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒ  ＥＬＴＭ（ＢＡＳＦ、Ｐａｒｓｉｐｐａｎｙ、Ｎ．Ｊ．）又はリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）が含まれる。全ての場合、組成物は無菌でなければならず、容易な注射可能性（ｓｙｒｉｎｇａｂｉｌｉｔｙ）が存在する程度まで流動性でなければならない。これは製造及び保存の条件下で安定であるべきであり、細菌及び真菌のような微生物の汚染作用に対して保存されなければならない。担体は、例えば、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール及び液体ポリエチレングリコールなど）及びこれらの適切な混合物を含有する溶媒又は分散媒であってもよい。適切な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティングの使用によって維持され得、分散液の場合に必要な粒径のメンテナンスによって維持され得、界面活性剤の使用によって維持され得る。微生物の作用の阻止は、様々な抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、アスコルビン酸、チメロサールなどによって達成され得る。多くの場合、等張剤、例えば、糖、マンニトール、ソルビトールのような多価アルコール、塩化ナトリウムを組成物中に含むことが好ましい。注射用組成物の持続的吸収は、吸収を遅延させる薬剤、例えば、モノステアリン酸アルミニウム及びゼラチンを組成物中に含めることによってもたらされ得る。
【０１８０】
滅菌注射用溶液は、必要な量の活性化合物を、必要に応じて、上記に列挙した成分の１つ又は組合せを有する適切な溶媒中に組み込み、続いて濾過滅菌することによって調製され得る。一般に、分散液は、活性化合物を、基礎分散媒体及び上記に列挙したものからの必要な他の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射用溶液を調製するための滅菌粉末の場合、好ましい調製方法は真空乾燥及び凍結乾燥であり、これらにより、活性成分に加えて、予め濾過滅菌されたこれらの溶液から任意のさらなる所望の成分の粉末が得られる。
【０１８１】
全身投与は、経粘膜手段によってもよく、又は経皮手段によってもよい。経粘膜投与又は経皮投与に関して、障壁を浸透するのに適した浸透剤が製剤に使用される。このような浸透剤は一般に当該技術分野において公知であり、例えば、経粘膜投与に関して、洗浄剤、胆汁酸塩及びフシジン酸誘導体を含む。経粘膜投与は、鼻腔用スプレー又は坐剤の使用によって達成され得る。経皮投与に関して、活性化合物は、当該技術分野において一般に公知である、軟膏、膏薬、ゲル又はクリームに製剤化される。
【０１８２】
一実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片又はタリモジーン・ラハーパレプベックは、インプラント及びマイクロカプセル化送達系を含む、制御放出製剤のような、身体からの迅速な排出から化合物を保護する担体を用いて調製される。エチレンビニルアセテート、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル及びポリ乳酸のような、生分解性、生体適合性ポリマーが使用され得る。このような製剤の調製方法は当業者にとって明らかである。材料はまた、Ａｌｚａ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ及びＮｏｖａ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃから商業的に得られ得る。リポソーム懸濁液（ウイルス抗原に対するモノクローナル抗体を用いて、感染細胞を標的リポソームを含む）もまた、薬学的に許容される担体として使用され得る。これらは、例えば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．４，５２２，８１１に記載されているように、当業者に公知の方法に従って調製され得る。
【０１８３】
投与の容易性及び投薬の均一性のために、投薬単位形態において非経口組成物を製剤化することが、特に有益である。本明細書に使用されている場合、投薬単位形態とは、治療される対象のための単位投薬として適した物理的に別個の単位を指し、各単位は、必要とされる医薬担体と関連して所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含有する。本発明の投薬単位形態についての仕様は、活性化合物の特有の特徴及び達成されるべき特定の治療効果並びに個体の治療のためにこのような活性化合物を配合する技術に固有の制限によって決定され、これらに直接依存する。
【０１８４】
医薬組成物は、投与のための任意選択の説明書と一緒に、容器、パック又はディスペンサーに含まれ得る。
【０１８５】
本発明の医薬組成物は、局所的治療又は全身的治療が望まれるかどうかに依存して、及び治療される領域に依存して、多くの手段において投与され得る。投与は、腫瘍内であってもよく、又は非経口であってもよい。非経口投与には、静脈内点滴、皮下、腹腔内又は筋肉内注射、髄腔内又は脳室内投与が含まれる。
【０１８６】
非経口投与のための製剤には、緩衝剤、希釈剤及び他の適切な添加剤も含有し得る滅菌水溶液が含まれ得る。脳室内注射は、例えば、リザーバに取り付けられた脳室内カテーテルによって容易にされ得る。静脈内使用のために、溶質の総濃度は、製剤を等張にするように制御されるべきである。
【０１８７】
担体として有用である医薬賦形剤の種類には、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）のような安定剤、炭水化物、アミノ酸及びポリペプチドのような増量剤、ｐＨ調整剤又は緩衝剤、塩化ナトリウムのような塩などが含まれる。これらの担体は、結晶形態であってもよく、若しくは非晶質形態であってもよく、又はこれらの２つの混合物であってもよい。
【０１８８】
特に有益である増量剤には、適合性炭水化物、ポリペプチド、アミノ酸又はこれらの組合せが含まれる。適切な炭水化物には、ガラクトース、Ｄ−マンノース、ソルボースなどのような単糖類；ラクトース、トレハロースなどのような二糖類；２−ヒドロキシプロピル−ベータ−シクロデキストリンのようなシクロデキストリン；及びラフィノース、マルトデキストリン、デキストランなどのような多糖類；マンニトール、キシリトールなどのようなアルジトールが含まれる。炭水化物の好ましい群には、ラクトース、トレハロース、ラフィノースマルトデキストリン及びマンニトールが含まれる。適切なポリペプチドには、アスパルテームが含まれる。アミノ酸には、アラニン及びグリシンが含まれ、グリシンが好ましい。
【０１８９】
適切なｐＨ調整剤又は緩衝剤には、クエン酸ナトリウム、アスコルビン酸ナトリウムなどのような有機酸及び塩基から調製される有機塩が含まれ、クエン酸ナトリウムが好ましい。
【０１９０】
一実施形態では、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片又はタリモジーン・ラハーパレプベックを含む組成物の単位用量又は測定用量は、埋め込みデバイスによって分配される。デバイスは、対象内のパラメーターをモニタするセンサを含んでもよい。例えば、デバイスは、浸透圧ポンプのようなポンプ及び任意選択的に関連する電子機器を含んでもよい。
【０１９１】
バイオマーカー試験
バイオマーカー発現スコア（例えば、ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャースコア及び／又はＰＤ−Ｌ１状態）は、対象から除去された腫瘍組織の試料において決定され得る。腫瘍は、原発性であってもよく、若しくは再発性であってもよく、任意の種類（上記のように）であってもよく、任意のステージ（例えば、ステージＩ、ＩＩ、ＩＩＩ若しくはＩＶ又は同等の他の病期分類システム）であってもよく、及び／又は任意の組織構造であってもよい。対象は、いずれの年齢、性別、治療歴並びに／又は寛解の程度及び期間であってもよい。
【０１９２】
腫瘍試料は、限定されないが、外科的切除、吸引又は生検を含む、様々な手順によって得られ得る。組織試料は、切片化されてもよく、新鮮な被検査物としてアッセイされてもよい。あるいは、組織試料は、さらなる切片化のために凍結されてもよい。一部の好ましい実施形態では、組織試料は、パラフィンなどに固定し、包埋することによって保存される。
【０１９３】
腫瘍組織試料は従来の方法によって固定されてもよく、固定の長さは組織試料のサイズ及び使用される固定剤に依存する。中性緩衝ホルマリン、グルタルアルデヒド、ブアン及びパラホルムアルデヒドは、固定剤の非限定的な例である。好ましい実施形態では、組織試料はホルマリンにより固定される。一部の実施形態では、固定組織試料はまた、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料を調製するためにパラフィンに包埋される。
【０１９４】
典型的に、組織試料は固定され、上昇系列のアルコールによって脱水され、パラフィン又は他の切片化媒体により浸潤され、包埋され、これにより組織試料は切片化され得る。あるいは、最初に腫瘍組織試料が切片化され、次いで個々の切片が固定される。
【０１９５】
一部の好ましい実施形態では、腫瘍についてのバイオマーカー発現スコアは、顕微鏡スライド上にマウントされ、乾燥される、約３〜５マイクロメートル、好ましくは４又は５マイクロメートルのＦＦＰＥ組織切片を使用して決定される。
【０１９６】
ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャースコア及び／又はＰＤ−Ｌ１状態についての診断試験
一実施形態では、試験される腫瘍試料は、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャー並びに任意選択的に１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満又は約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度に関連し、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がんを含む、がん由来である。
【０１９７】
別の実施形態では、試験される腫瘍試料は、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答し、任意選択的に１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満又は約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し得、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ２＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫を含む、がん由来である。
【０１９８】
腫瘍組織の適切な試料が得られると、これは、スコア化される特定のＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーを含む遺伝子、例えば、ＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤ０１及びＧＺＭＡ又はＰＤ−Ｌ１のｍＲＮＡレベルのうちの１つ又はいずれかの組合せの各々の発現レベルを定量するために分析され得る。本明細書に使用されている場合、「遺伝子の発現レベルを決定する」という語句は、この遺伝子から転写されたＲＮＡ又はこのようなＲＮＡから翻訳されたタンパク質を検出し、定量することを指す。「ＲＮＡ転写産物」という用語は、遺伝子から転写されたｍＲＮＡ及び／若しくはこの特異的スプライシングバリアント並びに／又はこのようなｍＲＮＡ及びスプライシングバリアントの断片を含む。好ましい実施形態では、発現が測定されるＲＮＡ転写産物は、図１１における転写産物及び／又はＰＤ−Ｌ１転写産物である。
【０１９９】
当業者は、多くの方法が、分析のために組織試料からＲＮＡを単離するために使用され得ることを理解する。例えば、ＲＮＡは、グアニジニウムイソチオシアネート及び酸性フェノール−クロロホルム抽出におけるホモジナイゼーションによって凍結組織試料から単離され得る。市販のキットが、ＦＦＰＥ試料からＲＮＡを単離するために利用可能である。
【０２００】
当業者はまた、単離されたＲＮＡ又は全細胞溶解物内のＲＮＡ転写産物のレベルを検出し、定量するために有用ないくつかの方法を知っている。定量的検出方法には、限定されないが、アレイ（すなわち、マイクロアレイ）、定量的リアルタイムＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）、マルチプレックスアッセイ、ヌクレアーゼ保護アッセイ及びノーザンブロット分析が含まれる。一般に、このような方法は、検出される各転写産物の一部に相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である標識されたプローブを利用する。これらの方法に使用するためのプローブは、遺伝子の既知の配列及びこれによって発現される転写産物に基づいて容易に設計され得る。一部の好ましい実施形態では、プローブは、図１１において同定された遺伝子シグネチャー転写産物の各々とハイブリダイズするように設計される。プローブに適した標識は周知であり、例えば、蛍光標識、化学発光標識及び放射性標識が含まれる。
【０２０１】
一部の実施形態では、本発明の遺伝子シグネチャーに関する腫瘍試料のアッセイは、分子ビーコン検出分子と組み合わされた核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）を使用するリアルタイムでのＲＮＡレベルの検出及び定量を利用する。ＮＡＳＢＡは、例えば、Ｃｏｍｐｔｏｎ  Ｊ．、Ｎａｔｕｒｅ  ３５０（６３１３）：９１〜９２頁（１９９１年）に記載されている。ＮＡＳＢＡは、一ステップ等温ＲＮＡ特異的増幅法である。一般に、この方法は以下のステップを含む：ＲＮＡ鋳型が反応混合物に提供され、ここで第１のプライマーは鋳型の３’末端におけるこの相補的部位に結合し；逆転写酵素は逆の相補的ＤＮＡ鎖を合成し；ＲＮａｓｅ  ＨはＲＮＡ鋳型を破壊し（ＲＮａｓｅ  ＨはＲＮＡ−ＤＮＡハイブリッドにおけるＲＮＡのみを破壊するが、一本鎖ＲＮＡを破壊しない）；第２のプライマーはＤＮＡ鎖の３’末端に結合し、逆転写酵素はＤＮＡの第２の鎖を合成し；Ｔ７  ＲＮＡポリメラーゼは二本鎖ＤＮＡに結合し、相補的ＲＮＡ鎖を産生し、これはステップ１において再び使用され得るので、この反応は循環的である。
【０２０２】
他の実施形態では、アッセイフォーマットは、インベーダー（Ｉｎｖａｄｅｒ）（商標）アッセイ（Ｔｈｉｒｄ  Ｗａｖｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）のようなフラップエンドヌクレアーゼベースのフォーマットである。インベーダー法を使用する場合、標的部位の３’領域に特異的な配列を含有するインベーダープローブ及び鋳型の標的部位の５’領域に特異的な配列を含有する一次プローブ及び無関係なフラップ配列が調製される。次いでクリベースを、これらのプローブ、標的分子並びにフラップ配列に相補的な配列及び蛍光色素とクエンチャーの両方により標識される自己相補的配列を含有するＦＲＥＴプローブの存在下で作用させる。一次プローブが鋳型とハイブリダイズすると、インベーダープローブの３’末端が標的部位へと突き進み、この構造はクリベースにより切断されてフラップの解離をもたらす。フラップはＦＲＥＴプローブに結合し、蛍光色素部分がクリベースにより切断されて、蛍光の発光が生じる。
【０２０３】
さらに他の実施形態では、アッセイフォーマットは、分岐ＤＮＡ（ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ（商標）、Ｐａｎｏｍｉｃｓ）又はＨｙｂｒｉｄ  Ｃａｐｔｕｒｅ（商標）（Ｄｉｇｅｎｅ）を用いる直接ｍＲＮＡ捕捉を利用する。
【０２０４】
ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーにおける遺伝子の発現を測定する際又はＰＤ−Ｌ１の発現を測定する際の使用に適したアレイ技術の一例は、ＨＴＧ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ、Ｔｕｃｓｏｎ  ＡＺによって販売されているＡｒｒａｙＰｌａｔｅ（商標）アッセイ技術であり、Ｍａｒｔｅｌ，Ｒ．Ｒ．ら、Ａｓｓａｙ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  １（１）：６１〜７１頁、２００２年に記載されている。簡潔に説明すると、この技術は、ヌクレアーゼ保護アッセイをアレイ検出と組み合わせたものである。マイクロプレートウェル内の細胞はヌクレアーゼ保護アッセイに供される。細胞は、標的化されたｍＲＮＡ種に結合するプローブの存在下で溶解する。Ｓ１ヌクレアーゼを加えると、過剰のプローブ及び未ハイブリダイズｍＲＮＡが分解して、ｍＲＮＡ：プローブ二本鎖のみが残る。アルカリ加水分解は二本鎖のｍＲＮＡ成分を破壊して、プローブを無傷のまま残す。中和溶液の添加後、処理された細胞培養プレートの内容物を、プログラム化ＡｒｒａｙＰｌａｔｅ（商標）と呼ばれる別のＡｒｒａｙＰｌａｔｅ（商標）に移す。ＡｒｒａｙＰｌａｔｅｓ（商標）は各ウェルの底に１６素子アレイを含有する。各アレイ素子は、１つのアッセイから次のアッセイになっても同じ状態のままである位置特異的アンカーオリゴヌクレオチドを含む。１６個のアンカーの各々の結合特異性は、プログラミングリンカーオリゴヌクレオチドと呼ばれるオリゴヌクレオチドにより改変され、これは一方の末端においてアンカーに対して相補的であり、他方の末端においてヌクレアーゼ保護プローブに対して相補的である。ハイブリダイゼーション反応の間、培養プレートから移されたプローブは、固定化プログラミングリンカーにより捕捉される。捕捉されたプローブは、検出リンカーオリゴヌクレオチドとのハイブリダイゼーションにより標識され、次にこの検出リンカーオリゴヌクレオチドは、ペルオキシダーゼを取り込む検出コンジュゲートにより標識される。酵素は化学発光基質と共に供給され、酵素により生じた光がデジタルイメージにおいて捕捉される。アレイ素子における光強度は、元の細胞に存在する対応する標的ｍＲＮＡの量の尺度である。
【０２０５】
さらなる例としては、ＤＮＡマイクロアレイが遺伝子発現を測定するために使用され得る。簡潔に説明すると、ＤＮＡチップとも称されるＤＮＡマイクロアレイは、固体支持体上に一定のパターンにおいて配置された合成オリゴヌクレオチドのようなＤＮＡ断片の顕微鏡的アレイであり、この場合、これらは標準的なハイブリダイゼーション法による分析に適している（Ｓｃｈｅｎａ、ＢｉｏＥｓｓａｙｓ  １８：４２７頁（１９９６年）を参照のこと）。例示的なマイクロアレイ及びこれらの製造及び使用のための方法は、Ｔ．Ｒ．Ｈｕｇｈｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：３４２〜３４７頁（２００１年）に記載されている。多くの異なるマイクロアレイ構造及びこれらの製造方法は当業者に公知であり、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．５，２４２，９７４；５，３８４，２６１；５，４０５，７８３；５，４１２，０８７；５，４２４，１８６；５，４２９，８０７；５，４３６，３２７；５，４４５，９３４；５，５５６，７５２；５，４０５，７８３；５，４１２，０８７；５，４２４，１８６；５，４２９，８０７；５，４３６，３２７；５，４７２，６７２；５，５２７，６８１；５，５２９，７５６；５，５４５，５３１；５，５５４，５０１；５，５６１，０７１；５，５７１，６３９；５，５９３，８３９；５，６２４，７１１；５，７００，６３７；５，７４４，３０５；５，７７０，４５６；５，７７０，７２２；５，８３７，８３２；５，８５６，１０１；５，８７４，２１９；５，８８５，８３７；５，９１９，５２３；６，０２２，９６３；６，０７７，６７４；及びＵ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．６，１５６，５０１；Ｓｈｅｎａら、Ｔｉｂｔｅｃｈ  ６：３０１〜３０６頁、１９９８年；Ｄｕｇｇａｎら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２：１０〜１４頁、１９９９年；Ｂｏｗｔｅｌｌら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２１：２５〜３２頁、１９９９年；Ｌｉｐｓｈｕｔｚら、Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．２１：２０〜２４頁、１９９９年；Ｂｌａｎｃｈａｒｄら、Ｂｉｏｓｅｎｓｏｒｓ  ａｎｄ  Ｂｉｏｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃｓ  ７７：６８７〜９０頁、１９９６年；Ｍａｓｋｏｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２：４６６３〜６９頁、１９９３年；並びにＨｕｇｈｅｓら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．７９：３４２〜３４７頁、２００１年に開示されている。種々の適用においてアレイを使用する方法を記載している特許には、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．５，１４３，８５４；５，２８８，６４４；５，３２４，６３３；５，４３２，０４９；５，４７０，７１０；５，４９２，８０６；５，５０３，９８０；５，５１０，２７０；５，５２５，４６４；５，５４７，８３９；５，５８０，７３２；５，６６１，０２８；５，８４８，６５９；及び５，８７４，２１９が含まれ、これらの開示は全ての目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０２０６】
一実施形態では、オリゴヌクレオチドのアレイは、固体支持体上で合成され得る。例示的な固体支持体には、ガラス、プラスチック、ポリマー、金属、メタロイド、セラミックス、有機物などが含まれる。チップマスキング技術及び光保護化学を使用して、核酸プローブの秩序だったアレイを作製することが可能である。これらのアレイは、例えば、「ＤＮＡチップ」又は非常に大規模の固定化ポリマーアレイ（「ＶＬＳＩＰＳ（登録商標）アレイ」）として公知であり、約１ｃｍ２〜数ｃｍ２の面積を有する基体上に数百万個の一定のプローブ領域を含み、これにより数個〜数百万個のプローブを組み込むことができる（例えば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．５，６３１，７３４を参照のこと）。
【０２０７】
発現レベルを比較するために、標識化された核酸を、アレイ上の標的核酸とプローブとの間の結合に十分な条件下でアレイと接触させることができる。一実施形態では、ハイブリダイゼーション条件は、所望のレベルのハイブリダイゼーション特異性が得られるように選択され得る（すなわち、マイクロアレイ上の標識化された核酸とプローブとの間にハイブリダイゼーションが生じるのに十分な条件）。
【０２０８】
ハイブリダイゼーションは、本質的に特異的なハイブリダイゼーションを可能にする条件において実施され得る。核酸の長さ及びＧＣ含量は熱融解温度を決定し、したがって標的核酸に対するプローブの特異的ハイブリダイゼーションを得るのに必要なハイブリダイゼーション条件を決定する。これらの要因は当業者に周知であり、アッセイにおいても試験され得る。核酸ハイブリダイゼーションの詳細な指針は、Ｔｉｊｓｓｅｎら、（Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ、Ｖｏｌ．２４：Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｗｉｔｈ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｐｒｏｂｅｓ、Ｐ．Ｔｉｊｓｓｅｎ、ｅｄ．；Ｅｌｓｅｖｉｅｒ、Ｎ．Ｙ．（１９９３年））に見出され得る。上記の方法は、アレイ表面上の標識化された標的核酸のハイブリダイゼーションパターンの産生をもたらす。標識化された核酸の得られたハイブリダイゼーションパターンは、様々な方法において可視化され得、又は検出され得、特定の検出方式は標的核酸の特定の標識に基づいて選択される。代表的な検出手段には、シンチレーション計数、オートラジオグラフィー、蛍光測定、熱量測定、発光測定、光散乱などが含まれる。
【０２０９】
１つのこのような検出方法は、市販されているアレイスキャナー（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｓａｎｔａ  Ｃｌａｒａ、ＣＡ）、例えば、４１７（登録商標）Ａｒｒａｙｅｒ、４１８（登録商標）アレイスキャナー又はＡｇｉｌｅｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ａｒｒａｙ（登録商標）スキャナーを利用する。このスキャナーは、インターフェース及び使用し易いソフトウェアツールを伴うシステムコンピューターから制御される。出力は様々なソフトウェアアプリケーション内に直接取り込まれ得る、又は様々なソフトウェアアプリケーションによって直接読み取られ得る。例示的なスキャニング装置は、例えば、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．５，１４３，８５４及び５，４２４，１８６に記載されている。
【０２１０】
バイオマーカー転写産物の存在量を測定するための好ましいアッセイ法は、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｓｅａｔｔｌｅ、Ｗａｓｈ．ＵＳＡ）によって販売されているｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍを使用することを含む。Ｇｅｉｓｓら、Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２（３）：３１７〜３２５頁（２００８年）に記載されているこのシステムは、プローブの対、すなわち、捕捉プローブ及びレポータープローブを利用し、各々は、検出される転写産物に相補的な３５〜５０塩基配列を含む。捕捉プローブは、固定化タグ、例えば、データ収集のために複合体が固定化されることを可能にするアフィニティタグに結合した短い共通配列をさらに含む。レポータープローブは検出可能なシグナル又は標識をさらに含み、例えば、色分けされたタグに結合している。ハイブリダイゼーション後、過剰なプローブは試料から除去され、ハイブリダイズしたプローブ／標的複合体が整列され、カートリッジにおいてアフィニティタグ又は他のタグを介して固定化される。次いで試料は、例えば、この目的に適合したデジタル分析装置又は他のプロセッサを使用して分析される。一般に、各転写産物上の色分けされたタグは計数され、試料中の各転写産物の発現レベルを得るように各標的転写産物に関して集計される。このシステムは、Ｎａｎｏ−Ｓｔｒｉｎｇによって設計された捕捉プローブ及びレポータープローブを使用する単一のマルチプレックスアッセイにおいて数百個の固有の遺伝子転写産物の発現を測定することを可能にする。
【０２１１】
ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーにおける遺伝子の発現を測定する際に又は本明細書に記載されているＰＤ−Ｌ１状態を決定するために、腫瘍試料中の遺伝子の各々の絶対発現が対照と比較される。例えば、対照は、それぞれ、対象のプールにおける遺伝子の各々の発現の平均レベルであり得る。しかしながら、比較の感度を増加させるために、発現レベル値は好ましくは、多くの手段において変換される。
【０２１２】
例えば、遺伝子シグネチャーにおける各遺伝子の発現レベルは、遺伝子の全ての平均発現レベル若しくは発現レベルが決定される全ての遺伝子の総発現レベルによって正規化され得る、又は対照遺伝子のセットの平均発現レベルによって正規化され得る。したがって、一実施形態では、遺伝子はプローブのセットによって表され、遺伝子の各々の発現レベルは、目的の遺伝子シグネチャーの部分ではない任意の遺伝子を含む、表された遺伝子の全てにわたる平均又は中央値発現レベルによって正規化される。特定の実施形態では、正規化は、マイクロアレイ上の遺伝子の全ての発現の中央値又は平均レベルを割ることによって実施される。別の実施形態では、シグネチャー遺伝子の発現レベルは、対照遺伝子のセットの発現の平均又は中央値レベルによって正規化される。特定の実施形態では、対照遺伝子はハウスキーピング遺伝子を含む。別の特定の実施形態では、正規化は、対照遺伝子の中央値又は平均発現レベルで割ることによって達成される。
【０２１３】
遺伝子シグネチャースコアの感度はまた、遺伝子シグネチャーにおける個々の遺伝子の発現レベルを腫瘍試料のプールにおける同じ遺伝子の発現と比較した場合、増加する。好ましくは、比較は、試料のプールにおける各シグネチャー遺伝子の平均又は中央値発現レベルに対するものである。このような比較は、例えば、目的の対象試料における遺伝子の各々の発現レベルからの遺伝子の各々についてのプールの平均又は中央値発現レベルで割ることによって達成され得る。これは、試料における遺伝子とプール全体における遺伝子との間の発現における相対的相違を強調する効果を有し、比較をより高感度にし、有意義な結果をもたらす可能性が絶対的発現レベルのみの使用より高い。発現レベルのデータは任意の簡便な手段において変換され得る。好ましくは、全てについての発現レベルのデータは、平均又は中央値を取る前に対数変換される。
【０２１４】
プールに対する比較を実施する際に、２つのアプローチが使用され得る。第１に、試料におけるシグネチャー遺伝子の発現レベルは、プールにおけるこれらの遺伝子の発現レベルと比較され得、試料に由来する核酸及びプールに由来する核酸は単一実験の経過中にハイブリダイズされる。このようなアプローチは、核酸の新たなプールが各比較又は限られた数の比較のために生成されることを必要とし、したがって利用可能な核酸の量によって制限される。あるいは及び好ましくは、プールにおける発現レベルは、正規化されているか及び／又は変換されているか否かにかかわらず、試料からの個々の発現レベルのデータ（すなわち、単一チャネルデータ）との比較に使用されるように、コンピュータ上に保存され、又はコンピュータ可読媒体上に保存される。
【０２１５】
対象の腫瘍試料を標準又は対照と比較する場合、試料における特定の遺伝子の発現値は、標準又は対照における遺伝子の発現値と比較される。本発明の遺伝子シグネチャーにおける各遺伝子に関して、標準又は対照に対する個々の試料における発現値に関するｌｏｇ１０比が得られる。ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャー又はＰＤ−Ｌ１発現に関するスコアは、シグネチャーにおける遺伝子の平均ｌｏｇ（１０）比を決定することによって算出される。試験試料に関する遺伝子シグネチャースコアが、この遺伝子シグネチャーに関する所定の閾値を超える場合、試料は、ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーバイオマーカーに関して陽性とみなされる。本発明の一実施形態では、所定の閾値は、２．１７〜２．６９のいずれかの数（すなわち、２．１８、２．１９、２．２０．．．２．６６、２．６７、２．６８）に設定される。所定の閾値はまた、標準又は対照として使用される試料の収集物又はプールされた試料における遺伝子シグネチャーに関するスコアの平均、中央値又はパーセンタイルであってもよい。
【０２１６】
値が遺伝子の転写産物の存在量の客観的測定値を表す限り、シグネチャースコアを算出するためには、ｌｏｇ（１０）比以外の他の差次的発現値が使用され得ることは当業者によって認識される。例には、限定されないが、ｘｄｅｖ、誤差重み付け（ｅｒｒｏｒ−ｗｅｉｇｈｔｅｄ）ｌｏｇ（比）及び平均差分（ｍｅａｎ  ｓｕｂｔｒａｃｔｅｄ）ｌｏｇ（強度）が含まれる。
【０２１７】
１つの好ましい実施形態では、生の発現値は、参照分布に対する分位正規化及びその後のｌｏｇ１０変換を実施することによって正規化される。遺伝子発現が、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ（登録商標）、ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓによって販売されているｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍを使用して検出される場合、技術的（陽性対照及び陰性対照の両方）プローブについての値を除外した後で、陰性（バックグラウンド調整）又は陽性（既知の滴定によりスパイクされた合成配列）に依存する中間の正規化を実施せずに、試験試料及び１つ以上の対照試料（好ましくは少なくとも２つの試料、より好ましくは少なくとも４、８又は１６個の試料のいずれか）について報告された（すなわち生の）計数をプールすることによって、参照分布が作成される。次いでＩＦＮ−γシグネチャースコアは、遺伝子シグネチャーにおける遺伝子の各々、例えば、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１及びＨＬＡ−ＤＲＡのうちの１つ若しくはいずれかの組合せ又はＩＦＮγ、ＳＴＡＴ１、ＣＣＲ５、ＣＸＣＬ９、ＰＲＦ１、ＨＬＡ−ＤＲＡ、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＩＤ０１及びＧＺＭＡ若しくはＰＤ−Ｌ１の各々についての正規化された値の算術平均として算出される。
【０２１８】
一部の好ましい実施形態では、参照分布は、図１１に列挙されている４００個の遺伝子のセット又はこれらのサブセットにおける遺伝子の各々から本質的になる、遺伝子の正規化セットについての生の発現計数から作成される。サブセットは、２５、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、３００、３２５、３５０、３７５個又は２５〜４００個の任意の整数のうちの少なくともいずれかからなり得る。
【０２１９】
組織試料を得るステップ、遺伝子シグネチャーバイオマーカーアッセイのためにこれから１つ以上の組織切片を調製するステップ、アッセイを実施するステップ、及び結果をスコア化するステップの各々は、別の場所において別の個体／実体によって実施され得る。例えば、外科医は、生検によってがん患者の腫瘍から組織試料を得ることができ、次いで組織試料を病理試験施設へ送ることができ、組織試料を固定することができ、次いで単一組織切片を各々有する、アッセイのための１つ以上のスライドを調製することができる。スライドは、調製直後にアッセイされてもよく、又は将来のアッセイのために保存されてもよい。組織切片を調製した試験施設は、アッセイを行うことができ、又はアッセイを行うためにスライドを異なる試験施設に送ることができる。ＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャーに関してスライドをスコア化する病理学者又は訓練を受けた専門家は、診断試験施設の勤務者であってもよく、又は独立した契約者であってもよい。あるいは、単一の診断試験施設が、対象の医師又は外科医から組織試料を得、次いで組織切片の調製、スライドのアッセイ及び組織切片に関する遺伝子シグネチャースコアの算出に関わるステップの全てを実施する。
【０２２０】
一部の実施形態では、遺伝子シグネチャーバイオマーカーに関する組織切片の調製及びアッセイに関わる者は、試料が試験される対象の正体を知らない。すなわち、試験施設が受け取る試料は、試験施設に送られる前に何らかの形で匿名化されている。例えば、試料は番号又は何らかの他の記号（「試料ＩＤ」）のみによって特定され得、アッセイの結果は試料ＩＤを使用して試験発注者に報告される。好ましい実施形態では、対象の正体と対象の組織試料との間の関連性は、担当者又は担当医師しか知らない。
【０２２１】
一部の実施形態では、試験結果が得られた後、診断試験施設は試験報告を作成し、この試験報告は以下の結果のうちのいずれか１つ又は両方を含み得る：組織試料がバイオマーカー陽性であったこと又は陰性であったこと、腫瘍試料に関する遺伝子シグネチャースコア及びこの遺伝子シグネチャーに関する参照スコア。試験報告は、発現がアッセイにおいて分析された遺伝子のリストも含み得る。
【０２２２】
他の実施形態では、試験報告は、対象が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法に応答する可能性があるかどうかを予測するための結果をどのように解釈するかに関する指針も含み得る。例えば、一実施形態では、試験される腫瘍試料は、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がんを含み、陰性のＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャースコア及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態スコアを有するがん由来であり、試験報告は、対象が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法による治療に対する応答又はより良好な応答に関連するスコアを有することを示すことが可能であり、一方、ＣＤ８＋Ｔ細胞密度スコア及び／若しくはＩＦＮ−γ遺伝子シグネチャースコアが閾値を超える場合、並びに／又はＰＤ−Ｌ１状態スコアが高い場合、試験報告は、患者が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法による治療に対する無応答又は不良な応答に関連するスコアを有することを示す。
【０２２３】
別の実施形態では、試験される腫瘍試料は、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答し、任意選択的に、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し得、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫を含む、がん由来である。
【０２２４】
一部の実施形態では、試験報告は、診断試験施設によって作成された文書であり、ハードコピーとして又は電子メールにより患者又は患者の医師に送られる。他の実施形態では、試験報告はコンピュータプログラムによって作成され、診療所内のビデオモニター上に表示される。試験報告は、直接的に患者又は患者の医師又は診療所における許可された従業員への試験結果の口頭伝達も含み得る。同様に、試験報告は、医師が患者のファイルにおいて作成する試験結果の記録を含み得る。
【０２２５】
本発明のマーカーの存在又は不在の検出は、この目的のために特別に設計されたキットを使用して実施され得る。一実施形態では、キットは、遺伝子シグネチャーにおける標的転写産物とハイブリダイズすることができるオリゴヌクレオチドプローブのセットを含む。キットは、対照遺伝子又は正規化目的のために使用される遺伝子のような他の遺伝子の転写産物を検出することができるオリゴヌクレオチドプローブをさらに含み得る。オリゴヌクレオチドプローブのセットは、マイクロチップ、シリカビーズ（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．製のＢｅａｄ  Ａｒｒａｙ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）又はガラススライド（例えば、ＷＯ９８／２００２０及びＷＯ９８／２００１９を参照のこと）のような固体表面上のオリゴヌクレオチドの秩序だったアレイを含み得る。一部の実施形態では、オリゴヌクレオチドプローブは液体又は乾燥形態の１種以上の組成物中で提供される。
【０２２６】
免疫組織化学（ＩＨＣ）
ＩＨＣアッセイは典型的に、抗原賦活化により開始し、これは試薬及び方法に関して変化させてもよい。抗原賦活化プロセスは、ホルマリン架橋又は他の固定によって隠された抗原をマスクしないという標準的な目的で、加圧加熱処理（ｐｒｅｓｓｕｒｅ  ｃｏｏｋｉｎｇ）、プロテアーゼ処理、マイクロ波処理又は適切な緩衝剤の浴中での組織切片の加熱を含み得る（例えば、Ｌｅｏｎｇら、Ａｐｐｌ．Ｉｍｍｎｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．４（３）：２０１頁（１９９６年）を参照のこと）。
【０２２７】
ＩＨＣの２つの一般的な方法：直接アッセイ及び間接アッセイが使用され得る。直接ＩＨＣアッセイでは、標的抗原への抗体の結合は直接決定される。この直接アッセイは、さらなる抗体相互作用を必要とせずに可視化され得る、蛍光タグ又は酵素標識化一次抗体のような標識化された試薬を使用する。典型的な間接アッセイでは、コンジュゲートしていない一次抗体は抗原に結合し、次いで標識化された二次抗体は一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートする場合、発色性（ｃｈｒｏｍａｇｅｎｉｃ）基質又は蛍光性基質が抗原の可視化を提供するために添加される。シグナル増幅は、いくつかの二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応し得るために生じる。
【０２２８】
免疫組織化学のために使用される一次抗体及び／又は二次抗体は典型的に、検出可能な部分により標識される。一般に以下のカテゴリーに分類され得る多数の標識が利用可能である：（ａ）３５Ｓ、１４Ｃ、１３１Ｉ、３Ｈ及び１２３Ｉのような放射性同位体（抗体は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、Ｖｏｌｕｍｅｓ  １及び２、Ｃｏｌｉｇｅｎら、Ｅｄ．Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．、Ｐｕｂｓ．（１９９１年）に記載されている技術を使用して放射性同位体により標識され得、放射能はシンチレーション計数を使用して測定され得る。他の放射性核種には、９９Ｔｃ、９０Ｙ、３２Ｐ、１３Ｎ、１８Ｆ、５１Ｃｒ、５７Ｔｏ、２２５Ｒａ、６０Ｃｏ、５９Ｆｅ、５７Ｓｅ、１５２Ｅｕ、６７Ｃｕ、２１７Ｃｉ、２１１Ａｔ、２１２Ｐｂ、４７Ｓｃ、１０９Ｐｄ、２３４Ｔｈ、４０Ｋ、１５７Ｇｄ、５５Ｍｎ、５２Ｔｒ、８２Ｒｂ、２０１Ｔｈ、９２Ｓｒ、６７Ｇａ、１９２Ｉｒ、１６６Ｈｏ、１０Ｂ、９９ｍＴｃ、４２Ｋ、１８６Ｒｅ、１８８Ｒｅ、７５Ｓｅ、２４Ｎａ、１１Ｃ、１３Ｎ、１５Ｏ、５７Ｃｏ、６７Ｇａ、１７７Ｌｕ及び５６Ｆｅが含まれる。）；コロイド金粒子；並びに限定されないが、希土類キレート（ユーロピウムキレート）、フルオレセイン及びこの誘導体、ローダミン及びこの誘導体、イソチオシアネート、フィコエリトリン、フィコシアニン、アロフィコシアニン、ｏ−フタルアルデヒド（ｏ−ｐｈｔｈａｌａｄｅｈｙｄｅ）、フルオレスカミン、ダンシル、ウンベリフェロン、ルシフェリン、ルミナール（ｌｕｍｉｎａｌ）標識、イソルミナール（ｉｓｏｌｕｍｉｎａｌ）標識、芳香族アクリジニウムエステル標識、イミダゾール標識、アクリジニウム塩（ａｃｒｉｄｉｍｉｕｍ  ｓａｌｔ）標識、シュウ酸エステル標識、エクオリン標識、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、Ｔｅｘａｓ  Ｒｅｄ、ダンシル、Ｌｉｓｓａｍｉｎｅ、ウンベリフェロン、フィコクリセリン（ｐｈｙｃｏｃｒｙｔｈｅｒｉｎ）、フィコシアニン若しくはＳＰＥＣＴＲＵＭ  ＯＲＡＮＧＥ（登録商標）及びＳＰＥＣＴＲＵＭ  ＧＲＥＥＮ（登録商標）のような市販のフルオロフォア及び／又は上記のいずれか１つ以上の誘導体を含む、蛍光標識又は化学発光標識。蛍光標識は、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（前出）に開示されている技術を使用して抗体にコンジュゲートされ得る。蛍光は蛍光光度計を使用して定量され得る。
【０２２９】
種々の酵素−基質標識が利用可能である（Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．４，２７５，１４９を参照のこと）。酵素は一般に、種々の技術を使用して測定され得る発色性基質の化学変化を触媒する。例えば、酵素は、分光光度的に測定され得る、基質の色変化を触媒し得る。あるいは、酵素は基質の蛍光又は化学発光を変化させ得る。蛍光の変化を定量するための技術は上記されている。化学発光基質は、化学反応によって電子的に励起され、次いで（例えば、化学発光計（ｃｈｅｍｉｌｕｍｉｎｏｍｅｔｅｒ）を使用して）測定され得る、又は蛍光アクセプターにエネルギーを供与する光を放出し得る。
【０２３０】
酵素標識の例には、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ；Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏ．４，７３７，４５６）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸脱水素酵素、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）のようなペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖類酸化酵素（例えば、グルコース酸化酵素、ガラクトース酸化酵素及びグルコース−６−ホスフェートデヒドロゲナーゼ）、複素環酸化酵素（例えば、ウリカーゼ及びキサンチン酸化酵素）、ラクトペルオキシダーゼ、マイクロペルオキシダーゼなどが含まれる。酵素を抗体にコンジュゲートするための技術は、Ｏ’Ｓｕｌｌｉｖａｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｅｎｚｙｍｅ−  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ  ｆｏｒ  ｕｓｅ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｅ  Ｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ，  ｉｎ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍ．（ｅｄ  Ｊ．Ｌａｎｇｂｎｅ  ＆  Ｈ．Ｖａｎ  Ｖｕｎａｋｉｓ）、Ａｃａｄｅｍｉｃ  ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ、７３：１４７〜１６６頁（１９８１年）に記載されている。
【０２３１】
多数の酵素−基質の組合せが当業者に利用可能である。これらの一般的な概説に関しては、Ｕ．Ｓ．Ｐａｔ．Ｎｏｓ．４，２７５，１４９及び４，３１８，９８０を参照のこと。酵素−基質の組合せの例は以下である：（ｉ）茶色の最終生成物を生成する、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）と、基質として水素ペルオキシダーゼ（ここで、水素ペルオキシダーゼは、例えば、３，３’ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）のような色素前駆体を酸化する）；酸化すると、ローズレッドの最終生成物を形成する３−アミノ−９−エチルカルバゾール（ＡＥＣ）；青色最終生成物として沈殿する４−クロロ−１−ナフトール（ｎａｐｔｈｏｌ）（ＣＮ）；及び濃い藍色の生成物を生成するｐ−フェニレンジアミンジヒドロクロリド／ピロカテコール（ｐｙｒｏｃａｔｅｃｏｌ）；オルトフェニレンジアミン（ＯＰＤ）及び３，３’，５，５’−テトラメチルベンジジンヒドロクロリド（ＴＭＢ）；（ｉｉ）アルカリホスファターゼ（ＡＰ）及びパラ−ニトロフェニルホスフェート、ナフトールＡＳ−ＭＸホスフェート、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ  ＴＲ及びＦａｓｔ  Ｂｌｕｅ  ＢＢ、ナフトールＡＳ−ＢＩホスフェート、ナフトールＡＳ−ＴＲホスフェート、５−ブロモ−４−クロロ−３−インドキシルホスフェート（ＢＣＩＰ）、Ｆａｓｔ  Ｒｅｄ  ＬＢ、Ｆａｓｔ  Ｇａｒｎｅｔ  ＧＢＣ、ニトロブルーテトラゾリウム（ＮＢＴ）及びヨードニトロテトラゾリウムバイオレット（ＩＮＴ）；並びに（ｉｉｉ）β−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）と、発色性基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−Ｐ−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光発生基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル−Ｐ−Ｄ−ガラクトシダーゼ）。
【０２３２】
Ｈｕｎｔｅｒら、（１９６２年）Ｎａｔｕｒｅ  １４４：９４５頁；Ｄａｖｉｄら、（１９７４年）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  １３：１０１４頁；Ｐａｉｎら、（１９８１年）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．４０：２１９頁；及びＮｙｇｒｅｎ，Ｊ．、（１９８２年）Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．  ａｎｄ  Ｃｙｔｏｃｈｅｍ．３０：４０７頁に記載されているこれらの方法を含む、抗体分子を種々の部分にコンジュゲートするための当該技術分野において公知の任意の方法が利用され得る。
【０２３３】
一部の実施形態では、標識は抗体と間接的にコンジュゲートされる。当業者は、これを達成するための種々の技術を知っている。例えば、抗体はビオチンとコンジュゲートされ得、上述の４つの広範なカテゴリーの標識のいずれかはアビジンとコンジュゲートされ得、又はこの逆も同様である。ビオチンはアビジンに選択的に結合し、したがって標識はこの間接的な様式で抗体とコンジュゲートされ得る。あるいは、標識と抗体との間接的なコンジュゲーションを達成するために、抗体は小さなハプテンとコンジュゲートされ、上述の異なる種類の標識のうちの１つは抗ハプテン抗体とコンジュゲートされる。したがって、標識と抗体との間接的なコンジュゲーションが達成され得る。
【０２３４】
抗原賦活化及び任意選択的な遮断ステップの後、組織切片は、一次抗体が組織切片中のＰＤ−Ｌ１タンパク質に結合することを可能にするのに十分な時間及び適切な条件下で、一次抗体としてペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片に曝露される。これを達成するための適切な条件は、慣用の実験によって決定され得る。次いでスライドが、未結合及び過剰量の一次抗体を除去するために洗浄される。
【０２３５】
一部の実施形態では、一次抗体は、常磁性イオン、放射性同位体、蛍光色素などのような検出可能な標識に連結され、スライドは、適切なイメージング装置を使用してＰＤ−Ｌ１染色について評価される。
【０２３６】
他の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１と一次抗体との間の免疫複合体は、検出可能な標識に連結している第２の結合剤を使用して検出され得る。第２の結合剤は好ましくは二次抗体であり、これは、二次免疫複合体の形成を可能にするのに十分な濃度及び時間にてスライドに適用される。次いでスライドは典型的に、あらゆる非特異的に結合している二次抗体を除去するために洗浄され、二次免疫複合体における標識が検出される。
【０２３７】
二次抗体は、アビジン、ストレプトアビジン又はビオチンを使用して標識化され得、これは、蛍光色素（染料）、発光色素又は非蛍光色素のような検出可能な部分により独立して標識化される。原則として、（例えば、コンジュゲートしたアビジン、ストレプトアビジン、ビオチンを介して）二次抗体にコンジュゲートされ得る、又は二次抗体に間接的に結合し得る任意の酵素が使用され得る。利用される酵素は、例えば、アルカリホスファターゼ（ＡＰ）、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ）、ベータ−ガラクトシダーゼ及び／又はグルコースオキシダーゼであり得る。酵素はまた、発光生成物である、限定されないが、ルシフェリン及びＡＴＰ又はセレンテレジン及びＣａ２＋のような第２の基質の第２の反応を発光することができる又は誘導することができる実質的に不溶性の反応生成物である、限定されないが、ルシフェラーゼ及びエクオリンのような基質の発光反応を触媒するように誘導され得る。最後に、免疫複合体の局在化を可視化するために色素原又は蛍光タグ化分子を含む検出試薬が適用される。
【０２３８】
ＩＨＣアッセイは、Ｒｏｊａら、Ｒｅｖｉｅｗ  ｏｆ  ｉｍａｇｉｎｇ  ｓｏｌｕｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ，ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｏｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ  ｄａｉｌｙ  ｐｒａｃｔｉｃｅ、Ｆｏｌｉａ  Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍｉｃａ  ｅｔ  Ｃｙｔｏｂｉｏｌｏｇｉｃａ、Ｖｏｌ．４７、Ｎｏ．３、３４９〜３５４頁、２００９年に記載されているように、自動染色（従来の染色、組織化学的技術、免疫染色剤）；自動インサイチュハイブリダイゼーションシステム；自動スライド準備（カバースリップ、スライド乾燥）並びに一体化されたスライド及びカセット標識化を含み得る、自動病理学システムを使用して実施され得る。
【０２３９】
ある特定の例示的な実施形態では、ＩＨＣアッセイは、Ｄａｋｏ  Ａｕｔｏｓｔａｉｎｅｒ機器（Ｄａｋｏ、ａｎ  Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｇｌｏｓｔｒｕｐ、Ｄｅｎｍａｒｋ）と一緒に使用することが意図される、市販のＤａｋｏ  ＥｎＶｉｓｉｏｎ（商標）ＦＬＥＸ検出システムを利用する。これらの試薬は、他のオートステイナーのために、又は手動で実施する染色（オートステイナーでは実施されない）のために在庫品で使用され得る。
【０２４０】
組織切片の試料採取及び調製
ＰＤ−Ｌ１発現をスコア化するための染色組織切片を調製するために使用される腫瘍組織試料は、１種以上の治療剤、例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／若しくはこれらの抗原結合断片、タリモジーン・ラハーパレプベック並びに／又は化学療法剤に対象を曝露する前及び／又は後に、対象から採取され得る。したがって、腫瘍試料は、ある期間にわたって対象から採取され得る。腫瘍試料は、限定されないが、外科的切除、吸引又は生検を含む、様々な手順によって得られ得る。組織試料は、切片化され得、新鮮な被検査物としてＰＤ−Ｌ１について検査され得る。他の実施形態では、組織試料は、さらなる切片化のために凍結される。他の実施形態では、組織試料は、パラフィンなどに固定し、包埋することによって保存される。
【０２４１】
組織試料は従来の方法によって固定され得、固定の長さは組織試料のサイズ及び使用される固定剤に依存する。中性緩衝ホルマリン、グルタルアルデヒド、ブアン又はパラホルムアルデヒドが、固定剤の非限定的な例である。好ましい実施形態では、組織試料はホルマリンにより固定される。一部の実施形態では、固定組織試料はまた、ホルマリン固定及びパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織試料を調製するためにパラフィンに包埋される。パラフィンの例には、限定されないが、Ｐａｒａｐｌａｓｔ、Ｂｒｏｌｏｉｄ及びＴｉｓｓｕｅｍａｙが含まれる。
【０２４２】
典型的に、組織試料は固定され、上昇系列のアルコールによって脱水され、パラフィン又は他の切片化媒体により浸潤され、包埋され、これにより組織試料は切片化され得る。あるいは、最初に腫瘍組織試料は切片化され、次いで個々の切片が固定される。
【０２４３】
一部の実施形態では、本発明のスコア化プロセスは、顕微鏡スライド上にマウントされ、乾燥される、約３〜４ミリメートル、好ましくは４マイクロメートルのＦＦＰＥ組織切片において実施される。
【０２４４】
ペンブロリズマブ及びペンブロリズマブバリアント抗体
本明細書に記載されているＩＨＣアッセイのための一次抗体は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片であり、これは、ある特定の哺乳動物細胞の表面上で発現されるＰＤ−Ｌ１の成熟形態（前分泌リーダー配列を欠き、リーダーペプチドとも称されている）に結合する。「ＰＤ−Ｌ１」及び「成熟ＰＤ−Ｌ１」という用語は、本明細書において交換可能に使用され、他に示されていない限り又は文脈から容易に明らかでない限り、同じ分子を意味することが理解されるものとする。本明細書に使用されている場合、抗ヒトＰＤ−Ｌ１抗体又は抗ｈＰＤ−Ｌ１抗体とは、成熟ヒトＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する抗体、例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を指す。成熟ヒトＰＤ−Ｌ１分子は、以下の配列のアミノ酸１９〜２９０からなる：
【０２４５】
【化５】
2020517715.tif 000008
【０２４６】
「ヒトＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する」抗体又は「ヒトＰＤ−Ｌ１のアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合する」抗体は、他の抗原と比較してヒトＰＤ−Ｌ１との優先的な結合を示す抗体であるが、この特異性は絶対的な結合特異性を必要としない。抗ｈＰＤ−Ｌ１抗体は、例えば、ＩＨＣ診断アッセイにおいて偽陽性のような望ましくない結果を生じることなく、この結合が試料中のヒトＰＤ−Ｌ１の存在を決定する場合、ヒトＰＤ−Ｌ１に対して「特異的」であるとみなされる。本発明のプロセス及び方法において一次抗体として有用な抗体又はこの結合断片は、任意の非ＰＤ−Ｌ１タンパク質との親和性より少なくとも２倍大きい、好ましくは少なくとも１０倍大きい、より好ましくは少なくとも２０倍大きい、最も好ましくは少なくとも１００倍大きい親和性でヒトＰＤ−Ｌ１に結合する。本明細書に使用されている場合、抗体は、この抗体が所定の配列を含むポリペプチドに結合するが、所定の配列を欠くタンパク質に結合しない場合、その所定の配列、例えば、成熟ヒトＰＤ−Ｌ１を含むポリペプチドに特異的に結合すると言われる。ヒト対象由来の腫瘍試料の組織切片は、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片を使用してＰＤ−Ｌ１発現についてスコア化され得る。
【０２４７】
ＰＤ−Ｌ１発現についての診断試験
一実施形態では、試験される腫瘍試料は、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び任意選択的に、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度及び／又は低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態に関連するがん由来であり、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がん由来である。
【０２４８】
別の実施形態では、試験される腫瘍試料は、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答し、任意選択的に、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い又は陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し得、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫を含む。
【０２４９】
組織試料を得るステップ、ＩＨＣアッセイのためにこれから１つ以上の組織切片を調製するステップ、ＩＨＣ染色を実施するステップ、及び結果をスコア化するステップの各々は、同じ又は別の場所において別の個体／実体によって実施され得る。例えば、外科医は、生検によってがん患者の腫瘍から組織試料を得ることができ、次いで組織試料を病理試験施設へ送ることができ、組織試料を固定することができ、次いで単一組織切片を各々有する、ＩＨＣアッセイのための１つ以上のスライドを調製することができる。スライドは、調製直後にＩＨＣによって分析されてもよく、又は将来のアッセイのために保存されてもよい。ＩＨＣアッセイのための組織切片を調製した試験施設は、アッセイを行うことができ、又はアッセイを行うためにスライドを異なる試験施設に送ることができる。ＰＤ−Ｌ１染色に関して染色したスライドをスコア化する病理学者又は訓練を受けた専門家は、診断試験施設の勤務者であってもよく、又は独立した契約者であってもよい。あるいは、単一の診断試験施設が、対象の医師若しくは外科医から組織試料を得、次いで組織切片を調製すること、スライドを染色すること及び染色した組織切片におけるＰＤ−Ｌ１発現をスコア化すること又はＰＤ−Ｌ１スコア化について訓練を受けた専門家に染色したスライドを送ることに関わるステップの全てを実施する。
【０２５０】
一部の実施形態では、ＩＨＣアッセイによって組織切片を調製し、分析することに関わる者は、試料が試験される対象の正体を知らない。すなわち、試験施設が受け取る試料は、試験施設に送られる前に何らかの形で匿名化されている。例えば、試料は番号又は何らかの他の記号（「試料ＩＤ」）のみによって特定され得、ＩＨＣアッセイの結果は試料ＩＤを使用して試験発注者に報告される。好ましい実施形態では、対象の正体と対象の組織試料との間の関連性は、担当者又は担当医師しか知らない。
【０２５１】
一部の実施形態では、試験結果が得られた後、診断試験施設は試験報告を作成し、この試験報告は、組織試料がＰＤ−Ｌ１発現について陽性であったこと又は陰性であったことの結果を含み得る。試験報告は、対象が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法に応答する可能性があるかどうかを予測するための結果をどのように解釈するかに関する指針も含み得る。例えば、一実施形態では、患者の腫瘍が所定の閾値未満である場合、試験報告は、患者が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法による治療に対する応答又はより良好な応答と相関するＰＤ−Ｌ１発現スコアを有することを示すことができ、一方、ＰＤ−Ｌ１発現スコアが所定の閾値以上である場合、ＰＤ−Ｌ１発現スコアは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法による治療に対する無応答又は不良な応答と相関する。
【０２５２】
一部の実施形態では、試験報告は、診断試験施設によって作成された文書であり、ハードコピーとして又は電子メールにより患者又は患者の医師に送られる。他の実施形態では、試験報告はコンピュータプログラムによって作成され、診療所内のビデオモニター上に表示される。試験報告は、直接的に患者又は患者の医師又は診療所における許可された従業員への試験結果の口頭伝達も含み得る。同様に、試験報告は、医師が患者のファイルにおいて作成する試験結果の記録を含み得る。
【０２５３】
リンパ球を定量する方法
フローサイトメトリー
リンパ球サブセットは典型的に、特異的モノクローナル抗体にコンジュゲートした蛍光色素により細胞を免疫蛍光標識し、フローサイトメトリーによって特異的に標識された細胞の割合を定量することによって測定される。フローサイトメトリーに対する手動の代替法もＣＤ４細胞を定量するために利用可能である。これらは、細胞計数を必要とするだけの簡単な光学顕微鏡法又は蛍光顕微鏡法である。
【０２５４】
フローサイトメトリーにおいて、細胞に存在する特異的ＣＤ抗原に対して作製された特異的モノクローナル抗体は蛍光色素により標識される。標識されたモノクローナル抗体は、単核細胞（リンパ球及び単球）と反応させられ、反応した細胞は、どの抗体が結合したかに依存して、フローサイトメーターによって亜集団に分類され得る。フローサイトメトリーは一般に、ＣＤ４＋又はＣＤ８＋細胞のパーセンテージを与える。絶対細胞数を得るために、デュアル及びシングルプラットフォーム技術が使用される。デュアルプラットフォーム技術は、フローサイトメーター及び血液分析器を利用する。デュアルプラットフォームアプローチを使用するＣＤ４絶対数は以下の３つの測定の積である：白血球数、リンパ球である白血球数のパーセンテージ（示差）及びＣＤ４細胞であるリンパ球のパーセンテージ（フローサイトメトリーによって決定される）。単一のプラットフォーム技術が使用される場合、リンパ球サブセットの絶対数は単一の機器によって単一のチューブ内で測定される。通常、これは、既知の数の蛍光ビーズ（ビーズベースのシステム）により一定の体積の試料をスパイクすることによって達成される、又は分析される試料の体積を正確に記録することによって達成される。最近の勧告は、単一のプラットフォーム技術がＣＤ４絶対数のための至適基準であるべきであることを示唆している。
【０２５５】
いくつかの種類のフローサイトメーターが利用可能であり、ＦＡＣＳＣａｌｉｂｕｒ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）及びＥＰＩＣＳ  ＸＬ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）が最も一般的である。これらの機器は、高い試料スループット、自動化によるワークフロー管理及び簡単なソフトウェアアプリケーションを提供する。両方の機器は４つの色を検出することができ、相対的な細胞サイズ及び細胞の複雑性を測定することができる。このシステムは、液体ＥＤＴＡ中に採取された全血を使用するように設計されている。従来のフローサイトメーター（デュアル又はシングルプラットフォーム技術を利用することができるオープンプラットフォーム）を使用することに加えて、簡略化された専用プラットフォームが、ＣＤ４＋Ｔ細胞計数のために開発されている。市販の専用プラットフォームには、ＦＡＣＳｃｏｕｎｔ（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）、ＣｙＦＬｏｗ  Ｃｏｕｎｔｅｒ（Ｐａｒｔｅｃ）及びＧｕａｖａ  Ａｕｔｏ  ＣＤ４／ＣＤ８％（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ／Ｍｅｒｃｋ）が含まれる。専用プラットフォームは、技術的複雑性を低減させてＣＤ４＋Ｔ細胞計数を可能にし、外部コンピュータを必要とせずに、絶対ＣＤ４数及びＣＤ４／ＣＤ８比をもたらすことができる。このシステムは全血を使用し、溶解及び洗浄ステップの必要性を排除し、目的のリンパ球集団を自動的に同定する特有のソフトウェアアルゴリズムを有する。
【０２５６】
リンパ球を定量する手動による方法
市販されているフローサイトメトリーの手動の代替法は、Ｃｙｔｏ−Ｓｐｈｅｒｅｓ（Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、ＵＳＡ）及びＤｙｎａｂｅａｄｓ（Ｄｙｎａｌ  ＡＳ、Ｎｏｒｗａｙ）である。Ｄｙｎａｌ  Ｔ４キット（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ）は、顕微鏡下で細胞計数チャンバにおいてＣＤ４細胞を手動で計数するために使用される。この方法はＣＤ４絶対数を測定し、リンパ球パーセンテージは決定され得ない。これは、光学顕微鏡、血球計、ボルテックス、チューブロッカー、タイマー及び磁石のみで実施され得るが、落射蛍光顕微鏡（推奨）を必要とする。磁気ビーズは、全血からＣＤ４及びＣＤ８細胞を単離するために固相としてモノクローナル抗体によりコーティングされ、一方、ＣＤ４陽性単球はＣＤ１４磁気ビーズを使用して予め枯渇される。ＣＤ４細胞の単離後、細胞を溶解し、染色し、計数する。血液試料は新鮮でなければならず、好ましくは２４時間を経過してはならない。Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ｍａｎｕａｌ  ＣＤ４  Ｃｏｕｎｔ  Ｋｉｔ（Ｃｙｔｏ−Ｓｐｈｅｒｅｓ法のため）は、光学顕微鏡、タイマー及び血球計を必要とし、ＥＤＴＡチューブに採取された全血からＣＤ４絶対数（パーセンテージではない）を測定する。抗体によりコーティングされたラテックス粒子がＣＤ４細胞に結合するように使用され、各ＣＤ４細胞の周りにラテックスビーズの「ロゼット」を生じ、このロゼットは光学顕微鏡によって容易に認識される。単球遮断試薬は、これらがＣＤ４細胞計数の間に認識され得るので、ＣＤ４抗原を含有する単球からの干渉を最小限にする。
【０２５７】
本明細書に開示されている実施形態の範囲から逸脱することなく、適切な等価物を使用して、本明細書に記載されている方法の他の適切な改変及び適応が行われ得ることは当業者に容易に理解される。ここである特定の実施形態を詳細に記載したが、例示の目的のみのために含まれ、限定することを意図していない以下の実施例を参照することによって、これらはより明確に理解される。
【０２５８】
ＣＤ８＋発現のための診断試験
一実施形態では、試験される腫瘍試料は、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度に関連し、任意選択的に、低い若しくは陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び／又は陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーを有し、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、非小細胞肺がん、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌）、大腸がん、乳がん（例えば、ＨＥＲ２＋、ＨＥＲ２−（ＨＲ＋）、トリプルネガティブ）、卵巣がん、膀胱がん（例えば、移行上皮がん、尿路上皮がん）、前立腺がん（例えば、去勢抵抗性）、肉腫（例えば、軟組織、骨）、腎細胞がん、胃がん、食道がん、肛門管がん、胆道がん又は膵がんを含む、がん由来である。
【０２５９】
一実施形態では、試験される腫瘍試料は、チェックポイント阻害剤による（例えば、抗ＰＤ−Ｌ１療法又は抗ＰＤ−１療法（例えば、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント又はこれらの抗原結合断片）による）単剤療法に応答し、任意選択的に、１ｍｍ２試料当たり（又は１ｍＬ試料当たり）、約１５００細胞未満、約１４００細胞未満、約１３００細胞未満、約１２００細胞未満、約１１００細胞未満、約１０００細胞未満、約９００細胞未満、約８００細胞未満、約７００細胞未満、約６００細胞未満若しくは約５００細胞未満のＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤密度、低い又は陰性のＰＤ−Ｌ１状態及び陰性のＩＦＮγ遺伝子シグネチャーのうちの１つ以上に関連し得、限定されないが、黒色腫（例えば、皮膚、転移性、ぶどう膜）、肺がん（例えば、非小細胞肺がん、小細胞肺がん）、頭頸部がん（例えば、頭頸部の再発性若しくは転移性扁平上皮癌、上咽頭がん、甲状腺がん、唾液腺がん、食道がん）、乳がん（例えば、ＥＲ＋／ＨＥＲ２−乳がん、トリプルネガティブ乳がん）、卵巣がん、子宮頸がん、膀胱がん（例えば、尿路上皮がん）、腎細胞がん、消化管がん（例えば、肝細胞がん、大腸がん、肛門がん）、胆道がん、多発性骨髄腫、リンパ腫（例えば、縦隔大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫）又は中皮腫を含む、がん由来である。
【０２６０】
試料を得るステップ、フローサイトメトリーのために試料を調製するステップ、フローサイトメトリーを実施するステップ、及び結果をスコア化するステップの各々は、同じ又は別の場所において別の個体／実体によって実施され得る。例えば、外科医は、生検によってがん患者から試料を得ることができ、次いで試料を病理試験施設へ送ることができ、フローサイトメトリーのために試料を調製することができる。スライドは、調製直後にＩＨＣによって分析され得、又は将来のアッセイのために保存され得る。フローサイトメトリーのための試料を調製した試験施設は、アッセイを行うことができ、又はアッセイを行うためにスライドを異なる試験施設に送ることができる。フローサイトメトリーを実施する病理学者又は訓練を受けた専門家は、診断試験施設の勤務者であってもよく、又は独立した契約者であってもよい。あるいは、単一の診断試験施設が、対象の医師若しくは外科医から試料を得、次いで試料を調製すること、及び試料中のＣＤ８＋をスコア化すること、又はＣＤ８＋スコア化について訓練を受けた専門家に試料を送ることに関わるステップの全てを実施する。
【０２６１】
一部の実施形態では、フローサイトメトリーによって試料を調製し、分析することに関わる者は、試料が試験される対象の正体を知らない。すなわち、試験施設が受け取る試料は、試験施設に送られる前に何らかの形で匿名化されている。例えば、試料は番号又は何らかの他の記号（「試料ＩＤ」）のみによって特定され得、フローサイトメトリーアッセイの結果は試料ＩＤを使用して試験発注者に報告される。好ましい実施形態では、対象の正体と対象の組織試料との間の関連性は、担当者又は担当医師しか知らない。
【０２６２】
一部の実施形態では、試験結果が得られた後、診断試験施設は試験報告を作成し、この試験報告は、対象が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法に応答する可能性があるかどうかを予測するための結果をどのように解釈するかに関する指針を含み得る。例えば、一実施形態では、患者の腫瘍が所定の閾値未満である場合、試験報告は、患者が、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法による治療に対する応答又はより良好な応答と相関するＣＤ８＋発現スコアを有することを示すことができ、一方、ＣＤ８＋発現スコアが所定の閾値以上である場合、ＣＤ８＋発現スコアは、ペンブロリズマブ、ペンブロリズマブバリアント及び／又はこれらの抗原結合断片／タリモジーン・ラハーパレプベックの併用療法による治療に対する無応答又は不良な応答と相関する。
【０２６３】
一部の実施形態では、試験報告は、診断試験施設によって作成された文書であり、ハードコピーとして又は電子メールにより患者又は患者の医師に送られる。他の実施形態では、試験報告はコンピュータプログラムによって作成され、診療所内のビデオモニター上に表示される。試験報告は、直接的に患者又は患者の医師又は診療所における許可された従業員への試験結果の口頭伝達も含み得る。同様に、試験報告は、医師が患者のファイルにおいて作成する試験結果の記録を含み得る。
【０２６４】
本明細書に開示されている実施形態の範囲から逸脱することなく、適切な等価物を使用して、本明細書に記載されている方法の他の適切な改変及び適応が行われ得ることは当業者に容易に理解される。ここである特定の実施形態を詳細に記載したが、例示の目的のみのために含まれ、限定することを意図していない以下の実施例を参照することによって、これらはより明確に理解される。本明細書に記載されている全ての特許、特許出願及び参考文献は、全ての目的のためにこれらの全体が参照により組み込まれる。
【実施例】
【０２６５】
［実施例１］  タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブとを併用した第１ｂ相臨床試験
第１ｂ相試験（ＭＡＳＴＥＲＫＥＹ−２６５；ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別番号：ＮＣＴ０２２６３５０８）を、進行性黒色腫を有する患者において、ベースライン及び反復療法中生検を用いて、この併用の安全性を試験し、腫瘍の炎症状態を上昇させるこの能力を調査することを主目的として、タリモジーン・ラハーパレプベックの腫瘍内注射と、抗ＰＤ−１抗体ペンブロリズマブの全身投与とを併用する設計をした。
【０２６６】
適格患者（１８歳以上）は組織学的に確認され、外科的に切除不可能であり、ステージＩＩＩＢ−ＩＶの皮膚黒色腫、測定可能な疾患（１０ｍｍ以上の最長径を有する１つ以上の黒色腫病変）及び単独で又は全体として、最長径が１０ｍｍ以上であった１つ以上の注射可能な皮膚、皮下又は結節黒色腫病変を有し、これらの患者に対して手術は推奨されていなかった。患者は、適正な一般状態並びに血液機能、肝機能、腎機能及び凝固機能を有することが要求された。患者は、ぶどう膜／粘膜黒色腫を有していた場合；進行性黒色腫に対して全身療法により以前に治療されていた場合、タリモジーン・ラハーパレプベックを以前に与えられていた場合、若しくは切除不可能なステージＩＩＩＢ−ＩＶ黒色腫に対する何らかの以前の全身抗がん治療を受けていた場合；米国東海岸がん臨床試験グループ（Ｅａｓｔｅｒｎ  Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ  Ｏｎｃｏｌｏｇｙ  Ｇｒｏｕｐ）（ＥＣＯＧ）一般状態が２以上である場合；活動性脳転移である場合；活動性ヘルペス性皮膚病変である場合；ヘルペス性感染症による以前の合併症である場合；又は間欠的局所使用以外の全身性抗ヘルペス治療を必要とした場合は除外した。全ての患者は書面によるインフォームドコンセントを提供した。研究手順は各場所における施設倫理委員会によって承認された。
【０２６７】
研究設計
ＭＡＳＴＥＲＫＥＹ−２６５研究の第１ｂ相部分は、静脈内ペンブロリズマブと併用した病変内タリモジーン・ラハーパレプベックの安全性を主に評価した非盲検多施設単独群研究であった（図６）。
【０２６８】
簡潔に説明すると、単純ヘルペスウイルス陰性患者を血清転換するために、病変内タリモジーン・ラハーパレプベック１０６ｐｆｕ／ｍＬを研究１週目の１日目に投与した。続いて、タリモジーン・ラハーパレプベック１０８ｐｆｕ／ｍＬの用量を、４週目及び６週目の１日目に投与し、この後２週間ごとに投与した。最大で４ｍＬ（全体積）までのタリモジーン・ラハーパレプベックを、各治療来院時に病変内注射によって投与することができた。各注射された病変に送達された体積は病変の直径に依存した（Ｈｏｆｆｎｅｒ，Ｂ．、Ｉｏｄｉｃｅ，Ｇ．Ｍ．及びＧａｓａｌ，Ｅ．（２０１６年）．Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｈａｎｄｌｉｎｇ  ｏｆ  Ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  Ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ：Ａｎ  Ｉｎｔｒａｌｅｓｉｏｎａｌ  Ｏｎｃｏｌｙｔｉｃ  Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ  ｆｏｒ  Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｏｎｃｏｌ  Ｎｕｒｓ  Ｆｏｒｕｍ  ４３、２１９〜２２６頁）。病変当たりの注射した体積は、最長径が０．５ｃｍ以下の病変について０．１ｍＬから５ｃｍ超の病変について４．０ｍＬの範囲であった。タリモジーン・ラハーパレプベック投与は、注射可能な病変の消失、完全奏効（ＣＲ）、改変された免疫関連応答基準（ｉｒＲＣ）による疾患進行（ＰＤ）の確認、（Ｗｏｌｃｈｏｋら、２００９年）治療不寛容、ペンブロリズマブの最初の用量から２４ヶ月又は研究の終了のいずれか最初に起こった日まで継続した。毒性が発生した場合、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与を最大で４週間まで遅延させることができ、４週間を超える遅延は永続的な中止をもたらした。
【０２６９】
ペンブロリズマブ（２００ｍｇ）を、６週目の１日目（すなわち、タリモジーン・ラハーパレプベックの３回目の投与時）に開始して２週間ごとに静脈内投与した。ペンブロリズマブ治療は、ｉｒＲＣによるＰＤの確認、治療不寛容、ペンブロリズマブの最初の用量から２４ヶ月又は研究の終了のいずれかが最初に起こった日まで継続した。ペンブロリズマブは、米国処方情報と一致したプロトコルにより指定された規則に従って抑制され得る又は中止され得る（Ｋａｕｆｍａｎ，Ｈ．Ｌ．、Ｋｉｍ，Ｄ．Ｗ．、ＤｅＲａｆｆｅｌｅ，Ｇ．、Ｍｉｔｃｈａｍ，Ｊ．、Ｃｏｆｆｉｎ，Ｒ．Ｓ．及びＫｉｍ−Ｓｃｈｕｌｚｅ，Ｓ．（２０１０年）．Ｌｏｃａｌ  ａｎｄ  ｄｉｓｔａｎｔ  ｉｍｍｕｎｉｔｙ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｂｙ  ｉｎｔｒａｌｅｓｉｏｎａｌ  ｖａｃｃｉｎａｔｉｏｎ  ｗｉｔｈ  ａｎ  ｏｎｃｏｌｙｔｉｃ  ｈｅｒｐｅｓ  ｖｉｒｕｓ  ｅｎｃｏｄｉｎｇ  ＧＭ−ＣＳＦ  ｉｎ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗｉｔｈ  ｓｔａｇｅ  ＩＩＩｃ  ａｎｄ  ＩＶ  ｍｅｌａｎｏｍａ．Ａｎｎ  Ｓｕｒｇ  Ｏｎｃｏｌ  １７、７１８〜７３０頁）。ペンブロリズマブが１２週を超えて抑制された場合、ペンブロリズマブ治療は永続的に中止された。
【０２７０】
主要評価項目は、両方の薬剤を併用して与えたときから開始する用量制限毒性（ＤＬＴ）の発生率であった。最初の６人のＤＬＴ評価可能患者におけるＤＬＴの発生率及び全ての患者からのさらなる安全性データを用量レベル審査チームによって評価した。ＤＬＴの発生率が、ＤＬＴ評価期間中に３３％未満であった場合、併用は耐容性があると宣言される。副次的評価項目には、ｉｒＲＣに従って治験責任医師によって評価された客観的奏効率（ＯＲＲ；ＣＲ率＋部分奏効（ＰＲ）率）の確認、（Ｗｏｌｃｈｏｋら、２００９年）最良の全奏効及びＡＥの発生率が含まれた。
【０２７１】
ＤＬＴは、ペンブロリズマブ治療の開始から６週間の間に発生した以下の治療関連毒性のうちのいずれかとして定義された：グレード４の非血液学的毒性；グレード３／４の肺炎；最適な支持療法にもかかわらずグレード３の非血液学的毒性が３日を超えて持続する（グレード３の疲労を除く）；医学的介入／入院を必要とする又は１週間を超えて持続するグレード３／４の非血液学的検査値；グレード３／４の発熱性好中球減少症；生命を脅かす出血性イベント又は血小板注入を必要とする出血性イベントに関連する場合、２５×１０９／Ｌ未満の血小板減少症；あらゆるグレード５の毒性；又はタリモジーン・ラハーパレプベック若しくはペンブロリズマブの永続的中止を必要とするあらゆる毒性。
【０２７２】
研究臨床評価
研究治療の最後の投与から１週間〜３０日後に発生した有害事象を記録し、有害事象共通用語規準（Ｃｏｍｍｏｎ  Ｔｅｒｍｉｎｏｌｏｇｙ  Ｃｒｉｔｅｒｉａ  ｆｏｒ  Ａｄｖｅｒｓｅ  Ｅｖｅｎｔｓ）バージョン４．０を使用して等級付けした。
【０２７３】
腫瘍応答を、改変されたｉｒＲＣ（Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｊ．Ｄ．、Ｈｏｏｓ，Ａ．、Ｏ’Ｄａｙ，Ｓ．、Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｓ．、Ｈａｍｉｄ，Ｏ．、Ｌｅｂｂｅ，Ｃ．、Ｍａｉｏ，Ｍ．、Ｂｉｎｄｅｒ，Ｍ．、Ｂｏｈｎｓａｃｋ，Ｏ．、Ｎｉｃｈｏｌ，Ｇ．ら、（２００９年）．Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｉｍｍｕｎｅ  ｔｈｅｒａｐｙ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｓｏｌｉｄ  ｔｕｍｏｒｓ：ｉｍｍｕｎｅ−ｒｅｌａｔｅｄ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｃｒｉｔｅｒｉａ．Ｃｌｉｎ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  １５、７４１２〜７４２０頁）に従って治験責任医師によって評価した。完全奏効を全ての病変の消失として定義した。ＰＲをベースラインに対する腫瘍面積の５０％以上の減少として定義し、ＰＤを最下点に対する腫瘍面積の２５％以上の増加として定義し、ＳＤを登録後７７日以上経過した応答又はＰＤについての基準を満たさないあらゆる転帰として定義した。応答は、応答の最初の証拠書類の提出日から４週間以内に確認された。腫瘍評価は、スクリーニング時、６週（ペンブロリズマブの開始前）、１８週及びこの後１２週間ごとに実施した。病変の評価のための放射線イメージングは、コンピュータ断層撮影、陽電子放出断層撮影、磁気共鳴イメージング又は超音波を使用して実施した。皮膚、皮下及び触診可能な結節腫瘍病変の臨床測定を、キャリパーを用いて行った。ＰＤの最初の測定は、測定可能／測定不可能な新たな病変並びに４週間以上後の指標病変の評価によって確認した。臨床的に安定であれば、患者はＰＤの確認を待ちながら治療を継続した。
【０２７４】
バイオマーカー分析
フローサイトメトリー
Ｔ細胞サブセットを、以下のマーカーＣＤ４５、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８及びＢＤ  ＴｒｕＣＯＵＮＴを用いてフローサイトメトリーによって分析した。さらに、評価したチェックポイントマーカーには、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＣＲ７及びＣＤ４５ＲＡの発現によって定義されるＴ細胞サブセットにおけるＨＬＡ−ＤＲ、ＰＤ−１、Ｔｉｍ３、ＢＴＬＡ、ＩＣＯＳ、ＯＸ４０、４１ＢＢ及びＧＩＴＲが含まれた。
【０２７５】
ＲＮＡプロファイリング及びＩＦＮγ遺伝子シグネチャー
全ＲＮＡを、正に荷電したスライド上に固定した５μｍ厚のホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）切片から単離した。腫瘍面積のパーセンテージを最初に評価し、全ての組織を単離のために擦り取った、又は５０％未満の腫瘍面積が存在する場合、腫瘍組織を単離のためにマクロ的に解離した（ｍａｃｒｏ−ｄｉｓｓｅｃｔｅｄ）。ＲＮＡ単離は、Ｒｏｃｈｅ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ（Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）製のＨｉｇｈ  Ｐｕｒｅ  ＦＦＰＥＴ  ＲＮＡ単離キットを使用して実施した。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ遺伝子発現プロファイリングは、製造業者の説明書に従ってＮａｎｏＳｔｒｉｎｇ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｓｅａｔｔｌｅ、ＷＡ）製のｎＣｏｕｎｔｅｒ  ＰａｎＣａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ  Ｐａｎｅｌにおいて作動する５０ｎｇのＲＮＡを使用して行った。ＮａｎｏＳｔｒｉｎｇアッセイからの正規化遺伝子発現値は、ハウスキーピング遺伝子のｌｏｇ１０算出平均から各遺伝子についてのｌｏｇ１０形質転換の生の計数を差し引くことによって算出した。インターフェロンガンマ遺伝子シグネチャースコアは、正規化値をシグネチャー内の各遺伝子についての所定の重み付けされたスコアと比較する計算を使用して得た。
【０２７６】
免疫組織化学
腫瘍におけるＰＤ−Ｌ１発現は、Ｄａｋｏ  ＰＤ−Ｌ１  ２２Ｃ３アッセイ（Ｃａｒｐｉｎｔｅｒｉａ、ＣＡ）の治験用バージョンを使用して以前に記載されているようにＩＨＣを使用して評価した（Ｄａｕｄ，Ａ．Ｉ．、Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｊ．Ｄ．、Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．、Ｈｗｕ，Ｗ．Ｊ．、Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｓ．、Ｒｉｂａｓ，Ａ．、Ｈｏｄｉ，Ｆ．Ｓ．、Ｊｏｓｈｕａ，Ａ．Ｍ．、Ｋｅｆｆｏｒｄ，Ｒ．、Ｈｅｒｓｅｙ，Ｐ．ら、（２０１６年）．Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  Ｄｅａｔｈ−Ｌｉｇａｎｄ  １  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｈｅ  Ａｎｔｉ−Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  Ｄｅａｔｈ  １  Ａｎｔｉｂｏｄｙ  Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ  ｉｎ  Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３４、４１０２〜４１０９頁）。
【０２７７】
ＣＤ８及びグランザイムＢ  ＩＨＣ分析のために、ヘマトキシリン及びエオシン染色を実施し、病理学者によって審査して、黒色腫の存在を検証し、分析のための目的の領域として腫瘍面積を定義した。抗ＣＤ８マウスモノクローナル抗体クローンＣ８／１４４ＢをＣＤ８  ＩＨＣのために使用した。抗グランザイムＢマウスモノクローナル抗体クローンＧｒＢ−７（Ｄａｋｏ）をグランザイムＢ  ＩＨＣのために使用した。免疫組織化学的検出を、ポリマーベースの検出方法及び赤色色素原を用いて実施した。スライドを、ＳｃａｎＳｃｏｐｅ  ＣＳ又はＡＴ  Ｔｕｒｂｏシステム（Ａｐｅｒｉｏ、Ｖｉｓｔａ、ＣＡ、ＵＳＡ）を使用して走査し、腫瘍領域を丸で囲み、陽性細胞の密度（例えば、ＣＤ８陽性細胞／ｍｍ２）を自動画像解析によって評価した。
【０２７８】
免疫蛍光
利用可能な対になった、治療前及び治療後の生検を、単一のスライドを使用して１２個のバイオマーカーを染色するためにＭｕｌｔｉＯｍｙｘ（商標）技術を使用して評価した。Ｃｙ３又はＣｙ５のいずれかに直接コンジュゲートした一対の抗体を使用した染色、その後の画像化及び色素不活性化の反復サイクルを、公開された方法（Ａｕら、２０１６年；Ｇｅｒｄｅｓら、２０１３年）に従って実施した。
【０２７９】
定量及び統計的分析
６＋３試験設計を使用して、６〜９人のＤＬＴ評価可能な患者は、１１％〜３３％の真のＤＬＴ発生率を仮定して、ペンブロリズマブと併用したタリモジーン・ラハーパレプベックのＤＬＴプロファイルを評価することが必要であった。さらなる患者を、バイオマーカーと応答との関連を評価するために登録した。
【０２８０】
ＤＬＴ分析対象集団は、ペンブロリズマブの初回投与から６週間以上治療を受ける機会があり、２回以上の用量のタリモジーン・ラハーパレプベック及び２回用量のペンブロリズマブを併用して受けた、又は併用療法開始から６週間以内にＤＬＴを経験した、第１ｂ相に登録された全てのＤＬＴ評価可能な患者を含んだ。安全性分析対象集団は、１回以上の用量のタリモジーン・ラハーパレプベック又はペンブロリズマブを受けた全ての患者を含んだ。予測バイオマーカー分析は、ベースラインバイオマーカー結果を有する全ての患者を含み、バイオマーカー変化の分析は、ベースラインバイオマーカー結果及び１つ以上の後続のバイオマーカー結果を有する全ての患者を含んだ。
【０２８１】
対応する正確な９５％信頼区間（９５％ＣＩ）を、ＯＲＲ及び疾患制御率について計算した。ＰＦＳ（登録から改変されたｉｒＲＣに従った疾患進行又は死亡までの時間）及びＯＳ（登録から死亡までの時間）を、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ法を使用して推定した。
【０２８２】
ＩＨＣからの細胞密度又はＨ−スコアの結果に関して、ベースラインからの変化を、注射した病変及び注射していない病変におけるベースライン（１週）に対するベースライン後のｌｏｇ２比の符号検定を用いて別々に評価した。フローサイトメトリーの結果に関して、ベースラインからの変化を、ベースラインをｌｏｇ１０比（絶対数又はＭＥＳＦ）についての共変量とした線形混合効果モデルを用いて評価した又はベースラインまでの／ベースラインからの差異（％）を用いて評価した。免疫蛍光ベースのマルチパラメーターイメージングに関して、細胞密度に対する効果を、来院及び注射状態の因子を用いた密度の立方根についての線形混合効果モデルを用いて評価した（Ｒｉｂａｓ，Ａ．（２０１５年）．Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ：Ｈｏｗ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｐｒｏｔｅｃｔｓ  ｆｒｏｍ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ａｔｔａｃｋ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ  ５、９１５〜９１９頁）。
【０２８３】
２０１６年８月現在の治験責任医師による未確認の最良な応答との関連性を、ベースライン又は所定の来院時のベースラインからの変化のいずれかにおける応答（ＣＲ又はＰＲ）対連続したバイオマーカーの結果のロジスティック回帰を用いて評価した。変換された結果を分析のために使用した。注射した病変及び注射していない病変を別々に分析した。Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ検定もまた、試料サイズが小さい場合に評価した。
【０２８４】
Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ−Ｈｏｃｈｂｅｒｇ手順及びフローサイトメトリー分析により５％に制御したＦＤＲを、優先順位の高い一連のエンドポイント及び報告測定基準（Ａｂｓ、ＭＥＳＦ、％）によって階層化した。
【０２８５】
データ及びソフトウェアの利用可能性
統計的分析を、ＳＡＳバージョン９．２（ＳＡＳ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｃａｒｙ、ＮＣ）を使用して行った。バイオマーカー統計的分析を、Ｍａｔｌａｂ  Ｒ２０１５ａ（Ｔｈｅ  Ｍａｔｈｗｏｒｋｓ  Ｉｎｃ．、Ｎａｔｉｃｋ、ＭＡ）を使用して行った。
【０２８６】
［実施例２］  タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブとの併用の安全性及び耐容性
第１ｂ相臨床試験において、腫瘍内タリモジーン・ラハーパレプベック及び静脈内ペンブロリズマブを、注射を行いやすい皮膚病変を有した進行性黒色腫を有する２１人の患者に投与した。この併用は概して良好な耐容性を示し、疲労、発熱及び悪寒が最も一般的な有害事象であった。用量制限毒性は認められなかった。１人の患者は、抗ＰＤ−１療法の既知の毒性である肺炎に罹った。確認された客観的奏効率は６２％であり、完全奏効率は３３％であった。タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの併用に応答した患者は、タリモジーン・ラハーパレプベック後の腫瘍においてＣＤ８＋Ｔ細胞を増加させた。タリモジーン・ラハーパレプベック治療後、ＰＤ−Ｌ１は、インターフェロンガンマ遺伝子発現と共に腫瘍における複数の免疫細胞サブセットにおいて増加した。併用療法に対する応答は、ＣＤ８＋Ｔ細胞又はインターフェロンガンマシグネチャーによるベースライン浸潤とは無関係であった。これらの知見は、タリモジーン・ラハーパレプベックの腫瘍内注射が、Ｔ細胞を腫瘍に誘引することによって腫瘍微小環境を有利に変化させることができ、これによってＰＤ−１遮断療法の臨床活性を促進することを示した。
【０２８７】
第１ｂ相試験は、ベースライン生検を含み、その後、腫瘍内タリモジーン・ラハーパレプベック注射を開始し、セロコンバージョン及び腫瘍溶解性ウイルスベクターに対する防御免疫応答を誘導することを目的として１ｍＬ当たり最大で４ｍＬ×１０６プラーク形成単位（ｐｆｕ）までの初回注射をし、続いて３週間後に２週間ごとに最大で４ｍＬ×１０８ｐｆｕ／ｍＬまでのタリモジーン・ラハーパレプベックの全用量を反復して注射した（図１Ａ）。２回目の腫瘍生検を、タリモジーン・ラハーパレプベックの２回目の全用量の投与の前、及びタリモジーン・ラハーパレプベックの次の用量と同時に２週間ごとに２００ｍｇにてペンブロリズマブを静脈内に与えることを開始する前に実施した。単剤のタリモジーン・ラハーパレプベック投与の導入期間を、タリモジーン・ラハーパレプベックの腫瘍内注射が併用療法を開始する前にどのように腫瘍微小環境を変化させるかを分析するために設計した。３回目の腫瘍生検を、研究の併用療法部分の間に計画した（図１Ａ及び６）。臨床試験には、２０１４年１２月〜２０１５年３月の間に腫瘍内注射を行いやすい進行性黒色腫及び末梢病変を有する２１人の患者が登録された（完全な患者の特徴については表２を参照のこと）。患者を、報告時点において平均１８．８ヶ月間（１７．７〜２０．７の範囲）追跡した。
【０２８８】
【表２】
2020517715.tif 000009
【０２８９】
併用療法では、２１人の患者のいずれにおいても新たな毒性又は用量制限毒性は存在しなかった。最も一般的な毒性は、疲労（６２％）、悪寒（４８％）及び発熱（４３％）であり、これらはタリモジーン・ラハーパレプベックの腫瘍内注射により予想された（Ａｎｄｔｂａｃｋａら、２０１５年）。一般的なペンブロリズマブ関連有害事象は、疲労（６２％）、発疹（３３％）及び関節痛（３３％）であり、これらはこの薬剤により予想された（Ｒｉｂａｓら、２０１６年）。治験責任医師による併用に起因する可能性のある唯一の重篤な有害事象は、グレード１のサイトカイン放出症候群（１人の患者）であった。ペンブロリズマブに起因する重篤な有害事象には、グレード３の自己免疫性肝炎、グレード３の無菌性髄膜炎及びグレード４の肺炎が含まれた（各々１人の患者）。治療関連無菌性髄膜炎を有する患者において、単純ヘルペスウイルスは脳脊髄液中に検出されず、患者は、１ヶ月前にタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブによる療法を停止し、この有害事象の初回公表時に既にダブラフェニブ及びトラメチニブに対する療法に切り替えていた。
【０２９０】
［実施例３］  タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブとの併用による抗腫瘍活性
免疫関連応答基準（ｉｒＲＣ）（Ｗｏｌｃｈｏｋら、２００９年）に従って確認された客観的奏効率は６１．９％（９５％ＣＩ、３８．４％〜８１．９％）であり、確認された完全奏効率は３３．３％（９５％ＣＩ、１４．６％〜５７．０％）であった（表３）。応答は黒色腫の全てのサブステージにわたって生じた（図１Ｂ及びＣ）。９人の患者は、タリモジーン・ラハーパレプベックの投与の間、特に最初の治療量以下の投与後、及びペンブロリズマブと一緒にタリモジーン・ラハーパレプベックの全用量を受ける前に、全腫瘍サイズの一過性の増加を示したが、これらの病変は併用療法による後に応答した（図１Ｄ）。無増悪生存率（ＰＦＳ）及び全生存率（ＯＳ）の中央値は、最後の追跡時には達成されなかった（図１Ｅ及びＦ）。併用治療は、注射した非内臓病変の８２％、注射していない非内臓病変の４３．５％、及び注射していない内臓病変の３３．４％において５０％を超えるサイズの減少をもたらした（図６）。
【０２９１】
【表３】
2020517715.tif 000010
【０２９２】
［実施例４］  ベースラインＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤、ＰＤ−Ｌ１状態及びインターフェロンシグネチャーとは無関係な腫瘍応答
ＰＤ−Ｌ１は、腫瘍浸潤抗原特異的Ｔ細胞によって産生されるインターフェロンガンマによって誘導され、適応免疫耐性と呼ばれているものにおいて、がん細胞がＴ細胞の細胞傷害活性を回避することを可能にする（Ｐａｒｄｏｌｌ、２０１２年；Ｒｉｂａｓ、２０１５年）。次いで、これらのＴ細胞はＰＤ−１：ＰＤ−Ｌ１相互作用によって遮断される。単剤のＰＤ−１遮断療法に応答する患者は、より高い密度のベースラインＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤、インターフェロンガンマ遺伝子発現シグネチャー及びＰＤ−Ｌ１発現を有する（Ｈｅｒｂｓｔら、２０１４年；Ｒｉｂａｓら、２０１５年；Ｔｕｍｅｈら、２０１４年）。本明細書に記載されている第１ｂ相臨床試験における患者のワセリン生検を、ＣＤ８＋Ｔ細胞密度、ＰＤ−Ｌ１陽性及びインターフェロンガンマ遺伝子シグネチャーについて分析した。単剤のペンブロリズマブ療法による以前の経験（Ｒｉｂａｓら、２０１５年；Ｔｕｍｅｈら、２０１４年）とは対照的に、ベースライン生検が非常に低いＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤を有した、又は陰性のインターフェロンガンマ遺伝子シグネチャーを有した、又は陰性のＰＤ−Ｌ１状態を有する患者では、対象臨床試験における応答が明らかであった。１，０００細胞／ｍｍ２未満のＣＤ８＋密度を有する１３の生検のうち、９人の患者が療法に応答し続け、４人の患者では疾患が進行した（図２Ａ）。低いインターフェロンガンマシグネチャーを有する５つのベースライン生検の中で、３人の患者は完全奏効であり続け、２人では疾患が進行した（図２Ｂ）。ＰＤ−Ｌ１陰性であるとスコア付けされたベースライン生検は１つのみであったが、その患者は併用療法に対して完全奏効であり続けた（図２Ｃ）。
【０２９３】
［実施例５］  タリモジーン・ラハーパレプベック腫瘍内注射は併用療法に応答する患者においてＣＤ８＋Ｔ細胞浸潤を増加させる
ベースライン生検が比較的低いＣＤ８＋細胞密度を有し、インターフェロンガンマ遺伝子シグネチャーについて陽性ではなかった一部の患者は、客観的奏効であり続けたため、タリモジーン・ラハーパレプベックが、療法に応答した患者においてＴ細胞を転移性黒色腫病変にもたらすことによって腫瘍微小環境を変化させたかどうかを決定するために単剤のタリモジーン・ラハーパレプベックによる導入期間を実施した。実際に、ベースライン生検を、タリモジーン・ラハーパレプベック単独後に実施した生検と比較する免疫組織化学（ＩＨＣ）分析により、分析に利用可能な１２個の注射した病変のうち８個において浸潤ＣＤ８＋Ｔ細胞の密度の増加が示され、これは併用療法の時点で得られた生検のいくつかにおいてさらに増加した（図３Ａ及びＢ）。療法に応答した３人の患者において、ＣＤ８＋密度は療法中の生検で低下し、さらに１人の患者ではＣＤ８＋密度は変化しなかった。応答しない３人の患者は全て、療法中の生検においてＣＤ８＋密度が減少した。全体として、ＣＤ８＋密度の増加は、療法に応答し続けた患者の注射した病変において最も明白であり（図３Ｂ）、ロジスティック回帰によって支持される関係であった（ｐ＝０．００４８、図８Ａ）。ＣＤ８＋浸潤密度の変化は、後に療法に応答した患者においてさえ、６週における注射していない病変において変わりやすく、解釈のために利用可能なこのような生検は３つのみであったという注意を伴った（図３Ｂ）。一部の生検は、治療後に低い残存腫瘍含量を有することが見出され（図３Ｂ及びＣにおいて白抜きの記号によって示される）、科学的理論によって束縛されることを意図しないが、このことは、その部位での完全な病理学的奏効又は黒色腫沈着を失った生検のいずれかに起因している可能性がある。これらの腫瘍枯渇試料を用いた５個の応答生検のうち４個は、このセットに含まれる進行している単一の患者の生検と比較して、６週において比較的高いＣＤ８＋Ｔ細胞密度を示した。また、ＩＨＣを、細胞傷害性顆粒成分グランザイムＢ（ＣＤ８Ｔ細胞及びＮＫ細胞のサブセットに関連する）についても実施し、これはＰＤ−１遮断後に腫瘍を増加させることが示されている（Ｔｕｍｅｈら、２０１４年）。タリモジーン・ラハーパレプベック及び併用治療後の腫瘍におけるグランザイムＢの増加を示唆する傾向も、特に、残存腫瘍含量が低い生検について観察された（図３Ｃ）。さらに、腫瘍遺伝子発現データの分析において、ＣＤ８＋アルファ及びインターフェロンガンマｍＲＮＡが治療後に上昇し、インターフェロンガンマ産生細胞傷害性Ｔ細胞の数を増加させる腫瘍微小環境における治療関連変化についての証拠のさらなる支持を提供することが決定された（図３Ｄ、３Ｅ）。ＣＤ８アルファは、ベースラインと比較して６週における注射した病変において１．７倍増加し（ｐ＝０．０１）、注射していない病変において１．４４倍増加した（ｐ＝０．００１２）。同様に、注射した病変及び注射していない病変についてのインターフェロンガンマの増加は、それぞれ１．６３（ｐ＝０．０００４）及び１．４１（ｐ＝０．１７）であった。
【０２９４】
［実施例６］  タリモジーン・ラハーパレプベックを注射した病変及び注射していない病変における免疫細胞浸潤の変化の特徴付け
腫瘍の変化をさらに特徴付けるために、異なる時点において１３人の患者からの対になった生検のサブセットの多重免疫蛍光染色を実施した。１０個の注射した腫瘍のうちの８個において、及び４個の注射していない腫瘍のうちの２個において免疫細胞による浸潤の増加及びＰＤ−Ｌ１を発現する細胞の明らかな増加を含む、腫瘍炎症の広範な変化を６週におけるタリモジーン・ラハーパレプベック治療後に観察した（図４Ａ）。免疫浸潤は、一部の患者からの治療中の生検において、大部分のＣＤ４＋及びＣＤ８＋Ｔ細胞、多くの共発現ＰＤ−１並びにＣＤ５６発現細胞及びＣＤ２０陽性Ｂ細胞の流入を含んだ。記憶Ｔ細胞マーカーＣＤ４５ＲＯを発現する細胞の密度及び制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）マーカーＦｏｘｐ３を発現する細胞においても増加が観察された（図４Ａ）。しかしながら、エフェクターＴ細胞（Ｔｅｆｆ）の増加の大きさは、Ｔｒｅｇと比較してはるかに大きく、以前の報告（Ｋａｕｆｍａｎら、２０１０年）と一致して、タリモジーン・ラハーパレプベック後の腫瘍においてＴｒｅｇ対Ｔｅｆｆ比の全体的な減少をもたらした（図９）。生検における免疫蛍光分析の全セットを表４に報告し、この表４は、ＣＤ６８染色に基づいたマクロファージの密度の明らかな増加がなかったことをさらに示す。ベースラインと比較した６週及び３０週におけるＣＤ８＋及びＰＤ−Ｌ１密度の増加（免疫蛍光による）の例を図４Ｂに示す。６週及び３０週において、Ｓ１００（青色）及びＰＤ−Ｌ１染色（赤色）についての腫瘍細胞の共染色は、ＰＤ−Ｌ１の共発現を示すＣＤ８Ｔ細胞（緑色）と共に明らかである。応答患者の併用療法の間に採取した生検では、ＣＤ８＋Ｔ細胞がほぼ完全に浸潤していた。さらなる代表的な画像を図１０に示す。
【０２９５】
【表４】
2020517715.tif 000011
【０２９６】
［実施例７］  併用療法による循環Ｔ細胞の機能的表現型の変化
免疫細胞における変化もまた、単剤及び併用療法の潜在的な薬力学的効果として末梢血において分析した。タリモジーン・ラハーパレプベック単剤療法の後、大部分の患者は、末梢血において循環ＣＤ８＋及びＣＤ４＋Ｔ細胞の数を増加させたが、ペンブロリズマブを添加した場合にはそれ以上増加させなかった（図５Ａ及びＢ）。しかしながら、ペンブロリズマブの添加は、Ｋｉ６７＋ＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞の増加によって示されるように、循環中の分裂ＣＤ８Ｔ細胞の数を増加させる傾向があった（図５Ｃ）。循環ＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞における異なる免疫チェックポイント受容体の発現の分析により、単剤タリモジーン・ラハーパレプベック療法によるＰＤ−１及びＴＩＭ−３の増加が明らかになったが（図５Ｄ及びＥ）、ＢＴＬＡに変化はなかった（図５Ｆ）。応答とベースライン細胞レベル又は経時変化との関連性により、本発明者らの誤った発見対照は見逃されなかった。
【０２９７】
［実施例８］  考察
このヒトにおける最初の併用免疫療法臨床試験は、進行性黒色腫を有する患者において高い全奏効率及び完全奏効率を実証し（腫瘍生検の変化によって仲介される）、このことは、腫瘍溶解性ウイルスであるタリモジーン・ラハーパレプベックの注射が、その後のペンブロリズマブによるＰＤ−１の遮断後に遠隔転移において全身応答を誘導し得るＴ細胞を誘引することによって腫瘍微小環境を変化させるという仮説と、機構的に相関する。実際に、単剤タリモジーン・ラハーパレプベック腫瘍内投与による研究の導入期間の間に、循環ＣＤ４及びＣＤ８Ｔ細胞の全身的増加並びに腫瘍へのＣＤ８Ｔ細胞浸潤の増加の証拠が存在した。これらのＴ細胞はＰＤ−１を発現し、腫瘍細胞はＰＤ−Ｌ１を発現し、おそらく単剤タリモジーン・ラハーパレプベックの抗腫瘍活性を制限し、ＰＤ−１を遮断することから利益を得、いずれかの療法単独で予想されるものを超える臨床活性の増加をもたらした。増加した応答の利点は低い毒性率により達成され、このほとんどは、単剤タリモジーン・ラハーパレプベック又はペンブロリズマブの使用により予想される毒性であった（Ａｎｄｔｂａｃｋａ，Ｒ．Ｈ．、Ｋａｕｆｍａｎ，Ｈ．Ｌ．、Ｃｏｌｌｉｃｈｉｏ，Ｆ．、Ａｍａｔｒｕｄａ，Ｔ．、Ｓｅｎｚｅｒ，Ｎ．、Ｃｈｅｓｎｅｙ，Ｊ．、Ｄｅｌｍａｎ，Ｋ．Ａ．、Ｓｐｉｔｌｅｒ，Ｌ．Ｅ．、Ｐｕｚａｎｏｖ，Ｉ．、Ａｇａｒｗａｌａ，Ｓ．Ｓ．ら、（２０１５年）、Ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  Ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ  Ｉｍｐｒｏｖｅｓ  Ｄｕｒａｂｌｅ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  Ｒａｔｅ  ｉｎ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｍｅｌａｎｏｍａ、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３３、２７８０〜２７８８頁；Ｒｉｂａｓ，Ａ．、Ｈａｍｉｄ，Ｏ．、Ｄａｕｄ，Ａ．、Ｈｏｄｉ，Ｆ．Ｓ．、Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｊ．Ｄ．、Ｋｅｆｆｏｒｄ，Ｒ．、Ｊｏｓｈｕａ，Ａ．Ｍ．、Ｐａｔｎａｉｋ，Ａ．、Ｈｗｕ，Ｗ．Ｊ．、Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｓ．ら、（２０１６年）、Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ  Ｗｉｔｈ  Ｔｕｍｏｒ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ａｎｄ  Ｓｕｒｖｉｖａｌ  Ａｍｏｎｇ  Ｐａｔｉｅｎｔｓ  Ｗｉｔｈ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｍｅｌａｎｏｍａ、ＪＡＭＡ  ３１５、１６００〜１６０９頁）。
【０２９８】
ペンブロリズマブ又はニボルマブによるＰＤ−１遮断療法は、以前の療法を受けていない転移性黒色腫を有する治療未経験患者について約３５〜４０％の客観的奏効をもたらす（Ｒｉｂａｓら、２０１６年；Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．、Ｌｏｎｇ，Ｇ．Ｖ．、Ｂｒａｄｙ，Ｂ．、Ｄｕｔｒｉａｕｘ，Ｃ．、Ｍａｉｏ，Ｍ．、Ｍｏｒｔｉｅｒ，Ｌ．、Ｈａｓｓｅｌ，Ｊ．Ｃ．、Ｒｕｔｋｏｗｓｋｉ，Ｐ．、ＭｃＮｅｉｌ，Ｃ．、Ｋａｌｉｎｋａ−Ｗａｒｚｏｃｈａ，Ｅ．ら、（２０１５ａ）、Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ  ｉｎ  ｐｒｅｖｉｏｕｓｌｙ  ｕｎｔｒｅａｔｅｄ  ｍｅｌａｎｏｍａ  ｗｉｔｈｏｕｔ  ＢＲＡＦ  ｍｕｔａｔｉｏｎ、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３７２、３２０〜３３０頁；Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．、Ｓｃｈａｃｈｔｅｒ，Ｊ．、Ｌｏｎｇ，Ｇ．Ｖ．、Ａｒａｎｃｅ，Ａ．、Ｇｒｏｂ，Ｊ．Ｊ．、Ｍｏｒｔｉｅｒ，Ｌ．、Ｄａｕｄ，Ａ．、Ｃａｒｌｉｎｏ，Ｍ．Ｓ．、ＭｃＮｅｉｌ，Ｃ．、Ｌｏｔｅｍ，Ｍ．ら、（２０１５ｂ）、Ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ  ｖｅｒｓｕｓ  Ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ  ｉｎ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｍｅｌａｎｏｍａ、Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３７２、２５２１〜２５３２頁）。科学的理論によって束縛されることを意図しないが、注射可能な病変を有する患者を選択する必要性が、この研究において患者の集団を偏らせる可能性があることを考慮しても、６２％の全奏効率及び３３％の完全奏効率は、抗ＰＤ−１療法のみを投与した結果である可能性は低い。ペンブロリズマブにより治療した６５５人の患者の研究において、皮膚及びリンパ節転移（ステージＭ１ａ）のみを有した３４人の患者が存在し、このグループの患者の全奏効率は３８％であった（Ｒｉｂａｓら、２０１６年）。併用が単剤のペンブロリズマブ又はタリモジーン・ラハーパレプベックのいずれかよりも有効であることをさらに実証するためにランダム化した第３相臨床試験が現在進行中であり、ペンブロリズマブの全身投与とタリモジーン・ラハーパレプベック又はプラセボの病変内注射とを比較している（ＮＣＴ０２２６３５０８）。
【０２９９】
ＣＤ８＋Ｔ細胞の密度が低く、有意なインターフェロンガンマ発現を欠き、ＰＤ−Ｌ１発現が低いベースライン生検の患者は、単剤の抗ＰＤ−１療法に応答する可能性は低い（Ｒｉｂａｓ，Ａ．、Ｒｏｂｅｒｔ，Ｃ．、Ｈｏｄｉ，Ｆ．Ｓ．、Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｊ．Ｄ．、Ｊｏｓｈｕａ，Ａ．Ｍ．、Ｈｗｕ，Ｗ．Ｊ．、Ｗｅｂｅｒ，Ｊ．Ｓ．、Ｚａｒｏｕｒ，Ｈ．Ｍ．、Ｋｅｆｆｏｒｄ，Ｒ．、Ｌｏｂｏｄａ，Ａ．ら、（２０１５年）、Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｄｅａｔｈ  ｒｅｃｅｐｔｏｒ  １（ＰＤ１）ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｗｉｔｈ  ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ（ＭＫ−３４７５）ｗｉｔｈ  ａｎ  ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ−ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ  ｉｍｍｕｎｅ  ｇｅｎｅ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ、Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏｎｃｏｌ  ３３、ａｂｓｔｒ  ３００１頁；Ｔｕｍｅｈ，Ｐ．Ｃ．、Ｈａｒｖｉｅｗ，Ｃ．Ｌ．、Ｙｅａｒｌｅｙ，Ｊ．Ｈ．、Ｓｈｉｎｔａｋｕ，Ｉ．Ｐ．、Ｔａｙｌｏｒ，Ｅ．Ｊ．、Ｒｏｂｅｒｔ，Ｌ．、Ｃｈｍｉｅｌｏｗｓｋｉ，Ｂ．、Ｓｐａｓｉｃ，Ｍ．、Ｈｅｎｒｙ，Ｇ．、Ｃｉｏｂａｎｕ，Ｖ．ら、（２０１４年）、ＰＤ−１  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｂｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ  ａｄａｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ、Ｎａｔｕｒｅ  ５１５、５６８〜５７１頁）。したがって、本明細書に記載されている併用療法は、ＰＤ−１遮断療法に対する一次耐性を逆転させ得る腫瘍特異性を有する十分なＴ細胞を誘引し得るＣＤ８＋Ｔ細胞による腫瘍内浸潤を増加させるはずである（Ｃｈｅｎ，Ｐ．Ｌ．、Ｒｏｈ，Ｗ．、Ｒｅｕｂｅｎ，Ａ．、Ｃｏｏｐｅｒ，Ｚ．Ａ．、Ｓｐｅｎｃｅｒ，Ｃ．Ｎ．、Ｐｒｉｅｔｏ，Ｐ．Ａ．、Ｍｉｌｌｅｒ，Ｊ．Ｐ．、Ｂａｓｓｅｔｔ，Ｒ．Ｌ．、Ｇｏｐａｌａｋｒｉｓｈｎａｎ，Ｖ．、Ｗａｎｉ，Ｋ．ら、（２０１６年）、Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ  ｉｎ  Ｌｏｎｇｉｔｕｄｉｎａｌ  Ｔｕｍｏｒ  Ｓａｍｐｌｅｓ  Ｙｉｅｌｄｓ  Ｉｎｓｉｇｈｔ  ｉｎｔｏ  Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ａｎｄ  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ｏｆ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  ｔｏ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  Ｂｌｏｃｋａｄｅ、Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ  ６、８２７〜８３７頁；Ｒｉｂａｓ，Ａ．、（２０１５年）、Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ：Ｈｏｗ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｐｒｏｔｅｃｔｓ  ｆｒｏｍ  Ｉｍｍｕｎｅ  Ａｔｔａｃｋ、Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ  ５、９１５〜９１９頁）。本明細書に提示されているデータは、タリモジーン・ラハーパレプベックがこの組合せ効果を提供し得ることを実証する。本明細書に提示されているシリーズにおいて、腫瘍が低いベースラインＣＤ８＋密度及び低いインターフェロンガンマシグネチャーを有し、併用療法に対して依然として客観的奏効であった患者の数は、単剤ペンブロリズマブによる以前の経験と比較して明らかに高かった（Ｒｉｂａｓら、２０１５年；Ｔｕｍｅｈ，Ｐ．Ｃ．、Ｈａｒｖｉｅｗ，Ｃ．Ｌ．、Ｙｅａｒｌｅｙ，Ｊ．Ｈ．、Ｓｈｉｎｔａｋｕ，Ｉ．Ｐ．、Ｔａｙｌｏｒ，Ｅ．Ｊ．、Ｒｏｂｅｒｔ，Ｌ．、Ｃｈｍｉｅｌｏｗｓｋｉ，��．、Ｓｐａｓｉｃ，Ｍ．、Ｈｅｎｒｙ，Ｇ．、Ｃｉｏｂａｎｕ，Ｖ．ら、（２０１４年）、ＰＤ−１  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｉｎｄｕｃｅｓ  ｒｅｓｐｏｎｓｅｓ  ｂｙ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｎｇ  ａｄａｐｔｉｖｅ  ｉｍｍｕｎｅ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ、Ｎａｔｕｒｅ  ５１５、５６８〜５７１頁）。
【０３００】
タリモジーン・ラハーパレプベックの局所投与が全身性抗腫瘍効果に寄与している証拠は、ペンブロリズマブの導入前にタリモジーン・ラハーパレプベックを注射されなかった腫瘍において観察された炎症の増加によって提供された。おおまかには、４週間の６つの注射されなかった病変のうちの２つは増加したＣＤ８＋密度及びＰＤ−Ｌ１（免疫蛍光による）を示し、５つのうちの３つは増加したインターフェロンガンマｍＲＮＡを示した。
【０３０１】
ベースライン腫瘍浸潤についての必要性の欠如が、現在６５５人の患者が集まっており、半数が併用を受け、半数が対照群において腫瘍内プラセボとペンブロリズマブを受けている、タリモジーン・ラハーパレプベック＋ペンブロリズマブの併用の進行中の第３相研究（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ、ＮＣＴ０２２６３５０８）においてさらに評価される。また、タリモジーン・ラハーパレプベックの全身効果をさらに評価するために、別個のバイオマーカー研究が、１００人を超える患者からのベースライン及びタリモジーン・ラハーパレプベック後の注射されなかった腫瘍を評価するために進行中である（ＮＣＴ０２３６６１９５）。このことは、対象シリーズにおいてタリモジーン・ラハーパレプベックを注射されなかった腫瘍生検の少しのセットからの知見についての追跡を可能にし、これらの多くは腫瘍炎症の増加を示した。
【０３０２】
結論として、この第１相臨床試験における高い奏効率及び患者の生検において実証された機構の変化は、タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの併用が、ペンブロリズマブ又はタリモジーン・ラハーパレプベック単剤療法の限界のうちのいくらかを克服することができ、タリモジーン・ラハーパレプベック又はペンブロリズマブのいずれかの単独投与で予想されるものを超える応答を患者に与えることができることを示している。
【０３０３】
［実施例９］  タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブとを併用した第３相臨床試験
無増悪生存率（ＰＦＳ）（改変された固形腫瘍における応答評価基準１．１（ＲＥＣＩＳＴ）を使用した盲検下独立中央評価による応答評価）及び全生存率（ＯＳ）によって分析して、タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブ対プラセボとペンブロリズマブの有効性を評価するために、第３相試験を、以前に治療されなかった切除不可能なステージＩＩＩＢからＩＶＭ１ｃの黒色腫を有する患者において行った（図１２）。対象を１：１にランダム化して以下を与える：（１）群１：タリモジーン・ラハーパレプベック＋ペンブロリズマブ；及び（２）群２：プラセボ＋ペンブロリズマブ。
【０３０４】
第３相試験の第２の目的は、（１）ステージＩＶＭ１ｃを除いた対象における完全奏効率、ＯＳ、全奏効率、最良の全奏効、永続的な奏効率及び疾患制御率によって分析した、タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブ対プラセボとペンブロリズマブの有効性の評価；（２）タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブ対プラセボとペンブロリズマブの安全性の評価；並びに（３）Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ（ＥＯＲＴＣ）Ｑｕａｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｌｉｆｅ  Ｑｕｅｓｔｉｏｎｎａｉｒｅ  Ｃｏｒｅ  ３０（ＱＬＱ−Ｃ３０）Ｇｌｏｂａｌ  Ｈｅａｌｔｈ  Ｓｔａｔｕｓ／Ｑｕａｌｉｔｙ  ｏｆ  Ｌｉｆｅ（ＧＨＳ／ＱｏＬ）サブスケールによって分析した、第３相における患者報告アウトカム（ＰＲＯ）の評価を含む。
【０３０５】
ランダム化は、疾患のステージ：進行度の低いステージ（ＩＩＩＢ、ＩＩＩＣ及びＩＶＭ１ａ）対進行度の高いステージ（ＩＶＭ１ｂ及びＩＶＭ１ｃ）によって階層化され、以前のＢＲＡＦ阻害剤療法：以前のＢＲＡＦ阻害剤なし対ＭＥＫ阻害剤を伴う又は伴わないＢＲＡＦ阻害剤によって階層化される。
【０３０６】
主要な選択基準には、組織学的に確認された黒色腫と診断され、手術が推奨されていないステージＩＩＩＢ〜ＩＶＭ１ｃの１８歳以上の男性又は女性が含まれる。対象は、測定可能な疾患を有し、皮膚、皮下又は結節病変への病変内療法投与についての候補となるべきである。対象は、０又は１の米国東海岸がん臨床試験グループ（ＥＣＯＧ）一般状態を有し、適切な血液機能、肝機能、腎機能及び凝固機能を有するべきである。対象は、非アジュバント環境において与えられる治療未経験であるべきである（化学療法、免疫療法又は標的化療法からなるいずれかの以前の全身性抗がん治療を受けたことがあってはならない）。ＢＲＡＦ突然変異腫瘍を有する対象は、この対象の唯一の以前の全身療法として、単独で又はＭＥＫ阻害剤との組合せのいずれかでＢＲＡＦ阻害剤による治療を受けていてもよい。
【０３０７】
重要な除外基準には以下が含まれる：活動性脳転移及び又は癌性髄膜炎がなく、対象はぶどう膜又は粘膜黒色腫を有するべきではない。対象は免疫不全状態の病歴を有するべきではない。対象は、タリモジーン・ラハーパレプベック、任意の他の腫瘍溶解性ウイルス、ペンブロリズマブ又はＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１若しくはプログラム細胞死リガンド２（ＰＤ−Ｌ２）のいずれかの他の阻害剤による以前の治療を受けていてはならない。対象は症候性自己免疫疾患の病歴の証拠を有するべきではない。対象は、活動性のヘルペス皮膚病変又はヘルペス感染の以前の合併症を有するべきではなく、抗ヘルペス薬による間欠的又は長期間の治療を必要とするべきではない。
【０３０８】
タリモジーン・ラハーパレプベック／プラセボ治療
タリモジーン・ラハーパレプベック又はプラセボの最初のサイクルは２１（＋３）日である。この後のサイクルは、９週までは２週間（±３）ごとに、その後は３週間（±３）ごとに与えられるべきである。サイクル１の１日目に、タリモジーン・ラハーパレプベックの最初の用量は、最大で４．０ｍＬまでの１０６ＰＦＵ／ｍＬ又はプラセボである。最大で４．０ｍＬまでの１０８ＰＦＵ／ｍＬの２回目の注射が、最初の注射から２１（＋３）日後に投与されるべきである（すなわち、２２日より早くなってはならないが、２１日の時点から３日を超えて遅延させてはならない。）。タリモジーン・ラハーパレプベック／プラセボは、注射可能な病変の消失、完全奏効、ｉＲＣ−ＲＥＣＩＳＴによる進行性疾患の文書による確認、研究治療の不寛容、最初のタリモジーン・ラハーパレプベック／プラセボの日から２４ヶ月又は研究の終了のいずれかが最初に起こる日まで投与されるべきである。治療サイクルの間隔は毒性に起因して増加させてもよい。タリモジーン・ラハーパレプベック又はプラセボ注射及びペンブロリズマブを同日に投与する場合、可能であればタリモジーン・ラハーパレプベック又はプラセボを最初に投与するべきである。
【０３０９】
ペンブロリズマブ治療
２００ｍｇの用量にてペンブロリズマブを３週間（±３日）ごとに静脈内投与する。ペンブロリズマブの第２の用量を、最初の用量の２１（＋３）日後に投与する。治療サイクルの間隔は毒性に起因して増加させてもよい。タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブを同日に投与する場合、可能であればタリモジーン・ラハーパレプベックを最初に投与するべきである。ペンブロリズマブの投薬は、ｉｒＲＣ−ＲＥＣＩＳＴによる進行性疾患（ＰＤ）の確認、治療に対する不寛容、ペンブロリズマブの最初の投与の日から２４ヶ月又は研究の終了のいずれかが最初に起こる日まで継続される。ペンブロリズマブにより少なくとも２４週間治療を受けており、最初のＣＲが宣言された日を超えてペンブロリズマブによる少なくとも２回の治療を受けた、確認された完全奏効（ＣＲ）に達した対象には、治療の中止を考慮してもよい。
【０３１０】
［実施例１０］  頭頸部の再発性又は転移性扁平上皮癌を有する患者におけるタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブを併用した第１ｂ相臨床試験
第１ｂ相試験（ＭＡＳＴＥＲＫＥＹ２３２；ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別番号：ＮＣＴ０２６２６０００）を、頭頸部の再発性又は転移性扁平上皮癌（ＳＣＣＨＮ）を有する患者において、タリモジーン・ラハーパレプベックの病変内注射とペンブロリズマブの全身投与との併用療法を受けるように設計した。第一の目的は、この組合せの安全性を評価することであり、第二の目的は、免疫関連腫瘍応答を含んだ。
【０３１１】
１８歳以上の適格患者では、口腔、中咽頭、下咽頭又は喉頭の転移性又は再発性のＳＣＣＨＮが組織学的に確認され、この疾患は切除不可能で根治的放射線療法に適していないと考えられ、病変内注射に適した測定可能な疾患（単独又は全体としてのいずれかで、最大直径が１ｍｍより大きく１０ｍｍ未満の皮膚、皮下又は結節ＳＣＣＨＮ腫瘍）であった。適格患者では、白金含有療法による治療後に疾患が進行した又は再発した。患者は、適正な一般状態並びに血液機能、腎機能、肝機能及び凝固機能を有することが要求された。患者は、活動性ＣＮＳ転移及び／若しくは癌性髄膜炎、原発性上咽頭癌を有した場合又は腫瘍の注射後の膨張／炎症に起因して易感染性気道のリスクがあった場合、以前にタリモジーン・ラハーパレプベック、ペンブロリズマブ若しくは他の抗ＰＤ−１療法を受けた場合は除外された。全ての患者は書面によるインフォームドコンセントを提供した。研究手順は各場所における施設倫理委員会によって承認された。
【０３１２】
研究設計
この第１ｂ相研究は、静脈内ペンブロリズマブと併用した病変内タリモジーン・ラハーパレプベックの安全性を主に評価した非盲検多施設単一群研究であった。３６人の患者がタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブを受け、このうち最初の１６人の患者はＤＬＴ分析の一部であった。
【０３１３】
最大で８．０ｍＬまでの１０６ＰＦＵ／ｍＬの病変内タリモジーン・ラハーパレプベックの最初の用量を１週目の１日目に投与した。投与後、最大で８．０ｍＬまでの１０８ＰＦＵ／ｍＬを３週間ごとに与えた。最大で４ｍＬ（総体積）までのタリモジーン・ラハーパレプベックを、各々の治療来院時に病変内注射によって投与することができた。各々の注射病変に送達された体積は病変の直径に依存した。病変ごとに注射された体積は、最大直径が０．５ｃｍ以下の病変について０．１ｍＬから５ｃｍ超の病変について４．０ｍＬの範囲であった。タリモジーン・ラハーパレプベック投与は、注射可能な病変の消失、完全奏効（ＣＲ）、固形腫瘍における免疫関連応答評価基準（ｉＲＥＣＩＳＴ）による疾患進行（ＰＤ）の確認、治療不寛容、最初の用量のペンブロリズマブから２４ケ月又は研究の終了のいずれかが最初に起こる日まで継続した。ペンブロリズマブ（２００ｍｇ）を、１週目の１日目に開始して３週間ごとに静脈内投与した（同じ日のタリモジーン・ラハーパレプベックの初回用量の後）。ペンブロリズマブ治療は、ｉＣＲの達成、ｉＰＤの確認、治療に対する不寛容、最初の用量のペンブロリズマブの日から２４ケ月又は研究の終了のいずれかが最初に起こる日まで継続した。主要評価項目は、両方の薬剤を併用して与えたときから開始する用量制限毒性（ＤＬＴ）の患者発生率であった。最初の１６人の評価可能な患者におけるＤＬＴの発生率及びさらなる安全性データを、用量レベル審査チーム（ＤＬＲＴ）によって審査した。ＤＬＴ評価期間は、両方の研究治療の最初の投薬から６週間であった。ＤＬＴ評価において考慮するために、患者は、２回用量のタリモジーン・ラハーパレプベック及び２回用量のペンブロリズマブを併用して受ける必要があった、又は少なくとも１回用量のタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの併用後にＤＬＴを有した。副次的評価項目は、ｉｒＲＥＣＩＳＴを使用した治験責任医師による以下の免疫関連腫瘍応答：客観的奏効率（ｉＯＲＲ；完全奏効＋部分奏効）、完全奏効率（ｉＣＲＲ）、最良の全奏効（ｉＢＯＲ）、応答期間（ｉＤＯＲ）、疾患制御率（ｉＤＣＲ）及び無増悪生存率（ｉＰＦＳ）を含んだ。
【０３１４】
第１ｂ相臨床試験についての主要分析は、登録された最後の対象が９週間の応答評価を完了する機会を得たときに完了した腫瘍応答評価であった。
ベースラインの層及び特徴
第１ｂ相臨床試験において、頭頸部の再発性又は転移性扁平上皮癌を有する３６人の患者に、腫瘍内タリモジーン・ラハーパレプベック及び静脈内ペンブロリズマブを投与した。ベースラインの層及び臨床的特徴を表５に記載する。
【０３１５】
【表５】
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【０３１６】
タリモジーン・ラハーパレプベックとペンブロリズマブとの併用の用量制限毒性、安全性及び耐容性
１６人の患者を１ｂ試験の用量制限毒性相に含んだ。これらの１６人の患者のうち、１人（６．３％）のＤＬＴが観察され、グレード５の（致死的な）動脈性出血であった。６．３％のこのＤＬＴ率により、試験の第１ｂ相部分にさらに２０人の患者を登録することが支持された。
【０３１７】
第１ｂ相試験における３６人の患者は、少なくとも１回用量の腫瘍内タリモジーン・ラハーパレプベック及び少なくとも１回用量の静脈内ペンブロリズマブを併用して受けた。予期せぬ安全性の知見は存在せず、有害事象は、単一のタリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの単剤療法により観察されたものと一致した。グレード３以上の治療中に発生した有害事象は、タリモジーン・ラハーパレプベックに関連すると考えられた５人（１３．９％）の患者及びペンブロリズマブに関連した３人（８．３％）の患者において報告された。これらのグレード３以上の治療中に発生した有害事象のうち、２人（５．６％）はタリモジーン・ラハーパレプベックの中止に至り、１人（２．８％）はペンブロリズマブの中止に至った。タリモジーン・ラハーパレプベックに関連があると考えられたＤＬＴ患者（動脈性出血）を含む７人の死亡が研究中に報告され、ペンブロリズマブに関連があると考えられた死亡はゼロであった。最も多くみられた治療中に発生した有害事象は、発熱（３６．１％）、呼吸困難（３３．３％）及び疲労（２５．０％）であった。
【０３１８】
タリモジーン・ラハーパレプベック及びペンブロリズマブの併用による抗腫瘍活性
第１ｂ相試験の一次分析を、登録された最後の対象が９週間の応答評価を完了する機会を得たときに開始した。主要有効性評価項目は、客観的奏効率（ｉＯＲＲ）、完全奏効率（ｉＣＲＲ）、最良の全奏効（ｉＢＯＲ）、応答期間（ｉＤＯＲ）及び疾患制御率（ｉＤＣＲ）（固形腫瘍における免疫関連応答評価基準を使用した治験責任医師による応答評価［ｉｒＲＥＣＩＳＴ］）であった。ｉｒＲＥＣＩＳＴに従って、ｉＣＲ、ｉＰＲ及びｉＰＤの観察は、応答分析において確認されたとみなすために応答の最初の観察から２８日以上の確認の精査を必要とする。
【０３１９】
３６人の登録された患者のうち、２８人（７７．８％）が確認されたＰＤ−Ｌ１陽性腫瘍を有し、５人（１３．９％）がＨＰＶ陽性であり、１３人（３６．１％）がＨＰＶ陰性であり、１８人（５０％）が未知であった（表６）。ｉＲＥＣＩＳＴによる未確認の客観的奏効率（完全奏効及び部分奏効）は１６．７％（９５％ＣＩ、６．４％〜３２．８％）であり、確認されたｉＯＲＲは１１．１％（９５％ＣＩ、３．１％〜２６．１％）であった。ｉＲＥＣＩＳＴによる未確認及び確認された疾患制御率（完全、部分及び安定性疾患）は３８．９％（９５％ＣＩ、２３．１％〜５６．５％）であった。長期追跡は一次分析の時点で依然として進行中であった。
【０３２０】
【表６】
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
2020517715.tif 000017
【図１Ｅ】
2020517715.tif 000018
【図１Ｆ】
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【図２Ａ】
2020517715.tif 000020
【図２Ｂ】
2020517715.tif 000021
【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
2020517715.tif 000023
【図３Ｃ】
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【図３Ｄ】
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【図３Ｅ】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図５Ａ】
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【図５Ｂ】
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【図５Ｃ】
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【図５Ｄ】
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【図５Ｅ】
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【図５Ｆ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７Ａ】
2020517715.tif 000037
【図７Ｂ】
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【図７Ｃ】
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【図８Ａ】
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【図８Ｂ】
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【図９】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ】
2020517715.tif 000044
【図１１−１】
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【図１１−２】
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【図１１−３】
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【図１１−４】
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【図１１−５】
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【図１１−６】
2020517715.tif 000050
【図１１−７】
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【図１１−８】
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【図１１−９】
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【図１２】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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