(57)【要約】  シンデカン−１に特異的に結合する結合剤を含む組成物およびその使用が、ある実施形態において本明細書で提示される。【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つまたは複数の軽鎖相補性決定領域を含むシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２〜１５から選択されるＣＤＲ−Ｌ１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２６から選択されるＣＤＲ−Ｌ２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７〜３４から選択されるＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、
前記シンデカン−１結合剤がシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する、シンデカン−１結合剤。
【請求項２】
ＣＤＲ−Ｌ３を含み、ＣＤＲ−Ｌ２を含んでもよい、請求項１に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３】
ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３を含む、請求項１に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４】
ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つまたは複数の重鎖相補性決定領域を含むシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号４６〜５５から選択されるＣＤＲ−Ｈ１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５６〜６７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号６８〜７６から選択されるＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、
前記シンデカン−１結合剤がシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する、シンデカン−１結合剤。
【請求項５】
ＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項４に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項６】
ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項４に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項７】
ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つまたは複数の軽鎖相補性決定領域を含む、請求項４から６のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２〜１５から選択されるＣＤＲ−Ｌ１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２６から選択されるＣＤＲ−Ｌ２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７〜３４から選択されるＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含む、シンデカン−１結合剤。
【請求項８】
請求項１から３、または７のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２〜１５から選択されるＣＤＲ−Ｌ１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２６から選択されるＣＤＲ−Ｌ２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７〜３４から選択されるＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含む、シンデカン−１結合剤。
【請求項９】
請求項１から３、または７のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２〜１５から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２６から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７〜３４から選択されるポリペプチド配列を含む、シンデカン−１結合剤。
【請求項１０】
請求項４から７のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号４６〜５５から選択されるＣＤＲ−Ｈ１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５６〜６７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号６８〜７６から選択されるＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含む、シンデカン−１結合剤。
【請求項１１】
請求項４から７のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号４６〜５５から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５６〜６７から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号６８〜７６から選択されるポリペプチド配列を含む、シンデカン−１結合剤。
【請求項１２】
ＣＤＲ−Ｈ３を含み、ＣＤＲ−Ｌ３を含んでもよい、請求項７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項１３】
ＣＤＲ−Ｈ２をさらに含み、ＣＤＲ−Ｌ２をさらに含んでもよい、請求項１２に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項１４】
ＣＤＲ−Ｈ１をさらに含み、ＣＤＲ−Ｌ１をさらに含んでもよい、請求項１２または１３に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項１５】
請求項１から１４のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７または配列番号２９から選択され、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６または配列番号１９から選択され、ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２または配列番号４から選択される、シンデカン−１結合剤。
【請求項１６】
請求項４から１５のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号６８または配列番号７０から選択され、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５６または配列番号５８から選択され、ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号４６または配列番号４８から選択される、シンデカン−１結合剤。
【請求項１７】
配列番号２のＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１６のＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２７のＣＤＲ−Ｌ３、配列番号４６のＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５６のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号６８のＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項１８】
配列番号４のＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１９のＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２９のＣＤＲ−Ｌ３、配列番号４８のＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５８のＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号７０のＣＤＲ−Ｈ３を含む、請求項７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項１９】
軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｌ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３を含むシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｌ１が配列番号２〜１５から選択され、ＣＤＲ−Ｌ２が配列番号１６〜２６から選択され、ＣＤＲ−Ｌ３が配列番号２７〜３４から選択され、
前記シンデカン−１結合剤がシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する、シンデカン−１結合剤。
【請求項２０】
重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｈ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３を含むシンデカン−１結合剤であって、
ＣＤＲ−Ｈ１が配列番号４６〜５５から選択され、ＣＤＲ−Ｈ２が配列番号５６〜６７から選択され、ＣＤＲ−Ｈ３が配列番号６８〜７６から選択され、
前記シンデカン−１結合剤がシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する、シンデカン−１結合剤。
【請求項２１】
配列番号２〜１５から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１６〜２６から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２７〜３４から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、配列番号４６〜５５から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５６〜６７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号６８〜７６から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含むシンデカン−１結合剤であって、
前記シンデカン−１結合剤がシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する、シンデカン−１結合剤。
【請求項２２】
抗体、またはその結合断片である、請求項１から２１のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２３】
モノクローナル抗体、またはその結合断片である、請求項１から２２のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２４】
ＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＡまたはＩｇＭの定常領域を含む、請求項１から２３のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２５】
ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常領域を含む、請求項２４に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２６】
ヒト化されている、請求項１から２５のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２７】
少なくとも１つのヒト定常領域またはその部分を含む、請求項１から２６のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２８】
１つ、２つもしくは少なくとも３つのヒトまたはヒト化フレームワーク領域を含む、請求項１から２７のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項２９】
少なくとも１つのマウスフレームワーク領域を含む、請求項１から２８のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３０】
少なくとも３つのマウスフレームワーク領域を含む、請求項１から２９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３１】
Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、Ｆｄ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖｓ（ｓｄＦｖ）、ＶＬ、ＶＨ、ダイアボディ（（ＶＬ−ＶＨ）２または（ＶＨ−ＶＬ）２）、トリアボディ（三価）、テトラボディ（四価）、ミニボディ（（ｓｃＦＶ−ＣＨ３）２）、ＩｇＧデルタＣＨ２、ｓｃＦｖ−Ｆｃもしくは（ｓｃＦｖ）２−Ｆｃ、またはそれらの結合断片である、請求項１から３０のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３２】
一本鎖ポリペプチドからなる、請求項１から３１のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３３】
配列番号３５〜４１または配列番号４２〜４５から選択される軽鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも８０％または少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列を有する軽鎖可変領域を含む、請求項１から３２のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３４】
配列番号３５〜４１または配列番号４２〜４５から選択される軽鎖可変領域を含む、請求項１から３３のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３５】
配列番号７７〜８３または配列番号８４〜８８から選択される重鎖可変領域のアミノ酸配列と少なくとも８０％または少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列を有する重鎖可変領域を含む、請求項１から３４のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３６】
配列番号７７〜８３または配列番号８４〜８８から選択される重鎖可変領域を含む、請求項１から３５のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３７】
配列番号３５〜４５から選択される軽鎖可変領域または配列番号７７〜８８から選択される重鎖可変領域がアミノ酸付加、アミノ酸欠失およびアミノ酸置換から選択される１〜５のアミノ酸改変を含む、請求項１から３６のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３８】
重鎖可変領域のフレームワーク領域または軽鎖可変領域のフレームワーク領域が１〜５のアミノ酸改変を含む、請求項３７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項３９】
軽鎖相補性決定領域の１つもしくは複数または重鎖相補性決定領域の１つもしくは複数が、１〜５のアミノ酸改変を１つまたは複数含む、請求項３７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４０】
１〜５のアミノ酸改変が軽鎖相補性決定領域または重鎖相補性決定領域の中に存在しない、請求項３７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４１】
哺乳類のシンデカン−１に特異的に結合する、請求項１から４０のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４２】
哺乳類のシンデカン−１がヒトシンデカン−１、サルシンデカン−１、またはラットシンデカン−１である、請求項４１に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４３】
ヒトシンデカン−１に特異的に結合する、請求項４０に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４４】
シンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する、請求項１から４３のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４５】
５０ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）でヒトシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する、請求項１から４４のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４６】
１ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）で特異的に結合する、請求項４５に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４７】
ＧＸ１ＫＥＸ２ＥＡＸ３ＶＬＰ（配列番号９１）のアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合する請求項１から４６のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤であって、Ｘ１、Ｘ２およびＸ３が任意のアミノ酸から選択される、シンデカン−１結合剤。
【請求項４８】
Ｘ１がプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ２がプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ３がプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、バリン、メチオニン、ロイシン、イソロイシンおよびフェニルアラニンから選択される、請求項４７に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項４９】
ＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号８９）またはＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号９０）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチドに特異的に結合する、請求項４７または４８に記載のシンデカン−１結合剤。
【請求項５０】
ＧＸ１ＫＥＸ２ＥＡＸ３ＶＬＰ（配列番号９１）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチド配列に特異的に結合する結合剤であって、Ｘ１、Ｘ２およびＸ３が任意のアミノ酸から選択される、結合剤。
【請求項５１】
Ｘ１がプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ２がプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ３がプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、バリン、メチオニン、ロイシン、イソロイシンおよびフェニルアラニンから選択される、請求項５０に記載の結合剤。
【請求項５２】
ＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号８９）またはＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号９０）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチドに特異的に結合する、請求項５０または５１に記載の結合剤。
【請求項５３】
約１０−５Ｍ〜約１０−１５Ｍの結合親和性（ＫＤ）でポリペプチドに特異的に結合する、請求項５０から５２のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項５４】
モノクローナル抗体またはその抗原結合断片である、請求項５０から５３のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項５５】
天然に産生しない結合剤である、請求項５０から５４のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項５６】
ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、またはそれらの抗原結合断片である、請求項５０から５５のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項５７】
Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、Ｆｄ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖｓ（ｓｄＦｖ）、ＶＬ、ＶＨ、ダイアボディ（（ＶＬ−ＶＨ）２または（ＶＨ−ＶＬ）２）、トリアボディ（三価）、テトラボディ（四価）、ミニボディ（（ｓｃＦＶ−ＣＨ３）２）、ＩｇＧデルタＣＨ２、ｓｃＦｖ−Ｆｃもしくは（ｓｃＦｖ）２−Ｆｃ、およびそれらの結合断片から選択される、請求項５０から５６のいずれか一項に記載の結合剤。
【請求項５８】
シンデカン−１、その部分、またはそのエピトープへの請求項１から４９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤の結合と競合する第２のシンデカン−１結合剤、または請求項５０から５７のいずれか一項に記載のポリペプチドへの結合に関して請求項５０から５７のいずれか一項に記載の結合剤の結合と競合する第２のシンデカン−１結合剤。
【請求項５９】
エピトープがＧＸ１ＫＥＸ２ＥＡＸ３ＶＬＰ（配列番号９１）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチドであり、Ｘ１、Ｘ２およびＸ３が任意のアミノ酸から選択される、請求項５８に記載の第２のシンデカン−１結合剤。
【請求項６０】
前記エピトープがＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号８９）またはＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号９０）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチドである、請求項５８または５９に記載の第２のシンデカン−１結合剤。
【請求項６１】
請求項１から４９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤と区別できるアミノ酸配列を有する、請求項５８から６０のいずれか一項に記載の第２のシンデカン−１結合剤。
【請求項６２】
請求項１から４９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤を含む、医薬組成物。
【請求項６３】
局所、局部、経皮、皮膚、皮下、結膜下、硝子体内、眼球後方、前房内、鼻内、経粘膜、腸内、経口、舌下、直腸、非経口、全身、静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、腔内、頭蓋内、子宮内、膣内、および膀胱内注入から選択される投与経路のために製剤化される、請求項６２に記載の医薬組成物。
【請求項６４】
哺乳類への静脈内投与に適した無菌組成物として製剤化される、請求項６２に記載の医薬組成物。
【請求項６５】
錠剤、ミクロ錠剤、ミクロペレット、粉末、カプセル、顆粒、エマルジョンまたは溶液として製剤化される、請求項６２から６４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６６】
請求項１から６１のいずれか一項に記載の結合剤を発現し、分泌し、および／または産生する細胞または細胞培養物。
【請求項６７】
哺乳類細胞である、請求項６６に記載の細胞。
【請求項６８】
請求項１から４９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤を発現する細胞株を培養すること、および前記細胞株からまたは前記細胞株によって産生された馴化培地から前記シンデカン−１結合剤を単離することを含む、シンデカン−１結合剤を産生する方法。
【請求項６９】
前記細胞株が前記シンデカン−１結合剤またはその結合部分をコードする核酸を含む、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
（ｉ）１つまたは複数の細胞を請求項１から４９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤と接触させることを含む、シンデカン−１を発現している細胞を同定する方法。
【請求項７１】
（ｉｉ）前記シンデカン−１結合剤と前記１つまたは複数の細胞のうちの少なくとも１つとを含む結合した複合体の存在または非存在を検出することをさらに含み、前記結合した複合体の存在がシンデカン−１を発現する細胞の存在を示す、請求項７０に記載の方法。
【請求項７２】
前記シンデカン−１結合剤の前記細胞への結合を可能にする条件下で、請求項１から４９のいずれか一項に記載のシンデカン−１結合剤を含む組成物と哺乳類細胞をインビトロまたはインビボで接触させることを含む、シンデカン−１結合剤を細胞に送達する方法。
【請求項７３】
前記送達することが、シンデカン−１結合剤を含む組成物を対象に投与することを含む、請求項７２に記載の方法。
【請求項７４】
腫瘍性障害またはがんの処置における使用のための、請求項６２から６５のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項７５】
前記腫瘍性障害またはがんがシンデカン−１を発現する細胞を含む、請求項７４に記載の医薬組成物。
【請求項７６】
前記腫瘍性障害またはがんが肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、頭頸部の扁平上皮癌、頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌から選択される、請求項７４または７５に記載の医薬組成物。
【請求項７７】
請求項６２から６５のいずれか一項に記載の医薬組成物の治療量を、それを必要とする対象に投与することを含む、腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある対象を処置する方法。
【請求項７８】
前記腫瘍性障害またはがんが、シンデカン−１を発現する細胞を含む、請求項７７に記載の方法。
【請求項７９】
前記腫瘍性障害またはがんが、肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、頭頚部の扁平上皮細胞癌、子宮頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌腫から選択される、請求項７７または７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記対象が哺乳類である、請求項７７から７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
前記対象がヒトである、請求項７７から８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記治療量が前記対象の体重１ｋｇあたり０．１ｍｇ〜３００ｍｇの範囲の前記シンデカン−１結合剤の量を含む、請求項７７から８１のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連特許出願
本特許出願は、Ｊｕｌｉａ  Ｃｏｒｏｎｅｌｌａ、Ｒｏｂｙｎ  Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ａｎｊｕｌｉ  ＴｉｍｍｅｒおよびＲｏｌａｎｄ  Ｎｅｗｍａｎを発明者とし、代理人整理番号０５７７７４−０４４５２４６で指定され、「ＳＹＮＤＥＣＡＮ−１  （ＣＤ１３８）  ＢＩＮＤＩＮＧ  ＡＧＥＮＴＳ  ＡＮＤ  ＵＳＥＳ  ＴＨＥＲＥＯＦ」と題して２０１７年４月２６日に出願した米国仮特許出願第６２／４９０，４６３号に優先権を主張する。上記特許出願の全ての内容は、全てのテキスト、表および図を含めて、参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
発明の分野
本発明の実施形態は、シンデカン−１（ＣＤ１３８）またはその一部に特異的に結合する結合剤を含む組成物およびその使用に関する。
【背景技術】
【０００３】
緒言
シンデカンファミリーは、細胞表面に存在する４つの膜貫通ヘパラン硫酸プロテオグリカン類（ＨＳＰＧ）からなる。これらの異なったシンデカン類の構造は脊椎動物および無脊椎動物において高い相同性を示す。４つ全てのシンデカン類は変動する数のグリコサミノグリカン（ＧＡＧ）側鎖で修飾されたコアタンパク質から組み立てられている。シンデカン類は主としてこれらのＧＡＧ鎖を通してその機能を発揮しているが、コアタンパク質の異なったドメインも注目すべき役割を果たしている。シンデカン−１およびシンデカン−３はいずれもヘパラン硫酸（ＨＳ）およびコンドロイチン硫酸（ＣＳ）鎖を有する一方、シンデカン−２およびシンデカン−４はＨＳ鎖のみを有している。シンデカン類は増殖および分化、細胞の伸展、細胞の付着、 細胞の移動、細胞骨格の形成、浸潤、および血管形成を含む広範囲の生物学的プロセスに関与している。
【０００４】
シンデカン−１は、Ｎ−末端細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、およびＣ末端細胞内シグナル伝達ドメインを含む膜貫通（タイプ１）ヘパラン硫酸プロテオグリカンである。ヒトではシンデカン−１（ＣＤ１３８）は長さ３１０アミノ酸のコアタンパク質を含み、ＳＤＣ１遺伝子によってコードされている。ＳＤＣ１遺伝子は５つのエクソンからなり、ヒトの第２染色体に位置している。第１のエクソンはシグナルペプチドをコードし、第２のエクソンはヘパラン硫酸の付着部位をコードし、第３および第４のエクソンはコンドロイチン硫酸の結合部位をコードし、第５のエクソンは膜貫通ドメインおよび細胞質ドメインをコードしている。
【０００５】
シンデカン−１は成体組織の上皮細胞の基底外側表面の上に、成長中の間葉系細胞の上に、および異なった段階の分化の間のリンパ球様細胞の上に発現する。シンデカン−１は肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）に結合することができ、種々の増殖因子と相互作用して共受容体として作用し、細胞の移動、細胞とマトリックスとの相互作用、成長、増殖、および生存に影響する多重のシグナル伝達経路の活性化をもたらす。いくつかの研究によって、肺がん、乳がん、頭頚部癌腫、胃腸の悪性腫瘍、骨髄腫および悪性中皮腫、高侵攻性間葉系腫瘍を含む種々の悪性疾患におけるシンデカン−１の重要な役割が関連付けられてきた。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００６】
シンデカン−１に特異的に結合する新規な結合剤、モノクローナル抗体およびその結合部分、その医薬組成物ならびにこれを用いる方法が本明細書で提示される。
【課題を解決するための手段】
【０００７】
いくつかの態様では、シンデカン−１、シンデカン−１の細胞外ドメインまたはその一部に特異的に結合する結合剤が本明細書で提示される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した結合剤はシンデカン−１を含むタンパク質またはポリペプチド、シンデカン−１の細胞外ドメインまたはその一部に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトシンデカン−１、非ヒト霊長類シンデカン−１（たとえばサルシンデカン−１）、ラットシンデカン−１およびマウスシンデカン−１から選択される１つまたは複数の哺乳類シンデカン−１ポリペプチドに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトシンデカン−１の変異体および／または１つもしくは複数の天然に産生する変異体を含むヒトシンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する。
【０００８】
いくつかの態様では、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つまたは複数の軽鎖相補性決定領域を含むシンデカン−１結合剤が本明細書に提示され、ＣＤＲ−Ｌ１は表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｌ３を含み、ＣＤＲ−Ｌ２を含んでもよい。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【０００９】
いくつかの態様では、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３から選択される１つまたは複数の重鎖相補性決定領域を含むシンデカン−１結合剤が本明細書に提示され、ＣＤＲ−Ｈ１は表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００１０】
いくつかの態様では、ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３から選択される１つまたは複数の軽鎖相補性決定領域を含むシンデカン−１結合剤が本明細書に提示され、ＣＤＲ−Ｌ１は表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列と少なくとも８０％の相同性を有するポリペプチド配列を含む。
【００１１】
本明細書に提示するシンデカン−１結合剤のある実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｌ１は表１から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択されるポリペプチド配列を含む。
【００１２】
本明細書に提示するシンデカン−１結合剤のある実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の相同性を有するポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ−Ｈ１は表６から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択されるポリペプチド配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択されるポリペプチド配列を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｈ３を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｌ３を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｈ３、ＣＤＲ−Ｌ３およびＣＤＲ−Ｈ２もしくはＣＤＲ−Ｌ２を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＣＤＲ−Ｈ３、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ２、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｈ１および／またはＣＤＲ−Ｌ１を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、ＣＤＲ領域は表１〜１０の１つまたは複数から選択される。
【００１４】
いくつかの態様では、軽鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｌ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３を含むシンデカン−１結合剤が本明細書に提示され、ＣＤＲ−Ｌ１は表１から選択され、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択され、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択され、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。
【００１５】
いくつかの態様では、重鎖相補性決定領域（ＣＤＲ−Ｈ）の３つのポリペプチド配列であるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３を含むシンデカン−１結合剤が本明細書に提示され、ＣＤＲ−Ｈ１は表６から選択され、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択され、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択され、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。
【００１６】
いくつかの態様では、表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含むシンデカン−１結合剤が本明細書に提示され、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。
【００１７】
ある実施形態では、シンデカン−１結合剤は抗体またはその結合断片である。ある実施形態では、シンデカン−１結合剤はモノクローナル抗体またはその結合断片である。ある実施形態では、シンデカン−１結合剤はＩｇＧ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、またはＩｇＭの定常領域を含む。ある実施形態では、シンデカン−１結合剤はＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常領域を含む。ある実施形態では、シンデカン−１結合剤はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、Ｆｄ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ジスルフィド連結Ｆｖｓ（ｓｄＦｖ）、ＶＬ、ＶＨ、ダイアボディ（（ＶＬ−ＶＨ）２または（ＶＨ−ＶＬ）２）、トリアボディ（三価）、テトラボディ（四価）、ミニボディ（（ｓｃＦＶ−ＣＨ３）２）、ＩｇＧデルタＣＨ２、ｓｃＦｖ−Ｆｃ、（ｓｃＦｖ）２−Ｆｃ、およびそれらの結合断片から選択される。
【００１８】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はヒト化されているか、少なくとも１つのヒト定常領域もしくはその部分を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤は１つ、２つもしくは少なくとも３つのヒトまたはヒト化フレームワーク領域を含む。
【００１９】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はヒトシンデカン−１に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤は５０ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）でヒトシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。
【００２０】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＧＸ１ＫＥＸ２ＥＡＸ３ＶＬＰのアミノ酸配列（配列番号９１）を含むポリペプチドに特異的に結合し、ここでＸ１、Ｘ２およびＸ３は任意のアミノ酸から選択される。ある実施形態では、Ｘ１はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ２はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ３はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、バリン、メチオニン、ロイシン、イソロイシンおよびフェニルアラニンから選択される。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤はＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号８９）またはＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号９０）のアミノ酸配列を含むポリペプチドに特異的に結合する。
【００２１】
いくつかの態様では、シンデカン−１結合剤を含む医薬組成物が本明細書に提示される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は哺乳類への静脈内投与に適した無菌組成物として製剤化される。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、局所、局部、経皮、皮膚、皮下、結膜下、硝子体内、眼球後方、前房内、鼻内、経粘膜、腸内、経口、舌下、直腸、非経口、全身、静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、腔内、頭蓋内、子宮内、膣内、および膀胱内注入から選択される投与経路のために製剤化される。
【００２２】
本技術のある態様を以下の記述、実施例、特許請求の範囲および図面においてさらに説明する。
【００２３】
図面は本技術の実施形態を説明するものであって制限するものではない。説明を明瞭かつ容易にするため、図面はスケール通りではなく、いくつかの場合には特定の実施形態の理解を助けるために種々の態様を誇張してまたは拡大して示すことがある。
【図面の簡単な説明】
【００２４】
【図１】図１はヒト、カニクイザル（ｃｙｎｏ）およびマウスに由来するＣＤ１３８タンパク質の配置を示す。免疫に用いたペプチドは箱で囲んだエリアに由来した。
【図２】図２は、Ｈ９２９細胞に結合するＦ１２Ｐ１６Ｆ６（図２Ａ）および別の陽性ハイブリドーマクローンＦ１２Ｐ１６Ｇ３（図２Ｂ）のＦＡＣＳヒストグラムを示す。
【図３】図３は、代表的なハイブリドーマ（即ちＦ１２Ｐ１６Ｆ６）の、１６７ｎＭ（Ｌ１Ａ１）〜１０．４ｎＭ（Ｌ１Ａ４）でのヒトＣＤ１３８（上のパネル）への結合についての動的結合解析（即ちＳＰＲソノグラム）の結果を示す。
【図４】図４は、代表的なキメラ抗体、１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１（ｃｈＦ６、図４Ａ）および１３Ｐ３０Ａ７  ｈＩｇＧ１（ｃｈＰ３０Ａ７、図４Ｂ）の、ヒトＣＤ１３８発現細胞（ヒト）およびカニクイザルＣＤ１３８発現細胞（ｃｙｎｏ）への結合を示す。対照抗体（Ｓｅｃ）はＣＤ１３８への特異的結合を殆どまたは全く示さなかった。
【図５】図５Ａは、親のＦ１２Ｐ１６Ｆ６（Ｐ１６Ｆ６）の重鎖と比較したヒト化重鎖を示す。記号ｃｄｒはＣＤＲグラフトアプローチを示し、記号ａｂｂは短縮したＣＤＲのグラフトアプローチを示し、記号ｓｄｒはＳＤＲトランスファーアプローチを示し、記号ｆｒａはフランケンシュタインアプローチを示し、記号ｖｅｎはベニア化アプローチを示す。記号ｒｅｐａｉｒは可変領域を第２ラウンドのヒト化に供したことを示す。  図５Ｂは、親のＦ１２Ｐ１６Ｆ６（Ｐ１６Ｆ６）の軽鎖と比較したヒト化軽鎖を示す。記号ｃｄｒ、ａｂｂ、ｓｄｒ、ｆｒａ、ｖｅｎ、およびｒｅｐａｉｒは、図５Ａと同じアプローチを示す。
【図６】図６は、代表的な１１個のヒト化抗体の分子量（ｋＤａ）および純度を説明する、還元条件下で行なったＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルの写真を示す。Ｌａｎｅ１＝１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１、Ｌａｎｅ２＝ｈＦ６  ａｋａ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ３＝ｈＦ６  ａｋｓ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ４＝ｈＦ６  ａｋｆ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ５＝ｈＦ６  ｃｋａ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ６＝ｈＦ６  ｃｋｆ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ７＝ｈＦ６  ｆ２ｋａ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ８＝ｈＦ６  ｆ２ｋｓ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ９＝ｈＦ６  ｆ２ｋｆ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ１０＝ｈＦ６  ｆ１ｋａ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ１１＝ｈＦ６  ｆ１ｋｓ−ｒｅｐ、Ｌａｎｅ１２＝ｈＦ６  ｆ１ｋｆ−ｒｅｐ、ＭＷ＝分子量マーカー。分子量マーカーはゲルの右側にラベルしている。
【図７】図７は、代表的な１１個のヒト化抗体の、多発性骨髄腫細胞株ＫＭＳ−１１（図７Ｂ）および膀胱がん株ＲＴ１１２／８４（図７Ａ）の表面上のヒトＣＤ１３８への細胞表面結合のＦＡＣＳ解析を示す。陰性対照としてセクキヌマブを用いた。
【図８】図８は、１．９５Åの分解能で分離した、抗体Ｆａｂ断片と複合したヒトシンデカン−１ペプチドに由来するＸ線結晶構造の図を示す。非対称単位あたりそれぞれ１コピーのシンデカン−１ペプチドおよびＦａｂが存在する。図８はシンデカン−１−Ｆａｂ結合界面を図示する。Ｆａｂ重鎖は図の左にリボン状の側鎖炭素原子の形態で示されている。Ｆａｂ軽鎖は図の右にリボン状の側鎖炭素原子の形態で示されている。シンデカン−１ペプチド炭素原子はＦａｂの重鎖と軽鎖との間に挟まれて示されている。シンデカン−１ペプチドのあるアミノ酸およびＦａｂ断片のある側鎖は、それらの対応する３文字アミノ酸略号および位置でラベルされている。
【発明を実施するための形態】
【００２５】
シンデカン−１またはその一部に結合するモノクローナル結合剤、ならびにその組成物および使用が、いくつかの実施形態において本明細書で提示される。ヒトシンデカン−１（たとえば配列番号１）は一般に、３１０アミノ酸の非成熟ポリペプチド配列を含み、この配列はＮ末端からＣ末端に数えてアミノ酸１〜２２のＮ末端単一配列、アミノ酸約２３〜２５４の細胞外ドメイン、アミノ酸約２５５〜２７５の膜貫通ドメイン、およびアミノ酸約２７６〜３１０の細胞質ドメインを含む。シンデカン−１受容体のリーダー配列、細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質ドメインを同定する方法は知られており、好適な哺乳類種に由来するシンデカン−１ポリペプチド配列内のそのようなドメインまたは領域を同定するために任意の好適な方法を用いることができる。
【００２６】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１は哺乳類シンデカン−１である。シンデカン−１は任意の哺乳類種に由来するものでよい。いくつかの実施形態では、シンデカン−１ポリペプチドはヒトシンデカン−１である。ある実施形態では、シンデカン−１の細胞外ドメインは典型的には未変性の哺乳類細胞の細胞表面上に発現したシンデカン−１ポリペプチドのＮ末端部分を含む。ある実施形態ではシンデカン−１の細胞外ドメインは細胞質ドメインおよび／または膜貫通ドメインを含まない可溶性形または非膜結合形で発現される。ある実施形態では、シンデカン−１および／またはシンデカン−１の細胞外ドメインは１つまたは複数のアミノ酸付加、欠失または置換を含む。シンデカン−１ポリペプチドは、シンデカン−１ポリペプチドと少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または１００％同一のアミノ酸配列を含んでよい。ある実施形態では、シンデカン−１ポリペプチドはシンデカン−１タンパク質の部分（たとえばそのサブ配列）を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１の部分はシンデカン−１の細胞外ドメインまたはその部分を含む。
【００２７】
シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する１つまたは複数の結合剤を含む組成物（たとえば医薬組成物）が、いくつかの実施形態において本明細書で提示される。いくつかの実施形態では、本明細書に提示する結合剤は対象における腫瘍性障害および／またはがんの処置、予防および／または診断のために用いられる。
【００２８】
「対象」という用語は哺乳類を意味する。任意の好適な哺乳類を本明細書に記載した方法または組成物によって処置することができる。哺乳類の非限定的な例には、ヒト、非ヒト霊長類（たとえば類人猿、テナガザル、チンパンジー、オランウータン、サル、マカク、その他）、家庭内動物（たとえばイヌ、ネコ）、家畜（たとえばウマ、ウシ、ヤギ、ヒツジ、およびブタ）および実験動物（たとえばマウス、ラット、ウサギ、およびモルモット）が含まれる。いくつかの実施形態では、哺乳類はヒトである。哺乳類は任意の年齢または任意の成長段階であってよい（たとえば成体、十代、子供、新生児、または子宮内の哺乳類）。哺乳類は雌雄いずれでもよい。いくつかの実施形態では、必要としている対象は腫瘍性障害またはがんを有しているか、有している疑いがある対象である。
【００２９】
ある実施形態では、結合剤は少なくとも１つの抗原（たとえばシンデカン−１またはその部分）に特異的に結合する１つもしくは複数のポリペプチドまたは１つもしくは複数のタンパク質を含むかまたはからなる。結合剤は少なくとも１つの抗原結合部分（即ち結合部分）を含むことが多い。結合剤の抗原結合部分は抗原に特異的に結合する部分である。ある実施形態では、結合剤の結合部分は単一のポリペプチド（たとえば一本鎖抗体）を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤の結合部分は２つのポリペプチドを含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤の結合部分は２つ、３つ、４つまたはそれ以上のポリペプチドを含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の構造部分（たとえばスカフォールド、構造ポリペプチド、定常領域および／またはフレームワーク領域）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその結合部分は基材（たとえばポリマー、非有機材料、シリコン、ビーズ、その他）に取着されている。
【００３０】
結合剤は１つの抗原結合部分または複数の抗原結合部分を含んでよい。たとえば、１つの結合部分を含む結合剤は１価と称されることがある。２つの結合部分を含む結合剤は２価と称されることがある。いくつかの実施形態では、結合剤は１、２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０またはそれ以上の結合部分を含む。ある実施形態では、多価結合剤の結合部分の全ては同じ抗原に結合する。ある実施形態では、多価結合剤の結合部分の全ては少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％または１００％同一である１つまたは複数のポリペプチド配列を含む。
【００３１】
いくつかの実施形態では、結合剤は抗体またはその部分（たとえばその結合部分）を含む。ある実施形態では、結合剤は抗体、抗体断片および／または抗体の抗原結合部分（たとえば結合断片、即ちその結合部分）を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は抗体（たとえばモノクローナル抗体および／または組み換え抗体）である。結合剤または抗体は好適な方法で生成させ、製造し、または産生することができる。いくつかの実施形態では、結合剤はモノクローナルである。いくつかの実施形態では、結合剤は好適な種に由来するモノクローナル抗体である。結合剤のある非限定的な例には、モノクローナル抗体、キメラ抗体、抗体結合断片（たとえば抗体の抗原結合部分）、ＣＤＲ−グラフト抗体、ヒト化抗体、およびヒト抗体、またはそれらの部分が含まれる。ヒト抗体は任意の好適な方法で得ることができる。たとえば、ヒト抗体は完全にヒト型の抗体を産生するように操作されたトランスクロモソーマル動物から得ることができる。ある実施形態では、結合剤はポリクローナルではなく、および／またはポリクローナル抗体ではない。
【００３２】
いくつかの実施形態では、結合剤は好適な種に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤はたとえばウサギ、ヤギ、ウマ、ウシ、ラット、マウス、魚、鳥、またはラマに由来し、これらから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤は鳥（たとえばニワトリ、または鳥の卵）に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。いくつかの実施形態では、結合剤は植物に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される（たとえば遺伝子操作された植物によって産生される組み換え結合剤）。いくつかの実施形態では、結合剤は好適な哺乳類に由来し、これから産生され、得られ、単離され、および／または精製される。ある実施形態では、好適な哺乳類はヒト重鎖および／もしくはヒト軽鎖またはそれらの部分を含む抗体を産生するように操作された遺伝的に改変された哺乳類（たとえばトランスクロモソーマルまたはトランスジェニック哺乳類）である。いくつかの実施形態では、結合剤は原核細胞または真核細胞から産生され、得られ、単離され、または精製される（たとえば遺伝子操作された細胞によって産生される組み換え結合剤）。いくつかの実施形態では、結合剤はウイルスから産生され、得られ、単離され、または精製される（たとえば遺伝子操作されたウイルスによって産生される組み換え結合剤）。
【００３３】
結合剤は好適な発現システムから発現し、単離し、および／または精製することができる。その非限定的な例には好適な細菌、ファージ、昆虫、ウイルス、植物または哺乳類の発現システムが含まれる。たとえば、結合剤をコードする核酸を好適な哺乳類細胞株に導入し、結合剤を発現させて細胞培養培地中に分泌させることができる。任意の好適な哺乳類細胞株を用いることができる。ある実施形態では、哺乳類細胞株はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株である。結合剤（たとえばシンデカン−１結合剤）を産生する方法は、（ｉ）結合剤の発現を指令する１つまたは複数の核酸を好適な細胞株に導入すること、（ｉｉ）好適な培養法を用いて、結合剤の発現を可能にする時間、細胞株を培養すること、（ｉｉｉ）細胞株を収穫し（たとえば溶解液を生成させることによって）、または細胞株から馴化培地を収穫すること（たとえば結合剤が分泌される場合）、および（ｉｖ）好適な方法を用いて結合剤を単離しおよび／または精製することの１つまたは複数を含んでよい。
【００３４】
ある実施形態では、結合剤は天然には見出されず、天然には産生されない。たとえばある実施形態では、結合剤は外来の組み換え抗原、強力なアジュバント、およびしばしば鉱油および／または界面活性剤を含む乳化したカクテルを投与し、それにより外来の組み換え抗原（たとえばシンデカン−１、シンデカン−１−Ｆｃ）への人工的な免疫応答を誘起することによって動物で人工的に生成される。
【００３５】
ある実施形態では、モノクローナル抗体またはモノクローナル結合剤は、モノクローナル結合剤の産生中に発生するかも知れない変異体を例外として、結合剤またはその結合断片の実質的に同種の集団であって、集団中のそれぞれの個別の結合剤は実質的に同一であり、および／または同じエピトープに結合する。いくつかの実施形態では、そのような変異体は一般に存在しないか、微量で存在し得る。典型的には異なった決定基（エピトープ）を指向する異なった抗体の集団を含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル結合剤の集団のそれぞれの結合剤は、抗原上の単一の決定基と結合することが多い。モノクローナル結合剤は他の免疫グロブリンが混入していないことが多い。しかし１つまたは複数の異なったモノクローナル結合剤を意図的に組成物に加えて混合物を形成させてもよい。
【００３６】
修飾語「モノクローナル」は、結合剤を何らかの特定の方法で産生することが必要であると解釈すべきではない。モノクローナル結合剤は任意の好適な方法で産生することができる。たとえばある実施形態では、モノクローナル抗体はハイブリドーマ法（たとえばKohler et al, Nature, 256:495 (1975)に記載されている）またはその変形によって作られる。いくつかの実施形態では、モノクローナル結合剤は組み換えＤＮＡ法によって作られる。たとえば、モノクローナル結合剤は好適な発現系（たとえばファージディスプレイ発現系）を用いて組み換えライブラリーをスクリーニングすることによって作ることができる。いくつかの実施形態では、モノクローナル結合剤は、たとえばClackson et al, Nature, 352:624-628 (1991)および／もしくはMarks et al, J. Mol Biol, 222:581-597 (1991)に記載されている手法またはその変形によって結合剤のファージライブラリーから単離される。
【００３７】
ある実施形態では、結合剤は、スカフォールドと称されることもある１つまたは複数の構造または骨格部分を含む。結合剤はスカフォールドを含んでよく、その非限定的な例には抗体、プロテインＡのＺドメイン、ガンマ−Ｂ結晶、ユビキチン、シスタチン、Ｓａｃ７ｄ、三重らせんコイルドコイル、リポカリン、アンキリン繰り返しモチーフ、好適なプロテアーゼ阻害剤のＫｕｎｉｔｚドメイン、フィブロネクチンドメイン、核酸ポリマー、その他、それらの部分またはそれらの組合せに由来するスカフォールドが含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤はスカフォールドを含まない。ある実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の１つまたは複数の構造部分を含む。
【００３８】
ある実施形態では、結合剤は１つまたは複数の定常領域（たとえば抗体、たとえば哺乳類抗体に由来する定常領域）を含む。結合剤は抗体の任意の好適な定常領域またはその１つまたは複数の部分を含んでよい。ある実施形態では、結合剤は抗体軽鎖の定常領域および／または抗体重鎖の定常領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はラムダ（λ）軽鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はカッパ（κ）軽鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の軽鎖定常領域またはその部分のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト抗体の軽鎖定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は軽鎖定常領域を含まない。
【００３９】
ある実施形態では、結合剤は抗体重鎖の定常領域を含む。結合剤は任意の好適な重鎖定常領域、またはその部分を含んでよい。哺乳類では、抗体はＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、およびＩｇＭと称される少なくとも５種／クラスのＩｇ重鎖を有することができ、これらは異なった重鎖定常領域またはその部分（たとえばＣＨ１、ＣＬ、ＣＨ２、ＣＨ３ドメイン）の存在によって決定される。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ、またはＩｇＥアイソタイプの１つまたは複数の重鎖定常領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤はＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、もしくはＩｇＧ４の重鎖定常領域、またはその１つもしくは複数の部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類抗体の重鎖定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％、または１００％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤はヒト抗体の重鎖定常領域のポリペプチド配列と少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９９％同一または１００％同一であるポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は定常領域の１つまたは複数の付加、欠失および／または改変を含む。結合剤は抗体のクラス、または結合剤のアイソタイプを変更させるために改変されることがある。いくつかの実施形態では、結合剤は、結合剤の１つまたは複数の機能を改変するため、たとえば血清半減期、Ｆｃ受容体結合、補体結合（たとえばＣ１ｑ結合）、グリコシル化、シアリル化、細胞毒性、抗体依存性細胞介在ファゴサイトーシス（ＡＤＣＰ）、抗体依存性細胞毒性（ＡＤＣＣ）、その他を阻害し、強化し、または低減させるための１つまたは複数の付加、欠失および／または改変（１つまたは複数のアミノ酸置換、欠失または付加）を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は重鎖定常領域または軽鎖定常領域の１つまたは複数の部分を含まない。いくつかの実施形態では、結合剤は重鎖定常領域を含まない。
【００４０】
いくつかの実施形態では、結合剤は抗体の１つまたは複数の可変領域またはその部分を含むかまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の軽鎖可変領域またはその部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の重鎖可変領域またはその部分を含む。ある実施形態では、結合剤は少なくとも１つの軽鎖可変領域および少なくとも１つの重鎖可変領域を含む。軽鎖可変領域と重鎖可変領域は同じまたは異なったポリペプチドの上にあってよい。
【００４１】
ある実施形態では、結合剤は天然に産生しない結合剤である。天然に産生しない結合剤の非限定的な例には、モノクローナル結合剤（たとえばモノクローナル抗体）、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、ヒト化抗体、一本鎖抗体、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ｓｃＦｖ−Ｆｃ、（ｓｃＦｖ）２−Ｆｃ、ジスルフィド連結Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、ＶＬ、ＶＨ、ダイアボディ（Ｄａｂ）、トリアボディ（三価）、テトラボディ（四価）、ミニボディ（（ｓｃＦｖ−ＣＨ３）２）、ＩｇＧデルタＣＨ２、シンボディ、ファイノマー、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アビマー、ＤＡＲＰｉｎ、Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド、モノボディ、ＴａｎｄＡｂ、ナノボディ、ＢｉＴＥ、ＳＭＩＰ、ＤＮＬ、デュオカリン、アドネクチン、Ａｌｂｕ−ｄａｂ、ＤＡＲＴ、ＤＶＤ−ＩＧ、Ｃｏｖｘボディ、ペプチボディ、ｓｃＦｖ−Ｉｇ、ＳＶＤ−Ｉｇ、ｄＡｂ−Ｉｇ、Ｋｎｏｂ−ｉｎ−Ｈｏｌｅｓ、トリオムＡｂ等、それらの組合せ、およびそれらの抗原結合部分が含まれる。
【００４２】
いくつかの実施形態では、結合剤はＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ断片、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）、ダイアボディ（Ｄａｂ）、シンボディ、その他、および／またはそれらの組合せもしくは部分を含むかまたはからなる（たとえば米国特許第６０９９８４２号および第５９９０２９６号を参照）。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数の抗原結合部分を含む一本鎖ポリペプチドを含む。たとえば、一本鎖結合剤は組み換え分子生物学プロセスによって重鎖可変領域またはその抗原結合部分を軽鎖可変領域またはその抗原結合部分とリンカー（たとえばアミノ酸、ポリペプチドリンカー）で接合することによって構築することができる。そのような一本鎖結合剤は抗原に対して親の二本鎖モノクローナル結合剤と同様の特異性および親和性を示すことが多い。結合剤はＣＤＲグラフト部分またはヒト化部分等の操作された領域を含むことが多い。ある実施形態では、結合剤は未変性の二本鎖免疫グロブリンであり、他の実施形態では、結合剤はＦａｂモノマーまたはＦａｂダイマーである。
【００４３】
結合剤のポリペプチドをコードする核酸またはその部分は、好適なクローン化手順によって組み換え発現のためにクローン化、サブクローン化、再配列または改変され、続いて当業者には公知の方法によって好適な発現系で発現される（たとえばManiatis et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, 1982; Antibody Engineering: Methods and Protocols, Vol. 248 of Methods in molecular biology, edited by Benny K. C. Lo, Springer Science & Business Media, 2004; Antibody Engineering, Vol. 1, Roland E. Kontermann, Stefan Duebel, Edition 2, Publisher Springer Science & Business Media, 2010; Antibody Phage Display: Methods and Protocols, Biomed Protocols, Vol. 178 of Methods in molecular biology, Editors Philippa M. O’Brien, Robert Aitken, Springer Science & Business Media, 2004を参照）。
【００４４】
哺乳類では、抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域はそれぞれ、共通してＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３と称され、フレームワーク領域（たとえばＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３およびＦＲ４）によって分離され、および／またはこれらが側面にある３つのＣＤＲ（相補性決定領域）に寄与している。本明細書で用いる「ＣＤＲ」という用語は、相補性決定領域として同定されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ある実施形態では、ＣＤＲポリペプチド配列の確実な説明および結合剤の結合部位を含む残基の同定は、結合剤の構造を解明することおよび／または結合剤−抗原複合体の構造を解明することによって達成される。ある実施形態では、これはＸ線結晶学および／またはコンピュータモデリング等の任意の好適な方法によって達成することができる。ある実施形態では、結合剤または抗体のＣＤＲ配列を同定しまたは近似するために種々の分析方法を用いることができる。たとえば、結合剤、抗体、その結合部分またはその可変領域のポリペプチド配列におけるＣＤＲのアミノ酸配列および／または位置は好適な方法によって同定することができる。その非限定的な例には、Ｋａｂａｔシステム（たとえばKabat, E. A., et al., 1991; Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, NIH Publication No. 91-3242ならびにJohnson, G. and Wu, T. T. 2000, Nucleic Acids Researchを参照）、および／またはＣｈｏｔｈｉａナンバリングスキーム（たとえばChothia & Lesk, (1987) J. Mol. Biol, 196:901-917; Chothia et al, Nature, (1989) 342:878-883;およびAl-Lazikani et al., (1997) JMB 273,927-948）が含まれる。いくつかの実施形態では、抗体のＣＤＲのアミノ酸配列および／または位置は、ＡｂＭ法および／または接触法によって同定することができる。「ＡｂＭ」定義には、抗体構造をモデル化してＯｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｒｏｕｐによって作成されたコンピュータプログラムの統合されたパッケージを用いる（たとえばMartin et al, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA), 86:9268-9272 (1989); "AbM（商標）, A Computer Program for Modeling Variable Regions of Antibodies," Oxford, UK; Oxford Molecular, Ltd.を参照）。ＡｂＭ定義はSamudrala et al., "Ab Initio Protein Structure Prediction Using a Combined Hierarchical Approach," in PROTEINS, Structure, Function and Genetics Suppl, 3:194-198 (1999)によって記述された知識データベースとアブイニシオ法との組合せを用いた一次配列からの抗体の三次構造をモデルとしている。ある実施形態では、接触定義は入手可能な複結晶構造の解析に基づいている（たとえばMacCallum et ah, J. Mol. Biol, 5:732-45 (1996)を参照）。
【００４５】
いくつかの実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、少なくとも５つまたは少なくとも６つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤は３〜６０個のＣＤＲを含む（たとえば複数の抗原結合部分を有する結合剤について）。いくつかの実施形態では、結合剤は３〜１２個のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤の抗原結合部分は１〜６個のＣＤＲポリペプチド配列を含む。
【００４６】
ある実施形態では、結合剤および／または結合剤の抗原結合部分は、軽鎖可変領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤の軽鎖可変領域は１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１つ、２つ、３つまたはそれ以上のＣＤＲ）を含む。抗体または結合剤の軽鎖可変領域におけるＣＤＲを表わすアミノ酸配列はＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、およびＣＤＲ−Ｌ３と称され、これらは軽鎖可変領域のアミノ末端（Ｎ末端）からカルボキシ末端（Ｃ末端）への方向で連続的に（即ちＬ１、Ｌ２およびＬ３）番号を付している。たとえば、結合剤の軽鎖可変領域を表わすポリペプチドにおいて、ＣＤＲ−Ｌ１は存在する場合には最もＮ末端側の軽鎖ＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｌ３は存在する場合には最もＣ末端側の軽鎖ＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｌ２は存在する場合には結合剤の軽鎖可変領域または結合部分の（ｉ）ＣＤＲ−Ｌ１とＣＤＲ−Ｌ３との間、（ｉｉ）ＣＤＲ−Ｌ３のＮ末端側、または（ｉｉｉ）ＣＤＲ−Ｌ１のＣ末端側に位置している。「ＣＤＲ−Ｌ１」、「ＣＤＲ−Ｌ２」および「ＣＤＲ−Ｌ３」という用語は一つには結合剤の相補性決定領域（たとえば軽鎖可変領域のＣＤＲ）として同定され、または本明細書において開示されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３のアミノ酸配列の非限定的な例を、それぞれ表１〜表３に示す。本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、本明細書に開示したＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３の任意の組合せを含んでよく、結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む一本軽鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、および他の任意の好適なＣＤＲ−Ｌ２および／またはＣＤＲ−Ｌ１ポリペプチド配列と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分の軽鎖ＣＤＲはＣＤＲ−Ｌ３およびＣＤＲ−Ｌ２からなり、ＣＤＲ−Ｌ３は表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲ−Ｌ２は表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および任意の他の好適なＣＤＲ−Ｌ１ポリペプチド配列を含み、結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる３つの軽鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤の軽鎖可変領域または抗原結合部分は、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。
【００４７】
いくつかの実施形態では、結合剤は表１、表２または表３に列挙したＣＤＲ配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一である１つまたは複数の軽鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表１に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｌ１を含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は表１に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｌ１を含む。
【００４８】
【表１】
2020517725.tif 000002
【００４９】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表２に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｌ２を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表２に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｌ２を含む。
【００５０】
【表２】
2020517725.tif 000003
【００５１】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表３に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｌ３を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表３に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｌ３を含む。
【００５２】
【表３】
2020517725.tif 000004
【００５３】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表４のアミノ酸配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の相同性を有する軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表４の軽鎖可変領域配列を含む。
【００５４】
【表４】
2020517725.tif 000005
【００５５】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表５の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の相同性を有するヒト化軽鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表５のヒト化軽鎖可変領域配列を含む。
【００５６】
【表５】
2020517725.tif 000006
【００５７】
ある実施形態では、シンデカン−１結合剤および／またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、重鎖可変領域の１つ、２つまたは３つのＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、重鎖可変領域は１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１つ、２つ、３つまたはそれ以上のＣＤＲ）を含む。抗体または結合剤の重鎖可変領域におけるＣＤＲを表わすアミノ酸配列はＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３と称され、これらは重鎖可変領域のアミノ末端（Ｎ末端）からカルボキシ末端（Ｃ末端）への方向で連続的に（即ちＨ１、Ｈ２およびＨ３）番号を付している。たとえば、シンデカン−１結合剤の重鎖可変領域を表わすポリペプチドにおいて、ＣＤＲ−Ｈ１は存在する場合には最もＮ末端側のＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｈ３は存在する場合には最もＣ末端側のＣＤＲであり、ＣＤＲ−Ｈ２は存在する場合には重鎖可変領域の（ｉ）ＣＤＲ−Ｈ１とＣＤＲ−Ｈ３との間、（ｉｉ）ＣＤＲ−Ｈ３のＮ末端側、または（ｉｉｉ）ＣＤＲ−ＨのＣ末端側に位置している。「ＣＤＲ−Ｈ１」、「ＣＤＲ−Ｈ２」および「ＣＤＲ−Ｈ３」という用語は一つにはシンデカン−１結合剤の相補性決定領域（たとえばシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域のＣＤＲ）として同定され、または本明細書において開示されるポリペプチドのアミノ酸配列を意味する。ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列の非限定的な例を、それぞれ表６〜表８に示す。本明細書に記載したシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、本明細書に開示したＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３の任意の組合せを含んでよく、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載したシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる一本重鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載したシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および他の任意の好適なＣＤＲ−Ｈ２および／またはＣＤＲ−Ｈ１ポリペプチド配列を含み、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、シンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分の重鎖ＣＤＲはＣＤＲ−Ｈ３およびＣＤＲ−Ｈ２からなり、ＣＤＲ−Ｈ３は表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、ＣＤＲ−Ｈ２は表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含む。ある実施形態では、本明細書に記載したシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列および表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、ならびに任意の他の好適なＣＤＲ−Ｈ１ポリペプチド配列を含み、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。ある実施形態では、本明細書に記載したシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列からなる３つの重鎖ＣＤＲを含む。ある実施形態では、本明細書に記載したシンデカン−１結合剤の重鎖可変領域または抗原結合部分は、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列、および表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１と少なくとも７０％同一のアミノ酸配列を含み、シンデカン−１結合剤はシンデカン−１またはその部分への特異的結合を保持している。
【００５８】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤は表６、表７または表８のＣＤＲの任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の相同性を有する１つまたは複数の重鎖ＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表６に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｈ１を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は表６に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｈ１を含む。
【００５９】
【表６】
2020517725.tif 000007
【００６０】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表７に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｈ２を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表７に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｈ２を含む。
【００６１】
【表７】
2020517725.tif 000008
【００６２】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表８に示す配列の任意の１つと少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％同一であるＣＤＲ−Ｈ３を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表８に示す配列の任意の１つのＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００６３】
【表８】
2020517725.tif 000009
【００６４】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表９の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の相同性を有する重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表９の重鎖可変領域配列を含む。
【００６５】
【表９】
2020517725.tif 000010
【００６６】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表１０の配列と少なくとも７０％、７５％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または少なくとも９９％の相同性を有するヒト化重鎖可変領域を含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１結合剤またはシンデカン−１結合剤の抗原結合部分は、表１０のヒト化重鎖可変領域配列を含む。
【００６７】
【表１０】
2020517725.tif 000011
【００６８】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２７〜３４のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３配列）および配列番号６８〜７６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３配列）を含むまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２７、２８、２９または３０のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３および配列番号６８、６９、７０または７１のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含む。
【００６９】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２７〜３４のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３配列）、配列番号１６〜２６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２（たとえば表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２配列）、配列番号６８〜７６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３配列）、および配列番号５６〜６７のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２（たとえば表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２配列）を含むまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２７または２９のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１６または１９のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号６８または７０のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、および配列番号５６または５８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２を含む。
【００７０】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２７〜３４のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３（たとえば表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３配列）、配列番号１６〜２６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２（たとえば表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２配列）、配列番号２〜１５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１（たとえば表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１配列）、配列番号６８〜７６のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３（たとえば表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３配列）、配列番号５６〜６７のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２（たとえば表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２配列）、および配列番号４６〜５５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１（たとえば表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１配列）を含むまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２７または２９のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１６または１９のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２または５のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号６８または７０のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号５６または５８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４６または４８のアミノ酸配列と少なくとも７０％、少なくとも９０％、または１００％同一のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む。
【００７１】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２または３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１６、１７または１８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２７または２８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含むかまたはからなる。
【００７２】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号４または５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１９、２０または２１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、および配列番号２９または３１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３を含むかまたはからなる。
【００７３】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号４６または４７のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５６または５７のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号６８または６９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含むかまたはからなる。
【００７４】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号４８または４９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５８、５９または６０のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号７０または７１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含むかまたはからなる。
【００７５】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号２または３のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１６、１７または１８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２７または２８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号４６または４７のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５６または５７のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号６８または６９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含むかまたはからなる。
【００７６】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号４または５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号１９、２０または２１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２９または３０のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号４８または４９のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１、配列番号５８、５９または６０のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号７０または７１のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％もしくは１００％同一であるアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３を含むかまたはからなる。
【００７７】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号７７〜８８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（たとえば表９および表１０から選択される重鎖可変領域）および／または配列番号３５〜４５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％または１００％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（たとえば表４および表５から選択される軽鎖可変領域）を含むまたはからなる。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、配列番号８４〜８８のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域（たとえ表１０から選択される重鎖可変領域）および配列番号４２〜４５のアミノ酸配列の任意の１つと少なくとも９０％同一のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域（たとえば表５から選択される軽鎖可変領域）を含む。
【００７８】
「％同一」または「％相同性」という用語は、２つのアミノ酸配列の間の配列相同性を意味する。相同性は、比較の目的のために配置された各配列における位置を比較することによって決定することができる。比較される配列における等価の位置が同じアミノ酸によって占有される場合には、分子はその位置において同一である。等価の部位が同じまたは同様（たとえば立体的および／または電子的性質において同様）のアミノ酸残基によって占有される場合には、分子はその場所において同種（同様）であると称することができる。相同性、同様性、または同一性の百分率としての表現は、比較される配列によって共有される位置における同一または同様のアミノ酸の数の関数を意味する。相同性、同様性、または同一性の百分率としての表現は、比較される配列によって共有される位置における同一または同様のアミノ酸の数の関数を意味する。ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴ、またはＥＮＴＲＥＺ等の種々の配置アルゴリズムおよび／またはプログラムを用いることができる。ＦＡＳＴＡおよびＢＬＡＳＴはＧＣＧ配列解析パッケージ（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ、Ｍａｄｉｓｏｎ、Ｗｉｓ．）の一部として入手可能であり、たとえばデフォルトセッティングとともに用いることができる。ＥＮＴＲＥＺはNational Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Bethesda, Md.を通して入手可能である。１つの実施形態では、２つの配列の％相同性は、ギャップウェイトを１として、たとえば２つの配列の間に単一のアミノ酸またはヌクレオチドのミスマッチがあるかのように各アミノ酸ギャップに重み付けしたＧＣＧプログラムによって決定することができる。
【００７９】
配置のための他の手法はMethods in Enzymology, vol. 266: Computer Methods for Macromolecular Sequence Analysis (1996), ed. Doolittle, Academic Press, Inc., a division of Harcourt Brace & Co., San Diego, Calif., USAに記載されている。いくつかの実施形態では、配列を配置するために配列におけるギャップを許容する配置プログラムが利用される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎは配列の配置におけるギャップを許容するアルゴリズムの１つの型である。Meth. Mol. Biol. 70:173-187 (1997)を参照されたい。ＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ配置法を用いるＧＡＰプログラムも、配列を配置するために用いることができる。代替のサーチ戦略はＭＡＳＰＡＲコンピュータの上で作動するＭＰＳＲＣＨソフトウェアを用いる。ＭＰＳＲＣＨは大規模並列コンピュータ上で配列を記録するためにＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎアルゴリズムを用いる。このアプローチにより、隔たって関連する組合せを捕捉する能力が改善され、特に小さなギャップおよびヌクレオチド配列エラーを許容することができる。核酸にコードされたアミノ酸配列を用いて、タンパク質およびＤＮＡの両方のデータベースをサーチすることができる。
【００８０】
いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表９および表１０の重鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。いくつかの実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲならびに表９および表１０の重鎖可変領域から選択される１つまたは複数のＣＤＲを含む。ある実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、表４および表５の軽鎖可変領域の任意の１つからそれぞれ選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３、ならびに表９および表１０の重鎖可変領域の任意の１つからそれぞれ選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む。ＣＤＲ（たとえばＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、およびＣＤＲ−Ｈ３）のアミノ酸配列は、本明細書に開示した重鎖または軽鎖可変領域の中で、本明細書に記載した任意の好適な方法または当業者には公知の方法によって同定することができる。
【００８１】
いくつかの実施形態では、結合剤は表１〜表１０から選択される１つまたは複数の好適な配列を含み、選択されるポリペプチド配列は０〜５、１〜５、０〜１０、１〜１０、０〜１５、または１〜１２のアミノ酸改変を含み、アミノ酸改変はアミノ酸の付加、アミノ酸の欠失、および／またはアミノ酸の置換であってよい。いくつかの実施形態では、本明細書に開示した結合剤は１つまたは複数のアミノ酸類似体、非天然アミノ酸またはアミノ酸誘導体を含む。
【００８２】
ある実施形態では、結合剤または結合剤の抗原結合部分は、１つまたは複数のフレームワーク領域（ＦＲ）を含む。フレームワーク領域はＣＤＲの間に位置し、および／または抗体もしくは結合剤の重鎖もしくは軽鎖可変領域のＣＤＲ配列の側面にあることが多い。哺乳類では、重鎖可変領域は４つのフレームワーク領域を含むことが多く、軽鎖可変領域は４つのフレームワーク領域を含むことが多い。抗体において、抗体の可変領域において、または結合剤において、任意の好適な方法を用いて１つまたは複数のフレームワーク領域を同定することができる。以下に考察するように、結合剤は改変されていない、または改変された（たとえば最適化された）、合成または天然産生のフレームワーク領域を含んでよい。
【００８３】
いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分はキメラ化、グラフト、および／またはヒト化されている。キメラ化、グラフト、および／またはヒト化された結合剤は改変されまたは置換された定常領域および／またはフレームワーク領域を含むことが多いが、一方、シンデカン−１またはその部分への結合特異性は維持されている。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、ヒト抗体由来の定常領域、フレームワーク領域、またはそれらの部分を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、天然の抗体分子には見出されない完全合成部分、１つまたは複数のアミノ酸、またはアミノ酸の配列を含む。
【００８４】
天然産生のフレームワーク領域またはその部分は、任意の好適な種から得られる。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分の軽鎖および重鎖可変領域の相補性決定領域（ＣＤＲ）は、同じまたは別の種からのフレームワーク領域にグラフトされる。たとえば、結合剤の１つまたは複数のフレームワーク領域はげっ歯類（たとえばマウスまたはラット）または霊長類（たとえばヒト）に由来するものでよい。
【００８５】
ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分の軽鎖および／または重鎖可変領域のＣＤＲは、コンセンサスヒトフレームワーク領域にグラフトすることができる。コンセンサスヒトフレームワーク領域を創成するために、ある実施形態では、いくつかのヒト重鎖または軽鎖アミノ酸配列からのフレームワーク領域を配置してコンセンサス配列を同定することができる。ある実施形態では、抗体または結合剤の重鎖または軽鎖フレームワーク領域は、異なった重鎖または軽鎖可変領域からの１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分で置き換えられる。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、１つまたは複数のヒトフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のヒトフレームワーク領域を含む。いくつかの実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０個のマウスフレームワーク領域を含む。ある実施形態では、結合剤またはその抗原結合部分は１つまたは複数のヒトフレームワーク領域および１つまたは複数のマウスフレームワーク領域を含む。
【００８６】
たとえばフレームワーク領域またはその部分を改変し、置換し、または欠失させることによってキメラ化、ヒト化、および／または最適化された抗体または結合剤を生成させる方法は既知である。ＣＤＲグラフト化の非限定的な例は、たとえば米国特許第６１８０３７０号、第６０５４２９７号、第５６９３７６２号、第５８５９２０５号、第５６９３７６１号、第５５６５３３２号、第５５８５０８９号および第５５３０１０１号、ならびにJones et al, Nature, 321 :522-525 (1986); Verhoeyen et al, Science, 239:1534-1536 (1988)、ならびにWinter, FEBS Letts., 430:92-94 (1998)に記載されている。キメラ化、グラフト、および／またはヒト化された結合剤を生成するさらなる非限定的な例には、米国特許第５５３０１０１号、第５７０７６２２号、第５９９４５２４号、第６２４５８９４号、Queen et al., (1988) PNAS 86:10029-10033、Riechmann et al., Nature (1988) 332:323-327、Antibody Engineering: Methods and Protocols, Methods in molecular biologyの248卷、Benny K. C. Lo編、Springer Science & Business Media, (2004)、およびAntibody Engineering, Vol. 1, Roland E. Kontermann, Stefan Duebel, 2版, Publisher Springer Science & Business Media, (2010)が含まれる。いくつかの実施形態では、結合剤は１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分（たとえば１つまたは複数のアミノ酸）をヒト抗体からの１つまたは複数のフレームワーク領域またはその部分と交換することによってヒト化することができる。ある実施形態では、抗体または結合剤は、ドナー結合剤の結合特異性を保持しながらドナー結合剤（たとえばマウスモノクローナル抗体）からの１つまたは複数のＣＤＲ（たとえば１、２、３、４、５または６個全てのＣＤＲ）をアクセプター結合剤（たとえばヒト抗体）に移動させることによって、ヒト化またはグラフトすることができる。ある実施形態では、キメラ化、グラフトまたはヒト化結合剤を作成するプロセスは、結合剤の定常領域またはフレームワーク領域に１つまたは複数のアミノ酸置換、付加または欠失を作成することを含む。ある実施形態では、「リシェーピング」、「超キメラ化」、または「ベニア化／リサーフェシング」等の手法を用いてヒト化結合剤を産生することができる（たとえばVaswami et al, Annals of Allergy, Asthma, & Immunol. 81 :105 (1998); Roguska et al, Prot. Engin., 9:895-904 (1996); および米国特許第６０７２０３５号を参照）。いくつかの態様では、結合剤は免疫原性を低減させるために上で考察した方法によって、または別の好適な方法によって改変される（たとえばGilliland et al, J. Immunol, 62(6):3663-71 (1999)を参照）。
【００８７】
ある実施形態では、結合剤のアミノ酸配列は、標的（たとえばシンデカン−１）に対する結合親和性、種間の交差反応性、溶解性および／または機能（たとえばアゴニスト活性、またはその欠落）を最適化するために改変される。いくつかの実施形態では、シンデカン−１への結合のために、および／または本明細書に開示した結合剤の機能または特徴を最適化するために本明細書に開示したＣＤＲの特定の組合せを最適化することができる。たとえば、本明細書に開示した特徴付けられた軽鎖可変領域（たとえば配列番号３５〜４５の任意の１つの軽鎖可変領域）を、好適な発現系を用いて、特徴付けられた重鎖可変領域（たとえば表６または７から選択される重鎖可変領域）のＣＤＲ−Ｈ１およびＣＤＲ−Ｈ２を含む重鎖可変領域のライブラリーとともに共発現することができ、ＣＤＲ−Ｈ３は、たとえば表８の１つまたは複数のＣＤＲ−Ｈ３領域を含んでもよいＣＤＲ−Ｈ３配列のライブラリーで置き換えられる。得られる軽鎖／重鎖結合剤は、シンデカン−１への結合について、および／または特定の機能について、スクリーニングすることができる。最適化された結合剤は同定され、ＣＤＲ−Ｈ３のアミノ酸配列は好適な方法によって同定される。上記のスクリーニング法を用いて、結合剤の結合特異性、結合親和性、および／または機能を改善させ得るＣＤＲの特定の組合せ、または特定の最適化されたＣＤＲ配列（たとえばアミノ酸置換、付加または欠失を含むＣＤＲ配列）を含む結合剤を同定することができる。結合剤をスクリーニングし最適化するそのような方法は既知である（たとえばPortolano et al., (1993) Journal of Immunology 150:880-887;およびClarkson et al., (1991) Nature 352:624-628)を参照）。そのような参考文献は、相補性可変領域のライブラリーをスクリーニングすることによって、既知の可変軽鎖、既知の可変重鎖、またはそれらの部分（たとえばそれらのＣＤＲ）を用いて特異的抗原と結合する抗体を産生させる方法を教示している。
【００８８】
ある実施形態では、結合剤の親和性および／または機能を最適化するために結合剤が改変され、グリコシル化部位が除去または付加される（たとえばCo et al, Mol. Immunol, 30:1361-1367 (1993)を参照）。いくつかの実施形態では、結合剤におけるグリコシル化部位の数および／または型が改変されまたは変更される。Ｎ連結グリコシル化部位は配列Ａｓｎ−Ｘ−ＳｅｒまたはＡｓｎ−Ｘ−Ｔｈｒによって特徴付けられることが多い。ここでＸと指定されたアミノ酸残基はプロリン以外の任意のアミノ酸残基であってよい。この配列を創成するためのアミノ酸の置換は、Ｎ連結炭水化物鎖の付加のための新たな可能な部位を提供する。あるいは、この配列を除外する置換は、存在するＮ連結炭水化物鎖を除去することになる。ある実施形態では、１つまたは複数のＮ連結グリコシル化部位（典型的には天然産生の）が除外され、１つまたは複数の新たなＮ連結部位が創成されるＮ連結炭水化物鎖の再配列も提供される。いくつかの実施形態では、結合剤は、改変されない結合剤と比較して１つまたは複数のシステイン残基が欠失することまたは１つまたは複数のシステイン残基が別のアミノ酸（たとえばセリン）によって置換されることによって改変される。ある実施形態では、システイン変異体は発現、分泌、および／または溶解性を最適化するために有用であり得る。
【００８９】
ある実施形態では、結合剤は、たとえばタンパク質分解に対する結合剤の感受性を低減させるため、酸化に対する結合剤の感受性を低減させるため、血清半減期を増大させるため、および／または結合剤のその他の物理化学的、薬物動態もしくは機能的特性を付与または改変するために設計されまたは意図されたある種のアミノ酸付加、置換または欠失を含むように改変される。
【００９０】
いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤は、１０−５Ｍ以下、１０−６Ｍ以下、１０−７Ｍ以下、１０−８Ｍ以下、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）で、哺乳類シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤は、約１０−５〜１０−１５Ｍ、１０−６〜１０−１５Ｍ、１０−７〜１０−１５Ｍ、１０−９〜１０−１５Ｍ、１０−９〜１０−１４Ｍ、１０−９〜１０−１３Ｍ、または１０−９〜約１０−１２Ｍの結合親和性（ＫＤ）で、哺乳類シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、結合剤は哺乳類シンデカン−１の細胞外ドメインもしくは細胞外領域またはその一部に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は天然に見出される非変性の（遺伝的に改変されていない）哺乳類の細胞によって産生される野生型シンデカン−１に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は天然に発生するシンデカン−１変異体に特異的に結合する。ある態様では、結合剤は１つまたは複数のアミノ酸置換、付加または欠失を含むシンデカン−１に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒト、非ヒト霊長類、イヌ、ネコ、またはげっ歯類（たとえばマウスまたはラット）の細胞の表面で産生されおよび／または発現されるシンデカン−１に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は、配列番号１および９９〜１０２の任意の１つのアミノ酸配列を含む１つもしくは複数のシンデカン−１ポリペプチドまたはその部分（たとえば細胞外ドメイン）に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤は、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）で、配列番号１および９９〜１０２の任意の１つのアミノ酸配列を有する１つまたは複数のシンデカン−１ポリペプチドまたはその一部に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトシンデカン−１に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトシンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤はヒトシンデカン−１および／またはその細胞外ドメインに特異的に結合する。
【００９１】
ある実施形態では、結合剤は、ＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号８９）またはＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号９０）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチド配列に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤は、１０−５Ｍ以下、１０−６Ｍ以下、１０−７Ｍ以下、１０−８Ｍ以下、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）で、ＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号８９）またはＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ（配列番号９０）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチド配列に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は、ＧＸ１ＫＥＸ２ＥＡＸ３ＶＬＰ（配列番号９１）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチド配列に特異的に結合し、ここでＸ１、Ｘ２およびＸ３は任意のアミノ酸から選択される。いくつかの実施形態では、Ｘ１はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ２はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、ならびに／またはＸ３はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、バリン、メチオニン、ロイシン、イソロイシンおよびフェニルアラニンから選択される。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤は、５０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）でＧＸ１ＫＥＸ２ＥＡＸ３ＶＬＰ（配列番号９１）のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチド配列に特異的に結合し、ここでＸ１はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、Ｘ２はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、およびバリンから選択され、Ｘ３はプロリン、アラニン、システイン、グリシン、セリン、スレオニン、バリン、メチオニン、ロイシン、イソロイシンおよびフェニルアラニンから選択される。ある実施形態では、Ｘ１はプロリンであり、Ｘ２はアラニン、グリシン、またはセリンから選択され、Ｘ３はアラニン、グリシン、およびバリンから選択される。
【００９２】
「特異的に結合する」という用語は、他の分子または他のぺプチドより優先的に標的のぺプチドに結合する結合剤を意味し、これはたとえば好適なインビトロ（ｉｎ  ｖｉｔｒｏ）アッセイ（たとえばＥＬＩＳＡ、イムノブロット、フローサイトメトリー、その他）によって決定される。特異的結合相互作用は約２倍以上、しばしば約１０倍以上、時には約１００倍以上、１０００倍以上、１０，０００倍以上、１００，０００倍以上、または１，０００，０００倍以上、非特異的結合相互作用を識別する。
【００９３】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）でシンデカン−１またはその部分（たとえばシンデカン−１の細胞外ドメイン）に結合する結合剤である。いくつかの実施形態では、シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）でヒトシンデカン−１またはその部分（たとえばヒトシンデカン−１の細胞外ドメイン）に結合する結合剤である。いくつかの実施形態では、シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤は、１００ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、２５ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５ｎＭ以下、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、８００ｐＭ以下、７５０ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、６００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、または１００ｐＭ以下の結合親和性定数（ＫＤ）で非ヒト種（たとえば非ヒト霊長類またはげっ歯類、たとえばマウスもしくはラット）由来のシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤である。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤はヒトシンデカン−１またはその一部に特異的に結合し、非ヒト霊長類由来のシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。ある実施形態では、本明細書に開示した結合剤はヒトシンデカン−１またはその一部に特異的に結合し、げっ歯類（たとえばマウスまたはラット）由来のシンデカン−１またはその一部に特異的に結合する。ある実施形態では、結合剤は（ｉ）１０ｎＭ以下、または１ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）でヒトシンデカン−１またはその部分（たとえばヒトシンデカン−１の細胞外ドメイン）に特異的に結合し、（ｉｉ）１００ｎＭ以下、９０ｎＭ以下、８０ｎＭ以下、７０ｎＭ以下、６０ｎＭ以下、５０ｎＭ以下、４０ｎＭ以下、３０ｎＭ以下、２０ｎＭ以下、または１０ｎＭ以下の結合親和性（ＫＤ）でラットもしくはマウスシンデカン−１またはその部分（たとえばラットまたはマウスシンデカン−１の細胞外ドメイン）に特異的に結合する。
【００９４】
ある実施形態では、第２の結合剤（たとえば第２のシンデカン−１結合剤）は、シンデカン−１、その部分、またはそのエピトープへの結合に関して第１のシンデカン−１結合剤と競合する結合剤であり、ここで第１のシンデカン−１結合剤は、表１〜表１０に示す１つもしくは複数のＣＤＲ、または表１〜表１０に示すものと実質的に類似した１つもしくは複数のＣＤＲを含む結合剤である。ある実施形態では、シンデカン−１のエピトープは、配列番号８９、９０または９１のアミノ酸配列を含むポリペプチドを含む。ある実施形態では、第２の結合剤は、本明細書に記載した第１の結合剤の配列番号８９、９０または９１のアミノ酸配列を含むかまたはからなるポリペプチドへの結合に関して競合する。いくつかの実施形態では、第２の結合剤は、本明細書に記載した第１の結合剤とは区別できおよび／または異なるアミノ酸配列を有してよい。たとえば、本明細書に記載した結合剤への結合に関して競合する第２のシンデカン−１結合剤は、表１〜表２または表６〜表８に示したＣＤＲ配列を含まないことが多い。第２のシンデカン−１結合剤は、表３および表４に示す軽鎖可変領域とは実質的に異なる軽鎖可変領域配列を有してよい。第２のシンデカン−１結合剤は、表９および表１０に示す重鎖可変領域とは実質的に異なる重鎖可変領域配列を有してよい。
【００９５】
抗原への結合に関して競合する結合剤を同定する方法は公知である。第２のシンデカン−１結合剤がシンデカン−１抗原への結合に関して第１のシンデカン−１結合剤と競合するか否かを決定するために任意の好適な方法を用いることができる。たとえば、シンデカン−１抗原またはその部分を９６ウェルプレートにコートするＥＬＩＳＡに基づく方法を用いることができる。第２のシンデカン−１結合剤を添加し、コートされた抗原に結合させる。次いでプレートを洗浄し、本明細書に記載した第１の結合剤（たとえば本明細書に記載したシンデカン−１結合剤）をプレートに添加して結合させる。第２のシンデカン−１結合剤の存在下または非存在下に第１の結合剤の結合量を測定し、プレートにコートされた抗原への結合に関して第１の結合剤と第２の結合が競合するか否かを決定する。
【００９６】
いくつかの実施形態では、結合剤はラベルを含む。本明細書で用いる「ラベル」または「ラベルされた」という用語は、たとえばラベルされたアミノ酸の組み込みまたはラベルされたアビジン（たとえば光学法または比色法で検出できる蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン）によって検出できるビオチン部分のポリペプチドへの取着による検出可能なマーカーの組み込みを意味する。ある実施形態では、ラベルまたはマーカーを結合剤に取着して診断薬を生成することができる。結合剤は共有結合または非共有結合で任意の好適なラベルまたはマーカーに取着することができる。ポリペプチドおよび糖タンパク質をラベルする種々の方法は当業者に公知であり、用いることができる。ポリペプチドへのラベルの非限定的な例には、これだけに限らないが、蛍光ラベル、酵素ラベル（たとえばホースラディッシュペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、ケミルミネッセントラベル、金属ラベル、クロモフォア、エレクトロケミルミネッセンスラベル、燐光ラベル、クエンチャー（たとえばフルオロフォアクエンチャー）、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）ペア（たとえばドナーおよびアクセプター）、染料、酵素基質、小分子、質量タグ、量子ドット、ナノ粒子、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（たとえばロイシンジッパーペア配列、二次抗体の結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）、その他およびそれらの組合せが含まれる。
【００９７】
いくつかの実施形態では、結合剤は好適なキャリアを含む。結合剤は共有結合または非共有結合で好適なキャリアに取着することができる。キャリアの非限定的な例には、結合剤のインビボ半減期を変化させまたは延長する薬剤または分子、ポリエチレングリコール、グリコーゲン（たとえば結合剤のグリコシル化による）、デキストラン、米国特許第６６６０８４３号に記載されたキャリアまたは媒体、その他およびそれらの組合せが含まれる。
【００９８】
いくつかの実施形態では、ラベルまたはキャリアは、好適なリンカーを用いて結合剤に結合される。好適なリンカーの非限定的な例には、シラン、チオール、ホスホン酸、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アミノ酸およびぺプチド、それらのポリマー、それらの誘導体、その他、およびそれらの組合せが含まれる。リンカーを用いて２つ以上の分子を取着する方法は当業者には公知であり、時には「架橋」と称される。
【００９９】
いくつかの実施形態では、ラベル、キャリアまたはリンカーは、結合剤の好適なチオール基（たとえばシステイン残基のチオール基）に取着される。結合剤の定常領域またはフレームワーク領域の任意の好適なアミノ酸残基は、ラベル、キャリアまたはリンカーを取着させる目的で、チオール基を含むアミノ酸残基（たとえばシステイン）で置換することができる。チオール含有アミノ酸残基で置換することができるアミノ酸の非限定的な例には、ＩｇＧ２のＡ１１８、Ｓ１１９、Ｓ２３９、Ｖ２８２、Ｔ２８９、Ｎ３６１、およびＶ４２２、ＩｇＧ１のＳ１１５、Ｓ２５２、Ｖ２８９、Ｔ３０６およびＮ３８４、またはＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３もしくはＩｇＧ４の対応する位置が含まれる。ラベル、キャリアおよび／またはリンカーを結合剤に取着させる他の非限定的な例には、アミンをＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）エステル、イミドエステル、ペンタフルオロフェニル（ＰＦＰ）エステル、ヒドロキシメチルホスフィン、オキシランもしくは他の任意のカルボニル化合物と反応させること、カルボキシルをカルボジイミドと反応させること、スルフヒドリルをマレイミド、ハロアセチル、ピリジルジスルフィド、および／もしくはビニルスルホンと反応させること、アルデヒドをヒドラジンと反応させること、任意の非選択的基をジアジリンおよび／もしくはアリールアジドと反応させること、ヒドロキシルをイソシアネートと反応させること、ヒドロキシルアミンをカルボニル化合物と反応させること、その他およびそれらの組合せが含まれる。
【０１００】
いくつかの実施形態では、シンデカン−１またはその部分（たとえばシンデカン−１の細胞外ドメインまたはその部分）に特異的に結合する１つまたは複数の結合剤を含む組成物または医薬組成物が本明細書に提示される。
【０１０１】
医薬組成物は好適な投与経路のために製剤化することができる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は皮下（ｓ．ｃ．）、皮内、筋肉内、腹腔内および／または静脈内（ｉ．ｖ．）投与のために製剤化される。ある実施形態では、医薬組成物は、組成物のたとえばｐＨ、浸透圧、粘度、透明性、色、等張性、臭気、無菌性、安定性、溶解もしくは放出の速度、吸着もしくは浸透を改変し、維持し、または保存するための製剤材料を含んでもよい。ある実施形態では、好適な製剤材料には、これだけに限らないが、アミノ酸（グリシン、グルタミン、アスパラギン、アルギニンまたはリジン等）、抗微生物剤、抗酸化剤（アスコルビン酸、亜硫酸ナトリウムまたは亜硫酸水素ナトリウム等）、緩衝剤（ホウ酸塩、重炭酸塩、トリスＨＣｌ、クエン酸塩、リン酸塩（たとえばリン酸塩緩衝食塩液）、または好適な有機酸）、増量剤（マニトールまたはグリシン等）、キレート化剤（エチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）等）、複合化剤（カフェイン、ポリビニルピロリドン、ベータ−シクロデキストリンまたはヒドロキシプロピル−ベータ−シクロデキストリン等）、タンパク質（血清アルブミン、ゼラチンまたは免疫グロブリン等）、着色剤、香料および希釈剤、乳化剤、親水性ポリマー（ポリビニルピロリドン等）、低分子量ポリペプチド、塩形成カウンターイオン（ナトリウム等）、溶媒（グリセリン、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコール等）、希釈剤、賦形剤および／または医薬アジュバント（Remington's Pharmaceutical Sciences, 18th Ed., A.R. Gennaro, ed., Mack Publishing Company (1995)）が含まれる。
【０１０２】
ある実施形態では、医薬組成物は好適な賦形剤を含み、その非限定的な例には、付着防止剤（たとえばステアリン酸マグネシウム）、バインダー、フィラー、単糖類、二糖類、その他の炭水化物（たとえばグルコース、マンノースまたはデキストリン）、糖アルコール（たとえばマンニトールまたはソルビトール）、コーティング（たとえばセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、微結晶セルロース、合成ポリマー、シェラック、ゼラチン、トウモロコシタンパク質ゼイン、腸溶性またはその他の多糖類）、デンプン（たとえばジャガイモ、メイズまたはムギのデンプン）、シリカ、着色剤、崩壊剤、香料、潤滑剤、保存剤、吸着剤、甘味剤、媒体、懸濁剤、界面活性剤および／または湿潤剤（プルロニック、ＰＥＧ、ソルビタンエステル、ポリソーベート２０、ポリソーベート８０等のポリソーベート、トリトン、トロメタミン、レシチン、コレステロール、チロキサパル等）、安定性向上剤（シュクロースまたはソルビトール等）、ならびに等張性向上剤（アルカリ金属ハライド、塩化ナトリウムもしくは塩化カリウム、マンニトール、ソルビトール）、および／またはRemington's Pharmaceutical Sciences, 18版、A.R. Gennaro編、Mack Publishing Company (1995)に開示された任意の賦形剤が含まれる。本明細書で用いる「バインダー」という用語は、医薬混合物を組み合わされた状態に保つことを補助する化合物または成分を意味する。医薬製剤を作成するために医薬錠剤、カプセルおよび顆粒の調製においてしばしば用いられる好適なバインダーは当業者には公知である。明らかにするため、本明細書で用いる「結合剤」という用語は、ある種の医薬製剤で用いられる「バインダー」を意味しない。しかしある実施形態では、医薬組成物はシンデカン−１に特異的に結合する結合剤ならびにバインダーを含んでもよい。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、医薬組成物は薬学的に許容される好適な添加剤および／またはキャリアを含む。好適な添加剤の非限定的な例には、好適なｐＨ調整剤、緩和剤、緩衝剤、硫黄含有還元剤、抗酸化剤その他が含まれる。硫黄含有還元剤の非限定的な例には、Ｎ−アセチルシステイン、Ｎ−アセチルホモシステイン、チオクト酸、チオジグリコール、チオエタノールアミン、チオグリセロール、チオソルビトール、チオグリコール酸およびその塩、チオ硫酸ナトリウム、グルタチオン、およびＣ１〜Ｃ７チオアルカン酸等のスルフヒドリル基を有する還元剤が含まれる。抗酸化剤の非限定的な例には、エリソルビン酸、ジブチルヒドロキシトルエン、ブチルヒドロキシアニソール、アルファ−トコフェロール、トコフェロールアセテート、Ｌ−アスコルビン酸およびその塩、Ｌ−アスコルビルパルミテート、Ｌ−アスコルビルステアレート、重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウム、トリアミルガレートおよびプロピルガレート、ならびにエチレンジアミンテトラ酢酸（ＥＤＴＡ）ジナトリウム、ピロリン酸ナトリウムおよびメタリン酸ナトリウム等のキレート化剤が含まれる。さらに、希釈剤、添加剤および賦形剤は、一般に用いられる他の成分、たとえば塩化ナトリウム、塩化カリウム、塩化カルシウム、リン酸ナトリウム、リン酸カリウムおよび重炭酸ナトリウム等の無機塩、ならびにクエン酸ナトリウム、クエン酸カリウムおよび酢酸ナトリウム等の有機塩を含んでもよい。
【０１０４】
本明細書で用いる医薬組成物は長期間、たとえば数か月または数年にわたって安定であり得る。いくつかの実施形態では、医薬組成物は１つまたは複数の好適な保存剤を含む。保存剤の非限定的な例には、塩化ベンザルコニウム、安息香酸、サリチル酸、チメロサール、フェネチルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロルヘキシジン、ソルビン酸、過酸化水素、その他、および／またはそれらの組合せが含まれる。保存剤は塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゾキソニウム、塩化ベンゼトニウム、セトリミド、塩化セパゾニウム、塩化セチルピリジニウム、または臭化ドミフェン（ＢＲＡＤＯＳＯＬ（登録商標））等の四級アンモニウム化合物を含み得る。保存剤はチメロサール等のチオサリチル酸のアルキル水銀塩、硝酸フェニル水銀、酢酸フェニル水銀またはホウ酸フェニル水銀を含み得る。保存剤はメチルパラベンまたはプロピルパラベン等のパラベンを含み得る。保存剤はクロロブタノール、ベンジルアルコールまたはフェニルエチルアルコール等のアルコールを含み得る。保存剤はクロロヘキシジンまたはポリヘキサメチレンビグアニド等のビグアニド誘導体を含み得る。保存剤は過ホウ酸ナトリウム、イミダゾリジニル尿素、および／またはソルビン酸を含み得る。保存剤は商品名ＰＵＲＩＴＥ（登録商標）として知られ、市販されている安定化オキシクロロ複合体を含み得る。保存剤は商品名ＰＯＬＹＱＵＡＲＴ（登録商標）として知られ、Ｈｅｎｋｅｌ  ＫＧａＡから市販されているポリグリコール−ポリアミン縮合レジンを含み得る。保存剤は安定化過酸化水素を含み得る。保存剤は塩化ベンザルコニウムであってよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物は保存剤を含まない。
【０１０５】
いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的に血液または血液製品混入物（たとえば血液細胞、血小板、ポリペプチド、ミネラル、血液由来化合物または化学製品、その他）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的に血清および血清混入物（たとえば血清タンパク質、血清脂質、血清炭水化物、血清抗原、その他）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的に病原体（たとえばウイルス、寄生虫または細菌）を含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は実質的にエンドトキシンを含まない。いくつかの実施形態では、組成物、医薬組成物または結合剤は無菌である。ある実施形態では、組成物または医薬組成物はシンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤および希釈剤（たとえばリン酸塩緩衝食塩液）を含む。ある実施形態では、組成物または医薬組成物はシンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する結合剤および賦形剤（たとえばクエン酸ナトリウム無水物、またはポリオキシエチレンソルビタン−２０モノオレエート（ポリソーベート８０））を含む。
【０１０６】
本明細書に記載した医薬組成物は、それらを用いる治療による任意の好適な形態および／または量で対象に投与するために構成され得る。たとえば非経口投与（たとえば注射または注入による）のために構成された医薬組成物は、油性または水性媒体中の懸濁液、溶液またはエマルジョンの形態を取ってよく、水性または非水性溶媒、共溶媒、懸濁液、保存剤、安定化剤および／または分散剤等の製剤化剤、賦形剤、添加剤および／または希釈剤を含んでよい。いくつかの実施形態では、非経口投与に適した医薬組成物は１つまたは複数の賦形剤を含んでよい。いくつかの実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥によって乾燥粉末形態にされる。いくつかの実施形態では、医薬組成物は凍結乾燥によって好適な医薬溶媒（たとえば水、食塩液、等張緩衝溶液（たとえばＰＢＳ）、その他）による再構成に適した乾燥粉末形態にされる。ある実施形態では、凍結乾燥された医薬組成物の再構成された形態は哺乳類への非経口投与（たとえば静脈内投与）に適している。
【０１０７】
ある実施形態では、医薬組成物は経口投与のために構成され、錠剤、ミクロ錠剤、ミニ錠剤、ミクロペレット、粉末顆粒、カプセル（たとえばミクロ錠剤、ミクロペレット、粉末または顆粒で満たされたカプセル）、エマルジョンまたは溶液として製剤化してよい。経口投与のために構成された医薬組成物は、活性成分（たとえば結合剤）の放出を遅延させまたは持続させるための好適なコーティングを含んでよく、その非限定的な例には、脂肪酸、ワックス、シェラック、プラスチック、メチルアクリレート−メタクリル酸コポリマー、セルロースアセテートフタレート（ＣＡＰ）、セルロースアセテートスクシネート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースフタレート、ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートスクシネート（ヒプロメロースアセテートスクシネート）、ポリビニルアセテートフタレート（ＰＶＡＰ）、メチルメタクリレート−メタクリル酸コポリマー、セルロースアセテートトリメリテート、アルギン酸ナトリウム、ゼイン、植物繊維、その他、およびそれらの組合せ等の腸溶性コーティングが含まれる。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した医薬組成物は局所投与のために構成されてよく、結合剤および／または潤滑剤、ポリマーグリコール、ゼラチン、ココアバターまたは他の好適なワックスもしくは脂肪の１つまたは複数を含んでよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載した医薬組成物は、一般に局所的薬剤投与に適する局所的キャリアを含み、当業者には公知の任意の好適な材料を含む局所的製剤の中に組み込まれる。ある実施形態では、医薬組成物の局所的製剤は局所パッチからの結合剤の投与のために製剤化される。
【０１０９】
ある実施形態では、最適な医薬組成物は、たとえば意図された投与経路、デリバリーフォーマットおよび所望の用量に基づいて当業者によって決定されることになる（たとえば上記のＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓを参照）。ある実施形態では、そのような組成物は本発明の抗体の物理的状態、安定性、インビボ放出の速度およびインビボクリアランスの速度に影響し得る。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤は、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置するために用いられる。ある実施形態では、本明細書に記載した結合剤または医薬組成物は対象における腫瘍性障害またはがんの処置において用いられ、結合剤はヒトシンデカン−１の細胞外ドメインに特異的に結合する。いくつかの実施形態では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法が本明細書に提示される。ある実施形態では、腫瘍性障害またはがんを有するか、有する疑いのある対象を処置する方法は、治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤を対象に投与することを含む。ある実施形態では、処置の方法は対象の細胞（たとえば１つまたは複数の細胞）を治療有効量の本明細書に記載した組成物、医薬組成物または結合剤と接触させることを含む。ある実施形態では、処置の方法は対象の細胞（たとえば１つまたは複数の細胞）をヒトシンデカン−１の細胞外部分またはその変異体に特異的に結合する治療有効量の結合剤と接触させることを含む。対象の細胞はシンデカン−１の細胞外部分を発現する細胞であることが多い。対象の細胞は対象の内部（たとえばインビボ）で見出されてもよく、対象の外部（たとえばインビトロまたはエクスビボ（ｅｘ  ｖｉｖｏ））で見出されてもよい。
【０１１１】
本明細書に開示した組成物、医薬組成物または結合剤は、シンデカン−１を発現する細胞型が関与する好適な腫瘍性障害またはがんを処置するために用いることができる。本明細書の方法で処置することができる腫瘍性障害またはがんの非限定的な例には、肺癌、乳癌、卵巣癌、腎癌、結腸直腸癌、胃癌、甲状腺癌、膵癌、神経芽腫、または頭頸部の扁平上皮癌、頚がん、肝細胞がん、肉腫、中皮腫、膠芽細胞腫、多発性骨髄腫、黒色腫、前立腺および食道の癌が含まれる。ある実施形態では、がんまたは腫瘍性障害の腫瘍性細胞は、好適な方法（たとえば全細胞ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣｓ、任意の好適な免疫アッセイ、その他）により、好適な抗シンデカン−１結合剤、または本明細書に記載した新規な結合剤を用いて、シンデカン−１の発現について迅速にアッセイすることができる。
【０１１２】
組成物、医薬組成物または結合剤を対象に投与する任意の好適な方法を用いることができる。本明細書に記載した本発明の方法による使用のための組成物の正確な製剤処方および投与経路は、患者の病状を考慮して個別の医師によって選択することができる。たとえば参照により全体として本明細書に組み込まれるFingl et al. 1975、"The Pharmacological Basis of Therapeutics," Ch. 1, p.1を参照されたい。本明細書に記載した医薬組成物または結合剤の投与のため、任意の好適な投与経路を用いることができる。投与経路の非限定的な例には、局所または局部（たとえば経皮または皮膚（たとえば皮膚上もしくは表皮）、眼中または眼上、鼻内、経粘膜、耳中、耳の内側（たとえば鼓膜の後ろ））、腸内（たとえば胃腸管を経由する送達、たとえば経口（たとえば錠剤、カプセル、顆粒、液体、乳化、トローチ、またはそれらの組合せ）、舌下、経胃栄養チューブ、直腸、その他）、非経口投与（たとえば非経口、たとえば静脈内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮内、皮下、腔内、頭蓋内、関節内、関節スペース内、心筋内（心臓内）、空洞内注射、病巣内（皮膚病巣内）、骨内注入（骨髄内）、髄腔内（脊柱管内）、子宮内、膣内、膀胱内注入、硝子体内）、その他またはそれらの組合せが含まれる。
【０１１３】
いくつかの実施形態では、本明細書の組成物は対象に提供される。対象に提供される組成物は自己投与のため、または別人（たとえば医療従事者以外の者）によって対象に投与されるために提供されることがある。たとえば、本明細書に記載した組成物は、患者が本明細書に記載した組成物または処置を受けることを許可する臨床医によって書かれた指示書（たとえば処方箋）として提供され得る。別の例では、組成物は対象に提供され、対象は組成物を経口、静脈内またはたとえば吸入によって自己投与する。
【０１１４】
あるいは、全身的ではなくたとえば持続性薬剤または持続放出製剤を用いることを含めて、皮膚、粘膜、または治療のための目的の領域への直接適用による局所での本発明の方法に従う使用のために組成物を投与してもよい。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は単独で（たとえば単一活性成分（ＡＩまたはたとえば単一活性医薬成分（ＡＰＩ））として）投与することができる。他の実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は１つまたは複数の追加のＡＩ／ＡＰＩと組み合わせて、たとえば２つの異なった組成物として、または１つまたは複数の追加のＡＩ／ＡＰＩが医薬組成物中で結合剤とともに混合されまたは製剤化される単一組成物として、投与することができる。
【０１１６】
ある実施形態では、シンデカン−１結合剤は細胞（たとえば哺乳類細胞）に送達される。シンデカン−１結合剤は任意の好適な方法を用いて細胞に送達することができる。ある実施形態では、シンデカン−１結合剤を細胞に送達することは、結合剤が細胞に結合することを可能にする条件下で、シンデカン−１結合剤を含む組成物と哺乳類細胞をインビトロ（in vitro）またはインビボ（in vivo）で接触させることを含む。
【０１１７】
医薬組成物は、たとえば従来の混合、溶解、顆粒化、糖衣錠製造、摩砕、乳化、カプセル化、トラップ化、または錠剤化プロセスによる方法を含む任意の好適な方式で製造することができる。
【０１１８】
ある実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は効果的な治療結果を得るために必要な好適な頻度または間隔で投与される。効果的な治療結果は、腫瘍性障害またはがんに罹患した対象における新生細胞またはがん細胞の数、生存率、増殖、マイトーシス、または転移をモニターすることによって決定することができる。したがって、ある実施形態では、対象における新生細胞またはがん細胞の数、生存率、増殖、マイトーシス、または転移の減少は効果的な治療結果と考えられる。いくつかの実施形態では、結合剤を含む医薬組成物は毎時、１日１回、１日２回、１日３回、１日４回、１日５回、および／もしくは規則的な間隔で、たとえば毎日、１日おき、週３回、毎週、隔週、月１回、ならびに／または単に医療従事者によって必要とされまたは推奨される頻度または間隔で投与することができる。
【０１１９】
いくつかの実施形態では、組成物中の結合剤の量は効果的な治療結果を得るために必要な量である。ある実施形態では、組成物（たとえば医薬組成物）中の結合剤の量は、本明細書で意図するように、腫瘍性障害またはがんを予防し、処置し、その重篤度を低減し、その発症を遅らせ、および／またはその症状を緩和するために十分な量である。
【０１２０】
「治療有効量」は、効果的な治療結果を得るために十分な量および／または腫瘍性障害またはがんを予防し、処置し、その重篤度を低減し、その発症を遅らせ、および／またはその症状を緩和するために必要で十分な量である。ある実施形態では、「治療有効量」は、腫瘍またはがんの増殖を停止させ、および／またはその増殖を遅延させるために十分な量を意味する。ある実施形態では、「治療有効量」は、１つまたは複数の腫瘍性細胞の複製を阻害し、および／またはその死を誘起するために十分な量を意味する。治療有効量の決定は、特に本明細書に提供した詳細な開示を考慮すれば、十分に当業者の能力の範囲内である。
【０１２１】
いくつかの実施形態では、組成物中の結合剤の量は、少なくとも治療有効量である量であり、望ましくない副反応を最小化するのに十分な低い量である。必要な結合剤または活性薬剤の組合せの正確な量は、対象の年齢、体重、および一般症状、治療すべき病状の重篤度、ならびに投与される薬剤の特定の組合せによって対象から対象へと変動する。したがって、多様な対象群において新生物障害を処置するための正確な治療有効量を特定することは常に可能ではない。よく知られているように、特定の病状を有する所与の患者についての、また特定の疾患についての特定の用量は常時変動するが、それぞれの症例における最適量の決定は単純なルーチン手順によって容易に達成することができる。したがって、腫瘍性障害を処置するために用いられる結合剤の治療有効量は、当業者によってルーチンの実験を用いて決定することができる。
【０１２２】
ある実施形態では、組成物中の結合剤の量は、好適な治療有効量または用量で（たとえば部分的に特定の投与経路によることがある好適な容量および濃度で）投与される。ある実施形態の中では、結合剤（たとえば組成物中の結合剤）は、０．０１ｍｇ／ｋｇ（たとえば対象の体重１ｋｇあたり）〜５００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜４００ｍｇ／ｋｇ、０．０１ｍｇ／ｋｇ〜３００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜３００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜２００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１００ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜７５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜２５ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／ｋｇ、０．１ｍｇ／ｋｇ〜５ｍｇ／ｋｇまたは０．１ｍｇ／ｋｇ〜１ｍｇ／ｋｇの用量で投与することができる。いくつかの態様では、結合剤の量は約１０ｍｇ／ｋｇ、９ｍｇ／ｋｇ、８ｍｇ／ｋｇ、７ｍｇ／ｋｇ、６ｍｇ／ｋｇ、５ｍｇ／ｋｇ、４ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、２ｍｇ／ｋｇ、１ｍｇ／ｋｇ、０．９ｍｇ／ｋｇ、０．８ｍｇ／ｋｇ、０．７ｍｇ／ｋｇ、０．６ｍｇ／ｋｇ、０．５ｍｇ／ｋｇ、０．４ｍｇ／ｋｇ、０．３ｍｇ／ｋｇ、０．２ｍｇ／ｋｇ、または０．１ｍｇ／ｋｇであってよい。いくつかの実施形態では、結合剤の治療有効量は約０．１ｍｇ／ｋｇ〜５００ｍｇ／ｋｇ、または約１ｍｇ／ｋｇ〜約３００ｍｇ／ｋｇである。静脈内投与に好適な量は公知である。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、結合剤はインビトロまたはインビボでシンデカン−１を検出するために用いられる。いくつかの実施形態では、結合剤は細胞表面上のシンデカン−１を検出するため、および／または細胞がシンデカン−１を発現している場合に腫瘍性細胞（たとえば悪性細胞）の存在または非存在を決定するために用いられる。いくつかの実施形態では、結合剤は対象が腫瘍性障害またはがんを有しているかを決定するために用いられる。いくつかの実施形態では、シンデカン−１を検出する方法は、試料（たとえば対象から直接または間接に得た試料）中の細胞におけるシンデカン−１の存在または非存在を決定することを含む。いくつかの実施形態では、シンデカン−１を発現する細胞を同定する方法は、（ｉ）細胞をシンデカン−１結合剤と接触させること、および／または（ｉｉ）シンデカン−１結合剤と細胞を含む結合した複合体の存在または非存在を検出し、ここで結合した複合体の存在は細胞がシンデカン−１を発現していることを示すことを含む。
【０１２４】
シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤を検出しおよび／またはその存在、非存在および／もしくは量を定量するために任意の好適な方法を用いることができ、その非限定的な例は、Immunology, Werner Luttmann; Academic Press, 2006および／またはMedical Detection and Quantification of Antibodies to Biopharmaceuticals: Practical and Applied Considerations, Michael G. Tovey; John Wiley & Sons, July 12, 2011に見出すことができる。シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤を検出しおよび／またはその存在、非存在および／もしくは量を定量するために用いることができる方法のさらなる非限定的な例には、競合的免疫アッセイ、非競合的免疫アッセイ、ウェスタンブロット、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着アッセイ）、競合もしくはサンドイッチＥＬＩＳＡ、サンドイッチ免疫アッセイ、免疫沈降アッセイ、免疫放射アッセイ、蛍光免疫アッセイ、プロテインＡ免疫アッセイ、プレシピチン反応、ゲル拡散プレシピチン反応、免疫拡散アッセイ、凝集アッセイ、補体固定化アッセイ、免疫組織化学アッセイ、ウェスタンブロットアッセイ、免疫組織アッセイ、免疫細胞化学アッセイ、ドットブロットアッセイ、蛍光分極アッセイ、シンチレーションプロキシミティアッセイ、均一時間分解蛍光アッセイ、ＩＡｓｙｓ分析、ＢＩＡコア分析、その他またはそれらの組合せが含まれる。
【０１２５】
結合剤の量または用量を含む医薬組成物は、所望であれば結合剤の１つまたは複数の用量を含み得るキット、パックまたは分注デバイスで提供され得る。パックはたとえばブリスターパック等の金属またはプラスチックの箔を含み得る。パックまたは分注デバイスは投与のための説明書を伴ってもよい。パックまたは分注器は、医薬品の製造、使用または販売を規制する政府官庁によって規定された形態で容器に付随し、ヒトまたは獣医用投与のための薬剤の形態の官庁による承認を反映する注意書を伴ってもよい。そのような注意書は、たとえば処方薬として米国食品医薬品局によって承認されたラベル、または承認された製品添付文書であってよい。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、キットまたはパックは、１日〜１年、１日〜１８０日、１日〜１２０日、１日〜９０日、１日〜６０日、１日〜３０日、またはその間の任意の日または日数、１〜４時間、１〜１２時間、または１〜２４時間、患者を処置するために十分な量の結合剤を含む。
【０１２７】
キットは製品ラベルまたは成分の説明もしくはその中の成分のインビトロ、インビボ、もしくはエクスビボの使用のための指示書を含む添付文書を含んでもよい。例示的な指示書には、診断法、処置プロトコルまたは治療計画の指示書が含まれる。ある実施形態では、キットは包装材料を含み、これはキットの成分を収容する物理的な構造を意味する。包装材料は成分を無菌に保つことができ、そのような目的に一般的に用いられる材料（たとえば紙、波形繊維、ガラス、プラスチック、箔、アンプル、バイアル、チューブ、その他）から作られてよい。製品ラベルまたは添付文書は「印刷物」、たとえば個別の、または成分、キットもしくは包装材料（たとえば箱）に貼付された、またはキット成分を含むアンプル、チューブもしくはバイアルに取着された紙もしくはボール紙を含む。ラベルまたは添付文書はさらに、コンピュータで読み取り可能な媒体、ＣＤ−もしくはＤＶＤ−ＲＯＭ／ＲＡＭ、ＤＶＤ、ＭＰ３等の光学ディスク、磁気テープまたはＲＡＭおよびＲＯＭまたは磁気／光学保存媒体等のこれらの混成物等の電子保存媒体、ＦＬＡＳＨ媒体またはメモリー型カード等を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、その中の１つまたは複数の成分の同定情報、用量、作用機序、薬物動態（ＰＫ）および薬力学（ＰＤ）を含む活性成分の臨床薬理学を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、メーカー情報、ロット番号、製造場所、製造日を同定する情報、キット成分が用いられる適応病状、障害、疾患または症状に関する情報を含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、方法、処置プロトコルまたは治療計画において１つまたは複数のキット成分を用いるための医師または対象者のための指示書を含んでよい。指示書は、用量、頻度もしくは期間、および本明細書で説明した方法、処置プロトコルまたは治療計画のいずれかを実施するための指示書を含んでよい。したがって本発明のキットは、本明細書に述べた本発明の方法および使用のいずれかを実施するためのラベルまたは指示書をさらに含んでよい。製品ラベルまたは添付文書は、起こり得る副作用に関する情報および／または警告を含んでよい。
【０１２８】
ある実施形態では、キットは既知量のシンデカン−１を有する１つまたは複数の対照を含む。いくつかの実施形態では、キットはシンデカン−１を発現する細胞を含む。キット中の細胞は、細胞が直ちに使用可能になるまで適切な保存条件下に保つことができる。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、キットは結合剤を含む診断キットである。診断キット中に含まれる結合剤は任意の好適な形態を取り得る。いくつかの実施形態では、診断キットは結合剤および検出可能なラベルを含む。たとえばある実施形態では、診断キットは本発明の方法を実施して、たとえばカラーチャートまたは標準曲線と比較することができる比色結果を生成するために必要な試薬を含むスティックテストを含むかまたはからなる。診断キットは、シンデカン−１に特異的に結合する結合剤を検出するために必要な成分、たとえば二次抗体を含んでもよい。
【実施例１】
【０１３０】
抗ＣＤ１３８抗体の生成
（ｉ）高い親和性および特異性で結合し、（ｉｉ）迅速な内在化を示し、（ｉｉｉ）カニクイザルに由来するＣＤ１３８との交差反応性を示すヒトＣＤ１３８に対するモノクローナル抗体を生成させた。抗体を生成させるために、マウス（ｄＢａｌｂ／Ｃマウス、雌、６〜８週令）をＣＤ１３８ペプチド１〜３（フュージョン１２）またはペプチド４〜６（フュージョン１３）の混合物で免疫し、増強した。表１１を参照されたい。
【０１３１】
これらのペプチドは、グリコシル化部位より遠位であって、ヒトとマウスとの間ではあまり保存されていないが、ヒトとカニクイザル種との間では強く保存されている領域にあるように設計した。一次注射には完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）、引き続く全ての増強には不完全フロイントアジュバントを用いる免疫スケジュールに従い、ＫＬＨキャリアタンパク質とコンジュゲートした下記表に示されたペプチドでマウスを免疫した。免疫したマウスの抗体血清力価を、ヒトＣＤ１３８とＣＤ１３８−Ｆｃの結合ＥＬＩＳＡによる結合について評価した。高い力価を有するマウスを融合のために選択した。最適化された方法を用いるマウスＢ細胞とＳＰ２／Ｏ骨髄腫細胞のエレクトロフュージョンにより、ハイブリドーマを産生させた。
【０１３２】
【表１１】
2020517725.tif 000012
【０１３３】
従来の方法と異なり、ハイブリドーマのクローニングは単一ステップで同時に行ない、融合した細胞をＨＡＴ選択によって選択し、単一細胞コロニーをＨＴ培地を含む９６ウェルプレートに移し、制限選択条件の下で増殖させ、抗原結合について上清をスクリーニングした。陽性のハイブリドーマを大量に増殖させ、保存のために細胞を凍結した。
【０１３４】
ＣＤ１３８陽性細胞（Ｈ９２９）における一次ハイブリドーマＦＡＣＳスクリーン
フュージョン１２（プレート１２〜１９）からのハイブリドーマ上清を、ウェルあたり２０，０００個のＨ９２９細胞を含む９６ウェルプレートを用いて、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）によってスクリーニングした。Ｈ９２９細胞はその細胞表面上にＣＤ１３８を発現するヒトＢリンパ球細胞株である。ハイブリドーマ上清を４℃で１時間、Ｈ９２９細胞に添加した。細胞を洗浄し、ＡｌｅｘａＦｌｕｒｏ６４７抗マウス抗体を添加し、再度洗浄して未結合の抗体を除去した。細胞をＦＡＣＳで解析して結合を検出した。ＦｌｏｗｊｏソフトウェアによってＦＡＣＳデータを解析した。上清の抗体がプレートの平均シグナルより３標準偏差以上のレベルで細胞を結合していた場合には、確認ＦＡＣＳおよびさらなる特性解析のためにこれらを選択した。フュージョン１２からの全部で５０１３個のハイブリドーマをこの一次ＦＡＣＳスクリーンにかけて１３４個の陽性ヒットが得られ、一次スクリーニングの全ヒット率は２．７％であった。フュージョン１２プレート１６からの陽性ハイブリドーマクローンの試料を下の表１２に示す。代表的な２つの陽性ハイブリドーマクローンのＦＡＣＳヒストグラムを図２に示す。
【０１３５】
【表１２】
2020517725.tif 000013
【０１３６】
フュージョン１２ハイブリドーマの二次ＦＡＣＳスクリーン
一次ＦＡＣＳスクリーニングで陽性の結合を示したハイブリドーマを選択し、さらに特性解析した。二次スクリーニングのため、ハイブリドーマ上清を、Ｈ９２９（ＣＤ１３８を発現）細胞への陽性結合およびＡＲＨ−７７（ＣＤ１３８の発現が陰性）細胞への陰性結合についてのＦＡＣＳによってアッセイした。陽性細胞株と陰性細胞株をより良く識別することを助けるために、陰性細胞をＣＳＦＥで染色した。次いで上清を特異的なＣＤ１３８結合に対する非特異的な結合と比較した。代表的な二次ＦＡＣＳスクリーンの結果を表１３にまとめる。
【０１３７】
【表１３】
2020517725.tif 000014
【０１３８】
フュージョン１２ハイブリドーマにおける二次ＥＬＩＳＡスクリーン
結合特異性およびＩｇＧの型の確認を助けるために、二次スクリーンの後でＣＤ１３８およびＩｇＧ１アイソタイプのＥＬＩＳＡも行なった。ＣＤ１３８結合ＥＬＩＳＡは、組み換えＣＤ１３８フラグを用いて実施した。データは、ＦＡＣＳ陽性ハイブリドーマの全てがＥＬＩＳＡによってもＣＤ１３８と結合することを示した。ＩｇＧ  ＥＬＩＳＡによってＩｇＧ陽性抗体を同定した。ＩｇＭ抗体はさらなる研究から除外した。この点までの選択プロセスのまとめを表１４に示す。
【０１３９】
【表１４】
2020517725.tif 000015
【０１４０】
実験６：代表的な抗体のＳＰＲによる動的結合
ハイブリドーマ上清からマウスＩｇＧを精製し、動的結合測定のためにＩｇＧをＳＰＲ（表面プラスモン共鳴）に供した。ＢｉｏＲａｄ  Ｐｒｏｔｅｏｎ上、５０μｇ／ｍＬでＧＬＭチップ上にヒトまたはマウスのＣＤ１３８Ｈｉｓを固定化した。結合したチップの上に濃度範囲１６７ｎＭ〜１０．４ｎＭの抗体を流量３０μｌ／分で流して動的結合を検出した。二価アナライトフィットを用いてＫＤを測定した。動的結果を表１５および図３に示す。
【０１４１】
【表１５】
2020517725.tif 000016
【０１４２】
【表１６】
2020517725.tif 000017
【０１４３】
抗体の発現
スケールアップ産生の可能性を決定するため、代表的な２つのキメラ抗体の発現を評価した。１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１（ｃｈＦ６とも称する）または１３Ｐ３０Ａ７  ｈＩｇＧ１（ｃｈＰ３０ａ７とも称する）の発現を指令するベクターで、Ｅｘｐｉ２９３細胞（２５０ｍＬ）を過渡的にトランスフェクトした。キメラ抗体１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１は、Ｆ１２Ｐ１６Ｆ６のマウスの重鎖可変領域（配列番号７７）および軽鎖可変領域（配列番号３５）ならびにヒトＩｇＧ１カッパアイソタイプの定常領域を含んでいる。キメラ抗体１３Ｐ３０Ａ７  ｈＩｇＧ１は、Ｆ１３Ｐ３０Ａ７のマウスの重鎖可変領域（配列番号７８）および軽鎖可変領域（配列番号３６）ならびにヒトＩｇＧ１カッパアイソタイプの定常領域を含んでいる。結果を下の表１７にまとめる。発現した抗体は、ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびサイズ排除クロマトグラフィーでも解析した（データは示していない）。
【０１４４】
【表１７】
2020517725.tif 000018
【０１４５】
代表的な抗体のカニクイザル交差反応性
１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１または１３Ｐ３０Ａ７  ｈＩｇＧ１を、カニクイザルＣＤ１３８への交差反応性について試験した。カニクイザル（ｃｙｎｏ）のＣＤ１３８と交差反応する抗体は、有効性試験を実行する前に非ヒト霊長類のこの血統における毒性について試験することができるという利点がある。簡単には、ヒトＣＤ１３８またはｃｙｎｏＣＤ１３８の細胞表面発現を指令するベクターをＥｘｐｉ２９３細胞にトランスフェクトした。トランスフェクトしたＥｘｐｉ２９３細胞への１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１および１３Ｐ３０Ａ７  ｈＩｇＧ１の結合を、３３．３μｇ／ｍｌから出発する３倍希釈で試験した。トランスフェクトした細胞がバックグラウンド結合を何ら有しないことを確認するために、セクキヌマブ（Ｓｅｃ）を陰性対照として用いた。代表的な抗体である１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１および１３Ｐ３０Ａ７  ｈＩｇＧ１は、ヒトおよびｃｙｎｏのＣＤ１３８への特異的な結合を示した（図４）。
【０１４６】
【表１８】
2020517725.tif 000019
【０１４７】
実施例１で用いたある種の試薬および材料の定義
ここでのハイブリドーマクローンの名称は、その名称が用いられる文脈に応じて、ハイブリドーマ細胞またはそのハイブリドーマ細胞から産生された抗体のいずれかを意味し得ることに注意されたい。ハイブリドーマクローンの名称は、融合（たとえばフュージョン＃１２または＃１３、それぞれＦ１２およびＦ１３と略す）、続いて文字「Ｐ」に続くプレート番号、およびウェル番号を意味することが多い。たとえば、ハイブリドーマクローンＦ１２Ｐ１６Ｆ６（本明細書では１２Ｐ１６Ｆ６またはＰ１６Ｆ６とも称する）は、フュージョン１２、プレート１６、およびウェルＦ６に由来するハイブリドーマから得られた抗体を意味する。ｍＢＴ−０６２はＩｇＧ１であり、ＣＤ１３８結合対照抗体である。
【実施例２】
【０１４８】
ヒト化
本明細書に記載したマウス抗ＣＤ１３８抗体のヒト化バージョンを設計し、創成するための戦略を開発した。ここで抗体のヒト化バージョンは親モノクローナル抗体の特性を保持している。Ｆ１２Ｐ１６Ｆ６と指定したマウスモノクローナル抗ＣＤ１３８抗体をヒト化する例を本明細書に提供する。
【０１４９】
本明細書で生成させたＦ１２Ｐ１６Ｆ６のヒト化バージョンは、キメラ抗体１２Ｐ１６Ｆ６  ＩｇＧ１に対してベンチマークとすることが多かった。適切な場合には他の陽性対照および陰性対照も用いた。
【０１５０】
５種のヒト化戦略を並行して採用し、それにより３つのヒト化Ｆ１２Ｐ１６Ｆ６軽鎖配列および４つのヒト化Ｆ１２Ｐ１６Ｆ６重鎖配列を得た。一般には、本方法にはヒトフレームワークおよび定常領域へのマウス相補性決定領域（ＣＤＲ）のグラフトが含まれる。３つの軽鎖および４つの重鎖のそれぞれを相互に組み合わせて発現させて精製し、それにより全部で１２個のヒト化抗ＣＤ１３８モノクローナル抗体を得た。ヒト化抗体を、その発現／精製プロファイル、生物物理学的特性、ＣＤ１３８ペプチド抗原への結合、天然のＣＤ１３８への結合、および特異性について解析した。代表的なヒト化抗体は、他の生物物理学的特性についても評価した。
【０１５１】
方法
ｃｈＰ１６Ｆ６の発現および精製
キメラ抗体ｃｈＰ１６Ｆ６の発現を指令するベクターを、ＥＸＰＩＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（商標）２９３トランスフェクションキットを用いて、２５０ｍｌの体積でＥｘｐｉ２９３細胞にトランスフェクトした。ｐＨ依存性プロテインＡ精製を利用して、上清を精製した。ＨｉＴｒａｐ  ＭａｂＳｅｌｅｃｔ  ＳｕＲｅ  ５ｍｌを用いて、キメラ抗体を精製した。精製の後、ゼバスピンカラムを用いて、抗体を１倍ＤＰＢＳに緩衝液交換した。ｃｈＰ１６Ｆ６の回収量は２．２１ｍｇ／ｍＬで７．１ｍｇであった。
【０１５２】
Ｆ１２Ｐ１６Ｆ６のヒト化
重鎖および軽鎖可変ドメインのヒト化は、（ｉ）ＣＤＲグラフトアプローチ（記号ｃｄｒ）：Jones et al. (1986) "Replacing the complementarity determining regions in a human antibody with those from a mouse" Nature 321:522-525およびVerhoeyen et al. (1988) "Reshaping human antibodies: grafting an anti-lysozyme activity" Science 239:1534-1536に従って実施され、Kabat et al. (1991) "Sequences of Proteins of Immunological Interest" 5th ed. US Department of Health and Human Services, Public Health Service, National Institutes of Health (NIH Publication No 91-3242) によって定義されるＣＤＲを適切なヒトスカフォールドに重要なフレームワーク残基が保存されるようにグラフトする方法、、（ｉｉ）短縮したＣＤＲのグラフトアプローチ（記号ａｂｂ）：Padlan et al. (1995) "Identification of specificity-determining residues in antibodies" FASEB J 9:133-139に従って実施され、軽鎖の残基２７Ｄ〜３４、５０〜５５、および８９〜９６、ならびに重鎖の３１〜３５Ｂ、５０〜５８、および９５〜１０１として定義される短縮したＣＤＲを適切なヒトスカフォールドに重要なフレームワーク残基が保存されるようにグラフトする方法、（ｉｉｉ）ＳＤＲトランスファーアプローチ（記号ｓｄｒ）：Padlan et al. (1995) "Identification of specificity determining residues in antibodies" FASEB J 9:133-139に従って実施され、抗原結合に関与し得る残基を適切なヒト配列に、重要なフレームワーク残基が保存されるように移植する方法、（ｉｖ）フランケンシュタインアプローチ（記号ｆｒａ）：Wu and Kabat (1992) "Possible use of similar framework region amino acid sequences between human and mouse immunoglobulins for humanizing mouse antibodies" Mol Immunol 29:1141-1146に従って実施され、ＣＤＲを適切なヒト抗体から得た個別のフレームワーク領域から作られたヒトスカフォールドに重要なフレームワーク残基が保存されるようにグラフトする方法、、および（ｖ）ベニア化アプローチ（記号ｖｅｎ）:Padlan (1991) "A possible procedure for reducing the immunogenicity of antibody variable domains while preserving their ligand-binding properties" Mol Immunol 28:489-498に従って実施され、構造が既知の場合には非ヒト抗体の、構造が未知の場合には同種の分子中の曝露される残基を適切なヒト抗体からの対応する残基に、ＣＤＲおよび重要なフレームワーク残基が保存されるように変更する方法、を用いて実施した。記載した方法の全てで、「適切なヒト抗体」は、最も近いヒト配列を表わすために用いる（ＧｅｎＢａｎｋから入手可能）。用語「重要なフレームワーク残基」は、三次元構造の維持に必須とみなされる残基を表わすために用いる（ＰＤＢにおける関連する高分解能Ｘ線構造の解析から）。抗体のＳＥＣプロファイルを改善するために、ヒト化の第２の「修復」ラウンドを実施することもあった。第２ラウンドで産生されたヒト化抗体は、ｒｅｐまたはｒｅｐａｉｒという記号で示す。得られたヒト化重鎖および軽鎖可変領域のアミノ酸配列をそれぞれ図１０Ａおよび図１０Ｂに示す。
【０１５３】
ヒト化Ｐ１６Ｆ６修復コンストラクトの発現および精製
４つのヒト化重鎖のそれぞれを３つの軽鎖のそれぞれと対にして、１２個の異なった抗体を得た（表１９）。ＥＸＰＩＦＥＣＴＡＭＩＮＥ（商標）２９３トランスフェクションキットを用いて、１２個のヒト化Ｐ１６Ｆ６抗体をＥｘｐｉ２９３細胞中で発現させた。Ｆ６  ｃｋｓ−ｒｅｐ（さらなる研究のためにより多くが必要であった）、およびタンパク質の発現が低かったＦ６  ｆ２ｋａ−ｒｅｐの３７５ｍｌを除き、全てのコンストラクトは１２５ｍｌの体積でトランスフェクトした。０．２２μｍのフィルターを通して上清を濾過し、プロテアーゼ阻害剤で処理した。緩衝液交換後の５ｍｇ／Ｌ超の発現レベルおよび１ｍｇ／ｍＬ以上に濃縮できる抗体を、さらなる解析のために選択した。
【０１５４】
【表１９】
2020517725.tif 000020
【０１５５】
ｐＨ依存性プロテインＡ精製（ＨｉＴｒａｐ  ＭａｂＳｅｌｅｃｔ  ＳｕＲｅ  ５ｍＬ）を利用して抗体を精製した。精製の後、ゼバスピンカラムを用いて、抗体を１倍ＤＰＢＳに緩衝液交換した。サイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）解析によって決定した回収量および相対的安定性は、ヒト化抗体の間で変動した（ＳＥＣプロファイルは図示していない）。ＳＥＣによって決定した回収量、濃度およびモノマー％を表２０にまとめる。代表的な１１種のヒト化抗体のＳＤＳ−ＰＡＧＥ解析を図６に示す。命名法はｈＦ６  ｘｋｙ−ｒｅｐの形をとることがあり、ここでｈはヒト化を表わし、Ｆ６はＦ１２Ｐ１６Ｆ６由来を表わし、ｘはヒト化重鎖配列を生成するために用いた第１の手順の第１の文字を表わし（ａ＝ａｂｂ、ｓ＝ｓｄｒ、ｆ＝ｆｒａ、ｃ＝ｃｄｒ）、ｋはカッパ軽鎖を表わし、ｙはヒト化軽鎖配列を生成するために用いた第１の手順の第１の文字を表わす（ａ＝ａｂｂ、ｓ＝ｓｄｒ、ｆ＝ｆｒａ、ｃ＝ｃｄｒ）。用語「ｒｅｐ」は「修復された」を表わし、異なった方法を用いることが多い少なくとも第２ラウンドのヒト化を実施したことを示す。
【０１５６】
【表２０】
2020517725.tif 000021
【０１５７】
ヒト化Ｐ１６Ｆ６修復コンストラクトのＦＡＣＳによるＣＤ１３８結合
ヒトＣＤ１３８への細胞表面結合の解析を、ＦＡＣＳにより、代表的な９個のヒト化抗ＣＤ１３８抗体について実施した。陰性対照としてセクキヌマブを用いた。結合を試験するために中程度のレベルのＣＤ１３８を発現する２つの細胞株、多発性骨髄腫細胞株ＫＭＳ−１１および膀胱がん株ＲＴ１１２／８４を用いた。以前の実験において、１２Ｐ１６Ｆ６  ｈＩｇＧ１はＲＴ１２２／８４細胞でほぼ９ｎＭ、ＫＭＳ−１１細胞で約３ｎＭのＥＣ５０を示していた。ＥＣ５０は４つのパラメーターフィット曲線を用いて計算した（表２１）。コンストラクトは、ＣＤ１３８陰性のリンパ芽球であるＡＲＨ−７７細胞に対しても試験した。ＮＢは特異的結合が観察されなかったことを示す。
【０１５８】
【表２１】
2020517725.tif 000022
【０１５９】
ヒト化Ｐ１６Ｆ６修復コンストラクトのＣＤ１３８結合ＥＬＩＳＡ
免疫に用いた鎖状ＣＤ１３８ペプチドの部分への結合を決定するために、代表的な９個のヒト化抗体を用いてＣＤ１３８結合ＥＬＩＳＡを実施した（図７）。プレートを、ｈＣＤ１３８ペプチド（ＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ、配列番号８９）および陰性対照ペプチド（ＱＡＡＶＴＳＨＰＨＧＧＭＱＰＧＬＨＥＴＳＡ、配列番号９８）、またはＦ１２Ｐ１６Ｆ６が結合しないマウスＣＤ１３８ペプチドでコートした。コートしたプレートを、９個の代表的な抗体のそれぞれの種々の希釈物と一夜インキュベートし、ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）−ＨＲＰで結合を検出した。ＥＣ５０は４つのパラメーターフィット曲線を用いて決定した（表２２）。プレートにコートしたヒトＣＤ１３８−Ｆｃタンパク質への結合を検出するためのＥＬＩＳＡも実施した（表２２）。解析および結果は同様であった。
【０１６０】
【表２２】
2020517725.tif 000023
【０１６１】
選択した研究結果のまとめ
表２３に、代表的な１３個のヒト化抗ＣＤ１３８モノクローナル抗体の解析結果のまとめを示す。
【０１６２】
【表２３】
2020517725.tif 000024
【実施例３】
【０１６３】
結晶構造の決定
ヒト化抗ＣＤ１３８抗体Ｆａｂ断片と複合したヒトシンデカン−１ペプチドのＸ線結晶構造は、１．９５Åの分解能で分離された。構造には、非対称単位あたりシンデカン−１ペプチドとＦａｂのそれぞれ１コピーが含まれていた（図８）。
【０１６４】
構造の説明
ヒト化抗体Ｆａｂは、ヒト化重鎖可変領域（配列番号８４）およびヒト化軽鎖可変領域（配列番号４２）を含む。ＰｙＩｇＣｌａｓｓｉｆｙデータベースに従ってＣＤＲの標準的な構造を解析した。重鎖ＣＤＲは以下のように分類した。Ｈ１−１３−１（ＣＤＲ−長さ−クラスター）、Ｈ２−１０−１、およびＨ３−６−１。軽鎖ＣＤＲは以下のように分類した。Ｌ１−１６−１、Ｌ２−８−１、およびＬ３−９−ｃｉｓ７−１。シンデカン−１ペプチドは一本鎖Ｆａｂに結合し、複合体の形成によりシンデカン−１ペプチドの溶媒が接近し得る表面積５４０Å２の部位とFab（Ａ鎖およびＨ鎖で３１３．６Å２、Ａ鎖およびＬ鎖で２２６．４Å２）が埋もれる。
【０１６５】
見えている９８〜１０８のシンデカン−１ペプチド残基の全ては、Ｆａｂとの直接接触に関与している（図８）。界面に関与する特定のＦａｂ残基はＨ鎖からの３１〜３３、３５、４７、５０、５２、５８、９４〜９６、および１０１〜１０２、ならびにＬ鎖からの２７〜２８、３２、３４、４６、４９〜５０、８９〜９４、および９６である。これは、ＣＤＲ  Ｈ１からの４つの残基が、ＣＤＲ  Ｈ２からの３つの残基およびＣＤＲ  Ｈ３からの５つの残基とともに界面に関与していることを意味する。さらに、ＣＤＲ  Ｌ１からの４つの残基、ＣＤＲ  Ｌ２からの２つの残基、およびＣＤＲ  Ｌ３からの７つの残基が、界面に関与している。
【０１６６】
５．８８ｍｇ／ｍＬ（約１２５μＭ）のＦａｂの１ｍＬのアリコートを２５０μＭのシンデカン−１ペプチド（ＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰ、配列番号８９）と混合し、４℃で２時間インキュベートした。複合体を、２０ｍＭトリスｐＨ７．５および１５０ｍＭのＮａＣｌを含む緩衝液で予備平衡化したＳ２００サイズ排除カラムで分別した。ピーク分画を集めて結晶化のために濃縮した。ブラッドフォードアッセイによって決定した最終タンパク質濃度は３ｍｇ／ｍＬであった。
【０１６７】
モスキートロボット（ＴＴＰ  Ｌａｂｔｅｃｈ）を用いる９６ウェルフォーマットの蒸気拡散のハンギングドロップ法によって、約４００種の結晶化条件をスクリーニングした。２つの条件、即ち２．１Ｍ  ＤＬ−リンゴ酸、ｐＨ７．０および６０％Ｔａｃｓｉｍａｔｅ、ｐＨ７．０で、２０℃で結晶成長を観察した。結晶化はさらに２４ウェルフォーマットで最適化した。
【０１６８】
結晶冷却およびデータ収集
記載した結晶は、１．７Ｍ  ＤＬ−リンゴ酸、ｐＨ７．０を含む沈殿溶液を用いて、２４ウェルプレートで蒸気拡散のハンギングドロップ法を用いて成長させた。社内のＸ線回折スクリーニングにより、３．０Ｍ  ＤＬ−リンゴ酸、ｐＨ７．０を含む溶液中に結晶を２４時間予備浸漬することによって分解能が改善されることが示された。結晶は、浸漬液滴から直接ループ中にこれを捕捉して液体窒素中に投入することによって凍結冷却した。ＥＳＲＦビームラインＩＤ３０Ａ−１でシンクロトロンデータセットを収集した。
【０１６９】
結晶構造決定と精密化  ＭＯＳＦＬＭ（ＣＣＰ４）およびＡＩＭＬＥＳＳ（ＣＣＰ４）におけるデータプロセッシングにより、最も可能性が高い空間群はユニットセルディメンジョンａ＝６０．６Å、ｂ＝１３２．９Å、およびｃ＝５１．２Åで、全セル体積４１１７０６．３４ÅのＰ２１２１２１であることが示された。Ｍａｔｔｈｅｗｓ係数の計算（２．１４Å３／Ｄａおよび溶媒含量４２．７％）により、非対称ユニットあたり１つの完全なＦａｂ−シンデカン−１複合体の存在が最もあり得ることが示された。ＰＤＢに対するそれぞれの成分（Ｆａｂ重鎖および軽鎖）の配列を検索するＢＬＡＳＴにより、分子置換（ＭＲ）における使用のためのモデルを選択した。最も高い配列相同性を有するモデルは、３ｓｑｏ（Ｆａｂ重鎖）および４ｏｊｆ（Ｆａｂ軽鎖）であった。ＰＤＢ中に堆積したＦａｂ結晶構造の数が大きいことにより、可変ドメインと定常ドメインとの間に存在するエルボー角が多様であることが明らかになった。エルボー角のこの多様性により、そうでなければ極めて相同性が高い２つのＦａｂ断片の全体の三次構造が顕著に異なることになり、それにより、ＭＲが失敗することになる。このため、重鎖および軽鎖の可変ドメインと定常ドメインとの間のヒンジ領域を除去して、４つの分離したＭＲ検索アンサンブル（ＶＨ、ＶＬ、ＣＨ、およびＣＬ）を創成した。これもＭＲを失敗させる可能性がある衝突の可能性があればそれを防止するために、ＣＯＯＴにおける目視検査の後で、重鎖および軽鎖可変ドメインモデルのＣＤＲからアミノ酸残基を切り取った。完全なＦａｂを構築するために必要なインプット検索アンサンブル（ＶＨ、ＶＬ、ＣＨ、およびＣＬ）の４つ全ては、ＰＨＡＳＥＲ（McCoy, et al., 2007）（ＣＣＰ４）を用いるＭＲによって正しく位置された。ＭＲアウトプットモデルには、ＲＥＦＭＡＣ５（ＣＣＰ４）を用いる２０サイクルのジェリーボディ精密化を加えた。タンパク質配列はＣＨＡＩＮＳＡＷ（ＣＣＰ４）を用いてＦａｂの配列に一致するように変異させた。電子密度マップで見ることができるＦａｂの整列した領域の全てが完成するまで、モデルの構築と精密化を継続して繰り返すことにより、反復してモデルを改善した。Ｋａｂａｔの抗体番号付け慣例に従って、重鎖および軽鎖のアミノ酸を再番号付けした。シンデカン−１ペプチドに対応する電子密度は、明確に見ることができた。シンデカン−１アミノ酸残基を手作業でＣＯＯＴに加え、正しい番号付けを適用した。水配置オプションを用いて水分子をＣＯＯＴに加え、ＲＥＦＭＡＣ５（ＣＣＰ４）を用いて完全なモデルを精密化した。最終的なＦａｂモデルは重鎖残基１〜２１６（Ｈ鎖）および軽鎖残基１〜２１２（Ｌ鎖）を含み、いずれの鎖にも中断はなかった。最終的なシンデカン−１モデルは残基９８〜１０８（Ａ鎖）を含んでいた。最終的なモデルは２０５個の水分子をも含んでいた。最終Ｒｗｏｒｋ＝２１．２％、Ｒｆｒｅｅ＝２６．１％。
【０１７０】
【表２４】
2020517725.tif 000025
【実施例４】
【０１７１】
ある種の代表的なシンデカン−１（ＣＤ１３８）配列
ヒトシンデカン−１（シンデカン−１）−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｐ１８８２７
配列番号１
ＭＲＲＡＡＬＷＬＷＬＣＡＬＡＬＳＬＱＰＡＬＰＱＩＶＡＴＮＬＰＰＥＤＱＤＧＳＧＤＤＳＤＮＦＳＧＳＧＡＧＡＬＱＤＩＴＬＳＱＱＴＰＳＴＷＫＤＴＱＬＬＴＡＩＰＴＳＰＥＰＴＧＬＥＡＴＡＡＳＴＳＴＬＰＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＰＥＶＥＰＧＬＴＡＲＥＱＥＡＴＰＲＰＲＥＴＴＱＬＰＴＴＨＬＡＳＴＴＴＡＴＴＡＱＥＰＡＴＳＨＰＨＲＤＭＱＰＧＨＨＥＴＳＴＰＡＧＰＳＱＡＤＬＨＴＰＨＴＥＤＧＧＰＳＡＴＥＲＡＡＥＤＧＡＳＳＱＬＰＡＡＥＧＳＧＥＱＤＦＴＦＥＴＳＧＥＮＴＡＶＶＡＶＥＰＤＲＲＮＱＳＰＶＤＱＧＡＴＧＡＳＱＧＬＬＤＲＫＥＶＬＧＧＶＩＡＧＧＬＶＧＬＩＦＡＶＣＬＶＧＦＭＬＹＲＭＫＫＫＤＥＧＳＹＳＬＥＥＰＫＱＡＮＧＧＡＹＱＫＰＴＫＱＥＥＦＹＡ
【０１７２】
マウスシンデカン−１（シンデカン−１）−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｐ１８８２８
配列番号９９
ＭＲＲＡＡＬＷＬＷＬＣＡＬＡＬＲＬＱＰＡＬＰＱＩＶＡＶＮＶＰＰＥＤＱＤＧＳＧＤＤＳＤＮＦＳＧＳＧＴＧＡＬＰＤＴＬＳＲＱＴＰＳＴＷＫＤＶＷＬＬＴＡＴＰＴＡＰＥＰＴＳＳＮＴＥＴＡＦＴＳＶＬＰＡＧＥＫＰＥＥＧＥＰＶＬＨＶＥＡＥＰＧＦＴＡＲＤＫＥＫＥＶＴＴＲＰＲＥＴＶＱＬＰＩＴＱＲＡＳＴＶＲＶＴＴＡＱＡＡＶＴＳＨＰＨＧＧＭＱＰＧＬＨＥＴＳＡＰＴＡＰＧＱＰＤＨＱＰＰＲＶＥＧＧＧＴＳＶＩＫＥＶＶＥＤＧＴＡＮＱＬＰＡＧＥＧＳＧＥＱＤＦＴＦＥＴＳＧＥＮＴＡＶＡＡＶＥＰＧＬＲＮＱＰＰＶＤＥＧＡＴＧＡＳＱＳＬＬＤＲＫＥＶＬＧＧＶＩＡＧＧＬＶＧＬＩＦＡＶＣＬＶＡＦＭＬＹＲＭＫＫＫＤＥＧＳＹＳＬＥＥＰＫＱＡＮＧＧＡＹＱＫＰＴＫＱＥＥＦＹＡ
【０１７３】
ラットシンデカン−１（シンデカン−１）−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｐ２６２６０
配列番号１００
ＭＲＲＡＡＬＷＬＷＬＣＡＬＡＬＲＬＱＰＡＬＰＱＩＶＴＡＮＶＰＰＥＤＱＤＧＳＧＤＤＳＤＮＦＳＧＳＧＴＧＡＬＰＤＭＴＬＳＲＱＴＰＳＴＷＫＤＶＷＬＬＴＡＴＰＴＡＰＥＰＴＳＲＤＴＥＡＴＬＴＳＩＬＰＡＧＥＫＰＥＥＧＥＰＶＡＨＶＥＡＥＰＤＦＴＡＲＤＫＥＫＥＡＴＴＲＰＲＥＴＴＱＬＰＶＴＱＱＡＳＴＡＡＲＡＴＴＡＱＡＳＶＴＳＨＰＨＧＤＶＱＰＧＬＨＥＴＬＡＰＴＡＰＧＱＰＤＨＱＰＰＳＶＥＤＧＧＴＳＶＩＫＥＶＶＥＤＥＴＴＮＱＬＰＡＧＥＧＳＧＥＱＤＦＴＦＥＴＳＧＥＮＴＡＶＡＧＶＥＰＤＬＲＮＱＳＰＶＤＥＧＡＴＧＡＳＱＧＬＬＤＲＫＥＶＬＧＧＶＩＡＧＧＬＶＧＬＩＦＡＶＣＬＶＡＦＭＬＹＲＭＫＫＫＤＥＧＳＹＳＬＥＥＰＫＱＡＮＧＧＡＹＱＫＰＴＫＱＥＥＦＹＡ
【０１７４】
アカゲザル（リーサス・マカク（Rhesus macaque））シンデカン−１−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ａ０Ａ１Ｄ５ＲＩＸ８
配列番号１０１
ＭＧＡＴＡＹＩＰＮＳＮＳＬＳＡＬＬＲＧＬＥＬＰＨＱＴＥＬＬＲＶＲＡＬＰＴＬＬＣＰＣＡＬＣＲＡＰＧＣＶＱＩＶＡＴＮＬＰＰＥＤＱＤＧＳＧＤＤＳＤＮＦＳＧＳＧＡＧＡＬＱＤＩＴＬＳＱＱＴＰＳＴＷＫＤＴＷＬＬＴＡＴＰＭＳＰＥＰＴＧＬＥＡＴＡＡＳＴＳＴＬＰＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＬＥＶＥＰＤＬＴＡＲＥＱＥＡＴＰＱＰＴＥＴＴＱＬＰＴＴＨＱＡＰＴＡＲＡＴＴＡＱＥＰＡＴＳＨＰＨＲＤＭＱＰＧＨＨＥＴＳＡＰＡＧＰＧＱＡＤＬＨＴＰＲＴＥＤＧＧＰＳＡＴＥＲＡＡＥＤＧＡＳＳＱＬＰＡＡＥＧＳＧＥＱＤＦＴＦＥＴＳＧＥＮＴＡＩＶＡＶＥＰＤＨＲＮＱＳＰＶＤＰＧＡＴＧＡＳＱＧＬＬＤＲＫＥＶＬＧＧＩＩＡＧＧＬＶＧＬＩＦＡＶＣＬＶＧＦＭＬＹＲＭＫＫＫＤＥＧＳＹＳＬＥＥＰＫＱＡＮＧＧＡＹＱＫＰＴＫＱＥＥＦＹＡ
【０１７５】
カニス・ループス・ファミリアリス（Canis lupus familiaris）（イヌ）（カニス・ファミリアリス（Canis familiaris））シンデカン−１−ＵｎｉＰｒｏｔＫＢ−Ｅ２ＲＴ７０
配列番号１０２
ＭＲＲＡＡＬＷＬＷＬＣＡＬＡＬＲＬＱＰＡＬＰＱＩＶＡＴＮＶＰＰＥＤＱＤＧＳＧＤＤＳＤＮＦＳＧＳＧＡＧＡＬＱＤＩＴＬＳＱＱＴＰＳＴＷＫＤＭＡＬＬＴＡＭＰＴＡＱＥＰＴＧＡＤＤＩＤＳＳＴＳＩＬＬＴＲＥＧＰＥＧＧＥＡＶＬＶＡＥＡＥＰＧＦＴＤＲＥＫＥＴＡＨＰＰＳＥＴＴＰＨＰＴＴＨＲＡＳＴＡＲＡＴＴＡＱＧＰＡＴＬＨＰＨＲＤＡＱＰＤＨＨＱＩＳＶＬＡＥＰＳＱＬＤＰＨＴＰＲＶＥＤＧＧＰＳＡＴＥＲＡＡＥＤＧＶＳＴＱＬＰＡＧＥＧＳＧＥＱＤＦＴＦＤＶＳＧＥＮＴＡＧＴＡＶＥＰＤＱＲＮＱＰＰＶＤＲＧＡＴＧＡＳＱＧＬＬＤＲＫＥＶＬＧＧＶＩＡＧＧＬＶＧＬＩＦＡＶＣＬＶＧＦＭＬＹＲＭＫＫＫＤＥＧＳＹＳＬＥＥＰＫＱＡＮＧＧＡＹＱＫＰＳＫＱＥＥＦＹＡ
【０１７６】
マカカ・ファシクラリス（Macaca fascicularis）（カニクイザル）シンデカン−１
配列番号１０３
ＭＲＲＡＡＬＷＬＷＬＣＡＬＡＬＳＬＱＰＡＭＰＱＩＶＡＴＮＬＰＰＥＤＱＤＧＳＧＤＤＳＤＮＦＳＧＳＧＡＧＡＬＱＤＩＴＬＳＱＱＴＰＳＴＷＫＤＴＷＬＶＲＡＴＰＭＳＰＥＰＴＧＬＥＡＴＡＡＳＴＳＴＩＱＡＧＥＧＰＫＥＧＥＡＶＶＬＬＥＶＥＰＤＬＴＡＲＥＱＥＡＴＰＱＰＴＥＴＴＱＬＰＴＴＨＱＡＰＴＡＲＡＴＴＡＱＥＰＡＴＳＨＰＨＲＤＭＱＰＧＨＨＥＴＳＡＰＡＧＰＧＱＡＤＬＨＴＰＲＴＥＤＧＧＰＳＡＴＥＲＡＡＥＤＧＡＳＳＱＬＰＡＡＥＧＳＧＥＱＤＦＴＦＥＴＳＧＥＮＴＡＩＶＡＶＥＰＤＨＲＮＱＳＰＶＤＰＧＡＴＧＡＳＱＧＬＬＤＲＫＥＶＬＧＧＩＩＡＧＧＬＶＧＬＩＦＡＶＣＬＶＧＦＭＬＹＲＭＫＫＫＤＥＧＳＹＳＬＥＥＰＫＱＡＮＧＧＡＹＱＫＰＴＫＱＥＥＦＹＡ
【実施例５】
【０１７７】
ある実施形態
Ａ１．シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤であって、それぞれが表１、表２および表３から選択される軽鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３を含む、結合剤。
Ａ２．シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤であって、それぞれが表６、表７および表８から選択される重鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
Ａ３．シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤であって、（ｉ）それぞれが表４または表５から選択される軽鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２およびＣＤＲ−Ｌ３ならびに（ｉｉ）それぞれが表９または表１０から選択される重鎖可変領域から独立に選択されるＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２およびＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
Ａ４．シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤であって、表１、表２および表３のＣＤＲから選択される軽鎖可変領域の３つのＣＤＲ、ならびに表６、表７および表８のＣＤＲから選択される重鎖可変領域の３つのＣＤＲを含む、結合剤。
Ａ５．シンデカン−１またはその一部に特異的に結合する結合剤であって、表１から選択されるＣＤＲ−Ｌ１、表２から選択されるＣＤＲ−Ｌ２、表３から選択されるＣＤＲ−Ｌ３、表６から選択されるＣＤＲ−Ｈ１、表７から選択されるＣＤＲ−Ｈ２、表８から選択されるＣＤＲ−Ｈ３を含む、結合剤。
Ａ６．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号２７または２８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１６、１７、または１８のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２または３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号６８または６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号５６または５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４６または４７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ７．Ａ６の結合剤であって、配列番号２７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号６９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号５７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ８．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号２９または３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号１９、２０、または２１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号４または５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号７０または７１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号５８、５９または６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号４８または４９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ９．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号３１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号６または７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号７２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号５８、５９、または６０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ１０．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号３２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号８または９のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号７３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号６１または６２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ１１．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号２９または３０のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号１０または１１のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号７４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号５８、６０または６３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５２のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ１２．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号３３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号１２または１３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号７５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号６４または６５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５３のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ１３．実施形態Ａ３〜Ａ５のいずれか一項の結合剤であって、配列番号３４のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ３、配列番号２６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ２、配列番号１４または１５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｌ１、配列番号７６のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ３、配列番号６６または６７のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ２、および配列番号５４または５５のアミノ酸配列を含むＣＤＲ−Ｈ１を含む、結合剤。
Ａ１４．実施形態Ａ６またはＡ７の結合剤であって、配列番号８４〜８８から選択されるアミノ酸配列と少なくとも８０％または少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域および配列番号４２〜４５から選択されるアミノ酸配列と少なくとも８０％または少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、結合剤。
Ａ１５．実施形態Ａ１４の結合剤であって、配列番号８４〜８８から選択されるアミノ酸配列を含む重鎖可変領域および配列番号４２〜４５から選択されるアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、結合剤。
Ａ１６．実施形態Ａ１４の結合剤であって、配列番号８５のアミノ酸配列と少なくとも８０％または少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列を含む重鎖可変領域および配列番号４２のアミノ酸配列と少なくとも８０％または少なくとも９０％の相同性を有するアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、結合剤。
Ａ１７．実施形態Ａ１６の結合剤であって、配列番号８５のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域および配列番号４２のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む、結合剤。
Ａ１８．実施形態Ａ１〜Ａ１７のいずれか一項の結合剤であって、モノクローナル抗体である、結合剤。
Ａ１９．実施形態Ａ１〜Ａ１８のいずれか一項の結合剤であって、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＡ、またはＩｇＭの定常領域を含む結合剤。
Ａ２０．実施形態Ａ１〜Ａ１９のいずれか一項の結合剤であって、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、またはＩｇＧ４の定常領域を含む結合剤。
Ａ２１．実施形態Ａ１〜Ａ２０のいずれか一項の結合剤であって、ヒト化、キメラ化、またはＣＤＲグラフトされた結合剤。
Ａ２２．実施形態Ａ１〜Ａ２１のいずれか一項の結合剤であって、ヒト化された結合剤。
Ａ２３．実施形態Ａ１〜Ａ２２のいずれか一項の結合剤および
薬学的に許容される賦形剤、希釈剤、添加剤またはキャリア
を含む医薬組成物。
【０１７８】
本明細書に引用したそれぞれの特許、特許出願、公開または他のいずれかの参照もしくは文献の全体が参照により本明細書に組み込まれる。矛盾が生じた場合には、定義を含む明細書が優先する。
【０１７９】
いずれの特許、特許出願、公開または他のいずれかの文献の引用はこれらのいずれも妥当な先行技術であると承認するものではなく、これらの出版物または文献の内容または日付に関するいかなる承認を構成するものでもない。
【０１８０】
他に定義しない限り、本明細書で用いた全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術における当業者によって共通に理解される同じ意味を有する。本発明の実施または試験において本明細書に記載したものと同様または等価の方法および材料を用いることができるが、本明細書には好適な方法および材料を記載している。
【０１８１】
本明細書に開示した特徴の全ては任意の組合せで組み合わせることができる。本明細書に開示したそれぞれの特徴は、同一、等価または同様の目的を果たす代替の特徴に置き換えてもよい。したがって、他に明示的に述べない限り、開示した特徴（たとえば抗体）は等価または同様の特徴の属の例である。
【０１８２】
本明細書で用いる場合、全ての数値または数値範囲は、文脈から明らかに他が指示されない限り、その範囲内の整数および値の分数または範囲内の整数を含む。さらに、本明細書に値のリストが記載されている場合には（たとえば約５０％、６０％、７０％、８０％、８５％または８６％）、リストには全ての中間値およびその分数値が含まれる（たとえば５４％、８５．４％）。したがって、説明すると８０％またはそれ以上の相同性への言及は、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％等、ならびに８１．１％、８１．２％、８１．３％、８１．４％、８１．５％等、８２．１％、８２．２％、８２．３％、８２．４％、８２．５％等、等々を含む。
【０１８３】
超（より大）または未満を伴う整数への言及は、それぞれ参照する数より大きいまたは小さい任意の数を含む。したがって、たとえば１００未満への言及は９９、９８、９７等、数字１までの全てを含み、１０未満への言及は９、８、７等、数字１までの全てを含む。
【０１８４】
本明細書で用いる場合、全ての数値または範囲は、文脈から明らかに他が指示されない限り、その範囲内の値および整数の分数ならびにその範囲内の整数の分数を含む。したがって、説明すると１〜１０等の数値範囲への言及は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０ならびに１．１、１．２、１．３、１．４、１．５等、等々を含む。したがって１〜５０の範囲への言及は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０等、５０を含み５０まで、ならびに１．１、１．２、１．３、１．４、１．５等、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５等、等々を含む。
【０１８５】
連続した範囲への言及は、その連続の中の異なった範囲の境界値を組み合わせた範囲を含む。したがって、説明するとたとえば１〜１０、１０〜２０、２０〜３０、３０〜４０、４０〜５０、５０〜６０、６０〜７５、７５〜１００、１００〜１５０、１５０〜２００、２００〜２５０、２５０〜３００、３００〜４００、４００〜５００、５００〜７５０、７５０〜１，０００、１，０００〜１，５００、１，５００〜２，０００、２，０００〜２，５００、２，５００〜３，０００、３，０００〜３，５００、３，５００〜４，０００、４，０００〜４，５００、４，５００〜５，０００、５，５００〜６，０００、６，０００〜７，０００、７，０００〜８，０００、または８，０００〜９，０００の連続した範囲への言及は、１０〜５０、５０〜１００、１００〜１，０００、１，０００〜３，０００、２，０００〜４，０００等の範囲を含む。
【０１８６】
本技術の基本的態様から逸脱することなく、上記に対して改変を行なうことができる。１つまたは複数の具体的な実施形態を参照して技術を実質的に詳細に説明したが、当業者であれば本出願に具体的に開示した実施形態に変更を加えることが可能であることが認識されよう。しかしこれらの改変および改善は本技術の範囲および精神に含まれる。
【０１８７】
本発明は、多数の実施形態および態様を説明するため肯定的な言語を用いて本明細書で一般に開示している。本発明はまた、物質もしくは材料、方法および条件、プロトコルもしくは手順等の特定の主題を全てもしくは部分的に除外した実施形態を特に含む。たとえば、本発明のある実施形態または態様において、材料および／または方法ステップを除外している。したがって、本発明が何を含まないかに関して本発明が本明細書中で一般的に表明していないとしても、それにも関わらず、本発明において明示的に除外されていない態様は、本明細書に開示されている。
【０１８８】
本明細書に説明的に記述した技術は、本明細書に具体的に開示されていないいかなる要素なしでも好適に実施することができる。したがって、たとえば本明細書のそれぞれの場合における「含む」、「実質的に〜からなる」、および「〜からなる」という用語のいずれも、他の２つの用語のいずれかで置き換えることができる。用いた用語および表現は説明の用語として用いており、限定の用語ではない。そのような用語および表現の使用は開示し記述した特徴またはその部分のいかなる等価物をも除外するものではなく、特許を請求する技術の範囲内で種々の改変が可能である。「ａ」または「ａｎ」という用語は、要素の１つまたは要素の２つ以上が記載されていることが文脈上明白でない限り、それが修飾する要素の１つまたは複数を意味することができる（たとえば「試薬」は１つまたは複数の試薬を意味することができる）。本明細書で用いる用語「約」は、基本となるパラメーターの１０％以内（即ちプラスマイナス１０％）の値を意味し、数値列の最初における用語「約」の使用は、数値のそれぞれを修飾する（即ち「約１、２および３」は約１、約２および約３を意味する）。たとえば、「約１００グラム」の重量は、９０グラム〜１１０グラムの重量を含み得る。本明細書で用いる用語「実質的に」は、「少なくとも９５％」、「少なくとも９６％」、「少なくとも９７％」、「少なくとも９８％」、または「少なくとも９９％」を意味する値の修飾語を意味し、１００％を含み得る。たとえば、実質的にＸを含まない組成物は、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、または１％未満のＸを含んでよく、および／またはＸは組成物中に存在せずもしくは検出不能であってもよい。
【０１８９】
したがって、代表的な実施形態および任意選択の特徴によって本技術を具体的に開示したが、本明細書に開示した概念の改変および変更を当業者が行なうことは可能であり、そのような改変および変更は本技術の範囲内であると考えられることを理解されたい。
【図１】
2020517725.tif 000026
【図２】
2020517725.tif 000027
【図３】
2020517725.tif 000028
【図４Ａ】
2020517725.tif 000029
【図４Ｂ】
2020517725.tif 000030
【図５Ａ】
2020517725.tif 000031
【図５Ｂ】
2020517725.tif 000032
【図６】
2020517725.tif 000033
【図７Ａ】
2020517725.tif 000034
【図７Ｂ】
2020517725.tif 000035
【図８】
2020517725.tif 000036
【配列表】
2020517725000001.app
【国際調査報告】
2020517725.tif 000037