(57)【要約】  治療の前後にがん患者から得られた生体サンプルにおいて前記治療に対する応答における該がん患者により産生された因子／バイオマーカーのレベル変化を決定することにより、がん治療による治療に対する該がん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する方法およびキットを提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
がん治療による治療に対するがん患者の応答の予測方法であって、前記方法は：前記がん治療による治療セッション後に期間において前記がん患者から得られた生体サンプルにおいて、前記がん治療に対する応答における、がん患者により産生された複数の因子（以下「因子」または「バイオマーカー」）の各々のレベルを決定することを含み、前記複数の因子の１つ以上は前記がん治療による治療に対する前記患者の応答性または非応答性を促進し、前記複数の因子の２つ以上の各々レベル変化は参照レベルと比較して前記がん治療による治療に対する前記がん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する、方法。
【請求項２】
前記生体サンプルは血漿である、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記生体サンプルは全血、血清または末梢血単核細胞である、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記治療セッションは複数の治療セッションの１つであり、前記生体サンプル、好ましくは血漿を前記複数の治療セッションの１つの後に約２４時間以上において前記がん患者から得る、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
前記生体サンプル、好ましくは血漿を前記複数の治療セッションの１つの後に１週間以下を含む約３０、３６、４０、４８、５０、６０、７２時間以上において前記がん患者から得る、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記各因子の参照レベルは、前記同じがん患者から事前に得られた生体サンプル、好ましくは血漿、以後「参照／ベースライン生体サンプル」、において決定された前記同じ因子の濃度のベースラインレベルである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記複数の治療セッションの１つは前記がん治療を含む第一治療セッションである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記参照／ベースライン生体サンプルを、前記がん治療による前記第一治療セッション前の時点において前記がん患者から得る、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記時点は、前記第一治療セッション前、約６０、５０、４８、４０、３６、３０、または２４時間を含む約７２時間以下である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記複数の治療セッションの１つは前記がん治療による前記第一治療セッションではなく、このセッションのための前記参照／ベースライン生体サンプルは前記第一セッションでない前記セッションを先行した治療セッション後の時点における前記がん患者から得られた同じ生体サンプルである、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記時点は、前記第一治療セッションでない前記セッションに先行した前記治療セッション後約３０、３６、４０、４８、５０、６０、７２時間以上を含む２４時間以上、１週間以下である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
前記がん治療による治療後の前記がん患者の前記生体サンプル、好ましくは血漿中に循環している前記因子／バイオマーカーは、サイトカイン、ケモカイン、成長因子、酵素または可溶性受容体などの分子因子を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記因子は、腫瘍誘発性または転移誘発性因子であり、前記腫瘍誘発性因子は血管新生
誘発性、炎症誘発性／走化性または増殖性成長因子であってよい、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記参照／ベースラインレベルと比較した、前記がん治療による治療後の前記がん患者から得られた前記生体サンプルにおいて同定された前記因子／バイオマーカーの１つ以上のレベル変化は各々の因子についての倍率変化により規定される、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記因子の前記レベル変化は、前記がん治療による治療に対する応答における前記がん患者により産生された前記因子の１つ以上の各々のレベルの少なくとも１．５倍の増加（上方制御）または少なくとも０．５倍の減少（下方制御）である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記因子の上方制御を示す≧１．５の倍率変化または前記因子の下方制御を示す≦０．５の倍率変化を有意とみなし、前記がん治療による治療に対する前記がん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記がん治療による治療に対する前記がん患者の好ましいまたは好ましくない応答の前記予測は、前記循環因子の１つ以上、必要に応じて２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、または１５以上の有意な倍率変化に基づく、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記腫瘍誘発性因子／バイオマーカーの１つ以上のレベルにおいて少なくとも約１．５倍の増加（上方制御）があり、前記予測は前記治療に対する前記がん患者の好ましくない応答のものである、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記腫瘍誘発性因子／バイオマーカーの１つ以上のレベルにおいて少なくとも約０．５倍の減少（下方制御）があり、前記予測は前記治療に対する前記がん患者の好ましい応答のものである、請求項１５〜１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記がん治療モダリティは、化学療法、放射線療法、外科手術、標的療法、温熱療法およびこれらの組合せを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記がん治療モダリティは、単独療法としてまたは外科手術、放射線療法もしくは標的療法などの別のがん治療と組み合わせた化学療法である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２２】
前記化学療法は、パクリタキセル、５−フルオロウラシル、ドキソルビシン、ゲムシタビンおよびシクロホスファミドなどの１つの化学療法薬によるものである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
（ｉ）ドキソルビシン、ペグ化リポソームドキソルビシン、およびエピルビシンなどのアントラサイクリン系薬剤；（ｉｉ）パクリタキセル、アルブミン結合パクリタキセルおよびドセタキセルなどのタキサン系薬剤；（ｉｉｉ）５−フルオロウラシル；（ｉｖ）シクロホスファミド；（ｖ）シスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチンなどのプラチナ製剤；（ｖｉ）ビノレルビン；（ｖｉｉ）カペシタビン；（ｖｉｉｉ）ゲムシタビン；（ｉｘ）イクサベピロン；ならびに（ｘ）エリブリンから選択される２つまたは３つの薬物の組み合わせにより化学療法を行う、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
前記がん治療モダリティは、単独または外科手術または化学療法との組み合わせでの放射線療法である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２５】
前記がん治療モダリティは、治癒的治療として単独での外科手術または外科手術前もしくは外科手術後の放射線療法もしくは化学療法との組み合わせでの一次療法としての前記外科手術である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２６】
前記がん治療モダリティは、標的がん治療である、請求項２０に記載の方法。
【請求項２７】
前記標的療法は、容易に細胞内に入り、がん細胞内またはがん細胞の増殖、進行および転移に関係する腫瘍環境内に見られる標的に到達する小分子薬物による、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記小分子は：（ｉ）ボルテゾミブ、カルフィルゾミブおよびイキサゾミブを含むプロテアソーム阻害薬；（ｉｉ）ダサチニブ、エルロチニブ、ゲフィチニブ、メシル酸イマチニブ、ラパチニブ、ニロチニブ、パゾパニブ、およびスニチニブを含むチロシンキナーゼ阻害薬（ＴＫＩ）；ならびに（ｉｉｉ）ダブラフェニブ、エベロリムス、テムシロリムス、トラメチニブ、およびベムラフェニブを含むセリン／トレオニンキナーゼ（ＳＴＫ）阻害薬を含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
前記標的療法は、がん細胞表面上の標的抗原と結合するモノクローナル抗体（ｍＡｂ）による免疫療法であり、免疫系を活性化してがん細胞を攻撃し、前記ｍＡｂは：アレムツズマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、ダラツムマブ、オララツマブ、パニツムマブおよびトラスツズマブを含む、請求項２６に記載の方法。
【請求項３０】
前記標的療法は、化学療法薬と結合または小放射性粒子で標識されたモノクローナル抗体によるものであり、前記化学療法薬小放射性粒子を前記細胞に直接送達すると同時に前記ｍＡｂはホーミング剤の役割を果たす、請求項２６に記載の方法。
【請求項３１】
前記標的療法は抗血管新生療法であり、前記抗血管新生薬は、ベバシズマブおよびパニツムマブなどの、ＶＥＧＦを標的とするモノクローナル抗体、またはＶＥＧＦ受容体を標的とするスニチニブなどのチロシンキナーゼ阻害薬である、請求項２６に記載の方法。
【請求項３２】
前記がん治療に対する応答における前記がん患者により産生された前記因子は：（ｉ）血管新生誘発性因子アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；アンジオポエチン−２；ｂＮＧＦ；カテプシンＳ；ガレクチン−７；ＧＣＰ−２；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＭ−ＣＳＦ；ＰＡＩ−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＰＤＧＦ−ＡＢから選択されるＰＤＧＦ；ＰｌＧＦ；ＰｌＧＦ−２；ＳＤＦ−１；Ｔｉｅ２；ＶＥＧＦ  Ａ、ＶＥＧＦ  ＣおよびＶＥＧＦ  Ｄから選択されるＶＥＧＦ；ならびにＶＥＧＦ受容体ＶＥＧＦ  Ｒ１、ＶＥＧＦ  Ｒ２、ＶＥＧＦ  Ｒ３；（ｉｉ）炎症誘発性および／または走化性因子６Ｃｋｉｎｅ；アンジオポエチン−１；アンジオポエチン−２；ＢＬＣ；ＢＲＡＫ；ＣＤ１８６；ＥＮＡ−７８；エオタキシン−１；エオタキシン−２；エオタキシン−３；ＥｐＣＡＭ；ＧＤＦ−１５；ＧＭ−ＣＳＦ；ＧＲＯ；ＨＣＣ−４；  Ｉ−３０９；ＩＦＮ−γ；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−２；ＩＬ−２Ｒ；ＩＬ−３；ＩＬ−３Ｒα；ＩＬ−５；ＩＬ−６；ＩＬ−６Ｒ；ＩＬ−７；ＩＬ−８；ＩＬ−８  ＲＢ；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３；ＩＬ−１３  Ｒ１；ＩＬ−１３Ｒ２；ＩＬ−１５；ＩＬ−１５Ｒα；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｃ；ＩＬ−１７Ｅ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１７Ｒ；ＩＬ−１８；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−１８  Ｒα；ＩＬ−２０；ＩＬ−２３；ＩＬ−２７；ＩＬ−２８；ＩＬ−３１；ＩＬ−３３；ＩＰ−１０；Ｉ−ＴＡＣ；ＬＩＦ；ＬＩＸ；ＬＲＰ６；ＭａｄＣＡＭ−１；ＭＣＰ−１；ＭＣＰ−２；ＭＣＰ−３；ＭＣＰ−４；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＦ；ＭＩＧ；ＭＩＰ−１  γ；ＭＩＰ−１α；ＭＩＰ−１β；ＭＩＰ−１δ；ＭＩＰ−３α；ＭＩＰ−３β；ＭＰＩＦ
−１；ＰＡＲＣ；ＰＦ４；ＲＡＮＴＥＳ；レジスチン；ＳＣＦ；ＳＣＹＢ１６；ＴＡＣＩ；ＴＡＲＣ；ＴＳＬＰ；ＴＮＦ−α；ＴＮＦ  Ｒ１；ＴＲＡＩＬ−Ｒ４；ＴＲＥＭ−１；（ｉｉ）増殖因子アクチビンＡ；アンフィレグリン；Ａｘｌ；ＢＤＮＦ；ＢＭＰ４；カテプシンＳ；ＥＧＦ；ＦＧＦ−１；ＦＧＦ−２；ＦＧＦ−７；ＦＧＦ−２１；フォリスタチン；ガレクチン−７；Ｇａｓ６；ＧＤＦ−１５；ＨＢ−ＥＧＦ；ＨＧＦ；ＩＧＦＢＰ−１；ＩＧＦＢＰ−３；ＬＡＰ；ＮＧＦ  Ｒ；ＮｒＣＡＭ；ＮＴ−３；ＮＴ−４；ＰＡＩ−１；ＴＧＦ−α；ＴＧＦ−β；ＴＧＦ−β３；ＴＲＡＩＬ−Ｒ４；ならびに（ｉｖ）転移誘発性因子ＡＤＡＭＴＳ１；カテプシンＳ；ＦＧＦ−２；フォリスタチン；ガレクチン−７；ＧＣＰ−２；ＧＤＦ−１５；ＩＧＦＢＰ−６；ＬＩＦ；ＭＭＰ−９；ｐｒｏ−ＭＭＰ９；ＲＡＮＫおよびその受容体ＲＡＮＫＬ；ＲＡＮＴＥＳ；ＳＤＦ−１およびその受容体ＣＸＣＲ４を含む腫瘍誘発性因子または転移誘発性因子である、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記がん治療モダリティは化学療法であり、化学療法に対する宿主応答を示す前記循環因子は：６Ｃｋｉｎｅ；アクチビンＡ；アンフィレグリン；アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；Ａｘｌ；ＢＤＮＦ；ＢＬＣ；ＢＭＰ４；ｂＮＧＦ；カテプシンＳ；ＥＧＦ；ＥＮＡ−７８；エオタキシン；エオタキシン−２；エオタキシン−３；ＥｐＣＡＭ；Ｆｃｒ  ＲＩＩＢ／Ｃ；ＦＧＦ−２；ＦＧＦ−７；フォリスタチン；ガレクチン−７；ＧＣＰ−２；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＤＦ−１５；ＧＨ；ＨＢ−ＥＧＦ；ＨＣＣ−４；Ｉ−３０９；ＩＧＦＢＰ−１；ＩＧＦＢＰ−６；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１ｒａ；ＩＬ−２；ＩＬ−２  Ｒｂ；ＩＬ−８；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３
Ｒ１；ＩＬ−１３  Ｒ２；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｂ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−２３；ＩＬ−２８Ａ；ＩＰ−１０；Ｉ−ＴＡＣ；ＬＡＰ；ＬＩＦ；リンホタクチン；ＭＣＰ−１；ＭＣＰ−２；ＭＣＰ−３；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＤＣ；ＭＩＦ；ＭＩＧ；ＭＩＰ−１α；ＭＩＰ−１δ；ＭＩＰ−３α；ＭＩＰ−３β；ＭＰＩＦ−１；ＮＧＦ  Ｒ；ＮｒＣＡＭ；ＮＴ−３；ＮＴ−４；ＰＡＩ−１；ＰＡＲＣ；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＡＢ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰＦ４；ＰｌＧＦ；ＰｌＧＦ−２；ＲＡＮＴＥＳ；レジスチン；ＳＣＦ；ＳＤＦ−１α；ＳＴ２；ＴＡＲＣ；ＴＥＣＫ；ＴＧＦα；ＴＧＦβ；ＴＧＦβ３；Ｔｉｅ−２；ＴＮＦα；ＴＮＦ  Ｒ１；ＴＲＡＩＬ−Ｒ４；ＴＲＥＭ−１；ＴＬＳＰ；  ＶＥＧＦ；ＶＥＧＦ−Ｄ；ＶＥＧＦ  Ｒ１；ＶＥＧＦ  Ｒ２；ＶＥＧＦ  Ｒ３を含む、請求項２０に記載の方法。
【請求項３４】
アドリアマイシン／シクロホスファミド（ＡＣ）またはフォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）による化学療法に対する宿主応答を示す上方制御された循環因子は：（ｉ）血管新生誘発性因子アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；Ｇ−ＣＳＦ；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＡＢ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰｌＧＦ；ＳＣＦ；Ｔｉｅ−２；ＶＥＧＦ  Ａ；およびＶＥＧＦ  Ｄ；（ｉｉ）炎症誘発性および／または走化性因子ＢＬＣ；ＥＮＡ−７８；エオタキシン−３；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＤＦ−１５；Ｉ−３０９；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１ｒａ；ＩＬ−２；ＩＬ−８；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３Ｒ１；ＩＬ−１３Ｒ２；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｂ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−２３；ＩＬ−２８Ａ；ＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）；ＭＣＰ−３；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＦ；ＭＩＧ；ＭＩＰ−１δ；ＭＩＰ−３α；ＭＩＰ−３β；ＲＡＮＴＥＳ；ＳＣＦ；ＳＴ２；ＴＡＲＣ；ならびに（ｉｉｉ）増殖性成長因子ＢＤＮＦ；ＥＧＦ；ＦＧＦ−７；ＩＧＦＢＰ−１；ＮｒＣＡＭ；ＮＴ−３；ＮＴ−４；ＴＧＦ−α；およびＴＧＦβを含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３５】
パクリタキセルまたはフォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）による化学療法に対する宿主応答を示す上方制御された前記循環因子は：（ｉ）血管新生誘発性因子ＳＤＦ−１およびＶＥＧＦ−Ｃ；（ｉｉ）炎症誘発性および／または走化性因子ＣＸＣＬ１４（ＢＲＡＫ）；ＣＸＣＬ１６；ＣＸＣＲ２（ＩＬ−８  ＲＢ）；ＣＸＣＲ６；ＧＭ−ＣＳＦ；ＩＬ−１α；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−３Ｒα；ＩＬ−７
Ｒα；ＩＬ−９Ｒ；ＩＬ−１０；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１５；ＩＬ−１５Ｒα；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｒ；ＩＬ−１８Ｒα；ＩＬ−２０；ＩＬ−２７；ＩＬ−２８；ＩＬ−３１；ＬＩＦ；ＬＩＸ；ＬＲＰ−６；ＭａｄＣＡＭ−１；ＭＣＰ−１；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＰ−１γ；ＭＩＰ−２；ＴＡＣＩ；およびＴＡＲＣ；（ｉｉｉ）増殖性成長因子ＩＧＦＢＰ−１；ＴＧＦ−β１；およびＴＧＦ−β２；ならびに転移誘発性因子ＭＭＰ−９を含む、請求項３３に記載の方法。
【請求項３６】
前記標的療法はプロテアソーム阻害薬ボルテゾミブによるものであり、ボルテゾミブによる治療に対する宿主応答を示す上方制御された前記循環因子は：（ｉ）血管新生誘発性因子ＰＩＧＦ−２およびＶＥＧＦ−Ｄ；（ｉｉ）炎症誘発性および／または走化性因子ＣＣＬ２８；ＩＬ−１α；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−３；ＩＬ−５；ＩＬ−６；ＩＬ−６Ｒ；ＩＬ−１０；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３；ＩＬ−１７Ｃ；ＩＬ−１７Ｅ；ＩＬ−３１；ＭＣＰ−１；Ｍ−ＣＳＦ；およびＭＩＰ−３β；ならびに（ｉｉｉ）増殖性成長因子ＩＧＦＢＰ−１；ＩＧＦＢＰ−３；およびＴＧＦ−β３を含む、請求項２６〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記がん治療は放射線療法であり、放射線療法に対する宿主応答を示す上方制御された前記循環因子は：（ｉ）血管新生誘発性アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰＬＧＦ−２；ＳＤＦ−１；（ｉｉ）炎症誘発性および／または走化性因子ＩＬ−１０；ＭＣＰ−１：ならびに（ｉｉｉ）増殖性成長因子ＥＧＦ；ＦＧＦ−１を含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項３８】
前記がん治療は外科手術であり、外科手術に対する宿主応答を示す上方制御された前記循環因子は：（ｉ）血管新生誘発性因子アンジオポエチン−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；およびＰＬＧＦ−２ならびに（ｉｉ）炎症誘発性および／または走化性因子ＭＣＰ−１を含む、請求項２５に記載の方法。
【請求項３９】
複数の抗体、および使用説明書を含むキットであって、前記複数の抗体の各々の抗体は、がん治療による治療に対するがん患者の応答性または非応答性を促進する複数の因子の各々と選択的に結合する、キット。
【請求項４０】
前記キットはサンドイッチまたは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である、請求項３９に記載のキット。
【請求項４１】
前記キットは複数のヒトモノクローナル抗体を含み、前記抗体の各々は血管新生誘発性、炎症誘発性／走化性、増殖性および／または転移誘発性活性を有する腫瘍誘発性因子と特異的に結合し、これらの腫瘍誘発性および転移誘発性因子の少なくともいくつかは、前記がん治療による治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する、請求項１に記載の方法により事前に同定された因子である、請求項３９または４０に記載のキット。
【請求項４２】
前記がん治療は化学療法であり、前記モノクローナル抗体は各々、請求項３３に記載された因子から選択される因子と特異的に結合する、請求項４１に記載のキット。
【請求項４３】
前記モノクローナル抗体は各々、請求項３４または３５に記載された因子から選択される因子と特異的に結合する、請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】
前記がん治療はプロテアソーム阻害薬による標的がん治療であり、前記モノクローナル抗体は各々、請求項３６に記載された因子から選択される因子と特異的に結合する、請求項４１に記載のキット。
【請求項４５】
前記がん治療は放射線療法であり、前記モノクローナル抗体は各々、請求項３７に記載された因子から選択される因子と特異的に結合する、請求項４１に記載のキット。
【請求項４６】
前記がん治療は外科手術であり、前記モノクローナル抗体は各々、請求項３８に記載された因子から選択される因子と特異的に結合する、請求項４１に記載のキット。
【請求項４７】
請求項１〜３８に記載の方法において使用するための、請求項３９〜４６のいずれか一項に記載のキット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、腫瘍学の分野であり、詳細には、がん治療による治療に対するがん患者の個別化応答の予測方法、およびそのキットに関する。
【背景技術】
【０００２】
臨床腫瘍学における主要な障害の１つは、治療に対する初期腫瘍応答が観察される場合でさえ、腫瘍はしばしば治療に対して耐性を生じることである。多くの研究は、薬物耐性を促進する腫瘍細胞における変異および遺伝子異常の寄与に重点的に取り組み、腫瘍再増殖を説明することができる。しかしながら、研究結果は、がん治療に応じて宿主は次々に腫瘍再増殖の一因となる腫瘍誘発性および転移誘発性効果を生じ、したがって、薬物の抗腫瘍作用を無効にすることを示した（概要については、Ｋａｔｚ  ａｎｄ  Ｓｈａｋｅｄ，２０１５；Ｓｈａｋｅｄ，２０１６参照）。
【０００３】
抗がん治療モダリティに対する宿主媒介応答は、分子および／または細胞応答であり得る。化学療法薬を用いた治療時、宿主骨髄由来細胞（ＢＭＤＣ）は骨髄コンパートメントから集められ、治療された腫瘍をコロニー形成し、腫瘍血管新生およびがん再増殖に寄与し、それにより治療耐性を促進する（Ｓｈａｋｅｄ  ｅｔ  ａｌ．，２００６，２００８）。がん治療は、マクロファージおよび抗原提示細胞などの様々な免疫細胞の腫瘍誘発性活性化も誘発する（Ｂｅｙａｒ−Ｋａｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｄｅ  Ｐａｌｍａ
ａｎｄ  Ｌｅｗｉｓ，２０１３；Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．２０１２；Ｍａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。全体的に見て、これら前述の研究は、異なる抗がん治療に対する宿主媒介分子および細胞応答は、免疫細胞の活性化または教育ならびに様々な腫瘍誘発性因子の分泌を含むことを示している。これらの複合効果は、腫瘍再増殖および治療耐性の一因となる。この比較的新しい現象は、がん進行および治療耐性の理解においてパラダイムシフトをもたらした。
【０００４】
近年、新規治療モダリティ、免疫チェックポイント阻害薬（ＩＣＩ）を用いた免疫療法はがん治療に革命をもたらしている。このような免疫調節薬は、メラノーマ、前立腺がん、非小細胞肺がん、腎細胞がん、さらにいくつかの血液悪性腫瘍などの進行性悪性腫瘍（ステージＩＶを含む）の治療に関して注目すべき成功を示した（Ｐｏｓｔｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。ヒト免疫系は、がん性細胞を認識し、がん性細胞に対する応答を開始することができるが、この応答は免疫寛容をもたらす腫瘍由来の阻害によってしばしば無効にされる。これに関して、腫瘍抗原特異的ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）およびナチュラルキラー（ＮＫ）細胞などの腫瘍浸潤リンパ球（ＴＩＬ）は、腫瘍内微小環境をコロニー形成することが分かった（Ｇａｊｅｗｓｋｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）。さらに、腫瘍部位において、これらは、腫瘍細胞に対して作用する能力を完全に欠いている（Ｏｓｔｒａｎｄ−Ｒｏｓｅｎｂｅｒｇ  ａｎｄ  Ｓｉｎｈａ，２００９）。これは、がん細胞、間質細胞または骨髄由来抑制細胞（ＭＤＳＣ）および制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）などの他の抑制免疫細胞によって分泌された因子の直接阻害効果のせいである（Ｍａｋｋｏｕｋ  ａｎｄ  Ｗｅｉｎｅｒ，２０１５）。例えば、ＩＬ−１０は様々な種類のがんにおいて頻繁に上方制御され、免疫系を抑制することが分かった（Ｓａｔｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。したがって、腫瘍細胞に対する免疫系を負に調節する分子の同定は、腫瘍に対する免疫細胞の活性化を支援する免疫調節薬物の開発をもたらすだろう。
【０００５】
ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１およびそのリガンドＰＤ−Ｌ１などの免疫チェックポイントタンパク質は特に興味深い。これらのチェックポイントタンパク質は、腫瘍細胞または他の免疫細胞によって発現され、ＣＴＬ消耗の一因となる（Ｐｏｓｔｏｗ  ｅｔ  ａｌ．，２
０１５；Ｔｏｐａｌｉａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。特に、これらは、チェックにおいて免疫応答を維持し、腫瘍細胞に対するＴ細胞致死効果を阻害する。このようなことから、チェックポイント阻害薬は免疫抑制効果を阻害するために開発された。現在、免疫チェックポイント、ＣＴＬＡ−４およびＰＤ−１またはそのリガンドＰＤ−Ｌ１を阻止する抗体が開発されている（Ｐａｒｄｏｌｌ，２０１２）。現在、これらのＩＣＩは、いくらか有望で顕著な成功を収めた様々な悪性腫瘍の治療のために臨床において使用されている（Ｒｏｍａｎｏ  ａｎｄ  Ｒｏｍｅｒｏ，２０１５）。しかしながら、ＩＣＩは、がん患者の限られた一部にしか（約１０〜２０％）治療効果を示さなかった。例えば、イピリムマブ、ＣＴＬＡ−４阻止抗体の臨床研究からプールされたデータは、臨床応答期間はおよそ３年であり、１０年まで持続することができることを示した。しかしながら、この劇的な治療効果は、患者の小集団（約２０％）においてしか観察されない。したがって、大部分の患者は、このような治療に対して内因性耐性機序を示す。さらに、ＩＣＩに応答する患者の亜集団を規定する分子の測面は、完全にクリアではない。腫瘍細胞によるＰＤ−Ｌ１発現などのマーカー、変異負荷、およびリンパ球浸潤は、免疫療法に応答するがん患者を予測する可能性があることが示唆された。しかしながら、これら前述のバイオマーカーは、免疫療法に対する腫瘍応答性またはＩＣＩに対する患者の耐性と必ずしも相関するとは限らない。したがって、更なる可能性ある機序はいまだに知られていない。
【０００６】
有望なＩＣＩ治療モダリティを含むがん治療の全てのモダリティに対する腫瘍耐性の一因となる宿主媒介細胞および分子機序を解明することが非常に望まれている。これは、このような望ましくない宿主効果を阻止するストラテジーの開発を可能とし治療成果を改善してがん治療耐性を遅らせるだろう。
【発明の概要】
【０００７】
１つの態様では、本発明は、がん治療で治療されたがん患者の生体サンプルにおいて前記がん治療に対する宿主由来耐性因子のセットの同定方法に関する。これらの因子は、特異的宿主由来耐性因子、すなわち、これらは、前記決定されたがん治療に対する応答において、がん細胞の内因性耐性により産生されないが、宿主、すなわち、がん患者に由来し、前記患者に適用されたがん治療モダリティ／薬物を含む治療の有効性を限定または無効にし得る。これらの因子の決定は、がん治療モダリティ／薬物を含む治療に対する患者の好ましいまたは好ましくない応答を個別化された形態で予測を可能とする。本明細書中、「因子」または「バイオマーカー」と互換的に表されるこれらの因子は、患者が治療されるがん治療に対する応答において、種々の臓器または腫瘍内微小環境のいずれかにおける、因子、主にサイトカイン、ケモカイン、成長因子、可溶性受容体、酵素および宿主細胞により産生される他の分子である。
【０００８】
したがって、特定の実施形態では、本発明は、がん治療による治療に対するがん患者の応答の予測方法であって、前記方法は：前記がん治療による治療セッション後に期間においてがん患者から得られた生体サンプルにおいて、前記がん治療に対する応答において、がん患者により産生された複数の因子のレベルを決定することを含み、複数の因子の１つ以上は前記がん治療に対する患者の応答性または非応答性を促進し、複数の因子の２つ以上のレベル変化は参照レベルと比較して前記がん治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する、方法に関する。
【０００９】
特定の実施形態では、生体サンプルは血漿である。特定の実施形態では、がん患者の生体サンプルは全血サンプルである。特定の実施形態では、生体サンプルは血清である。特定の実施形態では、生体サンプルは末梢血単核細胞である。 
【００１０】
別の態様では、本発明は、複数の抗体、および使用説明書を含むキットであって、前記複数の抗体の各々の抗体は、がん治療による治療に対するがん患者の応答性または非応答
性を促進する複数の因子の各々と選択的に結合する、キットを提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１１】
【図１】宿主応答スコアは患者予後に対する予測値を有することを示す。
【発明を実施するための形態】
【００１２】
本発明の方法およびキットを説明する前に、本発明は本明細書中に記載される特定の方法およびプロトコールに限定されないと理解すべきである。本明細書中に使用される用語は本発明の特定の実施形態を説明することを目的とするためだけのものであり、別段の指示がない限り、添付の特許請求の範囲に記載される本発明の範囲を限定する意図はないと理解されるものとする。
【００１３】
本明細書中に使用されるとき、および添付の特許請求の範囲において、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈において明示的に別段の指示がない限り、複数形を含むことに注意しなければならない。
【００１４】
本明細書中使用されるとき、用語「がん治療」を、用語「がん治療モダリティ」と互換的に使用してもよく、複数の参照、例えば、１つの単一モダリティ療法または２つ以上のモダリティ療法の組合せを含む。
【００１５】
本発明によれば、がん治療は、肉腫、がん腫、骨髄腫、リンパ腫および白血病から選択される全てのタイプのがん、原発性または転移性の治療に関係する。特定の実施形態では、がんは、肉腫のタイプ、例えば、軟部組織肉腫、骨肉腫である。
【００１６】
特定の実施形態では、がんは、これに限定されないが、メラノーマ、脳がん、頚部がん、頭部がん、骨がん、鼻咽頭がん、肝がん、胃腸がん、胆道がん、胆管がん、食道がん、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、卵巣がん、乳がん、子宮頚がん、前立腺がん、腎臓がん、陰茎がん、精巣がん、皮膚がん、肺がん、皮膚がん、肺がん、胸部がん、膵がん、胸腺がん、甲状腺がん、または膀胱がんを含むがん腫である。
【００１７】
特定の実施形態では、がんは、リンパ腫、ホジキンリンパ腫または非ホジキンリンパ腫であり得るリンパ系のがん、Ｂ細胞リンパ腫またはＴ細胞リンパ腫のいずれかである。
【００１８】
特定の実施形態では、がんは、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）または慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）であり得る白血病である。特定の実施形態では、がんは多発性骨髄腫である。
【００１９】
本明細書で使用されるとき、用語「がん治療」および「がん治療モダリティ」は、これに限定されないが、化学療法、放射線療法、外科手術、標的療法（免疫療法、抗血管新生療法、ホルモン療法、および光線力学療法の全タイプを含む）、温熱療法、およびこれらの組合せを含むがん治療のいずれものモダリティを表す。
【００２０】
特定の実施形態では、がん治療はアジュバント療法、すなわち、がんの再発リスクを低くするための通常外科手術である主治療／一次治療後に与えられる付加的がん治療である。アジュバント療法の例としては、化学療法、放射線療法、ホルモン療法、標的療法が挙げられる。
特定の実施形態では、がん治療はネオアジュバント療法、すなわち、通常外科手術である主治療／一次治療前に腫瘍を縮小させる第一ステップとして与えられるがん治療である。ネオアジュバント療法の例としては、化学療法、放射線療法、およびホルモン療法が挙げられる。
【００２１】
特定の実施形態では、がん治療モダリティは、がん細胞がそうであるように、急速に増殖、分裂する細胞を標的として殺す化学療法薬による化学療法であるが、いくつかの早く増殖する健康な細胞にも影響を与え得る。特定の実施形態では、化学療法を単一の治療として使用する。特定の他の実施形態では、化学療法を、外科手術、放射線療法または標的療法などの別のがん治療と組み合わせて使用する。
【００２２】
特定の実施形態では、化学療法は単一化学療法、すなわち、１つの単一化学療法薬による治療である。特定の他の実施形態では、化学療法は、組み合わせ化学療法、すなわち、２つ、３つ、４つ以上の化学療法薬による治療である。
【００２３】
以後、大文字の頭文字を有する括弧内に示された薬物の名称は、薬物の商品名を表す。例えば、（タキソール）はパクリタキセルの商品名であり、タキソールまたはタキソール（登録商標）と表すことができる。
【００２４】
特定の実施形態では、乳がんの治療のため、例えば、アジュバントおよびネオアジュバント化学療法のための化学療法を、（ｉ）ドキソルビシン（アドリアマイシン）およびエピルビシン（エレンス）などのアントラサイクリン系薬剤；（ｉｉ）パクリタキセル（タキソール）およびドセタキセル（タキソテール）などのタキサン系薬剤；（ｉｉｉ）５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；（ｉｖ）シクロホスファミド（サイトキサン（Ｃｙｔｏｘａｎ））；ならびに（ｖ）カルボプラチン（パラプラチン）から選択される２つまたは３つの薬物の組み合わせを用いて行う。特定の実施形態では、乳がんの治療を、パクリタキセルを用いて行う。特定の他の実施形態では、乳がんの治療を組み合わせパクリタキセル／カルボプラチンを用いて行う。特定の他の実施形態では、組み合わせアドリアマイシン／シクロホスファミド（ＡＣ）を用いて治療を行う。
【００２５】
特定の実施形態では、転移した進行性乳がんの治療のため、アジュバント化学療法を、（ｉ）ドキソルビシンペグ化リポソームドキソルビシン、およびエピルビシンなどのアントラサイクリン系薬剤；（ｉｉ）パクリタキセル、ドセタキセルおよびアルブミン結合パクリタキセルなどのタキサン系薬剤；（ｉｉｉ）シスプラチン（プラチノール）およびカルボプラチンなどのプラチナ製剤；（ｉｖ）ビノレルビン（ナベルビン）；（ｖ）カペシタビン（ゼローダ）；（ｖｉ）ゲムシタビン（ジェムザール）；（ｖｉｉ）イクサベピロン（イグゼンプラ）、アルブミン結合パクリタキセル（アブラキサン）；ならびに（ｖｉｉｉ）エリブリン（ハラヴェン）から選択される１つの単一化学療法薬または２つまたは３つの薬物の組み合わせを用いて行う。
【００２６】
特定の実施形態では、腸がん、結腸がんまたは結腸直腸がんの治療のため、がんのステージに応じて、アジュバント化学療法を、５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）、ロイコボリン、カペシタビン、イリノテカン（カンプトサール）、オキサリプラチン（エロキサチン）またはトリフルリジンおよびチピラシル（ロンサーフ）の組み合わせから選択される１つ以上の薬物を用いて行う。特定の実施形態では、ＦＯＬＦＯＸ（５−ＦＵ＋ロイコボリン＋オキサリプラチン）、ＦＯＬＦＩＲＩ（５−ＦＵ＋ロイコボリン＋イリノテカン）、ＦＯＬＦＯＸＩＲＩ（５−ＦＵ＋ロイコボリン＋オキサリプラチン＋イリノテカン）、またはＣＡＰＥＯＸ（カペシタビン＋オキサリプラチン）などの２〜４つの化学療法薬の組み合わせを選択するか、またはカペシタビン単独を使用してもよい。
【００２７】
特定の実施形態では、精巣がんの治療を、化学療法薬シスプラチン、エトポシドおよびイホスファミド（ＰＥＩ）の組み合わせを用いて行う。
【００２８】
特定の実施形態では、がん治療モダリティは、高エネルギー放射線、例えば、Ｘ線、ガ
ンマ線、電子線、または陽子線を用いて腫瘍を収縮させてがん細胞を破壊もしくは損傷させて、これにより増殖および分裂を阻止する放射線療法である。
【００２９】
特定の実施形態では、がん治療モダリティは、手術中に局所がん性固形腫瘍および周囲組織を除去する外科手術である。外科手術は、外科手術前、または後に化学療法または放射線療法と組み合わせた治癒的治療または一次治療であってよい。
【００３０】
特定の実施形態では、がん治療は、「分子標的薬物」または「分子標的療法」と呼ばれることがある標的がん治療である。これらの治療は、正常細胞への害を少なく、特定のタイプのがん細胞を識別して攻撃する薬物または他の物質を使用する。いくつかの標的療法は、特定の分子（「分子標的」）、例えば、がん細胞または血管の様ながん増殖に関連する細胞内に見られる酵素またはタンパク質と干渉することにより、がんの増殖および転移を阻止する。このように、該療法は、従来の化学療法のような全ての迅速に分裂する細胞と単純に干渉するよりむしろ、がん細胞の増殖、進行、および転移に関連する分子を標的とする。標準的化学療法薬が細胞毒性、すなわち、腫瘍細胞を殺す一方、いくつかの標的療法は、細胞増殖抑制性、すなわち、腫瘍細胞増殖を阻止することが多い。標的療法の他のタイプは、免疫系ががん細胞を殺す手助けをするか、またはがん細胞へ直接毒性物質を送達してがん細胞を殺す手助けをする。
【００３１】
良好な標的は、がん細胞増殖および生存において重要な役割をする標的である。例えば、がん細胞に存在するが正常細胞に存在しないタンパク質またはがん細胞内においてより豊富に存在するタンパク質は、特に細胞増殖もしくは生存に関連すると知られている場合にあり得る良好な標的である。例は、乳腺腫瘍および胃腫瘍においていくつかのがん細胞表面に高レベルで発現されるヒト上皮成長因子受容体２タンパク質（ＨＥＲ−２）である。別の例は、多くのメラノーマにおいて別の形態で存在する細胞増殖シグナル伝達タンパク質ＢＲＡＦ（ＢＲＡＦ  Ｖ６００Ｅ）。更なる例は、いくつかの白血病細胞に存在するＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質などの、そのタンパク質が、がん発生を誘導し得る染色体異常による融合遺伝子の生成である。
【００３２】
標的療法の主要なタイプは、小分子薬物およびモノクローナル抗体である。
【００３３】
特定の実施形態では、がん治療は、細胞内に容易に侵入し、細胞内側に存在する標的に到達する小分子薬物による標的療法である。
【００３４】
特定の実施形態では、小分子は、タンパク質を分解する細胞性複合体であるプロテアソームの作用を遮断するプロテアソーム阻害薬である。特定の実施形態では、プロテアソーム阻害薬としては、全て多発性骨髄腫の治療用で承認されている、ボルテゾミブ（ベルケイド）、カルフィルゾミブ（カイプロリス）およびイキサゾミブ（ニンラーロ）が挙げられるがこれに限定されない。
【００３５】
特定の実施形態では、小分子は、シグナル伝達カスケードによって多くのタンパク質の活性化に関与しているチロシンキナーゼ酵素のリン酸化を阻害する受容体チロシンキナーゼ阻害薬（ＴＫＩ）である。特定の実施形態では、ＴＫＩとしては：ＢＣＲ−ＡＢＬおよび他のキナーゼを標的としＣＭＬ治療用に承認された、ダサチニブ（スプリセル）；ＥＧＦＲを標的とし非小細胞肺がん用に承認された、エルロチニブ（タルセバ）およびゲフィチニブ（イレッサ）；ＢＣＲ−ＡＢＬ融合タンパク質を標的としＣＬＬおよび胃腸間質性腫瘍の治療用に承認された、メシル酸イマチニブ（グリーベック）；ラパチニブ（タイケルブ）；ＣＭＬ治療用、ニロチニブ（タシグナ）；進行性腎細胞がん（ＲＣＣ）の治療のために腫瘍増殖を遮断し血管新生を阻害する、パゾパニブ（ヴォトリエント）；ＲＣＣおよび肝細胞がん（ＨＣＣ）の治療用、ソラフェニブ（ネクサバール）；ならびに転移性Ｒ
ＣＣ用に承認された、スニチニブ（スーテント）が挙げられるが、これに限定されない。
【００３６】
特定の実施形態では、小分子は、これに限定されないが、変異体ＢＲＡＦ  Ｖ６６０Ｅタンパク質を標的としメラノーマ治療用に承認された、ダブラフェニブ（タフィンラー）；エベロリムス（アフィニトール）；テムシロリムス（トーリセル）；トラメチニブ（メキニスト）；およびベムラフェニブ（ゼルボラフ）を含むセリン／トレオニンキナーゼ（ＳＴＫ）阻害薬である。
【００３７】
特定の実施形態では、標的がん治療は、体の免疫系にがん細胞と戦って破壊するように始動させるモノクローナル抗体（ｍＡｂ）による免疫療法である。特定の実施形態では、ｍＡｂはがん細胞表面の標的抗原と結合し免疫系ががん細胞を攻撃またはがん細胞の増殖を手助けするタンパク質を遮断するように活性化し、腫瘍表面内もしくは表面上または腫瘍内微小環境に存在する。がん治療のためのｍＡｂの例としては：リンパ球上に見られるＣＤ５２抗原と結合しＣＬＬ用に承認された、アレムツズマブ（キャンパス）；ＶＥＧＦと結合しグリオブラストーマ、腎細胞がん、ならびに転移性乳がん、肺がん、および結腸がんの治療に適応される、ベバシズマブ（アバスチン）；ＥＧＦＲを標的とし結腸がん、転移性結腸直腸がんならびに頭部がんおよび頚部がんの治療に適応される、セツキシマブ（アービタックス）；ＣＤ３８を標的とし病気の初期段階ではボルテゾミブ、メルファランおよびプレドニゾン（ＶＭＰ）の組み合わせで多発性骨髄腫の治療に適応される、ダラツムマブ（ダラザレックス）；がん細胞上のタンパク質であるＰＤＧＦＲ−αを標的とし軟部組織肉腫を治療するためにドキソルビシンと共に使用することができるｍＡｂであるオララツマブ（ラルトルボ）；ＥＧＦＲを標的とし単独またはＦＯＬＦＯＸ化学療法との組み合わせで転移性結腸直腸がん治療に適応される、パニツムマブ（ベクティビックス）；ならびにＨＥＲ２タンパク質を標的とし特定の乳がんおよび胃がんの治療に適応される、トラスツズマブ（ハーセプチン）が挙げられる。
【００３８】
特定の実施形態では、標的がん治療は、これに限定されないが、チェックポイントＰＤ−１もしくはその公知のリガンド、ＰＤ−Ｌ１、またはＴ細胞およびマクロファージなどの他の免疫細胞で見出されたＣＴＬＡ−４に対する阻害薬を含む免疫チェックポイント阻害薬（ＩＣＩ）による免疫療法である。ＩＣＩは、好ましくはモノクローナル抗体（ｍＡｂ）であり、イピリムマブ（ヤーボイ）およびトレメリムマブなどの（抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ；ニボルマブ（オプジーボ）、ピディリズマブ、ペムブロリズマブ（キイトルーダ；旧ランブロリズマブ）などの抗ＰＤ−１  ｍＡｂ；ならびにアテゾリズマブ（（テセントリク）、アベルマブ（バベンチオ）およびデュルバルマブ（イミフィンジ）などの抗ＰＤ−Ｌ１  ｍＡｂが挙げられるが、これらに限定されない。同日にイスラエル国ＰＣＴ受理官庁としての国際事務局（ＲＯ／ＩＬ）に出願者により出願された同時係属の国際特許出願第ＰＣＴ／ＩＬ２０１８／・・・題名「Ｍｅｔｈｏｄ  ｏｆ  ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ
ｐｅｒｓｏｎａｌｉｚｅｄ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｃａｎｃｅｒ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  ｉｍｍｕｎｅ  ｃｈｅｃｋｐｏｉｎｔ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｓ  ａｎｄ
ｋｉｔｓ  ｔｈｅｒｅｆｏｒ」、この内容は現在公知の全てのがんモダリティのために本発明の方法の使用可能性の証明のためだけに本願に部分的に含まれる、参照。
【００３９】
特定の実施形態では、標的がん治療は、抗血管新生療法である。特定の実施形態では、抗血管新生薬は、上記ベバシズマブおよびパニツムマブなどのＶＥＧＦを標的とし、この受容体へのＶＥＧＦ結合を遮断するモノクローナル抗体であり、これは血管が増殖するのを止める。特定の実施形態では、抗血管新生薬は、ＶＥＧＦ受容体が血管細胞に成長シグナルを送るのを停止する上記スニチニブなどのチロシンキナーゼ阻害薬である。
【００４０】
特定の実施形態では、標的療法は、タグ結合、標識化または負荷抗体とも呼ばれる結合ｍＡｂを含み、ｍＡｂがホーミング剤の役割を果たし細胞内の標的抗原上に結合する一方
、該ｍＡｂはがん細胞に直接送達される化学療法薬または放射性粒子と結合されている。特定の実施形態では、結合ｍＡｂは、例えば、Ｂ細胞で見られるＣＤ２０抗原を標的とする９０Ｙ−イブリツモマブチウキセタン（ゼバリン）と結合された小放射性粒子を有する放射性標識抗体であり、いくつかのタイプの非ホジキンリンパ腫の治療に使用される。特定の実施形態では、結合ｍＡｂは、抗体−薬物複合体（ＡＤＣ）とも呼ばれる化学標識抗体、例えば、ＤＭ１化学療法薬と結合した、ＨＥＲ２を標的とするトラスツズマブエムタンシン（ａｄｏ−ｔｒａｓｔｕｚｕｍａｂ  ｅｍｔａｎｓｉｎｅ）またはＴ−ＤＭ１（カドサイラ（登録商標））であり、そのがん細胞が過剰なＨＥＲ２を有する一部の乳がん患者の治療に使用される。
【００４１】
特定の実施形態では、標的がん治療は、例えば、前立腺がんおよび乳がんにおける特定の成長ホルモンを必要とするホルモン感受性腫瘍の増殖を遅くするまたは停止するためのホルモン療法である。
【００４２】
特定の実施形態では、標的がん治療は、局所前立腺がん治療のためのパデリポルフィン／ＷＳＴ−１１（ツーカド（Ｔｏｏｋａｄ））について最近承認された光線力学療法（ＰＤＴ）、より特に血管標的光線力学療法（ＶＴＰ）である。
【００４３】
がん患者に対するがん治療の投与後、本発明の方法により同定された宿主由来因子／バイオマーカーは：（ｉ）がん患者；および（ｉｉ）がん治療モダリティに特異的である。各モダリティでは、応答は、特定の薬物または使用された薬物の組合せに対しても特異的である。モダリティの組合せでは、応答は、使用されたモダリティの組合せに対して特異的である。これは、がん患者の治療に対する反応に関する特定の情報を提供し、診断、計画治療、治療が如何によく効くかを見出すこと、または予後診断の手助けとなる個別化された形態での予測を可能とする「宿主応答」である。
【００４４】
がん治療モダリティが、例えば、１つの単一薬物による化学療法である場合、宿主／患者により産生した因子はこの特定の薬物に対して特異的である。化学療法を２つ以上の化学療法薬の組み合わせを用いて行う場合、宿主／患者により産生した因子はこの２つ以上の化学療法薬の組み合わせに対して特異的である。
【００４５】
特定の実施形態では、バイオマーカーは、サイトカイン、ケモカイン、成長因子、酵素または可溶性受容体であってよい分子因子である。これらの因子のいくつかは、腫瘍に影響を与え、腫瘍血管新生およびがん再増殖に寄与する細胞を誘導し、これにより使用された治療に対する耐性を促進する。このような細胞の例としては、Ｇ−ＣＳＦおよびＳＤＦ−１αなどのサイトカインおよび成長因子による骨髄コンパートメントから結集された後、治療された腫瘍をコロニー形成してがん治療耐性、限定されないが、特に化学療法耐性を促進する、骨髄由来細胞（ＢＭＤＣ）が挙げられる。他の細胞は、マクロファージおよび抗原提示細胞などの免疫細胞、または腫瘍進行において中心的役割を果たす腫瘍内微小環境内の間質細胞である。
【００４６】
がん治療に対する腫瘍耐性に寄与する宿主媒介細胞および分子の機序は、特定のがん治療により宿主において産生された因子および／または細胞の生体機能に基づく。各因子は、１つ以上の生体機能または活性を示し得る。
【００４７】
特定の実施形態では、因子は腫瘍誘発性であり、腫瘍増殖に寄与する。特定の実施形態では、腫瘍誘発性因子は血管新生誘発性である。他の実施形態では、腫瘍誘発性因子は炎症誘発性／走化性である。さらに他の実施形態では、腫瘍誘発性因子は増殖性成長因子である。
【００４８】
特定の実施形態では、血管新生誘発性因子としては、ＡＮＧ（アンジオゲニン）；アンジオポエチン−１；アンジオポエチン−２；ｂＮＧＦ（塩基性神経成長因子）；カテプシンＳ；ガレクチン−７；ＧＣＰ−２（顆粒球走化性タンパク質、ＣＸＣＬ６）；Ｇ−ＣＳＦ（顆粒球コロニー刺激因子）；ＧＭ−ＣＳＦ（顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、コロニー刺激因子２、ＣＳＦ２としても知られる）；ＰＡＩ−１（プラスミノーゲン活性化因子阻害薬−１）；ＰＤＧＦ−ＡＡ、ＰＤＧＦ−ＢＢ、ＰＤＧＦ−ＡＢから選択されるＰＤＧＦ（血小板由来成長因子）；ＰｌＧＦ（またはＰＬＧＦ、胎盤成長因子）；ＰｌＧＦ−２；ＳＣＦ（幹細胞因子）；ＳＤＦ−１（ＣＸＣＬ１２、ストロマ細胞由来因子１）；Ｔｉｅ２（またはＴＩＥ−２、内皮受容体チロシンキナーゼ）；ＶＥＧＦ  Ａ、ＶＥＧＦ  ＣおよびＶＥＧＦ  Ｄから選択されるＶＥＧＦ（血管内皮成長因子）；ＶＥＧＦ  Ｒ１；ＶＥＧＦ  Ｒ２；ＶＥＧＦ  Ｒ３が挙げられるが、これらに限定されない。
【００４９】
特定の実施形態では、炎症誘発性および／または走化性因子としては、６Ｃｋｉｎｅ（ＣＣＬ２１、エキソドス２（Ｅｘｏｄｕｓ−２））；アンジオポエチン−１；アンジオポエチン−２；ＢＬＣ（ＣＸＣＬ１３、Ｂリンパ球化学誘引物質またはＢ細胞誘引性ケモカイン１（ＢＣＡ−１）；ＢＲＡＫ（ＣＸＣＬ１４）；ＣＤ１８６（ＣＸＣＲ６）；ＥＮＡ−７８（ＣＸＣＬ５、上皮細胞由来好中球活性化ペプチド７８）；エオタキシン１（ＣＣＬ１１）；エオタキシン２（ＣＣＬ２４）；エオタキシン３（ＣＣＬ２６）；ＥｐＣＡＭ（上皮細胞接着分子）；ＧＤＦ−１５（増殖分化因子１５、マクロファージ阻害性サイトカイン１、ＭＩＣ−１としても知られる）；ＧＭ−ＣＳＦ；ＧＲＯ（増殖調節がん遺伝子）；ＨＣＣ−４（ＣＣＬ１６、ヒトＣＣサイトカイン４）；Ｉ−３０９（ＣＣＬ１）；ＩＦＮ−γ；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−２；ＩＬ−２Ｒ；ＩＬ−３；ＩＬ−３Ｒα；ＩＬ−５；ＩＬ−６；ＩＬ−６Ｒ；ＩＬ−７；ＩＬ−８；ＩＬ−８  ＲＢ  （ＣＸＣＲ２、インターロイキン８受容体、β）；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３；ＩＬ−１３  Ｒ１；ＩＬ−１３Ｒ２；ＩＬ−１５；ＩＬ−１５Ｒα；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｃ；ＩＬ−１７Ｅ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１７Ｒ；ＩＬ−１８；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−１８  Ｒα；ＩＬ−２０；ＩＬ−２３；ＩＬ−２７；ＩＬ−２８；ＩＬ−３１；ＩＬ−３３；ＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０、インターフェロンγ誘発性タンパク質１０）；Ｉ−ＴＡＣ（ＣＸＣＬ１１、インターフェロン誘発性Ｔ細胞アルファ化学誘引物質）；ＬＩＦ（白血病抑制因子）；ＬＩＸ（ＣＸＣＬ５、リポ多糖誘発性ＣＸＣケモカイン）；ＬＲＰ６（低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）受容体関連タンパク質６）；ＭａｄＣＡＭ−１（粘膜アドレッシン細胞接着分子１）；ＭＣＰ−１（ＣＣＬ２、単球走化性タンパク質１）；ＭＣＰ−２（ＣＣＬ８）；ＭＣＰ−３（ＣＣＬ７）；ＭＣＰ−４（ＣＣＬ１３）；Ｍ−ＣＳＦ（マクロファージコロニー刺激因子、コロニー刺激因子１（ＣＳＦ１）としても知られている）；ＭＩＦ（マクロファージ遊走阻止因子）；ＭＩＧ（ＸＣＬ９、γインターフェロンにより誘発されたモノカイン）；ＭＩＰ−１γ（ＣＣＬ９、マクロファージ炎症性タンパク質１γ）；ＭＩＰ−１α（ＣＣＬ３）；ＭＩＰ−１β；ＭＩＰ−１δ（ＣＣＬ１５）；ＭＩＰ−３α（ＣＣＬ２０）；ＭＩＰ−３β（ＣＣＬ１９）；ＭＰＩＦ−１（ＣＣＬ２３、骨髄前駆体阻害因子１）；ＰＡＲＣ（ＣＣＬ１８、肺および活性化調節ケモカイン）；ＰＦ４（ＣＸＣＬ４、血小板因子４）；ＲＡＮＴＥＳ（ＣＣＬ５、活性化時調節、正常Ｔ細胞発現および分泌）；レジスチン；ＳＣＦ；ＳＣＹＢ１６（ＣＸＣＬ１６、ｓｍａｌｌ  ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  ｃｙｔｏｋｉｎｅ  Ｂ１６）；ＴＡＣＩ（ＣＡＭＬタンパク質（ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ  ａｃｔｉｖａｔｏｒ  ａｎｄ  ＣＡＭＬ  ｉｎｔｅｒａｃｔｏｒ））；ＴＡＲＣ（ＣＣＬ１７、ＣＣ胸腺および活性関連ケモカイン）；ＴＳＬＰ（胸腺間質性リンパ球新生因子）；ＴＮＦ−α（腫瘍壊死因子α）；ＴＮＦ  Ｒ１；ＴＲＡＩＬ−Ｒ４（ＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド受容体４）；ＴＲＥＭ−１（骨髄細胞に発現する誘発性受容体１）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５０】
特定の実施形態では、増殖因子としては、アクチビンＡ；アンフィレグリン；Ａｘｌ（
ＡＸＬ、受容体型チロシンキナーゼ）；ＢＤＮＦ（脳由来神経栄養因子）；ＢＭＰ４（骨形成タンパク質４）；カテプシンＳ；ＥＧＦ（上皮成長因子）；ＦＧＦ−１（線維芽細胞成長因子１）；ＦＧＦ−２（ｂＦＧＦ、塩基性ＦＧＦとしても知られている）；ＦＧＦ−７；ＦＧＦ−２１；フォリスタチン（ＦＳＴ）；ガレクチン７；Ｇａｓ６（増殖停止時に特異的に発現される遺伝子６）；ＧＤＦ−１５；ＨＢ−ＥＧＦ（ヘパリン結合ＥＧＦ）；ＨＧＦ；ＩＧＦＢＰ−１（インスリン様成長因子結合タンパク質１）；ＩＧＦＢＰ−３；ＬＡＰ（潜在関連ペプチド）；ＮＧＦ  Ｒ（神経成長因子受容体）；ＮｒＣＡＭ（神経細胞接着分子）；ＮＴ−３（ニューロトロフィン３）；ＮＴ−４；ＰＡＩ−１；ＴＧＦ−α（トランスフォーミング成長因子α）；ＴＧＦ−β；およびＴＧＦ−β３；ＴＲＡＩＬ−Ｒ４（ＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド受容体４）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５１】
特定の実施形態では、転移誘発性因子としては、ＡＤＡＭＴＳ１（Ａディスインテグリンおよびメタロプロテイナーゼとトロンボスポンジンモチーフ１）；カテプシンＳ；ＦＧＦ−２；フォリスタチン（ＦＳＴ）；ガレクチン７；ＧＣＰ−２；ＧＤＦ−１５；ＩＧＦＢＰ−６；ＬＩＦ；ＭＭＰ−９（マトリックスメタロペプチダーゼ９、９２ｋＤａゼラチナーゼまたはゼラチナーゼＢ（ＧＥＬＢ）としても知られている）；プロＭＭＰ９；ＲＡＮＫ（核内因子ｋＢの受容体アクチベーター、ＴＲＡＮＣＥ受容体またはＴＮＦＲＳＦ１１Ａとしても知られている）およびその受容体ＲＡＮＫＬ；ＲＡＮＴＥＳ（ＣＣＬ５）；ＳＤＦ−１（ストロマ細胞由来因子、ＣＸＣＬ１２としても知られている）およびその受容体ＣＸＣＲ４が挙げられるが、これらに限定されない。
【００５２】
因子は、抗腫瘍性因子、例えば、抗血管新生、抗炎症性および／または抗増殖性成長因子であってもよい。
【００５３】
がん治療モダリティに応じて、１つの単一セッション、例えば、外科手術において治療を行うが、化学療法、放射線療法、標的療法、および免疫療法などのほとんどのモダリティにおいては、治療は複数のセッションを含む。がん治療では、治療サイクルは、時間（例えば、１日または２日にわたっての注射）の１つの時点において患者に薬物を投与してから、治療をしないいくらかの休止時間（例えば、１、２または３週間）がある。治療および休止時間は１つの治療サイクルを構成する。患者がサイクルを終える場合、次のサイクルが再び始まる。一連の治療サイクルはコースと呼ぶ。
【００５４】
本明細書中で使用されるとき、治療セッションは、患者が治療サイクルの開始時に放射線照射などの薬物または別の治療を用いた治療を受ける場合、「時間における１つの時点」を表す。
【００５５】
本明細書中で使用されるとき、用語「薬物（ａ  ｄｒｕｇ）」および「薬物（ｔｈｅ  ｄｒｕｇ）」は、単一の薬物、２つ以上の化学療法薬などの同じモダリティの薬物の組み合わせ、または異なるがん治療モダリティに関連する薬物の組み合わせを表す。
【００５６】
特定の実施形態では、治療セッションは複数の治療セッションの１つであり、生体サンプル、好ましくは血漿を複数の治療セッションの１つの後２４時間以上においてがん患者から得る。特定の実施形態では、前記複数の治療セッションの１つの後、１週間以下を含む約３０、３６、４０、４８、５０、６０、７２時間以上においてサンプルを得る。
【００５７】
免疫チェックポイント阻害薬による治療に対する応答における宿主／患者により産生された複数の因子レベルを、治療後患者から得られた生体サンプル、好ましくは血漿において決定する。それから、各因子のために得られた値（因子濃度ｐｇ／ｍＬ）を、同じがん患者から事前に得られた生体サンプル、好ましくは血漿（以後「参照／ベースラインサン
プル」）において決定された同じ因子濃度のベースラインレベルである参照レベルと比較する。
【００５８】
本発明の特定の実施形態では、薬物による治療を開始した場合、がん患者の複数の治療セッションの１つは治療の第一セッションである。この場合、参照／ベースラインサンプルを、薬物による治療の開始前に、時点においてがん患者から得る。この場合、薬物による第一治療後にがん患者から得られた生体サンプル、好ましくは血漿において決定された因子の各々、および薬物による治療開始前に時点においてがん患者から得られた参照／ベースライン生体サンプル、好ましくは血漿において見られる同じ因子の濃度レベルを比較する。特定の実施形態では、この時点は、第一治療セッション前、約６０、５０、４８、４０、３６、３０、または２４時間を含む約７２時間以下である。
【００５９】
本発明の特定の他の実施形態では、複数の治療セッションの１つは、第一治療セッションでない。この場合、このセクションの参照／ベースラインサンプルは、第一セッションでない前記セッションに先行した治療セッション後の時点においてがん患者から得られた同じ生体サンプルである。この参照／ベースラインサンプルを、第一治療セッションでないセッションに先行した治療セッション後約３０、３６、４０、４８、５０、６０、７２時間以上を含む２４時間以上、１週間以下である時点においてがん患者から得た。
【００６０】
本発明によれば、参照／ベースラインレベルと比較した、薬物による治療後にがん患者から得られた生体サンプル中で同定された因子／バイオマーカーの１つ以上のレベル変化は、各因子についての倍率変化により規定される。各因子についての倍率変化を、因子について、治療：参照／ベースライン値の比を算出することにより決定する。
【００６１】
特定の実施形態では、因子のレベル変化は、薬物または別の治療モダリティを含む治療に対する応答におけるがん患者により産生された因子の１つ以上の各々のレベルの少なくとも１．５倍の増加（上方制御）または少なくとも０．５倍の減少（下方制御）である。因子の上方制御を示す≧１．５の倍率変化または因子の下方制御を示す≦０．５の倍率変化を本発明により有意とみなし、薬物または別の治療モダリティを含む治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する。
【００６２】
参照／ベースラインレベルと比較した、薬物または別の治療モダリティを含む治療後にがん患者から得られた生体サンプルにおいて同定された因子／バイオマーカーの１つ以上のレベル変化は、有意である場合、前記がん治療に対する前記がん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する。倍率変化は、少なくとも約１．５倍以上高い、すなわち、≧１．５（上方制御）である場合、または少なくとも約０．５倍以下、すなわち、≦０．５（下方制御）である場合に有意とみなす。本明細書中使用されるとき、前記薬物または別の治療モダリティを含む治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する場合、倍率変化は「有意とみなされる」。
【００６３】
患者の生体サンプル中の全ての循環因子について倍率変化を決定する。治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答の予測は、循環因子の１つ以上、必要に応じて２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、または１５以上の有意な倍率変化に基づく。
【００６４】
特定の実施形態では、該変化は、１つ以上のバイオマーカーのレベルの少なくとも約１．５倍の増加（上方制御）である。増加が腫瘍誘発性であるバイオマーカーのレベルである場合、これは、治療に対するがん患者の好ましくない応答を示す。
【００６５】
特定の実施形態では、該変化は、１つ以上のバイオマーカーのレベルの少なくとも約０．５倍の減少（下方制御）である。減少が腫瘍誘発性であるバイオマーカーのレベルである場合、これは、治療に対するがん患者の好ましい応答を示す。
【００６６】
特定の実施形態では、治療セッションは、治療を開始する場合、がん患者の複数の治療セッションの第一セッションである。この場合、比較は、治療の第一開始後にがん患者から得られた生体サンプル、好ましくは血漿において決定された因子、および治療開始前にがん患者から得られた参照／ベースライン生体サンプル、好ましくは血漿において見られた同じ因子間である。これらの結果は、患者を治療する腫瘍内科医が、がん患者の治療を継続するかどうか、またはどのように継続するかを決定する支援をし得る。
【００６７】
特定の実施形態では、ＩＣＩを用いて治療しているがん患者における治療応答をモニターするために本発明の方法を行う。この場合、治療セッションは、いくつかの治療セッションのうちの１つのセッションであるが、第一セッションではない。これらの結果は、治療を継続するかどうか、どのように継続するかの決定において腫瘍内科医を支援するだろう。
【００６８】
特定の実施形態では、腫瘍誘発性因子について決定された倍率変化はがん治療に対する患者の好ましい応答を予測し、スケジュール通り同じ治療を継続する決定をしてよい。
【００６９】
特定の実施形態では、腫瘍誘発性因子について決定された倍率変化は治療に対する患者の好ましくない応答を予測する。この場合、腫瘍誘発性因子の特異的生物活性に応じて、例えば、該因子が炎症誘発性である場合に抗炎症薬を治療に加えることにより、または該因子が血管新生誘発性である場合に抗血管新生薬を治療に加えることにより、同じ薬物だが、腫瘍誘発性因子の生物活性を遮断する薬物を添加して同じ治療を継続することを決定してよい。
【００７０】
特定の実施形態では、腫瘍誘発性因子に対して決定された倍率変化は、薬物に対する患者の好ましくない応答を予測し、腫瘍内科医の決定は、異なる薬物を用いた治療に変更することであってよく、または同じモダリティの２つ以上の薬物の組み合わせ、例えば、２つの化学療法薬、もしくは該薬物と別のがん治療モダリティで使用される薬物との組み合わせ、例えば、化学療法薬と標的がん治療で使用される薬物との組み合わせであってよい。
【００７１】
特定の実施形態では、がん治療は、通常、サイクルで与えられる化学療法である。
【００７２】
本発明によれば、単一の化学療法薬（パクリタキセル）または２つの薬物（アドリアマイシン／シクロホスファミド（ＡＣ））もしくは３つ薬物（フォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ））の組み合わせを用いて化学療法を行った。
【００７３】
特定の実施形態では、本明細書中の表３に基づいて、化学療法に対する宿主応答を示す循環因子としては：６Ｃｋｉｎｅ；アクチビンＡ；アンフィレグリン；アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；Ａｘｌ；ＢＤＮＦ；ＢＬＣ；ＢＭＰ４；ｂＮＧＦ；カテプシンＳ；ＥＧＦ；ＥＮＡ−７８；エオタキシン；エオタキシン−２；エオタキシン−３；ＥｐＣＡＭ；Ｆｃｒ  ＲＩＩＢ／Ｃ；ＦＧＦ−２；ＦＧＦ−７；フォリスタチン；ガレクチン−７；ＧＣＰ−２；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＤＦ−１５；ＧＨ；ＧＲＯ；ＨＢ−ＥＧＦ；ＨＣＣ−４；Ｉ−３０９；ＩＧＦＢＰ−１；ＩＧＦＢＰ−６；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１ｒａ；ＩＬ−２；ＩＬ−２  Ｒｂ；ＩＬ−８；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３  Ｒ１；ＩＬ−１３  Ｒ２；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｂ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−２３；ＩＬ−２８Ａ；ＩＰ−１０；Ｉ−ＴＡ
Ｃ；ＬＡＰ；ＬＩＦ；リンホタクチン；ＭＣＰ−１；ＭＣＰ−２；ＭＣＰ−３；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＤＣ；ＭＩＦ；ＭＩＧ；ＭＩＰ−１α；ＭＩＰ−１δ；ＭＩＰ−３α；ＭＩＰ−３β；ＭＰＩＦ−１；ＮＧＦ  Ｒ；ＮｒＣＡＭ；ＮＴ−３；ＮＴ−４；ＰＡＩ−１；ＰＡＲＣ；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＡＢ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰＦ４；ＰｌＧＦ；ＰｌＧＦ−２；ＲＡＮＴＥＳ；レジスチン；ＳＣＦ；ＳＤＦ−１α；ＳＴ２；ＴＡＲＣ；ＴＥＣＫ；ＴＧＦα；ＴＧＦβ；ＴＧＦβ３；Ｔｉｅ−２；ＴＮＦα；ＴＮＦ  Ｒ１；ＴＲＡＩＬ−Ｒ４；ＴＲＥＭ−１；ＴＬＳＰ；  ＶＥＧＦ；ＶＥＧＦ−Ｄ；ＶＥＧＦ  Ｒ１；ＶＥＧＦ
Ｒ２；ＶＥＧＦ  Ｒ３が挙げられるが、これに限定されない。
【００７４】
本発明による１つの実施形態では、アドリアマイシン／シクロホスファミド（ＡＣ）またはフォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）による化学療法に対する宿主応答を示す上方制御された表３に示された循環因子としては：血管新生誘発性因子アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；Ｇ−ＣＳＦ；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＡＢ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰｌＧＦ；ＳＣＦ；Ｔｉｅ−２；ＶＥＧＦ  Ａ；およびＶＥＧＦ  Ｄが挙げられ；炎症誘発性および／または走化性因子としては：ＢＬＣ（ＣＸＣＬ１３）；ＥＮＡ−７８（ＣＸＣＬ５）；エオタキシン−３；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＤＦ−１５；Ｉ−３０９（ＣＣＬ１）；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１ｒａ；ＩＬ−２；ＩＬ−８；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３Ｒ１；ＩＬ−１３Ｒ２；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｂ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−２３；ＩＬ−２８Ａ；ＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）；ＭＣＰ−３；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＦ；ＭＩＧ（ＣＸＣＬ９）；ＭＩＰ−１δ（ＣＣＬ１５）；ＭＩＰ−３α；ＭＩＰ−３β（ＣＣＬ１９）；ＲＡＮＴＥＳ（ＣＣＬ５）；ＳＣＦ；ＳＴ２（ＩＬ−１Ｒ４）；およびＴＡＲＣ（ＣＣＬ１７）が挙げられ；ならびに増殖性成長因子としては：ＢＤＮＦ；ＥＧＦ；ＦＧＦ−７；ＩＧＦＢＰ−１；ＮｒＣＡＭ；ＮＴ−３；ＮＴ−４；ＴＧＦ−α；およびＴＧＦβが挙げられる。
【００７５】
本発明による別の実施形態では、パクリタキセルまたはフォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）による化学療法に対する宿主応答を示す上方制御された表４に示された循環因子としては：血管新生誘発性因子ＳＤＦ−１およびＶＥＧＦ−Ｃ；炎症誘発性および／または走化性因子ＣＸＣＬ１４（ＢＲＡＫ）；ＣＸＣＬ１６；ＣＸＣＲ２（ＩＬ−８  ＲＢ）；ＣＸＣＲ６；ＧＭ−ＣＳＦ；ＩＬ−１α；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−３Ｒα；ＩＬ−７Ｒα；ＩＬ−９Ｒ；ＩＬ−１０；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１５；ＩＬ−１５Ｒα；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｒ；ＩＬ−１８Ｒα；ＩＬ−２０；ＩＬ−２７；ＩＬ−２８；ＩＬ−３１；ＬＩＦ；ＬＩＸ；ＬＲＰ−６；ＭａｄＣＡＭ−１；ＭＣＰ−１；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＰ−１γ；ＭＩＰ−２；ＴＡＣＩ；およびＴＡＲＣ；増殖性成長因子ＩＧＦＢＰ−１；ＴＧＦ−β１；およびＴＧＦ−β２；ならびに転移誘発性因子ＭＭＰ−９が挙げられる。
【００７６】
別の実施形態では、がん治療は、プロテアソーム阻害薬ボルテゾミブによる標的療法である。ボルテゾミブによる治療に対する宿主応答を示す上方制御された表６に示された循環因子としては、血管新生誘発性因子ＰＩＧＦ−２およびＶＥＧＦ−Ｄ；炎症誘発性および／または走化性因子ＣＣＬ２８；ＩＬ−１α；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−３；ＩＬ−５；ＩＬ−６；ＩＬ−６Ｒ；ＩＬ−１０；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３；ＩＬ−１７Ｃ；ＩＬ−１７Ｅ；ＩＬ−３１；ＭＣＰ−１；Ｍ−ＣＳＦ；およびＭＩＰ−３β；ならびに増殖性成長因子ＩＧＦＢＰ−１；ＩＧＦＢＰ−３；およびＴＧＦ−β３が挙げられる。
【００７７】
別の実施形態では、がん治療は、放射線療法である。放射線療法に対する宿主応答を示す上方制御された表８に示された循環因子としては、血管新生誘発性アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰＬＧＦ−２；およびＳＤＦ−
１；炎症誘発性および／または走化性因子ＩＬ−１０；およびＭＣＰ−１：ならびに増殖性成長因子ＥＧＦ；およびＦＧＦ−１が挙げられる。
【００７８】
別の実施形態では、がん治療は、外科手術である。外科手術に対する宿主応答を示す上方制御された表９に示された循環因子としては、血管新生誘発性アンジオポエチン−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；およびＰＬＧＦ−２；ならびに炎症誘発性および／または走化性因子ＭＣＰ−１が挙げられる。
【００７９】
別の態様では、本発明は、複数の抗体、および使用説明書を含むキットであって、前記複数の抗体の各々の抗体は、がん治療モダリティを含む治療に対するがん患者の応答性または非応答性を促進する複数の因子の各々と選択的に結合する、キットを提供する。
【００８０】
特定の実施形態では、キットは、タンパク質レベルを検出する抗体アレイのいずれかのタイプである。特定の実施形態では、キットは、物質、通常、液体サンプルまたは湿式サンプル中の抗原の存在を検出するための固相酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）を使用する、サンドイッチまたは酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）である。本発明によれば、この液体サンプルは、がん治療を行っているがん患者から得られた生体サンプルである。
【００８１】
特定の実施形態では、キットは、各々が血管新生誘発性、炎症誘発性／走化性、増殖性および／または転移誘発性活性を有する腫瘍誘発性因子と特異的に結合する、複数のヒトモノクローナル抗体を含み、これらの腫瘍誘発性因子の少なくとも一部はがん治療モダリティを含む治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答を予測する、本発明によって事前に同定された因子である。もちろん、キットは、可能性のある候補となる腫瘍誘発性因子と結合する追加の抗体を含むだろう。キット中のモノクローナル抗体の数は、製造者の判断によって決まるだろう。
【００８２】
したがって、特定の実施形態では、がん治療は化学療法であり、キットは、化学療法に対する応答において宿主により産生される本発明の方法によって同定された腫瘍誘発性因子と特異的に結合するモノクローナル抗体を含むだろう。もちろん、キットは、可能性のある候補となる腫瘍誘発性因子と結合する追加の抗体を含むだろう。
【００８３】
特定の好ましい実施形態では、キットは本発明による使用のためである。
【００８４】
本発明を、次の非限定的実施例により例証する。
【実施例】
【００８５】
材料
いくつかの実施例において使用された全てのＢＡＬＢ／ｃマウスおよび実施例６のＳＣＩＤマウスは、Ｈａｒｌａｎ社（イスラエル国）から得た。実施例６のラット抗マウスＩｇＧ抗体は、ＢｉｏｘＣｅｌｌ社（米国ニューハンプシャー州レバノン）から得た。
【００８６】
実施例１．循環腫瘍誘発性因子に対する化学療法の効果−ヒトにおけるタンパク質プロファイリングアプローチ
【００８７】
目的は、ヒトがん患者における化学療法に対する腫瘍誘発性宿主応答を示す循環因子のプロファイルを規定することである。
【００８８】
全１６名の乳がん患者および１９名の結腸直腸がん患者を本研究に募集した。ハエメク（ＨａＥｍｅｋ）メディカルセンター（イスラエル国アフラ）において、標準的レジメンに従って、全乳がん患者はアドリアマイシン／シクロホスファミド（ＡＣ）化学療法を受
け、全結腸直腸がん患者はフォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）化学療法を受けた。２つの時点：ｉ）化学療法の初回投与を受ける前（ベースライン）；ｉｉ）化学療法の初回投与を受けた後２４時間目（治療後）において患者から血液サンプルを採血した（ＥＤＴＡチューブ中へ）。室温において１０分間１３００ｇでの遠心分離により全血から血漿サンプルを調製した。上澄み（血漿サンプルである）を集め、さらに使用するまで−８０℃で貯蔵した。ベースラインおよび治療後サンプル（１００μｌ）を製造者使用説明書に従って４ガラススライド型抗体アレイ（ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ社；ヒトサイトカインアレイＧＳ２０００およびＧＳ４０００）に適用した。全１６０因子がスクリーンに含まれ、各アレイは４０の重複しない因子を検出した。使用された抗体アレイ、およびサイトカイン、酵素および成長因子のそれらのそれぞれのリストを、下記の表１に示している。従来のサンドイッチ型アレイと同様に、ガラススライド型アレイは、血漿サンプル中のサイトカイン、酵素または成長因子を検出するために特異的抗体のマッチペアを使用する。レーザー蛍光スキャナーによって蛍光出力を検出した。生データを、製造者により提供されたソフトウェアを用いて処理して正規化した。それから、正規化データを解析して化学療法投与後２４時間に循環レベルが変化した因子を同定した。詳細には、治療後：ベースライン値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した。倍率変化の規定閾値に基づいて候補因子を選択した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、化学療法に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。上方制御および下方制御された因子についての平均倍率変化を算出して、表２に示している。これらの因子の多くは、血管新生、炎症、走化性および増殖などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。重要なことは、各患者は、固有の因子プロファイルを示した。１８％超の患者において化学療法タイプのいずれかに対する応答における上方制御または下方制御されることが分かった因子のリストを、表３に示している。
【００８９】
表３中の上方制御された血管新生誘発性因子としては：アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；Ｇ−ＣＳＦ；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＡＢ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰｌＧＦ；ＳＣＦ；Ｔｉｅ−２；ＶＥＧＦ  Ａ；およびＶＥＧＦ  Ｄが挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化性因子としては：ＢＬＣ（ＣＸＣＬ１３）；ＥＮＡ−７８（ＣＸＣＬ５）；エオタキシン−３；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＤＦ−１５；Ｉ−３０９（ＣＣＬ１）；ＩＬ−１α；ＩＬ−１β；ＩＬ−１ｒａ；ＩＬ−２；ＩＬ−８；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３Ｒ１；ＩＬ−１３Ｒ２；ＩＬ−１６；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｂ；ＩＬ−１７Ｆ；ＩＬ−１８ＢＰａ；ＩＬ−２３；ＩＬ−２８Ａ；ＩＰ−１０（ＣＸＣＬ１０）；ＭＣＰ−３；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＦ；ＭＩＧ（ＣＸＣＬ９）；ＭＩＰ−１δ（ＣＣＬ１５）；ＭＩＰ−３α；ＭＩＰ−３β（ＣＣＬ１９）；ＲＡＮＴＥＳ（ＣＣＬ５）；ＳＣＦ；ＳＴ２（ＩＬ−１Ｒ４）；およびＴＡＲＣ（ＣＣＬ１７）が挙げられる。上方制御された増殖性成長因子としては：ＢＤＮＦ；ＥＧＦ；ＦＧＦ−７；ＩＧＦＢＰ−１；ＮｒＣＡＭ；ＮＴ−３；ＮＴ−４；ＴＧＦ−α；およびＴＧＦβが挙げられる。
【００９０】
実施例２．循環宿主由来腫瘍誘発性因子に対する化学療法の効果−マウスにおけるタンパク質プロファイリングアプローチ
【００９１】
そのレベルが化学療法に対する応答において変化する宿主由来循環因子を同定するため、本発明者らは、異なる化学療法のタイプで治療したナイーブ（腫瘍を有さない）マウスから得た血漿を使用してタンパク質アレイ型スクリーニングを行った。ナイーブマウスの使用は、腫瘍の存在に関係なく、化学療法に対する応答における宿主により特異的に産生された因子を同定することを可能とする。この目的を達成するために、ナイーブ（腫瘍を有さない）８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝５）を、ＦＯＬＦＯＸ（１４ｍｇ／ｋｇのオキサリプラチン（Ｍｅｄａｃ  Ｐｈａｒｍａ社、米国イリノイ州シカゴ）；５０
ｍｇ／ｋｇの５−フルオロウラシル（Ｅｂｅｗｅ  Ｐｈａｒｍａ社、オーストリア国ウィーン）；３０ｍｇ／ｋｇのフォリン酸／ロイコボリン（ＡＢＩＣ社、イスラエル国）またはパクリタキセル（ＢｉｏＡｖｅｎｉｒ  Ｌｔｄ．、イスラエル国；２５ｍｇ／ｋｇ）化学療法のいずれかを腹腔内に単一ボーラス注入として投与することにより治療した。コントロールマウス（ｎ＝５）に媒体コントロールを注入した。治療投与後２４時間に、マウスを犠牲にし、心穿刺によってＥＤＴＡ被覆チューブ中へ血液を採取した。室温において１０分間、１３００ｇにおいて全血の遠心分離によって血漿を単離した。上澄み（血漿サンプルである）を集め、群毎にプールした。さらに使用するまで、アリコートを−８０℃において貯蔵した。コントロールおよび治療血漿サンプルを、全部で３０８因子をスクリーニングするために、製造者使用説明書に従ってガラススライド型マウスＬ３０８アレイ（ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ社；カタログ番号：ＡＡＭ−ＢＬＧ−１−２）に適用した。アレイによって検出されたサイトカイン、酵素および成長因子の全リストを、表４に示している。レーザー蛍光スキャナーによって蛍光出力を検出した。正規化データを解析して２つの化学療法タイプに対する応答においてその循環レベルが変化した因子を同定した。詳細には、治療：コントロール値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、治療に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、および各化学療法のタイプ（パクリタキセル、ＦＯＬＦＯＸ）に対する応答におけるこれらのそれぞれの倍率変化を、表５中に一覧にしている。データは、ＦＯＬＦＯＸおよびパクリタキセル化学療法が上方制御および下方制御された因子の異なるプロファイルを誘発することを示している。化学療法に対する応答において上方制御された因子の多くは、血管新生、炎症、走化性および増殖などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。上方制御された血管新生誘発性因子としては、ＳＤＦ−１およびＶＥＧＦ−Ｃが挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化性因子としては：ＣＸＣＬ１４（ＢＲＡＫ）；ＣＸＣＬ１６；ＣＸＣＲ２（ＩＬ−８  ＲＢ）；ＣＸＣＲ６；ＧＭ−ＣＳＦ；ＩＬ−１α；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−３Ｒα；ＩＬ−７Ｒα；ＩＬ−９Ｒ；ＩＬ−１０；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１５；ＩＬ−１５Ｒα；ＩＬ−１７；ＩＬ−１７Ｒ；ＩＬ−１８Ｒα；ＩＬ−２０；ＩＬ−２７；ＩＬ−２８；ＩＬ−３１；ＬＩＦ；ＬＩＸ；ＬＲＰ−６；ＭａｄＣＡＭ−１；ＭＣＰ−１；Ｍ−ＣＳＦ；ＭＩＰ−１γ；ＭＩＰ−２；ＴＡＣＩ；およびＴＡＲＣが挙げられる。上方制御された増殖性成長因子としては：ＩＧＦＢＰ−１；ＴＧＦ−β１；およびＴＧＦ−β２が挙げられる。上方制御された転移誘発性因子としては：ＭＭＰ−９が挙げられる。
【００９２】
実施例３．循環宿主由来腫瘍誘発性因子に対するボルテゾミブの効果−マウスにおけるタンパク質プロファイリングアプローチ
【００９３】
分子標的薬、ボルテゾミブ（ベルケイド）は、多発性骨髄腫およびマントル細胞リンパ腫の治療用に使用されるプロテアソーム阻害薬である。そのレベルがボルテゾミブに対する応答において変化する宿主由来循環因子を同定するため、本発明者らは、ボルテゾミブで治療したナイーブ（腫瘍を有さない）マウスから得た血漿を使用してタンパク質アレイ型スクリーニングを行った。ナイーブマウスの使用は、腫瘍の存在に関係なく、ボルテゾミブに対する応答における宿主により特異的に産生された因子を同定することを可能とする。
【００９４】
ナイーブ（腫瘍を有さない）８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝５）に、１ｍｇ／ｋｇのボルテゾミブ（Ｓｅｌｌｅｃｋｃｈｅｍ社、米国テキサス州ヒューストン）を静脈内に注射した。コントロールマウス（ｎ＝５）に媒体コントロールを注入した。治療投与後２４時間に、マウスを犠牲にし、心穿刺によってＥＤＴＡ被覆チューブ中へ血液を採取した。室温において１０分間、１３００ｇにおいて全血の遠心分離によって血漿を単離した。上澄み（血漿サンプルである）を集め、群毎にプールした。さらに使用するまで、
アリコートを−８０℃において貯蔵した。コントロールおよび治療血漿サンプルを全部で３０８因子をスクリーニングするために、製造者使用説明書に従って、実施例２で使用した同じアレイであるガラススライド型マウスＬ３０８アレイ（ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ社；カタログ番号：ＡＡＭ−ＢＬＧ−１−２）に適用した（表４参照）。レーザー蛍光スキャナーによって蛍光出力を検出した。正規化データを解析してボルテゾミブ治療に対する応答においてその循環レベルが変化した因子を同定した。詳細には、治療：コントロール値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、ボルテゾミブ治療に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、およびこれらのそれぞれの倍率変化を、表６中に一覧にしている。ボルテゾミブに対する応答において上方制御された因子の多くは、血管新生、炎症、走化性および増殖などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。上方制御された血管新生誘発性因子としては；ＰＩＧＦ−２およびＶＥＧＦ−Ｄが挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化性因子としては：ＣＣＬ２８；ＩＬ−１α；ＩＬ−１Ｒ４（ＳＴ２）；ＩＬ−３；ＩＬ−５；ＩＬ−６；ＩＬ−６Ｒ；ＩＬ−１０；ＩＬ−１１；ＩＬ−１２ｐ７０；ＩＬ−１３；ＩＬ−１７Ｃ；ＩＬ−１７Ｅ；ＩＬ−３１；ＭＣＰ−１；Ｍ−ＣＳＦ；およびＭＩＰ−３βが挙げられる。上方制御された増殖性成長因子としては：ＩＧＦＢＰ−１；ＩＧＦＢＰ−３；およびＴＧＦ−β３が挙げられる。
【００９５】
実施例４．循環宿主由来腫瘍誘発性因子に対する放射線療法の効果−マウスにおけるタンパク質プロファイリングアプローチ
【００９６】
そのレベルが放射線療法に対する応答において変化する宿主由来循環因子を同定するため、本発明者らは、ナイーブ（腫瘍を有さない）放射線照射したマウスから得た血漿を使用してタンパク質アレイ型スクリーニングを行った。ナイーブマウスの使用は、腫瘍の存在に関係なく、放射線療法に対する応答における宿主により特異的に産生された因子を同定することを可能とする。
【００９７】
ナイーブ（腫瘍を有さない）８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝５）を、室温において、全線量２Ｇｙ（グレイ）のため、４０ｃＧｙ（センチグレイ）毎分の線量速度においてＥｌｅｋｔａ  Ｐｒｅｃｉｓｅ（ＥｌｅｋｔａＯｎｃｏｌｏｇｙ  Ｓｙｓｔｅｍｓ社）を用いて直線加速器６ＭｅＶ（メガ電子ボルト）電子ビームで、腹腔に局所照射した。コントロールマウス（ｎ＝５）は放射線照射しなかった。放射線照射後２４時間に、マウスを犠牲にし、心穿刺によってＥＤＴＡ被覆チューブ中へ血液を採取した。室温において１０分間、１３００ｇにおいて全血の遠心分離によって血漿を単離した。上澄み（血漿サンプルである）を集め、群毎にプールした。さらに使用するまで、アリコートを−８０℃において貯蔵した。コントロールおよび治療血漿サンプルを、全部で５３因子をスクリーニングするために膜型プロテオームプロファイル血管新生アレイ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ社；カタログ番号：ＡＲＹ０１５）に適用した。アレイによって検出されたサイトカイン、酵素および成長因子の全リストを、表７に示している。現像したＸ線フィルムのピクセル密度を透過式濃度計および画像解析ソフトウェアを用いて解析した。正規化データを解析して放射線照射に対する応答においてその循環レベルが変化した因子を同定した。詳細には、治療：コントロール値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、放射線照射に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、およびこれらのそれぞれの倍率変化を、表８中に一覧にしている。放射線照射に対する応答において上方制御された因子の多くは、血管新生、炎症、走化性および増殖などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。上方制御された血管新生誘発性因子としては：アンジオゲニン；アンジオポエチン−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；ＰＬＧＦ−２；およびＳＤＦ−１が挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化
性因子としては：ＩＬ−１０；およびＭＣＰ−１が挙げられる。上方制御された増殖性成長因子としては：ＥＧＦ；およびＦＧＦ−１が挙げられる。
【００９８】
実施例５．循環宿主由来腫瘍誘発性因子に対する外科手術の効果−マウスにおけるタンパク質プロファイリングアプローチ
【００９９】
そのレベルが外科手術に対する応答において変化する宿主由来循環因子を同定するため、本発明者らは、外科手術を行ったナイーブ（腫瘍を有さない）マウスから得た血漿を使用してタンパク質アレイ型スクリーニングを行った。ナイーブマウスの使用は、腫瘍の存在に関係なく、外科手術に対する応答における宿主により特異的に産生された因子を同定することを可能とする。
【０１００】
ナイーブ（腫瘍を有さない）８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝５）は外科手術を行った。詳細には、マウスの腹部において１ｃｍ切開を行って、次いで縫合した。コントロールマウスは手術しなかった（ｎ＝５マウス／群）。外科手術後２４時間に、マウスを犠牲にし、心穿刺によってＥＤＴＡ被覆チューブ中へ血液を採取した。室温において１０分間、１３００ｇにおいて全血の遠心分離によって血漿を単離した。上澄み（血漿サンプルである）を集め、群毎にプールした。さらに使用するまで、アリコートを−８０℃において貯蔵した。コントロールおよび手術後血漿サンプルを、全部で５３因子をスクリーニングするために、実施例４で使用した同じアレイ（表７参照）である、膜型プロテオームプロファイル血管新生アレイ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ社；カタログ番号：ＡＲＹ０１５）に適用した。現像したＸ線フィルムのピクセル密度を透過式濃度計および画像解析ソフトウェアを用いて解析した。正規化データを解析して外科手術に対する応答においてその循環レベルが変化した因子を同定した。詳細には、手術後：コントロール値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、外科手術に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、およびこれらのそれぞれの倍率変化を、表９中に一覧にしている。外科手術後上方制御された因子の多くは、血管新生、炎症、および走化性などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。上方制御された血管新生誘発性因子としては：アンジオポエチン−１；ＰＤＧＦ−ＡＡ；ＰＤＧＦ−ＢＢ；およびＰＬＧＦ−２が挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化性因子としては：ＭＣＰ−１が挙げられる。
【０１０１】
実施例６．循環宿主由来腫瘍誘発性因子に対する免疫チェックポイント阻害薬療法の効果−マウスにおけるタンパク質プロファイリングアプローチ
【０１０２】
そのレベルが免疫チェックポイント阻害薬療法に対する応答において変化する宿主由来循環因子を同定するため、本発明者らは、ナイーブ（腫瘍を有さない）マウスを用いて３タンパク質アレイ型スクリーニングを行った。ナイーブマウスの使用は、腫瘍に関係なく、治療に対する応答における宿主により特異的に産生された因子を同定することを可能とする。
【０１０３】
第一スクリーニングにおいて、ナイーブ８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃマウス（ｎ＝３）に、１週間の期間にわたって２日毎に２００μｇ／マウス２０ｇの用量で、抗ＰＤ−１ラット抗マウス抗体（ＢｉｏＸＣｅｌｌ社、米国ニューハンプシャー州ウェストレバノン）を腹腔内注射した（全部で３回注射した）。コントロールマウス（ｎ＝３）に、同用量でラット抗マウスＩｇＧ抗体を同様に注射した。第一注射後１週間目、マウスを犠牲にし、心穿刺によってＥＤＴＡ被覆チューブ中へ血液を採取した。室温において１０分間、１３００ｇにおいて全血の遠心分離によって血漿を単離した。上澄み（血漿サンプルである）を集め、群毎にプールした。さらに使用するまで、アリコートを−８０℃において貯蔵し
た。血漿サンプルを、全部で１１１因子をスクリーニングするために膜型プロテオームプロファイルマウスＸＬサイトカインアレイ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ社；カタログ番号：ＡＲＹ０２８）に適用した。アレイによって検出されたサイトカイン、酵素および成長因子の全リストを、表１０に示している。現像したＸ線フィルムのピクセル密度を透過式濃度計および画像解析ソフトウェアを用いて解析した。正規化データを解析して抗ＰＤ−１治療に対する応答においてその循環レベルが変化した因子を同定した。詳細には、治療：コントロール値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、抗ＰＤ−１治療に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、およびこれらのそれぞれの倍率変化を、表１１中に一覧にしている。抗ＰＤ−１治療に対する応答において上方制御された因子の多くは、血管新生、炎症、走化性および増殖などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。上方制御された血管新生誘発性因子としては：Ｇ−ＣＳＦ；ＧＭ−ＣＳＦ；およびＰＤＧＦ−ＢＢが挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化性因子としては：ＣＣＬ１７／ＴＡＲＣ；ＣＣＬ５／ＲＡＮＴＥＳ；Ｇ−ＣＳＦ；ＧＭ−ＣＳＦ；ＩＦＮ−γ；ＩＬ−１Ｒα；ＩＬ−２；ＩＬ−６；ＩＬ−７；ＩＬ−１０；ＩＬ−１２ｐ４０；ＩＬ−１３；ＩＬ−３３；およびＭ−ＣＳＦが挙げられる。上方制御された増殖性成長因子としては：ＦＧＦ−２１；Ｇａｓ６；およびＨＧＦが挙げられる。上方制御された転移誘発性因子としては：ＭＭＰ−９が挙げられる。
【０１０４】
第二スクリーニングでは、ナイーブ８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃ、雄ＢＡＬＢ／ｃ、雌Ｃ５７Ｂｌ／６または雄Ｃ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝７マウス／群）に、１回の注射毎に２００μｇ／マウス２０ｇの用量で、１週間の期間にわたって隔日毎に抗ＰＤ−Ｌ１またはコントロールＩｇＧ抗体（ＢｉｏＸＣｅｌｌ社、米国ニューハンプシャー州ウェストレバノン）を腹腔内に注射した（全部で３回注射した）。最後の投与後２４時間目、マウスを犠牲にし、血液を採取して血漿を調整した。各群から得られた血漿サンプルをプールし、全部で２００因子をスクリーニングするために、製造者使用説明書に従ってガラススライド型Ｑｕａｎｔｉｂｏｄｙマウスサイトカインアレイ（ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ社；カタログ番号：ＱＡＭ−ＣＡＡ−４０００）に適用した。アレイによって検出されたサイトカイン、酵素および成長因子の全リストを、表１２に示している。治療：コントロール値の比の算出によってタンパク質アレイで各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、およびこれらのそれぞれの倍率変化を、表１３中に一覧にしている。データは、異なるマウス系統間を比較または同系統の雄および雌間を比較する場合に、上方制御および下方制御された因子のプロファイルが完全に重なるわけではないことを示している。このことは、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答が遺伝子型依存性であり、したがって、個別に試験することができることを示唆している。抗ＰＤ−Ｌ１治療に対する応答において上方制御された因子の多くは、炎症、走化性および増殖などの腫瘍誘発性および転移誘発性過程におけるキープレーヤーである。上方制御された血管新生誘発性因子としては：Ｇ−ＣＳＦ；およびＳＣＦが挙げられる。上方制御された炎症誘発性および／または走化性因子としては：エオタキシン−２；Ｇ−ＣＳＦ；ＩＬ−１ｒａ；ＩＬ−６；ＩＬ−７；ＩＬ−３３；Ｉ−ＴＡＣ；ＭａｄＣＡＭ−１；ＭＣＰ−５；ＳＣＦ；およびＴＡＣＩが挙げられる。上方制御された増殖性成長因子としては：アンフィレグリン；Ａｘｌ；ＥＧＦ；およびＨＧＦが挙げられる。上方制御された転移誘発性因子としては：ＡＤＡＭＴＳ１およびプロＭＭＰ９が挙げられる。
【０１０５】
宿主細胞タイプがこれらの腫瘍誘発性因子を分泌する洞察を得るために、本発明者らは、抗ＰＤ−１またはコントロールＩｇＧ抗体で治療したＢＡＬＢ／ｃおよびＳＣＩＤマウス間を比較して同様なスクリーニングを行った。ＳＣＩＤマウスは、ＢＡＬＢ／ｃバックグラウンド上の重症複合免疫不全（ＳＣＩＤ）変異を有し、したがって、機能的適応免疫細胞タイプ（Ｂ細胞およびＴ細胞）を欠く。ナイーブ８〜１０週齢雌ＢＡＬＢ／ｃまたは
ＳＣＩＤマウス（群当たりｎ＝７マウス）に、１回の注射毎に２００μｇ／マウス２０ｇの用量で、１週間の期間にわたって隔日毎に（全部で３回注射した）、抗ＰＤ−１またはコントロールＩｇＧ抗体（ＢｉｏＸＣｅｌｌ社、米国ニューハンプシャー州ウェストレバノン）を腹腔内に注射した。最後の投与後２４時間目、マウスを犠牲にし、血液を採取して血漿を調整した。各群から得られた血漿サンプルをプールし、全部で２００因子をスクリーニングするために、製造者使用説明書に従って、上記第二スクリーニングで使用した同じアレイである（表１２参照）ガラススライド型Ｑｕａｎｔｉｂｏｄｙマウスサイトカインアレイ（ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ社；カタログ番号：ＱＡＭ−ＣＡＡ−４０００）に適用した。治療：コントロール値の比の算出によってタンパク質アレイで各因子について倍率変化を決定した。１．５超または０．５未満の倍率変化を示す因子を、抗ＰＤ−１治療に対する応答において、それぞれ、上方制御または下方制御されたと定義した。これらの因子、およびこれらのそれぞれの倍率変化を、表１４中に一覧にしている。いくつかの因子は抗ＰＤ−１治療に対する応答において上方制御されることが分かったが、この一部は、ＢＡＬＢ／ｃマウスに対して特異的であったが、ＳＣＩＤマウスに対して特異的でなく、例えば、ＡＤＡＭＴＳ１；アンフィレグリン、Ｉ−ＴＡＣおよびＳＣＦであった。これらの結果は、これらの特異的因子が抗ＰＤ−１治療に対する応答において適応免疫系の細胞によって分泌されることを示唆している。
【０１０６】
実施例７．宿主応答スコアは、患者予後について予測値を有する
【０１０７】
全１７名の結腸直腸がん患者（実施例１の１９名の結腸直腸がん患者から）を本研究に登録した。患者の特性を表１５に纏めている。ハエメク（ＨａＥｍｅｋ）メディカルセンター（イスラエル国アフラ）において、標準的レジメンに従って、全患者は、フォリン酸／フルオロウラシル／オキサリプラチン（ＦＯＬＦＯＸ）化学療法を受けた。ｉ）化学療法の投与を受ける直前（治療前）；ｉｉ）化学療法の投与を受けた後２４時間目（治療後）の２つの時点において、血液サンプルを患者から採血した（ＥＤＴＡ被覆チューブ中へ）。室温において１０分間１３００ｇでの遠心分離により全血から血漿サンプルを調製した。１６０因子の血漿レベルを抗体アレイ（ＲａｙＢｉｏｔｅｃｈ社；ヒトサイトカインアレイＧＳ２０００およびＧＳ４０００）によって分析した。治療後：治療前の値の比の算出によって各因子について倍率変化を決定した（表２および３参照）。以下に従って、因子の倍率変化の一次関数に基づいて、宿主応答（ＨＲ）スコアを算出した。
【０１０８】
【数１】
2020522707.tif 000002
【０１０９】
式中、
（ｎ）＝因子の番号（因子１・・・因子ｎ、級数を表す数学的方程式において許されるフォーマット）；
ＦＣ＝因子ｎの倍率変化；
Ｔ＝閾値
Ｗ＝因子ｎの重量（因子の作用強度−より強力な因子はより高い重量を有する）；
Ｉｆは、因子（ｎ）の倍率変化が規定閾値（Ｔ）を超える場合、算出するものとみなされることを意味する；そうでない場合は省略される。本発明によれば、本発明者らは、Ｔｕｐは１．５であり、Ｔｄｏｗｎは０．５であると定義した。
【０１１０】
ＦＣは、治療前の因子の値によって割った治療後の因子の値に基づいた因子（ｎ）の倍率変化を指定する。関連する因子の中で、本発明者らは、その発現レベルが閾値（Ｔ）内
である因子のみ考慮する。閾値は、検出範囲を指定する。加えて、因子（ｎ）の重量は、生体腫瘍誘発性経路因子（ｎ）の数が関与することが公知であることに基づく。詳細には、いくつかの生体腫瘍誘発性経路に影響を与える因子は、少数の生体腫瘍誘発性経路にしか影響を与えない因子より高い重量を受けるだろう。重量は、文献中の生物学的解釈に従って定義される。
【０１１１】
生存期間に応じて、患者を２群に分離した。図１に示されたカプランマイヤー生存曲線は、８の値より大きいＨＲを有する患者は、８以下のスコアを有する患者より悪い生存期間を示したことを示している（生存期間メジアン５年対８年；ｐ値＝０．００１）。
【０１１２】
本実施例は、特定のがん治療に対するがん患者の好ましいまたは好ましくない応答を示すことに加えて、本発明の方法は、スコアリング方法を用いて宿主応答の定量化によって生存期間に関する患者予後に関する予測値も提供することを示している。
【０１１３】
【表１】
2020522707.tif 000003
【０１１４】
【表２−１】
2020522707.tif 000004
【表２−２】
2020522707.tif 000005
【表２−３】
2020522707.tif 000006
【表２−４】
2020522707.tif 000007
【０１１５】
【表３−１】
2020522707.tif 000008
【表３−２】
2020522707.tif 000009
【表３−３】
2020522707.tif 000010
【表３−４】
2020522707.tif 000011
【０１１６】
【表４】
2020522707.tif 000012
【０１１７】
【表５−１】
2020522707.tif 000013
【表５−２】
2020522707.tif 000014
【０１１８】
【表６−１】
2020522707.tif 000015
【表６−２】
2020522707.tif 000016
【０１１９】
【表７−１】
2020522707.tif 000017
【表７−２】
2020522707.tif 000018
【０１２０】
【表８】
2020522707.tif 000019
【０１２１】
【表９】
2020522707.tif 000020
【０１２２】
【表１０】
2020522707.tif 000021
【０１２３】
【表１１】
2020522707.tif 000022
【０１２４】
【表１２−１】
2020522707.tif 000023
【表１２−２】
2020522707.tif 000024
【０１２５】
【表１３】
2020522707.tif 000025
【０１２６】
【表１４】
2020522707.tif 000026
【０１２７】
【表１５】
2020522707.tif 000027
【０１２８】
【表１６】
2020522707.tif 000028
【０１２９】
参考文献
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【図１】
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【国際調査報告】
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