(57)【要約】本明細書に開示されるのは、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する薬剤の、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連する。さらに本明細書に開示されるのは、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法であって：個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；前記ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および、前記個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程、を含む方法である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法であって、前記個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、前記ＮＥＴは、（１）Ｔｒｋ融合タンパク質または（２）遺伝子転座を受けたＮＴＲＫ遺伝子に関係している方法。
【請求項２】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣチロシンキナーゼシグナル伝達ドメインを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が構成的に活性である、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が：
（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド以外のポリペプチドの配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および
（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチドの配列を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域を含み、前記Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が、
（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１遺伝子配列からの配列に対応する、第１の領域；および
（ｂ）ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子配列に対応する、第２の領域
を含む核酸配列を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
前記ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質がＥＴＶ６−ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質である、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が：
（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１ポリペプチドの配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および
（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチドの配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、前記Ｃ末端ポリペプチド領域が、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
前記Ｎ末端ポリペプチド領域がＥＴＶ６ポリペプチド配列を含む、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記Ｃ末端ポリペプチド領域がＴｒｋＣポリペプチド配列を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が：
（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド以外のポリペプチドの配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および
（ｂ）ＴｒｋＡポリペプチドの配列を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域を含み、ここでは前記Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＡキナーゼ活性を含み；、
そして、前記融合タンパク質は、ＴＰ５３−ＴｒｋＡ、ＬＭＮＡ−ＴｒｋＡ、ＣＤ７４−ＴｒｋＡ、ＴＦＧ−ＴｒｋＡ、ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ、ＮＦＡＳＣ−ＴｒｋＡ、ＢＣＡＮ−ＴｒｋＡ、ＭＰＲＩＰ−ＴｒｋＡ、ＴＰＲ−ＴｒｋＡ、ＲＦＷＤ２−ＴｒｋＡ、ＩＲＦ２ＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＡ、ＳＳＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ−ＴｒｋＡ、Ｃ１８ＯＲＦ８−ＴｒｋＡ、ＲＮＦ２１３−ＴｒｋＡ、ＴＢＣ１Ｄ２２Ａ−ＴｒｋＡ、Ｃ２００ＲＦ１１２−ＴｒｋＡ、ＤＮＥＲ−ＴｒｋＡ、ＡＲＨＧＥＦ２−ＴｒｋＡ、ＣＨＴＯＰ−ＴｒｋＡ、ＰＰＬ−ＴｒｋＡ、ＰＬＥＫＨＡ６−ＴｒｋＡ、ＰＥＡＲ１−ＴｒｋＡ、ＭＲＰＬ２４−ＴｒｋＡ、ＭＤＭ４−ＴｒｋＡ、ＬＲＲＣ７１−ＴｒｋＡ、ＧＲＩＰＡＰ１−ＴｒｋＡ、ＥＰＳ１５−ＴｒｋＡ、ＤＹＮＣ２Ｈ１−ＴｒｋＡ、ＣＥＬ−ＴｒｋＡ、ＥＰＨＢ２−ＴｒｋＡまたはＴＧＦ−ＴｒｋＡ融合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１１】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が：
（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド以外のポリペプチドの配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および
（ｂ）ＴｒｋＢポリペプチドの配列を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域を含み、ここでは前記Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＢキナーゼ活性を含み；
そして、前記融合タンパク質は、ＮＡＣＣ２−ＴｒｋＢ、ＱＫＩ−ＴｒｋＢ、ＡＦＡＰ１−ＴｒｋＢ、ＰＡＮ３−ＴｒｋＢ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＢ、ＴＲＩＭ２４−ＴｒｋＢ、ＶＣＬ−ＴｒｋＢ、ＡＧＢＬ４−ＴｒｋＢまたはＤＡＢ２ＩＰ−ＴｒｋＢ融合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
前記Ｔｒｋ融合タンパク質が：
（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチドの配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および
（ｂ）ＴｒｋＣポリペプチドの配列を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域を含み、ここでは前記Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＣキナーゼ活性を含み；
そして、前記融合タンパク質は、ＥＴＶ６−ＴｒｋＣ、ＢＴＢＤ１−ＴｒｋＣ、ＬＹＮ−ＴｒｋＣ、ＲＢＰＭＳ−ＴｒｋＣ、ＥＭＬ４−ＴｒｋＣ、ＨＯＭＥＲ２−ＴｒｋＣ、ＴＦＧ−ＴｒｋＣ、ＦＡＴ１−ＴｒｋＣまたはＴＥＬ−ＴｒｋＣ融合タンパク質である、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤がキナーゼ阻害剤である、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤が、エヌトレクチニブ、ＲＸＤＸ−１０２、アルチラチニブ、ラロトレクチニブ、ＬＯＸＯ−１９５、シトラバチニブ、カボザンチニブ、メレスチニブ、ドビチニブ、クリゾチニブ、ＴＳＲ−０１１、ＤＳ−６０５１、ＰＬＸ７４８６、レスタウルチニブ、ダヌセルチブ、Ｆ１７７５２、ＡＺＤ６９１８、ＡＺＤ７４５１またはＡＺ−２３、あるいは、その薬学的に許容可能な塩である、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記薬剤が、エヌトレクチニブまたはその薬学的に許容可能な塩である、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記ＮＥＴが前腸、中腸または後腸のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＮＥＴが消化器のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＮＥＴが小腸のＮＥＴ（ＳＩ−ＮＥＴ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＮＥＴが大腸のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＮＥＴが直腸のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＮＥＴが胃腸のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＮＥＴが膵臓のＮＥＴ（ＰＮＥＴ）である、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＮＥＴが気管支のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＮＥＴが虫垂、卵巣または甲状腺のＮＥＴである、請求項１に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＮＥＴが未知の原発巣のものである、請求項１に記載の方法。
【請求項２６】
前記原発性ＮＥＴが二次組織に転移した、請求項１に記載の方法。
【請求項２７】
前記二次組織がリンパ節、腸間膜、肝臓、骨、肺または脳である、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
前記薬剤が１次治療または最前線の治療として利用される、請求項１に記載の方法。
【請求項２９】
前記薬剤が２次治療またはサルベージ治療として利用される、請求項１に記載の方法。
【請求項３０】
前記個体が以前の化学療法処置レジメンの後で、安定的または進行性の疾患を患っている、請求項１に記載の方法。
【請求項３１】
前記以前の化学療法処置レジメンが、カペシタビン、５−フルオロウラシル、ドキソルビシン、エトポシド、ダカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、シスプラチン、シクロホスファミド、サリドマイドまたはそれらの任意の組み合わせを用いる処置を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記個体に追加的な治療をさらに投与する工程を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３３】
前記追加的な治療がＴｒｋタンパク質を阻害する第二の薬剤である、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
前記追加的な治療が、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＴＧＦ−β経路阻害剤、細胞周期阻害剤、ソマトスタチンアナログ、インターフェロンまたは血管新生阻害剤を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記ソマトスタチンアナログが、オクトレオチド、オクトレオテート、パシレオチドまたはランレオチドである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３６】
前記ソマトスタチンアナログが放射標識される、請求項３４に記載の方法。
【請求項３７】
放射標識されたソマトスタチンアナログが、［ＤＯＴＡ０，Ｔｙｒ３］オクトレオテート（ルタセラ）である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
前記インターフェロンがＩ型インターフェロンである、請求項３４に記載の方法。
【請求項３９】
前記Ｉ型インターフェロンが、ＩＦＮ−αである、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記追加的な治療が、エベロリムス、テムシロリムス、ベバシズマブ、スニチニブまたはソラフェニブである、請求項３４に記載の方法。
【請求項４１】
前記追加的な治療が、手術、化学療法または放射線治療を含む、請求項３２に記載の方法。
【請求項４２】
前記個体がカルチノイド症候群を患う、請求項１に記載の方法。
【請求項４３】
前記個体に前記カルチノイド症候群に対する処置を投与する工程をさらに含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
前記カルチノイド症候群に対する前記処置が抗セロトニン薬剤である、請求項４３に記載の方法。
【請求項４５】
前記抗セロトニン薬剤がソマトスタチンアナログである、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】
前記ソマトスタチンアナログが、オクトレオチド、オクトレオテート、パシレオチドまたはランレオチドである、請求項４５に記載の方法。
【請求項４７】
個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法であって：
（ａ）前記個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを提供する工程；
（ｂ）前記ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および
（ｃ）前記個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する薬剤を投与する工程
を含む、方法。
【請求項４８】
前記ＮＥＴ遺伝子材料のサンプルが、ホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍生検サンプルから得られた全核酸である、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
前記腫瘍サンプルがＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定するために、前記ＮＥＴ遺伝子材料の少なくとも一部をシーケンシングする工程をさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５０】
前記ＮＥＴ遺伝子材料が、全ゲノムＤＮＡシーケンシング、全エクソームシーケンシング、標的とされたＤＮＡのシーケンシング、標的とされたＲＮＡのシーケンシング、または、全トランスクリプトームＲＮＡシーケンシングによってシーケンシングされる、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定する前に、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３に特異的なプライマーを使用して、前記ＮＥＴ遺伝子材料を増幅させる工程をさらに含む、請求項４７に記載の方法。
【請求項５２】
前記ＮＥＴ腫瘍サンプルのＮＴＲＫ発現の量またはＴｒｋタンパク質レベルを検知する工程をさらに含み、ここでは、ＮＴＲＫ発現またはＴｒｋタンパク質レベルの上昇がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合の指標となる、請求項４８に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
本出願は、２０１７年８月２２日に出願された非仮特許出願第ＵＳ１５／６８３，６３０の利益を主張するものであり、これは参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００２】
わずか３３ヵ月という生存期間の中央値を以て、転移性神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を患う患者は、以前に理解されていた以上に予後が悪い。過去３０年にわたり発生率は５倍の増加報告および１００，０００人あたり３５人の有病率を以て、ＮＥＴの診断と処置は重要で未解決な医学的ニーズとなっている。
【発明の概要】
【０００３】
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３チロシンキナーゼシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、構成的に活性である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含むＮ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は：（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１遺伝子配列からの配列に対応する、第１の領域；および（ｂ）ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子配列に対応する、第２の領域を含む、核酸配列を含む。
【０００４】
本明細書に開示される前述の方法では、いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質はＥＴＶ６−ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は；（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１ポリペプチド配列の配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、Ｎ末端ポリペプチド領域はＥＴＶ６ポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態において、Ｃ末端ポリペプチド領域はＴｒｋＣポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＡキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、当該融合タンパク質は、ＴＰ５３−ＴｒｋＡ、ＬＭＮＡ−ＴｒｋＡ、ＣＤ７４−ＴｒｋＡ、ＴＦＧ−ＴｒｋＡ、ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ、ＮＦＡＳＣ−ＴｒｋＡ、ＢＣＡＮ−ＴｒｋＡ、ＭＰＲＩＰ−ＴｒｋＡ、ＴＰＲ−ＴｒｋＡ、ＲＦＷＤ２−ＴｒｋＡ、ＩＲＦ２ＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＡ、ＳＳＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ−ＴｒｋＡ、Ｃ１８ＯＲＦ８−ＴｒｋＡ、ＲＮＦ２１３−ＴｒｋＡ、ＴＢＣ１Ｄ２２Ａ−ＴｒｋＡ、Ｃ２００ＲＦ１１２−ＴｒｋＡ、ＤＮＥＲ−ＴｒｋＡ、ＡＲＨＧＥＦ２−ＴｒｋＡ、ＣＨＴＯＰ−ＴｒｋＡ、ＰＰＬ−ＴｒｋＡ、ＰＬＥＫＨＡ６−ＴｒｋＡ、ＰＥＡＲ１−ＴｒｋＡ、ＭＲＰＬ２４−ＴｒｋＡ、ＭＤＭ４−ＴｒｋＡ、ＬＲＲＣ７１−ＴｒｋＡ、ＧＲＩＰＡＰ１−ＴｒｋＡ、ＥＰＳ１５−ＴｒｋＡ、ＤＹＮＣ２Ｈ１−ＴｒｋＡ、ＣＥＬ−ＴｒｋＡ、ＥＰＨＢ２−ＴｒｋＡまたはＴＧＦ−ＴｒｋＡ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＢポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＢキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、当該融合タンパク質は、ＮＡＣＣ２−ＴｒｋＢ、ＱＫＩ−ＴｒｋＢ、ＡＦＡＰ１−ＴｒｋＢ、ＰＡＮ３−ＴｒｋＢ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＢ、ＴＲＩＭ２４−ＴｒｋＢ、ＶＣＬ−ＴｒｋＢ、ＡＧＢＬ４−ＴｒｋＢまたはＤＡＢ２ＩＰ−ＴｒｋＢ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＣポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＣキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、当該融合タンパク質は、ＥＴＶ６−ＴｒｋＣ、ＢＴＢＤ１−ＴｒｋＣ、ＬＹＮ−ＴｒｋＣ、ＲＢＰＭＳ−ＴｒｋＣ、ＥＭＬ４−ＴｒｋＣ、ＨＯＭＥＲ２−ＴｒｋＣ、ＴＦＧ−ＴｒｋＣ、ＦＡＴ１−ＴｒｋＣまたはＴＥＬ−ＴｒｋＣ融合タンパク質である。
【０００５】
本明細書に開示される前述の方法では、いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はキナーゼ阻害剤である。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、エヌトレクチニブ、ＲＸＤＸ−１０２、アルチラチニブ、ラロトレクチニブ、ＬＯＸＯ−１９５、シトラバチニブ、カボザンチニブ、メレスチニブ、ドビチニブ、クリゾチニブ、ＴＳＲ−０１１、ＤＳ−６０５１、ＰＬＸ７４８６、レスタウルチニブ、ダヌセルチブ、Ｆ１７７５２、ＡＺＤ６９１８、ＡＺＤ７４５１またはＡＺ−２３、あるいは、その薬学的に許容可能な塩である。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はエヌトレクチニブである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは前腸、中腸または後腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは消化器のネットである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは小腸のＮＥＴ（ＳＩ−ＮＥＴ）である。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは大腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは直腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは胃腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは膵臓のＮＥＴ（ＰＮＥＴ）である。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは気管支のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは虫垂、卵巣または甲状腺のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは未知の原発巣のものである。いくつかの実施形態において、原発性ＮＥＴは二次組織に転移している。いくつかの実施形態において、二次組織は、リンパ節、腸間膜、肝臓、骨、肺または脳である。いくつかの実施形態において、薬剤は１次治療または最前線の治療として利用される。いくつかの実施形態において、薬剤は２次治療またはサルベージ治療として利用される。いくつかの実施形態において、個体は以前の化学療法処置レジメンの後で、安定的または進行性の疾患を患っている。いくつかの実施形態において、以前の化学療法処置レジメンは、カペシタビン、５−フルオロウラシル、ドキソルビシン、エトポシド、ダカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、シスプラチン、シクロホスファミド、サリドマイドまたはその任意の組み合わせを用いる処置を含む。
【０００６】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示される前述の方法は、個体に追加的な治療を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、追加的な治療は、Ｔｒｋタンパク質を阻害する二次薬剤である。いくつかの実施形態において、追加的な治療は、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＴＧＦ−β経路阻害剤、細胞周期阻害剤、ソマトスタチンアナログ、インターフェロンまたは血管新生阻害剤を含む。いくつかの実施形態において、ソマトスタチンアナログは、オクトレオチド、オクトレオテート、パシレオチドまたはランレオチドである。いくつかの実施形態において、ソマトスタチンアナログは、放射標識される。いくつかの実施形態において、放射標識されたソマトスタチンアナログは、［ＤＯＴＡ０，Ｔｙｒ３］オクトレオテート（ルタセラ）である。いくつかの実施形態において、インターフェロンは、Ｉ型インターフェロンである。いくつかの実施形態において、Ｉ型インターフェロンは、ＩＦＮ−αである。いくつかの実施形態において、追加的な治療は、エベロリムス、テムシロリムス、ベバシズマブ、スニチニブまたはソラフェニブである。いくつかの実施形態において、追加的な治療は、手術、化学療法または放射線治療を含む。いくつかの実施形態では、個体はカルチノイド症候群を患う。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される前述の方法は、個体に追加的なカルチノイド症候群のための処置を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、カルチノイド症候群のための処置は、抗セロトニン薬剤である。いくつかの実施形態において、反セロトニン作用薬はソマトスタチンアナログである。いくつかの実施形態において、ソマトスタチンアナログは、オクトレオチド、オクトレオテート、パシレオチドまたはランレオチドである。
【０００７】
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍が，ＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する薬剤を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、ＮＥＴ遺伝子材料のサンプルは、ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍生検サンプルから得られる全核酸である。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、腫瘍サンプルがＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定するために、ＮＥＴ遺伝子材料をシーケンシングする工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、ＮＥＴ遺伝子材料は、全ゲノムＤＮＡシーケンシング、全エクソームシーケンシング、標的とされたＤＮＡのシーケンシング、標的とされたＲＮＡのシーケンシング、または、全トランスクリプトームＲＮＡシーケンシングによって、シーケンシングされる。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定する前に、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３に特異的なプライマーを使用して、ＮＥＴ遺伝子材料を増幅させる工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、ＮＥＴ腫瘍サンプルのＮＴＲＫ発現の量またはＴｒｋタンパク質レベルを検知する工程を含み、ここでは、ＮＴＲＫ発現またはＴｒｋタンパク質レベルの上昇がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合の指標となる。
【０００８】
さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における消化器（ＧＩ）の神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、当該処置方法は、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を個体に投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けたあるいはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３チロシンキナーゼシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、構成的に活性である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は、（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は：（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１ポリペプチド配列の配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、Ｎ末端基ポリペプチド領域はＥＴＶ６ポリペプチド配列を含む。いくつかの実施形態において、Ｃ末端ポリペプチド領域はＴｒｋＣポリペプチド配列を含む。
【０００９】
本明細書に開示されるＧＩ−ＮＥＴを処置する前述の方法では、いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端基ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＡキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、当該融合タンパク質は、ＴＰ５３−ＴｒｋＡ、ＬＭＮＡ−ＴｒｋＡ、ＣＤ７４−ＴｒｋＡ、ＴＦＧ−ＴｒｋＡ、ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ、ＮＦＡＳＣ−ＴｒｋＡ、ＢＣＡＮ−ＴｒｋＡ、ＭＰＲＩＰ−ＴｒｋＡ、ＴＰＲ−ＴｒｋＡ、ＲＦＷＤ２−ＴｒｋＡ、ＩＲＦ２ＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＡ、ＳＳＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ−ＴｒｋＡ、Ｃ１８ＯＲＦ８−ＴｒｋＡ、ＲＮＦ２１３−ＴｒｋＡ、ＴＢＣ１Ｄ２２Ａ−ＴｒｋＡ、Ｃ２００ＲＦ１１２−ＴｒｋＡ、ＤＮＥＲ−ＴｒｋＡ、ＡＲＨＧＥＦ２−ＴｒｋＡ、ＣＨＴＯＰ−ＴｒｋＡ、ＰＰＬ−ＴｒｋＡ、ＰＬＥＫＨＡ６−ＴｒｋＡ、ＰＥＡＲ１−ＴｒｋＡ、ＭＲＰＬ２４−ＴｒｋＡ、ＭＤＭ４−ＴｒｋＡ、ＬＲＲＣ７１−ＴｒｋＡ、ＧＲＩＰＡＰ１−ＴｒｋＡ、ＥＰＳ１５−ＴｒｋＡ、ＤＹＮＣ２Ｈ１−ＴｒｋＡ、ＣＥＬ−ＴｒｋＡ、ＥＰＨＢ２−ＴｒｋＡまたはＴＧＦ−ＴｒｋＡ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＢポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＢキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、当該融合タンパク質は、ＮＡＣＣ２−ＴｒｋＢ、ＱＫＩ−ＴｒｋＢ、ＡＦＡＰ１−ＴｒｋＢ、ＰＡＮ３−ＴｒｋＢ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＢ、ＴＲＩＭ２４−ＴｒｋＢ、ＶＣＬ−ＴｒｋＢ、ＡＧＢＬ４−ＴｒｋＢあるいはＤＡＢ２ＩＰ−ＴｒｋＢ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＣポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＣキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、当該融合タンパク質は、ＥＴＶ６−ＴｒｋＣ、ＢＴＢＤ１−ＴｒｋＣ、ＬＹＮ−ＴｒｋＣ、ＲＢＰＭＳ−ＴｒｋＣ、ＥＭＬ４−ＴｒｋＣ、ＨＯＭＥＲ２−ＴｒｋＣ、ＴＦＧ−ＴｒｋＣ、ＦＡＴ１−ＴｒｋＣまたはＴＥＬ−ＴｒｋＣ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はキナーゼ阻害剤である。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、エヌトレクチニブ、ＲＸＤＸ−１０２、アルチラチニブ、ラロトレクチニブ、ＬＯＸＯ−１９５、シトラバチニブ、カボザンチニブ、メレスチニブ、ドビチニブ、クリゾチニブ、ＴＳＲ−０１１、ＤＳ−６０５１、ＰＬＸ７４８６、レスタウルチニブ、ダヌセルチブ、Ｆ１７７５２、ＡＺＤ６９１８、ＡＺＤ７４５１またはＡＺ−２３、あるいは、その薬学的に許容可能な塩である。いくつかの実施形態において、薬剤は、エヌトレクチニブ、またはその薬学的に許容可能な塩である。いくつかの実施形態において、消化器のＮＥＴは小腸、大腸、膵臓、虫垂、胃、直腸、または原発巣が未知のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、原発性ＮＥＴは二次組織に転移している。いくつかの実施形態において、二次組織は、リンパ節、腸間膜、肝臓、骨、肺または脳である。
【００１０】
さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における消化器の神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、ＮＥＴ遺伝子材料のサンプルは、ホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍生検サンプルから得られた全核酸である。いくつかの実施形態において、さらに本明細書に開示される方法は、腫瘍サンプルがＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定するために、ＮＥＴ遺伝子材料をシーケンシングする工程を含む。いくつかの実施形態において、ＮＥＴ遺伝子材料は、全ゲノムＤＮＡシーケンシング、全エクソームシーケンシング、標的とされたＤＮＡのシーケンシング、標的とされたＲＮＡのシーケンシング、または、全トランスクリプトームＲＮＡシーケンシングによって、シーケンシングされる。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定する前に、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３に特異的なプライマーを使用して、ＮＥＴ遺伝子材料を増幅させる工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、ＭＥＴ腫瘍サンプルのＮＴＲＫ発現の量またはＴｒｋタンパク質レベルを検知する工程を含み、当該工程では、ＮＴＲＫ発現またはＴｒｋタンパク質レベルの上昇がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合の指標となる。
【００１１】
参照による組み込み
本明細書で言及されるすべての出版物、特許、および特許出願は、個々の出版物、特許、または特許出願が参照により組み込まれることが具体的かつ個別に示されている場合と同程度に、参照により本明細書に組み込まれる。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
発明の新規的特徴は、添付の特許請求の範囲に詳細に説明される。本発明の特徴および利点のより良い理解は、本発明の原理が用いられる例示的実施形態を説明する以下の詳述と添付図面とを引用することによって得られるであろう。
【図１Ａ】患者のＦＤＧ−ＰＥＴ画像を例示する。診察時の患者のＦＤＧ−ＰＥＴ画像を例示し、大きな左骨盤側壁の融合塊、複数の代謝亢進性肝臓障害、および骨格全体の無数の障害を伴う、巨大な腸骨リンパ節腫脹を含む既知の疾患領域における、広範なＦＤＧの摂取が見られる。
【図１Ｂ】患者のＦＤＧ−ＰＥＴ画像を例示する。２サイクルのエヌトレクチニブ処置後の患者のＦＤＧ−ＰＥＴ画像を例示し、骨盤のリンパ節腫脹の中で以前の融合性骨疾患（右の大腿骨近位部を比較）の改善および骨盤リンパ節腫脹の大きさと強さの低下が見られる。エヌトレクチニブ処置後に骨盤で観察される最も強い活動は、引き延ばされ、右側にずれた膀胱である。
【図２Ａ】患者のオクテレオスキャン画像を例示する。診察時の患者のオクテレオスキャンの画像（前部および後部、平面）を例示し、広範囲な骨格転移および巨大な骨盤リンパ節腫脹を含む、広範囲に広がる疾患分布が見られる。
【図２Ｂ】患者のオクテレオスキャン画像を例示する。６サイクルのエヌトレクチニブ処置後の患者の前部および後部のオクトレオスキャン画像を例示する。患者は未だに、肝臓、骨および骨盤に疾患の兆候を表しているが、診察時のオクトレオスキャンと比較して、全身腫瘍組織量に全面的な低下が見られる。最も大きく最も活動的な病巣は、左骨盤側壁および仙骨前の巨大な腫瘤に対応する。
【図３Ａ】よりわかりやすい、患者腹部の軸方向のＣＴを例示する。テモゾロミドおよびカペシタビン化学療法の初回テスト後に得られた、よりわかりやすい、腹部の軸方向のＣＴを例示し、左骨盤側壁および仙骨前の腫瘤が巨大化していることを示す。
【図３Ｂ】よりわかりやすい、患者腹部の軸方向のＣＴを例示する。１サイクルのエヌトレクチニブ処置後に得られた、よりわかりやすい、腹部の軸方向のＣＴを例示し、左骨盤側壁腫瘤の外観の劇的な変化を示し、当該腫瘤は膨らんで大きくなっているように見えるが、密度は低くなっている。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）ファミリーメンバーのＴｒｋＡ、ＴｒｋＢおよびＴｒｋＣの過剰発現、活性化、突然変異、または転座は、卵巣癌、結腸直腸癌、黒色腫および肺癌を含む様々な癌のタイプで報告されている。癌の臨床前モデルでは、Ｔｒｋ阻害剤は腫瘍の成長および腫瘍の転移の両方を阻害するのに効果的である。神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）は、身体全体にわたって分布する神経内分泌細胞から発生する、まれな、成長の遅い形態の癌である。ＮＥＴは概して、異種の腫瘍から成るグループで、その特性は原発組織によって異なり得る。今日まで、ＮＥＴの大部分で、決定的な腫瘍形成牽引要因または分子の単為生殖の兆候は確認されていない。
【００１４】
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは、遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で：（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。
【００１５】
特定の用語
そうでない旨が定義されないかぎり、本明細書に使用される技術的および科学的用語はすべて、主張される主題が属する技術分野の当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を持つ。先述の一般的な記述と以下の詳細な記述は、例示的且つ説明的なものに過ぎず、任意の主張される主題を限定するものではないことが理解されよう。本出願では、文脈が明らかにそうでない旨を要求しない限り、単数の使用は複数を含む。例えば、文脈が明らかにそうでない旨を要求しない限り、本明細書および添付の特許請求の範囲で使用されるように、単数形の「１つの（ａ）」「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は複数を含む。さらに、文脈が明らかにそうでない旨を要求しない限り、「または（ｏｒ）」の使用は、「そして／または（ａｎｄ／ｏｒ）」を意味する。用語「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」および、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」および「含まれた（ｉｎｃｌｕｄｅｄ）」などの用語の使用は、列挙される項目のみに限定されることを意図しない。本明細書に使用される段落の見出しは、構成上の目的のためのものに過ぎず、記載される主題を限定するものと解釈されてはならない。
【００１６】
本明細書に使用される「有効な量」、「治療上有効な量」という用語は、疾患の症状または処置されている病状を１つ以上、ある程度緩和する、ある薬剤またはある化合物（例えば、本明細書に記載のＴｒｋ阻害剤）の十分な量を指す。その結果は、疾患の徴候、症状、または原因の低下および／または軽減であり得るか、または、生物系の他の何らかの望ましい変化であり得る。「有効な量」または「治療上有効な量」という用語は、例えば、予防上有効な量を含む。
【００１７】
本明細書に使用される「約」または「およそ」という用語は、当業者によって決定される特定の値の許容可能な誤差範囲内を意味し、その値がどのように測定または決定されたか、つまり計測システムの制限、に部分的に依存する。例えば、「約」は、当該技術分野での実践に従い、１以内または１を超える標準偏差を意味し得る。代替的に、「約」とは、所定の値の最大で２０％、最大で１０％、最大で５％、または最大で１％の範囲を意味し得る。代替的に、とりわけ生体系または生物学的プロセスに関して、この用語は、ある値の１桁以内、５倍以内、より好ましくは２倍以内を意味し得る。
【００１８】
用語「被験体」、「個体」および「患者」は、本明細書で交換可能に使用され、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを指す。いくつかの実施形態において、哺乳動物は、マウス、サル、ヒト、家畜、スポーツ用動物およびペットが含まれるが、これに限定されない。いくつかの実施形態において、生体で得られた、または生体外で培養された、組織、細胞、およびそれらの生物学的存在の子孫が包含される。本明細書に使用されるこれらの用語のいずれも、医療専門家の監督を必要としない。
【００１９】
神経内分泌腫瘍（ＮＥＴｓ）
神経内分泌細胞は、神経信号または化学信号に応答してホルモンを放出する、高度に特殊化された神経様細胞である。神経内分泌系は、単一の臓器内および体全体に広く分布する拡散要素としての両方で組織化された、神経内分泌細胞のネットワークで構成されている。例えば、神経内分泌細胞は消化管の全体にわたって散在し、腸の運動を調節するホルモン（例えばセロトニン）を分泌する。他方、脳下垂体は、成長、血圧および代謝を含むいくつかの生理的プロセスを調節するホルモン（例えば成長ホルモン）を分泌する神経内分泌腺である。
【００２０】
神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）は神経内分泌細胞からできている、まれな、一般に成長の遅い腫瘍である。ＮＥＴは種々様々な臓器から発生し、小腸腫瘍の最も頻発するタイプの１つである。いくつかの例では、ＮＥＴは「カルチノイド腫瘍」と呼ばれ、通常、びまん性の神経内分泌系、主に消化管および気道から発生するＮＥＴを指す。消化器のＮＥＴで最も一般的な場所は小腸、最も頻繁には回腸であるが、ＮＥＴはまた、直腸、結腸、虫垂や胃からも頻繁に発生する。
【００２１】
ＮＥＴについての現代の理解は、標準化された命名手順、段階付けおよび等級付けシステムの欠如により、はっきりとしていない。さらに、ＮＥＴはまれな種類の癌で、しばしば非特異的な臨床症状を示すので、は頻繁に鑑別診断で見落とされる。さらに、小さなＮＥＴ（＜２ｃｍ）ですら侵襲的で容易に転移する可能性があり、診断する臨床医に相当な困難を与え得る。ＮＥＴに関するほとんどの研究は、膵臓や小腸といった最も頻発する場所に集中しており、この疾患の他のあまり一般的でない形態の広範な知識を制限している。
【００２２】
すべてのＮＥＴに共通に共有される特徴もあるが、原発臓器に起因する特徴もある（例えば消化器のＮＥＴはゲノム的に安定的であるが、一方、膵臓のＮＥＴは頻繁に染色体不安定性を示す）。この臨床的多様性の度合いにより、ＮＥＴの分子病態は捕えにくいままであり、疾患の決定的な腫瘍形成牽引要因は未だ確認されていない。ほとんどの膵臓または消化器のＮＥＴが散発的に発生する一方で、遺伝的な病状の多くは、当該疾患の発症にとっての危険因子である。例えば、多発性内分泌腫瘍腺１型（遺伝性のＭＥＮ１突然変異）、神経線維腫症１型（遺伝性のＮＦ１突然変異）、フォン・ヒッペル・リンドウ病（遺伝性のＶＨＬ突然変異）と結節性硬化症（遺伝性のＴＳＣ１またはＴＳＣ２突然変異）は、すべてＮＥＴの尤度を増加させる病状である。
【００２３】
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で：（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。
【００２４】
いくつかの実施形態において、ＮＥＴは前腸、中腸または後腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは消化器のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは小腸のＮＥＴ（ＳＩ−ＮＥＴ）である。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは大腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは膵臓のＮＥＴ（ＰＮＥＴ）である。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは虫垂のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは胃のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは直腸のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは気管支のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは卵巣のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは甲状腺のＮＥＴである。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは未知の原発性ＮＥＴであり、起源の器官を特定することはできない。いくつかの実施形態において、原発性ＮＥＴは二次組織に転移している。いくつかの実施形態において、二次組織は、リンパ節、腸間膜、肝臓、骨、肺または脳である。
【００２５】
カルチノイド症候群
カルチノイド症候群は、ＮＥＴを患う一部の個体、一般に進行または転移したＮＥＴを患う個体、で発症し得る。カルチノイド症候群は、ＮＥＴのタイプに依存する様々な兆候および症状を引き起こすＮＥＴ細胞から、血流への、無秩序なホルモン分泌によって引き起こされる。カルチノイド症候群の最も一般的な兆候および症状は、皮膚の紅潮、顔の皮膚障害、下痢、呼吸困難および頻拍を含む。症状が過敏性腸症候群（ＩＢＳ）または更年期のような他の疾病と間違われることがあるので、カルチノイド症候群の患者における診断の遅れまたは誤診は、頻繁に生じる。
【００２６】
いくつかの実施形態において、個体はカルチノイド症候群を患う。いくつかの実施形態において、本明細書に開示される方法は、カルチノイド症候群に対する処置を施す工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、カルチノイド症候群に対する処置は、抗セロトニン薬剤である。いくつかの実施形態において、抗セロトニン薬剤は、ソマトスタチンアナログである。いくつかの実施形態において、ソマトスタチンアナログは、オクトレオチド、オクトレオテート、パシレオチドまたはランレオチドである。
【００２７】
ＮＴＲＫ転座および遺伝子融合
チロシンキナーゼ受容体のトロポミオシン受容体キナーゼ（ＴｒｋまたはＴＲＫ）ファミリーは、生存、分化、成長および再生を含む、ニューロン反応の広い範囲で重要な役割を果たす、マルチドメイン膜貫通型タンパク質である。Ｔｒｋ受容体は、神経系だけでなく、単球、肺、骨、膵β細胞などの、他の多くの非神経細胞型や組織にも豊富に発現する。Ｔｒｋファミリーには３つの遺伝子がある：ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２およびＮＴＲＫ３遺伝子によってそれぞれコード化されたＴｒｋＡ、ＴｒｋＢおよびＴｒｋＣ。ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢおよびＴｒｋＣは、自然発生の神経栄養因子、神経成長因子（ＮＧＦ）を含むタンパク質生長因子ファミリー、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、神経栄養因子−３（ＮＴ−３）および神経栄養因子−４／５（ＮＴ−４／５）のための高親受容体であると見なされる。成熟神経栄養因子は、比較的高い親和性で選択的Ｔｒｋ受容体と結合し（例えば、ＴｒｋＢ−ＢＤＮＦ、ＴｒｋＡ−ＮＧＦおよびＴｒｋＣ−ＮＴ−３）、その結果、神経栄養因子機能（例えば、ニューロンの成長および生存）を仲介する、細胞内チロシンキナーゼシグナル伝達カスケード（例えば、ＳＨＣ−ＲＡＳ−ＭＡＰＫ、ＰＩ３Ｋ−ＡＫＴまたはＰＬＣγ−ＰＫＣ）の活性化をもたらす。
【００２８】
ＮＴＲＫ転座および遺伝子融合タンパク質
遺伝子融合、つまり２つ以上の別個の遺伝子の完全なまたは部分的な配列を単一のキメラ遺伝子または転写産物へ融合させるプロセスは、結果として転座、欠失または反転をもたらし得る。一部の遺伝子融合物は不活性であり、発現型に顕著な変化をもたらさないが、他は発癌活性を示す。癌における遺伝子融合の有病率は、異なる癌タイプの間で大きく変わる。例えば、ＴＭＰＲＳＳ２−ＥＲＧ融合は、すべての前立腺癌患者の５０％以上に見つかる。あるいは、ＫＩＦ５Ｂ−ＲＥＴ融合などのいくつかの遺伝子融合は、肺腺癌の１−２％にのみ見つかる。
【００２９】
翻訳または遺伝子融合イベントから発生する発癌活性は、一般に、関与する遺伝子の１つの脱制御（例えば、強力なプロモータを癌原遺伝子に融合する）が原因で、機能の喪失（例えば、腫瘍抑制遺伝子の切断による）を含むか、または、発癌機能を有する融合タンパク質を形成する（例えば、本明細書に記載されるＮＴＲＫ遺伝子などのチロシンキナーゼの構成的活性化を引き起こす）。発癌性チロシンキナーゼ遺伝子融合の典型的な遺伝子構造は、触媒キナーゼドメイン（受容体チロシンキナーゼのＣ末端細胞内領域）が、別の遺伝子から派生したＮ末端領域と融合する場所である。結果として生じる新規癌遺伝子は、外来プロモータによって異常に発現され、キナーゼドメインの構成的活性化を引き起こす可能性がある（例えば、Ｎ末端ドメインによって仲介される融合タンパク質の二量化を通じて）。
【００３０】
遺伝子のＮＴＲＫファミリーは雑多な遺伝子融合パートナーで、様々な発癌性転座および融合タンパク質を生成することが知られている。本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で：（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。
【００３１】
いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座は、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子の少なくとも一部の、同じ染色体（逆位を含む）内の別の場所への転座である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座は、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子の少なくとも一部の、異なる染色体への転座である。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座は、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子の少なくとも一部の転座で、外来プロモータの転写調節下で、結果としてＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子をもたらし、その結果として異常なＮＴＲＫ発現をもたらす。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座は、構成的に活性なＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子をもたらす。
【００３２】
いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質（Ｔｒｋ融合タンパク質とも呼ばれる）は、少なくともＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子の少なくとも一部の、別の遺伝子の少なくとも一部による遺伝的転座によって生成される。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３チロシンキナーゼシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は、外来プロモータの転写調節下にあり、結果として異常なＮＴＲＫ発現をもたらす。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は構成的に活性なＮＴＲＫ遺伝子をもたらす。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣタンパク質以外のタンパク質に対応するＮ末端領域、およびＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣタンパク質に対応するＣ末端領域を含む。いくつかの実施形態において、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣタンパク質に対応するＣ末端領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣのキナーゼ活性を有する。本明細書に使用される句「キナーゼ活性」は、当技術分野の当業者によって理解されるような、キナーゼ酵素の活性を有することを意味し、例えば、セリン、トレオニンあるいはチロシンなどのアミノ酸側鎖のリン酸化反応を含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は、構成的に活性なＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣ融合タンパク質をもたらす。いくつかの実施形態において、構成的に活性なＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣ融合タンパク質は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣ以外のタンパク質からのＮ末端領域を含み、それによりＴｒｋ融合タンパク質の二量化が引き起こされる。
【００３３】
いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は核酸配列を含み、当該拡散配列は：（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１遺伝子配列からの配列に対応する、第１の領域；および（ｂ）ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子配列に対応する、第２の領域を含む。
【００３４】
いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は核酸配列を含み、当該拡散配列は：（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１遺伝子配列からの配列の一部に対応する、第１の領域；および（ｂ）ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２またはＮＴＲＫ３遺伝子配列の一部に対応する、第２の領域を含む。
【００３５】
いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は：（ａ）ＭＰＲＩＰ、ＣＤ７４、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ、ＴＰＭ３、ＴＰＲ、ＴＦＧ、ＰＰＬ、ＣＨＴＯＰ、ＡＲＨＧＥＦ２、ＮＦＡＳＣ、ＢＣＡＮ、ＬＭＮＡ、ＴＰ５３、ＱＫＩ、ＮＡＣＣ２、ＶＣＬ、ＡＧＢＬ４、ＴＲＩＭ２４、ＰＡＮ３、ＡＦＡＰ１、ＳＱＳＴＭ１、ＥＴＶ６、ＢＴＢＤ１、ＬＹＮ、ＲＢＰＭＳ、ＲＦＷＤ２、ＩＲＦ２ＢＰ２、ＳＳＢＰ２、Ｃ１８ＯＲＦ８、ＲＮＦ２１３、ＴＢＣ１、ＤＮＥＲ、ＰＬＥＫＨＡ６、ＰＥＡＲ１、ＭＲＰＬ２４、ＭＤＭ４、ＧＲＩＰＡＰ１、ＥＰＳ１５、ＤＹＮＣ２Ｈ１、ＣＥＬ、ＥＰＨＢ２、ＥＭＬ４、ＨＯＭＥＲ２、ＴＥＬまたはＦＡＴ１ポリペプチド配列の配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ融合タンパク質は、ＥＴＶ６：ＮＴＲＫ融合タンパク質で、ＥＴＶ６ポリペプチド配列を含むＮ末端ポリペプチド領域と、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列を含むＣ末端ポリペプチド領域を含み、当該Ｃ末端ポリペプチド領域は、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣキナーゼ活性を有する。
【００３６】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋ融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＡポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＡキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、そして、当該融合タンパク質は、ＴＰ５３−ＴｒｋＡ、ＬＭＮＡ−ＴｒｋＡ、ＣＤ７４−ＴｒｋＡ、ＴＦＧ−ＴｒｋＡ、ＴＰＭ３−ＴｒｋＡ、ＮＦＡＳＣ−ＴｒｋＡ、ＢＣＡＮ−ＴｒｋＡ、ＭＰＲＩＰ−ＴｒｋＡ、ＴＰＲ−ＴｒｋＡ、ＲＦＷＤ２−ＴｒｋＡ、ＩＲＦ２ＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＡ、ＳＳＢＰ２−ＴｒｋＡ、ＲＡＢＧＡＰ１Ｌ−ＴｒｋＡ、Ｃ１８ＯＲＦ８−ＴｒｋＡ、ＲＮＦ２１３−ＴｒｋＡ、ＴＢＣ１Ｄ２２Ａ−ＴｒｋＡ、Ｃ２００ＲＦ１１２−ＴｒｋＡ、ＤＮＥＲ−ＴｒｋＡ、ＡＲＨＧＥＦ２−ＴｒｋＡ、ＣＨＴＯＰ−ＴｒｋＡ、ＰＰＬ−ＴｒｋＡ、ＰＬＥＫＨＡ６−ＴｒｋＡ、ＰＥＡＲ１−ＴｒｋＡ、ＭＲＰＬ２４−ＴｒｋＡ、ＭＤＭ４−ＴｒｋＡ、ＬＲＲＣ７１−ＴｒｋＡ、ＧＲＩＰＡＰ１−ＴｒｋＡ、ＥＰＳ１５−ＴｒｋＡ、ＤＹＮＣ２Ｈ１−ＴｒｋＡ、ＣＥＬ−ＴｒｋＡ、ＥＰＨＢ２−ＴｒｋＡまたはＴＧＦ−ＴｒｋＡ融合タンパク質である。
【００３７】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋ融合タンパク質は、（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＢポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＢキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、そして、当該融合タンパク質は、ＮＡＣＣ２−ＴｒｋＢ、ＱＫＩ−ＴｒｋＢ、ＡＦＡＰ１−ＴｒｋＢ、ＰＡＮ３−ＴｒｋＢ、ＳＱＳＴＭ１−ＴｒｋＢ、ＴＲＩＭ２４−ＴｒｋＢ、ＶＣＬ−ＴｒｋＢ、ＡＧＢＬ４−ＴｒｋＢまたはＤＡＢ２ＩＰ−ＴｒｋＢ融合タンパク質である。
【００３８】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋ融合タンパク質は：（ａ）ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣポリペプチド配列以外のポリペプチド配列を含む、Ｎ末端ポリペプチド領域；および（ｂ）ＴｒｋＣポリペプチド配列を含み、Ｃ末端ポリペプチドがＴｒｋＣキナーゼ活性を含む、Ｃ末端ポリペプチド領域；を含み、そして、当該融合タンパク質は、ＥＴＶ６−ＴｒｋＣ、ＢＴＢＤ１−ＴｒｋＣ、ＬＹＮ−ＴｒｋＣ、ＲＢＰＭＳ−ＴｒｋＣ、ＥＭＬ４−ＴｒｋＣ、ＨＯＭＥＲ２−ＴｒｋＣ、ＴＦＧ−ＴｒｋＣ、ＦＡＴ１−ＴｒｋＣまたはＴＥＬ−ＴｒｋＣ融合タンパク質である。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋ融合タンパク質はＥＴＶ６−ＮＴＲＫ３（ＥＴＶ６−ＴｒｋＣ）融合タンパク質である。
【００３９】
処置の方法
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で：（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。
【００４０】
いくつかの実施形態において、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する薬剤はエヌトレクチニブである。エヌトレクチニブ（ＲＸＤＸ−１０１／ＮＭＳ−Ｅ６２８）は、ＮＴＲＫ１−３遺伝子によってそれぞれコード化されたＴｒｋＡ、ＴｒｋＢ、およびＴｒｋＣ受容体チロシンキナーゼの、選択的阻害剤である。在来のＴｒｋタンパク質に対する活性に加えて、エヌトレクチニブは、例えば遺伝子転座またはＮＴＲＫ遺伝子の転位によって生成されたＴｒｋ融合タンパク質に対する、有効な阻害剤でもある。エヌトレクチニブはさらに、ＲＯＳ１とＡＬＫタンパク質、およびＲＯＳ１とＡＬＫ遺伝子融合生成物をも阻害する。エヌトレクチニブは置換インダゾール誘導体で、Ｎ−［５−（３，５−ジフルオロ−ベンジル）−１ｈ−インダゾール−３−イル］−４−（４−メチル−ピペラジン−１−イル）−２−（テトラヒドロ−ピラン−４−イルアミノ）−ベンズアミドの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なエントレチニブおよび他の置換インダゾール誘導体キナーゼ阻害剤についての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第８，２９９，０５７を参照のこと。
【００４１】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、ＲＸＤＸ−１０２（ＮＭＳ−Ｐ３６０）である。ＲＸＤＸ−１０２は、経口で使用できる選択的なチロシンキナーゼ阻害剤であり、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢまたはＴｒｋＣタンパク質への活性化変化を伴う癌患者を処置するために、癌遺伝子を標的とする治療の候補として設計されている。
【００４２】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、アルチラチニブ（ＤＣＣ−２７０１）である。アルチラチニブは、腫瘍細胞および腫瘍微小環境における、複数の癌シグナル伝達メカニズムを同時にブロックし、癌の成長と拡散を防ぐように設計されたキナーゼ阻害剤である。アルチラチニブは、ＭＥＴ、ＴＩＥ２、ＶＥＧＦＲ２、およびＴｒｋＡ／Ｂ／Ｃキナーゼ阻害剤で、Ｎ−［４−［２−（シクロプロパンカルボキサミド）ピリジン−４−イル］オキシ−２，５−ジフルオロフェニル］−Ｎ−（４−フルオロフェニル）シクロプロパン−１，１−ジカルボキサミドの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なアルチラチニブおよび他のシクロプロピルジカルボン酸アミド化合物とアナログについての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第８，６３７，６７２を参照のこと。
【００４３】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、（ＬＯＸＯ−１０１／ＡＲＲＹ−４７０）である。ラロトレクチニブは、ＮＴＲＫ融合を伴う進行固形腫瘍にて現在試験されている選択的Ｔｒｋキナーゼ阻害剤で、（Ｓ）−Ｎ−［５−［（Ｒ）−２−（２，５−ジフルオロフェニル）ピロリジン−１−イル］ピラゾロ［１，５−ａ」ピリミジン−３−イル］−３−ヒドロキシピロリジン−１−カルボキサミドの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なラロトレクチニブおよび他の置換ピラゾロ［１，５−ａ］ピリミジン化合物についての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第８，５１３，２６３を参照のこと。
【００４４】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はＬＯＸＯ−１９５である。ＬＯＸＯ−１９５は次世代の選択的ＴＲＫ阻害剤であり、ＴＲＫ融合タンパク質に対する効果的な阻害を実証し、ラロトレクチニブ（ＬＯＸＯ−１０１）または抗ＴＲＫ活性マルチキナーゼ阻害剤を受けている患者に表れることがある、ある獲得抵抗変異（例えばＴｒｋＡ  Ｇ５９５Ｒ、ＴｒｋＡ  Ｇ６６７ＣまたはＴｒｋＣ  Ｇ６２３Ｒ）に影響されない。
【００４５】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、シトラバチニブ（ＭＧＣＤ５１６）である。シトラバチニブは、臨床期の、経口で使用可能な、効果的な小分子キナーゼ阻害剤であり、ＲＥＴ、ＣＢＬ、ＣＨＲ４ｑ１２、ＤＤＲおよびＴＲＫを含むチロシンキナーゼの密接に関連するスペクトルを標的とする。シトラバチニブは、ＴＲＫ融合タンパク質を効果的に阻害し、Ｎ−［３−フルオロ−４−［２−［５−［（２−メトキシエチルアミノ）メチル］ピリジン−２−イル］チエノ［３，２−ｂ］ピリジン−７−イルオキシ］フェニル］−Ｎ−（４−フルオロフェニル）シクロプロパン−１，１−ジカルボキサミドの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なシトラバチニブおよび他の化合物についての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第８，４０４，８４６を参照のこと。
【００４６】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、カボザンチニブ（ＸＬ１８４）である。カボザンチニブは、経口で使用できる、ＲＥＴ、ＭＥＴ、ＶＥＧＦＲ−１／２／３、ＫＩＴ、ＴＲＫＢ、ＦＬＴ−３、ＡＸＬおよびＴＩＥ−２の小分子キナーゼ阻害剤である。カボザンチニブは、進行性腎細胞癌（ＲＣＣ）または進行中の転移性甲状腺髄様癌を患う患者の処置のために臨床的に承認されており、Ｎ−（４―（６，７−ジメトキシキノリン−４−イルオキシ）フェニル）−Ｎ’−（４−フルオロフェニル）シクロプロパン−１，１−ジカルボキサミドの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なカボザンチニブおよび他の化合物についての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第７，５７９，４７３を参照のこと。
【００４７】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、メレスチニブ（ＬＹ２８０１６５３）である。メレスチニブは、経口で使用できる、ＭＥＴ、ＭＳＴ１Ｒ、ＦＬＴ３、ＡＸＬ、ＭＥＲＴＫ、ＴＥＫ、ＲＯＳ１、ＴＲＫＡ／Ｂ／Ｃ、ＤＤＲ１／２およびＭＫＮＫ１／２のシグナル変換を妨害する小分子キナーゼ阻害剤である。メレスチニブは、ＮＴＲＫ転位を患う患者において進行性固形腫瘍のための処置として現在テストされており、Ｎ−（３−フルオロ−４−（１−メチル−６−（１Ｈ−ピラゾール−４−イル）−１Ｈ−インダゾール−５−イルオキシ）フェニル）−１−（４−フルオロフェニル）−６−メチル−２−オキソ−１，２−ジヒドロピリジン−３−カルボキサミドの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なメレスチニブおよび他のアミドフェノキシインダゾール化合物についての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第８，０３０，３０２を参照のこと。
【００４８】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、ドビチニブ（ＴＫＩ２５８）である。ドビチニブは、抗腫瘍性活性の可能性を持つ、ベンゾイミダゾール−キノリン小分子キナーゼ阻害剤である。ドビチニブは、ＦＧＦＲ、ＰＤＧＦＲ、ＶＥＧＦ、ｃＫＩＴ、ＦＬＴ３、ＣＳＦＲ１、ＴｒｋおよびＲＥＴのリン酸化に結合してリン酸化反応を阻害し、固形腫瘍および／またはＮＴＲＫ１転座を有する血液悪性腫瘍の処置について臨床の場で試験が行われている。
【００４９】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はクリゾチニブである。クリゾチニブは、経口で使用可能で、局所的な進行型または転移性のＡＬＫ陽性非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を患う患者の処置のために承認された小分子キナーゼ阻害剤である。クリゾチニブは、ＡＬＫ、ＭＥＴおよびＲＯＳ１に加えてＴＲＫＡについての阻害剤で、ＭＰＲＩＰ−ＮＴＲＫ１融合を伴うＮＳＣＬＣの処置で利用されてきた。クリゾチニブには（Ｒ）−３−［１−（２，６−ジクロロ−３−フルオロフェニル）エトキシ］−５−［１−（ピペリジン−４−イル）−１Ｈ−ピラゾール−４−イル」ピリジン−２−アミンの化学名を有する。本開示に従って薬剤として有用なクリゾチニブおよび他の鏡像異性的に純粋なアミドフェノキシインダゾール化合物についての記述は、引用により本明細書に組み込まれている米国特許第８，７８５，６３２を参照のこと。
【００５０】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はＴＳＲ−０１１である。ＴＳＲ−０１１（Ｔｅｓｏｒｏ，  Ｉｎｃ）は、経口で使用できる、ＡＬＫおよびＴＲＫ−Ａ／Ｂ／Ｃについての小分子キナーゼ阻害剤である。ＴＳＲ−０１１は現在、進行性の固形腫瘍またはＮＴＲＫが変化したリンパ腫を患う患者のための試験のフェーズＩ／ＩＩａを実施中である。
【００５１】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はＤＳ−６０５１である。ＤＳ−６０５１（Ｄａｉｉｃｈｉ  Ｓａｎｋｙｏ，  Ｉｎｃ）は、経口で使用できる、ＲＯＳ１およびＴＲＫについてのキナーゼ阻害剤である。ＤＳ−６０５１は、ＲＯＳ１またはＮＴＲＫの遺伝子融合のいずれかを伴う、重度の進行性の固体悪性腫瘍の処置のための、初期の臨床実験中である。
【００５２】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤はＰＸＬ７４８６である。ＰＬＸ７４８６（Ｐｌｅｘｘｉｋｏｎ）は、経口で使用できる、活性化Ｔｒｋ（ＮＴＲＫ）突然変異またはＮＴＲＫ遺伝子融合を伴う、進行性の固体悪性腫瘍の処置用のための初期の臨床実験中にある、キナーゼ阻害剤である。
【００５３】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、レスタウルチニブ（ＣＥＰ−７０１）である。レスタウルチニブは、経口で使用できる、ＦＬＴ３、ＪＡＫ２およびＴｒｋＡ／Ｂ／Ｃについてのインドロカルバゾール誘導体キナーゼ阻害剤である。
【００５４】
いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、ダヌセルチブ（ＰＨＡ−７３９３５８）、Ｆ１７７５２（Ｐｉｅｒｒｅ  Ｆａｂｒｅ）、ＡＺＤ６９１８（Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）、ＡＺＤ７４５１（Ａｓｔｒａ  Ｚｅｎｅｃａ）またはＡＺ−２３（ＣＡＳ＃：９１５７２０−２１−７）である。
【００５５】
様々な薬学的に許容可能な塩、担体または前述のＴｒｋ阻害剤の賦形剤が使用可能であり、任意の適切な薬学的に許容される塩、担体、または賦形剤が、本明細書に開示されるＴｒｋ阻害剤と共に使用されることを期待される。
【００５６】
いくつかの実施形態において、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する薬剤は１次治療または最前線の治療として利用される。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、二次治療またはサルベージ治療として利用される。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤は、二次治療またはサルベージ治療として利用され、ここでは個体は、化学療法処置レジメン後で、安定的または進行性の疾患を患っている。様々な化学療法薬剤が使用可能で、且つ、技術分野で知られており、任意の適切な化学療法が、本明細書に開示される方法と共に使用されることを期待される。例示的化学療法処置レジメンは、カペシタビン、５−フルオロウラシル、ドキソルビシン、エトポシド、ダカルバジン、ストレプトゾシン、テモゾロミド、シスプラチン、シクロホスファミド、サリドマイドまたはこれらの任意の組み合わせを含むが、これに限定されない。
【００５７】
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で：（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。
【００５８】
いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を識別する方法は、マイクロアレイの使用を含み、発現配列タグ（ＥＳＴ）マッピング、核型分析、細胞遺伝学的解析、リン酸化シグナル伝達、ホスホプロテオーム解析、クロマチン相互作用分析、質量分光測光法、タンデム質量分光測光法解析、定量的ＰＣＲ（ｑＰＣＲ）、デジタルＰＣＲ、ドロップレットデジタルＰＣＲ（例えば、Ｒａｉｎｄａｎｃｅ  Ｄｒｏｐ  Ｐｌｕｓ（商標）またはＢｉｏ−Ｒａｄ  ＱＸ２００（商標）、Ｄｒｏｐｌｅｔ  Ｄｉｇｉｔａｌ（商標）  ＰＣＲ）、蛍光原位置ハイブリダイゼーション分析（ＦＩＳＨ）、あるいはそれらの任意の組み合わせの使用を含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を識別する方法は、腫瘍遺伝子材料をシーケンシングする工程を含む。いくつかの実施形態において、腫瘍サンプルは、ＤＮＡシーケンシング、全ゲノムシーケンシング、エクソームシーケンシングまたはＲＮＡシーケンシングに従って、腫瘍サンプルがＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含むか否かを判定する。
【００５９】
様々なシーケンシング技術および技法が使用可能で、また、任意の適切なシーケンシング技術が、本明細書に開示の方法と共に使用されるも、ここに示された方法と共に使用されることを期待される。いくつかの実施形態においてシーケンシング技術は、ダイターミネータに基づくシーケンシング方法（例えば、（サンガーシーケンシング）である。いくつかの実施形態において、シーケンシング技術は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）法である。いくつかの実施形態において、次世代シーケンシング法はパイロシーケンシング（例えば、Ｒｏｃｈｅの４５４システム）、合成によるシーケンシング（例えば、ＩｌｌｕｍｉｎａのＧＡ／ＨｉＳｅｑ／ＭｉＳｅｑ／ＮｅｘｔＳｅｑシステム）、ライゲーションによるシーケンシング（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ  ＢｉｏｓｙｓｔｅｍのＳＯＬｉＤシステム）、ＤＮＡの重合中に放出される水素イオンの検出によるシーケンシング（例えば、Ｉｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔシーケンシングシステム）、単一分子シーケンシング（例えば、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓシーケンシングシステム）、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態において、遺伝子材料は、ＤＮＡまたは相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）である。いくつかの実施形態において、ｃＤＮＡはＲＮＡから逆転写される。いくつかの実施形態において、シーケンシングは、全ゲノムシーケンシング（ＷＧＳ）、全エクソームシーケンシング（ＷＥＳ）、全ゲノムトランスクリプトームシーケンシング（ＲＮＡｓｅｑ）、標的とされたシーケンシングアプローチ、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、特定の標的は、単離された腫瘍遺伝子材料（例えばエクソーム、または好ましくは、エクソンを含むＮＴＲＫ）から濃縮される。いくつかの実施形態において、遺伝子材料は、例えばＤＮＡまたはＲＮＡシーケンシングによって、ＮＴＲＫ融合検出前に増幅される。
【００６０】
いくつかの実施形態において、遺伝子材料は、シーケンシングライブラリを作るために、（例えばＮＧＳによる）シーケンシング前に複数の核酸フラグメントに分解される。様々なライブラリ調製技術が使用可能で、また、シーケンシングライブラリを作成するための、任意の適切な方法は、本明細書に開示される方法と共に使用されることを期待される。いくつかの実施形態において、複数の核酸フラグメントは、シーケンシング前にサイズ選択される。いくつかの実施形態において、複数の核酸フラグメントは、例えば、異なるサンプルを含む多重反応における、複数のフラグメントを識別するために使用されるバーコードを含む。いくつかの実施形態において、バーコードは分子レベルバーコードである。いくつかの実施形態において、バーコードはサンプルレベルバーコードである。いくつかの実施形態において、遺伝子材料をシーケンシングする工程は、複数の核酸フラグメント（シングルエンド）の一端をシーケンシングする工程を含む。いくつかの実施形態において、遺伝子材料をシーケンシングする工程は、複数の核酸フラグメント（ペアエンドはメイトペア）の両端をシーケンシングする工程を含む。いくつかの実施形態において、ＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を識別する方法は、ペアエンドＲＮＡシーケンシング（ＰＥ  ＲＮＡｓｅｑ）を含む。
【００６１】
いくつかの実施形態において、ハイスループットなシーケンシング法は、ＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を識別するための計算ツールと対を成す。様々なシーケンシング技術が使用可能で、また、任意の適切な計算ツールが、本明細書に開示の方法と共に使用されることを期待される。典型的な計算ツールは、、ＦｕｓｉｏｎＭｅｔａＣａｌｌｅｒ、ＩＮＴＥＧＲＡＴＥ、ＩＤＰ−ｆｕｓｉｏｎ、ＪＡＦＦＡ、ＴＲＵＰ、ＣｈｉｌｄＤｅｃｏｄｅ、ＦｕｓｉｏｎＣａｔｃｈｅｒ、ＰＲＡＤＡ、ＥＢＡＲＤｅｎｏｖｏ、ＦｕｓｉｏｎＱ、ｉＦＵＳＥ、ＳＯＡＰＦｕｓｅ、ＳＯＡＰｆｕｓｉｏｎ、Ｂｅｌｌｅｒｏｐｈｏｎｔｅｓ、ＢｒｅａｋＦｕｓｉｏｎ、ｅｌＤｏｒａｄｏ、ＥｒｉｃＳｃｒｉｐｔ、ＦｕｓｉｏｎＡｎａｌｙｓｅｒ、ＦｕｓｉｏｎＦｉｎｄｅｒ、ＬｉｆｅＳｃｏｐｅ、ｎＦｕｓｅ、ＣｈｉｍｅｒａＳｃａｎ、Ｃｏｍｒａｄ、ｄｅＦｕｓｅ、ＦｕｓｉｏｎＨｕｎｔｅｒ、ＦｕｓｉｏｎＭａｐ、ＳｈｏｒｔＦｕｓｅ、ＳｎｏｗＳｈｏｅｓ−ＦＴＤ、ＴｏｐＨａｔ−Ｆｕｓｉｏｎ、ＦｕｓｉｏｎＳｅｑ、またはそれらの任意の組み合わせを含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態において、遺伝子融合はポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、例えばＰＣＲ、ＲＴ−ＰＣＲ、ｑＰＣＲ、またはそれらの任意の組み合わせ、を使用して確認される。
【００６２】
併用療法
本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で、トロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を個体に投与する工程を含み、ここでは、ＮＥＴは遺伝子転座を受けているまたはＮＴＲＫ遺伝子融合タンパク質であるＴｒｋタンパク質と関連している。さらに本明細書に開示されるのは、いくつかの実施形態において、個体における神経内分泌腫瘍（ＮＥＴ）を処置する方法で：（ａ）個体からＮＥＴ遺伝子材料のサンプルを得る工程；（ｂ）ＮＥＴ腫瘍がＮＴＲＫ転座または遺伝子融合を含んでいるか否かを判定する工程；および（ｃ）個体にトロポミオシン受容体キナーゼ（Ｔｒｋ）タンパク質を阻害する、治療上有効な量の薬剤を投与する工程を含む。
【００６３】
いくつかの実施形態において、当該方法は、個体に追加的な治療薬を投与する工程をさらに含む。いくつかの実施形態において、追加的な治療薬は、Ｔｒｋタンパク質を阻害する第２の薬剤（例えば、本明細書に開示されるＴｒｋ阻害剤）である。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤に対する一次耐性を有する。いくつかの実施形態において、ＮＥＴは、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤に対する獲得（２次）耐性を発達させる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤への獲得耐性を有するＮＥＴは、Ｔｒｋタンパク質のキナーゼドメインにおける突然変異を含む。いくつかの実施形態において、キナーゼドメインにおける突然変異は、ＴｒｋＡ  Ｇ５９５ＲまたはＧ６６７Ｃの突然変異である。いくつかの実施形態において、キナーゼドメインにおける突然変異は、ＴｒｋＢタンパク質のキナーゼドメインにあり且つ、ＴｒｋＡ  Ｇ５９５ＲまたはＧ６６７Ｃの突然変異に相当する。いくつかの実施形態において、キナーゼドメインにおける突然変異は、ＴｒｋＣタンパク質のキナーゼドメインにあり、ＴｒｋＣ  Ｇ５９５ＲまたはＧ６６７Ｃの突然変異に相当する。ヒトのＴｒｋＡ、ＴｒｋＢおよびＴｒｋＣのアミノ酸配列は、様々な適切なデータベース（例えばＵｎｉｐｒｏｔＫＢデータベースまたはＧｅｎＢａｎｋ）から入手でき、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢおよびＴｒｋＣのキナーゼドメインを整列させる任意の適切な配列プログラム（例えばＢＬＡＳＴ、ＭＵＳＣＬＥツールなど）を利用できる。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤に対する一次耐性を有するＮＥＴに、Ｔｒｋタンパク質を阻害する第２の薬剤が投与され、ここでは、ＮＥＴは第２の薬剤に対する耐性を持たない。いくつかの実施形態において、Ｔｒｋタンパク質を阻害する薬剤に対する獲得耐性を有するＮＥＴに、Ｔｒｋタンパク質を阻害する第２の薬剤が投与され、ここでは、ＮＥＴは第２の薬剤に対する耐性を持たない。
【００６４】
いくつかの実施形態において、当該方法は、個体に追加的な治療を投与する工程をさらに含み、当該追加的な治療は、ＰＩ３Ｋ／Ａｋｔ／ｍＴＯＲ経路阻害剤、ＴＧＦ−β経路阻害剤、細胞周期阻害剤、ソマトスタチンアナログ、インターフェロンまたは血管新生阻害剤を投与する工程を含む。いくつかの実施形態において、インターフェロンは、Ｉ型インターフェロンである。いくつかの実施形態において、Ｉ型インターフェロンは、ＩＦＮ−αである。
【００６５】
いくつかの実施形態において、ソマトスタチンアナログは、オクトレオチド、オクトレオテート、パシレオチドまたはランレオチドである。いくつかの実施形態において、ソマトスタチンアナログは、放射標識される。いくつかの実施形態において、放射標識されたソマトスタチンアナログは、［ＤＯＴＡ０，Ｔｙｒ３］オクトレオテート（ルタセラ）である。いくつかの実施形態において、追加的な治療は、エベロリムス（ｍＴｏｒ阻害剤）テムシロリムス（ｍＴｏｒ阻害剤）、ベバシズマブ（ＶＥＧＦ／血管新生阻害剤）、スニチニブまたはソラフェニブ（ＶＥＧＦ／ＭＡＰＫ阻害剤）である。いくつかの実施形態において、追加的な治療は、手術、化学療法または放射線治療を含む。
【実施例】
【００６６】
以下の例は例示的で、本明細書に記載される製剤および方法の範囲を限定するものではない。
【００６７】
実施例１−Ｔｒｋ阻害剤エヌトレニクチニブを用いるＮＥＴの処置
【００６８】
以前は健康であった２８歳の男性患者が、前年にわたって、進行性の腰痛と１１ｋｇの体重減少を示した。彼は、喫煙の経験は無いがアルコールは時折飲む、熱心なランナーだった。患者には、癌に関する家族歴は無かった。患者に対する研究所の分析によると、アルカリホスファターゼのレベルの上昇（４０６Ｕ／リットル；正常範囲３８−１２６Ｕ／リットル）が明らかとなり、血清クロモグラニンＡ（２９ｎｇ／ｍｌ；正常範囲＜９５ｎｇ／ｍｌ）、２４時間の尿内５−ヒドロキシインドール酢酸（５−ＨＩＡＡ）（７ｍｇ／日；正常範囲０−１５ｍｇ／日）およびセロトニン（１１７ｎｇ／ｍｌ；正常範囲５０−２００ｎｇ／ｍｌ）は全て正常であることがわかった。
【００６９】
右上腹部の超音波により、肝臓内にエコーを示す腫瘤の存在が見つかった。コンピューター断層撮影（ＣＴ）スキャンにより、低密度肝臓障害、副腎腫瘤、後腹膜の巨大化および骨盤リンパ節腫脹およびびまん性骨疾患が特定された。腰部の磁気共鳴撮像（ＭＲＩ）により、硬膜外浸潤を生じさせる複数の椎体の拡張を伴う、びまん性異常骨髄シグナルが明らかになった。１８Ｆ−フルオロデオキシグルコース−ポジトロン放射断層撮影法（ＦＤＧ−ＰＥＴ）撮像は、巨大な腸骨リンパ節腫脹に相当する最も巨大で強力な代謝亢進性疾患と左骨盤側壁の巨大な融合塊を伴う、疾患の既知の領域における広範囲なＦＤＧ摂取を示した（図１Ａ）。多数の高代謝の肝臓病変が見られ、また、無数の病変が骨格の全体にわたって見られる（図１Ａ）。左腸骨のＣＴによって誘導された生検により、恐らくはより低いＧＩ源からの、高分化型神経内分泌腫瘍（ＮＥＴｓ）が報告された。生検組織の免疫組織化学的（ＩＨＣ）による染色は、ＣＤ５６、シナプトフィジン、クロモグラニンＡ、ＣＫ２０、およびビリン染色が陽性である一方、ＴＴＦ１、ＣＤＸ−２、ＣＫ７およびＣＫ１９はすべて陰性であることが明らかになった。腫瘍細胞の３％未満にＫｉ−６７  ＩＨＣ染色が観察され、検査サンプルには壊死がないことが観察された。右腸骨軟部組織腫瘤のＣＴによって誘導されたコア生検が繰り返され、それにより、最初の生検と一致する、高悪性度成分が無いことが確認された。インジウム１１１オクトレオチドスキャン（オクトレオスキャン）が、骨、肝臓および巨大な後腹膜および骨盤のリンパ節腫脹に局在化する多数のシンチグラムの活動によって、疾病の広範囲にわたる分布を明らかにした（図２Ａ）。
【００７０】
患者は、疼痛管理のためにＬ１−Ｓ３への１０回にわたる３０００ｃＧｙの緩和放射線治療を受け、その後、テモゾロミドとカペシタビンの化学療法を受けた。しかしながら、３サイクルの化学療法後、患者は進行性の疾患を示し、軸造影腹部ＣＴスキャンにより、左骨盤側壁および仙骨前方部の巨大な腫瘤が示された（図３Ａ）。
【００７１】
化学療法の後、患者のリンパ節から腫瘍生検が得られ、ＦＦＰＥスライドが準備され、患者のＮＥＴのＮＴＲＫ状態が免疫組織化学的検査（ＩＨＣ）によって最初に分析された。患者の腫瘍はＮＴＲＫタンパク質発現の変化に対して陽性であり、その結果、ＲＮＡｓｅｑ  ＮＧＳによってＮＥＴが分析された。ＥＴＶ６：ＮＴＲＫ３転座が患者の腫瘍中に確認され、ＴｒｋＡ、ＴｒｋＢおよびＴｒｋＣの強力で経口のチロシンキナーゼ阻害剤である、治験薬エヌトレクチニブによる治療が開始された。エヌトレクチニブ処置のサイクル＃１（１か月）の後、患者は６ｋｇの体重増加を示し、疼痛とエネルギーレベルにおける著しい改善が報告された。軸造影腹部ＣＴスキャン（図３Ｂ）によって、左骨盤側壁の腫瘤外観における劇的な変化が明らかになり、腫瘤は膨張して大きくなっているように見えたが、以前のスキャンに比較して密度が低下した。
【００７２】
２サイクルのエヌトレクチニブ処置後、ＦＤＧ−ＰＥＴ−ＣＴ撮像によって、骨盤および仙骨前方部の巨大なリンパ節腫脹が明らかになったが、以前のスキャンに比較して、腫瘍壊死およびＦＤＧ摂取の低下も明らかになった（図１Ｂおよび図２Ｂ：図１Ａおよび図２Ａと比較のこと）。２サイクルのエヌトレクチニブ処置後、骨格における明らかな改善が観察された（図１Ｂ、右の近位大腿骨を図１Ａの大腿骨と比較のこと）。その後数か月間のフォローアップのＣＴスキャンによって、骨盤リンパ節腫瘤の継続的な収縮が実証された。６か月のエヌトレクチニブ処置の後、オクトレオスキャンによって、全面的な疾病負担における著しい低下が確認され、肝臓、骨および骨盤の腫瘤における活動は低下しつつも持続的であることも確認された（図２Ｂ）。骨盤と骨格における最も巨大な疾病部位が明らかな改善を示す一方で、一部の肝臓転移は反応を示したが、その他は反応を示さなかった。臨床的に、患者はエヌトレクチニブを８か月間継続し、１２ｋｇの安定的な体重増加、エネルギーと活動の正常化および疼痛管理要件の大幅な軽減をもたらした。顕著な有害事象は無かった。
【００７３】
実施例２−Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）の次世代シーケンシング（ＮＧＳ）プラットフォームを使用する、ＮＥＴ中のＮＴＲＫ融合遺伝子の識別
【００７４】
ＮＥＴを患う、または患っていると疑われる患者から、腫瘍生検が採取される。ホルマリン固定されたパラフィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍サンプルを準備し、それを免疫組織化学的検査を使用してテストし、ＮＴＲＫ遺伝子融合または転座を有している可能性のある患者を識別する。高レベルのＮＴＲＫタンパク質発現を示す腫瘍サンプルを持つ患者は、その後、ＮＴＲＫ遺伝子の確認およびより詳細な分析のために、次世代シーケンシングによりさらにテストされる。
【００７５】
Ａｒｃｈｅｒ（登録商標）  ＦｕｓｉｏｎＰｌｅｘ（登録商標）  ＮＴＲＫ  ＰＡＮＥＬは、標的を絞ったシーケンシングアッセイであり、融合パートナーやブレークポイントに関する予備的知識が無い状態で、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２およびＮＴＲＫ３融合を検出および識別する。ＦｕｓｉｏｎＰｌｅｘ（登録商標）  ｐａｎｅｌｓは、Ａｎｃｈｏｒｅｄ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ  ＰＣＲ（ＡＭＰ（商標））を利用し、ＮＧＳのための標的に富んだライブラリを生成する。ＡＭＰは、低核酸入力用に設計されており、既知の変異と未知の変異の両方を富化する、単方向の遺伝子に特異的なプライマー（ＧＳＰｓ）を利用する。Ａｒｃｈｅｒ（登録商標）  ＦｕｓｉｏｎＰｌｅｘ（登録商標）  ＮＴＲＫ  Ｐａｎｅｌは、ＮＴＲＫ１エクソン８および１０−１３（ＧｅｎＢａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ：ＮＭ＿００２５２９）；ＮＴＲＫ２エクソン１１−１７（ＧｅｎＢａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ：ＮＭ＿００６１８０）；およびＮＴＲＫ３エクソン１３−１６（ＧｅｎＢａｎｋ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ：ＮＭ＿００２５３０とＮＭ＿００１００７１５６）を含む融合を識別するように設計されている。
【００７６】
ＴＮＡ（全核酸、つまり、ＤＮＡとＲＮＡの両方を含んでいる）は、Ａｇｅｎｃｏｕｒｔ  ＦｏｒｍａＰｕｒｅ（Ｃａｔ．＃Ａ３３３４２）抽出キットを使用して、製造元の指示に従って抽出されるが、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）用のＡｒｃｈｅｒ（登録商標）  ＦｕｓｉｏｎＰｌｅｘ（登録商標）  ＮＴＲＫプロトコルで説明される変更が加えられている。代替的に、ＲＮＡは、ＦＦＰＥではない、新鮮な腫瘍生検サンプルから抽出することができる。
【００７７】
Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）用のＡｒｃｈｅｒ（登録商標）  ＦｕｓｉｏｎＰｌｅｘ（登録商標）  ＮＴＲＫキット（ＳＫ００３１−ＩＬＭＮ）を使用して、生検腫瘍から抽出したＲＮＡまたはＴＮＡから、ｃＤＮＡが生成される：
工程１：２−２５０ｎｇの抽出ＴＮＡまたは２０−２５０ｎｇのＲＮＡが、ランダムプライマーを用いてハイブリダイズされる。
工程２：各サンプルに対し、ｃＤＮＡの第１鎖が合成される。
工程３：ｃＤＮＡの第１鎖を使用し、各サンプルに対し、ｃＤＮＡの第２鎖が合成される。
工程４：ｃＤＮＡの出発物質の品質を判定するための品質管理工程として、ｃＤＮＡサンプルに対してｑＰＣＲが実行される（ＱＣは、第２鎖の生成と並行して第１鎖の合成後に実行することも可能である）。
工程５：ｃＤＮＡのエンドリペア／ｄＡ−テーリングが行なわれる。
工程６：エンドリペアの後、反応混合物はＡＭＰｕｒｅ  ＸＰビーズ精製キットを使用して精製され、その後、ＭＢＣアダプタがｃＤＮＡ上にライゲートされる。
工程７：ライゲーション後に、ＡＭＰｕｒｅビーズ精製によってクリーンアップされた反応と、ＮＴＲＫ  ＧＳＰｓ（ＧＳＰ１；＃ＳＡ０１０３）を使用した最初のＰＣＲが実行される。
工程８：その後、その反応はクリーンアップされ、第２のＰＣＲが製造元の指示に従い、ＮＴＲＫ  ＧＳＰｓ（ＧＳＰ２；＃ＳＡ０１０４）で実行される。第２のＰＣＲ後、ＰＣＲ反応混合物はＡＭＰｕｒｅビーズを使用して精製される。
工程９：ライブラリ定量化は、ＫＡＰＡバイオシステムズｑＰＣＲキット（Ｃａｔ．＃ＫＫ４８２４）を使用して実施され、フラグメントの長さを２００ｂｐと仮定して、ライブラリの濃度を定量化する。定量化の後、バーコード化されたライブラリは、等モル濃度で貯留され、製造元の指示に従ってＩｌｌｕｍｉｎａ  ＭｉＳｅｑまたはＮｅｘｔＳｅｑシーケンスプラットフォーム上でシーケンシングされる。
【００７８】
本発明の好ましい実施形態が本明細書に示され記述される一方、そのような実施形態が例としてのみ提供されることは当業者には明らかであろう。多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者に想到されるであろう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかもしれないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求項とその同等物の範囲内の方法、および構造体がそれによって包含されるものであるということが意図されている。
【図１Ａ】
2020531467.tif 000002
【図１Ｂ】
2020531467.tif 000003
【図２Ａ】
2020531467.tif 000004
【図２Ｂ】
2020531467.tif 000005
【図３Ａ】
2020531467.tif 000006
【図３Ｂ】
2020531467.tif 000007
【国際調査報告】
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