(57)【要約】  試料のアッセイを実質的にリアルタイムで実施することを容易にするシステム及び方法。したがって、従来のシステム及び方法によって可能なものよりもはるかに迅速にアッセイを実施し、所望の結果を得ることができる。
2020530103.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
リアルタイムアッセイを実施するための方法であって、
（ａ）ポリペプチドを含有する製品の試料を、第１の保持コイルを通してポリペプチド結合カラムに移動させる工程と、
（ｂ）前記試料中の前記ポリペプチドを、前記ポリペプチド結合カラムに結合させることで、前記試料中の前記ポリペプチドを前記試料の残りから分離する工程と、
（ｃ）バッファ源から溶離バッファ溶液を、前記第１の保持コイルを介して前記ポリペプチド結合カラムに移動させて前記ポリペプチド結合カラムの下流の第２の保持コイルを通過させ、それにより、前記ポリペプチド結合カラムに結合したポリペプチドを溶離し、前記溶離バッファ溶液及び前記溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物を前記第２の保持コイルに移動させる工程と、
（ｄ）前記溶離液／ポリペプチド混合物を、前記第２の保持コイルから反応チャンバに移動させる工程と、
（ｅ）前記反応チャンバ内で前記溶離液／ポリペプチド混合物中の前記ポリペプチドをインキュベートし、変性ポリペプチドを生じさせる工程と、
（ｆ）（ｅ）の後、ジスルフィド結合架橋を切断する還元試薬を、前記第１の保持コイルを通して前記反応チャンバに移動させる工程と、
（ｇ）前記反応チャンバ内で前記変性ポリペプチドを前記還元試薬とともにインキュベートし、変性及び還元ポリペプチドを生じさせる工程と、
（ｈ）（ｇ）の後、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を、前記反応チャンバに移動させる工程と、
（ｉ）前記反応チャンバ内で前記変性及び還元ポリペプチドを前記アルキル化試薬とともにインキュベートし、それにより、前記変性及び還元ポリペプチドをアルキル化する工程と、
（ｊ）前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を、前記反応チャンバから前記第１の保持コイルを通して脱塩カラムに移動させる工程であって、前記脱塩カラムはタンパク質分解バッファで平衡化される、工程と、
（ｋ）前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを前記脱塩カラムに適用し、それにより、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを、前記還元試薬及び前記アルキル化試薬から分離し、脱塩ポリペプチドを生じさせる工程と、
（ｌ）前記脱塩ポリペプチドを、前記脱塩カラムの下流のタンパク質分解酵素カラムに移動させる工程と、
（ｍ）前記第３のポリペプチドカラム内で前記脱塩ポリペプチドを消化し、消化ポリペプチドを生じさせる工程と、
（ｎ）前記消化ポリペプチドの分析のために、前記消化ポリペプチドを分析デバイスに移動させる工程と
を含む、方法。
【請求項２】
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｈ）、（ｉ）、（ｌ）、及び（ｎ）の１つ以上は自動的に実施される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
（ａ）〜（ｎ）は、閉じたシステム内で実施される、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項４】
（ａ）は、マルチポート弁を、前記第１の保持コイルと前記ポリペプチド結合カラムとが、前記マルチポート弁の第１のポートを介して流体的に結合される第１の位置に配置することを含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５】
（ｄ）は、前記マルチポート弁を、第２の保持コイルと前記反応チャンバとが、前記マルチポート弁の第２のポートを介して流体的に結合される第２の位置に配置することを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
（ｆ）及び（ｈ）はそれぞれ、前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルと前記反応チャンバとが、前記マルチポート弁の第３のポートを介して流体的に結合される第３の位置に配置することを含む、請求項５に記載の方法。
【請求項７】
（ｊ）は、
前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を、前記反応チャンバから前記マルチポート弁の前記第３のポートを通して前記脱塩カラムに移動させることと、
前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルと前記脱塩カラムとが、前記マルチポート弁の第４のポートを介して流体的に結合される第４の位置に配置することと
を含む、請求項６に記載の方法。
【請求項８】
（ｄ）の前又は最中に、前記反応チャンバに流体的に結合され、前記反応チャンバの下流に位置する第１の弁を第１の位置に移動させることをさらに含み、前記第１の位置において、前記第１の弁は、前記第１の保持コイルから受け取った、前記反応チャンバの体積を超える内容物を廃棄物チャンバに誘導する、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
（ｉ）の後、前記第１の弁を、前記第１の位置から、前記第１の弁が前記反応チャンバ内に空気を誘導する第２の位置に移動させることをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
（ｋ）の後、かつ（ｌ）の前に、（ｏ）前記脱塩カラム及び前記タンパク質分解酵素カラムに流体的に結合され、前記脱塩カラムと前記タンパク質分解酵素カラムとの間に位置する第２の弁を、前記第２の弁が、前記脱塩カラムから受け取った内容物を廃棄物チャンバに誘導する第１の位置から、前記第２の弁が、前記脱塩カラムから受け取った内容物を前記タンパク質分解酵素カラムに誘導する第２の位置に移動させることをさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
（ａ）は、前記製品の前記試料を、前記ポリペプチドを収容する容器から前記第１の保持コイルを通して前記ポリペプチド結合カラムに移動させることを含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
（ｄ）の前に、前記反応チャンバに変性試薬を少なくとも一部充填することをさらに含み、（ｅ）は、前記反応チャンバ内で前記溶離液／ポリペプチド混合物中の前記ポリペプチドを前記変性試薬とともにインキュベートすることを含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記反応チャンバに前記変性試薬を少なくとも一部充填することは、前記変性試薬を変性バッファ源から前記第１の保持コイルを通して前記反応チャンバに移動させることを含む、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
前記反応チャンバに熱を加えることをさらに含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
（ｊ）は、前記変性試薬を前記反応チャンバから前記第１の保持コイルを通して前記脱塩カラムに移動させることをさらに含み、（ｋ）は、さらに、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを前記変性試薬から分離する、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
マルチポート弁と、前記マルチポート弁の上流の第１の保持コイルと、前記マルチポート弁の第１のポートに流体的に結合され、前記マルチポート弁の前記第１のポートの下流にあるポリペプチド結合カラムと、前記ポリペプチド結合カラムに流体的に結合され、前記ポリペプチド結合カラムの下流にある第２の保持コイルと、前記マルチポート弁の第２のポート及び第３のポートに流体的に結合され、前記マルチポート弁の前記第２のポート及び前記第３のポートの下流にある反応チャンバと、前記マルチポート弁の第４のポートに流体的に結合され、前記マルチポート弁の前記第４のポートの下流にある脱塩カラムと、前記脱塩カラムの下流のタンパク質分解酵素カラムとを含む、閉じたシステムを使用してリアルタイムアッセイを実施するための方法であって、
（ａ）前記閉じたシステムに通信的に結合されたコントローラによって、ポリペプチドを含有する製品の試料を前記第１の保持コイルに移動させることと、
（ｂ）前記試料が前記第１のカラムに流れ、それにより前記試料中のポリペプチドが前記ポリペプチド結合カラムに結合するように、前記コントローラによって、前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第１のポートを介して前記ポリペプチド結合カラムに接続される第１の位置に配置することと、
（ｃ）前記マルチポート弁が前記第１の位置にあるとき、溶離バッファ溶液が前記ポリペプチド結合カラムに結合した実質的に全ての前記ポリペプチドを溶離するように、前記コントローラによって、前記溶離バッファ溶液を溶離バッファ溶液源から前記ポリペプチド結合カラムを通して前記第２の保持コイルに移動させることと、
（ｄ）前記コントローラによって、前記マルチポート弁を、前記第２の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第２のポートを介して前記反応チャンバに接続される第２の位置に移動させることと、
（ｅ）前記マルチポート弁が前記第２の位置にあるとき、前記コントローラによって、前記溶離バッファ溶液及び前記溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物を前記反応チャンバに移動させ、それにより、前記溶離液／ポリペプチド混合物中の前記ポリペプチドを変性させることと、
（ｆ）前記コントローラによって、前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第３のポートを介して前記反応チャンバに接続される第３の位置に移動させることと、
（ｇ）（ｆ）の後、前記コントローラによって、ジスルフィド結合架橋を切断する還元試薬を前記第１の保持コイルに移動させることと、前記コントローラによって、前記還元試薬を前記第１の保持コイルから前記マルチポート弁の前記第３のポートを通して前記反応チャンバに移動させ、それにより前記変性ポリペプチドを還元することと、
（ｈ）（ｇ）の後、前記コントローラによって、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を前記第１の保持コイルに移動させることと、前記コントローラによって、前記アルキル化試薬を前記第１の保持コイルから前記第３のポートを通して前記反応チャンバに移動させ、それにより前記変性及び還元ポリペプチドをアルキル化することと、
（ｉ）前記コントローラによって、前記アルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を、前記反応チャンバから前記第３のポートを介して前記第１の保持コイルに移動させることと、
（ｊ）前記コントローラによって、前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第４のポートを介して前記脱塩カラムに接続される第４の位置に移動させることと、前記マルチポート弁が前記第４の位置にあるとき、前記アルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を前記第１の保持コイルから前記脱塩カラムに移動させ、それにより、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドが前記脱塩カラムに適用され、その結果、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを前記還元試薬及び前記アルキル化試薬から分離し、脱塩ポリペプチドを生じさせることと、
（ｋ）前記コントローラによって、前記脱塩ポリペプチドを前記タンパク質分解酵素カラムに移動させ、それにより前記脱塩ポリペプチドを消化することと、
（ｌ）前記コントローラによって、前記消化ポリペプチドが分析デバイスに送られ、それにより前記消化ポリペプチドを分析することと
を含む、方法。
【請求項１７】
（ａ）は、前記コントローラによって、前記試料を、前記ポリペプチドを収容する容器から前記第１の保持コイルに移動させることを含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
（ｋ）は、前記消化ポリペプチドを、液体クロマトグラフィデバイス、高速液体クロマトグラフィデバイス、超高速液体クロマトグラフィデバイス、質量分析デバイス、及び糖鎖分析デバイス、又はこれらの組み合わせからなる群から選択される分析デバイスに送ることを含む、請求項１６又は１７に記載の方法。
【請求項１９】
（ｅ）の前に、前記コントローラによって、前記マルチポート弁を前記第３の位置に移動させることと、前記コントローラによって、変性試薬を前記反応チャンバに移動させることとをさらに含む、請求項１６〜１８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記変性試薬を前記反応チャンバに移動させることは、前記コントローラによって、前記変性試薬を変性バッファ源からポンプを通して前記第１の保持コイルに移動させることと、前記コントローラによって、前記変性試薬を前記第１の保持コイルから前記マルチポート弁の前記第３のポートを通して前記反応チャンバに移動させることと、を含む、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
（ｉ）は、前記変性試薬を前記反応チャンバから前記第３のポートを通して前記第１の保持コイルに移動させることをさらに含み、（ｊ）は、前記変性試薬を前記第１の保持コイルから前記脱塩カラムに移動させ、それにより、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドが前記脱塩カラムに適用されると、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドはさらに、前記変性試薬から分離されることをさらに含む、請求項１９又は２０に記載の方法。
【請求項２２】
オンラインリアルタイムアッセイを実施するための閉じたシステムであって、
ポリペプチドを含有する製品の試料を受け取るように流体的に配置された第１の保持コイルと、
前記第１の保持コイルに流体的に結合され、前記第１の保持コイルの下流に位置するマルチポート弁と、
前記マルチポート弁に流体的に結合され、前記第１の保持コイルから前記マルチポート弁の第１のポートを通して前記試料を受け取るように配置されたポリペプチド結合カラムであって、前記試料の前記ポリペプチドを結合するように構成されている、ポリペプチド結合カラムと、
溶離バッファ溶液が前記ポリペプチド結合カラムから実質的に全ての前記ポリペプチドを溶離するように適合されるように、前記マルチポート弁に流体的に結合され、前記ポリペプチド結合カラムの下流に位置する第２の保持コイルに前記溶離バッファ溶液を供給するように配置されたバッファ源と、
前記マルチポート弁に流体的に結合され、前記ポリペプチド結合カラムの下流に配置された反応チャンバであって、前記反応チャンバは、前記ポリペプチド結合カラムから前記マルチポート弁の第２のポートを通して混合物を受け取るように適合され、前記混合物は、前記溶離バッファ溶液及び前記溶離したポリペプチドを含み、前記混合物の前記ポリペプチドは前記反応チャンバ内で変性され、前記反応チャンバは、ジスルフィド結合架橋を切断する還元試薬を、前記第１の保持コイル及び前記マルチポート弁の第３のポートを通して受け取るように配置されており、前記還元試薬は前記変性ポリペプチドを還元し、前記反応チャンバはさらに、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を、前記第１の保持コイル及び前記マルチポート弁の前記第３のポートを通して受け取るように配置されており、前記アルキル化試薬は、前記反応チャンバ内の前記変性及び還元ポリペプチドをアルキル化する、反応チャンバと、
前記マルチポート弁に流体的に結合され、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、及び前記アルキル化試薬を前記反応チャンバから受け取るように配置された脱塩カラムであって、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬から分離するように構成されている、脱塩カラムと、
前記脱塩カラムから前記分離されたポリペプチドを得るために、前記第２のポリペプチドカラムに流体的に結合され、前記第２のポリペプチドカラムの下流に配置されたタンパク質分解酵素カラムであって、前記脱塩ポリペプチドを消化するように構成されている、タンパク質分解酵素カラムと
を含む、システム。
【請求項２３】
ポリペプチドを含有する前記製品を生産するように構成されたバイオリアクターをさらに含み、前記第１の保持コイルは前記バイオリアクターに流体的に結合されている、請求項２２に記載のシステム。
【請求項２４】
前記マルチポート弁は、１２個のサテライトポート及び中心共通ポート弁を含む、請求項２２又は２３に記載のシステム。
【請求項２５】
前記ポリペプチド結合カラムは、プロテインＡカラム、プロテインＧカラム、プロテインＡ／Ｇカラム、プロテインＬカラム、アミノ酸カラム、アビジンカラム、ストレプトアビジンカラム、糖結合カラム、糖カラム、グルタチオンカラム、ヘパリンカラム、疎水性相互作用カラム、イムノアフィニティカラム、ヌクレオチド／補酵素カラム、特殊カラム、及び固定化金属アフィニティクロマトグラフィ（ＩＭＡＣ）カラムからなる群から選択される、請求項２２〜２４のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項２６】
前記製品の前記試料を前記バイオリアクターから前記第１の保持コイルに圧送するように構成されたポンプをさらに含む、請求項２２〜２５のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項２７】
前記還元試薬は、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、グルタチオン、β−メルカプトエタノール（β−ＭＥ）、及びトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）からなる群から選択される、請求項２２〜２６のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項２８】
前記アルキル化試薬は、インドール−３−酢酸（ＩＡＡ）である、請求項２２〜２７のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項２９】
前記脱塩カラムは、サイズ排除クロマトグラフィカラムである、請求項２２〜２８のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３０】
前記タンパク質分解酵素カラムは、タンパク質分解酵素を含み、前記タンパク質分解酵素は、エンドペプチダーゼである、請求項２２〜２９のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３１】
前記エンドペプチダーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、サーモリシン、ペプシン、グルタミルエンドペプチダーゼ、ネプリライシン、Ｌｙｓ−Ｃプロテアーゼ、及び黄色ブドウ球菌Ｖ８プロテアーゼからなる群から選択される、請求項３０に記載のシステム。
【請求項３２】
前記反応チャンバに、少なくとも一部、変性試薬が予め充填されている、請求項２２〜３１のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項３３】
前記変性試薬を変性バッファ源から前記第１の保持コイルを通して前記反応チャンバに圧送するように構成されたポンプをさらに含む、請求項３２に記載のシステム。
【請求項３４】
前記変性試薬は、変性洗浄剤又はカオトロープを含む、請求項３２又は３３に記載のシステム。
【請求項３５】
前記カオトロープは、尿素、ｎ−ブタノール、エタノール、塩化グアニジウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、フェノール、２−プロパノール、及びチオ尿素からなる群から選択される、請求項３４に記載のシステム。
【請求項３６】
前記変性洗浄剤は、硫酸ドデシルナトリウム（ＳＤＳ）、コール酸ナトリウム、デオキシコール酸ナトリウム、グリココール酸ナトリウム、タウロコール酸ナトリウム、タウロデオキシコール酸ナトリウム、Ｎ−ラウロイルサルコシン、ドデシル硫酸リチウム、臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、及び臭化トリメチル（テトラデシル）アンモニウム（ＴＴＡＢ）からなる群から選択される、請求項３４に記載のシステム。
【請求項３７】
前記変性洗浄剤は、ＳＤＳである、請求項３６に記載のシステム。
【請求項３８】
前記変性試薬は、加熱流体を含む、請求項３２に記載のシステム。
【請求項３９】
前記反応チャンバに直接隣接して配置された加熱要素をさらに含み、前記加熱要素は前記反応チャンバに熱を加えるように構成されている、請求項２２〜３８のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４０】
前記熱は、約２２℃〜約１２０℃の温度を有する、請求項３９に記載のシステム。
【請求項４１】
前記熱は、約４０℃の温度を有する、請求項４０に記載のシステム。
【請求項４２】
前記反応チャンバに流体的に結合され、前記反応チャンバの下流に位置する第１の弁をさらに含み、前記第１の弁は、前記第１の弁が、前記第１の保持コイルから受け取った、前記反応チャンバの体積を超える内容物を廃棄場に誘導する第１の位置と、前記第１の弁が前記反応チャンバ内に空気を誘導する第２の位置とにおいて動作可能である、請求項２２〜４１のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４３】
前記第１の弁の位置を制御するために前記第１の弁に通信的に結合されたコントローラをさらに含み、前記コントローラは、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記変性試薬、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を前記反応チャンバから前記脱塩カラムに移動させる前に、前記第１の弁を前記第１の位置から前記第２の位置に移動させる、請求項４２に記載のシステム。
【請求項４４】
前記脱塩カラム及び前記タンパク質分解酵素カラムに流体的に結合され、前記脱塩カラムと前記タンパク質分解酵素カラムとの間に位置する第２の弁をさらに含み、前記第２の弁は、前記第２の弁が前記脱塩カラムから受け取った内容物を廃棄所に誘導する第１の位置と、前記第２の弁が、前記脱塩カラムから受け取った内容物を前記タンパク質分解酵素カラムに誘導する第２の位置とにおいて動作可能である、請求項２２〜４３のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４５】
前記第２の弁の位置を制御するために前記第２の弁に通信的に結合されたコントローラをさらに含み、前記コントローラは、前記脱塩カラムが、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを、前記溶離バッファ溶液、前記変性試薬、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬から分離した後、前記第２の弁を前記第１の位置から前記第２の位置に移動させる、請求項４４に記載のシステム。
【請求項４６】
前記反応チャンバに通信的に結合されたコントローラをさらに含み、前記コントローラは、前記反応チャンバを摂氏約４０度の温度に維持するように構成されている、請求項２２〜４１のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４７】
前記マルチポート弁に通信的に結合されたコントローラをさらに含み、前記コントローラは、前記マルチポート弁の前記第１のポート、前記第２のポート、前記第３のポート、及び前記第４のポートを選択的に開閉するように構成されている、請求項２２〜４１のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項４８】
リアルタイムアッセイを実施するための閉じたシステムであって、
マルチポート弁と、
前記マルチポート弁の上流の第１の保持コイルと、
前記マルチポート弁の第１のポートに流体的に結合され、前記マルチポート弁の前記第１のポートの下流にあるポリペプチド結合カラムと、
前記ポリペプチド結合カラムに流体的に結合され、前記ポリペプチド結合カラムの下流にある第２の保持コイルと、
前記マルチポート弁の第２のポート及び第３のポートに流体的に結合され、前記マルチポート弁の前記第２のポート及び前記第３のポートの下流にある反応チャンバと、
前  記マルチポート弁の第４のポートに流体的に結合され、前記マルチポート弁の前記第４のポートの下流にある脱塩カラムと、
前記脱塩カラムの下流のタンパク質分解酵素カラムと、
前記マルチポート弁に通信的に結合されたコントローラであって、メモリと、プロセッサと、前記メモリに記憶された論理とを含み、前記論理は、
（ａ）ポリペプチドを含有する製品の試料を前記第１の保持コイルに移動させ、
（ｂ）前記試料が前記第１のカラムに流れ、それにより前記試料中のポリペプチドが前記ポリペプチド結合カラムに結合するように、前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第１のポートを介して前記ポリペプチド結合カラムに接続される第１の位置に配置し、
（ｃ）前記マルチポート弁が前記第１の位置にあるとき、溶離バッファ溶液が前記ポリペプチド結合カラムに結合した実質的に全ての前記ポリペプチドを溶離するように、前記溶離バッファ溶液を溶離バッファ溶液源から前記ポリペプチド結合カラムを通して前記第２の保持コイルに移動させ、
（ｄ）前記マルチポート弁を、前記第２の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第２のポートを介して前記反応チャンバに接続される第２の位置に移動させ、
（ｅ）前記マルチポート弁が前記第２の位置にあるとき、前記溶離バッファ溶液及び前記溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物を前記反応チャンバに移動させ、それにより、前記溶離液／ポリペプチド混合物中の前記ポリペプチドを変性させ、
（ｆ）前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第３のポートを介して前記反応チャンバに接続される第３の位置に移動させ、
（ｇ）（ｆ）の後、ジスルフィド結合を切断する還元試薬を前記第１の保持コイルに移動させ、前記還元試薬を前記第１の保持コイルから前記マルチポート弁の前記第３のポートを通して前記反応チャンバに移動させ、それにより前記変性ポリペプチドを還元し、
（ｈ）（ｇ）の後、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を前記第１の保持コイルに移動させ、前記アルキル化試薬を前記第１の保持コイルから前記第３のポートを通して前記反応チャンバに移動させ、それにより前記変性及び還元ポリペプチドをアルキル化し、
（ｉ）前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を、前記反応チャンバから前記第３のポートを介して前記第１の保持コイルに移動させ、
（ｊ）前記マルチポート弁を、前記第１の保持コイルが前記マルチポート弁の前記第４のポートを介して前記脱塩カラムに接続される第４の位置に移動させ、前記マルチポート弁が前記第４の位置にあるとき、前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、前記溶離バッファ溶液、前記還元試薬、及び前記アルキル化試薬を、前記第１の保持コイルから前記脱塩カラムに移動させ、それにより前記変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを脱塩し、
（ｋ）前記脱塩ポリペプチドを前記タンパク質分解酵素カラムに移動させ、それにより前記脱塩ポリペプチドを消化し、
（ｌ）前記消化ポリペプチドを糖鎖分析デバイスに送り、それにより前記消化ポリペプチドを分離及び定量化する
ように前記プロセッサによって実行可能である、コントローラと、
を含む、システム。
【請求項４９】
前記ポリペプチド結合カラムは、プロテインＡカラム、プロテインＧカラム、プロテインＡ／Ｇカラム、プロテインＬカラム、アミノ酸カラム、アビジンカラム、ストレプトアビジンカラム、糖結合カラム、糖カラム、グルタチオンカラム、ヘパリンカラム、疎水性相互作用カラム、イムノアフィニティカラム、ヌクレオチド／補酵素カラム、特殊カラム、及び固定化金属アフィニティクロマトグラフィ（ＩＭＡＣ）カラムからなる群から選択される、請求項４８に記載のシステム。
【請求項５０】
前記製品の前記試料を、前記製品を収容するバイオリアクターから前記第１の保持コイルに圧送するように構成されたポンプをさらに含む、請求項４８又は４９に記載のシステム。
【請求項５１】
前記還元試薬は、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、グルタチオン、β−メルカプトエタノール（β−ＭＥ）、及びトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）からなる群から選択される、請求項４８〜５０のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項５２】
前記アルキル化試薬は、インドール−３−酢酸（ＩＡＡ）である、請求項４８に記載のシステム。
【請求項５３】
前記脱塩カラムは、サイズ排除クロマトグラフィカラムである、請求項４８に記載のシステム。
【請求項５４】
前記タンパク質分解酵素カラムは、タンパク質分解酵素を含み、前記タンパク質分解酵素はエンドプロテアーゼである、請求項４８に記載のシステム。
【請求項５５】
前記エンドプロテアーゼは、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、サーモリシン、ペプシン、グルタミルエンドペプチダーゼ、ネプリライシン、Ｌｙｓ−Ｃプロテアーゼ、及び黄色ブドウ球菌Ｖ８プロテアーゼからなる群から選択される、請求項５４に記載のシステム。
【請求項５６】
（ｅ）の前に、前記論理は、前記マルチポート弁を前記第３の位置に移動させ、変性試薬を前記反応チャンバに移動させるように、前記プロセッサによって実行可能である、請求項４８に記載のシステム。
【請求項５７】
前記論理は、前記変性試薬を変性バッファ源から、前記第１の保持コイルの上流に配置されたポンプを通して前記第１の保持コイルに移動させ、前記変性試薬を前記第１の保持コイルから前記マルチポート弁の前記第３のポートを通して前記反応チャンバに移動させるように、前記プロセッサによって実行可能である、請求項５６に記載のシステム。
【請求項５８】
前記変性試薬は変性洗浄剤又はカオトロープを含む、請求項５６又は５７に記載のシステム。
【請求項５９】
前記カオトロープは、尿素、ｎ−ブタノール、エタノール、塩化グアニジウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、フェノール、２−プロパノール、及びチオ尿素からなる群から選択される、請求項５８に記載のシステム。
【請求項６０】
前記変性洗浄剤は、硫酸ドデシルナトリウム（ＳＤＳ）、コール酸ナトリウム、デオキシコール酸ナトリウム、グリココール酸ナトリウム、タウロコール酸ナトリウム、タウロデオキシコール酸ナトリウム、Ｎ−ラウロイルサルコシン、ドデシル硫酸リチウム、臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、及び臭化トリメチル（テトラデシル）アンモニウム（ＴＴＡＢ）からなる群から選択される、請求項５８に記載のシステム。
【請求項６１】
前記変性洗浄剤は、ＳＤＳである、請求項６０に記載のシステム。
【請求項６２】
前記変性試薬は、熱を含む、請求項５７又は５８に記載のシステム。
【請求項６３】
（ｅ）の前又は最中に、前記論理は、前記反応チャンバに熱を加えるように前記プロセッサによって実行可能である、請求項５６〜６２のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項６４】
前記熱は、約２２℃〜約１２０℃の温度を有する、請求項６２又は６３に記載のシステム。
【請求項６５】
前記熱は約４０℃の温度を有する、請求項６４に記載のシステム。
【請求項６６】
前記反応チャンバに流体的に結合され、前記反応チャンバの下流に位置する第１の弁をさらに含み、前記第１の弁は、前記第１の弁が、前記第１の保持コイルから受け取った、前記反応チャンバの体積を超える内容物を廃棄物チャンバに誘導する第１の位置と、前記第１の弁が前記反応チャンバ内に空気を誘導する第２の位置とにおいて動作可能であり、前記コントローラは、前記第１の弁の位置を制御するために前記第１の弁に通信的に結合されており、前記コントローラは、（ｈ）の後に、前記第１の弁を前記第１の位置から前記第２の位置に移動させる、請求項４８に記載のシステム。
【請求項６７】
前記脱塩カラム及び前記タンパク質分解酵素カラムに流体的に結合され、前記脱塩カラムと前記タンパク質分解酵素カラムとの間に位置する第２の弁をさらに含み、前記第２の弁は、前記第２の弁が、前記脱塩カラムから受け取った内容物を廃棄物チャンバに誘導する第１の位置と、前記第２の弁が、前記脱塩カラムから受け取った内容物を前記タンパク質分解酵素カラムに誘導する第２の位置とにおいて動作可能であり、前記コントローラは、前記第２の弁の位置を制御するために前記第２の弁に通信的に結合されており、前記コントローラは、（ｊ）の後に、前記第２の弁を前記第１の位置から前記第２の位置に移動させる、請求項４８に記載のシステム。
【請求項６８】
前記コントローラは前記反応チャンバに通信的に結合されており、前記コントローラは前記反応チャンバを約４０℃の温度に維持するように構成されている、請求項４８に記載のシステム。
【請求項６９】
前記製品の前記ポリペプチドは、治療的ポリペプチドである、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法又は請求項２２〜６８のいずれか一項に記載のシステム。
【請求項７０】
前記治療的ポリペプチドは、抗体又はその抗原結合フラグメント、抗体又は抗体フラグメントの誘導体、及び融合ポリペプチドからなる群から選択される、請求項６９に記載の方法又はシステム。
【請求項７１】
前記抗体は、インフリキシマブ、ベバシズマブ、ラニビズマブ、セツキシマブ、ラニビズマブ、パリビズマブ、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アクトクスマブ、アダリムマブ、アフェリモマブ、アフツズマブ、アラシズマブ、アラシズマブペゴル、ａｌｄ５１８、アレムツズマブ、アリロクマブ、アレムツズマブ、アルツモマブ、アマツキシマブ、アナツモマブマフェナトクス、アンルキンズマブ、アポリズマブ、アルシツモマブ、アセリズマブ、アルチヌマブ、アトリズマブ、アトロリムマブ、トシリズマブ、バピヌズマブ、バシリキシマブ、バビツキシマブ、ベクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベルチリムマブ、ベシレソマブ、ベバシズマブ、ベズロトクスマブ、ビシロマブ、ビバツズマブ、ビバツズマブメルタンシン、ブリナツモマブ、ブロソズマブ、ブレンツキシマブベドチン、ブリアキヌマブ、ブロダルマブ、カナキヌマブ、カンツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、カプラシズマブ、カプロマブペンデチド、カルルマブ、カツマキソマブ、ｃｃ４９、セデリズマブ、セルトリズマブペゴル、セツキシマブ、シタツズマブボガトクス、シクスツムマブ、クラザキズマブ、クレノリキシマブ、クリバツズマブテトラキセタン、コナツムマブ、クレネズマブ、ｃｒ６２６１、ダセツズマブ、ダクリズマブ、ダロツズマブ、ダラツムマブ、デミシズマブ、デノスマブ、デツモマブ、ドルリモマブアリトクス、ドロジツマブ、デュリゴツマブ、デュピルマブ、エクロメキシマブ、エクリズマブ、エドバコマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エフングマブ、エロツズマブ、エルシリモマブ、エナバツズマブ、エンリモマブペゴル、エノキズマブ、エノキズマブ、エノチクマブ、エノチクマブ、エンシツキシマブ、エピツモマブシツキセタン、エピラツズマブ、エルリズマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、エトロリズマブ、エキシビビルマブ、エキシビビルマブ、ファノレソマブ、ファラリモマブ、ファルレツズマブ、ファシヌマブ、ｆｂｔａ０５、フェルビズマブ、フェザキヌマブ、フィクラツズマブ、フィギツムマブ、フランボツマブ、フォントリズマブ、フォラルマブ、フォラビルマブ、フレソリムマブ、フルラヌマブ、フツキシマブ、ガリキシマブ、ガニツマブ、ガンテネルマブ、ガビリモマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゲボキズマブ、ギレンツキシマブ、グレムバツムマブベドチン、ゴリムマブ、ゴミリキシマブ、ｇｓ６６２４、イバリズマブ、イブリツモマブチウキセタン、イクルクマブ、イゴボマブ、イムシロマブ、イムガツズマブ、インクラクマブ、インダツキシマブラブタンシン、インフリキシマブ、インテツムマブ、イノリモマブ、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、イラツムマブ、イトリズマブ、イキセキズマブ、ケリキシマブ、ラベツズマブ、レブリキズマブ、レマレソマブ、レルデリムマブ、レキサツムマブ、リビビルマブ、リゲリズマブ、リンツズマブ、リリルマブ、ロルボツズマブメルタンシン、ルカツムマブ、ルミリキシマブ、マパツズマブ、マスリモマブ、マブリリムマブ、マツズマブ、メポリズマブ、メテリムマブ、ミラツズマブ、ミンレツモマブ、ミツモマブ、モガムリズマブ、モロリムマブ、モタビズマブ、モキセツモマブパスドトクス、ムロモナブ−ｃｄ３、ナコロマブタフェナトクス、ナミルマブ、ナプツモマブエスタフェナトクス、ナルナツマブ、ナタリズマブ、ネバクマブ、ネシツムマブ、ネレリモマブ、ネスバクマブ、ニモツズマブ、ニボルマブ、ノフェツモマブメルペンタン、オカラツズマブ、オクレリズマブ、オデュリモマブ、オファツムマブ、オララツマブ、オロキズマブ、オマリズマブ、オナルツズマブ、オポルツズマブモナトクス、オレゴボマブ、オルチクマブ、オテリキシズマブ、オキセルマブ、オザネズマブ、オゾラリズマブ、パジバキシマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、パノバクマブ、パルサツズマブ、パスコリズマブ、パテクリズマブ、パトリツマブ、ペムツモマブ、ペラキズマブ、ペルツズマブ、パキセリズマブ、ピジリズマブ、ピンツモマブ、プラクルマブ、ポネズマブ、プリリキシマブ、プリツムマブ、ＰＲＯ１４０、クイリズマブ、ラコツモマブ、ラドレツマブ、ラフィビルマブ、ラムシルマブ、ラニビズマブ、ラキシバクマブ、レガビルマブ、レスリズマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロバツムマブ、ロレデュマブ、ロモソズマブ、ロンタリズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、サマリズマブ、サリルマブ、サツモマブペンデチデ、セクキヌマブ、セビルマブ、シブロツズマブ、シファリムマブ、シルツキシマブ、シムツズマブ、シプリズマブ、シルクマブ、ソラネズマブ、ソリトマブ、ソネプシズマブ、ソンツズマブ、スタムルマブ、スレソマブ、スビズマブ、タバルマブ、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、タネズマブ、タプリツモマブパプトクス、テフィバズマブ、テリモマブアリトクス、テナツモマブ、テフィバズマブ、テリモマブアリトクス、テナツモマブ、テネリキシマブ、テプリズマブ、テプロツムマブ、テゼペルマブ、ＴＧＮ１４１２、トレメリムマブ、チシリムマブ、チルドラキズマブ、チガツズマブ、ＴＮＸ−６５０、トシリズマブ、トラリズマブ、トシツモマブ、トラロキヌマブ、トラスツズマブ、ＴＲＢＳ０７、トレガリズマブ、トレメリムマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツビルマブ、ウブリツキシマブ、ウレルマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、バパリキシマブ、バテリズマブ、ベドリズマブ、ベルツズマブ、ベパリモマブ、ベセンクマブ、ビジリズマブ、ボロシキシマブ、ボルセツズマブマフォドチン、ボツムマブ、ザルツムマブ、ザノリムマブ、ザツキシマブ、ジラリムマブ、ゾリモマブアリトクス、及び表１に示す抗体からなる群から選択される、請求項７０に記載の方法又はシステム。
【請求項７２】
前記治療的ポリペプチドは、糖タンパク質、ＣＤポリペプチド、ＨＥＲ受容体ポリペプチド、細胞接着ポリペプチド、成長因子ポリペプチド、インスリンポリペプチド、インスリン関連ポリペプチド、凝固ポリペプチド、凝固関連ポリペプチド、アルブミン、ＩｇＥ、血液型抗原、コロニー刺激因子、受容体、神経栄養因子、インターフェロン、インターロイキン、ウイルス抗原、リポタンパク質、カルシトニン、グルカゴン、心房性ナトリウム利尿因子、肺表面活性剤、腫瘍壊死因子α及びβ、エンケファリナーゼ、マウスゴナドトロピン関連ペプチド、ＤＮＡｓｅ、インヒビン、アクチビング、インテグリン、プロテインＡ、プロテインＤ、リウマチ因子、免疫毒素、骨形成タンパク質、スーパーオキシドジスムターゼ、表面膜ポリペプチド、崩壊促進因子、ＡＩＤＳエンベロープ、輸送ポリペプチド、ホーミング受容体、アドレシン、調節ポリペプチド、イムノアドヘシン、ミオスタチン、ＴＡＬＬポリペプチド、アミロイドポリペプチド、胸腺間質性リンパ球新生因子、ＲＡＮＫリガンド、ｃ−キットポリペプチド、ＴＮＦ受容体、及びアンジオポエチン、及びそれらの生物学的に活性なフラグメント、アナログ、又はバリアントからなる群から選択されるポリペプチドである、請求項７０に記載の方法又はシステム。
【請求項７３】
請求項２２又は４８に記載の閉じたシステムによって実施されるオンラインリアルタイムアッセイを監視する方法であって、
前記閉じたシステム内の条件が、所定の性能閾値を満たすかどうかを判断することと、
前記閉じたシステム内の前記条件が前記所定の性能閾値を満たしていないと判断した場合に、前記閉じたシステム内の前記条件が、前記所定の性能閾値を満たすまで少なくとも１つの細胞培養構成要素を調整することと
を含む、方法。
【請求項７４】
少なくとも１つの細胞培養構成要素を調整することは、ｐＨ、圧力、温度、媒体流、媒体含有量、ガス供給戦略、撹拌、添加剤含有量、添加剤供給量、又は潅流量のうちの１つ以上を調整することを含む、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
請求項２２又は４８に記載の閉じたシステムを使用して生産時間を延長する方法であって、
前記閉じたシステム内の条件が、所定の性能閾値を満たすかどうかを判断することと、
前記閉じたシステム内の前記条件が前記所定の性能閾値を満たしていないと判断した場合に、前記閉じたシステム内の前記条件が、前記所定の性能閾値を満たすまで少なくとも１つの細胞培養構成要素を調整することと
を含む、方法。
【請求項７６】
少なくとも１つの細胞培養構成要素を調整することは、ｐＨ、圧力、温度、媒体流、媒体含有量、ガス供給戦略、撹拌、添加剤含有量、添加剤供給量、又は潅流量のうちの１つ以上を調整することを含む、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
リスクを軽減する方法であって、
請求項２２又は４８に記載の前記閉じたシステムの運転に関連するプロセス及び製品品質データを決定することと、
前記プロセス及び製品品質データが所定のリスク閾値を満たすかどうかを判断することと、
前記プロセス及び製品品質データが前記所定のリスク閾値を満たすかどうかに基づき、前記閉じたシステムの運転を継続する、調整する、又は停止するかどうかを判断することと
を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本願は、２０１７年８月１日に出願された「Ｓｙｓｔｅｍｓ  ａｎｄ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｆｏｒ  Ｐｅｒｆｏｒｍｉｎｇ  ａ  Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ  Ａｓｓａｙ  ｏｆ  ａ  Ｓａｍｐｌｅ」という名称の米国特許仮出願第６２／５３９，８０３号明細書の優先権の利益を主張し、その開示全体を参照により本明細書に援用する。
【０００２】
本開示は、全般的に、アッセイに関し、より具体的には、試料のリアルタイムアッセイの実施に関する。
【０００３】
配列表
本願は、電子フォーマットの配列表とともに出願されている。「５１８００＿Ｓｅｑｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ」という名称のファイルとして提出された配列表は、２０１８年７月３１日に作成され、サイズは２６３，９６４バイトである。電子フォーマットの配列表における情報は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【０００４】
アッセイは、一般に、薬物、生化学的物質、又は細胞などの分析物の１つ以上の属性を定量化するために実施される。このようなアッセイの一例は、試料の重要品質特性（ＣＱＡ：Ｃｒｉｔｉｃａｌ  Ｑｕａｌｉｔｙ  Ａｔｔｒｉｂｕｔｅ）（目標製品品質プロファイル（ＱＴＰＰ：Ｑｕａｌｉｔｙ  Ｔａｒｇｅｔ  Ｐｒｏｄｕｃｔ  Ｐｒｏｆｉｌｅ）により特定される）を検出し、定量化することができる多属性法（ＭＡＭ：ｍｕｌｔｉ−ａｔｔｒｉｂｕｔｅ  ｍｅｔｈｏｄ）アッセイである（Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  ｍｕｌｔｉ−ａｔｔｒｉｂｕｔｅ  ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ｑｕａｌｉｔｙ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｔｅｓｔｉｎｇ  ａｎｄ  ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ．Ｒｏｇｅｒｓ  ＲＳ，Ｎｉｇｈｔｌｉｎｇｅｒ  ＮＳ，Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ  Ｂ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ  Ｐ，Ｂａｉｌｅｙ  Ｒ，Ｂａｌｌａｎｄ  Ａ．ＭＡｂｓ．２０１５；７（５）：８８１−９０）。ＭＡＭアッセイは、例えば、高分子遊離試験（ＬＭＲＴ）実験室内で実施される手動操作プロセスである。ＭＡＭは、液体クロマトグラフィ（ＬＣ）−質量分析法（ＭＳ）をベースとしたペプチドマッピング法であり、以下の３工程を含む：（１）試料調製（ポリペプチド変性、還元、アルキル化、及び消化など）、（２）ＬＣによる消化ポリペプチドの分離及びＭＳによる検出、並びに（３）目的ＣＱＡに関するデータの分析及び参照基準と比較した場合の新たな信号（即ちピーク）の検出。
【０００５】
ＣＱＡは、特定の値又は範囲値内に存在する化学的、物理的又は生物学的特性である。例えば、ポリペプチド治療的高分子において、物理的属性及びアミノ酸（ポリペプチドの構成単位（ｂｕｉｌｄｉｎｇ  ｂｌｏｃｋ））の修飾は重要なＣＱＡであり、製造中及び製造後、並びに薬物開発中に監視される。ポリペプチド全体又は一部のピークサイズ及びピーク形状の変化を追跡する従来の分析アッセイとは異なり、ＭＡＭはアミノ酸レベルにおける特定のＣＱＡを検出する。
【０００６】
しかし、ＭＡＭは、開発、製造、及び保存中のポリペプチド治療的分子のＣＱＡの評価（例えば、安定性の評価）における重要な前進ではあるものの、分析には試料調製から最終分析までに７〜１０日かかる場合があり、この時間によってコストがかさむとともに、開発及び薬物の発売が遅延する。例えば、ポリペプチド治療薬は、慣例的に、目的ポリペプチドを発現する培養細胞によって生産される。このような生産系は、ＣＱＡのＭＡＭ分析の結果が出るまでは容易に「中断」できないため、細胞が仕様を満たさないＣＱＡを持つ目的ポリペプチドを生産することとなり、時間、材料、及び人的資源の無駄になる。更に、薬物開発中、例えば、培養条件を最適化するときに７〜１０日の遅れが蓄積し、重要且つ新規のポリペプチド医薬品を患者に届けることを妨げる。したがって、ＭＡＭを使用したＣＱＡ分析を促進するための効率的且つより迅速な方法が必要とされている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００７】
【非特許文献１】Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ａ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｍａｓｓ  ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  ｍｕｌｔｉ−ａｔｔｒｉｂｕｔｅ  ｍｅｔｈｏｄ  ｆｏｒ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ，ｑｕａｌｉｔｙ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｔｅｓｔｉｎｇ  ａｎｄ  ｄｉｓｐｏｓｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ．Ｒｏｇｅｒｓ  ＲＳ，Ｎｉｇｈｔｌｉｎｇｅｒ  ＮＳ，Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ  Ｂ，Ｃａｍｐｂｅｌｌ  Ｐ，Ｂａｉｌｅｙ  Ｒ，Ｂａｌｌａｎｄ  Ａ．ＭＡｂｓ．２０１５；７（５）：８８１−９０
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本開示の一態様は、リアルタイムアッセイを実施するための方法を提供する。本方法は、（ａ）ポリペプチドを含有する製品の試料を、第１の保持コイルを通してポリペプチド結合カラムに移動させる工程と、（ｂ）試料中のポリペプチドをポリペプチド結合カラムに結合させることで、試料中のポリペプチドを試料の残りから分離する工程と、（ｃ）溶離バッファ溶液をバッファ源から、第１の保持コイルを介して及びポリペプチド結合カラムの下流の第２の保持コイルを通してポリペプチド結合カラムに移動させ、それにより、ポリペプチド結合カラムに結合したポリペプチドを溶離する工程と、溶離バッファ溶液及び溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物を第２の保持コイルに移動させる工程と、（ｄ）溶離液／ポリペプチド混合物を第２の保持コイルから反応チャンバに移動させる工程と、（ｅ）反応チャンバ内で溶離液／ポリペプチド混合物中のポリペプチドをインキュベートし、変性ポリペプチドを生じさせる工程と、（ｆ）（ｅ）の後、ジスルフィド結合架橋を切断する還元試薬を、第１の保持コイルを通して反応チャンバに移動させる工程と、（ｇ）反応チャンバ内で変性ポリペプチドを還元試薬とともにインキュベートし、変性及び還元ポリペプチドを生じさせる工程と、（ｈ）（ｇ）の後、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を反応チャンバに移動させる工程と、（ｉ）反応チャンバ内で変性及び還元ポリペプチドをアルキル化試薬とともにインキュベートし、それにより、変性及び還元ポリペプチドをアルキル化する工程と、（ｊ）変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液、還元試薬、及びアルキル化試薬を、反応チャンバから第１の保持コイルを通して脱塩カラムに移動させる工程であって、脱塩カラムはタンパク質分解バッファで平衡化される、工程と、（ｋ）変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを脱塩カラムに適用し、それにより、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを還元試薬及びアルキル化試薬から分離し、脱塩ポリペプチドを生じさせる工程と、（ｌ）脱塩ポリペプチドを脱塩カラムの下流のタンパク質分解酵素カラムに移動させる工程と、（ｍ）第３のポリペプチドカラム内で脱塩ポリペプチドを消化し、消化ポリペプチドを生じさせる工程と、（ｎ）消化ポリペプチドの分析のために、消化ポリペプチドを分析デバイスに移動させる工程と、を含む。
【０００９】
本開示の別の態様は、マルチポート弁と、マルチポート弁の上流の第１の保持コイルと、マルチポート弁の第１のポートに流体的に結合され、マルチポート弁の第１のポートの下流にあるポリペプチド結合カラムと、ポリペプチド結合カラムに流体的に結合され、ポリペプチド結合カラムの下流にある第２の保持コイルと、マルチポート弁の第２のポート及び第３のポートに流体的に結合され、マルチポート弁の第２のポート及び第３のポートの下流にある反応チャンバと、マルチポート弁の第４のポートに流体的に結合され、マルチポート弁の第４のポートの下流にある脱塩カラムと、脱塩カラムの下流のタンパク質分解酵素カラムとを含む、閉じたシステムを使用してリアルタイムアッセイを実施するための方法を提供する。本方法は、（ａ）閉じたシステムに通信的に結合されたコントローラによって、ポリペプチドを含有する製品の試料を第１の保持コイルに移動させることと、（ｂ）試料が第１のカラムに流れ、それにより試料中のポリペプチドがポリペプチド結合カラムに結合するように、コントローラによって、マルチポート弁を、第１の保持コイルがマルチポート弁の第１のポートを介してポリペプチド結合カラムに接続される第１の位置に配置することと、（ｃ）マルチポート弁が第１の位置にあるとき、溶離バッファ溶液がポリペプチド結合カラムに結合した実質的に全てのポリペプチドを溶離するように、コントローラによって、溶離バッファ溶液を溶離バッファ溶液源からポリペプチド結合カラムを通して第２の保持コイルに移動させることと、（ｄ）コントローラによって、マルチポート弁を、第２の保持コイルがマルチポート弁の第２のポートを介して反応チャンバに接続される第２の位置に移動させることと、（ｅ）マルチポート弁が第２の位置にあるとき、コントローラによって、溶離バッファ溶液及び溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物を反応チャンバに移動させ、それにより、溶離液／ポリペプチド混合物中のポリペプチドを変性させることと、（ｆ）コントローラによって、マルチポート弁を、第１の保持コイルがマルチポート弁の第３のポートを介して反応チャンバに接続される第３の位置に移動させることと、（ｇ）（ｆ）の後、コントローラによって、ジスルフィド結合架橋を切断する還元試薬を第１の保持コイルに移動させることと、コントローラによって、還元試薬を第１の保持コイルからマルチポート弁の第３のポートを通して反応チャンバに移動させ、それにより変性ポリペプチドを還元することと、（ｈ）（ｇ）の後、コントローラによって、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を第１の保持コイルに移動させることと、コントローラによって、アルキル化試薬を第１の保持コイルから第３のポートを通して反応チャンバに移動させ、それにより変性及び還元ポリペプチドをアルキル化することと、（ｉ）コントローラによって、アルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液、還元試薬、及びアルキル化試薬を、反応チャンバから第３のポートを介して第１の保持コイルに移動させることと、（ｊ）コントローラによって、マルチポート弁を、第１の保持コイルがマルチポート弁の第４のポートを介して脱塩カラムに接続される第４の位置に移動させることと、マルチポート弁が第４の位置にあるとき、アルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液、還元試薬、及びアルキル化試薬を第１の保持コイルから脱塩カラムに移動させ、それにより、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドが脱塩カラムに適用され、そのようにして、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを還元試薬及びアルキル化試薬から分離し、脱塩ポリペプチドを生じさせることと、（ｋ）コントローラによって、脱塩ポリペプチドをタンパク質分解酵素カラムに移動させ、それにより脱塩ポリペプチドを消化することと、（ｌ）コントローラによって、消化ポリペプチドが分析デバイスに送られ、それにより消化ポリペプチドを分析することと、を含む。
【００１０】
本開示の別の態様は、オンラインリアルタイムアッセイを実施するための閉じたシステムを提供する。システムは、ポリペプチドを含有する製品の試料を受け取るように流体的に配置された第１の保持コイルと、第１の保持コイルに流体的に結合され、第１の保持コイルの下流に位置するマルチポート弁と、マルチポート弁に流体的に結合され、第１の保持コイルからマルチポート弁の第１のポートを通して試料を受け取るように配置されたポリペプチド結合カラムであって、試料のポリペプチドを結合するように構成されている、ポリペプチド結合カラムと、溶離バッファ溶液がポリペプチド結合カラムから実質的に全てのポリペプチドを溶離するように適合されるように、マルチポート弁に流体的に結合され、ポリペプチド結合カラムの下流に位置する第２の保持コイルに溶離バッファ溶液を供給するように配置されたバッファ源と、マルチポート弁に流体的に結合され、ポリペプチド結合カラムの下流に配置された反応チャンバであって、反応チャンバは、ポリペプチド結合カラムからマルチポート弁の第２のポートを通して混合物を受け取るように適合され、混合物は、溶離バッファ溶液及び溶離したポリペプチドを含み、混合物のポリペプチドは反応チャンバ内で変性され、反応チャンバは、ジスルフィド結合架橋を切断する還元試薬を、第１の保持コイル及びマルチポート弁の第３のポートを通して受け取るように配置されており、還元試薬は変性ポリペプチドを還元し、反応チャンバは更に、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を、第１の保持コイル及びマルチポート弁の第３のポートを通して受け取るように配置されており、アルキル化試薬は、反応チャンバ内の変性及び還元ポリペプチドをアルキル化する、反応チャンバと、マルチポート弁に流体的に結合され、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液、及びアルキル化試薬を反応チャンバから受け取るように配置された脱塩カラムであって、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを、溶離バッファ溶液、還元試薬、及びアルキル化試薬から分離するように構成されている、脱塩カラムと、脱塩カラムから分離されたポリペプチドを得るために、第２のポリペプチドカラムに流体的に結合され、第２のポリペプチドカラムの下流に配置されたタンパク質分解酵素カラムであって、脱塩ポリペプチドを消化するように構成されている、タンパク質分解酵素カラムと、を含む。
【００１１】
本開示の別の態様は、リアルタイムアッセイを実施するための閉じたシステムを提供する。システムは、マルチポート弁と、マルチポート弁の上流の第１の保持コイルと、マルチポート弁の第１のポートに流体的に結合され、マルチポート弁の第１のポートの下流にあるポリペプチド結合カラムと、ポリペプチド結合カラムに流体的に結合され、ポリペプチド結合カラムの下流にある第２の保持コイルと、マルチポート弁の第２のポート及び第３のポートに流体的に結合され、マルチポート弁の第２のポート及び第３のポートの下流にある反応チャンバと、マルチポート弁の第４のポートに流体的に結合され、マルチポート弁の第４のポートの下流にある脱塩カラムと、脱塩カラムの下流のタンパク質分解酵素カラムと、マルチポート弁に通信的に結合されたコントローラと、を含む。コントローラは、メモリと、プロセッサと、メモリに記憶された論理とを含み、論理は、（ａ）ポリペプチドを含有する製品の試料を第１の保持コイルに移動させ、（ｂ）試料が第１のカラムに流れ、それにより試料中のポリペプチドがポリペプチド結合カラムに結合するように、マルチポート弁を、第１の保持コイルがマルチポート弁の第１のポートを介してポリペプチド結合カラムに接続される第１の位置に配置し、（ｃ）マルチポート弁が第１の位置にあるとき、溶離バッファ溶液がポリペプチド結合カラムに結合した実質的に全てのポリペプチドを溶離するように、溶離バッファ溶液を溶離バッファ溶液源からポリペプチド結合カラムを通して第２の保持コイルに移動させ、（ｄ）マルチポート弁を、第２の保持コイルがマルチポート弁の第２のポートを介して反応チャンバに接続される第２の位置に移動させ、（ｅ）マルチポート弁が第２の位置にあるとき、溶離バッファ溶液及び溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物を反応チャンバに移動させ、それにより、溶離液／ポリペプチド混合物中のポリペプチドを変性させ、（ｆ）マルチポート弁を、第１の保持コイルがマルチポート弁の第３のポートを介して反応チャンバに接続される第３の位置に移動させ、（ｇ）（ｆ）の後、ジスルフィド結合を切断する還元試薬を第１の保持コイルに移動させ、還元試薬を第１の保持コイルからマルチポート弁の第３のポートを通して反応チャンバに移動させ、それにより変性ポリペプチドを還元し、（ｈ）（ｇ）の後、スルフヒドリル基をアルキル化するアルキル化試薬を第１の保持コイルに移動させ、アルキル化試薬を第１の保持コイルから第３のポートを通して反応チャンバに移動させ、それにより変性及び還元ポリペプチドをアルキル化し、（ｉ）変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液、還元試薬、及びアルキル化試薬を、反応チャンバから第３のポートを介して第１の保持コイルに移動させ、（ｊ）マルチポート弁を、第１の保持コイルがマルチポート弁の第４のポートを介して脱塩カラムに接続される第４の位置に移動させ、マルチポート弁が第４の位置にあるとき、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液、還元試薬、及びアルキル化試薬を第１の保持コイルから脱塩カラムに移動させ、それにより変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを脱塩し、（ｋ）脱塩ポリペプチドをタンパク質分解酵素カラムに移動させ、それにより脱塩ポリペプチドを消化し、（ｌ）消化ポリペプチドを糖鎖分析デバイスに送り、それにより消化ポリペプチドを分離及び定量化するようにプロセッサによって実行可能である。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】本開示の教示に従い組み立てられたオンラインリアルタイムアッセイを実施するためのシステムの概略図である。
【図２】図１に示されるシステムのコントローラの概略図である。
【図３Ａ】図１のシステムの有効性を４０日の生産時間にわたり監視した研究結果を示すグラフである。
【図３Ｂ】図１のシステムの有効性を４０日の生産時間にわたり監視した研究結果を示すグラフである。
【図３Ｃ】図３Ｂの８日間にわたる結果のスナップショットを示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本開示は、所望の最終ポリペプチド治療製品を生産することができるように、ＣＱＡのリアルタイムでの監視及び制御を可能にするリアルタイム分析及び方法を提供する。開示する分析及び方法は、ＭＡＭの結果報告までの時間を、典型的な手動操作のオフライン測定結果の７〜１０日に代えて、結果を数時間（例えば、２〜３時間）以内に入手できるように促進することができる。したがって、開示する分析及び方法は、結果報告までの時間を約５４倍〜１２０倍向上させる。このような「オンザフライ」（リアルタイム）結果により、例えば、適切なＣＱＡを有する製品を（オンラインで）効率的に製造するように、生産変数を調整することが可能になる。
【００１４】
図１は、本開示の教示に従い組み立てられたシステム１００の概略図を示す。実験室（例えば、高分子遊離試験実験室）に又はその中に位置し得るシステム１００は、以下に更に詳細に記載するように、ポリペプチドを含有する製品の試料のアッセイを自動的に又は実質的に自動的に実施するための閉じたシステムである。システム１００を使用して本プロセスを自動化する（又は実質的に自動化する）ことによって、アッセイを、全プロセスをわずか数時間（例えば、２〜３時間）で実施し、所望の結果を得ることができるように、リアルタイムで（又は実質的にリアルタイムで）実施することができ、これは従来知られている手動操作ＭＡＭアッセイに通常必要な７〜１０日に比べると大幅な向上である。更に、システム１００を用いるプロセスの閉じた性質により滅菌条件を維持する。
【００１５】
この態様では、ポリペプチドは治療的ポリペプチドであり得る。これについては以下で更に説明する。
【００１６】
図１に示されるシステム１００は、概して、マルチポート弁１０４と、第１の保持コイル１０８と、第１のカラム１１２と、第２の保持コイル１１６と、反応チャンバ１２０と、第２のカラム１２４と、第３のカラム１２８と、コントローラ１３２とを含む。図１に示される態様では、システム１００は、また、容器１３６と、ポンプ１４０と、第１の廃棄物チャンバ１４４と、第２の廃棄物チャンバ１４８と、第３の廃棄物チャンバ１５２と、ポリペプチドを分析するための分析デバイス１５６とを含む。しかしながら、他の態様においては、システム１００はこれらの構成要素の１つ以上を含むことができない。一例として、システム１００は容器１３６及び／又は分析デバイス１５６を含むことはできない。いずれにせよ、以下に更に詳細に記載するように、所望するときにシステム１００の構成要素間の流体連通を容易にするように、概して、従来の配管がシステム１００の各構成要素間に延びる。マルチポート弁１０４は、概して、システム１００の各種構成要素間の流体連通を制御するように構成されている。この態様では、マルチポート弁１０４は、１２個のサテライトポート及び中心共通ポートを有する弁である。換言すると、マルチポート弁１０４は、中心ポート１６０と、中心ポート１６０に選択的に流体的に結合される１２個のサテライトポート１６４〜１７５とを有する。マルチポート弁１０４は、中心ポート１６０をそれぞれ１２個の異なるサテライトポート１６４〜１７５と流体的に結合する１２個の異なる位置間で移動可能である（そのうちのいくつかは図１のシステム１００の運転において利用されない）。他の態様においては、マルチポート弁１０４は、より多い又はより少ないサテライトポートを含むことができる、異なるタイプの弁であり得る、又は１つ以上の異なる弁（それぞれが１つ以上のポートを有する）に置換することができる。一例として、マルチポート弁１０４は、コントローラ１３２に別々に接続され且つコントローラ１３２によって制御される複数の単一ポート弁に置換することができ、単一ポート弁のそれぞれはサテライトポート１６４〜１７５の１つを効果的に置換する。
【００１７】
容器１３６は、概して、アッセイされるポリペプチドを含有する製品を保持する又は貯蔵するように構成されている。この態様における容器１３６は、製品を保持する又は貯蔵するバイオリアクターの形態をとる。しかしながら、その代わりに、他の態様においては、容器１３６は、フラスコ、プレート等などの細胞培養容器の形態をとることができる。弁１０４が、容器１３６内に収容された製品の試料を所望するときに容器１３６から得ることができるように、容器１３６は、配管の導管１８０を介して弁１０４のサテライトポート１６４に流体的に結合されている。
【００１８】
第１の保持コイル１０８は弁１０４の上流に位置し、配管の導管１８４を介して弁１０４の中心ポート１６０に流体的に結合されている。したがって、第１の保持コイル１０８は、中心ポート１６０がサテライトポート１６４に流体的に結合される第１の位置に弁１０４があるとき、弁１０４を介して容器１３６から製品の試料を受け取るように配置されている。
【００１９】
第１のカラム１１２は弁１０４の下流に位置し、配管の導管１８８を介して弁１０４のサテライトポート１６５に流体的に結合されている。したがって、第１のカラム１１２は、中心ポート１６０がサテライトポート１６５に流体的に結合される第２の位置に弁１０４があるとき、弁１０４を介して第１の保持コイル１０８から試料を受け取るように配置されている。第１のカラム１１２が試料を受け取ると、第１のカラム１１２はその中を試料が流れる際に、試料のポリペプチドを結合するように構成されている。このようにして、第１のカラム１１２は、試料中のポリペプチドを、第２の保持コイル１１６を介して第１の廃棄物チャンバ１４４に送られ得る試料の残りから分離する。
【００２０】
本明細書においては、ポリペプチド結合カラムとも呼ぶことができる第１のカラム１１２は、プロテインＡカラム、プロテインＧカラム、プロテインＡ／Ｇカラム、プロテインＬカラム、アミノ酸カラム、アビジンカラム、ストレプトアビジンカラム、糖結合カラム、糖カラム、グルタチオンカラム、ヘパリンカラム、疎水性相互作用カラム、イムノアフィニティカラム、ヌクレオチド／補酵素カラム、特殊カラム、及び固定化金属アフィニティクロマトグラフィ（ＩＭＡＣ）カラムからなる群から選択される。例えば、サブクラス１、２、又は４、ＩｇＭ、ＩｇＡ、又はＩｇＥのヒトＩｇＧ（及びヒトＶＨ３ファミリーのヒトＦｃ部分及び／又はＦａｂ領域を含む）であるポリペプチドの場合にはプロテインＡカラムが有用である。プロテインＧカラムは、サブクラス１〜４のヒトＩｇＧを精製するために使用することができる。融合タンパク質はプロテインＡ及びプロテインＧの結合部位を提供するので、組換え融合タンパク質Ａ／Ｇカラムもまた、これらのヒト抗体のクラス全てを精製するために使用することができる。したがって、プロテインＡ／Ｇ融合タンパク質は、ヒトＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＥ、及びＩｇＭを精製するために使用することができる。更に、プロテインＬカラムは、標的抗体が適切なカッパ（κ）サブタイプ軽鎖（即ち、ＶκＩ、ＶκＩＩＩ、及びＶκＩＶサブタイプ）を有するという条件で、ヒトＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ及びＩｇＤを精製するために使用することができ、プロテインＬは抗体の可変（Ｖ）鎖に結合するので、プロテインＬカラムは、適切なκ鎖サブタイプも有するＦａｂフラグメント及びｓｃＦｖフラグメントを精製するためにも使用することができる。
【００２１】
ポンプ１４０は第１の保持コイル１０８の上流に位置し、配管の導管１９２を介して第１の保持コイル１０８に流体的に結合されている。この態様におけるポンプ１４０は、第１のバッファ源１９６及び第２のバッファ源２００の両方に流体的に結合されたシリンジポンプの形態をとる。この態様では、第１のバッファ源１９６は、溶離バッファ溶液２０４、例えば、プロテインＡ結合抗体の場合は酸性バッファ、又はプロテインＧ結合抗体の場合は強酸性（ｐＨ３以下）バッファ（当業者であれば、結合抗体に適した溶離バッファを最適化及び選択することができる）をポンプ１４０に（及び最終的には第１の保持コイル１０８に）供給することができる溶離バッファ源であり、第２のバッファ源２００は、変性試薬２０８をポンプに１４０（及び最終的には第１の保持コイル１０８に）供給することができる変性バッファ（ポリペプチド四次、三次、又は二次構造を破壊する変性剤を含む）源である。他の態様においては、ポンプ１４０は異なるタイプのポンプであり得る及び／又は異なるポンプ１４０を各バッファ源１９６、２００に対して使用することができる。
【００２２】
一部の形態では、変性試薬は、変性洗浄剤若しくはカオトロープであり得る、又は変性洗浄剤若しくはカオトロープを含み得る。変性試薬が変性洗浄剤である又は変性洗浄剤を含む態様では、変性洗浄剤は、硫酸ドデシルナトリウム（ＳＤＳ）、コール酸ナトリウム、デオキシコール酸ナトリウム、グリココール酸ナトリウム、タウロコール酸ナトリウム、タウロデオキシコール酸ナトリウム、Ｎ−ラウロイルサルコシン、ドデシル硫酸リチウム、臭化ヘキサデシルトリメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、及び臭化トリメチル（テトラデシル）アンモニウム（ＴＴＡＢ）からなる群から選択されることが好ましい。より好ましくは、変性洗浄剤はＳＤＳである。変性試薬がカオトロープである又はカオトロープを含む態様では、カオトロープは、尿素、ｎ−ブタノール、エタノール、塩化グアニジウム、過塩素酸リチウム、酢酸リチウム、塩化マグネシウム、フェノール、２−プロパノール、及びチオ尿素からなる群から選択されることが好ましい。代替的に又は付加的に、変性試薬は、変性試薬が反応チャンバ１２０に送られたときに、反応チャンバ１２０内で所定の温度（例えば、約２２℃〜約１２０℃）を維持しないにしてもこの温度に到達するのに適した温度を有する加熱流体であり得る又はこのような加熱流体を含み得る。
【００２３】
ポンプ１４０を一度にバッファ源１９６、２００のうちの１つにのみ選択的に流体的に結合するために、弁２１２がポンプ１４０と第１のバッファ源１９６及び第２のバッファ源２００との間に配置されている。より具体的には、弁２１２は、ポンプ１４０が第１のバッファ源１９６に流体的に結合され、ポンプ１４０が第２のバッファ源２００から流体的に分離される第１の位置と、ポンプ１４０が第２のバッファ源２００に流体的に結合され、ポンプ１４０が第１のバッファ源１９６から流体的に分離される第２の位置との間で移動可能である。換言すると、ポンプ１４０は、弁２１２の位置に応じて第１のバッファ源１９６又は第２のバッファ源２００に選択的に流体的に結合される。
【００２４】
上記のように、この態様におけるポンプ１４０はシリンジポンプである。シリンジポンプ１４０は、概して、バッファ源１９６、２００のうちの１つからバッファを得、そのバッファを第１の保持コイル１０８に出力するように構成されている。弁２１２が第１の位置にあるとき、ポンプ１４０は第１のバッファ源１９６から溶離バッファ溶液２０４を得る（例えば、引き込む）ことができ、所望するときに、その溶離バッファ溶液２０４を第１の保持コイル１０８に出力する（例えば、排出する）ことができる。逆に、弁２１２が第２の位置にあるとき、ポンプ１４０は第２のバッファ源２００から変性試薬２０８を得る（例えば、引き込む）ことができ、所望するときに、その変性試薬２０８を第１の保持コイル１０８に出力する（例えば、排出する）ことができる。
【００２５】
第２の保持コイル１１６は、弁１０４、第１の保持コイル１０８、及び第１のカラム１１２の下流に位置している。第２の保持コイル１１６は、配管の導管２１６、２２０を介して弁１０４のサテライトポート１６６に選択的に流体的に結合される。第２の保持コイル１１６はまた、導管２２０及び導管２２４を介して第１のカラム１１２に選択的に流体的に結合される。以下に更に詳細に記載するように、導管２１６と導管２２０と導管２２４との間に、所望の流体流を生成するために選択的結合を容易にするための三方弁２２８が配置されている。
【００２６】
したがって、ポンプ１４０が上記の手法で溶離バッファ溶液２０４を出力し、弁１０４が、中心ポート１６０がサテライトポート１６５に流体的に結合される第２の位置にあるとき、第２の保持コイル１１６は、溶離バッファ溶液２０４を、第１の保持コイル１０８から弁１０４を介して及び第１のカラム１１２を通して受け取るように配置されている。溶離バッファ溶液２０４が第１のカラム１１２を通過する際、溶離バッファ溶液２０４は第１のカラム１１２に結合した実質的に全てのポリペプチドを溶離する。溶離バッファ溶液２０４及び溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物が導管２２０、２２４を通って第１のカラム１１２から第２の保持コイル１１６に流れるように、三方弁２２８は導管２２０と導管２２４とを接続するように操作され、それによって第１のカラム１１２を第２の保持コイル１１６と流体的に結合する。
【００２７】
反応チャンバ１２０は、弁１０４及び第１のカラム１１２の下流に位置し、配管の導管２３２を介して弁１０４のサテライトポート１６７に流体的に結合する。この態様では、第１の保持コイル１０８に変性試薬２０８を出力するためにポンプ１４０を使用し、マルチポート弁１０４を、中心ポート１６０が弁１６７のサテライトポート１６７に流体的に結合される第４の位置に移動させることにより、反応チャンバ１２０に、完全にではないにしても一部、第２のバッファ源２００から変性試薬２０８が予め充填され（即ち、システム１００の運転に先立って充填され）、それによって第１の保持コイル１０８から反応チャンバ１２０への変性試薬２０８の移動を容易にする。しかしながら、他の態様においては、反応チャンバ１２０は、システム１００の運転中に（例えば、第２の保持コイル１１６が溶離バッファ溶液２０４を受け取った後）変性試薬２０８が一部若しくは完全に充填され得る、別のバッファ源から及び／若しくは異なる手法で変性試薬が一部若しくは完全に充填され得る、又は反応チャンバ１２０は全く充填されない場合があり、その場合、反応チャンバ１２０に接続された加熱要素２３６によって反応チャンバ１２０に熱を加えることができる。
【００２８】
溶離液／ポリペプチド混合物が第２の保持コイル１１６に到達後、溶離液／ポリペプチド混合物は反応チャンバ１２０に移動する。この態様では、反応チャンバ１２０は溶離液／ポリペプチド混合物を第２の保持コイル１１６から間接的に受け取る。より具体的には、三方弁２２８は導管２１６と導管２２４とを接続するように操作され、溶離液／ポリペプチド混合物は導管２１６、２２４を通って第２の保持コイル１１６からマルチポート弁１０４のサテライトポート１６６に移動し、弁１０４は、混合物が第１の保持コイル１０８に移動するように、中心ポート１６０がサテライトポート１６６に流体的に結合される第３の位置に移動し、弁１０４は、混合物が第１の保持コイル１０８から反応チャンバ１２０に移動するように、中心ポート１６０が弁１０４のサテライトポート１６７に流体的に結合される第４の位置に移動する。他の態様においては、反応チャンバ１２０は、第２の保持コイル１１６から溶離液／ポリペプチド混合物を直接的に受け取ることができる、又は１つ以上の異なる構成要素を用いて及び／若しくは異なる順序で第２の保持コイル１１６から混合物を間接的に受け取ることができる。
【００２９】
いずれにせよ、溶離液／ポリペプチド混合物が反応チャンバ１２０に到達すると、反応チャンバ１２０内で混合物中のポリペプチドをインキュベートし、それによって反応チャンバ１２０内のポリペプチドを変性する。例えば、反応チャンバ１２０に変性試薬が少なくとも一部充填されている場合、混合物中のポリペプチドは、反応チャンバ１２０に到達し、変性試薬と反応すると、変性を受ける。場合によっては、反応チャンバ１２０は、同時に又は常に、変性プロセスの促進を補助するために反応チャンバ１２０に接続された（例えば、これに直接隣接し、取り囲んで配置された）加熱要素２３６によって加熱され得る。換言すると、加熱要素２３６は、変性を促進するために、熱、好ましくは、約２２℃〜約１２０℃の温度を有する熱、より好ましくは、約４０℃の温度を有する熱を反応チャンバ１２０に加えることができる。加熱要素２３６は、例えば、加熱ブロック、加熱コイル、誘導加熱器、ヒートポンプ、カートリッジヒータ、電気抵抗ワイヤ、加熱流体、又は反応チャンバ１２０の１つ以上の部分を加熱するのに適した他の要素の形態をとることができる。いずれにせよ、加熱要素２３６から反応チャンバ１２０に熱を加えることにより、変性プロセスを促進させることができる。しかしながら、他の場合では、反応チャンバ１２０に変性試薬を充填することはできず、変性プロセスは加熱要素２３６から熱を加えることによってのみ促進させることができる。
【００３０】
混合物中のポリペプチドの変性後、反応チャンバ１２０は、ジスルフィド結合架橋を切断することによって変性ポリペプチドを還元する還元試薬を受け取るように構成されている。還元試薬は、ジチオスレイトール（ＤＴＴ）、グルタチオン、β−メルカプトエタノール（β−ＭＥ）、及びトリス（２−カルボキシエチル）ホスフィン（ＴＣＥＰ）からなる群から選択することができ、一般に、例えば、４℃の温度を有するチラーの形態をとることができる冷却容器２４０によって供給される。この態様では、冷却容器２４０は弁１０４の下流に位置し、第１チャンバ２４２を有し、第１チャンバ２４２は、還元試薬を収容し、配管の導管２４４を介して弁１０４のサテライトポート１６８に流体的に結合される。第１チャンバ２４２は、中心ポート１６０が弁１０４のサテライトポート１６８に流体的に結合される第５の位置に弁１０４があるときに第１の保持コイル１０８に還元試薬を供給し、その後、還元試薬は、（中心ポート１６０がサテライトポート１６７に流体的に結合される）第４の位置に弁１０４がある（又は戻る）ときに第１の保持コイル１０８から反応チャンバ１２０に移動する。したがって、この態様では、還元試薬は反応チャンバ１２０に第１の保持コイル１０８を介して間接的に供給される。しかしながら、他の態様においては、第１チャンバ２４２は還元試薬を反応チャンバ１２０に直接的に（即ち、還元試薬を第１の保持コイル１０８に移動させることなく）供給することができる。
【００３１】
変性ポリペプチドを還元後、反応チャンバ１２０はアルキル化剤を受け取るように構成されており、アルキル化剤は、反応チャンバ１２０内のスルフヒドリル基をアルキル化し、それによって反応チャンバ１２０内の変性及び還元ポリペプチドをアルキル化する。アルキル化剤は、インドール−３−酢酸（ＩＡＡ）などのアルキル化試薬であることが好ましいが、他のアルキル化剤も使用することができる。この態様では、冷却容器２４０は第２のチャンバ２４８を有し、第２のチャンバ２４８は、アルキル化剤を収容し、配管の導管２５２を介して弁１０４のサテライトポート１６９に流体的に結合される。第２のチャンバ２４８は、中心ポート１６０が弁１０４のサテライトポート１６９に流体的に結合される第６の位置に弁１０４があるときに第１の保持コイル１０８にアルキル化剤を供給し、その後、アルキル化剤は、弁１０４が第４の位置にある（又は戻る）ときに第１の保持コイル１０８から反応チャンバ１２０に移動する。したがって、この態様では、アルキル化剤は反応チャンバ１２０に第１の保持コイル１０８を介して間接的に供給される。しかしながら、他の態様においては、第２のチャンバ２４８はアルキル化剤を反応チャンバ１２０に直接的に（即ち、アルキル化剤を第１の保持コイル１０８に移動させることなく）供給することができる及び／又はアルキル化剤は、異なる冷却容器（例えば、冷却容器２４０とは別の冷却容器）から供給され得る。
【００３２】
この態様では、システム１００は、反応チャンバ１２０に流体的に結合され、反応チャンバ１２０の下流に位置する第１の常時開状態弁２５６を更に含む。常時開状態弁２５６は、反応チャンバ１２０の出口２６４に流体接続された入口ポート２６０と、第２の廃棄物チャンバ１４８に流体接続された第１の出口ポート２６８と、大気に流体接続された第２の出口ポート２７２とを有する。常時開状態弁２５６は、システム１００が運転中のときには開又は第１の位置において常時動作し、より具体的には、反応チャンバ１２０は溶離液／ポリペプチド混合物、還元試薬、アルキル化剤、場合によっては、変性試薬、弁２５６を受け取り、これらが充填される。この開位置において、反応チャンバ１２０がその一定体積を超えて充填されたときに余剰内容物が第２の廃棄物チャンバ１４８に誘導されるように、入口ポート２６０は第１の出口ポート２６８に流体的に結合されており、入口ポート２６０は第２の出口ポート２７２から流体的に分離されている。しかしながら、常時開状態弁２５６は、例えば、反応チャンバ１２０が上記の内容物をもはや受け取っていないときに（例えば、弁２５６に電流を適用することによって）開位置から閉又は第２の位置に移動可能であり、反応チャンバ１２０を清掃する時間となる。この閉位置において、反応チャンバ１２０の出口２６４が大気に曝されるように、入口ポート２６０は第２の出口ポート２７２に流体的に結合されており、入口ポート２６０は第１の出口ポート２６８から流体的に分離されている。それにより、反応チャンバ１２０に空気を流入させることができ、それによって反応チャンバ１２０からの内容物の除去を容易にする。
【００３３】
本明細書では脱塩カラム１２４とも呼ばれる第２のカラム１２４は、好ましくは、サイズ排除クロマトグラフィカラムの形態をとり、弁１０４の下流に位置し、配管の導管２７６を介して弁１０４のサテライトポート１７０に流体的に結合される。したがって、第２のカラム１２４は、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬（これが使用される場合）を反応チャンバ１２０から受け取るように配置されている。この態様では、第２のカラム１２４はこれら材料を反応チャンバ１２０から間接的に受け取る。より具体的には、これら材料は、（中心ポート１６０がサテライトポート１６７に流体的に結合される）第４の位置に弁１０４がある（又は移動する）ときに弁１０４を通って反応チャンバ１２０から第１の保持コイル１０８に移動し、弁１０４は、材料が第１の保持コイル１０８から第２のカラム１２４に移動するように、中心ポート１６０がサテライトポート１７０に流体的に結合される第７の位置に移動する。他の態様においては、第２のカラム１２４はこれら材料を反応チャンバ１２０から直接的に受け取ることができる、又はこれら材料を、１つ以上の異なる構成要素を用いて及び／若しくは異なる順序で間接的に受け取ることができる。
【００３４】
いずれにせよ、第２のカラム１２４が、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬（これが使用される場合）を受け取ると、第２のカラム１２４は、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬（これが使用される場合）（これらは最終的には第３の廃棄物チャンバ１５２に移動される）から、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを分離するように構成されている。したがって、本明細書においては、第２のカラム１２４は脱塩カラム１２４と称され得る。同時に、第２のカラム１２４はポリペプチドを、第３のカラム１２８が以下に記載する機能を実施することを可能にする所望のバッファ条件へとバッファ交換するように構成されている。
【００３５】
この態様では、システム１００は、第２のカラム１２４と第３のカラム１２８とに流体的に結合され、第２のカラム１２４と第３のカラム１２８との間に位置する第２の常時開状態弁２８０を更に含む。常時開状態弁２８０は、第２のカラム１２４の出口２８８に流体接続された入口ポート２８４と、第３の廃棄物チャンバ１５２に流体接続された第１の出口ポート２９２と、第３のカラム１２８に流体接続された第２の出口ポート２９６とを有する。常時開状態弁２８０は、システム１００が運転中のときには開又は第１の位置において常時動作する。この開位置において、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬が第３の廃棄物チャンバ１５２に誘導されるように、入口ポート２８４は第１の出口ポート２９２に流体的に結合されており、入口ポート２８４は第２の出口ポート２９６から流体的に分離されている。しかしながら、常時開状態弁２８０は、脱塩ポリペプチドを第２のカラム１２４から第２のカラム１２４の下流に位置する第３のカラム１２８に移動させることを望む場合には、（例えば、弁２８０に電流を適用することによって）開位置から閉又は第２の位置に移動可能である。この閉位置において、第２のカラム１２４が第３のカラム１２８に流体的に結合され、脱塩物を第２のカラム１２４から第３のカラム１２８に送ることができるように、入口ポート２８４は第２の出口ポート２９６に流体的に結合されており、入口ポート２８４は第１の出口ポート２９２から流体的に分離されている。この態様では、本明細書においては、第３のカラム１２８がタンパク質分解酵素カラムと称され得るように、第３のカラム１２８は、タンパク質分解酵素（例えば、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ、サーモリシン、ペプシン、グルタミルエンドペプチダーゼ、ネプリライシン、Ｌｙｓ−Ｃプロテアーゼ、及び黄色ブドウ球菌Ｖ８プロテアーゼからなる群から選択されるエンドペプチダーゼ）を含む。いずれにせよ、第３のカラム１２８は、第２のカラム１２４から得た脱塩ポリペプチドを消化する。
【００３６】
第３のカラム１２８内でポリペプチドが消化された後、消化ポリペプチドは、例えば、液体クロマトグラフィデバイス、高速液体クロマトグラフィデバイス、超高速液体クロマトグラフィデバイス、質量分析デバイス、糖鎖分析デバイス、別の分析デバイス、又はこれらの組み合わせの形態をとることができる分析デバイス１５６に移動することができる。この態様では、分析デバイス１５６は第３のカラム１２８の下流に位置し、配管の導管２９８を介して第３のカラム１２８に流体的に結合される。したがって、この態様では、消化ポリペプチドは、分析のために（例えば、定量化及び分離のために）分析デバイス１５６に自動的に移動させることができる。しかしながら、他の態様においては、分析デバイス１５６はシステム１００の一部ではなく（例えば、第３のカラム１２８に流体的に結合されない）、その場合、消化ポリペプチドは分析デバイス１５６に異なる手法で（例えば、手作業で）移動させることができる。
【００３７】
上で簡単に述べたように、システム１００はコントローラ１３２も含み、コントローラ１３２は、本態様においては、システム１００の各種構成要素に通信的に結合又は接続され、システム１００の各種構成要素に信号（例えば、制御信号、データ）を送信すること、及びシステム１００の各種構成要素から信号（例えば、データ）を受信することによってシステム１００の上記運転を監視及び促進する又は指示する。コントローラ１３２は、システム１００の他の構成要素に直接隣接して（例えば、システム１００と同じ環境内に）配置され得る、又はシステム１００の他の構成要素から離れて配置され得る。図示されているように、コントローラ１３２は、通信ネットワーク３００を介してマルチポート弁１０４に、通信ネットワーク３２８を介してポンプ１４０に、通信ネットワーク３３２を介して分析デバイス１５６に、通信ネットワーク３４０を介して加熱要素２３６に、通信ネットワーク３４４を介して第１の常時開状態弁２５６に、及び通信ネットワーク３４８を介して第２の常時開状態弁２８０に通信的に結合又は接続されている。他の態様においては、コントローラ１３２は、システム１００のより多数の又は少数の構成要素、例えば、第１の保持コイル１０８、第１のカラム１１２、第２の保持コイル１１６、反応チャンバ１２０、第２のカラム１２４、第３のカラム１２８、容器１３６、三方弁２２８、及び／又は冷却容器２４０に通信的に結合若しくは接続され得る。
【００３８】
本発明で使用する場合、「通信的に結合される（ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｖｅｌｙ  ｃｏｕｐｌｅｄ）」及び「接続される（ｃｏｎｎｅｃｔｅｄ）」という語句は、直接的に結合される若しくは接続される、又は１つ以上の中間構成要素を介して間接的に結合される若しくは接続される、を意味するものと定義される。このような中間構成要素は、ハードウェア及び／又はソフトウェアベースの構成要素を含むことができる。ネットワーク３００〜３４８は、無線ネットワーク、有線ネットワーク、又は有線ネットワークと無線ネットワークとの組み合わせ（例えば、携帯電話ネットワーク及び／又は８０２．１１ｘ準拠のネットワーク）であり得るとともに、インターネットなどの公衆アクセス可能ネットワーク、プライベートネットワーク、又はこれらの組み合わせを含むことができると理解される。ネットワーク３００〜３４８のタイプ及び構成は実装依存であり、現在利用可能な又は後に開発される、コントローラ１３２とシステム１００の構成要素との間の記載した通信を促進する任意のタイプの通信ネットワークを使用することができる。
【００３９】
図２に示すように、コントローラ１３２は、プロセッサ３５２と、メモリ３５６と、通信インターフェース３６０と、計算論理３６４とを含む。プロセッサ３５２は、汎用プロセッサ、デジタルシグナルプロセッサ、特定用途向け集積回路（ＡＳＩＣ）、フィールドプログラマブルゲートアレイ、グラフィックス処理ユニット、アナログ回路、デジタル回路、又は任意の他の既知の若しくは後に開発されるプロセッサであり得る。プロセッサ３５２はメモリ３５６内の命令に従って動作する。メモリ３５６は揮発性メモリ又は不揮発性メモリであり得る。メモリ３５６は、読み取り専用メモリ（ＲＯＭ）、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、フラッシュメモリ、電子的に消去可能なプログラム読み取り専用メモリ（ＥＥＰＲＯＭ）、又は他の種類のメモリのうちの１つ以上を含むことができる。メモリ３５６は、光、磁気（ハードドライブ）、又は任意の他の形態のデータストレージデバイスを含むことができる。
【００４０】
通信インターフェース３６０は、ネットワーク３００〜３４８を介したコントローラ１３２と冷却システム１００の構成要素との間の電子通信を可能にする又は促進するために提供される。通信インターフェース３６０は、例えば、１つ以上のユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）ポート、１つ以上のイーサネットポート、及び／又は１つ以上の他のポート若しくはインターフェースであり得る、又はそれらを含み得る。電子通信は、例として、ＵＳＢ、ＲＳ−２３２、ＲＳ−４８５、ＷｉＦｉ、Ｂｌｕｅｔｏｏｔｈ、及び／又は任意の他の適切な通信プロトコルを含む任意の既知の通信プロトコルを介して行うことができる。
【００４１】
論理３６４は、概して、メモリ３５６に記憶されるコンピュータ読み取り可能命令として具現化される１つ以上の制御ルーチン及び／又は１つ以上のサブルーチンを含む。制御ルーチン及び／又はサブルーチンは、ＰＩＤ（比例積分微分）、ファジー論理、非線形、又は任意の他の適切な種類の制御を実施することができる。プロセッサ３５２は、一般に、論理３６４を実行し、システム１００の運転に関連するアクションを実施する。
【００４２】
概して、論理３６４は、実行されると、システム１００が本明細書中に記載の所望の手法で動作するように、プロセッサ３５２にシステム１００の構成要素、特に、マルチポート弁１０４、ポンプ１４０、熱要素２３６、第１及び第２の常時開状態弁２５６、２８０、及び分析デバイス１５６を制御させる。より具体的には、論理３６４は、実行されると、プロセッサ３５２に、（ｉ）マルチポート弁１０４を本明細書中に記載される位置のいずれかに又は位置のいずれかの間で移動させ、それによって上述のようにシステム１００の各種構成要素を流体的に結合することができる、（ｉｉ）ポンプ１４０を制御させることができる（例えば、ポンプ１４０に溶離バッファ溶液２０４又は変性試薬２０８を得させ、出力させる）、（ｉｉｉ）反応チャンバ１２０（及びその内容物）に熱を選択的に加えるように加熱要素２３６（システム１００に用いられている場合）を制御させることができる、（ｉｖ）第１の常時開状態弁２５６を制御させることができる、（ｖ）第２の常時開状態弁２８０を制御させることができる、（ｖｉ）分析デバイス１５６を制御させることができ、且つ他の所望の機能を実施させることができる。
【００４３】
例えば、ポリペプチドを含有する製品の試料のリアルタイムアッセイを実施することを望むとき、論理３６４は、弁１０４を上述の第１の位置に配置し、製品の試料を導管１８０、ポート１６４、ポート１６０を通して容器１３６から第１の保持コイル１０８に移動させ、弁１０４を上述の第２の位置に配置し、試料を導管１８４、ポート１６０、１６４、及び導管１８８を通して第１の保持コイル１０８からポリペプチド結合カラム１１２に且つポリペプチド結合カラム１１２を通して移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。それにより、試料中のポリペプチドが、導管２２０、２２４を通って第１の廃棄物チャンバ１４４及び第２の保持コイル１１６に送られる試料の残りから分離されるように、試料中の実質的に全てのポリペプチドがカラム１１２に結合する。
【００４４】
論理３６４は更に、ポンプ１４０が第１のバッファ源１９６から溶離バッファ溶液２０４を得、溶離バッファ溶液２０４を導管１９２を通して第１の保持コイル１０８に出力するように、プロセッサ３５２によって実行可能である。場合によっては、ポンプ１４０は（ポンプ１４０を第１のバッファ源１９６と流体的に結合するために）第２の位置から第１の位置に移動させることが必要な場合があるが、別の場合、ポンプ１４０は既に第１の位置にあり得る。いずれにせよ、論理３６４は、溶離バッファ溶液２０４を第１の保持コイル１０８から、導管１８４、ポート１６０、１６５、並びに導管１８８、２２０、及び２２４を通して、第１のカラム１１２に且つこれを通して、及び第２の保持コイル１１６に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。このようにして、溶離バッファ溶液２０４は第１のカラム１１２に結合した実質的に全てのポリペプチドを溶離し、溶離バッファ溶液２０４及び溶離したポリペプチドを含む溶離液／ポリペプチド混合物は第１のカラム１１２から第２の保持コイル１１６に流れる。
【００４５】
論理３６４は更に、弁１０４を上述の第３の位置に移動させ、溶離液／ポリペプチド混合物を第２の保持コイル１１６から導管２２４、２１６、ポート１６６、１６０、及び導管１８４を通して第１の保持コイル１０８に移動させ、弁１０４を上述の第４の位置に移動させ、溶離液／ポリペプチド混合物を第１の保持コイル１０８から導管１８４、ポート１６０、１６７、及び導管２３２を通して反応チャンバ１２０に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。それにより、溶離液／ポリペプチド混合物中のポリペプチドを反応チャンバ１２０内で変性試薬２０８とともに及び／又は加熱要素２３６によって加えられる熱の存在下でインキュベートし、それによってポリペプチドを変性させる。
【００４６】
論理３６４は更に、弁１０４を上述の第５の位置に移動させ、還元試薬を冷却容器２４０の第１チャンバ２４２から導管２４４、ポート１６８、１６０、及び導管１８４を通して第１の保持コイル１０８に移動させ、弁１０４を再び第４の位置に移動させ、還元試薬を第１の保持コイル１０８から導管１８４、ポート１６０、１６７、及び導管２３２を通して反応チャンバ１２０に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。反応チャンバ１２０に到達すると、還元試薬はジスルフィド結合架橋を切断し、それによって反応チャンバ１２０内の変性ポリペプチドを還元する。
【００４７】
論理３６４は更に、弁１０４を上述の第６の位置に移動させ、アルキル化剤を冷却容器２４０の第２のチャンバ２４８から導管２５２、ポート１６９、１６０、及び導管１８４を通して第１の保持コイル１０８に移動させ、弁１０４を再び第４の位置に移動させ、アルキル化剤を第１の保持コイル１０８から導管１８４、ポート１６０、１６７、及び導管２３２を通して反応チャンバ１２０に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。反応チャンバ１２０に到達すると、アルキル化剤は反応チャンバ１２０内のスルフヒドリル基をアルキル化し、それによって反応チャンバ１２０内の変性及び還元ポリペプチドをアルキル化する。
【００４８】
論理３６４は更に、弁１０４を第４の位置（そこに既にない場合）に移動させ、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬（これが使用される場合）を反応チャンバ１２０から導管２３２、ポート１６７、１６０、及び導管１８４を通して第１の保持コイル１０８に移動させ、弁１０４を上述の第７の位置に移動させ、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬（これが使用される場合）を第１の保持コイル１０８から導管１８４、ポート１６０、１７０、及び導管２７６を通して脱塩カラム１２４に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。それにより、脱塩カラム１２４は、変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを、第３の廃棄物チャンバ１５２に送られる又は移動する溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬から分離する。
【００４９】
変性、還元、及びアルキル化ポリペプチド、溶離バッファ溶液２０４、アルキル化剤、還元試薬、及び変性試薬（これが使用される場合）が反応チャンバ１２０から第１の保持コイル１０８に移動された後のある時点で、論理３６４は更に、（その一定体積を超えて充填された結果）反応チャンバ１２０内に入らない内容物を第２の廃棄物チャンバ１４８に誘導するようにチャンバ１２０の出口２６４が第２の廃棄物チャンバ１４８に流体的に結合されているその開状態の第１の位置から、空気を反応チャンバ１２０に流入させることができ、それによって反応チャンバ１２０からの内容物の除去を促進するように出口２６４が大気に流体的に結合されるその閉状態の第２の位置に常時開状態弁２５６を移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。常時開状態弁２５６は反応チャンバ１２０が空になった直後に開状態の第１の位置に戻ることができる、又は後で開状態の第１の位置に戻ることができる。
【００５０】
脱塩カラム１２４が変性、還元、及びアルキル化ポリペプチドを他の物質から分離した後、論理３６４は更に、常時開状態弁２８０を、弁２８０の入口ポートが第３の廃棄物チャンバ１５２に流体的に結合されるその開状態の第１の位置から、弁２８０の入口ポートがタンパク質分解酵素カラム１２８に流体的に結合されるその閉状態の第２の位置に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。それにより、論理３６４は、脱塩された（又は分離された）ポリペプチドを脱塩カラム１２４から、脱塩ポリペプチドを消化するタンパク質分解酵素カラム１２８に移動させるように、プロセッサ３５２によって実行可能である。
【００５１】
ポリペプチドが消化された後、論理３６４は、少なくともこの態様では、消化ポリペプチドを、ポリペプチドの分析のためにタンパク質分解酵素カラム１２８から分析デバイス１５６に移動させ、分析デバイス１５６に所望の分析を実施させるように、プロセッサ３５２によって更に実行可能である。一例として、論理３６４は、プロセッサ３５２によって実行されると、分析デバイス１５６にポリペプチドを分離及び定量化させることができる。
【００５２】
他の態様においては、論理３６４は、プロセッサ３５２によって実行されると、更なる、より少ない、及び／又は異なった機能を実施させることができる。一例として、論理３６４は、プロセッサ３５２によって実行されると、消化ポリペプチドをカラム１２８から分析デバイス１５６に移動させなくてもよい、又は分析デバイス１５６に所望の分析を実施させなくてもよい。更に、他の態様においては、論理３６４は、本明細書中に記載される順序と異なる順序でプロセッサ３５２によって実行され得る。最後に、システム１００を使用して、（同じ製品及び／又は異なる製品からの）複数の試料のリアルタイム分析を実施することができるため、論理３６４は、任意の異なる回数、プロセッサ３５２によって実行され得ると理解される。
【００５３】
図３Ａ〜図３Ｃは、二重特異性Ｔ細胞誘導（ＢｉＴＥ（登録商標））分子を含有する製品の試料の調製におけるシステム１００の有効性を監視するように設計されたオンライン及びリアルタイムＭＡＭアッセイの研究結果を示す。特に、研究では、システム１００の有効性を４０日の生産時間にわたり監視した。研究では、図３Ａに示す、２つの脱アミド化部位（ＤＳ１及びＤＳ２）の面積率及びフラグメンテーションの頻度（ＦＦ）、並びに４０日の生産時間の６日目の４つの基準ペプチドＲＰ１、ＲＰ２、ＲＰ３、及びＲＰ４のＭＳピーク高さ（イオンカウント数で表される）（図３Ｂ及び図３Ｃに示す）などのＣＱＡデータの監視及び収集を開始した。図３Ａに示されるように、システム１００は本明細書に記載する所期の機能を４０日の生産時間の全時間にわたって首尾良く且つ効果的に実施し、図３Ｂ及び図３Ｃに示されるように、６日目〜４０日目に収集したＣＱＡデータは実質的に一定であった。即ち、時間が経過するにつれて製品品質に有意な変化はなく、実際、製品品質は３２日目の後に向上し、それにより、試料の自動調製におけるシステム１００の堅牢性を示した。実際、図３Ｃに示されるように、その時間の間にＲＰ１、ＲＰ２、ＲＰ３、及びＲＰ４に関して収集したＣＱＡデータは、典型的な手動ＭＡＭアッセイの間に得られるＣＱＡデータよりも良好であった。
【００５４】
治療的ポリペプチド
以下の１つ以上に結合するタンパク質を含むタンパク質は、開示される組成物及び方法に有用であり得る。これらには、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ８、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３０、及びＣＤ３４を含むＣＤタンパク質が含まれる（受容体結合を妨害するものを含む）。ＨＥＲ受容体ファミリータンパク質、ＨＥＲ２、ＨＥＲ３、ＨＥＲ４、及びＥＧＦ受容体。細胞接着分子、例えば、ＬＦＡ−Ｉ、ＭｏＩ、ｐｌ５０、９５、ＶＬＡ−４、ＩＣＡＭ−Ｉ、ＶＣＡＭ、及びα  ｖ／β  ３インテグリン。成長因子、例えば、血管内皮増殖因子（「ＶＥＧＦ」）、成長ホルモン、甲状腺刺激ホルモン、卵胞刺激ホルモン、黄体形成ホルモン、成長ホルモン放出因子、副甲状腺ホルモン、ミュラー管抑制物質、ヒトマクロファージ炎症タンパク質（ＭＩＰ−Ｉ−α）、エリスロポエチン（ＥＰＯ）、ＮＧＦ−βなどの神経成長因子、血小板由来成長因子（ＰＤＧＦ）、例えばａＦＧＦ及びｂＦＧＦなどの線維芽細胞増殖因子、上皮成長因子（ＥＧＦ）、形質転換成長因子（ＴＧＦ）、例えば、とりわけＴＧＦ−α及びＴＧＦ−β、例えばＴＧＦ−β１、ＴＧＦ−β２、ＴＧＦ−β３、ＴＧＦ−β４又はＴＧＦ−β５、インスリン様成長因子Ｉ及びインスリン様成長因子ＩＩ（ＩＧＦ−Ｉ及びＩＧＦ−ＩＩ）、ｄｅｓ（ｌ−３）−ＩＧＦ−Ｉ（脳ＩＧＦ−Ｉ）、並びに骨誘導因子。インスリン及びインスリン関連タンパク質、例えば、インスリン、インスリンＡ鎖、インスリンＢ鎖、プロインスリン、及びインスリン様成長因子結合タンパク質。凝固及び凝固関連タンパク質、例えば、とりわけ第ＶＩＩＩ因子、組織因子、フォン・ヴィレブランド因子、プロテインＣ、α−１−アンチトリプシン、プラスミノーゲン活性化因子、例えば、ウロキナーゼ及び組織プラスミノーゲン活性化因子（「ｔ−ＰＡ」）、ボンバジン（ｂｏｍｂａｚｉｎｅ）、トロンビン、及びトロンボポエチン；（ｖｉｉ）他の血液タンパク質及び血清タンパク質、例えば、以下に限定されないが、アルブミン、ＩｇＥ及び血液型抗原。コロニー刺激因子及びその受容体、例えば以下のもの、とりわけ、Ｍ−ＣＳＦ、ＧＭ−ＣＳＦ、及びＧ−ＣＳＦ、並びにそれらの受容体、例えばＣＳＦ−１受容体（ｃ−ｆｍｓ）。受容体、及び受容体関連タンパク質、例えば、ｆｌｋ２／ｆｌｔ３受容体、肥満（ＯＢ）受容体、ＬＤＬ受容体、成長ホルモン受容体、トロンボポエチン受容体（「ＴＰＯ−Ｒ」、「ｃ−ｍｐｌ」）、グルカゴン受容体、インターロイキン受容体、インターフェロン受容体、Ｔ細胞受容体、ｃ−Ｋｉｔなどの幹細胞因子受容体、及び他の受容体。受容体リガンド、例えば、ＯＸ４０受容体のリガンドであるＯＸ４０Ｌ。神経栄養因子、例えば、骨由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、及びニューロトロフィン−３、−４、−５、又は−６（ＮＴ−３、ＮＴ−４、ＮＴ−５、又はＮＴ−６）。リラキシンＡ鎖、リラキシンＢ鎖、及びプロリラキシン；インターフェロン及びインターフェロン受容体、例えば、インターフェロン−α、−β、及び−γ、並びにそれらの受容体。インターロイキン及びインターロイキン受容体、例えば、ＩＬ−１〜ＩＬ−３３及びＩＬ−１〜ＩＬ−３３受容体、例えば、とりわけＩＬ−８受容体。ウイルス抗原、例えば、ＡＩＤＳエン��ロープウイルス抗原。リポタンパク質、カルシトニン、グルカゴン、心房性ナトリウム利尿因子、肺表面活性物質、腫瘍壊死因子−α及び−β、エンケファリナーゼ、ＲＡＮＴＥＳ（活性化制御で、正常Ｔ細胞で発現及び分泌される）、マウスゴナドトロピン関連ペプチド、ＤＮＡｓｅ、インヒビン、及びアクチビン。インテグリン、プロテインＡ又はＤ、リウマチ因子、免疫毒素、骨形成タンパク質（ＢＭＰ）、スーパーオキシドジスムターゼ、表面膜タンパク質、崩壊促進因子（ＤＡＦ）、ＡＩＤＳエンベロープ、輸送タンパク質、ホーミング受容体、アドレシン、調節タンパク質、イムノアドヘシン、抗体。ミオスタチン、ＴＡＬＬタンパク質、例えば、ＴＡＬＬ−Ｉ、アミロイドタンパク質、例えば、以下に限定されないが、アミロイドβタンパク質、胸腺間質性リンパ球新生因子（「ＴＳＬＰ」）、ＲＡＮＫリガンド（「ＯＰＧＬ」）、ｃ−キット、ＴＮＦ受容体、例えば、ＴＮＦ受容体１型、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、アンジオポエチン、並びに前述のいずれかの生物学的に活性なフラグメント又はアナログ又はバリアント。
【００５５】
例示的なポリペプチド及び抗体としては、Ａｃｔｉｖａｓｅ（登録商標）（アルテプラーゼ）；アリロクマブ、Ａｒａｎｅｓｐ（登録商標）（ダルベポエチンα）、Ｅｐｏｇｅｎ（登録商標）（エポエチンα、又はエリスロポエチン）；Ａｖｏｎｅｘ（登録商標）（インターフェロンβ−Ｉａ）；Ｂｅｘｘａｒ（登録商標）（トシツモマブ）；Ｂｅｔａｓｅｒｏｎ（登録商標）（インターフェロン−β）；ボコシズマブ（Ｌ１Ｌ３として示される抗ＰＣＳＫ９モノクローナル抗体、米国特許第８０８０２４３号明細書を参照）；Ｃａｍｐａｔｈ（登録商標）（アレムツズマブ）；Ｄｙｎｅｐｏ（登録商標）（エポエチンデルタ）；Ｖｅｌｃａｄｅ（登録商標）（ボルテゾミブ）；ＭＬＮ０００２（抗α４β７  ｍＡｂ）；ＭＬＮ１２０２（抗ＣＣＲ２ケモカイン受容体ｍＡｂ）；Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標）（エタネルセプト）；Ｅｐｒｅｘ（登録商標）（エポエチンα）；Ｅｒｂｉｔｕｘ（登録商標）（セツキシマブ）；エボロクマブ；Ｇｅｎｏｔｒｏｐｉｎ（登録商標）（ソマトロピン）；Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ（登録商標）（トラスツズマブ）；Ｈｕｍａｔｒｏｐｅ（登録商標）（ソマトロピン［ｒＤＮＡ由来］注射液）；Ｈｕｍｉｒａ（登録商標）（アダリムマブ）；Ｉｎｆｅｒｇｅｎ（登録商標）（インターフェロンＡｌｆａｃｏｎ−１）；Ｎａｔｒｅｃｏｒ（登録商標）（ネシリチド）；Ｋｉｎｅｒｅｔ（登録商標）（アナキンラ）、Ｌｅｕｋｉｎｅ（登録商標）（サルガモスチム）；ＬｙｍｐｈｏＣｉｄｅ（登録商標）（エピラツズマブ）；Ｂｅｎｌｙｓｔａ（商標）（ベリムマブ）；Ｍｅｔａｌｙｓｅ（登録商標）（テネクテプラーゼ）；Ｍｉｒｃｅｒａ（登録商標）（メトキシポリエチレングリコールエポエチンβ）；ＭｙＩｏｔａｒｇ（登録商標）（ゲムツズマブオゾガマイシン）；Ｒａｐｔｉｖａ（登録商標）（エファリズマブ）；Ｃｉｍｚｉａ（登録商標）（セルトリズマブペゴル）；Ｓｏｌｉｒｉｓ（商標）（エクリズマブ）；パキセリズマブ（抗補体Ｃ５）；ＭＥＤＩ−５２４（Ｎｕｍａｘ（登録商標））；Ｌｕｃｅｎｔｉｓ（登録商標）（ラニビズマブ）；エドレコロマブ（Ｐａｎｏｒｅｘ（登録商標））；Ｔｒａｂｉｏ（登録商標）（レルデリムマブ）；ＴｈｅｒａＣｉｍ  ｈＲ３（ニモツズマブ）；Ｏｍｎｉｔａｒｇ（ペルツズマブ、２Ｃ４）；Ｏｓｉｄｅｍ（登録商標）（ＩＤＭ−Ｉ）；ＯｖａＲｅｘ（登録商標）（Ｂ４３．１３）；Ｎｕｖｉｏｎ（登録商標）（ビジリズマブ）；カンツズマブメルタンシン（ｈｕＣ２４２−ＤＭｌ）；ＮｅｏＲｅｃｏｒｍｏｎ（登録商標）（エポエチンβ）；Ｎｅｕｍｅｇａ（登録商標）（オプレルベキン）；Ｎｅｕｌａｓｔａ（登録商標）（ＰＥＧ化フィルガストリム、ＰＥＧ化Ｇ−ＣＳＦ、ＰＥＧ化ｈｕ−Ｍｅｔ−Ｇ−ＣＳＦ）；Ｎｅｕｐｏｇｅｎ（登録商標）（フィルグラスチム）；Ｏｒｔｈｏｃｌｏｎｅ  ＯＫＴ３（登録商標）（ムロモナブ−ＣＤ３）、Ｐｒｏｃｒｉｔ（登録商標）（エポエチンα）；Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）（インフリキシマブ）、Ｒｅｏｐｒｏ（登録商標）（アブシキシマブ）、Ａｃｔｅｍｒａ（登録商標）（抗ＩＬ６受容体ｍＡｂ）、Ａｖａｓｔｉｎ（登録商標）（ベバシズマブ）、ＨｕＭａｘ−ＣＤ４（ザノリムマブ）、Ｒｉｔｕ���ａｎ（登録商標）（リツキシマブ）；Ｔａｒｃｅｖａ（登録商標）（エルロチニブ）；Ｒｏｆｅｒｏｎ−Ａ（登録商標）（インターフェロンα−２ａ）；Ｓｉｍｕｌｅｃｔ（登録商標）（バシリキシマブ）；ＳｔｅｌａｒａＴＭ（商標）（ウステキヌマブ）；Ｐｒｅｘｉｇｅ（登録商標）（ルミラコキシブ）；Ｓｙｎａｇｉｓ（登録商標）（パリビズマブ）；１４６Ｂ７−ＣＨＯ（抗ＩＬ１５抗体、米国特許第７，１５３，５０７号明細書を参照）、Ｔｙｓａｂｒｉ（登録商標）（ナタリズマブ）；Ｖａｌｏｒｔｉｍ（登録商標）（ＭＤＸ−１３０３、抗炭疽菌防御抗原ｍＡｂ）；ＡＢｔｈｒａｘ（商標）；Ｖｅｃｔｉｂｉｘ（登録商標）（パニツムマブ）；Ｘｏｌａｉｒ（登録商標）（オマリズマブ）、ＥＴＩ２１１（抗ＭＲＳＡ  ｍＡｂ）、ＩＬ−１  ｔｒａｐ（ヒトＩｇＧ１のＦｃ部分及び両ＩＬ−１受容体成分（Ｉ型受容体及び受容体補助タンパク質）の細胞外ドメイン）、ＶＥＧＦ  Ｔｒａｐ（ＩｇＧ１  Ｆｃと融合したＶＥＧＦＲ１のＩｇドメイン）、Ｚｅｎａｐａｘ（登録商標）（ダクリズマブ）；Ｚｅｎａｐａｘ（登録商標）（ダクリズマブ）、Ｚｅｖａｌｉｎ（登録商標）（イブリツモマブチウキセタン）、Ｚｅｔｉａ（エゼチマイブ）、アタシセプト（ＴＡＣＩ−Ｉｇ）、抗α４β７  ｍＡｂ（ベドリズマブ）；ガリキシマブ（抗ＣＤ８０モノクローナル抗体）、抗ＣＤ２３  ｍＡｂ（ルミリキシマブ）；ＢＲ２−Ｆｃ（ｈｕＢＲ３／ｈｕＦｃ融合タンパク質、可溶性ＢＡＦＦ拮抗薬）；Ｓｉｍｐｏｎｉ（商標）（ゴリムマブ）；マパツズマブ（ヒト抗ＴＲＡＩＬ受容体−１  ｍＡｂ）；オクレリズマブ（抗ＣＤ２０ヒトｍＡｂ）；ＨｕＭａｘ−ＥＧＦＲ（ザルツムマブ）；Ｍ２００（ボロシキシマブ、抗α５β１インテグリンｍＡｂ）；ＭＤＸ−０１０（イピリムマブ、抗ＣＴＬＡ−４  ｍＡｂ及びＶＥＧＦＲ−Ｉ（ＩＭＣ−１８Ｆ１）；抗ＢＲ３  ｍＡｂ；抗Ｃ．クロストリジウム・ディフィシル毒素Ａ及び毒素Ｂ  Ｃ  ｍＡｂｓ  ＭＤＸ−０６６（ＣＤＡ−１）及びＭＤＸ−１３８８）；抗ＣＤ２２  ｄｓＦｖ−ＰＥ３８抱合体（ＣＡＴ−３８８８及びＣＡＴ−８０１５）；抗ＣＤ２５  ｍＡｂ（ＨｕＭａｘ−ＴＡＣ）；抗ＴＳＬＰ抗体；抗ＴＳＬＰ受容体抗体（米国特許第８１０１１８２号明細書）；Ａ５として示される抗ＴＳＬＰ抗体（米国特許第７９８２０１６号明細書）；抗ＣＤ３  ｍＡｂ（ＮＩ−０４０１）；アデカツムマブ（ＭＴ２０１、抗ＥｐＣＡＭ−ＣＤ３２６  ｍＡｂ）；ＭＤＸ−０６０、ＳＧＮ−３０、ＳＧＮ−３５（抗ＣＤ３０  ｍＡｂ）；ＭＤＸ−１３３３（抗ＩＦＮＡＲ）；ＨｕＭａｘ  ＣＤ３８（抗ＣＤ３８  ｍＡｂ）；抗ＣＤ４０Ｌ  ｍＡｂ；抗Ｃｒｉｐｔｏ  ｍＡｂ；抗ＣＴＧＦ特発性肺線維症第１期フィブロゲン（ＦＧ−３０１９）；抗ＣＴＬＡ４  ｍＡｂ；抗エオタキシン１  ｍＡｂ（ＣＡＴ−２１３）；抗ＦＧＦ８  ｍＡｂ；抗ガングリオシドＧＤ２  ｍＡｂ；抗スクレロスチン抗体（米国特許第８７１５６６３号明細書又は米国特許第７５９２４２９号明細書を参照）、Ａｂ−５として示される抗スクレロスチン抗体（米国特許第８７１５６６３号明細書又は米国特許第７５９２４２９号明細書）；抗ガングリオシドＧＤ２  ｍＡｂ；抗ＧＤＦ−８ヒトｍＡｂ（ＭＹＯ−０２９）；��ＧＭ−ＣＳＦ受容体ｍＡｂ（ＣＡＭ−３００１）；抗ＨｅｐＣ  ｍＡｂ（ＨｕＭａｘ  ＨｅｐＣ）；ＭＥＤＩ−５４５、ＭＤＸ−１１０３（抗ＩＦＮα  ｍＡｂ）；抗ＩＧＦＩＲ  ｍＡｂ；抗ＩＧＦ−ＩＲ  ｍＡｂ（ＨｕＭａｘ−Ｉｎｆｌａｍ）；抗ＩＬ１２／ＩＬ２３ｐ４０  ｍＡｂ（ブリアキヌマブ）；抗ＩＬ−２３ｐ１９  ｍＡｂ（ＬＹ２５２５６２３）；抗ＩＬ１３  ｍＡｂ（ＣＡＴ−３５４）；抗ＩＬ−１７モノクローナル抗体（ＡＩＮ４５７）；抗ＩＬ２Ｒａモノクローナル抗体（ＨｕＭａｘ−ＴＡＣ）；抗ＩＬ５受容体ｍＡｂ；抗インテグリン受容体ｍＡｂ（ＭＤＸ−Ｏｌ８、ＣＮＴＯ９５）；抗ＩＰＩＯ潰瘍性大腸炎ｍＡｂ（ＭＤＸ−１１００）；抗ＬＬＹ抗体；ＢＭＳ−６６５１３；抗マンノース受容体／ｈＣＧβ  ｍＡｂ（ＭＤＸ−１３０７）；抗メソテリンｄｓＦｖ−ＰＥ３８抱合体（ＣＡＴ−５００１）；抗ＰＤｌｍＡｂ（ＭＤＸ−１１０６（ＯＮＯ−４５３８））；抗ＰＤＧＦＲα抗体（ＩＭＣ−３Ｇ３）；抗ＴＧＦβ  ｍＡｂ（ＧＣ−１００８）；抗ＴＲＡＩＬ受容体−２ヒトｍＡｂ（ＨＧＳ−ＥＴＲ２）；抗ＴＷＥＡＫ  ｍＡｂ；抗ＶＥＧＦＲ／Ｆｌｔ−１  ｍＡｂ；抗ＺＰ３  ｍＡｂ（ＨｕＭａｘ−ＺＰ３）；並びに配列番号８及び配列番号６の配列を含むアミロイドβモノクローナル抗体（米国特許第７９０６６２５号明細書）が挙げられる。
【００５６】
方法及び医薬製剤に適した抗体の例としては、表１に示す抗体が挙げられる。好適な抗体のその他の例としては、インフリキシマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、ラニビズマブ、パリビズマブ、アバゴボマブ、アブシキシマブ、アクトクスマブ、アダリムマブ、アフェリモマブ、アフツズマブ、アラシズマブ、アラシズマブ  ペゴル、ａｌｄ５１８、アレムツズマブ、アリロクマブ、アルツモマブ、アマツキシマブ、アナツモマブマフェナトクス、アンルキンズマブ、アポリズマブ、アルシツモマブ、アセリズマブ、アルチヌマブ（ａｌｔｉｎｕｍａｂ）、アトリズマブ、アトロリムマブ、トシリズマブ、バピヌズマブ、バシリキシマブ、バビツキシマブ、ベクツモマブ、ベリムマブ、ベンラリズマブ、ベルチリムマブ、ベシレソマブ、ベバシズマブ、ベズロトクスマブ、ビシロマブ、ビバツズマブ、ビバツズマブ  メルタンシン、ブリナツモマブ、ブロソズマブ、ブレンツキシマブベドチン、ブリアキヌマブ、ブロダルマブ、カナキヌマブ、カンツズマブメルタンシン、カンツズマブメルタンシン、カプラシズマブ、カプロマブペンデチド、カルルマブ、カツマキソマブ、ｃｃ４９、セデリズマブ、セルトリズマブ  ペゴル、セツキシマブ、シタツズマブボガトクス、シクスツムマブ、クラザキズマブ、クレノリキシマブ、クリバツズマブテトラキセタン、コナツムマブ、クレネズマブ、ｃｒ６２６１、ダセツズマブ、ダクリズマブ、ダロツズマブ、ダラツムマブ、デミシズマブ、デノスマブ、デツモマブ、ドルリモマブアリトクス、ドロジツマブ、デュリゴツマブ、デュピルマブ、エクロメキシマブ、エクリズマブ、エドバコマブ、エドレコロマブ、エファリズマブ、エフングマブ、エロツズマブ、エルシリモマブ、エナバツズマブ、エンリモマブペゴル、エノキズマブ、エノチクマブ、エンシツキシマブ、エピツモマブシツキセタン、エピラツズマブ、エレヌマブ、エルリズマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、エトロリズマブ、エボロクマブ、エキシビビルマブ、ファノレソマブ、ファラリモマブ、ファルレツズマブ、ファシヌマブ、ｆｂｔａ０５、フェルビズマブ、フェザキヌマブ、フィクラツズマブ、フィギツムマブ、フランボツマブ、フォントリズマブ、フォラルマブ、フォラビルマブ、フレソリムマブ、フルラヌマブ、フツキシマブ、ガリキシマブ、ガニツマブ、ガンテネルマブ、ガビリモマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、ゲボキズマブ、ギレンツキシマブ、グレムバツムマブベドチン、ゴリムマブ、ゴミリキシマブ、ｇｓ６６２４、イバリズマブ、イブリツモマブチウキセタン、イクルクマブ、イゴボマブ、イムシロマブ、イムガツズマブ、インクラクマブ、インダツキシマブラブタンシン、インフリキシマブ、インテツムマブ、イノリモマブ、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、イラツムマブ、イトリズマブ、イキセキズマブ、ケリキシマブ、ラベツズマブ、レブリキズマブ、レマレソマブ、レルデリムマブ、レキサツムマブ、リビビルマブ、リゲリズマブ、リンツズマブ、リリルマブ、ロルボツズマブ  メルタンシン、ルカツムマブ、ルミリキシマブ、マパツズマブ、マスリモマブ、マブリリムマブ、マツズマブ、メポリズマブ、メテリムマブ、ミラツズマブ、ミンレツモマブ、ミツモマ���、モガムリズマブ、モロリムマブ、モタビズマブ、モキセツモマブパスドトクス、ムロモナブ−ｃｄ３、ナコロマブタフェナトクス、ナミルマブ、ナプツモマブエスタフェナトクス、ナルナツマブ、ナタリズマブ、ネバクマブ、ネシツムマブ、ネレリモマブ、ネスバクマブ、ニモツズマブ、ニボルマブ、ノフェツモマブメルペンタン、オカラツズマブ、オクレリズマブ、オデュリモマブ、オファツムマブ、オララツマブ、オロキズマブ、オマリズマブ、オナルツズマブ、オポルツズマブモナトクス、オレゴボマブ、オルチクマブ、オテリキシズマブ、オキセルマブ、オザネズマブ、オゾラリズマブ、パジバキシマブ、パリビズマブ、パニツムマブ、パノバクマブ、パルサツズマブ、パスコリズマブ、パテクリズマブ、パトリツマブ、ペムツモマブ、ペラキズマブ、ペルツズマブ、パキセリズマブ、ピジリズマブ、ピンツモマブ、プラクルマブ、ポネズマブ、プリリキシマブ、プリツムマブ、ＰＲＯ１４０、クイリズマブ、ラコツモマブ、ラドレツマブ、ラフィビルマブ、ラムシルマブ、ラニビズマブ、ラキシバクマブ、レガビルマブ、レスリズマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロバツムマブ、ロレデュマブ、ロモソズマブ、ロンタリズマブ、ロベリズマブ、ルプリズマブ、サマリズマブ、サリルマブ、サツモマブペンデチデ、セクキヌマブ、セビルマブ、シブロツズマブ、シファリムマブ、シルツキシマブ、シムツズマブ、シプリズマブ、シルクマブ、ソラネズマブ、ソリトマブ、ソネプシズマブ、ソンツズマブ、スタムルマブ、スレソマブ、スビズマブ、タバルマブ、タカツズマブテトラキセタン、タドシズマブ、タリズマブ、タネズマブ、タプリツモマブパプトクス、テフィバズマブ、テリモマブアリトクス、テナツモマブ、テフィバズマブ、テネリキシマブ、テプリズマブ、テプロツムマブ、テゼペルマブ、ＴＧＮ１４１２、トレメリムマブ、チシリムマブ、チルドラキズマブ、チガツズマブ、ＴＮＸ−６５０、トシリズマブ、トラリズマブ、トシツモマブ、トラロキヌマブ、トラスツズマブ、ＴＲＢＳ０７、トレガリズマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ツビルマブ、ウブリツキシマブ、ウレルマブ、ウルトキサズマブ、ウステキヌマブ、バパリキシマブ、バテリズマブ、ベドリズマブ、ベルツズマブ、ベパリモマブ、ベセンクマブ、ビジリズマブ、ボロシキシマブ、ボルセツズマブマフォドチン、ボツムマブ、ザルツムマブ、ザノリムマブ、ザツキシマブ、ジラリムマブ、ゾリモマブアリトクスが挙げられる。
【００５７】
抗体としては、アダリムマブ、ベバシズマブ、ブリナツモマブ、セツキシマブ、コナツムマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エレヌマブ、エボロクマブ、インフリキシマブ、ナタリズマブ、パニツムマブ、リロツムマブ、リツキシマブ、ロモソズマブ、テゼペルマブ、及びトラスツズマブ、並びに表１から選択される抗体も挙げられる。
【００５８】
【表１】
2020530103.tif 000003
【００５９】
【表２】
2020530103.tif 000004
【００６０】
【表３】
2020530103.tif 000005
【００６１】
前述の記載に基づき、本明細書中に記載されるデバイス、システム、及び方法は、試料のアッセイを実質的にリアルタイムで実施することを容易にすると理解すべきである。したがって、従来のプロセスによって可能なものよりもはるかに迅速にアッセイを実施し、所望の結果を得ることができる。
【００６２】
本明細書中に記載されるデバイス、システム、及び方法は、システム１００を使用したオンラインリアルタイムアッセイの調製プロセスを容易に監視することを可能にし、これにより更に、リスクを軽減することができ、且つ製品の生産時間を延長することができることも理解すべきである。特に、このプロセスは、例えば、コントローラ１３２などのコントローラを使用して、及び／又はシステム１００のオペレータが手動で、システム１００内の条件が最適であるかどうか、即ち、それらが所定の性能閾値を満たすかどうかを判断することによって監視され得る。例えば図３Ｂ及び図３Ｃに示されるように、生産時間を開始、継続、又は延長することができるように、方法の適格性評価中に４つの基準ペプチドＲＰ１、ＲＰ２、ＲＰ３、及びＲＰ４のＭＳピーク高さ（イオンカウントで表される）を得、これら基準ペプチドの過去の値と比較し、システム１００内の条件が最適であるかどうかを判断することができる（これらは最適である）。しかしながら、システム１００内の条件が最適ではないと判断した場合、少なくとも１つの細胞培養構成要素は、閉じたシステム内の条件が最適になるまで調整され得る。調整され得る細胞培養構成要素の例としては、ｐＨ、圧力、温度、媒体流（例えば、媒体流量、媒体供給量）、媒体含有量（アミノ酸、栄養素、糖、バッファを含む）、ガス供給戦略（例えば、酸素と二酸化炭素の混合物のガス比率）、撹拌（例えば、撹拌速度）、添加剤（例えば、金属添加剤、糖添加剤）、添加剤（例えば、消泡剤）供給量、及び潅流量が挙げられるが、これらに限定されない。場合によっては、閉じたシステム内の条件が最適であるように１つのみの細胞培養構成要素を調整する必要があり得る一方で、他の場合では、複数の細胞培養構成要素を調整する必要があり得る。或いは、条件が最適ではないと判断された場合、又は少なくとも１つの細胞培養構成要素を調整した後であってもシステム１００内の条件が最適ではない場合、コントローラ及び／又はシステム１００のオペレータはシステム１００を停止してもよい。
【００６３】
このようにして、本明細書中に記載されるデバイス、システム、及び方法はまた、条件が最適ではないとき、又はシステム１００の運転を継続することが望ましくないときのシステム１００の継続運転に伴うリスクを軽減する。特に、リスクは、システム１００の現在の運転に関連するプロセスパラメータ及び製品品質データ、例えば、ｐＨ、温度、溶存酸素、細胞生存性、細胞密度、力価、凝集、チャージバリアント、グリコシル化等を決定する（例えば、計算する又は得る）こと、プロセスパラメータ及び製品品質データが所定のリスク閾値（システム１００の運転前に、コントローラ１３２などのコントローラによって及び／又はシステム１００のオペレータからの入力に応答して判断される）を満たすかどうかを判断すること、及びその後、プロセスパラメータ及び製品品質データが所定のリスク閾値を満たすかどうかに基づき、システム１００の運転を継続する、停止する、又は調整するかどうかを判断することによって緩和され得る。所定のリスク閾値は、例えば、（１）入手可能なプロセスパラメータデータ及び製品品質データを適用し、システム１００又はそれ以外の類似のシステムの従前の運転に関連する過去の平均多変量（ＭＶ）データを計算すること、次いで、（２）計算した過去の平均ＭＶデータを閾値（閾値は、計算した過去の平均ＭＶデータ自体又は計算した過去の平均ＭＶデータに基づく何らかの値若しくは一連の値であってもよい）として確立することに着目することによって判断してもよい。一例では、所定のリスク閾値は、計算した過去の平均ＭＶデータからの許容可能な偏差（例えば、３つの標準偏差）を示し得る。代替的に又は付加的に、所定のリスク閾値は、システム１００のオペレータからの入力に基づき判断してもよい。場合によっては、システム１００の現在の運転に関連するプロセスパラメータ及び製品品質データが所定のリスク閾値を満たしていない（例えば、超える）ときにはシステム１００は停止されてもよい。しかしながら、他の場合、システム１００の現在の運転に関連するプロセスパラメータ及び製品品質データが所定のリスク閾値を満たしていない（例えば、超える）ときには、又は更には、プロセスパラメータ及び製品品質データが所定のリスク閾値を満たしてはいるものの所定のリスク閾値に近接しているときには、システム１００を調整してもよい。
【００６４】
更に、本出願人は、本明細書中に記載されるデバイス、システム、及び方法はまた、システム１００を使用する生産時間の延長を可能にすることを見出した。従来のプロセスでは、典型的には、最大でも３２〜４０日の生産時間を可能にする。しかしながら、本出願人は、本明細書中に記載されるデバイス、システム、及び方法は、１００ではないにしても５０〜８０の集団倍加数を可能にする、即ち、１００日ではないにしても約５０〜８０日の生産時間を可能にすることを見出した。したがって、製品が品質目標を満たし且つリスクが緩和されることを確実にするためにシステム１００の運転を監視しつつ、より多くの製品を得ることができる。
【００６５】
本開示を実施するために本発明者が知る最良のモードを含む本開示の好適な実施形態が本明細書中に記載される。本明細書中に多くの例が示され、説明されているが、当業者であれば、各種実施形態の詳細は相互排他的である必要はないことは速やかに理解するであろう。その代わり、当業者は本明細書の教示を読むと、一実施形態の１つ以上の特徴を残りの実施形態の１つ以上の特徴と組み合わせることができるであろう。更に、図示実施形態は単なる例示であり、本開示の範囲を限定するものと解釈すべきでないことも理解するであろう。本明細書中に記載されるあらゆる方法は、本明細書中に特に明記されない限り又は文脈により明確に否定されない限り、任意の適切な順序で実施することができる。本明細書中に記載される一切の例又は例示的な語（例えば、「などの」）の使用は、本開示の例示的実施形態の態様をより明らかにすることを単に意図しており、本開示の範囲に制約を課すものではない。明細書中のいずれの語も、任意の請求されない要素を本開示の実施に必須であるものとして示すと解釈されるべきではない。
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図３Ｃ】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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