(57)【要約】  本発明は、一般に、患者サンプル中に存在するポリペプチド及びポリヌクレオチドマーカーのレベルの変化を検出することで、抗胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）療法に応答するアトピー性皮膚炎を特徴付けるための組成物及び方法と、関連治療方法とを特徴とする。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法であって、前記方法が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を前記対象に投与するステップを含んでなり、前記対象が、参照と比較して、前記対象由来の皮膚サンプル中の循環中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加又は脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチドのレベルの増加を有すると同定される、方法。
【請求項２】
循環中のＢＤＮＦポリペプチドが、前記対象由来の血液、血漿、又は血清サンプル中で測定される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
循環中の毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）ポリヌクレオチド又は毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）ポリヌクレオチドの増加を検出するステップをさらに含んでなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
皮膚のＢＤＮＦポリヌクレオチドが、病変皮膚又は非病変皮膚の皮膚生検において増加する、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
病変皮膚及び非病変皮膚生検においてアンフィレグリンポリヌクレオチドの増加を検出するステップをさらに含んでなる、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）、及びニューロトロフィン因子３（ＮＴＦ３）からなる群から選択される、ポリヌクレオチドバイオマーカーの増加を検出するステップをさらに含んでなる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記ポリペプチドが、免疫学的アッセイで検出される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記ポリヌクレオチドが、マイクロアレイへのハイブリダイゼーションによって、又は遺伝子発現解析によって検出される、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９】
アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法であって、前記方法が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を前記対象に投与するステップを含んでなり、前記対象が、参照と比較して、前記対象由来の皮膚サンプル中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド及びアンフィレグリンポリヌクレオチドのレベルの増加を有すると同定される、方法。
【請求項１０】
アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法であって、前記方法が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を前記対象に投与するステップを含んでなり、前記対象が、参照と比較して、前記対象由来の皮膚サンプル中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド；アンフィレグリンポリヌクレオチド；及びＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、又はＮＴＦ３ポリヌクレオチドの１つ又は複数のレベルの増加を有すると同定される、方法。
【請求項１１】
前記ポリヌクレオチドが、マイクロアレイへのハイブリダイゼーションによって検出される、請求項９又は１０に記載の方法。
【請求項１２】
アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法であって、前記方法が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を前記対象に投与するステップを含んでなり、前記対象が、参照と比較して、前記対象由来の血液、血漿、又は血清中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、及び毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）及び／又は毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）の増加を有すると同定される、方法。
【請求項１３】
前記ポリペプチドが免疫学的アッセイで検出される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法であって、前記方法が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を前記対象に投与するステップを含んでなり、前記対象が、参照と比較して、前記対象の血液、血漿、又は血清サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択されるバイオマーカーポリペプチドの変化を有すると同定され、それによって前記アトピー性皮膚炎が治療される、方法。
【請求項１５】
アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法であって、前記方法が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を前記対象に投与するステップを含んでなり、前記対象が、参照と比較して、前記対象の皮膚サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択されるバイオマーカーポリヌクレオチドの変化を有すると同定され、それによって前記アトピー性皮膚炎が治療される、方法。
【請求項１６】
前記アトピー性皮膚炎が、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる前記作用物質による治療に応答する、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
ＴＳＬＰポリペプチドの発現又は活性を低下させる前記作用物質が、抗ＴＳＬＰ抗体、又はその抗原結合部分である、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
前記抗体、又はその抗原結合部分が、
（ａ）配列番号６のアミノ酸配列を含んでなる重鎖可変領域ＣＤＲ１；
（ｂ）配列番号７のアミノ酸配列を含んでなる重鎖可変領域ＣＤＲ２；
（ｃ）配列番号８のアミノ酸配列を含んでなる重鎖可変領域ＣＤＲ３；
（ｄ）配列番号３のアミノ酸配列を含んでなる軽鎖可変領域ＣＤＲ１；
（ｅ）配列番号４のアミノ酸配列を含んでなる軽鎖可変領域ＣＤＲ２；及び
（ｆ）配列番号５のアミノ酸配列を含んでなる軽鎖可変領域ＣＤＲ３
を含んでなる、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
前記抗体、又はその抗原結合部分が、配列番号１０の重鎖配列及び配列番号１２の軽鎖配列を含んでなる、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
前記抗体がテゼペルマブである、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
前記対象がヒトである、請求項１〜２０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２２】
前記参照が、対照サンプル中に存在する、対応するポリペプチド又は核酸分子バイオマーカーのレベル、発現、又は活性である、請求項１〜２１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２３】
前記対照サンプルが、抗ＴＳＬＰ療法に応答しないアトピー性皮膚炎を有する対象に由来する、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
前記対照サンプルが健常対象に由来する、請求項２２又は２３に記載の方法。
【請求項２５】
抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると対象を同定する方法であって、前記方法が、参照と比較して、循環中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、又は前記対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチドのレベルの増加を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有すると前記対象を同定するステップを含んでなる、方法。
【請求項２６】
抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると対象を同定する方法であって、前記方法が、参照と比較して、前記対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド及びアンフィレグリンポリヌクレオチドのレベルの増加を検出するステップと、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有すると前記対象を同定するステップとを含んでなる、方法。
【請求項２７】
抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると対象を同定する方法であって、前記方法が、前記対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド；アンフィレグリンポリヌクレオチド；及びＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、又はＮＴＦ３ポリヌクレオチドの１つ又は複数のレベルの増加を検出するステップと、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有すると前記対象を同定するステップとを含んでなる、方法。
【請求項２８】
抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると対象を同定する方法であって、前記方法が、前記対象由来の血液、血漿、又は血清中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、及びＣＮＴＦ及び／又はＣＮＴＦＲの増加を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有すると前記対象を同定するステップを含んでなる、方法。
【請求項２９】
抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると対象を同定する方法であって、前記方法が、
（ａ）前記対象の血液、血漿、又は血清サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択される、循環ポリペプチドマーカーへ結合する抗体を検出するステップと；
（ｂ）参照と比較して、前記サンプル中の前記マーカーのレベルの変化を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると前記対象を同定するステップと
を含んでなる、方法。
【請求項３０】
抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると対象を同定する方法であって、前記方法が、
（ａ）前記対象の皮膚サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択される、ポリヌクレオチドマーカーへ結合するプローブを検出するステップと；
（ｂ）参照と比較して、前記サンプル中の前記マーカーのレベルの変化を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有すると前記対象を同定するステップと
を含んでなる、方法。
【請求項３１】
対象における治療の有効性をモニターする方法であって、前記方法が、
（ａ）抗ＴＳＬＰ療法を前記対象に投与するステップと；
（ｂ）より早い時点における前記対象から得られた皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子ポリヌクレオチドのレベルと比較して、前記対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子ポリヌクレオチドのレベルを検出するステップと
を含んでなり、ＢＤＮＦのレベルの経時的低下が、前記抗ＴＳＬＰ療法が有効であることを示唆する、方法。
【請求項３２】
より早い時点における前記対象の血清中に存在するレベルと比較して、前記対象の血清中のアンフィレグリンポリペプチドのレベルを検出するステップ
をさらに含んでなり、前記レベルの経時的増加が、前記抗ＴＳＬＰ療法が有効であることを示唆する、請求項３１に記載の方法。
【請求項３３】
アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療のためのキットであって、前記キットが、
胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質と、アンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択される、ポリペプチド又はポリヌクレオチドバイオマーカーと特異的に結合する捕捉分子又はプローブの１つ又は複数とを含んでなる、キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、アトピー性皮膚炎の治療及び治療選択のための組成物及び方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
アトピー性皮膚炎（「ＡＤ」とも称される）は、最大２５％の児童及び１０％の成人が罹患する、最も一般的な慢性炎症性皮膚疾患である。アトピー性皮膚炎の罹患者は、強烈な掻痒感と掻き傷、不眠症、及び／又はうつ病と不安の悪循環のために、生活の質が著しく損なわれている。アトピー性皮膚炎は、遺伝的及び環境的要因の複雑な相互作用によって引き起こされると考えられており、それがいくつかの治療が一部のアトピー性皮膚炎患者で有効であるが、その他のアトピー性皮膚炎患者ではそうでないことの理由を説明している可能性がある。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００３】
新しい治療方法と、アトピー性皮膚炎患者の治療に対する応答性を予測する方法とが、緊急に必要である。アトピー性皮膚炎を特徴付ける方法は、治療選択を個別化し、アトピー性皮膚炎患者を効果的な治療方法に導く可能性を有する。
【課題を解決するための手段】
【０００４】
下述するように、本発明は一般に、アトピー性皮膚炎を特徴付けて治療するための組成物及び方法を特徴とし、患者サンプル中に存在するポリペプチド及びポリヌクレオチドマーカーのレベルの変化を検出することによって、アトピー性皮膚炎が、抗胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）療法に応答することが分かった。胸腺間質性リンパ球新生因子は、サイトカインファミリーに属するタンパク質である。これは、抗原提示細胞の活性化を通じて、Ｔ細胞集団の成熟に重要な役割を果たすことが知られている。これは配列番号１のｍＲＮＡによってコードされてもよい一方で、ＴＳＬＰの全長アミノ酸配列は配列番号２に示される。
【０００５】
一態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を対象に投与するステップを伴う、アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法を提供し、対象は、参照と比較して、循環中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、又は対象由来の皮膚サンプル中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチドのレベルの増加を有すると同定される。
【０００６】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を対象に投与するステップを伴う、アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法を提供し、対象は、参照と比較して、対象由来の皮膚サンプル中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド及びアンフィレグリンポリヌクレオチドのレベルの増加を有すると同定される。
【０００７】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を対象に投与するステップを伴う、アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法を提供し、対象は、参照と比較して、対象由来の皮膚サンプル中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド；アンフィレグリンポリヌクレオチド；及びＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、又はＮＴＦ３ポリヌクレオチドの１つ又は複数のレベルの増加を有すると同定される。
【０００８】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を対象に投与するステップを伴う、アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法を提供し、対象は、参照と比較して、対象由来の血液、血漿、又は血清中の脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、及びＣＮＴＦ及び／又はＣＮＴＦＲの増加を有すると同定される。
【０００９】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を対象に投与するステップを伴う、アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法を提供し、対象は、参照と比較して、対象の血液、血漿、又は血清サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択されるバイオマーカーポリペプチドの変化を有すると同定され、それによってアトピー性皮膚炎が治療される。
【００１０】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質を対象に投与するステップを伴う、アトピー性皮膚炎を有する対象を治療する方法を提供し、対象は、参照と比較して、対象の皮膚サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択されるバイオマーカーポリヌクレオチドの変化を有すると同定され、それによってアトピー性皮膚炎が治療される。
【００１１】
別の態様では、本発明は、参照と比較して、循環中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、又は対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチドのレベルの増加を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有する対象を同定するステップを伴う、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定する方法を提供する。
【００１２】
別の態様では、本発明は、参照と比較して、対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド及びアンフィレグリンポリヌクレオチドのレベルの増加を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有する対象を同定するステップを伴う、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定する方法を提供する。
【００１３】
別の態様では、本発明は、対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリヌクレオチド；アンフィレグリンポリヌクレオチド；及びＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、又はＮＴＦ３ポリヌクレオチドの１つ又は複数のレベルの増加を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有する対象を同定するステップを伴う、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定する方法を提供する。
【００１４】
別の態様では、本発明は、対象由来の血液、血漿、又は血清中の脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリペプチドのレベルの増加、及びＣＮＴＦ及び／又はＣＮＴＦＲの増加を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎を有する対象を同定するステップを伴う、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定する方法を提供する。
【００１５】
別の態様では、本発明は、対象の血液、血漿、又は血清サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択される、循環ポリペプチドマーカーへ結合する抗体を検出するステップと；参照と比較して、サンプル中の前記マーカーのレベルの変化を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定するステップとを伴う、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定する方法を提供する。
【００１６】
別の態様では、本発明は、対象の皮膚サンプル中のアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）からなる群から選択される、ポリヌクレオチドマーカーへ結合するプローブを検出するステップと；参照と比較して、サンプル中の前記マーカーのレベルの変化を検出し、それによって抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定するステップとを伴う、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する対象を同定する方法を提供する。
【００１７】
別の態様では、本発明は、抗ＴＳＬＰ療法を対象に投与するステップと；より早い時点における対象から得られた皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子ポリヌクレオチドのレベルと比較して、対象由来の皮膚サンプル中の脳由来神経栄養因子ポリヌクレオチドのレベルを検出するステップとを伴い、ＢＤＮＦのレベルの経時的低下が、抗ＴＳＬＰ療法が有効であることを示唆する、対象における治療の有効性をモニターする方法を提供する。
【００１８】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質と、アンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）の１つ又は複数である、ポリペプチド又はポリヌクレオチドバイオマーカーと特異的に結合する捕捉分子又はプローブの１つ又は複数とを含有するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）治療のためのキットを提供する。
【００１９】
別の態様では、本発明は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質と、アンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、又は神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）の１つ又は複数である、ポリペプチド又はポリヌクレオチドバイオマーカーと特異的に結合する捕捉分子又はプローブの１つ又は複数とを含有するアトピー性皮膚炎（ＡＤ）治療のためのキットを提供する。
【００２０】
本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、対象由来の血液、血漿、又は血清サンプル中で循環中のＢＤＮＦポリペプチドが測定される。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、皮膚中のＢＤＮＦポリヌクレオチドは、対照サンプルと比較して、病変皮膚又は非病変皮膚の皮膚生検において増加する。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、対照サンプルは、抗ＴＳＬＰ療法に応答しないアトピー性皮膚炎を有する対象に由来する。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、対照サンプルは、健常対象に由来する。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、方法は、より早い時点における対象の血清中に存在するレベルと比較して、対象の血清中のアンフィレグリンポリペプチドのレベルを検出するステップをさらに伴い、前記レベルの経時的増加は、抗ＴＳＬＰ療法が有効であることを示唆する。
【００２１】
本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、方法は、対照サンプルと比較して、循環中の毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）ポリヌクレオチド又は毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）ポリヌクレオチドの増加を検出するステップをさらに伴う。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、方法は、病変皮膚及び非病変皮膚生検におけるアンフィレグリンポリヌクレオチドの増加を検出するステップをさらに伴う。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、方法は、ＮＴＲＫ２、ＮＴＲＫ３、及びニューロトロフィン因子３（ＮＴＦ３）からなる群から選択されるポリヌクレオチドバイオマーカーの増加を検出するステップをさらに伴う。
【００２２】
本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、アトピー性皮膚炎は、胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質による治療に応答する。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、ＴＳＬＰポリペプチドの発現又は活性を低下させる作用物質は、抗ＴＳＬＰ抗体、又はその抗原結合部分である。
【００２３】
様々な実施形態では、抗ＴＳＬＰ抗体は、ａ．ｉ．配列番号３に記載されるアミノ酸配列を含んでなる軽鎖ＣＤＲ１配列；ｉｉ．配列番号４に記載されるアミノ酸配列を含んでなる軽鎖ＣＤＲ２配列；ｉｉｉ．配列番号５に記載されるアミノ酸配列を含んでなる軽鎖ＣＤＲ３配列を含んでなる軽鎖可変ドメインと、ｂ．ｉ．配列番号６に記載されるアミノ酸配列を含んでなる重鎖ＣＤＲ１配列；ｉｉ．配列番号７に記載されるアミノ酸配列を含んでなる重鎖ＣＤＲ２配列；ｉｉｉ．配列番号８に記載されるアミノ酸配列を含んでなる重鎖ＣＤＲ３配列を含んでなる重鎖可変ドメインとを含んでなり、抗体は、配列番号２のアミノ酸２９〜１５９に記載されるＴＳＬＰポリペプチドと特異的に結合する。
【００２４】
様々な実施形態では、抗ＴＳＬＰ抗体は、
ａ．ｉ．配列番号１２と少なくとも８０％同一であるアミノ酸の配列；
ｉｉ．配列番号１１と少なくとも８０％同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸の配列；
ｉｉｉ．中程度にストリンジェントな条件下で、配列番号１１からなるポリヌクレオチドの補体とハイブリッド形成するポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸の配列からなる群から選択される軽鎖可変ドメイン、及び
ｂ．ｉ．配列番号１０と少なくとも８０％同一であるアミノ酸の配列；
ｉｉ．配列番号９と少なくとも８０％同一であるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸の配列；
ｉｉｉ．中程度にストリンジェントな条件下で、配列番号９からなるポリヌクレオチドの補体とハイブリッド形成するポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸の配列からなる群から選択される重鎖可変ドメイン、又は
ｃ．（ａ）の軽鎖可変ドメイン及び（ｂ）の重鎖可変ドメイン
を含んでなり、抗体は、配列番号２のアミノ酸２９〜１５９に記載されるＴＳＬＰポリペプチドと特異的に結合する。
【００２５】
本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、抗体はテゼペルマブである（ＷＨＯ  Ｄｒｕｇ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  Ｖｏｌ．３０，Ｎｏ．１，２０１６  Ｒｅｃｏｍｍｅｎｄｅｄ  ＩＮＮ：Ｌｉｓｔ  ７５  ｐａｇｅｓ  ５６−５７）。
【００２６】
本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、対象はヒトである。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、ポリペプチドは免疫学的アッセイで検出される。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、ポリヌクレオチドは、マイクロアレイへのハイブリダイゼーションによって、又は遺伝子発現解析によって検出される。本明細書に記述される任意の態様の様々な実施形態では、参照は、対照サンプル中に存在する、対応するポリペプチド又は核酸分子バイオマーカーのレベル、発現、又は活性である。
【００２７】
本発明のその他の特徴及び利点は、発明を実施するための形態及び特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【００２８】
定義
特に定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術的及び科学的用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を当業者に提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ  ｅｄ．１９９４）；Ｔｈｅ  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ  ｅｄ．，１９８８）；Ｔｈｅ  Ｇｌｏｓｓａｒｙ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ  Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；及びＨａｌｅ  ＆  Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ  Ｈａｒｐｅｒ  Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される場合、以下の用語は、特に指定されない限り、下でそれらに帰するとされる意味を有する。
【００２９】
「胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿１４９０２４．１（配列番号２を参照されたい）で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＴＳＬＰ生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＴＳＬＰ生物学的活性としては、ＣＲＬＦ２及びＩＬ−７Ｒα鎖を含んでなるＴＳＬＰ受容体への結合が挙げられる。
【００３０】
「胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）核酸分子」は、ＴＳＬＰポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＴＳＬＰ核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＡＹ０３７１１５．１（配列番号１）で提供される。
【００３１】
「毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿０００６０５で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＣＮＴＦ生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＣＮＴＦ生物学的活性としては、ＣＮＴＦ受容体への結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００３２】
「毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）核酸分子」は、ＣＮＴＦポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＣＮＴＦ核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿０００６１４で提供される。
【００３３】
「毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１１９３９４０で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＣＮＴＦＲ生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＣＮＴＦＲ生物学的活性としては、ＣＮＴＦへの結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００３４】
「毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）核酸分子」は、ＣＮＴＦＲポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＣＮＴＦＲ核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００１８４２で提供される。
【００３５】
「脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１１３７２７７で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＢＤＮＦ生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＢＤＮＦ生物学的活性としては、ＮＴＲＫ２への結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００３６】
「脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）核酸分子」は、ＢＤＮＦポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＢＤＮＦ核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００１１４３８０５で提供される。
【００３７】
「神経成長因子（ＮＧＦ）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００２４９７で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＮＧＦ生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＮＧＦ生物学的活性としては、ＮＴＲＫ１への結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００３８】
「神経成長因子（ＮＧＦ）核酸分子」は、ＮＧＦポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＮＧＦ核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００２５０６で提供される。
【００３９】
「ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００２５１８で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＮＴＦ３生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＮＴＦ３生物学的活性としては、ＮＴＲＫ３への結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００４０】
「ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）核酸分子」は、ＮＴＦ３ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＮＴＦ３核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００２５２７で提供される。
【００４１】
「ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００６１７０で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＮＴＦ４生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＮＴＦ４生物学的活性としては、ＮＴＲＫ２への結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００４２】
「ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）核酸分子」は、ＮＴＦ４ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＮＴＦ４核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００６１７９で提供される。
【００４３】
「神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００２５２０で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＮＴＲＫ１生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＮＴＲＫ１生物学的活性としては、ＮＧＦへの結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００４４】
「神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）核酸分子」は、ＮＴＲＫ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＮＴＲＫ１核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００２５２９で提供される。
【００４５】
「神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１００７０９８で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＮＴＲＫ２生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＮＴＲＫ２生物学的活性としては、ＢＤＮＦ及び／又はＮＴＦ４への結合並びに神経栄養性活性が挙げられる。
【００４６】
「神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）核酸分子」は、ＮＴＲＫ２ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＮＴＲＫ２核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００１００７０９７で提供される。
【００４７】
「神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００２５２１で提供されるアミノ酸配列と少なくとも約８５％以上のアミノ酸同一性を有し、ＮＴＲＫ３生物学的活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。例示的なＮＴＲＫ３生物学的活性としては、ＮＴＦ３への結合及び神経栄養性活性が挙げられる。
【００４８】
「神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）核酸分子」は、ＮＴＲＫ３ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＮＴＲＫ３核酸分子は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００２５３０で提供される。
【００４９】
「アンフィレグリン（ＡＲＥＧ）ポリペプチド」は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１６４８又はＴ細胞調節活性を有するその断片と少なくとも約８５％のアミノ酸同一性を有する、タンパク質を意味する。例示的なアンフィレグリンポリペプチドの配列は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１６４８で提供される。
【００５０】
「アンフィレグリン（ＡＲＥＧ）ポリヌクレオチド」は、アンフィレグリンポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。
【００５１】
「抗体」という用語は、本開示で使用される場合、免疫グロブリン又はその断片若しくは誘導体を指し、生体外又は生体内で産生されるかどうかにかかわりなく、抗原結合部位を含んでなる任意のポリペプチドを包含する。この用語は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、単一特異性抗体、多重特異性抗体、非特異性抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体、キメラ抗体、合成抗体、組換え抗体、ハイブリッド抗体、変異抗体、及びグラフト化抗体を含むが、これに限定されるものではない。「無傷の抗体」のように「無傷」という用語で特に修飾されない限り、本開示の目的で、「抗体」という用語には、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆｄ、ｄＡｂなどの抗体断片、及び抗原結合機能、すなわちポリペプチドと特異的に結合する能力を保持する、その他の抗体断片もまた含まれる。典型的には、このような断片は抗原結合ドメインを含んでなる。
【００５２】
「抗原結合ドメイン」、「抗原結合断片」、及び「結合断片」という用語は、抗体と抗原の間の特異的結合に関与するアミノ酸を含む、抗体分子の一部を指す。抗原が大型である場合、抗原結合ドメインは抗原の一部にのみ結合してもよい。抗原結合ドメインとの特異的相互作用に関与する抗原分子の部分は、「エピトープ」又は「抗原決定基」と称される。特定の実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）及び抗体重鎖可変領域（ＶＨ）を含んでなるが、必ずしも双方を含んでなる必要はない。例えば、いわゆるＦｄ抗体断片はＶＨドメインのみからなるが、無傷の抗体の抗原結合機能をなおも保持する。
【００５３】
抗体の結合断片は、組換えＤＮＡ技術によって、又は無傷の抗体の酵素的又は化学的切断によって作製される。結合断片としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及び単鎖抗体が挙げられる。「二重特異性」又は「二機能性」抗体以外の抗体は、その各結合部位が同一であると理解される。酵素パパインによる抗体の消化は、「Ｆａｂ」フラグメントとしても知られる２つの同一の抗原結合断片と、抗原結合活性はないが結晶化能力を有する「Ｆｃ」断片とをもたらす。酵素ペプシンによる抗体の消化は、抗体分子の２本のアームが連結したまま２つの抗原結合部位を含んでなる、Ｆ（ａｂ’）２断片をもたらす。Ｆ（ａｂ’）２断片は、抗原を架橋する能力を有する。「Ｆｖ」は、本明細書で使用される場合、抗原認識部位と抗原結合部位との双方を保持する、抗体の最小断片を指す。「Ｆａｂ」は、本明細書で使用される場合、軽鎖の定常ドメインと重鎖のＣＨＩドメインとを含んでなる抗体の断片を指す。
【００５４】
「ｍＡｂ」という用語は、モノクローナル抗体を指す。本発明の抗体は、制限なしに、天然抗体全体、二重特異性抗体；キメラ抗体；Ｆａｂ、Ｆａｂ’、単鎖Ｖ領域断片（ｓｃＦｖ）、融合ポリペプチド、及び非従来型抗体を含んでなる。
【００５５】
「ヒト化抗体」という用語は、最小の非ヒト（例えば、マウス）配列を含有するように操作されている、非ヒト（例えば、マウス）免疫グロブリンに由来する抗体を指す。典型的に、ヒト化抗体は、その中で相補性決定領域（ＣＤＲ）からの残基が、目的の特異性、親和性、及び／又は能力を有する非ヒト生物種（例えば、マウス、ラット、ウサギ、又はハムスター）のＣＤＲからの残基によって置き換えられている、ヒト免疫グロブリンである（Ｊｏｎｅｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９８６，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：５２２−５２５；Ｒｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｎａｔｕｒｅ，３３２：３２３−３２７；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９８８，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３９：１５３４−１５３６）。場合によっては、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク領域（ＦＷ）残基は、目的の特異性、親和性、及び／又は能力を有する、非ヒト種由来の抗体中の対応する残基で置換される。
【００５６】
ヒト化抗体は、Ｆｖフレームワーク領域中及び／又は置換された非ヒト残基中のどちらかの追加的な残基の置換によってさらに修飾されて、抗体特異性、親和性、及び／又は能力が洗練されて最適化され得る。一般に、ヒト化抗体は、非ヒト免疫グロブリンに対応するＣＤＲ領域の全て又は実質的に全てを含有する、少なくとも１つ、典型的には２つ又は３つの可変ドメインの実質的に全てを含んでなる一方で、ＦＷ領域の全て又は実質的に全ては、ヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである。ヒト化抗体はまた、典型的にヒト免疫グロブリンである、免疫グロブリン定常領域又はドメイン（Ｆｃ）の少なくとも一部を含んでなり得る。ヒト化抗体を作製するのに使用される方法の例は、米国特許第５，２２５，５３９号明細書又は米国特許第５，６３９，６４１号明細書に記載される。
【００５７】
「検出」は、検出される分析物の存在、非存在又は量を同定することを指す。様々な実施形態において、分析物は、ポリペプチド又は核酸バイオマーカーである。
【００５８】
「断片」は、ポリペプチド又は核酸分子の部分を意味する。この部分は、好ましくは、参照核酸分子又はポリペプチド全長の少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、又は９０％を含有する。特定の実施形態では、ポリペプチドの断片は、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、２００、又は３００個のアミノ酸を含有してもよい。
【００５９】
２つ以上の核酸又はポリペプチドの文脈における用語「同一」又はパーセント「同一性」は、保存的アミノ酸置換を配列同一性の一部と見なさずに、最大の一致のために比較し整列した場合（必要に応じてギャップを導入する）、同一であるか、又は規定の百分率の同一ヌクレオチド又はアミノ酸残基を有する、２つ以上の配列又は部分配列を指す。同一性百分率は、配列比較ソフトウエア又はアルゴリズムを使用して、又は目視検査によって測定され得る。アミノ酸又はヌクレオチド配列のアラインメントを得るために使用され得る、種々のアルゴリズム及びソフトウエアが当該技術分野で公知である（例えば、Ｋａｒｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，９０：５８７３−５８７７で修正され、ＮＢＬＡＳＴ及びＸＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９１，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．，２５：３３８９−３４０２）に組み込まれている、Ｋａｒｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９０，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８７：２２６４−２２６８を参照されたい。特定の実施形態では、ギャップドＢＬＡＳＴは、Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７，Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２；ＢＬＡＳＴ−２，ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ．，１９９６，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，２６６：４６０−４８０）；ＡＬＩＧＮ，ＡＬＩＧＮ−２（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ，Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）に記載されるように使用され得る。
【００６０】
「増加」は、正の変化を意味する。例えば、少なくとも１０％、２５％、５０％、７５％、１００％、２００％、３００％、４００％、５００％、１０００％以上の増加など。
【００６１】
「単離された」という用語は、その自然環境に存在するその他の要素を実質的に含まない分子を指す。例えば、単離されたタンパク質は、それが由来する細胞又は組織源からの細胞物質又はその他のタンパク質を実質的に含まない。「単離された」という用語はまた、単離されたタンパク質が医薬組成物として投与されるのに十分に純粋な、又は少なくとも７０〜８０％（ｗ／ｗ）純粋な、より好ましくは、少なくとも８０〜９０％（ｗ／ｗ）純粋な、さらにより好ましくは、９０彼亜９５％純粋な；最も好ましくは、少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％（ｗ／ｗ）純粋な調製物も指す。
【００６２】
「減少」は、負の変化を意味する。例えば、１０％、２５％、５０％、７５％、又は１００％の減少など。
【００６３】
「参照」は、比較の基準を意味する。一実施形態において、参照レベルは、非罹患組織から得られた生物学的サンプル中のバイオマーカーのレベル、発現、又は活性である。
【００６４】
「参照配列」は、配列比較の基礎として使用される規定の配列である。参照配列は、例えば、完全長のｃＤＮＡ又は遺伝子配列のセグメント、若しくは完全なｃＤＮＡ又は遺伝子配列などの規定の配列のサブセット又は全体であってもよい。ポリペプチドでは、参照ポリペプチド配列の長さは、一般に少なくとも約１６アミノ酸、好ましくは少なくとも約２０アミノ酸、より好ましくは少なくとも約２５アミノ酸、なおもより好ましくは約３５アミノ酸、約５０アミノ酸、又は約１００アミノ酸である。核酸分子では、参照核酸配列の長さは、一般に少なくとも約５０ヌクレオチド、好ましくは少なくとも約６０ヌクレオチド、より好ましくは少なくとも約７５ヌクレオチド、なおもより好ましくは約１００ヌクレオチド又は約３００ヌクレオチド、若しくはそれらの前後又はそれらの間の任意の整数である。
【００６５】
「特異的に結合する」は、分子（例えば、ポリペプチド）を認識して結合するが、例えば、生体サンプルなどのサンプル中のその他の分子を実質的に認識せず結合しない作用物質（例えば、抗体）を意味する。例えば、特異的に結合する２つの分子は、生理学的条件下で比較的安定した複合体を形成する。特異的結合は、通常は中程度から高容量の低親和性を有する非特異的結合と区別されるように、高親和性及び低から中程度の能力によって特徴付けられる。
【００６６】
「対象」は、ウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、ネコ、又はマウスなどのヒト又は非ヒト哺乳類をはじめとするが、これに限定されるものではない、哺乳類を意味する。
【００６７】
本開示において、「含んでなる（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含んでなる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する」、「有する」などは、米国特許法でそれらに帰するとされる意味を有し、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」などを意味し得て；「本質的に〜からなる」又は「〜から本質的になる」は、同様に、米国特許法に帰するとされる意味を有し、用語は開放型であり、基本的又は新規の特性が、記載されているものを超える存在によって変更されない限り、記載されているものを越える存在を許すが、先行技術の実施形態は除外される。
【００６８】
本明細書で提供される範囲は、範囲内の全ての値の省略表現であると理解される。例えば、１〜５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、又は５０からなるグループの任意の数、数の組み合わせ、又は下位範囲を含むものと理解される。
【００６９】
「治療（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」又は「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」又は「治療する」又は「緩和」又は「緩和する」などの用語は、（１）症状を治癒し、遅延させ、軽減し、及び／又は診断された病的状態又は障害の進行を食い止める治療手段、及び（２）標的病的状態又は障害の進行を阻止し及び／又は遅延させる予防又は防止手段の双方を指す。したがって治療を必要とする対象としては、既に障害がある対象；障害を起こしやすい対象；障害が予防される対象が挙げられる。特定の実施形態では、対象は、患者が、例えば、疾患又は障害に関連する症状の完全な、部分的な、又は一過性の緩和又は除去を示せば、本明細書で提供される方法に従って、炎症性又は自己免疫疾患又は障害について成功裏に「治療される」。
【００７０】
本明細書及び添付の特許請求範囲で使用される場合、文脈上例外が明記されていない限り、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、指示対象の複数形を含む。「ａ」（又は「ａｎ」）という用語、並びに「１つ又は複数」及び「少なくとも１つ」という用語は、本明細書で同義的に使用され得る。
【００７１】
さらに本明細書で使用される「及び／又は」は、他方の有無にかかわらず、２つの指定された特徴又は成分のそれぞれの特定の開示と見なされるべきである。したがって本明細書において、「Ａ及び／又はＢ」などの語句で使用される「及び／又は」という用語は、「Ａ及びＢ」、「Ａ又はＢ」、「Ａ」（単独）、及び「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、及び／又はＣ」などの語句における用法では、「及び／又は」という用語は、以下の実施形態のそれぞれを包含することが意図される：Ａ、Ｂ、及びＣ；Ａ、Ｂ、又はＣ；Ａ又はＣ；Ａ又はＢ；Ｂ又はＣ；Ａ及びＣ；Ａ及びＢ；Ｂ及びＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；及びＣ（単独）。
【００７２】
本明細書で使用される場合、具体的に記載されており又は文脈から明白でない限り、「約」という用語は、例えば、平均の２標準偏差内などの当該技術分野の通常の許容差の範囲内として理解される。約は、記載値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、又は０．０１％以内と理解され得る。文脈から明らかである場合を除き、本明細書で提供される全ての数値は、約という用語によって修正される。
【００７３】
本明細書の変数の任意の定義における化学基のリストの列挙は、任意の単一のグループ又は列挙されるグループの組み合わせとしてのその変数の定義を含む。本明細書の変数又は態様の実施形態の列挙は、任意の単一の実施形態として、又は任意のその他の実施形態又はその部分と組み合わされたその実施形態を含む。
【００７４】
本明細書で提供される任意の組成物又は方法は、本明細書で提供されるその他の組成物及び方法のいずれか１つ又は複数と組み合わせ得る。
【図面の簡単な説明】
【００７５】
【図１】テゼペルマブを投与されたアトピー性皮膚炎患者の血清のベースライン、２９日目（Ｄ２９）、及び８５日目（Ｄ８５）における、ＣＮＴＦ及びＣＮＴＦＲのプロテオミクス発現を描写する２つのグラフが含まれる。３０日間の半減期を有するテゼペルマブは、１日目に投与された。ベースラインでは、ＣＮＴＦ及びＣＮＴＦＲのレベルの増加が、非応答患者と比較して応答患者の血清で認められた。テゼペルマブによる治療に応答する患者は、丸で描写される。非応答者は、四角で描写される。グラフは、マイクロアレイ分析によって得られた蛍光データの定量化を描写する。
【図２】テゼペルマブを投与されたアトピー性皮膚炎患者の血清のベースライン、２９日目（Ｄ２９）、及び８５日目（Ｄ８５）における、ＢＤＮＦ、ＮＧＦ、ＮＴＦ３、及びＮＴＦ４のプロテオミクス発現を描写するグラフである。顕著なことに、テゼペルマブ療法に応答した患者の血清では、２９日目にＢＤＮＦのレベルの５０％の減少が観察された。血清中のＮＴＦ３及びＮＴＦ４のレベルには、変化が認められなかった。
【図３】テゼペルマブを投与されたアトピー性皮膚炎患者の血清のベースライン、２９日目（Ｄ２９）、及び８５日目（Ｄ８５）における、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、及びＮＴＲＫ３のプロテオミクス発現を描写するグラフである。血清中で、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、及びＮＴＲＫ３のレベルの有意な変化は観察されなかった。
【図４】１日目にテゼペルマブ又はプラセボを投与されたアトピー性皮膚炎患者の病変（ＬＳ）皮膚及び非病変（ＮＬ）皮膚生検におけるＢＤＮＦ、ＮＴＦ３、及びＮＴＦ４のゲノム発現を描写するグラフである。生検は、１日目と２９日目に得られた。ベースラインでは、非応答患者のベースラインに存在するレベルと比較して、テゼペルマブ療法に応答することが引き続いて判明した患者の病変皮膚生検において、ＢＤＮＦ及びＮＴＦ３のレベルが増加した。この知見は、皮膚生検におけるＢＤＮＦ及びＮＴＦの増加したレベルをマーカーとして使用して、テゼペルマブ療法に応答する可能性の高い患者が同定されてもよいことを示唆する。ＢＤＮＦは、好酸球の生存と関係がある。２９日目には、応答患者の皮膚病変中でＢＤＮＦのレベルが低下した。
【図５】１日目にテゼペルマブ又はプラセボを投与されたアトピー性皮膚炎患者の病変皮膚及び非病変皮膚生検における、ＮＴＲＫ２のゲノム発現を描写するグラフである。ＮＴＲＫ２ゲノム発現のベースラインレベルは、非応答患者のベースラインに存在するレベルと比較して、テゼペルマブに応答する患者で増加した。これらの知見は、病変皮膚生検におけるＮＴＲＫ２のゲノム発現の増加をマーカーとして使用して、テゼペルマブ療法に応答する可能性の高い患者が識別同定されてもよいことを示唆する。
【図６】１日目にテゼペルマブ又はプラセボを投与されたアトピー性皮膚炎患者の病変皮膚及び非病変皮膚生検における、ＮＴＲＫ３のゲノム発現を描写するグラフである。ＮＴＲＫ３のベースラインレベルは、非応答患者のベースラインに存在するレベルと比較して、テゼペルマブに応答することが分かった対象でより高かった。これは、プラセボで治療された患者の病変皮膚生検のレベルと比較して増加したＮＴＲＫ３のレベルをマーカーとして使用して、テゼペルマブ療法に応答する可能性の高い患者が同定されてもよいことを示唆する。
【図７】アトピー性皮膚炎患者の血清中のＴＳＬＰとＢＤＮＦ、ＴＳＬＰとＮＴＦ３、ＴＳＬＰとＮＴＦ４／５、ＴＳＬＰとＡＲＥＧのタンパク質レベル間の相関関係を描写するグラフである。
【図８】アトピー性皮膚炎患者の血清中のＴＳＬＰとＴｒｋＡ、ＴＳＬＰとＴｒｋＢ、ＴＳＬＰとＴｒｋＣ、及びＴＳＬＰとＴＳＬＰＲ／ＣＲＬＦ２のタンパク質レベル間の相関関係を描写するグラフである。
【図９】病変皮膚及び非病変皮膚生検における、アンフィレグリンのゲノム発現を示すグラフである。ベースラインでは、アンフィレグリン（プローブ２１５５６４）のゲノム発現は、テゼペルマブ療法に最終的に応答した患者から得られた病変皮膚生検において増加する。アンフィレグリンのレベルは、テゼペルマブによる治療に続いて皮膚病変で減少する。
【図１０】ベースラインでのアンフィレグリンのレベルが、テゼペルマブ治療に応答する患者を分離できることを示すグラフである。
【図１１】ＴＳＬＰ及びその他の炎症性メディエーターのゲノム発現が皮膚病変で増加し、テゼペルマブによる治療に応答する患者を同定するために使用され得ることを示唆する概略図であり；この概略図はまた、テゼペルマブに応答する可能性の高い患者の血清において、ＴＳＬＰ及びその他の炎症性メディエーターのレベルの増加が観察されることも示す。
【図１２】２４時間のＴＳＬＰによる刺激に続く好酸球及び好塩基球における、ＡＲＥＧ、ＢＤＮＦ、ＮＧＦ、ＮＴＲＫ１／ＴｒｋＡ、及びＴＳＬＰＲ／ＣＲＬＦ２遺伝子発現の直接誘導を実証する表である。
【発明を実施するための形態】
【００７６】
発明は、一般に、患者サンプル中に存在するポリペプチド及びポリヌクレオチドマーカーのレベルの変化を検出することで、抗胸腺間質性リンパ球新生因子（ＴＳＬＰ）療法に応答するアトピー性皮膚炎を特徴付けるための組成物及び方法と、関連治療方法とを特徴とする。
【００７７】
本発明は、少なくとも部分的に、患者から得られた皮膚及び血清サンプル中のポリペプチド及びポリヌクレオチドのバイオマーカー（例えば、アンフィレグリン（ＡＲＥＧ）、脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、及び神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３））のレベルを特徴付けることによって、テゼペルマブに応答する患者が同定され得るという発見に基づく。ＢＤＮＦ及びアンフィレグリンは一般にＴＬＳＰレベルと相関しており、ＴＬＳＰを測定する代わりに測定されてもよい。
【００７８】
一態様では、本発明のバイオマーカーは、ＴＳＬＰの拮抗作用（例えば、抗ＴＳＬＰ抗体）から利益を得るであろう個人の同定を助ける、診断用途のためのものである。ＴＨ２応答を調節するサイトカインとしては、例えば、ＩＬ−１３及びＩＬ−４仲介免疫応答を駆動する、ＩＬ−３３、ＩＬ−２５、及び／又はＴＳＬＰが挙げられる。しかし、サイトカインは少量のみ存在して検出と測定が困難であり、現在の方法では高価且つ非実用的である。本明細書に記載されるように、神経栄養因子ポリペプチド及びポリヌクレオチド（例えば、ＢＤＮＦ、アンフィレグリン、ＮＴＲＫ３）の発現レベルは、サイトカインレベルと相関することが発見されている。したがって、可溶性神経栄養因子は、１つ又は複数のサイトカイン（ＴＳＬＰ、ＩＬ−３３、ＩＬ−２５など）のレベルを検出するためのプロキシとして機能する可能性を有する。これによって、適切な治療を開始する前に、例えば、ポイントオブケア免疫アッセイ又はゲノム発現アッセイなどの診断アッセイの結果に基づいて、アトピー性皮膚炎治療への個別化アプローチが可能になる。
【００７９】
したがって、本発明は、利用可能な疾患治療に対する患者のアトピー性皮膚炎の応答性をはじめとする、疾患に罹患している患者においてアトピー性皮膚炎を特徴付ける方法、及びアトピー性皮膚炎の適切な治療を選択する方法を提供する。
【００８０】
アトピー性皮膚炎
アトピー性皮膚炎は、児童の最大２５％、成人の１０％が罹患する最も一般的な慢性炎症性皮膚疾患である。アトピー性皮膚炎の罹患者は、強烈な掻痒感と掻き傷、不眠症、及び／又はうつ病と不安の悪循環のために、生活の質が著しく損なわれている。アトピー性皮膚炎は、遺伝的要因と環境的要因との複雑な相互作用によって引き起こされると考えられている。アトピー性皮膚炎の病変皮膚は、保護バリアの障害、先天性免疫応答の欠損、及び主にＴｈ２が媒介する炎症によって特徴付けられる。Ｔｈ２軸の増加は、アトピー性皮膚炎の皮膚及び循環中で観察される。ＩＬ−４及びＩＬ−１３発現は、非病変及び病変アトピー性皮膚炎の皮膚で検出され、アトピー性皮膚炎のＩＬ−４及びＩＬ−１３Ｔ細胞で増加する。さらに、アトピー性皮膚炎の罹患者は、例えば、スタフィロコッカス・アウレウス（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ）がコロニー形成したアトピー性皮膚炎患者の＞９０％などで、細菌、ウイルス、及び真菌感染症に対する感受性が増加している。アトピー性皮膚炎患者のおよそ８０％は、血清ＩｇＥレベルが上昇しており（＞２００ｋＵ／Ｌ）、アレルゲン特異的応答が増加している。
【００８１】
異なる炎症経路を標的化する生物製剤の様々な有効性は、アトピー性皮膚炎の不均一性及び複雑さを強調している。理論により拘束されることなく、治療に対する異なるアトピー性皮膚炎患者の応答は、サイトカインのレベルの違いに起因してもよい。したがって、適切なサイトカインを標的化することは、効果的な治療を提供する可能性を有する。アトピー性皮膚炎の現在利用できる又は開発中の治療としては、抗ＩＬ−５、抗ＩＬ−２３、抗ＩＬ−２２、抗ＯＸ４０、抗ＩＬ−４Ｒα、抗ＩＬ−１３、抗ＴＳＬＰ、及び抗ＩＬ−３３が挙げられる。本発明は、測定がはるかに困難なＴＳＬＰなどのサイトカインのプロキシとして作用し得る、ＢＤＮＦ及びアンフィレグリンなどのバイオマーカーポリペプチドの測定を提供する。
【００８２】
バイオマーカー
特定の実施形態では、バイオマーカーは、別の表現型状態（例えば、疾患を有しない）と比較して、ある表現型状態（例えば、疾患を有する）の対象から採取されたサンプルに示差的に存在する、有機生体分子である。異なるグループのバイオマーカーの発現のレベルの平均又は中央値が統計学的に有意であると計算されれば、バイオマーカーは異なる表現型状態間で示差的に存在する。統計的有意性の一般的な検定としては、特に、ｔ検定、ＡＮＯＶＡ、クラスカル・ワリス、ウィルコクソン、マンホイットニー、及びオッズ比が挙げられる。バイオマーカーは、単独又は組み合わせで、対象が、ある表現型状態又は別の表現型状態に属することの相対リスクの尺度を提供する。したがって、それらは、疾患を特徴付けるマーカーとして有用である。
【００８３】
一態様では、本発明は、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎の対象の組織（例えば、血液、血漿、血清、皮膚サンプル）に示差的に存在する、バイオマーカーのパネルを提供する。したがって、バイオマーカーのパネルは、以下の２つ以上を含む：毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）；及びアンフィレグリン（ＡＲＥＧ）。特定の実施形態では、パネルは、ＣＮＴＦ及びＢＤＮＦを含む。別の実施形態では、パネルは、ＢＤＮＦ及びアンフィレグリンを含む。別の実施形態では、パネルは、ＢＤＮＦ、ＮＴＲＫ３、アンフィレグリン、ＴＳＬＰＲ／ＣＲＬＦ２、ＣＮＴＦ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４又はそれらの組み合わせを含む。別の態様では、本発明は、抗ＴＳＬＰ療法に応答するアトピー性皮膚炎の対象に示差的に存在するバイオマーカーと特異的に結合する、捕捉試薬のパネルを提供する。
【００８４】
本発明は、単離されたバイオマーカーを含んでなるパネルを提供する。バイオマーカーは、血液又は血清などの生体液、若しくは皮膚生検などのその他の生体サンプルから単離され得る。それらは、バイオマーカーと特異的に結合する捕捉試薬又はプローブの使用をはじめとする、当該技術分野で公知の任意の方法によって単離され得る。特定の実施形態では、この単離は、マーカーの質量及び／又は結合特性を用いて達成される。例えば、生体分子を含んでなるサンプルは、クロマトグラフィー分画の対象となり得て、例えば、アクリルアミドゲル電気泳動によるさらなる分離の対象となり得る。バイオマーカーのアイデンティティの知識は、免疫親和性クロマトグラフィーによるそれらの分離もまた可能にする。「単離されたバイオマーカー」は、マーカーが天然に結合しているタンパク質及び天然に存在する有機分子を重量で少なくとも６０％含まないことを意味する。好ましくは、調製物は、少なくとも７５％、より好ましくは８０、８５、９０又は９５％純粋な、又は少なくとも９９重量％の精製されたマーカーである。
【００８５】
本発明のバイオマーカーは、任意の適切な方法によって検出され得る。本明細書に記載の方法は、バイオマーカーのより正確な検出のために、個別に又は組み合わせで使用され得る（例えば、質量分析法と組み合わされたバイオチップ、質量分析法と組み合わされた免疫アッセイなど）。本発明のバイオマーカーは、血液、血清又は組織サンプル（例えば、皮膚生検）、患者サンプルから単離された細胞などをはじめとするが、これに限定されるものではない、対象の生物学的サンプル（例えば、組織、体液）中で検出されてもよい。
【００８６】
本発明で使用され得る検出パラダイムとしては、光学的方法、電気化学的方法（ボルタンメトリー及びアンペロメトリー技術）、原子間力顕微鏡法、及び例えば多極共鳴分光法などの高周波法が挙げられるが、これに限定されるものではない。共焦点及び非共焦点双方の顕微鏡法に加えて、例示的な光学的方法は、蛍光、ルミネセンス、化学発光、吸光度、反射率、透過率、及び複屈折又は屈折率の検出である（例えば、表面プラズモン共鳴、偏光解析法、共鳴ミラー法、格子カプラー導波路法又は干渉法）。
【００８７】
これら及び追加の方法については、以下で説明される。
【００８８】
免疫アッセイによる検出
特定の実施形態では、本発明のバイオマーカーは免疫アッセイによって測定される。免疫アッセイは、典型的には、抗体（又はマーカーと特異的に結合するその他の作用物質）を利用して、サンプル中のバイオマーカーの存在又はレベルを検出する。抗体は、例えば、動物をバイオマーカーで免疫化することなどの当該技術分野で周知の方法によって、作製され得る。バイオマーカーは、それらの結合特性に基づいてサンプルから単離され得る。代案としては、ポリペプチドバイオマーカーのアミノ酸配列が知られている場合、ポリペプチドが合成され、当該技術分野で周知の方法によって抗体を作製するために使用され得る。
【００８９】
本発明は、例えば、ウエスタンブロット、ＥＬＩＳＡ及びその他の酵素免疫アッセイをはじめとするサンドイッチ免疫アッセイ、蛍光に基づく免疫アッセイ、化学発光をはじめとする、従来の免疫アッセイを考察する。比濁法は、抗体が溶液中にある液相で行われるアッセイである。抗体の抗原への結合は吸光度の変化をもたらし、それが測定される。免疫アッセイの他の形態としては、磁気免疫アッセイ、放射免疫アッセイ、及びリアルタイム免疫定量ＰＣＲ（ｉｑＰＣＲ）が挙げられる。
【００９０】
免疫アッセイは、固体基質（例えば、チップ、ビーズ、ミクロ流体プラットフォーム、膜）上で、又はマーカーへの抗体の結合と引き続く検出をサポートするその他の形態上で、実施され得る。単一マーカーが１つずつ検出されてもよく、又は多重形式が使用されてもよい。多重免疫分析は、平面マイクロアレイ（タンパク質チップ）及びビーズベースのマイクロアレイ（懸濁液アレイ）を伴ってもよい。
【００９１】
ＳＥＬＤＩベースの免疫アッセイでは、バイオマーカーのための生体特異的捕捉試薬が、予備活性化ＰｒｏｔｅｉｎＣｈｉｐアレイなどのＭＳプローブの表面に付着する。次にバイオマーカーが、この試薬を介してバイオチップ上で特異的に捕捉され、捕捉されたバイオマーカーは、質量分析法によって検出される。
【００９２】
バイオチップによる検出
本発明の態様では、サンプルは、バイオチップ（マイクロアレイとしても知られる）の手段によって分析される。本発明のポリペプチド及び核酸分子は、バイオチップ中のハイブリダイズ可能なアレイ要素として有用である。バイオチップは、一般に固体基質を含んでなり、一般に捕捉試薬（吸着剤又は親和性試薬とも称される）がそれに付着する、平坦な表面を有する。しばしば、バイオチップの表面は、そのそれぞれが結合した捕獲試薬を有する、複数のアドレス可能な位置を含んでなる。
【００９３】
アレイ要素は、各要素が基質上の規定の位置に存在するように、順序付けられた様式で編成される。有用な基質材料としては、紙又はナイロン又は他の材料から構成された膜、フィルター、チップ、ガラススライド、及びその他の固体支持体が挙げられる。アレイ要素の規則正しい配列によって、ハイブリダイゼーションパターン及び強度が、特定の遺伝子又はタンパク質の発現レベルとして解釈できるようになる。核酸マイクロアレイを作製する方法は、当業者に知られており、例えば、本明細書に参照により援用される、米国特許第５，８３７，８３２号明細書、Ｌｏｃｋｈａｒｔ，ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈ．１４：１６７５−１６８０，１９９６）、及びＳｃｈｅｎａ，ｅｔ  ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９３：１０６１４−１０６１９，１９９６）に記載されている。ポリペプチドマイクロアレイを作製する方法は、例えば、参照により本明細書に援用される、Ｇｅ（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２８：ｅ３．ｉ−ｅ３．ｖｉｉ，２０００）、ＭａｃＢｅａｔｈ  ｅｔ  ａｌ．，（Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２８９：１７６０−１７６３，２０００），Ｚｈｕ  ｅｔ  ａｌ．（Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．２６：２８３−２８９）、及び米国特許第６，４３６，６６５号明細書によって記載される。
【００９４】
タンパク質バイオチップによる検出
本発明の態様では、サンプルは、タンパク質バイオチップ（タンパク質マイクロアレイとしても知られる）の手段によって分析される。このようなバイオチップは、本発明のポリペプチド又はその断片の発現又は翻訳後修飾の変化を同定するための、高スループット低コストスクリーニングにおいて有用である。いくつかの実施形態では、本発明のタンパク質バイオチップは、対象サンプル中に存在するバイオマーカーに結合し、バイオマーカーのレベルの変化を検出する。典型的には、タンパク質バイオチップは、固体支持体に結合したタンパク質又はその断片を特徴とする。適切な固体支持体としては、膜（例えば、ニトロセルロース、紙、又はその他の材料から構成された膜）、ポリマーベースのフィルム（例えば、ポリスチレン）、ビーズ、又はガラススライドが挙げられる。いくつかの用途では、タンパク質（例えば、本発明のマーカーに結合する抗体）は、当業者に知られている任意の便利な方法を使用して（例えば、手動で又はインクジェットプリンターによって）基質上にスポットされる。
【００９５】
いくつかの実施形態では、タンパク質バイオチップは、検出可能なプローブとハイブリダイズされる。このようなプローブは、ポリペプチド、核酸分子、抗体、又は小分子であり得る。いくつかの用途では、ポリペプチド及び核酸分子プローブは、体液などの患者から採取された生物学的サンプル（血液、血清、血漿、唾液、尿、腹水、嚢胞液など）、均質化組織サンプル（例えば、生検によって得られた組織サンプル）；又は患者サンプルから単離された細胞に由来する。プローブは、抗体；候補ペプチド；核酸；又はペプチド、核酸、若しくは化学ライブラリーに由来する小分子化合物もまた含み得る。ハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、ｐＨ、タンパク質濃度、及びイオン強度）は、特異的相互作用を促進するために最適化される。このような条件は当業者に知られており、例えば、Ｈａｒｌｏｗ，Ｅ．ａｎｄ  Ｌａｎｅ，Ｄ．，Ｕｓｉｎｇ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ．１９９８，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ：Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓに記載される。非特異的プローブの除去後、特異的に結合したプローブは、例えば、蛍光、酵素活性（例えば、酵素結合熱量測定アッセイ）、直接免疫アッセイ、放射線測定法、又は当業者に知られている他の適切な検出可能な方法によって検出される。
【００９６】
数多くのタンパク質バイオチップが、当該技術分野で記載されている。これらとしては、例えば、Ｃｉｐｈｅｒｇｅｎ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｒｅｍｏｎｔ，ＣＡ）、Ｚｙｏｍｙｘ（Ｈａｙｗａｒｄ，ＣＡ）、Ｐａｃｋａｒｄ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅ  Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｍｅｒｉｄｅｎ，ＣＴ）、Ｐｈｙｌｏｓ（Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ，ＭＡ）、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）、Ｂｉａｃｏｒｅ（Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）、及びＰｒｏｃｏｇｎｉａ（Ｂｅｒｋｓｈｉｒｅ，ＵＫ）によって製造される、タンパク質バイオチップが挙げられる。このようなタンパク質バイオチップの例は、以下の特許又は公開された特許出願に記載される：米国特許第６，２２５，０４７号明細書；米国特許第６，５３７，７４９号明細書；米国特許第６，３２９，２０９号明細書；及び米国特許第５，２４２，８２８号明細書；国際公開第００／５６９３４号パンフレット；国際公開第０３／０４８７６８号パンフレット；及び国際公開第９９／５１７７３号パンフレット。
【００９７】
核酸バイオチップによる検出
本発明の態様では、サンプルは、核酸バイオチップ（核酸マイクロアレイとしても知られる）の手段によって分析される。核酸バイオチップを製造するために、国際公開第９５／２５１１１６号パンフレット（Ｂａｌｄｅｓｃｈｗｅｉｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．）に記載されるように、オリゴヌクレオチドが合成されてもよく、又は化学共役手順及びインクジェット塗布装置を使用して基質の表面に結合されてもよい。代案としては、真空システム、熱的、ＵＶ、機械的又は化学的結合手順を使用し、グリッドアレイを使用して、ｃＤＮＡ断片又はオリゴヌクレオチドが、基質の表面に配置され連結されてもよい。
【００９８】
生物学的サンプルに由来する核酸分子（例えば、ＲＮＡ又はＤＮＡ）を使用して、本明細書に記載のハイブリダイゼーションプローブが作製されてもよい。生物学的サンプルは、一般に、例えば、体液（血液、血清、血漿、唾液、尿、腹水、嚢胞液など）；均質化組織サンプル（例えば、生検によって得られた組織サンプル）；又は患者サンプルから単離された細胞として、患者に由来する。いくつかの用途では、培養細胞又はその他の組織標本が使用されてもよい。ｍＲＮＡは標準的な方法に従って単離され、ｃＤＮＡが生成され、ハイブリダイゼーションに適した相補的ＲＮＡを作製するためのテンプレートとして使用される。このような方法は、技術分野で周知である。蛍光ヌクレオチドの存在下でＲＮＡが増幅され、次に標識プローブがマイクロアレイと共にインキュベートされて、プローブ配列が、バイオチップに結合した相補的オリゴヌクレオチドとハイブリダイズできるようにする。
【００９９】
インキュベーション条件は、用いられるストリンジェンシーの程度に応じて、正確な相補的一致で、又は様々な程度のより低い相補性で、ハイブリダイゼーションが起こるように調節される。例えば、ストリンジェントな塩濃度は、通常、約７５０ｍＭのＮａＣｌ及び７５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより低く、約５００ｍＭのＮａＣｌ及び５０ｍＭのクエン酸三ナトリウムより低く、又は約２５０ｍＭのＮａＣｌ及び２５ｍＭのクエン酸三ナトリウムより低い。低ストリンジェンシーハイブリダイゼーションは、例えば、ホルムアミドなどの有機溶媒の非存在下で得られ得る一方で、高ストリンジェンシーハイブリダイゼーションは、少なくとも約３５％のホルムアミド、最も好ましくは少なくとも約５０％のホルムアミドの存在下で得られ得る。ストリンジェントな温度条件としては、通常、少なくとも約３０℃、少なくとも約３７℃、又は少なくとも約４２℃の温度が挙げられる。ハイブリダイゼーション時間、例えばドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）などの界面活性剤の濃度、及びキャリアＤＮＡの包含又は排除などの変動する追加のパラメーターは、当業者に良く知られている。様々なレベルのストリンジェンシーは、必要に応じてこれらの様々な条件を組み合わせることで達成される。好ましい実施形態では、ハイブリダイゼーションは、７５０ｍＭのＮａＣｌ、７５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び１％ＳＤＳ中で３０℃で起こる。いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションは、５００ｍＭのＮａＣｌ、５０ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％ＳＤＳ、３５％ホルムアミド、及び１００μｇ／ｍｌの変性サケ精子ＤＮＡ（ｓｓＤＮＡ）中で３７℃で起こる。その他の実施形態では、ハイブリダイゼーションは、２５０ｍＭのＮａＣｌ、２５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、１％ＳＤＳ、５０％ホルムアミド、及び２００μｇ／ｍｌのｓｓＤＮＡ中で４２℃で起こる。これらの条件の有用なバリエーションは、当業者には容易に明らかであろう。
【０１００】
ハイブリダイズされていないプローブの除去は、例えば洗浄によって達成されてもよい。ハイブリダイゼーションに続く洗浄ステップもまた、ストリンジェンシーが変動し得る。洗浄ストリンジェンシー条件は、塩濃度及び温度によって定義され得る。上記のように、塩濃度を下げ又は温度を上げることによって、洗浄ストリンジェンシーを高め得る。例えば、洗浄ステップのためのストリンジェントな塩濃度は、好ましくは約３０ｍＭのＮａＣｌ及び３ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満であり、最も好ましくは約１５ｍＭのＮａＣｌ及び１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム未満である。洗浄ステップのためのストリンジェントな温度条件としては、通常、少なくとも約２５℃、少なくとも約４２℃、又は少なくとも約６８℃の温度が挙げられる。いくつかの実施形態では、洗浄ステップは、３０ｍＭのＮａＣｌ、３ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％ＳＤＳ中で、２５℃で行われる。より好ましい実施形態では、洗浄ステップは、１５ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％ＳＤＳ中で、４２℃で行われる。その他の実施形態では、洗浄ステップは、１５ｍＭのＮａＣｌ、１．５ｍＭのクエン酸三ナトリウム、及び０．１％ＳＤＳ中で、６８℃で行われる。これらの条件の追加のバリエーションは、当業者には容易に明らかであろう。
【０１０１】
全ての異なる核酸配列のハイブリダイゼーションの非存在、存在、及び量を測定するための検出システムは、当該技術分野で周知である。例えば、同時検出が、Ｈｅｌｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．９４：２１５０−２１５５，１９９７に記載される。いくつかの実施形態では、スキャナが使用されて蛍光のレベルとパターンが判定される。
【０１０２】
診断方法
本発明は、抗ＴＬＳＰ療法（例えば、テゼペルマブ）、抗ＩＬ−３３療法、抗ＳＴ２療法（ＩＬ−３３の受容体）による治療のためにアトピー性皮膚炎患者を層別化し、及び／又はアトピー性皮膚炎（ＡＤ）を有する患者における抗ＴＳＬＰ療法に対する応答を予測及び／又は判定する方法を提供する。本明細書に記載されるように、バイオマーカー毛様体神経栄養因子（ＣＮＴＦ）、毛様体神経栄養因子受容体（ＣＮＴＦＲ）、ニューロトロフィン３（ＮＴＦ３）、ニューロトロフィン４（ＮＴＦ４）、神経成長因子（ＮＧＦ）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）、アンフィレグリン、及び／又は脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）の１つ又は複数のレベル、発現、又は活性の変化は、ＡＤを有する対象におけるＴＳＬＰ媒介アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の徴候であることが発見されている。このような診断方法は、抗ＴＳＬＰ療法への応答性を判定し、対象の治療の情報を与えるのに有用である。
【０１０３】
治療方法
本発明は、ＴＳＬＰのレベル、発現、又は生物学的活性を低下させる薬剤を投与することによって、アトピー性皮膚炎又はその症状を治療する方法を提供する。ＴＳＬＰの生物学的活性又は発現を阻害する薬剤は、アトピー性皮膚炎を有する対象に医薬組成物中で提供され、医薬組成物は、有効量の薬剤と適切な賦形剤とを含む。一実施形態では、薬剤は、対象におけるＴＳＬＰポリペプチドのレベル、発現、又は活性を低下させる抗ＴＳＬＰ抗体である。抗ＴＳＬＰ抗体は当該技術分野で公知であり、テゼペルマブが含まれる。アトピー性皮膚炎の治療方法はＡＤの特徴付けに応じて異なるものの、抗ＴＳＬＰ療法は、そのような治療に応答すると同定された患者で使用される。本明細書で使用される場合、「治療方法」に関する開示は、疾患の治療用の薬剤を製造するための化合物の使用、及び疾患の治療で使用するための化合物に等しく適用される。
【０１０４】
抗ＴＳＬＰ抗体
抗ＴＳＬＰ抗体による治療に応答するアトピー性皮膚炎の対象は、対象における本発明の１つ又は複数のバイオマーカーのレベル、発現、又は活性を特徴付けることによって同定される。ひとたび治療のために選択されると、このような対象には、当該技術分野で公知の実質的にあらゆる抗ＴＳＬＰ抗体が投与されてもよい。適切な抗ＴＳＬＰ抗体としては、例えば、当該技術分野で周知の方法を使用して開発された、既知の抗ＴＳＬＰ抗体、市販の抗ＴＳＬＰ抗体、抗ＴＳＬＰＲ抗体、又は抗ＴＳＬＰ抗体が挙げられる。例示的な抗ＴＳＬＰ抗体は、テゼペルマブである（米国特許第７，９８２，０１６号明細書；米国特許第８，１６３，２８４号明細書；米国特許第９，２８４，３７２号明細書を参照されたい）。
【０１０５】
本発明で有用な抗体としては、免疫グロブリン、モノクローナル抗体（完全長のモノクローナル抗体を含む）、ポリクローナル抗体、少なくとも２つの異なるエピトープ結合断片から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、ヒト抗体、ヒト化抗体、ラクダ化抗体、キメラ抗体、単鎖Ｆｖｓ（ｓｃＦｖ）、単鎖抗体、単一ドメイン抗体、ドメイン抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、所望の生物学的活性を呈する抗体断片（例えば、抗原結合部分）、ジスルフィド結合Ｆｖｓ（ｄｓＦｖ）、及び抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体（例えば、本明細書で開示される抗体に対する抗Ｉｄ抗体を含む）、細胞内抗体、及び上記のいずれかのエピトープ結合断片が挙げられる。特に、抗体としては、免疫グロブリン分子と、例えば、少なくとも１つの抗原結合部位を含む分子などの免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な断片とが挙げられる。
【０１０６】
抗ＴＳＬＰ抗体は、単クローンのヒト抗体、ヒト化抗体又はキメラ抗ＴＳＬＰ抗体を包含する。本発明の組成物及び方法で使用される抗ＴＳＬＰ抗体は、裸の抗体、免疫複合体又は融合タンパク質であり得る。特定の実施形態では、抗ＴＳＬＰ抗体は、ＩｇＧイソタイプ、特にＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４ヒトイソタイプ、又はヒト集団に見いだされる任意のＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４対立遺伝子を有する、ヒト抗体、ヒト化抗体又はキメラ抗体である。ヒトＩｇＧクラスの抗体は、血清中の長い半減期や様々なエフェクター機能を媒介する能力などの有利な機能的特性を有する（Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ｗｉｌｅｙ−Ｌｉｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｃｈａｐｔｅｒ  １（１９９５））。ヒトＩｇＧクラス抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３及びＩｇＧ４の４つのサブクラスにさらに分類される。ＩｇＧ１サブクラスは、ヒトにおいて高いＡＤＣＣ活性及びＣＤＣ活性を有する（Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，６５，８８（１９９７））。その他の実施形態では、抗ＴＳＬＰ抗体は、既知の抗ＴＳＬＰ抗体のイソタイプスイッチ変種である。
【０１０７】
キット
本発明は、アトピー性皮膚炎（ＡＤ）の治療のためのキットを提供する。一実施形態では、本発明は、抗ＴＳＬＰ治療に対する、アトピー性皮膚炎を有する対象の応答性を特徴付けるためのキットを提供する。本発明の診断キットは、本発明のポリペプチド又は核酸分子バイオマーカーの発現、レベル、又は活性を測定するための試薬（例えば、参照遺伝子のプライマー／プローブ及びハウスキーピング参照遺伝子）を提供する。必要に応じて、キットは、本発明のバイオマーカーのレベル、発現、又は活性を測定するための使用説明書、及び／又はＡＤを有する対象に抗ＴＳＬＰ療法を投与するための使用説明をさらに含んでなる。
【０１０８】
さらなる実施形態では、キットは、ＴＳＬＰポリヌクレオチド又はポリペプチドのレベル、発現、又は活性を低下させる、抗ＴＳＬＰ抗体（例えば、テゼペルマブ）などの薬剤もまた含んでもよい。いくつかの実施形態では、キットは、治療的又は予防的組成物を含有する滅菌容器を含んでなり；このような容器は、箱、アンプル、ボトル、バイアル、チューブ、バッグ、パウチ、ブリスターパック、又は当該技術分野で公知のその他の適切な容器形態であり得る。このような容器は、プラスチック、ガラス、ラミネート紙、金属箔、又は薬剤を保持するのに適したその他の材料から構成され得る。必要に応じて、薬剤は、アトピー性皮膚炎を有する対象に薬剤を投与するための使用説明と共に提供される。
【０１０９】
特定の実施形態では、使用説明は、治療薬の説明；アトピー性皮膚炎又はその症状を治療するため投与計画及び投与；注意事項；警告；適応症；禁忌；過量投与情報；有害反応；動物薬理学；臨床研究；及び／又は参照事項の少なくとも１つを含む。使用説明は、（存在する場合）容器に直接印刷され、又は容器に貼られるラベルとして、若しくは容器内に又は容器と共に提供される、別途のシート、パンフレット、カード、又はフォルダーとして、印刷されてもよい。
【０１１０】
本発明の実施は、別段の指示がない限り、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の従来の技術を用い、これらは十分に当業者の技量の範囲内である。このような技術は、“Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ”，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；“Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ”（Ｇａｉｔ，１９８４）；“Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ”（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；“Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ”“Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｗｅｉｒ，１９９６）；“Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ”（Ｍｉｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｃａｌｏｓ，１９８７）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ”（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；“ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ”，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；“Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ”（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）などの文献で詳細に説明される。これらの技術は、本発明のポリヌクレオチド及びポリペプチドの作製に適用可能であり、したがって、本発明の作製と実施において検討され得る。特定の実施形態に特に有用な技術は、以下のセクションで考察される。
【０１１１】
以下の実施例は、本発明のアッセイ、スクリーニング、及び治療方法をどのように作成して使用するかという、完全な開示及び説明を当業者に提供するために提示され、本発明者らが自らの発明と見なすものの範囲を限定することは意図されない。
【実施例】
【０１１２】
実施例１：アトピー性皮膚炎患者におけるテゼペルマブに対する応答の新規のバイオマーカーの同定
小規模試験において、登録された対象の湿疹面積重症度指数（ＥＡＳＩ）を使用して、皮膚疾患の重症度を評価した。テゼペルマブで治療された患者において、改善が観察された。プラセボ又はテゼペルマブのどちらかによる処置に続いて、試験の２つ以上の時点でＥＡＳＩスコアが（ベースラインと比較して）５０％減少した場合、対象を応答者に分類した。中等度から重度のアトピー性皮膚炎がある１２人の患者から、１日目、２９日目、及び８５日目に血清サンプルを採取した。対象をベースラインにおいて、テゼペルマブ（７００ｍｇ；ｎ＝９）又はプラセボ（ｎ＝３）のどちらかの静脈内投与で処置した。末梢血をプロテオミクス分析のために採取した。プラセボ又はテゼペルマブ（７００ｍｇ）のどちらかによる治療の前後に、病変皮膚及び非病変皮膚生検からＲＮＡを得た。
【０１１３】
テゼペルマブを投与された４人の患者は、試験中の２つ以上の時点でＥＡＳＩ５０（皮膚疾患の５０％改善）を達成した。ＡＭＧ１５７で治療された患者の血清学的サンプルを分析し、応答者と非応答者の神経栄養因子のレベルに違いがあったかどうかを判定した。これは、テゼペルマブによる治療に対する応答性を示すバイオマーカーとして役立つ可能性がある。
【０１１４】
以前記載されたＳＯＭＡｓｃａｎプロテオミクスアッセイ（Ｇｏｌｄ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，ＰＬＯＳ  Ｏｎｅ  ５（１２）：ｅ１５００４；Ｒｏｈｌｏｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｔｈｅｒａｐｙ−Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  ３：ｅ２０１）を使用して、全対象からの血清を評価した。簡潔に述べると、これらの研究で利用されたＳＯＭＡｓｃａｎプロテオミクスアッセイのバージョンでは、各タンパク質を標的化する修飾アプタマーを使用して化、１，１２９個のタンパク質を測定した。血清中のタンパク質濃度をＤＮＡアプタマー濃度の対応するシグネチャに変換し、ＤＮＡマイクロアレイ上で定量した。ＳＯＭＡｓｃａｎデータは、相対蛍光単位（ＲＦＵ）で報告される。不等分散性を低下させるために、統計分析に先だってＲＦＵデータをｌｏｇ２変換した。
【０１１５】
テゼペルマブによる治療は、「応答者」のベースラインでの血清ＣＮＴＦ及びＣＮＴＦＲの上昇に関連していた。（図１）。したがって、ＣＮＴＦ及びＣＮＴＦＲは、応答者及び非応答者で示差的に発現されていると同定された。脳由来ニューロトロフィン（ＢＤＮＦ）、神経成長因子（ＮＧＦ）、ＮＴＦ３、及びＮＴＦ４プロテオミクスの発現レベルもまた、特性決定した（図２）。テゼペルマブに応答した対象は、非応答者と比較して血清中のＢＤＮＦのレベルの減少を示した。血清中のＢＤＮＦのレベルは、応答した患者において２９日目までに劇的に減少した。ＢＤＮＦ及びＴＳＬＰのレベルが好酸球の生存レベルと相関することを考えると、これは特に興味深い。したがって、ＢＤＮＦのレベルが低下すると、好酸球の生存率が低下すると予想される。血清中の神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型１（ＮＴＲＫ１）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型２（ＮＴＲＫ２）、神経栄養性チロシンキナーゼ受容体型３（ＮＴＲＫ３）プロテオミクス発現もまた、特性決定した（図３。有意な変化は観察されなかった。
【０１１６】
実施例２：アトピー性皮膚炎患者におけるテゼペルマブに対する応答の核酸バイオマーカーの同定
病変皮膚及び非病皮膚生検における、追加のニュートロフィンマーカーのゲノム発現もまた調べた。アトピー性皮膚炎コホートからの病変皮膚及び非病変皮膚サンプルを神経栄養因子のレベルについて分析した。アトピー性皮膚炎患者の病変皮膚及び非病変皮膚から、１日目及び２９日目に皮膚生検を採取した。皮膚生検（６ｍｍ）を長軸方向に切断し、半分を液体窒素に入れた。次に、凍結生検を−７０℃で又はドライアイス中で維持した。液体窒素中で凍結したサンプルから、ＲＮＡを分離した。メッセンジャーＲＮＡは、Ｎｕｇｅｎ  Ｏｖａｔｉｏｎ  ｃＤＮＡラベリングキットとＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ  ＨＴ＿ＨＧ−Ｕ１３３＿Ｐｌｕｓ＿ＰＭマイクロアレイとを使用した、マイクロアレイによって分析した。
【０１１７】
アンフィレグリン、ＣＮＴＦ、ＣＮＴＦＲ、ＢＤＮＦ、ＮＴＦ３、ＮＴＦ４、ＮＧＦ、ＮＴＲＫ１、ＮＴＲＫ２、及びＮＴＲＫ３をはじめとする、追加のニュートロフィンマーカーを病変皮膚及び非病変皮膚生検における遺伝子発現について分析した。ＢＤＮＦゲノム発現レベルは、非応答者に存在するレベルと比較して、抗ＴＬＳＰ療法に応答すると特性決定された患者の病変皮膚及び非病変皮膚サンプルの双方において、ベースラインで上昇した（図４）。皮膚のＮＴＦ３ゲノム発現レベルはまた、抗ＴＬＳＰ療法応答者対非応答者のベースラインでも増加している（図４）。
【０１１８】
ＮＴＲＫ２ゲノム発現レベルは、非応答者に存在するゲノム発現レベルと比較して、抗ＴＬＳＰ療法に応答することが引き続いて判明した対象の病変皮膚のベースラインで上昇した（図５）。ＮＴＲＫ３ゲノム発現もまた、非応答者から得られた対応するサンプルに存在するレベルと比較して、抗ＴＬＳＰ療法に応答することが引き続いて判明した対象の病変皮膚及び非病変皮膚のベースラインで上昇した（図６）。
【０１１９】
アンフィレグリンのゲノム発現レベルは、非応答者から得られた対応するサンプルに存在するゲノム発現のレベルと比較して、抗ＴＬＳＰ療法に応答することが引き続いて判明した対象の病変皮膚及び非病変皮膚サンプルのベースラインで上昇した（図９）。興味深いことに、アンフィレグリンのプロテオミクス発現は、非応答者から得られた対応するサンプルに存在するレベルと比較して、抗ＴＬＳＰ療法に応答することが引き続いて判明した対象から得られた血清サンプルのベースラインで減少した（図１０）。
【０１２０】
実施例３：中等度から重度のアトピー性皮膚炎における選択されたバイオマーカー発現の相関関係
皮膚疾患の病歴がない健常対象、及び中等度から重度のアトピー性皮膚炎患者から、血清サンプルを採取した。対象は、ＴＲ  Ｂｉｏのプロトコル（２０人の健常対照；４１人のアトピー性皮膚炎）、及びＭｏｕｎｔ  Ｓｉｎａｉ  Ｓｃｈｏｏｌ  ｏｆ  ＭｅｄｉｃｉｎｅのＤｒ．Ｅｍｍａ  Ｇｕｔｔｍａｎ−Ｙａｓｓｋｙとの共同研究（２０人の健常対照；３５人のアトピー性皮膚炎）を通じて募集された。
【０１２１】
実施例２で上述した、以前記載されたＳＯＭＡｓｃａｎプロテオミクスアッセイを使用して、全対象からの血清を評価した。選択されたバイオマーカーを同一対象からのＴＳＬＰ測定値との相関関係について評価した（表１；図７及び８）。ＴＳＬＰとＢＤＮＦのタンパク質レベルの間（図７）、並びにＴＳＬＰとアンフィレグリンのタンパク質レベルの間には、統計学的に有意な相関が観察された。相関関係はまた、ＴＳＬＰとＴＳＬＰ受容体ＣＲＬＦ２のタンパク質レベルの間でも観察された（図８）。
【０１２２】
【表１】
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【０１２３】
皮膚のＴＬＳＰのレベルの増加が皮膚及び循環のマーカーレベルにどのように影響するかのモデルが、図１１に提供される。
【０１２４】
実施例４：好酸球及び好塩基球における選択されたバイオマーカー発現の誘導
精製された好酸球（Ｅｏｌ−１）及び好塩基球（ＫＵ８１２）細胞株を購入し、１０％ウシ胎仔血清を添加したＲＰＭＩ培地中で培養した。細胞を平底９６ウェルマイクロカルチャープレートに２．５×１０５／ウェルで播種し、５０ｎｇ／ｍｌのｒｈＴＳＬＰ（Ｐｅｐｒｏｔｅｃｈ）で２４時間にわたり刺激した。刺激後、細胞を収集してｍｉＲＶａｎａ溶菌／結合緩衝液に懸濁し、ｍｉｒＶａｎａ  ｍｉＲＮＡ単離キット（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して全ＲＮＡを抽出した。ＲＮＡの純度及び濃度は、分光光度法で判定した。ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ逆転写酵素及びランダムヘキサマー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、１００ｎｇの全ＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写した。ＴａｑＭａｎ  ＰｒｅＡｍｐマスターミックス及び目的遺伝子のＴａｑＭａｎアッセイのプライマープール（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して、得られたｃＤＮＡを予備増幅した。予備増幅後に、増幅されたサンプルをＤＮＡ懸濁緩衝液（ＴＥＫｎｏｖａ，Ｈｏｌｌｉｓｔｅｒ，Ｃａｌｉｆ．）中で１：４に希釈して、−２０℃に保ち、又はＰＣＲのために即座に使用した。Ｂｉｏｍａｒｋ  ＨＤシステム及び４８．４８ダイナミックアレイ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を使用して、リアルタイムを実施した。２つの参照遺伝子（ＧＡＰＤＨ、ＡＣＴＢ）の平均を使用して、δＣｔ値（ΔＣｔ）を計算した。対照として非刺激細胞における目的遺伝子の発現を使用して、２−ΔΔＣｔを計算することによって、倍数変化値を判定した。
【０１２５】
その他の実施形態
前述の説明から、本明細書に記載された本発明を様々な用途及び条件に適合させるために、本発明にバリエーション及び修正を加えてもよいことが明らかであろう。このような実施形態もまた、以下の特許請求の範囲内にある。
【０１２６】
本明細書の変数のあらゆる定義における要素のリストの詳述は、列挙された要素の任意の単一要素又は組み合わせ（又は下位組み合わせ）としての変数の定義を含む。本明細書における実施形態の詳述は、任意の単一実施形態としての、又は任意のその他の実施形態又はその部分と組み合わされた、その実施形態を含む。
【０１２７】
本明細書で言及された全ての特許及び刊行物は、あたかもそれぞれの独立した特許及び刊行物が本明細書に参照により援用されることが、具体的且つ個別に示されるのと同程度に、参照により援用される。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和2年4月22日(2020.4.22)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
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2020531439.tif 000018
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