(57)【要約】  本発明は、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー由来のＱＴＬの遺伝子移入により、ＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる栽培スイカ植物に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
キトルルス・コロキンシス(Citrullus colocynthis)種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の９番染色体上かつ／または７番染色体上に遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物または植物細胞であって、９番染色体上の前記遺伝子移入断片が、配列番号１９の５１番目のヌクレオチドにおけるＳＮＰ１９と配列番号２４の５１番目のヌクレオチドにおけるＳＮＰ２４との間の前記ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、７番染色体上の前記遺伝子移入断片が、配列番号１３の５１番目のヌクレオチドにおけるＳＮＰ１３と配列番号１８の５１番目のヌクレオチドにおけるＳＮＰ１８との間の前記ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなる、栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項２】
７番染色体上の前記遺伝子移入断片が、ＳＮＰ１４（配列番号１４の５１番目のヌクレオチド）に対する前記ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、９番染色体上の前記遺伝子移入断片が、ＳＮＰ２２（配列番号２２の５１番目のヌクレオチド）に対する前記ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなる、請求項１に記載の栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項３】
キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体由来および／または９番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物または植物細胞であって、７番染色体上の前記遺伝子移入断片が、配列番号１３もしくは配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／または配列番号１４もしくは配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／または配列番号１５もしくは配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／または配列番号１６もしくは配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／または配列番号１７もしくは配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを、かつ／または配列番号１８もしくは配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなり、かつ９番染色体上の前記遺伝子移入断片が、配列番号１９もしくは配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／または配列番号２０もしくは配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／または配列番号２１もしくは配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／または配列番号２２もしくは配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／または配列番号２３もしくは配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／または配列番号２４もしくは配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる、栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項４】
７番染色体上の前記遺伝子移入断片がホモ接合もしくはヘテロ接合型であり、かつ／または９番染色体上の前記遺伝子移入断片がホモ接合型もしくはヘテロ接合型である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項５】
前記遺伝子移入断片が、キトルルス・コロキンシス系統、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されている前記系統の代表的な種子のサンプルに由来する、請求項１〜４のいずれか一項に記載の栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項６】
前記植物が、スケール３（軽度の病徴）またはスケール４（病徴なし）のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる、請求項１〜５のいずれか一項に記載の栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項７】
前記植物または植物細胞が、近交系植物もしくは植物細胞、またはＦ１雑種植物もしくは植物細胞、または二倍体もしくは四倍体もしくは三倍体植物もしくは植物細胞である、請求項１〜６のいずれか一項に記載の栽培スイカ植物または植物細胞。
【請求項８】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物に成長する、種子。
【請求項９】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の植物細胞を含んでなる、栽培スイカ果実または果実部分。
【請求項１０】
請求項１〜７のいずれか一項に記載の栽培スイカ植物細胞を含んでなる、栽培スイカ植物繁殖物質。
【請求項１１】
三倍体雑種種子生産における親としての請求項７に記載の二倍体および四倍体系統の使用。
【請求項１２】
次の工程：
ａ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体由来の遺伝子移入断片を有する２つの７番染色体を含んでなる第１のＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物であって、前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、およびＳＮＰ１４（配列番号１４）、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１５との間についての前記ドナー植物の配列を含んでなるか、または前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、ならびにＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数もしくはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物を準備すること、
ｂ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体由来の遺伝子移入断片を有する４つの７番染色体を含んでなる第２のＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物であって、前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、およびＳＮＰ１４（配列番号１４）、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１５との間についての前記ドナー植物の配列およびの配列を含んでなるか、または前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、ならびにＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物を準備すること、
ｃ）工程ｂ）で提供された前記四倍体スイカ植物と、工程ａ）で提供された二倍体スイカ植物の花粉を受粉させること、ならびに
ｄ）工程ｃ）で生産された果実から種子を集めること
を含んでなる、三倍体雑種栽培スイカの種子を生産する方法。
【請求項１３】
次の工程：
ａ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の９番染色体由来の遺伝子移入断片を有する２つの９番染色体を含んでなる第１のＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物であって、前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、およびＳＮＰ２２（配列番号２２）、もしくはＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ１２３との間についての前記ドナー植物の配列を含んでなるか、または前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、ならびにＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物を準備すること、
ｂ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の９番染色体由来の遺伝子移入断片を有する４つの９番染色体を含んでなる第２のＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物であって、前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、およびＳＮＰ２２（配列番号２２）、もしくはＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２３との間についての前記ドナー植物の配列およびの配列を含んでなるか、または前記遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、ならびにＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物を準備すること、
ｃ）工程ｂ）で提供された前記四倍体スイカ植物と、工程ａ）で提供された二倍体スイカ植物の花粉を受粉させること、ならびに
ｄ）工程ｃ）で生産された果実から種子を集めること
を含んでなる、三倍体雑種栽培スイカの種子を生産する方法。
【請求項１４】
ＣＧＭＭＶ耐性スイカ植物または植物部位または植物細胞の同定のための、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つもしくは複数のマーカーの使用。
【請求項１５】
ＣＧＭＭＶ感受性栽培スイカ植物へのＣＧＭＭＶ耐性の遺伝子移入のための、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つもしくは複数のマーカーの使用。
【請求項１６】
ＣＧＭＭＶ耐性を付与する７番および／または９番染色体上の断片の存在について植物または植物部位、またはそれらに由来するＤＮＡをスクリーニングする方法であって、次の工程：
ａ）ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数もしくはすべて、ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つまたは複数のＳＮＰ遺伝子型について、ゲノムＤＮＡをスクリーニングすること、
ｂ）ならびに所望により、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つまたは複数またはすべての耐性ドナー遺伝子型および／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなる植物または植物部位を選抜すること
を含んでなる、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、ＣＧＭＭＶ（キュウリ緑斑モザイクウイルス(Cucumber Green Mottle Mosaic Virus)）に耐性があるスイカ属植物細胞およびスイカ属植物、キトルルス・コロキンシス(Citrullus colocynthis)植物細胞およびキトルルス・コロキンシス植物、スイカ属穂木または台木を含んでなるＣＧＭＭＶに耐性がある接木植物、ならびに前記（said）植物の生産のための方法、ならびに前記（said）植物細胞および植物の使用に関する。また、ＣＧＭＭＶ誘導収量減少と闘うための方法およびＣＧＭＭＶ耐性種子の生産のための方法も含んでなる。
【０００２】
ＣＧＭＭＶ（キュウリ緑斑モザイクウイルス）は、１９５３年に英国のキュウリ（ククミス・サティブス）でＡｉｎｓｗｏｔｈによって初めて報告された。その後、中国や、イスラエル、ギリシャ、日本、インド、韓国、オランダ、パキスタン、ポーランド、ロシア、サウジアラビア、スペイン、台湾、ウクライナなどのアジアやヨーロッパのいくつかの国からもこのウイルスが報告された。ＣＧＭＭＶは、南極で報告されている数少ない植物ウイルスの１つである（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【０００３】
近年、ＣＧＭＭＶは、米国では２０１４年にメロン種子生産圃場で（ＡＳＴＡ教育パンフレット（education pamphlet）、2014, A Seed Production and Commercial Growers Guide）、オーストラリアでは２０１３年に商業スイカ農場で（オーストラリア政府、2016, Draft Pest risk analysis for Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV)）、カナダではキュウリ栽培者によって温室栽培ミニキュウリ（Ling & Li, 2014, apsjournals.apsnet.org-doi-abs-10.1094-PDIS-09-13-0996-PDN）で報告されている。
【０００４】
ＣＧＭＭＶは、他のウリ科に感染するトバモウイルスから分かれた別個の進化系統群を形成する他のウリ科植物に感染するトバモウイルスから分かれた別個の進化系統群を形成するトバモウイルス属（Tobamovirus）に属するプラス鎖ＲＮＡウイルス種である。ＣＧＭＭＶの最も近い近類種は、他のウリ科植物に感染するトバモウイルス、ＫＧＭＭＶ、ＣＦＭＭＶ、およびＺＧＭＭＶである。全ゲノム配列では、ＣＧＭＭＶは他のウリ科植物感染トバモウイルスと５９．１〜６０．４％の類似性を共有し、残りのトバモウイルス種とは４６．０〜４９．３％しか共有しない（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【０００５】
ＣＧＭＭＶの宿主範囲は狭く、主にウリ科（Cucurbitaceae）とアカザ科（Chenopodiaceae）に限定されている。ただし、一部の分離株はナス科（Solanaceae）の少数の種に感染する。ＣＧＭＭＶの自然宿主範囲には、ククミス・サティブス、ククミス・アングリア、ククミス・メロ、キトルルス・ラナツス、およびラゲナリア・シセラニアが含まれる。南極大陸では、ＣＧＭＭＶは珍しい宿主、つまりコケ（モミジゴケ属およびスギゴケ属（Polytrchum））および南極ヘアグラス（デスカンプシア・アンタークティカ）で検出されている。ＣＧＭＭＶの実験的宿主範囲には、以下の植物種が含まれる：ケノポディウム・アマランティカラー、キトルルス・ラナツス、ククミス・サティブス、ククミス・メロ、ククミス・メロ栽培品種ウチリシマ（utilissima）、ククルビタ・ペポ、ククミス・モスカータ、ダチュラ・ストラモニウム、ラゲナリア・シセラニア、ルファ・アクタンガラ、ニコチアナ・ベンタミアーナ、ニコチアナ・デブネイ、およびトリコサンテス・アングイナ。モモルディカ・チャランチアおよびニコチアナ・タバカムは、病徴が現れない宿主である。宿主種の大部分は全身病徴を引き起こし、少数（Ｃ．アマランティカラーおよびダチュラ・ストラモニウム）は局所病斑病徴を引き起こす（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【０００６】
ＣＧＭＭＶによって引き起こされる典型的な病気の病徴は、葉の全身的な緑がかったモザイクであるが、病徴は分離株／株および罹患植物種によって異なる。接木スイカ植物では、ＣＧＭＭＶは、韓国では「血肉（blood flesh）」病を（Lee et al. 1990）、日本では「こんにゃく（Konnyaku）」病を、ギリシャで同様の病気を引き起こす（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【０００７】
ＣＧＭＭＶに感染したスイカ（キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス）は、外見上健康な果実を作ることができるが、内部では果肉の劣化を示し、よって食べられず、したがって市場性がない（Hongyun et al., 2008, J. Virological Methods 149, 326-329）。
【０００８】
感染宿主植物中の全身性の移動は、ウイルス病理発生の重要なプロセスの１つである。植物におけるウイルスの移動は、２つの主要な工程、細胞から細胞への原形質連絡を通した短距離移動、および維管束組織を通した長距離移動によって行われる。ＣＧＭＭＶの長距離移動は、師部輸送メカニズムをサポートする光合成産物のソースからシンクまでである。全身感染したシンクの葉では、木部と師部でＣＧＭＭＶが同時に検出される。ＣＧＭＭＶは若い葉の分化仮道管に高レベルで蓄積する（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【０００９】
ＣＧＭＭＶの自然の拡散は、主に感染した植物材料の接触を通したものである。植物のＣＧＭＭＶによる感染は、感染植物の破片で汚染された土壌と灌漑用水を通して伝染することによって起こる。病気の植物の破片は、おそらく限られた数の植物への感染の主な原因として寄与し、ウイルスは相次いで植物と植物の接触を通して広がる。スイカでは、ＣＧＭＭＶは種子および接木材料（台木または穂木）によって伝染する主要なウイルスである。ＣＧＭＭＶの種子伝染は、ひょうたんとキュウリでも記述されている。昆虫によるＣＧＭＭＶの伝染が調べられてきたが、特定のウイルスと昆虫ベクターの関係は確立することができなかった。しかし、インドでは、キュウリハムシ、Ｒａｐｈｉｄｏｐａｌｐａ  ｆａｅｖｅｉｃｏｌｌｉｓによるＣＧＭＭＶの伝染が示されている。最近、ミツバチ（アピス・メリフェラ）が受粉中にＣＧＭＭＶを伝達することが示された（Darzi et al., 2017, Plant Pathology, 1365-3059, doi: 10.1111/ppa.12702）。罹病植物から果実を収穫するために栽培者が使用する刃物は、作物の結実段階でのＣＧＭＭＶの圃場内蔓延（field-spread）の付加的手段に潜在的に寄与しうる（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【００１０】
ＣＧＭＭＶは、世界中のウリ科植物に深刻な病気を引き起こす。スイカの葉の斑紋（mottling）とモザイク（mosaic）が温室栽培植物で報告されている。植物の花柄の壊疽斑点はＣＧＭＭＶ感染と同時に発生することが報告されている。スイカ果実の病徴には、果皮の劣化および肉質中果皮の腐敗または黄変が含まれるが、これらは通常、収穫後にのみ判定可能である（Reingold et al., 2013, New Disease Reports 28）。
【００１１】
ＣＧＭＭＶは、特にウリ科（Cucurbitaceae）とナス科（Solanaceae）の世界的に深刻な経済的損失の原因になっている。イスラエルのスイカ畑では、ＣＧＭＭＶ病が一部の地域で総収量減少を引き起こした。（Reingold et al., 2016, Annals of Applied Biology 168, 29-40）。
【００１２】
Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．（2005, Plant Cell Rep 24, 350）は、ＣＧＭＭＶコートタンパク質をコードするベクターの導入によってＣＧＭＭＶ耐性をもたせたトランスジェニックキトルルス・ラナツス亜種ゴンデ（野生スイカ）植物を開示している。キトルルス・ラナツス亜種ゴンデは、市販のスイカの育種材料としては使用されないが、時として市販のスイカの接ぎ木で台木として使用されることがある。ＣＧＭＭＶ耐性トランスジェニックゴンデスイカは、市販のスイカの穂木をトランスジェニックゴンデ台木に接ぎ木することによって、非トランスジェニック商業用スイカを生産するための台木として使用できることが示唆されている。
【００１３】
Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．（2012, Transgenic Res 21, 983-993）は、３つの異なるウイルス、キュウリモザイクウイルス（ＣＭＶ）、キュウリ緑斑モザイクウイルス（ＣＧＭＭＶ）、およびスイカモザイクウイルス（ＷＭＶ）のコートタンパク質を標的とする単一遺伝子サイレンシングコンストラクトで形質転換されたトランスジェニックスイカ植物（雑種栽培品種フィーリング（Feeling））を開示している。３種のウイルスすべてに耐性のある形質転換植物は、トランスジェニック系統の第１世代で同定された（Ｒ０）。しかし、Ｒ０系統の自家受粉によって得られたＲ１系統では、ＣＧＭＭＶに対する耐性は失われ、一方で他の２つのウイルスに対する耐性は維持されていた。
【００１４】
キトルルス・コロキンシス植物は、当該技術分野においてＣＧＭＭＶに感受性があると報告されている（Horvath, 1985, Acta Phytopathologica Academiae Scientiarum Hungaricae 20(3-4), 225-251）。
【００１５】
商業品種はすべて感受性があるので、ＣＧＭＭＶの防除は困難である。ＣＧＭＭＶ耐性品種を使用することは、ウイルスの管理に最適な選択肢であることになる。しかし、宿主耐性の原因はメロンと野生のククミス属の複数の種（spp.）でしか知られていないので、古典的な育種によるさまざまなウリ科植物でのＣＧＭＭＶに対する耐性の開発には限界がある（Mandal et al., 2008, Plant Viruses 2(1), 25-34）。
【００１６】
本発明によって解決されるべき問題は、ＣＧＭＭＶ耐性の供給源の提供、およびＣＧＭＭＶに耐性の商用スイカ属植物の提供である。一側面では、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物は、キトルルス・ラナツス種亜種ウルガリスのスイカ植物である。
【００１７】
本発明の第１の側面は、ＣＧＭＭＶに耐性がある非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または非遺伝子組換えスイカ属植物もしくは植物部分に関する。好ましくは、スイカ属植物細胞またはスイカ属植物は、ＣＧＭＭＶに耐性がある非遺伝子組換えスイカ属作物植物細胞または非遺伝子組換え作物植物である。
【００１８】
ＣＧＭＭＶに対する耐性を付与するスイカ属の付与原因（source）は報告されていない。さまざまなスイカ属系統の大規模な生殖質セットのスクリーニングの間に、驚くべきことに、ＣＧＭＭＶに耐性があるキトルルス・コロキンシス系統が検出された。それは白い果肉（flesh）または果肉（pulp）と低いブリックス（約２．０のブリックス）をもつ小さな丸い果実（幅約４ｃｍ、長さ約４ｃｍ）をつけた。耐性植物（本明細書に記載の試験で病徴なし、スコア４を示した）は、ヘテロ接合および／または不均一（heterogeneous）種子サンプル（米国国立植物生殖質コレクション、ars-grin.gov）から選択され、耐性体が選択され、自家受粉子孫で安定化され、数世代にわたって自家受精した。選択され、安定化された、ＣＧＭＭＶ耐性を含むＣ．コロキンシス植物の種子の代表的サンプルは、ブダペスト条約に基づき、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４でヌンヘムスＢ．Ｖ．によって寄託された。
【００１９】
現在まで、これはスイカ属で記述されたＣＧＭＭＶ耐性をもつ最初の材料である。キトルルス・コロキンシスは、例えばキトルルス・ラナツスのような他のスイカ属の種と交配することができる。したがって、今般、それぞれのＣＧＭＭＶ耐性植物は、耐性「ドナー」植物から、（「レシピエント」植物とも呼ばれる）他のスイカ属植物への、（ＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座を含んでなる）ＣＧＭＭＶ耐性付与染色体断片（fragment）または複数の断片（fragments）の移動を初めて可能にした。したがって、本明細書に開示されるＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物は、ＣＧＭＭＶに耐性がある栽培スイカ（Ｃ．ラナツス亜種ウルガリス）などのスイカ属作物植物の生産を初めて可能にした。これは、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属を栽培することにより、感受性作物植物におけるＣＧＭＭＶに起因する顕著な収量低下を低減または回避できるので、農家にとって大きな利点になるであろう。
【００２０】
ＣＧＭＭＶが、他の可能性にくわえて、汚染種子によっても伝染されることはよく確立されている。したがって、本発明の別の利点は、ＣＧＭＭＶ感染植物が出現した圃場から生産された種子を廃棄することを回避できることになる種子生産者に対するものである。キュウリでは、いくつかのＣＧＭＭＶ耐性品種、例えばライク・ズワーン（Rijk Zwaan）の品種ボンボン（Bonbon）は、まだウイルスを保有し、植物における顕著なウイルス増殖を可能にしている（すなわち、それらは無病徴の保キャリアであり、したがって他の植物にウイルスを広げうる）。現在の耐性は、実施例に見られるように、植物におけるウイルス増殖を防止するか、または少なくともウイルスレベルを非常に低いレベルに低下させるようである（例えば、ＣＧＭＭＶを機械的に葉に接種した後の１５ｄｐｉ、３５ｄｐｉ、および６０ｄｐｉでは、葉にはウイルスＲＮＡが全く含まれていないか極めて低いレベルである一方で、陽性対照にはかなりの量のウイルスＲＮＡが含まれていることを示す表２を参照されたい）。ウイルスレベルは、本発明の一実施態様では非常に低く、近くの感受性スイカ品種のＣＧＭＭＶ感染を引き起こさず、かつ／またはそのような植物の果実で生産された種子にウイルスの感染をもたらさない。これはまた、実施例でも示されている。
【００２１】
さらに、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物を栽培するために、例えば圃場処理用および植物刈込み用ツールの消毒といった、多くの予防措置が不要になるので、種子生産者および農家による作業の支出を減らすことができる。特に、ＣＧＭＭＶは土壌中で長期間生存できるので、ＣＧＭＭＶ耐性シトルルス植物の供給は、ＣＧＭＭＶが以前にそれぞれの地域で検出された場合でも、同じ地域または圃場でスイカ属植物の更なる世代（例えば本発明によるＣＧＭＭＶ耐性植物の穂木および／又または台木を含んでなる接木植物を含む）の再生を可能にすることになる。
【００２２】
本明細書で使用される場合、「遺伝子組換えされた」とは、生物の外部で調製された核酸を直接宿主に導入する、または生物の外部で調製された核酸を細胞に導入し、次いで細胞を最終宿主と融合、交配、またはハイブリダイズさせる技術によって生物の遺伝子構成を変更することによる生物工学を用いた生物のゲノムの直接的な改変を意味する。遺伝子工学は、組換え核酸（ＤＮＡまたはＲＮＡ）技術、それに続く、ベクター系によって間接的に、または微粒子銃、マイクロインジェクション、マクロインジェクションとマイクロカプセル化技術によって直接的に組換え核酸を組み込むことを含む。
【００２３】
本明細書で使用される場合、「非遺伝子組換えの（Non-genetically engineered）」とは、有機体の外で調製された核酸の有機体への導入を含まない技術を用いて、有機体のゲノムの改変および／または有機体の遺伝子構成を変更することを意味する。
【００２４】
「ＣＧＭＭＶ」はキュウリ緑斑モザイクウイルスに対する略称として本明細書では用いられる。
【００２５】
本明細書で使用される場合、「ＣＧＭＭＶに対する耐性」とは、ＣＧＭＭＶを接種された場合に、系統もしくは品種の植物もしくは植物部分が、葉に目視で分かるＣＧＭＭＶ病徴を示さない（スケール４）（かつ果実内部にも病徴がないことが好ましい）、または一側面では、植物が葉に軽い病徴（非常に軽度のモザイクおよびほとんど透化斑点がない）（スケール３）を示す（これらの植物の果実は、内部では何の病徴も示さず、依然として市場性があることが好ましい）、一方では、感受性のある対照系統または品種（例えばシュガーベイビーや他のＣＧＭＭＶ感受性品種）が、同じ条件下で試験された場合に、葉に重度の病徴（スケール１）および果実内部に病徴を示すことを意味する。好ましくは、系統の植物の少なくとも９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％が上記のスケールに適合するならば（系統の少なくとも１０個、１５個、２０個、２５個、３０個以上の植物が、適切な対照系統と共に試験されるのが好ましい）、植物系統または品種は耐性があるとみなされる。果実内部の病徴とは、成熟した果実を人間の飲食に適さない状態、例えば果肉の劣化および／または果肉の水浸、にする病徴である。目視で分かるＣＧＭＭＶ病徴を評価するための好適な試験は、例えば実施例の一般的方法の項目１〜３および以下に記載の機械的葉接種法(mechanical leaf inoculation method)である。
【００２６】
本明細書では、葉の「目視によるＣＧＭＭＶ病徴」は以下に従って分類される。
スケール１：重度の病徴：葉の変形、水ぶくれ、および明らかなモザイク
スケール２：中等度の病徴：葉の変形は軽度であるが明らかなモザイク
スケール３：軽度の病徴：非常に軽度のモザイクとわずかな透化斑点
スケール４：葉に病徴なし
【００２７】
一側面では、「ＣＧＭＭＶに対する耐性」は、葉に症状を示さず（スケール４）、好ましくは果実内部にも症状を示さず、任意選択で葉に軽度の症状を示し（スケール３）、好ましくは果実内部に症状を示さない植物および植物部分が、１５ｄｐｉ、３０ｄｐｉ、３５ｄｐｉ、６０ｄｐｉ、および／または９０ｄｐｉ（またはそれ以降）で、感受性対照系統または品種よりも、葉中に（任意選択で果物にも）有意に低い平均ウイルスレベル（またはウイルス力価）を含むことを包含する。「有意に低い」とは、本明細書では、例えばＲＴ−ｑＰＣＲによって検出可能な、感受性対照組織中よりも、少なくとも１００倍低い、好ましくは少なくとも１０００倍低い、より好ましくは少なくとも５０００倍低い、または少なくとも１万倍低い、または少なくとも５万倍低い、または少なくとも１０万倍低い、平均ウイルスレベルをいう。一側面では、ＲＴ−ｑＰＣＲによって検出可能なＣＧＭＭＶウイルスレベルは、耐性植物の葉および好ましくは果実中で、１５ｄｐｉ、３０ｄｐｉ、３５ｄｐｉ、６０ｄｐｉ、および／または９０ｄｐｉで、１．５×１０−４ｎｇ／μｌ未満の平均濃度または１．３×１０−４ｎｇ／μｌ未満であり、一側面では、平均ウイルスレベルはさらに低く、例えば５×１０−５ｎｇ／μｌ未満、または４×１０−５ｎｇ／μｌ未満、または３×１０−５ｎｇ／μｌ未満、または２×１０−５ｎｇ／μｌ未満である。とりわけ一側面では、平均ウイルス力価は、１５ｄｐｉで５×１０−５ｎｇ／μｌ未満、および／または３５ｄｐｉで３×１０−５ｎｇ／μｌ未満、および／または６０ｄｐｉ以降で２×１０−５ｎｇ／μｌ未満もしくはＲＴ−ｑＰＣＲ（またはＴａｑＭａｎアッセイ）を用いて検出することさえできず、一方では、感受性対照は、重度の病徴を示し、同じ条件下かつ同じ時点で有意に高いウイルスレベル（例えば少なくとも１００倍高い、好ましくは少なくとも１０００倍高い）を含む。一側面では、平均ウイルス力価は、耐性組織において経時的に減少し、すなわち、力価は、３５ｄｐｉにおける方が１５ｄｐｉにおけるよりも低く、６０ｄｐｉにおける方が３５ｄｐｉにおけるよりも低い。
【００２８】
一側面では、さらに、本発明のＣＧＭＭＶ耐性植物から他のスイカ植物、例えば感受性スイカ植物へのウイルス伝染は、１％未満、好ましくは０．５％未満、より好ましくは０％である。ウイルス伝染は、例えば、実施例に記載のように、ＣＧＭＭＶを接種したＣＧＭＭＶ耐性植物の葉を接種材料として他の植物に接種し、感染した他の植物の割合を測定することによって試験することができる。更なる側面では、本発明のＣＧＭＭＶ耐性植物の果実で生産される種子は、ＣＧＭＭＶウイルスを含まない。この場合も、実施例に記載のように試験することができる。
【００２９】
本明細書で使用される場合、「スイカ属」または「スイカ属植物」とは、スイカ属に属するウリ科（Cucurbitaceae family）の植物を意味する。
【００３０】
スイカ属は、キトルルス・ラナツス(Citrullus lanatus)（亜種ラナツス(lanatus)、ウルガリス(vulgaris)、およびムコソスパームス（mucosospermus）を含む）、キトルルス・コロキンシス、野生種キトルルス・エキローサス(Citrullus ecirrhosus)、およびキトルルス・レーミイ（Citrullus rehmii）（Levi et al., 2001, Genetic Resources and Crop Evolution 48, 559-566）の４つまたは５つの種を含んでなる。キトルルス・ナウディニアヌス(Citrullus naudinianus)、第５のスイカ属の種は肉眼形態において他のスイカ属の種と非常に異なっており、一部の当業者はそれをアカントシキオス属（Ａ．ナウディニアヌス）に入れている。本発明に関連して、キトルルス・ナウディニアヌスは、スイカ属の種を表すと理解されるものとする。キトルルス・ラナツス亜種ウルガリスは、最も広く栽培されているスイカ作物植物を代表する栽培スイカとして当該技術分野で一般に指定されている。したがって、本明細書において「栽培スイカ」というときは、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス作物植物、例えば系統または品種を指す。５つのスイカ属の種はそれぞれ、２２の二倍体（２ｎ）染色体数を有する。言及された５つの異なるスイカ属の種は互いに交配可能であり、したがって、ＣＧＭＭＶ耐性はこれらの種の間で、例えば育種プロセスによって移すことができる（Kun-Peng Li et al.,2016,BMC Evolutionary Biology16,85）。
【００３１】
「スイカ属植物細胞」とは、スイカ属植物またはそのいずれかの部分に由来する、それによって入手可能である、それから得られる、派生する、または派生可能である植物細胞を意味する。その細胞は、植物全体に再生するのに適したもの（再生可能植物細胞）であってもよく、植物全体に再生するのに適さない細胞（非再生可能植物細胞）であってもよい。同様に、「キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞」とは、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物またはそのいずれかの部分に由来する、それによって入手可能である、それから得られる、派生する、または派生可能である植物細胞を意味する。その細胞は、植物全体に再生するのに適したもの（再生可能植物細胞）であってもよく、植物全体に再生するのに適さない細胞（非再生可能植物細胞）であってもよい。
【００３２】
本発明に関連して、「作物植物」という用語は共通の意味を有し、営利または生存のための規模で生育または栽培されることが意図され、かつ栽培後に、食物、衣類、家畜、飼料、バイオ燃料、医薬品、または人による他の用途のために収穫される任意の特定の植物または品種であると理解されるべきである。特に、「作物植物」という用語は、本明細書では、営利のための規模で、集団で生育または栽培されることが意図され、かつ栽培後に、食物を供給するために収穫される任意の特定の植物を意味する。現行の定義において使用される生育を意図する用語によって、営利のための規模で、集団で育成または栽培され、かつ栽培後に食物を提供するために収穫されることを意図する任意の特定の植物を生産するのに適した任意の育種材料もまた、本明細書で使用される「作物栽培植物」という用語は含んでなることが明示的に明らかにされるものとする。
【００３３】
「スイカ属作物植物」は、本明細書では、キトルルス・ラナツス（亜種ウルガリス、ムコソスパームス（mucosospermus）、またはラナツスを含む）、キトルルス・コロキンシス、およびキトルルス・ナウディニアヌスの植物を含んでなる。
【００３４】
作物植物は栽培植物という用語を含んでなる。スイカ植物に関して、「栽培植物」という用語は、当該技術分野で一般に使用され、本明細書では、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス（Kun-Peng Li et al., 2016, BMC Evolutionary Biology 16, 85）の植物を表すものとして理解されるべきである。
【００３５】
「食物」という用語は、本明細書において共通の意味を有し、食される、飲まれる、またはその他の方法で人体に取り込まれる任意の栄養物質であると理解されるべきである。
【００３６】
スイカ属作物植物種、キトルルス・ラナツス、キトルルス・コロキンシス、またはキトルルス・ナウディニアヌスは、互いに交配可能であり、これらの種の１つからそれらの種の別の１つへのＣＧＭＭＶ耐性の伝達または遺伝子移入を可能にする。したがって、本発明により提供されたシトルラス属コロシント植物、例えば受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から得られる、派生される、派生可能である、それによって入手可能である、またはそれに由来する植物のＣＧＭＭＶ耐性は、他の（例えばＣＧＭＭＶ感受性である）キトルルス・コロキンシス植物、キトルルス・ラナツス種（例えば栽培スイカ）、またはキトルルス・ナウディニアヌスに遺伝子移入することができる。
【００３７】
したがって、本発明の好ましい実施態様は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関し、本発明による植物細胞または植物は、キトルルス・ラナツス、キトルルス・コロキンシス、またはキトルルス・ナウディニアヌスからなる種の群から選択される。本発明のより好ましい実施態様では、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物は、キトルルス・ラナツス植物細胞またはキトルルス・ラナツス植物であり、最も好ましくは、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞またはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物である。
【００３８】
キトルルス・コロキンシス植物細胞および１つまたは複数のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬを得ることができるＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物の種子は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４またはその子孫、とりわけその自家受粉子孫の下に寄託されている。これらの寄託種子から、キトルルス・コロキンシス植物細胞を得ることができるＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物を育てることができる。同様に、ＣＧＭＭＶ耐性を付与する１つまたは複数のＣ．コロキンシスＱＴＬ（量的形質遺伝子座(Quantitative Trait Loci)）は、これらの種子またはその子孫から得られ、それにより、子孫は１つまたは複数またはすべてのＱＴＬを保持する。
【００３９】
本発明者らは、ＣＧＭＭＶ耐性を付与し、Ｃ．コロキンシスドナー（例えば、ＮＣＩＭＢ４２６２４またはその子孫、または場任意選択でＱＴＬまたは複数のＱＴＬ（QTLs）を含んでなる別のＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシス植物）から、他の植物、例えば栽培スイカに、個々にまたは異なる組み合わせ移すことができるＣ．コロキンシスの５つのＱＴＬを見出した。それらの５つのＱＴＬは、本明細書に詳細に記載される。ＱＴＬが見つかる染色体領域を絞り込むために、ファインマッピングが行われることになる。これによって、より短い遺伝子移入断片を使用することが可能になり、それによって、ドナーからの連鎖抗力（ＱＴＬに連鎖する望ましくない形質の遺伝子移入）を排除する。
【００４０】
したがって、１つの特定の実施態様では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されたキトルルス・コロキンシス種子、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から育った植物、またはそのような植物の子孫（progeny）（子孫（descendants））、とりわけ、例えばＣＧＭＭＶ耐性スコア４（病徴なし）を含んでなる自家受粉子孫に関する。したがって、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から得られる、派生する、派生可能である、もしくは入手可能である、もしくはそれに由来するキトルルス・コロキンシス植物細胞もしくはキトルルス・コロキンシス植物、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から育った植物から得られる、派生される、派生可能である、もしくは入手可能である、もしくはそれに由来するキトルルス・コロキンシス植物細胞は、本発明の１つの特定の実施態様である。
【００４１】
別の特定の実施態様では、本発明は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されたキトルルス・コロキンシス種子に由来する／それから派生可能である／それに見出される／それから得られる／それから派生する１つまたは複数のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ（本明細書に記載のように）を含んでなるスイカ属植物、とりわけ栽培スイカ植物、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から育った植物、またはそのような植物の子孫（progeny）（子孫(descendants)）に関する。
【００４２】
さらに別の特定の実施態様では、本発明は、ＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物または種子に由来する／それから派生可能である／それに見出される／それから得られる／それから派生する（本発明に記載の）１つまたは複数のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬを含んでなるスイカ属植物、とりわけ栽培スイカ植物に関し、その植物または種子は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から育った植物、またはそのような植物の子孫に存在するのと同じＱＴＬまたは複数のＱＴＬ（QTLs）を含んでなる。そのようなキトルルス・コロキンシス植物は、ＣＧＭＭＶ耐性スコア４を含んでなり、ＱＴＬまたはＱＴＬ（QTLs）に連鎖するＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてを含んでなる。よって、例えば、Ｃ．コロキンシス植物は、ＱＴＬ７．１、したがって、以下にさらに記載され、例えば表１および表６中の、ＱＴＬ７．１に連鎖するＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべても含んでなることができる。したがって、例えば、一側面では、キトルルス・コロキンシス植物は、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなり、好ましくは、ＱＴＬ７．１に連鎖するＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、および／もしくはＳＮＰ１５についての耐性ドナーヌクレオチド、ならびに／またはＱＴＬ９．１に連鎖するＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、および／もしくはＳＮＰ２４についての耐性ドナーヌクレオチドを含む。別の側面では、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、および／またはＱＴＬ９．１を含んでなるキトルルス・コロキンシス植物は、好ましくは、ＱＴＬ１．１に連鎖するＳＮＰ４、ＳＮＰ５および／もしくはＳＮＰ６についての耐性ドナーヌクレオチド、ならびに／またはＱＴＬ４．１に連鎖するＳＮＰ７、ＳＮＰ８、および／もしくはＳＮＰ９についての耐性ドナーヌクレオチド、ならびに／またはＱＴＬ５．１に連鎖するＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、および／もしくはＳＮＰ１２についての耐性ドナーヌクレオチド、ならびに／またはＱＴＬ７．１に連鎖するＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、および／もしくはＳＮＰ１５についての耐性ドナーヌクレオチド、ならびに／またはＱＴＬ９．１に連鎖するＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、および／もしくはＳＮＰ２４についての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなる。
【００４３】
好ましくは、本発明は、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性を含んでなる本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関し、好ましくは、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物は、それらのゲノムに遺伝子移入されたＣＧＭＭＶに対する耐性を含んでなる。
【００４４】
より好ましい実施態様では、本発明は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関し、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性は、スイカ属植物またはスイカ属植物細胞から得られる、派生する、派生可能である、またはそれによって入手可能である、またはそれに由来し、より好ましくは、ＣＧＭＭＶに対する耐性は、キトルルス・コロキンシス植物細胞またはキトルルス・コロキンシス植物、とりわけ代表的な種子サンプルが受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されているキトルルス・コロキンシス植物または（例えば自家受粉によって得られる）そのＣＧＭＭＶ耐性子孫から得られる、派生する、派生可能である、またはそれによって入手可能である、またはそれに由来する。ＱＴＬまたは複数のＱＴＬ（QTLs）を含んでなる染色体領域のＳＮＰマーカー解析または配列決定を用いて、ＣＧＭＭＶ耐性が寄託種子「のなかに」あるか、またはそれから入手可能かを決定することができる。
【００４５】
さらにより好ましくは、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物は、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞である、またはそのゲノムに遺伝子移入されて、ＣＧＭＭＶに対する耐性を含んでなる（comprising introgressed into its genome resistance to CGMMV）キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物であり、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性は、それぞれ、キトルルス・コロキンシス植物細胞またはキトルルス・コロキンシス植物、とりわけ、代表的な種子のサンプルが受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されているキトルルス・コロキンシス植物もしくは細胞、または（例えば自家受粉によって得られる）そのＣＧＭＭＶ耐性子孫「に存在する」、から得られる、派生する、派生可能である、またはそれによって入手可能である、またはそれに由来する。
【００４６】
一側面では、それからＣＧＭＭＶ耐性を得ることができるキトルルス・コロキンシスドナーは、実施例に記載のようにＣＧＭＭＶを機械的に接種したとき、病徴を生じない（スケール４）ドナー系統であり、かつ／または接種後のさまざまな時点におけるウイルス力価が感受性対照と比較して有意に減少し、例えば力価は、ＲＴ−ｑＰＣＲ（ＴａｑＭａｎ）アッセイを用いて、５×１０−５ｎｇ／μｌ未満であり、かつ／または、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、および／またはＱＴＬ９．１の１つまたは複数またはすべて、したがって、それぞれのＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーの耐性ドナーヌクレオチドの１つまたは複数を含んでなる。一側面では、ドナーは、ＮＣＩＭＢ４２６２４またはこの植物の祖先もしくは子孫である。
【００４７】
さらにより好ましい実施態様では、本発明は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関し、遺伝子移入されたＣＧＭＭＶ耐性は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子もしくは種子の細胞もしくは（例えば自家受粉によって得られる）そのＣＧＭＭＶ耐性子孫「に存在する」、それから得られる、派生する、派生可能である、もしくはそれによって入手可能である、もしくはそれに由来する、または前記（said）寄託された種子もしくはその子孫から育った植物から得られる、派生する、派生可能である、もしくはそれによって入手可能である、もしくはそれに由来する、または前記（said）寄託された種子もしくはその子孫から育った植物から得られる、派生する、派生可能である、もしくはそれによって入手可能である、もしくはそれに由来する。したがって、一側面では、植物細胞または植物は、ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物由来、例えば、代表的な種子サンプルが受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されているキトルルス・コロキンシス植物、または（例えば自家受粉によって得られる）そのＣＧＭＭＶ耐性子孫由来の１つまたは複数のＣＧＭＭＶ耐性付与遺伝子移入断片を含んでなる。
【００４８】
いっそう更なるより好ましい実施態様では、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物は、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性を含んでなるキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞またはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物であり、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子もしくは種子の細胞もしくは（例えば自家受粉によって得られる）そのＣＧＭＭＶ耐性子孫から得られる、派生する、派生可能である、もしくはそれによって入手可能である、もしくはそれに由来する、または前記（said）寄託された種子から育った植物もしくは（例えば自家受粉によって得られる）寄託された種子のＣＧＭＭＶ耐性子孫から育った植物から得られる、派生する、派生可能である、もしくはそれによって入手可能である、もしくはそれに由来する、または前記（said）寄託された種子から育った植物もしくは（例えば自家受粉によって得られる）寄託された種子のＣＧＭＭＶ耐性子孫から育った植物から得られる、もしくはそれによって入手可能な植物細胞から得られる、もしくはそれによって入手可能である、もしくはそれに由来する。したがって、一側面では、植物細胞または植物は、そのゲノム中に、ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物由来、例えば、代表的な種子サンプルが受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されているキトルルス・コロキンシス植物、または（例えば自家受粉によって得られる）そのＣＧＭＭＶ耐性子孫由来の１つまたは複数の耐性付与遺伝子移入断片を含んでなる（前記（said）断片（fragment）または複数の断片（fragments）がＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座、とりわけ１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる）栽培スイカ植物細胞または植物である。
【００４９】
レシピエント植物または植物細胞における１つまたは複数の耐性付与遺伝子移入断片の存在は、当業者に公知の方法、例えば全ゲノム配列決定、分子マーカー解析、耐性遺伝子座のＱＴＬマッピング、および／または表現型解析、対立遺伝子検定などの他の方法によって検出することができる。同様に、レシピエント植物または植物細胞における１つまたは複数の耐性付与遺伝子移入断片の存在は、本明細書でＣ．コロキンシスドナーにおいて同定されるＱＴＬに物理的に連鎖するマーカーによって検出することができる。
【００５０】
野生の砂漠植物種Ｃ．コロキンシスは二倍体であり、栽培スイカの染色体に対応する２ｎ＝２２染色体を有し、それによりＣ．コロキンシス染色体の断片から、対応するＣ．ラナツス亜種ウルガリス染色体への遺伝子移入は実施可能である。Ｃ．コロキンシス受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４において、例えばＣＧＭＭＶ感受性である栽培スイカに遺伝子移入した場合に、ＣＧＭＭＶに耐性を付与する５つのＱＴＬを見出した。ゲノムでのこれらのＱＴＬの位置を決定し、ＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーを見出した。二倍体ドナーのＳＮＰ遺伝子型からわかるように、Ｃ．コロキンシスドナーはすべてのＳＮＰヌクレオチドについてホモ接合であった。５つのＱＴＬは、配列決定された栽培スイカゲノムの１番染色体上に存在するＱＴＬ１．１、４番染色体上に存在するＱＴＬ４．１、５番染色体上に存在するＱＴＬ５．２、７番染色体上に存在するＱＴＬ７．１、および９番染色体上に存在するＱＴＬ９．１と命名された。ＱＴＬのそれぞれが見つかる領域は、下記の表１に列挙されるＳＮＰ（一塩基多型）マーカーによって区切られる。配列を、ＢＬＡＳＴ解析で、cucurbitgenomics.orgのワールド・ワイド・ウェブで得られる「スイカ（チャールストングレイゲノム」に対して用いると、スイカゲノム中の単一多型のヌクレオチド位置が見出される。ＱＴＬに最も密接に連鎖するＳＮＰマーカーを表に示す。ＳＮＰマーカーで区切られた領域は非常に大きいので、各ＱＴＬの区切る領域全体を栽培スイカに遺伝子移入する必要はないのは明らかであるが、ＱＴＬを含んでなり、ＣＧＭＭＶ耐性を付与するサブ領域（sub-region）のみが、他のスイカ属植物、とりわけ栽培スイカに遺伝子移入することができる。
【００５１】
【表１】
2020531005.tif 000002
2020531005.tif 000003
2020531005.tif 000004
2020531005.tif 000005
【００５２】
二倍体ＣＧＭＭＶ耐性ドナーのＳＮＰ遺伝子型（例えばＮＣＩＭＢ４２６２４）は、右列に記載されている。したがって、各ＳＮＰの耐性ドナーヌクレオチドは、その列で言及されているヌクレオチドであり、よって、例えばＳＮＰ１ついてのＳＮＰドナーヌクレオチドは、配列番号１の５１番目のヌクレオチドのヌクレオチド「Ｃ」（シトシン）を指す。
【００５３】
ＱＴＬ７．１およびＱＴＬ９．１は優性であり、したがって遺伝子座がヘテロ接合型またはホモ接合型である場合、耐性を付与する。ＣＧＭＭＶ病徴が、３（軽度の病徴）または４（病徴なし）のスケールに低減するだけでなく、ウイルス力価（レベル）が、極端に低いレベル（例えば、接種後の１つまたは複数の時点で５×１０−５ｎｇ／μｌ未満）にまで、または検出可能でないレベルにさえ、著しく減少するので、これら２つのＱＴＬはＣＧＭＭＶ耐性を付与する上で最も重要である。他の３つのＱＴＬ、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２は劣性遺伝子座であり、（本発明の範囲を限定することなく）植物のウイルス力価に影響を与える役割を果たすと思われる。
【００５４】
一側面では、スイカ属植物、好ましくは栽培スイカ植物が提供され、植物または植物細胞は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１からなる群より選択される１つまたは２つまたは３つまたは４つまたは５つのＱＴＬ（Ｃ．コロキンシスドナー由来の、例えば、ＮＣＩＭＢ４２６２４または例えばスコアが４であり、ＱＴＬを含んでなる他のＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片）を含んでなる。
【００５５】
別の側面では、スイカ属植物、好ましくは栽培スイカ植物が提供され、植物または植物細胞は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１からなる群より選択される１つまたは２つまたは３つまたは４つのＱＴＬ（Ｃ．コロキンシスドナー由来の、例えば、ＮＣＩＭＢ４２６２４または例えばスコアが４であり、ＱＴＬを含んでなる他のＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片）を含んでなる。
【００５６】
さらに別の側面では、スイカ属植物、好ましくは栽培スイカ植物が提供され、植物または植物細胞は、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１からなる群より選択される少なくとも１つまたは２つのＱＴＬ（Ｃ．コロキンシスドナー由来の、例えば、ＮＣＩＭＢ４２６２４または例えばスコアが４であり、ＱＴＬを含んでなる他のＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片）を含んでなる。一側面では、任意選択で、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２から選択される１つまたは複数の劣性ＱＴＬを、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１と組み合わせることができる。
【００５７】
一側面では、植物または植物細胞は栽培スイカであり、少なくともＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を、任意選択でともにホモ接合型で含んでなる。
【００５８】
ＱＴＬの存在は、例えば、ＱＴＬに連鎖する１つもしくは複数もしくはすべてのＳＮＰマーカーのドナーＳＮＰヌクレオチドの存在、または染色体領域を配列決定して遺伝子移入断片のヌクレオチド配列を検出する、もしくは例えばそれをドナーのヌクレオチド配列と比較することによって決定することができる。
【００５９】
ＱＴＬを含んでなる染色体配列が、栽培スイカの対応する染色体上に遺伝子移入されて組換え染色体を生成する場合、Ｃ．コロキンシスドナーからの「ＱＴＬを含んでなる」または「ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなる」と言われるスイカ植物、植物部分、または植物細胞。これは、例えば染色体領域の配列決定によって、かつ／またはＱＴＬに連鎖するドナーＳＮＰマーカーの１つもしくは複数もしくはすべてを含んでなる遺伝子移入断片によって検出可能である。さらに、ＣＧＭＭＶ耐性は、遺伝子移入断片とともに伝達される、すなわちＣＧＭＭＶ耐性表現型をスイカ系統に付与されるべきであり、それによって、遺伝子移入断片を欠くスイカ系統はＣＧＭＭＶ感受性である。
【００６０】
遺伝子移入されたＣＧＭＭＶ耐性の起源に関して、ＣＧＭＭＶに対する耐性が、スイカ属、好ましくはキトルルス・コロキンシス植物細胞または植物から、本発明による植物細胞または植物、好ましくはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞またはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物のゲノムに直接遺伝子移入されるかどうかは明確ではない。はっきりしているのは、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性が、スイカ属、好ましくはキトルルス・コロキンシス植物細胞または植物、好ましくは、例えば寄託されたドナーまたは耐性スコアが４（病徴なし）の別のドナーから得られる、派生する、派生可能である、それによって入手可能である、またはそれに由来することだけである。ＣＧＭＭＶへの耐性は、本発明による植物細胞または植物に遺伝子移入される前に、例えばスイカ属、好ましくはキトルルス・コロキンシスから、キトルルス・ラナツス（亜種ラナツスおよびムコソスペルマス、（mucosospermus）を含む）、キトルルス・エキローサス、キトルルス・レーミイ（rehmii）、キトルルス・ナウディニアヌス、または別の非ＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物細胞または植物のような別の種または亜種などに最初に遺伝子移入される。また、本発明による植物または作物植物細胞（例えばキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞または植物）に移入される前に、ＣＧＭＭＶ耐性がさまざまな異なる種または植物に遺伝子移入されるかどうかは明確ではない。はっきりしているのは、本発明による植物細胞または植物（例えばキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞または植物）に移入されたＣＧＭＭＶ耐性が、最初は、スイカ属、好ましくはキトルルス・コロキンシス植物細胞または植物から得られる、派生する、派生可能である、それによって入手可能であることだけである。したがって、遺伝子移入プロセスまたは他の育種プロセス使用される工程および／または工程の数ではなく、本発明による作物植物または作物植物細胞（例えば、シトルラス・ラナトゥス亜種ウルガリス植物細胞または植物）に移入された染色体断片の起源が重要なことである。
【００６１】
本明細書で使用される「遺伝子移入」という用語は、当該技術分野で共通の意味を有し、ある植物（ドナー）から、同じ種または異なる種の別の植物（レシピエント植物、反復植物または反復親と呼ばれることもある）の遺伝子プールへの染色体断片（fragment）または複数の断片（fragments）の移動または導入であると理解されるべきである。したがって、「遺伝子移入されたＣＧＭＭＶに対する耐性」または「遺伝子移入断片」は、ＣＧＭＭＶに対する耐性を付与する、すなわちＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座（ＱＴＬ）を含んでなる染色体断片（fragment）または複数の断片（fragments）が、あるＣＧＭＭＶ耐性植物細胞または植物からＣＧＭＭＶに耐性でない別の植物細胞またはＣＧＭＭＶに耐性でない別の植物に導入されたことを意味する。植物へのＣＧＭＭＶ耐性の遺伝子移入は、戻し交配を含む交配または従来の育種技術によって実でき、遺伝子移入されたＣＧＭＭＶ耐性は、育種方法の結果である可能性がある。レシピエント植物へのＣＧＭＭＶ耐性の遺伝子移入は、人によって誘導される技術的プロセス（technical process）である。特に本明細書では、遺伝子移入は、人工育種プロセスまたは方法を指す。１つまた複数またはすべての分子マーカー、たとえば本明細書で提供されるＳＮＰマーカーは、そのプロセスで使用することができる。結果として得られる植物、すなわちドナーからの１つまたは複数の遺伝子移入断片を含んでなる栽培系統または品種も人工のものであり、自然には存在しない。
【００６２】
ＱＴＬを含んでなるＣ．コロキンシスからの遺伝子移入断片は、大きい、例えば染色体の半分でさえ可能であるが、好ましくは、より小さく、約２０Ｍｂ（メガベース）、１８Ｍｂ、１５Ｍｂ以下、例えば約１０Ｍｂ以下、約９Ｍｂ以下、約８Ｍｂ以下、約７Ｍｂ以下、約６Ｍｂ以下、約５Ｍｂ以下、約４Ｍｂ以下、約３．５または３Ｍｂ以下、約２Ｍｂ以下、約１Ｍｂ（１，０００，０００塩基以下に等しい）、または約０．９Ｍｂ（９００，０００塩基対に等しい）以下、例えば０．８Ｍｂ、０．７Ｍｂ、０．６Ｍｂ、０．５Ｍｂ以下などである。一側面では、遺伝子移入断片は、それぞれのＱＴＬを保持する１つまたは複数のＳＮＰマーカーまたはそのサブ領域を含んでなる本明細書の他の箇所（例えば表１および６を参照）で示される物理的領域を含んでなる。
【００６３】
「ＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座」または「ＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ」とは、ＣＧＭＭＶ耐性を付与する遺伝子および遺伝子の対立遺伝子が位置する染色体上の領域を意味する。したがって、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入耐性について言及する場合、ＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座は遺伝子移入されている、すなわち遺伝子移入断片上に存在することが理解される。ＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座（locus）／遺伝子座（loci）は、本明細書ではＱＴＬ（定量的形質遺伝子座（locus）／遺伝子座（loci））とも呼ばれる。
【００６４】
「育種」という用語は、本明細書では、育種家に知られている交配、戻し交配、自家受粉、選抜、二重半数体産生、胚培養（embryo rescue）、プロトプラスト融合、マーカー支援選抜、突然変異育種、胚培養（embryo rescue）など（すなわち、遺伝子改変／形質転換／トランスジェニック法以外の方法）を包含し、それによって、例えば、組換え１番、４番、５番、７番、または９番染色体を、得る、同定する、作製する、および／または移すことができる。組換え染色体は、ドナーからの遺伝子移入断片を含んでなるレシピエント染色体である。したがって、「組換え１番、または４番、または５番、または７番、または９番染色体」は、本明細書では、ＣＧＭＭＶ耐性ドナーからのＱＴＬ１．１（１番染色体）、ＱＴＬ４．１（４番染色体）、ＱＴＬ５．２（５番染色体）、ＱＴＬ７．１（７番染色体）、またはＱＴＬ９．１（９番染色体）を含んでなる遺伝子移入断片を含んでなることを意味する。
【００６５】
「マーカー支援選択(Marker assisted selection)」または「ＭＡＳ」は、特異的な遺伝子座または特定の染色体領域に遺伝的および物理的に連鎖する分子マーカー（ＳＮＰマーカーなど）の存在を使用して、特異的な遺伝子座または領域の存在について植物を選択する方法である。例えば、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、またはＱＴＬ９．１に遺伝的および物理的に連鎖する分子マーカー（表１および表６のＳＮＰマーカーなど）を使用して、ＱＴＬを含んでなるスイカ植物または植物部分を検出および／または選択することができる。分子マーカーと遺伝子座の連鎖が密接であるほど、マーカーが減数分裂組換えを通して遺伝子座から解離する可能性は低くなる。同様に、２つのマーカーが互いに連鎖しているほど、２つのマーカーが互いに分離されることになる可能性は低くなる（かつユニットとして同時分離されることになる可能性が高くなる）。「遺伝子型決定」という用語は、特に１つまたは複数のＳＮＰマーカーなどの１つまたは複数のヌクレオチドについて、植物または植物細胞または植物部分の遺伝子型を決定する方法を指す。ＳＮＰマーカーの遺伝子型は、二倍体植物または植物細胞の２つのヌクレオチド、三倍体の３つのヌクレオチド、および四倍体植物または細胞の４つのヌクレオチドからなる。
【００６６】
「植物品種」は、知られている最も低いグレードの同じ植物分類群内の植物の群であり、（植物育成者権の承認の条件を満たすかどうかにかかわらず、）ある特定の遺伝子型または遺伝子型の組合せから生じる特徴の発現に基づいて定義することができ、それらの特徴の少なくとも１つの発現によって、他の植物群と区別することができ、何も変えずにそのまま繁殖できるので、エンティティ(entity)とみなすことができる。したがって、「植物品種」という用語は、たとえそれらが同じ種類のものであっても、それらがすべて、１つまたは２つの遺伝子座または遺伝子（またはこれらの特異的な遺伝子座または遺伝子に起因する表現型の特徴）の存在によって特徴づけられるが、それ以外の点では他の遺伝子座または遺伝子に関して互いに著しく異なる可能性がある場合、植物の群を示すのに使用することはできない。
【００６７】
「Ｆ１、Ｆ２、Ｆ３、など」は、２つの親植物または親系統の間で交配した後の連続した関連する世代をいう。２つの植物または系統を交配して生産した種子から育った植物はＦ１世代とよばれる。Ｆ１植物を自家受粉するとＦ２世代が生じる。
【００６８】
「Ｆ１雑種」植物（またはＦ１雑種種子）は、２つの近交系親系統の交配から得られる世代である。したがって、Ｆ１雑種種子は、それからＦ１雑種植物が育つ種子である。Ｆ１雑種は、雑種強勢により、より良く育ち高収量である。近交系は、ゲノムのほとんどの遺伝子座で本質的にホモ接合である。
【００６９】
「植物系統」または「育種系統」とは植物およびその子孫を指す。本明細書で使用される場合、「近交系」という用語は、繰り返し自家受粉され、ほぼホモ接合である植物系統を指す。したがって、「近交系」または「親系統」とは、数世代（例えば少なくとも５、６、７世代以降）の近親交配を経て、高い均一性をもつ植物系統をもたらす植物を指す。
【００７０】
表現型レベルでは、ＣＧＭＭＶ耐性が遺伝子移入されたスイカ属作物植物細胞またはスイカ属作物植物は、それらがＣＧＭＭＶに対する耐性感染を示す、すなわち本明細書に記載のように、遺伝子移入断片を含んでなる植物がＣＧＭＭＶ耐性であるという点で、対応するスイカ属植物細胞または対応するスイカ属植物と区別することができる。遺伝子レベルでは、ＣＧＭＭＶ耐性が遺伝子移入されたスイカ属作物植物細胞またはスイカ属作物植物は、それらのゲノムが、別の植物に由来する１または複数のＣＧＭＭＶ耐性付与染色体断片を含んでなるという点で、対応するスイカ属植物細胞または対応するスイカ属植物と区別することができる。相互に比較される植物細胞または植物に関連する「対応する」という用語は、相互に比較される植物細胞または植物が、類似または同一の表現型の出現または遺伝子型を有し、それとは別に、ＣＧＭＭＶ耐性が遺伝子移入された植物細胞または植物は、ＣＧＭＭＶ耐性であり、かつ／またはＣＧＭＭＶ耐性を付与するゲノム中の１つまたは複数の染色体断片を含んでなることを意味する。染色体断片（遺伝子移入断片）は、本明細書に記載の耐性遺伝子座またはＱＴＬを含んでなる。本明細書に開示される植物は、例えばキトルルス・ラナツス亜種ウルガリスゲノムを有するが、キトルルス・コロキンシス由来、例えばＮＣＩＭＢ４２６２４由来の１つまたは複数の染色体断片をそれらのゲノムに遺伝子移入されて、それにより、遺伝子移入染色体断片（fragment）または複数の断片（fragments）は、ＣＧＭＭＶに対する耐性を付与する。遺伝子移入断片はドナー由来であり、残りのゲノムはレシピエント由来である。
【００７１】
「染色体断片」または「遺伝子移入断片」または「遺伝子移入された断片」は、本明細書では、ゲノム中に存在するまたは存在しない場合に植物の機能を付与し、かつ／または表現型を決定するゲノム中の連続したＤＮＡ配列からなる任意の断片を意味する。本発明に関して、本発明による植物細胞または植物中に遺伝子移入され、したがって本発明による植物細胞または植物のゲノム中に存在する染色体断片は、ＣＧＭＭＶ耐性の表現型を付与する（任意選択で、その表現型はその断片がホモ接合型である場合にのみ表現される）。したがって、一側面では、染色体断片を欠く植物、例えばそのゲノム中にＣ．コロキンシス断片を欠く栽培スイカ植物はＣＧＭＭＶ感受性であることになり、一方で、１つまたは複数の染色体断片を含んでなる植物はＣＧＭＭＶ耐性であることになる。
【００７２】
染色体断片は、特定の分子マーカー（ＲＦＬＰ、ＡＦＬＰ、ＲＡＤＰ、ＳＮＰなど）によって、染色体の物理的領域によって、存在または不在の遺伝子またはその特定の対立遺伝子によって、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡの特定の配列、存在または不在のＤＮＡによってコードされるタンパク質の配列などによって記載または画定することができる。一側面では、染色体断片は、本明細書では、ＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬに連鎖する一塩基多型マーカー（ＳＮＰマーカー）によって記載または画定され、それにより、Ｃ．コロキンシスドナーの単一ヌクレオチドは、ＳＮＰマーカー位置でレシピエントの単一ヌクレオチドとは異なるヌクレオチドを有する。したがって、ＱＴＬを含んでなる染色体断片は、物理的領域によって、かつ／または遺伝子移入断片がその間に位置するＳＮＰマーカーを含んでなるＳＮＰマーカーおよび配列によって、かつ／または遺伝子移入断片上に存在する（かつ遺伝子移入断片を欠く感受性のあるレシピエントには存在しない）ＳＮＰマーカーヌクレオチド（ドナーＳＮＰヌクレオチド）によって画定することができる。
【００７３】
本発明の状況において「ＳＮＰ（＝一塩基多型）」は、ゲノムの特定の位置で生じる単一ヌクレオチドの多様性（variation）として理解されるべきである。ＳＮＰとは、２つの植物間のゲノムの所与の位置の単一ヌクレオチドの多様性（variation）である。ＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座を有するドナー植物（例えばＣ．コロキンシス植物）が、レシピエント植物（例えばＣＧＭＭＶに感受性のある栽培スイカ）の同じ位置の対応するヌクレオチドとは異なるヌクレオチドを特定の単一位置の対応する配列に示す場合、その位置はドナー植物とレシピエント植物の間のＳＮＰを画定する。ドナー植物が特定の位置に４つの可能なヌクレオチドのうちの１つ（Ａ、Ｃ、Ｔ、またはＧ）をもつ場合、レシピエント植物が残りの３つの可能なヌクレオチドのいずれかを同じ対応する配列位置にもつときにＳＮＰが生じる。したがって、ドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカでは、ＳＮＰの単一ヌクレオチドがドナー由来（ドナーＳＮＰヌクレオチド）であるか、栽培スイカ由来（レシピエントＳＮＰヌクレオチドまたは感受性ＳＮＰヌクレオチド）であるかを容易に決定することができる。栽培スイカ染色体は、例えばｃｕｃｕｒｂｉｔｇｅｎｏｍｉｃｓ．ｏｒｇに見られるものであり、ドナーＳＮＰを含んでなる配列のいずれか（すなわち配列番号１〜配列番号２４のいずれか）を用いて「スイカ（チャールストングレイゲノム」に対するＢＬＡＳＴ分析を実施することによって、栽培スイカのゲノムでのＳＮＰの染色体上の位置が示される。
【００７４】
したがって、更なる実施態様では、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入された耐性を含んでなる本発明による非遺伝子組換えシトルラス植物細胞または植物は、それらのゲノムに組み込まれた別の植物細胞または植物からの染色体断片を含んでなり、前記（said）染色体断片はＣＧＭＭＶ耐性を付与する。したがって、ＣＧＭＭＶに対する遺伝子移入された耐性を含む本発明による植物細胞および本発明による植物のゲノムは、特定のＣＧＭＭＶ抵抗性遺伝子座またはＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座を含んでなるゲノム領域において、対応する非ＣＧＭＭＶ耐性植物細胞または対応する非ＣＧＭＭＶ耐性植物とは異なる。
【００７５】
ＣＧＭＭＶ耐性植物細胞または植物が、特定のＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座またはその遺伝子座を含んでなる領域において、対応する非ＣＧＭＭＶ耐性植物細胞または植物と異なるかどうかは、当業者によって、表現型アッセイ、全ゲノム配列決定、分子マーカー分析、形質マッピング、染色体ペインティング、対立遺伝子試験や、技術の組み合わせなどの当該技術分野で公知の１つまたは複数の技術を用いて判定することができる。後述されるように、同様に、表１および表６に記載のＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーを使用することができる。
【００７６】
ＣＧＭＭＶに耐性があるスイカ属植物は、当業者に通常公知のさまざまな方法によって生産することができる。可能性のある例は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子またはその耐性子孫の使用である。これらの寄託種子の特有の利点は、種子から育った植物がＣＧＭＭＶに耐性があり、植物がＱＴＬとＳＮＰマーカーに対してホモ接合であることである。したがって、ＣＧＭＭＶに対する耐性を付与する染色体断片は、例えばＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物の花粉を、他のスイカ属作物植物、特にキトルルス・ラナツス植物、とりわけキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス（栽培スイカ）植物のような他のスイカ属植物に受精させるのに使用することによって、他のスイカ属植物に導入または遺伝子移入することができる。７番染色体（ＱＴＬ７．１）および９番染色体（ＱＴＬ９．１）上のＣＧＭＭＶ耐性付与染色体断片は、少なくとも二倍体の倍数性を有する植物において優性である。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物、例えば受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託した種子（またはその耐性子孫）から育った植物を別のスイカ属植物と交配した後、ＣＧＭＭＶ耐性は既にＦ１世代で得られている。次いで、ドナーゲノムのＣＧＭＭＶ耐性遺伝子移入断片を保持しながら、ドナーゲノムを減少させるために、植物を感受性の親（レシピエント）に戻し交配することができる。
【００７７】
他のＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス系統もまた、そのような系統のＣＧＭＶＶ耐性を試験することによって、好ましくは受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子（またはその耐性子孫）から育った植物および感受性対照、例えば品種シュガーベイビーと比較して同定することができる。例えば、実施例に記載のような機械的葉接種および／またはＳＮＰマーカー分析（遺伝子型決定）および／またはＲＴ−ｑＰＣＲを用いて、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子（またはその耐性子孫）から育った植物と同じレベルの耐性および／または同じレベルもしくは非常に類似するレベルのウイルスＲＮＡを有するキトルルス・コロキンシス系統を同定することができる。また、ＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス系統は、表１および表６のＳＮＰマーカーの１つまたは複数に対するＳＮＰマーカー遺伝子型を分析することによっても同定することができる。したがって、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、および／またはＳＮＰ１８の１つまたは複数またはすべてについて、Ｃ．コロキンシスドナーＮＣＩＭＢ４２６２４（すなわちドナーヌクレオチド）と同じヌクレオチドを含んでなるキトルルス・コロキンシス系統は、そのゲノム中にＱＴＬ７．１を含む可能性が最も高いことになる。同様に、したがって、ＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３および／またはＳＮＰ２４の１つまたは複数またはすべてについて、Ｃ．コロキンシスドナーＮＣＩＭＢ４２６２４と同じヌクレオチドを含んでなるキトルルス・コロキンシス系統は、そのゲノム中にＱＴＬ９．１を含む可能性が最も高いことになる。ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２、ならびにこれらのＱＴＬに連鎖するそれぞれのＳＮＰマーカーについても同じことが当てはまる（例えば表１および表６を参照）。
【００７８】
一側面では、本発明によるスイカ属植物細胞またはスイカ属植物は、偶数の倍数性（２ｎ、４ｎ、６ｎ、８ｎなど）をもつ植物および奇数の倍数性（３ｎ、５ｎなど）をもつ植物を含む、任意の倍数性の程度を有するスイカ属植物を含んでなる。ＱＴＬ７．１およびＱＴＬ９．１によって付与される耐性が優性であるので、植物細胞と植物は、遺伝子移入断片が偶数の倍数体でヘテロ接合状態（２ｎで１コピー、４ｎで２コピー、８ｎで４コピーなど）である場合でもＣＧＭＭＶ耐性である。
【００７９】
倍数体化は植物に広くみられる。それは遺伝的多様性を増加させ、頑健性、サイズ、強い成長力、および耐病性の増加を示す種を生産する原因である。倍数体植物の明らかな利点は雑種強勢と遺伝子重複である。
【００８０】
今日栽培されている広大なエーカーやプランテーション作物の多くは、１つまたは複数のゲノム重複を経ている。例は、綿、ジャガイモ、パンコムギ、油糧種子、トウモロコシ、ダイズ、ヒマワリ、バナナ、リンゴ、コーヒーである（Renny-Byfield 7 Wendel, 2014, American J. Botany, 101(10), 1711-1725）。
【００８１】
特に野菜の育種では、さまざまな植物の倍数性が、コルヒチン、コルカミン、オリザリン、コルセミド、トリフルラリン、またはアミプロホスメチルを含む化学物質の使用によって誘導された。化学物質の使用によって生産された野菜のゲノム重複の例は、一倍体植物由来の二倍体芽キャベツ、四倍体エンドウ豆、四倍体スイカ、四倍体マスクメロン、四倍体タマネギ、八倍体ココヤム、四倍体ヘビウリ、三倍体および四倍体フルーティッドパンプキン（fluted pumpkins）、四倍体キュウリ、ならびに四倍体のインゲンマメ（french beans）である（Kazi, 2015, J. Global Biosciences 4(3), 1774-1779）。
【００８２】
本発明は、一側面では、任意の倍数性の程度を有する本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関し、倍数性の程度は、偶数であることも奇数であることもでき、好ましくは、倍数性の程度は、２ｎ、３ｎ、または４ｎである。
【００８３】
奇数の倍数性の程度に関して、本発明の好ましい実施態様は、三倍体（３ｎ）である本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関する。一側面では、植物細胞または植物は、Ｃ．ラナツス亜種ウルガリス種であり、三倍体であり、３つの相同染色体のうちの少なくとも１つ、または３つの染色体のうちの２つ、好ましくは３つの相同染色体のうちの３つすべてに遺伝子移入断片を含んでなる（すなわち、植物細胞または植物はＣＧＭＭＶ耐性を付与する遺伝子移入断片についてホモ接合である）。そのような三倍体植物、またはそのような三倍体植物が育つことができる種子は、例えばホモ接合型で遺伝子移入断片を含んでなる二倍体スイカと、例えばホモ接合型で遺伝子移入断片を含んでなる四倍体スイカ（４コピー、たとえばホモ二倍体の染色体倍加によって作られる）を交配することによって容易に生成することができる。生産された種子は三倍体の種子であり、それから三倍体のスイカ植物を育てることができる。そのような三倍体種子および三倍体植物はＣＧＭＭＶに対して耐性があり、本発明の一側面である。
【００８４】
一側面では、三倍体植物は、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を、好ましくはホモ接合型で（すなわち３コピー）含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または細胞である。任意選択で、栽培スイカ植物、植物部分、または細胞は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２から選択されるＱＴＬを、ホモ接合型で（３コピー）さらに含んでなる。したがって、各ＱＴＬの遺伝子移入断片は、三倍体植物細胞または植物中で３コピー（３つの組換え染色体、例えば３つの組換え７番および／または９番染色体を含んでなる）で存在し、ＱＴＬに連鎖する１つまたは複数のＳＮＰマーカーは、３コピー存在し、ドナーヌクレオチドを３コピー含んでなる。
【００８５】
一側面では、三倍体植物は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１から選択されるＱＴＬの１つまたは複数またはすべてを、ホモ接合型で（すなわち３コピー）含んでなる栽培スイカ植物である。その場合、各ＱＴＬに連鎖する１つまたは複数のＳＮＰマーカーのドナーヌクレオチドは、三倍体植物もしくは植物細胞中に３コピー存在することが好ましい。
【００８６】
偶数の倍数性の程度に関して、本発明の好ましい実施態様は、二倍体（２ｎ）または四倍体（４ｎ）である本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物に関する。一側面では、植物細胞または植物は、Ｃ．ラナツス亜種ウルガリス種のものであり、二倍体であり、ヘテロ接合型またはホモ接合型で遺伝子移入断片を含んでなり、別の側面では、植物細胞または植物は、Ｃ．ラナツス亜種ウルガリス種のものであり、四倍体であり、ヘテロ接合（２コピー）またはホモ接合（４コピー）型で遺伝子移入断片を含んでなる。
【００８７】
このような二倍体および四倍体の種子、ならびに二倍体および四倍体の植物は、ＣＧＭＭＶに対して耐性があり、本発明の一側面である。これらは三倍体ＣＧＭＭＶ耐性種子と植物を生産するための親として使用することができる。
【００８８】
したがって、一側面では、二倍体植物は、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を、ホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培スイカ植物である。任意選択で、栽培スイカ植物、植物部分、または細胞は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２から選択されるＱＴＬを、ホモ接合型で（２コピー）さらに含んでなる。したがって、ＱＴＬがホモ接合型、例えば近交系である場合、各ＱＴＬの遺伝子移入断片は、二倍体植物細胞または植物中に２コピー（２つの組換え染色体、例えば２つの組換え７番および／または９番染色体を含んでなる）で存在し、ＱＴＬに連鎖する１つまたは複数のＳＮＰマーカーは、２コピー存在し、ドナーヌクレオチドを２コピー含んでなる。
【００８９】
別の側面では、二倍体植物は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１から選択されるＱＴＬの１つまたは複数またはすべてを、ホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培スイカ植物である。
【００９０】
１つの更なる側面では、四倍体植物は、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を、ホモ接合型で（４コピーのＱＴＬ７．１および／もしくはＱＴＬ９．１）またはヘテロ接合型で（２コピーのＱＴＬ７．１および／もしくはＱＴＬ９．１）含んでなる栽培スイカ植物である。任意選択で、栽培スイカ植物、植物部分、または細胞は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２から選択されるＱＴＬを、ヘテロ接合型またはホモ接合型で（それぞれ２コピーまたは４コピー）をさらに含んでなる。
【００９１】
別の側面では、四倍体植物は、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１から選択されるＱＴＬの１つまたは複数またはすべてを、ホモ接合型またはヘテロ接合型で含んでなる栽培スイカ植物である。
【００９２】
本発明の状況において「偶数の倍数性の程度」とは、細胞または生物中に存在する相同染色体セットの数を２で割ったときに結果が整数となることを意味する。したがって、細胞や生物は二倍体（２ｎ）、四倍体（４ｎ）、六倍体（６ｎ）、八倍体（８ｎ）などである。
【００９３】
本発明の状況において「奇数の倍数性の程度」とは、細胞または生物中に存在する相同染色体セットの数を２で割ったときに結果が整数にならないことを意味する。したがって、細胞や生物は一倍体（１ｎ）、三倍体（３ｎ）などである。
【００９４】
本発明の状況において「二倍体植物細胞または植物」とは、本明細書で２ｎとして示される対応する染色体の２つのセットを有する植物、栄養植物部分、果実、種子、または植物細胞を意味する。
【００９５】
本発明の状況において「四倍体植物細胞または植物」とは、本明細書で４ｎとして示される対応する染色体の４つのセットを有する植物、栄養植物部分、果実、種子、または植物細胞を意味する。
【００９６】
本発明の状況において「三倍体植物細胞または植物」とは、本明細書で３ｎとして示される対応する染色体の３つのセットを有する植物、栄養植物部分、果実、種子、または植物細胞を意味する。
【００９７】
植物の有性生殖細胞（花粉と胚珠）は、前記（said）植物の残りの細胞のセットの半分である染色体のセットを含んでなることが当技術分野で一般的に理解されている。植物の花粉と胚珠は植物全体に再生することができる。したがって、偶数の倍数性の程度をもつ植物の場合、花粉や胚珠の再生時に倍数性の程度を半分にすることが一般的に可能である。偶数の倍数性の程度（例えば、２ｎ、４ｎ、６ｎ、８ｎなど）を有する本発明の植物から、二等分された染色体のセット（例えば、それぞれ１ｎ、２ｎ、３ｎ、４ｎなど）を有する植物を、花粉または胚珠再生によって生産することができる。
【００９８】
本発明の二倍体（２ｎ）植物は、例えば、ＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる花粉または胚珠細胞から再生することができ、その花粉または胚珠細胞はＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる四倍体植物から得られる。好ましくは、その花粉または胚珠細胞は、ホモ接合状態でＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる四倍体植物から得られる。派生した二倍体植物はその後、更なる育種およびＣＧＭＭＶ耐性を有する植物の作出に使用することができる。
【００９９】
本発明の一側面では、植物は栽培されたスイカであり、それは二倍体（２ｎ）、四倍体（４ｎ）、または三倍体（３ｎ）であり、記載のようにＣＧＭＭＶ耐性付与遺伝子移入断片を含んでなる相同染色体の少なくとも１つの染色体を含んでなる。一側面では、相同染色体の少なくとも２つ、３つ、または４つすべてさえ、遺伝子移入断片を含んでなる。
【０１００】
三倍体（３ｎ）植物、とりわけ三倍体栽培スイカ植物は、二倍体（２ｎ）植物を四倍体（４ｎ）植物と交配することによって生産することができる。前記（said）交配から生じる雑種植物種子は三倍体（３ｎ）であることになる。
【０１０１】
互いに交配した二倍体（２ｎ）および四倍体（４ｎ）植物の少なくとも１つはＣＧＭＭＶに耐性がある。好ましくは、互いに交配した本発明による二倍体（２ｎ）および四倍体（４ｎ）植物はともに、ＣＧＭＭＶに耐性がある。一側面では、二倍体植物と四倍体植物の両方、とりわけ栽培スイカ植物は、遺伝子移入断片についてホモ接合であり（すなわち、二倍体は２コピー、四倍体は４コピーの遺伝子移入断片を含んでなり）、得られる三倍体は３コピーの遺伝子移入断片を含んでなる。
【０１０２】
倍数性の程度が奇数の植物、例えば三倍体（３ｎ）の植物は、減数分裂の間に染色体が娘細胞に均等に分けることができないので、一般に雌性不稔および雄性不稔である。したがって、奇数の倍数性の程度を有する種子、例えば三倍体植物は、種なし果実を生産するために栽培することができる。
【０１０３】
一側面では、二倍体植物は、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来、例えばＮＣＩＭＢ４２６２４由来またはそのＣＧＭＭＶ耐性子孫由来の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物であり、その断片はＣＧＭＭＶ耐性を栽培スイカ植物に付与する。ＮＣＩＭＢ４２６２４には５つのＱＴＬがあるので、二倍体植物は、一側面では、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１から選択されるＱＴＬの１つまたは複数またはすべてを含んでなる栽培スイカ植物である。
【０１０４】
前述のように、このような栽培スイカ植物は、ドナー（例えばＮＣＩＭＢ４２６２４またはそのＣＧＭＭＶ耐性子孫）由来のＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座の戻し交配（１回または複数回の戻し交配）によって、栽培スイカの有望系統または品種に生産することができる。戻し交配された植物を１回または複数回自家受粉させることによって、遺伝子移入断片はホモ接合となり、植物は、ドナー、例えばＮＣＩＭＢ４２６２４に見出される、またはそれから入手可能であるＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座を含んでなることになる。
【０１０５】
このような二倍体の染色体を倍化にすると、遺伝子移入断片についてホモ接合である四倍体がもたらされ、植物は、ドナー、例えばドナー、ＮＣＩＭＢ４２６２４に見出される、またはそれから入手可能なＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座を含んでなることになる。ホモ接合二倍体とホモ接合四倍体のその後の交配は、ドナー、例えばＮＣＩＭＢ４２６２４に見出される、またはそれから入手可能な３コピーのＣＧＭＭＶ耐性遺伝子座を含んでなる三倍体の生産を可能にする。
【０１０６】
このようにして、５つのＱＴＬのうち１つだけを含んでなる二倍体スイカ植物を作ることができるが、ＱＴＬの異なる組み合わせを含んでなる植物も作ることができる。同様に、ＱＴＬの１つのみ、またはＱＴＬの異なる組み合わせを含んでなる四倍体および三倍体を作ることができる。
【０１０７】
優性ＱＴＬ、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１の少なくとも１つを含んでなる栽培スイカ植物は、本明細書の特定の実施態様である。任意選択で、これらの植物は、ゲノムに、劣性ＱＴＬ、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、および／またはＱＴＬ５．２の１つまたは複数を、好ましくはホモ接合型で含んでなることができる。
【０１０８】
本明細書で提供されるＳＮＰは、さまざまな目的に使用することができる。それらはＱＴＬ含有領域を画定するため、もしくはＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を（例えばドナー材料中もしくは例えば診断アッセイの培養材料中で）検出するために使用することができる、またはそれらはドナーからレシピエント植物へ、もしくはある育種系統もしくは品種から別のものへＱＴＬを移すためのマーカー支援育種法のために使用することができる。
【０１０９】
ＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーは上記の表１に示され、スイカゲノム中の、すなわち栽培スイカのそれぞれの染色体上のそれらの位置も示されている。また、耐性ドナーのＳＮＰ遺伝子型が示され、それによってドナーはＳＮＰおよび配列についてホモ接合である（例えば、ＳＮＰ１についてのドナーＳＮＰまたはドナー配列は配列番号１の５１番目のヌクレオチドにおける「シトシン」（「Ｃ」）である。したがって、二倍体ドナーの遺伝子型は、２コピーの配列番号１および２コピーのＳＮＰ１のドナーヌクレオチドを含んでなる（「シトシン／シトシン」）である。
【０１１０】
他のＣ．コロキンシスドナーにＱＴＬのバリアントがある可能性があるため、ドナーＳＮＰは、わずかに変化するヌクレオチド配列中に存在してもよく、例えば、配列のペアワイズアラインメントを行ったときに同等の位置にあるドナーＳＮＰヌクレオチド（ＳＮＰ１の場合、これはシトシンである）を有する一方で、配列番号１の例えば１つ、２つ、または３つのヌクレオチドは、配列番号１のものと異なっていてもよい。
【０１１１】
したがって、「ＳＮＰ１」または「ＳＮＰ１マーカー」は、本明細書において、配列番号１または配列番号１と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１または配列番号１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号１は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号１の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１それ自体、または配列番号１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなることができる、または「配列番号１」もしくは「配列番号１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１（または配列番号１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１（または配列番号１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１１２】
「配列同一性」および「配列類似性」は、グローバルアライメントアルゴリズムまたはローカルアライメントアルゴリズムを用いて、２つのペプチドまたは２つのヌクレオチド配列をアライメントすることによって決定することができる。次いで、配列が、例えば、ＧＡＰプログラムまたはＢＥＳＴＦＩＴプログラムまたはＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」（デフォルトパラメーターを使用、以下を参照）が、下記でさらに定義される配列同一性の少なくともある最小パーセンテージを共有することによって最適にアライメントされる場合、配列は「実質的に同一である」と呼ぶことができる。これらのプログラムは、ＮｅｅｄｌｅｍａｎとＷｕｎｓｃｈのグローバルアライメントアルゴリズムを用いて、２つの配列を全長にわたってアライメントし、マッチの数を最大化し、ギャップの数を最小にする。一般に、ギャップ生成ペナルティ＝１０、ギャップ拡張ペナルティ＝０．５（ヌクレオチドおよびタンパク質のアラインメントの両方）のデフォルトパラメーターが用いられる。ヌクレオチドについては、使用されるデフォルトスコアリング行列はＤＮＡＦＵＬＬであり、タンパク質については、デフォルトスコアリング行列はＢｌｏｓｕｍ６２（Henikoff & Henikoff, l 992, PNAS 89, 1 09 1 5-1 09 1 9）である。例えば、配列アラインメントおよびパーセンテージ配列同一性のスコアは、ebi.ac.uk/Tools/psa/ emboss_needle/にてワールド・ワイド・ウェブ上で利用可能なＥＭＢＯＳＳなどのコンピュータプログラムを用いて決定することができる。代替的に、配列類似性または同一性は、ＦＡＳＴＡ、ＢＬＡＳＴなどのデータベースを検索することによって決定することができるが、ヒットを取り出して、ペアワイズにアラインメントして配列同一性を比較することが好ましい。２つのタンパク質、２つのタンパク質ドメイン、または２つの核酸配列は、（核酸の場合はＤＮＡＦＵＬＬ行列を、タンパク質の場合はＢｌｏｓｕｍ６２を使用してデフォルトパラメーター、つまりギャップ生成ペナルティ＝１０、ギャップ拡張ペナルティ＝０．５を用い、Ｅｍｂｏｓｓ「ニードル（needle）」で決定して、）パーセンテージ配列同一性が少なくとも９５％、９８％、または９９％である場合、「実質的な配列同一性」を有する。参照配列「に対して実質的な配列同一性」を有する、または、参照配列に対して少なくとも８０％の配列同一性、例えば、少なくとも９５％、９８％、もしくは９９％の核酸配列同一性を有する核酸配列（例えばＤＮＡまたはゲノムＤＮＡ）に関して、一実施態様では、前記（said）ヌクレオチド配列は、所与のヌクレオチド配列と実質的に同一であるとみなされ、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を用いて同定することができる。
【０１１３】
所与のヌクレオチド配列と実質的に同一であるヌクレオチド配列を同定するために、「ストリンジェントハイブリダイゼーション条件」を用いることができる。ストリンジェントな条件は配列に依存し、状況が異なれば異なることになる。一般に、ストリンジェントな条件は、規定のイオン強度およびｐＨでの特定の配列について、熱的（thermal）融点（Ｔｍ）よりも約５℃低いように選択される。Ｔｍは、標的配列の５０％が完全にマッチするプローブと（規定のイオン強度とｐＨで）ハイブリダイズする温度である。典型的には、塩濃度がｐＨ７で約０．０２モルであり、温度が少なくとも６０℃であるストリンジェントな条件が選ばれることになる。塩濃度の下げることおよび／または温度の上げることは、ストリンジェンシーを上げる。例えば、ＲＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション用のストリンジェントな条件（例えば１００ｎｔのプローブを用いるノーザンブロット）は、６３℃で２０分間の０．２×ＳＳＣ中での少なくとも１回の洗浄を含むものまたは同等の条件である。例えば、ＤＮＡ−ＤＮＡハイブリダイゼーション用のストリンジェントな条件（例えば１００ｎｔのプローブを用いるサザンブロット）は、少なくとも５０℃、通常約５５℃の温度で２０分間の０．２×ＳＳＣ中の少なくとも１回（通常２回）の洗浄を含むものまたは同等の条件である。Sambrook et al.(1989)および Sambrook and Russell(2001)も参照されたい。
【０１１４】
したがって、「ＳＮＰ２」または「ＳＮＰ２マーカー」は、本明細書において、配列番号２または配列番号２と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ２のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号２または配列番号２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号２は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号２の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号２それ自体、または配列番号２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ２についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号２」もしくは「配列番号２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ２ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号２（または配列番号２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ２ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号２（または配列番号２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号２の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ２）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ２についてはアデニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１１５】
したがって、「ＳＮＰ３」または「ＳＮＰ３マーカー」は、本明細書において、配列番号３または配列番号３と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ３のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号３、配列番号３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号３は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号３の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号３それ自体、または配列番号３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ３についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなることができる、または「配列番号３」もしくは「配列番号３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ３ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号３（または配列番号３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ３ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号３（または配列番号３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号３の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ３）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ３についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１１６】
したがって、「ＳＮＰ４」または「ＳＮＰ４マーカー」は、本明細書において、配列番号４または配列番号４と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ４のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号４、配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号４は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号４の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号４それ自体、または配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ４についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなることができる、または「配列番号４」もしくは「配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ４ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号４（または配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ４ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号４（または配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号４の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ４）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ４についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１１７】
したがって、「ＳＮＰ５」または「ＳＮＰ５マーカー」は、本明細書において、配列番号５または配列番号５と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ５のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号５または配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号５は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号５の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号５それ自体、または配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ５についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号５」もしくは「配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ５ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号５（または配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ５ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号５（または配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号５の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ５）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ５についてはアデニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１１８】
したがって、「ＳＮＰ６」または「ＳＮＰ６マーカー」は、本明細書において、配列番号６または配列番号６と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ６のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号６または配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン（「Ｔ」）に言及する場合、配列番号６は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちチミン）を含んでなるので、（配列番号６の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号６それ自体、または配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ６についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのチミン）を含んでなることができる、または「配列番号６」もしくは「配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ６ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号６（または配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＴＴ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ６ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号６（または配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号６の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ６）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはグアニンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ６についてはシトシンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１１９】
配列番号１（ＳＮＰ１を含んでなる）、配列番号２（ＳＮＰ２を含んでなる）、配列番号３（ＳＮＰ３を含んでなる）、配列番号４（ＳＮＰ４を含んでなる）、配列番号５（ＳＮＰ５を含んでなる）、および配列番号６（ＳＮＰ６を含んでなる）は、ドナーの１番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ１．１に物理的に連鎖する。マーカーＳＮＰ５が最も密接に連鎖する。したがって、Ｃ．コロキンシス由来のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６の群のＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチド（およびドナーヌクレオチドを含んでなる配列またはそれに対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、ドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなり、より好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、ＳＮＰ６の群から選択されるＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなり、より好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ４および／もしくはＳＮＰ５についての、またはＳＮＰ５および／もしくはＳＮＰ６についてのドナーヌクレオチドを含んでなり、さらにより好ましくは、その遺伝子移入断片は、少なくとも、ＳＮＰ５についての耐性ドナーヌクレオチド（したがって配列番号５または配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなる。そのような遺伝子移入断片を好ましくはホモ接合型で含んでなる栽培スイカ植物、植物細胞、および植物部分は、本発明の一側面である。
【０１２０】
したがって、「ＳＮＰ７」または「ＳＮＰ７マーカー」は、本明細書において、配列番号７または配列番号７と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ７のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号７または配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン（「Ｔ」）に言及する場合、配列番号７は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちチミン）を含んでなるので、（配列番号７の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号７それ自体、または配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ７についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのチミン）を含んでなることができる、または「配列番号７」もしくは「配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ７ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号７（または配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＴＴ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ７ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号７（または配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号７の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ７）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはグアニンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ７についてはアデニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２１】
したがって、「ＳＮＰ８」または「ＳＮＰ８マーカー」は、本明細書において、配列番号８または配列番号８と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ８のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号８、配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号８は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号８の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号８それ自体、または配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ８についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなる、または「配列番号８」もしくは「配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ８ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号８（または配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ８ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号８（または配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号８の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ８）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ８についてはアデニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２２】
したがって、「ＳＮＰ９」または「ＳＮＰ９マーカー」は、本明細書において、配列番号９または配列番号９と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ９のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号９、配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドアデニン（「Ａ」）に言及する場合、配列番号９は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちアデニン）を含んでなるので、（配列番号９の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号９それ自体、または配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ９についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのアデニン）を含んでなることができる、または「配列番号９」もしくは「配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ９ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号９（または配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＡＡ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ９ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号９（または配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号９の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ９）に、他のヌクレオチド、すなわちシトシン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ９についてはグアニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２３】
配列番号７（ＳＮＰ７を含んでなる）、配列番号８（ＳＮＰ８を含んでなる）、および配列番号９（ＳＮＰ９を含んでなる）は、ドナーの４番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ４．１に物理的に連鎖する。マーカーＳＮＰ８が最も密接に連鎖する。したがって、Ｃ．コロキンシス由来のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる遺伝子移入断片は、一側面では、ＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９の群のＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチド（およびドナーヌクレオチドを含んでなる配列またはそれに対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、ドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなり、最も好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ７および／もしくはＳＮＰ８についての、またはＳＮＰ８および／もしくはＳＮＰ９についてのドナーヌクレオチドを含んでなり、さらに最も好ましくは、その遺伝子移入断片は、少なくとも、ＳＮＰ８についての耐性ドナーヌクレオチドを（したがって配列番号８または配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチドを含んでなる配列）含んでなる。そのような遺伝子移入断片を好ましくはホモ接合型で含んでなる栽培スイカ植物、植物細胞、および植物部分は、本発明の一側面である。
【０１２４】
したがって、「ＳＮＰ１０」または「ＳＮＰ１０マーカー」は、本明細書において、配列番号１０または配列番号１０と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１０のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１０または配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン（「Ｔ」）に言及する場合、配列番号１０は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちチミン）を含んでなるので、（配列番号１０の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１０それ自体、または配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１０についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのチミン）を含んでなることができる、または「配列番号１０」もしくは「配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１０ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１０（または配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＴＴ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１０ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１０（または配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１０の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１０）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはグアニンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１０についてはシトシンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２５】
したがって、「ＳＮＰ１１」または「ＳＮＰ１１マーカー」は、本明細書において、配列番号１１または配列番号１１と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１１のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１１、配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドアデニン（「Ａ」）に言及する場合、配列番号１１は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちアデニン）を含んでなるので、（配列番号１１の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１１それ自体、または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１１についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのアデニン）を含んでなることができる、または「配列番号１１」もしくは「配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１１ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１１（または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＡＡ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１１ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１１（または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１１の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１１）に、他のヌクレオチド、すなわちシトシン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１１についてはグアニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２６】
したがって、「ＳＮＰ１２」または「ＳＮＰ１２マーカー」は、本明細書において、配列番号１２または配列番号１２と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１２のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１２または配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン（「Ｔ」）に言及する場合、配列番号１２は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちチミン）を含んでなるので、（配列番号１２の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１２それ自体、または配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１２についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのチミン）を含んでなることができる、または「配列番号１２」もしくは「配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１２ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１２（または配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＴＴ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１２ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１２（または配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１２の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１２）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはグアニンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１２についてはシトシンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２７】
配列番号１０（ＳＮＰ１０を含んでなる）、配列番号１１（ＳＮＰ１１を含んでなる）、および配列番号１２（ＳＮＰ１２を含んでなる）は、ドナーの５番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ５．２に連鎖する。マーカーＳＮＰ１１が最も密接に連鎖する。したがって、Ｃ．コロキンシス由来のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる遺伝子移入断片は、一側面では、ＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２の群のＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチド（およびドナーヌクレオチドを含んでなる配列またはそれに対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、ドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなり、最も好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１０および／もしくはＳＮＰ１１についての、またはＳＮＰ１１および／もしくはＳＮＰ１２についてのドナーヌクレオチドを含んでなり、さらに最も好ましくは、その遺伝子移入断片は、少なくとも、ＳＮＰ１１についての耐性ドナーヌクレオチド（したがって配列番号１１または配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなる。そのような遺伝子移入断片を好ましくはホモ接合型で含んでなる栽培スイカ植物、植物細胞、および植物部分は、本発明の一側面である。
【０１２８】
したがって、「ＳＮＰ１３」または「ＳＮＰ１３マーカー」は、本明細書において、配列番号１３または配列番号１３と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１３のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１３、配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドアデニン（「Ａ」）に言及する場合、配列番号１３は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちアデニン）を含んでなるので、（配列番号１３の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１３それ自体、または配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１３についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのアデニン）を含んでなることができる、または「配列番号１３」もしくは「配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１３ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１３（または配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＡＡ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１３ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１３（または配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１３の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１３）に、他のヌクレオチド、すなわちシトシン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１３についてはグアニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１２９】
したがって、「ＳＮＰ１４」または「ＳＮＰ１４マーカー」は、本明細書において、配列番号１４または配列番号１４と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１４のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１４、配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドアデニン（「Ａ」）に言及する場合、配列番号１４は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちアデニン）を含んでなるので、（配列番号１４の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１４それ自体、または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１４についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのアデニン）を含んでなることができる、または「配列番号１４」もしくは「配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１４ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１４（または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＡＡ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１４ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１４（または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１４の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１４）に、他のヌクレオチド、すなわちシトシン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１４についてはグアニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３０】
したがって、「ＳＮＰ１５」または「ＳＮＰ１５マーカー」は、本明細書において、配列番号１５または配列番号１５と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１５のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１５または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号１５は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号１５の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１５それ自体、または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１５についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号１５」もしくは「配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１５ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１５（または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１５ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１５（または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１５の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１５）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１５についてはアデニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３１】
したがって、「ＳＮＰ１６」または「ＳＮＰ１６マーカー」は、本明細書において、配列番号１６または配列番号１６と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１６のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１６または配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号１６は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号１６の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１６それ自体、または配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１６についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号１６」もしくは「配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１６ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１６（または配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１６ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１６（または配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１６の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１６）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１６についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３２】
したがって、「ＳＮＰ１７」または「ＳＮＰ１７マーカー」は、本明細書において、配列番号１７または配列番号１７と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１７のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１７または配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン（「Ｔ」）に言及する場合、配列番号１７は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちチミン）を含んでなるので、（配列番号１７の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１７それ自体、または配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１７についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのチミン）を含んでなることができる、または「配列番号１７」もしくは「配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１７ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１７（または配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＴＴ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１７ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１７（または配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１７の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１７）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはグアニンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１７についてはシトシンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３３】
したがって、「ＳＮＰ１８」または「ＳＮＰ１８マーカー」は、本明細書において、配列番号１８または配列番号１８と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１８のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１８、配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドアデニン（「Ａ」）に言及する場合、配列番号１８は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちアデニン）を含んでなるので、（配列番号１８の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１８それ自体、または配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１８についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのアデニン）を含んでなることができる、または「配列番号１８」もしくは「配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１８ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１８（または配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＡＡ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１８ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１８（または配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１８の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１８）に、他のヌクレオチド、すなわちシトシン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１８についてはグアニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３４】
配列番号１３（ＳＮＰ１３を含んでなる）、配列番号１４（ＳＮＰ１４を含んでなる）、配列番号１５（ＳＮＰ１５を含んでなる）、配列番号１６（ＳＮＰ１６を含んでなる）、配列番号１７（ＳＮＰ１７を含んでなる）、および配列番号１８（ＳＮＰ１８を含んでなる）は、ドナーの７番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ７．１に物理的に連鎖する。マーカーＳＮＰ１４が最も密接に連鎖する。したがって、Ｃ．コロキンシス由来のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の群のＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチド（およびドナーヌクレオチドを含んでなる配列またはそれに対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、ドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなり、より好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５の群から選択されるＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなり、より好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１３および／もしくはＳＮＰ１４についての、またはＳＮＰ１４および／もしくはＳＮＰ１５についてのドナーヌクレオチドを含んでなり、さらにより好ましくは、その遺伝子移入断片は、少なくとも、ＳＮＰ１４についての耐性ドナーヌクレオチド（したがって配列番号１４または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなる。そのような遺伝子移入断片をヘテロ接合型またはホモ接合型で含んでなる栽培スイカ植物、植物細胞、および植物部分は、本発明の一側面である。
【０１３５】
さらに、「ＳＮＰ１９」または「ＳＮＰ１９マーカー」は、本明細書において、配列番号１９または配列番号１９と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ１９のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号１９、配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号１９は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号１９の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号１９それ自体、または配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ１９についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなることができる、または「配列番号１９」もしくは「配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ１９ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号１９（または配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ１９ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号１９（または配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号１９の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ１９）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ１９についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３６】
したがって、「ＳＮＰ２０」または「ＳＮＰ２０マーカー」は、本明細書において、配列番号２０または配列番号２０と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ２０のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号２０または配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号２０は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号２０の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号２０それ自体、または配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ２０についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号２０」もしくは「配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ２０ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号２０（または配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ２０ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号２０（または配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号２０の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ２０）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ２０についてはシトシンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３７】
したがって、「ＳＮＰ２１」または「ＳＮＰ２１マーカー」は、本明細書において、配列番号２１または配列番号２１と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ２１のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号２１または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号２１は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号２１の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号２１それ自体、または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ２１についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号２１」もしくは「配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ２１ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号２１（または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ２１ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号２１（または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号２１の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ２１）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ２１についてはアデニンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３８】
したがって、「ＳＮＰ２２」または「ＳＮＰ２２マーカー」は、本明細書において、配列番号２２または配列番号２２と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ２２のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号２２、配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号２２は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号２２の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号２２それ自体、または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ２２についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなることができる、または「配列番号２２」もしくは「配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ２２ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号２２（または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ２２ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号２２（または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号２２の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ２２）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ２２についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１３９】
したがって、「ＳＮＰ２３」または「ＳＮＰ２３マーカー」は、本明細書において、配列番号２３または配列番号２３と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ２３のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号２３、配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドシトシン（「Ｃ」）に言及する場合、配列番号２３は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちシトシン）を含んでなるので、（配列番号２３の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号２３それ自体、または配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ２３についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなることができる、または「配列番号２３」もしくは「配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ２３ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号２３（または配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＣＣ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ２３ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号２３（または配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号２３の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ２３）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、グアニン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ２３についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１４０】
したがって、「ＳＮＰ２４」または「ＳＮＰ２４マーカー」は、本明細書において、配列番号２４または配列番号２４と少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドを指す。本明細書におけるＳＮＰ２４のＣ．コロキンシスドナーヌクレオチド、すなわち配列番号２４または配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン（「Ｇ」）に言及する場合、配列番号２４は５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチド（すなわちグアニン）を含んでなるので、（配列番号２４の５１番目のヌクレオチドに言及することなく）配列番号２４それ自体、または配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなる配列を同様に指すことができる。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる植物または植物細胞は、ＳＮＰ２４についてのドナーヌクレオチド（すなわち５１番目のヌクレオチドのグアニン）を含んでなることができる、または「配列番号２４」もしくは「配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくはペアワイズにアラインメントした場合の同等の位置にドナーヌクレオチドを含んでなる配列」を含んでなることができる。ペアワイズにアラインメントした場合の等価の位置は、例えばヌクレオチド挿入または欠失によりわずかに異なる位置であってもよく、例えばヌクレオチド４９、５０、または５２、または５３であってもよい。配列同一性は、例えばＥｍｂｏｓｓプログラム「ニードル（Needle）」を使用して、ペアワイズアライメントによって決定されることが好ましい。遺伝子移入断片がＳＮＰ２４ついてのドナーヌクレオチドをホモ接合型で含んでなる場合、二倍体細胞は、２コピーの配列番号２４（または配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）、すなわち「ＧＧ」遺伝子型を含んでなる。三倍体植物または細胞は３コピーを含んでなり、四倍体植物または細胞は４コピーを含んでなることになる。同様に、遺伝子移入断片がＳＮＰ２４ついてのドナーヌクレオチドをヘテロ接合型で含んでなる（１対の相同染色体のうち１つの染色体だけが遺伝子移入を有する）場合、二倍体細胞は、１コピーの配列番号２４（または配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列）を含んでなる。遺伝子移入断片を欠くもう一方の染色体は、配列番号２４の５１番目のヌクレオチド（ＳＮＰ２４）に、他のヌクレオチド、すなわちアデニン、シトシン、またはチミンのいずれか、すなわち感受性反復親の配列を含んでなる。これは、どの反復親が使用されたかに依存する。一側面では、これは、表１に示されるように、ＳＮＰ２４についてはチミンであり、本明細書において戻し交配に使用された反復親であった。
【０１４１】
配列番号１９（ＳＮＰ１９を含んでなる）、配列番号２０（ＳＮＰ２０を含んでなる）、配列番号２１（ＳＮＰ２１を含んでなる）、配列番号２２（ＳＮＰ２２を含んでなる）、配列番号２３（ＳＮＰ２３を含んでなる）、および配列番号２４（ＳＮＰ２４を含んでなる）は、ドナーの９番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬ９．１に物理的に連鎖する。マーカーＳＮＰ２２が最も密接に連鎖する。したがって、Ｃ．コロキンシス由来のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の群のＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチド（ドナーヌクレオチドを含んでなる配列またはそれに対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、ドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなり、より好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３の群から選択されるＳＮＰマーカーの１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなり、より好ましくは、その遺伝子移入断片は、ＳＮＰ２１および／もしくはＳＮＰ２２についての、またはＳＮＰ２２および／もしくはＳＮＰ２３についてのドナーヌクレオチドを含んでなり、さらにより好ましくは、その遺伝子移入断片は、少なくとも、ＳＮＰ２２についての耐性ドナーヌクレオチド（したがって配列番号２２または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにドナーヌクレオチドを含んでなる配列）を含んでなる。そのような遺伝子移入断片をヘテロ接合型またはホモ接合型で含んでなる栽培スイカ植物、植物細胞、および植物部分は、本発明の一側面である。
【０１４２】
一側面では、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体からのおよび／または９番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞が提供され、７番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ７．１およびＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間(in-between)、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１７との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１６との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１５との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１４との間、もしくはＳＮＰ１４とＳＮＰ１５との間、もしくはＳＮＰ１４とＳＮＰ１６との間、もしくはＳＮＰ１４とＳＮＰ１７との間、もしくはＳＮＰ１４とＳＮＰ１８との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、好ましくは、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１３とＳＮＰ１５との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１４との間もしくはＳＮＰ１４とＳＮＰ１５との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナーの配列を含んでなり、かつ／または９番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ９．１およびＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ１９とＳＮＰ２３との間、もしくはＳＮＰ１９とＳＮＰ２２との間、もしくはＳＮＰ２０とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２０とＳＮＰ２３との間、もしくはＳＮＰ２０とＳＮＰ２２との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２３との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２２との間、もしくはＳＮＰ２２とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２２とＳＮＰ２３との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、好ましくは、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ２１とＳＮＰ２３との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２２との間もしくはＳＮＰ２２とＳＮＰ２３との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナーの配列を含んでなる。
【０１４３】
本明細書において、２つのＳＮＰ（一塩基多型）の「間（in-between）」のドナー染色体配列またはドナー配列（およびＱＴＬ）を含んでなる遺伝子移入断片を言及する場合、これは、一側面において２つのＳＮＰ自体の一方または両方が耐性ドナー由来である、すなわちドナーヌクレオチドを有することを包含するが、２つのＳＮＰのどちらも耐性ドナー由来ではなく、２つのＳＮＰとの間の染色体配列だけが供与体由来であり、ＱＴＬを含んでなることも包含される。したがって、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片に「隣接する」ＳＮＰマーカーヌクレオチドは、一側面では、（ドナー由来の）遺伝子移入断片の一部であってもよく、または（レシピエント由来の）レシピエント染色体の一部であってもよい。
【０１４４】
よって、例えばドナー由来の遺伝子移入断片が「ＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間」である場合、ＳＮＰ１３および／またはＳＮＰ１８はドナーヌクレオチドを含んでなる可能性があるが、遺伝子移入断片はまた、より短く、例えばＳＮＰ１３および／またはＳＮＰ１８の反復親の感受性ヌクレオチドを含んでなる可能性もある。例えば、ＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間に位置する配列とＳＮＰのみがドナー由来である可能性がある、よって例えば、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、およびＳＮＰ１７はドナー由来である可能性がある、またはＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、およびＳＮＰ１６のみがドナー由来である可能性がある、またはＳＮＰマーカーの１つもしくは２つのみ、例えばＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、およびＳＮＰ１６の１つもしくは２つのみがドナー由来である可能性がある。したがって、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１３〜ＳＮＰ１８群のＳＮＰについてのドナーヌクレオチドのすべてを含んでならない可能性がある。
【０１４５】
一側面では、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、および／またはＳＮＰ１５のドナーヌクレオチドの少なくとも１つ、任意選択で(optionally)少なくとも２つまたは３つすべてを含んでなる、すなわち遺伝子移入断片は、配列番号１３の配列（もしくは配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にアデニンを含んでなる配列）、配列番号１４の配列（もしくは配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にアデニンを含んでなる配列）、および／または配列番号１５の配列（もしくは配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にグアニンを含んでなる配列）の少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つを含んでなる。明らかに遺伝子移入断片は供与体由来のＱＴＬ７．１を含んでなり、そうでなければ感受性のスイカ植物にＣＧＭＭＶ耐性を付与する。
【０１４６】
同様に、例えばドナー由来の遺伝子移入断片が「ＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間」である場合、ＳＮＰ１９および／またはＳＮＰ２４はドナーヌクレオチドを含んでなる可能性があるが、遺伝子移入断片はまた、より短く、例えばＳＮＰ１９および／またはＳＮＰ２４の反復親の感受性ヌクレオチドを含んでなる可能性もある。例えば、ＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間に位置する配列とＳＮＰのみがドナー由来である可能性がある、よって例えば、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、およびＳＮＰ２３はドナー由来である可能性がある、またはＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、およびＳＮＰ２３のみがドナー由来である可能性がある、または、ＳＮＰマーカーの１つもしくは２つのみ、例えばＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、およびＳＮＰ２３の１つもしくは２つのみがドナー由来である可能性がある。したがって、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１９〜ＳＮＰ２４群のＳＮＰについてのドナーヌクレオチドのすべてを含んでならない可能性がある。一側面では、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、および／またはＳＮＰ２３のドナーヌクレオチドの少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つすべてを含んでなる、すなわち遺伝子移入断片は、配列番号２１の配列（もしくは配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にグアニンを含んでなる配列）、配列番号２２の配列（もしくは配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にシトシンを含んでなる配列）、および／または配列番号２３の配列（もしくは配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にシトシンを含んでなる配列）の少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つを含んでなる。明らかに遺伝子移入断片は供与体由来のＱＴＬ９．１を含んでなり、そうでなければ感受性のスイカ植物にＣＧＭＭＶ耐性を付与する。
【０１４７】
一側面では、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体由来の遺伝子移入断片および／または９番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞が提供され、７番染色体上の遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１４についてのＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列（配列番号１４の５１番目のヌクレオチドのアデニン）を含んでなる、もしくは配列番号１４もしくは配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなり、かつ／または９番染色体上の前記遺伝子移入断片は、ＳＮＰ２２についてのＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列（配列番号２２の５１番目のヌクレオチドのシトシン）を含んでなる、もしくは配列番号２２もしくは配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなる。
【０１４８】
一側面では、本発明は、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体からのおよび／または９番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞を提供し、７番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ７．１を含んでなり、配列番号１３または配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／もしくは配列番号１４または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／もしくは配列番号１５または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号１６または配列番号１６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号１７または配列番号１７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを、かつ／もしくは配列番号１８または配列番号１８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなり、好ましくは、７番染色体上の遺伝子移入断片は、配列番号１３または配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／もしくは配列番号１４または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／もしくは配列番号１５または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニンを含んでなり、かつ／または９番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ９．１を含んでなり、配列番号１９または配列番号１９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号２０または配列番号２０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号２１または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号２２または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号２３または配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号２４または配列番号２４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなり、好ましくは、９番染色体上の遺伝子移入断片は、配列番号２１または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号２２または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号２３または配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのシトシンを含んでなる。
【０１４９】
ＱＴＬ７．１に最も密接に連鎖するマーカーはＳＮＰ１４であるので、遺伝子移入断片は、好ましくは、ＱＴＬ７．１ならびにＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、およびＳＮＰ１５から選択される少なくとも１つ、２つ、または３つすべてのドナーマーカー、すなわち、配列番号１３または配列番号１３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのアデニン、および／または配列番号１４または配列番号１４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのアデニン、および／または配列番号１５または配列番号１５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニンを含んでなる。
【０１５０】
ＱＴＬ９．１に最も密接に連鎖するマーカーはＳＮＰ２２であるので、遺伝子移入断片は、好ましくは、ＱＴＬ９．１ならびにＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、およびＳＮＰ２３から選択される少なくとも１つ、２つ、または３つすべてのドナーマーカー、すなわち、配列番号２１または配列番号２１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン、および／または配列番号２２または配列番号２２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのシトシン、および／または配列番号２３または配列番号２３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのシトシンを含んでなる。
【０１５１】
ＱＴＬが遺伝子移入断片上に存在するかどうかは、本明細書および実施例に記載のＣＧＭＭＶ試験を用いて表現型的に決定することができる。したがって、例えば、記載のＳＮＰのいずれかの１つまたは複数のドナーヌクレオチドを含んでなる植物を感受性植物と交配することができ、子孫（例えばＦ１）をＣＧＭＭＶ耐性について分析することができる。ＱＴＬ７．１とＱＴＬ９．１はどちらも優性であり、その結果表現型はＦ１の子孫にすでにみられる。ＱＴＬ７．１またはＱＴＬ９．１を単独で含んでなる植物および植物細胞は、本発明の一実施態様であり、同様にゲノムに両方のＱＴＬを含んでなる、すなわち２つの組換え染色体、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる１つの組換え染色体７およびＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる１つの組換え９番染色体、好ましくは同じＣ．コロキンシスドナー由来の（これは必須ではなく、異なるドナー由来でもよい）遺伝子移入断片を含んでなる植物も本発明の一実施態様である。
【０１５２】
ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなる栽培スイカ植物はＣＧＭＭＶ耐性であり、記載のように試験した場合、ＣＧＭＭＶスコアが３であることが好ましく、４（病徴なし）であることがより好ましい。好ましくは、植物または植物由来の穂木は、葉および任意選択で果実中に、同様に処理した感受性対照よりも有意に低い、極めて低レベルのＣＧＭＭＶウイルスを含んでなる。一側面では、このような植物の果実で生産される種子はＣＧＭＭＶウイルスを含まない状態のままである。
【０１５３】
本発明による栽培スイカ植物または植物細胞は、７番染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型もしくはヘテロ接合型で、かつ／または、９番染色体上の遺伝子移入断片をホモ接合型もしくはヘテロ接合型で含んでなる。遺伝子移入断片（fragment）または複数の断片（fragments）が、近交系親系統でホモ接合型である場合、Ｆ１雑種品種の作出は最も容易である(is easiest of the introgression fragment or fragments is/are)。２つのホモ接合近交系を交配して作られたＦ１雑種は、ＱＴＬをやはりホモ接合型で含んでなる。
【０１５４】
一側面では、本発明は、ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の１番染色体（ドナー由来のＱＴＬ１．１を含んでなる）、４番染色体（ＱＴＬ４．１を含んでなる）、５番染色体（ＱＴＬ５．２を含んでなる）、７（ＱＴＬ７．１を含んでなる）および／または９番染色体（ＱＴＬ９．１を含んでなる）由来の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物細胞またはスイカ植物（または植物部分）に関し、遺伝子移入断片はＣＧＭＭＶ耐性を付与し、遺伝子移入断片は、以下のＳＮＰの１つまたは複数（またはすべて）のドナー植物のＳＮＰ遺伝子型によって検出可能である（それを含んでなる）：１番染色体上の断片についてはＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、および／もしくはＳＮＰ６；ならびに／または４番染色体上の断片についてはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、および／もしくはＳＮＰ９の１つまたは複数；ならびに／または５番染色体上の断片についてはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、および／もしくはＳＮＰ１２の１つまたは複数；ならびに／または７番染色体上の断片についてはＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、および／もしくはＳＮＰ１８の１つまたは複数；ならびに／または９番染色体上の断片についてはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、および／もしくはＳＮＰ２４の１つまたは複数。ＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬは遺伝子移入断片上に存在し、例えば実施例に記載のようなＣＧＭＭＶ耐性アッセイによって決定することができる。
【０１５５】
上記にさらに記載の７番染色体（ＱＴＬ７．１を含んでなる）由来の遺伝子移入断片および／または９番染色体（ＱＴＬ９．１を含んでなる）由来の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物は、任意選択で、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、および／またはＱＴＬ５．２から選択されるＱＴＬの１つまたは複数も含んでなることができる。
【０１５６】
したがって、一側面では、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の１番染色体由来の遺伝子移入断片および／または４番染色体上の遺伝子移入断片および／または５番染色体上の遺伝子移入断片をさらに含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞が提供され、１番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ１．１、およびＳＮＰ１とＳＮＰ６との間、もしくはＳＮＰ１とＳＮＰ５との間、もしくはＳＮＰ１とＳＮＰ４との間、もしくはＳＮＰ２とＳＮＰ６との間、もしくはＳＮＰ２とＳＮＰ５との間、もしくはＳＮＰ２とＳＮＰ４との間、もしくはＳＮＰ３とＳＮＰ６との間、もしくはＳＮＰ３とＳＮＰ５との間もしくはＳＮＰ３とＳＮＰ４との間、もしくはＳＮＰ４とＳＮＰ６との間、もしくはＳＮＰ４とＳＮＰ５との間もしくはＳＮＰ５とＳＮＰ６との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、好ましくは、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ４とＳＮＰ６との間、もしくはＳＮＰ４とＳＮＰ５との間もしくはＳＮＰ５とＳＮＰ６との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナーの配列を含んでなり、かつ／または４番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ４．１、およびＳＮＰ７とＳＮＰ９との間、もしくはＳＮＰ８とＳＮＰ８との間、もしくはＳＮＰ７とＳＮＰ８との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、かつ／または５番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ５．２およびＳＮＰ１０とＳＮＰ１２との間、もしくはＳＮＰ１０とＳＮＰ１１との間、もしくはＳＮＰ１１とＳＮＰ１２との間のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなる。
【０１５７】
好ましくは、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、またはＱＴＬ５．２を含んでなるこれらの遺伝子移入断片は、植物中にホモ接合型で存在する。これらはまた、個々にまたは組み合わせて、例えば、ＱＴＬ１．１とＱＴＬ４．１、もしくはＱＴＬ１．１とＱＴＬ５．２、もしくはＱＴＬ４．１とＱＴＬ５．２、もしくは３つをすべて組み合わせて、栽培スイカ植物中に存在することができる。前述したように、任意選択で、ＱＴＬ７．１およびＱＴＬ９．１の一方または両方を、これらの劣性ＱＴＬの１つまたは複数と、１つの植物中で組み合わせることもできる。
【０１５８】
例えば、ドナー由来の遺伝子移入断片が「ＳＮＰ１とＳＮＰ６との間」であると言及される場合、ＳＮＰ１および／またはＳＮＰ６はドナーヌクレオチドを含んでなりうるが、遺伝子移入断片はより短いこともあり、ＳＮＰ１および／またはＳＮＰ６に対する例えば反復親の感受性ヌクレオチドを含んでなりうる。例えば、ＳＮＰ１とＳＮＰ６との間に位置する配列およびＳＮＰのみがドナー由来でありうる、よって、例えばＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、およびＳＮＰ５はドナー由来でありうる、またはＳＮＰ３、ＳＮＰ４、およびＳＮＰ５のみがドナー由来でありうる、またはＳＮＰマーカーの１つもしくは２つのみ、例えばＳＮＰ３、ＳＮＰ４、およびＳＮＰ５の１つもしくは２つのみがドナー由来でありうる。したがって、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１〜ＳＮＰ６の群のＳＮＰのドナーヌクレオチドをすべて含まない（not comprise）場合がある。
【０１５９】
一側面では、ＱＴＬ１．１を含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、および／またはＳＮＰ６のドナーヌクレオチドの少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つすべてを含んでなる、すなわち遺伝子移入断片は、配列番号４（もしくは配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にシトシンを含んでなる配列）、配列番号５（もしくは配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にグアニンを含んでなる配列）、および／または配列番号６（もしくは配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にチミンを含んでなる配列）の配列の少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つを含んでなる。明らかに遺伝子移入断片は供与体由来のＱＴＬ１．１を含んでなり、通常は感受性のスイカ植物にＣＧＭＭＶ耐性を付与する。
【０１６０】
同様に、例えば、ドナー由来のＱＴＬ４．１を含んでなる遺伝子移入断片が「ＳＮＰ７とＳＮＰ９との間」である場合、ＳＮＰ７および／またはＳＮＰ９はドナーヌクレオチドを含んでなりうるが、遺伝子移入断片はより短いこともあり、ＳＮＰ７および／またはＳＮＰ９に対する例えば反復親の感受性ヌクレオチドを含んでなりうる。例えば、ＳＮＰ７とＳＮＰ９との間に位置する配列およびＳＮＰのみがドナー由来でありうる、よって、例えばＳＮＰ８がドナー由来でありうる。したがって、ＱＴＬ４．１を含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ７〜ＳＮＰ９の群のＳＮＰのドナーヌクレオチドのすべてを含まない（not comprise）場合がある。一側面では、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ７、ＳＮＰ８、および／またはＳＮＰ９のドナーヌクレオチドの少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つすべてを含んでなる、すなわち遺伝子移入断片は、配列番号７（もしくは配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にチミンを含んでなる配列）、配列番号８（もしくは配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にシトシンを含んでなる配列）、および／または配列番号９（もしくは配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にアデニンを含んでなる配列）の配列の少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つを含んでなる。明らかに遺伝子移入断片は供与体由来のＱＴＬ４．１を含んでなり、通常は感受性のスイカ植物にＣＧＭＭＶ耐性を付与する。
【０１６１】
同様に、例えば、ドナー由来のＱＴＬ５．２を含んでなる遺伝子移入断片が「ＳＮＰ１０とＳＮＰ１２との間」である場合、ＳＮＰ１０および／またはＳＮＰ１２はドナーヌクレオチドを含んでなりうるが、遺伝子移入断片はより短いこともあり、ＳＮＰ１０および／またはＳＮＰ１２に対する例えば反復親の感受性ヌクレオチドを含んでなりうる。例えば、ＳＮＰ１０とＳＮＰ１２との間に位置する配列およびＳＮＰのみがドナー由来でありうる、よって、例えばＳＮＰ１１がドナー由来でありうる。したがって、ＱＴＬ５．２を含んでなる遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１０〜ＳＮＰ１２の群のＳＮＰのドナーヌクレオチドのすべてを含まない（not comprise）場合がある。一側面では、遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、および／またはＳＮＰ１２のドナーヌクレオチドの少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つすべてを含んでなる、すなわち遺伝子移入断片は、配列番号１０（もしくは配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にチミンを含んでなる配列）、配列番号１１（もしくは配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にアデニンを含んでなる配列）、および／または配列番号１２（もしくは配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなり、５１番目のヌクレオチドもしくは同等の位置にチミンを含んでなる配列）の配列の少なくとも１つ、任意選択で少なくとも２つまたは３つを含んでなる。明らかに遺伝子移入断片は供与体由来のＱＴＬ５．２を含んでなり、通常は感受性のスイカ植物にＣＧＭＭＶ耐性を付与する。
【０１６２】
一側面では、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の１番染色体（ＱＴＬ１．１を含んでなる）由来の遺伝子移入断片および／または４番染色体上の（ＱＴＬ４．１を含んでなる）遺伝子移入断片および／または５番染色体（ＱＴＬ５．２を含んでなる）由来の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞が提供され、１番染色体上の遺伝子移入断片は、ＳＮＰ５（配列番号５の５１番目のヌクレオチドのグアニン）のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなる、もしくは配列番号５もしくは配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにグアニンを含んでなり、かつ／または４番染色体上の遺伝子移入断片は、ＳＮＰ８（配列番号２２の５１番目のヌクレオチドのシトシン）のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、もしくは配列番号８もしくは配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにシトシンを含んでなり、かつ／または５番染色体上の遺伝子移入断片は、ＳＮＰ１１（配列番号１１の５１番目のヌクレオチドのアデニン）のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の配列を含んでなり、もしくは配列番号１１もしくは配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列を含んでなり、５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなる。
【０１６３】
一側面では、本発明は、キトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物１番染色体由来の遺伝子移入断片および／または４番染色体上の遺伝子移入断片および／または５番染色体上の遺伝子移入断片を含んでなる栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞を提供し、１番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ１．１を含んでなり、配列番号１もしくは配列番号１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号２もしくは配列番号２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号３もしくは配列番号３に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号４もしくは配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号５もしくは配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号６もしくは配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなり、好ましくは、１番染色体上の遺伝子移入断片は、配列番号４もしくは配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号５もしくは配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにグアニンを、かつ／もしくは配列番号６もしくは配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなり、かつ／または４番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ４．１を含んでなり、配列番号７もしくは配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを、かつ／もしくは配列番号８もしくは配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにシトシンを、かつ／もしくは配列番号９もしくは配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを含んでなり、かつ／または５番染色体上の遺伝子移入断片は、ドナー由来のＱＴＬ５．１を含んでなり、配列番号１０もしくは配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを、かつ／もしくは配列番号１１もしくは配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにアデニンを、かつ／もしくは配列番号１２もしくは配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドにチミンを含んでなる。
【０１６４】
ＱＴＬ１．１に最も密接に連鎖するマーカーはＳＮＰ５であるので、遺伝子移入断片は、好ましくは、ＱＴＬ１．１ならびにＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６から選択される少なくとも１つ、２つ、または３つすべてのドナーマーカー、すなわち、配列番号４もしくは配列番号４に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのシトシン、および／または配列番号５もしくは配列番号５に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのグアニン、および／または配列番号６もしくは配列番号６に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミンを含んでなる。
【０１６５】
ＱＴＬ４．１に最も密接に連鎖するマーカーはＳＮＰ８であるので、遺伝子移入断片は、好ましくは、ＱＴＬ４．１ならびにＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９から選択される少なくとも１つ、２つ、または３つすべてのドナーマーカー、すなわち、配列番号７もしくは配列番号７に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン、および／または配列番号８もしくは配列番号８に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのシトシン、および／または配列番号９もしくは配列番号９に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのアデニンを含んでなる。
【０１６６】
ＱＴＬ５．２に最も密接に連鎖するマーカーはＳＮＰ１１であるので、遺伝子移入断片は、好ましくは、ＱＴＬ５．２ならびにＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２から選択される少なくとも１つ、２つ、または３つすべてのドナーマーカー、すなわち、配列番号１０もしくは配列番号１０に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミン、および／または配列番号１１もしくは配列番号１１に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのアデニン、および／または配列番号１２もしくは配列番号１２に対して少なくとも９５％の配列同一性を含んでなる配列の５１番目のヌクレオチドのチミンを含んでなる。
【０１６７】
前述のように、一側面では、栽培スイカ植物または植物細胞は、キトルルス・コロキンシス系統由来の遺伝子移入断片を含んでなる。これは任意のＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシス系統、とりわけ記載のようにＣＧＭＭＶを接種した場合にＣＧＭＭＶスコアが４（病徴なし）の系統である。一側面では、遺伝子移入断片は、ＮＣＩＭＢ４２６２４に存在し、それから派生可能であるが、Ｃ．コロキンシスドナーは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４（またはその子孫）で寄託された系統である必要は必ずしもない。当業者は、例えば、ＣＧＭＭＶスコアが４（病徴なし）であり、かつ／またはいずれかのＱＴＬについてＮＣＩＭＢ４２６２４のものと同一または非常に類似したＳＮＰマーカープロフィールを含んでなる、いずれの他のＣ．コロキンシス系統も同定することができ、これは、同じＱＴＬまたは（ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１から選択される）ＱＴＬがそのドナーに存在することを意味する。そのようなＣ．コロキンシス系統は、ＮＣＩＭＢ４２６２４と正確に同じＳＮＰ遺伝子型を有する必要はない。例えば、いくつかのＳＮＰマーカーについてヘテロ接合である場合があり、１つまたは複数またはすべてのＱＴＬについてホモ接合の子孫を選抜するには、１回または複数回自家受粉する必要があることになる。また、ドナーは、ＳＮＰ遺伝子型においていくらか変動してもよく、例えばＱＴＬ７．１またはＱＴＬ９．１に関して、ＳＮＰ１３〜ＳＮＰ１８（ＱＴＬ７．１に連鎖する）またはＳＮＰ１９〜ＳＮＰ２４（ＱＴＬ９．１に連鎖する）のドナーＳＮＰマーカーの５つ、４つ、または３つのみを含んでなることができる。
【０１６８】
ＣＧＭＭＶ耐性（すなわち、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１の１つまたは複数）を含んでなることができるＣ．コロキンシス系統の例は、スコアが４（病徴なし）の植物を含む系統である。そのような系統、またはスコアが４である選抜された個々の植物の自家受粉子孫は、表１および表６において本明細書で提供されるＳＮＰマーカーの遺伝子型について試験することができる。なお、そのような系統自体は、一般に低いブリックス（２または３°ブリックス）をもつ小さい白色の果肉果実を生産し、農学的に有用ではないので、もちろん本発明の一部ではなく、良好な農学的特性（高ブリックス、良好な品質果実、および良好な果実収量）を有する栽培スイカ植物にＣＧＭＭＶ耐性を付与するために、個々にまたは組み合わせて、栽培スイカなどの作物植物に伝達される（遺伝子移入される）ＱＴＬのみが本明細書に包含されることが留意される。
【０１６９】
一側面では、遺伝子移入断片は、代表的な種子試料が受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託されているＣ．コロキンシスドナーまたはその子孫に由来する。
【０１７０】
本発明で同定された５つのＱＴＬのいずれも、Ｃ．コロキンシスドナーから栽培スイカ植物に、単独で、または異なる組合せで伝達することができる。少なくとも１つの優性ＱＴＬ、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなることが望ましい。しかし、マイナーな劣性ＱＴＬ、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、および／またはＱＴＬ５．２も、例えば、接種された植物におけるウイルス力価をいっそうさらに低下させる、またはＲＴ−ｑＰＣＲによってＣＧＭＭＶウイルスを検出不能にする、かつ／または植物および植物部分を非感染性にする、かつ／またはウイルスを非種子伝染性（non-seed transmissible）にする、かつ／または免疫を付与するのに有用であることができる。したがって、一側面では、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなり、さらにＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、およびＱＴＬ５．２の１つまたは複数を、劣性であるので好ましくはホモ接合型で含んでなる栽培スイカ植物が提供される。
【０１７１】
一側面では、栽培スイカ植物は二倍体植物である。別の側面では、栽培スイカ植物は四倍体植物である。なおいっそう更なる側面では、栽培スイカ植物は三倍体植物であり、とりわけ四倍体近交系親系統（好ましくは４コピーの遺伝子移入断片および遺伝子移入断片上のＳＮＰマーカー、例えば４コピーのＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなる）を、二倍体近交系親系統（好ましくは２コピーの遺伝子移入断片、例えば２コピーのＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなる）の花粉と受粉させて、３コピーの遺伝子移入断片、例えば３コピーのＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなるＦ１三倍体雑種植物を生産することによって生産されるものである。
【０１７２】
ＳＮＰマーカーヌクレオチド、例えばドナーヌクレオチドが二倍体、三倍体、または四倍体の形態である場合、これは遺伝子型決定アッセイ、例えばＫＡＳＰアッセイで検出することができる。したがって、例えば、ＳＮＰ１４のドナーヌクレオチドを含んでなる遺伝子移入断片の２つのコピーを含んでなる植物、植物部分、または植物細胞（またはそれから得られたＤＮＡ）は、遺伝子型「ＡＡ」を有することになり、一方では、３つのコピーを含んでなる植物、植物部分、または細胞は遺伝子型「ＡＡＡ」を有することになり、４つのコピーを含んでなる植物、植物部分、または細胞は遺伝子型「ＡＡＡＡ」を有することになる。植物、植物部分、または植物細胞が、本明細書で提供される１つまたは複数のＳＮＰマーカーを使用して、１つまたは複数の本発明のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬを含んでなるかどうかを検出するためのそのようなＳＮＰ遺伝子型決定アッセイも、本発明の一側面である。
【０１７３】
本発明による栽培スイカ植物、植物部分、または植物細胞は、スケール３（軽度の病徴）またはスケール４（病徴なし）の平均ＣＧＭＭＶ耐性を含んでなることが好ましい。
【０１７４】
一側面では、本発明による栽培されたスイカ植物または植物細胞は、近交系植物もしくは植物細胞、またはＦ１雑種植物もしくは植物細胞、または二倍体もしくは四倍体もしくは三倍体植物もしくは植物細胞である。
【０１７５】
さらに本明細書に包含されるのは、本明細書に記載の本発明の植物に育つ種子である。
【０１７６】
同様に、本発明による植物細胞を含んでなる栽培スイカ果実または果実部分が、本明細書に包含される。
【０１７７】
本発明の栽培スイカ植物細胞からなる栽培スイカ植物増殖材もまた、一実施態様である。
【０１７８】
本発明による植物の植物部分はまた、挿し木、穂木、台木、本発明による植物の穂木および／または台木を含んでなる接木実生または植物、葉、果実、果実の部分、種子、種子の部分、細胞、組織培養物、花、花粉、胚、根などである。
【０１７９】
一側面では、次の工程を含んでなる三倍体雑種栽培スイカの種子を生産する方法が提供される。
ａ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体由来の遺伝子移入断片を有する２つの７番染色体を含んでなる第１のＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物であって、遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、およびＳＮＰ１４（配列番号１４）、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１５との間についてのドナー植物の配列を含んでなるか、または遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、ならびにＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数もしくはすべてについての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物を準備すること、
ｂ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の７番染色体由来の遺伝子移入断片を有する４つの７番染色体を含んでなる第２のＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物であって、遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、およびＳＮＰ１４（配列番号１４）、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１８との間、もしくはＳＮＰ１３とＳＮＰ１５との間についてのドナー植物の配列を含んでなるか、または遺伝子移入断片が、ＱＴＬ７．１、ならびにＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物を準備すること、
ｃ）工程ｂ）でもたらされた四倍体スイカ植物と、工程ａ）でもたらされた二倍体スイカ植物の花粉を受粉させること、ならびに
ｄ）工程ｃ）で生産された果実から種子を集めること。
【０１８０】
同様に、次の工程を含んでなる三倍体雑種栽培スイカの種子を生産する方法が提供される。
ａ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の９番染色体由来の遺伝子移入断片を有する２つの９番染色体を含んでなる第１のＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物であって、遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、およびＳＮＰ２２（配列番号２２）、もしくはＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２３との間についてのドナー植物の配列を含んでなるか、または遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、ならびにＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系二倍体スイカ植物を準備すること、
ｂ）それぞれがキトルルス・コロキンシス種のＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物の９番染色体由来の遺伝子移入断片を有する４つの９番染色体を含んでなる第２のＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物であって、遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、およびＳＮＰ２２（配列番号２２）、もしくはＳＮＰ１９とＳＮＰ２４との間、もしくはＳＮＰ２１とＳＮＰ２３との間についてのドナー植物の配列を含んでなるか、または遺伝子移入断片が、ＱＴＬ９．１、ならびにＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つまたは複数またはすべてについての耐性ドナー遺伝子型を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性近交系四倍体スイカ植物を準備すること、
ｃ）工程ｂ）でもたらされた四倍体スイカ植物と、工程ａ）でもたらされた二倍体スイカ植物の花粉を受粉させること、ならびに
ｄ）工程ｃ）で生産された果実から種子を集めること。
【０１８１】
上記の２つの方法を用いて、ＱＴＬ７．１の３つのコピーおよびＱＴＬ９．１の３つのコピーを含んでなる三倍体スイカ植物（およびそれからそのような植物が育つことができる種子）を作り出すこともできる。その場合、ａ）の植物は、ＱＴＬ７．１およびＱＴＬ９．１の２つのコピーを含み、ｂ）の植物はＱＴＬ７．１およびＱＴＬ９．１の４つのコピーを含んでなる。
【０１８２】
工程ｄ）で集められた種子も本発明の一側面であり、これらの種子から育った植物ならびにそれらの植物の植物部分および細胞も本発明の一側面である。例えば、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１の３つのコピーを含む三倍体果実。
【０１８３】
一側面では、本発明は、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ植物または植物部分または植物細胞の同定のための、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つもしくは複数のマーカーの使用を提供する。
【０１８４】
別の側面では、本発明は、ＣＧＭＭＶ感受性栽培スイカ植物へのＣＧＭＭＶ耐性の遺伝子移入のための、ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つもしくは複数のマーカーの使用を提供する。
【０１８５】
更なる側面では、本発明は、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ植物または植物部分または植物細胞の同定ための、ＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６の１つまたは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９の１つまたは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２の１つまたは複数のマーカーの使用を提供する。
【０１８６】
別の側面では、本発明は、ＣＧＭＭＶ感受性栽培スイカ植物へのＣＧＭＭＶ耐性の遺伝子移入のための、ＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６の１つまたは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９の１つまたは複数のマーカー、ならびに／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２の１つまたは複数のマーカーの使用を提供する。
【０１８７】
さらに本明細書に包含されるのは、以下の工程を含んでなる、１つまたは複数のスイカ属植物もしくは植物部分、またはそれに由来するＤＮＡを、７番および／または９番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性付与断片の存在についてスクリーニングする方法である。
ａ）ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数もしくはすべてのＳＮＰ遺伝子型、および／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つもしくは複数についてのＳＮＰ遺伝子型について、ゲノムＤＮＡをスクリーニングすること、ならびに所望により(optionally)
ｂ）ＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８の１つもしくは複数もしくはすべて、および／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４の１つもしくは複数もしくはすべてについての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなる植物または植物部分を選抜すること。
【０１８８】
さらに本明細書に包含されるのは、以下の工程を含んでなる、１つまたは複数のスイカ属植物もしくは植物部分、またはそれに由来するＤＮＡを、１番染色体および／または４番染色体および／または５番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性付与断片の存在についてスクリーニングする方法である。
ａ）ＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６の１つもしくは複数もしくはすべてのＳＮＰ遺伝子型、および／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９の１つもしくは複数についてのＳＮＰ遺伝子型、および／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２の１つもしくは複数についてのＳＮＰ遺伝子型について、ゲノムＤＮＡをスクリーニングすること、ならびに所望により
ｂ）ＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６の１つもしくは複数もしくはすべて、および／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９の１つもしくは複数、および／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２の１つもしくは複数についての耐性ドナーヌクレオチドを含んでなる植物または植物部分を選抜すること。
【０１８９】
そのスクリーニング方法は、１番、４番、５番、７番および／または９番染色体上のＣＧＭＭＶ耐性付与断片の存在をスクリーニングするために、組み合わせて１つのスクリーニング方法にすることができるのは明らかである。
【０１９０】
一側面では、スイカ属植物または植物部分またはＤＮＡは、シードバンクのＰＩ系統などの、キトルルス・コロキンシス植物または植物部分またはＤＮＡであり、本明細書に記載の１つまたは複数のＱＴＬを潜在的に含んでなる。例えば、上記のＵＳＤＡ  ＧＲＩＮシードバンクのＰＩ系統は、記載の方法でスクリーニングすることができる。任意選択で、例えば本明細書の他の箇所および実施例に記載のように、植物をＣＧＭＭＶ耐性について試験することができる。これは、選抜された植物または植物部分がＣＧＭＭＶ耐性を有することを検証するために、ＳＮＰマーカースクリーニングの前（例えばＣＧＭＭＶアッセイでスコアが３または４の植物からのみ開始するため）、および／またはマーカースクリーニングの後、例えば工程ｂ）の後に行うことができる。
【０１９１】
別の側面では、スイカ属植物、植物部分、またはＤＮＡは、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス、例えば品種、近交系統、育種系統、二倍体、三倍体、四倍体などであり、それらが１つまたは複数の遺伝子移入断片を含んでなるかどうか、かつ／または遺伝子移入断片を含んでなる組換え染色体のヘテロ接合性もしくはホモ接合性もしくは数を調べるためにスクリーニングされる。
【０１９２】
植物部分は、植物の細胞（またはそれに由来するＤＮＡ）を含んでなる任意の部分であってよく、例えば、葉または葉の一部、種子、種皮、胚、花粉、花、胚珠、根、茎、果実、果実の一部、細胞などであることができる。
【０１９３】
また、種皮は母性ＤＮＡであるので、ＳＮＰマーカー遺伝子型についてスクリーニングされる植物部分は、種皮であることができる。したがって、Ｆ１雑種の種皮をスクリーニングし、Ｆ１雑種自体の遺伝子型と比較すると、雄の親系統の遺伝子型が推定することができる。したがって、雑種の親系統における本発明による遺伝子移入断片の１つまたは複数の存在を判定することができる。
【０１９４】
マーカースクリーニングは、ＳＮＰ遺伝子型決定アッセイ（例えばＫＡＳＰアッセイ、ＴａｑＭａｎアッセイ、高分解能溶融（ＨＲＭ）アッセイ、例えばフリューダイム（Fluidigm）、イルミナ（Illumina）などのＳＮＰ遺伝子型決定アレイ、またはＤＮＡ配列決定などのさまざまな方法を使用して実施することができる。
【０１９５】
例えば、ＳＮＰマーカーは、ＫＡＳＰアッセイ（/Vww.kpbioscience.co.ukを参照）または他のアッセイを使用して検出することができる。ＫＡＳＰアッセイは、本明細書に記載のＳＮＰに対して開発することができる。ＳＮＰに対するＫＡＳＰアッセイを開発するために、２つの対立遺伝子特異的フォワードプライマーと１つの対立遺伝子特異的リバースプライマーが、通常の一般的知識（例えば、Allen et al. 2011, Plant Biotechnology J. 9, 1 0 86-1 099、特にＫＡＳＰアッセイ法については０９７〜０９８ページ（p097-098）を参照）に従って設計された。
【０１９６】
さらに提供されるのは、ＣＧＭＭＶが発生する地域で本発明の栽培スイカ植物のいずれかを育てる方法である。
【０１９７】
さらに、記載のようなＣ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる（例えば、ＱＴＬ７および／またはＱＴＬ９を含んでなる）栽培スイカ植物を選抜する方法が提供され、前記（said）方法は以下の工程を含んでなる。
ａ）（例えばＣＧＭＭＶ感受性）スイカ植物と、ＮＣＩＭＢ４２６２４の植物、またはその子孫（例えば自家受粉によって得られる）、またはＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシス植物由来の遺伝子移入断片の１つもしくは複数を含んでなる（例えばＱＴＬ７．１および／もしくはＱＴＬ９．１を含んでなる）系統もしくは品種などのＣＧＭＭＶ耐性スイカ植物などのＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシス植物との間の交配に由来するスイカ植物の集団を準備すること、
ｂ）Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片の１つまたは複数を含んでなり、その遺伝子移入断片が、本明細書に記載のＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、および／またはＱＴＬ９．１から選択されるＱＴＬを含んでなる集団から植物を選抜すること。
【０１９８】
植物の集団は、Ｆ２もしくはＦ３集団、または戻し交配集団、近交系集団（例えば組換え近交系統）、または１つまたは複数の組換え染色体、すなわちＣ．コロキンシスドナーの断片、とりわけＱＴＬ１．１を含んでなる１を含んでなる組換え染色体（a recombinant chromosome comprising 1 comprising QTL1.1）、および／もしくはＱＴＬ４．１を含んでなる組換え４番染色体、および／もしくはＱＴＬ５．２を含んでなる組換え５番染色体、および／もしくはＱＴＬ７．１を含んでなる組換え７番染色体、および／もしくはＱＴＬ９．１を含んでなる組換え９番染色体を含んでなる染色体を含んでなる他の集団でありうる。
【０１９９】
選択は、本明細書に記載のいずれかの方法、例えばＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーの１つまたは複数についてのＳＮＰ遺伝子型決定、配列決定、ＣＧＭＭＶ耐性試験などによって行うことができる。
【０２００】
選択された植物は、本発明のＱＴＬの少なくとも１つを含んでなり、本発明の一実施態様でもある。
【０２０１】
非遺伝子組換えスイカ属植物細胞または植物（例えば二倍体、三倍体、または四倍体、または他の倍数体）、および本明細書に記載の植物のいずれかが、本発明の上記の方法のいずれかによって、育てられる、入手可能である、得られる、派生可能である、または派生する、同定される、または選抜することができる種子も、本発明の一実施態様である。
【０２０２】
また、本発明による植物によって入手可能である、それから得られる、派生可能である、または派生する、穂木、シュート、葉、花、挿し木、根、果実、果実部分、花粉、胚珠、および種子などの植物部分も、本発明の一実施態様である。
【０２０３】
種なしスイカ植物の生産および栽培は普及してきており、当業者に公知である。通常のスイカは二倍体（２ｎ）である。雄性二倍体（２ｎ）スイカ植物を雌性四倍体（４ｎ）スイカ植物と交配することによって、種なし果実を実らせるスイカを生産する。得られたＦ１種子は三倍体（３ｎ）であり、三倍体（３ｎ）のＦ１植物に育てることができる。Ｆ１植物の着果の誘導には受粉が必要である。三倍体（３ｎ）のＦ１植物は稔性のある花粉を作らないので、いわゆる受粉樹植物は同じ圃場に植える必要がある。受粉樹植物は二倍体（２ｎ）である。一般に、受粉に十分な花粉を供給するためには、１〜３程度の三倍体（３ｎ）植物に対する受粉樹の比が、所与の計画スキームにおいて設定されなければならない。二倍体（２ｎ）受粉樹と雌性三倍体（３ｎ）植物の花との間の交配受粉は着果を誘導し、三倍体Ｆ１植物での種なし三倍体（３ｎ）果実の生産につながる。Ｆ１植物の二倍体（２ｎ）と四倍体（４ｎ）の親はそれぞれ、種子をもつ果実を実らせ、ともに自家受粉によって互いに独立して繁殖させることができる。
【０２０４】
（三倍体と競合しないように）通常は小型の植物であり、収穫中に三倍体（３ｎ）の果実と容易に区別できる皮の紋様をもつ、食用に適さない、かつ／または市場性のない、小さな果実を生産する特殊（Specialised）受粉樹が生産されている。食用および／もしくは市場性のある二重目的（dual purpose）受粉樹を使用するか、または非食用および／もしくは市場性のない特殊（specialised）受粉樹を使用するかの選択は、栽培者がそれぞれの受粉樹によって生産される種子果実の市場または用途を有するかどうかに依存する。受粉樹の選択は収量に影響する（McGregor & Waters, 2014, HortScience 49(6), 714-721）。
【０２０５】
市場性のある二倍体果実を生産する受粉樹もあれば、消費および／またはマーケティングに適さない果実を生産する受粉樹もある。市場性のある果実を生産する受粉樹は「二重目的（dual purpose）受粉樹」と呼ばれる。種なし果実と容易に区別できる非食用果実および非市場性果実を生産する受粉樹を「特殊（specialised）受粉樹」と呼ばれる。
【０２０６】
本発明の更なる実施態様では、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物は受粉樹植物である、または本発明によるスイカ属植物は、圃場で育った受粉樹植物として使用される。好ましくは、本発明による受粉樹植物は二倍体（２ｎ）である。本発明による受粉樹植物は、特殊（specialised）受粉樹植物または二重目的（dual purpose）受粉樹植物であることができる。
【０２０７】
「受粉樹植物」という用語は、本明細書では、別の植物の受精のために花粉を提供し、それ自体では十分な生存可能な花粉を産生しない植物に対して使用される。
【０２０８】
本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる非遺伝子組換えスイカ属植物は、本発明の別の実施態様である。
【０２０９】
一側面では、ＣＧＭＭＶ耐性植物は、雑種、例えば、２つの近交系親系統を互いに交配させることによって作られる単一交配雑種（Ｆ１雑種）である。雑種、例えばＦ１雑種は、ＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬまたはＱＴＬについてホモ接合またはヘテロ接合であることができる。更なる側面では、ＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬまたはＱＴＬを含んでなる植物は近交系統である。
【０２１０】
また、記載の植物のいずれかに成長することができる種子も本発明の一実施態様である。
【０２１１】
さらに、本発明は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物によって入手可能である、派生可能である、それから得られる、派生する、またはそれに由来する植物部分に関する。好ましくは、本発明による植物部分は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。
【０２１２】
本明細書で使用される場合、「植物部分」という用語は、果実、果実部分、台木、穂木、挿し木、花粉、葯、胚珠、胚、根、茎、葉、子葉、胚軸、花、カルス、植物材料、植物のインビトロ繁殖物質を含んでなるインビトロ細胞または組織培養物などを含む植物のいずれかの一部分（piece）または部分（section）を意味するものとする。植物部分は、植物全体に再生されるのに適している可能性がある（再生可能植物部分）、または植物全体に植物全体に再生されるのに適していない部分（非再生可能植物部分）である可能性がある。このような非再生可能植物部分は、植物全体の一部であってもよく、植物が育つことができる種子の一部であってもよい。ＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬまたはＱＴＬおよび／または耐性ＱＴＬを含む遺伝子移入断片は、そのような植物部分に存在し、例えばマーカー解析（例えば、本明細書に記載のＳＮＰマーカーの１つまたは複数を使用する）、配列解析、染色体ペインティングなどによって検出可能である。
【０２１３】
本発明による好ましい植物部分は、種子または果実である。好ましくは、本発明による種子または果実は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。
【０２１４】
別の実施態様は、種なし果実である本発明による果実に関する。同様に、種なし果実を生産する本発明によるスイカ属植物も本発明の一実施態様である。
【０２１５】
植物学的意味での「果実」という用語は、被子植物の花の子房から発達した種子を有する構造であると一般に理解されている。
【０２１６】
当該技術分野、特に育種において一般に使用される「種なし果実」は、「果実」の植物学的意味と多少何らかの点で矛盾するが、本発明との関連において、成熟または生存可能な種子をもたない果実であると理解されるべきである。成熟または生存可能な種子は、それぞれの植物に適した条件下で、土壌中で発芽し、植物に育つことができる。この試験は、植物が種なし果実をつくるかどうかを判定するために用いられる。種なし果実は、それぞれの植物に適した条件下で発芽して植物に育つ種子を生成しないことになる。
【０２１７】
本発明による更なる特定の実施態様は、本明細書に記載の植物の植物繁殖物質に関する、または本発明による非遺伝子組換え植物細胞を含んでなる繁殖物質もしくはＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物の生産のための本発明による方法によって入手可能である／得られる植物の繁殖物質に関する。本発明の一実施態様は、本明細書に記載の１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる植物の繁殖物質である。また、本発明が含んでなるのは、寄託受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４の種子から得られる植物と別の植物との交配に由来する植物から得られる／入手可能であるＣＧＭＭＶ耐性植物の繁殖物質である。好ましくは、寄託受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４の種子から得られる植物の交配から得られる／入手可能である増殖物質は、本発明による非遺伝子組換え植物細胞を含んでなる。一側面では、本発明は、ＣＧＭＭＶ耐性植物の繁殖物質に関し、前記（said）植物は、寄託受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４の種子またはそのＣＧＭＭＶ耐性子孫から得られる／入手可能である、またはその中に存在するＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬまたは複数のＱＴＬ（QTLs）を含んでなる。
【０２１８】
ここで、「繁殖物質(propagation material)」という用語は、栄養（無性）または生殖（有性（gamic）、有性（sexual））経路を介して子孫を生み出すのに適する植物の成分を含んでなる。栄養増殖に適しているのは、例えば、挿し木、インビトロ組織、細胞、プロトプラスト、胚もしくはカルス培養、またはマイクロプロパゲーション方法である。他の繁殖物質としては、例えば、ＣＧＭＭＶに耐性がある果実、種子、実生などが挙げられる。一側面における繁殖物質は、別の台木またはインビトロ組織培養物質、特に胚培養物に接ぎ木することによって増殖される挿し木の形態をとる。特に、好ましいのは、インビトロ組織培養物質、特にインビトロ胚培養物の形態の繁殖物質である。繁殖物質は、記載のＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬまたはＱＴＬを含んでなることが理解される。
【０２１９】
接ぎ木は、移植後に農家によって栽培される実生の生産のために野菜産業においてますます利用されている。実際、この技術は、非生物的ストレス耐性、耐病性、および強い成長力などの台木の特徴と高品質果実を生産する穂木の特徴を組み合わせることによって、最終植物の品質を向上する。
【０２２０】
接木スイカには、Ｄａｖｉｓ  ｅｔ  ａｌ．（2008, Critical Reviews in Plant Sciences Vol. 27、「ウリ科植物接ぎ木（Cucurbit Grafting）」、５０〜７４ページ）で説明されているように多くの利点がある。真菌およびウイルスに対する耐性を提供することとは別に、接ぎ木の使用は、寒冷温度（cold temperature）／低温（low temperature）、干ばつ、塩分、冠水／水などの異なる非生物的ストレスに対する耐性を高めることができ、例えば成長、収量、栄養摂取、草勢、果実サイズ、および果実品質に有益な効果を有することができる。
【０２２１】
本発明に関する接ぎ木の主な利点は、台木または穂木を使用することができ、現在のスイカでのＣＧＭＭＶによる感染の場合のように、とりわけ疾病管理のための遺伝的または化学的アプローチが利用できない、または十分でない場合に、土壌由来の疾病に対する耐性をもたらす、または増強することができることである。したがって、ＣＧＭＭＶ耐性台木または穂木は、移植前に、例えばＣＧＭＭＶ感受性穂木または台木との接ぎ木に使用することができる。ＣＧＭＭＶ感受性スイカ穂木は、例えばスイカ生産用ＣＧＭＭＶ耐性台木に接ぎ木することができる、またはＣＧＭＭＶ耐性穂木はＣＧＭＭＶ感受性台木に接ぎ木することができる。ＣＧＭＭＶウイルス感染感受性台木に接ぎ木された場合、ＣＧＭＭＶ耐性穂木はＣＧＭＭＶ病徴がなく（穂木はＣＧＭＭＶスコアが４である）、すなわち表現型ではＣＧＭＭＶ耐性を有し続けることが分かった。
【０２２２】
Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．（2005, Plant Cell Rep 24, 350）は、トランスジェニック植物にＣＧＭＭＶコートタンパク質の発現を付与する組換え核酸を導入することによる野生栽培品種キトルルス・ラナツス亜種ゴンデ由来のトランスジェニックＣＧＭＭＶ耐性スイカ植物の生産を開示する。ＰａｒｋはＣＧＭＭＶが誘導する収量減少と闘うためにスイカ属作物植物由来の穂木を接ぎ木できる台木を生産するためのトランスジェニック植物の使用を提案する。
【０２２３】
本発明では、驚くべきことに、ＣＧＭＭＶに感染したスイカ属台木およびＣＧＭＭＶ感受性のスイカ属台木にＣＧＭＭＶ耐性スイカ属穂木を接ぎ木することは、ＣＧＭＭＶによって引き起こされる病徴がないスイカ属植物の成長を可能にすることが分かった。本出願の利点は、ＣＧＭＭＶに抵抗性の台木および／または穂木を含んでなる接ぎ木スイカ属実生が無病徴植物に成長できることである。したがって、土壌がＣＧＭＭＶで汚染されている地域でも、果実の品質と収量を下げることなく、このような植物を栽培することが可能である。したがって、本発明によるＣＧＭＭＶ耐性の穂木、特に、ＣＧＭＭＶ感受性台木でありうる台木と組み合わされた、本明細書に記載の１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる栽培スイカの穂木を使用することは、穂木が、ＣＧＭＭＶ病徴がない状態のないままであることを可能にする。
【０２２４】
したがって、本発明によるさらに好ましい植物部分は台木および／または穂木である。好ましくは、本発明による台木および／または穂木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。台木および／または穂木は、例えばＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーによって検出可能な本明細書に記載のＱＴＬの１つまたは複数（またはすべて）を含んでなる。
【０２２５】
一側面では、台木および／または穂木は、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属台木または穂木、とりわけ、本明細書に記載のＱＴＬの１つまたは複数を含んでなる、本発明によるＣ．コロキンシス台木または穂木、例えばＮＣＩＭＢ４２６２４またはその子孫である。Ｂｉｇｄｅｌｏ  ｅｔ  ａｌ．は、２０１７年（Australian Journal of Crop Science, AJCS, 11(06):727-732）、Ｃ．コロキンシス台木を栽培スイカ穂木と使用することの利点を述べている。
【０２２６】
別の側面では、台木および／または穂木は、例えば受入番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子またはその子孫から、例えばそのような植物または子孫を栽培スイカと（戻し）交配し、ＣＧＭＭＶ耐性Ｃ．コロキンシスドナー由来の１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる子孫を選抜することによって入手可能である、本明細書に記載の１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる本発明によるＣＧＭＭＶ耐性栽培スイカ台木である。
【０２２７】
本明細書では、「台木」とは、植物接ぎ木の技術分野で使用されることに関して、接ぎ木がなされる分離した植物部分または茎を指す。典型的には、台木は、接木植物の根と下部茎を含む底部を表す。それまでに除去されていたとしても、それぞれの場合において根が再び台木茎から成長することになるので、接ぎ木したときや接ぎ木した直後は、いずれの場合も根が存在することは必要ではない。
【０２２８】
「穂木」とは、接木植物に地上部のみを供給する植物（シュートや枝など）の分離した、生きている部分をいう。
【０２２９】
スイカの接ぎ木法、単接ぎ木および多段接ぎ木（double grafts）についてはともに、参照により本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第２０１３／０２９８２７３Ａ１号も参照されたい。
【０２３０】
本発明の好ましい実施態様では、本発明の台木および／または本発明の接木は、それぞれ、ＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物、例えば受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から育った植物またはその子孫を、１つまたは複数のＱＴＬ、例えばＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなる遺伝子移入断片のドナーとして用いることに由来する、それから得られる、またはそれによって入手可能である１つまたは複数ＱＴＬを含んでなる栽培スイカ植物の台木または穂木である。
【０２３１】
別の側面では、本発明による台木および／または本発明による穂木は、それぞれ、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子またはその子孫から育った植物によって有種可能である、またはそれから得られる、派生する、派生可能である、またはそれに由来する台木または穂木である。
【０２３２】
本発明の更なる実施態様は、少なくとも１つの台木および少なくとも１つの穂木を含んでなる接木植物に関し、接木植物の少なくとも１つの台木は、本発明による台木または接木植物の少なくとも１つの穂木は本発明による穂木であり、かつ／または接木植物の少なくとも１つの台木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなり、もしくは接木植物の少なくとも１つの穂木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。
【０２３３】
本発明の好ましい実施態様は、本発明による接木植物に関し、接木植物の少なくとも１つの穂木は、本発明による穂木であり、かつ／または接木植物の少なくとも１つの穂木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。したがって、一側面では、この穂木は、本発明のＣＧＭＭＶ耐性植物のもの、とりわけ１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる栽培スイカ穂木である。例えば、台木はＣＧＭＭＶ感受性台木であってもよい。台木はまた、ＣＧＭＭＶ耐性台木はあってもよい。同様に、ユウガオ属またはカボチャ属の台木、または本明細書に記載もしくは当該技術分野で公知の他の台木などの一般に知られているいずれの台木であってもよい。
【０２３４】
代替的に、２つの穂木を単一の台木に接ぎ木することができ、したがって、一側面では、２つの穂木のうち少なくとも１つ、任意選択で、両方の穂木が本発明のＣＧＭＭＶ耐性植物、とりわけ栽培スイカの穂木である。
【０２３５】
別の実施態様では、本発明による接木植物は、本発明による台木である少なくとも１つの台木を含んでなり、かつ／または接木植物の少なくとも１つの台木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。
【０２３６】
更なる実施態様では、本発明による接木植物は、実生または接木実生である。
【０２３７】
本発明に関して、「接木植物」という用語は、異なる植物部分から構成されるが、単一の植物として成長するように見える、または成長する植物を指し、その植物部分は異なる遺伝子型を有する植物に由来する。一般に、その異なる植物部分は台木および穂木と呼ばれる。
【０２３８】
「接ぎ木」とは、異なる植物部分が単一の植物体として成長するように見える、または単一の植物体として成長するように異なる遺伝子型を有するそれらの異なる植物部分を接合する方法をいう。
【０２３９】
本明細書では、「実生」とは、若い植物、特に種子の胚から発生するものを指す。
【０２４０】
本明細書では、「接木実生」とは、異なる遺伝子型を有する異なる実生の部分からなる若い植物を指す。一般に、その異なる部分は台木および穂木と呼ばれる。
【０２４１】
接木植物または実生が異なる植物の２つより多い部分から構成できることは当技術分野で周知である。接木植物は、例えば、単一のものだけではない台木からなることができる。そのような種の植物を生産するために使用される方法は、当該技術分野において公知であり、単一の台木接ぎ木とは対照的に「多台木接ぎ木（multi-rootstock grafting）」と呼ばれる。接木スイカ植物または１つの台木（「単台木接ぎ木（single-rootstock grafting）」）、２つの台木（「二重台木接ぎ木（dual-rootstock grafting）」）、もしくは３つの台木（「三重台木接ぎ木（threefold-rootstock grafting）」）を有する接木スイカ植物を生産する方法は、当該技術分野で公知であり、例えば（Qin et al., 2014, Not Bot Agrobo 42(2), 495-500）に記載されている。
【０２４２】
したがって、本発明の更なる実施態様は、本発明による接木植物または１つ、２つ、または３つの台木を含んでなる本発明による接木実生に関する。より好ましくは、本発明の接木植物または本発明の接木実生は２つの台木、さらにより好ましくは１つの台木を含んでなる。
【０２４３】
スイカ属穂木をスイカ属台木に接ぎ木することは一般的である。他のウリ科植物から台木を接ぎ木するスイカの大部分の場合では、特に名前を挙げると、ユウガオ属、カボチャ属、および種間カボチャ属雑種が使用される。スイカ植物は他のウリ科植物の台木に接ぎ木されて、例えば、つる割病（Fusarium wilt）を防除し、低温に対する耐性を高め、水および植物栄養素の取り込みを高めることによって収量を増加させる。スイカを接ぎ木するために一般的に使用される台木は、ククルビタ・モスカータ（カボチャ（pumpkin））、ククルビタ・マクシマ（カボチャ（squash））、ベニンカーサ・ヒスピダ（トウガン）、ラゲナリア・シセラニア（ヒョウタン（bottole gourd））、および上記の種の雑種、例えばククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータである（Yetisir & Sari, 2003, Austarlian J. Experimental Agriculture 43, 1269-1274）。
【０２４４】
接木スイカ植物では、ラゲナリア・シセラニア、ベニンカーサ・ヒスピダ、ククルビタ・モスカータ、ククルビタ・ペポ、およびククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータの雑種由来の台木は、例えばつる割病（Fusarium wilt）防除のために使用され、シキオス・アングラトゥス台木は、例えば線虫防除のために使用される。さらに、ククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータの雑種、ククルビタ・モスカータ、またはククルビタ・ペポ台木が、低温に対する耐性を高めるためのスイカ接ぎ木に使用される（Singh & Rao, 2014, Agri. Reviews 35(1), 24-33）。
【０２４５】
それぞれの台木に接ぎ木された本発明による穂木を使用することによって、今般、他の生物的ストレスまたは非生物的ストレスに加えて、スイカ属作物植物におけるＣＧＭＭＶ感染の制御が可能になる。これは、特定の生物的（例えばフザリウムもしくは線虫感染）および／または非生物的（例えば低温）ストレスをコントロールすることのように、栽培領域においてそれぞれの必要性に応じて選択できるそれぞれの台木に、本発明による穂木を接ぎ木することによって達成することができる。
【０２４６】
したがって、本発明の更なる実施態様は、本発明による接木植物または本発明による接木実生に関し、少なくとも１つの台木がスイカ属植物に由来する、または異なる属の植物に由来し、好ましくは、異なる属の植物由来の根茎は、カボチャ属、ユウガオ属、アレチウリ属、またはトウガン属の植物からなる群、またはこれらの属の植物間の雑種から選択される。より好ましい実施態様では、本発明による接木植物または本発明による接木実生は、キトルルス・ラナツス植物、ククルビタ・モスカータ植物、ククルビタ・マクシマ植物、ククルビタ・ペポ植物、ベニンカーサ・ヒスピダ植物、ラゲナリア・シセラニア植物、シキオス・アングラトゥス台木植物、またはククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータの雑種植物に由来する少なくとも１つの台木を含んでなる。
【０２４７】
本発明の一実施態様では、本発明による接木植物または本発明による接木実生は、本発明による穂木を含んでなり、ユウガオ属植物、キトルルス・ラナツス植物、ククルビタ・モスカータ植物、ククルビタ・マクシマ植物、またはククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータの雑種植物からなる群から選択される植物から得られる台木を含んでなり、さらにより好ましくは、台木は、キトルルス・ラナツスまたはククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータの雑種植物から選択される植物から得られる。
【０２４８】
本発明に関して、好ましいククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータ雑種は、ククルビタ・マクシマ×ククルビタ・モスカータ栽培品種エルコール（ヌンヘムス、市販）である。他の好ましい台木は、新土佐（Shintosa）、例えばＳｈｉｎｔｏｓａ  Ｃａｍｅｌｆｏｒｃｅ（ヌンヘムス、市販）またはユウガオ属台木、例えばユウガオ属雑種台木Ｃｏｌｏｓｓｏ（ヌンヘムス、市販）である。
【０２４９】
台木の場合と同様に、接木植物は１つより多い穂木を有することができることも当該技術分野で確立されている。台木に接ぎ木した２つの穂木からなる多段接ぎ（Double grafted）または「多段穂木接ぎ（double-scion grafted）」スイカ植物は、例えば国際公開第２０１２０６２６７２Ａ１号および米国特許出願公開第２０１３０２９８２７３号に記載されている。米国特許出願公開第２０１３０２９８２７３号は、台木に接ぎ木された２つの穂木を有するスイカ植物を開示しており、穂木は遺伝的に同一の植物由来または遺伝的に異なる植物由来であることができる。穂木は二倍体（２ｎ）でも三倍体（３ｎ）でもよい。遺伝的に異なる植物から得られた穂木に関して、台木に接ぎ木された一方の穂木は二倍体（２ｎ）であり、同じ台木に接ぎ木されたもう一方の穂木は三倍体（３ｎ）であることができる。同じ台木に接木された二倍体（２ｎ）および三倍体（３ｎ）の接木のこのような組み合わせは、種なし果実を生産するために使用することができ（本明細書の上記を参照）、これらの状況下での二倍体穂木は、特殊受粉樹または二重目的受粉樹であることができる。
【０２５０】
したがって、本発明の更なる実施態様は、本発明による接木植物または本発明による接木実生に関し、接木植物または実生は少なくとも２つの穂木を含んでなり、少なくとも１つの穂木は本発明による穂木であり、かつ／または少なくとも１つの穂木は本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。好ましい実施態様では、本発明による接木植物または本発明による接木実生は、２つの本発明による穂木を含んでなり、かつ／または２つの穂木のそれぞれは、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。１つの更なる実施態様では、２つの本発明による穂木は、同一（同じ）遺伝子型を有し、かつ／または２つの穂木は、同一（同じ）遺伝子型を有する本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。別の実施態様では、２つの本発明による穂木は異なる遺伝子型を有し、かつ／または２つの穂木は、互いに異なる遺伝子型を有する本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなり、好ましくは一方の穂木が二倍体（２ｎ）であり、もう一方の穂木が三倍体（３ｎ）である。一方の穂木が二倍体（２ｎ）であり、もう一方の穂木が三倍体（３ｎ）である、本発明による接木植物または本発明による接木実生に関して、二倍体（２ｎ）穂木は、特殊受粉樹または二重目的受粉樹であることができる。
【０２５１】
１つの特定の実施態様では、本発明による接木植物は、少なくとも１つの本発明による台木および少なくとも１つの本発明による穂木を含んでなる。好ましくは、本発明による接木植物は、１つの本発明による台木および少なくとも１つの本発明による穂木を含んでなる、または本発明による接木植物は、少なくとも１つの本発明による台木および１つの本発明による穂木を含んでなる。より好ましくは、本発明による接木植物は、１つの本発明による台木および１つの本発明による穂木を含んでなる。
【０２５２】
スイカを含む接木植物の生産のための方法は、当該技術分野で一般的である。手動（手作業）接ぎ木法および機械（ロボット）接ぎ木法が確立されている。「舌寄せ（tongue approach）接ぎ」、「穴差込（hole insertion）接ぎ」、「一子葉（one cotyledon）接ぎ」、「腹（side）接ぎ」を含むさまざまな接ぎ木技術がスイカで知られている（Hassell et al., 2008, HortScience 43(6), 1677）。
【０２５３】
スイカを含む野菜の接ぎ木方法は、Singh & Rao (2014, Agri. Reviews 35(1), 24-33)でも概説されている。
【０２５４】
本明細書で上述したように、ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物の供給は、今般、ＣＧＭＭＶに対する耐性がある更なるスイカ属作物植物の生産を可能にする。
【０２５５】
したがって、本発明の更なる側面は、次の工程を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物の生産のための方法に関する。
ａ）ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物（ドナー）を、別のスイカ属植物（レシピエント）、例えばＣＧＭＭＶ感受性植物と交配させること、またはそのような交配の子孫を準備すること、および
ｂ）工程ａ）による交配植物から種子を得ること、またはＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる種子／植物を選抜すること。
【０２５６】
その方法は、任意選択で、自家受粉すること、および／または工程ｂ）の種子から育った植物を（例えば工程ａ）の他のスイカ属植物に、例えば感受性栽培スイカの系統または品種に）１回または複数回戻し交配すること、ならびにＣＧＭＭＶ耐性（例えば１つまたは複数のＱＴＬ）を含んでなる自家受粉の子孫および／または戻し交配の子孫を選抜することをさらに含んでなることができる。
【０２５７】
ＣＧＭＭＶ耐性ドナー植物は、本明細書に記載のＱＴＬに連鎖する１つまたは複数のＳＮＰマーカーを用いて、表現型的および／または遺伝子型的に選抜することができる。したがって、例えば、ドナーは、ＱＴＬ１．１、ＱＴＬ４．１、ＱＴＬ５．２、ＱＴＬ７．１、およびＱＴＬ９．１の１つまたは複数またはすべてを含んでなることができる。ドナーは、例えば、（任意選択で１回または複数回自家受粉させた）Ｃ．コロキンシスドナー、または１つもしくは複数のＱＴＬが既に遺伝子移入され、この方法で他のＣＧＭＭＶ感受性植物に移されるキトルルス・ラナツス亜種ウルガリスであることができる。
【０２５８】
ドナーおよび／またはドナー由来のＣＧＭＭＶ耐性を含んでなる子孫の選抜は、本明細書に記載のように、例えば、表現型的に、例えば機械的葉接種を使用して抵抗性表現型を決定すること、および／もしくはＲＴ−ｑＰＣＲを用いてＣＧＭＭＶウイルスレベルを検出すること、および／もしくはＥＬＩＳＡもしくはドットブロットなどのＣＧＭＭＶウイルス検出用の他のアッセイ、および／もしくは根をウイルス溶液に浸すこともしくは種子をウイルス溶液に浸漬させることなどのＣＧＭＭＶ病徴を検出するための迅速アッセイ、ならびに／または遺伝子型的に、本明細書に記載のようにＱＴＬに連鎖する１つまたは複数の分子マーカーを使用して行うことができる。よって、ドナーは、ＣＧＭＭＶ耐性について、ならびに／または例えば、本明細書の他の箇所にすべて記載のＱＴＬ１．１に連鎖するＳＮＰ１、ＳＮＰ２、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、および／もしくはＳＮＰ６の１つまたは複数；および／もしくはＱＴＬ４．１に連鎖するＳＮＰ７、ＳＮＰ８、および／もしくはＳＮＰ９の１つまたは複数；および／もしくはＱＴＬ５．２に連鎖するＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、および／もしくはＳＮＰ１２の１つまたは複数；および／もしくはＱＴＬ７．１に連鎖するＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、および／もしくはＳＮＰ１８の１つまたは複数；および／もしくはＱＴＬ９．１に連鎖するＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、および／もしくはＳＮＰ２４の１つまたは複数についてのＣＧＭＭＶ耐性ドナー遺伝子型について試験することができる。
【０２５９】
スイカ属植物の生産のための本発明による方法の工程ａ）のＣＧＭＭＶ耐性植物は、ＣＧＭＭＶ耐性である限り、いずれのスイカ属植物であることができる。好ましくは、工程ａ）で提供されるスイカ属植物は、二倍体（２ｎ）染色体数が２２であるスイカ属植物であり、かつ／またはスイカ属作物植物と交配可能である。より好ましくは、工程ａ）のＣＧＭＭＶ耐性植物は本発明による非遺伝子組換え植物であり、より好ましくは、それはキトルルス・コロキンシス種の植物であり、さらにより好ましくは、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子から育った植物である。別の側面では、ＣＧＭＭＶ耐性植物は、例えば、Ｃ．コロキンシスドナーから遺伝子移入されたＣＧＭＭＶ耐性ＱＴＬの１つまたは複数またはすべて、例えば、ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子またはそのＣＧＭＭＶ耐性子孫から得られる／入手可能であるＱＴＬの１つまたは複数を含んでなる、記載の栽培スイカ植物である。
【０２６０】
したがって、上記の方法は、任意選択で、１つまたは複数のＱＴＬを含んでなるドナーおよび／または子孫を選抜するために、任意選択で、１つまたは複数のＱＴＬに連鎖する１つまたは複数のマーカーについてＤＮＡを分析する工程を含んでなることができる。一側面では、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１はドナーに存在し、交配の子孫に移される。もしドナーが、遺伝子移入断片（ＱＴＬを含んでなる）を既に含んでなる栽培スイカの有望系統または品種であるならば、それは単に遺伝子移入断片を含んでなる組換え染色体を保持する子孫を選抜することの問題である。これは、例えばＫＡＳＰアッセイまたは他の遺伝子型決定アッセイにおいて、１つまたは複数のＳＮＰマーカーを用いる表現型試験および／または遺伝子型決定によって簡単に行うことができる。配列決定などの他の方法も、ドナーヌクレオチドを含んでなる配列が存在するかどうかを判定するのに使用できることは明らかである。
【０２６１】
交配は、当業者にとって一般的なプロセスである。スイカ属植物の生産のための本発明による方法の工程ａ）の他のスイカ属植物は、好ましくはキトルルス・ラナツス、キトルルス・コロキンシスまたはキトルルス・ナウディニアヌス植物であり、より好ましくはキトルルス・ラナツス植物であり、最も好ましくはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物である。一側面では、それはＣＧＭＭＶ感受性栽培スイカ系統または品種である。
【０２６２】
植物組織中のＣＧＭＭＶコードタンパク質の検出のためのアッセイが市販されており、例えば、ＣＧＭＭＶ検出用ＥＬＩＳＡ試薬セットまたはＣＧＭＭＶイムノストリップ（ImmunoStrip）テストがともに、Ａｇｄｉａ，Ｉｎｃ．、５２６４２  Ｃｏｕｎｔｙ  Ｒｏａｄ  １、エルクハート、インディアナ  ４６５１４によって販売されている。これらの試験は感染植物中のＣＧＭＭＶタンパク質を検出するのに適しており、以前に接種した植物中のウイルスタンパク質の不在を示すのにも使用することができる。
【０２６３】
ＣＧＭＭＶ  ＲＮＡは、さまざまな方法によって、例えば一般的方法の下で本明細書に記載のようにＰＣＲに基づく分析によって、植物材料中で検出することができる。ＣＧＭＭＶ用の高感度リアルタイム逆転写ＰＣＲ試験は、Ｈｏｎｇｙｕｎ  ｅｔ  ａｌ．（2008, J Virological Methods 149, 326-329）によって記述されている。
【０２６４】
ＣＧＭＭＶ耐性植物を同定するための好ましい表現型試験は、一般的方法の下で本明細書に記載の目視で評価された病徴に基づいて試験することであるが、適切な感受性対照を伴った野外試験など、他の試験も明らかに存在する。
【０２６５】
別の実施態様では、スイカ属植物の生産のための本発明による方法は、同定されたＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物を用いることによって、更なるスイカ属植物を生産する更なる工程を含んでなる。所与の植物由来の更なる植物の生産は、当該技術分野で十分に確立されている。生産された更なる植物はＣＧＭＭＶに耐性があるということを特徴とする。これらの更なる植物は、栄養繁殖（無性）、雄原（有性（gamic）、有性（sexual））生殖、または他のシトルラス属植物との交配によって生産することができる。栄養繁殖に適しているのは、例えば挿し木、インビトロ組織、細胞、プロトプラスト、胚もしくはカルス培養、マイクロプロパゲーション、根茎、または塊茎である。他の繁殖物質としては、例えば、ＣＧＭＭＶに対する耐性を付与する染色体断片についてヘテロ接合またはホモ接合である果実、種子、実生が挙げられる。
【０２６６】
植物のマイクロプロパゲーションを含む栄養（無性）繁殖のための技術は、当該技術分野において周知であり、例えば、バナナ、柑橘類、マンゴー、パパイヤ、アボカド、（マスク）メロン（(sweet) melon）について報告され、Ｐｕａ  ａｎｄ  Ｄａｖｅｙ（2007, Springer Science & Business Media, ISBN: 3540491619, 9783540491613）に記載されている。Ｓｕｌｔａｎａ  ａｎｄ  Ｒｈａｍａｎ（2012, LAP Lambert Academic Publishing, ISBN-13: 978-3-8484-3937-9）は、例えば、スイカのさまざまな組織培養およびマイクロプロパゲーション方法を開示する。
【０２６７】
一実施態様では、スイカ属植物の生産のための本発明による方法は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物のための方法である。
【０２６８】
スイカ属植物を生産するための本発明による方法によって入手可能である／得られる植物も、本発明の一実施態様である。
【０２６９】
本明細書で上述したように、本明細書に開示されるＣＧＭＭＶ耐性植物は、ＣＧＭＭＶ耐性接木植物を生産するのにも適している。
【０２７０】
したがって、本発明の更なる実施態様は、次の工程を含んでなる接木植物または接木実生を生産するための第１の方法に関する。
ａ）スイカ属、カボチャ属（Curcubita）、ユウガオ属、アレチウリ属、もしくはトウガン属の群の植物またはこれらの属にいずれかの２つの種の交配によって生産される雑種から選択される台木を準備すること、
ｂ）本発明による穂木を準備すること、
ｃ）工程ｂ）による穂木を工程ａ）による台木に接ぎ木すること。
【０２７１】
本明細書では、スイカ属植物の接ぎ木のためにさまざまな属由来の台木を使用することが当該技術分野において一般的であることを上述した。したがって、接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１の方法の工程ａ）に関して、台木は、工程ａ）で示される属から得ることができる。接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１の方法の工程ａ）に記載の雑種は、示された属から選択された２つの異なる種の交配によって得られたる任意の雑種であることができる。したがって、雑種は、同じ属の２つの異なる種を交配することによって、または異なる属の２つの異なる種を交配することによって得ることができる。
【０２７２】
好ましくは、工程ａ）による台木は、キトルルス・ラナツス、ククルビタ・モスカータ、ククルビタ・マクシマ、ククルビタ・ペポ、ベニンカーサ・ヒスピダ、ラゲナリア・シセラニア、シキオス・アングラトゥスからなる種の群、または２つのカボチャ属の種を交配することによって生産される雑種植物から選択される。
【０２７３】
具体的な台木の例は、ヌンヘムス台木品種Ｍａｃｉｓ  Ｆ１（ラゲナリア・シセラニア種）、Ｎｕｎ  ３００１  ＲＴ  Ｆ１（ラゲナリア・シセラニア種）、Ｓｈｉｎｔｏｓａ  Ｃａｍｅｌｆｏｒｃｅ  Ｆ１（カボチャ属種間雑種）、エルコールＦ１（カボチャ属種間雑種）、またはシンジェンタ台木品種Ｅｍｐｈａｓｉｓ（ユウガオ属（Langenaria）型台木）およびＳｔｒｏｎｇ  Ｔｏｓａ（種間カボチャ雑種）由来、または他のスイカ適合台木由来である。
【０２７４】
１つの特定の実施態様では、接木植物または接木実生を生産するための本発明による方法の工程ａ）に関して、台木は本発明による台木であり、かつ／または台木は本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。
【０２７５】
接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１の方法の工程ｂ）による穂木は、本発明による穂木の実施態様として本明細書に記載されているいずれの台木であってもよい。好ましくは、工程ｂ）による穂木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物から得られ、より好ましくは、穂木は、本発明による非遺伝子組換えキトルルス・ラナツス植物から得られ、最も好ましくは、本発明による非遺伝子組換えキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物から得られる。
【０２７６】
本発明の更なる実施態様は、次の工程を含んでなる接木植物または接木実生を生産するための第２の方法に関する。
ａ）本発明による台木を準備すること、
ｂ）スイカ属植物の穂木を準備すること、
ｃ）工程ｂ）による実生を工程ａ）による台木に接ぎ木すること。
【０２７７】
本発明による第２の方法による接木植物または接木実生を生産する方法の工程ａ）による台木は、本発明による台木の実施態様として本明細書に記載されているいずれの台木であってもよい。好ましくは、工程ａ）による台木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物から得られる、より好ましくは、台木は本発明の非遺伝子組み換えキトルルス・コロキンシスまたはキトルルス・ラナツス（キトルルス・ラナツス亜種ウルガリスを含む）植物から得られる。一側面では、ＮＵＮ４２６２４またはそのＣＧＭＭＶ耐性子孫が工程ａ）で台木として使用される。
【０２７８】
接木植物または接木実生を生産するための本発明による第２の方法の工程ｂ）による穂木は、キトルルス・ラナツス、キトルルス・コロキンシス、またはキトルルス・ナウディニアヌスから選択されるいずれかの種の穂木であることができる。好ましくは、穂木はキトルルス・ラナツス植物の穂木であり、さらにより好ましくは、穂木はキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物の穂木である。一側面では、穂木は、１つまたは複数の記載のＱＴＬを含んでなる本発明によるＣＧＭＭＶ耐性植物の栽培スイカ穂木である。
【０２７９】
１つの特定の実施態様では、接木植物または接木実生を生産するための本発明による第２の方法の工程ｂ）に関して、穂木は本発明による穂木であり、かつ／または穂木は本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物細胞を含んでなる。
【０２８０】
周知の接ぎ木法が本明細書で議論されており、本発明による接木植物または接木実生を生産するための第１および第２の方法の工程ｃ）に関して、適宜、適用可能である。任意選択で、使用する接ぎ木法によって、台木と穂木を合わせた後、接木の乾燥を防ぎ、修復を助けるために、台木と穂木の間の結合領域は、シール（例えばアルミニウム）および／または接ぎ木クリップで覆うことができる、または台木と穂木をくっつけるためにシリコンスリーブ（silicone sleeve）を使用することができる。
【０２８１】
所望により、接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１または第２の方法は、更なる工程ｄ）を含んでなり、ここで、工程ｃ）で得られた接木は、修復室（healing room）または湿度チャンバーに置かれる。好ましくは、接木は、修復プロセスが完了するまで、修復室（healing room）または湿度チャンバーに保持される。修復プロセスが完了した後、植物は、移植される前に、順化のために温室に入れられる。
【０２８２】
本発明の１つの特定の実施態様では、接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１または第２の方法の工程ａ）による台木および工程ｂ）による穂木は、本発明による、それぞれ台木または穂木の実施態様として本明細書に記載のいずれかの台木またはいずれかの穂木であることができる。好ましくは、工程ｂ）による穂木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物から得られ、より好ましくは、工程ａ）による台木は、本発明による非遺伝子組換えキトルルス・コロキンシスまたはキトルルス・ラナツス植物由来の台木であり、最も好ましくは、本発明によるシトルラス・ラナツス亜種ウルガリス植物由来の台木である。好ましくは、工程ｂ）による穂木は、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物から得られ、より好ましくは、穂木は、本発明による非遺伝子組換えキトルルス・ラナツス植物から得られ、最も好ましくは、本発明による非遺伝子組換えキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物から得られる。
【０２８３】
一実施態様では、接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１または第２の方法は、本発明による接木植物または接木実生を生産するために用いられる。したがって、少なくとも２つの異なる台木および／または少なくとも２つの異なる穂木を有する接木植物または接木実生も、接木植物または接木実生を生産するための本発明による第１または第２の方法によって生産することができることが理解される。
【０２８４】
また、接木植物または接木実生を生産するための本発明の第１または第２の方法によって入手可能である、またはそれから得られるＣＧＭＭＶ耐性接木植物または実生も、本発明の実施態様である。
【０２８５】
本発明による植物の提供によって、今般、スイカ属植物のＣＧＭＭＶ感染と闘うこと、ＣＧＭＭＶ誘導スイカ属果実収量減少と闘うこと、ＣＧＭＭＶ誘導収量減少を低減もしくは防止すること、またはスイカ属植物からＣＧＭＭＶ耐性種子を生産することが可能になる。
【０２８６】
したがって、本発明の更なる実施態様は、次の工程を含んでなる、スイカ属植物においてＣＧＭＭＶ感染と闘うための方法に関する。
本発明の種子の播種すること、または本発明による接木植物を移植すること、または本発明による接木実生を移植すること、
工程ａ）に従って播種された植物を育てること、または接木植物もしくは接木実生を育てること。
【０２８７】
本明細書では、「移植」とは、実生または接木実生を手作業または機械によって栽培領域または生育領域に移すことを述べるのに用いられる。
【０２８８】
スイカ属植物のＣＧＭＭＶ感染と闘うための本発明による方法の工程ａ）では、種子は、好ましくは、圃場、植木鉢（pot）、またはトレイ（tray）のようなスイカ属植物を育てるのに適した任意の領域であることができる栽培領域に播種され、植木鉢（pot）またはトレイ（tray）は、開放空間または温室に置くことができ、生育領域は、例えばホイルまたはゲイズトンネル（gaze tunnels）で覆われていてもいなくてもよい。
【０２８９】
ＣＧＭＭＶと闘うための本発明の方法の工程ｂ）に従って生育させたスイカ属植物は、工程ａ）による種子または接ぎ木移植体（grafted transplants）が含んでなるＣＧＭＭＶ耐性により、ＣＧＭＭＶに感染した際にＣＧＭＭＶによって引き起こされる病徴を示さない（スケール４）または軽度の病徴（スケール３）を示すことが好ましい。
【０２９０】
１つの特定の実施態様では、ＣＧＭＭＶ感染と闘うための本発明による方法は、スイカ属植物の果実のＣＧＭＭＶ誘発収量減少と闘う、それを低減、または防止する方法であり、この方法は工程ｂ）に従って生育させた植物から果実を収穫することである更なる工程ｃ）を含んでなる。
【０２９１】
スイカ属植物、とりわけ栽培スイカ植物の果実のＣＧＭＭＶ誘発収量減少と闘う、それを低減、または予防するための本発明による方法によって入手可能である、または得られるＣＧＭＭＶ抵抗性植物の果実も、本発明の実施態様である。果実は、ＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーによって検出可能な１つまたは複数のＱＴＬの存在により、他の果実と区別することができる。言い換えれば、果実は、Ｃ．コロキンシスドナー由来の遺伝子移入断片を含んでなる少なくとも１つの組換え染色体を含んでなり、その遺伝子移入断片は、ＱＴＬに連鎖する配列とＳＮＰマーカーによって検出可能である。果実は、良好な農学的品質のものであり、高いブリックス、良好な果実の食感を有し、ＣＧＭＭＶ感染の内部病徴がないことが好ましい。ＣＧＭＭＶウイルスは、例えばＲＴ−ｑＰＣＲを用いて果実で検出可能ではないことが好ましい。果実は、倍数性に応じて、１つ、２つ、３つ、または４つの組換え染色体を含んでなる。一側面では、果実は三倍体で種なしであり、３コピーの組換え染色体の、したがって３コピーの遺伝子移入断片および３コピーのドナーＳＮＰヌクレオチド、例えばＱＴＬ７．１に連鎖するＳＮＰ１４の場合、ＳＮＰ遺伝子型は、耐性植物および植物部分について「ＡＡＡ」（３コピーの配列番号１４）であることになる。ＱＴＬ７．１についてホモ接合の二倍体スイカ植物では、ＳＮＰ遺伝子型はＳＮＰ１４について「ＡＡ」でありであることになり、ＱＴＬ７．１についてホモ接合の四倍体スイカ植物では、ＳＮＰ遺伝子型はＳＮＰ１４について「ＡＡＡＡ」であることになる。同じことが、表１および表６の他のＳＮＰマーカーにも当てはまる。ＳＮＰ遺伝子型決定は、さまざまな方法を使用して行うことができ、例えば、ＫＡＳＰアッセイを使用することができる、または配列決定などの他の方法。
【０２９２】
「ブリックス」または「度ブリックス」または「°ブリックス」は、屈折計を使用していくつかの成熟果実で測定される平均総可溶性固形分を指す。好ましくは、少なくとも３つの果実の平均が計算され、各果実は、切開された果実の中心と外皮の間で測定される。
【０２９３】
一側面では、記載の１つまたは複数のＱＴＬを含んでなる本発明の栽培スイカ植物の果実は、少なくとも９．０、好ましくは少なくとも１０．０または１１．０以上のブリックスを有する。
【０２９４】
一側面では、記載の１つまたは複数のＱＴＬを含む本発明の栽培スイカ植物の果実は、市場性のある果実である。果実品質に関する「市場性のある」とは、スイカの果実が、ＣＧＭＭＶ感染の外部病徴も内部病徴もなく、良好な風味をもち（異臭のない）、度ブリックスが少なくとも９．０、好ましくは少なくとも１０．０または少なくとも１１．０であり、好ましくは、例えば白（例えば品種クリーム・オブ・サスカチュワン（Cream of Saskatchewan））、黄色（例えば品種大和クリーム１号）、オレンジ（例えば品種テンダースイート）、ピンク（例えば品種サデュル（Sadul））、ピンクがかった赤（例えば品種クリムソンスイート）、赤（例えば品種シュガーベイビー）、または濃い赤（例えば品種ディキシー・リー（Dixie Lee））の均一な果肉色も有し、新鮮なものとしての消費（fresh consumption）のために販売するのに適していることを意味する。
【０２９５】
「均一な果肉色」とは、真ん中（中央部（midsection））を通って切り開いたとき、熟した果実全体の色が、果肉全体に均一に分布していること、すなわちまばらになっていないことを意味する。したがって、赤い果実は果肉全体が赤く、白い斑点を含まない。均一な赤色を示す果実の例は、二倍体品種プレミアムＦ１（Premium F1）（ヌンヘムス）である。
【０２９６】
本発明の利点は、本明細書に記載の、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物もしくは接木植物の果実または本発明による方法の１つで使用される植物によって生産される果実は、ＣＧＭＭＶ誘発病徴を示さないことである。したがって、圃場で栽培された本発明の植物または穂木が低レベルにＣＧＭＭＶに感染しても、これらの植物はＣＧＭＭＶ病徴のない果実を生産することになる。これらの果実は市場性があることになり、収量減少を低減または防止することができる。
【０２９７】
別の特定の実施態様では、ＣＧＭＭＶ感染と闘うための本発明による方法は、ＣＧＭＭＶ耐性種子を生産するための方法であり、この方法は、ＣＧＭＭＶによって誘導される果実収量減少と闘う方法、それを低減する方法、またはそれを防止する方法にくわえて、工程ｃ）に従って収穫された植物の果実から種子を得ることである更なる工程ｄ）を含んでなる。任意選択で、ＣＧＭＭＶ耐性種子を生産するための本発明による方法は、工程ｄ）で得られた種子を植物に育て、該植物をＣＧＭＭＶに対する耐性について試験する更なる工程ｅ）を含んでなり、ＣＧＭＭＶに対する耐性は、好ましくは、表現型的に、例えば病徴の目視評価によって、かつ／または遺伝子型的に、例えばＳＮＰマーカー遺伝子型決定によって分析される。本発明による二倍体または四倍体の栽培スイカの花を、例えば自身の花粉（自家受精）または他の花粉（他家受精）によって受精させると、種子が得られることになる。二倍体または四倍体栽培スイカ植物が遺伝子移入断片についてホモ接合である場合、Ｓ１の種子（自家受精後に作られる）もホモ接合となることになり、その花粉が遺伝子移入断片も含んでなる植物からのものか、遺伝子移入断片を欠く植物からのものかによって、Ｆ１の種子（他家受精後に作られる）はホモ接合またはヘテロ接合となることになる。
【０２９８】
ＣＧＭＭＶ耐性種子を生産するための本発明の方法によって入手可能である、または得られるＣＧＭＭＶ耐性種子もまた、本発明の一実施態様である。種子は、記載の少なくとも１つの組換え染色体を含んでなる。好ましくは、種子から育った植物は、ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片に起因するＣＧＭＭＶ耐性（例えばＣＧＭＭＶアッセイのスケール４またはスケール３）でもある。これは、優性ＱＴＬ、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１についての場合であることになる。劣性ＱＴＬはＣＧＭＭＶ耐性表現型を発現するためにホモ接合型である必要がある。
【０２９９】
一側面では、本発明の植物で生産されたＣＧＭＭＶ耐性種子はＣＧＭＭＶウイルスを含まず、すなわち、これらの種子ではＣＧＭＭＶウイルスは例えばＲＴ−ｑＰＣＲによって検出可能ではない。したがって、一側面では、本発明の１つまたは複数のＱＴＬは、ＣＧＭＭＶウイルスが、そのような植物で生産された種子に伝染可能ではないという結果をもたらす。一側面では、ＱＴＬ７．１および／またはＱＴＬ９．１を含んでなる栽培スイカ植物は、その果実にＣＧＭＭＶを含まない種子を生産することになる。
【０３００】
本発明の植物および植物部品にはさまざまな使用がある。
【０３０１】
ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物または植物部分または植物細胞、好ましくはＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物もしくは植物部分もしくは植物細胞またはＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物もしくは植物部分もしくは植物細胞の同定のための、ＳＮＰ１、ＳＮＰ１、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用。
【０３０２】
スイカ属植物または植物部分または植物細胞、好ましくはＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス植物もしくは植物部分もしくは植物細胞またはＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物もしくは植物部分もしくは植物細胞のＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬまたはＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片の同定または検出のための、ＳＮＰ１、ＳＮＰ１、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用。
【０３０３】
ＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬまたはＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬを含んでなる遺伝子移入断片を含んでなり、スイカ属植物または植物部分または植物細胞、好ましくは、キトルルス・コロキンシス植物もしくは植物部分もしくは植物細胞またはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物もしくは植物部分もしくは植物細胞である植物または植物部分または植物細胞の同定または検出のための、ＳＮＰ１、ＳＮＰ１、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用。
【０３０４】
ＣＧＭＭＶ耐性（またはＣＧＭＭＶ耐性付与ＱＴＬ）のＣＧＭＭＶ感受性栽培スイカ植物への遺伝子移入のための、ＳＮＰ１、ＳＮＰ１、ＳＮＰ３、ＳＮＰ４、ＳＮＰ５、およびＳＮＰ６から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ７、ＳＮＰ８、およびＳＮＰ９から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１０、ＳＮＰ１１、およびＳＮＰ１２から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１３、ＳＮＰ１４、ＳＮＰ１５、ＳＮＰ１６、ＳＮＰ１７、およびＳＮＰ１８から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用；ならびに／またはＳＮＰ１９、ＳＮＰ２０、ＳＮＰ２１、ＳＮＰ２２、ＳＮＰ２３、およびＳＮＰ２４から選択される１つもしくは複数のマーカーの使用。
【０３０５】
ＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・ラナツス植物の生産のため、好ましくはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物の生産のため、キトルルス・ラナツス植物細胞、好ましくはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物細胞の生産のための、本発明によるキトルルス・コロキンシス植物またはキトルルス・コロキンシス植物細胞の使用は、本発明の別の実施態様である。好ましい実施態様では、本発明によるキトルルス・コロキンシス植物またはキトルルス・コロキンシス植物細胞は、本発明によるＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・ラナツス植物を生産するために使用される。
【０３０６】
キトルルス・ラナツス植物、好ましくはキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物を受粉するための、本発明によるキトルルス・コロキンシス植物の花粉もまた、本発明の一実施態様である。
【０３０７】
接木植物、好ましくは本発明による接木植物の生産のための、本発明によるスイカ属植物またはスイカ属植物細胞の使用は、本発明の別の実施態様である。
【０３０８】
ＣＧＭＭＶ耐性種子の生産のための、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物またはスイカ属植物細胞の使用は、本発明の別の実施態様である。
【０３０９】
ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物、好ましくは本発明による非遺伝子組換えＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物の生産のための、受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された種子の使用もまた、本発明の一実施態様である。
【０３１０】
果実、好ましくは本発明による果実のための、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物またはスイカ属植物細胞の使用は、本発明の別の実施態様である。
【０３１１】
種なし果実、好ましくは本発明による種なし果実の生産のための、本発明による非遺伝子組換えスイカ属植物またはスイカ属植物細胞の使用は、本発明の別の実施態様である。
【０３１２】
動詞「含んでなる（comprise）」とその活用は、限定されない意味で、この単語の後に続く項目が含まれ、具体的に言及されていない項目が除外されないことを意味するように使用される。さらに、不定冠詞「ａ」または「ａｎ」による要素への参照は、文脈が要素の１つだけが存在することを明確に要求しない限り、１つより多くの要素が存在する可能性を排除しない。不定冠詞「ａ」または「ａｎ」は、通常、「少なくとも１つ」を意味し、例えば、「植物細胞（a plant cell）」はいくつかの細胞植物（cells plants）なども指す。同じく、「果実（a fruit）」または「植物（a plant）」もまた、複数の果実および植物を指す。
【０３１３】
一側面では、本発明による植物、植物部分、および植物細胞は、規則２８（２）ＥＰＣ（欧州特許条約）で規定される本質的な生物学的な方法によってのみ得られるわけではない。例えば、Ｃ．コロキンシスＱＴＬの原因遺伝子、例えばＱＴＬ７．１またはＱＴ９．１が、ＱＴＬが見出される７番染色体または９番染色体領域のファインマッピングおよび／または配列決定によって決定でき、栽培スイカのオルソログ遺伝子が決定でき、栽培スイカのオルソログ遺伝子は、例えばＵＶ突然変異誘発、ＥＭＳ突然変異誘発、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓゲノム改変などによって変異導入することができる。それによって、例えば、例えばＱＴＬ７．１またはＱＴＬ９．１の基礎をなす改変遺伝子を含んでなるＣＧＭＭＶ耐性スイカ植物を作り出すことができる。この面では、本明細書におけるＣ．コロキンシス遺伝子移入断片への言及は、それらがＱＴＬ７．１遺伝子座またはＱＴＬ９．１遺伝子座（または他の遺伝子座のいずれか）に存在するＣ．コロキンシス遺伝子のオルソロガスなスイカ遺伝子の（ヒトによって誘発された）変異遺伝子を含んでなるので、ＣＧＭＭＶ耐性であるスイカ植物に置き換えられる。
【０３１４】
一側面では、本明細書に記載のＱＴＬを付与するＣＧＭＭＶ耐性は、ＵＳＤＡコアコレクションのＣ．コロキンシス系統ＰＩ３８６０１５、ＰＩ３８８７７０、ＰＩ５２５０８２、およびＰＩ５３７３００から得られない／入手可能でない。
【０３１５】
種子の寄託
ＣＧＭＭＶ耐性植物の二倍体キトルルス・コロキンシス種子は、２０１６年１月２７日にＮＣＩＭＢ  Ｌｔｄ．、バックスバーン（Bucksburn）アバディーン（Aberdeen）  ＡＢ２１  ９ＹＡ、スコットランドにおいて、ブダペスト条約に基づきヌンヘムスＢ．Ｖ．によって受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された。
【０３１６】
寄託物へのアクセスは、特許商標局長（Commissioner of Patent and Trademarks）が請求に基づいて権利を有すると決定した者に対して、本出願の係属中に利用可能であることになる。
【０３１７】
出願人は、生物学的材料の試料および当該試料に由来する材料が、規則３２（１）ＥＰＣまたは類似の規則および規制を有する国もしくは条約の関係法令に従って、特許付与の言及（the mention of the grant of the patent）まで、または出願が拒絶される、放棄される、取り下げられる、もしくは取り下げたとみなされた場合は出願日から２０年間、指定された専門家にのみ分譲されることを要求する。
【０３１８】
３７Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．８０８（ｂ）に従い、１つまたは複数の寄託物の公衆への利用可能性に関して寄託者によって課されたすべての制限は、その寄託物へのアクセスを提供することによって、特許の付与時に取消し不能に解除されることになる。寄託物は、３０年間もしくは直近のリクエストから５年間、または特許の法的拘束力のある存続期間のいずれか長い期間維持され、その期間中に生存不能になった場合は取り替えられることになる。出願人は、この出願に関してこの特許に基づいて、または植物品種保護法（Plant Variety Protection Act）（７  ＵＳＣ  ２３２１以降）に基づいて付与されたいかなる権利も放棄しない。
【図面の簡単な説明】
【０３１９】
【図１】穂木の生産に使用されたＮＣＩＭＢ４２６２４植物および台木の生産に使用されたＣＧＭＭＶ感染キトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビー植物（２５ｄｐｉで撮影した写真）（Ａ）；ＣＧＭＭＶ感染キトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビー台木に接ぎ木されたＮＣＩＭＢ４２６２４穂木、１４０ｄｐｉで撮影した写真は、穂木に病徴がないことを示す（スケール４）（Ｂ）；ＣＧＭＭＶ感染キトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビー植物、１４０ｄｐｉ後に撮影した写真は重度の病徴を示す（Ｃ）。
【図２】一般的方法に記載の目視による病徴の評価に従ってスケール１を表す、ＣＧＭＭＶを接種後、重度の病徴、葉の変形、水ぶくれ、および明らかなモザイクを示すスイカ属植物の例。
【図３】一般的方法に記載の目視による病徴の評価に従ってスケール２を表す、ＣＧＭＭＶを接種後、中等度の病徴、葉の変形は軽度であるが明らかなモザイクを示すスイカ属植物の例。
【図４】一般的方法に記載の目視による病徴の評価に従ってスケール３を表す、ＣＧＭＭＶを接種後、軽度の病徴、非常に軽度のモザイクとわずかな透化斑点を示すスイカ属植物の例。
【図５】重度のＣＧＭＭＶ病徴を示す果実の例。この果実はＣＧＭＭＶを接種されたＣＧＭＭＶ感受性スイカ属植物によって生産された。
【図６】病徴を示さない果実の例。この果実はＣＧＭＭＶを接種されたＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物によって生産された。
【０３２０】
配列の説明
配列番号１〜配列番号６は、それぞれ、ＳＮＰ１〜ＳＮＰ６のドナーヌクレオチドを含んでなるＣ．コロキンシス由来のＱＴＬ１．１に連鎖する１番染色体の配列を指す。
配列番号７〜配列番号９は、それぞれ、ＳＮＰ７〜ＳＮＰ９のドナーヌクレオチドを含んでなるＣ．コロキンシス由来のＱＴＬ４．１に連鎖する４番染色体の配列を指す。
配列番号１０〜配列番号１２は、それぞれ、ＳＮＰ１０〜ＳＮＰ１２のドナーヌクレオチドを含んでなるＣ．コロキンシス由来のＱＴＬ５．２に連鎖する５番染色体の配列を指す。
配列番号１３〜配列番号１８は、それぞれ、ＳＮＰ１３〜ＳＮＰ１８のドナーヌクレオチドを含んでなるＣ．コロキンシス由来のＱＴＬ７．１に連鎖する７番染色体の配列を指す。
配列番号１９〜配列番号２４は、それぞれ、ＳＮＰ１９〜ＳＮＰ２４のドナーヌクレオチドを含んでなるＣ．コロキンシス由来のＱＴＬ９．１に連鎖する９番染色体の配列を指す。
配列番号２５：植物組織中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡを検出するためのＲＴ  ＰＣＲに使用されるリバースプライマー
配列番号２６：植物組織中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡを検出するためのＲＴ  ＰＣＲに使用されるフォワードプライマー
配列番号２７：植物組織中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡを定量するための定量的ＲＴ  ＰＣＲに使用されるセンスプライマー
配列番号２８：植物組織中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡを定量するための定量的ＲＴ  ＰＣＲに使用されるアンチセンスプライマー
配列番号２９：植物組織中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡを定量するための定量的ＲＴ  ＰＣＲに使用されるプローブオリゴヌクレオチド
【実施例】
【０３２１】
一般的方法
実施例：ＣＧＭＭＶ耐性を評価するための機械的葉接種
項目１：植物感染のためのＣＧＭＭＶ接種材料の調製
ヨーロッパ型株Ｖｅ４５９（ＣＮＲ、トリノ）に感染したＣＧＭＭＶ感受性キュウリ植物（例えば、品種シーラ（Sheila）、ヌンヘムスＢ．Ｖ．）からスイカ属植物の感染用接種材料を作出した。ＣＧＭＭＶ感染の明らかな病徴を示す新鮮な若い葉（有病徴葉）をキュウリから取り除いた。有症キュウリの葉１グラム当たり５ｍｌの冷蔵（５℃）０．０３Ｍリン酸緩衝液を加え、キュウリの葉１グラム当たり０．０５グラムの活性炭および０．１グラムの珪藻土を加えた。葉材は粉砕中と粉砕後に、氷冷した乳鉢中で乳棒を用いて粉砕した。
【０３２２】
スイカ属植物がＣＧＭＭＶに耐性があるかどうかを試験する場合、新鮮に増殖させた材料から新鮮に調製した接種材料を用いることが望ましい。
【０３２３】
項目２：（スイカ属）植物のＣＧＭＭＶでの感染
葉接種は、若い実生の最初の本葉に接種材料を擦ることによって行った。したがって、最初の本葉を広げたとき（播種後約１５〜２０日）に、（スイカ属）植物の実生に、一般的方法の項目１に記載のように調製した接種材料を接種した。最初の接種の４〜５日後に、実生に２回目の接種を行った。対照実生にはバッファーのみを接種する（模擬接種）。接種した植物は間接太陽光に保持し、直接太陽光は２回目の接種まで避けた。接種した実生を維持するための温度条件（regime）は、夜間１８℃および昼間１２〜１４時間の昼光を伴って２５℃であった。１つの遺伝子型（例えばＣＧＭＭＶ耐性遺伝子型、感受性対照遺伝子型）当たり少なくとも１０個の植物を、少なくとも２反復（replicates）で接種することが好ましい。くわえて、模擬接種された多数の植物を含む。
【０３２４】
項目３：病気の病徴の評価
接種された植物を、最初の接種後の次の時点（ｄｐｉ、接種後の日数）でＣＧＭＭＶウイルスの病徴および／または存在について分析した。
１５ｄｐｉ
３０ｄｐｉ
４５ｄｐｉ
６０ｄｐｉ
所望の場合、約１４０ｄｐｉまたはそれ以降でも、病徴やＣＧＭＭＶの存在について果実を試験することができる。
【０３２５】
対照植物
一連の試験すべてに、対照を含める必要がある。ＣＧＭＭＶでの感染の効率を確認するための陽性対照として、ＣＧＭＭＶに感受性があることが知られている（スイカ属）植物（例えばキトルルス・ラナツス商業品種）を含めることが重要である。好ましくは陽性対照植物の少なくとも９５％が２０ｄｐｉの葉で重度の病徴（スケール１）を示すべきであり、好ましくはこれらの植物によって生産される果実が重度の病徴を示すべきである。さらに、模擬接種としてリン酸バッファーのみを接種したＣＧＭＭＶ感受性植物に代表される陰性対照植物が含まれるべきである。くわえて、接種されていない植物を一連の試験シリーズに含めることができる。陰性対照は、葉または果実でＣＧＭＭＶ感染の病徴を示してはならず、ＣＧＭＭＶタンパク質および／またはＲＮＡは模擬接種植物では検出可能であるべきではない。
【０３２６】
葉のＣＧＭＭＶ病徴の目視評価
目視で評価した葉の病徴を次のスケールに従って分類する。
スケール１：重度の病徴：葉の変形、水ぶくれ、および明らかなモザイク（図２に例示）
スケール２：中等度の病徴：葉の変形は軽度であるが明らかなモザイク（図３に例示）
スケール３：軽度の病徴：非常に軽度のモザイクとわずかな透化斑点（図４に例示）
スケール４：葉に病徴なし（図１Ｂに例示）
接種した植物組織におけるウイルス検出：ＥＬＩＳＡ
植物のＣＧＭＭＶの有無を示すために、病徴の目視評価によってスケール４に分類されたすべての植物について、２回目の評価（３０ｄｐｉ）の後にＥＬＩＳＡアッセイを行った。ＥＬＩＳＡアッセイによって得られた結果に応じて、試験した植物を以下のスケールに従って分類した。
【０３２７】
ＥＬＩＳＡで陰性
吸光度が＜０．５の場合、低い陽性
吸光度が＞０．５の場合、ＥＬＩＳＡで陽性
植物材料中のＣＧＭＭＶの有無はまた、ＲＴ−ＰＣＲによって評価する、またはＲＴ−ｑＰＣＲ検出によって（一般的方法の項目４を参照）かつ／もしくはティッシュプリントもしくはドットブロット（一般的方法の項目５）によって定量することができる。
【０３２８】
項目４：接種した植物組織でのウイルス検出：植物組織におけるＣＧＭＭＶのＰＣＲ検出
植物材料中のＣＧＭＭＶの存在を逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）によって検出し、植物材料中のＣＧＭＭＶの定量には逆転写酵素定量ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ｑＰＣＲ、ＴａｑＭａｎ）を用いた。参照により組み込まれるHongyun et al., 2008, J Virological Methods 149, 326-329も参照されたい。
【０３２９】
ａ）植物材料からのＲＮＡの抽出
葉組織（２００ｍｇ）を液体窒素中で、乳棒を用いて乳鉢内で細かく粉砕し、滅菌済みの微量遠心管に移した。製造者の指示に従って、Ｔｒｉｚｏｌ試薬（インビトロジェン）で全ＲＮＡを抽出した。得られたＲＮＡペレットを３０μｌのＤＥＰＣ処理水に再懸濁し、−８０℃で保存した。ＲＮＡ濃度をＮＤ−１０００分光光度計（ＮａｎｏＤｒｏｐ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）で測定した。
【０３３０】
ｂ）逆転写酵素ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）
ＲＴ−ＰＣＲに使用したオリゴヌクレオチドは、ＥＭＢＬデータベースから入手可能なＣＧＭＭＶコートタンパク質遺伝子および３’非コード領域（ＮＣＲ）のヌクレオチド配列に基づいて設計した。最初のｃＤＮＡ鎖は、リバースプライマー：５′−ＴＴＧ  ＣＡＴ  ＧＣＴ  ＧＧＧ  ＣＣＣ  ＣＴＡ  ＣＣＣ  ＧＧＧ  ＧＡＡ  ＡＧ−３′（ＳｐｈＩ；配列番号２５）でプライミングしたＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩ逆転写酵素（インビトロジェン）によって合成した。ＰＣＲで使用されるフォワードプライマーの配列は、５′−ＣＣＧ  ＡＡＴ  ＴＣＡ  ＴＧＧ  ＣＴＴ  ＡＣＡ  ＡＴＣ  ＣＧＡ  ＴＣＡ  Ｃ−３′（ＥｃｏＲＩ；配列番号２６）である。温度サイクルスキームは、９４℃で３分、３５サイクルの９４℃で３０秒、５３℃で４５秒、７２℃で１分、その後に続く７２℃で７分の最終インキュベーションであった。
【０３３１】
予想される７００塩基対のＰＣＲ産物をｐＧＥＭ−３Ｚｆプラスミドにクローニングし、自動ＡＢＩ３７３０  ＤＮＡシーケンサーで陽性クローンを両方向に配列決定して、ＣＧＭＭＶウイルスＲＮＡから得られる増幅配列を確認した。
【０３３２】
ｃ）ＲＴ−ｑＰＣＲ
ＴａｑＭａｎアッセイのプライマーとプローブは、製造元によって提供された説明書に記載されている手順に従って、Ｐｒｉｍｅｒ  Ｅｘｐｒｅｓｓソフトウェア（アプライドバイオシステムズ、バージョン２．０）を使用して設計した。ＣＧＭＭＶ特異的プライマーは、５′−ＧＣＡ  ＴＡＧ  ＴＧＣ  ＴＴＴ  ＣＣＣ  ＧＴＴ  ＣＡＣ−３′（センス；配列番号２７）および５′−ＴＧＣ  ＡＧＡ  ＡＴＴ  ＡＣＴ  ＧＣＣ  ＣＡＴ  ＡＧＡ  ＡＡＣ−３′（アンチセンス；配列番号２８）であった。プローブは５′−ＣＧＧ  ＴＴＴ  ＧＣＴ  ＣＡＴ  ＴＧＧ  ＴＴＴ  ＧＣＧ  ＧＡ−３′（配列番号２９）であり、６−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）で標識し、３’末端をＮ、Ｎ、Ｎ’、Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ）で標識した。
【０３３３】
反応はすべて、次のものが入った５０μｌの最終容量で実施した。２５μｌのＵＮＧを含まない２×マスターミックス、１．２５μｌの４０×ＭｕｌｔｉＳｃｒｉｂｅおよびＲＮａｓｅ阻害剤ミックス、１μｌのフォワードプライマー（２０μＭ）、２μｌのリバースプライマー（２０μＭ）、０．５μｌのプローブ（２０μＭ）、１μｌの全ＲＮＡまたは５μｌのＲＮＡ転写物、およびＤＥＰＣ水の量はテンプレートで調節した。温度サイクリングは、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）９６（ロシュ・ライフサイエンス）で次のように実行した：４８℃で３０分、９５℃で１０分、４０サイクルの９５℃で１５秒、６０℃で１分。
【０３３４】
一本鎖ＲＮＡのマイクログラムからピコモルおよびＲＮＡ分子数への変換は、Ｏｌｍｏｓ  ｅｔ  ａｌ．（2005, J Virol Methods 128(1-2), 151-155）に記載の通りに行った。転写産物の１０倍連続希釈液を５μｌあたり５×１０１２〜５０のコピーに調製し、アリコートに分けて−８０℃で保存した。５×１０８〜５×１００の希釈物をリアルタイムＲＴ−ＰＣＲアッセイによって増幅した。安定した増幅は、アッセイの３回繰り返しを行ってＲＮＡ転写産物の５０コピーという低さで観察することができた。
【０３３５】
項目５：ハイブリダイゼーションによるＣＧＭＭＶの検出（ティッシュプリントまたはドットブロット）
ティッシュプリント用メンブレンの準備
手袋を着用し、滅菌ハサミで必要なサイズに切断することによってナイロンメンブレンを準備し、マイクロプレートグリッドテンプレートを上に置く（実際のサイズは使用するサンプルのタイプによる）。清潔で滅菌されたメスで葉柄を横断して切り込み、樹液がすべて吸収されるまでグリッドの１つに軽く押し込む。後に続くプリントごとに新鮮なカットを作成する。精製されたＤＮＡまたはＲＮＡ試料では、１μｌの試料で十分である。
【０３３６】
それぞれの同じ植物種の健康な陰性対照および既知の感染陽性対照を含める。精製されたウイルスまたはその増幅されたＰＣＲ産物も陽性対照として含めるべきである。メンブレンが完全に乾燥するまで待ち、０．１２０Ｊ  ｃｍ−２（架橋）のＵＶ光を使用して核酸をメンブレンに固定しる。乾燥したメンブレンをビニール袋に密封して室温で保存する。
【０３３７】
ドットブロット用メンブレンの準備
試料組織を重量測定し、適切な希釈率で適切な抽出バッファーで粉砕する。マイクロピペットで１０〜２０μｌの抽出物を取り、チップを慎重に取り外して、内部の液体が上昇してエアロックされないように努める。マイクロプレートグリッドをガイドとして使用して、ピペットチップをメンブレンに軽く（すばやく）触れさせ、抽出物をメンブレンに塗る（プリンティング）。結果として得られるドットの体積は約２５０ｎｌで、各グリッド位置に４個配置することができる。メンブレンの目的とハイブリダイゼーションプローブの品質に応じて、１つの試料につき２〜４ドットを使用する。
【０３３８】
ティッシュプリントメンブレンに対して上記のように、対照をプリントし、架橋し、保存する。
【０３３９】
万一処理中に問題が発生した場合に備えて、バックアップとして複製のメンブレンをプリントしてもよい。
【０３４０】
メンブレンのプレハイブリダイゼーション
組織プリントまたはドットブロットのために上記のように調製したメンブレンを、フラットピンセットを使用してハイブリダイゼーションチューブに入れる。プレハイブリダイゼーション溶液（ＤＩＧ  Ｅａｓｙおよび１％ブロッキング剤）を室温で追加する（メンブレンを覆うのに十分に、例えば８×１２ｃｍのメンブレンで２０ｍｌ、８×６ｃｍで１０ｍｌ）。ハイブリダイゼーションオーブンで回転させながら５４℃で約２時間インキュベートする。これ以降メンブレンが乾かないようにする。
【０３４１】
メンブレンのハイブリダイゼーション
８×１２ｃｍのメンブレン１枚あたり８０〜１２０ｎｇのプローブを得るように凍結ストックプローブ溶液を使用して新鮮なハイブリダイゼーション溶液（ＤＩＧ  Ｅａｓｙ溶液および１％ブロッキング剤）を準備する。ハイブリダイゼーション溶液を１００℃（ＤＮＡプローブの場合）またはＲＮＡプローブの場合６５℃で１０分間予め加熱する。メンブレンからプレハイブリダイゼーション溶液を捨て、希釈したプローブ溶液をメンブレンに加える。ハイブリダイゼーションオーブンで回転させながら５４℃で一晩インキュベートする。
【０３４２】
メンブレンの洗浄
メンブレンからハイブリダイゼーション溶液を捨て、ハイブリダイゼーションオーブンで回転させながら、ハイブリダイゼーションチューブで次の工程を実施する。
１．ハイブリダイゼーション温度にて４０分間、６×ＳＳＣ＋１％ＳＤＳで２倍量のハイブリダイゼーション量を用いて洗浄する。
２．液体を捨て、洗浄を繰り返す。
３．メンブレンを検出トレイ＋溶液１に移す（メンブレンの乾燥を避ける）。
【０３４３】
検出
メンブレンをメンブレンより少し大きいトレイに移す。これ以降、処理は室温で、穏やかに攪拌を伴う。溶液の量をトレイおよびメンブレンのサイズに調整する（例えば６００μｌ／ｃｍ２または８×１２ｃｍのメンブレンの場合は５０ｍｌ）。次の工程の間、メンブレンが乾燥しないことが重要である。
【０３４４】
次の溶液でメンブレンを洗浄する。
１．溶液Ｉ、１分
２．洗浄溶液、５分
３．溶液Ｉ、１分
４．溶液ＩＩ、３０分（メスシリンダーに２倍体積を調製）
５．溶液ＩＩ（前の工程から）＋抗ＤＩＧ（１：２００００）、３０分
６．洗浄溶液、１５分
７．洗浄溶液、１５分
８．溶液Ｉ、１分
９．溶液ＩＩＩ、短くて５分
アルカリＩＩＩホスファターゼ化学発光基質（ＣＤＰ−Ｓｔａｒ（１：１００））を６００μｌの溶液ＩＩＩに希釈する。
【０３４５】
２枚のアセテートのシートの間にメンブレンを置き、マイクロピペットを用いてメンブレン上に基質を均一に分散させる（１滴＝４つの小さな四分円）。気泡が入らないように注意しながら、上のアセテートを数回上下させることによって混ぜる。暗所で５分間インキュベートする（例えばアルミホイルで覆う）。濾紙で押して余分な基質を取り除き、アセテートの端をヒートシールする。
【０３４６】
本明細書に記載の溶液を調製するには、次の試薬が必要である。
試薬
ブロッキング剤（ロシュ）
マレイン酸
ＮａＣｌ
Ｔｒｉｓ−ＨＣＬ
ツイン２０
抗Ｄｉｇ（ロシュ）
ＣＤＰ−Ｓｔａｒ（ロシュ）
【０３４７】
溶液：
溶液Ｉ：０．１Ｍマレイン酸、０．１５Ｍ  ＮａＣｌ、ｐＨ７．５
溶液ＩＩ：溶液Ｉの１％ブロッキング剤
溶液ＩＩＩ：０．１Ｍ  Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ  ｐＨ９．５、０．１Ｍ  ＮａＣｌ
洗浄溶液：溶液Ｉ中の０．３％ツイン２０
【０３４８】
デジタルイメージング
メンブレンをデジタルイメージングチャンバーに入れ、周囲照明で写真を１枚撮影する（Ｎｉｋｏｎ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  Ｐｒｏ２、５０ｍｍ  対物レンズ、リモートシューティングを有効にした手動制御、ＩＳＯ  ０．３  工程オーバー６４００、長時間露光ノイズリダクションボックスがチェックされ、カメラは最短３０分間、事前に＜１０℃に冷却）。
【０３４９】
チャンバーを閉じ、シャッター速度をバルブ（Bulb）に、アパーチャーを１．４に変える。ＤＳＬＲ＿Ｂｏｔ、長時間露光機能を使用して、露光時間を５分０３秒に設定する。赤外線ケーブルが完全に挿入され、出力レベルが最大になっていることを確認して、スタートを押す（「クリック」が聞こえるはずである）。カメラは、アパーチャーを開いた状態で１画像を撮影し、ノイズ低減のためにアパーチャーを閉じてもう１画像、５分０３秒ごとに合計時間１０分０６秒の写真を撮る。
【０３５０】
５分間の露出の１枚の写真は、２〜４時間の露出の従来の画像とほぼ同じである。より強いシグナルが必要な場合は、１０分間のデジタル露光（従来の一晩の画像に相当）を行うことができる。外部診断または低シグナルの場合、従来の一晩の暴露を勧める。
【０３５１】
項目６：スイカ属植物の接ぎ木
台木は、１５日齢のＣＧＭＭＶを接種したキトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビー植物または栽培品種エルコール（ヌンヘムスＢ．Ｖ．）から調製した。穂木は２０日齢のＮＣＩＭＢ４２６２４植物から調製した。台木の茎および穂木の芽に斜めの切り込みを入れ、これらを維管束系が接合されるようにつなぎ合わせることによって穂木を台木に接ぎ木した。高湿度において修復させた後、接木植物を温室に移した。
【０３５２】
実施例  −  結果
結果項目１：ＣＧＭＭＶ耐性スイカ属植物の同定
一般的方法に記載の方法に従ってＣＧＭＭＶに感染させたさまざまな異なるスイカ属種系統の群を、温室または気候室で栽培した。ＣＧＭＭＶ感染用の接種材料を一般的方法の項目１に従って作製し、接種した植物を一般的方法項目３に記載のように病徴について目視で評価した。ＣＧＭＭＶ誘発病徴のない１つの単一のキトルルス・コロキンシス植物（スケール４）を確認した。植物を何度も自家受粉させ、選抜したＣＧＭＭＶ耐性植物を繁殖させて、ブダペスト条約の下で受託番号ＮＣＩＭＢ４２６２４を有する指定された種子寄託用の種子を得た。
【０３５３】
結果項目２：ＣＧＭＭＶ耐性植物の作出とその分析
キトルルス・ラナツスの植物
ＮＣＩＭＢ４２６２４の花粉を使用して、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリスの有望系統を授粉した。Ｆ１植物を、ＣＧＭＭＶ耐性に関する更なる分析のために、交配によって作られた種子から成長させた。
【０３５４】
Ｆ２植物も、Ｆ１植物を自家受粉させて作った。Ｆ１植物（ＮＣＩＭＢ４２６２４×キトルルス・ラナツス亜種ウルガリスの有望系統）からＦ２の種子およびバッククロスを得ることが複雑であったことに留意する必要がある。果実になったのはわずかのみであり、それらの果実ではほとんどの種子が空であった。
【０３５５】
一般的方法の項目１〜３に記載の機械的葉接種方法および一般的方法の項目４に記載のＲＴ−ｑＰＣＲを用いて、ＣＧＭＭＶ耐性およびＣＧＭＭＶウイルスの存在についてＦ１植物を試験した。
【０３５６】
結果は以下の通りである。模擬接種植物は病徴なしを示した。陽性対照であるシュガーベイビーの植物は、スケール１のＣＧＭＭＶ病徴を示した。Ｆ１植物はＣＧＭＭＶ耐性であり、病徴なし（スケール４）を示した。
【０３５７】
【表２】
2020531005.tif 000006
【０３５８】
上記ＲＴ−ｑＰＣＲの結果は、植物材料中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの量を示す。「模擬（Mock）」は、バッファーを接種したがＣＧＭＭＶを接種していない植物を示す。「接種された（inoculated）」は、一般的方法の項目１〜３の機械的葉接種試験に記載のようにＣＧＭＭＶで接種した植物を示す。「シュガー（Sugar）」は、キトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビー植物を示す。「Ｆ１」は、ＮＣＩＭＢ４２６２４×キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス有望系統の間の交配にから得られた植物を示す。「反復（rep）」は、異なる植物を示し、各反復（rep）は６つの植物の群からなる。
【０３５９】
ＲＴ−ｑＰＣＲは、植物試料中のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡ分子を検出するための非常に感度の高い方法である（Hongyun et al., 2008, J Virological Methods 149, 326-329）。上記の表２からわかるように、高感度ＲＴ−ｑＰＣＲ法を使用すると、ほぼすべての時点（１５ｄｐｉ、３０ｄｐｉ、６０ｄｐｉ）で、分析したすべての植物でＣＧＭＭＶ  ＲＮＡを検出することができる。表２から明らかに導き出されるのは、ＮＣＩＭＢ４２６２４×キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス有望系統間の交配から得られたＦ１植物のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの量は、ＣＧＭＭＶ感受性キトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビーのＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの量よりも桁違いに低いことをことである。その量は、すべての時点において４反復（replicates）の平均で５．０×１０−５ｎｇ／μｌ未満であり、それ以降の時点で徐々に低くなった。感受性対照は、（３５ｄｐｉで）平均で少なくとも０．０２ｎｇ／μｌであったが、１５ｄｐｉおよび６０ｄｐｉではより高く、それぞれ１．７ｎｇ／μｌ超および０．８ｎｇ／μｌ超であった。
【０３６０】
病徴の目視評価から、Ｆ１植物はＣＧＭＭＶの接種後に病徴を生じない（スケール４）ので、ＣＧＭＭＶに耐性があることが明らかである。キトルルス・ラナツス栽培品種シュガーベイビーはＣＧＭＭＶに感受性があり、ＣＧＭＭＶの接種後に重度の病徴（スケール１）を示すことが知られている。したがって、上記の表に示されているＦ１植物のＣＧＭＭＶの量が非常に少ないことは、ＣＧＭＭＶ耐性がそれぞれの植物材料のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの大幅な減少と相関することを明確に示す。さらに、Ｆ２植物も、一般的方法の項目１〜３に記載の機械的葉接種法で試験した場合、ＣＧＭＭＶ病徴なし（スケール４）であった。また、Ｆ２植物で生産された果実は、外側でも内側でも病徴を示さなかった。病徴なし（スケール４）であったＦ２植物も、葉のウイルス力価が極めて低く（ＲＴ−ｑＰＣＲデータ示さず）、感受性対照と比較して大幅に減少した。
【０３６１】
接木植物
ＮＣＩＭＢ４２６２４由来の穂木を、一般的方法で本明細書に記載の方法に従って、商用のキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス植物（栽培品種シュガーベイビー）またはククルビタ（Curcubita）・マクシマ×ククルビタ（Curcubita）・モスカータ栽培品種エルコール雑種（ヌンヘムスＢ．Ｖ．）から調製したＣＧＭＭＶ感染台木に接ぎ木した。
【０３６２】
植物の分析
温室栽培Ｆ１植物（ＮＣＩＭＢ４２６２４×亜種ウルガリス有望系統）、ＮＣＩＭＢ４２６２４由来の穂木とキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス栽培品種シュガーベイビー（由来の感染台木で構成される接木植物「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」）、およびＮＣＩＭＢ４２６２４由来の穂木とククルビタ（Curcubita）・マクシマ×ククルビタ（Curcubita）・モスカータ栽培品種エルコール雑種由来の感染台木で構成される接木植物（「ＮＣＩＭＢ４２６２４−エルコール」）を分析した。機械的葉接種を用いて、非接木植物（ＮＣＩＭＢ４２６２４、Ｆ１、シュガーベイビー）にＧＭＭＶを接種した。一般的方法に記載のように、ＣＧＭＭＶに感染したシュガーベイビー植物またはエルコール植物の台木を使用して、接木植物を作った。
【０３６３】
いずれの植物においても、ＣＧＭＭＶに起因する葉の病徴は目視分析によって検出できなかった。植物はすべて、本明細書の一般的方法の項目３に記載の病徴の目視評価によって、スケール４であると判定された。
【０３６４】
さらに、植物はすべて、外側からは正常に見え、内側の果肉の劣化や水浸状の病徴を示さない果実をつけた。そのような植物によって生産された果実の代表的な写真を図６に示す。
【０３６５】
接ぎ木されていない、ＣＧＭＭＶを接種したキトルルス・ラナツス亜種ウルガリス三倍品種シュガーベイビー植物のほとんどすべてが、明確な病徴を示し、本明細書の一般的方法の項目３に記載の病徴の目視評価によって、スケール１または２であると判定された。これらの植物によって生産された果実は、深刻な果肉劣化を示した。そのような植物によって生産された果実の代表的な写真を図５に示す。
【０３６６】
さらに、キトルルス・ラナツスＦ１植物および接木植物（「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」および「ＮＣＩＭＢ４２６２４−エルコール」）を、本明細書の一般的方法の項目５に記載のドットブロットハイブリダイゼーション分析（＊）および一般的方法の項目４ｂ）に記載のＲＴ−ＰＣＲ分析（＊＊）によって葉中のＣＧＭＭＶウイルスＲＮＡの存在について分析した。得られた結果を次の表に示す。
【０３６７】
【表３】
2020531005.tif 000007
【０３６８】
上記の表３は、ＣＧＭＭＶ耐性キトルルス・コロキンシス（colocynhis）植物（ＮＣＩＭＢ４２６２４）、ＮＣＩＭＢ４２６２４×キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス交配から得られたＦ１植物、ならびに接木植物（「ＮＣＩＭＢ４２６２４−エルコール」および「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」）の、葉の機械的接種による、または非感染穂木を感染台木に接ぎ木することによるＣＧＭＭＶ感染後の葉のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの検出結果を示す。ＣＧＭＭＶ感受性商業品種シュガーベイビーからの植物を陽性対照として使用した。＋／−は非常に弱い信号を示し、−は信号がないことを示し、＋は強い正の信号を示す。ｄｐｉ：感染後日数。（＊）ドットブロット法、（＊＊）ＲＴ−ＰＣＲ法。
【０３６９】
ＣＧＭＭＶ感受性対照植物では、ウイルスは、植物の成長の間、初期（ｄｐｉ１４）から後期（ｄｐｉ９０）にわたって検出された。ＮＣＩＭＢ４２６２４では、ＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの非常に弱いシグナルが初期段階（ｄｐｉ１４および３０）で検出されたが、これらの信号は後期段階（ｄｐｉ４０以降）で消失した。Ｆ１植物（ＮＣＩＭＢ４２６２４×有望系統）でも同様の結果が得られた。接木植物では、「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」接木で弱いシグナルがｄｐｉ６０で検出されたことを除いて、発達のどの段階（ｄｐｉ１４〜ｄｐｉ９０）でも葉でＣＧＭＭＶ  ＲＮＡは検出されなかった。次の表４からわかるように、「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」接木の更なる分析は、少量のＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの存在を示す弱いシグナルは、初期（ｄｐｉ１４）に８つの植物のうちの１つの植物でのみで見られたウイルスに起因する。後期（ｄｐｉ６０）には、同じ植物のシグナルはドットブロットでもＰＣＲでも検出できなかった。
【０３７０】
【表４】
2020531005.tif 000008
【０３７１】
上記の表４は、ＣＧＭＭＶに感染した台木に接ぎ木した後の接木植物（「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」）でのＣＧＭＭＶ  ＲＮＡの検出結果を示す。＋／−は弱いシグナルを示し、−はシグナルがないことを示す。
【０３７２】
表３および表４の上記の非定量的でただ定性的な結果は、耐性植物の初期段階での非常に低いレベルのウイルスが後期段階で徐々に低下し、そのとき定量的方法を使用してのみ検出可能である、すなわち４０ｄｐｉまたはそれよりあと６０ｄｐｉまたはそれ以降では極めて低いウイルス力価しか見つからないという点で、表２の前述の定量結果と一致する。くわえて、耐性穂木では、ＣＧＭＭＶウイルスは、これらの定性的方法を使用して検出することができなかった。
【０３７３】
さらに、ＲＴ−ｑＰＣＴは、一般的方法の項目６に記載のように、台木がＣＧＭＭＶに感染した、穂木と台木の組み合わせから得られた葉に対しても実施した。使用した台木はシュガーベイビーであった。
【０３７４】
葉試料の１４０〜１５０ｄｐｉでの平均Ｃｔ値は以下のようであることがわかった。各反復（replicate）は６つの植物でからなる。低いＣｔ値は高いウイルス力価を示し、高いＣｔ値は低いウイルス量を示すことに留意されたい。
【０３７５】
【表５】
2020531005.tif 000009
【０３７６】
上記が明確に示したのは、ＮＣＩＭＢ４２６２４植物およびＮＣＩＭＢ４２６２４×キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス有望系統間の交配植物は、ＣＧＭＭＶ感染のいずれの病徴も示さず、上葉に非常に低い、ほとんど検出できないレベルのウイルスを含んでいたこと、ならびにＣＧＭＭＶ感染台木に接ぎ木したＮＣＩＭＢ４２６２４穂木を含んでなる接木植物（「ＮＣＩＭＢ４２６２４−シュガーベイビー」および「ＮＣＩＭＢ４２６２４−エルコール」）は、ＣＧＭＭＶ感染のいずれの病徴も穂木に示さないことである。したがって、ＮＣＩＭＢ４２６２４植物はＣＧＭＭＶに耐性であり、ＣＧＭＭＶに対する耐性は、キトルルス・ラナツス亜種ウルガリス有望系統を含む他のスイカ属の種に移行可能であり、ＣＧＭＭＶ耐性穂木がＣＧＭＭＶ感染台木に接ぎ木された場合、耐性は維持される。
【０３７７】
結果項目３  −  ＮＣＩＭＢ４２６２４見出されたＣＧＭＭＶ耐性のＱＴＬマッピングおよびマーカー開発
３つのマッピング集団を、ＮＣＩＭＢ４２６２４とＣＧＭＭＶ感受性であるエリートスイカ系統との交配によって作り出した。１つのＢＣ１集団（戻し交配）と２つのＦ２集団を作った。上記のように植物にＣＧＭＭＶを機械的に接種し、病徴を、記載の目視スケールを用いて評価し、さらにＥＬＩＳＡ検定を用いてウイルス力価を評価した。マッピングは、主に３０ｄｐｉ以降で評価した病徴を用いて行った。
【０３７８】
合計で７つのＱＴＬをマッピングし（１番染色体上に２つ、４番染色体上に１つ、５番染色体上に２つ、ならびに７番染色体上に１つおよび９番染色体上に１つ）、これらのうち５つのＱＴＬ（１番染色体上のＱＴＬ．１．１、４番染色体上のＱＴＬ４．１、５番染色体上のＱＴＬ５．２、７番染色体上のＱＴＬ７．１、および９番染色体上のＱＴＬ９．１、下記表６を参照）を更なる戻し交配に使用した。これらの５つのＱＴＬについて、ＱＴＬに連鎖するＳＮＰマーカーが下記に記載されている。
【０３７９】
２つのＱＴＬ、ＱＴＬ７．１およびＱＴＬ９．１が優性であり、病徴レベルがスケール３またはスケール４の植物がもたらされた。また、ウイルス力価にも有意な影響を及ぼし、これらのＱＴＬを戻し交配した栽培スイカでは有意に減少した。
【０３８０】
下表（表６）には、５つのＱＴＬのそれぞれの染色体が示され、同じく栽培スイカのゲノムでのＳＮＰの塩基対（ｂｐ）位置（cucurbitgenomics.org, "Watermelon (Chareleston Gray) genome"を参照）が示されている。ＳＮＰの遺伝子型は、耐性親（すなわちＮＣＩＭＢ４２６２４）および感受性親（有望スイカ系統）について示されている。種子寄託ＮＣＩＭＢ４２６２５は、ＳＮＰ遺伝子型についてホモ接合であり、５つのＱＴＬすべてをホモ接合型で含む。
【０３８１】
【表６】
2020531005.tif 000010
2020531005.tif 000011
【０３８２】
各ＳＮＰについて、配列は配列表および本明細書に記載されており、配列はＳＮＰと同じ番号をもつ。配列には、耐性ドナーのＳＮＰヌクレオチドが含まれている。したがって、ＳＮＰ１の場合、耐性親ＳＮＰを含んでなる配列（５１位の「Ｃ」）は、配列番号１として記載される、などである。表１も参照されたい。
【０３８３】
ＱＴＬと単一のＱＴＬの異なる組み合わせを含むＢＣ３およびＦ２系統が作り出されている。これらを、接種後のＣＧＭＭＶ耐性とウイルス力価について評価することになる。
【０３８４】
ウイルス力価はまた、非常に低いウイルス力価が、感受性スイカ植物またはキュウリなどの他の宿主へのウイルスの伝染性をもたらすかどうか評価されることになる(be evaluated and whether the very low virus titers results)。同様に、ＣＧＭＭＶ耐性植物で生産される種子へのウイルスの伝染性も調べられることになる。
【０３８５】
さらに、細かいマッピングが行われることになる。「ファインマッピング」とは、ＱＴＬの位置を絞り込むことができる方法をいう。例えば、ＱＴＬがどのＳＮＰマーカーのペアの間にあるかを決定するために、形質について分離している大きな集団を、形質の分離およびＳＮＰマーカーについて分析することができ、マーカー間の領域に組換え事象を含んでなる植物を選抜することができる。また、最も連鎖するマーカーの近くまたは隣接する追加のマーカーを検索して、ＱＴＬが位置しいている間隔を絞り込むこともできる。
【０３８６】
実施例：ＮＣＩＭＢ４２６２４植物（Ｃ．コロキンシス系統）からキュウリおよび感受性スイカ植物へのウイルス伝染
（上記のように）ＣＧＭＭＶウイルス欧州型ＶＥ４５９を機械的に接種したが、病徴なし（スケール４）を示したＮＣＩＭＢ４２６２４の植物の葉を使用して接種材料を作り、この接種材料を使用してキュウリ品種シーラ（Sheila）の２１５個の植物およびスイカ品種シュガーベイビーの１９３個の植物を機械的に接種した。約３０ｄｐｉの後、植物のＣＧＭＭＶ病徴について目視で評価し、ウイルスを検出するためにＰＣＲアッセイを実施した。
【０３８７】
結果を下の表７に示す。
【表７】
2020531005.tif 000012
【０３８８】
結果は、キュウリ植物の１つのみが接種材料に感染したことを示し（１つのみが病徴を示し、ＰＣＲ試験で陽性であった）、一方ではスイカ植物は接種材料に感染しなかった。これは、ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された耐性Ｃ．コロキンシス系統では、スイカ植物へのＣＧＭＭＶ伝染は可能ではなく、キュウリ植物への非常に低いレベルの感染しか可能でない（１％未満の植物が感染する）ことを意味する。
【０３８９】
実施例：Ｃ．コロキンシスドナー（ＮＣＩＭＢ４２６２４）由来のＱＴＬのさまざまな組み合わせを含むスイカ系統におけるＣＧＭＭＶの種子伝染性
Ｃ．コロキンシスドナー由来の１つまたは複数のＱＴＬを含み、機械的ＣＧＭＭＶ接種で生き残ったさまざまなＦ３ファミリーは結実が可能であり、これらの果実で生産された種子を、上記のように定量的ＰＣＲ（ＲＴ−ｑＰＣＲ）を用いてＣＧＭＭＶウイルスについて分析した。その目的は、ＱＴＬが種子感染を防ぐことができるかどうか、つまりウイルスの種子伝染性を判定することであった。ｑＰＣＲは２１０ｄｐｉで実施した。低いＣｔ値は高いウイルス力価を示し、高いＣｔ値（３０を超える）は低いウイルス力価を示す。
【０３９０】
結果を表８に示す。
【表８】
2020531005.tif 000013
【０３９１】
結果は、少なくともＱＴＬ９．１および／またはＱＴＬ７．１を含む系統はすべて、種子へのＣＧＭＭＶウイルスの感染に対して陰性であることを示した。特に、少なくともＱＴＬ９．１の存在は、ウイルスの種子伝染を防ぐようであった。
【０３９２】
実施例：ＣＧＭＭＶ耐性に関するＣ．コロキンシス系統の比較
ＣＧＭＭＶ耐性をＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された系統の耐性と比較するために、さまざまなＣ．コロキンシス系統の１０個の種子を発芽させ、植物に上記のように機械的に接種した。各植物を、スケール１（重度の病徴）、２（中等度の病徴）、３（軽度の病徴）、および４（病徴なし）を用いて表現型を判定した。なお、ＰＩ系統はヘテロ接合であることが知られていることに留意されたい。
【０３９３】
多くのＰＩ系統は発芽せず、したがって評価することができなかった。
【０３９４】
次のＰＩ系統を評価することができた：ＰＩ５３７３００、ＰＩ５４２６１６、ＰＩ５４９１６１、ＧＲＩＦ１４２０１、ＰＩ２２０７７８、ＰＩ３８６０１５、ＰＩ４３２３３７、ＰＩ３８８７７０、およびＰＩ３８６０１８。これらの系統のうち３つ（ＰＩ５３７３００、ＰＩ３８６０１５、ＰＩ３８８７７０）はＵＳＤＡコアコレクションの一部であり、潜在的なＣＧＭＭＶ耐性（tolerance）を有することが記述されている（ＣｕｃＣＡＰ、第２回年次ＣｕｃＣＡＰチーム会議（Second Annual CucCAP Team Meeting）、２０１７年３月２７〜２８日、チャールストン、２６および２７ページ、「キュウリ緑斑モザイクウイルスＣＧＭＭＭに対する耐性に関するスイカＰＩ収集の評価およびＣＧＭＭＶ耐性に関連するＳＮＰを同定するためのゲノムワイド関連マッピングの実施」；４つのＣ．コロキンシス系統のみが「コアサブセット」の一部であるＧＲＩＮコレクションに示されている通りＵＳＤＡコアコレクションのＣ．コロキンシス系統と組み合わせて；４つのコアサブセットのうち３つはこの試験に含まれていたが、残念ながらＰＩ５２５０８２は本試験に含むことができなかった）。
【０３９５】
しかし、我々の試験では、ＵＳＤＡコアコレクションの３つの系統を含む、試験したすべての系統の平均病徴スコアは３以下（個々のプラントの平均）であり、本発明のＮＣＩＭＢ４２６２４（そのすべての植物のスコアが４）を除いて、テスト全体でスコアが４（病徴なし）の植物は１つもなかった。他のすべてのＣ．コロキンシス系統のなかで、ＰＩ３８６０１５が最良のＣＧＭＭＶ耐性を有し、すべての植物のスコアが３（軽度の病徴）であった。ＰＩ５３７３００には、スコアが３（軽度の病徴）の植物が６つ、スコアが２（中等度の病徴）の植物が４つあった。ＰＩ３８８７７０には、スコアが１の植物（重度の病徴）が６つ、スコアが２の植物（中等度の病徴）が３つ、スコアが３の植物（軽度の病徴）が１つあった。
【０３９６】
本試験によって、ＮＣＩＭＢ４２６２４で寄託された選抜Ｃ．コロキンシスのＣＧＭＭＶ耐性が、最大で耐性（スコア３、軽度の病徴）を有する、他のいずれの被験Ｃ．コロキンシス（coloynthis）系統よりも耐性レベルが高いことが確認された。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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