(57)【要約】  本発明は、前立腺がんの腫瘍関連抗原(TAA)を同定する方法に関する。さらに、本発明は、TAAを前立腺がんワクチン接種応答のマーカーとして同定する方法を提供する。特に、前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法。【選択図】図１
2020524809.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
前立腺がんの腫瘍関連抗原(TAA)を同定する方法であって、a)前立腺がんを有する患者の群及び健康な患者の群を選択すること、b)該群内の患者由来の試料中の抗原に対する自己抗体のレベルをアッセイすること、c)該群内の該患者又は該前立腺がんを有する患者の群由来の該自己抗体のレベルと該健康な患者の群における該自己抗体のレベルを比較すること、d)該抗原に対する該自己抗体のレベルが該前立腺がんを有する患者の群と該健康な患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原が前立腺がんのTAAであると決定することを含む、前記方法。
【請求項２】
前記抗原が、表1に列挙されている遺伝子によってコードされる抗原である、請求項1記載の方法。
【請求項３】
前記TAAが、表2に列挙されている遺伝子によってコードされる、請求項1又は2に記載の方法。
【請求項４】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項1から3までのいずれか一項記載の方法。
【請求項５】
前記固体支持体がビーズである、請求項4記載の方法。
【請求項６】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項5記載の方法。
【請求項７】
腫瘍関連抗原(TAA)を前立腺がんワクチン接種応答のマーカーとして同定する方法であって、a)前立腺がん抗原に対する免疫応答を誘導するために有効なワクチンを用いたワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群、及び該ワクチンを用いたワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群を選択すること、b)該ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者のそれぞれ由来の試料中の該抗原に対する自己抗体のレベルをアッセイすること、c)該ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者のそれぞれにおける該抗原に対する該自己抗体のレベルと該ワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者のそれぞれにおける該自己抗体のレベルを比較すること、並びにd)該抗原に対する該自己抗体のレベルが該ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群と該ワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原が前立腺がんワクチン接種応答のTAAマーカーであると決定することを含む、前記方法。
【請求項８】
前記抗原が、表3に列挙されている遺伝子によってコードされる、請求項7記載の方法。
【請求項９】
前記前立腺がんのTAAマーカーが、表3に列挙されている遺伝子によってコードされる、請求項7又は8に記載の方法。
【請求項１０】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項7から9までのいずれか一項記載の方法。
【請求項１１】
前記固体支持体がビーズである、請求項10記載の方法。
【請求項１２】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項11記載の方法。
【請求項１３】
前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法であって、a)r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすること、c)該1つ以上の抗原のレベルを、PROSTVAC療法を受けていない前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、並びにd)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いた該ワクチン接種を施行することを含む、前記方法。
【請求項１４】
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、請求項13記載の方法。
【請求項１５】
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの低下をさらに有する、請求項13又は14に記載の方法。
【請求項１６】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項13から15までのいずれか一項記載の方法。
【請求項１７】
前記固体支持体がビーズである、請求項16記載の方法。
【請求項１８】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項17記載の方法。
【請求項１９】
前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法であって、a)r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすること、c)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びd)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、該PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いた該ワクチン接種を施行することを含む、前記方法。
【請求項２０】
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、請求項19記載の方法。
【請求項２１】
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの上昇をさらに有する、請求項19又は20に記載の方法。
【請求項２２】
前記アッセイすることが、前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項19から21までのいずれか一項記載の方法。
【請求項２３】
前記固体支持体がビーズである、請求項22記載の方法。
【請求項２４】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項23記載の方法。
【請求項２５】
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者における療法の効果をモニタリングする方法であって、
a)前立腺がん患者由来の試料をアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、
b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及び
c)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、該PROSTVAC療法が有効であると決定すること
を含む、前記方法。
【請求項２６】
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者における療法の効果をモニタリングする方法であって、
a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、
b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及び
c)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該療法が有効であると決定すること
を含む、前記方法。
【請求項２７】
前記1つ以上の抗原の数が2を超える、請求項25又は26に記載の方法。
【請求項２８】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項25から27までのいずれか一項記載の方法。
【請求項２９】
前記固体支持体がビーズである、請求項28記載の方法。
【請求項３０】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項29記載の方法。
【請求項３１】
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者を同定し、治療する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を施行することであって、該療法が、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含む、該施行することを含む、前記方法。
【請求項３２】
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、請求項31記載の方法。
【請求項３３】
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの低下をさらに有する、請求項31又は32に記載の方法。
【請求項３４】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項31から33までのいずれか一項記載の方法。
【請求項３５】
前記固体支持体がビーズである、請求項34記載の方法。
【請求項３６】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項35記載の方法。
【請求項３７】
PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者を同定し、治療する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、療法を施行することであって、該療法が、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含む、該施行することを含む、前記方法。
【請求項３８】
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、請求項37記載の方法。
【請求項３９】
前記患者が、前記前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの上昇をさらに有する、請求項37又は請求項38に記載の方法。
【請求項４０】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項37から39までのいずれか一項記載の方法。
【請求項４１】
前記固体支持体がビーズである、請求項40記載の方法。
【請求項４２】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項41記載の方法。
【請求項４３】
PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVAC療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、該PROSTVAC療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
【請求項４４】
PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVAC療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVAC療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
【請求項４５】
前記1つ以上の抗原の数が、2を超える、請求項43又は44に記載の方法。
【請求項４６】
前記アッセイすることが、b1)前記患者由来の血清の一部を、固体支持体上に固定化された抗原の試料と接触させることを含む、請求項43から45までのいずれか一項記載の方法。
【請求項４７】
前記固体支持体がビーズである、請求項46記載の方法。
【請求項４８】
前記ビーズがマイクロスフェアである、請求項47記載の方法。
【請求項４９】
PROSTVACを用いた治療を受けた患者の全生存を評価する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_PROSTVAC Overall Survivalに関して正の値を有する表5に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、及びb)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較することを含む、前記方法。
【請求項５０】
PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVACとイピリムマブの併用療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r-value Study.Dayについて正の値を有する表6に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVACとイピリムマブの併用療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
【請求項５１】
PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVACとイピリムマブの併用療法の効果をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_prostvac_ipi_Best.Responseに関して正の値を有する表7に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、該PROSTVACとイピリムマブの併用療法が有効であると決定することを含む、前記方法。
【請求項５２】
PROSTVAC及びイピリムマブを用いた治療を受けた患者の全生存を評価する方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、r_in_prostvac_ipi_Overall.Survivalに関して正の値を有する表8に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、及びb)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較することを含む、前記方法。
【請求項５３】
PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者においてPROSTVACとイピリムマブの併用療法により生じる免疫関連有害事象をモニタリングする方法であって、a)前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより、ピアソンのrに関して正の値を有する表9に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを決定すること、b)該1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての該1つ以上の抗原の平均レベルと比較すること、及びc)該患者における該1つ以上の抗原のレベルが該前立腺がんを有する患者の群における該1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVACとイピリムマブの併用療法により生じる免疫関連有害事象のリスクがあると決定することを含む、前記方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
(発明の背景)
世界保健機関(World Health Organization)(WHO)によると、がんは、世界的に罹患率及び死亡率の主な原因の1つであり、2012年には世界的に新規の症例がおよそ1,400万件あり、がんによる死亡が820万件あった(Ferlayら、2015年)。2030年には推定2,160万件の新しいがん症例が予測される(2012年から53パーセントの増加)。
【０００２】
がんの経済的影響は大きく、増大している。米国では、2010年のがんに関する年間の経済的な総費用はおよそUS$1.16兆であったと推定される。
【０００３】
GLOBOCONによると、2012年に最も一般的に新しく診断された4つのがんの型は、肺がん(182万)、乳がん(167万)、結腸直腸がん(136万)、及び前立腺がん(110万)であった(Ferlayら、2015年)。
【０００４】
がん治療には、がんの型に応じて多くの型がある。これらは、外科手術と化学療法及び/若しくは放射線療法、又はホルモン療法などの古典的な治療を含む。新しい療法は、チロシンキナーゼ阻害剤、モノクローナル抗体、及びプロテアソーム阻害剤を用いて腫瘍を直接標的とすること、又は腫瘍の成長を阻害することを目的とするものである。
【０００５】
現行の療法が改善されているにもかかわらず、がんの生存率が低いことは、早期診断が不十分であること、現行の療法に対する抵抗性、及び、効果のない治療に起因する。したがって、がんに対して代替的な治療手法が切実に必要とされている。
【０００６】
がんの生存及び転移を促進するがん特異的癌遺伝子を標的とすることとは対照的に、がん免疫療法の主要な目的は、ヒト免疫系を刺激して、腫瘍の発生を同定し、破壊することである。
【０００７】
がん免疫療法の概念は、多くの腫瘍細胞が、理論的には免疫系によって認識されるはずである異常なタンパク質及び分子を発現するという所見に基づく。腫瘍内に存在し、免疫応答を引き出すタンパク質は、腫瘍関連抗原(tumor-associated antigens)(TAA)と称される。TAAの群は、突然変異したタンパク質、過剰発現した若しくは異常に発現したタンパク質、腫瘍形成ウイルスによって産生されたタンパク質、生殖細胞系列により発現されたタンパク質、糖タンパク質、又は少数産生された若しくは免疫系に曝露していないタンパク質を含む。TAAに対する免疫応答は、細胞プロセス並びにTAAに対する抗体の産生を含む。
【０００８】
しかし、免疫細胞に腫瘍を外来として認識させることは予測されるよりもはるかに難しいことが明らかになっている。これは、腫瘍が、負の制御経路を活性化することによって免疫応答を有効に抑制するからである。これらの負の制御経路は、免疫チェックポイントと称され、正常な生理的条件下では;活性化シグナルと阻害性シグナルの間の慎重な平衡を維持し、それにより、正常な組織を損傷から保護する。
【０００９】
集合的に、これらの所見から、能動的手法、受動的手法、及び免疫調節的手法を含めた、異なる免疫療法薬手法が導かれている。
【００１０】
能動免疫療法は、サイトカインなどの炎症性因子又は治療用がんワクチンを使用して免疫系を直接刺激して、腫瘍を標的とするものである。
【００１１】
例えば、PROSTVACがんワクチン接種は、前立腺がんに対する特異的且つ標的化された免疫応答を誘発することが意図されている。PROSTVACは、腫瘍関連抗原PSA/KLK3(前立腺特異的抗原)と集合的にTRICOMと称される3種の天然ヒト免疫増強性共刺激分子(LFA3、ICAM1、及びB7.1/CD80)を共に保持する、ウイルスに基づくワクチンである。PSA-TRICOMワクチンは、抗原提示細胞(antigen-presenting cells)(APC)に感染し、APCの表面上に主要組織適合性遺伝子複合体(major histocompatibility complex)(MHC)タンパク質によって発現されるタンパク質を生成する。これにより、T細胞活性化が導かれる。
【００１２】
PROSTVACは、現在、最小の症候性の転移性前立腺がん(mCRPC)の治療に関する第3相臨床試験において試験されている。前の第2相臨床試験から、PROSTVACを受けた患者では、全生存中央値が対照群よりも8.5カ月長く(25.1カ月対16.6カ月)、また、死亡のリスクが44%低下した(層別ログランクP=.0061)ことが示された。PROSTVACは、概して忍容性が良好であり、注射部位反応、発熱、疲労、及び悪心を含めた最も一般的な副作用が伴った(Kantoffら、2017年)。
【００１３】
受動免疫療法では、通常、免疫チェックポイント分子を標的とするモノクローナル抗体を利用する。細胞傷害性Tリンパ球関連抗原4(cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen 4)(CTLA-4)及びプログラム死1(programmed death 1)(PD-1)免疫チェックポイントは、それらそれぞれのリガンドであるCD80/86並びにプログラム細胞死リガンド1及び2(programmed cell-death ligand 1 and 2)(PDL1/PDL2)と結合すると、T細胞免疫機能の負の制御因子になる。
【００１４】
抗CTLA4抗体及び抗PD1/PDL1抗体に加えて、リンパ球活性化遺伝子3タンパク質(lymphocyte activation gene 3)(LAG3)、T細胞免疫グロブリンムチン3(T cell immunoglobulin mucin 3)(TIM-3)、及びIDO(インドールアミン2,3-ジオキシゲナーゼ)などの他のチェックポイントを標的とする薬物が開発中である。
【００１５】
チェックポイント阻害剤の阻害は免疫系の活性化の増大をもたらし、これにより、黒色腫、非小細胞肺がん、及び他のがんに対する新しい免疫療法が導かれている(Buchbinder及びDesai、2016年)。
【００１６】
CTLA-4の阻害剤であるイピリムマブは、進行又は切除不能黒色腫の治療に関して認可されている。
【００１７】
ニボルマブ及びペムブロリズマブは、どちらもPD-1阻害剤であり、進行又は転移性黒色腫を有する患者、及び転移性不応性非小細胞肺がんを有する患者の治療に関して認可されている。
【００１８】
抗PDL1阻害剤であるアベルマブは、2017年1月に欧州医薬品庁(European Medicines Agency)によって胃がんの治療に関してオーファン薬物指定を受けている。米国食品医薬品局(US Food and Drug Administration)(FDA)は、2017年3月にアベルマブを皮膚がんの侵襲型であるメルケル細胞癌に関して認可した。
【００１９】
チェックポイント阻害剤は多数のがんの型にわたって臨床的有効性が実証されているという事実にもかかわらず、チェックポイント阻害薬は、全てのがんの型に有効なものではなく、あるがんの型内のあらゆる患者に有効なものでもない(Brahmerら、2012年)。
【００２０】
さらに、がんワクチン接種戦略と比較して、チェックポイント阻害剤では、重度の免疫関連有害事象(immune-related adverse events)(irAE)が誘導される恐れがある。主要な副作用としては、下痢、大腸炎、肝炎、皮膚毒性、関節炎、糖尿病、下垂体炎などの内分泌疾患、及び甲状腺機能障害が挙げられる(Spainら、2016年)。
【００２１】
したがって、臨床的有効性及び毒性の両方を予測するためにバイオマーカーが必要である。そのようなバイオマーカーにより、単独療法及び併用療法の両方に関して患者の選択をガイドすることができる(Topalianら、2016年)。
【００２２】
免疫応答のCTLA4経路とPD1経路の間には明らかな差異がある。CTLA4は、免疫応答の際、ナイーブなT細胞活性化の最初の段階で、一般にはリンパ節において、潜在的に自己反応性のT細胞を止めることによってより包括的に作用する。PD-1経路は、免疫応答の後期に、主に末梢組織において、前に活性化されたT細胞を制御する(Buchbinder及びDesai、2016年)。
【００２３】
いずれの患者が免疫チェックポイント阻害に最も良好に応答するかを予測するためのバイオマーカーを同定するための実質的な試みがなされている。
【００２４】
PD1経路の阻害の作用機構を考慮すると、いくつかの試験により、腫瘍におけるPDL1リガンドの発現が臨床応答のバイオマーカーとして評価されている。しかし、PDL1発現の的中率に関する差異が見いだされている。これにより、臨床応答を予測するためのバイオマーカーとしてPDL1を現在使用することが制限されている。バイオマーカーとしてのPDL1の有用性における差異は、異なる試験において使用されるアッセイの型の差異によって、及び、療法の間にPDL1の発現が変動することによって引き起こされる可能性がある(Mansonら、2016年)。
【００２５】
チェックポイント阻害は、一般には、腫瘍及び腫瘍環境におけるエフェクターT細胞の活性を増強するものとみなされるので、他のバイオマーカー手法は、T細胞によって認識されるTAAを同定することに焦点が当てられてきた。しかし、この手法は、患者に特異的なMHC試薬が必要になるので、探索的分析に限定され、常套的な研究室の状況では実用的でない(Gulleyら、2014年)。
【００２６】
B細胞は免疫療法に関してはほとんど見過ごされている免疫細胞型であるが、T細胞活性化、サイトカイン、及び抗体に関する共刺激シグナル及び阻害性シグナルをもたらすことによって抗腫瘍効果及び腫瘍促進効果の両方を発揮し得る(Chiaruttiniら、2017年)。B細胞は、腫瘍細胞の抗体依存性細胞傷害(antibody-dependent cellular cytotoxicity)(ADCC)を潜在的に媒介し得る抗腫瘍抗体を産生する。多くのがんの型により、抗体応答が誘導され、これを診断目的に使用できることが十分に確立されている。一部のがん患者は腫瘍に制限されるネオ抗原に抗体応答を示すが、がん患者における大多数の抗体は、自己抗原を対象とし、したがって、自己抗体である(Beiら、2009年)。寛容が破られ、自己抗原に対する自己抗体のレベルが上昇することも多くの自己免疫疾患の顕著な特徴である。
【００２７】
したがって、自己抗体は、免疫療法的手法による治療を受けたがん患者における持続的な体液性抗腫瘍応答及びirAEのバイオマーカーとして機能する潜在性を保持する。
【００２８】
TAA特異的T細胞の同定を伴うバイオマーカー戦略と比較して、自己抗体の同定は、最小量の血清(serum)を使用する現代のマルチプレックスハイスループットスクリーニング手法を使用して実施することができる(Buddeら、2016年)。
【図面の簡単な説明】
【００２９】
（図面の簡単な説明）
【図１】がんスクリーニングの設計を示す図である。ヒト(has)タンパク質及び抗原のKEGGパスウェイ解析(EGG Pathway Analysis)(京都遺伝子ゲノム百科事典(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes))をがん自己抗体スクリーニングに含めた。タンパク質を、以下の3つのカテゴリーを表すように選択した:腫瘍及び自己免疫シグナル伝達経路、免疫関連経路、並びに異なるがんの型において過剰発現されるタンパク質又は遺伝子。カテゴリー当たりのタンパク質の数をx軸に示す。
【図２】前立腺がん患者(prostate cancer patients)(PCa)及び健康な対照(healthy controls)(HC)における4種の自己抗体の箱ひげ図である。IgG自己抗体反応性の箱ひげ図が前立腺がん患者(PCa)及び健康な対照の血清試料中のCDKN1A、MYLK3及びVASPに対して示されている。SIPA1とMCM2の混合物を同じLuminexビーズ領域にカップリングした。y軸の数字は、Luminex 蛍光強度値中央値(Luminex Median Fluorescence Intensity values)(MFI)を示す。
【図３】ベースライン、及びPROSTVACを用いた治療を受けた治療後の血清試料中の自己抗体反応性の部分最小二乗(Partial Least Squares)(PLS)回帰分析を示すグラフである。部分最小二乗(Partial Least Squares)(PLS)バイプロットは、PROSTVAC治療によって誘導される抗原及び自己抗体の成分5及び6のものである(「試験日」及び「治療前後、治療後」)。成分5対6のバイプロットは、グラフ中にベクトルで示されている臨床及び人口統計予測因子と全ての自己抗体反応性の間の回帰関係を示す。以下の予測因子を解析に使用した:ドナーの年齢(「age.of.donor」)、全生存(「overall.survival」)、無増悪生存又は増悪までの時間の尺度としての試験時間(「time.on.study」)、試験日T0、T1、T2に採取された試料(「試験日」)、ベースライン試料(「治療前後、治療前」)及び治療後試料T1及びT2(「治療前後、治療後」)において測定された自己抗体。この投影図では、起点からさらに離れ、ベクトルの付近に位置する抗原(「治療前後、治療後」)は、PROSTVAC治療後に抗体応答を誘導する。
【図４】PROSTVAC治療を受けた患者における、無増悪生存期間(progression-free survival)(PFS)と相関する抗原及び自己抗体を例示する。図4は、日数で示される患者が試験にとどまった時間(「time.on.study.days」)と相関する自己抗体の例を示す散布図を示す。これは、増悪までの時間又は無増悪生存期間である、増悪が確認されるまでの時間に対応する。図4は、LGALS3BP、SP100、PKN1及びCREMと反応する自己抗体を示す。y軸は、自己抗体反応性のlog2 MFI値を示す。各自己抗体についてピアソンの相関係数及びp値を提供し、グラフの上部に示している。
【図５】日数での全生存(overall survival)(OS)と相関する自己抗体の例を示す散布図である。(試験にとどまったPROSTVAC治療を受けた患者の「全生存日数」が日数で示されている(「time.on.study.days」)。抗原及び自己抗体は、PROSTVAC治療を受けた患者における全生存(overall survival)(OS)と相関する。図5は、OSと正相関する、USP33及びTNIP2と反応する2種の自己抗体を示す。MAZ及びNOVA2と反応する自己抗体は、OSと負に相関し、レベルが高いことにより、不良なOSが予測される。y軸は、自己抗体反応性のlog2 MFI値を示す。各自己抗体についてピアソンの相関係数及びp値を提供し、グラフの上部に示している。
【図６】ベースライン及びPROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた治療後の血清試料中の自己抗体反応性の部分最小二乗(Partial Least Squares)(PLS)回帰分析を示す。部分最小二乗(Partial Least Squares)(PLS)バイプロットは、PROSTVAC+イピリムマブ治療によって誘導される抗原及び自己抗体の成分5及び6を示す(「試験日」及び「治療前後、治療後」)。成分5対6のバイプロットは、グラフ中にベクトルで示されている臨床及び人口統計予測因子と全ての自己抗体反応性の間の回帰関係を示す。以下の予測因子を解析に使用した:ドナーの年齢(「age.of.donor」)、全生存(「overall.survival」)、試験時間(「time.on.study」)、試験日T0、T1、T2に採取された試料(「試験日」)、全生存(overall survival)(OS)(「最良の応答」)、免疫関連有害事象(irAE、「コーディングiRAEs.R17」)、ベースライン試料中で測定された自己抗体(「治療前後、治療前」)並びに治療後試料T1及びT2(「治療前後、治療後」)。この投影図では、起点からさらに離れ、ベクトルの付近に位置する抗原(「治療前後、治療後」)は、PROSTVAC+イピリムマブ治療後の抗体応答を誘導する。
【図７】PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者における、OS-Halabi(「最良の応答」)と相関する抗原及び自己抗体を例示する。抗原及び自己抗体は、PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者におけるOS-Halabi(「最良の応答」)と相関する。散布図は、Halabi計算図表によって予測されるOS中央値と相関する自己抗体の例を示す(OS-Halabi、「最良の応答」)。図7は、A1BG及びZNF574と反応する自己抗体がOS-Halabiと正に相関することを示す。MAGEA8及びHMMRと反応する自己抗体は、OS-Halabiと負の相関を示す。y軸は、自己抗体反応性のlog2 MFI値を示す。各自己抗体についてピアソンの相関係数及びp値を提供し、グラフの上部に示している。
【図８】PROSTVAC治療を受けた患者の、日数での全生存(overall survival)(OS)と相関する自己抗体の例(「全生存日数」)を示す散布図である。抗原及び自己抗体は、PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者における、日数での全生存(overall survival)(OS)と相関する。図8は、OSとの正相関を有する、SNRNP70及びRELBと反応する2種の自己抗体を示す。HMMR及びCREBBPと反応する自己抗体は、OSと負に相関し、レベルが高いことにより、不良なOSが予測される。y軸は、自己抗体反応性のlog2 MFI値を示す。各自己抗体についてピアソンの相関係数及びp値を提供し、グラフの上部に示している。
【図９】治療前T0試料(「pre」)及び治療後T1及びT2試料(「post」)において測定された抗IDO1抗体の箱ひげ図である。抗IDO1抗体は、前立腺がん患者の治療前試料(「pre」)及び治療後試料(「post」)における全生存(overall survival)(OS)が予測される:PROSTVAC及びPROSTVAC+イピリムマブの複合解析。患者試料を月数での全生存に基づいて4群に分けた。抗IDO1抗体は、前立腺がん患者の試料において全生存(overall survival)(OS)が治療前(「pre」)に予測され、治療後(「post」)に上昇した。図9は、2つの試験、PROSTVAC及びPROSTVAC+イピリムマブからの試料の複合解析を示す。
【図１０】PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療後にirAEが発生するがん患者においてより高レベルが示される、IRAK4及びRBMS1_cに対する2種の自己抗体を示す箱ひげ図である。抗原及び自己抗体は、PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者におけるirAEに関連付けられた。試験抗原RBMS1_cは、アミノ酸アルギニンが脱イミノ化又はシトルリン化反応によってアミノ酸シトルリンに変換された、酵素により改変された組換えタンパク質である。シトルリン化タンパク質及びペプチドは、自己免疫疾患である関節リウマチの周知の抗原である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【００３０】
(発明の要旨)
一態様では、前立腺がんの腫瘍関連抗原(tumor-associated antigens)(TAA)を同定する方法が提供される。前立腺がんを有する患者の群を選択する。また、健康な患者の群を選択する。前立腺がんを有する群内の少なくとも1人の患者由来の試料を抗原に対する自己抗体のレベルについてアッセイする。前立腺がんを有する患者の群における抗原に対する自己抗体のレベルを健康な患者の群における自己抗体のレベルと比較する。抗原に対する自己抗体のレベルが前立腺がんを有する患者の群と健康な患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原を前立腺がんのTAAであると決定する。
【００３１】
別の態様では、TAAを前立腺がんワクチン接種応答のマーカーとして同定する方法が提供される。前立腺がん抗原に対する免疫応答を誘導するために有効なワクチンを用いたワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群を選択する。また、ワクチンを用いたワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群を選択する。前立腺がんを有する群内の少なくとも1人の患者由来の試料を抗原に対する自己抗体のレベルについてアッセイする。ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群における抗原に対する自己抗体のレベルを、ワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群における自己抗体のレベルと比較する。抗原に対する自己抗体のレベルが、ワクチン接種された患者の群とワクチン接種されていない患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原を前立腺がんのTAAであると決定する。
【００３２】
別の態様では、前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法が提供される。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、PROSTVAC療法を受けた前立腺がん患者由来の試料において決定する。PROSTVAC療法を受けていない前立腺がん患者又は前立腺がん患者の群由来の試料中の同じ1つ以上の抗原のレベル。PROSTVAC療法を受けた患者における1つ以上の抗原のレベルを、PROSTVAC療法を受けていない患者又は患者の群の対応するレベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベル(r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる)が、前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を患者に施行する。
【００３３】
追加的な態様及び実施態様を以下の詳細な説明に記載する。
【発明を実施するための形態】
【００３４】
(発明の詳細な説明)
一態様では、前立腺がんの腫瘍関連抗原(tumor-associated antigens)(TAA)を同定する方法が提供される。前立腺がんを有する患者の群を選択する。また、健康な患者の群を選択する。前立腺がんを有する群内の少なくとも1人の患者由来の試料を抗原に対する自己抗体のレベルについてアッセイする。前立腺がんを有する患者の群における抗原に対する自己抗体のレベルを健康な患者の群における自己抗体のレベルと比較する。抗原に対する自己抗体のレベルが前立腺がんを有する患者の群と健康な患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原を前立腺がんのTAAであると決定する。
【００３５】
本発明の範囲内で、「患者」という用語は、試験対象が前立腺がんについて試験されるという条件で、任意の試験対象(ヒト又は哺乳動物)を意味するものと理解される。
【００３６】
自己抗体は、患者により、前立腺がんが進行するか又はそうではなく症状を示す前に形成され得る。したがって、増悪の発症が目に見える数年前に、早期の検出、診断、並びにさらには予後判定及び(予防的)治療が可能になろう。本明細書に記載のデバイス及び手段(配置、アレイ、タンパク質アレイ、診断ツール、検査キット)及び方法により、公知の方法と比較して非常に早期の介入を可能にすることができ、これにより、予後及び生存率が相当に改善される。前立腺がん関連自己抗体プロファイルは前立腺がんの確立及び治療/療法の間に変化するので、本発明により、任意の発生段階にある前立腺がんの検出及びモニタリング、並びに、前立腺がんの場合ではアフターケアの範囲内での治療及びさらにはモニタリングも可能になる。本発明による手段により、自宅における患者自身による容易な対応、並びに、早期検出及びさらにはアフターケアのための費用効果が大きい常套的な予防措置も可能になる。
【００３７】
異なる患者は異なる前立腺がん関連自己抗体プロファイルを有し得、例えば、異なるコホート又は集団群は互いに異なる。ここで、各患者は、前立腺がんの発生及び前立腺がんの疾患の増悪の過程中、1つ以上の異なる前立腺がん関連自己抗体を形成する可能性があり、これもまた異なる自己抗体プロファイルといえる。さらに、形成された前立腺がん関連自己抗体の組成及び/又は数量は、前立腺がん発生及び疾患の増悪の過程中に変化する可能性があり、したがって、定量的評価が必要である。前立腺がんの療法/治療により、前立腺がん関連自己抗体の組成及び/又は数量の変化も導かれ得る。本発明による前立腺がん関連マーカー配列の大規模な一式により、個々の患者、患者の群、ある特定のコホート、集団群などのための配置への前立腺がん特異的マーカー配列の個々のコンパイルが可能になる。したがって、ある個々の場合には、前立腺がん特異的マーカー配列の使用が十分であり得、他の場合では、意味のある自己抗体プロファイルを生じさせるために、少なくとも2つ以上の前立腺がん特異的マーカー配列を一緒に又は組合せて使用しなければならない。
【００３８】
他のバイオマーカーと比較して、例えば血清(serum)/血漿(plasma)における前立腺がん関連自己抗体の検出には、高い安定性及び保管可能性並びに良好な検出能という利点がある。自己抗体の存在はまた、概日リズムを受けず、したがって、試料採取は時刻、食物摂取などとは無関係である。
【００３９】
さらに、前立腺がん関連自己抗体は、ELISA又はウエスタンブロットなどの公知のアッセイにおいて対応する抗原/自己抗原を活用して検出することができ、結果をこれについて調べることができる。
【００４０】
一部の実施態様では、抗原は、表1に列挙されている遺伝子によってコードされる抗原である。一部の実施態様では、TAAは、表2に列挙されている遺伝子によってコードされる。
【００４１】
アッセイを実施する種々のやり方を試みることができる。前立腺がんを有する患者由来の血清(serum)の一部を抗原の試料と接触させる。抗原は固体支持体、特に、フィルター、膜、ビーズ又は小さなプレート若しくはビーズ、例えば、磁気若しくはフルオロフォアで標識されたビーズ、シリコンウェーハ、ガラス、金属、プラスチック、チップ、質量分析標的又はマトリックスに固定化することができる。固体支持体としてマイクロスフェアを使用することもできる。多数の抗原を多数の異なる固体支持体とカップリングし、次いで、アレイ上に配置することができる。
【００４２】
アレイは「タンパク質アレイ」の形態であってよく、これは、本発明は固体支持体上の前立腺がん特異的マーカー配列の系統的な配置であり、ここで、前立腺がん特異的マーカー配列はタンパク質又はペプチド又はその一部であり、また、支持体は固体支持体であることが好ましいという意味である。
【００４３】
TAA、自己抗原、自己抗体のいずれかを含む試料は、体液の一部であるか、体液中に見いだされるか、或いは体液中に存在する。体液は、血液、全血、血漿(blood plasma)、血清(blood serum)、患者血清、尿、脳脊髄液、滑液、又は、例えば患者由来の腫瘍組織に由来する組織試料であり得る。これらの体液及び組織試料を早期検出、診断、予後判定、療法の管理及びアフターケアに使用することができる。
【００４４】
TAA、自己抗体又は抗原のレベルは、試料と抗原の間の結合の度合いを測定することによってアッセイされる。本発明による結合、結合の成功、相互作用、例えば、タンパク質間相互作用(例えば、タンパク質と前立腺がん特異的マーカー配列、例えば、抗原/抗体など)又は対応する「結合の成功を検出するための手段」を、例えば、従来の様式の蛍光標識、ビオチン化、放射性同位元素標識又はコロイド金若しくはラテックス粒子標識によって可視化することができる。結合した抗体を、市販のレポーター分子(例えば、Cy、Alexa、Dyomics、FITC若しくは同様の蛍光色素、コロイド金若しくはラテックス粒子)を使用して標識された二次抗体を活用して、又は、例えばアルカリホスファターゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼなどのレポーター酵素、及び対応する比色定量、蛍光又は化学発光基質を用いて検出する。読み取りを、例えばマイクロアレイレーザースキャナーによって、CCDカメラによって、又は視覚的に実施する。
【００４５】
比較は、本明細書の実施例5に記載されているものなどの任意の数の統計解析によって実施することができる。
【００４６】
別の態様では、TAAを前立腺がんワクチン接種応答のマーカーとして同定する方法が提供される。前立腺がん抗原に対する免疫応答を誘導するために有効なワクチンを用いたワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群を選択する。また、ワクチンを用いたワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群を選択する。前立腺がんを有する群内の少なくとも1人の患者由来の試料を抗原に対する自己抗体のレベルについてアッセイする。ワクチン接種を受けた前立腺がんを有する患者の群における抗原に対する自己抗体のレベルを、ワクチン接種を受けていない前立腺がんを有する患者の群における自己抗体のレベルと比較する。抗原に対する自己抗体のレベルが、ワクチン接種された患者の群とワクチン接種されていない患者の群の間で統計学的に異なる場合、該抗原を前立腺がんのTAAであると決定する。
【００４７】
別の態様は、前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法を提供する。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを前立腺がん患者において決定する。前立腺がん患者における1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を施行する。
【００４８】
2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20などの任意の数の抗原を試験することができる。
【００４９】
一部の実施態様では、患者は、前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較して、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの低下をさらに有する。
【００５０】
PROSTVACは、Bavarian Nordicにより、転移性前立腺がんの拡散を予防するために投与されるワクチンとして開発中である。PROSTVACは、症候性又は最小の症候性の転移性去勢抵抗性前立腺がん(metastatic castration-resistant prostate cancer)(mCRPC)を有する男性の治療に役立ち得る。PROSTVACは、PSAを標的とするワクチンであり、独自開発の初回刺激-追加免疫法によって投与される。PROSTVACは、皮下投与することができる。理論に束縛されることを望むものではないが、PROSTVACにより、PSAを有する転移性前立腺がん細胞を攻撃する直接的な免疫応答を誘導することができる。
【００５１】
別の態様は、前立腺がん患者を、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種のために同定し、治療する方法を提供する。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者において決定する。前立腺がん患者における1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、PROSTVAC療法、イピリムマブ、及び/又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を施行する。
【００５２】
別の態様は、PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者における療法の効果をモニタリングする方法を提供する。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料をアッセイすることにより決定する。前立腺がん患者の試料由来の1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、PROSTVAC療法が有効であると決定する。
【００５３】
別の態様は、PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者における療法の効果をモニタリングする方法を提供する。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。試料由来の1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、療法が有効であると決定する。
【００５４】
療法は、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含み得る。
【００５５】
別の態様では、PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者を同定し、治療する方法が提供される。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を施行する。
【００５６】
一部の実施態様では、施行される療法は、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含む。
【００５７】
別の態様では、PROSTVACによるワクチン接種又は前立腺抗原によるワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者を同定し、治療する方法が提供される。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。前立腺がん患者由来の1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、療法を施行する。
【００５８】
一部の実施態様では、療法は、イピリムマブ投与、前立腺抗原によるワクチン接種、及びPROSTVAC療法のうちの1つ以上を含む。
【００５９】
一部の実施態様では、患者は、前立腺がんを有する患者の群におけるレベルと比較した、r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルの上昇も有する。
【００６０】
別の態様では、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVAC療法の効果をモニタリングする方法が提供される。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して負の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。前立腺がん患者由来の1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも低い場合、PROSTVAC療法が有効であると決定する。
【００６１】
別の態様では、PROSTVAC療法又は前立腺抗原を用いたワクチン接種を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVAC療法の効果をモニタリングする方法が提供される。r_in_PROSTVAC Progression-free survivalに関して正の値を有する表4に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。前立腺がん患者における1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVAC療法が有効であると決定する。
【００６２】
別の態様では、PROSTVACを用いた治療を受けた患者の全生存を評価する方法が提供される。r_in_PROSTVAC Overall Survivalに関して正の値を有する表5に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。
【００６３】
別の態様では、PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVACとイピリムマブの併用療法の効果をモニタリングする方法が提供される。r-value Study.Dayについて正の値を有する表6に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原レベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVACとイピリムマブの併用療法が有効であると決定する。
【００６４】
さらに別の態様では、PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者におけるPROSTVACとイピリムマブの併用療法の効果をモニタリングする方法が提供される。r_in_PROSTVAC_ipi_Best.Responseに関して正の値を有する表7に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVACとイピリムマブの併用療法が有効であると決定する。
【００６５】
別の態様では、PROSTVAC及びイピリムマブを用いた治療を受けた患者の全生存を評価する方法が提供される。r_in_PROSTVAC_ipi_Overall.Survivalに関して正の値を有する表8に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。
【００６６】
別の態様では、PROSTVACとイピリムマブの併用療法を用いた治療を以前に受けた前立腺がん患者においてPROSTVACとイピリムマブの併用療法により生じる免疫関連有害事象をモニタリングする方法が提供される。ピアソンのrに関して正の値を有する表9に列挙されている遺伝子によってコードされる1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がん患者由来の試料中の1つ以上の抗原のレベルをアッセイすることにより決定する。1つ以上の抗原のレベルを、前立腺がんを有する患者の群についての1つ以上の抗原の平均レベルと比較する。患者における1つ以上の抗原のレベルが前立腺がんを有する患者の群における1つ以上の抗原の平均レベルよりも高い場合、PROSTVACとイピリムマブの併用療法により生じる免疫関連有害事象のリスクがあると決定する。
【００６７】
本発明は、本明細書に記載の特定の実施態様による範囲に限定されるものではない。実際に、本明細書に記載のものに加えて、本発明の種々の改変が前述の説明及び添付図から当業者には明らかになるであろう。そのような改変は、添付の特許請求の範囲の範囲内に入るものとする。全ての値はおおよそのものであり、説明のために提示されていることも理解されるべきである。
【００６８】
特許、特許出願、刊行物、製品説明、及びプロトコールが本出願全体を通して引用されており、それらの開示はその全体があらゆる目的に関して引用により本明細書中に組み込まれている。
【実施例】
【００６９】
(実施例1)
(組換え自己抗原の産生)
組換え抗原を大腸菌(Escherichia coli)において産生させた。異なるヒト組織(胎児脳、結腸、肺、肝臓、CD4誘導型及び非誘導型T細胞)に由来する5つのcDNAライブラリーをヒト抗原の組換えによる産生のために使用した。これらのcDNAライブラリーの全てはオリゴ(dT)プライマーを起点とし、N末端に位置するヘキサ-ヒスチジン-タグのコード領域を含有し、大腸菌(E.coli)由来のラクトース誘導性プロモーターの転写調節下にある。cDNAライブラリーの配列完全性を、5' DNA配列決定によって確認した。さらに、ヒトORFeomeコレクションに由来する全長配列を表す発現クローンを含めた。個々の抗原をインシリコで設計し、化学的に合成し(Life Technologies、Carlsbad、USA)、抗原のN末端に位置するHis6-タグのコード領域と融合した発現ベクターpQE30-NSTにクローニングした。組換え遺伝子発現を、ヒト遺伝子の発現を改善するためのプラスミドpSE111を有する大腸菌SCS1細胞において実施した。細胞を自己誘導培地(Overnight Express auto-induction medium、Merck、Darmstadt、Germany)200 ml中で終夜培養し、遠心分離によって回収した。細菌ペレットを溶解緩衝剤(6 Mのグアニジニウム-HCl、0.1 MのNaH2PO4、0.01 MのTris-HCl、pH 8.0)15 mlに再懸濁することによって溶解させた。
【００７０】
可溶性タンパク質を、Protino(登録商標)Ni-IDA 1000 Funnel Column(Macherey-Nagel、Duren、Germany)に結合させた後、親和性精製した。カラムを洗浄緩衝剤(8 Mの尿素、0.1 MのNaH2PO4、0.01 MのTris-HCl、pH 6.3)8 mlで洗浄した。タンパク質を溶出緩衝剤(6 Mの尿素、0.1 MのNaH2PO4、0.01 MのTris-HCl、0.5%(w/v)トレハロース、pH 4.5)3 ml中に溶出させた。各タンパク質調製物を2D-バーコード付けしたチューブに移し、凍結乾燥させ、-20℃で保管した。
【００７１】
(実施例2)
(抗原の選択及びがんスクリーニングの設計)
候補抗原をこのがんスクリーニングのために、免疫関連プロセス及び自己免疫疾患抗原、がんシグナル伝達プロセス、及び異なるがんの型において優先的に発現される抗原が包含されるように選択した。全部で842の潜在的抗原を選択した。
【００７２】
図1は、カテゴリー当たりの抗原の数を示す。
【００７３】
(実施例3)
(抗原とビーズのカップリング)
ビーズに基づくアレイ(bead-based arrays)(BBA)を作製するために、タンパク質を磁気カルボキシル化色分けビーズ(MagPlex(商標)マイクロスフェア、Luminex社、Austin、TX、USA)とカップリングした。タンパク質とMagPlex(商標)マイクロスフェアのカップリングに関する製造者のプロトコールを適合させて液体取扱いシステムを使用した。1つのBBAの半自動化カップリング手順は、384の単一の別々のカップリング反応を包含し、これらを4つの96ウェルプレートにおいて行った。単一のカップリング反応それぞれについて、最大12.5 μgの抗原及び1つの色領域(ID)のMagPlex(商標)ビーズ8.8×105個を使用した。全ての液体取扱いステップを8-チャネルピペッティングシステム(Starlet、Hamilton Robotics、Bonaduz、Switzerland)又は96-チャネルピペッティングシステム(Evo freedom 150、Tecan、Mannderdorf、Switzerland)のいずれかで行った。半自動化カップリングのために、抗原をH2O中に溶解させ、60マイクロリットルの一定分量を2Dバーコードチューブから96ウェルプレートに移した。MagPlex(商標)マイクロスフェアを均一に再懸濁させ、各ビーズIDを96ウェルプレートの1つのウェルに移した。マイクロスフェアを含有する96ウェルプレートを、洗浄ステップに関してはビーズを沈降させるために磁気分離器(LifeSep(商標)、Dexter Magnetic Technologies社、Elk Grove Village、USA)に置き、インキュベーションステップに関しては恒久的な混合を容易にするためにマイクロタイタープレート振とう機(MTS2/4、IKA)に置いた。
【００７４】
カップリングのために、マイクロスフェアを活性化緩衝剤(100 mMのNaH2PO4、pH 6.2)で3回洗浄し、活性化緩衝剤120 μlに再懸濁させた。反応性スルホ-NHS-エステル中間体を得るために、1-エチル-3-(3-ジメチルアミノプロピル)カルボジイミド(50 mg/ml)15μl、及びN-ヒドロキシ-スクシンイミド(50 mg/ml)15 μlをマイクロスフェアに適用した。20分インキュベートした後(900 rpm、室温(RT))、マイクロスフェアをカップリング緩衝剤(50 mMのMES、pH 5.0)で3回洗浄し、カップリング緩衝剤65 μlに再懸濁させた。すぐに、抗原溶液60 μlを反応性マイクロスフェアに添加し、カップリングを恒久的混合下(900 rpm、RT)、120分にわたって行った。洗浄緩衝剤(PBS、0.1% Tween20)を使用した3回の洗浄サイクルの後、カップリングしたビーズをブロッキング緩衝剤(PBS、1% BSA、0.05% ProClin300)に再懸濁させ、20分インキュベートし(900 rpm、RT)、次いで、4〜8℃で12〜72時間維持するために移した。
【００７５】
最後に、384の抗原がカップリングしたビーズをプールすることによってマルチプレックスBBAを作製した。
【００７６】
(実施例4)
(血清試料と、抗原がカップリングしたビーズのインキュベーション)
血清試料を2Dバーコードチューブに移し、96ウェルプレート中、アッセイ緩衝剤(PBS、0.5% BSA、10%大腸菌溶解物、50% Low-Cross緩衝剤(Candor Technologies、Nurnberg、Germany))を用いて1:100血清希釈物を調製した。血清希釈物をまず20分インキュベートして、最終的に大腸菌タンパク質を対象とするあらゆるヒトIgGを中和した。BBAを5分にわたって超音波処理し、ビーズミックスを96ウェルプレート中に分布させた。洗浄緩衝剤(PBS、0.05% Tween20)を用いた3回の洗浄サイクルの後、血清希釈物(50μl)をビーズミックスに添加し、20時間インキュベートした(900 rpm、4〜8℃)。3回の洗浄サイクルによって上清をビーズから取り出し、R-フィコエリトリンで標識された二次抗体(5μg/ml、ヤギ抗ヒト、Dianova、Hamburg、Germany)を添加し、最終的なインキュベーションを45分(900 rpm、RT)行った。ビーズを洗浄緩衝剤(PBS、0.1% Tween20)で3回洗浄し、シース液(Luminex社)100 μlに再懸濁させた。その後、ビーズをFlexMap3Dデバイスで蛍光シグナル読み取りについて分析した(DDゲーティング7.500〜15.000; サンプルサイズ: 80μl;ビーズID当たり1000事象;小休止60秒)。結合事象を蛍光強度(MFI)中央値として表示した。ビーズID当たりに計数されるビーズ事象が少数であった場合には(＜30ビーズ)測定値を無視した。
【００７７】
(実施例5)
(統計解析)
データ処理及び解析を、プログラミング言語R(http://www.r-project.org/ version 3.3.0)、KNIME 3.2(https://www.knime.org/)、DataWarrior(www.openmolecules.org/datawarrior)、及びtMeV 4.9(http://www.tm4.org)を使用して実施した。
【００７８】
患者の群において対照群と比較して試験抗原に対する反応性が高い自己抗体を同定するために、順列に基づく統計学的技法である、R-プログラミング言語におけるマイクロアレイの有意性(Significance of microarrays in the R-programming language)(SAMR)を使用した(Tusherら、2001年)。2つの試験群間の差異の強度をSAMR score_dとしてコンピュータで計算した。正の変化倍率値により、がん群において健康な対照試料と比較して自己抗体反応性が高いことが示される。さらに、各抗原について受信者動作特性を算出して曲線下面積(area under the curve)(AUC)値をもたらした。パッケージpROC(Robinら、2011年)を使用してROC曲線を生成した。
【００７９】
臨床応答、全生存、試験日数、又はirAEと相関するバイオマーカーを同定するために、ピアソンの相関係数「r」を算出した。
【００８０】
データを探究し、分類及び予測を可能にするバイオマーカーを同定するために、部分最小二乗(Partial Least Squares)回帰(PLS)を自己抗体(抗原)データセットに適用した(Palermoら、2009年)。直交性スコアアルゴリズムを使用して、プログラミング言語「R」を使用するPLS回帰を実施した。PLSモデリングの結果を自己抗体、並びに、試験デザインを反映する人口統計的試験データ及び臨床データの「バイプロット」として可視化した。各抗原座標について、起点までの距離は、縮小された2次元空間内の分散を示す。分散を伴わない抗原はバイプロットの中央に位置することになる。同定された自己抗体バイオマーカーを多変量モデルのグラフ表示におけるランドマークとして使用した。
【００８１】
(実施例6)
(PROSTVACを用いた治療を受けた前立腺がん患者における腫瘍関連抗原及び自己抗原を標的とする抗体の同定及び測定)
PROSTVACがんワクチンを用いた治療を受けた前立腺がん患者24名由来の血清試料を、事前に選択された842種の抗原に対する自己抗体の存在について試験した(Gulleyら、2014年)。試料を治療前(T0試料)、及び治療中の2つの時点で採取した。T1は90日(3カ月)に対応し、T2試料は180日(6カ月)に対応する。PROSTVACレジメンは、最初のPSA-TRICOMワクシニアに基づく初回刺激用量、続いて、その後の6回のPSA-TRICOM追加免疫用量からなる。これらの7回の注射は、5カ月の治療期間内にもたらされる。PSAなどの免疫原性が弱い自己抗原に対する免疫応答を増強するために、療法の開始時にGM-CSF/CSF2が与えられる。
【００８２】
表1は、同定された自己抗体反応性及び抗原の全てを含む。
【００８３】
異なる臨床的エンドポイントと相関するマーカーを抽出し、別々の表(T)に示す。
【００８４】
表1: 同定された抗原全ての一覧
【表１】
2020524809.tif 000003
2020524809.tif 000004
2020524809.tif 000005
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【００８５】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。適用と共に提供される配列表は、対応する「遺伝子ID」によって識別される遺伝子によってコードされる、上で識別された抗原配列の配列を含有する。
【００８６】
(実施例7)
(前立腺がん患者における腫瘍関連抗原の同定)
腫瘍関連抗原(tumor-associated antigen)(TAA)は、宿主における免疫応答を誘発する、腫瘍、血管組織又は腫瘍周囲組織において産生される抗原性物質と定義される。TAAに対する自己抗体レベルが高いことは、患者をがん免疫(immuno-oncology)(IO)療法で治療する前にがん患者の免疫コンピテンスを決定するために有用である。さらに、腫瘍細胞又は周囲組織において発現されるTAAは、がん療法において使用するための潜在的な標的である。TAAのさらなる使用は、がん患者を診断するためのものである。
【００８７】
群1は、前立腺がんにおいて同定された最良の49種の腫瘍関連抗原を含む。群1抗原を、前立腺がん患者における自己抗体レベルを健康な対照患者における自己抗体レベルと比較することによって同定した。マーカーを、統計学的技法、R-プログラミング言語(SAMR)におけるマイクロアレイの有意性を使用することによって同定した。2つの試験群間の差異の強度をSAMR score_dとしてコンピュータで計算した。正の変化倍率値により、がん群において健康な対照試料と比較して自己抗体反応性が高いことが示される。以下の表2に、前立腺がんにおいて免疫応答を引き出す49種のTAAに関するデータを示す。
【００８８】
表2: 健康な対照と比較と比較した、前立腺がん(PCa)において同定されたTAA。
【表２】
2020524809.tif 000025
2020524809.tif 000026
【００８９】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【００９０】
(実施例8)
(PROSTVAC後に前立腺がん患者において誘導される自己抗体の測定)
PROSTVACワクチンを用いた治療を受けた前立腺がん患者の全生存に対する長期的な好影響は、がん患者における体液性免疫応答の刺激を伴い得る。これは、ワクチンには直接含まれていない追加的な抗原を標的とするB細胞及び抗体の誘導を伴い得る。この、より広範な免疫応答の生成は抗原拡散と称され、患者における持続可能な抗腫瘍応答を実現するために重要であり得る。
【００９１】
したがって、PROSTVACワクチンの一部ではないあらゆる新しい抗体及び抗原が、前立腺がん患者におけるワクチン接種応答を測定するための潜在的なバイオマーカーである。PROSTVACを用いたワクチン接種により治療後抗体応答を誘導することができるかどうかを調査するために、T0試料(治療前試料)、T1試料(3カ月)及びT2試料(6カ月)の間での抗体レベルの変化を分析した。全部で、842種の抗原に対する抗体応答を分析した。治療後の抗体レベルのベースラインからの上昇を、ピアソンの相関を使用した相関分析によって分析した(試験0日目、1日目、2日目)。
【００９２】
表3は、PROSTVACを用いた治療を受けた前立腺がん患者において治療後抗体応答を誘導する39種の抗原のピアソンのr値を含む。
【００９３】
表3: PROSTVAV治療後に高い強度レベルを有する抗原及び自己抗体のピアソンの相関
【表３】
2020524809.tif 000027
【００９４】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【００９５】
(実施例9)
(PROSTVACを用いた治療を受けた前立腺がん患者における増悪までの時間と相関する自己抗体の測定)
患者のがん療法を終了する、又は療法を変化させる理由の一つが疾患増悪である。介入の開始から患者が疾患増悪の徴候を示すまでの時間は無増悪生存期間(Progression-free survival)(PFS)と称される。PROSTVAC臨床試験において、患者のPSAレベルを治療前と治療後に決定した。生化学的増悪を、PSAレベルがベースライン(T0)から30%以上低下することと定義した(https://clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT00060528)。
【００９６】
無増悪生存期間と相関するバイオマーカーを、ピアソンの相関を使用して算出した。
【００９７】
表4は、PROSTVAC治療を受けた患者における無増悪生存期間と正に又は負に相関する50種のマーカーを示す。
【００９８】
無増悪生存期間と相関するバイオマーカーを、ピアソンの相関を使用して算出した。正のr値を有するバイオマーカーは、無増悪生存期間との正相関を示し、また、PFSが長い患者ほど高い強度値が示される。正相関を示すマーカーを使用して、PROSTVAC療法に応答する可能性が高い患者を同定することができる。
【００９９】
対照的に、負のr値を有するバイオマーカーは、PFSと負の相関を示し、また、PFSが短い患者ほど高レベルが見いだされた。これらのマーカーが高レベルの患者は、療法に応答する可能性が低い。
【０１００】
表4: PROSTVAC治療を受けた患者における無増悪生存期間と相関するマーカーのピアソンの相関係数。
【表４】
2020524809.tif 000028
2020524809.tif 000029
【０１０１】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【０１０２】
(実施例10)
(PROSTVACを用いた治療を受けた前立腺がん患者における全生存と相関する自己抗体の測定)
臨床試験における重要な臨床転帰の尺度は全生存(overall survival)(OS)である。全生存は、あらゆる原因による死亡日又は最後の経過観察日までの試験参加日と定義される。
【０１０３】
OSと相関するバイオマーカーを、ピアソンの相関を使用して算出した。正のr値を有するバイオマーカーは、OSとの正相関を示し、また、OSが長い患者ほど高い強度値が示された。これらのマーカーを使用して、より良好な全生存時間を有し、PROSTVAC療法が有益である可能性があり得る患者を同定することができる。
【０１０４】
対照的に、負のr値を有するバイオマーカーは、OSと負の相関を示し、また、OSが短い患者ほど高レベルが見いだされた。
【０１０５】
表5は、PROSTVAC治療を受けた患者におけるOSと正に又は負に相関する70種のマーカーを示す。
【０１０６】
表5: PROSTVAC治療を受けた患者におけるOSと相関するマーカーのピアソンの相関係数。
【表５】
2020524809.tif 000030
2020524809.tif 000031
【０１０７】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【０１０８】
(実施例11)
(PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた前立腺がん患者における腫瘍関連抗原及び自己抗原を標的とする抗体の同定及び測定)
PROSTVACによるワクチン接種により前立腺がん患者の全生存が改善されることが示されたが、一部の患者では、疾患が増悪又は再発した。細胞傷害性T細胞により、負の制御分子であるTリンパ球関連タンパク質4(CTLA4)が上方制御されるという証拠がある。イピリムマブ(Bristol-Myers Squibb、New York、NY、USA)は、CTLA4の活性を遮断するアンタゴニスト抗CTLA4モノクローナル抗体である。イピリムマブは前立腺がんの治療において評価されており、患者の少数(約20%)が有意なPSA減退を有した。臨床データから、免疫チェックポイント阻害と治療用がんワクチンを組み合わせることには、これらの療法を用いて長期間続く応答が見られる患者の割合を改善する潜在性があることが示唆される。
【０１０９】
第I相臨床試験では、転移性去勢抵抗性前立腺がん(metastatic castration-resistant prostate cancer)(mCRPC)を有する試験参加者30名がPROSTVAC及び漸増用量のイピリムマブを用いた治療を受けた(Madanら、2012年)。PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた患者24名からの血清試料を、事前に選択された842種の抗原に対する自己抗体の存在について試験した。試料を治療前(T0試料)、及び治療中の2つの時点で採取した。T1は90日(3カ月)に対応し、T2試料は180日(6カ月)に対応する。
【０１１０】
(実施例12)
(PROSTVAC+イピリムマブ後に前立腺がん患者において誘導される自己抗体の測定)
PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた前立腺がん患者の全生存に対する長期的な好影響は、がん患者における体液性免疫応答の刺激を伴い得る。これは、ワクチンには直接含まれていない追加的な抗原を標的とするB細胞及び抗体の誘導を伴い得る。この、より広範な免疫応答の生成は抗原拡散と称され、患者における持続可能な抗腫瘍応答を実現するために重要であり得る。
【０１１１】
したがって、PROSTVAC+イピリムマブ治療レジメンの一部ではないあらゆる新しい抗体及び抗原が、前立腺がん患者におけるワクチン接種応答を測定するための潜在的なバイオマーカーである。PROSTVAC+イピリムマブにより治療後抗体応答を誘導することができるかどうかを調査するために、T0試料(治療前試料)及びT1試料(3カ月)及びT2試料(6カ月)の間での抗体レベルの変化を分析した。全体で、842種の抗原に対する抗体応答を分析した。治療後の抗体レベルのベースラインからの上昇を、ピアソンの相関を使用した相関分析によって分析した(試験0日目、1日目、2日目)。
【０１１２】
さらに、SAMRを使用して治療後試料T1及びT2をT0試料と比較した。
【０１１３】
表6は、PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた前立腺がん患者において治療後抗体応答を誘導する25種の抗原のピアソンのr値を含む。
【０１１４】
表6: PROSTVAC+イピリムマブ治療によって誘導されるマーカー
【表６】
2020524809.tif 000032
【０１１５】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【０１１６】
(実施例13)
(PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた前立腺がん患者の予測OS -Halabi中央値と相関する自己抗体の測定)
患者のがん療法を終了する、又は療法を変化させる理由の一つが疾患増悪である。Halabi計算図表によって予測される全生存(overall survival)(OS)中央値は、異なる時点における個々の予測生存確率をコンピュータ計算するために使用することができる、転移性去勢抵抗性前立腺がん(metastatic castration-resistant prostate cancer)(mCRPC)を有する患者の予後判定モデルである(Halabiら、2014年)。
【０１１７】
OS-Halabiと相関するバイオマーカーを、ピアソンの相関を使用して算出した。
【０１１８】
表7は、PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者におけるOS-Halabiと正に又は負に相関する64種のマーカーを示す。
【０１１９】
表7: PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者におけるOS-Halabiと相関するマーカーのピアソンの相関係数
【表７】
2020524809.tif 000033
2020524809.tif 000034
【０１２０】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【０１２１】
(実施例14)
(PROSTVACを用いた治療を受けた前立腺がん患者における全生存と相関する自己抗体の測定)
OSと相関するバイオマーカーを、ピアソンの相関を使用して算出した。正のr値を有するバイオマーカーは、OSとの正相関を示し、また、OSが長い患者ほど高い強度値が示された。これらのマーカーを使用して、より良好な全生存時間を有し、PROSTVAC+イピリムマブ療法が有益である可能性があり得る患者を同定することができる。
【０１２２】
対照的に、負のr値を有するバイオマーカーは、OSと負の相関を示し、また、OSが短い患者ほど高レベルが見いだされた。
【０１２３】
表8は、PROSTVAC治療を受けた患者におけるOSと正に又は負に相関する70種のマーカーを示す。
【０１２４】
表8: PROSTVAC+イピリムマブ治療を受けた患者におけるOSと相関するマーカー。
【表８】
2020524809.tif 000035
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2020524809.tif 000037
【０１２５】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【０１２６】
(実施例15)
(PROSTVAC+イピリムマブによる治療を受けた前立腺がん患者における免疫関連有害作用(immune-related adverse effects)(irAE)に関連するバイオマーカー同定)
重要な臨床的有用性があるにもかかわらず、チェックポイント阻害剤には免疫関連有害事象(immune-related adverse events)(irAE)が付随する。チェックポイント阻害剤によりirAEが誘導される機構は完全には理解されていない。負のチェックポイントが遮断されることにより、全般的な免疫学的増強が生じると考えられる。寛容性を調節する免疫チェックポイントが解放されることにより、T細胞又はB細胞のいずれかであり得る自己反応性リンパ球が活性化される可能性もある。自己免疫疾患では、自己反応性B細胞により、ADCCによる組織損傷を誘導し得る自己抗体が産生されることが周知である。したがって、自己抗原に拡散するエピトープがirAEの指標になり得る。
【０１２７】
irAEと相関する自己抗体をピアソンの相関分析及びSAMRによって同定した。
【０１２８】
表9は、PROSTVAC+イピリムマブによる治療を受けた前立腺がん患者におけるirAEに関連する87種のバイオマーカーを含む。
【０１２９】
これらのバイオマーカーは、患者のベースライン試料において、及び療法の前にirAEを予測するために使用することができる、又は治療後に誘導される。
【０１３０】
表9: PROSTVAC+イピリムマブを用いた治療を受けた患者におけるirAEのバイオマーカー。
【表９】
2020524809.tif 000038
2020524809.tif 000039
2020524809.tif 000040
【０１３１】
遺伝子IDは、www.ncbi.nlm.nih.govで利用可能なNCBIウェブサイトにおいて見いだされる。遺伝子に関するより多くの情報は、例えば、NCBIウェブサイトにアクセスし、遺伝子ID又は遺伝子記号を入力することによって見いだすことができる。
【０１３２】
参考文献
【化１】
2020524809.tif 000041
2020524809.tif 000042
2020524809.tif 000043
【図１−０１】
2020524809.tif 000044
【図１−０２】
2020524809.tif 000045
【図２】
2020524809.tif 000046
【図３】
2020524809.tif 000047
【図４】
2020524809.tif 000048
【図５】
2020524809.tif 000049
【図６】
2020524809.tif 000050
【図７】
2020524809.tif 000051
【図８】
2020524809.tif 000052
【図９】
2020524809.tif 000053
【図１０】
2020524809.tif 000054
【手続補正書】
【提出日】令和2年4月9日(2020.4.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
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【国際調査報告】
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