(57)【要約】  本発明は、抗ＰＤ−１抗体、およびＰＤ−１活性と関連する疾患または病状、例えば癌の処置におけるそれらの使用法に関する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３と、ヒトＰＤ−１への結合について競合するか、またはこれらの抗体と同じヒトＰＤ−１のエピトープに結合する、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９−３１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３２−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３５−３７のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが配列番号３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号３および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３８−４０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３５−４０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号３のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号４のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号３および２６のアミノ酸配列を有し、かつそのＬＣが、配列番号４および２８のアミノ酸配列を有する、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項４】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４１−４３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号５および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４４−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４１−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、そのＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号５および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項５】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、４７および４８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号７および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４９−５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、４７、４８および４９−５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、そのＶＬが、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号７および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項６】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５２−５４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号９および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが配列番号１０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５２−５４および３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに、
ｌ）そのＨＣが、配列番号９および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項７】
T抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、５６および４８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが配列番号１１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１１および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５７、３３および５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１２のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、５６および４８ならびに５７、３３および５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１１のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１２のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１１および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項８】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５８−６０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１３および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５８−６０および５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１４のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１３および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項９】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６１、６２および４３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１５および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４４−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６１、６２および４３ならびに４４−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１６のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１５および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１０】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６３−６５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１７および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３２−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６３−６５および３２−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１８のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１７および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１１】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６６−６８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１９および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６６−６８ならびに３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１９のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１９および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１２】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６９−７１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号２１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号２１および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号７２、４５および７３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２２のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６９−７１ならびに７２、４５および７３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号２１のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２２のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号２１および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１３】
抗ＰＤ−１抗体が、
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号７４−７６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号２３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号２３および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号７４−７６ならびに５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号２３のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号２３および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体
からなる群より選択される、請求項１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１４】
ＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列（ここで、位置３５のＸがＳであり、および／または位置８４のＸがＮである）を含む、請求項２に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１５】
ＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＤであり、要すれば、位置４０のＸがＡであり、および／または位置５５のＸがＹである）を含む、請求項２または１４に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１６】
ＶＨが配列番号３のアミノ酸配列を含む、請求項３に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１７】
ＶＬが配列番号４のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＤであり、および位置３のＸがＱであり、要すれば、位置５３のＸがＳである）を含む、請求項３または１６に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１８】
ＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＥであり、位置５のＸがＶであり、要すれば、位置１３のＸがＱであり、位置３５のＸがＳであり、位置４６のＸがＥであり、位置５０のＸがＡであり、位置７７のＸがＮであり、位置８０のＸがＹであり、および／または位置１１５のＸがＭである）を含む、請求項４に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項１９】
ＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列（ここで、位置４のＸがＭである）を含む、請求項４または１８に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２０】
ＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列（要すれば、位置６４のＸがＶである）を含む、請求項５に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２１】
ＶＬが配列番号８のアミノ酸配列（ここで、位置３のＸがＶであり、かつ位置４のＸがＭであり、要すれば、位置６９のＸがＳである）を含む、請求項５または２０に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２２】
ＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列（ここで、位置５のＸがＱであり、要すれば、位置５９のＸがＮであり、位置７６のＸがＫであり、および／または位置８３のＸがＬである）を含む、請求項６に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２３】
ＶＬが、配列番号１０のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＡである）を含む、請求項６または２２に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２４】
ＶＨが、配列番号１１のアミノ酸配列（要すれば、位置１０のＸがＧであり、および／または位置１６のＸがＧである）を含む、請求項７に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２５】
ＶＬが配列番号１２のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＤであり、かつ位置４のＸがＭであり、要すれば、位置５５のＸがＹであり、および／または位置９３のＸがＹである）を含む、請求項７または２４に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２６】
ＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列（ここで、位置５のＸがＶであり、要すれば、位置５０のＸがＹであり、位置５９のＸがＹであり、および／または位置６１のＸがＡである）を含む、請求項８に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２７】
ＶＬが配列番号１４のアミノ酸配列（ここで、位置３のＸがＶであり、かつ位置４のＸがＭであり、要すれば、位置５５のＸがＹである）を含む、請求項８または２６に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２８】
ＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＥであり、位置５のＸがＶであり、かつ位置６のＸがＥであり、要すれば、位置３５のＸがＳであり、位置４９のＸがＳであり、位置５０のＸがＡであり、位置７３のＸがＤであり、および／または位置７８のＸがＴである）を含む、請求項９に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項２９】
ＶＬが配列番号１６のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＤであり、位置３のＸがＱであり、かつ位置４のＸがＭである）を含む、請求項９または２８に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３０】
ＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＥであり、かつ位置６のＸがＥである）を含む、請求項１０に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３１】
ＶＬが配列番号１８のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＤであり、要すれば、位置４０のＸがＡであり、および／または位置５５のＸがＹである）を含む、請求項１０または３０に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３２】
ＶＨが配列番号１９のアミノ酸配列（ここで、位置２のＸがＶであり、要すれば、位置４３のＸがＧであり、位置４９のＸがＩであり、位置５９のＸがＮであり、位置７０のＸがＩであり、および／または位置１１１のＸがＱである）を含む、請求項１１に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３３】
ＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＡであり、かつ位置３のＸがＱであり、要すれば、位置１０のＸがＳである）を含む、請求項１１または３２に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３４】
ＶＨが配列番号２１のアミノ酸配列（要すれば、位置４８のＸがＶであり、および／または位置５０のＸがＡである）を含む、請求項１２に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３５】
ＶＬが配列番号２２のアミノ酸配列（ここで、位置４のＸがＭであり、要すれば、位置１２のＸがＳである）を含む、請求項１２または３４に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３６】
ＶＨが配列番号２３のアミノ酸配列（ここで、位置１のＸがＥであり、位置５のＸがＶであり、かつ位置６のＸがＥであり、要すれば、位置３５のＸがＳである）を含む、請求項１３に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３７】
ＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列（ここで、位置３のＸがＶであり、要すれば、位置４０のＸがＡであり、および／または位置５５のＸがＹである）を含む、請求項１３または３６に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３８】
ａ）それぞれ、配列番号２９、３０、３１、３２、３３および３４；
ｂ）それぞれ、配列番号３５、３６、３７、３８、３９および４０；
ｃ）それぞれ、配列番号４１、４２、４３、４４、４５および４６；
ｄ）それぞれ、配列番号２９、４７、４８、４９、５０および５１；
ｅ）それぞれ、配列番号５２、５３、５４、３８、４５および５５；
ｆ）それぞれ、配列番号２９、５６、４８、５７、３３および５１；
ｇ）それぞれ、配列番号５８、５９、６０、５７、３３および３４；
ｈ）それぞれ、配列番号６１、６２、４３、４４、４５および４６；
ｉ）それぞれ、配列番号６３、６４、６５、３２、３３および３４；
ｊ）それぞれ、配列番号６６、６７、６８、３８、４５および５５；
ｋ）それぞれ、配列番号６９、７０、７１、７２、４５および７３；または
ｌ）それぞれ、配列番号７４、７５、７６、５７、３３および３４
である、Ｈ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３アミノ酸配列を含む、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項３９】
ａ）それぞれ、配列番号１および２；
ｂ）それぞれ、配列番号３および４；
ｃ）それぞれ、配列番号５および６；
ｄ）それぞれ、配列番号７および８；
ｅ）それぞれ、配列番号９および１０；
ｆ）それぞれ、配列番号１１および１２；
ｇ）それぞれ、配列番号１３および１４；
ｈ）それぞれ、配列番号１５および１６；
ｉ）それぞれ、配列番号１７および１８；
ｊ）それぞれ、配列番号１９および２０；
ｋ）それぞれ、配列番号２１および２２；または
ｌ）それぞれ、配列番号２３および２４
のアミノ酸配列を有する重鎖可変ドメインおよび軽鎖可変ドメインを含む、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項４０】
ａ）配列番号１および２６のアミノ酸配列を有する重鎖（ＨＣ）ならびに配列番号２および２８のアミノ酸配列を有する軽鎖（ＬＣ）；
ｂ）配列番号３および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号４および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｃ）配列番号５および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号６および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｄ）配列番号７および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号８および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｅ）配列番号９および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１０および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｆ）配列番号１１および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１２および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｇ）配列番号１３および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１４および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｈ）配列番号１５および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１６および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｉ）配列番号１７および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１８および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｊ）配列番号１９および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２０および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｋ）配列番号２１および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２２および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；または
ｌ）配列番号２３および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２４および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ
を含む、抗ＰＤ−１抗体。
【請求項４１】
ＩｇＧアイソタイプの抗体である、請求項１から４０のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体。
【請求項４２】
ＩｇＧアイソタイプＩｇＧ１サブクラスの抗体である、請求項４１に記載の抗ＰＤ−１抗体。
【請求項４３】
ＦＣ領域に少なくとも１つの変異を含む、請求項４２に記載の抗ＰＤ−１抗体。
【請求項４４】
ＩＭＧＴ番号付けスキームに従って番号を付された、重鎖のアミノ酸位置２２８、２３４および２３５の１つまたは複数に変異を含む、請求項４３に記載の抗ＰＤ−１抗体。
【請求項４５】
位置２３４および２３５のアミノ酸残基の一方または両方がＡｌａに変異し、および／または位置２２８のアミノ酸残基がＰｒｏに変異している、請求項４４に記載の抗ＰＤ−１抗体。
【請求項４６】
以下の特徴の少なくとも１つを有する、請求項１から４５のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分：
ａ）４ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤでカニクイザルのＰＤ−１に結合する；
ｂ）２ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤでマウスＰＤ−１に結合する；
ｃ）３ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＰＤ−１に結合する；
ｄ）１０μｇ／ｍｌの濃度でＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害する；
ｅ）ＳＥＢ全血アッセイにおいて、ＩＬ−２産生を刺激する；および
ｆ）一方向混合リンパ球反応アッセイにおいて、ＩＦＮ−γ産生を刺激する。
【請求項４７】
ヒトＰＤ−１への結合について、抗体１８３６６、１８２５０、１８０４０、１８２４７、１８１１３または１８４８３から選択される少なくとも１つの抗体と競合する、請求項１から４６のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項４８】
ヒトＰＤ−１への結合について、抗体１２７６０および１３１１２から選択される少なくとも１つの抗体と競合する、請求項１から４６のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分。
【請求項４９】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の少なくとも１つならびに薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
【請求項５０】
１つの請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分ならびに薬学的に許容される賦形剤を含む、請求項４７に記載の医薬組成物。
【請求項５１】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体の、重鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、または軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、または両方を含む、単離された核酸分子。
【請求項５２】
請求項５１に記載の単離された核酸分子を含むベクターであって、発現調節配列をさらに含む、ベクター。
【請求項５３】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体の、重鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、および軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を含む、宿主細胞。
【請求項５４】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗体またはその抗原結合部分を産生する方法であって、請求項５３に記載の宿主細胞を提供し、該宿主細胞を抗体またはその部分の発現に適する条件下で培養し、そして結果得られた抗体または部分を単離することを含む、方法。
【請求項５５】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分のうち任意の異なる２つの抗体の結合特異性を有する二重特異性結合分子。
【請求項５６】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分、請求項４９または５０に記載の医薬組成物、あるいは請求項５５に記載の二重特異性結合分子を、それを必要とする患者に投与することを含む、患者において免疫を増強するための方法。
【請求項５７】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗体または抗原結合部分、請求項４９または５０に記載の医薬組成物、あるいは請求項５５に記載の二重特異性結合分子を患者に投与することを含む、患者において癌を処置する方法。
【請求項５８】
癌が、皮膚、肺、腸、結腸、卵巣、脳、前立腺、腎臓、軟部組織、造血系、頭頸部、肝臓、膀胱、乳房、胃、子宮および膵臓からなる群より選択される組織に由来する、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
癌が、進行性もしくは転移性黒色腫、非小細胞肺癌、頭頚部扁平細胞癌、膀胱癌、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、結腸直腸癌またはホジキンリンパ腫からなる群より選択される、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
免疫刺激剤、ワクチン、化学療法剤、抗新生物剤、抗血管形成剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＰＤ−１経路阻害剤または放射線療法を患者に投与することをさらに含む、請求項５６から５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
患者において免疫を増強するまたは癌を処置するための医薬を製造するための、請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分の使用。
【請求項６２】
患者における免疫の増強または癌の処置に用いるための、請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分、または請求項５５に記載の二重特異性結合分子。
【請求項６３】
癌が、皮膚、肺、腸、結腸、卵巣、脳、前立腺、腎臓、軟部組織、造血系、頭頚部、肝臓、膀胱、乳房、胃、子宮および膵臓からなる群より選択される組織に由来する、請求項６２に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分または二重特異性結合分子。
【請求項６４】
癌が、進行性または転移性黒色腫、非小細胞肺癌、頭頸部扁平上皮癌、膀胱癌、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、結腸直腸癌またはホジキンリンパ腫からなる群より選択される、請求項６２に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分または二重特異性結合分子。
【請求項６５】
使用が、免疫刺激剤、ワクチン、化学療法剤、抗新生物剤、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＰＤ−１経路阻害剤または放射線療法を患者に投与することをさらに含む、請求項６２から６４のいずれか一項に記載の使用のための抗体もしくは抗原結合部分または二重特異性結合分子。
【請求項６６】
請求項１から４８のいずれか一項に記載の抗体もしくは抗原結合部分または請求項５５に記載の二重特異性結合分子を含む製品であって、患者において免疫を増強するまたは癌を処置するのに適している、製品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互引用
本出願は、２０１６年１１月１８日に出願された米国仮特許出願６２／４２４，１６３に基づく優先権の利益を主張し、その内容全体を引用により本明細書中に包含させる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ形式で電子的に提出され、その内容全体が引用により本明細書中に包含される配列表を包含する。２０１７年１１月１３日に作成された配列表の電子コピーは、022675_WO056_SL.txtと称され、サイズは９９，１５８バイトである。
【背景技術】
【０００３】
発明の背景
プログラム細胞死タンパク質１およびＣＤ２７９としても知られるＰＤ−１は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する、２６８アミノ酸の細胞表面受容体である。ＰＤ−１は、Ｔ細胞調節因子のＣＤ２８ファミリーのメンバーであり、Ｔ細胞、Ｂ細胞およびマクロファージで発現される。それは、リガンドであるＰＤ−Ｌ１（Ｂ７ホモログとしても公知）およびＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣとしても公知）に結合する。
【０００４】
ＰＤ−１は、その構造が細胞外ＩｇＶドメイン、膜貫通領域および２つのリン酸化部位を含む細胞内テイルを含むＩ型膜タンパク質である。免疫チェックポイントタンパク質として知られているＰＤ−１は、誘導性免疫調節性受容体として機能し、例えば、抗原刺激に対するＴ細胞応答の負の調節において役割を果たす。
【０００５】
ＰＤ−Ｌ１は、ＰＤ−１に対する主なリガンドである。ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１への結合は、Ｔ細胞活性を阻害し、サイトカイン産生を減少させ、そしてＴ細胞増殖を抑制する。ＰＤ−Ｌ１を発現する癌細胞は、ＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１受容体への結合を介してＴ細胞の抗腫瘍活性を不活性化するためにこのメカニズムを利用することができる。
【０００６】
その免疫応答調節特性を考慮して、ＰＤ−１は、癌および自己免疫疾患の処置を含む、免疫療法の可能性のある標的として研究されてきた。２つの抗ＰＤ−１抗体であるペムブロリズマブおよびニボルマブは、特定の癌の治療薬として米国および欧州で承認されている。
【０００７】
免疫調節剤としてのＰＤ−１の重要な役割を考慮すると、癌および免疫系の特定の障害を処置するためにＰＤ−１受容体を標的とする新規かつ改良された免疫療法が必要とされている。
【発明の概要】
【０００８】
発明の概要
本発明は、ＰＤ−１を標的とする新規の組換え抗体、ならびに１以上のこれらの抗体を含む医薬組成物、ならびに患者における免疫を増強するための、および皮膚、肺、腸、結腸、卵巣、脳、前立腺、腎臓、軟組織、造血系、頭頸部、肝臓、膀胱、乳房、胃、子宮および膵臓などの組織由来の癌を処置するための、該抗体および医薬組成物の使用に関する。抗体治療を含む、そのような癌に対して現在利用可能な処置と比較して、本発明の抗体は、単独で、または他の癌治療薬、例えば他の免疫チェックポイントタンパク質を標的とする抗体と組み合わせて、優れた臨床応答を提供し得ると考えられる。
【０００９】
一態様において、本発明は、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分であって、該抗体が、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３および１８４８３のいずれか１つと、ヒトＰＤ−１への結合について競合するか、または同じヒトＰＤ−１のエピトープに結合する、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分を提供する。
【００１０】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、ヒトＰＤ−１への結合について、その重鎖（Ｈ）ＣＤＲ１−３および軽鎖（Ｌ）ＣＤＲ１−３が、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３と同じかまたはそれに由来する抗体と競合する。
【００１１】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、その重鎖（Ｈ）ＣＤＲ１−３および軽鎖（Ｌ）ＣＤＲ１−３が、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３と同じかまたはそれに由来する抗体と同じヒトＰＤ−１のエピトープに結合する。
【００１２】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＨ−ＣＤＲ１−３アミノ酸配列それぞれを含むＨ−ＣＤＲ１−３を含む。
【００１３】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＨドメインとアミノ酸配列において、少なくとも９０％（例えば、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％）同一である重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を有する。
【００１４】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＨアミノ酸配列を含むＶＨを有する。
【００１５】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２６の重鎖定常領域アミノ酸配列を含む重鎖（ＨＣ）を有する。
【００１６】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＬ−ＣＤＲ１−３アミノ酸配列それぞれを含むＬ−ＣＤＲ１−３を含む。
【００１７】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＬドメインとアミノ酸配列において、少なくとも９０％（例えば、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％）同一である軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）を有する。
【００１８】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＬアミノ酸配列を含むＶＬを有する。
【００１９】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＬアミノ酸配列、および配列番号２８の軽鎖定常領域アミノ酸配列を含む軽鎖（ＬＣ）を有する。
【００２０】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＨ−ＣＤＲ３およびＬ−ＣＤＲ３アミノ酸配列を含む。
【００２１】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３アミノ酸配列を含む。
【００２２】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＨおよびＶＬそれぞれとアミノ酸配列において、少なくとも９０％（例えば、少なくとも９２％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％）同一であるＶＨおよびＶＬを有する。
【００２３】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むかまたはそれからなるＶＨおよびＶＬを有する。
【００２４】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３または１８４８３のＨＣおよびＬＣアミノ酸配列それぞれを含むかまたはそれからなるＨＣおよびＬＣを有する。
【００２５】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、（１）抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３および１８４８３からなる群より選択される抗体のＶＨアミノ酸配列、および配列番号２６の重鎖定常領域アミノ酸を含むＨＣ；ならびに、（２)選択された抗体のＶＬアミノ酸配列および配列番号２８の軽鎖定常領域アミノ酸配列を含むＬＣを有する。
【００２６】
特定の態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分は、以下の特徴の少なくとも１つを有する：
ａ）例えば、４ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤでカニクイザルのＰＤ−１に結合する；
ｂ）例えば、２ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤでマウスＰＤ−１に結合する；
ｃ）３ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＰＤ−１に結合する；
ｄ）１０μｇ／ｍｌの濃度でＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害する；
ｅ）ＳＥＢ全血アッセイにおいて、ＩＬ−２産生を刺激する；および
ｆ）一方向混合リンパ球反応アッセイにおいて、ＩＦＮ−γ産生を刺激する。
かかる抗体の例としては、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４１３および１８４８３（特徴ａ）およびｃ）−ｆ）を有する）ならびに抗体１８２０１および１８４００（特徴ａ）−ｆ）を有する）が挙げられるが、これらに限定されない。ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、上記特徴のすべてを有する。
【００２７】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、ヒトＰＤ−１への結合について、抗体１８３６６、１８２５０、１８０４０、１８２４７、１８１１３および／または１８４８３と競合する。ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、ヒトＰＤ−１への結合について、抗体１２７６０および／または１３１１２と競合する。
【００２８】
特定の態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、ＰＤ−１への結合について、ペムブロリズマブまたはニボルマブと競合しない。特定の態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、ペムブロリズマブまたはニボルマブと同じエピトープに結合しない。
【００２９】
別の側面において、本発明は、本明細書に記載の少なくとも１つの抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分および薬学的に許容される賦形剤を含み、要すれば抗癌抗体治療薬のようなさらなる治療薬を含む、医薬組成物を提供する。
【００３０】
本発明はさらに、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体の、重鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、またはその両方を含む、単離された核酸分子を提供する。
【００３１】
本発明はまた、そのような単離された核酸分子を含むベクターを提供し、ここで、該ベクターは発現調節配列をさらに含み得る。
【００３２】
本発明はまた、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体の、重鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、またはその両方を含む宿主細胞を提供する。
【００３３】
本発明はまた、本明細書に記載の抗体もしくはその抗原結合部分を製造する方法であって、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体の、重鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列および軽鎖もしくはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列を含む宿主細胞を提供し、該抗体もしくはその一部分の発現に適した条件下で該宿主細胞を培養し、そして得られた抗体もしくはその一部分を単離することを含む、製造方法を提供する。
【００３４】
本発明はまた、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体の結合特異性、ならびに別の異なる抗体、例えば別の抗ＰＤ−１抗体（例えば、本明細書に記載のような）あるいは別の免疫チェックポイントタンパク質、癌抗原またはその活性が癌などの疾患状態に介在する別の細胞表面分子などの別の異なるたんぱく質を標的とする抗体の結合特異性を有する、多重特異性（例えば、二重特異性）結合分子を提供する。ある態様において、多重特異性（例えば、二重特異性）結合分子は、抗ＰＤ−１抗体および他の抗体の抗原結合部分（例えば、６つのＣＤＲ）を含む。
【００３５】
本発明はまた、患者（例えば、ヒト患者）において免疫を増強するための方法であって、該患者に、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分、医薬組成物または二重特異性結合分子を投与することを含む方法を提供する。
【００３６】
本発明はさらに、患者（例えば、ヒト患者）において癌を処置する方法であって、該患者に、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分、医薬組成物または二重特異性結合分子を投与することを含む方法を提供する。ある態様において、癌は、皮膚、肺、腸、結腸、卵巣、脳、前立腺、腎臓、軟組織、造血系、頭頸部、肝臓、膀胱、乳房、胃、子宮および膵臓から選択される組織に由来する。癌は、例えば、進行性もしくは転移性黒色腫、非小細胞肺癌、頭頚部扁平細胞癌、膀胱癌、胃癌、腎細胞癌、肝細胞癌、結腸直腸癌またはホジキンリンパ腫であり得る。
【００３７】
上記方法のいずれも、例えば、化学療法剤、抗新生物剤、抗血管新生剤、チロシンキナーゼ阻害剤、ＰＤ−１経路阻害剤、または放射線療法の投与をさらに含み得る。
【００３８】
本発明はさらに、患者の癌を処置するためおよび／または患者の免疫を増強するための、医薬の製造を目的とする、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分を含む抗体組成物の使用を提供する。
【００３９】
本発明はさらに、例えば、本明細書に記載の処置方法において、患者の癌を処置するおよび／または患者の免疫を増強するのに使用するための本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分を提供する。
【００４０】
本発明はさらに、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分を含む製品を提供し、ここで、該製品は、例えば、本明細書に記載の処置方法において、患者の癌を処置するおよび／または患者の免疫を増強するのに適している、製品を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００４１】
【図１】図１Ａから１Ｄは、ＰＤ−１オルソログに対して異なる反応性を示す４つの抗ＰＤ−１抗体クローンについての代表的なフローサイトメトリードットプロットを示す。
【図２】図２Ａから２Ｈは、本発明の抗ＰＤ−１抗体について、細胞発現ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１結合の阻止を示す。
【図３】図３Ａから３Ｆは、ＳＥＢ全血アッセイにおける１２種の抗ＰＤ−１抗体の用量応答曲線を示す。
【図４】図４Ａから４Ｆは、ＭＬＲ（一方向混合リンパ球反応）アッセイにおける１２種の抗ＰＤ−１抗体の用量応答曲線を示す。
【図５】図５は、試験した抗ＰＤ−１抗体ならびにニボルマブ類縁体およびペムブロリズマブ類縁体について同定されたエピトープ群（エピトープビン）の概要を示す。黒い線で結ばれた抗体は交差ブロッキング活性（cross blocking activity）を示す。抗体は、他の抗ＰＤ−１抗体との競合パターンに従って分類されている。Ｎｉｖｏ：ニボルマブ類縁体；Ｐｅｍｂｒｏ：ペムブロリズマブ類縁体。
【発明を実施するための形態】
【００４２】
発明の詳細な説明
本発明は、癌患者などのヒト患者における免疫系を増強するために使用することができる新規の抗ヒトＰＤ−１抗体を提供する。ほかに特記しない限り、本明細書で用いる“ＰＤ−１”は、ヒトＰＤ−１を意味する。ヒトＰＤ−１ポリペプチド配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ受託番号Ｑ１５１１６（ＰＤＣＤ１＿ＨＵＭＡＮ）で入手可能である。
【００４３】
本明細書で用いる用語“抗体”（Ａｂ）または“免疫グロブリン”（Ｉｇ）は、ジスルフィド結合によって相互に連結されている、２本の重（Ｈ）鎖（約５０−７０ｋＤａ）および２本の軽（Ｌ）鎖（約２５ｋＤａ）を含む四量体を意味する。各重鎖は、重鎖可変ドメイン（ＶＨ）および重鎖定常領域（ＣＨ）からなる。各軽鎖は、軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）からなる。ＶＨおよびＶＬドメインは、“フレームワーク領域”（ＦＲ）と称される、より保存されている領域が点在する“相補性決定領域”（ＣＤＲ）と称される超可変領域にさらに細分化され得る。各ＶＨおよびＶＬは、３つのＣＤＲ（本明細書中、Ｈ−ＣＤＲは、重鎖由来のＣＤＲを示し；Ｌ−ＣＤＲは、軽鎖由来のＣＤＲを示す）および４つのＦＲで構成され、アミノ末端からカルボキシル末端へ以下の順で配置されている：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖または軽鎖におけるアミノ酸番号の割り当ては、ＩＭＧＴ（登録商標）の定義（Lefranc et al., Dev Comp Immunol 27(1):55-77 (2003)）；または、Ｋａｂａｔの定義 (Sequences of Proteins of Immunological Interest)（National Institutes of Health, Bethesda, MD (1987 and 1991))； Chothia & Lesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)；または、Chothia et al., Nature 342:878-883 (1989) に従って行われてよい。
【００４４】
用語“組換え抗体”は、抗体をコードするヌクレオチド配列（複数可）を含む細胞または細胞株から発現される抗体であって、ここで該ヌクレオチド配列（複数可）は該細胞と天然では関連していない抗体を意味する。
【００４５】
用語“単離されたタンパク質”、“単離されたポリペプチド”または“単離された抗体”は、その起源または由来源のために、（１）その天然状態においてそれに付随する天然に会合した成分と会合していない、（２）同一種由来の他のタンパク質を含まない、（３）異なる種由来の細胞によって発現される、および／または（４）天然には生じない、タンパク質、ポリペプチドまたは抗体を意味する。従って、化学的に合成されるか、またはそれが天然に由来する細胞とは異なる細胞系において合成されるポリペプチドは、その天然に会合した成分から“単離され”得る。タンパク質もまた、当技術分野で周知のタンパク質精製技術を用いて、単離によって天然に会合した成分を実質的に含まないようにされ得る。
【００４６】
本明細書で用いる用語“生殖細胞系列”は、それらが生殖細胞を介して親から子孫に受け渡されるときの抗体遺伝子および遺伝子断片のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を意味する。生殖細胞系列配列は、成熟Ｂ細胞中の抗体をコードするヌクレオチド配列とは区別され、それらはＢ細胞成熟の過程で、組換え事象および高頻度変異事象によって変化されている。特定の生殖細胞系列配列を“利用する”抗体は、その生殖細胞系列ヌクレオチド配列と、またはそれがいずれか他の生殖細胞系列ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列よりも厳密に特定するアミノ酸配列と、整列するヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を有する。
【００４７】
用語“親和性”は、抗原と抗体との間の引力の尺度を意味する。抗原に対する抗体の固有の引力は、一般的に、特定の抗体−抗原相互作用の結合親和性平衡定数（ＫＤ）として表される。抗体は、ＫＤが≦１ｍＭ、好ましくは≦１００ｎＭのとき、抗原に特異的に結合すると言われる。ＫＤ結合親和性定数は、例えば、表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）法（ＢＩＡｃｏｒｅ（商標））またはバイオレイヤー干渉法により、例えばIBIS TechnologiesのＩＢＩＳ ＭＸ９６ ＳＰＲシステム、Bio-Rad のＰｒｏｔｅＯｎ（商標）ＸＰＲ３６ ＳＰＲシステム、またはForteBioのＯｃｔｅｔ（商標）システムを用いて測定可能である。
【００４８】
用語“ｋｏｆｆ”は、特定の抗体−抗原相互作用の解離速度定数を意味する。ｋｏｆｆ解離速度定数は、ＳＰＲまたはバイオレイヤー干渉法によって、例えば上記のシステムのうちの１つを用いて測定することができる。
【００４９】
本明細書で用いる用語“エピトープ”は、抗体または二重特異性結合分子などの関連分子に特異的に結合する抗原の一部分（決定基）を意味する。エピトープ決定基は、一般的に、アミノ酸または炭水化物または糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面基群からなり、一般的に、特定の三次元構造特性、ならびに特定の電荷特性を有する。エピトープは、“直線状”または“立体構造”であり得る。直線状エピトープにおいて、タンパク質（例えば、抗原）と相互作用分子（例えば、抗体など）との間の全ての相互作用点は、タンパク質の一次アミノ酸配列に沿って直線状に生じる。立体構造エピトープにおいて、相互作用点は、一次アミノ酸配列において互いに分離されているタンパク質上のアミノ酸残基に亘って生じる。抗原上の所望のエピトープが決定されると、当技術分野において周知の技術を用いてそのエピトープに対する抗体を作製することができる。例えば、直鎖状エピトープのアミノ酸残基を有するペプチドで動物を免疫することにより、例えば直線状エピトープに対する抗体を作製することができる。立体構造エピトープに対する抗体は、例えば、立体構造エピトープの関連アミノ酸残基を含むミニドメインで動物を免疫することによって作製することができる。特定のエピトープに対する抗体はまた、例えば、動物を目的の標的分子（例えば、ＰＤ−１）またはその関連部分で免疫し、その後エピトープへの結合についてスクリーニングすることによっても作製することができる。
【００５０】
当業者は、競合アッセイ、エピトープビニングおよびアラニンスキャンを含むが、これらに限定されない、当技術分野で公知の方法を用いて、抗体が本発明の抗ＰＤ−１抗体と同じエピトープに結合するかまたは抗ＰＤ−１抗体との結合について競合するかどうかを決定することができる。ある態様において、試験抗体および本発明の抗ＰＤ−１抗体は、ＰＤ−１上の少なくとも１つの共通残基（例えば、少なくとも２、３、４、５または６個の共通残基）に結合する。さらなる態様において、ＰＤ−１上の接触残基は、試験抗体と本発明の抗ＰＤ−１抗体との間で完全に同一である。一態様において、当業者は、本発明の抗ＰＤ−１抗体を飽和条件下でＰＤ−１に結合させて、その後、試験抗体のＰＤ−１への結合能を測定することができる。試験抗体が対照抗ＰＤ−１抗体と同時にＰＤ−１に結合することができる場合、該試験抗体は、対照抗ＰＤ−１抗体とは異なるエピトープに結合する。しかしながら、試験抗体が同時にＰＤ−１に結合することができない場合、該試験抗体は、同じエピトープ、重複するエピトープ、または本発明の抗ＰＤ−１抗体によって結合されたエピトープにごく近接しているエピトープに結合する。この試験は、例えば、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）、ＳＰＲ、バイオレイヤー干渉法またはフローサイトメトリーを用いて実施することができる。抗ＰＤ−１抗体が別の抗ＰＤ−１抗体と交差競合するかどうかを試験するために、当業者は、２つの方向で、すなわち既知の抗体が試験抗体を遮断するかどうかを決定すること、およびその逆を決定することに、上記の競合方法を用いることができる。そのような交差競合試験は、例えば、ＩＢＩＳ ＭＸ９６ ＳＰＲ装置またはＯｃｔｅｔ（商標）システムを用いて実施することができる。
【００５１】
特定の場合において、標的エピトープに対する結合親和性を改善するために１以上のＣＤＲアミノ酸残基を変更することもまた望ましいかもしれない。これは、“親和性成熟”として知られており、例えば抗体のヒト化が結合特異性または親和性の低下をもたらし、復帰突然変異のみによってその結合特異性または親和性を十分に改善することができない状況において、ヒト化に関連して任意に行われ得る。種々の親和性成熟法、例えば、Burksらの、Proc Natl Acad Sci USA, 94:412−417 (1997)に記載されたインビトロスキャニング飽和突然変異法、およびWuらの、Proc Natl Acad Sci USA 95:6037−6042 (1998)の段階的インビトロ親和性成熟法が当技術分野で知られている。
【００５２】
ある態様において、本発明の抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体、または完全ヒト抗体であり得る。特定の抗体薬の免疫原性を正確に予測することはできないが、非ヒト抗体は、ヒト抗体よりもヒトにおいてより免疫原性である傾向がある。外来（例えば、げっ歯動物または鳥類）起源の定常領域がヒト起源の配列で置換されているキメラ抗体は、一般的に、完全に外来起源の抗体よりも免疫原性が低いことが示されている。治療法抗体のトレンドは、ヒト化抗体または完全ヒト抗体に向かっている。
【００５３】
用語“キメラ抗体”は、２種の異なる動物種由来の配列を含む抗体を意味する。例えば、キメラ抗体は、別の種（例えば、ヒト、ウサギまたはラット）由来の抗体の定常領域に連結されたマウス抗体（すなわち、ハイブリドーマ技術を用いて免疫されたマウスから得られた抗体などのマウス抗体遺伝子によってコードされる抗体）の可変ドメインを含み得る。キメラ抗体の場合、抗体をヒト化するために、非ヒト部分をさらに改変することができる。
【００５４】
用語“ヒト化”は、ヒト患者における抗薬物抗体反応を回避するまたは最小化するために、完全にまたは部分的に非ヒト起源の抗体（例えば、マウスまたはニワトリそれぞれの、目的の抗原またはマウスもしくはニワトリ抗体に基づくキメラ抗体での免疫化から得られたマウスまたはニワトリ抗体）を、特に重鎖および軽鎖のフレームワーク領域（ＦＲ）および定常領域内の特定のアミノ酸配列を、対応するヒトＦＲおよび定常領域アミノ酸配列で置換することにより修飾することを意味する。従って、非ヒト起源の抗体をヒト化して、ヒト抗薬物抗体反応のリスクを減らすことができる。
【００５５】
用語“ヒト抗体”とは、可変ドメイン配列および定常領域配列がヒト配列に由来する抗体を意味する。この用語は、ヒト遺伝子に由来するが、例えば免疫原性を減少させる、親和性を増加させる、および／または安定性を増加させるために修飾されている配列を有する抗体を包含する。さらに、この用語は、非ヒト細胞で組換え的に産生された抗体を包含し、これは、ヒト細胞には一般的ではないグリコシル化を付与し得る。この用語はまた、ヒト抗体遺伝子を有するトランスジェニック非ヒト生物（例えば、OmniRat（登録商標）ラット）において産生される抗体を包含する。
【００５６】
本明細書で用いる用語、抗体の“抗原結合部分”（または、単に“抗体の部分”）は、抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体の１つまたは複数の部分またはフラグメント（例えば、ヒトＰＤ−１またはその一部）を意味する。全長抗体の特定のフラグメントが抗体の抗原結合機能を果たし得ることが示されている。用語“抗原結合部分”内に包含される結合断片の例には、（ｉ）Ｆａｂフラグメント：ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価のフラグメント；（ｉｉ）Ｆ（ａｂ’）２フラグメント：ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された２つのＦａｂフラグメントを含む二価のフラグメント；（ｉｉｉ）ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄフラグメント；（ｉｖ）抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖフラグメント、（ｖ）ＶＨドメインからなる、ｄＡｂフラグメント；ならびに、（ｖｉ）抗原に特異的に結合することができる単離された相補性決定領域（ＣＤＲ）、が含まれる。さらに、Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは、別個の遺伝子にコードされているが、それらは、組換え方法を用いて、ＶＬドメインおよびＶＨドメインが対になって一価分子（一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる）を形成する単一のタンパク質鎖として作製されることを可能にする合成リンカーによって、連結され得る。ＶＨおよび／またはＶＬを含む抗原結合分子もまた本発明の範囲内である。ＶＨの場合、分子はまた、ＣＨ１、ヒンジ、ＣＨ２またはＣＨ３領域のうちの１以上を含み得る。かかる一本鎖抗体も、抗体の“抗原結合部分”という用語内に包含されることを意図される。一本鎖抗体の他の形態、例えばダイアボディーもまた、包含される。ダイアボディーは、ＶＨおよびＶＬドメインが一本鎖ポリペプチド上に発現されるが、同じ鎖上の２つのドメイン間の対合を可能にするには短すぎるリンカーを用いて、該ドメインが別の鎖の相補的ドメインと対合して、２つの抗原結合部位を作り出す、二価の二重特異性抗体である。
【００５７】
ＦａｂおよびＦ（ａｂ’）２フラグメントなどの抗体の部分は、全長抗体のパパインまたはペプシン消化などの常套の技術を用いて、全長抗体から調製することができる。さらに、抗体、抗体の部分および免疫接着分子は、例えば本明細書に記載されるように、標準的な組換えＤＮＡ技術を用いて得ることができる。
【００５８】
抗ＰＤ−１抗体のクラス（アイソタイプ）およびサブクラスは、当技術分野で公知の任意の方法によって決定され得る。一般に、抗体のクラスおよびサブクラスは、抗体の特定のクラスおよびサブクラスに特異的な抗体を用いて決定することができる。そのような抗体は市販されている。クラスおよびサブクラスは、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロットおよび他の技術によって決定することができる。あるいは、クラスおよびサブクラスは、抗体の重鎖および／または軽鎖の定常領域の全部または一部を配列決定し、それらのアミノ酸配列を免疫グロブリンの種々のクラスおよびサブクラスの既知のアミノ酸配列と比較し、そして抗体のクラスおよびサブクラスを決定すること決定され得る。
【００５９】
抗体配列の所与の位置における特定のアミノ酸残基に言及するとき、例えば、“３５Ｓ”の表示は、位置および残基を意味し、すなわちこの場合、配列の位置３５にセリン残基（Ｓ）が存在することを示唆する。同様に、例えば、“１３Ｑ＋３５Ｓ”の表示は、それぞれの位置の２つの残基を意味する。他に特記しない限り、本明細書に言及される全ての抗体アミノ酸残基番号は、ＩＭＧＴ（登録商標）番号付けスキームに基づくものである。
【００６０】
抗ＰＤ−１抗体
本発明は、ＰＤ−１に対する抗体、およびその抗原結合部分を提供する。特定の態様において、本明細書に記載の抗体は、例えばヒト抗体遺伝子を有するトランスジェニックラットから作製された、ヒト抗体である。特定の態様において、ヒト抗体は、例えばプライマー由来の変異を生殖細胞系列配列に戻すよう変異させるため（例えば、以下の“シンプレックス補正”変異体配列参照）またはフレームワーク領域の変異を最も近いＶまたはＪ生殖細胞系列の配列に戻すよう改変するため（例えば、以下の“生殖細胞系列”バリアント配列参照）に、特定の変異を含み得る。
【００６１】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９−３１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３２−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６２】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３５−３７のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが配列番号３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号３および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３８−４０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３５−４０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号３のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号４のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号３および２６のアミノ酸配列を有し、かつそのＬＣが、配列番号４および２８のアミノ酸配列を有する、抗体。
【００６３】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４１−４３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号５および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４４−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４１−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、そのＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号５のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号６のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号５および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６４】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、４７および４８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号７および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４９−５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、４７、４８および４９−５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、そのＶＬが、配列番号８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号７のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号８のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号７および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６５】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５２−５４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号９および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが配列番号１０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５２−５４および３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号９のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１０のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに、
ｌ）そのＨＣが、配列番号９および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６６】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、５６および４８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが配列番号１１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１１および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５７、３３および５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１２のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号２９、５６および４８ならびに５７、３３および５１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１１のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１２のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１１および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６７】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５８−６０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１３および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５８−６０および５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１３のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１４のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１３および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６８】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６１、６２および４３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１５および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号４４−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６１、６２および４３ならびに４４−４６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１６のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１５のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１６のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１５および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１６および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００６９】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６３−６５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１７および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３２−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号１８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号１８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６３−６５および３２−３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号１８のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１７のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号１８のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１７および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号１８および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００７０】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６６−６８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号１９のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号１９および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６６−６８ならびに３８、４５および５５のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号１９のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号１９のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２０のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号１９および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２０および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００７１】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６９−７１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号２１のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号２１および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号７２、４５および７３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２２のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号６９−７１ならびに７２、４５および７３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号２１のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２２のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号２１のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２２のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号２１および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２２および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００７２】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、以下からなる群より選択される：
ａ）そのＨ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号７４−７６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｂ）その重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｃ）そのＶＨが、配列番号２３のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｄ）その重鎖（ＨＣ）が、配列番号２３および２６のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｅ）そのＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｆ）その軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）が、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｇ）そのＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｈ）その軽鎖（ＬＣ）が、配列番号２４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｉ）そのＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３が、それぞれ配列番号７４−７６ならびに５７、３３および３４のアミノ酸配列を含む、抗体；
ｊ）そのＶＨが、配列番号２３のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有し、かつそのＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する、抗体；
ｋ）そのＶＨが、配列番号２３のアミノ酸配列を含み、かつそのＶＬが、配列番号２４のアミノ酸配列を含む、抗体；ならびに
ｌ）そのＨＣが、配列番号２３および２６のアミノ酸配列を含み、かつそのＬＣが、配列番号２４および２８のアミノ酸配列を含む、抗体。
【００７３】
他の態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３および１８４８３のいずれか１つのＶＨおよびＶＬそれぞれとアミノ酸配列において少なくとも９０％同一である、例えば該抗体のいずれかのＶＨおよびＶＬと少なくとも９２％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一の配列である、ＶＨおよびＶＬを有する。ある態様において、抗ＰＤ−１抗体の抗原結合部分は、該ＶＨおよびＶＬを有する。
【００７４】
ある態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３および１８４８３のいずれか１つのＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有する。ある態様において、抗ＰＤ−１抗体の抗原結合部分は、該ＶＨおよびＶＬを有する。
【００７５】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、
ａ）それぞれ、配列番号２９、３０、３１、３２、３３および３４；
ｂ）それぞれ、配列番号３５、３６、３７、３８、３９および４０；
ｃ）それぞれ、配列番号４１、４２、４３、４４、４５および４６；
ｄ）それぞれ、配列番号２９、４７、４８、４９、５０および５１；
ｅ）それぞれ、配列番号５２、５３、５４、３８、４５および５５；
ｆ）それぞれ、配列番号２９、５６、４８、５７、３３および５１；
ｇ）それぞれ、配列番号５８、５９、６０、５７、３３および３４；
ｈ）それぞれ、配列番号６１、６２、４３、４４、４５および４６；
ｉ）それぞれ、配列番号６３、６４、６５、３２、３３および３４；
ｊ）それぞれ、配列番号６６、６７、６８、３８、４５および５５；
ｋ）それぞれ、配列番号６９、７０、７１、７２、４５および７３；または
ｌ）それぞれ、配列番号７４、７５、７６、５７、３３および３４
である、Ｈ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３アミノ酸配列を含む。
【００７６】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、
ａ）それぞれ、配列番号１および２；
ｂ）それぞれ、配列番号３および４；
ｃ）それぞれ、配列番号５および６；
ｄ）それぞれ、配列番号７および８；
ｅ）それぞれ、配列番号９および１０；
ｆ）それぞれ、配列番号１１および１２；
ｇ）それぞれ、配列番号１３および１４；
ｈ）それぞれ、配列番号１５および１６；
ｉ）それぞれ、配列番号１７および１８；
ｊ）それぞれ、配列番号１９および２０；
ｋ）それぞれ、配列番号２１および２２；または
ｌ）それぞれ、配列番号２３および２４
のアミノ酸配列と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一であるＶＨおよびＶＬを含む。
【００７７】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、
ａ）それぞれ、配列番号１および２；
ｂ）それぞれ、配列番号３および４；
ｃ）それぞれ、配列番号５および６；
ｄ）それぞれ、配列番号７および８；
ｅ）それぞれ、配列番号９および１０；
ｆ）それぞれ、配列番号１１および１２；
ｇ）それぞれ、配列番号１３および１４；
ｈ）それぞれ、配列番号１５および１６；
ｉ）それぞれ、配列番号１７および１８；
ｊ）それぞれ、配列番号１９および２０；
ｋ）それぞれ、配列番号２１および２２；または
ｌ）それぞれ、配列番号２３および２４
のアミノ酸配列を有するＶＨおよびＶＬを含む。
【００７８】
ある態様において、抗ＰＤ−１抗体は、
ａ）配列番号１および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｂ）配列番号３および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号４および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｃ）配列番号５および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号６および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｄ）配列番号７および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号８および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｅ）配列番号９および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１０および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｆ）配列番号１１および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１２および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｇ）配列番号１３および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１４および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｈ）配列番号１５および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１６および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｉ）配列番号１７および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号１８および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｊ）配列番号１９および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２０および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；
ｋ）配列番号２１および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２２および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ；または
ｌ）配列番号２３および２６のアミノ酸配列を有するＨＣならびに配列番号２４および２８のアミノ酸配列を有するＬＣ
を含む。
【００７９】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４０のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号１のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号２のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号１のアミノ酸配列を含み、ここで、位置３５のＸがＳであり、および／または位置８４のＸがＮである。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号２のアミノ酸配列を含み、ここで、位置４０のＸがＡであり、および／または位置５５のＸがＹである。
【００８０】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０４９のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号３のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号４のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＬは、配列番号４のアミノ酸配列を含み、ここで、位置１のＸがＤであり、および／または位置３のＸがＱである。ある態様において、ＶＬは、位置１にＤおよび位置３にＱを含む。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号４のアミノ酸配列を含み、ここで、位置５３のＸがＳである。
【００８１】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８０９８のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号５のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号６のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、ここで、位置１のＸがＥであり、および／または位置５のＸがＶである。ある態様において、ＶＨは、位置１にＥおよび位置５にＶを含む。特定の態様において、ＶＨは、配列番号５のアミノ酸配列を含み、ここで、位置１３のＸがＱであり、位置３５のＸがＳであり、位置４６のＸがＥであり、位置５０のＸがＡであり、位置７７のＸがＮであり、位置８０のＸがＹであり、および／または位置１１５のＸがＭである。ＶＬは、配列番号６のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで位置４のＸがＭである。
【００８２】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８１１３のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号７のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号８のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号７のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置６４のＸがＶである。ＶＬは、配列番号８のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置３のＸがＶであり、および／または位置４のＸがＭである。ある態様において、ＶＬは、位置３にＶおよび位置４にＭを含む。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号８のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置６９のＸがＳである。
【００８３】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８２０１のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号９のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号１０のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号９のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置５のＸはＱである。ある態様において、ＶＨはまた、配列番号９のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置５９のＸはＮであり、位置７６のＸはＫであり、および／または位置８３のＸはＬである。ＶＬは、配列番号１０のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸはＡである。
【００８４】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８２４７のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号１１のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号１２のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号１１のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで位置１０のＸがＧであり、および／または位置１６のＸがＧである。ＶＬは、配列番号１２のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸがＤであり、および／または位置４のＸがＭである。ある態様において、ＶＬは、位置１にＤおよび位置４にＭを含む。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号１２のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで位置５５のＸがＹであり、および／または位置９３のＸがＹである。
【００８５】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８２５０のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号１３のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号１４のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号１３のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置５のＸはＶである。ある態様において、ＶＨはまた配列番号１３のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置５０のＸはＹであり、位置５９のＸはＹであり、および／または位置６１のＸはＡである。ＶＬは配列番号１４を含んでいてよく、ここで、位置３のＸはＶであり、および／または位置４のＸはＭである。ある態様において、ＶＬは位置３にＶおよび位置４にＭを含む。特定の態様において、ＶＬはまた配列番号１４のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置５５のＸはＹである。
【００８６】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８３２５のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号１５のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号１６のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは配列番号１５のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸはＥであり、位置５のＸはＶであり、および／または位置６のＸはＥである。ある態様において、ＶＨは位置１にＥ、位置５にＶおよび位置６にＥを含む。特定の態様において、ＶＨはまた、配列番号１５のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置３５のＸはＳであり、位置４９のＸはＳであり、位置５０のＸはＡであり、位置７３のＸはＤであり、および／または位置７８のＸはＴである。ＶＬは配列番号１６のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸはＤであり、位置３のＸはＱであり、および／または位置４のＸはＭである。ある態様において、ＶＬは、位置１にＤ、位置３にＱおよび位置４にＭを含む。
【００８７】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８３６６のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号１７のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号１８のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号１７のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸはＥであり、および／または位置６のＸはＥである。ある態様において、ＶＨは、位置１にＥおよび位置６にＥを含む。ＶＬは、配列番号１８のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸはＤである。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号１８のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置４０のＸはＡであり、および／または位置５５のＸはＹである。
【００８８】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８４００のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号１９のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号２０のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号１９のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置２のＸはＶである。特定の態様において、ＶＨはまた、配列番号１９のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置４３のＸはＧであり、位置４９のＸはＩであり、位置５９のＸはＮであり、位置７０のＸはＩであり、および／または位置１１１のＸはＱである。ＶＬは配列番号２０のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸはＡであり、および／または位置３のＸはＱである。ある態様において、ＶＬは、位置１にＡおよび位置３にＱを含む。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号２０のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１０のＸはＳである。
【００８９】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８４１３のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号２１のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号２２のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは配列番号２１のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置４８のＸがＶであり、および／または位置５０のＸがＡである。ＶＬは配列番号２２のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置４のＸはＭである。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号２２のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１２のＸはＳである。
【００９０】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、抗体１８４８３のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列それぞれを含むＶＨおよびＶＬを有し、すなわち、ＶＨが配列番号２３のアミノ酸配列を含み、ＶＬが配列番号２４のアミノ酸配列を含む。この態様において、ＶＨは、配列番号２３のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置１のＸがＥであり、位置５のＸがＶであり、および／または位置６のＸがＥである。ある態様において、ＶＬは、位置１にＥ、位置５にＶおよび位置６にＥを含む。特定の態様において、ＶＨはまた、配列番号２３のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置３５のＸはＳである。ＶＬは配列番号２４のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置３のＸはＶである。特定の態様において、ＶＬはまた、配列番号２４のアミノ酸配列を含んでいてよく、ここで、位置４０のＸはＡであり、および／または位置５５のＸはＹである。
【００９１】
特定の態様において、抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３および１８４８３から選択される抗体のＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３ アミノ酸配列を含み、さらに該選択された抗体と同じ重鎖および／または軽鎖生殖細胞配列を利用している。
【００９２】
特定の態様において、抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、１８０４０、１８０４９、１８０９８、１８１１３、１８２０１、１８２４７、１８２５０、１８３２５、１８３６６、１８４００、１８４１３および１８４８３から選択される抗体のＨ−ＣＤＲ１−３およびＬ−ＣＤＲ１−３ アミノ酸配列を含み、さらに該選択された抗体のフレームワーク領域（ＦＲ）と８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％または９９％同一のＦＲを含む。
【００９３】
ある態様において、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分のいずれかは、ＰＤ−１への、ＰＤ−Ｌ１またはＰＤ−Ｌ２の、あるいは両方の結合を阻害し得る。
【００９４】
ある態様において、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分のいずれかは、以下の特徴の少なくとも１つを有し得る：
ａ）４ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤでカニクイザルのＰＤ−１に結合する；
ｂ）２ｘ１０−８Ｍ以下のＫＤでマウスＰＤ−１に結合する；
ｃ）３ｘ１０−９Ｍ以下のＫＤでヒトＰＤ−１に結合する；
ｄ）１０μｇ／ｍｌの濃度でＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害する；
ｅ）ＳＥＢ全血アッセイにおいて、ＩＬ−２産生を刺激する；および
ｆ）一方向混合リンパ球反応アッセイにおいて、ＩＦＮ−γ産生を刺激する。
【００９５】
ある態様において、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分のいずれかは、５ｘ１０−９Ｍ以下、４ｘ１０−９Ｍ以下、３ｘ１０−９Ｍ以下、２ｘ１０−９Ｍ以下、１ｘ１０−９Ｍ以下、９ｘ１０−１０Ｍ以下、８ｘ１０−１０Ｍ以下、７ｘ１０−１０Ｍ以下、６ｘ１０−１０Ｍ以下、５ｘ１０−１０Ｍ以下、４ｘ１０−１０Ｍ以下、３ｘ１０−１０Ｍ以下、２ｘ１０−１０Ｍ以下、または１ｘ１０−１０Ｍ以下のＫＤでヒトＰＤ−１に結合し得る。特定の態様において、ＫＤは、表面プラズモン共鳴を用いて決定される。
【００９６】
ある態様において、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分のいずれかは、５０、４０、３０、２０、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１μｇ/ｍｌの濃度でＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害し得る。
【００９７】
本明細書に記載の方法によって得られる抗ＰＤ−１抗体のクラスは、別のクラスまたはサブクラスと変更または交換（スイッチ）することができる。本発明の一側面において、ＶＬまたはＶＨをコードする核酸分子は、それがＣＬまたはＣＨをコードする核酸配列を含まないように、当技術分野で周知の方法を用いて単離される。次いで、ＶＬまたはＶＨをコードする核酸分子を、免疫グロブリン分子の異なるクラス由来の、ＣＬまたはＣＨそれぞれをコードする核酸配列に作動可能に連結させる。これは、上記のように、ＣＬ鎖またはＣＨ鎖を含むベクターまたは核酸分子を用いて達成され得る。例えば、もともとＩｇＭであった抗ＰＤ−１抗体は、ＩｇＧにクラススイッチされ得る。さらに、クラススイッチングを用いて、あるＩｇＧサブクラスを別のサブクラス、例えばＩｇＧ１からＩｇＧ２に変換することができる。κ軽鎖定常領域は、例えば、λ軽鎖定常領域に変えることができる。所望のＩｇアイソタイプを有する本発明の抗体を製造するための好ましい方法は、抗ＰＤ−１抗体の重鎖をコードする核酸分子および抗ＰＤ−１抗体の軽鎖をコードする核酸分子を単離し、重鎖の可変ドメインを得て、該重鎖の可変ドメインを所望のアイソタイプの重鎖の定常領域と連結させ、細胞内で軽鎖および連結した重鎖を発現させて、所望のアイソタイプを有する抗ＰＤ−１抗体を取得する工程を含む。
【００９８】
本発明の抗ＰＤ−１抗体は、ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＥ、ＩｇＡまたはＩｇＤ分子であり得るが、一般的には、ＩｇＧアイソタイプのもの、例えばＩｇＧサブクラスであるＩｇＧ１、ＩｇＧ２ａもしくはＩｇＧ２ｂ、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のものである。一態様において、抗体はＩｇＧ１である。別の態様において、抗体はＩｇＧ４である。
【００９９】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、Ｆｃ領域に少なくとも１つの変異を含み得る。多数の異なるＦｃ変異が知られており、これらの変異はエフェクター機能の変化をもたらす。例えば、多くの場合、例えば、リガンド／受容体相互作用が望ましくない場合、または抗体−薬物複合体の場合には、エフェクター機能を低下または排除することが望ましい。
【０１００】
一態様において、抗ＰＤ−１抗体は、Ｆｃ領域にエフェクター機能を低下させる少なくとも１つの変異を含む。エフェクター機能を低下させるために変異させるのに有利であり得るＦｃ領域アミノ酸位置には、位置２２８、２３３、２３４および２３５のうち１以上が含まれ、ここで、アミノ酸位置は、ＩＭＧＴ番号付けスキームに従って番号付けされている。
【０１０１】
一態様において、位置２３４および２３５のアミノ酸残基の一方または両方が、例えばＬｅｕからＡｌａへ変異されていてよい（Ｌ２３４Ａ/Ｌ２３５Ａ）。これらの変異は、ＩｇＧ１抗体のＦｃ領域のエフェクター機能を低下させる。さらに、またはあるいは、位置２２８のアミノ酸残基は、例えばＰｒｏに変異されていてよい。ある態様において、位置２３３のアミノ酸残基は、例えばＰｒｏに変異されていてよく、位置２３４のアミノ酸残基は、例えばＶａｌに変異されていてよく、および／または位置２３５のアミノ酸残基は、例えばＡｌａに変異されていてよい。アミノ酸位置は、ＩＭＧＴ（登録商標）番号付けスキームに従って番号付けされる。
【０１０２】
ある態様において、抗体がＩｇＧ４サブクラスのものであるとき、それは変異Ｓ２２８Ｐを含んでいてよく、すなわち、位置２２８にプロリンを有していてよく、ここで、アミノ酸位置は、ＩＭＧＴ（登録商標）番号付けスキームに従って番号付けされる。この変異は、望ましくないＦａｂアーム交換を減らすことが知られている。
【０１０３】
特定の態様において、本発明の抗体またはその抗原結合部分は、抗体 またはその抗体の部分と１以上の他のタンパク質もしくはペプチドとの共有結合または非共有結合によって形成されたより大きな免疫接着分子の一部であり得る。そのような免疫接着分子の例には、四量体ｓｃＦｖ分子を作製するためのストレプトアビジンコア領域の使用（Kipriyanov et al., Human Antibodies and Hybridomas 6:93-101 (1995)）ならびに二価およびビオチン化ｓｃＦｖ分子を作製するためのシステイン残基、マーカーペプチドおよびＣ末端ポリヒスチジンタグの使用（Kipriyanov et al., Mol. Immunol. 31:1047-1058 (1994)）が含まれる。他の例には、抗体由来の１以上のＣＤＲが、共有結合または非共有結合のいずれかで分子に組み込まれて、目的の抗原に特異的に結合するイムノアドヘシンになる場合が含まれる。かかる態様において、ＣＤＲ（複数可）は、より大きなポリペプチド鎖の一部として組み込まれてもよく、別のポリペプチド鎖に共有結合されてもよく、または非共有結合で組み込まれてもよい。
【０１０４】
別の態様において、別のポリペプチドに結合された本発明の抗ＰＤ−１抗体の全部または一部を含む融合抗体またはイムノアドへシンを作製することができる。特定の態様において、抗ＰＤ−１抗体の可変ドメインのみが、ポリペプチドに連結されている。特定の態様において、抗ＰＤ−１抗体のＶＨドメインは、第１のポリペプチドに連結されているが、抗ＰＤ−１抗体のＶＬドメインは、ＶＨドメインおよびＶＬドメインが互いに相互作用して抗原結合部位を形成することができるように、第１のポリペプチドと結合する第２のポリペプチドに連結されている。別の好ましい態様において、ＶＨドメインは、ＶＨドメインおよびＶＬドメインが互いに相互作用できるように、リンカーによってＶＬドメインから離されている（例えば、一本鎖抗体）。次いで、ＶＨ−リンカー−ＶＬ抗体を、目的のポリペプチドに連結させる。加えて、２つ（またはそれ以上）の一本鎖抗体が互いに連結している融合抗体を作製することができる。これは、単一のポリペプチド鎖上に二価または多価抗体を作製したい場合、または二重特異性抗体を作製したい場合に有用である。
【０１０５】
一本鎖抗体（ｓｃＦｖ）を作製するために、ＶＨおよびＶＬをコードするＤＮＡフラグメントを、フレキシブルリンカー、例えばアミノ酸配列（Ｇｌｙ４−Ｓｅｒ）３（配列番号１１５）をコードする別のフラグメントに作動可能に連結させて、そのようにして、ＶＨおよびＶＬ配列は、フレキシブルリンカーによって連結されたＶＬおよびＶＨドメインを有する隣接する一本鎖たんぱく質として発現され得る。例えば、Bird et al., Science 242:423-426 (1988)； Huston et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883 (1988)；および、McCafferty et al., Nature 348:552-554 (1990)を参照のこと。単一のＶＨおよびＶＬのみが用いられる場合、一本鎖抗体は一価であり得る；２つのＶＨおよびＶＬが用いられる場合、二価であり得る；または、３つ以上のＶＨおよびＶＬが用いられる場合、多価であり得る。例えば、ヒトＰＤ−１および別の分子に特異的に結合する二重特異性抗体または多価抗体を作製することができる。
【０１０６】
他の態様において、他の修飾抗体は、抗ＰＤ−１抗体をコードする核酸分子を用いて調製され得る。例えば、“カッパ（κ）体”（Ill et al., Protein Eng. 10:949-57 (1997)）、“ミニボディー”（Martin et al., EMBO J. 13:5303-9 (1994)）、“ダイアボディー”（Holliger et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448 (1993)）、または“ジャヌシン(Janusin)”（Traunecker et al., EMBO J. 10:3655-3659 (1991) および Traunecker et al., Int. J. Cancer (Suppl.) 7:51-52 (1992)）は、本明細書の教示に従って標準的な分子生物学的技術を用いて調製することができる。
【０１０７】
本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分は、誘導体化できるか、または他の分子（例えば、別のペプチドまたはタンパク質）に連結させることができる。一般的に、抗体またはその部分は、ＰＤ−１結合が、誘導体化または標識化によって悪影響を受けないように、誘導体化されている。従って、本発明の抗体および抗体の部分は、本明細書に記載の無修飾および修飾形態の両方のヒト抗ＰＤ−１抗体を含むことを意図している。例えば、本発明の抗体または抗体の部分は、別の抗体（例えば、二重特異性抗体またはダイアボディー）、検出試薬、医薬品、および／あるいは抗体または抗体の部分と別の分子（ストレプトアビジンコア領域またはポリヒスチジンタグなど）との結合に介在することができるタンパク質もしくはペプチドのような１以上の他の分子に（化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合などにより）作動可能に連結され得る。
【０１０８】
１種の誘導体化抗体は、例えば、二重特異性抗体を作製するために、同じか、または異なるタイプの）２以上の抗体を架橋することによって産生される。好適な架橋リンカーとしては、適当なスペーサー（例えば、ｍ−マレイミドベンゾイル−Ｎ−ヒドロキシスクシンイミドエステル）またはホモ二官能性（例えば、ジスクシンイミジルスベレート）によって分離された２つの明確に反応性の基を有するヘテロ二官能性のものが挙げられる。そのようなリンカーは、例えばイリノイ州ロックフォードのPierce Chemical Companyから入手可能である。
【０１０９】
抗ＰＤ−１抗体はまた、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、メチルもしくはエチル基、または炭水化物基などの化学基で誘導体化することもできる。これらの基は、抗体の生物学的特性を改善するために、例えば血清半減期を増加させるために有用であり得る。
【０１１０】
本発明の抗体はまた標識されていてよい。本明細書で用いる用語“標識”または“標識された”は、抗体への別の分子の組み込みを意味する。一態様において、標識は、検出可能マーカー、例えば、放射性標識アミノ酸の組み込みまたは標識アビジン（例えば、光学的または比色法によって検出することができる蛍光マーカーまたは酵素活性を含むストレプトアビジン）によって検出することができるビオチニル部分のポリペプチドへの結合である。別の態様において、標識またはマーカーは、治療薬、例えば薬物複合体または毒素であり得る。ポリペプチドおよび糖タンパク質を標識する種々の方法が当技術分野で公知であり、使用され得る。ポリペプチドの標識の例には、以下のものが含まれるが、これらに限定されない：放射性同位体または放射性核種（例えば、３Ｈ、１４Ｃ、１５Ｎ、３５Ｓ、９０Ｙ、９９Ｔｃ、１１１Ｉｎ、１２５Ｉ、１３１Ｉ）、蛍光標識（例えば、ＦＩＴＣ、ローダミン、ランタニド蛍光体）、酵素標識（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、ルシフェラーゼ、アルカリホスファターゼ）、化学発光マーカー、ビオチニル基、二次レポーターによって認識される所定のポリペプチドエピトープ（例えば、ロイシンジッパー対配列、二次抗体結合部位、金属結合ドメイン、エピトープタグ）、ガドリニウムキレートなどの磁性剤、百日咳毒素などの毒素、タキソール、サイトカラシンＢ、グラミシジンＤ、臭化エチジウム、エメチン、マイトマイシン、エトポシド、テノポシド、ビンクリスチン、ビンブラスチン、コルヒチン、ドキソルビシン、ダウノルビシン、ジヒドロキシアントラシンジオン、ミトキサントロン、ミトラマイシン、アクチノマイシンＤ、１−デヒドロテストステロン、グルココルチコイド、プロカイン、テトラカイン、リドカイン、プロプラノロール、およびピューロマイシンならびにそれらの類縁体またはホモログ。ある態様において、標識は、潜在的な立体障害を減らすために種々の長さのスペーサーアームによって結合されている。
【０１１１】
特定の態様において、本発明の抗体は、中性型（双性イオン型を含む）または正もしくは負に帯電した種として存在し得る。ある態様において、抗体は、対イオンと複合体形成して薬学的に許容される塩を形成してもよい。
【０１１２】
用語“薬学的に許容される塩”は、対イオンが薬学的に許容される無機および有機の酸および塩基に由来する、１または複数の抗体および１または複数の対イオンを含む複合体を意味する。
【０１１３】
二重特異性結合分子
さらなる側面において、本発明は、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体の結合特異性および別の抗ＰＤ−１抗体（例えば、本明細書に記載の別の抗ＰＤ−１抗体）あるいは別の免疫チェックポイントタンパク質、癌抗原、またはその活性が癌などの疾患状態に介在する別の細胞表面分子などの異なるタンパク質を標的とする抗体の結合特異性を有する二重特異性結合分子を提供する。そのような二重特異性結合分子は当技術分野で公知であり、異なる種類の二重特異性結合分子の例は本明細書の他の箇所に記載されている。
【０１１４】
核酸分子およびベクター
本発明はまた、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分をコードする核酸分子および配列も提供する。ある態様において、異なる核酸分子は、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の重鎖および軽鎖アミノ酸配列をコードする。他の態様において、同じ核酸分子は、抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の重鎖および軽鎖アミノ酸配列をコードする。
【０１１５】
他に特記されない限り、ヌクレオチド配列への言及は、その相補体を包含する。従って、特定の配列を有する核酸への言及は、その相補鎖と共に、その相補配列を含むと理解されるべきである。本明細書で用いる用語“ポリヌクレオチド”は、長さが少なくとも１０塩基のポリマー形態のヌクレオチド、リボヌクレオチドまたはデオキシヌクレオチドのいずれか、またはいずれかのタイプのヌクレオチドの修飾形態を意味する。この用語は一本鎖および二本鎖形態を含む。
【０１１６】
上記の態様のいずれにおいても、核酸分子は単離することができる。
【０１１７】
さらなる側面において、本発明は、本明細書に記載の抗体またはその抗原結合部分の鎖の１つを発現するのに適するベクターを提供する。本明細書で用いる用語“ベクター”は、それが結合している別の核酸を輸送することができる核酸分子を意味する。ある態様において、ベクターはプラスミド、すなわち、それにさらなるＤＮＡセグメントを連結することができる環状二本鎖ＤＮＡ片である。ある態様において、ベクターは、ウイルスベクターであり、ここで、さらなるＤＮＡセグメントはウイルスゲノムに連結され得る。ある態様において、ベクターは、それらが導入された宿主細胞内で自律複製することができる（例えば、細菌性複製起点を有する細菌性ベクターおよびエピソーム性哺乳動物ベクターである）。他の態様において、ベクター（例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター）は、宿主細胞への導入時に宿主細胞のゲノムに組み込まれ得て、それによって宿主ゲノムと共に複製される。さらに、特定のベクターは、それらが作動可能に連結されている遺伝子の発現を指示することができる。そのようなベクターは、本明細書中、“組換え発現ベクター”（または単に、“発現ベクター”）と呼ばれる。
【０１１８】
本発明は、本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の重鎖、本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の軽鎖、あるいは本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の重鎖および軽鎖の両方、をコードする核酸分子を含むベクターを提供する。本発明はさらに、融合タンパク質、修飾抗体、抗体フラグメント、およびそれらのプローブをコードする核酸分子を含むベクターを提供する。
【０１１９】
本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の重鎖および／または軽鎖をコードする核酸分子は、そのような抗体または部分を産生する任意の供給源から単離することができる。種々の態様において、核酸分子は、ヒトＰＤ−１抗原で免疫された動物から単離された抗ＰＤ−１抗体を発現するＢ細胞から、またはそのようなＢ細胞から産生された不死化細胞から単離される。抗体をコードする核酸を単離する方法は当技術分野において周知である。ｍＲＮＡを単離し、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）または抗体遺伝子のｃＤＮＡクローニングに使用するためのｃＤＮＡを製造するために用いることができる。特定の態様において、本発明の核酸分子は、単離するよりむしろ合成することができる。
【０１２０】
ある態様において、本発明の核酸分子は、任意の供給源由来の重鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列にインフレームで連結された本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分由来のＶＨドメインをコードするヌクレオチド配列を含み得る。同様に、本発明の核酸分子は、本発明の抗ＰＤ−１抗体または抗原結合部分由来のＶＬドメインをコードするヌクレオチド配列を、いずれかの供給源由来の軽鎖定常領域をコードするヌクレオチド配列にインフレームで連結したものを含み得る。
【０１２１】
本発明のさらなる側面において、重鎖（ＶＨ）および／または軽鎖（ＶＬ）の可変ドメインをコードする核酸分子を、全長抗体遺伝子に“変換”することができる。一態様において、ＶＨドメインまたはＶＬドメインをコードする核酸分子は、それぞれ重鎖定常（ＣＨ）領域または軽鎖定常（ＣＬ）領域を既にコードしている発現ベクター中に、ＶＨセグメントがベクター内のＣＨセグメント（複数可）に作動可能に連結され、および／またはＶＬセグメントがベクター内のＣＬセグメントに作動可能に連結されるように、挿入することによって全長抗体遺伝子に変換される。別の態様において、ＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインをコードする核酸分子は、標準的な分子生物学的技術を用いて、ＣＨおよび／またはＣＬ領域をコードする核酸分子にＶＨドメインおよび／またはＶＬドメインをコードする核酸分子を結合する、例えば連結することによって、全長抗体遺伝子に変換される。次いで、全長重鎖および／または軽鎖をコードする核酸分子を、それらが導入された細胞から発現させ、そして抗ＰＤ−１抗体を単離することができる。
【０１２２】
核酸分子を用いて、大量の抗ＰＤ−１抗体を組換え的に発現させることができる。核酸分子はまた、本明細書に記載の、キメラ抗体、二重特異性抗体、一本鎖抗体、イムノアドヘシン、ダイアボディー、変異型抗体および抗体誘導体を産生するために用いられ得る。
【０１２３】
別の態様において、本発明の核酸分子は、特定の抗体配列のためのプローブまたはＰＣＲプライマーとして用いられる。例えば、核酸は、診断方法におけるプローブとして、またはとりわけ抗ＰＤ−１抗体の可変ドメインをコードするさらなる核酸分子を単離するために用いられ得るＤＮＡ領域を増幅するためのＰＣＲプライマーとして使用され得る。ある態様において、核酸分子はオリゴヌクレオチドである。ある態様において、オリゴヌクレオチドは、目的の抗体の重鎖および軽鎖の高度に可変なドメインに由来する。ある態様において、オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の１以上のＣＤＲの全部または一部をコードする。
【０１２４】
別の態様において、核酸分子およびベクターは、変異型抗ＰＤ−１抗体を作製するために用いられ得る。抗体は、該抗体の結合特性を変えるために、重鎖および／または軽鎖の可変ドメイン中に変異を生じさせてよい。例えば、抗ＰＤ−１抗体のＫＤを増加または減少させるため、ｋｏｆｆを増加または減少させるため、または抗体の結合特異性を変えるために、１以上のＣＤＲ中に変異を生じさせてよい。別の態様において、１以上の変異が、本発明のモノクローナル抗体において生殖細胞系列と比較して変化することが知られているアミノ酸残基に生じる。変異は、可変ドメインのＣＤＲまたはフレームワーク領域に、または定常領域に生じ得る。好ましい態様において、変異は、可変ドメイン中に生じる。ある態様において、１以上の変異が、本発明の抗体またはその抗原結合部分の可変ドメインのＣＤＲまたはフレームワーク領域において生殖細胞系列と比較して変化することが知られているアミノ酸残基に生じる。
【０１２５】
別の態様において、フレームワーク領域（複数可）は、得られたフレームワーク領域（複数可）が対応する生殖細胞系遺伝子のアミノ酸配列を有するように変異される。抗ＰＤ−１抗体の半減期を増加させるために、フレームワーク領域または定常領域に変異を乗じさせ得る。例えば、ＰＣＴ公開公報 ＷＯ００/０９５６０を参照のこと。フレームワーク領域または定常領域における変異はまた、抗体の免疫原性を変化させるために、および／または別の分子への共有結合もしくは非共有結合のための部位を提供するためにも生じさせ得る。本発明により、単一の抗体は、可変ドメインのＣＤＲもしくはフレームワーク領域の任意の１以上または定常領域に変異を有し得る。
【０１２６】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分は、上記のように得られた部分または全長の軽鎖および重鎖をコードするＤＮＡを、転写および翻訳調節配列のような必要な発現調節配列に作動可能に連結されるように、発現ベクターに挿入することにより発現される。発現ベクターとしては、プラスミド、レトロウイルス、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス（ＡＡＶ）、カリフラワーモザイクウイルス、タバコモザイクウイルスなどの植物ウイルス、コスミド、ＹＡＣ、ＥＢＶ由来エピソームなどが挙げられる。抗体コーディング配列は、ベクター内の転写および翻訳調節配列が該抗体コーディング配列の転写および翻訳を調節するというそれらの意図された機能を果たすようにベクターに連結され得る。発現ベクターおよび発現調節配列は、用いられる発現宿主細胞と適合するように選択され得る。抗体軽鎖コーディング配列および抗体重鎖コーディング配列は、別々のベクターに挿入することができ、同じかまたは異なる発現調節配列（例えば、プロモーター）に作動可能に連結され得る。一態様において、両方のコーディング配列は同じ発現ベクターに挿入されて、同じ発現調節配列（例えば、共通のプロモーター）に、別々の同一の発現調節配列（例えば、複数のプロモーター）に、または異なる発現調節配列（例えば、複数のプロモーター）に作動可能に連結され得る。抗体コーディング配列は、標準的な方法（例えば、抗体遺伝子フラグメントおよびベクター上の相補的制限部位の連結、または制限部位が存在しない場合は平滑末端連結）によって発現ベクターに挿入することができる。
【０１２７】
コンビニエントベクター（convenient vector）は、上記のように、任意のＶＨまたはＶＬ配列が容易に挿入および発現され得るように設計された適切な制限部位を有する、機能的に完全なヒトＣＨまたはＣＬ免疫グロブリン配列をコードするものである。そのようなベクター中のＨＣ−およびＬＣ−コーディング遺伝子は、関連ｍＲＮＡを安定化することによって抗体タンパク質の全収量を増加させ得るイントロン配列を含み得る。イントロン配列は、スプライスドナー部位およびスプライスアクセプター部位に隣接しており、それは、ＲＮＡスプライシングが生じ得る場所を決定する。イントロン配列の位置は、抗体鎖の可変領域または定常領域のいずれにあってもよく、あるいは複数のイントロンが用いられるとき、可変領域および定常領域の両方にあり得る。ポリアデニル化および転写終結は、コーディング領域の下流の天然の染色体部位で起こり得る。組換え発現ベクターはまた、宿主細胞からの抗体鎖の分泌を促進するシグナルペプチドをコードし得る。抗体鎖遺伝子は、シグナルペプチドが免疫グロブリン鎖のアミノ末端にインフレームで連結されるように、ベクター中にクローニングされ得る。シグナルペプチドは、免疫グロブリンシグナルペプチドまたは異種シグナルペプチド（すなわち、非免疫グロブリンタンパク質由来のシグナルペプチド）であり得る。
【０１２８】
抗体鎖遺伝子に加えて、本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞における抗体鎖遺伝子の発現を制御する調節配列を担持していてよい。調節配列の選択を含む発現ベクターの設計は、形質転換される宿主細胞の選択、所望のタンパク質の発現レベルなどのような要因に依存し得ることを当業者は理解し得る。哺乳動物宿主細胞発現のための好ましい調節配列は、レトロウイルスＬＴＲ由来のプロモーターおよび／またはエンハンサー、サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）由来のプロモーターおよび／またはエンハンサー（例えば、ＣＭＶプロモーター／エンハンサー）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）由来のプロモーターおよび／またはエンハンサー（例えば、ＳＶ４０プロモーター／エンハンサー）、アデノウイルス由来のプロモーターおよび／またはエンハンサー（例えば、アデノウイルス主要後期（major late）プロモーター（ＡｄＭＬＰ））、ポリオーマ由来のプロモーターおよび／またはエンハンサーならびに天然の免疫グロブリンおよびアクチンプロモーターのような強力な哺乳動物プロモーターなどの、哺乳動物細胞における高レベルのタンパク質発現を誘導するウイルスエレメントを含む。ウイルス調節エレメントおよびその配列のさらなる説明については、例えば米国特許第５，１６８，０６２号、同第４，５１０，２４５号および同第４，９６８，６１５号を参照のこと。プロモーターおよびベクターの説明、ならびに植物の形質転換を含む、植物中で抗体を発現させるための方法は、当技術分野において公知である。例えば、米国特許第６，５１７，５２９号を参照のこと。細菌細胞または真菌細胞、例えば酵母細胞においてポリペプチドを発現させる方法もまた、当技術分野において周知である。
【０１２９】
抗体鎖遺伝子および調節配列に加えて、本発明の組換え発現ベクターは、宿主細胞中のベクターの複製を調節する配列（例えば、複製起点）および選択可能マーカー遺伝子などの、さらなる配列を担持していてよい。選択可能マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞の選択を容易にする（例えば、米国特許第４，３９９，２１６号、同第４，６３４，６６５号および同第５，１７９，０１７号を参照のこと）。例えば、一般的に、選択可能マーカー遺伝子は、ベクターが導入された宿主細胞に、Ｇ４１８、ハイグロマイシンまたはメトトレキサートなどの薬物に対する耐性を付与する。例えば、選択可能マーカー遺伝子には、ジヒドロ葉酸レダクターゼ（ＤＨＦＲ）遺伝子（メトトレキサート選択／増幅を伴うｄｈｆｒ宿主細胞において使用するための）、ｎｅｏ遺伝子（Ｇ４１８選択のための）、およびグルタミン酸シンテターゼ遺伝子が含まれる。
【０１３０】
本明細書で用いる用語“発現調節配列”とは、それらが連結されているコーディング配列の発現およびプロセシングをもたらすために必要なポリヌクレオチド配列を意味する。発現調節配列は、適当な転写開始、終結、プロモーターおよびエンハンサー配列；スプライシングおよびポリアデニル化シグナルなどの効率的なＲＮＡプロセシングシグナル；細胞質ｍＲＮＡを安定化する配列；翻訳効率を高める配列（すなわち、Ｋｏｚａｋコンセンサス配列）；タンパク質の安定性を高める配列；および、必要に応じて、タンパク質分泌を増強する配列を含む。そのような調節配列の性質は宿主生物によって異なる。原核生物では、かかる調節配列は、一般的に、プロモーター、リボソーム結合部位、および転写終結配列を含む。真核生物では、一般的に、かかる調節配列は、プロモーターおよび転写終結配列を含む。用語“調節配列”は、少なくとも、その存在が発現およびプロセシングに必須である全ての成分を含むことを意図しており、その存在が有利であるさらなる成分、例えばリーダー配列および融合パートナー配列も含んでいてよい。
【０１３１】
宿主細胞ならびに抗体および抗体組成物の産生方法
本発明のさらなる側面は、本発明の抗体組成物ならびに抗体およびその抗原結合部分を産生するための方法に関する。本発明のこの側面の一態様は、抗体を発現することができる組換え宿主細胞を提供すること、該宿主細胞を抗体の発現に適する条件下で培養すること、および得られた抗体を単離することを含む、本明細書に記載の抗体を産生する方法に関する。そのような組換え宿主細胞におけるかかる発現によって産生される抗体は、本明細書中、“組換え抗体”と称される。本発明はまた、そのような宿主細胞の子孫細胞、およびそれによって産生される抗体も提供する。
【０１３２】
本明細書で用いる用語“組換え宿主細胞”（または、単に“宿主細胞”）は、組換え発現ベクターが導入されている細胞を意味する。本発明は、例えば、上記の本発明のベクターを含み得る宿主細胞を提供する。本発明はまた、例えば、本発明の抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分の、重鎖またはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、軽鎖またはその抗原結合部分をコードするヌクレオチド配列、あるいはその両方を含む宿主細胞を提供する。“組換え宿主細胞”および“宿主細胞”は、特定の対象細胞のみならず、そのような細胞の子孫も意味することが理解されるべきである。突然変異または環境の影響のいずれかのために後続の世代において何らかの修飾が起こり得るため、そのような子孫は、実際には、親細胞と同一ではないかもしれないが、依然として、本明細書で用いる用語“宿主細胞”の範囲内に含まれる。
【０１３３】
抗ＰＤ−１抗体をコードする核酸分子およびこれらの核酸分子を含むベクターは、適切な哺乳動物細胞、植物細胞、細菌細胞または酵母宿主細胞のトランスフェクションに用いることができる。形質転換は、ポリヌクレオチドを宿主細胞に導入するための公知の方法によるものであり得る。哺乳動物細胞への異種ポリヌクレオチドの導入方法は当技術分野において周知であり、デキストラン介在トランスフェクション、リン酸カルシウム沈殿、ポリブレン介在トランスフェクション、プロトプラスト融合、エレクトロポレーション、リポソームへのポリヌクレオチド（複数可）の封入、および核へのＤＮＡの直接マイクロインジェクションが挙げられる。加えて、核酸分子は、ウイルスベクターによって哺乳動物細胞に導入され得る。細胞を形質転換する方法は当技術分野において周知である。例えば、米国特許第４，３９９，２１６号、同第４，９１２，０４０号、同第４，７４０，４６１号、および同第４，９５９，４５５号を参照のこと。植物細胞を形質転換する方法は当技術分野において周知であり、例えば、アグロバクテリウム介在形質転換、バイオリスティック形質転換、直接注入、エレクトロポレーションおよびウイルス形質転換が挙げられる。細菌細胞および酵母細胞を形質転換する方法も当技術分野において周知である。
【０１３４】
発現のための宿主として利用可能な哺乳動物細胞株は当技術分野において周知であり、American Type Culture Collection （ＡＴＣＣ）から入手可能な多くの不死化細胞株が挙げられる。これらには、とりわけ、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、ＮＳ０細胞、ＳＰ２細胞、ＨＥＫ−２９３Ｔ細胞、２９３フリースタイル細胞（Invitrogen）、ＮＩＨ−３Ｔ３細胞、ＨｅＬａ細胞、ベイビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞、アフリカミドリザルの腎臓細胞（ＣＯＳ）、ヒト肝細胞癌細胞（例えば、Ｈｅｐ Ｇ２）、Ａ５４９細胞、および多くの他の細胞株が含まれる。特定の好ましい細胞株は、どの細胞株が高い発現レベルを有するかを決定することによって選択される。用いられ得る他の細胞株は、昆虫細胞株、例えばＳｆ９またはＳｆ２１細胞である。抗体遺伝子をコードする組換え発現ベクターを哺乳動物宿主細胞に導入するとき、抗体は、宿主細胞における抗体の発現、またはより好ましくは、宿主細胞が増殖する培養培地への抗体の分泌を可能にするのに十分な時間、宿主細胞を培養することによって産生される。抗体は、標準的なタンパク質精製方法を用いて培養培地から回収することができる。植物宿主細胞には、例えば、ニコチアナ、アラビドプシス、ウキクサ、トウモロコシ、コムギ、ジャガイモなどが含まれる。細菌宿主細胞には、大腸菌およびストレプトマイセス属が含まれる。酵母宿主細胞には、分裂酵母、出芽酵母および メタノール資化酵母が含まれる。
【０１３５】
さらに、本発明の抗体またはその抗原結合部分の産生細胞株からの発現は、いくつかの公知の技術を用いて増強することができる。例えば、グルタミン合成酵素遺伝子発現系（ＧＳシステム）は、特定の条件下で発現を増強するための一般的な方法である。ＧＳシステムは、欧州特許第０ ２１６ ８４６号、同第０ ２５６ ０５５号、同第０ ３２３ ９９７号および同第０ ３３８ ８４１号に全体的または部分的に報告されている。
【０１３６】
異なる細胞株によってまたはトランスジェニック動物において発現される抗体は、互いに異なるグリコシル化パターンを有すると考えられる。しかしながら、本明細書に提供される核酸分子によってコードされる、または本明細書に提供されるアミノ酸配列を含む全ての抗体は、抗体のグリコシル化状態にかかわらず、より一般的には、翻訳後修飾（複数可）の有無にかかわらず、本発明の一部である。
【０１３７】
医薬組成物
本発明の別の側面は、有効成分として（または唯一の有効成分として）、本発明の抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合部分または抗ＰＤ−１抗体組成物を含む医薬組成物である。医薬組成物は、本明細書に記載の抗ＰＤ−１抗体組成物または抗体もしくはその抗原結合部分を含み得る。ある態様において、組成物は、ＰＤ−１関連障害および／または癌の改善、予防および／または処置を目的とする。本明細書で用いる、ＰＤ−１関連障害またはＰＤ−１介在障害は、ＰＤ−１活性の調節によって改善される、またはその進行が遅延される、障害、疾患または病状を意味する。ある態様において、組成物は免疫系の活性化を目的とする。特定の態様において、組成物は、皮膚、肺、腸、結腸、卵巣、脳、前立腺、腎臓、軟部組織、造血系、頭頸部、肝臓、膀胱、乳房、胃、子宮および膵臓などの組織に由来する癌の改善、予防および／または処置を目的とする。
【０１３８】
一般的に、本発明の抗体、その抗原結合部分および二重特異性結合分子は、例えば、以下に記載される、１以上の薬学的に許容される賦形剤と組み合わせて製剤として投与するのに適している。
【０１３９】
本発明の医薬組成物は、本発明の１以上の抗ＰＤ−１抗体または結合部分または二重特異性結合分子、例えば、１つもしくは２つの抗ＰＤ−１抗体、結合部分または二重結合性分子を含み得る。一態様において、組成物は、本発明の単一の抗ＰＤ−１抗体またはその結合部分を含む。
【０１４０】
別の態様において、医薬組成物は、少なくとも１つの抗ＰＤ−１抗体またはその抗原結合部分、例えば１つの抗ＰＤ−１抗体またはその部分、および１つまたは複数の関連する細胞表面受容体、例えば１つまたは複数の癌関連受容体を標的とする１以上のさらなる抗体を含み得る。
【０１４１】
用語“賦形剤”は、本明細書中、本発明の化合物（複数可）以外の任意の成分を説明するために用いられる。賦形剤（複数可）の選択は、特定の投与方法、溶解性および安定性に対する賦形剤の効果、ならびに投与量形態の性質などの因子に大きく影響され得る。本明細書で用いる“薬学的に許容される賦形剤”には、生理学的に適合性の任意のおよび全ての溶媒、分散媒、コーティング剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などが含まれる。薬学的に許容される賦形剤のいくつかの例は、水、生理食塩水、リン酸緩衝食塩水、デキストロース、グリセロール、エタノールなど、ならびにそれらの組み合わせである。多くの場合、組成物中に等張剤、例えば糖類、マンニトール、ソルビトールなどのポリアルコール、または塩化ナトリウムを含むことが好ましい。薬学的に許容される物質のさらなる例は、湿潤剤または少量の補助物質、例えば湿潤剤もしくは乳化剤、防腐剤または緩衝剤であり、それらは抗体の有効期間または有効性を高める。
【０１４２】
本発明の医薬組成物およびそれらの製造方法は、当業者には容易に明らかであり得る。そのような組成物およびそれらの製造方法は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences、第１９版（Mack Publishing Company、1995）に見いだされ得る。医薬組成物は、好ましくはＧＭＰ（適正製造基準：good manufacturing practices）条件下で製造される。
【０１４３】
本発明の医薬組成物は、バルクで、単一の単位用量として、および／または複数の単一単位用量として調製、包装および／または販売されてよい。本明細書で用いる“単位用量”は、所定量の活性成分を含む医薬組成物の個別の量である。活性成分の量は、一般的に、対象に投与されるであろう活性成分の投与量またはそのような投与量の便利な一部分（例えば、そのような投与量の半分または三分の一）に等しい。
【０１４４】
当技術分野で許容されているペプチド、タンパク質または抗体を投与するための任意の方法が、本発明の抗体および抗原結合部分のために好適に用いられ得る。
【０１４５】
本発明の医薬組成物は、一般的に、非経腸投与に適している。本明細書で用いる、医薬組成物の“非経腸投与”には、対象の組織の物理的侵蝕を特徴とする投与経路および組織内の侵蝕による医薬組成物の投与経路を含み、したがって一般に血中、筋肉内または臓器内への直接投与が行われる。従って、非経腸投与としては、組成物の注射による、外科的切開部を通した組成物の適用による、組織貫通非外科的創傷を通した組成物の適用などによる、医薬組成物の投与が挙げられるが、これらに限定されない。特に、非経腸投与は、皮下、腹腔内、筋肉内、胸骨内、静脈内、動脈内、髄腔内、脳室内、尿道内、頭蓋内、腫瘍内、および滑液内注射または注入；ならびに、腎臓透析液注入技術を含むが、これらに限定されないことが意図される。局所灌流もまた意図される。特定の態様としては、静脈内経路および皮下経路が含まれる。
【０１４６】
非経腸投与に適する医薬組成物の製剤は、一般的に、活性成分を、滅菌水または滅菌等張食塩水などの薬学的に許容される担体と組み合わせて含む。かかる製剤は、ボーラス投与または連続投与に適した形態で調製、包装または販売され得る。注射可能な製剤は、単位投与量形態で、例えば防腐剤を含むアンプルまたは複数回投与用容器中に、調製、包装または販売され得る。非経腸投与用製剤としては、懸濁液、溶液、油性もしくは水性ビークル中のエマルジョン、ペーストなどが挙げられるが、これらに限定されない。そのような製剤は、懸濁化剤、安定剤または分散剤を含むが、これらに限定されない、１以上のさらなる成分をさらに含み得る。非経口投与用の製剤の一実施形態では、前記活性成分は、再構築された組成物の非経口投与の前に、適切な媒体（例えば、発熱物質を含まない滅菌水）により再構築用の乾燥（すなわち、粉末または顆粒）形態において提供される。非経腸投与用の製剤の一態様において、活性成分は、再構成された組成物の非経腸投与の前に、適切なビークル（例えば、発熱物質を含まない滅菌水）により再構築するための乾燥（すなわち、粉末または顆粒）形態で提供される。非経腸製剤には、塩、炭水化物および緩衝剤（好ましくは、ｐＨ３から９）などの賦形剤を含み得る水溶液も含まれるが、いくつかの用途では、それらは、滅菌非水溶液として、または無菌の発熱物質を含まない水などの好適なビークルと共に用いられる乾燥形態として、より好適に製剤されてもよい。非経腸投与形態の例としては、滅菌水溶液、例えば水性プロピレングリコールもしくはデキストロース溶液中の溶液または懸濁液が挙げられる。そのような投与量形態は、要すれば、適切に緩衝化されてよい。有用な他の非経腸投与可能な製剤としては、微結晶形態またはリポソーム製剤中に活性成分を含むものが挙げられる。非経腸投与用製剤は、即時放出および／または徐放性放出となるように製剤され得る。徐放性製剤には、遅延放出、持続放出、パルス放出、制御放出、標的放出およびプログラムされた放出が含まれる。
【０１４７】
例えば、一側面において、滅菌注射可能溶液は、必要に応じて、上に列挙した成分の１つまたは組み合わせを含む適当な溶媒中に、抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合部分、二重特異性結合分子、または抗ＰＤ−１抗体組成物を必要量で組み込み、その後濾過滅菌することによって調製することができる。一般的に、分散液は、活性化合物を、塩基性分散媒体および上記に列挙したもののうち必要な他の成分を含む滅菌ビークルに組み込むことによって調製される。滅菌注射可能溶液を調製するための滅菌粉末の場合、好ましい調製法は、活性成分に加えて、予め滅菌濾過したその溶液からの任意のさらなる所望の成分の粉末が得られる、真空乾燥法および凍結乾燥法である。溶液の適当な流動性は、例えば、レシチンのようなコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒子サイズの維持により、および界面活性剤の使用により、維持することができる。注射可能組成物の長期吸収は、吸収を遅延させる物質、例えばモノステアリン酸塩およびゼラチンを組成物中に含めることによって、および／または放出調節コーティング（例えば徐放性コーティング）を用いることによってもたらすことができる。
【０１４８】
本発明の抗体はまた、鼻腔内投与または吸入投与によって、一般的には乾燥粉末吸入器からの乾燥粉末の形態で（単独で、混合物として、または例えば適当な薬学的に許容される賦形剤と混合した混合成分粒子として）、加圧容器、ポンプ、スプレー、噴霧器（好ましくは電子流体力学を用いて微細なミストを形成する噴霧器）またはネブライザーからの、好適な噴射剤の使用の有無で、エアゾールスプレーとして、または点鼻剤として、投与されてもよい。
【０１４９】
加圧容器、ポンプ、スプレー、アトマイザーまたはネブライザーは、一般的に、例えば、活性物質の分散、可溶化または持続放出のための好適な薬剤、溶媒としての噴射剤を含む、本発明の抗体の溶液または懸濁液を含む。
【０１５０】
乾燥粉末または懸濁液製剤に用いる前に、薬剤は一般的に吸入による送達に適したサイズ（一般的には５ミクロン未満）に微粉化される。これは、スパイラルジェットミル法、流動床式ジェットミル法、ナノ粒子を形成するための超臨界流体処理、高圧均質化、または噴霧乾燥などの任意の好適な粉砕方法によって達成することができる。
【０１５１】
吸入器または吹き入れ器（insufflator）で用いるためのカプセル剤、ブリスター剤およびカートリッジ剤は、本発明の化合物の粉末混合物、適切な粉末基剤および動作調整剤を含有するように製剤され得る。
【０１５２】
細かい霧を発生するための電子流体力学を用いるアトマイザーにおいて用いるのに適する溶液製剤は、１動作につき本発明の抗体の適当な用量を含有することができ、動作容量は、１μＬから１００μＬまで変化し得る。
【０１５３】
吸入投与／鼻腔内投与用の製剤は、即時放出および／または徐放性放出であるように製剤することができる。徐放性製剤には、遅延放出、持続放出、パルス放出、制御放出、標的放出およびプログラム放出が含まれる。
【０１５４】
乾燥粉末吸入器およびエアロゾルの場合、投与量単位は、定量を送達するバルブによって決定される。本発明による単位は、通常、本発明の抗体の定量または“一吹き（puff）”を投与するように構成される。全一日用量は、一般的には単回用量で、またはより通常には一日を通して分割用量として投与され得る。
【０１５５】
本発明の抗体および抗体の部分はまた、経口投与用にも製剤され得る。経口投与は、化合物が胃腸管に入るように飲み込むこと、および／または化合物が口から直接血流に入る頬側、舌側または舌下投与を含み得る。
【０１５６】
経口投与に適した製剤には、錠剤などの固体、半固体および液体系；多粒子もしくはナノ粒子、液体または粉末を含む軟質または硬質カプセル；ロゼンジ（液体充填を含む）；咀嚼剤（chews）；ゲル剤；速分散性投与量形態；フィルム剤；膣坐剤（ovules）；噴霧剤；および、頬側/粘膜付着性パッチが含まれる。
【０１５７】
液体製剤としては、懸濁液、溶液、シロップおよびエリキシル剤が挙げられる。かかる製剤は、軟質または硬質カプセル（例えば、ゼラチンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロースから製造される）中の充填剤として用いることができ、そして一般的には、担体、例えば、水、エタノール、ポリエチレングリコール、プロピレングリコール、メチルセルロース、または適当な油状物、および１以上の乳化剤および／または懸濁化剤を含む。液体製剤はまた、例えば、サシェ剤からの固体の再構成によっても調製することができる。
【０１５８】
本発明の抗体および組成物の治療的使用
一側面において、本発明の抗ＰＤ−１抗体およびその抗原結合部分、抗ＰＤ−1組成物、ならびに二重特異性結合分子は、それが必要なヒトにおいて免疫系を増強または活性化するために用いられる。ある態様において、患者は免疫抑制されている。例えば、医師は、本発明の抗ＰＤ−１抗体、抗体結合部分、組成物、または二重特異性結合分子を、単独でまたは他の治療剤と組み合わせて（連続的にまたは同時に）投与することにより、患者自身の免疫系の抗癌活性を高めることができる。抗ＰＤ−１抗体またはその一部、組成物、または二重特異性結合分子は、免疫細胞中のＰＤ−１の活性を調節し、その結果、抗癌免疫の増強をもたらす。特定の態様において、抗体もしくはその抗原結合部分、組成物、または二重特異性結合分子は、癌、例えば、皮膚、肺、腸、結腸、卵巣、脳、前立腺、腎臓、軟組織、造血系、頭頚部、肝臓、膀胱、乳房、胃、子宮および膵臓などの組織に由来する癌、ならびにＰＤ−１活性に依存する、および／またはＰＤ１、ＰＤ−Ｌ１および／またはＰＤ−Ｌ２を発現または過剰発現する患者における、任意の癌または他の病状の処置に用いるためのものである。本発明の抗ＰＤ−１抗体、その抗原結合部分、抗ＰＤ−１組成物、および／または二重特異性結合分子によって処置される癌としては、例えば、黒色腫（例えば、進行性黒色腫、または切除不能もしくは転移性黒色腫）、非小細胞肺癌、膀胱癌、頭頚部扁平上皮癌、卵巣癌、結腸直腸癌、胃癌、高頻度マイクロサテライト不安定性癌、肝細胞癌、中皮腫、メルケル細胞癌、神経膠腫、多発性骨髄腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、ホジキンリンパ腫および腎細胞癌（ＲＣＣ）が挙げられ得る。
【０１５９】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体、抗原結合部分、抗ＰＤ−１組成物、および／または二重特異性結合分子によって処置される癌としては、例えば、進行性または転移性黒色腫、非小細胞肺癌、頭頚部扁平上皮癌、腎細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、神経膠芽腫、神経膠腫、神経内分泌腫瘍、扁平上皮肺癌、小細胞肺癌、肝細胞癌、膀胱癌、上部尿路癌、食道癌、胃食道接合部癌、胃癌、肝臓癌、大腸癌、結腸直腸癌腫、多発性骨髄腫、肉腫、急性骨髄性白血病、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、鼻咽頭癌、慢性リンパ性白血病、急性リンパ芽球性白血病、小リンパ球性リンパ腫、卵巣癌、胃腸癌、原発性腹膜癌、卵管癌、尿路上皮癌、ＨＴＬＶ関連Ｔ細胞白血病／リンパ腫、前立腺癌、尿生殖器癌、髄膜腫、副腎皮質癌、神経膠肉腫、腎臓癌、乳癌、膵臓癌、子宮内膜癌、皮膚基底細胞癌、虫垂癌、胆管癌、唾液腺癌、進行性メルケル細胞癌、泌尿器癌、骨肉腫（bone cancer）、胸部の癌、気道腫瘍、腺様嚢胞癌、子宮頸癌、星状細胞腫、脊索腫、血液芽細胞腫、神経芽腫、口腔癌、皮膚扁平上皮癌、甲状腺癌、カポジ肉腫、肛門癌、胆嚢癌、胸腺癌、子宮癌、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、中皮腫、または固形腫瘍が挙げられる。癌は、例えば、早期、中期、後期または転移期にあり得る。
【０１６０】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体、抗原結合部分、組成物および／または二重特異性結合分子は、例えば、病原体が宿主を阻害する場合に、ウイルス感染および／または寄生虫感染を処置するために用い得る。例えば、病原体は、例えばＨＩＶ、肝炎（Ａ型、Ｂ型もしくはＣ型）、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、アデノウイルス、フラビウイルス、エコーウイルス、ライノウイルス、コクサッキーウイルス、コノウイルス、呼吸器多核体ウイルス、ムンプスウイルス、ロタウイルス、麻疹ウイルス、風疹ウイルス、パルボウイルス、ワクシニアウイルス、ヒトＴ細胞白血病ウイルス（ＨＴＬＶ）、デング熱ウイルス、伝染性軟属腫ウイルス（molluscum virus）、ポリオウイルス、狂犬病ウイルス、ジョンカニンガム（ＪＣ）ウイルス、アルボウイルス脳炎ウイルス、サル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）、インフルエンザ、ヘルペス、ジアルジア、マラリア、リーシュマニア、黄色ブドウ球菌、または緑膿菌であり得る。
【０１６１】
ある態様において、本発明の抗ＰＤ−１抗体、抗原結合部分、組成物および／または二重特異性結合分子は、免疫不全であるか、または免疫不全のリスクがある患者を（例えば、化学療法または放射線療法により）処置するために用いられ得る。
【０１６２】
“処置する”、“処置すること”および“処置”は、生物学的障害および／またはそれに付随する症状の少なくとも１つを軽減または排除する方法を意味する。本明細書用いる場合、疾患、障害または病状を“軽減すること”は、疾患、障害または病状の症状の重症度および／または発生頻度を減らすことを意味する。さらに、本明細書における“処置”への言及は、治療的、緩和的および予防的処置への言及を含む。
【０１６３】
“治療的有効量”とは、処置されるべき障害の症状の１以上をある程度軽減し得る、投与されるべき治療剤の量を意味する。抗癌剤の治療的有効量は、結果として、例えば、腫瘍の縮小、生存率の増加、癌細胞の排除、疾患進行の遅延、転移の減少、または医療専門家によって望まれる他の臨床的終点をもたらし得る。
【０１６４】
本発明の抗ＰＤ−１抗体もしくは抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子は、単独で、または１以上の他の薬剤もしくは抗体と組み合わせて（または、それらの任意の組合せとして）投与され得る。従って、本発明の医薬組成物、方法および使用はまた、以下に詳述するように、他の活性剤との組み合わせ（同時投与）の態様も包含する。
【０１６５】
本発明の抗体およびその抗原結合部分、組成物ならびに二重特異性結合分子と１以上の他の治療剤との投与について言及するとき、本明細書で用いる用語“同時投与”、“同時に投与される”および“〜と組み合わせて”とは、以下を意味することを意図し、そして以下を言及しかつ包含する：
−  本発明の抗体／抗原結合部分／抗体組成物／二重特異性結合分子および治療剤（複数可）のかかる組合せの、かかる構成要素が、該構成要素を患者に実質的に同時に放出する単一の投与量形態に共に製剤される場合の、処置を必要とする患者への同時投与；
−  本発明の抗体／抗原結合部分／抗体組成物／二重特異性結合分子および治療剤のかかる組合せのおよび治療剤（複数可）のかかる組合せの、かかる構成要素が、患者によって実質的に同時に服用される別々の投与量形態に互いに別個に製剤され、それにより該構成要素が患者に実質的に同時に放出される場合の、処置を必要とする患者への実質的な同時投与；
−  本発明の抗体／抗原結合部分／抗体組成物／二重特異性結合分子および治療剤（複数可）のかかる組合せの、かかる構成要素が、各投与の間に有意な時間間隔をおいて患者によって連続した時間に服用される別々の投与量形態に互いに別個に製剤され、それにより該構成要素が、患者に実質的に異なる時間に放出される場合の、処置を必要とする患者への連続投与；および
−  本発明の抗体／抗原結合部分／抗体組成物／二重特異性結合分子および治療剤（複数可）のかかる組合せの、かかる構成要素が、制御された方法で該成分を放出する単一の投与量形態に共に製剤され、それによりそれらが患者に同じ時間におよび／または異なる時間に同時的に、連続的に、および／または重複して放出され、各部分が同一または異なる経路のいずれかにより投与され得る場合の、処置を必要とする患者への連続投与。
【０１６６】
本発明の抗体およびその抗原結合部分、組成物ならびに二重特異性結合分子は、追加の治療的処置なしで、すなわち独立型療法（単剤療法）として、投与され得る。あるいは、本発明の抗体およびその抗原結合部分、組成物ならびに二重特異性結合分子を用いる処置は、少なくとも１つのさらなる治療的処置（併用療法）、例えば、別の免疫刺激剤、抗癌剤、抗ウイルス剤またはワクチン（例えば、腫瘍ワクチン）を含んでいてよい。ある態様において、抗体もしくはその抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子は、癌の治療のための他の薬物／薬剤と同時投与され得るか、またはそれらと共に製剤されてよい。追加の治療的処置は、例えば、化学療法剤、抗腫瘍剤、または抗血管形成剤、異なる抗癌抗体、および／または放射線療法を含み得る。
【０１６７】
本発明の抗体、抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子を癌細胞の最終分化を誘導することが知られている薬剤と組み合わせることにより、効果はさらに改善され得る。そのような化合物は、例えば、レチノイン酸、トランス−レチノイン酸、シス−レチノイン酸、フェニルブチレート、神経成長因子、ジメチルスルホキシド、活性型ビタミンＤ３、ペルオキシソーム増殖因子活性化受容体ガンマ、１２−Ｏ−テトラデカノイルホルボール １３−アセテート、ヘキサメチレン−ビス−アセトアミド、トランスフォーミング増殖因子−ベータ、酪酸、サイクリックＡＭＰ、およびベスナリノンからなる群より選択され得る。ある態様において、化合物は、レチノイン酸、フェニルブチレート、オールトランス−レチノイン酸および活性型ビタミンＤからなる群より選択される。
【０１６８】
本発明の抗ＰＤ−１抗体もしくはその抗原結合部分、組成物、または二重特異性結合分子および少なくとも１つの他の薬剤（例えば、化学療法剤、抗腫瘍剤または抗血管形成剤）を含む医薬品は、癌療法における同時、個別または連続投与のための併用療法として用いられ得る。他の薬剤は、対象となる特定の癌の処置に適する任意の薬剤、例えば、アルキル化剤、例えばシスプラチン、カルボプラチンおよび／またはオキサリプラチンなどの白金誘導体；植物アルカロイド、例えばパクリタキセル、ドセタキセルおよび／またはイリノテカン；抗腫瘍抗生物質、例えば、ドキソルビシン（アドリアマイシン）、ダウノルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、ダクチノマイシン、ブレオマイシン、アクチノマイシン、ルテオマイシンおよび／またはマイトマイシン；トポテカンなどのトポイソメラーゼ阻害剤；および／または、代謝拮抗剤、例えばフルオロウラシルおよび／または他のフルオロピリミジンからなる群より選択される薬剤であり得る。
【０１６９】
本発明の抗ＰＤ−１抗体もしくは抗原結合部分、抗体組成物、または二重特異性結合分子はまた、ワクチン、サイトカイン、酵素阻害剤、免疫刺激化合物およびＴ細胞療法剤などの他の抗原療法剤と組み合わせて用いられてもよい。ワクチンの場合、それは、例えば、処置されるべき癌に関連する１以上の抗原を含有するタンパク質、ペプチドまたはＤＮＡワクチン、あるいは抗原と共に樹状細胞を含むワクチンであり得る。好適なサイトカインとしては、例えば、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γおよびＧＭ−ＣＳＦが挙げられる。抗癌活性を有する酵素阻害剤種の例は、インドールアミン−２,３−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）阻害剤、例えば１−メチル−Ｄ−トリプトファン（１−Ｄ−ＭＴ）である。養子Ｔ細胞療法とは、腫瘍を認識して攻撃するために患者自身のＴ細胞を増殖または操作することを含む種々の免疫療法を意味する。
【０１７０】
本発明の抗ＰＤ−１抗体もしくは抗原結合部分、抗体組成物または二重特異性結合分子は、チロシンキナーゼ阻害剤と関連して補助療法にて用いられ得ることも意図される。これらは、これらは、受容体の細胞内チロシンキナーゼドメインと相互作用し、細胞内Ｍｇ−ＡＴＰ結合部位について競合することによってリガンド誘導性受容体リン酸化を阻害する、合成の、主にキナゾリン由来の、低分子量分子である。
【０１７１】
ある態様において、抗体もしくはその抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子は、免疫系の活性化に介在する別の薬物／薬剤、Ａ２ＡＲ、ＢＴＬＡ、Ｂ７−Ｈ３、Ｂ７−Ｈ４、ＣＴＬＡ−４、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ５５、ＣＤ７３、ＣＤ１２２、ＣＤ１３７、ＣＤ１６０、ＣＧＥＮ−１５０４９、ＣＨＫ１、ＣＨＫ２、ＣＴＬＡ−３、ＣＥＡＣＡＭ（例えば、ＣＥＡＣＡＭ−１および／またはＣＥＡＣＡＭ−５）、ＧＡＬ９、ＧＩＴＲ、ＨＶＥＭ、ＩＣＯＳ、ＩＤＯ、ＫＩＲ、ＬＡＩＲ１、ＬＡＧ−３、ＯＸ４０、ＴＩＧＩＴ、ＴＩＭ−３、ＴＧＦＲ−ｂｅｔａ、ＶＩＳＴＡ、ＬＩＬＲＢ２、ＣＭＴＭ６、および／または２Ｂ４の発現または活性を調節する薬剤を含むが、これらに限定されない薬剤と組み合わせて用いられ得る。特定の態様において、薬剤は、上記の分子の１つに結合する抗体またはその抗原結合フラグメントである。特定の態様において、本発明の抗体もしくはその抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子は、ＣＴＬＡ−４阻害剤（例えば、トレメリムマブまたはイピリムマブなどの抗ＣＴＬＡ−４抗体）と組み合わせて投与され得る。一態様において、本発明の抗体もしくはその抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子は、イピリムマブと組み合わせて投与され得る。
【０１７２】
特定の側面において、本発明の抗体および抗原結合部分、組成物ならびに二重特異性結合分子は、ＰＤ−１またはそのリガンドの１以上を標的とし得る、ＰＤ−１経路の別の阻害剤と組み合わせて投与され得る。そのような阻害剤の例としては、他の抗ＰＤ−１抗体、抗ＰＤ−Ｌ１抗体および抗ＰＤ−Ｌ２抗体が挙げられる。ある態様において、本発明の抗ＰＤ１抗体もしくはその抗原結合部分、二重特異性抗体または抗体組成物は、ペムブロリズマブおよび／またはニボルマブと組み合わせて投与され得る。
【０１７３】
本発明の抗体およびその抗原結合部分、抗体組成物ならびに二重特異性結合分子は、本明細書に記載の処置法に用いることができ、本明細書に記載の処置に用いることができ、および／または本明細書に記載の処置のための医薬の製造に用いることができることが理解される。本発明はまた、本明細書に記載の抗体およびその抗原結合部分、抗体組成物、および／または二重特異性結合分子を含むキットおよび製品も提供する。
【０１７４】
投与量および投与経路
本発明の抗体またはその抗原結合部分、組成物および二重特異性結合分子は、対象となる病状の処置に有効な量で、すなわち望ましい結果を達成するのに必要な投与量および期間で投与され得る。治療的有効量は、治療すべき特定の病状、患者の年齢、性別および体重、ならびに抗体が独立型治療として投与されるべきか、または１以上の追加の抗癌処置剤と組み合わせて投与されるべきかなどの要因によって変わり得る。
【０１７５】
投与量レジメンは、最適な所望の応答を提供するように調整され得る。例えば、単回ボーラスを投与してもよく、数回に分割した用量を経時的に投与してもよく、または治療状況の緊急性によって示されるように用量を比例的に減少または増加させてもよい。とりわけ、投与の容易さおよび投薬量の均一性のために、非経腸組成物を単位投与量形態で製剤するのが有利である。本明細書で用いる、単位投与量形態は、処置されるべき患者／対象のための単位投与量として適する物理的に別個の単位を意味する；各単位は、必要な薬学的担体と共に所望の治療効果を生じるように計算された所定量の活性化合物を含む。本発明の単位投与量形態の詳細は、一般的に、（ａ）化学療法剤のユニークな特徴および達成されるべき特定の治療効果または予防効果、ならびに（ｂ）個体における処置感受性のためにそのような活性化合物を配合する当技術分野における固有の制限によって決定されるか、またはそれに直接左右される。
【０１７６】
従って、当業者は、本明細書に提供される開示に基づいて、用量および投与レジメンが治療分野で周知の方法に従って調整されることを理解し得る。すなわち、最大耐用量を容易に確立することができ、患者に検出可能な治療効果をもたらすために各薬剤を投与するための時間的要件と同様に、患者に検出可能な治療効果をもたらす有効量も決定することができる。従って、本明細書では特定の用量および投与レジメンが例示されているが、これらの例示は、本発明を実施する際に患者に提供され得る用量および投与レジメンを限定するものではない。
【０１７７】
投与量値は、軽減されるべき病状のタイプおよび重篤度によって異なっていてよく、そして単回投与または複数回投与を含み得ることが特記される。さらに、特定の対象について、個々の必要性および組成物の投与を管理または監督する担当者の専門的判断に従って、特定の投与レジメンを経時的に調整すべきであり、本明細書に記載の投与量範囲は単なる例示であって、具体化された組成物の範囲または実施を限定することを意図しないことも理解されるべきである。さらに、本発明の組成物を用いる投与レジメンは、疾患タイプ、患者の年齢、体重、性別および病状、重篤度、投与経路ならびに用いる特定の抗体を含む種々の要因に基づいてもよい。従って、投与レジメンは広く変わり得るが、標準的方法を用いて常套的に決定され得る。例えば、用量は、薬物動態学的または薬力学的パラメータに基づいて調整することができ、これは、毒性作用および／または臨床検査値などの臨床効果を含み得る。従って、本発明は、当業者によって決定されるような患者内の用量漸増を包含する。適当な投与量および投与レジメンを決定することは関連する技術分野で周知であり、本明細書に記載された教示が提供されれば当業者により包含されると理解され得る。
【０１７８】
本発明の抗体もしくはその抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子の適する用量は、０．５−５０ｍｇ／ｋｇなど、０．１−１００ｍｇ／ｋｇの範囲であり得て、例えば、約１−２０ｍｇ／ｋｇであることが意図される。該抗体、抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子は、例えば、少なくとも０．２５ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも０．５ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも１ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも１．５ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも２ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも３ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも４ｍｇ／ｋｇ、例えば少なくとも５ｍｇ／ｋｇなどの投与量で投与することができ、例えば、最大５０ｍｇ/ｋｇまで、例えば最大３０ｍｇ／ｋｇまで、例えば最大２０ｍｇ／ｋｇまで、例えば最大１５ｍｇ／ｋｇまでの投与量で投与することができる。投与は、通常、適当な間隔で、例えば週１回、２週間毎に１回、３週間毎に１回、または４週間毎に１回繰り返され、必要に応じて投与量を増減することができる担当医によって適切と考えられる限り反復される。
【０１７９】
腫瘍治療のための有効量は、患者における疾患の進行を安定化させる、および／または病状を改善するその能力によって、好ましくは、例えば腫瘍サイズを減少させることによって疾患の進行を元に戻す能力によって測定され得る。本発明の抗体、抗原結合部分、組成物または二重特異性結合分子の癌を阻害する能力は、例えば実施例に記載されるようなインビトロアッセイにより、ならびにヒト腫瘍における有効性の予測をする適切な動物モデルにおいて、評価することができる。適切な投与レジメンは、それぞれの特定の状況において、例えば、単回ボーラスまたは連続的点滴として、そしてそれぞれの場合の緊急性によって示されるように投与量を調整して投与することで、最適な治療応答を提供するために選択され得る。
【０１８０】
診断用途および組成物
本発明の抗体は、診断過程（例えば、インビトロ、エクスビボ）においても有用である。例えば、抗体は、患者由来のサンプル（例えば、組織サンプル、または炎症性滲出液、血液、血清、腸液、唾液もしくは尿などの体液サンプル）中のＰＤ−１レベルを検出および／または測定するために用いることができる。好適な検出および測定法としては、フローサイトメトリー、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、化学発光アッセイ、放射免疫測定、および免疫組織学などの免疫学的方法が挙げられる。本発明はさらに、本明細書に記載の抗体を含むキット（例えば、診断キット）を包含する。
【０１８１】
本明細書中他に定義されない限り、本発明に関して用いられる科学的および技術的用語は、当業者によって通常理解される意味を有するものとする。例示的な方法および材料を以下に記載するが、本明細書に記載の方法および材料と類似または同等の方法および材料も、本発明の実施または試験に用いることができる。矛盾がある場合、定義を含む本明細書tが優先されるものとする。
【０１８２】
一般的に、細胞および組織培養、分子生物学、免疫学、微生物学、遺伝学、分析化学、有機合成化学、医薬品および製薬化学、ならびにタンパク質および核酸の化学ならびにハイブリダイゼーションの技術に関連して本明細書中用いられる命名法は、当技術分野において周知でありかつ一般的に用いられているものである。酵素反応および精製技術は、当技術分野で一般的に達成されているように、または本明細書に記載されているように、製造者の仕様に従って行われる。
【０１８３】
さらに、文脈上別段の要求がない限り、単数形の用語は複数形を含み、複数形の用語は単数形を含むものとする。本明細書および態様を通して、用語“有する（have）”および“含む（comprise）”または“has”、“having”、“comprises”もしくは“comprising”などのそれらの変形は、記載された整数または整数のグループを含むことを意味するが、他の整数または整数のグループを除外することを意味するものではないことが理解され得る。
【０１８４】
本明細書で言及された全ての文献および他の参考文献は、その内容全体を引用により本明細書中に包含させる。本明細書では多数の文書が引用されているが、この引用はこれらの文書のいずれもが当技術分野における共通の一般的知識の一部を形成することを承認するものではない。
【０１８５】
本発明をよりよく理解することができるように、以下の実施例を記載する。これらの実施例は、説明を目的とするのみであって、本発明の範囲を限定するものとして決して解釈されるべきではない。
【実施例】
【０１８６】
実施例
実施例１．抗ＰＤ−１抗体レパートリーの産生およびスクリーニング
材料および方法
ヒト抗体を産生することが可能なＯＭＴ（Open monoclonal Technology、Inc.）由来の遺伝子操作されたラット系統であるＯｍｎｉＲａｔ（登録商標）ラット（Osborn et al., J Immunol. 2013, 190(4):1481-90）を、ヒト、カニクイザルまたはマウスＰＤ−１抗原で免疫化した。該ラットに由来するシングルセル（１細胞）選別抗体分泌Ｂ細胞（ＡＳＣ）からの抗体遺伝子のクローニングは、Ｓｙｍｐｌｅｘ（商標）抗体発掘技術（Meijer et al., J Mol Biol 2006, 358(3):764-72；米国特許第７,７４９,６９７号；ＷＯ２００８/１０４１８４）を用いて実施した。
【０１８７】
Ｓｙｍｐｌｅｘ（商標）抗体ライブラリーを、免疫化されたＯＭＴラットからのシングルセル選別Ｂ細胞から調製され、ライブラリーは、各選別されたＢ細胞について同種のＶＨおよびＶＬをコードする対を含む。抗体レパートリー発現構築物は、IgG1抗体のＦｃ領域のエフェクター機能を低下させることが知られている２つの変異（Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａ）を有するＩｇＧ１フォーマットの完全ヒト免疫グロブリンをコードしていた（Hezareh et al., J Virol. 75(24): 12161−8 (2001)）。
【０１８８】
ＣＨＯ−Ｓ細胞を３８４ウェルフォーマット中で発現構築物を用いてトランスフェクトして、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ（商標）ＭＡＸ試薬（Invitrogen）を用いて、ヒト、カニクイザルまたはマウスＰＤ−１を表示させた。さらに、別の細胞集団を、無関係のタンパク質ヒトＶＥＧＦＲ２をコードする対照ベクターでトランスフェクトし、その後陰性対照として用いた。多重スクリーニング設定を可能にするために、中強度カルボキシフルオレセインスクシンイミジルエステル（ＣＦＳＥinter）で標識した対照細胞、高強度ＣＦＳＥ（ＣＦＳＥhigh）で標識したカニクイザルＰＤ−１トランスフェクト細胞、および非標識ヒトＰＤ−１−トランスフェクト細胞を、１ｍｌ当たり１×１０６個の細胞の密度で、１：１：１の比で混合した。３８４ウェルプレートにおいて、４０μｌのこの細胞混合物を１０μｌの抗体含有上清と混合し、そして細胞結合抗体を、ヤギ抗ヒトＩｇＧ（Ｈ＋Ｌ）ＡＦ６４７二次抗体（Molecular Probes、カタログ番号Ａ２１４４５）を添加することにより顕示化した。並行して、抗体を,ヒト（ＣＦＳＥｐｏｓ）およびマウスＰＤ−１（ＣＦＳＥｎｅｇ）への結合について同様の設定でスクリーニングした。ハイスループットフローサイトメトリー（iQue（登録商標）Screener、Intellicyt）を用いてサンプルを取得し、ＣＦＳＥ 対 ＩｇＧ結合（ＡＦ６４７）をプロットすることにより、ＦｏｒｅＣｙｔ（登録商標）ソフトウェアを用いてデータを分析した。ＰＤ−１特異的一次ヒットを、ヒト（ＣＳＦＥｎｅｇ）およびカニクイザルＰＤ−１トランスフェクト細胞（ＣＦＳＥｈｉｇｈ）の両方に結合するが、対照細胞（ＣＦＳＥｉｎｔｅｒ）に結合しない抗体クローンとして同定し、ヒットピッキングのためにプレート番号およびプレート座標を集め、次いで配列分析を行った。第二のスクリーニングにおいてマウスＰＤ−１に対してさらなる反応性を示す多数の一次ヒット（ＣＦＳＥｎｅｇ）もまたさらなる分析のために選択した。
【０１８９】
結果
図１（Ａ）−１（Ｄ）は、ＰＤ−１オーソログに対して異なる反応性を示す４つの抗体クローンについての代表的なフローサイトメトリードットプロットを示す：
（Ａ）ＣＨＯ−Ｓ細胞に非特異的に結合する抗体クローン、
（Ｂ）ヒトＰＤ−１トランスフェクト細胞のみに特異的に結合する抗体クローン、
（Ｃ）ヒトおよびカニクイザルＰＤ−１に特異的に結合する抗体クローン、および
（Ｄ）スクリーニングにおいて試験した３つ全てのＰＤ−１種に結合する抗体クローン。
【０１９０】
（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）および（Ｄ）それぞれにおける上のドットプロットは、ヒトＰＤ−１（ｈｕＰＤ１）およびカニクイザルＰＤ−１（ｃｙｎｏＰＤ１）への結合について、陰性対照細胞（ｎｅｇ）と比較して、抗体を試験する最初のスクリーニングラウンドを示す。下のドットプロットは、マウスＰＤ−１（ｍｏＰＤ１）およびヒトＰＤ−１（ｈｕＰＤ１）への結合について抗体を試験する２回目のスクリーニングラウンドを示す。ｘ軸（水平方向）はＣＦＳＥを示し、ｙ軸（垂直方向）はヒトＩｇＧ結合を示す。
【０１９１】
実施例２．抗体配列
スクリーニングヒットをＤＮＡ配列決定により分析し、抗体をコードするＤＮＡ配列を抽出した。ヒトおよびカニクイザルＰＤ−１の両方に対して交差反応性を示す４８８個の一次ヒットを配列決定した。これは、抗ＰＤ−１ヒットレパートリーが、１４０個の遺伝子クラスターを表す２５４個のユニークな抗体を含むことを明らかにした。選択された抗体クローンを個々に発現させ、下記のように機能的に試験した。インビトロアッセイにおいて機能的活性を示す１２個の抗体を以下に記載する。１２個の抗体のＶＨおよびＶＬドメインのタンパク質配列の番号を表１に示す。可変ＶＨおよびＶＬ遺伝子をクローニングするのに用いた免疫グロブリン定常領域（Ｌ２３４Ａ/Ｌ２３５Ａ変異を有するＩｇ重鎖（ＩｇＨＣ）およびＩｇカッパ軽鎖（ＩｇＫＶ））の配列番号を、表２に示す。１２個の機能的抗体のＣＤＲの配列番号を表３に示す。本明細書中のＣＤＲ配列は、ＣＤＲ１およびＣＤＲ２についてのＩＭＧＴ（登録商標）の定義に従って決定された。重鎖および軽鎖ＣＤＲ３について、本明細書中の定義は、ＩＭＧＴ−ＣＤＲ３のアミノ末端に１つのさらなるアミノ酸残基（Ｃｙｓ）を含む。
【０１９２】
【表１】
2020503001.tif 000002
【表２】
2020503001.tif 000003
【表３】
2020503001.tif 000004
【０１９３】
実施例３．抗体配列におけるフレームワーク変異
実施例２のＶＨおよびＶＬアミノ酸配列のヒト生殖細胞系列配列へのアラインメントを実施して、そのＶＨおよびＶＬ配列が由来する生殖細胞系列遺伝子を明らかにした。表４は、各クローンのＶＨおよびＶＬに対する最も近いＶおよびＪ生殖細胞系遺伝子の割り当て、ならびに以下に記載するようなフレームワーク変異に関する情報を示す。
【０１９４】
抗体遺伝子は、縮重プライマーを用いたＳｙｍｐｌｅｘ（商標）抗体発掘技術（Mejier et al., J Mol Biol 358:764-772 (2006)；ＷＯ２００５/０４２７７４）を用いたＲＴ−ＰＣＲにより単離されたため、最初の６アミノ酸は、抗体配列の成熟中に生じない変異を起こしやすい。従って、これらのプライマー由来の変異は、結合親和性が低下するリスクなしに生殖細胞系列配列に戻すことができる。これらの“Ｓｙｍｐｌｅｘ−補正された”変異配列におけるＶＨおよびＶＬのアミノ酸置換数および特定のアミノ酸置換を表４に示す。さらに、可変ドメインのフレームワーク領域における体細胞超変異、すなわち、ＣＤＲの外側のＶＨまたはＶＬにおける変異を有する抗体は、最も近いＶまたはＪ生殖細胞系列の配列に戻すことができる。これらの“生殖細胞系列”バリアント配列における生殖細胞系列のものに変更され得る抗体フレームワーク中のアミノ酸置換数および特定のアミノ酸置換もまた表４に示す。 表４に示される“生殖細胞系列化”変異配列（カラム“生殖細胞系列バリアント配列におけるＶＨフレームワーク変異の数”および“生殖細胞系列バリアント配列におけるＶＨフレームワーク変異”を参照のこと）には、“Ｓｙｍｐｌｅｘ−補正された”変異ならびに最初の６アミノ酸位置以外の変異が含まれることが明らかである。
【０１９５】
上記のように、各ＶＨまたはＶＬ配列中の最初の６アミノ酸における縮重プライマー由来の変異の改変は、元の抗体と比較して結合特性を悪化させるとは予想されない。従って、本発明の抗ＰＤ−１抗体は、以下の表に示される“Ｓｙｍｐｌｅｘ−補正された”変異を含むことが好ましい。
【０１９６】
各配列の最初の６アミノ酸位置以外の“生殖細胞系列バリアント”変異に関しては、これらの変異のいずれか１つ以上を選択することができる。個々の変異が抗体の抗原結合特性に悪影響を及ぼすかどうかの決定は、指示された変異を有する生殖細胞系列バリアントＶＨおよびＶＬ配列を調製し、親の変異を有する抗体の抗原結合特性を対応する元の配列またはＳｙｍｐｌｅｘ補正された配列と比較することにより、実施することができる。結合親和性の低下または他の変化した結合特性が観察される場合、変異体は、例えば、各抗体の重鎖および軽鎖のＳｙｍｐｌｅｘ補正された変異体および生殖細胞系列バリアント、すなわち、この場合、各抗体について４つの組合せを用いて、２ｘ２ ＶＨ／ＶＬマトリックスを用いて試験され得る。これは、生殖細胞系列化されたＶＨおよびＶＬ配列の一方または他方または両方が、観察された任意の変化した結合特性に寄与しているかどうかの決定を可能にする。あるいはまたはさらに、単一の生殖細胞系列バリアントの変異が回避されている一連の対応する抗体を試験して、列挙されたすべての変異を有する生殖細胞系列バリアントの結合に影響を及ぼしている特定の変異を決定することができる。
【０１９７】
表５は、元の配列ならびに対応するＳｙｍｐｌｅｘ補正された変異体および生殖細胞系列バリアントについてのＶＨおよびＶＬ配列番号を示す。表５の数字から明らかなように、ある場合には、元の配列とＳｙｍｐｌｅｘ補正された配列との間、またはＳｙｍｐｌｅｘ補正された配列と生殖細胞系列化配列との間に差がない。生殖細胞系フレームワーク残基への変異は、ＩＭＧＴ定義に基づいている。添付の配列表において、得られたアミノ酸置換に下線を引き、太字で示している。
【０１９８】
【表４】
2020503001.tif 000005
【０１９９】
【表５】
2020503001.tif 000006
【０２００】
【表６】
2020503001.tif 000007
【０２０１】
実施例４．ＰＤ−Ｌ１遮断活性についての抗ＰＤ−１抗体のフローサイトメトリー分析
本実施例は、フローサイトメトリーによるＰＤ−Ｌ１遮断活性についての抗ＰＤ−１抗体の試験を記載する。
【０２０２】
方法
ＰＤ−Ｌ１リガンド遮断活性を、細胞アッセイにおいて、ヒトＰＤ−１をＣＨＯ−Ｓ細胞にて組換え的に発現させ、Ｒ−ＰＥ（Ｒ−フィコエリトリン）標識したヒトＰＤ−Ｌ１−Ｆｃキメラタンパク質の結合をフローサイトメトリーによって分析することにより、試験した。市販の組換えＰＤ−Ｌ１−Ｆｃキメラタンパク質（R&D Systems、ＵＳＡ）を、Ｌｉｇｈｔｎｉｎｇ−Ｌｉｎｋ（登録商標）Ｒ−フィコエリスリン結合キット（Innova Biosciences、UK）を用いてＲ−ＰＥに結合させた。ＣＨＯ−Ｓ細胞を一過性にトランスフェクトしてヒトＰＤ−１を発現させた。その後、細胞を氷上で２０μｇ／ｍｌの抗ＰＤ−１抗体（５０μｌ）と共にインキュベートし、次いで約３．４μｇ／ｍｌのＲ−ＰＥ−標識したＰＤ−Ｌ１−Ｆｃ（５０μｌ）（終濃度１６．４ｎＭ）を添加して、さらに２０分間インキュベートした（抗ＰＤ−１抗体の終濃度：１０μｇ／ｍｌ）。結合抗体を、ＡＰＣ（アロフィコシアニン）結合抗ヒトＩｇＧ軽鎖抗体を用いて検出した。ＰＤ−Ｌ１および抗ＰＤ−１抗体の結合を、Ｒ−ＰＥおよびＡＰＣ蛍光それぞれを検出するフローサイトメトリーによって定量した。
【０２０３】
結果
競合実験の結果を図２（ａ）−２（ｈ）に示す（図中、Ｘ軸（水平方向）はＰＤ−Ｌ１結合を示し、Ｙ軸（垂直方向）はヒトＩｇＧ結合を示す）。試験した全ての抗ＰＤ−１抗体は、１０μｇ／ｍｌの最終抗体濃度でＰＤ−１とＰＤ−Ｌ１との相互作用を阻害することができた。非特異的抗体の存在下でのＰＤ−Ｌ１のＰＤ−１発現細胞への結合を、ＰＤ−Ｌ１遮断の陰性対照として用いた。さらに、さらに、非ブロッキング抗体の存在下でのＰＤ−Ｌ１の結合についての代表的なプロットが示されている。
【０２０４】
実施例５．ヒトおよびカニクイザルＰＤ−１ ＥＣＤ抗原に対するＰＤ−１抗体親和性の測定
この実施例は、ＫＤが低ｎＭから中ｐＭの範囲で、１２個の機能的抗ＰＤ−１抗体がヒトＰＤ−１に対してどの程度強い結合親和性を示すかを実証する。同じ抗体はまた、中または低ｎＭの範囲のＫＤでカニクイザルＰＤ−１と交差反応する。抗体１８２０１および１８４００もまた、中または低ｎＭの範囲のＫＤでマウスＰＤ−１と交差反応する。
【０２０５】
方法
動的結合分析を、Ｉｂｉｓ ＭＸ９６ ＳＰＲ装置（IBIS Technologies、オランダ）と組み合わせたContinuous Flow Microspotter（CFM、Wasatch Microfluidics、米国）を用いて表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）によって行った。表面プラズモン共鳴イメージング分析を、G-a-hu-IgG Fc SensEye（登録商標） SPRセンサー（Ssens BV、オランダ）で行った。ＩｇＧ１ ＬＡＬＡフォーマット（すなわち、変異Ｌ２３４Ａ／Ｌ２３５Ａを有する）で発現された抗ＰＤ−１抗体を、ＰＢＳ−Ｔ（０．０５％ Ｔｗｅｅｎ ２０を含む１ｘＰＢＳ、ｐＨ ７．４）中２．５ｎＭに希釈した。抗体を、Continuous Flow Microspotter（CFM、Wasatch Microfluidics、ソルトレイクシティ、米国）を用いて１５分間、G-a-hu-IgG Fc SensEye（登録商標）上にスポットした。スポッティング後、SensEye（登録商標）をＩＢＩＳ ＭＸ９６バイオセンサー内に配置し、抗体を、Fix It Kit（Ssens BV、オランダ）を用いてセンサー表面に化学的に固定した。速度論的滴定シリーズ（Karlsson et. al., Anal. Biochem. 349(1):136-47 (2006)）を適用することにより速度論的分析を行い、ここで、単量体ＰＤ−１抗原を、２ｎＭから１００ｎＭまで漸増濃度で、各抗原注射後に表面再生工程を行うことなく、注射した。結合を、ヒトＰＤ−１ ＥＣＤ（Acro Biosystems カタログ番号ＰＤ１−Ｈ５２２１９）、マウスＰＤ−１ ＥＣＤ（Sino Biological. カタログ番号５０１２４−Ｍ０８Ｈ）およびカニクイザルＰＤ−１ ＥＣＤ（Acro Biosystems カタログ番号ＰＤ１−Ｃ５２２３）について３つの別個の実験で試験した。抗原結合を１５分間行い、抗原解離を６０分間行った。速度論的分析を２５℃で行った。完了後、記録された結合応答を、結合速度（on-rate）（ｋｏｎまたはｋａ）、解離速度（off-rate）（ｋｏｆｆまたはｋｄ）および親和性（ＫＤ）定数の計算のために、Ｓｃｒｕｂｂｅｒ ２ソフトウェアを用いて簡単なＬａｎｇｍｕｉｒ １：１結合モデルに適合させた。
【０２０６】
結果
表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）の結果を下の表６に示す。一般的に、抗体は高親和性であり、試験した全ての抗体は、カニクイザルＰＤ−１と交差反応した。抗体１８２０１および１８４００もまた、マウスＰＤ−１と交差反応し、これら２つの抗体によって認識されるエピトープは、マウスＰＤ−１と交差反応しなかった対照抗体、ペムブロリズマブおよびニボルマブを含む他のＰＤ−１抗体と比較してユニークであることを示した。これらの特性は、ヒト対象における試験の前に抗体を非ヒト霊長動物またはマウスモデルにおいて直接試験することを可能にするので有利である。
【０２０７】
【表７】
2020503001.tif 000008
【表８】
2020503001.tif 000009
【０２０８】
実施例６．抗ＰＤ−１モノクローナル抗体のインビトロ機能評価
本実施例は、１２個の抗ＰＤ−１抗体が２つの異なる機能アッセイ：すなわち、ブドウ球菌エンテロトキシンＢ（ＳＥＢ）全血アッセイおよび一方向混合リンパ球反応（ＭＬＲ）においてどのように作用するかを実証する。１２個の抗ＰＤ−１ ｍＡｂの、ＳＥＢ処理した全血アッセイにおけるＩＬ−２産生または一方向ＭＬＲアッセイにおけるインターフェロン−γ（ＩＦＮ−γ）産生を刺激する能力を、以下に記載するように評価した。
【０２０９】
方法
ＳＥＢは、ＭＨＣクラスＩＩ分子およびＴ細胞受容体（ＴＣＲ）の特異的Ｖβ領域に結合し、Ｔ細胞の非特異的刺激を駆動する、スーパー抗原である。これは、結果として、ＩＬ−２およびＩＦＮ−γを含む、ポリクローナルＴ細胞活性化／増殖およびサイトカイン放出をもたらす。ＳＥＢを、全血に１μｇ／ｍｌ添加し、２日間培養した後、上清を採取し、ＩＬ−２レベルを通常のＥＬＩＳＡによって決定した。
【０２１０】
一方向ＭＬＲアッセイにおいて、２人の異なる健康なドナーから単離された樹状細胞（ＤＣ）およびＣＤ４陽性（ＣＤ４＋）Ｔ細胞を共培養して、同種抗原特異的反応を誘導し、その結果サイトカイン産生およびＴ細胞活性化／増殖を生じた。樹状細胞を、２０ｎｇ／ｍｌの顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）および２０ｎｇ／ｍｌのインターロイキン−４（ＩＬ−４）と共に６日間培養することによってＣＤ１４＋ 単球から分化させ、そして健康なドナー材料からの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）から単離されたＣＤ４＋ Ｔ細胞と１：１０比で混合した。５日間培養後、上清を採取し、Meso Scale 電気化学発光（ＭＳＤ）サイトカインアッセイを用いてＩＦＮ−γレベルを決定した。
【０２１１】
用量反応曲線を、５０μｇ／ｍｌの開始濃度で抗体を２倍希釈することによって作製した。
【０２１２】
結果
ＳＥＢ全血アッセイおよび一方向ＭＬＲアッセイにおける１２個の抗体の用量反応曲線を、図３（ａ）−３（ｆ）および図４（ａ）−４（ｆ）にそれぞれ示す。グラフ上の各点は３回の繰り返しの平均を表し、エラーバーはＳＥＭを表す。全ての抗体が、ＳＥＢ全血アッセイにおけるＩＬ−２産生およびＭＬＲアッセイにおけるＩＦＮ−γ産生の用量依存的増加を誘導することが見出された。
【０２１３】
実施例７．抗ＰＤ−１モノクローナル抗体のエピトープビニング
本実施例は、ペア競合パターンに基づいて、抗ＰＤ−１抗体がエピトープビンにどのように分類されたかを示す。異なるエピトープビンに属する抗体は、ＰＤ−１ ＥＣＤ上の異なるエピトープを認識する。
【０２１４】
方法
ペア抗体競合の試験を、ＩＢＩＳ ＭＸ９６ ＳＰＲ装置（IBIS Technologies、オランダ）と組み合わせたContinuous Flow Microspotter（ＣＦＭ）（Wasatch Microfluidics、米国）を用いた表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）分析によって行った。表面プラズモン共鳴イメージング分析を、G-a-hu-IgG Fc SensEye（登録商標）ＳＰＲセンサー（Ssens BV、オランダ）で行った。合計１８の抗ＰＤ−１抗体（ヒト、ＩｇＧ１）を、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ ２０（ＰＢＳ−Ｔ）、ｐＨ ７．０を含むＰＢＳ緩衝液中で１０μｇ／ｍＬに希釈した。Continuous Flow Microspotterを用いて１５分間スポッティングすることにより、抗体を抗Ｆｃセンサー表面上に捕捉した。スポッティング後、SensEye（登録商標）をＩＢＩＳ ＭＸ９６バイオセンサーに配置し、残りの抗Ｆｃ部位を３０μｇ／ｍＬの非特異的ヒトＩｇＧ１の注入でブロックした。捕捉された抗体を、ＦｉｘＩｔキット（Ssens BV、オランダ）を用いて表面に結合した。センサー調製後、古典的サンドイッチアッセイを用いて抗体競合分析を行った。一価のＰＤ−１ ＥＣＤ抗原（Sino Biological、中国）をＨＢＳ−ＥＰ泳動緩衝液で希釈し、５０ｎＭ濃度で注入し、抗ＰＤ−１抗体のコンジュゲートアレイによって捕捉した。次いで、ＨＢＳ−ＥＰ泳動緩衝液中で１００ｎＭに希釈した１８個のＰＤ−１抗体の各々の個々の注入により、抗体競合パターンを確立した。各競合サイクルの後、センサー表面を、１０ｍＭ グリシン ＨＣｌ緩衝液、ｐＨ２．０で再生した。
【０２１５】
結果
１８個の抗ＰＤ−１抗体の競合パターンを図５に示す。抗体１２８６６および１２８０７は、細胞ベースのアッセイにおいて機能的活性を有することは見出されなかったが（データ示さず）、それらは、他のエピトープビンの特徴付けに有用な異なるエピトープを認識するため同図に含ませた。試験した抗ＰＤ−１抗体を、２つの主要な非重複エピトープビンに割り当てることができた。エピトープビン１に属する機能的抗体は全て、相互にブロックし合い、抗体１２８６６および１２８０７の遮断に基づいてサブビンにさらに分けることができた。例えば、ｍＡｂ１２８６６および１２８０７の両方をブロックする抗体は、エピトープビン１Ｃに分類された。エピトープビン１Ｃは、抗体１８３６６、１８４８３、１８１１３、１８２４７、１８０４０および１８２５０を含む。エピトープビン１Ｄの抗体は、ニボルマブ類縁体（“Ｎｉｖｏ”）および１８０４９を含み、ｍＡｂ１２８６６をブロックするが１２８０７はブロックしないことを特徴とした。エピトープビン１Ｅに属する抗体は、ｍＡｂ １２８０７をフロックすることのみで特徴付けられた。エピトープビン１Ｅは、ペムブロリズマブ類縁体（“Ｐｅｍｂｒｏ”）および抗体１８０９８、１８２０１、１８４００、１８４１３および１８３２５を含む。
【０２１６】
抗体１２７６０および１３１１２は、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２リガンドをブロックせず、それらは互いに交差ブロックするがエピトープビン１からの抗体のいずれの結合もブロックしなかったため、別々のエピトープビン２に割り当てられた。抗体１２７６０および１３１１２は、ＰＤ−Ｌ１およびＰＤ−Ｌ２リガンド結合部位と重ならない、ＰＤ−１上の部位に結合する可能性が高い。
【０２１７】
配列表
配列番号1
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMXWIRQAPGKGLEWVSYISSTGSTIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMXSLRAEDTAVYYCARATNWGSDYWGQGTLVTVSS
位置35のXは、NまたはSである
位置84のXは、DまたはNである
配列番号2
XIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLXWYQQKPGQPPKLLIXWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKVEIK
位置1のXは、EまたはDである
位置40のXは、FまたはAである
位置55のXは、FまたはYである
配列番号3
QVQLVESGGGVVQPGRSLRLSCAASGFTFSNYGMHWVRQAPGKGLEWVAVIWYDGSDKYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAGGGNYYGDFWGQGTLVTVSS
配列番号4
XIXMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKRLIYVASXLQSGVPSRFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQYNSYPWTFGQGTKVEIK
位置1のXは、EまたはDである
位置3のXは、VまたはQである
位置53のXは、NまたはSである
配列番号5
XVQLXESGGGLVXPGGSLRLSCAASGFTFSSFAMXWVRQAPGKGLXWVSXITGGGTTSYYADSVKGRFTISRDNSKXTLXLQMNSLRAEDTAVYYCAKWGSWSAGAFDIWGQGTXVTVSS
位置1のXは、QまたはEである
位置5のXは、QまたはVである
位置13のXは、RまたはQである
位置35のXは、NまたはSである
位置46のXは、VまたはEである
位置50のXは、TまたはAである
位置77のXは、SまたはNである
位置80のXは、FまたはYである
位置115のXは、TまたはMである
配列番号6
DIQXTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPWTFGQGTKVEIK
位置4のXは、LまたはMである
配列番号7
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYYADSXKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWAFDYWGQGTLVTVSS
位置64のXは、AまたはVである
配列番号8
DIXXTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSANNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWTSTRESGVPDRFXGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQFYSTPRTFGQGTKVEIK
位置3のXは、QまたはVである
位置4のXは、LまたはMである
位置69のXは、RまたはSである
配列番号9
QVQLXESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHDGTTXYNPSLKSRVTISVDKSXNQFSLKXSSVTAADTAVYYCARGDWGSGAFDIWGQGTMVTVSS
位置5のXは、VまたはQである
位置59のXは、TまたはNである
位置76のXは、RまたはKである
位置83のXは、MまたはLである
【０２１８】
配列番号10
XIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQDYNYPRTFGQGTKVEIK
位置1のXは、DまたはAである
配列番号11
QVQLVESGGXLVKPGXSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSSSSTIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWAFDYWGQGTLVTVSS
位置10のXは、DまたはGである
位置16のXは、RまたはGである
配列番号12
XIVXTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIXWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYXCQQFYSTPRTFGQGTKVEIK
位置1のXは、EまたはDである
位置4のXは、LまたはMである
位置55のXは、FまたはYである
位置93のXは、FまたはYである
配列番号13
QVQLXESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFRDYYMSWIRQAPGKGLEWVSXISSSGSIIXYXDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWALDYWGQGTLVTVSS
位置5のXは、QまたはVである
位置50のXは、HまたはYである
位置59のXは、DまたはYである
位置61のXは、VまたはAである
配列番号14
DIXXTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIXWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
位置3のXは、QまたはVである
位置4のXは、LまたはMである
位置55のXは、SまたはYである
配列番号15
XVQLXXSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHVMXWVRQAPGKGLEWVXXISGSGVDTYYADSVKGRFTISRXNSKNXLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKWGSWSAGAFDIWGQGTMVTVSS
位置1のXは、QまたはEである
位置5のXは、QまたはVである
位置6のXは、QまたはEである
位置35のXは、NまたはSである
位置49のXは、AまたはSである
位置50のXは、TまたはAである
位置73のXは、GまたはDである
位置78のXは、MまたはTである
配列番号16
XIXXTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPWTFGQGTKVEIK
位置1のXは、EまたはDである
位置3のXは、VまたはQである
位置4のXは、LまたはMである
配列番号17
XVQLVXSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWGFDNWGQGTLVTVSS
位置1のXは、QまたはEである
位置6のXは、QまたはEである
配列番号18
XIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLXWYQQKPGQPPKLLIXWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
位置1のXは、EまたはDである
位置40のXは、LまたはAである
位置55のXは、FまたはYである
配列番号19
QXQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSSNWWSWVRQPPXKGLEWXGEIFHDGTTXYNPSLKSRVTXSVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGNWGSGALDIWGXGTMVTVSS
位置2のXは、LまたはVである
位置43のXは、KまたはGである
位置49のXは、VまたはIである
位置59のXは、SまたはNである
位置70のXは、MまたはIである
位置111のXは、PまたはQである
【０２１９】
配列番号20
XIXMTQSPSXLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQDYNYPRTFGQGTKVEIK
位置1のXは、EまたはAである
位置3のXは、VまたはQである
位置10のXは、PまたはSである
配列番号21
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFVMSWVRQAPGKGLEWXSXISGGGGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDWDLYYFDYWGQGTLVTVSS
位置48のXは、LまたはVである
位置50のXは、TまたはAである
配列番号22
DIQXTQSPSSVXASVGDRVTITCRASQGISNWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPLTFGGGTKVEIK
位置4のXは、LまたはMである
位置12のXは、PまたはSである
配列番号23
XVQLXXSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYWMXWVRQAPGKGLEWVANIKEDGNEKYYVDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWGSDYWGQGTLVTVSS
位置1のXは、QまたはEである
位置5のXは、QまたはVである
位置6のXは、QまたはEである
位置35のXは、NまたはSである
配列番号24
DIXMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLXWYQQKPGQPPKLLIXWASTRESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
位置3のXは、QまたはVである
位置40のXは、LまたはAである
位置55のXは、FまたはYである
定常抗体配列
配列番号25 (IgHC DNA配列）
GCCTCCACCAAGGGCCCATCGGTCTTCCCCCTGGCACCCTCCTCCAAGAGCACCTCTGGGGGCACAGCGGCCCTGGGCTGCCTGGTCAAGGACTACTTCCCCGAACCGGTGACGGTGTCGTGGAACTCAGGCGCCCTGACCAGCGGCGTGCACACCTTCCCGGCTGTCCTACAGTCCTCAGGACTCTACTCCCTCAGCAGCGTGGTGACCGTGCCCTCCAGCAGCTTGGGCACCCAGACCTACATCTGCAACGTGAATCACAAGCCCAGCAACACCAAGGTGGACAAGAGAGTTGAGCCCAAATCTTGTGACAAAACTCACACATGCCCACCGTGCCCAGCACCTGAAGCCGCCGGGGGACCGTCAGTCTTCCTCTTCCCCCCAAAACCCAAGGACACCCTCATGATCTCCCGGACCCCTGAGGTCACATGCGTGGTGGTGGACGTGAGCCACGAAGACCCTGAGGTCAAGTTCAACTGGTACGTGGACGGCGTGGAGGTGCATAATGCCAAGACAAAGCCGCGGGAGGAGCAGTACAACAGCACGTACCGTGTGGTCAGCGTCCTCACCGTCCTGCACCAGGACTGGCTGAATGGCAAGGAGTACAAGTGCAAGGTCTCCAACAAAGCCCTCCCAGCCCCCATCGAGAAAACCATCTCCAAAGCCAAAGGGCAGCCCCGAGAACCACAGGTGTACACCCTGCCCCCATCCCGGGAGGAGATGACCAAGAACCAGGTCAGCCTGACCTGCCTGGTCAAAGGCTTCTATCCCAGCGACATCGCCGTGGAGTGGGAGAGCAATGGGCAGCCGGAGAACAACTACAAGACCACGCCTCCCGTGCTGGACTCCGACGGCTCCTTCTTCCTCTATAGCAAGCTCACCGTGGACAAGAGCAGGTGGCAGCAGGGGAACGTCTTCTCATGCTCCGTGATGCATGAGGCTCTGCACAACCACTACACGCAGAAGAGCCTCTCCCTGTCCCCGGGTAAA
配列番号26 (IgHC タンパク質配列）
ASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPKSCDKTHTCPPCPAPEAAGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
配列番号27 (IgKC DNA配列）
CGTACGGTGGCTGCACCATCTGTCTTCATCTTCCCGCCATCTGATGAGCAGTTGAAATCTGGAACTGCCTCTGTTGTGTGCCTGCTGAATAACTTCTATCCCAGAGAGGCCAAAGTACAGTGGAAGGTGGATAACGCCCTCCAATCGGGTAACTCCCAGGAGAGTGTCACAGAGCAGGACAGCAAGGACAGCACCTACAGCCTCAGCAGCACCCTGACGCTGAGCAAAGCAGACTACGAGAAACACAAAGTCTACGCCTGCGAAGTCACCCATCAGGGCCTGAGCTCGCCCGTCACAAAGAGCTTCAACAGGGGAGAGTGT
配列番号28 (IgKC タンパク質配列）
RTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
【０２２０】
配列番号29 (18040/18113/18247 H-CDR1)
GFTFSDYY
配列番号30 (18040 H-CDR2)
ISSTGSTI
配列番号31 (18040 H-CDR3)
CARATNWGSDY
配列番号32 (18040/18366 L-CDR1)
QSVLYSSNNKNY
配列番号33 (18040/18247/18250/18366/18483 L-CDR2)
WAS
配列番号34 (18040/18250/18366/18483 L-CDR3)
CQQYYSTPYT
配列番号35 (18049 H-CDR1)
GFTFSNYG
配列番号36 (18049 H-CDR2)
IWYDGSDK
配列番号37 (18049 H-CDR3)
CAGGGNYYGDF
配列番号38 (18049/18201/18400 L-CDR1)
QGIRND
配列番号39 (18049 L-CDR2)
VAS
配列番号40 (18049 L-CDR3)
CLQYNSYPWT
配列番号41 (18098 H-CDR1)
GFTFSSFA
配列番号42 (18098 H-CDR2)
ITGGGTTS
配列番号43 (18098/18325 H-CDR3)
CAKWGSWSAGAFDI
【０２２１】
配列番号44 (18098/18325 L-CDR1)
QGISSW
配列番号45 (18098/18201/18325/18400/18413 L-CDR2)
AAS
配列番号46 (18098/18325 L-CDR3)
CQQANSFPWT
配列番号47 (18113 H-CDR2)
ISSSGSTI
配列番号48 (18113/18247 H-CDR3)
CARDTNWAFDY
配列番号49 (18113 L-CDR1)
QSVFYSANNKNY
配列番号50 (18113 L-CDR2)
WTS
配列番号51 (18113/18247 L-CDR3)
CQQFYSTPRT
配列番号52 (18201 H-CDR1)
GGSISSNNW
配列番号53 (18201 H-CDR2)
IYHDGTT
配列番号54 (18201 H-CDR3)
CARGDWGSGAFDI
配列番号55 (18201/18400 L-CDR3)
CLQDYNYPRT
配列番号56 (18247 H-CDR2)
ISSSSSTI
配列番号57 (18247/18250/18483 L-CDR1)
QSVFYSSNNKNY
配列番号58 (18250 H-CDR1)
GFTFRDYY
配列番号59 (18250 H-CDR2)
ISSSGSII
配列番号60 (18250 H-CDR3)
CARDTNWALDY
配列番号61 (18325 H-CDR1)
GFTFSSHV
配列番号62 (18325 H-CDR2)
ISGSGVDT
配列番号63 (18366 H-CDR1)
GFTFSSYW
【０２２２】
配列番号64 (18366 H-CDR2)
IKQDGSEK
配列番号65 (18366 H-CDR3)
CARDTNWGFDN
配列番号66 (18400 H-CDR1)
GGSISSSNW
配列番号67 (18400 H-CDR2)
IFHDGTT
配列番号68 (18400 H-CDR3)
CARGNWGSGALDI
配列番号69 (18413 H-CDR1)
GFTFSSFV
配列番号70 (18413 H-CDR2)
ISGGGGST
配列番号71 (18413 H-CDR3)
CAKDWDLYYFDY
配列番号72 (18413 L-CDR1)
QGISNW
配列番号73 (18413 L-CDR3)
CQQANSFPLT
配列番号74 (18483 H-CDR1)
GFTFSDYW
配列番号75 (18483 H-CDR2)
IKEDGNEK
配列番号76 (18483 H-CDR3)
CARDTNWGSDY
【０２２３】
配列番号77
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFAMSWVRQAPGKGLVWVSTITGGGTTSYY
ADSVKGRFTISRDNSKSTLFLQMNSLRAEDTAVYYCAKWGSWSAGAFDIWGQGTTVTVSS
配列番号78
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHDGTTTY
NPSLKSRVTISVDKSRNQFSLKMSSVTAADTAVYYCARGDWGSGAFDIWGQGTMVTVSS
配列番号79
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFRDYYMSWIRQAPGKGLEWVSHISSSGSIIDY
VDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWALDYWGQGTLVTVSS
配列番号80
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHVMNWVRQAPGKGLEWVATISGSGVDTYY
ADSVKGRFTISRGNSKNMLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKWGSWSAGAFDIWGQGTMVTVSS
配列番号81
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKQDGSEKYY
VDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWGFDNWGQGTLVTVSS
配列番号82
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSSNWWSWVRQPPKKGLEWVGEIFHDGTTSY
NPSLKSRVTMSVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGNWGSGALDIWGPGTMVTVSS
配列番号83
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYWMNWVRQAPGKGLEWVANIKEDGNEKYY
VDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWGSDYWGQGTLVTVSS
配列番号84
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLFWYQQKPGQPPKLLIFWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKVEIK
配列番号85
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKRLIYVASNLQSGVPS
RFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQYNSYPWTFGQGTKVEIK
配列番号86
DIQLTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPWTFGQGTKVEIK
配列番号87
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSANNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWTSTR
ESGVPDRFRGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQFYSTPRTFGQGTKVEIK
配列番号88
AIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQDYNYPRTFGQGTKVEIK
配列番号89
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIFWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYFCQQFYSTPRTFGQGTKVEIK
【０２２４】
配列番号90
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLISWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
配列番号91
DIQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPWTFGQGTKVEIK
配列番号92
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLLWYQQKPGQPPKLLIFWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
配列番号93
AIQMTQSPSPLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQDYNYPRTFGQGTKVEIK
配列番号94
DIQLTQSPSSVPASVGDRVTITCRASQGISNWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPLTFGGGTKVEIK
配列番号95
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLLWYQQKPGQPPKLLIFWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
配列番号96
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSTGSTIYY
ADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARATNWGSDYWGQGTLVTVSS
配列番号97
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFAMSWVRQAPGKGLEWVSAITGGGTTSYY
ADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKWGSWSAGAFDIWGQGTMVTVSS
配列番号98
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSSGSTIYY
ADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWAFDYWGQGTLVTVSS
配列番号99
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSNNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIYHDGTTNY
NPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGDWGSGAFDIWGQGTMVTVSS
配列番号100
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSSSSTIYY
ADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWAFDYWGQGTLVTVSS
配列番号101
QVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFRDYYMSWIRQAPGKGLEWVSYISSSGSIIYY
ADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWALDYWGQGTLVTVSS
配列番号102
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSHVMNWVRQAPGKGLEWVSAISGSGVDTYY
ADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKWGSWSAGAFDIWGQGTMVTVSS
【０２２５】
配列番号103
QVQLQESGPGLVKPSGTLSLTCAVSGGSISSSNWWSWVRQPPGKGLEWIGEIFHDGTTNY
NPSLKSRVTISVDKSKNQFSLKLSSVTAADTAVYYCARGNWGSGALDIWGQGTMVTVSS
配列番号104
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSSFVMSWVRQAPGKGLEWVSAISGGGGSTYY
ADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKDWDLYYFDYWGQGTLVTVSS
配列番号105
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSDYWMSWVRQAPGKGLEWVANIKEDGNEKYY
VDSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARDTNWGSDYWGQGTLVTVSS
配列番号106
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKVEIK
配列番号107
DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKRLIYVASSLQSGVPS
RFSGSGSGTEFTLTISSLQPEDFATYYCLQYNSYPWTFGQGTKVEIK
配列番号108
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSANNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWTSTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQFYSTPRTFGQGTKVEIK
配列番号109
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQFYSTPRTFGQGTKVEIK
配列番号110
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
配列番号111
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
配列番号112
AIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQDYNYPRTFGQGTKVEIK
配列番号113
DIQLTQSPSSVPASVGDRVTITCRASQGISNWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPS
RFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPLTFGGGTKVEIK
配列番号114
DIVMTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVFYSSNNKNYLAWYQQKPGQPPKLLIYWASTR
ESGVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYCQQYYSTPYTFGQGTKLEIK
配列番号115
GGGGSGGGGSGGGGS
【図１Ａ】
2020503001.tif 000010
【図１Ｂ】
2020503001.tif 000011
【図１Ｃ】
2020503001.tif 000012
【図１Ｄ】
2020503001.tif 000013
【図２Ａ】
2020503001.tif 000014
【図２Ｂ】
2020503001.tif 000015
【図２Ｃ】
2020503001.tif 000016
【図２Ｄ】
2020503001.tif 000017
【図２Ｅ】
2020503001.tif 000018
【図２Ｆ】
2020503001.tif 000019
【図２Ｇ】
2020503001.tif 000020
【図２Ｈ】
2020503001.tif 000021
【図３Ａ】
2020503001.tif 000022
【図３Ｂ】
2020503001.tif 000023
【図３Ｃ】
2020503001.tif 000024
【図３Ｄ】
2020503001.tif 000025
【図３Ｅ】
2020503001.tif 000026
【図３Ｆ】
2020503001.tif 000027
【図４Ａ】
2020503001.tif 000028
【図４Ｂ】
2020503001.tif 000029
【図４Ｃ】
2020503001.tif 000030
【図４Ｄ】
2020503001.tif 000031
【図４Ｅ】
2020503001.tif 000032
【図４Ｆ】
2020503001.tif 000033
【図５】
2020503001.tif 000034
【配列表】
2020503001000001.app
【国際調査報告】
2020503001.tif 000035
2020503001.tif 000036
2020503001.tif 000037
2020503001.tif 000038
2020503001.tif 000039
2020503001.tif 000040
2020503001.tif 000041
2020503001.tif 000042
2020503001.tif 000043
2020503001.tif 000044