(57)【要約】  １種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することによって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む療法に対して反応性の癌を有する対象を同定する方法。前記患者において抗ＰＤ−Ｌ１抗体で癌を治療する方法。肺癌又は膀胱癌を有する患者における抗ＰＤ−Ｌ１治療的抗体治療の有効性を決定する方法は、血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出することと、第１血漿試料と少なくとも第２の血漿試料との間の、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定することと、を含み、第１血漿試料に対する少なくとも第２の血漿試料中のバリアント対立遺伝子頻度の減少によって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療が有効であると同定される方法。【選択図】図１
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異を発現する癌を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法。
【請求項２】
前記癌が、肺癌、膀胱癌、及び頭頚部癌から選択される、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記癌が肺癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記癌が肺癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ２及びＮＦＥ２Ｌ２を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項５】
前記肺癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項３に記載の方法。
【請求項６】
前記癌が膀胱癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１を含む、請求項２に記載の方法。
【請求項７】
前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体がデュルバルマブである、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む、１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける変異を発現する癌を有すると同定される患者に、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法。
【請求項９】
前記患者が、デュルバルマブに対して反応性であると同定される、請求項１から８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記患者がさらに、ＰＤ−Ｌ１を発現する腫瘍を有すると同定される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記ＮＳＣＬＣが、扁平上皮癌、非扁平上皮癌、腺癌、大細胞癌、腺扁平上皮癌及び肉腫様癌からなる群から選択される、請求項５に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも約０．１、約０．３、約１、約３、約１０、又は約１５ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブ又はその抗原結合性断片が投与される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約１ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１４】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約３ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１５】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約１０ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１６】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約１５ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項１２に記載の方法。
【請求項１７】
前記投与が、約１４又は２１日ごとに繰り返される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも２回の用量が投与される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１９】
少なくとも３回の用量が投与される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも４回の用量が投与される、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２１】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対する患者における癌の奏効性を特徴付ける方法であって、
第１時点で前記患者から採取される第１血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、
少なくとも第２の時点で前記患者から採取される少なくとも第２の血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、
前記第１血漿試料と前記少なくとも第２の血漿試料との、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定する工程と、
を含み、前記第１血漿試料に対する前記少なくとも第２の血漿試料中のバリアント対立遺伝子頻度の減少によって、前記癌が抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対して反応性であると特徴付けられる、方法。
【請求項２２】
前記第１血漿試料が前記患者から採取された後に、前記患者に前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体を投与することをさらに含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ｃｔＤＮＡにおける前記バリアント対立遺伝子頻度が、前記第１試料及び前記少なくとも第２の試料における総変異数によって決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
ｃｔＤＮＡにおける前記バリアント対立遺伝子頻度が、前記第１試料及び前記少なくとも第２の試料における平均バリアント対立遺伝子頻度によって決定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
前記腫瘍においてＰＤ−Ｌ１発現を検出することをさらに含む、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
肺癌又は膀胱癌を有する患者において抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体治療の有効性を決定する方法であって、
第１時点で前記患者から採取される第１血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、
前記第１血漿試料を採取した後に、前記患者に抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体を投与する工程と、
前記抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体を投与した後に、少なくとも第２の時点で前記患者から採取される少なくとも第２の血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、
前記第１血漿試料及び前記少なくとも第２の血漿試料との、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定する工程と、
を含み、
前記第１血漿試料に対する前記少なくとも第２の血漿試料中のバリアント対立遺伝子頻度の減少によって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療が有効であると同定される、方法。
【請求項２７】
ｃｔＤＮＡにおける前記バリアント対立遺伝子頻度が、前記第１試料及び前記少なくとも第２の試料における総変異数によって決定される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ｃｔＤＮＡにおける前記バリアント対立遺伝子頻度が、前記第１試料及び前記少なくとも第２の試料における平均バリアント対立遺伝子によって決定される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２９】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対して反応性の癌を有する患者を同定する方法であって、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む、１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む、方法。
【請求項３０】
前記癌が、肺癌、膀胱癌、及び頭頚部癌から選択される、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記癌が肺癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
前記癌が肺癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ２及びＮＦＥ２Ｌ２を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
前記肺癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項３１に記載の方法。
【請求項３４】
前記癌が膀胱癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１．を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体がデュルバルマブである、請求項２９に記載の方法。
【請求項３６】
前記ＮＳＣＬＣが、扁平上皮癌、非扁平上皮癌、腺癌、大細胞癌、腺扁平上皮癌及び肉腫様癌からなる群から選択される、請求項３３に記載の方法。
【請求項３７】
癌を有すると同定される患者を治療する方法であって、
第１時点で前記患者から採取される第１血漿試料中の１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、
前記第１血漿試料を採取した後に、前記患者に抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体を投与する工程と、
前記抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体を投与した後に、少なくとも第２時点で前記患者から採取される少なくとも第２の血漿試料中の１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、
前記第１血漿試料及び少なくとも第２の血漿試料との間の、１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定する工程と、
を含み、
前記第１血漿試料に対する前記少なくとも第２の血漿試料中のバリアント対立遺伝子頻度の減少によって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療が有効であると同定され、且つ前記１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーがＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む、方法。
【請求項３８】
前記癌が、肺癌、膀胱癌、及び頭頚部癌から選択される、請求項３７に記載の方法。
【請求項３９】
前記癌が肺癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４０】
前記癌が肺癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ２及びＮＦＥ２Ｌ２を含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記肺癌が非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）である、請求項３９に記載の方法。
【請求項４２】
前記癌が膀胱癌であり、且つ１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおける前記変異が、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１を含む、請求項３８に記載の方法。
【請求項４３】
前記抗ＰＤ−Ｌ１抗体がデュルバルマブである、請求項３７に記載の方法。
【請求項４４】
前記患者が、ＰＤ−Ｌ１を発現する腫瘍を有するとさらに同定される、請求項３７から４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記ＮＳＣＬＣが、扁平上皮癌、非扁平上皮癌、腺癌、大細胞癌、腺扁平上皮癌及び肉腫様癌からなる群から選択される、請求項４１に記載の方法。
【請求項４６】
少なくとも約０．１、約０．３、約１、約３、約１０、又は約１５ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブ又はその抗原結合性断片が投与される、請求項３７から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約１ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約３ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項４６に記載の方法。
【請求項４９】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約１０ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項４６に記載の方法。
【請求項５０】
デュルバルマブ又はその抗原結合性断片約１５ｍｇ／ｋｇが投与される、請求項４６に記載の方法。
【請求項５１】
前記投与が、約１４又は２１日ごとに繰り返される、請求項３７から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５２】
少なくとも２回の用量が投与される、請求項３７から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
少なくとも３回の用量が投与される、請求項３７から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
少なくとも４回の用量が投与される、請求項３７から４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
癌を有する患者を治療する方法であって、
ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む、１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することによって、前記患者が抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対して反応性であるかどうかを同定する工程と、
前記１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーが発現されない場合に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体以外の療法で前記患者を治療する工程と、
を含む方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
癌免疫療法など、一貫した治療法の進歩にもかかわらず、癌は、主要な死因のままである。治療的介入に対する患者の反応の評価は遅く、治療開始から数か月後の腫瘍サイズの変化を測定することにより通常、決定される。癌の診断、予後、及び治療における次世代シーケンシング（ＮＧＳ）の適用によって、疾患状態及び治療上の選択肢の評価をさらに迅速に、患者に特異的に評価することが可能となる。正常な条件下にて、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）は血中に少量でのみ確認可能であるが、消耗性の運動、炎症、又は疾患の発生に応答して、効率的に明らかになるわけではない。例えば、癌細胞由来の循環ＤＮＡは、癌患者におけるｃｆＤＮＡの異なる、且つ測定可能な成分である。ｃｆＤＮＡのこの循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）フラクションは、癌患者を階層化するなど、腫瘍及び癌疾患を分類するのに有用であり得て、有効である可能性が高い療法の施行、並びに臨床上の改善を提供する可能性の低い現行の療法の修正を可能にする。以下に記述されるように、癌を有する対象におけるｃｔＤＮＡの解析によって、既存の技術に対して改善される、癌の診断、予後、及び治療（例えば、療法の奏効性の予測、治療経過の決定）の方法を提供する。
【発明の概要】
【０００２】
本開示内容は、本明細書に開示される１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおいて変異を発現する癌を有すると同定される患者において抗ＰＤ−Ｌ１抗体を有する癌（例えば、非小細胞肺癌などの肺癌、膀胱癌、固形腫瘍等）を治療する方法に関する。本開示内容は、治療的処置に対する、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む癌の奏効性を決定する方法も提供する。抗ＰＤ−Ｌ１抗体を含む療法の候補として、癌患者を同定する方法も提供される。
【０００３】
一態様において、本開示内容は一般に、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＳＭＡＤ４、又はＫＲＡＳを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異を発現する癌を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。一部の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はデュルバルマブである。
【０００４】
一態様において、本開示内容は一般に、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＮＯＴＣＨ１を含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異を発現する肺癌（例えば、非小細胞肺癌）を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はデュルバルマブである。
【０００５】
一態様において、本開示内容は一般に、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＮＯＴＣＨ１を含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異を発現する膀胱癌を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。一部の実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はデュルバルマブである。
【０００６】
他の態様において、本開示内容は一般に、本明細書で開示される１種又は複数種のマーカーを発現する頭頚部癌を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。一部の実施形態において、頭頚部癌は、ＮＦＥ２Ｌ２、ＡＰＣ、及びＰＩＫ３ＣＡを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異を発現する。一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はデュルバルマブである。
【０００７】
一態様において、本開示内容は一般に、本明細書に開示される１種又は複数種のマーカーを発現する固形腫瘍癌（例えば、肉腫、癌腫、及びリンパ腫）を有すると同定される患者に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。一実施形態において、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はデュルバルマブである。
【０００８】
他の態様において、本開示内容は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＮＯＴＣＨ１を含む１種又は複数種のマーカーを発現する非小細胞肺癌腫瘍を有すると同定される患者に、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。
【０００９】
他の態様において、本発明は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１を含む１種又は複数種のマーカーを発現する膀胱癌腫瘍を有すると同定される患者に、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。
【００１０】
他の態様において、本発明は、ＮＦＥ２Ｌ２、ＡＰＣ、及びＰＩＫ３ＣＡのうちの１種又は複数種を発現する頭頚部癌腫瘍を有すると同定される患者に、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片を投与することを含む、治療方法を提供する。
【００１１】
更なる態様において、本発明は、抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の癌を有する対象を同定する方法であって、対象から採取される試料中のＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む方法を提供する。
【００１２】
他の態様において、本明細書における開示内容は、癌を有すると同定された患者を治療する方法であって、第１の時点で患者から採取された第１血漿試料中の１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、第１血漿試料を採取した後に、患者に抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体を投与する工程と、抗ＰＤ−Ｌ１治療抗体の投与後に、少なくとも第２の時点で患者から採取された少なくとも第２の血漿試料中の１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、第１血漿試料と少なくとも第２の血漿試料との間の、１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定する工程であって、第１血漿試料に対する、少なくとも第２の血漿試料におけるバリアント対立遺伝子頻度の減少によって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療が有効であると同定され、且つ１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーが、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む工程と、を含む方法を提供する。
【００１３】
この態様の一部の実施形態において、この方法によって、対象から採取された試料中のＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む、抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性を有する対象が同定される。更なる実施形態において、この方法は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＮＯＴＣＨ１を含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む。また更なる実施形態において、この方法は、ＢＲＣＡ２又はＮＦＥ２Ｌ２を含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む。
【００１４】
この態様の一部の実施形態において、この方法によって、対象から採取された試料中のＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む、抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の膀胱癌を有する対象が同定される。更なる実施形態において、この方法は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１のうちの１つ又は複数を含む、１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む。
【００１５】
この態様の一部の実施形態において、この方法によって、ＮＦＥ２Ｌ２、ＡＰＣ、及びＰＩＫ３ＣＡの１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む、抗ＰＤ−Ｌ１療法に対して反応性の頭頚部癌を有する対象が同定される。
【００１６】
上記の実施形態の一部において、この方法はさらに、腫瘍におけるＰＤ−Ｌ１発現を検出することを含む。
【００１７】
本明細書に記載の開示内容の上記の態様又は他のいずれかの態様の種々の実施形態において、患者は、デュルバルマブに対して反応性であると同定される。本明細書に記載の開示内容のいずれかの態様の一部の実施形態において、患者はさらに、ＰＤ−Ｌ１を発現する腫瘍を有すると同定される。
【００１８】
上記の態様の種々の実施形態において、治療は、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片を少なくとも約０．１、約０．３、約１、約３、約１０、又は約１５ｍｇ／ｋｇ投与することを含み得る。他の実施形態において、少なくとも約１ｍｇ／ｋｇ、３ｍｇ／ｋｇ、１０ｍｇ／ｋｇ、又は１５ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブ又はその抗原結合性断片が投与される。他の実施形態において、投与は、約１４日又は２１日ごとに反復される。他の実施形態において、少なくとも２回用量、３回用量、４回用量、又は５回用量が投与される。
【００１９】
更なる態様において、本開示内容は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対する、対象における癌の奏効性を特徴付ける方法であって、第１の時点で対象から採取された第１血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、少なくとも第２の時点で対象から採取された少なくとも第２の血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、第１の血漿試料と少なくとも第２の血漿試料との、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定する工程であって、第１血漿試料に対する少なくとも第２の血漿試料におけるバリアント対立遺伝子頻度の減少によって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対してその癌が反応性であると特徴付けられる工程と、を含む方法を提供する。
【００２０】
他の態様において、本明細書における開示内容は、癌を有する患者を治療する方法であって、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、又はＫＲＡＳを含む１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することによって、患者が抗ＰＤ−Ｌ１抗体に対して反応性であるかどうかを同定する工程と、１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーが発現しない場合に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体以外の療法で患者を治療する工程と、を含む方法を提供する。
【００２１】
一部の実施形態において、この方法はさらに、第１血漿試料を対象から採取した後に、対象に抗ＰＤ−Ｌ１抗体を投与することを含む。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度が、第１試料と少なくとも第２の試料における総変異数によって決定される。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度は、第１試料及び少なくとも第２の試料におけるバリアント対立遺伝子平均頻度によって決定される。
【００２２】
本明細書における本発明の上記の態様又は他のいずれかの態様の種々の実施形態において、ｃｔＤＮＡマーカーはＮＧＳ技術を用いて検出される。本明細書における本発明の上記の態様又は他のいずれかの態様の種々の実施形態において、ｃｔＤＮＡは、癌患者の血液から採取される。
【００２３】
本明細書に記載の態様の種々の実施形態において、癌は、非小細胞肺癌、扁平上皮癌、非扁平上皮癌、腺癌、大細胞癌、腺扁平上皮癌又は肉腫様癌からなる群から選択される肺癌を含む。
【００２４】
本開示内容によって提供される他の特徴、態様、実施形態、及び利点は、以下の詳細な説明から明らかであるだろう。
【００２５】
定義
別段の指定がない限り、本明細書で使用されるすべての技術的且つ科学的用語は、本発明が属する技術分野の当業者によって一般に理解される意味を有する。以下の参考文献は、本発明で使用される用語の多くの一般的な定義を当業者に提供する：Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（２ｎｄ  ｅｄ．１９９４）；Ｔｈｅ  Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｗａｌｋｅｒ  ｅｄ．，１９８８）；Ｔｈｅ  Ｇｌｏｓｓａｒｙ  ｏｆ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，５ｔｈ  Ｅｄ．，Ｒ．Ｒｉｅｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．（ｅｄｓ．），Ｓｐｒｉｎｇｅｒ  Ｖｅｒｌａｇ（１９９１）；及びＨａｌｅ  ＆  Ｍａｒｈａｍ，Ｔｈｅ  Ｈａｒｐｅｒ  Ｃｏｌｌｉｎｓ  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９１）。本明細書で使用される以下の用語は、別段の指定がない限り、以下の用語に帰する意味を有する。
【００２６】
「抗ＰＤ−Ｌ１抗体」とは、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドに選択的に結合する、抗体又はその抗原結合性断片を意味する。例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、例えば、参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号及び９，４９３，５６５号明細書に記載されている。デュルバルマブは例示的なＰＤ−Ｌ１抗体である。デュルバルマブでの治療の成功後に、患者は疾患のコントロール（ＤＣ）を達成する。疾患コントロールは、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は安定病態（ＳＤ）であることができる。
【００２７】
「完全奏効」（ＣＲ）とは、測定可能であろうとなかろうと、すべての病変の消失、及び新たな病変がないことを意味する。初めて記述した日時から４週間以上の、継続的な反復評価を用いて、確証を得ることができる。新たな測定不可能な病変があれば、ＣＲは除外される。
【００２８】
「部分奏効」（ＰＲ）とは、ベースラインに対して全身腫瘍組織量の５０％以上の減少を意味する。確証は、初めて記述した日時から少なくとも４週間の継続的な反復評価を用いて得られる。
【００２９】
「安定病態」（ＳＤ）とは、ベースラインに対して全身腫瘍組織量の減少５０％を確立することができず、且つナディアに対して２５％の増加を確立することができないことを示す。
【００３０】
「病態進行」（ＰＤ）とは、最小記録（ナディア）に対して２５％以上の全身腫瘍組織量の増加を意味する。最初の記述の日付から少なくとも４週での継続的な反復評価によって確証が得られる。測定不可能な新たな病変はＰＤと定義されない。
【００３１】
「ＡＴＬＡＮＴＩＣ」とは、局所進行又は転移性非小細胞肺癌を有する患者におけるＭＥＤＩ４７３６（デュルバルマブ）の効果を評価する世界的研究（Ｇｌｏｂａｌ  Ｓｔｕｄｙ  ｔｏ  Ａｓｓｅｓｓ  ｔｈｅ  Ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ＭＥＤＩ４７３６）を意味する（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０２０８７４２）。
【００３２】
「ＣＰ１１０８」とは、ＭＥＤＩ４７３６を評価する第１／２相研究（Ｐｈａｓｅ  １／２  Ｓｔｕｄｙ  ｔｏ  Ｅｖａｌｕａｔｅ  ＭＥＤＩ４７３６）を意味する（ＣｌｉｎｉｃａｌＴｒｉａｌｓ．ｇｏｖ識別子：ＮＣＴ０１６９３５６２）。本明細書で使用される、ＣＰ１１０８からのデータは、ＮＳＣＬＣ及び膀胱癌の結果を含む。
【００３３】
「ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド」とは、ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１２５４６３５と少なくとも約８５％、９５％又は１００％のアミノ酸同一性を有し、且つＰＤ−１及びＣＤ８０結合活性を有する、ポリペプチド又はその断片を意味する。
【００３４】
ＰＤ−Ｌ１ポリペプチド配列
ＮＣＢＩ受入番号ＮＰ＿００１２５４６３５
【化１】
2020512340.tif 000003
【００３５】
「ＰＤ−Ｌ１核酸分子」とは、ＰＤ−Ｌ１ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを意味する。例示的なＰＤ−Ｌ１核酸分子配列は、ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００１２６７７０６で提供される。
【００３６】
ＰＤ−Ｌ１核酸配列
ＮＣＢＩ受入番号ＮＭ＿００１２６７７０６  ｍＲＮＡ
【化２】
2020512340.tif 000004
【化３】
2020512340.tif 000005
【００３７】
この開示内容で使用される「抗体」という用語は、免疫グロブリン又はその断片若しくはその誘導体を意味し、生体外で産生されるか、生体内で産生されるかにかかわらず、抗原結合性部位を含むポリペプチドを包含する。この用語は、限定されないが、ポリクローナル、モノクローナル、単一特異的、多特異的、非特異的、ヒト化、単鎖、キメラ、合成、組換え、ハイブリッド、変異、及びグラフト化抗体を含む。「インタクトな抗体」のように「インタクト」という用語で特に修飾されていない場合には、「抗体」という用語は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、ｓｃＦｖ、Ｆｄ、ｄＡｂなどの抗体断片、及び抗原結合性機能を保持する、つまりＰＤ−Ｌ１に特異的に結合する能力を保持する、他の抗体断片も包含する。一般に、かかる断片は、抗原結合性ドメインを含むと考えられる。
【００３８】
「抗原結合性ドメイン」、「抗原結合性断片」、及び「結合性断片」という用語は、抗体と抗原との特異的結合を担うアミノ酸を含む抗体分子の一部を意味する。抗原が大きい場合には、抗原結合性ドメインは、抗原の一部にのみ結合し得る。抗原結合性ドメインとの特異的相互作用を担う抗原分子の一部は、「エピトープ」又は「抗原決定基」と呼ばれる。抗原結合性ドメインは通常、抗体軽鎖可変領域（ＶＬ）及び抗体重鎖可変領域（ＶＨ）を含むが、必ずしも両方を含まなければならないわけではない。例えば、いわゆるＦｄ抗体断片は、ＶＨドメインのみからなるが、インタクトな抗体のいくらかの抗原結合性機能を保持する。
【００３９】
抗体の結合性断片は、組換えＤＮＡ技術によって、又はインタクトな抗体の酵素又は化学切断によって生成される。結合性断片としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、及び単鎖抗体が挙げられる。「二重特異性」又は「二機能性」抗体以外の抗体は、その結合性部位それぞれが同一であると理解される。酵素、パパインでの抗体の消化によって、抗原結合活性はないが、結晶化する能力を有する、「Ｆａｂ」断片、及び「Ｆｃ」断片とも呼ばれる２つの同一の抗原結合性断片が生じる。酵素、ペプシンでの抗体の消化によって、抗体分子の２つのアームが連結された状態のままであり、且つ２つの抗原結合性部位を含む、Ｆ（ａｂ’）２断片が生じる。Ｆ（ａｂ’）２断片は、抗原を架橋する能力を有する。本明細書で使用される場合「Ｆｖ」とは、抗原認識及び抗原結合性部位の両方を保持する、抗体の最小断片を意味する。本明細書で使用される場合「Ｆａｂ」とは、軽鎖の定常ドメインと重鎖のＣＨＩドメインを含む抗体の断片を意味する。
【００４０】
「ｍＡｂ」という用語は、モノクローナル抗体を意味する。本発明の抗体は、限定されないが、天然全抗体、二重特異性抗体；キメラ抗体；Ｆａｂ、Ｆａｂ’、単鎖Ｖ領域断片（ｓｃＦｖ）、融合ポリペプチド、及び特殊な抗体を含む。
【００４１】
「試料」とは、生物に由来するいずれかの組織、細胞、体液、又は他の物質に由来する生体試料を意味する。特定の実施形態において、生体試料は血液又は血漿試料である。
【００４２】
本明細書において使用される「バイオマーカー」又は「マーカー」とは通常、癌と関連する循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を意味する。実施形態において、ｃｔＤＮＡマーカーは、癌（例えば、発癌遺伝子）と関連する遺伝子のバリアント対立遺伝子（変異）を含む。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡマーカーは、対照試料又は参照に存在するレベルに対して、疾患（例えば、肺癌）を有する対象から採取された生体試料中に差次的に存在する。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡマーカーは、疾患の治療中又は治療後に同一対象から採取された試料中に存在するレベルに対して、疾患（例えば、肺癌）の治療前の対象から採取された生体試料中に差次的に存在する。
【００４３】
本明細書に開示される方法は、ｃｔＤＮＡマーカーの検出を含み、且つ特定のマーカー又はセットのマーカーのｃｔＤＮＡカウントの総数の検出、特定のマーカー又はセットのマーカーの平均ｃｔＤＮＡマーカー頻度の変化の検出、或いは特定のｃｔＤＮＡマーカー又はセットのｃｔＤＮＡマーカーの存在の検出を含み得る。したがって、本明細書に開示される態様及び実施形態のいずれかにおいて、１つ以上のｃｔＤＮＡマーカーの存在、数、又は頻度の変化の検出である。
【００４４】
この開示内容において、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含んでいる（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」及び「有する（ｈａｖｉｎｇ）」などは、米国特許法における用語に帰する意味を有し、「包含する（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、「包含している（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」等を意味することができ；同様に、「本質的に〜からなっている（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ  ｏｆ）」又は「本質的に〜からなる（ｃｏｎｓｉｓｔｓ  ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」は、米国特許法において与えられる意味を有し、その用語は、制限がなく、記載されることの基本的又は新規な特徴が、記載されるが、先行技術の実施形態を除外する多くのことが存在することによって変化しない限り、記載されることよりも多くのことが存在することが可能となる。
【００４５】
「検出」とは、本明細書に開示される様々な態様及び実施形態においてｃｔＤＮＡを含む、検出される検体の存在、非存在、又は量を同定することを意味し、本明細書に記述されるように、抗ＰＤ−Ｌ１抗体を用いた治療に対して選択され得る、又は抗ＰＤ−Ｌ１抗体を用いた治療を受けている患者において、ｃｔＤＮＡマーカー（つまり、バリアント／変異対立遺伝子を含むｃｔＤＮＡ）の検出を用いて、バリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）、平均ＶＡＦの変化、総遺伝子変異量（ｔｏｔａｌ  ｍｕｔａｔｉｏｎ  ｂｕｒｄｅｎ）及び／又は新たなドライバーの変異（つまり、増殖の利点を与える遺伝子内の変異）の発生を評価することができる。
【００４６】
本明細書に開示される方法において、ｃｔＤＮＡの検出は、患者に由来する試料で１回、又は複数回の時点で行われ得る。例えば、患者の試料は、治療前（例えば、スクリーニング及び診断中）、処置中（例えば、治療量の投与前又は投与後）、及び／又は治療過程後に採取され得る。
【００４７】
「疾患」とは、細胞、組織、又は臓器の正常な機能を損なう、又は妨げる症状又は障害を意味する。本明細書に開示される態様及び実施形態おいて、疾患は通常、例えば固形腫瘍癌などの癌である。一部の実施形態において、癌としては、肺癌、膀胱癌、及び／又は頭頚部癌が挙げられる。肺癌としては、小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）及び非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）が挙げられる。ＮＳＣＬＣの主な３つのサブタイプ：扁平上皮癌、腺癌、及び大細胞（未分化型）癌腫がある。他のサブタイプとしては、腺扁平上皮癌及び肉腫様癌が挙げられる。特定の態様において、ＮＳＣＬＣは切除不能な、末期（例えば、ステージＩＩＩ）ＮＳＣＬＣである。一部の特定の態様において、これらの患者は、決定的な化学放射線療法の後に進行していない。頭頚部癌としては、喉頭及び下咽頭癌、鼻腔及び副鼻腔癌、鼻咽頭癌、口腔及び中咽頭癌、及び唾液腺癌が挙げられる。膀胱癌としては、尿路上皮癌腫（移行上皮癌腫とも呼ばれる）、扁平上皮癌、腺癌、肉腫、及び小細胞未分化癌が挙げられる。
【００４８】
「単離された」、「精製された」又は「生物学的に純粋な」という用語は、その天然状態で発見される状態でそれを通常伴う成分を、様々な程度まで含有しない物質を意味する。「単離」とは、本来の供給源又は環境からの分離の程度を示す。「精製」とは、単離よりも高い分離の程度を示す。「精製」又は「生物学的に純粋な」タンパク質は、不純物がタンパク質の生物学的性質に実質的に影響を及ぼさないように、又は他の悪い結果を生じないようなように十分に、他の物質を含有しないことを意味する。つまり、細胞物質、ウイルス物質、又は組換えＤＮＡ技術で生成される場合には培地、又は化学的に合成される場合には化学的前駆物質若しくは他の化学物質を実質的に含有しない場合に、核酸又はペプチドは精製されている。純度及び均一性は通常、分析化学技術、例えば、ポリアクリルアミドゲル電気泳動又は高性能液体クロマトグラフィーを用いて決定される。「精製」という用語は、核酸又はタンパク質が、電気泳動ゲル中で本質的に１つのバンドを生じることを意味し得る。修飾、例えばリン酸化又はグリコシル化にかけられるタンパク質では、様々な修飾によって、様々な単離タンパク質が生じ得て、それを別々に精製することができる。
【００４９】
「参照」とは、比較の基準を意味する。
【００５０】
「療法」の文脈における「反応性」とは、治療に対する感受性を意味する。
【００５１】
「特異的に結合する」とは、分子（例えば、ポリペプチド）を認識し、且つ結合するが、試料、例えば生体試料における他の分子を実質的に認識しない、且つ結合しない化合物（例えば、抗体）を意味する。例えば、特異的に結合する２つの分子は、生理学的条件下にて比較的安定な複合体を形成する。特異的結合性は、高い親和性によって、且つ中程度ないし高い能力と共に通常低い親和性を有する非特異的結合性と区別される、低いないし中程度の能力を特徴とする。通常、結合性は、親和定数ＫＡが１０６Ｍ−１より高い、又はさらに好ましくは１０８Ｍ−１よりも高い場合に特異的であるとみなされる。必要であれば、非特異的結合性は、結合条件を変化させることによって、特異的結合性に実質的に影響を及ぼすことなく低減することができる。慣例の技術を用いて当業者によって、適切な結合条件、例えば、抗体の濃度、溶液のイオン強度、温度、結合に許される時間、ブロック剤（例えば、血清アルブミン、ミルクカゼイン）の濃度などを最適化することができる。
【００５２】
「対象」とは、限定されないが、ヒト又は非ヒト哺乳動物、例えばウシ、ウマ、イヌ、ヒツジ、又はネコなどの哺乳動物を意味する。
【００５３】
本明細書で提供される範囲は、その範囲内の値のすべてを含むと理解される。例えば、１〜５０の範囲は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、又は５０からなる群からのいずれかの数、その群からの数の組み合わせ、又はその群からの部分的範囲を包含すると理解される。
【００５４】
本明細書で使用される、「治療する（ｔｒｅａｔ）」、「治療すること（ｔｒｅａｔｉｎｇ）」、「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」等の用語は、障害又は疾患の進行及び／又は障害若しくは疾患と関連する症状を低減する、改善する、又は遅くすることを意味する。除外されないが、障害、疾患、又は症状の治療は、障害、疾患、又は症状若しくはそれに関連する病状が完全に消失することを必要とするものではないことは理解されよう。
【００５５】
文脈で特に指定されるか、又は文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される「又は」という用語は、包含的であると理解される。文脈で特に指定されるか、又は文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される「１つ（ａ）」、「１種（ａｎ）」及び「その（ｔｈｅ）」は、単数又は複数であると理解される。
【００５６】
文脈で特に指定されるか、又は文脈から明らかでない限り、本明細書で使用される「約」という用語は、当技術分野における通常の許容差の範囲内、例えば平均の２標準偏差内であると理解される。約は、指定の値の１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％、０．１％、０．０５％、又は０．０１％以内であると理解することができる。文脈から明らかでない限り、本明細書で示されるすべての数値は、約という用語によって修飾される。
【００５７】
本明細書における変数のいずれかの定義における化学的グループ要素のリストの記載は、挙げられるグループの単一のグループ又は組み合わせとしてその変数の定義を含む。本明細書における変数又は態様の実施形態の記載は、いずれか１つの実施形態として、又は他のいずれかの実施形態又はその一部と併せた、その実施形態を含む。
【００５８】
本明細書で示される組成物又は方法は、本明細書で示される他の組成物及び方法のいずれかのうちの１つ又は複数と組み合わせることができる。
【図面の簡単な説明】
【００５９】
【図１】抗ＰＤ−Ｌ１抗体（デュルバルマブ）で治療する前の、ベースラインでの非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者の血漿試料中で検出されるすべてのｃｔＤＮＡバリアントの一覧を提供する。
【図２】最初の患者スクリーニングの時点でのｃｔＤＮＡの平均バリアント対立遺伝子頻度をプロットする。レスポンダーは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法の後に（「投与後」）、平均ＶＡＦの減少を示し、安定病態を有する患者は一般に、反応性の患者と比べて平均ＶＡＦの減少が少なく、病態進行患者は一般に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後に、平均ＶＡＦの減少を示さない。それぞれのラインは、それぞれの反応グループ（ＰＲ；ＰＤ；又はＳＤ）における患者を表す。
【図３Ａ】療法後の平均ＶＡＦの減少が、ＮＳＣＬＣ患者における全生存期間（ＯＳ）の確率の増加と相関することが実証される。棒グラフにおいて、棒の上の数字は、ＰＲの評価がされたときの時点（週数）である。
【図３Ｂ】平均ＶＡＦの減少を有するＮＳＣＬＣ患者が、平均ＶＡＦの増加を示す患者に対して、長い無増悪生存期間及び全生存期の確率が高いことを示す。
【図４】治療に対して反応性の研究１１０８からのＮＳＣＬＣ患者は、ｃｔＤＮＡ総変異カウントによって実証される全身腫瘍組織量の減少を有するのに対して、安定病態又は進行性病態（ＰＤ／ＳＤ）を有する患者は通常、ｃｔＤＮＡ総変異カウントの増加を示すことが確認される。
【図５】抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後に、ＰＲ、ＳＤ、及びＰＤのＮＳＣＬＣ患者において検出される新たなｃｔＤＮＡ変異のタイプ及びカウント数を同定する。
【図６】抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後の非反応性ＮＳＣＬＣ患者（ＰＤ）において現れる例示的な新たなドライバー変異を例示する。
【図７】抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後のＮＳＣＬＣ患者のベースラインスクリーニングにおいて同定される、ｃｔＤＮＡバリアントＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、及びＫＲＡＳを有する患者の抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する反応率を示す。
【図８】抗ＰＤ−Ｌ１抗体（デュルバルマブ）での治療前に、ベースラインで膀胱癌患者の血漿試料中で検出されるすべてのｃｔＤＮＡバリアントの一覧を示す。非同義バリアント又はコピー数増幅を含有する最も一般的な５つの遺伝子は、ＴＰ５３、ＡＲＩＤ１Ａ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＥＲＢＢ２、及びＴＥＲＴである。
【図９】膀胱癌患者のベースラインスクリーニングにおいて同定されるｃｔＤＮＡバリアントＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、及びＫＲＡＳを有する患者の抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する反応率を示す。
【図１０】最初の膀胱癌患者のスクリーニングの時点でのｃｔＤＮＡの平均バリアント対立遺伝子頻度を同定するプロットである。レスポンダーは抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法（「４回用量」）後に平均ＶＡＦの減少を示し、安定病態を有する患者は一般に、反応性の患者と比べて平均ＶＡＦの減少が小さく、病態進行患者は一般に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法（「４回用量」）後に平均ＶＡＦの減少を示さない。それぞれのラインは、それぞれの反応グループ（ＣＲ／ＰＲ；ＰＤ；又はＳＤ）における患者を表す。
【図１１】平均ＶＡＦの減少を有する膀胱癌患者は一般に、より長い無増悪生存期間及び全生存期間の確率が高いことが分かる。
【図１２】療法後の平均ＶＡＦの減少が、膀胱癌患者における反応性及び安定病態、及び全生存期間（ＯＳ）の増加と相関することが実証されている。棒グラフにおいて、棒の上の数字は、ＰＲの評価がなされたときの時点（週数）である。
【図１３】抗ＰＤ−Ｌ１抗体（デュルバルマブ）での治療のベースライン臨床評価（ＡＴＬＡＮＴＩＣ臨床試験）でのＮＳＣＬＣ癌患者の血漿試料中で検出されるすべてのｃｔＤＮＡバリアントの一覧を示す。最も一般的なバリアントは、ＴＰ５３、ＫＲＡＳ、ＥＧＦＲ、ＡＲＩＤ１Ａ、及びＰＩＫ３ＣＡ（合計８８の試料）である。
【図１４】最初の患者のスクリーニングの時点でのｃｔＤＮＡの平均バリアント対立遺伝子頻度をプロットする。ＡＴＬＡＮＴＩＣ及びＣＰ１１０８の両方からデータが作成された。レスポンダーは抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後（「投与後」）に平均ＶＡＦの減少を示し、安定病態を有する患者は一般に、反応性の患者と比べて平均ＶＡＦの減少が小さく、病態進行患者は一般に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後に平均ＶＡＦの減少を示さない。それぞれのラインは、それぞれの反応グループ（ＣＲ／ＰＲ；ＰＤ；又はＳＤ）における患者を表す。
【図１５】療法後の平均ＶＡＦの減少が、ＮＳＣＬＣ患者における全生存期間（ＯＳ）の確率の増加と相関することが実証されている。ＡＴＬＡＮＴＩＣ及びＣＰ１１０８の両方からデータが作成された。
【図１６】平均ＶＡＦの減少を有するＡＴＬＡＮＴＩＣ患者は一般に、平均ＶＡＦの増加を示す患者と比べて、長い無増悪生存期間及び全生存期間の確率が高いことが分かる。
【図１７】ＮＳＣＬＣ及びＵＢＣ患者の個々の患者反応データを月数で示す。
【図１８】抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後のＮＳＣＬＣ患者における、ｃｔＤＮＡバリアントＮＦＥ２Ｌ２、ＲＥＴ、ＥＧＦＲ、ＭＥＴ、及びＰＩＫ３ＣＡを有する患者の抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する反応率を示す。ＡＴＬＡＮＴＩＣ及びＣＰ１１０８の両方からデータが作成された。
【図１９】抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法後のＮＳＣＬＣ患者における、ｃｔＤＮＡバリアントＮＦＥ２Ｌ２、ＢＲＣＡ２、ＲＥＴ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＯＴＣＨ１、ＥＧＦＲ、及びＫＲＡＳを有する、プールされた患者データからの抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する反応率を示す。
【発明を実施するための形態】
【００６０】
配列
デュルバルマブ軽鎖可変領域アミノ酸配列：配列番号１
デュルバルマブ重鎖可変領域アミノ酸配列：配列番号２
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３のデュルバルマブ重鎖可変領域アミノ酸配列：配列番号：３〜５
ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３のデュルバルマブ軽鎖可変領域アミノ酸配列：配列番号：６〜８
【００６１】
本発明は、循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）における変異（バリアント対立遺伝子頻度、又は「ＶＡＦ」）が、癌（例えば、肺癌、膀胱癌、又は頭頚部癌）を患う患者から採取された試料において検出可能であり、且つｃｔＤＮＡにおけるＶＡＦを使用して、抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に反応する可能性が高い患者を同定することができるという発見に少なくとも一部基づく。本明細書に開示される方法は、次世代シーケンシングによって提供される技術の進歩に影響を及ぼし、且つ抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する癌の奏効性に対して、血漿試料から単離されるｃｔＤＮＡにおける特異的な変異及び／又はｃｔＤＮＡにおいて確認される遺伝子変異量（ｍｕｔａｔｉｏｎａｌ  ｂｕｒｄｅｎ）を関連付ける。本明細書において開示される方法では、腫瘍ＤＮＡの変化及び療法に対するポジティブな臨床的反応の可能性を迅速に評価することができる、比較的非観血的な方法を可能にするｃｔＤＮＡが利用される（例えば、療法前、療法中、及び／又は療法後に、ｃｔＤＮＡの遺伝子変異量を比較する）。かかる方法は、個々の組織及び／又は腫瘍試料に適用される生検又は免疫組織化学的技術に依存しないことから、ｃｔＤＮＡを利用する方法は、患者のすべての腫瘍病変並びに腫瘍異質性の代表的な説明を提供する。本明細書に開示される方法は、治療に対する治療反応、癌の変異状態のより効率的且つ迅速なモニタリング、並びに疾患の再発に伴う一般的ないずれかの臨床症状発現前に分子耐性（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）の発生を可能にする、繰り返しのサンプリングを提供する。
【００６２】
したがって種々の態様において、ｃｔＤＮＡマーカーの検出を含む、開示される方法は、遺伝子変異量の測定を提供し、療法前又は療法中のポジティブな臨床反応を予測することができる特異的なｃｔＤＮＡ変異を同定することを可能にし、現行の療法に対する奏効性の兆候が認められない場合に、療法を修正することも可能となる。
【００６３】
一態様において、本開示内容は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、及び／又はＫＲＡＳのうちの１種又は複数種における変異を含むｃｔＤＮＡマーカーを検出することによって同定される、患者における抗ＰＤ−Ｌ１抗体での癌の治療方法を提供する。
【００６４】
この態様の一部の実施形態において、本開示内容は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、及び／又はＫＲＡＳのうちの１種又は複数種における変異を含むｃｔＤＮＡマーカーを検出することによって同定される、患者における抗ＰＤ−Ｌ１抗体での肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）の治療方法を提供する。更なる実施形態において、患者における肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）を治療する方法は、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、及びＮＯＴＣＨ１のうちの１種又は複数種における変異を含むｃｔＤＮＡマーカーを検出することによって患者を同定することを含む。
【００６５】
この態様の一部の実施形態において、本開示内容は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、及び／又はＫＲＡＳのうちの１種又は複数種における変異を含むｃｔＤＮＡマーカーを検出することによって同定される、患者における抗ＰＤ−Ｌ１抗体での膀胱癌の治療方法を提供する。更なる実施形態において、患者における膀胱癌を治療する方法は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１のうちの１種又は複数種における変異を含むｃｔＤＮＡマーカーを検出することによって患者を同定することを含む。
【００６６】
一部の実施形態において、本開示内容は、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、及び／又はＫＲＡＳのうちの１種又は複数種における変異を含むｃｔＤＮＡマーカーを検出することによって同定される患者における抗ＰＤ−Ｌ１抗体での頭頚部癌の治療方法を提供する。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡマーカーは、ＮＦＥ２Ｌ２、ＡＰＣ、又はＰＩＫ３ＣＡを含む。
【００６７】
上記の態様及び実施形態において、この方法は、ＰＤ−Ｌ１バイオマーカーの検出と併せて行われ得る。
【００６８】
上記に開示される方法は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に対して反応性の癌を有する患者を同定することを含む。したがって、本開示内容は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体に反応性の癌を有する対象を同定する方法であって、本明細書及び上記の態様及び実施形態に記載の１種又は複数種の循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）マーカーにおける変異の発現を検出することを含む方法を包含する態様及び実施形態を提供する。
【００６９】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する奏効性の特徴付け
更なる態様において、本開示内容は、肺癌又は膀胱癌などの対象における癌の抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対する奏効性を特徴付ける方法であって、第１時点で対象から採取した第１血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、少なくとも第２の時点で対象から採取したｃｔＤＮＡを含む少なくとも第２の血漿試料中のｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度を検出する工程と、第１血漿試料と少なくとも第２の血漿試料との間の、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度の差を決定する工程と、を含む方法を提供する。
【００７０】
この態様の一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度は、第１及び第２試料における総変異数によって決定することができる。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡにおけるバリアント対立遺伝子頻度は、第１及び第２試料における平均バリアント対立遺伝子頻度を用いて決定することができる。
【００７１】
奏効性を特徴付ける方法は、第１及び第２試料中で検出されるｃｔＤＮＡマーカーにおける総遺伝子変異量の差に基づく。一部の実施形態において、ｃｔＤＮＡマーカーは、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、及び／又はＫＲＡＳのうちの１種又は複数種における変異の差を含み得る。更なる実施形態において、この方法は、生体試料（例えば、腫瘍試料）の１種又は複数種のタイプで測定される、ＰＤ−Ｌ１の検出と任意選択に併せて、バリアント対立遺伝子頻度の差の検出を含み得る。
【００７２】
実施形態において、この方法は、第１試料と比較した場合に、少なくとも第２の試料におけるバリアント対立遺伝子頻度の減少を決定することによって、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療に対して反応性の対象を同定する。一部の実施形態において、この方法では、第１試料中のｃｔＤＮＡにおける総変異数に対して、少なくとも第２の試料中のｃｔＤＮＡにおける総変異数が少ないと検出された場合に、対象が反応性であると同定される。一部の実施形態において、この方法では、第１試料中のｃｔＤＮＡにおける平均バリアント対立遺伝子頻度に対して、少なくとも第２の試料中のｃｔＤＮＡにおける平均バリアント対立遺伝子頻度が低いと検出された場合に、対象が反応性であると同定される。
【００７３】
本明細書に例示される、例えば、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、及び／又はＫＲＡＳなどのｃｔＤＮＡマーカーは、当技術分野で公知のいずれかの次世代シーケンシング技術を用いて検出することができる。
【００７４】
治療方法の選択
例えば、肺癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）、膀胱癌、又は頭頚部癌などの癌に罹患している対象は、治療方法を選択する過程で、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、及び／又はＫＲＡＳのうちの１種又は複数種のｃｔＤＮＡの変異に関して、任意にＰＤ−Ｌ１ポリヌクレオチド又はポリペプチド発現に関してスクリーニングされ得る。一部の実施形態において、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＰＩＫ３ＣＡ、及び／又はＮＯＴＣＨ１  ｃｔＤＮＡのうちの１種又は複数種の変異を有するＮＳＣＬＣに罹患している対象は、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対してレスポンダーである可能性が高いと同定され得る。一部の実施形態において、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＡＰＣ、ＰＩＫ３ＣＡ、又はＮＯＴＣＨ１  ｃｔＤＮＡの変異を有する膀胱癌に罹患している対象は、抗ＰＤ−Ｌ１治療に対してレスポンダーである可能性が高いと同定され得る。
【００７５】
Ｂ７−Ｈ１／ＰＤ−Ｌ１
ＰＤ−Ｌ１としても知られるＢ７−Ｈ１は、サイズ約５３ｋＤａのＩ型膜貫通タンパク質である。ヒトにおいて、Ｂ７−Ｈ１は、活性化及びアレルギー性／消耗されたＴ細胞などの多くの免疫細胞タイプ上で、未処置及び活性化Ｂ細胞上並びに骨髄性樹状細胞（ＤＣ）、単球及びマスト細胞上でも発現される。それは、膵島、肝臓のクッパー細胞、血管内皮及び選択された上皮、例えば気道上皮及び細管上皮などの非免疫細胞上でも発現され、その発現は、炎症エピソード中に高められる。Ｂ７−Ｈ１発現はまた、限定されないが、乳癌、結腸癌、結腸直腸癌、肺癌、腎細胞癌などの腎臓癌、胃癌、膀胱癌、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）、肝細胞癌（ＨＣＣ）、及び膵臓癌並びに黒色腫などの多くの腫瘍で高いレベルで見られる。
【００７６】
Ｂ７−Ｈ１は、３つの代替のリガンドを結合することが知られており、これらの第１のリガンド、ＰＤ−１は、活性化誘導アポトーシスを受けるＴ細胞系で最初に同定された５０〜５５ｋＤａのＩ型膜貫通型受容体である。ＰＤ−１は、活性化Ｔ細胞、Ｂ細胞、及び単球、並びに免疫システムの他の細胞上で発現され、Ｂ７−Ｈ１（ＰＤ−Ｌ１）と関連するＢ７−ＤＣ（ＰＤ−Ｌ２）のどちらにも結合する。第２のリガンドは、活性化Ｔ細胞、Ｂ細胞、単球及び抗原提示細胞上で発現されるＢ７ファミリーメンバーＢ７−１である。
【００７７】
ＰＤ−１／Ｂ７−Ｈ１軸を介したシグナル伝達は、Ｔ細胞応答をネガティブに調節することによって、免疫システム内で重要な非重複性機能を果たすと考えられている。腫瘍細胞上でのＢ７−Ｈ１発現は、免疫システムによる検出及び排除を腫瘍が回避するのを助けると考えられる。Ｂ７−Ｈ１は、この点で、消耗の推進及び腫瘍浸潤リンパ球のアネルギー、免疫抑制サイトカインの腫瘍微小環境への分泌の刺激、抑制性調節性Ｔ細胞機能の刺激及び腫瘍細胞特異的な細胞毒性Ｔ細胞による溶解からのＢ７−Ｈ１発現性腫瘍細胞の保護など、いくつかの代替メカニズムを介して機能する。
【００７８】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体
特異的に結合し、且つＰＤ−Ｌ１活性（例えば、ＰＤ−１及び／又はＣＤ８０に対する結合性）を抑制する抗体は、肺癌（例えば、非小細胞肺癌）に有用である。
【００７９】
デュルバルマブは、例示的な抗ＰＤ−Ｌ１抗体であり、Ｂ７−Ｈに対して選択的であり、且つＰＤ−１及びＣＤ８０受容体へのＢ７−Ｈ１の結合をブロックする。デュルバルマブは、生体外でのヒトＴ細胞活性化のＢ７−Ｈ１仲介抑制を軽減し得て、Ｔ細胞依存性メカニズムを介して異種移植モデルにおける腫瘍成長を阻害する。使用することができる他の作用物質（ａｇｅｎｔ）としては、ＰＤ−Ｌ１及び／又はＰＤ−１を阻害する作用物質が挙げられる（ＡＢ又は他のもの）。
【００８０】
本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブ（又はその断片）に関する情報は、その開示内容全体が参照により本明細書に組み込まれる、国際公開第２０１１／０６６３８９Ａ１号パンフレットに記載されている。デュルバルマブの断片結晶性（Ｆｃ）ドメインは、補体成分Ｃ１ｑへの、且つ抗体依存性細胞介在性細胞障害（ＡＤＣＣ）を担うＦｃγ受容体への結合を低減する、ＩｇＧ１重鎖の定常ドメインにおいて三重変異（ｔｒｉｐｌｅ  ｍｕｔａｔｉｏｎ）を含有する。
【００８１】
本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブ及びその抗原結合性断片は、重鎖及び軽鎖、又は重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含む。具体的な態様において、本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、配列番号１のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域と、配列番号２のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域とを含む。具体的な態様において、本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含み、その重鎖可変領域は、配列番号３〜５のＫａｂａｔ定義ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列を含み、且つ軽鎖可変領域は、配列番号６〜８のＫａｂａｔ定義ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、及びＣＤＲ３配列を含む。当業者であれば、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、Ａｂｍ定義、又は当業者に公知の他のＣＤＲ定義を容易に同定することができるだろう。具体的な態様において、本明細書に示す方法で使用されるデュルバルマブ及びその抗原結合性断片は、本明細書に組み込まれる、米国特許第８，７７９，１０８号明細書、米国特許第９，４９３，５６５号明細書及び国際公開第２０１１／０６６３８９Ａ１号パンフレットに開示される、２．１４Ｈ９ＯＰＴ抗体の可変重鎖及び可変軽鎖ＣＤＲ配列を含む。
【００８２】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療
抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対してレスポンダーある可能性が高いと同定される患者に、デュルバルマブなどの抗ＰＤ−Ｌ１抗体又はその抗原結合性断片が投与される。デュルバルマブ又はその抗原結合性断片は１度だけ、又は少ない頻度で投与することができるが、それでも患者に利益を与える。更なる態様において、患者は、追加の後続（ｆｏｌｌｏｗ−ｏｎ）用量が投与される。後続用量は、患者の年齢、体重、臨床評価、全身腫瘍組織量及び／又は主治医の判断などの他の因子に応じて様々な時間間隔で投与され得る。
【００８３】
一部の実施形態において、デュルバルマブ、又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与される。一部の実施形態において、少なくとも３回用量、少なくとも４回用量、少なくとも５回用量、少なくとも６回用量、少なくとも７回用量、少なくとも８回用量、少なくとも９回用量、少なくとも１０回用量、又は少なくとも１５回用量以上が患者に投与され得る。一部の実施形態において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片が、２週間の治療期間にわたって、４週間の治療期間にわたって、６週間の治療期間にわたって、８週間の治療期間にわたって、１２週間の治療期間にわたって、２４週間の治療期間にわたって、又は１年以上の治療期間にわたって投与される。一部の実施形態において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、３週間の治療期間にわたって、６週間の治療期間にわたって、９週間の治療期間にわたって、９週間の治療期間にわたって、１２週間の治療期間にわたって、２４週間の治療期間にわたって、又は１年以上の治療期間にわたって投与される。一部の実施形態において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、２か月間の治療期間にわたって、４か月間の治療期間にわたって、又は６か月間以上の治療期間にわたって（例えば、維持段階の間）、投与される。
【００８４】
患者に投与されるべきデュルバルマブ、又はその抗原結合性断片の量は、患者の年齢、体重、臨床評価、全身腫瘍組織量及び／又は主治医の判断などの様々なパラメーターに応じて異なる。
【００８５】
特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の１回又は複数回用量が患者に投与され、その用量は約０．１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の１回又は複数回用量が患者に投与され、その用量は約０．３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の１回又は複数回用量が患者に投与され、その用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の１回又は複数回用量が患者に投与され、その用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の１回又は複数回用量が患者に投与され、その用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の１回又は複数回用量が患者に投与され、その用量は約１５ｍｇ／ｋｇである。
【００８６】
特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与され、その用量は約０．１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与され、その用量は約０．３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与され、その用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与され、その用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与され、その用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも２回用量が患者に投与され、その用量は約１５ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、その少なくとも２回用量は、約２週あけて投与される。一部の実施形態において、その少なくとも２回用量は、約３週あけて投与される。
【００８７】
特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも３回用量が患者に投与され、その用量は約０．１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも３回用量が患者に投与され、その用量は約０．３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも３回用量が患者に投与され、その用量は約１ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも３回用量が患者に投与され、その用量は約３ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも３回用量が患者に投与され、その用量は約１０ｍｇ／ｋｇである。特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の少なくとも３回用量が患者に投与され、その用量は約１５ｍｇ／ｋｇである。一部の実施形態において、その少なくとも３回用量は、約２週あけて投与される。一部の実施形態において、その少なくとも３回用量は、約３週あけて投与される。
【００８８】
特定の態様において、本明細書において提供される方法による、デュルバルマブ、又はその抗原結合性断片の投与は、非経口投与による。例えば、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、静脈内注入によって、又は皮下注射によって投与され得る。一部の実施形態において、投与は静脈内注入による。
【００８９】
特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、追加の癌療法と併用して、又は組み合わせて、本明細書に提供される方法に従って投与される。かかる療法としては、限定されないが、ベムラフェニブ、エルロチニブ、アファチニブ、セツキシマブ、カルボプラチン、ベバシズマブ、エルロチニブ、又はペメトレキセドなどの化学療法薬、又は他の化学療法薬、それに加えて、放射線、又は他の抗癌治療が挙げられる。
【００９０】
本明細書で提供される方法は、腫瘍サイズを低減し、腫瘍成長を遅らせるか、又は定常状態を維持することができる。特定の態様において、腫瘍サイズの低減は、適切な統計的解析に基づいて有意であり得る。腫瘍サイズの低減は、期待される腫瘍サイズに対する、患者の大きな母集団に基づく期待される腫瘍サイズ、又はコントロール集団の腫瘍サイズに対する、ベースラインでの患者の腫瘍サイズと比較することによって測定することができる。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、腫瘍サイズを少なくとも２５％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、最初の治療の約６週間以内に腫瘍サイズを少なくとも２５％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、腫瘍サイズを少なくとも５０％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、最初の治療の約１０週間以内に腫瘍サイズを少なくとも５０％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、腫瘍サイズを少なくとも７５％低減し得る。本明細書で提供される特定の態様において、本明細書で提供される特定の態様において、デュルバルマブの投与は、最初の治療の約１０週間以内に腫瘍サイズを少なくとも７５％低減し得る。
【００９１】
特定の態様において、本明細書で提供される方法の使用、つまりデュルバルマブ、又はその抗原結合性断片の投与によって、最初の治療の６週間以内、７週間以内、８週間以内、９週間以内、１０週間、１２週間以内、１６週間以内、２０週間以内、２４週間以内、２８週間以内、３２週間以内、３６週間以内、４０週間以内、４４週間以内、４８週間以内、又は５２週間以内に腫瘍サイズが低減され得る。
【００９２】
一部の実施形態において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片１ｍｇ／ｋｇ（例えば、２週毎又は３週毎に、少なくとも１回用量、少なくとも２回用量、少なくとも３回用量、少なくとも４回用量、少なくとも５回用量、少なくとも６回用量、少なくとも７回用量、少なくとも８回用量、少なくとも９回用量、少なくとも１０回用量、又はそれ以上の用量）の投与は、腫瘍サイズを低減するのに十分であることができる。しかしながら、本明細書において提供されるように、より多い用量を投与して、例えば、有効性、必要な用量の回数、又は特定の薬物動態学的パラメーターを最適化することもできる。
【００９３】
本明細書で提供される方法は、腫瘍成長を低減するか、又は遅らせることができる。一部の態様において、その低減又は遅延は統計学的に有意であり得る。腫瘍成長の低減は、大きな患者集団をベースとする期待される腫瘍成長に対して、又は対照集団の腫瘍成長に対して、ベースラインでの患者の腫瘍の成長を比較することによって測定することができる。
【００９４】
特定の態様において、患者は疾患コントロール（ＤＣ）を達成する。疾患コントロールは、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は安定病態（ＳＤ）であり得る。
【００９５】
特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の投与は、無増悪生存期間（ＰＦＳ）を延ばし得る。
【００９６】
特定の態様において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の投与は、全生存期間（ＯＳ）を延ばし得る。
【００９７】
本明細書で提供される方法に従って、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片を投与した結果、望ましい薬物動態学的パラメーターが得られる。「曲線下面積」（ＡＵＣ）を用いて、総薬物曝露を推定することができる。「ＡＵＣ」（ｔａｕ）とは、投与期間の最後までのＡＵＣを意味し、「ＡＵＣ」（ｉｎｆ）とは、無限の時間までのＡＵＣを意味する。投与によって、約１００〜約２，５００ｄ・μｇ／ｍＬのＡＵＣ（ｔａｕ）となり得る。投与によって、約１５〜約３５０μｇ／ｍＬの最大測定濃度（Ｃｍａｘ）が得られる。デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の半減期は約５〜約２５日であり得る。さらに、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片のクリアランスは約１〜１０ｍｌ／日／ｋｇであり得る。
【００９８】
本明細書に提供される、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片は、遊離Ｂ７−Ｈ１レベルも低減し得る。遊離Ｂ７−Ｈ１とは、結合していない（例えば、デュルバルマブによって）Ｂ７−Ｈ１を意味する。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは、少なくとも８０％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは少なくとも９０％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは少なくとも９５％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは少なくとも９９％低減される。一部の実施形態において、Ｂ７−Ｈ１レベルは、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の投与の後に、排除される。一部の実施形態において、デュルバルマブ又はその抗原結合性断片の投与によって、例えばデュルバルマブ又はその抗原結合性断片の投与前のＢ７−Ｈ１レベルの増加率と比較して、Ｂ７−Ｈ１レベルの増加率が低減される。
【００９９】
特定の態様において、本明細書に開示される１種又は複数種のｃｔＤＮＡマーカーが発現されない場合には、癌を有する患者は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体以外の療法で治療することができる。これらの療法は、例えば、免疫チェックポイント阻害剤、化学療法、放射線治療、免疫システムアゴニスト、ＤＮＡ損傷応答（ＤＤＲ）阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、腫瘍崩壊性ウイルス、癌ワクチン、アデノシン産生阻害剤、又は抗体−薬物コンジュゲートであり得る。
【０１００】
本明細書に開示される方法の実施では、別段の指定がない限り、当業者の認識範囲内に十分にある、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の従来の技術が用いられる。かかる技術は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ  ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，１９８９）；Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｇａｉｔ，１９８４）；Ａｎｉｍａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，１９８７）；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｗｅｉｒ，１９９６）；Ｇｅｎｅ  Ｔｒａｎｓｆｅｒ  Ｖｅｃｔｏｒｓ  ｆｏｒ  Ｍａｍｍａｌｉａｎ  Ｃｅｌｌｓ（Ｍｉｌｌｅｒ  ａｎｄ  Ｃａｌｏｓ，１９８７）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｕｓｕｂｅｌ，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ  Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｃｈａｉｎ  Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ，１９９４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｃｏｌｉｇａｎ，１９９１）などの文献に完全に説明されている。
【０１０１】
以下の実施例は、上述の態様及び実施形態の一部の例証を提供し、請求項に記載の発明の範囲を制限することを意図するものではない。
【実施例】
【０１０２】
材料及び方法
患者試料。進行固形腫瘍を有する対象における抗ＰＤ−Ｌ１抗体（デュルバルマブ）の安全性、耐性、及び薬物動態学を評価する第１／２相臨床試験に参加した患者から、血漿試料を採取した。療法（１０．０ｍｇ／ｋｇにてデュルバルマブ）前の患者のスクリーニング中、及び第４回目の治療的投与（６週目での投与）後の再度８週目の時点で、肺癌（非小細胞肺癌）を有する患者２８名及び膀胱癌を有する患者２９名からの血漿試料を採取した。
【０１０３】
ｃｔＤＮＡアッセイ／ＮＧＳ。Ｇｕａｒｄａｎｔ３６０遺伝子パネル（Ｇｕａｒｄａｎｔ  Ｈｅａｌｔｈ，Ｉｎｃ．，Ｒｅｄｗｏｏｄ  Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて、ｃｔＤＮＡの次世代シーケンシング及び検出を実施した。そのパネルは、７３の遺伝子を含み、検出されるＳＮＶ、インデル、及び融合それぞれの変異対立遺伝子頻度、並びに検出された増幅のコピー数を提供する。
【０１０４】
実施例１：反応性ＮＳＣＬＣ患者で確認されるｃｔＤＮＡ平均バリアント対立遺伝子頻度の減少
患者試料の分析から、血漿から単離される無細胞ＤＮＡにおいてｃｔＤＮＡが検出可能であることが確認される。スクリーニング中の患者１１６名から採取された試料の分析から、試料の９６％（１１１／１１６）においてバリアントが同定され、いくつかの頻繁に確認されたバリアントは、ＴＰ５３（試料の６９％）、ＰＩＫ３ＣＡ（試料の２９％）、ＥＧＦＲ（試料の２８％）、ＫＲＡＳ（試料の２４％）、及びＣＤＫＮ２Ａ（試料の１６％）を含む。図１参照。
【０１０５】
療法過程中の平均バリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）の変化は、疾患の進行に相関する。反応性患者（ＰＲ）は、４回投与／治療後にｃｔＤＮＡＶＡＦの有意な減少（−１．６％，ｐ＝０．００８）を有するのに対して、非レスポンダーは、平均ＶＡＦの確認可能な増加（＋１．４％，ｐ＝０．０５）を有する。スクリーニングにて対立遺伝子頻度０．３％以上のＳＮＶ及びインデルを含み、且つデュルバルマブ投与から６週間後に平均ＶＡＦの減少又は増加を示す患者のＰＦＳ確率及びＯＳ確率を示す。図２を参照のこと。療法開始から６週間後と早い時期に確認される平均ＶＡＦの減少から、デュルバルマブを含む治療でＰＦＳ及びＯＳが長くなると予測され得ることがこのデータから示されている。
【０１０６】
図３Ａにおいて、平均ＶＡＦの変化の関数として、患者の反応をプロットし、ＶＡＦはすべてのレスポンダー患者において、且つＳＤ患者の６７％（４／６）において減少することが示されている。図３Ｂから、平均ＶＡＦの減少を有するＮＳＣＬＣ患者は一般に、平均ＶＡＦの増加を示す患者と比べて、長い無増悪生存期間及び全生存期間の可能性が高いことが分かる。
【０１０７】
抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法（デュルバルマブ）を評価する第２ＮＳＣＬＣ臨床試験（ＡＴＬＡＮＴＩＣ）における患者試料の分析から、血漿から単離される無細胞ＤＮＡにおいて、ｃｔＤＮＡが高いパーセンテージの患者で検出可能であることが確認される。スクリーニング中の患者８８名から採取された試料の分析から、試料の９４％（８３／８８）においてバリアントが同定され、前に確認されたいくつかのバリアント、及び新たに頻繁に確認されたバリアントは、ＴＰ５３（試料の７２％）、ＰＩＫＣＡ（試料の１６％）、ＥＧＦＲ（試料の２２％）、ＫＲＡＳ（試料の２７％）、及びＡＲＩＤ１Ａ（試料の１６％）を含む。図１３参照。
【０１０８】
両方のＮＳＬＣ研究で確認されるように、療法過程中の平均バリアント対立遺伝子頻度（ＶＡＦ）の変化は、疾患の進行に相関する。反応性患者（ＰＲ）は、４回投与／治療後にｃｔＤＮＡ  ＶＡＦの有意な減少（−４．０７％，ｐ＝０．０００９）を有するのに対して、安定病態（ＳＤ）の患者は、ｃｔＤＮＡ  ＶＡＦの減少が小さく（−１．０６，ｐ＝０．２）、非レスポンダーは平均ＶＡＦの確認可能な増加（＋１．３７％，ｐ＝０．３）を有する。図１４参照。図１５において、平均ＶＡＦの変化の関数として、患者の反応をプロットし、ＶＡＦはすべてのレスポンダー患者において、且つＳＤ患者の６４％（１４／２２）において減少することが示されている。図１６は、デュルバルマブ投与から６週間後の平均ＶＡＦの減少又は増加を示す患者のＰＦＳ確率及びＯＳ確率を示す。研究ＣＰ１１０８から分かるように、療法開始から６週間後と早い時期に確認される平均ＶＡＦの減少から、デュルバルマブを含む治療でＰＦＳ及びＯＳが長くなると予測され得ることが、これらのデータから示されている。肺癌及び膀胱癌患者の個々の患者の反応は図１７に示す。
【０１０９】
実施例２：反応性のＮＳＣＬＣ患者において確認されるｃｔＤＮＡ遺伝子変異量の減少
実施例１に記述される平均ＶＡＦの減少に加えて、反応性患者（ＰＲ）は、非反応性（ＰＤ／ＳＤ）患者（平均差＋１．６，ｐ＝０．０３６，ｃｉ（９５％）＝０．１，３．１）と比べた場合に、治療から８週間後に総変異数によって決定される遺伝子変異量の有意な減少（平均差−５．３，ｐ＝０．０３７，及びｃｉ（９５％）＝−１０．２，−０．４）を示す。スクリーニングでの総変異数（投与前）及び６週時点で４回用量を投与された後の総変異数（投与後）をプロットした図４を参照のこと。
【０１１０】
実施例３：進行性ＮＳＣＬＣを有する患者に伴う新たなｃｔＤＮＡ変異
ＳＤと分類される患者５７％及びＰＲと分類される患者５６％と比較して、８週間（４回用量）後のＰＤ患者の１００％において新たなｃｔＤＮＡ変異が検出される。図５参照。ＰＲ患者（５／９）で検出される新たな変異は、ＮＳＣＬＣに一般的なドライバー変異を含まないが、ＮＳＣＬＣに一般的なドライバー変異は、ＰＤ患者の４２％（５／１２）及びＳＤ患者の１４％（１／７）に検出された。したがって、療法過程中に、スクリーンに存在しない変異の検出は、非レスポンダー（ＰＤ）患者と関連する可能性が高い。図６は、非レスポンダー患者２名に現れた新たなドライバー変異の例（ＥＧＦＲ、ＴＰ５３（Ｓ２１５Ｒ）、及びＡＬＫ（Ｍ１３０２Ｔ）；及びＴＰ５３（ｐ．Ｇｌｎ３７５ｆｓ）、ＫＲＡＳ（Ｇ１２Ｃ）、及びＴＰ５３（Ｔ１２５Ｔ））を提供する。
【０１１１】
データをさらに分析すると、ベースライン（スクリーン）で検出することができる、ＢＲＣＡ１、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、ＳＭＡＤ４、及びＫＲＡＳなどのいくつかのｃｔＤＮＡバリアントは、レスポンダーと関連し、且つ抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法（例えば、デュルバルマブ）の良い候補として患者に予後及び層化を早期に提供するのに有用であり得ることが同定された。表１ａから、バリアントがＯＲＲの増加を示すこと、ＢＲＣＡ２及びＮＦＥ２Ｌ２がＰＦＳ中央値の向上に関連し得ること、且つＰＩＫ３ＣＡを除くすべての変異が、ＯＳの向上と関連し得ることが同定される。図７も参照のこと。ＢＲＣＡ２（ＯＲ，１８．４；Ｐ値０．００２）；ＰＩＫ３ＣＡ（ＯＲ，５．５；Ｐ値０．００４）；ＮＦＥ２Ｌ２（ＯＲ，１２．２；Ｐ値０．００４）；ＮＯＴＣＨ１（ＯＲ，６．３；Ｐ値０．０４０）；ＳＭＡＤ４（ＯＲ，５．２；Ｐ値０．１１５；ＫＲＡＳ（ＯＲ，０．９；Ｐ値１．０００）；図１８．ＮＦＥ２Ｌ２（反応１００％，Ｐ値０．０７１）；ＲＥＴ（反応１００％，Ｐ値０．０７１）；ＥＧＦＲ（反応０．３，Ｐ値０．１３５）；ＭＥＴ（反応０．２７，Ｐ値０．２７２）；ＰＩＫ３ＣＡ（反応１．８６，Ｐ値０．３２５）。ＢＲＣＡ１／２、ＮＦＥ２Ｌ２、ＮＯＴＣＨ１、及びＰＩＫ３ＣＡ変異は特に、抗ＰＤ−Ｌ１抗体治療的介入前にレスポンダーの中でより一般的に同定され得る。
【０１１２】
【表１】
2020512340.tif 000006
【０１１３】
【表２】
2020512340.tif 000007
【０１１４】
実施例４：反応性の膀胱癌患者において確認されたｃｔＤＮＡ平均バリアント対立遺伝子頻度の減少
スクリーニング中の患者３３名から採取された試料の分析から、試料の９４％（３１／３３）においてバリアントが同定され、いくつかの頻繁に確認されるバリアントは、ＴＰ５３（試料の７３％）、ＡＲＩＤ１Ａ（試料の５５％）、ＰＩＫ３ＣＡ（試料の３９％）、ＥＲＢＢ２（試料の３３％）、及びＴＥＲＴ（試料の３３％）、及びＣＤＫＮ２Ａ（試料の１６％）を含む。図８を参照。ＮＳＣＬＣ反応と相関する変異を有するいくつかの遺伝子は、膀胱癌患者においても同定され、ＮＯＴＣＨ１が、反応率の増加と関連している可能性がある（図９）。
【０１１５】
ＮＳＣＬＣ患者における反応と関連するデータで確認されるように、療法過程全体にわたる平均ＶＡＦの変化は、膀胱癌の増悪と相関する。反応性の患者（ＣＲ／ＰＲ）は、４回投与／治療後にｃｔＤＮＡＶＡＦの有意な減少（−２．３６％，ｐ＝０．０２）を有するのに対して、非レスポンダー（ＰＤ）は、平均ＶＡＦの確認可能な増加（＋２．６９％，ｐ＝０．３１）を有する。表１０参照。特に、ＰＦＳ及びＯＳ確率の向上は、図１１に示すようにデュルバルマブの投与後の平均ＶＡＦの減少と強く関連付けられた。図１２では、平均ＶＡＦの変化の関数として患者の反応をプロットし、１名を除くすべてのレスポンダー（ＰＲ／ＣＲ）患者及びすべてのＳＤ患者においてＶＡＦが減少したことが示される。
【０１１６】
反応と最も頻繁に関連付けられるスクリーニング変異を同定するためのデータのプール
記述される臨床試験からの変異データのプールによって、投与前のサンプリングで検出された上位１５の変異の同定が可能となり、扁平上皮及び非扁平上皮癌腫に対する反応と関連付けられた。表２ａには、遺伝子をまとめ、表２ｂでは、ベネフィット有する可能性のある変異並びに耐性変異（レスポンダー及び非レスポンダーにおけるＥＧＦＲ又はＳＴＫ１１）が同定される。図１９は、選択された数の同定バリアントのヒストグラムを提供し、喫煙者として分類され、且つ扁平上皮癌を有する患者の％が同定される（患者合計人数１９４名）。
【０１１７】
【表３】
2020512340.tif 000008
【０１１８】
【表４】
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【０１１９】
上記の実施例から、ｃｔＤＮＡの検出を含む方法は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法に対して反応性であり得る癌の診断、予後、及び治療と関連する特定のｃｔＤＮＡ変異を同定することができることが例示されている。したがって、この方法は、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法からベネフィットが得られる患者の同定及び層化を提供する。ＮＯＴＣＨ１、ＢＲＣＡ２、ＢＲＣＡ２、ＰＩＫ３ＣＡ、及びＮＦＥ２Ｌ２などのｃｔＤＮＡマーカーにおけるいくつかの変異は、肺癌又は膀胱癌に罹患している対象の最初のスクリーニングで同定することができ、抗ＰＤ−Ｌ１抗体での治療に対してレスポンダーである可能性があると、その対象を同定することができる。
【０１２０】
さらに、療法中又は療法終了時にｃｔＤＮＡ総変異量の減少又は平均ＶＡＦの減少が療法によって誘導された場合には、抗ＰＤ−Ｌ１抗体療法は、ポジティブな結果（ＯＳ及びＰＦＳの増加）の尤度がより高いことと関連付けられることがデータから実証されている。
【０１２１】
他の実施形態
上述の説明から、様々な用法及び条件にそれを採用するために、本明細書に記載の本発明に、変更及び修正を加えることができることは明らかである。かかる実施形態はまた、以下の特許請求の範囲内にある。
【０１２２】
本明細書における変数のいずれかの定義における要素のリストの記載は、挙げられる要素の単一の要素又は組み合わせ（又はサブコンビネーション）として可変の定義を含む。本明細書における実施形態の記載は、いずれか１つの実施形態として、又は他のいずれかの実施形態又はその一部と併せた実施形態を含む。
【０１２３】
あたかも、それぞれ独立した特許及び出版物が具体的且つ個々に、参照により組み込まれるように示されるのと同程度に、本明細書に記載のすべての特許及び出版物は、参照により本明細書に組み込まれる。
【０１２４】
配列表
配列番号１
【化４】
2020512340.tif 000010
配列番号２
【化５】
2020512340.tif 000011
配列番号３−ＶＨ  ＣＤＲ１
ＧＦＴＦＳＲＹＷＭＳ
配列番号４−ＶＨ  ＣＤＲ２
ＮＩＫＱＤＧＳＥＫＹＹＶＤＳＶＫＧ
配列番号５−ＶＨ  ＣＤＲ３
ＥＧＧＷＦＧＥＬＡＦＤＹ
配列番号６−ＶＬ  ＣＤＲ１
ＲＡＳＱＲＶＳＳＳＹＬＡ
配列番号７−ＶＬ  ＣＤＲ２
ＤＡＳＳＲＡＴ
配列番号８−ＶＬ  ＣＤＲ３
ＱＱＹＧＳＬＰＷＴ
【図１】
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【図２】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【図１９】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2020512340.tif 000033
2020512340.tif 000034
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