(57)【要約】  本明細書に提供されるのは、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための組成物および方法である。本開示はまた、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖によって処置され得る疾患の処置の方法も提供する。【特許請求の範囲】
【請求項１】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項４】
精製細菌混合が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む、請求項３に記載の組成物。
【請求項５】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項６】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む、請求項５に記載の組成物。
【請求項７】
Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１０】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む、請求項９に記載の組成物。
【請求項１１】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１２】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む、請求項１１に記載の組成物。
【請求項１３】
Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１４】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１６】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む、請求項１７に記載の組成物。
【請求項１９】
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む、請求項１９に記載の組成物。
【請求項２１】
配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２２】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２４】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む、請求項２３に記載の組成物。
【請求項２５】
配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２６】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項２９】
配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項３０】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む、請求項２９に記載の組成物。
【請求項３１】
配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項３２】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む、請求項３１に記載の組成物。
【請求項３３】
配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項３４】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む、請求項３３に記載の組成物。
【請求項３５】
配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項３６】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項３８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む、請求項３７に記載の組成物。
【請求項３９】
配列番号27、配列番号28、配列番号31、または配列番号36と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項４０】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項４２】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む、請求項４１に記載の組成物。
【請求項４３】
１以上の菌株が、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４４】
菌株の少なくとも５０％が、バクテロイデス目に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４５】
菌株の１以上が、バクテロイデス目に属し、および菌株の１以上が、クロストリジウム目に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４６】
菌株の少なくとも２５％が、バクテロイデス科に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４７】
菌株の１以上が、バクテロイデス属に属する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４８】
組成物が、バクテロイデス目に属する菌株を包含しない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項４９】
菌株の１以上が、胞子菌である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５０】
菌株の１以上が、胞子の形態である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５１】
組成物が、偏性嫌気性菌株のみを含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５２】
菌株の１以上が、抗生物質耐性遺伝子を有さない、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５３】
抗生物質耐性遺伝子が、菌株をバンコマイシン耐性にさせる、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５４】
菌株が、ヒト由来の細菌である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５５】
菌株が、１名を超えるヒトドナーに由来する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５６】
組成物が、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５７】
組成物が、医薬組成物である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項５８】
医薬組成物が、薬学的に許容し得る賦形剤を含む、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５９】
医薬組成物が、経口投与のために製剤化されている、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６０】
医薬組成物が、直腸投与のために製剤化されている、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６１】
医薬組成物が、腸への送達のために製剤化されている、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６２】
医薬組成物が、結腸への送達のために製剤化されている、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６３】
菌株の１以上が、凍結乾燥されている、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６４】
医薬組成物が、カプセルの形態である、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６５】
医薬組成物が、１以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感応組成物をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項６６】
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物および栄養分を含む、食品。
【請求項６７】
組成物が、１以上の抗がん剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６８】
抗がん剤が、化学治療剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項６９】
抗がん剤が、がん免疫治療剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７０】
がん免疫治療剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７１】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７２】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７３】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７４】
組成物が、１以上のサイトカインをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７５】
サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７６】
組成物が、１以上の共刺激剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７７】
共刺激剤が、ＣＤ−２８、ＯＸ−４０、４−１ＢＢ、またはＣＤ４０の抗体である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７８】
組成物が、１以上のワクチンをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項７９】
ワクチンが、樹状細胞ワクチンである、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８０】
組成物が、養子細胞移入治療と組み合わせられる、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８１】
養子細胞移入治療が、改変されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８２】
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物および抗原を含む、ワクチン。
【請求項８３】
抗原が、ＨＩＶ抗原である、前記請求項のいずれか一項に記載のワクチン。
【請求項８４】
抗原が、肝炎抗原である、前記請求項のいずれか一項に記載のワクチン。
【請求項８５】
組成物が、１以上の抗炎症剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８６】
抗炎症剤が、ＮＳＡＩＤである、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８７】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８８】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、ＩＦＮγＩＦＮγ産生の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項８９】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、投与された組成物の１以上の菌株の存在をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９０】
投与された組成物の１以上の菌株が、対象の腸において、以前は存在しなかった、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９１】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、投与された組成物の１以上の菌株の生着をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９２】
投与された組成物の１以上の菌株が、対象の腸において、以前は生着していなかった、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９３】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、投与された組成物の菌株数の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９４】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、生着した、投与された組成物の菌株数の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９５】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、投与された組成物の菌株の細菌量の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９６】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、生着した、投与された組成物の菌株の細菌量の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項９７】
対象における疾患を処置する方法であって、方法が、前記請求項のいずれか一項に記載の組成物を、疾患を処置するのに有効な量で、対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項９８】
組成物の対象への投与が、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、請求項９７に記載の方法。
【請求項９９】
対象の腸におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積が、組成物の投与前の対象の腸におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較すると、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大している、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１００】
組成物の対象への投与が、組成物の投与前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較すると、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０１】
組成物の対象への投与が、組成物の投与前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較すると、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の増大をもたらす、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０２】
対象が、がんを有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０３】
がんが、癌、神経膠腫、中皮腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、腺癌、乳房がん、卵巣がん、子宮頸部がん、膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺がん、バーキットリンパ腫、頭頸部がん、結腸がん、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、食道のがん、胃がん、膵臓がん、肝胆道がん、胆嚢のがん、小腸のがん、直腸がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、陰茎がん、尿道がん、精巣がん、膣がん、子宮がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、膵内分泌がん、カルチノイドがん、骨がん、皮膚がん、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連の原発性滲出液リンパ腫、神経外胚葉性腫瘍、または横紋筋肉腫である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０４】
がんが、前立腺がん、膀胱がん、非小細胞肺がん、尿路上皮癌、黒色腫、または腎細胞癌である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０５】
対象が、放射線処置を受けている、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０６】
１以上の抗がん剤を投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０７】
抗がん剤が、化学治療剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０８】
抗がん剤が、がん免疫治療剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０９】
がん免疫治療剤が、免疫チェックポイント阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１０】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１１】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１２】
免疫チェックポイント阻害剤が、ＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１３】
１以上のサイトカインを投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１４】
サイトカインが、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１５】
１以上の共刺激剤を投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１６】
共刺激剤が、ＣＤ−２８、ＯＸ−４０、４−１ＢＢ、またはＣＤ４０の抗体である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１７】
１以上のワクチンを投与することをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１８】
ワクチンが、樹状細胞ワクチンである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１９】
養子細胞移入治療を施すことをさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２０】
養子細胞移入治療が、改変されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２１】
対象が、感染性疾患を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２２】
感染性疾患が、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、または真菌感染症である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２３】
感染性疾患が、ウイルス感染症である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２４】
ウイルス感染症が、ＨＩＶである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２５】
対象が、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２６】
組成物が、１以上の抗炎症剤をさらに含む、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２７】
抗炎症剤が、ＮＳＡＩＤである、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２８】
組成物が、１回用量より多い用量として投与される、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２９】
方法であって、方法が、
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物の１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定すること
を含み、
ここで、前記細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与される、前記方法。
【請求項１３０】
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物の１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを含む、請求項１２９に記載のコンパニオン診断方法を実行するためのキット。
【請求項１３１】
がん処置が、がん免疫治療処置である、請求項１３０に記載の方法。
【請求項１３２】
対象が、がん処置を受けているか、または受ける予定である、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３３】
対象が、がん処置に対してポジティブに応答するものと期待されるかを決定するための方法であって、方法が、
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物の１以上の細菌種が、対象の腸において存在するか決定すること
を含み、
ここで、前記細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するとは期待されない、前記方法。
【請求項１３４】
対象においてウイルス感染症のリスクを低減させるための方法であって、方法が、
前記請求項のいずれか一項に記載の組成物の１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定すること
を含み、
ここで、前記細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与され、
これによって、対象におけるウイルス感染症のリスクが低減される、前記方法。
【請求項１３５】
細菌種の１以上の存在を決定することが、対象の排泄物を配列決定することによってなされる、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３６】
細菌種の１以上の存在を決定することが、対象の排泄物の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を配列決定することによってなされる、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３７】
以下のNCBIアクセッション番号：LN998073、KR822463、CP011531、NR_112945、NZ-ACWW00000000、AB331897、AB261128、NZ-CAEG00000000、AB470343、AB595134、HE974920、NR_112933、AB490801、NZ-ACWB00000000、AY608696、CR626927、AB247141、NR_112935、AB249652、NR_113076またはAF139525の配列と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１３８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む、請求項１３７に記載の組成物。
【請求項１３９】
１以上の菌株が、前記アクセッション番号の配列と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む、請求項１３７または請求項１３８に記載の組成物。
【請求項１４０】
ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を誘導するかまたは活性化させる組成物であって、組成物が、
アンピシリンへの耐性を保有するヒト糞便から採取された１以上の精製菌株；または
（ｉ）の培養上清
を含む、前記組成物。
【請求項１４１】
組成物が、（ａ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、
Parabacteroides distasonis；HE974920、
Bacteroides cellulosilyticus；NR_112933、
Bacteroides clarus；AB490801、
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA；NZ-ACWB00000000、
Bacteroides salyersiae；AY608696、
Bacteroides fragilis；CR626927、
Bacteroides uniformis；AB247141、
Bacteroides eggerthii；NR_112935、
Clostridium sp. TM-40；AB249652、
Parabacteroides goldsteinii；NR_113076、および
Bacteroides sp. AR29；AF139525
からなる群から選択される種に属する１以上の菌株；または（ｂ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、
Parabacteroides distasonis；HE974920、
Bacteroides cellulosilyticus；NR_112933、
Bacteroides clarus；AB490801、
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA；NZ-ACWB00000000、
Bacteroides salyersiae；AY608696、
Bacteroides fragilis；CR626927、
Bacteroides uniformis；AB247141、
Bacteroides eggerthii；NR_112935、
Clostridium sp. TM-40；AB249652、
Parabacteroides goldsteinii；NR_113076、および
Bacteroides sp. AR29；AF139525
からなる群から選択される種の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む１以上の菌株
を含む精製細菌混合物を含む、請求項１４０に記載の組成物。
【請求項１４２】
組成物が、（ａ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、および
Parabacteroides distasonis；HE974920
からなる群から選択される種に属する１以上の菌株；または（ｂ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、および
Parabacteroides distasonis；HE974920
からなる群に属する種の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む１以上の菌株
を含む精製細菌混合物を含む、請求項１４０に記載の組成物。
【請求項１４３】
ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞が、ＣＤ１０３またはグランザイムＢを発現する、請求項１４０〜１４２のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４４】
組成物が、免疫系を活性化させる、請求項１４０〜１４３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項１４５】
免疫系を活性化させるための方法であって、方法が、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項１４６】
ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を活性化させるための方法であって、方法が、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項１４７】
腸においてＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法であって、方法が、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することを含み、ここで投与が、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす、前記方法。
【請求項１４８】
がんまたはウイルス感染症を処置するか、処置を補助するか、および／または予防するための方法であって、方法が、請求項１４０〜１４３のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することを含み、ここで投与が、がんまたはウイルス感染症の処置、処置の補助、および／または予防をもたらす、前記方法。
【請求項１４９】
請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物の細菌種の構成物および／または代謝物に由来する抗原を含有する、ワクチン組成物。
【請求項１５０】
対象において免疫応答を誘導するための方法であって、方法が、請求項１４９に記載のワクチン組成物を対象へ投与することを含み、ここで投与が、対象における免疫応答の誘導をもたらす、前記方法。
【請求項１５１】
請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物の細菌種のいずれかに対する抗菌活性を保有する化学物質、または請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物の細菌種のいずれかから分泌される生理活性物質に結合する化学物質を含む、組成物。
【請求項１５２】
対象においてＣＤ８＋およびＩＦＮγ産生Ｔ細胞を抑制するための方法であって、方法が、請求項１５１に記載の組成物を対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項１５３】
対象のＣＤ８＋およびＩＦＮγ産生Ｔ細胞の過剰活性化から生じる疾患における予防、処置または改善のための方法であって、方法が、請求項１５１に記載の組成物を対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項１５４】
請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の細菌種に由来する生理活性物質。
【請求項１５５】
請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の細菌種のいずれか１つの細菌特異抗原。
【請求項１５６】
請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の細菌種のいずれか１つへ特異的に結合する抗体。
【請求項１５７】
請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の細菌種のいずれか１つの細菌特異的なヌクレオチド配列を検出するための、ポリヌクレオチド。
【請求項１５８】
非ヒト哺乳動物を含む動物モデルであって、非ヒト哺乳動物の腸管に、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の細菌種が接種されている、前記動物モデル。
【請求項１５９】
非ヒト哺乳動物が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の不整から生じる疾患を有する、請求項１５８に記載の動物モデル。
【請求項１６０】
ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を評価するためのキットであって、キットが、腸上皮細胞、末梢血単核細胞、および請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の細菌種を含む、前記キット。
【請求項１６１】
ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌をスクリーニングするための方法であって、ここで前記物質が、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導するものであり、方法が、
非ヒト無菌動物に、ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を摂取できるようにすること、
ｉｉ．非ヒト無菌動物の腸管からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出すること
を含み、
ここで、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化が検出された場合、生理活性物質が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を活性化し得る物質として同定される、前記方法。
【請求項１６２】
ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌をスクリーニングするための方法であって、ここで前記物質が、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の増殖または活性化を誘導し、方法が、
ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を、腸上皮細胞および末梢血単核細胞を含む系における腸上皮細胞へ加えること、
該系からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出すること
を含み、
ここで、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化が検出された場合、生理活性物質が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を活性化し得る物質として同定される、前記方法。
【請求項１６３】
腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質についてスクリーニングするための方法であって、方法が、
ｉ．細菌に由来する生理活性物質または請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物に含有される細菌を、腸上皮細胞および末梢血単核細胞を含有する系へ加えること、
ｉｉ．被験物質を加えること、
ｉｉｉ．該系からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出すること
を含み、
ここで、検出されたＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性が増大していた場合、被験物質が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質として同定される、前記方法。
【請求項１６４】
腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質をスクリーニングするための方法であって、方法が、
被験物質を請求項１５９に記載の非ヒト動物へ加えること、
ｉｉ．非ヒト動物の腸管からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出すること
を含み、
ここで、上のステップにおいて検出されたＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性が増大していた場合、被験物質が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質として同定される、前記方法。
【請求項１６５】
免疫を刺激するための組成物であって、組成物が、活性成分として、ヒト腸内細菌または請求項１６１〜１６４のいずれか一項に記載のスクリーニング方法によって得られた細菌に由来する生理活性物質を含む、前記組成物。
【請求項１６６】
組成物が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する、請求項１６５に記載の組成物。
【請求項１６７】
活性成分として、請求項１６１〜１６４のいずれか一項に記載のスクリーニング方法によって得られた１以上のヒト腸内細菌、または該１以上のヒト腸内細菌に特異的な１以上の抗原を含む、ワクチン組成物。
【請求項１６８】
ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患を誘導するかまたは悪化させる活性を有する物質をスクリーニングするための方法であって、方法が、
被験物質を、請求項１５８に記載の非ヒト動物によって摂取され得るようにすること、
該非ヒト動物から、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患関連損傷の程度を検出すること
を含み、
ここで、上のステップにおいて検出された病変の程度が、化合物が加えられなかったときまたはプラシーボが加えられたときと比較して増大していたとき、被験物質が、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患を誘導する物質として同定される、前記方法。
【請求項１６９】
ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患を誘導するかまたは悪化させるための組成物であって、組成物が、活性成分として、請求項１６８に記載のスクリーニング方法によって得られた物質を含む、前記組成物。
【請求項１７０】
処理されたヒト糞試料を含む組成物であって、処理されたヒト糞試料が、ヒト糞試料を有効量のアンピシリンに接触させることによって得られたものであり、および処理されたヒト糞試料が、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する、前記組成物。
【請求項１７１】
対象における疾患の処置の方法であって、方法が、請求項１７０に記載の組成物を、対象における疾患を処置するのに有効な量で、対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項１７２】
疾患が、がんまたは感染症である、請求項１７１に記載の方法。
【請求項１７３】
ヒト糞試料が、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定するための方法であって、方法が、
無菌マウスにヒト糞試料を接種すること、および
ヒト糞試料が、無菌マウスにおいて、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定すること
を含む、前記方法。
【請求項１７４】
ヒト糞ドナーを同定するための方法であって、方法が、
無菌マウスにヒト対象の糞試料を接種すること、および
糞試料が、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定すること
を含み、ここで糞試料がＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する場合、ヒト対象がヒト糞ドナーとして同定される、前記方法。
【請求項１７５】
対象において、リンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析するための方法であって、方法が、
マーカーの発現レベルを分析すること
を含み、ここでマーカーが、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することによって誘導され、ここでマーカーが、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである、前記方法。
【請求項１７６】
誘導後の対象において、リンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析するためのキットであって、ここでマーカーが、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することによって誘導され、ここでマーカーが、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである、前記キット。
【請求項１７７】
ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌についてスクリーニングするための方法であって、方法が、
担腫瘍非ヒト動物に、ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を摂取できるようにすること、
担腫瘍非ヒト動物から単離されたリンパ球からマーカーの発現を検出すること
を含み、
ここでマーカーの発現レベルの増大が検出された場合、生理活性物質が、腫瘍のための免疫刺激剤として同定され；および
ここでマーカーが、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである、前記方法。
【請求項１７８】
免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のためのコンパニオン診断方法であって、方法が、
免疫チェックポイント阻害剤の共投与の有無にかかわらず、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することによって、誘導前および後のリンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析すること
を含み、
ここで、対象のリンパ球におけるマーカーの発現レベルが、対象への組成物の投与前、前記阻害剤と請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物との共投与前の対象のリンパ球における発現レベルと比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大していた場合、治療が継続され、
ここで、対象のリンパ球における発現レベルが、対象のリンパ球における発現レベルと比較して、増大していなかった場合、前記阻害剤と請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物との共投与が、中断されるか、または請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物の対象への投与を繰り返した後に再分析される、前記方法。
【請求項１７９】
腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβへ結合する特異抗体または腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβへ結合するＭＨＣマルチマーを用いて、リンパ球における腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβの発現レベルを分析することをさらに含む、請求項１７５、１７７または１７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１８０】
免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療における使用のための請求項１７９に記載の方法であって、免疫チェックポイント阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記方法。
【請求項１８１】
対象のＴ細胞におけるＰＤ−１発現を査定することをさらに含む、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８２】
対象のがん細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現を査定することをさらに含む、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８３】
対象のＴ細胞におけるＣＴＬＡ−４発現を査定することをさらに含む、請求項１７９に記載の方法。
【請求項１８４】
請求項１７７〜１８３のいずれか一項に記載のコンパニオン診断を含むキットであって、
キットが、リンパ球におけるマーカーの発現レベルのモニタリングのための１以上の分子を含み、ここでマーカーが、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである、前記キット。
【請求項１８５】
脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度によって免疫活性化を評価するための方法であって、方法が、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することを含む、前記方法。
【請求項１８６】
脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度によって免疫活性化を評価するためのキットであって、キットが、１以上のＩＦＮγマーカー分子および請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の１以上の細菌種を含む、前記キット。
【請求項１８７】
ヒト腸内細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングすることによって、腫瘍のための免疫刺激剤を同定するための方法であって、方法が、
（ｉ）担腫瘍非ヒト動物に、ヒト腸内細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質を摂取できるようにすること、および
（ｉｉ）担腫瘍非ヒト動物から単離された脾細胞からＩＦＮγを検出すること
を含み、ここでＩＦＮγの誘導が検出された場合、ヒト腸内細菌または生理活性物質が、腫瘍のための免疫刺激剤として同定される、前記方法。
【請求項１８８】
免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のためのコンパニオン診断方法であって、方法が、
前記阻害剤の共投与の有無にかかわらず、請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物を対象へ投与することによる誘導の前後に、脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度で免疫活性化を評価すること
を含み、
ここで、対象の脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度が、組成物投与前の対象の脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大していた場合、対象への前記阻害剤と請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物との共投与が継続され、
ここで、対象の脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度が増大していなかった場合、前記阻害剤と請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物との共投与が、中断されるか、または請求項１４０〜１４４のいずれか一項に記載の組成物の対象への繰り返し投与後に再分析される、前記方法。
【請求項１８９】
特異抗体またはＭＨＣマルチマーを用いて、脾細胞における治療標的の腫瘍抗原の発現レベルを分析することをさらに含む、請求項１８８に記載の方法。
【請求項１９０】
免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のための請求項１８８に記載の方法であって、腫瘍阻害剤が、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である、前記方法。
【請求項１９１】
対象のＴ細胞におけるＰＤ−１発現を査定することをさらに含む、請求項１８８に記載の方法。
【請求項１９２】
対象のがん細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現をチェックすることをさらに含む、請求項１８８に記載の方法。
【請求項１９３】
対象のＴ細胞におけるＣＴＬＡ−４発現を査定することをさらに含む、請求項１８８に記載の方法。
【請求項１９４】
請求項１８５〜１９３のいずれか一項に記載のコンパニオン診断方法を実行するためのキットであって、キットが、１以上のＩＦＮγマーカー分子を含む、前記キット。
【請求項１９５】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１９６】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む、請求項１９５に記載の組成物。
【請求項１９７】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項１９８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む、請求項１９７に記載の組成物。
【請求項１９９】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２００】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む、請求項１９９に記載の組成物。
【請求項２０１】
Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Ruminococcaceae bacterium、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０２】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む、請求項２０１に記載の組成物。
【請求項２０３】
Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０４】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む、請求項２０３に記載の組成物。
【請求項２０５】
１）Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
２）Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
３）Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
４）Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
５）Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
６）Paraprevotella xylaniphila、
７）Parabacteroides johnsonii、
８）Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
９）Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
１０）Eubacterum limosum、および
１１）Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０６】
１）Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
２）Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
３）Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
４）Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
５）Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
６）Paraprevotella xylaniphila、6
７）Parabacteroides johnsonii、
８）Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
９）Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
１０）Eubacterum limosum、および
１１）Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
からなる精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０７】
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２０８】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む、請求項２０７に記載の組成物。
【請求項２０９】
配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１０】
精製細菌混合物が、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む、請求項２０９に記載の組成物。
【請求項２１１】
配列番号1と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１２】
配列番号54と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１３】
配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１４】
配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１５】
配列番号1と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１６】
配列番号54と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む、組成物。
【請求項２１７】
請求項１３７〜１４４または１９５〜２１６のいずれか一項に記載の組成物であって、組成物が、医薬組成物である、前記組成物。
【請求項２１８】
医薬組成物が、薬学的に許容し得る賦形剤を含む、請求項２１７に記載の医薬組成物。
【請求項２１９】
医薬組成物が、経口投与のために製剤化されている、請求項２１８に記載の医薬組成物。
【請求項２２０】
医薬組成物が、直腸投与のために製剤化されている、請求項２１８または請求項２１９に記載の医薬組成物。
【請求項２２１】
医薬組成物が、腸への送達のために製剤化されている、請求項２１８〜２２０のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２２２】
医薬組成物が、結腸への送達のために製剤化されている、請求項２１８〜２２１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２２３】
菌株の１以上が、凍結乾燥されている、請求項２１８〜２２２のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２２４】
医薬組成物が、カプセルの形態である、請求項２１８〜２２３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２２５】
医薬組成物が、１以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感応組成物をさらに含む、請求項２１８〜２２４のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項２２６】
組成物が、１以上の抗がん剤をさらに含む、請求項２１７〜２２５のいずれか一項に記載の組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本開示は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための組成物および方法に関する。本開示はまた、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖によって処置され得る疾患の処置の方法も提供する。
【背景技術】
【０００２】
ヒトを包含する動物は、口、食道、胃、小腸、大腸、盲腸、膣、皮膚、鼻腔、耳、および肺を包含する解剖学的位置において、多数の微生物（集合的に微生物叢と称される）を宿している。ヒト微生物叢は、数ある中でも、免疫系の発達、炭水化物、タンパク質および生体異物の代謝、上皮の形成および再生、脂肪貯蔵、ホルモンの産生、ビタミンの産生、および病原体感染からの保護を包含する、多数の重大なプロセスの要因になっている（例として、LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2):160-168；Hooper et al. Science (2012) 336(6086):1268-1273；Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7):1066-1074を参照）。抗生物質の使用、過度の清潔さ(excessive hygiene)、食事制限(diet)、遺伝的背景または上記の組み合わせなどの数多の因子によって引き起こされ得る、ヒト微生物叢の変化は、数ある中でも、感染性疾患（例として、C. difficile感染）、炎症性疾患、自己免疫疾患およびアレルギー性疾患（例として、潰瘍性大腸炎、クローン病、Ｉ型糖尿病、食物アレルギー、喘息、リウマチ性関節炎）および代謝疾患（例として、ＩＩ型糖尿病、メタボリックシンドローム、肥満、栄養失調）、およびがんの発生を包含する数多の望まない結果(effects)に関連する。実例として、微生物叢の変化は、無害な食物抗原または片利共生的な細菌の抗原に対する寛容性の喪失、続く過度の炎症反応、代謝調節異常、および腸組織への損傷（これによって、腸管内腔と体循環との間の障壁として働くその能力が落ちる）に繋がり得る。
【０００３】
免疫応答の操作は、がんの処置において、およびワクチン接種において、非常に重要である。免疫系を標的にするがん治療は、生存率の改善を実現してきた。しかしながら、患者の大半は、がん免疫治療に応答しない。同様に、大規模な集団の一部(large population subsets)(例として、高齢者)は、ワクチンに対して強い免疫応答を開始し得ない。
【０００４】
微生物叢変化がヒト病態の進展への役割をもつにもかかわらず、かかる変化の健康に対する悪影響(the harmful effects)に対抗するためのアプローチは限定されている。微生物叢をモジュレートすることが知られている治療介入は、抗生物質、プレバイオティクス、プロバイオティクスおよび糞便移植(fecal transplants)を包含するが、これらの各々は限界があり、潜在的な副作用(adverse effects)を有する。マイクロバイオーム変化のヒト健康に対する有害な影響(the detrimental effects)に対抗するさらなるアプローチが明らかに必要とされている。さらにまた、がんに対する、およびワクチンに対する、より強い免疫応答を促進するためのアプローチもまた、必要とされている。
【発明の概要】
【０００５】
本発明者らは2016年、日本医療研究開発機構（AMED）の革新的先端研究開発支援事業インキュベートタイプ(the Innovative Advanced Research and Development Support Project Incubation Type)に参画した。その研究開発目標(Research and Development Subject)は、「腸内株カクテルを使用する新薬の創出(Creating New Drugs Using Intestinal Strain Cocktail)」と題し（AMED-LEAP研究計画(Research Program)）、AMED-LEAP研究計画の結果として本発明に至った。
本開示は、菌株の組成物およびこれらの組成物を投与することによるＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための方法に関する。本開示はまた、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖によって処置され得る疾患の処置のための組成物および方法も提供する。ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖によって処置され得る疾患は、感染性疾患およびがんを包含する。
【０００６】
本明細書に開示のとおり、インターフェロンガンマ産生ＣＤ８＋ Ｔ細胞（また本明細書中、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、またはＣＤ８陽性Ｔ細胞とも称される）の誘導を通して免疫系を活性化するヒト由来菌株の組成物が、初めて提供される。制御性Ｔ細胞の増殖または集積を誘導するための微生物ベースの(microbial-based)組成物（WO2011/152566）、およびＴｈ１７細胞を誘導するための組成物（WO2015/156419）はこれまでに報告されていたが、本開示は、ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する微生物種に関する最初の報告である。ＩＦＮγ＋ＣＤ８＋ Ｔ細胞は、免疫系、とりわけ感染（例として、ウイルス感染）の監視およびがん細胞の発生(development)において、重要な役割を果たす。したがって、本明細書に提供される組成物は、実例として、感染性疾患の処置およびがん免疫治療において使用され得る。
【０００７】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０００８】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０００９】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides spからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００１０】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides spからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００１１】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００１２】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００１３】
一側面において、本開示は、本質的にPhascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes timonensis、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００１４】
一側面において、本開示は、
１）Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
２）Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
３）Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
４）Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
５）Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
６）Paraprevotella xylaniphila、
７）Parabacteroides johnsonii、
８）Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
９）Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
１０）Eubacterum limosum、および
１１）Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００１５】
一側面において、本開示は、
１）Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
２）Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
３）Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
４）Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
５）Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
６）Paraprevotella xylaniphila、
７）Parabacteroides johnsonii、
８）Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
９）Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
１０）Eubacterum limosum、および
１１）Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００１６】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００１７】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本質的にPhascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００１８】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、を提供する。 を含む精製細菌混合物を含む組成物 Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2。
【００１９】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本質的にPhascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００２０】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００２１】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００２２】
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００２３】
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides spからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides spからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００２４】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【００２５】
一側面において、本開示は、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【００２６】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００２７】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００２８】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００２９】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００３０】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００３１】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００３２】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００３３】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００３４】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００３５】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００３６】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００３７】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００３８】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００３９】
一側面において、本開示は、
配列番号1と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４０】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４１】
一側面において、本開示は、
配列番号1と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４２】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００４３】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４４】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４５】
一側面において、本開示は、
配列番号1と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４６】
一側面において、本開示は、
配列番号1と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４７】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４８】
一側面において、本開示は、
配列番号1と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００４９】
一側面において、本開示は、
配列番号1と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号2と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号3と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号4と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号5と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号6と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号7と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号8と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号9と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号10と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
および
配列番号11と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５０】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００５１】
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００５２】
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５３】
一側面において、本開示は、
配列番号54と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５４】
一側面において、本開示は、
配列番号54と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５５】
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５６】
一側面において、本開示は、
配列番号54と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５７】
一側面において、本開示は、
配列番号54と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号55と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号56と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号57と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号58と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号59と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号60と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号61と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号62と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、
配列番号63と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株、および
配列番号64と少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【００５８】
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００５９】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００６０】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００６１】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００６２】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００６３】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００６４】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【００６５】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【００６６】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【００６７】
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【００６８】
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【００６９】
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【００７０】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００７１】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００７２】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００７３】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００７４】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【００７５】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００７６】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００７７】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【００７８】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、および配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００７９】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００８０】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【００８１】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００８２】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００８３】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【００８４】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００８５】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００８６】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【００８７】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４の菌株を含む。
【００８８】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【００８９】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【００９０】
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記１以上の菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【００９１】
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９５％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、前記菌株は、前記配列番号と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【００９２】
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも５０％は、バクテロイデス目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、バクテロイデス目に属し、菌株の１以上は、クロストリジウム目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも２５％は、バクテロイデス科に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、バクテロイデス属(the genus Bacteroides)に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、バクテロイデス目に属する菌株を包含しない。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、胞子菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、胞子の形態である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、非胞子形態体(a non-spore former)である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、偏性嫌気性菌株のみを含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、抗生物質耐性遺伝子を有さない。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗生物質耐性遺伝子は、菌株をバンコマイシン耐性にさせる。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、ヒト由来の細菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、１名を超えるヒトドナーに由来する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する。
【００９３】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、医薬組成物である。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、薬学的に許容し得る賦形剤を含む。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、直腸投与のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、腸への送達のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、結腸への送達のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、凍結乾燥されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、カプセルの形態である。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、１以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感応組成物をさらに含む。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかおよび栄養分を含む食品を提供する。
【００９４】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の抗がん剤をさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学治療剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫治療剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、がん免疫治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上のサイトカインをさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の共刺激剤をさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８、ＯＸ−４０、４−１ＢＢ、またはＣＤ４０の抗体である。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上のワクチンをさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、養子細胞移入治療と組み合わせられる。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【００９５】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかおよび抗原を含むワクチンを提供する。本明細書に提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、ＨＩＶ抗原である。本明細書に提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、肝炎抗原である。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗炎症剤は、ＮＳＡＩＤである。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、ＩＦＮγ産生の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の１以上の菌株の存在をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の１以上の菌株は、対象の腸において、以前は存在しなかった。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の１以上の菌株の生着をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、投与された組成物の１以上の菌株は、対象の腸において、以前は生着していなかった。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の菌株数の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、生着した、投与された組成物の菌株数の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与された組成物の菌株の細菌量の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、生着した、投与された組成物の菌株の細菌量の増大をもたらす。
【００９６】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかを、疾患を処置するのに有効な量で、対象へ投与することを含む、対象における疾患を処置する方法を提供する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象の腸におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積は、組成物の投与前の対象の腸におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較すると、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大している。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、組成物の投与前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較すると、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の増大をもたらす。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、組成物の投与前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較すると、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の増大をもたらす。
【００９７】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がんを有する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がんは、癌、神経膠腫、中皮腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、腺癌、乳房がん、卵巣がん、子宮頸部がん、膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺がん、バーキットリンパ腫、頭頸部がん、結腸がん、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、食道のがん、胃がん、膵臓がん、肝胆道がん、胆嚢のがん、小腸のがん、直腸がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、陰茎がん、尿道がん、精巣がん、膣がん、子宮がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、膵内分泌がん、カルチノイドがん、骨がん、皮膚がん、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連の原発性滲出液リンパ腫、神経外胚葉性腫瘍、または横紋筋肉腫である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がんは、前立腺がん、膀胱がん、非小細胞肺がん、尿路上皮癌、黒色腫、または腎細胞癌である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、放射線処置を受けている。
【００９８】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上の抗がん剤を投与することをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学治療剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫治療剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上のサイトカインを投与することをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上の共刺激剤を投与することをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８、ＯＸ−４０、４−１ＢＢ、またはＣＤ４０の抗体である。
【００９９】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上のワクチンを投与することをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、養子細胞移入治療を施すことをさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、感染性疾患を有する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、または真菌感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ウイルス感染症は、ＨＩＶである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染症は、肝炎ウイルスによる感染症である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物は、１以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、抗炎症剤は、ＮＳＡＩＤである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物は、１回用量以上の用量として投与されてもよい。
【０１００】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかの１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含する方法を提供するが、ここで、前記細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与される。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がん処置を受けているか、または受ける予定である。
一側面において、本開示は、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するものと期待されるかを決定するための方法を提供するが、ここで方法は、本明細書に提供される組成物のいずれかの１以上の細菌種が、対象の腸において存在するか決定することを包含し、ここで、細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するとは期待されない。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん処置は、がん免疫治療処置である。
一側面において、本開示は、対象においてウイルス感染症のリスクを低減させるための方法を提供するが、ここで方法は、本明細書に提供される組成物のいずれかの１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含し、ここで、細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与され、これによって、対象におけるウイルス感染症のリスクが低減される。
【０１０１】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、細菌種の１以上の存在を決定することは、対象の排泄物を配列決定することによってなされる。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、細菌種の１以上の存在を決定することは、対象の排泄物の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を配列決定することによってなされる。
一側面において、本開示は、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する組成物および方法を提供する。
一側面において、本開示は、以下のNCBIアクセッション番号：LN998073、KR822463、CP011531、NR_112945、NZ-ACWW00000000、AB331897、AB261128、NZ-CAEG00000000、AB470343、AB595134、HE974920、NR_112933、AB490801、NZ-ACWB00000000、AY608696、CR626927、AB247141、NR_112935、AB249652、NR_113076およびAF139525の配列と少なくとも９５％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、１以上の菌株は、本明細書に提供される配列と少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
【０１０２】
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を誘導するかまたは活性化させる組成物を提供するが、組成物が、（ｉ）アンピシリンへの耐性を保有するヒト糞便から採取された１以上の精製菌株、または（ｉｉ）（ｉ）の培養上清を含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、（ａ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、
Parabacteroides distasonis；HE974920、
Bacteroides cellulosilyticus；NR_112933、
Bacteroides clarus；AB490801、
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA；NZ-ACWB00000000、
Bacteroides salyersiae；AY608696、
Bacteroides fragilis；CR626927、
Bacteroides uniformis；AB247141、
Bacteroides eggerthii；NR_112935、
Clostridium sp. TM-40；AB249652、
Parabacteroides goldsteinii；NR_113076、および
Bacteroides sp. AR29；AF139525
からなる群から選択される種の１以上の菌株、または（ｂ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、
Parabacteroides distasonis；HE974920、
Bacteroides cellulosilyticus；NR_112933、
Bacteroides clarus；AB490801、
Anaerostipes sp. 3_2_56FAA；NZ-ACWB00000000、
Bacteroides salyersiae；AY608696、
Bacteroides fragilis；CR626927、
Bacteroides uniformis；AB247141、
Bacteroides eggerthii；NR_112935、
Clostridium sp. TM-40；AB249652、
Parabacteroides goldsteinii；NR_113076、および
Bacteroides sp. AR29；AF139525
からなる群から選択される種の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む１以上の菌株
を含む精製細菌混合物を含む。
【０１０３】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、（ａ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、および
Parabacteroides distasonis；HE974920
からなる群から選択される種の１以上の菌株；または（ｂ）：
Phascolarctobacterium faecium；LN998073、
Fusobacterium ulcerans；KR822463、
Bacteroides dorei；CP011531、
Bacteroides uniformis；NR_112945、
Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA；NZ-ACWW00000000、
Paraprevotella xylaniphila；AB331897、
Parabacteroides johnsonii；AB261128、
Alistipes sp. JC136；NZ-CAEG00000000、
Parabacteroides gordonii；AB470343、
Eubacterium limosum；AB595134、および
Parabacteroides distasonis；HE974920
からなる群に属する種の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む１以上の菌株
を含む精製細菌混合物を含む。
【０１０４】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞は、ＣＤ１０３またはグランザイムＢを発現する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、免疫系を活性化させる。
一側面において、本開示は、免疫系を活性化させるための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物の１以上の投与を含む。
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を活性化させるための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物の１以上の対象への投与を含む。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物の１以上を対象へ投与することを含む、腸においてＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するための方法を提供するが、ここで投与が、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物の１以上を対象へ投与することを含む、がんまたはウイルス感染症を、その処置を補助するか、および／または予防するための方法を提供するが、ここで投与が、がんまたはウイルス感染症の予防、処置、処置の補助、および／または予防をもたらす。
一側面において、本開示は、本明細書に開示の組成物のいずれか１つの菌株に対する免疫応答を誘導するワクチン組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか１つの細菌種の構成物および／または代謝物に由来する抗原を含有するワクチン組成物を提供する。
【０１０５】
一側面において、本開示は、本明細書に提供されるワクチンのいずれかを対象へ投与することを含む、対象において免疫応答を誘導するための方法を提供するが、ここで投与は、対象における免疫応答の誘導をもたらす。
一側面において、本開示は、免疫抑制組成物を提供する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかの細菌種に対する抗菌活性を保有する化学物質、または本明細書に提供される組成物のいずれかの細菌種から分泌される生理活性物質に結合する化学物質を含む、組成物を提供する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象においてＣＤ８＋およびＩＦＮγ産生Ｔ細胞の抑制をもたらす。
一側面において、本開示は、対象においてＣＤ８＋およびＩＦＮγ産生Ｔ細胞を抑制するための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物の１以上の対象への投与を含む。
一側面において、本開示は、対象のＣＤ８＋およびＩＦＮγ産生Ｔ細胞の過剰活性化から生じる疾患における予防、処置または改善のための方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物のいずれか１以上を対象へ投与することを含む。
一側面において、本開示は、本明細書に開示の菌株に由来する物質を提供する。一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか１つの細菌種に由来する生理活性物質を提供する。一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか１つの細菌種のいずれか１つの細菌特異抗原を提供する。
【０１０６】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれか１つの細菌種へ特異的に結合する抗体を提供する。
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物の細菌種のいずれか１つに含有される細菌特異的なヌクレオチド配列を提供する。
一側面において、本開示は、動物モデルおよび検査キット(test kits)を提供する。
一側面において、本開示は、非ヒト哺乳動物を含む動物モデルを提供するが、ここで非ヒト哺乳動物の腸管に、本明細書に提供される組成物のいずれか１つの、細菌種が接種されている。本明細書に提供される動物モデルのいくつかの態様において、非ヒト哺乳動物は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の不整から生じる疾患を有する。
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を評価するためのキットを提供するが、キットは、腸上皮細胞、末梢血単核細胞、および本明細書に提供される組成物のいずれか１つの、細菌種を含む。
一側面において、本開示は、ヒト腸管におけるＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の検出の方法を提供する。一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を評価するためのキットを提供する。いくつかの態様において、キットが、腸上皮細胞、末梢血単核細胞、および本明細書に記載の組成物のいずれか１つの、細菌種を含む。
【０１０７】
一側面において、本開示は、細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングするための方法を提供するが、ここで前記物質は、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導するものであり、方法が、（ｉ）非ヒト無菌動物に、ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を摂取できるようにすること、（ｉｉ）非ヒト無菌動物の腸管からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出することを含み、ここで、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化が検出された場合、生理活性物質は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を活性化し得る物質として同定される。
一側面において、本開示は、細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングするための方法を提供するが、ここで前記物質は、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の増殖または活性化を誘導するものであり、方法は、（ｉ）ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を、腸上皮細胞および末梢血単核細胞を含む系における腸上皮細胞へ加えること；（ｉｉ）該系からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出することを含み、ここで、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化が検出された場合、生理活性物質は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞を活性化し得る物質として同定される。
【０１０８】
一側面において、本開示は、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質についてスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、（ｉ）細菌に由来する生理活性物質または本明細書に提供される組成物に含有される細菌を、腸上皮細胞および末梢血単核細胞を含有する系へ加えること、（ｉｉ）被験物質を加えること、（ｉｉｉ）該系からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出することを含み、ここで、検出されたＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性が増大していた場合、被験物質は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質として同定される。
一側面において、本開示は、腸管においてＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質をスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、（ｉ）本明細書に提供される非ヒト動物をスクリーニングするための方法、（ｉｉ）非ヒト動物の腸管からＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性を検出することを含み、ここで、上のステップにおいて検出されたＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の数または活性が増大していた場合、被験物質は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する物質として同定される。
一側面において、本開示は、免疫を刺激するための組成物を提供するが、組成物は、活性成分として、ヒト腸内細菌または本明細書に提供されるスクリーニング方法によって得られた細菌に由来する生理活性物質を含み、組成物は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する。
【０１０９】
一側面において、本開示は、活性成分として、本明細書に提供されるスクリーニング方法のいずれかによって得られたヒト腸内細菌、または該細菌に特異的な抗原を含むワクチン組成物を提供する。
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患を誘導するかまたは悪化させる活性を有する物質をスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、（ｉ）被験物質を、本明細書に提供される非ヒト動物によって摂取され得るようにすること、（ｉｉ）該非ヒト動物から、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患関連損傷の程度を検出することを含み、ここで、上のステップにおいて検出された病変の程度が、化合物が加えられなかったとき、またはプラシーボが加えられたときと比較して増大していたとき、被験物質は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患を誘導する物質として同定される。
一側面において、本開示は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞によって引き起こされる疾患を誘導するかまたは悪化させるための組成物を提供するが、ここで組成物は、活性成分として、本明細書に提供されるスクリーニング方法のいずれか１つによって得られた物質を含む。
一側面において、本開示は、処理されたヒト糞試料を含む組成物を提供するが、ここで処理されたヒト糞試料は、ヒト糞試料を有効量のアンピシリンに接触させることによって得られたものであり、およびここで処理されたヒト糞試料は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する。いくつかの態様において、本開示は、対象における疾患の処置の方法を提供するが、方法は、本明細書に提供される組成物のいずれか１つを、対象における疾患を処置するのに有効な量で、対象へ投与することを含む。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、疾患は、がんまたは感染症（例として、ウイルス感染症）である。
【０１１０】
一側面において、本開示は、無菌マウスにヒト糞試料を接種すること、およびヒト糞試料がＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定することを含む方法を提供する。
一側面において、本開示は、ヒト糞試料が、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定するための方法を提供するが、方法は、無菌マウスにヒト糞試料を接種すること、およびヒト糞試料がＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定することを含む。一側面において、本開示は、ヒト糞ドナーを同定するための方法を提供するが、方法は、無菌マウスにヒト糞試料を接種すること、および糞試料がＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導するかを決定することを含み、ここで糞試料がＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する場合、ヒト対象は、ヒト糞ドナーとして同定される。
一側面において、本開示は、対象において、リンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析するための方法を提供するが、ここでマーカーは、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することによって誘導され、ここでマーカーは、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである。
【０１１１】
一側面において、本開示は、誘導後の対象において、リンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析するためのキットを提供するが、ここでマーカーは、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することによって誘導され、ここでマーカーは、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである。
一側面において、本開示は、細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングするための方法を提供するが、方法は、担腫瘍非ヒト動物に、ヒト腸内細菌に由来する生理活性物質または細菌を摂取できるようにすること、担腫瘍非ヒト動物から単離されたリンパ球からマーカーの発現を検出することを含み、ここでマーカーの発現レベルの増大が検出された場合、生理活性物質は、腫瘍のための免疫刺激剤として同定され；およびここでマーカーは、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである。
【０１１２】
一側面において、本開示は、免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のためのコンパニオン診断方法を提供するが、方法は、免疫チェックポイント阻害剤の共投与の有無にかかわらず、本明細書に記載の組成物を対象へ投与することによって、誘導前および後のリンパ球におけるマーカーの発現レベルを分析することを含み、ここで、対象のリンパ球におけるマーカーの発現レベルが、対象への組成物の投与前、前記阻害剤と本明細書に記載の組成物との共投与前の対象のリンパ球における発現レベルと比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大していた場合、治療が継続され、ここで、対象のリンパ球における発現レベルが、対象のリンパ球における発現レベルと比較して、増大していなかった場合、前記阻害剤と本明細書に記載の組成物のいずれかとの共投与は、中断されるか、または本明細書に記載の組成物のいずれかの、対象への投与を繰り返した後に再分析される。
いくつかの態様において、方法は、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβへ結合する特異抗体または腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβへ結合するＭＨＣマルチマーを用いて、リンパ球における腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβの発現レベルを分析することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療における使用であり、ここで免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。いくつかの態様において、方法は、対象のＴ細胞におけるＰＤ−１発現を査定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のがん細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現を査定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のＴ細胞におけるＣＴＬＡ−４発現を査定することをさらに含む。
【０１１３】
一側面において、本開示は、コンパニオン診断方法を実行するためのキットを提供するが、ここでキットは、リンパ球におけるマーカーの発現レベルのモニタリングのための１以上の分子を含み、ここでマーカーは、ＣＤ４４、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、および／またはＧｚｍＢである。
一側面において、本開示は、脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度によって免疫活性化を評価するための方法を提供するが、方法は、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することを含む。
一側面において、本開示は、脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度によって免疫活性化を評価するためのキットを提供するが、キットは、１以上のＩＦＮγマーカー分子および本明細書に記載の１以上の細菌種を含む。
一側面において、本開示は、腫瘍のための免疫刺激剤を同定するための方法であって、ヒト腸内細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質をスクリーニングすることを含む前記方法を提供するが、方法は、（ｉ）担腫瘍非ヒト動物に、ヒト腸内細菌、またはヒト腸内細菌に由来する生理活性物質を摂取できるようにすること、および（ｉｉ）担腫瘍非ヒト動物から単離された脾細胞からＩＦＮγを検出することを含み、ここでＩＦＮγの誘導が検出された場合、ヒト腸内細菌または生理活性物質は、腫瘍のための免疫刺激剤として同定される。
【０１１４】
一側面において、本開示は、免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のためのコンパニオン診断方法を提供するが、方法は、前記阻害剤の共投与の有無にかかわらず、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することによる誘導の前後に、脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度によって免疫活性化を評価することを含み、ここで、対象の脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度が、組成物投与前の対象の脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度と比較して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大していた場合、前記阻害剤と本明細書に記載の組成物のいずれかとの共投与は継続され、ここで、対象の脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度が増大していなかった場合、前記阻害剤と本明細書に記載の組成物のいずれかとの共投与は、中断されるか、または本明細書に記載の組成物のいずれかの、対象への繰り返し投与後に再分析される。
いくつかの態様において、方法は、特異抗体またはＭＨＣマルチマーを用いて、脾細胞における治療標的の腫瘍抗原の発現レベルを分析することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、免疫チェックポイント阻害剤を用いる腫瘍治療のためのものであり、ここで腫瘍阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。いくつかの態様において、方法は、対象のＴ細胞におけるＰＤ−１発現を査定することをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のがん細胞におけるＰＤ−Ｌ１発現をチェックすることをさらに含む。いくつかの態様において、方法は、対象のＴ細胞におけるＣＴＬＡ−４発現を査定することをさらに含む。
【０１１５】
一側面において、本開示は、本明細書に記載のコンパニオン診断方法を実行するためのキットを提供するが、キットは、１以上のＩＦＮγマーカー分子を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterium limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【０１１６】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Ruminococcaceae bacterium、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium sp.、Ruminococcaceae bacterium、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【０１１７】
一側面において、本開示は、Bacteroides dorei、bacterium IARFR67、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Bacteroides sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【０１１８】
本発明の限定の各々は、本発明の様々な態様を網羅し得る。したがって、いずれか１つの要素または要素の組み合わせを伴う本発明の限定の各々は、本発明の各側面に包含され得ることが予測される。本発明は、その適用において、構成(construction)の詳細、および以下の記載に規定されるまたは図面に説明される構成要素の配置に限定されない。本発明は、他の態様でもあり得、様々な手法で実践または実行され得る。
【図面の簡単な説明】
【０１１９】
添付の図面は、縮尺どおりに描かれることを意図していない。図は説明するためのみであって、本開示の実施可能性に要するものではない。明確性を期すため、すべての構成要素が、どの図にも表示される(labeled)わけではない。図面において：
【図１Ａ−Ｂ】図１Ａおよび１Ｂは、ＳＰＦおよび無菌（ＧＦ）マウスの小腸（ＳＩ）および結腸粘膜の粘膜固有層から単離され、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激されたリンパ球を用いた実験のデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図１Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図１Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞内のＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊Ｐ＜０．０１（スチューデントｔ検定）。
【図２Ａ−Ｂ】図２Ａおよび２Ｂは、ＳＰＦおよび無菌マウスの小腸粘膜の粘膜固有層から単離され、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激されたリンパ球を用いた実験のデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγおよびＧｚｍＢが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図２Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ８ Ｔ細胞によるＩＦＮγおよびＣＤ１０３（上段）またはＧｚｍＢ（下段）の発現（図２Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞における各ＩＦＮγ陽性細胞画分のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５（スチューデントｔ検定）。
【図３Ａ−Ｂ】図３Ａおよび３Ｂは、種々の実験動物施設から納品されたＳＰＦマウスの小腸（ＳＩ）および大腸（結腸）粘膜の粘膜固有層から単離され、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激されたリンパ球を用いた実験のデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図３Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図３Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞におけるＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１（１元配置(one-way)ＡＮＯＶＡ）。
【図４Ａ−Ｂ】図４Ａおよび４Ｂは、Charles River LaboratoriesからのＳＰＦマウスとCLEA Japanからのとを２または６週間共収容(co-housing)した後、リンパ球が、腸（ＳＩ）結腸粘膜の粘膜固有層から単離され、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５ｈ刺激された実験のデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図４Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図４Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞におけるＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図５Ａ−Ｂ】図５Ａおよび５Ｂは、ビニール製の滅菌隔離飼育器(sterile vinyl isolators)において個々に無菌マウス中へ経口的に投与された健常ボランティア（Ａ〜Ｆ）からの糞便を用いた実験のデータを示す。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離され、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５ｈ刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図５Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図５Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞におけるＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊Ｐ＜０．０１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図６Ａ−Ｂ】図６Ａおよび６Ｂは、無菌マウスへ経口的に投与されたB#5マウスの盲腸内容物を用いた実験のデータを示す。１日後、それらが飲む水が、実験の終点まで、アンピシリン（AMP）、メトロニダゾール（MNZ）、ストレプトマイシン（STM）またはタイロシン（Tylo.）へ切り替えられた。３％のクロロホルムで処置されたB#5の盲腸の内容物が、無菌マウスへ投与された。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図６Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図６Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞におけるＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊Ｐ＜０．０５（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図７Ａ−Ｂ】図７Ａおよび７Ｂは、図６Ａおよび６Ｂにおいて調製されたマウスの盲腸微生物叢の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列データを示す。これらは、次世代シーケンサーを使用して総合分析された（図７Ａ）。操作的分類単位(operational taxonomic unit)（ＯＴＵ）の割合の図。右端に、B#5-AMP-2マウスの単離された株に対応するＯＴＵが緑で示される（図７Ｂ）。単離された株の同定および相同の細菌の名称（最も近い配列）および類似性（S - abスコア）が示される。
【図８Ａ−Ｂ】図８Ａおよび８Ｂは、無菌マウスへ経口的に投与された２１の単離された株の混合物に関するデータを示す。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図８Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図８Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞におけるＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊Ｐ＜０．０１（スチューデントｔ検定）。
【図９Ａ−Ｂ】図９Ａおよび９Ｂは、無菌マウスへ経口的に投与された２１の単離された株の混合物に関するデータを示す。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＣＤ１０３、ＩＦＮγおよびＧｚｍＢが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図９Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ８ Ｔ細胞によるＩＦＮγおよびＣＤ１０３（上段）またはＧｚｍＢ（下段）の発現（図９Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞における各ＩＦＮγ陽性細胞画分のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１（スチューデントｔ検定）。
【図１０Ａ−Ｂ】図１０Ａおよび１０Ｂは、無菌マウスへ経口的に投与された２１株または１１株の混合物（１１株混合物は、株# 1-11に対応する；表１を参照）に関するデータを示す。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図１０Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図１０Ｂ）。ＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞におけるＩＦＮγ陽性細胞のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図１１】図１１は、ＧＦマウス中へ接種された10-mixおよび11-mix菌株の組成物を示す（図１２Ａおよび１２Ｂを参照）。
【図１２Ａ−Ｂ】図１２Ａおよび１２Ｂは、無菌マウスへ経口的に投与された、１１株または１０株の混合物（図１１を参照）、またはＴｒｅｇ誘導因子として知られる１７株の混合物から得られたデータを示す。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図１２Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図１２Ｂ）。ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ 細胞におけるＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞（左）、ＣＤ８Ｔ細胞におけるＩＦＮγ＋ 細胞（中央）のパーセンテージおよびＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数（右）の要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図１３】図１３は、MEGA v5.0パッケージおよび近隣結合法を使用して、１１株の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列（図１１を参照）、これらの最も近い配列およびいくつかのタイプの株から構築された系統樹を示す。7 mixまたは4 mixとしてＧＦマウス中へ接種された株も示される（接種実験の結果が図１４Ａおよび１４Ｂに示される）。
【図１４Ａ−Ｂ】図１４Ａおよび１４Ｂは、無菌マウスへ経口的に投与された、図１３に列挙される１１株の混合物、７株または４株混合物のデータを示す。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図１４Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図１４Ｂ）。ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ 細胞におけるＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞（左）、ＣＤ８Ｔ細胞におけるＩＦＮγ＋ 細胞（中央）のパーセンテージおよびＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数（右）の要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図１５】図１５は、６週齢のSPF C57BL/6マウスを用いた実験に関するデータを示すが、前記マウスはJapan SLCから購入したものであり、それらの飲用水中の抗生物質（１ｇ／Ｌ アンピシリン、０．５ｇ／Ｌ バンコマイシン、１ｇ／Ｌ メトロニダゾールおよび１ｇ／Ｌ ネオマイシン；「ＡＶＭＮ」）で処置した。次いで、マウスは第０日にて、３×１０５個のＭＣ３８腫瘍細胞株が右脇腹中へ皮下に注射された。腫瘍が現れ、かつ触診可能になったとき、抗生物質処置が止められた（第２日）。マウスは第３、５および９日にて、２００μｇの抗ＰＤ１抗体（クローンＪ４３）が腹腔内に注射された（「＋抗ＰＤ１Ａｂ」）。マウスは、第３、５および９日を包み、週に２回または３回、11 mixが強制飼養された（「＋11 mix」）。腫瘍サイズが測径器を使用して測定され、腫瘍体積が、長さ×幅２×０．５として決定された。＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図１６Ａ−Ｂ】図１６Ａおよび１６Ｂは、腫瘍細胞から単離されたリンパ球に関するデータを示す。第２３または２７日にて、リンパ球が腫瘍から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで４時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図１６Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現（図１６Ｂ）。ＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ 細胞におけるＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞（左）、ＣＤ８Ｔ細胞におけるＩＦＮγ＋ 細胞（中央）のパーセンテージおよびＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数（右）の要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図１７Ａ−Ｂ】図１７Ａ、１７Ｂは、腫瘍細胞から単離されたリンパ球に関するデータを示す。第２３または２７日にて、リンパ球が腫瘍から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで４時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、ＣＤ４４、ＧｚｍＢおよびＩＦＮγが抗体およびペプチド−Ｈ２Ｋｂテトラマーで染色されて、フローサイトメトリーによって分析された（図１７Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３、ＴＣＲβおよびＣＤ８＋ 細胞によるｇｐ７０に特異的なＴＣＲβ、ＣＤ４４、ＧｚｍＢおよびＩＦＮγの発現（図１７Ｂ）。ＣＤ８Ｔ細胞における各ＩＦＮγ陽性細胞画分のパーセンテージの要約されたデータ。各プロットは、個々のマウスを表す。＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図１８】図１８は、腫瘍細胞から単離されたリンパ球に関するデータを示す。ＩＦＮγ＋ＣＤ４ Ｔ細胞に対する効果が図１８に示される。
【図１９】図１９は、腫瘍細胞から単離されたリンパ球に関するデータを示す。第２３または２７日にて、全脾細胞が単離されて１ウェルあたり１０６細胞にて蒔かれ、０．５μｇ／ｍＬ ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL（配列番号53））で３６時間３７℃にて刺激された。スポットが、Mouse IFNγ ELISPOT Ready-SET Go!（登録商標）キット（eBioscience）を使用することで発現した(developed)。スポット数が、Immunospot Series 4 Analyzerを使用して測定され、ImmunoSpotソフトウェア（Cellular Technology）を使用して分析された。各プロットは、個々のマウスを表す。「ナイーブ(Naive)」は、抗生物質で処置されておらず、ＭＣ３８細胞が注射されておらず、かつ11mixおよび抗ＰＤ１抗体で処置されなかったマウスである。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図２０】図２０は、選択された１１の株を包含する２６の単離された株に関するデータを示す。
【図２１】図２１は、11-mix菌株によるＧｚｍＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８ Ｔ細胞の誘導に関するデータを示す。
【図２２】図２２は、腫瘍のより遅い成長が、ＩＦＮγ＋ＣＤ８ Ｔ細胞の腫瘍中への増大した浸潤に付随して起こったことを示す。
【図２３】図２３は、αＰＤ１ Ａｂと11-mix菌株との組み合わせが、ＧｚｍＢ＋ＩＦＮγ＋ＣＤ８細胞傷害性Ｔ細胞の腫瘍中への浸潤をブーストした(boosted)ことを示す。
【図２４】図２４は、11-mixおよび／または抗ＣＴＬＡ−４抗体での処置に関する例４に記載の実験計画の概略図を示す。
【図２５】図２５は、αＣＴＬＡ−４ Ａｂと菌株の11-mixとの組み合わせを受けたマウスの体重を示す（左パネル）。αＣＴＬＡ−４ Ａｂと菌株の11-mixとの組み合わせを受けたマウスは、図２４（例４）に提示された実験において、腫瘍成長（右パネル）の有意な低減を有した。
【図２６】図２６は、αＣＴＬＡ−４ Ａｂと菌株の11-mixとの組み合わせは、図２４（例４）に提示された実験において、マウスの生存率に対して有意な効果を有したことを示す。
【図２７】図２７は、例４に記載の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す（対照、11-mix；αＣＴＬＡ−４ Ａｂ；11-mix＋αＣＴＬＡ−４ Ａｂ）。
【図２８】図２８は、11-mixまたは4-mixおよび／または抗ＰＤ−１抗体での処置に関する例５に記載の実験計画の概略図を示す。
【図２９】図２９は、αＰＤ１ Ａｂと菌株の4-mixとの、またはαＰＤ１ Ａｂと菌株の11-mixとの組み合わせを受けたマウス、および様々な対照群の、体重（左パネル）および腫瘍体積（右パネル）を示す。
【図３０】図３０は、例５の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す（11-mix；αＰＤ−１ Ａｂ；11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ）。腫瘍体積は、11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ処置群の複数の動物においては増大しなかった（下右パネル）。
【図３１】図３１は、例５の実験において処置されたマウスの生存率プロットを示す（11-mix；αＰＤ−１ Ａｂ；11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ）。
【図３２】図３２は、例５の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す（4-mix；αＰＤ−１ Ａｂ；4-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ）。腫瘍体積は、4-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ処置の複数の動物においては増大しなかった（下右パネル）。
【図３３】図３３は、例５の実験において処置されたマウスのプロットを示す。強調されているのは、αＰＤ−１ Ａｂ、11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ、および4-mix＋αＰＤ−１ Ａｂでの処置である。
【図３４】図３４は、Braf Pten黒色腫モデル（例６）を用いた実験のデータを示す。簡単には、マウスは、−第３日から第２日まで抗生物質（「ＡＶＭＮ」）が投与され、第０日に７×１０５個のBraf Pten細胞が生着された。第３、６、および９日に、マウスの指示された群が、11-mixの有無にかかわらず（時間軸上星印とともに矢印）、抗ＰＤ１抗体（時間軸上の矢印）およびJapan SLCから得られた特定の病原体がない（ＳＰＦ）マウスからのSLC SPF糞（SLC SPF糞）が投与された。11-mixと表記されている(indicated as having received the 11-mix )マウスの群は、週あたり２回または３回、11-mixが投与された。プロットは、マウスの群について、各時点での平均腫瘍体積を示す。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊＊Ｐ＜０．００１（２元配置(two-way)ＡＮＯＶＡ）。
【図３５】図３５は、Braf Pten黒色腫モデル（例６）を用いた実験のデータを示す。簡単には、マウスは、−第３日から第２日まで抗生物質（「ＡＶＭＮ」）が投与され、第０日に７×１０５個のBraf Pten細胞が生着された。第３、６、および９日に、マウスの指示された群が、11-mixの有無にかかわらず（時間軸上星印とともに矢印）、抗ＰＤ１抗体（時間軸上の矢印）およびJapan SLCから得られた特定の病原体がない（ＳＰＦ）マウスからのSLC SPF糞（SLC SPF糞）が投与された。11-mixと表記されているマウスの群は、週あたり２回または３回、11-mixが投与された。プロットは、マウスの群について、各時点での平均腫瘍面積を示す。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊＊Ｐ＜０．００１（２元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図３６】図３６は、マウスの指示された群から第２２および２４日に得られた腫瘍の重量に関するデータを示す。＊Ｐ＜０．０５（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図３７Ａ−Ｃ】図３７Ａ〜３７Ｃは、腫瘍細胞から単離されたリンパ球に関するデータを示す。第２２または２４日に、リンパ球が腫瘍から単離された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色された。図３７Ａは、腫瘍から単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋集団におけるＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞のパーセンテージを示す。図３７Ｂは、腫瘍から単離されたＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数を示す。図３７Ｃは、腫瘍の１グラムあたりのＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数を示す。＊＊Ｐ＜０．０１、＊Ｐ＜０．０５（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図３８】図３８は、腫瘍から単離されたＣＤ８Ｔ細胞の集団におけるＩＦＮγ＋ 細胞のパーセンテージを示す。＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊Ｐ＜０．０１、＊Ｐ＜０．０５（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図３９Ａ−Ｄ】図３９Ａ〜３９Ｄは、腫瘍細胞から単離されたリンパ球に関するデータを示す。第２２または２４日に、リンパ球が腫瘍から単離された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、ＧｚｍＢ、ＩＬ−１７、およびＣＤ４が抗体で染色された。図３９Ａは、腫瘍から単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋集団におけるＩＦＮγ＋ＧｚｍＢ＋ 細胞のパーセンテージを示す。図３９Ｂは、腫瘍から単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋集団におけるＴｈ１細胞のパーセンテージを示す。図３９Ｃは、腫瘍から単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋集団におけるＴｈ１７細胞のパーセンテージを示す。図３９Ｄは、腫瘍から単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋集団におけるＴｒｅｇ細胞のパーセンテージを示す。
【図４０】図４０は、例７に記載の実験計画の概略図を示す（投薬研究）。
【図４１Ａ−Ｃ】図４１Ａ〜４１Ｃは、図４０（例７）に示された実験において、マウスから単離されたリンパ球に関するデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色された。図４１Ａは、指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋集団におけるＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞のパーセンテージを示す。図４１Ｂは、指示されたマウスから単離されたＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数を示す。図４１Ｃは、指示されたマウスから単離されたＣＤ８Ｔ細胞の集団におけるＩＦＮγ＋ 細胞のパーセンテージを示す。
【図４２Ａ−Ｃ】図４２Ａ〜４２Ｃは、図４０（例７）に示された実験からの、マウスから単離されたリンパ球に関するデータを示す。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＩＦＮγ、ＣＤ１０３、ＩＬ−１７、およびＣＤ４が抗体で染色された。図４２Ａは、指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋集団におけるＩＦＮγ＋ＣＤ１０３＋ 細胞のパーセンテージを示す。図４２Ｂは、指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋集団におけるＴｈ１７細胞のパーセンテージを示す。図４２Ｃは、指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋集団におけるＴｈ１細胞のパーセンテージを示す。
【図４３Ａ−Ｃ】図４３Ａ〜４３Ｃおよび４４は、例８の実験からの結果を示す。実験は、ＢＡＴＦ３が、ＣＤ８−Ｔ細胞を誘導するのに11-mixを要することを示す。ＢＡＴＦ３は、Ｔｈ１７を誘導するのには要されない。図４３Ａは、指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋（ＣＤ８ Ｔ細胞）集団におけるＩＦＮγ＋のパーセンテージを示す。図４３Ｂは、ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋ 細胞の数を示す。図４３Ｃは、指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ４＋集団におけるＴｈ１７細胞のパーセンテージを示す。＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１、＊＊＊Ｐ＜０．００１、＊＊Ｐ＜０．０１、＊Ｐ＜０．０５（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図４４Ａ−Ｂ】図４４は、フローサイトメトリーから明らかなとおり、ＢＡＴＦ３が、を誘導するのに11-mixを要すること（図４４Ａ）、および指示されたマウスから単離された細胞のＣＤ３＋ＴＣＲβ＋ＣＤ８α＋（ＣＤ８ Ｔ細胞）集団におけるＩＦＮγ＋のパーセンテージ（図４４Ｂ）を示す。
【図４５】図４５〜４６は、例９の実験からの結果を示す。実験は、11-mixが、Listeria感染症を処置するのに有効であることを示す。図４５は、糞中Listeria CFUの量の増大から明らかなとおり、糞＋11-mixが、Listeriaを、感染したマウスから取り除くのに有効であることを示す。
【図４６】図４６は、糞および11-mixで処置されたListeria感染マウスの体重が、糞のみでの処置より大きいことを示す。
【図４７Ａ−Ｂ】図４７Ａおよび４７Ｂは、例２に関するデータを示す。図１３に列挙される１１株の混合物、７株または４株混合物が、無菌マウスへ経口的に投与された。４週間後、リンパ球が大腸の粘膜固有層から単離されて、ＰＭＡ／イオノマイシンで３．５時間刺激された。ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８およびＩＦＮγが抗体で染色され、フローサイトメトリーによって分析された（図４７Ａ）。代表的なマウスのゲートされたＣＤ３およびＴＣＲβ陽性細胞によるＣＤ８およびＩＦＮγの発現が、ＣＤ８Ｔ細胞におけるＩＦＮγ＋ 細胞のパーセンテージによって指示されるとおり、図４７Ｂに示される。各プロットは、個々のマウスを表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１（１元配置ＡＮＯＶＡ）。
【図４８】図４８は、例１０に関し、他の形では誘発されていないマウスにおける11-mixのＣＤ８誘導効果が、腸／消化管区画(the intestine/gut compartment)に限定されることを示す（SI＝小腸(short intestine)、CIEL＝結腸の上皮内リンパ球、LN＝リンパ節）。
【図４９】図４９は、結腸のLPにおけるDCサブセット(DC subsets in colonic LP)の頻度が、11-mixでのコロナイゼーション(colonization)によって、わずかにしか変えられなかったことを示す。
【図５０】図５０〜５２は、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化されること、およびその活性化が、活性化の第１週目が最も強いことを示す。ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化はない。個々の測定値は図５０および５１に示されるが、蓄積されたデータは図５２に描写される。
【図５１】図５０〜５２は、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化されること、およびその活性化が、活性化の第１週目が最も強いことを示す。ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化はない。個々の測定値は図５０および５１に示されるが、蓄積されたデータは図５２に描写される。
【図５２】図５０〜５２は、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化されること、およびその活性化が、活性化の第１週目が最も強いことを示す。ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化はない。個々の測定値は図５０および５１に示されるが、蓄積されたデータは図５２に描写される。
【図５３】図５３および５４は、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化される一方で、ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化がないことを示す。個々の測定値は図５２に示されるが、蓄積されたデータは、ＣＤ３＋ＴＣＲベータ＋ＣＤ８アルファ＋ 細胞のパーセンテージとして表現される図５４に描写される。
【図５４】図５３および５４は、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化される一方で、ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化がないことを示す。個々の測定値は図５２に示されるが、蓄積されたデータは、ＣＤ３＋ＴＣＲベータ＋ＣＤ８アルファ＋ 細胞のパーセンテージとして表現される図５４に描写される。
【図５５】図５５は、Ｋｉ６７の状況から明らかなとおり、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化される一方で、ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化がないことを示す。
【図５６】図５６および５７は、ＣＤ１０３＋の状況から明らかなとおり、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化される一方で、ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化がないことを示す。個々の測定値は図５６に示されるが、蓄積されたデータは、ＣＤ３＋ＴＣＲベータ＋ＣＤ８アルファ＋ＩＦＮγガンマ＋ 細胞のパーセンテージとして表現される図５７に描写される。
【図５７】図５６および５７は、ＣＤ１０３＋の状況から明らかなとおり、ＭＨＣ ＣＬＰクラス細胞が、11-mixの投与によって活性化される一方で、ＭＨＣ ＭＬＮクラス細胞の活性化がないことを示す。個々の測定値は図５６に示されるが、蓄積されたデータは、ＣＤ３＋ＴＣＲベータ＋ＣＤ８アルファ＋ＩＦＮγガンマ＋ 細胞のパーセンテージとして表現される図５７に描写される。
【発明を実施するための形態】
【０１２０】
詳細な記載
本明細書に提供されるのは、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖のための組成物および方法、および感染性疾患およびがんを包含する、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導および／または増殖を通して処置され得る疾患および疾病の処置のための方法である。
一側面において、本開示は、固有の生物学的特性をもつ１以上の菌株を含む組成物を提供する。一側面において、本明細書に開示の菌株の組成物はまた、細菌組成物とも称され、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導し得る。一側面において、本明細書に開示の菌株の組成物は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導し得る。
【０１２１】
一側面において、本明細書に開示の組成物の細菌は、これらの１６Ｓ ｒＲＮＡ（または１６Ｓ ｒＤＮＡ）核酸配列によって同定され得る。一般に、細菌は、これらの１６Ｓ ｒＲＮＡ核酸配列に基づき、特定の種および／または属に属するものとして分類される。マイクロバイオームに由来する細菌などの細菌もまた、近縁関係にある他の株および種をもつ系統発生的なクラスター(phylogenetic clusters)に分類されることがある。（例として、Rajilic-Stojanovic、M., and de Vos, W.M. (2014). The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev 38, 996-1047を参照）。特定の細菌種の同一性を、これらの１６Ｓ ｒＲＮＡ（または１６Ｓ ｒＤＮＡ）核酸配列に基づき決定するための方法は、当該技術分野において周知である（例として、Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working、G. (2012). Evaluation of 16S rDNA-based community profiling for human microbiome research. PLoS One 7, e39315）。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０１２２】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０１２３】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、および配列番号21と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【０１２４】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、および配列番号21と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、および配列番号21と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【０１２５】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、配列番号11、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、および配列番号21と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１２６】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１２７】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、または配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【０１２８】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、配列番号21、配列番号22、配列番号23、配列番号24、配列番号25、または配列番号26と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【０１２９】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【０１３０】
一側面において、本開示は、配列番号12、配列番号13、配列番号14、配列番号15、配列番号16、配列番号17、配列番号18、配列番号19、配列番号20、または配列番号21と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【０１３１】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号5、または配列番号10と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【０１３２】
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号3、配列番号4、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、または配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【０１３３】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０１３４】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０１３５】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【０１３６】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、配列番号37、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
【０１３７】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１３８】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号29、配列番号30、配列番号31、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、配列番号36、または配列番号37と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
【０１３９】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、配列番号47、配列番号48、配列番号49、配列番号50、配列番号51、または配列番号52と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【０１４０】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【０１４１】
一側面において、本開示は、配列番号38、配列番号39、配列番号40、配列番号41、配列番号42、配列番号43、配列番号44、配列番号45、配列番号46、または配列番号47と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
【０１４２】
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号27、配列番号28、配列番号31または配列番号36と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【０１４３】
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、配列番号29、配列番号30、配列番号32、配列番号33、配列番号34、配列番号35、または配列番号37と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
【０１４４】
一側面において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含み組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を活性成分として含む組成物を提供する。本明細書に提供されるすべての組成物にとって、菌株（単数）または菌株（複数）が、いくつかの態様において、組成物の活性成分であることは解されるべきである。
一側面において、本開示は、配列番号1〜21からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含み組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号1〜21からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を活性成分として含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1〜11からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含み組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号1〜11からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を活性成分として含む組成物を提供する。
【０１４５】
一側面において、本開示は、配列番号54〜64からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含み組成物を提供する。一側面において、本開示は、配列番号54〜64からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を活性成分として含む組成物を提供する。
本明細書に提供されるすべての組成物にとって、菌株が、いくつかの態様において、精製されていることは解されるべきである。よって、例えば本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を提供する。加えて、例えば、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む精製された菌株を含む組成物を提供する。本明細書に開示の菌株は本来、１以上のヒト個体の微生物叢から得られ精製されたものであっても、または土壌および非ヒト微生物叢を包含する、ヒト微生物叢以外の供給源から得られたものであってもよい。本明細書に提供されるとおり、いくつかの態様において、ヒト微生物叢、非ヒト微生物叢、土壌、またはいずれか代替源から単離された細菌は、本明細書に提供される組成物および方法における使用の先立ち精製されている。
【０１４６】
一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。これまで論じられたとおり、いくつかの態様において、菌株は精製されたものである。よって、一側面において、本開示は、１以上の精製された菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の精製された菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。これまで論じられたとおり、いくつかの態様において、菌株は精製されたものである。よって、一側面において、本開示は、１以上の精製された菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の精製された菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
【０１４７】
一側面において、本開示は、２以上の精製された菌株を含む組成物を提供するが、ここで２以上の精製された菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。上に論じられたとおり、いくつかの態様において、菌株は、組成物の活性成分である。よって、いくつかの態様において、本開示は、２以上の精製された菌株を活性成分として含む組成物を提供するが、ここで２以上の精製された菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
一側面において、本開示は、２以上の精製された菌株を含む組成物を提供するが、ここで２以上の精製された菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。上に論じられたとおり、いくつかの態様において、菌株は、組成物の活性成分である。よって、いくつかの態様において、本開示は、２以上の精製された菌株を活性成分として含む組成物を提供するが、２以上の精製された菌株は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
【０１４８】
一側面において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株と相同か、またはこれと高いパーセントの相同性を有する菌株および菌株の組み合わせを提供する。これまで論じられたとおり、いくつかの態様において、菌株は精製されたものである。配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する、本明細書に開示の菌株は、様々なデータベース（例として、the National Center for Biotechnology Informationを参照）に記載される菌株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列との高いパーセントの相同性（例として、９０％超）または配列同一性を有する。表１は、配列番号1〜26を含む１６Ｓ ｒＤＮＡ配列が公開データベースにおいて利用可能な細菌種の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と比較されたときの相同性によって、知られている最も近い種を提供する。
一例として、本明細書に開示の配列番号1をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株は、NCBIアクセッション# LN998073によって定義されるとおりの種Phascolarctobacterium faeciumの菌株と最も高い相同性を有する（１６Ｓ ｒＤＮＡ配列 配列番号27を有する）。配列番号1をもつ菌株が、公開されている他の菌株とも相同性を有しつつも、最も高い相同性は、NCBIアクセッション# LN998073によって定義されるとおりの種Phascolarctobacterium faeciumの菌株がもつ。本明細書に開示の複数の菌株が、同じ種と最も高い相同性を有していてもよいと解されるべきである。
【０１４９】
さらに、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する本明細書に開示の菌株が、それらの全ゲノム配列またはそれらの全ゲノム配列のサブセットに基づき、他の株ともまた相同であることは、さらに解されるべきである。
よって、一側面において、本開示が、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を有する菌株と近い相同性をもつ細菌種を含む組成物および方法もまた提供することは解されるべきである。
【０１５０】
一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種である。
一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii,、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis；Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種である。
【０１５１】
一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種である。
一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種である。
一側面において、本開示は、１以上の菌株を含む組成物を提供するが、ここで１以上の菌株は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種である。
【０１５２】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３、少なくとも２４、少なくとも２５、または少なくとも２６の菌株を含む。
【０１５３】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides spからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、または少なくとも２１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１５４】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１５５】
一側面において、本開示は、
１）Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
２）Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
３）Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
４）Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
５）Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
６）Paraprevotella xylaniphila、
７）Parabacteroides johnsonii、
８）Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
９）Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
１０）Eubacterum limosum、および
１１）Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
【０１５６】
一側面において、本開示は、
１）Phascolarctobacterium faecium、またはPhascolarctobacterium sp. CAG:207、
２）Fusobacterium ulcerans、またはFusobacterium varium、
３）Bacteroides dorei、またはBacteroides fluxus、
４）Bacteroides uniformis、またはBacteroides sp. D20、
５）Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、またはGemminger formicilis、
６）Paraprevotella xylaniphila、
７）Parabacteroides johnsonii、
８）Alistipes sp.、Alistipes timonensis、またはAlistipes senegalesis、
９）Parabacteroides gordonii、またはParabacteroides sp. HGS0025、
１０）Eubacterum limosum、および
１１）Parabacteroides sp. CAG:2、またはParabacteroides distasonis
からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１５７】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の１以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１５８】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp. HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる精製細菌混合物を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides fluxus、Bacteroides uniformis、Bacteroides sp. D20 Subdoligranulum sp.、Ruthenibacterium lactatiformans、Ruminococcaceae bacterium cv2、Gemminger formicilis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Alistipes timonensis、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、Parabacteroides sp. CAG:2、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１５９】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium varium、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Ruthenibacterium lactatiformans、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium sp. CAG:207、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides sp. D20、Ruminococcaceae bacterium cv2、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes senegalesis、Parabacteroides sp.HGS0025、Eubacterum limosum、およびParabacteroides sp. CAG:2からなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、または少なくとも１１の菌株を含む。
【０１６０】
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５の菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、およびBacteroides sp.からなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、または少なくとも１０の菌株を含む。
【０１６１】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Subdoligranulum sp.、およびEubacterum limosumからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、または少なくとも４つの菌株を含む。
一側面において、本開示は、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、およびParabacteroides distasonisからなる群から選択される種の２以上の菌株を含む精製細菌混合物を含む組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、精製細菌混合物は、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、または少なくとも７つの菌株を含む。
組成物が、具体的な種の複数の株を包含していてもよいと解されるべきである。よって、説明のため、本明細書に開示の組成物の非限定例は、Bacteroides salyersiaeの１つの株およびBacteroides uniformisの２つの株を含む。
本開示は、種Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumとの相同性において近い菌株、および／または前記種の範囲に入る菌株を含む組成物を提供し、また網羅もする。
【０１６２】
よって、一態様において、本開示の組成物は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を包含する。
よって、一態様において、本開示の組成物は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む１以上の菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の菌株を包含する。
【０１６３】
一側面において、本開示の組成物は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumからなる群から選択される種の２以上の菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株を包含する。いくつかの態様において、本開示の組成物は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株を包含する。
【０１６４】
いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む５以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、少なくとも１０の精製された菌株をもつ組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの態様において、本開示は、１０の精製された菌株からなる組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの態様において、本開示は、本質的に１１の精製された菌株からなる組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。本明細書に使用されるとき、本質的にからなる(essentially consisting of)は、何の追加の菌株も包含しない組成物を指す。
【０１６５】
いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡを含む５以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、少なくとも１０の精製された菌株をもつ組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの態様において、本開示は、１０の精製された菌株からなる組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの態様において、本開示は、１０の精製された菌株からなる組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
【０１６６】
いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、配列番号1〜26からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡを含む５以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、少なくとも１０の精製された菌株をもつ組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの態様において、本開示は、１０の精製された菌株からなる組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。いくつかの態様において、本開示は、本質的に１０の精製された菌株からなる組成物を提供するが、ここで菌株は夫々、核酸配列 配列番号1〜26と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む。
【０１６７】
一側面において、本開示は、以下の細菌種：Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、Parabacteroides distasonis、Bacteroides cellulosilyticus、Bacteroides clarus、Anaerostipes caccae、Bacteroides salyersiae、Bacteroides fragilis、Bacteroides uniformis、Bacteroides eggerthii、Clostridium sp.、Parabacteroides goldsteinii、Bacteroides sp.、Lachnospiraceae bacterium HGA0140、Hungatella hathewayi、Clostridium lavalense、Ruminococcus sp.、およびClostridium innocuumに関する菌株を含む組成物を提供する（例として、表１を参照）。本明細書に開示の組成物の複数の菌株が、同じ関連細菌種を有し得ることは解されるべきである。いくつかの態様において、本開示は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。いくつかの態様において、本開示は、配列番号27〜52からなる群から選択される核酸配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む２以上の精製された菌株をもつ組成物を提供する。
【０１６８】
一側面において、本開示は、本明細書に記載の菌株または種の配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ菌株を提供する。いくつかの態様において、菌株は、本明細書に記載の株または細菌種のいずれかと比べて、特定の領域にわたり、または全配列にわたり、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、少なくとも９９．６％、少なくとも９９．７％、少なくとも９９．８％、少なくとも９９．９％、または最大１００％の相同性を有する。用語「相同性」または「パーセント相同性」が、２以上の核酸配列またはアミノ酸配列の文脈において、２以上の配列またはこれらの部分(portion)（単数または複数）の間での一定の類似性を指すことは、当業者によって解されるであろう。相同性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長の配列の領域にわたって、またはより好ましくは１００〜５００ヌクレオチド長または１０００ヌクレオチド長以上の領域にわたって、存在していてもよい。いくつかの態様において、相同性は、その全長にわたって、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列、またはその部分に存在する。
【０１６９】
加えて、または代わりに、２以上の配列は、配列間の同一性について査定されてもよい。用語「同一の」またはパーセント「同一性」は、２以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈において、同じである２以上の配列または部分配列(subsequences)を指す。２つの配列が、比較枠(a comparison window)にわたる最大一致のために比較されアライメントされたとき特定の領域にわたってまたは全配列にわたって、あるいは以下の配列比較アルゴリズムの１つを使用してまたは手動アライメントおよび目視検査(visual inspection)によって測定される指定領域にわたって、同じである（例として、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％同一である）、特定のパーセンテージのアミノ酸残基またはヌクレオチドを有する場合、２つの配列は「実質的に同一」である。任意に、同一性は、少なくとも約５０ヌクレオチド長の領域にわたって、またはより好ましくは１００〜５００ヌクレオチド長または１０００ヌクレオチド長以上の領域にわたって、存在する。いくつかの態様において、同一性は、その全長にわたって、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列に存在する。
【０１７０】
加えて、または代わりに、２以上の配列は、配列間のアライメントについて査定されてもよい。用語「アライメント」またはパーセント「アライメント」は、２以上の核酸またはアミノ酸配列の文脈において、同じである２以上の配列または部分配列を指す。２つの配列が、比較枠にわたる最大一致のために比較されアライメントされたとき特定の領域にわたってまたは全配列にわたって、あるいは以下の配列比較アルゴリズムの１つを使用してまたは手動アライメントおよび目視検査によって測定される指定領域にわたって、同じである（例として、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％または９９．９％同一である）、特定のパーセンテージのアミノ酸残基またはヌクレオチドを有する場合、２つの配列は「実質的にアライメントされ」ている。任意に、アライメントは、少なくとも約５０ヌクレオチド長の領域にわたって、またはより好ましくは１００〜５００ヌクレオチド長または１０００ヌクレオチド長以上の領域にわたって、存在する。いくつかの態様において、同一性は、その全長にわたって、１６Ｓ ｒＲＮＡまたは１６Ｓ ｒＤＮＡ配列に存在する。
【０１７１】
配列の比較にあたり、通常は、ある配列が参照配列の役を務め、これに対して被験配列が比較される。比較のための配列のアライメントの方法は、当該技術分野において周知である。例として、以下を参照：Smith and Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482cの局所相同性アルゴリズムによる、Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443, 1970の相同性アライメントアルゴリズムによる、Pearson and Lipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444, 1988の類似性の検索方法(the search for similarity method)による、これらのアルゴリズム（the Wisconsin Genetics Software Package、Genetics Computer Group. Madison. WIにおけるGAP、BESTFIT、FASTA、およびTFASTA）のコンピュータによる履行による、または手動アライメントおよび目視検査による（例として、Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology、John Wiley & Sons, Inc.（Ringbou ed., 2003）を参照）。パーセント配列同一性および配列類似性を決定するのに好適なアルゴリズムの２つの例は、BLASTおよびBLAST 2.0のアルゴリズムであるが、これらは夫々、Altschul et al., Nuc. Acids Res. 25:3389-3402, 1977；およびAltschul et al., J. Mol. Biol. 215:403-410, 1990に記載されている。
【０１７２】
一側面において、本開示は、複数の精製された菌株を含む組成物を提供する。一側面において、組成物の精製された菌株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列は、細菌のゲノムデータベースにおける知られている細菌種／株の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と比較されて、本明細書に開示の菌株と最も近い知られている関連細菌種が同定された（例として、表１および表３を参照）。本明細書に開示の組成物の複数の菌株が、同じである最も近い関連細菌種を有していてもよいと解されるべきである。一側面において、本開示は、配列番号1〜26によって提供される配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ１以上の菌株または種を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本明細書に記載の株のいずれかと最も近い関連種のいずれか１つの核酸配列と相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ種は、配列番号27〜52によって提供される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ菌株に相当する。一側面において、本開示は、配列番号1〜21によって提供される配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ１以上の菌株または種を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本明細書に記載の株のいずれかと最も近い関連種のいずれか１つの核酸配列と相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ種は、配列番号27〜47によって提供される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ菌株に相当する。一側面において、本開示は、配列番号1〜11によって提供される配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ１以上の菌株または種を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本明細書に記載の株のいずれかと最も近い関連種のいずれか１つの核酸配列と相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ種は、配列番号27〜37によって提供される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ菌株に相当する。一側面において、本開示は、配列番号12〜26によって提供される配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ１以上の菌株または種を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本明細書に記載の株のいずれかと最も近い関連種のいずれか１つの核酸配列と相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ種は、配列番号38〜52によって提供される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ菌株に相当する。一側面において、本開示は、配列番号12〜21によって提供される配列のいずれか１つの核酸配列と相同性を有する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ１以上の菌株または種を含む組成物を提供する。いくつかの態様において、本明細書に記載の株のいずれかと最も近い関連種のいずれか１つの核酸配列と相同性をもつ１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ種は、配列番号38〜47によって提供される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ菌株に相当する。
【０１７３】
いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、本明細書に記載の菌株（例として、精製された菌株）の少なくとも１つを提供する。いくつかの態様において、少なくとも１つの菌株を含む組成物は、配列番号1〜26のいずれか１つから選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列をもつ少なくとも１つの菌株を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの菌株を含む組成物は、配列番号1〜26のいずれか１つから選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と９７％の相同性をもつ少なくとも１つの菌株を含む。いくつかの態様において、少なくとも１つの菌株を含む組成物は、配列番号1〜26のいずれか１つから選択される１６Ｓ ｒＤＮＡ配列と９７％の配列同一性をもつ少なくとも１つの菌株を含む。
いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、２以上の菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書に開示の組成物は、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０またはこれより多くの菌株（例として、精製された菌株）を含む。
【０１７４】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも５０％は、バクテロイデス目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも５０％は、バクテロイデス属またはパラバクテロイデス属(the genus Bacteroides or Parabacteroides)に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、１以上の株は、バクテロイデス属に属し、および１以上の株は、パラバクテロイデス属に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも２５％は、バクテロイデス科に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、バクテロイデス目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、パラバクテロイデス属に属する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、バクテロイデス目に属する菌株を包含しない。
【０１７５】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、バクテロイデス目に属し、および菌株の１以上は、クロストリジウム目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも５０％は、バクテロイデス目に属し、および菌株の１以上は、クロストリジウム目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも７５％は、バクテロイデス目に属し、および菌株の１以上は、クロストリジウム目に属する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の少なくとも９０％は、バクテロイデス目に属し、および菌株の１以上は、クロストリジウム目に属する。
いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、E. coliを包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、ビフィズス菌(Bifidobacterium)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、桿菌(Bacillus)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、腸球菌(Enterococcus)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、バルネシエラ(Barnesiella)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、B. fragilisを包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、B. thetaiotaomicronを包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、アッケルマンシア(Akkermansia)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、プロテオバクテリア(Proteobacteria)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、バークホルデリア(Burkholderia)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、クラスターＩＶに属するクロストリジウム(clostridium)種を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、フィーカリバクテリウム(Faecalibacterium)を包含しない。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、クラスターＸＩＶａに属するクロストリジウム種を包含しない。いくつかの態様において、組成物は、モニリア(Monilia)種などの真菌を含まない。
【０１７６】
一側面において、本開示は、ＣＤ８ Ｔ細胞を誘導するヒト糞便試料の精製された画分を提供する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、ヒト由来の細菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株のすべてが、ヒト由来の細菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、１名より多くのヒトドナーに由来する。
ここで提供される組成物において使用される菌株は一般に、健常な個体のマイクロバイオームから単離されたものである。いくつかの態様において、組成物は、単一の個体から生じる株を包含する。いくつかの態様において、組成物は、複数の個体から生じる株を包含する。いくつかの態様において、菌株は、複数の個体から得られ、個々に単離されて成長させられたものである。個々に成長させられた細菌組成物は続いて、組み合わされて本開示の組成物を提供してもよい。本明細書に提供される組成物の菌株の起源(the origin)が、健常な個体からのヒトマイクロバイオームに限定されないことは解されるべきである。いくつかの態様において、菌株は、腸内菌共生バランス失調(dysbiosis)にあるマイクロバイオームをもつヒトから生じる。いくつかの態様において、菌株は、非ヒト動物または環境（例として、土壌または地表水）から生じる。いくつかの態様において、本明細書に提供される菌株の組み合わせは、複数の供給源（例として、ヒトおよび非ヒト動物）から生じる。
【０１７７】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の嫌気性細菌を包含する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、嫌気性細菌のみを包含する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の通性嫌気性細菌を包含する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、通性嫌気性細菌のみを包含する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の偏性嫌気性細菌を包含する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、偏性嫌気性細菌のみを包含する。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、抗生物質耐性遺伝子を有さない。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株は、菌株をバンコマイシン耐性にさせる抗生物質耐性遺伝子を有さない。
【０１７８】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の抗生物質への耐性がある菌株を包含しない。本明細書に提供される細菌組成物を、投与後、身体から除去する機序を有することが望ましいと解されるべきである。１つのかかる機序は、抗生物質処置によって細菌組成物を除去することである。よって、いくつかの態様において、組成物は、１以上の抗生物質への耐性がある菌株を包含しない。いくつかの態様において、組成物は、ペニシリン、ベンジルペニシリン、アンピシリン、スルバクタム、アモキシシリン、クルブラン酸(clavulanate)、タゾバクタム、ピペラシリン、セフメタゾール、バンコマイシン、イミペネム、メロペネム、メトロニダゾールおよびクリンダマイシンからなる群から選択される１以上の抗生物質への耐性がある菌株を包含しない。いくつかの態様において、組成物は、バンコマイシンへの耐性がある菌株を包含しない。
【０１７９】
いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも４つの抗生物質感受性菌株を包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも３つの抗生物質感受性菌株を包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも２つの抗生物質感受性菌株を包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも１つの抗生物質感受性菌株を包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも４つの抗生物質感受性菌株のみを包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも３つの抗生物質感受性菌株のみを包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも２つの抗生物質感受性菌株のみを包含する。いくつかの態様において、組成物は、ヒトに有効性がある少なくとも１つの抗生物質感受性菌株を包含する。（「ヒトに有効性がある抗生物質」は、本明細書に使用されるとき、ヒトにおける細菌感染症の処置が功を奏した際に使用された抗生物質である）。
【０１８０】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、胞子菌である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、胞子の形態である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、菌株の１以上は、非胞子形態体である。
いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、胞子形成および非胞子形成の菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、胞子形成菌株を含む。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、胞子形成菌株のみを含む。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、非胞子形成菌株のみを含む。胞子形成細菌は、胞子形態（すなわち、胞子としての）であり得るか、または栄養形態（すなわち、栄養細胞としての）にあり得る。胞子形態において、細菌は一般に、熱、酸、放射線、酸素、化学薬品、および抗生物質などの環境条件に対してより耐性がある。対照的に、栄養状態または活発に成長している状態において、細菌は、胞子形態と比較して、かかる環境条件に対してより影響を受けやすい。一般に、細菌の胞子は、適切な条件下で、胞子形態から栄養状態／活発に成長している状態に生長することができる。実例として、胞子型の細菌は、これらが腸に導入されたとき、生長し得る。
【０１８１】
いくつかの態様において、組成物中の菌株の少なくとも１つ（例として、１、２、３、４、５、またはこれより多く）は、胞子菌(a spore former)である。いくつかの態様において、組成物中の菌株の少なくとも１つ（例として、１、２、３、４、５、またはこれより多く）は、胞子形態である。いくつかの態様において、組成物中の菌株の少なくとも１つ（例として、１、２、３、４、５、またはこれより多く）は、非胞子菌(a non-spore former)である。いくつかの態様において、組成物中の菌株の少なくとも１つ（例として、１、２、３、４、５、またはこれより多く）は、栄養形態である（上に論じられたとおり、胞子形成細菌もまた、栄養形態であり得る）。いくつかの態様において、組成物中の菌株の少なくとも１つ（例として、１、２、３、４、５、またはこれより多く）は、胞子形態であり、および組成物中の菌株の少なくとも１つ（例として、１、２、３、４、５、またはこれより多く）は、栄養形態である。いくつかの態様において、少なくとも１つの菌株は、胞子を形成することができると考えられるが（すなわち、胞子菌）、組成物中、栄養形態で存在する。いくつかの態様において、胞子を形成することができると考えられる少なくとも１つの菌株は、組成物中、胞子形態と栄養形態との両方で存在する。
【０１８２】
本明細書に提供される組成物の菌株は生存していること、およびこれらが標的エリア（例として、腸）に到達したときに生存しているであろうことが想定される。細菌の胞子は、この点で生存していることが考えられる。いくつかの態様において、胞子として投与された細菌は、標的エリア（例として、腸）において生長し得る。すべての細菌が生存しているわけではないこと、および組成物が非生存のあるパーセンテージ（例として、重量での）を包含し得ることも、さらに解されるべきである。加えて、いくつかの態様において、組成物は、投与されたときまたは組成物が標的エリア（例として、腸）に到達した時点で生存していない菌株を包含する。非生細菌は、組成物中の他の細菌のいくらかの栄養分および代謝物を提供することによって依然有用であり得ることも想定される。
【０１８３】
本明細書に提供される組成物のいずれかにおいて、いくつかの態様において、菌株は精製されたものである。本明細書に提供される組成物のいずれかにおいて、いくつかの態様において、菌株は単離されたものである。本明細書に記載の菌株のいずれかは、例えば培養物または微生物叢試料（例として、排泄物）から、単離および／または精製されていてもよい。ここで提供される組成物において使用される菌株は一般に、健常な個体のマイクロバイオームから単離されたものである。しかしながら、菌株はまた、健常ではないと考えられる個体から単離されたものでもあり得る。いくつかの態様において、組成物は、複数の個体から生じる株を包含する。本明細書に使用されるとき、用語「単離された」細菌は、別の細菌または菌株、成長培地の１以上の構成要素、および／または試料（糞試料など）の１以上の構成要素などの、１以上の望ましくない構成要素から分離されている。いくつかの態様において、細菌は、供給源から、供給源の他の構成要素が検出されないように、実質的に単離されたものである。また本明細書に使用されるとき、用語「精製された」は、夾雑物などの１以上の構成要素から分離された菌株またはかかる菌株を含む組成物を指す。いくつかの態様において、菌株は、実質的に夾雑物がない。いくつかの態様において、組成物の１以上の菌株は、培養物または菌株含有試料において産生されたおよび／または存在する１以上の他の細菌から独立して精製されたものであってもよい。いくつかの態様において、菌株は、試料から単離または精製され、次いで細菌の複製にとって適切な条件下、例として嫌気性培養条件下で培養される。細菌の複製にとって適切な条件下で成長した細菌は続いて、これが成長した培養物から単離／精製され得る。
【０１８４】
一側面において、本開示は、固有の生物学的特性をもつ菌株および菌株の混合物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物の菌株は、菌株間の相乗効果のおかげで、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導し得る。よって、特定の機序に限定されずに、いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物の菌株の組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において相乗的に作用するのは、前記株の組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルを生成するのに具体的にうまく適合しているからである。細菌組成物は、実例として腸管（例として、結腸または盲腸）中の栄養分の使用、および／またはＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルをもたらす代謝的相互作用を通して、そのようにし得る。加えて、特定の機序に限定されずに、いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物の菌株の組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において相乗的に作用するのは、前記株の組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を（例として、好ましい微小環境を提供することによって）もたらすであろう腸管（例として、結腸または盲腸）中の特定のくぼみ(niches)に生着するのに優れているからである。いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物の菌株の組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導において相乗的に作用するのは、前記株の組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導を刺激する代謝物および／または細胞シグナルを生成するのに具体的によく適しているからであり、および前記組み合わせが、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導のための標的への代謝物および／または細胞シグナルの局在化をもたらす特定のくぼみに生着するのによく適しているからである。
【０１８５】
疾患の処置
がん
一側面において、本開示は、組成物および対象における疾患の処置のための方法を包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がんを有する。一側面において、本明細書に提供される組成物および方法に従って処置され得るがんは、癌、神経膠腫、中皮腫、黒色腫、リンパ腫、白血病、腺癌、乳房がん、卵巣がん、子宮頸部がん、膠芽腫、多発性骨髄腫、前立腺がん、バーキットリンパ腫、頭頸部がん、結腸がん、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、食道のがん、胃がん、膵臓がん、肝胆道がん、胆嚢のがん、小腸のがん、直腸がん、腎臓がん、膀胱がん、前立腺がん、陰茎がん、尿道がん、精巣がん、膣がん、子宮がん、甲状腺がん、副甲状腺がん、副腎がん、膵内分泌がん、カルチノイドがん、骨がん、皮膚がん、網膜芽細胞腫、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、カポジ肉腫、多中心性キャッスルマン病、ＡＩＤＳ関連の原発性滲出液リンパ腫、神経外胚葉性腫瘍、または横紋筋肉腫を包含するが、これらに限定されない。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がんは、前立腺がん、膀胱がん、非小細胞肺がん、尿路上皮癌、黒色腫、または腎細胞癌である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、放射線処置を受けている。
【０１８６】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上の抗がん剤を投与することをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、化学治療剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫治療剤である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。
【０１８７】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫治療剤は、がん細胞に対する対象の免疫系の応答を増大するよう作用するがんワクチンである。例えば、がんワクチンは、がん抗原（単数または複数）を担持する細胞に対する免疫応答を誘導または刺激するよう作用するがん抗原（単数または複数）を包含する。誘導または刺激された免疫応答は、抗体（体液性）免疫応答および／またはＴ細胞（細胞性(cell-mediated)）免疫応答を誘導し得る。ＣＤ８＋ Ｔ細胞は分化して、ＣＤ８＋ Ｔ細胞によって認識される抗原を担持する標的細胞を殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞になり得る。したがって、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導は、がんワクチン中に提供されるがん抗原に対する免疫応答を増強し得る。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん免疫治療剤(the cancer immunotherapy agent)は、ＣＡＲ−Ｔ治療薬(a CAR-T therapeutic)である。ＣＡＲ−Ｔ細胞は、患者から採取されたＴ細胞を包含するが、これらの表面上にキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を産生するよう遺伝子改変されている。ＣＡＲは、がん細胞上の特定の抗原を認識するよう改変されている。ＣＡＲ−Ｔ細胞が患者中へ注入された後、がん細胞を認識し殺傷するが、これらの表面上には特定の抗原が発現されている。ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導は、ＣＡＲ−Ｔ細胞に変換するための細胞を提供するのに有用である。
【０１８８】
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上のサイトカインを投与することをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上の共刺激剤を投与することをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８、ＯＸ−４０、４−１ＢＢ、またはＣＤ４０の抗体である。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、１以上のワクチンを投与することをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、方法は、養子細胞移入治療を施すことをさらに包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【０１８９】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の抗がん剤をさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は化学治療剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、抗がん剤は、がん免疫治療剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、がん免疫治療剤は、免疫チェックポイント阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、またはＣＴＬＡ−４阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤、ＣＴＬＡ−４阻害剤、ＩＤＯ１阻害剤、ＬＡＧ３阻害剤またはＴＩＭ３阻害剤である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ニボルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ペンブロリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−１阻害剤は、ピディリズマブである。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤である。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、アテゾリズマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、アベルマブである。いくつかの態様において、ＰＤ−Ｌ−１阻害剤は、デュルバルマブである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、免疫チェックポイント阻害剤は、ＣＴＬＡ−４阻害剤である。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、抗ＣＴＬＡ−４抗体である。抗ＣＴＬＡ−４抗体の例は、イピリムマブ、トレメリムマブ（CP-675,206）、9H10、4F10、および9D9を包含するが、これらに限定されない。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、イピリムマブである。いくつかの態様において、ＣＴＬＡ−４阻害剤は、トレメリムマブである。複数の抗がん剤（例として、免疫チェックポイント阻害剤）が、本明細書に開示の組成物および方法に包含されていてもよいことは、さらに解されるべきである。実例として、非限定例において、開示される組成物および方法は、ＰＤ−１阻害剤およびＣＴＬＡ−４阻害剤の両方を包含する。
【０１９０】
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物、およびＰＤ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物、およびＰＤ−Ｌ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、Phascolarctobacterium faecium、Fusobacterium ulcerans、Bacteroides dorei、Bacteroides uniformis、Subdoligranulum sp.、Paraprevotella xylaniphila、Parabacteroides johnsonii、Alistipes sp.、Parabacteroides gordonii、Eubacterum limosum、およびParabacteroides distasonisを含む精製細菌混合物、およびＣＴＬＡ−４阻害剤を含む組成物を提供する。
【０１９１】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＰＤ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＰＤ−Ｌ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％相同の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＣＴＬＡ−４阻害剤を含む組成物を提供する。
【０１９２】
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＰＤ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＰＤ−Ｌ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号1、配列番号2、配列番号3、配列番号4、配列番号5、配列番号6、配列番号7、配列番号8、配列番号9、配列番号10、および配列番号11と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＣＴＬＡ−４阻害剤を含む組成物を提供する。
【０１９３】
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、および配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＰＤ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、および配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＰＤ−Ｌ−１阻害剤を含む組成物を提供する。
一側面において、本開示は、配列番号54、配列番号55、配列番号56、配列番号57、配列番号58、配列番号59、配列番号60、配列番号61、配列番号62、配列番号63、および配列番号64と少なくとも９７％配列同一の１６Ｓ ｒＤＮＡ配列を含む菌株を含む精製細菌混合物、およびＣＴＬＡ−４阻害剤を含む組成物を提供する。
【０１９４】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上のサイトカインをさらに包含する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、サイトカインは、ＩＬ−２、ＩＬ−１５、またはＩＬ−２１である。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の共刺激剤をさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、共刺激剤は、ＣＤ−２８、ＯＸ−４０、４−１ＢＢ、またはＣＤ４０の抗体である。
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上のワクチンをさらに含む。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、ワクチンは、樹状細胞ワクチンである。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、養子細胞移入治療と組み合わせられる。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、養子細胞移入治療は、改変されたＴ細胞受容体またはキメラ抗原受容体の使用である。
【０１９５】
感染性疾患
一側面において、本開示は、組成物および対象における疾患の処置のための方法を包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、感染性疾患を有する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、または真菌感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染性疾患は、ウイルス感染症である。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、ウイルス感染症は、ＨＩＶである。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、感染症は、肝炎ウイルスによる感染症である。
いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物は、細菌感染症、ウイルス感染症、寄生生物による感染症、および真菌感染症などの感染性疾患を予防または処置する（前記感染性疾患の弊害を部分的または完全に低減する）ための医薬組成物として使用され得る。
【０１９６】
本明細書に提供される方法に従って処置され得る細菌感染症は、これらに限定されないが、P. aeruginosa、E. coli、C. tetani、N. gonorrhoeae、C. botulinum、Klebsiella sp.、Serratia sp.、Pseudomanas sp.、P. cepacia、Acinetobacter sp.、S. epidermis、E. faecalis、S. Pneumonias、S. aureus；S. mutans、Haemophilus sp.、Neisseria sp.、N. meningitides、Bacteroides sp.、Citrobacter sp.、Branhamella sp.、Salmonella sp.、Shigella sp.、S. pyogenes、Proteus sp.、Clostridium sp.、Erysipelothrix sp.、Listeria sp.、Pasteurella multocida、Streptobacillus sp.、Spirillum sp.、Fusospirocheta sp.、Treponema pallidum、Borrelia sp.、Actinomycetes、Mycoplasma sp.、Chlamydia sp.、Rickettsia sp.、Spirochaeta、Borellia burgdorferi、Legionella sp.、Mycobacterium sp.、Ureaplasma sp.、Streptomyces sp.、Trichomoras sp.、P. mirabilis；vibrio cholera、enterotoxigenic Escherichia coli、Clostridium difficile、Salmonella typhi、C. diphtheria、Mycobacterium leprae、Mycobacterium lepromatosiを包含する。本明細書に提供される方法に従って処置され得る、薬剤耐性菌によって引き起こされる細菌感染症は、これらに限定されないが、Clostridium perfringens；Clostridium botulinum；Clostridium tributrycum；Clostridium sporogenes；Escherichia coli；多剤耐性Pseudomonas aeruginosaなどの、Pseudomonas aeruginosa；バンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）；カルバペネム耐性腸内細菌（ＣＲＥ）；Neisseria gonorrheae；アシネトバクター、多剤耐性アシネトバクター；カンピロバクター；多剤耐性カンピロバクター；カンジダ、フルコナゾール耐性カンジダ、基質特異性拡張型βラクタマーゼ(Extended spectrum beta-lactamase)（ＥＳＢＬ）産生腸内細菌；サルモネラ、Salmonella Typhimurium、薬剤耐性非腸チフス(non-typhoid)Salmonella spp.；薬剤耐性Salmonella Typhi；薬剤耐性赤痢菌；メチシリン耐性S. aureusまたはバンコマイシン耐性S. aureusなどの、Staphylococcus aureus；薬剤耐性Streptococcus Pneumoniae；薬剤耐性結核；エリスロマイシン耐性Ａ群レンサ球菌；クリンダマイシン耐性Ｂ群レンサ球菌、およびこれらのいずれの組み合わせを包含する。
本明細書に提供される方法に従って処置され得るウイルス感染症は、これらに限定されないが、ピコルナウイルス科(picornaviridae)、カリシウイルス科(caliciviridae)、トガウイルス科(togaviridae)、フラビウイルス科(flaviviridae)、コロナウイルス科(coronaviridae)、ラブドウイルス科(rhabdoviridae)、フィロウイルス科(filoviridae)、パラミクソウイルス科(paramyxoviridae)、オルトミクソウイルス科(orthomyxoviridae)、ブニヤウイルス科(bunyaviridae)、アレナウイルス科(arenaviridae)、レオウイルス科(reoviridae)、レトロウイルス科(retroviridae)、ヘパドナウイルス科(hepadnaviridae)、パルボウイルス科(parvoviridae)、パポバウイルス科(papovaviridae)アデノウイルス科(adenoviridae)、ヘルペスウイルス科(herpesviridae)、ポックスウイルス科(poxviridae)、ロタウイルス、パラインフルエンザウイルス、インフルエンザウイルスＡおよびＢ、肝炎ウイルス、梅毒、ＨＩＶ、狂犬病ウイルス、エプスタイン・バーウイルス、および単純ヘルペスウイルスを包含する。
【０１９７】
本明細書に提供される方法に従って処置され得るウイルス感染症は、これらに限定されないが、Plasmodium falciparum、P. vivax、P. ovale、P. malaria、Toxoplasma gondii、Leishmania mexicana、L. tropica、L. major、L. aethiopica、L. donovani、Trypanosoma cruzi、T. brucei、Schistosoma mansoni、S. haematobium、S. japonium、Trichinella spiralis、Wuchereria bancrofti、Brugia malayli、Entamoeba histolytica、Enterobius vermiculoarus、Taenia solium、T. saginata、Trichomonas vaginatis、T. hominis、T. tenax；Giardia lamblia、Cryptosporidium parvum、Pneumocytis carinii、Babesia bovis、B. divergens、B. microti、Isospore belli、L hominis、Dientamoeba jragiles、Onchocerca volvulus、Ascaris lumbricoides、Necator americanis、Ancylostoma duodenale、Strongyloides stercoralis、Capillaria philippinensis、Angiostrongylus cantonensis、Hymenolepis nana、Diphyllobothrium latum、Echinococcus granulosus、E. multilocularis、Paragonimus westermani、P. caliensis、Chlonorchis sinensis、Opisthorchis felineas、G. Viverini、Fasciola hepatica、Sarcoptes scabiei、Pediculus humanus、Phthirius pubis、およびDermatobia hominisを包含する。
【０１９８】
本明細書に提供される方法に従って処置され得る真菌感染症は、これらに限定されないが、Cryptococcus neoformans、Blastomyces dermatitidis、Aiellomyces dermatitidis、Histoplasfria capsulatum、Coccidioides immitis、C. albicans、C. tropicalis、C. parapsilosis、C. guilliermondiiおよびC. kruseiを包含するカンジダ種、A. fumigatus、Aflavus、A. nigerを包含するアスペルギルス種、クモノスカビ(Rhizopus)種、リゾムコール種、クスダマカビ(Cunninghamella)種、A. saksenaea、A. mucorおよびA. absidiaを包含するアポフィソマイセス(Apophysomyces)種、Sporothrix schenckii、Paracoccidioides brasiliensis、Pseudallescheria boydii、Torulopsis glabrata；およびダーマトフィレス(Dermatophyres)種を包含する。
【０１９９】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかおよび抗原を含むワクチンを提供する本明細書に提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、ＨＩＶ抗原である。本明細書に提供されるワクチンのいくつかの態様において、抗原は、肝炎抗原である。いくつかの態様において、細菌組成物はアジュバントとして、抗原性の材料と組み合わせて投与される。抗原性の材料は、病原体の外被タンパク質(protein coat)、コアタンパク質(protein core)、または機能性タンパク質の部分の１以上およびペプチド、または病原体全体(a full pathogen)（生きているか、死んでいるか、不活性化されているか、または弱毒化されている）を包含し得るか、または１つまたは複数のがんエピトープまたはがん抗原を含んでいてもよい。抗原性の材料は、細菌組成物とともに投与され得るか、その前に、またはその後に投与され得る。細菌組成物はまた、インフルエンザワクチン（例として、MedlmmuneからのFluMistまたはSerum Institute of IndiaからのNASOVAC）、ロタウイルスワクチン（例として、MerckからのRotaTeqまたはGlaxoSmithKlineからのRotarix）、腸チフスワクチン（例として、CrucellからのVivotif、Ty21A）、コレラワクチン（例として、CrucellからのOrochol、Shantha BiotechnicsからのShanchol）、旅行者下痢ワクチン(traveller’s diarrhea vaccines)（例として、CrucellからのDukoral）などの既存の粘膜ワクチンとともに、および弱毒化生インフルエンザＡウイルスＨＩ株、弱毒化生インフルエンザＡウイルスＨ３株、インフルエンザＢウイルス、弱毒化生Ｈ１Ｎ１インフルエンザウイルス（豚インフル）、弱毒化生ロタウイルス、一価および多価ポリオウイルス、弱毒化生腸チフス菌(Salmonella Typhi)、コレラ毒素サブユニットＡを欠く組み換え生Vibrio cholerae、不活化した(whole killed)Vibrio cholerae ０１クラシック生物型およびエルトール生物型の抗原とともに、コレラ毒素サブユニットＢ、がん抗原、がんエピトープ、およびこれらの組み合わせの有無にかかわらず、投与されてもよい。
【０２００】
自己免疫疾患またはアレルギー性疾患
一側面において、本開示は、対象における疾患の処置のための組成物および方法を包含する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患を有する。
本開示の組成物および方法は、自己免疫疾患およびアレルギー性疾患を予防または処置するために使用され得る。処置され得る自己免疫疾患は、これらに限定されないが、炎症性腸疾患、全身性エリテマトーデス、リウマチ性関節炎、多発性硬化症、または橋本病を包含する。処置され得るアレルギー性疾患は、これらに限定されないが、食物アレルギー、花粉症、または喘息を包含する。
【０２０１】
本明細書に提供される方法および組成物に従って処置され得る自己免疫およびアレルギー性疾患の追加の例は、臓器移植における拒絶、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、スプルー、自己免疫性関節炎、リウマチ性関節炎、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、骨髄移植後の移植片対宿主疾患、骨関節炎、若年性慢性関節炎、ライム関節炎、乾癬性関節炎、反応性関節炎、脊椎性関節症、全身性エリテマトーデス、インスリン依存性糖尿病、甲状腺炎、喘息、乾癬、強皮症性皮膚炎、アトピー性皮膚炎、移植片対宿主疾患、臓器移植に関連する急性または慢性の免疫疾患、サルコイドーシス、アテローム性動脈硬化、播種性血管内凝固症候群、川崎病、グレーブ病、ネフローゼ症候群、慢性疲労症候群、ウェゲナー肉芽腫症、ヘノッホ・シェーンライン紫斑病、腎臓の顕微鏡的多発血管炎、慢性活動性肝炎、ブドウ膜炎、敗血症性ショック、毒素ショック症候群、敗血症症候群、悪液質、後天性免疫不全症候群、急性横断性脊髄炎、ハンチントン舞踏病、パーキンソン病、アルツハイマー病、脳卒中、原発性胆汁性肝硬変、溶血性貧血、多腺性欠乏Ｉ型症候群および多腺性欠乏ＩＩ型症候群、シュミット症候群、成人（急性）呼吸窮迫症候群、脱毛症、円形脱毛症、血清反応陰性関節症、関節症、ライター病、乾癬性関節症、クラミジア、エルシニアおよびサルモネラ関連の関節症、脊椎関節症、アテローム性疾患／動脈硬化症、アレルギー性大腸炎、アトピー性アレルギー、ピーナッツアレルギー、木の実アレルギー、卵アレルギー、乳アレルギー、大豆アレルギー、小麦アレルギー、魚介類アレルギー、貝アレルギー、またはゴマアレルギーなどの食物アレルギー、自己免疫性水疱症、尋常性天疱瘡、落葉状天疱瘡、類天疱瘡、線状ＩｇＡ病、自己免疫性溶血性貧血、クームス陽性溶血性貧血、後天性悪性貧血、若年性悪性貧血、筋痛性脳炎／ロイヤルフリー病、慢性粘膜皮膚カンジダ症、巨細胞性動脈炎、原発性硬化性肝炎、特発性自己免疫性肝炎、後天性免疫不全疾患症候群、後天性免疫不全関連疾患、Ｃ型肝炎、分類不能型免疫不全症（分類不能型低ガンマグロブリン血症）、拡張型心筋症、線維性肺疾患、突発性線維化性肺胞炎、炎症後の間質性肺疾患、間質性肺炎、結合性組織病関連の間質性肺疾患、混合性結合組織病関連の肺疾患、全身性硬化症関連の間質性肺疾患、リウマチ性関節炎関連の間質性肺疾患、全身性エリテマトーデス関連の肺疾患、皮膚筋炎／多発性筋炎関連の肺疾患、シェーグレン病関連の肺疾患、強直性脊椎炎関連の肺疾患、血管炎性びまん性肺疾患、ヘモシデローシス関連の肺疾患、薬物誘導性間質性肺疾患、放射線性線維症、閉塞性細気管支炎、慢性好酸球性肺炎、リンパ球浸潤性肺疾患、感染後間質性肺疾患、痛風性関節炎、自己免疫性肝炎、１型自己免疫性肝炎（古典的自己免疫性またはルポイド性肝炎）、２型自己免疫性肝炎（抗ＬＫＭ抗体肝炎）、自己免疫性低血糖(autoimmune mediated hypoglycemia)、黒色表皮腫合併インスリン抵抗性Ｂ型、副甲状腺機能低下症、臓器移植に関連する急性免疫疾患、臓器移植に関連する慢性免疫疾患、骨関節症、原発性硬化性胆管炎、特発性白血球減少症、自己免疫性好中球減少症、腎疾患ＮＯＳ、糸球体腎炎、腎臓の顕微鏡的血管炎、円板状エ��テマトーデス、特発性の男性不妊症またはＮＯＳ、精子の自己免疫(sperm autoimmunity)、多発性硬化症（すべてのサブタイプ）、インスリン依存性糖尿病、交感性眼炎、結合組織病に次ぐ肺高血圧症、グッドパスチャー症候群、結節性多発動脈炎の肺病変(pulmonary manifestation of polyarteritis nodosa)、急性リウマチ熱、リウマチ性脊椎炎、スチル病、全身性硬化症、高安病／動脈炎、自己免疫性血小板減少症、突発性血小板減少症、自己免疫性甲状腺疾患、甲状腺機能亢進症、甲状腺腫性自己免疫性甲状腺機能低下症（橋本病）、萎縮性自己免疫性甲状腺機能低下症、原発性粘液浮腫、病原性ブドウ膜炎、原発性血管炎、白斑、アレルギー性鼻炎（花粉症）、アナフィラキシー、ペットアレルギー、ラテックスアレルギー、薬物アレルギー、アレルギー性鼻結膜炎、好酸球性食道炎、好酸球増加症候群、好酸球性胃腸炎、皮膚エリテマトーデス、好酸球性食道炎、好酸球増加症候群、好酸球性胃腸炎、および下痢を包含するが、これらに限定されない。
【０２０２】
本明細書に提供される方法および組成物のいくつかの態様において、組成物は、１以上の抗炎症剤をさらに含む。本明細書に提供される方法および組成物のいくつかの態様において、抗炎症剤は、非ステロイド抗炎症性薬物（ＮＳＡＩＤ）である。例示のＮＳＡＩＤは、これらに限定されないが、アスピリン、イブプロフェン、ナプロキセン、セレコキシブ、ロフェコキシブ、ジクロフェナク、ジフルニサル、エトドラク、フェノプロフェン、フルルビプロフェン、ケトプロフェン、ケトロラク、メフェナム酸、メロキシカム、ナブメトン、オキサプロジン、ピロキシカム、スリンダク、トルメチンおよびそれらの組み合わせを包含する。いくつかの態様において、ＮＳＡＩＤは、免疫選択的抗炎症性誘導体（ＩｍＳＡＩＤ）である。
【０２０３】
疾患の処置
一側面において、本開示は、対象における疾患の処置のための組成物および方法を提供する。一側面において、限定されることなく、本明細書に開示の組成物は、それらの投与がＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらすので、疾患を処置することができる。いくつかの態様において、本開示は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導による、処置され得る疾患のための、対象における疾患の処置のための組成物および方法を提供する。いくつかの態様において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導により処置され得る疾患は、がん、感染性疾患、自己免疫疾患またはアレルギー性疾患である。
【０２０４】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれも、疾患を処置するのに有効な量で対象へ投与することを含む、対象において疾患を処置する方法を提供する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象の腸におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積は、組成物の投与前の対象の腸におけるＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積と比較すると、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％増大している。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、組成物の投与前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較すると、対象の腸におけるＩＦＮγ産生の増大をもたらす。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、組成物の投与前の対象の腸におけるＩＦＮγ産生と比較すると、対象の腸におけるＩＦＮγ産生、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも１００％、または少なくとも２００％の増大をもたらす。
【０２０５】
本明細書に記載の組成物のいずれも、疾患（例として、がんまたは感染性疾患）を処置または予防するために、治療的に有効な量または治療的に有効な量の用量で対象へ投与されてもよい。用語「処置する」または「処置」は、疾患（例として、がんまたは感染性疾患）に関連する１以上の症状を低減または緩和することを指す。用語「予防する」または「予防」は、予防的な投与を網羅し、疾患（例として、がんまたは感染性疾患）の出現の発生率および可能性を低減させてもよい。実例として、いくつかの態様において、本明細書に提供される組成物の投与は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積を誘導する健康的なマイクロバイオームをもたらし、それによってがんおよび／または感染性疾患から対象を保護する。
本明細書に使用されるとき、医薬組成物などの組成物の「治療的に有効な量」は、対象、たとえば本明細書に記載の対象において、所望の応答または成果（限定されることなく、感染の予防、免疫応答または増強された免疫応答および／またはがん処置の促進を包含する）をもたらすいずれの量でもある。有効量という用語は、投与される細菌の数またはＣＦＵで表現されてもよいことは、理解されるべきである。細菌は、一度投与されると、倍加することができることは、さらに理解されるべきである。よって、比較的少量の細菌の投与でさえも治療効果を有する場合がある。
【０２０６】
いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物のいずれかの治療的に有効な量は、疾患の処置、例として、対象の生存率の向上、感染の抑制および／またはがんの処置に充分な量である。
本明細書に記載の方法のいずれも、対象におけるがんの処置のためであってもよい。本明細書に使用されるとき、がんを処置する方法は、がんに関連する少なくとも１の症状を軽減することもしくは緩和すること、またはがんの進行を緩徐にすることもしくは逆行させることを伴う。がんを処置する方法は、例えば、対象の腫瘍負荷を除去または低減し、がん細胞の数または複製を低減し、および／または転移を予防、遅延または阻害してもよい。
また、本明細書に提供されるのは、対象における感染性疾患の処置または予防のための方法である。本明細書に使用されるとき、感染性疾患を処置する方法は、感染に関連する少なくとも１の症状を軽減もしくは緩和すること、または感染の進行を緩徐にするもしくは逆行させることを伴う。感染性疾患を処置する方法は、例えば、感染性生物対象の腫瘍負荷を除去もしくは低減し、または感染の１以上の症状を阻害または減少してもよい。また本明細書に使用されるとき、用語「予防する」、「予防」および「予防すること」は、臨床症状または亜臨床症状、合併症、病態または感染の生化学的徴候の発現を低減するまたはその開始を遅延するための、または感染性生物（例として、細菌、ウイルス、真菌、または寄生生物）の拡散／伝播を低減または阻害するための、組成物の対象への投与を包含する。
【０２０７】
本開示の側面は、本明細書に記載の組成物のいずれかの治療的に有効な量を投与することによって、対象において疾患または疾病を処置するための方法に関する。いくつかの態様において、対象は、ヒト、非ヒト霊長目の動物、齧歯動物、ウサギ、ヒツジ、ブタ、イヌ、ネコ、ウマ、またはウシなどの哺乳動物対象である。いくつかの態様において、対象は、ヒト対象である。
本明細書に記載の組成物および方法は、追加の治療剤などの他の種類の治療と併せて利用されてもよい（すなわち、併用処置(combination treatment)）。追加の併用治療(combination therapies)の例は、手術、放射線、遺伝子治療、および、化学治療薬、抗生物質、抗ウイルス薬、抗真菌薬、抗寄生生物薬、免疫調節剤、抗炎症剤などの追加の治療剤の投与を包含するが、これらに限定されない。一般に、併用治療は、本明細書に記載の組成物および方法と同時にまたは順次に（いずれの順序でも）適用され得る。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物のいずれも、例えば、実質的に同じ時間に投与される単回用量または複数回用量で、１以上の追加の治療剤と同時に投与される。
【０２０８】
いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、１以上の追加の治療剤に付随して、対象へ投与される。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物は、対象へ投与され、続いて１以上の追加の治療剤が投与される。いくつかの態様において、本明細書に記載の組成物のいずれも、１以上の追加の治療剤の投与の少なくとも約１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１１週、１２週、３月、４月、５月、６月またはそれより前に投与される。代わりに、いくつかの態様において、対象へ投与される１以上の治療剤は、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与に続く。いくつかの態様において、１以上の治療剤は、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与の少なくとも約１日、２日、３日、４日、５日、６日、１週、２週、３週、４週、５週、６週、７週、８週、９週、１０週、１１週、１２週、３月、４月、５月、６月またはそれより前に投与される。
【０２０９】
追加の方法
本開示の範囲内にあるのはまた、本明細書に記載の組成物のいずれかの１以上の菌株が、対象の腸において存在しているかを査定する方法もある。いくつかの態様において、閾値よりも少ない数の菌株が対象の腸において検出される場合、本明細書に記載の組成物のいずれも、対象の腸において菌株の数を増大させるために対象へ投与される。いくつかの態様において、方法は、腸において検出される菌株の数に基づいて疾患の処置のための候補として対象を同定することをさらに含む。
バイオマーカーのセットのレベルを測定することはまた、疾患の評価および処置に有用である可能性もある。
一般に、腸の細菌集団（例として、１以上の菌株の存在または不存在）は、糞試料などの対象から得られる試料を査定することにより決定されてもよい。
【０２１０】
本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増殖および／または集積の誘導をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸においてＩＦＮγ産生の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与される組成物の１以上の菌株の存在をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、投与される組成物の１以上の菌株は、対象の腸において、以前には存在していなかった。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与される組成物の１以上の菌株の生着をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、投与される組成物の１以上の菌株は、対象の腸において、以前には生着していなかった。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与される組成物の菌株の数の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与される組成物の生着した菌株の数の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与される組成物の菌株の総細菌の存在量の増大をもたらす。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物の対象への投与は、対象の腸において、投与される組成物の生着した総菌株の増大をもたらす。
【０２１１】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかの１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含し、ここで、前記細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与される、方法を提供する。本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、対象は、がん処置を受けている、または受ける予定である。
一側面において、本開示は、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するものと期待されるかを決定するための方法であって、方法が、本明細書に提供される組成物のいずれかの１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含し、ここで、前記細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、対象が、がん処置に対してポジティブに応答するとは期待されない、前記方法を提供する。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、がん処置は、がん免疫治療処置である。
【０２１２】
一側面において、本開示は、対象においてウイルス感染症のリスクを低減させるための方法であって、方法が、本明細書に提供される組成物のいずれかの１以上の細菌種が、対象の腸において存在するかを決定することを包含し、ここで、細菌種の１００％未満、９０％未満、８０％未満、７０％未満、６０％未満、５０％未満、４０％未満、３０％未満、２０％未満、１０％未満が存在するかまたは何も存在しない場合、組成物が対象へ投与され、これによって、対象におけるウイルス感染症のリスクが低減される、前記方法を提供する。
本明細書に提供される方法のいくつかの態様において、１以上の細菌種の存在を決定することは、対象の排泄物を配列決定することによってなされる。
【０２１３】
医薬組成物
一側面において、本開示は、本明細書に提供される菌株および菌株の組み合わせを含む医薬組成物を提供する。本明細書に提供される組成物のいくつかの態様において、組成物は、医薬組成物である。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、薬学的に許容し得る賦形剤を含む。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、直腸投与のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、腸への送達のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、結腸への送達のために製剤化されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、１以上菌株は凍結乾燥されている。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、カプセルの形態である。本明細書に提供される医薬組成物のいくつかの態様において、医薬組成物は、１以上の腸溶性ポリマーを含むｐＨ感応組成物をさらに含む。
【０２１４】
組成物を含む、食品および医薬組成物を包含する、本明細書に記載の組成物のいずれも、いずれの形態で、例えば溶液または懸濁液などの水性形態、半固体形態で埋め込まれている、粉末形態または凍結乾燥形態などで菌株を含有していてもよい。いくつかの態様において、組成物または組成物の菌株は、凍結乾燥されている。いくつかの態様において、組成物中の菌株のサブセットは凍結乾燥されている。組成物、具体的に言うと細菌を含む組成物を凍結乾燥する方法は、当該技術分野において周知である。例として、US 3,261,761；US 4,205,132；PCT公報WO 2014/029578およびWO 2012/098358を参照、それらの全体において参照により本明細書に組み込まれる。細菌は、組み合わせとして凍結乾燥されてもよく、および／または、細菌は、投与の前に別々に凍結乾燥され、組み合わされてもよい。菌株は、それが他の菌株と組み合わされる前に薬学的な賦形剤と組み合わされてもよく、または、複数の凍結乾燥された細菌は、凍結乾燥された形態において組み合わされてもよく、および、一度組み合わせられた細菌の混合物は、続いて薬学的な賦形剤と組み合わされてもよい。いくつかの態様において、菌株は、凍結乾燥された固形物である。いくつかの態様において、１以上の菌株を含む組成物は、凍結乾燥された固形物である。
【０２１５】
組成物の菌株は、当該技術分野において周知である発酵技法を使用して製造することができる。いくつかの態様において、活性成分は、嫌気性細菌種の迅速な成長を支持することができる嫌気ファーメンターを使用して製造される。嫌気ファーメンターは、例えば、攪拌タンクリアクターまたは使い捨てウェーブバイオリアクター(wave bioreactor)であってもよい。ＢＬ培地およびＥＧ培地などの培養培地、または動物由来成分を含まない(devoid of animal components)これらと同様の培地は、細菌種の成長を支持するために使用され得る。細菌産物は、遠心分離およびろ過などの慣習的な技法により発酵ブロスから精製および濃縮され得、および任意に、当該技術分野において周知である技法により乾燥および凍結乾燥され得る。
いくつかの態様において、菌株の組成物は、医薬組成物としての投与のために製剤化されてもよい。本明細書に使用される用語「医薬組成物」は、本明細書に記載のいずれか２以上の精製された菌株などの少なくとも１の活性成分、および、１以上の薬学的に許容し得る賦形剤を包含していてもよい１以上の不活性成分の混合物または組み合わせにより生ずる産物を意味する。
【０２１６】
「許容し得る」賦形剤は、活性成分と適合性でなければならず、そしてそれが投与される対象に対して有害ではない賦形剤である。いくつかの態様において、薬学的に許容し得る賦形剤は、組成物の投与の意図したルートに基づいて選択され、例えば、経口投与または経鼻投与のための組成物は、直腸投与のための組成物とは異なる薬学的に許容し得る賦形剤を含んでいてもよい。賦形剤の例は、滅菌水、生理食塩水(physiological saline)、溶媒、基剤、乳化剤、懸濁剤、界面活性剤、安定剤、香味剤、芳香剤、賦形剤、ビヒクル、保存剤、結合剤、希釈剤、等張化剤、無痛化剤、増量剤、崩壊剤、緩衝剤、コーティング剤、滑沢剤、着色剤、甘味剤、増粘剤、および可溶化剤を包含する。
【０２１７】
医薬組成物は、当該技術分野で周知であり、日常的に実践されている方法に従って調製することができる（例として、R Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20th ed. 2000を参照）。本明細書に記載の医薬組成物は、凍結乾燥された製剤または水性溶液の形態で、いずれの担体または安定剤をさらに含んでもよい。許容され得る賦形剤、担体、また安定剤は、例えば、緩衝剤、抗酸化剤、保存剤、ポリマー、キレート試薬、および／または界面活性剤を包含していてもよい。医薬組成物は、好ましくは、ＧＭＰ条件下で製造される。医薬組成物は、経口的に、経鼻的にまたは非経口的に、実例として、カプセル、錠剤、丸薬、小袋、液体、粉末、顆粒、細顆粒、フィルムコーティング調製物、ペレット、トローチ、舌下調製物、チュアブル、バッカル調製物、ペースト、シロップ、懸濁液、エリキシル剤、エマルジョン、塗布剤、軟膏剤、硬膏剤、パップ剤、経皮吸収系、ローション、吸入剤、エアロゾル、注射剤、坐剤等の形態で使用され得る。
【０２１８】
いくつかの態様において、細菌は、腸（例として、小腸および／または結腸）への送達のために製剤化される。いくつかの態様において、細菌は、胃の中の過酷な環境を通って細菌の生存を増大させる腸溶性コーティングで製剤化される。腸溶性コーティングは、それらの中に組み込まれる細菌が胃から腸へ通過するように、胃の中の胃液の作用に抵抗するものである。腸溶性コーティングは、コーティング中に封入された細菌が、腸管中放出されるように、腸液に接触すると容易に溶解してもよい。腸溶性コーティングは、市販のEUDRAGIT（Evonik Industries）などの当該技術分野において周知であるポリマーおよびコポリマーからなっていてもよい。（例として、Zhang, AAPS PharmSciTech, 2016, 17 (1), 56-67を参照）。
【０２１９】
細菌はまた、腸（例として、結腸）への直腸送達のために製剤化されていてもよい。よって、いくつかの態様において、細菌組成物は、座薬、結腸内視鏡検査、内視鏡検査、Ｓ状結腸鏡検査または浣腸による送達のために製剤化されていてもよい。医薬調製物または製剤、および具体的には経口投与のための医薬調製物は、本開示の組成物の腸（例として、結腸）への有効的な送達を可能にする追加の構成要素をさらに包含していてもよい。組成物の腸（例として、結腸）への送達を可能にする様々な医薬調製が使用され得る。それらの例は、ｐＨ感応組成物、より具体的に言うと、緩衝化小袋製剤、または腸溶性ポリマーが胃を通過した後ｐＨがアルカリになるとそれらの内容物を放出する腸溶性ポリマーを包含する。ｐＨ感応組成物が医薬調製物を製剤化するために使用される場合、ｐＨ感応組成物は、好ましくは、組成物の変質のそのｐＨ閾値が約６．８〜約７．５であるポリマーである。かかる数値範囲は、ｐＨが、胃の遠位部においてアルカリ側にシフトする範囲であり、したがって、結腸への送達における使用のための好適な範囲である。さらに、腸の各部分（例として、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸および直腸）は、異なる生化学的および化学的環境を有することが理解されるべきである。実例として、腸の部分は、異なるｐＨを有し、特定のｐＨ感応性を有する組成物により標的化された送達を可能にする。よって、本明細書に提供される組成物は、適切なｐＨ感応性を有する製剤を提供することにより、腸または腸の特定の部分（例として、十二指腸、空腸、回腸、盲腸、結腸および直腸）への送達のために製剤化されていてもよい。（例として、Villena et al., Int J Pharm 2015、487 (1-2): 314-9を参照）。
【０２２０】
腸（例として、結腸）への組成物の送達のために有用な医薬調製物の別の態様は、小腸通過時間に対応するおよそ３〜５時間まで内容物（例として、菌株）の放出を遅延させることによって、結腸への送達を確実にするものである。遅延放出のための医薬調製物の一態様において、ハイドロゲルは、シェルとして使用される。ハイドロゲルは、胃液と接触すると水和および膨張し、その結果、内容物が効果的に放出される（主として結腸において放出される）。遅延放出投薬量単位は、投与される薬物または活性成分をコーティングまたは選択的にコーティングする材料を有する薬物含有組成物を包含する。かかる選択的コーティング材料の例は、in vivo分解性ポリマー、緩徐水和ポリマー、緩徐水溶性ポリマー、および／または酵素分解性ポリマーを包含する。放出を効果的に遅延させるための多様なコーティング材料は入手可能であり、例えば、ヒドロキシプロピルセルロースなどのセルロースベースポリマー、メタクリル酸ポリマーおよびコポリマーなどのアクリル酸ポリマーおよびコポリマー、およびポリビニルピロリドンなどのビニルポリマーおよびコポリマーを包含する。
【０２２１】
腸（例として、結腸）への送達が可能な医薬組成物の追加の例は、結腸粘膜に特異的に付着する生体付着性組成物（例えば、米国特許第6,368,586号の明細書に記載されるポリマー）、および具体的には、プロテアーゼの活性による変質から胃腸管中のバイオ医薬調製物を保護するためにその中にプロテアーゼ阻害剤がその中に組み込まれている組成物を包含する。
腸（例として、結腸）への送達を可能にする系の別の例は、胃の遠位部における細菌発酵のガスの生成により引き起こされる圧力変化を利用することにより、内容物が放出されるという様式において、圧力変化により組成物を結腸へ送達する系である。かかる系は、具体的に限定されないが、それらのより特定の例は、座薬ベース中に分散された内容物を有し、疎水性ポリマー（例えば、エチルセルロース）でコーティングされたカプセルである。
腸（例として、結腸）への組成物の送達を可能にする系のさらなる例は、例えば、炭水化物ヒドラーゼまたは炭水化物レダクターゼなどの腸管（例として、結腸）中に存在する酵素により取り除かれ得るコーティングを包含する組成物である。かかる系は、具体的に限定されないが、それらのより特定の例は、非デンプン多糖類、アミロース、キサンタンガムおよびアゾポリマーなどの食物構成要素を使用する系を包含する。
【０２２２】
本明細書に提供される組成物はまた、孔（例として、鼻孔チューブ）を通してまたは手術を通して送達することによっても、腸などの特定の標的領域に送達し得る。加えて、特定の領域（例として、盲腸または結腸）への送達のために製剤化される本明細書に提供される組成物は、チューブにより（例として、小腸に直接的に）投与されてもよい。チューブなどの機械的な送達方法と、ｐＨ特異的なコーティングなどの化学的な送達方法を組み合わせることは、所望の標的領域（例として、盲腸または結腸）への本明細書に提供される組成物の送達を可能にする。
菌株を含む組成物は、当業者に周知の従来の方法により薬学的に許容し得る剤形に製剤化される。投薬計画は、最適な所望の応答（例として、予防的または治療的効果）を提供するために調整される。いくつかの態様において、組成物の剤形は、錠剤、丸薬、カプセル、粉末、顆粒、溶液、または座薬である。いくつかの態様において、医薬組成物は、経口投与のために製剤化される。いくつかの態様において、医薬組成物は、組成物の細菌、またはそれらの部分が、対象の胃を通過した後も生育可能であるように製剤化される。いくつかの態様において、医薬組成物は、例として座薬などの直腸投与のために製剤化される。いくつかの態様において、医薬組成物は、適切なコーティング（例として、ｐＨ特異的コーティング、標的領域特異的な酵素により分解され得るコーティング、または標的領域において存在する受容体に結合し得るコーティング）を提供することにより、腸または腸の特定の領域（例として、結腸）への送達のために製剤化される。
【０２２３】
医薬組成物中の活性成分の投薬量は、対象に毒性でなく、または副作用を有することなく、特定の対象、組成物、投与の様式について、所望の医薬的応答を達成するのに有効的である活性成分の量が得られるように、変更され得る。選択される投薬量レベルは、採用される特定の組成物の活性、投与の経路、投与の回数、処置の期間、採用される特定の組成物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物および／または材料、処置される対象の年齢、性別、体重、疾病、健康全般および既往歴、およびそのような因子を包含する、様々な因子に依存する。
【０２２４】
医師、獣医師または他の訓練された施術者は、所望の治療効果を達成するために要求されるものよりも低いレベルにおいて、医薬組成物の用量を開始し、所望の効果（例として、病原性感染の処置、病原性感染の細菌負荷の低減、毒産生の低減または阻害）が達成されるまで、投薬量を段階的に増大させることができる。一般に、本明細書に記載の人の群の予防的処置のための、本明細書に開示の組成物の有効的な用量は、投与のルート、対象の生理学的状態、対象がヒトであるか動物であるか、投与される他の医薬、および所望される治療効果を包含する、多くの様々な因子に応じて変更される。投薬量は、安全性および有効性を最適化するために用量設定されることが必要である。いくつかの態様において、投薬計画は、本明細書に記載の組成物のいずれかの用量の経口投与を求める。いくつかの態様において、投薬計画は、本明細書に記載の組成物のいずれかの複数回用量の経口投与を求める。いくつかの態様において、組成物は、対象に、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、または少なくとも１０回、経口的に投与される。
【０２２５】
本明細書に開示の医薬組成物を包含する組成物は、多岐にわたる活性成分（例として、生細菌、胞子形態の細菌）をもつ組成物を包含する。組成物中の細菌の量は重量、細菌の数および／またはＣＦＵ（コロニー形成単位）で表現されてもよい。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、組成物中に、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３またはそれより多い、各細菌を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３またはそれより多い、総細菌を含有する。組成物の細菌は、異なる量で存在していてもよいことは、さらに理解されるべきである。よって、実例として、非限定例として、組成物は、１０３の細菌Ａ、１０４の細菌Ｂおよび１０６の細菌Ｃを包含していてもよい。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、約１０、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３またはそれより多いＣＦＵの各細菌の組成物を組成物中に含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、組み合わされた細菌の合計で、約１０１、約１０２、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１１、約１０１２、約１０１３またはそれより多いＣＦＵを含有する。上に議論されるとおり、組成物の細菌は、異なる量で存在していてもよい。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、組成物中に、約１０−７、約１０−６、約１０−５、約１０−４、約１０−３、約１０−２、約１０−１またはそれより多いグラムの各細菌を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、組み合わされた細菌の合計で、約１０−７、約１０−６、約１０−５、約１０−４、約１０−３、約１０−２、約１０−１またはそれより多いグラムを含有する。いくつかの態様において、投薬量は、１つの投与デバイス（例として、１つの錠剤、丸薬またはカプセル）である。いくつかの態様において、投薬量は、特定の期間（例として、１日または１週）において投与される量である。
【０２２６】
いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の各細菌の組成物を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の総細菌を含有する。
【０２２７】
いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２ＣＦＵの各細菌の組成物を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、１０〜１０１３、１０２〜１０１３、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１３、１０８〜１０１３、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１３、１０〜１０１２、１０２〜１０１２、１０３〜１０１２、１０４〜１０１２、１０５〜１０１２、１０６〜１０１２、１０７〜１０１２、１０８〜１０１２、１０９〜１０１２、１０１０〜１０１２、１０１１〜１０１２、１０〜１０１１、１０２〜１０１１、１０３〜１０１３、１０４〜１０１３、１０５〜１０１３、１０６〜１０１３、１０７〜１０１１、１０８〜１０１１、１０９〜１０１１、１０１０〜１０１１、１０〜１０１０、１０２〜１０１０、１０３〜１０１０、１０４〜１０１０、１０５〜１０１０、１０６〜１０１０、１０７〜１０１０、１０８〜１０１０、１０９〜１０１０、１０〜１０９、１０２〜１０９、１０３〜１０９、１０４〜１０９、１０５〜１０９、１０６〜１０９、１０７〜１０９、１０８〜１０９、１０〜１０８、１０２〜１０８、１０３〜１０８、１０４〜１０８、１０５〜１０８、１０６〜１０８、１０７〜１０８、１０〜１０７、１０２〜１０７、１０３〜１０７、１０４〜１０７、１０５〜１０７、１０６〜１０７、１０〜１０６、１０２〜１０６、１０３〜１０６、１０４〜１０６、１０５〜１０６、１０〜１０５、１０２〜１０５、１０３〜１０５、１０４〜１０５、１０〜１０４、１０２〜１０４、１０３〜１０４、１０〜１０３、１０２〜１０３、または１０〜１０２の総ＣＦＵを含有する。
【０２２８】
いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５、または１０−７〜１０−６グラムの組成物中各細菌を含有する。いくつかの態様において、本明細書に開示の医薬組成物は、投薬量あたり、１０−７〜１０−１、１０−６〜１０−１、１０−５〜１０−１、１０−４〜１０−１、１０−３〜１０−１、１０−２〜１０−１、１０−７〜１０−２、１０−６〜１０−２、１０−５〜１０−２、１０−４〜１０−２、１０−３〜１０−２、１０−７〜１０−３、１０−６〜１０−３、１０−５〜１０−３、１０−４〜１０−３、１０−７〜１０−４、１０−６〜１０−４、１０−５〜１０−４、１０−７〜１０−５、１０−６〜１０−５、または１０−７〜１０−６グラムの組み合わされたすべての細菌を含有する。
【０２２９】
一側面において、本開示は、本明細書に提供される組成物のいずれかおよび栄養分を含む食品を提供する。本開示の範囲内にあるのはまた、本明細書に記載の菌株のいずれかおよび栄養分を含む食品もある。食品は、一般に、ヒトまたは動物の消費のために意図される。本明細書に記載の菌株のいずれも、食品として製剤化されていてもよい。いくつかの態様において、菌株は、胞子の形態において食品として製剤化されていてもよい。いくつかの態様において、菌株は、栄養形態において食品として製剤化されていてもよい。いくつかの態様において、食品は、栄養細菌および胞子形態における細菌の両方を含む。本明細書に開示の組成物は、健康食物または飲料、乳幼児のための食物または飲料、妊婦、アスリート、高齢者または他の特定された群のための食物または飲料、機能性食物、飲料、特定健康用途のための食物または飲料、栄養補助食品(dietary supplement)、患者のための食物または飲料、または動物飼料などの食物または飲料に使用され得る。食物および飲料の非限定の例は、ジュース、リフレッシュ飲料、お茶飲料、ドリンク調製物、ゼリー飲料、および機能性飲料などの様々な飲料；ビールなどのアルコール飲料；米食品、ヌードル、パン、およびパスタなどの炭水化物含有食物；魚肉ハム、ソーセージ、海産物のペースト製品などのペースト製品；カレー、濃厚なデンプン質のソースをかけた食物、スープなどのレトルトパウチ製品；乳、乳飲料、アイスクリーム、チーズ、およびヨーグルトなどの乳製品；味噌(fermented soybean pastes)、ヨーグルト、発酵飲料、およびピクルスなどの発酵製品；豆製品；ビスケット、クッキー等を包含する西洋菓子製品、あん饅頭(steamed bean-jam bun)、水ようかん(soft adzuki-bean jellie)等などを包含する和菓子製品、キャンディー、チューインガム、グミ、ゼリー、クリームキャラメルを包含する冷たいデザートおよびフローズンデザートなどの様々な菓子製品；インスタントスープ、およびインスタント味噌汁などのインスタント食物；電子レンジが使用可能な(microwaved)食物；等を含む。さらに、例はまた、粉末、顆粒、錠剤、カプセル、液体、ペースト、およびゼリーの形態において調製された健康食物および飲料も包含する。
【０２３０】
本明細書に記載の菌株を含有する食品は、当該技術分野において知られている方法を使用して生産されてもよく、本明細書に提供される医薬組成物として（例として、重量、量またはＣＦＵにより）同じ量の細菌を含有していてもよい。食品における細菌の適切な量の選択は、例えば、食品の供給サイズ、食品の消費の頻度、食品に含有される特定の菌株、食品中の水の量、および／または食品中の細菌の生存のための追加の条件を包含する、様々な因子に依存していもよい。
本明細書に記載の菌株のいずれかを含有するために製剤化されていてもよい食品の例は、飲料、ドリンク、バー、スナック、乳製品、菓子製品、シリアル製品、調理済み製品、栄養補助製剤などの栄養処方、食物または飲料添加剤を包含するが、これらに限定されない。
【０２３１】
いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の投与の前に、１の用量の抗生物質を受けていない。いくつかの態様において、対象は、本明細書に提供される組成物の投与前少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも６０、少なくとも９０、少なくとも１２０、少なくとも１８０または少なくとも３６０日、抗生物質を投与されていない。
いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前にまたは同時に、１以上の用量の抗生物質を投与されてもよい。抗生物質は、様々な理由のために投与されてもよい。実例として、抗生物質は、本明細書に提供される細菌組成物の投与の前に、結腸および／または腸から細菌種を取り除くために投与されてもよい。抗生物質はまた、がん処置の場合において、不要な感染を抑制するために投与されてもよい。いくつかの事例において、抗生物質は、感染性疾患のための処置方法として投与されてもよい。
いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前に、単回用量の抗生物質を投与されてもよい。いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前に、複数回用量の抗生物質を投与されてもよい。いくつかの態様において、対象は、細菌組成物の前に、少なくとも２、３、４、５またはそれより多い用量の抗生物質を投与される。いくつかの態様において、対象は、細菌組成物と実質的に同時に、１の用量の抗生物質を投与される。投与され得る抗生物質の例は、カナマイシン、ゲンタマイシン、コリスチン、メトロニダゾール、バンコマイシン、クリンダマイシン、フィダキソマイシン、およびセフォペラゾンを包含するが、これらに限定されない。
【０２３２】
診断および予後診断方法
本明細書に記載されるのは、対象が本明細書に記載の組成物および／または本明細書に記載の免疫チェックポイント阻害剤のいずれかなどの処置を受けるべきかの決定における使用のための診断方法（例として、コンパニオン診断）である。かかる方法は、疾患の診断、疾患の進行のモニタリング、疾患のための処置の有効性の査定、および／または特定の処置に好適な患者の同定に使用され得る。
したがって、本明細書に記載の方法は、対象から得られた試料（例として、リンパ球を含有する生体試料）中のマーカーのレベルに基づく。いくつかの態様において、方法は、対象からの１以上の試料におけるマーカーの存在および／またはレベルを分析することを伴う。
【０２３３】
いくつかの態様において、対象から得られた試料におけるマーカーのレベルは、次いで、試料におけるマーカーの量を示す値を決定するために、参照試料または対照試料と比較され得る。いくつかの態様において、マーカーの値は、試料におけるマーカーのレベルを試料における別のマーカー（例として、内部対照または内部標準）のレベルと比較することにより得られる。マーカーの値は、対象が疾患を有する、またはそれについてのリスクを有することを決定するために、参照値と比較され得る。いくつかの態様において、マーカーのレベルは、マーカーについて予め決定された閾値と比較され、それからの偏差は、対照が疾患を有することを示してもよい。いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が参照レベルまたは値よりも高い場合、本明細書に記載のとおり、対象は、疾患を有するまたはそのリスクを有するとして同定され得る。いくつかの態様において、マーカーのレベルまたは値が参照レベルまたは値よりも低い場合、本明細書に記載のとおり、対象は、疾患を有するまたはそのリスクを有するとして同定され得る。
いくつかの態様において、対象からの試料におけるマーカーのレベルは、同じ対象から得られた別の試料、例えば、異なる時間において対象から得られた試料におけるマーカーのレベルと比較される。いくつかの態様において、対象からの試料におけるマーカーのレベルは、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与前などのより早い時間において対象から得られた試料におけるマーカーのレベルと比較される。いくつかの態様において、対象からの試料におけるマーカーのレベルは、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与後などのより遅い時間において対象から得られた試料におけるマーカーのレベルと比較される。
【０２３４】
いくつかの態様において、試料におけるマーカーのレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与前に得られた対象からの試料におけるマーカーのレベルまたは値と比較して高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物を投与される。いくつかの態様において、試料におけるマーカーのレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与前に得られた対象からの試料におけるマーカーのレベルまたは値と比較して高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与を伴う治療は継続される。いくつかの態様において、試料におけるマーカーのレベルまたは値は、本明細書に記載の組成物の投与前の試料におけるマーカーのレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％向上する。
【０２３５】
いくつかの態様において、試料におけるマーカーのレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与前に得られた対象からの試料におけるマーカーのレベルまたは値と比較して増大しない（例として、等しいまたは低い）場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与は、中断される。いくつかの態様において、試料におけるマーカーのレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与前に得られた対象からの試料におけるマーカーのレベルまたは値と比較して増大しない（例として、等しいまたは低い）場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与は、本明細書に記載の組成物の投与後に再分析される。いくつかの態様において、試料におけるマーカーのレベルまたは値は、本明細書に記載の組成物の投与前の試料におけるマーカーの値のレベルと比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％低減する。
いくつかの態様において、マーカーのレベルは、マーカー（例として、タンパク質または核酸レベル）の発現および／またはマーカーが発現される細胞種を分析することにより決定される。当該技術分野において知られている方法のいずれも、マーカーの発現および／またはマーカーが発現される細胞種を分析するために使用されてもよい。
【０２３６】
本明細書に提供されるのにはまた、対象から得られた試料（例として、脾細胞を含有する生体試料）中のＩＦＮγ産生のレベルまたは程度に基づく方法もある。いくつかの態様において、方法は、対象からの１以上の試料におけるＩＦＮγ産生の存在および／またはレベルを分析することを伴う。
いくつかの態様において、対象から得られた試料におけるＩＦＮγ産生のレベルは、次いで、試料におけるＩＦＮγ産生の量を示す値を決定するために、参照試料または対照試料と比較され得る。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生についての値は、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルと、試料における別の分子（例として、内部対照または内部標準）のレベルとを比較することにより得られる。ＩＦＮγ産生の値は、対象が疾患を有するまたはそのリスクを有するかを決定するための参照値と比較され得る。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルは、ＩＦＮγ産生について予め決定された閾値と比較され、それからの偏差は、対象が疾患を有することを示してもよい。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が参照レベルまたは値よりも高い場合、本明細書に記載のとおり、対象は、疾患を有するまたはそのリスクを有するとして同定され得る。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、参照レベルまたは値よりも低い場合、本明細書に記載のとおり、対象は、疾患を有するまたはそのリスクを有するとして同定され得る。
【０２３７】
いくつかの態様において、対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルは、同じ対象から得られる別の試料、例えば、異なる時間において対象から得られる試料におけるＩＦＮγ産生のレベルと比較される。いくつかの態様において、対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルは、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与前などの、より早い時間において対象から得られる試料におけるＩＦＮγ産生のレベルと比較される。いくつかの態様において、対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルは、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与後などの、より遅い時間において対象から得られる試料におけるＩＦＮγ産生のレベルと比較される。
いくつかの態様において、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与の前に得られた対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物を投与される。いくつかの態様において、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与の前に得られた対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して高い場合、対象は、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与を伴う治療を継続する。いくつかの態様において、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値は、本明細書に記載のとおり、組成物の投与の前の試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％向上する。
【０２３８】
いくつかの態様において、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与の前に得られた対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して増大（例として、等しい〜低下）しない場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与は、中断される。いくつかの態様において、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値が、本明細書に記載の組成物の投与の前に得られた対象からの試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、増大（例として、等しい〜低下）しない場合、免疫チェックポイント阻害剤および本明細書に記載の組成物の投与は、本明細書に記載の組成物の投与後に再分析される。いくつかの態様において、試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値は、本明細書に記載の組成物の投与の前の試料におけるＩＦＮγ産生のレベルまたは値と比較して、少なくとも１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１１０％、１２０％、１３０％、１４０％、１５０％、１６０％、１７０％、１８０％、１９０％、または少なくとも２００％低減する。
【０２３９】
いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生のレベルは、ＩＦＮγの発現（例として、タンパク質または核酸レベル）および／またはＩＦＮγが産生される細胞種を分析することにより決定される。当該技術分野において知られている方法のいずれも、ＩＦＮγの発現を分析するために、および／またはＩＦＮγを産生する細胞種を同定するために使用されてもよい。対照レベルはまた、予め決定されたレベルまたは閾値でもあり得る。かかる予め決定されたレベルは、標的疾患を有しない、またはそのリスクを有しない対象の集団におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを代表し得る。それはまた、標的疾患を有する対象の集団におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルも代表し得る。
予め決定されたレベルは、様々な形態を取り得る。例えば、それは、中央値または平均値などのシングルカットオフ値であり得る。いくつかの態様において、かかる予め決定されたレベルは、１つの定義された群が標的疾患を有することが知られ、別の定義された群が標的疾患を有しないことが知られている、などの比較群に基づいて確立され得る。
代わりに、予め決定されたレベルは、範囲、例えば、対照集団における代謝物のレベルを代表する範囲であり得る。
【０２４０】
本明細書に使用されるとき、「上昇したレベル」または「増大したレベル」は、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルが、参照値、または本明細書に記載の組成物のいずれかの投与前の対象から得られた試料などの別の試料におけるレベルよりも高いことを意味する。マーカーまたはＩＦＮγ産生の上昇したレベルは、参照値または対象からの別の試料におけるレベルの、例えば、１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％またはそれより大きいマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを包含する。いくつかの態様において、被験試料におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルは、参照試料におけるレベルまたは対象からの別の試料におけるレベルよりも、少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００、１０００、１００００倍またはそれよりも高い。
本明細書に使用されるとき、「減少したレベル」は、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルが、参照値または本明細書に記載の組成物のいずれかの投与前の対象から得られた試料などの別の試料におけるレベルよりも低いことを意味する。マーカーまたはＩＦＮγ産生の減少したレベルは、参照値または対象からの別の試料におけるレベルの、例えば、１％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％、５００％またはそれより低いマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルを包含する。いくつかの態様において、被験試料におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルは、参照試料におけるマーカーまたはＩＦＮγ産生のレベル、または対象からの別の試料におけるレベルよりも、少なくとも１．１、１．２、１．３、１．４、１５、１．６、１．７、１．８、１．９、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、７、８、９、１０、５０、１００、１５０、２００、３００、４００、５００、１０００、１００００倍またはそれよりも低い。
【０２４１】
本明細書に記載の方法において同定される対象は、免疫チェックポイント阻害剤と本明細書に記載の組成物のいずれかとの組み合わせでの処置などの好適な処置に供されてもよい。
本明細書に記載のアッセイ方法およびキットはまた、マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルとかかる疾患との相関性を考慮して、疾患、たとえば本明細書に記載の疾患のための処置の有効性の評価のためにも適用され得る。例えば、複数の生体試料は、処置が実施される対象から、処置の前および後のいずれか、またはその過程の間において採取され得る。マーカーまたはＩＦＮγ産生のレベルは、処置が有効であるかについての指標であってもよい。
対象が処置に対して応答性でないと同定される場合、組成物および／または免疫チェックポイント阻害剤の高い用量および／または頻度の投薬量が、同定された対象へ投与される。いくつかの態様において、治療剤の投薬量または投薬量の頻度は、処置に対して応答性である、またはさらなる処置が必要ないとして同定された対象において、維持され、低下され、または停止される。代わりに、異なる処置は、最初の処置に対して応答性でないと見出された対象へ適用され得る。
他の態様において、マーカーまたはＩＦＮγ産生の値は、疾患が、例えば、本明細書に記載の組成物を投与することにより処置可能である可能性があることを同定するのに依拠することができる。
【０２４２】
スクリーニング方法
本明細書に提供されるのは、所望の応答を生じさせる細菌またはそれらの生理活性物質を同定するための、細菌または細菌由来の生理活性物質をスクリーニングするための方法である。例えば、いくつかの態様において、スクリーニング方法は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する細菌または細菌由来の生理活性物質を同定するために使用される。いくつかの態様において、スクリーニング方法は、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化を誘導する細菌または細菌由来の生理活性物質を同定するために使用される。いくつかの態様において、スクリーニング方法は、免疫刺激剤として細菌または細菌由来の生理活性物質を同定するために使用される。
また、本明細書に提供されるのは、活性化を誘導する物質、またはＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞により引き起こされる疾患を誘導または悪化させる物質を同定するための、被験物質をスクリーニングするのための方法である。
一般に、スクリーニング方法は、in vitro（例として、細胞を使用して）またはin vivo（例として、非ヒト動物モデルを使用して）で実施されてもよい。いくつかの態様において、方法は、細胞（例として、腸上皮細胞、末梢血単核細胞）の集団を被験物質（例として、細菌またはそれらの生理活性物質）と接触させること、および応答を査定することを伴う。いくつかの態様において、応答は、所望の細胞集団（例として、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ Ｔ細胞）の数および／または活性である。
【０２４３】
いくつかの態様において、方法は、被験物質（例として、細菌またはその生理活性物質）を非ヒト動物モデルに接種すること、および応答を査定することを伴う。いくつかの態様において、非ヒト動物モデルは、被験物質を摂取する。いくつかの態様において、応答は、所望の細胞集団（例として、ＣＤ８＋ ＩＦＮγ Ｔ細胞）の数および／または活性である。いくつかの態様において、応答は、それらの疾患または症状の改善、またはそれらの疾患または症状の誘導／悪化である。
いくつかの態様において、本明細書に記載のスクリーニング方法のいずれかにおいて同定される細菌および／または細菌由来の生理活性物質は、例えば疾患の処置のために、対象へ投与されてもよい。
【０２４４】
キット
本開示はまた、本明細書に記載の組成物のいずれかを対象へ投与することを伴う、例えば、脾細胞におけるＩＦＮγ産生の程度またはレベルに基づいて、免疫系活性化の評価における使用のためのキットも提供する。いくつかの態様において、試料は、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与の前、間、および／または後に、対象から得られてもよい。
いくつかの態様において、キットは、試料におけるＩＦＮγ産生の量を検出および／または測定するための１以上の分子を含有する。いくつかの態様において、ＩＦＮγ産生の量を検出または測定する分子は、ＩＦＮγに特異的に結合する１以上の結合剤を含み得る。いくつかの態様において、結合剤は、ＩＦＮγに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、ＩＦＮγに結合し、レポーター分子をコードする遺伝子の発現を誘導する細胞上の受容体などのレポーター系の一部である。いくつかの態様において、キットはまた、対象から得られた試料（単数または複数）におけるＩＦＮγの量と比較されてもよい標準または対照試料も含有する。
【０２４５】
いくつかの態様において、キットは、本明細書に記載のコンパニオン診断方法のいずれかを実行するためのものであってもよい。
いくつかの態様において、キットは、本明細書に記載の細菌種のいずれか１つの量または存在を検出および／または測定するための１以上の分子またはそれらの構成要素を含有する。いくつかの態様において、菌株の量を検出または測定する分子は、菌株に特異的に結合する１以上の結合剤を含み得る。いくつかの態様において、結合剤は、細菌種を同定する１以上の細菌種の特色に特異的に結合する。いくつかの態様において、結合剤は、特定の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列などの本明細書に記載の細菌種の１以上の核酸配列に特異的に結合する核酸である。いくつかの態様において、キットはまた、対象から得られた試料（単数または複数）と比較されてもよい標準または対照試料を含有する。
【０２４６】
本開示はまた、本明細書に記載の組成物のいずれかの投与の前、間、および／または後に、マーカー（例として、ＣＤ４４、ＣＤ８、ＩＦＮγ、ＧｚｍＢ、ｇｐ７０ ＭＣ３８ペプチド（KSPWFTTL；（配列番号53））に特異的なＴＣＲβ、または抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβ）の発現を分析することを伴う、処置方法、例えば、腫瘍治療の決定における使用のためのキットも提供する。また、本明細書に提供されるのは、免疫チェックポイント阻害剤（例として、ＰＤ−１阻害剤）での腫瘍治療のためのコンパニオン診断を含むキットでもある。
いくつかの態様において、キットは、ＣＤ４４、ＣＤ８、ＩＦＮγ、ＧｚｍＢ、または腫瘍抗原由来リガンドに特異的なＴＣＲβなどのマーカーの発現レベルを分析またはモニタリングするための１以上の構成要素を包含する。いくつかの態様において、マーカーは、マーカーのレベル（量）、および／またはマーカーが存在する特定の細胞種を測定することにより、マーカーの存在を検出することにより分析される。いくつかの態様において、マーカーの量を検出または測定する分子は、マーカーに特異的に結合する１以上の結合剤を含む。いくつかの態様において、結合剤は、マーカーに特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、マーカーに特異的に結合するＭＨＣマルチマーである。
【０２４７】
いくつかの態様において、マーカーは、マーカーをコードする核酸のレベル（量）および／またはマーカーをコードする核酸が発現される特定の細胞種を測定することにより、マーカーをコードする核酸の存在を検出することにより、分析される。いくつかの態様において、キットは、対象から得られる試料からの核酸（例として、ＲＮＡ）の単離のための１以上の試薬を包含する。
いくつかの態様において、キットは、試料から結合剤の標的（例として、ＩＦＮγ、細菌種）への結合を検出するための検出剤（例として、結合剤に結合する抗体）をさらに含む。検出剤は、標識とコンジュゲートされ得る。いくつかの態様において、検出剤は、結合剤の少なくとも１つへ特異的に結合する抗体である。いくつかの態様において、結合剤は、検出剤により同定され、直接的にまたは間接的に結合し得るタグを含む。
【０２４８】
いくつかの態様において、キットは、対象へ投与するための、１以上の治療薬および／または組成物をさらに包含していてもよい。例えば、いくつかの態様において、キットは、１以上の免疫チェックポイント阻害剤（例として、ＰＤ−１阻害剤、ＰＤ−Ｌ１阻害剤、ＣＴＬＡ−４阻害剤）を包含していてもよい。いくつかの態様において、キットは、本明細書に記載の菌株の１以上を含む組成物を包含していてもよい。
いくつかの態様において、キットは、細菌または細菌由来の物質をスクリーニングするためのもの、例えばＣＤ８＋ ＩＦＮγ産生Ｔ細胞の活性化するものであってもよい。いくつかの態様において、キットは、細胞株の細胞などの、細胞を包含する。いくつかの態様において、細胞は、腸上皮細胞、末梢血単核細胞である。
いくつかの態様において、キットまたはデバイスは、支持部材(a support member)をさらに包含する。いくつかの態様において、支持部材は、ニトロセルロース膜、ポリフッ化ビニリデン（ＰＶＤＦ）膜、またはアセチルセルロース膜などの膜である。いくつかの例において、イムノアッセイは、ウエスタンブロットアッセイフォーマットまたは側方流動アッセイフォーマットであってもよい。
【０２４９】
いくつかの態様において、支持部材は、ＥＬＩＳＡプレートなどのマルチウェルプレートである。いくつかの態様において、本明細書に記載のイムノアッセイは、ハイスループットプラットフォーム上で実行され得る。いくつかの態様において、マルチウェルプレート、例として、２４−、４８−、９６−、３８４−またはそれより多いウェルのプレートは、ハイスループット検出アッセイのために使用されてもよい。
キットまたは検出デバイスにおいて、１以上の結合剤が、膜、ビーズ、スライド、またはマルチウェルプレートであり得る支持部材上に固定化されていてもよい。イムノアッセイのための適切な支持部材の選択は、試料数および第２の剤とコンジュゲートされている標識から放出されるシグナルを検出する方法などの様々な因子に依存する。
キットはまた、本明細書に記載の１以上の緩衝剤、限定することなく、コーティング緩衝剤、ブロッキング緩衝剤、洗浄緩衝剤、および／または停止緩衝剤も含み得る。
【０２５０】
いくつかの態様において、キットは、本明細書に記載の方法のいずれかに従う使用のための指示を含み得る。キットの使用に関する指示は、一般に、各構成要素の量および本明細書に記載のアッセイ方法を実施するための好適な条件に関する情報を包含する。キット中の構成要素は、単位用量、大量包装（例として、複数回用量包装）、または副次的単位(sub-unit)用量であってもよい。本開示のキットにおいて供給される指示は、典型的には、ラベルまたは能書（例として、キット中に包含される紙シート）上の書面での指示であるが、機械読み取り可能な指示（例として、磁気的または光学的な保存ディスク上に保持された指示）もまた許容される。
ラベルまたは能書は、キットが、免疫系活性化のレベルの評価、処置の選択、および／または診断目的のために使用されることを示す。指示は、本明細書に記載の方法のいずれかを実践するために提供されてもよい。
【０２５１】
本開示のキットは、好適な包装中にある。好適な包装は、これらに限定されないが、バイアル、瓶、ジャー、フレキシブル包装（例として、密閉マイラー(sealed Mylar)またはプラスチック袋）等を包含する。
キットは、任意に、対照および／または標準または参照試料などの解釈用の情報などの追加の構成要素を提供してもよい。通常、キットは、容器および容器上のまたはそれに関連するラベルまたは能書（単数または複数）を含む。いくつかの態様において、本開示は、上に記載のキットの内容を含む製造品(articles of manufacture)を提供する。
以下の表１は、本明細書に開示の実験の組成物において使用される配列識別番号（配列番号）を提供する。示された株に最も近い細菌種は、属種により表される。最も近い関連する属種として同定される各属種と関連する１６Ｓ ｒＤＮＡ配列もまた提供される。パーセントアライメントは、示された株の配列と最も近い属種からの配列との間のパーセント同一性、およびアライメントの長さを表す。最も近い関連する種のGenBankアクセッション番号は、最後の欄において提供される。
【０２５２】
【表１】
2020503862.tif 000002
【０２５３】
本明細書に記載の菌株について１６Ｓ ｒＤＮＡの核酸配列またはこれらの一部は、以下に提供される：
配列番号1 株1 2G5_Phascolarctobacterium faecium_LN998073 GACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTA
【０２５４】
配列番号2 株2 1A6_Fusobacterium ulcerans_KR822463 GATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATGCAAGTCTACTTGATCCTTCGGGTGAAGGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAAGAACTTGCCTTACAGACTGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGGATATTATGATTGGGTCGCATGATCTGATTATGAAAGCTATATGCGCTGTGAGAGAGCTTTGCGTCCCATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACGATGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGTGTGCACGAAGAAGTTTTTCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAGTCAGTGACGGTACCAACAGAAGAAGCGACGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGCGGCTTAGTAAGTCTGATGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATTGCGTTGGAAACTGCTAAACTAGAGTACTGGAGAGGTAGGCGGAACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCCTACTGGACAGATACTGACGCTAAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGCGCCCAAGCTAACGCGATAAGTAATCCGCCTGGGGAGTACGTACGCAAGTATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAACCTTACCAGCGTTTGACATCCCAAGAAGTTAACAGAGATGTTTTCGTGCCTCTTCGGAGGAACTTGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTTTCGTATGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCTGCGATGAGCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGTAGTACAGAGAGCTGCAAACCTGCGAGGGTAAGCTAATCTCATAAAACTATTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAAATCAGCTATGTTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGTTGCACCTGAAGTAACAGGCCTAACCGTAA
【０２５５】
配列番号3 株3 1B11_Bacteroides dorei_CP011531
AGTTTGNNNTATGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGAT
【０２５６】
配列番号4 株4 2G1_Bacteroides uniformis_NR_112945 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTAGAACTATTAAAGAATTTCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACCAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTGATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAG
【０２５７】
配列番号5 株5 2B1_Subdoligranulum sp. 4_3_54A2FAA_NZ-ACWW00000000 GACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAGTTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGACCACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAAGGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGTACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTGAGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATTAGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTACGCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTATTAACAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAGCAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAACCGC
【０２５８】
配列番号6 株6 2A6_Paraprevotella xylaniphila_AB331897 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATCCAACCTGCCCTTTACCCGGGGATAGCCTTCTGAAAAGGAAGTTTAATACCCGATGAATTCGTTTAGTCGCATGGCTNGATGAATAAAGATTAATTGGTAAAGGATGGGGATGCGTCCCATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGGAGGACGACGGCCCTACGGGTTGTAAACTCCTTTTATAAGGGGATAAAGTTGGCCATGTATGGCCATTTGCAGGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGCTGTCAAGTCAGCGGTCAAATGGCGCGGCTCAACCGCGTTCCGCCGTTGAAACTGGCAGCCTTGAGTATGCACAGGGTACATGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAGGAACTCCGATCGCGCAGGCATTGTACCGGGGCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAGGTGCGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCGCACAGTAAACGATGAATGCCCGCTGTCGGCGACATAGTGTCGGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATCGCAGGTGCATGGGCCGGAGACGGCCCTTTCCTTCGGGACTCCTGCGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCCCCTCCCCAGTTGCCACCGGGTAATGCCGGGCACTTTGGGGACACTGCCACCGCAAGGTGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTGCCCGGTGACGGTTGGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTGCCTGAAGTCCGTNNCCGCGA
【０２５９】
配列番号7 株7 2F11_Parabacteroides johnsonii_AB261128 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTAAGTAGCAATACTTATTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGATTAATACTCCATAAAACAGGGGTTCCGCATGGGACTATTTGTTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGTGGGACGTGTTCCATTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCAGACCGACCTTGAAAGAGGTTTTCTAGCAATAGCTGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCTAAACCATGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAA
【０２６０】
配列番号8 株8 1E7_Alistipes sp. JC136_NZ-CAEG00000000 GATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGATTGAAGCTTGCTTCAGTTGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTATGCAACCTACCCATAACAGGGGGATAACACTGAGAAATCGGTACTAATATCCCATAACATCAAGAGGGGCATCCCTTTTGGTTGAAAACTCCGGTGGTTATGGATGGGCATGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGGGGGACTGAGAGGTTAACCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGCAAGTCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGCTCTATGAGTTGTAAACTGCTTTTGTACGAGGGTAAACCCGGATACGTGTATCCGGCTGAAAGTATCGTACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATTCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTTAGAGGTGAAATACCGGTGCTTAACACCGGAACTGCCTCTAATACTGTTGAGCTAGAGAGTAGTTGCGGTAGGCGGAATGTATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATCATACAGAACACCGATTGCNGAAGGCAGCTTACCAAACTATATCTGACGTTNGAGGCACGAAAGCGTGGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATAACTCGCTGTCGGCGATACACAGTCGGTGGCTAAGCGAAAGCGATAAGTTATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAAAGTTACTGACGATTCTGGAAACAGGATTTCCCTTCGGGGCAGGAAACTAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCCTACCGTTAGTTGCCATCAGGTCAAGCTGGGCACTCTGGCGGGACTGCCGGTGTAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGTAGGTACAGAGGGCAGCTACCCAGTGATGGGATGCGAATCTCGAAAGCCTATCTCAGTTCGGATTGGAGGCTGAAACCCGCCTCCATGAAGTTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGAAGCTGGGGGTGCCTGAAGTTCGTGAC
【０２６１】
配列番号9 株9 1H9_Parabacteroides gordonii_AB470343 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCAGGAAGTAGCAATACTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTCCCGCATGGGAATATTTGTTAAAGATTTATTGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTCGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGCAGGACGTGTCCTGTTTTGTATGTACCCTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGCTTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGAGGGCTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAAGTTGACCGGAGTGGAAACACTCTTTCTAGCAATAGCAATTTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCGAGCTGAGGACTCTAAAGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTNACCGCAAG
【０２６２】
配列番号10 株10 1C1_Eubacterium limosum_AB595134 GACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGTTTTGATGGATCCTTCGGGTGACATTAGAACTGGAAAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATGGAAAGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAGTAAAGCCTTATATTATGGTTTTGTCGCATGGCAAGATCATGAAAACTCCGGTGCCATAGGATGGACCCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAACCGGTCTGAGAGGGCGAACGGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAATACCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTATTGGGGAAGAAGAATGACGGTACCCAATGAGGAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGACAAGCGTTGTCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTCTATTAAGTCTGATGTGAAAGGTACCGGCTCAACCGGTGAAGTGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTATTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAAATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAAACTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACGAGCCTAGAGATAGGAAGTTTCCTTCGGGAACAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGTAGACAATACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCTGAACAGAGGGCCGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAATCCCTTAAAACAGATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGCCTGTGAGAGAACCGTAAGGACTCAGCAGT
【０２６３】
配列番号11 株11 2G9_Parabacteroides distasonis_HE974920 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACAGGTAGCAATACCGGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTGCCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATGAAGCAGGGGCCCCGCATGGGGATATTTGCTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGATGAAGGTTCTATGGATCGTAAACCTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCGGGACGTGTCCCGTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTCTGTGGCTCAACCATAGAATTGCCGTTGAAACTGGGGGGCTTGAGTATGTTTGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCCAAGCCATTACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATCACTAGCTGTTTGCGATACACTGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTGATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATTCGGACCGAGGTGGAAACACCTTTTCTAGCAATAGCCGTTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGCCACTAGTTACTAACAGGTAAAGCTGAGGACTCTGGTGGGACTGCCAGCGTAAGCTGCGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCGTGGACAAAGGGAAGCCACCTGGCGACAGGGAGCGAATCCCCAAACCACGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACCCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCNGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCGA
【０２６４】
配列番号12 株12 2B7_Bacteroides cellulosilyticus_NR_112933 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGACCTAGCAATAGGTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTACCGGTTATTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCGGATAGTATAACGAGAAGGCATCTTTTTGTTATTAAAGAATTTCGATAACCGATGGGGATGCGTTCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTGAGCCACGTGTGGCTTTTTGTATGTACCATACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACTATTAAGTCAGCTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTCGTCTTGAGTGCAGTAGAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATCTGAATAATTTGGAAACAGATTAGCCGTAAGGCAGATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACAGCGATGTGATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAAC
【０２６５】
配列番号13 株13 2C1_Bacteroides clarus_AB490801 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGGTTGAAGCTTGCTTCAACCGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCCGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCGGATGGCATAGTTTTCCCGCATGGAATAACTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTTGGCCACGTGTGGTTTTTTGCATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGGTATTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTATCCTTGAGTGCAGCAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGAGTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACAATGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGACTGAGCTGGAAACAGTTCTTTCTTCGGACAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACCATCAGGTCATGCTGGGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCAAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAA
【０２６６】
配列番号14 株14 1B4_Anaerostipes sp. 3_2_56FAA_NZ-ACWB00000000
GATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTAGGATTGAAGTTTTCGGATGGATTTCCTATATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAATCGCATGATTCAGTGTGAAAAGCCCTGGCAGTATAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAACAGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCATGGTAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCTTTTGAAACTGTCATGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTCACTGACACTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCNNNAGCGGTGGAGCATGTGGTTAATTCGAAGCACGCGAAG
【０２６７】
配列番号15 株15 2A3_Bacteroides salyersiae_AY608696 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGGTGTAGCAATACACCGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATAACATGACCTCCTGGTTTTGTTATTAAAGAATTTCGGTAGAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACCGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTCTGCCACGTGTGGCATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACATGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGAAACTGCGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATATGCCGGAAACGGCATAGCCGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTGGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCCGCTACACAGCGATGTGATGCCAATCCCTAAAGCCCCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAAC
【０２６８】
配列番号16 株16 2A12_Bacteroides fragilis_CR626927 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCCTTTACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATAGCATAATGATTCCGCATGGTTTCATTATTAAAGGATTCCGGTAAAGGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCTAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTTATATAAGAATAAAGTGCAGTATGTATACTGTTTTGTATGTATTATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACTGGTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGTCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGTGGAATGATGTGGAAACATGTCAGTGAGCAATCACCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTTATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTAACGGGTGACCGTATGCTAATCCCAAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAA
【０２６９】
配列番号17 株17 1A2_Bacteroides uniformis_AB247141 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCAGGAAGAAAGCTTGCTTTCTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATATCTGAAAGGCATCTTTCAGCTATTAAAGAATTTCGGTCATTGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTTAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGATGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAAATGAATGTTCTGGAAACAGATCAGCCGCAAGGCATTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTTATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGT
【０２７０】
配列番号18 株18 2B11_Bacteroides eggerthii_NR_112935 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGATTGAAGCTTGCTTCAATCGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATAGCATAGTATTTCCGCATGGTTTCACTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCNTTAGATAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGGAGTATGCATACTCCTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGTGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGCGCCTTGAGTGCAGCATAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTGGCGATACACAGTCAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCAGCGGAATGTAGTGGAAACATTACAGCCTTCGGGCCGCTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTATAGTTACTATCAGGTCATGCTGAGGACTCTATGGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCCCTAAAACCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAGGAGC
【０２７１】
配列番号19 株19 2D2_Clostridium sp. TM-40_AB249652 GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGGACGCAATGCTTCGGCATTGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATAAGCAACCTGCCCCTGTGAGGGGGATAACTGCTGGAAACGGCAGCTAAGACCGCATATGCATACATGACGCATGTCGAGTATGTTAAATATCCCACGGGATAGCACAGGGATGGGCTTATGACGCATTAGCTAGCTGGTGAGGTAGAGGCTCACCAGGGCGACGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGGACGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGCGAAAGCCTGACCGAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTCATTCGTGATGTAAACTTCTGTTATAAAGGAAGAACGGCGCCTGTAGGGAATGACAGGCGAGTGACGGTACTTTATGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCAGTGCAGGTCTGCGGTGAAAGCCCGAAGCTAAACTTCGGTAAGCCGTGGAAACCGCACAGCTAGAGAGCATCAGAGGATCGCGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCGGTCTGGGGTGCAGCTGACGCTCAGTCCCGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGGGTCAGACCTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGCACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATGGAGATAAAGGCTCTGGAGACAGAGAGATAGGTATATCTCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTTGCCAGTTGCCAGCATTAGGTTGGGGACTCTGGCGAGACTGCCTCTGCAAGGAGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGATCAGAGGGAGGCGAAGCCGCGAGGTGGAGCGAAACCCAGAAACCCGTTCACAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGGCCCAACCGCAA
【０２７２】
配列番号20 株20 2E8_Parabacteroides goldsteinii_NR_113076 GATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACGATGTAGCAATACATTGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGAATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTTCCACATGGAAATATTTGTTAAAGAATTATCGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCCACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTGAGGAACGTGTTCCTTTTTGTATGTACCATATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTTAATTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGTTGACTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGCTGTTTGCGATACACAGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATATTGACAGCTCTGGAAACAGAGTCTCTAGTAATAGCAATTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCGTGTGAGCGGATGCAAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTAACCGC
【０２７３】
配列番号21 株21 1H8_Bacteroides sp. AR29_AF139525 GATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATTTCAGTTTGCTTGCAAACTGGAGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGTATAATNAGACCGCATGGTCTTGTTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAACCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCAGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTTTTCCACGTGTGGAATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGACAGTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGCTGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTGGACTGCAACTGACACTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCATTTGAATATATTGGAAACAGTATAGCCGTAAGGCAAATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTGAGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGA
【０２７４】
配列番号22 株22 >3F2-PREMIX.fasta
NNNNNNNNNTGCAGTCGAACGAAGCGATTTGAATGAAGTTTTCGGATGGATTTCAANTTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGNNCCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTATGGGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGATGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGGAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCTTTGGAAACTGTACGGCTGGAGTGCTGGAGAGGCAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTCGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGANTTGACGGGGACCGCACANNGGTGGAGCATGTGGTTATTCGAGCACGCGAAANCTTACCAGTCTTGNNNCCCCTGANGNNNNGTATGTCGCTNCTNNGNNNNGGN
【０２７５】
配列番号23 株23 >1G1_3-PREMIX.fasta
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGGTTTCAATGAAGTTTTCGGATGGATTTGAAATTGACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTACACTGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGTCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAAGCCTGATCCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGTACTGCTTTGGAAACTGTTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCACTGAAAACACTTTAACCGGTGTCCCTCTTCGGAGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCGAGTAGAGTCGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAAAGGAGCGATCTGGAGCAAACCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGNAGCTGCCGAANNNNNNN
【０２７６】
配列番号24 株24 >1E6_27Fmod-PREMIX_Length_957
AGTTTGNNNNNGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCATTTCAGATGAAGTTTTCGGATGGATTCTGAGATGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTCAAGCTAGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAATAAGCACTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTTCCTTCGGGACAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCATTAAGATGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGACCCTGCGAAGGTGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCNNGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGNTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGNCCGAAGTCAGTGACCCAACCGAAAGGAGGGAGNTGCNGAAGNNGNNNNN
【０２７７】
配列番号25 株25 >1F3_27Fmod-PREMIX.fasta
AGTTTGANNTTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTTTTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCAGGGCTCAACTCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGTGCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCATCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAGGTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGAAGCGAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCANTGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGNNNNNNNNNNNNN
【０２７８】
配列番号26 株26 1A1_27Fmod-PREMIX_Length_998
AGTTTGATTATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAGGAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATAACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGCGTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCGGCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTAAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTACTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGGCGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCAAGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACCAGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGACCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAATCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACCCGAAGCCGGTGGCATAACCNTAAGGNNNNNCCNNNNNNA
【０２７９】
配列番号27 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、LN998073に対応する。
配列番号28 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、KR822463に対応する。
配列番号29 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、CP011531に対応する。
配列番号30 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR112945に対応する。
配列番号31 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、KM098109に対応する。
配列番号32 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR113078に対応する。
配列番号33 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR041464に対応する。
配列番号34 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、LT223566に対応する。
配列番号35 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR112835に対応する。
配列番号36 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR113248に対応する。
配列番号37 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR041342に対応する。
配列番号38 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR112933に対応する。
配列番号39 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR112893に対応する。
配列番号40 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、HE974918に対応する。
配列番号41 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR043016に対応する。
配列番号42 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、AB618791に対応する。
配列番号43 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、AB215083に対応する。
配列番号44 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR112935に対応する。
配列番号45 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、AB249652に対応する。
配列番号46 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR113076に対応する。
配列番号47 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、NR112944に対応する。
配列番号48 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、JX519760に対応する。
配列番号49 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、AJ311620に対応する。
配列番号50 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、EF564278に対応する。
配列番号51 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、KT156811に対応する。
配列番号52 １６Ｓ ＲＮＡ配列は、HM008265に対応する。
【０２８０】
着目した追加の配列は、以下に提供される：
配列番号54 H81A6_16S_リボソームＲＮＡ
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGACAGAATGCTTAACACATGCAAGTCTACTTGATCCTTCGGGTGAAGGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTAAAGAACTTGCCTTACAGACTGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGGATATTATGATTGGGTCGCATGATCTGATTATGAAAGCTATATGCGCTGTGAGAGAGCTTTGCGTCCCATTAGTTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGACGATGATGGGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACAAGGGGACTGAGACACGGCCCTTACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGACCAAAAGTCTGATCCAGCAATTCTGTGTGCACGAAGAAGTTTTTCGGAATGTAAAGTGCTTTCAGTTGGGAAGAAGTCAGTGACGGTACCAACAGAAGAAGCGACGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGTCGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGCGCGTCTAGGCGGCTTAGTAAGTCTGATGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATTGCGTTGGAAACTGCTAAACTAGAGTACTGGAGAGGTAGGCGGAACTACAAGTGTAGAGGTGAAATTCGTAGATATTTGTAGGAATGCCGATGGGGAAGCCAGCCTACTGGACAGATACTGACGCTAAAGCGCGAAAGCGTGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGCGCCCAAGCTAACGCGATAAGTAATCCGCCTGGGGAGTACGTACGCAAGTATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAGGAACCTTACCAGCGTTTGACATCCCAAGAAGTTAACAGAGATGTTTTCGTGCCTCTTCGGAGGAACTTGGTGACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTTTCGTATGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCTGCGATGAGCAGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATACGCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGGTAGTACAGAGAGCTGCAAACCTGCGAGGGTAAGCTAATCTCATAAAACTATTCTTAGTTCGGATTGTACTCTGCAACTCGAGTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAAATCAGCTATGTTGCGGTGAATACGTTCTCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGTTGCACCTGAAGTAACAGGCCTAACCGTAAGGAGGGATGTTCCGAGGGTGTGATTAGCGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCGTACGGGAACGTGCGGATGGATCACCTCCTT
【０２８１】
配列番号55 H82F11_16S_リボソームＲＮＡ
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCATCATGGTAAGTAGCAATACTTATTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTACCTATCAGAGGGGGATAGCCCGGCGAAAGTCGGATTAATACTCCATAAAACAGGGGTTCCGCATGGGACTATTTGTTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTTGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGTGGGACGTGTTCCATTTTGTATGTACCCTATGAATAAGCATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGTAATTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGGTTACTTGAGTGTGTTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACCATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAGTCAGACCGACCTTGAAAGAGGTTTTCTAGCAATAGCTGATTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCACTAGTTACTAACAGGTTAAGCTGAGGACTCTGGTGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCATGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCTAAACCATGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACTCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCAAGGATCGGCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
【０２８２】
配列番号56 H82A6_16S_リボソームＲＮＡ
AATAAAGATTAATTGGTAAAGGATGGGGATGCGTCCCATTAGCTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGCGAGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGGAGGACGACGGCCCTACGGGTTGTAAACTCCTTTTATAAGGGGATAAAGTTGGCCATGTATGGCCATTTGCAGGTACCTTATGAATAAGCATCGGCTAATTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAAGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGGCAGTCAAGTCAGCGGTCAAATGGCGCGGCTCAACCGCGTTCCGCCGTTGAAACTGGCAGCCTTGAGTATGCACAGGGTACATGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAGGAACTCCGATCGCGCAGGCATTGTACCGGGGCATTACTGACGCTGAGGCTCGAAGGTGCGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCGCACAGTAAACGATGAATGCCCGCTGTCGGCGACATAGTGTCGGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATCGCAGGTGCATGGGCCGGAGACGGCCCTTTCCTTCGGGACTCCTGCGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCCCCTCCCCAGTTGCCACCGGGTAATGCCGGGCACTTTGGGGACACTGCCACCGCAAGGTGCGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTGCCCGGTGACGGTTGGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTGCCTGAAGTCCGTGACCGCGAGGGTCGGCCTAGGGTAAAACCGGTGATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
【０２８３】
配列番号57 H82G9_16S_リボソームＲＮＡ
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCACAGGTAGCAATACCGGGTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACTTGCCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATGAAGCAGGGGCCCCGCATGGGGATATTTGCTAAAGATTCATCGCTGATAGATAGGCATGCGTTCCATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGCCGAGAGGCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAGGGATGAAGGTTCTATGGATCGTAAACCTCTTTTATAAGGGAATAAAGTGCGGGACGTGTCCCGTTTTGTATGTACCTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTCTGTGGCTCAACCATAGAATTGCCGTTGAAACTGGGGGGCTTGAGTATGTTTGAGGCAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCCAAGCCATTACTGACGCTGATGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATCACTAGCTGTTTGCGATACACTGTAAGCGGCACAGCGAAAGCGTTAAGTGATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGCATTCGGACCGAGGTGGAAACACCTTTTCTAGCAATAGCCGTTTGCGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGCCACTAGTTACTAACAGGTAAAGCTGAGGACTCTGGTGGGACTGCCAGCGTAAGCTGCGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGCGTGGACAAAGGGAAGCCACCTGGCGACAGGGAGCGAATCCCCAAACCACGTCTCAGTTCGGATCGGAGTCTGCAACCCGACTCCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAACCGCGAGGATCGGCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
【０２８４】
配列番号58 H81E7_16S_リボソームＲＮＡ
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGGCAGGCCTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCGGGATTGAAGCTTGCTTCAGTTGCCGGCGACCGGCGCACGGGTGCGTAACGCGTATGCAACCTACCCATAACAGGGGGATAACACTGAGAAATCGGTACTAATATCCCATAACATCAAGAGGGGCATCCCTTTTGGTTGAAAACTCCGGTGGTTATGGATGGGCATGCGTTGTATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATACATAGGGGGACTGAGAGGTTAACCCCCCACATTGGTACTGAGACACGGACCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGCAAGTCTGAACCAGCCATGCCGCGTGCAGGATGACGGCTCTATGAGTTGTAAACTGCTTTTGTACGAGGGTAAACCCGGATACGTGTATCCGGCTGAAAGTATCGTACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATTCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGTTTGATAAGTTAGAGGTGAAATACCGGTGCTTAACACCGGAACTGCCTCTAATACTGTTGAGCTAGAGAGTAGTTGCGGTAGGCGGAATGTATGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGAGATCATACAGAACACCGATTGCGAAGGCAGCTTACCAAACTATATCTGACGTTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATAACTCGCTGTCGGCGATACACAGTCGGTGGCTAAGCGAAAGCGATAAGTTATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAAAGTTACTGACGATTCTGGAAACAGGATTTCCCTTCGGGGCAGGAAACTAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGGTTAAGTCCCATAACGAGCGCAACCCCTACCGTTAGTTGCCATCAGGTCAAGCTGGGCACTCTGGCGGGACTGCCGGTGTAAGCCGAGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGTAGGTACAGAGGGCAGCTACCCAGTGATGGGATGCGAATCTCGAAAGCCTATCTCAGTTCGGATTGGAGGCTGAAACCCGCCTCCATGAAGTTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGAAGCTGGGGGTGCCTGAAGTTCGTGACCGCAAGGAGCGACCTAGGGCAAAACCGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
【０２８５】
配列番号59 H81C1_16S_リボソームＲＮＡ
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGTATGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGGTTTTGATGGATCCTTCGGGTGATATCAGAACTGGAAAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCCTATGGAAAGGAATAGCCTCGGGAAACTGGGAGTAAAGCCTTATATTATGGTTTTGTCGCATGGCAAGATCATGAAAACTCCGGTGCCATAGGATGGACCCGCGTCCCATTAGCTAGTTGGTGAGATAACAGCCCACCAAGGCGACGATGGGTAACCGGTCTGAGAGGGCGAACGGTCACACTGGAACTGAGACACGGTCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCGCAATGGGGGCAACCCTGACGCAGCAATACCGCGTGAGTGAAGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTATTGGGGAAGAAGAATGACGGTACCCAATGAGGAAGTCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGACAAGCGTTGTCCGGAATGACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTCTATTAAGTCTGATGTGAAAGGTACCGGCTCAACCGGTGAAGTGCATTGGAAACTGGTAGACTTGAGTATTGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACAAATACTGACGCTGAGGTGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAAACTCAGTGCCGCAGTTAACACAATAAGCATTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCAGCGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACGAGCCTAGAGATAGGAAGTTTCCTTCGGGAACAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGCCTTTAGTTGCCAGCATTAAGTTGGGCACTCTAGAGGGACTGCCGTAGACAATACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGTCTGAACAGAGGGCCGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAATCCCTTAAAACAGATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGTTGGAGTTGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGGCAACACCCGAAGCCTGTGAGAGAACCGTAAGGACTCAGCAGTCGAAGGTGGGGCTAGTAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【０２８６】
配列番号60 H81B11_16S_リボソームＲＮＡ
ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGGTCTTAGCTTGCTAAGGCTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGTCTACTCTTGGCCAGCCTTCTGAAAGGAAGATTAATCCAGGATGGGATCATGAGTTCACATGTCCGCATGATTAAAGGTATTTTCCGGTAGACGATGGGGATGCGTTCCATTAGATAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGTCAACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGATGGCCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATAAAGGAATAAAGTCGGGTATGCATACCCGTTTGCATGTACTTTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGATGGATGTTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGATGTCTTGAGTGCAGTTGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTAAGCTGCAACTGACATTGAGGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACGGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACGGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATTGCACTCGAATGATCCGGAAACGGTTCAGCTAGCAATAGCGAGTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTGTTGTCAGTTACTAACAGGTGATGCTGAGGACTCTGACAAGACTGCCATCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAGGGCCGCTACCACGCGAGTGGATGCCAATCCCTAAAACCCCTCTCAGTTCGGACTGGAGTCTGCAACCCGACTCCACGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCGAGGATCGCCCTAGGGTAAAACTGGTGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
【０２８７】
配列番号61 H81H9_16S_リボソームＲＮＡ
CGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCGACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCAGGAAGTAGCAATACTTTGCTGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACGCGTATGCAACCTACCTATCAGAGGGGGATAACCCGGCGAAAGTCGGACTAATACCGCATAAAACAGGGGTCCCGCATGGGAATATTTGTTAAAGATTTATTGCTGATAGATGGGCATGCGTTCCATTAGATAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGTCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACACTGGTACTGAGACACGGACCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGAACCAGCCAAGTCGCGTGAAGGATGAAGGATCTATGGTTCGTAAACTTCTTTTATAGGGGAATAAAGTGCAGGACGTGTCCTGTTTTGTATGTACCCTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGTGGCTTTTTAAGTCAGCGGTGAAAGTTTGTGGCTCAACCATAAAATTGCCGTTGAAACTGGAGGGCTTGAGTATATTTGAGGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCAATTGCGAAGGCAGCTTACTAAACTATAACTGACACTGAAGCACGAAAGCGTGGGGATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCAGTAAACGATGATTACTAGGAGTTTGCGATACACAGTAAGCTCTACAGCGAAAGCGTTAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGTTTGAACGTAAGTTGACCGGAGTGGAAACACTCTTTCTAGCAATAGCAATTTACGAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCGAGCTGAGGACTCTAAAGAGACTGCCAGCGTAAGCTGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACATCCGGGGCGACACACGTGTTACAATGGTGGGGACAAAGGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCTCCAAACCCCATCTCAGTTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGGGAGTTGGGGGTACCTAAAGTCCGTAACCGCAAGGATCGGCCTAGGGTAAAACCGATGACTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTTT
【０２８８】
配列番号62 H82B1_16S_リボソームＲＮＡ
AATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTGTTTTCTCTGAAGTTTTCGGATGGAAGAGAGTTCAGCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAGTGGGGGACAACATTTGGAAACGAATGCTAATACCGCATAAGACCACAGTGTCGCATGGCACAGGGGTCAAAGGATTTATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCCCACCATGGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTCTTCGGATTGTAAACTCCTGTCCCAGGGGACGATAATGACGGTACCCTGGGAGGAAGCACCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAAACGTAGGGTGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGATTGGCAAGTTGGGAGTGAAATCTATGGGCTCAACCCATAAATTGCTTTCAAAACTGTCAGTCTTGAGTGGTGTAGAGGTAGGCGGAATTCCCGGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATCGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTACTGGGCACTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCATGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGAGGATTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGATGCATACCTAAGAGATTAGGGAAGTCCTTCGGGACATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACTACGCAAGAGGACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCTTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTATTAACAGAGAGAAGCGATACCGCGAGGTGGAGCAAACCTCACAAAAATAGTCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGCCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGCCGGGGGGACCCGAAGTCGGTAGTCTAACCGCAAGGAGGACGCCGCCGAAGGTAAAACTGGTGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【０２８９】
配列番号63 H82G1_16S_リボソームＲＮＡ
ATGAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGAACTTAGCTTGCTAAGTTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATGACTCGGGGATAGCCTTTCGAAAGAAAGATTAATACCCGATGGCATAGTTCTTCCGCATGGTGGAACTATTAAAGAATTTCGGTCATCGATGGGGATGCGTTCCATTAGGTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCTTCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAGAGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATACGGGAATAAAGTGAGGCACGTGTGCCTTTTTGTATGTACCGTATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACGCTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGGTGTCTTGAGTACAGTAGAGGCAGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTGCTGGACTGTAACTGACGCTGATGCTCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCGTTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTGAATTGCAACTGAATGATGTGGAGACATGTCAGCCGCAAGGCAGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCGATAGTTACCATCAGGTGATGCTGGGGACTCTGTCGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACGGCGACGTGATGCTAATCCCGAAAGCCTCTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTGCGTAACCGCAAGGAGCGCCCTAGGGTAAAACTGGTGATTGGGGCTAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTACCGGAAGGTGCGGCTGGAACACCTCCTT
【０２９０】
配列番号64 H82G5_16S_リボソームＲＮＡ
ATTGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAATTTTATTTCGGTAGAATTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTACCCTTTAGACGGGGACAACATTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGGATGTGATCATCTTGCCGCATGGCAGGATGAAGAAAGATGGCCTCTACAAGTAAGCTATCGCTAAAGGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAGTGTAACGGACTACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGATTTCGGTCTGTAAAGCTCTGTTGTTTATGACGAACGTGCAGTGTGTGAACAATGCATTGCAATGACGGTAGTAAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGCTTAATAAGTCGAGCGTGAAAATGCGGGGCTCAACCCCGTATGGCGCTGGAAACTGTTAGGCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCGAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGATTGAACGCTCTAGAGATAGAGATTTCCCTTCGGGGACAAGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCAAGTAAAGTTGGGGACTCATGGGAGACTGCCAGGGACAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGAAACAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGCAGAGCAAACCCCAGAAACCCGATCTCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTATTAGGAGCCAGCCGTCTAAGGTGGGGCCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
【０２９１】
本発明は、その出願において、以下の記載中に記述されるかまたは図面において説明される、構成の詳細および構成要素の配置に限定されない。本発明は他の態様が可能であり、様々な様式で実践または実行することができる。また、本明細書で使用される言葉遣いおよび専門用語は、記載を目的にしており、限定とは見なされるべきではない。「包含する(including)」、「含む(comprising)」、または「有する(having)」、「含有する(containing)」、「伴う(involving)」、および本明細書におけるそれらの変形の使用は、その後に列挙される項目およびそれらの等価物、ならびに追加の項目を網羅することを意味する。
本明細書においてそのように定義されない限り、本開示に関連して使用される科学的および技術的な用語は、当業者によって一般的に理解される意味を有する。さらに、文脈からそのように要求されない限り、単数形の用語は複数形を包含し、複数形の用語は単数形を包含する。本開示の方法および技法は、一般に当該技術分野において周知である従来の方法に従って実施される。一般に、本明細書に記載の生化学、酵素学、分子生物学および細胞生物学、微生物学、ウイルス学、細胞培養または組織培養、遺伝学ならびにタンパク質化学および核酸化学に関連して使用される命名法、ならびにそれらの技法は、当該技術分野においてよく知られており、一般的に使用される。本開示の方法および技法は、一般的に、当該技術分野において周知の従来の方法に従って、そしてそのように示されない限り、本明細書を通して引用および議論される種々の一般的なそしてより具体的な参考文献に記載されるとおりに実施される。
【０２９２】
本発明は、以下の例によってさらに説明されるが、これは決してさらなる限定として解釈されるべきものではない。本願を通して引用されたすべての参考文献（文献参考文献、発行された特許、公開された特許出願、および同時係属中の特許出願を包含する）の全内容は、とりわけ上記で参照される教示に関して、参照により本明細書に明確に組み込まれる。しかしながら、いかなる参考文献の引用も、その参考文献が先行技術であることを承認することを意図するものではない。
【０２９３】
例
例１：ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルの同定
常在性微生物叢を保有する、特定の病原体がない（ＳＰＦ）条件下で飼育されたＣ５７ＢＬ／６マウスは、豊富なＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を有する一方で、無菌マウスの腸粘膜固有層中において著しく少ないＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞が見出された（図１を参照）。これは、腸管微生物叢がＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の集積を誘導することを示している。ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞のサブセットもまた、ＣＤ１０３のみならずグランザイムＢも発現し（図２Ａを参照）、このことはサブセットが組織常在性記憶Ｔ細胞であったことを示唆している。図３Ａは、Charles River Laboratories Inc.およびJapan SLC Inc.から購入したＳＰＦ Ｃ５７ＢＬ／６マウスにおいて、CLEA Japan Inc.から購入したＳＰＦ Ｃ５７ＢＬ／６マウスおよびRIKENにおいて養育されたマウスと比較して、著しく小さい数のＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞が見出されたことを示す。Charles River Laboratories Inc.からのＳＰＦ Ｃ５７ＢＬ／６マウスを同じケージにおいてCLEAマウスと共収容した場合、Charles River Laboratories Inc.に由来するマウスにおいてＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の増大が観察された（図４Ａおよび４Ｂ）。この発見は、腸においてＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導および集積する特定の微生物種がマウス微生物叢に存在するという仮説を強く支持する。
【０２９４】
次に、ヒト腸管微生物叢がＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導することができる微生物を含有しているか調査した。糞便試料を、６名の健康なヒト志願者（Ａ〜Ｆ）から採取した。試料を、滅菌隔離飼育器中で飼育された無菌Ｃ５７ＢＬ／６マウスに個別に経口投与した（１群あたり５または６匹のマウス）。糞便試料の経口接種の４週間後、マウスを屠殺し、そして小腸および結腸を回収し、そしてＦＡＣＳによりＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞について調査した。
図５Ａおよび５Ｂに示されるとおり、結腸のＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞は、ドナーＢから採取された糞便試料を接種したマウスにおいて最も顕著に誘導された。ドナーＢの糞便試料を接種したマウスのうち、我々は、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の最も高い頻度を呈するマウスを選択した（以後「マウスB#5」と呼ぶ）。ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞誘導を担う微生物を濃縮するために、盲腸内容物をマウスB#5から採取し、そして別の無菌マウスに接種した。次いで、マウスに、アンピシリン、メトロニダゾール、ストレプトマイシンまたはチロシンがありまたはなしの飲料水を経口投与した（１群あたり５匹のマウス）。代わりに、マウスB#5の盲腸内容物を３％クロロホルムで処置し、別の５匹の無菌マウス（「B#5+Chrolo」）に経口接種した。図６Ａおよび６Ｂは、アンピシリン処置がマウスB#5微生物叢による結腸粘膜固有層ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導を増強した一方で、他の抗生物質処置またはクロロホルム処置は、マウスB#5微生物叢によるＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導能力を低減させたことを示す。
【０２９５】
図７Ａおよび７Ｂは、マウスB#5微生物叢を接種し、抗生物質またはクロロホルムを用いて／用いずに処置されたマウスの腸内容物の操作上分類単位（ＯＴＵ）分析を示す。盲腸内容物を最高頻度のＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を示した２匹のB#5+AMPマウス（マウスB#5+AMP-2およびマウスB#5+AMP-3）から採取し、嫌気性チャンバー中で培養した。３０４個のコロニーを選び、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の配列決定は、２６株が単離されたことを明らかにした。B#5+Chroloマウスの微生物叢に包含されていた（したがって、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の誘導には不要であると予測された）５つの株を除外した２１株が、２６株から選択された。２１株の混合物を無菌マウスに経口接種し、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の強い誘導が観察された（図８Ａおよび８Ｂ）。２１株によって誘導されたＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞はまた、ＣＤ１０３も発現し、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の一部はグランザイムＢも同様に発現した（図９Ａおよび９Ｂ）。ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞と最も高い相関性を有する１１株の混合物を同様にＧＦマウスに接種した。１１株の混合物（11 mix）は、２１株の混合物（21 mix）と比較しても、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の経口に強い誘導を示した（図１０Ａおよび１０Ｂ）。11 mix中の各株に対して最も高い相同性を有する細菌種の同定を以下の表２に提供する。
【０２９６】
【表２】
2020503862.tif 000003
【０２９７】
例１Ａ：１１株の混合物（組成物Ａ）のさらなる特徴付け
表２の株は、１６Ｓ配列の再配列決定により、および全ゲノム配列決定によりさらに特徴付けられた。さらなる特徴付けの結果は表３に見出される。
【表３】
2020503862.tif 000004
【０２９８】
例２：ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルのさらなる特徴付け
高頻度のＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を示したB#5+AMPマウスの盲腸内容物から単離された２６株を図１１に示す。２６株の中で、１１株（「11 mix」）はＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の頻度と正の相関があった。したがって、これらの１１株をさらなる実験のために選択し、１１株の混合物（「11-mix」）を無菌マウスに接種した（表２も参照）。11-mixでのコロナイゼーションは結腸ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の強い誘導をもたらした（図１０Ａ、１０Ｂ、１２Ａ、および１２Ｂ）一方で、他の１０株（「10 mix」）は、11-mix（図１２Ａおよび１２Ｂ）に誘導されるレベルと比較して、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を弱く誘導した。１７のＴｒｅｇ誘導菌株（例として、WO2013/080561；Atarashi et al., Nature (2013) 500 (7461): 232-236；Narushima et al. Gut Microbes (2014)5(3): 333-339を参照）の混合物を接種したマウスは、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を集積しなかった（図１２Ａおよび１２Ｂ）。
１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列を使用する系統発生学的比較は、１１株混合物（「11 mix」とも称される）は、７株のバクテロイド目（「７株」）および４株の非バクテロイド目：２つのクロストリジウム目、１つのフソバクテリウム目および１つのセレノモナス目（「４株」）からなることを示した（図１３および表４を参照）。
【０２９９】
４つの非バクテロイド菌株の混合物（「4 mix」）の接種は、11 mixでコロナイゼーションしたマウスで観察された結腸ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞のレベルに匹敵する、結腸ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の強い集積をもたらした。対照的に、７つのバクテロイド目株（「7-mix」）でのコロナイゼーションは、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を弱く誘導した（図１４Ａおよび１４Ｂ）。
実験の繰り返しを図４７に示すが、これは、11-mixが7-mixまたは4-mixのいずれかよりもより効果的であることを示す。図４７に示される実験のデータは強い統計的支持を有する。
4 mix中の各株に対して最も高い相同性をもつ細菌種の同定は、以下の表４に提供される。
【表４】
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【０３００】
例３：ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルの抗がん特徴
11 mixでのコロナイゼーションが抗がん免疫応答を増強し得るかを調査するために、皮下腫瘍モデルを使用した。ＳＰＦマウスを、−第７日から第２日まで、飲料水を介して抗生物質の混合物（１ｇ／Ｌ アンピシリン、０．５ｇ／Ｌ バンコマイシン、１ｇ／Ｌ メトロニダゾール、および１ｇ／Ｌ ネオマイシン）で処置した。ＭＣ３８結腸がん細胞株（マウスあたり３×１０５細胞）を、第０日においてマウスの右横腹に皮下注射した。抗生物質処置を第２日に停止し、第３日に11-mixと混合してまたは混合せずにＳＰＦマウスからの糞微生物叢でマウスを強制飼養した。11-mix処置群については、実験の終了まで、週あたり２〜３回、11 mixでマウスを強制飼養した。抗ＰＤ−１抗体（Ａｂ）処置群については、第３、５および９日に２００μｇの抗ＰＤ１モノクローナルＡｂ（クローンＪ４３）をマウスに腹腔内に注射した。腫瘍サイズを、キャリパーを使用して測定し、腫瘍体積を、長さ×幅２×０．５として決定した。
【０３０１】
11 mix単独（すなわち、抗ＰＤ１ Ａｂなし）での処置は、ＭＣ３８腫瘍成長を有意に抑制した（図１５を参照）。11 mixと抗ＰＤ１ Ａｂとの組み合わせは、腫瘍細胞の成長に対して最も強い抑制効果を示した（図１５を参照）。11 mixおよび抗ＰＤ１ Ａｂでの処置は、ＭＣ３８腫瘍塊におけるＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の上昇した集積をもたらした（図１６Ａおよび１６Ｂを参照）。腫瘍中のＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞のサブセットは、ＭＣ３８の免疫優性エピトープであるgp70p15E604-611（KSPWFTTL；配列番号53）に特異的なＴ細胞受容体を発現した（図１７Ａ）。さらに、ＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞のサブセットは、ＣＤ４４およびグランザイムＢを発現し、これは腫瘍に集積したＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞が腫瘍特異的および記憶型の細胞傷害性ＣＤ８＋ Ｔ細胞を包含することを示唆した（図１７Ａおよび１７Ｂを参照）。ＩＦＮγ＋ ＣＤ４ Ｔ細胞に対する効果を図１８に示す。
11 mixでの経口接種は、腫瘍抗原刺激がない場合でさえも、ＩＦＮγ産生脾細胞の数の増大をもたらした（図１９を参照）。これらの結果は、抗ＰＤ１ Ａｂと組み合わせた、または組み合わせない、11 mixによる処置が、腫瘍細胞に応答するＣＤ８ Ｔ細胞を全身的に活性化することを示す。
【０３０２】
例４：ＣＴＬＡ−４免疫チェックポイント阻害剤との組み合わせにおける、ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルの抗がん特徴
免疫チェックポイント阻害剤ＣＴＬＡ４と組み合わせた11-mixによるコロナイゼーションが抗がん免疫応答を増強し得るかを調査するために、皮下腫瘍モデルを使用した（図２４）。マウスを抗生物質の混合物で５日間（−第２１日から−１６日まで）処置し、これに続き２日の期間、抗生物質をウォッシュアウトした。ＭＣ３８結腸がん細胞株（マウスあたり３×１０５細胞）を−第１４日にマウスの右横腹部に皮下注射した。動物を無作為に以下の処置群に分けた：
群１：抗生物質なし、処置なし（ＭＣ３８腫瘍モデルの標準的な進行についての参照を提供する）；
群２：抗生物質前処置、処置なし（抗生物質前治療によるＭＣ３８腫瘍モデルの進行に対する参照を提供する）；
群３：11-mix単独治療（図２５および２６においてＡＡＭ１と称される）；
群８：抗ＣＴＬＡ−４抗体（９Ｈ１０）と11-mix（図２５および２６においてＡＡＭ１と称される）との組み合わせ；
群９：抗ＣＴＬＡ−４抗体（９Ｈ１０）単独治療。
細菌カクテル処置をまた−第１４日に開始し、隔週で４回投与した。ＣＴＬＡ−４免疫チェックポイント阻害剤を受けた群について、腫瘍体積がおよそ約１００ｍｍ３（１００〜１５０ｍｍ３）に達した後に、処置を開始した。抗ＣＴＬＡ−４抗体を１、４、および第７日に投与した。実験の過程を通して体重および生存率についてマウスを査定した。腫瘍サイズと体積を測定した。
【０３０３】
腫瘍測定
抗ＣＴＬＡ−４抗体単独を受けたマウスの群（群９）は、対照マウスと比較してわずかに低減した腫瘍成長を有した。11-mix（図２５において「AAM1」と称される）と抗ＣＴＬＡ−４抗体との組み合わせ（群８）は、11-mixそれ自体と比較して、さらに、抗ＣＴＬＡ−４抗体それ自体と比較して、腫瘍成長を有意に低減させた。図２５を参照。個々のマウスの腫瘍体積プロットを図２７に示す。
【０３０４】
生存率
抗ＣＴＬＡ−４抗体単独を受けたマウスの群は、対照マウスと比較してわずかに増大した生存率を有した。11-mix自体は生存率に影響を与えなかった。11 mix（図２６において「AAM1」と称される）と抗ＣＴＬＡ−４抗体との組み合わせは、処置されたマウスの生存率を有意に増強した（群８）。図２６を参照。
【０３０５】
例５：抗ＰＤ１抗体との組み合わせにおける、ＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルの抗がん特徴
免疫チェックポイント阻害剤抗ＰＤ１と組み合わせた、4-mixまたは11-mixによるコロナイゼ−ションが、抗生物質前処置および事前の生着なしで抗がん免疫応答を増強できるか調査するために、ＭＣ３８結腸がん細胞株（マウスあたり３×１０５細胞）を、−第１４日にマウスの右横腹部に皮下注射した（図２８を参照）。動物を無作為に以下の処置群に分けた：
群１：処置なし；
群３：11-mix単独治療（図２８および２９において「AAM1」と称される）；
群４：4-mix単独治療（図２８および２９において「AAM2」と称される）；
群５：抗ＰＤ−１抗体（ＲＭＰ１−１４）単独治療；
群６：抗ＰＤ−１抗体（ＲＭＰ１−１４）と11-mix（図２８および２９において「AAM1」と称される）との組み合わせ；
群７：抗ＰＤ−１抗体（ＲＭＰ１−１４）と4-mix（図２８および２９において「AAM2」と称される）との組み合わせ。
処置を第１日に開始した（腫瘍体積およそ１００〜１５０ｍｍ３）。細菌カクテル処置および抗ＰＤ−１抗体を隔週で２回投与した。実験の過程を通して体重および生存率についてマウスを査定した。腫瘍サイズと体積を測定した。
【０３０６】
腫瘍測定
抗ＰＤ１抗体単独で、または4-mixもしくは11-mixのいずれかとの組み合わせによる処置は、無処置の場合と比較して腫瘍成長の低減をもたらした。図３０は、例５の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す（対照、11-mix；αＰＤ−１ Ａｂ；11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ）。腫瘍体積は11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ処置群の複数の動物において増大しなかった（右下パネル）。図３２は、例５の実験において処置された個々のマウスの腫瘍体積プロットを示す（対照、4-mix；αＰＤ−１ Ａｂ；4-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ）。腫瘍体積は4-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ処置群の複数の動物において増大しなかった（右下パネル）。
【０３０７】
生存率
対照、11-mix；ＰＤ−１ Ａｂ；および11-mix＋ＰＤ−１ Ａｂ群についての生存率データを図３１に示す。11-mixとαＰＤ−１ Ａｂの組み合わせは、11-mixまたはαＰＤ−１ Ａｂそれ自体のいずれかと比較した場合に生存率の増大を示した。
対照、4-mix；αＰＤ−１ Ａｂ；4-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ、11-mix、および11-mix＋αＰＤ−１ Ａｂ群におけるマウスの組み合わされた生存率データを図３３に示す。4-mixとαＰＤ−１との組み合わせ、および11-mixとαＰＤ−１抗体との組み合わせの両方は、αＰＤ−１ Ａｂそれ自体と比較した場合に、増大した生存率を示した。
【０３０８】
例６：黒色腫モデルにおける、抗ＰＤ１抗体との組み合わせにおけるＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導する細菌カクテルの抗がん特徴
黒色腫生着マウスモデルを使用して、黒色腫の処置におけるＰＤ−１抗体と組み合わせた11-mixの有効性を評価した。図３４および３５の時間軸に示されるとおり、マウスは、−第３日から第２日まで抗生物質（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、およびネオマイシン：「AVMN」）を受けた。第０日に、７×１０５個のBraf Pten黒色腫細胞をマウスに生着した。マウスを以下の処置群に分類した：
−  特定の病原体がない（ＳＰＦ）糞；
−  ＳＰＦ糞＋抗ＰＤ１抗体；
−  ＳＰＦ糞＋11-mix；および
−  ＳＰＦ糞＋11-mix＋抗ＰＤ１抗体。
第３、６、および９日に、Japan SLCから得られた、特定の病原体がない（ＳＰＦ）マウスからのＳＬＣ ＳＰＦ糞（ＳＬＣ ＳＰＦ糞）、抗ＰＤ１抗体（図３４および図３５の時間軸上の矢印）および／または11-mix（図３４および図３５の時間軸上の星印付き矢印）をマウスに投与した。11-mixを、示された群のマウスに強制飼養により、週あたり２または３回投与した。抗ＰＤ１抗体と11-mixとの組み合わせを受けたマウスは、他の群のマウスと比較して、腫瘍体積（図３４）、腫瘍面積（図３５）、および腫瘍重量（図３６）が減少していた。
【０３０９】
第２２日および２４日に、マウスから得た腫瘍からリンパ球を単離し、ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＣＤ４、ＩＦＮγ、グランザイム、およびＩＬ−１７を包含する細胞マーカーに対する抗体を使用して染色した。11-mixおよび抗ＰＤ１抗体の組み合わせによる処置は、黒色腫腫瘍におけるＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞の集積の増大をもたらした。図３７Ａ〜３７Ｃおよび３８。この実験において、マウスの群の間でＩＦＮγ＋ ＧｚｍＢ＋ 細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ１７細胞、またはＴｒｅｇ細胞の数に有意な差はなかった。図３９Ａ〜３９Ｄ。
これらの結果は、抗ＰＤ１抗体と組み合わせた11-mixによる処置が、黒色腫においてＣＤ８ Ｔ細胞を全身的に活性化することを示す。
【０３１０】
例７：特定の病原体がない（ＳＰＦ）マウスにおけるＣＤ８ Ｔ細胞誘導
実験パラメーターを、11-mix細菌カクテルによるＣＤ８ Ｔ細胞の誘導について評価した。本研究で使用された動物は、無菌マウスと比較される、特定の病原体がないマウス（ＳＰＦマウス）であった。
図４０に示されるとおり、マウスを以下の処置群：
−  11-mix複数回用量；
−  AVMN＋ＳＰＦ糞；
−  AVMN＋ＳＰＦ糞＋11 mix単回用量；および
−  AVMN＋ＳＰＦ糞＋11 mix複数回用量
に分類した。
示された群のマウスは、−第５日から−１日まで、それらの飲料水において抗生物質（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、およびネオマイシン：「AVMN」）を受けた。第０日に11-mixがあるまたはないＳＰＦ糞をマウスに接種した。11-mixの複数回用量を受けた群について、第３、７、１０、１４、１７、２１、２４、および２８日に、水において細菌カクテルも投与した。
【０３１１】
第２２および２４日にマウスからリンパ球を単離し、ＣＤ３、ＴＣＲβ、ＣＤ８、ＣＤ４、ＩＦＮγ、グランザイム、およびＩＬ−１７を包含する細胞マーカーに対する抗体を使用して染色した。抗生物質前処置および複数回投与量の11-mixを受けたマウスは、増強されたレベルのＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞を示した。図４１Ａ〜４１Ｃ。抗生物質前処置および複数回用量の11 mixを受けたマウスは、ＣＤ ８Ｔ細胞集団の細胞において増強されたレベルのＣＤ１０３＋ ＩＦＮγ＋ 細胞（図４２Ａ）およびわずかに増強されたレベルのＴｈ１７細胞（図４２Ｂ）も有した。マウスの群間でＴｈ１細胞の数に有意差はなかった。（図４２Ｃ）。これらのデータは、11-mixが複雑な背景においてＣＤ８＋ Ｔ細胞を誘導することができることを示している：特定の病原体がないマウス（無菌マウスと比較して）。
【０３１２】
例８：転写因子ＢＡＴＦ３の役割
11-mixを、ＢＡＴＦ３転写因子を有するマウスおよびＢＡＴＦ３転写因子を有さないマウスに投与した。転写因子ＢＡＴＦ３を有さないマウスは11-mixによるＣＤ８ Ｔ細胞の誘導に対して感受性ではなかった。（図４３Ａおよび図４３Ｂ）。ＣＤ１０３− ＣＤ１１ｂ樹状細胞はＩＦＮγ産生ＣＤ８およびＴｈ１細胞の刺激に要求されるようである。11-mixカクテルによるＴｈ１７細胞の誘導は、ＢＡＦＴ３のステータスとは独立している。（図４３Ｃ）。図４３および４４は、例８の実験からの結果を示す。実験は、ＢＡＴＦ３が、ＣＤ８− Ｔ細胞を誘導するのに11-mixが要求されることを示す。ＢＡＴＦ３はＴｈ１７を誘導するのに要求されない。
【０３１３】
例９：Listeria感染したマウスの処置
ＩＦＮγｇ＋ ＣＤ８＋ Ｔ細胞は細胞内病原体の制御において重要な役割を果たすことが報告されているので、複数回投薬計画において１１株混合物での経口補給がListeria monocytogenes感染に対する宿主保護免疫を促進することができるか評価した。ＳＰＦマウスを、飲料水を介して５日間、AVMN（アンピシリン、バンコマイシン、メトロニダゾール、ネオマイシン）で処置した。抗生物質を１日ウォッシュアウトした後、11-mixの複数回経口投与（４回）を実施した。複雑な微生物叢を再構成するために、ＳＰＦマウスからの糞微生物叢を11-mixの最初の投与と一緒に導入した。次いで、第０日に、Listeria monocytogenesでマウスを経口的に感染させた。糞Listeria ＣＦＵおよびマウスの重量を決定した。11-mixでの処置は、腸管内腔のListeria monocytogenesのコロナイゼーションを著しく減少させ（図４５）、マウスの体重は維持された（図４６）。よって、１１株混合物の投与は、細胞内の感染性病原体に対する保護免疫を提供することができる。
【０３１４】
例１０：11-mixに誘導されたＣＤ８ Ｔ細胞の局在化
11-mixを正常で健康なマウス（すなわち、他にストレスを受けていないマウス）に投与した。マウスの様々な臓器および区画をＣＤ８陽性Ｔ細胞の存在について調査した。図４８に示されるとおり、11-mixのＣＤ８陽性Ｔ細胞誘導効果は腸／消化管(intestine/gut)（ＳＩ＝小腸、ＣＩＥＬ＝結腸上皮内リンパ球、ＬＮ＝リンパ節）に限定される。
【０３１５】
例１１：粘膜固有層樹状細胞のサブセットの選択的および一時的活性化
樹状細胞のあるサブクラスを介してＣＤ８細胞を活性化させることができるので、11-mixの投与後に粘膜固有層ＣＤ１１ｂ− ＣＤ１０３＋ 樹状細胞の数および活性化状態を調査した。図４９に示されるとおり、11-mixの投与は、粘膜固有層ＣＤ１１ｂ− ＣＤ１０３＋ 樹状細胞サブセットの割合を変化させなかった。
活性化の時間／動力学も調査した。ＧＦマウスに、１、２、３、および４週間、11-mixをコロナイゼーションした。結腸ＬＰおよびＭＬＮ樹状細胞（ＤＣ）／マクロファージサブセットの頻度は、11 mixでのコロナイゼーションによって影響を受けなかった。しかしながら、結腸ＬＰ ＤＣ（ＭＬＮ ＤＣではなく）上、具体的には、結腸ＬＰ ＣＤ１０３＋ ＤＣサブセット（すなわち、Ｂａｔｆ３依存性ＤＣサブセット）上でのＭＨＣクラスＩの発現は、11 mixによるコロナイゼーションによって有意に増強された。ＭＨＣクラスＩ発現の上方調節はコロナイゼーション後１週間で最も強く生じた。（図５０〜５４を参照）。特定のメカニズムに限定されないが、ＣＤ８陽性Ｔ細胞の誘導は、抗原特異的な新たな分化よりもむしろ増殖に主に起因するようである。
Ｋｉ６７染色は、結腸ＬＰにおいてＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ Ｔの増大を伴い、ＣＤ８陽性Ｔ細胞の拡大が１週間で生じることを明らかにした（図５５を参照）。ＣＤ１０３染色は、コロナイゼーション後１週間で誘導されたＩＦＮγ＋ ＣＤ８＋ ＴがほとんどＣＤ１０３陰性であり、そしてＣＤ１０３＋ ＩＦＮγ＋ ＣＤ８ Ｔ（組織常在性記憶表現型ＣＤ８＋ Ｔ）が徐々に増大することを明らかにした（図５６および５７を参照）。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２Ａ−Ｂ】
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【図３Ａ−Ｂ】
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【図４Ａ−Ｂ】
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【図５Ａ−Ｂ】
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【図６Ａ】
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【図６Ｂ】
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【図７Ａ−Ｂ】
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【図８Ａ−Ｂ】
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【図９Ａ−Ｂ】
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【図１０Ａ−Ｂ】
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【図１１】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ】
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【図１３】
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【図１４Ａ−Ｂ】
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【図１５】
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【図１６Ａ−Ｂ】
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【図１７Ａ−１】
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【図１７Ａ−２】
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【図１７Ｂ】
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【図１８】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１】
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【図２２】
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【図２３】
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【図２４】
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【図２５】
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【図２６】
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【図２７−１】
2020503862.tif 000037
【図２７−２】
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【図２８】
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【図２９】
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【図３０−１】
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【図３０−２】
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【図３１】
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【図３２−１】
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【図３２−２】
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【図３３】
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【図３４】
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【図３５】
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【図３６】
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【図３７Ａ−Ｃ】
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【図３８】
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【図３９Ａ−Ｄ】
2020503862.tif 000052
【図４０】
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【図４１Ａ−Ｃ】
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【図４２Ａ−Ｃ】
2020503862.tif 000055
【図４３Ａ−Ｃ】
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【図４４Ａ−Ｂ】
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【図４５】
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【図４６】
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【図４７Ａ−Ｂ】
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【図４８】
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【図４９】
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【図５０−１】
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【図５０−２】
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【図５１−１】
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【図５１−２】
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【図５２】
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【図５３−１】
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【図５３−２】
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【図５４】
2020503862.tif 000070
【図５５】
2020503862.tif 000071
【図５６−１】
2020503862.tif 000072
【図５６−２】
2020503862.tif 000073
【図５７】
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【配列表】
2020503862000001.app
【国際調査報告】
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2020503862.tif 000076
2020503862.tif 000077
2020503862.tif 000078