(57)【要約】抗生物質耐性（例えば、コリスチン耐性、メチシリン耐性、メロペネム耐性）細菌感染症（例えば、グラム陰性、グラム陽性）の予防および処置のための安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を生成および最適化する方法、ならびに実験的調査、家畜管理、作物／木／植物の管理および／または治療利益のためにこのようなペプチドを使用するための方法。ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させる方法も特徴とする。
2020527564.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
抗生物質耐性細菌感染症の処置を必要とする被験体における抗生物質耐性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を、前記抗生物質耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある被験体に投与することを含む、方法。
【請求項２】
前記ＳｔＡＭＰが、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１、２、３、３４、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５または４６のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記ＳｔＡＭＰが６〜１００アミノ酸長である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６】
前記被験体がヒトである、請求項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記被験体が、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を有する感染症を発症している、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８】
前記少なくとも１つの他のクラスの抗生物質が、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
前記被験体が慢性グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有する、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１０】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症がＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１１】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症がＥ．ｃｏｌｉ感染症である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１２】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ感染症、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ感染症、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ感染症、酢酸菌感染症、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ感染症からなる群より選択される感染症である、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１３】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症が、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌によるものである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４】
前記ＳｔＡＭＰを静脈内投与する場合、前記ＳｔＡＭＰが５０％未満の溶血活性を有する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５】
前記ＳｔＡＭＰが１０％未満の溶血活性を有する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１６】
非静脈内経路を介して前記ＳｔＡＭＰを投与する場合、前記ＳｔＡＭＰが２０％超の溶血活性を有する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１７】
前記ＳｔＡＭＰが、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対する２０．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１８】
前記ＳｔＡＭＰが、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対する２．５μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項１９】
前記ＳｔＡＭＰが、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対する２．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１０に記載の方法。
【請求項２０】
前記ＳｔＡＭＰが、Ｅ．ｃｏｌｉに対する１０．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項２１】
前記ＳｔＡＭＰが、Ｅ．ｃｏｌｉに対する２．５μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項２２】
前記ＳｔＡＭＰが、Ｅ．ｃｏｌｉに対する２．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１１に記載の方法。
【請求項２３】
前記ＳｔＡＭＰが、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する１０．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２４】
前記ＳｔＡＭＰが、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する２．５μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２５】
前記ＳｔＡＭＰが、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する２．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２６】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌が、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ  Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、酢酸菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である、請求項２３〜２５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２７】
前記ＳｔＡＭＰが、５０％未満の溶血活性およびグラム陰性コリスチン耐性細菌に対する２０．０μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度を有する、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２８】
前記ＳｔＡＭＰがダブルステープル化されている、請求項１〜２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項２９】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌の成長を阻害する第２の薬剤と共に、前記ＳｔＡＭＰを投与する、請求項１〜２８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３０】
前記第２の薬剤が抗生物質である、請求項２９に記載の方法。
【請求項３１】
前記抗生物質が、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
グラム陰性コリスチン耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陰性コリスチン耐性細菌をステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）と接触させることを含む、方法。
【請求項３３】
インビトロである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３４】
インビボである、請求項３２に記載の方法。
【請求項３５】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌が、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ  Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、酢酸菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌からなる群より選択される、請求項３２〜３４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３６】
前記ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドが、マガイニン、プレウロシジン、ペキシガナン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項３２〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３７】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項３２〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３８】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項３２〜３５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項３９】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を最適化する方法であって、
（ａ）第１のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を提供すること；
（ｂ）１つまたはそれを超えるアミノ酸位置を除いて前記第１のＳｔＡＭＰと同一の第２のＳｔＡＭＰを生成すること；
（ｃ）前記第２のＳｔＡＭＰが、前記第１のＳｔＡＭＰよりも大きなレベルまで、グラム陰性コリスチン耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること
を含む、方法。
【請求項４０】
前記第２のＳｔＡＭＰが、前記第１のＳｔＡＭＰと比べて同じまたは減少した溶血活性を有することを決定することをさらに含む、請求項３９に記載の方法。
【請求項４１】
前記第１のＳｔＡＭＰおよび前記第２のＳｔＡＭＰがダブルステープル化されている、請求項３９または４０に記載の方法。
【請求項４２】
前記第１のＳｔＡＭＰが、配列番号１、２、３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３を含むかまたはそれからなる、請求項３９〜４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４３】
前記第１および第２のＳｔＡＭＰがそれぞれ６〜１００アミノ酸長である、請求項３９〜４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４４】
前記第２のＳｔＡＭＰが前記第１のＳｔＡＭＰと比較してジヒドロキシル化されており、前記第２のＳｔＡＭＰの疎水性が前記第１のＳｔＡＭＰと比較して減少している、請求項３９〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
前記第２のＳｔＡＭＰが前記第１のＳｔＡＭＰと比較してアミノヒドロキシル化されており、前記第２のＳｔＡＭＰの疎水性が前記第１のＳｔＡＭＰと比較して減少している、請求項３９〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
前記グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性がＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対するものである、請求項３９〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
前記グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性がＥ．ｃｏｌｉに対するものである、請求項３９〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
前記グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性が、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するＥ．ｃｏｌｉ株、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するＫｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ株に対するものである、請求項３９〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４９】
前記第２のＳｔＡＭＰの溶血活性が前記第１のＳｔＡＭＰと比較して減少しており、前記第２のＳｔＡＭＰの前記溶血活性が２０％未満であり、グラム陰性コリスチン耐性細菌に対する前記最小阻害濃度が１０．０μｇ／ｍＬ未満である、請求項４０に記載の方法。
【請求項５０】
前記グラム陰性細菌がＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉまたはＥ．ｃｏｌｉである、請求項４９に記載の方法。
【請求項５１】
前記グラム陰性細菌が、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である、請求項４９に記載の方法。
【請求項５２】
グラム陰性細菌のコリスチン耐性を克服するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を選択する方法であって、
（ａ）ＳｔＡＭＰを提供すること；
（ｂ）前記ＳｔＡＭＰの溶血活性およびグラム陰性細菌に対する最小阻害濃度（ＭＩＣ）を決定すること；ならびに
（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが：
（ｉ）前記グラム陰性細菌に対する２．５μｇ／ｍＬ未満の最小阻害濃度；および
（ｉｉ）２０％未満の溶血活性
を有する場合、前記ＳｔＡＭＰを選択すること
を含む、方法。
【請求項５３】
前記グラム陰性細菌が、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌｉａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である、請求項５２に記載の方法。
【請求項５４】
提供することが、ＳｔＡＭＰライブラリー由来のＳｔＡＭＰを提供することを含む、請求項５２に記載の方法。
【請求項５５】
前記ＳｔＡＭＰライブラリーがステープルウォークライブラリーである、請求項５４に記載の方法。
【請求項５６】
前記ＳｔＡＭＰが、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項５２〜５５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５７】
コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害するＳｔＡＭＰをスクリーニングする方法であって、
（ａ）ＳｔＡＭＰを提供すること；
（ｂ）前記ＳｔＡＭＰをコリスチン耐性グラム陰性細菌と接触させること；
（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが、１０．０μｇ／ｍｌ未満のＭＩＣで、前記コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること
を含む、方法。
【請求項５８】
前記ＳｔＡＭＰが２０％未満の溶血活性を有することを決定することをさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記ＳｔＡＭＰが、前記コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する３μｇ／ｍｌ未満のＭＩＣを有する、請求項５７または５８に記載の方法。
【請求項６０】
前記ＳｔＡＭＰが、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれから選択される、請求項５７〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
前記ＳｔＡＭＰがＳｔＡＭＰライブラリーに由来する、請求項５７〜６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６２】
前記ＳｔＡＭＰが、薬学的に許容され得る担体として医薬組成物と共に製剤化されている、請求項５７〜６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６３】
抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症を有するかまたはそれを有すると疑われる被験体のための適切な処置を決定する方法であって、
（ａ）前記被験体から生物学的サンプルを得ること；
（ｂ）前記被験体の前記生物学的サンプルをＳｔＡＭＰと接触させること；
（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記サンプル中の前記抗生物質耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および
（ｄ）前記ＳｔＡＭＰを選択して前記被験体に投与すること
を含む、方法。
【請求項６４】
前記抗生物質耐性グラム陰性細菌がコリスチン耐性である、請求項６３に記載の方法。
【請求項６５】
コリスチン耐性グラム陰性細菌感染症の処置におけるＳｔＡＭＰの有効性を予測するための方法であって、
（ａ）前記コリスチン耐性グラム陰性細菌感染症の原因となるグラム陰性細菌を前記ＳｔＡＭＰと接触させること；
（ｂ）前記ＳｔＡＭＰがグラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および
（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陰性細菌感染症を処置する可能性があることを予測すること
を含む、方法。
【請求項６６】
前記ＳｔＡＭＰが２０％未満の溶血活性を有すると決定する、請求項６３または６５に記載の方法。
【請求項６７】
前記ＳｔＡＭＰが、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項６３〜６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６８】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３、３４もしくは３５または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項６３〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
前記被験体がヒトである、請求項６３〜６８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７０】
グラム陰性耐性感染コロニー形成を予防または阻止するＳｔＡＭＰでコーティングされた、材料またはデバイス。
【請求項７１】
前記材料が、医療デバイス、カテーテル、包帯、接着材料からなる群より選択される、請求項７０に記載の材料またはデバイス。
【請求項７２】
グラム陰性耐性感染症を予防または阻止するＳｔＡＭＰを含有する、溶液または試薬または製品。
【請求項７３】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４もしくは３５のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項７０もしくは７１に記載の材料もしくはデバイスまたは請求項７２に記載の溶液もしくは試薬。
【請求項７４】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１、２、３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項７０もしくは７１に記載の材料もしくはデバイスまたは請求項７２に記載の溶液もしくは試薬。
【請求項７５】
グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症の処置を必要とする動物におけるグラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を処置する方法であって、有効量のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を、前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある前記動物に投与することを含む、方法。
【請求項７６】
前記ＳｔＡＭＰが、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項７５に記載の方法。
【請求項７７】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項７５に記載の方法。
【請求項７８】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１、２、３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項７５に記載の方法。
【請求項７９】
前記ＳｔＡＭＰが６〜１００アミノ酸長である、請求項７５〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
前記動物が、ニワトリ、ウシ、ブタ、ヤギ、イヌ、ネコ、ウマまたは鳥である、請求項７５〜７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８１】
前記動物が、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を有する感染症を発症している、請求項７５〜８０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８２】
前記少なくとも１つの他のクラスの抗生物質が、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
前記動物が慢性グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有する、請求項７５〜８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８４】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症がＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症である、請求項７５〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８５】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症がＥ．ｃｏｌｉ感染症である、請求項７５〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８６】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ感染症、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ感染症、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ感染症、酢酸菌感染症、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ感染症からなる群より選択される感染症である、．請求項７５〜８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８７】
前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症が、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌によるものである、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８８】
グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある植物または木を処置する方法であって、それを必要とする植物に有効量のＳｔＡＭＰを接触させるかまたはそれに投与することを含む、方法。
【請求項８９】
前記ＳｔＡＭＰが、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３、３４、３５または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４、３５または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１、２、３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
前記ＳｔＡＭＰが６〜１００アミノ酸長である、請求項８８〜９１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９３】
前記木が火傷病を有するかまたはそれを発症するリスクがある、請求項８８〜９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記抗生物質耐性細菌感染症がグラム陰性細菌感染症である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９５】
前記抗生物質耐性細菌感染症がグラム陽性細菌感染症である、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項９６】
前記グラム陰性細菌感染症が、コリスチン、メチシリン、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネムおよびテビペネムの１つまたはそれよりも多くに耐性である、請求項９４に記載の方法。
【請求項９７】
前記グラム陰性細菌感染症が、コリスチン、メロペネムおよび／またはメチシリンに耐性である、請求項９５に記載の方法。
【請求項９８】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の腎毒性を減少させる方法であって、
（ｉ）２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸を含む少なくとも１つの疎水性パッチを同定すること；
（ｉｉ）少なくとも１つのアミノ酸置換を前記疎水性パッチ中に導入し、前記疎水性パッチ中の前記疎水性アミノ酸の少なくとも１つを、減少した疎水性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換えて、少なくとも１つの破壊された疎水性パッチを有するＳｔＡＭＰを生成すること；および
（ｉｉｉ）アミノ酸置換がその疎水性パッチ中に導入されていない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について、前記少なくとも１つの破壊された疎水性パッチを有する前記ＳｔＡＭＰを試験すること
を含む、方法。
【請求項９９】
前記ＳｔＡＭＰが６〜１００アミノ酸長である、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
少なくとも１つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１つの疎水性パッチを破壊する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０１】
１つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、１つの疎水性パッチを破壊する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０２】
少なくとも２つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、１つの疎水性パッチを破壊する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０３】
少なくとも２つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも２つの疎水性パッチを破壊する、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０４】
前記ＳｔＡＭＰが、疎水性面および親水性面を有するα−ヘリックスを含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０５】
少なくとも１つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰの前記親水性部分に導入することをさらに含む、請求項１００に記載の方法。
【請求項１０６】
前記ＳｔＡＭＰの前記親水性部分におけるリジン以外のアミノ酸をリジンで置き換える、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
前記ＳｔＡＭＰが、そのα−ヘリックスの親水性部分にリジン置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて大きな抗菌活性を示す、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の腎毒性を減少させる方法であって、
（ｉ）カチオン点電荷を含む前記ＳｔＡＭＰにおける少なくとも１つのアミノ酸残基を同定すること；
（ｉｉ）少なくとも１つのアミノ酸置換を導入し、少なくとも１つのカチオン点電荷を、前記カチオン点電荷とは異なる電荷性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換え、それにより、変化したカチオン電荷を有するＳｔＡＭＰを生成すること；および
（ｉｉｉ）そのカチオン点電荷が変化していないこと以外は同一であるＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について、変化したカチオン電荷を有する前記ＳｔＡＭＰを試験することと
を含み、それにより前記ＳｔＡＭＰの前記腎毒性を減少させる、方法。
【請求項１０９】
少なくとも１つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１つのカチオン点電荷の前記電荷性を変化させる、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
１つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、１つのカチオン点電荷の前記電荷性を変化させる、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１１】
少なくとも２つのアミノ酸置換を前記ＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも２つのカチオン点電荷の前記電荷性を変化させる、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１２】
少なくとも１つのリジンをアルギニン、ヒスチジンまたはオルニチンのいずれかで置換する、請求項１０９に記載の方法。
【請求項１１３】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、配列番号４１〜４３のいずれか１つを含むかまたはそれからなる、請求項９８に記載の方法。
【請求項１１４】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、配列番号４１〜４３からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも６５％同一のアミノ酸配列を含む、請求項９８に記載の方法。
【請求項１１５】
前記ＳｔＡＭＰが、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性を示す、請求項９８に記載の方法。
【請求項１１６】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、配列番号３６〜４０のいずれか１つを含むかまたはそれからなる、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１７】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、配列番号３６〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも６５％同一のアミノ酸配列を含む、請求項９８に記載の方法。
【請求項１１８】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰを被験体に投与して、抗生物質耐性細菌感染症を処置する、請求項９８または１０８に記載の方法。
【請求項１１９】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない、請求項９８または１０８に記載の方法。
【請求項１２０】
前記被験体がヒトである、請求項１１９に記載の方法。
【請求項１２１】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、インビトロ腎毒性アッセイにおいて、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて初代腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）の損傷が少ない、請求項９８または１０８に記載の方法。
【請求項１２２】
減少した腎毒性を有する前記ＳｔＡＭＰが、被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない、請求項９８または１０８に記載の方法。
【請求項１２３】
前記被験体において、連続血清クレアチニン測定により、腎細胞への前記損傷をモニタリングする、請求項１２２に記載の方法。
【請求項１２４】
式：
【化４】
2020527564.tif 000017
（式中、
Ｒ１およびＲ２はそれぞれ独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれかは置換されるかまたは置換されず；
Ｒ３はそれぞれ独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれかは置換されるかまたは置換されず；
ｘはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；
ｗおよびｙはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９または１０であり；ならびに
Ｘａａはそれぞれ独立して、アミノ酸である）を有するステープルドおよび／もしくはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）またはその薬学的に許容され得る塩であって、
前記ＳｔＡＭＰが、少なくとも１つの微生物に対する抗菌効果を示し、
ここで、
前記ＳｔＡＭＰの前記［Ｘａａ］ｗおよび／または［Ｘａａ］ｙは、前記ＳｔＡＭＰの疎水性パッチの２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸の少なくとも１つが、減少した疎水性を有するアミノ酸で置換されている以外は、式Ｉの前記ＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）上に存在する前記疎水性パッチと同一の前記２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸の少なくとも１つの疎水性パッチを含み；
および／または
前記ＳｔＡＭＰが、式Ｉの前記ＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてカチオン点電荷の電荷性を変化させるアミノ酸置換を含む、ステープルドおよび／もしくはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）またはその薬学的に許容され得る塩。
【請求項１２５】
α−ヘリックスを含む、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１２６】
前記抗菌ペプチド（ＡＭＰ）が配列番号４〜３３からなる群より選択されるアミノ酸を含む、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１２７】
配列番号３６〜４１からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも６５％同一のアミノ酸配列を含む、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１２８】
配列番号３６〜４１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１２９】
前記ＳｔＡＭＰの前記［Ｘａａ］ｗおよび／または［Ｘａａ］ｙが、前記抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてアミノ酸置換で破壊されている少なくとも１つの疎水性パッチを含む、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３０】
前記ＳｔＡＭＰの前記α−ヘリックスの親水性部分における少なくとも１つのアミノ酸がリジンで置換されている、請求項１２５に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３１】
そのα−ヘリックスの前記親水性部分上にリジン置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて大きな抗菌活性を示す、請求項１３０に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３２】
前記抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べて１つのカチオン点電荷を変化させる１つのアミノ酸置換を含む、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３３】
前記ＡＭＰと比べて少なくとも２つのカチオン点電荷を変化させる少なくとも２つのアミノ酸置換を含む、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３４】
前記アミノ酸置換が、アルギニン、オルニチンまたはヒスチジンで置換されるリジンを含む、請求項１３２に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３５】
抗生物質耐性細菌感染症を処置するために被験体に投与される、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３６】
被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない、請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３７】
前記被験体がヒトである、請求項１３５または１３６に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）。
【請求項１３８】
請求項１２４に記載のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を含む、医薬組成物。
【請求項１３９】
グラム陰性カルバペネム耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陰性カルバペネム耐性細菌をステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）と接触させることを含む、方法。
【請求項１４０】
インビトロである、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４１】
インビボである、請求項１３９に記載の方法。
【請求項１４２】
前記グラム陰性カルバペネム耐性細菌が、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ  Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、酢酸菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌からなる群より選択される、請求項１３９〜１４１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４３】
前記ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドが、マガイニン、プレウロシジン、ペキシガナン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する、請求項１３９〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４４】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１３９〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４５】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１３９〜１４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１４６】
グラム陽性カルバペネム耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陽性カルバペネム耐性細菌をステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）と接触させることを含む、方法。
【請求項１４７】
インビトロである、請求項１４６に記載の方法。
【請求項１４８】
インビボである、請求項１４６に記載の方法。
【請求項１４９】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１４６〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５０】
前記ＳｔＡＭＰが、配列番号１〜３もしくは３４〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１もしくは３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、請求項１４６〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５１】
前記グラム陽性カルバペネム耐性細菌をダプトマイシンおよび／またはバンコマイシンと接触させることをさらに含む、請求項１４６〜１４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項１５２】
前記カルバペネムが、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネムまたはテビペネムの１つまたはそれよりも多くである、請求項１３９〜１５１のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、それぞれ２０１８年３月１６日および２０１７年７月１９日に出願された米国仮出願第６２／６４４，１１４号および米国仮出願第６２／５３４，４６４号の優先権の利益を主張する。これらの各出願の内容は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
技術分野
本開示は、安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド（ｓｔａｐｌｅｄ  ａｎｄ／ｏｒ  ｓｔｉｔｃｈｅｄ））抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を使用して、抗生物質耐性細菌感染症（例えば、グラム陰性またはグラム陽性）の処置を必要とするヒト、動物または植物における抗生物質耐性細菌感染症（例えば、グラム陰性またはグラム陽性）を処置する方法、このようなペプチドを生成するための方法、ならびにこのようなペプチドをコーティングされたかまたは含む溶液、製品、試薬、デバイスおよび材料に関する。
【背景技術】
【０００３】
背景
抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、微生物侵入に対する重要な防御線を形成する進化的に保存されたタンパク質のクラスである。これらのペプチドは多くの異種生物により産生され、細菌、真菌（酵母を含む）、原虫（寄生虫を含む）およびウイルスに対する広範な活性を示すことが見出されている。世界中における抗生物質耐性の発生は、現代医療の大きな脅威になっている。過去１０年間で、新たに承認される抗生物質の数が減少するにつれて、薬剤耐性微生物と闘うための新規薬剤の必要性が大きく増加している。細菌の耐性進化が現代の薬品開発努力を上回っている現在ほど、新たな処置選択肢の必要性がより明確になったときはない。これらの危険な発達を考慮すると、グラム陰性細菌またはグラム陽性細菌の抗生物質耐性を克服する新たな薬剤がかなり必要である。
【発明の概要】
【０００４】
概要
本開示は、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）に関連する（例えば、配列相同性を共有する）構造安定化ペプチドと、治療剤および／または予防剤としてこのような安定化ペプチドを使用するための方法とを提供する。グラム陰性細菌またはグラム陽性細菌に対して選択的に溶解性／細胞毒性である安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を設計するための方法も提供され、哺乳動物膜破壊および／または細胞毒性を伴わないＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）の予防的使用または治療的使用を可能にする。植物（例えば、作物、木、顕花植物）および家畜（例えば、ブタ、ニワトリ、ウシ）における細菌感染症（例えば、コリスチン耐性）の処置において本明細書に開示されるＳｔＡＭＰを使用する方法も特徴とする。さらに、ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させる方法が開示される。
【０００５】
一態様では、本開示は、抗生物質耐性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木）における抗生物質耐性細菌感染症を処置する方法を特徴とする。前記方法は、有効量の本明細書に記載される安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、抗生物質耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがあるヒト、動物または植物に投与することを含む。いくつかの実施形態では、抗生物質耐性細菌感染症は、抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症である。いくつかの実施形態では、細菌が耐性である抗生物質は、コリスチン、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、セフタジジム、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、メロペネム、トブラマイシンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される抗生物質である。他の実施形態では、抗生物質耐性細菌感染症は、抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症である。いくつかの実施形態では、細菌が耐性である抗生物質は、メチシリン、ペニシリン、バンコマイシンおよびアミノグリコシドからなる群より選択される抗生物質である。一実施形態では、前記方法が植物細菌感染症の処置に関する場合、細菌が耐性である抗生物質は、ストレプトマイシンまたはオキシテトラサイクリンである。
【０００６】
別の態様では、本開示は、抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木、顕花植物）における抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症を処置するための方法に関する。前記方法は、有効量の本明細書に記載されるＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、抗生物質耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがあるヒト、動物または植物に投与することを含む。いくつかの実施形態では、細菌が耐性である抗生物質は、コリスチン、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、セフタジジム、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、メロペネム、トブラマイシンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。
【０００７】
特定の一態様では、本開示は、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木）におけるグラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量の安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある前記被験体に投与することを含む方法を提供する。
【０００８】
特定の一態様では、本開示は、グラム陰性カルバペネム耐性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木）におけるグラム陰性カルバペネム耐性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量の安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、前記グラム陰性カルバペネム耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある前記被験体に投与することを含む方法を提供する。
【０００９】
特定の一態様では、本開示は、グラム陽性カルバペネム耐性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木）におけるグラム陽性カルバペネム耐性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量の安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、前記グラム陽性カルバペネム耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある前記被験体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、前記方法は、前記被験体にダプトマイシンおよび／またはバンコマイシンを投与することをさらに含む。
【００１０】
別の態様では、本開示は、抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木、顕花植物）における抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症を処置するための方法に関する。前記方法は、有効量の本明細書に記載されるＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、抗生物質耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがあるヒト、動物または植物に投与することを含む。いくつかの実施形態では、細菌が耐性である抗生物質は、メチシリン、ペニシリン、バンコマイシンおよびアミノグリコシドからなる群より選択される。
【００１１】
特定の一態様では、本開示は、グラム陽性メチシリン耐性細菌感染症の処置を必要とするヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物（例えば、作物、木）におけるグラム陽性メチシリン耐性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量の安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を、前記グラム陽性メチシリン耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある前記被験体に投与することを含む方法を提供する。
【００１２】
上記態様の特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。「ペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する」は、少なくとも２、３または６アミノ酸離れたこれらのペプチド（例えば、配列番号４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、および３２のいずれか１つの）少なくとも２つの（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つの）アミノ酸が、ステープルまたはステッチ（例えば、炭化水素ステープルまたはステッチ）を形成し得るオレフィン側鎖を有する非天然アミノ酸で置き換えられることを意味する。このようなペプチドの例は、配列番号１〜３、３４および３６〜４３に提供されている。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、マガイニン足場（すなわち、配列番号４）に由来する。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、プレウロシジン足場（すなわち、配列番号６）に由来する。
【００１３】
上記態様の特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４、３５または３６〜４３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４、３５または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらのアミノ置換（ｔｈｅｓｅ  ａｍｉｎｏ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ）の１つまたはそれよりも多くは、保存的アミノ酸置換である。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、または３５内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、または３５のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらのアミノ置換（ｔｈｅｓｅ  ａｍｉｎｏ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ）の１つまたはそれよりも多くは、保存的アミノ酸置換である。
【００１４】
配列が、特定のアミノ酸配列組成ではなく特定のインターフェースにおいて所望の疎水性および正電荷を有する限り、本出願に開示される配列（例えば、配列番号１〜４３）では、有意な変動が許容されることに留意することが重要である。すなわち、本出願は、部分的には、膜破壊ペプチドに関する−したがって、ペプチドが、たとえ一部の（細菌）膜に特異的であるが他の（哺乳動物、特にヒト）膜に特異的でないとしても、膜に結合することができる限り、有意な配列変動が許容および想定される。
【００１５】
上記態様の特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号１〜３または３６〜４３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、または３５のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、または３５）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号４〜３３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。
【００１６】
上記態様の特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、または４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。特定の場合では、これらの配列は、炭化水素ステープルまたはステッチを形成し得るさらなる、例えば２つまたはそれを超える（例えば、３つ、４つ、５つ、６つの）非天然オレフィン側鎖含有アミノ酸を含むように改変され得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１〜６つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの）「Ｘ」を有するように改変された配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。ステープル／ステッチの形成に関与するＸが２、３または６アミノ酸離れている限り、これらの配列中の「Ｘ」（すなわち、オレフィン側鎖を有する非天然アミノ酸）の位置は変動し得る。一実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するＸは、３アミノ酸離れている。別の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するＸは、６アミノ酸離れている。さらに別の実施形態では、ステープルの形成に関与するＸの２つは、３アミノ酸離れており；ステープルの形成に関与する第２の２つのＸは、３アミノ酸離れている。特定の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するこれらの配列中の「Ｘ」は、同じ非天然アミノ酸であり得る。他の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するこれらの配列中の「Ｘ」は、異なる非天然アミノ酸である。特定の場合では、「Ｘ」は、（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨの１つである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸である。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも異なる非天然アミノ酸であり、例えば、Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨおよび（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨからなる群より選択され得る。特定の場合では、２つのＸが３アミノ酸離れている場合、２つのＸは異なる非天然残基であり得、例えば、第１のＸは、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨであり、第２のＸは、（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、または４３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基／物質であり得る。換言すれば、ステープルおよび／またはステッチは、炭化水素ステープルおよび／またはステッチである必要はない。異なるタイプのステープル化を実施する方法は、当技術分野で周知である（例えば、ラクタムステープル化：Ｓｈｅｐｈｅｒｄら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２７：２９７４−２９８３（２００５）；トリアゾールステープル化：Ｋａｗａｍｏｔｏら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，５５：１１３７−１１４６（２０１１）；ＵＶ付加環化ステープル化：Ｍａｄｄｅｎら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，２１：１４７２−１４７５（２０１１）；ジスルフィドステープル化：Ｊａｃｋｓｏｎら、Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９３９１−９３９２（１９９１）；オキシムステープル化：Ｈａｎｅｙら、Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，４７：１０９１５−１０９１７（２０１１）；チオエーテルステープル化：Ｂｒｕｎｅｌ  ａｎｄ  Ｄａｗｓｏｎ，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，５５２−２５５４（２００５）；光スイッチ可能ステープル化：Ｊ．Ｒ．Ｋｕｍｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９７：３８０３−３８０８（２０００）；ダブルクリックステープル化：Ｌａｕら、Ｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，５：１８０４−１８０９（２０１４）；ビス−ラクタムステープル化：Ｊ．Ｃ．Ｐｈｅｌａｎら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１９：４５５−４６０（１９９７）；およびビス−アリール化ステープル化：Ａ．Ｍ．Ｓｐｏｋｏｙｎｙら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１３５：５９４６−５９４９（２０１３）を参照のこと）。
【００１７】
特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、炭化水素ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基であり得る。特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、３２、または３６〜４３に記載されている配列を有する改変ペプチドは、トリアゾールステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ＵＶ付加環化ステープルを使用してステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ジスルフィドステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、オキシムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、チオエーテルステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、光スイッチ可能ステープルを含む。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ダブルクリックステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−アリール化ステープルを含む。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列、または配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ配列（ａｍｉｎｏ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）の改変バージョン（すなわち、炭化水素ステープルを形成し得る２つまたはそれを超える（例えば、３つ、４つ、５つ、６つの）非天然オレフィン側鎖含有アミノ酸を含む配列）を含むかまたはそれからなる。
【００１８】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、６〜１００アミノ酸長（例えば、６〜４０アミノ酸長（例えば、６〜１０アミノ酸長、６〜１５アミノ酸長、６〜２０アミノ酸長、６〜２５アミノ酸長、６〜３０アミノ酸長、６〜３５アミノ酸長；１０〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長、１０〜２５アミノ酸長、１０〜３０アミノ酸長、１０〜３５アミノ酸長；１５〜２０アミノ酸長、１５〜２５アミノ酸長、１５〜３０アミノ酸長、１５〜３５アミノ酸長；１５〜４０アミノ酸長；２０〜２５アミノ酸長、２０〜３０アミノ酸長、２０〜３５アミノ酸長；２０〜４０アミノ酸長；３０〜３５アミノ酸長；３０〜４０アミノ酸長；または３５〜４０アミノ酸長）である。
【００１９】
特定の実施形態では、被験体はヒトである。特定の実施形態では、被験体は、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を有する感染症を発症している。いくつかの実施形態では、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリン、セフタジジム、セフトリアキソン、シプロフロキサシン、ゲンタマイシン、メロペネム、トブラマイシンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はカルバペネムである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はクラリスロマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はフルオロキノロンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセフトリアキソンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はシプロフロキサシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はゲンタマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメロペネムである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はトブラマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンおよびバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンおよびフルオロキノロンである。
【００２０】
いくつかの実施形態では、被験体は、グラム陰性抗生物質耐性細菌感染症（例えば、慢性感染症）を有する。特定の場合では、細菌が耐性である抗生物質は、コリスチン、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、被験体は、慢性グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＥ．ｃｏｌｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ感染症からなる群より選択される感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ感染症、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ感染症、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ感染症、酢酸菌感染症、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ感染症からなる群より選択される感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌によるものである。いくつかの実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＥ．ｃｏｌｉである。
【００２１】
いくつかの実施形態では、被験体は、グラム陽性抗生物質耐性細菌感染症（例えば、慢性感染症）を有する。特定の場合では、細菌が耐性である抗生物質は、メチシリン、ペニシリン、バンコマイシンおよびアミノグリコシドからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、被験体は、慢性グラム陽性メチシリン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、被験体は、慢性グラム陽性ペニシリン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、被験体は、慢性グラム陽性バンコマイシン中間耐性またはバンコマイシン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、被験体は、慢性グラム陽性アミノグリコシド耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、グラム陽性抗生物質耐性感染症は、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、細菌性膣炎微生物叢（ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｖａｇｉｎｏｓｉｓ  ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ａ  ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ  ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓおよびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａからなる群より選択される細菌によるものである。
【００２２】
ＳｔＡＭＰが静脈内投与されるいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜２０％、０〜１８％、０〜１６％、０〜１４％、０〜１２％、０〜１０％、０〜８％、０〜６％、０〜４％、０〜２％、０〜１％または１〜２０％）の溶血活性を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１０％未満（例えば、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満または１％未満）の溶血活性を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、５％未満（例えば、４％未満、３％未満、２％未満または１％未満）の溶血活性を有する。これらの実施形態のいくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２５μｇ／ｍＬまたはそれ未満の濃度である。
【００２３】
ＳｔＡＭＰが病原体に到達するために血流に入る必要がない非静脈内経路（例えば、局所に、鼻腔内に、吸入を介して、経口で、直腸に、膣に）により、ＳｔＡＭＰが投与されるいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、いくらかの溶血活性を有し得る。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超５０％未満（例えば、２０％〜４９％、２５％〜４９％、３０％〜４９％、３５％〜４９％、４０％〜４９％、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満または２５％未満）の溶血活性を有する。他の実施形態では、非静脈内経路によりＳｔＡＭＰが投与される場合、ＳｔＡＭＰは、２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満または０．５％未満）の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超１００％未満の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超９５％未満の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超９０％未満の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超８０％未満の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超７０％未満の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超６０％未満の溶血活性を有する。いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、２０％超５０％未満の溶血活性を有する。
【００２４】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対する２５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２０μｇ／ｍＬ未満、１５μｇ／ｍＬ未満、１０μｇ／ｍＬ未満、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対する２．５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対する２．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。特定の実施形態では、ＭＩＣは、実施例１に記載されている方法を使用して決定される。
【００２５】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する２５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２０μｇ／ｍＬ未満、１５μｇ／ｍＬ未満、１０μｇ／ｍＬ未満、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する２．５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅに対する２．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。特定の実施形態では、ＭＩＣは、実施例１に記載されている方法を使用して決定される。
【００２６】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ｅ．ｃｏｌｉに対する２５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２０μｇ／ｍＬ未満、１５μｇ／ｍＬ未満、１０μｇ／ｍＬ未満、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、Ｅ．ｃｏｌｉに対する２．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。特定の実施形態では、ＭＩＣは、実施例１に記載されている方法を使用して決定される。
【００２７】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する２５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２０μｇ／ｍＬ未満、１５μｇ／ｍＬ未満、１０μｇ／ｍＬ未満、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する２．５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する２．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。特定の実施形態では、ＭＩＣは、実施例１に記載されている方法を使用して決定される。
【００２８】
いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ  Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、酢酸菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である。
【００２９】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、グラム陽性抗生物質耐性細菌に対する２５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２０μｇ／ｍＬ未満、１５μｇ／ｍＬ未満、１０μｇ／ｍＬ未満、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、グラム陽性抗生物質耐性（Ｇｒａｍ−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ）に対する２．５μｇ／ｍＬ未満（例えば、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、グラム陽性抗生物質耐性（Ｇｒａｍ−ｐｏｓｉｔｉｖｅ  ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ）に対する２．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満）の最小阻害濃度を有する。特定の実施形態では、ＭＩＣは、実施例１に記載されている方法を使用して決定される。
【００３０】
いくつかの実施形態では、グラム陽性抗生物質耐性細菌は、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、細菌性膣炎微生物叢、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ａ  ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ  ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓまたはＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａである。特定の実施形態では、グラム陽性細菌はメチシリン耐性である。特定の実施形態では、グラム陽性細菌はペニシリン耐性である。特定の実施形態では、グラム陽性細菌はメチシリン耐性である。特定の実施形態では、グラム陽性細菌は、バンコマイシン中間耐性またはバンコマイシン耐性である。特定の実施形態では、グラム陽性細菌はアミノグリコシド耐性である。
【００３１】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、５％未満（例えば、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満または０．５％未満または０．５〜５％）の溶血活性およびグラム陰性コリスチン耐性細菌に対する３．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満または０．５〜３．０μｇ／ｍＬ）の最小阻害濃度を有する。特定の実施形態では、ＭＩＣは、実施例１に記載されている方法を使用して決定される。
【００３２】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰはダブルステープル化される。
【００３３】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、グラム陰性コリスチン耐性細菌またはグラム陽性抗生物質耐性細菌の成長を阻害する第２の薬剤と共に投与される。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は、抗生物質または別の抗菌ペプチドである。いくつかの実施形態では、抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。特定の実施形態では、第２の薬剤は銀ナノ粒子である。他の実施形態では、第２の薬剤はファージ療法である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は抗菌ワクチンである。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌またはグラム陽性抗生物質耐性細菌の成長を阻害するために、ＳｔＡＭＰは、ＳｔＡＭＰと相乗的に作用し得る薬剤、例えばβ−ラクタム、カルバペネムおよびＰＧＬａのような他の抗菌ペプチドと共に投与される。他の実施形態では、細胞膜が孔形成されると、ＳｔＡＭＰは、細菌により良好にアクセスするのでより有効であり得る抗生物質、例えばバンコマイシンおよびオキサゾリジノンと共に投与される。
【００３４】
一態様では、本開示は、グラム陰性コリスチン耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陰性コリスチン耐性細菌を、本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）と接触させることを含む方法を提供する。
【００３５】
一態様では、本開示は、グラム陰性カルバペネム耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陰性カルバペネム耐性細菌を、本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）と接触させることを含む方法を提供する。特定の場合では、カルバペネムは、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネムおよびテビペネムの１つまたはそれよりも多くである。
【００３６】
一態様では、本開示は、グラム陽性抗生物質耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陽性抗生物質耐性細菌を、本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）と接触させることを含む方法を提供する。いくつかの場合では、細菌は、カルバペネム（例えば、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネムおよびテビペネム）に耐性である。
【００３７】
一態様では、本開示は、グラム陽性カルバペネム耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陽性カルバペネム耐性細菌を、本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）と接触させることを含む方法を提供する。特定の場合では、カルバペネムは、メロペネム、イミペネム、エルタペネム、ドリペネム、パニペネム、ビアペネムおよびテビペネムの１つまたはそれよりも多くである。特定の場合では、前記方法は、グラム陽性カルバペネム耐性細菌をダプトマイシンおよびバンコマイシンの一方または両方と接触させること（ｃｉｏｎｔａｃｔｉｎｇ）をさらに含む。
【００３８】
特定の実施形態では、接触させることはインビトロである（例えば、従来の細胞培養条件下、細胞培養プレートまたはディッシュ中、エクスビボ細胞培養系中（すなわち、以前にはインビボにあった細胞の増殖））。特定の実施形態では、接触させることはインビボである（例えば、被験体（例えば、ヒト被験体、動物モデル、被験体の内部にある細胞）中）。
【００３９】
特定の実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ  Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、酢酸菌、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌からなる群より選択される。
【００４０】
特定の実施形態では、グラム陽性抗生物質耐性細菌は、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、細菌性膣炎微生物叢、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ａ  ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ  ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓおよびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａからなる群より選択される。
【００４１】
特定の実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、マガイニン、プレウロシジン、ペキシガナン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドをベースとするかまたはそれに由来する。
【００４２】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４、３５または３６〜４３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４、３５または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、３４、３５または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号：７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。
【００４３】
別の態様では、本開示は、安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）を最適化する方法であって、（ａ）第１のＳｔＡＭＰを提供すること；（ｂ）１つまたはそれを超えるアミノ酸位置を除いて前記第１のＳｔＡＭＰと同一の第２のＳｔＡＭＰを生成すること；（ｃ）前記第２のＳｔＡＭＰが、前記第１のＳｔＡＭＰよりも大きなレベルまで、グラム陰性コリスチン耐性細菌またはグラム陽性抗生物質耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定することを含む方法を提供する。
【００４４】
いくつかの実施形態では、前記方法は、第２のＳｔＡＭＰが、第１のＳｔＡＭＰと比べて同じまたは減少した溶血活性を有することを決定することをさらに含む。
【００４５】
いくつかの実施形態では、第１のＳｔＡＭＰおよび第２のＳｔＡＭＰは、ダブルステープル化および／またはステッチ化される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２または３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。
【００４６】
いくつかの実施形態では、第１および第２のＳｔＡＭＰはそれぞれ、６〜１００アミノ酸長（例えば、６〜４０アミノ酸長（例えば、６〜１０アミノ酸長、６〜１５アミノ酸長、６〜２０アミノ酸長、６〜２５アミノ酸長、６〜３０アミノ酸長、６〜３５アミノ酸長；１０〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長、１０〜２５アミノ酸長、１０〜３０アミノ酸長、１０〜３５アミノ酸長；１５〜２０アミノ酸長、１５〜２５アミノ酸長、１５〜３０アミノ酸長、１５〜３５アミノ酸長；１５〜４０アミノ酸長；２０〜２５アミノ酸長、２０〜３０アミノ酸長、２０〜３５アミノ酸長；２０〜４０アミノ酸長；３０〜３５アミノ酸長；３０〜４０アミノ酸長；または３５〜４０アミノ酸長）である。
【００４７】
いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、第１のＳｔＡＭＰと比較してジヒドロキシル化されており、第２のＳｔＡＭＰの疎水性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少している。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、第１のＳｔＡＭＰと比較してアミノヒドロキシル化されており、第２のＳｔＡＭＰの疎水性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少している。
【００４８】
いくつかの実施形態では、抗菌活性は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対するものである。いくつかの実施形態では、抗菌活性は、Ｅ．ｃｏｌｉに対するものである。いくつかの実施形態では、抗菌活性は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するＥ．ｃｏｌｉ株に対するものである。いくつかの実施形態では、抗菌活性は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓに対するものである。
【００４９】
いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少しており、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満または０〜５％）であり、グラム陰性コリスチン耐性細菌に対する最小阻害濃度は、１０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満または０．５〜３．０μｇ／ｍＬ）である。特定の実施形態では、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少しており、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は１０％未満である。特定の実施形態では、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少しており、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、２０％超５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満）である。
【００５０】
いくつかの実施形態では、グラム陰性細菌は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉまたはＥ．ｃｏｌｉである。
【００５１】
いくつかの実施形態では、グラム陰性細菌は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である。
【００５２】
別の態様では、本開示は、グラム陰性細菌のコリスチン耐性を克服するＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ＳｔＡＭＰ）を選択する方法であって、（ａ）ＳｔＡＭＰを提供すること；（ｂ）前記ＳｔＡＭＰの溶血活性およびグラム陰性細菌に対する最小阻害濃度（ＭＩＣ）を決定すること；ならびに（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが：（ｉ）前記グラム陰性細菌に対する１０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満または０．５〜３．０μｇ／ｍＬ）の最小阻害濃度；および（ｉｉ）２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満または０〜５％）の溶血活性を有する場合、前記ＳｔＡＭＰを選択することを含む方法を提供する。
【００５３】
いくつかの実施形態では、グラム陰性細菌は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である。いくつかの実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。
【００５４】
いくつかの実施形態では、前記方法は、（ａ）１つまたはそれを超えるアミノ酸位置を除いて第２のＳｔＡＭＰと同一の第３のＳｔＡＭＰを生成することをさらに含み、ここで、第３のＳｔＡＭＰ中のアミノ酸変化は、（ｉ）第２のＳｔＡＭＰ内に存在する少なくとも１つの疎水性パッチを破壊し、ここで、疎水性パッチは、少なくとも２つの疎水性アミノ酸残基を含み、および／または（ｉｉ）第２のＳｔＡＭＰ中に存在する少なくとも１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる。いくつかの実施形態では、前記方法は、例えば、初代近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）腎毒性アッセイを使用して、または例えば連続血清クレアチニン測定によりインビボ腎機能をモニタリングして、第２および第３のＳｔＡＭＰの腎毒性を決定することにより、第３のＳｔＡＭＰが第２のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性を有することを決定することをさらに含む。
【００５５】
いくつかの実施形態では、第３のＳｔＡＭＰは、第２のＳｔＡＭＰと比べて破壊された疎水性パッチを含み、ここで、第３のＳｔＡＭＰ中の少なくとも１つの疎水性パッチ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの疎水性パッチ）の少なくとも１個の疎水性アミノ酸（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超える疎水性アミノ酸）は、減少した疎水性を有するアミノ酸で置換される。
【００５６】
いくつかの実施形態では、前記方法は、１つまたはそれを超えるアミノ酸位置を除いて第３のＳｔＡＭＰと同一の第４のＳｔＡＭＰを生成することをさらに含み、ここで、第４のＳｔＡＭＰ中のアミノ酸変化は、ＳｔＡＭＰの親水性部分をよりカチオン性にするＳｔＡＭＰの親水性部分（例えば、α−ヘリックスの親水性部分）において少なくとも１つのアミノ酸の置換をもたらす。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分における少なくとも１つのアミノ酸は、少なくとも１つのリジン、オルニチン、ヒスチジンおよび／またはアルギニンで置換される。いくつかの実施形態では、第４のＳｔＡＭＰは、第３のＳｔＡＭＰの抗菌活性と同等またはそれを超える抗菌活性を有する。いくつかの実施形態では、第４のＳｔＡＭＰは、第３のＳｔＡＭＰの抗生物質耐性細菌に対する最小阻害濃度（ＭＩＣ）未満の抗生物質耐性細菌に対する最小阻害濃度（ＭＩＣ）を有する。
【００５７】
別の態様では、本開示は、グラム陽性細菌の抗生物質耐性を克服するＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ＳｔＡＭＰ）を選択する方法であって、（ａ）ＳｔＡＭＰを提供すること；（ｂ）前記ＳｔＡＭＰの溶血活性およびグラム陽性細菌に対する最小阻害濃度（ＭＩＣ）を決定すること；ならびに（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが：（ｉ）前記グラム陽性細菌に対する１０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満または０．５〜３．０μｇ／ｍＬ）の最小阻害濃度；および（ｉｉ）２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満または０〜５％）の溶血活性を有する場合、前記ＳｔＡＭＰを選択することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、グラム陽性細菌はＳ．ａｕｒｅｕｓである。
【００５８】
いくつかの実施形態では、提供することは、ＳｔＡＭＰライブラリー由来のＳｔＡＭＰを提供することを含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、ＳｔＡＭＰライブラリーに由来する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰライブラリーは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰのライブラリーである。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰライブラリーは、ステープルウォークライブラリーである。
【００５９】
いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチドは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【００６０】
いくつかの実施形態では、前記方法は、（ｉ）選択されたＳｔＡＭＰ内に存在する少なくとも１つの疎水性パッチ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの疎水性パッチ）を破壊し（ここで、疎水性パッチは、少なくとも２つの疎水性アミノ酸残基を含む）、および／または（ｉｉ）選択されたＳｔＡＭＰ中に存在する少なくとも１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる少なくとも１個のアミノ酸置換（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の置換）を選択されたＳｔＡＭＰに導入することにより、選択されたＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記方法は、例えば、初代近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）腎毒性アッセイを使用して、または例えば連続血清クレアチニン測定によりインビボ腎機能をモニタリングして、ＳｔＡＭＰの腎毒性を決定することにより、アミノ酸置換を有するＳｔＡＭＰが、選択されていたＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性を有することを決定することをさらに含む。
【００６１】
いくつかの実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰの親水性部分をよりカチオン性にするＳｔＡＭＰの親水性部分（例えば、α−ヘリックスの親水性部分）に少なくとも１つのアミノ酸置換を導入することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分における少なくとも１つのアミノ酸は、少なくとも１つのリジン、オルニチン、ヒスチジンおよび／またはアルギニンで置換される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、選択されていたＳｔＡＭＰの抗菌活性と同等またはそれを超える抗菌活性を有する。さらに別の態様では、本開示は、コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害するＳｔＡＭＰをスクリーニングする方法であって、（ａ）ＳｔＡＭＰを提供すること；（ｂ）前記ＳｔＡＭＰをコリスチン耐性グラム陰性細菌と接触させること；（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが、５．０μｇ／ｍｌ未満のＭＩＣで、前記コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定することを含む方法を提供する。
【００６２】
特定の実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰが、２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満または０〜５％）の溶血活性を有することを決定することをさらに含む。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する１０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満または０．５〜３．０μｇ／ｍＬ）のＭＩＣを有する。特定の他の実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰが、２０％超５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満）の溶血活性を有することを決定することをさらに含む。
【００６３】
別の態様では、本開示は、抗生物質耐性グラム陽性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害するＳｔＡＭＰをスクリーニングする方法であって、（ａ）ＳｔＡＭＰを提供すること；（ｂ）前記ＳｔＡＭＰを抗生物質耐性グラム陽性細菌と接触させること；（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが、５．０μｇ／ｍｌ未満のＭＩＣで、前記抗生物質耐性グラム陽性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定することを含む方法を提供する。
【００６４】
特定の実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰが、２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満または０〜５％）の溶血活性を有することを決定することをさらに含む。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、抗生物質耐性グラム陽性細菌に対する１０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満または０．５〜３．０μｇ／ｍＬ）のＭＩＣを有する。特定の他の実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰが、２０％超５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満）の溶血活性を有することを決定することをさらに含む。
【００６５】
特定の実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）は、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【００６６】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、ＳｔＡＭＰライブラリーに由来する。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰライブラリーは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰのライブラリーである。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰライブラリーは、ステープルウォークライブラリーである。
【００６７】
いくつかの実施形態では、前記方法は、（ｉ）選択されたＳｔＡＭＰ内に存在する少なくとも１つの疎水性パッチ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの疎水性パッチ）を破壊し（ここで、疎水性パッチは、少なくとも２つの疎水性アミノ酸残基を含む）、および／または（ｉｉ）選択されたＳｔＡＭＰ中に存在する少なくとも１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる少なくとも１個のアミノ酸置換（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の置換）を選択されたＳｔＡＭＰに導入することにより、選択されたＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させることをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記方法は、例えば、初代近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）腎毒性アッセイを使用して、または例えば連続血清クレアチニン測定によりインビボ腎機能をモニタリングして、ＳｔＡＭＰの腎毒性を決定することにより、アミノ酸置換を有するＳｔＡＭＰが、コリスチン耐性グラム陰性細菌の殺滅またはその成長の阻害についてスクリーニングされたＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性を有することを決定することをさらに含む。
【００６８】
いくつかの実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰの親水性部分をよりカチオン性にするＳｔＡＭＰの親水性部分（例えば、α−ヘリックスの親水性部分）に少なくとも１つのアミノ酸置換を導入することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分における少なくとも１つのアミノ酸は、少なくとも１つのリジン、オルニチン、ヒスチジンおよび／またはアルギニンで置換される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性グラム陰性細菌の殺滅またはその成長の阻害についてスクリーニングされたＳｔＡＭＰの抗菌活性と同等またはそれを超える抗菌活性を有する。
【００６９】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、薬学的に許容され得る担体として医薬組成物と共に製剤化される。
【００７０】
本開示はまた、材料、デバイスもしくは製品（例えば、医療デバイス、カテーテル、包帯、粘着テープ）のための抗菌コーティングまたは抗菌溶液もしくは製品の成分（例えば、石鹸、軟膏、化粧品）としてのＳｔＡＭＰの使用を特徴とする。このような抗菌コーティングまたは製品は、グラム陰性またはグラム陽性細菌感染の拡散の減少または防止において有用であり得る。
【００７１】
本開示はまた、本明細書に開示されるＳｔＡＭＰの１つまたはそれよりも多くを含む溶液、製品および試薬を提供する。例えば、このような製品は、グラム陰性またはグラム陽性細菌感染および／またはコロニー形成を回避するための化粧品、石鹸または他の液体／試薬として有用である。
【００７２】
本開示はまた、抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症を有するかまたはそれを有すると疑われる被験体のための適切な処置を決定する方法であって、（ａ）前記被験体から生物学的サンプルを得ること；（ｂ）前記被験体の前記生物学的サンプルをＳｔＡＭＰと接触させること；（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記サンプル中の前記抗生物質耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および（ｄ）前記ＳｔＡＭＰを選択して前記被験体に投与することを含む方法を特徴とする。いくつかの実施形態では、抗生物質耐性グラム陰性細菌はコリスチン耐性である。
【００７３】
本開示はまた、抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症を有するかまたはそれを有すると疑われる被験体のための適切な処置を決定する方法であって、（ａ）前記被験体から生物学的サンプルを得ること；（ｂ）前記被験体の前記生物学的サンプルをＳｔＡＭＰと接触させること；（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記サンプル中の前記抗生物質耐性グラム陽性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および（ｄ）前記ＳｔＡＭＰを選択して前記被験体に投与することを含む方法を特徴とする。
【００７４】
本開示の別の特徴は、コリスチン耐性グラム陰性細菌感染症の処置におけるＳｔＡＭＰの有効性を予測するための方法であって、（ａ）前記コリスチン耐性グラム陰性細菌感染症の原因となるグラム陰性細菌を前記ＳｔＡＭＰと接触させること；（ｂ）前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陰性細菌感染症を処置する可能性があることを予測することを含む方法に関する。
【００７５】
本開示のさらに別の特徴は、抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症の処置におけるＳｔＡＭＰの有効性を予測するための方法であって、（ａ）前記抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症の原因となるグラム陽性細菌を前記ＳｔＡＭＰと接触させること；（ｂ）前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陽性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陽性細菌感染症を処置する可能性があることを予測することを含む方法に関する。
【００７６】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満または０〜５％）の溶血活性を有すると決定される。他の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、２０％超５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満）の溶血活性を有すると決定される。
【００７７】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【００７８】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜４３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５〜４３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４または３５〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜４３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、３４または３５〜４３のいずれか１つに記載されている配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。
【００７９】
いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。
【００８０】
さらに別の態様では、本開示は、獣医学的使用のために本明細書に開示されるＳｔＡＭＰを使用する方法を特徴とする。例えば、本開示は、抗生物質耐性細菌感染症（例えば、グラム陰性感染症（例えば、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症）；またはグラム陽性感染症）を含む細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある家畜を処置する方法を提供する。前記方法は、動物に有効量の本明細書に開示されるＳｔＡＭＰを投与して、細菌感染症を処置、制御または予防することを含む。
【００８１】
特定の実施形態では、処置すべき動物としては、限定されないが、ブタ、ニワトリ、ウシ、バッファロー、ヤギ、ウマ、イヌ、ネコ、鳥（例えば、ガチョウ、オウム、コカトゥー、インコ）が挙げられる。
【００８２】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。「ペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する」は、少なくとも２、３または６アミノ酸離れたこれらのペプチドの少なくとも２つの（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つの）アミノ酸が、ステープルまたはステッチ（例えば、炭化水素ステープルまたはステッチ）を形成し得るオレフィン側鎖を有する非天然アミノ酸で置き換えられることを意味する。このようなペプチドの例は、配列番号１〜３に提供されている。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素テープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、マガイニン足場に由来する。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、プレウロシジン足場に由来する。
【００８３】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５〜４３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４または３５〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらのアミノ置換（ｔｈｅｓｅ  ａｍｉｎｏ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ）の１つまたはそれよりも多くは、保存的アミノ酸置換である。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらのアミノ置換（ｔｈｅｓｅ  ａｍｉｎｏ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ）の１つまたはそれよりも多くは、保存的アミノ酸置換である。
【００８４】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号１〜３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号４〜３３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。
【００８５】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、３４または３５〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号：７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。特定の場合では、これらの配列は、炭化水素ステープルまたはステッチを形成し得るさらなる、例えば２つまたはそれを超える（例えば、３つ、４つ、５つ、６つの）非天然オレフィン側鎖含有アミノ酸を含むように改変され得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１〜６つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの）「Ｘ」を有するように改変された配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。ステープル／ステッチの形成に関与するＸが２、３または６アミノ酸離れている限り、これらの配列中の「Ｘ」（すなわち、オレフィン側鎖を有する非天然アミノ酸）の位置は変動し得る。一実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するＸは、３アミノ酸離れている。別の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するＸは、６アミノ酸離れている。さらに別の実施形態では、ステープルの形成に関与するＸの２つは、３アミノ酸離れており；ステープルの形成に関与する第２の２つのＸは、３アミノ酸離れている。特定の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するこれらの配列中の「Ｘ」は、同じ非天然アミノ酸であり得る。他の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するこれらの配列中の「Ｘ」は、異なる非天然アミノ酸である。特定の場合では、「Ｘ」は、（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨの１つである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸である。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも異なる非天然アミノ酸であり、例えば、Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨおよび（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨからなる群より選択され得る。特定の場合では、２つのＸが３アミノ酸離れている場合、２つのＸは異なる非天然残基であり得、例えば、第１のＸは、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨであり、第２のＸは、（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基／物質であり得る。換言すれば、ステープルおよび／またはステッチは、炭化水素ステープルおよび／またはステッチである必要はない。異なるタイプのステープル化を実施する方法は、当技術分野で周知である（例えば、ラクタムステープル化：Ｓｈｅｐｈｅｒｄら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２７：２９７４−２９８３（２００５）；トリアゾールステープル化：Ｋａｗａｍｏｔｏら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，５５：１１３７−１１４６（２０１１）；ＵＶ付加環化ステープル化：Ｍａｄｄｅｎら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，２１：１４７２−１４７５（２０１１）；ジスルフィドステープル化：Ｊａｃｋｓｏｎら、Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９３９１−９３９２（１９９１）；オキシムステープル化：Ｈａｎｅｙら、Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，４７：１０９１５−１０９１７（２０１１）；チオエーテルステープル化：Ｂｒｕｎｅｌ  ａｎｄ  Ｄａｗｓｏｎ，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，５５２−２５５４（２００５）；光スイッチ可能ステープル化：Ｊ．Ｒ．Ｋｕｍｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９７：３８０３−３８０８（２０００）；ダブルクリックステープル化：Ｌａｕら、Ｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，５：１８０４−１８０９（２０１４）；ビス−ラクタムステープル化：Ｊ．Ｃ．Ｐｈｅｌａｎら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１９：４５５−４６０（１９９７）；およびビス−アリール化ステープル化：Ａ．Ｍ．Ｓｐｏｋｏｙｎｙら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１３５：５９４６−５９４９（２０１３）を参照のこと）。
【００８６】
特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、炭化水素ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基であり得る。特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、トリアゾールステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ＵＶ付加環化ステープルを使用してステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ジスルフィドステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、オキシムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、チオエーテルステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、光スイッチ可能ステープルを含む。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ダブルクリックステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−アリール化ステープルを含む。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列、または配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ配列（ａｍｉｎｏ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）の改変バージョン（すなわち、炭化水素ステープルを形成し得る２つまたはそれを超える（例えば、３つ、４つ、５つ、６つの）非天然オレフィン側鎖含有アミノ酸を含む配列）を含むかまたはそれからなる。
【００８７】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、６〜１００アミノ酸長（例えば、６〜４０アミノ酸長（例えば、６〜１０アミノ酸長、６〜１５アミノ酸長、６〜２０アミノ酸長、６〜２５アミノ酸長、６〜３０アミノ酸長、６〜３５アミノ酸長；１０〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長、１０〜２５アミノ酸長、１０〜３０アミノ酸長、１０〜３５アミノ酸長；１５〜２０アミノ酸長、１５〜２５アミノ酸長、１５〜３０アミノ酸長、１５〜３５アミノ酸長；１５〜４０アミノ酸長；２０〜２５アミノ酸長、２０〜３０アミノ酸長、２０〜３５アミノ酸長；２０〜４０アミノ酸長；３０〜３５アミノ酸長；３０〜４０アミノ酸長；または３５〜４０アミノ酸長）である。
【００８８】
特定の実施形態では、動物はニワトリである。別の特定の実施形態では、動物はブタである。別の特定の実施形態では、動物はウシである。
【００８９】
特定の実施形態では、動物の感染症は、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を生じている。いくつかの実施形態では、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はカルバペネムである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はクラリスロマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はフルオロキノロンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンおよびバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンおよびフルオロキノロンである。
【００９０】
いくつかの実施形態では、動物は、慢性グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＥ．ｃｏｌｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ感染症からなる群より選択される感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ感染症、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ感染症、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ感染症、酢酸菌感染症、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ感染症からなる群より選択される感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌によるものである。いくつかの実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＥ．ｃｏｌｉである。
【００９１】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは静脈内投与される。他の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、静脈内経路を介して投与される。
【００９２】
さらなる態様では、本開示は、植物における抗生物質として本明細書に開示されるＳｔＡＭＰを使用する方法に関する。これらの方法は、植物の細菌性疾患の制御において有用である。いくつかの場合では、これらの方法は、抗生物質耐性植物細菌感染症（例えば、ストレプトマイシンまたはオキシテトラサイクリン耐性細菌感染症）の処置において有用である。前記方法は、有効量の本明細書に開示されるＳｔＡＭＰを、細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある植物と接触させるかまたはそれに投与することを含む。これらの方法は、農業、林業管理およびガーデニングにおいて有用である。
【００９３】
特定の実施形態では、細菌感染症は、グラム陰性抗生物質耐性細菌感染症である。特定の実施形態では、細菌感染症は、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症である。特定の実施形態では、細菌感染症は、ストレプトマイシン耐性細菌感染症である。他の実施形態では、細菌感染症は、オキシテトラサイクリン耐性細菌感染症である。特定の実施形態では、細菌感染症は、ストレプトマイシン耐性およびオキシテトラサイクリン耐性細菌感染症である。特定の実施形態では、細菌感染症は、グラム陽性抗生物質耐性細菌感染症である。
【００９４】
特定の実施形態では、上記方法は、果物および／または野菜の細菌性軟腐病を制御、処置または予防するために使用され得る。特定の実施形態では、上記方法は、Ｃｉｔｒｕｓ潰瘍（例えば、Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ  ｃａｍｐｅｓｔｒｉｓにより引き起こされるもの）を制御、処置または予防するために使用され得る。いくつかの実施形態では、特許請求されている方法は、火傷病を制御、処置または予防するために使用され得る。火傷病は、花腐れ、先枯病、根茎腐れ（ｒｏｏｔｓｔｏｃｋ  ｂｌｉｇｈｔ）および外傷病（ｔｒａｕｍａ  ｂｌｉｇｈｔ）を含むいくつかのサブカテゴリに分類される。特許請求されている方法は、これらのそれぞれに使用され得る。特定の一実施形態では、ＳｔＡＭＰは、花腐れを処置、制御または予防するために使用される。いくつかの場合では、火傷病はナシのものである。他の場合では、火傷病はリンゴのものである。他の場合では、火傷病はマルメロのものである。他の場合では、火傷病は、観賞樹／植物のものである。いくつかの実施形態では、特許請求されている方法は、モモおよび／またはネクタリンにおける細菌感染症を制御、処置または予防するために使用され得る。いくつかの実施形態では、特許請求されているは、草花栽培における細菌感染症を制御、処置または予防するために使用され得る。いくつかの実施形態では、特許請求されている方法は、種子における細菌感染症を制御、処置または予防するために使用され得る。いくつかの実施形態では、特許請求されている方法は、野外および／または温室における（例えば、セロリ、コショウ、ジャガイモ、トマト、タバコ）の苗木における細菌感染症を制御、処置または予防するために使用され得る。
【００９５】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、大量の水中で５０〜２００ｐｐｍの濃度まで混合され、高圧（エアブラスト）噴霧器で樹冠に吹き込まれる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは植物の表面に適用される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは木の幹に注入される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは植物に噴霧される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ処置は毎週実施される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ処置は隔週で実施される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ処置は毎月実施される。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、植物、花または木の表面上の病原体の成長期において、植物／木に適用または提供される。
【００９６】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。「ペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する」は、少なくとも２、３または６アミノ酸離れたこれらのペプチドの少なくとも２つの（例えば、２つ、３つ、４つ、５つ、６つの）アミノ酸が、ステープルまたはステッチ（例えば、炭化水素ステープルまたはステッチ）を形成し得るオレフィン側鎖を有する非天然アミノ酸で置き換えられることを意味する。このようなペプチドの例は、配列番号１〜３に提供されている。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、マガイニン足場に由来する。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）は、プレウロシジン足場に由来する。
【００９７】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらのアミノ置換（ｔｈｅｓｅ  ａｍｉｎｏ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ）の１つまたはそれよりも多くは、保存的アミノ酸置換である。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３内の１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらのアミノ置換（ｔｈｅｓｅ  ａｍｉｎｏ  ｓｕｂｓｔｉｔｕｔｉｏｎｓ）の１つまたはそれよりも多くは、保存的アミノ酸置換である。
【００９８】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号１〜３、３４または３５）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つのアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を有するペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来するＳｔＡＭＰを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、これらの配列（すなわち、配列番号４〜３３）のいずれかに行われる保存的アミノ酸置換（複数可）は、配列間の上記％同一性を決定する場合に異なる／非同一とみなされない。
【００９９】
特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。特定の場合では、これらの配列は、炭化水素ステープルまたはステッチを形成し得るさらなる、例えば２つまたはそれを超える（例えば、３つ、４つ、５つ、６つの）非天然オレフィン側鎖含有アミノ酸を含むように改変され得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１〜６つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つの）「Ｘ」を有するように改変された配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。ステープル／ステッチの形成に関与するＸが２、３または６アミノ酸離れている限り、これらの配列中の「Ｘ」（すなわち、オレフィン側鎖を有する非天然アミノ酸）の位置は変動し得る。一実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するＸは、３アミノ酸離れている。別の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するＸは、６アミノ酸離れている。さらに別の実施形態では、ステープルの形成に関与するＸの２つは、３アミノ酸離れており；ステープルの形成に関与する第２の２つのＸは、３アミノ酸離れている。特定の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するこれらの配列中の「Ｘ」は、同じ非天然アミノ酸であり得る。他の実施形態では、ステープル／ステッチの形成に関与するこれらの配列中の「Ｘ」は、異なる非天然アミノ酸である。特定の場合では、「Ｘ」は、（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨの１つである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸である。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも異なる非天然アミノ酸であり、例えば、Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨおよび（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨからなる群より選択され得る。特定の場合では、２つのＸが３アミノ酸離れている場合、２つのＸは異なる非天然残基であり得、例えば、第１のＸは、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨであり、第２のＸは、（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３中の、または配列番号：４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基／物質であり得る。換言すれば、ステープルおよび／またはステッチは、炭化水素ステープルおよび／またはステッチである必要はない。異なるタイプのステープル化を実施する方法は、当技術分野で周知である（例えば、ラクタムステープル化：Ｓｈｅｐｈｅｒｄら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２７：２９７４−２９８３（２００５）；トリアゾールステープル化：Ｋａｗａｍｏｔｏら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，５５：１１３７−１１４６（２０１１）；ＵＶ付加環化ステープル化：Ｍａｄｄｅｎら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，２１：１４７２−１４７５（２０１１）；ジスルフィドステープル化：Ｊａｃｋｓｏｎら、Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９３９１−９３９２（１９９１）；オキシムステープル化：Ｈａｎｅｙら、Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，４７：１０９１５−１０９１７（２０１１）；チオエーテルステープル化：Ｂｒｕｎｅｌ  ａｎｄ  Ｄａｗｓｏｎ，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，５５２−２５５４（２００５）；光スイッチ可能ステープル化：Ｊ．Ｒ．Ｋｕｍｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９７：３８０３−３８０８（２０００）；ダブルクリックステープル化：Ｌａｕら、Ｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，５：１８０４−１８０９（２０１４）；ビス−ラクタムステープル化：Ｊ．Ｃ．Ｐｈｅｌａｎら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１９：４５５−４６０（１９９７）；およびビス−アリール化ステープル化：Ａ．Ｍ．Ｓｐｏｋｏｙｎｙら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１３５：５９４６−５９４９（２０１３）を参照のこと）。
【０１００】
特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、炭化水素ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基であり得る。特定の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、トリアゾールステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ＵＶ付加環化ステープルを使用してステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ジスルフィドステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、オキシムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、チオエーテルステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、光スイッチ可能ステープルを含む。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ダブルクリックステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、３４、３５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−アリール化ステープルを含む。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列、または配列番号４〜３３のいずれか１つに記載されているアミノ配列（ａｍｉｎｏ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ）の改変バージョン（すなわち、炭化水素ステープルを形成し得る２つまたはそれを超える（例えば、３つ、４つ、５つ、６つの）非天然オレフィン側鎖含有アミノ酸を含む配列）を含むかまたはそれからなる。
【０１０１】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、６〜１００アミノ酸長（例えば、６〜４０アミノ酸長（例えば、６〜１０アミノ酸長、６〜１５アミノ酸長、６〜２０アミノ酸長、６〜２５アミノ酸長、６〜３０アミノ酸長、６〜３５アミノ酸長；１０〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長、１０〜２５アミノ酸長、１０〜３０アミノ酸長、１０〜３５アミノ酸長；１５〜２０アミノ酸長、１５〜２５アミノ酸長、１５〜３０アミノ酸長、１５〜３５アミノ酸長；１５〜４０アミノ酸長；２０〜２５アミノ酸長、２０〜３０アミノ酸長、２０〜３５アミノ酸長；２０〜４０アミノ酸長；３０〜３５アミノ酸長；３０〜４０アミノ酸長；または３５〜４０アミノ酸長）である。
【０１０２】
特定の実施形態では、植物感染症は、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を生じている。いくつかの実施形態では、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はカルバペネムである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はクラリスロマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はフルオロキノロンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンおよびバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンおよびフルオロキノロンである。特定の実施形態では、植物は、ストレプトマイシンに対する抗生物質耐性を有する感染症を発症している。特定の実施形態では、植物は、オキシテトラサイクリンに対する抗生物質耐性を有する感染症を発症している。
【０１０３】
いくつかの実施形態では、植物は、慢性グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、植物は、慢性グラム陽性抗生物質耐性細菌感染症を有する。
【０１０４】
別の態様では、本開示は、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の腎毒性を減少させる方法であって、（ｉ）２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸を含む少なくとも１つの疎水性パッチを同定すること；（ｉｉ）少なくとも１つのアミノ酸置換を前記疎水性パッチ中に導入し、前記疎水性パッチ中の前記疎水性アミノ酸の少なくとも１つを、減少した疎水性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換えて、少なくとも１つの破壊された疎水性パッチを有するＳｔＡＭＰを生成すること；および（ｉｉｉ）アミノ酸置換がその疎水性パッチ中に導入されていない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について、前記少なくとも１つの破壊された疎水性パッチを有する前記ＳｔＡＭＰを試験することを含む方法に関する。
【０１０５】
いくつかの態様では、ＳｔＡＭＰは６〜１００アミノ酸長である。
【０１０６】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも２つの疎水性パッチを破壊する。
【０１０７】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、疎水性面および親水性面を有するα−ヘリックスを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰの親水性部分に導入する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分におけるリジン以外のアミノ酸をリジンで置き換える。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、そのα−ヘリックスの親水性部分にリジン置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて大きな抗菌活性を示す。
【０１０８】
別の態様では、本開示は、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の腎毒性を減少させる方法であって、（ｉ）カチオン点電荷を含む前記ＳｔＡＭＰにおける少なくとも１つのアミノ酸残基を同定すること；（ｉｉ）少なくとも１つのアミノ酸置換を導入し、少なくとも１つのカチオン点電荷を、前記カチオン点電荷とは異なる電荷性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換え、それにより、変化したカチオン電荷を有するＳｔＡＭＰを生成すること；および（ｉｉｉ）そのカチオン点電荷が変化していないこと以外は同一であるＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について、変化したカチオン電荷を有する前記ＳｔＡＭＰを試験することと、
を含み、それにより前記ＳｔＡＭＰの前記腎毒性を減少させる、方法に関する。
【０１０９】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる。いくつかの実施形態では、１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも２つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのリジンをアルギニン、ヒスチジンまたはオルニチンのいずれかで置換する。
【０１１０】
いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、配列番号４１〜４３のいずれか１つを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、配列番号４１〜４３からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９０％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性を示す。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４０のいずれか１つを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４０からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含む。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰを被験体に投与して、抗生物質耐性細菌感染症を処置する。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない。いくつかの実施形態では、被験体において、連続血清クレアチニン測定により、腎細胞への損傷をモニタリングする。いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、インビトロ腎毒性アッセイにおいて、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて少ない初代腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）を溶解する。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、インビボで投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰで起こり得る上昇と比べて正常な血清クレアチニンレベルを維持する。
【０１１３】
別の態様では、本開示は、式：
【化１】
2020527564.tif 000003
（式中、
Ｒ１およびＲ２はそれぞれ独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれかは置換されるかまたは置換されず；
Ｒ３はそれぞれ独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれかは置換されるかまたは置換されず；
ｘはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０であり；
ｗおよびｙはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０であり；ならびに
Ｘａａはそれぞれ独立して、アミノ酸である）を有するステープルドおよび／もしくはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）またはその薬学的に許容され得る塩であって、
前記ＳｔＡＭＰが、少なくとも１つの微生物に対する抗菌効果を示し、
ここで、
前記ＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｗおよび／または［Ｘａａ］ｙは、前記ＳｔＡＭＰの前記疎水性パッチの２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸の少なくとも１つが、減少した疎水性を有するアミノ酸で置換されている以外は、式Ｉの前記ＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）上に存在する疎水性パッチと同一の前記２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸の少なくとも１つの疎水性パッチを含み；
および／または
前記ＳｔＡＭＰが、式Ｉの前記ＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてカチオン点電荷の電荷性を変化させるアミノ酸置換を含む、ステープルドおよび／もしくはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）またはその薬学的に許容され得る塩に関する。
【０１１４】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰはα−ヘリックスを含む。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、配列番号４〜３３からなる群より選択されるアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４１からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９２％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。
【０１１６】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｗおよび／または［Ｘａａ］ｙは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてアミノ酸置換で破壊されている少なくとも１つの疎水性パッチを含む。
【０１１７】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰのα−ヘリックスの親水性部分における少なくとも１つのアミノ酸はリジンで置換されている。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、そのα−ヘリックスの親水性部分にリジン置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて大きな抗菌活性を示す。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べて１つのカチオン点電荷を変化させる１つのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、ＡＭＰと比べて少なくとも２つのカチオン点電荷を変化させる少なくとも２つのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、アミノ酸置換は、アルギニン、ヒスチジンまたはオルニチンで置換されるリジンを含む。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰを被験体に投与して、抗生物質耐性細菌感染症を処置する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない。いくつかの実施形態では、被験体において、連続血清クレアチニン測定により、腎細胞への損傷をモニタリングする。いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。
【０１１９】
別の態様では、本開示は、本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）のいずれかを含む医薬組成物に関する。
【０１２０】
特に定義がない限り、本明細書で使用される技術用語および科学用語はすべて、本発明が属する分野の当業者により一般に理解されるのと同じ意味を有する。本明細書に記載されるものと類似または同等の方法および材料を本発明の実施または試験において使用し得るが、例示的な方法および材料を以下に記載する。本書に記載される刊行物、特許出願、特許および他の参考文献はすべて、その全体が参照により組み込まれる。矛盾する場合、定義を含む本出願が優先する。材料、方法および実施例は例示にすぎず、限定であることを意図するものではない。
【０１２１】
本発明の他の特徴および利点は、以下の詳細な説明および特許請求の範囲から明らかになる。
図面の説明
【図面の簡単な説明】
【０１２２】
【図１】図１は、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）放出アッセイ（％ＬＤＨ放出）を使用して測定した場合の、漸増濃度のＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（配列番号１）またはＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の類似体（配列番号３６〜４１）と共に２４時間インキュベートした後の初代近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）溶解のレベルを示す。
【０１２３】
【図２】図２は、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）放出アッセイ（％ＬＤＨ放出）を使用して測定した場合の、漸増濃度のＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（配列番号１）またはＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の類似体（配列番号４２〜４３）と共に９０分間インキュベートした後のｐＲＰＴＥＣ溶解のレベルを示す。
【０１２４】
【図３】図３は、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）放出アッセイ（％ＬＤＨ放出）を使用して測定した場合の、漸増濃度のＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（配列番号１）またはＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の類似体（配列番号４２〜４３）と共に４８時間インキュベートした後のｐＲＰＴＥＣ溶解のレベルを示す。
【０１２５】
【図４】図４は、異なる耐性パターンを有するいくつかのグラム陰性病原体に対するＳｔＡＭＰ抗菌活性に関するデータを提供する表である。
【発明を実施するための形態】
【０１２６】
詳細な説明
本開示は、ヒト被験体、動物（例えば、家畜）または植物の細菌感染症（抗生物質耐性細菌感染症を含む）を処置する方法を提供する。特定の場合では、前記方法は、抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症の処置において使用される。いくつかの実施形態では、細菌が耐性である抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。特定の場合では、前記方法は、抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症を処置するために有用である。
【０１２７】
特定の一態様では、本開示は、ヒト被験体、動物または植物におけるグラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を処置する方法、およびグラム陰性コリスチン耐性を克服する安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド））抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の開発のための方法を特徴とする。
【０１２８】
抗生物質による患者の処置は、ほぼすべての抗生物質クラス（例えば、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタム）に対する耐性の発生をもたらした。したがって、抗生物質耐性細菌感染症のための処置が必要である。慢性グラム陰性細菌感染症を有する患者のための残った唯一の処置選択肢は、コリスチン（カチオン性環状ポリペプチド）になった。しかしながら、コリスチン耐性臨床分離株（例えば、コリスチン耐性Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症）の報告は着実に増加しており、この最後の処置ラインが間もなく時代遅れになることを示唆している。加えて、Ｅ．ｃｏｌｉ分離株において、コリスチン耐性をこれらの病原体に付与し、他のグラム陰性細菌種（例えば、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ）への耐性の急速な拡散を可能にする新たなプラスミドＭＣＲ−１が最近発見された。現在のところ、この問題に対処し得る実行可能な薬物候補が抗生物質パイプラインにないことを考慮すると、本開示は、コリスチン耐性細菌に対する新たな薬剤を、強力かつ選択的な活性を有して生成し得るプラットフォームを特徴とする。これらの危険な発達を考慮して、本発明者らは、グラム陰性細菌のコリスチン耐性を克服する安定化（例えば、ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を生成した。さらに、本開示は、コリスチン耐性細菌に対する効力および選択性を大きく増加させながら、抗菌ペプチドのα−ヘリックス構造を強化する新たなＳｔＡＭＰを生成し得るプラットフォームを提供する。Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉおよびＥ．ｃｏｌｉの様々な臨床分離株に対して試験したところ、ＳｔＡＭＰは一貫して、病原体のコリスチン感受性とは無関係に、強力な抗菌活性を示した。これらの結果は、ＳｔＡＭＰが、コリスチン耐性を発症した患者における実行可能な処置選択肢である可能性があることを裏付けている。
【０１２９】
グラム陰性細菌
最初、グラム陰性細菌は、グラム染色を保持しない能力により定義されたが、しかしながらその後、グラム陰性細菌は、ポリンおよび／または親水性チャネルを含有する外膜、ならびに８〜１２ｎｍの細胞壁厚を有する細菌としてさらに定義されている。グラム陰性細菌の非限定的な例としては、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ａｎａｐｌａｓｍａ種、細菌性膣炎微生物叢、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ、、Ｂｒｕｃｅｌｌａ種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｐａｃｉａおよび他のＢｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ種、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｂａｃｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｈｅｎｓｅｌａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａ  Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ種、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ、  Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｍａｌｌｅｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｚａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１およびＯ１０４：Ｈ４、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｅｗｉｎｇｉｉ、Ａｎａｐｌａｓｍａ  ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｋｉｎｇａｅ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ種、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｇａｒｉｎｉｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ａｆｚｅｌｉｉ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｔｙｐｈｉ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ、Ｃｏｘｉｅｌｌａ  ｂｕｒｎｅｔｉｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｈｅｒｍｓｉｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ種、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ種、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ａｋａｒｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ種、Ｓｈｉｇｅｌｌａ種、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ亜種（ｓｕｂｓｐ．）ｅｎｔｅｒｉｃａ  ｓｅｒｏｖａｒ  ｔｙｐｈｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、Ｕｒｅａｐｌａｓｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓおよびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａが挙げられる。
【０１３０】
グラム陰性細菌は、細菌感染症の大部分の原因であり、ほとんどの場合、抗生物質耐性および／または薬剤耐性を発達させる。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、グラム陰性細菌はコリスチン耐性であり、コリスチン耐性を付与する。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌は、Ａｃｉｎｅｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ、Ｐｒｏｔｅｕｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ、酢酸菌、ＫｌｅｂｓｉｅｌｌａまたはＬｅｇｉｏｎｅｌｌａである。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ、Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、またはＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌である。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＥ．ｃｏｌｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌によるものである。いくつかの実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＥ．ｃｏｌｉである。いくつかの実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅである。
【０１３２】
グラム陽性細菌
グラム陽性細菌は、グラム染色試験において陽性結果を示す能力により定義される。グラム陽性細菌は、この試験において使用されるクリスタルバイオレット染色を取り込み、それにより、顕微鏡を介して見た場合に紫色に見える。これは、グラム陽性細菌細胞壁の厚いペプチドグリカン層が、試験の脱色段階においてサンプルの残りから洗い流された後に染色を保持するという事実により説明される。グラム陽性細菌はすべて、単一ユニットの脂質膜により囲まれており、一般に、ペプチドグリカンの厚い層（２０〜８０ｎｍ）を含有する。グラム陽性細菌の非限定的な例としては、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、細菌性膣炎微生物叢、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ａ  ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ  ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓおよびＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａが挙げられる。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、グラム陽性抗生物質耐性細菌感染症はＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症である。
【０１３４】
抗生物質耐性
「抗生物質耐性」という用語は、抗生物質に対して以前は反応性であった細菌株を死滅させるかまたはその成長を阻害するための抗生物質（例えば、抗菌剤、抗菌ペプチド、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）の有効性の喪失または減少を指す。特定の実施形態では、抗生物質は、細胞毒性効果を有する代わりに、細菌に対して細胞増殖抑制効果を有する。特定の実施形態では、細菌は、抗生物質標的結合部位を遺伝的に変化させる（例えば、変異させる）ことにより、抗生物質耐性を発達させ得る。特定の実施形態では、細菌は、細菌への抗生物質の浸透を防止する（例えば、阻害するかまたは減少させる）（例えば、抗生物質のドッキング部位を遺伝的に変異させる、抗生物質輸送ポンプを遺伝的に変異させる（例えば、抗生物質の流出を増加させる））ことにより、抗生物質耐性を発達させ得る。特定の実施形態では、細菌は、別の細菌株からの水平遺伝子移入（例えば、コンジュゲーション、形質転換または形質導入）により抗生物質耐性遺伝子（例えば、ＭＣＲ−１プラスミド）を獲得することにより、抗生物質耐性を発達させ得る。特定の実施形態では、細菌は、抗生物質を不活性化する酵素を発現することにより、抗生物質耐性を発達させ得る。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、細菌は、１個またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個の）クラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を発達させ得る。いくつかの実施形態では、１個またはそれを超えるクラスの抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。
【０１３６】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、グラム陰性細菌は、抗生物質に対する獲得耐性（すなわち、抗生物質耐性）を有し得る。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、グラム陰性細菌感染症は、抗生物質に対する獲得耐性を有し得る（すなわち、抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症（例えば、コリスチン耐性グラム陰性細菌感染症、カルバペネム耐性グラム陰性細菌感染症）。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、被験体は、抗生物質に対する獲得耐性（例えば、コリスチン耐性、カルバペネム耐性）を有し得る。
【０１３７】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）
本開示は、内部（分子内）架橋（またはステープル）により結合された少なくとも２つの改変アミノ酸を含む抗菌ペプチド（ＡＭＰ）（例えば、ＳｔＡＭＰ）に関連する構造安定化微生物選択的ペプチドであって、少なくとも２つのアミノ酸が、例えば２、３または６アミノ酸離れた構造安定化微生物選択的ペプチドを提供する。本明細書の安定化ペプチドは、例えば、ステープルド（例えば、炭化水素ステープルド）ペプチド（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるステープルおよび／またはステッチドペプチドを有するペプチドを含む）を含み得る。このような安定化ペプチドの例は、表１に提供されている。これらの安定化ペプチドは、アミノ酸置換、挿入および／または欠失により改変され得る。いくつかの場合では、安定化ペプチドは、１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入、および／または欠失を有する配列番号１〜３または３６〜４３の１つである。いくつかの場合では、安定化ペプチドは、１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入、および／または欠失を有する配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３の１つである。いくつかの場合では、安定化ペプチドは、１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換を有する配列番号１〜３または３６〜４３の１つである。いくつかの場合では、安定化ペプチドは、１〜５つの（すなわち、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換を有する配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３の１つである。これらの置換は、保存的アミノ酸置換であり得る。改変または置換された安定化ペプチドは、親安定化ペプチドと同じまたはそれよりも良好な抗菌活性を有する。抗菌活性は、実施例に記載されているようにアッセイされ得る。いくつかの場合では、安定化ペプチドは、配列番号１〜３または３６〜４３の１つである。他の場合では、安定化ペプチドは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３の１つである。
【０１３８】
「ペプチド」または「ポリペプチド」は、ペプチド（アミド）結合により互いに連結されたアミノ酸残基のポリマーを含む。本明細書で使用される場合、前記用語は、任意のサイズ、構造または機能のタンパク質、ポリペプチドおよびペプチドを指す。典型的には、ペプチドまたはポリペプチドは、少なくとも３アミノ酸長である。ペプチドまたはポリペプチドは、個々のタンパク質またはタンパク質の集合を指し得る。いくつかの場合では、ペプチドは天然アミノ酸のみを含み得るが、非天然アミノ酸（すなわち、天然に存在しないがポリペプチド鎖に組み込まれ得る化合物）および／または当技術分野で公知のアミノ酸類似体があるいは用いられ得る。また、ペプチドまたはポリペプチド中のアミノ酸の１つまたはそれよりも多くは、例えば、化学実体、例えば炭水化物基、ヒドロキシル基、リン酸基、ファルネシル基、イソファルネシル基、脂肪酸基、コンジュゲーションのためのリンカー、機能化または他の改変などの追加により改変され得る。ペプチドまたはポリペプチドはまた、単一分子であり得るか、または多分子複合体、例えばタンパク質であり得る。ペプチドまたはポリペプチドは、天然に存在するタンパク質またはペプチドの単なる断片であり得る。ペプチドまたはポリペプチドは、天然に存在するもの、組換え体または合成のもの、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。「ジペプチド」は、２つの共有結合的に連結したアミノ酸を指す。
【０１３９】
ＡＭＰは、４つの主な構造グループに分けられ得る：２〜４つのジスルフィド架橋を有する安定化β−シートペプチド；単一のジスルフィド架橋を有するループペプチド；α−ヘリックスペプチド；ならびにアルギニン、グリシン、プロリン、トリプトファンおよびヒスチジンが豊富な拡張構造物。典型的には、６〜１００（例えば、１２〜５０）アミノ酸長のこれらのペプチドは、通常、両親媒性特徴を有するカチオン性である。これらの生物物理学的特性は、それらが細菌膜と相互作用することを可能にし、膜完全性の破壊または細菌細胞への転置のいずれかおよび細胞内プロセスの破壊をもたらす。
【０１４０】
ＡＭＰのα−ヘリックス構造モチーフは、細菌膜と相互作用するＡＭＰの能力に重要であり得る。膜に結合すると、ＡＭＰはそれ自体を転置または挿入し、バレルステーブ機構、カーペット様機構またはトロイダルポア（ｔｏｒｏｉｄａｌ  ｐｏｒｅ）機構を介して膜を透過処理し得る。透過処理および膜完全性の破壊に関するこのプロセスは、α−ヘリックスＡＭＰの抗菌特性を説明し得る。
【０１４１】
本明細書で提供されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、円偏光二色性またはＮＭＲにより測定した場合に、α−ヘリックス構造の維持により、ヘリックス安定性を示し得る。例えば、いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、円偏光二色性により決定した場合に、対応する非架橋ペプチド（すなわち、非ステープルドおよび非ステッチドペプチド）と比較して少なくとも１．２５、１．５、１．７５または２倍のα−ヘリシティの増加を示す。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド）抗菌ペプチドは、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９５％または約１００％のヘリシティを示し得る。アミノ酸は、本明細書のペプチドのビルディングブロックである。「アミノ酸」という用語は、アミノ基およびカルボキシル基の両方ならびに側鎖を含有する分子を指す。本明細書に開示されるペプチドに含めるために適切なアミノ酸としては、限定されないが、天然α−アミノ酸、例えばペプチドに見られる２０個の共通の天然に存在するα−アミノ酸のＤ−異性体およびＬ−異性体（例えば、Ａｌａ（Ａ）、Ａｒｇ（Ｒ）、Ａｓｎ（Ｎ）、Ｃｙｓ（Ｃ）、Ａｓｐ（Ｄ）、Ｇｌｎ（Ｑ）、Ｇｌｕ（Ｅ）、Ｇｌｙ（Ｇ）、Ｈｉｓ（Ｈ）、Ｉｌｅ（Ｉ）、Ｌｅｕ（Ｌ）、Ｌｙｓ（Ｋ）、Ｍｅｔ（Ｍ）、Ｐｈｅ（Ｆ）、Ｐｒｏ（Ｐ）、Ｓｅｒ（Ｓ）、Ｔｈｒ（Ｔ）、Ｔｒｐ（Ｗ）、Ｔｙｒ（Ｙ）およびＶａｌ（Ｖ）、非天然α−アミノ酸（限定されないが、α，α−二置換およびＮ−アルキル化アミノ酸が含まれる）、天然β−アミノ酸（例えば、β−アラニン）および非天然β−アミノ酸が挙げられる。本開示のペプチドの構築において使用されるアミノ酸は、有機合成により調製され得るか、または例えば天然源の分解もしくは天然源からの単離などの他の経路により得られ得る。
【０１４２】
多くの公知の非天然型または非天然アミノ酸があり、これらはいずれも、本開示のペプチドに含められ得る。非天然アミノ酸のいくつかの例は、４−ヒドロキシプロリン、デスモシン、γ−アミノ酪酸、β−シアノアラニン、ノルバリン、４−（Ｅ）−ブテニル−４（Ｒ）−メチル−Ｎ−メチル−Ｌ−トレオニン、Ｎ−メチル−Ｌ−ロイシン、１−アミノ−シクロプロパンカルボン酸、１−アミノ−２−フェニル−シクロプロパンカルボン酸、１−アミノ−シクロブタンカルボン酸、４−アミノ−シクロペンテンカルボン酸、３−アミノ−シクロヘキサンカルボン酸、４−ピペリジル酢酸、４−アミノ−１−メチルピロール−２−カルボン酸、２，４−ジアミノ酪酸、２，３−ジアミノプロピオン酸、２，４−ジアミノ酪酸、２−アミノヘプタン二酸、４−（アミノメチル）安息香酸、４−アミノ安息香酸、オルト−、メタ−および／パラ−置換フェニルアラニン（例えば、−Ｃ（＝Ｏ）Ｃ６Ｈ５；−ＣＦ３；−ＣＮ；−ハロ；−ＮＯ２；ＣＨ３による置換）、二置換フェニルアラニン、置換チロシン（例えば、−Ｃ＝Ｏ）Ｃ６Ｈ５；−ＣＦ３；−ＣＮ；−ハロ；−ＮＯ２；ＣＨ３によるさらなる置換）およびスタチンである。加えて、アミノ酸は、数例を挙げればヒドロキシル化、リン酸化、スルホン化、アシル化およびグリコシル化されたアミノ酸残基を含むように誘導体化され得る。
【０１４３】
ペプチドステープル化
「ペプチドステープル化（ｐｅｐｔｉｄｅ  ｓｔａｐｌｉｎｇ）」は、閉環メタセシス（ＲＣＭ）反応を使用して、ポリペプチド鎖中に存在する２つのオレフィン含有側鎖（例えば、架橋可能な側鎖）を共有結合的に接続して（例えば、「互いにステープル化して」）架橋環を形成する合成方法論から造り出された用語である（例えば、Ｂｌａｃｋｗｅｌｌら、Ｊ  Ｏｒｇ  Ｃｈｅｍ．，６６：５２９１−５３０２，２００１；Ａｎｇｅｗら、Ｃｈｅｍ  Ｉｎｔ  Ｅｄ．３７：３２８１，１９９４を参照のこと）。本明細書で使用される場合、「ペプチドステープル化」という用語は、そのような反応を促進する任意の数の反応条件および／または触媒を使用して、ポリペプチド鎖中に存在し得る２つの（例えば、少なくとも１組の）二重結合含有側鎖、三重結合含有側鎖または二重結合含有および三重結合含有側鎖を接続して、シングル「ステープルド」ポリペプチドを提供することを含む。「多重ステープルド（ｍｕｌｔｉｐｌｙ  ｓｔａｐｌｅｄ）」ポリペプチドという用語は、１つを超える個々のステープルを含有するこれらのポリペプチドであって、様々な間隔および組成の２つ、３つまたはそれを超える独立したステープルを含有し得るこれらのポリペプチドを指す。加えて、本明細書で使用される場合、「ペプチドステッチ化」という用語は、２つのステープルが例えば共通の残基に連結された「ステッチド」（例えば、タンデムまたは多重ステープルド）ポリペプチドを提供する単一のポリペプチド鎖における多重およびタンデム「ステープル化」事象を指す。ペプチドステッチ化は、例えば、国際公開第２００８１２１７６７号および国際公開第２０１０／０６８６８４号（これらは両方とも、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）に開示されている。いくつかの場合では、本明細書で使用される場合、ステープルは不飽和結合を保持し得るか、または（例えば、ステッチ化の段落の説明において以下で言及されているように）減らすことができる。
【０１４４】
ペプチドステープルは全炭化水素架橋を有し得るが、他のタイプの架橋またはステープルも使用され得る。例えば、トリアゾール含有（例えば、１，４トリアゾールまたは１，５トリアゾール）架橋が使用され得る（例えば、Ｋａｗａｍｏｔｏら、２０１２  Ｊ  Ｍｅｄ  Ｃｈｅｍ．５５：１１３７；国際公開第２０１０／０６０１１２号を参照のこと）。加えて、異なるタイプのステープル化を実施する他の方法は、当技術分野で周知である（例えば、ラクタムステープル化：Ｓｈｅｐｈｅｒｄら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１２７：２９７４−２９８３（２００５）；ＵＶ環状付加ステープル化：Ｍａｄｄｅｎら、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，２１：１４７２−１４７５（２０１１）；ジスルフィドステープル化：Ｊａｃｋｓｏｎら、Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９３９１−９３９２（１９９１）；オキシムステープル化：Ｈａｎｅｙら、Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，４７：１０９１５−１０９１７（２０１１）；チオエーテルステープル化：Ｂｒｕｎｅｌ  ａｎｄ  Ｄａｗｓｏｎ，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，５５２−２５５４（２００５）；光スイッチ可能ステープル化：Ｊ．Ｒ．Ｋｕｍｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，９７：３８０３−３８０８（２０００）；ダブルクリックステープル化：Ｌａｕら、Ｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．，５：１８０４−１８０９（２０１４）；ビス−ラクタムステープル化：Ｊ．Ｃ．Ｐｈｅｌａｎら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１９：４５５−４６０（１９９７）；およびビス−アリール化ステープル化：Ａ．Ｍ．Ｓｐｏｋｏｙｎｙら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１３５：５９４６−５９４９（２０１３）を参照のこと）。
【０１４５】
全炭化水素架橋を使用するペプチドのステープル化は、特に生理学的に適切な条件下で、そのネイティブな立体構造および／または二次構造の維持を支援することが示されている（例えば、Ｓｃｈａｆｍｉｅｓｔｅｒら、Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．，１２２：５８９１−５８９２，２０００；Ｗａｌｅｎｓｋｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０５：１４６６−１４７０，２００４を参照のこと）。
【０１４６】
α−ヘリックス二次構造を有しやすい全炭化水素架橋による本明細書のポリペプチドのステープル化は、安定性および様々な薬物動態特性を改善し得る。
【０１４７】
本明細書の安定化ペプチドは、少なくとも２つの内部架橋またはステープルドアミノ酸を含み、ここで、少なくとも２つのアミノ酸は、例えば、２（すなわち、ｉ、ｉ＋３）、３（すなわち、ｉ、ｉ＋４）または６（すなわち、ｉ、ｉ＋７）アミノ酸離れている。内部架橋（例えば、ステープル）を支援するためには少なくとも２つのアミノ酸が必要であるが、例えば、さらなる内部架橋（例えば、ステープル）を支援するために、さらなる内部架橋アミノ酸ペアをペプチドに含め得る。例えば、ペプチドは、１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたはそれを超えるステープルを含み得る。ペプチドステープルの例は、図に示されている。架橋ペプチド（例えば、ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）は、本明細書では一般に、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌（ＳｔＡＭＰ）ペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）と称される。
【０１４８】
あるいはまたは加えて、ペプチドは、３つの内部架橋またはステッチドアミノ酸を含み、例えば、共通の起源から生じる２つのステープルをもたらし得る。ペプチドステッチは、少なくとも３つの内部架橋アミノ酸を含み、３つのアミノ酸の中央（ここでは、中核または中枢アミノ酸と称される）は、２つの各隣接改変アミノ酸を伴う（α炭素間）内部架橋を形成する。中核アミノ酸のα炭素は、飽和または不飽和であり得るペプチド中の他のアミノ酸のα炭素に内部架橋する側鎖を有する。中核アミノ酸に架橋されたアミノ酸は、中核アミノ酸からいずれかの方向に２、３または６アミノ酸離れ得る（例えば、ｉ、ｉ−３、ｉ、ｉ−４、ｉ、ｉ−７）。中核のいずれかの側のアミノ酸の数（例えば、中核アミノ酸および中核に架橋されたアミノ酸間）は同じものであり得るかまたは異なるものであり得る。
【０１４９】
いくつかの態様では、本明細書のペプチドは、少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）ステープルおよび少なくとも１（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）ステッチの組み合わせを含み得る。
【０１５０】
架橋ペプチド（例えば、ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）は、本明細書では一般にＳｔＡＭＰペプチドと称される。ペプチドは、１つまたはそれを超える位置において架橋アミノ酸を含み得る。
【０１５１】
（例えば、内部架橋を支持する）改変に関するアミノ酸の選択はまた、ステープルスキャンニングにより容易にされ得る。「ステープルスキャン」および「ステープルウォーク」という用語は、ステープルドペプチドのライブラリーを合成し、位置ｉおよびｉ＋３；ｉおよびｉ＋４；およびｉおよびｉ＋７の単一のおよび多重のステープルまたはステッチが、ペプチド配列の長さの方向に連続して配置され、すべての可能な位置をサンプリングし、ステープルドまたはステッチド構築物に関して所望の、有効な、適切なまたは最適な特性および活性を同定することを互換的に指す。ステープルスキャニング法の例は、図面に示されている。
【０１５２】
適切なテザーは、本明細書および例えば米国特許出願公開第２００５／０２５０６８０号、国際特許出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０５８５７５号、国際公開第２００９／１０８２６１号および国際公開第２０１０／１４８３３５号に記載されている。
【０１５３】
本明細書に開示されるペプチドにおいて使用するために適切なアミノ酸側鎖は当技術分野で公知である。例えば、適切なアミノ酸側鎖は、メチル（アラニンのα−アミノ酸側鎖がメチルであるように）、４−ヒドロキシフェニルメチル（チロシンのα−アミノ酸側鎖が４−ヒドロキシフェニルメチルであるように）およびチオメチル（システインのα−アミノ酸側鎖がチオメチルであるように）などを含む。「末端不飽和アミノ酸側鎖」は、ポリペプチド鎖において他の末端不飽和部分との架橋反応に参加する末端不飽和部分、例えば置換または非置換二重結合（例えば、オレフィンの）または三重結合（例えば、アセチレンの）を有するアミノ酸側鎖を指す。特定の態様では、「末端不飽和アミノ酸側鎖」は、末端オレフィンのアミノ酸側鎖である。特定の態様では、「末端不飽和アミノ酸側鎖」は、末端アセチレンのアミノ酸側鎖である。特定の態様では、「末端不飽和アミノ酸側鎖」の末端部分はさらに置換されない。
【０１５４】
配列をさらに安定化するか、またはより長いポリペプチドストレッチの安定化を促進するために、ポリペプチドは、ポリペプチド配列内に１つを超える架橋を含み得る。ポリペプチドが過度に長いために１つのパートで容易に合成することができない場合、ネイティブケミカルライゲーションと称される技術により、独立して合成された架橋ペプチドを結合し得る（例えば、Ｂａｎｇら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．１２６：１３７７を参照のこと）。あるいは、例えばＦｕｚｅｏｎの産業合成では、最終脱保護の後に、完全に保護された断片を特異的に順次反応させて、所望の全長産物を形成する収束的アプローチを使用して、大きなペプチドをルーチンに合成する。
【０１５５】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドを作製する方法
本明細書に開示されるペプチドを取得（例えば、合成）、ステープル化および精製するために適切な方法もまた、当技術分野で公知である（例えば、Ｂｉｒｄら、Ｍｅｔｈ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９−３８６（２００８）；Ｂｉｒｄら、Ｃｕｒｒ  Ｐｒｏｔｏｃ  Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．，２０１１；Ｗａｌｅｎｓｋｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０５：１４６６−１４７０（２００４）；Ｓｃｈａｆｍｅｉｓｔｅｒら、Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．，１２２：５８９１−５８９２（２０００）；米国特許出願公開第２０１０／０１６８３８８号；および２０１０年５月２５日に発行された米国特許第７，７２３，４６８号（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。
【０１５６】
本明細書に開示される方法はいずれも、表１から選択されるかまたは表１のＡＭＰを使用して調製されるＳｔＡＭＰを含み得る。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１〜５つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１〜５つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の場合では、これらのアミノ酸配列間の同一性の決定において、保存的アミノ酸置換は「同一」であるとみなされる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列と少なくとも４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％同一のアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の場合では、これらのアミノ酸配列間の同一性の決定において、保存的アミノ酸置換は「同一」であるとみなされる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３または３６〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に開示される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号：７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。
【表１−１】
2020527564.tif 000004
【表１−２】
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【表１−３】
2020527564.tif 000006
【０１５７】
特定の実施形態では、上記配列中のＸは、同じアミノ酸（例えば、同じ非天然アミノ酸）である。他の実施形態では、Ｘは、異なるアミノ酸（例えば、異なる非天然アミノ酸）である。特定の場合では、Ｘは、オレフィン側鎖を含む非天然アミノ酸である。特定の場合では、「パートナー残基」（すなわち、ステープル／ステッチの形成に関与するもの）が少なくとも２、３または６アミノ酸離れている限り、上記配列中のＸの位置は変化し得る。いくつかの場合では、上記配列中の「Ｗ」の少なくとも１つは、臭素化Ｔｒｐ残基である。他の場合では、上記配列中の「Ｗ」はすべて、臭素化Ｔｒｐ残基である。特定の実施形態では、Ｘは、（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨおよび２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨからなる群より選択される。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸である。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。特定の実施形態では、配列が２つの「Ｘ」を有する場合、Ｘは両方とも異なる非天然アミノ酸であり、例えば、Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨおよび（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨからなる群より選択され得る。特定の場合では、２つのＸが３アミノ酸離れている場合、２つのＸは異なる非天然残基であり得、例えば、第１のＸは、（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨであり、第２のＸは、（Ｓ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨまたは（Ｒ）−２−（２−プロペニル）Ａｌａ−ＯＨである。
【０１５８】
特定の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基／物質であり得る。換言すれば、ステープルおよび／またはステッチは、炭化水素ステープルおよび／またはステッチである必要はない。異なるタイプのステープル化を実施する方法は、当技術分野で周知である。特定の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３中の、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２中に挿入される「Ｘ」は、炭化水素ステープルおよび／またはステッチの形成を可能にする任意の残基であり得る。特定の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、トリアゾールステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ＵＶ付加環化ステープルを使用してステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ジスルフィドステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、オキシムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、チオエーテルステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、光スイッチ可能ステープルを含む。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ダブルクリックステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−ラクタムステープル化される。他の場合では、配列番号１〜３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、３５、または３６〜４３に記載されている配列を有するペプチド、または配列番号４〜６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、または３２に記載されている配列を有する改変ペプチドは、ビス−アリール化ステープルを含む。
【０１５９】
本明細書で提供される方法のいずれかのいくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、表１から選択される配列の連続する少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、少なくとも２０、少なくとも２１、少なくとも２２、少なくとも２３またはそれを超えるアミノ酸を含み得（例えば、それを含む、それから本質的になる、またはそれからなる）、ここで、ペプチドは、強化または安定化αヘリックス二次構造を有する（例えば、ペプチドは、少なくとも１つの内部架橋を含む）。
【０１６０】
いくつかの態様では、ペプチドは、非ステープルドペプチド混入物を実質的に含まないか、または単離されている。ペプチドを精製するための方法は、例えば、固相支持体上でペプチドを合成することを含む。環化後、固相支持体を単離し、ＤＭＳＯ、ＤＭＳＯ／ジクロロメタン混合物またはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物などの溶媒の溶液に懸濁し得る。ＤＭＳＯ／ジクロロメタンまたはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物は、約３０％、４０％、５０％または６０％ＤＭＳＯを含み得る。特定の態様では、５０％／５０％ＤＭＳＯ／ＮＭＰ溶液が使用される。溶液を１、６、１２または２４時間インキュベートし、その後、例えばジクロロメタンまたはＮＭＰで樹脂を洗浄し得る。一態様では、樹脂はＮＭＰで洗浄される。振盪および溶液への不活性ガスのバブリングが実施され得る。
【０１６１】
本開示の架橋ポリペプチドの特性は、例えば、本明細書全体にわたって、下記方法を使用してアッセイされ得る。
【０１６２】
疎水性アッセイ
ペプチドまたはポリペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）の疎水性を計算するかまたは実験的に決定するための様々な方法は当業者に公知である。このような技術の非限定的な例としては、親水性プロット；ハイドロパシープロット；Ｋｙｔｅ−Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ疎水性プロット；フォン・ハイネ；疎水性モーメント；ＣＣＳ；Ｋｙｌｅ−Ｅｉｓｅｎスケール；および高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）が挙げられる。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチドペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）の疎水性は、バイオインフォマティクスツール（例えば、ＥｘＰＡＳｙ（ｗｗｗ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ）；またはＨｅｌｉＱｕｅｓｔ（ｈｅｌｉｑｕｅｓｔ．ｉｐｍｃ．ｃｎｒｓ．ｆｒ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＣｏｍｐｕｔＰａｒａｍｓＶ２．ｐｙ）を使用して決定され得る。いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの疎水性は計算される（例えば、計算された疎水性）。いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの疎水性は実験的に決定される。いくつかの実施形態では、ヘリックスホイールを生成して、ヘリックスに沿って両親媒性を視覚的に強調する。ペプチドまたはタンパク質内の疎水性パッチは、例えば、ペプチドまたはタンパク質の構造の計算予測／シミュレーション（例えば、ｗｅｂ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ／において利用可能なＥｘＰＡＳｙ  ＰｒｏｔＳｃａｌｅ、ｗｗｗ．ｉｂｉ．ｖｕ．ｎｌ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｓｃｏｏｂｙｗｗｗ／において利用可能なＳｃｏｏｂｙドメイン予測、ｂｉｏｉｎｆ．ｃｓ．ｕｃｌ．ａｃ．ｕｋ／ｐｓｉｐｒｅｄ／において利用可能なＰＳＩＰＲＥＤ、疎水性クラスタ分析（例えば、ｗｗｗ．ｉｍｐｍｃ．ｕｐｍｃ．ｆｒ／〜ｃａｌｌｅｂａｕ／ＨＣＡ．ｈｔｍｌを参照のこと）、例えばｇｃａｔ．ｄａｖｉｄｓｏｎ．ｅｄｕ／ＤＧＰＢ／ｋｄ／ｋｙｔｅ−ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ．ｈｔｍもしくはｗｗｗ．ｖｉｖｏ．ｃｏｌｏｓｔａｔｅ．ｅｄｕ／ｍｏｌｋｉｔ／ｈｙｄｒｏｐａｔｈｙ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌにおいて利用可能なＫｙｔｅ  Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅプロッティング、および／またはｓｐｌｉｔ．ｐｍｆｓｔ．ｈｒ／ｓｐｌｉｔ／４／において利用可能なＳＰＬＩＴを使用）および／または実験的決定（例えば、ＮＭＲ分光法、電子顕微鏡法、ホモロジーモデリング、小角Ｘ線および／もしくは中性子散乱（ＳＡＸＳ／ＳＡＮＳ）ならびに／またはＸ線結晶構造解析を含む技術を使用）を含む当技術分野で一般に公知の技術を使用して同定され得る。
【０１６３】
α−ヘリシティアッセイ
目的のペプチドのα−ヘリシティは、当技術分野で公知の任意の方法により決定され得る。いくつかの場合では、円偏光二色性または核磁気共鳴分光法（ＮＭＲ）が用いられ得る。ペプチドを水溶液（例えば、ｐＨ７の５ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留Ｈ２Ｏ、２５〜５０μＭの濃度まで）に溶解する。円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルは、標準測定パラメータ（例えば、温度、２０℃；波長、１９０〜２６０ｎｍ；ステップ分解能、０．５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；累積、１０；応答、１秒；帯域幅、１ｎｍ；経路長、０．１ｃｍ）を使用して、分光偏光計（例えば、Ｊａｓｃｏ  Ｊ−７１０、Ａｖｉｖ）により得られる。各ペプチドのα−ヘリックス含有量は、平均残基楕円率をモデルのヘリックスデカペプチドの報告値で割ることにより計算される（Ｙａｎｇら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１３０：２０８（１９８６））。
【０１６４】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、４０％〜９０％、４０％〜８５％、４０％〜８０％、４０％〜７５％、４０％〜７０％、４０％〜６５％、４０％〜６０％、４０％〜５５％、４０％〜５０％、４５％〜９０％、４５％〜８５％、４５％〜８０％、４５％〜７５％、４５％〜７０％、４５％〜６５％、４５％〜６０％、４５％〜５５％、４５％〜５０％、５０％〜９０％、５０％〜８５％、５０％〜８０％、５０％〜７５％、５０％〜７０％、５０％〜６５％、５０％〜６０％、５０％〜５５％、５５％〜９０％、５５％〜８５％、５５％〜８０％、５５％〜７５％、５５％〜７０％、５５％〜６５％、５５％〜６０％、６０％〜９０％、６０％〜８５％、６０％〜８０％、６０％〜７５％、６０％〜７０％、６０％〜６５％、６５％〜９０％、６５％〜８５％、６５％〜８０％、６５％〜７５％、６５％〜７０％、７０％〜９０％、７０％〜８５％、７０％〜８０％、７０％〜７５％、７５％〜９０％、７５％〜８５％、７５％〜８０％、８０％〜９０％、８０％〜８５％、８５％〜９０％、４０％、４２％、４４％、４６％、４８％、５０％、５２％、５４％、５６％、５８％、６０％、６２％、６４％、６６％、６８％、７０％、７２％、７４％、７６％、７８％、８０％、８２％、８４％、８６％、８８％、または９０％の％α−ヘリシティを有する。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１５％〜２０％、１５％〜２５％、１５％〜３０％または２０％〜４０％の％α−ヘリシティを有する。特定の場合では、ＳｔＡＭＰのこの％α−ヘリシティは、ＳｔＡＭＰが細胞膜（例えば、グラム陰性細菌の膜）と接触すると増加する。
【０１６５】
ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性コリスチン耐性細菌および／または細菌種の成長を阻害する比較的高い能力と、哺乳動物細胞を溶解しまたはその成長を阻害する比較的低い能力とを有するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の非限定的な例は、約０．１μＭ〜約５０μＭまたは約０．５μＭ〜約２０μＭの最小阻害濃度（ＭＩＣ）を有し得る。いくつかの場合では、ＭＩＣは、実施例１に記載されているように決定される。本明細書に記載される任意のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）のＭＩＣは、約０．１μＭ、約０．２μＭ、約０．３μＭ、約０．４μＭ、約０．５μＭ、約０．６μＭ、約０．７μＭ、約０．８μＭ、約０．９μＭ、約１μＭ、約１．１μＭ、約１．２μＭ、約１．３μＭ、約１．４μＭ、約１．５μＭ、約１．６μＭ、約１．７μＭ、約１．８μＭ、約１．９μＭ、約２μＭ、約２．１μＭ、約２．２μＭ、約２．３μＭ、約２．４μＭ、約２．５μＭ、約２．６μＭ、約２．７μＭ、約２．８μＭ、約２．９μＭ、約３μＭ、約３．１μＭ、約３．２μＭ、約３．３μＭ、約３．４μＭ、約３．５μＭ、約３．６μＭ、約３．７μＭ、約３．８μＭ、約３．９μＭ、約４μＭ、約４．１μＭ、約４．２μＭ、約４．３μＭ、約４．４μＭ、約４．５μＭ、約４．６μＭ、約４．７μＭ、約４．８μＭ、約４．９μＭ、約５μＭ、約５．１μＭ、約５．２μＭ、約５．３μＭ、約５．４μＭ、約５．５μＭ、約５．６μＭ、約５．７μＭ、約５．８μＭ、約５．９μＭ、約６μＭ、約６．１μＭ、約６．２μＭ、約６．３μＭ、約６．４μＭ、約６．５μＭ、約６．６μＭ、約６．７μＭ、約６．８μＭ、約６．９μＭ、約７μＭ、約７．１μＭ、約７．２μＭ、約７．３μＭ、約７．４μＭ、約７．５μＭ、約７．６μＭ、約７．７μＭ、約７．８μＭ、約７．９μＭ、約８μＭ、約８．１μＭ、約８．２μＭ、約８．３μＭ、約８．４μＭ、約８．５μＭ、約８．６μＭ、約８．７μＭ、約８．８μＭ、約８．９μＭ、約９μＭ、約９．１μＭ、約９．２μＭ、約９．３μＭ、約９．４μＭ、約９．５μＭ、約９．６μＭ、約９．７μＭ、約９．８μＭ、約９．９μＭ、約１０μＭ、約１０．５μＭ、約１１μＭ、約１１．５μＭ、約１２μＭ、約１２．５μＭ、約１３μＭ、約１３．５μＭ、約１４μＭ、約１４．５μＭ、約１５μＭ、約１５．５μＭ、約１６μＭ、約１６．５μＭ、約１７μＭ、約１７．５μＭ、約１８μＭ、約１８．５μＭ、約１９μＭ、約１９．５μＭ、約２０μＭ、１．０μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、１．２μｇ／ｍＬ、１．３μｇ／ｍＬ、１．４μｇ／ｍＬ、１．５μｇ／ｍＬ、１．６μｇ／ｍＬ、１．７μｇ／ｍＬ、１．８μｇ／ｍＬ、１．９μｇ／ｍＬ、２．０μｇ／ｍＬ、２．１μｇ／ｍＬ、２．２μｇ／ｍＬ、２．３μｇ／ｍＬ、２．４μｇ／ｍＬ、２．５μｇ／ｍＬ、２．６μｇ／ｍＬ、２．７μｇ／ｍＬ、２．８μｇ／ｍＬ、２．９μｇ／ｍＬ、３．０μｇ／ｍＬ、３．１μｇ／ｍＬ、３．２μｇ／ｍＬ、３．３μｇ／ｍＬ、３．４μｇ／ｍＬ、３．５μｇ／ｍＬ、３．６μｇ／ｍＬ、３．７μｇ／ｍＬ、３．８μｇ／ｍＬ、３．９μｇ／ｍＬ、４．０μｇ／ｍＬ、４．１μｇ／ｍＬ、４．２μｇ／ｍＬ、４．３μｇ／ｍＬ、４．４μｇ／ｍＬ、４．５μｇ／ｍＬ、４．６μｇ／ｍＬ、４．７μｇ／ｍＬ、４．８μｇ／ｍＬ、４．９μｇ／ｍＬ、５．０μｇ／ｍＬ、５．１μｇ／ｍＬ、５．２μｇ／ｍＬ、５．３μｇ／ｍＬ、５．４μｇ／ｍＬ、５．５μｇ／ｍＬ、５．６μｇ／ｍＬ、５．７μｇ／ｍＬ、５．８μｇ／ｍＬ、５．９μｇ／ｍＬ、６．０μｇ／ｍＬ、６．５μｇ／ｍＬ、７．０μｇ／ｍＬ、７．５μｇ／ｍＬ、８．０μｇ／ｍＬ、８．５μｇ／ｍＬ、９．０μｇ／ｍＬ、９．５μｇ／ｍＬ、１０．０μｇ／ｍＬ、１０．５μｇ／ｍＬ、１１．０μｇ／ｍＬ、１１．５μｇ／ｍＬ、１２．０μｇ／ｍＬ、１２．５μｇ／ｍＬ、１３．０μｇ／ｍＬ、１３．５μｇ／ｍＬ、１４．０μｇ／ｍＬ、１４．５μｇ／ｍＬ、１５．０μｇ／ｍＬ、１５．５μｇ／ｍＬ、１６．０μｇ／ｍＬ、１６．５μｇ／ｍＬ、１７．０μｇ／ｍＬ、１７．５μｇ／ｍＬ、１８．０μｇ／ｍＬ、１８．５μｇ／ｍＬ、１９．０μｇ／ｍＬ、１９．５μｇ／ｍＬ、または２０．０μｇ／ｍＬであり得る。ＭＩＣにおいて、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、本明細書の方法に記載されている溶血アッセイにおいて測定した場合に、０〜１０％、５〜１０％、０〜５％、約０％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、１．０％、１．１％、１．２％、１．３％、１．４％、１．５％、１．６％、１．７％、１．８％、１．９％、２．０％、２．１％、２．２％、２．３％、２．４％、２．５％、２．６％、２．７％、２．８％、２．９％、３．０％、３．１％、３．２％、３．３％、３．４％、３．５％、３．６％、３．７％、３．８％、３．９％、４．０％、４．１％、４．２％、４．３％、４．４％、４．５％、４．６％、４．７％、４．８％、４．９％、５．０％、５．１％、５．２％、５．３％、５．４％、５．５％、５．６％、５．７％、５．８％、５．９％、６．０％、６．１％、６．２％、６．３％、６．４％、６．５％、６．６％、６．７％、６．８％、６．９％、７．０％、７．１％、７．２％、７．３％、７．４％、７．５％、７．６％、７．７％、７．８％、７．９％、８．０％、８．１％、８．２％、８．３％、８．４％、８．５％、８．６％、８．７％、８．８％、８．９％、９．０％、９．１％、９．２％、９．３％、９．４％、９．５％、９．６％、９．７％、９．８％、９．９％、１０．０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、または５０％であり得るヒト赤血球に対する溶血活性を有する。本明細書で使用される場合、「約」および「およそ」という用語は、所定の値または状態のプラスまたはマイナス１０％以内、好ましくは前記値または状態のプラスまたはマイナス５％以内であると定義される。
【０１６６】
本明細書に記載される化合物を合成する方法は、当技術分野で公知である。それにもかかわらず、以下の例示的な方法が使用され得る。交互の順序または順位で、所望の化合物を得るために、様々な工程を実施し得ることが理解される。本明細書に記載される化合物の合成において有用な合成化学変換および保護基方法論（保護および脱保護）は当技術分野で公知であり、例えば、Ｒ．Ｌａｒｏｃｋ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ，ＶＣＨ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ（１９８９）；Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ  ａｎｄ  Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，３ｄ．Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９９９）；Ｌ．Ｆｉｅｓｅｒ  ａｎｄ  Ｍ．Ｆｉｅｓｅｒ，Ｆｉｅｓｅｒ  ａｎｄ  Ｆｉｅｓｅｒ’ｓ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９９４）；およびＬ．Ｐａｑｕｅｔｔｅ，ｅｄ．，Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９９５）およびそれらの後版に記載されているものなどを含む。
【０１６７】
本開示のペプチドは、当業者に周知の化学合成方法により作製され得る。例えば、Ｆｉｅｌｄｓら、Ｃｈａｐｔｅｒ  ３  ｉｎ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａ  Ｕｓｅｒ’ｓ  Ｇｕｉｄｅ，ｅｄ．Ｇｒａｎｔ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９２，ｐ．７７を参照のこと。したがって、ペプチドは、例えばＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ  Ｍｏｄｅｌ  ４３０Ａまたは４３１により、側鎖保護アミノ酸を使用したｔ−ＢｏｃまたはＦｍｏｃ化学のいずれかにより保護されたα−ＮＨ２を用いる固相合成の自動メリフィールド技術を使用して合成され得る。
【０１６８】
本明細書に記載されるペプチドを作製する１つの方法は、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）を使用することである。リンカー分子との酸不安定結合を介して、Ｃ−末端アミノ酸を架橋ポリスチレン樹脂に結合させる。この樹脂は、合成に使用される溶媒に不溶性であるので、過剰な試薬および副産物を洗い流すのは比較的簡単かつ迅速である。酸安定であるが塩基により除去可能なＦｍｏｃ基で、Ｎ−末端を保護する。塩基安定かつ酸不安定な基で、任意の側鎖官能基を保護する。
【０１６９】
より長いペプチドは、ネイティブケミカルライゲーションまたは収束固相ペプチド合成を使用して個々の合成ペプチドを結合する（ｃｏｎｊｏｉｎｉｎｇ）ことにより作製され得る。あるいは、より長い合成ペプチドは、周知の組換えＤＮＡ技術により合成され得る。このような技術は、詳細なプロトコールと共に、周知の標準マニュアルで提供されている。本開示のペプチドをコードする遺伝子を構築するために、アミノ酸配列を逆翻訳して、アミノ酸配列をコードする核酸配列であって、好ましくは遺伝子を発現させるべき生物に最適なコドンを有する核酸配列を得る。次に、典型的には、ペプチドおよび必要な場合には任意の調節エレメントをコードするオリゴヌクレオチドを合成することにより、合成遺伝子を作製する。合成遺伝子を適切なクローニングベクターに挿入し、宿主細胞にトランスフェクトする。次いで、選択された発現系および宿主に適当である適切な条件下で、ペプチドを発現させる。ペプチドを精製し、標準方法により特性評価する。
【０１７０】
ペプチドは、例えば、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｈｅｍｔｅｃｈから入手可能なハイスループットマルチチャネルコンビナトリアルシンセサイザーを使用して、ハイスループットコンビナトリアル方法で作製され得る。
【０１７１】
ペプチド結合を、例えばレトロインベルソ結合（Ｃ（Ｏ）−ＮＨ）；還元アミド結合（ＮＨ−ＣＨ２）；チオメチレン結合（Ｓ−ＣＨ２またはＣＨ２−Ｓ）；オキソメチレン結合（Ｏ−ＣＨ２またはＣＨ２−Ｏ）；エチレン結合（ＣＨ２−ＣＨ２）；チオアミド結合（Ｃ（Ｓ）−ＮＨ）；トランス−オレフィン結合（ＣＨ＝ＣＨ）；フッ素置換トランス−オレフィン結合（ＣＦ＝ＣＨ）；ケトメチレン結合（Ｃ（Ｏ）−ＣＨＲ）またはＣＨＲ−Ｃ（Ｏ）（Ｒは、ＨまたはＣＨ３である）；およびフルオロケトメチレン結合（Ｃ（Ｏ）−ＣＦＲまたはＣＦＲ−Ｃ（Ｏ）（Ｒは、Ｈ、ＦまたはＣＨ３である）で置き換えて、ペプチドの生理学的安定性を増加させ得る。
【０１７２】
ポリペプチドは、アセチル化、アミド化、ビオチン化、シンナモイル化、ファルネシル化、フルオレセイン化、ホルミル化、ミリストイル化、パルミトイル化、リン酸化（Ｓｅｒ、ＴｙｒまたはＴｈｒ）、ステアロイル化、スクシニル化およびスルフリル化によりさらに改変され得る。上記に示されているように、ペプチドは、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）；アルキル基（例えば、Ｃ１−Ｃ２０直鎖または分枝鎖アルキル基）；脂肪酸ラジカル；およびそれらの組み合わせにコンジュゲートされ得る。
【０１７３】
様々な長さのオレフィン側鎖を含有するα，α−二置換非天然アミノ酸は、公知の方法により合成され得る（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，１１３：９２７６，１９９１；Ｓｃｈａｆｍｅｉｓｔｅｒら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．，１２２：５８９１，２０００；およびＢｉｒｄら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９，２００８；Ｂｉｒｄら、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１１を参照のこと）。ｉ＋７ステープルに連結されたｉを使用するペプチドの場合（安定化ヘリックスの２つのターン）、：ａ）１つのＳ５アミノ酸および１つのＲ８が使用される、またはｂ）１つのＳ８アミノ酸および１つのＲ５アミノ酸が使用されるかのいずれかが使用される。開始不斉補助剤がＲ−アルキル−立体異性体を付与することを除いて、Ｒ８は、同じ経路を使用して合成される。また、５−ヨードペンテンに代えて、８−ヨードオクテンが使用される。阻害剤は、ＭＢＨＡ樹脂上で固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）を使用して、固体支持体上に合成される（例えば、国際公開第２０１０／１４８３３５号を参照のこと）。
【０１７４】
Ｆｍｏｃ−保護α−アミノ酸（オレフィンアミノ酸Ｆｍｏｃ−Ｓ５−ＯＨ、Ｆｍｏｃ−Ｒ８−ＯＨ、Ｆｍｏｃ−Ｒ８−ＯＨ、Ｆｍｏｃ−Ｓ８−ＯＨおよびＦｍｏｃ−Ｒ５−ＯＨ以外）、２−（６−クロロ−１−Ｈ−ベンゾトリアゾール−１−イル）−１，１，３，３−テトラメチルアミニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＣＴＵ）およびＲｉｎｋ  Ａｍｉｄｅ  ＭＢＨＡは、例えばＮｏｖａｂｉｏｃｈｅｍ（Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）から市販されている。ジメチルホルムアミド（ＤＭＦ）、Ｎ−メチル−２−ピロリジノン（ＮＭＰ）、Ｎ，Ｎ−ジイソプロピルエチルアミン（ＤＩＥＡ）、トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ）、１，２−ジクロロエタン（ＤＣＥ）、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）およびピペリジンは、例えば、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈから市販されている。オレフィンアミノ酸合成は、当技術分野で報告されている（例えば、Ｗｉｌｌｉａｍｓら、Ｏｒｇ．Ｓｙｎｔｈ．，８０：３１，２００３を参照のこと）。
【０１７５】
本開示の化合物は、選択的生物学的特性（例えば、疎水性および／または疎水性パッチの位置／出現を含む）を増強するための適切な官能性を付加することにより改変され得る。このような改変は当技術分野で公知であり、所定の生物学的区画（例えば、血液、リンパ系、中枢神経系）への生物学的浸透を増加させ、経口アベイラビリティを増加させ、注射による投与を可能にする溶解度を増加させ、代謝を変化させ、および排泄速度を変化させるものが挙げられる。
【０１７６】
哺乳動物膜と対比して微生物膜に選択的な安定化ＡＭＰ（すなわち、微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）を死滅させるかまたはその成長を阻害することができるペプチドであって、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその成長を阻害する比較的低い能力も有するペプチド）は、例えば、同じ１つまたはそれを超える微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）に対する対応親（すなわち、非改変）非内部架橋ペプチドのＭＩＣよりも約１．５倍超低い、約２倍超低い、約２．５倍超低い、約３倍超低い、約４倍超低い、約５倍超低い、約６倍超低い、約７倍超低い、約８倍超低い、約９倍超低い、約１０倍超低い、約１５倍超低いまたは約２０倍超低い、１つまたはそれを超える微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）に対するＭＩＣを有し得る。哺乳動物膜と対比して微生物膜に選択的な抗菌ペプチドは、例えば、約１μｇ／ｍｌ、約２μｇ／ｍｌ、約３μｇ／ｍｌ、約４μｇ／ｍｌ、約５μｇ／ｍｌ、約６μｇ／ｍｌ、約７μｇ／ｍｌ、約８μｇ／ｍｌ、約９μｇ／ｍｌ、約１０μｇ／ｍｌ、約１２μｇ／ｍｌ、約１４μｇ／ｍｌ、約１６μｇ／ｍｌ、約１８μｇ／ｍｌ、約２０μｇ／ｍｌ、約２２μｇ／ｍｌ、約２４μｇ／ｍｌ、約２６μｇ／ｍｌ、約２８μｇ／ｍｌまたは約３０μｇ／ｍｌのＭＩＣを有し得る。哺乳動物膜と対比して微生物膜に選択的な抗菌ペプチドは、例えば、１つまたはそれを超える微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）に対するそのＭＩＣの１倍、１．５倍、２倍、２．５倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍または１０倍を超えるかまたはそれにほぼ等しい濃度で投与される場合に、例えば、ＲＢＣ溶血活性アッセイにおいて赤血球（ＲＢＣ）の約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２５％未満、約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、約５％未満、約２．５％未満、約２％未満または約１％未満を溶解し得る。
【０１７７】
グラム陰性コリスチン耐性を克服するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドを最適化する方法
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を最適化する方法であって、第１のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を提供すること、１個またはそれを超えるアミノ酸位置（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のアミノ酸位置）を除いて前記第１のＳｔＡＭＰと同一の第２のＳｔＡＭＰを生成すること；前記第２のＳｔＡＭＰが、前記第１のＳｔＡＭＰよりも大きなレベルまで、グラム陰性コリスチン耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定することを含む方法が本明細書で提供される。
【０１７８】
いくつかの実施形態では、前記方法は、第２のＳｔＡＭＰが、第１のＳｔＡＭＰと比べて同じまたは減少した溶血活性を有することを決定することをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、第１のＳｔＡＭＰおよび第２のＳｔＡＭＰはダブルステープル化される。いくつかの実施形態では、第１のＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４、３５または３６〜４３のいずれか１つを含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、第１のＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５を含むかまたはそれからなる。
【０１７９】
いくつかの実施形態では、第１および第２のＳｔＡＭＰはそれぞれ、６〜１００アミノ酸長である。
【０１８０】
いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、第１のＳｔＡＭＰと比較してジヒドロキシル化されており、第２のＳｔＡＭＰの疎水性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少している。いくつかの実施形態では、シャープレスジヒドロキシル化反応は、２つのアルコール基を、抗菌ペプチドに存在するアルケン基に導入するために使用され得る（例えば、米国特許出願公開第２０１７／００１５７１６号（これは、その全体が本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。
【０１８１】
いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、第１のＳｔＡＭＰと比較してアミノヒドロキシル化されており、第２のＳｔＡＭＰの疎水性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少している。いくつかの実施形態では、シャープレスアミノヒドロキシル化反応は、アルケン基を改変するために使用され得る（例えば、米国特許出願公開第２０１７／００１５７１６号（これは、その全体が本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）は、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【０１８３】
特定の実施形態では、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少しており、第２のＳｔＡＭＰの溶血活性は、２０％未満（例えば、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜４％、１〜３．５％、１〜３％、１〜２．５％、１〜２％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％、または０．００１％）であり、グラム陰性コリスチン耐性細菌に対する最小阻害濃度は、１０．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満、０．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．５〜２．５μｇ／ｍＬ、０．５〜２．０μｇ／ｍＬ、０．５〜１．５μｇ／ｍＬ、０．５〜１．０μｇ／ｍＬ、１．０〜３．０μｇ／ｍＬ、１．０〜２．５μｇ／ｍＬ、１．０〜２．０μｇ／ｍＬ、１．０〜１．５μｇ／ｍＬ、１．５〜３．０μｇ／ｍＬ、１．５〜２．５μｇ／ｍＬ、１．５〜２．０μｇ／ｍＬ、２．０〜３．０μｇ／ｍＬ、２．０〜２．５μｇ／ｍＬ、２．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、０．２μｇ／ｍＬ、０．３μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．５μｇ／ｍＬ、０．６μｇ／ｍＬ、０．７μｇ／ｍＬ、０．８μｇ／ｍＬ、０．９μｇ／ｍＬ、１．０μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、１．２μｇ／ｍＬ、１．３μｇ／ｍＬ、１．４μｇ／ｍＬ、１．５μｇ／ｍＬ、１．６μｇ／ｍＬ、１．７μｇ／ｍＬ、１．８μｇ／ｍＬ、１．９μｇ／ｍＬ、２．０μｇ／ｍＬ、２．１μｇ／ｍＬ、２．２μｇ／ｍＬ、２．３μｇ／ｍＬ、２．４μｇ／ｍＬ、２．６μｇ／ｍＬ、２．７μｇ／ｍＬ、２．８μｇ／ｍＬ、２．９μｇ／ｍＬ、３．０μｇ／ｍＬ、３．５μｇ／ｍＬ、４．０μｇ／ｍＬ、５．０μｇ／ｍＬ、５．５μｇ／ｍＬ、６．０μｇ／ｍＬ、６．５μｇ／ｍＬ、７．０μｇ／ｍＬ、７．５μｇ／ｍＬ、８．０μｇ／ｍＬ���８．５μｇ／ｍＬ、９．０μｇ／ｍＬ、９．５μｇ／ｍＬ）である。
【０１８４】
いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性は、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉに対するものである。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性は、Ｅ．ｃｏｌｉに対するものである。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性コリスチン耐性細菌に対するものである。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するＥ．ｃｏｌｉ株に対するものである。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性抗菌活性は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｉｍｏｎｉａｅ株に対するものである。
【０１８５】
これらの方法は、対照および／または参照ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドとして機能し得る第１のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの特定のアミノ酸残基の改変に基づく。第１のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの特定のアミノ酸残基は、様々な方法、例えば、部位特異的変異誘発または点変異体ライブラリーの作製により改変され得る。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの点変異は、非同義置換（すなわち、異なるアミノ酸をコードするコドンをもたらす少なくとも１つの点変異）である。少なくとも１つの点変異の結果、アミノ酸は、例えば、類似の側鎖を有するアミノ酸残基を含む当技術分野で公知の任意の他のアミノ酸残基で置き換えられ得る。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β−分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。いくつかの実施形態では、少なくとも１つの点変異は、第１のステープルドおよび／またはステッチドペプチド中のその位置のアミノ酸と類似の側鎖を有しないアミノ酸置換をもたらす。
【０１８６】
いくつかの場合では、１つまたはそれを超える（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つの）アミノ酸は、非疎水性アミノ酸で置き換えられる。いくつかの場合では、本明細書に開示されるＳｔＡＭＰはいずれも、内部ステープルを含む２、３または６アミノ酸離れた２つのアミノ酸の側鎖を置き換える内部ステープルを含む。いくつかの場合では、３つのアミノ酸の側鎖を置き換える内部ステープルおよび／または内部ステッチは、内部ステッチを含む。いくつかの場合では、内部ステープルおよび／または内部ステッチは、少なくとも２つの内部ステープルを含む（４つのアミノ酸の側鎖を置き換える、すなわち、各ステープルは、３アミノ酸離れた２つのアミノ酸間にある）。いくつかの場合では、内部ステープルおよび／または内部ステッチは、少なくとも１つの内部ステープルおよび内部ステッチの組み合わせを含む。いくつかの場合では、内部ステッチは、第１のアミノ酸ならびに第２および第３のアミノ酸の側鎖を置き換え、それにより、内部架橋を介して、第１のアミノ酸（これは、第２および第３のアミノ酸間にある）を第２および第３のアミノ酸に架橋し、ここで、第１および第２のアミノ酸は２、３または６アミノ酸離れており、第１および第３のアミノ酸は２、３または６アミノ酸離れており、第２および第３のアミノ酸は別個のアミノ酸である。いくつかの態様では、３つのアミノ酸の側鎖を置き換える内部ステッチは、２、３または６アミノ酸離れたアミノ酸ペアを架橋する。いくつかの態様では、本開示の内部架橋ポリペプチドの４つのアミノ酸の側鎖は、２つの異なる内部ステープルで置き換えられる。いくつかの態様では、２つの異なる内部ステープルの第１のものは、２、３または６アミノ酸離れた第１のアミノ酸ペアを架橋し、少なくとも２つの異なる内部ステープルの第２のものは、２、３または６アミノ酸離れた第２のアミノ酸ペアを架橋する。
【０１８７】
いくつかの場合では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのアミノ酸置換を含む改変ペプチドである（例えば、１つ、２つ、３つ、４つもしくは５つのアミノ酸はＡで置き換えられるか、または１つ、２つ、３つ、４つもしくは５つのアミノ酸は保存的に置換される）。
【０１８８】
いくつかの場合では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、配列番号１〜４３の１つと少なくとも８０％（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％または１００％）の同一性を有し得るか、または１個またはそれを超える（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、例えば１〜２個、１〜３個、１〜４個、または１〜５個）の保存的アミノ酸置換を有する配列番号１〜４３の１つを含み得る。いくつかの場合では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、１つまたは２つのステープル（例えば、２もしくは３（または６）アミノ酸離れた２つのアミノ酸間の１つのステープル、またはそれぞれ２もしくは３（または６）アミノ酸離れた２つのアミノ酸間の２つのステープル）を有する配列番号１〜４３の１つの配列を有する。
【０１８９】
いくつかの場合では、「保存的アミノ酸置換」は、あるアミノ酸残基が、類似の側鎖を有する別のアミノ酸残基で置き換えられる置換を含み得る。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野で定義されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リジン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、トレオニン、チロシン、システイン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン、トリプトファン）、β−分枝側鎖（例えば、トレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。
【０１９０】
アミノ酸配列間の同一性率を決定するための方法は、当技術分野で公知である。例えば、最適な比較目的のために、配列をアラインする（例えば、最適なアライメントのために、ギャップを、第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方に導入し得、比較目的のために、非相同配列を無視し得る）。比較目的のためにアラインされる参照配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％および少なくとも７０％、８０％、９０％または１００％であり得る。次いで、対応するアミノ酸位置またはヌクレオチド位置のアミノ酸残基またはヌクレオチドを比較する。第１の配列中の位置が、第２の配列中の対応する位置と同じアミノ酸残基またはヌクレオチドで占められる場合、分子は、その位置において同一である。２つのアミノ酸配列間の同一性率の決定は、例えば、ＢＬＡＳＴ２．０プログラムを使用して達成され得る。配列比較は、ギャップなしアライメントを使用して、およびデフォルトパラメータ（Ｂｌｏｓｓｏｍ  ６２マトリックス、１１のギャップ存在コスト、１の残基当たりギャップコスト、および０．８５のラムダ比）を使用して実施される。ＢＬＡＳＴプログラムにおいて使用される数学的アルゴリズムは、例えば、Ａｌｔｓｃｈｕｌら、（Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２５：３３８９−３４０２，１９９７）に記載されている。
【０１９１】
本文書はまた、非改変抗菌ペプチドまたはステープルド抗菌ペプチドと比べて改善した微生物活性および／または減少した溶血活性を有する抗菌ペプチドまたはステープルド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の設計方法を特徴とする。前記方法は、（ｉ）（例えば、アミノ酸置換によりペプチド中の塩基性残基（例えば、リジン）の数を増加させることにより）抗菌ペプチドまたはステープルド抗菌ペプチドの正味の正電荷を増加させること；（ｉｉ）例えば、アミノ酸置換により、ヒスチジン残基の数を増加させること；および／または（ｉｉｉ）（例えば、アミノ酸をＤ−アラニンで置換して）ＡＭＰまたはＳｔＡＭＰのリジッドなヘリシティを減少させることの１つまたは複数を含む。特定の場合では、ＡＭＰまたはＳｔＡＭＰは、非改変抗菌ペプチドと比べて少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つの）ヒスチジンおよび／またはリジンを有する。上記グラム陰性細菌の抗生物質耐性を克服するＳｔＡＭＰを最適化する方法は、グラム陽性細菌の抗生物質耐性を克服するＳｔＡＭＰを最適化するために改変および適用され得る。
【０１９２】
グラム陰性細菌のコリスチン耐性を克服するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を選択する方法
グラム陰性細菌のコリスチン耐性を克服するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドを選択する方法であって、ＳｔＡＭＰを提供すること、前記ＳｔＡＭＰの溶血活性およびグラム陰性細菌に対する最小阻害濃度（ＭＩＣ）を決定すること；ならびに前記ＳｔＡＭＰが、前記コリスチン耐性グラム陰性細菌に対する１０．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満、０．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．５〜２．５μｇ／ｍＬ、０．５〜２．０μｇ／ｍＬ、０．５〜１．５μｇ／ｍＬ、０．５〜１．０μｇ／ｍＬ、１．０〜３．０μｇ／ｍＬ、１．０〜２．５μｇ／ｍＬ、１．０〜２．０μｇ／ｍＬ、１．０〜１．５μｇ／ｍＬ、１．５〜３．０μｇ／ｍＬ、１．５〜２．５μｇ／ｍＬ、１．５〜２．０μｇ／ｍＬ、２．０〜３．０μｇ／ｍＬ、２．０〜２．５μｇ／ｍＬ、２．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、０．２μｇ／ｍＬ、０．３μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．５μｇ／ｍＬ、０．６μｇ／ｍＬ、０．７μｇ／ｍＬ、０．８μｇ／ｍＬ、０．９μｇ／ｍＬ、１．０μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、１．２μｇ／ｍＬ、１．３μｇ／ｍＬ、１．４μｇ／ｍＬ、１．５μｇ／ｍＬ、１．６μｇ／ｍＬ、１．７μｇ／ｍＬ、１．８μｇ／ｍＬ、１．９μｇ／ｍＬ、２．０μｇ／ｍＬ、２．１μｇ／ｍＬ、２．２μｇ／ｍＬ、２．３μｇ／ｍＬ、２．４μｇ／ｍＬ、２．６μｇ／ｍＬ、２．７μｇ／ｍＬ、２．８μｇ／ｍＬ、２．９μｇ／ｍＬ、３．０μｇ／ｍＬ、３．５μｇ／ｍＬ、４．０μｇ／ｍＬ、５．０μｇ／ｍＬ、５．５μｇ／ｍＬ、６．０μｇ／ｍＬ、６．５μｇ／ｍＬ、７．０μｇ／ｍＬ、７．５μｇ／ｍＬ、８．０μｇ／ｍＬ、８．５μｇ／ｍＬ、９．０μｇ／ｍＬ、９．５μｇ／ｍＬ）の最小阻害濃度；および５．０％未満（例えば、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜４％、１〜３．５％、１〜３％、１〜２．５％、１〜２％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％���または０．００１％）の溶血活性を有する場合、前記ＳｔＡＭＰを選択することを含む方法が本明細書で提供される。
【０１９３】
いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択される。
【０１９４】
いくつかの実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰライブラリー由来のＳｔＡＭＰを提供することをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰライブラリーは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるＳｔＡＭＰのライブラリーである。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰライブラリーは、ステープルウォークライブラリーである。
【０１９５】
上記グラム陰性細菌の抗生物質耐性を克服するＳｔＡＭＰを選択する方法は、グラム陽性細菌の抗生物質耐性を克服するＳｔＡＭＰを選択する方法において改変および適用され得る。
【０１９６】
コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させおよび／またはその成長を阻害するＳｔＡＭＰをスクリーニングする方法
コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させおよび／またはその成長を阻害するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）をスクリーニングする方法であって、ＳｔＡＭＰを提供すること、前記ＳｔＡＭＰをコリスチン耐性グラム陰性細菌と接触させること；前記ＳｔＡＭＰが、１０．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満または０．５μｇ／ｍＬ未満、０．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．５〜２．５μｇ／ｍＬ、０．５〜２．０μｇ／ｍＬ、０．５〜１．５μｇ／ｍＬ、０．５〜１．０μｇ／ｍＬ、１．０〜３．０μｇ／ｍＬ、１．０〜２．５μｇ／ｍＬ、１．０〜２．０μｇ／ｍＬ、１．０〜１．５μｇ／ｍＬ、１．５〜３．０μｇ／ｍＬ、１．５〜２．５μｇ／ｍＬ、１．５〜２．０μｇ／ｍＬ、２．０〜３．０μｇ／ｍＬ、２．０〜２．５μｇ／ｍＬ、２．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、０．２μｇ／ｍＬ、０．３μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．５μｇ／ｍＬ、０．６μｇ／ｍＬ、０．７μｇ／ｍＬ、０．８μｇ／ｍＬ、０．９μｇ／ｍＬ、１．０μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、１．２μｇ／ｍＬ、１．３μｇ／ｍＬ、１．４μｇ／ｍＬ、１．５μｇ／ｍＬ、１．６μｇ／ｍＬ、１．７μｇ／ｍＬ、１．８μｇ／ｍＬ、１．９μｇ／ｍＬ、２．０μｇ／ｍＬ、２．１μｇ／ｍＬ、２．２μｇ／ｍＬ、２．３μｇ／ｍＬ、２．４μｇ／ｍＬ、２．６μｇ／ｍＬ、２．７μｇ／ｍＬ、２．８μｇ／ｍＬ、２．９μｇ／ｍＬ、３．０μｇ／ｍＬ、３．５μｇ／ｍＬ、４．０μｇ／ｍＬ、５．０μｇ／ｍＬ、５．５μｇ／ｍＬ、６．０μｇ／ｍＬ、６．５μｇ／ｍＬ、７．０μｇ／ｍＬ、７．５μｇ／ｍＬ、８．０μｇ／ｍＬ、８．５μｇ／ｍＬ、９．０μｇ／ｍＬ、９．５μｇ／ｍＬ）のＭＩＣで、前記コリスチン耐性グラム陰性細菌を死滅させおよび／またはその成長を阻害することを決定することを含む方法が本明細書で提供される。
【０１９７】
いくつかの実施形態では、前記方法は、ＳｔＡＭＰが、５．０％未満（例えば、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜４％、１〜３．５％、１〜３％、１〜２．５％、１〜２％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％、または０．００１％）の溶血活性を有することを決定することをさらに含み得る。
【０１９８】
いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【０１９９】
記載される抗生物質耐性グラム陰性細菌を死滅させおよび／またはその成長を阻害するＳｔＡＭＰをスクリーニングする方法は、抗生物質耐性グラム陽性細菌を死滅させおよび／またはその成長を阻害するＳｔＡＭＰをスクリーニングするために改変および適用され得る。
【０２００】
抗生物質耐性細菌感染症を処置する方法
抗生物質耐性グラム陰性またはグラム陽性細菌感染症を処置する方法が本明細書で提供される。前記方法は、治療有効量の本明細書に記載されるＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）を、抗生物質耐性グラム陰性またはグラム陽性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある被験体に投与することを含む。
【０２０１】
１つの場合では、本開示は、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症の処置を必要とする被験体におけるグラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量の本明細書に記載されるＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）を、前記グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある被験体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、被験体は、胃炎、胃がん、胆嚢癌、肺炎または尿路感染症からなる群より選択されるグラム陰性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、被験体は、胃腸系に主に影響を及ぼすグラム陰性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある。いくつかの実施形態では、被験体は、呼吸器系に主に影響を及ぼすグラム陰性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある。
【０２０２】
別の場合では、本開示は、抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症の処置を必要とする被験体における抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症を処置する方法であって、治療有効量の本明細書に記載されるＳｔＡＭＰ（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチドペプチド）を、前記抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症を有するかまたはそれを発症するリスクがある被験体に投与することを含む方法を提供する。いくつかの場合では、グラム陽性細菌はＳ．ａｕｒｅｕｓである。いくつかの場合では、グラム陽性細菌はメチシリンに耐性である。いくつかの場合では、グラム陽性細菌はペニシリンに耐性である。いくつかの場合では、グラム陽性細菌はバンコマイシンに耐性である。いくつかの場合では、グラム陽性細菌はアミノグリコシドに耐性である。いくつかの場合では、グラム陽性細菌は、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、細菌性膣炎微生物叢、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｇｒｏｕｐ  Ａ  ＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓおよびＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ  ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓまたはＹｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａの１つである。
【０２０３】
特定の実施形態では、被験体は、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質に対する抗生物質耐性を有する感染症を発症している。いくつかの実施形態では、少なくとも１個の（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個の）他のクラスの抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はカルバペネムである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はクラリスロマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はセファロスポリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はフルオロキノロンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はメチシリンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質はバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、メチシリンおよびバンコマイシンである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、セファロスポリンおよびフルオロキノロンである。
【０２０４】
特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、カルバペネムと、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、アミノグリコシドと、カルバペネム、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、バンコマイシンと、カルバペネム、アミノグリコシド、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、メチシリンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、クラリスロマイシンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、セファロスポリンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、ペニシリンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。
【０２０５】
特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、アンピシリンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、フルオロキノロンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、テトラサイクリンと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。特定の実施形態では、少なくとも１つの他のクラスの抗生物質は、β−ラクタムと、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロンおよびテトラサイクリンからなる群より選択される少なくとも１つの（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つの）他のクラスの抗生物質とである。
【０２０６】
特定の実施形態では、被験体は、慢性グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＥ．ｃｏｌｉ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ感染症、Ｓｈｉｇｅｌｌａ感染症、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ感染症、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ感染症、Ｂｄｅｌｌｏｖｉｂｒｉｏ感染症、酢酸菌感染症、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ感染症からなる群より選択される感染症である。いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ感染症、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ感染症、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ感染症、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ感染症、Ｐｒｏｔｅｕｓ  ｍｉｒａｂｉｌｉｓ感染症、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ｃｌｏａｃａｅ感染症、Ｓｅｒｒａｔｉａ  ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ感染症、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｔｉｄｉｓ感染症、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｔｙｐｈｉ感染症、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ感染症およびＬｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ感染症からなる群より選択される感染症である。
【０２０７】
いくつかの実施形態では、グラム陰性コリスチン耐性細菌感染症は、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌によるものである。いくつかの実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌は、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ  ａｅｒｏｇｅｎｅｓまたはＥ．ｃｌｏａｃａｅである。一実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＥ．ｃｏｌｉである。別の実施形態では、ＭＣＲ−１プラスミドを含有するグラム陰性細菌はＫｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａである。
【０２０８】
特定の実施形態では、被験体は、慢性抗生物質耐性グラム陽性細菌感染症を有する。特定の実施形態では、被験体は、慢性グラム陽性メチシリン耐性細菌感染症を有する。いくつかの実施形態では、グラム陽性メチシリン耐性細菌感染症はＳ．ａｕｒｅｕｓ感染症である。
【０２０９】
いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【０２１０】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５に記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、または３５のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰはダブルステープル化される。
【０２１１】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、６〜１００アミノ酸長（例えば、６〜４０アミノ酸長（例えば、６〜１０アミノ酸長、６〜１５アミノ酸長、６〜２０アミノ酸長、６〜２５アミノ酸長、６〜３０アミノ酸長、６〜３５アミノ酸長；１０〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長、１０〜２５アミノ酸長、１０〜３０アミノ酸長、１０〜３５アミノ酸長；１５〜２０アミノ酸長、１５〜２５アミノ酸長、１５〜３０アミノ酸長、１５〜３５アミノ酸長；１５〜４０アミノ酸長；２０〜２５アミノ酸長、２０〜３０アミノ酸長、２０〜３５アミノ酸長；２０〜４０アミノ酸長；３０〜３５アミノ酸長；３０〜４０アミノ酸長；または３５〜４０アミノ酸長）である。
【０２１２】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰが被験体に静脈内投与される場合、ＳｔＡＭＰは、好ましくは、５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜２０％、０〜１８％、０〜１６％、０〜１４％、０〜１２％、０〜１０％、０〜８％、０〜６％、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜２０％、１〜１８％、１〜１６％、１〜１４％、１〜１２％、１〜１０％、１〜８％、１〜６％、１〜４％、１〜２％、１．５〜２０％、１．５〜１８％、１．５〜１６％、１．５〜１４％、１．５〜１２％、１．５〜１０％、１．５〜８％、１．５〜６％、１．５〜４％、１．５〜２％、２〜２０％、２〜１８％、２〜１６％、２〜１４％、２〜１２％、２〜１０％、２〜８％、２〜６％、２〜４％、２．５〜２０％、２．５〜１８％、２．５〜１６％、２．５〜１４％、２．５〜１２％、２．５〜１０％、２．５〜８％、２．５〜６％、２．５〜４％、３〜２０％、３〜１８％、３〜１６％、３〜１４％、３〜１２％、３〜１０％、３〜８％、３〜６％、３〜４％、３．５〜２０％、３．５〜１８％、３．５〜１６％、３．５〜１４％、３．５〜１２％、３．５〜１０％、３．５〜８％、３．５〜６％、３．５〜４％、４〜２０％、４〜１８％、４〜１６％、４〜１４％、４〜１２％、４〜１０％、４〜８％、４〜６％、４．５〜２０％、４．５〜１８％、４．５〜１６％、４．５〜１４％、４．５〜１２％、４．５〜１０％、４．５〜８％、４．５〜６％、５〜２０％、５〜１８％、５〜１６％、５〜１４％、５〜１２％、５〜１０％、５〜８％、５〜６％、５．５〜２０％、５．５〜１８％、５．５〜１６％、５．５〜１４％、５．５〜１２％、５．５〜１０％、５．５〜８％、５．５〜６％、６〜２０％、６〜１８％、６〜１６％、６〜１４％、６〜１２％、６〜１０％、６〜８％、６．５〜２０％、６．５〜１８％、６．５〜１６％、６．５〜１４％、６．５〜１２％、６．５〜１０％、６．５〜８％、７〜２０％、７〜１８％、７〜１６％、７〜１４％、７〜１２％、７〜１０％、７〜８％、７．５〜２０％、７．５〜１８％、７．５〜１６％、７．５〜１４％、７．５〜１２％、７．５〜１０％、７．５〜８％、８〜２０％、８〜１８％、８〜１６％、８〜１４％、８〜１２％、８〜１０％、８．５〜２０％、８．５〜１８％、８．５〜１６％、８．５〜１４％、８．５〜１２％、８．５〜１０％、９〜２０％、９〜１８％、９〜１６％、９〜１４％、９〜１２％、９〜１０％、９．５〜２０％、９．５〜１８％、９．５〜１６％、９．５〜１４％、９．５〜１２％、９．５〜１０％、１０〜２０％、１０〜１８％、１０〜１６％、１０〜１４％、１０〜１２％、１０．５〜２０％、１０．５〜１８％、１０．５〜１６％、１０．５〜１４％、１０．５〜１２％、１２〜２０％、１２〜１８％、１２〜１６％、１２〜１４％、１２．５〜２０％、１２．５〜１８％、１２．５〜１６％、１２．５〜１４％、１３〜２０％、１３〜１８％、１３〜１６％、１３〜１４％、１３．５〜２０％、１３．５〜１８％、１３．５〜１６％、１３．５〜１４％、１４〜２０％、１４〜１８％、１４〜１６％、１４．５〜２０％、１４．５〜１８％、１４．５〜１６％、１５〜２０％、１５〜１８％、１５〜１６％、１５．５〜２０％、１５．５〜１８％、１５．５〜１６％、１６〜２０％、１６〜１８％、１６．５〜２０％、１６．５〜１８％、１７〜２０％、１７〜１８％、１７．５〜２０％、１７．５〜１８％、１８〜２０％、１８．５〜２０％、１９〜２０％、１９．５〜２０％、２０％、１９．９％、１９．８％、１９．７％、１９．６％、１９．５％、１９．４％、１９．３％、１９．２％、１９．１％、１９％、１８．９％、１８．８％、１８．７％、１８．６％、１８．５％、１８．４％、１８．３％、１８．２％、１８．１％、１８％、１７．９％、１７．８％、１７．７％、１７．６％、１７．５％、１７．４％、１７．３％、１７．２％、１７．１％、１７％、１６．９％、１６．８％、１６．７％、１６．６％、１６．５％、１６．４％、１６．３％、１６．２％、１６．１％、１６％、１５．９％、１５．８％、１５．７％、１５．６％、１５．５％、１５．４％、１５．３％、１５．２％、１５．１％、１５％、１４．９％、１４．８％、１４．７％、１４．６％、１４．５％、１４．４％、１４．３％、１４．２％、１４．１％、１４％、１３．９％、１３．８％、１３．７％、１３．６％、１３．５％、１３．４％、１３．３％、１３．２％、１３．１％、１３％、１２．９％、１２．８％、１２．７％、１２．６％、１２．５％、１２．４％、１２．３％、１２．２％、１２．１％、１２％、１１．９％、１１．８％、１１．７％、１１．６％、１１．５％、１１．４％、１１．３％、１１．２％、１１．１％、１１％、１０．９％、１０．８％、１０．７％、１０．６％、１０．５％、１０．４％、１０．３％、１０．２％、１０．１％、１０％、９．９％、９．８％、９．７％、９．６％、９．５％、９．４％、９．３％、９．２％、９．１％、９％、８．９％、８．８％、８．７％、８．６％、８．５％、８．４％、８．３％、８．２％、８．１％、８％、７．９％、７．８％、７．７％、７．６％、７．５％、７．４％、７．３％、７．２％、７．１％、７％、６．９％、６．８％、６．７％、６．６％、６．５％、６．４％、６．３％、６．２％、６．１％、６％、５．９％、５．８％、５．７％、５．６％、５．５％、５．４％、５．３％、５．２％、５．１％、５％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％、または０．００１％）の溶血活性を有する。
【０２１３】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、非静脈内経路を介してＳｔＡＭＰが被験体に投与される場合、ＳｔＡＭＰは、いくらかの溶血活性を有し得る。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、２０％超（例えば、９５％未満、９０％未満、８５％未満、８０％未満、７５％未満、７０％未満、６５％未満、６０％未満、５５％未満、５０％未満、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満）の溶血活性を有する。他の実施形態では、非静脈内経路を介してＳｔＡＭＰが被験体に投与される場合、ＳｔＡＭＰは、２０％未満（例えば、１５％未満、１０％未満、５％未満）の溶血活性を有する。
【０２１４】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性グラム陰性細菌（例えば、Ａ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）に対する１０．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、９．５μｇ／ｍＬ未満、９．０μｇ／ｍＬ未満、８．５μｇ／ｍＬ未満、８．０μｇ／ｍＬ未満、７．５μｇ／ｍＬ未満、７．０μｇ／ｍＬ未満、６．５μｇ／ｍＬ未満、６．０μｇ／ｍＬ未満、５．５μｇ／ｍＬ未満、５．０μｇ／ｍＬ未満、４．５μｇ／ｍＬ未満、４．０μｇ／ｍＬ未満、３．５μｇ／ｍＬ未満、３．０μｇ／ｍＬ未満、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満、０．５〜８．０μｇ／ｍＬ、０．５〜６．０μｇ／ｍＬ、０．５〜４．０μｇ／ｍＬ、０．５〜３．５μｇ／ｍＬ、０．５〜２．０μｇ／ｍＬ、１〜８．０μｇ／ｍＬ、１〜６．０μｇ／ｍＬ、１〜４．０μｇ／ｍＬ、１〜２．０μｇ／ｍＬ、１．５〜８．０μｇ／ｍＬ、１．５〜６．０μｇ／ｍＬ、１．５〜４．０μｇ／ｍＬ、１．５〜２．０μｇ／ｍＬ、２〜８．０μｇ／ｍＬ、２〜６．０μｇ／ｍＬ、２〜４．０μｇ／ｍＬ、２〜８．０μｇ／ｍＬ、２〜６．０μｇ／ｍＬ、２〜４．０μｇ／ｍＬ、２．５〜８．０μｇ／ｍＬ、２．５〜６．０μｇ／ｍＬ、２．５〜４．０μｇ／ｍＬ、２．５〜８．０μｇ／ｍＬ、２．５〜６．０μｇ／ｍＬ、２．５〜４．０μｇ／ｍＬ、３〜８．０μｇ／ｍＬ、３〜６．０μｇ／ｍＬ、３〜４．０μｇ／ｍＬ、３〜８．０μｇ／ｍＬ、３〜６．０μｇ／ｍＬ、３〜４．０μｇ／ｍＬ、３〜３．５μｇ／ｍＬ、３．５〜４．０μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、０．２μｇ／ｍＬ、０．３μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．５μｇ／ｍＬ、０．６μｇ／ｍＬ、０．７μｇ／ｍＬ、０．８μｇ／ｍＬ、０．９μｇ／ｍＬ、１．０μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、１．２μｇ／ｍＬ、１．３μｇ／ｍＬ、１．４μｇ／ｍＬ、１．５μｇ／ｍＬ、１．６μｇ／ｍＬ、１．７μｇ／ｍＬ、１．８μｇ／ｍＬ、１．９μｇ／ｍＬ、２．０μｇ／ｍＬ、２．１μｇ／ｍＬ、２．２μｇ／ｍＬ、２．３μｇ／ｍＬ、２．４μｇ／ｍＬ、２．６μｇ／ｍＬ、２．７μｇ／ｍＬ、２．８μｇ／ｍＬ、２．９μｇ／ｍＬ、３．０μｇ／ｍＬ、３．１μｇ／ｍＬ、３．２μｇ／ｍＬ、３．３μｇ／ｍＬ、３．４μｇ／ｍＬ、３．５μｇ／ｍＬ、３．６μｇ／ｍＬ、３．７μｇ／ｍＬ、３．８μｇ／ｍＬ、３．９μｇ／ｍＬ、４．０μｇ／ｍＬ、４．１μｇ／ｍＬ、４．２μｇ／ｍＬ、４．３μｇ／ｍＬ、４．４μｇ／ｍＬ、４．５μｇ／ｍＬ、４．６μｇ／ｍＬ、４．７μｇ／ｍＬ、４．８μｇ／ｍＬ、４．９μｇ／ｍＬ、５．０μｇ／ｍＬ、５．２μｇ／ｍＬ、５．４μｇ／ｍＬ、５．６μｇ／ｍＬ、５．７μｇ／ｍＬ、５．８μｇ／ｍＬ、６．０μｇ／ｍＬ、６．２μｇ／ｍＬ、６．４μｇ／ｍＬ、６．６μｇ／ｍＬ、６．８μｇ／ｍＬ、７．０μｇ／ｍＬ、７．２μｇ／ｍＬ、７．４μｇ／ｍＬ、７．６μｇ／ｍＬ、７．８μｇ／ｍＬ、８．０μｇ／ｍＬ、８．１μｇ／ｍＬ、８．２μｇ／ｍＬ、８．３μｇ／ｍＬ、８．４μｇ／ｍＬ、８．５μｇ／ｍＬ、８．６μｇ／ｍＬ、８．７μｇ／ｍＬ、８．８μｇ／ｍＬ、８．９μｇ／ｍＬ、９．０μｇ／ｍＬ、９．１μｇ／ｍＬ、９．２μｇ／ｍＬ、９．３μｇ／ｍＬ、９．４μｇ／ｍＬ、９．５μｇ／ｍＬ、９．６μｇ／ｍＬ、９．７μｇ／ｍＬ、９．８μｇ／ｍＬ、または９．９μｇ／ｍＬ）の最小阻害濃度（ＭＩＣ）を有する。
【０２１５】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、１０％未満（例えば、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜４％、１〜３．５％、１〜３％、１〜２．５％、１〜２％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％、または０．００１％）の溶血活性およびグラム陰性コリスチン耐性細菌に対する３．０μｇ／ｍＬ未満（例えば、２．５μｇ／ｍＬ未満、２．０μｇ／ｍＬ未満、１．５μｇ／ｍＬ未満、１．０μｇ／ｍＬ未満、０．５μｇ／ｍＬ未満、０．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．５〜２．５μｇ／ｍＬ、０．５〜２．０μｇ／ｍＬ、０．５〜１．５μｇ／ｍＬ、０．５〜１．０μｇ／ｍＬ、１．０〜３．０μｇ／ｍＬ、１．０〜２．５μｇ／ｍＬ、１．０〜２．０μｇ／ｍＬ、１．０〜１．５μｇ／ｍＬ、１．５〜３．０μｇ／ｍＬ、１．５〜２．５μｇ／ｍＬ、１．５〜２．０μｇ／ｍＬ、２．０〜３．０μｇ／ｍＬ、２．０〜２．５μｇ／ｍＬ、２．５〜３．０μｇ／ｍＬ、０．１μｇ／ｍＬ、０．２μｇ／ｍＬ、０．３μｇ／ｍＬ、０．４μｇ／ｍＬ、０．５μｇ／ｍＬ、０．６μｇ／ｍＬ、０．７μｇ／ｍＬ、０．８μｇ／ｍＬ、０．９μｇ／ｍＬ、１．０μｇ／ｍＬ、１．１μｇ／ｍＬ、１．２μｇ／ｍＬ、１．３μｇ／ｍＬ、１．４μｇ／ｍＬ、１．５μｇ／ｍＬ、１．６μｇ／ｍＬ、１．７μｇ／ｍＬ、１．８μｇ／ｍＬ、１．９μｇ／ｍＬ、２．０μｇ／ｍＬ、２．１μｇ／ｍＬ、２．２μｇ／ｍＬ、２．３μｇ／ｍＬ、２．４μｇ／ｍＬ、２．６μｇ／ｍＬ、２．７μｇ／ｍＬ、２．８μｇ／ｍＬ、または２．９μｇ／ｍＬ）の最小阻害濃度を有する。
【０２１６】
本明細書に記載される方法のいずれかの特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、グラム陰性コリスチン耐性細菌の成長を阻害する第２の薬剤と共に投与される。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は抗生物質である。特定の実施形態では、抗生物質は、カルバペネム、アミノグリコシド、バンコマイシン、メチシリン、クラリスロマイシン、セファロスポリン、ペニシリン、アンピシリン、フルオロキノロン、テトラサイクリンおよびβ−ラクタムからなる群より選択される。いくつかの実施形態では、第２の薬剤は銀ナノ粒子（複数可）である。いくつかの実施形態では、第２の薬剤はワクチンである。いくつかの実施形態では、第２の薬剤はファージ療法である。
【０２１７】
グラム陰性コリスチン耐性細菌を死滅させおよび／またはその成長を阻害する方法であって、前記グラム陰性コリスチン耐性細菌をステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）と接触させることを含む方法も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、接触させることはインビトロである（例えば、従来の細胞培養条件下、細胞培養プレートまたはディッシュ中、エクスビボ細胞培養系中（すなわち、以前にはインビボにあった細胞の増殖））。いくつかの実施形態では、接触させることはインビボである（例えば、被験体（例えば、ヒト被験体、動物モデル、被験体の内部にある細胞）中）。細菌の死および／または成長阻害を検出する様々な方法は当技術分野で公知であり、限定されないが、細菌生存性アッセイキット、細胞毒性アッセイキット、ＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ  ＢａｃＬｉｇｈｔ（商標）細菌生存性アッセイ、マイクロブロス希釈アッセイおよび寒天拡散試験が挙げられる。特定の実施形態では、接触させることは、溶血活性を決定することをさらに含み得る。
【０２１８】
抗生物質耐性グラム陰性細菌感染症を有するかまたはそれを有すると疑われる被験体のための適切な処置を決定する方法であって、（ａ）前記被験体から生物学的サンプルを得ること；（ｂ）前記被験体由来の前記生物学的サンプルをＳｔＡＭＰと接触させること；（ｃ）前記ＳｔＡＭＰが前記サンプル中の前記抗生物質耐性グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および（ｄ）前記ＳｔＡＭＰを選択して前記被験体に投与することを含む方法も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、被験体はヒトである。
【０２１９】
いくつかの実施形態では、抗生物質耐性グラム陰性細菌はコリスチン耐性である。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜４％、１〜３．５％、１〜３％、１〜２．５％、１〜２％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％、または０．００１％）の溶血活性を有すると決定される。
【０２２０】
グラム陰性細菌感染症の処置におけるＳｔＡＭＰの有効性を予測するための方法であって、コリスチン耐性グラム陰性細菌感染症の原因となるグラム陰性細菌を前記ＳｔＡＭＰと接触させること；前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陰性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害することを決定すること；および前記ＳｔＡＭＰが前記グラム陰性細菌感染症を処置する可能性があることを予測することを含む方法も本明細書で提供される。
【０２２１】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、５０％未満（例えば、４５％未満、４０％未満、３５％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１９％未満、１８％未満、１７％未満、１６％未満、１５％未満、１４％未満、１３％未満、１２％未満、１１％未満、１０％未満、９％未満、８％未満、７％未満、６％未満、５％未満、４％未満、３％未満、２％未満、１％未満、０．５％未満、０〜４％、０〜２％、０〜１％、１〜４％、１〜３．５％、１〜３％、１〜２．５％、１〜２％、４．９％、４．８％、４．７％、４．６％、４．５％、４．４％、４．３％、４．２％、４．１％、４％、３．９％、３．８％、３．７％、３．６％、３．５％、３．４％、３．３％、３．２％、３．１％、３％、２．９％、２．８％、２．７％、２．６％、２．５％、２．４％、２．３％、２．２％、２．１％、２％、１．９％、１．８％、１．７％、１．６％、１．５％、１．４％、１．３％、１．２％、１．１％、１％、０．９５％、０．９％、０．８％、０．７％、０．６％、０．５％、０．４％、０．３％、０．２５％、０．２％、０．１％、０．０９５％、０．０９％、０．０８５％、０．０８％、０．０７５％、０．０７％、０．０６５％、０．０６％、０．０５５％、０．０５％、０．０４５％、０．０４％、０．０３５％、０．０３％、０．０２５％、０．０２％、０．０１５％、または０．００１％）の溶血活性を有すると決定される。
【０２２２】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。
【０２２３】
本明細書に記載される方法のいずれかの特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３、３４または３５のいずれか１つを含むかまたはそれからなる。特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３、３４または３５のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号：７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４または３５のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１、２、３、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、３３、３４、または３５のいずれか１つの配列を含むかまたはそれからなる。本明細書に記載される方法のいずれかの特定の実施形態では、ＳｔＡＭＰはダブルステープル化される。
【０２２４】
本明細書に記載される方法のいずれかのいくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、６〜１００アミノ酸長（例えば、６〜４０アミノ酸長（例えば、６〜１０アミノ酸長、６〜１５アミノ酸長、６〜２０アミノ酸長、６〜２５アミノ酸長、６〜３０アミノ酸長、６〜３５アミノ酸長；１０〜１５アミノ酸長、１０〜２０アミノ酸長、１０〜２５アミノ酸長、１０〜３０アミノ酸長、１０〜３５アミノ酸長；１５〜２０アミノ酸長、１５〜２５アミノ酸長、１５〜３０アミノ酸長、１５〜３５アミノ酸長；１５〜４０アミノ酸長；２０〜２５アミノ酸長、２０〜３０アミノ酸長、２０〜３５アミノ酸長；２０〜４０アミノ酸長；３０〜３５アミノ酸長；３０〜４０アミノ酸長；または３５〜４０アミノ酸長）である。
【０２２５】
本開示は、感染症の予防および／または処置のために本明細書のペプチドを使用する方法を含む。本明細書で使用される場合、「処置する」、「処置すること」または「処置」という用語は、被験体が患っている疾患または状態を部分的または完全に緩和、阻害、改善および／または軽減することを指す。これは、疾患または障害（例えば、癌）の症状の１つまたはそれよりも多くを改善するか、または他のやり方で有益に変化させる任意の方法を意味する。本明細書で使用される場合、特定の障害（例えば、感染症）の症状の改善は、永続的または一時的、持続性または一過性にかかわらず、本開示の組成物および方法による処置に起因または関連し得る任意の軽減を指す。いくつかの態様では、処置は、例えば、処置前の微生物細胞または生物の数と比べた、（例えば、被験体中の）微生物細胞または生物の数の減少；処置前の（例えば、被験体中の）微生物細胞または生物の生存率（例えば、平均／平均生存率（ａｖｅｒａｇｅ／ｍｅａｎ  ｖｉａｂｉｌｉｔｙ））と比べた、（例えば、被験体中の）微生物細胞または生物の生存率（例えば、平均／平均生存率）の減少；および／または処置前の被験体の症状と比べた、被験体における１つまたはそれを超える感染症に関連する１つまたはそれを超える症状の低減を促進し得るかまたはそれをもたらし得る。
【０２２６】
細菌であって、それに対して内部架橋ＡＭＰが活性である細菌の例としては、限定されないが、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａｅ（例えば、Ｎ．ｇｏｎｏｒｒｈｅａｅおよびＮ．ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａｅ（例えば、Ｔ．ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｔ．ｐｅｒｔｅｎｕｅおよびＴ．ｃｅｒａｔｅｕｍ）、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ細菌（例えば、Ｈ．ｄｕｃｒｅｙｉ、Ｈ．ｉｎｆｌｕｅｎｚａｅおよびＨ．ａｅｇｙｐｔｉｕｓ）、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａｅ（例えば、Ｂ．ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｂ．ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓおよびＢ．ｂｒｏｎｃｈｉｓｅｐｔｉｃａ）、Ｇａｒｄｎｅｒｅｌｌａ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ  Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｐｌｅｕｒｏｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ  ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａｅ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ細菌（例えば、Ｓ．ｅｎｔｅｒｉｄｉｔｉｓ、Ｓ．ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍおよびＳ．ｔｙｐｈｉ）、Ｓｈｉｇｅｌｌａ細菌、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ細菌、Ｙｅｒｓｉｎｉａ細菌（例えば、Ｙ．ｐｅｓｔｉｓおよびＹ．ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ）、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ細菌、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ細菌およびＢｒｕｃｅｌｌａ細菌が挙げられる。
【０２２７】
本明細書に記載される組成物、製剤および／または方法により処置され得る障害としては、限定されないが、感染性疾患が挙げられる。感染性疾患は、病原体、例えば細菌、ウイルス、真菌または寄生虫により引き起こされ得る。いくつかの態様では、感染性疾患は人から人へとうつり得る。いくつかの態様では、感染性疾患は、昆虫または動物から咬傷により伝染し得る。いくつかの態様では、感染性疾患は、汚染食物もしくは水を摂取するか、または環境中の生物に曝露されることにより獲得され得る。いくつかの感染性疾患は、ワクチンにより予防され得る。
【０２２８】
特定の態様では、本明細書に記載される組成物、製剤および／または方法により処置され得る感染性疾患としては、限定されないが、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｉｓｒａｅｌｉｉ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ  ｇｅｒｅｎｃｓｅｒｉａｅおよびＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒｏｐｉｏｎｉｃｕｓ、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｂｒｕｃｅｉ、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス）、Ｅｎｔａｍｏｅｂａ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃａ、Ａｎａｐｌａｓｍａ種、Ａｎｇｉｏｓｔｒｏｎｇｙｌｕｓ、Ａｎｉｓａｋｉｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ａｎｔｈｒａｃｉｓ、Ａｒｃａｎｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｊｕｎｉｎウイルス、Ａｓｃａｒｉｓ  ｌｕｍｂｒｉｃｏｉｄｅｓ、Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ種、Ａｓｔｒｏｖｉｒｉｄａｅ科、Ｂａｂｅｓｉａ種、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｃｅｒｅｕｓ、細菌性膣炎微生物叢、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ種、Ｂａｌａｎｔｉｄｉｕｍ  ｃｏｌｉ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ、Ｂａｙｌｉｓａｓｃａｒｉｓ種、ＢＫウイルス、Ｐｉｅｄｒａｉａ  ｈｏｒｔａｅ、Ｂｌａｓｔｏｃｙｓｔｉｓ種、Ｂｌａｓｔｏｍｙｃｅｓ  ｄｅｒｍａｔｉｔｉｄｉｓ、Ｍａｃｈｕｐｏウイルス、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｓａｂｉａ、Ｂｒｕｃｅｌｌａ種、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｃｅｐａｃｉａおよび他のＢｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｕｌｃｅｒａｎｓ、Ｃａｌｉｃｉｖｉｒｉｄａｅ科、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ種、Ｃａｎｄｉｄａ  ａｌｂｉｃａｎｓおよび他のＣａｎｄｉｄａ種、Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ  ｐｈｉｌｉｐｐｉｎｅｎｓｉｓ、Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ  ｈｅｐａｔｉｃａ、Ｃａｐｉｌｌａｒｉａ  ａｅｒｏｐｈｉｌａ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｂａｃｉｌｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｒｔｏｎｅｌｌａ  ｈｅｎｓｅｌａｅ、Ａ群連鎖球菌およびブドウ球菌、Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ  ｃｒｕｚｉ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ  ｄｕｃｒｅｙｉ、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、アルファウイルス、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｃｈｏｌｅｒａ、Ｆｏｎｓｅｃａｅａ  ｐｅｄｒｏｓｏｉ、Ｂａｔｒａｃｈｏｃｈｙｔｒｉｕｍ  ｄｅｎｄｒａｂａｔｉｄｉｓ、Ｃｌｏｎｏｒｃｈｉｓ  ｓｉｎｅｎｓｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓおよびＣｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｐｏｓａｄａｓｉｉ、コロラドダニ熱ウイルス（ＣＴＦＶ）、ライノウイルスおよびコロナウイルス、ＰＲＮＰ、クリミア・コンゴ出血熱ウイルス、Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ、Ｃｒｙｐｔｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ種、Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ  ｂｒａｚｉｌｉｅｎｓｅ；複数の他の寄生虫、Ｃｙｃｌｏｓｐｏｒａ  ｃａｙｅｔａｎｅｎｓｉｓ、Ｔａｅｎｉａ  ｓｏｌｉｕｍ、サイトメガロウイルス、デング熱ウイルス（ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３およびＤＥＮ−４）−フラビウイルス、緑藻類Ｄｅｓｍｏｄｅｓｍｕｓ  ａｒｍａｔｕｓ、Ｄｉｅｎｔａｍｏｅｂａ  ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ、Ｄｉｐｈｙｌｌｏｂｏｔｈｒｉｕｍ、Ｄｒａｃｕｎｃｕｌｕｓ  ｍｅｄｉｎｅｎｓｉｓ、エボラウイルス（ＥＢＯＶ）、Ｅｃｈｉｎｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ種、Ｅｎｔｅｒｏｂｉｕｓ  ｖｅｒｍｉｃｕｌａｒｉｓ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ種、エンテロウイルス種、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｐｒｏｗａｚｅｋｉｉ、パルボウイルスＢ１９、ヒトヘルペスウイルス６（ＨＨＶ−６）およびヒトヘルペスウイルス７（ＨＨＶ−７）、Ｆａｓｃｉｏｌａ  ｈｅｐａｔｉｃａおよびＦａｓｃｉｏｌａ  ｇｉｇａｎｔｉｃａ、Ｆａｓｃｉｏｌｏｐｓｉｓ  ｂｕｓｋｉ、ＰＲＮＰ、Ｆｉｌａｒｉｏｉｄｅａ上科、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ種、Ｇｅｏｔｒｉｃｈｕｍ  ｃａｎｄｉｄｕｍ、Ｇｉａｒｄｉａ  ｌａｍｂｌｉａ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｍａｌｌｅｉ、Ｇｎａｔｈｏｓｔｏｍａ  ｓｐｉｎｉｇｅｒｕｍおよびＧｎａｔｈｏｓｔｏｍａ  ｈｉｓｐｉｄｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｇｒａｎｕｌｏｍａｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ａｇａｌａｃｔｉａｅ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓインフルエンザ、エンテロウイルス、主にコクサッキーＡウイルスおよびとエンテロウイルス７１（ＥＶ７１）、シンノンブルウイルス、ハートランドウイルス、Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ  ｐｙｌｏｒｉ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ  Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１１１およびＯ１０４：Ｈ４、Ｂｕｎｙａｖｉｒｉｄａｅ科、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、Ｄ型肝炎ウイルス、Ｅ型肝炎ウイルス、単純ヘルペスウイルス１および２（ＨＳＶ−１およびＨＳＶ−２）、Ｈｉｓｔｏｐｌａｓｍａ  ｃａｐｓｕｌａｔｕｍ、Ａｎｃｙｌｏｓｔｏｍａ  ｄｕｏｄｅｎａｌｅおよびＮｅｃａｔｏｒ  ａｍｅｒｉｃａｎｕｓ、ヒトボカウイルス（ＨＢｏＶ）、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｅｗｉｎｇｉｉ、Ａｎａｐｌａｓｍａ  ｐｈａｇｏｃｙｔｏｐｈｉｌｕｍ、ヒトメタニューモウイルス（ｈＭＰＶ）、Ｅｈｒｌｉｃｈｉａ  ｃｈａｆｆｅｅｎｓｉｓ、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）、ヒトパラインフルエンザウイルス（ＨＰＩＶ）、Ｈｙｍｅｎｏｌｅｐｉｓ  ｎａｎａおよびＨｙｍｅｎｏｌｅｐｉｓ  ｄｉｍｉｎｕｔａ、エプスタインバーウイルス（ＥＢＶ）、Ｏｒｔｈｏｍｙｘｏｖｉｒｉｄａｅ科、Ｉｓｏｓｐｏｒａ  ｂｅｌｌｉ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ  ｋｉｎｇａｅ、ラッサウイルス、Ｌｅｇｉｏｎｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ、Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ種、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒａｅ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｅｐｒｏｍａｔｏｓｉｓ、Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ種、Ｌｉｓｔｅｒｉａ  ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｂｕｒｇｄｏｒｆｅｒｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｇａｒｉｎｉｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ａｆｚｅｌｉｉ、Ｗｕｃｈｅｒｅｒｉａ  ｂａｎｃｒｏｆｔｉ、Ｂｒｕｇｉａ  ｍａｌａｙｉ、リンパ球性脈絡髄膜炎ウイルス（ＬＣＭＶ）、マラリア原虫種、マールブルクウイルス、麻疹ウイルス、中東呼吸器症���群コロナウイルス、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ  ｐｓｅｕｄｏｍａｌｌｅｉ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｅｓ、Ｍｅｔａｇｏｎｉｍｕｓ  ｙｏｋａｇａｗａｉ、Ｍｉｃｒｏｓｐｏｒｉｄｉａ  ｐｈｙｌｕｍ、伝染性軟属腫ウイルス（ＭＣＶ）、サル痘ウイルス、ムンプスウイルス、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ｔｙｐｈｉ、Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔｏｍａ、Ｅｕｍｙｃｅｔｏｍａ、寄生虫双翅目ハエ幼虫、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ  ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ、Ｎｏｃａｒｄｉａ  ａｓｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｎｏｃａｒｄｉａ種、Ｏｎｃｈｏｃｅｒｃａ  ｖｏｌｖｕｌｕｓ、Ｏｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ  ｖｉｖｅｒｒｉｎｉおよびＯｐｉｓｔｈｏｒｃｈｉｓ  ｆｅｌｉｎｅｕｓ、Ｐａｒａｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ、Ｐｅｄｉｃｕｌｕｓ  ｈｕｍａｎｕｓ  ｃａｐｉｔｉｓ、Ｐｈｔｈｉｒｕｓ  ｐｕｂｉｓ、Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐｅｒｔｕｓｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｅｓｔｉｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｐｎｅｕｍｏｃｙｓｔｉｓ  ｊｉｒｏｖｅｃｉｉ、ポリオウイルス、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ種、Ｎａｅｇｌｅｒｉａ  ｆｏｗｌｅｒｉ、ＪＣウイルス、Ｃｈｌａｍｙｄｏｐｈｉｌａ  ｐｓｉｔｔａｃｉ、Ｃｏｘｉｅｌｌａ  ｂｕｒｎｅｔｉｉ、狂犬病ウイルス、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｈｅｒｍｓｉｉ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ  ｒｅｃｕｒｒｅｎｔｉｓ、Ｂｏｒｒｅｌｉａ種、呼吸器合胞体ウイルス（ＲＳＶ）、Ｒｈｉｎｏｓｐｏｒｉｄｉｕｍ  ｓｅｅｂｅｒｉ、ライノウイルス、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ種、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ  ａｋａｒｉ、リフトバレー熱ウイルス、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、ロタウイルス、風疹ウイルス、サルモネラ種、ＳＡＲＳコロナウイルス、Ｓａｒｃｏｐｔｅｓ  ｓｃａｂｉｅｉ、Ｓｃｈｉｓｔｏｓｏｍａ種、Ｓｈｉｇｅｌｌａ種、水痘帯状疱疹ウイルス（ＶＺＶ）、大痘瘡、小痘瘡、Ｓｐｏｒｏｔｈｒｉｘ  ｓｃｈｅｎｃｋｉｉ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ種、Ｓｔｒｏｎｇｙｌｏｉｄｅｓ  ｓｔｅｒｃｏｒａｌｉｓ、麻疹ウイルス、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ  ｐａｌｌｉｄｕｍ、Ｔａｅｎｉａ種、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ種、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｔｏｎｓｕｒａｎｓ、Ｅｐｉｄｅｒｍｏｐｈｙｔｏｎ  ｆｌｏｃｃｏｓｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｒｕｂｒｕｍ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｍｅｎｔａｇｒｏｐｈｙｔｅｓ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ  ｒｕｂｒｕｍ、Ｈｏｒｔａｅａ  ｗｅｒｎｅｃｋｉｉ、Ｔｒｉｃｈｏｐｈｙｔｏｎ種、Ｍａｌａｓｓｅｚｉａ種、Ｔｏｘｏｃａｒａ  ｃａｎｉｓ、Ｔｏｘｏｃａｒａ  ｃａｔｉ、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ  ｔｒａｃｈｏｍａｔｉｓ、Ｔｏｘｏｐｌａｓｍａ  ｇｏｎｄｉｉ、Ｔｒｉｃｈｉｎｅｌｌａ  ｓｐｉｒａｌｉｓ、Ｔｒｉｃｈｏｍｏｎａｓ  ｖａｇｉｎａｌｉｓ、Ｔｒｉｃｈｕｒｉｓ  ｔｒｉｃｈｉｕｒａ、Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｆｒａｎｃｉｓｅｌｌａ  ｔｕｌａｒｅｎｓｉｓ、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ  ｅｎｔｅｒｉｃａ亜種ｅｎｔｅｒｉｃａ，ｓｅｒｏｖａｒ  ｔｙｐｈｉ、Ｒｉｃｋｅｔｔｓｉａ、Ｕｒｅａｐｌａ��ｍａ  ｕｒｅａｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｉｍｍｉｔｉｓ、Ｃｏｃｃｉｄｉｏｉｄｅｓ  ｐｏｓａｄａｓｉｉ、ベネズエラウマ脳炎ウイルス、グアナリトウイルス、Ｖｉｂｒｉｏ  ｖｕｌｎｉｆｉｃｕｓ、Ｖｉｂｒｉｏ  ｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｓ、複数のウイルス、ウエストナイルウイルス、Ｔｒｉｃｈｏｓｐｏｒｏｎ  ｂｅｉｇｅｌｉｉ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｐｓｅｕｄｏｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ、Ｙｅｒｓｉｎｉａ  ｅｎｔｅｒｏｃｏｌｉｔｉｃａ、黄熱ウイルス、Ｍｕｃｏｒａｌｅｓ目（ムコール菌症）ならびにＥｎｔｏｍｏｐｈｔｈｏｒａｌｅｓ目（エントモフトラ症）が挙げられる。
【０２２９】
本明細書に記載される組成物、製剤および／または方法は、病原体を処置するために使用され得る。いくつかの態様では、病原体は、ウイルス、細菌、プリオン、真菌または寄生虫であり得る。
【０２３０】
本明細書に記載される処置および予防の方法はすべて、上記に列挙されている微生物の少なくともいずれかまたはすべてに適用され得る。
【０２３１】
いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、１つのコリスチン耐性病原体に毒性であり得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、２つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）に毒性であり得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、３つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）に毒性であり得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、４つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）に毒性であり得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、５つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）に毒性であり得る。
【０２３２】
いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、宿主被験体に損傷を与えずに微生物（例えば、抗生物質耐性グラム陰性細菌および／またはコリスチン耐性グラム陰性細菌）を処置するために使用され得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、宿主被験体に損傷を与えずに２つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）を処置するために使用され得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、宿主被験体に損傷を与えずに３つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）を処置するために使用され得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、宿主被験体に損傷を与えずに４つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）を処置するために使用され得る。いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、宿主被験体に損傷を与えずに５つの微生物（例えば、グラム陰性細菌）を処置するために使用され得る。
【０２３３】
一般に、方法は、被験体を選択すること、ならびに例えば医薬組成物でまたは医薬組成物として有効量の本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの１つまたはそれよりも多くを被験体に投与すること、ならびにグラム陰性コリスチン耐性細菌感染症の予防または処置に必要な投与を必要に応じて繰り返すことを含み、例えば、経口投与、静脈内投与または局所投与され得る。
【０２３４】
任意の特定の患者のための特定の投与量および処置レジメンは、使用される特定のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの活性、年齢、体重、一般的な健康状態、性別、食事、投与時間、排泄速度、薬物の組み合わせ、疾患、状態または症状の重症度および経過、疾患、状態または症状への患者の素因、ならびに処置医師の判断を含む様々な要因に依存する。
【０２３５】
有効量は、１回またはそれを超える投与、適用または投与量で施行され得る。治療用ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの治療有効量（すなわち、有効投与量）は、選択された治療用ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドに依存する。治療有効量のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、１日に１回または複数回から１週間に１回または複数回（隔日に１回を含む）投与され得る。当業者は、限定されないが、疾患または障害の重症度、以前の処置、被験体の一般的な健康および／または年齢、ならびに存在する他の疾患を含む特定の要因が、被験体を有効に処置するために必要な投与量およびタイミングに影響を及ぼし得ることを十分に理解する。
【０２３６】
また、治療有効量の本明細書に記載される治療用ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドによる被験体の処置は、単一の処置または一連の処置を含み得る。例えば、有効量は、少なくとも１回投与され得る。患者の状態が改善したら、必要な場合には、維持用量の本開示のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド、組成物または組み合わせを投与し得る。続いて、症状に応じて、改善された状態が維持されるレベルまで、投与量または投与頻度またはその両方を減少させ得る。しかしながら、患者は、任意の疾患症状の再発により、長期的に断続的処置を必要とし得る。
【０２３７】
いくつかの場合では、本明細書のペプチドは、疾患または疾患症状のモジュレーションを達成するために有効な量で１つまたはそれを超えるさらなる治療剤と共にさらに共投与され得る。このようなさらなる治療剤は、当技術分野で公知の従来の抗菌剤（例えば、抗生物質）を含み得る。共投与される場合、本開示のステープルドＡＭＰは、従来の抗菌剤と協調して機能して、機構的に相加的または相乗的抗菌効果を生じさせる。特定の作用機構に制限されないが、特定の微生物（例えば、グラム陰性細菌を含む）の膜において「孔」をもたらす能力を有する特定の内部架橋（例えば、ステープルド）ＡＭＰは、関連微生物細胞の内部への適切な従来の抗菌剤の通過を促進および／または増強するように作用し得る。同じ目的で、内部架橋ＡＭＰを適切な抗菌剤に（共有結合的または非共有結合的に）コンジュゲートして、得られるコンジュゲートを適切な被験体に投与し得る。
【０２３８】
微生物の膜において「孔」をもたらす内部架橋ＡＭＰの能力は、それらの別の有用性の基礎を提供する。したがって、例えば、関連微生物（例えば、本明細書に開示されるもののいずれか）を、被験体中またはインビトロのいずれかで、微生物の「孔」または溶解さえをもたらす能力を有する内部架橋ＡＭＰに接触させ得る。この活性の結果として、核酸（例えば、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡ）が微生物から周囲に放出される。この現象は、微生物の正確、迅速および安価な同定の基礎として使用され得る。被験体中で接触が起こる場合、様々な体液（例えば、血液、リンパ液、尿、糞便、粘液または涙）または身体洗浄液（ｂｏｄｙ  ｌａｖａｇｅ）のいずれかを試験し得る。インビトロで接触が起こる場合、培養培地を試験し得る。
【０２３９】
腎毒性を減少させるようにステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドを最適化する方法
ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させるようにステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を最適化するための方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰが腎細胞を損傷するかまたはそれを死滅させる可能性が低くなるように、１つまたはそれを超えるアミノ酸置換、挿入および／または欠失をＳｔＡＭＰ中に導入して、その腎毒性を減少させる。例えば、腎毒性を減少させる最適化の後、本明細書に記載されるように、細菌感染症、例えば抗生物質耐性細菌感染症を処置するために被験体へのＳｔＡＭＰの投与後、ＳｔＡＭＰは、被験体中の腎細胞を損傷するかまたはそれを死滅させる可能性が低い。いくつかの実施形態では、血清クレアチニンレベルを測定して、ＳｔＡＭＰ、例えば、腎毒性を減少させるように本明細書に記載されるように最適化されたＳｔＡＭＰの投与後の被験体における腎濾過損傷を評価し得る。いくつかの実施形態では、尿沈渣を測定して、ＳｔＡＭＰの投与後の被験体における腎細胞病状の可能性を評価し得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ、例えば、腎毒性を減少させるように最適化されたＳｔＡＭＰの投与後の被験体における血清クレアチニンおよび／または尿沈渣の量を、１つまたはそれを超える対照被験体、例えば、ＳｔＡＭＰが投与されていない健常被験体、ＳｔＡＭＰが投与されていない細菌感染症被験体、および／または腎毒性を減少させるように最適化されていないＳｔＡＭＰが投与された細菌感染症被験体に存在する血清クレアチニンおよび／または尿沈渣の量と比較し得る。
【０２４０】
他の実施形態では、腎毒性を減少させる最適化の後、ＳｔＡＭＰは、インビトロ腎毒性アッセイにおいて試験した場合に、初代ヒト腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）を損傷するかまたはそれを死滅させる可能性が低い。ｐＲＰＴＥＣを使用した腎毒性アッセイは、当技術分野で公知である。一実施形態では、ｐＲＰＴＥＣを、細胞１０，０００個／ウェルの密度で９６ウェルプレート上に播種し、３７℃で４８時間インキュベートする。次いで、細胞を異なる濃度のＳｔＡＭＰで処理し、さらに２４〜４８時間インキュベートする。次いで、細胞生存率を決定し、および／または乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）放出を測定する。いくつかの実施形態では、腎毒性を減少させるように最適化されたＳｔＡＭＰと共にインキュベートしたｐＲＰＴＥＣ細胞の細胞生存率および／またはＬＤＨ放出を、対照ｐＲＰＴＥＣ、例えば、ＳｔＡＭＰと共にインキュベートされていないｐＲＰＴＥＣ細胞、または腎毒性を減少させるように最適化されていないＳｔＡＭＰと共にインキュベートされたｐＲＰＴＥＣの細胞生存率および／またはＬＤＨ放出と比較する。
【０２４１】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の疎水性の変化
いくつかの実施形態では、腎毒性を減少させるようにステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を最適化する方法は、第１のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を提供すること、１個またはそれを超えるアミノ酸位置（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のアミノ酸位置）を除いて第１のＳｔＡＭＰと同一の第２のＳｔＡＭＰを生成すること；および第２のＳｔＡＭＰが、例えばより少ない腎細胞を死滅させるかまたは損傷することにより、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少した腎毒性を示すことを決定することを含む。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、ｐＲＰＴＥＣ腎毒性アッセイを使用して、インビトロで第１のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について試験される。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰの腎毒性は、第１のＳｔＡＭＰの腎毒性と比べて少なくとも１０％減少している（例えば、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％減少した腎毒性）。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、インビトロ毒性アッセイにおいて、第１のＳｔＡＭＰよりも少なくとも１０％少ないｐＲＰＴＥＣ（例えば、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％少ないｐＲＰＴＥＣ）を死滅させるかまたは損傷する。
【０２４２】
いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、少なくとも１つのアミノ酸置換を含み、ここで、少なくとも１つの疎水性パッチ中の少なくとも１つの疎水性アミノ酸は、減少した疎水性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換えられ、それにより、第１のＳｔＡＭＰと比べて少なくとも１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、１つの疎水性パッチ中に１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、少なくとも２つの疎水性パッチ中に１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超えるアミノ酸置換を含み、それにより、２つまたはそれを超える疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、疎水性パッチ中に疎水性側鎖を有するアミノ酸（アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシンまたはバリン）は、疎水性側鎖を有しないアミノ酸で置換されている。いくつかの実施形態では、アミノ酸置換は、疎水性パッチ中の少なくとも１つのアミノ酸を、疎水性パッチ中の置き換えられるアミノ酸よりも低い疎水性の少なくとも１つの天然または非天然アミノ酸で置き換えることを含む。いくつかの実施形態では、疎水性パッチ中の少なくとも１つのアミノ酸は、セリン、アスパラギン、オルニチン、トレオニン、アルギニン、ヒスチジン、ノルバリン、アラニンまたはリジンで置換される。
【０２４３】
いくつかの実施形態では、抗生物質耐性細菌、例えばグラム陰性コリスチン耐性細菌を死滅させるかまたはその成長を阻害すると同定されたＳｔＡＭＰは、本明細書に記載される方法を使用して、ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させるように改変される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、マガイニン、ペキシガナン、プレウロシジン、パルダキシン、メクラウナギ腸内抗菌ペプチド（ＨＦＩＡＰ）、ＰＧＱ、ブフォリンＩＩ、デルマセプチン、カエリン、メリチン、セクロピン、リコトキシンＩ、スタイリンＢ、クラバニンＢ、カテリシジンＡおよびデルミシジンからなる群より選択されるペプチドの足場をベースとするかまたはそれに由来する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４〜３３からなる群より選択されるペプチドをベースとするかまたはそれに由来する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３または３５からなる群より選択されるペプチドをベースとするかまたはそれに由来する。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるように減少した溶血活性を示すとさらに同定されたＳｔＡＭＰは、ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させるように改変される。
【０２４５】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３もしくは３５〜４３または配列番号：７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３５〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５のいずれかのアミノ酸配列と少なくとも４５％同一、例えば、例えば配列番号１〜３５のいずれかと例えば４５％、５０％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０２４６】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４１〜４３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４１〜４３のいずれかのアミノ酸配列と少なくとも４５％同一、例えば配列番号４１〜４３のいずれかと４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号４１〜４３のいずれかのアミノ酸配列と１つまたはそれを超えるアミノ酸、例えば１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つまたはそれを超えるアミノ酸が異なるアミノ酸配列を含む。
【０２４７】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは６〜１００アミノ酸長である。
【０２４８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の腎毒性を減少させることを含み：（ｉ）少なくとも２つの疎水性アミノ酸（例えば、ペプチド上の連続または連続（ｕｎｉｎｔｅｒｒｕｐｔｅｄ）疎水性表面を含む２つ、３つ、４つまたは５つまたはそれを超える疎水性アミノ酸）を含む少なくとも１つの疎水性パッチを同定すること；（ｉｉ）少なくとも１つのアミノ酸置換を疎水性パッチ中に導入し、疎水性パッチ中の疎水性アミノ酸の少なくとも１つを、減少した疎水性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換えて、少なくとも１つの破壊された疎水性パッチを有するＳｔＡＭＰを生成すること；および（ｉｉｉ）アミノ酸置換がその疎水性パッチ中に導入されていない以外は同一の（すなわち、その疎水性パッチが破壊されていない）ＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について、少なくとも１つの破壊された疎水性パッチを有するＳｔＡＭＰを試験することを含む。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ中の疎水性パッチは、２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸、例えば２、３、４、５、６、７、８、９または１０またはそれを超えるアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、疎水性パッチの疎水性アミノ酸は、アラニン、イソロイシン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、トリプトファン、チロシンまたはバリンの任意の組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、疎水性パッチの少なくとも１つの疎水性アミノ酸は、疎水性非天然アミノ酸、例えばノルロイシン、ノルバリン、ｄ−アラニン、ホモアラニンおよび／またはシクロブチルアラニンであり得る。
【０２５０】
本明細書で使用される場合、「疎水性パッチ」は、ヘリックスペプチド上の連続疎水性表面領域、例えばペプチドまたはタンパク質のα−ヘリックスの表面上の連続疎水性領域を構成する２個またはそれを超える疎水性アミノ酸、例えば２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個またはそれを超える疎水性アミノ酸である。いくつかの場合では、アミノ酸配列中の２つまたはそれを超える連続疎水性アミノ酸は、疎水性パッチを形成する。いくつかの場合では、位置ｉ＋３およびｉ＋４の疎水性アミノ酸は、ヘリックスペプチド上の連続疎水性表面領域を形成するので、疎水性パッチを形成し得る。典型的には、疎水性パッチを形成する２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸は、ヘリックスペプチドの同じ面上の連続疎水性表面領域を形成する。いくつかの場合では、疎水性パッチが、それぞれ少なくともアラニンと同程度の疎水性である２つまたはそれを超えるアミノ酸から構成されるように、アミノ酸残基がアラニンのものと類似の（Ｋｏｖａｃｓら、Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ．２００６；８４（３）：２８３−９７により決定した場合に３．９の疎水性値）またはそれを超える疎水性を有する場合、アミノ酸残基は疎水性とみなされる。いくつかの実施形態では、Ｋｏｖａｃｓら、Ｂｉｏｐｏｌｙｍｅｒｓ．２００６；８４（３）：２８３−９７により記載される通り、アミノ酸が３．５またはそれを超える、例えば３．９の疎水性値を有する場合、アミノ酸は疎水性とみなされる。
【０２５１】
本明細書で使用される場合、「破壊された疎水性パッチ」は、２個またはそれを超える疎水性アミノ酸、例えば２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個またはそれを超える連続疎水性アミノ酸を含む疎水性パッチであり、ここで、疎水性パッチを構成する疎水性アミノ酸の少なくとも１つは、疎水性パッチの疎水性を減少させるように（例えば、アミノ酸置換により）変異される。いくつかの実施形態では、破壊された疎水性パッチは、少なくとも１つのアミノ酸置換を含み、ここで、パッチのアミノ酸の少なくとも１つは、より低い疎水性を有するアミノ酸で置き換えられる。いくつかの場合では、破壊された疎水性パッチは、少なくとも１つのアミノ酸置換を含み、ここで、パッチのアミノ酸の少なくとも１つは、荷電アミノ酸残基で置き換えられる。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、少なくとも１個のアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１つの疎水性パッチを破壊し、例えば、少なくとも１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超える置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのアミノ酸置換（例えば、１つ、２つ、３つ、４つまたは５つのアミノ酸置換）をＳｔＡＭＰ中に導入して、１つの疎水性パッチを破壊する。いくつかの実施形態では、少なくとも２個のアミノ酸置換（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超えるアミノ酸置換）をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも２つの疎水性パッチを破壊する。例えば、１つまたはそれを超えるアミノ酸置換を第１の疎水性パッチ中に導入して、第１の破壊された疎水性パッチを生成し得、１つまたはそれを超えるアミノ酸を第２の疎水性パッチ中に導入して、第２の破壊された疎水性パッチを生成し得る。いくつかの実施形態では、疎水性パッチ中の疎水性アミノ酸は、より低い疎水性を有するアミノ酸で置換される。いくつかの実施形態では、疎水性パッチ中の疎水性アミノ酸は、荷電アミノ酸で置換される。
【０２５３】
ペプチドまたはタンパク質内の疎水性パッチは、例えば、ペプチドまたはタンパク質の構造の計算予測／シミュレーション（例えば、ｗｅｂ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｐｒｏｔｓｃａｌｅ／において利用可能なＥｘＰＡＳｙ  ＰｒｏｔＳｃａｌｅ、ｗｗｗ．ｉｂｉ．ｖｕ．ｎｌ／ｐｒｏｇｒａｍｓ／ｓｃｏｏｂｙｗｗｗ／において利用可能なＳｃｏｏｂｙドメイン予測、ｂｉｏｉｎｆ．ｃｓ．ｕｃｌ．ａｃ．ｕｋ／ｐｓｉｐｒｅｄ／において利用可能なＰＳＩＰＲＥＤ、疎水性クラスタ分析（例えば、ｗｗｗ．ｉｍｐｍｃ．ｕｐｍｃ．ｆｒ／〜ｃａｌｌｅｂａｕ／ＨＣＡ．ｈｔｍｌを参照のこと）、例えばｇｃａｔ．ｄａｖｉｄｓｏｎ．ｅｄｕ／ＤＧＰＢ／ｋｄ／ｋｙｔｅ−ｄｏｏｌｉｔｔｌｅ．ｈｔｍもしくはｗｗｗ．ｖｉｖｏ．ｃｏｌｏｓｔａｔｅ．ｅｄｕ／ｍｏｌｋｉｔ／ｈｙｄｒｏｐａｔｈｙ／ｉｎｄｅｘ．ｈｔｍｌにおいて利用可能なＫｙｔｅ  Ｄｏｏｌｉｔｔｌｅプロッティング、および／またはｓｐｌｉｔ．ｐｍｆｓｔ．ｈｒ／ｓｐｌｉｔ／４／において利用可能なＳＰＬＩＴを使用）および／または実験的決定（例えば、ＮＭＲ分光法、電子顕微鏡法、ホモロジーモデリング、小角Ｘ線および／もしくは中性子散乱（ＳＡＸＳ／ＳＡＮＳ）ならびに／またはＸ線結晶構造解析を含む技術を使用）を含む当技術分野で一般に公知の技術を使用して同定され得る。
【０２５４】
いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰ中への１つまたはそれを超える変異、例えばアミノ酸置換の導入は、ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させるが、ＳｔＡＭＰの抗菌活性を減少させる効果も有し得る。したがって、腎毒性を減少させるために１つまたはそれを超える変異を導入する前のＳｔＡＭＰの抗菌活性に近いかまたはそれを超えるレベルまで抗菌活性を増加させるように、ＳｔＡＭＰをさらに改変することが望ましい場合がある。いくつかの実施形態では、１つまたはそれを超える破壊された疎水性パッチを含むＳｔＡＭＰの抗菌活性は、ＳｔＡＭＰの親水性部分をよりカチオン性にする１つまたはそれを超える変異（例えば、欠失、挿入および／または置換）を導入することにより増加される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、α−ヘリックス構造（例えば、α−ヘリックス）を含み、ここで、α−ヘリックス構造は、疎水性部分または面および親水性部分または面を有する。いくつかの実施形態では、１つまたはそれを超える破壊された疎水性パッチを含むＳｔＡＭＰの抗菌活性は、ＳｔＡＭＰのα−ヘリックスの親水性部分をよりカチオン性にする１つまたはそれを超える変異（例えば、欠失、挿入および／または置換）を導入することにより増加する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分（例えば、α−ヘリックスの親水性部分）は、ネイティブアミノ酸をよりカチオン性のアミノ酸、例えばカチオン性側鎖を有するアミノ酸、例えばアルギニン、オルニチン、ヒスチジンまたはリジンで置き換えるアミノ酸置換を導入することにより、よりカチオン性にされ得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分中の少なくとも１つのアミノ酸は、少なくとも１つのアルギニン、ヒスチジンおよび／またはリジンで置換される。
【０２５５】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分（例えば、α−ヘリックスの親水性部分）をよりカチオン性にする少なくとも１つのアミノ酸置換（例えば、少なくとも１つのアルギニン、オルニチン、ヒスチジンおよび／またはリジン置換）を含むＳｔＡＭＰは、その親水性部分をよりカチオン性にする少なくとも１つのアミノ酸置換を含まないＳｔＡＭＰと比べて大きな抗菌活性を示す。ＳｔＡＭＰの抗菌活性のレベルは、本明細書に記載されるアッセイを使用して決定され得る。
【０２５６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰを被験体、例えばヒトまたは動物に投与して、抗生物質耐性細菌感染症を処置する。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、被験体に投与される場合に、疎水性パッチを破壊するアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない（例えば、細胞膜を破壊し、溶解しまたは死滅させる）。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、インビトロ腎毒性アッセイにおいて、疎水性パッチを破壊するアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて初代腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）の損傷が少ない。
【０２５７】
ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の電荷性の変化
コリスチンなどのいくつかの抗生物質は、処置中に腎臓の腎毒性（ｒｅｎａｌ  ｎｅｐｈｒｏｔｏｘｉｔｙ）を引き起こす。腎臓の腎毒性の程度は、抗生物質上に存在するカチオン点電荷の数により影響を受け得る。例えば、コリチン（カチオン性リポペプチド）の腎毒性（ｒｅｎａｌ  ｔｏｘｉｃｉｔｙ）の重要な決定因子は、そのカチオン点電荷数により決定される。コリスチンの腎毒性プロファイルは、メタンサルフェートを使用してその点電荷を遮蔽することにより改善され得る。
【０２５８】
いくつかの場合では、点電荷であるカチオン電荷を有するＳｔＡＭＰは、例えば、ｐＲＰＴＥＣ毒性アッセイにおいて腎毒性を示し得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰ上の１つまたはそれを超えるカチオン点電荷の電荷性の変更は、ＳｔＡＭＰの腎毒性を減少させる。
【０２５９】
いくつかの実施形態では、腎毒性を減少させるようにステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を最適化する方法は、（ｉ）カチオン点電荷であるＳｔＡＭＰにおける少なくとも１つのアミノ酸残基を同定すること；（ｉｉ）少なくとも１つのアミノ酸置換を導入し、少なくとも１つのカチオン点電荷を、異なる電荷性を有する少なくとも１つのアミノ酸で置き換え、それにより、変化したカチオン電荷を有するＳｔＡＭＰを生成すること；および（ｉｉｉ）そのカチオン電荷が変化していない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について、変化したカチオン電荷を有するＳｔＡＭＰを試験することを含む。
【０２６０】
いくつかの実施形態では、少なくとも１個のアミノ酸置換（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超えるアミノ酸置換）をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも１個のカチオン点電荷（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超えるカチオン点電荷）の電荷性を変化させる。いくつかの実施形態では、１つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのアミノ酸置換をＳｔＡＭＰ中に導入して、少なくとも２つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる。カチオン点電荷は、アミノ酸側鎖の末端上の第１級アミンの存在により形成されるカチオン電荷であり得る。いくつかの実施形態では、カチオン点電荷は、その側鎖上に第１級アミンを有する任意のアミノ酸残基であり得る。いくつかの実施形態では、１つまたはそれを超えるカチオン点電荷の電荷性を変化させ、例えば、電荷が永続的もしくは非局在的である（例えば、リジンをアルギニンに変更することによる）かまたはｐＨ変化により感受性である（例えば、リジンをヒスチジンに変更することによる）ように、側鎖を変化させる。
【０２６１】
いくつかの実施形態では、カチオン点電荷はリジンである。いくつかの実施形態では、カチオン点電荷は、天然に存在しないアミノ酸、例えばオルニチン、２，３−ジアミノプロピオン酸またはＮ−トリメチルリジンである。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、少なくとも１つのカチオン点電荷を構成する少なくとも１つのリジンを含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰにおける少なくとも１つのリジンは、別のカチオン性アミノ酸、すなわちカチオン性側鎖を有する別のアミノ酸で置換される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン点電荷、例えば少なくとも１つのリジンは、非局在化カチオン電荷を有する少なくとも１つのアミノ酸、例えば少なくとも１つのアルギニンで置換される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン点電荷、例えば少なくとも１つのリジンは、特定の条件下でプロトン化され得るカチオン電荷を有する少なくとも１つのアミノ酸、例えば少なくとも１つのヒスチジン（これは、６未満のｐＨでプロトン化され得る）で置換される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの任意の部分上の任意のリジンをアルギニンまたはヒスチジンで置換して、ＳｔＡＭＰの電荷性を変化させ得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性面または表面上の任意のリジンをアルギニンまたはヒスチジンで置換して、ＳｔＡＭＰの電荷性を変化させ得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰにおける少なくとも１つのリジンの第１級アミンを、例えば、ジンケ反応によりピリジニウムキャップに変更して、高度に非局在化されたカチオン電荷を作成する。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭの任意の部分上の任意のリジンをオルニチンで置換して、ＳｔＡＭＰの電荷性を変化させ得る。
【０２６２】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３もしくは３５〜４３または配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３内の１〜５つのアミノ酸置換、挿入および／または欠失を除いて、配列番号１〜３もしくは３５〜４３のいずれか１つまたは配列番号７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、または３３のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号１〜３５のいずれかのアミノ酸配列と少なくとも４５％同一、例えば、例えば配列番号１〜３５のいずれかと例えば４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。
【０２６３】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４０のいずれか１つに記載されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４０のいずれかのアミノ酸配列と少なくとも４５％同一、例えば配列番号３６〜４０のいずれかと４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４０のいずれかのアミノ酸配列と１つまたはそれを超えるアミノ酸、例えば１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つまたはそれを超えるアミノ酸が異なるアミノ酸配列を含む。
【０２６４】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる少なくとも１個のアミノ酸置換（例えば、少なくとも１つのリジンが少なくとも１つのアルギニンおよび／またはヒスチジンで置き換えられる１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超えるアミノ酸置換）を含むＳｔＡＭＰは、カチオン点電荷の電荷性を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性を示す。
【０２６５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰを被験体、例えばヒトまたは動物に投与して、抗生物質耐性細菌感染症を処置する。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、被験体に投与される場合に、カチオン点電荷の電荷性を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、インビトロ腎毒性アッセイにおいて、カチオン点電荷の電荷性を変化させるアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて少ない初代腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）を溶解する。
【０２６６】
いくつかの実施形態では、腎毒性を減少させるようにステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を最適化する方法は、第１のステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を提供すること、１つまたはそれを超えるアミノ酸位置（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のアミノ酸位置）を除いて第１のＳｔＡＭＰと同一の第２のＳｔＡＭＰを生成すること；および第２のＳｔＡＭＰが、例えばより少ない腎細胞を死滅させるかまたは損傷することにより、第１のＳｔＡＭＰと比較して減少した腎毒性を示すことを決定することを含む。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、ｐＲＰＴＥＣ腎毒性アッセイを使用して、インビトロで第１のＳｔＡＭＰと比べて減少した腎毒性について試験される。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰの腎毒性は、第１のＳｔＡＭＰの腎毒性と比べて少なくとも１０％減少している（例えば、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％減少した腎毒性）。いくつかの実施形態では、第２のＳｔＡＭＰは、インビトロ毒性アッセイにおいて、第１のＳｔＡＭＰよりも少なくとも１０％少ないｐＲＰＴＥＣ（例えば、少なくとも１５％、少なくとも２０％、少なくとも２５％、少なくとも３０％、少なくとも３５％、少なくとも４０％、少なくとも４５％、少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％または少なくとも９９％少ないｐＲＰＴＥＣ）を死滅させるかまたは損傷する。
【０２６７】
減少した腎毒性を有するステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド
いくつかの態様では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、２５個、２６個、２７個、２８個、２９個、３０個またはそれを超えるアミノ酸を有し得る。
【０２６８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰは、式（Ｉ）のポリペプチド
【化２】
2020527564.tif 000007
（式中、
Ｒ１およびＲ２はそれぞれ独立して、Ｈ、アルキル、アルケニル、アルキニル、アリールアルキル、シクロアルキルアルキル、ヘテロアリールアルキルまたはヘテロシクリルアルキルであり、これらのいずれかは置換されるかまたは置換されず；
Ｒ３はそれぞれ独立して、アルキレン、アルケニレンまたはアルキニレンであり、これらのいずれかは置換されるかまたは置換されず；
ｘはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０であり；
ｗおよびｙはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９または２０であり；
ｚは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０であり；ならびに
Ｘａａはそれぞれ独立して、アミノ酸である）またはその薬学的に許容され得る塩であって、
前記ＳｔＡＭＰが、少なくとも１つの微生物に対する抗菌効果を示し、
ここで、
前記ＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｗおよび／または［Ｘａａ］ｙは、前記ＳｔＡＭＰの疎水性パッチの２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸の少なくとも１つが、減少した疎水性を有するアミノ酸で置換されている以外は、式Ｉの前記ＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）上に存在する前記疎水性パッチと同一の前記２つまたはそれを超える疎水性アミノ酸の少なくとも１つの疎水性パッチを含み；
および／または
前記ＳｔＡＭＰが、式Ｉの前記ＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてカチオン点電荷の電荷性を変化させるアミノ酸置換を含む、式（Ｉ）のポリペプチドまたはその薬学的に許容され得る塩を特徴とする。
【０２６９】
上記および本文書の他の箇所で使用される場合、式ＩのＳｔＡＭＰと同一の抗菌ペプチド（ＡＭＰ）であって、疎水性パッチを破壊しまたはカチオン点電荷の電荷性を変化させるＳｔＡＭＰ中に存在するアミノ酸置換を含まない抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、野生型ＡＭＰであり得るか、または本文書に開示される野生型ＡＭＰのバリアントのいずれかであり得るが、ただし、このようなバリアントは、本明細書に記載される内部架橋を含まない。いくつかの実施形態では、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、配列番号４〜３３からなる群より選択されるアミノ酸を含む。
【０２７０】
ＳｔＡＭＰの様々な特徴、ならびにＳｔＡＭＰを作製および精製する方法は、米国特許出願公開第２０１７／００１５７１６号に記載されている（これは、その全体が本明細書に組み込まれる）。式Ｉの場合、以下の態様は、開示されるものの中にある。
【０２７１】
ｘ＝２（すなわち、ｉ＋３結合）である場合、Ｒ３は、例えば、Ｃ７アルキレン、アルケニレンであり得る。それがアルケニレンの場合、１つまたはそれを超える二重結合が存在し得る。ｘ＝６（すなわち、ｉ＋４結合）である場合、Ｒ３は、例えば、Ｃ１１、Ｃ１２またはＣ１３アルキレンまたはアルケニレンであり得る。それがアルケニレンの場合、１つまたはそれを超える二重結合が存在し得る。ｘ＝３（すなわち、ｉ＋４結合）である場合、Ｒ３は、例えば、Ｃ８アルキレン、アルケニレンであり得る。それがアルケニレンである場合、１つまたはそれを超える二重結合が存在し得る。
【０２７２】
特定の場合では、２つのα，α二置換立体中心（α炭素）は両方とも、Ｒ配置もしくはＳ配置（例えば、ｉ、ｉ＋４架橋）にあるか、または一方の立体中心はＲであり、他方の立体中心はＳである（例えば、ｉ、ｉ＋７架橋）。したがって、式Ｉは、
【化３】
2020527564.tif 000008
として示され、例えば、ｘが３である場合、Ｃ’およびＣ’’二置換立体中心は両方ともＲ配置にあり得るか、またはそれらは両方ともＳ配置にあり得る。ｘが６である場合、Ｃ’二置換立体中心はＲ配置にあり、Ｃ’’二置換立体中心はＳ配置にあるか、またはＣ’二置換立体中心はＳ配置にあり、Ｃ’’二置換立体中心はＲ配置にある。Ｒ３二重結合（上記定義に基づいて、Ｒ３は、アルカン、アルケンまたはアルキン部分を含有する；一般に、それはアルケンである）は、ＥまたはＺ立体配置にあり得る。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、配列番号４〜３３からなる群より選択されるアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、配列番号４〜３３からなる群より選択されるアミノ酸と少なくとも４５％同一、例えば配列番号４〜３３のいずれかと４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、ＡＭＰは、配列番号４〜３３のいずれかのアミノ酸配列と１つまたはそれを超えるアミノ酸、例えば１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つまたはそれを超えるアミノ酸が異なるアミノ酸配列を含む。
【０２７４】
いくつかの場合では、ＳｔＡＭＰは、架橋により置き換えられるアミノ酸側鎖に加えて、配列番号４〜３３のいずれかに１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個または１２個のアミノ酸変化（例えば、保存的アミノ酸変化）を有するアミノ酸配列を含む。
【０２７５】
いくつかの実施形態では、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）は、α−ヘリックスを含む。
【０２７６】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４３からなる群より選択されるアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４３からなる群より選択されるアミノ酸配列と少なくとも４５％同一、例えば配列番号３６〜４３のいずれかと４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％同一のアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、配列番号３６〜４３のいずれかのアミノ酸配列と１つまたはそれを超えるアミノ酸、例えば１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つまたはそれを超えるアミノ酸が異なるアミノ酸配列を含む。
【０２７７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｗおよび／または［Ｘａａ］ｙは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてアミノ酸置換で破壊された少なくとも１つの疎水性パッチ（例えば、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つまたは８つの疎水性パッチ）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｗは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてアミノ酸置換で破壊された少なくとも１つの疎水性パッチを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｙは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてアミノ酸置換で破壊された少なくとも１つの疎水性パッチを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰの［Ｘａａ］ｙおよび［Ｘａａ］ｗは両方とも、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べてアミノ酸置換で破壊された少なくとも１つの疎水性パッチを含む。
【０２７８】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰの親水性部分、例えばα−ヘリックスの親水性部分における少なくとも１つのアミノ酸は、ＳｔＡＭＰの親水性部分をよりカチオン性にするアミノ酸で置換される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの親水性部分（例えば、α−ヘリックスの親水性部分）は、ネイティブアミノ酸をよりカチオン性のアミノ酸、例えばカチオン性側鎖を有するアミノ酸、例えばアルギニン、ヒスチジン、オルニチンまたはリジンで置き換えるアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰは、ＳｔＡＭＰの親水性部分中の少なくとも１つのアミノ酸置換を含み、ここで、少なくとも１つのネイティブアミノ酸は、少なくとも１つのアルギニン、ヒスチジン、オルニチンおよび／またはリジンで置換される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、そのα−ヘリックスの親水性部分におけるリジン、アルギニンまたはヒスチジン置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて大きな抗菌活性を示す。
【０２７９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べて少なくとも１個のカチオン点電荷（例えば、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、もしくは１０個、またはそれを超えるカチオン点電荷）の電荷性を変化させる少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べて１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる１つのアミノ酸置換を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰは、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）と比べて少なくとも２つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる少なくとも２つのアミノ酸置換を含む。
【０２８０】
いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰは、少なくとも１つのカチオン点電荷を構成する少なくとも１つのリジンを含む。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰにおける少なくとも１つのリジンは、別のカチオン性アミノ酸、すなわちカチオン性側鎖を有する別のアミノ酸で置換される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン点電荷、例えば少なくとも１つのリジンは、非局在化カチオン電荷を有する少なくとも１つのアミノ酸、例えば少なくとも１つのアルギニンで置換される。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのカチオン点電荷、例えば少なくとも１つのリジンは、特定の条件下でプロトン化され得るカチオン電荷を有する少なくとも１つのアミノ酸、例えば少なくとも１つのヒスチジン（これは、６未満のｐＨでプロトン化され得る）で置換される。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの任意の部分上の任意のリジンをアルギニンまたはヒスチジンで置換して、ＳｔＡＭＰの電荷性を変化させ得る。いくつかの実施形態では、ＳｔＡＭＰの任意の部分上の任意のリジンをオルニチンで置換して、ＳｔＡＭＰの電荷性を変化させ得る。
【０２８１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰは、それを被験体、例えばヒトまたは動物に投与して、抗生物質耐性細菌感染症を処置する場合に、減少した腎毒性を示す。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、被験体に投与される場合に、少なくとも１つの疎水性パッチを破壊しおよび／または少なくとも１つのカチオン点電荷の電荷性を変化させる少なくとも１つのアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて腎細胞の損傷が少ない。いくつかの実施形態では、減少した腎毒性を有するＳｔＡＭＰは、インビトロ腎毒性アッセイにおいて、少なくとも１つの疎水性パッチを破壊しおよび／またはカチオン点電荷の電荷性を変化させる少なくとも１つのアミノ酸置換を含まない以外は同一のＳｔＡＭＰと比べて少ない初代腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）を溶解する。
【０２８２】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるＳｔＡＭＰは、被験体への投与のために医薬組成物として製剤化される。
【０２８３】
いくつかの態様では、ＳｔＡＭＰは、少なくとも１つのヘリックスモチーフ、例えば３１０またはα−ヘリックスモチーフを含む。例えば、式ＩのＳｔＡＭＰ中のＡ、Ｂおよび／またはＣは、１つまたはそれを超えるヘリックスを含む。一般的な問題として、ヘリックスは、ターン当たり３〜４個のアミノ酸残基を含む。いくつかの態様では、ＳｔＡＭＰのヘリックスは１〜５つのターンを含むので、３〜２０個のアミノ酸残基を含む。特定の態様では、ヘリックスは、１つのターン、２つのターン、３つのターン、４つのターンまたは５つのターンを含む。いくつかの態様では、大員環形成リンカーは、ＳｔＡＭＰ内に含まれるヘリックスモチーフを安定化する。したがって、いくつかの態様では、第１のα炭素から第２のα炭素の大員環形成リンカーＬの長さは、ヘリックスの安定性を増加させるように選択される。いくつかの態様では、大員環形成リンカーは、ヘリックスの１つのターンから５つのターンに及ぶ。いくつかの態様では、大員環形成リンカーは、ヘリックスの約１つのターン、２つのターン、３つのターン、４つのターンまたは５つのターンに及ぶ。いくつかの態様では、大員環形成リンカーの長さは、ヘリックスのターン当たり約５Å〜９Åであるか、またはヘリックスのターン当たり約６Å〜８Åである。大員環形成リンカーがヘリックスの約１つのターンに及ぶ場合、長さは、約５個の炭素−炭素結合から１３個の炭素−炭素結合、約７個の炭素−炭素結合から１１個の炭素−炭素結合、または約９個の炭素−炭素−炭素結合に等しい。大員環形成リンカーがヘリックスの約２つのターンに及ぶ場合、長さは、約８個の炭素−炭素結合から１６個の炭素−炭素結合、約１０個の炭素−炭素結合から１４個の炭素−炭素結合、または約１２個の炭素−炭素−炭素結合に等しい。大員環形成リンカーがヘリックスの約３つのターンに及ぶ場合、長さは、約１４個の炭素−炭素結合から２２個の炭素−炭素結合、約１６個の炭素−炭素結合から２０個の炭素−炭素結合、または約１８個の炭素−炭素−炭素結合に等しい。大員環形成リンカーがヘリックスの約４つのターンに及ぶ場合、長さは、約２０個の炭素−炭素結合から２８個の炭素−炭素結合、約２２個の炭素−炭素結合から２６個の炭素−炭素結合、または約２４個の炭素−炭素−炭素結合に等しい。大員環形成リンカーがヘリックスの約５つのターンに及ぶ場合、長さは、約２６個の炭素−炭素結合から３４個の炭素−炭素結合、約２８個の炭素−炭素結合から３２個の炭素−炭素結合、または約３０個の炭素−炭素−炭素結合に等しい。大員環形成リンカーがヘリックスの約１つのターンに及ぶ場合、結合は、約４個の原子から１２個の原子、約６個の原子から１０個の原子、または約８個の原子を含有する。大員環形成リンカーがヘリックスの約２つのターンに及ぶ場合、結合は、約７個の原子から１５個の原子、約９個の原子から１３個の原子、または約１１個の原子を含有する。大員環形成リンカーがヘリックスの約３つのターンに及ぶ場合、結合は、約１３個の原子から２１個の原子、約１５個の原子から１９個の原子、または約１７個の原子を含有する。大員環形成リンカーがヘリックスの約４つのターンに及ぶ場合、結合は、約１９個の原子から２７個の原子、約２１個の原子から２５個の原子、または約２３個の原子を含有する。大員環形成リンカーがヘリックスの約５つのターンに及ぶ場合、結合は、約２５個の原子から３３個の原子、約２７個の原子から３１個の原子、または約２９個の原子を含有する。大員環形成リンカーがヘリックスの約１つのターンに及ぶ場合、得られる大員環は、約１７員から２５員、約１９員から２３員、または約２１員を含有する環を形成する。大員環形成リンカーがヘリックスの約２つのターンに及ぶ場合、得られる大員環は、約２９員から３７員、約３１員から３５員、または約３３員を含有する環を形成する。大員環形成リンカーがヘリックスの約３つのターンに及ぶ場合、得られる大員環は、約４４員から５２員、約４６員から５０員、または約４８員を含有する環を形成する。大員環形成リンカーがヘリックスの約４つのターンに及ぶ場合、得られる大員環は、約５９員から６７員、約６１員から６５員、または約６３員を含有する環を形成する。大員環形成リンカーがヘリックスの約５つのターンに及ぶ場合、得られる大員環は、約７４員から８２員、約７６員から８０員、または約７８員を含有する環を形成する。
【０２８４】
「アルキル」という用語は、指定数の炭素原子を含有する直鎖または分枝鎖であり得る炭化水素鎖を指す。例えば、Ｃ１−Ｃ１０は、基がその中に１〜１０個（両端を含む）の炭素原子を有し得ることを示す。いかなる数字表記もない場合、「アルキル」は、その中に１〜２０個（両端を含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分枝鎖）である。「アルキレン」という用語は、二価アルキル（すなわち、−Ｒ−）を指す。
【０２８５】
「アルケニル」という用語は、ＺまたはＥ幾何学的立体配置のいずれかにおいて１つまたはそれを超える炭素−炭素二重結合を有する直鎖または分枝鎖であり得る炭化水素鎖を指す。アルケニル部分は、指定数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ２−Ｃ１０は、基がその中に２〜１０個（両端を含む）の炭素原子を有し得ることを示す。「低級アルケニル」という用語は、Ｃ２−Ｃ８アルケニル鎖を指す。いかなる数字表記もない場合、「アルケニル」は、その中に２〜２０個（両端を含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分枝鎖）である。
【０２８６】
「アルキニル」という用語は、１つまたはそれを超える炭素−炭素三重結合を有する直鎖または分枝鎖であり得る炭化水素鎖を指す。アルキニル部分は、指定数の炭素原子を含有する。例えば、Ｃ２−Ｃ１０は、基がその中に２〜１０個（両端を含む）の炭素原子を有し得ることを示す。「低級アルキニル」という用語は、Ｃ２−Ｃ８アルキニル鎖を指す。いかなる数字表記もない場合、「アルキニル」は、その中に２〜２０個（両端を含む）の炭素原子を有する鎖（直鎖または分枝鎖）である。
【０２８７】
「アリール」という用語は、６炭素単環式または１０炭素二環式芳香環系を指し、ここで、各環の０個、１個、２個、３個、４個または５個の原子は置換基で置換され得る。アリール基の例としては、フェニル、ナフチルなどが挙げられる。「アリールアルキル」という用語または「アラルキル」という用語は、アリールで置換されたアルキルを指す。「アリールアルコキシ」という用語は、アリールで置換されたアルコキシを指す。
【０２８８】
本明細書で用いられる場合、「シクロアルキル」という用語は、３〜１２個の炭素、好ましくは３〜８個の炭素、さらに好ましくは３〜６個の炭素を有する飽和および部分的に不飽和環状炭化水素基を含み、ここで、シクロアルキル基は、さらに必要に応じて置換され得る。好ましいシクロアルキル基としては、限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロペンテニル、シクロヘキシル、シクロヘキセニル、シクロヘキサジエニル、シクロヘプチル、シクロヘプタジエニル、シクロヘプタトリエニル、シクロオクチル、シクロオクテニル、シクロオクタジエニル、シクロオクタトリエニルおよびシクロオクチニルが挙げられる。
【０２８９】
「ヘテロアリール」という用語は、単環式の場合には１〜３個のヘテロ原子を有し、二環式の場合には１〜６個のヘテロ原子を有し、または三環式の場合には１〜９個のヘテロ原子を有する芳香族５〜８員単環式、８〜１２員二環式または１１〜１４員三環式環系を指し、前記ヘテロ原子は、Ｏ、ＮまたはＳから選択され（例えば、それぞれ単環式、二環式または三環式の場合、炭素原子およびＮ、ＯまたはＳの１〜３個、１〜６個または１〜９個のヘテロ原子）、各環の０個、１個、２個、３個または４個の原子は、置換基で置換され得る。ヘテロアリール基の例としては、ピロリル、ピリジル、フリルまたはフラニル、イミダゾリル、１，２，３−トリアゾリル、１，２，４−トリアゾリル、ベンゾイミダゾリル、ピリダジル、ピリミジル、チオフェニル、キノリニル、インドリル、チアゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリルなどが挙げられる。「ヘテロアリールアルキル」という用語または「ヘテロアラルキル」という用語は、ヘテロアリールで置換されたアルキルを指す。「ヘテロアリールアルコキシ」という用語は、ヘテロアリールで置換されたアルコキシを指す。
【０２９０】
「ヘテロシクリル」という用語は、単環式の場合には１〜３個のヘテロ原子を有し、二環式の場合には１〜６個のヘテロ原子を有し、または三環式の場合には１〜９個のヘテロ原子を有する非芳香族５〜８員単環式、８〜１２員二環式または１１〜１４員三環式環系を指し、前記ヘテロ原子は、Ｏ、ＮまたはＳから選択され（例えば、それぞれ単環式、二環式または三環式の場合、炭素原子およびＮ、ＯまたはＳの１〜３個、１〜６個または１〜９個のヘテロ原子）、各環の０個、１個、２個または３個の原子は、置換基で置換され得る。ヘテロシクリル基の例としては、ピペラジニル、ピロリジニル、ジオキサニル、アジリジニル、オキシリル、チイリル（ｔｈｉｉｒｙｌ）、モルホリニル、テトラヒドロフラニルなどが挙げられる。
【０２９１】
「置換基」という用語は、アルキル、シクロアルキル、アリール、ヘテロシクリルまたはヘテロアリール基上のその基の任意の原子において「置換された」基を指す。適切な置換基としては、限定されないが、ハロ、ヒドロキシ、メルカプト、オキソ、ニトロ、ハロアルキル、アルキル、アルカリル、アリール、アラルキル、アルコキシ、チオアルコキシ、アリールオキシ、アミノ、アルコキシカルボニル、アミド、カルボキシ、アルカンスルホニル、アルキルカルボニル、アジドおよびシアノ基が挙げられる。
【０２９２】
炭化水素テザーを記載したが、他のテザーも想定される。例えば、テザーは、１つまたはそれを超えるエーテル、チオエーテル、エステル、アミンまたはアミド部分を含み得る。いくつかの場合では、天然に存在するアミノ酸側鎖はテザーに組み込まれ得る。例えば、テザーは、セリン中のヒドロキシル、システイン中のチオール、リジン中の第１級アミン、アスパラギン酸またはグルタミン酸中の酸またはアスパラギンまたはグルタミン中のアミドなどの官能基とカップリングされ得る。したがって、２つの天然に存在しないアミノ酸をカップリングすることにより作製されるテザーを使用するよりもむしろ天然に存在するアミノ酸を使用して、テザーを作り出すことが可能である。天然に存在するアミノ酸と一緒に単一の天然に存在しないアミノ酸を使用することも可能である。
【０２９３】
テザーの長さは変動し得ることがさらに想定される。例えば、比較的高度の拘束をα−ヘリックス二次構造上に提供することが望ましい場合には、より短い長さのテザーを使用し得るのに対して、いくつかの場合では、より小さい拘束をα−ヘリックス二次構造上に提供することが望ましいので、より長いテザーが望まれ得る。
【０２９４】
加えて、α−ヘリックスの単一面上に主にあるテザーを提供するために、アミノ酸ｉ〜ｉ＋３、ｉ〜ｉ＋４；およびｉ〜ｉ＋７に及ぶテザーの例が記載されているが、テザーは、任意の組み合わせの数のアミノ酸に及ぶように合成され得る。
【０２９５】
本明細書に記載されるＳｔＡＭＰを合成する方法は、当技術分野で公知である。それにもかかわらず、以下の例示的な方法が使用され得る。所望の化合物を得るために、交互の順序または順位で様々な工程を実施し得ることが理解される。本明細書に記載されるＳｔＡＭＰの合成において有用な合成化学変換および保護基方法論（保護および脱保護）は当技術分野で公知であり、例えば、Ｒ．Ｌａｒｏｃｋ，Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｔｒａｎｓｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ，ＶＣＨ  Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ（１９８９）；Ｔ．Ｗ．Ｇｒｅｅｎｅ  ａｎｄ  Ｐ．Ｇ．Ｍ．Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  Ｇｒｏｕｐｓ  ｉｎ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，３ｄ．Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９９９）；Ｌ．Ｆｉｅｓｅｒ  ａｎｄ  Ｍ．Ｆｉｅｓｅｒ，Ｆｉｅｓｅｒ  ａｎｄ  Ｆｉｅｓｅｒ’ｓ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９９４）；およびＬ．Ｐａｑｕｅｔｔｅ，ｅｄ．，Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ  ｏｆ  Ｒｅａｇｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ａｎｄ  Ｓｏｎｓ（１９９５）およびそれらの後版に記載されているものなどを含む。
【０２９６】
本発明のＳｔＡＭＰは、当業者に周知の化学合成方法により作製され得る。例えば、Ｆｉｅｌｄｓら、Ｃｈａｐｔｅｒ  ３  ｉｎ  Ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  Ｐｅｐｔｉｄｅｓ：Ａ  Ｕｓｅｒ’ｓ  Ｇｕｉｄｅ，ｅｄ．Ｇｒａｎｔ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ＆Ｃｏ．，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，Ｎ．Ｙ．，１９９２，ｐ．７７を参照のこと。したがって、ペプチドは、例えばＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ  Ｐｅｐｔｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅｒ  Ｍｏｄｅｌ  ４３０Ａまたは４３１により、側鎖保護アミノ酸を使用したｔ−ＢｏｃまたはＦｍｏｃ化学のいずれかにより保護されたα−ＮＨ２を用いる固相合成の自動メリフィールド技術を使用して合成され得る。
【０２９７】
本明細書に記載されるＳｔＡＭＰを作製する１つの方法は、固相ペプチド合成（ＳＰＰＳ）を使用することである。Ｃ−末端アミノ酸を架橋ポリスチレン樹脂またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）樹脂に結合させる、またはリンカー分子との酸不安定結合を介して、架橋ポリスチレン樹脂またはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）樹脂に結合させる。この樹脂は、合成に使用される溶媒に不溶性であるので、過剰な試薬および副産物を洗い流すのは比較的簡単かつ迅速である。酸安定であるが塩基により除去可能なＦｍｏｃ基で、Ｎ−末端を保護する。塩基安定かつ酸不安定な基で、任意の側鎖官能基を保護する。
【０２９８】
より長いペプチドは、ネイティブケミカルライゲーションを使用して個々の合成ペプチドを結合することにより作製され得る。あるいは、より長い合成ペプチドは、周知の組換えＤＮＡ技術により合成され得る。このような技術は、詳細なプロトコールと共に、周知の標準マニュアルで提供されている。本発明のＳｔＡＭＰをコードする遺伝子を構築するために、アミノ酸配列を逆翻訳して、アミノ酸配列をコードする核酸配列であって、好ましくは遺伝子を発現させるべき生物に最適なコドンを有する核酸配列を得る。次に、典型的には、ペプチドおよび必要な場合には任意の調節エレメントをコードするオリゴヌクレオチドを合成することにより、合成遺伝子を作製する。合成遺伝子を適切なクローニングベクターに挿入し、目的の変異を導入するように必要に応じて改変し、宿主細胞にトランスフェクトする。次いで、選択された発現系および宿主に適当である適切な条件下で、ペプチドを発現させる。ペプチドを精製し、標準方法により特性評価する。
【０２９９】
ＳｔＡＭＰは、例えば、Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｃｈｅｍｔｅｃｈから入手可能なハイスループットマルチチャネルコンビナトリアルシンセサイザーを使用して、ハイスループットコンビナトリアル方法で作製され得る。
【０３００】
本明細書に開示されるペプチドの取得（例えば、合成）、ステープル化および精製するために適切な方法もまた当技術分野で公知である（例えば、Ｂｉｒｄら、Ｍｅｔｈ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９−３８６（２００８）；Ｂｉｒｄら、Ｃｕｒｒ  Ｐｒｏｔｏｃ  Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．，２０１１；Ｗａｌｅｎｓｋｙら、Ｓｃｉｅｎｃｅ，３０５：１４６６−１４７０（２００４）；Ｓｃｈａｆｍｅｉｓｔｅｒら、Ｊ  Ａｍ  Ｃｈｅｍ  Ｓｏｃ．，１２２：５８９１−５８９２（２０００）；２０１０年３月１８日に出願された米国特許出願第１２／５２５，１２３号；および２０１０年５月２５日に発行された米国特許第７，７２３，４６８号（これらはそれぞれ、その全体が参照により本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。
【０３０１】
いくつかの態様では、ＳｔＡＭＰは、非ステープルドペプチド混入物を実質的に含まないか、または単離されている。ＳｔＡＭＰを精製するための方法は、例えば、固相支持体上でペプチドを合成することを含む。環化後、固相支持体を単離し、溶媒の溶液、例えばＤＭＳＯ、ＤＭＳＯ／ジクロロメタン混合物またはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物に懸濁し得る。ＤＭＳＯ／ジクロロメタンまたはＤＭＳＯ／ＮＭＰ混合物は、約３０％、４０％、５０％または６０％ＤＭＳＯを含み得る。特定の態様では、５０％／５０％ＤＭＳＯ／ＮＭＰ溶液が使用される。溶液を１、６、１２または２４時間インキュベートし、その後、例えばジクロロメタンまたはＮＭＰで樹脂を洗浄し得る。一態様では、樹脂はＮＭＰで洗浄される。振盪および溶液への不活性ガスのバブリングが実施され得る。
【０３０２】
医薬組成物
本明細書に開示されるペプチド（例えば、炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチド）の１つまたはそれよりも多くは、医薬組成物としてまたは医薬組成物で使用するために製剤化され得る。このような組成物は、任意の経路、例えば、食品医薬品局（ＦＤＡ）により承認された任意の経路を介した被験体への投与のために製剤化または適合され得る。例示的な方法は、ＦＤＡ  Ｄａｔａ  Ｓｔａｎｄａｒｄｓ  Ｍａｎｕａｌ（ＤＳＭ）（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／Ｄｒｕｇｓ／ＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔＡｐｐｒｏｖａｌＰｒｏｃｅｓｓ／ＦｏｒｍｓＳｕｂｍｉｓｓｉｏｎＲｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｓ／ＥｌｅｃｔｒｏｎｉｃＳｕｂｍｉｓｓｉｏｎｓ／ＤａｔａＳｔａｎｄａｒｄｓＭａｎｕａｌｍｏｎｏｇｒａｐｈｓにおいて入手可能）に記載されている。
【０３０３】
本開示の医薬組成物は、例えば、経口で、非経口で、吸入スプレーまたはネブライザーにより、局所に、直腸に、鼻腔に、頬側に、膣に、埋め込みリザーバーを介して、注射により（例えば、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内、筋肉内および／または皮下に）、眼科用調製物でまたは経粘膜投与により投与され得る。本明細書に開示されるＳｔＡＭＰが被験体に静脈内投与される場合、溶血閾値は２０％またはそれ未満である。非静脈内経路を介して、本明細書に開示されるＳｔＡＭＰが被験体に投与される場合、溶血閾値は２０％超１００％未満であり得る。適切な投与量は、体重１ｋｇ当たり約０．００１〜約１００ｍｇの範囲であり得るか、または特定の薬物の要件に応じたものであり得る。本開示の医薬組成物は、任意の従来の非毒性の薬学的に許容され得る担体、アジュバントまたはビヒクルを含有し得る。いくつかの場合では、薬学的に許容され得る酸、塩基またはバッファを用いて製剤のｐＨを調整して、製剤化化合物またはその送達形態の安定性を増強し得る。本明細書で使用される場合、非経口という用語は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑膜内、胸骨内、くも膜下、病巣内および頭蓋内注射または注入技術を含む。あるいはまたは加えて、本開示は、ＦＤＡ  ＤＳＭに記載されている方法のいずれかにしたがって投与され得る。
【０３０４】
本明細書で使用される場合、ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドは、その薬学的に許容され得る誘導体またはプロドラッグを含むと定義される。「薬学的に許容され得る誘導体またはプロドラッグ」は、レシピエントへの投与により、本明細書に記載されるステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドを（直接的または間接的に）提供することができる本明細書に開示される化合物または薬剤の任意の薬学的に許容され得る塩、エステル、エステルの塩または他の誘導体を意味する。特に好ましい誘導体およびプロドラッグは、（例えば、経口投与化合物の血中へのより容易な吸収を可能にすることにより）このような化合物が哺乳動物に投与される場合に、本開示の化合物のバイオアベイラビリティを増加させるもの、または親種と比べて生物学的区画（例えば、脳またはリンパ系）への親化合物の送達を増強するものである。好ましいプロドラッグは、水溶性または腸膜を通る能動輸送を増強する基が本明細書に記載される式の構造に付加された誘導体を含む。
【０３０５】
いくつかの場合では、医薬組成物は、有効量の１つまたはそれを超える安定化ペプチドを含み得る。本明細書で使用される場合、「有効量」および「処置するために有効」という用語は、一定期間にわたって利用される（急性または慢性投与および定期的または連続的な投与を含む）本明細書に記載される１つまたはそれを超える化合物または医薬組成物の量または濃度であって、目的の効果または生理学的転帰（例えば、感染症の処置）を引き起こすためにその投与の状況内で有効な量または濃度を指す。
【０３０６】
本明細書の方法は、所望また規定の効果を達成するための有効量の化合物または化合物組成物の投与を企図する。典型的には、本開示の医薬組成物は、１日約１〜約６回投与され得るか、またはあるいは連続注入として投与され得る。このような投与は、慢性または急性療法として使用され得る。単一剤形を生成するために担体材料と組み合わされ得る活性成分の量は、処置される宿主および特定の投与様式に応じて変動する。典型的な調製物は、約５％〜約９５％の活性化合物（ｗ／ｗ）を含有する。あるいは、このような調製物は、約２０％〜約８０％の活性化合物を含有する。
【０３０７】
投与は、様々な技術を使用して決定され得る。選択された投与量レベルは、例えば、用いられる特定の化合物の活性、投与経路、投与時間、用いられる特定の化合物の排泄または代謝の速度、処置の継続期間、用いられる特定の化合物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物および／または材料、処置される患者の年齢、性別、体重、状態、一般的な健康および／または過去の病歴、ならびに医学分野で周知の同様の要因を含む様々な要因に依存し得る。投与量の値はまた、緩和すべき状態の重症度により変動し得る。任意の特定の被験体について、特定の投与量レジメンは、個々の必要性および組成物を投与する者または組成物の投与を監督する者の専門的判断にしたがって経時的に調整され得る。
【０３０８】
本明細書に記載される医薬組成物は、正確な投与量の単回投与に適切な単位剤形であり得る。単位剤形では、製剤は、適切な量の１つまたはそれを超える化合物を含有する単位用量に分割される。単位投与量は、別個の量の製剤を含有するパッケージの形態であり得る。非限定的な例は、バイアルまたはアンプル中の液体である。水性懸濁組成物は、単回投与用再閉不能容器にパッケージングされ得る。複数回投与用再閉可能容器は、例えば、保存剤と組み合わせて使用され得る。非経口注射のための製剤は、単位剤形、例えばアンプルで、または保存剤を含む複数回投与用容器で提示され得る。
【０３０９】
本明細書に記載される化合物は、約１ｍｇ〜約２０００ｍｇ；約１００ｍｇ〜約２０００ｍｇ；約１０ｍｇ〜約２０００ｍｇ；約５ｍｇ〜約１０００ｍｇ、約１０ｍｇ〜約５００ｍｇ、約５０ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約１００ｍｇ〜約２００ｍｇ、約１ｍｇ〜約５０ｍｇ、約５０ｍｇ〜約１００ｍｇ、約１００ｍｇ〜約１５０ｍｇ、約１５０ｍｇ〜約２００ｍｇ、約２００ｍｇ〜約２５０ｍｇ、約２５０ｍｇ〜約３００ｍｇ、約３００ｍｇ〜約３５０ｍｇ、約３５０ｍｇ〜約４００ｍｇ、約４００ｍｇ〜約４５０ｍｇ、約４５０ｍｇ〜約５００ｍｇ、約５００ｍｇ〜約５５０ｍｇ、約５５０ｍｇ〜約６００ｍｇ、約６００ｍｇ〜約６５０ｍｇ、約６５０ｍｇ〜約７００ｍｇ、約７００ｍｇ〜約７５０ｍｇ、約７５０ｍｇ〜約８００ｍｇ、約８００ｍｇ〜約８５０ｍｇ、約８５０ｍｇ〜約９００ｍｇ、約９００ｍｇ〜約９５０ｍｇまたは約９５０ｍｇ〜約１０００ｍｇの範囲で、組成物中に存在し得る。
【０３１０】
本明細書に記載される化合物は、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約３ｍｇ、約４ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約５５ｍｇ、約６０ｍｇ、約６５ｍｇ、約７０ｍｇ、約７５ｍｇ、約８０ｍｇ、約８５ｍｇ、約９０ｍｇ、約９５ｍｇ、約１００ｍｇ、約１２５ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１７５ｍｇ、約２００ｍｇ、約２５０ｍｇ、約３００ｍｇ、約３５０ｍｇ、約４００ｍｇ、約４５０ｍｇ、約５００ｍｇ、約５５０ｍｇ、約６００ｍｇ、約６５０ｍｇ、約７００ｍｇ、約７５０ｍｇ、約８００ｍｇ、約８５０ｍｇ、約９００ｍｇ、約９５０ｍｇ、約１０００ｍｇ、約１０５０ｍｇ、約１１００ｍｇ、約１１５０ｍｇ、約１２００ｍｇ、約１２５０ｍｇ、約１３００ｍｇ、約１３５０ｍｇ、約１４００ｍｇ、約１４５０ｍｇ、約１５００ｍｇ、約１５５０ｍｇ、約１６００ｍｇ、約１６５０ｍｇ、約１７００ｍｇ、約１７５０ｍｇ、約１８００ｍｇ、約１８５０ｍｇ、約１９００ｍｇ、約１９５０ｍｇ、または約２０００ｍｇの量で、組成物中に存在し得る。
【０３１１】
いくつかの態様では、用量は、薬物の量を被験体の質量で割ったもの、例えば薬物ミリグラム／被験体の体重キログラムに換算して表され得る。いくつかの態様では、化合物は、約５ｍｇ／ｋｇ〜約５０ｍｇ／ｋｇ、２５０ｍｇ／ｋｇ〜約２０００ｍｇ／ｋｇ、約１０ｍｇ／ｋｇ〜約８００ｍｇ／ｋｇ、約５０ｍｇ／ｋｇ〜約４００ｍｇ／ｋｇ、約１００ｍｇ／ｋｇ〜約３００ｍｇ／ｋｇまたは約１５０ｍｇ／ｋｇ〜約２００ｍｇ／ｋｇの範囲の量で投与される。
【０３１２】
投与量は、患者の体重１ｋｇ当たりの化合物の量に基づき得る。あるいは、本開示の投与量は、化合物の血漿濃度を参照することにより決定され得る。例えば、最大血漿濃度（Ｃｍａｘ）および時間０から無限までの血漿濃度−時間曲線下面積（ＡＵＣ）が使用され得る。
【０３１３】
いくつかの態様では、被験体はヒト被験体であり、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり０．０１〜１００ｍｇである。例えば、様々な例では、投与される化合物の量は、約０．０１〜５０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１００ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜５０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜１００ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜５０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．５〜１０ｍｇ／ｋｇ、約１〜１００ｍｇ／ｋｇ、約１〜５０ｍｇ／ｋｇ、約１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約１〜１０ｍｇ／ｋｇのヒト被験体の体重である。一態様では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．５ｍｇ〜１０ｍｇの化合物が投与される。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．１６ｍｇ、約０．３２ｍｇ、約０．６４ｍｇ、約１．２８ｍｇ、約３．５６ｍｇ、約７．１２ｍｇ、約１４．２４ｍｇまたは約２０ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．１６ｍｇ、約０．３２ｍｇ、約０．６４ｍｇ、約１．２８ｍｇ、約３．５６ｍｇ、約７．１２ｍｇまたは約１４．２４ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．１６ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．３２ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．６４ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約１．２８ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約３．５６ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約７．１２ｍｇである。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約１４．２４ｍｇである。
【０３１４】
いくつかの態様では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．５〜約２０ｍｇまたは約０．５〜約１０ｍｇの化合物が週２回投与される。例えば、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約０．５〜約１ｍｇ、約０．５〜約５ｍｇ、約０．５〜約１０ｍｇ、約０．５〜約１５ｍｇ、約１〜約５ｍｇ、約１〜約１０ｍｇ、約１〜約１５ｍｇ、約１〜約２０ｍｇ、約５〜約１０ｍｇ、約１〜約１５ｍｇ、約５〜約２０ｍｇ、約１０〜約１５ｍｇ、約１０〜約２０ｍｇまたは約１５〜約２０ｍｇの化合物が週約２回投与される。いくつかの例では、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約１ｍｇ、約１．５ｍｇ、約２ｍｇ、約２．５ｍｇ、約３ｍｇ、約３．５ｍｇ、約４ｍｇ、約４．５ｍｇ、約５ｍｇ、約５．５ｍｇ、約６ｍｇ、約６．５ｍｇ、約７ｍｇ、約７．５ｍｇ、約８ｍｇ、約８．５ｍｇ、約９ｍｇ、約９．５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１０．５ｍｇ、約１１ｍｇ、約１１．５ｍｇ、約１２ｍｇ、約１２．５ｍｇ、約１３ｍｇ、約１３．５ｍｇ、約１４ｍｇ、約１４．５ｍｇ、約１５ｍｇ、約１５．５ｍｇ、約１６ｍｇ、約１６．５ｍｇ、約１７ｍｇ、約１７．５ｍｇ、約１８ｍｇ、約１８．５ｍｇ、約１９ｍｇ、約１９．５ｍｇ、または約２０ｍｇの化合物が週２回投与される。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約１．２５ｍｇ、約２．５ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇまたは約２０ｍｇであり、化合物は週２回投与される。いくつかの例では、投与される化合物の量は、ヒト被験体の体重１キログラム当たり約１．２５ｍｇ、約２．５ｍｇ、約５ｍｇまたは約１０ｍｇである。化合物は、週１回、週２回、週３回、４回、５回、６回または７回投与され得る。化合物は、３週間ごとに１回投与され得る。
【０３１５】
いくつかの態様では、化合物は、一定期間にわたって漸次投与される。所望量の化合物は、例えば、約０．１時間〜２４時間の期間にわたって漸次投与され得る。いくつかの例では、所望量の化合物は、０．１時間、０．５時間、１時間、１．５時間、２時間、２．５時間、３時間、３．５時間、４時間、４．５時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間または２４時間の期間にわたって漸次投与される。いくつかの例では、所望量の化合物は、０．２５〜１２時間の期間にわたって、例えば０．２５〜１時間、０．２５〜２時間、０．２５〜３時間、０．２５〜４時間、０．２５〜６時間、０．２５〜８時間または０．２５〜１０時間の期間にわたって漸次投与される。いくつかの例では、所望量の化合物は、０．２５〜２時間の期間にわたって漸次投与される。いくつかの例では、所望量の化合物は、０．２５〜１時間の期間にわたって漸次投与される。いくつかの例では、所望量の化合物は、０．２５時間、０．３時間、０．４時間、０．５時間、０．６時間、０．７時間、０．８時間、０．９時間、１．０時間、１．１時間、１．２時間、１．３時間、１．４時間、１．５時間、１．６時間、１．７時間、１．８時間、１．９時間または２．０時間の期間にわたって漸次投与される。いくつかの例では、所望量の化合物は、１時間の期間にわたって漸次投与される。いくつかの例では、所望量の化合物は、２時間の期間にわたって漸次投与される。
【０３１６】
化合物の投与は、必要な限り継続し得る。いくつかの態様では、１つまたはそれを超える本開示の化合物は、１日超、１週間超、１カ月間超、２カ月間超、３カ月間超、４カ月間超、５カ月間超、６カ月間超、７カ月間超、８カ月間超、９カ月間超、１０カ月間超、１１カ月間超、１２カ月間超、１３カ月間超、１４カ月間超、１５カ月間超、１６カ月間超、１７カ月間超、１８カ月間超、１９カ月間超、２０カ月間超、２１カ月間超、２２カ月間超、２３カ月間超または２４カ月間超投与される。いくつかの態様では、１つまたはそれを超える本開示の化合物は、１週間未満、１カ月間未満、２カ月間未満、３カ月間未満、４カ月間未満、５カ月間未満、６カ月間未満、７カ月間未満、８カ月間未満、９カ月間未満、１０カ月間未満、１１カ月間未満、１２カ月間未満、１３カ月間未満、１４カ月間未満、１５カ月間未満、１６カ月間未満、１７カ月間未満、１８カ月間未満、１９カ月間未満、２０カ月間未満、２１カ月間未満、２２カ月間未満、２３カ月間未満または２４カ月間未満投与される。
【０３１７】
いくつかの態様では、化合物は、２８日サイクルの１、８、１５および２８日目に投与される。いくつかの態様では、化合物は、２８日サイクルの１、８、１５および２８日目に投与され、投与は２サイクル継続される。いくつかの態様では、化合物は、２８日サイクルの１、８、１５および２８日目に投与され、投与は３サイクル継続される。いくつかの態様では、化合物は、２８日サイクルの１、８、１５および２８日目に投与され、投与は４、５、６、７、８、９、１０サイクルまたはそれを超えて継続される。
【０３１８】
いくつかの態様では、化合物は、２１日サイクルの１、８、１１および２１日目に投与される。いくつかの態様では、化合物は、２１日サイクルの１、８、１１および２１日目に投与され、投与は２サイクル継続される。いくつかの態様では、化合物は、２１日サイクルの１、８、１１および２１日目に投与され、投与は３サイクル継続される。いくつかの態様では、化合物は、２１日サイクルの１、８、１１および２１日目に投与され、投与は４、５、６、７、８、９、１０サイクルまたはそれを超えて継続される。
【０３１９】
いくつかの態様では、１つまたはそれを超える本開示の化合物は、継続的に慢性投与される。いくつかの態様では、１つまたはそれを超える本開示の化合物の投与は、疾患進行の記述、許容され得ない毒性、または患者もしくは医師の投与中止決定まで継続される。
【０３２０】
いくつかの態様では、本開示の化合物の適切な１日用量は、治療効果をもたらすために有効な最低用量である化合物の量であり得る。このような有効用量は、一般に、上記要因に依存する。所定の患者において最も有効な処置をもたらす任意の特定の化合物の正確な投与時間および量は、特定の化合物の活性、薬物動態およびバイオアベイラビリティ、患者の生理学的状態（年齢、性別、疾患のタイプおよびステージ、一般的な身体状態、医薬の所定の投与量および種類に対する反応性を含む）、投与経路などに依存する。
【０３２１】
医師は、有効量の必要な医薬組成物を処方し得る。例えば、医師は、所望の治療効果を達成するために必要なレベルよりも低いレベルで、医薬組成物において用いられる本開示の化合物の投与を開始し、所望の効果が達成されるまで、投与量を漸次増加させ得る。
【０３２２】
本開示の化合物は、選択的生物学的特性（例えば、疎水性および／または疎水性パッチの位置／出現を含む）を増強するための適切な官能性を付加することにより改変され得る。このような改変は当技術分野で公知であり、所定の生物学的区画（例えば、血液、リンパ系、中枢神経系）への生物学的浸透を増加させ、経口アベイラビリティを増加させ、注射による投与を可能にするために溶解度を増加させ、代謝を変化させ、および排泄速度を変化させるものが挙げられる。
【０３２３】
哺乳動物膜と対比して微生物膜に選択的な抗菌ペプチド（すなわち、微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）を死滅させるかまたはその成長を阻害することができるペプチドであって、哺乳動物細胞を溶解するかまたはその成長を阻害する比較的低い能力も有するペプチド）は、例えば、同じ１つまたはそれを超える微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）に対する対応親（すなわち、非改変）非内部架橋ペプチドのＭＩＣよりも１．５倍超低い、２倍超低い、２．５倍超低い、３倍超低い、４倍超低い、５倍超低い、６倍超低い、７倍超低い、８倍超低い、９倍超低い、１０倍超低い、１５倍超低いまたは２０倍超低い、１つまたはそれを超える微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）に対するＭＩＣを有し得る。加えて、哺乳動物膜と対比して微生物膜に選択的な抗菌ペプチドは、例えば、１つまたはそれを超える微生物（例えば、グラム陰性細菌、抗生物質耐性グラム陰性細菌）に対するそのＭＩＣで投与される場合に、ＲＢＣ溶血活性アッセイにおいて赤血球（ＲＢＣ）の５０％未満、４０％未満、３０％未満、２５％未満、２０％未満、１５％未満、１０％未満、５％未満、２．５％未満、２％未満または１％未満を溶解し得る。哺乳動物膜と対比して微生物膜に選択的な抗菌ペプチドのＲＢＣ溶血活性は、対応親（すなわち、非改変）非内部架橋ペプチドのＲＢＣ溶血活性よりも１．５倍未満大きい、２倍未満大きい、２．５倍未満大きい、３倍未満大きい、４倍未満大きい、５倍未満大きい、６倍未満大きい、７倍未満大きい、８倍未満大きい、９倍未満大きいまたは１０倍未満大きいかそれにほぼ等しいものであり得る。
【０３２４】
本開示の化合物の薬学的に許容され得る塩としては、薬学的に許容され得る無機および有機の酸および塩基に由来するものが挙げられる。適切な酸塩の例としては、酢酸塩、アジピン酸塩、安息香酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、酪酸塩、クエン酸塩、二グルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グリコール酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、塩酸塩、臭化水素酸塩、ヨウ化水素酸塩、乳酸塩、マレイン酸、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２−ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、パルモ酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、トシル酸塩、トリフルオロメチルスルホン酸塩およびウンデカン酸が挙げられる。適切な塩基に由来する塩としては、アルカリ金属塩（例えば、ナトリウム）、アルカリ土類金属塩（例えば、マグネシウム）、アンモニウム塩およびＮ−（アルキル）４＋塩が挙げられる。本開示はまた、本明細書に開示される化合物の任意の塩基性窒素含有基の四級化を想定する。水溶性または油溶性または分散性生成物は、このような四級化により得られ得る。
【０３２５】
本開示の医薬組成物は、１つまたはそれを超えるペプチドと、任意の薬学的に許容され得る担体および／またはビヒクルとを含み得る。いくつかの例では、医薬品は、疾患または疾患症状のモジュレーションを達成するために有効な量で１つまたはそれを超えるさらなる治療剤をさらに含み得る。
【０３２６】
本開示の組成物が、本明細書に記載される式の化合物と１つまたはそれを超えるさらなる治療剤または予防剤との組み合わせを含む場合、化合物およびさらなる薬剤は両方とも、単剤療法レジメンで通常投与される投与量の約１〜１００％、より好ましくは約５〜９５％の投与量レベルで存在すべきである。さらなる薬剤は、複数回投与レジメンの一部として、本開示の化合物とは別個に投与され得る。あるいは、それらの薬剤は、単一組成物で本開示の化合物と一緒に混合された単一剤形の一部であり得る。
【０３２７】
「薬学的に許容され得る担体またはアジュバント」という用語は、本開示の化合物と一緒に患者に投与され得る担体またはアジュバントであって、その薬理学的活性を破壊せず、治療量の化合物を送達するために十分な用量で投与される場合に非毒性である担体またはアジュバントを指す。
【０３２８】
本開示の医薬組成物において使用され得る薬学的に許容され得る担体、アジュバントおよびビヒクルとしては、限定されないが例えば、イオン交換体、アルミナ、ステアリン酸アルミニウム、レシチン、自己乳化薬物送達システム（ＳＥＤＤＳ）、例えばｄ−α−トコフェロールポリエチレングリコール１０００スクシネート、医薬剤形で使用される界面活性剤、例えばＴｗｅｅｎまたは他の類似のポリマー送達マトリックス、血清タンパク質、例えばヒト血清アルブミン、緩衝物質、例えばリン酸塩、グリシン、ソルビン酸、ソルビン酸カリウム、飽和植物性脂肪酸の部分グリセリド混合物、水、塩または電解質、例えば硫酸プロタミン、リン酸水素二ナトリウム、リン酸水素カリウム、塩化ナトリウム、亜鉛塩、コロイド状シリカ、三ケイ酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、セルロース系物質、ポリエチレングリコール、カルボキシメチルセルロースナトリウム、ポリアクリレート、ワックス、ポリエチレン−ポリオキシプロピレン−ブロックポリマー、ポリエチレングリコールおよび羊毛脂が挙げられる。シクロデキストリン、例えばα−、β−およびγ−シクロデキストリンもまた、本明細書に記載される式の化合物の送達を増強するために有利に使用され得る。
【０３２９】
ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）部分の追加は、ポリペプチドの薬物動態特性および薬力学特性を改善し得る。例えば、ペグ化は腎臓クリアランスを減少させ得、より安定な血漿濃度をもたらし得る。ＰＥＧは水溶性ポリマーであり、式：
ＸＯ−−（ＣＨ２ＣＨ２Ｏ）ｎ−−ＣＨ２ＣＨ２−−Ｙ（式中、ｎは、２〜１０，０００であり、Ｘは、Ｈまたは末端改変、例えばＣ１−４アルキルであり；Ｙは、ポリペプチドのアミン基（限定されないが、リジンのイプシロンアミンまたはＮ−末端を含む）へのアミド、カルバメートまたは尿素結合である）として、ポリペプチドに連結されたものとして表され得る。Ｙはまた、チオール基（限定されないが、システインのチオール基を含む）へのマレイミド結合であり得る。ＰＥＧをポリペプチドに直接的または間接的に連結するための他の方法は当業者に公知である。ＰＥＧは、直線状または分枝状であり得る。様々な官能基化誘導体を含む様々な形態のＰＥＧが市販されている。
【０３３０】
骨格中に分解可能な結合を有するＰＥＧが使用され得る。例えば、ＰＥＧは、加水分解に供されるエステル結合を用いて調製され得る。分解可能なＰＥＧ結合を有するコンジュゲートは、例えば、国際公開第９９／３４８３３号、国際公開第９９／１４２５９号および米国特許第６，３４８，５５８号に記載されている。
【０３３１】
特定の態様では、高分子ポリマー（例えば、ＰＥＧ）を、中間リンカーを介して、本明細書に記載される薬剤に結合させる。特定の態様では、リンカーは、ペプチド結合により連結された１〜２０のアミノ酸から構成され、アミノ酸は、２０個の天然に存在するアミノ酸から選択される。当業者により十分に理解されているように、これらのアミノ酸のいくつかはグリコシル化され得る。他の態様では、１〜２０個のアミノ酸は、グリシン、アラニン、プロリン、アスパラギン、グルタミンおよびリジンから選択される。他の態様では、リンカーは、立体障害のない大部分のアミノ酸、例えばグリシンおよびアラニンから構成される。非ペプチドリンカーも可能である。例えば、−ＮＨ（ＣＨ２）ｎＣ（Ｏ）−（式中、ｎ＝２−２０）などのアルキルリンカーが使用され得る。これらのアルキルリンカーは、任意の非立体障害基、例えば低級アルキル（例えば、Ｃ１−Ｃ６）、低級アシル、ハロゲン（例えば、Ｃｌ、Ｂｒ）、ＣＮ、ＮＨ２、フェニルなどでさらに置換され得る。米国特許第５，４４６，０９０号には、二官能性ＰＥＧリンカー、および各ＰＥＧリンカー末端にペプチドを有するコンジュゲートの形成におけるその使用が記載されている。
【０３３２】
医薬組成物は、任意の従来の非毒性の薬学的に許容され得る担体、アジュバントまたはビヒクルを含有し得る。いくつかの場合では、薬学的に許容され得る酸、塩基またはバッファを用いて製剤のｐＨを調整して、製剤化化合物またはその送達形態の安定性を増強し得る。本明細書で使用される場合、非経口という用語は、皮下、皮内、静脈内、筋肉内、関節内、動脈内、滑膜内、胸骨内、くも膜下、病巣内および頭蓋内注射または注入技術を含む。
【実施例】
【０３３３】
以下の実施例は、特許請求される本発明をより良く説明するために提供されるものであり、本発明の範囲を限定するものとして解釈されるべきではない。特定の材料が言及される限りにおいて、それは単に例示目的であり、本発明を限定することを意図しない。当業者は、発明能力を発揮せずに、および本発明の範囲から逸脱せずに、同等の手段または反応物を開発し得る。
【０３３４】
実施例１：材料および方法
固相ペプチド合成
Ｆｍｏｃベースの固相ペプチド合成を使用して、抗菌ペプチドおよびそれらのステープルド誘導体を合成した。様々なステープル長を達成するために、２つ、３つまたは６つの残基に隣接するα−メチル、α−アルケニルアミノ酸を使用した。Ｒ５［（Ｒ）−２−（ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ］残基を位置ｉに組み込み、Ｓ５［（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨ］を位置ｉ＋３に組み込み、２つのＳ５残基を位置ｉおよびｉ＋４に使用し、Ｒ８［（Ｒ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ］を位置ｉに使用し、Ｓ５をｉ＋７に使用した［Ｂｉｒｄら、Ｍｅｔｈ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．，４４６：３６９−３８６（２００８）；Ｂｉｒｄら、Ｃｕｒｒ  Ｐｒｏｔｏｃ  Ｃｈｅｍ  Ｂｉｏｌ．，３（３）：９９−１１７（２０１１）。代替のステープル化アミノ酸カップルを使用して、対応するステープルを生成することもできる（例えば、ｉ、ｉ＋３の場合にはＲ８／Ｓ５またはＳ８［（Ｓ）−２−（７−オクテニル）Ａｌａ−ＯＨ］／Ｒ５；ｉ、ｉ＋４の場合にはＲ５／Ｒ５またはＳ５／Ｓ５；ｉ、ｉ＋７の場合にはＳ８／Ｒ５またはＲ８／Ｓ５）。足場中でステッチを達成する方法の例として、２−アミノ−２−（ペンタ−４−エニル）ヘプタ−６−エン酸（Ｂｓ）をペプチド配列に組み込んだ（Ｓ５残基はＢｓ残基の前の位置ｉ＋３にあり、Ｓ８残基はＢｓ残基の後の位置ｉ＋７にある）。ステープル化反応のために、ジクロロエタンに溶解したグラブス第１世代ルテニウム触媒を、樹脂上に依然として存在する間にペプチドに添加した。最大変換を確実にするために、３〜５ラウンドのステープル化を実施した。ステープル化されたら、トリフルオロ酢酸を使用してペプチドを樹脂から切断し、次いで、ヘキサン：エーテル（１：１）混合物を使用して沈殿させ、その後、それらを空気乾燥させ、ＬＣ−ＭＳを使用して精製した。本発明者らはアミノ酸分析を実施して、精製ペプチドの量を正確に決定し、正しい配列が作製されたことを確認した。
【０３３５】
円偏光二色性分光法
化合物を水溶液（例えば、ｐＨ７の５ｍＭリン酸カリウム溶液、または蒸留Ｈ２Ｏ、２５〜５０μＭの濃度まで）に溶解した。標準測定パラメータ（例えば、温度、３７℃；波長、１９０〜２６０ｎｍ；ステップ分解能、０．５ｎｍ；速度、２０ｎｍ／秒；累積、１０；応答、１秒；バンド幅、１ｎｍ；路長、０．１ｃｍ）を使用して、分光偏光計（Ａｖｉｖ）により、円偏光二色性（ＣＤ）スペクトルを得た。平均残基楕円率をモデルのヘリックスデカペプチドの報告値で割ることにより、各ペプチドのα−ヘリックス含有量を計算した（例えば、Ｙａｎｇら、Ｍｅｔｈ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．１３０：２０８（１９８６）を参照のこと）。
【０３３６】
細菌標本
Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ  Ｉｓｏｌａｔｅ  Ｂａｎｋ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｃｅｎｔｅｒｓ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ａｎｄ  Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ（Ａｔｌａｎｔａ，ＧＡ）から入手したＭＤＲ臨床サンプルのパネルに対して、ＳｔＡＭＰをスクリーニングした。
【０３３７】
抗菌活性アッセイ
以下のマイクロブロス希釈プロトコールを適合して、各ペプチドの最小阻害濃度（ＭＩＣ）を決定した。最初に、ミューラーヒントンブロス（ＭＨＢ）を陰イオン交換カラムに通して、ポリアニオン種を除去し、精製ＭＨＢを生成した。次いで、Ｈａｎｃｏｃｋらにより考案された９６ウェルプレート用の標準マイクロブロス希釈プロトコールにおいて、この精製ブロス（ｒｅｆｉｎｅｄ  ｂｒｏｔｈ）を使用した（注：初期研究では、ＢＳＡがペプチド活性を妨げ得ることが明らかになったので、このプロトコールではそれを使用しなかった）。簡潔に言えば、細菌細胞を精製ＭＨＢ中、３７℃で一晩成長させ、次いで、希釈し、再び数時間成長させた。透明丸底ポリプロピレン９６ウェルプレートを使用して、ペプチドストックの水中連続希釈物（１０μｌ）を調製した。次いで、９０μｌの精製ＭＨＢ中細菌を添加して、５×１０５ＣＦＵ／ｍｌの最終接種材料を得た。次いで、プレートを多孔性テープでカバーして蒸発を減少させ、３７℃で２０〜２４時間インキュベートした。ＭＩＣは、目に見える成長が観察されなかった最小ペプチド濃度である。
【０３３８】
溶血活性アッセイ
溶血活性の決定のために、ヒト血液サンプルを遠心分離して赤血球（ＲＢＣ）を単離し、次いで、これを洗浄し、リン酸緩衝食塩水に懸濁して、１％（ｖ／ｖ）懸濁液を得た。次いで、懸濁液を、透明丸底ポリプロピレン９６ウェルプレート中のペプチドストックの水中連続希釈物に添加し、プレートを３７℃で１時間インキュベートした。インキュベーション後、プレートを遠心分離し、上清を単離して、方程式：％溶血＝（処理吸光度−未処理対照吸光度）／（１％Ｔｒｉｔｏｎ−Ｘ１００処理吸光度−未処理対照吸光度）にしたがって分光光度計（５７０ｎｍ）を使用して、放出されたヘモグロビンの量を決定した。最小溶血濃度（ＭＨＣ）は、ヘモグロビン放出が１％未満であるペプチド濃度である。
【０３３９】
腎毒性アッセイ（初代ヒト腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ））
簡潔に言えば、完全成長細胞培地中のｐＲＰＴＥＣを細胞１０，０００個／ウェルの密度で９６ウェルプレートに播種し、３７℃で４８時間インキュベートした。次いで、完全培地を除去し、様々な濃度のＳｔＡＭＰを添加した毒性アッセイ培地で置き換えた。次いで、細胞をさらに２４〜４８時間インキュベートし、その後、細胞培地を収集し、細胞毒性検出キット（ＬＤＨ）（Ｒｏｃｈｅ）を使用して、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）の存在についてアッセイした。
【０３４０】
実施例２：ステープルドマガイニンＩＩ類似体の合成。
マガイニンＩＩは、本明細書に記載される炭化水素ステープルドおよび／またはステッチド抗菌ペプチドの設計のための足場として使用した十分に特徴付けられたＡＭＰである。ステープルドマガイニンＩＩペプチドおよびステープルドプレウロシジンペプチドのパネル（例えば、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ａ９Ｋ）およびＰｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）、Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５）を以前に生成した（例えば、米国特許出願公開第２０１７／００１５７１６号（これは、その全体が本明細書に組み込まれる）を参照のこと）。
【０３４１】
実施例３：ステープルドマガイニンＩＩペプチドおよびプレウロシジンペプチドの溶血活性
Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉおよびＥ．ｃｏｌｉの臨床分離株では、コリスチン耐性が最近同定された。これらの分離株を配列決定したところ、負荷電リピドＡ（リポ多糖（ＬＰＳ）の成分であり、コリスチンの主な結合標的である）の完全な喪失により、またはホスホエタノールアミンによるリピドＡの改変により、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉがコリスチン耐性を獲得したことが見出された。Ｅ．ｃｏｌｉの場合、病原体は、水平遺伝子移入により、ＭＣＲ−１（リピドＡを改変し得るホスホエタノールアミントランスフェラーゼ酵素）をコードするプラスミド媒介性可動性コリスチン耐性遺伝子（ｍｃｒ−１）を獲得したことが発見された。これらの耐性機構の出現は、最終的な抗生物質防御ラインであるポリミキシンを深刻に危うくしている。ポリミキシンのようなカチオン性ヘリックス抗菌ペプチド（ＣＨＡＭＰ）は、膜結合および溶解について細菌の負荷電膜表面に依拠する。しかしながら、ポリミキシンとは異なり、通常、ＣＨＡＭＰは非常に無差別的であり、特定の膜標的を有しない。したがって、本発明者らは、炭化水素ステープルド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）が、コリスチン耐性グラム陰性病原体を処置するための実行可能な選択肢であり得ると仮定した。
【０３４２】
コリスチン耐性がＳｔＡＭＰとの交差耐性をもたらすかを評価するために、本発明者らは、強力な抗菌活性および低い溶血活性を示した３つのリード化合物：Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（配列番号１）、Ｍａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ａ９Ｋ）（配列番号２）およびＰｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（配列番号３）、ならびに強力な抗菌活性および高い溶血活性を有する１つの化合物Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５（配列番号３４）を選択した（表２）。
【表２】
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【０３４３】
表２のペプチドは、配列番号１〜３および３４であり、上から下に連続して番号付けされている。この研究において使用したＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の配列（配列番号１）はＧＸＧＫＦＸＨＳＫＫＫＦＧＫＡＸＶＧＥＸＢＮＳであり、「Ｘ」は（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨオレフィン残基を表し、「Ｂ」はノルロイシンである；この研究において使用したＭａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ａ９Ｋ）の配列（配列番号２）はＧＩＸＫＦＬＸＳＫＫＫＦＧＫＡＸＶＧＥＸＢＮＳであり、「Ｘ」は（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨオレフィン残基を表し、「Ｂ」はノルロイシンである；この研究において使用したＰｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の配列はＧＸＧＳＦＸＫＫＫＡＨＶＧＫＨＸＧＫＡＸＬＴＨＹＬであり、「Ｘ」は（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨオレフィン残基を表す。この研究において使用したＰｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５の配列はＧＸＧＳＦＸＫＫＡＡＨＶＧＫＨＸＧＫＡＸＬＴＨＹＬであり、「Ｘ」は（Ｓ）−２−（４−ペンテニル）Ａｌａ−ＯＨオレフィン残基を表す。
【０３４４】
実施例４：ステープルドマガイニンＩＩペプチドおよびプレウロシジンペプチドの抗菌活性
次いで、実施例３の表２の最初の３つのＳｔＡＭＰを、様々な程度のコリスチン耐性を有するＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉの３９個の臨床分離株に対して試験した（表３、４）。ＳｔＡＭＰは、コリスチン耐性パターンにかかわらず、試験したすべての株に対して強力な活性を示したが、これは、ＳｔＡＭＰの無差別な作用機構が単純な脂質改変の回避を可能にすることを証明している。これらの結果が種特異的ではないことのさらなる証拠として、本発明者らは、ＭＣＲ−１プラスミドを保持する２つのＥ．ｃｏｌｉ臨床分離株に対して本発明者らの化合物を試験したところ、同様の効力を見出した（表４）。
【表３】
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【表４】
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【０３４５】
実施例５：ステープルドマガイニンＩＩペプチドおよびプレウロシジンペプチドの抗菌活性
次いで、ＳｔＡＭＰのＭａｇ（ｉ＋４）２，１５（Ａ９Ｋ）、Ｐｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）およびＰｌｅｕ（ｉ＋４）１，１５もまた、Ｓ．ａｕｒｅｕｓの４つの臨床分離株（これらの２つはメチシリン感受性（ＭＳＳＡ）であり、２つはメチシリン耐性（ＭＲＳＡ）であった）に対して試験した（表５）。ＳｔＡＭＰは、メチシリンに対する感受性にかかわらず、試験したすべての株に対して強力な活性を示したが、これは、ＳｔＡＭＰの活性スペクトルが、耐性パターンにかかわらず、その上、グラム陽性生物まで拡大され得ることを証明している。
【表５】
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【０３４６】
実施例６：ステープルド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）の腎毒性
現在臨床使用されている多くのカチオン性抗生物質、例えばコリスチン、ポリミキシンｂおよびゲンタマイシンは、処置中に腎毒性を引き起こし、それにより、患者における使用期間および投与可能な用量が制限される。同様に、抗菌ペプチド（ＡＭＰ）は、コリスチンおよびポリミキシンｂと類似の毒性プロファイルを示しており、近位曲尿細管曲部中の腎細胞への損傷を引き起こし得る。しかしながら、内部投与に関する確認された課題および制限を回避するために、ほとんどのＡＭＰは局所使用のみを目的として臨床開発されているので、ＡＭＰの潜在的腎毒性を減少させるための研究はほとんど行われていない。
【０３４７】
上記実施例に記載されているように、炭化水素ステープル化を使用して、高い抗菌活性を有し、溶血活性をほとんどまたは全く有しないステープルド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）を生成し得る。しかしながら、初代ヒト腎近位尿細管上皮細胞（ｐＲＰＴＥＣ）においてＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の毒性を試験したところ、本発明者らは、それが、比較的低い濃度でｐＲＰＴＥＣの膜溶解を引き起こし得ることを発見した。ｐＲＰＴＥＣアッセイは特に高感度であり、インビボにおけるＳｔＡＭＰの毒性を正確に反映しないと考えられる。それでもやはり、これらの結果に促されて、本発明者らは、強い抗菌活性を維持しながら潜在的腎細胞溶解特性を減少させるようにＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）を再設計した。本発明者らは、ＡＭＰの潜在的腎毒性を減少させるために、ｐＲＰＴＥＣ溶解を緩和する２つのアプローチを調査した。
【０３４８】
最初に、本発明者らは、ｐＲＰＴＥＣ溶解を減少させるようとして、ＳｔＡＭＰのカチオン点電荷を変化させた。カチオン性リポペプチドであるコリスチンの腎近位尿細管毒性の主な決定因子の１つは、カチオン点電荷の数である。不安定な保護基であるメタンサルフェートを使用してコリスチンの点電荷を遮蔽することにより、コリスチンの腎毒性プロファイルが劇的に改善され、コリスチンメタンサルフェートは、臨床使用される主な製剤になった。Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）のカチオン電荷も点電荷であるので、本発明者らは、電荷性の変更が腎毒性の有意な減少をもたらすかを評価した。このために、本発明者らは、それぞれが１つまたはそれを超えるアミノ酸置換を有するＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）類似体を合成し、本発明者らは、少なくとも１つのリジン残基をアルギニン（非局在化カチオン電荷）またはヒスチジン（６未満のｐＨでほとんどがプロトン化されるカチオン荷電残基）の少なくとも１つで置換した。変化したカチオン点電荷を有するＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）類似体は、表６に示されている。
【表６】
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【０３４９】
様々な細菌病原体に対して試験したところ、変化したカチオン電荷を有する新たな類似体（表６）は、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）と比較して低い強力な最小阻害濃度（ＭＩＣ）値を示した。表７に示されているように、アルギニンによるリジンの置換は、ＭＩＣにおけるわずか１希釈段階の減少をもたらしたが、ヒスチジンによるリジンの置換は、より多くのリジンがヒスチジンで置換されるにつれて効力が減少するようなＭＩＣ効力の段階的減少をもたらした。図１に示されているように、表６のＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）類似体は、２４時間のインキュベーション後にｐＲＰＴＥＣ溶解活性の有意な減弱を示した。したがって、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の電荷性の変更は、ｐＲＰＴＥＣ毒性アッセイにおいてその溶解活性を有意に減弱させた。リジンからアルギニンへの置換は、ｐＲＰＴＥＣ溶解の減少をもたらし、リジンからヒスチジンへの置換は、ｐＲＰＴＥＣ溶解のより有意な減少をもたらした。全体として、これらの結果により、カチオン点電荷の変化はｐＲＰＴＥＣ溶解を減少させたが、同時にペプチド抗菌活性の減少ももたらしたことが示された。したがって、電荷性の変更は、ｐＲＰＴＥＣ溶解を緩和する所望の効果を達成したが、より広い治療域を必ずしも提供するものではない。
【表７】
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【０３５０】
第２のアプローチでは、本発明者らは、ｐＲＰＴＥＣ溶解を減少させようとして、ＳｔＡＭＰの疎水性を変化させた。本発明者らが選択的ＳｔＡＭＰの設計ルールを明確に示したところ、ＳｔＡＭＰ溶血活性を決定した主な因子の１つは、連続疎水性パッチの存在であった。疎水性パッチの連続性の破壊は、望ましくない溶血活性を減少させたが、抗菌活性の減少をほとんどまたは全くもたらさなかった。したがって、本発明者らは、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）中のノルロイシン残基をアラニン残基に変異させて（Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ））、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の２つのパッチの一方における疎水性のさらなる減少がｐＲＰＴＥＣ溶解の減少をもたらすかを決定した（表８を参照のこと）。Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）の第１の疎水性パッチは、Ｘ２、Ｘ６およびＦ５残基から構成され、第２の疎水性パッチは、Ｆ１２、Ｘ１６、Ｖ１７、Ｘ２０およびＢ２１残基から構成される。表８に示されているように、本発明者らはまた、２つの他の新規Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）類似体Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ｋ）およびＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ，Ｎ２２Ｋ，Ｓ２３Ｋ）を生成して、ＳｔＡＭＰの親水性面をよりカチオン性にして、細菌膜に対する親和性を増加させることが、パッチ疎水性の低下に起因し得る抗生物質活性の減少を補償し得るかを試験した。
【表８】
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【０３５１】
図１に示されているように、試験したところ、２４時間のインキュベーション後、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ）ペプチドは、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）と比べて有意に減弱したｐＲＰＴＥＣ溶解を示した。しかしながら、表９に示されているように、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ）はまた、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）と比較して、様々な細菌病原体に対する減少した抗菌活性を示した（減少したＭＩＣ値を有していた）。したがって、ペプチド疎水性相互作用は、ｐＲＰＴＥＣ（これは、ＲＢＣよりも溶解感受性である）の溶解において重要な役割を果たす。ＳｔＡＭＰ疎水性パッチの疎水性の減少は、ｐＲＰＴＥＣ溶解を減少させる。
【０３５２】
図２に示されているように、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ｋ）およびＭａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ，Ｎ２２Ｋ，Ｓ２３Ｋ）ペプチドもまた、９０分間のインキュベーション後、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）と比較した場合に、ｐＲＰＴＥＣに対する著しく減少した溶解活性を示した。図３は、ｐＲＰＴＥＣと共に４８時間インキュベートした場合、これらのペプチドが長期溶菌活性も減少させたことを示す。表９に示されているように、グラム陰性病原体に対して試験したところ、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ｋ）は、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ）と類似の抗菌効力を示したが、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）（Ｂ２１Ａ，Ｎ２２Ｋ，Ｓ２３Ｋ）は、Ｍａｇ（ｉ＋４）１，１５（Ａ９Ｋ）と類似の抗菌効力を有しており、グラム陰性病原体に対するより高い選択性を示した。これらの結果は、ＳｔＡＭＰの疎水性パッチの疎水性の程度を調整して、ｐＲＰＴＥＣに対する毒性を減少させ、溶解を減少させ得ることを裏付けている。疎水性パッチへの変更のいずれかがＳｔＡＭＰ抗生物質活性の効力を減少させる場合、変異を介して正電荷残基、例えばリジンの数をヘリックスの親水性面に増加させることにより、抗生物質活性を再建または強化し得る。
【表９】
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【０３５３】
実施例７：カルバペネム耐性細菌に対するＳｔＡＭＰの有効性
カルバペネムは、広範なグラム陽性およびグラム陰性病原体を処置するために一般的に使用されている本発明者らの用品に不可欠な抗生物質のラインである。抗生物質のβ−ラクタマーゼファミリーの一部であるにもかかわらず、これらの薬物のβ−ラクタム環の隣に存在するカルバペネム部分は、β−ラクタマーゼおよび基質特異性拡張型βラクタマーゼに対する顕著な安定性を付与するので、医師が多剤耐性（ＭＤＲ）の疑いがある病原体に直面した場合に第１選択薬になる。それにもかかわらず、このクラスの抗生物質の広範な使用は、同様にグラム陽性病原体およびグラム陰性病原体の間でカルバペネム耐性の流行の増加をもたらした。グラム陽性のための実行可能な処置選択肢はいくつかあるが（例えば、ダプトマイシンおよびバンコマイシン）、カルバペネム耐性グラム陰性病原体のための処置選択肢は非常に限られている。したがって、グラム陰性細菌におけるカルバペネム耐性を回避し得る新たな治療薬を開発することは優先度が高い。
【０３５４】
このために、本明細書に記載される新たなクラスの抗生物質−ステープルド抗菌ペプチド（ＳｔＡＭＰ）−を、メロペネム（Ｍｅｒｏ）に対する感受性により例示される、カルバペネムに対する可変耐性を有する幅広いＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ臨床サンプルに対して試験した。図４を参照のこと。
【０３５５】
Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅおよびＳａｌｍｏｎｅｌｌａを含む様々な種にわたって、本明細書に記載される化合物は、０．７８〜１２．５μｇ／ｍＬの範囲内の抗菌有効性を示したが、これは、無差別なＳｔＡＭＰ作用機構に対する感受性が、グラム陰性病原体により使用される様々なカルバペネム耐性機構、例えば（０００１、０００２、０１１２および０１１４株において発現される）ＫＰＣ−３のようなカルバペネマーゼの発現、および（０００６および０１１３株において見られる）ペリプラズム中へのカルバペネム拡散に必要なポリンの切断により影響を受けないことを強調している。
【０３５６】
他の実施形態
その詳細な説明と併せて本発明を説明したが、前記の説明は、例示であり、添付の特許請求の範囲の範囲により定義される本発明の範囲を限定するものではないことを理解すべきである。他の態様、利点および改変は、以下の特許請求の範囲の範囲内である。
【０３５７】
本明細書で引用される特許出願、特許および他の刊行物はすべて、その全体が参照により組み込まれる。
【図１】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【配列表】
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【国際調査報告】
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2020527564.tif 000023
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