【誤訳訂正書】
【提出日】平成30年10月5日(2018.10.5)
【誤訳訂正１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００５３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００５３】
本明細書において使用される用語「反応」は、特定の目的ポリヌクレオチド配列の存在又は不在を示す、化学的、酵素的、又は物理的作用を含む任意のプロセスのことである。「反応」の例は、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）のような増幅反応である。「反応」の別の例は、合成又はライゲーションのいずれかによるシークエンシング反応である。「情報的反応(informative reaction)」とは、一つ以上の特定の目的ポリヌクレオチド配列の存在を示す反応を意味し、そして場合によっては、唯一つの目的の配列が存在することを示す反応を意味する。本明細書において使用される用語「ウェル」は、例えばウェル形状バイアル、セル、又はＰＣＲアレイにおけるチャンバー等、密閉された構造内のあらかじめ決められた位置における反応のことである。
【誤訳訂正２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７０】
工程120において、各ウェル中で、PCRプロセスが実行され、対立遺伝子A及び／又はGが同時に検出される。工程130において、各ウェル中のマーカー(蛍光等)が同定され、ウェル中にA若しくはGのいずれか一方が入っているか、又はそれらのいずれも入っているか、若しくはいずれも入っていないかが判定される。LOHが起こらない場合、DNA試料中の対立遺伝子A及びGの量は同一であろう(細胞1個に1コピー)。従って、対立遺伝子Aが陽性であるウェルの頻度及び対立遺伝子Gが陽性であるウェルの頻度は同一となるであろう。しかしながら、腫瘍細胞の50%以上でLOHが発生した場合、対立遺伝子G及びAの存在比率は、少なくとも2：1となるであろう。従来の方法によれば、この試料は、少なくとも50%は癌性であると単純に推定されていた。すなわち、対立遺伝子Gが陽性のウェルの出現頻度が、対立遺伝子Aが陽性のウェルの出現頻度より高い。結果として、対立遺伝子Gが陽性のウェルの個数は、対立遺伝子Aが陽性のウェルの個数より多くなる。
【誤訳訂正３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００７２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００７２】
工程150において、情報的ウェルの総数は、2つの対立遺伝子のいずれかが陽性のウェルの個数の合計として決定される。工程160において、より多くの陽性ウェルを有する対立遺伝子に関する情報的ウェルの割合(Pr)(パラメーターの一種)が計算される。Pr＝(より多くの陽性のウェルを有する対立遺伝子のみが陽性のウェルの個数／1つの対立遺伝子(A又はG)のみが陽性のウェルの総数)となる。他の態様として、対立遺伝子の１つを有するウェルの総数を対立遺伝子の少なくとも１つを有するウェルの総数で割った値を使用し得る。
【誤訳訂正４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８０】
工程250において、アレイの各ウェルにおいて、デジタルPCRが実行される。例えば、等しく希釈された試料が、リアルタイムPCR解析用384ウェルに分注された。PCRの結果から、各核酸配列用のマーカーの量及び情報的ウェルの個数が同定される。情報的ウェルは、対立遺伝子A又はGのいずれかが陽性であるが、両方が陽性ではないウェルを意味する。工程260において、予想されるPrの値の計算が実行される。これらの工程は、後で詳述する。前記計算は、工程250において決定された数値からパラメーターを決定することを含む。例えば、ウェルあたりの実際の平均鋳型濃度が計算され得る。
【誤訳訂正５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００８１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００８１】
工程270において、SPRT又は他の尤度比検定が実行され、不均衡の存否が決定される。正倍数体の場合、発明者らは、A陽性及びG陽性のウェルの個数が等しくなると予想する。しかしながら、トリソミー21胎児由来の鋳型分子を解析すると、一方の対立遺伝子を1つだけ含むウェルの個数は、他方の対立遺伝子を1つだけ含むウェルの個数よりも多くなるはずである。要するに、トリソミー21には、対立遺伝子の不均衡が予想される。
【誤訳訂正６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９０】
工程240の検査及び工程250の結果は、TaqManプローブのペアにより区別されるパラロガス配列変異により識別される両染色体上に存在するパラロガス配列を増幅するように設計されたリアルタイムPCRアッセイを用いてなされ得る(Deutsch, S. et al. 2004 J Med Genet 41, 908-905)。これに関連して、情報的ウェルは、第21番染色体又は第1番染色体遺伝子座のいずれかが陽性であるが、両方が陽性ではないものとして定義される。正倍数体の胎児において、いずれかの遺伝子座が陽性である情報的ウェルの個数は、概ね等しくあるべきである。トリソミー21胎児において、第21番染色体が陽性のウェルは、第1番染色体の場合よりも過剰出現すべきである。過剰出現の正確な割合は、後の章で述べる。
【誤訳訂正７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９２
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９２】
母体血漿中で胎児DNAの割合パーセンテージが小さくとも、トリソミー21胎児は、母体血漿中に放出される胎児DNAのゲノム当量(GE)あたりの追加的な量の第21番染色体を与える。例えば、全DNAが50GE/mlで、その内胎児に由来するDNAが5GE/mlである(即ち胎児DNAの割合濃度は10％)、正倍数体の妊婦に由来する母体血漿試料は、母体血漿1mlあたり総数100コピーの第21番染色体(母体由来が90コピー＋胎児由来が10コピー)配列を含有する筈である。トリソミー21の妊娠において、各胎児性GEは、第21番染色体を3コピー与えるため、母体血漿中の第21番染色体配列は、合計で105コピー(母体由来が90コピー＋胎児由来が15コピー)となる。よって、胎児DNA濃度が10％において、三染色体性妊娠の母体血漿中の第21番染色体由来の配列の量は、正倍数体の場合の1.05倍になる筈である。故に、分析アプローチが小程度の量的差異を決定するように発達すれば、胎児トリソミー21の非侵襲性出生前診断用の、多型性独立的検査が達成され得る。
【誤訳訂正８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】００９４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【００９４】
図4は、本発明の一つの態様における、胎児核酸のパーセンテージを使用した病態の判定方法400を示す。工程410において、胎児由来分子の割合パーセンテージが測定される。一つの態様において、割合パーセンテージは、非胎児特異的マーカー(即ち母親及び胎児のいずれにも存在する遺伝子配列)との関係における、胎児特異的マーカー(例えば、Y染色体、遺伝的多型マーカー(SNP等)、胎盤エピジェネティックサイン(placental epigenetic signature)等)の量を測定することにより判定される。実際の測定は、リアルタイムPCR、デジタルPCR、シークエンシング反応(超並列ゲノムシークエンシングを含む)又は他の任意の定量法を使用して実施され得る。一つの側面において、この測定において潜在的に対立遺伝子が不均衡となり得る遺伝子標的は、使用しないのが好ましい。
【誤訳訂正９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１３３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１３３】
第1番染色体の遺伝子座を含むが第21番染色体の遺伝子座を含まないと期待されるウェルの割合は、少なくとも1個の第1番染色体の遺伝子座を含むウェルの個数から、両方の遺伝子座を含むウェルの個数を引いた値であり：0.3935-0.1829=0.2106となる。同様に、第21番染色体の遺伝子座を含むが両方の遺伝子座を含まないと期待されるウェルの割合は：0.4647-0.1829=0.2818となる。情報的ウェルは、第1番染色体の遺伝子座又は第21番染色体の遺伝子座のいずれかが陽性であるが、それらの両方が陽性ではないウェルとして定義される。
【誤訳訂正１０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０１３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０１３５】
SPRT解析において、第21番染色体遺伝子座が陽性である情報的ウェルの割合(Pr)が計算され、SPRT曲線を使用して解釈される必要がある。今回の事例では、情報的ウェルの割合は：0.2106+0.2818=0.4924となる。故に、mrが0.5で、胎児DNAが50％の場合のトリソミー21の予想されるPrは：0.2818/0.4924=0.57となる。
【誤訳訂正１１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２１５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２１５】
VI．デジタルエピジェネティック相対的染色体量の使用
ここで、発明者らは、デジタルエピジェネティック相対的染色体量(デジタルERCD)と称されるアプローチを紹介する。ERCDにおいて、染色体の異数性に関与する染色体(例えばトリソミー21における第21番染色体)及び参照染色体上の、胎児特異的DNAメチル化パターン又は他のエピジェネティックな変化を呈するエピジェネティックマーカーが、デジタルPCR解析に供される。正常な胎児を妊娠した妊婦から抽出した血漿DNA中の、第21番染色体エピジェネティックマーカーが陽性であるウェルの数と、参照染色体エピジェネティックマーカーが陽性であるウェルの数との比率は、参照範囲(reference range)を提供し得る。この比率は、胎児がトリソミー21を有すると増大するものと予想される。この解析において、２つ以上の第21番染色体マーカー及び２つ以上の参照染色体マーカーが使用され得ることは、当業者に明らかである。
【誤訳訂正１２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２１６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２１６】
胎児(胎盤)特異的メチル化パターンを呈する第21番染色体上の遺伝子の一例として、ホロカルボキシラーゼ合成酵素(HLCS)遺伝子が挙げられる。HLCSは、胎盤中で高メチル化されるが、母体血球細胞では低メチル化されている。HLCSは米国特許出願第11/784499号の範囲内である。本米国特許出願は、本明細書中に参照により援用される。胎児(胎盤)特異的メチル化パターンを呈する参照染色体上の遺伝子の一例として、第3番染色体上のRASSF1Aが挙げられる[10]。RASSF1Aは、胎盤中で高メチル化されるが、母体血球細胞では低メチル化されている。本明細書に参照により援用される米国特許出願第11/784501号を参照されたい。
【誤訳訂正１３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２１７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２１７】
母体血漿細胞を使用して行う胎児のトリソミー21を検出するデジタルPCRに、高メチル化HLCS及び高メチル化RASSF1Aを適用するとき、母体末梢血細胞がまず採取される。それから、その血液は、遠心分離にかけられ、血漿が回収される。更にその血漿からDNAが、QIAamp Blood kit (Qiagen)等の当業者に周知の技術を使用して抽出される。この血漿DNAは、更に、HpaII及びBstUI等の1つ以上のメチル化感受性制限酵素を使用して消化される。これらのメチル化感受性制限酵素は、メチル化されていない母体由来の遺伝子を切断するが、胎児由来の高メチル化された遺伝子を切断しない。消化された血漿DNA試料は、それから、制限酵素処理されても無傷のHLCS又はRASSF1A配列のいずれかが反応ウェル中に、平均で約0.2〜1分子検出され得る程度に希釈される。この希釈されたDNAを増幅するのに、2つのリアルタイムPCRシステムが使用され得る。一つは、HLCS遺伝子がメチル化していなければ前記制限酵素により切断されるべき領域を網羅する、HLCS遺伝子に特異的な2つのプライマー及び1つのTaqManプローブが用いられる。もう一つは、同様に2つのプライマー及び1つのプローブであってRASSF1Aに対するものが用いられる。後者のRASSF1Aのプライマー／プローブセットに関して、Chan et al 2006, Clin Chem 52, 2211-2218に、一つの実施例が記載されている。HLCS及びRASSFlAを標的とするTaqManプローブは、それぞれFAM及びVIC等、異なる蛍光レポーターを有する場合がある。よって、このデジタルPCR実験を実行するのに、1枚の384ウェルプレートを用いる。HLCSのみが陽性と評点されるウェルの個数、及びRASSF1Aのみが陽性と評点されるウェルの個数が計数され、これらの個数の比率が取得され得る。このHLCS:RASSF1A比率は、正常な正倍数体の胎児を妊娠した妊婦から採取した母体血漿と比較して、トリソミー21の胎児を妊娠した妊婦から採取した母体血漿のほうが高くなると予想される。その過剰出現の程度は、デジタルPCR反応におけるウェルあたりの平均参照鋳型濃度に依存し得る。
【誤訳訂正１４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２２４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２２４】
従って、態様によっては、母体バックグラウンド核酸を含有する生体試料中に僅かに存在する限定的な量の胎児核酸から推察され得る遺伝的情報の量を最大化することによる、胎児染色体の異数性の非侵襲的検出が可能となる。一つの側面において、必要とされるコスト及び生体試料のインプット量を抑制するべく、取得される遺伝的情報の量は、正しい診断をするのに十分であるが、過剰に多すぎない量とする。
【誤訳訂正１５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２２６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２２６】
各反応において、多数のシークエンスデータが、１０万〜１００万または場合により数百万、または１０億個のオーダーで各々の試料から生じるので、得られる配列決定されたデータは、元の標本における核酸種の混合物の代表的なプロファイルを形成する。例えば、シークエンシングされたデータのハプロタイプ、トランスクリプトーム、およびメチル化プロファイルは、元の標本のものと類似する（Ｂｒｅｎｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ  Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈ  ２０００；１８：６３０−６３４；Ｔａｙｌｏｒ  ｅｔ  ａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｒｅｓ  ２００７；６７：８５１１−８５１８）。各標本から大量の配列をサンプリングすることから、同一配列の数、例えば数倍の範囲を包括する核酸プールや高い冗長性を有する核酸プールのシークエンシングから生じた同一配列の数は、元の試料中の特定の核酸種または遺伝子座の数の優れた定量的表示でもある。
【誤訳訂正１６】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２２７
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２２７】
一つの態様によれば、ランダムシークエンシングが、妊婦の血漿中に存在するDNA断片に対して行われ、これにより母親又は胎児のいずれかを起源とするゲノム配列が得られる。ランダムシークエンシングは、生体試料中に存在する核酸分子のランダムな部分をサンプリング(シークエンシング)することを含む。シークエンシングがランダムであるから、核酸分子(即ちそのゲノム)の異なる小集団(分画)は、各解析においてシークエンシングされ得る。同一の試料を使用している場合でさえしばしば起こることだが、この小集団が試料毎及び解析毎に変化するときであっても、種々の態様が動作し得る。分画の例は、ゲノムの約0.1％、0.5％、又は1％である。他の態様において、この分画は、少なくともこれらの数値のいずれか1つである。
【誤訳訂正１７】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２２８
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２２８】
その後、バイオインフォマティクスの手法を用いて、これらのＤＮＡ配列の各々をヒトゲノムへと配置することができる。かかる配列は、ヒトゲノムの繰り返し領域、または個体間変動、例えばコピー数変動を受ける領域において存在するため、かかる配列比率は、その後の解析から排除される可能性がある。目的の染色体の量、および一つ以上の他の染色体の量がこのようにして決定され得る。
【誤訳訂正１８】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３０
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３０】
その後、あるパラメーター（例えば、臨床的に重要な染色体の分数表示）が、正常の（すなわち正倍数体の）胎児に関与する妊娠において確立された参照範囲と比較される。当該手順における幾つかの変法において、参照範囲（すなわちカットオフ値）は、特定の母体血漿試料中における胎児ＤＮＡの割合濃度（ｆ）に従って調節される可能性がある。ｆの値は、シークエンシングのデータセットから、例えば胎児が男である場合に、Ｙ染色体にマッピング可能な配列を使用して決定され得る。ｆの値はまた、分離した分析、例えば胎児のエピジェネティックマーカーを使用して（Ｃｈａｎ  ＫＣＡ  ｅｔ  ａｌ  ２００６  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ５２，２２１１−８）、または一塩基多型の分析から決定されてもよい。
【誤訳訂正１９】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３１】
一つの態様において、標本中における核酸のプールが、１００％未満の遺伝子範囲でシークエンシングされると共に、捕獲された核酸分子の比率中において、大部分の各々の核酸種が一回のみシークエンシングされるときでさえ、特定の遺伝子座または染色体の量の不均衡は、定量的に決定され得る。すなわち、遺伝子座または染色体の量の不均衡は、当該標本のマッピング可能な、他のシークエンシングされたタグ中における前記遺伝子座のパーセンテージ表示から推測される。
【誤訳訂正２０】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３４
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３４】
一つの態様において、ヒトゲノムおよびヒト血漿ＤＮＡ試料の単一端シークエンシングのために、我々はＩｌｌｕｍｉｎａゲノムアナライザーを使用した。Ｉｌｌｕｍｉｎａゲノムアナライザーは、フローセルと呼ばれる固体表面上に捕獲された、クローン的に増大された単一のＤＮＡ分子をシークエンシングする。各々のフローセルは、８個の個々の標本または標本のプールをシークエンシングするための８つのレーンを有する。各々のレーンは、ヒトゲノム中における３０億塩基対の配列の一部のみである、約２００Ｍｂの配列を生じさせることが可能である。各々のゲノムＤＮＡまたは血漿ＤＮＡ試料は、一つのフローセルのレーンを使用してシークエンシングされた。生じた短い配列タグは、ヒト参照ゲノム配列とアラインメントされ、そして染色体の起源が示された。各々の染色体とアラインメントした、個々のシークエンシングされたタグの総数は表にされ、そして参照ヒトゲノムまたは非疾患性の代表的標本から期待される各々の染色体の相対的なサイズと比較された。染色体の獲得または喪失はその後同定された。
【誤訳訂正２１】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３５
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３５】
記載された手法は、本明細書において記載された遺伝子／染色体用量の方法の一つの例示にすぎない。代替的に、ペアエンドシークエンシング（ｐａｉｒｅｄ  ｅｎｄ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ）が行われ得る。シークエンシングされた断片の長さとＣａｍｐｂｅｌｌ他（Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ２００８；４０：７２２−７２９）によって記載された参照ゲノムにおいて期待されたものとを比較する代わりに、アラインメントされ、シークエンシングされたタグ数が数えられ、そして染色体の位置に従ってソートされる。染色体領域、または染色体全体の獲得または喪失は、タグの数と参照ゲノムにおいて期待される染色体の大きさ、または非疾患性の代表的な標本のものとを比較することによって決定された。
【誤訳訂正２２】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３６
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３６】
別の態様において、一回の反応においてシークエンシングされる核酸プール画分は、シークエンシング前にさらに補助的に選択される。例えば、ハイブリダイゼーション型の技術、例えばオリゴヌクレオチドアレイは、特定の染色体、例えば潜在的に異数性の染色体および試験された異数性に関与しない他の染色体（単数または複数）から、核酸配列を初めに補助的に選択するために使用され得る。別の例は、試料プールからの核酸配列の特定の下位群が、シークエンシング前に補助的に選択されるか、または濃縮される。例えば上で議論されたように、母体血漿中における胎児ＤＮＡ分子は、母体のバックグラウンドＤＮＡ分子よりも短い断片を含むことが報告された（Ｃｈａｎ  ｅｔ  ａｌ  Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ２００４；５０：８８−９２）。したがって、例えばゲル電気泳動、もしくはサイズ排除カラムによって、またはマイクロ流体工学的手法によって、分子サイズに従って試料中における核酸配列を分画するために、当業者に既知の一つ以上の方法を使用し得る。さらに、代替的には、母体血漿中の無細胞胎児ＤＮＡを分析する例において、胎児核酸部分は、母体バックグラウンドを抑制する方法によって、例えばホルムアルデヒドの添加によって濃縮され得る（Ｄｈａｌｌａｎ  ｅｔ  ａｌ  ＪＡＭＡ  ２００４；２９１：１１１４−９）。一つの態様において、補助的に選択された核酸のプールの一部分または小集団は、ランダムにシークエンシングされる。
【誤訳訂正２３】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２３９
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２３９】
母体血漿中における胎児ＤＮＡの割合濃度の決定はまた、シークエンシングの実施とは別になされ得る。例えば、Ｙ染色体ＤＮＡ濃度は、リアルタイムＰＣＲ、マイクロ流体工学ＰＣＲ、または質量分析を使用してあらかじめ決定され得る。実際、胎児ＤＮＡ濃度は、Ｙ染色体以外の女性胎児において適用可能な遺伝子座を使用して決定され得る。例えば、Ｃｈａｎらは、妊娠女性の血漿中において、胎児由来のメチル化されたＲＡＳＳＦ１Ａ配列が、母体由来のメチル化されていないＲＡＳＳＦ１Ａ配列のバックグラウンドから検出されることを示した（Ｃｈａｎ  ｅｔ  ａｌ，Ｃｌｉｎ  Ｃｈｅｍ  ２００６；５２：２２１１−８）。したがって、割合胎児ＤＮＡ濃度は、メチル化されたＲＡＳＳＦ１Ａ配列の量を、全ＲＡＳＳＦ１Ａ（メチル化されたもの、およびメチル化されていないもの）配列で割ることによって決定され得る。
【誤訳訂正２４】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２４１
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２４１】
胎児ＤＮＡの割合濃度を決定するためのさらに別の代替的な方法は、妊娠女性と胎児との間の多型の違いの定量を通じてなされ得る（Ｄｈａｌｌａｎ  Ｒ，  ｅｔ  ａｌ．２００７  Ｌａｎｃｅｔ，３６９，４７４−４８１）。この方法の例は、妊娠女性がホモ接合性であり、そして胎児がヘテロ接合性である多型部位を標的とし得る。胎児特異的対立遺伝子の量を、共通の対立遺伝子の量と比較して、胎児ＤＮＡの割合濃度を決定し得る。
【誤訳訂正２５】
【訂正対象書類名】明細書
【訂正対象項目名】０２４３
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【０２４３】
別の例において、血漿の無細胞ＤＮＡにおけるシークエンシング技術を、血漿ＤＮＡ中の染色体異常を検出することによって特定の癌を検出するために使用してもよい。様々な癌は、典型的な染色体異常のセットを有している。複数の染色体領域における変化（増幅および欠失）が使用され得る。したがって、増幅された領域にアラインメントした配列の割合が増大し、減少した領域にアラインメントした配列の割合が減少し得る。染色体あたりのパーセンテージ表示は、全ゲノムと関連する、任意の所定の染色体のゲノム表示のパーセンテージとして表現される参照ゲノム中における各々の対応する染色体に関するサイズと比較され得る。直接的な比較、または参照染色体との比較が同様に使用され得る。
【誤訳訂正２６】
【訂正対象書類名】特許請求の範囲
【訂正対象項目名】全文
【訂正方法】変更
【訂正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
胎児ゲノムを有する１人の胎児を妊娠している女性対象の生体試料中に存在する核酸配列の不均衡の存否を決定する方法であって、前記生体試料が、前記女性対象及び前記胎児に由来する無細胞核酸分子を含有すると共に、前記方法が、
前記生体試料由来の無細胞核酸分子を含む複数の反応から定量データを取得し、ここで前記複数の反応が、複数の臨床関連核酸配列の１の臨床関連核酸配列の存否と、前記複数の臨床関連核酸配列とは異なる複数のバックグラウンド核酸配列の１のバックグラウンド核酸配列の存否とを示し、ここで前記定量データが、
（１）複数の臨床関連核酸配列について、前記複数の臨床関連核酸配列の存在を示す反応の第一の合計量を示す第一の定量データ、及び
（２）複数のバックグラウンド核酸配列について、前記複数のバックグラウンド核酸配列の存在を示す反応の第二の合計量を示す第二の定量データ
を含み、
ここで、前記バックグラウンド核酸配列が、前記臨床関連核酸配列のいずれとも異なり、
前記第一の定量データから前記複数の臨床関連核酸配列の第一の合計量を決定し、
前記第二の定量データから前記複数のバックグラウンド核酸配列の第二の合計量を決定し、
前記第一の合計量及び前記第二の合計量から、前記第一の合計量と第二の合計量との間の相対量を示すパラメーターを決定し、
前記パラメーターを１以上のカットオフ値と比較し、
前記比較に基づき、前記複数の臨床関連核酸配列を含む染色体領域に関して、前記胎児のゲノム中に核酸配列の不均衡が存在するか否かの分類を決定する
ことを含む方法。
【請求項２】
前記第一の合計量の決定が、
前記臨床関連核酸配列の各々について、前記第一の定量データを解析し、臨床関連核酸配列の存在を示す反応の第一の量を決定し、
前記バックグラウンド核酸配列の各々について、前記第二の定量データを解析し、バックグラウンド核酸配列の存在を示す反応の第二の量を決定する
ことを含み、
前記第二の合計量の決定が、
前記第一の量を合計して、前記第一の合計量を算出し、
前記第二の量を合計して、前記第二の合計量を算出する
ことを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
前記方法が更に、前記第一の合計量及び前記第二の合計量の決定の前に、前記第一の量及び前記第二の量をそれぞれ補正することを含む、請求項２に記載の方法。
【請求項４】
前記複数の反応が、配列タグを提供するシークエンシング反応である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
前記シークエンシングがライゲーションを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
前記シークエンシングが合成を含む、請求項４に記載の方法。
【請求項７】
前記第一の合計量の決定が、
前記配列タグをヒトゲノムとアラインメントし、
前記複数の臨床関連核酸配列とアラインメントされた配列タグの数を計数する
ことを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項８】
前記方法が更に、
前記複数の臨床関連核酸配列及び前記複数のバックグラウンド核酸配列の濃度を高めるよう前記生体試料を濃縮し、
その後、前記濃縮された生体試料中の核酸分子のシークエンシングを実施する
ことを含む、請求項４に記載の方法。
【請求項９】
前記生体試料の濃縮が、ハイブリダイゼーション技術の使用を含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
前記ハイブリダイゼーション技術の使用が、オリゴヌクレオチドアレイを使用して、ハイブリダイゼーションにより、前記複数の臨床関連核酸配列及び前記複数のバックグラウンド核酸配列を選択することを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
前記生体試料の濃縮が、前記複数の臨床関連核酸配列及び複数のバックグラウンド核酸配列を増幅することを含む、請求項８に記載の方法。
【請求項１２】
前記複数の臨床関連核酸配列のうち１つ、及び、前記複数のバックグラウンド核酸配列のうち１つを、同一のプライマーペアを用いて増幅する、請求項１１に記載の方法。
【請求項１３】
前記方法が更に、前記（Ａ）の前記複数の反応を実施する前に、前記複数の臨床関連核酸配列及び前記複数のバックグラウンド核酸配列の濃度を高めるように前記生体試料を濃縮することを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
前記方法が更に、前記生体試料中の胎児ＤＮＡの割合濃度（ｆｒａｃｔｉｏｎａｌ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ）を決定し、
前記割合濃度を用いて、前記１以上のカットオフ値を決定する
ことを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項１５】
前記割合濃度の決定が、前記女性対象と前記胎児との間の多形の差異の定量を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１６】
前記定量が、
前記女性対象がホモ接合型であり且つ前記胎児がヘテロ接合型である標的多形部位を同定し、
前記標的多形部位における胎児特異的対立遺伝子の量と、前記標的多形部位における胎児特異的ではない共通の対立遺伝子の量とを比較して、胎児ＤＮＡの割合濃度を決定すること
を含む、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
前記胎児が男性であると共に、前記割合濃度の決定が、Ｙ染色体ＤＮＡ濃度を決定することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１８】
前記割合濃度の決定が、第一の遺伝子座における胎児特異的なメチル化を呈するＤＮＡ分子の量と、前記第一の遺伝子座におけるＤＮＡ分子の合計量とを比較することを含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項１９】
前記第一の遺伝子座における胎児由来ＤＮＡ分子が高メチル化状態であり、母体由来ＤＮＡ分子が前記第一の遺伝子座において低メチル化状態である、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
前記複数の臨床関連核酸配列がある染色体に由来し、前記複数のバックグラウンド核酸配列が、前記染色体以外の１以上の参照染色体に由来する、請求項１に記載の方法。
【請求項２１】
前記複数の臨床関連核酸配列が、前記複数のバックグラウンド核酸配列に対してヘテロ接合であることにより、前記染色体領域中のヘテロ接合遺伝子座において異なる対立遺伝子を有する、請求項１に記載の方法。
【請求項２２】
前記パラメーターが、前記第一の合計量と前記第二の合計量との間の比率を含む、請求項１に記載の方法。
【請求項２３】
１以上のプロセッサーを制御して動作させる複数の指令が記録されたコンピューター読取可能媒体であって、前記指令が請求項１〜２２のいずれか１項に記載の工程を含む媒体。
【請求項２４】
請求項１〜２２のいずれか１項に記載の工程を実行するための手段と、１以上のプロセッサー及びメモリーとを備えるコンピューターシステム。