【事件の表示】
　上記当事者間の特許第２７２８２７５号発明「免疫活性ポリペプチド及びその製法」の特許無効審判事件について、次のとおり審決する。
【結　論】
　訂正を認める。
　特許第２７２８２７５号の請求項１〜７に係る発明についての特許を無効とする。
　審判費用は、被請求人の負担とする。
【理　由】
Ｉ．手続の経緯　
（１）本件特許第２７２８２７５号の請求項１〜７に係る発明についての出願は、昭和６３年１１月２日（パリ条約による優先権主張１９８７年１１月２日、イタリア）に出願され、平成９年１２月１２日にその発明について特許権の設定登録がなされ、この特許に対して、平成１３年１０月１日付けで、アヴェンティス　パスツール　リミテッドより特許無効審判が請求され、延長された答弁期間内である平成１４年５月２１日付で被請求人より答弁書並びに訂正請求書が提出され、平成１４年７月２５日に口頭審理を行って事件の争点整理をした後、平成１４年９月１７日付で、請求人から弁駁書が、また、被請求人から上申書が、それぞれ提出され、これについて当審は平成１５年９月１７日付で両当事者に無効理由を通知し、これに対し被請求人より平成１６年３月２２日付で意見書が提出されたものである。　
　
II．訂正の適否　
１．訂正の内容　
　被請求人は本件特許明細書を訂正請求書に添付した訂正明細書のとおり訂正することを求めているところ、その内容は以下のとおりである。　
ア．特許請求の範囲の請求項１「【請求項１】　抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチドであって、該免疫活性ポリペプチドは、アミノ酸１から１８０までのＳ１領域における１又はそれ以上の位置で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくＳ１の毒性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有し、ここで、少なくとも１２９位グルタミン酸が他のアミノ酸に置換される、免疫活性ポリペプチド。」を、　
「【請求項１】　抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチドであって、該免疫活性ポリペプチドは、アミノ酸１から１８０までのＳ１領域における１又はそれ以上の位置で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくＳ１の毒性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有し、ここで、少なくとも１２９位グルタミン酸が
グリシン
、該免疫活性ポリペプチドはさらに、百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５を、天然の百日咳毒素に存在するものと同じ配列で含有す
イ．特許請求の範囲の請求項２〜４を削除する。　
ウ．特許請求の範囲の請求項５「【請求項５】請求項１に記載のポリペプチドの製法において、　
ａ）ＤＮＡ分子の１又はそれ以上の位置において、１２９位グルタミン酸をコードづけする塩基配列を異なるアミノ酸をコードづけする塩基配列で置換することによって抗百日咳毒素のサブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を直接変異誘発により変性させ、　
ｂ）該変性サブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントをクローニングベクターに結合させてハイブリッドプラスミドを構成し、　
ｃ）前記工程ｂ）で得られたハイブリッドプラスミドによって宿主微生物を形質転換させ、　
ｄ）炭素源、窒素源及び無機塩の存在下、適切な培地中で形質転換微生物を培養し、　
ｅ）培地又は菌体から、変性サブユニットＳ１を含有するポリペプチドを採集すること、　
を特徴とする、免疫活性ポリペプチドの製法。」を、　
「【請求項
２
ａ
）１
グリシン
ように前記
すること
る工程
ｂ）該変性サブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントをクローニングベクターに結合させてハイブリッドプラスミドを構成
する工程であって、該フラグメントは、百日咳毒素オペロン内に該百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードする遺伝子をさらに含有する、工程
ｃ）前記工程ｂ）で得られたハイブリッドプラスミドによって宿主微生物を形質転換させ
る工程
ｄ）炭素源、窒素源及び無機塩の存在下、適切な培地中で形質転換微生物を培養
する工程
ｅ）培地又は菌体から、変性サブユニットＳ１を含有するポリペプチドを採集する
工程
を特徴とする、免疫活性ポリペプチドの製法。」と訂正する。　
エ．特許請求の範囲の請求項６〜８を削除する。　
オ．特許請求の範囲の請求項９「【請求項９】　請求項５に記載の製法において、前記工程ｃ）で使用する微生物が、大腸菌、桿菌及び酵母でなる群から選ばれるものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」を、　
「【請求項
３
２
が、桿
カ．特許請求の範囲の請求項１０を削除する。　
キ．特許請求の範囲の請求項１１「【請求項１１】　形質転換微生物Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ１２−△Ｈ１−△ｔｒｐ（ＰＴＥ  ２５５−２２）ＡＴＣＣ  ６７５４２，Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ１２−△Ｈ１−△ｔｒｐ（ＰＴＥ  ２５５−２８）ＡＴＣＣ  ６７５４３，Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ１２−△Ｈ１−△ｔｒｐ（ＰＴＥ  ２５５−４１）ＡＴＣＣ  ６７５４４。」を、　
「【請求項
４
物Ｅ
３。
ク．特許請求の範囲の請求項１２「【請求項１２】　請求項１から４のいずれかに記載の免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子。」を、　
「【請求項
５
抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子であって、該免疫活性ポリペプチドは、アミノ酸１から１８０までのＳ１領域における１又はそれ以上の位置で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくＳ１の毒性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有し、ここで、少なくとも１２９位グルタミン酸がグリシンに置換される、
ケ．特許請求の範囲の請求項１３「【請求項１３】　請求項１２に記載の遺伝子を含むハイブリッドプラスミド。」を、　
「【請求項
６
５
み、さらに、百日咳毒素オペロン内に該百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードづけする遺伝子を含有する、
コ．特許請求の範囲の請求項１４「【請求項１４】　請求項１３に記載のハイブリッドプラスミドで形質転換された微生物。」を、　
「【請求項
７
６
サ．特許掲載公報第６欄第１３〜１４行および第１０欄第３行の「抗百日咳毒素」を「
百日咳毒素
（下線部は上記訂正請求により訂正される個所を示す。）　
　
２．訂正の目的の適否、新規事項の有無及び拡張・変更の存否　
　上記アの訂正事項に関連する記載として、本件訂正前の願書に添付した明細書（以下、「特許明細書」という。）の特許請求の範囲の請求項４に、「請求項１に記載のポリペプチドにおいて、Ｓ１領域の１２９位グルタミン酸がグリシンで置換されてなる、免疫活性ポリペプチド。」と、同請求項２に、「請求項１に記載のポリペプチドにおいて、百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５の少なくとも１つをさらに含有してなる、免疫活性ポリペプチド。」と、また同請求項３に、「請求項２に記載のポリペプチドにおいて、前記サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５が天然の百日咳毒素に存在するものと同じ配列を有するものである、免疫活性ポリペプチド。」と記載され、発明の詳細な説明には、「…このような変性サブユニットを含有するポリペプチドは抗百日咳ワクチンの調製に適している。変性サブユニットＳ１に加えてＰＴサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５の少なくとも１つを含有するポリペプチドが好適である。特に、抗百日咳毒素によって示されるものと同じ配列および配置を有するサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５を有するポリペプチドが好適である。」（特許掲載公報９欄４８行〜１０欄５行）と記載されている。　
　してみると、上記アの訂正は、特許明細書に記載された事項の範囲内において、請求項１の構成要件である「他のアミノ酸」を「グリシン」に限定するとともに、所定の変性サブユニットＳ１を含有する「免疫活性ポリペプチド」を更に「サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５を天然の百日咳毒素に存在するものと同じ配列で含有する」ものに限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、また、新規事項を追加するものではない。　
　ウの訂正は、訂正前の請求項５の構成要件である（ｉ）１２９位の「異なるアミノ酸」を「グリシン」に限定し、（ｉｉ）「抗百日咳毒素」を「百日咳毒素」に訂正し、（ｉｉｉ）「変性サブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメント」が「百日咳オペロン内に百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５をコードする遺伝子をさらに含有する」ものであることを限定するものであるところ、（ｉ）は、上記アで述べたとおり、特許明細書に記載された範囲内の事項であり、（ｉｉ）については、「抗百日咳毒素」が「百日咳毒素」の誤りであることは明らかであり、また、（ｉｉｉ）については、特許明細書の特許請求の範囲の請求項６に、「請求項５に記載の製法において、前記工程（ａ）で使用するサブユニットＳ１をコードづけする遺伝子が百日咳毒素オペロン内に含有されたものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」と、同請求項７に、「請求項５に記載の製法において、前記工程（ｂ）で使用するＤＮＡフラグメントが、百日咳毒素サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４又はＳ５をコードづけする少なくとも１つの遺伝子をさらに含有するものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」と、また同請求項８に、「請求項７に記載の製法において、前記遺伝子が百日咳毒素をコードづけするオペロンに分類されるものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」と記載され、発明の詳細な説明には、「このような好適なポリペプチドは、ＰＴオペロン内に含有されるＳ１をコードづけする遺伝子を変性させ、変性サブユニットＳ１及びサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５の１又はそれ以上を含有するポリペプチドをコードづけするプラスミドを構成せしめることによって調製される。」（特許掲載公報１０欄６〜１１行）と記載されているから、（ｉ）と同様に、特許明細書に記載された範囲内の事項と認められる。　
　してみると、上記ウの訂正は、特許請求の範囲の減縮ならびに誤記の訂正に該当するものであって、新規事項を追加するものではない。　
　オの訂正は、訂正前の請求項９の構成要件である、形質転換工程で使用する微生物を、「大腸菌、桿菌及び酵母でなる群から選ばれるもの」から「桿菌及び酵母でなる群から選ばれるもの」に限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、新規事項を追加するものではない。　
　キの訂正は、訂正前の請求項１１の構成要件である、３種の形質転換微生物を、「Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ１２−△Ｈ１−△ｔｒｐ（ＰＴＥ  ２５５−２８）ＡＴＣＣ  ６７５４３。」１種のみに限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、新規事項を追加するものではない。　
　クの訂正は、訂正前の請求項１２における「請求項１に記載の免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子」の構成要件である請求項１の「他のアミノ酸」を「グリシン」に限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮に該当するものであり、また、アの訂正と同様に、特許明細書に記載された事項の範囲内においてなされたものであって、新規事項を追加するものではない。　
　ケの訂正は、訂正前の請求項１３の構成要件である「請求項１２に記載の遺伝子を含むハイブリッドプラスミド」が「さらに、百日咳毒素オペロン内に該百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードづけする遺伝子を含有する」ことを限定するものであるから、特許請求の範囲の減縮に該当するものであり、また、ウの訂正と同様に、特許明細書に記載された事項の範囲内においてなされたものであって、新規事項を追加するものではない。　　
　そして、イ、エおよびカの訂正は、特許請求の範囲の請求項を削除するものであるから、特許請求の範囲の減縮に該当するものであって、新規事項を追加するものではない。　
　また、オ、ケおよびコの引用請求項の番号を変更する訂正は、上記請求項の削除によって生じる記載の不備を正すものであるから、明瞭でない記載の釈明に該当するものであって、新規事項を追加するものではない。　
　更に、サの訂正は、誤記の訂正に該当するものであって、新規事項を追加するものではない。　
　そして、上記いずれの訂正も実質上特許請求の範囲を拡張し、又は変更するものでもない。　
　
３．むすび　
　以上のとおりであるから、上記訂正は、特許法第１３４条第２項及び同条第５項において準用する第１２６条第２項及び第３項の規定に適合するので、当該訂正を認める。　
　
III．当事者の主張の概要　
１．請求人の主張の概要　
　請求人は、訂正前の本件特許の請求項１〜１４に係る各発明に対する特許について、「これらの特許を無効とする。審判費用は、被請求人の負担とする。」との審決を求め、証拠方法として下記の甲第１号証ないし甲第６号証及び参考資料１を提出して、その理由を、概略、次のとおり主張している。　
　本件特許の請求項１〜１４に係る特許発明に関し、当該特許出願の明細書の記載は、昭和６２年改正特許法第３６条第３項又は第４項（第２号を除く。）及び第５項に規定する要件を満たしておらず、当該請求項１〜１４に係る発明の特許は、特許法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきである。　
    　　　　　　　　　　　　　　　　記　
甲第１号証：Ｒａｐｐｕｏｌｉ，Ｒ及びＳｉｌｖｅｓｔｒｉ，Ｓ．，Ｃｈｉｍｉｃａｏｇｇｉ，５月（ｍａｇｇｉｏ）ｐ．４６−４８（１９９７）（Ｒｉｎｏ　Ｒａｐｐｕｏｌｉ　ａｎｄ　Ｓｅｒｇｉｏ　Ｓｉｌｖｅｓｔｒｉ，Ｃｈｉｍｉｃａｏｇｇｉ−ｍａｇｇｉｏ　１９８７，ｐ．４６−４８）　
甲第２号証：Ｗ．Ｊ．Ｂｌａｃｋ  ｅｔ  ａｌ．Ａｎｎ．Ｓｃｌａｖｏ，１９８６，ｎ．１−２，ｐｐ．１７５−１８２　
甲第３号証：Ｃａｍｉｌｌｅ  Ｌｏｃｈｔ  ａｎｄ  Ｊｅｒｒｙ  Ｍ．Ｋｅｉｔｈ，Ｓｃｉｅｎｃｅ　Ｖｏｌ．２３２：ｐ．１２５８−１２６４（１９８６）　
甲第４号証：Ａ．Ｎｉｃｏｓｉａ  ｅｔ  ａｌ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　Ｖｏｌ．８３，ｐｐ．４６３１−４６３５，Ｊｕｌｙ　１９８６　　
甲第５号証：Ｍａｒｉａｇｒａｚｉａ  Ｐｉｚｚａ，Ａｎｔｏｎｅｌｌａ  Ｂａｒｔｏｌｏｎｉ，Ａｎｎａ  Ｐｒｕｇｎｏｌａ，Ｓｅｒｇｉｏ　Ｓｉｌｖｅｓｔｒｉ，ａｎｄ  Ｒｉｎｏ　Ｒａｐｐｕｏｌｉ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ　Ｖｏｌ．８５，ｐｐ．７５２１−７５２５，Ｏｃｔｏｂｅｒ　１９８８　
甲第６号証：Ａ．Ｎｉｃｏｓｉａ，Ａ．Ｂａｒｔｏｌｏｎｉ，Ｍ．Ｐｅｒｇｉｎｉ，ａｎｄ  Ｒ．Ｒａｐｐｕｏｌｉ，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ，Ｖｏｌ．５５，Ｎｏ．４，ｐ．９６３−９６７，Ａｐｒｉｌ  １９８７　　
参考資料１：Ｒａｐｐｕｏｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，ＴＩＢＴＥＣＨ，Ｊｕｌｙ  １９９１，Ｖｏｌ．９，ｐ．２３２−２３７　
　
２．被請求人の主張の概要　
　被請求人は、本件特許明細書について上述のとおり訂正を請求するとともに、「本件審判は成り立たない。審判費用は、請求人の負担とする。」との審決を求め、証拠方法として下記の乙第１号証ないし乙第１５号証を提出している。　
　　　　　　　　　　　　　　　　　記　
乙第１号証：Ｓｔｉｂｉｔｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｇｅｎｅ　５０：１３３−１４０（１９８６）　
乙第２号証：Ｌｏｏｓｅｍｏｒｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎｉｔｙ（１９９０）５８（１１）：３６５３−３６６２　
乙第３号証：Ｒａｐｐｕｏｌｉ，Ｒ  ｅｔ  ａｌ．Ｃｈｅｍｉｃａｏｇｇｉ−ｍａｇｇｉｏ　１９８７，ｐ．４６−４８（請求人の提出した甲第１号証）　
乙第４号証：Ｂｌａｃｋ，Ｗ．Ｊ．ｅｔ  ａｌ．，Ａｎｎ．Ｓｃｌａｖｏ，１９８６，ｎ．１−２，ｐｐ．１７５−１８２（請求人の提出した甲第２号証）　
乙第５号証：Ｎｉｃｏｓｉａ，Ａ．ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ． ａｎｄ  Ｉｍｍｕｎ．，５５，９６３−９６７，Ａｐｒｉｌ  １９８７（請求人の提出した甲第６号証）　
乙第６号証：Ｍｕｎｏｚ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（１９８１）３２，２４３−２６０　
乙第７号証：Ｓａｔｏ＆Ｓａｔｏ，Ｉｎｆｅｃｔ．Ｉｍｍｕｎ．（１９８４）４６：４１５−４２１　
乙第８号証：Ｆｅｒｓｈｉ  Ａ．，Ｅｎｚｙｍｅ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍ  ２ｎｄ  Ｅｄ．（１９８５）３２３−３２４，３４５　
乙第９号証：Ｌａｕ  ＦＴら，Ｂｉｏｃｈｅｍ  １９８７（Ｊｕｎ），２６，４１４３−４１１８　
乙第１０号証：Ｈａｒｔｍａｎ  ＦＣら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．１９８７（Ｍａｒ），２６２，３４９６−３５０１　
乙第１１号証：Ｉｎｇｌｉｓ  ＭＭら，Ｊ．Ｇｅｎ．Ｖｉｒｏｌ．，１９８７（Ｊａｎ），６８，３９−４６　
乙第１２号証：Ｒｕｂｉｎｏ  ＳＤら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．１９８６，２６１，１１３２０−１１３２７　
乙第１３号証：Ｐｌｕｈ  ＪＬら，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．１９８５，２６０，１８８９−１８９４　
乙第１４号証：Ｗｉｌｋｉｎｓｏｎ  ＡＪら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１９８３，２２，３５８１−３５８６　
乙第１５号証：Ｄａｒｎｅｌｌ  ＪＥら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｅｌｌ　Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９８６），５４−５５　
　
IV．当審の判断　
１．本件発明　
　上述のとおり、平成１４年５月２１日付けの訂正請求は適法なものであるから、本件請求項１〜７に係る発明（以下、それぞれ、本件発明１〜７という。）は、当該訂正請求書に添付した全文訂正明細書の特許請求の範囲の請求項１〜７に記載された、上述のとおりのものである。　
　そして、この訂正により、本件発明１に「該免疫活性ポリペプチドはさらに、百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５を、天然の百日咳毒素に存在するものと同じ配列で含有する」という記載が追加された。この記載は、本件特許明細書の「…このような変性サブユニットを含有するポリペプチドは抗百日咳ワクチンの調製に適している。…特に、抗百日咳毒素によって示されるものと同じ配列および配置を有するサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４およびＳ５を有するポリペプチドが好適である。」という記載と比べると、サブユニットの配置について記載されていない点で異なる。　
　しかしながら、被請求人は、答弁書並びに平成１４年９月１７日付の上申書において、本件発明１における上記記載は、ホロ毒素を意味するものであると釈明しており、このことからみて、本件発明１の免疫活性ポリペプチドは、特許明細書の上記記載と同様に、少なくとも１２９位のグルタミン酸がグリシンに置換された変性サブユニットＳ１と、サブユニットＳ５により結合されたダイマーＤ１（Ｓ２＋Ｓ４）及びＤ２（Ｓ３＋Ｓ４）とからなる、変性ホロ毒素を意味するものであると認める。　
　
２．当審が通知した無効理由　
（２−１）これについて、当審は、平成１５年９月１７日付で、両当事者に対し、概略以下のような無効理由を通知した。　
［当審の無効理由Ｉ．］　
　本件明細書の発明の詳細な説明は、少なくとも１２９位のグルタミン酸がグリシンに置換された変性サブユニットＳ１を含有する変性ホロ毒素を容易に得ることができる程度に記載されているものとはいえない。　
　従って、本件発明１〜７についての特許は、特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであるから、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきものである。　
［当審の無効理由ＩＩ．］　
　本件明細書の発明の詳細な説明には、少なくとも１２９位のグルタミン酸がグリシンに置換された変性サブユニットＳ１を含有する変性ホロ毒素等について実質的に開示されているものと認められない。　
　従って、本件発明１〜７についての特許は、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであるから、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきものである。　
　
（２−２）これに対し、被請求人は、平成１６年３月２２日付で意見書を提出した。　
　
３．当審の無効理由Ｉについての判断　
３−１．本件発明１について　
（３−１−１）本件発明　
　訂正後の本件発明１は、「抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチドであって、該免疫活性ポリペプチドは、アミノ酸１から１８０までのＳ１領域における１又はそれ以上の位置で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくＳ１の毒性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有し、ここで、少なくとも１２９位グルタミン酸がグリシンに置換され、該免疫活性ポリペプチドはさらに、百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５を、天然の百日咳毒素に存在するものと同じ配列で含有する、免疫活性ポリペプチド。」というものである。　
（３−１−２）特許明細書の記載　
　本件特許明細書には、百日咳毒素について「百日咳毒素（ＰＴ）は５つの異なるサブユニットを含有するタンパク質であり、その毒性は、真核生物の細胞膜を介してのメッセージの伝達に関与するＧＴＰと結合するタンパク質のＡＤＰ−リボシレーションによる。該ＰＴは異なる官能性を有する２つのフラクションを含有する。その１つ（Ａ）はサブユニットＳ１を含有し、他方（Ｂ）は相互にサブユニットＳ５によって結合された２つのダイマーＤ１（Ｓ２＋Ｓ４）及びＤ２（Ｓ３＋Ｓ４）内に位置するサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５を含有する。フラクションＡは酵素的に活性な部分、すなわちＰＴの有毒性部分を代表するものであり、一方、フラクションＢは真核生物細胞膜リセプターに結合され、その中にサブユニットＳ１を導入し得る。特開昭６２−２２８２８６号には、該サブユニットをコードづけする遺伝子のクローニング、シーケンス及び発現が開示されており、この遺伝子が主オペロンに分類されることが記載されている。」（特許掲載公報５欄２〜１８行）と記載され、また、サブユニットＳ１及びその変性体について「…サブユニットＳ１のＡＤＰ−リボシレーション活性は、…このサブユニットがＰＴに匹敵する酵素活性を有することが知られている。従って、百日咳毒素の免疫特性及び保護特性を有するが、無毒性又は毒性が低減されているタンパク質を得るために、該タンパク質の酵素活性に関する位置及び基礎となるアミノ酸を確認した。特に、下記の位置及びアミノ酸であることが判明した：…、１２９位グルタミン酸、…。これらアミノ酸の１又はそれ以上を異種の各種アミノ酸で置換することにより、異なった毒性のタンパク質が得られることを見出し、本発明に至った。本発明によれば、アミノ酸１から８０（注．他の個所の記載からみて１８０の誤記と認められる。）までのＳ１領域における１又はそれ以上の部位で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくその酵素活性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有するポリペプチドが合成される。」（同５欄１９〜４１行）と記載され、当該ポリペプチドを合成し活性を調べる具体的な手法について、「Ｓ１をコードづけする遺伝子を含有する６００塩基対のＤＮＡフラグメントを…直接変異誘発によって変性して、インビトロにおいて、ＤＮＡ分子の所定部位で変異を生じさせ、該変異の効果をインビトロ又はインビボでテストした。」（同７欄９〜１４行）、「２８：プライマー…を使用して、グルタミン酸（１２９）をグリシンに置換させた。」（同８欄３８〜３９行）、「変性遺伝子を含有するベクターを…発現プラスミドでクローン化した。」（同９欄１８〜２１行）、「このハイブリッドプラスミドを使用して、大腸菌、枯草菌及び酵母の中から選ばれる宿主微生物を形質転換させた。特に、本発明では、プラスミドＰＥｘ３４及びＥ．ｃｏｌｉ  Ｋ１２−△Ｈ１−△ｔｒｐを使用した。」（同９欄２２〜２８行）と記載され、それにより得られた結果について、「タンパク質を含有する溶菌生成物を分析して、その酵素活性を測定した。得られた結果は、…１２９位のアミノ酸を置換させることによってサブユニットＳ１の���素活性が完全に消失した。」（同９欄３４〜４４行）と記載され、実施例として、１２９位のＧｌｕをＧｌｙに置換したＳ１（変性サブユニット２８）が、ＡＤＰリボシレーション活性が０％であることが記載されており（同７〜９欄の実施例３及び同９欄第２表）、また、変性サブユニット２８の免疫活性に関連して、「このサブユニットは、インビボにおいて特殊な抗体を生じさせ、抗ＰＴ保護モノクローナル抗体と反応し得る（サブユニット２８）。」（同９欄４５〜４７行）と記載されている（具体的な抗体、データ等は示していない。）。　
　一方、ホロ毒素に関しては、発明の詳細な説明に、上記「このサブユニットは、インビボにおいて特殊な抗体を生じさせ、抗ＰＴ保護モノクローナル抗体と反応し得る（サブユニット２８）。」という記載に続いて「従って、このような変性サブユニットを含有するポリペプチドは抗百日咳ワクチンの調製に適している。変性サブユニットＳ１に加えてＰＴサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５の少なくとも１つを含有するポリペプチドが好適である。特に、抗百日咳毒素によって示されるものと同じ配列及び配置を有するサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５を有するポリペプチドが好適である。このような好適なポリペプチドは、ＰＴオペロン内に含有されるＳ１をコードづけする遺伝子を変性させ、変性サブユニットＳ１及びサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５の１又はそれ以上を含有するポリペプチドをコードづけするプラスミドを構成せしめることによって調製される。」（同９欄４５行〜１０欄１１行）と記載され、また、訂正請求前の特許請求の範囲の旧請求項６〜１０に、旧請求項５「請求項１に記載のポリペプチドの製法において、ａ）ＤＮＡ分子の１又はそれ以上の位置において、１２９位グルタミン酸をコードづけする塩基配列を異なるアミノ酸をコードづけする塩基配列で置換することによって抗百日咳毒素のサブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を直接変異誘発により変性させ、ｂ）該変性サブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントをクローニングベクターに結合させてハイブリッドプラスミドを構成し、ｃ）前記工程ｂ）で得られたハイブリッドプラスミドによって宿主微生物を形質転換させ、ｄ）炭素源、窒素源及び無機塩の存在下、適切な培地中で形質転換微生物を培養し、ｅ）培地又は菌体から、変性サブユニットＳ１を含有するポリペプチドを採集すること、を特徴とする、免疫活性ポリペプチドの製法。」を引用して、「請求項５に記載の製法において、前記工程（ａ）で使用するサブユニットＳ１をコードづけする遺伝子が百日咳毒素オペロン内に含有されたものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」（旧請求項６）、「請求項５に記載の製法において、前記工程（ｂ）で使用するＤＮＡフラグメントが、百日咳毒素サブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４又はＳ５をコードづけする少なくとも１つの遺伝子をさらに含有するものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」（旧請求項７）、「請求項７に記載の製法において、前記遺伝子が百日咳毒素をコードづけするオペロンに分類されるものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」（旧請求項８）、「請求項５に記載の製法において、前記工程ｃ）で使用する微生物が、大腸菌、桿菌及び酵母でなる群から選ばれるものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」（旧請求項９）、及び「請求項９に記載の製法において、前記微生物が大腸菌である、免疫活性ポリペプチドの製法。」（旧請求項１０）と記載されてはいるが、具体的に変性サブユニットＳ１およびサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４，Ｓ５とからなる変性ホロ毒素を製造したことは記載されておらず、変性ホロ毒素を製造する際のハイブリッドプラスミドの具体的な構成も選択すべき具体的な宿主名も記載されていない。　
　
（３−１−３）当審の判断　
　上述のとおり、本件特許明細書には、変性ホロ毒素について、実施例等の具体的な記載はなく、少なくとも１２９位のグルタミン酸がグリシンに置換された変性サブユニットＳ１が、他のサブユニットＳ２〜Ｓ５とともに本願発明１の変性ホロ毒素を構成すること、そして当該変性ホロ毒素が保護免疫源として機能することを直接確認する記載はない。　
　これにつき、被請求人は、答弁書において、「１）百日咳毒素が保護免疫源であることは周知であった。２）アセンブルしたホロ毒素は保護免疫に必要であることは周知であった。３）ホロ毒素は、変異Ｓ１サブユニットを用いてもアセンブルすることも周知であった。４）本件特許明細書は、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙの変異によりＳ１の毒性酵素活性を消失させることを教示する。５）本件特許明細書は、Ｓ１サブユニットの変異体がサブユニットＳ２−Ｓ５とともに発現されることも教示する。６）当業者は、本件特許明細書から、Ｇｌｕ１２９→ＧｌｙのＳ１変異体がＳ２−Ｓ５とアセンブルすること（アセンブルしたものを、以下Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素という）を合理的に理解する。７）当業者は、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素が、免疫原性を保持することを合理的に理解する。８）本件の優先権主張日において、当業者は、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素が保護免疫源としての百日咳毒素と同様の構成をとるが、毒素としての百日咳毒素とは異なる構成をとることを合理的に理解する。９）当業者が毒素の変異体をつくることができる技術は、本件特許の優先権主張日において、周知慣用技術であった。１０）本件特許発明の上記特徴事項は、乙第２号証において示されるように、本件特許明細書の記載に基づいて実施可能であることが、実際に確認された。」と主張し、このことをもって、本件明細書に実施例等の記載がなくとも、本件の優先権主張日当時の技術水準を加味すれば、変性ホロ毒素に関する本件特許発明は、本件明細書において実施可能に記載されているといえる旨、主張している。　
　そこで、以下、被請求人の上記主張が妥当なものであるか、否かを検討する。　
　
（３−１−３−１）変性ホロ毒素の形成について　
　被請求人は、上記答弁書で主張した「３）ホロ毒素は、変異Ｓ１サブユニットを用いてもアセンブルすることも周知であった。」、「６）当業者は、本件特許明細書から、Ｇｌｕ１２９→ＧｌｙのＳ１変異体がＳ２−Ｓ５とアセンブルして、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素を形成することを合理的に理解する。」ことの裏付けとして、また、「７）当業者は、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素が、免疫原性を保持することを合理的に理解する。」、「８）本件の優先権主張日において、当業者は、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素が保護免疫源としての百日咳毒素と同様の構成をとるが、毒素としての百日咳毒素とは異なる構成をとることを合理的に理解する。」ことの裏付けとして、本件優先日前に刊行された乙第４号証刊行物の「本研究者らの予備的データは、Ｓ１変異体（４アミノ酸が挿入）が、マウスの脳内投与モデルにおいて、機能的なホロ毒素で見られるものより少ないとはいえ、顕著なレベルの免疫保護特性を保持することを示した。」（１８０頁下３〜１行）という記載を引用し、また、同じく本件優先日前に刊行された乙第５号証刊行物の「一旦サブユニットがネイティブタンパク質へとアセンブルすると、ＰＴ活性の中和に必須である新たな配置の抗原決定基が生成される。」（９６５頁右欄下８〜５行）という記載を引用して、保護抗原の生成は、ホロ毒素複合体において見出されたエピトープの形成に付随して起こるものであるから、乙第４号証の上記記載は、Ｓ１サブユニット変異体が正確な構成をとり、ホロ毒素を形成することを示すものである旨主張し、また、本件発明における変異Ｓ１サブユニット２８（Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙ）は抗ＰＴ保護モノクローナル抗体と反応し得るものであるから、当業者は、当該サブユニット２８がホロ毒素複合体の残りの部分とアセンブルするために必要な正しい配置を保持していたことを認識する、と主張している。　
　しかしながら、乙第４号証には、上記記載の直前に、「我々は、目下、ＴＯＸ３２０１（注．４アミノ酸が挿入された上記Ｓ１変異体をコードするＤＮＡを含む百日咳オペロンを有する百日咳菌）により生産される毒素が野生型の毒素と同様にヘテロ−ヘキサメリック構造に組み立てられているかどうかを決定するための試験を行っているところである。…我々のデータは、Ｓ１サブユニットをコードする遺伝子への簡単なコドンの挿入によって百日咳毒素のこれらの毒作用に実質的な影響を及ぼし得ることを示唆している。…それでもなお、それ以外の重要な疑問点は手つかずのままである。例えば、…変異トキシンは適正にアセンブルされているか、また、そのインビトロでの安定性はどうか？…毒性が減じられた変異体はヒトにおいて免疫保護応答を生じさせるであろうか？これは、以下の二つの理由から重要な事項である。ｉ）活性百日咳毒素は免疫調節能を有し、百日咳の免疫においてアジュバントとしての役割を果たす。Ｓ１サブユニットのリボシルトランスフェラーゼ活性がこの免疫刺激作用にとって必要であるのかどうかは、現在のところ推測の域を出ない。酵素的に不活性な百日咳毒素は免疫保護応答にとって不十分な免疫刺激作用しか有さないかもしれないことも、想像できる。ｉｉ）…」（１７８頁１８行〜１８０頁下４行）と記載されており、４アミノ酸が挿入されたＳ１変異体がホロ毒素を構成するとは記載されていない。　
　一方、本件明細書の「このサブユニットは、…抗ＰＴ保護モノクローナル抗体と反応し得る（サブユニット２８）。」という記載は、単に、単独の変異Ｓ１サブユニット（サブユニット２８）自体にＰＴ毒素の中和抗体を認識する抗原決定基が存在することを意味するものであると解するのが相当である。そして、このような、変異Ｓ１サブユニットにもＰＴ中和抗体を認識する抗原決定基が存在するとの知見からみて、乙第４号証の４アミノ酸が挿入されたＳ１変異体についても、それ自体にＰＴ中和抗体を認識する抗原決定基が存在し、それに基づいてＳ１変異体単独で免疫保護特性を有していた可能性もあり得るから、直ちに、「一旦サブユニットがネイティブタンパク質へとアセンブルすると、ＰＴ活性の中和に必須である新たな配置の抗原決定基が生成される。」という、天然のホロ毒素に対する乙第５号証の筆者の認識を適用することはできない。　
　いずれにしても、乙第４号証の上記記載は、被請求人の主張するように、４アミノ酸が挿入された当該Ｓ１サブユニット変異体が正確な構成をとり、ホロ毒素を形成することを示すものであるとは一概にはいえず、まして、一般にＳ１サブユニット変異体がホロ毒素を形成することを示すものであるとは到底いえない。　
　また、本件の変性サブユニット２８は、野生のＰＴ毒素に対する抗ＰＴ保護モノクローナル抗体と反応し得るものであり、その抗原決定基を保持するものではあるが、同時にＡＤＰリボシレーション活性を失っていることから、相応の立体構造の変化を受けているものでもあるということができ、当該立体構造の変化がホロ毒素の形成に必要な立体構造に影響を与えることが有り得ることは十分想定できることである。　
　そうすると、変性サブユニット２８が抗ＰＴ保護モノクローナル抗体に対する抗原決定基を保持していることをもって、直ちに当該サブユニット２８がホロ毒素複合体の残りの部分とアセンブルするために必要な正しい配置を保持していることを立証したことにはならない。そして、変性サブユニット２８がＡＤＰリボシレーション活性を失うことに伴いどのような立体構造の変化を受けたかについて、本件特許明細書には何も明らかにされていないから、当業者は、本件特許明細書の記載に基づき、サブユニット２８がホロ毒素複合体の残りの部分とアセンブルするために必要な正しい配置を保持していたことを認識するとはいえない。　
　これについて、被請求人は、平成１４年９月１７日付上申書において、乙第８号証乃至乙第１５号証を引用し、部位特異的変異誘発法を用いてマイナーなアミノ酸置換により立体構造を変えずに酵素活性を変化させることは本件優先日時点で技術常識を構成していた旨主張しているが、被請求人の引用する上記乙第８号証乃至乙第１５号証からいえることは、部位特異的変異誘発法を用いてマイナーなアミノ酸置換により立体構造を変えずに酵素活性を変化させることができる場合があるということに止まり、１乃至数個程度のマイナーなアミノ酸置換であればどのようなものでも立体構造を変えずに酵素活性を変化させることができることを意味するものではないことは明らかなことである。　
　してみると、乙第４号証の記載に基づいて、変異Ｓ１サブユニットを用いてもホロ毒素がアセンブルすることが周知であったとはいえないし、乙第４号証および本件特許明細書の記載に基づいて、当業者が、Ｇｌｕ１２９→ＧｌｙのＳ１変異体がＳ２−Ｓ５とアセンブルし、Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素を形成することを合理的に理解するとはいえず、まして、形成するかどうかも不明の当該Ｇｌｕ１２９→Ｇｌｙホロ毒素が免疫原性を保持することを合理的に理解するとは到底いえない。　
　
（３−１−３−２）百日咳オペロンの発現による変性ホロ毒素の製造について　
　被請求人は、更に、「９）当業者が毒素の変異体をつくることができる技術は、本件特許の優先権主張日において、周知慣用技術であった」ことの裏付けとして、本件優先日前に刊行された乙第１号証刊行物を引用し、また、本件出願後に刊行された乙第２号証刊行物を引用して、「１０）本件特許発明の上記特徴事項は、乙第２号証において示されるように、本件特許明細書の記載に基づいて実施可能であることが、実際に確認された」と主張している。　
　しかしながら、乙第１号証は組み換え百日咳菌に係るものであり、また、乙第２号証も変異ホロ毒素をコードする変異百日咳毒素オペロンを組み込んだ組み換え百日咳菌において、変異ホロ毒素が産生されたことを報じるものであるところ、本件の当初明細書には、本件の変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１、あるいは当該変性サブユニットＳ１と百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５を天然の百日咳毒素に存在するものと同じ配列で含有する免疫活性ポリペプチドを発現させる宿主としては、大腸菌、桿菌および酵母から選ばれたものを使用するとのみ記載され、宿主として百日咳菌を用いることについては何も記載されていない。そして、本件明細書には、実際に百日咳毒素オペロンをこれらの宿主により発現させて変性ホロ毒素を産生させたことは記載されておらず、本件明細書における唯一の発現実施例は、変性サブユニットＳ１の発現を大腸菌を宿主として行うものであるところ、請求人の引用する甲第１号証に、「大腸菌中でのＰＴ（百日咳毒素）オペロンの発現は見られない」（４８頁右欄１０〜１３行）と記載されているように、大腸菌については、本件の出願時には、これを宿主とする百日咳毒素オペロンの発現は失敗しており、大腸菌により当該オペロンを発現させてホロ毒素を得ることが本件出願時の技術水準であったとは認められない。また、その他の桿菌一般や酵母を宿主として百日咳毒素オペロンを発現させてホロ毒素を得ることも本件出願時の技術水準であったとは認められない。　
　これについて、被請求人は、乙第１号証に記載されているように、百日咳菌を宿主として変性ホロ毒素を産生させることは本件出願時には周知慣用の技術であるから、本件特許明細書に百日咳菌を宿主として用いることが記載されていなくても、当業者は当該技術を採用することができ、当該周知慣用の技術を用いれば本件発明１の変性ホロ毒素が得られる旨、主張する。　
　しかしながら、乙第１号証は百日咳菌の百日咳毒素をコードする遺伝子座に変異を導入することを記載するものであって、これにより常に変性されたペプチドがホロ毒素の形態で産生されることを記載するものではない。そして、サブユニットを変性させた場合にはアセンブルに必要な立体構造が変化する場合もあり得、乙第４号証について上述したとおり、ホロ毒素としてアセンブルするかどうかは明らかではないというのが、本願出願時の状況であったと認められる。事実、本願出願後に頒布された乙第２号証には、「８３個の変異ＰＴオペロンがＢｏｒｄｅｔｅｌｌａ  ｐａｒａｐｅｒｔｕｓｓｉｓに導入され、その結果として得られる毒素のアナログが、発現のレベル、酵素活性、残存毒性、及び抗原性についてスクリーニングされた。変異体の半数以上が、余り分泌されず、または、組み立てられないことが見出される一方、その他は完全に組み立てられ、多くが高度に解毒化されていた。」（３６５３頁上欄４〜７行、３６５６頁右欄のＲＥＳＵＬＴの項の１行〜３６５７頁左欄６行にも同趣旨の記載がある）と、多種類の変異Ｓ１サブユニットをコードする遺伝子を含む百日咳毒素オペロンを百日咳菌において発現させたところ、その半数がホロ毒素を形成しなかったことが記載されている。　
　してみると、本件の優先日において、百日咳毒素オペロンを変異させ、これにより百日咳菌を形質転換することが公知であったといっても、この手法によれば、必ず変性サブユニットＳ１を有する変性ホロ毒素が産生されるとはいえないものと認められるから、このことをもって、百日咳菌を宿主として変異百日咳毒素オペロンを発現させる方法が、変異ホロ毒素を確実に産生させる方法として周知であったとはいえないし、また、本件の変性サブユニット２８であれば実際に発現を確かめなくとも確実にこの方法で変異ホロ毒素が形成されるといえる合理的な根拠があるとはいえない。　
　被請求人は、これにつき、平成１６年３月２２日付の意見書において、本件出願日の約１年後に頒布された、Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６（１９８９）：４９７−５００を引用し、当該文献に、変異百日咳毒素オペロンを百日咳菌で発現し、変異タンパク質を得たことについて記載されていることをもって、「本件特許明細書の記載のとおり本件特許発明を実施したところ、ホロ毒素が形成され、ワクチン効果が証明された」旨、主張している（５頁３〜４行）が、上述のとおり、そもそも、変異した百日咳毒素オペロンを百日咳菌で発現することは本件特許明細書には記載されておらず、また、変異ホロ毒素を確実に産生させる方法として周知の技術であったともいえないから、被請求人のこの主張は、「本件特許明細書の記載のとおり本件特許発明を実施した」という前提がすでに誤っているというべきである。　
　
（３−１−３−３）まとめ　
　以上のとおりであるから、本件明細書の発明の詳細な説明は、本件出願時の技術水準を考慮しても、変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を形成させること、また、変異した百日咳毒素オペロンにより形質転換した宿主により変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を産生させることが十分な技術的裏付けをもって記載されていたとはいえない。　
　従って、本件明細書の発明の詳細な説明は、変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素について、容易に得ることができる程度に記載されているものとはいえず、少なくとも１２９位のグルタミン酸がグリシンに置換された変性サブユニットＳ１を含有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を容易に得ることができる程度に記載されているものとはいえないから、当業者が当該変性ホロ毒素に係る本件発明１を容易に実施できる程度に、その発明の目的、構成、効果が記載されているものとはいえない。　
　よって、本件特許出願はこれらの点において特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていない。　
　
３−２．本件発明２、３について　
（３−２−１）本件発明２、３　
　訂正後の本件発明２は、　
「請求項１に記載のポリペプチドの製法において、ａ）１２９位グルタミン酸をコードづけする塩基配列をグリシンをコードづけする塩基配列で置換するように前記百日咳毒素のサブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を直接変異誘発することにより変性させる工程、ｂ）該変性サブユニットＳ１をコードづけする遺伝子を含有するＤＮＡフラグメントをクローニングベクターに結合させてハイブリッドプラスミドを構成する工程であって、該フラグメントは、百日咳毒素オペロン内に該百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードする遺伝子をさらに含有する、工程、ｃ）前記工程ｂ）で得られたハイブリッドプラスミドによって宿主微生物を形質転換させる工程、ｄ）炭素源、窒素源及び無機塩の存在下、適切な培地中で形質転換微生物を培養する工程、ｅ）培地又は菌体から、変性サブユニットＳ１を含有するポリペプチドを採集する工程、を特徴とする、免疫活性ポリペプチドの製法。」というものであり、　
訂正後の本件発明３は、「請求項２に記載の製法において、前記工程ｃ）で使用する微生物が、桿菌及び酵母でなる群から選ばれるものである、免疫活性ポリペプチドの製法。」というものである。　
　
（３−２−２）当審の判断　
　上述のとおり、本件明細書の発明の詳細な説明は、変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を、当該変性サブユニット２８をコードづけする遺伝子と百日咳毒素のサブユニットＳ２，Ｓ３，Ｓ４及びＳ５をコードづけする遺伝子を含有する百日咳毒素オペロンを含むハイブリッドプラスミドで形質転換された宿主微生物により容易に産生させることができる程度に記載されているものとはいえず、少なくとも１２９位のグルタミン酸がグリシンに置換された変性サブユニットＳ１を含有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を当該方法により容易に産生させることができる程度に記載されているものとはいえないから、当業者が当該変性ホロ毒素の当該方法による製法に係る本件発明２及び３を容易に実施できる程度に、その発明の目的、構成、効果が記載されているものとはいえない。　
　よって、本件特許出願はこれらの点において特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていない。　
　
３−３．本件発明４について　
（３−３−１）本件発明４　
　訂正後の本件発明４は、「形質転換微生物Ｅ．ｃｏｌｉ  Ｋ１２−△Ｈ１−△ｔｒｐ（ＰＴＥ  ２５５−２８）ＡＴＣＣ  ６７５４３。」というものである。
　
（３−３−２）当審の判断　
　被請求人は平成１４年９月１７日付の上申書において、本件発明４の微生物について、「例えば、組み換え百日咳菌を作製するために使用することができる。本件特許においては、変異誘発したポリペプチドをコードする核酸を含む系を、例えば、興味のある部分の核酸部分を切り出すことなどにより直接または間接に使用して、実際のホロ毒素の発現系を構築することが可能であり、そのような実際のホロ毒素の発現において請求項４に係る発明が有用であることに疑念があるということはできない。」と、変性ホロ毒素の発現系を構築する上で有用である旨を主張している。　
　しかしながら、上述のとおり、本件明細書の発明の詳細な説明は、本件出願時の技術水準を考慮しても、変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を形成させること、また、変異した百日咳毒素オペロンにより形質転換した宿主により変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を産生させることが十分な技術的裏付けをもって記載されていたとはいえない。　
　してみると、本件明細書の発明の詳細な説明は、上記変性ホロ毒素の発現系を構築することについても十分な技術的裏付けをもって記載されていたとはいえないから、当該変性ホロ毒素の発現系を構築するという点で本件発明４の微生物が有用であるとの被請求人の主張は成り立たない。そして、本件特許明細書には、他にどのような点で本件発明４の微生物が有用であるか記載されていないから、本件明細書の発明の詳細な説明は、当業者が本件発明４に係る形質転換微生物を容易に使用することができる程度に、その発明の目的、構成、効果が記載されているものとはいえない。　
　よって、本件特許出願はこの点において特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていない。
３−４．本件発明５について　
（３−４−１）本件発明５　
　訂正後の本件発明５は、「抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子であって、該免疫活性ポリペプチドは、アミノ酸１から１８０までのＳ１領域における１又はそれ以上の位置で、アミノ酸を、免疫特性を変質させることなくＳ１の毒性を破壊又は低減させ得る他のアミノ酸で直接変異誘発置換することによって変性せしめた百日咳毒素のサブユニットＳ１を含有し、ここで、少なくとも１２９位グルタミン酸がグリシンに置換される、免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子。」というものである。　
　
（３−４−２）当審の判断　
　本件発明５には、免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子が「さらに、百日咳毒素オペロン内に該百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードづけする遺伝子を含有する」ことは記載されていない。しかしながら、当該遺伝子によりコードされる免疫活性ポリペプチドは抗百日咳ワクチンの調製に使用される免疫活性を有するものであるところ、被請求人は答弁書等において「保護抗原の生成は、ホロ毒素複合体において見出されたエピトープの形成に付随して起こるものである。」と主張し、「抗百日咳ワクチンの調製に使用される毒性のない又は毒性が低減された免疫活性ポリペプチド」とは変性ホロ毒素を指す旨主張しており、また、上申書において「訂正後の請求項５には、「免疫活性ポリペプチドをコードづけする」遺伝子であると特定されている。この記載は、ホロ毒素を形成したときに免疫活性を発揮することを意味することは本件特許明細書の趣旨からも明らかである。」と主張していることからみると、本件発明５の遺伝子は変性ホロ毒素をコードづけするものであり、それゆえ、実質的には、「百日咳毒素オペロン内に変性されたサブユニットＳ１をコードする遺伝子と百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードする遺伝子を含有する」、当該百日咳毒素オペロンを意味しているものと認められる。　
　してみると、本件発明５に係る免疫活性ポリペプチドをコードづけする遺伝子は本件発明１の変性ホロ毒素をコードする百日咳毒素オペロンを含有するものであり、本件発明２の方法により変性ホロ毒素を産生するために用いるものであるから、本件明細書の発明の詳細な説明が上記方法を容易に実施できる程度に記載されているといえない以上、本件明細書の発明の詳細な説明は、当業者が、本件発明５の遺伝子を容易に使用できる程度に記載されているものとはいえない。　
　また、仮に、本願発明５が、変性されたサブユニットＳ１をコードする遺伝子のみからなるものであるとすると、当該遺伝子がコードづけするポリペプチドは「抗百日咳ワクチンの調製に使用される免疫活性ポリペプチド」ではないから、当業者は当該遺伝子を適当な宿主で発現させてもそのような免疫活性を有するポリペプチドを得ることができないので、本件明細書の発明の詳細な説明は、当業者が、本件発明５の遺伝子を容易に使用できる程度に記載されているものとはいえない。　
　よって、本件特許出願はこれらの点において特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていない。　
　
３−５．本件発明６、７について　
（３−５−１）本件発明６、７　
　訂正後の本件発明６は、「請求項５に記載の遺伝子を含み、さらに、百日咳毒素オペロン内に該百日咳毒素のサブユニットＳ２、Ｓ３、Ｓ４及びＳ５をコードづけする遺伝子を含有する、ハイブリッドプラスミド。」というものであり、　
訂正後の本件発明７は、「請求項６に記載のハイブリッドプラスミドで形質転換された微生物。」というものである。　
　
（３−５−２）当審の判断　
　本件発明６に係るハイブリッドプラスミド及び当該ハイブリッドプラスミドで形質転換された本件発明７に係る微生物は本件発明１の変性ホロ毒素をコードする百日咳毒素オペロンを含有するものであり、本件発明２の方法により変性ホロ毒素を産生するために用いるものであるから、本件明細書の発明の詳細な説明が上記方法を容易に実施できる程度に記載されているといえない以上、本件明細書の発明の詳細な説明は、当業者が、本件発明６のハイブリッドプラスミド及び本件発明７の形質転換微生物を容易に使用できる程度に記載されているものとはいえない。　
　よって、本件特許出願はこれらの点において特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていない。　
　
　なお、被請求人は、本件に特許法第３６条第３項を適用することについて、上記平成１４年９月１７日付上申書において、東京高等裁判所の平成１０年（行ケ）９５判決中の、「特許法３６条３項に違反する場合とは、（１）その特許請求の範囲に包含されるすべてのペプチド等につきその有用性が明細書に記載されているか、技術常識から当業者にとって明らかであるとはいえない場合であり、かつ、（２）その特許請求の範囲に包含されるすべてのペプチド等の中から、有用性のあるもののみを当業者が容易に選択することができるように明細書中に記載されていない場合を指す」との記載を引用し、本件特許発明はこれに該当しないから特許法第３６条第３項に違反するものではない旨主張しているが、当該判決の事案は、基本的に合成等により製造が可能であるペプチドに関するものであり、物（この場合変性ホロ毒素）の製造自体の困難性が問題になっている本件の場合とは全く事情が異なるから、被請求人のこの主張は採用できない。　
　
４．当審の無効理由ＩＩについての判断　
　上述のとおり、本件明細書の発明の詳細な説明には、本件出願時の技術水準を考慮しても、変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を形成させること、また、変異した百日咳毒素オペロンを含有するハイブリッドプラスミドで形質転換した宿主により変性サブユニット２８を有し、免疫活性を有する変性ホロ毒素を産生させることが十分な技術的裏付けをもって記載されていたとはいえないから、当該変性ホロ毒素、当該変性ホロ毒素の製法、当該変性ホロ毒素をコードづけする遺伝子およびハイブリッドプラスミド、並びに、当該ハイブリッドプラスミドで形質転換された微生物について実質的に開示されているものと認められないので、これらに係る本件発明１〜７は発明の詳細な説明に記載されたものとはいえず、本件特許出願はこの点において特許法第３６条第４項第１号に規定する要件も満たしていない。　
５．むすび　
　以上のとおりであるから、本件発明１〜７についての特許は、特許法第３６条第３項及び第４項に規定する要件を満たしていない特許出願に対してされたものであり、同法第１２３条第１項第４号に該当し、無効とすべきものである。　
　審判に関する費用については、特許法第１６９条第２項の規定で準用する民事訴訟法第６１条の規定により、被請求人が負担すべきものとする。　
　よって、結論のとおり審決する。