【事件の表示】
　平成　６年特許願第２５５０２３号「３次元化合物構造式の周辺空間情報を数値データへ変換する方法、並びに、３次元化合物構造式とその周辺空間との相互作用を数値データへ変換する方法」拒絶査定不服審判事件〔平成　８年　５月１７日出願公開、特開平　８−１２３７８１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明
　本願は、平成６年１０月２０日の出願であって、平成１４年７月２５日付けで拒絶査定がなされ、これに対し、同年８月２９日に拒絶査定に対する審判請求がなされたものである。
　本願特許請求の範囲の請求項１に係る発明（以下「本願発明」という。）は、平成１４年７月９日付けの手続補正書によって補正された明細書及び図面の記載から見て、その特許請求の範囲の請求項１に記載された次の事項により特定されるものである。
「ＸＹＺの３次元座標で表される３次元化合物構造式の周辺空間情報の数値データへの変換方法であって、
計算機が、
前記３次元化合物構造式の座標値に基づいて該座標値を内包する所定の領域を内部領域として設定する内部領域設定ステップと、
前記内部領域設定ステップで設定した内部領域を内包する該内部領域の所定の外周空間に３次元の領域を周辺領域として設定する周辺領域設定ステップと、
前記周辺領域設定ステップで設定した周辺領域の内部に、利用者の指示に基づいて所定の３次元領域を小領域として設定する小領域設定ステップと、
前記周辺領域設定ステップで設定した周辺領域の内部に、所定の条件に従い１以上の点を設定する点設定ステップと、
前記３次元化合物構造式が前記点設定ステップで設定した点のそれぞれに及ぼす作用を所定の計算に基づいて数値データとして算出し、該点に割り当てる作用計算ステップと、
前記作用計算ステップで算出した数値データから所定の条件に従い前記小領域設定ステップで設定した小領域毎に１以上の値を求めて該小領域の代表値とする代表値決定ステップと、
を実行することを特徴とする３次元化合物構造式の周辺空間情報の数値データへの変換方法。」
　
２．原査定の拒絶の理由 
　原査定の拒絶の理由は、以下のとおりである。
「この出願の下記の請求項に係る発明は、下記の点で特許法第２９条第１項柱書に規定する要件を満たしていないので、特許を受けることができない。
　　　　　　　　　　　　　　　　　記
　請求項に係る発明が、自然法則以外の法則（例えば、経済法則）、人為的取決め（例えば、ゲームのルールそれ自体）、数学上の公式、人間の精神活動に当たるとき、あるいはこれらのみを利用しているとき（例えば、ビジネスを行う方法それ自体）は、その発明は、自然法則を利用したものとはいえず、「発明」に該当しない。
　ここで、請求項１に記載された事項をみると、「周辺領域内に複数の小領域（１４を設定する第２のプロセス」は、段落番号【００２８】等の記載を参照すると、人間が行っているものであり、人間の精神活動に該当するものであるから、全体として、自然法則を利用したものとはいえず、「発明」に該当しない。」
　
　そして、原拒絶査定は、以下のとおりである。
「平成１４年７月９日付け手続補正書により補正された請求項１の記載は、「３次元化合物構造式の周辺空間情報の数値データへの変換方法」を単に「計算機」を使用して実施させるとするのみであって、ソフトウエアによる情報処理が、ハードウエア資源を用いて具体的に実現されているとは認められないので、「自然法則を利用した技術的思想の創作」に該当するとは認められない。」
　
３．請求人の主張 
 　請求人は、平成１４年８月２９日付審判請求書において、 
「３−１．「＜特許法第２９条第１項柱書に基づく拒絶理由（理由Ａ）に対しての反論＞ 
まず、審査官殿は、上記の平成１４年２月２０日付け拒絶理由通知書の中で、「請求項１に記載された事項をみると、『周辺領域内に複数の小領域（１４）を設定する第２のプロセス』は、段落番号【００２８】等の記載を参照すると、人間が行っているものであり、人間の精神活動に該当するものであるから、全体として、自然法則を利用したものとはいえず、『発明』に該当しない」といった御見解を述べておられます。 
　ここで問題にされている第２のプロセスは、請求項１の記載内容から考えますと、確かに、その処理を人間が行っているように受け取れないこともないように思われます。しかし、そのプロセスは、利用者（人間）の指示に基づいて計算機が行うものであることは、本願の【００２８】の記載内容からも明らかです。すなわち、本願の【００２８】には、「ディスプレイ上に表示された空間上の立方体、直方体、球等を人間が指定することで実行することができる。・・・」と記載されていますように、ディスプレイ上に表示されたものを人間が指示し、その指示に基づいて計算機が処理を実行することになります。 
　そこで、この点を明確にすべく、上記手続補正書では、本願発明が計算機によって実現される方法であることを明確にすると共に、その計算機により実現される各ステップを明確にしました。特に、上記第２のプロセスに相当する箇所は、「（計算機が）利用者の指示に基づいて所定の３次元領域を小領域として設定する」という表現に改めましたので、この補正により、拒絶の理由Ａは既に解消されていることを確信致します。 」
３−２．「＜拒絶査定における審査官殿の御見解に対する反論＞ 
　審査官殿は、拒絶査定の備考欄において、「平成１４年７月９日付け手続補正書により補正された請求項１の記載は、『３次元化合物構造式の周辺空間情報の数値データへの変換方法』を単に『計算機』を使用して実施させるとするのみであって、ソフトウエアによる情報処理が、ハードウエア資源を用いて具体的に実現されているとは認められない」といった御見解を述べておられます。 
　しかしながら、本願明細書の中で従来の技術として述べました「ＣｏＭＦＡ法」が計算機の利用を前提とした解析手法であり、３次元の活性相関解析において計算機を使用し３次元データを該計算機のディスプレイに表示して操作することにより処理を行うことも当業者にとって公知の事実である現状において、本願実施例における「設定する」とは本願のフローを除く各図をディスプレイ上に表示し、かつ、該状態を該計算機のメモリ上に記憶する意味であることは当業者にとって容易に当然想到できるものであり、各請求項についても「設定する」とは設定状態をハードウエア資源に保持する意味であることは自明であることから、ハードウエア資源を用いて具体的に実現されていない旨の御指摘には到底承服できるものではありません。」
と主張している。
　
４．当審の判断 
　特許法第２９条第１項柱書には、「産業上利用することができる発明をした者は、・・・その発明について特許を受けることができる。」と規定され、特許法第２条第１項には、特許法でいう「発明」について、「『発明』とは、自然法則を利用した技術的思想の創作のうち高度のものをいう。」と定義されている。
　
　さて、本願発明は、ＸＹＺの３次元座標軸で表される３次元化合物構造式の周辺空間情報の数値データへの変換方法の発明であって、計算機が実行する複数のステップを含み、当該ステップを便宜上分説すると、以下のようになる。
Ａ．前記３次元化合物構造式の座標値に基づいて該座標値を内包する所定の領域を内部領域として設定する内部領域設定ステップと、
Ｂ．前記内部領域設定ステップで設定した内部領域を内包する該内部領域の所定の外周空間に３次元の領域を周辺領域として設定する周辺領域設定ステップと、
Ｃ．前記周辺領域設定ステップで設定した周辺領域の内部に、利用者の指示に基づいて所定の３次元領域を小領域として設定する小領域設定ステップと、
Ｄ．前記周辺領域設定ステップで設定した周辺領域の内部に、所定の条件に従い１以上の点を設定する点設定ステップと、
Ｅ．前記３次元化合物構造式が前記点設定ステップで設定した点のそれぞれに及ぼす作用を所定の計算に基づいて数値データとして算出し、該点に割り当てる作用計算ステップと、
Ｆ．前記作用計算ステップで算出した数値データから所定の条件に従い前記小領域設定ステップで設定した小領域毎に１以上の値を求めて該小領域の代表値とする代表値決定ステップ。
　
　そして、本願発明が解決しようとする技術的課題は、発明の詳細な説明【０００９】−【００１６】に記載されているように、
「上述のＣｏＭＦＡ法は、構造−活性相関分野において３次元構造式の周辺情報を数値データ化する従来唯一の手法ではあるが、その数値データ化の手続きで重大な問題を抱えている。この問題は、単なる３次元空間情報の数値化手続きというよりは、その変換された数値データを用いて構造−活性相関を行う時に利用される統計的手法に起因するものである。
（中略）
一方、前述の部分構造領域パラメータを用いた３次元定量的構造−活性相関手法（本願発明者等による先願の発明）において、現在報告されている部分構造領域パラメータは、あくまでも該当する部分構造のみを基準として数値データへと変換されたものである。従って、その部分構造とそれ以外のものとの関係（例えば化合物構造式周辺空間上に存在する原子との立体的反発力や電子的相互作用等の情報）を的確に数値データとして表現することはできなかった。
　しかし、構造−活性相関の発展とともに化合物構造式とその周辺環境との相互作用情報を的確に知ることは極めて重要な項目の１つとなりつつある。この点で、上記の課題（構造式そのものとその周辺空間との相互関係を数値データへと変換すること）を解決するための手法の開発が望まれている。」
というものである。
　さらに、本願発明の目的は、発明の詳細な説明【００１７】に記載されているように、
「本発明の目的は、以上の点に鑑み、３次元化合物構造式の周辺空間の情報を用いた構造−活性相関を行うことができ、かつ、線形重回帰等を用いた要因解析をも十分に可能にする手法を実現することにある。本発明の更なる目的は、３次元化合物構造式とその周辺環境にある原子との相互作用情報を数値データとして取り出すことのできる手法を実現することにある。」
というものである。
　
　してみれば、本願発明は、「計算機が数値データを変換する方法」であって、「計算機が」「設定する」、「算出する」、「割り当てる」、「代表値とする」ところの、上記ステップＡ〜Ｆを備える方法発明であるから、その発明の実施にソフトウエアを必要とするところの、いわゆるソフトウエア関連発明である。そして、こうしたソフトウエアを利用するソフトウエア関連発明が、「自然法則を利用した技術的思想の創作」であるためには、そもそも「発明」は一定の技術的課題の解決手段になっていなければならないことから、ハードウェア資源を利用したソフトウェアによる情報処理によって、技術的課題を解決できるような特有の構成が具体的に提示されている必要があるというべきである。
　そして、本願発明を分説すると前記のとおりであるから、本願発明において技術的課題の解決手段の根拠となるべき要部は、上記各ステップである。　そこで、本願発明が、特許法第２条で定義される「発明」、すなわち「自然法則を利用した技術的思想の創作」に該当するか否かについて、以下各ステップに従って検討する。
　                   
（ステップＡ）
　上記ステップＡについて検討すると、このステップＡは、「３次元化合物構造式の座標値に基づいて該座標値を内包する所定の領域を内部領域として設定する」ことを特定したものであるが、３次元化合物構造式の周辺空間情報を対象とする本願発明の趣旨からして、構造式の周辺空間を３次元座標軸上で設定する必要があり、この構造式の周辺空間の設定のためには、まずは構造式を内包するような空間を同座標軸上に設定する必要があることは自明である。してみれば、ステップＡは、構造式の周辺空間情報を得るために、当然に行われるべき最初の処理事項を特定したものということができる。
　
（ステップＢ）
　次に、上記ステップＢについて検討すると、このステップＢは、「（ステップＡで設定した）内部領域を内包する該内部領域の所定の外周空間に３次元の領域を周辺領域として設定する」ことを特定したものであるが、３次元化合物構造式の周辺空間情報を対象とする本願発明の趣旨からして、構造式の周辺空間を３次元座標軸上で設定する必要があり、この構造式の周辺空間の設定のためには、まずは構造式を内包する内部領域と、該内部領域を内包する外周空間とを設定し、当該外周空間から該内部領域を排除した領域を周辺領域として同座標軸上で設定しておく必要があることは自明である。してみれば、本ステップＢは、構造式の周辺空間情報を得るために、ステップＡに続いて当然に行われるべき処理事項を特定したものということができる。
　
（ステップＣ）
　次に、上記ステップＣについて検討すると、このステップＣは、「（ステップＢで設定した）周辺領域の内部に、利用者の指示に基づいて所定の３次元領域を小領域として設定する」ことを特定したものである。
　
　この特定事項である処理は、上記ステップＡの内部領域の設定および上記ステップＢの周辺領域の設定を前提としつつ、一連のステップの最終ステップであるところの上記ステップＦにおける周辺領域の内部の点に割り当てられた数値データの中から代表値を決定する処理のための、前処理として位置づけられる。
　ところで、上記ステップＦでは代表値は小領域毎に決定されることになっており、一連のステップの処理結果として出力される代表値は、決定された小領域に含まれる点に割り当てられた数値からのみ選び出されることになる。
　してみれば、本願発明の上記課題である構造−活性相関を行うことができるような有意な代表値を得るためには、上記ステップＡの内部領域の設定および上記ステップＢの周辺領域の設定が適切に行われることを前提とし、かつ、研究対象となる化合物や解析の段階等に応じて、適切な数と場所の小領域を選定する必要があるので、周辺領域の内部でどの部分を小領域として設定するかは、本来、本願発明の課題を達成する上で、非常に重要な意味を持つはずである。
　
　しかしながら、本ステップＣでは、この小領域を、「利用者の指示に基づいて」設定することとしていて、本願発明の上記課題である構造−活性相関を行うことができるような有意な代表値を得るための重要な判断は利用者が行うことになっており、ステップＣで特定される処理内容は、単に「周辺領域の内部に、利用者の指示に基づいて所定の３次元領域を小領域として設定する」こと、即ち、利用者が周辺領域内部に選定した結果の入力を３次元座標軸上に反映することだけである。
　その結果、一連のステップの処理結果として出力される代表値が、構造−活性相関を行うことができるような有意なものかどうかは、利用者の判断に大きく左右されることになる。こうした処理も「計算機」の処理の一つではあるが、本願発明の上記課題である構造−活性相関を行うことができるようにすることが達成できるかどうかは、人間である利用者の指示の是非に委ねられているのであって、「計算機」の処理自体は、単なる入力結果の反映にとどまり、本ステップＣは、本願発明の上記課題を達成する上で実質的な貢献をするような処理内容ではない。
　
　したがって、本ステップＣでは、「計算機」がハードウェアを利用してソフトウェアにより行う情報処理自体によって、本願発明の上記課題の解決手段を構成するところの小領域設定ステップが実現されているとは認められない。
　
　なお、請求人は審判請求書において、
「ここで問題にされている第２のプロセスは、請求項１の記載内容から考えますと、確かに、その処理を人間が行っているように受け取れないこともないように思われます。しかし、そのプロセスは、利用者（人間）の指示に基づいて計算機が行うものであることは、本願の  【００２８】 の記載内容からも明らかです。すなわち、本願の【００２８】 には、「ディスプレイ上に表示された空間上の立方体、直方体、球等を人間が指定することで実行することができる。・・・」と記載されていますように、ディスプレイ上に表示されたものを人間が指示し、その指示に基づいて計算機が処理を実行することになります。 
 　そこで、この点を明確にすべく、上記手続補正書では、本願発明が計算機によって実現される方法であることを明確にすると共に、その計算機により実現される各ステップを明確にしました。特に、上記第２のプロセスに相当する箇所は、「（計算機が）利用者の指示に基づいて所定の３次元領域を小領域として設定する」という表現に改めましたので、この補正により、拒絶の理由Ａは既に解消されていることを確信致します。 」
と主張している。
　この点について検討する。請求人の主張のように、ステップＣ（第２のプロセス）が、利用者（人間）の指示に基づいて計算機が行うものであることは、本願発明の詳細な説明の【００２８】「ディスプレイ上に表示された空間上の立方体、直方体、球等を人間が指定することで実行することができる。」の記載から類推できる。
　しかしながら、例え、ステップＣの処理を、人間が指定し、計算機が実行するとしても、本願発明の課題を達成するために有意な結果を得るには、利用者（研究者）の判断が最重要であり、コンピュータの処理は利用者の入力を反映しているに過ぎない。つまり、ステップＣにおいて、本願発明の課題を達成するためには、単に小領域を設定するのではなく、構造活性相関を有意なものにするためにどのように小領域を設定すればよいかに依存する。そして、小領域を選択するのは、あくまで利用者（研究者）であり、計算機が自動で行うわけではない。そしてステップＣにおける計算機の役割は、前記利用者の小領域の選択を入力として受取り、次のステップに受け渡す処理をしているに過ぎない。よって、ステップＣにおける計算機の役割は本願の課題達成上、実質的な貢献をするようなものではなく、単なる使用に過ぎない。
　即ち、請求人の上記主張は、当を得ないものである。
　　
（ステップＤ及びステップＥ）
　次に、上記ステップＤ及びステップＥについて検討すると、このステップＤは、「周辺領域の内部に、所定の条件に従い１以上の点を設定する」ことを特定し、ステップＥは、「３次元化合物構造式が前記点設定ステップで設定した点のそれぞれに及ぼす作用を所定の計算に基づいて数値データとして算出し、該点に割り当てる」ことを特定したものである。本願発明が、３次元座標で表される３次元化合物構造式の周辺空間情報の数値データへの変換方法であることを考えると、構造式の周辺空間の３次元座標に対応した数値データを算出する必要があり、上記ステップＤ及びステップＥは、当然に行われるべき処理事項を特定したものということができる。
　
（ステップＦ）
　最後に、上記ステップＦについて検討すると、このステップＦは、「前記作用計算ステップで算出した数値データから所定の条件に従い前記小領域設定ステップで設定した小領域毎に１以上の値を求めて該小領域の代表値とする」ことを特定したものである。本願発明の目的は、前述のとおりであるが
、これを平たく言えば、データ量を少なく絞って構造−活性相関を可能にしようとするということであるから、このステップＦは、一連のステップの結果を受けた最終ステップとしてなすべき事項を特定したものといえる。
　
　しかしながら、本ステップＦが、本願発明の技術的課題の解決手段を構成する工程として有意であるためには、既に検討してきたように、本ステップの前処理であるステップＣにおいて、小領域の設定が、上記課題からみて適切に行われることが前提となる。しかしながら、ステップＣについては、前記のとおりである。また、ステップＦ自体、要するに所定の条件に従い、小領域の代表値を求めることは計算機の単なる使用に過ぎず、この点に技術的特徴は見いだせない。
　
　
　以上の検討によれば、一連のステップの中で技術的に重要な意義を持つステップＣでは、発明の課題を達成する上で重要な判断を、もっぱら利用者の指示、すなわち人間の精神活動に依存し、「計算機」のソフトウェアによって行う情報処理自体によって、発明の課題を解決するステップが実現されているとは認められない。
　
　結局、ステップＡないしＦは、形式的には「計算機」を用いて処理する一連のステップという形になっているものの、その中で本願発明の課題を達成する上で重要な意義を持つステップＣについては前記の通りであるから、「計算機」の処理が本願発明の課題である構造−活性相関を行うことが可能となるようにすることが達成できるかどうかは、利用者の指示、すなわち、人間の精神活動に依存するものであって、「計算機」のソフトウェアによって行う情報処理自体によって、本願発明の技術的課題に応じた特有の情報処理方法が構築されているわけではないから、特許法第２条で定義される「発明」、すなわち「自然法則を利用した技術的思想の創作」に該当しないものである。
　
５．むすび
　以上のとおりであるから、本願発明は、特許法第２９条第１項柱書に規定する要件を満たしていないので、特許を受けることができない。
　よって、結論のとおり審決する。