(57)【要約】  本出願は、凍結融解またはフリーズドライ中、微生物の細胞生存率を効果的に保持する製剤を含む、胃、胃腸、および／または大腸の治療に使用される組成物、例えば、製剤、ならびに当該組成物を作製、保存、および使用する方法を提供する。本明細書において提供される組成物は、自閉症スペクトラム障害、クローン病、潰瘍性大腸炎、過敏性腸症候群、および再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症などの様々な疾患または状態を治療するのに有用である。
2020521760.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
少なくとも１０％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物調製物を含む医薬組成物であって、前記凍結乾燥製剤が、少なくとも２０％の細胞完全性維持比を提供することができる医薬組成物。
【請求項２】
前記凍結乾燥製剤が、少なくとも１２．５％、少なくとも１３％、少なくとも１３．５％、少なくとも１４％、少なくとも１４．５％、少なくとも１５％、少なくとも１５．５％、少なくとも１６％、少なくとも１６．５％、少なくとも１７％、少なくとも１７．５％、少なくとも１８％、少なくとも１８．５％、少なくとも１９％、少なくとも１９．５％、少なくとも２０％、少なくとも２２．５％、少なくとも２５％、少なくとも２７．５％、少なくとも３０％、少なくとも３２．５％、少なくとも３５％、少なくとも３７．５％、少なくとも４０％、少なくとも４２．５％、少なくとも４５％、少なくとも４７．５％、少なくとも５０％、少なくとも５２．５％、少なくとも５５％、少なくとも５７．５％、または少なくとも６０％のトレハロースを含む、請求項１に記載の医薬組成物。
【請求項３】
前記凍結乾燥製剤が、少なくとも２２．５％、少なくとも２５％、少なくとも２７．５％、少なくとも３０％、少なくとも３２．５％、少なくとも３５％、少なくとも３７．５％、少なくとも４０％、少なくとも４２．５％、少なくとも４５％、少なくとも４７．５％、少なくとも５０％、少なくとも５２．５％、少なくとも５５％、少なくとも５７．５％、少なくとも６０％、少なくとも６２．５％、少なくとも６５％、少なくとも６７．５％、少なくとも７０％、少なくとも７２．５％、少なくとも７５％、少なくとも７７．５％、少なくとも８０％、少なくとも８２．５％、少なくとも８５％、少なくとも８７．５％、少なくとも９０％、少なくとも９２．５％、または少なくとも９５％の細胞完全性維持比を提供することができる、請求項１または２に記載の医薬組成物。
【請求項４】
前記凍結乾燥製剤が、還元剤を更に含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項５】
前記還元剤が、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステイン、またはアスコルビン酸ナトリウムである、請求項４に記載の医薬組成物。
【請求項６】
前記還元剤が、約０．０２５％のシステインを含む、請求項５に記載の医薬組成物。
【請求項７】
前記糞便微生物調製物が、単一ドナーからの非選択的かつ実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項８】
前記糞便微生物調製物の調製が、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、均質化、音波処理、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される処理を伴う、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項９】
前記糞便微生物調製物の調製が、濾過（ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）、ふるい分け、密度勾配、濾過（ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）、クロマトグラフィー、沈降、遠心分離、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される分離ステップを伴う、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１０】
前記凍結乾燥製剤が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アラニン、グリシン、プロリン、マンニトール、スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン（ＨＰβＣＤ）、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つ以上の凍結保護物質を更に含む、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１１】
前記医薬組成物が経口投与用である、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１２】
前記医薬組成物が、ゲルタブ、丸剤、マイクロカプセル、カプセル、または錠剤として製剤化される、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１３】
前記医薬組成物の２００ｍｇ毎に、１０３〜１０１５、１０４〜１０１５、１０５〜１０１５、１０６〜１０１５、１０７〜１０１５、１０８〜１０１５、１０３〜１０１４、１０４〜１０１４、１０５〜１０１４、１０６〜１０１４、１０７〜１０１４、１０８〜１０１４、１０４〜１０１３、１０５〜１０１２、１０６〜１０１１、１０７〜１０１０、１０８〜１０９、１０３〜１０１３、１０３〜１０１２、１０３〜１０１１、１０３〜１０１０、１０３〜１０９、１０３〜１０８、１０３〜１０７、１０３〜１０６、１０３〜１０５、および１０３〜１０４のｃｆｕまたは総細胞数からなる群から選択される薬理学的活性用量の微生物または芽胞が含まれる、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１４】
前記糞便微生物調製物が、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または９９．５％の芽胞型の微生物を有する、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１５】
前記医薬組成物が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群から選択される１つ以上の障害を治療するのに有効である、請求項７に記載の医薬組成物。
【請求項１６】
凍結乾燥糞便微生物調製物を調製する方法であって、
ａ．１０％〜２０％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤中の液体糞便微生物調製物を得ることと、
ｂ．前記液体糞便微生物調製物をフリーズドライすることであって、前記凍結乾燥製剤が、少なくとも約３０％の細胞完全性維持比を提供することができることと、を含む方法。
【請求項１７】
前記凍結乾燥製剤が、Ｌ−システインを更に含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
前記液体糞便微生物調製物が、糞便材料から、前記糞便材料中の糞便微生物を培養することなく得られる、請求項１６または１７に記載の方法。
【請求項１９】
トレハロースを含む凍結糞便微生物組成物であって、５０％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも１回解凍することができる凍結糞便微生物組成物。
【請求項２０】
前記組成物が、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステインを更に含む、請求項１９に記載の凍結糞便微生物組成物。
【請求項２１】
前記糞便微生物組成物が、単一ドナーからの非選択的かつ実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、請求項１９〜２０のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物。
【請求項２２】
前記組成物が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アラニン、グリシン、プロリン、マンニトール、スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン（ＨＰβＣＤ）、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つ以上の凍結保護物質を更に含む、請求項１９に記載の凍結糞便微生物組成物。
【請求項２３】
前記組成物が経口投与用である、請求項１９に記載の凍結糞便微生物組成物。
【請求項２４】
前記組成物の２００ｍｇ毎に、１０３〜１０１４、１０４〜１０１４、１０５〜１０１４、１０６〜１０１４、１０７〜１０１４、１０８〜１０１４、１０４〜１０１３、１０５〜１０１２、１０６〜１０１１、１０７〜１０１０、１０８〜１０９、１０３〜１０１３、１０３〜１０１２、１０３〜１０１１、１０３〜１０１０、１０３〜１０９、１０３〜１０８、１０３〜１０７、１０３〜１０６、１０３〜１０５、および１０３〜１０４のｃｆｕまたは総細胞数からなる群から選択される薬理学的活性用量の微生物または芽胞が含まれる、請求項１９に記載の凍結糞便微生物組成物。
【請求項２５】
前記糞便微生物組成物が、少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または９９．５％の芽胞型の微生物を有する、請求項１９に記載の凍結糞便微生物組成物。
【請求項２６】
障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療する方法であって、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の医薬組成物または請求項１９〜２５のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物の治療上有効量を前記対象に投与することを含み、前記障害または状態が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、過敏性腸症候群、便秘型機能性腸疾患（ＦＢＤ）、疼痛型ＦＢＤ、上腹部性ＦＢＤ、非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ）、胃食道逆流、分類不能大腸炎、顕微鏡的大腸炎、偽膜性大腸炎、ウイルス性胃腸炎、ノーウォークウイルス性胃腸炎、ロタウイルス胃腸炎、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、ライム病、全身性ループス、特発性血小板減少性紫斑病、シェーグレン症候群、溶血性尿毒症症候群または強皮症、ギラン・バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性うつ病、統合失調症、精神病性障害、躁うつ病、アスペルガー症候群、レット症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、および注意欠陥障害（ＡＤＤ）、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、神経性食欲不振症からなる群から選択される、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年５月２６日に出願の米国仮出願第６２／５１１，７７６号の優先権を主張し、これはその全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【０００２】
本開示は、一般に、医学および胃腸病学、薬理学、ならびに微生物学に関する。一態様では、本明細書において提供される組成物は、便秘の安定化、改善、治療および／または防止のために使用され、腹痛、特に非特異的腹痛、および下痢、例えば、薬物副作用、心理状態、自閉症などの疾患もしくは状態、クローン病、毒物、毒素もしくは感染（例えば、毒素が介在する旅行者下痢）、またはＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅもしくはこの感染に関連する偽膜性腸炎によって引き起こされる下痢の治療のために使用される。一態様では、本明細書において提供される医薬品および製造品（製造物品）は、これらを必要とする個体、例えばヒトまたは動物に送達される。
【背景技術】
【０００３】
ヒト結腸微生物叢を病気の患者の腸に移植または投与することは、しばしば糞便微生物移植（ＦＭＴ）と称される。これは、元々、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症（ＣＤＩ）等を治療することを目的とした治療プロセスである。この治療プロセスは、均質化された便、均質化された便の抽出物、またはＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ等の培養された便成分の形態のいずれかのヒト微生物叢を、結腸鏡、浣腸によって、または経鼻空腸チューブを介して注入して、結腸に移植し、病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅを追い出すか、または根絶することを伴い、高い成功率を有する。Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症の治療において、ＦＭＴは非常に有効な治療法であり、単回注入で９０％をはるかに超える治癒率を有し、複数回注入ではより高い治癒率を有する。したがって、現在米国におけるＣＤＩによる死亡者数が年間約３０，０００人であることを考慮すれば、ＦＭＴは生命を救うものであり得る。またこの治療プロセスは、Ｅ．ｃｏｌｉおよびバンコマイシン耐性腸球菌（ＶＲＥ）等の他の消化管病原体の治療にも使用されてきた。
【０００４】
主にＣＤＩの治療のためのＦＭＴに対する需要が高まってきている。しかし、その治療法の使用は、適時にプレスクリーニングされたドナーから新鮮なＦＭＴ材料を得るというロジスティクスによって制限される。凍結または凍結乾燥で保存された事前調製されたＦＭＴ材料を利用できることにより、その治療法の利用可能性が改善される。本明細書において出願人は、他の使用もあるが特に、予想外に高い効率で微生物の細胞生存率を保持するためにトレハロースなどの凍結保護物質を、システイン、アスコルビン酸ナトリウム、またはアスコルビン酸などの還元剤とともにまたはそれら無しで使用する凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥医薬組成物の製造および使用を提供する。
【発明の概要】
【０００５】
一態様では、本開示は少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物調製物を含む医薬組成物を提供し、ここで当該凍結乾燥製剤は少なくとも約２０％の細胞完全性維持比を提供することができる。別の態様では、医薬組成物は、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステインを更に含む凍結乾燥製剤を含む。
【０００６】
別の態様では、本開示は、トレハロースおよびシステインを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物組成物を提供し、ここで、当該凍結乾燥製剤は凍結乾燥前の細胞生存率に対して少なくとも約３０％の凍結乾燥直後の細胞生存率を維持することができる。
【０００７】
一態様では、本開示は、少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物叢医薬組成物を提供し、ここで、当該凍結乾燥製剤は少なくとも３５％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【０００８】
一態様では、本開示は、凍結乾燥糞便微生物調製物を調製する方法であって、
ａ．１２．５％〜１７．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤中の液体糞便微生物調製物を得ること、および
ｂ．液体糞便微生物調製物をフリーズドライすることであって、当該凍結乾燥製剤が、少なくとも約３０％の細胞完全性維持比を提供することができることを含む方法を提供する。
【０００９】
別の態様では、本開示は、トレハロースを含む凍結糞便微生物組成物を提供し、ここで、当該凍結糞便微生物組成物は、５０％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも１回解凍することができる。別の態様では、凍結糞便微生物組成物は、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステインを更に含む。
【００１０】
別の態様では、本開示は、障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するため方法であって、本明細書において開示される医薬組成物または予め凍結させた糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態がざ瘡、ＡＩＤＳ腸症、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、完全脱毛症、アルツハイマー病、アミロイド症、筋萎縮性側索硬化症、強直性脊椎炎、食欲不振、抗生物質関連大腸炎、アスペルガー症候群、注意欠陥障害（ＡＤＤ）、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、ベーチェット症候群、慢性クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、慢性便秘、慢性うつ病、慢性疲労症候群（ＣＦＳ）、慢性特発性偽性閉塞性症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性悪心、慢性蕁麻疹、小児脂肪便症、コラーゲン蓄積大腸炎、結腸ポリープ、便秘型ＦＢＤ、クローン病、特発性肝硬変、周期性嘔吐症、疱疹状皮膚炎、糖尿病、家族性地中海熱、脂肪肝、機能性腸疾患（ＦＢＤ）、胃食道逆流、ギラン・バレー症候群、糸球体腎炎、溶血性尿毒症症候群、口臭、便秘型ＩＢＳ、下痢便秘交代型ＩＢＳ、下痢型ＩＢＳ、疼痛型ＩＢＳ、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、突発性／単純性便秘、分類不能大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、若年性糖尿病、ライム病、躁うつ病、代謝症候群、顕微鏡的大腸炎、片頭痛、混合性クリオグロブリン血症、粘液性大腸炎、多発性硬化症、重症筋無力症、ＮＡＳＨ（非アルコール性脂肪性肝炎）、非リウマチ性関節炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、非潰瘍性消化不良、ノーウォークウイルス性胃腸炎、肥満、強迫性障害、疼痛型ＦＢＤ、パーキンソン病、多発性動脈炎、結腸ポリポーシス、原発性胆汁性肝硬変、一次クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、偽膜性大腸炎、精神病性障害、ライター症候群、再発性憩室炎、レット症候群、関節リウマチ、酒さ、ロタウイルス胃腸炎、仙腸骨炎、統合失調症、強皮症、シェーグレン症候群、小腸内細菌異常増殖、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、全身性エリテマトーデス、潰瘍性大腸炎、上腹部性ＦＢＤ、血管炎疾患、ウイルス性胃腸炎、糖尿病前症症候群、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、うつ病、統合失調症、および気分障害からなる群から選択される、方法を提供する。
【００１１】
別の態様では、本開示は、障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するための方法であって、本明細書において開示される医薬組成物または予め凍結させた糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群から選択される方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】は、本明細書に記載の組成物を製造するための例示的プロセスを示すフローチャートを示す。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本明細書において特に定義しない限り、用語は、関連する技術分野の当業者による慣例的用法に従って理解されるべきである。
【００１４】
本明細書で使用する場合、「凍結乾燥」または「フリーズドライ」は、最初に材料を凍結し、次いで、真空環境中で材料中の氷の昇華を促進することによって、材料を乾燥させるプロセスを指す。
【００１５】
本明細書で使用する場合、「細胞完全性維持比」は、凍結乾燥前に対して凍結乾燥後に完全な細胞膜を維持している微生物細胞の百分率と定義される。本明細書で使用する場合、「微生物細胞膜完全性」は、微生物集団中の完全な細胞膜を有する微生物細胞の実際のパーセントを指す。本明細書で使用する場合、「凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率」は、凍結乾燥組成物中のインタクトな細胞膜を有する微生物細胞の百分率を指す。「細胞完全性維持比」は、凍結乾燥後と凍結乾燥前との比較に基づき、したがって、凍結乾燥プロセス後の細胞完全性の変化を反映する。「微生物細胞膜完全性」および「凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率」は、組成物中の完全な細胞膜を有する細胞の実際の百分率を反映する。膜完全性は、フローサイトメトリーベースの方法および蛍光顕微鏡ベースの方法を含む種々の方法を使用して測定することができる。細胞は、インタクトであるか、完全であるか、または損なわれた膜を有する細胞を特異的に認識する色素で染色され得る。一部の例では、細胞集団で生細胞または死細胞を検出するために、複数の色素を同時に使用することができる。例えば、細胞の１つのアリコートは、細胞を染色するためのＳＹＴＯ（商標）  ＢＣ色素（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＣＡ）および色素の光退色を最小限にするＰｒｏｌｏｎｇ  Ａｎｔｉ−Ｆａｄｅ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＣＡ）で染色される。第２のアリコートは、別の色素であるヨウ化プロピジウム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＣＡ）で染色される。ＳＹＴＯ  ＢＣ色素が緑色に染色される全ての細胞に浸透するのに対して、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）色素は、膜完全性の損失を有する細胞（すなわち損傷した細胞または死細胞）に浸透するのみであり、ＰＩで染色された細胞は、特異的な赤色フィルターを使用した落射蛍光顕微鏡下で可視化される場合に赤色を呈する。例示的な細胞染色プロトコールの詳細は、実施例２に見出すことができる。
【００１６】
本明細書で使用する場合、「生存可能な」は、繁殖する能力を有することを意味する。ここでは、微生物集団の生存率は、細胞の膜完全性の関数としてモニタリングされる。損なわれた膜を有する細胞は、死んでいるか、または瀕死であるとみなされる（生きているが、分裂することができない損傷細胞または損なわれた膜を有する細胞を含む）が、インタクトな膜を有する細胞は、生きているとみなされる。
【００１７】
本明細書で使用する場合、特に明記しない限りパーセント濃度は、容量に対する重量パーセント（％ｗ／ｖ）を指す。例えば、１５％トレハロースは、１００ｍＬの溶液当たり１５ｇのトレハロースを含有する溶液を指す。
【００１８】
本明細書で使用する場合、「凍結保護物質」は、凍結中に有効成分を保護するために製剤に添加される物質を指す。
【００１９】
本明細書で使用する場合、「還元剤」は、酸化されることによって還元を引き起こすために製剤に添加される物質を指す。本開示のある態様では、還元剤は、システイン、アスコルビン酸、アスコルビン酸ナトリウム、チオグリコール酸、亜硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸カリウム、グルタチオン、メチオニン、チオグリセロール、およびα−トコフェロールを含む群から選択される。
【００２０】
本明細書で使用する場合、「凍結乾燥保護物質」は、凍結乾燥（フリーズドライとしても公知）プロセスの乾燥段階中に有効成分を保護するために製剤に添加される物質を指す。
【００２１】
本明細書で使用する場合、「微生物叢」および「フローラ」は、対象の体内または体表面上に持続的にでも一時的にでも生存する微生物群集を指し、真核生物、古細菌、細菌、ウイルス（細菌ウイルス（すなわち、ファージ）を含む）を含む。「糞便微生物叢」または「糞便微生物叢調製物」は、対象の糞便に存在する微生物群集を指す。非選択的な糞便微生物叢は、選択することなくドナーの糞便試料から得られ、かつこのような糞便試料に見出される微生物の構成成分および集団構造に実質的に類似している、糞便微生物の群集または混合物を指す。
【００２２】
本明細書で使用する場合、「コロニー形成単位」（ｃｆｕ）は、所与の試料中の生存可能な微生物細胞数の推定値を指す。
【００２３】
本明細書で使用する場合、「単離された」または「精製された」は、（１）（自然であろうとまたは実験上の設定であろうと）最初に生成されたときに伴っていた成分のうちの少なくとも幾つかから分離され、かつ／または（２）人間の手によって生成、調製、精製、および／または製造された、細菌または他の実在物もしくは物質を指す。単離されたか、または精製された細菌は、それらが最初に伴っていた他の成分のうちの少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約９２％、約９４％、約９６％、約９８％、約９９％またはそれ以上から分離され得る。
【００２４】
細菌または任意の他の生物もしくは実在物に関して本明細書で使用する場合、用語「病原体」および「病原性」は、生物または実在物を含む宿主生物の疾患、障害、または状態を引き起こすまたはこれらに影響を与えることができる任意のこのような生物または実在物を含む。
【００２５】
本明細書で使用する場合、「芽胞」または「芽胞」集団は、一般に生存可能であり、同一の細菌の栄養型よりも熱および殺菌剤などの環境の影響に対してより耐性があり、かつ通常、発芽および発芽後増殖が可能な細菌（または他の単細胞生物）を含む。「芽胞菌」または「芽胞形成が可能な」細菌は、適切な環境条件下で芽胞を形成する遺伝子および他の必要不可欠な能力を含む細菌である。
【００２６】
本明細書で使用する場合、「対象」は、ヒト、実験動物（例えば、霊長類、ラット、マウス）、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ、シチメンチョウ、ニワトリ）、およびペット（例えば、イヌ、ネコ、齧歯動物等）を含む任意の動物対象を指す。対象または患者は、健康であってもよく、または胃腸病原体による感染症を患っていてもよく、または胃腸病原体による感染症を発症するか、または他のものに伝染させるリスクがあってもよい。
【００２７】
本明細書で使用する場合、「Ｓｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘ」は、所与の群集に存在する種の個体数および均等性を、式
2020521760.tif 000003
を使用して説明する多様性指標を指し、式中、ＨはＳｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘであり、Ｒは群集における種の総数であり、ｐｉはｉ番目の種で構成されているＲの割合である。値が高いと、多様なかつ均等に分散された群集を示し、０の値は、所与の群集に１種のみが存在することを示す。更に参考までに、Ｓｈａｎｎｏｎ  ａｎｄ  Ｗｅａｖｅｒ、（１９４９）Ｔｈｅ  ｍａｔｈｅｍａｔｉｃａｌ  ｔｈｅｏｒｙ  ｏｆ  ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎ．Ｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｉｌｌｉｎｏｉｓ  Ｐｒｅｓｓ、Ｕｒｂａｎａ．１１７頁を参照のこと。
【００２８】
本明細書で使用する場合、「抗生物質」は、細菌を殺傷すること、細菌の増殖を阻害すること、または細菌の生存率を低下させることによって細菌感染症を治療および／または防止するために使用される物質を指す。
【００２９】
本明細書で使用する場合、「治療する」という用語は、（ｉ）疾患、障害、もしくは状態を完全にもしくは部分的に阻害すること、例えば、その発症を阻止すること、（ｉｉ）疾患、障害、もしくは状態を完全にもしくは部分的に緩和すること、例えば、疾患、障害、および／もしくは状態を後退させること、または、（ｉｉｉ）疾患、障害、および／もしくは状態を易発症し得るが、まだこれらを呈していると診断されてない患者において、疾患、障害、もしくは状態の発症を完全にもしくは部分的に防止することを指す。同様に「治療」は、治療処置と予防手段または防止手段の両方を指す。
【００３０】
本明細書で使用する場合、「治療上有効量」または「薬学的活性用量」は、言及された疾患、障害、または状態の治療に有効な組成物の量を指す。
【００３１】
本明細書で使用する場合、用語「実質的に」は、質を修飾するために使用される場合、一般に、その質が失われることのないある程度の変動を可能にする。例えば、ある種の態様では、かかる程度の変動は、０．１％未満、約０．１％、約０．２％、約０．３％、約０．４％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．８％、約０．９％、約１％、１〜２％、２〜３％、３〜４％、４〜５％、または５％超であり得る。
【００３２】
一態様では、本開示は少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物調製物を含む医薬組成物を提供し、ここで当該凍結乾燥製剤は少なくとも約３０％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００３３】
一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも約５％、少なくとも約７．５％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２．５％、少なくとも約１３％、少なくとも約１３．５％、少なくとも約１４％、少なくとも約１４．５％、少なくとも約１５％、少なくとも約１５．５％、少なくとも約１６％、少なくとも約１６．５％、少なくとも約１７％、少なくとも約１７．５％、少なくとも約１８％、少なくとも約１８．５％、少なくとも約１９％、少なくとも約１９．５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、または少なくとも約６０％のトレハロースを含む。
【００３４】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約６０％、約１３％〜約６０％、約１３．５％〜約６０％、約１４％〜約６０％、約１４．５％〜約６０％、約１５％〜約６０％、約１５．５％〜約６０％、約１６％〜約６０％、約１６．５％〜約６０％、約１７％〜約６０％、約１７．５％〜約６０％、約１８％〜約６０％、約１８．５％〜約６０％、約１９％〜約６０％、約１９．５％〜約６０％、約２０％〜約６０％、約２２．５％〜約６０％、約２５％〜約６０％、約２７．５％〜約６０％、約３０％〜約６０％、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、または約３７．５％〜約６０％のトレハロースを含む。
【００３５】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約４０％、約１３％〜約４０％、約１３．５％〜約４０％、約１４％〜約４０％、約１４．５％〜約４０％、約１５％〜約４０％、約１５．５％〜約４０％、約１６％〜約４０％、約１６．５％〜約４０％、約１７％〜約４０％、約１７．５％〜約４０％、約１８％〜約４０％、約１８．５％〜約４０％、約１９％〜約４０％、約１９．５％〜約４０％、約２０％〜約４０％、約２２．５％〜約４０％、約２５％〜約４０％、約２７．５％〜約４０％、約３０％〜約４０％、約３２．５％〜約４０％、約３５％〜約４０％、または約３７．５％〜約４０％のトレハロースを含む。
【００３６】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約３０％、約１３％〜約３０％、約１３．５％〜約３０％、約１４％〜約３０％、約１４．５％〜約３０％、約１５％〜約３０％、約１５．５％〜約３０％、約１６％〜約３０％、約１６．５％〜約３０％、約１７％〜約３０％、約１７．５％〜約３０％、約１８％〜約３０％、約１８．５％〜約３０％、約１９％〜約３０％、約１９．５％〜約３０％、約２０％〜約３０％、約２２．５％〜約３０％、約２５％〜約３０％、または約２７．５％〜約３０％のトレハロースを含む。
【００３７】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約２５％、約１３％〜約２５％、約１３．５％〜約２５％、約１４％〜約２５％、約１４．５％〜約２５％、約１５％〜約２５％、約１５．５％〜約２５％、約１６％〜約２５％、約１６．５％〜約２５％、約１７％〜約２５％、約１７．５％〜約２５％、約１８％〜約２５％、約１８．５％〜約２５％、約１９％〜約２５％、約１９．５％〜約２５％、約２０％〜約２５％、または約２２．５％〜約２５％のトレハロースを含む。
【００３８】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約２０％、約１３％〜約２０％、約１３．５％〜約２０％、約１４％〜約２０％、約１４．５％〜約２０％、約１５％〜約２０％、約１５．５％〜約２０％、約１６％〜約２０％、約１６．５％〜約２０％、約１７％〜約２０％、約１７．５％〜約２０％、約１８％〜約２０％、約１８．５％〜約２０％、約１９％〜約２０％、または約１９．５％〜約２０％のトレハロースを含む。
【００３９】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約１７．５％、約１３％〜約１７．５％、約１３．５％〜約１７．５％、約１４％〜約１７．５％、約１４．５％〜約１７．５％、約１５％〜約１７．５％、約１５．５％〜約１７．５％、約１６％〜約１７．５％、約１６．５％〜約１７．５％、または約１７％〜約１７．５％のトレハロースを含む。
【００４０】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約１２．５％〜約１７．５％、約１３％〜約１７％、約１３．５％〜約１６．５％、約１４％〜約１６％、または約１４．５％〜約１５．５％のトレハロースを含む。
【００４１】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約１５％のトレハロースを含む。別の態様では、凍結乾燥製剤は、１５％のトレハロースを含む。
【００４２】
一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６２．５％、少なくとも約６５％、少なくとも約６７．５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７２．５％、少なくとも約７５％、少なくとも約７７．５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８２．５％、少なくとも約８５％、少なくとも約８７．５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２．５％、または少なくとも約９５％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４３】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３７．５％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約４２．５％〜約９０％、約４５％〜約９０％、約４７．５％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約５２．５％〜約９０％、約５５％〜約９０％、約５７．５％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約６２．５％〜約９０％、約６５％〜約９０％、約６７．５％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約７２．５％〜約９０％、約７５％〜約９０％、約７７．５％〜約９０％、約８０％〜約９０％、約８２．５％〜約９０％、約８５％〜約９０％、または約８７．５％〜約９０％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４４】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約８０％、約３７．５％〜約８０％、約４０％〜約８０％、約４２．５％〜約８０％、約４５％〜約８０％、約４７．５％〜約８０％、約５０％〜約８０％、約５２．５％〜約８０％、約５５％〜約８０％、約５７．５％〜約８０％、約６０％〜約８０％、約６２．５％〜約８０％、約６５％〜約８０％、約６７．５％〜約８０％、約７０％〜約８０％、約７２．５％〜約８０％、約７５％〜約８０％、または約７７．５％〜約８０％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４５】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約７０％、約３５％〜約７０％、約３７．５％〜約７０％、約４０％〜約７０％、約４２．５％〜約７０％、約４５％〜約７０％、約４７．５％〜約７０％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約７０％、約５５％〜約７０％、約５７．５％〜約７０％、約６０％〜約７０％、約６２．５％〜約７０％、約６５％〜約７０％、または約６７．５％〜約７０％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４６】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、約３７．５％〜約６０％、約４０％〜約６０％、約４２．５％〜約６０％、約４５％〜約６０％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約６０％、約５２．５％〜約６０％、約５５％〜約６０％、または約５７．５％〜約６０％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４７】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約５０％、約３５％〜約５０％、約３７．５％〜約５０％、約４０％〜約５０％、約４２．５％〜約５０％、約４５％〜約５０％、または約４７．５％〜約５０％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４８】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約７７．５％、約３７．５％〜約７５％、約４０％〜約６７．５％、約４２．５％〜約６５％、約４５％〜約６２．５％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約５７．５％、または約５２．５％〜約５５％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００４９】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約９０％、約３５％〜約８７．５％、約３７．５％〜約８５％、約４０％〜約８２．５％、約４２．５％〜約７７．５％、約４５％〜約７５％、約４７．５％〜約７２．５％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約６７．５％、約５５％〜約６５％、または約５７．５％〜約６２．５％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００５０】
一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６２．５％、少なくとも約６５％、少なくとも約６７．５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７２．５％、少なくとも約７５％、少なくとも約７７．５％、少なくとも約８０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５１】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約２０％〜約８０％、約２２．５％〜約８０％、約２５％〜約８０％、約２７．５％〜約８０％、約３０％〜約８０％、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約８０％、約３７．５％〜約８０％、約４０％〜約８０％、約４２．５％〜約８０％、約４５％〜約８０％、約４７．５％〜約８０％、約５０％〜約８０％、約５２．５％〜約８０％、約５５％〜約８０％、約５７．５％〜約８０％、約６０％〜約８０％、約６２．５％〜約８０％、約６５％〜約８０％、約６７．５％〜約８０％、約７０％〜約８０％、約７２．５％〜約８０％、約７５％〜約８０％、または約７７．５％〜約８０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５２】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約２０％〜約７０％、約２２．５％〜約７０％、約２５％〜約７０％、約２７．５％〜約７０％、約３０％〜約７０％、約３２．５％〜約７０％、約３５％〜約７０％、約３７．５％〜約７０％、約４０％〜約７０％、約４２．５％〜約７０％、約４５％〜約７０％、約４７．５％〜約７０％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約７０％、約５５％〜約７０％、約５７．５％〜約７０％、約６０％〜約７０％、約６２．５％〜約７０％、約６５％〜約７０％、または約６７．５％〜約７０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５３】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約２０％〜約６０％、約２２．５％〜約６０％、約２５％〜約６０％、約２７．５％〜約６０％、約３０％〜約６０％、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、約３７．５％〜約６０％、約４０％〜約６０％、約４２．５％〜約６０％、約４５％〜約６０％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約６０％、約５２．５％〜約６０％、約５５％〜約６０％、または約５７．５％〜約６０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５４】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約２０％〜約５０％、約２２．５％〜約５０％、約２５％〜約５０％、約２７．５％〜約５０％、約３０％〜約５０％、約３２．５％〜約５０％、約３５％〜約５０％、約３７．５％〜約５０％、約４０％〜約５０％、約４２．５％〜約５０％、約４５％〜約５０％、または約４７．５％〜約５０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５５】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約２０％〜約４０％、約２２．５％〜約４０％、約２５％〜約４０％、約２７．５％〜約４０％、約３０％〜約４０％、約３２．５％〜約４０％、約３５％〜約４０％、または約３７．５％〜約４０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５６】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約７７．５％、約３７．５％〜約７５％、約４０％〜約６７．５％、約４２．５％〜約６５％、約４５％〜約６２．５％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約５７．５％、または約５２．５％〜約５５％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５７】
別の態様では、凍結乾燥製剤は、約３２．５％〜約９０％、約３５％〜約８７．５％、約３７．５％〜約８５％、約４０％〜約８２．５％、約４２．５％〜約７７．５％、約４５％〜約７５％、約４７．５％〜約７２．５％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約６７．５％、約５５％〜約６５％、または約５７．５％〜約６２．５％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５８】
一態様では、凍結乾燥製剤は、約２５％〜約５５％、約２７．５％〜約５２．５％、約３０％〜約５０％、約３２．５％〜約４７．５％、約３５％〜約４５％、または約３７．５％〜約４２．５％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率を提供することができる。
【００５９】
一態様では、医薬組成物は、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステインを更に含む凍結乾燥製剤を含む。別の態様では、システインは、少なくとも約０．０２５％の濃度である。一態様では、システインは、約０．０２５％の濃度である。別の態様では、システインは、０．０２５％の濃度である。別の態様では、システイン以外の別の還元剤が、システインの代わりに、またはシステインと組み合わせて使用される。ある態様では、別の還元剤は、アスコルビン酸、アスコルビン酸ナトリウム、チオグリコール酸、亜硫酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸カリウム、グルタチオン、メチオニン、チオグリセロール、ならびにα−トコフェロールを含む群から選択される。本開示に記載の任意のシステイン濃度を、前述の還元剤のいずれかに同様に適用できる。簡単のために、濃度については繰り返さない。しかしながら、システインの濃度または濃度範囲が言及される全ての例において、前述の還元剤の群のいずれかが同一の濃度または濃度範囲とともに記載されてもいるとみなされる。
【００６０】
一態様では、システインは、少なくとも約０．００５％、少なくとも約０．０１％、少なくとも約０．０１５％、少なくとも約０．０２％、少なくとも約０．０２５％、少なくとも約０．０３％、少なくとも約０．０３５％、少なくとも約０．０４％、少なくとも約０．０４５％、少なくとも約０．０５％、少なくとも約０．０５５％、少なくとも約０．０６％、少なくとも約０．０６５％、少なくとも約０．０７％、少なくとも約０．０７５％、少なくとも約０．０８％、少なくとも約０．０８５％、少なくとも約０．０９％、少なくとも約０．０９５％、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１２％、少なくとも約０．１４％、少なくとも約０．１６％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２５％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約４％、少なくとも約６％、少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１４％、少なくとも約１６％、少なくとも約１８％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２％、少なくとも約２４％、または少なくとも約２６％の濃度である。
【００６１】
別の態様では、システインは、約０．００１％〜約０．００５％、約０．００５％〜約０．１％、約０．０１％〜約０．１％、約０．０１５％〜約０．１％、約０．０２％〜約０．１％、約０．０２５％〜約０．１％、約０．０３％〜約０．１％、約０．０３５％〜約０．１％、約０．０４％〜約０．１％、約０．０４５％〜約０．１％、約０．０５％〜約０．１％、約０．０５５％〜約０．１％、約０．０６％〜約０．１％、約０．０６５％〜約０．１％、約０．０７％〜約０．１％、約０．０７５％〜約０．１％、約０．０８％〜約０．１％、約０．０８５％〜約０．１％、約０．０９％〜約１．０％、約０．０９５％〜約０．１％、約０．１％〜約０．３％、約０．３％〜約０．５％、約０．５％〜約０．７％、約０．７％〜約０．９％、約０．９％〜約０．１％、約０．１％〜約１．０％、約０．５％〜約１．０％の濃度である。
【００６２】
一態様では、システインは、約０．００５％〜約０．０８％、約０．０１％〜約０．０８％、約０．０１５％〜約０．０８％、約０．０２％〜約０．０８％、約０．０２５％〜約０．０８％、約０．０３％〜約０．０８％、約０．０３５％〜約０．０８％、約０．０４％〜約０．０８％、約０．０４５％〜約０．０８％、約０．０５％〜約０．０８％、約０．０５５％〜約０．０８％、約０．０６％〜約０．０８％、約０．０６５％〜約０．０８％、約０．０７％〜約０．０８％、または約０．０７５％〜約０．０８％の濃度である。
【００６３】
別の態様では、システインは、約０．００５％〜約０．０６％、約０．０１％〜約０．０６％、約０．０１５％〜約０．０６％、約０．０２％〜約０．０６％、約０．０２５％〜約０．０６％、約０．０３％〜約０．０６％、約０．０３５％〜約０．０６％、約０．０４％〜約０．０６％、約０．０４５％〜約０．０６％、約０．０５％〜約０．０６％、または約０．０５５％〜約０．０６％の濃度である。
【００６４】
一態様では、システインは、約０．００５％〜約０．０４％、約０．０１％〜約０．０４％、約０．０１５％〜約０．０４％、約０．０２％〜約０．０４％、約０．０２５％〜約０．０４％、約０．０３％〜約０．０４％、または約０．０３５％〜約０．０４％の濃度である。
【００６５】
別の態様では、システインは、約０．００５％〜約０．０６％、約０．０１％〜約０．０５％、約０．０１５％〜約０．０４％、または約０．０２％〜約０．０３％の濃度である。
【００６６】
別の態様では、本開示は、トレハロースおよびシステインを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物組成物を提供し、ここで、当該凍結乾燥製剤は凍結乾燥前の細胞生存率に対して少なくとも約３０％の凍結乾燥直後の細胞生存率を維持することができる。一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも１５％のトレハロースおよび少なくとも０．０２５％のＬ−システインを含む。
【００６７】
一態様では、本開示は、少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物叢医薬組成物を提供し、ここで、当該凍結乾燥製剤は少なくとも３５％の細胞完全性維持比を提供することができる。
【００６８】
一態様では、本開示は、凍結乾燥糞便微生物調製物を調製する方法であって、
ａ．１２．５％〜１７．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤中の液体糞便微生物調製物を得ること、および
ｂ．液体糞便微生物調製物をフリーズドライすることであって、当該凍結乾燥製剤が、少なくとも約３０％の細胞完全性維持比を提供することができることを含む方法を提供する。
【００６９】
別の態様では、ある方法は、便を均質化緩衝液と混合する前に糞便微生物を培養することなく便から液体糞便微生物調製物を作製することを更に含む（図１を参照のこと）。例えば、新鮮な糞便は、培養することなく緩衝液中で直接均質化され得る。ある態様では、糞便微生物を培養することなく未処理の便が（例えば、トレハロース、システイン、または両方ともを含む）本明細書に記載の製剤と直接混合される。
【００７０】
図１は、本明細書に記載されるような組成物を製造するためのプロセスの例示的実施形態を示す。ステップ１で、新鮮なドナー便が、病原体の存在およびドナーの健康状態について評価される。ステップ２で、上記便は、均質化を促進にするために液状組成物（例えば、生理食塩水、トレハロース、およびシステインなどの還元剤を含む均質化緩衝液）と組み合わせられる。ステップ３で、上記便は、便懸濁液を作製するために液状組成物中で均質化される。ステップ４で、上記便懸濁液は濾過され、濾液が回収される。ステップ５で、上記濾液は、凍結される。ステップ６で、上記凍結濾液は、本明細書に記載されるような製剤化された組成物を生じさせるために凍結乾燥される。次いで、かかる最終組成物は、安全性および有効性について検査され、それを必要とする対象に投与され得る。加えて、ある種の実施形態では、ステップ４で回収される濾液は、凍結または凍結乾燥されることなく対象に直接投与され得る。
【００７１】
別の態様では、本開示は、トレハロースを含む凍結糞便微生物組成物を提供し、ここで、当該凍結糞便微生物組成物は、５０％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも１回解凍することができる。一態様では、凍結糞便微生物組成物は、５０％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも２、３、４、５、または６回解凍することができる。別の態様では、凍結糞便微生物は、４０％を超える、３５％を超える、３０％を超える、２５％を超える、２０％を超える、１５％を超える、１０％を超える、または５％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも１、２、３、４、５、または６回解凍することができる。別の態様では、凍結糞便微生物組成物は、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステインを更に含む。
【００７２】
別の態様では、本開示は、障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するため方法であって、本明細書において開示される医薬組成物または予め凍結させた糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態がざ瘡、ＡＩＤＳ腸症、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、完全脱毛症、アルツハイマー病、アミロイド症、筋萎縮性側索硬化症、強直性脊椎炎、食欲不振、抗生物質関連大腸炎、アスペルガー症候群、注意欠陥障害（ＡＤＤ）、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、ベーチェット症候群、慢性クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、慢性便秘、慢性うつ病、慢性疲労症候群（ＣＦＳ）、慢性特発性偽性閉塞性症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性悪心、慢性蕁麻疹、小児脂肪便症、コラーゲン蓄積大腸炎、結腸ポリープ、便秘型ＦＢＤ、クローン病、特発性肝硬変、周期性嘔吐症、疱疹状皮膚炎、糖尿病、家族性地中海熱、脂肪肝、機能性腸疾患（ＦＢＤ）、胃食道逆流、ギラン・バレー症候群、糸球体腎炎、溶血性尿毒症症候群、口臭、便秘型ＩＢＳ、下痢便秘交代型ＩＢＳ、下痢型ＩＢＳ、疼痛型ＩＢＳ、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、突発性／単純性便秘、分類不能大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、若年性糖尿病、ライム病、躁うつ病、代謝症候群、顕微鏡的大腸炎、片頭痛、混合性クリオグロブリン血症、粘液性大腸炎、多発性硬化症、重症筋無力症、ＮＡＳＨ（非アルコール性脂肪性肝炎）、非リウマチ性関節炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、非潰瘍性消化不良、ノーウォークウイルス性胃腸炎、肥満、強迫性障害、疼痛型ＦＢＤ、パーキンソン病、多発性動脈炎、結腸ポリポーシス、原発性胆汁性肝硬変、一次クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、偽膜性大腸炎、精神病性障害、ライター症候群、再発性憩室炎、レット症候群、関節リウマチ、酒さ、ロタウイルス胃腸炎、仙腸骨炎、統合失調症、強皮症、シェーグレン症候群、小腸内細菌異常増殖、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、全身性エリテマトーデス、潰瘍性大腸炎、上腹部性ＦＢＤ、血管炎疾患、ウイルス性胃腸炎、糖尿病前症症候群、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、うつ病、統合失調症、および気分障害からなる群から選択される、方法を提供する。
【００７３】
別の態様では、本開示は、その必要がある対象で障害または状態を治療する方法であって、本明細書において開示される医薬組成物または予め凍結させた糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象への投与することを含み、当該障害または状態が、再発性Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、便秘型機能性腸疾患（ＦＢＤ）、疼痛型ＦＢＤ、上腹部性ＦＢＤ、非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ）、胃食道逆流、分類不能大腸炎、顕微鏡的大腸炎、偽膜性大腸炎、ウイルス性胃腸炎、ノーウォークウイルス性胃腸炎、ロタウイルス胃腸炎、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、ライム病、全身性ループス、特発性血小板減少性紫斑病、シェーグレン症候群、溶血性尿毒症症候群または強皮症、ギラン・バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性うつ病、統合失調症、精神病性障害、躁うつ病、アスペルガー症候群、レット症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、注意欠陥障害（ＡＤＤ）、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、および神経性食欲不振症からなる群から選択される、方法を提供する。
【００７４】
別の態様では、本開示は、障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するための方法であって、本明細書において開示される医薬組成物または予め凍結させた糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群から選択される方法を提供する。
【００７５】
一態様では、糞便微生物叢調製物は、ドナーの全てのまたは実質的に完全な微生物叢を含む。一態様では、糞便微生物叢調製物は、非選択的な糞便微生物叢を含む。別の態様では、糞便微生物叢調製物は、単離または精製された生きている非病原性糞便細菌の集団を含む。更なる態様では、糞便微生物叢調製物は、単一ドナーからの非選択的かつ実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む。
【００７６】
一態様では、細菌の細胞生存率は、膜透過性を測定するイメージングアッセイを使用して測定される。膜透過性ＤＮＡ色素染色と不透過性ＤＮＡ色素染色との組合せが使用される（例えば、インタクトな細胞は緑色に染色され、死細胞は赤色に染色される）。一態様では、生細菌および死細菌を染色し、識別するためにＳＹＴＯ  ＢＣ色素およびヨウ化プロピジウムが使用される。実施例２を参照のこと。一態様では、生細菌および死細菌を染色し、識別するためにＳＹＴＯ  ９およびヨウ化プロピジウムが使用される。Ｓｔｏｃｋｓ，Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ  Ａ．２００４  Ｏｃｔ；６１（２）：１８９−９５を参照のこと。別の態様では、生細胞の判定は、蛍光グラム染色と組み合わせられる。別の態様では、試料中の生存可能な細菌細胞の数は、比色法、例えば、Ｄｏｊｉｎｄｏ´ｓ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ−ＷＳＴによって評価される。
【００７７】
一態様では、寒天プレート上のコロニー数を数えることによって評価される細菌の細胞生存率は、試料中の生存可能な細菌細胞の数を決定するための標準的な方法である。別の態様では、細胞生存率は、分子的生存率分析、例えば、生存細胞に関連する核酸を非生存細胞に関連する核酸と識別することができるＰＣＲベースの手法によって評価される。Ｃａｎｇｅｌｏｓｉ  ａｎｄ  Ｍｅｓｃｈｅｋｅ，Ａｐｐｌ  Ｅｎｖｉｒｏｎ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１４  Ｏｃｔ；８０（１９）：５８８４−５８９１を参照のこと。
【００７８】
一態様では、治療用組成物は、凍結保護物質を含む。別の態様では、凍結保護物質は、ポリエチレングリコール、スキムミルク、エリトリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、アラニン、グリシン、プロリン、スクロース、ラクトース、リボース、トレハロース、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、またはこれらの組み合わせを含む、これらからなる、または本質的にこれらからなる。本開示のある態様では、凍結保護物質は、５％のスクロース；１０％のスクロース；１０％のスキムミルク；２．５％のスクロースを加えた１０％のトレハロース；２．５％のスクロースを加えた５％のトレハロース；５％のマンニトール；０．１％のポリソルベート８０を加えた５％のマンニトール；１０％のマンニトール；０．１％のポリソルベート８０を加えた１０％のマンニトール；５％のトレハロース；０．１％のポリソルベート８０を加えた５％のトレハロース；１０％のトレハロース；および０．１％のポリソルベート８０を加えた１０％のトレハロースを含む群から選択され得る。
【００７９】
別の態様では、治療用組成物は、凍結乾燥保護物質を含む。一態様では、同一の物質または同一の物質組み合わせが、凍結保護物質および凍結乾燥保護物質の両方として使用される。例示的な凍結乾燥保護物質には、スクロースまたはトレハロースなどの糖；グルタミン酸ナトリウムまたはヒスチジンなどのアミノ酸；ベタインなどのメチルアミン；硫酸マグネシウムなどの離液性塩；三価以上の糖アルコールなどのポリオール、例えば、グリセリン、エリトリトール、グリセロール、アラビトール、キシリトール、ソルビトール、およびマンニトール；プロピレングリコール；ポリエチレングリコール；プルロニック；およびこれらの組み合わせが含まれる。一態様では、凍結乾燥保護物質は、非還元糖、例えばトレハロースまたはスクロースである。一態様では、凍結保護物質または凍結乾燥保護物質は、このパラグラフおよび上記パラグラフに記載の１つ以上の物質から本質的になる、またはこれらからなる。
【００８０】
一態様では、凍結保護物質または凍結乾燥保護物質は、細胞内部に浸透し、膜を破裂させ得る氷晶の形成を防止する細胞内作用薬剤、例えば、ＤＭＳＯ、グリセロール、またはＰＥＧを含む。別の態様では、凍結保護物質または凍結乾燥保護物質は、細胞膜内に浸透せずに、凍結中に生じる浸透圧不均衡が改善するように作用する細胞外作用薬剤、例えば、スクロース、トレハロース、またはデキストロースを含む。
【００８１】
一態様では、凍結乾燥製剤は、トレハロースを含む。一態様では、凍結乾燥製剤は、２％〜３０％、３％〜２５％、４％〜２０％、５％〜１５％、６％〜１０％、２％〜３０％、２％〜２５％、２％〜２０％、２％〜１５％、または２％〜１０％のトレハロースを含む。一態様では、凍結乾燥製剤は、少なくとも２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、または１５％のトレハロースを含む。一態様では、凍結乾燥製剤は、最高で２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、または１５％のトレハロースを含む。一態様では、凍結乾燥製剤は、約５％のトレハロースを含む。一態様では、凍結乾燥製剤は、トレハロースおよびスクロースを含む。一態様では、凍結乾燥製剤は、約１．５％〜３．５％のスクロースおよび約０．５％〜１．５％のＮａＣｌとともに約８％〜１２％のトレハロースを含む。
【００８２】
一態様では、糞便微生物叢調製物の調製は、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、および音波処理、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される処理を伴う。一態様では、糞便微生物叢調製物の調製は、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、および音波処理からなる群から選択される処理を伴わない。一態様では、糞便微生物叢調製物の調製は、濾過（ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）、ふるい分け、密度勾配、濾過（ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）、クロマトグラフィー、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される分離ステップを伴う。一態様では、糞便微生物叢調製物の調製は、濾過（ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）、ふるい分け、密度勾配、濾過（ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）、およびクロマトグラフィーからなる群から選択される１つ以上の分離ステップを必要としない。一態様では、糞便微生物叢調製物は、生きていない物質を実質的に含まない。一態様では、糞便微生物叢調製物は、残存繊維、ＤＮＡ、ウイルス外被材料、および非生存可能材料からなる群から選択される非細胞材料を実質的に含まない。一態様では、糞便微生物叢調製物は、糞便微生物叢のドナーからの真核細胞を、実質的に含まない。
【００８３】
一態様では、本明細書で提供される医薬組成物は、室温以下での少なくとも１２週間の保管後、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群から選択される１つ以上の障害を治療するのに有効である。別の態様では、医薬組成物は、室温以下での少なくとも４、８、１０、１６、２０、２４、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または１００週間の保管後、有効なままである。
【００８４】
一態様では、本開示は、障害の治療の必要がある対象における障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、または本明細書において列挙される別の適応症）を治療する方法であって、本明細書に記載の治療用組成物の薬学的活性用量を当該対象に投与することを含む方法を提供する。一態様では、本開示は、障害の治療の必要がある対象における障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、ＡＳＤ、潰瘍性大腸炎、またはクローン病）を治療する方法であって、本明細書に記載の治療用組成物の薬学的活性用量を当該対象に毎日投与することを含む方法を提供する。一態様では、治療用組成物は、それを必要とする患者に少なくとも２日間連続で、少なくとも１日１回投与される。一態様では、治療用組成物は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間連続で、少なくとも１日１回投与される。別の態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続で、少なくとも１日１回投与される。別の態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続で、週に少なくとも２回、３回、４回、または５回投与される。一態様では、治療用組成物は、最長４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０日間連続、または最長４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０週間連続で、少なくとも１日１回投与される。別の態様では、治療用組成物は、最長１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２週間連続、または最長１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月連続で、少なくとも１日１回投与される。更なる態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月連続、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２年間連続で、対象の全生涯にわたって長期に、または無期限に、少なくとも１回投与される。
【００８５】
一態様では、治療用組成物は、少なくとも２日間連続で少なくとも１日２回、それを必要とする患者に投与される。一態様では、治療用組成物は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５日間連続について少なくとも１日２回投与される。別の態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続で、少なくとも１日２回投与される。一態様では、治療用組成物は、最長４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０日間連続、または最長４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０週間連続で、少なくとも１日２回投与される。別の態様では、治療用組成物は、最長１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは１２週間連続、または最長１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは１２ヶ月連続で、少なくとも１日２回投与される。更なる態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月連続、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２年間連続で、対象の全生涯にわたって長期に、または無期限に、少なくとも１回投与される。
【００８６】
一態様では、治療用組成物は、少なくとも２日間連続で少なくとも１日３回、それを必要とする患者に投与される。一態様では、治療用組成物は、少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５日間連続で、少なくとも１日３回投与される。別の態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間連続で、少なくとも１日３回投与される。一態様では、治療用組成物は、最長４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０日間連続、または最長４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、もしくは２０週間連続で、少なくとも１日３回投与される。別の態様では、治療用組成物は、最長１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは１２週間連続、または最長１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１もしくは１２ヶ月連続で、少なくとも１日３回投与される。更なる態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２ヶ月連続、または少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、もしくは１２年間連続で、対象の全生涯にわたって長期に、または無期限に、少なくとも３回投与される。
【００８７】
一態様では、本開示は、障害の治療の必要がある対象における障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、ＡＳＤ、潰瘍性大腸炎、またはクローン病）を治療する方法であって、生きている非病原性細菌の合成混合物または生きている非病原性の精製もしくは抽出された糞便微生物叢を本明細書に記載の凍結乾燥製剤中に含む治療用組成物の薬学的活性用量を当該対象に経口投与することを含み、用量が、少なくとも３日間連続または３週間連続での少なくとも１日１回または２回の投与スケジュールで投与される方法を提供する。別の態様では、用量は、１〜１２週間、２〜１２週間、３〜１２週間、４〜１２週間、５〜１２週間、６〜１２週間、７〜１２週間、８〜１２週間、９〜１２週間、１０〜１２週間、１〜２週間、２〜３週間、３〜４週間、４〜５週間、５〜６週間、６〜７週間、７〜８週間、８〜９週間、９〜１０週間、または１０〜１１週間の期間にわたって、少なくとも１日１回、２回、または３回投与される。
【００８８】
一態様では、本開示は、本明細書に記載の医薬組成物を投与することによる障害の治療の必要がある対象における障害（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、ＡＳＤ、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を治療する方法であって、第１の投与スケジュールに続いて第２の投与スケジュールを含む方法を提供する。一態様では、第１の投与スケジュールは、治療用量または導入用量を含む。一態様では、第１の投与スケジュールは、連続的投与スケジュールを含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、第１の投与スケジュールの薬学的活性用量より少ないか、または等しい維持投与量を含む。別の態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも約２、４、６、８、１０、１２、１８、２４、３６、４８、７２、または９６ヵ月間続く。一態様では、第２の投与スケジュールは、永続的に、治療される対象の全生涯にわたって、または無期限に続く。一態様では、第２の投与スケジュールは、連続的投与スケジュールである。別の態様では、第２の投与スケジュールは、間欠的投与スケジュールである。更なる態様では、第２の投与スケジュールは、少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日の治療期間、続いて少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、または１４日間の休薬期間を含む、間欠的投与スケジュールである。別の態様では、第２の投与スケジュールは、第２の用量（例えば、維持用量）を、１日おき、２日おき、または３、４、５、６、７、８日おきに投与することを含む。別の態様では、維持用量は、漸増（あるいは投薬量または投与スケジュールの変更）を含むまたは含まない長期間にわたって投与される。一態様では、第１の投与スケジュールと第２の投与スケジュールの間の間隔は少なくとも約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２週間である。別の態様では、第２の投与スケジュール（例えば、維持用量）は、第１の投与スケジュール（例えば、初期治療用量）で使用された投与量の約１／２、１／５、１／１０、１／５０、１／１００、１／２００、１／４００、１／８００、１／１０００、１／５０００、またはそれ以下の投薬量を含む。別の態様では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（例えば、初期治療投与スケジュール）以下の投与回数を有する。別の態様では、第２の投与スケジュール（例えば、維持投与スケジュール）は、第１の投与スケジュール（例えば、初期治療投与スケジュール）よりも長い投与間隔を有する。
【００８９】
一態様では、ある方法において使用される第１または第２の投与スケジュールは、週に１回、週に２回、または週に３回とすることができる。「週に１回」という用語は、用量を、週に、好ましくは各週の同じ曜日に、１回投与することを意味する。「週に２回」という用語は、用量を、週に、好ましくは各週のうちの同じ曜日の２日に、２回投与することを意味する。「週に３回」という用語は、用量を、週に、好ましくは各週のうちの同じ曜日の３日に、３回投与することを意味する。
【００９０】
一態様では、治療される対象は、すでに障害（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を呈する対象である。開示される治療用組成物を、障害（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を遺伝的に易発症するまたは発症する傾向がある臨床上無症状のヒト対象に投与することはまた、臨床症状の発症の防止に有用である。潰瘍性大腸炎を遺伝的に易発症するまたは発症する傾向があるヒト対象は、障害（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を患っていることを示すまたは呈する身近の家族または血縁者を有するヒト対象とすることができる。別の態様では、治療される対象は、潰瘍性大腸炎を防止するべき対象である。別の態様では、治療される対象は、障害（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を易発症するまたは感染しやすい。別の態様では、治療される対象は、障害（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病）を呈すると診断された対象である。一態様では、治療される対象はそれを必要とする患者である。
【００９１】
一態様では、治療される対象はヒト患者である。一態様では、患者は男性患者である。一態様では、患者は女性患者である。一態様では、患者は早産新生児である。一態様では、患者は正期産新生児である。一態様では、患者は新生児である。一態様では、患者は乳児である。一態様では、患者は幼児である。一態様では、患者は若年小児である。一態様では、患者は小児である。一態様では、患者は青年である。一態様では、患者は小児患者である。一態様では、患者は老人患者である。一態様では、ヒト患者は約１８、１５、１２、１０、８、６、４、３、２、または１歳未満の小児患者である。別の態様では、ヒト患者は成人患者である。別の態様では、ヒト患者は高齢患者である。更なる態様では、ヒト患者は約３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、または９５歳を超える患者である。別の態様では、患者は約１〜５歳の間、２〜１０歳の間、３〜１８歳の間、２１〜５０歳の間、２１〜４０歳の間、２１〜３０歳の間、５０〜９０歳の間、６０〜９０歳の間、７０〜９０歳の間、６０〜８０歳の間、または６５〜７５歳の間である。一態様では、患者は前期高齢患者（６５〜７４歳）である。一態様では、患者は中期高齢患者（７５〜８４歳）である。一態様では、患者は後期高齢患者（８５歳超）である。
【００９２】
一態様では、ある方法は、治療用組成物を、経口的に、浣腸により、または肛門坐剤によって投与することを含む。一態様では、医薬組成物は、ゲルタブ、丸剤、マイクロカプセル、カプセル、または錠剤として製剤化される。一態様では、治療用組成物は、腸溶性カプセルもしくはマイクロカプセル、耐酸性カプセルもしくはマイクロカプセルとして製剤化されるか、または食品、食品添加物、乳製品、大豆製品もしくはその派生品、ゼリー、またはヨーグルトの一部として配合されるか、またはこれらとともに投与される。別の態様では、治療用組成物は、耐酸性腸溶性カプセルとして製剤化される。治療用組成物は、食品または飲料と組み合わされて販売用の散剤として提供され得る。食品または飲料は、乳製品または大豆製品であり得る。別の態様では、食品または食品添加剤は、治療用組成物を含有する腸溶性かつ／または耐酸性のマイクロカプセルを含有する。
【００９３】
ある態様では、治療用組成物は、液体培養液を含む。別の態様では、治療用組成物は、凍結乾燥され、粉砕され、粉末にされている。次いで、浣腸剤として生理食塩水等に浸出され、溶解され得る。あるいは、散剤は、経口投与用の腸溶性かつ／または耐酸性のカプセルとしてカプセル化され得る。これらのカプセルは、腸溶性かつ／または耐酸性のマイクロカプセルという形態をとり得る。散剤は、好ましくは、飲料に溶解するためのまたは食品添加物として再構成するための嗜好形態で提供され得る。更なる態様では、食品はヨーグルトである。一態様では、散剤は、経鼻十二指腸注入によって注入するために再構成され得る。別の態様では、治療用組成物は、遠位の小腸または結腸へと有効成分が標的化送達されるように設計される。
【００９４】
別の態様では、治療用組成物は、液体、凍結、フリーズドライ、スプレードライ、発泡乾燥、凍結乾燥、または粉末の製剤である。更なる態様では、治療用組成物は、腸溶性の遅延放出形態または徐放性形態として製剤化される。別の態様では、治療用組成物は、賦形剤、生理食塩水、緩衝液、緩衝剤、または流体ーグルコースーセロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地を含む。
【００９５】
一態様では、治療用組成物は、胃酸抑制薬、制酸薬、Ｈ２拮抗薬、プロトンポンプ阻害薬、またはこれらの組合せを更に含む。一態様では、治療用組成物は、生きていない物質を実質的に含まない。別の態様では、治療用組成物は、残存繊維、ＤＮＡ、ウイルス外被材料、および非生存可能材料からなる群から選択される非細胞材料を実質的に含まない。
【００９６】
一態様では、治療用組成物はまた、ポリオール、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、オリゴフルクトース、イヌリン、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、ポリデキストロース、単糖類、タガトース、および／またはマンノオリゴ糖からなる群から選択されるプレバイオティクス栄養素を含むか、またはこれらが補足されている。
【００９７】
一態様では、ある方法は、治療用細菌組成物または治療用微生物叢組成物を投与する前に、対象を抗生物質組成物で前もって治療することを更に含む。一態様では、抗生物質組成物は、リファブチン、クラリスロマイシン、クロファジミン、バンコマイシン、リファンピシン、ニトロイミダゾール、クロラムフェニコール、およびこれらの組合せからなる群から選択される抗生物質を含む。別の態様では、抗生物質組成物は、リファキシミン、リファマイシン誘導体、リファンピシン、リファブチン、リファペンチン、リファラジル、ビコザマイシン、アミノグリコシド、ゲンタマイシン、ネオマイシン、ストレプトマイシン、パロモマイシン、ベルダマイシン、ミュータマイシン、シソマイシン、ネチルマイシン、レティマイシン、カナマイシン、アズトレオナム、アズトレオナムマクロライド、クラリスロマイシン、ジリスロマイシン、ロキシスロマイシン、テリスロマイシン、アジスロマイシン、次サリチル酸ビスマス、バンコマイシン、ストレプトマイシン、フィダキソマイシン、アミカシン、アルベカシン、ネオマイシン、ネチルマイシン、パロモマイシン、ロドストレプトマイシン、トブラマイシン、アプラマイシン、およびこれらの組合せからなる群から選択される抗生物質を含む。更なる態様では、ある方法は、治療用細菌組成物または治療用微生物叢組成物を投与する前に、対象を抗炎症薬で前もって治療することを更に含む。
【００９８】
一態様では、医薬組成物の約２００ｍｇ毎に、薬理学的活性用量が含まれる。一態様では、医薬組成物の約７５、１００、１２５、１５０、１７５、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、７５０、１０００、１５００、または２０００ｍｇ毎に、薬理学的活性用量が含まれる。
【００９９】
一態様では、薬学的活性用量または治療上有効量は、少なくとも約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、または１０１３ｃｆｕを含む。別の態様では、薬学的活性治療上有効量は、最高で約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、１０１４、または１０１５ｃｆｕ含む。更なる態様では、薬理活性治療上有効量は、１０８ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１３ｃｆｕ、１０１０ｃｆｕ〜１０１２ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１２ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１１ｃｆｕ、１０９ｃｆｕ〜１０１０ｃｆｕ、１０１０ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０１０ｃｆｕ〜１０１３ｃｆｕ、１０１１ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、１０１１ｃｆｕ〜１０１３ｃｆｕ、１０１２ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕ、および１０１３ｃｆｕ〜１０１４ｃｆｕからなる群から選択される。
【０１００】
一態様では、薬学的活性用量または治療上有効量は、少なくとも約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、または１０１３個の細胞または芽胞を含む。別の態様では、薬学的活性用量または治療上有効量は、最高で約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、または１０１３個の総細胞または総芽胞を含む。更なる態様では、薬理学的活性用量または治療上有効量は、１０８〜１０１４、１０９〜１０１３、１０１０〜１０１２、１０９〜１０１４、１０９〜１０１２、１０９〜１０１１、１０９〜１０１０、１０１０〜１０１４、１０１０〜１０１３、１０１１〜１０１４、１０１１〜１０１３、１０１２〜１０１４、および１０１３〜１０１４個の細胞または芽胞からなる群から選択される。ある態様では、薬学的活性用量または治療上有効量の細胞数は、生細胞を対象とする。
【０１０１】
一態様では、治療用組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、およびＭｏｎｉｌｉａからなる群から選択される、１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の、単離されたか、精製されたか、または培養された微生物を含む。
【０１０２】
一態様では、本明細書に記載の糞便微生物叢調製物は、精製されたか、または再構成された糞便細菌混合物を含む。一態様では、糞便微生物叢調製物は、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ、およびＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａからなる群から選択される、１つ以上、１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の、生きている糞便微生物を含む。一態様では、糞便微生物叢調製物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  ＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  Ｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃ��ｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、およびＤｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａからなる群から選択される１つ以上、１つの以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の生きている糞便微生物を含む。
【０１０３】
一態様では、糞便微生物叢調製物は、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｎｔｅｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｈｏｌｄｅｍａｎｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｍｏｒａｘｅｌｌａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒａｏｕｌｔｅｌｌａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｕｂｄｏｌｉｇｒａｎｕｌｕｍ、およびＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の生きている糞便微生物を欠くか、または実質的に欠く。一態様では、糞便微生物叢調製物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  ＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  Ｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂ���ｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓｐ．ｏｖａｔｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｓｓｐ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、およびＤｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、４つ以上、または５つ以上の生きている糞便微生物を欠くか、または実質的に欠く。
【０１０４】
別の態様では、治療用組成物は、糞便微生物が更に補足されたか、添加されたか、または増強された便微生物叢を含む。一態様では、糞便微生物叢は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｄｏｒｅａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｃｉｌｌｕｓ、またはこれらの組み合わせの非病原性（または減弱された病原性を有する）細菌を補足される。別の態様では、治療用組成物は、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｇａｍｍａｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、またはこれらの組み合わせの種を更に補足されたか、添加されたか、または増強された糞便微生物叢を含む。別の態様では、治療用組成物は、糞便細菌胞子を更に補足した糞便微生物叢を含む。一態様では、糞便細菌胞子は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍの芽胞、Ｂａｃｉｌｌｕｓの芽胞、または両方である。
【０１０５】
シカの、ある態様では、治療用組成物は、ヒト、ウシ、乳用子ウシ、反すう動物、ヒツジ、ヤギ、またはシカからなる群から選択される対象からの糞便微生物叢を含む。別の態様では、治療用組成物は、ヒト、ウシ、乳用子ウシ、反すう動物、ヒツジ、ヤギ、またはシカからなる群から選択される対象に投与され得る。ある態様では、治療用組成物は、実質的にまたはほぼ無臭である。
【０１０６】
ある態様では、本明細書で提供される治療用組成物は、０．３以上、０．４以上、０．５以上、０．６以上、０．７以上、０．８以上、０．９以上、１．０以上、１．１以上、１．２以上、１．３以上、１．４以上、１．５以上、１．６以上、１．７以上、１．８以上、１．９以上、２．０以上、２．１以上、２．２以上、２．３以上、２．４以上、２．５以上、３．０以上、３．１以上、３．２以上、３．３以上、３．４以上、３．５以上、３．６以上、３．７以上、３．８以上、３．９以上、４．０以上、４．１以上、４．２以上、４．３以上、４．４以上、４．５、以上または５．０以上のＳｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘを含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、治療用組成物は、０．１〜３．０、０．１〜２．５、０．１〜２．４、０．１〜２．３、０．１〜２．２、０．１〜２．１、０．１〜２．０、０．４〜２．５、０．４〜３．０、０．５〜５．０、０．７〜５．０、０．９〜５．０、１．１〜５．０、１．３〜５．０、１．５〜５．０、１．７〜５．０、１．９〜５．０、２．１〜５．０、２．３〜５．０、２．５〜５．０、２．７〜５．０、２．９〜５．０、３．１〜５．０、３．３〜５．０、３．５〜５．０、３．７〜５．０、３１．９〜５．０、または４．１〜５．０のＳｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘを含む糞便微生物叢を含む。一態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘは、門のレベルで算出される。別の態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘは、科のレベルで算出される。一態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘは、属のレベルで算出される。別の態様では、Ｓｈａｎｎｏｎ  Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  Ｉｎｄｅｘは、種のレベルで算出される。更なる態様では、治療用組成物は、標準的な健常ヒト糞便フローラに似た相対的含量でフローラ調製物を含む。
【０１０７】
更なる態様では、治療用組成物は、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の異なる科からの糞便細菌を含む。別の態様では、治療用組成物は、少なくとも１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０の異なる科からの糞便細菌を含む。更に他の態様では、治療用組成物は、少なくとも２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０の異なる科からの糞便細菌を含む。更なる態様では、治療用組成物は、少なくとも３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０の異なる科からの糞便細菌を含む。別の態様では、治療用組成物は、少なくとも４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、または５０の異なる科からの糞便細菌を含む。別の態様では、治療用組成物は、１〜１０、１０〜２０、２０〜３０、３０〜４０、４０〜５０の異なる科からの糞便細菌を含む。ある態様では、本明細書で提供される治療用組成物は、０．０５重量％、０．１重量％、０．２重量％、０．３重量％、０．４重量％、０．５重量％、０．６重量％、０．７重量％、０．８重量％、０．９重量％、１重量％、２重量％、３重量％、４重量％、５重量％、６重量％、７重量％、８重量％、９重量％、または１０重量％以下の生きていない材料／生物学的材料重量を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書で提供される治療用組成物は、２０重量％、２５重量％、３０重量％、３５重量％、４０重量％、４５重量％、５０重量％、５５重量％、６０重量％、６５重量％、７０重量％、７５重量％、８０重量％、８５重量％、９０重量％または９５重量％以下の生きていない材料／生物学的材料を含む糞便微生物叢を含む。別の態様では、本明細書で提供される治療用組成物は、２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、０．００４ｍｍ、０．００２ｍｍ、０．００１ｍｍ、または０．０００５ｍｍのふるいサイズ、排除サイズ、または粒子フィルターサイズを有する、ふるい、カラム、または類似の濾過デバイスを通過する、糞便試料の生きていない材料および／または生物学的材料の粒子を含む、これらからなる、またはこれらから本質的になる。「生きていない材料（ｎｏｎ−ｌｉｖｉｎｇ  ｍａｔｅｒｉａｌ）」には、処理された糞便材料に添加される賦形剤、例えば、凍結保護物質などの薬学的に不活性な物質は含まれない。「生物学的材料」は糞便材料中の生きている材料を指し、細菌および古細菌（例えば、生きている原核細胞、および胞子を形成し、生きている原核細胞になることができる芽胞）などの原核細胞、原生動物および真菌などの真核細胞、ならびにウイルスを含む微生物を含む。一態様では、「生物学的材料」は、生きている材料、例えば、標準的な健常ヒトの結腸に存在する、微生物、真核細胞、およびウイルスを指す。ある態様では、提供される治療用組成物は、ヒト糞便抽出物を含み、組成物は実質的に無臭である。ある���様では、提供される治療用組成物は、凍結乾燥製剤、粗製剤、半精製または精製された製剤中の糞便材料または糞便フローラ調製物を含む。
【０１０８】
ある態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は、高度に純化または精製された糞便フローラを含み、例えば、非フローラ糞便材料を実質的に含まない。ある態様では、糞便微生物叢は、更に処理され得、例えばふるい分けの前に、後に、または前後で精密濾過される。別の態様では、高度に精製された糞便微生物叢製品は、巨大分子を除去するために限外濾過されるが、治療用ミクロフローラ、例えば、細菌を保持する。
【０１０９】
別の態様では、本明細書において使用される治療用組成物中の糞便微生物叢は、少なくとも約４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、もしくは９９．９％単離されたか、または純粋である糞便フローラの分離株である（またはこれを含む）、かまたは約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１．０％、２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、もしくはそれ以上を超えない非糞便フローラ材料を有する、実質的に単離または精製された糞便フローラまたは全ての（または実質的に全ての）微生物叢、またはＳａｄｏｗｓｋｙ  ｅｔ  ａｌ．、ＷＯ  ２０１２／１２２４７８  Ａ１に記載されるような、またはＢｏｒｏｄｙ  ｅｔ  ａｌ．、ＷＯ  ２０１２／０１６２８７  Ａ２に記載されるような実質的に単離された、精製された、もしくは実質的に全ての微生物叢を含む、またはこれらから本質的になる。一態様では、糞便微生物叢調製物は、約０．１％、０．２％、０．３％、０．４％、０．５％、０．６％、０．７％、０．８％、０．９％、１％、２％、５％、８％、１０％、１５％、２０％、３０％、４０％、または５０％以下の糞便由来の生きていない材料と糞便由来の生物学的材料との重量比を含む。
【０１１０】
ある態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は、ドナーの実質的に全ての糞便微生物叢もしくは非選択的な糞便微生物叢、再構成された糞便材料、または合成糞便材料を含む。別の態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は、抗生物質耐性集団を含まない。別の態様では、治療用組成物は、糞便微生物叢を含み、異物（例えば、残存繊維、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ウイルス外被材料、非生存可能材料などの非細胞物質を含む非生物、および糞便物質のドナーからの真核細胞などの生物）をほぼ含まない。
【０１１１】
ある態様では、本明細書において使用される治療用組成物中の糞便微生物叢は、疾患スクリーニングされた新鮮な同種の糞便、または同等のフリーズドライされ、再構成された糞便に由来する。ある態様では、新鮮な同種の糞便は、抗生物質耐性集団を含まない。別の態様では、治療用組成物中の糞便微生物叢は、合成糞便組成物に由来する。ある態様では、合成糞便組成物は、好ましくは、相対的含量が抗生物質耐性集団を含まない標準的な健常ヒト糞便フローラに似た生存可能なフローラの調製物を含む。好適な微生物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓから選択され得る。
【０１１２】
ある態様では、治療用組成物は、胃内の細菌の不活性化を弱めるための制酸薬などの他のアジュバントと組み合わされる。（例えば、Ｍｙｌａｎｔａ、Ｍｕｃａｉｎｅ、Ｇａｓｔｒｏｇｅｌ）。別の態様では、胃内の酸分泌は、Ｈ２アンタゴニストまたはプロトンポンプ阻害剤を使用しても薬理学的に抑制され得る。例示的なＨ２アンタゴニストは、ラニチジンである。例示的なプロトンポンプ阻害剤は、はオメプラゾールである。一態様では、胃酸抑制剤は、治療用組成物を投与する前に、または治療用組成物と同時投与で投与される。
【０１１３】
ある態様では、治療用組成物は、適切な希釈剤で再構成することができる浣腸組成物；腸溶性カプセル；腸溶性マイクロカプセル；耐酸性錠剤；耐酸性カプセル；耐酸性マイクロカプセル；経鼻栄養注入または結腸鏡的注入用の適切な希釈剤で再構成するための散剤；経口摂取用の適切な希釈剤、香味剤、および胃酸抑制剤で再構成するための散剤；食品または飲料で再構成するための散剤；または組成物、散剤、ゼリー、または液体の腸溶性および／または耐酸性マイクロカプセルを含む食品もしくは食品添加物の形態で投与される。
【０１１４】
ある態様では、治療方法は、障害（例えば、潰瘍性大腸炎またはクローン病等のＩＢＤ）の治癒、症状の低減、または症状の低減率を達成する。フローラの変化は好ましくは可能な限り「ほぼ完全」であり、一実施形態では、フローラは、存続している元のいかなるフローラをも全て追い出す生存可能な生物と置き換えられる。典型的には、腸内フローラの変化は、一連の所定のフローラを胃腸系へ導入することを含み、したがって、好ましい形態において、治療方法は、かかる治療を必要とする患者において病原性腸内フローラを実質的にまたは完全に置き換えることを含む。
【０１１５】
別の態様では、治療用組成物は、薬学的に許容される担体とともに提供され得る。本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される担体」は、医薬組成物、例えば、患者への投与が可能な投薬形態の形成を可能にするために生細菌と混合される、無毒性の溶媒、分散剤、賦形剤、アジュバント、または他の材料を指す。薬学的に許容される担体は、希釈剤、アジュバント、賦形剤、または耐酸性カプセル化成分の、液体形態（例えば、生理食塩水）、ゲル形態、または固体形態であり得る。好適な希釈剤および賦形剤には、医薬品グレードの生理的食塩水、デキストロース、グリセロール、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウム等、およびこれらの組合せが含まれる。別の態様では、治療用組成物は、湿潤剤もしくは乳化剤、安定化剤、またはｐＨ緩衝剤などの補助剤を含有し得る。ある態様では、治療用組成物は、約１％〜５％、５％〜１０％、１０％〜１５％、１５〜２０％、２０％〜２５％、２５〜３０％、３０〜３５％、４０〜４５％、５０％〜５５％、１％〜９５％、２％〜９５％、５％〜９５％、１０％〜９５％、１５％〜９５％、２０％〜９５％、２５％〜９５％、３０％〜９５％、３５％〜９５％、４０％〜９５％、４５％〜９５％、５０％〜９５％、５５％〜９５％、６０％〜９５％、６５％〜９５％、７０％〜９５％、４５％〜９５％、８０％〜９５％、または８５％〜９５％の有効成分を含有する。ある態様では、治療用組成物は、２％〜７０％、５％〜６０％、１０％〜５０％、１５％〜４０％、２０％〜３０％、２５％〜６０％、３０％〜６０％、または３５％〜６０％の有効成分を含有する。
【０１１６】
ある態様では、治療用組成物は、錠剤、水薬、巨丸剤、カプセル、またはプレミックスに組み込まれ得る。これらの有効成分をこのような投薬形態に配合することは、医薬製剤技術において周知の方法によって達成することができる。例えば、米国特許第４，３９４，３７７号を参照のこと。ゼラチンカプセルに任意の所望の形態の有効成分を充填すると、カプセルが容易に製造される。必要に応じて、これらの材料は、カプセル充填を簡易にするために体積を増加させるように、糖、デンプン、粉乳、または精製微結晶セルロース等の不活性粉末状希釈剤で希釈され得る。
【０１１７】
ある態様では、従来の配合プロセスを使用して、治療用組成物を含有する錠剤が調製され得る。有効成分に加えて、錠剤は、基剤、崩壊剤、吸収剤、結合剤、および潤滑剤を含み得る。典型的な基剤には、ラクトース、糖、塩化ナトリウム、デンプン、およびマンニトールが含まれる。デンプンも、アルギン酸と同様に優れた崩壊剤である。ラウリル硫酸ナトリウムおよびジオクチルスルホコハク酸ナトリウム等の界面活性剤も場合により使用される。一般的に使用される吸収剤には、デンプンおよびラクトースが含まれる。炭酸マグネシウムも、油性物質に対して有用である。例えば、ゼラチン、ガム、デンプン、デキストリン、ポリビニルピロリドン、および種々のセルロース誘導体が結合剤として使用され得る。一般的に使用される滑沢剤のうちには、ステアリン酸マグネシウム、タルク、パラフィンワックス、種々の金属石鹸、およびポリエチレングリコールがある。
【０１１８】
ある態様では、錠剤等の固体組成物を調製するために、有効成分が、薬学的担体、例えば、コーンスターチ、ラクトース、スクロース、ソルビトール、タルク、ステアリン酸、ステアリン酸マグネシウム、第二リン酸カルシウム、もしくはゴム等の従来の錠剤化成分、または他の薬学的希釈剤、例えば、水と混合され、本開示の組成物の均一混合物を含有する固体予備製剤組成物が形成される。これらの予備製剤組成物を均一として言及する場合、それは、有効成分が組成物全体にわたって均一に分散されており、したがって、組成物は、同等に有効な錠剤、丸剤、およびカプセル等の単位投薬形態に容易に再分割され得ることを意味する。次いで、この固体予備製剤組成物は、所望の量の有効成分（例えば、少なくとも約１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１０１０、１０１１、１０１２、または１０１３のｃｆｕまたは総細胞数）を含有する上記の種類の単位投薬形態に、再分割される。本明細書において使用される治療用組成物は、風味付けされ得る。
【０１１９】
ある態様では、治療用組成物は、錠剤または丸剤であり得る。一態様では、錠剤または丸剤は、持続性作用の利点をもたらす投薬形態を提供するためにコーティングされるか、または別の方法でコンパウンド化され得る。例えば、錠剤または丸剤は、内部投薬成分および外部投薬成分を含み得、後者は、前者を覆う外被の形態である。２つの成分は腸溶層によって分離され、胃内での崩壊を抑えるように働き、内部成分が十二指腸へ無傷で通過することまたは遅延放出となることを可能にし得る。様々な材料をこのような腸溶層またはコーティングのために使用することができ、かかる材料には、幾つかのポリマー酸、ならびにポリマー酸の、シェラック、セチルアルコール、および酢酸セルロース等の材料との混合物が含まれる。
【０１２０】
ある態様では、治療用組成物は、腸溶性の遅延放出形態または徐放性形態として製剤化される。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、酢酸セルロース、ポリエチレングリセロール、または両方の使用を含む。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、微結晶セルロース（ＭＣＣ）、ステアリン酸マグネシウム、またはこれらの組合せの使用を含む。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、ポリ（メタ）アクリレート、メタクリル酸コポリマーＢ、メタクリル酸メチル、メタクリル酸エステル、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、ＰＶＰ−Ｋ９０、またはこれらの組合せの使用を含む。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、２つの外層の間に挟まれた固体内層の使用を含み、固体内層は医薬組成物、および崩壊剤、破裂剤、発泡剤、またはこれらの任意の組合せからなる群から選択される別の成分を含み、外層は実質的に水溶性のポリマー、結晶性ポリマー、または両方を含む。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、非膨潤性拡散マトリックスの使用を含む。
【０１２１】
別の態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、ポリアルキレンオキシド、ポリビニルピロリドン、潤滑剤、またはこれらの混合物を含む第１の層、およびポリエチレンオキシド、カルボキシメチルセルロース、または両方を含む第２の浸透圧プッシュ層（ｏｓｍｏｔｉｃ  ｐｕｓｈ  ｌａｙｅｒ）を含む、二層錠剤またはカプセルの使用を含む。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、アクリルポリマー、セルロース、ワックス、脂肪酸、セラック、ゼイン、水素添加植物油、水素添加ヒマシ油、ポリビニルピロリドン、酢酸ビニルコポリマー、ビニルアルコールコポリマー、ポリエチレンオキシド、アクリル酸とメタクリル酸とのコポリマー、メチルメタクリル酸コポリマー、メタクリル酸エトキシエチルポリマー、メタクリル酸シアノエチルポリマー、メタクリル酸アミノアルキルコポリマー、ポリ（アクリル酸）、ポリ（メタクリル酸）、メタクリル酸アルキルアミドコポリマー、ポリ（メタクリル酸メチル）、ポリ（メタクリル酸無水物）、メタクリル酸メチルポリマー、ポリメタクリレート、ポリ（メタクリル酸メチル）コポリマー、ポリアクリルアミド、メタクリル酸アミノアルキルコポリマー、メタクリル酸グリシジルコポリマー、メチルセルロース、エチルセルロース、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム、架橋ヒドロキシプロピルセルロース、天然ワックス、合成ワックス、脂肪アルコール、脂肪酸、脂肪酸エステル、脂肪酸グリセリド、水素添加脂肪、炭化水素ワックス、ステアリン酸、ステアリルアルコール、蜜蝋、グリコワックス、キャスターワックス、カルナウバワックス、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、乳酸とグリコール酸とのコポリマー、カルボキシメチルデンプン、メタクリル酸カリウム／ジビニルベンゼンコポリマー、架橋ポリビニルピロリドン、ポリビニルアルコール、ポリビニルアルコールコポリマー、ポリエチレングリコール、非架橋ポリビニルピロリドン、ポリビニル酢酸、ポリビニル酢酸コポリマー、またはこれらの任意の組合せからなる群から選択される放出遅延マトリックス材料の使用を含む。ある態様では、腸溶性の遅延放出製剤または徐放性製剤は、微小環境ｐＨ調節剤の使用を含む。
【０１２２】
ある態様では、治療用組成物は、水薬であり得る。一態様では、水薬は、生理食塩水に懸濁された形態の治療用組成物を選択することによって調製される。１つの成分とその他の成分の水溶液との懸濁液を調製することによって、１つの成分の水溶性形態をその他成分の不水溶性形態とともに使用することができる。いずれの不水溶性形態の有効成分も、懸濁液としてまたはポリエチレングリコール等の幾つかの生理学的に許容される溶媒中に調製され得る。いずれの不水溶性形態の有効成分の懸濁液も、ピーナッツ油、トウモロコシ油、またはゴマ油等の油中に、プロピレングリコールまたはポリエチレングリコール等のグリコール中に、または特定の有効成分の溶解度によっては水中に調製され得る。有効成分の懸濁を継続するために、好適な生理学的に許容されるアジュバントが必要となり得る。アジュバントは、カルボキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドン、ゼラチン、およびアルギン酸塩等の増粘剤を含み得、かつこれらのうちから選択され得る。界面活性剤は、一般に、有効成分、特に脂溶性プロピオネート強化化合物（ｐｒｏｐｉｏｎａｔｅ−ｅｎｈａｎｃｉｎｇ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ）を懸濁するのに役立つであろう。液体非溶媒中の懸濁剤を作製するのに最も有用なものは、アルキルフェノールポリエチレンオキシド付加物、ナフタレンスルホネート、アルキルベンゼンスルホネート、およびポリオキシエチレンソルビタンエステルである。加えて、液体の親水性、密度、および表面張力に影響を与える多くの物質が、個々の場合において懸濁液の作製に役立ち得る。例えば、シリコーン消泡剤、グリコール、ソルビトール、および糖は、有用な懸濁剤であり得る。
【０１２３】
ある態様では、治療用組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｂｓｏｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ａｒｇｅｎｔｉｎｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂａｒａｔｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｏｔｕｌｉｎｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｄａｖｅｒｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃａｒｎｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｅｌａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｈａｕｖｏｅｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｃｏｃｈｌｅａｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆａｌｌａｘ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｆｅｌｓｉｎｅｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｈｏｎｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｇｌｙｃｏｌｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈａｓｔｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｈｉｓｔｏｌｙｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｄｏｌｉｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｒｒｅｇｕｌａｒｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｍａｌｅｎｏｍｉｎａｔｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｎｏｖｙｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｏｒｏｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐａｒａｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｉｌｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｕｔｒｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｐｕｔｒｉｆｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｄｉｎｉｅｎｓｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓａｒｔａｇｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｃｉｎｄｅｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｅｐｔｉｃｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｏｒｄｅｌｌｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｈｅｎｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｉｒｏｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｐｏｒｏｇｅｎｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｕｂｔｅｒｍｉｎａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｓｙｍｂｉｏｓｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｒｔｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｔｅｔａｎｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｗｅｌｃｈｉｉ、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｖｉｌｌｏｓｕｍからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つ以上、または４つ以上のクロストリジウム属の非病原性芽胞を含む。
【０１２４】
ある態様では、治療用組成物は、精製、単離、または培養された生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、およびＣｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１つ以上の属からの複数の精製、単離、または培養された生存可能な非病原性微生物を含む。別の態様では、治療用組成物は、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される１つ以上の属からの複数の精製、単離、または培養された生存可能な非病原性微生物を含む。
【０１２５】
ある態様では、治療用組成物は、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される２つ以上の属を含む。別の態様では、治療用組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｄｏｒｅａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓからなる群から選択される２つ以上の属を含む。更なる態様では、治療用組成物は、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｄｏｒｅａ  ｌｏｎｇｉｃａｔｅｎａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｄｒｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、およびＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓからなる群から選択される１つ以上、２つ以上、３つの以上、４つ以上、または５つ以上の種を含む。
【０１２６】
一態様では、医薬組成物は、嫌気性包装または容器中にある。別の態様では、医薬組成物は、脱酸素剤を更に含む。一態様では、例えば、例えば米国特許第７，５４１，０９１号に記載されているように、内蔵型またはクリップオン型酸素捕捉機構、例えば酸素捕捉ペレットを容器中に組み込むことによって、容器を無酸素にすることができる。別の態様では、容器自体は、酸素捕捉鉄の性能強化担体として精製および改変層状クレイを使用し、活性鉄がポリマーに直接分散されている、例えばＯ２ＢＬＯＣＫ（商標）または等価物によって記載されているような酸素捕捉材料、例えば酸素捕捉鉄から作製される。一態様では、酸素捕捉ポリマーは、例えば、１つまたは複数の不飽和オレフィン系ホモポリマーまたはコポリマー；１つまたは複数のポリアミドホモポリマーまたはコポリマー；１つまたは複数のポリエチレンテレフタレートホモポリマーまたはコポリマーを有し、酸素捕捉活性を示すポリマーブレンドを記載している米国特許出願公開第２０１１００４５２２２号に記載のように、容器自体を作製するために、または容器をコーティングするために、またはペレットとして添加するために使用される。一態様では、酸素捕捉ポリマーは、例えば、ポリエステル、コポリエステルエーテル、および酸化触媒を含み、コポリエステルエーテルがポリ（テトラメチレンーコーアルキレンエーテル）を含むポリエーテルセグメントを含む組成物を記載している米国特許出願公開第２０１１０００８５５４号に記載のように、容器自体を作製するために、または容器をコーティングするために、またはペレットとして添加するために使用される。一態様では、酸素捕捉ポリマーは、例えば、ポリマーマトリックス中に分散された鉄／塩粒子および酸素捕捉微粒子を含む酸素捕捉フィルムを記載している米国特許出願公開第２０１０００２５５２３１号に記載のように、容器自体を作製するために、または容器をコーティングするために、またはペレットとして添加するために使用される。
【０１２７】
本明細書において提供される医薬組成物の一態様では、医薬組成物は、ヒトまたは動物への使用のために製造、ラベル化、または製剤化され、所望により、動物への使用は獣医学的使用のためである。
【０１２８】
一態様では、本明細書において提供される医薬組成物は、液体、懸濁液、クリーム、ゲル、ゲルタブ、半固体、錠剤、サッシェ、舐剤、もしくはカプセルとしてまたは経腸製剤として更に処理、製造、または製剤化されるか、または液体、懸濁液、ゲル、ゲルタブ、半固体、錠剤、サッシェ、舐剤、もしくはカプセルとしてまたは経腸製剤として最終的な送達用に再製剤化される。
【０１２９】
一態様では、本明細書において提供されるような医薬組成物を含み、所望により、繰り返しまたは複数回の移植、投与、送達、または注入のために製剤化されたまたは調整された、送達媒体、製造品、容器、またはデバイスが本明細書において提供される。
【０１３０】
一態様では、添加物、培地、消泡剤、界面活性剤、潤滑剤、酸中和剤、マーカー、細胞マーカー、薬物、抗生物質、造影剤、分散剤、緩衝液もしくは緩衝剤、甘味剤、脱苦味剤、香味剤、ｐＨ安定化剤、酸性化剤、防腐剤、脱甘味剤、着色剤、少なくとも１種のビタミン、ミネラル、および／もしくは栄養補助食品、またはプレバイオティクス栄養素のうちの１つ以上を更に含む送達媒体、製造品、容器、またはデバイスが本明細書において提供される。
【０１３１】
一態様では、凍結乾燥、低温乾燥、フリーズドライ、または脱水された細菌叢を含む医薬組成物を作製する方法であって、
（ａ）
所望により、部分的に、実質的に、または完全に嫌気性環境中で単離および／または保存された全ての（または実質的に全ての）糞便微生物叢、
処理済みまたは未処理の糞便フローラ試料、
所望により、部分的に、実質的に、または完全に嫌気性環境中で単離および／または保存された完全または部分的な糞便フローラ試料、
糞便フローラでない糞便材料が実質的または完全に取り除かれた糞便フローラであって、所望により、糞便材料の粗粒子状物質またはフローラでない物質を均質化、遠心分離、および／または濾過することにより、またはプラズマフェレーシス、遠心分離、血球分離、カラムクロマトグラフィーにより、もしくは免疫沈降により糞便試料中の粗粒子状物質から分離されており、かつ所望により、実質的または完全に精製された糞便フローラが、約０．０５重量％、０．１重量％、０．２重量％、０．３重量％、０．４重量％、０．５重量％、０．６重量％、０．７重量％、０．８重量％、０．９重量％、１重量％、２重量％、３重量％、４重量％、５重量％、６重量％、７重量％、８重量％、９重量％、または１０％重量以下の生きていない材料／重み生物学的材料を有する糞便フローラ、
部分的に、実質的に、または完全に単離または精製された糞便フローラまたは糞便フローラ濾液であって、所望により、精製プロセスがフィルター媒体により糞便試料を濾過することを含み、所望により、フィルター媒体が、濾液をもたらすか、または生成するための約２．０ｍｍ、１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、もしくは０．０１ｍｍ以下のうちの少なくとも１つのふるいサイズ、または１．０ｍｍ、０．５ｍｍ、０．２５ｍｍ、０．２１２ｍｍ、０．１８０ｍｍ、０．１５０ｍｍ、０．１２５ｍｍ、０．１０６ｍｍ、０．０９０ｍｍ、０．０７５ｍｍ、０．０６３ｍｍ、０．０５３ｍｍ、０．０４５ｍｍ、０．０３８ｍｍ、０．０３２ｍｍ、０．０２５ｍｍ、０．０２０ｍｍ、０．０１ｍｍ、もしくは０．２ｍｍのふるいサイズを含む、糞便フローラまたは糞便フローラ濾液、
所望により、実質的または完全に糞便フローラでない糞便材料が取り除かれたか、または所望により、部分的に、実質的に、または完全に嫌気性環境で単離および／または保存された、疾患スクリーニングされた新鮮な同種の糞便であって、所望により、糞便フローラが疾患もしくは感染症に対してスクリーニングもしくは試験された個体から最初に得られ、かつ／または当該糞便フローラが正常な、健康な、もしくは野生型の糞便フローラ集団を有することをスクリーニングされた個体から最初に得られる、疾患スクリーニングされた新鮮な同種の糞便、
所望により、培養された生存可能な非病原性または弱毒化微生物を使用して再構成された再構成糞便、
所定のフローラの合成糞便組成物、
抗生物質耐性集団を含まない標準的な健常ヒト糞便フローラに類似している相対的含量で生存可能なフローラ調製物を含む、合成されたまたは再構成された糞便組成物、
Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、嫌気性球菌（ａｎａｅｒｏｂｉｃ  ｃｏｃｃｉ）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される生存可能な非病原性結腸細菌細胞を含む組成物；
糞便フローラの生存可能な非病原性結腸細菌成分を含む組成物であって、当該細菌成分が、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｕｔｙｒｉｃｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、およびＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓを含む組成物、
糞便フローラの生存可能な非病原性結腸細菌成分を含む組成物であって、当該細菌成分が、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、および非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａを含み、所望により、当該非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａが、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｂｉｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、およびＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍを含む組成物、
複数の生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａおよび複数の生存可能な非病原性Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａを含み、所望により、生存可能なＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、またはＥｕｂａｃｔｅｒｉａを有さず、かつ所望により、生存可能なＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、嫌気性球菌（ａｎａｅｒｏｂｉｃ  ｃｏｃｃｉ）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、またはＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａを有さない組成物、
複数の生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａを含む組成物であって、所望により、複数の生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａが非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ芽胞を含む組成物、
複数の生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａおよび複数の生存可能な非病原Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａを含む組成物であって、所望により、当該複数の生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａが非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ芽胞を含み、かつ／または当該複数の生存可能な非病原Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａが非病原性Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ芽胞を含み、所望により、当該複数の生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａは第１の純粋培養物からのものであり、当該複数の生存可能な非病原Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａは第２の純粋培養物からのものである組成物、および／または
生存可能な非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ芽胞、生存可能な非病原性Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、および生存可能な非病原性Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉを含む組成物、
を含む、これらから本質的になる、またはこれらからなる組成物、分離株、または調製物であって、所望により、少なくとも約１０６個の生存細胞／ｇ、１０７個の生存細胞／ｇ、１０８個の生存細胞／ｇ、少なくとも約１０９個の生存細胞／ｇ、１０１０個の生存細胞／ｇ、１０１１個の生存細胞／ｇ、１０１２個の生存細胞／ｇ、１０１３個の生存細胞／ｇ、１０１４個の生存細胞／ｇ、もしくは１０１５個の生存細胞／ｇ、または約１０６〜１０１５個、約１０８〜１０１５個の生存細胞／ｇ、もしくは約１０１０〜１０１２個の生存細胞／ｇを有する組成物、分離株、または調製物を提供すること、
（ｂ）凍結保護物質、および所望により、界面活性剤または乳化剤を提供することであって、
所望により、当該凍結保護物質が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）もしくは等価物；グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、もしくは等価物；多糖；糖、またはアミノ酸を含み、
所望により、当該アミノ酸がアラニン、グリシン、プロリンを含み、または当該糖がマンニトール、スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、もしくはトレハロースを含み、または当該多糖がヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン（ＨＰβＣＤ）を含み、または凍結保護物質が異なる凍結保護化合物の任意の組合せを含み、
所望により、当該界面活性剤または乳化剤が、ポリソルベート（ポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート）またはＰＥＧ化ソルビタン、所望により、ポリソルベート８０（ポリオキシエチレン（８０）ソルビタンモノラウレート）を含む、提供すること、
（ｃ）（ａ）の組成物、分離株、または調製物を、生理食塩水および凍結保護物質の混合物とまたは生理食塩水、凍結保護物質、および界面活性剤もしくは乳化剤の混合物と均質化することであって、
所望により、均質化が、生理食塩水を含む溶液と約１：２、１：３、１：４、または１：５（ｗ／ｗ）で行われ、
かつ所望により、凍結保護物質が少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、または１０％（ｖｏｌ／ｖｏｌ）の濃度で存在する、均質化すること、
（ｄ）（ｃ）の均質化された組成物、分離株、または調製物混合物を、凍結乾燥、低温乾燥、フリーズドライ、または脱水することであって、
所望により、凍結乾燥、低温乾燥、フリーズドライ、または脱水した後に最終的な水分活性（ａｗ）が約０．１、０．２、０．３、または０．４未満である、凍結乾燥、低温乾燥、フリーズドライ、または脱水すること、
（ｅ）凍結乾燥、低温乾燥、フリーズドライ、または脱水された組成物、分離株、または調製物を、周囲温度、室温、ほぼ室温、凍結温度で、または約２℃〜８℃、約１５℃〜２６℃、または約２０℃、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、もしくは２８℃で保存、保管、および／または維持することであって、
所望により、保存された医薬組成物が、少なくとも約１０８個の生存細胞／ｇ、１０９個の生存細胞／ｇ、１０１０個の生存細胞／ｇ、１０１２個の生存細胞／ｇ、１０１３個の生存細胞／ｇ、もしくは１０１４個の生存細胞／ｇ、または約１０７〜１０１２個の生存細胞／ｇもしくは約１０９〜１０１１個の生存細胞／ｇを有する、保存、保管、および／または維持すること、を含む方法が本明細書において提供される。
【０１３２】
一態様では、医薬組成物は、胃酸耐性カプセルに製剤化される。
【０１３３】
一態様では、障害の治療の必要がある対象において障害を治療する方法であって、ある量の本明細書において開示される医薬組成物を当該対象へ投与することを含み、当該障害が、再発性Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症、便秘型機能性腸疾患（ＦＢＤ）、疼痛型ＦＢＤ、上腹部性ＦＢＤ、非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ）、胃食道逆流、分類不能大腸炎、顕微鏡的大腸炎、偽膜性大腸炎、ウイルス性胃腸炎、ノーウォークウイルス性胃腸炎、ロタウイルス胃腸炎、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、ライム病、全身性ループス、特発性血小板減少性紫斑病、シェーグレン症候群、溶血性尿毒症症候群または強皮症、ギラン・バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性うつ病、統合失調症、精神病性障害、躁うつ病、アスペルガー症候群、レット症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、および注意欠陥障害（ＡＤＤ）、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、神経性食欲不振症からなる群から選択される、方法が提供される。
【０１３４】
一態様では、本明細書において提供されるような医薬組成物を周囲温度、室温、ほぼ室温、凍結温度、または約２℃〜８℃もしくは約１５℃〜２６℃、または約２０℃のまたは、２１℃、２２℃、２３℃、２４℃、２５℃、２６℃、２７℃、もしくは２８℃で保存することを含む方法が提供され、当該医薬組成物を調製してから（調製後）、約２、約４、約８、約１２、約２０、約３０、約４０、約５０、もしくは約６０週間の保存後、または当該医薬組成物を調製してから（調製後）約２〜６０週間後、または当該医薬組成物を調製してから（調製後）約１〜１２カ月間もしくは２〜２４カ月間後、所望により、当該医薬組成物のミクロフローラ材料の少なくとも５０％、少なくとも５５％、少なくとも６０％、少なくとも６５％、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、もしくは少なくとも９５％の微生物生存率が維持され、または当該医薬組成物のミクロフローラ材料の約４０％〜９５％が維持される。
【０１３５】
一態様では、例えば、周囲温度、例えば室温で、ＦＭＴ、例えば濾過された糞便微生物叢の長期間の生存率またはより長期の生存を促進する方法および組成物（周囲温度、例えば室温での長期保存を含む保存を含む）が提供されるが、本開示は任意の特定の作用機構によって制限されるものではなく、この長期間の生存率またはより長期の生存は、凍結保護物質および／または様々な混合組成の凍結保護物質の混合物の使用によって達成可能であり、したがって、周囲温度での保存（例えば、薬局または家庭における長期間の保存期間）が達成され得る。一態様では、凍結保護物質および関連した液体には、様々な組合せでのトレハロース、スクロース、生理食塩水、マンニトール、およびポリソルベート類、例えば、ポリソルベート８０が含まれる。
【０１３６】
一態様では、子供用の、例えば自閉症用の、例えば飲料、例えばチョコレートドリンクのボトルトップのような、ヨーグルトの側面仕切りまたはアイスクリーム容器の２層性のアルミニウム処理された蓋のような送達系中にＦＭＴ製品が保存されるように、ＦＭＴ製品を、単離、調製、製剤化、および／または容量を低減することができる組成物、ならびにそれを調製する方法が提供される。
【０１３７】
一態様では、粉末形態または等価物で調製および／または製剤化された組成物が提供され、これらの製剤は、例えば錠剤もしくはカプセル中での保存、または、例えばクラックオープンして例えば結腸鏡または経鼻栄養チューブ等の管へ例えば挿入、混合、または注入するための液体に溶解する、アンプル中での保存に有用であり得る。あるいは、ＮＧチューブ（または等価物）または結腸鏡または例えば胃瘻造設術のための胃カメラまたはＰＥＧチューブへ例えば注入することができる例えば溶液として直ぐに添加できるバッグ中の粉末として、調製および／または製剤化された組成物が提供される。
【０１３８】
一態様では、食用または破砕性製品、例えば、粉末に破砕して飲料に溶解したり、錠剤またはカプセルへ入れることができる、例えば、ビスケット様製品にまたはこれらとして製剤化または製造することができる、フリーズドライまたは凍結乾燥材料が提供される。一態様では、経口摂取可能であるまたは直腸適用製品とすることができるＦＭＴ含有製剤が提供される。一態様では、乾燥トローチもしくはチューインガムまたは等価物の形態のＦＭＴ含有製剤が提供される。一態様では、本開示によって提供されるように、室温で、周囲温度で、凍結温度で、または約２℃〜８℃で製造、輸送、および保存が可能になることによって、これらの製剤、食品、飲料、および製造品の全ての使用が容易になる。
【０１３９】
一態様では、糞便フローラ移植のために処理および／または単離された糞便材料を含む、組成物、例えば、製剤および医薬調製物、製造品、ならびに容器および送達媒体、ならびにデバイスおよび送達材料が本明細書において提供される。一態様では、本明細書において提供される処理および／または単離された糞便材料は、異なる個体間で、例えば、ヒトからヒトへもしくは動物間で移植される糞便フローラ（例えば、細菌）を含む。一態様では、本明細書において提供される処理された糞便材料は、薬物治療（例えば、抗生物質治療または化学療法）後に、または例えば、結腸を含む胃腸（ＧＩ）管の瀉下（例えば、洗浄）を誘発するための立位洗浄後に、糞便が採取された同一の個体へ移植し戻され、例えば結腸に生着する。
【０１４０】
一態様では、本明細書において提供される組成物、例えば、製剤および医薬調製物、製造品、ならびに容器および送達媒体、ならびにデバイスおよび送達材料は、本明細書において提供される、送達媒体、製剤、製造品、または容器もしくはデバイスの、例えば、糞便細菌療法、便移注、便移植、またはヒトプロバイオティック注入（ＨＰＩ）としての使用を含む、腸疾患または感染症の改善、安定化、または治療のために使用される。一態様では、腸機能障害の要素、例えば、中毒、偽膜性大腸炎、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病、肝性脳症、腸炎、大腸炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、線維筋痛症（ＦＭ）、円形脱毛症／完全脱毛症、神経性食思不振症、自閉症、慢性疲労症候群（ＣＦＳ）、うつ病、注意欠陥／多動性障害（ＡＤＨＤ）、多発性硬化症（ＭＳ）、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、旅行者下痢症、小腸細菌異常増殖症、慢性膵炎、または膵機能不全を有する任意の感染症、腸疾患、または状態を、例えば、改善、安定化、治療、または防止するための、本明細書において提供される組成物を使用する方法が、本明細書において提供される。
【０１４１】
例えば、一態様では、抗生物質がＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅおよびその芽胞を根絶しない場合、本明細書において提供されるような、送達媒体、製剤、製造品、または容器もしくはデバイスは、感染したまたは罹患した個体、例えば、患者または動物の結腸に注入されるときに、例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ（またはこの感染症と関連する偽膜性大腸炎を改善、安定化、または根絶するの使用するための処理および／または単離された糞便フローラを含む。一態様では、ドナーから得られた糞便フローラは、感染したまたは罹患したレシピエントの（例えば、数または機能において）欠損しているまたは不十分な糞便フローラ、例えば、細菌の一部、実質的に全て、または全てを含む。本開示は、任意の特定の作用機構によって制限されるものではないが、幾つかの態様では、感染した個体の糞便フローラの等価物、すなわち、一部、実質的に全て、または全てをドナーからレシピエントへ（例えば、ヒトからヒトへ）移すことであり、これにより、感染症またはこの感染症と関連する偽膜性大腸炎を改善または根絶する。
【０１４２】
一態様では、本明細書において提供される組成物、例えば、製剤および医薬調製物、ならびにデバイス、送達材料、送達媒体、製造品、容器、およびデバイスは、糞便フローラ（例えば、ヒトフローラ）成分の、それを必要とする個体への、例えば、感染した、病気の、および瀕死の患者への安全な移植を可能にし、したがって、レシピエントまたは患者へ送達するための常に安全で更に機能的なフローラが提供される。
【０１４３】
一態様では、長期の保存可能期間を有することができる、規格化された新鮮な糞便フローラを製造する確実な方法が、本明細書において提供される。一態様では、糞便フローラを含む、送達媒体、製剤、医薬調製物、製造品、容器、またはデバイスは、実質的なまたは完全な無酸素環境を含む。別の態様では、「プレバイオティクス栄養素」等の栄養素は、本明細書において提供される組成物に（例えば、乾燥または液体形態で）添加され得る。プレバイオティクス栄養素は、糞便フローラ、例えば、細菌の安定性、増殖、および／または活性を刺激する任意の成分であり得、例えば、一態様では、ポリオール、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、オリゴフルクトース、イヌリン、ガラクトオリゴ糖（ＧＯＳ）、キシロオリゴ糖（ＸＯＳ）、ポリデキストロース、タガトース等の単糖類、および／またはマンノオリゴ糖が本開示を実施するためのプレバイオティクスとして使用される。一態様では、プレバイオティクスは、糞便フローラに対する、その単離または精製、凍結、フリーズドライ、スプレードライ、溶液中での再構成等の後の「ショック」を防止するために添加される。
【０１４４】
一態様では、本明細書において提供される組成物、例えば、送達媒体、製剤および医薬調製物、製造品、または容器もしくはデバイスの成分は、例えば、例えばＣ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症および／またはこの感染症に関連する偽膜性大腸炎を改善および／または根絶することができるように、全ての（または実質的に全ての）微生物叢、または多数の（例えば、ｉｎ  ｓｉｔｕで通常認められる高い割合のＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓおよび／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓが存在する）Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓおよび／もしくはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓを含む。一態様では、本発明において提供される組成物、例えば、送達媒体、製剤および医薬調製物、製造品、または容器もしくはデバイスは、大腸炎（例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症の偽膜性大腸炎）および便秘等の状態を治療するのがより困難な個体における、例えば、患者または動物における反復使用に利用可能とする（例えば、製剤化するおよび／または投薬する）ことができる。
【０１４５】
一態様では、本明細書において提供される組成物、例えば、送達媒体、製剤および医薬調製物、製造品、または容器もしくはデバイスの成分は、細菌種の選択されたもの、例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ（Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅに対するペプチド抗生物質を産生することが可能な細菌）を含む。細菌種は、血球分離またはプラズマフェレーシスによって分離され得る。
【０１４６】
一態様では、細菌種の選択されたもの、例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｂａｃｉｌｌｕｓ  ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓは、組成物の成分、例えば、送達媒体、製剤および医薬調製物、製造品、または容器もしくはデバイスに、細菌の野生型を含むように細菌種を含んでいる、濃度を強化するものとして添加され得る。
【０１４７】
一態様では、本明細書において提供される組成物は、糞便スラリー、（例えば、緩衝液または生理食塩水中に懸濁された浣腸用の）生理食塩水または緩衝懸濁液として、経口送達用の飲料（例えば、牛乳、ヨーグルト、シェイク、香味料添加飲料、または等価物）中等に再配合され得る。
【０１４８】
一態様では、本明細書において提供される組成物は、浣腸製品、スプレードライ製品、再構成された浣腸剤、小カプセル製品、小児への投与に適した小カプセル製品、バルブシリンジ、生理食塩水の添加を伴う家庭用浣腸剤に適したバルブシリンジ、粉末製品、酸素除去された分包中の粉末製品、例えばバルブシリンジもしくは浣腸剤に添加することができる酸素除去された分包中の粉末製品、またはヨーグルトもしくは牛乳等の適切な担体媒体を含む容器に取り付けられ得、例えば、小児用の用量として直接組み入れられ、与えられ得るデバイス中のスプレードライ製品として配合または再配合され得る。
【０１４９】
一態様では、本明細書において提供される組成物は、スクリュートップリッドを介して担体媒体に直接送達することができ、糞便材料はリッド中に懸濁され、リッドをねじると、担体媒体に直接放出される。
【０１５０】
本明細書において提供される一態様では、例えば、生理食塩水または緩衝液中に懸濁された浣腸剤を介して、飲料（例えば、牛乳、ヨーグルト、香味料添加飲料等）の状態で経口で、経鼻十二指腸チューブを介する小腸注入を介して、胃瘻造設術を介して、または結腸鏡を使用することによって腸へ挿入／投与するために配合された便スラリーが含まれる。一態様では、結腸鏡を介して送達し、可能な限り近くに注入し、かつ任意の結腸病変を検出することは利点であり得る。
【０１５１】
一態様では、本明細書において提供される組成物において使用される糞便フローラは、疾患または感染症に対してスクリーニングまたは試験された個体から（全体的にまたは部分的に）最初に得られ、かつ／または便フローラは、標準的で健常な、または標準的で代表的な「野生型」糞便フローラ群、例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓおよび／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓおよび／またはＢａｃｉｌｌｕｓ  Ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ等の他の糞便フローラの正常で完全なものを有するようにスクリーニングされた個体群から最初に得られる。一態様では、ドナー糞便材料中のフローラ（例えば、細菌）種の欠損に応じて、または所望の効果を達成するために、１つもしくは複数の更なる（または「補足的な」）種、例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、および／もしくはＢａｃｉｌｌｕｓ  Ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ種が、最初に製品が作製されるとき、または送達時のいずれかに、送達される製品に添加される（またはそれとともに投与される）、例えば、更なる種が、個体（例えば、患者または動物）への適用の前、例えば、粉末状、凍結乾燥、またはフリーズドライの組成物が送達のために再構成されるときに混合されるか、あるいは１つもしくは複数の更なる（または「補足的な」）種が同時投与され得る。これらの更なるフローラ種は、ドナーから直接単離もしくは精製され得るか、または添加する前にインビトロで一時的に増やされ（培養され）得るか、または純粋な培養物から、例えば、ＡＴＴＣストックから作られ（得られ）得る。例えば一部の用途において、例えば所望の効果または治療結果を達成するために、増量された１種または複数の糞便フローラ（例えば、細菌）種の送達が使用され、例えば、送達される製品（例えば、全ての（または実質的に全ての）微生物叢、または完全なもしくは一部の糞便フローラを含む組成物、または部分的に、実質的に、もしくは完全に単離もしくは精製された糞便フローラ）が、ドナーから直接単離することができるかまたは純粋な培養物から造ることができる等１つまたは複数の更なる（または「補足的な」）種、例えば、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、および／またはＢａｃｉｌｌｕｓ  Ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓで増加される（「増強」される）。
【０１５２】
一部の態様では、ドナーの選択は、例えば、レシピエントが別の感染症または疾患に感染することを回避するために、非常に重要なものである。一態様では、ドナーは、ドナーおよびレシピエントの種、例えば、ヒトまたは動物に応じて、少なくとも例えば、レトロウイルス（例えば、ヒト免疫不全ウイルス、ＨＩＶ）；Ａ型肝炎、Ｂ型肝炎、および／またはＣ型肝炎；サイトメガロウイルス；エプスタインーバーウイルス、検出可能な寄生虫、および／または細菌性病原体に対して試験（スクリーニング）される。
【０１５３】
一態様では、移植用の糞便フローラ（例えば、全ての（または実質的に全ての）微生物叢）を調製する方法であって、１つまたは複数の健常な（例えば、スクリーニングされた）ドナーから採取することを最初に含む方法が本明細書において提供される。一態様では、新鮮な便は、適宜に無酸素の（または実質的に無酸素の）適切な容器を提供するかまたは含み得る、便採取デバイスを介して輸送される。一態様では、例えば、例えば米国特許第７，５４１，０９１号に記載されているように、内蔵型またはクリップオン型酸素捕捉機構、例えば酸素捕捉ペレットを容器中に組み込むことによって、容器を無酸素にすることができる。別の態様では、容器自体は、酸素捕捉鉄の性能強化担体として精製および改変層状クレイを使用し、活性鉄がポリマーに直接分散されている、例えばＯ２ＢＬＯＣＫ（商標）または等価物によって記載されているような酸素捕捉材料、例えば酸素捕捉鉄から作製される。一態様では、酸素捕捉ポリマーは、例えば、１つまたは複数の不飽和オレフィン系ホモポリマーまたはコポリマー；１つまたは複数のポリアミドホモポリマーまたはコポリマー；１つまたは複数のポリエチレンテレフタレートホモポリマーまたはコポリマーを有し、酸素捕捉活性を示すポリマーブレンドを記載している米国特許出願公開第２０１１００４５２２２号に記載のように、容器自体を作製するために、または容器をコーティングするために、またはペレットとして添加するために使用される。一態様では、酸素捕捉ポリマーは、例えば、ポリエステル、コポリエステルエーテル、および酸化触媒を含み、コポリエステルエーテルがポリ（テトラメチレン−コ−アルキレンエーテル）を含むポリエーテルセグメントを含む組成物を記載している米国特許出願公開第２０１１０００８５５４号に記載のように、容器自体を作製するために、または容器をコーティングするために、またはペレットとして添加するために使用される。一態様では、酸素捕捉ポリマーは、例えば、ポリマーマトリックス中に分散された鉄／塩粒子および酸素捕捉微粒子を含む酸素捕捉フィルムを記載している米国特許出願公開第２０１０００２５５２３１号に記載のように、容器自体を作製するために、または容器をコーティングするために、またはペレットとして添加するために使用される。
【０１５４】
あるいは、酸素捕捉機構に加えて、またはその代わりに、容器中の空気は、窒素および／または他の不活性非反応性ガスに（完全に、または実質的に）置き換えることができる。一態様では、容器は、嫌気的環境を、部分的に、実質的に、または完全にシミュレーションする（作り出す）。
【０１５５】
一態様では、便（例えば、糞便試料）は、漏れることも臭うこともなく、嫌気的環境を更に維持する審美的に許容可能な容器中に保持される。一態様では、容器は、糞便フローラを入れる前は無菌である。
【０１５６】
一態様では、本明細書において提供される組成物は、例えば、「便バンク」または移植が行われる場所での当該組成物の調製、輸送、および／または保存の大部分の間または全ての間、室温で維持される。例えば、「便処理バンク（ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  ｓｔｏｏｌ  ｂａｎｋ）」に配送された時点で、周囲温度、例えば室温で保存される。一態様では、グリセロール等の安定化剤は、採集および／または保存された材料へ添加する。
【０１５７】
一態様では、糞便は、上述のように種々の病原体に対して試験される。一態様では、感染因子についてクリアした時点で、それはホモジネートされ、ろ過され、粗大物質粒子が除去される。一態様では、それは所望の体積に更に分割され、例えば、それは、５ｃｃ〜３リットル以上となり得る。例えば、一態様では、容器は５０グラム（ｇ）の糞便を含み、その糞便は、適切な耐酸素性プラスチック、例えば、金属被覆ポリエチレンテレフタレートポリエステルフィルムまたは金属被覆ＭＹＬＡＲ（商標）中に保持され得る。
【０１５８】
一態様では、ＦＭＴ材料は、均質化に供される。
【０１５９】
一態様では、本明細書において提供される組成物は、容器、例えば、経鼻胃または経鼻十二指腸チューブに取り付けられ得、内容物が、例えば、胃、十二指腸、または遠位空腸のいずれかに注入されるのを可能にするバッグに収容される。あるいは、その組成物を、容器、例えば、浣腸剤として与えられる浣腸チップに取り付けることができるバッグ中で保管することができる。
【０１６０】
一態様では、非細菌成分を分離し、凍結乾燥され得、かつ長期の保存可能期間を有する製品を製造するために、便はホモジネートされ、粗粒子状物質から濾過され得る。一態様では、次いで、顕微鏡的繊維／非生物物質が細菌から分離される。例えば細菌サイズにまで減少したフィルターサイズによる、例えば繰り返し濾過（ｒｅｃｕｒｒｅｎｔ  ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）を含む、幾つかの方法が使用され得る。
【０１６１】
一態様では、様々なフィルター、またはガーゼを用いた簡単な濾過を使用した技術が使用されているＷｉｌｌｉａｍｓによってＷＯ  ２０１１／０３３３１０Ａ１で使用されたような技術が、細菌種を単離するために使用される。
【０１６２】
一態様では、便全体を濾過するための濾過手法が適宜使用され、ほぼ１００％の最高細菌濃度が達成される。一態様では、濾過手法は、最初の清澄化にガラス繊維デプスフィルターを適宜に使用する２段階手法である。一態様では、便は正圧下で濾過される。一態様では、これには、３０ミクロンのＰＶＤＦフィルターとの組合せまたはサンドイッチ構成が使用されるであろう。一態様では、このサンドイッチ手法によって、製品は正圧下で濾過される。後に、一態様では、膜濃縮が、濾液の体積を減少させるための別のステップとして使用され得る。一態様では、これは、フリーズドライまたはスプレードライの前に窒素被覆下で行なわれ得る。
【０１６３】
濾過のために使用され得る代替的膜としては、ナイロンフィルター、硝酸セルロースフィルター、ポリエーテルスルホン（ＰＥＳ）フィルター、ポリテトラフルオロエチレン（ＰＴＦＥ）フィルター、ＴＥＦＬＯＮ（登録商標）フィルター、混合セルロースエステルフィルター、ポリカーボネートフィルター、ポリプロピレンフィルター、ポリ塩化ビニル（ＰＶＣ）フィルター、または石英フィルターが挙げられるがこれらに限定されない。種々のこれらの組合せが、凍結、スプレードライ、または凍結乾燥がすぐに可能な、固体および液体が除去されている高純度の細菌を得るために使用され得る。
【０１６４】
一態様では、フリーズドライに関しては、細菌は、解凍時に細胞の破裂を防止する液体中で保持される。これには、種々の安定化剤、例えば、グリセロールおよび適切な緩衝液および／またはエチレングリコールが含まれ得る。一態様では、凍結保護（ｃｒｙｏ−ｐｒｏｔｅｃｔａｎｃｅ）では、使用される安定化剤に応じて、約１０％〜８０％、２０％〜７０％、３０％〜６０％、または４０％〜５０％の最終濃度の安定化剤が使用される。一態様では、これは、別の方法ではタンパク質構造を破壊してしまう氷晶の形成を防止することによって、タンパク質を安定化させるのに役立つ。
【０１６５】
一態様では、本開示の方法および組成物は、例えば、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）または等価物；グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、または等価物；多糖；糖；またはアミノ酸を含む、１つの凍結保護物質または凍結保護物質混合物の使用であって、当該アミノ酸がアラニン、グリシン、プロリンを含み得、または当該糖がマンニトール、スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、もしくはトレハロースを含み得、または当該多糖がヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン（ＨＰβＣＤ）を含み得、または当該凍結保護物質が様々な凍結保護化合物の任意の組合せを含み得る、使用を含む。一態様では、これらの凍結保護物質、例えばトレハロースはまた、再構成時の成分としてまたはスプレードライもしくはフリーズドライ前の追加の薬剤として機能する。
【０１６６】
一態様では、本明細書において提供される医薬組成物は、トレハロース、マンニトール、スクロース、ＮａＣｌ、およびポリソルベート８０からなる群から選択される１つまたは複数の、２つ以上の、３つ以上の、４つ以上の添加物を含む製剤からの、凍結乾燥、冷凍乾燥、フリーズドライ、または脱水したミクロフローラ材料であって、２つ以上の成分が、ミクロフローラ材料中の微生物生存率の低下を減少させるかまたは最小限にするのに有効であるミクロフローラ材料を含む。本明細書において使用される添加物としては、凍結保護物質、界面活性剤、および乳化剤が含まれるがこれらに限定されるものではない。
【０１６７】
一態様では、生細菌の破壊を低減するのに役立つ安定化剤としては、スキムミルク、エリトリトール、アラビトール、ソルビトール、グルコース、フルクトース、および他のポリオールが含まれる。デキストランおよびポリエチレングリコール等のポリマーも、便細菌細胞を安定化させるために使用され得る。
【０１６８】
一態様では、全ての（または実質的に全ての）微生物叢、または単離および／もしくは処理（例えば、精製または単離）された糞便材料および／もしくはフローラは、凍結乾燥またはフリーズドライされ、製品は周囲温度（例えば、室温）で、凍結温度で、または約２〜８℃で保存される。一態様では、フリーズドライは、細胞の大部分を生存可能なままとすることを可能にし、散剤に軽く粉砕することができる粉末形態の製品をもたらす。次いで、散剤または凍結乾燥もしくはフリーズドライされたフローラまたは分離株は、担体、例えば錠剤、ゲルタブ剤、丸剤、もしくはカプセル、例えば、腸溶性カプセルにカプセル化され得るか、または摂取用のオイル充填カプセルに入れられ得る。あるいは、フリーズドライもしくは凍結乾燥された製品または散剤は、個体へ送達する前に、例えば、流体、例えば食塩水、緩衝液等の無菌流体中、または流体−グルコース−セロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地等の培地中で、周囲温度で、再構成され得る。
【０１６９】
また一態様では、全ての（または実質的に全ての）微生物叢、または単離および／もしくは処理（例えば、精製または単離）された糞便材料および／もしくはフローラは、スプレードライまたは泡乾燥され得る。
【０１７０】
一態様では、全ての（または実質的に全ての）微生物叢、または単離および／もしくは処理された糞便材料および／もしくはフローラには、正常な動物（例えばヒト）フローラに由来する野生型細菌、および／または組換え処理された細菌、例えば、自己防御または改善効果を有するタンパク質、小分子、または炭水化物を合成することができる組換え微生物；または適切なシグナル、例えば、消化によって送達される化学物質が与えられるときに自己破壊することができる組換え微生物が補足される。
【０１７１】
幾つかの態様では、本明細書において提供される医薬組成物は、消化管、結腸、または腸から抽出または調製される、消化管、結腸、または腸内の細菌のうちの少なくとも２つの異なる門および凍結保護物質を含み、当該門がＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ門、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ門、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ門、またはこれらの組み合わせを含み、所望により、当該門がＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｐｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｅｎｅｒｉｃｕｔｅｓ、またはこれらの組み合わせから選択され、当該組成物が、水で再構成された状態で、約０．０５重量％、０．１重量％、０．２重量％、０．３重量％、０．４重量％、０．５重量％、０．６重量％、０．７重量％、０．８重量％、０．９重量％、１重量％、２重量％、３重量％、４重量％、５重量％、６重量％、７重量％、８重量％、９重量％、または１０重量％以下の生きていない材料／生物学的材料重量を含み、当該生物学的材料がヒト消化管、結腸、または腸の糞便微生物を含み、かつ所望により、当該生物学的材料がヒト消化管、結腸、または腸内の細菌を含み、所望により、当該組成物が薬学的に許容される担体を含み、かつ所望により、当該組成物が経口投与用の製剤である。
【０１７２】
幾つかの態様では、本明細書において提供される医薬組成物は、ヒト糞便抽出物および凍結保護物質を含み、当該組成物は、水で再構成した状態で実質的に無臭であり、当該組成物は生物学的材料を含み、かつ所望により、生物学的材料は微生物を含み、かつ所望により、当該組成物は薬学的に許容される担体を含み、かつ所望により、当該組成物は経口投与用の製剤である。
【０１７３】
一態様では、本明細書において提供される医薬組成物のミクロフローラ材料は、主に芽胞を含む。幾つかの態様では、ミクロフローラ材料中の微生物の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７％、９９％は芽胞型である。「芽胞」は、休眠状態の、非栄養型の、かつ非増殖性の段階である微生物体を指す。芽胞は、一般に、これらに限定されないが、照射（または「Ｘ線照射」）、乾燥、酵素処理、温度変化、栄養素欠乏、および化学的殺菌を含む環境ストレスに対して耐性がある。芽胞の採取は、例えば、エタノールまたは加熱処理または当技術分野における他の既知の方法を介して、糞便試料から精製され得る。あるいは、芽胞の採取は、単離された芽胞形成種からまたはこのような種の混合物から出発する培養方法によって栄養型または芽胞型のいずれかで得られ得る。
【０１７４】
幾つかの態様では、本明細書において提供される医薬組成物は、非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ芽胞を含む。他の態様では、医薬組成物は、生存可能な非病原性Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａも含む。幾つかの態様では、医薬組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、嫌気性球菌（ａｎａｅｒｏｂｉｃ  ｃｏｃｃｉ）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、ならびにＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群のうちの少なくとも１つからの生存可能な非病原性生物を更に含む。更なる態様では、医薬組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．Ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．Ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  ＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ  Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ  ＩＩＩ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  Ｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  ＩＩＩ−Ｆ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＡＲ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＣＨ−１、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕ��  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＬ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＴ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＵ−１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｄ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｆ；Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ−１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ−５、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  Ｇ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＵ−２；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＣＯ  Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  Ｘ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＨ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ＣＣ；Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｓｓ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｇ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  Ａ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される１つ以上の生存可能な非病原性微生物を更に含む。
【０１７５】
幾つかの態様では、本明細書において提供される医薬組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｉ、嫌気性球菌（ａｎａｅｒｏｂｉｃ  ｃｏｃｃｉ）、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅ．ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｅｓｕｌｆｏｍｏｎａｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａからなる群のうちの少なくとも１つからの生物なしに非病原性Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａ芽胞および生存可能な非病原性Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａを含む。他の態様では、医薬組成物は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．Ｖｕｌｇａｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．Ｔｈｅｔａｉｏｔａｏｍｉｃｒｏｎ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  ＩＩ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｄｉｓｔａｓｏｎｉｓ  Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｕｔａｃｔｕｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ  ａｅｒｏｆａｃｉｅｎｓ  ＩＩＩ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｒｏｄｕｃｔｕｓ  Ｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｂｒｏｍｉｉ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｄｏｌｅｓｃｅｎｔｉｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  ｆｏｒｍｉｃｉｌｉｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｌｏｎｇｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｓｉｒａｅｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｔｏｒｑｕｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｅｌｉｇｅｎｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｅｇｇｅｒｔｈｉｉ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｌｅｐｔｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．Ａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｂｉｆｏｒｍｅ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｉｎｆａｎｔｉｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ  ＩＩＩ−Ｆ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃｏｍｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ  ｃａｐｉｌｌｏｓｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ａｌｂｕｓ、Ｄｏｒｅａ  ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｈａｌｌｉｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｓｓｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｏｂｅｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｅｃｔａｌｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  ｌｅｉｃｈｍａｎｎｉｉ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｌｌｉｄｕｓ、Ｂｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ  ｃｒｏｓｓｏｔｕｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｖｅｎｔｒｉｏｓｕｍ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｆｒａｇｉｌｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ＡＲ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ｃａｔｕｓ、Ａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ  ｈａｄｒｕｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｃｙｌｉｎｄｒｏｉｄｅｓ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒｕｍｉｎａｎｔｉｕｍ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ＣＨ−１、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＬ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕ���  ｌｉｍｏｓｕｍ、Ｔｉｓｓｉｒｅｌｌａ  ｐｒａｅａｃｕｔａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ  Ｉ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎａｖｉｆｏｒｍｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｉｎｎｏｃｕｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｒａｍｏｓｕｍ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｆｌａｖｅｆａｃｉｅｎｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＴ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＵ−１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｏｖａｔｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｄ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｆｒａｇｉｌｉｓ  ｓｓ．ｆ；Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ−１、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  Ｌ−５、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｎｕｃｌｅａｔｕｍ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｍｏｒｔｉｆｅｒｕｍ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  ｃｏｌｉ、Ｇｅｍｅｌｌａ  ｍｏｒｂｉｌｌｏｒｕｍ、Ｆｉｎｅｇｏｌｄｉａ  ｍａｇｎｕｓ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  Ｇ、Ｐｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ＡＵ−２；Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｉｎｔｅｒｍｅｄｉｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ｌａｃｔａｒｉｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ  ＣＯ  Ｇｅｍｍｉｇｅｒ  Ｘ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ＢＨ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ  ＣＣ；Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｅｎｕｅ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｒａｍｕｌｕｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｆｏｒｍｉｓ  ｓｓ．ｃｌｏｓｔｒｉｄｌｉｆｏｒｍｉｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ  ｃｏａｇｕｌａｎｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｏｒａｌｉｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ  ｒｕｍｉｎｉｃｏｌａ、Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ  ｓｐｌａｎｃｈｎｉｃｕｓ、Ｄｅｓｕｉｆｏｍｏｎａｓ  ｐｉｇｒａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ  Ｇ、Ｓｕｃｃｉｎｉｖｉｂｒｉｏ  Ａ、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される生存可能な非病原性微生物を含まない。
【０１７６】
一態様では、移植製品（例えば、本明細書において提供される組成物）は、注入によって、例えば、直腸、人工肛門によって、もしくは上部胃腸（ＧＩ）管から下へ送達されるか、または坐剤、丸剤、錠剤、もしくはカプセル化形態で、例えば、腸溶性の段階的放出カプセルもしくは錠剤で、例えば、賦形剤を添加して使用され得る。一態様では、移植製品は、直腸において高濃度を与えるために坐剤として投与される。
【０１７７】
一態様では、移植製品（例えば、単離もしくは精製された糞便フローラまたは全ての（または実質的に全ての）微生物叢を含む、例えば、本明細書において提供される組成物）は、個体へ送達する前または間に、例えば、流体、例えば食塩水、緩衝液等の無菌流体中、または流体−グルコース−セロビオース寒天（ＲＧＣＡ）培地等の培地中で、室温で保存される。
【０１７８】
一態様では、本明細書において提供される組成物は、種々の胃腸状態、例えば、Ｃ．ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症、Ｃ．ｐｅｒｆｒｉｎｇｅｎｓ  ｗｅｌｃｈｉｉ、および他のＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ感染症、過敏性腸症候群、便秘、回腸嚢炎、クローン病、および顕微鏡的大腸炎；自閉症、パーキンソン病、ミオクローヌスジストニア、自閉症、筋萎縮性側索硬化症、および多発性硬化症等の神経学的状態、大発作痙攣または小発作痙攣を改善、安定化、防止、および／または治療するために使用される。一態様では、神経学的状態は、カプセル化または凍結材料によって治療される。一態様では、大腸炎患者では、炎症性腸疾患および過敏性腸症候群を抑制するかつ回復させるために、反復投与が必要とされる。
【０１７９】
一態様では、粗精製収集便は、濾過および／または均質化され、次いで、その細菌細胞はプラズマフェレーシス、遠心分離、血球分離、カラムクロマトグラフィー（例えば、アフィニティークロマトグラフィー）、免疫沈降（例えば、ビーズまたはプレート等の固体表面に固定された抗体）によって、（例えば、消化されていない食物および繊維を含む「沈澱物」から）分離される。「血球分離」の使用を含む遠心分離（例えば、Ｂａｘｔｅｒ  ｍｏｄｅｌ  ＭＥＤＩＦＵＧＥ  １２１５（商標））は、混合物を分離するための遠心力を伴う方法である。「血球分離」に関しては、最も密度が高い成分は回転プレートの外側に飛ばされるが、残りの成分は、軸へ移動する。高速で移動するガラスプレートの間で平らになった製品を回転させることによって、重力の効果は高まる。便が適切に希釈され、回転サイクルに乗り、かつ細胞の収集が遠心分離で外囲でのみ生じるように、遠心分離または血球分離が設定され得る。
【０１８０】
一態様では、野生型細菌細胞（例えば、全ての（または実質的に全ての）微生物叢を含む）は、例えば、遠心分離、血球分離、プラズマフェレーシス等によって分離または精製される。一態様では、この材料は、容器、例えば次に結腸鏡、経鼻十二指腸または経鼻胃チューブによって注入するために使用され得るバッグ中で室温にて保存される。一態様では、これは、室温、例えば、約２０℃〜２６℃のまま施設（例えば、院内薬局）に配送され得る。一態様では、本明細書において提供される組成物は、溶液、ゲル、ゲルタブ、丸剤、カプセル、もしくは錠剤、または例えば、結腸鏡による浣腸剤または注入セットとして後で再構成される坐剤のいずれかで使用される。
【０１８１】
一態様では、本明細書において提供される組成物（例えば、単離もしくは精製された糞便フローラまたは全ての（または実質的に全ての）微生物叢）を含む、溶剤、ゲル、ゲルタブ、丸剤、カプセル、または錠剤は、例えば、自閉症、持続感染症、関節リウマチ、全身性エリテマトーデス、自己免疫腎疾患、例えば、腎炎、重症閉塞症、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、ならびに本明細書に記載の他の状態等の慢性および／または免疫性の状態を治療、安定化、改善、または防止するために、長期的に、例えば長期的に毎日、例えば、１週間、２週間、３週間、もしくは４週間以上、または１カ月間、２カ月間、３カ月間、もしくは４カ月間以上服用され得る。
【０１８２】
一態様では、本出願は、以下の実施形態を提供する。
実施形態１少なくとも約１０％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物調製物を含む医薬組成物であって、当該凍結乾燥製剤が、少なくとも約２０％の細胞完全性維持比を提供することができる医薬組成物。
実施形態２上記凍結乾燥製剤が、少なくとも約１２．５％、少なくとも約１３％、少なくとも約１３．５％、少なくとも約１４％、少なくとも約１４．５％、少なくとも約１５％、少なくとも約１５．５％、少なくとも約１６％、少なくとも約１６．５％、少なくとも約１７％、少なくとも約１７．５％、少なくとも約１８％、少なくとも約１８．５％、少なくとも約１９％、少なくとも約１９．５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、または少なくとも約６０％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態３上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約６０％、約１３％〜約６０％、約１３．５％〜約６０％、約１４％〜約６０％、約１４．５％〜約６０％、約１５％〜約６０％、約１５．５％〜約６０％、約１６％〜約６０％、約１６．５％〜約６０％、約１７％〜約６０％、約１７．５％〜約６０％、約１８％〜約６０％、約１８．５％〜約６０％、約１９％〜約６０％、約１９．５％〜約６０％、約２０％〜約６０％、約２２．５％〜約６０％、約２５％〜約６０％、約２７．５％〜約６０％、約３０％〜約６０％、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、または約３７．５％〜約６０％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態４上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約４０％、約１３％〜約４０％、約１３．５％〜約４０％、約１４％〜約４０％、約１４．５％〜約４０％、約１５％〜約４０％、約１５．５％〜約４０％、約１６％〜約４０％、約１６．５％〜約４０％、約１７％〜約４０％、約１７．５％〜約４０％、約１８％〜約４０％、約１８．５％〜約４０％、約１９％〜約４０％、約１９．５％〜約４０％、約２０％〜約４０％、約２２．５％〜約４０％、約２５％〜約４０％、約２７．５％〜約４０％、約３０％〜約４０％、約３２．５％〜約４０％、約３５％〜約４０％、または約３７．５％〜約４０％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態５上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約３０％、約１３％〜約３０％、約１３．５％〜約３０％、約１４％〜約３０％、約１４．５％〜約３０％、約１５％〜約３０％、約１５．５％〜約３０％、約１６％〜約３０％、約１６．５％〜約３０％、約１７％〜約３０％、約１７．５％〜約３０％、約１８％〜約３０％、約１８．５％〜約３０％、約１９％〜約３０％、約１９．５％〜約３０％、約２０％〜約３０％、約２２．５％〜約３０％、約２５％〜約３０％、または約２７．５％〜約３０％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態６上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約２５％、約１３％〜約２５％、約１３．５％〜約２５％、約１４％〜約２５％、約１４．５％〜約２５％、約１５％〜約２５％、約１５．５％〜約２５％、約１６％〜約２５％、約１６．５％〜約２５％、約１７％〜約２５％、約１７．５％〜約２５％、約１８％〜約２５％、約１８．５％〜約２５％、約１９％〜約２５％、約１９．５％〜約２５％、約２０％〜約２５％、または約２２．５％〜約２５％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態７上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約２０％、約１３％〜約２０％、約１３．５％〜約２０％、約１４％〜約２０％、約１４．５％〜約２０％、約１５％〜約２０％、約１５．５％〜約２０％、約１６％〜約２０％、約１６．５％〜約２０％、約１７％〜約２０％、約１７．５％〜約２０％、約１８％〜約２０％、約１８．５％〜約２０％、約１９％〜約２０％、または約１９．５％〜約２０％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態８上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約１７．５％、約１３％〜約１７．５％、約１３．５％〜約１７．５％、約１４％〜約１７．５％、約１４．５％〜約１７．５％、約１５％〜約１７．５％、約１５．５％〜約１７．５％、約１６％〜約１７．５％、約１６．５％〜約１７．５％、または約１７％〜約１７．５％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態９上記凍結乾燥製剤が、約１２．５％〜約１７．５％、約１３％〜約１７％、約１３．５％〜約１６．５％、約１４％〜約１６％、または約１４．５％〜約１５．５％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態１０上記凍結乾燥製剤が、約１５％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態１１上記凍結乾燥製剤が、１５％のトレハロースを含む、実施形態１に記載の医薬組成物。
実施形態１２上記凍結乾燥製剤が、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６２．５％、少なくとも約６５％、少なくとも約６７．５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７２．５％、少なくとも約７５％、少なくとも約７７．５％、少なくとも約８０％、少なくとも約８２．５％、少なくとも約８５％、少なくとも約８７．５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９２．５％、または少なくとも約９５％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１３上記凍結乾燥製剤が、約２２．５％〜約９０％、約２５％〜約９０％、約２７．５％〜約９０％、約３０％〜約９０％、約３２．５％〜約９０％、約３５％〜約９０％、約３７．５％〜約９０％、約４０％〜約９０％、約４２．５％〜約９０％、約４５％〜約９０％、約４７．５％〜約９０％、約５０％〜約９０％、約５２．５％〜約９０％、約５５％〜約９０％、約５７．５％〜約９０％、約６０％〜約９０％、約６２．５％〜約９０％、約６５％〜約９０％、約６７．５％〜約９０％、約７０％〜約９０％、約７２．５％〜約９０％、約７５％〜約９０％、約７７．５％〜約９０％、約８０％〜約９０％、約８２．５％〜約９０％、約８５％〜約９０％、または約８７．５％〜約９０％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１４上記凍結乾燥製剤が、約２２．５％〜約８０％、約２５％〜約８０％、約２７．５％〜約８０％、約３０％〜約８０％、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約８０％、約３７．５％〜約８０％、約４０％〜約８０％、約４２．５％〜約８０％、約４５％〜約８０％、約４７．５％〜約８０％、約５０％〜８０約％、約５２．５％〜約８０％、約５５％〜約８０％、約５７．５％〜約８０％、約６０％〜約８０％、約６２．５％〜約８０％、約６５％〜約８０％、約６７．５％〜約８０％、約７０％〜約８０％、約７２．５％〜約８０％、約７５％〜約８０％、または約７７．５％〜約８０％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１５上記凍結乾燥製剤が、約２２．５％〜約７０％、約２５％〜約７０％、約２７．５％〜約７０％、約３０％〜約７０％、約３２．５％〜約７０％、約３５％〜約７０％、約３７．５％〜約７０％、約４０％〜約７０％、約４２．５％〜約７０％、約４５％〜約７０％、約４７．５％〜約７０％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約７０％、約５５％〜約７０％、約５７．５％〜約７０％、約６０％〜約７０％、約６２．５％〜約７０％、約６５％〜約７０％、または約６７．５％〜約７０％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１６上記凍結乾燥製剤が、約２２．５％〜約６０％、約２５％〜約６０％、約２７．５％〜約６０％、約３０％〜約６０％、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、約３７．５％〜約６０％、約４０％〜約６０％、約４２．５％〜約６０％、約４５％〜約６０％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約６０％、約５２．５％〜約６０％、約５５％〜約６０％、または約５７．５％〜約６０％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１７上記凍結乾燥製剤が、約２２．５％〜約５０％、約２５％〜約５０％、約２７．５％〜約５０％、約３０％〜約５０％、約３２．５％〜約５０％、約３５％〜５０％、約３７．５％〜約５０％、約４０％〜約５０％、約４２．５％〜約５０％、約４５％〜約５０％、または約４７．５％〜約５０％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１８上記凍結乾燥製剤が、約２２．５％〜約２５％、約２７．５％〜約３０％、約３０％〜３２．５％、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約７７．５％、約３７．５％〜約７５％、約４０％〜約６７．５％、約４２．５％〜約６５％、約４５％〜約６２．５％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約５７．５％、または約５２．５％〜約５５％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態１９上記凍結乾燥製剤が、約３２．５％〜約９０％、約３５％〜約８７．５％、約３７．５％〜約８５％、約４０％〜約８２．５％、約４２．５％〜約７７．５％、約４５％〜約７５％、約４７．５％〜約７２．５％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約６７．５％、約５５％〜約６５％、または約５７．５％〜約６２．５％の細胞完全性維持比を提供することができる、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２０上記凍結乾燥製剤が、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、少なくとも約６０％、少なくとも約６２．５％、少なくとも約６５％、少なくとも約６７．５％、少なくとも約７０％、少なくとも約７２．５％、少なくとも約７５％、少なくとも約７７．５％、少なくとも約８０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２１上記凍結乾燥製剤が、約２０％〜約８０％、約２２．５％〜約８０％、約２５％〜約８０％、約２７．５％〜約８０％、約３０％〜約８０％、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約８０％、約３７．５％〜約８０％、約４０％〜約８０％、約４２．５％〜約８０％、約４５％〜約８０％、約４７．５％〜約８０％、約５０％〜約８０％、約５２．５％〜約８０％、約５５％〜約８０％、約５７．５％〜約８０％、約６０％〜約８０％、約６２．５％〜約８０％、約６５％〜約８０％、約６７．５％〜約８０％、約７０％〜約８０％、約７２．５％〜約８０％、約７５％〜約８０％、または約７７．５％〜約８０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２２上記凍結乾燥製剤が、約２０％〜約７０％、約２２．５％〜約７０％、約２５％〜約７０％、約２７．５％〜約７０％、約３０％〜約７０％、約３２．５％〜約７０％、約３５％〜約７０％、約３７．５％〜約７０％、約４０％〜約７０％、約４２．５％〜約７０％、約４５％〜約７０％、約４７．５％〜約７０％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約７０％、約５５％〜約７０％、約５７．５％〜約７０％、約６０％〜約７０％、約６２．５％〜約７０％、約６５％〜約７０％、または約６７．５％〜約７０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２３上記凍結乾燥製剤が、約２０％〜約６０％、約２２．５％〜約６０％、約２５％〜約６０％、約２７．５％〜約６０％、約３０％〜約６０％、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、約３７．５％〜約６０％、約４０％〜約６０％、約４２．５％〜約６０％、約４５％〜約６０％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約６０％、約５２．５％〜約６０％、約５５％〜約６０％、または約５７．５％〜約６０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２４上記凍結乾燥製剤が、約２０％〜約５０％、約２２．５％〜約５０％、約２５％〜約５０％、約２７．５％〜約５０％、約３０％〜約５０％、約３２．５％〜約５０％、約３５％〜約５０％、約３７．５％〜約５０％、約４０％〜約５０％、約４２．５％〜約５０％、約４５％〜約５０％、または約４７．５％〜約５０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２５上記凍結乾燥製剤が、約２０％〜約４０％、約２２．５％〜約４０％、約２５％〜約４０％、約２７．５％〜約４０％、約３０％〜約４０％、約３２．５％〜約４０％、約３５％〜約４０％、または約３７．５％〜約４０％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２６上記凍結乾燥製剤が、約３２．５％〜約８０％、約３５％〜約７７．５％、約３７．５％〜約７５％、約４０％〜約６７．５％、約４２．５％〜約６５％、約４５％〜約６２．５％、約４７．５％〜約６０％、約５０％〜約５７．５％、または約５２．５％〜約５５％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２７上記凍結乾燥製剤が、約３２．５％〜約９０％、約３５％〜約８７．５％、約３７．５％〜約８５％、約４０％〜約８２．５％、約４２．５％〜約７７．５％、約４５％〜約７５％、約４７．５％〜約７２．５％、約５０％〜約７０％、約５２．５％〜約６７．５％、約５５％〜約６５％、または約５７．５％〜約６２．５％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２８上記凍結乾燥製剤が、約２５％〜約５５％、約２７．５％〜約５２．５％、約３０％〜約５０％、約３２．５％〜約４７．５％、約３５％〜約４５％、または約３７．５％〜約４２．５％の凍結乾燥後の細胞膜完全性百分率が可能な、実施形態１〜１１のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態２９上記前記凍結乾燥製剤が、還元剤を更に含む、実施形態１〜２８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態３０上記還元剤が、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステイン、またはアスコルビン酸ナトリウムである、実施形態２９に記載の医薬組成物。
実施形態３１上記システインが、少なくとも約０．０２５％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３２上記システインが、約０．０２５％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３３上記システインが、０．０２５％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３４上記システインが、少なくとも約０．００１％、少なくとも約０．００５％、少なくとも約０．０１％、少なくとも約０．０１５％、少なくとも約０．０２％、少なくとも約０．０２５％、少なくとも約０．０３％、少なくとも約０．０３５％、少なくとも約０．０４％、少なくとも約０．０４５％、少なくとも約０．０５％、少なくとも約０．０５５％、少なくとも約０．０６％、少なくとも約０．０６５％、少なくとも約０．０７％、少なくとも約０．０７５％、少なくとも約０．０８％、少なくとも約０．０８５％、少なくとも約０．０９％、少なくとも約０．０９５％、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１２％、少なくとも約０．１４％、少なくとも約０．１６％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２５％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約４％、少なくとも約６％、少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１４％、少なくとも約１６％、少なくとも約１８％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２％、少なくとも約２４％または少なくとも約２６％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３５上記システインが、約０．００５％〜約０．１％、約０．０１％〜約０．１％、約０．０１５％〜約０．１％、約０．０２％〜約０．１％、約０．０２５％〜約０．１％、約０．０３％〜約０．１％、約０．０３５％〜約０．１％、約０．０４％〜約０．１％、約０．０４５％〜約０．１％、約０．０５％〜約０．１％、約０．０５５％〜約０．１％、約０．０６％〜約０．１％、約０．０６５％〜約０．１％、約０．０７％〜約０．１％、約０．０７５％〜約０．１％、約０．０８％〜約０．１％、約０．０８５％〜約０．１％、約０．０９％〜約０．１％、約０．０９５％〜約０．１％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３６上記システインが、約０．００５％〜約０．０８％、約０．０１％〜約０．０８％、約０．０１５％〜約０．０８％、約０．０２％〜約０．０８％、約０．０２５％〜約０．０８％、約０．０３％〜約０．０８％、約０．０３５％〜約０．０８％、約０．０４％〜約０．０８％、約０．０４５％〜約０．０８％、約０．０５％〜約０．０８％、約０．０５５％〜約０．０８％、約０．０６％〜約０．０８％、約０．０６５％〜約０．０８％、約０．０７％〜約０．０８％、または約０．０７５％〜約０．０８％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３７上記システインが、約０．００５％〜約０．０６％、約０．０１％〜約０．０６％、約０．０１５％〜約０．０６％、約０．０２％〜約０．０６％、約０．０２５％〜約０．０６％、約０．０３％〜約０．０６％、約０．０３５％〜約０．０６％、約０．０４％〜約０．０６％、約０．０４５％〜約０．０６％、約０．０５％〜約０．０６％、または約０．０５５％〜約０．０６％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３８上記システインが、約０．００５％〜約０．０４％、約０．０１％〜約０．０４％、約０．０１５％〜約０．０４％、約０．０２％〜約０．０４％、約０．０２５％〜約０．０４％、約０．０３％〜約０．０４％、または約０．０３５％〜約０．０４％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態３９上記システインが、約０．００５％〜約０．０６％、約０．０１％〜約０．０５％、約０．０１５％〜約０．０４％、または約０．０２％〜約０．０３％の濃度である、実施形態３０に記載の医薬組成物。
実施形態４０上記糞便微生物調製物が、単一ドナーからの非選択的かつ実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、実施形態１〜３９のいずれか一項に記載の医薬組成物。
実施形態４１上記糞便微生物叢調製物中の糞便由来の生きていない材料と糞便由来の生物学的材料との間の重量比が２０％以下である、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４２上記糞便微生物調製物の調製が、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、均質化、音波処理、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される処理を伴う、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４３上記糞便微生物調製物の調製が、濾過（ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）、ふるい分け、密度勾配、濾過（ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）、クロマトグラフィー、沈降、遠心分離、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される分離ステップを伴う、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４４周囲温度以下での少なくとも１２週間の保存後に、上記糞便微生物叢調製物が、保存直前の最初の細胞生存率と比較して少なくとも６０％の細胞生存率を維持することができる、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４５周囲温度以下での少なくとも１２週間の保存後に、上記糞便微生物叢調製物が、当該保存の開始時の最初の細胞生存率と比較して約６０％〜約８０％の細胞生存率を維持することができる、実施形態４４に記載の医薬組成物。
実施形態４６上記細胞生存率が、膜透過性および不透過性のＤＮＡ色素染色または非ＤＮＡ結合色素の組み合わせにより細胞膜透過性を評価することによって測定される、実施形態４４に記載の医薬組成物。
実施形態４７上記凍結乾燥製剤が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アラニン、グリシン、プロリン、マンニトール、スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン（ＨＰβＣＤ）、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つ以上の凍結保護物質を更に含む、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４８上記医薬組成物が経口投与用である、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態４９上記医薬組成物が、ゲルタブ、丸剤、マイクロカプセル、カプセル、または錠剤として製剤化される、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態５０上記医薬組成物の２００ｍｇ毎に、１０３〜１０１５、１０４〜１０１５、１０５〜１０１５、１０６〜１０１５、１０７〜１０１５、１０８〜１０１５、１０３〜１０１４、１０４〜１０１４、１０５〜１０１４、１０６〜１０１４、１０７〜１０１４、１０８〜１０１４、１０４〜１０１３、１０５〜１０１２、１０６〜１０１１、１０７〜１０１０、１０８〜１０９、１０３〜１０１３、１０３〜１０１２、１０３〜１０１１、１０３〜１０１０、１０３〜１０９、１０３〜１０８、１０３〜１０７、１０３〜１０６、１０３〜１０５、および１０３〜１０４のｃｆｕまたは総細胞数からなる群から選択される薬理学的活性用量の微生物または芽胞が含まれる、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態５１上記糞便微生物調製物が、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または９９．５％の芽胞型の微生物を有する、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態５２上記医薬組成物が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群から選択される１つ以上の障害を治療するのに有効である、実施形態４０に記載の医薬組成物。
実施形態５３トレハロースおよびシステインを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物組成物であって、当該凍結乾燥製剤が、凍結乾燥前の細胞生存率に対して少なくとも約３０％の凍結乾燥直後の細胞生存率を維持することができる凍結乾燥糞便微生物組成物。
実施形態５４前記凍結乾燥製剤が、少なくとも１５％のトレハロースおよび少なくとも０．０２５％のＬ−システインを含む、実施形態５３に記載の凍結乾燥糞便微生物組成物。
実施形態５５少なくとも約１２．５％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤を含む凍結乾燥糞便微生物叢医薬組成物であって、当該凍結乾燥製剤が少なくとも３５％の細胞完全性維持比を提供することができる、凍結乾燥糞便微生物叢医薬組成物。
実施形態５６凍結乾燥糞便微生物調製物を調製する方法であって、ａ．１０％〜２０％のトレハロースを含む凍結乾燥製剤中の液体糞便微生物調製物を得ること、およびｂ．液体糞便微生物調製物をフリーズドライすることであって、前期凍結乾燥製剤が、少なくとも約３０％の細胞完全性維持比を提供することができることを含む方法。
実施形態５７上記凍結乾燥製剤が１２．５％〜１７．５％のトレハロースを含む、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５８上記凍結乾燥製剤が少なくとも約１５％のトレハロースを含む、実施形態５６に記載の方法。
実施形態５９上記凍結乾燥製剤が約１５％のトレハロースを含む、実施形態５６に記載の方法。
実施形態６０上記凍結乾燥製剤がＬ−システインを更に含む、実施形態５６に記載の方法。
実施形態６１上記凍結乾燥製剤が少なくとも約０．０２％のＬ−システインを含む、実施形態６０に記載の方法。
実施形態６２上記凍結乾燥製剤が約０．０２５％のＬ−システインを含む、実施形態６０に記載の方法。
実施形態６３トレハロースを含む凍結糞便微生物組成物であって、５０％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも１回解凍することができる凍結糞便微生物組成物。
実施形態６４上記の少なくとも１回解凍することが、少なくとも２、３、４、５、または６回解凍することである、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態６５上記凍結糞便微生物が、４０％を超える、３５％を超える、３０％を超える、２５％を超える、２０％を超える、１５％を超える、１０％を超える、または５％を超える微生物細胞膜完全性の損失なしに少なくとも１回解凍することができる、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態６６上記組成物が少なくとも約１２．５％、少なくとも約１３％、少なくとも約１３．５％、少なくとも約１４％、少なくとも約１４．５％、少なくとも約１５％、少なくとも約１５．５％、少なくとも約１６％、少なくとも約１６．５％、少なくとも約１７％、少なくとも約１７．５％、少なくとも約１８％、少なくとも約１８．５％、少なくとも約１９％、少なくとも約１９．５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２．５％、少なくとも約２５％、少なくとも約２７．５％、少なくとも約３０％、少なくとも約３２．５％、少なくとも約３５％、少なくとも約３７．５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４２．５％、少なくとも約４５％、少なくとも約４７．５％、少なくとも約５０％、少なくとも約５２．５％、少なくとも約５５％、少なくとも約５７．５％、または少なくとも約６０％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態６７上記組成物が約１２．５％〜約６０％、約１３％〜約６０％、約１３．５％〜約６０％、約１４％〜約６０％、約１４．５％〜約６０％、約１５％〜約６０％、約１５．５％〜約６０％、約１６％〜約６０％、約１６．５％〜約６０％、約１７％〜約６０％、約１７．５％〜約６０％、約１８％〜約６０％、約１８．５％〜約６０％、約１９％〜約６０％、約１９．５％〜約６０％、約２０％〜約６０％、約２２．５％〜約６０％、約２５％〜約６０％、約２７．５％〜約６０％、約３０％〜約６０％、約３２．５％〜約６０％、約３５％〜約６０％、または約３７．５％〜約６０％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態６８上記組成物が約１２．５％〜約４０％、約１３％〜約４０％、約１３．５％〜約４０％、約１４％〜約４０％、約１４．５％〜約４０％、約１５％〜約４０％、約１５．５％〜約４０％、約１６％〜約４０％、約１６．５％〜約４０％、約１７％〜約４０％、約１７．５％〜約４０％、約１８％〜約４０％、約１８．５％〜約４０％、約１９％〜約４０％、約１９．５％〜約４０％、約２０％〜約４０％、約２２．５％〜約４０％、約２５％〜約４０％、約２７．５％〜約４０％、約３０％〜約４０％、約３２．５％〜約４０％、約３５％〜約４０％、または約３７．５％〜約４０％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態６９上記組成物が約１２．５％〜約３０％、約１３％〜約３０％、約１３．５％〜約３０％、約１４％〜約３０％、約１４．５％〜約３０％、約１５％〜約３０％、約１５．５％〜約３０％、約１６％〜約３０％、約１６．５％〜約３０％、約１７％〜約３０％、約１７．５％〜約３０％、約１８％〜約３０％、約１８．５％〜約３０％、約１９％〜約３０％、約１９．５％〜約３０％、約２０％〜約３０％、約２２．５％〜約３０％、約２５％〜約３０％、または約２７．５％〜約３０％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７０上記組成物が約１２．５％〜約２５％、約１３％〜約２５％の間に、約１３．５％〜約２５％、約１４％〜約２５％、約１４．５％〜約２５％、約１５％〜約２５％、約１５．５％〜約２５％、約１６％〜約２５％、約１６．５％〜約２５％、約１７％〜約２５％、約１７．５％〜約２５％、約１８％〜約２５％、約１８．５％〜約２５％、約１９％〜約２５％、約１９．５％〜約２５％、約２０％〜約２５％、または約２２．５％〜約２５％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７１上記組成物が約１２．５％〜約２０％、約１３％〜約２０％、約１３．５％〜約２０％、約１４％〜約２０％、約１４．５％〜約２０％、約１５％〜約２０％、約１５．５％〜約２０％、約１６％〜約２０％、約１６．５％〜約２０％、約１７％〜約２０％、約１７．５％〜約２０％、約１８％〜約２０％、約１８．５％〜約２０％、約１９％〜約２０％、または約１９．５％〜約２０％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７２上記組成物が約１２．５％〜約１７．５％、約１３％〜約１７．５％、約１３．５％〜約１７．５％、約１４％〜約１７．５％、約１４．５％〜約１７．５％、約１５％〜約１７．５％、約１５．５％〜約１７．５％、約１６％〜約１７．５％、約１６．５％〜約１７．５％、または約１７％〜約１７．５％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７３上記組成物が約１２．５％〜約１７．５％、約１３％〜約１７％、約１３．５％〜約１６．５％、約１４％〜約１６％、または約１４．５％〜約１５．５％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７４上記組成物が約１５％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７５上記組成物が１５％のトレハロースを含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７６上記組成物が、Ｄ−システインおよびＬ−システインからなる群から選択されるシステインを更に含む、実施形態６３〜７５のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７７上記システインが、少なくとも約０．０２５％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７８上記システインが、約０．０２５％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態７９上記システインが、０．０２５％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８０上記システインが、少なくとも約０．００５％、少なくとも約０．０１％、少なくとも約０．０１５％、少なくとも約０．０２％、少なくとも約０．０２５％、少なくとも約０．０３％、少なくとも約０．０３５％、少なくとも約０．０４％、少なくとも約０．０４５％、少なくとも約０．０５％、少なくとも約０．０５５％、少なくとも約０．０６％、少なくとも約０．０６５％、少なくとも約０．０７％、少なくとも約０．０７５％、少なくとも約０．０８％、少なくとも約０．０８５％、少なくとも約０．０９％、少なくとも約０．０９５％、少なくとも約０．１％、少なくとも約０．１２％、少なくとも約０．１４％、少なくとも約０．１６％、少なくとも約０．１８％、少なくとも約０．２％、少なくとも約０．２５％、少なくとも約０．３％、少なくとも約０．４％、少なくとも約０．５％、少なくとも約０．６％、少なくとも約０．７％、少なくとも約０．８％、少なくとも約０．９％、少なくとも約１％、少なくとも約２％、少なくとも約４％、少なくとも約６％、少なくとも約８％、少なくとも約１０％、少なくとも約１２％、少なくとも約１４％、少なくとも約１６％、少なくとも約１８％、少なくとも約２０％、少なくとも約２２％、少なくとも約２４％、または少なくとも約２６％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８１上記システインが、約０．００５％〜約０．１％、約０．０１％〜約０．１％、約０．０１５％〜約０．１％、約０．０２％〜約０．１％、約０．０２５％〜約０．１％、約０．０３％〜約０．１％、約０．０３５％〜約０．１％、約０．０４％〜約０．１％、約０．０４５％〜約０．１％、約０．０５％〜約０．１％、約０．０５５％〜約０．１％、約０．０６％〜約０．１％、約０．０６５％〜約０．１％、約０．０７％〜約０．１％、約０．０７５％〜約０．１％、約０．０８％〜約０．１％、約０．０８５％〜約０．１％、約０．０９％〜約０．１％、約０．０９５％〜約０．１％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８２上記システインが、約０．００５％〜約０．０８％、約０．０１％〜約０．０８％、約０．０１５％〜約０．０８％、約０．０２％〜約０．０８％、約０．０２５％〜約０．０８％、約０．０３％〜約０．０８％、約０．０３５％〜約０．０８％、約０．０４％〜約０．０８％、約０．０４５％〜約０．０８％、約０．０５％〜約０．０８％、約０．０５５％〜約０．０８％、約０．０６％〜約０．０８％、約０．０６５％〜約０．０８％、約０．０７％〜約０．０８％、または約０．０７５％〜約０．０８％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８３上記システインが、約０．００５％〜約０．０６％、約０．０１％〜約０．０６％、約０．０１５％〜約０．０６％、約０．０２％〜約０．０６％、約０．０２５％〜約０．０６％、約０．０３％〜約０．０６％、約０．０３５％〜約０．０６％、約０．０４％〜約０．０６％、約０．０４５％〜約０．０６％、約０．０５％〜約０．０６％、または約０．０５５％〜約０．０６％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８４上記システインが、約０．００５％〜約０．０４％、約０．０１％〜約０．０４％、約０．０１５％〜約０．０４％、約０．０２％〜約０．０４％、約０．０２５％〜約０．０４％、約０．０３％〜約０．０４％、または約０．０３５％〜約０．０４％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８５上記システインが、約０．００５％〜約０．０６％、約０．０１％〜約０．０５％、約０．０１５％〜約０．０４％、または約０．０２％〜約０．０３％の濃度である、実施形態７６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８６上記糞便微生物組成物が、単一ドナーからの非選択的かつ実質的に完全な糞便微生物叢調製物を含む、実施形態６３〜８５のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８７上記糞便微生物叢調製物中の糞便由来の生きていない材料と糞便由来の生物学的材料との間の重量比が、２０％以下である、実施形態８６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８８上記糞便微生物調製物の調製物が、エタノール処理、界面活性剤処理、熱処理、照射、および音波処理、またはこれらの組み合わせからなる群から選択される処理を伴う、実施形態８６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態８９上記糞便微生物調製物の調製が、濾過（ｆｉｌｔｅｒｉｎｇ）、ふるい分け、密度勾配、濾過（ｆｉｌｔｒａｔｉｏｎ）、クロマトグラフィー、沈降、遠心分離、およびこれらの組み合わせからなる群から選択される分離ステップを伴う、実施形態８６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９０周囲温度以下での少なくとも１２週間の保存後に、上記糞便微生物叢調製物が、保存直前の最初の細胞生存率と比較して少なくとも６０％の細胞生存率を維持することができる、実施形態８６に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９１周囲温度以下での少なくとも１２週間の保存後に、上記糞便微生物叢調製物が、当該保存の開始時の最初の細胞生存率と比較して約６０％〜約８０％の細胞生存率を維持することができる、実施形態９０に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９２上記細胞生存率が、膜透過性および不透過性のＤＮＡ色素染色の組み合わせにより細胞膜透過性を評価することによって測定される、実施形態９０に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９３上記組成物が、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、グリセロール、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、アラニン、グリシン、プロリン、マンニトール、スクロース、グルコース、ラクトース、リボース、ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン（ＨＰβＣＤ）、およびこれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つ以上の凍結保護物質を更に含む、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９４上記組成物が経口投与用である、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９５上記組成物が、ゲルタブ、丸剤、マイクロカプセル、カプセル、または錠剤として製剤化される、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９６上記組成物の２００ｍｇ毎に、１０３〜１０１４、１０４〜１０１４、１０５〜１０１４、１０６〜１０１４、１０７〜１０１４、１０８〜１０１４、１０４〜１０１３、１０５〜１０１２、１０６〜１０１１、１０７〜１０１０、１０８〜１０９、１０３〜１０１３、１０３〜１０１２、１０３〜１０１１、１０３〜１０１０、１０３〜１０９、１０３〜１０８、１０３〜１０７、１０３〜１０６、１０３〜１０５、および１０３〜１０４のｃｆｕまたは総細胞数からなる群から選択される薬理学的活性用量の微生物または芽胞が含まれる、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９７上記糞便微生物組成物が、少なくとも約２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または９９．５％の芽胞型の微生物を有する、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９８上記組成物が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病、および過敏性腸症候群からなる群から選択される１つ以上の障害を治療するのに有効である、実施形態６３に記載の凍結糞便微生物組成物。
実施形態９９障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するため方法であって、実施形態１〜５２のいずれか一項に記載の医薬組成物または実施形態６３〜９８のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態が、ざ瘡、ＡＩＤＳ腸症、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、完全脱毛症、アルツハイマー病、アミロイド症、筋萎縮性側索硬化症、強直性脊椎炎、食欲不振、抗生物質関連大腸炎、アスペルガー症候群、注意欠陥障害（ＡＤＤ）、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、ベーチェット症候群、慢性クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、慢性便秘、慢性うつ病、慢性疲労症候群（ＣＦＳ）、慢性特発性偽性閉塞性症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性悪心、慢性蕁麻疹、小児脂肪便症、コラーゲン蓄積大腸炎、結腸ポリープ、便秘型ＦＢＤ、クローン病、特発性肝硬変、周期性嘔吐症、疱疹状皮膚炎、糖尿病、家族性地中海熱、脂肪肝、機能性腸疾患（ＦＢＤ）、胃食道逆流、ギラン・バレー症候群、糸球体腎炎、溶血性尿毒症症候群、口臭、便秘型ＩＢＳ、下痢便秘交代型ＩＢＳ、下痢型ＩＢＳ、疼痛型ＩＢＳ、特発性血小板減少性紫斑病（ＩＴＰ）、突発性／単純性便秘、分類不能大腸炎、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、若年性糖尿病、ライム病、躁うつ病、代謝症候群、顕微鏡的大腸炎、片頭痛、混合性クリオグロブリン血症、粘液性大腸炎、多発性硬化症、重症筋無力症、ＮＡＳＨ（非アルコール性脂肪性肝炎）、非リウマチ性関節炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、非潰瘍性消化不良、ノーウォークウイルス性胃腸炎、肥満、強迫性障害、疼痛型ＦＢＤ、パーキンソン病、多発性動脈炎、結腸ポリポーシス、原発性胆汁性肝硬変、一次クロストリジウム・ディフィシル感染症（ＣＤＩ）、原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）、偽膜性大腸炎、精神病性障害、ライター症候群、再発性憩室炎、レット症候群、関節リウマチ、酒さ、ロタウイルス胃腸炎、仙腸骨炎、統合失調症、強皮症、シェーグレン症候群、小腸内細菌異常増殖、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、全身性エリテマトーデス、潰瘍性大腸炎、上腹部性ＦＢＤ、血管炎疾患、ウイルス性胃腸炎、糖尿病前症症候群、Ｉ型糖尿病、ＩＩ型糖尿病、うつ病、統合失調症、および気分障害からなる群から選択される、方法。
実施形態１００障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するため方法であって、実施形態１〜５２のいずれか一項に記載の医薬組成物または実施形態６３〜９８のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態が、再発性Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、便秘型機能性腸疾患（ＦＢＤ）、疼痛型ＦＢＤ、上腹部性ＦＢＤ、非潰瘍性消化不良（ＮＵＤ）、胃食道逆流、分類不能大腸炎、顕微鏡的大腸炎、偽膜性大腸炎、ウイルス性胃腸炎、ノーウォークウイルス性胃腸炎、ロタウイルス胃腸炎、ＡＩＤＳ関連胃腸炎、非リウマチ性因子陽性関節炎、ライム病、全身性ループス、特発性血小板減少性紫斑病、シェーグレン症候群、溶血性尿毒症症候群または強皮症、ギラン・バレー症候群、慢性炎症性脱髄性多発神経炎、慢性うつ病、統合失調症、精神病性障害、躁うつ病、アスペルガー症候群、レット症候群、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、注意欠陥障害（ＡＤＤ）、乳幼児突然死症候群（ＳＩＤＳ）、神経性食欲不振症からなる群から選択される、方法。
実施形態１０１障害または状態の治療の必要がある対象における障害または状態を治療するため方法であって、実施形態１〜５２のいずれか一項に記載の医薬組成物または実施形態６３〜９８のいずれか一項に記載の凍結糞便微生物組成物の治療上有効量を当該対象へ投与することを含み、当該障害または状態が、再発性または一次Ｃ．ｄｉｆｆ感染症、自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）、潰瘍性大腸炎、クローン病および過敏性腸症候群からなる群から選択される、方法。
【０１８３】
本開示は、具体的な実施形態を参照して記載されるが、本開示の趣旨を逸脱しない範囲で様々な変更がなされ得、等価物が実施形態の要素と置換され得ることが当業者には理解されるであろう。加えて、多数の改変が、本開示の趣旨を逸脱しない範囲で特定の状況または材料を本開示の教示に適応させるためになされ得る。
【０１８４】
したがって、本開示は、本開示を実施することが想定される最良の形態として開示される具体的な実施形態に限定されないが、本開示は、添付の特許請求の範囲の範囲および趣旨に入る全ての実施形態を含むことが意図される。
【実施例】
【０１８５】
実施例１糞便の細胞生存率の有効な保持のための様々な凍結乾燥保護物質の試験
凍結乾燥糞便微生物叢調製物中の微生物の生存率を保持するのに有効な凍結乾燥保護物質の配合を決定するように実験をデザインする。微生物細胞膜完全性を、細胞生存率の代替マーカーとして使用する。
【０１８６】
液体糞便微生物叢抽出物を、均質化ステップを含むプロセスにより得て、その後に濾過ステップが続く。均質化ステップにおいて、提供された便を便に対する固定比率の均質化緩衝液と混合して、機械装置を使用して均質化して便スラリー形成する。様々な比率を試験した後、湿った便１グラムにつき３ｍＬの均質化緩衝液という最適比が、確立される。得られた便スラリーをメッシュフィルター（例えば、３３０μｍのフィルター孔径を有する）で濾過して、液体糞便微生物叢抽出物を生成する。このステップは、消化されていない食物を含む、ドナー便中に存在する糞便の非微生物粒子状物質の大部分を除去する。微生物の細胞生存率は、細胞膜完全性に基づいて実施例２のように測定される。新鮮なドナー材料の膜完全性は、同一ドナーからのものでさえ４９％から９０％まで変化する。５０％以上の膜完全性（％生存率）のものを、液体糞便微生物叢抽出物の質を評価するのに使用する。
【０１８７】
次いで、液体糞便微生物叢抽出物を更なる処理（例えば、凍結乾燥）に供して、凍結乾燥糞便微生物叢調製物を作製する。微生物の細胞生存率は、凍結乾燥ステップの前および後の両方において実施例２のように測定されて、各々の対応する均質化緩衝液について細胞完全性維持比が測定される。細胞完全性維持比は、凍結乾燥前と比較して凍結乾燥後に完全な膜を有する微生物細胞のパーセントと定義される。
【０１８８】
様々な均質化緩衝液製剤を、ドナー便からの微生物細胞の回収の最大化および凍結乾燥の間の膜完全性（細胞生存率）の保持におけるそれらの効果について試験する。本開示は、１５％のトレハロースが凍結乾燥の間の細胞膜完全性の維持および細胞生存率の保持に最も有効であることがわかることを示す。一連の実験後、１５％のトレハロースが、凍結融解後および凍結乾燥後の膜完全性に対する最小の影響により測定されるような、その保護効果のために選択される。凍結乾燥プロセスを通じた膜完全性に関する均質化緩衝液（０．２５Ｘリン酸緩衝食塩水（ｐＨ７．４）および１５％ｗ／ｖのトレハロース）の効果を示す下記の表１に、代表的なデータを掲示する。ドナー＃５５では、凍結乾燥前に６６．５％の微生物が、完全な膜を有する。１５％のトレハロースの存在下での凍結乾燥後、３１．２％の微生物が完全な膜を保持し、この量は約４６．９％の細胞完全性維持比に等しい。ドナー＃６２では、凍結乾燥前に７０．９％の微生物が、完全な膜を有する。１５％のトレハロースの存在下での凍結乾燥後、４３．７％の微生物が完全な膜を保持し、この量は約６１．６％の細胞完全性維持比に等しい。
【表１】
2020521760.tif 000004
【０１８９】
実施例２微生物細胞の濃度および細胞膜完全性の測定
総細胞数をモニタリングし、糞便微生物叢調製物の適切な用量を決定するために、蛍光顕微鏡ベースの方法を使用して細胞濃度を測定する。滅菌生理食塩水を使用して試料を連続希釈（１：１０〜１：１０，０００倍）し、次いで、細胞を染色するための１μＬのＳＹＴＯ（商標）  ＢＣ色素（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＣＡ）および色素の光退色を最小限にするための１μＬのＰｒｏｌｏｎｇ  Ａｎｔｉ−Ｆａｄｅ  Ｒｅａｇｅｎｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＣＡ）と混合する。組み合わせた溶液を混合し、室温にて１５分間暗下でインキュベートし、Ｐｅｔｒｏｆｆ−Ｈａｕｓｅｒ計算盤を使用して解析する。
【０１９０】
要約すると、１０μｌの染色した試料をチャンバーにアプライし、カバーガラスで覆い、４０Ｘ対物レンズ、ＳＯＬＡライトエンジン、およびＳＹＴＯ  ＢＣ色素（励起４７０ｎｍ／発光５２５ｎｍ）に特異的なフィルターを備えた落射蛍光顕微鏡（Ｎｉｋｏｎ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ）を使用して可視化する。
【０１９１】
ＳＹＴＯ  ＢＣ色素は、生きているか死んでいるかに関わらず全てのインタクトな微生物細胞に浸透し、これらの染色された細胞は特異的な緑色フィルター（励起４７０ｎｍ／発光５２５ｎｍ）を使用した落射蛍光顕微鏡で可視化され場合、緑色を呈する。細胞は、５つのマスにおいて計数される。このプロセスを３つの別個のアリコートで繰り返し、次いで、各マスで計数される細胞の平均値を、総細胞濃度を算出するために使用する。
【０１９２】
また、膜完全性（細胞生存率）は、蛍光顕微鏡ベースの方法の使用によっても測定される。この方法は、２つの異なる色素が使用されることを除き、基本的に細胞濃度についての上記と同じである。１つのアリコートは上記のようなＳＹＴＯ  ＢＣで染色され、第２のアリコートは別の色素、１．５μＬのヨウ化プロピジウム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、ＣＡ）で染色される。
【０１９３】
ＳＹＴＯ  ＢＣ色素が緑色に染色される全ての細胞に浸透するのに対して、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）色素は、膜完全性の損失を有する細胞（すなわち損傷した細胞または死細胞）に浸透するのみであり、ＰＩで染色された細胞は、特異的な赤色フィルター（励起５６０ｎｍ／発光６３０ｎｍ）を使用した落射蛍光顕微鏡下で可視化される場合に赤色を呈する。
【０１９４】
実施例３凍結および解凍サイクル後の細胞安定性
繰り返される凍結解凍サイクルの影響を、糞便微生物叢抽出物の細胞安定性について評価する。実施例１の液体糞便微生物叢抽出物を、繰り返される凍結融解（ＦＴ）サイクル（ＦＴ１、ＦＴ２、およびＦＴ３）に供し、ここで、１サイクルは、−８０℃にて試料を最低２４時間凍結させること、および続いて、室温にて最低３０分間または目視で観察して完全に解凍されるまで解凍することと定義される。これらの実験の結果を、以下の表２に提供する。均質化緩衝液（０．２５Ｘリン酸緩衝食塩水（ｐＨ７．４）、０．０２５％ｗ／ｖのＬ−システイン、および１５％ｗ／ｖのトレハロース）を使用して混合および抽出した場合、糞便材料は、少なくとも２回、細胞数および膜完全性に著しく影響を与えることなく凍結および解凍することができる。
【表２】
2020521760.tif 000005
【０１９５】
実施例４例示的な臨床治療
トレハロースおよびシステインを含む上記の凍結乾燥糞便微生物叢調製物は、患者の小腸で開く遅延放出カプセル中に封入される。上記カプセルは、２〜８℃で保存される。カプセルは、微生物学的に確認された、２回または５回再発したＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ  ｄｉｆｆｉｃｉｌｅ感染症を有する患者に与えられる。
【０１９６】
実施例５糞便の細胞生存率の有効な保持のための様々な還元剤の試験
凍結乾燥糞便微生物叢調製物中の微生物の生存率を保持するのに有効な還元剤の配合を決定するように実験をデザインする。微生物細胞膜完全性を、細胞生存率の代替マーカーとして使用する。
【０１９７】
便をドナーから採取し、単一ドナーから分けた便を用いて２つの試料を並行して解析する（０．０５％のアスコルビン酸ナトリウムおよび０．０２５％のシステイン）。この実験を、第２のドナーからの便を用いて繰り返す。液体糞便微生物叢抽出物を、実施例１に記載のように、均質化ステップに続いて濾過ステップを含むプロセスにより得る。均質化ステップでは、提供された便を、０．０５％ｗ／ｖのアスコルビン酸ナトリウムまたは０．０２５％ｗ／ｖのシステインを含有する固定比率の均質化緩衝液と混合する。
【０１９８】
次いで、液体糞便微生物叢抽出物を更なる処理（例えば、１５％のトレハロースとの凍結乾燥、混合、およびカプセル化）に供し、凍結乾燥糞便微生物叢調製物を作製する。微生物の細胞生存率を、各試料について均質化ステップで、トレハロースの添加（原薬の製剤化ステップ）後に、凍結乾燥ステップ後に、および混合後に実施例２のように測定する。表３は、両方の還元剤（アスコルビン酸ナトリウムおよびシステイン）において、各ステップで高い膜生存率を有することを示す。
【表３】
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【０１９９】
多数の態様が記載された。しかし、本開示の要旨および範囲から逸脱することなく、様々な改変がなされ得ることが理解されよう。
【図１】
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【国際調査報告】
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