【事件の表示】
　特願２００１−　６０４３２「遺伝病を検出するための熱安定リガーゼによるＤＮＡ増幅系」拒絶査定不服審判事件〔平成１３年１０月　２日出願公開、特開２００１−２６９１８７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
Ｉ．手続の経緯・本願発明　　
　本願は、平成３年４月２９日に出願した特願平３−５０８８９１号の一部を、平成１３年３月５日に特許法第４４条第１項の規定により新たな特許出願（優先権主張１９９０年５月３日　米国）としたものであって、その発明は、平成１４年４月２３日付け手続補正書により補正された明細書及び図面の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１〜２９に記載された事項により特定されるとおりのものと認められ、特にそのうちの請求項２１に係る発明及び請求項４に係る発明は、以下の通りのものである。
　
「【請求項２１】約５０℃〜約８５℃の温度で２本鎖ＤＮＡ中の１本鎖切断部位でリン酸ジエステル結合の形成を触媒し、約９０℃〜約１０５℃の温度でも、不可逆的に変性されず、その触媒能を失わない、サーマス・アクアチアス・リガーゼの発現を暗号化しているベクターで形質転換された組換え体生物により生産された組換え体ポリペプチド。」（以下、「本願発明２１」という）
「【請求項４】　（ａ）配列番号２記載のアミノ酸をコードする核酸、（ｂ）配列番号１記載の核酸配列を有する核酸および（ｃ）２ｘＳＳＣ、４０％ホルムアミド、４０℃の緊縮条件下に配列番号１記載の核酸配列にハイブリダイズする核酸からなる群から選択された熱安定性リガーゼをコードする単離された核酸分子。」（以下、「本願発明４」という。）
　なお、請求項４の「配列番号２」及び「配列番号１」という記載は、発明の詳細な説明中に見あたらないが、段落２５の表８〜１０又は表６、７に記載されたアミノ酸配列又は塩基配列がそれに該当するものと推定される。そして、この配列については、平成１４年４月２３日付け手続補正書により、その配列中の一部のアミノ酸残基及び塩基が変更されているが、その補正が要旨変更に該当するものであるか否かについての判断はひとまずおいて、原査定の拒絶の理由について以下検討する。
II．引用文献の記載事項　　
　原査定の拒絶の理由に引用された、本願の優先日前に頒布された引用文献１及び２には、次の事項が記載されている。
１．引用文献１（The Journal of Biological Chemistry, (1984) Vol.259, No.16, p.10041-10047）には、以下の事項が記載されている。
（１−１）「好熱性及び熱安定性のＤＮＡリガーゼがThermus thermophilus HB8抽出物から、ほぼ均質に精製された。精製酵素はpH6.6の等電点を有し、ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動のデータ及び沈降平衡法によると、分子量約79,000の単一のポリペプチドである。」（10041頁左欄1〜8行）
（１−２）「該酵素のニック閉鎖活性は15〜85℃の広い温度範囲に渡って認められ、最適温度は65-72℃であった。」（10041頁左欄21〜24行）
（１−３）「第１表の精製の各段階のサンプルはＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動に付された。単一の蛋白のバンドが第７及び８段階以降にクーマッシー・ブリリアント・ブルー染色により観察された。同じゲルにおいて、いくつかのわずかなバンドが連続的銀染色により見られたが、該酵素の純度は95％以上と考えられる（第１図）。7.5％非変性ポリアクリルアミドゲル中での、精製酵素のディスクゲル電気泳動に続いて、ＤＮＡリガーゼ活性が、これらのゲルの１mm切片の１つから見られた。活性の位置は、クーマッシー・ブリリアント・ブルー染色による単一蛋白のバンドと一致した（第２図）。」（10041頁右欄11〜21行）
２．引用文献２（Agricultural Biological Chemistry, (1986) Vol.50, No.5, p.1333-1334）には、以下の事項が記載されている。
（２−１）「好熱性及び熱安定性のＤＮＡリガーゼがThermus thermophilus HB8抽出物から、ほぼ均質に精製され、そのいくつかの性質について調べられた１）。さらにHB8　ＤＮＡリガーゼを大量に生産するために、細胞の成長とリガーゼ活性との関係、及び精製の手法について、更に調べた。細胞中のHB8　ＤＮＡリガーゼ活性は、中期対数期において増加するものの、制限酵素（Tth HB8 I）の細胞中の活性も増加する。結果として、以前の精製方法によると、少量のエンドヌクレアーゼによるコンタミネーションは避けられなかった。我々は、ここで、レッドセファロースクロマトグラフィがHB8　ＤＮＡリガーゼをTth HB8 Iから分離するために効果的であることを報告する。」（1333頁左欄本文1〜14行、なお、引用部分中の「参照文献１）」は、前記の引用文献１である。）
（２−２）「Tth HB8 Iを完全に取り除くため、レッドセファロースCL-6B（Pharmacia Fine Chemical）カラムクロマトグラフィが効果的であった。……HB8　ＤＮＡリガーゼのライゲーションパターンは、クロマトグラフィの前後で図２ｂに示すように変化した。……結果は、レッドセファロースクロマトグラフィがHB8　ＤＮＡリガーゼをTth HB8 Iエンドヌクレアーゼから完全に分離していることを示している。」（1333頁右欄3〜22行）
III．原査定の拒絶の理由１（特２９条第１項第３号）について
１．対比
本願明細書の段落５２に記載されているように、「サーマス・アクアチアス」（Thermus aquaticus）は、「Thermus thermophilus」を再分類した名称であり、両者は同一の種であることは明らかである。したがって、以上の引用文献１及び２には、いずれにもサーマス・アクアチアスHB8由来の好熱性・熱安定性ＤＮＡリガーゼであって、単一のポリペプチドといいうるものが記載されていると認められる。そして、ＤＮＡリガーゼは、「２本鎖ＤＮＡ中の１本鎖切断部位でリン酸ジエステル結合の形成を触媒」するという機能を有するものであることは当業者の技術常識である。
そこで、本願発明２１と、引用文献１又は２に記載された発明（以下「引用発明」という。）とを比較すると、両者は、「約５０℃〜約８５℃の温度で２本鎖ＤＮＡ中の１本鎖切断部位でリン酸ジエステル結合の形成を触媒する、サーマス・アクアチアス・リガーゼであるポリペプチド」である点で一致しており、以下の（１）及び（２）の点で一応相違する。
（１）前者が「約９０℃〜約１０５℃の温度でも、不可逆的に変性されず、その触媒能を失わない」という特定がされたものであるのに対し、後者はそのような特定がされていない点
（２）前者が「サーマス・アクアチアス・リガーゼの発現を暗号化しているベクターで形質転換された組換え体生物により生産された組換え体ポリペプチド」であるのに対し、後者は、サーマス・アクアチアスから精製されたポリペプチドである点
２．相違点についての当審の判断　　
（ア）相違点（１）について
　本願発明２１のポリペプチド（ＤＮＡリガーゼ）は、本願の発明の詳細な説明の実施例１〜７の記載によれば、引用文献１又は２に記載されたThermus thermophilus （サーマス・アクアチアス）HB8から、そのＤＮＡリガーゼをコードするＤＮＡをクローニングし、該ＤＮＡを組み込んだベクターで形質転換された組換え体生物により生産している。そしてこのような実施例において生産されたＤＮＡリガーゼ（以下「本願リガーゼ」という）は、それをコードするＤＮＡの採取源が引用文献１又は２に記載されたＤＮＡリガーゼ（以下「引用リガーゼ」という）を生産する菌株と同一の菌株HB8であり、引用リガーゼは本願リガーゼと同じ好熱性及び熱安定性（特に前記II.１．（１−２）の記載を参照）という性質を有するものであるから、当然、本願リガーゼと引用リガーゼとは同一のものであり、両者のアミノ酸配列は同一であると認められる。とすれば当然、引用リガーゼは、本願リガーゼと同じ「約９０℃〜約１０５℃の温度でも、不可逆的に変性されず、その触媒能を失わない」という性質を有しているものと認められる。
　したがって、この点は実質的な相違点とは認められない。
（イ）相違点（２）について
　この点は、上記（１）で認定した引用リガーゼと同一のアミノ酸配列を有する本願リガーゼについて、その製法による特定を加えたものと認められる。
　請求人は、拒絶査定における審査官の「該組換え体リガーゼが天然の物と比較して物質として相違するものである主張についても何ら根拠があるとは認められない。」との指摘に対して、審判請求書において、「請求項２０〜２６のポリペプチドまたは酵素は、いずれも遺伝子操作技術によって製造された「組換え」体ポリペプチドまたは酵素であるから、サーマス・アクアチアスHB8の産生物から抽出されたポリペプチドや酵素とはその起源や製法において明確に区別できるものである。」と主張する。
しかしながら、本願発明２１を始めとする請求項２０〜２６に係る発明は、ポリペプチドまたは酵素という物の発明であって、その起源や製法が異なるからといって、それにより定義される物に相違が生じるというものとはいえない。
　そして、請求人は、そのような起源や製法の相違によって、本願発明２１が引用発明と、物の発明として区別できるとする合理的な根拠を示していない。そうすると、引用文献１又は２に記載されたサーマス・アクアチアスにおいて発現しているポリペプチドは、本願明細書に記載された実施例で用いられている遺伝子組換エシェリヒア・コリ（大腸菌）宿主で発現させたポリペプチドと同一のポリペプチドであると解するのが極めて自然な解釈である。
　したがって、この点は実質的な相違点とはいえない。
３．総合的判断
　以上のことから、本願発明２１は、引用文献１又は２に記載された発明とポリペプチドという物質として区別をすることができず、引用文献１又は２に記載された発明であるといわざるを得ない。したがって、本願発明２１は、本願の優先日前に頒布された刊行物に記載された発明であるから、特許法第２９条第１項３号に該当し、特許を受けることができない。
IV．原査定の拒絶の理由２（特２９条第２項）について
　上記III.において示したように、本願明細書に記載された熱安定性ＤＮＡリガーゼは、引用リガーゼ（引用発明）と同一のものである。したがって、請求項４における択一的選択肢のうちの選択肢（ａ）を選択した場合の本願発明４、すなわち「配列番号２記載のアミノ酸をコードする核酸である、熱安定性リガーゼをコードする単離された核酸分子」を引用発明と比較すると、引用発明が配列番号２のアミノ酸配列を有するポリペプチドであるのに対し、本願発明４は、引用発明のポリペプチドのアミノ酸配列をコードする核酸である点で相違している。
　以下、この点について検討する。
　本願の優先日当時の技術水準によれば、十分に精製されたポリペフチドがあれば、そのＮ末端等の部分アミノ酸配列を特定することに困難性はない。そして、優先日当時、あるポリペプチドの部分アミノ酸配列が明らかとなれば、それを元にして対応する塩基配列を検出するためのＤＮＡプローブを設計し、該プローブにより由来生物のＤＮＡライブラリーから目的とする遺伝子をスクリーニングすることは、周知慣用の技術であった。また、部分アミノ酸配列の決定の有無に拘わらず、該ポリペプチドに対する抗体を作成し、それを用いて目的遺伝子をスクリーニングすることも周知慣用の技術であった。そして、本願の優先日前に、このような周知慣用のクローニング手法により、種々の遺伝子がクローニングされていることも周知である。
　そして、ある生物由来のポリペプチドが知られている時に、それをコードする該生物のＤＮＡをクローニングすることは、当業者が当然行おうとすることである。
　したがって、本願発明４の核酸分子（ＤＮＡ）は、引用文献１又は２の記載から、そこに記載されたポリペプチドを対象に周知慣用のクローニング手法を用いることにより、当業者が容易に得ることができるものであるといわざるを得ない。
　請求人は、審判請求書において、引用文献１又は２に記載されたＤＮＡリガーゼがアミノ酸配列を決定し得るほど純粋なものであるとの記載がないから、プローブにより目的のＤＮＡが得られるか疑問である旨主張している。しかし、引用文献１には、酵素の純度は95％以上と考えられる旨記載され、引用文献２においてはさらにその少量の不純物も完全に分離された旨記載されているから、この程度に精製されたリガーゼの部分アミノ酸配列の決定が困難であるとはいえない。
　また、請求人は、審判請求書において、本願発明のＤＮＡは、精製されたリガーゼのアミノ酸配列を決定してプローブ法により得られたものではないとも主張している。しかし、あるポリペプチドをコードするＤＮＡのクローニングが、特定の周知慣用手法により容易に得られることが十分に論理づけられるのであれば、実際のクローニング手法がそれとは別の方法であったとしても、それは進歩性の判断を左右するものではない。
　以上のことから、本願発明４は、引用文献１又は２の記載事項から当業者が容易に発明をすることができたものであり、特許法第２９条第２項の規定により特許を受けることができない。
Ｖ．むすび
　以上の通り、本願の請求項２１に係る発明は、特許法第２９条第１項第３号の発明に該当し、また、本願の請求項４に係る発明は、特許法第２９条第２項の規定により、いずれも特許を受けることができない。
　そしてこの判断は、上記Ｉ．で言及した平成１４年４月２３日付け手続補正書による補正が適法であるか否かによって左右されるものではない。
　したがって、他の請求項に係る発明については判断するまでもなく、本願は特許を受けることができないものである。
　よって、結論のとおり審決する。