【事件の表示】
　平成　２年特許願第５１０５８４号「新規なポリエステルバイオポリマー」拒絶査定不服審判事件〔平成　３年　１月２４日国際公開、ＷＯ９１／００９１７、平成　５年　２月１８日国内公表、特表平　５−５００７５１〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
〔１〕本願の手続及び経緯：
１．　本願は、1989年7月10日付米国出願378,155号を基礎とする優先権主張を伴って平成2年（1990年）7月10日に国際出願されたPCT/US90/03851（特願平2-510584号）に係るものであり、審判請求後の経緯は以下の通りである。
　
　・平成10年12月7日　　　審判請求
　・平成10年12月21日　　　審判請求理由補充書、手続補正書提出
　・平成11年4月22日　　　前置報告
　・平成12年4月24日　　　拒絶理由通知
　・平成12年11月16日　　　意見書及び補正書提出
　・平成13年11月13日　　　第1回審尋
　・平成14年5月27日　　　第1回回答書（第1回補正案）
　・平成16年7月30日　　　FAXによる第2回審尋
　・平成16年8月27日　　　第2回回答書（第2回補正案）
　・平成16年9月14日　　　FAXによる第3回審尋
　・平成16年10月12日　　　第3回回答書（第3回補正案）
　
２．  原審の平成8年9月30日付拒絶理由通知において、本件出願に対して明細書及び図面の記載が特許法第36条第3項、第4項及び第5項に規定する要件を満たしていない旨が指摘されているが、当審の平成12年4月24日付拒絶理由通知、及び上記各審尋においても、本件明細書は各請求項に係る発明についての開示が不十分である点を再三にわたり指摘した。
　しかしながら、平成16年9月14日付で最終的にFAXにより行った審尋（指定期間をさらに2週間延長）に対して提示された平成16年10月12日付回答書に添付された補正案（第3回補正案）によっても依然として上記36条上の不備は解消されないので、以下のように審決する。なお、当該補正案についての判断は、下記〔４〕付記：として述べる。
　
〔２〕本願発明：
　本願請求項1乃至21に係る発明は、平成12年11月16日付で手続補正された明細書の請求の範囲の請求項1乃至21の記載により特定されている。そのうちの特徴的な請求項として、請求項1、9、12乃至14及び16を以下に示す。
　なお、請求項1および9において、「または」で結ばれ択一的に記載されている2種類のORF配列を「ORF1配列」及び「ORF3配列」として、また請求項12に記載された、ORF1及びORF3と共にもう１つのORF（ORF2）を含む配列を「ORF1〜3配列」として省略記載する。
　
【請求項１】生物中でポリエステルバイオポリマーを構築する方法であって、
　ポリヒドロキシアルカノエートの合成に必要な酵素をコードする遺伝子の発現のために、生物を選択する工程、
該生物に、C6〜C18基質からなる群より選択される基質を重合し得るポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼをコードする単離された構造遺伝子を、該生物中の該遺伝子の発現の調節配列と組み合わせて導入する工程、および
発現した該酵素に、ポリヒドロキシアルカノエートを合成するために適当な基質を提供する工程、を包含する、方法：
　ここで、該単離された構造遺伝子が、
「ORF1配列」または「ORF3配列」のヌクレオチド配列を有する遺伝子、および、
該ヌクレオチド配列のいずれかとハイブリダイズし、かつC6〜C18基質かなる群より選択される基質を重合し得るポリヒドロキシアルカノエートポリメーゼ活性を有するポリペプチドをコードする遺伝子からなる群から選択され、該ハイブリダイゼーションが、5×SSCP（1×SSCPは、0．15M　NaCl、0．15Mクエ酸ナトリウム、10mM　NaH2PO4、および10mM　Na2HPO4を含む）、5×デンハート液、0.1％（w／v）SDS、10mM　EDTAおよび100μg／ml超音波処理変性サケDNAを含む溶液で約16から18時間の期間、65℃の温度で実施される、方法。
　
【請求項９】以下のヌクレオチド配列；
「ORF1配列」または「ORF3配列」を有する遺伝子、ならびに、該ヌクレオチド配列のいずれかとハイブリダイズし、かつC6〜C18基質からなる群より選択される基質を重合し得るポリヒドロキアルカノエートポリメラーゼ活性を有するポリペプチドをコードする遺伝子かなる群から選択される、単離された構造遺伝子：
ここで、該ハイブリダイゼーションが、5×SSCP（1×SSCPは、0．15M　NaCl、0．1クエン酸ナトリウム、10mM　NaH2PO4、および10mM　Na2HPO4を含む）、5×デンハート液、0．1％（w／v）SDS、10mM　EDTAおよび100μg／ml超音波処理変性サケDNAを含む溶液中で約16から18時間の期間、65℃の温度で実施される、遺伝子。
　
【請求項１２】以下のヌクレオチド配列を有する、ポリヌクレオチド：
「ORF1〜3配列」
　
【請求項１３】請求項１２に記載の遺伝子のヌクレオチド554〜2231位の配列、請求項１２に記載の遺伝子のヌクレオチド3217〜4947位の配列、またはそれらにハイブリダイズし、かつポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの配列を有する、請求項１１に記載の遺伝子：ここで、該ハイブリダイゼーションが、5×SSCP（1×SSCPは、0．15M　NaCl、0．15Mクエン酸ナトリウム、10mM　NaH2PO4、および10mM　Na2HPO4を含む）、5×デンハート液、0．1％（w／v）SDS、10mM　EDTAおよび100μg／ml超音波処理変性サケDNAを含む溶液中で約16から18時間の期間、65℃の温度で実施される、遺伝子。
　
【請求項１４】請求項９に記載の単離された構造遺伝子によってコードされるアミノ酸配列、または少なくとも1つのアミノ酸の欠失、挿入、および／または置換を有する該アミノ酸配列を有する、C6〜C18基質からなる群より選択される基質を重合し得るポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼ。
　
【請求項１６】ポリヒドロキシアルカノエートまたはそのコポリマーを合成するための生物であって、ポリヒドロキシアルカノエートの合成に必要な酵素をコードする遺伝子、および請求項９に記載のポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼまたはポリヒドロキシブチレートポリメラーゼをコードする単離された構造遺伝子を、適切な基質と反応してポリヒドロキシアルカノエートまたはそのコポリマーを合成し得る該生物中で該遺伝子の発現のための調節配列と組み合わせて発現する、生物。
　
〔３〕当審の判断：
１．請求項中に記載される用語について：
1-1.　本件PHAポリメラーゼ遺伝子：
　ここで、請求項１などに記載される「C6〜C18基質からなる群より選択される基質を重合し得るポリヒドロキシアルカノエートポリメラーゼ」を「本件PHAポリメラーゼ」といい、それをコードする単離された構造遺伝子を、「本件PHAポリメラーゼ遺伝子」という。
　ところで、請求項１などの記載によれば、「本件PHAポリメラーゼ遺伝子」は、(1)「ORF1配列」を有する遺伝子(2)「ORF3配列」を有する遺伝子、および、(3)「ORF1配列」もしくは「ORF3配列」のいずれかと「5×SSCP（1×SSCPは、0．15M　NaCl、0．15Mクエ酸ナトリウム、10mM　NaH2PO4、および10mM　Na2HPO4を含む）、5×デンハート液、0.1％（w／v）SDS、10mM　EDTAおよび100μg／ml超音波処理変性サケDNAを含む溶液で約16から18時間の期間、65℃の温度で実施される」条件下でハイブリダイズする遺伝子である旨が規定されている。
　当該ハイブリダイズ条件は、後述の如く「低もしくは中程度の緊縮条件」であるといえるから、以下、(3)を、「ORF1配列」もしくは「ORF3配列」のいずれかと「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズする遺伝子という。
　また、請求項１４では、本件PHAポリメラーゼが、請求項９に記載される上記(1)〜(3)の遺伝子によってコードされるアミノ酸配列と共に、さらに少なくとも1つのアミノ酸の「欠失、挿入および／または置換」を有する場合が記載されているので、「本件PHAポリメラーゼ遺伝子」としては、(4)「ORF1配列」もしくは「ORF3配列」のいずれかと「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズする遺伝子に、さらに少なくとも1つのアミノ酸に「欠失、挿入および／または置換」変異を導入するような改変遺伝子を包含している。
　
1-2.　PHAを構築するために用いる「生物」：
　請求項１などに記載される「生物」、即ち「本件PHAポリメラーゼ遺伝子」を発現させてPHAを構築するために用いる「形質転換宿主生物」としては、単に「生物」とのみ規定するだけであり、請求項１６を引用した請求項１８では、前記生物が「植物」である場合が明記されていることからも、当該「宿主生物」として植物などの高等真核生物が包含されていることは明らかである。
　
２．本件明細書中の記載：
　ORF1配列およびORF3配列については、図5において「PHAポリメラーゼをコードする」と記載されているが、明細書（同第14頁左下欄）の記載によれば、これら配列が(1)A.eutrophusのPHBポリメラーゼ遺伝子であるphbC遺伝子とハイブリダイズする6kbのEcoRI断片中に存在すること、(2)ATG開始コドンとTGA(TAA)停止コドンで挟まれるORFと推定されるものであること、(3)ORF1は翻訳して推定したアミノ酸配列が上記phbC遺伝子産物とプログラムALIGNを用いると52％の同一性があり、40％の絶対同一性があったこと、およびORF3の推定ポリペプチド産生物とphbC遺伝子産物との絶対同一性値は42％であったといえる。
　しかしながら、ORF1及びORF3がPHAポリメラーゼ遺伝子であるか否かの確認実験は、「単離され試験し得た全てのPHA陰性株はORF1で相補され、この遺伝子が通常に発現されるPHAポリメラーゼをコードしていることが確認された。」（同14頁左下欄9-11行）ことのみである。ORF3配列については、「ORF3はまた、PHAポリメラーゼをコードしていると信じられている。しかし、遺伝子発現試験はORF3が通常は発現されないことを示している。」（同第14頁左下欄11〜14行）とされ、PHA生合成に関連する酵素をコードしている遺伝子であることすら確認されていないばかりか、偽遺伝子である可能性も否定できない。
　当該記載中の「PHA陰性株」という用語は、「本来PHA産生能のあるP.oleovorans細菌のうちでPHAを産生しなくなった変異株」であると解するのが自然だから、当該記載は、何かの変異によりPHAの産生ができなくなった「P.oleovorans変異株」に正常のORF1が導入されたことでPHA産生能が回復したことと解することができ、ORF1がPHA合成に必須のタンパク質をコードしている遺伝子であることまでは立証されたといえる。そして、当該ORF1とPHBポリメラーゼ遺伝子との相同性からみて、当該ORF1がPHAポリメラーゼ遺伝子である可能性は高いと推論することはできるもののそれに留まる。
　したがって、本件明細書には、ORF1配列がPHAポリメラーゼをコードする配列であることが記載されているとはいえても、ORF3配列については、到底PHAポリメラーゼをコードしている配列であるとはいえない。
　
３．　本件PHAポリメラーゼ遺伝子として、(2)「ORF3配列」を有する遺伝子である場合、(3)「ORF1配列」もしくは「ORF3配列」のいずれかと「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズする遺伝子である場合、及び(4)「ORF1配列」もしくは「ORF3配列」のいずれかと「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズする遺伝子に、さらに少なくとも1つのアミノ酸に「欠失、挿入および／または置換」変異を導入するような改変遺伝子である場合を包含している点について：
　
　上記２．で述べたように、本件明細書の記載からは、(2)ORF3配列については、PHAポリメラーゼをコードしている配列であることは裏付けられていない。
　そして、(3)のハイブリダイズ条件については、本件明細書（同第6頁右上欄）において、Z.ramigeraの3-ケトチオラーゼ遺伝子をプローブとしてA.eutrophusの3-ケトチオラーゼ遺伝子を含むDNAをスクリーニングする際に用いられたハイブリダイズ条件として記載されており、当該ハイブリダイズ条件は本件PHAポリメラーゼ遺伝子を単離するために用いられたことが同第14頁右上欄に記載されている。その際にプローブとして使用した遺伝子は明記されてはいないものの、「P.oleovaransクロモソームDNAのサザンDNAハイブリダイゼーションにより、A.eutrophusのPHBポリメラーゼ遺伝子(phbC)に高い相同性を示す6kbのEcoR1制限酵素断片が確認された。（同第14頁右上欄10〜13行）」などの記載からみて、A.eutrophusのPHBポリメラーゼ遺伝子をプローブとしたと解されるから、当該ハイブリダイズ条件は、A.eutrophusのPHBポリメラーゼ遺伝子と、P.oleovaransの本件PHAポリメラーゼ遺伝子とがハイブリダイズできる程度の条件であり、上述の如く、当該PHBポリメラーゼ遺伝子とORF1やORF3はアミノ酸レベルでたかだか52％程度の同一性でもスクリーニングできるほどの低いストリンジェンシー条件であるといえる。すなわち、いわゆる「ハイブリダイズクレーム」と呼ばれるような「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」相同性の高いDNA配列を規定したものではなく、相同性が50％程度しかないような、酵素として別異の酵素に分類される「PHBポリメラーゼ遺伝子」すらハイブリダイズする「低もしくは中程度の緊縮条件」である。
　してみれば、DNAライブラリーの由来も限られないのだから、ORF1配列に対しても「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズするDNAは無数に存在すると考えられ、これらが確実にPHAポリメラーゼ活性を有するタンパク質であることは到底期待できないから、本件明細書中には、ORF1配列に対して「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズするPHAポリメラーゼ遺伝子についての開示は不十分であるといえる。
　ましてや、PHAポリメラーゼ遺伝子であることすら不明なORF3配列に対して「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズするDNAに対しては、さらにPHAポリメラーゼ遺伝子である可能性は低いといえるから、明らかに開示不十分であり、(4)のそれらの改変体に至っては論外である。
　
４．　本件PHAポリメラーゼが重合できる基質を「C6〜C18基質」としている点について：
　請求項１などにおいて、本件PHAポリメラーゼについては、「C6〜C18基質からなる群より選択される基質を重合し得る」と記載されているが、本件明細書には実際にC6〜C18基質を重合させたことは記載されていない。
　そして、本件PHAポリメラーゼ遺伝子はP.oleovorans細菌由来のものであり、従来P.oleovorans細菌のPHAポリメラーゼの基質が、C6〜C12であるとされていたこと（例えば、J.Bacteriol. 154, 870-878(1983)、Appl.Environ.Microbiol. 54, 2924-2932(1988)およびAppl.Environ.Microbiol. 54, 1977-1982(1988)など）を考慮すると、本件PHAポリメラーゼがC14〜C18基質を重合できるか否か不明であり、これら基質を重合することについては本件明細書中に開示されているとはいえない。
　
５．　本件PHAポリメラーゼ遺伝子を発現させてPHAを構築するために用いる「形質転換宿主生物」として、「植物」までも包含している点について：
　
　本件明細書中でORF1を導入したP.oleovorans変異株は、PHAポリメラーゼ遺伝子領域には欠損や変異があっても、P.oleovorans自身が本来有しているPHA生合成経路のその他の遺伝子や細胞内環境は全て正常である可能性が高いから、正常なPHAポリメラーゼ遺伝子（ORF1）を外から補ってやりさえすればPHAを合成することはむしろ当然である。
　即ち、「P.oleovorans細菌」内という特定の細胞内環境の場合に限っても、P.oleovorans細菌内のPHA生合成経路が不明である以上、当該実験のみでは、ORF1さえ存在すれば、PHAを生合成できることを立証したことにはならない。
　そのようなとき「P.oleovorans細菌」とは異なる細胞内環境をもち、しかも本来PHA合成能が全くない他の生物、例えば植物を宿主とした場合に、当該ORF1のみを導入しさえすれば、宿主生物中の細胞内物質を利用してPHAが合成できるとは、到底いうことはできない。
　なるほど、本件優先日前に「P.oleovorans細菌」においては、P.oleovorans由来PHAポリメラーゼが培地中に添加されたアルケン類などのβ酸化経路の代謝産物を基質に利用してPHAを合成する、という仮説が存在しており、その場合、当該PHAポリメラーゼは単独で、もしくはエピメラーゼが存在しさえすればPHA合成が可能である、という仮説も有力であった可能性は高い。
　しかしながら、これら仮説は、あくまでも仮説の域を出ないから、それを証明するためにも、当該ORF1を単離し、P.oleovarans以外の、本来PHAを産生しない生物で発現させてみる必要があるはずであり、そこまで至っていない以上当該仮説を立証したことにはならない。
　特に、植物に関しては、そもそも穀物類など主要な単子葉植物の場合は本件優先日以前では任意の外来遺伝子を用いて確実にトランスジェニック植物を作製することができるといえないばかりか、例え本件PHAポリメラーゼ遺伝子自身は正常に発現でき「PHAポリメラーゼ」を産生することができたとしても、本来PHA生合成機能を有していない植物の細胞内で、当該細胞内物質をPHA合成のための基質として利用し、最終産物である「PHA」を合成できるとまではいえないとするのが相当である。
　したがって、本件明細書中には、「P.oleovorans細菌」以外の例えば植物を宿主とする場合について、本件PHAポリメラーゼ遺伝子を用いて形質転換した場合に、当該生物がPHAを合成できることの裏付けはなく、この点の開示も不十分である。
　
６．結論：　
　以上述べたとおりであるから、本件出願は本件各請求項に係る発明について明細書中に実質的に開示されていないという不備があり、特許法第36条第3項及び第4項に規定する要件を満たしていないので、本願は拒絶されるべきものである。
　よって、結論のとおり審決する。
　
〔４〕付記：平成16年10月12日付回答書に添付された補正案（第3回補正案）について：
　当該補正案請求項１及び４においては、依然として本件PHAポリメラーゼ遺伝子として、その由来も規定することなく、単に「ORF1配列」と「低もしくは中程度の緊縮条件」下でハイブリダイズする遺伝子である場合が包含されている。
　このような場合について、本件明細書中の開示が不十分である点については上記〔３〕３．で述べたとおりである。
　また、当該回答書の記載も甲第50及び51号証の内容及び署名の日付を取り違えて混同した回答内容となっており、以下の対応も含め不誠実である。
　そして、当審の平成16年9月14日付のFAXによる第3回審尋において、平成14年5月27日付回答書5.2.1.4におけるPHA陰性株に関する相補性試験についての主張を「明細書に記載された実際の実験は当合議体の認定通りである」として明確に撤回することを求めたにもかかわらず、そうはせずに、「このプロモーターの置換は、以下に記載のように行われました。プラスミドpLAP1（ORF1およびORF2）およびpLAP1（ORF1−ORF2−ORF3）を操作して、A.eutrophusのPHBプロモーターの支配下でORF1およびORF3を発現させました。」（回答書第5頁6〜11行）と、むしろ同様の主張を述べている。なお、この点は、請求人が提示した甲第50及び51号証のいずれによっても裏付けられていない。
　したがって、もはや当該補正案通りに補正する機会を与える必要も、再度の意見を述べる機会を与える必要も見出せない。