【事件の表示】
　平成　７年特許願第２４３８５３号「組換えＤＮＡ技術によってＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプタイド、ポリペプタイド、または蛋白質を取得するための方法」拒絶査定不服審判事件〔平成　８年　３月　５日出願公開、特開平　８−　５６６６７〕について、次のとおり審決する。
【結　論】
　本件審判の請求は、成り立たない。
【理　由】
１．手続の経緯・本願発明　
　本願は、１９８５年６月１７日（パリ条約による優先権主張１９８５年３月３０日、スイス）を国際出願日とする特願昭６０−５０２６２５号の一部を平成７年８月３０日に新たな出願（特願平７−２４３８５３号）としたものであって、その出願に係る発明は、平成１１年９月２４日付けの手続補正書により補正された明細書の記載からみて、その特許請求の範囲の請求項１、１５、１６、２４、２５、３４、４４、４５、４６、４７、４８に記載されたとおりのものと認められる（以下、それぞれ本願発明１、１５、１６、２４、２５、３４、４４、４５、４６、４７、４８という。）ところ、請求項１の記載は以下のとおりである。　
「【請求項１】　リガンドに対する結合特性を有するペプチド、ポリペプチドまたはたんぱく質を同定する方法で、　
（ａ）上記の結合特性を検出するリガンドを提供し、　
（ｂ）ストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列の多様な集団を合成し、　
（ｃ）上記のストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列の多様な集団を、発現ベクター集団中に挿入して、ストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列を含有する発現ベクターの多様な集団を形成し、　
（ｄ）上記ストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列を含有する発現ベクターの多様な集団を宿主細胞において発現し、ペプチド、ポリペプチド、またはたんぱく質の多様な集団を産生し、および　
（ｅ）上記リガンドを使用して、上記ペプチド、ポリペプチド、またはたんぱく質の多様な集団を、１つ以上のペプチド、ポリペプチド、またはたんぱく質の上記リガンドとの結合と検出が行える条件下においてスクリーニングする、　
ことを含む方法。」　
　
２．当審が通知した拒絶理由　
　これに対して、当審が平成１３年８月３１日付で通知した拒絶理由は、　
「この出願は、明細書の記載が以下の点で不明瞭であり、特許を受けようとする発明を当業者が容易に実施し得る程度に記載されているものとは認められないため、特許法第３６条第４項に規定する要件を満たしていない。　
（１）「ストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列の多様な集団を合成」することができる程度に記載されていない点。これにより、請求項１、１５、１６、２４、２５、３４、４４、４５、４６、４７、４８に記載された発明は、容易に実施できるものと認められない。　
（２）「特定の結合特性を有するリガンドを使用して、ペプチド、ポリペプチド、またはたんぱく質の多様な集団を上記リガンドとの結合と検出が行える条件下においてスクリーニングする」ことができる程度に記載されていない点。これにより、請求項１、１５、１６、２４、２５、３４、４４、４５、４６、４７、４８に記載された発明は、容易に実施できるものと認められない。」　
というものである。　
　なお、本願出願は昭和６０年６月１７日に出願された特許出願の一部を分割出願したものであるから、上記理由中、「特許法第３６条第４項」は、昭和６０年改正法の「特許法第３６条第３項」の誤記であることが明らかであり、請求人も実質的にこれに沿った対応をしているので、以後、この審決では、当審の上記拒絶理由の適用条文を「特許法第３６条第３項」と改めて、記載する。　
　
３．当審の判断　
　以下、本願発明１について、上記拒絶理由により拒絶すべきものか否か、検討する。　
（３−１）本願明細書によれば、本願発明は、「予じめ定められた構造、式、配列を有する遺伝子産物を専らその対象としている技術の現状において、予じめ定められた性質を利用するという従来未知の全く新規な方法を開発する目的でなされたもの」（【０００３】）であり、そのために、「ＲＮＡ、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質を発現することのできる遺伝子を含有する形質転換された宿主細胞を用いて、つまり組換えＤＮＡ技術を利用して、ＤＮＡ、ＲＮＡ、ペプチド、ポリペプチドまたは蛋白質を同定、分離又は取得するための方法を、その目的対象とする」（【０００４】）ものであり、「特に、一応次のことができるストキャスティック遺伝子またはストキャスティック遺伝子のフラグメントを製造することを目途とするものである：該遺伝子またはその断片は、これらの遺伝子の転写または翻訳の後に、（およそ少なくとも１０，０００の）非常に数多くの全く新規な蛋白質を、これらの蛋白質を発現しうるこれらの遺伝子をそれぞれ含有する（バクテリアまたは真核細胞からなる）宿主細胞の存在下で、同時に得ることができるものであり、しかる後に、該クローンの内どれが希望する性質を有する蛋白質を生産するのかを決定する目的で、選択又はクリーニング（注．スクリーニングの誤記と考えられる。）を行うものである。該希望する性質としては、例えば、構造的、酵素的、触媒的、抗原的、薬学的性質、またはリガンドとしての性質があり、そして更に一般的には、化学的、生化学的、生物学的その他の性質がある。」（【０００５】）というものである。　
　そして、このような発明の１つである本願発明１は、上述のとおりの構成を有するものである。　
（３−２）そこで、検討すると、本願発明１の方法により特定のリガンドに対する結合特性を有するペプチド等が実際に得られるには、当該ペプチド等の配列に関する情報が予め知られているなどの特別の場合は別として、一般的には、特定の結合特性についてのスクリーニングの対象となるペプチド等の集団が高度にランダムな配列を網羅的に含むものである必要があり、そのような高度にランダムかつ網羅的なペプチド等の集団をスクリーニングしなければ、確実にそのような結合特性を有するペプチド等を得ることができるとはいえないと考えられる。　
　しかしながら、以下に述べるように、本願の発明の詳細な説明中の記載によっては、当該目的を達成できる程度に高度にランダムかつ網羅的な配列の集団を容易に得ることができるとは認められない。　
　すなわち、　
（３−２−１）本願明細書には、特定のリガンド結合特性を有するペプチド等をスクリーニングし得る対象の多様なペプチド等の集団、またそれらをコードする多様なヌクレオチド配列の集団が１０４、１０５、１０６、１０７あるいは１０８以上の異なるストキャスティックなアミノ酸配列、またそれらをコードするヌクレオチド配列を含むべきことが記載され（特許請求の範囲の請求項３、１５、４９、５０、５１等参照）、また、当該ペプチド等をコードするヌクレオチド配列の長さについては、特許請求の範囲の請求項４５等に約３００ヌクレオチド以下とすることが記載され、また、本願明細書には、６００程度、および８００程度のものが記載されており（本願明細書【００４６】、【００４７】には、直線化したベクターに３’末端当たり平均３００のヌクレオチドを添加し、更にＡとＴの配列を付加した後、ハイブリッド化し、第２鎖を形成する旨記載されており、この手法により最終的に得られる二重鎖配列は６００以上のヌクレオチド長を有することになる。また、本願明細書【００５３】には、オクタマーを１００オリゴマー、アセンブルしたポリマーをストキャスティック遺伝子とすることが記載されている。）、本願発明の目的を達成するためのストキャスティックな配列集団としては、この程度の多様性を有するものが想定され、また、この程度のヌクレオチド配列長のものが想定されているものと認められる。　
（３−２−２）一方、本願明細書には、上記ストキャスティックなヌクレオチド配列を得る方法として、ｉ）発現ベクター上の直接合成、ｉｉ）コヘッシブ−エンドを持たないオリゴヌクレオチドを出発原料とする合成、およびｉｉｉ）ヘプタマーのグループを出発原料とするアセンブリーの３つの方法が記載されている。　
　このうちｉｉ）の方法は、本願明細書【００５１】に記載された５種類の回帰性ＤＮＡオクタマーをランダムに重合するというものである。そして、例えば１０４の多様性を有するアミノ酸配列を得るためには、コドンの縮重を考慮すれば、少なくとも１０４以上の多様性を有するヌクレオチド配列を得る必要があるところ、ｉｉ）の方法で、１０４以上の多様性を有するヌクレオチド配列を得るためには、オクタマーの種数の重合数乗＝５×５×５×５×５＝３１２５種、３１２５×３（読み枠の種数）＝９３７５種であるから、３とおりの読み枠を考慮しても５個以上のオクタマーを重合する必要がある。そして、この時のヌクレオチド長は少なくとも８×５＝４０以上となり、これがコードするペプチドのアミノ酸長は少なくとも４０／３＝１３以上であるところ、生体を構成するアミノ酸の種類は２０であり、アミノ酸長１３のペプチドの完全にランダムなアミノ酸配列の網羅的な種数は２０１３種であるから、上記手法により得られる１０４種類のアミノ酸配列の種数は、完全にランダムな場合の網羅的な種数（２０１３以上）に比べて遙かに少ない種数である。得ようとするアミノ酸配列の多様性が１０４以上の場合についても、これに応じてオクタマーの重合数を増やす必要があり、これによりヌクレオチド配列長が長くなり、これがコードするアミノ酸配列長も長くなり、ひいてはアミノ酸配列の完全にランダムな場合の網羅的な種類が増大するから、これと同様のことがいえる。　
　また、ｉｉｉ）の方法は、本願明細書【００５９】に記載された１０種類のコヘッシブ−エンドを有するＤＮＡヘプタマーをランダムに重合するというものであり、この方法で例えば１０４以上の多様性を得るためには、１０×１０×１０×１０×３＝３００００であるから、４個以上のヘプタマーの重合が必要であり、この時のヌクレオチド長は７×４＝２８、これがコードするアミノ酸長は少なくとも２８／３＝９であり、完全にランダムなアミノ酸配列の種数は２０９種であるから、上記手法により得られる１０４種類のアミノ酸配列の種数も、ｉｉ）と同様に、完全にランダムな場合の網羅的な種数（２０９以上）に比べて遙かに少ない種数である。得ようとするアミノ酸配列の多様性が１０４以上の場合も、これと同様である。　
　本願明細書には、また、「これらのオクタマーまたはヘプタマーの有する制限酵素の特異的部位を利用して、これらの重合物を部分消化したのち、Ｔ４ＤＮＡリガーゼで処理することにより、最初の配列の基本的な性質は保持する一方で、非常に数多くの新規配列を創造することができる」旨記載されている（【００６３】）が、これは、上記５種類のオクタマーのうちの１つに存在するＣｌａＩ制限酵素の消化部位、及び上記１０種類のヘプタマーのうちの４つに存在するＰｓｔＩ制限酵素の消化部位を利用するものであり、これによっても、得られるアミノ酸配列の多様性は、アミノ酸配列の完全にランダムな場合の網羅的な種類には及ばないと認められる。　
　また、ｉ）の手法は、直線化したベクターをターミナルトランスフェラーゼ（ＴｄＴ）の存在下、各種ｄＮＴＰ混合物と反応させ、ベクターの３’末端にヌクレオチドをランダムに添加伸長する方法であるが、これについては、ＴｄＴによるヌクレオチドの添加のし易さがヌクレオチド種により異なること、また、ｄＴＴＰの使用量が他のｄＮＴＰ量に比べて少ないこと、合成されたポリヌクレオチドの中間にＡとＴの連続した配列を必ず有することとなること等からすれば、この手法により完全にランダムかつ網羅的なヌクレオチド合成が行われるとはいい難いうえ、反応に供される直線化ベクターの数によりランダム化には限界がある。例えば、本願明細書に記載されているように１０１３個の直線化ベクターを用いた場合（【００４４】）には、最大でも１０１３の多様性しか得られないが、この多様性（種数）は、この手法で得るとしている３００ないし６００のヌクレオチド長の配列（【００４６】、【００４７】）のコードするアミノ酸配列の網羅的な数２０１００−２００に比べてはるかに少ない種数である。　
（３−２−３）以上のとおりであるから、当審は、上述の拒絶理由通知において、「本願明細書には、ストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列の多様な集団を合成することができる程度に記載されていないから、本願明細書の記載は当業者が本願発明１を容易に実施することができる程度にその目的、構成、効果が記載されていない」と判断する理由として、「本願明細書には、ストキャスティックなポリヌクレオチド配列を作成する方法として、ｉ）発現ベクター上の直接合成、ｉｉ）コヘッシブ−エンドを持たないオクタマーオリゴヌクレオチドを出発原料とする合成、ｉｉｉ）ヘプタマーのグループを出発原料とするアセンブリーの三とおりを挙げているが、これらの方法により作成されたポリヌクレオチド配列は、それぞれの方法に起因した制限された範囲の多様性を有するものと認められ、完全にランダムな配列が得られるものとは認められない。」点を指摘した。　
（３−２−４）これに対し、審判請求人は、平成１４年３月１１日付の意見書で、「本発明の方法における目的は、完全にランダムである配列を得ることではない」、「前もって配列に関する情報を必要とする代わりに、望ましいリガンドに結合する特性を有するペプチド、ポリペプチド、またはタンパク質（以下、ペプチド等という）を、上記リガンドで多様な集団をスクリーニングすることによって得ることができる」、「本願発明の方法においては、特定の性質（リガンドに対する結合特性）に対してスクリーニングを行う点に特徴があり、このことは、適切なリガンド結合特性を有するペプチド等を突き止めるために、全ての可能なアミノ酸配列のペプチドを作り出すことを必要とすることを意図しているわけではない」と、本願発明には完全にランダムかつ網羅的なペプチド集団は必要がない旨主張する。　
　しかしながら、「前もって配列に関する情報を知ることなしに」、完全にランダムかつ網羅的な配列種よりも遙かに少ない上記ストキャスティックな配列種をスクリーニングすることにより、どうして特定のリガンド結合特性を有するペプチド等を得ることができるといえるのか、請求人は合理的な説明は何もしていない。　
　そして、本願明細書には、このような手法により実際に特定のリガンド結合性を有するペプチドを得たことを示す実施例等の具体的な記載は何もない（本願出願後も、本願の手法により有用なペプチドを得たことは報告されていない。）。　
　本願明細書には、また、２０００万（２×１０７）の形質転換細胞コロニー中には所期のペプチドを発現するコロニーが２０含まれる旨の記載がある（公開公報【００８４】）が、これは、実際に行った結果ではなく、なぜ２０００万に対して２０程度の陽性コロニーが得られるといえるのか、また、本願明細書に記載された、限られた多様性を有するペプチドでも同様のことがいえるのか、合理的な説明は何も記載されていない。　
　してみると、ｉ）〜ｉｉｉ）の手法で、その中に特定のリガンド結合性を有するペプチド等が含まれる蓋然性が高い程の多様性を有するペプチド集団が得られるとすべき、合理的な根拠は何もないというべきである。　
（３−３）審判請求人は、また、上記意見書において、「本願明細書には、ｉ）〜ｉｉｉ）の手法のほかに、化学合成によってＤＮＡまたはＲＮＡの１本鎖オリゴマーを得、これを生化学的手法によって重合し、次いで、このような遺伝子をクローニングするために、２本鎖ＤＮＡを発生せしめるのに確立された手法によって、これらのＤＮＡまたはＲＮＡセグメントを処理することができることが挙げられているから、本願明細書は、アミノ酸組成において偏りのあるものから完全にランダムであるものまでの種々の集団をストキャスティックに合成するように改変可能な手順を教示しているといえる」旨、主張する。　
　しかしながら、本願明細書には、上記手法につき、これ以上の具体的な記載は何もなく、具体的にどのような手段を用いれば、完全にランダムなヌクレオチド配列を網羅的に作成することができるのか不明である。　
　そして、仮に本願明細書の記載に基づいて完全にランダムなヌクレオチド配列を網羅的に作成し得るとしたとしても、特許請求の範囲の請求項４５等に記載された、ヌクレオチド配列長が３００程度のものや、本願明細書の上記ｉ）の手法で作成されるとされている、ヌクレオチド配列長が６００以上のものは、これらがコードするアミノ酸配列長が１００〜２００にわたるものであり、これらのアミノ酸配列長を有するポリペプチドの完全にランダムなアミノ酸配列の種数は２０１００〜２００種となり、審判請求人が平成１４年８月２日付で提出した上申書において主張するように本願優先日当時ｃＤＮＡライブラリーにおいて１０７個程度の細胞コロニー由来のペプチドのスクリーニングが可能であったとしても、この数を遙かに超える、このような膨大な種類のペプチドをスクリーニングすることは、本願出願時に当業者が容易になし得たこととは到底認められない。　
（３−４）してみると、本願明細書の発明の詳細な説明は、先の当審の拒絶理由通知で指摘したとおり、　
（１）「ストキャスティック的に生成したポリヌクレオチド配列の多様な集団を合成」することができる程度に記載されておらず、　
また、　
（２）仮に上記多様な集団が合成できたとしても、そのような集団について、「特定の結合特性を有するリガンドを使用して、ペプチド、ポリペプチド、またはたんぱく質の多様な集団を上記リガンドとの結合と検出が行える条件下においてスクリーニングする」ことができる程度に記載されていないから、　
当業者が本願発明１を容易に実施できる程度に記載されているものとはいえない。　
　
４．むすび　
　以上のとおり、本特許出願は本願発明１について特許法第３６条第３項に規定する要件を満たしていないから、他の本願発明について検討するまでもなく、本特許出願は拒絶されるべきものである。　
　よって、結論のとおり審決する。