(57)【要約】    本開示の態様は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のうちの１つ以上を含有するナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物などの植物、並びにこのような植物を産生する方法に関する。ある態様において、このような植物は、改良された花序構造、改良された花数、改良された果実数、より高い収量、より高品質の産物、及びより高い果実生産力などの１つ以上の改良された形質を有する。
2020521444.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログを含む遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項２】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログが、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である、請求項１に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項３】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である、請求項１又は２に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項４】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方をさらに含む、請求項１〜３のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項５】
前記植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログをさらに含み、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログが、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項６】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である、請求項５に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項７】
前記植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログをさらに含み、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログが、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項８】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である、請求項７に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項９】
前記植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログの両方をさらに含み、これらのそれぞれが、独立して、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である、請求項１〜３のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１０】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型であり、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である、請求項９に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１１】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログ、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ、及び前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログを含み、それぞれが、低次形態対立遺伝子である、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１２】
突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログを含む遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物であって、前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに対してホモ接合型であり、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型である、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１３】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログが、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子であり、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログが、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である、請求項１２に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１４】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、トマト（ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物である、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１５】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、及び／又は前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログが、技術的手段によって導入される、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１６】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、及び／又は前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログが、化学的又は物理的手段によって導入される、請求項１〜１５のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１７】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、及び／又は前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログが、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９、化学的突然変異生成、放射線、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）媒介組み換え、ウイルスベクター媒介組み換え、又はトランスポゾン突然変異生成を用いて導入される、請求項１６に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１８】
本質的に生物学的な方法のみによって得られた植物が除外されるという条件を有する、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項１９】
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物から収穫される作物。 
【請求項２０】
請求項１〜１８のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生するための種子。 
【請求項２１】
遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生するための方法であって、突然変異を、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物中のＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに導入し、それによって、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログを含有する遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生することを含む、方法。 
【請求項２２】
前記突然変異が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて導入される、請求項２１に記載の方法。 
【請求項２３】
前記突然変異が、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログのヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子を産生する、請求項２１又は２２に記載の方法。 
【請求項２４】
前記方法が、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログへの突然変異を前記ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物に導入すること、突然変異をＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに導入すること、又は前記突然変異を前記Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに導入し、かつ前記突然変異を前記Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに導入することをさらに含む、請求項２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。 
【請求項２５】
前記突然変異が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて導入される、請求項２４に記載の方法。 
【請求項２６】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログを含有する前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方を含む別の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物と交配され、それによって、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ及び前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方を含有する遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生する、請求項２１〜２３のいずれか一項に記載の方法。 
【請求項２７】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、トマト（ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物である、請求項２１〜２６のいずれか一項に記載の方法。 
【請求項２８】
請求項２１〜２７のいずれか一項に記載の方法によって産生される又は得られる遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項２９】
前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログが、高次形態対立遺伝子である、請求項１〜１８のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項３０】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である、請求項２９に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【請求項３１】
前記遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び前記突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方をさらに含む、請求項１〜１８、２９又は３０のいずれか一項に記載の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物。 
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願の相互参照 
本出願は、２０１７年５月１７日に出願された米国仮特許出願第６２／５０７，３６９号の出願日の利益を主張するものである。この参照される出願の全内容は、参照により本明細書に援用される。 
【０００２】
政府支援 
本出願は、アメリカ国立科学財団（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ）によって与えられたＩＯＳ−１５２３４２３及びＩＯＳ−１２３７８８０の下での政府支援を受けてなされた。米国政府は、本発明に一定の権利を有する。 
【背景技術】
【０００３】
植物生殖シュート系（花序）の構造は、作物収量の主要な決定因子であり、花序の複雑性の改良は、作物の栽培化及び改良の際の繰り返し発生する目標であった（Ｄｏｅｂｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｍｅｙｅｒ  ａｎｄ  Ｐｕｒｕｇｇａｎａｎ，２０１３）。顕著な例としては、穀物のオオムギ、トウモロコシ、コメ及びコムギが挙げられ、これらに対して、人は、花及び穀物生産を増加させるために、より多い分枝を有する変異型を選択した（Ａｓｈｉｋａｒｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００５；Ｂｏｄｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｄｏｅｂｌｅｙ  ｅｔ  ａｌ．，１９９７；Ｈｕａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｊｉａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０；Ｋｏｍａｔｓｕｄａ  ｅｔ  ａｌ．，２００７；Ｒａｍｓａｙ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。しかしながら、多くの作物、特に、ブドウ及びトマトなどの実を付ける種については、花序構造は、野生原種からほとんど変化していないため、育種に十分に活用されていない（Ｌｉｐｐｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｍｕｌｌｉｎｓ  ｅｔ  ａｌ．，１９９２；Ｐｅｒａｌｔａ  ａｎｄ  Ｓｐｏｏｎｅｒ，２００５）。 
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００４】
本開示の一態様は、収量関連形質などの好ましい形質を有する、植物の新規な遺伝的変異体などの組成物、及びこの組成物を産生するための方法に関する。ある態様において、新規な遺伝的変異体における突然変異の組合せが、花序及び果実生産を増加させる。他の態様において、遺伝的変異体の遺伝子の１つ以上における突然変異を用いて、より高い花及び果実生産をもたらす弱分枝の遺伝的変異体の発生など、ある定量範囲の花序タイプを産生することができる。 
【０００５】
ある態様において、本開示は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログを含む遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）を提供する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログは、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である。 
【０００６】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方をさらに含む。 
【０００７】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログをさらに含み、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログは、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である。 
【０００８】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログをさらに含み、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログは、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である。 
【０００９】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログの両方をさらに含み、これらのそれぞれが、独立して、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である。 
【００１０】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログを含み、それぞれが、低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である。 
【００１１】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログは、高次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型又はホモ接合型である。 
【００１２】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方をさらに含む。 
【００１３】
他の態様において、本開示は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログを含む遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）であって、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに対してホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型である、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を提供する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログは、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログは、ヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子である。 
【００１４】
本明細書において提供される遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）のいずれか１つのある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、及び／又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログは、技術的手段によって導入される。本明細書において提供される遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）のいずれか１つのある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、及び／又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログは、化学的又は物理的手段によって導入される。本明細書において提供される遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）のいずれか１つのある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、及び／又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９、化学的突然変異生成、放射線、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）媒介組み換え、ウイルスベクター媒介組み換え、又はトランスポゾン突然変異生成を用いて導入される。本明細書において提供される遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）のいずれか１つのある実施形態において、植物には、本質的に生物学的な方法のみによって得られた植物が除外されるという条件が付される。 
【００１５】
他の態様において、本開示は、上記の実施形態又は本明細書に記載される任意の他の実施形態のいずれか１つの遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）から収穫される作物を提供する。 
【００１６】
さらに他の態様において、本開示は、上記の実施形態又は本明細書に記載される任意の他の実施形態のいずれか１つの遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）を産生するための種子を提供する。 
【００１７】
他の態様において、本開示は、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）を産生するための方法であって、突然変異を、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物中のＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに導入し、それによって、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログを含有する遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生することを含む、方法を提供する。ある実施形態において、突然変異は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて導入される。ある実施形態において、突然変異は、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログのヌル対立遺伝子又は低次形態対立遺伝子を産生する。 
【００１８】
本明細書において提供される方法のいずれか１つのある実施形態において、本方法は、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログへの突然変異をナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物に導入すること、突然変異をＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに導入すること、又は突然変異をＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子又はそのホモログに導入し、かつ突然変異をＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに導入することをさらに含む。ある実施形態において、突然変異は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて導入される。 
【００１９】
本明細書において提供される方法のいずれか１つのある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログを含有する遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方を含む別の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）と交配され、それによって、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子若しくはそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログ、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子若しくはそのホモログ及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子若しくはそのホモログの両方を含有する遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）を産生する。 
【００２０】
他の態様において、本開示は、上記の実施形態又は本明細書に記載される任意の他の実施形態のいずれか１つの方法によって産生される又は得られる遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、トマト植物）を提供する。 
【００２１】
以下の図面は、本明細書の一部を成し、本明細書に示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせてこれらの図面の１つ以上を参照することによってより十分に理解され得る本開示の特定の態様をさらに説明するために含まれる。図面に示されるデータが本開示の範囲を決して限定するものではないことが理解されるべきである。 
【図面の簡単な説明】
【００２２】
【図１Ａ−１Ｋ】分裂組織成熟の遅延によるｓ２花序構造変異分枝を示す。図１Ａは、非分枝の、多花性の花序及び節のある小花柄（挿入図中の点線のアスタリスク）を有する典型的な野生型（ＷＴ）トマト植物を示す。図１Ａ〜１Ｃの数値は、花序当たりの花を示す（平均±ＳＥＭ、Ｎ＝花序の数）。縞模様の矢印は、連続花序を示す。Ｐ：ＷＴと比較した両側２標本ｔ検定。図１Ｂは、ｓ突然変異体の高度に分枝した花序及び節のある小花柄を示す。白色の矢印は、分枝点を示す。図１Ｃは、中程度に分枝した花序及び節なしの小花柄（アスタリスク）を有するｓ２突然変異体を示す。図１Ｄは、ＷＴ、ｓ、及びｓ２における花序分枝事象の定量を示す。図１Ｅは、ＷＴ×ｓ２  Ｆ２集団における表現型クラスを示す。節なしの小花柄表現型及び分枝した花序表現型（ｓ２）の分離比が示される。アスタリスクは、節なしの小花柄を示す。図１Ａ〜１Ｃ及び１Ｅ中のスケールバー＝１ｃｍ。図１Ｆ〜１Ｈは、ＷＴ（図１Ｆ）、ｓ（図１Ｇ）、及びｓ２（図１Ｈ）からの転換期（ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ）分裂組織（ＴＭ）、仮軸花序分裂組織（ＳＩＭ）、及び花芽分裂組織（ＦＭ）を示す。図１Ｆ〜１Ｈ中のスケールバーは、１００μｍを表す。Ｌ、葉。Ｆ、花。概略図は、成長中の花序を示す。線、節間；丸、ＦＭ／花；矢印、ＳＩＭ。過剰に増殖している枝が、太線で示される。図１Ｉは、ＲＮＡ−ｓｅｑによって決定される、ＷＴ、ｓ、及びｓ２の栄養期分裂組織（ＶＭ）、ＴＭ、ＳＩＭ、及びＦＭにおける２，５８２の動的に発現された遺伝子のＰＣＡを示す。図１Ｊ〜１Ｋは、ＷＴ及び突然変異体（ｓ及びｓ２）の分裂組織成熟の栄養期（ＶＭ）分裂組織、ＴＭ及びＦＭ段階におけるＴＭ（図１Ｊ）及びＦＭ（図１Ｋ）マーカー遺伝子の発現（ｚスコア正規化された）を示す。中程度に（左）及び強く（右）遅延した発現パターンを有する遺伝子のクラスターが示される。破線は、５番目及び９５番目の分位点を表す点で塗られた領域の中央発現を示す。
【図２Ａ−２Ｎ】２つのＳＥＰＡＬＬＡＴＡ  ＭＡＤＳボックス遺伝子における突然変異が、ｓ２分枝を引き起こすことを示す。図２Ａは、ｓ２のシーケンシングによるマッピングを示す。分離表現型クラス（上：ｓ２／ＷＴ；真ん中：ｓ２／ｊ２；下：ｊ２／ＷＴ）の異なるプール間のＳＮＰ比（ｓ２／Ｍ８２）の比率が、３及び１２番染色体について示される。図２Ｂは、ｊ２マッピング間隔が、ＳＥＰ４ホモログＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０を含むことを示す。図２Ｃは、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０における切断点を示すＧｅｎｏｍｉｃ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ−配列リード（左）、及びｓ２突然変異体におけるＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０の第１イントロンにおけるＣｏｐｉａ／Ｒｉｄｅｒトランスポゾン挿入を示すＰＣＲ（右）を示す。配列は、配列番号８９に対応する。図２Ｄは、ＷＴ（上）及びｓ２（下）花芽分裂組織におけるＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０についての正規化されたＲＮＡ−ｓｅｑリード（１００万当たりのリード、ＲＰＭ）のＳａｓｈｉｍｉプロットを示す。イントロン転写開始部位は、ｓ２突然変異体におけるアウトオブフレームＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０転写産物をもたらす。数値は、ｓ２におけるスプライスジャンクション及び選択的スプライシングが、斜線の陰影によって下側パネルにおいて強調されることを裏付けるリードを示す。図２Ｅは、２つのシングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ、標的１及び標的２；矢印）を用いたＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によるｊ２ＣＲヌル突然変異の発生を示す。黒色の矢印は、遺伝子型決定及びシーケンシングに使用されるフォワード（Ｆ）及びリバース（Ｒ）プライマーを示す。ｊ２ＣＲ対立遺伝子１（ａ１）及びａ２の配列が示される。ｓｇＲＮＡ標的及びプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）が太字体で示され、欠失がダッシュ記号で示される。挿入がイタリック体で示され、配列ギャップ長さが括弧内に示される。上から下に、配列は、配列番号９０〜９２に対応する。図２Ｆは、ＷＴ及びｊ２ＣＲ突然変異体からの花序及び果実を示し、ｊ２ＣＲについて節なしの小花柄を有する非分枝の花序を示す。白色及び点線のアスタリスクは、それぞれ節のある及び節なしの小花柄を示す。図２Ｇは、ｊ２ＣＲ及びｊ２ＴＥ（節なしの小花柄；アスタリスク）の間の相補性検定を示す。図２Ｈは、ｅｊ２マッピング間隔が、ＳＥＰ４ホモログＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０を含むことを示す。図２Ｉは、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０における切断点を示すＧｅｎｏｍｉｃ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ−配列リード及びｓ２突然変異体におけるＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０の第５イントロンにおける５６４ｂｐの挿入を示すＰＣＲを示す。配列は、配列番号９３に対応する。図２Ｊは、ｓ２突然変異体における部分的なエクソンスキッピング及びイントロンリテンションを示すＷＴ及びｓ２花芽分裂組織におけるＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０  ＲＮＡ−ｓｅｑリードについてのＳａｓｈｉｍｉプロットを示す。図２Ｋは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によるｅｊ２ＣＲヌル突然変異の発生を示す。上から下に、配列は、配列番号９４〜９７に対応する。図２Ｌは、極めて長い萼片（矢印）を有する非分枝のｅｊ２ＣＲ突然変異花序及び洋ナシ型の果実を���す。スケールバー＝１ｃｍ。図２Ｍは、弱い天然ｅｊ２ｗ対立遺伝子が、より長い萼片を生じ、ｅｊ２ＣＲを補完できないことを示す閉じた花を示す。図２Ｎは、図２Ｍ中の遺伝子型についての相対萼片長さの定量（萼片長さ／花弁長さ±ＳＥＭ、Ｎ＝花の数）を示す。Ｐ：ＷＴと比較した両側２標本ｔ検定。
【図３Ａ−３Ｆ】ｅｊ２ｗ変異型が栽培化中に生じ、それを、大きい実のなる栽培品種の育種中に選択したことを示す。図３Ａは、野生トマト種、初期栽培品種（ｅａｒｌｙ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｅ）（ランドレース種、Ｓ．ｌｙｃ．変種セラシフォルメ（ｃｅｒａｓｉｆｏｒｍｅ））、及び栽培品種（Ｓ．リコペルシカム（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））（Ｎ＝系統番号）におけるｅｊ２ｗ対立遺伝子の分布を示す。図３Ｂは、図３Ａ中の系統のサブセットであるホモ接合型ＥＪ２及びｅｊ２ｗからの相対萼片長さ（萼片長さ／花弁長さ）を示す。図３Ｃは、確認されたランドレース種のサブセットにおける相対萼片長さを示す（Ｂｌａｎｃａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。図３Ｄは、最も長い及び最も短い萼片を有する１０のランドレース種におけるｅｊ２ｗ対立遺伝子についてのＰＣＲ遺伝子型決定を示す。Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）（Ｓ．ｐｉｍ）を、ＷＴ対照として使用した。図３Ｅは、最も短い及び最も長い萼片を有する系統の花序及び花（挿入図）を示す。図３Ｄ中のアスタリスクを参照されたい。数値は、相対萼片長さを示す。図３Ｆは、２５８の栽培品種におけるＰＣＲ遺伝子型決定が、大きい実のなるタイプにおけるｅｊ２ｗ対立遺伝子の富化を示すことを示す。図３Ｂ、３Ｃ、及び３Ｅ中のデータは、平均（±ＳＥＭ、ｎ＝系統当たり１０個の花）である。Ｎ＝系統番号。Ｐ：両側２標本ｔ検定。スケールバー＝１ｃｍ。
【図４Ａ−４Ｄ】育種家が、エリート遺伝資源におけるｓ２分枝の抑制遺伝子を選択することによって、ｊ２及びｅｊ２の間の負のエピスタシスを克服したことを示す。図４Ａは、ｊ２ＴＥ及びｅｊ２ｗのための１５３のエリート育種系統のＰＣＲ遺伝子型決定が、節なしの遺伝資源がｊ２トランスポゾン対立遺伝子によって支配され、多くのｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ二重突然変異体を含有することを示す、ことを示す。系統番号が、括弧内に示される。図４Ｂは、ｅｊ２ｗのための４つの主な種子会社からの３１の節なしの近交系及び交配種のＰＣＲ遺伝子型決定を示す。アスタリスクは、ｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ二重突然変異体を示す。図４Ｃは、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）×ｓ２  Ｆ２集団から単離されたｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ二重突然変異体において見られる表現型クラスの代表的な画像を示す。Ｎは、植物の数を示し、各表現型クラスにおける植物のパーセンテージが、括弧内に示される。図４Ｄは、１６７の遺伝子を含有する２番染色体における３Ｍｂｐの間隔に対するｓ２の抑制遺伝子のシーケンシングによるマッピングを示す。ｓ２及び抑制されたｓ２植物のプールからのＤＮＡをシーケンシングし、ＳＮＰ比（Ｓ．ｐｉｍ／ｓ２）の比率（抑制されたｓ２／ｓ２）が示される。
【図５Ａ−５Ｉ】３つのＳＥＰ４遺伝子の間の重複性が、花序分枝及び花の発生を調節することを示す。図５Ａは、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）及びトマトにおけるＳＥＰタンパク質の系統樹を示す。１０００の複製のブートストラップ値（％）が示される。図５Ｂは、分裂組織成熟（ＶＭ、栄養期分裂組織；ＴＭ、転換期分裂組織；ＦＭ、花芽分裂組織；ＳＩＭ、仮軸花序分裂組織；ＳＹＭ、仮軸シュート分裂組織）中のＴＭ５及びＴＭ２９（左）及びＳＥＰ４サブクレード（右）についての正規化された遺伝子発現（ＲＰＫＭ）を示す。図５Ｃは、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０、Ｊ２、及びＥＪ２についての異種相互作用、並びにＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０及びＪ２についての同種相互作用（３−ＡＴ、３−アミノ−１，２，４−トリアゾール；Ｌ、ロイシン；Ｔ、トリプトファン；Ｈ、ヒスチジン；ｅ．ｖ．、空のベクター）を示す酵母ツーハイブリッドアッセイを示す。図５Ｄは、図５Ｃ中の結果の概要；（−）相互作用なし；（＋）相互作用；（＋＋）強い相互作用を示す。図５Ｅは、ＷＴと比較して、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０ＣＲ突然変異体のより長い花序（以後、長い花序ＣＲ；ｌｉｎＣＲと呼ばれる）を示す。数値は、花序当たりの花を示す（平均±ＳＥＭ、Ｎ＝１０の花序）。Ｐ：両側２標本ｔ検定。スケールバー＝１ｃｍ。図５Ｆは、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）ＷＴと比較して、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）（Ｓ．ｐｉｍ  ｌｉｎＣＲ）におけるＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０ＣＲ突然変異体のより長い花序を示す。図５Ｇは、ＳＩＭ過剰増殖と、成長後期に花がほとんどないことをそれぞれ示す、ｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ二重突然変異体植物（左）及び花序（右）を示す。図５Ｈは、ｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎＣＲ三重突然変異体を示す。広範囲のＳＩＭ過剰増殖と、花の終止期（ｆｌｏｒａｌ  ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ）がないことを示す、ｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎＣＲ三重突然変異体のステレオスコープ画像（挿入図）。図５Ｉは、広範囲のＳＩＭ過剰増殖と、花の終止期がないことを示す図５Ｈと同様に、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）におけるｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎＣＲ三重突然変異体を示す。縞模様の矢印は、連続花序を示す。スケールバーは、写真及びステレオスコープ画像についてそれぞれ、１ｃｍ及び１ｍｍを表す。
【図６Ａ−６Ｄ】花の生産及び果実の収量を改善するための、主な分裂組織成熟遺伝子の利用量効果を示す。図６Ａは、Ｍ８２における天然及び操作されたｊ２及びｅｊ２突然変異の様々な遺伝子型組合せからの代表的な花序を示す。赤色の矢印は、分枝事象を示す。図６Ｂは、示される遺伝子型について１〜５つ以上の分枝事象を有する花序のパーセンテージを示す。丸で囲まれた小文字は、図６Ａに示される遺伝子型に一致する。弱分枝遺伝子型が、太字の黒丸で強調される。図６Ｃは、ｓｃｌａｓｓｉｃ／＋ヘテロ接合体の代表的な弱分枝花序を示す。図６Ｄは、ｓｃｌａｓｓｉｃ／＋、ｓｍｕｌｔｉｆｌｏｒａ／＋、及びｓｎ５５６８／＋ヘテロ接合遺伝子型について分枝事象を有する花序のパーセンテージを示す。図６Ａ及び６Ｃ中の白色の矢印は、花序分枝点を示す。Ｎは、花序の数（図６Ｂ及び６Ｄ）を示す。図６Ａ及び６Ｃ中のスケールバーは、１ｃｍを示す。
【図７Ａ−７Ｋ】ｓ２花序分枝変異型が、対立遺伝子であり、古典的なｊ２突然変異体を補完できず、ｓと遺伝子的に相加性であることを示す。図７Ａ〜７Ｃは、系統ＬＡ０３１５（図７Ａ）、ＬＡ３２２６（図７Ｂ）、及びＸ線誘発突然変異体ｆｒｏｎｄｅａ（図７Ｃ）（Ｓｔｕｂｂｅ，１９７２）が、節なしの小花柄（白色のアスタリスク）に花及び果実を付ける高度に増殖した花序を生じることを示す。図７Ｄ〜７Ｆは、ＬＡ０３１５（図７Ｄ）、ＬＡ３２２６（図７Ｅ）、及び第１の花（Ｆ１）の基部に第１の花序分枝事象（白色の矢印）を示すｆｒｏｎｄｅａ（図７Ｆ）における一次分裂組織のステレオスコープ画像を示す。ＳＹＭ：仮軸シュート分裂組織；Ｌ８：葉８。図７Ｇ〜７Ｉは、交配種ＬＡ０３１５×ｓ２（図７Ｇ）、ＬＡ３２２６×ｓ２（図７Ｈ）、及びｆｒｏ×ＬＡ０３１５（図７Ｉ）からのＦ１子孫の代表的な花序を示し、全ての４つの系統（突然変異体）が対立遺伝子であることを示している。図７Ａ〜７Ｃ、７Ｇ〜７Ｉ、及び７Ｄ〜７Ｆ中のスケールバーはそれぞれ、５ｃｍ及び５００μｍを示す。図７Ｊは、ｓ（左）、ｓ２（真ん中）、及びｓ  ｓ２高次突然変異体（右）の花序を示す。ｓ  ｓ２高次突然変異体におけるより高い花序複雑性は、相加性を示唆している。図７Ｋは、ｓ２由来の節なし突然変異体植物及び古典的なｊ２突然変異体を用いた相補性検定を示す。ＷＴ植物の節のある果実（点線のアスタリスク）及びｓ２由来ｊ２及びｊ２の交配種からのＦ１子孫の節なしの果実（白色のアスタリスク）が示される。スケールバー＝１ｃｍ。
【図８Ａ−８Ｃ】ｓ２突然変異体における分裂組織成熟の速度が、ｓにおける分裂組織成熟の速度より遅延していないことを示す。図８Ａは、ＷＴにおける分裂組織成熟の早期（ＥＶＭ）、中期（ＭＶＭ）、及び後期（ＬＶＭ）栄養期分裂組織、転換期分裂組織（ＴＭ）及び花芽分裂組織（ＦＭ）段階中に動的に発現された２，５８２の遺伝子のクラスタリングを示す（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）。クラスター０６及びクラスター０８（実線のボックス）中の遺伝子がそれぞれ、ＴＭ及びＦＭマーカー遺伝子として選択された。太い黒線は、５番目及び９５番目の分位点を表す点で塗られた領域の中央発現を示す。Ｎ＝遺伝子の数。図８Ｂ及び８Ｃは、栄養期（ＶＭ）、転換期（ＴＭ）、及び花芽（ＦＭ）分裂組織段階におけるＴＭマーカー遺伝子のＷＴ、ｓ（上）、及びｓ２（下）のｚスコア正規化された発現を示す。点線のボックス及び実線のボックス中のクラスターがそれぞれ、中程度に及び強く遅延された遺伝子として選択された。
【図９Ａ−９Ｊ】シーケンシングによるマッピングが、ｓ２分枝がＳＥＰＡＬＬＡＴＡ  ＭＡＤＳボックス遺伝子の２つのトマトホモログ（Ｊ２及びＥＪ２）における突然変異によって引き起こされることを示すことを示す。図９Ａ及び９Ｂは、Ｍ８２×ｓ２  Ｆ２（図９Ａ）及びＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）×ｓ２  Ｆ２集団（図９Ｂ）に見られる表現型クラスの代表的な画像を示す。アスタリスクは、節なしの小花柄を示し、矢印は、花序分枝事象を示す。スケールバー＝１ｃｍ。図９Ｃは、２つのＦ２集団におけるｓ２分枝表現型の分離比を示す。Ｍ８２×ｓ２  Ｆ２、ｊ２及びｓ２表現型がそれぞれ、１／４及び１／１６分離したことに留意されたい。図９Ｄは、Ｍ８２×ｓ２  Ｆ２集団におけるｓ２の根底にある遺伝子座のシーケンシングによるマッピングを示す。ＷＴ、ｊ２及びｓ２植物からのプールされたＤＮＡを、シーケンシングし、異なる表現型クラス（上：ｓ２／ＷＴ；真ん中：ｓ２／ｊ２；下：節なし／ＷＴ）間のＳＮＰ比（ｓ２／Ｍ８２）の比率が示される。図９Ｅは、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）×ｓ２  Ｆ２集団におけるｓ２の根底にある遺伝子座のシーケンシングによるマッピングを示す。ＷＴ、ｊ２、及びｓ２植物からのプールされたＤＮＡを、シーケンシングし、ＳＮＰ比（Ｓ．ｌｙｃ／Ｓ．ｐｉｍ）の比率が図９Ｄと同様に示される。図９Ｆは、Ｍ８２、節なしのＳ．チースマニアエ（Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ）（Ｓ．ｃｈｅ）系統ＬＡ０１６６、古典的なｊ２系統（ＬＡ０３１５）及びｓ２系統（ＬＡ４３７１）からのＪ２（Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０）の部分配列アライメントを示す。第２エクソンにおけるＳ．チースマニアエ（Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ）ＳＮＰは、未成熟終止コドン（アスタリスク）をもたらす。対立遺伝子は、ｊ２ｓｔｏｐと示される。上から下に、配列は、配列番号９８、９８、９９、１００、及び１０１に対応する。図９Ｇは、図９Ｆからの系統におけるｊ２ｓｔｏｐついてのＣＡＰＳマーカーＰＣＲ遺伝子型決定アッセイを示す。ＷＴ及び突然変異体（ｍｕｔ）バンドの位置が示される。図９Ｈは、ｊ２ＴＥにおけるＣｏｐｉａ／Ｒｉｄｅｒ転位因子（ＴＥ）挿入及びｊ２ｓｔｏｐにおけるＳ．チースマニアエ（Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ）ＳＮＰの位置を示す遺伝子モデルを示す。予測されるＲＮＡ転写産物が以下に示される。ｊ２ｓｔｏｐ対立遺伝子は、第２エクソンにおける未成熟終止コドンをもたらす。ｊ２ＴＥ対立遺伝子は、イントロン転写開始部位及び早期の終止コドンをもたらす。図９Ｉは、ＷＴ、ｅｊ２ｗ、ｅｊ２ＣＲ、及びｅｊ２ＣＲ×ｅｊ２ｗ  Ｆ１子孫の代表的な花序を示す。スケールバー＝１ｃｍ。図９Ｊは、ｊ２ＴＥ、ｊ２ｓｔｏｐ、及びｅｊ２ｗのための診断ＰＣＲマーカーを用いたｓ２、ＬＡ０３１５、ＬＡ３２２６、ｆｒｏｎｄｅａ（ｆｒｏ）、及びＷＴ植物の遺伝子型決定を示す。ｓ２及びＬＡ３２２６が両方ともｊ２ＴＥ及びｅｊ２ｗ対立遺伝子を保有する一方、ＬＡ０３１５がｊ２ｓｔｏｐ及びｅｊ２ｗを保有することが留意されたい。ｆｒｏｎｄｅａ突然変異体は、ｅｊ２ｗを保有するが、両方のｊ２マーカーを用いたｆｒｏ���ｄｅａにおけるＪ２増幅の失敗は、大きい構造変異体が遺伝子（ＳＶ）を破壊したことを示唆している。バンドサイズは、キロ塩基対（ｋｂｐ）単位である。
【図１０Ａ−１０Ｓ】３つのＳＥＰ４遺伝子Ｊ２、ＥＪ２及びＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０／ＬＩＮが相互作用して、分枝及び花の発生を調節することを示す。図１０Ａは、主要組織におけるＴＭ５及びＴＭ２９（左）及びＳＥＰ４サブクレード（右）についての正規化された遺伝子発現（ＲＰＫＭ）を示す。図１０Ｂは、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０、ＲＩＮ、Ｊ２、及びＥＪ２の異種相互作用、並びにＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０、ＲＩＮ及びＪ２の同種相互作用（３−ＡＴ、３−アミノ−１，２，４−トリアゾール；Ｌ、ロイシン；Ｔ、トリプトファン；Ｈ、ヒスチジン；Ａ、アデニン；ｅ．ｖ．、空のベクター）を示す酵母ツーハイブリッドアッセイを示す。図１０Ｃは、図１０Ｂ中の結果の概要；（−）相互作用なし；（＋）相互作用；（＋＋）強い相互作用を示す。図１０Ｄは、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９標的化を示す。Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０ＣＲ対立遺伝子１（ａ１）及びＳ．リコペルシカム（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）ｃｖ．Ｍ８２におけるａ２の配列が示される（上）。３つの独立した第１世代（Ｔ０）キメラＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）トランスジェニックをシーケンシングし、植物当たり５つのリードが得られた（下）。全てのシーケンシングした対立遺伝子は、突然変異を保有し、これは、推定２対立遺伝子（Ｔ０  ＃４）、ホモ接合型（Ｔ０  ＃８）、及びキメラ（Ｔ０  ＃９）植物を示す。上から下に、配列は、配列番号１０２〜１１１に対応する。図１０Ｅは、ＷＴ及び３つの独立したｌｉｎＣＲ  Ｔ０トランスジェニックについての、花序当たりの花の定量を示す。Ｎ＝花序の数。図１０Ｆは、図１０Ｅと同じ植物の花間の節間長さの定量を示す。Ｎ＝節間の数。図１０Ｇは、細長い及び弱分枝花序を有する代表的なｌｉｎ突然変異体を示す。白色の矢印は、分枝点を示す。挿入図は、節のある小花柄を有するｌｉｎ果実を示す。図１０Ｈは、ＷＴ及びｌｉｎについての、花序当たりの花の定量を示す。Ｎ＝花序の数。図１０Ｉは、ＷＴ及びｌｉｎにおける花序分枝事象の定量を示す。図１０Ｊ及び１０Ｋは、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０を含む８０の遺伝子を含有する４番染色体における０．５Ｍｂｐのマッピング間隔に対する、ｌｉｎ×Ｓ．ｐｉｍ  Ｆ２集団におけるｌｉｎ突然変異のシーケンシングによるマッピングを示す。４番染色体に対するリードマッピングは、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０における転位を示し、これを、ＰＣＲによってアッセイした（図１０Ｋ）。図１０Ｊ中の配列は、配列番号１１２に対応する。ＷＴ対立遺伝子（ｗｔ）を、転位部位に５’及び３’でそれぞれ結合するプライマー−Ｆ１及びプライマー−Ｒ２で増幅した。ｌｉｎ突然変異対立遺伝子（ｍ）を、転位配列の３’ボーダーに結合するプライマー−Ｆ３、及びプライマー−Ｒ２で増幅した。図１０Ｌは、ｌｉｎ突然変異体におけるＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０転写産物の喪失を示す、ＷＴ及びｌｉｎにおけるＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０の半定量的ＲＴ−ＰＣＲを示す。ユビキチン（ＵＢＩ）を対照として使用した。図１０Ｍは、細長い、弱分枝花序及び節なしの小花柄（白色のアスタリスク）を有するｊ２ＣＲ  ｌｉｎ二重突然変異体を示す。白色の矢印は、分枝点を示す。図１０Ｎは、長い花序、極めて大きくなった萼片、及び内部花器官の欠陥（挿入図）を有するｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎ二重突然変異体を示す。図１０Ｏは、２つのシングルガイドＲＮＡ．ｓｇＲＮＡを用いたＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によるＬＩＮ、Ｊ２及びＥＪ２の同時標的化を示す。各それぞれの遺伝子モデルにおける標的１及び標的２が示される。ｓｇＲＮＡ−１が全ての３つの遺伝子を標的にすることに留意されたい。黒色の矢印は、ＰＣＲ遺伝子型決定及びシーケンシング（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）に使用されるフォワード（Ｆ）及びリバース（Ｒ）プライマーを示す。Ｍ８２（上）及びＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）（下）において産生される第２世代（Ｔ１）トランスジェニックｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎＣＲ三重突然変異体植物のシーケンシング結果。全ての３つの遺伝子が、ホモ接合型突然変異を保有する。上から下に、配列は、配列番号１１３〜１２４に対応する。図１０Ｐは、エリートチェリー栽培品種Ｓｗｅｅｔ  １００におけるＬＩＮのＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９標的化を示す。第１世代（Ｔ０）ｌｉｎＣＲ植物＃１におけるｌｉｎＣＲ対立遺伝子１（ａ１）及びａ２の配列。植物当たり５つのリードが得られた。全てのシーケンシングした対立遺伝子は、複雑な再配列（イタリック体）を含む突然変異を保有していた。上から下に、配列は、配列番号１２５〜１２７に対応する。図１０Ｑは、異なる分枝度を示すＳｗｅｅｔ  １００及びＳｗｅｅｔ  １００  ｌｉｎＣＲ  Ｔ０  ＃１突然変異花序の代表的な画像を示す。図１０Ｒ及び１０Ｓは、Ｓｗｅｅｔ  １００及びＳｗｅｅｔ  １００  ｌｉｎＣＲ  Ｔ０  ＃１についての花序当たりの花（図１０Ｒ）及び花序分枝事象（図１０Ｓ）の定量を示す。Ｎ＝花序の数。図１０Ｅ、１０Ｆ、１０Ｈ、１０Ｉ、１０Ｒ、及び１０Ｓ中の棒グラフは、平均（±ＳＥＭ）を示す。両側２標本ｔ検定によって決定されるＰ値。スケールバーが、１ｃｍを表す。
【００２３】
配列 
以下は、本明細書に記載される特定の配列の簡単な説明である。 
【００２４】
配列番号１は、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子の核酸配列である。 
【００２５】
配列番号２は、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０コード配列の核酸配列である。 
【００２６】
配列番号３は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｌｉｎｔｒａｎｓの核酸配列である。転位部位のボーダー配列が、太字のイタリック体で示され、転位配列が、ＮＮＮＮＮＮ（Ｎ＊Ｘ）ＮＮＮＮＮＮ配列によって表される。 
【００２７】
配列番号４は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｌｉｎＣＲ−対立遺伝子１の核酸配列である。 
【００２８】
配列番号５は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｌｉｎＣＲ−対立遺伝子２の核酸配列である。 
【００２９】
配列番号６は、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子の核酸配列である。 
【００３０】
配列番号７は、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０コード配列の核酸配列である。 
【００３１】
配列番号８は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子対立遺伝子ｊ２ＴＥの核酸配列である。転位因子挿入部位のボーダー配列が、太字のイタリック体で示され、転位因子配列が、ＮＮＮＮＮＮ（Ｎ＊Ｘ）ＮＮＮＮＮＮ配列によって表される。 
【００３２】
配列番号９は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子対立遺伝子ｊ２ｓｔｏｐの核酸配列である。 
【００３３】
配列番号１０は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｊ２ＣＲ−対立遺伝子１の核酸配列である。 
【００３４】
配列番号１１は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｊ２ＣＲ−対立遺伝子２の核酸配列である。 
【００３５】
配列番号１２は、野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子の核酸配列である。 
【００３６】
配列番号１３は、野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０コード配列の核酸配列である。 
【００３７】
配列番号１４は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子対立遺伝子ｅｊ２Ｗの核酸配列である。 
【００３８】
配列番号１５は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｅｊ２ＣＲ−対立遺伝子１の核酸配列である。 
【００３９】
配列番号１６は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｅｊ２ＣＲ−対立遺伝子３の核酸配列である。 
【発明を実施するための形態】
【００４０】
花序構造の変化は、シュートの先端に位置する小さい幹細胞群である分裂組織の活性の変化に基づいている（Ｋｙｏｚｕｋａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。開花期への移行中に、栄養期分裂組織が、徐々に生殖状態へと成熟し、種に応じて、花で直ちに終了するか、又は可変数の新たな花序分裂組織を生じ、それがさらなる花又は花を付ける枝になる（Ｐｒｕｓｉｎｋｉｅｗｉｃｚ  ｅｔ  ａｌ．，２００７）。栽培化されたトマト（ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））及びその野生原種Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）では、新たな花序分裂組織が、各前の分裂組織の側面において出てくる。このプロセスの数回の反復により、ジグザグ模様に配置された複数の花を有する花序が生じ、よく知られた「つる付きトマト」構造が生じる（図１Ａ）（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。 
【００４１】
花の生産及び収量を増加させるためのトマト花序構造の改良は、高い受精能を有する弱分枝花序を発生する近縁野生種の豊富な資源にもかかわらず、意外にも依然として難題である（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｌｉｐｐｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｚａｍｉｒ，２００１）。しかしながら、関連遺伝子から望ましくない影響なく複雑な多遺伝子形質を移すことの遺伝的不適合及び困難は、花序構造を改良するために野生種を用いることを不可能にしていた（ＭａｃＡｒｔｈｕｒ  ａｎｄ  Ｃｈｉａｓｓｏｎ，１９４７）。潜在的価値のある花序変化の別の供給源は、栽培化された遺伝資源における希少な天然の及び誘導された高度に分枝した突然変異体である。これらの変異型の１つにおける分枝及び野生種における分枝は、さらなる花序分裂組織が形成されるのを可能にする長期の分裂組織成熟スケジュールによるものであることが以前に示されている（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。これは、分裂組織成熟のわずかな改良が、花序構造の有益な変化を提供することができたことを示唆していた（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）。しかしながら、主に、特に大きい実のなる品種における高い花の不生育及び低い果実生産をもたらすソース・シンク関係のアンバランスのため、育種家は、典型的に、中程度の分枝を選択する（Ｓｔｅｐｈｅｎｓｏｎ，１９８１）。 
【００４２】
ある態様において、本開示は、２つの密接に関連したＭＡＤＳボックス転写因子遺伝子における突然変異の同一性（ｉｄｅｎｔｉｔｙ）の発見に関し、これらのＭＡＤＳボックス転写因子遺伝子の一方は、栽培化中に発生し、他方は、前世紀の作物改良中に発生した。各突然変異体は、突然変異の位置の知識を用いずに改良された花形態及び果実保持形質の表現型に基づいて別々に選択され、したがって、根底にある遺伝子は、突然変異の影響を受けていた。しかしながら、これらの２つの突然変異体を組み合わせることは、分裂組織成熟を制御する際にいくらかの重複性を示し、これは、望ましくない分枝を引き起こした。育種家は、分枝の抑制遺伝子を選択することによって、この負のエピスタシスを克服したが、その際、弱い分枝により花の生産を改良するための可能性が制限された。 
【００４３】
本明細書に記載されるように、本出願人によるＭＡＤＳボックス転写因子遺伝子における突然変異の同定及びＭＡＤＳボックス遺伝子間の相互作用の詳細な分析は、分裂組織成熟の複数の調節因子における天然の及び遺伝子編集された突然変異間の量的関係（ｄｏｓａｇｅ  ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）を示した。ホモ接合型及びヘテロ接合型の組合せのＭＡＤＳボックス遺伝子における突然変異の１つ以上を組み合わせることは、ある定量範囲の花序タイプの産生、及びより高い花及び果実生産などの望ましい形質を有する弱分枝交配種の発生を可能にした。特に、トマト植物における本明細書に記載されるデータは、突然変異体ＳＥＰ４ホモログなどの突然変異体ＭＡＤＳボックス遺伝子の有用性、及び花序表現型を改変するためのこのような突然変異遺伝子間の相互作用を実証する。特に、ＭＡＤＳボックス遺伝子Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０の突然変異体、ＭＡＤＳボックス遺伝子Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０の突然変異体、及びＭＡＤＳボックス遺伝子Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０の突然変異体（これらのそれぞれが、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ４（ＳＥＰ４）のホモログである）が、トマト植物における花序表現型を改変することが可能であることが示された。具体的には、様々なホモ接合型及びヘテロ接合型組合せにおけるこれらの突然変異の混合及びマッチングが、ある定量範囲の花序表現型及びより高い花及び果実生産を有する弱分枝交配種をもたらしたことが分かった。 
【００４４】
したがって、ある態様において、本開示は、ある範囲の花序表現型を提供し得、改良された花序構造及び収量をもたらし得る、突然変異体ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ４（ＳＥＰ４）ホモログなどの１つ以上の突然変異体ＭＡＤＳボックス遺伝子を含む植物（例えば、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物）に関する。 
【００４５】
ある態様において、遺伝子組み換えされていない対応する植物（本明細書において「野生型」とも呼ばれる）又はＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、及びＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子のうちの１つ以上のヌル突然変異を含む対応する植物などの対照植物と異なる特性を示す、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のうちの１つ以上を含む遺伝子組み換えＳｏｌａｎａｃｅａｅ（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物などの遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物が、本明細書において提供される。この特性としては、限定はされないが、改良された花序構造、改良された花数、より高い収量、より高品質の産物（例えば、果実）、及び改良された果実生産力（例えば、より多い果実数などの改良）のうちの１つ以上が挙げられる。 
【００４６】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物、例えば、トマト植物（ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）など）は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（ヘテロ接合型又はホモ接合型）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（ヘテロ接合型又はホモ接合型）、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（ヘテロ接合型又はホモ接合型）のうちの１つ以上を含む。ある実施形態において、植物は、例えば、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０と突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０；突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０と突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０；又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０と突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０などの異なる突然変異対立遺伝子の様々な組合せを含む。遺伝子組み換え植物は、ヘテロ接合体又はホモ接合体であってもよく、ある実施形態において、二重ヘテロ接合体、二重ホモ接合体、三重ヘテロ接合体、又は三重ホモ接合体であり得る。ある実施形態において、このような植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子を含む。ある実施形態において、このような植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子を含む。ある実施形態において、このような植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子を含む。ある実施形態において、このような植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０と共に本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０を含む。 
【００４７】
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子 
本開示の態様は、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の突然変異体、並びにこのような突然変異遺伝子を含む植物、植物細胞、種子、及び核酸に関する。Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子は、本明細書において長い花序又はＬＩＮとも呼ばれる。Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子は、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）におけるＳＥＰ４のホモログである。 
【００４８】
ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、長い花序を有し、例えば、植物当たり各花序における平均で少なくとも１５個の花（例えば、９〜３０個の花）を産生する。ある実施形態において、花序当たりの花の数は、品種によって変化し得る（例えば、プラム種では９〜１５個の花、及びチェリー種では２０〜４０個の花）。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はその野生型ホモログ）を含む植物より長い花序を有する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル対立遺伝子と交配される場合、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はその野生型ホモログ）表現型（植物当たり各花序における平均で８つの花（例えば、６〜１０個の花）を産生することなど）を回復しない低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、高次形態対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、短い花序を有し、例えば、植物当たり各花序における平均で５つ未満の花（例えば、２〜６つの花）を産生する。ある実施形態において、高次形態対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子を含む植物は、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子を含む植物より短い花序を有する。 
【００４９】
ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、花序当たりより多い枝を有し、例えば、花序当たり２つ以上の枝を産生する。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はその野生型ホモログ）を含む植物より多い枝を有する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子のヌル対立遺伝子と交配される場合、野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はその野生型ホモログ）表現型（花序当たり平均で１つの枝を産生することなど）を回復しない低次形態対立遺伝子である。 
【００５０】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は、調節領域、コード領域又はその両方における突然変異（例えば、このような領域におけるミスセンス、ナンセンス、挿入、欠失、重複、逆位、インデル、又は転位突然変異）を含有する。ある実施形態において、調節領域はプロモーターである。ある実施形態において、コード領域における突然変異は、エクソンにある。ある実施形態において、突然変異は、第１イントロンにおける転位である（例えば、転写をなくす第１イントロンにおける転位を含むｌｉｎｔｒａｎｓ）。ある実施形態において、突然変異は、コード配列が欠失されたヌル突然変異である（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によって産生されるヌル対立遺伝子であるｌｉｎＣＲ）。 
【００５１】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子である。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子は、突然変異（例えば、野生型対立遺伝子）を含まない対象とする遺伝子の対立遺伝子からの結果より少なくとも３０％低い（例えば、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％）、対象とする遺伝子のｍＲＮＡ又はタンパク質発現レベルをもたらす対立遺伝子である。本明細書において使用される際、「ヌル対立遺伝子」は、コード配列内、遺伝子の調節領域内、又はその両方に位置し得る突然変異（例えば、ミスセンス、ナンセンス、挿入、欠失、重複、逆位、インデル、又は転位）のため、ＲＮＡへの転写が起こらない、機能タンパク質への翻訳が起こらない又はいずれも起こらない、対象とする遺伝子の対立遺伝子を指す。ある実施形態において、ヌル対立遺伝子は、ノックアウト対立遺伝子である。本明細書において使用される際、「ノックアウト対立遺伝子」は、例えば、相同的組み換えを用いて、遺伝子のコード配列の一部又は全ての欠失の結果として、ＲＮＡへの転写が起こらない、機能タンパク質への翻訳が起こらない又はいずれも起こらない、遺伝子の対立遺伝子を指す。ヌル突然変異を生成するための１つの非限定的な手法は、機能タンパク質ドメインをコードするエクソンを標的にするか又はコード配列の大部分（例えば、少なくとも８０％）を標的にするためにＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９突然変異生成を使用することである（例えば、Ｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．（２０１５）３３（６）：６６１−６６７及びＯｎｌｉｎｅ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照されたい）。 
【００５２】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は、高次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、高次形態対立遺伝子は、突然変異（例えば、野生型対立遺伝子）を含まない対象とする遺伝子の対立遺伝子からの結果より少なくとも３０％高い（例えば、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも１００％、少なくとも２００％又はそれ以上）、対象とする遺伝子のｍＲＮＡ又はタンパク質発現レベルをもたらす対立遺伝子である。ｍＲＮＡ及びタンパク質レベルは、当該技術分野において公知の又は本明細書に記載される任意の方法を用いて、例えば、ｍＲＮＡレベルについてはｑＲＴ−ＰＣＲ又はタンパク質レベルについては免疫学的検定を用いて測定され得る。 
【００５３】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログ（例えば、本明細書に記載される低次形態、ノックアウト又はヌル対立遺伝子）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、突然変異遺伝子に対してヘテロ接合型である。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログ（例えば、本明細書に記載される低次形態、ノックアウト又はヌル対立遺伝子）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、突然変異遺伝子に対してホモ接合型である。 
【００５４】
ある実施形態において、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子ホモログ（ａ）は、配列番号１又は２の配列との、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する配列を有し、（ｂ）は、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）遺伝子でない。 
【００５５】
ある実施形態において、突然変異体ｌｉｎｔｒａｎｓ遺伝子は、例えば、配列番号３の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号３の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号３の一部；配列番号３の配列と、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号３の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００５６】
ある実施形態において、突然変異体ｌｉｎＣＲ遺伝子は、例えば、配列番号４又は５の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号４又は５の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号４又は５の一部；配列番号４又は５の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号４又は５の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００５７】
突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子 
本開示の他の態様は、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）の突然変異体、並びにこのような突然変異遺伝子を含む植物、植物細胞、種子、及び核酸に関する。Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子は、本明細書においてジョイントレス−２（Ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ−２）又はＪ２とも呼ばれる。Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子は、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）におけるＳＥＰ４のホモログである。 
【００５８】
ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、花序当たりより多い枝を有し、例えば、花序当たり２つ以上の枝を産生する。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子を含む植物より多い枝を有する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）は、ｃＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル対立遺伝子と交配される場合、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はその野生型ホモログ）表現型（花序当たり平均で１つの枝を産生することなど）を回復しない低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、節として知られている花の茎（小花柄）における離層帯を欠くか（離層帯のこの非存在は、本明細書において「節なしの小花柄」とも呼ばれる）、又は可視の離層帯（すなわち、節）を生成するが、離層は生じないか、又は小花柄から果実を分離するのにより大きい力（例えば、手摘み収穫）を必要として、より良好な果実保持特性を提供する。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はその野生型ホモログ）を含む植物より多い節なしの小花柄を有する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）は、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル対立遺伝子と交配される場合、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はその野生型ホモログ）表現型（小花柄上に正常な離層帯を有することなど）を回復しない低次形態対立遺伝子である。 
【００５９】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）は、調節領域、コード領域又はその両方における突然変異（例えば、このような領域におけるミスセンス、ナンセンス、挿入、欠失、重複、逆位、インデル、又は転位突然変異）を含有する。ある実施形態において、調節領域はプロモーターである。ある実施形態において、コード領域における突然変異は、エクソンにある。ある実施形態において、突然変異は、第１イントロン（例えば、第１イントロンにおけるＣｏｐｉａ／Ｒｉｄｅｒ型転位因子（ＴＥ）を含有するｊ２ＴＥ）である。ある実施形態において、突然変異は、早期終止コドンをもたらすナンセンス突然変異である（例えば、ｊ２ｓｔｏｐは、早期ナンセンス突然変異を有する）。ある実施形態において、突然変異は、コード配列が欠失されたヌル突然変異である（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によって産生されるヌル対立遺伝子であるｊ２ＣＲ）。 
【００６０】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）は、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子である。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子は、突然変異（例えば、野生型対立遺伝子）を含まない対象とする遺伝子の対立遺伝子からの結果より少なくとも３０％低い（例えば、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％）、対象とする遺伝子のｍＲＮＡ又はタンパク質発現レベルをもたらす対立遺伝子である。 
【００６１】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログ（例えば、本明細書に記載される低次形態、ノックアウト又はヌル対立遺伝子）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、突然変異遺伝子に対してヘテロ接合型である。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログ（例えば、本明細書に記載される低次形態、ノックアウト又はヌル対立遺伝子）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、突然変異遺伝子に対してホモ接合型である。 
【００６２】
ある実施形態において、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子ホモログ（ａ）は、配列番号６又は７の配列との、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する配列を有し、（ｂ）は、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）遺伝子でない。 
【００６３】
ある実施形態において、突然変異体ｊ２ＴＥ遺伝子は、例えば、配列番号８の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号８の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号８の一部；配列番号８の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号８の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００６４】
ある実施形態において、突然変異体ｊ２ｓｔｏｐ遺伝子は、例えば、配列番号９の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号９の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号９の一部；配列番号９の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号９の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００６５】
ある実施形態において、突然変異体ｊ２ＣＲ遺伝子は、例えば、配列番号１０又は１１の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号１０又は１１の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号１０又は１１の一部；配列番号１０又は１１の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号１０又は１１の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００６６】
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子 
本開示の他の態様は、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の突然変異体、並びにこのような突然変異遺伝子を含む植物、植物細胞、種子、及び核酸に関する。Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子は、本明細書においてエンハンサー・オブ・ジョイントレス−２（Ｅｎｈａｎｃｅｒ−ｏｆ−Ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ−２）又はＥＪ２とも呼ばれる。Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子は、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）におけるＳＥＰ４のホモログである。 
【００６７】
ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、花序当たりより多い枝を有し、例えば、花序当たり２つ以上の枝を産生する。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はその野生型ホモログ）を含む植物より多い枝を有する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）は、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル対立遺伝子と交配される場合、野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はその野生型ホモログ）表現型（花序当たり平均で１つの枝を産生することなど）を回復しない低次形態対立遺伝子である。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、例えば、少なくとも１．２の平均萼片対花弁比（萼片長さ／花弁長さ）である、より大きい萼をもたらす長い萼片を有する。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子などの突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はその野生型ホモログ）を含む植物より長い萼片を有する。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）は、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル対立遺伝子と交配される場合、野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はその野生型ホモログ）表現型（０．８以下の平均萼片対花弁比（萼片長さ／花弁長さ）を有することなど）を回復しない低次形態対立遺伝子である。 
【００６８】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）は、調節領域、コード領域又はその両方における突然変異（例えば、このような領域におけるミスセンス、ナンセンス、挿入、欠失、重複、逆位、インデル、又は転位突然変異）を含有する。ある実施形態において、調節領域はプロモーターである。ある実施形態において、突然変異は、コード配列が欠失されたヌル突然変異である（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９によって産生されるヌル対立遺伝子であるｅｊ２ＣＲ）。ある実施形態において、突然変異は、第５イントロンにおける挿入突然変異（例えば、第５イントロンにおける５６４ｂｐの挿入を有する低次形態対立遺伝子であるｅｊ２Ｗ）である。 
【００６９】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）は、低次形態対立遺伝子又はヌル対立遺伝子である。ある実施形態において、低次形態対立遺伝子は、突然変異（例えば、野生型対立遺伝子）を含まない対象とする遺伝子の対立遺伝子からの結果より少なくとも３０％低い（例えば、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％又は少なくとも９０％）、対象とする遺伝子のｍＲＮＡ又はタンパク質発現レベルをもたらす対立遺伝子である。 
【００７０】
ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログ（例えば、本明細書に記載される低次形態、ノックアウト又はヌル対立遺伝子）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、突然変異遺伝子に対してヘテロ接合型である。ある実施形態において、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログ（例えば、本明細書に記載される低次形態、ノックアウト又はヌル対立遺伝子）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））は、突然変異遺伝子に対してホモ接合型である。 
【００７１】
ある実施形態において、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子ホモログ（ａ）は、配列番号１２又は１３の配列との、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する配列を有し、（ｂ）は、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）遺伝子でない。 
【００７２】
ある実施形態において、突然変異体ｅｊ２ｗ遺伝子は、例えば、配列番号１４の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号１４の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号１４の一部；配列番号１４の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号１４の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００７３】
ある実施形態において、突然変異体ｅｊ２ＣＲ遺伝子は、例えば、配列番号１５又は１６の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号１５又は１６の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性（例えば、同じ活性を有する同じポリペプチド又は実質的に同じポリペプチドをコードする）を示す配列番号１５又は１６の一部；配列番号１５又は１６の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号１５又は１６の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含む。 
【００７４】
突然変異遺伝子を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物 
様々な組成（例えば、果実中の強化された可溶性固形分又は糖濃度としても知られているブリックス）を有するより高い収量、より高品質の産物（例えば、果実）及び産物（例えば、果実）が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）などの突然変異遺伝子；又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）の両方、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の両方、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の両方などの２つの突然変異遺伝子；又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）などの３つの突然変異遺伝子を含む様々なタイプのナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物において操作され得る。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物である。ある実施形態において、「遺伝子組み換え」植物は、化学的又は物理的手段（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９、化学的突然変異生成、放射線、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）媒介組み換え、ウイルスベクター媒介組み換え、又はトランスポゾン突然変異生成を用いて）によって、少なくとも１つの突然変異を導入された（又は親系統に導入されるなど、植物を産生するのに使用される植物に導入された）植物を含む。 
【００７５】
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）のいずれかであり得る。突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）のいずれかであり得る。突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のいずれかであり得る。 
【００７６】
遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、植物が、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）；又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）の両方、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の両方、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の両方などの２つの突然変異遺伝子；又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）などの３つの突然変異遺伝子などの突然変異遺伝子を含む限り、例えば、近交系、同系又は交配種であり得る。 
【００７７】
ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）の植物としては、例えば、トマト、ジャガイモ、ナス、ペチュニア、タバコ、及びピーマンが挙げられる。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、トマト植物である。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物、例えばトマト植物は、変種でない。 
【００７８】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、ＳＯＬＹＣ０４Ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の１つの野生型（ＷＴ）コピー及び本明細書に記載されるＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の１つの突然変異体コピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してヘテロ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子又はそのホモログに対してホモ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される第１の突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び本明細書に記載される第２の突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含み、第１の突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び第２の突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）は異なる。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのコピー及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのコピー及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピー及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型である）。 
【００７９】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、ＳＯＬＹＣ０３Ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのＷＴコピー及び本明細書に記載されるＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の１つの突然変異体コピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子又はそのホモログに対してホモ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのコピー及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の１つのコピー及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピー及び本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型である）。 
【００８０】
ある実施形態において、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、ＳＯＬＹＣ０３Ｇ１１４８４０遺伝子の１つのＷＴコピー及び本明細書に記載されるＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子の１つの突然変異体コピーを含み（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子に対してヘテロ接合型である）、ＳＯＬＹＣ１２Ｇ０３８５１０遺伝子の１つのＷＴコピー及び本明細書に記載されるＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子の１つの突然変異体コピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子に対してヘテロ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子の２つのコピーを含み（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子に対してホモ接合型である）、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子の２つのコピーを含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子に対してホモ接合型である）。ある実施形態において、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（１つ又は２つのコピー）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（１つ又は２つのコピー）を含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子の１つのコピーをさらに含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子に対してヘテロ接合型又はホモ接合型であり、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子に対してヘテロ接合型である）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物は、本明細書に記載される突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子の２つのコピーをさらに含む（突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子に対してホモ接合型である）。 
【００８１】
ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）（例えば、ソラヌム・リコペルシカム（Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ））植物が含み得る遺伝子型組合せの他の非限定的な例が、表１に示される。表１中の組合せはまた、遺伝子のホモログとの組合せであり得る。 
【００８２】
【表１】
2020521444.tif 000003
【００８３】
【表２】
2020521444.tif 000004
【００８４】
【表３】
2020521444.tif 000005
【００８５】
【表４】
2020521444.tif 000006
【００８６】
【表５】
2020521444.tif 000007
【００８７】
【表６】
2020521444.tif 000008
【００８８】
【表７】
2020521444.tif 000009
【００８９】
ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物細胞も、本明細書において想定される。ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物細胞は、例えば、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物の文脈において、表１中で限定なしで示されるように、本明細書に記載される任意の遺伝子型を含み得る（例えば、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログ、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログに対してヘテロ接合型であるナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物細胞、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログ、及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログに対してホモ接合型であるナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物細胞）。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物細胞は単離される。ある実施形態において、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物細胞は、複製しない植物細胞である。 
【００９０】
ある実施形態において、本明細書に記載されるナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物のいずれかが、ＷＴナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物と比較して改変された表現型を有し得る（例えば、対応するＷＴ遺伝子の２つのコピー又は１つのコピーを含むナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物）。ある実施形態において、本明細書に記載されるナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物のいずれかが、対応するＷＴナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物より高い収量を有する。ある実施形態において、本明細書に記載されるナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物のいずれかが、以下の特性：対応するＷＴナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物と比較して、より長い萼片、より大きい萼、異なる果実形状、より少ない枝、節なしの小花柄、長い花序、又は大きい果実のうちの１つ以上を有する。ある実施形態において、このような特性は、消費者にとって魅力的であり（例えば、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物の産物がより新鮮に見える）、栽培者にとって有利である（例えば、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物の産物が、より長い期間にわたって植物に付着したままである）。 
【００９１】
食品も、本明細書において想定される。このような食品は、果実（例えば、トマト果実）などのナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物部位を含む。食品の非限定的な例としては、ソース（例えば、トマトソース又はケチャップ）、ピュレ、ペースト、ジュース、缶詰の果実、及びスープが挙げられる。食品は、当該技術分野において公知の方法を用いることによって、製造されるか又は製造可能であり得る。 
【００９２】
ＷＴ及びＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子、又はそのホモログの突然変異対立遺伝子、例えば、ｌｉｎｔｒａｎｓ及びｌｉｎＣＲを含む、単離されたポリヌクレオチドも、本明細書に記載される。ＷＴ及びＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子、又はそのホモログの突然変異対立遺伝子、例えば、ｊ２ＣＲ、ｊ２ＴＥ及びｊ２ｓｔｏｐを含む、単離されたポリヌクレオチドも、本明細書において想定される。ＷＴ及びＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子、又はそのホモログの突然変異対立遺伝子、例えば、ｅｊ２ＣＲ及びｅｊ２ｗを含む、単離されたポリヌクレオチドも想定される。 
【００９３】
単離されたポリヌクレオチドは、例えば、配列番号３、４、５、８、９、１０、１１、１４、１５又は１６の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号３、４、５、８、９、１０、１１、１４、１５又は１６の配列を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）と実質的に同じ活性を示す配列番号３、４、５、８、９、１０、１１、１４、１５又は１６の一部；配列番号３、４、５、８、９、１０、１１、１４、１５又は１６の配列との、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％の同一性を有する核酸（例えば、ＤＮＡ）；配列番号３、４、５、８、９、１０、１１、１４、１５又は１６の配列を有する核酸のオルソログ又はホモログを含み得る。ある実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、ｃＤＮＡである。このような単離されたポリヌクレオチドが、例えば、遺伝子組み換え植物を産生する方法に使用され得る。 
【００９４】
本開示の他の態様は、本明細書に記載されるナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物、例えば、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）を産生するための種子に関する。 
【００９５】
植物を産生する方法 
他の態様において、本開示は、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生するための方法を提供する。ある実施形態において、本方法は、突然変異を、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物中のＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又はＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）に導入し、それによって、遺伝子の突然変異形態を含む遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生することを含む。ある実施形態において、本方法は、突然変異を、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物部位中のＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又はＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）に導入し、植物部位を、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物の産生のための条件下で及び十分な時間にわたって維持し、それによって、遺伝子の突然変異形態を含む遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物（又はそのホモログ）を産生することを含む。ある実施形態において、突然変異は、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、及びＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のうちの２つ又は３つ全てに導入される。 
【００９６】
本明細書に記載される方法のいずれかにおいて、突然変異遺伝子は、アグロバクテリウム（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）媒介組み換え、ウイルスベクター媒介組み換え、マイクロインジェクション、遺伝子銃照射／弾道粒子送達、エレクトロポレーション、突然変異生成（例えば、メタンスルホン酸エチル又は高速中性子照射による）、ＴＩＬＬＩＮＧ（ゲノム中の標的誘導局所病変（Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｉｎｄｕｃｅｄ  Ｌｏｃａｌ  Ｌｅｓｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｇｅｎｏｍｅｓ））、従来のマーカーに補助された遺伝子移入、及びヌクレアーゼ媒介組み換え（例えば、遺伝子置換によって突然変異生成を標的にするための特注の制限酵素の使用、例えば、ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９：Ｇｅｎｏｍｅ  ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ＣＲＩＳＰＲ−Ｃａｓ９  ｓｙｓｔｅｍ．Ｒａｎ  ＦＡ，Ｈｓｕ  ＰＤ，Ｗｒｉｇｈｔ  Ｊ，Ａｇａｒｗａｌａ  Ｖ，Ｓｃｏｔｔ  ＤＡ，Ｚｈａｎｇ  Ｆ．Ｎａｔ  Ｐｒｏｔｏｃ．２０１３  Ｎｏｖ；８（１１）：２２８１−３０８；ＴＡＬＥＮ  ｅｎｄｏｎｕｃｌｅａｓｅｓ：Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０１１  Ｊｕｌ；３９（１２）：ｅ８２．Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  ｄｅｓｉｇｎ  ａｎｄ  ａｓｓｅｍｂｌｙ  ｏｆ  ｃｕｓｔｏｍ  ＴＡＬＥＮ  ａｎｄ  ｏｔｈｅｒ  ＴＡＬ  ｅｆｆｅｃｔｏｒ−ｂａｓｅｄ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓ  ｆｏｒ  ＤＮＡ  ｔａｒｇｅｔｉｎｇ．Ｃｅｒｍａｋ  Ｔ，Ｄｏｙｌｅ  ＥＬ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ  Ｍ，Ｗａｎｇ  Ｌ，Ｚｈａｎｇ  Ｙ，Ｓｃｈｍｉｄｔ  Ｃ，Ｂａｌｌｅｒ  ＪＡ，Ｓｏｍｉａ  ＮＶ，Ｂｏｇｄａｎｏｖｅ  ＡＪ，Ｖｏｙｔａｓ  ＤＦ  ａｎｄ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  Ｊ．２０１２  Ｍａｙ；１０（４）：３７３−８９．Ｇｅｎｏｍｅ  ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｐｌａｎｔ  ｃｅｌｌｓ  ｂｙ  ｃｕｓｔｏｍ−ｍａｄｅ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  ｅｎｚｙｍｅｓ．Ｔｚｆｉｒａ  Ｔ，Ｗｅｉｎｔｈａｌ  Ｄ，Ｍａｒｔｏｎ  Ｉ，Ｚｅｅｖｉ  Ｖ，Ｚｕｋｅｒ  Ａ，Ｖａｉｎｓｔｅｉｎ  Ａ．を参照されたい）などの、本明細書に記載される又は当業者に公知の任意の方法によって、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物若しくは植物部位に導入されるか、又はナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物若しくは植物部位において生成され得る。本明細書に記載される方法によって産生されるか又は産生可能な遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物も権利請求される。 
【００９７】
ある実施形態において、突然変異は、本明細書に記載されるＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又はＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル対立遺伝子、低次形態対立遺伝子、又は高次形態対立遺伝子を産生する。ある実施形態において、突然変異は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて導入される、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又はＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）のヌル突然変異である。 
【００９８】
あるいは、遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を産生する方法は、植物又は植物部位における野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、又は野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の機能を（部分的に又は完全に）低下させることを含む。ある実施形態において、機能を低下させることは、ＲＮＡ干渉の以下の方法のいずれかを行うこと（例えば、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物に、マイクロＲＮＡ又は低分子干渉（ｓｉ）−ＲＮＡ又はヘアピンＲＮＡ）又は翻訳阻害を投与すること（例えば、ナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物に、モルホリノを投与すること）を含む。ＲＮＡ干渉及び翻訳阻害の方法は、当該技術分野において周知である。マイクロＲＮＡ、ｓｉ−ＲＮＡ、及びモルホリノを産生する方法は、当該技術分野において周知であり、本明細書において提供されるヌクレオチド配列の使用を含み得る。 
【００９９】
ある実施形態において、本方法は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）を含有する産生された遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の両方を含む別の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物と交配させることを含む。ある実施形態において、本方法は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）を含有する産生された遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）の両方を含む別の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物と交配させることを含む。ある実施形態において、本方法は、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子（又はそのホモログ）を含有する産生された遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物を、突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）、突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）、又は突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子（又はそのホモログ）及び突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子（又はそのホモログ）の両方を含む別の遺伝子組み換えナス科（Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ）植物と交配させることを含む。 
【０１００】
本開示の核酸配列例 
野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子 
【化１】
2020521444.tif 000010
【化２】
2020521444.tif 000011
野生型Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０コード配列 
【化３】
2020521444.tif 000012
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｌｉｎｔｒａｎｓ 
【化４】
2020521444.tif 000013
【化５】
2020521444.tif 000014
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０遺伝子対立遺伝子ｌｉｎＣＲ 
＞ａｌｌｅｌｅ−１ 
【化６】
2020521444.tif 000015
【化７】
2020521444.tif 000016
＞ａｌｌｅｌｅ−２ 
【化８】
2020521444.tif 000017
【化９】
2020521444.tif 000018
野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子 
【化１０】
2020521444.tif 000019
【化１１】
2020521444.tif 000020
【化１２】
2020521444.tif 000021
【化１３】
2020521444.tif 000022
野生型Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０コード配列 
【化１４】
2020521444.tif 000023
突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子対立遺伝子ｊ２ＴＥ 
【化１５】
2020521444.tif 000024
【化１６】
2020521444.tif 000025
【化１７】
2020521444.tif 000026
【化１８】
2020521444.tif 000027
突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子対立遺伝子ｊ２ｓｔｏｐ 
【化１９】
2020521444.tif 000028
【化２０】
2020521444.tif 000029
【化２１】
2020521444.tif 000030
【化２２】
2020521444.tif 000031
突然変異体Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０遺伝子対立遺伝子ｊ２ＣＲ 
＞ａｌｌｅｌｅ−１ 
【化２３】
2020521444.tif 000032
【化２４】
2020521444.tif 000033
【化２５】
2020521444.tif 000034
【化２６】
2020521444.tif 000035
＞ａｌｌｅｌｅ−２ 
【化２７】
2020521444.tif 000036
【化２８】
2020521444.tif 000037
【化２９】
2020521444.tif 000038
【化３０】
2020521444.tif 000039
野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子 
【化３１】
2020521444.tif 000040
【化３２】
2020521444.tif 000041
野生型Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０コード配列 
【化３３】
2020521444.tif 000042
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子対立遺伝子ｅｊ２Ｗ 
【化３４】
2020521444.tif 000043
【化３５】
2020521444.tif 000044
突然変異体Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０遺伝子対立遺伝子ｅｊ２ＣＲ 
＞ａｌｌｅｌｅ−１ 
【化３６】
2020521444.tif 000045
【化３７】
2020521444.tif 000046
＞ａｌｌｅｌｅ−３ 
【化３８】
2020521444.tif 000047
【化３９】
2020521444.tif 000048
【実施例】
【０１０１】
実施例１．栽培化遺伝子によって課されるトマトの収量に対する負のエピスタシスの回避 
要約 
改良された花の生産及び収量を有する花序構造の選択は、多くの栽培化された作物において一般的である。しかしながら、トマト花序は、野生原種に類似しており、育種家は、低い受精能のため過剰な分枝を回避していた。本開示は、独立して選択された２つの関連する転写因子における突然変異を保有する分枝した変異型の発見に関する。本明細書に記載されるように、１つの創始者突然変異が、果実における葉状の器官を大きくし、果実サイズが栽培化中に増加されたため選択された。他の突然変異は、花離層帯をなくして、「節なしの」果実茎を提供し、これが、果実の落下を減少させ、機械収穫を促進した。両方の有益な形質を合わせることにより、エピスタシスに起因する望ましくない分枝及び不稔性が引き起こされ、これを、育種家は抑制遺伝子で克服していた。しかしながら、これは、弱い分枝からの生産性向上の機会を制限した。複数のファミリーメンバーのために天然及び操作された対立遺伝子を用いて、本発明者らは、より高い収量の交配種の育種を可能にする一連の花序複雑性を達成した。負のエピスタシスの類似の事例を特徴付け、それを中和することにより、多くの農業生物の生産性を向上させることができた。 
【０１０２】
方法 
実験モデル及び対象の詳細 
植物材料及び成長条件 
標準的なＳ．リコペルシカム（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）栽培品種Ｍ８２（ＬＡ３４７５）の種子を、本発明のストックから得た。コアコレクション遺伝資源（ｗｗｗ．ｅｕ−ｓｏｌ．ｗｕｒ．ｎｌ）を、Ｚ．Ｌｉｐｐｍａｎ、Ｄ．Ｚａｍｉｒ、及びＳ．Ｈｕａｎｇ（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）の種子ストックから得た。節なしのＳ．チースマニアエ（Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ）系統ＬＡ０１６６の種子を、カリフォルニア大学デービス校（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，Ｄａｖｉｓ）におけるＣｈａｒｌｅｓ  Ｍ．Ｒｉｃｋ  Ｔｏｍａｔｏ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（ＴＧＲＣ）から入手した。ｆｒｏｎｄｅａ突然変異体を、Ｌｅｉｂｎｉｚ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｐｌａｎｔ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｒｏｐ  Ｐｌａｎｔ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＩＰＫ）（Ｇａｔｅｒｓｌｅｂｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）の遺伝子バンクから入手した。マイクロトム（Ｍｉｃｒｏ−ｔｏｍ）バックグラウンド（ＴＯＭ−ＪＰＧ５０９１）における長い花序（ｌｉｎ）突然変異体の種子は、ＡＭＥＤのナショナルバイオリソースプロジェクト（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｂｉｏ−Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｐｒｏｊｅｃｔ）（ＮＢＲＰ）（日本）（ｔｏｍａｔｏｍａ．ｎｂｒｐ．ｊｐ／）を介して、筑波大学遺伝子実験センター（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｔｓｕｋｕｂａ，Ｇｅｎｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｃｅｎｔｅｒ）によって提供された。ｌｉｎ突然変異体を、標準的なＭ８２栽培品種に４回戻し交配した。ランドレース種コレクション（Ｓ．リコペルシカム（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）変種セラシフォルメ（ｃｅｒａｓｉｆｏｒｍｅ））を、Ｅ．ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｎａａｐの種子ストックから得た。エリート育種系統の組織試料、ＤＮＡ、又は種子を、Ｓｙｎｇｅｎｔａ、Ｎｕｎｈｅｍｓ、Ｍｏｎｓａｎｔｏ、Ｌｉｐｍａｎ  Ｓｅｅｄｓ、Ｊｏｈｎｎｙ’ｓ  Ｓｅｅｄｓ、及びＴｏｍａｔｏＧｒｏｗｅｒｓから入手した。 
【０１０３】
種子を、完全な暗所で、２８℃で、湿らせたワットマン紙上で予め発芽させるか、又は直接蒔いて、９６セルプラスチックフラット中の土壌において発芽させた。植物を、高圧ナトリウム電球（約２５０μｍｏｌ  ｍ−２ｓ−１）からの人工光を補った自然光の下で、温室中で、長日条件（１６時間の光／８時間の暗所）下で成長させた。昼間及び夜間温度は、４０〜６０％の相対湿度で、それぞれ２６〜２８℃及び１８〜２０℃であった。 
【０１０４】
花序構造、萼片長さ、果実タイプ、及び生産性形質の分析を、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）、Ｃｏｒｎｅｌｌ  Ｌｏｎｇ  Ｉｓｌａｎｄ  Ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒａｌ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔ  Ｓｔａｔｉｏｎ（Ｒｉｖｅｒｈｅａｄ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）の圃場、及びＨａｔｚａｖ（Ｉｓｒａｅｌ）のネットハウスで成長された植物において行った。ランドレース種の萼片長さの分析を、ジョージア大学（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｇｅｏｒｇｉａ）（Ａｔｈｅｎｓ，Ｇｅｏｒｇｉａ）のＤｕｒｈａｍ  ｈｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒｅ  ｆａｒｍの圃場で成長された植物において行った。種子を、９６セルフラット中で発芽させ、温室中で３２日間成長させてから、圃場に移した。植物を、点滴灌漑及び標準的な肥料状況で成長させた。損傷した又は罹病した植物に、シーズンを通して印を付け、それを分析から除外した。 
【０１０５】
方法の詳細 
植物表現型解析 
萼片長さの分析のために、系統当たり１０個の閉じた花芽の萼片及び花弁の長さを手作業で測定し、萼片／花弁比を計算した。同様の発育段階の成熟した花芽を収集した（開花の１〜２日前、すなわち、開花前）。花序複雑性の分析のために、分枝事象の数を、各複製植物における少なくとも５つの花序において計数した。 
【０１０６】
酵母ツーハイブリッド分析 
酵母におけるタンパク質相互作用アッセイを、上述されるＭａｔｃｈｍａｋｅｒ  Ｇｏｌｄ  Ｙｅａｓｔ  Ｔｗｏ−Ｈｙｂｒｉｄ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｃｌｏｎｔｅｃｈ）（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）を用いて行った。ベイト（ｂａｉｔ）タンパク質のコード配列を、ｐＧＢＫＴ７ベクターへとクローニングし、得られたベクターを、Ｙ２ＨＧｏｌｄ酵母菌株へと形質転換した。プレイ（ｐｒｅｙ）タンパク質のコード配列を、ｐＧＡＤＴ７  ＡＤベクターへとクローニングし、得られたベクターを、Ｙ１８７酵母菌株へと形質転換した。ベイト及びプレイタンパク質を発現する１つの酵母菌株を交配させた後、二倍体酵母細胞を選択し、ロイシン及びトリプトファンを含まないドロップアウト培地上で成長させた。タンパク質間相互作用をアッセイするために、クローンを、３０℃で３日間にわたって、ロイシン、トリプトファン、及びヒスチジンを含まないトリプル−ドロップアウト培地上で成長させた。自己賦活を阻止するために、３ｍＭの３−アミノ−１，２，４−トリアゾール（３−ＡＴ）を加え、又はアデニンを、トリプル−ドロップアウト培地から除去した。クローニングに使用される全てのプライマー配列は、表２中に見られる。 
【０１０７】
分裂組織イメージング 
生きた分裂組織を、Ｎｉｋｏｎ  ＳＭＺ１５００実体顕微鏡（Ｎｉｋｏｎ）を用いてイメージングした。茎頂を、苗から切開し、より古い原始葉を除去して、分裂組織を露出させた。切開の直後に、光学層の配列を、実体顕微鏡に取り付けられたＮｉｋｏｎ  ＤＳ−Ｒｉ１デジタルカメラ（Ｎｉｋｏｎ）を用いてイメージングした。ＮＩＳ  Ｅｌｅｍｅｎｔｓ  ＢＲ３．２ソフトウェア（Ｎｉｋｏｎ）を用いて、光学切片のＺ−スタックをアライメントし、重ね合わせて、最終的な焦点の合った像を生成した。 
【０１０８】
分裂組織トランスクリプトームプロファイリング 
ｓ２突然変異体植物のための分裂組織収集、ＲＮＡ抽出、及びライブラリー作製を、既に記載されるように行った（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。簡潔に述べると、苗シュートを、分裂組織成熟の栄養期分裂組織（ＶＭ）、転換期分裂組織（ＴＭ）、仮軸花序分裂組織（ＳＩＭ）、及び花芽分裂組織（ＦＭ）段階において収集し、それらを直ちに氷冷アセトン中で固定した。分裂組織を、ステレオスコープを用いて手作業で切開し、独立した植物からの３０〜５０の分裂組織からなる２つの生物学的複製物を生成した。全ＲＮＡを、ＰｉｃｏＰｕｒｅ  ＲＮＡ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ａｒｃｔｕｒｕｓ）を用いて抽出し、ｍＲＮＡを、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ  ｍＲＮＡ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｋｉｔｓ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて精製した。バーコード付きライブラリーを、製造業者の指示にしたがって、Ｉｌｌｕｍｉｎａ用のＮＥＢＮｅｘｔ  Ｕｌｔｒａ  ＲＮＡ  ｌｉｂｒａｒｙ  ｐｒｅｐ  ｋｉｔを用いて作製し、Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ  ２１００（Ａｇｉｌｅｎｔ）及びＫａｐａ  Ｌｉｂｒａｒｙ  ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｋａｐａ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）をそれぞれ用いて、サイズ分布及び濃度について評価した。ライブラリーを、Ｇｅｎｏｍｅ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｏｆ  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ）で単一のＩｌｌｕｍｉｎａ  Ｈｉｓｅｑ  ２５００レーン（２２２，２７９，５１０百万ペアエンドリード）においてシーケンシングした。 
【０１０９】
野生型トマト栽培品種Ｍ８２、複合花序（ｓ）突然変異体について以前に収集されたリード（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、及びｓ２突然変異体についてのリードを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ（Ｂｏｌｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）を用いて、クオリティによってトリムし、Ｔｏｐｈａｔ２（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）を用いて、トマト（ＳＬ２．５０）（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，２０１２）の参照ゲノム配列に対してアライメントした。アライメントを、ｓａｍｔｏｏｌｓ（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）を用いてソートし、ＨＴＳｅｑ−ｃｏｕｎｔ（Ａｎｄｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）を用いて、参照のアノテーションされた遺伝子特徴（ＩＴＡＧ２．４）に対してアライメントされた固有のリードペアとして遺伝子発現を定量した。 
【０１１０】
遺伝子発現の全ての統計分析を、Ｒ（ＲＴｅａｍ，２０１５）において行った。個々の遺伝子の発現が、百万当たりの転写産物（ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｓ  ｐｅｒ  ｍｉｌｌｉｏｎ）（ＴＰＭ）として示される。野生型トマト栽培品種Ｍ８２における分裂組織段階間の有意な差次的発現が、２倍変化、平均１ＣＰＭ、及びＦＤＲ≦０．１０カットオフ（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）を用いて、ｅｄｇｅＲ（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）により２，５８２の遺伝子について確認された。主成分分析（ＰＣＡ）によって発現動態を比較するために、生のカウントのｚスコア正規化を、遺伝子型内で使用して、異なるシーケンシング長さ（５０ｂｐ対１００ｂｐ）及びプラットフォーム（ＧＡＩＩｘ及びＨｉＳｅｑ２５００）の影響を最小限に抑えた。ＰＣＡを、Ｒのｐｒｃｏｍｐ関数（ＲＴｅａｍ，２０１５）を用いて、野生型トマト栽培品種Ｍ８２、ｓ、及びｓ２における２，５８２の動的遺伝子についての正規化された発現値に対して行った。次に、最初の２つの主成分をプロットして、突然変異体試料における分裂組織成熟プロセスの加速又は遅延を評価した。中程度に及び重度に遅延した発現を有するＴＭ及びＦＭマーカー遺伝子の割合を、２ステップｋ平均クラスタリングによって評価した。まず、正規化されたＷＴ発現を、１２のクラスターに分け、最も特異的なＴＭ及びＦＭ発現を有する２つのクラスターを、マーカーとして示した。ＴＭ及びＦＭマーカー遺伝子からの突然変異体発現を、ＷＴを用いて正規化し、ＷＴ：ｓ及びＷＴ：ｓ２正規化発現データセットを生成した。最後に、ｋ平均クラスタリング（１２のクラスター）を、ｓ及びｓ２正規化発現のみに対して行い、ＷＴと比較して活性化の遅延を有するクラスターを、手作業で特定した。 
【０１１１】
シーケンシングによるマッピング 
ｓ２突然変異体における原因突然変異をマッピングするために、ｓ２をＳ．リコペルシカム（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）栽培品種Ｍ８２と、及びｓ２をＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）と交配させることによって、２つの第２世代（Ｆ２）集団を産生した。合計で４６４のｓ２×Ｍ８２  Ｆ２植物から、２５のｓ２突然変異体、２０のｊ２突然変異体、及び１３のＷＴ同胞種を、組織収集、核単離、及びＤＮＡ抽出のために選択した。各植物からの等量の組織（約０．２ｇ）を、標準的なプロトコルを用いてＤＮＡ抽出のためにプールした。ライブラリーを、５５０ｂｐの挿入サイズにせん断された２μｇのゲノムＤＮＡから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＴｒｕＳｅｑ  ＤＮＡ  ＰＣＲ−ｆｒｅｅ  ｐｒｅｐ  ｋｉｔを用いて作製した。合計で５７６のｓ２×Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）Ｆ２植物から、１６のｓ２突然変異体、９のｊ２突然変異体、及び１３の野生型同胞種を、ＤＮＡ抽出のために選択した。ＤＮＡはまた、ｓ２親（ＬＡ４３７１）から抽出した。ライブラリーを、５５０ｂｐの挿入サイズにせん断された２００ｎｇのゲノムＤＮＡから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＴｒｕＳｅｑ  Ｎａｎｏ  ＤＮＡ  ｐｒｅｐ  ｋｉｔを用いて作製し、８サイクルの最終的な増幅を行った。全てのＤＮＡライブラリーを、Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｃｅｎｔｅｒ（Ｗｏｏｄｂｕｒｙ，ＮＹ）でＩｌｌｕｍｉｎａ  ＮｅｘｔＳｅｑプラットフォームにおいてシーケンシングした。ｓ２×Ｍ８２  Ｆ２集団について、６２，３１７，９９２、７３，４９６，７４１、及び７９，６９９，２７４のペアエンド１５１−ｂｐリードが、それぞれｓ２突然変異体、ｊ２突然変異体、及びＷＴ同胞種試料について得られた。ｓ２×Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）Ｆ２集団について、３２，９７９，７２８、８２，４３９，７９６、及び５０，７６３，４４１のペアエンド１５１−ｂｐリードが、それぞれｓ２、ｊ２、及びＷＴ同胞種のプールについて得られた。ｓ２親について、４８，２８１，６８９のペアエンド１５１−ｂｐリードが得られた。 
【０１１２】
ｌｉｎ突然変異体における原因突然変異をマッピングするために、ｌｉｎ突然変異体をＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）と交配させることによって、Ｆ２集団を産生した。合計で２１６のＦ２植物から、最も強く分枝した花序を有する８つのｌｉｎ突然変異体植物、及び１７のＷＴ同胞種を、組織収集のために選択した。各植物からの等量の組織（約０．２ｇ）を、標準的なプロトコルを用いて核単離及びＤＮＡ抽出のためにプールした。バーコード付きライブラリーを、５５０ｂｐの挿入サイズにせん断された２μｇのゲノムＤＮＡから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＴｒｕＳｅｑ  ＤＮＡ  ＰＣＲ−ｆｒｅｅ  ｐｒｅｐ  ｋｉｔを用いて作製し、上記のようにシーケンシングした。４，６２４，８１６及び５，０６３，８６１のペアエンド１０１−ｂｐリードが、それぞれｌｉｎ突然変異体及びＷＴ同胞種プールについて得られた。ｌｉｎ突然変異を発見するために、７ｌｉｎ×Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）Ｆ２突然変異体植物のプールを、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ２５００プラットフォームにおいて再度シーケンシングし、さらなる１６１，８２７，４３３のペアエンド１０１−ｂｐリードが得られた。 
【０１１３】
Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）におけるｓ２抑制遺伝子座をマッピングするために、１，５３６のＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）×ｓ２Ｆ２植物を再度成長させ、９２のホモ接合型ｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ二重突然変異体を、ＰＣＲ遺伝子型決定によって選択した。プライマーが、表２に列挙される。１８のｓ２突然変異体、６つの中程度に抑制されたｓ２突然変異体、及び２つの強く抑制されたｓ２突然変異体を、組織収集、核単離、及びＤＮＡ抽出のために選択した。ライブラリーを、５５０ｂｐの挿入サイズにせん断された２μｇのゲノムＤＮＡから、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＴｒｕＳｅｑ  ＤＮＡ  ＰＣＲ−ｆｒｅｅ  ｐｒｅｐ  ｋｉｔを用いて作製し、上記のようにシーケンシングした。３８，０６０，２１２、３８，０４４，７２７及び５２，４２６，０７８のペアエンド１５１−ｂｐリードが、それぞれｓ２、中程度に抑制されたｓ２、及び強く抑制されたｓ２植物のプールについて得られた。 
【０１１４】
ゲノムＤＮＡリードを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃを用いて、クオリティによってトリムし、ペアリードを、ＢＷＡ−ＭＥＭ（Ｌｉ，２０１３；Ｌｉ  ａｎｄ  Ｄｕｒｂｉｎ，２００９）を用いて参照トマトゲノム（ＳＬ２．５０）に対してマッピングした。次に、アライメントを、ｓａｍｔｏｏｌｓを用いてソートし、ＰｉｃａｒｄＴｏｏｌｓ（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｐｉｃａｒｄ）で複製物に印を付けた。ＳＮＰを、参照Ｍ８２（Ｂｏｌｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）及びＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，２０１２）リードに加えてこのプロジェクトからの様々なゲノムＤＮＡシーケンシングプールについて、リードアライメントを用いてｓａｍｔｏｏｌｓ／ｂｃｆｔｏｏｌｓ（Ｌｉ，２０１１；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）でコーリングした。次に、ｂｃｆｔｏｏｌｓ（Ｌｉ，２０１１）を用いて、コーリングされたインデルから少なくとも１００ｂｐの二対立遺伝子高品質ＳＮＰについて、コーリングされたＳＮＰをフィルタリングした。リードアライメント及びＳＮＰコーリングの後、全ての統計及び計算を、Ｒ（ＲＴｅａｍ，２０１５）において行った。１Ｍｂのスライディングウィンドウ（１００ｋｂによる）内の分離二対立遺伝子ＳＮＰにおける各対立遺伝子のリード深さを、様々な突然変異体（ｓ２、ｊ２ＴＥ、又はｓ２の抑制）並びに野生型シーケンシングプールについて合計し、突然変異体：非突然変異体ＳＮＰ比を計算した。最後に、突然変異体ＳＮＰ比を、野生型ＳＮＰ比（＋０．５）で除算し、１２トマト染色体にわたってプロットした。 
【０１１５】
組織収集及びＲＮＡ抽出 
半定量的ＲＴ−ＰＣＲのために、種子を、完全な暗所で、２８℃で、湿らせたワットマン紙上で発芽させた。類似した発芽段階の苗を、７２セルプラスチックフラット中の土壌に移し、温室内で成長させた。茎頂を、分裂組織成熟（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）の花芽分裂組織（ＦＭ）段階において収集し、液体窒素中で直ちに急速冷凍した。製造業者の指示にしたがって、全ＲＮＡを、ＲＮｅａｓｙ  Ｐｌａｎｔ  Ｍｉｎｉ  Ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて抽出し、ＲＮａｓｅ  Ｆｒｅｅ  ＤＮａｓｅ  Ｓｅｔ（Ｑｉａｇｅｎ）、又はＡｒｃｔｕｒｕｓ  ＰｉｃｏＰｕｒｅ  ＲＮＡ  Ｅｘｔｒａｃｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｆｉｓｈｅｒ）で処理した。１００ｎｇ〜１μｇの全ＲＮＡを、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ  ＩＩＩ  Ｆｉｒｓｔ−Ｓｔｒａｎｄ  Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を用いてｃＤＮＡ合成に使用した。全てのプライマー配列が、表２中に見られる。 
【０１１６】
系統発生解析及び配列解析 
トマト及びシロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＳＥＰファミリーメンバーの配列を、Ｐｈｙｔｏｚｏｍｅ  ｖ１１データベース（ｐｈｙｔｏｚｏｍｅ．ｎｅｔ）から入手し、ＭＥＧＡにおけるＣｌｕｓｔａｌＷ関数を用いてアライメントした。１，０００のブートストラップ複製を有するタンパク質の系統樹を、ＭＥＧＡ６（Ｔａｍｕｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）における最大尤度法を用いて構築した。シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＳＥＰ１／２、ＳＥＰ３、及びＳＥＰ４を含むクレード中の相同タンパク質を、それぞれＳＥＰ１／２−、ＳＥＰ３−、及びＳＥＰ４−ホモログとして割り当てた。 
【０１１７】
ＥＪ２及びＦＷ３．２間の連鎖を解析するために、公開されたゲノムシーケンシングデータ（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｔｉｅｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１７）を用いて、トマトコアコレクションの系統における位置ＳＬ２．５０ｃｈ０３：６４７９９２２６（Ｃｈａｋｒａｂａｒｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）（Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）（ＦＷ３．２）におけるＧ及びＳ．リコペルシカム（Ｓ．ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）ｃｖ．Ｍ８２（ｆｗ３．２）におけるＡ）において、Ｍ９  ＳＮＰを遺伝子型決定した。 
【０１１８】
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９突然変異生成、植物形質転換、及び突然変異対立遺伝子の選択 
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９突然変異生成及びトランスジェニック植物の産生を、標準的なプロトコル（Ｂｅｌｈａｊ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｂｒｏｏｋｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）にしたがって行った。簡潔に述べると、標的遺伝子のコード配列における２つのシングルガイド（ｓｇ）ＲＮＡ結合を、ＣＲＩＳＰＲ−Ｐ  ｔｏｏｌ（ｃｂｉ．ｈｚａｕ．ｅｄｕ．ｃｎ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＣＲＩＳＰＲ）（Ｌｅｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）を用いて設計した。ベクターを、Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｓｙｓｔｅｍ（Ｗｅｒｎｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）を用いてアセンブルした。ｓｇＲＮＡ−１及びｓｇＲＮＡ−２を、それぞれレベル１アクセプタｐＩＣＨ４７７５１及びｐＩＣＨ４７７６１におけるシロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）Ｕ６プロモーターの下流でクローニングした。レベル１構築物ｐＩＣＨ４７７３１−ＮＯＳｐｒｏ：：ＮＰＴＩＩ、ｐＩＣＨ４７７４２−３５Ｓ：Ｃａｓ９、ｐＩＣＨ４７７５１−ＡｔＵ６ｐｒｏ：ｓｇＲＮＡ−１、及びｐＩＣＨ４７７６１−ＡｔＵ６：：ｓｇＲＮＡ−２を、バイナリーイレベル２ベクターｐＡＧＭ４７２３においてアセンブルした。１５μｌの制限−ライゲーション反応を、サーマルサイクラーにおいて行った（３７℃で３分及び１６°で４分を２０サイクル、５０℃で５分、８０℃で５分、及び４℃で最終的な貯蔵）。全てのｓｇＲＮＡ配列が、表２中に列挙される。 
【０１１９】
最終的なバイナリーベクターを、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Ａｇｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ｔｕｍｅｆａｃｉｅｎｓ）媒介形質転換（Ｇｕｐｔａ，Ｓ．ａｎｄ  Ｖａｎ  Ｅｃｋ，２０１６）によって、トマト栽培品種Ｍ８２及びトマト野生種Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）へと形質転換させた。インビトロ再生の後、培養培地を、根系から洗浄し、植物を土壌に移した。順化のために、植物を、透明なプラスチックドームで覆い、５日間にわたって日陰に保った。合計で８つの第１世代（Ｔ０）トランスジェニックを、ｓｇＲＮＡ標的部位に隣接するフォワード及びリバースプライマーを用いて、誘導された病変について遺伝子型決定した。ＰＣＲ産物を、アガロースゲル上で分離し、選択された産物を、ｐＳＣ−Ａ−ａｍｐ／ｋａｎベクター（ＳｔｒａｔａＣｌｏｎｅ  Ｂｌｕｎｔ  ＰＣＲ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ｋｉｔ，Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ）へとクローニングした。ＰＣＲ産物当たり少なくとも６つのクローンを、Ｍ１３−Ｆ及びＭ１３−Ｒプライマーを用いてシーケンシングした。病変を有するＴ０植物を、野生型に戻し交配し、望ましい大きい欠失の対立遺伝子、並びに３５Ｓプロモーターの３’及びＣａｓ９導入遺伝子の５’にそれぞれ結合するプライマーを用いて、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９導入遺伝子の存在／非存在についてＦ１世代を遺伝子型決定した。全てのプライマーが、表２中に列挙される。操作された欠失対立遺伝子に対してヘテロ接合型であり、導入遺伝子を欠く植物を、Ｆ２世代からホモ接合型の非トランスジェニックヌル突然変異体を単離するために自家授粉させた。 
【０１２０】
チェリートマト育種のための親及び交配種系統の産生並びに農業温室条件下での収量試験 
フレッシュマーケット（ｆｒｅｓｈ−ｍａｒｋｅｔ）トマト育種のためのｊ２  ｅｊ２及びｓ遺伝子型の可能性を試験するために、ある範囲の果実形状（Ｄａｎｉ  Ｚａｍｉｒ）を有する高収量の無限花序のチェリートマト栽培品種を育種するために生育された育種集団から単離された準同質遺伝子系統を交配させることによって、交配種を産生した。遺伝子型に応じて、それぞれのチェリー親（ＢＣ１）に１回戻し勾配した後、３世代（Ｆ３）のために近親交配するか、又は３〜６世代（Ｆ３〜Ｆ６）のために近親交配することによって、準同質遺伝子系統を産生した。果実形状、花序タイプ、及び収量特性を評価し、各世代を選択した。親及び交配種系統当たり１０の複製植物を、２０１７年にＨａｔｚａｖ（Ｉｓｒａｅｌ）のネットハウスにおいて無作為化された区画設計（ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ  ｐｌｏｔ  ｄｅｓｉｇｎ）で成長させた。損傷した又は罹病した植物に、シーズンを通して印を付け、それを分析から除外した。 
【０１２１】
ｊ２  ｅｊ２交配種実験 
ＥＪ２（ｊ２  ＥＪ２）のための節なしの（ｊ２ＴＥ）加工用近交系（Ｆ６）野生型を、試験及び対照交配種を産生するための親（Ｐ−６０２２）として用いた。試験親を、ｅｊ２ｗについて分離した節なし（ｊ２ＴＥ）チェリー近交系集団（ＢＣ１Ｆ３）から単離した。２つのｊ２ＴＥ親（Ｐ−６０８６−２及びＰ−６０８６−９）及び２つのｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ親（Ｐ−６０８６−４及びＰ−６０８６−８）を、ｅｊ２ｗ遺伝子型決定によって選択し、Ｐ−６０２２と交配させた。ｊ２ＴＥ  試験親（試験−１についてはＰ−６０８６−２及び試験−２についてはＰ−６０８６−９）を、ｊ２ＴＥ親（Ｐ−６０２２）と交配させることによって、対照交配種を産生した。ｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ試験親（試験−１についてはＰ−６０８６−４及び試験−２についてはＰ−６０８６−８）を、ｊ２ＴＥ親（Ｐ−６０２２）と混合交配させることによって、試験交配種を産生した。 
【０１２２】
ｓ交配種実験 
無限花序のカクテル用近交系（Ｆ３）及び有限花序のチェリー近交系（Ｆ３）を、試験及び対照交配種を産生するための親（それぞれＰ−６０９７及びＰ−６１０５）として用いた。試験親を、ｓ突然変異を分離した無限花序のチェリー型Ｆ５近交系系統から単離した。Ｓ（Ｐ−６０８９）のための１つの親野生型及び１つのｓ突然変異体親（Ｐ−６０９０）を、表現型解析によって選択し、自家受精させた。Ｆ６世代が、非分枝（Ｐ−６０８９）及び複合花序（Ｐ−６０９０）について安定していた。Ｓ親（試験−１についてはＰ−６０９７及び試験−２についてはＰ−６１０５）を、それぞれＳ（Ｐ−６０８９）及びｓ（Ｐ−６０９０）試験親と混合交配させることによって、対照及び試験交配種を産生した。 
【０１２３】
収量構成要素形質の分析のために、緑熟果（ＭＧ）及び赤熟果（ＭＲ）を、６つの後続の個々の花序から収集し、花序当たりのＭＧ果実数（ＭＧＦＮ）、ＭＲ果実数（ＭＲＦＮ）、ＭＧ果実重量（ＭＧＦＷ）、及びＭＲ果実重量（ＭＲＦＷ）を決定した。総果実数（ＴＦＮ）は、各植物からのＭＧＦＮ及びＭＲＦＮの合計であった。総収量（ＴＹ）は、各植物からのＭＧＦＷ及びＭＲＦＷの合計であった。平均果実重量（ＦＷ）を、ＭＲＦＷをＭＲＦＮで除算することによって計算した。各植物から、少なくとも１つの花序から７〜１０個の果実を無作為に選択して、果汁中の総可溶性糖含量（ブリックス）を決定した。ブリックス値（パーセント）を、デジタルブリックス屈折計（ＡＴＡＧＯ  Ｐａｌｅｔｔｅ）により定量した。各測定された収量パラメータについて、平均値及び対照交配種に対するパーセンテージ差を、両側２標本ｔ検定を用いて統計的に比較した。 
【０１２４】
定量及び統計分析 
サンプリング 
花序当たりの花数及び花序節間長さの定量分析のために、遺伝子型当たり少なくとも１０の花序を分析した。花序複雑性の定量分析のために、遺伝子型当たり、６つの個々の複製植物からそれぞれ少なくとも５つの花序を分析した。相対萼片長さの定量分析のために、遺伝子型又は生態型当たり少なくとも１０個の花を分析した。交配種花序形質（花序当たりの分枝事象の数、植物当たりの枝及び花の総数）を、個々の植物当たり６つの後続の花序及び交配種系統当たり９〜１０の個々の植物について決定した。個々の植物当たりの緑熟果及び赤熟果の総数を、植物当たり６つの後続の花序及び交配種系統当たり９〜１０の個々の植物から決定した。個体の正確な数（Ｎ）が、全ての図に示される。統計的計算を、Ｒ及びＭｉｃｒｏｓｏｆｔ  Ｅｘｃｅｌを用いて行った。各測定されたパラメータの平均値を、両側２標本スチューデントｔ検定を用いて比較した。 
【０１２５】
トランスクリプトーム定量 
野生型Ｍ８２、複合花序（ｓ）突然変異体（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）、及びｓ２突然変異体についてのリードを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ  ｖ０．３２（ＨｉＳｅｑ２５００パラメータ：ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ＴｒｕＳｅｑ３−ＰＥ−２．ｆａ：２：４０：１５：１：ＦＡＬＳＥ  ＬＥＡＤＩＮＧ：３  ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３  ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５  ＭＩＮＬＥＮ：３６；ＧＡＩＩｘパラメータ：ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ＴｒｕＳｅｑ２−ＰＥ．ｆａ：２：３０：１０：１：ＦＡＬＳＥ  ＬＥＡＤＩＮＧ：３  ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３  ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５  ＭＩＮＬＥＮ：３６  ＴＯＰＨＲＥＤ３３）（Ｂｏｌｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）を用いて、クオリティによってトリムし、Ｔｏｐｈａｔ２  ｖ２．０．１２７（パラメータ：−−ｂ２−ｖｅｒｙ−ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ−−ｒｅａｄ−ｍｉｓｍａｔｃｈｅｓ  ２−−ｒｅａｄ−ｅｄｉｔ−ｄｉｓｔ  ２−−ｍｉｎ−ａｎｃｈｏｒ  ８−−ｓｐｌｉｃｅ−ｍｉｓｍａｔｃｈｅｓ  ０−−ｍｉｎ−ｉｎｔｒｏｎ−ｌｅｎｇｔｈ  ５０−−ｍａｘ−ｉｎｔｒｏｎ−ｌｅｎｇｔｈ  ５００００−−ｍａｘ−ｍｕｌｔｉｈｉｔｓ  ２０）（Ｋｉｍ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）を用いて、トマト（ＳＬ２．５０）（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，２０１２）の参照ゲノム配列に対してアライメントした。アライメントを、ｓａｍｔｏｏｌｓ（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）を用いてソートし、ＨＴＳｅｑ−ｃｏｕｎｔ  ｖ０．６．０８（パラメータ：−−ｆｏｒｍａｔ＝ｂａｍ−−ｏｒｄｅｒ＝ｎａｍｅ−−ｓｔｒａｎｄｅｄ＝ｎｏ−−ｔｙｐｅ＝ｅｘｏｎ−−ｉｄａｔｔｒ＝Ｐａｒｅｎｔ）（Ａｎｄｅｒｓ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）を用いて、参照のアノテーションされた遺伝子特徴（ＩＴＡＧ２．４）に対してアライメントされた固有のリードペアとして遺伝子発現を定量した。 
【０１２６】
遺伝子発現の全ての統計分析を、Ｒ（ＲＴｅａｍ，２０１５）において行った。野生型Ｍ８２における分裂組織段階間の有意な差次的発現が、２倍変化、平均１ＣＰＭ、及びＦＤＲ≦０．１０カットオフ（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）を用いて、ｅｄｇｅＲ（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）により２，５８２の遺伝子について確認された。遺伝子型間の発現動態を比較するために、ｚスコア正規化を、遺伝子型内で使用して、異なるシーケンシング長さ（５０ｂｐ対１００ｂｐ）及びプラットフォーム（ＧＡＩＩｘ及びＨｉＳｅｑ２５００）の影響を最小限に抑えた。主成分分析（ＰＣＡ）を、Ｒのｐｒｃｏｍｐ関数（ＲＴｅａｍ，２０１５）を用いて、野生型Ｍ８２、ｓ、及びｓ２を含む２，５８２の動的遺伝子についてのこれらの正規化された発現値に対して行った。次に、最初の２つの主成分をプロットして、突然変異体試料における改良された成熟スケジュールを評価した。中程度に及び強く遅延した発現を有するＴＭ及びＦＭマーカー遺伝子の割合を、２ステップｋ平均クラスタリングによって評価した。まず、ＷＴ発現（ＴＰＭ）を、ｚスコア正規化し、ＲにおけるＭｆｕｚｚパッケージ（Ｆｕｔｓｃｈｉｋ，２０１５）からのｋ平均２関数を用いて、１２の群に分けた。最も特異的なＴＭ及びＦＭ発現を有する２つのクラスター（それぞれクラスター０６及び０８；図８Ａ）を、マーカークラスターとして示した。２７７のＴＭ及び２４１のＦＭマーカー遺伝子からの突然変異体ｓ及びｓ２発現（ＴＰＭ）を、ＷＴ発現を用いてｚスコア正規化して、ＷＴ：ｓ正規化発現及びＷＴ：ｓ２正規化発現データセットを生成した。最後に、ｋ平均クラスタリング（１２のクラスター）を、ｓ（図８Ｂ）及びｓ２（図８Ｃ）発現のみ（ＷＴ発現レベルによって正規化された）に対して行い、ＷＴと比較して活性化の中程度及び重度の遅延を有するクラスターを、手作業で特定した。 
【０１２７】
マッピング 
様々な突然変異体のシーケンシングによるマッピングのために、リードを、Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ  ｖ０．３２（ＨｉＳｅｑ  ２５００リードパラメータ：ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ＴｒｕＳｅｑ３−ＰＥ−２．ｆａ：２：４０：１５：１：ＦＡＬＳＥ  ＬＥＡＤＩＮＧ：３  ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３  ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５  ＭＩＮＬＥＮ：３６；ＧＡＩＩｘリードパラメータ：ＩＬＬＵＭＩＮＡＣＬＩＰ：ＴｒｕＳｅｑ２−ＰＥ．ｆａ：２：３０：１０：１：ＦＡＬＳＥ  ＬＥＡＤＩＮＧ：３  ＴＲＡＩＬＩＮＧ：３  ＳＬＩＤＩＮＧＷＩＮＤＯＷ：４：１５  ＭＩＮＬＥＮ：３６  ＴＯＰＨＲＥＤ３３）を用いて、クオリティによってトリムし、ペアリードを、ＢＷＡ−ＭＥＭ  ｖ０．７．１０−ｒ７８９（パラメータ：−Ｍ）（Ｌｉ，２０１３）を用いて、参照トマトゲノム（ＳＬ２．５０）に対してマッピングした。次に、アライメントを、ｓａｍｔｏｏｌｓを用いてソートし、ＰｉｃａｒｄＴｏｏｌｓ  ｖ１．１２６（パラメータ：ＶＡＬＩＤＡＴＩＯＮ＿ＳＴＲＩＮＧＥＮＣＹ＝ＬＥＮＩＥＮＴ）（Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９，ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｇｉｔｈｕｂ．ｉｏ／ｐｉｃａｒｄ）で複製物に印を付けた。ＳＮＰを、参照Ｍ８２（Ｂｏｌｇｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）及びＳ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，２０１２）リードに加えてこのプロジェクトからの様々なシーケンシングプールについて、リードアライメントを用いてｓａｍｔｏｏｌｓ／ｂｃｆｔｏｏｌｓ  ｖ１．３．１（ｓａｍｔｏｏｌｓ  ｍｐｉｌｅｕｐパラメータ：−−ｉｇｎｏｒｅ−ＲＧ−−ｍａｘ−ｄｅｐｔｈ  １００００００−−ｏｕｔｐｕｔ−ｔａｇｓ  ＤＰ，ＡＮ−−ｍｉｎ−ＢＱ  ０−−ｎｏ−ＢＡＱ−−ｕｎｃｏｍｐｒｅｓｓｅｄ−−ＢＣＦ；ｂｃｆｔｏｏｌｓ  ｃａｌｌパラメータ：−−ｍｕｌｔｉａｌｌｅｌｉｃ−ｃａｌｌｅｒ−−ｖａｒｉａｎｔｓ−ｏｎｌｙ−−ｏｕｔｐｕｔ−ｔｙｐｅ  ｚ）（Ｌｉ、２０１１；Ｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）でコーリングした。次に、ｂｃｆｔｏｏｌｓ（Ｌｉ，２０１１）を用いて、コーリングされたインデルから少なくとも１００ｂｐの二対立遺伝子高品質（ＭＱ≧５０）ＳＮＰについて、コーリングされたＳＮＰをフィルタリングした。リードアライメント及びＳＮＰコーリング及びフィルタリングの後、全てのマッピング統計及び計算を、Ｒ（ＲＴｅａｍ，２０１５）を用いて行った。１Ｍｂのスライディングウィンドウ（１００ｋｂによる）内の分離二対立遺伝子ＳＮＰにおける各対立遺伝子のリード深さを、様々な突然変異体（ｌｉｎ、ｓ２、ｊ２、ｓ２の抑制）並びに野生型シーケンシングプールについて合計し、突然変異体：非突然変異体ＳＮＰ比を計算した。最後に、突然変異体ＳＮＰ比を、野生型ＳＮＰ比（＋０．５）で除算し、トマトゲノムにわたってプロットした。 
【０１２８】
データ及びソフトウェア可用性 
この試験において生成された生のシーケンシングリードは、ＢｉｏＰｒｏｊｅｃｔ  ＳＲＰ１００４３５下で、Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅａｄ  Ａｒｃｈｉｖｅ（ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｒａ）にデポジットした。トマトコアコレクション（例えば、ｕｎｉｔｙ．ｐｈｅｎｏｍｅ−ｎｅｔｗｏｒｋｓ．ｃｏｍを参照されたい）のため、ＣＲＩＳＰＲ設計（例えば、ｃｂｉ．ｈｚａｕ．ｅｄｕ．ｃｎ／ｃｇｉ−ｂｉｎ／ＣＲＩＳＰＲを参照されたい）のため、配列検索（例えば、ｐｈｙｔｏｚｏｍｅ．ｊｇｉ．ｄｏｅ．ｇｏｖ／を参照されたい）のため、及びデータデポジション（例えば、ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｓｒａを参照されたい）のためのさらなる資源も、当業者に入手可能である。 
【０１２９】
結果 
ｓ２変異型は、分枝した花序及び節なしの小花柄を有する花を産生する 
トマト花序の改良についての課題を検証するために、４，１９３の野生及び栽培化系統のコアコレクションを、単一の枝に沿って配置された複数の花の典型的な花序構造からの逸脱についてスクリーニングした（図１Ａ）（ｕｎｉｔｙ．ｐｈｅｎｏｍｅ−ｎｅｔｗｏｒｋｓ．ｃｏｍ，ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）。全てが遺伝子複合花序を欠いた２３の極めて分枝した系統が、以前に報告された（Ｓ、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＷＵＳＣＨＥＬ−ＲＥＬＡＴＥＤ  ＨＯＭＥＯＢＯＸ  ９、ＷＯＸ９のホモログ）（図１Ｂ）（Ｌｉｐｐｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。しかしながら、より低頻度で分枝し、また、「節」として知られている花の茎（小花柄）上の離層帯を欠いたｓに対する対立遺伝子でない３つの希少な変異型も発見された（図１Ｃ、１Ｄ、及び７Ａ〜７Ｆ）。他の遺伝資源供給源の探求により、Ｘ線突然変異生成から誘導される１つのさらなる分枝した節なし突然変異体が提供された（図７Ｃ及び７Ｆ）（Ｓｔｕｂｂｅ，１９７２）。全ての４つの系統間の交配は、補完できなかった（図７Ｇ〜７Ｉ）。したがって、これらの系統は、まとめて複合花序２（ｓ２）と命名された。 
【０１３０】
１つのｓ２系統を、参照（ＬＡ４３７１）として示し、ｓを有するより高次の突然変異体の分析は、相加的な遺伝的関係を示し、これは、ｓ２の根底にある遺伝子（ｓ）が、Ｓ遺伝子と別々に機能することを示す（図１Ｃ及び７Ｊ）。ｓ  ｓ２植物の産生中、ｓ２が約１／１６の比率で分離したことが示され（図１Ｅ）、これは、２つの非連鎖劣性突然変異が、ｓ２表現型の根底にあることを示唆している。これと一致して、節なしの植物（非分枝及び分枝された）は、単一の劣性突然変異として分離した。この節なしの形質は、５０年前に報告された２つの古典的なジョイントレス−２（ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ−２）（ｊ２）突然変異体と類似していた。元のｊ２は、ガラパゴス島からの非分枝の野生トマト種Ｓ．チースマニアエ（Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ）において発見された（Ｒｉｃｋ，１９５６ａ）。第２の対立遺伝子が、圃場で自然発生したが、この突然変異はまた、栽培化された遺伝資源とのエピスタシス相互作用に起因する過剰な花の生産及び不十分な着果を引き起こす花序分枝に関連付けられた（Ｒｅｙｎａｒｄ，１９６１；Ｒｉｃｋ，１９５６ｂ）。育種家は、非分枝のｊ２を選択し、それを用いたが、これは、それが果実落下を減少させ、良好な着果を維持しながら、加工用トマトの大規模な機械収穫を可能にしたためである（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，１９８０；Ｚａｈａｒａ  ａｎｄ  Ｓｃｈｅｕｅｒｍａｎ，１９８８）。特に、ｓ２の節なしの表現型は、ｊ２（図７Ｋ）に対する対立遺伝子であり、正常な小花柄を有するｓ２植物は見られず、これは、分枝がｊ２突然変異を必要としたことを示唆している。したがって、第２の遺伝子座が、エンハンサー・オブ・ジョイントレス２（ｅｎｈａｎｃｅｒ−ｏｆ−ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ２）（ｅｊ２）と示される。 
【０１３１】
ｓ２分枝の発生の基礎をより十分に理解するために、早期の花序発達中の分裂組織成熟の段階を調べた。トマト花序は、仮軸成長計画（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ａ）にしたがって発達し、ここで、各栄養期分裂組織が転換期分裂組織（ＴＭ）へと成熟し、花序の第１の花を産生する花芽分裂組織（ＦＭ）において終了する。さらなる花が、分化した腋花（仮軸）花序分裂組織（ＳＩＭ）の反復形成から生じ、多花性の花序をもたらす（図１Ｆ）。ｓ突然変異体において、ＴＭ及びＳＩＭ成熟の両方が重度に遅延して、複数のＳＩＭが各サイクルで形成されるのを可能にした（図１Ｇ）（Ｌｉｐｐｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。さらなるＳＩＭはまた、ｓ２植物において形成されるが、ｓにおけるより少ない（図１Ｈ）。ｓ２の成熟が遅延したかどうかを決定するために、ＲＮＡ−ｓｅｑを、連続ｓ２分裂組織成熟段階において実施し、トランスクリプトーム動態を、ｓ及びＷＴについての既存の成熟プロファイルと比較した（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。２，５８２の成熟マーカー遺伝子（Ｌｅｍｍｏｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）を用いた主成分分析（ＰＣＡ）は、より少ないＴＭ及びＦＭマーカー遺伝子が、ｓと比較してｓ２分裂組織成熟中に遅延されたことを示し、これは、ｓ２花序におけるより少ない分枝と一致していた（図１Ｉ〜１Ｋ及び８）。 
【０１３２】
２つの関連するＭＡＤＳボックス遺伝子における突然変異が、ｓ２分枝を引き起こす 
ｊ２突然変異体を、１２番染色体のセントロメアに対して予めマッピングしたが、不十分な組み換えが、関与する遺伝子の同定を防いだ（Ｂｕｄｉｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｙａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）。ｊ２及びｅｊ２の根底にある遺伝子をクローニングするために、ｓ２を、節のある（Ｊ２／Ｊ２）栽培品種Ｍ８２及びトマトの野生原種、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）と交配させることによって、２つのＦ２集団を産生した。種内のＦ２集団において、ｓ２植物が、約１／１６の予測される比率で分離したが、この分離は、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）集団より大幅に低く、これは、不明の修飾遺伝子座がｓ２分枝を抑制し得ることを示唆している（図９Ａ〜９Ｃ）。ｊ２及びｅｊ２を同時にマッピングするために、ゲノムシーケンシングを、ｓ２、ｊ２、及びＷＴ  Ｆ２分離植物からのＤＮＡのプールにおいて行った（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）。両方の集団におけるｓ２及びＷＴプール間のＳＮＰ比を比較することにより、ｓ２親からのＳＮＰに対する強い偏りにより、３番染色体の下部及び１２番染色体のセントロメアの近くの領域が示された（図２Ａ、９Ｄ、及び９Ｅ）。ｓ２及びｊ２間のＳＮＰ比は、３番染色体の下部のみに偏りを示した。これらの結果により、ｊ２が１２番染色体セントロメアの近くに位置することが確認され、ｅｊ２が３番染色体上にあることが示された。 
【０１３３】
ＭＡＤＳボックス転写因子は、トマトにおける小花柄離層帯発生に寄与することが知られている（Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｍａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｎａｋａｎｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｓｈａｌｉｔ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）。ジョイントレス１（ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ１）突然変異体（ｊ１）を、１１番染色体に対してマッピングし、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＭＡＤＳボックス開花調節因子ＳＨＯＲＴ  ＶＥＧＥＴＡＴＩＶＥ  ＰＨＡＳＥ（ＳＶＰ）のホモログにおいて突然変異したことが分かった（Ｈａｒｔｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０００；Ｍａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。したがって、ＭＡＤＳボックス遺伝子についての約６Ｍｂｐのｊ２マッピング間隔を調べ、この領域における１６４の遺伝子の中で、１つのみの候補、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）花器官決定ＭＡＤＳボックス遺伝子ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ４（ＳＥＰ４）のホモログが発見された（図２Ｂ）（Ｄｉｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００４）。Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０の以前の転写サイレンシングは、節なしの小花柄をもたらしたが、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０及びＪ２が異なる遺伝子であることが示唆されており、これは、公開されたｊ２マッピング間隔が、おそらく不確かなセントロメアマーカー分解能（ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｉｃ  ｍａｒｋｅｒ  ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ）から、Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０に一致しなかったためである（Ｂｕｄｉｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。しかしながら、ｓ２及びｊ２突然変異体のゲノムシーケンシングが、ＷＴ中に存在しないＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０の第１イントロンにおけるＣｏｐｉａ／Ｒｉｄｅｒ型転位因子（ＴＥ）を明らかにした（図２Ｃ）。さらに、ｓ２  ＲＮＡ−ｓｅｑは、ほとんどのＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０転写産物が第１イントロンから開始し、早期のナンセンス突然変異をもたらすことを示した（図２Ｄ及び９Ｈ）。Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０がＪ２であることを確認するために、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて、機能喪失型突然変異を操作し、得られたｊ２ＣＲ植物は、節なしの非分枝の花序を発生させた（図２Ｅ及び２Ｆ）。さらに、ｊ２ＣＲをｓ２由来ｊ２と交配させたことによる子孫は、節なし及び非分枝の花序を有しており（図２Ｇ）、元のｊ２  Ｓ．チースマニアエ（Ｓ．ｃｈｅｅｓｍａｎｉａｅ）系統におけるＳｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０のシーケンシングは、早期の終止コドンを示した（図９Ｆ〜９Ｈ）。したがって、ＳＥＰ４遺伝子Ｓｏｌｙｃ１２ｇ０３８５１０は、Ｊ２であり、２つの天然突然変異が、独立して生じた（以後、ｊ２ＴＥ及びｊ２ｓｔｏｐと示される）（Ｒｅｙｎａｒｄ，１９６１；Ｒｉｃｋ，１９５６ａ）。 
【０１３４】
ｊ２及びｅｊ２の両方が、ｓ２分枝に必要とされ、これは、根底にある遺伝子が、花器官決定を制御するシロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）におけるＳＥＰ遺伝子と同様に、重複して機能することを示唆している（Ｄｉｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｐｅｌａｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。６６の遺伝子が、ＭＡＤＳボックス遺伝子についての５００ｋｂｐのｅｊ２マッピング間隔において検索され、直列に配列されたＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８３０及びＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０が見られた（図２Ｈ）。Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８３０は、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＦＲＵＩＴＦＵＬＬのホモログであり、この遺伝子の転写ノックダウンが、果実の熟成の欠陥を引き起こす（Ｂｅｍｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２；Ｗａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。ｓ２突然変異体のゲノムシーケンシングは、ＳＮＰをコードする又はコードしないＳｏｌｙｃ０３ｇ１１４８３０、又は大きいインデルを示さず、ｓ２果実は、正常に熟成した。対照的に、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０は、ＳＥＰ４の別のホモログであり、５６４ｂｐの挿入が、ｓ２突然変異体の第５イントロンに見られ、これはＷＴでは存在しなかった（図２Ｉ）。特に、ｓ２からのＲＮＡ−ｓｅｑリードは、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０転写産物の３分の１がミススプライシングされたことを示し、これは、挿入が部分的な機能喪失を引き起こしたことを示唆している（図２Ｊ）。これを試験し、ＥＪ２機能の強い喪失の表現型の結果を明らかにするために、新たな対立遺伝子が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９で操作され、ｅｊ２ＣＲ花序が、非分枝であることが分かったが、萼片（花の最も外側の葉状の器官）が、非常に大きく、果実が洋ナシ型であった（図２Ｋ及び２Ｌ）。元のｅｊ２突然変異が花及び／又は果実の形態に影響を与えたかどうかを決定するために、ｅｊ２を、Ｍ８２に戻し交配し、相対萼片長さ（萼片／花弁長さ比によって定義される）を測定した。特に、果実形状又はサイズの明らかな変化がなかった一方、ｅｊ２萼片は、ＷＴより５０％長いが、ｅｊ２ＣＲより短く、これは、弱い対立遺伝子と一致していた（図２Ｍ、２Ｎ、及び９Ｉ）。重要なことには、ｅｊ２及びｅｊ２ＣＲを交配させることによるＦ１子孫の花も、長い萼片を発生させた。したがって、Ｓｏｌｙｃ０３ｇ１１４８４０は、ＥＪ２であり、天然ｅｊ２突然変異は、弱い機能喪失型対立遺伝子（以後、ｅｊ２ｗと示される）である。 
【０１３５】
最後に、他のｓ２系統がｊ２及びｅｊ２の両方における突然変異を保有していたことが確認された。ＰＣＲ遺伝子型決定は、１つを除いた全ての系統が、ｅｊ２ｗ及びｊ２ＴＥ又はｊ２ｓｔｏｐのいずれかの二重突然変異体であったことを示した（図９Ｊ）。最後の系統は、ｅｊ２ｗに対してホモ接合型であったが、Ｊ２は、増幅することができず、これは、Ｘ線突然変異生成から生じたことと一致していた（Ｓｔｕｂｂｅ，１９７２）。したがって、ｓ２花序分枝の根底にある長期の分裂組織成熟は、重複して作用する２つのＳＥＰ  ＭＡＤＳボックス遺伝子における突然変異によって引き起こされる。 
【０１３６】
ｅｊ２ｗが、栽培化中に生じ、育種へのｊ２利用を妨げた 
最近の育種計画において、節なし品種の価値は、果実落下及び加工用トマト産業のための機械収穫中の収穫後の損傷を減少させるそれらの可能性のため認識されてきた。しかしながら、ｊ１を保有する植物は、少ない花を発生させた後に花序が栄養成長に戻ることにより収量が少ない（Ｂｕｔｌｅｒ，１９３６；Ｍａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。したがって、ｊ２が、過去５０年の育種にわたって広く好まれてきた。しかしながら、育種家は、おそらく、ｅｊ２ｗによる負のエピスタシスのため、ｊ２を様々な栽培化バックグラウンドに導入する際の過剰な花序分枝及び低収量についての問題を抱えていることが多い（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，１９８０）。ｅｊ２ｗが育種へのｊ２利用をどの程度妨げるかを決定するために、５６８の野生及び栽培化系統を、トマトコアコレクションから遺伝子型決定し、半分以上が、ｅｊ２ｗ対立遺伝子に対してホモ接合型であることが分かった（図３Ａ）。特に、ｅｊ２ｗは、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）に含まれなかったが、初期栽培品種（ランドレース種）の４０％が、突然変異に対してホモ接合型であり、パーセンテージは、栽培品種で２倍になった。最も重要なことには、ｅｊ２ｗは、確認されたランドレース種のサブセット内を含め、長い萼片に強く関連しており（Ｂｌａｎｃａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）、これは、栽培化中の選択を示唆している（図３Ｂ〜３Ｅ）。これの裏付けとして、ｅｊ２ｗは、以前に報告された栽培化及び改良選択的スイープに近接している（＜４６Ｋｂｐ）（Ｌｉｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）。特に、ランドレース種においても発生する少ない果実重量ＱＴＬ（ｆｗ３．２）は、ＥＪ２に近接している（約８５Ｋｂｐ）（Ｃｈａｋｒａｂａｒｔｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。６２のランドレース種の間で、系統が、ｅｊ２ｗを保有するが、ｆｗ３．２を保有しないことが分かり（ｅｊ２ｗ／ＦＷ３．２：７％）、逆もまた同様であり（ＥＪ２／ｆｗ３．２：９％）、これは、各突然変異対立遺伝子が、独立して発生し、おそらく栽培化において早期に組み合わされたことを示唆している。全ての栽培化系統が両方の対立遺伝子を保有しているわけではないことが分かり（ｅｊ２ｗ／ＦＷ３．２：２％；ＥＪ２／ｆｗ３．２：１１％，）、これは、両方の突然変異が、栽培化及び改良中に独立して伝えられたか、又は同時選択され、次に、育種によって後に分離されたことを示している。 
【０１３７】
ｅｊ２ｗの早期の選択及び栽培化遺伝資源におけるその後の伝播に対する１つの説明は、より大きい萼片が、おそらくｆｗ３．２により、果実サイズの増大と同時に選択された大きくなった萼を提供したことである。このような形質は、果実サイズ又は数自体を増加させることによって、改良された生産性について必ずしも選択されるわけではなく、代わりに、改良された果実支持、強い局所的な供給源組織、又は単純により大きい果実についての美的価値を提供することができた。ｅｊ２ｗがより大きい果実の栽培化及び育種中に選択されたかどうかを決定するために、ｅｊ２ｗ対立遺伝子の頻度を、小さい「チェリー」トマト（＜５ｇ）から極めて大きい「ビーフステーキ」品種（＞５００ｇ）に及ぶ５つの果実サイズを示す２５８の栽培品種において評価した。意外なことに、対立遺伝子の頻度は、果実サイズと共に増加し、古いエアルーム栽培品種の８８％を含む、ほぼ全て（＞９０％）の大きい実のなる系統が、ｅｊ２ｗに対してホモ接合型であった（Ｍａｌｅ，１９９９）。これらの結果は、ｊ２が発見され、最近の育種に採用される前に、ｅｊ２ｗ対立遺伝子が、より大きい果実タイプにおいて既に広まっていたことを示す（図３Ｆ）。ＥＪ２はまた、果実を発生させる際に発現され（図１０Ａ）、ｅｊ２ＣＲ果実が大きくなる（図２Ｌ）ため、ｅｊ２ｗ対立遺伝子が、特に、これらの形質に影響を与える他のＱＴＬ形質の存在下で、サイズ／形状及び／又は熟成などの他の果実形質に影響を与えることも可能である。 
【０１３８】
エリート育種遺伝資源が、ｊ２ＴＥ及びｅｊ２ｗの両方を保有するが、分枝が抑制される 
ｅｊ２ｗが、トマト遺伝資源において広まっており、ｊ２がはるかに遅く発生したため、ｊ２対立遺伝子のいずれかをほとんどの栽培品種に導入することは、望ましくない分枝及び低収量をもたらし得る。しかしながら、これらの悪影響を育種によって克服することができたことが報告された（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，１９８０）。１つの可能性は、ｅｊ２ｗが交配を通して分離されたことである。あるいは、育種家は、分枝の天然の抑制遺伝子を同定し、選択した。これを試験するために、１５３の非分枝の節のある及び節なしのエリート近交系及び交配種を、主要な種子会社及び一般の育種家から入手し（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）、両方の突然変異について遺伝子型決定した。全ての節なし系統が、ｊ２ＴＥに対してホモ接合型であり、これは、栽培化遺伝資源において生じた対立遺伝子が育種に有利であったことを示す。加工用及びフレッシュマーケット生産用の新たなトマト品種は、別個の育種計画において発生されるため、ｊ２ＴＥが両方に用いられたかどうかが問われた。節なしの形質の価値は、加工用タイプの機械収穫について最も認識されており、これの裏付けとして、ｊ２ＴＥ対立遺伝子が、採取された加工用系統の７４％中に存在していた。あまり広まっていないが、ｊ２ＴＥは、フレッシュマーケット系統の３４％でも見られ、これは、ｊ２ＴＥが、両方の育種計画において用いられ続けていることを示している。 
【０１３９】
意外なことに、加工用及びフレッシュマーケット系統の両方におけるｊ２ＴＥホモ接合体の６０％超がまた、ｅｊ２ｗに対してホモ接合型であったことが分かり（図４Ａ及び４Ｂ）、これは、抑制遺伝子が改良中に選択されたという仮説を裏付けている。これは、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）Ｆ２マッピング集団におけるｓ２の減少した分離を連想させた（図９Ｂ及び９Ｃ）。可能な抑制遺伝子座をマッピングするために、１，５３６のＦ２植物を再度成長させ、９２の植物が両方の突然変異に対してホモ接合型であり、２４％が、様々な抑制度を示した（図４Ｃ）。ゲノムシーケンシングを用いて、１つの影響の大きい抑制遺伝子を、栽培化遺伝資源における以前に報告された抑制遺伝子と同じ領域における２番染色体のほぼ末端でマッピングした（図４Ｄ）（Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，１９８０）。しかしながら、ごく少ないパーセンテージのｊ２ＴＥ  ｅｊ２ｗ  Ｆ２植物が、非分枝の花序を示したことから考えると、育種遺伝資源からのさらなる抑制遺伝子が、関与する可能性が高く、これは、一緒に完全な抑制を達成するのに必要とされた。 
【０１４０】
３つの分裂組織発現ＳＥＰ４遺伝子が、花序複雑性を調節する 
ｓ２分枝の根底にある負のエピスタシスの詳細な分析は、分裂組織成熟及び花序の発生を制御するように重複的に作用する２つのトマトＳＥＰ４遺伝子を明らかにした。これは、これらの遺伝子が、花序構造及び花の生産を調節するために他のトマトＳＥＰファミリーメンバーとどの程度協働し、農業用途の可能性を有し得るかという問題につながった。シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）において、４つの重複ＳＥＰ遺伝子のファミリーが、花器官決定を確立するために必要とされる（Ｄｉｔｔａ  ｅｔ  ａｌ．，２００４；Ｐｅｌａｚ  ｅｔ  ａｌ．，２０００）。トマトは、６つのメンバーの拡大したＳＥＰファミリーを有し（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，２０１２）、タンパク質配列の系統発生分析は、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＳＥＰ１、２、及び３が、２つのトマトホモログ（Ｓｏｌｙｃ０５ｇ０１５７５０／ＴＭ５及びＳｏｌｙｃ０２ｇ０８９２００／ＴＭ２９）を有することを示した（図５Ａ）。対照的に、ＳＥＰ４の４つのホモログがあり、それらの中の１つが、ＲＩＰＥＮＩＮＧ  ＩＮＨＩＢＩＴＯＲ（ＲＩＮ）遺伝子である。ＲＩＮにおける古典的な突然変異が、熟成を阻止し、果実を固いまま保ち、長期間かけて熟成させて、寿命を延ばすヘテロ接合型の量的効果のため、交配種育種において広く用いられる（Ｋｌｅｅ  ａｎｄ  Ｇｉｏｖａｎｎｏｎｉ，２０１１；Ｖｒｅｂａｌｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。 
【０１４１】
花序発生におけるトマトＳＥＰ遺伝子の個々の及び複合の役割を調べるために、発現パターンを、分裂組織成熟アトラス及び他の主要組織からのトランスクリプトームデータを用いてまず分析した（Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，２０１２；Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１２）。ＴＭ５及びＴＭ２９（ＳＥＰ１／２／３ホモログ）の両方が、後になって生殖発生において発現され、花芽分裂組織から開始し、花及び果実へと広がり（図５Ｂ及び１０Ａ）、これは、花器官決定における以前に特徴付けられた役割を裏付けている（Ａｍｐｏｍａｈ−Ｄｗａｍｅｎａ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｐｎｕｅｌｉ  ｅｔ  ａｌ．，１９９４）。ＲＩＮは、果実のみにおいて発現され、これは、熟成におけるその役割に一致している（図１０Ａ）（Ｖｒｅｂａｌｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２００２）。対照的に、Ｊ２、ＥＪ２、及び第４のＳＥＰ４ホモログ（Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０）の発現は、分裂組織成熟のＴＭ段階及びＳＩＭにおいて、より早期に開始した（図５Ｂ）。これは、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０が、分裂組織成熟においてＪ２及びＥＪ２と共に機能し得ることを示唆していた。さらに、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）ＳＥＰ重複性が、多量体タンパク質複合体の形成に基づいている（Ｔｈｅｉｓｓｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）と考えて、相互作用を、酵母ツーハイブリッドアッセイにおいて全ての４つのトマトＳＥＰ４タンパク質間で試験し、Ｊ２、ＥＪ２、及びＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０が、ホモマーＥＪ２を除いて、互いに及びそれ自体と互いに相互作用することが分かった。これらの結果は、以前の知見（Ｌｅｓｅｂｅｒｇ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）を実証し、Ｊ２及びＥＪ２が互いに相互作用することをさらに示し、これは、分裂組織成熟及び花序構造の制御における重複性を裏付けている（図５Ｃ、５Ｄ、１０Ｂ及び１０Ｃ）。 
【０１４２】
Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０が花序構造及び花の生産に寄与するかどうかを試験するために、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて、ＷＴのほぼ２倍多い花及びより長い節間を有する非常に長い花序をもたらすヌル突然変異を有する植物を操作した（図５Ｅ及び１０Ｄ）。花序発生の後期に弱い分枝がまた、多くの場合、観察された。長い花序を既に有する遺伝子型において同様の効果が生じるかどうかを、各花序における１５〜２０個の花を産生する、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）におけるＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０を突然変異させることによって試験した。意外なことに、節間長さ及び花数は２倍になった（図５Ｆ、１０Ｄ〜１０Ｆ）。これらの表現型は、Ｓｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０を含有する４番染色体における間隔に以前にマッピングされた長い花序（ｌｉｎ）と示されるガンマ線照射突然変異体を連想させた（図１０Ｇ〜１０Ｊ）（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）。ｌｉｎ突然変異体からのＳｏｌｙｃ０４ｇ００５３２０のシーケンシングは、転写をなくす第１イントロンにおける転位を示し（図１０Ｊ〜１０Ｌ、本明細書においてｌｉｎｔｒａｎｓとも呼ばれる）、ＣＲＩＳＰＲ対立遺伝子との交配は、長い花序表現型を補完できなかった。 
【０１４３】
ｌｉｎ突然変異体における花序複雑性の増大は、ｊ２  ｅｊ２ｗ二重突然変異体と比較してわずかである。３つの遺伝子間の重複性及び可能な量的関係の程度を試験するために、強い対立遺伝子を、同じバックグラウンドに用いて、より高次の突然変異体の全ての組合せを作成した（ＳＴＡＲ  Ｍｅｔｈｏｄｓを参照）。ｊ２ＣＲは、主にｌｉｎと相加的であるが（図１０Ｍ）、ｅｊ２ＣＲ及びｌｉｎは、花器官発生のために相乗作用を有し；二重突然変異体は、極めて大きくなった萼片を発生させるより多い花を有する長い花序を有していたが、内部花器官は、完全に発達せず、果実を形成できなかった（図１０Ｎ）。予測されるように、ｊ２ＣＲ及びｅｊ２ＣＲも相乗作用を有したが、元のｊ２ＴＥ／ｓｔｏｐ  ｅｊ２ｗ天然二重突然変異体（ｓ２）の中程度に分枝した花の多い花序と異なり、ｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ植物からの花序は、非常に多く分枝しており、正常な稔性花をほとんど産生しなかった（図５Ｇ）。最後に、全ての３つの突然変異体を組み合わせると、花を形成せずに大幅に過剰増殖したＳＩＭが得られた（図５Ｈ及び１０Ｏ）。同じ効果が、Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）ｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎＣＲ植物において観察された（図５Ｉ及び１０Ｏ）。Ｓ．ピンピネリフォリウム（Ｓ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ）ｊ２ＣＲ  ｅｊ２ＣＲ  ｌｉｎＣＲの配列が以下に示される。したがって、Ｊ２及びＥＪ２は、花発生において異なる役割を有するが、全ての３つのＳＥＰ４遺伝子は、分裂組織成熟及び花序発生において重複した役割を有する。 
【０１４４】
分裂組織成熟転写因子の投与が、花序構造及び収量を改善するために利用され得る 
Ｊ２、ＥＪ２、及びＬＩＮにおける個々の及び複合の突然変異は、弱い（ｌｉｎ単一突然変異体）から極めて重度（ｊ２  ｅｊ２  ｌｉｎ三重突然変異体）に及ぶ一連の３つの形態の増加した花序複雑性を提供し、これは、これらのＳＥＰ４遺伝子間の量的関係を示している。フロリゲン経路における遺伝子間の量的関係を利用して、ある定量範囲の植物構造を生成することができることが実証されており、これは、有限花序の圃場で生育されたトマトの向上した生産性につながる（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ；Ｓｏｙｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）。量的感受性が、花序構造及び花の生産を微調整するのに同様に使用され得ることが理由付けられた。これを試験するために、ｊ２の強い対立遺伝子と、同系Ｍ８２バックグラウンドにおけるｅｊ２ｗ又はｅｊ２ＣＲとの一連のホモ接合型及びヘテロ接合型組合せがまず生成された（図６Ａ及び６Ｂ）。全ての二重ヘテロ接合体（例えばｊ２／＋ｅｊ２ｗ／＋；ｊ２／＋ｅｊ２ＣＲ／＋）及びｊ２に対してヘテロ接合型であり、ｅｊ２ｗに対してホモ接合型である植物（ｊ２／＋ｅｊ２ｗ）が、単一突然変異体のような非分枝の花序を産生した。対照的に、ｊ２バックグラウンドにおけるｅｊ２ｗのヘテロ接合性（ｊ２  ｅｊ２ｗ／＋）は、ｊ２／＋ｅｊ２ＣＲと同様に、弱い分枝を与えた。特に、ヌルｊ２バックグラウンドにおけるヌルｅｊ２ＣＲ対立遺伝子に対するヘテロ接合性（ｊ２  ｅｊ２ＣＲ／＋）は、ｓ２花序（ｊ２  ｅｊ２ｗ）に一致する分枝をもたらし、これは、ｅｊ２ｗが弱い対立遺伝子であることをさらに実証し、これらの遺伝子間の感受性の量的関係を確認する。これらの結果を考えると、他の分裂組織成熟調節因子が、花序構造に対して同様の量的感受性を有し得ることが理由付けられ、これを、ＷＯＸタンパク質ファミリーのメンバーであるＳを用いて試験した（Ｇｒａａｆｆ  ｅｔ  ａｌ．，２００９；Ｌｉｐｐｍａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２００８）。実際に、３つのｓ突然変異対立遺伝子に対してヘテロ接合型の植物はまた、軽度に分枝し（図６Ｃ及び６Ｄ）、これは、独立した分裂組織成熟遺伝子の量的感受性が、花序構造の量的調整を可能にすることを実証している。 
【０１４５】
説明 
用量依存的な量的変動、弱い対立遺伝子、及び作物改良 
この試験は、生産性を向上させるための花序複雑性の自然変異の根底にある遺伝子及び対立遺伝子の可能性の調査を含んでいた。ｓ２分枝変異型を分析することによって、トマトＭＡＤＳボックス遺伝子のＳＥＰ４サブファミリーの複数のメンバーが、分裂組織成熟及び花序構造を調節するのに重要な重複した役割を果たすことが分かった。トマト栽培化に関与する第１のＭＡＤＳボックスファミリーメンバーがさらに記載され、多様な作物の栽培化及び改良に寄与する際のこの転写因子ファミリーの増加する重要性を強調している（Ｓｉｎｇｈ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３；Ｖｒｅｂａｌｏｖ  ｅｔ  ａｌ．，２００２；Ｚｈａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。分裂組織発現ＳＥＰ４遺伝子間の相互作用を詳細に分析することによって、量的関係が、育種のための可能性を有するＭＡＤＳボックス突然変異の一連の対立遺伝子間で明らかにされた。Ｓにおける突然変異を含むこの対立遺伝子群は、花序構造を操作するためのツールキットを含み、これは、現在、ＬＩＮなどの、分裂組織成熟のさらなる調節因子に拡張され得る。これを実証するために、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を用いて、エリートチェリートマト栽培品種Ｓｗｅｅｔ  １００におけるＬＩＮを標的にし、中程度に分枝した花序及び増加した花の生産を有する突然変異系統を産生した（図１０Ｐ〜１０Ｓ）。 
【０１４６】
主要な収量形質における望ましい表現型変異を生成するための本発明の手法は、特定のヘテロ接合型及びホモ接合型突然変異を組み合わせて、ある定量範囲の量的効果を得ることに依拠している（Ｐａｒｋ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４ｂ）。しかしながら、遺伝子量を利用することは、量的形質修飾を与える弱い対立遺伝子の利用可能性によって制限され得る。例えば、より長い萼片及び弱い分枝が、ｅｊ２ｗに対するホモ接合性及びヘテロ接合性のそれぞれからの様々なレベルの減少したＥＪ２量によって達成された。実際に、同様の量的効果が、転写制御領域における（例えば、シス−調節性ＤＮＡにおける）突然変異から生じることが多い。このような対立遺伝子は、有害な多面発現効果を示すことが多いヌル対立遺伝子と比較して、それらのわずかな表現型変化のため作物の栽培化及び改良において広く好まれている（Ｍｅｙｅｒ  ａｎｄ  Ｐｕｒｕｇｇａｎａｎ，２０１３；Ｐｕｒｕｇｇａｎａｎ  ａｎｄ  Ｆｕｌｌｅｒ，２００９）。例えば、トマト栽培化中の果実サイズの増大は、古典的なＣＬＡＶＡＴＡ−ＷＵＳＣＨＥＬ幹細胞回路における複数の構成要素の転写対立遺伝子に部分的に依存していた（Ｘｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。探求されている新規な弱い対立遺伝子を操作するための潜在的に強力な手法（Ｓｗｉｎｎｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６）は、遺伝子編集技術を利用して、生産性遺伝子のシス−調節性制御領域を突然変異させることである。この試験において同定された有望な標的はＬＩＮである。減少したＬＩＮ発現を与える、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９に誘導される弱い転写対立遺伝子は、花の生産のわずかな増加を提供し得、これは、分枝が果実重量及び収量に悪影響を与えることが多い大きい実のなる品種において特に有益であり得る。特に、ＬＩＮのコメホモログ及び他の分裂組織成熟遺伝子は、円錐花序構造及び穀物生産を制御し（Ｋｏｂａｙａｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，２０１０，２０１２；Ｌｉｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１３）、これは、本発明の知見が、広い農業的可能性を有することを示唆している。新たな遺伝子編集ツールが、多くの作物における広範囲の農学的形質を改良するために特殊化された遺伝子量効果を提供し得る多様なタイプ及び強度の対立遺伝子の操作を可能にするべきである。 
【０１４７】
進化、栽培化、及び育種におけるエピスタシス 
育種の進歩は、主に、予測可能な相加効果を有する遺伝子座によって引き起こされる。例えば、トウモロコシの開花期変化の大部分は、何千もの小さい相加的な量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）によって決定され（Ｂｕｃｋｌｅｒ  ｅｔ  ａｌ．，２００９）、同じことが、他の作物の形質にも当てはまる（Ｄｏｕｓｔ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４；Ｇａｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５）。しかしながら、プラス及びマイナスの両方のエピスタシス相互作用も、特に、異なる遺伝資源と共に機能する場合、育種において重要である。例えば、コメにおける種間の量的形質遺伝子座（ＱＴＬ）間の相互作用は、アルミニウム耐性を向上させ得るが（Ｆａｍｏｓｏ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）、トマトにおける同じ収量形質に影響を与える複数の野生種由来ＱＴＬを合わせると、相加作用未満（ｌｅｓｓ−ｔｈａｎ−ａｄｄｉｔｉｖｅ）又は「収穫逓減（ｄｉｍｉｎｉｓｈｉｎｇ  ｒｅｔｕｒｎｓ）」エピスタシスをもたらす（Ｅｓｈｅｄ  ａｎｄ  Ｚａｍｉｒ，１９９６）。 
【０１４８】
近年、新たに進化した及び確立された対立遺伝子間の不調和（ｃｌａｓｈ）、又は天然又は人工的な手段のいずれかによって異なるゲノムを合わせる際の不調和を含む、負のエピスタシスのいくつかの事例が、多様な生物において発生している。例としては、細菌及び酵母中の相互作用する対立遺伝子を組み合わせる際の適合性増加が損なわれること（Ｃｈｏｕ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｈｅｃｋ  ｅｔ  ａｌ．，２００６；Ｋｈａｎ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１；Ｋｖｉｔｅｋ  ａｎｄ  Ｓｈｅｒｌｏｃｋ，２０１１）、シロイヌナズナ属（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ）の異なる系統間の交配種壊死（Ｃｈａｅ  ｅｔ  ａｌ．，２０１４）、及び２つの共通の耐性変異が共に受け継がれる場合のヒトにおけるマラリヤからの保護の低下（Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ｅｔ  ａｌ．，２００５）が挙げられる。進化及び自然選択における負のエピスタシスと比較して、栽培化及び育種中に人によって課される強力な人為選択は、エピスタシスのより高頻度の発生を引き起こし得る。この試験において記載されるもののような劇的な事例が、調節因子による相互作用又は抑制に対する選択によって克服され得るが、ハイスループットの量的表現型解析プラットフォーム（フェノミクス）及びゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）の力が向上するまで検出及び詳細な分析が依然として難しい、よりわずかな表現型結果を有する、農業における多くの未知の負の相互作用が存在し得る。 
【０１４９】
ｓ２分枝症候群の根底にある極端な負のエピスタシスのここでの詳細な分析は、次世代の作物育種のための過小評価されている課題を強調した。具体的には、急速に進歩している遺伝子編集技術を用いて、特定の遺伝子についての正確な新規な対立遺伝子変異を、既存の遺伝資源に導入することは、望ましい表現型の結果を提供しないことがあり、栽培化及び初期の育種中に選択及び安定化された対立遺伝子による相互作用のため、マイナスの結果をもたらす可能性がある（Ｍａｃｋａｙ，２０１３）。２つの密接に関連したＭＡＤＳボックス遺伝子に関与する負のエピスタシスのここでの例は、栽培化及び改良において既に役割を果たしている遺伝子ファミリー又は関連する発生経路における新たな対立遺伝子の操作が、予想外のエピスタシス結果に特に感受性であり得ることを示唆し、これは、おそらく、農業における負のエピスタシスのまだ特徴付けられていない他の例を説明する（Ｂｏｍｂｌｉｅｓ  ａｎｄ  Ｗｅｉｇｅｌ，２００７；Ｍａｔｓｕｂａｒａ  ｅｔ  ａｌ．，２０１５；Ｓｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１６；Ｚｈａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，２０１１）。負のエピスタシスを解明し、中和し、潜在的に利用することは、本発明の試験において行われるように、植物及び動物の両方の育種における生産性の障壁を破壊するのに役立つ大きな影響を与え得る。 
【０１５０】
【表８】
2020521444.tif 000049
【０１５１】
【表９】
2020521444.tif 000050
【０１５２】
【表１０】
2020521444.tif 000051
【０１５３】
【表１１】
2020521444.tif 000052
【０１５４】
参考文献 
Ａｍｐｏｍａｈ−Ｄｗａｍｅｎａ，Ｃ．，Ｍｏｒｒｉｓ，Ｂ．Ａ．，Ｓｕｔｈｅｒｌａｎｄ，Ｐ．，Ｖｅｉｔ，Ｂ．，ａｎｄ  Ｙａｏ，Ｊ．（２００２）．Ｄｏｗｎ−Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＴＭ２９，ａ  Ｔｏｍａｔｏ  ＳＥＰＡＬＬＡＴＡＨｏｍｏｌｏｇ，Ｃａｕｓｅｓ  Ｐａｒｔｈｅｎｏｃａｒｐｉｃ  Ｆｒｕｉｔ  Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  Ｆｌｏｒａｌ  Ｒｅｖｅｒｓｉｏｎ．Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  １３０，６０５−６１７． 
Ａｎｄｅｒｓ，Ｓ．，Ｐｙｌ，Ｐ．Ｔ．，ａｎｄＨｕｂｅｒ，Ｗ．（２０１５）．ＨＴＳｅｑ−Ａ  Ｐｙｔｈｏｎ  ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｔｏ  ｗｏｒｋ  ｗｉｔｈＨｉｇｈ−ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ３１，１６６−１６９． 
Ａｓｈｉｋａｒｉ，Ｍ．，Ｓａｋａｋｉｂａｒａ，Ｈ．，Ｌｉｎ，Ｓ．，Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｔ．，Ｔａｋａｓｈｉ，Ｔ．，Ｎｉｓｈｉｍｕｒａ，Ａ．，Ａｎｇｅｌｅｓ，Ｅ．Ｒ．，Ｑｉａｎ，Ｑ．，Ｋｉｔａｎｏ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｍａｔｓｕｏｋａ，Ｍ．（２００５）．Ｃｙｔｏｋｉｎｉｎ  ｏｘｉｄａｓｅ  ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ｒｉｃｅ  ｇｒａｉｎ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３０９，７４１−７４５． 
Ｂｅｌｈａｊ，Ｋ．，Ｃｈａｐａｒｒｏ−Ｇａｒｃｉａ，Ａ．，Ｋａｍｏｕｎ，Ｓ．，ａｎｄ  Ｎｅｋｒａｓｏｖ，Ｖ．（２０１３）．Ｐｌａｎｔ  ｇｅｎｏｍｅ  ｅｄｉｔｉｎｇ  ｍａｄｅ  ｅａｓｙ：ｔａｒｇｅｔｅｄ  ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ  ｉｎ  ｍｏｄｅｌ  ａｎｄ  ｃｒｏｐ  ｐｌａｎｔｓ  ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ  ｓｙｓｔｅｍ．Ｐｌａｎｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ９，ｄｏｉ：１０．１１８６／１７４６−４８１１−９−３９． 
Ｂｅｍｅｒ，Ｍ．，Ｋａｒｌｏｖａ，Ｒ．，Ｂａｌｌｅｓｔｅｒ，Ａ．Ｒ．，Ｔｉｋｕｎｏｖ，Ｙ．Ｍ．，Ｂｏｖｙ，Ａ．Ｇ．，Ｗｏｌｔｅｒｓ−Ａｒｔｓ，Ｍ．，Ｒｏｓｓｅｔｔｏ，Ｐ．Ｄ．Ｂ．，Ａｎｇｅｎｅｎｔ，Ｇ．Ｃ．，ａｎｄ  ｄｅ  Ｍａａｇｄ，Ｒ．ａ（２０１２）．Ｔｈｅ  ｔｏｍａｔｏ  ＦＲＵＩＴＦＵＬＬＨｏｍｏｌｏｇｓ  ＴＤＲ４／ＦＵＬ１  ａｎｄ  ＭＢＰ７／ＦＵＬ２  ｒｅｇｕｌａｔｅ  ｅｔｈｙｌｅｎｅ−ｉｎｄｅｐｅｎｄｅｎｔ  ａｓｐｅｃｔｓ  ｏｆ  ｆｒｕｉｔ  ｒｉｐｅｎｉｎｇ．Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ２４，４４３７−４４５１． 
Ｂｌａｎｃａ，Ｊ．，Ｍｏｎｔｅｒｏ−Ｐａｕ，Ｊ．，Ｓａｕｖａｇｅ，Ｃ．，Ｂａｕｃｈｅｔ，Ｇ．，Ｉｌｌａ，Ｅ．，Ｄｉｅｚ，Ｍ．Ｊ．，Ｆｒａｎｃｉｓ，Ｄ．，Ｃａｕｓｓｅ，Ｍ．，ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｎａａｐ，Ｅ．，ａｎｄ  Ｃａｎｉｚａｒｅｓ，Ｊ．（２０１５）．Ｇｅｎｏｍｉｃ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ，ｆｒｏｍ  ｗｉｌｄ  ａｎｃｅｓｔｏｒｓ  ｔｏ  ｃｏｎｔｅｍｐｏｒａｒｙ  ｂｒｅｅｄｉｎｇ  ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ．ＢＭＣ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  １６，２５７． 
Ｂｏｄｅｎ，Ｓ．Ａ．，Ｃａｖａｎａｇｈ，Ｃ．，Ｃｕｌｌｉｓ，Ｂ．Ｒ．，Ｒａｍｍ，Ｋ．，Ｇｒｅｅｎｗｏｏｄ，Ｊ．，Ｊｅａｎ  Ｆｉｎｎｅｇａｎ，Ｅ．，Ｔｒｅｖａｓｋｉｓ，Ｂ．，ａｎｄ  Ｓｗａｉｎ，Ｓ．Ｍ．（２０１５）．Ｐｐｄ−１  ｉｓ  ａ  ｋｅｙ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ａｎｄ  ｐａｉｒｅｄ  ｓｐｉｋｅｌｅｔ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｉｎ  ｗｈｅａｔ．Ｎａｔ．Ｐｌａｎｔｓ  １，１４０１６． 
Ｂｏｌｇｅｒ，Ａ．，Ｓｃｏｓｓａ，Ｆ．，Ｂｏｌｇｅｒ，Ｍ．Ｅ．，Ｌａｎｚ，Ｃ．，Ｍａｕｍｕｓ，Ｆ．，Ｔｏｈｇｅ，Ｔ．，Ｑｕｅｓｎｅｖｉｌｌｅ，Ｈ．，Ａｌｓｅｅｋｈ，Ｓ．，Ｓｏｒｅｎｓｅｎ，Ｉ．，Ｌｉｃｈｔｅｎｓｔｅｉｎ，Ｇ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１４ａ）．Ｔｈｅ  ｇｅｎｏｍｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓｔｒｅｓｓ−ｔｏｌｅｒａｎｔ  ｗｉｌｄ  ｔｏｍａｔｏ  ｓｐｅｃｉｅｓ  Ｓｏｌａｎｕｍ  ｐｅｎｎｅｌｌｉｉ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ  ４６，１０３４−１０３８． 
Ｂｏｌｇｅｒ，Ａ．Ｍ．，Ｌｏｈｓｅ，Ｍ．，ａｎｄ  Ｕｓａｄｅｌ，Ｂ．（２０１４ｂ）．Ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃ：Ａ  ｆｌｅｘｉｂｌｅ  ｔｒｉｍｍｅｒ  ｆｏｒ  Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ３０，２１１４−２１２０． 
Ｂｏｍｂｌｉｅｓ，Ｋ．，ａｎｄ  Ｗｅｉｇｅｌ，Ｄ．（２００７）．Ｈｙｂｒｉｄ  ｎｅｃｒｏｓｉｓ：ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ  ａｓ  ａ  ｐｏｔｅｎｔｉａｌ  ｇｅｎｅ−ｆｌｏｗ  ｂａｒｒｉｅｒ  ｉｎ  ｐｌａｎｔ  ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｎａｔ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．８，３８２−３９３． 
Ｂｒｏｏｋｓ，Ｃ．，Ｎｅｋｒａｓｏｖ，Ｖ．，Ｌｉｐｐｍａｎ，Ｚ．Ｂ．，ａｎｄ  Ｖａｎ  Ｅｃｋ，Ｊ．（２０１４）．Ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ  Ｇｅｎｅ  Ｅｄｉｔｉｎｇ  ｉｎ  Ｔｏｍａｔｏ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｆｉｒｓｔ  Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  Ｕｓｉｎｇ  ｔｈｅ  ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９  Ｓｙｓｔｅｍ．Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  １６６，１２９２−１２９７． 
Ｂｕｃｋｌｅｒ，Ｅ．Ｓ．，Ｈｏｌｌａｎｄ，Ｊ．Ｂ．，Ｂｒａｄｂｕｒｙ，Ｐ．Ｊ．，Ａｃｈａｒｙａ，Ｃ．Ｂ．，Ｂｒｏｗｎ，Ｐ．Ｊ．，Ｂｒｏｗｎｅ，Ｃ．，Ｅｒｓｏｚ，Ｅ．，Ｆｌｉｎｔ−Ｇａｒｃｉａ，Ｓ．，Ｇａｒｃｉａ，Ａ．，Ｇｌａｕｂｉｔｚ，Ｊ．Ｃ．，ｅｔ  ａｌ．（２００９）．Ｔｈｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ｏｆ  ｍａｉｚｅ  ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ  ｔｉｍｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３２５，７１４−７１８． 
Ｂｕｄｉｍａｎ，Ｍ．Ａ．，Ｃｈａｎｇ，Ｓ．Ｂ．，Ｌｅｅ，Ｓ．，Ｙａｎｇ，Ｔ．Ｊ．，Ｚｈａｎｇ，Ｈ．Ｂ．，Ｄｅ  Ｊｏｎｇ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｗｉｎｇ，Ｒ．ａ．（２００４）．Ｌｏｃａｌｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ−２  ｇｅｎｅ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｉｃ  ｒｅｇｉｏｎ  ｏｆ  ｔｏｍａｔｏ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １２  ｂａｓｅｄ  ｏｎＨｉｇｈ  ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  ｐｈｙｓｉｃａｌ  ｍａｐｐｉｎｇ．Ｔｈｅｏ  Ａｐｐｌ  Ｇｅｎｅｔ  １０８，１９０−１９６． 
Ｂｕｔｌｅｒ，Ｌ．（１９３６）．Ｉｎｈｅｒｉｔｅｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｔｏｍａｔｏ．ＩＩ．Ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ  ｐｅｄｉｃｅｌｓ．Ｊ．Ｈｅｒｅｄ．２７，２５−２６． 
Ｃｈａｅ，Ｅ．，Ｂｏｍｂｌｉｅｓ，Ｋ．，Ｋｉｍ，Ｓ．Ｔ．，Ｋａｒｅｌｉｎａ，Ｄ．，Ｚａｉｄｅｍ，Ｍ．，Ｏｓｓｏｗｓｋｉ，Ｓ．，Ｍａｒｔｉｎ−Ｐｉｚａｒｒｏ，Ｃ．，Ｌａｉｔｉｎｅｎ，Ｒ．Ａ．Ｅ．，Ｒｏｗａｎ，Ｂ．Ａ．，Ｔｅｎｅｎｂｏｉｍ，Ｈ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１４）．Ｓｐｅｃｉｅｓ−ｗｉｄｅ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｉｎｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ  ｉｍｍｕｎｅ  ｇｅｎｅｓ  ａｓＨｏｔ  ｓｐｏｔｓ  ｏｆ  ｄｅｌｅｔｅｒｉｏｕｓ  ｅｐｉｓｔａｓｉｓ．Ｃｅｌｌ  １５９，１３４１−１３５１． 
Ｃｈａｋｒａｂａｒｔｉ，Ｍ．，Ｚｈａｎｇ，Ｎ．，Ｓａｕｖａｇｅ，Ｃ．，Ｍｕｎｏｓ，Ｓ．，Ｂｌａｎｃａ，Ｊ．，Ｃａｎｉｚａｒｅｓ，Ｊ．，Ｄｉｅｚ，Ｍ．Ｊ．，Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ｒ．，Ｍａｚｏｕｒｅｋ，Ｍ．，ＭｃＣｌｅａｄ，Ｊ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１３）．Ａ  ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ  Ｐ４５０  ｒｅｇｕｌａｔｅｓ  ａ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ  ｔｒａｉｔ  ｉｎ  ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ  ｔｏｍａｔｏ．Ｐ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １１０，１７１２５−１７１３０． 
Ｃｈｏｕ，Ｈ．−Ｈ．，Ｃｈｉｕ，Ｈ．−Ｃ．，Ｄｅｌａｎｅｙ，Ｎ．Ｆ．，Ｓｅｇｒｅ，Ｄ．，ａｎｄ  Ｍａｒｘ，Ｃ．Ｊ．（２０１１）．Ｄｉｍｉｎｉｓｈｉｎｇ  Ｒｅｔｕｒｎｓ  Ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  Ａｍｏｎｇ  Ｂｅｎｅｆｉｃｉａｌ  Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  Ｄｅｃｅｌｅｒａｔｅｓ  Ａｄａｐｔａｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３３２，１１９０−１１９２． 
Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ，Ｔ．Ｔ．Ｇ．（２０１２）．Ｔｈｅ  ｔｏｍａｔｏ  ｇｅｎｏｍｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｐｒｏｖｉｄｅｓ  ｉｎｓｉｇｈｔｓ  ｉｎｔｏ  ｆｌｅｓｈｙ  ｆｒｕｉｔ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  ４８５，６３５−６４１． 
Ｄｉｔｔａ，Ｇ．，Ｐｉｎｙｏｐｉｃｈ，Ａ．，Ｒｏｂｌｅｓ，Ｐ．，Ｐｅｌａｚ，Ｓ．，ａｎｄ  Ｙａｎｏｆｓｋｙ，Ｍ．Ｆ．（２００４）．Ｔｈｅ  ＳＥＰ４  Ｇｅｎｅ  ｏｆ  Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ｔｈａｌｉａｎａ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ｉｎ  Ｆｌｏｒａｌ  Ｏｒｇａｎ  ａｎｄ  Ｍｅｒｉｓｔｅｍ  Ｉｄｅｎｔｉｔｙ．Ｃｕｒｒ．Ｂｉｏｌ  １４，１９３５−１９４０． 
Ｄｏｅｂｌｅｙ，Ｊ．，Ｓｔｅｃ，Ａ．，ａｎｄＨｕｂｂａｒｄ，Ｌ．（１９９７）．Ｔｈｅ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｐｉｃａｌ  ｄｏｍｉｎａｎｃｅ  ｉｎ  ｍａｉｚｅ．Ｎａｔｕｒｅ  ３８６，４８５−４８８． 
Ｄｏｅｂｌｅｙ，Ｊ．Ｆ．，Ｇａｕｔ，Ｂ．Ｓ．，ａｎｄ  Ｓｍｉｔｈ，Ｂ．Ｄ．（２００６）．Ｔｈｅ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ｏｆ  Ｃｒｏｐ  Ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ．Ｃｅｌｌ  １２７，１３０９−１３２１． 
Ｄｏｕｓｔ，Ａ．Ｎ．，Ｌｕｋｅｎｓ，Ｌ．，Ｏｌｓｅｎ，Ｋ．Ｍ．，Ｍａｕｒｏ−Ｈｅｒｒｅｒａ，Ｍ．，Ｍｅｙｅｒ，Ａ．，ａｎｄ  Ｒｏｇｅｒｓ，Ｋ．（２０１４）．Ｂｅｙｏｎｄ  ｔｈｅ  ｓｉｎｇｌｅ  ｇｅｎｅ：Ｈｏｗ  ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  ｇｅｎｅ−ｂｙ−ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ  ｃｒｏｐ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１−６． 
Ｅｓｈｅｄ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｚａｍｉｒ，Ｄ．（１９９６）．Ｌｅｓｓ−ｔｈａｎ−ａｄｄｉｔｉｖｅ  ｅｐｉｓｔａｔｉｃ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｏｆ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｔｒａｉｔ  ｌｏｃｉ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  １４３，１８０７−１８１７． 
Ｆａｍｏｓｏ，Ａ．Ｎ．，Ｚｈａｏ，Ｋ．，Ｃｌａｒｋ，Ｒ．Ｔ．，Ｔｕｎｇ，Ｃ．，Ｗｒｉｇｈｔ，Ｍ．Ｈ．，Ｋｏｃｈｉａｎ，Ｌ．Ｖ，ａｎｄ  Ｍｃｃｏｕｃｈ，Ｓ．Ｒ．（２０１１）．Ｇｅｎｅｔｉｃ  Ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ｏｆ  Ａｌｕｍｉｎｕｍ  Ｔｏｌｅｒａｎｃｅ  ｉｎ  Ｒｉｃｅ（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ）Ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ  ｔｈｒｏｕｇｈ  Ｇｅｎｏｍｅ−Ｗｉｄｅ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ａｎｄ  ＱＴＬ  Ｍａｐｐｉｎｇ．Ｐｌｏｓ  Ｇｅｎｅｔ  ７，ｅ１００２２２１．ｄｏｉ：１０．１３７１／ｊｏｕｒｎａｌ．ｐｇｅｎ．１００２２２１． 
Ｆｕｔｓｃｈｉｋ，Ｍ．（２０１５）．Ｍｆｕｚｚ：Ｓｏｆｔ  ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ  ｏｆ  ｔｉｍｅ  ｓｅｒｉｅｓ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｄａｔａ．Ｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ２．３０．０． 
Ｇａｏ，Ｘ．，Ｚｈａｎｇ，Ｘ．，Ｌａｎ，Ｈ．，Ｈｕａｎｇ，Ｊ．，Ｗａｎｇ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｚｈａｎｇ，Ｈ．（２０１５）．Ｔｈｅ  ａｄｄｉｔｉｖｅ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ＧＳ３  ａｎｄ  ｑＧＬ３  ｏｎ  ｒｉｃｅ  ｇｒａｉｎ  ｌｅｎｇｔｈ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｒｅｖｅａｌｅｄ  ｂｙ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ  ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎｓ．ＢＭＣ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｌ．１５，１５６． 
Ｇｒａａｆｆ，Ｅ．Ｖａｎ  Ｄｅｒ，Ｌａｕｘ，Ｔ．，ａｎｄ  Ｒｅｎｓｉｎｇ，Ｓ．Ａ．（２００９）．Ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆａｍｉｌｙ  ｒｅｖｉｅｗ  Ｔｈｅ  ＷＵＳＨｏｍｅｏｂｏｘ−ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ（ＷＯＸ）ｐｒｏｔｅｉｎ  ｆａｍｉｌｙ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  １０，１−９． 
Ｇｕｐｔａ，Ｓ．ａｎｄ  Ｖａｎ  Ｅｃｋ，Ｊ．（２０１６）．Ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｌａｎｔ  ｒｅｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  ｍｅｄｉｕｍ  ｄｅｃｒｅａｓｅｓ  ｔｈｅ  ｔｉｍｅ  ｆｏｒ  ｒｅｃｏｖｅｒｙ  ｏｆ  Ｓｏｌａｎｕｍ  ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ  ｃｕｌｔｉｖａｒ  Ｍ８２  ｓｔａｂｌｅ  ｔｒａｎｓｇｅｎｉｃ  ｌｉｎｅｓ．Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｏｒｇａｎ  Ｃｕｌｔ．１２７，４１７−４２３． 
Ｈａｒｔｍａｎｎ，Ｕ．，Ｈｏｅｈｍａｎｎ，Ｓ．，Ｎｅｔｔｅｓｈｅｉｍ，Ｋ．，Ｗｉｓｍａｎ，Ｅ．，Ｓａｅｄｌｅｒ，Ｈ．，ａｎｄＨｕｉｊｓｅｒ，Ｐ．（２０００）．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ｏｆ  ＳＶＰ：Ａ  ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｆｌｏｒａｌ  ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ  ｉｎ  Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ．Ｐｌａｎｔ  Ｊ．２１，３５１−３６０． 
Ｈｅｃｋ，Ｊ．Ａ．，Ａｒｇｕｅｓｏ，Ｊ．Ｌ．，Ｇｅｍｉｃｉ，Ｚ．，Ｒｅｅｖｅｓ，Ｒ．Ｇ．，Ｂｅｒｎａｒｄ，Ａ．，Ａｑｕａｄｒｏ，Ｃ．Ｆ．，ａｎｄ  Ａｌａｎｉ，Ｅ．（２００６）．Ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｎａｔｕｒａｌ  ｖａｒｉａｎｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ  ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ  ＭＬＨ１  ａｎｄ  ＰＭＳ１  ｇｅｎｅｓ  ｒｅｓｕｌｔｓ  ｉｎ  ａ  ｄｅｆｅｃｔ  ｉｎ  ｍｉｓｍａｔｃｈ  ｒｅｐａｉｒ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１０３，３２５６−３２６１． 
Ｈｕａｎｇ，Ｘ．，Ｑｉａｎ，Ｑ．，Ｌｉｕ，Ｚ．，Ｓｕｎ，Ｈ．，Ｈｅ，Ｓ．，Ｌｕｏ，Ｄ．，Ｘｉａ，Ｇ．，Ｃｈｕ，Ｃ．，Ｌｉ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｆｕ，Ｘ．（２００９）．Ｎａｔｕｒａｌ  ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ａｔ  ｔｈｅ  ＤＥＰ１  ｌｏｃｕｓ  ｅｎｈａｎｃｅｓ  ｇｒａｉｎ  ｙｉｅｌｄ  ｉｎ  ｒｉｃｅ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ  ４１，４９４−４９７． 
Ｊｉａｏ，Ｙ．，Ｗａｎｇ，Ｙ．，Ｘｕｅ，Ｄ．，Ｗａｎｇ，Ｊ．，Ｙａｎ，Ｍ．，Ｌｉｕ，Ｇ．，Ｄｏｎｇ，Ｇ．，Ｚｅｎｇ，Ｄ．，Ｌｕ，Ｚ．，Ｚｈｕ，Ｘ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１０）．Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＯｓＳＰＬ１４  ｂｙ  ＯｓｍｉＲ１５６  ｄｅｆｉｎｅｓ  ｉｄｅａｌ  ｐｌａｎｔ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ｉｎ  ｒｉｃｅ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ  ４２，５４１−５４４． 
Ｋｈａｎ，Ａ．Ｉ．，Ｄｉｎｈ，Ｄ．Ｍ．，Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ，Ｄ．，Ｌｅｎｓｋｉ，Ｒ．Ｅ．，ａｎｄ  Ｃｏｏｐｅｒ，Ｔ．Ｆ．（２０１１）．Ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｂｅｎｅｆｉｃｉａｌ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ａｎ  ｅｖｏｌｖｉｎｇ  ｂａｃｔｅｒｉａｌ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３３２，１１９３−１１９６． 
Ｋｉｍ，Ｄ．，Ｐｅｒｔｅａ，Ｇ．，Ｔｒａｐｎｅｌｌ，Ｃ．，Ｐｉｍｅｎｔｅｌ，Ｈ．，Ｋｅｌｌｅｙ，Ｒ．，ａｎｄ  Ｓａｌｚｂｅｒｇ，Ｓ．Ｌ．（２０１３）．ＴｏｐＨａｔ２：ａｃｃｕｒａｔｅ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｐｒｅｓｅｎｃｅ  ｏｆ  ｉｎｓｅｒｔｉｏｎｓ，ｄｅｌｅｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｇｅｎｅ  ｆｕｓｉｏｎｓ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｂｉｏｌ  １４，Ｒ３６． 
Ｋｌｅｅ，Ｈ．Ｊ．，ａｎｄ  Ｇｉｏｖａｎｎｏｎｉ，Ｊ．Ｊ．（２０１１）．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎｄ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  Ｔｏｍａｔｏ  Ｆｒｕｉｔ  Ｒｉｐｅｎｉｎｇ  ａｎｄ  Ｑｕａｌｉｔｙ  Ａｔｔｒｉｂｕｔｅｓ．Ａｎｎｕ．Ｒｅｖ．Ｇｅｎｅｔ．４５，４１−５９． 
Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｋ．，Ｍａｅｋａｗａ，Ｍ．，Ｍｉｙａｏ，Ａ．，Ｈｉｒｏｃｈｉｋａ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｋｙｏｚｕｋａ，Ｊ．（２０１０）．ＰＡＮＩＣＬＥ  ＰＨＹＴＯＭＥＲ２（ＰＡＰ２），ｅｎｃｏｄｉｎｇ  ａ  ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ  ｓｕｂｆａｍｉｌｙ  ＭＡＤＳ−ｂｏｘ  ｐｒｏｔｅｉｎ，ｐｏｓｉｔｉｖｅｌｙ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｓｐｉｋｅｌｅｔ  ｍｅｒｉｓｔｅｍ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ  ｉｎ  ｒｉｃｅ．Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  ５１，４７−５７． 
Ｋｏｂａｙａｓｈｉ，Ｋ．，Ｙａｓｕｎｏ，Ｎ．，Ｓａｔｏ，Ｙ．，Ｙｏｄａ，Ｍ．，Ｙａｍａｚａｋｉ，Ｒ．，Ｋｉｍｉｚｕ，Ｍ．，Ｙｏｓｈｉｄａ，Ｈ．，Ｎａｇａｍｕｒａ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｋｙｏｚｕｋａ，Ｊ．（２０１２）．Ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  Ｍｅｒｉｓｔｅｍ  Ｉｄｅｎｔｉｔｙ  ｉｎ  Ｒｉｃｅ  Ｉｓ  Ｓｐｅｃｉｆｉｅｄ  ｂｙ  Ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｔｈｒｅｅ  ＡＰ１／ＦＵＬ−Ｌｉｋｅ  ＭＡＤＳ  Ｂｏｘ  Ｇｅｎｅｓ  ａｎｄ  ＰＡＰ２，ａ  ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ  ＭＡＤＳ  Ｂｏｘ  Ｇｅｎｅ．Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ２４，１８４８−１８５９． 
Ｋｏｍａｔｓｕｄａ，Ｔ．，Ｐｏｕｒｋｈｅｉｒａｎｄｉｓｈ，Ｍ．，Ｈｅ，Ｃ．，Ａｚｈａｇｕｖｅｌ，Ｐ．，Ｋａｎａｍｏｒｉ，Ｈ．，Ｐｅｒｏｖｉｃ，Ｄ．，Ｓｔｅｉｎ，Ｎ．，Ｇｒａｎｅｒ，Ａ．，Ｗｉｃｋｅｒ，Ｔ．，Ｔａｇｉｒｉ，Ａ．，ｅｔ  ａｌ．（２００７）．Ｓｉｘ−ｒｏｗｅｄ  ｂａｒｌｅｙ  ｏｒｉｇｉｎａｔｅｄ  ｆｒｏｍ  ａ  ｍｕｔａｔｉｏｎ  ｉｎ  ａＨｏｍｅｏｄｏｍａｉｎ−ｌｅｕｃｉｎｅ  ｚｉｐｐｅｒ  Ｉ−ｃｌａｓｓＨｏｍｅｏｂｏｘ  ｇｅｎｅ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．１０４，１４２４−１４２９． 
Ｋｖｉｔｅｋ，Ｄ．Ｊ．，ａｎｄ  Ｓｈｅｒｌｏｃｋ，Ｇ．（２０１１）．Ｒｅｃｉｐｒｏｃａｌ  Ｓｉｇｎ  Ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  Ｆｒｅｑｕｅｎｔｌｙ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌｌｙ  Ｅｖｏｌｖｅｄ  Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  Ｃａｕｓｅｓ  ａ  Ｒｕｇｇｅｄ  Ｆｉｔｎｅｓｓ  Ｌａｎｄｓｃａｐｅ．ＰＬｏＳ  Ｇｅｎｅｔ．７，ｅ１００２０５６． 
Ｋｙｏｚｕｋａ，Ｊ．，Ｔｏｋｕｎａｇａ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｙｏｓｈｉｄａ，Ａ．（２０１４）．Ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  ｇｒａｓｓ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｆｏｒｍ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｆｉｎｅ−ｔｕｎｉｎｇ  ｏｆ  ｍｅｒｉｓｔｅｍ  ｐｈａｓｅ  ｃｈａｎｇｅ．Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｌ  １７，１１０−１１５． 
Ｌｅｉ，Ｙ．，Ｌｕ，Ｌ．，Ｌｉｕ，Ｈ．Ｙ．，Ｌｉ，Ｓ．，Ｘｉｎｇ，Ｆ．，ａｎｄ  Ｃｈｅｎ，Ｌ．Ｌ．（２０１４）．ＣＲＩＳＰＲ−Ｐ：Ａ  ｗｅｂ  ｔｏｏｌ  ｆｏｒ  ｓｙｎｔｈｅｔｉｃ  ｓｉｎｇｌｅ−ｇｕｉｄｅ  ＲＮＡ  ｄｅｓｉｇｎ  ｏｆ  ＣＲＩＳＰＲ−ｓｙｓｔｅｍ  ｉｎ  ｐｌａｎｔｓ．Ｍｏｌ  Ｐｌａｎｔ  ７，１４９４−１４９６． 
Ｌｅｍｍｏｎ，Ｚ．Ｈ．，Ｐａｒｋ，Ｓ．Ｊ．，Ｊｉａｎｇ，Ｋ．，Ｖａｎ  Ｅｃｋ，Ｊ．，Ｓｃｈａｔｚ，Ｍ．Ｃ．，ａｎｄ  Ｌｉｐｐｍａｎ，Ｚ．Ｂ．（２０１６）．Ｔｈｅ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｎｉｇｈｔｓｈａｄｅｓ  ａｎｄＨｅｔｅｒｏｃｈｒｏｎｙ  ｄｕｒｉｎｇ  ｍｅｒｉｓｔｅｍ  ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．１−１１． 
Ｌｅｓｅｂｅｒｇ，Ｃ．Ｈ．，Ｅｉｓｓｌｅｒ，Ｃ．Ｌ．，Ｗａｎｇ，Ｘ．，Ｊｏｈｎｓ，Ｍ．ａ．，Ｄｕｖａｌｌ，Ｍ．Ｒ．，ａｎｄ  Ｍａｏ，Ｌ．（２００８）．Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ  ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  ＭＡＤＳ−ｄｏｍａｉｎ  ｐｒｏｔｅｉｎｓ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ．Ｊ  Ｅｘｐ  Ｂｏｔ  ５９，２２５３−２２６５． 
Ｌｉ，Ｈ．（２０１１）．Ａ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｆｒａｍｅｗｏｒｋ  ｆｏｒ  ＳＮＰ  ｃａｌｌｉｎｇ，ｍｕｔａｔｉｏｎ  ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ  ｍａｐｐｉｎｇ  ａｎｄ  ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅｔｉｃａｌ  ｐａｒａｍｅｔｅｒ  ｅｓｔｉｍａｔｉｏｎ  ｆｒｏｍ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２７，２９８７−２９９３． 
Ｌｉ，Ｈ．（２０１３）．Ａｌｉｇｎｉｎｇ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ｒｅａｄｓ，ｃｌｏｎｅ  ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ  ａｎｄ  ａｓｓｅｍｂｌｙ  ｃｏｎｔｉｇｓ  ｗｉｔｈ  ＢＷＡ−ＭＥＭ．ａｒＸｉｖ  Ｐｒｅｐｒ．ａｒＸｉｖ  ０，３． 
Ｌｉ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｄｕｒｂｉｎ，Ｒ．（２００９）．Ｆａｓｔ  ａｎｄ  ａｃｃｕｒａｔｅ  ｓｈｏｒｔ  ｒｅａｄ  ａｌｉｇｎｍｅｎｔ  ｗｉｔｈ  Ｂｕｒｒｏｗｓ−Ｗｈｅｅｌｅｒ  ｔｒａｎｓｆｏｒｍ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２５，１７５４−１７６０． 
Ｌｉ，Ｈ．，Ｈａｎｄｓａｋｅｒ，Ｂ．，Ｗｙｓｏｋｅｒ，Ａ．，Ｆｅｎｎｅｌｌ，Ｔ．，Ｒｕａｎ，Ｊ．，Ｈｏｍｅｒ，Ｎ．，Ｍａｒｔｈ，Ｇ．，Ａｂｅｃａｓｉｓ，Ｇ．，ａｎｄ  Ｄｕｒｂｉｎ，Ｒ．（２００９）．Ｔｈｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ／Ｍａｐ  ｆｏｒｍａｔ  ａｎｄ  ＳＡＭｔｏｏｌｓ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２５，２０７８−２０７９． 
Ｌｉｎ，Ｔ．，Ｚｈｕ，Ｇ．，Ｚｈａｎｇ，Ｊ．，Ｘｕ，Ｘ．，Ｙｕ，Ｑ．，Ｚｈｅｎｇ，Ｚ．，Ｚｈａｎｇ，Ｚ．，Ｌｕｎ，Ｙ．，Ｌｉ，Ｓ．，Ｗａｎｇ，Ｘ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１４）．Ｇｅｎｏｍｉｃ  ａｎａｌｙｓｅｓ  ｐｒｏｖｉｄｅ  ｉｎｓｉｇｈｔｓ  ｉｎｔｏ  ｔｈｅＨｉｓｔｏｒｙ  ｏｆ  ｔｏｍａｔｏ  ｂｒｅｅｄｉｎｇ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ  ４６，１２２０−１２２６． 
Ｌｉｐｐｍａｎ，Ｚ．Ｂ．，Ｃｏｈｅｎ，Ｏ．，Ａｌｖａｒｅｚ，Ｊ．Ｐ．，Ａｂｕ−Ａｂｉｅｄ，Ｍ．，Ｐｅｋｋｅｒ，Ｉ．，Ｐａｒａｎ，Ｉ．，Ｅｓｈｅｄ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｚａｍｉｒ，Ｄ．（２００８）．Ｔｈｅ  ｍａｋｉｎｇ  ｏｆ  ａ  ｃｏｍｐｏｕｎｄ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ  ａｎｄ  ｒｅｌａｔｅｄ  ｎｉｇｈｔｓｈａｄｅｓ．ＰＬｏＳ  Ｂｉｏｌ  ６，ｅ２８８． 
Ｌｉｕ，Ｃ．，Ｔｅｏ，Ｚ．Ｗ．Ｎ．，Ｂｉ，Ｙ．，Ｓｏｎｇ，Ｓ．，Ｘｉ，Ｗ．，Ｙａｎｇ，Ｘ．，Ｙｉｎ，Ｚ．，ａｎｄ  Ｙｕ，Ｈ．（２０１３）．Ａ  ｃｏｎｓｅｒｖｅｄ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｐａｔｈｗａｙ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ｉｎ  Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ  ａｎｄ  ｒｉｃｅ．Ｄｅｖ  Ｃｅｌｌ  ２４，６１２−６２２． 
Ｌｉｕ，Ｄ．，Ｗａｎｇ，Ｄ．，Ｑｉｎ，Ｚ．，Ｚｈａｎｇ，Ｄ．，Ｙｉｎ，Ｌ．，Ｗｕ，Ｌ．，Ｃｏｌａｓａｎｔｉ，Ｊ．，Ｌｉ，Ａ．，ａｎｄ  Ｍａｏ，Ｌ．（２０１４）．Ｔｈｅ  ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ  ＭＡＤＳ−ｂｏｘ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ＳＬＭＢＰ２１  ｆｏｒｍｓ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｃｏｍｐｌｅｘｅｓ  ｗｉｔｈ  ＪＯＩＮＴＬＥＳＳ  ａｎｄ  ＭＡＣＲＯＣＡＬＹＸ  ａｓ  ａ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ａｃｔｉｖａｔｏｒ  ｆｏｒ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｏｍａｔｏ  ｆｌｏｗｅｒ  ａｂｓｃｉｓｓｉｏｎ  ｚｏｎｅ．Ｐｌａｎｔ  Ｊ  ７７，２８４−２９６． 
ＭａｃＡｒｔｈｕｒ，Ｊ．Ｗ．，ａｎｄ  Ｃｈｉａｓｓｏｎ，Ｌ．Ｐ．（１９４７）．Ｃｙｔｏｇｅｎｅｔｉｃ  Ｎｏｔｅｓ  ｏｎ  Ｔｏｍａｔｏ  Ｓｐｅｃｉｅｓ  ａｎｄＨｙｂｒｉｄｓ．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ３２，１６５−１７７． 
Ｍａｃｋａｙ，Ｔ．Ｆ．Ｃ．（２０１３）．Ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ａｎｄ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｔｒａｉｔｓ：ｕｓｉｎｇ  ｍｏｄｅｌ  ｏｒｇａｎｉｓｍｓ  ｔｏ  ｓｔｕｄｙ  ｇｅｎｅ−ｇｅｎｅ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｇｅｎｅｔ  １５，２２−３３． 
Ｍａｌｅ，Ｃ．Ｊ．（１９９９）．１００Ｈｅｉｒｌｏｏｍ  Ｔｏｍａｔｏｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｇａｒｄｅｎ． 
Ｍａｏ，Ｌ．，Ｂｅｇｕｍ，Ｄ．，Ｃｈｕａｎｇ，Ｈ．Ｗ．，Ｂｕｄｉｍａｎ，Ｍ．ａ，Ｓｚｙｍｋｏｗｉａｋ，Ｅ．Ｊ．，Ｉｒｉｓｈ，Ｅ．Ｅ．，ａｎｄ  Ｗｉｎｇ，Ｒ．Ａ．（２０００）．ＪＯＩＮＴＬＥＳＳ  ｉｓ  ａ  ＭＡＤＳ−ｂｏｘ  ｇｅｎｅ  ｃｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇ  ｔｏｍａｔｏ  ｆｌｏｗｅｒ  ａｂｓｃｉｓｓｉｏｎ  ｚｏｎｅ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．Ｎａｔｕｒｅ  ４０６，９１０−９１３． 
Ｍａｔｓｕｂａｒａ，Ｋ．，Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｅ．，Ｍｉｚｏｂｕｃｈｉ，Ｒ．，Ｙｏｎｅｍａｒｕ，Ｊ．−ｉ．，Ｙａｍａｍｏｔｏ，Ｔ．，Ｋａｔｏ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｙａｎｏ，Ｍ．（２０１５）．Ｈｙｂｒｉｄ  Ｂｒｅａｋｄｏｗｎ  Ｃａｕｓｅｄ  ｂｙ  Ｅｐｉｓｔａｓｉｓ−Ｂａｓｅｄ  Ｒｅｃｅｓｓｉｖｅ  Ｉｎｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙ  ｉｎ  ａ  Ｃｒｏｓｓ  ｏｆ  Ｒｉｃｅ（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ  Ｌ．）．Ｊ．Ｈｅｒｅｄ．１０６，１１３−１２２． 
Ｍｅｙｅｒ，Ｒ．Ｓ．，ａｎｄ  Ｐｕｒｕｇｇａｎａｎ，Ｍ．Ｄ．（２０１３）．Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｒｏｐ  ｓｐｅｃｉｅｓ：ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ｏｆ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｄｉｖｅｒｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｇｅｎｅｔ  １４，８４０−８５２． 
Ｍｕｌｌｉｎｓ，Ｍ．Ｇ．，Ｂｏｕｑｕｅｔ，Ａ．，ａｎｄ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｌ．Ｅ．（１９９２）．Ｂｉｏｌｏｇｙ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｇｒａｐｅｖｉｎｅ． 
Ｎａｋａｎｏ，Ｔ．，Ｋｉｍｂａｒａ，Ｊ．，Ｆｕｊｉｓａｗａ，Ｍ．，Ｋｉｔａｇａｗａ，Ｍ．，Ｉｈａｓｈｉ，Ｎ．，Ｍａｅｄａ，Ｈ．，Ｋａｓｕｍｉ，Ｔ．，ａｎｄ  Ｉｔｏ，Ｙ．（２０１２）．ＭＡＣＲＯＣＡＬＹＸ  ａｎｄ  ＪＯＩＮＴＬＥＳＳ  ｉｎｔｅｒａｃｔ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ  ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｔｏｍａｔｏ  ｆｒｕｉｔ  ａｂｓｃｉｓｓｉｏｎ  ｚｏｎｅ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ．Ｐｌａｎｔ  Ｐｈｙｓｉｏｌ  １５８，４３９−４５０． 
Ｐａｒｋ，Ｓ．Ｊ．，Ｊｉａｎｇ，Ｋ．，Ｓｃｈａｔｚ，Ｍ．Ｃ．，ａｎｄ  Ｌｉｐｐｍａｎ，Ｚ．Ｂ．（２０１２）．Ｒａｔｅ  ｏｆ  ｍｅｒｉｓｔｅｍ  ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ  ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｓ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ．Ｐ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０９，６３９−６４４． 
Ｐａｒｋ，Ｓ．Ｊ．，Ｅｓｈｅｄ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｌｉｐｐｍａｎ，Ｚ．Ｂ．（２０１４ａ）．Ｍｅｒｉｓｔｅｍ  ｍａｔｕｒａｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅ−ｌｅｓｓｏｎｓ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｓｏｌａｎａｃｅａｅ．Ｃｕｒｒ  Ｏｐｉｎ  Ｐｌａｎｔ  Ｂｉｏｌ  １７，７０−７７． 
Ｐａｒｋ，Ｓ．Ｊ．，Ｊｉａｎｇ，Ｋ．，Ｔａｌ，Ｌ．，Ｙｉｃｈｉｅ，Ｙ．，Ｇａｒ，Ｏ．，Ｚａｍｉｒ，Ｄ．，Ｅｓｈｅｄ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｌｉｐｐｍａｎ，Ｚ．Ｂ．（２０１４ｂ）．Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｃｒｏｐ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ  ｕｓｉｎｇ  ｉｎｄｕｃｅｄ  ｍｕｔａｔｉｏｎｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｆｌｏｒｉｇｅｎ  ｐａｔｈｗａｙ．Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ． 
Ｐｅｅｔ，Ｍ．Ｍ．，ａｎｄ  Ｗｅｌｌｅｓ，Ｇ．（２００５）．Ｇｒｅｅｎｈｏｕｓｅ  ｔｏｍａｔｏ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ．Ｎ  Ｔｏｍａｔｏｅｓ，Ｅ．Ｈｅｕｖｅｌｉｎｋ，Ｅｄ．（Ｗａｌｌｉｎｇｆｏｒｄ，Ｕ．Ｋ．ＣＡＢＩ  Ｐｕｂｌ．２５７−３０４． 
Ｐｅｌａｚ，Ｓ．，Ｄｉｔｔａ，Ｇ．Ｓ．，ａｎｄ  Ｙａｎｏｆｓｋｙ，Ｍ．Ｆ．（２０００）．Ｂ  ａｎｄ  Ｃ  ｆｏｒａｌ  ｏｒｇａｎ  ｉｄｅｎｔｉｔｙ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ｒｅｑｕｉｒｅ  ＳＥＰＡＬＬＡＴＡ  ＭＡＤＳ−ｂｏｘ  ｇｅｎｅｓ．Ｎａｔｕｒｅ  ４０５，９−１２． 
Ｐｅｒａｌｔａ，Ｉ．Ｅ．，ａｎｄ  Ｓｐｏｏｎｅｒ，Ｄ．Ｍ．（２００５）．Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ  ｏｆ  Ｗｉｌｄ  Ｔｏｍａｔｏｅｓ（Ｓｏｌａｎｕｍ  Ｌ．ｓｅｃｔ．Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ）．Ｍｏｎｏ  Ｓｙｓｔ  Ｂｏｔ．１０４，２２７−２５７． 
Ｐｎｕｅｌｉ，Ｌ．，Ｈａｒｅｖｅｎ，Ｄ．，Ｂｒｏｄａｙ，Ｌ．，Ｈｕｒｗｉｔｚ，Ｃ．，ａｎｄ  Ｌｉｆｓｃｈｉｔｚ，Ｅ．（１９９４）．Ｔｈｅ  ＴＭ５  ＭＡＤＳ  Ｂｏｘ  Ｇｅｎｅ  Ｍｅｄｉａｔｅｓ  Ｏｒｇａｎ  Ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｔｈｒｅｅ  Ｉｎｎｅｒ  Ｗｈｏｒｌｓ  ｏｆ  Ｔｏｍａｔｏ  Ｆｌｏｗｅｒｓ．Ｐｌａｎｔ  Ｃｅｌｌ  ６，１７５−１８６． 
Ｐｒｕｓｉｎｋｉｅｗｉｃｚ，Ｐ．，Ｅｒａｓｍｕｓ，Ｙ．，Ｌａｎｅ，Ｂ．，Ｈａｒｄｅｒ，Ｌ．Ｄ．，ａｎｄ  Ｃｏｅｎ，Ｅ．（２００７）．Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ｏｆ  ｉｎｆｌｏｒｅｓｃｅｎｃｅ  ａｒｃｈｉｔｅｃｔｕｒｅｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３１６，１４５２−１４５６． 
Ｐｕｒｕｇｇａｎａｎ，Ｍ．Ｄ．，ａｎｄ  Ｆｕｌｌｅｒ，Ｄ．Ｑ．（２００９）．Ｔｈｅ  ｎａｔｕｒｅ  ｏｆ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｄｕｒｉｎｇ  ｐｌａｎｔ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ．Ｎａｔｕｒｅ  ４５７，８４３−８４８． 
Ｒａｍｓａｙ，Ｌ．，Ｃｏｍａｄｒａｎ，Ｊ．，Ｄｒｕｋａ，Ａ．，Ｍａｒｓｈａｌｌ，Ｄ．Ｆ．，Ｔｈｏｍａｓ，Ｗ．Ｔ．Ｂ．，Ｍａｃａｕｌａｙ，Ｍ．，ＭａｃＫｅｎｚｉｅ，Ｋ．，Ｓｉｍｐｓｏｎ，Ｃ．，Ｆｕｌｌｅｒ，Ｊ．，Ｂｏｎａｒ，Ｎ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１１）．ＩＮＴＥＲＭＥＤＩＵＭ−Ｃ，ａ  ｍｏｄｉｆｉｅｒ  ｏｆ  ｌａｔｅｒａｌ  ｓｐｉｋｅｌｅｔ  ｆｅｒｔｉｌｉｔｙ  ｉｎ  ｂａｒｌｅｙ，ｉｓ  ａｎ  ｏｒｔｈｏｌｏｇ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｍａｉｚｅ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ  ｇｅｎｅ  ＴＥＯＳＩＮＴＥ  ＢＲＡＮＣＨＥＤ  １．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ  ４３，１６９−１７２． 
Ｒｅｙｎａｒｄ，Ｇ．Ｂ．（１９６１）．Ｎｅｗ  Ｓｏｕｒｃｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｊ２  Ｇｅｎｅ  Ｇｏｖｅｒｎｉｎｇ  Ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ  Ｐｅｄｉｃｅｌ  ｉｎ  Ｔｏｍａｔｏ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（８０−．）．１３４，２１０２． 
Ｒｉｃｋ，Ｃ．Ｍ．（１９５６ａ）．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ  Ｓｔｕｄｉｅｓ  ｏｎ  Ａｃｃｅｓｓｉｏｎｓ  ｏｆ  Ｌｙｃｏｓｐｅｒｓｉｃｏｎ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｇａｌａｐａｇｏｓ  Ｉｓｌａｎｄｓ．Ａｍ  Ｊ  Ｂｏｔ  ４３，６８７−６９６． 
Ｒｉｃｋ，Ｃ．Ｍ．（１９５６ｂ）．Ａ  ｎｅｗ  ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ  ｇｅｎｅ  ｆｒｏｍ  ｔｈｅ  Ｇａｌａｐａｇｏｓ  Ｌ．ｐｉｍｐｉｎｅｌｌｉｆｏｌｉｕｍ．ＴＧＣ  Ｒｅｐ．２３． 
Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｒ．Ｗ．（１９８０）．Ｐｌｅｉｏｔｒｏｐｉｃ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｊ−２  ｇｅｎｅ．Ｔｈｅ．ＴＧＣ  Ｒｅｐ．３０，３２． 
Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，Ｍ．Ｄ．，ＭｃＣａｒｔｈｙ，Ｄ．Ｊ．，ａｎｄ  Ｓｍｙｔｈ，Ｇ．Ｋ．（２００９）．ｅｄｇｅＲ：Ａ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ｆｏｒ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｄｉｇｉｔａｌ  ｇｅｎｅ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  ｄａｔａ．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ２６，１３９−１４０． 
ＲＴｅａｍ，Ｄ．Ｃ．（２０１５）．Ｒ  Ｃｏｒｅ  Ｔｅａｍ（２０１５）．Ｒ：Ａ  ｌａｎｇｕａｇｅ  ａｎｄ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｆｏｒ  ｓｔａｔｉｓｔｉｃａｌ  ｃｏｍｐｕｔｉｎｇ．Ｒ  Ｆｏｕｎｄ．Ｓｔａｔ．Ｃｏｍｐｕｔ．Ｖｉｅｎｎａ，Ａｕｓｔｒｉａ．ＵＲＬＨｔｔｐ：／／ｗｗｗ．Ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ／． 
Ｓｈａｌｉｔ，Ａ．，Ｒｏｚｍａｎ，Ａ．，Ｇｏｌｄｓｈｍｉｄｔ，Ａ．，Ａｌｖａｒｅｚ，Ｊ．Ｐ．，Ｂｏｗｍａｎ，Ｊ．Ｌ．，Ｅｓｈｅｄ，Ｙ．，ａｎｄ  Ｌｉｆｓｃｈｉｔｚ，Ｅ．（２００９）．Ｔｈｅ  ｆｌｏｗｅｒｉｎｇＨｏｒｍｏｎｅ  ｆｌｏｒｉｇｅｎ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ  ａｓ  ａ  ｇｅｎｅｒａｌ  ｓｙｓｔｅｍｉｃ  ｒｅｇｕｌａｔｏｒ  ｏｆ  ｇｒｏｗｔｈ  ａｎｄ  ｔｅｒｍｉｎａｔｉｏｎ．Ｐ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  １０６，８３９２−８２９７． 
Ｓｈａｎｇ，Ｌ．，Ｌｉａｎｇ，Ｑ．，Ｗａｎｇ，Ｙ．，Ｚｈａｏ，Ｙ．，Ｗａｎｇ，Ｋ．，ａｎｄＨｕａ，Ｊ．（２０１６）．Ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ｔｏｇｅｔｈｅｒ  ｗｉｔｈ  ｐａｒｔｉａｌ  ｄｏｍｉｎａｎｃｅ，ｏｖｅｒ−ｄｏｍｉｎａｎｃｅ  ａｎｄ  ＱＴＬ  ｂｙ  ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔ  ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ  ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅ  ｔｏ  ｙｉｅｌｄＨｅｔｅｒｏｓｉｓ  ｉｎ  ｕｐｌａｎｄ  ｃｏｔｔｏｎ．Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．１２９，１４２９−１４４６． 
Ｓｉｎｇｈ，Ｒ．，Ｌｏｗ，Ｅ．−Ｔ．Ｌ．，Ｏｏｉ，Ｌ．Ｃ．−Ｌ．，Ｏｎｇ−Ａｂｄｕｌｌａｈ，Ｍ．，Ｔｉｎｇ，Ｎ．−Ｃ．，Ｎａｇａｐｐａｎ，Ｊ．，Ｎｏｏｋｉａｈ，Ｒ．，Ａｍｉｒｕｄｄｉｎ，Ｍ．Ｄ．，Ｒｏｓｌｉ，Ｒ．，Ｍａｎａｆ，Ｍ．Ａ．Ａ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１３）．Ｔｈｅ  ｏｉｌ  ｐａｌｍ  ＳＨＥＬＬ  ｇｅｎｅ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｏｉｌ  ｙｉｅｌｄ  ａｎｄ  ｅｎｃｏｄｅｓ  ａＨｏｍｏｌｏｇｕｅ  ｏｆ  ＳＥＥＤＳＴＩＣＫ．Ｎａｔｕｒｅ  ５００，３４０−３４４． 
Ｓｏｙｋ，Ｓ．，Ｍｕｅｌｌｅｒ，Ｎ．，Ｐａｒｋ，Ｓ．Ｊ．，Ｓｃｈｍａｌｅｎｂａｃｈ，Ｉ．，Ｊｉａｎｇ，Ｋ．，Ｈａｙａｍａ，Ｒ．，Ｚｈａｎｇ，Ｌ．，Ｅｃｋ，Ｊ．Ｖａｎ，Ｓｃｈｍａｌｅｎｂａｃｈ，Ｉ．，Ｊｉｍｅｎｅｚ−ｇｏｍｅｚ，Ｊ．Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１６）．Ｖａｒｉａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｔｈｅ  ｆｌｏｗｅｒｉｎｇ  ｇｅｎｅ  ＳＥＬＦ  ＰＲＵＮＩＮＧ  ５Ｇ  ｐｒｏｍｏｔｅｓ  ｄａｙ−ｎｅｕｔｒａｌｉｔｙ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ  ａｎｄ  ｅａｒｌｙ  ｙｉｅｌｄ．Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  １−３７． 
Ｓｔｅｐｈｅｎｓｏｎ，Ａ．Ｇ．（１９８１）．Ｆｌｏｗｅｒ  ａｎｄ  ｆｒｕｉｔ  ａｂｏｒｔｉｏｎ：ｐｒｏｘｉｍａｔｅ  ｃａｕｓｅｓ  ａｎｄ  ｕｌｔｉｍａｔｅ  ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．Ａｎｎ  Ｒｅｖ  Ｅｃｏｌ  Ｓｙｓｔ  １２，２５３−２７９． 
Ｓｔｕｂｂｅ，Ｈ．（１９７２）．Ｍｕｔａｎｔｅｎ  ｄｅｒ  Ｋｕｌｔｕｒｔｏｍａｔｅ  Ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｏｎ  ｅｓｃｕｌｅｎｔｕｍ  Ｍｉｌｌｅｒ  ＶＩ．Ｄｉｅ  Ｋｕｌｔ．１６，１８５−２３０． 
Ｓｗｉｎｎｅｎ，Ｇ．，Ｇｏｏｓｓｅｎｓ，Ａ．，ａｎｄ  Ｐａｕｗｅｌｓ，Ｌ．（２０１６）．Ｌｅｓｓｏｎｓ  ｆｒｏｍ  Ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ：Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ  Ｃｉｓ−Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  Ｅｌｅｍｅｎｔｓ  ｆｏｒ  Ｃｒｏｐ  Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ．Ｔｒｅｎｄｓ  Ｐｌａｎｔ  Ｓｃｉ  ２１，５０６−５１５． 
Ｔａｍｕｒａ，Ｋ．，Ｓｔｅｃｈｅｒ，Ｇ．，Ｐｅｔｅｒｓｏｎ，Ｄ．，Ｆｉｌｉｐｓｋｉ，Ａ．，ａｎｄ  Ｋｕｍａｒ，Ｓ．（２０１３）．ＭＥＧＡ６：Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ  ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｖｅｒｓｉｏｎ  ６．０．Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  Ｅｖｏｌ  ３０，２７２５−２７２９． 
Ｔｈｅｉｓｓｅｎ，Ｇ．，Ｍｅｌｚｅｒ，Ｒ．，ａｎｄ  Ｒｕｅｍｐｌｅｒ，Ｆ．（２０１６）．ＭＡＤＳ−ｄｏｍａｉｎ  ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  ｆａｃｔｏｒｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｆｌｏｒａｌ  ｑｕａｒｔｅｔ  ｍｏｄｅｌ  ｏｆ  ｆｌｏｗｅｒ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ：ｌｉｎｋｉｎｇ  ｐｌａｎｔ  ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  ａｎｄ  ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ．Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ  １４３，３２５９−３２７１． 
Ｔｉｅｍａｎ，Ｄ．，Ｚｈｕ，Ｇ．，Ｒｅｓｅｎｄｅ，Ｍ．Ｆ．Ｒ．，Ｌｉｎ，Ｔ．，Ｎｇｕｙｅｎ，Ｃ．，Ｂｉｅｓ，Ｄ．，Ｒａｍｂｌａ，Ｊ．Ｌ．，Ｂｅｌｔｒａｎ，Ｋ．Ｓ．Ｏ．，Ｔａｙｌｏｒ，Ｍ．，Ｚｈａｎｇ，Ｂ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１７）．Ａ  ｃｈｅｍｉｃａｌ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｒｏａｄｍａｐ  ｔｏ  ｉｍｐｒｏｖｅｄ  ｔｏｍａｔｏ  ｆｌａｖｏｒ．Ｓｃｉｅｎｃｅ．３５５，３９１−３９４． 
Ｖｒｅｂａｌｏｖ，Ｊ．，Ｒｕｅｚｉｎｓｋｙ，Ｄ．，Ｐａｄｍａｎａｂｈａｎ，Ｖ．，Ｗｈｉｔｅ，Ｒ．，Ｍｅｄｒａｎｏ，Ｄ．，Ｄｒａｋｅ，Ｒ．，Ｓｃｈｕｃｈ，Ｗ．，ａｎｄ  Ｇｉｏｖａｎｎｏｎｉ，Ｊ．（２００２）．Ａ  ＭＡＤＳ−Ｂｏｘ  Ｇｅｎｅ  Ｎｅｃｅｓｓａｒｙ  ｆｏｒ  Ｆｒｕｉｔ  Ｒｉｐｅｎｉｎｇ  ａｔ  ｔｈｅ  Ｔｏｍａｔｏ  Ｒｉｐｅｎｉｎｇ−Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ（Ｒｉｎ）Ｌｏｃｕｓ．Ｓｃｉｅｎｃｅ（８０−．）．２９６，３４３−３４６． 
Ｗａｎｇ，Ｓ．，Ｌｕ，Ｇ．，Ｈｏｕ，Ｚ．，Ｌｕｏ，Ｚ．，Ｗａｎｇ，Ｔ．，Ｌｉ，Ｈ．，Ｚｈａｎｇ，Ｊ．，ａｎｄ  Ｙｅ，Ｚ．（２０１４）．Ｍｅｍｂｅｒｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｏｍａｔｏ  ＦＲＵＩＴＦＵＬＬ  ＭＡＤＳ−ｂｏｘ  ｆａｍｉｌｙ  ｒｅｇｕｌａｔｅ  ｓｔｙｌｅ  ａｂｓｃｉｓｓｉｏｎ  ａｎｄ  ｆｒｕｉｔ  ｒｉｐｅｎｉｎｇ．Ｊ．Ｅｘｐ．Ｂｏｔ．６５，３００５−３０１４． 
Ｗｅｒｎｅｒ，Ｓ．，Ｅｎｇｌｅｒ，Ｃ．，Ｗｅｂｅｒ，Ｅ．，Ｇｒｕｅｔｚｎｅｒ，Ｒ．，ａｎｄ  Ｍａｒｉｌｌｏｎｎｅｔ，Ｓ．（２０１２）．Ｆａｓｔ  ｔｒａｃｋ  ａｓｓｅｍｂｌｙ  ｏｆ  ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ  ｃｏｎｓｔｒｕｃｔｓ  ｕｓｉｎｇ  Ｇｏｌｄｅｎ  Ｇａｔｅ  ｃｌｏｎｉｎｇ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ＭｏＣｌｏ  ｓｙｓｔｅｍ．Ｂｉｏｅｎｇ  Ｂｕｇｓ  ３，３８−４３． 
Ｗｉｌｌｉａｍｓ，Ｔ．Ｎ．，Ｍｗａｎｇｉ，Ｔ．Ｗ．，Ｗａｍｂｕａ，Ｓ．，Ｐｅｔｏ，Ｔ．Ｅ．Ａ．，Ｗｅａｔｈｅｒａｌｌ，Ｄ．Ｊ．，Ｇｕｐｔａ，Ｓ．，Ｒｅｃｋｅｒ，Ｍ．，Ｐｅｎｍａｎ，Ｂ．Ｓ．，Ｕｙｏｇａ，Ｓ．，Ｍａｃｈａｒｉａ，Ａ．，ｅｔ  ａｌ．（２００５）．Ｎｅｇａｔｉｖｅ  ｅｐｉｓｔａｓｉｓ  ｂｅｔｗｅｅｎ  ｔｈｅ  ｍａｌａｒｉａ−ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ  ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  α＋−ｔｈａｌａｓｓｅｍｉａ  ａｎｄ  ｔｈｅ  ｓｉｃｋｌｅ  ｃｅｌｌ  ｔｒａｉｔ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ．３７，１２５３−１２５７． 
Ｘｕ，Ｃ．，Ｌｉｂｅｒａｔｏｒｅ，Ｋ．Ｌ．，ＭａｃＡｌｉｓｔｅｒ，Ｃ．ａ，Ｈｕａｎｇ，Ｚ．，Ｃｈｕ，Ｙ．−Ｈ．，Ｊｉａｎｇ，Ｋ．，Ｂｒｏｏｋｓ，Ｃ．，Ｏｇａｗａ−Ｏｈｎｉｓｈｉ，Ｍ．，Ｘｉｏｎｇ，Ｇ．，Ｐａｕｌｙ，Ｍ．，ｅｔ  ａｌ．（２０１５）．Ａ  ｃａｓｃａｄｅ  ｏｆ  ａｒａｂｉｎｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅｓ  ｃｏｎｔｒｏｌｓ  ｓｈｏｏｔ  ｍｅｒｉｓｔｅｍ  ｓｉｚｅ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ．Ｎａｔ．Ｇｅｎｅｔ． 
Ｙａｎｇ，Ｔ．Ｊ．，Ｌｅｅ，Ｓ．，Ｃｈａｎｇ，Ｓ．Ｂｉｎ，Ｙｕ，Ｙ．，ｄｅ  Ｊｏｎｇ，Ｈ．，ａｎｄ  Ｗｉｎｇ，Ｒ．Ａ．（２００５）．Ｉｎ−ｄｅｐｔｈ  ｓｅｑｕｅｎｃｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｔｏｍａｔｏ  ｃｈｒｏｍｏｓｏｍｅ  １２  ｃｅｎｔｒｏｍｅｒｉｃ  ｒｅｇｉｏｎ：Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａ  ｌａｒｇｅ  ＣＡＡ  ｂｌｏｃｋ  ａｎｄ  ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  ｐｅｒｉｃｅｎｔｒｏｍｅｒｅ  ｒｅｔｒｏｔｒａｎｐｏｓｏｎｓ．Ｃｈｒｏｍｏｓｏｍａ  １１４，１０３−１１７． 
Ｚａｈａｒａ，Ｍ．Ｂ．，ａｎｄ  Ｓｃｈｅｕｅｒｍａｎ，Ｒ．Ｗ．（１９８８）．Ｈａｎｄ−ｈａｒｖｅｓｔｉｎｇ  ｊｏｉｎｔｌｅｓｓ  ｖｓ  ．ｊｏｉｎｔｅｄ−ｓｔｅｍ  ｔｏｍａｔｏｅｓ．Ｃａｌｉｆ．Ａｇｒｉｃ．４２，１４−１４． 
Ｚａｍｉｒ，Ｄ．（２００１）．Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ  ｐｌａｎｔ  ｂｒｅｅｄｉｎｇ  ｗｉｔｈ  ｅｘｏｔｉｃ  ｇｅｎｅｔｉｃ  ｌｉｂｒａｒｉｅｓ．Ｎａｔ  Ｒｅｖ  Ｇｅｎｅｔ  ２，３−９． 
Ｚｈａｎｇ，Ｌ．，Ｙａｎｇ，Ｇ．，Ｌｉｕ，Ｐ．，Ｈｏｎｇ，Ｄ．，Ｌｉ，Ｓ．，ａｎｄＨｅ，Ｑ．（２０１１）．Ｇｅｎｅｔｉｃ  ａｎｄ  ｃｏｒｒｅｌａｔｉｏｎ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｓｉｌｉｑｕｅ−ｔｒａｉｔｓ  ｉｎ  Ｂｒａｓｓｉｃａ  ｎａｐｕｓ  Ｌ．ｂｙ  ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  ｔｒａｉｔ  ｌｏｃｕｓ  ｍａｐｐｉｎｇ．Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．１２２，２１−３１． 
Ｚｈａｎｇ，Ｎ．，Ｂｒｅｗｅｒ，Ｍ．Ｔ．，ａｎｄ  ｖａｎ  ｄｅｒ  Ｋｎａａｐ，Ｅ．（２０１２）．Ｆｉｎｅ  ｍａｐｐｉｎｇ  ｏｆ  ｆｗ３．２  ｃｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇ  ｆｒｕｉｔ  ｗｅｉｇｈｔ  ｉｎ  ｔｏｍａｔｏ．Ｔｈｅｏｒ．Ａｐｐｌ．Ｇｅｎｅｔ．１２５，２７３−２８４． 
Ｚｈａｏ，Ｑ．，Ｗｅｂｅｒ，Ａ．Ｌ．，ＭｃＭｕｌｌｅｎ，Ｍ．Ｄ．，Ｇｕｉｌｌ，Ｋ．，ａｎｄ  Ｄｏｅｂｌｅｙ，Ｊ．（２０１１）．ＭＡＤＳ−ｂｏｘ  ｇｅｎｅｓ  ｏｆ  ｍａｉｚｅ：ｆｒｅｑｕｅｎｔ  ｔａｒｇｅｔｓ  ｏｆ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｄｕｒｉｎｇ  ｄｏｍｅｓｔｉｃａｔｉｏｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｒｅｓ．（Ｃａｍｂ）．９３，６５−７５． 
【０１５５】
上記の説明から、当業者は、本開示の本質的な特徴を容易に確認することができ、本開示の趣旨及び範囲から逸脱せずに、様々な使用及び条件に本開示を適合させるために本開示の様々な変形及び変更を行うことができる。したがって、他の実施形態も、特許請求の範囲内に含まれる。 
【図１Ａ−１Ｃ】
2020521444.tif 000053
【図１Ｄ−１Ｅ】
2020521444.tif 000054
【図１Ｆ−１Ｈ】
2020521444.tif 000055
【図１Ｉ−１Ｋ】
2020521444.tif 000056
【図２Ａ】
2020521444.tif 000057
【図２Ｂ−２Ｄ】
2020521444.tif 000058
【図２Ｅ−２Ｇ】
2020521444.tif 000059
【図２Ｈ−２Ｊ】
2020521444.tif 000060
【図２Ｋ−２Ｎ】
2020521444.tif 000061
【図３Ａ−３Ｂ】
2020521444.tif 000062
【図３Ｃ−３Ｆ】
2020521444.tif 000063
【図４Ａ−４Ｂ】
2020521444.tif 000064
【図４Ｃ−４Ｄ】
2020521444.tif 000065
【図５Ａ−５Ｄ】
2020521444.tif 000066
【図５Ｅ−５Ｉ】
2020521444.tif 000067
【図６Ａ−６Ｂ】
2020521444.tif 000068
【図６Ｃ−６Ｄ】
2020521444.tif 000069
【図７Ａ−７Ｋ】
2020521444.tif 000070
【図８Ａ】
2020521444.tif 000071
【図８Ｂ】
2020521444.tif 000072
【図８Ｃ】
2020521444.tif 000073
【図９Ａ−９Ｃ】
2020521444.tif 000074
【図９Ｄ−９Ｅ】
2020521444.tif 000075
【図９Ｆ−９Ｈ】
2020521444.tif 000076
【図９Ｉ−９Ｊ】
2020521444.tif 000077
【図１０Ａ−１０Ｃ】
2020521444.tif 000078
【図１０Ｄ】
2020521444.tif 000079
【図１０Ｅ−１０Ｇ】
2020521444.tif 000080
【図１０Ｈ−１０Ｉ】
2020521444.tif 000081
【図１０Ｊ−１０Ｌ】
2020521444.tif 000082
【図１０Ｍ−１０Ｎ】
2020521444.tif 000083
【図１０Ｏ】
2020521444.tif 000084
【図１０Ｐ−１０Ｓ】
2020521444.tif 000085
【配列表】
2020521444000001.app
【国際調査報告】
2020521444.tif 000086
2020521444.tif 000087
2020521444.tif 000088