【手続補正書】
【提出日】平成30年2月28日(2018.2.28)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
DNA塩基または特定の塩基配列を有するDNAに結合するタンパク質と機能性領域とを連結した複合体を設計する方法であって、
タンパク質を、
以下の式1の構造を有するPPRモチーフ：
【化１】
2016039810.tif 000001
（式1中：
Helix Aは、αヘリックス構造を形成可能な部分であり；
Xは、存在しないかまたは1〜9アミノ酸長からなる部分であり；
Helix Bは、αヘリックス構造を形成可能な部分であり；そして
Lは、2〜7アミノ酸長からなる部分である。）
を、1個以上含み；
タンパク質に含まれる一のPPRモチーフ（Mn）が、
Helix Aの最初のアミノ酸を1番アミノ酸（1番A.A.）、そして4番目のアミノ酸を4番アミノ酸（4番A.A.）とし、そして
・PPRモチーフ（Mn）のC末端側に連続して次のPPRモチーフ（Mn+1）が存在するとき（PPRモチーフ間にアミノ酸挿入がないとき）、PPRモチーフ（Mn）を構成するアミノ酸の最後（C末端側）から-2番目のアミノ酸；
・PPRモチーフ（Mn）とそのC末端側の次のPPRモチーフ（Mn+1）の間に1〜20アミノ酸の非PPRモチーフが見いだされるときは、次のPPRモチーフ（Mn+1）の1番アミノ酸の2個上流、すなわち-2番目のアミノ酸；または
・PPRモチーフ（Mn）のC末端側に次のPPRモチーフ（Mn+1）が見いだせないとき、もしくはC末端側の次のPPRモチーフ（Mn+1）との間に21アミノ酸以上の非PPRモチーフを構成するアミノ酸が見いだされる場合、PPRモチーフ（Mn）を構成するアミノ酸の最後（C末端側）から2番目のアミノ酸
を“ii”（-2）番のアミノ酸（“ii”（-2）番A.A.）としたときに、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせを、DNA塩基または特定の塩基配列に応じたものとする、方法。
【請求項２】
請求項1に記載の方法であって、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせが、下記のいずれか：
（1-1）4番A.A.がグリシン（G）である場合、1番A.A.は任意のアミノ酸であってもよく、そして“ii”（-2）番A.A.はアスパラギン酸（D）、アスパラギン（N）またはセリン（S）である；
（1-2）4番A.A.がイソロイシン（I）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-3）4番A.A.がロイシン（L）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-4）4番A.A.がメチオニン（M）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-5）4番A.A.がアスパラギン（N）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-6）4番A.A.がプロリン（P）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-7）4番A.A.がセリン（S）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-8）4番A.A.がトレオニン（T）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-9）4番A.A.がバリン（V）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
に基づいて規定されている、方法。
【請求項３】
請求項１または２に記載の方法であって、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせが、下記のいずれか：
(2-1)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-2)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グルタミン酸、グリシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-3)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-4)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グルタミン酸、グリシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-5)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-6)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、イソロイシン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、TおよびCに選択的に結合する；
(2-7)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、イソロイシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-8)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、TおよびCに選択的に結合する；
(2-9)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-10)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、リシンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-11)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、メチオニン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-12)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、メチオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-13)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-14)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、CおよびTに選択的に結合する；
(2-15)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-16)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-17)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グリシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-18)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-19)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、トレオニン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-20)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-21)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、チロシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-22)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-23)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-24)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、セリン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-25)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-26)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-27)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-28)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-29)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-30)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、トリプトファンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合し、次にTに対して結合する；
(2-31)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、トリプトファンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-32)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、プロリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-33)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-34)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-35)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、チロシン、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-36)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、セリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、AおよびGに選択的に結合する；
(2-37)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-38)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-39)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-40)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、AおよびGに選択的に結合する；
(2-41)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-42)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、トレオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-43)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-44)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-45)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-46)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-47)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、A、CおよびTに結合するが、Gには結合しない；
(2-48)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、バリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合し、次にAに対して結合する；
(2-49)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、グリシンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-50)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
に基づいて規定されている、方法。
【請求項４】
機能性領域が、DNA切断酵素またはそのヌクレアーゼドメイン、または転写制御ドメインであり、複合体が標的配列特異的DNA切断酵素、または転写制御因子として機能する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項５】
DNA切断酵素がFokIのヌクレアーゼドメイン（配列番号6）である、請求項４に記載の方法。
【請求項６】
請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法により設計された複合体を用いることを特徴とする、ゲノムを編集する方法（ヒト個体での実施を除く。）。
【請求項７】
請求項１〜６のいずれか１項に記載された方法でゲノムを編集し、その編集されたゲノムを製造する方法。
【請求項８】
請求項１〜６のいずれか１項に記載された方法でゲノムを編集し、その編集されたゲノムを含む細胞を製造する方法（ヒト個体での実施を除く。）。
【請求項９】
DNA塩基もしくは特定の塩基配列を有するDNAとの結合における、タンパク質の使用方法であって、
タンパク質が、
以下の式1の構造を有するPPRモチーフ：
【化２】
2016039810.tif 000002
（式1中：
Helix Aは、αヘリックス構造を形成可能な部分であり；
Xは、存在しないかまたは1〜9アミノ酸長からなる部分であり；
Helix Bは、αヘリックス構造を形成可能な部分であり；そして
Lは、2〜7アミノ酸長からなる部分である。）
を、1個以上含み；
タンパク質に含まれる一のPPRモチーフ（Mn）が、
Helix Aの最初のアミノ酸を1番アミノ酸（1番A.A.）、そして4番目のアミノ酸を4番アミノ酸（4番A.A.）とし、そして
・PPRモチーフ（Mn）のC末端側に連続して次のPPRモチーフ（Mn+1）が存在するとき（PPRモチーフ間にアミノ酸挿入がないとき）、PPRモチーフ（Mn）を構成するアミノ酸の最後（C末端側）から-2番目のアミノ酸；
・PPRモチーフ（Mn）とそのC末端側の次のPPRモチーフ（Mn+1）の間に1〜20アミノ酸の非PPRモチーフが見いだされるときは、次のPPRモチーフ（Mn+1）の1番アミノ酸の2個上流、すなわち-2番目のアミノ酸；または
・PPRモチーフ（Mn）のC末端側に次のPPRモチーフ（Mn+1）が見いだせないとき、もしくはC末端側の次のPPRモチーフ（Mn+1）との間に21アミノ酸以上の非PPRモチーフを構成するアミノ酸が見いだされる場合、PPRモチーフ（Mn）を構成するアミノ酸の最後（C末端側）から2番目のアミノ酸
を“ii”（-2）番のアミノ酸（“ii”（-2）番A.A.）としたときに、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせを、DNA塩基または特定の塩基配列に応じたものである、方法（ヒト個体での実施を除く。）。
【請求項１０】
請求項９に記載の方法であって、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせが、下記のいずれか：
（1-1）4番A.A.がグリシン（G）である場合、1番A.A.は任意のアミノ酸であってもよく、そして“ii”（-2）番A.A.はアスパラギン酸（D）、アスパラギン（N）またはセリン（S）である；
（1-2）4番A.A.がイソロイシン（I）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-3）4番A.A.がロイシン（L）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-4）4番A.A.がメチオニン（M）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-5）4番A.A.がアスパラギン（N）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-6）4番A.A.がプロリン（P）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-7）4番A.A.がセリン（S）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-8）4番A.A.がトレオニン（T）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
（1-9）4番A.A.がバリン（V）である場合、1番A.A.および“ii”（-2）番A.A.はいずれも任意のアミノ酸であってもよい；
に基づいて規定されている、方法。
【請求項１１】
請求項９または１０に記載の方法であって、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせが、下記のいずれか：
(2-1)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-2)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グルタミン酸、グリシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-3)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-4)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グルタミン酸、グリシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-5)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-6)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、イソロイシン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、TおよびCに選択的に結合する；
(2-7)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、イソロイシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-8)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、TおよびCに選択的に結合する；
(2-9)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-10)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、リシンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-11)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、メチオニン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-12)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、メチオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-13)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-14)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、CおよびTに選択的に結合する；
(2-15)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-16)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-17)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グリシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-18)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-19)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、トレオニン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-20)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-21)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、チロシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-22)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-23)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-24)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、セリン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-25)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-26)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-27)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-28)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-29)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-30)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、トリプトファンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合し、次にTに対して結合する；
(2-31)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、トリプトファンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-32)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、プロリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-33)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-34)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-35)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、チロシン、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-36)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、セリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、AおよびGに選択的に結合する；
(2-37)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-38)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-39)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-40)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、AおよびGに選択的に結合する；
(2-41)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-42)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、トレオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-43)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-44)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-45)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-46)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-47)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、A、CおよびTに結合するが、Gには結合しない；
(2-48)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、バリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合し、次にAに対して結合する；
(2-49)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、グリシンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-50)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
に基づいて規定されている、方法。
【請求項１２】
タンパク質をコードする核酸であって、タンパク質が、
以下の式１の構造を有するPPRモチーフ：
【化３】
2016039810.tif 000003
（式1中：
Helix Aは、αヘリックス構造を形成可能な部分であり；
Xは、存在しないかまたは1〜9アミノ酸長からなる部分であり；  
Helix Bは、αヘリックス構造を形成可能な部分であり；そして
Lは、2〜7アミノ酸長からなる部分である。）
を1個または2〜30個含んでなるタンパク質であって、
タンパク質に含まれる一のPPRモチーフ（Mn）が、
Helix Aの最初のアミノ酸を1番アミノ酸（1番A.A.）、そして4番目のアミノ酸を4番アミノ酸（4番A.A.）とし、そして
・PPRモチーフ（Mn）のC末端側に連続して次のPPRモチーフ（Mn+1）が存在するとき（PPRモチーフ間にアミノ酸挿入がないとき）、PPRモチーフ（Mn）を構成するアミノ酸の最後（C末端側）から-2番目のアミノ酸；
・PPRモチーフ（Mn）とそのC末端側の次のPPRモチーフ（Mn+1）の間に1〜20アミノ酸の非PPRモチーフが見いだされるときは、次のPPRモチーフ（Mn+1）の1番アミノ酸の2個上流、すなわち-2番目のアミノ酸；または
・PPRモチーフ（Mn）のC末端側に次のPPRモチーフ（Mn+1）が見いだせないとき、もしくはC末端側の次のPPRモチーフ（Mn+1）との間に21アミノ酸以上の非PPRモチーフを構成するアミノ酸が見いだされる場合、PPRモチーフ（Mn）を構成するアミノ酸の最後（C末端側）から2番目のアミノ酸
を“ii”（-2）番のアミノ酸（“ii”（-2）番A.A.）としたときに、1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸を、対象DNA塩基または対象DNA塩基配列に対応した特定のアミノ酸の組み合わせで有するPPRモチーフである、DNA塩基選択的に、またはDNA塩基配列特異的に結合可能なタンパク質であって、1番A.A.、4番A.A.および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸の組み合わせを、対象DNA塩基または対象DNA塩基配列に応じたものとし、アミノ酸の組み合わせが、下記のいずれか：
(2-1)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-2)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グルタミン酸、グリシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-3)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-4)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グルタミン酸、グリシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-5)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、グリシン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-6)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、イソロイシン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、TおよびCに選択的に結合する；
(2-7)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、イソロイシン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-8)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、TおよびCに選択的に結合する；
(2-9)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-10)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、ロイシン、リシンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-11)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、メチオニン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-12)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、メチオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-13)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-14)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、CおよびTに選択的に結合する；
(2-15)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-16)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-17)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、グリシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-18)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-19)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、トレオニン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-20)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-21)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、チロシン、アスパラギン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-22)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-23)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-24)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、セリン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-25)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-26)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-27)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、セリンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-28)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-29)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、アスパラギン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-30)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、アスパラギン、トリプトファンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合し、次にTに対して結合する；
(2-31)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、アスパラギン、トリプトファンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合し、次にCに対して結合する；
(2-32)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、プロリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-33)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-34)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-35)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、チロシン、プロリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
(2-36)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、セリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、AおよびGに選択的に結合する；
(2-37)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-38)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-39)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、セリン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-40)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、AおよびGに選択的に結合する；
(2-41)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-42)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、トレオニン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Gに選択的に結合する；
(2-43)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-44)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、フェニルアラニン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-45)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-46)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、バリン、トレオニン、アスパラギンであるとき、そのPPRモチーフは、Aに選択的に結合する；
(2-47)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、任意のアミノ酸であるとき、そのPPRモチーフは、A、CおよびTに結合するが、Gには結合しない；
(2-48)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、イソロイシン、バリン、アスパラギン酸であるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合し、次にAに対して結合する；
(2-49)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、グリシンであるとき、そのPPRモチーフは、Cに選択的に結合する；
(2-50)  1番A.A.、4番A.A.、および“ii”（-2）番A.A.の3つのアミノ酸が、順に、任意のアミノ酸、バリン、トレオニンであるとき、そのPPRモチーフは、Tに選択的に結合する；
に基づいて決定される、前記タンパク質（ただし、SEQ ID NO: 1のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 2のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 3のアミノ酸配列、SEQ ID NO: 4のアミノ酸配列およびSEQ ID NO: 5のアミノ酸配列から選択される配列からなるタンパク質を除く。）
である、核酸。
【請求項１３】
PPRモチーフが、配列番号1のアミノ酸配列からなるタンパク質が有する9個のPPRモチーフ、配列番号2のアミノ酸配列からなるタンパク質が有する11個のPPRモチーフ、配列番号3のアミノ酸配列からなるタンパク質が有する15個のPPRモチーフ、配列番号4のアミノ酸配列からなるタンパク質が有する10個のPPRモチーフ、および配列番号5のアミノ酸配列からなるタンパク質が有する11個のPPRモチーフからなる群から選択されるいずれかである、請求項1に記載の核酸。
【請求項１４】
下記のアミノ酸配列を含んでなる、DNA塩基選択的に、またはDNA塩基配列特異的に結合可能なタンパク質をコードする核酸：
配列番号1の230〜541番からなるアミノ酸配列、配列番号2の234〜621番からなるアミノ酸配列、配列番号3の106〜632番からなるアミノ酸配列、配列番号4の106〜632番からなるアミノ酸配列、および配列番号5の256〜624からなるアミノ酸配列のいずれか一のアミノ酸配列において、一または複数個のアミノ酸が、請求項1に定義した（2-1）〜（2-50）のいずれかに基づいて置換されたアミノ酸配列。
【請求項１５】
請求項１２〜１４のいずれか１項に記載された核酸を含有する、ベクター。
【請求項１６】
請求項１５に記載のベクターが導入された、細胞。
【請求項１７】
大腸菌である、請求項１６に記載の細胞。